##maf version=1
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s mm7.chr9      8113169 550 - 123828236 CACACATGCACATGAGGAGCACAGAGGCACACATGCACATGAGGAGCACAGAGGCACACA----------------------------TGCACATGAGGAGCACAGAGGCACACATGCACATGAGGAGCACAGAGGCACACATGCACATGAGGAGCACAGAGGCACACATGCACATGAGGAGCACAGAGACACACATGCACATGAGGAGCACAGAGGCACACATGCACATGAGAAGCACAGAGGCACACATGCACATGAGGAGCACAGAGGCACACATGCACATGAGGAGCACAGAGGCACACATGCACATGAGGAG----CACAGAGGCACACATGTACATGAGGAGCACAGAGACACACATGCACATGAGAATCAGAGACACACAGGCACATGAGGAG----CACAGAGACACACATGCACATGAGGA------ACACAGAAGCACACATGCACATGAGGA----ACACAGAGACATACATGCACAGGTTGAGCACAGAGGCACACATGCACATGAGGA---GCACAGAGGCACACATGTACATGAGGAGCACAGAGACACACATGCACATGAGAATCAGAGACACACATGCACATG 

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s danRer3.chr12    60947 154 +  37038836 TTTTCTCTTCTCTGC---AGTCAATATTCAACATGATCTCCAAAGAAGACCAGAAAAACCTTCCTGACGACGAGAACACGCCAGAAAAACGAACTGACAAAATATGGGACTTTTTTGGGAAAAAAGAAAATGGTAAGCTGCCAT----TAATTATGACTTT 
s mm7.chr11     67781518 161 + 122091587 TTTCCCTTGCTCTGCTACAGGCTATCTTCAAAATGATCAAGCCTGAGGATGTGAAACTCCTCCCAGATGATGAAAACACCCCAGAAAAGCGGGCTGAGAAGATCTGGGCATTCTTTGGAAAGAAAGAGGATGGTGAGCTCCTCTGTCGTCATTATGTCATT 

a score=4981
s danRer3.chr12    61326 158 +  37038836 AGACAAT---TTCTTAATAATGTTTCTCTTTTTTCCATCAGGTAAAATAACGGAGGGCGAGTTCATTCAGGGAGTGATGGACAACAAACACATCCTCCGTCTCATTCAGTTCGACAAACCACAGAAAGTGCAAGAAAAACTCAAAGAGAAGACACAGTGAT 
s mm7.chr11     67784402 158 + 122091587 AGACAGTCAGTCCTGACTGATGCTTCTCCCCCACTACACAGATAAACTTACAGAGGAGGAATTCATCGAGGGGACCCTGGCCAATAAGGAAATTCTGCGACTGATCCAGTTTGA---ACCTCAAAAAGTGAAGGAGAGGATAAAGGAAAAGAAACAGTGAT 

a score=3148
s danRer3.chr12    64199 443 +  37038836 CATTTACAGTGCTGCAGTATAAATATTCACCCTAGAACTCGCTCTCCTCGATGATCTCCTCCATGGTTTCTCCTAAAGTCATTTCTCCGTCACTGCT---GGACAGACT-CTTCCTCATGTACAGCTCCAGGCCCGAGCTCC---GCCCACAGGCCACCGCCTCTGCTGATTGGTCGAGCTGCAGTGGGTGTGGCTGTGAGGTG--TCCTG--GTCTCCCTCCTCATTGGTGTCTGTGTGTTGTGGGTGTGGCCTAGGAC-TCTTCTGTGAGAACTTCCACAGGTGTTTCGGGTGAATGTCTGAGAAACAG---CTGTGAACCTCGAAGCTACTGGAGGAAACCAAGAGCTG--CCAGCGCTTCTTCAGCTCCGCCTGCACCTGC-------------AGCACAATCACCGTCATATTTACA-TGCACACTTATTCAATTAGCAGATGTGTATGTGAATGTTTATATGGGTTGT 
s mm7.chr11     67791017 451 + 122091587 CAGTTGCCAAGCTGTGGTGATGGACCCTGTCTTAGATCTCACTCTCTTCCAGAATCTCCTCCATGGTATTGGCCAGGGTGAAGTCTCCCTCGCTGCTCTCAGACAGGCTGCTTGC------------CCGGGGCCAAGCTCCACGGCCCCTGTGAGGCTGTGCCCCATGATCCCGCAGGTTCCCAGCGGTCAGG-TGTGAGCTGACACCTGAAGATTGCAGCTTCTGGAGTGTCTCGGCACCAT-----CTCCCTCCGACAGCTTCTTGGAACATTTCCCCAGGAACCGGAAGTTCTTCCCTAGGACACAGGCTCTGCAGCCCCAGTGGC-----GAGCTAATAAGAAGCGGCCCCAGGTCTTTCTCAGCTCTGCCTTCACCTGCCAGGTGAGACAAAGGTGGGGTCACTGTCTTGGAGTCATTGCTTACATAGCCACTTAGCAGATATTTATTGAGCGGCTACTGGGGGCTGT 

a score=5844
s danRer3.chr12   64696 434 +  37038836 TACCTCTCCATTAGCGAAGCAGTACAGCACCGCAACTATCAGACCCTGAAAAACACAGAGGTTTCACTCCTGTTAGAGGCGTTTAAGCAGTACAACCTGCTGGAGGTCAAGAAAAGCCTGAGATCTGCG---ACCTGGAAGGAGCTGAGAGTCAGATGGACGAAGTTTCGAGCGTATCGGTTGCTTCCCTCCACTGATTCATCAATAATCAGGGTGAAGACGATCTCGTGGACGCCCAGCAGAGGAATCAACACCAGCGTGGCTCGAGCTAAACTGCAGAACACACACGTTGAGCATC-----------GGCTTAATGAA-----CACTGCAGCAGCAGAAACAGCAGAC--------------------------------------ACTCACCTGTATCTGTAGTCGGTGAACTTCACCTGGTCGGCCTTTAACTTGGACAACAACAGTCGGATGATCTTCAGAAAAATGCAGAAGATTACCTGTAAGA 
s mm7.chr11     1444381 467 - 122091587 TACCTCCTTGTTGAGGAAACAGTAGAGAACAGCCACCAGCAGACCCTGGAGAA-AGAGAGTGGTCA----------------------AGGACAGCACTCTGGGTCCCAGGGGTGGGGTATGATGGAGACTCACCTGGAAGGAGCTGAGGAACAGGTCAAAAAAGAGCTTGGTGGAGCGCAGGGTGCCTTGGGCATGCTCGTCAGTCACAAAGGCAAAGACCACCTCGTGGACCCCCAGCAGAGGGATGAGGGTCAGCGTGGACCTGGCCAGCCTGCAGGG-GCAGAGCTTGAGGACCCTTACCTTCCGGGTCTTCTGGGCTTTCCCCCACAAAGGCACTGACCCCCAACCCTGCCCCTCTCCAGTCTGGGCCCAGGCCCTCGCCCTTACCCACCGGAACTTATAGTCAGCATAGTGCATCTGATGGGCACGCAGCTTGGCCACAAGAAGGTGAATGATGTGGACAAAGATGAAAAAATTGATCTGTGTGA 

a score=450
s danRer3.chr12   65626 655 +  37038836 ctgaaaacatgacacacaagacagacagacagacagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacGTTggggaactctccacaccaccaccagtgtgcagcagtgccagcacttcaccacacaccagctataggtggagtggagagaccgtgatggagccagttcagtgg-----------atggggatg--attgggagcc------atgatgggctggggcattaggactgacacaaaccgcaggtta----agcgccccctgctggcctcactaacaccactgccaacagcagcctagtgttcccat--------gtgctctcccacccagacactgaccccactcagccctgctcagggctgtt----------------aactgatgtggctg--tggggtTGAACATACACACAGAACAA-ATTGAacacacacacacacac-------------acacaca-cacacacacacacacTAAAAGTAAGACCTGCTGTCCT-CATTTGTGGAGTGC----------ACAGTATGAATGCTCGTCCTCACCCCACCCGATGAAGATGTACTTCTTCAGCAGAGTTTTCCTGGTGAGGACGGCGGTGAACAGCAGCGTGTGCAGGAACACGGCCTCCACCAACAGCCAGAAATAATTACAGCCCACAAAATACTCCAGAGAAACCTTCGACGCCTTGCAG 
s mm7.chr11     1444945 692 - 122091587 CTGGATACATGGCCCAGG-----GACTGGCAGGCATTCAGCCAAGGATGGGCAACCTGACCCACAGCCCAGCATGTACATCCTCCTGAGTGAGTGCTGGAATTGCCCAC-CCTCCATC------------------CTCTTAGCCTCAGAA-------GGCTGAGGAAGGAAGGGCCTAGGAGAGCCAGGCCAGTGGTGGCCCTTTCCCTGCTGATGGCAACGGGGGCCTGTTTCCTCACCAGTAAGGCCAGGAAGACAGGAATA---CGCAGGATCCACCAGAATCCCATGTTGTCATTGCTGGT-CCAGCACCTGCAGGGAACAGTTGCTCCCTTACTGGGGGGGATGCCACTCTCCAGCCCCTGCCCCTCCCCAGCCCC---CAGGGTCACTTTACAAAGGCAGCACCAACTGCTCCAGCCCACTGTACCAGCTCATACTCACTGAACATTCTCAAACAGACACTTGACCACCACCCAGGGGATGACAAACAGCAGGGGCGCACCTGTGGGAAGCAGCAGCTGTGGTTCTACAGCCCTGGCTAGCCTCCTTCCCCACTGCCCCCAAGAGCCTACTCACCCCAGCCAATGCCCAGGTAGAGGGAAAAGAAGCTCCTCTCAGAGAAGGTGGCAAGGCTCAGCAGGCTGTACAGGTACACGCCCTCTACCAGCAACCAGCAATAGTTGGCTATGATGCCGTACTGCATGATCACTGTGGCCACTCTGCAG 

a score=2463
s danRer3.chr12   66853 187 +  37038836 GCTCTGAACATGAACGATACAAAGAGATTGATGTGGATGTAGTTCCTCGTACAGTGAAGCTTCCTGAAAACAACAACAGGTAAAGCACATTCATTGCTTTGCGACTATAAATAACATGAGCATATCAGGTATCTGGAGCCAGAGACGGAGTAACAGAAATGAATCTA----TCAGATCGATAAACAGCGAA 
s mm7.chr11     1445823 178 - 122091587 GCCTTGAGCACAAAGGACGCAAACAGGTTCCCATGGATGTAGTTTCGGGTGCAGTGCAGCTTCCT--ATGTGACAGCGTATCAGCACCACTCCTGCCCTGTCCTCTAC---CCCCCTCACCACACTGGGTATT---AGCTA-----GGAGCCACACCAATGTACCTGAGGCCCAGCAGGATGACCAGCGCA 

a score=4630
s danRer3.chr12     75803 591 +  37038836 TCAGAGCTGCGCAGTTCACTGATGACCCTCCCAGACACACACTCGAACACTCACAGCGCACAAAACACAGAGAACACACAGAGA------------GGGAACACAGAATACACTCGCAGCGCAGTCACTGAAACACAGAGAACACTTACAGTGCACAGTCACAGAAACACACTCGCAGCACA---------GTCACTGAAACACAGAGAAAACACTCGCAGCACAGTCACTGAAACACAGAGAAAACACTCGCAGCACAGTCACTGAAACACAGAGAAAACACTCCCAGCACAGTCACTgaaacacagagaaaacaga----------------gaaaacagagaatacacagaga------------GGGAACACAGAATACACTCGCAGCACAGTCACTgaaacacagagaaaacagagaat--------------acacagagaataAACTCACAGCACAGTCACCGAAACACAGAGAATAAACTCACAGCACAGTCACCGAAACACAGAGAATAAACTCACAGCACAGTCACCGAAACACAG----AGAATAAACTT---------------ACAGCA---------------CAGTCACCGAAACACAGAGAATAAACTCACAGCACAGTCACCGAAACACAGAGAATAAACTCACAGCACAGTCACCGAAACACAGAGAATA 
s mm7.chr7      124283106 671 - 141766352 TCAGACTTTCTCAGCTC----------CGCCAAGGCACACACCTGT-CAGTCAC------CTGGACACTGAGGAGGCACACACCTGTTAGTCACCTGGGCACTGAGGAGACACACACCTGTCAGTCACCTGGGCATTGAGGAGGCACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGCAGAGGCACAAACCTGTCAGTCATCTGGGCACTGCAGAGGCACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGAGGATACACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGAGGAGGCACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGCAGAGGCACAAACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGTGGAGGCACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGAGGAGGCACACACCTGTCAGTCATCTGGGCACTGAGGAGGCACACACCTGTTAGTCACCTGGGCATTGAGGATACACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGCAGAGGCACAAACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGAGGAGGCACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGCAGTGGCACAAACCTGTCAGTCATCTGGGCACTGCAGAGGCACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGAGGATACACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGAGGAGGCACACACCTGTCAGTCACCTGGGCACTGATGACA 

a score=4626
s danRer3.chr12    85993 638 +  37038836 ACATCTCATTTTGGGGGAATTTCATGTCAAGGAGATTTAGATTTTAGATTTCACATGTAAAGCTTTCAAAATCACATTTCTTGTGTGTTCCAAATGTTTTCCACGTGTGTTTCAAATTGTTACATTTATTTTTGAACGTGTTGTGTGTGTTTTGAATGTGTGTGTTTTG---AATGTGTTCCATGTGTGTTTTAAAT-GTACTTCTCGTGTGTTTTGAATGTGTTCCATGTGT-------------ATATTGAAGGTATTCCATGTGTT--------------TTAAATGTACTCTTTGTGTT---TTGAATGTGTTCCATGTGTGTTTTAAATGTGCTTCTCGTGTGTTTTGAATGTGTTCCATGTGTATATTGAAGGTATTCCATGTGTTTTAAATGTACTCTTTGTGTT---------TTGAATGTGTTCCATGTGTTTCGAATGTGTTTA-------------AGGTTGTTTCGAATGTGTTCCATGCG---TGTTTTGAATGTTTCATGCGTGTTTTGAATGTGTTCCATGCGTTTCAAATGTGCTCCATGTGTGTTTCGAATGTGCTCCATGAGTGTTTTAAATGTGTTCCATGTGTTTAAAATGTTCTGTTCTGTGTGTTTAGAATGTTCCATATATGTTTGGAATTTGTTCCATGTGTGTTTTGAATG---TGTTTAAATTGTGTTCCAAAT 
s mm7.chr12     13152299 656 + 117814103 ACATCATGTGTCACTTGTATGTTGTATGTAGTGGGCATAAGTTGTACATATTACAC--------------ATTACATATAATTCATGTGTTATATGACTATGCTGTGTGTTGCATGTTATTGGGATTAT--------GTGTTTTGTGCACTGTATGTTGATGTATCATGTACAATATACATTATATGCATTGTATGTAGTACACTGCATGTTTCATGGCTATGTTGTATATATTATGTTTTGTATTGTGTTGAACATGTTGTGTGTGTTAGATGTGACTGCTACTACATGTATTGTATGTGATAAATTGAATGTGTTC--TGTGTTACATGAGAATGCTATGTGAATTTTGTGTTGATGATGCACACACACATTGGGCATGCTGTGTGTGCATCATACGTGATTCGTATGCTGTGTGTCCATTGAATGTAGGCCATGTGTTCCATGTGTGTTGACTATACTGCAACTATGTTGCACATATTGTTTGCTATATGTTATTTGTTGTATATCTTGTGTATATCTGTGCTGTGTAGTTAGCACTGCATTTGTTGTGCATG----------ATGTATGCTATGTGTTACATGGATATGTTGCTTGTTTT----GTGTTATATGCTATATGTTTTACATGTTGGGTACACT------GTGTGTGTCATATGTGATTTATATGGCATATGTATGCTGtgttctggat 

a score=2266
s danRer3.chr12    129319 750 +  37038836 GCCATCTGGCCAATGAGAGCAAAGTAAAGCCATCTGACCAATGAGAGCAAAGTAAAGCCATCTGACCAATGAGAGCAAAGTAAAGCCATCTGACCAATCGATGCACAGACAT-------CTGACCAATCAGAGCAGAGTAAGAGCAACTGGCCAATGAGAGCAAAAAAAAAGCCATCTGACGAATAAGAGCAAAGTAAAGTCATCTGACCA-----ATCGATGCAGAGACATCTGACCAATCAGAGTAGAGTAAGAGCA-GAGACATCTGACCAATGAGAGCAGAGCAGAGACACCTGGCCAATCCGAGTGGAGTAAGAGCAC-AGCCATCTGGCCTATGagagcaaagtaaagccatctgaccaatcagagcagaccacagctgatcagaccagtcagagcaga--------gcttaaacaaagcagagtca------tctgaccaatcagagcaaagtaaagcCATCCAACCAATCAGGGA---------AGTATAAAACCATCAAATCAGAGCTAAATTAAGCCAACCGAGCATAGCTATCCGACCAATCAGATCAGATTATGCTCTGCTGAAGGCAGAGTTTAGATCACTGAAGCAAGTGTTTCAGTCTCAGTGAGGAAAGAGCTGAAGCTGTGGTGGATAT-------TATGAGGAAATGACAGTGTTTCTGACCTCGTGAAGCTGCTGAGGAGAGCAACAAAACAGTGTTAGCAACCTTTAAAAACAAGAGCAGCATGCAGCACTTAAAGCAGCTCAGACACACACATGCAGAAGTA--ATTCTCTCCAT 
s mm7.chr11     113652768 722 + 122091587 GCTACCTGACCACAGTGGGCAAACACATGCTACCTGACCACAGTGGGCGAGCATGTGCTACCTGACCACAGTGGGCGAGCATGTGCTACCTGACCA--CAGTGGGCGAGCATGGGCTACCTGACCACAGTGGGC-GAGCATGGGCTACCTGACCACAGTGGGCGAGCATGGGCTACCTGACCACAGTGGGCGAGCATGGGCTACCTGACCACAGTGGGCGAGCATGGGCTACCTGACCA-------CAGTGGGCGAGCATGGGCTACCTGACCACAGTGGGCAGACACGTGCTACCTGACCAC----AGTGG---GCGAGCATGGGCTACCTGACCACAGTGGGCAAACACGTGCTATCTGACCACAGTGGGC-GAGCATGGGCTACCTGACCACAGTGGGCAAGCATGGGCTACCTGACCACAGTGGGCACAAGGAATCCTGGCCATGCTGATCAC--TGGCACCATCTACCCAATGAGAGACTGTGTTTCAGTCTGGATCTCC---AGCATTGCTAAAGGAGACCAC---AGCA----------ACCAAGCAG----GAAGAAGGCAGGCCTCTGGCGGAAACTAGAGAACTCG---AAATGTCAACGGCTGTGGAAAGGAAAACCTGGACTCGTGTCAGAGAGGTCCGAATGTGTGGGA-------TGAGCCTGTTTTCTTCTTGGCACTGAAGAAGGAAGTAGAGGAGTTTTA--------TAGAGACAACAGCAATG---------------AGTTCTGA-ACACATTTACAGAAGGAGCACTTCCTCTAT 

a score=6525
s danRer3.chr12   138454 310 +  37038836 ATGATGGAGCGGCGGCGGAGAGCGTCCCTCGCGCTGCTGCTGAATCTGCTGGCTCTGCTCCTCGCCGTGTCCGCGCTCAGCTCCAGCTACTGGTGCGACGGAGAGCGCAAAGTGGTGAAGCCCTTCTGC----ACCGGCCCGGTGACCGGCAAACAGACGCACTGCATCCGGTACAACAGCTCCAACGCCA---------ACGACAGCCGCCTGGTGCAGTACATCTGGGAGACCGGCGAGGATAAGTTTGTTCTCCGGAAGTTCCACACCGGCATCTGGTTCTCCTGCGAGCAGAACGTCGACCTTGTCGGTGAGAGGGTTT 
s mm7.chr11     67856179 316 + 122091587 AGGGCGAGGTGGCAGCGGATGCTGACCCTC------CTCCCCATCTGCCTGGCCCTTGCCTTCTCCCTCACAGCCATGGGCAGCAGCCACTGGTGCGAGGGGATCCGACGAATGACAAAACCTCTATGCCAGGATCTCCTCGGGGGCTTG-AACTGCATTCACTTCAGCCGGTCCAGCAGCAGCACGGGCAGTAAGCACGATGACAGCCAGGCTGTCCAGTACATCTGGGAGACAGGGGACGACAAGTTTATCCAACGCAGGTTCCATGCGGGGCTTTGGCAGTCCTGTGAGGAAAGCCTCAACAGCACAGGTGAGTGAGTCT 

a score=3324
s danRer3.chr12   143208 196 +  37038836 GATTTTTGGTGCATTCACAAGCAAACCTTGTTTTTCTCAGGGGTTTTGTGGCTCTGCATTGTGGCCGAGTGTCTGTACATCCTCCTGCTGGCCACTGGAGGGATTCTCATGTCCATCGAGGTCTGCCATATTGGAAACGTCATCGACGGACTCAAACTGAACGCATTTGCAGCGATATTCACTGTGTTATCAGGTA 
s mm7.chr11     67866695 196 + 122091587 GATTCTGAATGCTCACCGTATCTGTCCTTTCTGTTTATAGGAGTTTTATGGCTCTCCATTGGGGCTGAAGTCTTGGATATCTTCCTGATACTGACAGGTGTCATCCTCCTGGGCTTCAGCATGAGTTGTTACAGTTCCGGATGCAGCTGGCTCAACGTGGACGCCTCAGTGGCTATCCTCATGGTGCTTGCAGGTA 

a score=1776
s danRer3.chr12   149864 154 +  37038836 TGGCTGTAGTTTTGCAGATGTGTTGGTGCGTGCGCTTCAGTATGCAGGCTCAGTGAGCTGTAAATAATGTGTA-ATTTACCTCCGTCCTCCGCTG----------TTCTGGCTGGGGTGACTTTGAGTGTCCGGTGTTGATAATGTCCGTCTGGCTGAAGCTTTT 
s mm7.chr6      14390937 160 - 149646834 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtACGGTGATACACAGATTCCTTGAG-----GACGCTTTGTCTCTCTCTCTCCCTGTTCCTCTGGGCCTCTGACTTCTAGTGGGCGTGCATGTGTGTGTCCACAGTGGTTGCTCACCGTCTGGGTGGGGTTTCT 

a score=5632
s danRer3.chr12   154043 165 +  37038836 GTAATGTGTGCAAGAGTGTTTCCTGTGGTGTTTTGC------AGGTCTTCTAGGAATGGTGGCACACATGATGTTCACCACTGCGTTCCAGCTGACCGTCAGTCTGGGCCCCGAGGACTGGAAACCGCAGCACTGGGACTACAGCTGGTCATACATGTACGTTCATTCATT 
s mm7.chr11     67867939 171 + 122091587 GTGCTGTGTTCTTAGGTGTGACTCATGAAGCTTTGCTTACACAGGACTCCTGGGCATGGTGGCTCACATGATGTACACAACTAGTTTTCAAATCACCGTGAACCTAGGACCAGAAGATTGGCGGCCTCAGACATGGGACTATGGCTGGTCCTATTGGTAAGTTTCTTGGTT 

a score=2435
s danRer3.chr12   154351 339 +  37038836 TGTGTTTTCTCCTGCAGTTTGGCGTGGAGTTCGTTCACAGCCTGCATGGCGTCCTCCGTCACCACCATCAACAGATACACTAAAACCATCCTGGAGTTCAAGCACAAGCGC---AGGAACATGGAGAAGAACCTGAAGATCAAGCAGAAGCTGCTGGACCTGGAGTCTCCGGAGCAGGTGTGGGACATGTTCATCAGCTCC----------GTGCCCAGCTCCGCCGAGGAATTCCTGGAT-----CTGTCGGCTTCAGGACGCAAGCTGTC--------GGCCGGATCCGTCTTTCTGGACCTCAACGAGCTGCCGAGTCCACAGGGAGAGGAGTACTGCTGAAGAAGACCACCAGAAGATCAC 
s mm7.chr11     67870912 343 + 122091587 TGTGCCTTCTATTGCAGTCTTGCCTGGGGATCTTTTGCTCTCTGTATGGCTGTTTCAGTGGCGACCATGAGCAGATACACCACAGCC-----------CAAGCAGAGGTGCCAAGGGCACAGAAAGGTGGTCCATACCCTCAGCACAACACCCCACAGCCTGGA-CCTTCACGGAAGGTTTGGCAAACAGG-AGCGACTCCCCATCCTGTGGGACACATCTTCACGAATG--TTCCTGGGCACCCGCCCCCAGGTACAGGAGGCAAAGTGTCCATGTGCTAGCCAGTGCTGCATGTGTGG------ATGAGCCGGGCATTTATTACCACAATGAACACCCCTGGAGTGGAGT-TCAGAAGACCAC 

a score=29601
s danRer3.chr12   164284 649 +  37038836 ACTCATTGCCATCCGAAGTCCATCCCTGCCATTCGGTAGAACCTGAGGTTGTGTGGCTGGTAGAATTCTCTCAGTTTCTGGATGACATCAGGGTCGATTCTCGCATGCGTTCTGCCTTTGGTTTTGCCCAGACAGTGAGGTTTGCTGCTTCCTTCCGGCTTCTTAAGGCAAGGGAAACCCTTGGTCTTGTTGAAGTAGAAGTGTTTATCTGTAATAATCCTCTCGAGGCCGAGAAAGTCCTGCACACGGCCCAACTCTCCCGCCGGGTCGCTTATTAGTCTCTCTCCATGTACGAAATGGATTTGAGAGAGCGGGAAATAAGCCAGCCATCGCTCCAGGTGTTTAGCATACAGACCGATGTACAGCGGGCTCCAGAGTGCATCTATCTGTCCCGTGGACCGGTTCTTGAACGTTAAGCTCTCAAAACTAGGGATGTCAGGTGTTTTGGAGATGATCTGGGTGTAGTCGGAAATGGCGCGGGTGATCGGGTTTCGCACCACCACGATCAGCTTGATATTCTTCGACATGGCGTGGATGCGGCCTGGAGTTTCTGGAGTCACAAAGTATCTGGGCGTTTTCTCCATCACAATTTGACCGTTGAGGGCTTTAGGCATCATACTCCTAGAAGAAGAAGAGCAGGGATATTTAG 
s mm7.chr11     63970690 649 + 122091587 ACTCAGTCCCAGCCGAAGTCGCGGCCGGTCATCTGGTAGAACTTGCGGTTGAAGGGCCGGTAAAAGTCACGCAGCTGCCGCAGCACCTCGCGCGCGATGGTGGGGTGCGCGCGGCCCTTAGTCTTGCCCAGGCAGTGCGGCTTGCCGCTGCCCTCCGCCTTCTTGAGGCACGGGAAGCCCTTGGTCTGGTTGAAGTAGAAGTGCTTGTCGGTGATGATGCGCTTGAGGCCCAGGAAATCCTGCACGCGGCGCAGCTCGCCGGCCGGGTCGCTGACCAGCCGCTCCCCGCTCACGAAGAGCATCTGGCCGAGCGGGAAGTGGCGCAGCCAGGGCTCCAGGTGCTTGGCGTACAGGCCGATCTGGATGGCGCTCCAGGACGTGTCTATGAGGCCCGCGCTGCGGTTGCGGAACGTCAGGCTCTCGAAGCTGGGGATGTCCGGCCGCTTGGACAGCGTCTGCGTGTAGTCCGAGATGGCCCTGGTCACCGGGTCGCGCACCACCACGATGAGCTTGGTGTCCTTGGACATGGCCGAGATGCGCGCGGGTGCCTCCCGGGTCACAAAGTAGCTGGGCGTCTTCTCCATGGTGATCTGTCCCTTGAGGGTTCTGGGCATCAAGTCTCTGCCGAAGACAAAGCAGCAATCTGGAG 

a score=1756
s danRer3.chr12   169896 78 +  37038836 CAGATGTGAGCCAATTACAGCAGCCACTGCAGCTATGAATGAGGGTTT----CTTTCATTCCAATGAATCTGTTTAATGGGA 
s mm7.chr5      46831184 82 - 153054177 CAGAGATAAGCGAATGAAAGAAGCCACTGCAGGGACAGTTGGGGATGTGAGAGTTTGCGTCAGATGGACCTGACTCAGAGGA 

a score=7792
s danRer3.chr12   170370 398 +  37038836 GTTTGTGTTTTTGCAT-TTGTTTTtgtgtgtgttttcatgtgtgtatgtgtgtgtttggggggttgtttgtgtgtgtgtgagtttgttttgtgcgtgtgttt---ttcatgtgtgtgtgtgtgtTTTGCATACAGTATGTTT-TGTGTGTGTTTGAGGGGGT-----tgtgtgtgtttgtgtttgtttgggggggtagtttgtgtgtgtttgttt---------tgtatgagtgttgtgtgtttttgcgtttgt---gttgtctgtttttaagtttgtgt-tgtgtgtttgtttgcgtgctt---tgcatttgttt-tgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTTGTATGCCTGTT---------------------GCGTTTGTGTGT------------GTTTTTAG----------------TTTGCA-----------------------------TGCATG------------------TTTTAGTGTGGG--------GTTTTCCCCAGTCGCGACGCTGCAGAA 
s mm7.chr5      46835064 518 - 153054177 gtttgtgtgtgtgtgtatggggtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtatgggtatgtgtatatgggtgtctgtgtgtgtatgtgtatatgt-gtgtgtgtgtatggatggatgtctctgtgtatgtatgt------gtatgtgtgtgtgtgtgtatggatggatgtctctgtgtatgtatgtgtgtgtgtgtgtgggtg---tgtgtctgtctgtttatgtgtgtgcatatgagtgt-gtgcatgagtgtgtttatatggctgtctctgtgtatgtgtgtgtatgtgtgtgtgtttgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtagggcatcagatttcccaaggctgcagttacaggcagttgtgtgttccctgacatgggtgctaagaacctgactcaggtcctttgcaagaactaacagctgagtgatctctccaacTACATAGCGGATGCTGTACTCCACTCTTGGCATGGGCTTAGTGGGGTTTACCCAGTCGCGACGCTGCAGAA 

a score=1431
s danRer3.chr12   170789 91 +  37038836 CAGAAACATCCATCATCAGGGGCCGCAGACGCCTGATCCCCATCCAGAGGCTCCCTGAGGGCCCTAATGAGAGCCCAATCACCATCCAGCC 
s mm7.chr13     77984254 91 + 116696528 CAAAAGCATAGCTGGGCAGGGGCCCTAGATGCCCACTCTGTCCCAGGAAGATTCGTGTGCAATCTCATTAACACTTTATCATTGTGCTGCC 

a score=8315
s danRer3.chr12   179351 164 + 37038836 CTCACCTGTACCATCCGAGTCCGCGTGAATAATGCCGGTCAAAGAAGTGCGGTTCCGCCCCGAGCGCGCGGATGTCCGGATGGAGCCGCAGAAACTCCAGCAGCGCCCGCGTGCCTCCCTTCTTCACCCCGATGATCAGCGCGTGTGGAAGCCGCCGGAGAGCC 
s mm7.chr17     70341077 164 - 93276925 CTCACCGGTACCAGGCGAGGCCGCGATCATAGCACCTGTCGAAGAAGTGGGGTTCAGAGCCAAGTGCACGGACGTCGGGGTGCAACCGCAGGAACTCCAGCAATGCGCGCGTGCCGCCTTTCTTCACACCCACAATGAGCGCCTGAGGAAAGCGCCGGCGCCCC 

a score=8434
s danRer3.chr12  200955 935 +  37038836 GTGTCTTTTTTGTGATGGGT---TTTATGACGATGTCTTTGCGACTTTGTTTTTGAGACTGTGTTTTTGCAACAGTGTCTTTG-CAGCAATCTTTTGACTGTTTTTATGA--------CAGTATCTGTGTGACTGTGTTTTTGTAACTGTCATTGTGACTGTGTTTTTGCAACAGTGTCTTTGCGACTGTGTCATTGTGATTGTTTTTAAAACTGTCTTTGCGACTGTGTTTTTACGACAGTGTCTTTGTGactgtttttgcaactgtta--ttgcaactgtgtttttgcgactgtgttttcacgactgtctttgtgactgtctttgcgactgtttttCTGACAGTGTCTTTGCGACTGTGTTTTTACGACTGTGTCTTTATGACTGTCTTTGCAACTGTTTTTACACAGTG-TTTTTGCGACTTTGTTTTTGCGATTGTGTCTTTCCGACTGTTTTTCCGACTGTGTCTTTGCGGCTGTGTTTTTACAACTGTCTTTGCGACTGTGTCTTTGCGACAGTGTCTTTGCGACTATGTTTTTGGGAATGTCTTTGTGACTGTGTTTTTACGAATGTCTTTGTGACTGTGTTTTTGCGAATGTCTTTGTGACTGTGTTTTTGCGAATGTCTTTGTGACTGTGTTTTTGCGAATGTCTTTGTGACTGTGTTTTACGAGTG-TCTTTGCGACTGTGATTTGCGAATGTCTTTGTGACTGTTTTTATGACTGTCTTTTTGCGACTATTTTTACACAGTGTTTTTGCGACTGTGTCT------TTATGACTGTCTTTACAGT---GTTTTTGCAACTTTGTTTTCACGATTGTGTCTTTGCGACTGTTTTTACACAGTGTTTTTGCGA------CTTTGTTTTTGCGATTGTCTTTGCGACTGTTTTACGACTGTCTTTGCAACAATGTCTTTATGACTGTATTTGCGACTGTGTATTTAAGACTGTGTGTGT 
s mm7.chr8      5645993 921 - 127874053 GTGTCTGTGAGGTGCTGTGTATGTCTGTGAGGTACTGTCTGTGTCTGTAAAGTGGGGTCTGTGTCTGTGAGGTGATATCTGTGTCAATGAGGTGATGTCTGTGTCTGTGAGGTGATGTCTGTGTCTGTGAGGTGATGTCTGTGTCTGTGAGGTGATGTCTGTGTCTGTGAGGTGGTGTCTGTGTCTGTGAGGTAGTGTCTGTGTCTGTGAAGTTGGGTCTGTGTCTGTGAGGTGATGTCTGTGTCTGTGAGGTGATGTCTGTGTCTGTGAGGTAGTATCTGTGTCTGTGAGGTGATGTCTG------TGTCTGTGAGGTGGTGTCTGTGTCTGTG----AAGTGGTGTCTGTGAGGTGGTGTCTGTGAGGTGGTGTCTGTGTCTGTGAAGTTGGGTCTATGTCtgtgaggtgatgtctgtgtctgtgaggtgatgtatgtgtctgtgaagtgatgtctgtgtctgtgaggtggtgtctgtgtctgtgagatagtgtctgtgtctgtgaggtggtgtctgtgtctgtgaggtggtgtctgtgaggtggtgtctgtgtctgtgaggtgatgtCTGTGTCTGTGAGGTGATTTTTG----TGTCTGTGAGGTGGTGTCT------GTGTCTGTTAGGTGGTGTCtgtgaggtgatgtctgtgtctgtg------aggtgatgtctgtgtctgtgaggtggg---gtctgtgtctgtgaggtgatggctgtgtctgtgaggtgatgtct-----gtgtctgtgaggttgtgtctgtgaggtggtgtctgtgtctgtgatgtggtgtctgtgtctgtgaggtgatgtatgtgTCTGTGAGGTAGGGTCT-----GTGTCTGTGAGGTAAGGTCTGTATCTATGAGATGGGGTCTGTGTCTG---TGAGGTGGTATCTG---CTGTGTCTGTGAGGTGGTGTCTGTGTCTGTGAAGTAATGTCTGTGTTTGT 

a score=1873
s danRer3.chr12  201890 143 +  37038836 ATTTTTGTGAATGTTTTTTTGCAACTGTGTGGTTTTGCAACTGTTTTTGCAGGTGTGTGTTTTTGCAGGTGTGTGtttttgtagacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgaatatgtgtatgACTCTG 
s mm7.chr8      5646671 139 - 127874053 g--tctgtgaggtgatggctgtgtctgtgaggtgatgtctgtgtctgtgaggttgtgtctgtgaggtggtgtctgtgtctgt-gatgtg-gtgtctgtgtctgtgaggtgatgtatgtgTCTGTGAGGTAGGGTCTGTGTCTG 

a score=5705
s danRer3.chr12   205174 202 +  37038836 TCCCTCACGCCGGCCGACACCACAGAGAAGAAGCATCCGGGCATCAGAGCGCGGATGTAGAGGGCCACGGTGGGCACGGGGTGGGCCAGAAACACCTCTCGGCTCTGTCTGTTCACCGAACGCACGATCTCCTGCGCCAGGATCTGCGGACTCACCCCGTGTGTGTTCAGCTTACTGCAGACGTCTGAAACAACAGCTCAGG 
s mm7.chr11     54194096 199 - 122091587 TCCTTCACCCCACAGGCCACCACAGCGAAGAAGAACTCAGGGAAGAAGGTGCGGATGAACACGGCAGCCTTGGGGACCGGGTTGGCCATGAACACCTCTTGCTTCTTCCTCCGTACTGTGCGCATCACTTCCTCAGCCACCTCCACCGGGTGCACGCCATA---GGCTAGCTTCCTGCAGAAGACTGGAAACACAGGCCATG 

a score=4985
s danRer3.chr12   205540 118 +  37038836 GATGAAGGTGTGGCTGATGGTGCTGACGGAGATGCCGAACTCCTCCACCTCCGCCCGCAGACAGTCAAAAAACGCCTGCACTGCATGCTTGGACGCCGCGTCT-GAAAACACAACCAGC 
s mm7.chr11     54194927 119 - 122091587 GATGAAAGTTGGGCTCACGGTGCTGACCACAACATCGTATTCCTCAACCTCGGCTCGGAGGCAGTCAAAGAAGCCCATGACGGCATGCTTAGAAGCTGCATCTGGAAAAAAAGACCGGC 

a score=9473
s danRer3.chr12   208508 227 +  37038836 ACCTTTGGCCAGTGTGATCGGCCCGAAGTAATTGACGTCCATGATGGTTTTGTCCATCTCCAGAGAGAGATTCTGCACCGGCGCTTTCACCTTCATGCTGCTGTTGCAGATCAGCACGTCCACACAGCCGTAACACTCGCAGATCTCCGACACCACGTCTGAAATGTTCTCCATATCACTGAAGTCCAGCAGGACCAGCTTCGGTGTGAAGGTCTGAAACCGGAGCA 
s mm7.chr11     54198354 224 - 122091587 ACCTTTGGTTAAAGTGATGGGTCCGAAGTAGTTGGCATCCATGATCTTTTTGTCAAGCTCCAGGGAAATCTTGTGGGCAGGCCCCTTCACTTTCACGCTGGCATTGTTGATGAGGATGTCCACACAGCCGTAGCAGTCCAGGACCTCTTTGGCCACATCTTGAACACAGCTAATGTCTGAGAGATCCAGGAGGACCAGCTTGGGGGTGAATGTCTG---TTGGAGCA 

a score=5530
s danRer3.chr12   209057 118 +  37038836 ACCTGACTGGGGTCTGATCCGCTGCACAGACTGTCATACAGAGACTCCAGTTTATCCCAGCTCGGCCCACACAGAACCAGCCTCGCCCCGCCAGCGTGAAACAGACGCGCACACTCTG 
s mm7.chr11     54200124 118 - 122091587 ACCTTGCTGGGGTCAGCCACACTGGTCAAGGTGGCATAGAGGCTCTCCAGTCCCTCCCAGTTCTTTCCACACAGCACCAGCCTTGCCCCACCTGCATGGAACACCCGAGCACACTCTG 

a score=7871
s danRer3.chr12   215589 125 +  37038836 ATGTCGAGCGCGAAGGAAAACACGTGTAGGAAATTTCAGGCGAACATTTTCAACAAAAGCAAGTGTCAGAACTGCTTCAAGCCGCGAGAGCTGCATCTGCTGACGGATCAGGATCTCAATCAGGT 
s mm7.chr11     59744370 125 + 122091587 ATGTCGGCGGCCAAGGAAAACCCGTGCAGGAAATTTCAGGCCAACATCTTCAACAAGAGCAAGTGTCAGAACTGCTTCAAGCCCCGCGAGTCGCATCTGCTCAACGACGAGGACCTGACGCAGGT 

a score=8853
s danRer3.chr12   245609 187 +  37038836 CACCTCCTGA-TGGTTGGTTGTGTCCTT-CAGCCCAGCACGCTGCCGCAGGGAACGGTGAACATGAACCAGTGCACAGACGTGGTGGACGCGGAGCCGCGCACGGGCCAGAAGAACGCGCTGTGCATCGTGACGCCCGAGCAGGAGTATTTCATCCGCGGAGACAATAAAGAGATCATCAACGGGTACG 
s mm7.chr11     59809064 189 + 122091587 CCCCTTTTGAGTGACTTGTTTTGTCCTTGCAGCCCACCACCCTCCCTCAGGGCACCATCAACATGAACCAGTGCACAGATGTGGTGGATGGGGAGGCCCGCACAGGGCAGAAGTTCTCCCTCTGCATCCTGACACCTGACAAGGAACATTTTATCAGGGCAGAAACCAAGGAGATCATCAGTGGGTAAG 

a score=5568
s danRer3.chr12   245868 100 +  37038836 tgGTTCTGCAGATGGAGTGAGCAGCTAGCGGTGTATCCCAGAACCAACAAGCAGAACCAGAAGAAGAAGCGCAAGGTGGAGCCGGCCACCTCACAGGTAG 
s mm7.chr11     59813041 100 + 122091587 TGTCTTCCCAGGTGGTTAGAGATGCTCATGGTGTATCCTCGAACCAACAAGCAGAACCAGAAGAAGAAACGGAAAGTAGAGCCACCTACCCCACAGGTAG 

a score=3555
s danRer3.chr12   246072 133 +  37038836 TACCGGTGTCATCCGTCTGTTTTCAGGAGCCGGGTCCGGCTAAGGTGGC-------------GGTGACGG--------------GCGCCGGCATCCCTGACGCAGAGAAAACTCCAGACTCCAGCTCCATCATCTGGCAGGAGGAGCTGCAGAGCAGAGA 
s mm7.chr11     59817348 160 + 122091587 TACCACCCTCACTGCTCTCTCTCTAGGAGCCTGGGCCTGCTAAGATGGCTGTCACTagcagtagtggcggcagcagtggtagcagcagcagcaTTCCCAGTGCTGAGAAAGTTCCCACCACCAAATCCACACTCTGGCAGGAAGAAATGAGAGCCAAAGA 

a score=3865
s danRer3.chr12   250051 74 +  37038836 TTGTGTTTTCTGCAGCCTGATCTGCTGAACTTTAAGAAAGGCTGGATGGTGAAGCTGGATGAAGAAGGACAGGT 
s mm7.chr11     59825300 74 + 122091587 TTTTTTCTTTCTCAGCCTGACCTGCTGAATTTCAAGAAAGGCTGGCTAACCAAGCAGTATGAGGATGGCCAGGT 

a score=5383
s danRer3.chr12   251381 92 +  37038836 TGTCTCGTCTGTCTTTC----AGTGGAAGAAGTATTGGTTTGTGCTGACGGATCACAGTCTGCGATACTACAAGGACTCCATCGCTGAAGAGGTGA 
s mm7.chr11     59826273 96 + 122091587 TGTTTTATCTTTCTCTCCCTTAGTGGAAGAAACACTGGTTTGTCCTGGCAGATCAGAGCCTGAGATACTACAGGGATTCCGTGGCTGAGGAGGTGA 

a score=5279
s danRer3.chr12   251515 126 +  37038836 TCACTCACTGCTGTTTTCTGTGTTCAGGCGTCAGATCTGGATGGAGAGATCGACCTCAGCACATGCTATAATGTTACAGAGTATCAGGCGCAGAGGAACTACGGCTTCCAGATTTACGTAAGTGTG 
s mm7.chr11     59830065 125 + 122091587 TCACGCCCT-CTCATTTTTCTCTGCAGGCAGCTGACCTAGATGGAGAAATTAACTTGTCCACTTGCTATGATGTCACTGAGTATCCAGTCCAGAGAAACTATGGCTTTCAGATACATGTGAGTCTG 

a score=5255
s danRer3.chr12   252166 128 +  37038836 TGTGTGTCTGCGTCAGACTCAGGAGGCGGTGCACACACTCTCCGCCATGACTGCAGGAATCCGCCGTAACTGGATCCAGGCAGTGATGAAGAATGTCCGGCCAGCCACTGCTCCAGATGTAGCCAGgt 
s mm7.chr11     59831048 127 + 122091587 TATTTTTTTGTGT-AGACCAAGGAGGGTGAGTTCACCCTCTCAGCCATGACATCTGGCATACGACGGAACTGGATCCAGACCATTATGAAACATGTGCTCCCAGCATCTGCCCCAGATGTGACCAGGT 

a score=4752
s danRer3.chr12   252970 467 +  37038836 TGTCTCCTGAATAACCCA---------GTCTGACGGA-----TGAGCATGGGTCGTTTGAGGGTGTCTGTCGACCGGACGTGACGCAGGACTCTCCCTCCTCTGAGGCGTCTGTGGAGCGGGAAACAGGGGCCAAAAAAAGCCGTGCGCGGGAACGCAGGCGAGAGGGGCGGAGCAAAACTTTCGACTGGGCGGAGTTTCGTCCCATCGCTCAGGCATTGGCTCAGCAGAGAGCGCAGGAGGCGGAGCTTACAGAGCGCAGCAA----GAGGAGAGAGGAGCGAAGGCGGAGGTATGAGAGCGTGACCG-------------------------GAGCAACCTTTGATCCTG-----CACTGATGGAGCAAGA--GGGGGGCGTGGCTC-------------AGACTGAAGCTCCG------------CCCCTGTCGGCTGAATGGCAGCAGCGAGTGGAGGATGAGATCGAGCAACGCTGGCAGCAGGTGGAGAAAACACCAATCAGAGACGAGCGCAGGGTTCCGTTAGGCTCCGCCCAC 
s mm7.chr11     59834013 526 + 122091587 TGTTTCCTTACTGCCCCACAGCTCATTGCCTGAGGGAAAGAATAAAAGCACATCTTTTGAGACCTGCTCAAGGTCAACTGAGAAGCAAGAAGCT------------GAGCCAGGAGAGCCAGATCCTGAACAAAAGAAGAGCCGTGCTCGAGAGCGGAGGCGGGAGGGTCGCTCCAAGACCTTTGACTGGGCTGAATTCCGCCCTATACAACAGGCCCTGGCTCAAGAAAGGGCCAGCGCTGTTGGGTCTTCTGATTCTGGTGACCCTGGGTGTCTTGAAGCCGAGCCAGGTGAGCTGGAGCGTGAACGAGCTCGACGTCGAGAAGAACGCCGCAAGCGCTTTGGGATGCTGGACACCATTGATGGACCAGGAATGGAGGACACAGCCCTACGTATGGACATCGACCGGAGCCCAGGGCTGCTGGGAACCCCTGACCTCAAGAC----ACAGAATGTCCACGTGGAAATTGAGCAGCGTTGGCATCAAGTGGAGACCACCCCTCTCAGGGAGGAGAAACAGGTGCCCATTGCCCCTCTGCAC 

a score=1759
s danRer3.chr12   254549 182 +  37038836 CAGCTGGAGAACTGCCAT-CAGCAGCTTCTGGACTCCAATCGGCACAAGCAGGATCTGGAGGGAAAACTGAAGATGGCGGTGGAGCGCGAGCAGCAGACGCGAGCGGG-TACATCTCTCCGGTAGGCC--ACATTTATCACATCTTCATCACGCATTCAGGGACTTTATTCTCATATGTGTGTTAA 
s mm7.chr11     59836534 183 + 122091587 CAGCTGGAGCAGAGCCAGAAAGAAGCCTCGGATCTTCTAG-AGCAGAACCGGCTTCTACAGGACCAGTTAAGGGTGGCCCTGGGCAGAGAACAGAGTGCCCGGGAGGGCTATGTGCTGCAGGTAGGGTGGGCAGCTGCCAAGTCAGCA--GTGCACTCAGGGGCTTCCATGTGAAAGTTGTGCTCA 

a score=9593
s danRer3.chr12   265722 171 +  37038836 TCCGCAGGCCACATGTGAGCGAGGTTTCGCCGCTATGGAGGAGTCGCACCAGAAGGTGATCGAGGAGCTGCAGAAGAAACACCAGAGAGAGCTGGAGAAGCTGCAGGAGGAGAAGGAGAGACTGCTGGAGGAGGAGACGGCTGCTACCATCGCCGGTCAGTGTACACACAC 
s mm7.chr11     59845917 171 + 122091587 TCTGCAGGCTACATGTGAGCGAGGCTTTGCCGCCATGGAGGAGACACATCAGAAGAAGATTGAAGACCTACAGAGGCAACACCAGCGGGAGCTAGAGAAGCTGCGGGAGGAAAAAGACCGCCTCCTGGCTGAGGAGACAGCTGCCACCATATCAGGTGGGACTAAGTCCAC 

a score=3371
s danRer3.chr12   266809 133 +  37038836 AGCTATCGAGGCGATGAAGAACGCACACCGGTCAGAGCTGGAGCGAGAGCTGGAGAA-AGCACGCAAAGCC--ACCAGCAGCACAGAGAACGCAGACATCGAGGAGATCCACAAACAGCACGAGTCAGTGTTCAAC 
s mm7.chr11     59846950 133 + 122091587 AGCCATTGAAGCCATGAAGAATGCTCACCGAGAGGAGATGGAACGAGAGTTAGAGAAGAGCCAGCGGTCTCAGATCAGCAGCATC---AATTCAGACATAGAAGCCCTGAGGCGACAGTACCTGTGAGTCACCAAC 

a score=10673
s danRer3.chr12   267943 169 +  37038836 AGGGAGGAGCTGGTGTCGTATCAGCGGGAGATCGAGGTGCTGTCAGAGCAGTATTCACAGAAGTGTCTGGAGAACGCTCATCTGGCTCAGGCGCTGGAGGCCGAGCGGCAGGCGCTCAGACAGTGCCAGAGGGAGAACCAGGAGCTCAATGCACACAACCAGGTGAAGC 
s mm7.chr11     59848270 169 + 122091587 AGGGAGGAGCTGCAGTCAGTGCAGCGGGAGCTGGAAGTCCTTTCAGAGCAGTACTCCCAAAAGTGCCTGGAGAATGCACACCTAGCCCAGGCGCTGGAGGCCGAGCGTCAGGCCCTGCGGCAATGCCAGCGTGAGAACCAGGAGCTCAACGCCCACAACCAGGTAAGGC 

a score=3988
s danRer3.chr12   268274 150 +  37038836 gtgtgtgtgtgtg--------tgtgtgtgtgtgtgtgtATTGCAGGAGCTCAACAATCGTCTGGCTGCAGAGATCACCAAGATGCGCTCGATGGCGACTGAAGACGGAGCTGA------CACTGGAGGA---CTGATTCAAGGGAAGGAGCTGTACGAGCTGGAGGT 
s mm7.chr11     59849455 166 + 122091587 GTGTGTGGGGATGGTCACTGTTGTGT-TGTGCTGTTGTCCCCCAGGAGCTGAATAACCGCCTGGCTGCGGAGATCACACGGTTGCGGACACTACTGACTGGAGACGGTGGTGGGGAGTCCACTGGGTTGCCTCTCACACAGGGCAAGGATGCCTATGAGTTAGAGGT 

a score=5505
s danRer3.chr12   268467 127 +  37038836 CTGGGATTGACGCTCACGTCTGCTGCTTTTGACAGGTGATGCTGAGGGTGAAGGAGTCAGAAGTGCAGTATCTGAAGCAGGAGATCAACTCTCTGAAAGATGAGCTCCAGACGGCACAAAGAGTGAG 
s mm7.chr11     59850722 127 + 122091587 CTGAGAGTCAGTCCTCATTTTCCCTCTTCTTATAGGTCTTGTTGCGGGTCAAAGAGTCAGAAATCCAGTACCTGAAACAGGAGATCAGCTCCCTCAAGGATGAACTCCAGACAGCCCTGCGGGTAAG 

a score=5928
s danRer3.chr12   271653 172 +  37038836 AGGATAAGAAATATGCAACAGATAAATACAAGGACATCTACACTGAGCTGAGCATCGTGCGGGCCAAAGCGGAGCGGGATCTGGGCCGCCTGCGGGAGCAGCTGCAGCTGGCCCACAATGCACTGGGGGAGCCGACGCTGGAGGACATGGAGCGCGGAGGATACGGTCAGTG 
s mm7.chr11     59851426 172 + 122091587 AGGATAAGAAGTATGCTAGTGACAAGTACAAAGACATCTACACTGAGCTCAGCATTGCCAAGGCCAAGGCTGACTGCGACATCAGCAGGCTGAAGGAGCAGCTGAAAGCAGCCACAGAGGCACTGGGCGAGAAATCTCCTGAAGGCACTACTGTGTCAGGATATGGTGAGCG 

a score=2937
s danRer3.chr12   271887 143 +  37038836 tgtgtgtgtgtgtTTGCTTCAGATATCATGAAGTCCAAGAGCAACCCGGATATATTAAAGATGGCGGCAGCAGCGGCAAAACGCTCCGA--GAGGACAATGAGGTCAAAGGTG----------AGCTTACAGACACCAGGGGGGATTAGATGGTg 
s mm7.chr11     59853140 150 + 122091587 TGAGTCTTTTTGTTC-CTTCAGACATAATGAAATCTAAAAGCAATCCTGACTTCCTGAAGA--AAGACAGATCCTGTGTTACCCGGCAACTCAGAAACATCAGGTCCAAGGTGAGTGAGGTCCAGCTTATAGATG--AGGTGGGACTAGATGATG 

a score=2871
s danRer3.chr12   278179 112 +  37038836 CTCTTGCTTTTCTGATTGCA---GAGTCTTAAAGAAGGCCTGACGGCGGAGCAGAGGCTTCACTTGTTCGACAACAAGGACACGAAGGACTTCTGACACTACAGACTCGCTGCAT 
s mm7.chr11     59857036 102 + 122091587 CTCCTTCCTCTCTGTCTCCACCAGAGTCTGAAGGAAGGCCTGACGGTGCAGGAGCGCTTGAAGCTCTTTGAATCCAGGGACTTGAAGAA-------------AGATTAGCTGCAT 

a score=18239
s danRer3.chr12   302044 516 +  37038836 GCCTAAATGTGCGAAA-ACCTCCTTGACGCTGCATCTGCGTTCCTGCTCCAATGCTAGGAGCTTTCGAAACATGCGCAGGGATTCGTCTGTAAATCGACGCCATTGTGACGGAACCGCACCCGTCCGCCGCTTCTGCCAGCGCACAAACTCCTCGTAGAAAGTATCAGACGGCATCGCTTTTTCCCATGGAAAGTTCCCGGTTAGCATGCAGAACAGCAGCACTCCGAACGCCCACACATCGGTGCTGTAGTCCACGCAGAAGCCGTCGTGTTTGGACGTATCGCAGAGTTCTGGAGCCGTGTATGGGATTGTGCCGCTAACACGCTTGACCGGTGAACCGGCGCGCCGCGCCATCCCGAAGTCTGACAGCTTGACCTTACGGCACTCCTTGTCGAAGATTAGGATGTTCTCGGGTTTGATGTCTCGGTGCACCAGTTTTTTGGAGTGCAGGTATTCGAGAGCGATGGCCACCTGATGCACACAGCGCTTCGCCACCGGCTCTGGCAGACCCACCTG 
s mm7.chr7      19377456 517 - 141766352 GCTTGAGGAAGCGAAAGACCTCCTTGGCGGGCCCACGCCGCTCAGGCTCTAGCGCCAGAAGCCGCTGGAACATACGCAGCGCAGGCTCGGTAAAACGGCGCCACTGCGATGGCAGCCCCGGCAGGCGACCCCGCTGCCAGCGCACGAACTCCTCGAAGAAGGCATCCGCACCCGATGCAGCCTCCCACGGGAAGTTGCCAGTGAGCACACAGAAGATGAGCACGCCAAAGGCCCACACGTCCACGCCCGTGTCCACCGCGAAGCCATCGGCGCGGCCAGCCTGGCACACCTCGGGTGCTGTGTACGGTATAGTGCCGCTCACGCGCTTCACACGGCAGCCCACGCGCCGCGTCATGCCGAAGTCAGCCAGCTTCACACGGCGGCACTCACGGTCAAACAGCAGCACATTCTCGGGCTTGATGTCACGGTGCACCAGCTGCCTGCTGTGCATGAAGTCCAGCGCCAGCCCCAGCTGCTGCACACAGCGCTTCACCGTGTCCTCTGGGAGCCCCACCTG 

a score=10691
s danRer3.chr12   302768 232 +  37038836 CTGCATTACCTGTGGTGGAATGATGTCAAACAGGTCCCCAGAAGGAGCGTATTCCTGCGCAAACACATAATACTCGTCTGTCTCAAAGGCGATGCCGAACATGTTGATGATGAAGGGACATGGAGAGAGATAGAGAGAGATGCTGTACTCCCGCAAGAAGCTCTTCAGCTTGGTGCTTTTCTTCTTCAGAAACTTCAGAGCCATTTTGCTACCTATGAGGA-GACAAAAACAA 
s mm7.chr7      19378540 233 - 141766352 CTGAAGTACCTGAGGAGGGATGATGTCAAACAGGTCCCCAGCAGGTGCATACTCCTGGGCAAAGACATAGCACTCCTCGGTCTCGAAGACCACGTCAAAGACCTTGATGATGAAGGGGCTAGACGACAGGCTGTTGGTGATGCTCACCTCACGCAGAAAGTTCTTCAGCTTTGTCTTACTCTTATTCACAAATTTCAGGGCCATTTTAGTGCCTGGCAGGGCCACAACAACAA 

a score=3233
s danRer3.chr12   305067 181 +  37038836 ACCTCTGATCTTATGAATGACGAGGTCCACCTTCCCGTAAGTGCCCTTCCCGAGCTCCCGGATCACCTCATAGTATTTATTGACCTCCAGCTTCTCCAGGTTCTGAGCGGTGTAGAGCTGCAGCTCCTCCAGAATGTCATGGGAAAC-------CACCGGAGAC--GAGCTCATCCTGGCCCACAGACAG 
s mm7.chr7      19379703 185 - 141766352 ACCTGTGCCCTTGTAAGCCACCAGGTCGACCTTCCCGTAGGTCCCTTTGCCCAGCTCCCGCACAAGCTCATAGTGCTTGGTAACATCGCTGGCAGCCAGTGTGCGTAGGGTCAGCGCTTGCATGTCTTC-----TGTGAGGAGGGGCACACCTGCACCTGGTACAGGGGCGGCCCCCGGCCCACAGCAAG 

a score=238
s danRer3.chr12    337084 382 +  37038836 GTCTGTGAATCTTTATGAGTTTGTAAAGGTTGCAGGTTTGAGTCCCGCTGGTGTTTGTGTGTCTTTAAGACTGTGAAGGTTGCAGGTTTGAGTCCCTCTGGTGTTTGTGTGTCTTTATGACTGTGTAAAGGTTGCAGGTTTGAGTCCCGCTGGTGTTTGTGTGTCTTTATGACTGTGTGAAGATTGCAGGTTTGAGTCCCGCTGGTGTCTGTGAGTCTTTATGACTGTGTGATGGTTGCAGGTTCGAGTCCCGCTGGTGTCTGTGTCTTTAAGAGAGTGTGAAGGTTGCAGATTTGAGTGCCGCTTGTGTCTGTGTGTCTTTATAAC-------------TGTGTAAAAGTTGCAGGTTCAAGTTCCTGGTGTCTGTCTCTCTTTATGACTGCGT 
s mm7.chr13     112205055 386 - 116696528 GTGTGGGAGTCTCTGTGAAGTCAATCACGCTGTGTGCATGAATGA-GCAGGTGTGGGAGTCTCTGTGAAGTCAATCATGCTGTATGCATGAATGCAGCAGGTGT--GGGAGTCTCTGTGAAGTCAATCATGCTGTATGCATGAATGCAGCAGGTGT--GGGAGTCTCTGTGAAGTCAATCATGCTGTATGCATGAATGA-GCAGGTGT--GGGAGTCTCTGTGAAGTCAATCATGCTGTATGCATGAATGCAGCAGGTGTGGGAGTCTCTGTGAAGTCAATCATGCTGTATGCATGAATGA-GCAGGTGTGGGAGTCTCTGTGAAGTCAATCATGCTGTATGCATGAATGCAGCAGGTGTGGGAGTCTCTGTGAAGTCAATCATGCTGTATGCAT 

a score=5181
s danRer3.chr12    337466 413 +  37038836 GAAGGTAGCAGGTTTGAGTCCTGCCGGTGTCTATATGTCTTTATAACTTTGTAAAGGTTGCAGGTTTGAGTCCCTGGT--GTCTGTGAGTCTTTAAGAGTTTGTGAAGGT--------TGCAGGTTTGAGTCCCGCCGGTGTGTGTGTCTTTATGACTGCGTG---AAGGTTG-------GAGGTTTGAGTTCCGATGGTGTGTGTGTTTCTTTATGAGAGTGTGAAATTTGCAGGTTCGAGTCCCGTTGGTGTCTGTGTGTCTTTATGACAGTGTGAAGGTTTCAGGTTTGAGTCCTGCTGTTGTGTATGTCTTTATGACTGTGTGAAGGTTGCAGGGTTGAGTTCTGCTGgtgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtg--------------------------------tgtgtgtgtgtgtgtCTATATGACTCTGTGAAGGTTACAGGTTCAAATCTCACTGGT 
s mm7.chr9      103212349 458 + 123828236 GAACGCAAAAGGTCAGAGGACAGGCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg----tgGAGGGGTGAGAAGCAGAGGTCAGAGGACAGGCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgGAGGGGTGAGAAGCAGAGGTCAGAGGACAGGCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgGAGGGGTGATAAGCAGAGGTCAGAGGACAGGCTGTGTGTATGTGTGTGTGTGGAGGGGTGAGAAGCAGAGGTCAGAGGACAGGCTGTGTGTATGTGTGTGTGTGGAGGGGTGAGAAGCAGAGGTCAGAGGACAGGCTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTG---GAGGGGTGAGAAGCAGAGGTCAGAGGACAGGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGGAGGGGTGAGAAGCAGAGGTCAGAGGACAGGCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgGAGGGGTGAGAAGCACAGGTGACACCTTTAATGGT 

a score=3193
s danRer3.chr12   353621 352 + 37038836 cttctcctcctcctcctcctcctcttctttttcctcttcctGTGGTTCATCAGACGGCTCCTCCTGGTCCTCCTCACTGCTGTCTGTGTCTTCATCTTCAGACACCAGCTTATACATCTGCTCCTCCtcatcatcatcatcatcatcaacttcatcagcagcatcttcgtcttcaCT-------------GTCTATATGAATGAAGAAAGA---------------GTTTTATATTTTGTACACCTTATTT-----------------TCTGACCATAT------ATTTATTTTGTGTTACTTTTC-------------------ATGGT------------------GCCTATCATTCA---------GTTTCAAGCACTTTTTATCACCTATTTATTATTCTTTTATTTTAACCCACA--TTTGTCTATACAATTATCACTTGTTATTC 
s mm7.chr19     32293956 451 - 61223509 ctcctccacctcctcctcctcctcctcctcctctccctcctccacctccacctccacctcctcctcctcttcctcctccacctccacctcctcctcctcctccacctcctcctccacctcctcctcctcctccacctcctcttcctcctcttcctcctcctcctcctccCCTAACCTACattgaactcaggtccttgcgtttgtaaggtgaatctttagcacttcagttatctccctagccccCTCTATTTACATCCTTGAAGCCCTGTCTGACAATATTATAGGAATAATTTTGTATTTCTCTTATCTAAAGTTAGTTTGAACAATGGTCCTGCAATAGGGAAAGTGGCTTATAATACAAACCTGTGAGTCTCCATTTTTCTGTTTTGTTCTTTTGTTTTTCTTTGCTTTTGCACCACAGATTTACCTACAGTGTTACCATTAGGGCTTT 

a score=629
s danRer3.chr12   354045 239 + 37038836 TACACTTTCCTTAAAGATACCATACACTGCATTGATTCAATAAATCTCAGATATCTACATAGTAGGTATATGGCTT-----ACCATTCAAAGATTCTCCAGAAATTGTTTTATATGCTTATTTATTAACCCATAAAATACCCCTGGCATATGAAGGTCCTCATTGACCATATTTGGAAGGGTCATGAATATTAATGTGTTCACCCTGCTGATTGGCTCTGCTGGAAGATGTGCTGAACGCCGTT 
s mm7.chr19     32294473 210 - 61223509 catactttaattaacatttcctgttgctggatttttagggtatgactaatttctcgccatgacaaataactttcctgtaacaggatgcatacttcagtcagacattgtttaatttttagattgttt--------------ccttagtata------------------aattctgagaagATTCT--ATCCTTCTTCACTCATCCTGCTAATTGACTGTGATGAAAGATGTGTTTAATCCCACT 

a score=10326
s danRer3.chr12   388680 212 +  37038836 acataataacacacacacacacacacacacTCTCTCTCTCACACACTCGCTCTCTTCCATACACACACACACAAAGATTTTATTT----TTTACTCACACACACAGA----------------------------CTCTCTTTCTCTCTCTCTcacacacgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac---TGCTGCTGCTGACTGCTCCTGCAGAGGATT 
s mm7.chr13     54070494 243 + 116696528 ATACAATCTCATACACACACAAACACACTATCTCTGTCTCTC----TCTCTCTCTCATACACACACACATACAAACACTTTCTCTAATACTTTCTCACACCCACAGACTCTCTCTCAGACACACTTTTCctctctctctctctctctctctctcacacacacacactcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGTCACAGAATGACTCTCCAGAGCATT 

a score=6958
s danRer3.chr12    413414 426 +  37038836 cacacacacacaccctttctctctcacatgcacaggctcacacacaatcagacatatacacacactcgcacacaAGCA-------TGGCCCTCTCTCACACACAGACACAC--TTCCTCTCTCTCTCACGCTCACACACACACAGCAGTGAacacatgcacacacacacaccctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacacCCTtctctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagcagtgaacacatgcacacacacacacacacacacaccctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacacTCTCCCCCT-tctctctctctctctctctctctctctcacacacacacac 
s mm7.chr5      144594977 303 + 153054177 cacaCATATACACCC---------CCCATACA-------ACACCCCATACAACATACACACACTCCACCTCACTCACACAGTCTTTGTCTCTCACTCACACACGGAGACTCTATTTCTCTCTCTGTCTCACACACAGGCACACACTCTCTCACACACCTATATACACACAAACTTTCTCTCTATCCCCCATTCTGACTCTCACACACTC---------TATTCCTCTCTTTGTCtctctgtgtatctctct------------------------------------------------------------------------------------gactctgtctctgtctctgtctct------------------------gtctctgtctctgtctctctctctctctctctctctctctctcACACACACAC 

a score=12792
s danRer3.chr12   414544 464 + 37038836 GTGTGTGTGTGTGTGTGACATAGAAAGAGAGAGATTGAGTGTGTGTGTGTGACAGAAAGAgtgtgtgtgtgcatgtttactgctatgcgtgcgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgAGAGAGAGAGAGCGAGCATGTGTGTGTGTGTGATAGAGAGACAGCgtgtgtgtgtttgtgtctatgtgtgcgtgcatatgtgtttgtgtgttcatctgtgtttgtgtaaaaaaattactgtgtgtgcgtgcat--------------gcatgcatgtgttcactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgcatgttca-----ctgc-----tgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcatgttctctgctttgtgtgtgtgtgtgacagagaaagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTTGACATAGAAAGAGAGTGTGTTT-------GAGTGTGTGAGACATAGAAAGAGAGAGA 
s mm7.chr16     20030352 466 - 98481019 GTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCATGTGTTTGTATAT----------Ctgtgtctgtatctgtgtgtt----tgtgtgtgagcatgtatgtgtgtgtgtgtgtgagagagagaga--gagcatgtgtctctgtatatctgtgtctgcatctgtgtgtgtgagtatgtgtatgtgagagtatgtgtgtatatgtgtgcgtgtgtgtgtgtg------------tgtgtgtgtgtgtgtgAGACACAGAGAGAGAGAGCAtgtgtctg-tatatctgtgtctgcatctgtgtgtgtgtctatgtgtgtgagtgtgcatgtctatgtctatgagtctgtctgaatgtgtgtttgtctatgtgagtatatgtgtttgagtgtgttcatgtaggtgtctgtgagtgtgagtgtgtgtgtgtgagcgtatgtttgtgAAACAATTGTAATTATCCAAGAAGAGGTCATGACTCCTAGAGAAAGTGAGA 

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s danRer3.chr12 422448 260 +  37038836 AATATGGAGCGCTTCACAGATTTGCGTGTCATCCTTTCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGATCCAATTTTAGTATATGTGCCACCGTAGCGAGCAC------AGACGAGTGGACAGGCTCAGGGCATATGTACGCCTCGAGTCCCAGCAATGTTCCTCCAAGGTGGTGGGACATGGAGAGCCATGTTCCCACTTG-TATGCCGTGCACTACAGAGCTTTGGTCCTGT--CAGTGCTAGGCACACTGATTGATGCAGTAGGT 
s mm7.chr2      384947 248 - 182548267 AATATGCAATACTTTATAAATTTATGTGTCTTCTTTGTACAGTGGCCACGCTAACCTTCTGTGTATCATTCCAGTTTGGGTATATGTACTGCCAACGTGAGCCCAGCTTTAGAAATGTAGCTGAGTTTAGAGC---TCTACCTGTTTAGCTGTGGCTCTGTGCTCACAGGACACACAGACACAGA-AGACATGTCTATCCTTATTACGCCCTTCAC---------TCAGTTCTGCCACACTTCTAGGC--------TGATGAGGTAGGT 

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s danRer3.chr12 425587 260 +  37038836 AATATGGAGCGCTTTACGGATTTGCGTGTCATCCTTACACAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGATCCAATTTTAGTATATGTGCCACCGTAGCGAGCACAG-TTCAGCAGTCAGGCTCAGGGCATA--TGTACGCCTCGAGTCCCAGCAATGTTCCTCCAAGGTGGTGGGACCTGGAGAGCCATGTTCCCACTTG-TATGCCGTGCACTACAGAGCTTTGGTCCTGT--CAGTGCTAGGCACACTGATTGATGCAGTAGGT 
s mm7.chr2      384947 248 - 182548267 AATATGCAATACTTTATAAATTTATGTGTCTTCTTTGTACAGTGGCCACGCTAACCTTCTGTGTATCATTCCAGTTTGGGTATATGTACTGCCAACGTGAGCCCAGCTTTAGAAATGTAGCTGAGTTTAGAGCTCTACCTGTTTAGCTGTGGCTCTGTGCTCACAGGACACACAGACACAGA-AGACATGTCTATCCTTATTACGCCCTTCAC---------TCAGTTCTGCCACACTTCTAGGC--------TGATGAGGTAGGT 

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s danRer3.chr12    493736 290 +  37038836 TGAGACAAAGTAAGGACCAGTTCCAGATACACATTACCGGTATTGAGTCAAAGTAGGGACCAGGTCTACACACACACTACCGGTATTGAGTCAAAGTAAGGACCAGGTCTACACACACATTACTGGTATTGAGTCAAAGTAAGGACCAGATCTACACACACATTACTGGTATTGAGTCAAAGTAAGGACCAGATCTACACACACATTACCGGTATTGAGTCAAAGTAAGGACCAGATCTACACACACATTACCGGTATTGAGTCAAAGTAAGGACCAGATCTACACACAC 
s mm7.chr8      123305294 290 + 127874053 TGTGGAGAGCTAGAGACCAGTCCGGGATACACATAGCCTGGCGTGTGGAGAGCTAGAGACCAGTCCGGGATACACATAGCCTGACGTGTGGAGAGCTAGAGACCAGTCCGGGATACACATAGCCTGGCGTGTGGAGAGCTAGAGACCAGTCCGGGATACACATAGCCTGGCGTGTGGAGAGCTAGAGACCAGTCCGGGATACACATAGCCTGGCGTGTGGAGAGCTAGAGACCAGTGTGGGATACACATAGCCTGGCGTGTGGAGAGCTAGAGACCAGTCTGGGATACAC 

a score=4698
s danRer3.chr12   521381 418 +  37038836 AAATCACTTGCATATATGTATATACACAACTAACTGTATATATGTTTGTG---AATTTTATTTTGTATGTTTGCACAAGTGTCATTTGGGTGTTTATGCACACATCAAGTTTATATTCTtatgtgagagtttatgggtgtatatgcatagatcaag-----tttatatgta---------tatgcaa-gagtgtataggtgtgtttgcatgcagcaagtttatatgtatgtgcgtgtg--ttaatgtgagtgtttatgtgtggatcgagtttatatgtatgtgcgtgtgtatgtgggtgtattcatgcgtCA-AGTTTATATGTATATACACAAGTTTCATCCATGTTGTTTTGAACATTCAGTAGTATAGGTGTATATGCGAGTA-----ATTTATAGGTGTATATACACGTGTTTTATGTATGTGTTGATAAGCAAAGTTTG 
s mm7.chr7      63660485 404 - 141766352 AAAACAATTTTTAATTTGTGTGTGTCCTTATATTTTTGTTTGGGTTTTTGCTTAGATTTGTTTTGTATCTATTCAGGTGT-TCACTGTATTCTTCAGACAGTCAT--AATTTACATAGTCAAGCAAGCATCTATTACC-TCGATGCACAGTTAAAACATACTTTCTTTGCAAATTTCCATTATGCAATAAATAGATAAAAATGACTGAGTAAtgtgtgtgtgtttgtgtgtgcgtgtgagtatatgtgtgtgtgtgtgtttgcatc---tctgtgtgtatgtgtgtttgcatctacgtgtgagagtgcatgagagtttgcaagtgtgtgtgggagtgt---------------------------------gtgtatgtgAGAGTGTATATACTTATAGGAGTGTATGCATGTGTGTTACTTGTGTGTGCATAAGCAGCGTGTG 

a score=47
s danRer3.chr12    600329 407 +  37038836 TGGGCGGGACTGCATGTAATAATACTTTACTTATCAATTGTCATTAATAATTAATGATTAAA-ATGTCCCATGATGCAAAAGTGGACAATAATATTTTAAGGATAAAATCTCTCTGATAAAGGATTTCCTGAAAGAATAACAGTAA-AAAGGTTTTGCAATATGTTTACAAAC---------TGACTTTTTTTCCATTGTGTTAAATTTACCTTCTTGG--------------TGGAGTCGTACTTCAGGACTTGCCCAAATGTGGACATAATCTGAGTACG---GTAGTCCTCGATGTTA-TCTGCCTCTGAGATAAGGAACACCTTTCTCATCAGTCTGGCAGATGGCGGCTCTCTCCGTGCTGGTGGTCGCTGGAACTGCTGGCACAAACTCCCTA---------AAAGCAGAGAAAACAGACACTTTGCTGCTTAATCTTT 
s mm7.chr7      135490537 381 - 141766352 TGGGAGATACTGTATTTATCAGCAGGGCACCCTAAAATTGTAATTAGGAAAAGATTTTCAAGTCTGTCACATT-------------TACCATTAGTTTATGG------TACCTTTGGTA--------CCTGAGGAGGGTAGATTAATCAAGGTGTTTCTATATCACAACAGACACCTACAATTGACTTTAAGTCTTCTGGGCTTTATCTCTGGTCTTGGATGAGGGCATCAAAGAGAGTCATTGTTGAGAATATG----AATACAGACACCATATCTGGACCCACACAACTTGTGGCATGACTCTGACTCTAAGATTAGGAA------------------GGAAGGATGAGGC-------------ATGGATCCTGGGAT--ATTGCAGGGCCCTTCTATATCTATAGAAAGCAGAGAAAACAGACATTTTTTTCCACACTCATT 

