##maf version=1 a score=33924 s mm7.chr16_random 29 1751 + 8975268 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AAGGATACAATG--ATTATTTATTTTTGGAAGTTAAGTAT---CATTTATAATTATTT--AGGTACTGTAAAATATCTCAAAAGCCAACCT---CTGTTTGCTTTGATTTACAT--ATTACAAATATATGCTGTATCAAATAATCAGCATCTTCTATAAGCATATAGAGACTGATAATCACAGCTGTGGCTGCAGAGTCAAAAGGCACAGCAGGCTACTCTATTACCATATGATGTGCATATTCAGGTGAAAAAAAAATCTTACAGATGGAATTCATCTAGCTTCCATTCTGAAGTGAT--GATGTATTATAATAAAGAACATGAGAAAGAACTATGGAATCTCATCTACTTT-TTAGCTATGTTAAAGGGAGAGAATGATAATATCAGGTAACAAGAAGGAAAAAAATATGATATTGTGCAGTGAATTCGCATAAAATGTAGTAGGGTGTATTATCATGTGAATGAGATGGGGTTTTTT-----TTAGCAA---AGACTTCTAATTTTATAACCTGTGACTTAGTGTAAAAGAAATCCTATTTTTCATTTTCCTCAGGCTATTCCACCTAACTTCTTCATCTAATTTACCAGCCAAATTGGTTTTCC-AAATTCAAATGTCTGCCTATGCTAATAGAATCTATAGAGAAATGTAATTACTTAATCCATTCATTATATAGGATAAAGATAGTACAGTTAAAATGTCAAATAGAATTAAGGCTATCTGAATGAGAAATATTTTCAATTGTAATTTTTCCTTTCCCAAAAGAGACATGAAAGTATAATTTCCTGTATGCATGAAATGTTTTGTATTAGCTCCTGAAAAGAATAGTCTCAGGAACTATTTAAAAGTATGAAG-GATTCATATTACtgattttggaccaattttgtaatccttcagggcctcagtttcctcatctccaaagtgagaattatgagccaaatgtcctc--tCACTAAACTGTTAACCAAAAGTTTTACAAGTCTAGAAAATAATCCACTTTTTAAATAAGAAAAAAATGCAGTGGGATTTATCAATTTAATGGGATTGAAGAATATTAC-AGTATTAAATTGATTGACATTCAAAGCTGAAAATATA--TTAAAAGTGTTTTAGAGAAAAATGCTTAAAAATAAAAAACCAA-CTCAGTAAATTTAATTTTTGCCC--ACATATACTTGGAGAAGTTCTGTTTTTGTCTCCTGCAGAAACTATGCATTTCTCA---GAAAGG a score=5815 s mm7.chr16_random 1006830 103 + 8975268 TGAGGATGGAGGTGAGATGCTTTCTGAGGCTCAAGCAGGTCTGGCCAATCCTCAAGGAAAGAAAGCTAAACGGAAAGCAGGAAAGAAGCAGTGAGAAGAAGCA s bosTau2.chr23 24166873 103 - 41602928 TGCAGATGAATTGGAGATGCTTTCTGAAGCTAGAGCCCGCCTGGCTAACACTCAGGGAAAGAAAGCCAAGAGGAAAGCAAGAGAGAAACAGCTGGAAGAAGCA a score=7178 s mm7.chr16_random 1006933 114 + 8975268 AGGAGCCTTGCTGCCCTCCA-----GAAAAGAGCCTCGAGCAGCTGCCATAGAGATTCAGAAAGAGAGGAAAGAAAAGAGAGGAGTCGATTCTAATGCTGAAATCCCATTGGACAAAGA s bosTau2.chr23 24171184 119 - 41602928 AGGCGTCTTGCTGCCCTCCAAAAGAGAAGAGAACTTCGAGCAGCCGGCATAGAAATTCAGAAGAAAAGAAAAAAGAAAAGAGGAGTTGATTATAATGCTGAAATTCCATTTGAAAAAAA a score=5774 s mm7.chr16_random 1007147 103 + 8975268 TGAAAAAGAAGTTAGAGATAGAAAGAAAAAAAATAAATAAAAGGACAAACAGCATTTAAAAAGGAAAAGGGAATCTGATTTACCATCAGCTATCCTCCAAACT s bosTau2.chr23 24172563 88 - 41602928 TGAAAAAGAAGGACGAGATAGGAAAAAA---------------GACAAGCAGCATTTGAAAAGGAAAAAAGAATCTGATTTACCATCAGCTATTCTTCAAACT a score=10718 s mm7.chr16_random 1007301 183 + 8975268 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AGGACTCCT---CATGGAGCTGAAGGACTGACTCCCCAGAGTGGAACAACCCCTAAATCAGTCACTAATGCCACCCCAGGTAGAACATCACTAAGAGACAAGTTAAAC---AATCCAGAGGATGGAATGGCAGACTTATAGTGATCCCTCTTACATGAAGCAGAT s bosTau2.chr23 24179424 164 - 41602928 AGGACTCCTTCTCATGGATCTGAAGGGCTGACTCCCCGGAGTGGGACGACTCCCAAACCAGTTATTAACTCCACCCCGGGTAGAACTCCTCTTCGAGACAAGTTAAACATTAATCCTGAGGATGGAATGGCAGAC-TACAGTGATCCCTCTTATGTGAAGCAGAT a score=10926 s mm7.chr16_random 1007793 164 + 8975268 GGAAAGAGAATCACGTCAACATTTCTATAAAGGGTTGTTAGGCTTCCCTGCACCTAAGAATGATTTTAAAATTGTTCTGCCAGAAAGTATTGAGAAGAAACCGGAAGAACGTGAAATAGGTGACACCTACATTGAAGATGCGGCCGATGTGGATGCTCGAAAGC s bosTau2.chr23 24181773 164 - 41602928 GGAAAGAGAATCTCGTGAACACCTACGTTTAGGATTGTTGGGTCTTCCTGCTCCTAAGAATGACTTTGAAATTGTTCTACCAGAAAATGCTGAGAAGGAACTGGAAGAGCGTGAAATAGATGATACTTACATTGAAGATGCTGCTGATGTGGATGCACGGAAGC a score=5374 s