##maf version=1 a score=53723 s hg17.chr13_random 0 630 + 186858 GAATTCCTCCTTGCACATTTCTGCTTTATCTCATCTACACAGAAGTGATCCAATATTTAGCTATAGAGCTATATTAGTTAAGAAGGTATTTTTAAAGTAAAATTTGTAGGTTTTTAGCTTAGTCTCCATTTAAAATATGTTCTGTTTTCTTAACTTCAGGATATGTGTGTAGTTTGTGGCAGTTTTGGCCAAGGAGCAGAAGGAGGATTACTTGCCTGTTCTCAGTGTGGTCAGTGTTACCATCCATAGTTTGTCAGTATTAAGGTAAACATCCTTAAATTGAGTTAACAAATATGTATTGAATTTTTATTTGGTTTTAGTAGTAACATGAGCTCCTAGTTCTCACAATTAAGTATTATGATTATTAAACATATGTGACAGTATTTAAGCACTTTAAATACTGCTTTTAAGGGTTTCCTATCTCAAGAAATTTGCTCCTCTATAAATCTTATATTGTACTAATATCCCGCTTTTGTCTTGAAAAAGTAAAACATAAAAATATATGCATTTAATTTAAAAGACAATTTATACTATTCACAAAGATTTTAGGTTTAGGTGATTCATTTTGTCTGTTGATTTAAAAAGCTGAGAACTGGAGTATTTAGTAAAAAATTATTGGCCCATTCTGTT s rheMac1.SCAFFOLD70311 50394 628 - 78347 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a score=23482 s hg17.chr13_random 40717 306 + 186858 atgagtttttcaaaggtcagagcagattgaacctttgtggtttcattttccctgattttgatttttcttatggggaacctgtgttgctgcattcaaggtatgttcatactggcctgtcaaatgcgaactcttcaaattactagttaatgctttcaaaatatgttatttaaaaaattatcctctgtattttccatatgcagttataaatatgtttcatggctatgttttattcctcaatttatatgtttgattattgtaccaagcagagtacctttgaaatttttcttcatttaaaaaatatgtatc s rheMac1.SCAFFOLD50152 97726 303 - 109683 ctcagtttttcaaaggtcagagcagattgaacctttgtggtttcatttttcctgattttgatttttcttatggggaacctgtgttcctgcattcgaggtatgttcatcctggcctgtcaaatgcggtcttttcaaattacttgttaatattttcaaaatatattattttaaaa---atcctctgtgttttccatatgcagttataaatatgttttctggttatgttttattcctcactttatatatttgattcttgtgtcaagcagagcgcctgtgaactttttcttcatttaaaaaatatgtatc a score=-1128 s hg17.chr13_random 41023 140 + 186858 ttggctaaggcctgtaatcccagcactttgggagg---------ccaaggcaagaggatcacaaggtgagaagatcaa--gaccatcctggccaatacagtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaattagcc---------------------agtcatggtggca s rheMac1.SCAFFOLD6232 26407 163 + 29589 ATTTC-----CTTTTACATCCTGCACCCTTCAATGCTCCCCATCCCAAATTAAGTTATTCCTGTGGGGAGAATATAAAATAAAAACCTATTTTAATGTAGT----TTTTAACTTAATTAAGAACCTATGAAATCATCCCTTTCAAAAAGTTTGGAACAAAGTCACAGTCGTA a score=-560 s hg17.chr13_random 41311 226 + 186858 ATtatatatatatgtaatatataatatatataatatgtcat----aatatatgtaatat--------------------------------------------------atattatatgtcatatatatgtaatatatattatatgtcataatataat---------------------atatgtaatatatattatgtcatactatatattatatattatata---ttatatatcgtaaataatatatataattatatacaattatatataattat-ataattacatatataattttatatatt s rheMac1.SCAFFOLD6232 26721 293 + 29589 