##maf version=1 a score=14851 s hg17.chr22_random 0 175 + 257318 GAAGAAATACTCATTCCTTTTTCTCTCCAATTCTAGTCCATAGAATGGTATGCTCTGACAGGATAGTAACCCATATTAAGAGAGTAtttatttttattattcttttttgagatagagtctcactctgttgcccaggctggagtgcagtggcatggtcttggctcactgcaatctc s rheMac1.SCAFFOLD29869 923 175 - 1100 GAAAAAGTACTCATTCCTCTTTCTCTCCAATTCTAATCTATAGAGTTGCATGCTCTAACAGGATAGTAGCCCATATTAAGACAGCAtttatttttattattcttttttgagatagagtctcactctgttgcccaggctggagtgcagtggcatggtcttggctcactgcaatctc a score=182927 s hg17.chr22_random 215 2188 + 257318 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CACCTAAGCAGAAAATAGACCCCTAT-------------------------CTGGATATCTAAGATACAGGTATACAACAAGCCCCAGG-----------------------------------CTGACATCCAGACCCCAGGAGGACACCATACCCCAGGTGAACAGCAGGCA------------------------------------ACAGTTTGGCACCAAGGACCTAAGTGAA-ACAAAGCCTTAGGTGATTACCAGGCCATAGGTAGTCATTAGTCTCCAGC s rheMac1.SCAFFOLD68867 17903 288 + 21278 CACCCAAGCACCAGATGGACACCTGTGCTGCAGATGGACACCAGGTCCCAAATGCACACCAAGGCCTCAGGTGGATATCAGGCCCCAGGTGGATACTGTGCTCCAGGTGTATATTAACCCCTGTTTGACACCCAGGCCCCAGACGGACACCAGGACACAGGTGAATATAAGGCCCCAGGAGGATGCCAGGCCTTAAGCGCATATTTGCCTCCAGGTGGACACCCAGGCCCCAGGTGAACATCAAGCCTCAGGTAATCATCAGGCCCCAGGTGGACATCAGAATCCAAA a score=3338 s hg17.chr22_random 135026 119 + 257318 TGGACAATAGTCCCTAGGTGGATACCTAGGCCCCAGGTGGACACTAGACCCCAAATTAACACAAAAACCAAGTAAAAAATCAAGCCCCAAGTGGACAACCAGGCCCTAGGTAAATACAC s rheMac1.SCAFFOLD120441 18724 83 + 65441 CAGACATGAGGCCCCAGGTGGATAGTTAGGTTCCTGGTGAACATTAG------------------------------------GCCCCAAGTGGACACTCTGGCCCCAGGTAGATATAT a score=7145 s hg17.chr22_random 135145 183 + 257318 AAATCTCAAGCTGACACCAGGCCCTATTTGGACACCCAAGCCCTATGTGGACTTCGGACCCCAGGTGAACACTGAACTCTAGAAGGTCTTCAGACCCCGTGTTGACTACCTGGCCCCAGGGGGACACCAGGCATAGATGAACTTCAGGCACCAGCTGTACATCAGGTTTCAGGCAAATGTCCA s rheMac1.SCAFFOLD68867 18768 146 + 21278 TGATCCCAAGTCAATGCCAGGCTCTATGTGGAAACCCAGGCCCCAGGTGGGCATCAAGCCCCAGATGAACTCTGAAC-------------------------------------CCTAGGTGGACATCAGGCATATGTAAACTTCAGGCCACAGCTGAACGTCAGATTTTTGGCAAATGTCCA a score=13532 s hg17.chr22_random 135328 649 + 257318 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s rheMac1.SCAFFOLD104184 24 1399 - 1565 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a score=6381 s hg17.chr22_random 140447 372 + 257318 