mm7.chr16_random 1007957 83 + 8975268 AGGCCATAGGAGTTGCTGAAAGTATAAAGGAAATGAAATGAATGCACCAAGCTATTCAGAAGGATCTACCCAGACTGTCTGAA s bosTau2.chr23 24183300 83 - 41602928 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AGGCCTATAATGTTCTGGTATAAGAGATGAAAGTGGTAAAACAAGGAATGAGATATGTAGAACTCTCCAGGAAAGCTTACAACCAGGTGTGGGAGGAAAGCTACAGGTAAGTCCTCTATCTTCCTGCTCAAAG--------CATGAGCTAATCTTACTAACCAAAAGGATAGAATTGAATCCCTTGAAAAGAGACTTGG s bosTau2.chr23 24187019 199 - 41602928 AGGCTCAGGATGTTCTGGTACAGGAGATGGAAGTGGTCAAACAAGGTATGAGCCACGGAGAACTCTCAAGTGAAGCTTATAACCAGGTGTGGGAAGAGTGCTACAGTCAAGTTTTGTATCTTCCCGGGCAGAGCCGCTACACCCGGGCCAACCTGGCTAGCAAAAAGGACAGAATTGAGTCGCTGGAAAAGAGGCTTGA a score=16222 s mm7.chr16_random 1008535 212 + 8975268 GATAAACAGGGGTCACATGACAACAGAAGCCAAGAGAGTAGCAAAGATGGAAAAGAAGATGAAAAATTTGCCTGGTGGTTACCAGTGTAGTGCTATGGGGCTCACGAAACAGTTGAATGACTTATGGGACTAGATTGAGCAAGCTCACTTGGAGCTATGCATTTTTTAAGAACTCATGAAACACGAAGACTCTGCTATTCCCTGTAGGCTAG s bosTau2.chr23 24199773 212 - 41602928 GATAAACAGGGGCCACATGACAACAGAAGCCAAGAGAGCCGCGAAGATGGAAAAGAAGATGAAAATTCTGCTTGGGGGTTACCAGTCTCGCGCGATGGGGCTCATGAAACAGTTGAATGACTTATGGGACCAGATTGAGCAGGCTTACTTGGAGTTACGCACTTTTGAAGAACTCAAGAAACATGAAGATTCTGCTATTCCCCGGAGGCTAG a score=18686 s mm7.chr16_random 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ATGAAACTGACAATCTGAATGAATAAAATTCTGAATAT----CTCTTTGTTATTTT----ATAGAAAGAATGGACACTAAAA-ACTGAGAAACTGACACTTGATTAATTGTTCCTTTTTTAATCTCCATATCAATAAGTGCAATTTTTCTTAAAGCAAAGTTGTCAATGACTGTTTTGCTAACAGATGCAGTGTTGTCCAG-TTTATGCAAGGTTGACATCTTCCCTGAATATAGCATAATATATCATTTTTCAGTCCTATTTCAATGCATATCCTTCAATGTCATGTTTTGT--CTTTGCAA-ATATTAAATACAGGTATCAGGATTTCCCTGTGTTTAGATTATAAGTAGATACATA---AATAAACTCAATATTAATATTATA--TTGTGAGTTAAAAAC----TAATCGTTTGATCACAATTTGAGGGATACCAAATTCTTTAAGAAGAAATACCATAATCATTACAATATGATTTTTTTT----------TTTTAGA---CAAAAGAGGTTCAATGTTTTTAGTACACCTCAAAAAATTACTTAACTCATCAGTAACAAGGTTAACATTTAAGGGTACATAATTTGTCTTTTGAGTATGCATTGTCAGGCA-GCCACAGATACTACCAAAATATGTTCCCCTAACAGTAAATTCTCATCATGATTGCCACTATTGATCTGTAGAGTCCGTAACTGAATCTGTCCATGGGATTCAGCACCATTTATCTTGATATTATGTATCCCCATCCTCCTGCCTGAACCCATTAAACTGTCATCTGTGGGTTTACATCATTTTTACTTGAGGGACTTAGTGAAACTTTGCACTTTTCTTGTTTTCTAAAACACTTCTATGTCCAGACTACCACATCAGGAAAATTCCACTGTTCCTAGGTAATACCTGTTTTTTCCTGTTTCTAAGAAAGCAAGCCATAATGTTTCTAATTTTAAGAAAAACCATCATCTCTG-ATATAACTTGTCTGTCAGAGTGGTGGAT--TTACTTTTATATCTTTACAT s bosTau2.chr12 13504499 992 - 48608624 ATGAAATTAAC---TTGAGGGAATAAAACTCTGAATATGTTATTATTTATTATTTTCAATGAAGAAAGAA-GAACATTCAATTATCTTGACACTGACTTTTGATTAATTGCATTTTTACCAATCCCCATAAGAAAAAATGAAATTTT-CTTATAGTAAAGATGTCAGTGATTGTTTTCCTAACTGATGCAATGGTGTCCAAATTCTTACAGTCCTGACACCCTCTCTGAAAACAACACAATGTATCATTTTTCAATTTGACTCGAATAGGAATCCTTCAATGTTATTTTTTTTTGCTTTGGAATGTGCTAAATCGAGGTG---AAACTTTTTTATTTCCTAATCTATATTGAACTCACATTTAAAAGAGTAAAGATTAATATTAGACTTTCTGATTGAAATGCAGTTTAACCTTTGTGTCATGTTTTGAAACATACTAAAGTCTTCAGGTAGAACTGATATAA------CTATATATTTTTATTCAGCCTAATAATTTTAAAAAGTAAAAATAGTCT----TTTTTAGTGCATTTCAAGAAAATTCTAAAATCATCAATGACAAGGTTAACATTTCAGGGCATTCAATCTATCTTTTGAATATGCATTGTCAGACAAGCCCTAGATACCACCAAAATATGTTTCCCCAACAGTAAATCATCATCATGATTGCCGTTATTGATCTGTAGAGTCAGTAACTGAATCTATCCATGGGATTCAACATCATCTATCTTGATATTATATAGCCCCATCCTGCTGCCTAAACCCATTAAACTGTCATCTGTGGGTTTACATCATTTTTATTTGAGGGGCCTAGTGAAACTTTGCACTTTACTTGTTTTCTAAAACACTTCTAAGACCAAACTATCTCATCAGGAAAATTTCATTGTTTCCTGTTAATA----------TCTGTTACCAAGATTGGAGGTCTTAATAACTTTTAGTGGGAGTATAACTATTATCACTGAACATAGCATGGC-ATATGTATCGTGCATGCTTATTATCATGTCTACACAT 