##maf version=1 a score=242057 s hg17.chr7_random 0 3184 + 778964 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score=3404 s hg17.chr7_random 194139 45 + 778964 GCTGGGATTGTAGTCTTGAAGCCCTGTGACCAAAGGGCTGGGAGA s rheMac1.SCAFFOLD80572 13407 45 - 26935 GCTGGGATTGTAGTCCTGCAGCCTTGTGGCCGAAGGGCTGGGAGT a score=1289 s hg17.chr7_random 194184 61 + 778964 AATAAAGAGACAACAT--------CTCCCAGAAAGCCCAGCAAGGCGCTCACACGTCTTTCTCTTCCTC s rheMac1.SCAFFOLD95259 79503 68 + 107738 GGTGAAGAGACTACATACATACAGCTCTCAGCATGCACGGCAAGGCCTGCACA-GCCGGACTTCGCCTT a score=1878 s hg17.chr7_random 194343 91 + 778964 CAGCAAGCCCAGAGAGGTGCGCACAGACCTACCTCTTCCTCCAGTGACTAGTGCACTCTCCCTGAGCCAGAGATATGCTGAAATTGTACTG s rheMac1.SCAFFOLD50375 30610 89 - 66211 aagcatgcctggctaaggacacacctccctatccttccctccagccgtta-cacac-cgcccccatcccgatgcatgctgggattGTAGTT a score=7250 s hg17.chr7_random 194434 235 + 778964 CTGCAGCCCTGCGACCAAACGACTGGGGTAGTTATGAGACTGCATCTCCCTGCAAGCCCAGCGAGGCACGCACAGCTCCACGTCTTCCTCCAGTGATACACACTGTCCATGAACCCGCTGCATGCTGGCATTGTAGTCCTGCAGCCCTGTGACCAAAGG----------GCCAAGAGACCACATCTCCCAGAAGACCTAGGGAGACGCACACAGCTCCGCATCTTTTCCCC--GTGTCGCATACTGC s 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gctatagtttgttta-------------------tttAAAAAAT--------------Attttttacattttggcaaagtatacataaaattaaccatcttaactattttaagtg-ttcagctcagagaaattaactacactcacattgttttgcaactattattcccattcataaggatcttttttcaacttcc-aaaccaaaattcaatacacattaaataacagctccctgttactccccctccagctcctaggaaccactcttctac-gtgggtttcca-gaatttaactactctaa s rheMac1.SCAFFOLD55215 17184 295 + 141047 actccagtctgggtaacagagcaagactctgtctcttaaaaaaTAATATAGAAATTTAAttttatacattatgttaaaatacacacaaaattaactattttaaccattttaaaggtttcagttgagatgaattaagtacact--cattattttgctaccatcatttccatatataaaaagcattttccattttttgaaactgaaact--atacccattgaacaacaactccttgttattctccccc--gcccctgggaaacactctcctactttgtgtttctatgaatttaattagtctta a score=365426 s hg17.chr7_random 198495 5018 + 778964 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ATTCTAGGCAAGCCTGGCTTTTGTATCCTCTGAGTTGCATCTCAGCCTAGTAGCAGTTAT-GGGACTCCAACTTAGTTCCAG-CTAAGttttatgtaaatatt 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gctggagggagtgtaaattagttcaaccat-gtggaagacagtgtggtgat-cctcaaggatctaaaaccagaaatagcatttgacccagcaatcccagtactggggtatacactcaaaggaacataaatcattctactgtaatgacacatgcacatgtatgtttattgcagcaccgtttacagtagcaaagacttgcaaccaaccctaatgcccatcaaagatagactggaaaaagaaaatgtggcacatatacaccatggaattctatgcagccataaaaaagaatgagttcataacctttgcagggaggtgattgaagctggaaaccattatcctcagcaaactaacacaggaacaggaaaccaaacaccttatgttctcactcatatgtgggagtcgaacaatgagaacacatggacacagggaagaaatcatcacacactgggtcctattaggggtttggggtcaaggggagagagagcattaggacaaatacctaatgcatgcggggcttaaaacctagaccgcaggttgataggtgcaacaaaccaccatggcacatgtaaagctatgtaacaaacctgcacattctgcacaggtatcccagaacttaaagtaaaacaaagaaaca