ID   GLYCO_HORMONE_ALPHA_3; MATRIX.
AC   PS50277;
DT   01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 23-FEB-2022 INFO UPDATE.
DE   Glycoprotein hormones alpha chain family profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4519000; R2=0.0071375; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9107.9062500; R2=8.1050358; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=988; H_SCORE=17116; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=708; H_SCORE=14846; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='P'; M=-9,-3,-35,6,19,-31,-8,-12,-27,-4,-27,-21,-8,38,0,-12,-5,-11,-30,-29,-26,7;
MA   /M: SY='E'; M=-4,8,-28,16,53,-29,-18,-2,-28,8,-19,-19,-1,-1,17,-2,1,-9,-27,-29,-20,35;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-2,-22,-4,1,-21,-17,-11,-23,22,-23,-11,1,-12,3,21,5,10,-13,-25,-11,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-29,-19,7,-29,-20,17,-29,44,17,-29,-21,-19,-20,-29,-10,7,-21,-2,-19;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-4,-30,-4,4,-30,-4,-7,-30,28,-27,-10,0,-14,12,25,-7,-12,-23,-20,-14,7;
MA   /M: SY='E'; M=-10,0,-30,7,35,-25,-21,-6,-23,10,-14,-13,-6,3,10,1,-7,-10,-23,-27,-17,22;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-4,-25,-6,0,-20,-20,-11,-20,20,-17,-8,-1,-7,1,19,-5,3,-14,-24,-11,-1;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-27,-23,-31,-24,20,-31,-16,17,-19,13,8,-21,-27,-21,-12,-18,-8,14,-8,16,-24;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30,80,-30,-20,0,-30,10,0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,0,10,30,-30;
MA   /M: SY='S'; M=8,-2,-13,-1,0,-21,-2,-11,-20,-10,-30,-20,7,0,-1,-11,35,17,-12,-39,-21,-1;
MA   /M: SY='R'; M=-13,8,-27,3,5,-25,-14,0,-26,27,-26,-12,17,-16,11,32,-4,-7,-24,-26,-13,6;
MA   /I: I=-5; MD=-28;
MA   /M: SY='P'; M=-11,-3,-29,5,0,-20,-17,-12,-12,-10,-9,-6,-10,28,-7,-15,-11,-9,-17,-27,-17,-6; D=-5;
MA   /I: I=-5; MD=-28;
MA   /M: SY='G'; M=1,-6,-19,-6,-12,-19,41,-13,-25,-13,-20,-13,1,-13,-12,-13,3,-10,-19,-15,-19,-12; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
MA   /M: SY='A'; M=18,-10,-16,-14,-8,-18,0,-13,-15,-1,-13,-9,-6,-14,-6,4,4,-3,-5,-20,-16,-8; D=-5;
MA   /I: I=-5; DM=-28;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-17,-35,-9,0,-26,-18,-16,-19,-5,-26,-17,-16,71,-7,-10,-9,-9,-26,-26,-25,-8; D=-5;
MA   /I: I=-5; DM=-28;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-30,-26,-37,-29,1,-37,-29,43,-29,22,19,-23,-23,-21,-27,-20,-9,30,-21,-1,-29;
MA   /M: SY='Y'; M=-18,-22,-28,-23,-21,29,-29,12,3,-13,6,7,-21,-29,-12,-12,-21,-10,-6,20,62,-20;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-40,-20,10,-20,10,-20,0,0,-10,60,10,0,-10,-30,-20,-10,40;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='M'; M=-5,-14,-16,-23,-17,-4,-19,-8,10,-11,8,32,-13,-17,-5,-11,-4,8,9,-25,-5,-11;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-29,-21,-38,-29,75,-30,-16,0,-28,9,0,-20,-30,-37,-19,-20,-10,-1,12,35,-29;
MA   /M: SY='S'; M=10,0,-10,0,0,-20,0,-10,-20,-10,-30,-20,10,-10,0,-10,40,20,-10,-40,-20,0;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,0,-20,-20,0,-30,30,-20,-10,0,-20,10,70,-10,-10,-20,-20,-10,0;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-3,-23,-20,-25,-15,-2,-24,-14,13,-19,28,19,-23,-24,-7,-15,-19,-8,7,-21,-4,-11;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-7,-27,-8,2,-22,-20,-3,-27,25,-20,-9,0,-17,12,50,-5,-2,-18,-21,-10,3;