ATTGTCTATATGTGAAATAAAACACACATTTATTTTGTCCTTTGGGAGTTATCCAAAATCACAGAACTGTGAATTGCAGTCAATCACCCAACCTACTCACCTTTCCAGAGTAATCTTAGTCAAATATTTTT--------TTCTGTGTCCCAATGAAATGCAGTATTTCAACTCAGAAAGATAAATAGAATGAATTGGTAGAGACTGTTAACTA-AGAACATACAGTTTTATTTATACTGAGAAACAAGTA-GATCATGTATG--TATATATGAAGATAAAAATTAAAGGGATAATTGTATAAGTT a score=-423 s hg17.chr13_random 41632 145 + 186858 CAGGATGTAAAAG----GAAATtatatatgtg-ttatatatgtta-ta-------------tatattatattgtatgtaattttatatatatatggggttgccctatttcccatctcata-acttattttaactagcacagcataataatgtgtgggcttcggat s rheMac1.SCAFFOLD6232 27134 153 + 29589 CATGACTTGGAAGCTGTGTAAGTTTAGAGGTGCTTGTATGTGTTAGTAAATAAGGCAAGGTGATATTGTTTAGTGCAGAAGACTGAATAGATA---AGCTGCTCCA--------CCCATACACTGGTGTTCATT-TCATGGTCATCTTATCTGTTGACCATGGAT a score=23642 s hg17.chr13_random 43566 380 + 186858 tttgaaacaaaacactgagccttcaatgaccttcctgtacatgtaaaagcacacctgtctgcatggcagcagttggacctcacaatgtggattgtgccttcaccctggaatgtttatg---ccctatcaccatggtgatgggattagggatctcctgcccttggtcctaagtgccactgtctgtgctgagtttttcaaaggtcagagcagattgaacctt-gtagtttcattttccctgatttttatttttcttatggggaacctgtgttactgcattcaaggtatgttcatactggcctgtcaaatgcgatcttttcaaattactagttacgtctttcaaaatattttatttaaaaatttatcctctgtattttccatatgca s rheMac1.SCAFFOLD85359 3649 355 - 73689 tttgaagtaaaacactgagccttcagtgaccttcctgaacatgtaaaagcacagctgtctgcatggcagcagttggacctcacaaggtggattgtgccttcaccctggaacgtttatgatgccctatcaccatggtggtgggattagggatctcttgcccttggtcgtaagtgccactgtctgtgctgagttttccaaaggtcagagcagattgaactttcgtgctttcgtttttcctgattttgactttccttatggggaaccggttttcctgctttcaaggtatgttcatactggcctgtcaaatagg-------ccaaatgct------gtcttttcaaat-tactagttaatacttt---------------catatacg a score=6732 s hg17.chr13_random 43946 87 + 186858 gttataaatatgtttcatggttatgttttattcctcaatttgtatatttgattattgtaccaagcagagtacctttgaaatttttct s rheMac1.SCAFFOLD50152 98554 87 - 109683 gttacaaatatgtttcatgttgatgttttatttctcaatttatatatttgattcttgtgtcaagcagggtacctttgaaatttttct a score=1061 s hg17.chr13_random 44033 13 + 186858 tcatttaaaaaat s rheMac1.SCAFFOLD85359 4004 13 - 73689 ttatttaaaaaat a score=10913 s hg17.chr13_random 44046 182 + 186858 gtgtatcttTTctcaggcctgtaatcccagctctttgggaggccatggcaagaggatcacaaggtgaggagatcaagaccatcctggccaatacactgaaaccctgtctctactaaaaatagaaataattagccaggcatggtggcagcttttgtaatcccagTGTGAATTGGGATTCAGTT s rheMac1.SCAFFOLD50152 98654 167 - 109683 atgtatcttgacttaggcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcgggaggatcacgaagtgag---atcaagaccatcctggccaatacggtgaaatcctgtctctactaaaaatacaaaaaattagccaggtgtggtggcagctggtgaagtcccagtgtg------------gtg a score=29040 s