a score=29970 s hg17.chr7_random 300606 664 + 778964 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s rheMac1.SCAFFOLD1235 119 1214 + 10007 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cctgctac--agtcaagtgcttaccctctgaagatgtcttccttggtctttgcctccatctgggtgtcacaaactctgaactggatcccaaggttttcataaatgcacttatgtttgctgtggctgtcgcattatgttgtgtgggatgtgcatgcaggacctcccattctgtcctcttgcttatgttactcTCCTTTATGTTTCACTTTCTGAAATGCATGTCAAGCTTGTGATTTTTAGATTCAAAAGTTGTAAAATAAATTGTTCAAATTTACACATTATGTAAGTTGTAAATAAAATTTCTTGTAGGTGCTACATATTTATTAAAATTTTTG-TTGTAATTTTAAGCCCACTGTAGGCAGAAAGGAATCATTAAAATTTATATTCTTTTTTTAGTCTGTATCTAAATGATGTTATATTTTAATTCCAAATATTTACTTTATACCTCAGTAATGCTCGTT---TTTTGCAAAATTTATGTTGTTCTTTTAATTGAAAATATAAAACTTTTT--AGCTCCTGAAAGCTATATTATAGTCATATAGTTTTATTACATTTTGTGGTAAGAATAGTAGCAACATATTGAGAACATAATAAAATTCACCTGTCTTTTTAGTGCTTATTTATTAAAATCTTCTCATTAGAACCTGTTGTTAATGATTGTAATATATTTTCTGTATAATTGTACTGCAATTTATTAAATGCCAATGACTTGAAATGTCTGCTTTTCATGAGTACACACA-------------------------GTTA a score=2887 s hg17.chr7_random 304317 52 + 778964 gctaccacggtgaaaccccgtctctactaaatataga----aaaaattagccgggc s rheMac1.SCAFFOLD115963 1820 56 + 15869 gccaacatagtgaaactccgtctctactaaaagaaaaatacaaaaattagccaggc a score=677 s 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a score=1393 s hg17.chr7_random 311112 30 + 778964 aaaaa-aaaataaaaataaataaaaaaagaa s rheMac1.SCAFFOLD1235 9105 31 + 10007 agaagcaaaaaaaaaagaaataaaaagaaaa a score=155098 s hg17.chr7_random 311142 2093 + 778964 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a score=13381 s hg17.chr7_random 315550 424 + 778964 cagccttgagtttatgtttttatctgttgcaagttaaggtctaactttgttattttttccttgtaaatttttattattcccaatactgtttgttgaagagactgttc-tttcctttttgtga-ttcttggaacacattttaaaaatatgtttactatacccatgaggacttatgtctggactctctcatctgtttcatcattcatttgtctttatgtcagtaccaaactgttttgattactatatgttcatagtatgtttagaaaatagaaagtatgatgcctctgtctttatatttttttcccaatattgtttggctgtttgtgatcacttgaaattccataaaaattgtagaatattttaaaacttctgcaaaaagtttcattggtattttgatagaaagtatattgaatcagctgagggttgt s rheMac1.SCAFFOLD50136 16986 326 - 96365 ca-ttttgagttcatgtttgtaaatgt-gcaaggtaaggtccaactttatt--ttttcccctgtggatttccagtattcccaatcctatttgctgaagagactgtcccttttctcattgtgaattcttggaacctttgttgaatataagtttactatatacacgagcatttatttctggattcttcaatctgtttcatcttttatttttctttatgtcagtagcacactgttttgagtacaatagctttgtagtacattttgaaatccgaaagtatgatgcctct----ttgtttttctttcccaagattgtttatccatctgtg--------------------------------------------------------------------------------------------gaagattgt