MA   /M: SY='S'; M=19,-2,-10,-5,-2,-20,0,-12,-18,-10,-25,-18,5,-10,-2,-12,33,15,-8,-35,-20,-2;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-6,-29,-8,2,-24,-23,-10,-14,31,-18,2,-5,-12,8,17,-12,-10,-11,-20,-8,5;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,12,-32,-20,-5,-28,41,-28,-8,0,-10,21,25,-8,-10,-22,-20,-10,17;
MA   /M: SY='T'; M=4,-1,-10,-11,-10,-11,-18,-20,-10,-10,-10,-10,-1,-10,-10,-11,19,46,0,-29,-11,-10;
MA   /M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20,0,-20,0,20,-10,20,60,-20,-20,0,-10,-20,-10,10,-20,0,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-1,-24,-18,-27,-18,4,-25,-20,13,-25,36,13,-24,-25,-18,-19,-20,-2,8,-21,-4,-18;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-30,-15,-32,-30,0,-32,-30,35,-22,12,12,-28,-28,-28,-22,-12,-2,45,-28,-8,-30;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-17,-39,-9,3,-31,-20,-16,-20,-7,-29,-17,-17,75,0,-16,-9,-10,-30,-29,-27,-3;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-30,-26,-38,-30,0,-38,-30,46,-28,18,18,-22,-22,-22,-28,-18,-8,34,-22,-2,-30;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='S'; M=10,0,-10,0,0,-20,0,-10,-20,-10,-30,-20,10,-10,0,-10,40,20,-10,-40,-20,0;
MA   /M: SY='E'; M=-10,10,-30,20,60,-30,-20,0,-30,10,-20,-20,0,0,20,0,0,-10,-30,-30,-20,40;
MA   /M: SY='A'; M=41,-8,-10,-16,-8,-20,0,-18,-12,-10,-14,-12,-6,-10,-8,-18,16,4,-2,-24,-20,-8;
MA   /M: SY='T'; M=-2,0,-14,-8,-6,-14,-20,-18,-14,3,-14,-10,0,-10,-6,-1,13,37,-4,-28,-10,-6;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-30,0,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-30,-30,-20,-10,0,50,-30,-10,-30;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-1,-30,-1,9,-29,-20,-9,-30,48,-29,-10,0,-11,10,33,-10,-10,-20,-20,-10,9;
MA   /M: SY='E'; M=3,1,-21,2,16,-22,-13,16,-23,-4,-19,-13,2,-9,6,-6,9,0,-18,-30,-10,10;
MA   /M: SY='F'; M=-6,-18,-21,-20,-18,5,-7,-13,-3,-17,-4,-2,-14,-24,-14,-15,-5,-6,1,-13,4,-16;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,-4,-23,-7,0,-2,-23,-1,-8,-4,-9,-7,-3,-16,-3,-7,-2,9,-10,-10,17,-4;
MA   /M: SY='R'; M=-16,-4,-30,-1,16,-24,-20,-2,-30,28,-22,-12,0,-14,12,48,-8,-10,-22,-22,-12,11;
MA   /M: SY='V'; M=4,-21,-12,-25,-23,-4,-25,-26,17,-18,7,5,-20,-23,-22,-18,-3,10,29,-28,-10,-23;
MA   /I: I=-6; MD=-30;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-5,-15,-9,-2,-11,-20,-14,-7,-1,-6,-2,-6,-12,-5,-4,4,20,0,-25,-9,-4; D=-6;
MA   /I: I=-6; MD=-30;
MA   /M: SY='V'; M=-1,-25,-10,-26,-25,0,-27,-26,23,-19,12,8,-25,-26,-25,-17,-9,4,37,-27,-8,-25; D=-6;
MA   /I: I=-6; MD=-30;
MA   /M: SY='M'; M=-6,-8,-13,-12,-7,-4,-11,-1,4,3,4,23,-8,-10,1,0,-10,-6,1,-11,-1,-3; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-30; IM=-30; DM=-30;
