########################################################################### ## Configuration File for Rooting RAxML Phylogenetic Trees ## ## Requirements: ## ## A list of string fragments matching sequences identifiers of species ## ## in the classification (including scaffold taxa) to be used for ## ## determining the most basal taxa in the orthogroups for rooting trees. ## ## Should be listed in decreasing order from older to younger lineages. ## ## If the file is not provided using the "--rooting_order" option, trees ## ## will be rooted using the oldest lineage scaffold tax0n present in ## ## each orthogroup. ## ########################################################################### ## Author: Eric Wafula ## ## Email: ekw10@psu.edu ## ## Institution: Penn State University, Bio Dept, Claude dePamphilis Lab ## ## Date: 12-28-2018 ## ########################################################################### [DEFAULT TAXA] ########################################################################### ## Out Groups ## ########################################################################### # Physcomitrella patens=Phypa Marchantia polymorpha=Marpo Selaginella moellendorffii=Selmo # ########################################################################### ## Ferns ## ########################################################################### # Azolla filiculoides=Azofi # ########################################################################### ## Gymnosperms ## ########################################################################### # Ginkgo biloba=Ginbi Pinus taeda=Pinta Gnetum Montanum=Gnemo # ########################################################################### ## Basal Angiosperms ## ########################################################################### # Amborella trichopoda=Ambtr Nymphaea caerulea=Nymca Cinnamomum kanehirae=Cinka # ########################################################################### ## Monocots ## ########################################################################### # Dioscorea rotundata=Dioro Asparagus officinalis=Aspof Apostasia shenzhenica=Aposh Elaeis guineensis=Elagu Musa acuminata=Musac Ananas comosus=Anaco Brachypodium distachyon=Bradi Oryza sativa=Orysa Sorghum bicolor=Sorbi Setaria italica=Setit # ########################################################################### ## Basal Eudicots ## ########################################################################### # Aquilegia coerulea=Aquco Nelumbo nucifera=Nelnu # ########################################################################### ## Super Asterids ## ########################################################################### # Spinacia oleracea=Spiol # ########################################################################### ## Asterids ## ########################################################################### # Mimulus guttatus=Mimgu Coffea canephora=Cofca Solanum lycopersicum=Solly Lactuca sativa=Lacsa Daucus carota=Dauca # ########################################################################### ## Super Rosids ## ########################################################################### # Kalanchoe fedtschenkoi=Kalfe # ########################################################################### ## Rosids ## ########################################################################### # Vitis vinifera=Vitvi Populus trichocarpa=Poptr Medicago truncatula=Medtr Phaseolus vulgaris=Phavu Eucalyptus grandis=Eucgr Citrus sinensis=Citsi Theobroma cacao=Theca Arabidopsis thaliana=Arath # ###########################################################################