a score=18463 s hg17.chr7_random 316085 1080 + 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ttagccaggtgtggtggcacatgcctgtattcccagctactcaggaggctgaggcaggagaacagcttgaacccaggaggtggaggctgcagtgaactgagatcacaccattgcactccaccttgggcaacaagagcaaaactccgtctcaaaagaaaaagaaagaaaagaaaagaaagaacattgaatccgtagaccacttttggtagtagtgacattttaacaatattaagtctATAACCTCTTGAACAAGAGTGTgtttgagaatttgttgtttaatttttacttattctttgacatgttagtgtttttaa----cttcttgttttattgtatcatagttaggaataat---ttgtgtaatt-ccatctgctgaaatttgctaagatgtgttttttaacttaacaggtggtctatctggaatattgtggcatgtgtgattaaaagtattgcatattctactgttgagtggagagatataaatgtgactgttaggtctaattgttctattgtgttgttgaaatcctctgtttacttattcatcttatgtttgttttttaatttacattactaaaagtctgataaaaaagtcatctactgttatg----tgctggctacttcatgtttcaattctgtaaaat-------gttgcttcatat-tttgggaactgtgatgtaaggcacatacattactgttgct-tttattgttgcatgttgttttattgttgttgcttttattgatatatgttgttttttgttgcttttattgttgttgTTGTTATTGTCCTTTTCTTCTTCTCTCTTGAGGAAGTTTTTGATATAATATATATTTTGTCTACCATGACAGTATTTGATTTTGCATTTAATTTTTTTTATTCTTTCATGTATGGCTTATGCgtgttccagatcataatgtggtcatttgtaggaagcagagagttgaatcttgtttcatgaatttatttagtgaaagtatgtttttgattgacataatttatatatataaaaaatcattactaaaagggaatgatttcctatgactttctatttaattttgtttcttttttgttttaggtcctgtagctttttcttttgag s rheMac1.SCAFFOLD50136 17312 848 - 96365 ttatccatctgtggt------------------------ctcttgagatt------------------------------------ccatagacatttcagattattttaatac---------tgtgcaa-------aaagttccatt--------------aatattttgatggagagtacgttgaatctgtagatcactttaggtagtattgacatcttaacagtgtt--gtcttcaaaattttgaacaagagtatgtttgaga-------gtttagtttccacatattcttggacatgccatttttctttctgttcttctagttttattctgttgtagtaagaagtgatgctttgtgttattgtcatctgcttaaatttggtaagactttttttgcagcttaacaggttgtctatcagtgataatgtgccatgtatgattacggatattgtgtattctgctgttgaatggttagttctgtatatgactgttaggtctaatggt-ctatagtgttgttcaagtcctctatttccttactgatctttcgtctcttttattctttccgttactgaaagtggagtatgaaagtctcctactgctattgtactgctggctatttattgcttcaattctgtaaaagtttgctagtggctgtatatgtttgagcggtgtaatgttaggtgcgtatat----gttaatatttattatagcttcctgg---acaatgaacccttttataattacataatgctctttcttg--------------------------------------tctcttgtaacatgttttgatgtaacatgtattttaactaatatgacagtat------------tttacttttggcattttttt----------------ttttcca-----------------------------------------ttctttcatg------ttcagcttatgtacattctt--------------agatctaaagttggccttcagtagaaagcattga----------------gttggatcttttttcttgaatttattcagcca---aattatgtcttttgaa a score=4149 s hg17.chr7_random 317165 149 + 778964 acggagttttgctctgttgcccaggctggagtgcagtggtgcaatcttggctccctgcaagctccgcctcccggattcacgccattctcctgcctcagattccccagcagctgggaattcaggcacccgccaccatgcccggctatttt