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s mm7.chr16 37357889 1184 + 98481019 TTTCTGATGATCCTGTTCAAATTCTGCGTGATTTA-AAGATTCTTTTCTCCCCTCTAGCTTTCTATTTCCAATGTAAGATTCCTAATTTTA-----------------------AACTATCCGAGAAGCCACCTCTCCCGATTCATCACTTTTAAATGTCCCAC---AGACTTAACCTCCTATCTCTCTTGGAA---GTGGCCATGAGACCCACCCCACAGCCCAGATGAAGAG----AGATCTCAGATGCTCTATCAAGCTTCCTATTTTGCTTCTAGCATCCTTTCTAACGCTGTCAC---AAGCGGCCTTCCCTGCT--AAGTCAGTTGCAGGAAGATGAAAGCAGGCTTACCCTAACTCTGAATTATATGTTTTTGCTTTCTTTTggttcagaagatcaaaccaggggcattatgtaaataaggcatgagccctaacactgagctatacctcTCGCCATGAACCCTAAGTTTCTAAACTAACTTGGCTGGTGTTTGAAAAGCA--AACTGTTACCTTCCACACTACTA-AAGTCTTGGGGAAAAAAAAAGGTCAAAAGGTCAAAATTGT---AAAAAAAAAATCAGCTTATCTTGGCTAAGAAAAAAGt-----aatttaatatatttatactaaaataatCTCCTAAGAATAGAAAATCTACCC-CAAACACATAATTAAACTTAATTAGCTAAATCCCCAAATGATTCTACAAAATTATTCTCGCCAATTAACTGGCAGATTAAAATAAGCAAATAAAATCAGCTTT-AGTCTTCAGTATGCAGCATGAACATCTAAGGTCTTAACCAACACCAAGCAGCCATGATTGGCAAGACTGAAATAA-----------CTTCGACATTTACATTTCAAACTAAGCTGAATTACAGCAATTCGACCCTGAGGTGACCAGCTATAGCTCGAAGGT----------------------AAGGGAGCCT--TGATGGAGATGCAGTCA-GCCTTTCAATCAGGTTGAAATCCCTCAACTGCAAAGGTGATCAGTTCACTACCAGTCAGAGAAGTCTAAACCTAACCTCCTGCTGCTCTAGAAATGAACAGTATGGTCGCATAATAGTAAC-----------------------------------------------------CGGACAAGCAGAGCAAGGCCAGAGATG-----------------------------------------------------------------------------AAATGCATCTGAATG-CCACACAATG--AGACCTCTCAAGTCACCAGTCACTCACTAGTCTGCACTTTAATAGCTTCCAGATCTGTCT--CTGGAATAGACATTTCATTTCAC-AAAATACCAGTAACTTCATGACCAAAACC 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ccttgcacttgc--cgttctctgatgagtaggc----tgccttcctagagagctaggtccctcaccccacttctttcagatctttattcagatgtcaccttcaaa--------------------------------------------------------------------------------------------------cagagggcttccctgggcctaagattgtagctgcttacctcccctactacttacacacactccaaatctcccctgctttattttttttctcatcacttaccactaac----atgttaaatgattttaatttttta---acttgtttcttgtctcccctact----agaaagtttgttctacaaggacaggaatttttgcctgttttgatctccattgttatcttggcatgtaaaatagggccataacagaccctgagcaattatttattgattcaatcaatCATTCTTAAAGATTAGGCAA s mm7.chr16 37360588 474 + 98481019 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ttagcacagtgcctgg-cacat--tgtaaCTTTCATTCAATCCTCATAACTTCCAAAAAT--TCCAAAACACCAATGCAACGTGTGGGAAAAGTCCAGTCCTGTTCTGTTAACATCATATTTAACCTACTT----AGTTCCTGTATAGAAAACTACCTAATGAAAGCACACCTGTT-aattaccagtttactgggcatatattatgtgc-tgcgaatgttacacagactgtcttatttaacctcata----------atgcacatcatttatatatgaaaccaggaaa---ctataattc-agaggagttg---aagttgcccaaggtaacagagttagccaatgagtagtgctttgggttctgactccaaagcctagaacttcagCAAGCTTCAGGGTCTTTAAAAGATGCAGGTTGAAGGAATCACTGTATTCCCATCAG-GAGAGAGCAGTATCCCTATGAGCTGTGAACTGAAAGGTAAACACCAGCTCTTTAAAATtatatatatatataaaatatatatgca