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s danRer3.chr12    602023 23 +  37038836 CCCACCAGATGACCTTCTA-------GGTT 
s mm7.chr7      135499032 30 - 141766352 CCCACAAGAAGTACTGCGAATCCAGGGGTC 

a score=7802
s danRer3.chr12   602052 394 +  37038836 CAGAAGCTGACACAGAAGCTGATGCAGGAGCCGATGAAGAAGCCGAGGCAGGAACTGACGAG---------GCTGATGCAGGAGCCGATGAAGAAGCCGAGGCAGGAACTGACGAGGCTGATGCAGGAGCCGA------AGAAGAAGCCAAGGCAGGAACTGACGAGGCTGATGCAGGAGCCGA------AGAAGAAGCCAAGGCAGGAACTGACGAGGCTGATGCAGGAGCCGA------AGAAGAAGCCAAGGCAGGAACTGACGAG---------GCTGATACAGGAGCCGATGAAGAAGCCGAGGCAGGAAATGAC---------------GAGGCTGATGCAGGAGCCGATGAAGAAGACTGGCCAGGAACTGATGAGGC----------TGATGCAGGAGCCGAT---GACGAAGACTGGCCAGGAACTAATGAGGCTGATGCAGGAGCCTC 
s mm7.chr3      93545759 436 + 159849039 CAGGAGCTGAGGCAAGAGCTGAGGCGCGAGCAGGAGCTGAATCGAAGGCAGGAGCTGAGGCGCGAACAAGAGCTAAGGCGCGAgc------aggagctgaggcaggagct---gaggcGCGAGCAGGAGCTAAGGCGCGAGCAGGAGTTGAGGCAGGAACT---GAGGCGCGAGCAAGAGCTAAGGCGCGAGCAGGAGTTGAGGCAGGAACT---GAGGCGCGAGCAAGAGCTAAGGCGCGAGCAGGAGTTGAGGCAGGAACTGAGGCGTGAGCAAGAGCTAAGACGCGAGC------AAGAGCTGAGGCAGGAGCTGGCTGAGGAGGACGAGCTGACGCGGATCCGGGAACCCGACGAGAGCATTACCCAGAGGTGGCAGTGGCAGCTCGAAAACGAGGCAGACGCCCGTCAGAACAAGGTCTACTCTAGGCCTAGC-AGGCAGGAGCAGAGGCTTC 

a score=4708
s danRer3.chr12   620478 516 +  37038836 TGCCGCACAGTGGGGACCTTGAAATGACAGAAAAGAACATTAAAATCATGTCATGGCCACACATACAGTAAAGGTGACTTATTTTAAAACAACGATGACATGGTGAAAAAATTTGAGAAAGCCAAGCCACCTTCATTTTCAGCTGAAATAAGCACACCACAAAAAGCATGATTGCTTGCACAGCAGGATGAGTATGCCAGGTGAGTATTCAACACATATGGCTGGAACAGGAGAGCAGGTGAGTACATTAAATGAGTATGCTACACTTCAGCTGGAGCATGTGAGTATATCAGGTGAGTATGCTACACTTCAGCTGGAGCAGGTGAGTATATCAGGTGAGTATGCTACACTTCAGCTGGAGCAGGTGAGTATATCAGGTGAGTATGCTACACTTCAGCTGGAGCAGGTGAGTATGCTAC-------------ACTTCAGCTGGAGCAGGTGAGCAGGTGA-----ATATGTTAAAGGT------GAGTAAGCCAGTGAGT-----ATATCAGGTTGATA-GGTGAGGCAGAGGTGAGCAGGTAATG 
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a score=-939
s danRer3.chr12   624034 267 +  37038836 GAATGTTGGTGAAGAGCCCTCTTT----------CTGTGTCA-TCCTTCACCCACGAGAGGTCAGCTGGTGAAATGCCATTAGGGTTTTCCCACAAGCGCACCCAACCCTCAAGTTCAACCTGCAATACA-TGTGAACAAA--------------GATTATCTTACTGCTTTAATAAC----AATTCAATTTTCATGTGTGC----ACTTAACATGAATATTTACTTACAGAAGAGTCACTCATGGGTGAGGATATTGGCTCCTTGTGTTTGGTGGTGGAGGATGTGGAGGCAGACATGGA 
s mm7.chr10     87792298 284 - 130066766 gagtcttgctgggtagcccaggttggtctcaaaattgtggcaatcctcctgccccaggctctcaagtgttgggatg---gtagatgtgttccacacccggctTCCAGCTAACTTTTTACACTTAAACACACTGTGGTCAAATTCTGTGTCAGCAGGTTCATCTGTTTGTTGTAGCCACCGAGATTTTGAGTTTCCTTTGTGATCTGACCTAATTTGGTGTCAGCTTCACATTGGAGG---TCATAGTGGGGGGTCATAGCC-----------ATAGCAGAGGTCATAATGGGGGTCATAGC 

a score=6384
s danRer3.chr12   624301 318 +  37038836 AGCAGTGGCTGATGTGAAAGCAGATGTTGAAGCCGTAGCTGTGTTGGCAGCCATGGCAAAGGTGAAAACAGTAGCAGTGCT-------GGCAGCCGTGTAAAAAGTGGAAGCCGTAACAGTGGTGGCAGCCGT-------------GTAAGAGGTAGAAGCCGTAGCAGAGGTGGCAGCAGTGTAAGAGGTGGAAGCAGTAGCAGAGGTGAAAGCCATGGAGGTGGTGGCAGCCATGGCAGAGGTGAAAGCCATGGAGGTGGTGGCAGCCATAGCAGAGGTTAAAGCCATATCGGTGGTGGAAGCTGTGGCAGCCTTGGCAGAGGTAGAAGCAGATGT 
s mm7.chr10     87792977 305 - 130066766 AGCCATAGCAGAGGTCATAGTAGAGGTCACAGCCATAG------TAGAGGTCATAATAGAGGTCATAGCCATAGCAGAGGTCATAGTGGGGGGTCATAGCCATAGCAGAGGTCATAGTGGTGGTCATAGCCATAGCAGAGGTCATAGTGGGGGGTCATAGCCATAGCAGAGGT-----CATAGTGGGGGGTCATAGCCATAGCAGAGGT------CATAGTGTAGGTCATAGCTATAGCAGAAGT------CATAGTGGAGGTCATAGCCATAGCAGAGGT------CATAGTGGGGGGGGG----GTCATAGCCATAGCAGAGGTCATAGTGGGGGT 

a score=1894
s danRer3.chr12  631072 156 +  37038836 TTTGAAAAATCGCAAAACATG---AAAATTTTTTTGAAGAA---TCACAAAATATGAACAATTTTTGAAAAATCGCAAAAAATGAAAATTTTTTGAAAAATCGCaaaatataaattttttttgaaaaatcac--aaaatatttaaattttttGAAAAATCGCAA 
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s mm7.chr1      7496215 1570 + 194923535 Aaaaacacaaaagaacaaaac-------aaaaccaaaaaaa----caaaaACCAAGAACTCTAATAAGACCCTAAAAAAAT---------TCTAAAACCCTAAAAAAATGCCCTAAAATTCTATAAAACCTCAAGAAACCTAAAAAGACCCTAAAAATTATAAAAC----------CTTAAaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacCTGTGGCATTAAAAAATCGCCCAAAACACTGACAAAACCCTAAAATCATTTTTAAATGAAAGAACCCTTTAAAAAATCCTAAAATCCTT-----AATAAAAACTTT---AAAAACCTTAAAAAAGCCTAAATTTCTTAAAAAAAC-CAAACCTCAAGATGTCC-----AAATTAAAAAAAA----------------------AAAACACTAAAACCCTAAGAAAACCTAAAATAATAAAAAAAATCTCTAGAACCCTAAAAAGACAC-----------------TAAAACCCCCCAAAAATCCATAATATTAAGAAAAAAATCCTTCTAGAACCCTAAAAAGCCATAAAACGTTAAAAAAAAAAACCAAAATCCCAAAAACCTTAAAAAAAACATAAAA---------TTCTTTAAAAAA-------ACATAAATGATTTCTAAATTACCAAAACACCCTAAAATCCTTTAAAAAA-------------AAATCCCTAAAACACTAAAGAAACATAA-----TTCTGAAAAACTGAAGAACACTAAAGAGACCCAAAAAATCCCTAAAACCATATAAAAACTAAAATCTTTAAAAAAAACTAAAAATACATCAAAACCCTGAAACCCCCCAAAATACCTTCAAAACCTTTAAACCCTAAATAAAACTGTGAAATTCTAAAAAGAATCCTAACCCCCTAAAAAACTCTAAAATTCTAAAAAAAAAAAAATCCTCAAAAAACCTAAAAAGA---------CTCTAAAAACCCCAATACTTTTTAAAAATGACCCCGAAATCGCTTAAAAAAAAAACCCTAAAGACTTAAAAAA----AAAGCATTAAAAAACCCTTTTTAAAAAATCTGAAAAGA--------CTCTAAAAATTTACAAAAGAAAACCTTGAAGCTTTAGAAAAATCAACAAAAACCCTAAAAACCACTATGAAGTTCTAAAAAAAAAGAACCTAAAAAACT-TAAAACACTAAAAAAATTCCAAAAATCtaaaaaaataaat--------aaataaataaaaaataaaAAACCTGTAGAACCCT-GAAAAGACCCAGAAAACACTAAAACCCTAAAGAAAAACCTAAAGCATTaaaa--------aaaaacaaaaaaacaaaaaaa-------aaaaaCCACATAAAACCTAAAAAAAAAATCCTAAAATCCTTTAAAAACCCTAAAA---GACCTT-------AAAACCCTAAAATATCTTAAAATCTAGAAGAAATCAAGAACCATCAAAAATCCCTAAAAATAAACCTCAAAAAATCCTAAGACCCTAAAACACAAAAAAAACCCCAAATTTTTTTAAAACCATAAAAAAAACCCTAAAACCCTACATAAAAATCCTAAGGCCTTCAAAAATCCCCAACAAACCCCTAAAAACTCTAAAATACTTAAAACACCCTAAAAGAAACCTAAAACCTTAAAAAAAAGATACCCCCCCAAAACCCTAGTATCTTTAAA-------CAAACACTAAAAGATCCCTAAAAAGCTAAAAAAC 

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s mm7.chr1      7497941 286 + 194923535 cgccacAAACCCTAAAAGACCCATA-------AAAAACTAAAAAAAAAAAC-----CAAAAAACAAAAAACTTTTAAAATACT------TATTAAACATTTTTTAAAACCCTAAAATTGTaaaaa------aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa------gaaagaaagaaaaaaaaa----------gaaaaCATGAGAACTCTAAAAAGACCCTAAAAAATTCTAAAACCCTAAAAAAAATCCTGAAACTCTACAACAACACTAGAACACTAAAAAGACCATAAAAAAACATTAAAAAAAAAAAAAGGTGTCTGCTGACCCCTAA 

a score=-1631
s danRer3.chr12   633362 1006 +  37038836 ATATGAATTTTTTTGAAAATCGCANAACATGACATTTTTTTGGAAAAATCGCAAA----AAATCACAAAAACTGAAAAATTTTTGA-AAAATCACAAAATATGAAAAATTTTTGAAAAATCGCAAAAAATGAAATTTTTTTGAAAAATCGCaaaatatgaatt--tttttttaaaaatcacaataaatgaattttttttaaaaaatc------gcaaaatataaaaattttttGAAA-AATCACAAAAACTG-AAAAATTTTAGAAAATTTGGAAAATATGA--ACAATTTTTGAAAAATCGCAAAAAATGAAAATTTTTTTAAAAATTGCAA---AATATGAAAATTTTTTGAAAAATCGCAAAAAATTA-------AAATTTTTTGAAAAATCGCAAAATA---------------------TGAAACATTTTTGAAAAATCCCAAAAAATG------AAAATTTTTTG-----------AAAAATCACaaaaaatgaa------------atttttttgaaaaatcaa--aaaaaattaaaattttttgaaaaatcaa-----aaaaaatcacaaaaaattaaaattttttGAAAAATCGTAAAATATGAAAATCACAAAAAATCTAGAAAAATGAATTTTTTTTaaaaata----acgaaaaatcacgaaaaatgaaaaaa--------attttgaaaaaacataaaaaaatcaaaaaatcatgaaaaatcaagaaaaatcataaaaaatgaaaaaatgaaaaaacttgaaaaatcacgaaaaatcatgaaagatga-----aaaaatcttgaaaaatcatgaaaaaatcttgaaaaatcaccaaaaatcatgaaaaattcaccaaaaaacatgaaaaatTATCTGTAcaaacagtaaaaaatacaga-tagtgcaaaaacaatgacagtgcaaatacaacgacagtacaaataacagacaaataaaatgacaat--gtgaaattgacagcgatatgtacaatgaataggtgtcca-------catagttgtaggcagtgttgtttcaagtatggattggctaaaggtcagtgcatgctacatatcgatggtgtgcagtgagggtatggaaga 
s mm7.chr12     40580096 1038 + 117814103 aaaataatctatctcaatgctgaaatcaataaaa------tagaaaacaaacaaatggcaaatcaatgaaacaaagagtttatcaaggaaatcaataaaatggacaaaccttagccagttaattaaaag-----------acagagatctaattatctaaattaactatattagagatga----aaaggaatacttaacagaagataaatgagacaaaccaaagaactataaggaaataatctgaaaatctgtactcatataggaaaacttagacgagatgggtaaaattcttgatatgt-acaacctactatggttggattaagatcagaaaagcaataccaaaaaaaccctgtaagtcccagtgaaatagcacagtaattaatttggccaaccaaaagacactcagggacagatggttttagtacagaattctaataaacttttaaagaatttactccaactttctttgaattatactacaaaaatgaaaacaaatgaacactgatgaattctctttatgagacctcaattgtgatatttaaaccacatagagatccaaaagagaaagaatcacaga-----caaatttttcttatggacataggttcaaaagttctcaaaag---cataattgcaaactatacccaagaatatatcaaaaaaggttatccaccaggaacaagtaggcttcatcctagagatccaaggatggttcaacatat----aaagatcaataactataatatgcagtataaacagaatgaaaggaaaaagaaaacacatgatcatctcatttgatgcacaaaaagcctttgaaat-----aaaaatcttataacccc--------tcataaaagaagccctacagagactagagaaacattggaaataactcaatataataaagattattacagga--------aattcataggcaacattaacataaatga-agacaaattgaaagaagttccattaaactgagagt--------caagacaaggatgtccactctctccatatttattcaatatagtacttgaagtcttaactggaataataagagtac---------------tgtagggagtaaggggatgcaaaa 

a score=5794
s danRer3.chr12   653530 222 +  37038836 CCGGTTCTACGAGGGGATGGAGGATGAAAATGGAGCGATCAGGTATCAGGAAGCGTAGAGTTGTCTGAGAGGATCATGGGAGATCCCAGTTGAAGCTCCTGCTGAAGTGACTCCATGTCCGCAGGGGTCATGCGATGCACCTCCAGCCAGTCAGAAAGCAGGGATGCAGACAGAGGGGCTAGGTCATTGTGACTAGTGGAAACAGAAAGGAGAAGGTATGTT 
s mm7.chr11     61570636 222 + 122091587 CTGGGTCTATCCTGGCAGCAAGGCACAAGCTGTGGGTTTCAGGGCTCTTGGAGGTCAGGCAGGTCAGACAGCAGCATTGGGGAGTCCATCTGGATCTCACGCTGCAGAGACTCAATGTCAGCAGGGTTCATGCCATGGCCCTCAAGCCAGTCAGCAAGGAGAGAGGCTGAGAGTGAGGCTGAGTCTGCCTGGCTGTAAGGAAAAGAAAGAGGGATGGGTTTT 

a score=4773
s danRer3.chr12   657250 175 +  37038836 AGAGACTGAGTGAGGAGGTCATCGAGGTCAAAGCCCACACCATAACCGGCTCCACTGCCTTTAGGAGTCACTGAGAAAACTGGCGGCAAAATGTCTTCAACCTGCATAGA--AATAAAAAGCAATGAAACA------ACCAAAGACAATCTCATCTCATGAGAATAGGCGTTAGTTAGTCTTG 
s mm7.chr11     61570954 182 + 122091587 AAAGATTGATTTAAGAATTCCTCCAGATCAAAGCCAACTCCGTAGCCAGCCCCACTGCCCTTTGGAGTGCCAGAGAACACAGGAGGCAGGGGGTCCTCCACCTGCAGGGGACAATCACAGGTTATAACACAGGTGCCAGGAAGGACAAAATGAGGTCAGTAGAGCATACCCT-GCTATTCCTG 

a score=2656
s danRer3.chr12   659266 112 +  37038836 TCACCTGTGATTTGGAGAGCTGCTGAGTGACGGTGTGGATATCAGG-GATGCTG--TTCGAAGACTGTCCCGTGTCAGTGAGACTCAGGCAGGGTTGAACTGCAGCACCTGGAGG 
s mm7.chr11     61571402  91 + 122091587 TCACCTGAGACTTGGACAGCTGCTGAGTCACCAGGTTGACATCAGGTGACTCTGATGTAGAAGGCTG-----------------------AGGGGTGAGCC-CAGGATCTGGAGG 

a score=3782
s danRer3.chr12   664136 107 +  37038836 CTGGCCACATACACACTTACCTCGTGCCTTCTGTCTTAGCGCAGATTTCTGCAAGGCAGCTTTGAGAGCTGCTTTTGTGTCTTCAGATATTGCTCCCTCTTTTTTCG 
s mm7.chr11     61572148 101 + 122091587 CTGGGCCCACACAC---CACCTCTGAGCCTGCTCCTTAG---GGACTTGAGCAGGGCAGCTTTGAGGGCTGCTTTGGTATTGTCGGAGATGGCACCCTCTCTTTTTG 

a score=30269
s danRer3.chr12   664749 831 +  37038836 GGCTTAAACTGGATCTTCTTCCTCACGCCCTGCTTTTTCTTATGAAAGTCCTGGATCTCTGTTAGTATCGCTTCTTTGATTTGCTCTTTGCCCATGGGCTGCCGGTCGAACTCAAAATTGAAAGCAGGCACGCACACCGGTTCGTCATCTGGGTCGTGGTACTTGGAGAGATACGGGTGTTCCAGTGCTTGACATGCACTGATTCTTTCACGAGGGTCAAAGCGGAGCATTGCAGCCAACAAGTTCAAGGCGCTGGGCTCAGCTTGTGGATACAGGGCTGCAAGCGGTTCTGGTGCTTTGGATGGAAGGCTCCGCACATAAGAGCGCACCCTATCTGACCCAATTGAGCCAACAATGCTTTCGGGTGGCGTCCCTAAAACTGAAAGAATCAGCTGCAACTGATGCACGTAGTTTTTCCCCGGAAACATCTGCCTCCTACCGAGCATCTCACCGAAGATGCAGCCTACGGACCAGAGGTCGATGGCCAGGCTGTAGTGGTGGAGCGACAGCATGAGCTCAGGAGCACGATACCAGCGGGTGGCCACGTACTCGGTCATAAAGGACCGCGACTCTTCAGAGTAGACCGCACTTAATCCCCGTGCCATTCCGAAGTCCCCGATCTTTAGCTCGCAGTTTTCATTGACCAGCAGGTTGGATGGCTTGAGGTCGCGGTGAATGACGTTGGCTGAATGAATGTATTTCAAGCCTCTTAACAGCTGATATAGAAAGTAGCGTGTGTGTTCTGGAGTCAAAGGCTGCCGCGAGTGAATGATCTGATGTAGGTCGCTCTCCATGAGGTCAAGAACCACGTACCTAAGGA--ACAAGAGATGG 
s mm7.chr11     61572434 830 + 122091587 GGCTGGAAGCGGATTTGTTGGCGGATGCCCTCCCGTCGTGCATGGAAGTCCTCAATCTCAGCCACAATGGCCTCCTTAATGCGCTCCCTGGTAAGGGCTTCACGGTCAAAAGCAAAGTCAAAAGGTGGGGCGCAATCAGGCTCATCATCAGGGTCATGGTACTTAGCCAGGAAGGGGTGGCGAAGGGCAGCAGCAGCTGAGATTCGGGCACTGGGTTCAAATCGCAACATGCGTCCCAGCAGGGAGAGGGCCTGGCGGTCAGCACCTGGGTATACTGTCTCCCAAGGCACAGGTTGCCTTGGTGGCAGGCTCTGGATATAGGCTCGCACCCTTTCAGCCCCCACAGCCTGAATCACAGCTGGTGACGGAGTTCCCAACACCATCATGATCAGCTGTAACTGGTGCACGTAGTTTTTGCCTGGGAAGAGCTGGCGCCGAGCCAGCATCTCACCAAAGATGCAGCCCACAGACCAGAGGTCGATTGCCTGCGTATACTCGTGCAGGGAAAGCATGAGCTCCGGGGCACGGTACCAGCGAGTAGCCACATACTCAGTCATGAAGTACTGGTGCTCGGCAGGGGAA---GTACAGAGGCCACGGGCCATTCCAAAGTCACCGATCTTGAGCTCACAGTTCTCATTGACCAGAAGGTTAGAGGGTTTAAGATCACGGTGGATGACCTGAGCAGAGTGCATGTATTTGAGGCCCCGAAGCAGCTGGTACAGGAAGTATCTCACATGTTCCAGGGTGAGCGGCTGTGAAGAGTGAATGATCTGGTGTAGGTCGCTCTCCATGAGGTCCAGTACCACATAGCTGAAAATGGGAAGAAACGG 

a score=9896
s danRer3.chr12   665633 174 +  37038836 CTTACACTGATTTGAACGCTGAATGAGGGACCACGGGCTGGAGAATATCTTTAATGGCGATGATGTTGTCGTGTTTGAAGTGCTTCAGTATTTTGAGCTCTCGCAGCGTGCGTTTGGCATTCGTCACAACCTCAAAGGCATTGGGGATCTTCTTTATTGCCACCTGCTGGCCTG 
s mm7.chr11     61574456 174 + 122091587 CTTACACAGATCTGAATTCTCCATAGGGCACAGTAGGCTTCAGGATGTCCTTGATGGCGATGATATTGTCGTGTTTGAAGTGTTTGAGGATCTTCAGCTCCCTGAGGGTCCGTTTGGCATTGGTCACCACATCAAAAGCATTAGGTATCTTCTTGATGGCCACCTGCTGGCCTG 

a score=6839
s danRer3.chr12   666297 146 +  37038836 CTCACCATTATCCCGTCTTCGTGCTGATGAGACCACACCATATGCACCTGTACCAATGGTCTCAATAATGTCATATTCATCCCCGACTTCAAACTTCACATCCAGGGAGTGGGCTTTGAGCAGGGCCAAGTTCTTGTCTGCGACAG 
s mm7.chr11     61575199 146 + 122091587 CTCACCCGTGAGGCGGCGGCGCGCCGAAGACACCACCCCGTAGGCCCCATTGCCTATGGTCTCGATGATCTCGTACTCGTCCCCCACGTCAAAGGTCACGTCGAAGGAGCGGGCTTTGAGCAGGGCCAGGTTCTTGGCCACCACAG 

a score=2276
s danRer3.chr12   684925 231 +  37038836 TTTCTGGCTATTCTCCACAGCACAGAGTTGTGGAGTTTCTCCACTAAAC----TCTCCAGGTGGG-AATGTGTCTGCTGGTAATGTTACCTGGCCTTGGCAAGCCGATCTGTACTATTTTGG---GTATCGCCTTTGTGGAGGATCCCTCATCAGCCACGAGTGGGTGCTCACTGCAGCTCACTGCGTTTACTACATGTAAGAACACAAAATAGCATGTGGTTTAATGTGAGTTATCAT 
s mm7.chr9      92832934 235 - 123828236 TCTCTGTCCCCTCTCCAGACTGTGG----GCTGCGATCCTTTACCAAACAGGCTCGCGTGGTTGGTGGCACGAATGCGGACGAGGGCGAGTGGCCCTGGCAGGTGAGCCTCCACGCCCTGGGCCAGGGCCACTTGTGTGGGGCCTCGCTCATCTCTCCTGACTGGCTGGTCTCTGCAGCTCATTGCTTTCAGGATGACAAAAATTTCAAGTAAGTATCCAGGTGTGTGGGAGGTGTCCT 

a score=4542
s danRer3.chr12   685271 229 +  37038836 CTGAGTGCCCAGTCTATCATTATACATCCAGACTTTGACTCCCTTCAGTTCACCAATGACATCGCCTTGCTGAGACTTGCTAAACCAGTGAACTTCACCAGCTCCATCAGCCCCATCTGCCTGGCTGCTAATGACAGCGTCTTTCACAACGGCACCACCTGCTGGGCCACTGGGTGGAGCTAT---AATCAAGGTAATGATCATCAGTTTCACTACATGTACTAtagggaac 
s mm7.chr9      92837141 231 - 123828236 CTGAAGCTCAAACGTATCATCACCCACCCTTCCTTCAATGATTTCACCTTCGACTATGACATCGCCTTGCTGGAGCTGGAGAAGTCGGTGGAGTACAGCACCGTCGTGCGCCCCATCTGCCTGCCTGATGCTACCCATGTCTTCCCTGCTGGCAAGGCCATCTGGGTCACAGGCTGGGGGCACACAAAAGAGGGAGGTGAGCTTCA-TGCCAGACCAGGACCTGCAGAGAAC 

a score=4114
s danRer3.chr12   696493 314 +  37038836 CAATATGACTGAGCTATCACTACTTTGGTTTTGCAACAGGTGAATAACAAGGGGTACTTGACTTTTAAAGAACCATTTTACCAGTACTATCCCAATCTTTTTACTGCATACTACTCAACTAGAGATATCATCGCCCCACTATGGACAGACATTGACATCACACGTAATGGAGCTATCTCTTACAGACAAGTAACAGACGGTCATGTCTTGAATCGGGCCTCAAGAGATGTAAACCAATATTTCCCCAATTTAAAT---TTCTCTGCCTCATGGGTTTTCATTGCTACATGGGATAAAGTACCATACTATGGATACAG 
s mm7.chr9      81501694 311 - 123828236 CAGGACCACTGTGCCAAACCTCTCTTATTTTTGTA---GGTCAATAACAATGGTGTTGTTTCCTTCAACGTGCTAGTGAGCCAGT-TTACACCAGAGTCCTTTCCCCTGACGGACGGG--AGGGCCTTCATTGCTCCATTCTGGGCAGATGTGCACAATGGAATTCGGGGTGAGATCTATTACAGAGAAACCATGGACCCCGCCATCCTGAGAAGAGCCACCAAGGACATCAGGAAGTACTTCAAAGACATGACCACCTTCTCTGCCACTTGGGTTTTCATTGTGACCTGGGAGGAAGTCACGTTTTACGGAGGCAG 

a score=5390
s danRer3.chr12   706456 292 +  37038836 AATGTATTTTGATCCTACAGGTGAATAATAATGGAGACCTGACCTTTGATAAACCGCTTCACCAGTATAATCCTGATAATTTTCCTGCATACTCAACTAGAGA--TATCATCGCCCCTCTGTGGACAGATATTAATAATGGAATGGAAGGAACTATTTCGTACCGACAAGTAACAAATGGTGATATCTTGAATCGGGCGTCAAAAGACATTAACAGATATTTTCCCAACTTAAAC---TTCTCTGCCTCATGGGTTTTCATTGCTACATGGGATAAAGTACCGTACTATGGATACAG 
s mm7.chr9      81501710 295 - 123828236 AACCTCTCTTATTTTTGTAGGTCAATAACAATGGTGTTGTTTCCTTCAACGTGCTAGTGAGCCAGTTTACACCAGAGTCCTTTCC--CCTGACGGACGGGAGGGCCTTCATTGCTCCATTCTGGGCAGATGTGCACAATGGAATTCGGGGTGAGATCTATTACAGAGAAACCATGGACCCCGCCATCCTGAGAAGAGCCACCAAGGACATCAGGAAGTACTTCAAAGACATGACCACCTTCTCTGCCACTTGGGTTTTCATTGTGACCTGGGAGGAAGTCACGTTTTACGGAGGCAG 

a score=2557
s danRer3.chr12   715532 128 + 37038836 GGTACAGTAGGAGGTCAGAACTCTTCAGCTGTTCACTGGCCATGGCAGGCTAGT------CTTTATTG------GTACAGCGGT------CAAACATGTGGAGGTTCTCTCATCAACAAAGAGTGGGTGCTGTCTGCTGCCCACTG 
s mm7.chr17     23481842 146 + 93276925 GGCATCGTCGGGGGCTGCCCTGTCTCAGCCAGCCGGTTCCCGTGGCAGGTCAGCTTGAGGCTCTACGACATGGAGCACAGCAGATGGGAACACGAGTGTGGCGGTTCCCTCATCCATCCTCAGTGGGTGCTAACTGCTGCTCACTG 

a score=4387
s danRer3.chr12   720510 269 + 37038836 TGACTGATGTGTGTTTTCAGGGG--GATTCAGGGGGTCCGATGGTGAGCAATCAGAGCTCTGTATGGGTCCAGTCTGGTATCGTCAGTTTTGGCTCAGGCTGTGCTCAGTCTGAGTTTCCCGGTGTGTACACCAGAGTATCACGCTATCAGGAATGGATCACCTACTTTACCTGCAGCGATCCTCCAGGTTTTGTGCAGTTTA---------CCTCCACAGGAGCAGATCCAGACTACTGTTACTCCTGCCCTGGCCGTCCTCTTCTGTGTAACGCTTCA 
s mm7.chr17     23482807 277 + 93276925 TGATTCCTGCCTTTTTCCACAGGCTGACTCTGGGGGCCCATTGGTATGCAGGTGGAACTGTTCCTGGGTCCAGGTGGGTGTGGTCAGCTGGGGCATAGGCTGCGGGCTTCCTGACTTCCCTGGTGTATACACCCGGGTGATGAGCTACGTGTCCTGGATCAAATGCTATGTCCCCA-CGTTCCTAGAACCTTTGAAGGGGCCAGATGGGATTCATACAACAGAGGAGACCCCAGCCACTCATATTGATCCATTCAC--TCCTCCTTCTGGTCCAGCCTCA 

a score=1831
s danRer3.chr12   730940 118 +  37038836 TACCTGTTTCAATGTGAATCTCCTGAATGAAAATCCATATGGGTATTTGAGGGTGAGGTGTGGGT-TGTATGAATCTTCTCCTCTGTTTTCGACAAACACCGTCACGTTGATCTCCTGC 
s mm7.chr7      17527468 112 - 141766352 TACTTGGCCTTCTGCAACTCGTCTAAAGGACAGACCCACGGGGTAGAACAGAGTGAC-TGTGGTTCCGTAGGAATCTTCTCCATCATT------AGACACCGTCACATCTACATTCAGC 

a score=2611
s danRer3.chr12   732076  98 +  37038836 TTACCCCGAGAAATTGAAATCCATTCTGAGATCATCAACACATATATTATCTTCTCCACATTCTCTCTCAAAATCCAGCTG---TAAGAGGGACACAGAAA 
s mm7.chr7      17527800 101 - 141766352 TCACTCTGGGAAGCCAAATACGACACTAAGGTCATCCTGGCAGATGTGGTCAGCTCCACAGTTCTTCTCAAAGGGAAGCTGAGAAAAGGGGGACATGGGAA 

a score=1853
s danRer3.chr12   735405 179 +  37038836 ACCTGAGAAGCAGAACTGCTCCTTTGGACCCAGCAGCAATGTCAGGAAGGCTGTCTGCAGTCTGGTCTGGAGAGGATTGACTCAAGGAAACGCCAAAGTACTGCAATCCTGATTTTACAGATGATCCAGCAATTCTCTGTGAAGGGAGGAAGGAAGGAAATGGTTTAATGAAAAATTAC 
s mm7.chr7      17529767 173 - 141766352 ACCTGAGCAGCAGCACGCGTCCCTTGGAGCCCACGGCCAGATCCACCAGTCCATCCCGGGTGAGGTCCTG---GCCCCCACTCAGTGACTGCCCAAAATATTGAATCCTGGAGGGGATCTGGGATGCTGAAATCCTCTGTCCA--GAAGAAGAAGAGCCA-GTCTGGATGAAAGACTGC 

a score=37
s danRer3.chr12   735621 96 +  37038836 AAGGAAAGAGAACCATAAGAGTGAAT------GAAGCAATGAATAATAACA--GAAATAATTTTAGATGAACTACTCCTTTAAGCAAGCAACTCATACTGTTTT 
s mm7.chr7      17533227 89 - 141766352 AAATAAACAAAGTCACAGAAGAGAATTGTTGTGAAAAAATGAGAAACAAAGAGGAAGCTACTGTAGA---------CTTGTGAGATAGTGACT------GGGCC 

a score=4707
s danRer3.chr12   735717 475 +  37038836 TCACCTGGGAGTATGATGAAATGATCCCTCCATCTCG----TCCATTGAAGATGTAGATGCTGCCCTGTCCTTCCTCCTCTAATGGAGCACCAACCAGCACATCCCTATAACCATCACCATTCAGATCTGCTGGACTGGCTAGAGAAGAGCCAAAGCGACCCCTCTGACCGGCCATGCCCACCA---------GCACCACATCAGAAAAAAATAACCTTGACTGCAGAGACAGAAAAGAAGATATGAGAAAACAAGTTTAAACATACTTAAACAAATTGACTTGATCAACTTTTATTTGAACCCTTACTGAATTTCCAAAAAAATCACGTACCCAAGATGTGAAACTATAAACAAACACTTTCCCCTCTCGTTCAGACTCTGTGTATGTCGGTGCTGATACCAGAAGCAGATCTGTATAAGAGTCACTGTTCAAATCCACCACACACACCTCAGCTCCAAAATAAGAGCCAATCTGAGGCTGAGGAAA 
s mm7.chr7      17479589 457 - 141766352 TCACCTGGCTAGGCGAGGGAGCGATGTC-CTGTCTCGAGGCTCCATGAAATATGTAGACAGCACCTCTGTTCTCCTCCTCTCCGGGTGCACCAATAGCCACATCCGCCAGACTGTCCCCATTCACGTCCCCTAGCACTGTCAGAGCCGCCCCAAAGCGGCCCCAAGGAT-GGCCCTGCTCCCCATGGAGGGTGGTCCCACAATGCCACCTGCTCCTCTGCACAGCAAAGGCAG-----------TGTCAGACCCAACCTGGGCAGACCTCCACCCAT--ACCCAGATGCCACCAGCCAGGCCCCTTAACCACTTACCA-----------CACCAGGCATGGGGCAC-----ACCGACACCTGCCCCCCTCGGGTGTGCTCATAGTAATGGGGGACTCCAATCAGGACCAGGTCAGTGCTGCCATCTCTATCCATGTCCACAGAACAGAGAGATGCCCCAAAGTAGGAGCCGATCTGGGGCAGAGGGGA 

a score=3259
s danRer3.chr12   737680 170 +  37038836 CACCTACCTTCAATCGCAATAATGTTCCCTTCCAACTTTTGAAGAATGTTTTTCAGTGCATTGAAGTCTGTCACTTTAAACACATAGTCAGTGTCTGGATCAGAAGCAATTGTATTCAACTCTTCTCTTGCGTTGTAATAATCAAAAGCTTTGCCAACCTACAGCCAAAA 
s mm7.chr7      17483737 170 - 141766352 CACTTACCTTCAATGGCAAAGATTTTCTCCTGAATTTGCCGCTGGATGCTGCGAAGTGCTACAAAATTGCCCACCTTGAACACGTGGTCCTGCGAGGGAGCTGAGCCAATGGTGTTCAGCTCCTGTAGGGCAGTGGGTTCCCGGAAGGCATCTCCCACCTGCAACAGAGA 

a score=2018
s danRer3.chr12   738266 191 +  37038836 CTTACTCCAATTGCGAATCGGACAATGCTGTTTTTCTCTGCCTGTGATGCTGCATCTTTCAA----CAAATTTCTGTCATGTGACTCTCCATCAGTAATAACAACCAAGATTTTTTTTGCTGATGGCCTTGTCCCTCCATTTGGTGTGAAGAGGTAATTGCTAAAGTTTGAAAGGAAATTTAGGGGATCAATTGA 
s mm7.chr7      17535975 194 - 141766352 CCTACCCCAATTGCATAACGAATGATGCTTGCAGCCTCTGCC-ATGGGGATGACACTATCATAACTCAAGTTGTCCCCTTGTTTTCTCCCATCAGTGATGACAATGAGGACCTTGGTGGCATCTTGCCGAGCTCCACTTTGGGTGGTGAACAGTTCTGTTCTATCAAGAAAGAAGAGAGTCCAGAGGTCTGTAGA 

a score=-27
s danRer3.chr12   738804 24 +  37038836 CCTACCTGTGCATCCCGCTCAATA 
s mm7.chr7      17536652 24 - 141766352 CTCACCCGTGTGCTAGGTCTCTGA 

a score=3495
s danRer3.chr12   738828 139 +  37038836 AAACGTCTGATCACGTTTGTCACAAAACCCTTCATTACTGTAAAATCATAAATTCCTATACTCCCAGAGCCATCCAGTAGAAAAGCTATGTCAATC---TGACCAAGACAGTCTG----GAAAGGAAAGAAGCAGAAGTTTGTACG 
s mm7.chr7      17487993 146 - 141766352 AACTGGCCCATCAAAGCTTTGACGAAGTCCTTCATCTGGGTAAAGTCACTTTGATCAATGCTGCCGGAGCCATCAATCAGGAAAGCAATGTCCATCTCTTGTCCTGGACACTCTGCGGTGAGAGAGAAGAGTCAGATGCATGCATG 

a score=1667
s danRer3.chr12   757508 135 +  37038836 TTACCTGTTTTGATGTGATTCTCCTGTATGAAAATCCATATGGGTAATTGAGGGTGAAGTGTGTGTTGTATGAGTTTTCTCCTCTGTTCTCGACAAACACCGTCACGTTGATCTCCTGCATTATCCCCACTTCTA 
s mm7.chr7      17476052 135 - 141766352 TTACCTGGGCTCTTGTCACCCGTCGGTAAGATAGCTCTGCTGGGTAGTAGAACTTGATTAAGGTTCCATAGCTGTCCTCACCCTCATTCCAAACTGTTACTGTCACAGTGAGCTCTGGGGAGCTTCCTACCTCCA 

a score=270
s danRer3.chr12   757742 16 +  37038836 ATAAAAGTAGATTTTC 
s mm7.chr7      17476349 16 - 141766352 ATGGAAGGAGATCAAA 

a score=2414
s danRer3.chr12   757758  99 +  37038836 CTCACCCAGAGAAATTGAAATCCACTCTGAGATTATCAACACATACATTATCTTTTCCACATTCTCTCTCAAAATCCAGCTG---TAAGTGGGACACAGAAA 
s mm7.chr7      17527799 102 - 141766352 CTCACTCTGGGAAGCCAAATACGACACTAAGGTCATCCTGGCAGATGTGGTCAGCTCCACAGTTCTTCTCAAAGGGAAGCTGAGAAAAGGGGGACATGGGAA 

a score=2024
s danRer3.chr12   758884 199 +  37038836 GGCTGAAATGGCCTAAGCTGAACT-------------GTGTATCTGTGTATATTATGAGTTCTCGTAACAGACCTGAGAAGCAGAACTGCTCCTTTGGACCCAACAGCAATGTCAGGAAGGCTGTCTGCAGTCTGGTCTGGAGAGGATTGACTCAAGGAAACACCAAAGTACTGCAATCCTGACTGCACAGATGATCCAGCAATCCTCTGCC 
s mm7.chr7      17529707 198 - 141766352 GGAAGAAAGGTCCTAGCCTGGACCTACGATGGATGGGGAGTGTCTGAGCAAAGTGTG-----------CTCACCTGAGCAGCAGCACGCGTCCCTTGGAGCCCACGGCCAGATCCACCAGTCCATCCCGGGTGAGGTCCTG---GCCCCCACTCAGTGACTGCCCAAAATATTGAATCCTGGAGGGGATCTGGGATGCTGAAATCCTCTGTC 

a score=4293
s danRer3.chr12   761966 226 +  37038836 TAGTAACTGATGCCTTTTTCACCTGGGAGTATGATGAAATGATCCCTCCATCTCG----TCCATTGAAGATGTAGATGCTACCCTTTCCATCCTCCTCTAACGGTGCACCAACCAGCACATCCTTAAAACCATCACCATTCAGATCTGCTGGACTGGCCAGAGAAGAGCCGAATCGACCCCTCTGACCGGCCATGCCCACCAGCACCACATCAGAAAAACTGAAGAATGG 
s mm7.chr7      17533303 205 - 141766352 TAGTGACTGG-GCCTT----ACCTGGCTGGGTGAGGGAGCGATGTC-CTGTCTTGAGGCTCCATGAAATATGTAGACAGCACCTCTGTTCTCCTCCTCTCCGGGTGCACCAATAGCCACATCTGCCAGACTGTCCCCATTCACGTCCCCTAGCACTGTCAGAGCCGCCCCAAAGCGGCCCCAAGGAT-GGCCCTGCTCCCCA------------------TGGAGGGTGG 

a score=2693
s danRer3.chr12   762315 191 +  37038836 TCACTTACCCGACGTGTGTAGCTATAAACAAACACTTTCCCCTCTCGCTCAGACTCTGTGTATGTCGGTGCTGATACCAGAAGCAGATCTGTATTAGAGTCACTGTTCAAATCCACCACACACACCTCAGCTCCAAAATAAGAGCCAATCTGAGTCTGACAAAAGAGTGCAAGGCAACTGATATAATTTAA 
s mm7.chr7      17533609 187 - 141766352 CCACTTACCACACCGGGCATGGGGCACACTGACACCTGCCCCCCTCGGGTGTGCTCATAGTAATGGGGGACTCCAATCAGGACCAGGTCAGTGCTGCCATCTCTATCCATGTCCACAGAACAAAGAGATGCCCCAAAGTAGGAGCCGATCTGGGGCAGAGGGGAG-GCACAAG---CCTGAAGTCATCTAA 

a score=5259
s danRer3.chr12   765119 182 +  37038836 AAGAATGCATTCCCACTGCAAACATACCTTCGATGGCAATAATGTTCTCTTTAAGTATTTCCCGAATGCTTTCCAGAGCATCAAAATCGGTAACTTTGAACACATGCTTATCGGTGGGTATGGATGCAATAACCGTTAGCTCATTTCTTGCACTGTAT-TTATTGAAAGCATTACCGACCTAT 
s mm7.chr7      17534695 182 - 141766352 AGGCAGGGAGCTCCATTGCTGACTTACCCTCAATGGCAAAGATCTTCTCCTTCAGCTGATTCTCAATATCCTTCAAAGCATCAAAGTTCTCCACGCTGAATACGTATTCATGGGAAGGCATCGATGCAATGGCCTTTAATTC-TTGCTTGGAATGTTCATTGTAAAAGGCCTTTCCTACCTGT 

a score=2033
s danRer3.chr12   765703 285 +  37038836 ACAGTTATTTATATTTTGGGGTGAACTATCTCTAACAGAA-------GCAAAATGCTAAAAGCAAAAAATATGATGTCTTACCCCAATTGCATATCGTGTTATACTTTTTTCTTGTGCTTGTTGAACAGCTTCAGTCAAA---AATTTATCGTTTGATTCTC---CATCCGTGATGACGACCAGAATTTTACTGGCTGATTGTCTTGCACCTCCACTACTTACAAATAATGACTCCCTGTTTACATAGAAAATCATACAAAATATTAATAATAAAACATGTGAGCACACTTCTTCTGA 
s mm7.chr7      17535898 295 - 141766352 AAAGTGCTTTCTACCTTTAGAGGAAGTTGCTTCAAGAGGAAGTTACAGGAGGAAGTGGTGGGAAACCATCTTTGTGTCCTACCCCAATTGCATAACGAATGATGCTTGCAGCCTCTGCCATGGGGATGACACTATCATAACTCAAGTTGTCCCCTTGTTTTCTCCCATCAGTGATGACAATGAGGACCTTGGTGGCATCTTGCCGAGCTCCACTTTGGGTGGTGAACAGTTCTGTTCTATCAAGAAAGAAGAGAGTCCAGAGGTCTGTAGATAAAAC---TACACTGACTTCTGCTGA 

a score=4022
s danRer3.chr12   769489 121 +  37038836 ATCATTTCTACAACAAAAGCCTTCATCTTATTAAAATCCACAGGATCTACACTTCCAGATCCATCCAATAAAAAAGCAATATCAATTTGTGATTTGGGGCATTCTGAGGTTGGAGAAAAGA 
s mm7.chr7      17488002 121 - 141766352 ATCAAAGCTTTGACGAAGTCCTTCATCTGGGTAAAGTCACTTTGATCAATGCTGCCGGAGCCATCAATCAGGAAAGCAATGTCCATCTCTTGTCCTGGACACTCTGCGGTGAGAGAGAAGA 

a score=-2604
s danRer3.chr12   826841 564 +  37038836 CTTTGAATGTGCATGGCAAATAAAA----------------AACTTTGTATATTTAATTTTTAAAAAG----TTCCTCAAAACACTTCCTCGTTTCATTGTGAGTTTGGGGTCTATTTTAAAGAGTTAGGTGCAAAGTCGAAAGATGCAGACAT-------Ctccgaaacccaacaggtggac-------aaatctaaacttgtttttattaaaacaaatataaatatgcatataataagtaatactgctaataataataccattataccaatgcaaattgtca--tgaataaactgaaccgagataaagaaggcatggaggcagtggcctttatattcatgtagaaaattataattttttaaatattttaatccttt---attttttttaatatgttaagatatttgtttatttctgtaca-----------tcctgtgtgtattaagcaa------tttaagcatttga-----accgcatatgtgcataaccaacacgctctgcgctggactttagagcagcttttagttagtcaatagcgccgtctatttcagttgctaa---------------aaatagcaacacaccagcaatgc------------accttaacacacctcctttctagaATCTGTCAC---AATAC 
s mm7.chr3      57488742 621 + 159849039 CTTCAGATATTTAAGGAAAATAATATGAACAAATTTAATGTGATTTTGTAAAATCTACACTCAAATATACTTTTACTCAAAGTA--TCTTTTATTCAAAGTAAGAATGTGATTTGTTCCTCATACTTCAGTGAGAATAAAAACTATGTAGATATTAAAATGCTTCAA----TGATAGCTGAATTTACTTAAATTCTAATATAGATTCTTTTAAAAATAATA---------GTTAAATAAATGATGCTATGCCCAAACATATTATCTCACACAC-CAAAGTATCAGATGGATGAA--GCTTTGGGACAAAATAAGTAGAGAACAATAAGTACAAATCTTCC-------AATTTTATTACTTTG--TATTATAATTTATTCAAATTTATGTTGCAAAAACAAGATTTATGCCCATTTATTCATAGACCATCTCTTCCTTTTACTTTTTAAAAAAATACTTTTTGAGAATTTCATATACGATGTGTAAACACATTATTTCTATCCCTTCCTCTCCCCCTC----CAACTTCTCCTGTGTCTTCCACCCTACCTAG---AGTTGATGACTTTGTCatatatataaatataaataatttGGCAGAACGAGGTTCTGGTAACCCCAGCCACGTTCGTTCCTTTGTCTTTTCACCTAACCAC 

a score=6741
s danRer3.chr12   827405 162 +  37038836 TAATTCAACTGATATCTACTTTGTGTCTTCCCCCCGTAC--AGTAAAG----------------ATGCCTCACGCTTATCCATTCCTGAGCCCTGATCAGAAGAAAGAGCTGAGTGACATTGCTCAGAGGATCGTTGCTCCGGGAAAGGGAATTCTTGCTGCCGATGAGTCCACAGGTGC 
s mm7.chr7      18871975 180 - 141766352 TGGTCCAACTAAGCGCTGGTCTCTGTCTGCCTCCCTCACCCAGGAAAGCACTGCCACCGGCACCATGCCCCACCCATACCCAGCACTGACCCCGGAGCAGAAGAAGGAGCTGTCTGACATCGCTCACCGCATTGTGGCTCCGGGCAAGGGCATCCTGGCTGCAGATGAGTCCACCGGTGC 

a score=10599
s danRer3.chr12   829572 237 +  37038836 TTACCCTCTGGCTCTTGTTTTAGGCAGCGTAGCAAAGCGTTTCCAGAGCATCAATGCTGAGAACACCGAGGAGAACAGACGTCTGTACCGGCAGCTGCTGTTCACCGCTGACGACCGCATCAAACCCTGCATCGGTGGAGTCATCCTCTTCCACGAGACCCTCTATCAGAAGACCGATGATGGCAAGCTTTTCTCTCAGCTGATTAAGGAGAGAGGCATGGTGGTGGGAATCAAGGT 
s mm7.chr7      18872228 232 - 141766352 TGACCCTC-----CTCCCTTCAGGAAGCATTGCCAAGCGCCTGCAGTCCATTGGCACCGAGAACACCGAGGAGAACAGGCGCTTCTACCGCCAGCTGCTGCTGACTGCAGACGACCGTGTGAATCCCTGCATTGGGGGGGTGATCCTCTTCCACGAGACACTGTACCAGAAGGCAGATGATGGACGTCCCTTCCCCCAAGTTATCAAGTCCAAGGGTGGTGTTGTGGGCATTAAGGT 

a score=4130
s danRer3.chr12   829810 101 +  37038836 GACAAGGGTGTTGTGCCTCTGGCCGGCACCAATGGAGAGACCACCACTCAGGGTATGAAGGACATCCCT---TCTTATTCTTCTCAATACTTATATTTGAATTC 
s mm7.chr7      18872889 104 - 141766352 GATAAGGGTGTGGTGCCCCTGGCAGGAACCAATGGCGAGACAACTACCCAGGGTAAGAATGATCTGCCTGCCTCCTTCCCTTCTCCACCAGCTCATCAGAGTTC 

a score=315
s danRer3.chr12    830097 71 +  37038836 aaaagtcctatggtttgttaatag----caataatttttc-cttaaaacaaagcatgaccTCATGTTTTCATAATG 
s mm7.chr4      105620252 76 - 155175443 AAAAGTCCTTTGCTTTAATGAGAAGCCCCAAGAACTAGGCACAGGGTGCAAAGAAGCCCCTCCCTTCTTTCTGTTG 

a score=9425
s danRer3.chr12   830168 199 +  37038836 TCTTCCTTAGGTCTGGATGGTCTGTACGAGCGTTGCGCTCAGTACAAAAAAGATGGTGCTGACTTCGCTAAATGGCGCTGTGTGTTGAAGATCACACCCACAACTCCATCCAATCTTGCCATTATTGAGAATGCCAATGTGCTCGCCCGCTACGCCAGCATCTGCCAGATGGTGAGAC----ACACTTTTAAAAATATTGATG 
s mm7.chr7      18873029 203 - 141766352 TCCCCTTCAGGGCTGGATGGGCTGTCTGAACGCTGTGCCCAGTATAAGAAGGATGGAGCCGACTTTGCCAAGTGGCGCTGTGTGCTAAAGATTGGGGAACATACTCCCTCGGCCCTGGCCATCATGGAAAATGCCAATGTTCTGGCCCGTTATGCCAGCATCTGCCAGCAGGTGGGATTGGACTACTTCCTAACACATTGATG 

a score=787
s danRer3.chr12   831587 293 +  37038836 ttctcagaacacacctataactcattaagacaataaactcaacccttttagaccatgcgcagcggcgcaaggcagatttcccgtccttaaattagcaaaaacgcgtcctgacacgccctgaaagcgcttgcgccctgcgttttgcgctctgcgcatggaccgtcaaaataga--------gcccACAAAGTTCACTGTTCAGGGAGGAAG--------------GTAACCACCAACCTG----------------TCATTATTTTTTGCAAAATCAAAACAAAATATTTTTACTGTGTGTCTTTTGTGCTGGTACTTG---GTTTATGTCTGCA 
s mm7.chr9      44403295 318 - 123828236 TTCACAGTACACTCCTATGA---ATGTACTTAACAAATTT---CTTATTAAA---------GCTCAGAAATGCAGTGTTTCATTATACAAAGTTGCAACATTTTCTTCTGCTGCTGACCGTTAGCTTTTCCGTCCCTAGCTG-GAGCACCACATGGAGACTGTGGAAATGGAAATTGGAAGCCAGGAAAGTATTAAGCCTGGGGTGACATTTTAGACCTCAATTGTAATAACAGCTTTGAGCGTATGTTTTAATTCCATCATTTTGAGTAGAATTAAAAAAAAATACCTCTCAACTATGTTATCTGGACTTGTACTTGTTAGTCACTGTCTTCA 

a score=484
s danRer3.chr12    833729 114 +  37038836 atatgacagtggacac-----actatacctacacacagtcctgtctaaacagcttcctaaagttgttttt---cacatca--taggtgGCCTTTAACATATGCACAGTGTGTCAGATGAATCAT 
s mm7.chr4      105621686 119 - 155175443 ATATGCCATTCACCACCGTCAACTAAACC-ACACAGCATTTCTCCCTAACACCTTCCT----TTCCTTTCAGCCACATCTGTTGGCTGCTCCTTGGCAGAGGGCCATAGTGAGCATTACATCAT 

a score=12521
s danRer3.chr12   833868 272 +  37038836 CAGCATGGTATTGTACCCATCGTGGAGCCTGAGATCCTGCCTGATGGTGATCATGACCTGAAGAGATGCCAGTACGTGACGGAGAAG--------------------------------------------------------------------------------------------GTTCTGGCAGCGGTGTACAAGGCTCTTTCAGACCATCATGTGTATCTGGAGGGAACCCTGCTGAAGCCCAACATGGTGACGGCCGGTCACTCCTGCTCCCATAAATACTCACCTCAGGAGATCGCCATGGCTACTGTCACAGCCCTGCGCCGCACCGTTCCACCTGCTGTCCCCGGTGAGCCCAA 
s mm7.chr7      18873491 364 - 141766352 CAGAATGGCATTGTACCCATTGTGGAGCCTGAAATTCTCCCTGATGGGGACCATGACTTGAAGCGCTGCCAGTATGTTACTGAGAAGGTAGGTTGCCCATCTGCTTGGTTAGGATAATGTGGTGGGCTGGGCCCCGCTGAGGTAATCCCTGTTTTCCACCTTTCCCTGCTGTGTTCCAGGTCCTGGCGGCTGTCTACAAGGCTCTGAGCGACCACCATGTCTATCTGGAAGGCACATTGCTGAAGCCCAACATGGTCACCCCTGGCCATGCTTGCACCCAGAAATTTTCCAATGAGGAGATTGCCATGGCAACGGTCACAGCACTTCGTCGCACAGTGCCCCCTGCTGTCACTGGTGAGGCCCA 

a score=-2078
s danRer3.chr12    834140 268 +  37038836 AAACACCCACAGTCACGCttaaagggatagttcacccaaaaatccaccttctgtcatcatttattcac--acttataaactcgtttcaaacctttatgagtttctttcttttgttaaacactaaataagatactttgaagaatgctgggggaagccattgatttcaatagtatttgttttttcgactatggaagtc--agtggttacaggttttcagctttcttcaaaatatTGTATTATTACGTATaagtcaagtctcgctttcagtttca 
s mm7.chr4      105622922 222 - 155175443 CAATCTCCTCAG----ACTTAGGGTTTTAGTT------------TTTAGTCCTTCAGAAGATAGCCACAAACATCTGCATTGGTGTGGAGCCTGTTTGGATCCTT----------------GAAACAAGATATCACCTTCTACCTCACAGGCACCCAATGCTTTTA------------TCTCCTACTGTGTGATGCTAAGTATCT-----TTTTCAGTTTACCTGAAGGT-TCATATTTGTGCATTTCTTCAACATTTCACTACCCTCTCTA 

a score=342
s danRer3.chr12    834558 16 +  37038836 CCCCTTAATATTATCA 
s mm7.chr4      105623271 16 - 155175443 CTATATAGTACTATGA 

a score=11445
s danRer3.chr12   834592 205 +  37038836 AGGCATCACCTTCCTTTCTGGAGGCCAGAGCGAGGAGGAAGCTTCAATCAACCTGAGCACCATCAACCAGTGTCCGCTGAGCAAACCCTGGGCCCTCACCTTCTCCTACGGACGGGCCCTGCAGGCCTCCGCTCTTAAAGCCTGGGGAGGAAAGAAGGAGAATGGCAAGGCCTGCCAGGAGGAATTCGTCAAGAGAGCCGTGGTA 
s mm7.chr7      18873980 205 - 141766352 AGGGGTCACTTTCCTGTCTGGAGGGCAGAGTGAGGAAGAGGCATCCATCAACCTCAATGCTATCAACAAGTGCCCCCTGCTGAAGCCATGGGCCTTGACTTTCTCCTATGGTCGAGCCCTGCAGGCCTCTGCTCTAAAGGCCTGGGGTGGGAAGAAGGAGAACCTGAAGGCAGCCCAGGAGGAGTACATCAAGCGCGCCCTGGTA 

a score=2227
s danRer3.chr12   835804 131 +  37038836 TTTTTTCACTATAAAGAATCTTTTGTAAATGTTTAATGGATTTTTAAAGTTCTTCTCAGTACTATTAATGCCAATAATAAACCTTTATTTTTAAAAGTCTAAGTAATGCCATTATTAATA------ACATTTCTAAG 
s mm7.chrX      12758549 134 - 164906252 TTTTTTCCTTAGAAGAAGTTTGTTTCCACTGAGTTCTGGTTTTCTTCTTTCCTTATTTGAAAGAAGAGTG---ATAACAACCATTTTTTTTTAACATTCTTATTAGTGATTTTATAAATAGAAAATAAATTTCTAAG 

a score=2193
s danRer3.chr12   839273 160 +  37038836 TTGCTTTACAGAACAACAGCGCAGCAGCTGTCGGTAAATACGTCTCCAAAGGAGACACCGGAGCAGCGGCAGGAGAGTCTCTGTTTGTGGCCAATCATGCTTATTAAAGAAATACCAAC---GGCCACACTTCAACCGGCTCACTCATCTGTTCACTCATATG 
s mm7.chr7      18874269 163 - 141766352 TTCCCTTTTAGGCCAACAGCCTCGCTTGTCAAGGAAAGTATACCCCAAGTGGCCAGTCTGGAGCCGCAGCCAGTGAATCTCTCTTCATCTCTAACCATGCCTACTAACCAGAGCTGAACTAAGGCTGCTCCATCAACACTCCAGGCCCCTGCCTACCCACTTG 

a score=2717
s danRer3.chr12  861916 143 + 37038836 TAAAGTGGGCTTTTTTAGATTAATCTGAAAGCTCCAAATAGAGATCGAGACGTCCAGACATGAGGCACGTTTGAGAGGCTTAACCTACCTGTATTTGTGCTTTTGCAGGACCGAGAGCTGGCGGATGATGAGATTGAAGGTAA 
s mm7.chr19     3979589 129 + 61223509 TGAGGTGGGCTG---------GATGAGAAACCTCAAGACACAGAAAGAGG-GTGCCGAGGTGTGGGCAGGCCAAGGAACT---CCTAACTATCTGTGTACTTT-GCAGGATCGAGAGCTGAGACCAGAAGAGATCGAAGGTAA 

a score=8120
s danRer3.chr12   863720 189 +  37038836 TTAAATGTCTCTCACTC-TTTCTCTCTGTGTGTGTGGTTAGAGTTGCGTGAGGCCTTTAATGAGTTTGACAAAGATAAGGATGGTCTGATCAGCTGTAAGGATCTGGGGAACCTGATGAGGACGATGGGCTACATGCCCACCGAGATGGAGCTGATCGAGCTGGGCCAGAACATCAACATGAACCGTAAG 
s mm7.chr7      11998087 186 + 141766352 TCAGGTTGCTCTAACACACTTCTCTCTTAACTT----TTAGAGCTCCGGGAAGCATTTCTTGAATTTGACAAGGACCAAGATGGGTTCATCTCTTACAAGGATTTGGGCAATCTCATGAGAACGATGGGTTACATGCCTACAGAGATGGAGTTGACTGAGTTGGGCCAGCAAATCCGAATGAACCGTGAG 

a score=7195
s danRer3.chr12   867008 184 +  37038836 GTATTTTGTTTCTCAGTGGGAGGCCGTGTGGACTTCGAGGACTTTGTGGAGCTCATGACCCCGAAGCTTTTGGCAGAAACCGCAGGAATGATCGGCGTGAAGGAGCTCAGAGACGCTTTCAAAGAGGT------------------------GAGAAGGAAAACGAGTGTCTGATGGTGCTGATTTTGTGGATTAGTCTGAACAGAAG 
s mm7.chr7      12000185 204 + 141766352 GTTTCTTCTTCTTCAGTTGGTGGCCGTGTAGACTTTGAAGACTTTGTGGAACTGATGACCCCCAAATTGCTTGCAGAGACAGCAGGGATGATTGGTGTCCAGGAGATGCGAGATGCCTTCAAGGAGGTGAGTTAATAACTCCATAATTCTGAGAGATGGGCAAGGGAGACACCATGGGGCTAATTTT----ATTAGTGTACACAGTAG 

a score=5226
s danRer3.chr12   869217 177 +  37038836 GTTTCTTTGTTTGTGGTCTGCAGTTTGATATGGACGGTGACGGTGCGATCACCACTGAAGAACTGCGCTGTGCGATGACGAAATTACTGGGTGAACACATGAACCGCAGAGAGATCGACGCCGTCGTCCGAGAGGCCGATAATAACGGTGACGGAACTGTAGATTTTGAAGGTAAGA 
s mm7.chr7      12002273 174 + 141766352 GCCTCATTGTTTCTGTTT---AGTTTGATGCCAATGGAGATGGGGAGATCACACTGGCAGAACTGCAGCAGGCCATGCAGAGGCTGCTGGGGGAGAAGCTCACACCCCGGGAGATTGCTGAGGTGGTACAGGAGGCTGATATCAATGGAGATGGCACTGTTGACTTTGAAGGTAATA 

a score=2738
s danRer3.chr12   869457 44 +  37038836 TCTTTTTTTTTCCTTTTTCAGAATTTGTGAAGATGTTGTCGAGT 
s mm7.chr7      12004655 44 + 141766352 TTCTTTTCTTTCTTTCTTCAGAGTTTGTGAAGATGATGTCTCGT 

a score=9816
s danRer3.chr12   884195 640 +  37038836 TCTCCCACGTTTCTCTCTCCATCACTCTCATCTCT-----CAGCATCCTGTTATCC-TGCACTGAGCTCTGACA-GAACGATCCGTTTTCTCTC-TGCATCCACTCGTCCTGCCGAACA--CATGGATTTAAAGGGAGTTCTGGAGGTTTTGGAACAGCTCGCTCCATTATCATTGGCTGAATCCTGGGATAATGTTGGCCTATTGGTGGAACCTAGTAGACCTCGTCCAATCAAAACAATCCTGCTCACTAATGACCTGACGGCGGCGGTCATGGATGAAGCTGTAGGGATGAAGTGTGATCTGATCGTCTCCTACCATCCGCCACTCTTTCGGCCTTTCAAGCGTTTGCTGCAGAAGGACTGGAAGCAGCGTTTGGCAGTCAGAGCAATCGAAAACGGCATTGGCATTT--TCTCCCCACACACTTCATGGGACAGTGTTGAGGGAGGCGTTAATGACTGGCTTGTTGGAGGAATGGGTAAATACAGTGTTACATTTTCTTACTTGAGTAGGGTGACCATATGTGCCATTTAAAAATTAAAATCATTGTACGAATAAAA--------ATGTTAACGGTCaaaaaaat------------tataatataaaaaGTATACacacagttgaagtcagaattattagccccacttagatttttttcttcttttt 
s mm7.chr1      58698701 665 + 194923535 TTTCCTGGGTTGTGATTTCAGGCACCCTTCTCCCTGGTTTCCGTATGCTGTCATCGGCACACCTAGTCCCTACAAGTGTGCAACGTGCCCAGTCGTGGATCTGCAGGTCTTCCCGTTCCTTCATGGATCTGAAGGCTCTTCTCTCGTCCTTGAATGACTTTGCATCCCTCTCATTTGCTGAGAGCTGGGACAATGTGGGATTACTGGTGGAGCCAAGCCCACCCCATACTGTAAATACACTCTTCCTGACCAATGACCTGACGGAGGAGGTCATGGACGAGGCTCTGCAAAAGAAGGCAGACTTCATTCTCTCCTACCATCCACCTATTTTCCGGCCCATGAAGCACATAACTTGGAAAACCTGGAAGGAGTGTCTCGTGATCCGGGCTCTGGAGAACAGAGTCGCTGTCTACTCTCCCCACACAGCCTATGATGCGGCACCCCAG--GGAGTCAACAGCTGGTTGGCCAAAGGGCTTGGTGAGAAAACTCTTGT-CCTTCATATTTA---ATGATTTCCCTGCAAATACTTGGAAATTTTAGAATGTCTTCCTAATAAAGTCGCAATTGTGTTAAGGGGCAACAGGTTTTTCtatttttatataatattaaaaatG-ACGTGTTGCTTAAATTTGGTAATTGAGTTTCGTTTGAAGATGTATtttattttt 

a score=2256
s danRer3.chr12   891503 278 +  37038836 aaataaaaatgtttttaaaaatGTAGATTTGGTGAGCATAAGATACTTT--CAGAAGCTAAATATATTCACTTTGAGTACAAAA-------TGGTGGCAGTGC------------------ATTTGATTGGCTGTTTCTTCTGTTTGTTCCTCCACTGCAGCCTCCTCTGTTGGGCTGTGGTCAGGGTCGACTCAGTGTTCTGGAGGAACCAGTGTCTGTTTCTACAGCAGTGCAGAAGATGAAAACACACTTGGGTTTGCCTCATTTGAGACTGGCCTTGGGGGACCAGCAGACATTAGGTGAA 
s mm7.chr1      58706534 295 + 194923535 AAGTTAGAATGTTTTTG----------TTAGGCTTGCAATTGAAACTTTAGCTGAAGCTTCCTATTGTAGGTTTAAATACGTAAACCTTATTGATTCCAGTTCTATACATTTTTTTTAGGAGTTGGAACAGATAGTATCTCTAACTTGTATTTCTCTTCAGCCTTTGCTTCTGCATACTGGAATGGGACGGTTGTGCACACTGGATGAATCTGTCTCCCTGGCAATAATGATAGAGCGAATCAAAACACACCTAAAGCTGTCGCATCTTCGCTTAGCTCTTGGAGTGGGGAGAACATTAGGTAAA 

a score=3670
s danRer3.chr12   893948 97 +  37038836 TTGTAGACTCGATGGTGAAGACGGTTGCAGTGTGTGCCGGTTCTGGAGCTTCTGTCATACAAGGAGTAACAGCAGACCTCTACATCACTGGTACGTC 
s mm7.chr1      58708862 97 + 194923535 TTGTAGAGTCCCAAGTCAAAGTTGTGGCCCTGTGTGCTGGTTCTGGGGGCAGTGTTCTACAAGGAGTGGAGGCCGACCTTTACCTCACAGGTAGGGC 

a score=7628
s danRer3.chr12   898526 204 +  37038836 TCATCTGTTTGTCATTCAGGTGAGATGTCCCATCATGAGGTGCTGGATGCGGTTTCTAAAGGCACCAGCGTGATCCTCAGCGAGCACAGCAACAGCGAGAGAGGCTTTCTGGGTGTTTTCAGAGAGAGACTAAGCGCTCGACTGGACCACACGGTTAGCATAGTGATCTCTCAGACTGACCGAGATCCACTACAGGTGGTCTGA 
s mm7.chr1      58712212 202 + 194923535 TCTTCCCTTTTTC--TCAGGTGAAATGTCCCACCATGATGTTCTGGATGCTGCTTCCAAAGGGATCAATGTCATCCTTTGTGAACACAGCAACACTGAAAGAGGCTTCCTTTCTGAGCTTCAAGAAATGCTGGGTGTTCACTTTGAGAATAAGATTAACATTATCCTGTCTGAGACAGACAGGGACCCTCTCCGTGTGGTTTAA 

a score=1459
s danRer3.chr12   920179 697 +  37038836 atataatataatataatatcacataataCATTTACAAA-----ATGCATATTATAGAAATAA------------TATAAAATTTGTTTCAATAAATATTCAGTTTGCT-----AAAATATTGTAATATCTAACATGGaataataataataataataataataataataataa----taataataataatTTAAAGTATACATTTTAGCCCAATGTGTATTAACaaaaaaaaaagaaaaaaaaag-----------aaaaaTAATGTTAACTCATAAATGAGCATTGACTAATAATACATGTAAACTATTTAGAAAATTATTTGTCAATTATTTGTTTCATTAATTTTATCAAGTGGAATAAATTAAAATAT---------CTCCAAAttttatttttattattatttatttctatttttgttttCAATATTATATTGTTCTTGTTtat----atatatattatatacatatatataatatat-----atatttatttatttatTATTATTATTTATTTTGTTTTCATCCCGTGTGTACCAAAAAAAGTACAAAATATCCACTATGACTTTTTTTTTTTTTAAATATCTCTGTTCTTGCTGATATGTTTACAACCAATTTTGTAAAAAGCGCCATTTTGATATCATAAACTGAAGACTA------TTAATA--------TCGCATTTTAGGTTAATTTTGCCAACTGCAAATAGA------------CGAGATTATGAAGGTCATTTACTCAGGAGAAACACCTTACCAGATGACTTGC 
s mm7.chr10     95339073 738 - 130066766 ATATTATATATGGTAATAATACATACTA-ATTCAGAAACTTTGGTGCATTTTACAAAAATGTATGAGTACTGCTTATTAAAGTTATGTTATTAAAAATCTACCTATCTCTCTAAAAAAGAAATAATAAGCAATTTTGTCTAAAAAGTAGAATGAGCAAAGTAATTTTACTAGCCCTTATTAACCTATACCTAAATCAACCATATATTTTCCTTGGGCATTATTAATTACAGTAATACATTAAGGTAGCTTGTTCAAATACTTATCAACACTTATCAGACTAAATTGAATTTGAGAAAAATCAAACTATAAAATAGACTTCTT------TACTTATTTCATTAGT--------ATGAATCATATCATAATATTGTAGCAAACATCAAAAGTAACATTTAAT----TGCAGTGCTCTAGTTATTATAAATATAAAACTTCCCATAAGCAATCCAATAAATATT---TAAAGCTTTATTATTTATCAGTAAAATTCATATTTGTTTTCATGTAAAATATTTCGTTTGCAATGTGTGTCAACAAAGCAAAATATTAAAAATACCTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACTGTTTTTGGTT---CTGTTCTGATTAATAATAAATTTGTA-------CCATTTTCTTGAAATCTATAAATGGCTACttcctttaataaccttctgttgaacatttggtgcatgttaggcacagcggttaggagtcaaagacacagagatgaTGAATGCTAT--------GGGAAAATCTGCATCACAGGAAGTGC 

a score=4368
s danRer3.chr12    926272 152 +  37038836 TCTTCCTCCTGCACTGCTAAAGCCTCATGCAAACACAGACTCTCCT---GCCACTCCACAGGAC----AGCGTGAGGATGGAGCTGGAGAACGCGGGTCTGTGGAAGCAGTTCAGCACAGTCGGGACTGAGATGATCGTCACTAAGAAGGGCAGGTGAG 
s mm7.chr7      122878355 155 + 141766352 TCTCCCATCTGCTCTG----GGCCCCGAGACAGCACCGCCACCCCCAGAGGCCCTTCACTCGCTTCCTGGGGTCAGCCTGAGCTTGGAGAACCAGGAACTGTGGAAGGAATTCAGCGCTGTGGGGACAGAGATGATCATCACCAAGGCTGGCAGGTGAG 

a score=8268
s danRer3.chr12    927206 304 +  37038836 CCACGTCTAATCCGTCTCTTCTGTTCCT---CAGGCGAATGTTTCCTCAGCTGCGGGTGAAGCTATCAGGGCTGAACCCATCTCTGCGCTACATTCTTCTTCTAGACATCGTACCTGTCGATTCCTCCCGCTATCGTTTTCAAGATAACAGCTGGCAGGTGGTCGGAGGAGCAGAGGCTCGACTGCCGGACCGTGTGTTCATCCATCCGGACTCACCGGCGACTGGAGAACACTGGCAGAACCGCACCATATCCTTCCACCGGGCCAAACTCACCAACAACACGCTGGACGCACAAGGATATGTGAG 
s mm7.chr7      122879368 307 + 141766352 CCAGGCCTCTCCTCCTTCCCCTTTCCCTGCGCAGGCGCATGTTCCCTGCTTGCCGAGTATCAGTCACTGGCCTGGACCCAGAGGCCCGCTACTTGTTTCTTCTGGATGTGGTTCCAGTGGATGGGGCCCGATACCGCTGGCAGGGCCAGCACTGGGAGCCAAGTGGCAAGGCTGAACCCCGCCTACCCGACCGTGTCTACATTCACCCTGACTCTCCTGCCACTGGTGCCCACTGGATGCGGCAGCCCGTATCCTTCCATCGTGTTAAGCTCACCAACAGCACACTGGACCCCCATGGCCACGTGAG 

a score=2544
s danRer3.chr12    928860 151 +  37038836 AGATCATTCTTCACTCCTTGCATCGATACCAGCCACGGGTGCATGTGATCGAGGCC--CGTGATGTGCTGATG----TGGGGAAGAACTCAGCACTCTTTCACTTTTCCTGAAACACAGTTCATTACGGTCACTGCATACCAGAACAACAAGGTGAA 
s mm7.chr7      122879760 154 + 141766352 AGCTGATCTTGCACTCGATGCACAAGTACCAGCCTCGCATCCACCTGGTGAGAGCCACCCAACTATGCAGCCAACACTGGGGGGG---TGTGGCCTCCTTCCGATTTCCTGAGACCACATTCATCTCTGTGACAGCCTACCAGAACCCTAGGGTGAG 

a score=3279
s danRer3.chr12    929091 121 +  37038836 CATGACTATTCTCTTGTTTTTATTGATCAAAGATCACCGAACTGAAAATAAACTCAAATCCTTTTGCGAAAGGCTTTAGAGAGAATGGCATGAACTGCAAGAAGTAAGTTGCACGCACACA 
s mm7.chr7      122879972 104 + 141766352 CGTGTGTGTCCTC-----------------AGATCACACAGCTGAAGATCGCAGCCAATCCCTTTGCCAAAGGTTTCCGAGAAAATGGCAGAAACTGTAAGAGGTGGGCAtcattcattca 

a score=5101
s danRer3.chr12   936018 174 + 37038836 AGTCTGCGGTGGAGCTCCTGTCTGAGCAGATCTCTCTCCTTCCGGATCCCCTGGAGGACGGTGCGGTTCTCCTGAGCTCGTCGCACCAGATACGGCAGCGTGTCGTCCACCGATCCGTACGGCACTGACTTATACACTGAGAAACCATGCTGAGCTGAGAACACAACAGTAATA 
s mm7.chr16     17621942 174 + 98481019 AGCCGCCTGCGGAGCTCCTGCCATAGCAGCTGCCTCTCTCGCTGAGCACCCTTCATGATGCTGCTGTTCTCCAGGGCACGGCGGGACAGGTAAGGGAGTACCTCCATCACAGGGCCATAGGGCACATACTTGTACACAGGAAAGCCTGCCTGGCCTGCACATACAAGAGTAGCA 

a score=2885
s danRer3.chr12   937988 96 + 37038836 TTACCTAGAGTTAGAGAGACATGGTCACACATGCCCAACAGCTGACCAAAACACACTGAGTTTCCATCTCTGTGAAGTCCAAGCTCTGCCATACTG 
s mm7.chr16     17622178 96 + 98481019 TCACCTAGTGGGAAGCTGATTTGGTCACACATCCCCAGCAGCTGTCCGAAGCACACCTGACCATCAGCAGGATGCAGGCCTATCTCCTTCATCCTG 

a score=8061
s danRer3.chr12    944420 588 +  37038836 CATATATGTTTCTGGCATATATGTGGACATGTATGTTTCTGGCATATATATGGACATGTATGTTTCTGGCATATATGTGGACATGTATGTTTCTGGCAAATATGTGGACATATATGTTTCTGGCatatatgtggacatgtatgtttctggcaaatatgtggacatgtatgtttctggcatatatgtggacatgtatgtttctggcatatatgtggacatgtatgtttctggcatatatgtggacatgtatgtttctggcatatatgtggacatgtatgtttctggcatatatgtggacatgtatgtTTCTGGCAAATATGTGGACATGTATGTTTCTGGCATATATGGACATAAATGTTTCTGGTATATATGTGGACATTTGTTTCTgacatatatggacatatatggacatatatgTTTGTGGCATATAC-TGTATGTGGACTTATATGTTTCTGGCATATATTAGGACAtatatgtttctgacatatatggataaatatgt--ttctggcatatatgtggacatatatgtttctggcatatatgtggacatatatgtttctggcatatatgtggacatatatgtttctg 
s mm7.chr9      115714523 558 + 123828236 CATGTGTGTCTCTGATTCTCATGTG--CATGTGTGTCTCTGTGCTCCTCATGTACATGTGTGCCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCTCTGTGCTCAACCTGTGCATGTATGTCTCTGTGTTCCTCATGTGCATGTGTGCTTCTGTGTTCCTCATGTGCATGTGTGTCTCTGTGCTCCTCATGTGCCTGTGTGTCTCTGATTCTCATGTG--CATGTGTGTCTCTGTGCTCCTCATGTACATGTGTGCCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCTCTG-----------------TGCTTCTCATGTGCATGTGTGCCTCTGTGCTC------------CTCATGTGCATGTGTGTCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCTCTGTGCTCCTCATGTGCATGTGTGCCCCTGCTCCTCTG 

a score=6281
s danRer3.chr12    945449 305 +  37038836 aatatgtttctggcatatatgtggacatatatgtTTCTGGCATAAATGTGGACATATATGTTTCTGGCATAAATGTGGACATATATGTTTCTGGCATAAATGTGGACATATATGTTTCTGGCATAAATGTGGACAtatatgtttctggcatatatgtggacatatatgtttctggcatatatgtggacatatatgtttttggcatatatgtggacatatatgtttctgacatatatgaaaatatatgtttctggcatatatgtggatatat-------atgtttctgacatatatggataaatatg---tttctg 
s mm7.chr12     105940468 294 + 117814103 agtccgtcactggactttatgcagacttaggttatccccacct---tctggctCTACCTAACGCTGACACACATGTG-ATATACATGACGCTGGCATGTGTGTGGATATACATGATGCTGGCATACATGTGGGTATACATAACACT-ACATATATGTGGATATACATGATGCTAACATGCATGTGGATATGCATAATGCTGTCTTGCCTGTTG--------------GATATACATAAAACTGCATGCATGTGGC-TATACAAAAATCTCTACTTTCAATTCTTCTAAC-CATATTAACAAAAGTGAAATTTCTG 

a score=1794
s danRer3.chr12    953699 137 +  37038836 GATATTTACCTCCTCTCTGGTAGCCTTGCTTCTGTTGGTATCCACCTTTTTGATCTGCGAGAGAAAGAG---------AGAAGTTCGAGTTAGATCTGCTTGTTTGCTGTCGTTTTAAAAAGAATTATGATAAAATAAGAAAAAAA 
s mm7.chr7      122643584 145 + 141766352 GGTAGCCACCACGGCGCATATAGCCTTCATTTTTTCGGTAGCCATCCTTTTGGTCTGCAGGTAAAAAGGTGGATATGAAAAAGATTGGGAGTGAGCT-CCTGGAGACAGACAAAGGCATAAGGATTGTGGGAGAATGAGCGACAGA 