s rheMac1.SCAFFOLD27173 7179 147 - 15793 atag-gtcccactctgtcaaccaggctggtttgcagtgtggtgatcatggctcacagcagcctcaacctctcaaactcagaagattctctcgtttcagcctctcaggtagttgggt-tacaagtgtgtagcatcacactcagctggttt a score=746 s hg17.chr7_random 317314 42 + 778964 tatttttatttgtttattttttttagtagagacagggtttca s rheMac1.SCAFFOLD50136 18206 29 - 96365 tattgcattttgttcactttttt-------------gtttta a score=7130 s hg17.chr7_random 317457 152 + 778964 ggtcctgtagctattat-ttcctgtttttctctcttgttctctttcttagcatattattgatttttatagtgacatgttttacttcttttctcactactctctctgtgtgtatGTCTTTGTGTGTGTGTACTATAGGTAtttccttttttttt s rheMac1.SCAFFOLD50136 18235 135 - 96365 ggtcttgtatctattttagtcctgttttcctctcttgctatcttccttagtgttttgttgatttttgtagtgacatgttttaattcctttcccacttctctct------------------gtgtatctattataggtatttgctttatggtt a score=3102 s hg17.chr7_random 317620 39 + 778964 cagggtcttgctctgtcgcccaggctggagggcagtggc s rheMac1.SCAFFOLD85972 2 39 - 17896 catggtcttgctctgtcacccaggttggagtgcagtggc a score=373 s hg17.chr7_random 317659 12 + 778964 acaatatctgct s rheMac1.SCAFFOLD50136 18370 12 - 96365 accatagatact a score=6221 s hg17.chr7_random 317671 75 + 778964 tattgcaagctctgcctctcaggctcaactcaaacaatcctcccaccacagccttctgagtacctgggaccacag s rheMac1.SCAFFOLD85972 53 75 - 17896 cactgcaagctctgcctctcaggcttagctcaaacaatcctcccacctcagccttctaagtacctggggccacag a score=-768 s hg17.chr7_random 317746 113 + 778964 atgtgcaccagtactcctggctaatttttgttatttttcatagagacagggttttgccatgttgcccagactagtctcaaaatcctAAGTACTATAGGTATTTTCTTTGTTGT s rheMac1.SCAFFOLD50136 18382 55 - 96365 atgtgaaaca----------------tctataagttttaacag---------tttacc------------------tcaagctgctaa---------------ccttaattgt a score=1006 s hg17.chr7_random 317859 32 + 778964 TACTATAGATATT-ACCAAAAATA-ACTACTATA s rheMac1.SCAFFOLD85972 240 34 - 17896 TACTATAGATATTTACCAACAATGCAATTTTATT a score=36857 s hg17.chr7_random 317891 757 + 778964 GCATATAAAACCCTGCCTCTTTATGG-CTGCCTAT-GTGTTTTATTGATGTCGCGAATTACATCATTTTGTATTGTGAATCTATTGGCACAGTTATATAGTCATTTTTAAGTCTTTGTTATCTCAACTACATAGCAGAATTAAAAGTATTCTGTGCATCTTCATTATAATAACAAAAATATTATAATTGTGTACATAATTAT--CTGTTAGAAAACTTTATA-TTTTACATAATTCTATGTTGCT-CTCATCATTATTTTATTTTTTAATGTCAATGAC----------TAGCATTTTTTT--ATACAGGCCTACCGTGCATAAATTAATAcagttttcgttgatcttgaatattctttatttttattttttaattcatttgaaatgatagctttggcagacatagtgttcttggttggtacttgccatttttttcagcactttgagtatgtcatcctacaacctcttg-cctgc-atgctattggctgagacatctgctggtcatcctataggggtaacattgtacatgctaagtca----------ttttttcttgctgacttcaagattctcggtgttt-taacatttgaatctctgattaaaatgtgtcttgtcatgggtctccctgtgttgctact-------agttggtaaagtttcattaaattttaggccattttctccctcaaattttgagagttctcagccactgtttgtttcttgaaataactttgctgctctcttttctctctttttattttagaattcccattagaagtatattggccatct