ttgagtagatttttgtataagatgagagatgcgaatccag-ttttattcccctacacgtggctgaccaattatcccaacatcatgtattgaaaagggggtcctttccccactttatgtttttgtttactttgtcgaagat-cagttggctgtaagtatttgggttaatttctgggttctctct-tctgttccattggtctatgttcctatttttaaaccagtacgttgg-----------tgttttggtaactatggccttattgtacagtttgaaataaagtagtgtgatacctccaagttctttttgcttaggctttgtttggctatatggctctcttttggttccatattaattttagaattgtttttgtaat-tctgtgaaga s rheMac1.SCAFFOLD45429 10843 380 + 46706 ttcagtccacatttgtaaaagttgtaaaatatgcattaaggttccttttttttacatggggaaatcccattattacatccccacttagataatagattatattttctcc--tttacctctgc----acctttttgaaaatgcagtggaatgtatttgtgtgggtctatttctgtggtctctatattcattccactggtctatgtgtctcctgttttaacaatattttaacaaaaccacaatattttgagaactgtagcataatagtaagccttgtaatca-gtagtgcatgtcctataattttgtttttttcagaagtgttttgactattctagttattttgatttccatgtaaattttagaatctccttggtgatatctacaaaaa a score=-1738 s hg17.chr22_random 140875 185 + 257318 atggtaattttcacaatattggttttacccatccatgagcatggggatgcgtttccatttgtttgtgtcatctatgacttcttttctttcttttttttttttcagagggagtttcgctcttgtcgctgaggtgggagtgcaatggtgtgatctcagct-cactacaacttctgcctcccgagttca s rheMac1.SCAFFOLD45429 11247 86 + 46706 acaggaattttca-----------ttgttaatgcaggaac------------------------------tctataa-----------------------------------------------gtagaaatggaa----aaggctgtcatcttaactatattgagact--------ctgaattca a score=6817 s hg17.chr22_random 141128 515 + 257318 tctatgatttctttcagcagtgttttgtaattttcattgtacaggtcttttgattcctttgctaggtatattcctaagt-tttgttttttgttgttgtttttcacagctattgtaaaaggggttgagttcttgatgtgattctctgtttggtagctgttgatgtatagaagagctactgatttgtgtccattaatcttgtatctggaaactttgctgaattcttttatcagttctaggagctttctagaggagtccataggattttctaggcaaaagatcatatcatcagcaacaagtgacaatttgacttcctctttaccgatttggatttcctctatttccttcttttgtctgattactctggctaggacttccagtactatgttgaagaggagtggtgagagtaggttcctcgtcttgttccagttctcaaagggaatgctttcaccatttccccattcagtattatgttggctgtgggtttgtcatagatg---gcttttattacattaaggtat s rheMac1.SCAFFOLD45429 11363 446 + 46706 tctcttatttattgcatttatattttgtagttttcagcatacagatcttgcacttctattgttacaataatacctaagtacttaattttggtttctattttaaatagtaatt-------------------taat----ttttttgactgttaattcctgacatataggaaatttattgacat-tctatattgacttttggtaataaaacactgttaatttcacatatttgttatagaagctttttgtaa-atactgtaggattgtgtatataaatatttgttttatcagcaaatagaggcagttttacttcttcctttgcaatatgtatgttat-tatttcttattcctgtcttattgcactttgcaaatttttgaatacaatattgaatagga-----------------cttgtctt----cagtcttaaggaaaaatcattccatcatcacc-------gtatcacat----------------acagatataaacatatatt---ctaagttat a score=5540 s hg17.chr22_random 141647 1269 + 257318 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a score=53157 s hg17.chr22_random 142916 864 + 257318 