a score=26797
s danRer3.chr12    955476 786 +  37038836 CATGTACCTCTGTTAAAGTATCCTCCATAGACGCCCTGTTTGAGGTCAAAGACGCGTTCGTTGTTCTCCACCAAGCCGCCCAGTTTCTCTGCCAGCTGTAGAGCCATGTTCTGCAGAGATGTAGGCTCTGTTCTGTGCATCACCACAGTCTGAGTCGGCTGGTCCAGAGACGCCTGA-GAACATGACAAAGA----CTGGTTA----ATGCAGGCACCAGCATGGACAGATCTGACCAGTAAAATGATGTTTATTTTTGTTACCATCAGTTCTTCATTGATGATCATCTTGCTGATAATGCTGTGCACTGTGGGTAACTCCAACTCAAACATCTCTGACAGAGTCTCCATACTGATGGACAGAGAAGAAAAATATGATGCAAACATTGGGATCAATTTTAGACATTTAATTAAAATAAAACACTGATATTATCAGGAAACTATTACAGATTTTACACATGCCTGATTGAGTCGTACACACTACTGTAGGTGAAAAGGTAAGTGCGCAGCGACTCCTCTTGGATCTTCCTGT-AGATGCAAAAAAACAAAACAGTTAAAAAAGGAA-----CTGTAAAGTTGATAAAACTTTTTATTTTAGGCGCAAATCCTC----------TACCTGACGAGCATTTCGCGCACACACTTTGCTTCTGGGAACAAATCCCAGACTTTGCTGTTCATCTTCTCGTTGATGATGAAAGAATGGCAGGTCCTCCAGTCACCCATCTTCATGGCCTTGCTAGCAGCCACTACATGCTCCCTCATGCTCTCAGGAGGACCTGGAGAGGTCGAGAGTTTTTCAGAA 
s mm7.chr7      122643735 770 + 141766352 CACTCACCTCGG---AAATAGCCACCATAGGTTCCCTGCTTATGGTCAAACACCCGTTCATTATTCTCCACTAGGCTGCCAAGCTTCTCAGCCAGCTGCAGAGCCAAGTTCTGCTGGGCAGTGGGCTCAGTACGGTGCATCACCACAGTCTGTGTCGGCTGGTCCAGGGAAGCCTGATGGGAGTGAGAGGGAGAGTCAGGTCAGACTATACTGGCTTCTCTATAGCTGTACCTACTCAAT---CTACCACCTCTGGCCCTCACCATCAATTCTTCGTTAATGATCATCTTGCTGATGATGGAGTGAACAGTGGGTAGATCCAGCTCAAACATATCTGATAGTGTCTCCATACTGAGGAAAAAAGGCAGGAAACAGGAC-----CATTAGGAACACTGCT----------------CACAAAGCTGGGGCCCTCTG-----TGCCTCTGAGCTCAT-CTTACCTGATTGAGTCATAGACACTGCTGTAGGTAAAAAGGTAGGTCCTCAGAGACTCTTCCTGGATCTTCCTGTGAGGAGTACAAAAAAGCGTGAGTTCCTAAAGGAAGGAGCCTGGCAGATTG-------TTTCTCATCCACCCACCATGGCTCCTTTACTGCTCACCGAACTAGCATGGTGCGAACTTTGTCAGCCTCAGGGAAAAGGTCCCACACTTTCCCATTCATCTTTTCATTAATGATGAAACTGTGGCAGGTCTTCCAGTCGCCCATCTTCATGGCCTTGGAGGCAGCGACCACATGCTCCCTCATTGACTCGGGAGGACCTGAAAGGGT-GAGAATACGGCAGGA 

a score=11337
s danRer3.chr12    956499 175 +  37038836 CTTACCCAGCAGCGGCTGTCTCTCGCCCACTCTTAGCTGGTGGTGGAACTGTTTGCTGATCATCCTGCGGCGGGCGTCAAACTCGTGAGCTGCCATGTACGGAATCTCCAGCAGCATGGCGGACACCAGGTACACACACTCCAACAACTCTAGATTGATGTGCATGTGAAATGGC 
s mm7.chr7      122648527 175 + 141766352 CTCACCTAGCAGGGGCTGCCGCTCGCCCACCCGCAGTTGGTGGTGGAACTGCTTGCTGATCATGCGTCGGCGGGCATCGCTCTCATGGGCAGCCATGTAGGGGATCTCCAGGAGCATAGCTGACACCAGATAGACACACTCCAGCAGCTCCAGGTTGATGTGCAGGTGAAAGGGC 

a score=11266
s danRer3.chr12    957260 205 +  37038836 ACCTGCCGCCTCTTCTCGATCTTCTCCTGCTCTGCGTTCCTCTCCTGCATGTTCCTCATCAGCAGCCCCTGCCCCAGCAGTTCCTTGGCTCTGCCGCTCGACTGGATGTCCAAGAGGGCATTGTGGGCATCTTTAATCATGCCCTGACGGAAAGCACAGATGCCCAGCTGCACCATGGTCCTGTTATAGAGGATCTAAAAGCAAA 
s mm7.chr7      122648702 205 + 141766352 ACCTGCCGGCGTCGCTCTACCTTTTCCTGTTCCTGATTTCGCTCCTGCAGGCTGCGCAGCAGCAGACCCTGACCTAGAAGCTCCTTGGCACGACCACTTGACTGAATATCCAGAAGTGCATTGTGTGCATCCTTTGTCAGGCCTTGGCGGAAAGCACAGATGCCCAGTTGCACCATAGTACGGTTATACAGGATCTAAGCACAAA 

a score=14459
s danRer3.chr12    957727 240 +  37038836 TACGCACCTGTACAGGAGGGTCAGCGTGCTGGATGTTGTCTTGTAAGTGGCTCATGAGCATGAGGTCTCTGGCCTGGTACCAGCGGCTGTGCAGGGCATGATGGTAGATGTGGCACAGGATGGCGCAGGTACGGATACGATCTGTGCGATCTTTGGCGTAGATGAACTTACACAAACGGTCCATGATGATGGCGCTGTCGTCTCCTTCACTCTCCTCCTGATCCTGCTCAGACTAAAAGA 
s mm7.chr7      122652833 240 + 141766352 TACCTACCTGCACCGGCGGGTCTGCGTGCTGAATGTTGTCCTGTAGGTGGCTCATGAGCATGAGGTCACGGGCCTGATACCAGCGGGAGTGGAGCGCATGATGGTAGATATGGCAGAGGATGGCACAGGTACGGATCCGGTCTGTACGGTCCTTGGCATAGATGTACTTGCACAGTCTTTCCATTAGCACAGCTGAGTCCTCACCCTCATTTTCTGCCTGGTCTTGCTCAGACTAGAGGA 

a score=8452
s danRer3.chr12    959450 237 +  37038836 CTCACCTT--AGTCTCTCCCTGTAGGCCGAGGCTGCGGC-GGTGAGCTTTGTAGTCGAACTTGTAATATGTGTGCATGATTCTGCGCAGATAAACCCGACACACTTCCTCAGTGCTGCCTTTAGTTTCCAGATACTGCAGCAGGCGGTCGATGATGCCACACACACGGCCCTCGTCCTTCAGGTTATCAACATACTCTGCGAGAGCGCGAGGAGCGGATTTACGCCACATGTCAAACACA 
s mm7.chr7      122653262 232 + 141766352 CTCACCTTTGAGGATCCTTCAGGAGGAGTAAGCTGCCGCTGATGGGCCTTGTAGTCAAACTTGTAGTACGTGTGCAGGATGCGCCTTAAGTAGATCTGGCAGATCTCCTCAGTGGTACCTTTCTCCTCCAGGTAGCGCTGCACTCGCTCAATGATGGCACACACTTGTGCCTCATCCTTCAGGTGCTCCACATACTCTGGGA-------AGGAGGACACCCAT-CCTCATCTCAAACATA 

a score=6802
s danRer3.chr12    959718 123 +  37038836 TCACCCTGAGAGTGAGGGTCTGTGTTCTGCATGATTTTGGTGAACTCTTCATCCATCCGCTCCACCAGAGTCAGAATACAGCCACGCACACGGAACGGCTGAGGAGC-------AGAAACAAAAGCTCAT 
s mm7.chr7      122653726 130 + 141766352 TTACCTTGGGAGTGAGGATCAGTATTTTGCATTATTTTGGTAAATTCTTCATCCATTCGCTCCACCAAAGTTAGGATGCAGCCTCGTACACGCAGTGGCTAAAGAATTATGCAAAGAAGGAACAGTTAAT 

a score=10736
s danRer3.chr12    961541 352 +  37038836 CTACTGACCTGGTCAGAGATGGCGAGGTTCTCGCTGTCTTCTGCGATGTTTTCTCCAATGAAGATGTTGTTGTTGTTAAACAGGATGTCCAGAAGCTCATCAATGCAGTCCAGACACTTCTTCCACATGTCAGCCTG----------AAGAGAAAAATGTAAATAATGT---CAG------------------------------ATGAAAAGGTCTTTAAT-------------------------------------------------------------TCTTAACTCA-----------TGTCATATAGTCTCACCTTCATGAAAGCAGCCAGGTTGGGGTTGTAGTCATATAGAGAGGCAATGATGTTGAACTTGATCTTGACGAGGATGCCTTCTCCGAGGTTATTCTCAGCAGCGATGCCAGCCAGAGCGTGAAGAAGCTCGATCTGAGCAGCTCTAAA 
s mm7.chr7      122653921 467 + 141766352 CTCTTTACCTGATCAAAGTTGTGTAAGTTCTCACTCTCTTCCAAAATGTTCTCTCCAACAAAGATGTTGGAATGTGCAACCAACGTATCCATCAGTTCATTGATGCAGTCTAGGCACATCTGCCACATCTCTGGCTGTCGAGGGATGAAATGACAAAGTTAGAGGATGTAGTCAGTGACGTTTCTAAAGAACCCTTTCACCAAGAATCACAGGACCTTCAATACACAAGGCTGCTGTAGGCCCCAGGCAGGCCTTCAAACAATAGGTACCTCCTCCTGACCACCCCCAACTCAACCCCAGTACTCTTCTGCTGTTCTCACCTTCATGTACGTGGCCAGGTTAGGGTTGTAATCGTAGAGAGAGGCAATGATATTGAACTTGATCTTGACAATGACGCCCACCCCCAGGTTGTTTTCAGCAGCAATCTGAACCAGCAGCTGGAGCAATTCAATCTGAGTGGCACTGGA 

a score=5238
s danRer3.chr12    962458 337 +  37038836 CATTAAAAAGTGACATGCATAAATCATTGTCATTTAAAAAAAGACCTTAAATATTCATTGATCAAGTTTTCTACCTGTCAGTTCCTTTCTTTCCTCTGGCCTGCAGGATCTCACTGAGTTTCTTAACCACCACACCCGTATTGATCTCTGTGCCTTTGGCAAACATCTTAGGCTTCTCCTTGACAAG----------------------------------------------CGGCACTCCACccttca-------------------------ccttctcccatcctc----------------------------------cttcctccgcttctccctcctcctcggcctcctcctcgatgcgctc---cttcttcttgtgtctcctcct---cctGTCATCCTTCTTGCGGTCAGATGCCTTTTCGCCAACATCTCT-GTGAGT 
s mm7.chr7      122655122 445 + 141766352 CGTTGAACAGTGCTGTAAAGAAAGCTTTCAAACTATAAAAAGTAGC--AATGCCCCAGTGTGCACATCTT--ACCGGTCTGTTCCCTTCTTGCCTCTGACCTGTAGAATCTCATTCAGTTTCTTGATGACAACAGCATGAGTGATCTCAGTTCCCTTGGCAAACATTTTTGGCTTTTCCTGGTTAAAAACATTTCCTGTTACACAAATGTCAACAGGAACCTGTTCTTGCTTTAGGCGCCTCCCACTCCAACCAGGTGGGCACCTCTATACCAATCCCTTTACCATGCTCACCTTAACAAGTGGTACGCCACCTCGGACCCGTTCCCACTCCCCGCCCTCATTGTCCTCCTCTTCCTCATCCAGGCGCTTAGACTTCCTATCGTGCTTCTTCTTGGCTTTGTCTTCCCGTTTCTTTTCAGCTGCTTTTTTGTCCTCCTCTGTAGTGGGT 

a score=1395
s danRer3.chr12    965202 109 +  37038836 CTTTTCATGTGGACAAAGAATAAAAAAAAAAAAACAAGAGGGGAACACTCCACTTATAAAAATACCCATGTACGTGTGGATATCCTTTGATGAGTATCGAGTGACTGAA 
s mm7.chr7      122658271 109 + 141766352 cctgtcttgaaaaaccaaaaAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTGTAAACCCTCCAAAGAGACATAGCAGACGATGTTTGAGCAAACTCTGATCAGTCTTGTCTCTCTGAA 

a score=3063
s danRer3.chr12    965367 351 +  37038836 AAGTCCTATTAACATCTGGAGAAACGGTCTGATAAAAGTGTTCTGGA----CTTACAGCAGCACCCTTAAGGAATTT---GCTGGCTTCTGGAGCTTTTTTCTCTTCCTCTTGAGGCTTCTTCTTCATAAAGCTCTTGGCGGTTATATCGTCGTCATCATCATCATCACTCTCAGAAGAGCCTGCACAGCACAGGCAAAAAAAGAAG----------AAGACAGAAATAAAGTACAGCT-CGACTTTAAGCTAATCAACAGCAGCTTAAAGATAAATGAGCAGACAAACCACTGCCAATA-----------------------------TCGTCTTTCTCCTCCTCTTCATCAGCTGACTGCTCAGGATTCTGCAATCAAAAACA-CAATAAACTATGA 
s mm7.chr7      122659507 377 + 141766352 AAGACCTA--AACATCCTGAGAGGAAATCACCCAGGATACACCTGGGATCGCTTACTTCCATCTTTTTGTGGAACTTCCGACTCTCTCCAGAAGATTCTT---------------GCTTCTTCTTCAAGAAAGTCGTATTACCGACTCCGTCCTCGTCCTCATCCTCA---TCTGAAGAGCCTGGTAGGAAGTGGGAGGAAAAAAAGCCAGACACTGAAGGCCAAGACTGAAAACAGAAATGAGATCAAGAGAACCCATGGCA--TGGCATAGCATTGGGCCTTCTAACTATCTTCAATAAAGGTCTTCTCTCACCTTCGGAGTCTTCCTCATTCTTTTCTGCATCTTCATCTGCAGACTGCTCAGGGTTCTGCATTGAGGAAAATCAGAGAACTAAGA 

a score=8308
s danRer3.chr12    966365 149 +  37038836 ACCTCTTTATAGCTGGCGATCTCAGTTTCAAAGTCTCTGTTGTACTTGCGGATCTTCTGGCGGAGCGTGCTCAGAGCTTTAGCATTGTTCTTATTCATCTTCTTCTTTCCCTCTTTGTCCTCCCATAGCTAATCAAGAAAGAAGTAAGA 
s mm7.chr7      122660182 149 + 141766352 ACCTGCTTGTAGTTGGTGATGTGTGACTCGAAATCTCGGTTGTATTTCCGGATCTTCTGGCGCAAGGTACTCAGAGCCTTGGCGTTGTTTTTATTCATCTTCTTCTTTCCTTCTTTATCTTCCCAAAGCTATCAGGGGTAAAAGGAAGA 

a score=10258
s danRer3.chr12    966523 252 +  37038836 CAGACACGCATTAA--------TCACACATCTCCAGACCCTCAGTGTGATGAACAGACCTGGTTGAGATAGTCCTCCAGATCAGCGAGCAGGCGAATGTAAAACTTGGGCACGCCCTCTTTATCCACGATAGTTTTGCTCTTGACGAACGCTCGACACAACTGCTCAAACTCCTCCAGACATTTGGAGATGTCTCGGATCTTTATAGCATTGCGGATGGTCTTAATCAAGTTGGTGAGCTCCTCAAACCTGAAATGGAAG 
s mm7.chr7      122660921 254 + 141766352 CAGGCAAGCAGCACAGCCAGGCCCACACCCCTCTGCATGCTCAGAGT------CACACCTCATTAAGATAGTCCTCCAGGTCAGCCAGTATTCGGATGTAGAATCGGGGGACACCTTCCTTATCCACAATACTCTTGGCTTTCCCATAGGCCTTTCCCAGGAGCTCAAACTCTTCTAGACACTTGGTGACATCTCGAATCTTCATGGCATTACGGATGGTTCGTATGAGGTTGGTCAGCTCCTCAAACCTGGGTAGGAAG 

a score=5478
s danRer3.chr12    967084 104 +  37038836 TATGAAAGCCTCACCTCTTGTCCTTGGCGCTGCGAACCACTCTTTTGGTGTCCTCCTCATCATCACTCAACAGCAGGGCCCTGT---GGAGACACCAAAGTTATTAC 
s mm7.chr7      122661246 107 + 141766352 TACGACAGCCTCACCTCTTGTCCTTGGCGCTTCGGACAACTCTCTTTGTATCCTCCTCATCCTCGCTCAGTAACAAAGGCCTGTATGAAAGGAACAGAGACCATTAC 

a score=4595
s danRer3.chr12    968534 129 +  37038836 TCTTCTCCACAAACTCACTGCTGTCTCAGAGTAGTCCC----GGCTGCTTTGGGGGTGATCTCATCAGCGGACGAGGATTCCTCCGACTCACTGTCGGATCCAGTGGCGAAAAAACGCGACATAACAGATGGC 
s mm7.chr7      122662618 128 + 141766352 TCCGCGCCCCCAGCTCACTGTTTGCC----GTAGTTCCCGGAGACCGGTTTGGTGACGAGCTCCTCCCCGGACAGGGACGACTCCGACTCACTGTCCGAGCCGGTGGTGAAGAATCGCGACATGGC-GACGGC 

a score=7965
s danRer3.chr12    973614 324 +  37038836 AAAGAATGTGAAAGTGGATGGAAAGTAGAAAACAAAAACTGAATATTACAGAGA--AAGTAAGAATAATAATAATAAAAAAAGCACAATTAAGACAGTTGGGCAGGGAAAG----------GGGAAACAGAAATACAAGTA-CACACAGGGCACCACTTCCTGTTGAG--------------------------------AGTGCTGGCATCCGGGAAGCTCACAGGAAGTAGTCAGCGACTGGCTTTTTGGAGGGAATGCCTCTGGTTTCTTGCGGAGCGGCTTCGAAAATGATGAACTCTTTCTGCAGATGCTCGTCCAGCTCGAGGATCGCTGCCACGTTCCCACATCTGTGAGGAAGAGAAGCAG 
s mm7.chr7      122882501 367 + 141766352 aagaaaggaaaaaaaaggaaaaaagaaaaaaaaaaTGACTGAAAACTTCATGGATCAAGTGGGAGAAAGGAGAGGAAGCCAGGAGCCAAGGCTCCACCTCTCCAGAGCAAGTCCGCACCCTGGGGCAAGCAAAGCCAGGCAGCCCCTCAGACCCAGCCTCCGACTGGGCAGAGGGCAGTCACAGTGGTCCAAGGGCCAGAGGGGCTGGGGCCAAGGAG--TCACAGGAAATAGTCGGCCACTGGCTTTTTGGAGGGGATGCCACGTGTCTCTTGGGGTGCAGCCTCGAAGATGATGAAATCTTTCTGGAGGTGCTCATCCAGTTCTAAGATGGCTGCCACATTGCCACAGCTGGATTTAAGAAAAGTAG 

a score=12206
s danRer3.chr12    976216 257 +  37038836 AATAAATCAGGCTTCATGAACGCATCTCTCATCTCATTGGCT----GCACATCAAACCCACCTGTAGCAGTAGTTGGGCGCAGACCACACAGTGAGAACGGTCTCGTTGAAATGCCACTTGTAACCCTCCATGACGAGCTGGTGTGCTCTGCATATCATATCGATGTCGTTGGCGGCGTTAAACTGAGCCACAACATCACTGCCAAACAGATAGCCAGCACCTCTCGGACTCACGCCCCAGCCTGTGGTGTCTGTCAGACA 
s mm7.chr7      122882868 259 + 141766352 AGTTAACAATGGTTGGCGCAGATACCTACCCTCACCCGGGCTCCTGGCCTTGCCAGCTTACCGGTAGCAGTAATTAGGCGCTGACCACACAGTAAGCACGGTCTCATTGAAGTGCCACTTGTAGCCTTCCATCACTAATTGGTGGGCACGGCAGATCATATCAATGTCGTTGGCTGCATTGAACTGGGCGACCACGTCACTGCCAAACAGGTAACCTGCCCCGCGGGGGCTCACTCCCCAGCCTGTTGTGTCTG--AGACA 

a score=9525
s danRer3.chr12    978132 166 +  37038836 TGACACTA---CAGACATCAGAATTACCTTCAGGATCAGACCACAAAAGATCACACATGGGTCCATCGTGAGGCACTTCCTGCTTTCTGTCGATGGTTCTGATCTGGTCCAGAGTCTGGATGGAAGGCGACAGGCCTCCATGTACACAGAAGATCTGCAGAAATAAATA 
s mm7.chr7      122883750 169 + 141766352 TAACACCAGCTCAGGTACTGCCCTCACCTTCAGGGTCAGACCACAGGAGGTCGCACATGGGTCCATCATGGGGTACCTCTTGCTTTCGGTCAATTGTCCGGATCTGGTCCAAGGTCTGGATGGAAGGGGAAAGACCTCCATGCACACAGAAGATCTACGAGGGAAAGTA 

a score=10241
s danRer3.chr12    979950 251 +  37038836 GAAGGTGAGAAAATGATGATAGCTTCTTAATTTTAAGGTGAACAAT--TCGACTCACTTTGCCGTCAATGATGGCGGATAGAGACAGGTAGTCGAAGATCTCCGTGCAGTACCTCCATACTGTAACCGAGCCGTATTTTCTTAAACACTCGTCATAAAAGCCGTACACCTGTGTGATCTGTCTAGACTCGTGATTTCCCCGGATCAGGGTGATTCTGTCTGGATAACGCACCTGTGAGAAGACATCCGATCAG 
s mm7.chr7      122883939 250 + 141766352 GAAGCCCAGAGACCCATTACTGCCCC--ACCCCTGAGGAGATCCACAGCCAACCTACCTTGCCATCAATGATGGCAGACAGGCTGAGGTAGTCAAAGATCTCAGTACAGTAGCGCCATACAGTCACTGAACCATATTTCCGTAAGCACTCATCATAGAACCCATAGACCTGGGTAATCTGGCGACTCTCATGATTGCCCCGGATCAAAGTGATTCTGTCAGGATAGCGAACCTAGGGGGTG-CATCAAGCCAG 

a score=7074
s danRer3.chr12    980259 122 +  37038836 ACCTTGAGGGCGAGAAGTAACAGAAAGGTCTCAACACTGTAAAAGCCTCTGTCCACAAAGTCTCCCATAAAGAGGTAGTTTGTTTCTGGAACGTCGCCTCCCACCTGAAGGAGAACAGATAT 
s mm7.chr7      122884672 120 + 141766352 ACCTTAAGAGCCAGCAGGAGGAGGAAGGTTTCAACACTGTAGAAACCACGGTCCACAAAGTCTCCCATGAAGAGGTAGTTGGTCTCAGGGACATCGCCACCTACCTG--GGAGGAGGGATAT 

a score=-988
s danRer3.chr12   980381 328 +  37038836 TATGTATTAATTTAT-----TAGCCAGCTACAAATAAATAACATCAGA--GATTAAACAAGAGACGATGTGTGCCCTCGTTTCCTCAA---ATACACAAAGCAAATGCACATTTAACATATTTACATTCAATTAAGATTAAAAAAGACGA---GGTGTTAATGACAGAAGCTGCACTAAACAGCGAATTTTGACCATTCAGAAATCGTATGACACATTTTACAGTCATAAAATGTAT-TGTTTAT---TGTAAAGACAGACCTTAGTCAAAATGATTTCTGAGT----TACTGCTGCTCTCGGAGTGTAAACACGTGAACAATGCAAGCAAACTTATTGCTGACCGTCG 
s mm7.chr11     70021623 339 - 122091587 CATGAAATTGCCCATGTACATCTCCACACACAGTGACTGGACATCGAACCTCTTGAACGTTGGATTCT-TTTGTCAGGATTTCTTTAGCCTACAGATAAAGAAAAAAATAAAGCAATACATTCAGCATTAAACAGCACTAACAAAGATGCTTTTGTTCAAGAAACAGAACCTGTA--AAATATGAAACCATAGGCATTTGCAA--CACAAGACTGatattaacattttaaattatatatatttatGAGTAtttatttaaaggtttatttattttatctatgagtaaactgtggctgtcttcag-----acacaccagaagagggcatgagatcccactacagatggctg 

a score=4531
s danRer3.chr12    981912 79 +  37038836 CTCAGACTCACCCTAAACAATTCCTTCAGGTCATAAAACTGCCCGTGGATGTCACCACACACCTGGAGACAAAAATAAA 
s mm7.chr7      122884930 76 + 141766352 CCCCAACTCACTCTGAACAGCTCCTTGAGGTCATAGAATTGTCCATGGATGTCACCGCATACCTGGA---AAAGATGAA 

a score=-150
s danRer3.chr12   981991 116 +  37038836 CCATTTACTTCTCGTAGAGATGCTTTATTATCAATTTTCT-------TTGAAGAAGGAGGAACTTTAGTCTCTGGAACAGAAAATATGGTCAAATATACGTGTTTGTTTTGTGCTCACTAAAA 
s mm7.chr8      95495490 108 - 127874053 CCTCTTGCACATTT----GATTCTTTCGTTAAAATTTCCTTAGCCTGTTAGAAAAGGAAAA-----------TAAATGAAAAGACTCGGTTACAAATTTAACAGCATTTCTTACCTACTGAAA 

a score=4618
s danRer3.chr12    983049 67 +  37038836 GAATACTCACCGTGACAGGAGAGTCCACCCTCTGTACATTACTCTCTTCTACAAGAATCTCTCTGAA 
s mm7.chr7      122885571 67 + 141766352 GAGTACTCACTGTGACTGGCGAGTCCACCCTCTGCACGTTGCTCTCTTCTACCAAGATTTCTCTGGA 

a score=6658
s danRer3.chr12    983162 148 +  37038836 GGAGTGACAGATTGCTTGGGTGCCTGTTTTGGGCAGGCTGTAATCACCTGGCTTTGGCACACAGGGCTTTGACCTCATTCTCCTTGATGAGCTCACACCTCCTCAGCTGGTCGATCTGTCGGTCCAGATCACTCATGTCACCCATGGC 
s mm7.chr7      122888583 136 + 141766352 GGGGCGACCG---GCTGGAGTCCCTTCCGCGGGC---------TCACCTGGCCTTGGCGCACAGGGCCTTGACTTCGCTCTCTTTGATCAGCTCGCAGCGCCGTAGCTGCTCGATCTGCCGGTCCAGGTCGCTGATCTCCGCCATGGC 

a score=15498
s danRer3.chr12   1010925 315 +  37038836 TTAGCTGTCGGTGGCCAAAATGAGCACGGCTCCGAAGATGCCCACGTTCTGCCCGATGAGCTTCATCTGGTTCCAGAACTCCACACGGCAGCTGCGGTGCCAATAACCGAAGTTACCGTCGATGAAGAGGATGACCAGCGGTAAGAGGACAGCCAGGATCTGTGAAGCCACGCGCACGTAACATCCAGACAGGTATGCGAGCGCCAGCACACCGAACACCAGCACCAGCAGCTGAACAGTCAGCTCTCCTCCGGGAATGTGGTCCAGATAGGCCAGCCGGTCCTCCTTACTGTGCTGCAGCGAGTACACCTGGAG 
s mm7.chr11     102262324 315 + 122091587 TCAGCCATCAGTAGCCAAGATGACGGCAGCCCCAAAGATGCCCACACTCTCGCCGAGTAGCTTCATCTGGTTCCAGAACTCGACGCGTCGTGTGTTGTGCCAATAGGAGACGTTGCCGTCGATAAGCAGCATGACAGGAGGTAACAACACGGCCAGGATCTGGGCGGCCAGCGTCACATAGTAACCCGACAAGAAGGCCAGGGCCAGGACCCCATAAAGCACGAAGAACAGCTGGACCATCAGCTCCCCTCCTGGAAGATGGTTCAGGTACGCCAGCCGGTCCTCCTTGCTGTGCTGCAGCGAGTAGGCCTAGAG 

a score=8248
s danRer3.chr12   1012469 183 +  37038836 GACCAGCGGTAAGAGGACAGCCAGGATCTGTGAAGCCACGCGCACGTAACATCCAGACAGATATGCGAGCGCCATCACACCGAACACCAGCACCAGCAGCTGAATAGTCAGCTCTCCTCCGGGAATGTGGTCCAGATAGGCCAGCCGGTCCTCCTTACTGTGCTGCAGCGAGTACACCTGGAG 
s mm7.chr11     102262456 183 + 122091587 GACAGGAGGTAACAACACGGCCAGGATCTGGGCGGCCAGCGTCACATAGTAACCCGACAAGAAGGCCAGGGCCAGGACCCCATAAAGCACGAAGAACAGCTGGACCATCAGCTCCCCTCCTGGAAGATGGTTCAGGTACGCCAGCCGGTCCTCCTTGCTGTGCTGCAGCGAGTAGGCCTAGAG 

a score=7618
s danRer3.chr12   1017171 207 +  37038836 CAAACTCACCATACAT-TCAAGTAAATGCCCAGGAAGACCTGTCCGGTGGACTGCAGTGAGCGTGTGCGGGGTTTCTGTCTGTAAACCTCTCCTGCTCCGCTGGACAGAATCAGAAAGCCTCCGATGATGGCCATTGCTCGGGAGTACATCCGTACCTGTGGTGGTCAGGAACAAACAGATAATCAACCatgatttacaggtatggct 
s mm7.chr11     102263586 204 + 122091587 CCAACGTACCACACAAATGAGGTAGATGCCCAGGAACACTTGGCCAGTGGACTGCAGGGAACGGCTTCGGGGCTTTCGACGGTACAGCTCTCCAGCCCCACTGGCCAGCACCAGAAAGCCGCCAATGATGGCAACTGTGCGAGAATACATACGGACCT---AAGGCCAGGGAGAAA-GGAACCCCAGTCAAGAACTGCCATCATGTCT 

a score=9010
s danRer3.chr12   1019840 231 +  37038836 TTACCTTCAGCCAGTCTCCATAATGGACTTGCCCTCCCACATAGGACACATAGGTGCTGAGGGCCAGATGAATGGCAGCTGCCAGCGCGAACCATCTTCTCTTCACACCAAACGACATGAAACTGGCACACAGCACTGCAGCTCCCAGATCTATGTACAGGTAGGGCACCTGGATGTCTGGCTTCC--TTAAACGACAAT--GAAACAGAGAGAATTTATTTAAGTGCAAGTAAG 
s mm7.chr11     102264758 235 + 122091587 TCACCTTTAGCCAGTCCCCGTAGTGGACATAGCCCCCGATGTAAGCGGTGTAGGTGCTGATGGCTAGCTGCAGCGCGGCGCCCAACGCAAACCAACGCCGCTTCACTCCGAAGGACATGAAGCTAGCACACAACACAGCTGCCCCCATGTCGAAATATAGATAAGGCACTGGGATGTCGGGCTTCCTGTGGATCGAGTGTAGGGAACAAGGAGGACAGAATGAATAGAGAGTAAG 

a score=1713
s danRer3.chr12   1021681 106 +  37038836 ACCGTTTGACGTCGGCGCGCTCCGCGAACAGCATCAACATGGCGAAGCAGTTCCAGAAGCCGAACCGGGTCAGAATAAAAGCTCCGAACTGAGAGAAAAATCTCAG 
s mm7.chr11     102265244 106 + 122091587 ACCGGCGCGCCTCGGCCCTTTCAGCGTACAACATAAGTTGGCTGAAGCAGCCCCAAAAGGGGCAGCGCGTGAGCAGCACGGAACCCAGCTGCATGATCAGCTGCAG 

a score=6330
s danRer3.chr12  1050417 208 +  37038836 CCAGCGAATCTTGATGCGATTATAATAGGAAGTGGGATCGGAGGAATGACGGCTGCAGCCACAATGGCCAAATCAGGGAAGAAAGTTCTGGTTTTGGAGCAACACGACGTGGCAGGAGGCTGCTGTCACACTTTCACTGAGAAGGGCTTCGAGTTTGATGTGGGTA---------CGTACAATCTTTATCAGCAGAGCTTCATTTTTAGATAAATAA 
s mm7.chr6      72618923 217 + 149646834 CCAGAGAAGCTGGATGCAGTGGTGATCGGCAGCGGCATTGGGGGACTGGCCTCAGCTGCGGTTCTAGCTAAAGCTGGCAAGAGAGTCCTTGTGCTGGAACAACATACCAAGGCGGGCGGCTGTTGTCATACCTTTGGGGAAAATGGCCTTGAATTTGACACTGGTAAGGCTTGTGTGGGAAAGGGTTAGGAGCATGGCCTTGTCTTTAGATGGCTAA 

a score=1548
s danRer3.chr12  1051915 249 +  37038836 AAAGGGCTCCACTACTTCGGTCAGCTGCATGAAAACGGTCTGCTTAAGGTTGCGATGGACCAGATCTCAGAGGGTCAGCTGGAGTTTGTGGAGCTGCCGCAGCATTTCGACAGTATTGTGATTGACGATAAAGGCAAACGGAGAGACTACCCCATCCTGAGCGGCCGGGTGGAGATGGAGCAGAACTTGAAGAAACTCTTCCCTAATGACGTGAAAGCCGTGGAGGAGTTCTTTAAGGTCATGAAGGTA 
s mm7.chr6      72619402 249 + 149646834 ACAGGAATTCATTATATTGGACGAATGCGGGAGGGCAACATTGGCCGTTTTATCTTGGACCAGATCACTGAAGGGCAACTGGACTGGGCCCCCATGGCCTCCCCTTTTGACTTGATGATACTAGAAGGGCCCAATGGCCGAAAGGAGTTCCCCATGTACAGTGGGAGGAAAGAATACATCCAGGGCCTTAAGAAGAAGTTCCCCAAGGAAGAAGCTGTCATTGACAAGTACATGGAGTTGGTTAAGGTA 

a score=4360
s danRer3.chr12  1057485 205 +  37038836 AGGTGTTGCTCCTAAAGAGTCCAGCTTCATGATCAATGCTCTGATGCTGCACCACTTCAAGCGTGGAGCGTATTATCCTAAAGGGGGCGCCAGTGAGATCCCCTTCCACGTTACTAAAGTCATACAGAAATATGGCGGCAGTGTGCTGGTCCGGGCCCCTGTGAGCCGAATTCTGGTCGATAACAAGGGAACTGCATATGGTGAG 
s mm7.chr6      72621582 205 + 149646834 AGGAGTAACTCCCAGCCACACCGCCTTTTCCTTGCATGCTCTGCTGGTTGACCACTACATACAAGGGGCATATTACCCTCGAGGGGGTTCCAGTGAGATCGCCTTCCATACCATCCCTTTGATTCAGCGGGCCGGGGGCGCTGTCCTCACCAGGGCCACTGTACAGAGTGTGCTGCTGGACTCAGCTGGGAGAGCGTGTGGTAAG 

a score=3061
s danRer3.chr12  1058748 170 +  37038836 GAAAATAGTC--AGTTTCTATATTATACACTAAAATCATGAATAAATCAAACTGCTAATGTGTTTTGACTGACAGGAGTGACGGTGAAGAAAGGTGAAGAGCATGTAGAAATCCGAGCTCCTGTCATCATCTCCAACTGTGGGATTTTCAATACTTTCCAGAAGCTTTTACC 
s mm7.chr6      72622727 166 + 149646834 GAGAATGGTATAGGTCTTTTTTGTTTCCACAGAGCTCATAGA-AGCTCA----GCCAAATTCTTGTGCCTG-CAGGTGTCAGTGTGAAGAAGGGACAAGAGCTGGTGAACATCTACTGCCCAGTTGTCATCTCCAATGCGGGAATGTTCAATACCTATCAGCACTTGTTGCC 

a score=2074
s danRer3.chr12  1059286 116 +  37038836 CTGTACATGCACTCTTTTCTAACCTTT--CAGAGATTCAGAGTCGTCTGGACATGATGAGGCCTGGTA-AAGCATCGTTCCTCCTCTTCTCTGGCTTTGATGCCACTCAGGAAGAGCTG 
s mm7.chr6      72623871 117 + 149646834 CTGCACA-GCAATCCTCACTGGCTCTCTGCAGATGTGAAGAAGCAGCTGGCGATGGTAAGGCCTGGTCTGAGCAT-GCTCTCAATCTTCATCTGTCTGAAAGGCACCAAGGAGGACCTG 

a score=1994
s danRer3.chr12  1071731 77 +  37038836 TTCTCACCTCTGACTCTAGAGCTCTCAGTCTGCGGTCTACATCTCTTATCT----CTGCTACTT--GTCCA---TCCACTCTGAAA 
s mm7.chr7      41480515 86 + 141766352 TCCTCACCTCTCTCTCCAGCCCCCTCAGACGCCGATCGTACTCTCTGATCTGTCCCAGCTGCTTCAGTGCAGTGTCCACCCTAAAA 

a score=2459
s danRer3.chr12  1073608 126 +  37038836 CCACAGAAAAAGTTTGACTCACTTAGCAGCCATGCGTTTGAGCCTCTCAGAGTCGGATCCTCTCTGTTTTCTGTTCTCAAGAGCCAGATAGTTTTCCTTCTGCAGGTTCTCCCACTTCACCAGCTT 
s mm7.chr7      41480653 126 + 141766352 CCACAGCAGGCCCCCGCCTCACTTCTGAGACGTGCGTTTCAAACGCTCCGAGTCACTGTCTCGCTTGTCCCGAGCTTGTGCCAACAGGAAGTTCTCTTTGTGCACAGACTCCCAAGTCAGCAGCTT 

a score=3935
s danRer3.chr12   1075184 159 +  37038836 TTGATCAGGATGTTGATGTGAGAGAAGATGATAAACGGTGGAGCGAGCGTTGGACGTGAATGATACTCCACTATCAGATTATACCGCTGAAACTTCCAGTATTTGTCGCTGTGCTCCTGAACCTTAGTAAACGTATAGCTGCAGAAAAACACAAAGCAA 
s mm7.chr7      139501745 156 + 141766352 TTGAGCACCAGGCTCAGGTGGCTGAGCAGGATGAAGGGCGGGGCCAGAGCTGGTCTTCCATGGTATTCAACGATGAGGTGGTAGCGTTGAAACTTCCAGAACATGTCTGCATTGCCTTGCACCACCTGGAATGTGTAGCTACAG---GACACATAGCCA 

a score=4317
s danRer3.chr12   1075378 105 +  37038836 GATGTACAGATATATAAA--------TACCTGAATGTGGCGATGAGCAGGTTAATAAGTAAAATGTTGGTGACTAGTAAGAAGATGACCAACAAAACGACCACAAGCCAGTTG 
s mm7.chr7      139502743 113 + 141766352 GATGGGCAGAAGTGGAAGCAGGAGGGTACCTGAACATGGCGATCAGAAGGTTCATGAGCAGCACATTAGTGACAAGCAGGAAGGTAACCAGCAGGAGAATGACCAGCCAGTTG 

a score=68
s danRer3.chr12  1075483 58 +  37038836 TGGCTGGTGTCCCTGCACGGCTCTA------TCCCTTCATTAATCA---ACGTCAGATTATCTGTGC 
s mm7.chr7      41484080 67 + 141766352 CGACGGGCCCCTCCGGATGAGCCCAGGAGCCCCGCTCCATTGAGCAGTTACCTGGAATCATGAGGGC 

a score=-534
s danRer3.chr12  1075570 68 +  37038836 CAGACACAGATATGATAGAGTCAGTGGATGGATGCTA-------ACTAAAAGCAGCAATAAGTG-------GAATCAGAAGT 
s mm7.chr7      41484174 82 + 141766352 CAGAGAGAAGCAGGGAGAGGGGAGGAGATGGGAGACAGAGACACAGTCAGAGACCCACTGAGAGAGACGCAGACTCAGCTGG 

a score=7226
s danRer3.chr12   1075638 188 +  37038836 GAACATACTGTCTATTTCTTCCACAGGGATGTCTCCGAATATGTGCAGATATGGCCTGTACAACACTCGCCGAAACACTCTTGCAGGGCTCGCATCGTACTGGTATAGTAGAGCTTGATTGGCTACTCCATATGCAATTAACCACACCAGCAGGAAGAACAGGAAGAAGAACGCATCCTTGATCTGTA 
s mm7.chr7      139505563 188 + 141766352 GCACAAACCATCAATTTCATCCAGAGGGATTTGCCCAAAGATCTGCAGGTAAGGCCTGTATAGCACACGGCGGAAAATCCACTCCAAACGGCCATCATGGGGATGCAGCAGGGCCTGAGTGGTCACACCATAGGCCACAAGCCATACGCTCAGGAAGAAGAGGAAAAAGAAGACATCCTTCATCTGCA 

a score=5045
s danRer3.chr12   1076181 149 +  37038836 CTCACCATTTTGCCGAGTATGATGATTTTGGGACCCAGCTCTTTGTGAATGGCAAAAATGTGAATGAGTCTGAGAGTGAAGACCATGTAGTCCACACACAGTATACCACGACCCATGTTGAATGACCAGCTGAACATCCTGAAGCAGAA 
s mm7.chr7      139506375 149 + 141766352 CCCACCATTCGCTCTACAATGATGATCTTAGGACCCAACTGCTTGTGAATAGCAAAGATGTGGATGAGCCGAAGTGTGAACACCATGAAGTCAATGGCCAGAACGGTCCTGCCAGCCTCAAACACCGAGGGCACCATTCTGGAGAGGGA 

a score=7429
s danRer3.chr12   1078166 249 +  37038836 ACCTCTTGAATCTCCTCACACACTAAAGTGAAGACCCAGAAATACAGCACATACTCCGAAACCGCAGGGCCATCAGGGGGAGGCGGCTTGAAGTCCACCAATAGCACGTAGGCATACAGAAACAGGAAGAGGAAGTACATCAGAAGGTTGCCGATGAATGAGGTGACAGGAGCGTACCAGAACTGCTTCCAGCGGGAGACCACAAAGCTACTCTTCTTTGGTTTGATGAATGCAGGAGCTCCTGATGAC 
s mm7.chr7      139507393 243 + 141766352 ACCTGTCGGATTTCCTCCAGCACCAGTGTGAACACCCAGAAATAGAGGGTA-ACCTCGGATCCAGACGGCC--CCTGGGGTGGTGGCCTGAAGTCCACCAGCAGGACATAGGTGAACAGGAAGAGGAATGCGAAGTACATGACCACATTCCCCAGGAACACAGTCACAGGAGCGCCCCAGAACTTCCTCCACCGTGTGAGCAGGAAGGCA-GCTTGTGGGCCTAGATCGC--CTGGAGCCCTTGGTGCC 

a score=2420
s danRer3.chr12   1081685 126 +  37038836 TACCTGAATTCAATGAAGTTGCTGTAGCAGACAGGAGGACAGATCATCACCAGCAGCACTTTCCAAAGCGCAGTATCTCTCTCTATATCTCCCCACCAGATCTGAGACAGCAGAGACTGAACAAAA 
s mm7.chr7      139508235 126 + 141766352 TACCTGAAGGAGATGAGGTTTGTGTAGATGAGGGCTGGGCAGGTGAAGGCACCCAGAAGCCGTAGGATGGGTGTGCCTGTGGCCATGTCTCCCCACCAGATCTTGGTCAGGAATGCCTGGAATAAA 

a score=3588
s danRer3.chr12  1083916 155 +  37038836 ACCTGCACTCCATCATGGCTGAAAAAGATCCGGGCATCCGCAGCTATGGCCATCTCCAGACAGGTGGCGTCACCCCACAGCTTTGACTTACGGATCAACAGCTTGTAGGAATG------ACTTGCT-----TTGGTTTGGTAGCATGTGCCAAACACATCTGTGAA 
s mm7.chr7      41492500 155 + 141766352 ACCTGGACTCCATCCTGGGCAAAGAACGCTCGGGCATCAGCCTGCATGGCAAGCTGGAGGCAGGTGGCCTCTCCCCAGAG-----------GGGACAGCGGCGCAGAAGAAGGCGGGCTGCTCGCTCTTCACTGTTGTGGTAACACTCTCCAAAGAGGTCTGGGGA 

a score=2384
s danRer3.chr12   1084143 178 +  37038836 CCTACCATGAGCCATCTGCTCAAACTTCAGCGCCAGCTCCTTCATGGAGTGCTTCACCTTGGTCTCGATCTCCTGTTTAGAGAGCTCCACTAACAGCTTACATCCACCCAGAGCTGTCAGAACCGACTCGCCACACTG--AGACAGAAGAGCGAGAGTGATGAATGTGAAGCTGCACCAT 
s mm7.chr7      139509559 172 + 141766352 CTCACCCAGGGCCAGCTGCTCATACTTGGCC------TCACGCATGGTGCGGGCCACCTCTGCCTCTTTCTCCAGGTGGGACATTTCCTTTATGATCTTGCAGGCAGCCAGAGCAGCAGCCACACCCTCCCGGCCCTGGAAGATGGAGAGACAGGGTTTTAGGAGGTG--GCCGGACCAT 

a score=3308
s danRer3.chr12   1087983 332 +  37038836 TTACCATTTCCCAGCAGAAGATGGCCATCTCACTGCGGTTCTGCAGCACTGCCCAGATAAAGAGGGACAACCATGGGTGCTCACACATCTCATCCTGATATTTGCATTTCCCCTTCAGGACCTTGCATGCTTTCTGTGTGGTAAAACAATCACATTTCATTTTTAAAGAGAGTGTGAAAAAAAGTGTGTGTTTTTAGACTACACAGATTTTAAAATGGGGTCTGGTACCTTTATGTCTTTTCTTCTAGTCGATCCTGCGTACAACGAGAGTTCAGACAAGTAGAAAGGATGACAGACATCACCGAGCAGATCTTCCAGCAGCCGAGACACCT 
s mm7.chr7      139509792 284 + 141766352 TCACCATGGCCCAGAAGTATGTGGCCATCTCATAACGATTCTGCAGCACAGCCCAGAGGAACAGGTCCCTCCAAGGGTCTTCACTCTTCCTA--CTGAGGTCTG-GCAGCCACTTCTGG--CCTGCGGGCCGCTTAGGTGG---------CCCTCTCTCCTGCAGAACAGGGCATCAACA------------TTCAGCCTATCCAG---------TACGCCCTGG--CCTAACCTGGCTCTACTCACCTCCATCCTGCGCCCGTC-----------CTGGTAGAAGCCACGGCAGGCGTCATGCAGGAAGTCTTTGAGTACGCGGGAGACCT 

a score=3460
s danRer3.chr12   1090440 560 +  37038836 GCATGCGCTCGTCCAGATGGTGGAGCAGGAGTGTTTTGGCCAGGCAGGTGTCAGAGATGGAGTTGTACAGTTTCTCCAGTCGGCCGTAAGTCAAGTAGCTCAGAATGTTCAGACCGTTATCGATGAGGAGACGCACAAACTGGGGTTTGTTGTTCTCCAGAGCGTCAGTCATGGAATCCACCAGCTCCTCATACTGTGTGTGTCAGGTTAGAGATAACAGGTTATCAACAC----------ATGCTAGAACTGTTTCACTAA------CTCATTCACTCTTTTAGAGTGCATAATACACAGTTAAATA---TATGCTCAAATGTATTAATCAGTCTGAAATAAGGAGACATGGGTAAGTTAACTAATGTTTAAAAAGTATTAAAGCATGTTTACTTTCTTTTACTTAAAA---------------AATATCTGTTT--------TTGGTGTAAGATTAAAAAAAAGTTTTTTTAAGATGTC--------------------TCATGTTTAAAAGTAGTTA---------GTTTACTAGTTTAACCTC--------------TACCTTCCAGTCGATGTTTCCATTGAAGAGTTCACTCTTGGCGATGTCCACTCTGTTCCAGGTTACAGAGAGTCTCAGCTCATC 
s mm7.chr7      139510148 630 + 141766352 GCCTACCCTCCTCATGCTTACGCTGCAGCAGTTCAAAGAGGAGGCTCTTGGGGGACACAGAATGGTAAAGCTGCTGCAGCCGCCCATAGGTCAAGAACTCGGCCATGTCAGCACCGCTGTCCACAAAGAGGCGGACAAAGTCAGGCTTGTTGCTCACGAGGGCATCTGTCATCACCTCTTCCAAGTCACAGGACTGGATTCACCCAGTAGAGAAGATCAGGACAATAAGAGGGAGGAAGAGAGGGTGAACATCCTCCCCTGGACACCCCCAACATATTCCCTGAAGCTGGGGCAGGCATGGGTCAGCAGAGCATGCT-----GGCCTCAGGTGCCAGGGATAAGAAAGGTTTGGTGAGTTAACA------TTAGGAGTGTTAGGA----TTCCCTCTGCCCCATTTGGGACTTTGAGTGTTCCCTAGTATCATCTTGACCCCCTCCAGGGCAATATCTGAGACAGGATGGACCCAGATGCTACCCATGAAATCCTACTACTTCAGGCTTCAGTGTATTCCCTGCCTGGTGTTCCCAAGTTGGGCCAGGGGAGCGGGGAGAGCACCTTCCATTCCACGTCCCCATTGAAGATTTCACTCTTGGCAATGTCCACGCGATCCCAGGCCACTGCTAACTTGAGCTCATC 

a score=2472
s danRer3.chr12    1098336 597 + 37038836 CTATGGCACCACCTCTGCTGAAACATT-------AGCTTCCTTTGGATCCACCTTTATACA-TGTTACTGCCTTGGGTACCACTTTATTTGAAAATTCTTCCCCCAGTCACCATGTCTATAAAATCTACTACCCATGGTACCATCTCTGCCTAAACAACTGCTTCCCCC-TAGGCACCACTTCTATTGAAAGTACTGACATGTATATTACTTCAGTAGAAACTACTACAGCCGACACCACTTTTGTAG-------AGTCAACTTCATCACATACAATTTCTGCCA--ACTTCATTTGGAACTACTTTTGCAGAATCTAGTGTGTCGGGAACTACCTGTGCTGCAACAACTGCCCCGTACACCACTTCTGTAAAAACTACTTTTCCAGTCATCACATCTGTACA------ATCAACTACCCGTGGCGCCACCCCTGCTGAAAAAA-----ACTGCTTTCCTAGGCACCACTTCTATAGAAACTACTAGAACAGCTACCACTTCTGCTGAAACTACTTCCCAATACACCACTTGCCTTTCATCAGAATTGATGATCCTGG---ACATTACTACTACCTTTGGAAACGCTTTGTCAAAATCCACTACCTCTACAGAAATTTTTCCTTTTTTT 
s mm7.chr13_random 7316877 599 - 12278716 CCAGAGCACATCCTCTACTGCAAGATTCAGCACAAGTCCACACAGGATGAATCACCTTTCACTACTGCTTCCCTGGTCACTGCATCCACAGCCACTGCTTCCAC-ACCCACTGTGTCCATGGCCACTGC-ATCCATGGT-----CACTACTTCAATGGCCACTTCATCCACAGCCACTCTATTCATGGCCATTGCATCCATGGTCACTGTATCCACAGCCACTGCTTCCACAGACACTGCATCCATAGCCACTGTATTCATGATCATTACATCCA----CGGCCATTGCTTCCATGGCCACTGCTTCCATGG---TCACTGTATCCACAGCCAC------TGCATCCATAGCC------ACTACTTCCACAGCCACTGCTTCCACAGTCACTTCATCCATGGCCACTGTATTCATGGCCATTGCATCCATAGCCACTGCATCCATGGCCACTGCTTTCCTGGCCACTGCATCCATGGTCACTACTTCCACGGCCACTTCATCCATGGCCACTGCATCCACAGCCACTGTTTCCATTGCCATTGCATCCACAGTCACTACTTCCATGGCTGCCCCCTCT----ATTCTCCTTCAACCACAATGATCCATGCACACATTCCTCCATGCCTT 

a score=7918
s danRer3.chr12   1156528 249 +  37038836 CGGAGAAC--AGCGGGCACAGCAGCCCTGGCACTCCTAAATCTCCTGCCAGCAAGGCTGCGGGCGGGAAGCCTCCGAGCACAGGGAAT----GAAATCAAGAAGGTTGCAGTGATTCGCTCGACCCCTAAATCCCCG---------AAGAACCGTTCGCCCACATCGCTGTCTGCCGCTGCTCCTTTGCCTGATCTGAAGAACGTTCGCTCCAAAGTCGGGTCCACTGATAACCTGAAGCACCAGCCCGGAGGCGGCCGGGTAA 
s mm7.chr11     104419325 254 + 122091587 CGGAGAACGAAGCGGCTACAGCAGCCCCGGCTCTCCCGGAACGCCTGGCAGTC-GCTCGCGCACCCCATCCCTACCAACACCGCCCACCCGGGAGCCCAAGAAGGTGGCAGTGGTCCGCACTCCCCCTAAGTCACCATCAGCTAGTAAGAGCCGCCTGCA---------GACTGCCCCTGTGCCCATGCCAGACCTAAAGAATGTCAGGTCGAAGATTGGCTCTACTGAGAACCTGAAGCACCAGCCAGGAGGTGGCAAGGTAA 

a score=5840
s danRer3.chr12   1161507 123 +  37038836 TTCCCAACTCTTTGATTTTCC------AGGTAAAAATACTGGATCAGAAGCTGGACTTCAGTAATGTCCAGTCAAAGTGTGGCTCCAAAGACAATATCAAATATGCACCAGGAGGTGGCAATGTGAGTA 
s mm7.chr11     104427168 129 + 122091587 TCTCTCACTCTTTTTTTTGGCTATCAAAGGTGCAGATAATTAATAAGAAGCTGGATCTTAGCAACGTCCAGTCCAAGTGTGGCTCGAAGGATAATATCAAACACGTCCCGGGTGGAGGCAGTGTGAGTA 

a score=3842
s danRer3.chr12   1166555 114 +  37038836 GCCTGTTTTTTTTTTCTTGTTCTGAAAAGGTCCAAATCCTCCACAAAAAGATTGATCTGAGCAACGTGCAGTCAAAGTGTGGATCGAAAGACAACCTTCGTCACAAACCAGGTA 
s mm7.chr11     104430369 107 + 122091587 GCCCATCCTCTTTGACCTGC-------AGGTGCAAATAGTCTACAAGCCGGTGGACCTGAGCAAAGTGACCTCCAAGTGTGGCTCGTTAGGGAACATCCATCACAAGCCAGGTA 

a score=4699
s danRer3.chr12   1167113 120 +  37038836 TTTTTAAGGTGGAGGAAACATTGAGATCAGGTCTGAGAAGCTTGATTTCAAGG------CTCAGTCAAAGATTGGATCTATGGACAACATTAAACATACACCTGGAGGAGGCAACAGGAGGGTAAG 
s mm7.chr11     104431460 126 + 122091587 TGTTCCAGGAGGTGGCCAGGTGGAAGTAAAATCAGAGAAGCTGGACTTCAAGGACAGAGTCCAGTCGAAGATTGGCTCCTTGGATAATATCACCCACGTCCCTGGAGGAGGGAATAAGAAGGTAAG 

a score=9112
s danRer3.chr12   1174652 234 +  37038836 TTATTGGTGATTGGGTGATTTCCATTTCCCAGATTGAGTCACACAAACTGACGTTCCGTGAGCAGGCCAAAGCGCGAACCGACCACGGCGCAGAAATTGTGT------------------CCCTGGAGGAGTCACCGCAGGGCCTGAGCACCGTCTCCTCCTCTGGCAGCATCAACATGGCCGACCCGCCGCAGCTCTCCACCCTCGCCGACCAGGTGTCTGCATCGCTCGCCAAACAGGGCTTGTGATTGG 
s mm7.chr11     104436980 252 + 122091587 TTATCATTAATCTCACTCTCTACATCTTGCAGATTGAAACCCACAAGCTGACCTTCAGGGAGAATGCCAAAGCCAAGACAGACCATGGAGCAGAAATTGTGTATAAGTCACCCGTGGTGTCTGGGGACACATCTCCACGGCACCTCAGCAATGTGTCTTCCACGGGCAGCATCGACATGGTGGACTCACCACAGCTTGCCACACTAGCCGATGAAGTGTCTGCTTCCTTGGCCAAGCAGGGTTTGTGATCAG 

a score=2394
s danRer3.chr12   1179605 224 +  37038836 CATAACACAACAAGGCAAAGTGAACAATTTGAGGAACACAAGTTGATGTTTTTTTCAGGTTTTTTTTTTTGGGACTTGGTCTTTCTTCTTTACTTTTTTTATTCCTACAAAAGGA---CACAAGGCTAGGCT-----------GGCAACATTTAATATTTCTTAAAACGATTCATCATAATGGGCACTATAGCATTGATAACAAGACTGCACTCTTGCAAACAGAGGGAAAAATGAAA 
s mm7.chr11     104442704 231 + 122091587 CACAGCTCAAAGCAGGAAAAGAAAATATTTACAAAATACAAGtt-----tttttaaatttttgtcttttttggtttttttgttttgtttttgttttttACAATGCTAAAAGGGTTATTCAGAATTTTCAACCTTATAAATAGAAGAAGCACTTTATGCATAGGGATATGGTGCATTATTGTTGTT--TAAAGAAACAATGACAAACCTTTTAACTTGCAAACAGAAAGAAAAAAAAAA 

a score=7918
s danRer3.chr12   1231835 249 +  37038836 CGGAGAAC--AGCGGGCACAGCAGCCCTGGCACTCCTAAATCTCCTGCCAGCAAGGCTGCGGGCGGGAAGCCTCCGAGCACAGGGAAT----GAAATCAAGAAGGTTGCAGTGATTCGCTCGACCCCTAAATCCCCG---------AAGAACCGTTCGCCCACATCGCTGTCTGCCGCTGCTCCTTTGCCTGATCTGAAGAACGTTCGCTCCAAAGTCGGGTCCACTGATAACCTGAAGCACCAGCCCGGAGGCGGCCGGGTAA 
s mm7.chr11     104419325 254 + 122091587 CGGAGAACGAAGCGGCTACAGCAGCCCCGGCTCTCCCGGAACGCCTGGCAGTC-GCTCGCGCACCCCATCCCTACCAACACCGCCCACCCGGGAGCCCAAGAAGGTGGCAGTGGTCCGCACTCCCCCTAAGTCACCATCAGCTAGTAAGAGCCGCCTGCA---------GACTGCCCCTGTGCCCATGCCAGACCTAAAGAATGTCAGGTCGAAGATTGGCTCTACTGAGAACCTGAAGCACCAGCCAGGAGGTGGCAAGGTAA 

a score=5840
s danRer3.chr12   1236814 123 +  37038836 TTCCCAACTCTTTGATTTTCC------AGGTAAAAATACTGGATCAGAAGCTGGACTTCAGTAATGTCCAGTCAAAGTGTGGCTCCAAAGACAATATCAAATATGCACCAGGAGGTGGCAATGTGAGTA 
s mm7.chr11     104427168 129 + 122091587 TCTCTCACTCTTTTTTTTGGCTATCAAAGGTGCAGATAATTAATAAGAAGCTGGATCTTAGCAACGTCCAGTCCAAGTGTGGCTCGAAGGATAATATCAAACACGTCCCGGGTGGAGGCAGTGTGAGTA 

a score=3842
s danRer3.chr12   1241863 114 +  37038836 GCCTGTTTTTTTTTTCTTGTTCTGAAAAGGTCCAAATCCTCCACAAAAAGATTGATCTGAGCAACGTGCAGTCAAAGTGTGGATCGAAAGACAACCTTCGTCACAAACCAGGTA 
s mm7.chr11     104430369 107 + 122091587 GCCCATCCTCTTTGACCTGC-------AGGTGCAAATAGTCTACAAGCCGGTGGACCTGAGCAAAGTGACCTCCAAGTGTGGCTCGTTAGGGAACATCCATCACAAGCCAGGTA 

a score=4699
s danRer3.chr12   1242421 120 +  37038836 TTTTTAAGGTGGAGGAAACATTGAGATCAGGTCTGAGAAGCTTGATTTCAAGG------CTCAGTCAAAGATTGGATCTATGGACAACATTAAACATACACCTGGAGGAGGCAACAGGAGGGTAAG 
s mm7.chr11     104431460 126 + 122091587 TGTTCCAGGAGGTGGCCAGGTGGAAGTAAAATCAGAGAAGCTGGACTTCAAGGACAGAGTCCAGTCGAAGATTGGCTCCTTGGATAATATCACCCACGTCCCTGGAGGAGGGAATAAGAAGGTAAG 

a score=9112
s danRer3.chr12   1249960 234 +  37038836 TTATTGGTGATTGGGTGATTTCCATTTCCCAGATTGAGTCACACAAACTGACGTTCCGTGAGCAGGCCAAAGCGCGAACCGACCACGGCGCAGAAATTGTGT------------------CCCTGGAGGAGTCACCGCAGGGCCTGAGCACCGTCTCCTCCTCTGGCAGCATCAACATGGCCGACCCGCCGCAGCTCTCCACCCTCGCCGACCAGGTGTCTGCATCGCTCGCCAAACAGGGCTTGTGATTGG 
s mm7.chr11     104436980 252 + 122091587 TTATCATTAATCTCACTCTCTACATCTTGCAGATTGAAACCCACAAGCTGACCTTCAGGGAGAATGCCAAAGCCAAGACAGACCATGGAGCAGAAATTGTGTATAAGTCACCCGTGGTGTCTGGGGACACATCTCCACGGCACCTCAGCAATGTGTCTTCCACGGGCAGCATCGACATGGTGGACTCACCACAGCTTGCCACACTAGCCGATGAAGTGTCTGCTTCCTTGGCCAAGCAGGGTTTGTGATCAG 

a score=2355
s danRer3.chr12   1260264 362 +  37038836 AAAAACAAAATAAAGAAAACAGGTTTAGCTTTCTATGTCCGGTAATATTCACTAAAAACTGTGAAAATAATTGGC---TGATGTTTGAATATCAAACAACAGAAGTCCCGACAGATTCGTTTGTAGTTTTGCTTTGATTAGTA-TGAGTTTGTGTTTTCCTCAATTAATG-----CCATAAGAGGTGTGTGGTTTTAAGATCGCCCGTCCGCGTGGTCTGTCTTTAATCAG----------GGTGAGGAAGCGTCGCTCTCGGACTCCACGCTGACTCTGAGGCCTGCAGAAAAGC---------------------TCAGCTCATCTTGCTCTGGCTCTGGCTCCACTATCGGGTCTTCAGGTAAAGGAAAACTCCTGAGGTCCCAGGGCTGCACCGTCTG 
s mm7.chr11     104443869 380 + 122091587 AAAACCAAACCAACCAAAGGAGGAT-------CTAAATTCCTTAA-ATTCACTAAAAACTGTGAAAATTTCCAGCATATGATGTTTGAATATCAAAC-------------GCAGAGATTTCTGAAGCTTTAATGCCAATAGTAGTGAGTCTGTATAGT-CTCATTTTCCGCTCATCTGTGAGCTGGGCGCTGAGCTGTGACTGTTGCTGCCAGATGCCGACTCTTGAGCGGGACAACAGGAGGCGAGGTGGGTGCCACCTCTGCCTCCCGGCCAGTCTTGCTGCCTGAGGTGCGGCGAGTGCAGCGGGCTGCCGTGTCCTGTGCATCCAGCTGCTCCTCACATTCTGCCTGGGGACTGTAGGCCAGAGGGAAGGTCCGTCGTTCCCATGGCTGGACTGACTG 

a score=3871
s danRer3.chr12   1262560 243 +  37038836 tCACCTTCTCCTCCAGTGTGCAGTCTGAGGTGGAGCCGCAGGTGTCTTCGCTGTACA------TCAGTCTGTGTGGTGTGTCAGGGCTGGCAGGGCTCAGGGGCGACATTG-----ACGGCACCGCT----------CCGT-----AATCCTG-CAGGATCTGGAACTGACTGGTGTCTGGAGAGGAGGGCTGCGGCGTCGAAGGGTTTGTTCCGATTAGCGATGGGGTTGTTCGCCCGTCCAGAGATTTATATGACCTGAAAGATAATA 
s mm7.chr11     104444483 270 + 122091587 TCACCTGTTCATCTAGTCCCAGCTCTGGTGTGGAACATCGGGTGTCTTCACTGGCCAGGTGTCGCAGACTGTCCCGAGCCACAGGGGTGAGAGGGGCTGAGTGTAGTTCTGGGCTAATGGGACTCCTAGGAGATTGACCATGGGAGAATTCTGACAGAGAGTGGCTACTACTGACATCAGGGGACGCAGGCTGTGGGGTGGAGGGGTTGGCACTGCCCAACTGAGGGGTGGTCCGGCCGTCTGATGACCTGTAAGACCTATGAGCCAAGA 

a score=2826
s danRer3.chr12   1263262 148 +  37038836 TACCTGCTGCCTCTCCTCTTGGCTGGTGCGAGAGCTGTCCATCTCCAGCGAGAGCGTTCCTGATCCTCACACAGCTGGTGGAGTTTAGCGAACACTGCGTCTGAAAGATCCTCAACCTACACATGGACAAACCACATTGTTTTTATCA 
s mm7.chr11     104445258 138 + 122091587 TACCTGCTGCCCCGACGCTGGGGTGGCACACTTGTGGTCCACAGCCACCTTGCCCTTTCCATCTCCTCACATTTGGCATGCAGGGCCGCAAAGGCTGCATCAGATAGGTCCTCGATCTGCA-----ACAAAGCA-----GTTTTATCA 

a score=-347
s danRer3.chr12  1264286 416 +  37038836 tgtctggtgtgcCGTGCCTTGTTACATTGGGCGGGAAGCTAAAATTAATTTTTATGTG-AAGCAAGACAGCCCTAAAACAGCGAGCTGTGTAAACGCCCCCACCATGACACTTTTTAACACATtagaataaaaacatctgaactgtgtgttgaactgaacctcaactggcacactctgaagaaccataatactaatat-taaaccataaaaaaggggta----aactGTAAACCGTAAAAAACATTGATATACCTGAATGTTATTGTCTTCCTCTGAAAGCGGTTGAGCCAAAGTGTCCACTTCCC----TCCATCTGAAAAACAAGAAATATAAGTGTGAGTAGAGCACGTTTATTTCTTCTATTGTAAAACAGATACTAGATGTTGTTGTGTGGGTTAAGGTGATTTGTGGCTGATGAAGGCTG 
s mm7.chr1      66965188 375 + 194923535 TATTTGATTTTTTTTTTATTGGTGAATTAGAAATAAATCAGAAACTTATTTTTGTTAACAAGCATTACTGTCTTAACA---------GTGTGAATACACATACAAATATAGCCAAGTATATCTCTATCGTAAAAGGTAAGGACTGTTTGTTGTAGTAGTTTTTACATGGC------TAAAGTACCATGCTAGTAAAATACACACAATAGATAAAGTCAATTATATCTATACTCAATAGATAAAATCAATTT---TGAATGCTAATATC--------AATTAGTTTATTATAAAGTTTCCTTTTACCATTTTCCTTCTG------------------TGCAAATAGGGAAGGGGGAATCATTCTGTTGTTAGTTATA-ACTTGACTCTG------AATTTAAGTTTACTGAGGAAAGAAGAAAGGAA 

a score=7691
s danRer3.chr12   1264702 134 +  37038836 ACCTGGGTGTGAGGATCTCTTTGTACTGCAGTTTCTCCACTCGGGTAGTTGCAGCCACTGACATGGGAATGACGATGTTGTTGATATCAAACGGACTCTCGCCTCTTCTTCTCCGTATAGGCTGTT-TAAAACAA 
s mm7.chr11     104447164 135 + 122091587 ACCTTGGAGTAAGGATTTCTTTGTATTGTAGTTTCTCAACACGAGTTGTTGCAGCAACAGACATTGGGATGACAATGTTGTTAATATCAAATGAGCTCTCTCCCCTTCTCCTCCTCACTGGCTGCTGTAAGATAA 

a score=3933
s danRer3.chr12   1268825 250 +  37038836 aaaagcccccTCAGTCTGTGAACACCCATGAGTGAACTTACGGACTGCTGCCGCATGCGAGTTGGACAGTCTGAATTTGTGTTTGGAGAGGAAGGAGGATGAAGACGGTGATGATGATGACGGA------GGTGTGGTGGAGAGCTTGTGTTTGAGGGCGATCTTCTTGAGCGGTTTGATCCTGTCAAAGGGTCGAGTCTGCCAGTGAGTCCTCAACACCTTCTGCAACTGTACGCTGAATGCCACATCTGACAGA 
s mm7.chr11     104452502 220 + 122091587 AGAGGATTCCTCAGTGCCTGGA------------AACTTACTGGCTGTTGTAAGGAAGGAGTTGACCAACTTGTGTCTGTCTTT--------------ACGAA-------CTGGATCTGACAGACTGCATGGCATGGTCGC---TCTGTGCTTAAGAGAAAACTTTTTGGTAGGTTTGATCTTGTCAAAAGGCTTGTTTTGCCACTGAGACTTCAGCATGCTCTGGAAGTGCAGGCTTGTGGGAACATCTGTAAGA 

a score=12811
s danRer3.chr12   1293337 1462 +  37038836 ACTTACAGTTTAATGTGACACTGTTCGACGTCCACCCTGGCCAGCTCATCCTCCTCTACGTCGCTCTCTCCTCCTGAACTGCTCTCGGTGGCATCAGAGTCAAAC--TGACTCTCTGCTGCATGCAGATGTGTGGTGCCGCTGAGATGCAGA-CTATCCAGCTCTGACGCCACCCTGCCACCCTTCAAAAA----------CCGATTCAAATGATGTGCGTGCG------TTTCCACTGAAGTGCGTGACCCTCTC-------------CAGGCTCCAGGGTCTCCTCTACGACTAGATGTTGGGG-------TCAGAGTACGCTCAAGAAAACCAGAGAGCTGCTGTTTGAAATGCCGCTCCACCTGCTTGGCCTGTACCACCTGCAGCCGCTTGCGGAGACGCAGCAGGCGGCTCTCGATGTCTGTTTGCCTC-----------TGTTGGCTCTGCTTGGCCCGATCCCGGAGCAGT-------------------------------ACCTCCAAGTTGGGTGTCGGTATGGTCGAGTC--ATCCTGAACTGGG-GATGAGCTAC---------GAGACGAGGGGCAGTTTTCAAAGCTGACATCATTGTTGCTGTTTGTTTCGATGCGCAGTCCACCAACAGGAGTCCCTGGTTCTGCTTTG-ACCTCTGCACTTTCAGTCAAAGCAGTAAGCTCCCTGTGTGATGACACACCTTGAATGCTCGGTGTCGAATTCTGTTGTGGCTTCACATCTCCATTCTGTCCAGACTTTGACTTTGAGGACACGGATAGCAAAGCTTCCCCGTTGGTGGATGGTTGGTTGCTGTCTCCATTGACTGTGGCGACGCTACCTTTCTCCGCCACCGCAGCTCTAGGCACAGCCACTTTCTTGGAGAGTCCGTTCACAGGCACC-ATGGTACTCCCAGCTCCGCCACCGTTGACCAGGCTCTTCAGTTGACCTCCAGTCAGCTCAAGATGGTGACGCTTGCGCAGAAGAAAGTCTCCGCCTGCAGCAGCGCTTGGAAATATGGAGCCGCTTAACAGGCCGTGGCTCTTTAGCACTGACTGCTTAATGAGGACACCTTGCAGCTTCAGCGACTCCTTGACTTTGGTGGATGAGGGCAATGGTTTGACATCAGAGCACAAGTAAGGTGCCAGCTTGCCCAGAGATGGGGCTTTAGACAGGGGATCCTGATCCTTGACGCTGTGGTAATGGGTGTCGTTGGAATTGATG-TGACACTTGCCGTTGCTGTGGCTTCCGGCGGAGTCCGAGACGGAGTCTGAGATGAGGATGTTGCTGGCGTTGCTGTTGTTCTCTGTGCTGCCGGGGGACAGGGTGGACGAGGGAGAGGCGAGTTTGAAGCGGATGTGGCGGGCTTCGGCTGGGGCGTCAGTCAGAGCGGGCGCCATCGCAGCCATGCAGGGCCAGGGAAGGGGCACGGCAGCCTGCACCTCT----AATCCTTCACTCCAGCCCAC--CTACACAGCCTGGCTACACAGCACAAAAAAAAAAACAAGATTTAGGAGACCGCGGATAATCAGAACATTTGTAAACA 
s mm7.chr11     104532956 1427 + 122091587 ACTCACAGGGGCACATGGCATTGCTCAGGATCAGCTCGAGTCAGTTCTTCCTCTTCAATGTCAGACTCCCCTCCGGAACTACTGTCTGTGACATCCGAATCAAACGCTTGCTCACTGCACC--TCAGGTTGGCTATGCCACT-AGCTGTAAATCTCTCCAATTCTTCTGAAATTGAATCACTTTTCAAAAAGTTGCTAAGTCCCTCTGAAGTGGCAGACTCACTGGCAGCTTTTCTCAAGGCAGCTTCAGCCTTTCGGGTCAACATCAACTGGCTCCGGGA---CCTTAAGGATTCCAAGTTTGGCAGTTTACTCAATGTCGTCTCCAAAAATCCACCCAGTTGGTGCTGTAAATGTCTCTCCACCTGCTTGGCTTGCACAACCTGTAATCGCTTCTGTAACCTTCGGGCACGGATCTCAATATCAGCCTGCCGCCTCAGTAAAGCTGTTATCCTTGTAT---CAGAGTCTAAAGCACTGAAAAGAATGGAAGACAGAGGAGACTTTTTGACTTCTAACTTCACATTTGTCAAGTTAGAGCTGGAGTCTGTACTAGGTGATAACCTGCTGCTTCCTTGAAGTGCCGGCTGGTCCATGGAATTAACAGAAG-------ATTTGTTT------GCAGTGCTATTATTGCTATATAGAGTTGTGTGTTGTATATCAAGGCTTCTATGTGGAAGAGTG----CAATTGGTCATACCCCCCTTCAAGTTCCCAGAGTCAGGTCC--------CCCCACCTCACCACCTTGTAGAGA---------TGACGAAGTGAGAGACCGTTTTCCCCCATTGAGGGAACTGGAATTGTCATGATC--CGAATGTGTTGA----ACTTTT------------------------AGTCAATTTCTTAGCCAATCCATTTACAGGCGCTTGTGGCAGAGCTGTCTG-ACCACTTGTATTCATGGTTCTAAGGTTTTCTAAGGAAAACTCCAAAACTGGCTGCCTCCCCAGCAG-----CTCAGCTCGGAG------TTCATAGGACTGAGA----TAAAAGAGGATGAGACTTAAGGACTGTCTGCTTGCTGAAAACGCCTTGCAATTTCAAAGACTCTTT------------TGCGGGAACAGATGTTACATCAGAGCAGAGATAAGATGCCA-----CCAATGGCTGCAGCTTT-----------CCCAAGTCTT----CCTTAGTAG-GATTATTGCGGAAGTCTAGACTGGGATCCTCCGCAGCAATGGCTTTTCTTTTGGTTC----CGTTGGCAGAAATAAGAATATTG---GCGTTGCCGTTATTTTCGGCACTGCCAGGGGACAAGGTGGAGGATGGGGGAGCCAGTTTGAACCGGATGTGGTGTGCTTCAGCTGCTGCGTCAGTGAGAGCGGGCGCCATCGCAGCCATTCAGCACAGAGAGACAGGAAGTCCAGCCTCTCCCAGTGCTGAGGCCAGCTCCACGGCCCCTTGCTGCCTCCCCTGAGAACACACTGAAAGAGAAAAAAAAGGAAGTTAGAAAT--------ACAAGCACATTTAAAAACA 

a score=-1413
s danRer3.chr12   1304004 525 +  37038836 TCAGGAGCACATCTCCAGCCCT--TTGCAGACACACGTCACAACACTTTCTGATTTCA----GACGTTTTCCAGCACTGTGGTTTCACGCATGAATGATTAACCTCTGCAAATGAGTTAACAAAGCAAAGTGCTCTGTTTCTAGGTTAAAAGGTCAGAGGTCAGTGCACT-------CACACAATGACGCAATACTATAAACTTTACGGTGA---CTTGCACAAATATTC----AAAATGAAGATCTGTTTCTTCACTGATGCAGTCTCTACAAAAAATAAGATCAATAAGTCATGACAGCGTATTTCTAGCATATTAACTCAAGCAAATCATGTTTCTAACGTAATTTAAAAAGTTAGTT--TCATTTAATTTAATGAGGTTGATTTGATTCAGCTTCAAAACATTTTTAGTGTATGATTTGCATGTTAGGATGTATAATTCGCAAGTAACAGAGTGTTT----ATTTAAGTGTCAAATTTATTAACTAACTAATCACATGCACATATGAAATGACTACATTTTTGAAACGAGCGTCTTGTCAGCAAAAG 
s mm7.chr11     104536581 504 + 122091587 tcaggagttcaaggccaaccttcattacatagaaagtctaagcccagtttgggctacataagaactttcctcaaaaGTGGgttttgctgcatgtatgtgcaccataggcatatctgtt-----------gttctcagaagtcagaacgggatatcagattccctggcactggagttatagatagctgtgaagcatcataaaggtggctgagaaacctaacccaggtcttctgcaagaatgacaagtattcttagccatggagctaactctccagACACCAAAAT---TAGGTTA---------AATTTTAA------AAGTAAAACAAACCAAACGACCAA--GAATTTAAATTATGAACTAGTCATATAACAACAT------------ATGCAACAT-AGAACACTACATATCTATATTTACTGATAGAAAATGTTTTATT---AAACAAAAAACTGTTATACAATATAGGAGCTCCTTTTGTTTAATAAGGTAGGTAGTAAGAGTCTGTAATGTCTACACCATAAAAAAGAATTGCTTGTCAGTAAAAG 

