##maf version=1 a score=11609 s hg19.chrUn_gl000232 5770 302 + 40652 AAAAAGAAGGATTTTTAATCCTGAGCCATAGTTCTCAGGCAATCAATCCCTGCAGGGAGCCCTGTTCTTTACTCTGGAGATAAACACTAGTTTTCTTTTCCATGGAATAACACCGCATTTCAAAATGAGGGGAAACAT--CTTGAAACTAAGAGGTACAGCTTTATTAAATTTGATT---TGGTTTCCATTGTAATTA--------------------ATTTAATCACATGTGTTCTAGAGTTTGTCCTCAGTCTTCCCCTAGTTTAGGCCCATAATCTGTTG-AATTTGCTCAGCTCCCTGCTCAACAGCAGG-AAATCAGAATTATT s canFam2.chr19 22356254 317 + 56771304 AAGAGCAGGGATTGCCAGTCCTGAGCAATAGCTCTGGGTTAATC--TCCCCGCAGAAAAACCTGCCCTTTACCCTGCAGGAAGACACTA---CTCCCTTCCACGGAAAGACAGCACATTTCAAAATAATAGGAAACTTTTCTTAAGAGTAAGATGTAGAGCTCTATTAAATTTGATTGATTGGTTTtcactgtaattactcacttaatttactcactaatttactcacttGT---CCAGAGT--GTCCTCAGCCTTTTCCTGCCACGAGCCCATGCTCAGTTGCAATTTGTTCGGCTGCCTGCT--ACAGGAAGTAAATCAGAATCATT a score=9790 s hg19.chrUn_gl000232 6434 213 + 40652 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