##maf version=1
a score=69736
s hg16.chrM           0 898 +     16571 GATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATTCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACCTACTAAAGTGTGTTAATTAATTAATGCTTGTAGGACATAATAATAACAATTGAATGTCTGCACA----------GCCGCTTTCCACACAGACATCATAACAAAAAATTTCCACCAAACCCCCCCCTCCCCCCGCTTCTGGCCACAGCACTTAAACACATCTCTGCCAAACCCCAAAAA-CAAAGAACCCTAACACCAGCCTAACCAGATTTCAAATTTTATCTTTAGGCGGTATGCACTTTTAACAGTCACCCCCCAACTAACACATTATTTTCCCCTCCCACTCCCATACTACTAATCTCATCAATACAACCCCC-GCCCATCCTACCCAGCACACACACACCGCTGCTAACCCCATACCCCGAACCAACCAAACCCCAAAGACACCCCCCACAGTTTATGTAGCTTACCTCCTCAAAGCAATACACTGAAAATGTTTAGACGGGCTCACATCACCCCATAAACAAATAGGTTTGGTCCTAGCCTTTCTATTAGCTCTTAGTAAGATTACACATGCAAGCATCCCCGTTCCAGTGAGTTCACCCTCTAAATCACCACGATCAAAAGGGACAAGCATCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCA 
s panTro1.chr6 29889948 890 + 161576975 GATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCAGTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAAACGCTGGCCCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCCCATTCCATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACGAGCGAGCATGTTAACCAAGGTATGTTAATTAATTAATGCTTGTAGGACATAACAACAGCA-----------GCAAACGCCCACGTGGCCGCTTTTCACACCAACATCATAACAAAAA-TTTCCGCAAAGCCCCCC--TCCCCCCACTTCTGGCCACAGCACTCAAACACATCTCTGCCAAACCCCAAAAAATAAAGAACCCTAACATCAGCCCAACCAGATCTCAAATTTCATCTTTTGGCGGTATGCACTTTTAACAGTCACCCCTCAACTAACATATCAT---CCCCCTCAACTCCTATTCTACTAGTCCCACCAATGCAACCCCCTACCCACCCTACCCAGCACAGACAC--CGCTGCTAACCCTATACCCCGAACCAACCAAACCCCAAAGACACTCCATACGGTTTACGTAGCTTACCTCCTCAAAGCAATACACTGAAAATGTTTCGACGGGCTCATACCACCCCATAAACAAATAGGTTTGGTCCTAGCCTTTCTATTAGCTCTTAGTAAGATTACACATGCAAGCATCCCCGCCCCGGTGAGT-CACCCTCTAAATCACCACGATCAAAAGGAACAAGTATCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAGACAGCAGTGATAAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACTCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCA 

a score=215633
s hg16.chrM          898 2472 +     16571 CCGCGGTCACACGATTAACCCAAGTCAATAGAAGCCGGCGTAAAGAGTGTTTTAGATCA--CCCCCTCCCCAATAAAGCTAAAACTCACCTGAGTTGTAAAAAACTCCAGTTGACACAAAATAGACTACGAAAGTGGCTTTAACATATCTGAACACACAATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCAACAGTTAAATCAACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCACCTCTTGCTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTGATGAAGGCTACAAAGTAAGCGCAAGTACCCACGTAAAGACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATGAGGTGGCAAGAAATGGGCTACATTTTCTACCCCA-GAAAACTACGATAGCCCTTATGAAACTTAAGGGTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTGAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAACAGGGCCCTGAAGCGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTATACTTCAAAGGACATTTAACTAAAACCCCTACGCATTTATATAGAGGAGACAAGTCGTAACATGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGACGAACCAGAGTGTAGCTTAACACAAAGCACCCAACTTACACTTAGGAGATTTCAACTTAACTTGACCGCTCTGAGCTAAACCTAGCCCCAAACCCACTCCACCTTACTACCAGACAACCTTAGCCAAACCATTTACCCAAATAAAGTATAGGCGATAGAAATTG-AAACCTGGCGCAATAGATATAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAAAATTATAACCAAGCATAATATAGCAAGGACTAACCCCTATACCTTCTGCATAATGAATTAACTAGAAATAACTTTGCAAGGAGAGCCAAAGCTAAGACCCCCGAAACCAGACGAGCTACCTAAGAACAGCTAAAAGAGCACACCCGTCTATGTAGCAAAATAGTGGGAAGATTTATAGGTAGAGGCGACAAACCTACCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAAGATAGAATCTTAGTTCAACTTTAAATTTGCCCACAGAACCCTCTAAATCCCCTTGTAAATTTAACTGTTAGTCCAAAGAGGAACAGCTCTTTGGACACTAGGAAAAAACCTTGTAGA-GAGAGTAAAAAATTTAAC-ACCCATAGTAGGCCTAAAAGCAGCCACCAATTAAGAAAGCGTTCAAGCTCAACACCCACTACCT-AAAAAATCCCAAACATATAACTGAACTCCTCACACCCAATTGGACCAATCTATCACCCTATAGAAGAACTAATGTTAGTATAAGTAACATGAAAACATTCTCCTCCGCATAAGCCTGCGTCAGATCAAAACACTGAACTGACAATTAACAGCCCAATATCTACAATCAACCAACAAGTCATTATTACCCTCACTGTCAACCCAACACAGGCATGCTCATAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAACTCGGCAAACCTTACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATCACCAGTATTAGAGGCACCGCCTGCCCAGTGACACATGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCCTTAAATAGGGACCTGTATGAATGGCTCCACGAGGGTTCAGCTGTCTCTTACTTTTAACCAGTGAAATTGACCTGCCCGTGAAGAGGCGGGCATGACACAGCAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTTATTAATGCAAACAGTACCTAACAAACCCACAGGTCCTAAACTACCAAACCTGCATTAAAAATTTCGGTTGGGGCGACCTCGGAGCAGAACCCAACCTCCGAGCAGTACATGCTAAGACTTCACCAGTCAAAGCGAACTACTATACTCAATTGATCCAATAACTTGACCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCAACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCGATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTACTTCAAATTCCTCCCTGTACGAAAGGACAAGAGAAATAAGGCCTACTTCACAAAGCGCCTTCCCCCGTAAATGATATCATCTCAACTTAGTATTATACCCACACCCACCCAAGAACAGGGTTTgttaagatggcagagcccggtaatcgcataaaacttaaaactttacagtcagaggttcaattcctcttcttaacaacaTACCCATGGCCAACCTCCTACTCCTCATTGTACCCATTCTAATCGCAATGGCATTCCTAATG 
s panTro1.chr11 22751039 2475 + 123086034 CCGCGGTCACACAATTAACCCAAGTCAATAGAAACCGGCGTAAAGAGTGTTTTAGATCAATCCCCCTC---AATAAAGCTAAAATTCACCTGAGTTGTAAAAAACTCCAGCCGATACAAAATAAACTACGAAAGTGGCTTTAACACATCTGAACACACAATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTCAACAGTTAAATTAACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCACCTCTTGCTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTGATGAAGGTTACAAAGTAAGCGCAAGTACCCACGTAAAGACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATGAGGTGGCAAGAAATGGGCTACATTTTCTACCCCATGAAAATTACGATAACCCTTATGAAACCTAAGGGTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTAAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAACAGGGCCCTGAAGCGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTATACTTCAAAGGATATTTAACTAAACCCCCTACGCATTTATATAGAGGAGATAAGTCGTAACATGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGACGAACCAGAGTGAAGCTTAACATAAAGCACCCAACTTACACTTAGGAGATTTCAACTCAACTTGACCACTCTGAGCCAAACCTAGCCCCAAACCCCCTCCACCCTACTACCAAACAACCTTAACCAAACCATTTACCCAAATAAAGTATAGGCGATAGAAATTGTAAACC-AGCGCAATAGACATAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAAAATTATACCCAAGCATAATACAGCAAGGACTAACCCCTGTACCTTTTGCATAATGAATTAACTAGAAATAACTTTGCAAAGAGAACCAAAGCTAAGACCCCCGAAACCAGACGAGCTACCTAAGAACAGCTAAAAGAGCACACCCGTCTATGTAGCAAAATAGTGGGAAGATTTATAGGTAGAGGCGACAAACCTACCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAAGATAGAATCTTAGTTCAACTTTAAATTTACCTACAGAACCCTCTAAATCCCCCTGTAAATTTAACTGTTAGTCCAAAGAGGAACAGCTCTTTAGACACTAGGAAAAAACCTTGTAAAAGAGAGTAAAAAATTTAACCACCCATAGTAGGCCTAAAAGCAGCCACCAATTAAGAAAGCGTTCAAGCTCAACACCCACAACCTTAAAAAATCCCAAACATACAACCGAACTCCTTACACTCAATTGGACCAATCTATTACCCCATAGAAGAGCTAATGTTAGTATAAGTAACATGAAAACATTCTCCTCCGCATAAGCCTACATCAGACCAAAATATTAAACTGACAATTAACAGCCCAATATCTACAACCAACCAACAAGCCATTATTACCCCCACTGTTAACCCAACACAGGCATGCCCACAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAACTCGGCAAATCTTACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATTACCAGTATTAGAGGCACCGCCTGCCCGGTGACATATGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCCTTAAATAGGGACTTGTATGAATGGCTCCACGAGGGTTCAGCTGTCTCTTACTTTCAACCAGTGAAATTGACCTACCCGTGAAGAGGCGGGCATAACATAGCAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTCATTAATGCAAACAATACTTAACAAACCCACAGGTCCTAAACTATTAAACCTGCATTAAAAATTTCGGTTGGGGCGACCTCGGAGCACAACCCAACCTCCGAGCAATACATGCTAAGACCTCACCAGTCAAAGCGAATTACTACGTCTAATTGATCCAATAACTTGACCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCCAGAGTCCATATCAACAATAGGGTTTACAACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCGATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTGTTCTAAATTTCTCCCTGTACGAAAGGACAAGAGAAATGAGGCCTACTTCACAAAGCGCCTTCCCCAATAAATGATATTATCTCAATTTAACACCACACCAACACCCACTCAAGAACAGAGTTTgttaagatggcagagcccggtaatcgcataaaacttaaaactttataatcagaggttcaattcctcttcttaacaATATACCCATGACCAACCTCCTACTCCTAAGAGTACCTATCCTAATCGCAATAGCATTCCTAATG 

a score=105938