a score=3934
s danRer3.chr12 1312326 70 +  37038836 CCCAGGCAGCTCAGTATGTGGGGCCGTATCGACTGGAAAAGACCCTTGGGAAAGGCCAGACAGGTAAGGA 
s mm7.chr7      4264031 70 + 141766352 CCCAGCACGCCCAATATGTGGGCCCCTATCGCCTGGAGAAGACGCTGGGCAAAGGACAGACAGGTGAGAA 

a score=91
s danRer3.chr12 1312482 1 +  37038836 T 
s mm7.chr7      4265524 1 + 141766352 T 

a score=6120
s danRer3.chr12   1312483 107 +  37038836 CTGTAGGTCTGGTGAAGCTGGGGATTCACTGCATCACCAGCCAAAAAGTAGCCATCAAAATAGTCAACAGAGAAAAACTCTCAGAATCGGTGTTGATGAAGGTAAAG 
s mm7.chr7      138408810 107 + 141766352 CTACAGGCTTGGTGAAGCTGGGAATCCACTGTGTCACTTGCCAGAAGGTCGCCATCAAAATCGTGAACCGTGAGAAGCTCAGTGAGTCGGTGCTGATGAAGGTGAGG 

a score=5880
s danRer3.chr12   1314834 95 +  37038836 CAGGTGGAGAGAGAAATTGCCATTTTGAAACTGATTGAACATCCACATGTTTTGAAACTCCACGATGTTTATGAGAATAACAAATACCTGTGAGT 
s mm7.chr7      138410257 95 + 141766352 CAGGTGGAGCGAGAGATTGCCATCTTGAAGCTCATCGAGCATCCACATGTACTGAAGCTGCATGACGTCTATGAAAACAAAAAATATTTGTAGGT 

a score=10231
s danRer3.chr12   1315016 170 +  37038836 CTGACACTGCTGTGTTGATGC----------AGATATCTGGTGCTGGAACATGTTTCTGGAGGAGAGCTGTTTGATTATTTGGTGAAGAAGGGCCGACTGACGCCTAAAGAGGCGCGGAAGTTCTTCAGACAAATCATATCGGCTTTGGACTTTTGCCACAGTCACTCCATATGGTAAGA 
s mm7.chr7      138411640 180 + 141766352 CTGGCACTGATGTCCCCTTGCCCCATTCCACAGATACCTGGTGCTAGAACATGTGTCTGGGGGAGAGCTGTTCGACTACCTGGTGAAGAAGGGCCGGCTGACCCCCAAGGAGGCCCGCAAGTTCTTCCGGCAGATCATCTCTGCACTGGACTTCTGTCACAGCCACTCCATATGGTGCGA 

a score=9369
s danRer3.chr12   1315817 177 +  37038836 GTGACGGTAGCATAATCTGACAGATAGGATAAAATGTCCTCTGTGCTCTTGTAGTCACAGAGACCTGAAGCCAGAAAACCTGCTGCTGGATGAGAGGAACAATATCAGGATTGCAGACTTCGGCATGGCTTCACTACAGGTGGGAGACAGTCTGCTGGAGACAAGCTGTGGGTGAGT 
s mm7.chr7      138412078 173 + 141766352 GGGAAGTGGGCACAGGCTG-CATTTAGGCTCATCTGGCCCTTCCTCCCC---AGCCATAGAGACTTGAAGCCAGAGAACCTGCTGCTAGATGAGAGGAACAACATCCGTATTGCAGACTTTGGCATGGCATCCCTGCAGGTGGGAGACAGCCTGCTGGAGACCAGCTGCGGGTGAGT 

a score=3105
s danRer3.chr12   1316881 89 +  37038836 TTATACATTCCACTCTTCCTCACACT---CTTCTGTGCTGTTCTTATTTGCAGATCTCCTCATTATGCATGTCCAGAGGTGATCAGGGTAAG 
s mm7.chr7      138412666 86 + 141766352 TTGTGTACCCTGGCCTCCTACCCACTGACCTTCTGTTTTTTCCTTA------GATCTCCACACTATGCCTGTCCGGAAGTGATTCGGGTAAG 

a score=11163
s danRer3.chr12   1317023 443 +  37038836 GTGTACCACTGACCTCACTGTCTTTGGCCTCCTAATTCTGTAGGGTGAGAAATATGACGGTAGACGGGCTGACGTGTGGAGCTGTGGAGTCATTCTCTTCGCTCTGCTAGTGGTGAGGAAATCTGCTTTTGCCAGAGCTCATAGGAGCACATTTTACTTCCTCCACTTCTCACCTGCTTCAGATTTTTAGCTCAAAGGCTGTTTAGCAAATAAGTGAATCTCTCAGTGCATGTCACTCCCATCTGTGTAACTTTGTCCTCTTGTCTGCTGTCCACAGGGCGCTCTGCCCTTCGATCACGATAACCTACGCCAGCTGCTGGAGAAGGTGAAAAGTGGCGTCTTCCACATGCCCCATTTCATCCCACCCGACTGCCAGGCTCTGCTGCGAGGCATGATCGAGGTCAACCCCGAAAAAAGACTCACGGTGAGAGCACGCTGTTTAC 
s mm7.chr7      138412953 374 + 141766352 GTACACTGCCAACGTC--TGGCATTGCCCCC-----TCCACAGGGCGAGAAGTATGATGGCCGCAAGGCAGATGTGTGGAGCTGTGGTGTGATCCTGTTCGCCTTGCTGGTGGTGAG-----CCCCACTTGCC-------------TCACCTTTT---TGTTCCATTTCTCTACCTCCCCACACCCCCTCCCCAG------------------------CCCTCC-----TCTTATACCCAT--GATGAGTGCTGTCCTGC------CTACCCACAGGGGGCTCTGCCTTTTGATGATGACAACCTGCGGCAGTTGCTGGAGAAGGTCAAGCGTGGTGTGTTCCACATGCCACACTTTATCCCACCAGACTGCCAGAGTCTCCTGCGTGGCATGATTGAGGTGGATGCAGCTCGGCGCCTCACGGT----GCGTCCTGTCTAC 

a score=3198
s danRer3.chr12   1320941 64 +  37038836 ACCATCTGTTGTCCTTCCCCTGCAGTTAGAGGCCATCCAGAAACATGCCTGGTATCAGTAAGTA 
s mm7.chr7      138414676 64 + 141766352 ACCCCCTGTTTCTCTTTCCTTGTAGCTAGAGCACATTCAGAAACACATATGGTATATGTAAGTA 

a score=5066
s danRer3.chr12   1323558 175 +  37038836 AGAGCTGGACGCAATGAGCCGTGTCCGGAGCAGCCTCCTCCCCGGCGGGTGTCCATGGGCCGGATCATGTCTCTGACCGAGCTGGACCCAGATGTGCTGGACAGCATGTATTCCCTGGGCTGTTTTAGGGACCGTGTCAAACTGGCCCAAGACCTGCAGTGTGAAGAGTGAGTGG 
s mm7.chr7      138415028 175 + 141766352 AGAGGTGGCAAGAATGAGCCAGAGCCCGAACAGCCCATCCCACGCAAGGTGCAGATCCGCTCACTACCCAGCTTGGAAGACATTGACCCTGATGTGTTGGACAGCATGCACTCACTGGGCTGCTTCCGAGACCGCAACAAGCTGCTGCAGGATCTGCTATCTGAGGAGTACGTTG 

a score=5980
s danRer3.chr12   1324214 103 +  37038836 CAGGGATAACCAAGAGAAGATGATCTATTATCTCCTGTTAGACCGTAAGGAGCGCTATCCCAGCTATGAGGATGAGGATCTTCCTCCCAGAAATGACGTTGGT 
s mm7.chr7      138415390 103 + 141766352 CAGGGAGAATCAGGAAAAGATGATTTATTTCCTCCTCCTGGATCGGAAAGAACGGTATCCAAGCCATGAGGATGAGGACCTGCCCCCCAGGAATGAGATAGGT 

a score=7129
s danRer3.chr12   1327625 174 +  37038836 CTCTCTGCAGACCCTCCTCGTAAGCGTGTAGACTCCCCCATGCTGACCCGTCACGGCCGCTGCCGGCCCGAGAGGAAGAGTCTGGAGGTGCTGAGTGTGACGGAGCAGGGCTCTCCCACACCTCCACGCAGAGCGCTGGACACCTCCACACACAGCCAGAGGTACACATCTGAC 
s mm7.chr7      138415555 174 + 141766352 CTTTACACAGACCCTCCCCGGAAGCGTGTGGATTCCCCGATGCTGAACCGGCATGGCAAGCGGCGACCTGAGCGCAAGTCCATGGAAGTGCTCAGTGTGACAGATGGTGGCTCCCCAGTGCCTGCACGGAGAGCCATTGAGATGGCCCAGCATGGCCAGAGGTATATGCCTGCC 

a score=4494
s danRer3.chr12   1327859 110 +  37038836 GTCTCCACAGATCCCGATCTGTCAGTGGAGCATCGACTGGCCTTTCTTCTAGTCCTCTAAGCAGTCCCAGGGTAAGTGCCTGTTAGGACACCTCCTAAGGGTTAGTTCAC 
s mm7.chr7      138419509 103 + 141766352 GCTCCCCCAGATCTCGATCCATCAGTGGTGCGTCCTCAGGCCTTTCTACAAGTCCACTCAGCAGTCCTCGGGTGAGTGACTAC-------CCTCCTAAGCCTTCACTTAC 

a score=3166
s danRer3.chr12   1330445 616 +  37038836 CTCCTCCACCCGCTCCTCCTCTTCCGCCATCAGA---GCCCTGTCTTTACCTTCAGCGAGCCTGAGGTAGTTGCCGCAACCAAAGCAACAAGCGGC-AGCACCAATTCTCGTCCCAA-------CCGATCGCATGAACCCAAAACGCAGACGCTTCCTTCCAAAAATGCTCCTGAACGCCCCCAGCTCCAGTCCATGAAGTCGctcccgctccccagctccagctcgcgctccccctccccgtccc----------ccctgctgtcccccattccccgcttcctcttctttccTTCTCCATCTGCGGTGCTGAAGTCGGTGACTAAAAGCTTGTATCCCATGTCTCAGGTCACCCCTCAGGGCTCCCCCCTGCCTACCCCTCTGGGTACCCCAGTGCATCACCCCCACCCCCCCACTGCTACCCCTCcctcctcctcctcctcctcttcctcctccCGAGCCGAGGGAGGAGGAGTGGGCGTCGGCTCACTCTCCTTGACCCCGCCCTCTAGTCCAGGGGGAGGCGGCGGCATGGCAGCCAGTAGCTCCGCCCACTGGAGGACACGTCTCAACTCGCTGAAGAACAACCTGCTGGGGTCGCCGCGCTTCCACCGCCGCAAGCTGCAGGGTGAGTGTT 
s mm7.chr7      138420043 565 + 141766352 CTGCCCCCTCTGCCCCCTGAGCTCCCCTATGTGGCTTGCTCCCTGGCCACCTCCTCGGAGCCTGAAGC--TTGTCG------GAGCACCTCTCGGCCAGGACACATCCTCTCTCCACAGGCCGCCCTGCGGCCCAACCCCAAGACTCAGACCTTGCCGTGCAAGGCCAAGCTGACAGACAAGCCGCTGCAGGGCACCAAGTCCAACCCGCTCCCAGCCTGCA-CCCAGACCCAGCCTCCTGGAGCCAGCCTTGGCACTCCACTGGCCCTGTCCCCTGGGCCACCCACCCTGCCGGCACCTGCTCGGCTCCTGCCAACTGGGACTGAA---CCAAACACCAAATCTGTCCCCACCATACAGGTGACCCCTCACCCCTCACCAAGGGGTA---------GTCCCCTTCCTACCCCCAAAGGGACGCCTGTC-------------------------CACACGCCAAAGGAGAGCCCA-----GCTGGCACACCCAACCCCACACCACCATCCAGCCCTAGTGTTGGAGGAG---------------------TGCCCTGGCGGACACGACTGAACTCCATCAAGAACAGCTTCCTGGGCTCACCTCGATTCCACCGCCGGAAACTCCAAGGTTAGCGCT 

a score=-546
s danRer3.chr12 1331061 69 +  37038836 CTCTTCTATACTTCGTAGTGTTCAGGAA-----GATTTCAAACACTTTCTGGTGTGATTCAATATTGTATGGAA 
s mm7.chr7      4281055 74 + 141766352 TCAGCAGATGCTGGGCTAGGTTTGCCAAATGCTGGATTCTAATGTGGGAAGGAGGGGCTAAACGTCATATGGAA 

a score=374
s danRer3.chr12 1332921 58 +  37038836 tgtgaaacaactgactcttaaagggaatgagagatgagacgtctgCATCTGGTTGTGT 
s mm7.chr7      4281377 52 + 141766352 TGGGAGATGACTGAATCCACAGGGTGCTGGATGATAAATTATAAGTAA------GTGT 

a score=3198
s danRer3.chr12   1332979 89 +  37038836 TTCATTCTTACTTTTACCTTCCCA-----ACAGTGCCAACCTCAGAAGACATGTCCAGTCTAACACCAGAATCAAGCCCAGAGTAAGAAACATT 
s mm7.chr7      138420961 94 + 141766352 TCCAACCTTGCCTTTGTCCTTTCCTGTGCACAGTTCCCACGCCAGAGGAGATGTCCAACCTGACCCCAGAATCCTCTCCAGAGTAAGTGGCTTT 

a score=8119
s danRer3.chr12   1335019 248 +  37038836 AGGCTGGCTAAAAGGTCTTGGTTTGGAAATTTCATCAGTCTGGAGAAAGAAGAGCAGATTTTCGTGGTCATCAGAGACAAACCCCTCAGCTCCATTAAAGCCGATATCGTCCATGCCTTCCTCTCTGTGAGTCCAACACA---------TGATTTGTGCAGCTCTCTGTTGA----TCAAGTAAACATTACGTACATTTATT-ACATAATC----CACAAATACACTATACTGTTCAAAAGCCTGGACT-CTTCTGCTCAACAAGGC 
s mm7.chr7      138424166 267 + 141766352 AGGCTGGCCAAGAAATCGTGGTTCGGGAACTTCATCAACCTGGAGAAGGAGGAGCAGATCTTTGTGGTGATCAAGGACAAGCCCCTGAGCTCCATCAAGGCTGACATCGTTCATGCCTTCCTGTCGGTGAGGCCATGGCAGAGCCAGGTGGACACGCACATCTATGGGCCCAGCCTCCAGGCAGACCATAGGACCTCTCATTCACACAAACTGTGTACACATAACTCATCCTTTTGTTCTGCCTGGACCACCACTGTCTACCTAGGC 

a score=7274
s danRer3.chr12   1336379 224 +  37038836 TTCAGATTCCATCCCTCAGTCACAGTGTAATCTCCCAGACCAGTTTCCGAGCAGAGTATAAGACTTCTGGAGGTCCGTCTGTCTTCCAGAAACCCGTCAAGTTCCAGGTGGACATCTCCTTCTCTgagggagagcgagagagggagcgggagcgggagagagacagagaCGGACAGAAGGATTTCGGGATCTACAGCGTAACCTTTAGCCTCATATCAGGTGAG 
s mm7.chr7      138425652 191 + 141766352 TGCAGATCCCCAGCCTCAGCCACAGCGTTATTTCCCAGACAAGCTTCAGGGCTGAATACAAGGCCACAGGGGGCCCAGCAGTGTTCCAGAAGCCGGTCAAGTTCCAGGTGGACATCACCTACACTGAGGG---------------------------------CGGAGAGGCCCAGAAGGAGAATGGCATCTACTCAGTCACATTCACTTTACTCTCAGGTAAG 

a score=-819
s danRer3.chr12 1339368 110 +  37038836 aaatgatccgggaaacgggcctgggcacggttcagatagcatagtgtgagtacgcccTCAGTATAAGCCATTGAAGTTATATTTGTATATGCTTGTTGTGAATTTGCGTT 
s mm7.chr7      4283882  95 + 141766352 AAATTAACCCTGAAAGGACGACAGTCTTGCTTGTGGAGGGATCCTGCATGCCCCAGCTCTCTCTCAGTCACTGGGTTCCTGTTTGCCCATCTTC---------------C 

a score=4380
s danRer3.chr12   1339478 108 +  37038836 CTTAGGTCCAAGTCGCAGATTTCGAAGAGTTGTGGAAACCATCCAAGCCCAGCTGCTCAGCGCTCATGATCAGACCATGGTGCAGACGTTTTCAGGTAAGAGCAGAGG 
s mm7.chr7      138425907 107 + 141766352 CCCAGGCCCCAGTCGCCGCTTCAAGAGGGTGGTGGAGACCATCCAGGCCCAGCTGTTAAGCACCCATGACCAGCCATCAGCCCAGCACCTGTCAGGTGAG-GCGGGGG 

a score=5073
s danRer3.chr12   1353581 96 +  37038836 GCGAAGCGATGGATAGAAATTACCCGGGAGCTGGCTTCGGTGATTTG---GGCGCAGGAGCCGGATGGAGCTACGAGAGATCAGCCAAAGCAAGGTAAG 
s mm7.chr7      100537735 99 - 141766352 GCCAATTCATGGACAGGAACTACCCCAGCGCCGGCTTCGGGGACCCGCTCGGCGCCGGGGCGGGATGGAGTTACGAGAGGTCAGCGAAAGCTAGGTAAG 

a score=6284
s danRer3.chr12   1358053 148 +  37038836 TATCTGTTCTTGTCAGCTTGGTGTACGGCAGCTCTAGATCATCACATCCGGAGTCTGAACTTCTTCATCGCCAAGCCTATGCCACTCCCCATCCCCTGCAGGGTTATGCTACCAATCACCATCCTGGAGG-----------ATCTGGCCAGGGTGGGGC 
s mm7.chr7      100539278 159 - 141766352 TCTCTCTTGCTCCCAGCTTGGTCTACGGCAGCTCCCGGACTTCCCACCCAGAAACCGACATCTTGCATCGCCAGGCCTATGCGGCCCCCCACCCACTACAAAGCTATGCCACCAACCACCACCCTGCAGGTATGGGCTCCCATCCTGGAGGGCTGGGGC 

a score=7053
s danRer3.chr12   1362073 291 +  37038836 TCATTTATGTGTGTGTTTCAGGTCTGTCTGGACTTTTTGATGCTGGGCTGCACCACGCAAGTCCTTCAGGCCCAGATCCATCGGTTATGAACCTTATATCTGCCCTAGAATCCCGGGGTCCACAGCCACCTCCTTCTGCCTCGTCGCTCCTATCTCAGTTTCGCACTCCATCATGGCAGACTGGTAAGTTGTATGAGCTTTGATTAAGCTTGTTGTAAATGCTGGTAAACTGTAACTGCAGACAACTAGCACCCTCAGCACTGTTGCCATAGCAACAACTTGCAAGCCACT 
s mm7.chr7      100540240 229 - 141766352 TCACTTATCCAT---TGTCAGGCCTCTCTGGACTTTTTGACACTGGCCTCCACCACGCGGGCTCAGCAGGGCCCGACGCCTCCGTCATGAACCTCATCTCGGCCCTGGAGTCTCGGGGCCCCCAGCCTGGCCCTTCCGCCTCCTCTCTCCTTTCCCAGTTCCGAAGCCCTTCCTGGCAGACAGGTAAGTGCTATT--------TCCAGCGGGCTGGAGA-------------------------------------AGGGCTGT--------------CTCGTGGTCCGCT 

a score=12867
s danRer3.chr12   1362468 692 +  37038836 CTAAACTATTGTCTTTGTGTCTTTCTCCACATTTTAGCCATGCACACACCTGCCCCCGCAGAGCTGTTCATCTCTGGTGCCCTTCCTGGATCTGGATCCTTTCCATCCTCTTCTGCTTTGTCTGCCTATCAGCACCCAGCATCATTCTCAGGGAGGTCTTTTCCTGGTGTGACCTCCTCACTGTCCTTACAGGACACACCCACTTTCAGCCCTACCTCCAATGGCCTCCTGTCACCCCATGATCCCCTGCTCCACATCAAGACGCCTTCTCAGTCAA-------GCC--------TGGGATTTGATCGCCTGTTGTCATCACAGGGTG-----------------------------CAGCTGCAGCTTACCGTGGAAGTCATGATCCAACTGGGGCTGGAGTCACATCTGCTCAAGCTTCGTCTGCAGCATCAGTTTCTGCCCGCCATATACCATCTCATCAGTTTAATTTGTTGTCCTCC-------------CAGCTTCAAGATC--AGTCCTCCCAGCTGTACAGTGCCTCTGTATTTTCCTCCACCCCTGCACCACCTCAGCCAACATCCCAAGAGCGGACAGTACCAAGACAGGACAGTGTAATAAAACACTACCAGCGTCCCTCTCCAGCACAAGCCCCCTCATCCACAC------CTCACCCTCTCCAGCACTACCTTAGCTGTGG-GGTGTCCGGATATCAACAAGCCACTCACACTCGCCATGCTGGTCTCTCTTGCAGTCCTCTAGG 
s mm7.chr7      100540469 664 - 141766352 CTGACCAATGGTCTT-----CTTCATCC-----CTAGCCATGCACACACCGGGCCCCACGGAACTCTTCATCTCTGGTGCCCTCCCAGGTTCCAGCACCTTCCCGTCTTCCTCTGCCCTGTCTGCCTACCAGCACCCGGCTTCCTTCGGCAGCCGCCCCTTCCC---AGTGCCCTCATCCCTCAGCCTCCAGGATCCACCC---TTCAGTCCTCCTGCTAATGGGCTCTTGTCCCCTCATGAT---GTGCTCCACTT---GAAGCCTTCCCAGGCACCTACAGTGCCCTCGTCATTGGGTTTCGAGCGCCTG--------GCAGGGGGTGGTGTCTTGGGGCCTGCTGGCCTCGGCCCTGCTCAGACTCCCCCTTACCGTCCTGGTCCC-------CCAGATCCACCTCCAC--------------------------CTCCCCGCCACCTCCCGAC---TCAGTTCAATCTGCTGGCTTCCTCTTCTGCTGCCACTGCTGCCGAGCCCTCGTCCCCCCAGCTCTACAACTTCTCGGG------TGCTGCCCCCGGTCCACCGCCG------------GAGCGGGCCCTGCCCCGACAGGACACGGTCATCAAACACTATCAGCGGCCGGCCAGTGCCCAGCCCCCACCGCCCCCACCACCAGCCCATTCCCTGCAGCACTATCTGAGCTGCGGAGGCAGCTATCCCTCAATGGGCCA----------CCGGGCCAGCTTGGCTTGCAGCCCTTTGGG 

a score=1876
s danRer3.chr12   1364298 263 +  37038836 GATGATGATTTCCTCATTCAACACCTTCTTCAAGCCCAGAGTCCTGCTCCTCAAGTATCCCATCACCATCCTGCTCAA-----ACCCATCATCCTTCCCAGCCCACCCAGCAGACTCCAGGCCTTCCAGCTCAGGATGGAAATAAGGGGCTTGCTTATGAGATGAGCAAAAGCTCAGAAG-------AGAGGTACCACCTTCAGAGTGTTATTCGAACCCATAGTGCAACCTCTAATGCTGCCGTCTCTG--GCACAGGGAGTGGAGCTGGACTGGA 
s mm7.chr7      100542037 262 - 141766352 GACGAAGAGTTTCTCATTCAGCACCTGCTCCAGGCACCTAGCCCACCTC-----GGACCTCAGGGGCAGACGGCTTGGTGGGTGAGGATGGTCCTGCCGATGCCGCTAAG-GGACTCGGTG----GCAGTGGTGGAGCTGGAGGAGCGCCAGGCACACCATATGA--ATTAGCCAAGGAAGATCCCCAGAGGTACCACCTGCAGAGCGTCATCCGGAC---TAGTGCCAGTCTGGATGAGGGTGCCACGGCCGCCCTGGAGTTGGGCCTGGGGAGGA 

a score=1908
s danRer3.chr12   1365078 200 +  37038836 GACTCTCCCACTGACCAGTCTCGCCAATCTTCTCATTTGCTGCAGTCTGTGCTTTCCCATACCCGCAGCAAAATAGACCCTCAGCAACAGCAGCATTCTGTAAGCCAGCAGTC----TCTTATGGAAGCTACTGGGGGAGTTGTGTCTGCAGAGACCCATTCCCAGCCCCAGACATCACAAC---TCCAACTTCAGCTTCAGTCTCA 
s mm7.chr7      100542490 185 - 141766352 GACCTTCCCATGGTGCTGCCTCCACCTCCTCCCCAGCTCCTCCCTTCTGTGCTCAGCCATGCCCCCAGC--------CCCTCACC-----TAGCGCCCCCAAAGTCGGCGTCCACCTCCTTGAGCCAGCCACCCGGGA---------TGGGGCGCCCCAGCCGCCGCCCCCACCCCCACCACCTATGCCTCTGCAGCTTGAAGCCCA 

a score=12682
s danRer3.chr12   1365819 1073 +  37038836 GGAGAGCCCCACTTTGACACCAGAAATCCAGCAG-----TAAAATCAAACCAAAATCAAAGCCAACAGAGC-CAGAGGTTTGTTCCTTTAACATCCATTTGCTTTCCTGATTCTCTTCTCCCAGATGAGGACCGTTCATTCTTTCCTGGAATGGAGGATATGTTCTGCCCAGAGGACTACAAATCCACTTGCTCAG--GAGGTCCAGGGCAGGGTCAAGATGGAGTTGCATCTGGTCAAACAGTGCAGGAGGGAATGGAAGGAATTAAAACAACACCTGGAGGGGGAGACAATACAGGTCCAAGTTATGATATGCTGGGCCATCACAGTGACCAGGG---CTATGGGCAGTATTGCCATGATC---TTTCAGAACCTGACAATGGAACCATGCATTTGGATCTTGACTCCTTGAAGACTCATGAGCTCCCATCAACAGTCAACACAGAGCAGCTTGGATTGATCCAATCTCAACCAGCCAGTCTTGGAATGGGTACAACTGGAACTGTTGGGGAAGGATCTGGTGCCAAAATAGGAGGTACTGGGGGATCTGGGTCTGGATCCGGGGGT---CTTACCTCTCCAATCTTTTGTTCCTCTCGCCCAAAGAAGCTCCTGAAGTCCAGTTCCTTCCATCTGCTGAAGGAAAGACCTGATCCTAACTCCT---TGCCCAAGAAAAGCTATGCACAGGAGTATGAATTTGAGGATGATGAGGATAAGGCTGATGTCCCGGCTGATATTCGCCTCAACAGCCGAAGCCGACTTCCTGATCTGATACCAGACCTTGTGTCGAGTTGTCGCAAATCAAGTGGAGTGGGAGGGGGAACTTTAAGCCCTTT----AATGGGTGATCTAGA-TTTTGGATACCCATCCCTTGGTCCCCCTCCTCAGCTATTGCCACAGGATGGACCGAAGAAACGAGGCAGGAAGCCCACAAAGCCTAAACGAGAAGGACCTCCAAGGCCACGTGGGCGACCACGTATACGCCCATTGCCAGAACCCAGGGCTATGATGGG---AGAGTATGGAACAG--GATTTGTTCCTGAAA----GAGGTAGAGGCAGAGGAAGAGGCAG--AGGCCGAGGTAGACGGGATGAATC 
s mm7.chr7      100542814  945 - 141766352 GGACCACCTAACTCGGAGGGCAAAGATCCTGCAGGCGCCTACAGAAGCCCCAGCCCTCAAGGGACCAAGGCACCGCGGTTTGTACCCCTCACGTCTATCTGCTTCCCCGACTCATTGCTTCAGGACGAGGAGCGCAGCTTTTTTCCCACCATGGAGGAGATGTTTGGTGGAGGGG------------------CAGCCGATGACTATGGCAAGGCC-----------------GGACAGACCGAAGATGATGGAG-----------------ACCCCAAGACTGG-------TGCTGGTCCACCCCCTGGT------------CCCACTGCTTATGATCCCTATGGACCCTACTGTGGAGGCCGGGCATCAGGAACTGGACCAGAGACTCCAGGCCTGGGTCTGGATCACAACAAACCTCCTGAGCTTCCCTCCACAGTCAATGCAGAGCCACTGGGCCTGATCCAG----AGCGGGCCACAC------------CAGTCAGCAccgccgccg------ccgccgccaccaccgccaccacc-----accTGTCTCTGAGCCCAAGGGTGGCCTCACCTCGCCCATCTTCTGTTCAACCAAGCCAAAGAAGCTGCTGAAGACATCCTCATTTCACCTGCTGCGGCGCCGA---GACCCCCCCTTCCAGACGCCCAAGAAGCTGTATGCACAGGAATATGAGTTCGAGGCTGATGAGGACAAAGCCGATGTGCCCGCAGATATCCGCCTAAA---CCCAAGGCGCCTGCCCGATCTG------------GTGTCTAGTTGTCGC---TCCAG-------------------ACCAGCCCTCTCACCACTGGGAGATATAGACTTTTGCCCACCCAACCC-TGGTCCT---------------------GACGGCCCGCGTCGCCGTGGCCGCAAGCCCACCAAGGCAAAGCGCGATGGCCCTCCCCGACCCAGGGGGAGGCCCAGGATTCGTCCACTGGAGGGCCCT---GCCATGGCGGGGCCAGCCTCCATAACCACTGATGGGGCCAAGAAACCTCGGGGCCGGGGCAGGGGCAGAGGCAGGAAGGCTGAGG-AAATGGGAGGTACC 

a score=8856
s danRer3.chr12   1367419 486 +  37038836 AGATGGAAGAGAAAGAGTCAGAGAAGA---CTGGCTTTGTTGCCTCATTTCTGGATTTTCTTAAGTCTGGAAAAAGGCCATCAGGAATGTCAACGGGCTCAGTGGACAGTGCTGGAAA-------TGAAGATG---CATCTCCTGGGAAAAGTGGAGGCATTCGCCCGTTATCCCCTCAACCACCACCCCCACC-TGCTGC----GGCAGC------TGTATCTGGATATGGAGATG--GTGAAAGTGATGGAGGACTGTCTTTGGG----TGGCTGTCCTAGCCCATGCAAGCGATTGGATGAAGAGCTCAAAAGAAATCTTGAGACTTTGCCCTCATTCTCATCCGACGAAGAGGACTCTGTTGGGAAAAACCAGGACCTGCAAAAGAGCATCTCCTCAGCAATCTCTGCCCTTTATGA--TACTCCTCAAAT----------TACCTCCACAATGCAG-------CCTCCATCACTTCCACCACCACCTCC--TCCACCTGCTCCCGAACCATTGACACCAACACAGCAGCCAC 
s mm7.chr7      100544362 524 - 141766352 AGGTAGAGGAGAAACAGCCGGAGATGAAGTCAGGGTTCATGGCGTCCTTCCTTGACTTTCTCAAGTCAGGCAAGCGGCACCCACCACTCT-ACCAAGCTGGCCTGACGCCACCGCTAAGCCCCCCTAAGAGTGTGCCAGCCTCTGTGCCCACCCGAGGCCTGCAGCC-----CCCACCACCCACCGTGCCCACTGTGCCGCACCCGGCACCCTCTGGTCCTTTTGGCCTGGGAGGCGCATTAGAGGCGGCGGAGAGCGAAGGGTTGGGCCTCGGCTGCCCTTCCCCCTGCAAGCGGCTGGACGAAGAGCTGAAGCGCAACCTCGAGACGCTGCCCTCCTTCTCCTCGGATGAAGAAGACTCTGTGGCCAAGAACAGAGACCTGCAGGAGAGCATTTCCTCCGCCATCTCGGCCCTGGACGACCCACCCCTCACAGGCCCTAAGGACACGTCCACACCGGAGGAGCCGCCTTTAGACACTGGACCTACAGCCTCCGGTCCACCCCCTCTC-------CCAAGCCTGCCCAGCAGCAAC 

a score=8408
s danRer3.chr12   1369390 442 +  37038836 TGACTTCACTCCCTGCAGTTTCTTCTCCTGCTCCCTCCTCTGCCTCTTCGGCATCACCGCTT---------CCTCCACTCCCCCTTCCATCTCCTGTCCCGCCACAGGAGGACAATCCTTCTCCTTCTCAGAAATCACCACCACAACAGTCTTCACCTCCACGTAGTCCTGTGGCTCCATCTGTGCCTGTCCCATCTCCTCTACCTCCTCCTCATGCAGAACCTC-----ACCTTTCCTCCAACCCACCTTCACCTAGTCCACCTCCGGTCCAGGAGTCAGTTCCAGAGCCTGAATCCCCAGAAGAGCGTCCTGC---------------------ACCTCAAA---TTCTACCATTGCACTTGGCACAGAAACAAAGCAGTGCTGCTATTGTTGGAGAGACTGATGAGGATGAGAGTGAGAGTGGAGGCGAAGGCATTTTCAGAGAGAGGGACGAGTTTGTGGTACGGATTGAGGACAT 
s mm7.chr7      100546790 470 - 141766352 TGActctatcttcttctgtttct-ctctctctctctc-tctctctcAGAGCCCCCACTGCTGGAGGAGAAGCCCCCACCCAC---TCCGCCTCCTGCCCCAACACCTCAGCCGGCTccacctccacccccacccccaccaccaGTTCCAGCCTTGCCCTCACCTACCCCACTGGTGACTCCTGTGGCTAGCTcacctcctccaccaccgccaccaccaccgcctccaccagcactgccctca--ccacctccaccg---cccccgccagcaccCACAACGGTCCCACCAGTTGCCCCTCCAGAGGAGCCTCCTGCCCCATCCCCAGAGGACCCTGAACCTCCAGACGCTCGGCCTTTGCACCTGGCCAAGAAGCAAGAGACGGCAGCGGTGTGTGGGGAGACGGATGAGGAGGCAGGGGAGAGTGGTGGAGAGGGCATCTTCCGGGAGCGAGATGAGTTCGTCATTCGTGCAGAGGACAT 

a score=8357
s danRer3.chr12   1370518 188 +  37038836 tgttaaacacaaaattgcttggtgggGTACCAGGGGTTAAGTTAATGTCAT-----------------TTCTCCCTAGATGGCCCTTCGGACTGGACGAGAGCCCCCTCCCATTTGGCGTGTACAGAAAGCTCTGCTGCAGAAGTTTTCCCCTGAGATTAAGGATGGGCAAAGACAGTTTTGTGCAACTAGCAATGTGAGTCTAT 
s mm7.chr7      100555555 201 - 141766352 tgtgagGGACGAAGTCTCCAGCAGGG----CAGGGGTGAGGGTAACCTTGTAGGTCTCCCTGGTCTCTTCCTCCTCAGCTGGCCCTGCAGACTGGCCGGGAGCCCCCACCCATCTGGCGTGTTCAGAAGGCCCTTCTGCAGAAATTCACTCCAGAGATCAAGGATGGCCAGAGGCAGTTTTGTGCCACCAGTAATGTAAGCCAAT 

a score=8079
s danRer3.chr12   1371381 167 +  37038836 TTCCACAATTCTCTCCCTACTCCTAGTATCTGGGTTACTTTGGAGATGCTAAAAAGCGCTACCAGCGGCTCTATGTGAAGTTTCTGGAAAACATAAACAAAAAAGACTACGTAAGGGTGTGTTCCCGAAAGCCCTGGCACAGACCAAGTCTCAACCTGAGGTACTGA 
s mm7.chr7      100555856 167 - 141766352 TCTCACAGCCTTTGCTCTCTCCGCAGTATCTGGGTTATTTTGGAGATGCAAAAAACCGGTACCAGCGCCTCTACGTGAAGTTCTTGGAGAATGTCAACAAGAAGGATTATGTGAGGGTGTGCGCCAGGAAACCCTGGCACCGGCCCCCTCTGCCAGTCAGGTACCGA 

a score=4296
s danRer3.chr12   1373658 289 +  37038836 aaaaggaaaaggaggacaagaaggaggaaaagaaggagaagAAAGCTCTGGCTCCTCCTCCTCCTCCGCCGCCGCCACCTCAGAAACCTGAGAAACGGCCAGTGGTGAGCGAACGAGGGAGGCTGAAGGAGGAGAAGAAGAGCAGCGCACAGGAGAAGAAGAGCGAGCGCTCGGCCAAACCTCAGCCAGCAAAGGTAAAGGCAGAACCTCCGCCCAAGAAGCGCAGGAAGTGGCTGAAGGAAG----------TGCCCTCG-----------------------TCATCAGAGTCGGACTCTT---------CAGCAAGCGAGGATGAAAG 
s mm7.chr7      100556583 301 - 141766352 agaaggagaaggagaaagagaaggaaaaggagaaggagaaggaaagggTAACCCGGCCTTTGC--------------------GGAGTGAACGAGCCACCAGTGGGCGGCAAATGCGGACTGACCGGAGCTTGGCCACAGGACAGTCCACC----------ACCTCCCGGCTGCCCAAAGCCAGGCCCTCGAAGGTGAAGGCTGAGCCACCTCCAAAGAAGAGGAAGAAGTGGCTGAAGGAAGCAGTGGGTAATGCCTCTGCCGGTGATGGTCCTGGGGGCAGCTCATCAGACTCCGAGTCCTCCCCTGGCGCACCCAGCGAGGATGGTAG 

a score=7024
s danRer3.chr12   1375563 154 +  37038836 TGAGTGTGTC---TTTTCCTGTGTGTCCAGCAGTGTCAGTAAAGGCTGGCCTGAACACGCGAGCGATGCGCGAGATGTACCGCAGCTATGTGGAGATGCTGGTCAGTACGGCGCTCGACCCGGACATGATTCAGGCTCTGGAGGACACAGAAGGTAA 
s mm7.chr7      100559474 154 - 141766352 TGATTCTGTCCCATCTCTCCGCAGAGCGGGCAGTTCCAG-GACGGCTG--CTGAAGACACGGGCCATGCGGGAGATGTACAGGAGCTATGTGGAGATGCTGGTGAGCACAGCCCTGGACCCAGACATGATCCAGGCCCTGGAGGACACGCATGGTGA 

a score=3956
s danRer3.chr12   1375767 105 +  37038836 CACCCTTCCTCTTGTATTATTACCCATTTCAGATGAGTTGTATCTTCCTCCAATGCGCAAGATCGACAGCATTATCAGCGAGCAGAAGAGGAAGCTGTTGAAGAG 
s mm7.chr7      100559899  90 - 141766352 CACCCCTGCTCTTG---------------CAGATGAACTCTATCTTCCACCCATGCGGAAGATTGACGGCCTCCTCAATGAGCACAAGAAAAAGGTCCTGAAGCG 

a score=3249
s danRer3.chr12   1378282 154 +  37038836 CTCCTGCTTCTGCTCTACAGGAGACTCTTCACACGTTCCCTCAGATAACAGCGGAGC---------------CTCTGGACTCGGGGTTGGTGAGGGTCAGGCTGGGAGGAGAATGCTACAACCGCAAAACTCTGAACCGCATTAAAAAGAGTGTTCCCAAACCACAGGT 
s mm7.chr7      100561524 165 - 141766352 CTCTGGCTTC----CCGCAGGATGCCCTGCACACGTTCCCACAGCTGCAGGTGGAGCAGACTGGAGAAGGCTCCCCCGAAGAGGGGGCCGTGCGGCTGCGGCCTGCAGGGGAGCCCTACAACCGAAAGACACTCAGCAAGCTCAAGAGAAGTGTTGTGCGGGCCCAGGT 

a score=3695
s danRer3.chr12   1380404 106 +  37038836 CAGGACCTCAAGCTGTCAACAGAAATGTGTCGAATCTACAGTCTCTACCATTCACTGCATCACTATAAATACCACACCTTCTTACACTGTAAGAAAGAGGTAAGAA 
s mm7.chr7      100561767 106 - 141766352 CAGGAATTCAAGGTGGAGCTGGAGAAGTCAGGGTACTACACCCTCTACCACTCTCTGCACCACTACAAGTACCACACATTTCTGCGCTGCCGAGACCAGGTGAGCA 

a score=4593
s danRer3.chr12   1382390 133 +  37038836 TCTGCTTTCTTTCAGACGAACACTATAGAGCAGGCATCAGAAGATCCAGGACAGGAGGAAGTGGTTCAGCAGTGCATGGCCAATCAGAACTGGCTGGAGACGCTCTTCAACTCCTTCCTGGAGCTGATGGCCC 
s mm7.chr7      100561985 133 - 141766352 TCTCCTTCCCCACAGACCCTGGCCATCGAGGGTGGTGCAGAGGACCTGGGTCAGGAAGAGGTTGTCCAGCAGTGCATGCGGAACCAGCCATGGCTAGAACAGCTGTTCGACTCCTTCAGTGACCTGCTGGCCC 

a score=5286
s danRer3.chr12 1408614 126 +  37038836 TAATTCTGACTTGGAGAGTTTGCTGAAGAGGCTGATGAGCCGGTGCGCCTCCTCCTCTTTCTCCTCCTCCGTCATTCCCTCCATGGGGTTGTGCTGCTCCTCCTCCACCTGTCCCGTCACTGGGTT 
s mm7.chr7      4487120 126 - 141766352 TAACACATACCTGGAGAGCTTGTCAAACATGTTCACTAGCTTCATGGCCTCATGTTCCTTCTGCTCCTCTGTCATGCCTTCCATAGGATTAGGCGGCTTCTCCTCCACCCTTCCAGTCACAGGGTT 

a score=4113
s danRer3.chr12 1408740 189 +  37038836 CAC---CTTGTCTTTAATCTGCCGGTACTCCTCCGTGTCCGAGTCTGAATCGCTGGAGTAACGTGTGCCTGATGAAGAGGCTGATGACCTTTGACCTCCGAGCAGACCTCTTGTGGCCAGAAGCCCGGCGGCATTTCCGTATCCAGTGTACTTGACGAAACGCCTCACTGGTGTCGAGCAAAAAATCAAATG 
s mm7.chr7      4487642 177 - 141766352 CACATACCTGGCCTTGGCTTCCCTGTACTCCTCTGTGTCCGTGTCCTCGTCCTCTGAGTACTGGCCCTCGGGT-----------CGGCCCCCAGCC----ATGAGGCCCCTGGCAGCCAGGAGGCCGGCAGCATTCCCGTAGCCTGTGTACTTGATGAATCGGGGCACTGAAGACCAGGGCAGAGGTCAATG 

a score=4043
s danRer3.chr12 1411001 321 +  37038836 ACCGTTCTCTTTGCACAGCACAAAGAGCAGATCAGCAGCGCAGTGTTTGAGCTCCGTGTCCAGATGGGTCATCAGTCTGACCAGACGATTCCTCATGGTGCTTCCCTTCTCAGGTTTAGTGCTGGCGTCTTTTAGCGGAGGCAAAATCTGCACAGGAAAACA-CACTCAGT-TTGGCACAATACAATCAGACAACACTGCTAA-----------------------TCTGAACCGGTGGCCA--TGCCTGTTGTCTGAGGTAGAGTCTGGTGTCTCTGTGAGCTCTGGAGCATTCGGCCAGCAAGTTCAGCACTGGGGTCAGTCTCTCCTTCACCTTCTCACCCTGTA 
s mm7.chr7      4487870 348 - 141766352 ACCACTTTCAGAACATAAGACAAAGAGGAACTCGGCAGCTACTCTCTTCACATCTGTATCCAGGTGTGTCATGAGGCGGACAAGCTTGTTTCGAAGCAGGTCCCCCACCTCAGGCCGAGTCCTCACATCCCTCAGAGGGGGCAGGACCTAGGGAGGCAGCTGTCTCTAAGTGTTGGCTTGGAGCAGCCAGGAGCCAATAAAAAGGATACAGGCCAGATTTCCCAGCTCTGTCTCATTTGCCAAGTACCTGGGCCTTCAGGAACTTCCTGGCAGGACGGTGCATGCGGGCACATTCTGTCAACACGTTCAGCACAGGTGCCACACATTCCTTCAGCCTGTGGGTCTGCA 

a score=6284
s danRer3.chr12   1415274 148 +  37038836 TATCTGTTCTTGTCAGCTTGGTGTACGGCAGCTCTAGATCATCACATCCGGAGTCTGAACTTCTTCATCGCCAAGCCTATGCCACTCCCCATCCCCTGCAGGGTTATGCTACCAATCACCATCCTGGAGG-----------ATCTGGCCAGGGTGGGGC 
s mm7.chr7      100539278 159 - 141766352 TCTCTCTTGCTCCCAGCTTGGTCTACGGCAGCTCCCGGACTTCCCACCCAGAAACCGACATCTTGCATCGCCAGGCCTATGCGGCCCCCCACCCACTACAAAGCTATGCCACCAACCACCACCCTGCAGGTATGGGCTCCCATCCTGGAGGGCTGGGGC 

a score=7053
s danRer3.chr12   1419294 291 +  37038836 TCATTTATGTGTGTGTTTCAGGTCTGTCTGGACTTTTTGATGCTGGGCTGCACCACGCAAGTCCTTCAGGCCCAGATCCATCGGTTATGAACCTTATATCTGCCCTAGAATCCCGGGGTCCACAGCCACCTCCTTCTGCCTCGTCGCTCCTATCTCAGTTTCGCACTCCATCATGGCAGACTGGTAAGTTGTATGAGCTTTGATTAAGCTTGTTGTAAATGCTGGTAAACTGTAACTGCAGACAACTAGCACCCTCAGCACTGTTGCCATAGCAACAACTTGCAAGCCACT 
s mm7.chr7      100540240 229 - 141766352 TCACTTATCCAT---TGTCAGGCCTCTCTGGACTTTTTGACACTGGCCTCCACCACGCGGGCTCAGCAGGGCCCGACGCCTCCGTCATGAACCTCATCTCGGCCCTGGAGTCTCGGGGCCCCCAGCCTGGCCCTTCCGCCTCCTCTCTCCTTTCCCAGTTCCGAAGCCCTTCCTGGCAGACAGGTAAGTGCTATT--------TCCAGCGGGCTGGAGA-------------------------------------AGGGCTGT--------------CTCGTGGTCCGCT 

a score=8205
s danRer3.chr12   1419689 224 +  37038836 CTAAACTATTGTCTTTGTGTCTTTCTCCACATTTTAGCCATGCACACACCTGCCCCCGCAGAGCTGTTCATCTCTGGTGCCCTTCCTGGATCTGGATCCTTTCCATCCTCTTCTGCTTTGTCTGCCTATCAGCACCCAGCATCATTCTCAGGGAGGTCTTTTCCTGGTGTGACCTCCTCACTGTCCTTACAGGACACACCCACTTTCAGCCCTACCTCCAATGG 
s mm7.chr7      100540469 208 - 141766352 CTGACCAATGGTCTT-----CTTCATCC-----CTAGCCATGCACACACCGGGCCCCACGGAACTCTTCATCTCTGGTGCCCTCCCAGGTTCCAGCACCTTCCCGTCTTCCTCTGCCCTGTCTGCCTACCAGCACCCGGCTTCCTTCGGCAGCCGCCCCTTCCC---AGTGCCCTCATCCCTCAGCCTCCAGGATCCACCC---TTCAGTCCTCCTGCTAATGG 

a score=3582
s danRer3.chr12   1419929 452 +  37038836 GATCCCCTGCTCCACATCAAGACGCCTTCTCAGTCAAGCCTGGGATTTGATCGCCTGTTGTCATCACAGGGTGCAGCTGCAGCTTACCGTGGAAGTCATGATCCAACTGGGGCTGGAGTCACATCTGCTCAAGCTTCGTCTGCAGCATCAGTTTCTGCCCGCCATATACCATCTCATCAGTTTAATTTGTTGTCCTCC-------------CAGCTTCAAGATC--AGTCCTCCCAGCTGTACAGTGCCTCTGTATTTTCCTCCACCCCTGCACCACCTCAGCCAACATCCCAAGAGCGGACAGTACCAAGACAGGACAGTGTAATAAAACACTACCAGCGTCCCTCTCCAGCACAAGCCCCCTCATCCACAC------CTCACCCTCTCCAGCACTACCTTAGCTGTGG-GGTGTCCGGATATCAACAAGCCACTCACACTCGCCATGCTGGTCTCTCTTGCAGTCCTCTAGG 
s mm7.chr7      100540750 383 - 141766352 GAGCGCCTG-----------------------GCAGGGGGTGGTGTCTTGGGGCCTGCTGGCCTC----GGCCCTGCTCAGACTCCCCCTTACCGTCCTGGTCCC-------CCAGATCCACCTCCAC--------------------------CTCCCCGCCACCTCCCGAC---TCAGTTCAATCTGCTGGCTTCCTCTTCTGCTGCCACTGCTGCCGAGCCCTCGTCCCCCCAGCTCTACAACTTCTCGGG------TGCTGCCCCCGGTCCACCGCCG------------GAGCGGGCCCTGCCCCGACAGGACACGGTCATCAAACACTATCAGCGGCCGGCCAGTGCCCAGCCCCCACCGCCCCCACCACCAGCCCATTCCCTGCAGCACTATCTGAGCTGCGGAGGCAGCTATCCCTCAATGGGCCA----------CCGGGCCAGCTTGGCTTGCAGCCCTTTGGG 

a score=1876
s danRer3.chr12   1421519 263 +  37038836 GATGATGATTTCCTCATTCAACACCTTCTTCAAGCCCAGAGTCCTGCTCCTCAAGTATCCCATCACCATCCTGCTCAA-----ACCCATCATCCTTCCCAGCCCACCCAGCAGACTCCAGGCCTTCCAGCTCAGGATGGAAATAAGGGGCTTGCTTATGAGATGAGCAAAAGCTCAGAAG-------AGAGGTACCACCTTCAGAGTGTTATTCGAACCCATAGTGCAACCTCTAATGCTGCCGTCTCTG--GCACAGGGAGTGGAGCTGGACTGGA 
s mm7.chr7      100542037 262 - 141766352 GACGAAGAGTTTCTCATTCAGCACCTGCTCCAGGCACCTAGCCCACCTC-----GGACCTCAGGGGCAGACGGCTTGGTGGGTGAGGATGGTCCTGCCGATGCCGCTAAG-GGACTCGGTG----GCAGTGGTGGAGCTGGAGGAGCGCCAGGCACACCATATGA--ATTAGCCAAGGAAGATCCCCAGAGGTACCACCTGCAGAGCGTCATCCGGAC---TAGTGCCAGTCTGGATGAGGGTGCCACGGCCGCCCTGGAGTTGGGCCTGGGGAGGA 

a score=1908
s danRer3.chr12   1422299 200 +  37038836 GACTCTCCCACTGACCAGTCTCGCCAATCTTCTCATTTGCTGCAGTCTGTGCTTTCCCATACCCGCAGCAAAATAGACCCTCAGCAACAGCAGCATTCTGTAAGCCAGCAGTC----TCTTATGGAAGCTACTGGGGGAGTTGTGTCTGCAGAGACCCATTCCCAGCCCCAGACATCACAAC---TCCAACTTCAGCTTCAGTCTCA 
s mm7.chr7      100542490 185 - 141766352 GACCTTCCCATGGTGCTGCCTCCACCTCCTCCCCAGCTCCTCCCTTCTGTGCTCAGCCATGCCCCCAGC--------CCCTCACC-----TAGCGCCCCCAAAGTCGGCGTCCACCTCCTTGAGCCAGCCACCCGGGA---------TGGGGCGCCCCAGCCGCCGCCCCCACCCCCACCACCTATGCCTCTGCAGCTTGAAGCCCA 

a score=12682
s danRer3.chr12   1423040 1073 +  37038836 GGAGAGCCCCACTTTGACACCAGAAATCCAGCAG-----TAAAATCAAACCAAAATCAAAGCCAACAGAGC-CAGAGGTTTGTTCCTTTAACATCCATTTGCTTTCCTGATTCTCTTCTCCCAGATGAGGACCGTTCATTCTTTCCTGGAATGGAGGATATGTTCTGCCCAGAGGACTACAAATCCACTTGCTCAG--GAGGTCCAGGGCAGGGTCAAGATGGAGTTGCATCTGGTCAAACAGTGCAGGAGGGAATGGAAGGAATTAAAACAACACCTGGAGGGGGAGACAATACAGGTCCAAGTTATGATATGCTGGGCCATCACAGTGACCAGGG---CTATGGGCAGTATTGCCATGATC---TTTCAGAACCTGACAATGGAACCATGCATTTGGATCTTGACTCCTTGAAGACTCATGAGCTCCCATCAACAGTCAACACAGAGCAGCTTGGATTGATCCAATCTCAACCAGCCAGTCTTGGAATGGGTACAACTGGAACTGTTGGGGAAGGATCTGGTGCCAAAATAGGAGGTACTGGGGGATCTGGGTCTGGATCCGGGGGT---CTTACCTCTCCAATCTTTTGTTCCTCTCGCCCAAAGAAGCTCCTGAAGTCCAGTTCCTTCCATCTGCTGAAGGAAAGACCTGATCCTAACTCCT---TGCCCAAGAAAAGCTATGCACAGGAGTATGAATTTGAGGATGATGAGGATAAGGCTGATGTCCCGGCTGATATTCGCCTCAACAGCCGAAGCCGACTTCCTGATCTGATACCAGACCTTGTGTCGAGTTGTCGCAAATCAAGTGGAGTGGGAGGGGGAACTTTAAGCCCTTT----AATGGGTGATCTAGA-TTTTGGATACCCATCCCTTGGTCCCCCTCCTCAGCTATTGCCACAGGATGGACCGAAGAAACGAGGCAGGAAGCCCACAAAGCCTAAACGAGAAGGACCTCCAAGGCCACGTGGGCGACCACGTATACGCCCATTGCCAGAACCCAGGGCTATGATGGG---AGAGTATGGAACAG--GATTTGTTCCTGAAA----GAGGTAGAGGCAGAGGAAGAGGCAG--AGGCCGAGGTAGACGGGATGAATC 
s mm7.chr7      100542814  945 - 141766352 GGACCACCTAACTCGGAGGGCAAAGATCCTGCAGGCGCCTACAGAAGCCCCAGCCCTCAAGGGACCAAGGCACCGCGGTTTGTACCCCTCACGTCTATCTGCTTCCCCGACTCATTGCTTCAGGACGAGGAGCGCAGCTTTTTTCCCACCATGGAGGAGATGTTTGGTGGAGGGG------------------CAGCCGATGACTATGGCAAGGCC-----------------GGACAGACCGAAGATGATGGAG-----------------ACCCCAAGACTGG-------TGCTGGTCCACCCCCTGGT------------CCCACTGCTTATGATCCCTATGGACCCTACTGTGGAGGCCGGGCATCAGGAACTGGACCAGAGACTCCAGGCCTGGGTCTGGATCACAACAAACCTCCTGAGCTTCCCTCCACAGTCAATGCAGAGCCACTGGGCCTGATCCAG----AGCGGGCCACAC------------CAGTCAGCAccgccgccg------ccgccgccaccaccgccaccacc-----accTGTCTCTGAGCCCAAGGGTGGCCTCACCTCGCCCATCTTCTGTTCAACCAAGCCAAAGAAGCTGCTGAAGACATCCTCATTTCACCTGCTGCGGCGCCGA---GACCCCCCCTTCCAGACGCCCAAGAAGCTGTATGCACAGGAATATGAGTTCGAGGCTGATGAGGACAAAGCCGATGTGCCCGCAGATATCCGCCTAAA---CCCAAGGCGCCTGCCCGATCTG------------GTGTCTAGTTGTCGC---TCCAG-------------------ACCAGCCCTCTCACCACTGGGAGATATAGACTTTTGCCCACCCAACCC-TGGTCCT---------------------GACGGCCCGCGTCGCCGTGGCCGCAAGCCCACCAAGGCAAAGCGCGATGGCCCTCCCCGACCCAGGGGGAGGCCCAGGATTCGTCCACTGGAGGGCCCT---GCCATGGCGGGGCCAGCCTCCATAACCACTGATGGGGCCAAGAAACCTCGGGGCCGGGGCAGGGGCAGAGGCAGGAAGGCTGAGG-AAATGGGAGGTACC 

a score=8856
s danRer3.chr12   1424640 486 +  37038836 AGATGGAAGAGAAAGAGTCAGAGAAGA---CTGGCTTTGTTGCCTCATTTCTGGATTTTCTTAAGTCTGGAAAAAGGCCATCAGGAATGTCAACGGGCTCAGTGGACAGTGCTGGAAA-------TGAAGATG---CATCTCCTGGGAAAAGTGGAGGCATTCGCCCGTTATCCCCTCAACCACCACCCCCACC-TGCTGC----GGCAGC------TGTATCTGGATATGGAGATG--GTGAAAGTGATGGAGGACTGTCTTTGGG----TGGCTGTCCTAGCCCATGCAAGCGATTGGATGAAGAGCTCAAAAGAAATCTTGAGACTTTGCCCTCATTCTCATCCGACGAAGAGGACTCTGTTGGGAAAAACCAGGACCTGCAAAAGAGCATCTCCTCAGCAATCTCTGCCCTTTATGA--TACTCCTCAAAT----------TACCTCCACAATGCAG-------CCTCCATCACTTCCACCACCACCTCC--TCCACCTGCTCCCGAACCATTGACACCAACACAGCAGCCAC 
s mm7.chr7      100544362 524 - 141766352 AGGTAGAGGAGAAACAGCCGGAGATGAAGTCAGGGTTCATGGCGTCCTTCCTTGACTTTCTCAAGTCAGGCAAGCGGCACCCACCACTCT-ACCAAGCTGGCCTGACGCCACCGCTAAGCCCCCCTAAGAGTGTGCCAGCCTCTGTGCCCACCCGAGGCCTGCAGCC-----CCCACCACCCACCGTGCCCACTGTGCCGCACCCGGCACCCTCTGGTCCTTTTGGCCTGGGAGGCGCATTAGAGGCGGCGGAGAGCGAAGGGTTGGGCCTCGGCTGCCCTTCCCCCTGCAAGCGGCTGGACGAAGAGCTGAAGCGCAACCTCGAGACGCTGCCCTCCTTCTCCTCGGATGAAGAAGACTCTGTGGCCAAGAACAGAGACCTGCAGGAGAGCATTTCCTCCGCCATCTCGGCCCTGGACGACCCACCCCTCACAGGCCCTAAGGACACGTCCACACCGGAGGAGCCGCCTTTAGACACTGGACCTACAGCCTCCGGTCCACCCCCTCTC-------CCAAGCCTGCCCAGCAGCAAC 

a score=8408
s danRer3.chr12   1426611 442 +  37038836 TGACTTCACTCCCTGCAGTTTCTTCTCCTGCTCCCTCCTCTGCCTCTTCGGCATCACCGCTT---------CCTCCACTCCCCCTTCCATCTCCTGTCCCGCCACAGGAGGACAATCCTTCTCCTTCTCAGAAATCACCACCACAACAGTCTTCACCTCCACGTAGTCCTGTGGCTCCATCTGTGCCTGTCCCATCTCCTCTACCTCCTCCTCATGCAGAACCTC-----ACCTTTCCTCCAACCCACCTTCACCTAGTCCACCTCCGGTCCAGGAGTCAGTTCCAGAGCCTGAATCCCCAGAAGAGCGTCCTGC---------------------ACCTCAAA---TTCTACCATTGCACTTGGCACAGAAACAAAGCAGTGCTGCTATTGTTGGAGAGACTGATGAGGATGAGAGTGAGAGTGGAGGCGAAGGCATTTTCAGAGAGAGGGACGAGTTTGTGGTACGGATTGAGGACAT 
s mm7.chr7      100546790 470 - 141766352 TGActctatcttcttctgtttct-ctctctctctctc-tctctctcAGAGCCCCCACTGCTGGAGGAGAAGCCCCCACCCAC---TCCGCCTCCTGCCCCAACACCTCAGCCGGCTccacctccacccccacccccaccaccaGTTCCAGCCTTGCCCTCACCTACCCCACTGGTGACTCCTGTGGCTAGCTcacctcctccaccaccgccaccaccaccgcctccaccagcactgccctca--ccacctccaccg---cccccgccagcaccCACAACGGTCCCACCAGTTGCCCCTCCAGAGGAGCCTCCTGCCCCATCCCCAGAGGACCCTGAACCTCCAGACGCTCGGCCTTTGCACCTGGCCAAGAAGCAAGAGACGGCAGCGGTGTGTGGGGAGACGGATGAGGAGGCAGGGGAGAGTGGTGGAGAGGGCATCTTCCGGGAGCGAGATGAGTTCGTCATTCGTGCAGAGGACAT 

a score=8357
s danRer3.chr12   1427739 188 +  37038836 tgttaaacacaaaattgcttggtgggGTACCAGGGGTTAAGTTAATGTCAT-----------------TTCTCCCTAGATGGCCCTTCGGACTGGACGAGAGCCCCCTCCCATTTGGCGTGTACAGAAAGCTCTGCTGCAGAAGTTTTCCCCTGAGATTAAGGATGGGCAAAGACAGTTTTGTGCAACTAGCAATGTGAGTCTAT 
s mm7.chr7      100555555 201 - 141766352 tgtgagGGACGAAGTCTCCAGCAGGG----CAGGGGTGAGGGTAACCTTGTAGGTCTCCCTGGTCTCTTCCTCCTCAGCTGGCCCTGCAGACTGGCCGGGAGCCCCCACCCATCTGGCGTGTTCAGAAGGCCCTTCTGCAGAAATTCACTCCAGAGATCAAGGATGGCCAGAGGCAGTTTTGTGCCACCAGTAATGTAAGCCAAT 

a score=8079
s danRer3.chr12   1428602 167 +  37038836 TTCCACAATTCTCTCCCTACTCCTAGTATCTGGGTTACTTTGGAGATGCTAAAAAGCGCTACCAGCGGCTCTATGTGAAGTTTCTGGAAAACATAAACAAAAAAGACTACGTAAGGGTGTGTTCCCGAAAGCCCTGGCACAGACCAAGTCTCAACCTGAGGTACTGA 
s mm7.chr7      100555856 167 - 141766352 TCTCACAGCCTTTGCTCTCTCCGCAGTATCTGGGTTATTTTGGAGATGCAAAAAACCGGTACCAGCGCCTCTACGTGAAGTTCTTGGAGAATGTCAACAAGAAGGATTATGTGAGGGTGTGCGCCAGGAAACCCTGGCACCGGCCCCCTCTGCCAGTCAGGTACCGA 

a score=4296
s danRer3.chr12   1430879 289 +  37038836 aaaaggaaaaggaggacaagaaggaggaaaagaaggagaagAAAGCTCTGGCTCCTCCTCCTCCTCCGCCGCCGCCACCTCAGAAACCTGAGAAACGGCCAGTGGTGAGCGAACGAGGGAGGCTGAAGGAGGAGAAGAAGAGCAGCGCACAGGAGAAGAAGAGCGAGCGCTCGGCCAAACCTCAGCCAGCAAAGGTAAAGGCAGAACCTCCGCCCAAGAAGCGCAGGAAGTGGCTGAAGGAAG----------TGCCCTCG-----------------------TCATCAGAGTCGGACTCTT---------CAGCAAGCGAGGATGAAAG 
s mm7.chr7      100556583 301 - 141766352 agaaggagaaggagaaagagaaggaaaaggagaaggagaaggaaagggTAACCCGGCCTTTGC--------------------GGAGTGAACGAGCCACCAGTGGGCGGCAAATGCGGACTGACCGGAGCTTGGCCACAGGACAGTCCACC----------ACCTCCCGGCTGCCCAAAGCCAGGCCCTCGAAGGTGAAGGCTGAGCCACCTCCAAAGAAGAGGAAGAAGTGGCTGAAGGAAGCAGTGGGTAATGCCTCTGCCGGTGATGGTCCTGGGGGCAGCTCATCAGACTCCGAGTCCTCCCCTGGCGCACCCAGCGAGGATGGTAG 

a score=7024
s danRer3.chr12   1432784 154 +  37038836 TGAGTGTGTC---TTTTCCTGTGTGTCCAGCAGTGTCAGTAAAGGCTGGCCTGAACACGCGAGCGATGCGCGAGATGTACCGCAGCTATGTGGAGATGCTGGTCAGTACGGCGCTCGACCCGGACATGATTCAGGCTCTGGAGGACACAGAAGGTAA 
s mm7.chr7      100559474 154 - 141766352 TGATTCTGTCCCATCTCTCCGCAGAGCGGGCAGTTCCAG-GACGGCTG--CTGAAGACACGGGCCATGCGGGAGATGTACAGGAGCTATGTGGAGATGCTGGTGAGCACAGCCCTGGACCCAGACATGATCCAGGCCCTGGAGGACACGCATGGTGA 

a score=3956
s danRer3.chr12   1432988 105 +  37038836 CACCCTTCCTCTTGTATTATTACCCATTTCAGATGAGTTGTATCTTCCTCCAATGCGCAAGATCGACAGCATTATCAGCGAGCAGAAGAGGAAGCTGTTGAAGAG 
s mm7.chr7      100559899  90 - 141766352 CACCCCTGCTCTTG---------------CAGATGAACTCTATCTTCCACCCATGCGGAAGATTGACGGCCTCCTCAATGAGCACAAGAAAAAGGTCCTGAAGCG 

a score=3249
s danRer3.chr12   1435503 154 +  37038836 CTCCTGCTTCTGCTCTACAGGAGACTCTTCACACGTTCCCTCAGATAACAGCGGAGC---------------CTCTGGACTCGGGGTTGGTGAGGGTCAGGCTGGGAGGAGAATGCTACAACCGCAAAACTCTGAACCGCATTAAAAAGAGTGTTCCCAAACCACAGGT 
s mm7.chr7      100561524 165 - 141766352 CTCTGGCTTC----CCGCAGGATGCCCTGCACACGTTCCCACAGCTGCAGGTGGAGCAGACTGGAGAAGGCTCCCCCGAAGAGGGGGCCGTGCGGCTGCGGCCTGCAGGGGAGCCCTACAACCGAAAGACACTCAGCAAGCTCAAGAGAAGTGTTGTGCGGGCCCAGGT 

a score=3695
s danRer3.chr12   1437625 106 +  37038836 CAGGACCTCAAGCTGTCAACAGAAATGTGTCGAATCTACAGTCTCTACCATTCACTGCATCACTATAAATACCACACCTTCTTACACTGTAAGAAAGAGGTAAGAA 
s mm7.chr7      100561767 106 - 141766352 CAGGAATTCAAGGTGGAGCTGGAGAAGTCAGGGTACTACACCCTCTACCACTCTCTGCACCACTACAAGTACCACACATTTCTGCGCTGCCGAGACCAGGTGAGCA 

a score=4593
s danRer3.chr12   1439611 133 +  37038836 TCTGCTTTCTTTCAGACGAACACTATAGAGCAGGCATCAGAAGATCCAGGACAGGAGGAAGTGGTTCAGCAGTGCATGGCCAATCAGAACTGGCTGGAGACGCTCTTCAACTCCTTCCTGGAGCTGATGGCCC 
s mm7.chr7      100561985 133 - 141766352 TCTCCTTCCCCACAGACCCTGGCCATCGAGGGTGGTGCAGAGGACCTGGGTCAGGAAGAGGTTGTCCAGCAGTGCATGCGGAACCAGCCATGGCTAGAACAGCTGTTCGACTCCTTCAGTGACCTGCTGGCCC 

a score=5286
s danRer3.chr12 1466515 126 +  37038836 TAATTCTGACTTGGAGAGTTTGCTGAAGAGGCTGATGAGCCGGTGCGCCTCCTCCTCTTTCTCCTCCTCCGTCATTCCCTCCATGGGGTTGTGCTGCTCCTCCTCCACCTGTCCCGTCACTGGGTT 
s mm7.chr7      4487120 126 - 141766352 TAACACATACCTGGAGAGCTTGTCAAACATGTTCACTAGCTTCATGGCCTCATGTTCCTTCTGCTCCTCTGTCATGCCTTCCATAGGATTAGGCGGCTTCTCCTCCACCCTTCCAGTCACAGGGTT 

a score=4113
s danRer3.chr12 1466641 189 +  37038836 CAC---CTTGTCTTTAATCTGCCGGTACTCCTCCGTGTCCGAGTCTGAATCGCTGGAGTAACGTGTGCCTGATGAAGAGGCTGATGACCTTTGACCTCCGAGCAGACCTCTTGTGGCCAGAAGCCCGGCGGCATTTCCGTATCCAGTGTACTTGACGAAACGCCTCACTGGTGTCGAGCAAAAAATCAAATG 
s mm7.chr7      4487642 177 - 141766352 CACATACCTGGCCTTGGCTTCCCTGTACTCCTCTGTGTCCGTGTCCTCGTCCTCTGAGTACTGGCCCTCGGGT-----------CGGCCCCCAGCC----ATGAGGCCCCTGGCAGCCAGGAGGCCGGCAGCATTCCCGTAGCCTGTGTACTTGATGAATCGGGGCACTGAAGACCAGGGCAGAGGTCAATG 

a score=4043
s danRer3.chr12 1468902 321 +  37038836 ACCGTTCTCTTTGCACAGCACAAAGAGCAGATCAGCAGCGCAGTGTTTGAGCTCCGTGTCCAGATGGGTCATCAGTCTGACCAGACGATTCCTCATGGTGCTTCCCTTCTCAGGTTTAGTGCTGGCGTCTTTTAGCGGAGGCAAAATCTGCACAGGAAAACA-CACTCAGT-TTGGCACAATACAATCAGACAACACTGCTAA-----------------------TCTGAACCGGTGGCCA--TGCCTGTTGTCTGAGGTAGAGTCTGGTGTCTCTGTGAGCTCTGGAGCATTCGGCCAGCAAGTTCAGCACTGGGGTCAGTCTCTCCTTCACCTTCTCACCCTGTA 
s mm7.chr7      4487870 348 - 141766352 ACCACTTTCAGAACATAAGACAAAGAGGAACTCGGCAGCTACTCTCTTCACATCTGTATCCAGGTGTGTCATGAGGCGGACAAGCTTGTTTCGAAGCAGGTCCCCCACCTCAGGCCGAGTCCTCACATCCCTCAGAGGGGGCAGGACCTAGGGAGGCAGCTGTCTCTAAGTGTTGGCTTGGAGCAGCCAGGAGCCAATAAAAAGGATACAGGCCAGATTTCCCAGCTCTGTCTCATTTGCCAAGTACCTGGGCCTTCAGGAACTTCCTGGCAGGACGGTGCATGCGGGCACATTCTGTCAACACGTTCAGCACAGGTGCCACACATTCCTTCAGCCTGTGGGTCTGCA 

a score=2551
s danRer3.chr12 1470168 190 +  37038836 TACCTGCTCCAGCTTTCTCTCCATGTATGTGAGCAGGTTGTGCACACAGTCCATGTTGGCTCCATTGATCTGGTGTGAGTCT----GGAGCCAGGGGGACACACACCAGAACATCTAGACAGCTGAGCGGGAGAGCGGACAGAGTGTTGGCTGCATGCCTGAAAATA-ACACAAAGAGATCTGAGCTCGAAAACT 
s mm7.chr7      4489497 191 - 141766352 TACCTGGTGCAGACGTTTCTCTAGGAAGGCGAGGAGGGCACTGATCACATCCATGTTAACTCCCATGAACTCTAAGGATCCTTCGTGGAGCTCCAGGGCCAGA----AGCACATCCAAACACTTGAGGGGCAAGTTCCCCAGGAGATTCACCGTGTGGCTGGGGACAGACACACAGAGGCCTCGACACAGTAATT 

a score=1811
s danRer3.chr12  1471332 121 +  37038836 AAAACAGATTGTAGCAATTTAACTTTAAATTTACCATGGATTTCACATTTTTAGAAACTCCCTTATGTTACCCAGGTTAAAAAAGTGCACTAAAATG--CACTTT---------ATTTAAGTATACTTAGTA 
s mm7.chr10     64276475 129 - 130066766 AAAAATGATCGCAACAATATGAATTTAAATATAATATGGAAATGAAAATATTAGAAATTAAATATTTATCATCATGTGTTAATAG---ATTAAAATGGTCGCTTTCAATTTGGGATGTAAATATACATGTTA 

a score=614
s danRer3.chr12  1471763 891 +  37038836 TGTAAAAAGGTGTGCTAAATACTGTATTATAAGTGCTCTATTTTCCCAAACTAATTTTGTATTCAATGTACTA-AAAATTAGTATTAAGTA--CATTTTAAGATAAAC-TTAAGTACAT--------CTAAGTG--TACTCAACTGTGCTATAATGAGACACCAT----GAAGCTGATCTAAAATGTGCTTTTAACACACTAAAC-ATTTATTTAAAGAATATATTTTGAAGGCATACTATGTGTTTAAAGAAAACCGCATCTGTGCTTCATCAAAACACTTTAACCTTTTTGTGCAATAAACCACA-----AGTCCAAAA-----------ATACCTTATGAGAG-----------GGAACAAAAACTTAGCAAAAACCGA-------GAACACAAAAATATAAATAAGATGCAACATTACAGCACATATATGAAATGTAAAGACATTTTGGGAAAATGTACTTCTGCTACAATACATTACTAATAGATTTTTATTAAAGTCAGTTTAATATAAACTTAAAATGAC-CACACTCAAAATCTATTTAAGTGTTAGTGATAATATTGCATTCACATTAAGTGTACTTTAGTGCAATTTTTGGGAAA-ATGTACTTTTACTACA----------ATACATTCCTAATAGATTTTTTATATATTAACTTATTTT---------------AAACTTAG------GATTAGTATGTGAACAGTGTACTAAAAATCAACTGATGTTTAAAGCATTTAAAGCACACTTTTGAAGAACACACTAATAaaactcttttggatgtttttactgtagtgtactttattgtagt---acactaaaaatatatttaagtattactggtatttggtatgcttttgtcaagtgtact-aaagtcctactgaagtgtaaacat---------------acttttaat----tagaatatttatagtgtaaaactatcaaacttttatttaacacaaaaaaataaaaatgtactaaa 
s mm7.chr10     64282620 939 - 130066766 TGTAATATTATTTGGTAA------TATTATTTTTGACATATTTCCC--------TTTTTTAGTCTATTGGCTATAAAAGTTGCACGAAGTGTTCAGCACAAGATAAAAATTAAATAAATAAGAAGCACTATGTGAATAAACAGCTAAAA-ATGAAAAAAGACAATAGAAGAAGGGGCTTCATATAAAAACATTATCAGACAAAATTATATATCCAAAGACAAGATTTTAAA--------------TTATGGAAAAATACA---AAGATAAATCAAGTTATTGAAAA------ATGTCATAAACTCCACATTGAGTTCAAAAGCAGAGAGGATACAGCTAATGAGAGAATTAGTAAAGGGAACCAAGACTAAGAAAAATACATTACATTTAAGGACAGAGATATGAAAGGATGAAAACATTTCAGTACACATGTAAGAATTATACAAGTTTTAATAAGATGTATGTATGATATATAGCATGAACAATATCTATATATTAATAT-AGTAAGACAATAATTTGCAGTGacatatagacacatttta-ttatatgttattattaatat---attaatacaatatataatgtttaataggtataaataaatatgta-ttatactacaactgtatattatatattcaatatatagttattatatatacatatatgtgtgtgtatGAATCACAAAACTCAGGAAATAGAATAAGGTAGAAATATTATTTTAGGAAATAACTG--------AATATATCTGGCAAATTTGAGAAG-----GTTTATGAATCAGTTTTGACAATATCAGATCAAACCT--TTCAATGAATTGAAAAAGTAAAGTGAAATGTAAGGAAGGCCAGGAAATAGTAAAC--ATATCAAAGGTAAGAAAAGGACTGCAAAGGAGCAACAATTAGATCAATATCtaaattattaataaaatgaaaaaattataGACTACTAATATCCAGTGATgatgtaaagatagtaaatgaaatatttctaaa 

a score=2475
s danRer3.chr12 1475101 117 +  37038836 ACCCCTTCAACTCATCTGCAGCTTCCTCCTCCTCACAGGAAACCATCAGGCAGTGACGTAAAACCGCAGCCAGGTGGCGATAGAGAGACGCGTCATCCTGACAGATCAAAAGCACAA 
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a score=1915
s danRer3.chr12 1475281 227 +  37038836 ACCTCTTCGGGCTCTTGCGTGTGTGTGCTGTGTGTGATGTTAAAGAGGATCTTGAGGGCCTCCTGCGCCTGCTGTGATTCCTCCACACGTATGGGAGGCGCTGTGGAGTCTAGAAGCACCTCATACTGACTCCGCCACTGCACTGATAAACAGCGCTCCAGCACGGCGGTCAACAGAGGCACTCCGCCCTCCTACAGGTACACGAAC-AGCACACATCAATATGAAGG 
s mm7.chr7      4490515 207 - 141766352 ACCTCATCAACTTCCCTCTTGACAGAGTCAAAGGTGATATTAAAGAGCACTTTGAGGATCTCCATGGCCCTCTCCGTCTCTTGGGC-----TGGAAGCATCACCGGAG------GGTTTTCTTTGGGGGCCACGCC----CAGTGTTA------GTTCCAGCGCATCAGTCAGCAGGCGTACACCGTGCAGCTCCTGAAACAGTTGCTGGCGCACATCCGTGCGAAGG 

a score=3370
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s mm7.chr7      100257166 66 - 141766352 TCTCAGAGCTGGATCCCTAAGATCTTCAGGAAGAAGGTGTGCACGACGTTCATAGTGGACCTCTCC 

a score=5659
s danRer3.chr12   1514650 172 +  37038836 TGTGTCAGTGCGGGGCGGCACGAGACCATCACCCATCAGTGGCACTGGGCGATAACTTCAGCACAGCAGTGGTCAGTCAGTGGTTCAGCACTCAGCACTCCTCTGAACAGCCCACTGACGCTTATGGAGAATTGGACTTCAATAACAGTAGGAAAAGAGACAGCTACGTAAG 
s mm7.chr7      100262737 172 - 141766352 TGTGCCAGTGTGGGCAACCTCGGGATGCCCACCCTTCTGTGGCTGTGGAGGATGCCTTTGGGGCAGCCGTAGTTACCGAGTGGAACAGTGATGAGCACACCACGGAGAAGCCCACAGATGCCTATGGGGACCTGGACTTCACGTACTCTGGCCGAAAGCACAGCAACGTGAG 