MA   /M: SY='D'; M=-6,24,-27,33,3,-34,17,-8,-36,-7,-28,-24,13,-14,-7,-14,2,-12,-27,-32,-23,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-8,25,-24,19,-2,-26,18,-2,-29,-6,-30,-22,33,-17,-6,-8,8,-6,-29,-34,-23,-4;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-29,-22,-36,-29,13,-33,-26,32,-25,15,16,-22,-24,-24,-24,-16,-7,28,-18,2,-28;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-5,-28,-6,3,-24,-20,-9,-26,30,-24,-11,-2,-4,5,34,-6,-2,-18,-22,-12,2;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-30,-16,-31,-27,3,-31,-27,30,-24,23,14,-29,-29,-26,-21,-17,-4,36,-26,-6,-27;
MA   /M: SY='E'; M=-10,2,-25,5,29,-23,-20,-5,-23,10,-17,-14,-1,-8,10,14,1,2,-18,-28,-15,18;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-3,19,-27,28,33,-32,-14,-3,-29,4,-21,-20,5,-5,11,-6,2,-8,-25,-31,-19,22;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='H'; M=-20,-5,-32,-5,-4,-14,-21,83,-27,-11,-19,-2,4,-22,6,-2,-13,-20,-29,-10,25,-3;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='S'; M=8,4,-11,2,0,-20,0,-8,-20,-9,-30,-20,14,-11,0,-9,37,18,-12,-40,-20,0;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='Y'; M=-19,-21,-29,-21,-20,28,-30,16,2,-12,5,2,-21,-30,-11,-11,-21,-10,-8,25,73,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-16,-30,-16,-16,19,-28,38,-7,-10,-4,0,-13,-28,-6,-8,-18,-12,-14,17,67,-16;
MA   /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='F'; M=-2,-15,-17,-19,-14,9,-17,-17,1,-20,-3,-4,-7,-19,-15,-17,8,5,2,-23,-3,-14;
MA   /I: E1=0;
NR   /RELEASE=2022_01,566996;
NR   /TOTAL=57(57); /POSITIVE=57(57); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=1;
CC   /VERSION=5;
DR   P01221    , GLHA1_CYPCA, T; P13152    , GLHA1_ONCKE, T;
DR   P18857    , GLHA2_CYPCA, T; P69063    , GLHA2_ONCKE, T;
DR   P69062    , GLHA2_ONCTS, T; P30970    , GLHA_ACALA , T;
DR   Q8HZS0    , GLHA_AILFU , T; Q8WN20    , GLHA_AILME , T;
DR   P27794    , GLHA_ANGAN , T; Q3HRV5    , GLHA_AOTNA , T;
DR   P37036    , GLHA_BALAC , T; Q19PY8    , GLHA_BOSMU , T;
DR   P01217    , GLHA_BOVIN , T; Q9GL36    , GLHA_BUBBU , T;
DR   P51499    , GLHA_CALJA , T; Q9XSW8    , GLHA_CANLF , T;
DR   Q8WMW8    , GLHA_CAPHI , T; Q9JK68    , GLHA_CAVPO , T;
DR   Q8WMR3    , GLHA_CERNI , T; P53542    , GLHA_CLAGA , T;
DR   P68242    , GLHA_COTJA , T; P30983    , GLHA_CTEID , T;
DR   Q28365    , GLHA_EQUAS , T; O46642    , GLHA_EQUBU , T;
DR   Q52R91    , GLHA_FELCA , T; P47744    , GLHA_FUNHE , T;
DR   P01220    , GLHA_HORSE , T; P01215    , GLHA_HUMAN , T;
DR   P37037    , GLHA_HYPMO , T; Q9YGP3    , GLHA_ICTPU , T;
DR   P80051    , GLHA_LITCT , T; Q9BEH3    , GLHA_MACFA , T;
DR   P22762    , GLHA_MACMU , T; Q9ERG4    , GLHA_MASCO , T;
DR   P68241    , GLHA_MELGA , T; Q9ERJ6    , GLHA_MERUN , T;
DR   Q9ERG5    , GLHA_MESAU , T; Q9ERG3    , GLHA_MICMO , T;
DR   Q6YNX4    , GLHA_MONDO , T; Q91119    , GLHA_MORSA , T;
DR   P01216    , GLHA_MOUSE , T; P12836    , GLHA_MURCI , T;
DR   Q8JIE9    , GLHA_NIPNI , T; P68267    , GLHA_OSPRU , T;
DR   Q9BDI8    , GLHA_PANTA , T; P25329    , GLHA_PHYMC , T;
DR   P01219    , GLHA_PIG   , T; P07474    , GLHA_RABIT , T;
DR   P11962    , GLHA_RAT   , T; Q3YC03    , GLHA_SAIBB , T;
DR   P01218    , GLHA_SHEEP , T; P80665    , GLHA_STRCA , T;
DR   P37204    , GLHA_THUOB , T; P68268    , GLHA_TRIVU , T;
DR   Q96T91    , GPHA2_HUMAN, T; Q925Q5    , GPHA2_MOUSE, T;
DR   Q925Q4    , GPHA2_RAT  , T;
3D   1DZ7; 1E9J; 1FL7; 1HCN; 1HD4; 1HRP; 1QFW; 1XWD; 4AY9; 4MQW; 7FIG; 7FIH;
3D   7FII;
DO   PDOC00623;
//