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TTAATACAGTGAATTTCCATTTGTATATTTA-GTGCCAAATTT------AGAGAGTTATATTCAAACAGTT-----------TTCA---TGAGAGGAAGTTTGCCAGAAT-CATGATTTTCTGACCTTCTGTAAGTGCACTTTTGTTA---TTATCCTTAAAA----TATACCATTCTGTGTACAAAGAATACATGTAGCTCATCTTTTACAAATTATCACTTCCTATAATATGGAGTTTAAATGGGGTTAATCAGAAGCAAATTGTATTTGCAAACAGACAGAATAAGACTTGAACAGGAAGCAATAAAATGCTAAGCTTTGAAATTAGTCTTTGAAAAATCAGTGCATGAAAATTGTGGAGTGGGACATTAATTATGCAAACACAACAGTAAGGAAATGGATTATTTTACAGAAAAGTAGAACTGCATTTTAAAGATGG---CCTAGAGAGCTGAAGAAAGGAGCTCATATTATATTGCCAAAGAAGTCAGAAGGGAAATAATTCTTTTGCCTTTATTGCTTTTGACAATAACTGGatatttaaattatattaattaataaattGTATCAGTCTTTGAAATCAGGT-TCTATTTTA--TGCCtttttaaaactaaatgtaatttctaaaattatttaaacatttaaacaaataagcattaaacaaaataaaaaacattttttaaattcacatttgttttatattttattttaaaaaataCTTTGACAGATACTATGTGAATTTTGAAGGAAATCTTTAAAGTAGCA------------TCCCAAATAG-------------CATA---CACATGTAATGCTACAAAAAACTGTCATTGCATTTCAATTTAAATAAGTTTACAACTGTTCATTTTGTATATAATTTACGAAATGAG-AATCAGTTTTAGCTGTTATTTGTCCA--GAGAAATAAATTCACACTGATAAACATATT-TAA-----AATGGATAT---TGGGCACAA-TTTCAGGACAGGACTGACTGGCTTGTGTAAGGTTAGGATTAAAAACAAAaactat s bosTau2.chr12 13509985 1004 - 48608624 ttaatacaaagaatttatatgtgaaaattaatatggagaatttctagccacagagacatactccaatgcttagctatgcaagttcaacttgaaagtaaggtcataagaattcacatttattttaccttct-tcagtgcatcttttttggctccaacctcaaaagtattatataattctTTTTGCAAGAGCCGTATGCAATTTTTCTTTTATCAGCTATCATTCCCCCTTATGTGAAGCTTTAATGAGGTTAATCAAAAGCAAAATATATTTACAAACAGCCAAAATTAGCTTTGAAAAGTGTACAGTGAAATGCTAAGCTTTGAAATCATCCTTTG-AAACTCTGTGCATGGAAATTGTAGAGTAGGCCATTCATTATGAAACCACAAAACTAAAGAAATGGAACCTTCCAAAGAAAAGTAGATTCAAATTTCAAAAGAGAATTCTTGGAGAACTGACAAAAGACGCTCATCTTATGTTGCCAAAGACTTCAAAAGAGAAAT-GTTTTATTTCCTTGATTGTTTCCATCAAGAATTAGATACTCATTCTGAATTAATGAATCAATAATGTCAACCTTTACTACCATTTAGCCATTTTAAGTGCTTTTTGTAGAAGAAAAATAGCTTCAGAAGT----------TTTTAATAAATA-----TAATTGAACTGATGatatattttttaatttaaatttatttattatttt---------tgtatgttaatatatttCATGGAAAATTTGTGAGAAAAC-ACAAAATAATACTATAATAGATTTCTTAGATTGTTATGAATCTTCACATATCTTATATATAAGACTTTTCTTAACCATTTGTACATGCTAATTCATGTAAAATAATAATTTGAAAATT--AAAATGCTTTTCAAAATGAATAATAAA--------GATGCTTGACCAATAAGGAGAAAAAATATACTGACAAATCTGCTGTAACAGCTAATGAATATAACAAAGAACAACTTTAAAGAAATCCCTGACAAATTTGTATAAATTCAGCCTCAAAAACAAAAActat 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bosTau2.chr1 94922791 326 + 102834029 AAAAAGATCAAGTTACTAGAAAAAGGCATGAGTGGGAATGTCTTTTGGCAGGTGACCAATCATTTGGAACCTGCTTTGCAAACTGCTTCACTA-----CCAGTGCTTACTCTTGCTTCTTTCTTTACTTTATAAA-GTTCATGGCTGTCTATTCCTCACGCCAGAACCTAATGTCCAGATGTGCAGTTGGGGGTACATCTTTAGATCAAACCCCATCCTTGTCACATGGAAAGCTATCTTCTTGTGGGCCCCTTGGTGGGATTTTGGGATGCTCCAAGAGTTGGGTGAGTGATGATGGTTCGTAATTCAAAGATGGATGGTTTATTAATACC a score=29603 s mm7.chr16_random 1087020 709 + 8975268 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aacagtaaatgctct--------taacctctgaatcctccccccagcccTGACATTACATTCTTAATATATCCTCAAATTTACTATTTTCCTGAGCCCTGGTTATGCCTGGCCGTGCTGGTAGTAGGGCACTTAAGTCATGTGCAGTCACAAGGGTCCCTCTGCAATAGTGTCAGTACTCTTTGGCCTCCCATGTTTGCTCTATGTGTTTGTTCACAGACAGCGACCTCAGGAGGAGCATTCACCTGAGGAGAGTGAACGGAGAGCTCTTCTGCTGAAGAGGTGGGCACTGTTTAAGCAGCAGGAGCATGAGATGGAGAGGGACGCCATCAGATCCATGCTAGAAGCCCAGCAGGAAGCCCTGGAGGAGCTGAAACTTGAATCTGCAGAGCTCTATGCCGAGGCCATAAAGCGGGATACCAGCCTATTCCCCTTCGAGAAAGAAGGGCCACATTACACACCACCTATCTCTAACTACCAGGCCCCTGAAGGCAGGTACAATGATATCACCAAGGTGTACACACAAGTAGAATTCAAAAGATAAGAGAC-TGAAAACTGCTGTCCTGGGAACATGCTGGCC