hg17.chr13_random 44228 587 + 186858 TATTCCCAAATTCCCAAATtatatatatatatgtattttatatatataattgtatatataattatataatatataatatagatatataatatatataatatattatttatatattatatatattgtataatatatattatacatatataattat-----atttataatata-tgtataattTCCTTTTACATCCTGCATCCTTCAACGTTCCATCCCCCACCCCACAGATTAATTATTCCCTAGGGGAGAATATGGCAAAGTCTATTTTAATTCAGTTTTTAACCTAATTAAGAACCTATGAAATCATTACTTTCCAAAACTTTGGAACAAAGCCACAGTAGTATGGATGGGTTGGAGGCTTTTCACACCATAAAATGTACCTATCTTTGTTTTTAACATGTTTTTCCCTTCCTCTCTTCTTTTTTTGTGAAATGTGTATTTACTTTAATAAATTTGTAGTAAGTCATTTCCATTCACATATTAATTTTTTAAAGTAATAAGAACGTGTATTGTCTGCGTGTGAAATAAAACTCACATTTATTTTTATGCTTTTGGAGTTATCCAAAATCATGGAATTGTCAATCACAGTCAA s rheMac1.SCAFFOLD85359 4017 536 - 73689 tatcctc------------------------tgtattttccatatggagttataaatacgttt-------------tgtggttatgttttattcctcac------tttatatatttgat---tcttatatcaagcagggtgcctttgaactttttcttcatttaaaaaataatgtatcATTTCCTTTTACATCCTACACCCTTCAATGCTCCCTGACCCA------AATTAAGTTATTCCCTTGAGGAGAATATGTCAAAGTCTATTTTAATGTAGTTTTTAACCTAATTAAGAACCTGTGAAATCATTACTTTCAAAAAGTTTGGAGCAAAGCCACAGTAGTACAGATGGGTTTGAGGCTTTTCACACAATAAAATATACCTATCTTTGTTTTTAACATGTTTTTCCCT-CCTCTCTTCTTTTGTTGTGAAATGTGTATTTCATTTAAT----TTGTAGTAAGTCATGTCCATTCACATATTAATTTTAAAAAGTAATAAGAACGTGTATTGTCTGTATGTGAAATAAAACACACACTTATTTTTATGCTTTGGGAGTTACCCAAAATCATAGAATTGGAAATTATAGTCAA a score=5661 s hg17.chr13_random 44815 77 + 186858 TCACCCAACCTACTCACCTTTCCAGTGTAATCTTAGTCAAAT-TTTTTTTTGTTATCCAATGAGATGCAGTATTTCAA s rheMac1.SCAFFOLD50152 99468 78 - 109683 TCAGCCAACCTCCTCACCTTTCCAGAGTAATCTTAGTCAAATATTTTTTCTATTACCCAATGAAATGCAGTATTTCAA a score=42578 s hg17.chr13_random 44892 590 + 186858 CTCAGAAAGATAAATAGAATTAATTGGTAGAGACTATTAACTAAGAACATACAGTTTTATTTATACTCAGAAGCAAGTAGATTATGTACATATATATGAAGATTAAAATTAAAAGGATAATTGTGTAAATTTGCCTGTAGAGAGCTTTGAAATCCTGTTTACTTGTTAATGCTGTTTTGATGTATTGTGTGACTTTGTTCTCCCGACCCATCATCCAGAGCTCTCTGCAGGAGCTAAGTGCTCATCAGTTCCATGACTTGGCAACTGTCTAAGTTTAGAGGCACTTGTATTTGTTAGTAAATAAGGCAAGATGATATTGTTTCACAGGTTTTAGTGCAGAAGACTGAATAGATAAGCTGCTCCACCCAGTACACTGGTGTTCATTTCATGGTCATCTCATCTGTTAACCATGGATAAaaaacacttatcttcaatgatcttcctgtacatgtaaaaacacacctgtctacatggcagcagttggacctcacaacgtggattgtgccttcaccctggaatgtctatgatgccctatcgaccatggtgatgggattagggatctcttgccctttgctctgccactgtctgCA s rheMac1.SCAFFOLD85359 4553 576 - 73689 