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s mm7.chr7      100263148 207 - 141766352 TGTCTCTTCCTCCTGTGTCCACAGTTTCTCCGGCTGTCTGACCGCACGGATCCGGCCACTGTGTACAGTCTCGTTACCCGCTCTTGGGGCTTTCGTGCCCCAAACTTGGTGGTGTCGGTGCTGGGGGGGTCGGGGGGCCCCGTGCTCCAGACCTGGCTGCAGGACCTTCTGCGTCGCGGGCTGGTGAGAGCCGCCCAGAGCACAGGT 

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s danRer3.chr12   1521668 186 +  37038836 TATGTTGTGTACAGGAGCGTGGATCATCACTGGTGGACTGAGGCAGGGTATCAGCCGGTGTATTGGAGAGGCTGTGAAAGATAACGCCACTGCTGTTTCCTCCATCACACTTAATAAAGTGCTTCCTATAGGCATCGCTCCCTGGGGGCTGGTGGAGAACAGACAGCACCTCGTCAACTCAGAGGT 
s mm7.chr7      100263470 180 - 141766352 TCTGTTCTACATAGGGGCCTGGATCGTCACTGGGGGACTGCACACAGGCATTGGCCGGCACGTGGGTGTGGCTGTAAGGGACCACCAGACAG------CCAGCACTGGGAGCAGCAAGGTGGTGGCCATGGGTGTGGCCCCCTGGGGAGTGGTCCGGAACAGAGACATGCTGATCAACCCCAAGGT 

a score=2792
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s mm7.chr7      100263938 66 - 141766352 CTGGACTATAACTATTCTGCTTTCTTCTTGGTGGATGATGGCACCTATGGCCGCCTGGGTGGTGAG 

a score=4568
s danRer3.chr12  1523145 464 +  37038836 CTGCACCACATCTGACCAATCAGAGTCGATCAGACTTTCAAATTGAGACTGATGCTTCAGTGTGAATTAGGAGAAAATCACAGTTGATTGACTTTGTAAACCTATGCATGTGACATCCAAATTTTAAACTTTAAAACAGCCTAATAGGGGCATGTTAAAGGTCCTGTAGAGGGATATTATAATAAAGTTAGGCAATG------AATACCAACGAGTACA-ATATTAACTCTAATGTCTGGAATTGAGTTAATCAATGATGTGTCAATCAACCCCAAATCagaaagtagtgatttctaaatttacttcaa-ttcacttgtatttcatcgcagacaataca---acaaacattatttaatgtgttcctcatgatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataattttattttttttGCTATTTCTGTGCAGA 
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s danRer3.chr12   1532555 186 +  37038836 TTACTTCCAACAGTATGAGGAGCTGAAGGATTCCATGACTGACGCCTTGGAGAACAACAAACCCCAGTTTGTGCGTCTCCTCATCGATAACGGCCTGAATATTTCGACCTACTTGACTTACAACCGACTGGAGATACTGTACAACTCCATCTCTGACACCTGCCTGGCCAAAACACTCCTGCTCCA 
s mm7.chr7      100271931 186 - 141766352 TTCCCTCACACAGTCCTTCCACCTGGAGGCATCTCTCATGGATGCTCTGCTGAATGACCGGCCTGAATTTGTGCGCCTGCTCATCTCCCATGGCCTTAGCCTGGGACACTTCCTGACCCCCGTGCGTCTGGCCCAGCTGTACAGCGCGGTGTCCCCTAACTCACTGATCCGAAATCTTCTGGACCA 

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s danRer3.chr12   1534300 103 +  37038836 GATGAGAAGTGTAAGCA---CCCATGGTTGTGTCTCTTCATCTGGGCAGTGCTGCAGAACCGCAGAGAGATGGCCATCTTCTTCTGGGAAATGGTAACATGCTCCT 
s mm7.chr7      100272496 105 - 141766352 GATGCAAGCTTTGAACAAGCCCCCTGGAGTGACCTGCTTATTTGGGCTCTGTTGCTGAACCGGGCCCAGATGGCTATCTATTTCTGGGAGAAGGTAA-ATGTGCCT 

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s mm7.chr7      100273417 195 - 141766352 AATCACAAGATTTCTCTCCTTTCCTTCCCCAGATGTCTAACTTCAC-CATGTC-CTCTTTCTCTGTCTCTTCAGGGCTCCAACTCAGTGGCCTCTGCTCTTGGGGCTTGTCTTTTACTCCGAGTGATGGCTCGCCTAGAGTCGGAGGCTGAG---GAGGCCGCGCGGC---GGAAGGATCTTGCTGCCACGTTTGAAAGCATG 

a score=3599
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s mm7.chr7      100273697 155 - 141766352 TCCCCAGACCTCTTTGGAGAGTGTTACCACAACAGTGAAGAGCGAGCAGCCCGCCTTCTTCTGCGCCGCTGTCCC-----------CTCTGGGGAGAGGCCACCTGCCTCCAGCTTGCCATGCAGGCTGATGCCCGAGCGTTCTTTGCCCAGGATGGAGTCCAGGT 

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s danRer3.chr12   1538419 117 +  37038836 AGTCTCTGCTGTCTCAGATCTGGTGGGGGGATATAGAAAGAGGAACTGCGTTCTGGAGACTCCTGCTGGTGATGATCTGTCCTCCTCTCTGCTACACCAACTGCATTGAATTCAGGT 
s mm7.chr7      100275529 117 - 141766352 AGTCTCTTCTGACACAGAAGTGGTGGGGGGAGATGGACAGCACAACTCCCATCTGGGCCCTGCTTCTCGCCTTCTTCTGCCCGCCTCTCATCTACACCAACCTTATCGTCTTCAGGT 

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s mm7.chr7      100280003 194 - 141766352 GTTCTCCAAGCGCTGGTCGGACTTCTGGGGTGCCCCAGTGACTGCCTTCCTGGGTAATGTGGTCAGTTACCTGCTGTTCCTGCTGCTGTTTGCCCACGTGTTGCTGGTGGATTTCCAGCCCAC--------AAAGCCAAGT-GTCTCCGAGCTGCTGCTGTACTTCTGGGCCTTCACGTTGCTGTGCGAGGAGCTGCGCCAGG 

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s danRer3.chr12   1544363 143 +  37038836 CTCAGGATGTTCAGCTGGTCATTCAACATGGGTCGTGGTATACTGTGTGTGGACTACATGGTCTTCACTCTCAGACTCATACACATTTTCGCCATTCACAGACAGCTGGGTCCCAAAATCATCATACTCGGCAAAATGGTGAG 
s mm7.chr7      100281389 143 - 141766352 CTCAGGCTGACCCCTGGGCTCTTTGACTTGGGACGCACCGTCCTCTGCCTTGACTTCATGATCTTCACACTGCGCCTGCTGCACATCTTCACGGTGAACAAGCAGCTGGGGCCCAAGATTGTCATAGTGAGCAAAATGGTGAG 

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s danRer3.chr12   1547624 194 +  37038836 TTCTTGAATTACAGATCAAGGATGCGTTCTTCTTCCTGTTCTTCCTGCTGGTGTGGTTGAGTGCATATGGAGTAGCCAATCAAGCTCTACTATACCAGTACGATCCGAGCCCTGCAAGAACGTTTCGACGAGTGTTGTACAGGCCATATCTGCACATATTCGGACAGATACCAGTTGAAGAAATAGACAGTATG 
s mm7.chr7      100281892 194 - 141766352 TCCTCTGCTTCTAGATGAAGGATGTATTCTTCTTCCTCTTCTTCCTCTGCGTGTGGCTTGTAGCTTATGGGGTGGCCACAGAGGGGATCCTGAGGCCCCAGGACCGCAGTCTACCGAGTATCCTGCGCAGGGTCTTCTACCGACCGTATCTGCAGATCTTCGGACAAATTCCCCAGGAGGAAATGGACGGTAGG 

a score=3747
s danRer3.chr12   1547943 128 +  37038836 TGATCAATGAAGGGA------TAGAGCCGTGCAGAGACACCAGCCA-------------------------CAACTGGCTTGTGGTCGTTTTGTTGGTCATCTTCTTACTAGTCACAAACATTTTACTTGTCAACCTGCTCATCGCCACATTCAGGTAT 
s mm7.chr7      100282226 159 - 141766352 TGCTCAATGGAGCGGGGCTCCTGGGCTCATCCGGAGGGGCCCGTCGCAGGCTCCTGTGTGTCCCAGTATGCCAACTGGCTGGTGGTGTTGCTCCTTATCGTCTTCTTGCTGGTGGCCAATATCCTGTTGCTCAACCTGCTCATCGCCATGTTCAGGTGT 

a score=5187
s danRer3.chr12   1550114 147 +  37038836 CTTCTGCAGCTATACGTTTTCCAAGGTTCAGGAGCGCAGTGACACATACTGGAAATTTCAGCGGTATAATCTGATCGTGGAGTATCATTCACGTCCGACGCTCGCTCCACCATTCATCATCCTGTCTCACATCAACCTCCTGATCAA 
s mm7.chr7      100285121 147 - 141766352 CCTCCACAGCTACACCTTCAGCAAAGTGCACGGCAACAGCGACCTCTACTGGAAGGCACAGCGCTACAGCCTCATCCGGGAATTCCATTCGAGGCCTGCCCTGGCCCCACCCCTCATCATCATCTCTCATGTGCGCCTCCTCATCAA 

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s danRer3.chr12   1550382 150 +  37038836 CCTTTAATATAGCCCTGAAGATA-----------AAGGGTCAAGAGAAGAAGGAGCTGGTGAAATGGGAGAACCTGCAGAAGGAGAACTATCTGGCCCTTGAGATCAAAAAACAGAGAGGAACTGACTCTGAGAGGCTCAAACGCATAACTTCTAAGTGAG 
s mm7.chr7      100285524 158 - 141766352 CCTGGGACTTGGCCCTGCAGGTGTCTGTCTCTCTAAGG---AAGCAGAGCGGAAGCTGCTGACTTGGGAGTCTGTGCACAAAGAGAACTTCCTGTTGGCACAAGCTCGGGACAAGCGAGACAGTGACTCGGAGCGTTTGAAACGCACGTCTCAGAAGTGAG 

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s danRer3.chr12   1550752 91 +  37038836 TTTTGTTTCAGAGTGGATAGTGTGATCAAACAGGTTGCAGAGATCAGAGATGTAGACCGCAGACTGAGAGCGGTCGAGTCAGAGGTGAGAA 
s mm7.chr7      100285746 91 - 141766352 TCTCTTTTTAGGGTGGACACTGCACTGAAGCAGCTGGGACAGATCAGAGAGTACGATCGGCGTCTGAGGGGGCTGGAGAGAGAGGTGAGGA 

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s danRer3.chr12  1558431 495 +  37038836 CATAAAAAACCTTTACAAACCAGTTGACTTGTATGCAAGTTTAATTTAT---------TTGTGTCATCTATACAATCACAAAGTCACTTTTGAACCATAAAGTTCCTCTATATGACATGTGTTGCGCTTTTATTCATTTATACAGCTCGCTTTGTGTTATATGAAGGGTTTGTCTACTCGGGTCAATAAACCAGACACACAAATATTGTGGTCGGATTGATTTTAAAATAAACTTCATTAAATGCCTTTTATTCAAACTTTATTAAATCTATTAATCTTTACTTCATTATAAAAAATATAAAAGACAGGAACAAATCCCTGGTATGGAAGCAAAACGGTAGTCATTTTGAAATGCAATATGAACAGCAGTGCAACATCTAAAATGGCAGTGTATATTTAATAAACGTTCTTTGTCAAATGTAAAGTTTGGTGTGAAATGAGAATATAT-----GATGATTTACTTCTGCCAT-TTCCAACCATAGTTTTAATGTAATGTTGAATTAAAAA 
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s mm7.chr4      76562755 818 + 155175443 GTATTCTAAATTATTAGGAATGCAATGTAAGTCACTCTAGGATACtatttaaattttaatattaaaatagatattttttGTTTGTTTGTTttttg-------ttttttgagacagggtttctctgtatagctctgactggctgtcctggaactcactttatagaccaggctggcc---tcaaactcagaaatctgcctgcctctgcctcccaagtgcttggactaaaggcgtgcgctaccatgcccagctAGATATC-----TTTTTAAAACATACAATGTATACTGAATTTTGCACACACCACCCCTGTCTCCCAACTCCTCTCAATTCCTCTGCCTATCCCCACCTCAGAATGTCAAAACTCACATTAGAATTCTAAATACCTACAAGAGTGAGGCAC-------AACTGAAACTCTTGGGAAATGACTGCTGCAATTTCAGAAACTA-----CCTGACACCTTCCTATATTTCCTAATTCAGAAAATTTCTGCAC---TTTcagtaattccacgataagcattaccctatgataaatgaaaatttatctttaaaaatattttatgctaata-----ttaatagctact--gacatagttcaaatggtcacag----------aaaattgaataaataattttggatcttcaaaa----cacaag----aattctac----------ttaatggtaagaagaagtggggctactgacaaga---------caaaaaaaaaaaaaaagacaaaagacctcaaaaagcactgtgaggatctgaaaggaatacacagagcatcctccaggatcccatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata-tatatatat 

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a score=2710
s danRer3.chr12  1588866 55 + 37038836 TTTTTAAGGTCTGTGTCCGGAGTGTTCCTACAAACTGAACTATCATCACAAGTAA 
s mm7.chr19     23321229 55 - 61223509 TCTTTTAGGATTATGCCAAGAATGTTCCTTTAAATTAAATTTTCATCACAGGTAA 

a score=3094
s danRer3.chr12  1596083 231 + 37038836 TTTTATAGAAACATGGAGTGTTGAAAAGAAAGTG----TCTGGTCATGGATTGGTTTAGTTCTTCTTTTTACCCTGTTTTGATATGGGTTTCCTGTATTTAATG----CATTGTGTTCCCCATTTGCAGGCAGtgatgatgatgatgatgatgaagatgCAGATGGTCCATCAGAATCAGAGCACTGGAAGGGTCCTGCTCCTGCTGTGGAGGAGAAATCCCGGTGAG-GCTCATTTATA 
s mm7.chr19     23332794 221 - 61223509 TTTTGTGGAATCATAGAA-GTTGAAGCTAAAATACTGCTAAATTCATGG-TTAATTTAATTGCACTGGTAAAC--GATTCAGAATGCGTTATGTTAAAACAATGACGACATTTCCTTGTCAATGAGCAGGAAACGCTGAGGAGGA---------------AGACAGTGCTTCAGACTCTGAGCTCTGGAAGGGTCCGCTGCCAGAGACAGATGAGAAGTCCCAGTAAGTGCTCATTCGCA 

a score=3467
s danRer3.chr12  1596734 87 + 37038836 AACAGTTGTGTTTGATTGTTTTTCAGGGAGGAAGAGTTCGATGAGTATTTTGAAGACATGTTTCTGTGAGTCTGAAAGAGGAGAATC 
s mm7.chr19     23334002 83 - 61223509 AATATTTGTACTT--TTTTTTAATAGGGAAGAAGAATTTGATGATTATTTTCAGGATTTGTTTCTGTGAA-CTGGGAGA-GAGAATC 

a score=1476
s danRer3.chr12  1601252 79 + 37038836 GGTGGTTTAAAAGATGGTGCAGGTTTTGGACTTTCCTCCCTCTCCTCCTTCCTCACCTCCTGTTTCAGTAAAGAAAAGA 
s mm7.chr19     23339081 79 - 61223509 GTTAGATTATAACATTAAGCATGTTTTGGACTTTTTGTCTTCGGCGCTGCCTCCTAAATCTGTGGCAGCTAGTGAAAGA 

a score=4992
s danRer3.chr12  1603562 178 +  37038836 CCTTTTTAGCCTGCTCCTCT----TCTAGTCTCTTTTTCTCATTGGCTATAGCGTCTATTTTTGCTTGGTAAATATCGGCCAGTTCCTTCCAGTGGACTCTGTTGTTGTTCAAGCCATCAAACATGGGAGTGATTTCTTTGTGGAACCTAGAAAATTCCTGTGTGGGGAAAAAAAAGAGGTC 
s mm7.chr5      45442540 178 - 153054177 CCTTTCTTGGCTGCGACTCTGTCTTCTTCCTTCTTCTTTTCTTCCTCCAGGGCCTTGACTTTGGCCTCATACTCGTCAGCTAGTGCTTTCCACTCCTTTCTGTTATTTTGCAGTCGGTCAAACATGGGCAGGATCTCTTCGTGAAATCGAGAAAATTCC----TAGAGGGAACTGAGAAGTC 

a score=8411
s danRer3.chr12  1603897 286 + 37038836 TACCTTGTACACGAACGAGCACACAAAGTCAATGAAACCGCACTGCATCTTCGGAAGTTCATCTGATTTGTTTCTGTCCATCATGGGCTGGGGAAAGATTCATCAGATAGAGAATCAATCAGTCACTGCTTTTTCCAC-AGTCTCAAG--------CTAAAAGCAAAAACTCTGGTCTACACAAACTCACAATGGGTTGTTGGTCTAGCACAGTCCTCTCCAAGTCTCCCTGTTCCCAGAATTCAGCTGCCACCATGAGAGCCACCTACAGAAAAGAGCAACGTTAGTTCAAATA 
s mm7.chr19     23342569 282 - 61223509 TACCTTATATACGAAAGTACAAACAAAATCAATAAATCCCACTTGAAGTTTCGGGAGTTCATCCTTTTTGCTTCTGTCCATCATAGGCTAGAAAGAGA----------AGTGAATC---CTTTTAAGGTATTTTCTAAGAGTTTCGGGGGTGGTTTCTAATAGGTAACACAGTGATGAAGGGGTCTTTACAATTGGTTGCTGCTGCAGCACTGTTCTTTCCAGATCTCCTTGTTCCCAAAATTCATTTGCAACCAGAAGTGCTACCTGCAAAACACAGAGGCATGGTTTGTGATA 

a score=7953
s danRer3.chr12  1605570 268 + 37038836 AAAGCTGTG---CCTACTTTGCTCTGGACTTCCCATGGCTTGGTAATGGCAGACAAGTCACATCCGGTCATCATCATTGCCCTGTGTAAATTCAAACATCACATCTTTGCATCATGACTTTAACATGTTAATTAGTAT-----------------CCAAAGAGAAATAACA---------CTTACATGATGATTTCCTTCCTGATGGGATTGTTGGCCACATGGGCGACCATCTCCTCCTCCTTAGTCATAGGTTCGGTGGCGTCAACGATCTTCTGGAACATTGTCCTTTTTCTGG 
s mm7.chr19     23344488 295 - 61223509 AATGCTGTGGGACTTGCCTGACTCTGCACCTCCCAGGGCTTGGTGATGGCAGACAGGTCACAGGCAGTCATCATCATGGCCCTTAGGAAG--AAAAGAAGAATTACTAAACTAATAAATACAAAATACTAAAAAGTACAAAACATGCTGTTTTGCCCAAAAGGAGGGAACATTCTGGCTGCTCACATGATGACTTCCTTTTTGGTCGGGTCGGAGGTTACGTATTTGATGGTTTCTTCTTCACTTTGCATCTGCTCGCAGGTATCAACGATCTTTTGAAACATGGTTCTCTTCCTGG 

a score=4998
s danRer3.chr12  1605894 125 + 37038836 CCAGACAAAAACTTACTTGAAATACAAAGCCAGGTCAGTCGCAATGATGCAGACATCATGCAAATGCTGGACCGTCTCGAACTGGCGTTTCTGCAGACTTTGAAAGATGTTAACGTTCTGTATGA 
s mm7.chr19     23347075 125 - 61223509 CCAGTCTCGTACTTACTTGAAATAGAGTGCCAGGTCAGTTGCTATTATTGCAACCTCGAACAAATGGATCACCGTTTCAAACTGCCGCTTGTTTAGATTCTGGAAGATGTTTAAACTCTGTAAGA 

a score=2519
s danRer3.chr12  1606019 183 + 37038836 AAAGAGAAG------------CCAAAGACAGCATTGGGTTAGTTCCTGTGTTAAACTGTGGAAGACTTTGTGCTTGGTGAAGCTAGCACACCTCTTCAGCCATCAGATTCTTGCTGTATTGAAGATGGTGCCTTTCCAGGATGGAGGAGCCGTGAAGCTTGGCCAGAGGTGATGCGCTCCTGCATTGGAAACAGA 
s mm7.chr19     23353276 186 - 61223509 TAACTGAAGGCCACTCTCTTTCCAAGAAC----TTGGGGTAGTGTTAGATCCAGAACCTGAAAG-TTTCCTTAGAGGAAAAACTCTGGTACCTCATCCTGCAAGAGAGTCTTGCTATATTCCAGGTGATGTCGCTCTAAAATGGAAGTCCCATGAAGCCTTGCAAGTGGAGATGTGGACCTA----GGAAGAAGA 

a score=7098
s danRer3.chr12  1606214 160 + 37038836 TGCCTTCCATGCTTTATTTGAAAAAAACAG----ACATATATTCTGACTGACTTTGTCTGGTAGAGATTGTTGGTACCCCTGTGGTCAATATCATGACAGAATGCAGCCGCTACCATCGCGAAGGCATCAAGATCTGTGTAGTATCTTCTCAGCTTTCCGGTCT 
s mm7.chr19     23359904 164 - 61223509 TATCTTCCAGCATCCATCAGTACAGGTCAGTGCAGTACATACCCTTACTTACTTCATTTGGTACAAGTTATTGGTGCCTCTGTGGTCAATGTCATGGCAGAAAGCAGCAGCGAGCATGGCAAAGGCTTCAAGGTCTGTATAGTATTTCTTTAGTCTTCCTGTCT 

a score=5885
s danRer3.chr12  1606447 119 + 37038836 ACTCACCTGCAGAAGACAGAACATGGTCTGGCCCACGTTGAAGCCATGCCTCCAGTTATGGTAGGTGATGTCTCTGTAGCCCTTACGCACCGTGTACATCCATCTGGTCAGGACCTGGT 
s mm7.chr19     23360439 119 - 61223509 ACCTACCATTAACAAAGTGAACATGGTCTGCCCCACGTTGAATCCGTGCCGCCAGTTGTGGTAGGTGACAGGACGGTACCCTTTCCGGACTGTGTACATCCACCTTGTAAGAACCTGTT 

a score=4148
s danRer3.chr12  1608676 221 + 37038836 CGTCTCACCTCTGCTGGCACCTTGAACTTCTCCACCACTCCCAGTTCAAAGAAGCAGCGAATGCCGCACTTGATGAGATCGGTTTCAGTCAGAGGGAAGTCACTGAAACTAAATTCTAGCAGATCGACATCTTTGGCCTCTGGAATGTTGGCTCTCTGTGTGTTAAAATAAAAGTGGATTTAGTAAATCATCCTTTTTAATAATCAGTCTCG-TGTTCACTC 
s mm7.chr19     23360781 217 - 61223509 CACCTGACCTCTACAGGGACTTTGAATTTCTCCACCACGTTTATCTCCAAAAACAGCCTCAGCCCGCATTTAACCAACTCGTGCTCCGTAATGGGGAAGTCGCTGAAACAGAACTCGTACAGGTCTGCTGTTCTCGGGTCCGGCAAGT----CCTCCTTCTGTTGGAAGGACAGATTGTTTCACAATACATTCAGCCT-ATAGCCTGTCATGTTGTACACCC 

a score=382
s danRer3.chr12  1608897 12 +  37038836 TGAAATCTGGTC 
s mm7.chr5      45448090 12 - 153054177 TGAACCATTGTC 

a score=1381
s danRer3.chr12  1608909 74 +  37038836 GTACCAAGAGTTTGTACATTTCTTTCTGATCGCAGTCTTCCGGGTTCTGGTCAAACTTCTCCTTTGTGTTCTAA 
s mm7.chr5      45448884 74 - 153054177 TCACCAAGATTTTCCCCAGCTCATCCTCCTCACAGTCAGCAGGCTCTTTCCCAAGGCGATCCCTTGTTGGCTAA 

a score=6587
s danRer3.chr12  1609061 171 + 37038836 ACCAGAATCTGCTGGACTTCAGCCGGAGTGGCTTTGGTCTGATACATGACCATTTCTTCTGCAATTTCTTTCCTCCACTCCATCCGGTTCAGTTTGTCATATGTGTCGCAGTTCAGTACGGACCATCCCAGGAACTGTGTTAGAGCCTGAAAT-AAAGTTCAATGAAACAGA 
s mm7.chr19     23364266 172 - 61223509 ACCAGAATAGAGCTGATTTCATCCGGGGTGGCTTTTGTGAGGTTCATAACCATTTCCTGAGCAATGTCCTTTCTGCTTTCCAGCTTGTTCACTCGCTCATAGGTATCGGTGTTTAAAAGAGACCATCCAAGAAACTGGGTTAAAGTCTGAAGTGGAAGAACAGTGACTCAGA 

a score=8999
s danRer3.chr12  1609286 164 + 37038836 CACTCACTTCAGTAATCTGTTCATCCTGCTCTTCGAATGGCTTGCCGTCTTTTCGATTGAAGAAAGTGGCCACACCGACAATTTCTTCTTTCTTGTTGACAATGGGAAGGGAGAGAACGTTTTTGATCACGAAGCCAGTCTCGTCCACAGCTTCTTTCTGAAAA 
s mm7.chr19     23365285 164 - 61223509 CGCTTACCTCAGTGATATGTTCATCATGCTCATCAAAGGGTTTCCCATCCTTCCGGTTGTAAAACGTAGCTACACCCACGATGTCTTCTTTCTTGTTGACAATAGGCAGGGACAAGACATTTTTAATGACCCAGCCAGTCTCATCTACCGGTCCTTTCTATAAA 

a score=4108
s danRer3.chr12  1612459 70 + 37038836 TACCTGGAATGTGAAGTATTCATCAGCAGCAACATTCATCATGTTACAGATCTGCAGAAGAAGAGAAATA 
s mm7.chr19     23369082 70 - 61223509 TACCTGAAATGTGAAGTACTCATCTGCAGGGGCATTCAGCATGTTACAGATCTGTGAAGCAATAGACAGA 

a score=4813
s danRer3.chr12  1612613 212 + 37038836 TGGTCGTATAACATGGGAAAGCGTTTAATGCATGGACTTACAAAGCCGTTTTCAGCAACATAGCTGGGCAGTCCACTAACCAGTGCCCAGTGGTCTGCAGGAGGGTTCCTGGAGGAATGAAAGTTTAATTGTGAAATATTATGT------TACATTTGCAGAAGCTTGTAGACAAAAAC---------ACTCCCATATGTGCATGTTGAGCACACATTTCGAAATCA 
s mm7.chr19     23371027 212 - 61223509 TGGTTACTTAGCATTTAAGTTTGTCTAATG-----ACTTACAAATCCATTTTCTGCAACGTATGTTGGCAATCCACTAACAAGCGTCCAGTGGTCTGCTGGAGGTGACCTTGGAGAA---------GATTAGAAAAGATTATATCATTGGCACATATAAAAGTGATCGGGTACAAAGTCCCAGGGGCAACTCCCATGGCTACTTCCGGGGAACACG-CACGGAATCA 

a score=3482
s danRer3.chr12  1615714 60 + 37038836 CTTTGATCTCTTCTTTGCCTTCCAGCAGATAATCAATGATCTTGTAGAAGATGATCTCCT 
s mm7.chr19     23371239 60 - 61223509 CGTTGATCTCTTCTTTTCCATGTAAAATGTAATCGATGATTTTATAGAAGATGATTTCCT 

a score=6049
s danRer3.chr12  1615817 150 + 37038836 TGGACAGTTTTATTTTTTGAC--------TGAAGTGAACAGAAATTGTT-ACCCTGCCATCAGGAGTCTTCGGGCCTTTATACGGCTCCACGTCTCCCAGTTTAATCGGCCACTCGTCGTAGAACTCCTGAACACATAAAGTAAGGTCAAATGTTATTA 
s mm7.chr19     23372112 156 - 61223509 TGGGCACTTCAGTCTCTTGGCATCATACACAGACAGCACAGAAAATATTTACCCTGCCATCTGGAGTCTTTGGTCCTTTATAAGGCTCAACTTCTCCAAGCTTGATTGGCCACTCATCGTAAAATTCCTGGAGGC---AATTATATTTAAACATTATTA 

a score=8483
s danRer3.chr12  1617613 148 + 37038836 AAACCTTCTCTTTGGTCATGTCCAGCAGGCCGCACGAGTACCTTTCGCACTGAAGGTAAGTTCTGACGGTGTACAGAGCCTTGTGAAACTGACGCTCGATGTCCGTCAGCTCTTCAAACACTTTGCTCGCAGACCACAGAAGAACCTG 
s mm7.chr19     23381315 148 - 61223509 AAACCTTCTCCTTGGTCATGTCCAGAAGACCAATGGAGTAGCGATCGCAGTTCAGGTACGTCCTGATGGTGTACAGTGCCTTGTGAAACTGTCGCTCAACATCAGTGAGCTCTTCGAATACTTTATTGGCTGACCACATAAGGATCTG 

a score=4166
s danRer3.chr12  1617793 130 + 37038836 ATTGCATTATTAAGAGATGA----TGTGGTCTGTGTGGTTACCTGGCTTCTTCTGGATTCCACATTATACATGTAATTGGTGTAATGCTGCAGGGCGATGACTGTGGCAAATATGATGTACTTGCTGAATACCT 
s mm7.chr19     23382472 134 - 61223509 AGTACATGAGCAAGGAGTGACTACTGTTAACTGTTCCATTACCTGGCTTCTCCGGGACTCCACACTGTACAGGTAACTGGTGTGCTGCAGCCTTAGTGCGACAGCAACAAAGCTGAGGTACTTAGAAAAGACCT 

a score=5875
s danRer3.chr12  1619846 239 + 37038836 ACATCTTCATCTTCTTTGGAGAATTCGTTTGCTCCGACCTTGTTTATTGCCATGACCACACCGAGTGGGTCTTTTCCCTGCATGAGTGGAGCGGCCATCATGTTTTTAGTGGTGTATCCCGTCTGCTTGTCCACAAAATCACTGAACCTGGGATTCTATAGAGAAACACATGTGTTGAGAACAGAAACACTGACTTA------AATATAGGTTGG--TCACATAATCCAATACAT-CTGGAGTTAAAA 
s mm7.chr19     23382701 244 - 61223509 ACCTCCTCATCCTGTTTGGAAAACTCGGGAGCGCTGATTTTGTTCACTGCCATGACCACAGCAAGGACCTCCTTGCCTGCCACGATCGGGACTGCTAGCAGATTCCTGGTGACATATCCAGTTTGCTTGTCCATAAAGTCAGAAAAATGGCTGTTCTGaaaacaaaacaaaac----aaaacaaaaAAGTTTGCGTGTTTGCCAAAATAGGACAGAATCATAGAGTCTAAGACACACTCCAATTAAAA 

a score=8987
s danRer3.chr12  1623669 766 + 37038836 TCACTCACCTGTTTGACATCTGGAACATTGGCTGGTTTTTTGGTGGTCACTATTTGGCCAACTATGCCAGTGTCAGTGGGGAACACAATCTCAGACTGCGGGTTTACCAGGTTGGCCTCGTATTTGGACGTAGGAGTGACATCGAAAAGACATGTGGCGAGCTCAGGGATGCCGTTTCTGGCGCGAGATATAAAATAGCTGCAGCGGTCGGCGTTGACCAGCAAACATATCCTCTGCAGGACCTTGTGCATGGCCTTCTCCATG---ACAGGCTGTGAATGCATGTCTTGGATCATGTCAAAGAGGATGGCGGCTTCCTGCACTTGCGTGACATCCTTGAACGA-------AGCTGGATCCTTGATGTCCAGCTTCTCCTCGAACGCGGCGGCGATCACCTCGCATCGCACCTTCTTGTCAAAATACTCTTTGGCGAACTGGGGGTTATTCTCCAAGTACTTCTCCACGCTATCCTTG------TCTGCCATGTT-TGAAGTGTGTTTCT----CTGCCTGGTCC------TCTCACAGATTCATTACTTGTAGGCTGTCGGGATGAAA---------------------AGTGAAGCTCTCAGTGGCCTCCTCCTTCAGACAGGCTCATCG-----TCCTCCGA--------CAGGCTGCAGAGAATAGTGGCTTACAGGCTGAAGGGATCAAAGTGGCCGCTAATGAAAGTGACGTCATGACATTAAACCCCTAAGCTTTCTTAACCTGCAAATCCCCACCCTGATCATTTTATGGCAGACAATCCAATCAGAGCTGCTGTTTTCTCCTGAAGAGGAGTCGCGCA 
s mm7.chr19     23389393 811 - 61223509 TCACCTACCTTTTTGACATCTGAGACATTAAGGGCTTTCTTCACATGAGCGACCCAGCCAACTATCCCAATGTCCAACGGAAATACAACTTCTCTGTCAGGGGCCACGAGGTTGTCCTCAAACTTAGAAGTTGGGGTGACGTTCAGCAGCCTGGAGGCCACCTCTGGTATGCCGTTTCTTGCTCTGCACGAGAACATACTGCAGCAATCAGCCTGCAGAAGTTGAGCGAGCCTCTGCAGTGCCCGGTGAGCCATCTGCTCCGCGCTTCCGGCCTCGTCCTGCATACACTGCAGTAGCTCCAGGCACACGGCCGACTCCTCCACCTGTGTCATCTCAGGGAGCGACAAGCCGGTCTGGACCCCTG----CATGGCTGTTTTTGAAGATCACCCCCAGTGCCTCCACCCGTAGTTTCTTGTCAAAATACTCTTTGGCAAAACAAGGGTTCTTCTCCAGGTAGCGCTCCACGGCCTCTTGGCTGATCTCACCCATGCTGTGGCTTGTGTTGCTGCTGCTACCCAGAGTGGAGGGTTTCTCAGAGTGATACCCTGAGCACCATACCAAGGAAATACATCCTGGTCAAAATCGCCAAGGAAGCCCCAGGTGGCTATGTGAAGCAGGAAGGTTGTTTAGTAGTTCCTCCAAGCTGCCTGTATGTAACACAAGACCTTGGCTTATGGTAGGCAGGAAGC--AGTGG------ATTAAGGAGTTCTTTAAATCACAAAATCCTCAACCTTATTAGCCTATAAGTCCTCA----GAGAATCTTTGAACAGCCGGGCAAGAGCCAGGCGGCAACATCTACTGCAGAAGAATAACTCA 

a score=1697
s danRer3.chr12  1633289 54 + 37038836 TCACCTCGCAGGAATGCAGCATCATCAGTGAATACTGAATACTGTGAATTAGGT 
s mm7.chr19     23391164 54 - 61223509 TCACCTCGCTAAAATTCAGCAATCTCAGTAGTCACGGAAGAGAGAGGCTGAGGT 

a score=9054
s danRer3.chr12  1633482 457 + 37038836 GACTGTCAAGTCAGCAACTTCGCCGTCCAACAGGACTTTAACAGAACGAGGGTAAGT--CAACCAGTGTTTCCTTCTTCACACTG-----AGGTGTTTTTGAGCGTGCATTCTTACAGTCTCTCACTGTCCTTCTAGTATCAAGGAACATGGTATGCAGTGGCCAAGAAAGACCCTGTTGGGCTGTTCCTTCTTGACAACATTGTGGCCAATTTCAAAGTAGAAGAGGATGGAACCATGACAGCCACCGCCATTGGCAGAGTCATCATTCTCAAGTGAGTTTAC-------AGCTGGGTG----------------------------------------------------------GTGATGTGAAT---GCACTT---ATGCAATAGAAA-------------TGGCTCCATTGTAACGTGTGCTTTTGCAGCAACTGGGAGATGTGCGCCAACATGTTCGGCACTTTTGAAGATACCGAAGATCCAGCTAAGTTCAAGATGAAGTACTGGGGAGCTGCTGCGTATCTCCAGACTGGATGTAAGT 
s mm7.chr19     23398257 547 - 61223509 GACTGCAGGGTGAGCAGCTTCCGAGTCAAGGAGAACTTCGACAAGGCTCGTGTAGGTATCAGCCCGGGTTCCCCGATTCCTGCGGGTCAGAGGTGGAGCCCAGACTCCAGTCCCTAGCTCTCTCATCTCTTTCTCAGTTCTCTGGGCTCTGGTATGCCATCGCCAAAAAGGACCCCGAGGGTCTCTTTTTGCAAGACAACATCATCGCTGAGTTTTCTGTGGACGAGAAGGGTCATATGAGCGCCACAGCCAAGGGACGAGTCCGTCTTCTGAGGTCAGTGGCCTCTGGTGGGCTGTGTGCGGCGTTCCAAAGTGCCTCCCACCTTGCCTTTGGCTCCCTGGGAGCCCAACCCTCACTGGGATGGGAAAAGAGTACCTTGGATGAGGTAGAAGCCCTTTCCTGGCTTGGCTCAGGATTCTCTTG-GCTTTTGCAGCAACTGGGAAGTGTGTGCAGACATGGTGGGCACTTTCACAGACACTGAAGATCCTGCCAAGTTCAAGATGAAGTACTGGGGTGTAGCCTCCTTTCTCCAGCGAGGAAGTGAGT 

a score=7502
s danRer3.chr12  1636962 230 + 37038836 TTTACTTTTCAGATGACGACCACTGGATCATTGACACAGACTACGATAACTACGCAATCCACTACTCGTGCAGAGAGCTGGATGAGGACGGCACCTGTCTGGACGGATATTCCTTCATTTTCTCCAGACATCCTGACGGGCTCAGGCCTGAAGACCAGGCCATAGTGACACAGAAGAAACAGGACATCTGCTTCCTGGGCAAATACAGACGCGTTGCACACACTGGTAAG 
s mm7.chr19     23404330 230 - 61223509 TCTGACTTACAGACGATGACCACTGGATCATCGACACGGACTACGACACCTTCGCTCTGCAGTACTCCTGCCGCCTGCAGAATCTGGATGGCACCTGTGCAGACAGCTACTCCTTTGTGTTTTCTCGTGACCCCAATGGCCTGAGCCCAGAGACACGGAGGCTGGTGAGGCAGCGGCAGGAGGAGCTGTGCCTAGAGAGGCAGTACAGATGGATTGAACACAATGGTGAG 

a score=3789
s danRer3.chr12  1640765 364 + 37038836 TTTACAATTTAAAAAATGTAACT----ACTTACTGTTTTTACAAAATAATCATATAAAACACTGACAATGCCTTTGGGATGGTGACTACAATAGTCGAAGTCACTCTGCTAATGCTACTCTACAGTGTTTTAGGTGAAGCAGTAGTCGAGGTGTGCAAGCAGCTCTCGGTGTTGGCTGGTGGGGTAAGATGCACCACAGTTGGGGCACTCCAGGACACTCTCATCTAGTATGTTAT--GGACTTTAGATGGAGACGTCATGTGATCTTGAATGGTCAGTCT--CTCCAGATCCATCCTGTTATAGGAGCTG-GGCTCAGAGAAACGAGACTCTCGCTGCTGCTTCTG-AGGCCAAAGGCAGAATCAGCATTATT 
s mm7.chr19     23449230 329 - 61223509 TTTCTTGTATAAAAGATGTCATCTGTGGTTTAAAGTGCCTATAAAGAAA-CATAGAATACAGTGTGGACTTTTTCAGCACAAAGGCAAGAATGGT---------TCTGCTACTTC---------------------ATGCAGTATTCGACATGGACAAGCAGGTCTCGATGCTCGGTGGCTGGGTACTGTACGCTGCACTTGGGACATTCCACTAGGCTGTCATTGAGTGCAGCACTGGGACTTTTGGGTGAGGTAGCTT--------------TCACTCTGCTTTCAGGTTCTCTCTGGAGTGGGAATGGCTGCTCTGTGATGGTAAACCCATGTAGCTGCTTCTGCAAAACAAACGGCAAATGAACACCATT 

a score=6113
s danRer3.chr12  1641195 157 + 37038836 AAACTTACAGAAGACTCCAGGCGTGTGATCTGGTCTCTGGCCTTCCGGAGCTCCTTCAAAACTTTATGCAGTTGATGCTGTAAAGTTTGACGGTCTAGTTTTTCATTTTCTGATTCTTTAGCAGACAGCTGGATCTGTAGGGTG-GAGAATAAAACAG 
s mm7.chr19     23450928 158 - 61223509 AAGCTTACCAAGGATTCCAACTGTGTTATTTGACTTTTTGCTTTTCGGAGTTCCTTAAGAATCACATAGAGTTGATGCTGCATATTCTGGCGGTCGAGTTTTTCATTTTCAAAGTCTAGAGTACATGCCTGCATCTGGAATATGTTAGGACGAGACAG 

a score=2301
s danRer3.chr12  1641845 117 + 37038836 TACCTGCTGTTCCAAAATAGCCATTCTTTTCTGCTCTTCCTTCTGGTTCATCAGGGATTTCTGCAATAGGTTCACCTTTCGAAACAGGAAAACTACTATTAAAAGTCTGACATATCT 
s mm7.chr19     23451681 106 - 61223509 TACCTGCTGTTCCAGTAGAGCTACCCTGGCCTGCTCCTCTTGGTGCTTTAACAGAGAATCGTAGAGAA---------TTCGGACCTGGAGGA-TAC-AATGACAGCCTGCATTATCT 

a score=5181
s danRer3.chr12  1645516 270 + 37038836 CATGATGAGCAATGTAATCCTTAAGAATAAATAAATACAACTAAGATTGATAGTTGAGCTTTTCTTACCATCAGACTTGGCTTCTTTGTGCTGTTGTTGGAGTGCTTGATTAGCTTCATTTAACTGCGCCTCCAAGTCCTTGATTCTGGCCAAAACACCCTGAACGTAGGCCTCTCGCTGCTGGTCATAAACGAGCCAGTGCTGGTTCTTCTCCAGAGCCTGTCACACAAACAGAGTGAAAATCAAGAAATGAGTCTAGCAGGAAACAGC 
s mm7.chr19     23453543 242 - 61223509 CCTGTTGGGAAATGTCAGGCTTA----TCCCAAAAGACCACT----TGTATAGCTCAG-------TACCTTCTGATTCAATCTTCTTCATCTGCTGTGTGAGGGAAGCAGCGGCTGTCTCTGTTCTCTTTTCCAGCTCGAAGATCTTTGCTAAAAGCCCTTTAACGTAGGCCTCTCGCTGCTGATCATACACAAGCCATTGCTGGTTTTTCTCCAGAGCCT----------TATAGTGAA---TGAAAAATGAACAGCATAGTAAAAAGC 

a score=2585
s danRer3.chr12  1647556 262 + 37038836 CTCTCAGAAACGGCACAATACTTGTTTTTCAGGTCTTCGGTTTCCTTCACGAGGGCCTGATACTGTCTCTCTCTCTGCTCGGCCTCGTGTTGTTTGTTCTCCAGCTGGCTCTGCAGTGAAGA--CACCACCTCTCCATGAGCGGAGCGCAACTGCTGCCGGAGGGTGGTGATCTCCTGCTCCCTGCCCAGCAGCTGCTGATTGTTCTTCTCTCGCAGCGTTTCCAGTGCTAGGATCCTCTGAGAACAACAGCCAGAAAAACCTT 
s mm7.chr19     23462516 255 - 61223509 CTTTTCGTCGTGGCGGACAGCTGGTTTTTCAGGACATCTGTCTCTTTGGATAGGGACTCCAGCAACTGCTGCTTCTTCTCACATTCCTTTGTTTTCTCTTCCAGCTGCTCGAACAATGAAGAAGAGCTATATCTT--------GACCTTAGGTGGTCTTTGAGTCTCTGTATTTCTTTGTCCTTCTCCAGGAGGTAATAAACATTCTTTTCTCTCTCGGCTTCAAGAACTTGGATTTTCT-AGATAGGAACTAAGAAGAATCTT 

a score=6081
s danRer3.chr12   1662069 137 +  37038836 CTTACTGGACAGATTGACGGCGCAGG---CGATGATGATGACCGCTCCTCCCACCAGCGACACCACTGACAGCAGTTTAGCCACTCGACCCAAACGCCTCGCTCCGTCCACGTTCCCCTGCTCCAGACTGTTCCTCGACT 
s mm7.chr7      123115436 140 + 141766352 CTCACCGCCTAAGTTGATGACGCAGGAGGCGATGATGATGAGGACCCCCCCAACCAGCGCCACGATGCTTAAGAGCTTGGCTACTCGGCCCAGACGTTGAGCCCCATCCACGTCCCCCTGTTGCAGGCTGTTCCGGGACT 

a score=5139
s danRer3.chr12   1662619 95 +  37038836 CCTACCATGATGGAGTAAACAAATCCCACAATGTTGATGGGCCAGACGGGACAGAAGCAGGCGATGACGGCGAGGATGAGGTAGTCTTTGGGTTT 
s mm7.chr7      123115947 95 + 141766352 CTCACCATGACGGCATAAGCGAAGGCCACAATGTTGACAGGCCACATGGGGCAGAAGCAGGACAGGATGGCAAGGATGATATAGTCCCGAGGTTT 

a score=607
s danRer3.chr12  1662714 71 +  37038836 GGAGCGATCCAGCGGTGGGTTGGTGGCGATGCTGGAG----------------TGGCGAGAGATGGAGGGCCGTGGGGAGAAGGCTG 
s mm7.chr11     45329566 87 - 122091587 TTCTTGGTCCTGGGCGTAGGATGTGGTGATGACGGAGGATGCTCGCCGAGAGCTGACCCGGGAAGGGGAGCCGGAAAGGGAGGGCTG 

a score=4145
s danRer3.chr12   1693478 137 +  37038836 TTTCTCTGACAAAAGGCCGATTGACAATCTGCTTAGACTTTGCGGCGAAATTAAGTGCAGAAAAGGTGTCAAAGTAGTATTTGTACTCGGGTGCGATGTTTGTGATCATGACAGAATGTGCGGATCCACCCAAAGAG 
s mm7.chr7      123129454 137 + 141766352 TCTCATTGGTGAAAGGCCGGTTAATCACCTCCTTGGACCTAGCAGTGAAGTTCAATGCTGAAATTGTATCCTGGTAAAAACGTCTTTCAGGAGCAATGTTGGCAATGAGGATGCTATGAGCTGAGCCTCCCAGAGAG 

a score=10310
s danRer3.chr12   1693616 244 +  37038836 CCTGCAGCAGGCGGGTGAGTTTACTGTCTCTGTAGGGCACGCGGCCCCCAGCCCCTGTGTTCAGAGCGTCCACCACCTTACTGAGCGTGAACAGAGACAAGTTGATGGCTCCGCTCTCTTTCAGACGAATGCCCTGGTTTCCTGTGCGCCGATTGTCCTCTGAACCGGCAAGATCCACCAAATAAAGCTTTCCTGTTTGCTGTCTGTGTGGCGGACCACGCTGAGACTTCACCACCTGAGAGGA 
s mm7.chr7      123129718 241 + 141766352 CCTGCAGCAGACGAGTGAGCTTGCTGTCCCGGTATGGTATGCGAGGG--AGGCCCTG-GTTTAATGCATCCACCACTTTGCCCAGTACAAAGAGGGAGGTGTTGATGGCTCCGCTCTCTTTGAGCCGAATGCCCTGGTTGCCTGTGCGACGGTTGTCCTCTGAACCAGCCAAATCAATAAGGTAGAGTTTTCCTTCCCGCTGGCGAAATGGAGTCAAACGTTCACGCTGATCTACCTAGGGGAA 

a score=-322
s danRer3.chr12  1693860 111 +  37038836 CAAAACATGCATGTGTGTGAGATCTTTTTCTAGACTGTTGACAAGTTGCATTCACATCACTTTAAATATTCTAGATTCAGTTTGAAGGATTTATTTAAATTAATAATGCAA 
s mm7.chr1      99493747  98 + 194923535 CATTGAATG-ATATG-GTAAGAGCACTGCTTAAGCAG------AGTAGCTCCTACA--ACTTGA---TTTCTACAGGCTGGCAGAAGTACTGCTCAAAGTCAGAGAAGCAA 

a score=5449
s danRer3.chr12   1696310 215 +  37038836 ACCTTTATGAGGAGGATGGCGTGACTGCGGCTGGAGCGCTGGTTGAGTTTAGTAGAGGCTGTGGTTCGGTTGAGGCTCGCGGGGATGAAATGAGTGTCAAAATCAGCAAAAGATGAGAGAGGAGTGTGTGTTAACCCGGGAATGAGGATGTTTCTGTCCTTGTCTTCACGGATGGGCAGGTCCTGGGAACCTGGGGACAACAGATCCAGCACCTA 
s mm7.chr7      123130024 215 + 141766352 ACCTTGACCAAGAGCACTGCGTGACTACGGGAAGAGCGCTGGTTAAGCCGGGTGGCTCCTACAGCTCGATTTCTACTGGCTGGAAGGAAGTGCTGCTCGAAGTCAGAGAAGCTGGTGATGGGCTTCTGTGTGAGGCCTGGGATCAGGATGTTCCCTCGGCAGTCTTCGCGGATCACGAGGTCTCCTGATGCAGGATCCAAGAGGTCTAATACCTA 

a score=8837
s danRer3.chr12   1698560 448 +  37038836 CTTTTCAAATCCTGCCTCAACCTTTTAAACAGAAGACC--AATTTCCACACTGAAA---------ACTAAGCTGCTGCACCTTTTCATTGTAGATTTCCAAGTAAGACATCCCAATGGAGTACTCCCAACCATCTTGCTCTTTTTTCTGAGCTCCAACCAGATTGAAGACCTCCTTTACAGCTCTGGGAATAACGCCTGGCTGCTCTTGACTGCCCAGCATGGTGTGGGTCTTTCCTGAGGTGAAGAACAAG---------------------AATGATTTTAACAACTGTCAAAATGTAAAAGATGAAGTGACGGGGGTGGAAAAGAAGAGAAGTCCTCTAACCTGCTCCGGTGGGTCCGTAGGCAAAGACACTGGCATTCTGACCATTGAGGATGTGTGGGAGGATTGGCTTGACGGAGGTCAGAAACACCTCCTGCTGTGTGGTCTCTTCACCATGAAACACATCAAACCTAAAAAT 
s mm7.chr7      123130355 462 + 141766352 CCTGTCTAGGCTTCACTACACCTTTACTAGAGGAGAGCTTCATGTCCTCTCTAGATGGCCCTGGTACTTTGCCCCCTTACCTTTTCCTGGTAGATCTCTAAATAGGACATAGCAACAGAAACGTCCCATGGCCGTCCCTCAGCACTCTCTTCCCTTGCTAGTTGCAGGAGGTCCATGAGAGCCCGAGGAATCACTCCAGGTTGCTCTGGGCTGCCCAGCATTGTGTGTGTCTTCCCTG-GGCAAAGAGCAGAGAAAGGTATGAAGTTCCCCTCAATGTTCCTAGTTCTTTTCCTCATGCATAGGTAGTTCTCGTCTGGCT-----------------CTCTCACCTGCCCCAGTAGGCCCATAGGCAAGTACACTGGCATTCTGCCCTTCCAGCAAGTGCCTTAGGATGGGCTGTACTGAACCTACATAGACTTCCTGCTGAGTGCTCTTCTCGCCATAGAAGGCATCAAACCTGTAGGT 

a score=2985
s danRer3.chr12   1701099 182 +  37038836 CTGACTGGTACTGCAGGGTCTCAGTGGCGTTCCTCCAGTTGATGATCTC-------CAGCT-TCTGTGGCCCCAGACCCCGCACACAGGAGCCCTCGCTCTTCTCGTCCTGCTTGTCCATGTAGGGTCTCAGCCGGACGGCCACTCGAACACG----AGAGGTGCGTTTGGATCCAGCAGCTCCATCGTTCACA 
s mm7.chr7      123132300 185 + 141766352 CTTACTGATATTTGAGCGTCTCCTGGTATTTCTTCCAGTTAGCCACTTCAAGAGAGCAGCTGTCTATGGCTC--------GGACACAGGGGAGCTCCTTCGCTTCTGTCTCTCCATCCATAAACGGGCGCAGCCGCACAGCCACCCTTACTCGAGCTAGAGGCGGACGCCGGCCAAGCC-CTCCTTTGCTTACA 

a score=7406
s danRer3.chr12   1709536 170 +  37038836 GGAAGATGGACTCGAATTCGCTGAGTAAGAATTCCACGATCTGGTTCTGGAAGACCATGTAAGTGGCGATGCTTGCCGTCTCCTCCTCAGGCTTGAGTAACGTCGGGCCGAAGACGATGGCCACGTTCTGAACAGTCATTCTGTTCTCATTGCCATGCTGAATAACCCTG 
s mm7.chr11     103441914 170 + 122091587 GGAAGATGTCCGCGCACTGATGTAGGATGAGCTCCACCACCTGGTTCTGGAACACCATGGTCATGGGCATGCTGGCCTCCTCCATCTCTGGCCGCAGCAGCGTGGGTCCGAACACTATGGCCACATTCTGCACAGTCATACGGTTCTGCTCGCCATGCTCGATGACCCTG 

a score=1774
s danRer3.chr12   1711695 78 +  37038836 CACCTGCGCAGGTGGCTGAAGAGAGCCTCCATTGTGTCATGGTTGGGTGGAGGTAAAGACCGTACCAGATTCCTCATG 
s mm7.chr11     103442188 78 + 122091587 CACCGGCAGAGATGCTGGATGAGCAGTCGGAGCGTGTCCTGGTTGGGAGCTGGCAGCGTGCGCACCAGGTCACGCACG 

a score=5864
s danRer3.chr12   1712518 128 +  37038836 CTTACTGATGGCACAGATGAACTCATTGAAGAGGTTGTAAGGGAAGAGAGGCTCCTGCAGTTCTCTAAAGAAGAGTTTCAGCGCTCCTGTGATCACATGAATA---TCCCAGTTTCCCTCCTCCAGGTCCA 
s mm7.chr11     103442380 131 + 122091587 CTCACTAATGGCTGCTATGAACTGGTGGAAGTGCGAGAAGGGGAAGAGAGGTTCCGGCAGCTCTCGGAAGAAGAGCTTCAGGGCACCCGTGATCACGTGGACGTCTTCCCAGCGCCCGTCGTCCAAGTCCA 

a score=4875
s danRer3.chr12   1712918 90 +  37038836 TTACCATGATCTGCTTTAAAGCGCAGTTTCTGGATAACCGCCAGATTTCCACTGACTCTGTAGAGTCCATCGATTTCCAGACCTGTTGAA 
s mm7.chr11     103442607 90 + 122091587 TCACCGTGATCCACCTTATAGCGCAGCTTCTGGATGGTAGCCAGGTTCCCACTGATGCGGTACAGCCCATCAATATCCAGCCCTGCGGGA 

a score=4956
s danRer3.chr12   1715083 302 +  37038836 ACGCACCTCTTTTCTCCACCGCTCGAATGCATTTCTCCACAAAGCTGGGCACTCTGGTCTTCTCCTGGCTGCAGAGATTGTGCAGATGACATCCAAATACATTTTCTGAAGAGAAAGAGGCAGATCAGAGTCAGTTTATCTTTAGTGACAGTAACAAAGAGGCTGCTGGACGCTGCTCTGACCTCTGATGTAACCCTTGTCTTTGACGGACTGCAGTGTGGGACGCTTCAGGAGGAACTTCTTCAGTTTTGTGCGAACTTTCTTCTGTTC--------CGCTTCGGATGTGGAACTGGTTGAAGGCTGTC 
s mm7.chr11     103442874 305 + 122091587 ACATACCCCGGGCCTCGACGGTGCGGATGCATTGCTGCACGAAGCGTGGCACAGGGCTCCTCTCGCGCTCACACAGTTGAGCCAGCGCGCATCCAAACACCTGGTCTGGGGG---AGAGGTTGGTCAGCGCTGCCCTGCCCCGCGCCACCTGAGCCCGGATCCCGGCGAAC--TGCAGGTACCTTTGATGTAGCCCTTGTCCCGCAAAGACTGCAGAGTGGGTCGTCTCTGTAGGAATTTACGGAGCTTGTGCCGGACTCTGCTCAAGTCGCTTTCCAGGCCTCCGGGGCTGAGCGAGGGTGAGGCTGTC 

a score=-339
s danRer3.chr12 1715387 201 + 37038836 GTTGCTGATGGACAGAAGAGAGCAGCAACACTCATGAGCAGCTTTTATTACACCATTTTAATGCAGTTTTCAGAAGATCTTCTTTAATCTTGAAGGTGAGGAAATAATTACAGA----------ACTTTCATTTCGGGTTGAACATT-GCTTTTATAACAACACTGTATTCAGACACTTTAGGCTTATAAAAGTCTACATTTTCATGTTTTT 
s mm7.chr18     6237144 199 + 90918714 ATTGCTTAAGACAAACAGATAATATGTATTTCAGAAAACTTCTCTAGTTAGAGTTTTTCCATAGATAACACAAAACATA----TCAATCCT----ATGATCAAA-AATTACAGAAGAAATGGTTATTCTAATTTTAAGTAAAATTTTCATTTTTATAACTAAA----AGTAATAAAATGTGTGTGTATGTGTGTGTAAAATATTATATTGTT 

a score=159
s danRer3.chr12 1718217 4 + 37038836 AAGA 
s mm7.chr18     6240899 4 + 90918714 AATA 

a score=3808
s danRer3.chr12   1718221 119 +  37038836 CTCACCAGCTGGTGTATGGTATCTAAGATAACTTTATGCCAGTCTTGGATGATGCTATCGGTGTCGTACTGGATCAAGTATTCGGCACCAGTCCGAGTCTTAAGCTGAATGAGCAAACA 
s mm7.chr11     103444236 119 + 122091587 CCTACCAGCTCTGAGATGCCTTCGGCAATGGCTTTGTGCCAGGTGCTGATGATGGCTTCGGAGTCGTGCTGGATCAGGTACTCCGAGCCATCTCGGCTTCGAAGCTGGAGGGACAAGTA 

a score=-2607
s danRer3.chr12 1718340 505 + 37038836 CAACGTATTAAGAATACACACTCGTGAAGTGCACAGAGAACGTACAGTACACTCTAAAAAAAAAAGGTTCCTAGAGGT------TCTATATAGAACCTTGGGGTTCTATACTTGGC-CAGTAG----AACCTTTTGGCCAAAAAATGGTtccatttag----------aaccctttgagtgcaaagaac------------ctttttgattaaaatggttctatagtttttgattaat--aacataattatctagtaa----agattatacaatatttataagctataacacagatatacaaagctttttgagtcaaaacctaataaaatgaatgatgtggtcaaaaactttatca-gtgtacagtatgatggg---attttctttcattcaGGTT-TGAACATTAGCATATAACttatattttatatatacttaatatttaacatttttaacaaattattt---tgtgaaataaataaaataaccagtttat-------------ttatttagactgtgc---agtacCATGTTTTTATGATTTAAAAATGTATTTAAAACTAATAA 
s mm7.chr18     6241022 519 + 90918714 GGGTGAAGAAAGAACACA-GTCAGTGCTTTCAACAGAACAAGT---------------GAAAACATGTACTTCCAAGCCCACTGTCTGCAGTGCACTC---AGTCTTACACTGAGAGCAGTAGAGGTAGCCTGGCAGCCAGGGGATGCCTTTCATCAGTGTCAGTACCAGTCTGCTTACTGTATAGAACATGAAGTTGGGTTTTTTTGTTTG-------TTTGTTTTTTGTGGTAAATTCTAAAGAAAAATCTAGTAATTCTGGATCCTAGAGTA-GTATAGTTTATCATTTAAAAATAAA------TTCAAGTGTAAAAGCAATGCAGACAATG---------AAAACTGGAACATTTGTAAAGAAATAAAAGTCTGTTGTATTTCACACACCTTAAGAATTTTTTCATAGCCTGAGAATTTT-------CTTAATTCTTAATATATATGAATGACTGTTTAAGTGTTAAGTTTTCAGTATTTCCTACTTACCAGACAATGATGACTATGAAGACAAGGCACAAATGACAATGTTACATCCCTTTAAAATGTTTATACATCTATTAA 

a score=4091
s danRer3.chr12   1719472 84 +  37038836 ACCTCCAGAACGTTTTTCTTGCTTGATTTGTCCTTGGGCGCCCGGTTAATTGTGGCGCCTTTCAGATCCACTGTGAATTCTGGG 
s mm7.chr11     103446763 84 + 122091587 ACCTCTAACACATTCTTCTTGCTGGATTTGTCTTTGGGGGCCCAAGAGAGAGAGGCCCCCTTCAGTTCGACTGTGTATTCAGGG 

a score=1511
s danRer3.chr12   1720756 457 +  37038836 CTCACTGATGCCCCGGCTGGTGTGGACTTCGGATCTTTATGGAAGGTCAGTTTACCTCCATGGAGAACTGTCCAGGAATGACCCCAGTTCTTCCTATTGGAGGATTGATGAAAT-------GTTAGAATTTGACCCCAAAAAATCTACCTATAGcaggggtgaccaaccctgttcctggagatctaccttcctgcagatttcagttgcaacccatatcaaacacacctgcctgtaattatcaagtgttgatcaggtcc------taattaattggttcaggtgtgtttgatcagggt------------------tggagctg--------------aactgtgcaggaaggaagatctccaggaacagggttgatcaccactgATCTATGGCCATTAAACCAAGATCACGATGGAAA--CCTTTACCTGACTTTCTTCCCATTTTCAGACACCTTTGTTTTGTTCAATATTCCAGCCTTCTCCAAATTTGAAACCTGAAATAA 
s mm7.chr11     103447342 463 + 122091587 CTCACCAGGCCGCCTGCAGCTGAGGTCTTTGAGTCCTTGAAGAAGGTCAGGACCCCGCCCTCCAACACTGTCCAGGAGGTGCTCCAGTGTTTCTTCCT-GAGGAAGGAGGAAGTGGCGGTGGGTAGGGCTT---------AAATTTGCTCCTGGGCTGGAGGACT--CACTGAACCCAAATACACA-----CTAGGGCATTGAGTTTTAA--------AAACATAGCTTGGGGTACTGGCCTGAGAGGGCTGGGTTCCCCCAGATAGCTGGTAGCCAAAGGACCGTAGGATCCCGTTTCCTCACAGGACCTTGTATGGAGATGCTACCATGATTAGTAACTGTGGCATATGGGAG-CCTAGGGGAAC----TTCATCATCA-------AGGGCCACCCTGCCAGG----TGATGGACAGGCCCTCACCGAAGTCTCTTCCCCTTGTCTACCGTCTTGGTACGATGGAGGACTCCTGCCTTGTCCAGAGTCTTGATCTAAGAGAA 

a score=6983
s danRer3.chr12  1746595 176 +  37038836 CAAGTTTCCAGCAGATTCCTGAGAGAAACTCGGCCTTGAGGAGCAGATAATGACTGAAGACCAAA---CACTGA----CAACTTCTGAACAACAAAAC----------------------------------CTGcacacacacacacacaaacacacacacacacacacacacgcacacatgcacacgcacacacacacacacacacacacagaca 
s mm7.chr8      94691734 217 - 127874053 CAACTCTGTAGCACACTACTGAAGAAAACTTGTCTCTGAGAGACAAGTAATGATTACAAATCAAATGGCTCTGAGGTGTAGCTTCTGGGTAGAATACCAGTGGAGTACCTGTGAGGCCCGAGGTTTGCTTCTCAGTacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatagacatacatgcacactcacacatagaca 

a score=-1254
s danRer3.chr12   1750644 1319 +  37038836 AAAAAAATTAACTAGAAATAAATGCATAATGTGCTGAAATTAAATTAGAAATAAATACATTATGGCAAAAATTAA-----ATTAGATATAAATGCAAAGATAAATTTATAAAG------TGCAAAAAATAATTAAGAAATAAATGCAAGATGTGCAAAAAATT--TTAATGAATTAGAAATAAATGCATAATGTGCTGAAATTAAATCTGAAAAAAATACAC-AATCGCAAAAAATTAAATCAGAAATTAATGCACTTATCAATT-CATAAAATGCAACAAAAATATCGGAATTAAATGCACATATCAATTAATAAAGTGCAA-AAATGTTTTAGAAAATGCAGAATGTGCTGAaattaaata---ggaaataaatacataatggca-aaaaataaatcagaaataaatgca-----cagacaaattcataaagtgcacat------aatttatcagga-ataaatgcac------aaataccaaaagtgcaataccttagtaagaaataaatg--cacagataaatttataaagtacaaacaaatatttataaataaatGCAGA---------ATGTGCAGAAATTAAATAAAACAAAAATAAATACATAATGGCAAAAAAAAATATCAGAAATTAATGCAGAGGTAAATTCATAAAGTGCTGAAACAATATCAGAAATGAATGCACAGGTAAATTCATAACAAGCAGAAATTAAATCAGAAATAAGTGCACAGGTAAACTCATAAAGTGCAAAAATGTATTCATAAATATAGGTATGATGGGTTGAAATTGAATAAAAAGCTATACAAAATGGCaaaaaaattataaaaataaatGCAC-AAATAAATGTATACGGTGCAACAATTAATTCATAAACAAATACATAATTGCAAAATTCAACCAGAAATAAATGCACATGTAAATGCACAACATGCAGACATCAAATCAGAAATAAATGAA-CAGAAAATCTCATACGCTACAAACATTAATCCATAAATAAATGCAGAATGTGCTGAAATTAAATCAGAAATAAATACACAGATAAGTTTATAAAGTGCAAAAACGAATAAATAAATGCATGATGTGCT-----TCGTGAATAAATGCAGAGCATGCAACAATTAAATAAATAAATGCAGAGAAAATGTAAAAACTGCAAACAATAAATCACAAATAAATGCAGAGAT-CAATTCgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgCTGCTTACA--CACAGGCTCATGAGTTT-TAATATATATGTCATACATGATAAAGcacatcacacacacacccacacacacacacacacacacacacacGCTGCTCTCACACT--------CCTCCAGACTCTGCAGTGAACATAAGCTGTAAATATTACACTGAAGGA 
s mm7.chrX      119701300 1219 - 164906252 AAGAAAAT-------AAGAAAATCCGTAATCTACATAAATTA--CCAAGAGAGGATTCACTA------AAATTAACTAATATAAGACATGAATAAAGAGAAAAATTGATCAAGAAAACATGAGACAAATGAGTA-GAAATAGGGACGATA-ATGCTGCAAGTTACTGGGTGATTCTTGAATATGTTCAAG-------GAAATAAAATGGCAGTTAAGTATGTGAAGCAATAGAAGTCAGAATAGACATC-----------CAATTACAAGGAATCTAACTGAAACAATGAGAAAAAATGTATATTTAAA---ATAAACTTCATTACATGGATATGATATTGAAGTGGTTACTAAGTTTGGAGACAGAGTATTAAAAACTAAATCACATGGAAAAAAATAAGAGTTTTATGTGATTGTCAGTCACATTGATTTAATTCAAAATTATGAATTCTACCAGTctataaaaacaccttaataaatgtcaaatattgaagtctttaaaatgtattttctggtcacaaaagaa---ataatttagaaatcaagtatagtagatgtcttccaatgtctccttgtattcagaaactgaaggatacatattaaataacacacagataagggaagattgcagaaaacactcgagcccatacttaacgaa------aatccatatacaacacaaacgctcaag-gtataaatctcaagcagtatctcaagaggtattta----------aaacttaaagag-----aaacggtttcaaata------------agtttaaaattaattatttaactttc---atttacaaagatctaggaaagataaatagattaaatacaggt----------------------taagtaaa------------------agtgagaaattaacataaatgagaatggacagaaatgaagtatgaaacagtaaatgaataaaactaaacatttctt----tgaaaatattaataaattgattaaactgctctgtgtttt--tcaggtcatgaaaaaacgtagagaggggattactgattctgggaatAGCGGACTAAAATCTTGTTAGACTAACACTCTACCAAAACTTCTGAACATA----ATTTTAAAATGATACTGTAAGGAAATCCTG-----TGGAGGAAACAAATCATAATTTGGAGAAGAGCCACACTTAGAACAAA---------GTTTAGAGCATACATTCATATTTTCATGGATTTATTTTCTCAAAGCCATGCATAA-ACAGCACGGTGC-------------------------TGGACACTGTCATTGTTCTAGGATTGTAGAAAACTTCCATACTGTGAAGTTAGCATAAGCTGGAAATATGATACAGAGGAA 

a score=1217
s danRer3.chr12  1793885 200 +  37038836 TATAAAAGTTACGTTCCAACAAACACTTTAAGTTAAGAAAACCCCAGAAAATCTGCTAAAAAACCAGGAATTTCCTTAAATTAGTCGTGAATGACAATCGATTATA-TCATTAGACATTTTTTATTTTATGAGAAGAGTTTTAACAGTGAGTTTGATGCAGTTCTAATAAGAAATGTGTATATTATTGTGTATTAAAAACA 
s mm7.chr2      65389287 174 + 182548267 TACAAAAGTTGAGTTAAAAAAAA--------------AAAAACCCAAAAAATAAACAAAAAAACCC-AAACTTCCATGAGTGAAGGATTCTCTGCAGGCAACCAGAGTTGGTAGAAAATGGTTAGGGTTTGAGA----TTTTGAC--------CAACGTATCTCTTATTAGGATGGTAGAAAATATATTATAACAAAGAAA 

a score=1685
s danRer3.chr12  1799261 87 +  37038836 GTTTGACTTCAACGACATTAGTGTGCCAAAATCAAATTAAAATTTTTTTTTTCTTAAACG-GCTATAACTGGAATGGGATATTTCTAC 
s mm7.chr2      66198942 88 + 182548267 GTTTCATGACTGAGATGGTACAATCCTGAAGTTAAATGAAAGTTTCTTTTTTCTTAGAGATGCAGtgtcttagttggggttttactgc 

a score=1127
s danRer3.chr12  1799379 187 +  37038836 TGAAAAAATAGAGGTGTTTTCCTATTGGTGGCATACGAGACAGAAAAAAAATCATTTAAATGTCTATTTAAAAGTGTGCAACC-------------------------------GCAAACATACACATGTATAAAAGGGCAAAAGAACACTGCTAATTAACAACCAATACTGGGACATTTGTAATTGGGAACAAATAAGAAAAATACTGAATAGAAAA 
s mm7.chr2      66201453 208 + 182548267 TTAAGAAAAAGAGGTGCCTACGGTCTGCTTCTGTAAGAAACACAAATATCTTGATGTAATTGACTATATAA----GTGTAATCCTCTCTGATTTTGAGGAAAAGAAATTCTGAAGCCCACATTTATATTTAGAACAATCTAAAGAAGCA----TGATTTCAAAGCAAAGAAAAATAAACAGAAATTGGGG--AAATAAAGAAAAAAATGAGAAAAAAA 

a score=35693
s danRer3.chr12  1799959 1098 +  37038836 GCCATGGCAAGTTCTGGATTGCTGCCATATAGGGTATTCATCT-TCCTTGCAATCAAC---CCTTCAGTTTCAGGAGGTTCATTGTCGTTGGGATTCCTAACTTTCCTCTT-TGATTGGCGCATGAAGCAGGCATAGCGGATGGCACGCTTGAGAAGATGCCTACGGTATATTCTTTGAACCGCAATGGCTGCTCGCTCTTCCTCCTTCCTCCTGAGAGTGGTGATGATTGGCTCAAACGAGGCAGATGTGGGGTTGTTCATGATGAACTTGGCTTCGATGCTCTCCTTCATGGCATCCATCTCAATAGTGTCGCCAAGTACTTCCCGGGTCACTGCTAAAAGTATATCCTGAGAGTGGATTTTGTCGCCGTTTACAATGGGGATGTCCATGGAGATCAGCTTGAGACGGTTGGGTT-TGGCAATTCGTAAAGGCTCCTGCAGGGCATCGACAAAGTCAAACAAGCGGTCGTATTCAATAAACTGCGTAGCATCGACGTCAAACTTTTCCCATGTTTCATCAAACATATCAAAGTCATCCTCACAGAGCGGGTCTCCACTTTCCTCTTGAGCATTGTTGAAGTTCTCCAGAATGATGGCGATGTACATGTTCACGACCACCAGGAATGACATGATGATGTAACTGCAGAAAAACATGATGCCCATGCCAGGATTCCCGCAGTTTCCCCGCACATCTGTACCAGGGTTTTCAAAGTCAGGGTCACAATCAGGAGGGCCACTGTTTAGAATAGGCAGCAGAAGGCCGTCCCAGCCTGCCGAGGTTGTGATCTCAAACAGGCAGATAATGCTGCCACCAAATGTTTCAAAGTTGAAGATGTCATCGATGCCTGCCTGCTTTTTCACATAGGCAAAGTTAGACATGCCAAAGATGGAGAAGATGAACATGATCAGGAACAGAAGCAGTCCAATGTTGAAAAGGGCAGGAAGTGACATCATCAAGGCAAACAAAAGGGTCCGAATGCCCTTCGCCCCTCTGATGAGACGCAGCACACGGCCGATTCTTGCAAGTCTGATGACACGAAACAAAGTAGGAGACACAAAGTACTTCTCAATGATGTCTGATAACATTAGACCTAGGGAAAGA 
s mm7.chr2      66203530 1092 + 182548267 GACATTGTCAGGTC-AGTTTTCTCCGTAATAGAGTTTTCGTTTATTCTGTCAATGAGCATGTCTTCTTTTACAAGAAGATTAGCCCC------ACCTTTGAGTTTGTTCTTATTGTATGTGAATGAAGCTTGTTTTACTGTT----CGCTTCAAAAGGTGGCGCCTATAAGCTCGCTGAATGATAACAGCTGACACCTCCTCTTGTTTGCGTTTTAATGTAGTAGTGATGGGCTGATAAGAGACCTTGGAGGGGTTGGAAGCCATGAACCGCTCTTCCATCTGGATTCGAAGAGCATCCATCTCTCCACTCTCACCCAACACCCGCTTTGTAAAAGCAAATAAGATGTCCAGGCAGTGGATGCGGTCTCCACTCACCATGGGCAGGTCCATGGCAATGAGCTGAAGTTTGTTTGGTTGTGGCAAATTG-AGAGGGGGTTCTAGAGCAGCTGCAAACTGAGATAATTTTTCAAATTCCATGAACTGGGTGGCGTCAGGGTCGAACTTCTCCCAGACCTCGTAGAACATCTCAAAGTCGTCCTCACTCAGAGGCTCTGCACTTTCTTCTGTGGCAACGCTGAAGTTCTCCAGGATGACAGCAATGTACATGTTCACCACAACCAGGAAGGATATGATGATGTAGCTGACAAAAAAGAAAATCCCCACAGATGGGTTCCCACAGTCTCCCTTCACCGAGCTTCCAGGGTTAACTTTATTAGGGTCACAGTCAGGGGGTTTGCTGTTGAGGATGGGGGCCAGCAGTCCATCCCAGCCCGCAGAGGTGGTGATTTGGAACAGGCAGATCATGCTGTTGCCGAAGGTCTCAAAGTTGAACATGTCATCAATCCCAACTTCCCTCTTAACATAGGCAAAGTTGGACATCCCAAAGATGGCGTAGATGAACATGACGAGAAAAAGCAGGAGGCCGATGTTAAACAGCGCAGGAAGGGACATCATCAGAGCAAAGAGCAGCGTGCGGATCCCCTTGGCACCTTTGATCAGGCGTAGGATTCGTCCAATCCTGGCCAGGCGGATGACTCGGAACAGGGTAGGAGACACAAAATACTTTTCTATTAGCTCCGCAAGAAACATCCCTGTGGGAAGA 