s bosTau2.chr17 43861033 522 + 45915461 AACGGCACGGGCTCCCGGTGGTGTTGCCGCCGCATCCACCGTCCCACCC------------CTTAGTTTGTCC---------CTGTGTTCC------------ACGCGTGTCTCTAGTGG-----GGACACTCGGGTCCCGTGCAGTCGGCCGG------------CGAGGTTTGTGCCTCCAGGCCACACCC-TTGGCTCTGTGTGTC----CCCAGGCAGCGGCCGCCGGTGGAGCTCCCCTTTGAGGAGAGCGAACGGAGAGCCCTGCTCCTGAAGAAGTGGTCGCTGTACAAGCAGCGCGAGCATGAGCTGGAGAGGGCCGCCATCGCATCCCTGCTTGAGGCCCAGCGGGAAGCTCTGCAGGAGCTGGAGCTCACGGCCCCGGAGCTCCACGCTGAGGCCACCAAGCGGGACTCGAGTCTGTTTCCTTTCGAGAGACAAGGGCCAGACTACACACCGCCCATCGCCAACTACCAGCCCCCAGAAGGCAGGTACCAAGACATCACCAAGGTGTACACACAGGTGGAGTTCAAGAGGT---AGACATGCGGGTAGCCACCCTCGGGACACACCGCCC a score=2330 s mm7.chr16_random 3200081 51 + 8975268 TGGCTTTAATTTTCAGGTTGCTTTTGGAATCAAACATGTGAAGCAGCTTTT s bosTau2.chr17 43864086 51 + 45915461 TGGATGTAATTTACAGTCTCTATTTAGAATCAAACCTGTGAAATGTCTTTT a score=8011 s mm7.chr16_random 3200916 259 + 8975268 GGCAGCAGGCAATTAGGGCTGGAAATGCTTTGCTCTGTGTTCCAGGTCAAGTAAGAGCCAGTCAAAGTCTAGGTCAAGGGTAGGGTTGCAGTTGCTTATCACTTGTCCTTCTCCTGTGGTAGAGGGAGGTTCCAGTCCGTAGGGGGCCTTTGCCTCAAGGCCCATACCAAGGTGTGCTTCTGAGCAGCCTGGACCCGAACCTGCTCGCTCTCACAGAGGGATCGCTGTACAAATGAGACTTGGTCACTTACTGTTTCAC s bosTau2.chr17 43864439 244 + 45915461 GGCAG--GGCAGGCGAGGCTGGAGGTGAGG-GCTCCGTGTCCCACGCTAGGCGGAAGCTCCCAGGGGCCTCTGG-ACTGTTTGGGTCG---------GTCACCCGTCCTTGTCCTCAGGCAGAGGGAGGTGCCAGTCTTCTGGGGGGCTCTGCCTGGGTGCCCACACCAGGCCGTGCTTACGTGCAGCCCGAACTCTGGCCCGCTCGCTCTCACACAGGGACCGCTG--CAAAGGAGACTGGGTCACGGGCAGCCCCAC a score=16383 s mm7.chr16_random 3203342 340 + 8975268 CACCCAGCCCGCACCTGGGCCTCGGCGCTGCGGCTCTCCTCCCACTCGCGGCAGTTAGTCAGGTCGCGGAGCCACTGCCTGCAATCCGGCCGCTTGCCGTGGACGTAGTAGTGGTGTAGGACGTGCCCGACGCTGCGGCAGAGCTCCCACTCGGCGCGGTAGACCTCGCACGGCCGGGGAGGCTGCGGGGAGAGACAGCGGAGAGCG----------CGGGCAGCCCCCAG--GGCCTGATCCCACC--CAG--------CCCAGGAGCCCAGGAGCCAAGCACACTCACCTGCCAGCTCCCTGCGACCGCCATGTCCAG----------------------------GCCCCGTGTGACTGACAGGGACATGAACCAATGAGCTCCAAG s bosTau2.chr17 43866063 389 + 45915461 CACCTGGCCT-CACCTGGGCTTCGGCGCTGCGGCGCTCCTCCCACTCGCGGCAGCTGGCCAGGTCGCGCCGCCACTGCCCGCAGGCCGGCCGCTCGCCGTGGACGTAGTAGTGGCGCAGGAAGTGCCCGGCGCTGCGGCAAAGCTCCCACTCGGCGCGGTAGGCCTCGCACGGGCGCggcggctgcgggggcgggcacgggggcgtgagcgggggACCAGGTGCCCGCCCGCCCGCCCGCTCCGACCGGCAGACTCGGGTCCCCGGGCCCCCAGAGCCCACGGAGCTTACCCGCCAGCCTTCACCTTCCGCCATGTTCAGGAACCGCCGGACCCACCTCCTGAGGCCCGCGCCGCAGGACTGACGGGCAGAGGGACCAATGAGCGGCGAG a score=4815 s mm7.chr16_random 3204954 154 + 8975268 TACCATATCAAAC---TAGAGGCGA-----GTTTTAATCA---------GTTTATTT--AATTCTTCAATAAGAATTATTCTCAGGGAACAAAT--TTTAAATAGCTGGATCAGCATGTCAAAAGACCTTACATCATACAAAGTGCAGATCTGAAGACAA-----------TAAAACAGTAAGAAA s bosTau2.chr17 43867440 181 + 45915461 TACCTAATCAGACGCTTAGAGGCAATTCAGGTTTTGGTCACTGCCTGCTTTTTATTTTAAATTCATAATTGAAAATTATTTTCAAGGAACAAGAGATTAAAATA-----ATCAACATGTCAAAAGAGCTCTTATTATATAAAGTGGAGACCTGAAACTAAATTAATACTAGTAAAACAAAAAAAAA a score=5056 s mm7.chr16_random 3205731 242 + 8975268 CTCTCTCCCCCAGATCAAGCAC-----ACAACCTCCAAGTTCTGCTGCTTTGTATCCAGGACAAGCTTGATAGTTCTCAGGTAACTTTAAACAAACCATAAATAACAGA----GTATCTCTGAACTTGTCAGAGCCAGTAACTGTAAGCCAGGTGCAATCGGATCTTTTATTTTCCAGTCAGCCAACAGTTTTAGACTTAGGGCTTTCTTCCCTTCTTACGCAGTGACTGTCCTTCTCCAGAGAAAGCAAT