s mm7.chr16 37361734 483 + 98481019 CTAGCATTGAACCTGACCACTTTGTGTAACTTTCCCTTGGTTGTTCTAACTTTCAAAAATGATAGAGAATATGTATGCAAT-TGTTGGAAAATCTTTAT----TTAAAAAAAAATCCCATTTGAGATATTTAGACAGCTTTTACAGAAGAAACTGTCTA---AAAGCACACTTGCCAAAATATTTTTTTAGT-GATGTATGTTACATACATAGTAATGCTACGT--ACTTTCTTGTTTGATTTCACAAATCTGACGGATGCACACCATTT-TCCACGAGAACACAAAAAAGCTATGGTTTGAGAGGGATTACGTAAATTGCCCAGGG-ATCATAGTTGGTTATTATATGGGGCCATGAGGTCTGCTTCCAAAGCCGAATGCATCA--AAGCCTCAGCTTCTATAACACACTTCATTTGAACAACCCC---TATTCTCAAGAGAAAGAAAGAAGTGTCCTTGAGAGTTAGGAGCTGAATGGCACAAAACAGCTTTT---------------------------TATGCA a score=21539 s hg17.chr3_random 104588 1153 + 970716 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s mm7.chr16 37362217 1101 + 98481019 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TAAAAGACGATCTGGGGCGAAAACTGAAGTAATCAGAAAC-AAAACCTTCTCTGTCCCTACTG------------------------------------------TCCTTCCTTCTCCCCA---------------------------------------GTTACCAAGGAGAAAAA-CAACTTCAAGTTTCACAGCAGGGTCTTTGGGTTCCCCT-----TCTCCTCAGG-GGAAAAAATGTAAACAATATTTCCATAACTCGGGCAAAGAAGGATGGATCAAAAGAGAGCCCCAGCTTGGCTGAAACGTCTGGGGGCGCGTAGGTATGT-TGGGAAATGGTTGCTAGA----AAAGGGACCTAGAAAGTGTTGGCATTTGAAATGATGAGAAGCAGCACTGCTGTCAAATTTATTCAACATTTTAATACTGTTTTAAAATATTTATTAAGCACCCACCGCGTGAAGCACACAGCACACTAGTCAGTGTTAAGTCAATCTTCTAGGCTCAGTGGGGGAAATCCAGACAAAATGGAAGATGGGGTGTT-------------------------------TGCCTTTCGGGAGCTGACAATCAGGCAGTACAGAAAGAATAGGCAGAAATGGTAATATTT-CAAAGTAGTCTAATGTCCAGATGAATATAGAGCAAAATGGACTCATGAGGATTCAGGCTGAGAGAATGTAGAAAA s mm7.chr16 37364190 695 + 98481019 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ttagttttgtaagatgctgtcaagctgtctttcaatgtgtctggaccacatcagtttcccaccagccatcagtgtactctctcccatggtgccaagcccttgctggtgttaagcattgtcagtctcctgt--------------ataagtgtgcatgtggggggggggggcagtacattgttttcacttgcactttcctggtgg--catggggtgaagcaggttttcatctactcatttttttcccacctgggtgtcttctctaatgagatatctgttaagggtttgggctcagttttagattttattttttAGTATATCATACTAAGTCATGCAAAGCTATTTTCATGCAATATGACATAAGCATACATGACTCCCATCATC-----CCACTAACTTCCCCTTTCTAGggcccattttcaacctgactgagatctttctggctgagttttaataagtttgtatattctaataacagacatgcctttttcaaatattttttttctcacagccctggggttgtctt---tttattctattggaatagtctttttgagagcagaaatttgtgttaaattgaat-ctatctcatcagttccttctttcaagtgtaatatctgatattgtatgaaaacagccattgcatacccaagggcattttgtctttttcctacacatatcttctag a score=2240 s hg17.chr3_random 