s hg16.chrM    3475 1232 + 16571 ACCAAAGAGCCCCTAAAACCCGCCACATCTACCATCACCCTCTACATCACCGCCCCGACCTTAGCTCTCACCATCGCTCTTCTACTATGAACCCCCCTCCCCATACCCAACCCCCTGGTCAACCTCAACCTAGGCCTCCTATTTATTCTAGCCACCTCTAGCCTAGCCGTTTACTCAATCCTCTGATCAGGGTGAGCATCAAACTCAAACTACGCCCTGATCGGCGCACTGCGAGCAGTAGCCCAAACAATCTCATATGAAGTCACCCTAGCCATCATTCTACTATCAACATTACTAATAAGTGGCTCCTTTAACCTCTCCACCCTTATCACAACACAAGAACACCTCTGATTACTCCTGCCATCATGACCCTTGGCCATAATATGATTTATCTCCACACTAGCAGAGACCAACCGAACCCCCTTCGACCTTGCCGAAGGGGAGTCCGAACTAGTCTCAGGCTTCAACATCGAATACGCCGCAGGCCCCTTCGCCCTATTCTTCATAGCCGAATACACAAACATTATTATAATAAACACCCTCACCACTACAATCTTCCTAGGAACAACATATGACGCACTCTCCCCTGAACTCTACACAACATATTTTGTCACCAAGACCCTACTTCTAACCTCCCTGTTCTTATGAATTCGAACAGCATACCCCCGATTCCGCTACGACCAACTCATACACCTCCTATGAAAAAACTTCCTACCACTCACCCTAGCATTACTTATATGATATGTCTCCATACCCATTACAATCTCCAGCATTCCCCCTCAAACCTAAGAAATATGTCTGATAAAAGAGTTACTTTGATAGAGTAAATAATAGGAGCTTAAACCCCCTTATTTctaggactatgagaatcgaacccatccctgagaatccaaaattctccgtgccacctatcacaccccatcctaAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTATACCCTTCCCGTACTAATTAATCCCCTGGCCCAACCCGTCATCTACTCTACCATCTTTGCAGGCACACTCATCACAGCGCTAAGCTCGCACTGATTTTTTACCTGAGTAGGCCTAGAAATAAACATGCTAGCTTTTATTCCAGTTCTAACCAAAAAAATAAACCCTCGTTCCACAGAAGCTGCCATCAAGTATTTCCTCACGCAAGCAACCGCATCCATAATCCTTCTAATAGCTATCCTCTTCAACAATATA 
s panTro1.chrM    2 1232 +  1240 ACTAAAGAACCCCTAAAACCCTCCACTTCAACCATCACCCTCTACATCACCGCCCCAACCTTAGCCCTCACCATCGCCCTCCTATTATGAACCCCCCTTCCCATGCCCAACCCCCTAGTCAACCTTAACTTAGGCCTCCTATTTATCCTAGCCACCTCTAGCCTAGCCGTTTACTCAATCCTCTGATCAGGGTGAGCATCAAACTCGAACTACGCCTTGATCGGCGCATTACGAGCAGTAGCCCAAACAATCTCATACGAAGTCACTCTAGCCATTATTCTATTATCAACACTACTAATAAGTGGTTCCTTCAACCTCTCTACCCTTATCACAACACAAGAGCACCTCTGACTAATCCTGCCATCATGACCCTTGGCCATAATATGATTTATCTCTACACTAGCAGAAACCAACCGAACCCCCTTCGACCTTACTGAAGGAGAATCTGAATTAGTCTCAGGCTTTAACATCGAATATGCCGCAGGCCCCTTTGCCCTATTTTTCATAGCCGAATACATAAACATTATTATAATAAATACCCTCACCACTACAATCTTCCTAGGAACAACATACAATGCACACTCCCCTGAACTCTACACGACATATTTTGTCACCAAAGCTCTACTTCTAACCTCCCTGTTCCTATGAATTCAAACAGCATATCCCCGATTTCGCTACGACCAACTCATACACCTCCTATGAAAAAACTTCCTACCACTCACCCTAGCATCACTCATGTGATATGTCTCCATACCCACTACAATCTCCAGCATTCCCCCTCAAACCTAAGAAATATGTCTGATAAAAGAATTACTTTGATAGAGTAAATAATAGGAGTTCAAATCCCCTTATTTctaggactatgagaatcgaacccatccctgagaatccacaattctccgtgccacctatcacacctcatcctaAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTACACCCTTCCCGTACTAATTAATCCCCTAGCCCAACCCATCATCTACTCTACCATCTTTGCAGGCACACTCATTACAGCGCTAAGCTCACACTGATTTTTTACCTGAGTAGGCCTAGAAATAAACATGCTAGCTTTTATCCCAGTTCTAACCAAAAAAATAAGCCCTCGCTCCACAGAAGCTGCCATCAAGTATTTTCTCACACAAGCAACCACGTCCATAATTCTCCTGATAGCTATCCTCTCCAACAACATA 

a score=25482