s bosTau2.chr3 40491887 231 - 85360813 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TTCTACAGAGTAATCAGCCCATTAGGAACAGCAGGGCCACAAGAAGGGGCATAAATATCACAGAAGCATCATATTTTGAATGGTAGAAA--CACTAGTCATCACTAGTAAGTAAATCCT---ATGACCAATGAAATTAACTTACCTCTTCAACCTTTTTGACCAATGGACGTGAATTTCTGATGAAAGTGATCTTACCAAGCTTAAATTCGTAATTAGGAATTCCTCTGTGAAAATTACAGACAAGGAGAAAGGTTAGTTCCAAGGA---GGACTAAGATTTGCTTCTGACAATCAAGAGGAAGGTAGGAAGAGACAGCAGTGCCTTTTTGATAATTGTCTGGTATACACTGCTTTGCCCTCTATGTACCTGCTAGGAGGGAACACAA-------AGTAAAAACACTGGTCATGGGGTAGGAACTGTGGG-----TACTGGC-----CTAGCCT-----------TAGACTCCTTCTGAAAGTGCTCCAATGCAT-CCTATCTCCTGTTCTCTTCCTGGTCACACATAGACAACTAACACATCCCCACTCCTACCA-GGTAGCCACCAAAA--GAGAGTCCACCGTGAATCCCTGGACAGAT s bosTau2.chr17 43870725 564 + 45915461 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bosTau2.chr17 43872299 110 + 45915461 CGGGTGCACAGAGCTGAGGAGGGATGCGGGGAT-CGACTCACGGCTGACTCCTCGTGCTGGGCCTGCCTCTCCGGCTCCTTGTAGCCCAGGGGAGCGTCGAAGTCCACCTG a score=6627 s mm7.chr16_random 3215164 159 + 8975268 GTTACTCACATTCATGTCACATTCAATAATGGATACAGCCTTGTCAGGTTTGGTCTCCATCACCCGCAGCTCATAGATCTGCAAAAAGAACAGGAAAATGAAGTAGTAAGGG-CTGGCAACACGGGCAGCATCACACCAGCATCAAACCTTCCAGCACTG s bosTau2.chr17 43873140 150 + 45915461 GCCACTCACGTTCATGTCGCACTCGATGATGGACACGGCCTTGTCTGGCTTGGTCTCCATCACCCGCAGCTCATAGATCTG--------GCGGGAGA--GAAGGGGTTGGTTCCTGGCAGCTCTGGGCCCGTCACACTTGTGTCGGCACTCCCGGCCCCG a score=7397 s mm7.chr16_random 3216927 122 + 8975268 CACCCACCTTCTCATTGTAGTTGATAGCAATCACATCTCCAGTCGTCAGACAGGCGAAGTTTCTCAATGCATTTTCTAATCTGC--ATACAAGTTGTCAAGG-TAACAGGACAAGCTGCATGCCT s bosTau2.chr17 43874845 125 + 45915461 CACGCACCTTCTCATTGTAATTGATGGCAATCACATCCCCAGTGGTCAGACAGGCGAAGTTTCTCAAGGCGTTTTCTAATCTGTAGACACACACGGTCAAGGCCAACAGAGCAAGATGGAGTCCT a score=10644 s mm7.chr16_random 3219048 154 + 8975268 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GCTATTGCTTTGAAGACAGC-CTTGAATCACCCCGTGAATTGTCCTTGGCTTCCTAGAATTACAGGACAGGCCCAATAGTCTCTCAAATCCAGGCTTTTCTGTTAGAAATGAGGCCTTAACCA------GATTTGTTTCTCAAATATGGATACTTTCatttataatcttttaaaaaataaaataaCAGATACCTAGTGGTTGTATAAAAC-TTTCAT---GGAAAGAAA---TATGAACAGAAACTGAGTTATCCATAATTTCTATT s bosTau2.chr17 43887407 252 + 45915461 GTTAGCGCCTCTTGGCCGGCGCCTGCGCCCCTCCGT---TTCGCTTCTGGTCCCGCGAGGGCCAGGCCGGTCCCCA-GGTCGCCCAAACACA---CTGTCCATTGGGGGTGATGCCCTGGTCCTTTGGTGTCCTAATTTCTAAGTATAGATCCTTCTGTTTACAAACTCTCACAA--------ATCGGATAGATGGCAATTGTGTGAAACATCTCGTAGGGAAAAGAAAGTGTATAAAAGAAACTTAAGTTACCCAGACTTCCTTTT a score=7547 s mm7.chr16_random 3238305 297 + 8975268 TTTTAGCCTTTTTCAAAAAGTTTATCTTCTTGTCCTGCTGCTTTCAGTTAAAGATAC--CATTTTGTGTTGTTACAGGAAAGACATCCTCTTTGACTACGAGCAGTATGAATATTATGGGACATCGGTAAGTATGAACAGATCTGACACACTGTAAAGTTTTCACTCCAGGGATCAGTGTCCTACAATAAGAGAGAACAAAGGTTTCACAGCCAGAAAATCCTGTTGCTCGTCAGAGGTGCCTTTGGGTGGGCAGTGCAACCTCTGCGCTGTCCCCCTACTCCTCTGGAAACTGAGTGA s bosTau2.chr17 43887694 267 + 45915461 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GCCCGCCAGCCGAGGCCACCTGCCCCTCTGCAGCTATTGTTCTGCCTTCCCAGGGGAAGCGCGGCAGG-CCTCATCAG--CTGTGTGGGGGAGGCCTGAGTCGGCAGAAG---TCAGTTTATCTCGAGCAGCTGCCAGCTGACCCTGCACCGCAGCAACC--GTGACCTTCCAGGGACAATCTAAATTTAGGCTCCAGATATCAGAGGACTGGGCTGTGGGAAGCCCCGAGTTAAGGGATTTTGTTCT---GGGAGCAGGGGGAAGTGAGAAA-----------------TAACACGTCTTCTGGCTTTGAA---ACAGTTAAGGATGTTTTCCTCAGG