CACAGAAAGATAAACAGAATCAATTGGTAGAGACTA-------AGAACATA--GTTTTATTTATACTTAGAAACAAGTAGAT-ATGTACGTATACATGAAGATAAAAATTAAAGGGATGATTGTGTGAGTTTGCACGGAGAGAGCTTTGGAAACCTGCTGACTTGTTAATGCTGTTTGGATGGACTGTGTGCCCTGGTTCTCCCGAGCCATCATCCAGACCTCTGTGCAGGAGCTCAGTGCTCATCAGTTCCGTGACTTGGAAAGTGTCTAAGTTGAGAGGCACTTGTATGTGTTAGTAAATAAGGCAAGATGATATCGTTTCACAGGTTTTAGTGCAGAAGACTGAATAGATAAACT---CCACCCAGTACACTGGTGTTCATTTCATGGTCAGCTCATCTGTTGACCATGGATGTaaaacacttaccttcagtgaccttcctgtgcatgtaaaagcacaaatgtctgcatggcagcagttggacctcacaaggtggattgtgccttcaccctggagagtttgtgatgccctattg-ccatggtgacggaattagggatctcttgccctttgctctgccaccgtctgtg a score=27689 s hg17.chr13_random 45482 338 + 186858 CCAGCCAGGCCACTGGGCCATTGTGGCAGATGGTGATGCCCTTTGTGTGGAGCGCACTGTGTGTGCGCTGAGGCAGACACAGTACTTTTGACAACTTTATCTGCTTCTTTCAAAACTGGGTCTGCATTATGATAAAGTGGTTGGTTTTAGGCCAAGCAggtgcatgtcatagaacaatgacttgggagttcagaatcctgggcgtgaataagcctctgagccttattaagctgtgaaatctaaagcaagacatttccctgataattaagcctcaTGAgcacttatactgtacactttacctacatcaaatcattcggccatcaccacagacaaatggc s rheMac1.SCAFFOLD20751 10788 337 - 30570 cCAGCCAGGCCACTGGGCCATTGTGGCGGACAGTGGTGTCCTTTGTGTGGAGGGCACTGAGTGTGCACTGAGGCAGACACAGCATTTTTAACAACTTTATCTGCTTCTTTCAAAACTGAGTCTGAATTGTGATAAAGTGGTTGGTTTT-GGCCAAGCAGGTGTATGTCATagaacaatggcttgggagttcagaatcctgggtttgaatgagcctctgagccttattaagctgtgaaatctaaagcaagccatttcacTGATAATGAAGCCTCATGAGCACTTATACTGTTCACTTTACCTACATCGAATCATTCGGCCATCACCACAGACATATGGC a score=28358 s hg17.chr13_random 45820 388 + 186858 atgattgatttactatcaccttttactgggcagaaaaagacagagatgaatgtgcccaagcttattagcccctcagcaaaagagccaagatgggaacccaagcatacagccccaatgctgaggctctgaactactGACCTGCCCTCAGCACTCAGCCTTGGGATCATGAGTCACTGTGCAAGGGAGTCCCAACATCTGCATGTATGTCTGGAATGATCTGAGCCTGTAGAGTTCCTACACACTGGCCACATTATAGGGTGGTGTCTGTGGTCACACAGCTCAGGGCAGGTATTAGTACATGAATAGCTTAGCGGTGTCATAGTCTTTATGTGAAAGGCTCATAAAAGCCCAAATGCTTTTGAACTGGTTGCGGATTTTGAGTTGGAGG s rheMac1.SCAFFOLD85359 5466 356 - 73689 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AACACTTGGGACAACCGGTCACATTCCTTCAGTGCGCGGCCACTCCTCAGCACATATCCCAAAGCCGGTAAATAATGGGAAGACCCTGTACTGATGTTTGATGGTGTTATGAACTTCAAATGACCCCTATAGAAATGTTAAAAAAAAAAAAA--GTCTGTGAGCTACACAACCTGGGGACAAGACAAG----AACACAAAATACCACTAAATAATGAGCCTCATGTGTCACCCTGCTTGCAACTCCCTTGGCAGCTGGTTTCAAGAGCCTCAGTGCTCACCAGGGCCCATCTCCCTGCTCTGCCCTCTCTCGCTGTGGGTTGCCTGGGCTGAACATGGGCAGCCCCTCACACGATGACTGCAAACACAGGGCAAAGGAAGACTGAACGGAAAATGTATGGTTATAGTGGTTATTTTAAAATATAAGTATTTCAGTATTTTCTAATCTTTAAT----TATTATTTTTAGGGGAGGtttttttttttttgagacagagtcttgc--------ccaggctggagtgcagtggcatgatctcagctcactgcaacctctgcctcctgtgttcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggcacgtgccaccacgcctggcaaagtttttgtgtttttagtagagatggggtttcattctgttagccaggatggtctcaatcttctgtcctcatgatccacccacctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgagccaccacacctggccTGAttttttattttttatttttttgagatgaagtctc----tgtcacccaggctggagtgcagtggtgcaatctcagctcactgcaatctctgcctccaggttcaagggattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggttt--------------------ttttttttttttttttttttttttttttagttgagatggggttttaccatgttggtcaggctggtctcgaactcctgacctcaaatgatccgcccacctccaccttccaaactgctgggattacaggtgtgagccactatgcctgac----tATTTTCATAACCAAGAAAAGAAATAAGTACAATTAATGCTGGTGCATGGTATTAAATCTAGTTTTTAAAAAATTCACACATAAACAAGG-CAGAACCCTATACCCTCCATGATAAATGCAGTAGCAGTGTATGTGGGTCTGTGGAGGTTGAAAGGGACTTGGTAGATGTCAAGAAGGTAGTGGCAGTCTTGCTGGGCTTTTAAAGGGTCTGAAGAAGTGACAGGATGCTGTGGTTGAATCCTAGCATGTATTTTAGCATTTGTTCATTTGGAGTTTGATTATTTCACGTTGCTTTCATTTGCCATTACCTGGAAAGCCAAGGGCTCTACTCTCATTTCCTTGCTCCTGTTTCTTTGCCTTCCTTGGTCCGTGAAGAAGATGGTCCAGGAGAAGCTCATTCCATGCTTGTTAACCAGGCACACCCCTAAGTTCCAGTCCCTGAGTCATTCATGAGTAGCACTGCCAATGAACTGACAGCCATGCTGTGTCCCTCCACATCCCCTAGGTGACTCGAAGAATTCTTCCAAAAAGCGTGTGAAAAGGGAGCCCTACTCTACTACCAAGGTAAAGCAGCCTGTCTTTGCCTAAGATGTAAATGTTGTTTTCTTGGATCCTTTATTTTTCGGTTGATATCAGCTATGGGAAAATTATCCACTACATTATAGATGTTAGATAATATTTCCTTGGGGATGGAGGAGGTGTATTTTACCAACTGACACCTGATTCCAGAGGACGTGCAAAATTGGCAGTGTCAGATAATACACTGCGTGTTAAGGGATGTTTTCTTCAGGAACAAGCTTTCCACTTTAGATAAGAATTCTTCAATTGCTACTCAAAAATTACCTAGACAGAAACATTCTTCAAGAAAAGCTCCTGTGCTTTCCTAAGGGAACTCTACTCTAGAGTTGGGGCTTTTGACTTGAACCTTATTTC 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hg17.chr13_random 97906 31 + 186858 tgcagtgagctatgatcatgccactgcactc s rheMac1.SCAFFOLD81651 362 31 + 12069 tgcagtgggctatgatcatgccactgcactc a score=1785 s hg17.chr13_random 97937 67 + 186858 cagcctgggtgacagaacaagaccctgtctcaaaatatgaaaaaCATAATATTTTTTCTGTTTAAGT s rheMac1.SCAFFOLD41775 278 59 + 19448 cagcctgggcaatacagtgagacctcatctc------tacaaaaCA--GTCTTTTTATTATTCAGGT a score=10913 s hg17.chr13_random 98004 156 + 186858 CTTTAGAAGGGAACTGATCTTTATATATAACATGAGATAAGAGCCCAAAATAGAATAAAACAGTAGAAgccaggcaccatggctcacacctgtaatcccagcactttaggaagctgaggcgggaggatcacttaaatccaagagtttgaggctgca s rheMac1.SCAFFOLD81651 460 145 + 12069 CTTTAGGAGGGAACTGATCTTTGTATATAACACGAGATAGAAGTCTAAA-----------CAGTAGAGgccaggtgctgtggctcacacctgtaatcctagtactttaggaagctgaggcgggaagatcacttaaacccgagagtttgaggctgca a score=4320 s hg17.chr13_random 98160 58 + 186858 gtgggctatgatcgctcccctatactccagcctgggtgacagagtaacactccacctt s rheMac1.SCAFFOLD41775 337 58 + 19448 gtgggctatgatcactcctctacactccagcctgggcaataggataagactccacctt a score=31908 s 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