s hg16.chrM                7292 312 +    16571 AGCAGTAATATTAATAATTTTCATGATTTGAG-AAGCCTTCGCTTCGAAGCGAAAAGTCCTAATAGTAGAAGAACCCTCCATAAA-CCTGGAGTGACTATATGGATGCCCCCC-ACCCTACCACACATTCGAAGAACCCGTATACATAAAATCTAGACAaaaaaggaaggaatcgaaccccccaaagctggtttcaagccaaccccatggcctccatgactttttcAAAAAGGTATTAGA-AAAACCATTTCATAACTTTGTCAAAGTTAAATTATAGGCTAAATCCTATATATCTTAATGGCACATGCAGCGCAA 
s panTro1.chr10_random 22373730 316 + 36516616 AGCAGTGATATTAATAATTTTCATGATTTGAGGAAGCCTTTGCTTCAAAACGAAAAGTCCTAATAGTAAAAGAACCCTCCGCAAAACCTGGAGTGACTGTATGGATGCCCCCCCGCCCTACCATACATTCGAAGAACCCGTATACATAAAATCTAGACAaaaaaggaaggaatcgaaccccctaaagctggtttcaagccaaccccatgacctccatgactttttcAAAAAGATATTAGAGAAAATCATTTCATAACTTTGTCAAAGTTAAATTACAGGTTAAACCCCGTATATCTTAATGGCACATGCAGCGCAA 

a score=13810
s hg16.chrM         8844 167 +     16571 CCCCTTATGAGCGGGCGCAGTGATTATAGGCTTTCGCTCTAAGATTAAAAATGCCCTAGCCCACTTCTTACCACAAGGCACACCTACACCCCTTATCCCCATACTAGTTATTATCGAAACCATCAGCCTACTCATTCAACCAATAGCCCTGGCCGTACGCCTAACCG 
s panTro1.chr7 126455473 167 + 149542033 cccccTATGAGCAGGCGCAGTAGTCATAGGCTTTCGCTTTAAGACTAAAAATGCCCTAGCCCACTTCTTACCGCAAGGCACACCTACACCCCTTATCCCCATACTAATTATCATCGAAACTATTAGCCTACTCATTCAACCAATAGCCTTATCcgtacgtctaaccg 

a score=6914
s hg16.chrM        11378 85 +     16571 ATACCTCTTTACGGACTCCACTTATGACTCCCTAAAGCCCATGTCGAAGCCCCCATCGCTGGGTCAATAGTACTTGCCGCAGTAC 
s panTro1.chr5 165111474 85 - 175429504 ATACCCCTTTACGGACTCCCCCTATGACTCCCTAAAGCCCATGTCGAAGCCCCTATTGCCGGATCAATGGTACTTGCTGCAGTAC 

a score=108710
s hg16.chrM        14828 1506 +     16571 TCCGCATGATGAAACTTCGGCTCACTCCTTGGCGCCTGCCTGATCCTCCAAATCACCACAGGACTATTCCTAGCCATACACTACTCACCAGACGCCTCAACCGCCTTTTCATCAATCGCCCACATCACTCGAGACGTAAATTATGGCTGAATCATCCGCTACCTTCACGCCAATGGCGCCTCAATATTCTTTATCTGCCTCTTCCTACACATCGGGCGAGGCCTATATTACGGATCATTTCTCTACTCAGAAACCTGAAACATCGGCATTATCCTCCTGCTTGCAACTATAGCAACAGCCTTCATAGGCTATGTCCTCCCGTGAGGCCAAATATCATTCTGAGGGGCCACAGTAATTACAAACTTACTATCCGCCATCCCATACATTGGGACAGACCTAGTTCAATGAATCTGAGGAGGCTACTCAGTAGACAGTCCCACCCTCACACGATTCTTTACCTTTCACTTCATCTTACCCTTCATTATTGCAGCCCTAGCAGCACTCCACCTCCTATTCTTGCACGAAACGGGATCAAACAACCCCCTAGGAATCACCTCCCATTCCGATAAAATCACCTTCCACCCTTACTACACAATCAAAGACGCCCTCGGCTTACTTCTCTTCCTTCTCTCCTTAATGACATTAACACTATTCTCACCAGACCTCCTAGGCGACCCAGACAATTATACCCTAGCCAACCCCTTAAACACCCCTCCCCACATCAAGCCCGAATGATATTTCCTATTCGCCTACACAATTCTCCGATCCGTCCCTAACAAACTAGGAGGCGTCCTTGCCCTATTACTATCCATCCTCATCCTAGCAATAATCCCCATCCTCCATATATCCAAACAACAAAGCATAATATTTCGCCCACTAAGCCAATCACTTTATTGACTCCTAGCCGCAGACCTCCTCATTCTAACCTGAATCGGAGGACAACCAGTAAGCTACCCTTTTACCATCATTGGACAAGTAGCATCCGTACTATACTTCACAACAATCCTAATCCTAATACCAACTATCTCCCTAATTGAAAACAAAATACTCAAATGGGCCTGTCCTTGTAGTATAAACTAATACACCAGTCTTGTAAACCGGAGACGAAAACCTTTTTCCAAGGACAAATCAGAGAAAAAGTCTTTAACTCCACCATTAGCACCCAAAGCTAAGATTCTAATTTAAACTATTCTCTGTTCTTTCATGGGGAAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAACAACCGCTATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATAAATACTTGACCACCTGTAGTACATA-AAAACCCAACCCACATCAAACCCCCCCCCCCCATGCTTACAAGCAAGTACAGCAAT-------CAACCTTCAACTATCACACATCAACTGCAACTCCAAAGCCA---CCCCTCACCCACTAGGATACCAACAAACCTACCCACCCTTAACAG-TACATAGTACATAAAGTCATTTACCGTAC 