a score=2735 s mm7.chr16_random 3286884 55 + 8975268 CACCCTTGTGCCCTGGCTCATTATTCCCAGGGTAACAGGAAAAAGCCCATTAAAC s bosTau2.chr17 43910970 54 + 45915461 CGCCTCCGTGTCCCG-CTCGTAAATCGCAGGGCAACAGGAAAAAGCCTATTACAC a score=8637 s mm7.chr16_random 3288804 584 + 8975268 GCTGGGAGAGGGCGGTGCTGTGAGAAGGT-------GGGAGGTGG-GAGGCAGTGTGGAGG-CCTTGGAAGCTTCCTCATCTGCAGCCGTGGAAAGCACGTGAGCAGAGGGTGTGCAGGCCCTGA-CCCATGTCAGATGTGCGCGTCAGTGAAGTCACTAGATCAGGAACCGGACAGGAACTG-------------GAATGTTGGAAGAAGGAGGTCAAAGTCAGACTTCCAGGAATAATTAGGGCCCGAAGGAACCTTGAGCGTGGAGGGGACAG--AGAAGGAAGCGGAGTTTCATAGAGACTTCAGAGATCACCGTTGCCAGGCTCCGGTGGCTCC------------------------------AGGTTAAAGTGGTGTCTGGGAC-AAACACCTGCTGC----AGTCATTAAGACAGTTGCGTGCCTT-TTGGGAGCAGATCTGGCACCAGGCACACG--CA-TCAAAGATCTAGAAAGGTCTAGCCTAC-GGTGTTTGTAGTTGAGTAGGATAGGTGAGCACATACATGGATTTTATCTTTCGTGAACAGAATTCTAGGTATCTTCTATCTTTCCTTAAGACAGAGGGTAG-----------AGAAGGAGGGGGCCCTGAGCATCAGGGAAATGGGAA-CCTCAAGCACAGAGG s bosTau2.chr17 43911896 626 + 45915461 GCCGGTCGTGTGGGGAGCAGTGGGCAGGCCTACACGGGGAGGTGGCGAGAGGGCGTGCAGGGCCTCGGAAGCTCC------TGTGGGTGGGAAAAGCT-----GCCGAGGGTCCTCGGGCATGGAACTCACGTCAGACGTGTGCTTCAGTAGC----CTACCTCAGGAACCAGACAGGAAGTGTAATTGTACAAGGGGATGTTGGAGGAAGGAAGCCAGCCTCATAGTCCCGGGAGTGATGAGGGCTCGAG-----CCTGGGCGGGGGGTGTGGAGGCAGATGCAAACAG-GATTCAGAGAGATTGTGGGGATGATAATGGTCAGGTTTCAGCGCCGcccgcccccccccccccccccccccAAAGCTGAGCCTAGGATGACATCTGGGCCTGGACAATCGGGGCACTGAGTCACGAAGACA--TGTGAGCTGTACCGAGTACAGACCTCGTGCCAGGCACTCGGCCACTGAGAGTTCTAGTC---TCTACCCTCCAGGCGTTTGTAGTTGGATGG---AGATGAGTGTATCT-----TTATGCATGTGGCATGGAGCATTCCAGGTGT-TTCTGCCTGAGCCTGTGATGGAGGCAAGGAGGGCTTCCTGGGAGGATGCAGGCCCAAGCTTCAGCGAAGCTAGAATTCCCAGGCACTGTGG a score=11026 s mm7.chr16_random 3293495 321 + 8975268 CTTCGCCTTAGTTCTC----GTCTGCGTCATGAGTTTGGGCCGCGC---CAGCCTTGACTGTT-AGCTCCTGTAAGAT-GGACTTTCCTGTTTTTGTCATTCTCCAGTGATGGCGTAGACAC--TTCGTGTAGGGGAGAAAAA-TACCCAAGAAGGAAGCTCCCAAGGAGGTTACCAGTTGCACAGTTCAGCCAAGTGGGTGACTCGGTGGGATGCATCTCTTTGTGTTTGCGTGGCTGGGAAAGGG---------GGACTG---------------GGCCCAAGGCCAAATCACTTTAGCACCTGAAC-CTGAGGCAGTTCCTAC---------GCTGTGGCTTGCTGCGTCCAGGATGGCCAGAC s bosTau2.chr17 43913896 367 + 45915461 CTTCGCTTGTATCCTCTGGGGTCCCAGTTTCAAGTCTGGGCCCTGTGTTCAGCCACGGCTGCTCAGGCCCTGCAGGACCGGGCTTTCCTGTTTTCGTCATTCCCCCTTTACTCTGTGGGCGCCCTTTGTGTAGGGGAGAAAAAATACCCATGAAGGAAGCTCCCCGGAGGGTGAGCAGGTGCGCAGGTCAGCCAAGTAGGCGACTCGATGGGGTGCGTCTCTTTGTGTTCGTCCGGGTCGGGAAGGGTGTGACGGTGTGCTGTGCTCAGAGCGATGTGGCTCACAGCCAAATAACTTTACCACCTGAGCGGCGAGGCAGCCCTGCCGGGGGTCCAGCCGCGGCCTCCGGGACTCAGAGCAGGCAGGC a score=5059 s mm7.chr16_random 3310780 272 + 8975268 GTGTGCAAGCCTTTCTACCCCCTGGGCTGCCTGAGCTTTGCTGCCCTCTGGTAGGACCACAGGAAGCCTGCCAAGTAAGCCTTT----------GCTGTCATGGGACCTGGTGGAGCACTTCCTAGTCCT----TGTTAT--CCGTGTGCTGAGCTGGAAAAGTGC-AAGGCACTGGCA-TGACTCAGTTTCTCTTCAACTTGATTGTTAGTTATAAAAGGCTTGCAATGGC--CGCTCACAAGTCTTGGGGCACGAGTAGGAAAACCTGACACTCATTTCCCCTCTGTCCT s bosTau2.chr17 43916055 270 + 45915461 GTGTGCAGTCCTTTGCAGTTCC-------CCCGAGTTC-----CCGCCTGGCA----CACAGGAAGTCTGCCAGGAAAAACTCTGCCCTCGCCCGCCCTCGTGGGAGCTGGCGGGTCACTTCCTTGTTCTTTCCTATTATTATTGTTTGTTAAGTTTGAATGGTGCTGATGACCGGGCATTAAGGTAGTTTCTCTAAAACATCCTTTTTAATTATTAAAGGTTTATTACAGCAACATCTAAAAAAC----AACAACAGAAAGAGACCCT--CACTCATATTCCCTCCATCCT a score=13890 s mm7.chr16_random 3319027 633 + 8975268 