a score=12130
s danRer3.chr12  1801519 534 +  37038836 AAAAGCAAGTTAAAATGGTTATATTTTTATCTCACAGTTGATTGCATTATATTTATATTAAGAA---------CATGGTTTATTTAAAGAGAATGAGCCATAAGCTGATAAAACACTTTCACAT-TTAACAGTTTCGGTTCA----------------AACTTAACATAAAATCTCTGCACACTTCATTTAGAAAGTGCAACGAAACATGTCAATTTAATAATGTCCTTTCACACGTCTTTCTAAT------GAACCTGCTGTATTCTACAC-----TTACCTGCAATAGAAAGGATGACTACAACAAAATCAAAGACGTTCCAGCCAATAGTGAAAAAGTACTGTCTGAGTGCAAATAATTTAAGTACACATTCACTTGTGAAGACGACGATGAAGACCAGATTGATCTGGTACAGGACATATTCTTTCTCAGCACTCTGGTCATCCGTCTCTATCATCATGGTCACCATGTTGAGGCAGATTAGCACCATGATAAAAATGTCAAAGAACTGTTTTGATATGAAGTCAAACACCAAACCCTGGATAATATTCTGTTTGGAGAAGAGAAGA 
s mm7.chr2      66207839 559 + 182548267 AAAAGCACTTT-------TTAAATTTTGGTTCACCACATCAATCTATTTAATATATCTCAATAAAGGAGATCTTATTAATGGTCAAATAAATATGTGATGCAATGGGATAAAATATTTGTATAAATTAGAAGCCTAATTTTGGAAGAAAAACAAATACAACTCAAAAACACATGCCAACATATTGACTTTGAGTAGTGAGATG---CCTTCCACTCTAAATTCCTGTTTTCAACCTCCACTTTTATCAGGAGGAATTTGCCAGACTTTGCACAGATCTTACCTACAATGGAGAGGATGACCACCACAAAATCGAAAATGTTCCATCCAATGGTGAAATAATAATGGCGGAGCGAGATGAGCTTGAGCACACACTCGCCGGTGAACAGGACGATGAACACCAGGTTGATGCGTGACAAAATGCTTGTCACATAATCGCTCTGGTCATCCGTTTCCACCATCATGGTCACCATGTTCAGACAGATGAGGATCATGATGCTGATATCAAACACTTGTCTGGTTACAAAGTCAAAAACCATTCCTTGAAATTTGTTCTG--CAGAGAAACAAAGA 

a score=6301
s danRer3.chr12  1802054 247 +  37038836 TGCATTAATAAATATAACTTAGTTATAAATCCAGCAATGGATCAATTAAA---AATGTTTCTTACTGATGGTCGAGGTATAGGTTTTGGACGTTTCTTTGCACCCAGCTTCTTCATGGCATTGTAATACTTTTTCTGTTCCTCAGTCATGAAAATGTCTTTCCCTCCAAAGTGCAGAAAAAACA---AATATTGATTATTCTTTCAGTTAATCAATTATCTAAATGTACAACAAAAATGAAAATAATTTAGAG 
s mm7.chr2      66211179 251 + 182548267 TCCCCTGAGAAACAAAACTCATTTCAGGTTGTTGCTTTATATTATTTTCATTTGATATTTCTTACTCCAGGTCGAGGGATAGGCTTTTGTGGCTTTTTTGATCCTAATTTCTTCATTGCATTATAGTATTTCTTCTGTTCTTCTGTCATAAAGATGTCTTGACCTCCAAAGTATAGAAAAAAAAATCAAAGCTGGTTAAAATTGTATCCATTCCCTCA--TAACTTTTCAATATTATAACAAGAGATTTCAAG 

a score=7384
s danRer3.chr12  1802314 338 +  37038836 AAAGATGCTTATCTTTGATTTTTGCTGATTGAAGTTGTCAATGATGACACCAATAAAGAGGTTGAGAGTAAAAAAGGAGCCAAAAATGATGAAAATAACAAAATAAAGGTACATGTAAAGGTTGATTTCATATGATGGCTGCTCATCCACCTGTCAAAGAAAATAATTAATGAATGATTCTTAAAATCTAAAGTAGATTGAGAGTCTAAAACTATTTGTCACACCCTTCAATGACCACTCACTGGAGAAAATTTGCACAGCTATTTATATATATTTTA--ACcaacccaggctcattctaaaaacgtagtccagaggacgtttctggagaccacgaaata 
s mm7.chr2      66216447 330 + 182548267 AAAAATACTTATCTTCTTCTTTTGCTGGTTGAAATTGTCGATAATGACACCAATAAACAGGTTCAGGGTAAAGAAGGACCCGAAGATGATGAAGATGACGAAGTACAAATACATGTACAGGCTTTCCTCATACTTAGGCTGTAGTTCAACCTGCCAACGGAGGGAAT----------TTGTTAACTGATAAAGCAGTTTGAATACTGGGAGCAAGTCGGTGCTTCTACACAAGAGTAGAAGGCTATATATATTCTTAGAAATAATTTAGTGTATTTTATTCCCATATCAACAGCCTCAAAGAAACAAAAAACCAAAAACCATCCTTGAAACTAGGAAGCA 

a score=3529
s danRer3.chr12  1802846 501 +  37038836 cctcctccttccctgaacccaac-cagttttaccgattgacccgcccGGGTCAGCCGGCAAGCTCGAAAGGGAACAGAAATAATAGTTATGGTCTTTCAATTGACCTTTGAGCAATTAATTTGATCTCAGTAAAACAGTGAGAAATTCATTCCTTG--TAAATAATAAATATCCCCTTTGAGC------TAAATGTTCCTGGTGGAAAGCTTGTTATT-----TTCTTACCTCTCTAGAATCCACTGCAGCATACATGATATCCATCCAGCCTTTGAATGTGGCCTATGTGGAAAGAGGTACTTTCTTTATTCAG-----CATGTCAAA--TAAAACTCTTTGAT----TCATTATGGATTTGTTAATAA------TAAGTTACCTC--------ATTATCTTCTGATGCGGGTAAAGACATAAAAATGCATTCACTCTTACAGTATGTAAATATGCCTAAGCTCTGTTATTATTAAACAAGATGTATACATTGCATATCTCACTTTATTCAAAGTCCAACACTTCATTTTGTATTGGAA 
s mm7.chr2      66218085 472 + 182548267 CCATTTTTTTTTCTGAACTCAGTACAATATCTCTGATAGACACTGCTGTGTTAA-----------------GTACAAACTCAATA--TACTGTCTTCCTATT---TTTTAATTAACTAAAATGGAGTTAGT------------------TTGTTTGGCTAATTCATAAG---CTAATTTAAGCACCAAATCAATATTTCCAGAAGACA-TTGGATATAAAAAATACTTACATTTCTGGAATCAACTGCAGCATACATGATATCCATCCAGCCCTTAAATGTGGCCTGTTGGAAAGGACATGCATGCCTTAATTTGGGTTAAATTTCAAAACTGATGCTTACTAATATCCTTACTGTACATGTTTAAAGAAATATTTTAAACTATTTTCAAAACAAACTTTCCTTGGATTTTGAAAAAAAGATAGAAAGCCA---------ACAAAATGGCGATCTGATATAACT-TCCTATTTTCCAACCAGCTCTAAA----GTAACTCTC----------AAGCTTAACATTCTATTACAATTTGGAA 

a score=-2535
s danRer3.chr12  1803347 472 +  37038836 ATCTTTTTTTTTTTTTTATTGCAAAAAAATCACTTTTGTAAACCTAATTTGATGTAAAATCAAAATGGGTTTTAAATCTTGCATTTGACCACTCTATTTTTGCACTTAAAGGTTATTGTTTTTCAAAACATCAAACAAAACCCACATTTCCCACATTTATGATTCGGGT-----------TGCccttatattt-aggtcacctcaactaatatgtacttacatgtaaactgaaatgaatcatttattactatgtacttattgtgtaaatacatgttttacattgtactaatgattgattaaatacatccatgtaatt-acatctctagttaattttagt-acttacattattaattacactgttaactcacacttaa-acctacccataccaccaagcttgtccctaatacacat------------cttatcccaccagaagttt---tctg------taatacattgtgaacaGTAAAATGAAACCATGACTATTAATGGCCATGC 
s mm7.chr2      66424689 436 + 182548267 AACTGCTGCAATGTTT--------AAAAGGAAATATTCTAAACTT--TTTTCTGGAATTTCCAAATTGTTACAAATACTTGTGT------ATTTTATATATGAACGT--------TTCCTTTTCAAAA-GTGGAAGAGGAT--------------TTTATCATTAGAGTAGGAAATAATTTGTCTCTATTTCTCAGGGCTTCTCAA------------TGCCTTTAAGAAAAAAAAAACTTCCTATTACCTTGTA------AGATAAACATAAAAGTCCCAT------AATGACTACTTAGA-------AGGTAATTTGTCTGTTGATGTAGTGATGGTGACTCAAATGA--AAATAAACTGTCAATTGTGGATTAATATATCTACAAATCAAGAAAGCTGTGCTCTTTAGCTATGCTTACAGGGCACATGTGCTAAAAAAATATTGAATCTGGCATCATAATTTCTTCTTAGTAGCACATTTACACAGTGTTTTATACTCTCCATTC 

a score=11618
s danRer3.chr12  1803819 414 +  37038836 ATATAAACTGAATTCAGGAGAAA--------ACTCACAATCTGCAGCAGAGAGAGGTAGCCGAGTCCCACGTTGTCGTAGTTGACCTTGACATTGACCCATCGCAC---CTCGTTGGTGTACATCAGTGCCATGCAGTCACTCTTGTTGTTGACTACATCCATGGGGATCCGTTCCTCTGTGGTGGTGTTGATGCAGTGGTAGAATTTTCCGGCAAACAGATTGACCCCCATAATGCTGAAGATGAGCCAGAATATCAGACACACCAGGAGCACGTTAAAAATAGAGGGAATGGCACCTACAAGTGCATTCACTACCACCTGTATGGAGTAGGAACACCATAATGAATTAGACATAGGTGAGT---AATCAATATTTATGTAAAAGGGCATATGAAAAAAAGACTTTCTTAGTCAAAAATGATGCATT 
s mm7.chr2      66219388 402 + 182548267 ATAAAAATT---TTCAGAGAAAATAGTGTTCACTTACAACTTGAAGCAAAGAAAGATACCCAAATCCTACATTATCAAAGTTTACTTTCACATTTTTCCACCGGGCGGTCTCATTTCTTTCTATTAGTTTTAGGCAATCAGAATGATTATTGACTTCGCTGATCTCAAATATGTCACCAGTTGTGGTGTTAACACAGTGGTAGAATTTGCCAGCAAACAAATTTACGCCCATGATGCTGAAAATTAGCCAGAATATAAGGCAAACCAGAAGCACATTCATGATGGATGGAATTGCTCCTAACAGGGCATTCACAACCACCT------------AATACACAAATGG---AGAGAAAGAGAAGTCAGAATCCTTATTGAT-TAAAAG-------CAAAAAGACATCCCCCTAGGAATCATTGATTTATT 

a score=-755
s danRer3.chr12   1804233 144 +  37038836 CATTCC---TCCAGTTGTTTTCTTTG-----CTAGGTTACACTGATGGCCATTAAGTGAACT-GCAGCCAGTGA----------------CTTGTTtaggcccacacggaatctgca------agtgcagaaatctgcagatttccacagatttttagcccatcaataagtccat 
s mm7.chr2      116882215 175 - 182548267 tgtggtgagcgctgttgttcttctagacgacctaggctgggtttccagcacccatgtgaagtggcaaacatttaggaggactctaacactcttttcttgcctctgagggcatctgaatagtatagtatacatatactcaggcatacaaacatacacagaatataaaCAAATACAT 

a score=470
s danRer3.chr12  1805493 101 +  37038836 CAAATGCTATTAAAAATAAATAGTAAAA--TCAATATGGTCACACATCATATTAAAGACAATTCCAGCACTTTAATTAGCAACTAAAGAATCAAACACAAATA 
s mm7.chr2      66432040 103 + 182548267 CATATGCTCATGTACATATACAGTGATAGTCCATAATTACTGTACACTTGTTTGATAATTATTTCAAACCATAATTTAAAAAAATAAGAATTTTACATTAAGG 

a score=7754
s danRer3.chr12  1805594 213 +  37038836 AACATACACAAGTGAAGAGAGATTCATTC-CTTACCCTCATTCCTTCAAATCTGGATAGGGCTCGAAGTGGACGAAGAGCTCTAAGTGTCCTGAGAGATTTGATTGCCCCCAGCTCAGAGTAGCCCATTAAATTAGCCGTTAAACTGACCAGAGACACC--TAAAATA-AAATAAAAAGTTTACAAATCATTAACGTTG-------ACAGTTTGTATTTTTTGA 
s mm7.chr2      66227266 219 + 182548267 AATATACAACGCTGCAGAGTTTTCCTTTTTCTTACCCTCATCCCTTCAAATCGTGATAAGGCTCTTAGGGGTCTCAGAGCTCTTAGTGTCCTTAGGGATTTGATGGCCCCGAGTTCAGAGTAACCCAAGGCATTTGCTGTTAAACTGACCAATGAAACCTGTACAATACAAATAACA-----ATGAATCAATAACACCGCTTTCGTCCAATTTGCAGTTATCAA 

a score=11180
s danRer3.chr12  1805830 213 +  37038836 GGCACAAAAAGGTAA---CTCACATCCACAATGAGGAAGTCCAGCCAGCACCATGCATTAGTGAAGTAGGTCTTGAAGCCATATGCCACCCACTTCAGTAACATCTCCACTATAAAAATATATGTAAAGACTTTATCAGCATACTCCAGAATGGTCTTGATCACTCTGCGCCTCTCAATGTTGATATCCTCAAAAGCCTGGCAAAGAGAAAAGATT 
s mm7.chr2      66230149 213 + 182548267 GGCACGACATGGAAAATACCTACATCAACAATTAAGAAGTCTAGCCAACACCAGGCATTGGTGAAGTATGTTTGATAGCCATAGGCCACCCATTTGAGGAGCATCTCCAGGATGAAAATGTAAGTGAAGACTTTGTCAGCATACTCCAGCATGGTTTTGATCGTCTTTCGCTGATCAATATATATATCCTCAAAGGCCTAG---AAAGAAAAGGTT 

a score=6662
s danRer3.chr12  1806105 163 +  37038836 ACACACCAGTGCTCCACTGCTAAGGAGGATCATAAAGATGATGAAGGTCTCAAAGTAATCATGCTCAACGATGGTGAAGCATGTCCTTCTGAGGTTCCACCATTTTTTACCCCATCCTTCTGTGATGTCAACACTCAAACATGCACATCGCCTAATACAGCCT 
s mm7.chr2      66232908 163 + 182548267 ACTCACCAGGGCACCACTACTCAGGAGAATCATGAACACAATGAAGGTCTCAAACCAGTTGTGTTCAACTATTCGGAAGCACGTCCTCCGTAGGTTCCACCACTGTTTCCCTCTTCCTTCTTCCACGCTGATTTGACAGCACTTGAATCTCTGGACACAGCCT 

a score=38
s danRer3.chr12   1806268 3 +  37038836 AAG 
s mm7.chr11     106436708 3 + 122091587 GGG 

a score=4563
s danRer3.chr12   1806371 154 +  37038836 ACCCTCTGTGAAACAGGCCTCTGGTTCTTCAGGTTCTGGTTCCTCTTCTTCTACCTCTTCAGGTTCAGGCTCAGGTTCTGGAGGCTGGTAGTCCACTGTGCTACAAACCGAAGAGTCACCATCATTAAG-------AGTGGC--CTGTGTAGCACACAGCACA 
s mm7.chr11     106437058 157 + 122091587 ACCCTCTGTGAAACACTCCTCAGGTAGCTCCCCCTCAGGGTTCTCCTCAGCCTGCTCCTCAGGGTC---CTC---TTCGGGGGGCTTGTAGTCAGCTGTGCTGCAGACGGAGGAGTTCCCGTCGTACAGAGGCTGTAGTGGCTTCTGTGGGGACCACAGGGCA 

a score=3953
s danRer3.chr12  1807591 592 +  37038836 AATGAACTTTATAACATTACTACAA-AGTATCTAATGTTATGTGAAGTATACATCTTATAGTCTCATCGTCTCATGCTTGAAGAAGAAAATACTTTAGAAACTTCTGACGCCACTAATTCTAGATACTGATAAAGTTAAACTGGACTGCCTTACCTTTGCGTCTTCCTCATCAGAAGATTCAGAGTCCTCATCTTC------------CTCCACATCAGACTCACAACGAGCAATAGGTACAGTCAATGTTGGA------------------GACAAACAGTTGGTCAAACCA--------------------------------TCTGCCATTTTTCCTTC-ATCAAGGTGATTTAAAGCGTACAGTTCTATGTCTCCCTCCCCT---------------------TCCTCTTTGGTATT------ATCAGGTTTCTTT------CCCAGAATCCGTTGCACCATACTGGCAACTAAGG---------------------------CTTTAACCCAATCGATACCCCTGGTGATGCGGCCAATGGCAATCTGAAGGTTGTTCATCTCTCCATCATCATCACCTCCAGACAGGTTATCTCCACTGAAGGAGCTAAGCAGCAGGGCCAGAAACAGATTCAGCACCTGGAAAAACAAAGGTAAGGAGGTTAAGAAGATAAACACATTTAAGACATAAAAAA---CATTTCTTTAACTCAAG 
s mm7.chr2      66248220 687 + 182548267 AAAGATTTTTGGAATCTCAATAAAATAATATTTGATATTATATCAA--AAAGGTTCTATAGAATCAT-----------TAATACAGAAAGTATAATCCATACATAT---------ATTTATACATATACATCTCCCCAATTTACAGCATCTTACCTCTTTGCTTTCTTCTAGATCTGATTCACTGCTAAAGTCTTCTGTGTTTAAGTTCTCAAAGTCAGACTCTCCCACAGCAATGGGCACAGTCACAGTGAGGCTGGGGTTGTTTATGAATGACATATAATCACTCTCATCAATGATGTACTTCTCCACACTGCTGCCCGTCCCTATGCCACTTGTGGTTCCATTCACATCTTTCAGACAGTCCAGATCTTTCCCAATTTCTGTTGTGTGGTTAGAGATACAATTGTCTTTTCTGTTGTTTAGATCATCAAGTGGCTTAATTTCATCTAGAATCTTCTGTTTCTTA------ACAAAGGATTGTTGAATGAATTCATATATTTTTCTTTTTACATAAGCTATTCCTTTGTGCATCCTGTCCACAGCAATCTGCAGGTTGTTCATCTCATTGTCATCATCAGTGGCTGCAAGGTTGTCTGCACTAAATGAGCTCAGAAGCAAGGCCAGAAAGAGGTTCAAGACCTTG-AAAACAGACATAAGTATGT---GTTCACCACAACACAGAGGACATAGGATGGCTTATTCCTTTAGCTATAG 

a score=-1180
s danRer3.chr12  1809709 692 +  37038836 AAATGTTCTTAATATTTTATAATAAATCAAGAAAAAAACATTTTTAAACTAAATATGCACATTGTTTTCAATGATCACAAAGTAACTGCATGAAGTAGTATATAAACTGCAGAAGAAATAAAACTAAAAGTATTTCCACAATTTAAATGAACATTTATGTAAGG-------AAATCAGGGAAATATGTGAGGAATCAGAATCAGTAATTCACCAGAATGCTGCATCAGTGTTACATTTAAAATAGAGTACGCTACTGAAATCTTTGCTGTACGGATTAAACGTATTCAGATTGGTCCAATATTTAAATATAATCTTGGCTAATAACATTCA-AGTGTAATTA-AAGCTAGTTTTACAAATAATTGGTTTTCAGGTTCTACATAGACAGTA---TCAAGTTTAGGTAGGCTCTGTCGTAATGAAGTTTCAATAAATATGCAATGTTGTCTGGAAGCCTTGGACAGGGATGCTATCTTTAGGATCAAAGCACACTAGACATAGCGCACAGTTACAGCAGCCATGTCAGACCTGCTTGCAAAAGGCATTGAAAATG----TACTAATAATTTAATAAAGCCTTATATTGTTCAAAGCACTGTTAACATGTTATATTATGCAAATTGAGAAACGGTATGATATATTTCTGAAGATAAAATGACTGAACTCC--AAGGAAAAATGCTGCAAGAGAATTAAGTTTTATCATTTCTT 
s mm7.chr2      66251851 604 + 182548267 AAATGCTGTAACTATTTTATTACAGATGAAGAGAACAATATTT-----CAAGGTATATAAAATG--CCCATCTATTATTAACCAACTTCCAGACCT--CATGTCACCTAGACAAGATTTTGCCCCAAA---------ACATTTTATTTGTAAGTTTATCTTTATTCCCTTCAAATCATGTGTATCTTATATTATTC------------TCATCACTATCATTAATATTAGTCACATGCACTA-AAAGTGCGTTTCCAGAATCTAAATAGTAGAGATTTA------------------AAAATATAAATCCACTATAGCATATGCATATTTACATTGTCTTTATCAGCAAG--ATACTAAACATT--CTCCTAGATATTATATAGAATGCATGTTATACTTTAGATA-GTTCTTTC---------TTCAAATAAAAACCTGAGACTTTTAAGTTGAGTCTGCT--GGAAAATATTTTAACAATTTATGC-------------TTCAAAGTAAAAA-----ATGGAGAATATTGTCGAAACTTTCACTAAAAATGGGCTTACTAATCATATGATGTA----CAAAATGCACTAGGTACTGTCAATATTTCATGATATG--AATCTAGAA----------------CAGAACTTAGACTCCCTTGACCCTGGAAGGAAAAAAGATG-GAGACACTTTTGTGTTATCATTCTTT 

a score=10307
s danRer3.chr12  1811431 382 +  37038836 taagctctcgaggatcTCCATGGACATCCCCATTGTAAACGGCGACAAAATCCACTCTCAGGATATACTTTTAGCAGTGACCCGGGAAGTACTTGGCGACACTATTGAGATGGATGCCATGAAGGAGAGCATCGAAGCCAAGTTCATCATGAACAACCCCACATCTGCCTCGTTTGAGCCAATCATCACCACTCTCAGGAGGAAGGAGGAAGAGCGAGCAGCCATTGCGGTTCAAAGAATATACCGTAGGCATCTTCTCAAGCGTGCCATCCGCTATGCCTGCTTCATGCGCCAAT-CAAAGAGGAAAGTTAGGAATCCCAACGACAATGAACCTCCTGAAACTGAAGGGTTGATTGCAAGGAAGATGAATACCCTATATGGC 
s mm7.chr11     15662309 373 - 122091587 TAAGATCAAGCTTATCACATTAGACCTGCCCATGGTACCCGGGGACAAGATCCACTGCCTGGACATCCTCTTTGCCCTGACCAAAGAGGTACTGGGTGACTCTGGGGAAATGGATGCTCTCAAACAGACCATGGAGGAGAAGTTCATGGCAGCTAACCCCTCCAAGGTCTCCTATGAGCCCATCACCACCACCCTCAAGAGGAAGCAGGAGGAGGTGTGTGCTATCAAAATCCAGAGGGCTTACCGCCGCCATCTGCTGCAGCGCTCTGTGAAGCAGGCCTCTTACATGTACCGCCACAGCCAGGAAGG----------CAATGGCGATGGGGCCCCTGAGAAGGAGGGATTGCTTGCCAACACCATGAACAAGATGTATGGC 

a score=839
s danRer3.chr12  1814501 220 +  37038836 TTTTCAGTTTAAATGTTATTTTGAAAACATCAAGGCAATAATCCCC------CGTGCACATTCACCGCTTTAATAGGAAAAGATGTATGTATTAGAGACATC-ACATGATAGATTTCCTCTGAAGTCTTAATATGACTGAAAATGTCTTATTTTGCAAAGTTTTTAATGAAGCACTTTTTTGAAATCGTTTATATATTTACCTCTTGTATAGTTTTTTAGAT--TTGAT 
s mm7.chr2      66255847 215 + 182548267 TTTTTAATTTCTCTCTCCTTTTGGATAATTCCAA-CAATAGTTTTCACAGACTATTTTAGTTCAGTTTCCTAAAACCATGTTATTTATTTTTTTGACACAGCTGTAAAACAGATTACTTGTAGAACCAGAA----AGTAAAAATTTC---------GAAATTCTGAATGATGCACTTTTCTATAAAGTTTATCATGGCTAATATTTTTAAAGTTCATGGGATAATTGAT 

a score=-1404
s danRer3.chr12  1815039 553 +  37038836 TGTGCATTTCAAATGTTCATGGAATAAATTTAATAAGATAAAGGAATTTCTCTTTATGCTTTAACGGTTTGAGTTACAGTCTCAGATTTAATGTCACAGCTCACCTCATGTCAGGTTTTAGTGGTGTTTA--CAGTCTTAGCATGCTATCATGTGATGTTTATGGATATGCTTTCCCAGAGGTGTTTATCAAGCCCATTTTTCCATTAG--ACTTGTGCTCCATATGACTTTTTCTGTGTGTGTCGCAGTGGCCTCAGAACGGATAG-CTGTTCTTGTTTCACACCATCTATTTTTACTCTCAGCTTGAAATGTCTTCACCTCAGGTAACCAGTCTTAATACTTTTGGAATCCAGTGATCTATAGATTGGTCAGTTGTGATATGGTATGTGATATTTAAAAATATGATATTCTAAATATTGTGAT-ATTTAGAATTCTTTGCATTTTTACTGCTTCATGTTTAAAAATGACCACAGGAGCGTTTATTTCCAAAATAGCAGGTTGATAGTTAAA-TAGTCAAAT-----AGTGACTCTGttaaaatggttgagttaaaaatacccc 
s mm7.chr2      99526135 413 + 182548267 TGTGCATATTGGATGTTCATTGAATAAATTTGAAGAATTAAAGGA-------------CAAAAAGGAACTGTGAATCTAGACAAGATGTAATG--------------ATG------TTTAGAGGTCTCTAAGAAATATTGGCTTATTATCACTGAAAGTTC-------TACTTTACCA-------TGATGAACACC----TTCAATGGGAAACTGTAGATGCGGAAGGCTTATTATGAG--------------------ACATATAGACTGAT-------------ATACATGATAATTTTCAAATCATATTTTCTTC--------TATCTTGTTTTAATA------GAAACAAGGGA----------AGTC-------------TCTTTAATATTTATCAGGATTCTTCTCT---CACAGTAATAATTTATCAT--TTAATATCTTAACTATTTCATT--------------------------TCTCTAGACTAGCTGATATATAGTTAAACTAATCCACTCTCTAAATGTCAATCCTGAATTAATGTACTTGAAAATAATAC 

a score=6274
s danRer3.chr12  1815652 101 +  37038836 aatgcattAGGTTATATAATTTAATTTAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatat 
s mm7.chr2      99526588 101 + 182548267 tgtgtgtgcgtttgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgt 

a score=8066
s danRer3.chr12  1854417 247 +  37038836 ATCAAGGGCAAGATCGCACATACATTAAAAGCCCTGCAGAAGCGCTACATCACCACAGACACGGCGGTCACCAGTGAGGATCTAGAAGCAAACCTGCTGTGCTGTGCTTTGGAGGCGGTTTTCATCCATGGAATCAAGAGTAAGTTCATCCGATCTGATG--GAGGTCAAGTGCGCAAAGGAGGATCTCGAGGA-GCGCTGCCTCAGCCAGTCTTCTGGGCTCTGTTGAAGACTGTCACCCACAGGTGGG 
s mm7.chr11     18585275 250 - 122091587 ATCAAGAAGAAGCTCGTGGGATCCGTGAAGGCTCTGCAGAAACAGCATGTGTCTCTGGACACAGTGGTCACCAGTGAAGATGGAGATGCCAACACCATGTGCAGTGCCCTGGAGGCTGTGTTCATCCACGGCCTGCATGCCAAGCACATCCGCGCCGAGGCTGGCGGCAAAAGGAAGAAGCACACTCACCAGAAGGCTCTGCCTCAGCCTGTCTTCTGGCCCCTTCTGAAAGCCATCACCCACAGGTGAG 

a score=12541
s danRer3.chr12  1860276 673 +  37038836 AGCCTATCAACTCTCTTTCTCCTCTAGGGATGTAGTTCAAGAACTGGAACGTCTAAGCTTCATTAACTCTGATGTGGGCCGCTGCAGAGCATGGGTCCGGCTGGCGCTGAACGACGGGCTTCTGGAGTGTTACCTGACCTCGCTGCTTCGTGAAAACTCCAAAATGAGCACCTACTATCAGCCCGGGGCTCTTCTGCTGGACCCGGAGGACCGAGAGGTGCTTCTCACCCTCCTGCAGGGCTTGGCTTCACTGACCTTCCAGCTTTCCTACAAATCTGCTGTGCTCAATGAATGGACCAACACGCCGCTGGTCCTTGCAGGTCTTTGCC----CTCCAACTCCTGCCGACGAGCAGCATCTTGGTCCCAAA------CGCAAGGAGTCCTGGGATACGGTGTCCCAGTCATCCGGCGGCTCTGGAGGCTCGGATTGGACTCCCGAATCGCTCCAGAGGGAGACGAGGAGAGATCAGATTGATGGCTGTGATCCCAGCACTCCGCTGACCTCCTCAAACCTAAGTCTGGACACCGTGTCGGGGTCTTCGCATCTGTCCTCCAGCCTGAGCTCTGACA---GTCTGCTGCAAGGCCAGGAGCTCAGGAGCCCAGA------GAAGGAGCGCTGGAGCTGCGACTCCGAGAT--------CAACCACAATGAACAGCAGAAGATCACGGCTACAGAGTGAGTA 
s mm7.chr11     18587206 660 - 122091587 AACACATCTGCTCT-GTCCCCCTGCAGACACATTGTCTCAGATTTGGAGCACCTGGTCTTCATCAACACAGATGTAGGCCGTTGCCGAGCCTGGCTGCGGTTGGCCCTCAATGACGGTCTGATGGAGTGCTATCTGAAACTGCTCCTGCAGGAACCTGCACGGTTGTGCGAGTACTATCAGCCCACAGCCCTGCTTCGAGATGCCGAGGAGGCTGAGTTCCTCCTGAGCTTCCTGCAAGGACTAACATCCTTGTCCTTCGAACTCTCCTACAAGTCAGCCATCTTAAATGAATGGACACTCACCCCATTGTCGCTCTCTGGGCTTTGCCCCCTCTCTGAACTCGACCCTCTCACTACCTC-TGGTGCAGAACTACAGCGGAAAGAGTCTCTGGATTCAATTTCCCATTCCTC---GGGCTCTGAGGAC----ATCGAAGTCC---AACACTC--------------AGGCCATAAGATCCGCAG---------GAACAGGAAGCTCACTGCCTCTTCCCTCAGCCTGGACACAG---CCAGTTCATCCCAGCTGTCCTGCAGCCTAAATTCTGACAGCTGCCTGCTCCAAGAGAATGGTCCCAAGAGTCCAGACCATTCTGAGGAACCCATGTCCTATGACTCAGATCTGGGCATGGCAAACACCGATGACCCCGACAGGTCTCTGC--AAGAGTGAGTA 

a score=6081
s danRer3.chr12   1872349 137 +  37038836 CTTACTGGACAGATTGACGGCGCAGG---CGATGATGATGACCGCTCCTCCCACCAGCGACACCACTGACAGCAGTTTAGCCACTCGACCCAAACGCCTCGCTCCGTCCACGTTCCCCTGCTCCAGACTGTTCCTCGACT 
s mm7.chr7      123115436 140 + 141766352 CTCACCGCCTAAGTTGATGACGCAGGAGGCGATGATGATGAGGACCCCCCCAACCAGCGCCACGATGCTTAAGAGCTTGGCTACTCGGCCCAGACGTTGAGCCCCATCCACGTCCCCCTGTTGCAGGCTGTTCCGGGACT 

a score=5139
s danRer3.chr12   1872899 95 +  37038836 CCTACCATGATGGAGTAAACAAATCCCACAATGTTGATGGGCCAGACGGGACAGAAGCAGGCGATGACGGCGAGGATGAGGTAGTCTTTGGGTTT 
s mm7.chr7      123115947 95 + 141766352 CTCACCATGACGGCATAAGCGAAGGCCACAATGTTGACAGGCCACATGGGGCAGAAGCAGGACAGGATGGCAAGGATGATATAGTCCCGAGGTTT 

a score=4145
s danRer3.chr12   1903756 137 +  37038836 TTTCTCTGACAAAAGGCCGATTGACAATCTGCTTAGACTTTGCGGCGAAATTAAGTGCAGAAAAGGTGTCAAAGTAGTATTTGTACTCGGGTGCGATGTTTGTGATCATGACAGAATGTGCGGATCCACCCAAAGAG 
s mm7.chr7      123129454 137 + 141766352 TCTCATTGGTGAAAGGCCGGTTAATCACCTCCTTGGACCTAGCAGTGAAGTTCAATGCTGAAATTGTATCCTGGTAAAAACGTCTTTCAGGAGCAATGTTGGCAATGAGGATGCTATGAGCTGAGCCTCCCAGAGAG 

a score=10310
s danRer3.chr12   1903894 244 +  37038836 CCTGCAGCAGGCGGGTGAGTTTACTGTCTCTGTAGGGCACGCGGCCCCCAGCCCCTGTGTTCAGAGCGTCCACCACCTTACTGAGCGTGAACAGAGACAAGTTGATGGCTCCGCTCTCTTTCAGACGAATGCCCTGGTTTCCTGTGCGCCGATTGTCCTCTGAACCGGCAAGATCCACCAAATAAAGCTTTCCTGTTTGCTGTCTGTGTGGCGGACCACGCTGAGACTTCACCACCTGAGAGGA 
s mm7.chr7      123129718 241 + 141766352 CCTGCAGCAGACGAGTGAGCTTGCTGTCCCGGTATGGTATGCGAGGG--AGGCCCTG-GTTTAATGCATCCACCACTTTGCCCAGTACAAAGAGGGAGGTGTTGATGGCTCCGCTCTCTTTGAGCCGAATGCCCTGGTTGCCTGTGCGACGGTTGTCCTCTGAACCAGCCAAATCAATAAGGTAGAGTTTTCCTTCCCGCTGGCGAAATGGAGTCAAACGTTCACGCTGATCTACCTAGGGGAA 

a score=-322
s danRer3.chr12  1904138 111 +  37038836 CAAAACATGCATGTGTGTGAGATCTTTTTCTAGACTGTTGACAAGTTGCATTCACATCACTTTAAATATTCTAGATTCAGTTTGAAGGATTTATTTAAATTAATAATGCAA 
s mm7.chr1      99493747  98 + 194923535 CATTGAATG-ATATG-GTAAGAGCACTGCTTAAGCAG------AGTAGCTCCTACA--ACTTGA---TTTCTACAGGCTGGCAGAAGTACTGCTCAAAGTCAGAGAAGCAA 

a score=5449
s danRer3.chr12   1906588 215 +  37038836 ACCTTTATGAGGAGGATGGCGTGACTGCGGCTGGAGCGCTGGTTGAGTTTAGTAGAGGCTGTGGTTCGGTTGAGGCTCGCGGGGATGAAATGAGTGTCAAAATCAGCAAAAGATGAGAGAGGAGTGTGTGTTAACCCGGGAATGAGGATGTTTCTGTCCTTGTCTTCACGGATGGGCAGGTCCTGGGAACCTGGGGACAACAGATCCAGCACCTA 
s mm7.chr7      123130024 215 + 141766352 ACCTTGACCAAGAGCACTGCGTGACTACGGGAAGAGCGCTGGTTAAGCCGGGTGGCTCCTACAGCTCGATTTCTACTGGCTGGAAGGAAGTGCTGCTCGAAGTCAGAGAAGCTGGTGATGGGCTTCTGTGTGAGGCCTGGGATCAGGATGTTCCCTCGGCAGTCTTCGCGGATCACGAGGTCTCCTGATGCAGGATCCAAGAGGTCTAATACCTA 

a score=8837
s danRer3.chr12   1908838 448 +  37038836 CTTTTCAAATCCTGCCTCAACCTTTTAAACAGAAGACC--AATTTCCACACTGAAA---------ACTAAGCTGCTGCACCTTTTCATTGTAGATTTCCAAGTAAGACATCCCAATGGAGTACTCCCAACCATCTTGCTCTTTTTTCTGAGCTCCAACCAGATTGAAGACCTCCTTTACAGCTCTGGGAATAACGCCTGGCTGCTCTTGACTGCCCAGCATGGTGTGGGTCTTTCCTGAGGTGAAGAACAAG---------------------AATGATTTTAACAACTGTCAAAATGTAAAAGATGAAGTGACGGGGGTGGAAAAGAAGAGAAGTCCTCTAACCTGCTCCGGTGGGTCCGTAGGCAAAGACACTGGCATTCTGACCATTGAGGATGTGTGGGAGGATTGGCTTGACGGAGGTCAGAAACACCTCCTGCTGTGTGGTCTCTTCACCATGAAACACATCAAACCTAAAAAT 
s mm7.chr7      123130355 462 + 141766352 CCTGTCTAGGCTTCACTACACCTTTACTAGAGGAGAGCTTCATGTCCTCTCTAGATGGCCCTGGTACTTTGCCCCCTTACCTTTTCCTGGTAGATCTCTAAATAGGACATAGCAACAGAAACGTCCCATGGCCGTCCCTCAGCACTCTCTTCCCTTGCTAGTTGCAGGAGGTCCATGAGAGCCCGAGGAATCACTCCAGGTTGCTCTGGGCTGCCCAGCATTGTGTGTGTCTTCCCTG-GGCAAAGAGCAGAGAAAGGTATGAAGTTCCCCTCAATGTTCCTAGTTCTTTTCCTCATGCATAGGTAGTTCTCGTCTGGCT-----------------CTCTCACCTGCCCCAGTAGGCCCATAGGCAAGTACACTGGCATTCTGCCCTTCCAGCAAGTGCCTTAGGATGGGCTGTACTGAACCTACATAGACTTCCTGCTGAGTGCTCTTCTCGCCATAGAAGGCATCAAACCTGTAGGT 

a score=2985
s danRer3.chr12   1911377 182 +  37038836 CTGACTGGTACTGCAGGGTCTCAGTGGCGTTCCTCCAGTTGATGATCTC-------CAGCT-TCTGTGGCCCCAGACCCCGCACACAGGAGCCCTCGCTCTTCTCGTCCTGCTTGTCCATGTAGGGTCTCAGCCGGACGGCCACTCGAACACG----AGAGGTGCGTTTGGATCCAGCAGCTCCATCGTTCACA 
s mm7.chr7      123132300 185 + 141766352 CTTACTGATATTTGAGCGTCTCCTGGTATTTCTTCCAGTTAGCCACTTCAAGAGAGCAGCTGTCTATGGCTC--------GGACACAGGGGAGCTCCTTCGCTTCTGTCTCTCCATCCATAAACGGGCGCAGCCGCACAGCCACCCTTACTCGAGCTAGAGGCGGACGCCGGCCAAGCC-CTCCTTTGCTTACA 

a score=7406
s danRer3.chr12   1919813 170 +  37038836 GGAAGATGGACTCGAATTCGCTGAGTAAGAATTCCACGATCTGGTTCTGGAAGACCATGTAAGTGGCGATGCTTGCCGTCTCCTCCTCAGGCTTGAGTAACGTCGGGCCGAAGACGATGGCCACGTTCTGAACAGTCATTCTGTTCTCATTGCCATGCTGAATAACCCTG 
s mm7.chr11     103441914 170 + 122091587 GGAAGATGTCCGCGCACTGATGTAGGATGAGCTCCACCACCTGGTTCTGGAACACCATGGTCATGGGCATGCTGGCCTCCTCCATCTCTGGCCGCAGCAGCGTGGGTCCGAACACTATGGCCACATTCTGCACAGTCATACGGTTCTGCTCGCCATGCTCGATGACCCTG 

a score=1774
s danRer3.chr12   1921972 78 +  37038836 CACCTGCGCAGGTGGCTGAAGAGAGCCTCCATTGTGTCATGGTTGGGTGGAGGTAAAGACCGTACCAGATTCCTCATG 
s mm7.chr11     103442188 78 + 122091587 CACCGGCAGAGATGCTGGATGAGCAGTCGGAGCGTGTCCTGGTTGGGAGCTGGCAGCGTGCGCACCAGGTCACGCACG 

a score=5864
s danRer3.chr12   1922795 128 +  37038836 CTTACTGATGGCACAGATGAACTCATTGAAGAGGTTGTAAGGGAAGAGAGGCTCCTGCAGTTCTCTAAAGAAGAGTTTCAGCGCTCCTGTGATCACATGAATA---TCCCAGTTTCCCTCCTCCAGGTCCA 
s mm7.chr11     103442380 131 + 122091587 CTCACTAATGGCTGCTATGAACTGGTGGAAGTGCGAGAAGGGGAAGAGAGGTTCCGGCAGCTCTCGGAAGAAGAGCTTCAGGGCACCCGTGATCACGTGGACGTCTTCCCAGCGCCCGTCGTCCAAGTCCA 

a score=4875
s danRer3.chr12   1923195 90 +  37038836 TTACCATGATCTGCTTTAAAGCGCAGTTTCTGGATAACCGCCAGATTTCCACTGACTCTGTAGAGTCCATCGATTTCCAGACCTGTTGAA 
s mm7.chr11     103442607 90 + 122091587 TCACCGTGATCCACCTTATAGCGCAGCTTCTGGATGGTAGCCAGGTTCCCACTGATGCGGTACAGCCCATCAATATCCAGCCCTGCGGGA 

a score=4956
s danRer3.chr12   1925360 302 +  37038836 ACGCACCTCTTTTCTCCACCGCTCGAATGCATTTCTCCACAAAGCTGGGCACTCTGGTCTTCTCCTGGCTGCAGAGATTGTGCAGATGACATCCAAATACATTTTCTGAAGAGAAAGAGGCAGATCAGAGTCAGTTTATCTTTAGTGACAGTAACAAAGAGGCTGCTGGACGCTGCTCTGACCTCTGATGTAACCCTTGTCTTTGACGGACTGCAGTGTGGGACGCTTCAGGAGGAACTTCTTCAGTTTTGTGCGAACTTTCTTCTGTTC--------CGCTTCGGATGTGGAACTGGTTGAAGGCTGTC 
s mm7.chr11     103442874 305 + 122091587 ACATACCCCGGGCCTCGACGGTGCGGATGCATTGCTGCACGAAGCGTGGCACAGGGCTCCTCTCGCGCTCACACAGTTGAGCCAGCGCGCATCCAAACACCTGGTCTGGGGG---AGAGGTTGGTCAGCGCTGCCCTGCCCCGCGCCACCTGAGCCCGGATCCCGGCGAAC--TGCAGGTACCTTTGATGTAGCCCTTGTCCCGCAAAGACTGCAGAGTGGGTCGTCTCTGTAGGAATTTACGGAGCTTGTGCCGGACTCTGCTCAAGTCGCTTTCCAGGCCTCCGGGGCTGAGCGAGGGTGAGGCTGTC 

a score=-339
s danRer3.chr12 1925664 201 + 37038836 GTTGCTGATGGACAGAAGAGAGCAGCAACACTCATGAGCAGCTTTTATTACACCATTTTAATGCAGTTTTCAGAAGATCTTCTTTAATCTTGAAGGTGAGGAAATAATTACAGA----------ACTTTCATTTCGGGTTGAACATT-GCTTTTATAACAACACTGTATTCAGACACTTTAGGCTTATAAAAGTCTACATTTTCATGTTTTT 
s mm7.chr18     6237144 199 + 90918714 ATTGCTTAAGACAAACAGATAATATGTATTTCAGAAAACTTCTCTAGTTAGAGTTTTTCCATAGATAACACAAAACATA----TCAATCCT----ATGATCAAA-AATTACAGAAGAAATGGTTATTCTAATTTTAAGTAAAATTTTCATTTTTATAACTAAA----AGTAATAAAATGTGTGTGTATGTGTGTGTAAAATATTATATTGTT 

a score=159
s danRer3.chr12 1928498 4 + 37038836 AAGA 
s mm7.chr18     6240899 4 + 90918714 AATA 

a score=3808
s danRer3.chr12   1928502 119 +  37038836 CTCACCAGCTGGTGTATGGTATCTAAGATAACTTTATGCCAGTCTTGGATGATGCTATCGGTGTCGTACTGGATCAAGTATTCGGCACCAGTCCGAGTCTTAAGCTGAATGAGCAAACA 
s mm7.chr11     103444236 119 + 122091587 CCTACCAGCTCTGAGATGCCTTCGGCAATGGCTTTGTGCCAGGTGCTGATGATGGCTTCGGAGTCGTGCTGGATCAGGTACTCCGAGCCATCTCGGCTTCGAAGCTGGAGGGACAAGTA 

a score=-1941
s danRer3.chr12 1928621 398 + 37038836 CAACGTATTAAGAATACACACTCGTGAAGTGCACAGAGAACGTACAGTACACTCTAAAAAAAAAAGGTTCCTAGAGGT------TCTATATAGAACCTTGGGGTTCTATACTTGGC-CAGTAG----AACCTTTTGGCCAAAAAATGGTtccatttag----------aaccctttgagtgcaaagaac------------ctttttgattaaaatggttctatagtttttgattaat--aacataattatctagtaa----agattatacaatatttataagctataacacagatatacaaagctttttgagtcaaaacctaataaaatgaatgatgtggtcaaaaactttatca-gtgtacagtatgatggg---attttctttcattcaGGTT-TGAACATTAGCATATAACttatattttatatatacttaatattta 
s mm7.chr18     6241022 400 + 90918714 GGGTGAAGAAAGAACACA-GTCAGTGCTTTCAACAGAACAAGT---------------GAAAACATGTACTTCCAAGCCCACTGTCTGCAGTGCACTC---AGTCTTACACTGAGAGCAGTAGAGGTAGCCTGGCAGCCAGGGGATGCCTTTCATCAGTGTCAGTACCAGTCTGCTTACTGTATAGAACATGAAGTTGGGTTTTTTTGTTTG-------TTTGTTTTTTGTGGTAAATTCTAAAGAAAAATCTAGTAATTCTGGATCCTAGAGTA-GTATAGTTTATCATTTAAAAATAAA------TTCAAGTGTAAAAGCAATGCAGACAATG---------AAAACTGGAACATTTGTAAAGAAATAAAAGTCTGTTGTATTTCACACACCTTAAGAATTTTTTCATAGCCTGAGAATTTTCTTAATTCTTAATATATA 

a score=4091
s danRer3.chr12   1929752 84 +  37038836 ACCTCCAGAACGTTTTTCTTGCTTGATTTGTCCTTGGGCGCCCGGTTAATTGTGGCGCCTTTCAGATCCACTGTGAATTCTGGG 
s mm7.chr11     103446763 84 + 122091587 ACCTCTAACACATTCTTCTTGCTGGATTTGTCTTTGGGGGCCCAAGAGAGAGAGGCCCCCTTCAGTTCGACTGTGTATTCAGGG 

a score=1511
s danRer3.chr12   1931036 457 +  37038836 CTCACTGATGCCCCGGCTGGTGTGGACTTCGGATCTTTATGGAAGGTCAGTTTACCTCCATGGAGAACTGTCCAGGAATGACCCCAGTTCTTCCTATTGGAGGATTGATGAAAT-------GTTAGAATTTGACCCCAAAAAATCTACCTATAGcaggggtgaccaaccctgttcctggagatctaccttcctgcagatttcagttgcaacccatatcaaacacacctgcctgtaattatcaagtgttgatcaggtcc------taattaattggttcaggtgtgtttgatcagggt------------------tggagctg--------------aactgtgcaggaaggaagatctccaggaacagggttgatcaccactgATCTATGGCCATTAAACCAAGATCACGATGGAAA--CCTTTACCTGACTTTCTTCCCATTTTCAGACACCTTTGTTTTGTTCAATATTCCAGCCTTCTCCAAATTTGAAACCTGAAATAA 
s mm7.chr11     103447342 463 + 122091587 CTCACCAGGCCGCCTGCAGCTGAGGTCTTTGAGTCCTTGAAGAAGGTCAGGACCCCGCCCTCCAACACTGTCCAGGAGGTGCTCCAGTGTTTCTTCCT-GAGGAAGGAGGAAGTGGCGGTGGGTAGGGCTT---------AAATTTGCTCCTGGGCTGGAGGACT--CACTGAACCCAAATACACA-----CTAGGGCATTGAGTTTTAA--------AAACATAGCTTGGGGTACTGGCCTGAGAGGGCTGGGTTCCCCCAGATAGCTGGTAGCCAAAGGACCGTAGGATCCCGTTTCCTCACAGGACCTTGTATGGAGATGCTACCATGATTAGTAACTGTGGCATATGGGAG-CCTAGGGGAAC----TTCATCATCA-------AGGGCCACCCTGCCAGG----TGATGGACAGGCCCTCACCGAAGTCTCTTCCCCTTGTCTACCGTCTTGGTACGATGGAGGACTCCTGCCTTGTCCAGAGTCTTGATCTAAGAGAA 

a score=6583
s danRer3.chr12   2016730 205 +  37038836 TATTTTGTGAGATTTGTGACCTTACCTGGAAGTTACGTCAAACTGGAAAGGGAAGATGATGTCGGGGGCATTGCAGATCTGACATATAAAGCCTCTCTGAGTGCAAAGGTCACAGTTGTGCACATGCTTGGAGCCAAACTGAATCAAAGACTGCAGGTAAGACTCGTAGTGGCCGTCTGCTATCTGTGTGCAAAAATAATAATCA 
s mm7.chr11     103476613 205 + 122091587 TAGTTTGGCTGTGTAGTCCTCGTACCTGACTGTGGTGTCAAACTCAAAGGGAAAGATGATGTCCTGGTGGTGGCAGATCTGGCAGATGAAGCCTCGCTGGGTGCACAGGTCACAGTGGTAGACATGCTGGGATGCGAATTCAATCAGGGCTTTGAGGAACCCTTCATATACCCCCTCTGCAATCTGCAGGAACAAGTGGAGACCA 

a score=4519
s danRer3.chr12   2021680 161 +  37038836 CTCACCTCGCGAGTTTTCAGGTCCCAGTTGTGCAGCATGCGGGAGGGGATGATGCTCATGTCTCCTTGATGGCAGGAATCACAGAACTGCTGACCGGAGAACTCACACAGTCTGCCTCTGCCCAGAGACACACTGATCTGACGAGAGCAACCTGCAAACAT 
s mm7.chr11     103482975 161 + 122091587 CTTACCGGGCGCTTCGTGAGGTCCCAGTTGTGGATGATTCTGGCTGGAATCACTGAGGCATCGTCTTGGTGGCAGAAGTCACAGTAATACAGGCCAGAGAAGGCACAGAGCTTGGGTCGTACAAAGGAGAAGCCGATCTGTCGGGAGCAGCCTAGGGAAAT 

a score=12412
s danRer3.chr12   2023702 957 +  37038836 AACCAGTCA-TACCTGCACATCTGTAATTCTGTGCGTCCAGTCCTCTCTCGATGGGCACAACAGACAGGTGTAACAGCAGCTCTCCGTCTCCCTTTAGTCTGTGCTGGACGAGCTTGTGGACGACTCCTCCTTGTGCACC--GTCAGCAGCTGAGGCTCCCGCTCCATCATCCTCCGTCTCCAGATAGGAGTCCAGCGCTCCTCTGATCAGACTCCTCCACCCTCGTGCCTCCTCACCGCTCTCCGCCCTCAGCGTCAGCGTGTCCCGCACTGTCAAAACCTTAAAAAACGCAGGACTGCCCAGAGAAACATCAGGAACCACATCCCGGATGCTCCCAATGGGGAGTGAGAAAAGTGGTGTCTTTGAGTCTTCTCGGACCTGGAAACCTCTGAGGATCTCGAGAGAGAGTGAGAGCACCAGACACCGCCAGCCCTTCTCC--TCCAAGCTCTGATAGACCACCGCCTCCTTTATGGCGTCTGGTTCTGGGTCTGTATGCCGA-GTCCAATCTAACTGTG------GAGGATCTGGAAGCTCAGAGA-----------TGGTGTGCTCAGGTGT-TGATGGAGCTGGAGATGTGACTTCTTGATCGCTGGACGTGTGCAGCACCTCCCACTGTTCATCTCTCATAATGGGCCGTAGTTTGTTGACAGCCTCTGTGATTCGGTCCACCCAGTCCTCCGCTTCTCCTTTAGATGGCGCACGCAGGTAGATTCTTTTGTTAGGGAAGGTGAGCCGAAATCGGCCCTCG----GTGCTGGAGT-ACAGGTGGATGTCCTCGCAGCGCAGCAGGGACAGGTTTTCGTTGCAGACGCGCTCCTCTGCATTGACGTAAAGGCGCAGCTCAAATGGCGAGAGCTCGCAGTAATAATCCCACCACATGCCCACCGCGCTGCGTCGCTCCAGCTGACCCAGCTTTAGCAAACCTCTGAACGGGTTAGGAAGACCTGACGGAGACAGAGACACACATT 
s mm7.chr11     103485620 958 + 122091587 AGTCAGTCAGCACCTGCGCAGAAGCAGCCCTGGGAGTCGAGGCCCTTCTCGGTCGGGATGGCCACAAGGTACTGTAGCAGGAAGCCGT-TCTCCCTGGT--------AGCAAACTTCAGCACCTCCTGACATTTTTCATCCAGACTCCCACCAAGTGTCACAGCC--TCCTCAGCTGACTCTAGGTAAGATGCCAGCACTTTCCGGACCAGGTCTCTCCAGTGGGTGGCCTCCTCGGTGTTTTTGGCCTGCAGTTTCAGGACGGCCTTGGCCGTGATGATTTTGAAGAAGGCTGGGCCCCCAAGGCTGGTGTCTGGCAGGATGTCTCGGATGGTCTCCACTCCATGGCTATCACTTAGCATCTTCTCATTGTTTCTCACTCGGAAACATTTCAGAGACTCCAAGGACAGGGAAA-----AGATATAGGGGACCCAGGTCCGGTCTGCATACAGATACAAAAGGGACTCTTTGATAGCATCTGGTTCTGGAACC-TGGGCAGATGTCCAGTCCAACTGCATGCCCTGGGCACCCGCAGGCTCGGGGAGTAGAGTTGAATAGGGGGGGAGGCTGTCTGGTGGAGCCT---CTGGGGCATCCTCAGCCTGGTCTGGGTACTGGATATTCACCCACTCATCTTCCTGCTGAGGGCGCACCTTCTGCAGAGCCTCCCGTACGCGGTCAAGCCAGTCCTCAGCCTCGTCTTGGGAGGAGGCACGGAGAGCCAGCTTCTTGCCCGAGAAGACCAACTCAAAACGTCCATCACTGTGTGCTGGCCCCACAG--------CCTCACATCGGAGCAGGGAGCAGCTCTCCACACAGGTGCGTTCCTCATCACTCAAGTAGAGGCGGAACTCCAACGGGGACAGCTCACAAAAGAATTCCTTCCAGATGCCCATGGCTCCTCGCCGGGCCACTGTGCCCAGCTTCATGAGGCCCCGGAATGGGTTGGACAGCCCTAGTGGGAGAAAAGAGGCACTTT 

a score=11971
s danRer3.chr12   2032357 673 +  37038836 TACTCACTCTGTAGCCATGATCTTCTGCTGTTCATTGTGGTTG--------ATCTCGGAGTCGCAGCTCCAGCGCTCCTTC------TCTGGGCTCCTGAGCTCCTGGCCTTGCAGCAGAC---TGTCAGAGCTCAGGCTGGAGGACAGATGCGAAGACCCCGACACGGTGTCCAGACTCAGGTTTGAGGAGGTCAGCGGAGTGCTGGGATCACAGCCATCAATCTGATCTCTCCTCGTCTCCCTCTGGAGCGATTCGGGAGTCCAATCCGAGCCTCCAGAGCCGCCGGAAGACTGGGACACCGTATCCCAGGACTCCTTGCG------TTTGGGACCAAGATGCTGCTCGTCGGCAGGAGTTGGAG----GGCAAAGACCTGCAAGGACCAACGGCGTGTTGGTCCATTCATTGAGCACAGCAGATTTGTAGGAAAGCTGGAAGGTCAGTGAAGCCAAGCCCTGCAGTAGGGTGAGAATCACCTCTCGGTCCTCCGGGTCCAGCAGAAGAGCCCCGGGCTGGTAGTAGGAGCTCATTTTGGAGTTTTCACGAAGCAGCGAGGTCAGGTAACACTCCAGAAGCCCGTCGTTCAGCGCCAGCCGGACCCATGCTCTGCAGCGGCCCACATCAGAGTTAATGAAGCTTAGACGTTCCAGTTCTTGAACTACATCCCTAGAGGAGAAAAAGAGTTGATAGGCT 
s mm7.chr11     103503721 660 + 122091587 TACTCACTCTT--GCAGAGACCTGTCGGGGTCATCGGTGTTTGCCATGCCCAGATCTGAGTCATAGGACATGGGTTCCTCAGAATGGTCTGGACTCTTGGGACCATTCTCTTGGAGCAGGCAGCTGTCAGAATTTAGGCTGCAGGACAGCTGGGATGAACTGG---CTGTGTCCAGGCTGAGGGAAGAGGCAGTGAGCTTCCTGTTC---------CTGCGGATCTTATGGCCT--------------GAGTGTT---GGACTTCGAT----GTCCTCAGAGCCC---GAGGAATGGGAAATTGAATCCAGAGACTCTTTCCGCTGTAGTTCTGCACCA-GAGGTAGTGAGAGGGTCGAGTTCAGAGAGGGGGCAAAGCCCAGAGAGCGACAATGGGGTGAGTGTCCATTCATTTAAGATGGCTGACTTGTAGGAGAGTTCGAAGGACAAGGATGTTAGTCCTTGCAGGAAGCTCAGGAGGAACTCAGCCTCCTCGGCATCTCGAAGCAGGGCTGTGGGCTGATAGTACTCGCACAACCGTGCAGGTTCCTGCAGGAGCAGTTTCAGATAGCACTCCATCAGACCGTCATTGAGGGCCAACCGCAGCCAGGCTCGGCAACGGCCTACATCTGTGTTGATGAAGACCAGGTGCTCCAAATCTGAGACAATGTGTCTGCAGG-GGGACAGAGCAGATGTGTT 

a score=8066
s danRer3.chr12   2038631 247 +  37038836 CCCACCTGTGGGTGACAGTCTTCAACAGAGCCCAGAAGACTGGCTGAGGCAGCGC-TCCTCGAGATCCTCCTTTGCGCACTTGACCTC--CATCAGATCGGATGAACTTACTCTTGATTCCATGGATGAAAACCGCCTCCAAAGCACAGCACAGCAGGTTTGCTTCTAGATCCTCACTGGTGACCGCCGTGTCTGTGGTGATGTAGCGCTTCTGCAGGGCTTTTAATGTATGTGCGATCTTGCCCTTGAT 
s mm7.chr11     103506062 250 + 122091587 CTCACCTGTGGGTGATGGCTTTCAGAAGGGGCCAGAAGACAGGCTGAGGCAGAGCCTTCTGGTGAGTGTGCTTCTTCCTTTTGCCGCCAGCCTCGGCGCGGATGTGCTTGGCATGCAGGCCGTGGATGAACACAGCCTCCAGGGCACTGCACATGGTGTTGGCATCTCCATCTTCACTGGTGACCACTGTGTCCAGAGACACATGCTGTTTCTGCAGAGCCTTCACGGATCCCACGAGCTTCTTCTTGAT 

a score=2676
s danRer3.chr12   2063184 498 +  37038836 TTATTTACAGAAGGATTTAAAGCATTTCA---------------GTGTTGTTAATCAGTGCCGACACTCCTCTTTTGAATTCCTATGTACTTGAAAAAATAAttatattct-----tttttgttttttttagtctt-----tatttaattattatttatttttatttgtattattgtttgtgc---attttcatatatattatattggatatttgttgtacttgtataattatttaattatttatcattattaattaattaatttatttatgtcaaatttctttaaactgtgattgtttctattatttatatttttgccta------------tttttcgtgcctttatttaatt-atttatcattatttatttatttatcattatttgtttattta-----tttatttatttgtcaagtttctttgagctgtga--ttacgtgtaataattatattgcatatttttgatgcc--tttatttaattatttatcatcatttatttatttatt-------tatcattatttatttatttat---GTCAAATTTCTTTGAG 
s mm7.chr2      108171039 541 - 182548267 ttctttgctaactggttttaaaactttcaaatttggaaaaatatgtatttcttaattgtgtatatatttttctttaga-taactgtttatttgaatatttgatattattctacaacttactgatctcctctgcccccttaatttttggtctttttctattttaatttatatggtttctattgctatgtcttcaagtacacaa------atatatataat-----tataattat---attattaattattaataacatgttatattacatatttaataatgtctaaatacttgtttatcccatctgttgatttttttttttaaaccctacatactgttgcgttcatgtttgaaatttagttttggtattttagttttttctc--catgtctttatttagcatacctagtcttttcactaaattctcaaacatgtcaagttagatataataagtgttttaggacttttgcctgccaattcagtcatatctgaaacaatttttatttttttcttactatagtatttttgtttctttgtttacatggctagtattttttgaa 

a score=282
s danRer3.chr12   2063836 170 +  37038836 CTTCatttaattattt---atcattatttatttatGTCAAATTTCTTTAA------GCTGTGATTGTTTGTATATTTATATCATTGGC----TATTTGTTGTGCTTTTAtactcatttaattatttatttatcattatttatttattcatGTCAAATGTGTTTGAGCTGTGACTAATTACGTT 
s mm7.chr2      108171760 163 - 182548267 tttcctttaatttttttgaaagacaattttctcttctcagtttcctcagatgcatggctgtaatctactgagtgatagtccctctggaggggtttctccttttctttcctccacattgacctccttctctgtcactgtct--------------------tgtgaattgagcttcattgtctt 

a score=-3741
s danRer3.chr12   2064109 953 +  37038836 AGGCTGGCGGCAGGCAAAGACTCATTTAAGATATTTAATTTGTCAACATATTGTTTAAGTTTTAATTCTTTTTC--ATTTTAATTAAGGTAATAATTATTTTTACAGT-----------ATCTctttgttttgatggtccctttaatgtattttgttgaacttaaggtacattgcatc---------tacatgacaactaattctcattagattataagtaga----------ctgttaggttggggtcagtgtaaa----ttcacatgtacatgcaaagtttcttatagtcagttaaatgtctgttgaattctgtatcagcagatattaagcagacagtctactaatacacaaatgaaACGTAATTGGCATGTAGTAGCAAAGCAAGGTTTAGTCAACAACATGTGCAATAGGGACCATCAAAATAGCCTTACCatatttattaatttatcatttaatatttatctataatttaatatGCCATGTTGCTCAGTTGTTAAAATTTTTTA----TTCTCAGTTTTGTATGCTATTAATAAATGTTTGATGTAGTCAGCTATTGGAGTAATGACCACTTGAAAATGTTGTTTCGTCAGGTGTTTGAGCAAAACTAAATTGCTTATTCGTT------TCGTTCAGTAGGTCTGATAACATTTCTTCCAAATTTCAC---------ATAAAAGGATTCTCAATTACAGCAttatttatttatttatttatttaATATTAGTCGAAATAATTAATTTTGTT------GTAATTAAAAATCATTGTTATTACACAAAAACATTTATAACTCTTCTCAAGTGAATTGGCATTGTGTTGTATTGTAGTGTATTGCCTGAAAATGAA---TATAA----ACTGTCTGAAAACACGCACCGTTTTATGT-TTGACCTAATTTTATGATCTAAATTATAGCATTTTTTTTAATTCAGAAGAAATGTCATCAGTACTTTAGAGAAT----CAACTAAAAAATAAGAGAATTCACATTTTTTGGCTCTTGCTTTTTTTC 
s mm7.chr2      108172015 917 - 182548267 aggctgggagcag---------caattgggATGTAAAATAAATAAACGTGAAATTAATGGAGGAAAAAAATACCCAAAGCAAAACAAAACAAAAAAGACTGAAACAGTTGCAAGGGCTTATCTTGGTTTTTAGTTTGTAAGTGAAATTTAACCTATATTGCCTGACACACATGTTGTTAATTCTTCATACACTTCATATATTTCTCATAGTCTTTTGGGAAGATAAACCTGATCTGTTTCTCTGAGTCCAAAGTGGAAGTCTTCAAATTCGTATCATAGGCTTTTAGGAGTAGGCTA-----TTTTAAAATTTAGTTAGTACAGAACCCAAC---ATAGTTTC---ATACCCTAATGAATCATGTTGGTTGT-----------------TTTGGTGTAGTACATATGTAGTAG-----ATTTTTATAGTATGGTAGGTTTAATGAAT-----ATTTAATATTGTACAGAGATTTATAAGAGTATTTTGTTGCTTTGTTAAAATCTTTTAAATGTTCTAACAATCTTAGACCACTT-TGGAAGTTGAATTAAATC------TTGTGTATCTTCTACATACAGGTTT--------CACGTGTTT-------------TTATTTATTTGCTAGGCCTTCACCCTCCAGGTC------CACCTTTAGCAAGACCCATTCTCCCCCGAGAACGAGGTGCTCTGG-ATAGAATTGTTGAAT-----ACTTAGTTGGTGATGGTCCACAGAACAGGTAATGCTATGCTAGTAGTTAAAGG--------AATATGAGAAAACATTGGACAATGGAtgtgtgtgtgtgtgtgt-gtgtgtgtgtgtgATGTTTGGTTTGTATTTGTACGTTTTAATTCTGCTATCATATTAGAGAAATTGAATTATTTGTTCAAATTATTATATGAAGTAAATTTTTATAT-------------GAATCACTGTTGTTGGTAGTGATGGAAATTCTTCCAATAATAATGAAGACAATTTGCATTATTTAGCTCTTGCTGTTTTTC 

a score=3995
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s mm7.chr2      83021578 554 - 182548267 acacatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaacacacacacacacacacaaacacacacacacaaacgcacacacacacacaTAAATTTATAAATTCAAT--------CTACTGAATCCATTCAGTAT-TATTTTCAAGT------------ACATTAATTCAGGATTGA-----------------------------CATTTAGAGAG---------TGGATTAGTTTAACTATATATCAGCTAGTCTAGAGA--------------------------AATGAAATAGTTAAGAT--ATTAAATGATAAATTATTACTGTGAGAGAAGAATCCTGATAAATATTAAAGAGACTTCCCTTGTTTC------TATTAAAACAAGATA--------GAAGAAAATATGATTTGAAAATTATCATGTAT-------------ATCAGTCTATATGT--------------------CTCATAATAAGCCTTCCGCATCTACAGTTTCCCATTGAA----GGTGTTCATCA-------TGGTAAAGTAGAACTTTCAG-------TGATAATAAGCCAATATTTCTTAGAGACCTCTAAA------CAT--------------CATTACATCTTGTCTAGATTCACAGTTCCTTTTTG-------------TCCTTTAATTCTTCAAATTTATTCAATGAACATCCAATATGCACA 

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s mm7.chr2      66198942 88 + 182548267 GTTTCATGACTGAGATGGTACAATCCTGAAGTTAAATGAAAGTTTCTTTTTTCTTAGAGATGCAGtgtcttagttggggttttactgc 

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s mm7.chr2      66201453 208 + 182548267 TTAAGAAAAAGAGGTGCCTACGGTCTGCTTCTGTAAGAAACACAAATATCTTGATGTAATTGACTATATAA----GTGTAATCCTCTCTGATTTTGAGGAAAAGAAATTCTGAAGCCCACATTTATATTTAGAACAATCTAAAGAAGCA----TGATTTCAAAGCAAAGAAAAATAAACAGAAATTGGGG--AAATAAAGAAAAAAATGAGAAAAAAA 

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s mm7.chr2      66203530 22 + 182548267 GACATTGTCAGGTC-AGTTTTCT 

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s danRer3.chr12   2082050 1073 +  37038836 GCCATATAGGGTATTCATCTTCCTTGCAATCAACCCTTCAGTTTCAGGAGGTTCATTGTCGTTGGGATTCCTAACTTTCCTCTTTG-AACGGCGCATGAAGCAGGCATAGCGGATGGCACGCTTGAGAAGATGCCTACGGTATATTCTTTGAACCGCAATGGCTGCTCGCTCTTCCTCCTTCCTTCTGAGAGTGGTGATGATTGGCTCAAACGAGGCAGATGTGGGGTTGTTCATGATGAACTTGGCTTCGATGCTCTCCTTCATGGCATCCATCTCAATAGTGTCGCCAAGTACTTCCCGGGTCACTGCTAAAAGTATATCCTGAGAGTGGATTTTGTCGCCGTTTACAATGGGGATGTCCATGGAGATCAGCTTGAGACGGTTGGGTTTGGCAATTCGTAAAGGCTCCTGCAGGGCATCGACAAAGTCAAACAAGCGGTCGTATTCAATAAACTGCGTAGCATCGACGTCAAACTTTTCCCATGTTTCATCAAACATATCAAAGTCATCCTCACAGAGCGGGTCTCCACTTTCCTCTTGAGCATTGTTGAAGTTCTCCAGAATGATGGCGATGTACATGTTCACGACCACCAGGAATGACATGATGATGTAACTGCAGAAAAACATGATGCCCATGCCAGGATTCCCGCAGTTTCCCCGCACATCTGTACCAGGGTTTTCAAAGTCAGGGTCACAATCAGGAGGGCCACTGTTTAGAATAGGCAGCAGAAGGCCGTCCCAGCCTGCCGAGGTTGTGATCTCAAACAGGCAGATAATGCTGCCACCAAATGTTTCAAAGTTGAAGATGTCATCGATGCCTGCCTGCTTTTTCACATAGGCAAAGTTAGACATGCCAAAGATGGAGAAGATGAACATGATCAGGAACAGAAGCAGTCCAATGTTGAAAAGGGCAGGAAGTGACATCATCAAGGCAAACAAAAGGGTCCGAATGCCCTTCGCCCCTCTGATGAGACGCAGCACACGGCCGATTCTTGCAAGTCTGATGACACGAAACAAAGTAGGAGACACAAAGTACTTCTCAATGATGTCTGATAACATTAGACCTAGGGAAA 
s mm7.chr11     106428905 1064 + 122091587 GCCATACATCTTGTTCATGGTGTTGGCAAGCAATCCCTCCTTCTCAGGGGCCCCATCGCCATTG----------CCTTCCTGGCTGTGGCGGTACATGTAAGAGGCCTGCTTCACAGAGCGCTGCAGCAGATGGCGGCGGTAAGCCCTCTGGATTTTGATAGCACACACCTCCTCCTGCTTCCTCTTGAGGGTGGTGGTGATGGGCTCATAGGAGACCTTGGAGGGGTTAGCTGCCATGAACTTCTCCTCCATGGTCTGTTTGAGAGCATCCATTTCCCCAGAGTCACCCAGTACCTCTTTGGTCAGGGCAAAGAGGATGTCCAGGCAGTGGATCTTGTCCCCGGGTACCATGGGCAGGTCTAATGTGATAAGCTTGATCTTATTGGGCTTGGCAATTTTCAAGGGCTCCTGCAGGGTGTCCACAAAGTCAGAAAGGCGGCTGTAGTCGATGAACTGAGTTGCATCGGGGTCAAACTTCTCCCAGGTCTCATAGAACATCTCGAAGTCATCCTCACAGAGGGGCTCACTGCTCTCTTCAGTGGCCACATTGAAATTCTCTAGGATGATGGCAATGTACATGTTGACCACGATGAGGAAGGAGATGATGATGTAGCTGCAGAAGAAACAGATGCCGATGGATGGGTTGCCGCAGTCACCCTTGATATTGGTGCCTGGGTTCTCCAATGTCGGGTCACAGTCTGGGGGCCCACTGTTGAGGATGGGGTTCAGAAGCCCGTCCCAGCCAGCTGACGTGGTGATCTCGAAGAGGCAGATGATACTGTTGCCAAAGGTCTCAAAGTTGAACATGTCGTCGATGCCCGACTCTTTCTTGACGTAGGCGAAGTTAGACATGCCGAAGATGGAGTAAATGAACATGACCAGAAAGAGAAGGAGGCCGATGTTGAAGAGGGCGGGCAGGGACATCATCAGGGCGAACAGCAGCGTCCGGATGCCCTTGGCCCCACGGATCAGACGCAAGACACGCCCGATCCGAGCCAATCGGATCACACGGAACAGTGTGGGTGACACAAAGTATTTCTGTATCAAGTCAGAGAGTGCGAGACCTACAGAGA 

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s mm7.chr2      66207839 261 + 182548267 AAAAGCACTTT-------TTAAATTTTGGTTCACCACATCAATCTATTTAATATATCTCAATAAAGGAGATCTTATTAATGGTCAAATAAATATGTGATGCAATGGGATAAAATATTTGTATAAATTAGAAGCCTAATTTTGGAAGAAAAACAAATACAACTCAAAAACACATGCCAACATATTGACTTTGAGTAGTGAGATG---CCTTCCACTCTAAATTCCTGTTTTCAACCTCCACTTTTATCAGGAGGAATTTGCCAGACTTTGCA 

a score=14676
s danRer3.chr12   2083826 279 +  37038836 CTTACCTGCAATAGAAAGGATGACTACAACAAAATCAAAGACGTTCCAGCCAATAGTGAAAAAGTACTGTCTGAGTGCAAATAATTTAAGTACACATTCACTTGTGAAGACGACGATGAAGACCAGATTGATCTGGTACAGGACATATTCTTTCTCAGCACTCTGGTCATCCGTCTCTATCATCATGGTCACCATGTTGAGGCAGATTAGCACCATGATAAAAATGTCAAAGAACTGTTTTGATATGAAGTCAAACACCAAACCCTGGATAATATTCTG 
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s mm7.chr11     106431825 119 + 122091587 TACCTGAGGCCGGGGGATTGGCTTCTGGGGCTTCTTGGAGCCAAGCTTCTTCATCGCATTGTAGTATTTCTTCTGTTCCTCTGTCATGAAGATGTCTTTCCCTCCAAAGTATAGTAGGA 

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s mm7.chr11     106433243 61 + 122091587 CTCACCTCCCGGGAGTCCACAGCTGCATACATGATGTCCATCCAACCCTTGAAAGTGGCCT 

a score=-3567
s danRer3.chr12  2085186 723 +  37038836 ATGTGGAAA----GAGGTACTTTCTTTATTCAGCATGTCAAA-TAAAACTCTTTGATTCATTATGGATTTGTTAATAATAAGTTACCTCATTA-TCTTCTGATGCGGGTAAAGACATAAAAATGCATTCACTCTTACAGTATGTAAATATGCCTA--------AGCTCTGTTATTATTAAACAAGATGTATACATTGCATATCTCACTTTATTCAAAGTCCAACAC---TTCATTTTGTATTGGAAATCTTTTTTTTTTTTTATTGCAAAAAAATCACTTTTGTAAACCTAATTTGATGTAAAATCAAAATGGGTTTTAAATCTTGCATTTGACCACTCTATTTTTGCACTTAAAGGTTATTGTTTTTCAAAACATCAAACAAAACCCACATTTCCCACATTTATGATTCGGGT-----------TGCccttatattt-aggtcacctcaactaatatgtacttacatgtaaactgaaatgaatcatttattactatgtacttattgtgtaaatacatgttttacattgtactaatgattgattaaatacatccatgtaatt-acatctctagttaattttagt-acttacattattaattacactgttaactcacacttaa-acctacccataccaccaagcttgtccctaatacacat------------cttatcccaccagaagttt---tctg------taatacattgtgaacagtaaAATGAAACCATGACTATTAATGGCCATGCATATAAACTGAATTCAGGAGAAA 
s mm7.chr2      66424490 657 + 182548267 ATAAATACATTTAGAGAAATT-----------GAATGTGAAACTCAGACTCTAAAATT-ATCATGAAC---------ACAGTTTATCTATTTAATCTTCCAGTATTACTAGCAGCGTCAAATTAGTTTTGTTCT------ATTTAAAAATACCGAGTTAACGTAAAAATGCTGTATTTAAAAAAAAAATATA--------------------TCAGAGCACCACATACATTTATTTCAGATGTGAAAACTGCTGCAATGTTTA-------AAAGGAAATATTCTAAACTT--TTTTCTGGAATTTCCAAATTGTTACAAATACTTGTGT------ATTTTATATATGAACGT--------TTCCTTTTCAAAA-GTGGAAGAGGAT--------------TTTATCATTAGAGTAGGAAATAATTTGTCTCTATTTCTCAGGGCTTCTCAA------------TGCCTTTAAGAAAAAAAAAACTTCCTATTACCTTGTA------AGATAAACATAAAAGTCCCAT------AATGACTACTTAGA-------AGGTAATTTGTCTGTTGATGTAGTGATGGTGACTCAAATGA--AAATAAACTGTCAATTGTGGATTAATATATCTACAAATCAAGAAAGCTGTGCTCTTTAGCTATGCTTACAGGGCACATGTGCTAAAAAAATATTGAATCTGGCATCATAATTTCTTCTTAGTAGCACATTTACACAGTGTTTTATACTCTCCATTC-TGTACCAAGTATTCATGAAGAG 

a score=16245
s danRer3.chr12   2085909 287 +  37038836 ACTCACAATCTGCAGCAGAGAGAGGTAGCCGAGTCCCACGTTGTCGTAGTTGACCTTGACATTGACCCATCGCACCTCGTTGGTGTACATCAGTGCCATGCAGTCACTCTTGTTGTTGACTACATCCATGGGGATCCGTTCCTCTGTGGTGGTGTTGATGCAGTGGTAGAATTTTCCGGCAAACAGATTGACCCCCATAATGCTGAAGATGAGCCAGAATATCAGACACACCAGGAGCACGTTAAAAATAGAGGGAATGGCACCTACAAGTGCATTCACTACCACCT 
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s mm7.chr2      66425441 55 + 182548267 G-----------------ATACCCAAAAAGAAAGACAAGAGTAGTTAGGATCAGTAGAAAATGACAAACAGA 

a score=-755
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s mm7.chr2      116882215 175 - 182548267 tgtggtgagcgctgttgttcttctagacgacctaggctgggtttccagcacccatgtgaagtggcaaacatttaggaggactctaacactcttttcttgcctctgagggcatctgaatagtatagtatacatatactcaggcatacaaacatacacagaatataaaCAAATACAT 