aatgaagtgaattaacatgtttattacctcacagaatagttacctttttgtgtgtatgcgtgggataagaaaacttaactctatcccctGTGACTGAATAGTGGCCATTCCAGCTGCTCCAGGCTCCAGCAGCGGAAGACCAAGGTAGGTGGCTCCACCAG--GGTGACCCTCAGGTCTGGCGCACACGCATTCCAGAGGCCACCCAGACCATGCTCTGCCGCCTGGGCGCCCAAGCTTCAGTCGCCCTCTGTGTGCAGGCAGCAGCTGCCTGGCAACCCCCGAGCCCGCTCGCGCTCCCACCATCGCAGAACCAGGGCCAGGTGTCCCAGTGGCTGCGGCCAAGCCAGGCATTCTGCCCTGCAGCAGAAGCTGCACAGGAGCGAGAACTGAGAACCCACCGCTCAACCCCACATGGGGTGACTGCCGAGTGCCCATACAAACGGCTCCGATCTCCCTAAAGTGGAGGAGT-GGGCAGGAGGCACGGCCTGGGGGCCCTCAGCCTGGGCATGCTGGCGATCTCGAGGCCGACCAGGCCATGCCCCTCCAGCCCGCCTGGGCACCCGAGTTGCAGCCGCCTTCTGCATGCAGGCAGCAGCCTCCAGGCAACTCCCGAGCCCGCCCGCACTCCGCACATCTCGGAAGCAGGGCCAAATGTCCCTGTGGTTGTGGCCAAGCCAGGTGGTCTGTCCTGCAGCAGCTGCACGGGGGCGGGAACCGACCCTCAGCCCCATCCCCGGTGGCTGCAGAGGGCCCCTGG--AGCGGCCCCGATCTCTCTTTGGAGGAGAAGAGGGGTGGGAGTCACGGCCAGGCGGGCCCTCAGGCGGGAAGGGATGCGCGCCTGCGATTCCGGGACGTCCCGCGCCA s rheMac1.SCAFFOLD65188 33168 848 - 81641 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s rheMac1.SCAFFOLD120255 49345 2308 + 94582 attgaaatatgattaac--atcatatatttcatttatcaaagtatgcaattcaggcagggtgcagtggctaattcctataatgctaagactttgggatgctgaggtaggtggattgcttgagttcaggagttcaagactagcctgtgcaacatggcaaaacagcatctctaa-aaaaatacaaaagttagctgtgtgtgttggctcatacctgtggtcccagctacttggggacatgaggctgggagatcacttaagcctagaagacataggttgcagtgagaccagatggtgccactgcact--agtgtcagtgacagaaagagaccatgtctctaaataaaaaaagaaagaaaaaaagtgtgtgattcagtagtttttagaatattcacagagctgtgcatctatcaccacagtcacttttaaaagtgattatccacttatgagttacccacttacgaatcagaagccctcacctcttagcagctacctcctacttccccaacaatcctgtgtcttcataggcaatcactggtttattttctgtcattagtattttgcctaatctggaccttttacagaaatagaattgtacaatgtatgatcttttatagtttgc--ttttttttctcttagcacaatgttttcaaatttctttcatgttata----gtatcagtatttcttaccttttttagctgaataatagtttatgtttagccattcattagctgatggacatttgtattgtttctgcgtatcggccatcatgagtaatgctactatgggcactcatatgcaagtttttgtgtgaacatatatttttatttctcttggatttatacccaggagtgaaattgttgcattatgtgataactatacacttagcctttgagaaactgccatgttgtttttcaaagtggttacaccagtcaggcttggtggctcacacctttaatctcagttatctgggaggctgactttggaggattgctttagcccaggacttcaggaccagcctgggcaacataggtagacAATATCTTGGTTTTTTTAAAAAATCAAATGACAAGAAAagaaacacccaaattgatgacaccattttgatgacaccattttatgttcccaccagtaatgtatgtgggttccaattcttcctcattgtcaccaacttttttttttttttttgagacaaaatctttctttgtcactcaggctggagtgcagtggcatgaacatggtcagtgcagctgtgacctctctggcacaa-tgatcttctcacctcagcctcccaagtagctgggacttataggtgtatgccttcatatgtggctgatttttacattttttggtagagatagggttttgccatgtaacccag------gtcaaacttctgagctaaagtgatctgcctgctttggcctctggaagtgctgggattataggtgtgtgccaccacacccaactGGTGTAACCACTTTGGAAAACAGCCACTGAGTCCAGCCTTCACCAATATACCAGTATTTGTTAAAATCTATTTTTTTTTTTACTTACTATTCTTCATTTTTTAAAA--TTATT-TTGTATCTGTCTTATTAATTATAATAAACAGCAAATAATTTTGTAGTAGAGTTGACAGCCTCCAAAAAGTATTTGTTGTTTAACTGAAATA-CAGTTTTTTTAAACCTGGatatatatttttttcattttcattttatttttag---ttatttttaaaaattattGAT---tttttttattttaataggtgtttgggaaacaggtggtgtttggttctatgaataagttatttagtgttgttttctgaaattttatagcatccCTTATTACTCATTAAATTATATATTAACTC---ATGAAATCATTAATAAACCAAGGACTTTAGTAAAATGGAAATTTTATTTTAACTTGTAACCTGAGAAATAACTATC-CAAAAATCAGAGAAATTACCACATTAAAGTTTTAAAATCTTGAGCCTAAAAATGAAAAC--TGGTGCACCTAAGAACCACAGGCCCACTGGGTCAAGGTGAACAAAACTAAATTTAAAACAAAGTAAAACCAAGAAAACCAAACTCAAAATTATTCAGTGTTCTGTAATGCTGTTTTAT-TTGGGACTCACAGAAAGTAG------------------------TTACTATTATTATTAttttgacatggattctca--ctgtcacccaggctggggtgcagtggtatgatcttggctcaatgcaacctctgcctctggggttc-agtgattctcctgcctcagcctccagagtagtcgggattacaggcatgctcccccaagcctggctaacttttgtatttttagtagagac 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gtcattactgatctttttactttctctttcactttgcctttcccagaatgtcatataatagttgtaatcatatagtatgtagccttttcagactggcttctttcacctagcagtatacatgtagggttcttccgtgttttttcatggcttgatagctcattttttaaattgctgaataatattccatttgtttgcatgcactgcagtttgtttatccgttcttgaattatacatctctaattgggttactttgtctttttgttactgaattgtaatagtttcttatgtattctaggtagaaATCCCTTCTgttcatcagggttgcaggatacaagatcaatatacaaaaatcaatggtgtttgacacactttaactgaatactacatacttaaaatgagcaatctgaaaattaaattaagaaagcaacttcatttataatagcatcaaaaagaataaaatacttagaaataaatttaagaagtgcaaaacttgtatactgaaaactataaaacattgttgaaagaaatgagagaagatctaaataaatggaaaagtatcccatgatcatgaatcgaaggcttaacattattaagatggcagtcctccctaaactgatttacagattcaacttgatccctatcagaatcccagatgagttctttgtaaaatctacaagctggctctgaaattcatatggaattgcaagggactaagaatagccaaaacaatcctttgaaaatgaggaacaaagtaggagaactcatacttactgattttaaaacttactacaagacaatggtaataaggacagtataatactggcagaaggatggatgtatagatgagtgggatagaattgagagtcagaagtgaacacatacatatataatcaacttatttttgacaagggtgccaagagtattcagtggggaaagaagttcaaaaactggcacagtggcaaccagatatgtaaacatatgcaaaacctggagttgaacctttacccaacatcatatacaaaaactatggatacaaaaa-aatgcatcaaatgaatccacttttaactaatccacataaatgtaagggctaaaactataaaatcctgagaagcagacatagaagtaagttgtcatgaccctggatttggcaaatctttcttaaatatgagaccagaaacaataatacaaattgatgaattggacttcatcaaaattaaacagttttgcacgtctaaaggacaccatcaagaaa-tgaaaagatagcccacaagttggaagaaaatacttacaaatcatgtatAGCACTTTTTGATGGTAAACTTGAGGAAGACATTT 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