AAGTACAGATTTATATTTGAAAGAGGAAAAA-----AAGGTTGATTCCACATTTATTTGAACAACTTGCCCTCTGACTTAAAGGAAGCACA----TATTTCCGAACAATTTTGAGCAGGGCTGTGCTGTCCGAGGCTCCTGCTTGGGAGGCCTTCAAGTGCACGTGGG-AGGCCGGTATTTGTTTGCTTTGGGCTTATAAAAAGAC-AGTCCCATCATTTCCAAGTCACCTGTTATTTTTGGTCCCCTGTGTCTTTTGTAATATTCCCTAAATAAGAGGAAACATGGCCTCCAGTTATGTTTAATTTCATTTAAACAAATCAAAGCAGAGACTTC-ATTTCCTGCCC-TGCAATAGGGGA-CGGCAGGCAGCTTCAAAGGGCTGA------GCTGTT--GTGTTTGTGGGCAAGCTGGCTTCTGTTGTATTAGATTATAAACAGTTCAAAGTAGAGCATTGTGCAGAAGCAAACGGAATGTTT---GAGATCTTTCTCCCAACAAGCGG---------CAGGGAGC-TTTGCATTTGCCCCGTGTTGATTTGTA----AAGTGTTAATGTGTACAGAATATATA-TCATGTAAAGCCATAGAGCTT-CCATTCATGTTCGCTACAGCATGGCTGAACTTGTTCCCTGGCATGTTTATCACAGACGTCGGGCAGT s bosTau2.chr17 43919077 657 + 45915461 AATCATAGGCTTGAATTTACAAGGAAAAAGACTCTGAACCTTGAGGCC-TATCCTTCTGGATGACTTCCTCTTCCACCCGAAAGAAGCACGGAGTTATTTCCAAGTTATTTTGAACAGGGC-GACCTCTTTAAAAT--CTGCATACACAGCGTCTTGGGATGTGTGGTCAGGGAGGCACTGGGGGATTTTCTGCTGACAAACAGACTGGCTCCCGCTTTTCAAAGTCACCTGGTATTTTTGATCGTCTGTACCTTTTGTAACTTCCTCTGAATAAGAGGAAATATGGTTGCCAGTTGTGTTTAATTTATTTTAAACAAATCAAAGCACTGATTTCTGCTTCCTGCCTGTGTAATACTTGAGCTGCAGGCGGCTTCAAAGGGCAGAGGGAGTGTTGTTGAGTGATTGTGGG----------TCTGTTGTATTATAGCATAAACAGTTCAAAGC-TCTCATTGTATAGGGCCAAGGGCGCAGCCCAGAGATACCGCTTTCTAGGCGGGTGGGGAGAGCTCCAGGGGACATTTTGATTGGCCCTGTGCTAGTTAGTAGATTAAATTTGGATTTTGCTAGAATATATATTTATGCAGAGACTCGGAGTTTGTTGTTCCTGTTTTCTCTAGCCCTGCACAAC--ATTTTGTGAAACCTTTATCTCCAATCCCAGGTTGT a score=7989 s mm7.chr16_random 3321946 260 + 8975268 AGGTCCGGCCAACAGGAAGT----GTGCTGGAGGCCACCCCAGCTCTTATCTTCTGTTCATCTTTGCCGGGTTGCTGTGAGAGTTACAATTGCTTGTTTCTGCTTCTTTGGAAGTGCTGATAAGAT-GGAACAGAATAAATCAAAT-CAAACTTGCACATTTCCTGGCTAGGGAAGCAAAAG-CCAAGGATGGCCTTGGAAGGGCTCCCAGATTTTTATTTTTCTACTTCTTCAGATTTTATTTTTTCCCCTAGGTAAATTTTCCTT s bosTau2.chr17 43920364 241 + 45915461 AGACCCGGCCCACAGGAAGCCCTGGTGCTGGG---CCCGCCAGCCCCTGCCCCTTGGCC----CTGCGG------TGTGAGAGCTCCAGTGCTCTGTTCGCACTTCTTGGGAAGTGCTGATAAGACAGGAACAAAATAAATCAAGCGCAAAGTTACATGTTTCCTGGCTGAGGAAGCAAAAATCCAAGTGTGGCCTTGGACGTCCTCCTGGA------------CACGACATTAACATTT-TTTTTTCCCCACGGTGACTTTTTCTT a score=32034 s mm7.chr16_random 3334711 1078 + 8975268 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s bosTau2.chr17 43928422 1018 + 45915461 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a score=1906 s mm7.chr16_random 3357973 32 + 8975268 GGACCATGTGGGCTTCTTCTTCTTCGGGAAAA s bosTau2.chr25 3079199 32 + 41414979 GGGCTAGGTCGGTCTCTTCTTCTTCGTGAAAA a score=15936 s mm7.chr16_random 3358005 271 + 8975268 CACCAAATGGCGGATGACGCAGGTGCAGCGGGAGGGCCCGGAGGACCCGTAGGCCCAGGATTAGGAGGCCGCGGCGGCTTCCGCGGAGGATTCGGCAGCGGTCTA-GGGGCCGCGGTCGTGGCCCGAGGCCGTGGCCGTGGTCGAGGCCGCGGGGCTCGTGGAGGTAAAGCTGAAGACAAGGAG------------------------------------------------------------------------------------TGGATCCCCGTTACCAAGCTGGGCCGCCTTGTTAAGGACATGAAGATCAAGTCCTTGGAGGAGATCTACCTGTTCTCCCTGCCTATTA s bosTau2.chr25 3079394 355 + 41414979 CAGCAAATGGCGGATGACGCCGGTGCTGCGGGAGGGCCCGGAGGCCCCGGGGGCCCCGGAATGGGAGGCCGCGGTGGCTTCCGCGGAGGCTTCGGTAGTGGCGTccggggccggggtcgcggcc-ggggtcggggccggggcAGAGGCCGCGGAGCTCGCGGAGGCAAGGCCGAGGACAAGGAGGTAGGTCTGAGCTGTGCGCGTGAGGCGGGCCCTTAGAAGCACCGGGGAGGAGGCCCTGGTCACCTGCGCCTTTTTCTTTCGCAGTGGCTCCCCGTTACCAAGCTGGGCCGCCTGGTCAAGGACATGAAGATCAAGTCTCTTGAGGAGATCTACCTTTTCTCTCTGCCTATCA a score=8511 s mm7.chr16_random 3358276 