s rheMac1.SCAFFOLD50136 18437 776 - 96365 gtata-aaaatcctgcctctttatgaactctccattgtattttattgatatcacaaaTTATATCACTTTATATTGTGAATCCATTAGAACAGATTTATGGTTATTTTAAAGTGTTTGACTTTTCAAATAGATAGCAGAATTAAAAGTATTCTATGCaccatcattataata--cagaatattttatttgtgtatataattactgttatcagaatactttatatttttatataattttgtgttactactcactgtcgttttatttttcagtgtgaaaaactgcctctacttagcagttcttttagaaaagatctagtagatatgaattcattcagcttttgttgattttgaatattccttatttcaa------aat---ttttaaaggatagttttggcagaaaacattttcttgattggtagttgtca--tttttcagcactttgactatatcattcttcaactttctgacctgtgagattgtttgctgagacatttgctggtcatccta-ggaatgggccttgcatatgccaagtcacagtttgtttttttttttttctggcttctaaattctctttgtttgtaacttttgaatctctgattataatgtgtcttgttgtgggtctctttgtgttgctactagttaagagttggtagagtttcattaaattttaggccattttctccctcaaatttggaaaattctcagcca----tcgtttcttcaaataaagtttctactcttttctctctctttgtgttttagaattcccattatgagtaaattggcctttt a score=11735 s hg17.chr7_random 318648 159 + 778964 taatggtatcccataagtcccttaggctttcttaa-tttttaaaattatttttaccctcctcaccatataatttcaaaagacttcttatgaagcttgctggattttttcctgctagatcaaaccagttgttggaccttctagtgaatctctaaattcagg s rheMac1.SCAFFOLD85972 1038 160 - 17896 taattgtatcccataagtcccttaggctctcttaatttttttttattatttttagcttcctcaccctataatttcaaatgacttcttatcaagcttgctggattttttcctgctagatcaaaactgctgttgaaccttctagtgaatctttaaattcagg a score=11489 s hg17.chr7_random 318807 218 + 778964 tattttatttttcagctccacactttatgtttctatttt-gtacttttaatcacttcattgataatctcattatcttcatgaattgtttt-ctttttctgtttagctttctatgttcttctttagctgaatgagcatctttaagctaggtgttttagccaggcacattgatatgtgtgtctaattccagctactttgaaagctaaggcaaggggattact s rheMac1.SCAFFOLD100426 54007 203 + 70517 TAATTtattttttagctccacacttt--gcttctgtttttatggttttaatc---------------tcattttcttcatgcattgtttttcctcttttgtttagttttctgttttctcatttagctgattaagcatctttaagatagatgttttAgccaggcacagtggtgtgtgcttgtaattgcagttactttgaaagctaaggcaggagaattgct a score=29435 s hg17.chr7_random 319025 375 + 778964 gtattaataaattctcatgcagctaataaagacataaccaagactggataattcataatgaaaaagg-ttaatggcctcacagtttcacatggctggggaggtctcacaattattggagcaaacaagagactttgttcaggggaatctccacttataaaaccatcagatcacgtgagacttttttgctatcatgagaacagcatgggaaaatcccacccccatgattcaattacctcccacagggtccctcccaggacatgtggagattattacaattcaagatgagatttggttggggacagagagccaaaccatatcaattacttaaggctaggagtttcagaccaccctgggcaatattgtgagaagctatat s rheMac1.SCAFFOLD85972 1416 376 - 17896 gtattaacccattctcatgttgctaataaagacataaccaagactaggtaatttataataaaaaaagtttaatggtctcacagtttcacatggctagggaggtctcacaattattggagcaagcaagagagttttttcaggagaacctccactgataaaaccatcagatcacatgagacttatttgctatcatgagaatagcatgggagaatcccacccccatgattcaattacctcccacaggttccctcccatgacatgtggggattattacagttcaagttgacatttggttggggacacagagccaaaccatatcaattccttaaggccaggagtttgagaccaccctcggcaatattgtgagaaactatat