113215 33 + 970716 TTTGTTTGCTCTGATTTGGTTTGGCTTTTTTTA s mm7.chr16 37371635 33 + 98481019 TTTGTTCAGTCTGATTTGGTTCAGCTTTTTTTG a score=52834 s hg17.chr3_random 113255 1636 + 970716 GCCATTTTATGGAAATTTAACATACATATAGAA---AAATGCAAAAAATATA-----CATATTCTGTTATTAGAAAATGAACTTACCTTGTAATCATACATAG--TCAATGTATATAATA----gttccatgtgag-cttaaaaagaatagatatattccatatttattgagtgcagggttagatcaagcttgttaattgtgtggtttgaatctctcatatctttattcattttgtctattt----gatctat---------agaggtgtattataatctcccaatgccattgtgatttgttaatttctccttGAACAAAATTAGAGTATTCAAGATGAATTGAAGGTGAAATGGAAGCATTTTAGTGGGAATGCCTCTGTGAATTGTTTGTATATAAAGAAAAAGTAACTCATATATAATGCTTTGTTCCCTCTATCCATTCAGTGTGCTGTATACAAACCAGCCAAGA----AAAAACATTCTGCCTAAAATATACAGTACACTTAGAAACACATCTGTCATGTAGACATATCCAAAAGCTTATGAATATTACATTTTGCATTCCACTTCT-TCAGAGACTGTCTTTTCATCCTAGTGTTAGCATATATCTGTTCTTATTGCTAAAGTCACTTACATAAGCACATATTTGTACTTGAAAGGAACAATAAGTTTCCTACAAAGTGTAAGGTGACATTTTCTTGCACGCTTTCAATTTAATATAAAAGAGAGTTAATCCTCTTAGCTGAGGCTATGTCATGCTTTCTTATTTGTGATAAAGTATAGCCctatcatcatcttttccctggggagagcagcggcttcttagttgattttcttgcat-acatctactcttgtcatactctc-attccttttccatacagcagccagagtggccttcttaaatataaatgatcctatcacccccaatt-aacccttacctgacttacaacacccagtggtggtctgcttcctgtctcgtcagcagtacttgtctctatgctcctcatcactgtctgtgcttcagacatgctggcctgtcttcagttccttctttccacagggcc-----------------------tttgcacttactctttgctctaccttaaacactacactct-----acattcctattcgtccttcagaactcaattctatagccccttaactaatcaacaaggtcgaatccctctacgaactttcatagcgatataggcttctccttcatggcactaactgcaatcctaattagg-catttttaaaattatttagttcatctctgc---------------ccccaaccccaacaagattgcaggctctttgaagaccaggaccacatcagacttggatctactgcatctcgatactagcacagtgtttggtacaacgtagtagtgatgaatgaatgaatGACTAGTTGCCTTTCTTCACTTCCAAGTAAGTCTATTAAACAAATGTGCCTACACCCCTC-----TTGCTGCCTCTGCTTTCATCTCACTCT------CACCTCCAGGATGTATTCCATACCCACCACCCCTCAACCCATACACACATACAGCCCCCC-ACcacacacacacacacacacacTCAAAATTCAAGTCTAACACATTGTCTA-GTAATGTAGATTGTGATCAAAGATTTATCTGGATACACAGGAGAGGAGTTATATCACAAAGCAAAATGACTC-----------AATGATGTCTTTTT 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970716 taaaacagggtagggggttatagagtaa---tcaaggaggaggtaacgctggacagaaacataaggaaactgagtgagcaagtgatagtaatgtgtggaaagggaaatccaggcagaagagacagagtgctttaagctcctgcagtgggaatgagctggggctatctgaggaatggcaaagagtgagcatggcgaaagagtgatggatgatgctggag-----------atgcaggtcggccccgatcatg---cagacctttgctggtcatgg----------tagagaccttggattttaTGCATATCCCAGAAGATAATAGAAACACAAGTATGCAAAGAACAATACAAACAAATAGCAG-ATGAAAGAGGCA----TAATGTGGACTTAGGTGGCAACACTGGCACACCTGCTtcaagagcacaggctc s mm7.chr16 30912772 353 + 98481019 