111 + 8975268 AGGAGTCTGAGATCATTGACTTCTTCCTGGGTGCGTCCCTAAAGGATGAGGTTCTGAAAATCATGCCAGTGCAGAAGCAGACTAGGACTGGCCAGCGGACCAGGTTCAAGG s bosTau2.chr25 3080096 111 + 41414979 AGGAGTCTGAGATTATTGACTTTTTCCTGGGAGCATCCCTGAAGGATGAGGTTTTGAAGATTATGCCCGTGCAAAAGCAGACCCGTGCTGGCCAGCGGACCAGGTTCAAGG a score=22594 s mm7.chr16_random 3358387 333 + 8975268 CTTTCGTCGCTATTGGGGACTACAATGGTCACATTGGTCTTGGTGTTAAGTGCTCCAAGGAGGTTGCCACTGCCATCCGAGGGGCCATCATCTTGGCCAAGCTTTCCATCGTCCCTGTGCGGAGAGGCTACTGGGGGAACAAGATTGGCAAGCCCCCACACTGTTCCATGCAAGGT--------------------------------------------------------------------------------------GACAGGCCGCTGTGGCTCTGTGCTGGTGCGTCTCATCCCTGTCCCCAGAGGCACTGGCATTGTCTCTGCTCCTGTGCCCAAGAAGCTCCTGATGATGGCTGGTATAGATGACTGCTACACTTCAGCCAGAGGCTGCACTGCCACCCTGGGCAACTTT s bosTau2.chr25 3080463 418 + 41414979 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GCCAAGGCCACTTTTGATGCCATTTCCAAGACCTATAGTTACCTCACCCCTGACCTCTGGAAAGAGACGGTGTTCACCAAGTCTCCATATCAGGTACTGACCACCCCCACCCTGTTGAAGAGCAGAGGGGAGTACTCTGTCTAGCTGCACAACTAAAAGTGTCTTGTTTTTCTAGGAATTCACTGACCATCTTGTGAAGACCCACACCAGAGTCTCCGTGCAGAGGACACAGGCCCCAGCTGTAGCCACCACATAA----TTTTATAAAGGGAATAATAAAGTGAATGAAACCAGTTT a score=1368 s mm7.chr16_random 3358959 111 + 8975268 ggcagtgagtagttagttcactctggtctcccggtgggtcacacgtgctctgcacctgcccaaaagctatagattcacgaatgaaacacacacatacacacacacacacac s bosTau2.chr21 20687905 80 - 49724630 GACAGCCAGCAATT--TTGACCCACACCCTGCTATGAGTTTCTCTCTCTCT-cac----------------------------acacacacacacacacacacacacacac a score=9822 s mm7.chr16_random 3408124 185 + 8975268 ttttttttttttttttttCTGAAAAGTG---AGCTATTTGTAGCCCCAGTTGCTTGAACAGATTTTTCTTGACATAGCTTATTTTTTTCACTCATTAACTTCTTTTCCTTATGAATTAAAAAAAAAAAGTAGCATTTCCCCCACGCAGAAGTCTTCTGTTTACTTCTCTTTGTACTACAGCCAGCTCT s bosTau2.chr17 1550050 181 - 45915461 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TGGCGACCCCAGGTGAGCCCGGcgcccgcccgcccgcgcgcgcgcgcgcctttgtcccctccgaccgcgcgcctctcatcgcgtgtctcggtctctctcccgcccgccggccgg-----cccTGGAccccgacccgacccccgacc-cgacccGCACC-CGCAGAGGACAAGCAGGTACGCGTGCGCCGCCGCTCACTCGG-------------CCCGCAGTCACCCATTGTGCCAACAAccc--gcggcgccccggcgcgaccccgcccccgcccgccgTCATCCCGCCCTGTCGCGATAGCCGATCGTC---------AGCCCGGGTGCTGCCGGG----CGGAGG--------CGGCGCCGTGCCGGGGTCCTGGATCCTGACCCTGGCTTGC-GCGGCGTGGGCCCCTCCCCG---ATGGGGGATGGGCCGGGTGCCCCCTCCCACTGGTCCAGCGCCGGCCTCTCCTTGTTGAACTGGCCCGA-GACCGCGTGCTGGGGGTCCTGAGGGAGCCCCTGGTCATGGAAGGCCAGGGGCGGGGGGAGGGGTC a score=4079 s mm7.chr16_random 3411408 594 + 8975268 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GGCACCAGGGTGGCCTTGGCAACCCTCGTCAGGGATGGGGGTTCACACCCTGGGTGGAACCCCGCAGTATTGGCCCAG-GTGCAGCAGGCGGGCGGAGCAGC-----CTGGCAGGTGGGGCTGGGGCTGGAAGTCGAG-------GGCTGTGCCCTGGGCTGGGCGAGGCTTGTGGGGAGGGGCCTCTCATCCTCACCCTGCCAGCGAGGGGCTCCCCGGGGAGCCGGGGCCGGGAGCTGCCTGCCCGTGCT-GCGGATCGAACAATGCAGGAGATGCAGGGCCAGCCCGCCAGCCTGCCATTGTTCAGGGAGAGACAGGGG---AAGCCCCGGGAGACCAGCCCCC---CTGCTCCAGGGCCTGCAGACGCT-----------------TGGGGTCCT------------------------------------CTGCTGGGGCTCCAGCCCCGC---------------------------TAGGCCGGTGTCTGCCCCACCTGGAGCTCAGCTAGGA-CCGGCCTCA--CCCATGCCTGCCCCTGGGGCACGAGTCAGAGGCCGTGATGTG------GGTGGGGTGTAGCTTCCCCCCGGGATCGGGGCCAGGAGCCAGGCGTTTGGGGCAGGCTCCCCGTGGGTCTT a score=7862 s mm7.chr16_random 3412105 762 + 8975268 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