a score=24287 s hg17.chr7_random 319400 531 + 778964 gtaaaaaatatttttacagattaatcatgaatggtggaatgttcctgtagtctcaggaagtt-ggaggctgatgtaagattattccttgagttcccaggaatttgaggctgcattgagttataaccatgatattgtattcctgtctgggtgagagagtaagacc---------GCCTT-TTAGAAtttcaaatttgttttagatttaggaggtacctacacaggttttttacatgggtattttgtatagtgctgaggtttgaaatataagtaattccatcacttatgcagtgagcatagtactaaatagacagtttttcagttcttgatccct-ccctctctccaccctctaagagttgtcttttatttttatttttatgtccatgtgtacccagtgttaatttccatttataagtgagaacatcagtatttttgttttccatttctgcattaatttgatt-gtagaatgacctttagttgtattaatgttgctgcaaaggacaagttttttttttgttgttgttgtttttgctaagtagtatt s rheMac1.SCAFFOLD100426 54578 523 + 70517 gctaaaaatatttttaaaaattagtcatgtgtggttacatgttccggtagtcccaggaactcaggaggctgaagtgacaggattgcttaa--ccccaggaatttgatgttgc-tgtagctataattatggcattgcactctcgcctgagtgagagagtaagaccttttttcTTGCCTTCTTATACtttaatttttattttagatttggggggtacctgtgcaggtcggttacatgggtatattgcatgatactgagatttgaagaataaatcatcccatcacccagataatgagcatagtacccaataggtagttttttagctcttgaccccttccctttttccaccctcta-----------ttgttttcatttttatgtctatgtataccaatgtttaactctcacttctaagtgagaacatgcatcttttggttttctgtttgtgaattaatttgcttagaacagtggcttctagctgctttcatgttgctgcaaaggacaagattttgttcttct-------ttatggctaagttgtatt a score=6008 s hg17.chr7_random 319931 102 + 778964 gctgtacatgtgacactttttaaattcaatttagcattaataggctggacacggtggctgatgcctgtaatcccagcactgtgggaggccaaggtgagtgga s rheMac1.SCAFFOLD85972 2316 102 - 17896 ggtgtacatgtgacatgtttcaaattcaatttacgattaaaaggccggagatcgtggatgacgcctccaatcctagcactttgggaggccaaggcaggcaga a score=266 s hg17.chr7_random 320033 9 + 778964 tcatgaggt s rheMac1.SCAFFOLD100426 55101 9 + 70517 ttgtggtgt a score=3485 s hg17.chr7_random 320042 51 + 778964 caggagatcgagaccatcctggacagcataatgaaacccccgtctctactg s rheMac1.SCAFFOLD85972 2427 50 - 17896 caggagatcgagaccatcttggacaacattatgaaa-ccctgtctctatta a score=-72 s hg17.chr7_random 320093 50 + 778964 aaaatacaaaagttagccggacgtgttgtcatgagcctgtagtcccagct s rheMac1.SCAFFOLD100426 55110 24 + 70517 aaaataccaatg--------------------------gtaaatccaatt a score=8934 s hg17.chr7_random 320143 124 + 778964 actcgggtggctgaggcaggagaattgcttgaacctgggaggtggaggttgtagtgagctgagatagtgccactgcactccagcctgggcaacagagtgagacttcatctcaaaaaaaaaaaaa s rheMac1.SCAFFOLD85972 2527 124 - 17896 actcagggggctgaggcaggagaaccgcttgaacatgggaggcggaggttttagtgagccgagatcacatcactgcactccagcctggacatcagggcgagactccatgtcaaaaaaaaaaaaa a score=14793 s hg17.chr7_random 320267 388 + 778964 