AAAAACAGGGCAAGAGGCAGAAGGATGAGACTGACAAAGGAGTTAACATGGAGCAAA-----------------TGAGACAGTGACTGGA------GAGAAGGGCAGCCCAGGCAGG---------GCGTTTCCACTTGCTGTGGAAGGAATGAGCTTGGGATGTgggaggaagag--gagggggaggaggggggaggggagaggga-gATGGGAGAGCAAAAGGAAGCATGGTGGGTGACAGC-AGCATGTGGCAGA----TGCTGCTGACAGACACTTCAAGTGGAGAGCTTGGAGTATGTACTCA------------GTAAGAACATA-GCGGGCA--------------CAAATGGCCGTGTAGAAGGGGCAGCTATAACGATGAC-------------CTGGGAAACCTGTGCCAAGACTAAGTGCCc a score=10528 s hg17.chr3_random 431005 207 + 970716 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aactaaactttttaaacaagctacctatacatgcagtatccctttccacaccttccactcattcctcagccccgtgcaatgtggcttgct-accctcaaaaggccaatgaggacactctcactaagatcaccagtgatctaggtgaccctgaatctagcgaagtctttctcatgttaGCTCTgttgttttgaggattaaatgaactaattcatgtaatacgcttagtagagtatctgAAATGTTCAAGATACGTTCTAAACTTCTATCTTGTATTGGTCTATCCACATCTTCTGAATATAGGTAAATCCAGCAAGTGGATCTTTTTGTCATTT s mm7.chr16 30917465 318 + 98481019 AACTGGATTTCTT-GACAAGTTGCCTGCACATGCGATCTTCATGTCCACATCCTATGTGC-TTCCTCTGTCC--TGCAGTTTGGCTTTTTAACTCTTTTAATGCCAACAAAGTCCTTCTCAGCAAGGTTACAGATGGCCCGTGTCACCCTAAGTGTGCCAAGATCTT----GTGGAAGAGCTCTTGTTATGACGATTAAGT----TGTTTCACCTAATA--TTTAGGAGTGCCTCTG-CATGTCTGAGCAATGTGCCCAATTTTCATCTTTCATTGGCCCAAGCACATCTTCTGGCTAAAAGTCCAACAACAGATTTTTTTTTTTTATCATTT a score=3932 s hg17.chr3_random 436010 140 + 970716 CAACAACCAAAAAGTCATCACATTTTTACTCACTTGCATTTACATAAAAAATCTAGAAGATCTCGAAAAGAAGAATACACCCTTCTGTTTTAAttttttaaattaacaaataaaattatatatttatggt--atgtacacac s mm7.chr16 30917784 138 + 98481019 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CATGGTtttcttcaccatacggattccattccctttggatatatagttagaagaggcaccactgaattacacggt-gttctgccctgtcattttggaggatgt----tattgttttccatcatgtctatgttgatttgcatccccattaacagcatatttatggtcccacgtcaccacctccac-tcg----tgacatcttgcctttACAGCTTCTGCAGGA---TCATTAATACATGTAATGTCA-TGTTCAGGTATTTGGGCAGAAGAGAAAGCCAA-TGTTTGAGGTAATAGTTCTCAAACT--------GAagaagaaaagataaactggaccaggggaatatatttggaaaaaaacttatctggaaaaacaccgttacttaa-atatataaagaattcttggaacctaacaacaagaaga a score=3870 s hg17.chr3_random 450206 111 + 970716 TGATATCACAGTGGAAGATATTGTGAAGCTCCTCTGTGTGATATCACAATGGTAGTTACAGTGAAGGTTGTCAGTGTGATATCACAGTGGTAGATATAGTGAAGCTGCTCT s mm7.chr14 82911931 110 + 119226840 TGACATCATAGATATAGTCACAGTGAAGTGCTTTAGTATGACGTCATAGATATAGTCACAGTGAAGTGCTTTAGTGTGACATCATAGATATAGTCACAGTGAAG-TGCTTT a score=4551 s hg17.chr3_random 456963 111 + 970716 TGATATCACAGTGGTAGAAATAGTGAAGCTCCTCTGTATGATATCACAGAGGTAGATATAGTGAAGCTCCTCTGTGTGATATCACAGTGGTAGATAcagtgaagctgctct s mm7.chr14 82911931 110 + 119226840 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