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s mm7.chr2      66432040 109 + 182548267 CATATGCTCATGTACATATACAGTGATAGTCCATAATTACTGTACACTTGTTTGATAATTATTTCAAACCATAATTTAAAAAAATAAGAATTTTACATTAAGGAGTTTG 

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s danRer3.chr12   2089554  98 +  37038836 TTTTCTTCACCAATTCAGTCAATGCTTCAAGGGATTGTAGTTATTTTCCTCATT----AAAGTT----CTCAAGAACTAACATTACAGGAAAAGGTATCAGGCACG 
s mm7.chr2      116899592 106 - 182548267 TTATCTATACTTATTTTGAAAATGCTTAGAAAAATTCATATTAACATTATGAGTTTGGAAAGTGAATATTTGAAAATTAAAGTCATGATAACATTTGCATAGCAAG 

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s danRer3.chr12   2089798 396 +  37038836 GCCTTACCTTTGCGTCTTCCTCATC--AGAAGAT-TCAGAGTCCTCATCTTC------CTCCACATCAGACTCACAACGAGCAATAGGTACA-----------GTCAATGTTGGAGACAAA---CAGTTGGTCAAAC-------------------CATCTGCCATTTTTCCTTCATCAAGGTGATTTAAAGCGTACAGTTCTATGTCTCCCTCCCC---------TTCCTCTTTGGTATTATCAGG-----------TTTCTTTCCCAGAATCC----GTTGCACCATACTGGCCACTA---------------------------------------------AGGCTTTAACCCAATCGATACCCCTGGTGATGCGGCCAATGGCAATCTGAAGGTTGTTCATCTCTCCATCATCATCACCTCCAGACAGGTTATCTCCACTGAAGGAGCTAAGCAGCAGGGCCAGAAACAGATTCAGCACCTGGAAAAACAAAGGTAAGGAGG 
s mm7.chr11     106439030 506 + 122091587 GCCTCACCTTGATGTCCTCAGGCTCCGAGAAGGTGTCAGTCTCCTCCTCTGTGGGCATTTCCAAGTCGGACTCCTCGGAGGCAATGGGCACATGGATAGTGAGGTAGGGGTTGTTGATGAAGTTAAGGTGGTCCATCTCGATGCTGGAGCGGGGTCCATCAGTCAGGCCCACGTGGTTCAGGATATGATTGTCTTTCAGCTCCTTGTTCCCATCTTCCGGAGGTGGTTCCTTCTTCTCATCCTCGGGAGGGCTCTCCCCGTTTTCCCCAGCACCCCCAGGCTCCCCGAGACTGAGCATTATGTCTTTGAGGCTCAGGATCTTGCCATGCAACAGCCCCAAGAGGAAGGTTTTGGCAAAGGCGATGCCCCACTTGATACGCCCGATGGCGATCTGTAGGTTGTTCATCTCACCATCTTCATCTGACGCTGCCAGACTGTCAGCGCTGAAGGAACTCAACAGGAGAGCCAGGAACAGATTCAGGACCTGG-GAAGCAAGGGACAGATGG 

a score=1604
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s mm7.chr2      66463243 358 + 182548267 atacagaggcagcgactg--aactga--gtttggcccacttggtagtttCATGACTATAAGTACTGATAAACAGTGTTCTCACTTGCCTTGCTTCATCAGTTTTTGATTATTAACTTAATCATGTATTATTTACCACCATAGTTTCATATCTGATGACTG--------GTCATGTTTTAAGAGGTTTGAAAACCACA----GTTTTAATTCATATGACAAACTCTAGGAAGTAATTTTGAAAAATATAAATACAGGTTTTCCTGGCCAAGGAGA-TTAAAAATATTATTTTGTTTCTGAAATAAAGTT----------AATTTTAAAATTACAGCAATGACATCAGGAAATA----ATTGCAAT-AGAAAATTTAAATATAAGAATAGCT 

a score=24164
s danRer3.chr12   2097354 371 +  37038836 CTTCACTTACCACAAGGTTTCCGATGACCATGACCATCATGAAGACTATCAAACACATGCTAGCTCCTGCCACCTCCATGCAGTCCCACATAGTCTCAATCCACTCTCCACATAAGATCCGAAAGACGATGAGGAATGAGTGGAAGAAGTCGTTCATGTGCCAGCGGGGCAGCTCGCAATCCTCAGAAATCTTACAAACGCAGTCCTTGTAGCTTTTTCCAAAAAGCTGCATGCCCACCACGGCAAAGATGAAGACAATGATGGCCAGAACAAGTGTTAGGTTCCCTAGAGCACCCACTGAGTTGCCGATGATCTTGATCAGCATGTTAAGGGTGGGCCAAGATTTAGCCAGTTTGAAGACACGTAGCTAC 
s mm7.chr11     106444405 371 + 122091587 CCTCACTTACCACCAGGTTGCCAATGACCATGACCATGAGGAAGACGGTGAGGCACATGGCCTGGCCGGCCACTTCCATGCAGTCCCACATGGTCTCGATCCACTCCCCACAGAGGATGCGGAAGACGATGAGGAAGGAGTGGAAGAAATCGTGCATGTGCCAGCGGGGCAGGCTGCAGTCTGAGGCAATCTTGCACACGCATTCCTTATAGCTCTTGCCAAACAGCTGCATGCCCACCACGGCGAAGATGAAGACGATGATGGCCAACACCAGGGTCAGGTTGCCCAGCGCACCCACTGAGTTGCCAATGATTTTGATGAGCATGTTGAGTGTTGGCCATGACTTGGCCAGCTTGAAGACACGCAGCTGC 

a score=-109
s danRer3.chr12 2097737 68 +  37038836 AGAGATGGACGCAAAAACATATAGAGTGA----------------------AAAACAAAATTGAATGCAAAGT-----AAAACCACATAACCCTT 
s mm7.chr15     2648904 95 - 103647385 AAGGAGACAAATAATAAAATATGAAATGATAATCTGCTACCCCACATTGCTGAAATAAAAAAAAATGCAGAATTAGAAAGATTGGCTTAAATTTA 

a score=10620
s danRer3.chr12   2097891 179 +  37038836 TACCAAACGAAAGGACCTTAGAACGGACAATCCCTGAACGTTGGCCAGTCCCAACTCCACCAGGCTGAGTGTGACAATGATGCTGTCAAAAATGTTCCAGCCCACCTGGAAGTAGTAGTAAGGGTCCATAGCTATAAGCTTGAACACCATTTCAGCTGTGAAGATTCCTGTGAACACCT 
s mm7.chr11     106446097 179 + 122091587 TACCAGACGGAAAGAACGGAGCACTGATAGGCCCTGCACGTTGGCCAGGCCCAGCTCCACCAGGCTGAGGGTGACGATGAAGCTGTCGAAGATGTTCCAGCCCTGTTGGAAATATTCGTAGGGGTCCATAGCAATCAACTTCAGCACCATCTCTGCAGTGAAGATGCCCGTGAAGACCT 

a score=304
s danRer3.chr12  2098070 108 +  37038836 TGAAGAATAAAGTTTAATGTTCTGTGAGA----------------ATGGGAACATAAATCATCAATTTAA--------ACTTTAAAAAAAAACCATTTCAAAGACCTTGTTGGTGTCC-TTGTTTCTTTACTT 
s mm7.chr2      66464841 133 + 182548267 CGAAACACAACATTTTTCAGTTGATGGGAAATACAGAGCCAACTCATGGTGACAATGACTATTAACTTGGCAGTGGCTATGTTTCACAAAATGTGCTATATAGACTTCAAAGGTGTCCATTGTCTCACTTCTT 

a score=-228
s danRer3.chr12  2098498 205 +  37038836 ATAAAATTTTAAACTGTGTTCATCTGAAATCATTCACA----CCGAAGATGGCTTGAAGATGAGTAAATTCTGGGGTCAATTTAATTTTTGAGTGAACTATTCCTTTAAGTTA-------GAAAAGATTGG--------------TGGAAGGAAAATAT----TTAATCCATAGAAA-ACATTTAATGCA-ACAGCATCCAAA-------ACAAGCTCTAGCCAATAAGAAATATGCTATATA 
s mm7.chr2      66633960 227 + 182548267 ATTAAACTATAAATTGCTTCCATTTAATTTCATTGCCAGGAGACAGGGTAGGATTGCAAATT--TAAATGATAGAATC---TTGAGTTTTGATTGTCAAACTTCTGATGGTAACACTATTGACAATGTAGGGGCTGAAGTGAACATGGTATGAACATACCATCTTACTCAATACCAACACAATCCATGCTTACAGCAGCATAGTGTGGTTATAAGAT-TAACCAATAAGGA----------TA 

a score=91
s danRer3.chr12  2098750 1 +  37038836 A 
s mm7.chr2      66466640 1 + 182548267 A 

a score=11322
s danRer3.chr12   2098751 250 +  37038836 CTAACCAAGTTGCCCACTGAGAGGACATGTTCAAAATGTGGACTCATAGGGTAATGCTCCATGGCCATGAACAGTGTATTGAGCACAATGCAGATGGTGATACCCAGGTCAACGAATGGGTCCATCACTACAAAATGAACCCACTTCTTAAACAAGATCCAGGGAGCGCAGCAGTCCCATTTAAGGAACATATCCGCAAACTTATACCAGCCAGGGGGACAAGGCCTCTGGGCATCCTCCAACCCTAGAG 
s mm7.chr11     106448189 250 + 122091587 CTTACCAAGTTGCCCACAGAGAGCACGTTGTCAAAGTGCTCAGTCATGGGGTAGTGCTCCATGGCCATGAAGAGGGTGTTGAGCACGATGCAGATGGTGATGCCCAGGTCCACAAAGGGGTCCATGACAATCAGGAGGATAATATGCTTGAACTTCACCCACGGGGCACAGCAGTTCCAGATGAGCACTTTGTGTGCACACTTGTACCACCATGGGGGGCACTTCTGATGGGCCTCTTCCAGCTCTGGAG 

a score=12358
s danRer3.chr12   2101984 198 +  37038836 CCTCTTGGTTCTTGAGCTGCTCAAGTAATCTTTGAAACTCCTCTTCTTTGTCACGAGCCTCGGCCAATGTGGCCTCATTCTGCTCGTCGTATGCCATTGCAACCACAGCCAAGATCAGATTGATGAGGTAGAAAGAGCCCAGGAAGATGACCACCACGAAGAAGATCATGTAAGTCTTCCCAGCAGCACGAAGGGTCT 
s mm7.chr11     106451365 198 + 122091587 CCTGATGTTTTTTGAATTTTTCAAGCATCTGTTGGAACTCCTCCTCTTTCTCCTGGTCTTCGGCCAGGGTAGCCTCATTCTGCTCAGCATATGCCATGGCCACCACCGCCAGGATCAGATTGATGAGGTAGAAGGAACCCAGGAAGATGATGACCACAAAGAAGATCATGTAGGTCTTGCCAGCGGCTCGAAGGGTCT 

a score=7745
s danRer3.chr12   2102257 413 +  37038836 ACCAGCTGGAAAAGATTCTCCCAAAAGTCTTGGGTCATGAGTCTGAAGAGGGCGAGAAAGGCCCATCCAAAGTTGTCATAGCTTGTATAGCCATAGTTTGGGTTTCGACCAGCTTTCATACACGTGTATCCTTCTGGACATCTCCTATGAAAACATCCAGAATAAGTGCC-----------ATTGATCTGATTCCCTTTAAAAAGATGAA-------------CCACGGCTGCATTTATTGTTT-----TTACAATTTGCTATTTGAAAATATCATTTCATAGACATACAGTTAATTACAAGTGATATTAATTACTGCTTAATAGGAATTTTTCAACCCAACTGTCCAAACGTACCCAGCATCAGAACTGTTGCCACATAGTAAAGCATCTAAACTTCCTTCCAGAAAGTATTGGTTTTCTGCAAAGCATAACAAGTTACAA 
s mm7.chr11     106452930 410 + 122091587 ACCAGCTGGAAAAGGTTCTCCCAGTAGTCCTGCGTCATGAGACGGAAGAGAGCCAGGAAGGCCCAGCTGAAGGTGTCGTAGCTGGTGTAGCCATAGTTGGGGTTCCTCCCAGCCTTCATGCATTCGTAGCCCTCAGGGCAGTGCC--TGGTAGTAAAAGGGGGGGCTGCCTTAGGGAGAGAAGAGATCTGA--------AGACAGATGAAGATGGGGGGATCCCCAGGTCTCCATATGTCCTCTAAGCATGAAAGCTTTCTATTCTCGACCACTGGTTCCCTCACCTTCTCTCCACCCCAG--AATACCA-------------GGGTACACTTTGGCCCCAC------AACTCACCCGGCATCACTGCTATTCCCACAGAGCAGGGCATCATTGGAGCCCTCCAAGAAATAGAAGTTCCCTTT-GGGAATCAGAGGTCACAA 

a score=-5145
s danRer3.chr12  2102680 486 +  37038836 TCcatgaacaaaaaacgttctcagcccgaaattttaggcatcgttagacaaccatgctgaactatgctAGTGGAGAGAGTAAGTAGAAAAACACTATTTCTTTTTTCTATTATTTAACGAAGTAAATAAAAAGATAAAAGATGTCCAAAATAAAAAAAACGTAGAAATATCTGACGTTTACATTGAATTCATCGACTTATGCATCTGTATTTAATGCAAAATCATATGGTAGAAGCTCTTCCagagagcttcatt-atcagcagcactgtggaaaataaaaccatatccgcagtgactgaccgagcatgaaatggaaaagtacaaattcaaacatttggcccgatagtggaaaattattatattattactatactattattattattattattattattattattatAGTTTAATTAAAATATTAACCGCAGTGCTATGTAATGTCATGAGTAAAAGTTGAAAATATTTAATAACCTTGACCTGACT 
s mm7.chr2      65454787 361 + 182548267 TCCATAATAATACTATTTACTT--------------------------TAACAACACAGCAGAGTGTGGggtgagatgactcattggataacggtgcttgcttttgaccttgattacctagatgt--------------gatctccaggatacacaggtaggggagatgtc--actcccaca---agccctctgaccttttcatgtgt--------------------------gcagttgtgcataggtgcattcacCACCACCACCAATAAATTTTTAAAGAATTCATCAGTGTTTCATT----------------------ATTTCAGTCATTT--CCCAATGGTTTG---TCAATAAAGTCTATCTAGAAAGTGGCTTCAAACACAGTCTGAATTGTT--TATAGTTAAA----AACTCTCTCAGCAACACTA------------------AGGCTAACACATACAGTGGC----AACGAGTC 

a score=6981
s danRer3.chr12   2103166 262 +  37038836 TCACCTTCATTGTTTATGTAAGCTTTGAAATCGAAAGTA---TCGGTAAC------------GTTGAGGGTGGTGTCATTG----ACCATGT-----TGGAGTTGTAGACGTCA---------------------------AAGATGGTGCTGTTGAGAAT---------GGGCCAACGGATGCACTTTTGGCGCAGATTTCCCATGAACAGCTGTAGTCCAATGAGGGCAAATACAGCCAGTGCAAAGATGGTCAAAATCATGACGTCTATCATCTTCTTGACAGATTGAATCAAAGCCCCAACAATGGTTTTCAAACCTG 
s mm7.chr11     106454451 322 + 122091587 TCACCTTCGTCATTGATGTAGGCCTCCCAGTCAAAGGTAGAGTTGCTGACCCAGCTCTCCTGGCTGTTCCAAGTGTCATTGCCATACCAGGTGTCATTGCCGTACCAGGTGTCATTGCCGTACCACGTATCATTACCATACCACGTGGTGTTGGTGTCATTCATGGGCGGGGGCCAACGCACGCACTTCTGACGCAGGTTTCCCATGAAAAGCTGCAGCCCCACCAGGGCAAAGACGCTCAGGCAGAAGACAGTGAGGATCATCACATCCGAGAGCTTTTTCACAGACTGGATCAGGGCTCCCACGATCGTCTTCAGCCCTG 

a score=6086
s danRer3.chr12   2103574 142 +  37038836 TTTATGTTTTTTAAAAAAACACAGCATGACGTACAATTACTAC--------ATACCAGGAATAACTGTGATTGTTTTGAGAGCTCGAAGCACACGAAATGTCCTCAGTGCTGACACATTGCCAAGGTCTACAAACTCTGTGACGTACCTG 
s mm7.chr11     106456749 143 + 122091587 tttatgttttcc-------catggtcaggcAGAGAGTCCCCACCCCTCCCAATACCTGGGATGACCGTGATGGTTTTCAGGGCCCGCAGCACACGGAAGGTCCTCAGGGCTGAGATGTTGCCCAAGTCCACAAACTCTGTCACGTACCTG 

a score=-2013
s danRer3.chr12  2103734 460 +  37038836 TGAAATGGCTGACAACACTATTATGCATTGAGA-AATGGTAAGAAACAGAACACATGATGTATGCACCACTTTTAAAATAC-TTTTACAGTATTGTTGCATGCTTTTACAAGCTTTAGAAGTTCAGTACCCATTACAAATGCATAGAAAATAGGGTTTA-ATGCATTTCTCTAATTTTGCATTGCATAATACAAAGTTATAACGCTTTAAAAGCGTAAAATATCTAGTTATTAATCCTATAAGTGTATCTATGTGTTAGATGTTCTTAGCAGGAGAAACTGATTGATTTTTAATGTTATATTTAAT--AGATCTGTCAACCACTGCGGCCAAATGGCAGCATTAGCTGACAGTCACTGAGAAGGTGTCTG---AATGATACTAAGCATG-TAGACAGTATCGCT-AGTGTAAACATTGCAAAAAAAAAAAACTAGATCAATGAACCTCAGCTTTGTAGTAGCAGCTCATG 
s mm7.chr2      66262853 386 + 182548267 TGAGGAGT------------TCACACACAGACACAATAACAGGAAGCAAAGAAAGTTTTGTAGGTACAA---TTACCTTATGCTTTATAGTAAT------TGCTTCTA-----------------------ATTAGAAATGT---GGGAATGGTCTTTAGACTCAATCCTCTAAATGTG---TGAATAGCTAAAAATTACCTAGGTATACAAAC---------TTTGTTACTTA-CCTGTAAATG-ATTTAAGATTGAAAAGACACTAGCA------------------TTTATCTGATATTTTATGAAGATCTTT-----GCTGCTTTTAAATAGTGTAAGTTGCAAATTAAAATTTAGACTTCATCAATGTAGTCTTATTTTTCATGATAAATACCACAACTAAATGTAAATTTCATAAAATATACAATCTTGATGCCATTTGGTAGGCAAGGTAGAAACACTATATG 

a score=6404
s danRer3.chr12   2104201 139 +  37038836 TACTCACGCCATGCTGATCACCATGAAATCAAGCCAGTTCCATGGATCACGGAGGAATGTAAAAGGTCCAATGCAGAAGCCTCGGGATAAAACTTTGACAGTCGCTTCAAAGGTATATATACCAGTAAAAACATACCTG 
s mm7.chr11     106457305 139 + 122091587 TGCTCACGCCATTGTGATGACACTGAAGTCCAGCCAGTTCCAGGGGTCTCGGAGGAATGTGAAGTCATCAATGCAAAAGCCTCGGGCCAGCATCTTAATGAGGGACTCAAAGGTGTAGATCCCTGTGAAGGTGTACCTG 

a score=-4369
s danRer3.chr12  2104340 534 +  37038836 CAATAACACATCAACAAATATATGATGGAAATTAGCATCACATTTAGAACAAATGAACTGTCAATAAAAAGATGCTGCACAGTC-----ACAATTATAGTATTAATATAaaagggatagttcacccaaa--------aatgaaaattctgttaaaatttactgaatttgctgaaaacctgta-accattgaaagttactctgtcaaagtcactctggaagtcagtgattac-----attcttcaaacatcttctttagtt----------------ttcaacaaaagaa--agaagaaaggtt----------tgtaaccacttgaggtaaatactgattaaattta-----------aattttcagttgaact-atacttttaaATATACAGTAAAATTCCATTATGACAACTCAAACATCTTCACAGCATTTTTCTAGAATGTAGAGTGGTATATACTTATGATAAATTAATAAATCAGTACAAAAATATATTG--TTAATTCAAACAGATATTTTTTTTCCTGCCAAAATTATTTTACCTTTTAAAAAATTGATACTTTAAAAAGATTATTTGTTATTACTCAATAGAGTCA 
s mm7.chr2      66495783 522 + 182548267 AAGGAGAGAATAAGTTGAAATATTAGGTGAG---------------AAATGAATAATTTCTCATTACAA----TCTTTACAGTTTATTAACACCGATTGTGT-------ACAGGAATTGTGCACAGGAATTGTGCACAGGAAGGCCTCTCTTG---------GAGGTTGCTGTTAGCATATGGATCATT-----CCACCTCATAAAGTACATTGCACAAGGGA-TGATTTCCAGGAGCTCTTAAAACATCCTTCTCAGCTACACATAGGTATTAGATCCGTCCAGAGAATCCCAATAGAGATTGTAAGAACAACATAGCCTCTAACATGAGATGCACATCATATTTATGAACAGGAAAGGGGATAAGATAAGCTTACTCTTTCAGAAACACTGTAGCATCTAATGATTCAAACCC-----TATTCCCGGTGAGTT-----AACATGGAGGAGAGAGAACTGAAAAGAAAATTGCATG-CAGGAGAAAAATAAAATGCATTATATTATAGACTCAACTTCTAAACTTCTGGAA--------------GGAGAAAGAATGCTTGAAAATTACCATTTA-----ACCC--CAGTTTCA 

a score=6071
s danRer3.chr12   2104880 148 +  37038836 GTGAGACACAAAGCAGCTCTTACTCGACTGTTTTACTCCAGGCTGGAGGGTTACTCATCGTCATGAACACACAATTGGACAGGATGGTGATCATGATGAACATGCTAAATAACGTGAAGTACAGTCAAGGTAAATATTGCAAACATCT 
s mm7.chr11     106457726 142 + 122091587 GGGAGACACACA------CTTACTCCACGTCCTTGGACCAAGAAGGCGGGTTGCTCATGGTCATGAACACGCAGTTGGTCAAGATGGTGATCATGATGAACATGCTGAACAGCGTGGGGGGCGGGTCAAGGAAAGAGAGGGAGCAGCT 

a score=-1468
s danRer3.chr12  2105306 208 +  37038836 gacagattttgtacctttatttcta-------agagtgTTTGGTTTTTACCCAAACTAGAAATTAGTCCTCTGTTTTTACCCATCCAAGCACACACATTTTGAGTGAGTGTG---ACCACACACACACCAGGAGG--AGTGGTCACCATGACCAGAAACTGAACCAGCAACTTTTGGGTTACCAG----CCCACACCCAAAATTGCCCTCTAAATGACGATTGT 
s mm7.chr2      65461083 223 + 182548267 GAAAGAGGATTTGCTCTTATTTCTGTCATTATAGTATGGTTAGTTCATTGACAAACTTGCTAACA-TATTTCATATTTGCTTCTAGAACTAATAATTTTATGGTAAACTCTGTATACTTCATAAACAGCAGAAGGCCAATGGAAATCAATAGCTTAAACTAACAGTGTTACCATTTGCTGTAAAGAAATTTTATAAATATAAAAAGCATGAGAAGGGCATTTCA 

a score=7795
s danRer3.chr12   2105543 485 +  37038836 CTGCACAAAAAGGATATGAATGTATAAGAATTTTGATGGCTCCTCTTCTGACAATACTAAAAGGACTGATGCAAAACATCGCCGGTTCAGAGGAGAACCTGAAGATTGTGTTTCCCTTGCTTATGACAATAAAAGTCTGCAAAAGAGTAAGA---GGTTAAAC-----AATAGCTGGAGAACACAAT--------------ATGAACAGAGATCACTTCATCTAACATAAATGGGCACAAGACTGACTTTCTGTGTTTTATAAAAGGGGTCGATGTCTTCCAGAGGGGTGTTGAGGAGATCCCCGGGGGGGTCGCCATAGATCATCGGCAGGCATTTTCCCGCCTCCAGATCGCTGCTCGGTGCCTGTGGTTCCTCCTCGGCTCCC----TCTAGTTCCTC-----CCTGGTGCTCTTCTCCTGGATGAGCCTCTCGATCTCCACCAGTGACTCTGGGGTGAAGCGGCGGAACACACTGGTGCCT-------------GTGGGAGGGAGCAGGCGTGCCATCTTGGCAT 
s mm7.chr11     106457923 515 + 122091587 CCACGTAGGCAGGATATGCGTGGATGAGCACCTTGATAGCCACCCGCCGGACGATGCTGAAGGGGCTCAGCATGTAGAGGGCAGGGGTGGCAGAGAATCGGAAGATGGCCTTTCCTTTGTTGAGCACAATGAAGGTCTGAGGCAGGGAGAGAAACGGTGAGCCTGGCAgacagatggatggaaggatggacggacagacggacggacagacAGGGAGCCCTCCCACACA-------------CGGACCTTCTTGTCACTGTAGTAAGGGTCCAGGTCCTCCAGGGGGACGCCAATGACTTCAGGTGGGGGGTCCCCATAGATGAGTGGGAGGTTCTTGCCAGCTTCCAGGTCACTGCGTGGCTTCCGCTCAGGCTCTTCAATCTCCATTTGCTTGTTCCGCTGCAGCCGGGCTTCCTCCTCCATTGCCCGCTGTTCTATGGCTGCCAGGGACTCTGGGGTGAAGGGGCGCAG-GCAGTGGGGACCAGGGGGGACCAGGGTGGGCAGAGATGAGCTGGCCATCCTTGCAT 

a score=2296
s danRer3.chr12 2120818 73 +  37038836 ATGATAAATAATGCTGTTACCTCACTGTTCAAGAAGCAGTATAACAACGCCACAATGAAACCCTTCAGAGAAA 
s mm7.chr9      2459229 73 - 123828236 AGGATGTGGGAGGCACTCACCTCGCCATTGAGGAAGCAGTAGAGGATGGCCACCACAAAACCCTGAGGAGGAA 

a score=6132
s danRer3.chr12 2121788 141 +  37038836 ATACCTGGAAGGAGCCCAGTACAAGTTCAAAGAAGAGTCTCGCCTCTAGGCCAACATGTTCAGGAAACAAAGCAAATACAATGTAGTGCACTCCGAAAAGAGGGATTAGCAGAAGAGTTGATTTGGCCAGTCGTCTGCAGA 
s mm7.chr9      2459482 141 - 123828236 ATACCTGGAAAGACCCTACGACGAGTTCAAAGACCATTTTCACCTGGGCCTTAAAGTTGTCGGGGAAGAAGGCAAACATGACATAGTGAACTCCAAACAGAGGGATGAGCAGAAGTGTGGACTTGGCCAGCCTCCTGGGGA 

a score=1575
s danRer3.chr12 2122045 92 +  37038836 TCTCCTCCATTTGAGTCAGGGGTTTTTGTTTTTACAATTATAATCCTGCTTATATTAATGAACATCAGAAAGTTCACCTGTAAAATGTAAAA 
s mm7.chr9      2462168 88 - 123828236 TCTTCCCAAT----GTCGGGTGGCCGTAGCTTCTGAACCAGGATTCGGATGATGCAGATAAACAGGATGAAGTTCACCTGTTGGATGACAAA 

a score=2748
s danRer3.chr12 2122880  99 +  37038836 ATAAAGACTTACCAATACAGAAATCAAAATGGGAATTTTGATGATCCACCAGA---AGCCACTGTCCAGGTCATCCCAGCACCTACCAACACAAATACATGG 
s mm7.chr9      2462516 100 - 123828236 ATGACGGCTTACCAAGATGGAGATGAGGATGGGGCCCTTTATGATCCACCACAGTGAGGAGTTGATGATGGTGTCCCAGCACCTG--AACGTGGAGACTTGG 

a score=1441
s danRer3.chr12  2123038 91 +  37038836 TCATCCTCACCCATAATCGTCATATGAATATTTGAGGAACGTCCAGATTGTTACTGTGACAGATGGAGTCCCTGTAAAACAGAGAAGATAA 
s mm7.chr6      94202970 91 - 149646834 TTGTACTTACCCCGCATCATCAAAGTAGAGCCTCAGCACAGCCCACACAGTTACACACACAGTAGGTGTCCCTGGAGGGCAAGAAAAGGAA 

a score=7263
s danRer3.chr12 2123466 172 +  37038836 TACCCCAGCCAACAAGTGTATAGCACCAGAAAAATGTTCTTTTGTGGGCGAAGGTGAACGTAAGCAGTGTCTGAAGGTAAAGTCCCTCAACAAGCAGCCAGTAGAAGTTTGATAACACGCAGTATTGGAAGAAAGTCACCGATGCCTTGCACAAAACCTGGAAGAAGAAACA 
s mm7.chr9      2463369 172 - 123828236 TACCCCAGCCGATGAGTATGTACCCCCAGAAGTACTTCCGCTCAGAGAAGAAGGAGACGGCCAGCAGGGTGTGTAGGTAGAGGCCCTCGACCAGCAGCCAGAAGAAGTTGGCCATGACGCAATACTGGAAGAAAACCACTGCTGCCTTGCAGCTCACCTGTGGGGAGGAGCA 

a score=4003
s danRer3.chr12 2125376 140 +  37038836 TTACCGTGGAGACTGTGCAGTGATTGACAGTCTCATCAGCGAATAAAACAGCATCTTTCACAAATACTGCCAAAGCCCTCAGGATGAATGTGGAGAAGAGGTTGAGGTGGATGTAGATCCGTGTGCACAGAAGCTTCCTG 
s mm7.chr9      2466517 140 - 123828236 TCACCGAGGCCTCAGAGCAGTGGTCTGTCTCCCCGTTGTTGAAGAGGGCCATATCCTTGATGAAGACGGCGGTGGCCCTCAGGATGAAGGACATGAAGAGATGCATGTGGATGTAGTTTCGAGTACAGTGCAGCTTCCTG 

a score=2032
s danRer3.chr12 2125634 102 +  37038836 ACCTAAAGATACAGAAGATGAAGACTGCAATACAGAGGGAGCTGAGGGACATGCCATATCCAACTGTGTAGATCAGCTTCACCCTCGCAAAATATTCACTCT 
s mm7.chr9      2466979 102 - 123828236 ACCTGAACAGGCTCAAGATAGCCATGGCAACCAGGAGGCTGGCAAGGGACAAGCTGTAGCCGATGGTGTAGCCGGTCTTCACTGCATCGTAGAACTCAGTCT 

a score=-403
s danRer3.chr12  2127894 475 +  37038836 ACACCATCCCACTCAACCAGACAACCTAAAGA-CATCCACAGGGGTGCAATGAAA---CACTGGGGTAAT------CTTTTTTCTAAACATCTTGAAATGTCAAATAACAAGATTGCATT---ATTTATTTTGCATTTCTAAGTTAAAATCTTGACATATTAACTAAAC---GTTGCAACAACAACAAAAAAAGTTAT---CAGATAAAATTAAATCTGAATTAAAGTTTTGA----AATAAAAAGTCATTTATAA---TAAACAATCTTTAAACAAAACAAAACTTTAGAAA---TTTAGGAATTATGACTTATAAACTCTGAAGTGTGAAGGAAAAGTCAAAACTGA-------CTATATCTCACAATTGTGAGATGTAAACTCAAAATCGCAAGATATAACCTTGCAACTGTAATAAAAAAAAGTTAGAATTAAGAA-----------ATAAAAGTAACTTTTTAAAAATGTTATGCTTTTGATTAcactcaaaaacacttttggtgattgttcaaact 
s mm7.chr8      23609959 508 - 127874053 actctgtcttagtaaaacaaaCAATCCAAAGAATGCCTCCTAGAATGTAATATAAGCACATTTAGAAGATGAAAAGCTTATCTTCA-----TCGGAAGTGGCACTCAATATGTGCGCATTTGACTTTTGCTGGCTtaactaggtgagtaactaggtgagtaaGTTTTACCAAGTCTGGACAACCACAGAATGAACTTTTCACAGCTTAAGCACAGTTTAAGACAGAGTACTCATGTCAATGTGTACACACTGACAAATTCTACCAATCCTTAAC---AACATAATGTTATAAAATCTTTATGAATTATGTCAGAGAAAAACTGCAGGTTACAAGAAGAAACAAAAATAATATTCTTCAACTTCTTACTGCAGTAAT-CGTGAATTAGGAACCG--AGTTTTAACCTTTACCATGCCGTAGCCCACA-TTACTATGCAGCACCTGTGTGTGTGTTCAGATGATTCCTCAGGAGGGTCACTGTTCTGA--ATGCTCTGCCACACAGATGGCATTTGTGTGGTCT 

a score=1126
s danRer3.chr12  2128451 177 +  37038836 agcgtcggctaaatgactaaatgtaaatgtaaatgtacaattccttttttagggacaacttaaatgttttgtttaa-----------------atcctcttaactttgta----------------------aaaatgattcatttaactta-atctatctgtgttggg------aaaacataaatgaa----ttgtctgggactca-----------------------gctttttAAAAATTTTTTTT 
s mm7.chr8      23610543 244 - 127874053 AATGTTTTCTTTACACCTATATGCAAAACAAAACATAAGA--CTTGTTACAGTG----CTTCAATGTTTAGATTAATCCCAAACTACAATGATATTCTCTTAACTTTTTATAATCAAAGTCAATCTAAGTAGAAATTAATTCACAGAATTAATACTCACTTCTCTTGAGAACTTAAAAACATAAATAAAACCCTTCTTTTGGACTGATTAAAAGCCATGGCACCCACTAGACatttaaaaaaattttttt 

a score=43
s danRer3.chr12   2135258 149 +  37038836 AGAACAGCTGCTATAGACTGTTCCTT--AACATATTGTATGACACTAACATCTGTGCAGTAAAAACATGTCAAGAATGTATTTCAAGTCCACATTTACCTATAGGCTACTATTATAT-----TTAACTTATGATCAATTATATTGGTGCAAATACC 
s mm7.chr1      148828859 147 - 194923535 AGTAAAATAGCTACAGGCTTATTATTTGAAAATAATAGATTCATTGACTATCTG---GATAAAAGTTGCTTAAACTCATTTTCCCACACCATGTGTAGGGATAGACTGTTGACATAGCTGTGTTAACCTATGAGCAACAAAAT------ACTTATT 

a score=-610
s danRer3.chr12   2135407 132 +  37038836 ATTTATTAAAACTTTGTTCTGGGTTTCAGGTACATTTCAATGCTCAACAGCTTGAAGGTAAGGGTCAGTTTAA--------------------AAGGTCATCTGATCAACTCGG--------------CTTTAAAGAATGAATTTTTTTTCTTAATGTTATTTTTT 
s mm7.chr9      110464151 166 + 123828236 AGTTACTTGGTCTTTGGTCTTCCTTGCAGATCGAGTTCACACCTGAACAGATTGAAGGTGAGCAGGATCCTGAGCTGAGGGTAGGGGTGGACCAGGGGTCTCTGATCCAATAGAATGGGGTGGGATCCCTTGGTGGGGGGGGCATCCAGAGTACACTGTCCTTTCC 

a score=5770
s danRer3.chr12  2135539 146 +  37038836 TACAGAGTTTAAAGAGGCTTTTCAGCTGTTTGCCAGGTCTCCCTCAGGCA---TTTCACTCGCACAGTGTGGGGATGTGATGAGGGCTTTGGGGCAGAACCCAACCAATGCTGAAGTCTTGAATGTTCTAGGAAAACCAAAGCCTGAAG 
s mm7.chr8      23614651 149 - 127874053 TGCAGAATTCAAGGAGGCTTTCCAGCTGTTTGACCGAACAGGCGATGGCAAGATCCTGTACAGCCAGCGTGGGGATGTGATGCGGGCCCTGGGCCAGAACCCTACCAACGCCGAGGTGCTCAAGGTCCTGGGGAACCCCAAGAGTGATG 

a score=7455
s danRer3.chr12  2136867 357 +  37038836 AGATGGAATCCAAACTGATCGACTTTGAGACTTTCCTGCCTATGCTTCAACAAGTTTCAAAGTCTACCGAAAGTGGCTCATTTGAAGATTTTGTGGAGGGCCTTCGGGTCTTTGACAAAGAAGGCAATGGAACAGTCATGGGGGCTGAACTCCGCCATGTACTTGCAACTTTGGGTATGGAATAATTGGAGGGAAATGTCCTTATTCTATGAATGCTGAAAACATTGGCTCATTGGAACTCTGATTTTTTTAGGTGAGAGATTGTCTGAGGGTGAAGTGGATCAGTTGCTGGCAGGGCAGGAGGACACAAATGGTTGTATTAACTATGAAGGTAAGAACACCTCAAGACTTTACTGA 
s mm7.chr8      23614800 273 - 127874053 AGATGAATGTGAAGGTGCTGGACTTTGAGCACTTCCTGCCCATGCTACAGACCGTGGCCAAGAACAAGGACCAGGGAACCTACGAGGATTATGTTGAAGGCCTTCGTGTGTTTGACAAGGAAGGAAATGGCACCGTCATGGGTGCTGAAATCCGTCATGTCCTAGTCACACTG-------------------------------------------------------------------------------GGTGAGAAGATGACAGAGGAAGAAGTAGAGATGCTAGTGGCGGGGCATGAGGACAGCAATGGTTGCATCAACTATG-----AAGAGCTTGTCTGGACGGTGCTGA 

a score=2144
s danRer3.chr12   2137262 72 +  37038836 CTTCCTATTGTTCTTTCTCCATAAGCTTTTATTAAACATGTCATGGCTGGCTGAGAGATCATTTCTGGTAAG 
s mm7.chr9      110467091 68 + 123828236 CCTCCCATCCACCCTTTCCTTCCAGCGTTTGTGAAGCATATCATGGCGAGCTGAG----CCTCTCAGGTGAG 

a score=992
s danRer3.chr12  2139385 188 +  37038836 ACACAAAATAAACACATCAAATGTAAACAAAACTGAAAATAACAGTAAAGTATAGCTGACCTCCAGATGTTTCTACCTCTTTATAACTTGCCATAAGAATGTGCCTATTATAACCACCTGTGCTTAGAATTTTAACAAATTTAACATTTTATACAAACTTACAGCATGGGCTACTGTTAAAAACCATT 
s mm7.chr8      23616367 178 - 127874053 ACACAAAACAGAACCATCAAATTTAAAATAAAAGGAAAATCTATG---AGACTAGGCATGTACAAGTTGTTTATCTCTGTCTGTGTCTCTCT-----CATGTTAGTTATTTTGTCAGTGGTGCTGAGGATTGCAAGACCTCT-ACCTCTGACCCATATCCTCAATAT-AGCAACTTTTTGGACCAATT 

a score=384
s danRer3.chr12  2148537 75 + 37038836 CTTCTGCTGACACTGTACTAGACACTAGCACCACATCTGACAAAACTACTACTACTTTAAAAGAA----------------TATACTATGA 
s mm7.chr17     59553212 90 - 93276925 CTTCTGTT-ATACCATAGGTTATGCCCATATTTCCTCCACCACAACTTCAAATCCTTCATCAGAAACGAAGAGCATAGCCACAGACTATGA 

a score=2872
s danRer3.chr12  2148671 357 +  37038836 GCTACCCCAAGCCTCACATCTGCAATAAGTTTTCC---AGTCACCGCTTCTATAGGGACTACTGCCTTAGCTACCACTTCAGTAGAAACAACTTCCCCACTCAGCTCTTTTATAGAATCCTTTACCCCTATCACCACTTCTGCTAAAACGGCTCCTTCCATAGGCACCACATCTCTAGAAATTACTAGAACAGGTACCACCTCAGCTAAAATGCCTGCAGTGTACACCTCTTCATTAGAAACTACTACAATGGGCACCACTTCAGAAGAAATTACTACCGTCGACACCACTTTTTCAAAACCTATATCATCAGACTTCGTTTCTTCCAAGACTAGTACCCCTGATACCCCAGGACCCACG 
s mm7.chr13     68305408 354 + 116696528 GCTTCCCTGGTCACTGCATCCACAGCCACTGCTTCCACACCCACTGTGTCCATGGCCACTGCATCCATGGTCACTACTTCAATGGCCACTTCATCCACAGCCACTCTATTCATGG---CCATTGCATCCATGGTCACTGTATCCACAGCCACTGCTTCCACAGACACTGCATCCATAGCCACTGTATTCATGATCATTACATCCACGGCCATTGCTTCCATGGCCACTGCTTCCATGGTCACTGTATCCACAGCCACTGCATCCATAGCCACTACTTCCACAG---CCACTGCTTCCACAGTCACTTCATCCATGGCCACTGTATTCATGGCCATTGCATCCATAGCCACTGCATCCATG 

a score=783
s danRer3.chr12   2149034 434 +  37038836 GTAGCAACTTTACCAGGCAACACTTCTGTAGAGACTACTGCTTGGGAAACCACTTCAGTAGAAACTACTTTTCCCCACTTGACTTTTGTAGAAACTACTACCCATGGCACCAACTTTGCCGAGACAACTGCTTACCTAGGCACCACTATAGAAACCACTACAACAGGCGCAACTTTTGCTGAAACTAGTGATCTGCACACGACTTCAGTAGAAGCCAC---TTCCCCAGTCACCACTTCTTCACAGTCTATTACCCATCACACAGAGTCTGCTGACACAGCTGCTTCCCCC------TGCACAGCTTTTGTAAAATCTACTACCCCAGGCACCACCTCTGTCAAAACAATTGCTGAACTAAGCACAACGCTTGTAGAAACTAATAGAACAGGTCCCACATCTGCTGAAACTACTGCTTTGCACATAGAAACCACTTCAGTAGA 
s mm7.chr7      138616895 407 + 141766352 GCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCTTTGCATCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCAC------------AGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCC------TTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCTTTGCATCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCCT---TGCAGCCCCCACAGGAGCCA------CAGCCTCCACA------GGAACTACAGCCTC---CCTTGCAGCCCCCACAGGAGC 

a score=1653
s danRer3.chr12  2149468 564 + 37038836 AACCACTTCCCCAGTCACCACATTTG---------TAGAATCTA---CTACCCTTGCCACCATGCTTGCCAAAAC-ACCCGAGTCTGCAGGCACAACTTCTGTAGAATCAACTACCTCTGGCGCCACCTCTGCCAAAACAATTGCTGAACAAAAC-ACCACTTTTGTAGAGACTACTAGAGCAGGCAGCACATCTGCTGAAACTACTGCCTTGTACACAACTTTAATAGAAACCACTTCCCCAATCAACACTTCTGTACAATCTACTTTCCATGACATGACACCTGCTGAAACCACTGCTTCCCTGGACACCACTTCTGTTGAAACTAGTGCCCAGCACACCAC---GTCCATAGAAAACACTACATTGGGAACCACATTTGCAGAATCTACTTCATCGGGCAGGATTTCTGCAAAATCTACATTGAGAACTACATCTGCAGAATCTA---------------CTATGCTAGGCACAACCTCTGCTGCAAC---AACTGTCTTGCGTGGCACCACATTTGTAAAAACTACTGATTTCCTCGGCACCGCTTCTGTAGAATCTACTACCGTCAGCACTACCCCTGAAGAAGCAACTGCTTC 
s mm7.chr17     59553302 576 - 93276925 AACCACCCCGACCACCACTATATCTAGCACTGCCTCAGGATCTATGCCCACCCTGACCACCAAGGCATCCAGCATTGCCTCAGACTCTAAGCCCACCCT----------GACCACCACTGCATCCAGCACTGCCTCAG-GATCTATGTCCACCCCGACCACCCCTGCATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCCACAACGACCACCACTGCATCCAGCACTGCCTCAGGATCTACACCCACCCCAACCACCACTGCATCCAGCACTGGCTCAGGCTCTACACCCACCCTGACCACCACTGCATCCAGCAGTGGCTCAGGCTCTACCCCCACCCTGCCCACCACTGAATCCA------GCACTGCCTCAGGCTCTACACCTACCCGGACCACCACTACATCCAGCACTGCCTCAAGATCTACACCCACTCCTACCACCACTGCATCTAGCACTGCCTCAGGATCTACGCCCACCCCGACCACCACTGTATCCAGCACTGCCTCA---GGCTCTACACCTACCCTGACCACCACTGCATCCAGGAGTGGCTC---AGGCTCTACCCCCATCCTGACCACCACTGAATCCAGCACTGCCTC 

a score=2773
s danRer3.chr12  2153863 523 +  37038836 TGCTGGGCTGGTTTGAAATTACTACCCCAGCCACTCCTTCTGCTGACACTGTACTAGACACTAGCACCACATCTGACAAAACTACTACTACTTTAAAAGAATATACTATGATGGAAACTGCTACCACTTCAAGAGAAATCACTATCATGGATACAACTCTGACAAAAATAGCTACCCCAAGCCTCACATCTGCAATAAGTTTTCCAGTCACCGCTTCTATAGGGACTACTGCCTTAGCTACCACTTCAGTAGAAACAACTTCCCCACTCAGCTCTTTTATAGAATCCTTTACCCCTATCACCACTTCTGCTAAAACGGCTCCTTCCATAGGCACCACATCTCTAGAAATTACTAGAACAGGTACCACCTCAGCTAAAATGCCTGCA---GTGTACACCTCTTCATTAGAAACTACTACAATGGGCACCACTTCAGAAGAAATTACTACCGTCGACA------------CCACTTTTTCAAAACCTATATCATCAGACTTCATTTCTTCCAAGACTAGTACCCCTGATACCCCAGGACC 
s mm7.chr13     68305407 501 + 116696528 TGCTTCCCTGGTC----ACTGCATCCACAGCCACTGCTTCCACACCCACTGTGTC---CATGGCCACTGCATCC------ATGGTCACTACTTCAATGG------CCACTTCATCCACAGCCACTCTATTCATGGCCATTGCATCCATGGTCACTGTATCCACAGCCACTGCTTCCACAGACACTGCATCCATA------------GCCACTGTATTCATGATCATTACATCCACGGCCATTGCTTCCATGGCCACTGCTTCCATGGTCACTGTATCCACAG---CCACTGCATCCATAGCCACTACTTCCACAGCCACTGCTTCCACAGTCACTTCATCCATGG---CCACTGTATTCATGGCCATTGCATCCATAGCCACTGCATCCATGGCCACTGCTTTCCTGGCCACTGCATCCATGGTCACTACTTCCACGGCCACTTCATCCATGGCCACTGCATCCACAGCCACTGTTTCCATTGCCATTGCATCCACAGTCACTACTTCCATGGCTGCCCCCTCTATTCTCCTTCAACC 

a score=2042
s danRer3.chr12   2154396 761 +  37038836 GTAGCAACTTTACCAGGCAACACTTCTGTAGAGACTACTGCTTGGGAAACCACTTCAGTAGAAACTACTTTTCCCCACTTGACTTTTGTAGAAACTACTACCCATGGCACCAACTTTGCCGAGACAACTGCTTACCTAGGCACCACTATAGAAACCACTACAACAGGCGCAACTTTTGCTGAAACTAGTGATCTGCACACGACTTCAGTAGAAGCCAC---TTCCCCAGTCACCACTTCTTCACAGTCTATTACCCATCACACAGAGTCTGCTGACACAGCTGCTTCCCCC------TGCACAGCTTTTGTAAAATCTACTACCCCAGGCACCACCTCTGTCAAAACAATTGCTGAACTAAGCACAACGCTTGTAGAAACTAATAGAACAGGTCCCACATCTGCTGAAACTACTGCTTTGCACATAGAAACCACTTCAGTAGAAACCACTTCCCCAGTCACCACATTTGTAGAATCTACTACCCTTGCCACCATGCTTGCCAAAACACCCGAGTCTGCAGGCACAACTTCTGTAGAATCAACTACCTCTGGCGCCACCTCTGCCAAAACAATTGCTGAACAAAACACCACTTTTGTAGAGACTACTAGAGCAGGCAGCACATCTGCTGAAACTACTGCCTTGTACACAACTTTAATAGAAACCACTTCCCCAATCAACACTTCTGTACAATCTACTTTCCATGACATGACACCTGCTGAAACCACTGCTTCCCTGGACACCACTTCTGTTGAAACTAGTGC---CCAGCACAC 
s mm7.chr7      138616895 692 + 141766352 GCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCTTTGCATCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCAC------------AGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCC------TTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCTTTGCATCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCCT---TGCAGCCCCCACAGGAGCCA------CAGCCTCCACA------GGAACTACAGCCTC---CCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCACAGGAACTACA------------GCCTCCCTTGCAGCC---------------CCCA---CAGGAGCCACAGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAACTACAGC------------CTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGC---CACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCCACAGCCTCCACAGGAACTACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGGAGCTACAGCCTCCTTTACAGCCTCCACAGGAGCCACAGCCTCCCTTGCAGCCCCCACAGCTGGAACAGGAACAGACTGGCACAC 

a score=-1267
s danRer3.chr12  2155479 608 + 37038836 ACTACAGTGGACACCACTTTAGCAGAATCCACTTCATCAGGCACTATTTCTCCCATAACAACCTTTGAAGCAACTTCTGCAGAATCTACTATGTCAGGCATTACCTCTGCTGCAACCCCTGCCCTGTATACCAGTTCAGTAGAAAATACTTTTCCGGTCACCTCTTTTTTGCAATTTACCACCGATGGCACCACTCCTGCTGAAACAACTACTTCCCTAAACACCACTTCTTCTGTAGAAACTACTGACATGTACACCTCAGTAGAAACTACTTCAATTGAAAGCACTTTAGCAGAATCAACTTCAGCAGGCACTATTTCTCCTAAAGCCACCTTTGGAGCAACTTCTG---CAGAATCTACTATGCCAGGCACAACCTCTGCTGCAACAACTGTCTTGCGTGGCACCACATTTGCAAAAACAACTGATTTCCTCGGCACAGCTTCTGTAGAATCTACNNNNNNNNNNNNNGCACCAGTTCTGTAGAAACTACTGCCATGTACACCTCCTCAGTAGAAATATCTAGAGATGGCAGCAGTTTAGCAGAATCGACTTCAGGCACCATTTCTCCTATAACAACCTTTG-------GAGCAACTT----------------CTGAC-------GAGTTTAGTACG 
s mm7.chr17     59553303 570 - 93276925 ACCACCCCGACCACCACTATATCTAG---CACTGCCTCAGGATCTATGCCCACCCTGACCACC---AAGGCA---------------------TCCAGCATTGCCTCAGACTCTAAGCCCACCCTGACCACCACTGCATC------------------CAGCACTGCCTCAGGATCTATGTCCACCCCGACCACCCCTGC---ATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCCACAACGACCACCACTGCATCCAGCACTGCCTCAGGATCTACACCCACCCCAACCACCACTGCATCCAGCACTGGCTCAGGCTCTACACCCACCCTGACCACCACTGCATCCAGCAGTGGCTCAGGCTCTACCCCCACCCTGCCCACCACTGAATCCAGCACTGCCTCA---GGCTCTACACCTACCCGGACCACCACTACATCCAGCACTGCCTC---AAGATCTAC--------------ACCCACTCCTACC---ACCACTGCATCTAGCACTGCCTCAGGATCTACGCCCACCCCGACCACCACTGTATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCTACCCTGACCACCACTGCATCCAGGAGTGGCTCAGGCTCTACCCCCATCCTGACCACCACTGAATCCAGCACT 

a score=1657
s danRer3.chr12  2156089 322 + 37038836 AGGCACTACCTCTGCTGGAACGACTGCTCATTACACCTCTTCTGTAGAA---------------ACTACTACAGTTGGCAGCACTTTAGCAGAATCTAC------------------TTCATCTGGCACTATTTCTCACATAACAACCTTTGGAACAACTTCTGCAGAGACTAGTATGTCAGGCACTACCTCTGCTGCAACAACTGCCCCATACACCACTTTTGTAGAAAGTACTAC--AATTGTCAACACGTTAGCAGAAT-CAACTTCATCAGGCACTATTTCTG---CCAAAAATACCTTAGGAACCACTTCTGCAAAGACTAGTATGTCAGGCACTACTACTGCTGCAACTACTGCT 
s mm7.chr17     59553878 343 - 93276925 AGGCTCTACACCTACCCTGACCACCGCTGCATCCAGCTCTGCCTCAGGATCTACACCCACCCCGACCACCACTGCATCCAGCACTGGCTCAGGCTCTACACCCACCCTGACCACCACTGCATCCAGCAGTGGCTCAGGCTCTACACCCACCCTGACCACCACTGAA------------TCTAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCTACCCCGACCACCAC---TGCATCCAGCACTGCCTCAAGATCTACACCCACTCCGACCACCACTGCATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCCACCTC---GACCACCACTGCATCCAGCATTGCCTCAGGCTCTACACCCACCCTGACCACCACT 

a score=1895
s danRer3.chr12  2156827 1155 + 37038836 CACTTTTACTGCTGCAGCA------ACTGCCCCATACTCCACTTCAGTAGAAGCTACTACAGTAGGCAGAACTCTAGCAGAATCTACTTTATCAGGCACCGTTTCTCCCATGACAACCTTTGGAGCAACTTCAGCAGAGTCTAGTACGTCAGGCACTACCTCTCTTGCAACAACTGCCCCATACACCACTTCTGTAGAAACTACAACAGATGGCAGCACTTTAGCAGAATCAA---CTTCATCAGGCACTATTTCTACCAAAACTACCTTTGGAACCACTTCTG---CAGAAACTAGTATGTCAGGCACTTTTACTGCTGCAACAAC------TGCCCCATACTCCACTTCAGTAAAAACTGCTACAGTAGGAAGAACTCTTGCAGAATCGACTTCATCAGGCACCATTTCTCCCATAACAACCTTTGAAGCAACTTCTGCAGAGGCTACTATGTCAGGCACTACCTCTGCTGCAACGACTGCCCCTTACACCACTTCTGTAGAAGCTACTACAGTTGGCAGCACTTTAGCAAAATCAACTTCATCAGGCACTTTTTCGACCAAAGCTACCTTTGGAACCACTTCTGGACAGACTAGTATGTCAGGCACTACTACTGCTGCAACAACTGCCCTATACTCCACTTCAGTAGAATAT------------------ACAGTAGACGGCACTCTAGCAGAATCGAC------------------CGTAGCTGGCACTGTTTCTACCATAACAACCTTTGAAGCAACTTCAGCAGAGTCAAGTACGTCAGGCACTACCTCTGTTGCAACAACTGCCCCACACACCACTTCTGTAGAAACTACA---ACGGATGGCAGCACTTTAGCAGAATCAACTTCATCAGGCTCTATTCCTGCCAAAACTTCCTTCGGA---ACCACGACTGCAGAGACT------AGCATGTCAGGCACTACTACTGCTGCAACTACTGCCCCATACTTCACTTCTGAAGAAGCTACTACAGTTGGCAGCACTTTAGCAAAATCAACTTCATCAAGCACTATTTCTGCCAAAACTACCTTTGGAACCGCTTCTGCAGAGACTAGTACGTCAGGCGCTACTACTGCTGCAACTACTGCTCCATACTCCACTTCTGAAGAACCTACTACAATTGGCAGCACTTTAGC---AGAATCAACTTCATCATTCACTAGTTCTCTCATAGCAACCTTTGGAGCAACTTCTAC 
s mm7.chr17     59554337 1134 - 93276925 CACTCCTACCACCACTGCATCTAGCACTGCCTCAGGATCTACGCCCACCCCGACCACCACTGTATCCAG---------------CACTGGCTCAGGCTCTACACCTACCCTGACCACCACTGCA-----TCCAGGAGTGGCT-------CAGGCTCTACCCCCATCCTGACCACCACTGAATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACC---TACCCTGACCACCGCTGCATCCAGCTCTGCCTCAGGATCTACACCCACCCCGACCACCACTGTATCCAGCACTGGCTCAGGCTCTA------CACCCACCCTGACCACCACTGCATCCAGCAGTGGCTCAGGCTCTACCCCCACCCTGACCACCACTG--------AATCTAGCA-------CTGCCTCAGGCTCTACACCTACCCAGACCACC------------------------ACTACATCCAGCACTGCCTCAAGATCTACACCCACTCCTACCACCACTGCATCTAGCACTGCCTCAGGCTCTATACCTACCCCGACCACAACTGCATCAAGCATTGCCTCAGGTACTACCCCCACCCTGACCACCACTGAATCCAGCACTGCCTCAGGCTCCTCACCCACCCCGACCACTGCTTCATCCAGCAGTGCCTCAGACTCTAAGCCCACCTCGACCACCACTGCATCCAGCACTGTCTCAGACTCTACACCCACCCCGACCACCAATGCATCCAGCAGTGCCTCAGGCTCTACACCCACCCAGACCACCACTGCATCCAGAAGTGCCTCAGGATCTGTGCCCACCCTGACCACCATTGCATTCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCTACCCTGACCACCACTGCATCCAACTCTGCCTCCTC---TTCTTCACCCACCCCGACTACCACTGGGCTCAGCAAGACCTCTGCATCTTCACTCAGCTTGACCTCCACTATGACCAGCATAACCTCTGCCTCTACATTCACCCC---AGCCTCCATTAGGACCAGCAAAGCTTCTGCTTCTACATCCACCTCAGCCTCCATTAGGACCAGCATAGCCTTTGCATCTACATCTACCCCGAC---CACCTCTGGACCTAGCACAGCCTCAGTCTCTACACTCAACTCGACCTCCATCAGAACCAGCACAGGTTCCAG--CTCTAGCCTGAGTGCCACCCACA-CTTCCTCTAG---CCTGACAGTTTCCACTGGAACACACACTAC 

a score=1183
s danRer3.chr12  2158439 209 + 37038836 ACTACCTCTGCTGCAACAACTGCCCCATACTCCACTTCAGTAGAAGCTACTACAGTTGGCAGCACTCTAGCAGAATTGAC---TTCATCAGGCACTATTTCTCCCAAAACTGCCTTTGGAGCAACTTCTGCAGAGTCTAGTAC---GTCAGGCACTGCCTCTGCTGCAACAACTGCCCTATACTCTACTTCAGTAGAAACTACTACAGTAGGCAG 
s mm7.chr17     59554344 197 - 93276925 ACCACCACTGCATCTAGCACTGCCTCAGGATCTACGCCCACCCCGACCACCACTGTATCCAGCACTGGCTCAGGCTCTACACCTACCCTGACCACCACTGCATCCAGGAGTGGCTCAGGCTCTACCCCCATCCTGACCACCACTGAATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCTACCCTG------------------ACCACCGCTGCATCCAG 

a score=-2465
s danRer3.chr12  2158648 1348 + 37038836 CACTCTCGCAGAATCAACTTTATCAGGCACTATC---TCTGCCAAAACAACCTTTGGAGCAACTTCTGCTGAGACTAGTATGTCAATGACCACTTCTGTTGTTGCCCCATACTCCACTTCAGTAGAAACTACTACAGTAGGCAGCACCTTAGCAGAATCGATTTCATCAGGCACTATTTCTGCCAAAACTTCC--TTTGAAACCACTTTTGCTGAATCTAGTACATC---AGGCACTACCTCTGCTGCAACAACTGCCCCATACACCACTTCAGTAGAAGCTACT------GTTCCAGTCATCACTTCTGTACAATCTAATATCCATGGCACCA-----CCCCTGCTGAAGCGACTGCTTCCAAAAG-------TACCA----CTTCTGTAGAAACTTCTGCCATTTA---------------------CTCTACTTCACTAGAAACTACTACAGCGGCCACCACTTCTGCAGAATCTAGTACGTTAGGCACTTCTTCTGCAACAAGTGCCTC-------ATACACT------------ACTTCTGCTTCAACAACTGCCCCATACACCACTTCAGTAGAACCTTCTACAGTTGGCAGCACTTTAGCAGAATCAACTTCATCAGGCACTATTTCTCTCATAACAACCATTGTAGCCACTTCTGCAGAGTCCAGTGCGTCAGGCACTACTTCTGCTGCAACAACTGCCCTGCACACCACTCCATTAGAGACTACTTTTCCAGTCACTACTTCTGTACTGTCTTCTACCTACGGCACCAACCCTACTGAAACGACTTCTTCCCTAGGGACCATTTCTATAGATACTACTAGAACAGGCACCACTTCTGTGTAAAGTACTGCCCAATACACCCCTTCTGTTGAAACTTCTTTTTCTGTCATCACTTCTGTACAGTCTACCACTGATGGCACCACTCCTGCTGAAACAACTGCTTACCTAGGCAGCACTTCTGTGGAAAGTACTGCCATGTACACCTCTTCAGTAGAAACTACTACAGTTGGCAGCACTTTAGCAGAATCAACTTCATCAGGCACAACTTCTCCCATAACAACC---TTTGGAG-----CCACTTCTGCAGAATCTACTATGTCAGGCACTACTTCTGCTGCAACCCCTGCCTGGTATACGAGTTCAGTAGAAAATACTTTTCCGGTCACCTCTTTTGTGCAATTTACCACCAATGGCACCACTCC-TGCTGAAGCAACT--------ACTTTCCTAAACACCACTTCT--TCTGTAGAAACTAC-TGACATGTACACCTCCTCAGTAAAAACTACTTCAATTGAAAGCACTTTAG--CAGAATCAACTTCATCAGG---CACTATTTCTCCCAAAGCTACATTTAGAGCAACTTCTGCAGAATCTACTATGCCAGGCATTA----CCTCTGCTGCAACAACTACCATGTATACAACTTCA 
s mm7.chr19     50239228 1366 - 61223509 CATCTTCACATAATTCCCTCCATTTTTCACCTGCCAATTTGTCATCCCAATCATTAATGGCATCTCTGTCAACACAAGTCTTACAATATAAACAGCCATCATT---CCATATTTCACAGTCTTATGATCTGATAT------------CTGAATATTTTCTTTCTGAAAACATACCATTTC----AAGACAACCAATCCCAAGACACCCCTTCTCAATATACCCCATCCCAAGACAT-------------ACAATTCCAAGATATGCTAGCTCAAGACATATCATTCCAAGAGATTCAATC-CCAAGAGTCTCCAAACCAAGATGTACTATATCAAGAGACTCCACCTCAAGAGACTCCATCCCAAGGGACTCCATACCAAGATCTACCATACCAAGTTCTACTAATTAAAGATACATCACCCCAAGGGACTCCCTATCAATATATATTAACAAAAGAAATACCATTCCAGGAGACTCCATCTCA--AGGAACTCTGTCT----CAAGAGTCTCCATCTCAATGGACTCTATCCAAAGGGACTCCATCCCAAGGGACTTCACCCAAGGGGACTCCATCCCAAGTGACTCCACCCCAAGGGACTCCATCCCAAGGGACTCCATCTGAAGGGACTTCACTC-------CAAGTGTCTCCA--TCTGAAGTGACTCCACCCCAAGGGACTCCATCTGAAGTGACTCCATCCCAAGGGACTCCATCTGAAGGGACTTCACTCCAAGTGTCTCCATCTGAAGTGACTCCACCCCAAGGGACT---CCATCTGAAATGACTCCACCCCAAGGGACTCCATCTGAAGGGACTTCACCCCAAGGAACTCCATCTGAAGAAACTCCACCCCAAGGGACTCCATCTGAAGGAACTCTACCCCAAGGCACTCCATCCCAAGGGACTCCACCCCAAGG---GACTCCATCTGAAGGAACTCCACCCCAAG---GTACTCCATCCCAAGGGACTCCACCTCAAGGGACTCCATCTGAAGGGACTCCATCTCAAGAAACTCTACCCCGAGAGACTCCATCTGAAGGAACTCCACCTCAAGGGACTCCATCTGAAGGGACTCCATCTCAAGAGACTGTACCCCAAGAGACTCCACCCCAAAAGCTATCATTCCAAGATATACTAACTAA--AGACAGATCGTCTCAAGAGAC--------TGCA---TACCAAGAA--ACTCCATTCCAAGATTTAGTAACTCAAAATAGACCATCCCAAG----ACTCCCAATATAAAGAGACTCCATCACAAGAGATTTTCTTC----CAAGATACTCCATTCCAAAATACTCCATCCCAGAATATACAATATCAAGATATACTATCTCAAGACAAAATATCCCAAGGTTCACAAACCCAAAATTCAGTATCTCAAGAAATGGCATCCTCAGAT-CTTCAAGTACTAAACACTCAAGTTCA 

a score=2509
s danRer3.chr12    2159996 335 + 37038836 GTAGAAATTACCACTCCAGTCACCACTTCTGTACAATCTACTATCCATGGCACCACCCTTTCTGAAACAATTGCTTCTCCAGCCACCACTTCAGTAGGAACTACTACAGTTGGCAGCAGTTTAGCAGAGTCAACTTCATCAGGCACTATTTCTGCCAAAACTACATTTGGAGCAACTATTACAGAATCGAGTATGTTAGGCTCTACCCCTGCTGCAACAGCTGCCCCATACACCACTTCAGTAGAGACTACTTTCCCAATCACCACTTC---------TGTACAATCTTCTACTGTCAGCACTACCCCTGCA---GAAGCAACTACTTCCATAGTAACCACCTCTAT 
s mm7.chr13_random 7317123 308 - 12278716 GTATTCATGATCATTACATCCACGGCCATTGCT----------TCCATGGC--CACTGCTTCCATGGTCACTGTATCCACAGCCACTGCATCCATAGCCACTACT---------------TCCACAGCCACTGCTTCCACAGTCACTTCATCCATGGCCACTGTATTCATGGCCATT------GCATCCA------TAGCCACTGCATCCATGGCCACTGCTTTCCTGGCCACTGCATCCATGGTCACTACTTCCACGGCCACTTCATCCATGGCCACTGCATCCACAGCCACTGTTTCCATTGCCATTGCATCCACAGTCACTACTTCCATGGCTGCCCCCTCTAT 

a score=1504
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s mm7.chr17     59553284  937 - 93276925 CATAGCCACAGACTATGAAACC---ACCCCGACCACCACTATATCTAGCACTGCCTCAGGATCTATGCCCACCCTGACCACCAAGGCATCCAGCATTGCCTCAGACTCTAAGCCCACCCTGACCACCACTGCATCCAGCACTGCCTCAGGATCTATGTCCACCCCGACCACCCCTGCATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCCACAACGACCACCACTGCATCCAGCACTGCCTCAGGATCTACACC----------CACCCCAACCA---CCACTGCATCCAGCACTGGCTCAGGCTCTACACCCACCCTGACCACCACTGCATCCAGCAGTGGCTCAGGCTCTACCCCCACCCTGCCCACCACTGAATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCTACCCGGACCACCACTACATCCAGCACTGCCTCAAGATCTACACCCACTCCTACCACCACTGCATCTAGCACTGCCTCAGGATCTACGCCCACCCCGACCACCACTGTATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTAC---------ACCTACCCTGAC---CACCACTGCATCCAGG---AGTGGCTCAGGCTCTACCCCCATCCTGACCACCACTGAATCCAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCTACCCTGACCACCGCTGCAT------------------CCAGCTCTGCCTCAGGATCTACACCCACCCCGACCACCACTGCATCCAGCACTGGCTCAGGCTCTACACCCACCCTGACCACCACTGCATCCAGCAGTGGCTCAGGCTCTACACCCACCCTGACCACCACTGAATCTAGCACTGCCTCAGGCTCTACACCTACCCCGACCACCACTGCATCCAGCACTGCCTCAAGATCTACACCCACTCCGACCACCACTGCATCCAGCACTGCCTC---AGGCTCTACACCC------------------------------------------ACCTCGACCACCACT---------------GCATCCAGCATTGCCTCAGGCTCTACACCCACCCTGACCACCACT 

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s mm7.chr13_random 7316831 600 - 12278716 ATTTCTCCTTCTGCAAATTAGCAGTGACCCAGTCTCTGAAG------CTGGGCCAGAGCACATCCTCTACTGCAAGATTCAGCACAAGTCCA--CACAGGATGAATCACCTTTC--ACTACTGCTTCC----------CTGGTCACTGCA--------TCCACAGCCACTGCTTCCACACCCACTGTGTCCATGGCCACTGCATCCATGGTCACTACTTCAATGG---CCACTTCATCCACAGCCACTCTATTCATGGCCA---TTGCATCCATGGTCACTGTATCCA------CAGCCACTGCTTCCACAGACACTGCATCCATAGCCACTGTATTCATGATCATTACATCCACGGCCATTGCTTCCATGGCCACTGCT-TCCATGGT--CACTGTATCCACAGCCACTGCATCCATAGCCACTACTTCCACAGCCACTGCTTC-----------------CACAGTCA-CTTCATCCATGGCCACTGTATTC------ATGGCCATTGCATCCATAGCCACTGCATCCA------TGGCCACTGCTTTCCTGGCCACTGCATCCATGGTCACTACTTCCACGGCCACTTCATCCATGGCCACTGCATCCACAGCCACTGTTTCCATTGCCATTGCATCCACAG---TCACTACTTCCATGGCTGCCCCCTCTAT 

a score=562
s danRer3.chr12    2163746 101 + 37038836 CTTCTGTAGAAACTACTATTCCAGTCACCACTTCTGTACAATTTCCTATCCATG-GTACCACCCCTGCTGAAACAACT-GCTTACCTCGGCA-GCACTTCTGTG 
s mm7.chr13_random 7317432  97 - 12278716 CTCCTTCAACCACAATGATCCATGCACACATTCCTCCATGCCTTACTTTATAAGTATACCACACCT-------CAGCTGGCTAACCTTCCCAGGCACTTCGGTG 

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s danRer3.chr12    2163847 509 + 37038836 GAAAGTACTGCCATGTACACCTCATCAGTAGAAACTACTACAGTTGGCAGCACTTTAGCAGAATCAACTTCATCAGGCACTATTTCTCCCAAAGCTACCTTTGGAGCAACTTCTGCAGAATCTACTATGTCAGGCATTACCTCTGCTGCAACAACTACCCTGTATACAACTTCAGTAGAAATTACCACTCCAGCCACCACTTCTGTACAATCTACTATTCATGGCACCACCCTTTCTGAAACAACTGCTTCTCCAGCCACCACTTCAGTAGAAACTACT---ACAGTTGGCAGCACTTTAGCAGAGTCAACTTCATCAGGCACTATTTCTGCCAAA---ACTACATTTGGAGCAACTTTTACAGAATCAAGTATGTCAGGCTCTACCTCTGCTGCAACAACTGCCCCATACACCACTTCAGTAGAAACCACTTCCCCAATCACCACTTCTGTACAATCTTCTACCATCGGCACTACCCCTGTAGAAGCAACTTCTTCCATAGTAACCACCTCTAT 
s mm7.chr13_random 7316967 464 - 12278716 GCCACTGCTTCCACACCCACTGTGTCCATGGCCACTGCATCCATGGTCACTACTTCAATGG---CCACTTCATCCACAGCCACTCTATTCATGGCCA---TTGCATCCATGGTCACTGTATCCAC------AGCCACTGCTTCCACAGACACTGCATCCATAGCCACTGTATTCATGATCATTACATCCACGGCCATTGCTTCCATGGCCACTGCT-TCCATGGT--CACTGTATCCACAGCCACTGCATCCATAGCCACTACTTCCACAGCCACTGCTTCCACAGT------CACTTCATCCATGGCCACTGTATTCATGGCCATTGCATCCATAGCCACTGCATCCATGGCCACTGCTT------------TCCTGGCCACTGCATCCATGGTCACTACTTCCACGGCCACTTCATCCATGGCCACTGCATCCACAGCCACTGTTTCCAT---------TGCCATTGCATCCAC---------AGTCACTACTTCCATGGCTGCCCCCTCTAT 

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s mm7.chr14     110545392 614 + 119226840 CAGGCATTATGGCAACTGACATTATTTCACCAGATACCTTTACAGCAGATAGCATTGCAGCAGACATCCTTTCAGCAGATACTGTTGCAGCAGATACCATTGCATCAAACACAATTACAATAGGTAACATTGCAACAGACATCATTACAACAGATATTGTTACAGCAGACACAATTGCAACTGACATCTTTACAGTAGATACTATTGCAGCAGACACCATTGttttatttttcaattaaatattttcataaatatat-ttcaaatattatcctctttcctagtttcccctccgaaaatctcctatcctctgcccctccccctactcc-ccaacccacccactcccatttcctggcccaaggattcccctatactggggcatagaaccttaactggaccaa-------aggccctttcctcccattgatgaccaactaggccatcctcagctacatatgcagctagagccatgagtctctccgt---------gtgttttctttgattgg----tagtttagCAGACACCATTGTAGCAGAGACAATCACAAGAGATACTTTTGTAGCAGACA--------GACACCATTATAGCTGGTATTGTTGTAGCAGAT---------------ACAATTGCCCTAGATATCATTGTAGCTGAGG 

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s danRer3.chr12  2182090 270 + 37038836 GCTGTTTCCTGCTAGACTCATTTCTTGATTTTCACTCTGTTTGTGTGACAGGCTCTGGAGAAGAACCAGCACTGGCTCGTTTATGACCAGCAGCGAGAGGCCTACGTTCAGGGTGTTTTGGCCAGAATCAAGGACTTGGAGGCGCAGTTAAATGAAGCTAATCAAGCACTCCAACAACAGCACAAAGAAGCCAAGTCTGATGGTAAGAAAAGCTCAACTATCAATCTTAGTTGTATTTATTTATTCTTAAGGATTACATTGCTCATCATG 
s mm7.chr19     37769724 242 + 61223509 GCTTTTTACTATGCTGTTCATTTTTCA---TTCACTATA----------AGGCTCTGGAGAAAAACCAGCAATGGCTTGTGTATGATCAGCAGCGAGAGGCCTACGTTAAAGGGCTTTTAGCAAAGATCTTCGAGCTGGAAAAGAGAACAGAGACAGCCGCTGCTTCCCTCACACAGCAGATGAAGAAGATTGAATCAGAAGGTA-------CTGAGCTATACA----AGTGGTCTTTTGGGA----TAAGCCTGACATTTCCCAACAGG 

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s mm7.chr19     37771722 106 + 61223509 AGATAATGCAGGCTGTCATT-GTA-TCCTCCAGGTCCGAA---------TTCTCTACGATTCTCTGTTAAAGCACCAAGAGGAGCAGGCCAGGGTAGCTCTACTGGAACAGCAGGTA 

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s danRer3.chr12  2186504 157 + 37038836 CTGTTTTATTCTC-CACCCTACAGATCCAGCTGTCTGCTAAAGAATCAGAAAATGAAAAACTAGACCGTCAAACTTTACAGCATCAACTGCATAAAGTTTTGAAGGAGCTCCGGAAGGCCAGAGACCAGATCACACGCCTGGAGTCTTCTGTAAGTTT 
s mm7.chr19     37772423 158 + 61223509 CTGTCTCGTCCTAACATATTCCAGATGCAGGCATGTACTCTAGACTTTGAAAATGAAAAACTCGACCGCCAGAATATGCAGCATCAACTCTATGTGATTCTTAAGGAACTCCGAAAAGCAAAAAGTCAAATAACACAGTTGGAATCCTTGGTAAGCTT 

a score=3789
s danRer3.chr12  2186727 364 + 37038836 AATAATGCTGATTCTGCCTTTGGCCT-CAGAAGCAGCAGCGAGAGTCTCGTTTCTCTGAGCC-CAGCTCCTATAACAGGATGGATCTGGAG--AGACTGACCATTCAAGATCACATGACGTCTCCATCTAAAGTCC--ATAACATACTAGATGAGAGTGTCCTGGAGTGCCCCAACTGTGGTGCATCTTACCCCACCAGCCAACACCGAGAGCTGCTTGCACACCTCGACTACTGCTTCACCTAAAACACTGTAGAGTAGCATTAGCAGAGTGACTTCGACTATTGTAGTCACCATCCCAAAGGCATTGTCAGTGTTTTATATGATTATTTTGTAAAAACAGTAAGT----AGTTACATTTTTTAAATTGTAAA 
s mm7.chr19     37773950 329 + 61223509 AATGGTGTTCATTTGCCGTTTGTTTTGCAGAAGCAGCTACATGGGTTTACCATCACAGAGCAGCCATTCCCACTCCAGAGAGAACCTGAAAGCAGAGTGA--------------AAGCTACCTCACCCAAAAGTCCCAGTGCTGCACTCAATGACAGCCTAGTGGAATGTCCCAAGTGCAGCGTACAGTACCCAGCCACCGAGCATCGAGACCTGCTTGTCCATGTCGAATACTGCAT---------------------GAAGTAGCAGA---------ACCATTCTTGCCTTTGTGCTGAAAAAGTCCACACTGTATTCTATG-TTTCTTTATAGGCACTTTAAACCACAGATGACATCTTTTATACAAGAAA 