taccattaatagtcacgtaggttgattc-atgtctttcctgttataaataatgcagtgatgaaccaacaagtgcatgtgctgttttggtagaatagtttattctcttctgggtatacacccagcggtgaaatt-ctgcgttgaatcatagttcaactctcagttatttggaaaatctccaagctgctctccacagtggctgaactaatttatattcctataaacagtgtataagtggttttttccctctaaaaccccaccaatatctactatc----------------------attttactttttaacaaaa------------gccattctaactggtgtacgatgg--------tgtcttactgtggtttttatttacatttccttgatggttagtgataagcttttttcatgtt--gtttggccacttg s rheMac1.SCAFFOLD100426 55134 416 + 70517 taccattaatagacacctaagttgattccatgtctttgctattgtgactagtgtagtgatgaacatacaagcgcatgtgctattttcatagaataattt----tcttttgggtgtatacccagtagtgggattgctgggctgaatcttagttcaactctcagttctttgggaaatcgccaaactgctcttcatggtggtggaactagtttacattcccaccaacgatgtataagtgtttctgtgcccctgaaacctcatcaacatctgttttttgtttgtttgttttgttttttaatttttttttttgagacagagtttcgctcttgttgcccgggctggagtgcaatggcgcaatcttggctcactgca------acctccgcctcctgggtt--------caagctattctcctgcttcattcagcctcctg a score=62006 s hg17.chr7_random 320680 1475 + 778964 ttattgcccactttttc---------atggggtaattttttgcttgt------------gaattctttaagtttcttatagat----------tctgagtattagattttgtcaggtttataggttgtgaatatttttgccattctgccagctttggggttagtttgtttttgtttttct-------agtttctctaagtgtgatgttaaattgttagtttgagatcattctaacttcttgatgcagatatttagcactctcaactttcctcttaacagagcttttcctacaacccagacattttagtatattgtgtct----cttcatttatttcaaattttttttaag-tttctgcctcaattttgttgtttacccaaaattcattcaggagcaagttgtttaatttcaatgccattctgtgattttgtgagattttgttggtattgatatttatcttttttccattgtggcctgacagtatggttggcataattttcatttttaaaaaatgtatggataattgctttatggctaggaagtggtcaatcctagagtatattctgtgagc-gatgagaagaatttatgttccttagatgatgtgtggtgtatactataaatgtctattagtttcaattgatcaagtgcgaaatcaaactccagaatttctttgttaagttt-ctgcctagataatctgacaaacactgttattggggagttgcgtttccctactattattgcgtggctacttgagtcttattgtaggtctagcagtacttgttgtataactctatgttccccaaagttgggtgcatctatatttaggatagttaagtcttcttgttgaattgaactctctatcgttatgcaatgcctttctttgttttattttactattaatgatttaaagtcctttttTCTTAAAAGAGAAACAATTccaggtatggtggctcatgccagcactttcaga--ctgaggcagtaggattgcctgagaccaggagtttgagaccagccgaggcaacataacaacattctgtttgtacagattcttttaaagaaactatacaggtgtggtagtgtgcccaactgtggtcatatttactcaggagacataggaggcatgactgctttacttcagaaatttgaggttacagtgagctgtgattgcaccactgcaatctgtcccaggagatagagtaagatcctgt--gtataaaatgaaaaaataaagaaaaaTAAAATGATTTTAAGTT---AAAAAATaattcatagatctccacttctttaggg---------tcactt-------gaatatatatttttctcgtttcattaggctatatttcctggttgCTTTTATGTACTGTGGTTTTGTTAAGGTTTTGGTCAATTAAGAAACCACTACCTATTTTATCCTTTATGAAAAAGCTTTGTACATGGGAAAATTGACAATATTCAGCCACACTAGTCATTCCGGGAGCTTCTCCAATCTGTT-GTCAAAATGTGTCTTCTTTG---TACTGTATGTATTTTCTTGTT s rheMac1.SCAFFOLD100426 55588 1424 + 70517 