s panTro1.chr11 95341977 1477 - 123086034 TCCACATGGTGGAACTTCGGCTCACTTCTTGGCACCTGCCTAATCCTTCAAATCACCACAGGGTTATTCCTAGCCATACACT--------------TCAACCGCCTTCTCATCGATGGCCCACATCACCCGAGACGTAAACTATGGCTGAATCATCCGCTACCTTCACGCTAACGGCGCCTCAATATTCTTCATCTGTCTCTTCCTGCACATCGGCCGAGGCCTGTATTACAGCTCATTTCTCTACCCAGAAACCTGAAACATTGGCATCATCCTCCTACTCACAACCATAGCAACAGCCTTCATAGGCTATGTCCTCCCATGAGGCCAAATATCCTTTTGAGGAGCCACAGTAATTACAAACTTAATATCCGCCATCCCATACATCGGAACAGACCTAGTCCAGTAAGTCTGAGGCGGCTACTCAGTAGATAGCCCCACCCTCACACGGTTCTTTACCTTTCACTTCATC------------ATCACAGCCTTAACAGCCCTCCACCTTCTATTCCTACAACAAACAGGATCAAATAACCCCCTAGGCATCCCCTCCCACTCCGACAAAATTACCTTCCACCCCTACTACACAATCAAAGACATCCTGGGCCTATTCCTTTTTCTTCTCACCCTAATGACACTAGCACTGTTCTCACCAGACCTCCTGGGTGATCCAGACAAGTACACCCTGGCTAACCCCCTAAACACTCCACCCCACATCAAACCCGAACGATATTTCCTATTCGCCTACACAATTCTCTGATCCATTCCCAACAAACTAGGAGGCATCCTAGCCCTACTGCTATCTATCCTCATCCTAGCAGTAATTCCTATTTTCCACATGTCCAAACAACAAAGCATAATATTCCGCCCATTGAGTCAATCACTTTATTGATTCCTAGCCGCAGACCTCCTCGCCCTAACCTGAATCGGAGGACAACCAGTAAGCTATCCCTTCACCATCATCGGACAAGTAGCCTCCGTACTATACTTCACAAC------AATTCTAATACCAGCCACCTCCCTAATCAAAAACAAAATACTCAAATGAACCTGCCCCTGTAGTATAAGCTAATACACCGGTCTTGTAAACCGGAGACGAAGACCTCCTTCCAAGGACAAATCAGAGAAAAAGTTTTTGACTTCACCATCAGCACCCAAAGCTAAGATTCTAATTTAAACTATTCTCTGTTCTTTCATGGGGAAGCAAATTTGGGTACCACCCAAGTATTGGCTCACCCATCAACAACCGCCATGTATATCGTGCATTACTGCCAGCCACCATGAGTATTATATAGTACCATAAATACTTGAACATCCATAGTACATACAAAACCCATCCCACATTAAA-ACCTCCTCCCAATGCTTACAAGCACGAACAGCGATTGGCCCACA-----CAACTACCGAACATTAACCCTATCTCCAAAGACAATCCCCAACAC---CTAGAATATCAACAGACCTGCACATCCTTAACAGATACATAGCACATACAGTCATTTATCGTAC 

a score=19492
s hg16.chrM        16334 237 +    16571 ATAGCACATTACAGTCAAATCCCTTCTCGTCCCCATGGATGACCCCCCTCAGATAGGGGTCCCTTGACCACCATCCTCCGTGAAATCAATATCCCGCACAAGAGTGCTACTCTCCTCGCTCCGGGCCCATAACACTTGGGGGTAGCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGCCAT-------AAAGCCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATG 
s panTro1.chr18 16524543 238 - 83875239 ATAGCACATTACGATTAAATCCTCTCTCGCCCCCACGGATGCCCCCCCTCAGATAGGGGTCCCTTGGTCACCATCCTCCGTGAAATCAATATCCCGCACAAGAGTGCTACTCTCCTCGCTCCGGGCCCATAACACTTGGGGGTAGCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGCCATAACATTCAAAGTCT------CCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATG 