taattttgtatttttttttagtagagatggggtttctccatgttggtcaggctggtctcgaactcctga------tcttaggtcatccgcccatctcagcatcccaaagtgctgggattacaggt-atga--------gccaccgtgcc-----------tggcctgttttttaattttttaacaaaagccattctgagtg--gtgtaagatgat--gtttAAGTTTCTTACAGATTCTGAATACG-------------------------cttaacactgcttttgctgcatcccaaagattgtggtatgtagtgtctatgttttcatttatttcaaaaatttttaaaaatttctgccttaattatgttctttatccaaaagtaattcatgagcaagttgtttaatttcaatggcattctgtggttttgaaagatcttctttatattaatttttattgtttta----tgtggcctgggagtatggttggcatgatttttatttcttttgaatgtattgagatttgctttatggctggaatgtggttaatattacagtatatgctgtgggcagatgagaaaaatgtatattctttag-ttatgtgtggagtatactgtagatgtctgttagttccagttggtcaagtg-----tcaaactccagaatttcttcgtttagttttctgccta----atctgttaaacactgtcagtgagatgttgtattccccaactattgttgtgtggccatttaagtatttttgtaggtctagaattacttctcttatgaatccgtgtgctccaatgttcggtgcatctatatttaggctagtta-----tcttgttgaattgaatcct------ttatgcaatgcctttctttgtcctATATTG-----------TTAAAGTTCTTATTTCtttaaa----aaaaatgccaggtgtggttgctcatgccagcacttcaggaggctgaggcagtaggatcactctagaccaggagtttgagaccagcctgggcaacacagcaacattctgtctgtccaaa--aattaaaaacaactatctaggtgt---------------tgtagtcatatgtactcagcagacttaggtggcatgactgcttgagttgagaaatttgaggttatatttagctatgattgcaccattaccctctagcctgggagacagagtaagaccctgtcggtgtggaa---------aaagaaatagaaaaatattttaaattttaaaaaattaattcataaattttCACTT-TTTAGTGAAAAAAATTTCACTTTTGTTTTGAATATATGTTTTGTTCCTTTGACTGGGCTATGTTTCCTGGTTACTTTTATGTATTGTGATTTTGTTGAGGTTTTGGCCAAGTAAGAAACAACTACCTATTC-ATCTCTTATGGAACGGCTTTTTACAGGGGAAAATTGACAACATTCAGCTGCACTAGTCATTCTGGGAGCTTTTCTAACCTATTAGCAAAAATGTGTCTTCTCTGGACTACTGTGTGTATTTTCTTGTT a score=17835 s hg17.chr7_random 322155 394 + 778964 AATAAGGTTTACCTCTCTTTCCTCTTAGGAGCCTTTAGTCTCTTCTCTTTGTCACTGTTGCAGGCACTACAGTCTCT---TTGTTGTAAGAAATATTTATCTTTATTCTCAGTCGACCCAAGCTGTCATTTAAACTCTATCTCTATTCTGGTCAACACTAAATGTTAAAG-----------------------------GTATAAATCAATAAGTCAGAAGTTTGCATACACGTTTCACTCTGTT-TTCTTTCCCGAGGGAGAATCATGGAATGGACAGAATTTTATCTAACTGCACTGTTCTTTAGTGCAGAAATGTAACCAAATTTTCTTTCTTCTAAATGTGGTTATGGTTGGCTTTTTTCTCATGAGGGGTGCTACAAACTCAACTGGCTTTGCTCACCCAATTG-CAGTTAAGTTCATACATC s rheMac1.SCAFFOLD100426 57300 416 + 70517 aaTAAGGTTTACCTCTTTTTCTGCTCAAGAGCTTTTAATCTCTTCCCTTGGTCACTGTTACAGGCACTGCAGTCTCTCTGTTGTTGCAGCAAGCATTTATCTTCATT-TCCCTTGACCAAATCTCTCATTTTAACTGTATCTTTATTCTCTTCAGCAGGAGTTGTTAAAGGAAGCAATAACCAGTCTTTGATAGCCCAAGAATAACTCAGTAACTCAGAAATTTGGATACACGTTCCACTGTTTTAGTCTTTCCTCAGGGAGAAACA-GAAGTGGGAAGA--TTTGTCCAACTGCACAGTGGTGTAGTGCACAAATGTAACAAA--------TATTCTAAATGTGGTTATTCTTGGCTTTTTGCTCACATGAGTTGTTGCAAACTCAACTGGTTTTGTTCACCTTGTTGTCATTAAAGTTAATATATT a score=6727 s hg17.chr7_random 322549 189 + 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