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s danRer3.chr12  2190746 230 + 37038836 CTTACCAGTGTGTGCAACGCGTCTGTATTTGCCCAGGAAGCAGATGTCCTGTTTCTTCTGTGTCACTATGGCCTGGTCTTCAGGCCTGAGCCCGTCAGGATGTCTGGAGAAAATGAAGGAATATCCGTCCAGACAGGTGCCGTCCTCATCCAGCTCTCTGCACGAGTAGTGGATTGCGTAGTTATCGTAGTCTGTGTCAATGATCCAGTGGTCGTCATCTGAAAAGTAAA 
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s danRer3.chr12  2193999 457 + 37038836 ACTTACATCCAGTCTGGAGATACGCAGCAGCTCCCCAGTACTTCATCTTGAACTTAGCTGGATCTTCGGTATCTTCAAAAGTGCCGAACATGTTGGCGCACATCTCCCAGTTGCTGCAAAAGCACACGTTACAATGGAGCCA-------------TTTCTATTGCAT---AAGTGC---ATTCACATCAC----------------------------------------------------------CACCCAGCT-------GTAAACTCACTTGAGAATGATGACTCTGCCAATGGCGGTGGCTGTCATGGTTCCATCCTCTTCTACTTTGAAATTGGCCACAATGTTGTCAAGAAGGAACAGCCCAACAGGGTCTTTCTTGGCCACTGCATACCATGTTCCTTGATACTAGAAGGACAGTGAGAGACTGTAAGAATGCACGCTCAAAAACACCT-----CAGTGTGAAGAAGGAAACACTGGTTG--ACTTACCCTCGTTCTGTTAAAGTCCTGTTGGACGGCGAAGTTGCTGACTTGACAGTC 
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a score=8987
s danRer3.chr12  2203511 766 + 37038836 TGCGCGACTCCTCTTCAGGAGAAAACAGCAGCTCTGATTGGATTGTCTGCCATAAAATGATCAGGGTGGGGATTTGCAGGTTAAGAAAGCTTAGGGGTTTAATGTCATGACGTCACTTTCATTAGCGGCCACTTTGATCCCTTCAGCCTGTAAGCCACTATTCTCTGCAGCCTG--------TCGGAGGA-----CGATGAGCCTGTCTGAAGGAGGAGGCCACTGAGAGCTTCACT---------------------TTTCATCCCGACAGCCTACAAGTAATGAATCTGTGAGA------GGACCAGGCAG----AGAAACACACTTCA-AACATGGCAGA------CAAGGATAGCGTGGAGAAGTACTTGGAGAATAACCCCCAGTTCGCCAAAGAGTATTTTGACAAGAAGGTGCGATGCGAGGTGATCGCCGCCGCGTTCGAGGAGAAGCTGGACATCAAGGATCCAGCT-------TCGTTCAAGGATGTCACGCAAGTGCAGGAAGCCGCCATCCTCTTTGACATGATCCAAGACATGCATTCACAGCCTGT---CATGGAGAAGGCCATGCACAAGGTCCTGCAGAGGATATGTTTGCTGGTCAACGCCGACCGCTGCAGCTATTTTATATCTCGCGCCAGAAACGGCATCCCTGAGCTCGCCACATGTCTTTTCGATGTCACTCCTACGTCCAAATACGAGGCCAACCTGGTAAACCCGCAGTCTGAGATTGTGTTCCCCACTGACACTGGCATAGTTGGCCAAATAGTGACCACCAAAAAACCAGCCAATGTTCCAGATGTCAAACAGGTGAGTGA 
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a score=4166
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s danRer3.chr12  2210185 148 + 37038836 CAGGTTCTTCTGTGGTCTGCGAGCAAAGTGTTTGAAGAGCTGACGGACATCGAGCGTCAGTTTCACAAGGCTCTGTACACCGTCAGAACTTACCTTCAGTGCGAAAGGTACTCGTGCGGCCTGCTGGACATGACCAAAGAGAAGGTTT 
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a score=6049
s danRer3.chr12  2211979 150 + 37038836 TAATAACATTTGACCTTACTTTATGTGTTCAGGAGTTCTACGACGAGTGGCCGATTAAACTGGGAGACGTGGAGCCGTATAAAGGCCCGAAGACTCCTGATGGCAGGGT-AACAATTTCTGTTCACTTCA--------GTCAAAAAATAAAACTGTCCA 
s mm7.chr19     37851241 156 + 61223509 TAATAATGTTTAAATATAATT---GCCTCCAGGAATTTTACGATGAGTGGCCAATCAAGCTTGGAGAAGTTGAGCCTTATAAAGGACCAAAGACTCCAGATGGCAGGGTAAATATTTTCTGTGCTGTCTGTGTATGATGCCAAGAGACTGAAGTGCCCA 

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s danRer3.chr12  2212172 60 + 37038836 AGGAGATCATCTTCTACAAGATCATTGATTATCTGCTGGAAGGCAAAGAAGAGATCAAAG 
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s danRer3.chr12  2215417 70 + 37038836 TATTTCTCTTCTTCTGCAGATCTGTAACATGATGAATGTTGCTGCTGATGAATACTTCACATTCCAGGTA 
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s danRer3.chr12  2219048 221 + 37038836 GAGTGAACA-CGAGACTGATTATTAAAAAGGATGATTTACTAAATCCACTTTTATTTTAACACACAGAGAGCCAACATTCCAGAGGCCAAAGATGTCGATCTGCTAGAATTTAGTTTCAGTGACTTCCCTCTGACTGAAACCGATCTCATCAAGTGCGGCATTCGCTGCTTCTTTGAACTGGGAGTGGTGGAGAAGTTCAAGGTGCCAGCAGAGGTGAGACG 
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s mm7.chr19     37984778 635 + 61223509 TGCCTATAGTTGTCTGACCAAATGAGAATGTTGTTACCTCTTGCAGATTCATAGAAAACAACAATATCAAGTCCATTTCAAGACATACTTTCCGGGGACTCAAGTCTTTGATTCACTTGTAAGTATAGGTGATGCTATTATTTTTTTTTAAGCTTCTTTGTTTGGCTGAATTGgtttttgttgttgttgttgttgttgttgtttttgAGGtttttgcagtactga-aatcaaacctagaggctttgtgcttgctaggtgaacgctctaccactgagctatggtcccagccTGTATTTTTGAGCTCACAAA--------TTCAGTTTGGCATCTAAGGTTACGGCACCCATTTTATGAGTACCTATGAAAATGTAAGAGCTCGAATTCTTTCTCTTCATGCACATTTGCCATCTCCCCTGTCATATATCAGCATGAACTCGGGAAATGGATTATGATTACTATTTTTAGCCTAGATGGAATATAATTAGAAAAGCAATCTATGTAGGGAAATAACATAACTGAAATAACTTTTATTATCCTCATCATCTCTCACTTCATAAGTCCCAGAATTATGGGGTGACTAATATCCTTTAATTTGATATTCACTGCTCATTTTCACTGTTTAAATCCTG--ACTCTATATGCC 

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s danRer3.chr12  2269792 555 + 37038836 TGCACTGTGAAAGAAGTAAAGGTAAATGAAAGTCCTGTGTGCATGCAGGGATCTCAGAGGAAACTTGTTCAGTTGTGACTGTAAGTTGAAGTGGTTGGTGGAATGGATGTTCAGCACTAATGCAACGGTGGATCAGTTATACTGCAGTGGGCCTTCACCCTATCAAGGGAAGAAGATAAATGACCTCATGCCTCAGTCCTTTGACTGCATTACAGCAGGTAAATGAGCGCTGGACTCTCTAGAGTATAAAACAGCCAGACTGATCTGCAGGAAGACTCTGCTTTT-------AAAAAAGGCTGATTTTTATTTCTGCTGAAATGCTTAGAAATGCACTTTAAACATTCACATCCTCAGCACAGGCTCACCTTAAAAACAGTTTGTGTCTCAGCA----CACAAGATTCATTCCTATTTGTGGCCAGATATCCTTAAGGTTGTAAATGTGT-ATGTGCAGGGGT---GGATTTAATCAATAAGCTTGGTAAGCCGCCACTTAGGAATTCTGGGAGCCGATAATAAATACCTAAAAGTTTCTAAATAACTTTTATATAACGACATTTTttat 
s mm7.chr19     38001356 479 + 61223509 TGCACTGCAAATGCAGCAGAGGT---------TTCTGTTT-----CAGGGACCTAAGAGGGAACGCATTTAATTGTGACTGTAAGTTGAAGTGGCTGGTGGAATGGCTCGGCCATACCAATGCAACTGTGGAAGACATCTACTGTGAAGGCCCACCGGAATATAAGAAACGGAAAATCAATAGCCTCTCCCCCAAGGATTTTGACTGTATCATTACAGGTAATGTATTGAAAACCATTTTACAGCAGAAAA---------TTATTTGAAAGG-----TTGCTTTTTTGCACGTATAAAAATTGATTTTT--------TAAAATTTGTTAAGAACCATCTGAGCGATTTAATGTGTGAAATATTATGAACCTTTAAAACTCTACATGCTTAAAAAATTGCAGAATTGTCATT-TTATT---------ATATCTCTGAA---ATAAATATATGATGTACGGGTATTTGGGATCTAGCCAAGAAG--------------------------TGCGAGGTG-TAGTA---------------TTAGCTTACATTTATTCATCTTCTTTTCCTAT 

a score=6149
s danRer3.chr12  2273444 175 + 37038836 TGTTGCAGAGTTTGCTTTAAAG---AAAACCCTTGCATTTGAGTCTATATCCGTGGAGGCCTTCTCCTATGGGAACGATCAGTATGTGGTTTACGCTCAGCCTTTCACCGGAAGATGCAACTTCATGGAATGGGACCACGTCAATATGGAGTTCAGAGATCATGAGATCATATTAAGT 
s mm7.chr19     38001835 175 + 61223509 TTTTGCAGAATTTGC---AAAGTCCCAAGACCTACCTTATCAGTCGCTGTCCATAGACACTTTTTCTTATTTGAATGATGAATATGTAGTCATTGCTCAGCCTTTTACTGGAAAATGCATTTTCCTGGAATGGGACCACGTAGAGAAGACCTTCCGGAATTATGACAACATTACAGGT 

a score=361
s danRer3.chr12  2273625 259 +  37038836 CACACATCACACCTCCTACATACACACAGTAGTG---GAAACTTGCTATTGTTATCTTAAGGAGTTAACTTTGACTTTGTAGATTGTTTCAGTGATGTTAAAGGCACAATATTTTGGATTTTTCTTCATTAA------------AATATCCAAAAACCACTGC--AACAGTGTTAAATATTTGGCTGACTTATATCCTTATATTACTCTAAATGTTTTAAAAAATGTCCA-------------AATCCAAAGAAATAAGCAAATTTTGACTAGTGAGACGGAGCATGTG 
s mm7.chr8      61530493 261 + 127874053 CACAGAAAAGAACACTAATATGAAGAGTGTAGTGTGTGAAACCAA------TTAACTTACAGCCTCATCCTTTCCTTCA-GGGTCGCCTCC----------AAGCTCAACATTTTCCCTATTCCCTTTCTGACCAATGGATGCTAATATCCCACTTGCTATGCCCAACAATATTACAGCCCTCACT---CTGTGCCTTGAGAT----CTAA----TTTATAACATCTTCATATTAATTACATTAATCCAATTAAATGATAAACTTTGTATTAATGAGTTAAAGCATGTG 

a score=36355
s danRer3.chr12  2276473 845 + 37038836 GTTTTTTTCTGATCGTAGGCACCTCCACGGTGGTGTGCAAGCCAATGGTCATCGATGACCACCTCTTCATCGTGGTCGCTCAACTGTTCGGTGGCTCTCACATTTATAAAAGAGACAGCTCAGCCAATAAGTTCATCAAAATCCAGGACATCGACATCCTGAAAATCAGAAAACCCAATGACATCGAGACTTTCCGTGTGGACGGCGAGTTTTACTTCGTGATCGCGGACAGCTCCAAGGCCGGCTCTACTACGGTTTACAAGTGGAACGGCAATGGCTTCTACTCGCACCAGTCTCTCCATCCGTGGTACCGCGACACTGATGTGGAGTACCTGGAAATCGCAGGC------------------AAACCCCACATTATTTTGTCCAGCAGCTCACAGCGGCCCGTCGTCTACCAGTGGAGCCGAAGCCAGA-AGCAGTTCGACAGGCGGACGGACATTCCCGATATGGAGGACGTCTATGCGGTCAAACACTTCAAGGTGAAGGGGGAGCTGTTTATCTGTCTGACACGCTTCATCGGAGACTCCAAGGTGATGAAGTGGGACGGCGCTATGTTTATAGAGATACAGACAATGCCTTCGCGGGGGTCCATGGTCTTCCAGCCCGTCTCCATCGGCAACTGGCAGTACGCCATCCTCGGCAGCGACTACTCGCTAACGCAGGTCTATCAGTGGGACGCCAAGAAGAGCCAGTTCGTACACTTCCAGGAGCTCAACGTCCAGGCGCCGAGAGCATTTTCACTGGCCTCCATTGACAACCGAGAGTTCCTGCTGGCGTCCAGCTTTAAAGGGAAGACGCAGATTTACGAGCACTTGATGATCGACCTGAGCAGTTAGGGTGCAGAA 
s mm7.chr19     38006288 859 + 61223509 GTTTTTTTC----CTCAGGCACGTCCACTGTGGTGTGCAAGCCCATAGTTATTGACACTCAGCTCTATGTCATTGTGGCCCAGCTGTTTGGTGGCTCTCATATCTATAAGCGAGATGGTTTTGCAAACAAATTCATAAAAATCCAAGATATTGAAGTTCTCAAAATTCGAAAACCCAATGACATCGAAACATTCAAGATTGAAGACAACTGGTACTTCGTTGTCGCTGACAGTTCCAAAGCTGGGTTTACTACCATTTACAAGTGGAATGGAAACGGATTCTACTCCCACCAATCCTTACATGCCTGGTACAGGGATACTGATGTGGAATACCTTGAAATAGCCAGACCACCATTGGCCCTCAGAACACCTCATTTAATCCTGTCCAGTAGTTCTCAGCGCCCTGTTATTTACCAGTGGAGC-AAAGCAACACAGCTATTCACTAACCAAACCGACATTCCTAACATGGAGGACGTATACGCGGTGAAGCACTTCTCTGTGAAAGGTGATGTGTACATCTGCTTGACCAGATTCATTGGCGACTCTAAAGTCATGAAGTGGGGCGGCTCCTCCTTCCAGGACATCCAGAGGATGCCATCTCGAGGATCCATGGTGTTCCAACCTCTTCAGATAAATAATTACCAATATGCAATTCTCGGAAGCGATTACTCCTTTACTCAAGTGTATAACTGGGATGCAGAGAAAGCCAAATTTGTGAAGTTTCAGGAGTTAAACGTTCAGGCACCCAGATCATTCACACACGTATCCATTAATAAGCGTAATTTTCTCTTTGCTTCCAGTTTTAAGGGAAACACGCAGATTTACAAACATGTCATAGTTGACTTAAGCGCATGAGACACCAAA 

a score=1915
s danRer3.chr12  2279717 54 + 37038836 CAGTTAGCTGTTGCTGACGTAATAACAATCTGCCAAATAAACTGTTTACATTTT 
s mm7.chr19     38007431 54 + 61223509 CATTTATTTATTCACGTGTTCAGAAACAACTGCCAAATAAAATGTTTACATTTT 

a score=4043
s danRer3.chr12  2291865 268 + 37038836 AAAAGCAGCCGTCATGTCCGGGGCTGGGCCTCATGTACAGCTTGTTAGCGTCTGTCTTCTTCTCCATTGCGGCTCTTCTTGTGAAGAAAATGGAGGGGATGCACGCCATCCAAATCAGTGCCATTCGCTGCTTCTTCCAGATGCTGTTTGTCTTGCCAGCCATGATATATTACAAGTAGGAATCTACGATATATTACAAGAATGAAAGCAGAATGTTTTACAAGCATACATCTATTTCA-------AGTCAGCTTA--AAACATGTATGAATCTATT 
s mm7.chr19     38101122 268 + 61223509 AGAAGAAAGCACCCTGCCCCGGACTTGGCTTGTTTTACACGGTGTTGTCTGCCTTCCTTTTCTCAGTGGCCTCTTTATTTGTTAAAAAAGTGCAAGGCGTCCATGCTGTAGAGATCAGTGCGTTTCGATGCGTGGTCCAAATGCTAGTTATTATCCCTTGCTTAATATACAGAAAGTAAG---------TACTTCATAGAGCGAATAGAGGAGATTAATACGTGTGTAAATCTTTTGAACTGTAGTAACTGGCTTATCAGACATTGATCAGCCTGTT 

a score=22041
s danRer3.chr12  2294029 897 + 37038836 TAAACAATCTATAATACAGGCATGATGTTGTTGTCTATTACATGGATTAATGGATTAATCAATAATACAGG------TATGCATTTATGATTTATTACAATATTAAATCTATAGTACAAG---TATTTGTACATCTTGACTTGCATAATTTAATTGAATATCATTTTGACTCAATCTATAACCTTTTCGT--------TTTATAGAACTGGCTTTTTGGGACCAAGAGGTATGCGAATCTACCTGTTCCTCCGTGGCTTTCTAGGCTCCAATGCCATGATCTTGTTGTATTACGCAGTTCTTCAAATGCCTCTGGCTGATGCCACAGTTATAATGTTCAGCAATCCAGTCTTTACAGCCTTGCTGGCGTGGATTTTCCTCAAAGAGCGATGCACGATATGGGACGTGGTCTTCACTGTGTTTACACTCACCGGCGTCATTCTGATAGCCAGACCACCATTCCTGTTCGGCGGCGAGTTGTCAGGGATTGAAGGGGATTATAGCAGTCACATCAAGGGCACAGTGGCCGCCTTTTCTGGAGCGGTCGGAGCAGCTTGCACTATGGTCATTCTGAGAAAAATCGGGAAAAGGGTTCACTACTTCCTCTCCGTATGGTACTATGCAGTTCTGGGACTCATCGAATGTGTCGTTGTCCTGTTCATCTTGGACGAGTGGACTATTCCGTCCTGCGGCTGGGATAGATGGACGCTCATGGCCATCGGGGTGCTCGGCATAGCCGGACAGGCCTTTCTTACCAAAGCACTGCAGATCGAGAAGGCAGGACCAGTTGCACTTATGAGGACGATGGATGTGGTGCTGGCCTTCGTCCTGCAGTTCCTCTTCCTCAACCGCAAGCCAACATGGTGGAGTTTAGGAGGAGCGCTGTGTGTGATCAGCAGCACCAGTGGAGTGGCC 
s mm7.chr19     38103133 898 + 61223509 TAAACACTTTGAAATATCAGTACCAAAT----ACCTAGAAGAAATATTTTTAAAAGAGTCAATGCTAGAGGGTTTATTATCCCCTTATT-TTTATTATAATGT---ACTTTTGGAATAATGTCTGATTAAACATTTTGATTTA--------AAAGCAATGCCAAGTTCATTTAAGATGCATTTTTTTTTTCATTTAAATTTGCAGAACGGGGTTCATAGGTCCCAAAGGCCAGCGACTCTTCCTCTTCCTCAGAGGGGTCTTTGGTTCCAGTGCCATGATCCTCATGTATTATGCGTTCCAGACAACGTCCCTCGCAGACGCCACAGTTATTGCGTTTAGCTGTCCCGTGTTTACGTCCATATTTGCTTGGATATTTCTCAAGGAAAAGTATAGCCTCTGGGATGCTTTCTTCACCTTGTTTGCAATCGCTGGAGTGATACTTATCGTGAGACCACCATTTATATTTGGTTCCGACACTTCAGGGATGAGAGAAAGCTATTCAGAGCACATTAAGGGGACGTTTGCTGCGATCGGACACGCTGTGCTAGCTGCGATCACTCTGGTTATTCTGAGGAAAATGGGAAAATCTGTGGACTACTTTCTGAGCATCTGGTACTATGTCATACTTGGCCTTCCCGAAGCCATCATCATCCTCTTTGTCATAGGAGAGTGGAGTCTGCCCTACTGTGGGCTGGACAGGCTGTTTCTCATACTCATTGGACTCCTAGGTTTGGGGGGTCAGATATTTATCACTAAAGCAGTTCAAATAGAAAAAGCAGGACTCGTAGCGATAATGAAGACCATGGATATAGTCTTTGCTTTCATCTTTCAGATTGCTTTCTTTGATAATGTACCAACTTGGTGGACGGTGGGTGGGGCCCTCTGTGTGGTGGTCAGCACCACTGGAGCAACC 

a score=1452
s danRer3.chr12   2343053 110 +  37038836 GCCCACGAAAACGCCCACCGCCTCAacacactcacacacacacacacacacacGCTC-----AACTCCAGCAGATAATCAGCG----------CTCAGCCACTGATCTAAAGGAAAAGACTCACA 
s mm7.chr8      113908964 125 - 127874053 GCCTAAGCAAGTGAATCCCCCAGCAATGCAAATacacacacacacacacacacacacTGGAGAAACACAGAAGAAAGAAGACATGTGAAAAGacacacacacacacacaaacaaacacacacaca 

a score=4397
s danRer3.chr12   2343212 299 +  37038836 atacacacacacacacacacacacacacacacac-------------------------------acacacacacacacacacacacacaaacacacTGAAACTGTATGGCACAATAGTCCACTATATCATCCAGAGCTCAAATACAGACATCCACA------------------ATGTGAGAGAAACCACAGGT------acacacacacacacacacacacacTGTCCAAACAGCACATCGTTTTACAACATTGTGTCCCTGTAAAC-----CACCTGTGCACAAACACACACACACACACTGACCAAACAGCGCATGTCATTATTCAACGTTGTGTCTCTGTAAACCACCTGTGCA 
s mm7.chr8      113909129 322 - 127874053 acacacacacacaaacaaacacacacacacacacTGGAGAAACACAGAAGAAAGAAGGCATGTGAacagacacacacacacacacacacacacacacTGGAGAAACACAGAAGAA-AGAAGAC-ATATGAAAAGacacacacacacaaacaaacacacacacacacTGGAGAAACACAGAAGAAAGAAGGCATGTGAacagacacacacacacacacacacacacTGGAGAAACA-----------CAGAAGAAAGAAGGCATGTGAAAAGacacacacacacacaaacaaacacacacacaATGGAGAAACACAGAAGAA------------------------AGAAGGCATGTGAA 

a score=3686
s danRer3.chr12   2343511 395 +  37038836 CAAACACACACACACACACACTGACCAAACAGCGCATGTCGTTTTACAACGTTATGTCCCTGTAAACCACGTACACCAGTACTTACACACAAACACACACTGACCAAACAGCGCAAGTCATTATACAACTTTGTGTCCCTGTAAACCATGTACACCAGTATGTACACACACACACACGGACCAAACA--------GCGCATGTCGTTTT------ACAACGTAATGTCCCTGTAAACCACGTACACCAGTACATACACACACACAAACTGAC------CAAACAGCGACACACTGACCAA-ACAG---CGCATGTCGTTATACAATGTTGTGTCCCTGTAAAACCACCTGTGCACATACTCACACACTCACCAAACAGCCAGCAT-----------------TTTACAACTTTATGTCCCTATAAACCTACACACA 
s mm7.chr3      157519964 410 + 159849039 CATATATATATATACTCACacagac-agacag-acagatagacagacaTAGGCATATACATACAGAC-AGGGacacacataaacacacacaaatagataggcac------acacagatacttgcaca---tacaggcactcacacacatacatacacagagacacactcatacacacacacTAAACAAGTAATATGCACTTATTACTTTGAACTTACAATCTAATGCACTTACAAATcac--acatggatacacacacacacacacacacacagataacatgcacagacacactcataaacacagagacacatat----acacacagatgcacacacaGAGAA--------AGACATTATCACACACACACTGAACAAGTAATGTGTAGTTCACACTTCGAATTTACAATTTAATGTACTTACAATCATACACAGA 

a score=7564
s danRer3.chr12  2343906 574 +  37038836 AACAAACAAACACACACA--CTGAC-CAAAGAGTGCATGTCATTACACAACTTTGTGTCTCTGTAAACCACATAAACCTacacgcacaaacacacacacacacacacacacacacacaGACCAAACTGCACACCATTTTACAACTTTGTGCCTATAAACCTA-CACACACACACTGACCAAGCAGCGcatgtcattacacaactttgtgtccctgtaaaccacataaacctacacacacacacagacTATACAGCGCATGTCAATATACAAATTTGTGACCCTGTAAACCACATAGACCTGcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacTAACCAAACAATGCATGTCATT--ACACAACTTTTTGTCAATGTAAATCATACACCTGCATACACACACACACActctctctctctctctttcactctctctctGACCATTTTATTTCTCCCAGCAAATGAATCATCCACACAAACAAGATGTTTCTCACACACACACATAGTTGTTTCAAACACA 
s mm7.chr7      99188865 488 - 141766352 AACACATAGCCACACACAGCCTGTCACACACCTTGCATGTGCATAGGTGGTCTTGAGC------ACATAGCTTacacatatacacagctacacacacacacacacacacacacacacacacacacGTCCACACC--------------TGCCCACATACCTCTCAGAGATACACTGACCTGG--------GGTGTTATACAA---GGCATTTCT--------------------TACACACGCATtctctctctctc---------------tctctctctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacacacacacacacgcacacacacacacacacacaAATAAACCATTTCTCA-ACCCACATACAATCTCAC------ATCCAGTTTCTTTGACACAAGTATCTCTC--TTACAGTcacacacacacacacac-cacacaggcacacacgcaTGTGCTCCCAGAGTCACATCCACTAACATATTTTT---------------ATCCTTACACACGAGGAGTCTCTCACACACCCACACAG-AATCTCACACACA 

a score=4921
s danRer3.chr12 2345670 294 +  37038836 AGGATGCTGAGTGTGTGTGTAGGTATATGTGATTTACAGTGACCAAGATTAACATTTAACACTTAGCTTTAATCTTAACCTGCTCATATCTCACACCGTTCAGCACTGTTTTAATGAgtgtgtttgtttatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTGATGCCAGGCGTGCCGTTGCCAATTAACAATGGTGCACGTCTGAAGATGCTGCATGTGTGTGTGTACAGGTACATGTGGTTTACAGGGACAAAGATTAACATTCAACACACAGCT---TTACTCTTAACCT 
s mm7.chr14     7345651 235 + 119226840 AGGCTGgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtg-------------------------------------tgtgtacatgtaccatat------gcattgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt---gtgtACATGTACCA--TATGCATTGTCTATGT--------------GGTGTGTGTGTACATGTGCTTGTGTATGTCAATGACAAAGTTTAATACTGGGTGCATTTCTCTATTGCTCTGAACAT 

a score=100
s danRer3.chr12   2348924 48 +  37038836 CACTGTAAGCGCGAGCGC--GTAAAGGAGCCGTTTGGCGACTCCACACCG 
s mm7.chr7      101000004 50 - 141766352 CACTGGGATGGAGTGCTCCGGAAACAGAGCGGTTGGGATAATTAGGAGTG 

a score=20885
s danRer3.chr12  2348985 583 +  37038836 CTTACCCGCGCGGCTCTGGAGGAGTACGGGTCGTCAAAAAGGTTCCAGATGACCGGCTGCCACCTCCTCCAGCGGCTCACGGT---GCCGTCCGCGGA--CACCACGTCCTCAATGCCCAGCCGCTTCC----CGTACTCGTCGTCCTCC---------------TCGGTGTCCACGTT-----------------------CATC-TCAAACACGTCCAGCGCCTCCTCGGCATCGCGGTGCTGTCGGTAGGTCATCCAGCAGCACGGCTCCACGTCCGTCTCATCGATGCCCCAGAAGGAGAGCTCCTCCTCGAACAGCGGACCGCACACGTCCGCCGGGCAGTGCAGCTTCCCGGTCCGGTAATAGTTGAGCACGTAGGCGAAAACGCCCGGGTGCCGGTCGAAGAAGTACTCGTTGCTCCGCGCGCTGTACTCGATGAATCCAGGCACTTGTTGCAGCTGATCCAAAACCAACTCGAGATCGGACTCGGAGGCGAGCAGCGCCAGTCGCGTGCCCGGCAGTGTCTTTAGCGTGCTCCGGTAGGTCTCGTGCCTCGTGCCGCCGACGTTGAGGATTACCCTCTCGCGCTCGTCGAACTTGCCCATCTCTCAGGGTG-------AGACATGACGCG 
s mm7.chr7      99191899 601 - 141766352 CTTACCCGCGCGTAGCGGGATGAGTAGGGGTCCTCGAACAGCGCCCAGATGCGCGGTTGCCAGCGGCGCCAGAAGCCGCCAGGCCGGCCATCTGGGGAGTCACTGAGTGCCAATCTCTTGGTCATCTCCAGCtcgtcctcgccgtcgcccgagtcgccggggccgtcggcgtccgcgtcgtcggcgctgttgtcCAAGGGCGCACCGCCAAAGCTGTCCAGCGCCTCCTCAGCGTCTCGGTGCTGGCGATAGGTCATCCAGCAGCAGGGCTCCACGTCCGTCTCGTCGATGCCCCAGAAGGCCAGCTCCTCCTCGTAGAGCGGCCCGCACACGTCGGCCGGGCAGTGAAGCTTGCCGGTGCGGTAATAGTTCAGGATGTGAGCGAAGACGCCCGGGTGGCGGTCGAAGAAGAACTCGTCGGCACGCGGGTCATAGTCGAAG-----------TGGCTGTGGGCG-------------------TCCGGCTC---TGCCAGCCAGGCAAGCCGCGTGCCGGGCAGCGTGCGCAGCGTCGAGCGGTACGTCTGGTGGCGCGTGCCGCCCACGTTGATCACGATGCGCTCGCTCTCGTCCCCTTGGCCCATCGC----GGCGCCCCCTTAGGCATGGCGCG 

a score=-1320
s danRer3.chr12  2349568 356 +  37038836 AGGGGGGCGACGGTGCTGTGAGT----ACTCCGATAGTTCGCCAACAAGCTCATTGAACAGGAGAATAACACACGCGCACGCTC-TCGCCGGAGCGC--GTCTGTTTGTCTGTCAGATGAGCGCGCGCCTCCGACCAGCCCTGAGCGCGCGGACAGGTGAAAGACGAGGCGCGGGAGCGGAGCTGCGCTCTACTGATACAGACTCACCTGCGGCTCCACAGCAACAAGCGCATCTCTCTCTCTCTACATCCCTCCATTGAAtctctctctctctc-tctctctctctctctctctctct---ctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctc---tctctctTGATTCAATTC 
s mm7.chr10     18288796 336 - 130066766 GGGAGGCGAACACAGCACCAAGTTAAAGCTCTCGTGGGTC----AGAGACTCAT----CAGGACCCCACCCTACCCCCTACCTCAACCCAAGAGTGCCAAACTGCAGAGCTGGCAAGTGGAAAGGACCCTCC---------------CAGGAGGAGCTTGGTGCCCAAGTCCTGTCCCCGCCTCTCGCATCCCTGGCCCAGGTTC----------CCAGAGAACGAAGAACAGTTGAGTCTTCCTTGA-CCTTCCAGGAAACCTTTTTCTCTTGCGGCACACAGTCCACCCTTGGCTCTGACCTCTCTTTCCTTCTTGCCCTCCACCATGCCTCCCCTCTATCCCTGTCACATCCAACCTGCTTTAAGTC 

a score=7102
s danRer3.chr12  2386698 216 +  37038836 GCAGCAGGATGGCAGCTCAGGTCTCGCACACAGTGCTGCGGTTGGAGGCTGAAGATGTTCGAAACCTCAAAGACGGAATTAATTTTCAGAAAAACAACAAGGATGGAAAATGTTACATCATTTACAAAGCAAACGGCGAGCTGCGGGCGTGCAGGAACCAGTGCAAACACCAGGGAGGACTGTTCATTAAAGACATCGAGGACATGGACGGCAGGT 
s mm7.chr13     23783021 207 + 116696528 GCAGGAAACAGACAGCTGAGACCCTGCTGACCCTGTCTC---------CTGCTGAAGTTGCCAACCTCAAGGAAGGGATCAATTTTTTTCGAAATAAGACTACTGGGAAAGAGTACATTTTATACAAGGAGAAGGACCATCTAAAGGCATGCAAGAACCTCTGCAAGCACCAGGGAGGCCTGTTCATGAAAGACATCGAGGATTTAGATGGAAGGT 

a score=4368
s danRer3.chr12  2389904 106 +  37038836 TTCGTTACAGAACAGTTCGGTGTACCAAACACTACTGGAAACTCAACGTGGCCACTATGCAGTACGTCAATCCACCAGACAGCTTCATGCAGGATGAACTCGGTAA 
s mm7.chr13     23788391 106 + 116696528 TTCCCCCCAGGTCCGTTAAATGCACAAAGCACAACTGGAAGTTAGACGTGAGCACCATGAAATATATCAACCCTCCAGGGAGCTTCTGTCAAGACGAGCTCGGTAA 

a score=1252
s danRer3.chr12  2392122 130 +  37038836 CTGCTGGAGTTGAATCCTCCAGACCCCTGGACTGCAGAGCCCAGA------GAAGCACAAGATCTGCAAGCCGGAGAGATTACGGTACA--------ATCAGACCCCAGCAGAGTAGTAACAATTAAAAACTCTG----CACCGATAT 
s mm7.chr13     23794662 141 + 116696528 CTGGTAGAACTGAACCCTCCTAACCCCTGGGACTCTGATCCCAGGTCTCCTGAAGAATTAGCTTTTGGGGAAGTACAGGTAAGGAAACATCAACGTTATAATACTCT-------TAATAACAAAATGAAACTAAGATGTCACTCATAC 

a score=833
s danRer3.chr12  2392312 127 +  37038836 CAAACATTACCAACGAATTATTAATCACAACAGAAAAGGGATGTCTGAGTAT-TGTAGCTATAAAACTATGCCTAATGTAAATATATAAATCCACAGATAAAGAAAAGCCTTTAGTGTATTGAACGCT 
s mm7.chr13     23794880 128 + 116696528 catatataacctaaagattatatataacaaaatacagcatgtatatacatatatatacacatatgtatatataAAATAGAGATAGATACATAAAGAAGTTCAGAAAGTATTTTTATTGCCTGAATATT 

a score=9267
s danRer3.chr12  2395101 198 +  37038836 CAGCTGACCTACATCACTCATGCGTGTATGGAGCTGAAAGCGGGCGAGCGCAGGATGATGTTTGACCCGTGGCTCACAGGACCAGCATTTGCCAGAGGATGGTGGCTCCTACACGAGCCTCCGAAAGATGCTATGGACAGACTGATGGAGGCAGATCTCGTTTACATCAGCCACATGCATTCAGACCACCTCAGGTAA 
s mm7.chr13     23796286 198 + 116696528 CAGATAACATATCTCACTCATGCCTGCATGGACCTCAAGTTGGGAGACAAGCGAATGGTATTTGACCCTTGGTTAATTGGCCCTGCTTTTGCCCGAGGATGGTGGTTGCTACATGAGCCTCCATCTGACTGGTTGGAGAGGCTGTGCAAAGCAGACCTCATTTATATCAGCCACATGCACTCAGACCACCTGAGGTAA 

a score=1634
s danRer3.chr12  2397359 361 +  37038836 tatatattatatTCTTCTTCTTTTTTATC-AGCTATCCGACTTTGCAACATCTCTCCAAGAAGCGTCCGGATATTCCCATTTATGTTGGAAACACTTCACGTCCGGTTTTCTGGTGAGACCCACATCAAGCTTTTCTTG---CAactcacatgaaaa-------aaaaatactttagtaattaatggtaaatat-tatgttttaaaaccatagt----gaagtg-------------tattatactgtctatattat----atgtaaaacactAGAAATA-AACTAGCATTTGACTAGCATTTTT----ATAGCTGATCACATCTCATAACT--CATTTGCAAATGTGATTTGTAGACCATCCGACAAAAC--AACAGCTTGCATTTTAATG---TCATTGCAGGT 
s mm7.chr13     23800869 402 + 116696528 TATCTTTCACCATTTCCACCCTTCTGATCTAGCTACCCTACCCTGAAGCAGCTTTCCCAGAGACGACCAGACATTCCCATTTATGTTGGCGACACAGAAAGGCCTGTGTTTTGG---AACCTGGATCAGAGTGGCGTCGGGTTAACTAACATCAACGTGGTTCCATTTGGAATATGGCAACAGGTCAGAGATCTGTTTGTTTTCTTACTATACTTTCTGAGGTGACATTCAAATATACAGAATGTGGCCCATGTTGTTGGTACACAAGATACAGTGAATACAACCTGTATCGAAACTTCAGTTTTGGACATAACTG-TCTTTGCTCAAAGCTTTCATTTCCACTTAGCAAATGTATAACCTTAAAATAAACCTAGTTTATTATAAGTTAATAAGTTTATTATAGGC 

a score=5431
s danRer3.chr12  2397829 122 +  37038836 TGTGCATTTATTAAATTTGTCTCGTTTTAAAGGTGGATGATCATCTGAGGTTCATGATCCTGATGGATGGCGTTCATCCTGAAATGGACACCTGCTTAATAGTGGAATATAAAGGTATTTTC 
s mm7.chr13     23801379 119 + 116696528 TACATAATTGTTCAATTGCT---GGATTGCAGGTAGACAAAAGTCTGCGGTTCATGATCTTGATGGACGGCGTTCATCCTGAGATGGACACATGCATTATCGTGGAGTACAAAGGTACCATC 

a score=5903
s danRer3.chr12  2400361 218 +  37038836 TCATTTCTGTTTT--TCCATCTGCTTGATTTTC---TCTTTGCAGAACTGCCATCACTGATCCGCCTCATGGCACAAAGATCTACAAGGACAACTGGGAGTTTGACCTGTATTTGAATCAATTGAACGCCTCCATTTCAGCTGAAATCTTCAAACACAAGCACTGGATCCAGTATTATTATAACTGGGCAGGATTCAGAAACTACAATCTGGTCATCCGGGTA 
s mm7.chr13     23825909 222 + 116696528 TCAGTGCTGTTTTGACCGACCCGCCTCATCTTTGTGTCTTTA-AGCAAGGGCATTGTGGAGCCTCCAGAGGGGACAAAGATTTACAAGGATTCCTGGGACTTTGGCCCGTACCTGGAGATCTTGAATTCTGCTGTCAGAGATGAAATCTTCTGTCATTCATCCTGGATTAAAGAGTACTTCACGTGGGCTGGATTTAAGAATTACAACCTGGTGGTCAGGGTA 

a score=4837
s danRer3.chr12  2402069 131 +  37038836 TCTGCATCAGGTCATTGAGACGGATGACGATTTCCAGCCCCTGAATGGAGGTTTTGATTATCTGGTGGATTTCCTGGATCTTTCATTCCCCACGGAGCGACCAGAGAGAGAACATGCATACGAGGAGGTAA 
s mm7.chr13     23830001 130 + 116696528 TTTGCA-CAGATGATTGAAACAGATGAAGATTTCAGCCCTTTTCCTGGAGGGTACGACTATCTGGTGGACTTTCTAGATTTATCCTTTCCGAAAGAAAGACCCAGCCGGGAGCATCCTTATGAAGAAGTGA 

a score=6218
s danRer3.chr12  2402284 126 +  37038836 TTTCAGATCAAGAACCGTGTGAATGTGATGAGGCATGTGGTTGTGAATGGACTGCTGTGGGACGATCTGTACATCGGCTTCAACAACAGAATGAGCCGAGACCCTGATGTTTACCATCACAAGTAA 
s mm7.chr13     23832555 126 + 116696528 TTTCAGATCCATAGCCGGGTGGATGTCATCAGGTACGTGGTGAAGAACGGCCTGCTGTGGGATGATCTGTATATTGGATTCCAGACCCGATTGCTGCGGGACCCTGATATATACCATCATCTGTAA 

a score=1152
s danRer3.chr12  2403550 168 +  37038836 AAAAGTAGCATCTCAAGGCACTGTACAGAGAGATAAAATGTGCAGCTGTAAAAGAAACATACAAG--------------AATAAATACAAAGACAAAATGTA-------ATAATTAAAAATGCACAAAGTAATAATAATAGAACTAAAATCAAATAATACAATCCAAATGATTACATAGTATAATTATT 
s mm7.chr4      25204545 181 - 155175443 ACAAGTAACAGCCAAAG--------CAGAAACAAAAGATGTGAGACAGACAAAAGGTAATAAAAGGGCTCACAGAAATAATTCAATAAGAAGGAACTACCTACTGGCATATAATGTATCATAGACAAATAAGAGAAAATAAAATGCAAATTAAATAATACATCAGTATTAACTGCAGTTGAGAATGAGT 

a score=655
s danRer3.chr12  2403734 158 +  37038836 TAATTTAtacaccctaaaaaatgataggatcaattagtcctgacagcatgtgtacatttagttcattgtaacctattaaactaagttaatcaagttctaacttaattttctaagttaaccaagctgttttaagtcagtttaacataatataagctcaa 
s mm7.chr4      25204740 140 - 155175443 GAGATTGTAAACATTATAAAA----------GATTTACCTTGACAGCCACAGAACTTACAG-CCAATAAAATCTATCCAACAGATTACATCAAA--CGAGGTAAATTTTACAAG---AACTAGAAGTTTTAATT--GTTAAATTTAGAATGGAAACAA 

a score=2381
s danRer3.chr12  2404349 103 +  37038836 gcgactgggaaaacccATATATATGTACATATTTTTTTTTT-----AGGTTCTGGAATCACTTTCAGACTGAATTACCCCTTTCGGCTCCAGATTGGCAACATTTCCT 
s mm7.chr13     23834300 108 + 116696528 GAGGCTTTGACATTCAATGTTCATGTCTCTTTGCTTTGTTTCTTGCAGGTTTTGGAATCATTTTCAGATAAAACTCCCTCTAACACCACCCAACTGGAAGTCGTTCCT 

a score=5873
s danRer3.chr12   2412755 399 +  37038836 tcgaggatcCGCTCCCATAAAAAGAGCTTCCTCCCAAAGCCCCGCTCCCTTGCTGCCCAGGAGCCTGCTG------------GGAACTCAATGCACGAAACGCACCGCTGGCTCCACCACCGAGACCTGCATTCGCCCCTCCTGCTGAAGCGGCGGCAGCAGCCACTGGGAAGAAGAATGAGATGTTCAAATACCAATTGACATTGA--ATGAAGGTATGAGGAGTGT---GAAATGATAGTCATTTTCATACATGCACCTGCGGCTGATGGGCTGATGATTACTGATGCGGGGGCCATAAGTCGAACGGGTCCTCCACGA---------GCTCCTGTATTCACCACAAGTGCACCTGTCTGGTCATAATATGCAGCAGGAGCCAACACTGGATAACCTGAAATACCAC--AGAGGGGACTTTATTA 
s mm7.chr12     109058858 413 - 117814103 TCAAAGAGCTGCTCCCATAAAATGAATTAGACTGCAGGTTAGTGCTTGGTtgctgctgctgctgctgctgctgTGGTGGCTGAGTGCCAATTGGCCGAAACAGACCATTTGTGCTGCCTGTAAGACT---ATTTGCAGTTCCTCCAgctgctgctgctgctgctgctgTAAA--------ATAATTTCAGAAACTTCTTGAAACTACTCAGAAAAGTACCTAAAATCTCTAAAAATGTCAGTCATGCT--TACCAGCTTGTGCTGCTGTTGAACTTATTAAGACAGGTGTTGGAGCCATTAATCGTACTGGAGCTCCAAGGCCAGTTCTTGCTCCGGGGCCAACCACTAAGGCACCAGTCTGATCATAATAGGCAGTTGGAGCTAGTACTTGATAGCCT-AGATAACATTAAAATGAGTATTTATTA 

a score=6830
s danRer3.chr12   2415927 156 +  37038836 TACCTGGTACACCTGCTGCCAGACCCTGCCCAAAAGCCAATGCCGAGTTCACAGCTGCTGCCGCTACGAGCTGCTCCGTCTGCTGACCCTGCTGTCCTTGACTTGGAGTGAGAGGTCGCTGGTTTCCACCTGCACGCATCACCTGTGACGAACAAA 
s mm7.chr12     109063693 150 - 117814103 TACCTGGCATGCCTGCAGCAAGACTCTGACCAAAAGCCAAAGTTGGGTTTGCAGCTGCTGC------AAGTGACTCTGCTTGCTGCCCTTGTTGGCCCTGACTTGGAGTAATAGGACGCTGACCTGCTCCAGGACGAAGAACCTAGAAAGGACAAA 

a score=1877
s danRer3.chr12   2417991 72 +  37038836 AAAATGTCATGTTTATTAGAAAATAATAGCTCACTGAAACAGCGTCTCATGCACTACCATTTAAATGAGGGA 
s mm7.chr12     109065253 72 - 117814103 AAAATGTCTCATCTTTTAGTGATTAACAGCACACTTGTATAACTACTTAGACATCTGTAGACAAATGAAGGA 

a score=6415
s danRer3.chr12   2418106 302 +  37038836 TTTAAGGGAGTTCAGAAAATGTGAGAACTTCATTTGGTGCTTGATGACTTGGCAGATATTTCAGACTCTCAGACAGCAACATTAAACACTAAAATAAGTGTAAAAAACGCATAATAGGAGCCTTTTGATCTACTTCTGCATGCTGAACTCTCACCTGCTGTTGGTTCTGCTGGTTCTGCGCTGCTGACTGCTGGTTGGCCGAGTTGGATGGCGTGGC---AGCCTGCTGCTGGAACAGGTTGGCAGGATACACTCCCCATGGAGTCACTCCATAGTACTGAGGGGGCATCACCGCTGGGCCTGAA 
s mm7.chr12     109065921 295 - 117814103 TTAAATGCTGATCAGAAAATT---AAAAGTCAGTAAGTAGTTGCATATCAACTATATATTAAGTACTATCATGCTATG-TACTGAGGAATGGACTGtataatataattaaataataaaGACTCCTTTAT-TATTTCACAAAG--AAAGGCCTACCTGCTGCTGTCCAGGCTGAGCTTGTGATGCTGCTTGCTGGTTGGCTGTGTTGCTTGCCGCAGCTGCAGCTTGTTGCTGAAATAAATTGGCTGGATACACTCCCCATGGA---ACACCGTAATACTGAGGTGGAACCACTGCTGGACCTAAA 

a score=4653
s danRer3.chr12  2420413 152 +  37038836 GTGTGTGTGTTCACTCCCTG----ATAGCACTGAGTCAAAGAAGCCTGGCTCATGTTCAGGGCTTTTGGTTGACTGGCTGGAGTTGCTTGACCCTGAGGTGACCTCTGTATGCTCAGATCTTCAGCAGAAGCTGCTTTTTGCTCAAAACAAGGTAA 
s mm7.chr5      14325496 156 - 153054177 GTCTCTGCTCTGACCCTCTGTCCCGCAGCACGGAAGCCATGCGCCTGGGACCAGCTTCTGGGCTGCTTGTGGACTGGCTGGAGACGCTGGACCCCGAAGTGGTCTGTAGTTGCCCTGACCTACAGTGGAAGCTGCTCTTCTCACGGAGAAAGGTGA 

a score=4784
s danRer3.chr12  2421485 191 +  37038836 TTTTTGTCTACAGGCTAAAAGCAGTGGTGTGAGTGT---GGCTCCTTCATACAGGCCATACCTGCTGGCCCTCCTCACGCATCAGTCCAACTGGAGCACGTTACATCAATGCATCAGCTCTTTGCTCAACAAACACAGAGAGCAGAGGTCAG--CAGCTGCTCTCTTTAGCAAACACACTTGCTGCATTTCATTCT 
s mm7.chr5      14326031 193 - 153054177 TTTTCCTCTCCAGGGCAAAGGCCACA---TAAGTGCCCAGGTGCTCTCCTTCCGCCCCTACCTCCTGGCCCTCCTCACGCACCAGGCCAGCTGGTCCACGCTGCACTGCTGCATCCGTGTCCTGCTAGGCAAGAGCCGTGAGCAGAGGTGAGGCCAACTGCAGACCCCAGGAGCCTCTCGGCCTGGATGCAACTTT 

a score=4946
s danRer3.chr12  2421714 97 +  37038836 CCAGACTCGACCCGACCTCAGCTCTGGACTTCTTGTGGGCCTGCAGTCACATTCCCCGCATCTGGCAGGGGCGAGATCAGAAGACCCCTCAGGTATG 
s mm7.chr5      14326700 97 - 153054177 CCAGGCTCGACCCTTCAGCATCCCTGGACTTCCTCTGGGCCTGTATCCATGTCCCCCGGATCTGGCAGGGCCGGGACCAGCGCACTCCACAGGCAGG 

a score=6013
s danRer3.chr12  2422879 273 +  37038836 TGCAGAAGCGCACAGAGCAGTTTGTTTTAAA---GCTAAGCTCTGAGGAGCTCATCAGTCTGGTGGATCTCATCCTGTCTGAGTCGGAGCTGAGCTGCCGGGACTCGGGCTCCTCCAAGAGCGCTCTGGACCCGGTCTCCTGCTCTCTTCTCCAGTCCCGACTGCCTCTCCTGCACAGCTGTCTGCACTCAGACCTGGACAATGTCAAGAGGGTCTCCGAGTACCTCATCAGCTGCGTGAAGAAGTGGGGAGATAGGTACACCCTTTGAGTCTGCA 
s mm7.chr5      14326869 247 - 153054177 TGCAGAAGCGGCGGGAGGAGTTGGTGCTCCACGTGCAGGGCCC---AGAGCTGCTCAGCCTGGTGGAGCTTATCCTGTCCGAGGCAGAGACCAGGAGCCAGGATGGGGAC---------AGTGCT------------GCACGCACCCTTATCCAGACCCGGCTGCCCCTGCTGCTTAGCTGCTGCCGTAGCAATGATGAGAGCATTGGAAAAGTGACCGAGCACCTGACCAGCTGCATCCAGCAATGGGGGGACAGGTAC-----CTGAGTCCCCA 

a score=-170
s danRer3.chr12   2423301 471 +  37038836 ttttaacagcagat--ggcgcactaggctaatttttaatag--GGATTGAAGGAACTAAATATTTTAAAGGTTTAAAAACA-ATTGAATCAAT--TGC---TTTGCAAAATGATTCACTGTTTTGAAGCATTTGAAACACCATGTGGTAGGGACACCTGGTGGTCAACACCATGTGAATGCAACAAAAACTCATGCATTAGAATC--GACTTTTTCAAACATGTTGCAAACTTAAA-------ATGGAAACTATAACCTATAA-ATTCATTTAGCTTATCATATTTGTAAGGAATTGGATGCAAGTCGAGTATG-GCTGTTCATAAAGCATACCGCTCC-----ATCTGCGCTTAAAAACTGAGATCAGAGT---CTATTCAAGAGAGAATAGCGAAGCAGTTAGAAAATCTCCGAATCAATGCAGAATCTATTTATTAAACACCGCTGTATTAATAACCACAATCTAGTGATTTTACATATGCATTTGAAGCACTGTAT 
s mm7.chr12     109073655 476 - 117814103 ttttaagatcaaatttgggtcatcaggct---ttgtgacaaacgcactggagcatcttgctggcccAAA---TTACAGACAGATTTAACCAATGATGCAAATAATCAAAATGATTCCCTC--------CATTAATCATAATCTTTAGTGTGTA-ATCTGTTACTACTAACCTCAGAGGTGTTTCAGAAAGTAACAAAATGTAAACAAGACATTAAGAAATAAAAGGAAAGTTTAAATACATTAATACCAGCTTTTTCTTCTAATAATGAAAAGGTGTAACTTAATTGAAAAGACTTACCTATATGTGGCTGCTGAGCTGCTGCTAATGCATACTGCTGCTGCTGAGCTGCAGTTAACTGCTGAACTGTTAGTGCACTAGTCCTCTGA-AAGAGCTATCCAG---GAAAATAT-----TTAATACAAAGATTAATACCAAAACATCGCAATTCTCATTAAAAAGCTATGAATATTTTAAACACTTATTTGAAGAACTTTCT 

a score=2263
s danRer3.chr12   2425879 74 +  37038836 GACAACAAATAACAACAAAAGGTAAATTATACACAATCTAT---GCAAAAAAAAAAAAAATACAAAAATACAAAAAC 
s mm7.chr12     109074839 77 - 117814103 GACAAAAATTAAGAATAAAAAACAACTATTAAATAACAAATATGGCAAAAAAAAAAAAACCCCAAATATGGCAAAGC 

a score=3150
s danRer3.chr12  2430738 155 +  37038836 TGCTGTTTACAGTATAATGAGTAAGAAGTGTCAGACGCTGCTGCTTCAGATCTATCTGCACTTCCCGGAGGTCATCCAACACATCCGCCTACCAGAGGCCACACTGAGCGGCGAGGGGGCAGCAGACGGCAGCACATGCAAGGTACCGGCTGCAG 
s mm7.chr5      14327223 149 - 153054177 TGCTCTTTCCAGTGTGCTGGGCCAGCGCTGCCGAGACTTGCTGTTGCAACTGTACCTGCAGCGGCCAGAGGTC------CGGGTGCCAGTGCCCGAGGTCCTGCTGCAAAGTGAAGGTGCCACCAGCAGCAGCATCTGCAAGGTGAGGGACACAG 

a score=7343
s danRer3.chr12  2430985 161 +  37038836 AGTTGGACGTCCTCGTGCATCGGCTCATCACTCTGCTGGCTGACACTGGAGACTCCAAATCAGCTGAAAACCGTGTGTCTGATGCCAATCTGGCCTGCAGGAAACTGGCTGTCTCTCACCCGGTGCTCCTGCTCAGGTTTGCACAACACGCATCACAGCTT 
s mm7.chr5      14327923 155 - 153054177 AGCTGGACGGCCTCGTCCATCGCTTCATCACGCTCCTGGCAGACACCAGCGACTCCCGGTCTTCTGAGAGCAGAGTGGCTGACGCCAACATGGCCTGCCGGAAGCTGGCTGTGGCCCACCCCGTCCTGCTGCTGAGGTGCGTGC------TGTCACAGCCT 

a score=10154
s danRer3.chr12  2434385 209 +  37038836 TCTGTGTTTTCCAGACATCTGCCCATGATTGCTGCTCTCCTGCATGGTCGCATCCATCTAAACCTTCAGGAGATCAGGCAGCAGAATCACCTGGGCTTCTTCACTGATGTTCTGGCTGTGTTGGAGCTCTTGCAGCCGCTGGTTTTCAACTCTGACCACCAGAGAGCGCTGCAGGACTGTCTACTGTCCTTCATCAAAGTACTGCAGGT 
s mm7.chr5      14328122 209 - 153054177 TCTGCTCTGCCCAGGCACCTGCCCATGATCGCAGCCCTCCTGCACGGCCGCACTCATCTGAACTTCCAGGAGTTCCGGCAGCAGAACCACCTGGCCTTCTTCCTGCATGTGCTGGGCATCCTGGAGCTGCTGCAGCCGCGTGTGTTCCAGAGCGAACACCAGGGGGCGCTTTGGGACTGCCTGCGATCCTTTATCCGCCTGCTCCTGGT 

a score=4685
s danRer3.chr12  2437639 141 +  37038836 TGCCCTTCTTTCAGAACTTCAGGAGATCATCCCGTC------TGCCAATAATCAACAAATTTGTGCAGTTCATCCAAAAATACATTACCCATGATGCCGCATCAGCAGTCCCTTTCCTTCAGAAACACTCAGATGTGCTTCAGTAAG 
s mm7.chr5      14329020 147 - 153054177 TGCCTTCTCTACAGAACTACCGGAAGTCCTCCCGCCACCTGGCTCCCTTCATTAGCAAGTTCGTTCAGTTCATCCACAAGTACGTGGGCTGCAGCGCACCAGCAGCCGTGGCCTTCCTGCAGAAGCACGCAGAGCCCCTCCAGTGAG 

a score=2632
s danRer3.chr12  2437807 197 +  37038836 CTCATTCTCACAGTGCTACATTTACTGTCTGCTTG---------------TGATGTCTCCTGGTGTAAAGCCTGTGTTTATTTCCTCTCTGTCAGGGGTCTGTCTACGGAGAATCCAGACCTGGTGCAGCTGAAGTCTCTGCTGGCCGGCTTGACTCTGCCGGTGAAGTGTGGCTCTTCTG---AGAGCTCGGCTGAGGATGGAGACGGTAGGAA 
s mm7.chr5      14329578 204 - 153054177 CTCCTTCCTGCCCTGCTGCTTCTCCT---TGCCTGGCACTCTTCCCCGCCTGCCCTCCTCTGAAGTGAA-CCCGTGCTTCCTCCA-------CAGTGACCTGTCCTTTGACAACAGTGACCTGGTGATGTTGAAGTCTTTACTGGCAGGGCTCAGCCTGCCCAGCCGGGATGGGAGAACTGACCAAGGCCTGGATGAGGAAGGCGAAGGTAAGCA 

a score=4126
s danRer3.chr12  2438074 120 +  37038836 GAGGAGTCCTCCTCAGGATCCCTACCGCTGGTCAACATCTCTGCCTCCATGTCTCTGACCGCTGCAGACATGACCAAATGCCTGAAGAAGATCTCCAGAGGGGAAGCCATTGAAGGTGAG 
s mm7.chr5      14330409 120 - 153054177 GATGAGCGTTCGGCCGGCTCCCTACCCCTGGTCAGTGTCTCCCTCTCCACCCCACTGACTGTAGCCGACGTGGCTCCTCACATGAAGAGGCTGTCCCGGGGCCGGGCTGTTGAGGGTGAG 

a score=2431
s danRer3.chr12  2441010 94 +  37038836 CTGCTGTTTGTTCT-AGATGTGTTTGAGGGCCTGACTGAAGTGGATGAGAAATCCAAACGGAATCCAGAAATCATTCAGTATTTTGTCGTAAGTA 
s mm7.chr5      14330927 95 - 153054177 CTGGTCTTTGCCCTCAGATGTGCTCGAGACCCTGAGTGACATAGACGAGATGTCGCGGCGGAGACCTGAGGTCCTGGGCTTCTTCTCGGTGAGTA 

a score=10043
s danRer3.chr12  2441169 314 +  37038836 ACGGTCCTGTCATGTATTATCAGAACGATCTACAGAGATTGATGAGCTCTCCTGAAGAGGTTTGCCGCAACATGGCATTCAGTTTGGCCCTACGCTGCATCCAGAACAGCCCCAGGTGAG--------------------------ACGCCTGCAGGGAAATACATG-GTGTATATTAAATGCAGATG--CCATGTACAAGTGTGC------TCATTATTATCTTTTCTAACTGCAGTATAGCTGCTGAATTCCTGCCAACCTTCATGTACTGTCTGGGCAGCGGGAGTTTTGATGTAGTGCAAACGGCACTGAGAAGCCTGCCCGAATATGTGCTGCTCTGTCAAGGT 
s mm7.chr5      14331183 345 - 153054177 ACACTCTTCTCTCACGTGAGCAGACCAACTTGCAGCGGCTGATGAGCTCAGCGGAGGAGTCCTGCCGCAACCTGGCCTTCAGCCTAGCACTGCGCTCCATTCAGAACAACCCCAGGTAGGTGAAGCCCCAGCCTAGGGCCACTGTCACCCCAGCTAGCTGAGCCAGGCATAGGAGGTCAGTGCATATGGGTCCTGGGCCAGAGGGCAGTGACCCATGAACATGTCTCTT----GCAGCATCGCTGCTGACTTTCTGCCCACCTTCATGTACTGCCTGGGCAGCAGAGACTTTGAGGTGGTACAGACAGCCCTCAGGAACCTGCCAGAGTACACCCTGCTCTGCCAAGGT 

a score=5798
s danRer3.chr12  2442942 133 +  37038836 CATCTGTGTGTTTTCTG-TCCTCCCTAGAACATGCTGATATTCTCCTCCACAAGGCGTTTTTAGTGGGCATCTACGGTCAGATCGACACCAGCTCCATGATAGCAGAATCCATGAAGGTCTTGCGCATGGAAGC 
s mm7.chr5      14331574 134 - 153054177 CAGCTGTCTGACCTCAGCTCTTCCACAGAGCACGCGGCTGTCCTGCTGCACAGAGCCTTCCTTGTGGGCGTGTACGGCCAGATTGACACCAGCGCCCAGATATCAGAGGCCCTGAAGATCCTACACATGGAGGC 

a score=9343
s danRer3.chr12   2446014 212 +  37038836 CCCACCTGTCCTTTGAAGGCATCAATGATGAACTGAAGAGCATGAGGCTGAACACACTCAATGCATTTCTGCACCACATGATTGCCGTTTTGATCCTTCACACACTTTAACACGTGTCCGTCGAGCTCCCGAACCATCTCATTCTGCAAACCACAAACATTCAGATCATGAGCTCTGCGAAGCGACTTGT------------------------TAATGATGATAACATGAACACA 
s mm7.chr12     109040576 232 - 117814103 CTTACTTGTCCTTTGAAAGCATCGATGATGAACTGCAGTGACTGTGGCTGAACACATTCAATGCATTTCTGTACAACATGGTTTCCATTTTGATCTTTCACACATTTAAGTACATGGCCATCTAGTTCCTTAACCATTTCACTCTGCAAA----AGACATTTAAATAATTATTTCACCAAAAAATCCaataaaattaaaaatatttatatggaataaagttaaaaatattaaCACA 

a score=6964
s danRer3.chr12   2446226 302 +  37038836 CAGGCTTTATA----AACCTACAATGACTTGCTGGTCGGAGGGGATGAACTCCAGGGCTTTCTGAATGACTCTGCAGCCGTACATCTGCAGCGCCAGGGATAACACATGACCACGAATCCGCTCGGCCAGCGCCAGCTTCTGGTCCAGACTGCCAAACT-AAACACATCATCAAGAGGCTTTTAGCA-GACACTCCTCATTTCATCCAGTTTGAAACCCGCTACAATTA-ATCTGCATTTCTGATCAACGGCACAATATACACAGGGTTGCTTTATGCTGTTTATTAG------AGATTACAGATATGCATACAA 
s mm7.chr12     109043104 295 - 117814103 CAGAATTTTTATCTCAACTTACAATTACCTGCTGATCAGAAGAAATAGATTCTAACGCCTTTTGAATAACACGGCAGCCATACATCTGCAAGGCTAATGGTAGAACATGACCACGAATACGAGTAGCCAGGGCTAATTTCTGATCCAAACTTCCAAACTGAAAGATAGTATTGATAAGAAATGAACGTGACAGTACT------GTGCAGTTAGAAAGCTCATCAAATTGTCTATTGGTTCCTGACTGTTGCCCAACTTTAGA--------------GCTATTTGCTAGCACAACAGAATGAACATATGAATATAA 

a score=7190
s danRer3.chr12   2449246 145 +  37038836 TCTTTCTTACCTCAAAGAACTTCTGGATGACATAATTTCCAAACACATCAACCATGAGCTGGTAGGCGGCCTGCAGGATCTCATTGAAGACCAGCTGACGCTCTGCAGGACTTGCTCTCTCCAATTTCAGCTGAATAAACCTGCA 
s mm7.chr12     109043399 145 - 117814103 ATGTACTTACCTCAAAAAACTTCTGTATAACATAGTTTCCAAAAACATCTGTCATTAATTGATAGGCTGCCTGTAGAATTTCATTAAATACTATTTGTCGCTCAGCTGGAGTAGCTCTCTCTAGCTTTTGCTGTATGAATCTATA 

a score=14036
s danRer3.chr12   2450957 315 +  37038836 TACCTGGAGCCGTGCTGGTCCTGAGAGAACTCCATGACGTGTCCTGCGATCTCTCTCAGCTGCAGGTTGGGGTAGCGGTTGTTTCTGAAGTCCTCCAGCAGACGGCTGCGTCCCGACGGCATCACGTCAGACATCCCGTAGCGCAGCCGTGACGAGGGGAAGAGCTGACTGCTGGGACTGAAGAGAGACGAGCCGGTGGTGGCGCTGCGGTACTTCGCCTCCGCTCCAGGAGCTGCTGAGATGAAGCGCCCACTGCCATTGGTCAGTCCACCTGAGGGGGAGGAGCTAGAGTCAATATATTGATGTCTGATGAGT 
s mm7.chr12     109043844 313 - 117814103 TACCTGGAACCATGCTGGTCTTGAGAAAACTCGACTATATGTCCAATTAAGTCTCTGAGCTGAAGGTTGGGGAAGCGGTTGTTCCTGAAATCTTCCAATAACCTACTGCGGCCGGAGGGCATGATGTCAGATCTATTATAGCGGAGCCGAGAAGGAGGAAAGAGCTGGCTGCTGGAGCTAAATAGACTGGAAGTGCTTGAAGCACTTCGGTACTTTGCTTCTGCTCCAGGTGCTGCAGAGATATACCGACCACTACCGTTTGTCAGTCCTCCTACAACAAAGCAGCTGTGGTCAGCAAAT--GTTTCTGACAGGT 

a score=-1313
s danRer3.chr12   2451660 1655 +  37038836 ggttataaacatacaaacattgcacacaCCAAAAGAAACTATACAAACACGAGCATACTGGCAACACA-------AAAAGTGCAACAGTCTAACAACTATATCATTTTTTAAAATGCTTATTCATTTGTTTAATTTAATGTTAACTGGCTTTTTATTTGCATGTTGTTTATTTGT------AAGTTGCTTTTTTTATGTAACTATTAAAACCTATCTTCTGTAGGTTATAGGGCTGGGTGATATGG--CCAAAATATCATATCCGGGTATATTT-----TAAAAGTCTGTAT-ATCGTATACAGTCAATTTTaatgtctgtatacgatataaatccg--------gaatgttcccataaatggctacttgagagtaaaagcctttattaaaacattatta----ataaaat-----------tgagcaaa-atataattcaaacacaggggttttcccttcctgtttacaaataaacagctgcaca--aaaaataacagct--------gcacaaaatctttga----taaataaaacacagtacaggtttttctcctgcttaaaactgttgtgcacaattattaaacagtgcacatatca-aatatatccaaagagaagtctttcactccatgtaaaaaatcctacacattttttttgttttgactaaacttgttttactaaatattaaataagaaaatgaaaacgaatagactatagatatgagaagaaattgtttcagagtactgtgat-------------gaaatgctggatatgcatttaaTGTAAACAGTCATTGTAAcagagctacaatgtgttataatgaaaatgtaaagagaccatcgtgtaataaatcctgaacttataa-------tcagtaaatatg-------aggtggtatctgttacgaaatgaggtttaaattcctcccattttgtcgtttttaattcttttgaacacatttaggttctgcttgtcaatttgacaaggcatctatgttcattcttggtgtcaattgaatgaaatgtttgattaaaggtttctgata-aaccgctgtgacagctgcaggcactgtgtgacGTTCTTCACTGCATGTTCCTCCATATCGCATCagtgatgggttgttcttgaacgattcattaattttgaacaatttt--tttgtatgactcattgagttaatcattcatttgcacaagcgc----acatttgtgcaattagagcttgcatgctaacttggtctgttttgcgcagaatgcgcacgtggcct-caaaacatatcgatatgaacgatattggataataccgcgtcacgttggag--aatcatattgatATATCCCTAGAACCCGATAT--ACCGCCCAGCCCTAGTAGACATGGTAATTCTAATAGTTTAATA----ACATATATAAGATTGAGAAATCACCAAAATTCA-AGATCAGTGCATCTATAGCTGAA-----TTGTAGATGCTGTAACCTCACCAAGATTAAGACTGCTTGAGGATCCATGAGTTGAGAGCGAGGGTGGTGGGGTGAGAGAGTGGGAGGGGCCTTGGTTTGGAAGCGGCATGCCAACCGGACCAGGGGAGGAGCTAAAGCTGAGGCCGTTGTAAAAGGCTCCATGGCCAATAGGAGTGAGGCTGCTGGCTGTCCGCTTGTACAGATCAGAGCTGCCCGTCAGAGAATCCCGACGAGACCCGCTGGAACT---GGAATTAGCCACTTCAAAAAAAAATTATCACACATTAAATATACA 
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s danRer3.chr12   2454169 546 +  37038836 CACACACACCTGCCGTGCCAAAACCCCCGAGTGCTGCTCCAAGCGTGGCTCCGAGAGATGATGTTGGGTTGGCATT---GAATCCGAGTGAGGTGTTTCCCGGCTGAGCGGAGCCTTGGGAGAACAGGGAGGAGCTCTGTGAAGAGGAGCTCGGAGATCCGCTCCCATAAAAAGAGCTTCCTCCCAAAGCCCCGCTCCCTTGCTGCCCAGGAGCCTGCTG------------GGAACTCAATGCACGAAACGCACCGCTGGCTCCACCACCGAGACCTGCATTCGCCCCTCCTGCTGAAGCGGCGGCAGCAGCCACTGGGAAGAAGAATGAGATGTTCAAATACCAATTGACATTGA--ATGAAGGTATGAGGAGTGT---GAAATGATAGTCATTTTCATACATGCACCTGCGGCTGATGGGCTGATGATTACTGATGCGGGGGCCATAAGTCGAACGGGTCCTCCACGA---------GCTCCTGTATTCACCACAAGTGCACCTGTCTGGTCATAATATGCAGCAGGAGCCAACACTGGATAACCTGAAATACCAC--AGAGGGGACTTTATTA 
s mm7.chr12     109058717 554 - 117814103 CAAACTTACCTGATGAGCCAAATCCACTGAGAGCTGAGCCTATAGCAGCTCCTAAAGA---------GCTACCACTTCCAAAGCCAAGAGACGCACTTCCAGGTTGGCCAGGTCCATGAGAGAATAAAGAGCTGCTCTGGGAGCTGTTAGTCAAAGAGCTGCTCCCATAAAATGAATTAGACTGCAGGTTAGTGCTTGGTtgctgctgctgctgctgctgctgTGGTGGCTGAGTGCCAATTGGCCGAAACAGACCATTTGTGCTGCCTGTAAGACT---ATTTGCAGTTCCTCCAgctgctgctgctgctgctgctgTAAA--------ATAATTTCAGAAACTTCTTGAAACTACTCAGAAAAGTACCTAAAATCTCTAAAAATGTCAGTCATGCT--TACCAGCTTGTGCTGCTGTTGAACTTATTAAGACAGGTGTTGGAGCCATTAATCGTACTGGAGCTCCAAGGCCAGTTCTTGCTCCGGGGCCAACCACTAAGGCACCAGTCTGATCATAATAGGCAGTTGGAGCTAGTACTTGATAGCCT-AGATAACATTAAAATGAGTATTTATTA 

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s mm7.chr5      120238395 126 - 153054177 CAGCTGATTTCTGAGGAAGGGGTGGACAGTCTGACTGTAAAAGAATTGCAGGCAGCATGTCGAGCACGGGGCATGAGAGCTCTCGGTGTCACAGAAGACCGTCTGAAGGGCCAGCTGAAACAGGTA 

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s mm7.chr10     27555109 363 - 130066766 TAAAAATTTCTTTATACTTGCAAAAAT-TTTGAAAACTTACTAAGTATAGGGACAGGAGGTATTTCAGAAGGTTAATAATGAAGTCATTAAAAAAAAAAACCCCAGAATTAACATACA---TGTGATTTA--AAAATAAAACCTTAAACTTATCCTTACtttataaatacatatatttaatt--------tatttttt--------gttttattttcaactattcatattttatttta-----gattatataCCAGTTATATGCAAATTATTTATATACTA----TCCCATAGGTCTATAGCTTTATTTTAGTTGGAATTATTGTAATGGAAAATAAAATAAGAGCACAAACTATATATATATGTATCTATATATTATATATCATATGTTATTT 

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s mm7.chr10     27555577 269 - 130066766 TTATACATATTTTTCAGCATAAATATTAATAATGCAGTTTAAGTAATTTTGCATGCCCTTGGTTATATTT---AGAAATTGTTTAGTCAAATAATTATAATTCAATGAATTTAATTTCTTTAAAAAAACTAAAAAGAAAAAGATCTAGATAAAATGTTGCATGCTTTCTCAGCAGTATTTTCT-TGTAAGTAGAGCTGATATTTTAAAATTACACTTTATTAGTTGTCAAGTAATAAGTACTAATTTGAAAGACAGTAATAAATCAAAAGAAA 

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s mm7.chr5      14347075 157 - 153054177 ATGGCCGCCATAAAGGCCCTGCAAGAATGGTGCCGGCAGCAGTGCGAGGGCTACCGGGACGTGAGCATCACCAACATGACCACCTCGTTCCGCGATGGCCTGGCCTTCTGCGCTATCTTGCACCGACACCGGCCTGACCTTATGTGAGTGCTCTTTA 

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s mm7.chr5      14361225 72 - 153054177 TTTTCATCTTCCAGAAACTTCAGTGCCCTCCGGAAGGAAAACATTTACGAGAACAACAAGTTGGTGAGTTGG 

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s mm7.chr6      122597842 294 + 149646834 CTCTCTGCTCTTTCTCCAGTCTGGCT------GCCACGTGGAATTGTTGTTCCTACGCT---ACATCTCAGACTGGGACCTGGACCCGGGCCGGTGTTACCGCGTCACCTGGTTCACCTCCTGGAGCCCGTGCTATGACTGTGCCCGGCACGTGGCTGAGTTTCTGAGATGGAACCCTAACCTCAGCCTGAGGATTTTCACCGCGCGCCTCTACTTCTG---TGAAGACCGCAAGGCTGAGCCTGAGGGGCTGCGGAGACTGCACCGCGCTGGGGTCCAGATCGGGATCATGACCTTCAAAGGTGA 

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s danRer3.chr12  2615750 125 +  37038836 ACTGACCTCTCCTCTGATGCACTGCCAGCATCACCTTGCCGTATGAACCCTCTCCCAGCTTTTTGATGAGCTTGAAGTGCTCTGATGTCACCAGCGATGTCATGGACTGAGCCGTGAGGAAGCAC 
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s mm7.chr11     57576679 359 - 122091587 TTCTCATCTGGAAAGCACTGAGCTCCCAGTTCAACTGTA----GTTCATCATAAGGTGATATTGTATATAGTATATACATCGTGCATAGGAATG-ATGTGGCCCCAAGCCCCCAGACTTTTCCTAGCATGCAGAAACATAAGCTGAATAAATGGCTATTATGCATATTGACCTCTGTGGCACTCTGTGAAGAGCAGAAACCATATTGG----AACACctttctcctctctctctctctctctctctctctccctccctccctccctccctccctctcc--cttttttccttccctcctttctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctttctctcttctt 

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s danRer3.chr12  2636902 260 +  37038836 AAGAGTGGACAGGCTAAACTGA-AAGACCCCGACCTGAACACGTGCACAGAGAGA-GAGCGAGAGGGGGGGAGAGAGACTGACACTCCCAGGTATAAT---ATACTTCCTGGAGCCACACTCTCACGCCATCAGATGCTCTTGTGTACATGATTATTTAGGCA----GGGGAATTCCTG------CGGCTGCGC---TCACATGGTTACAGTGGGTGCACGGTACTAGGGACACTAGCAT---GTTTTGTTTGTATTTTTTATTGA-----------------------TATAAATATGAATGG 
s mm7.chr11     27485444 297 - 122091587 AAAGGATGAAGGGCTAAATTGGTAAGGCTGCAAC----ACACGTGGAGGGGGAGATGAGCACGAGGGGGAG-GAGAGAGTGGCAGCCCTGGTGCTCATTCCATGGTCCTGGAAGCCACACATTCAGGTGGGGGGAGGAATGTGCACACTTAGCGGCTCTGTGACCTCAGAGCATCGCTGACCGATTGACTGCCCGAGTCCCACCGTCCCCATTTGTGACCAGAG--AGGGATTTCAGCATCGTGGTCTGATGGTTTTCTGGAATGAGCGTGCCAAGCAAAGCGTGTCCATTGGACAGTGAGTGC 

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s mm7.chr7      4668281 128 + 141766352 AGGGTGTGAATGTGCGGGAGAAGGCCAAGCAGCTGGTGGCTTTGCTGCGTGATGAGGATCGGCTCCGGGAGGAGCGCGCCCACGCGCTCAAGACCAAGGAGAAGCTGGCACAGACTGCCACGGGTGAG 

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s mm7.chr7      4671510 119 + 141766352 TTCCCCTGCCCTGCCCCTCATACTTTCTCTCCGCCAGCCCCCGTCC------------TGCGGCCCTGAGGATGACGTCCAGCTCCAGCTGGCCCTTAGTTTGAGCCGAGAGGAGCACGATAAGGTCAGAG 

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s mm7.chr7      4672132 100 + 141766352 AGGAAGAGCGGATCCGTCGTGGGGATGACCTGAGGCTGCAGATGGCAATAGAGGAGAGCAAGAGGGAGACTGGGGGCAAG---GAGGAGGTGAGCGCCTGTGT 

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s mm7.chr7      4675492 454 + 141766352 CGGAAGACTCCGGAGTCATTCCTAGGCCCTAATGCAGCCCTTGTGGATCTGGACTCGCTGGT-------GAGCC--GACCAGGCCCCACACCACCAGGA---------TCCAAGGCTTCCAACCCATTCCTTCCAAGCGGTGAGTGTGGCTT------------GTGGGACTCCTGTGTCTTTGGTGTCTTCTGTGGTCCCTACAGGGTAGAAGTTTCATGGAGCA-GGCATGCTTCTCCCCACCTGGGTGTGTATCCAAGACTTG-GACGCTGGGCAGACAAGCACTTGCTGACTGCTTTTTCTCTTTGCAGGAGCTCCGCCCACAGGCCCCTCTGTCACCAATCCTTTCCAGCCAGCACCCCCTGCAACGCTCACCCTGAACCAGCTCCGTCTCAGTCCTGTGCCCCCAGTTCC--TGGAGCGCCACCCACCTACATCTCTCCTCTTGGTGG-------AGGCCCTGGCCTGCC------------CCCCATGATGCCCCCAGGT 

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s mm7.chr1      84584739 572 + 194923535 tgacctacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacacacatacaTGCATAACTTATCTATGTACAacacacacacagatatatactcacacacctttatataacatacatatgcatacacccacatacccagatataacacacacattacatatgcacacacacacagagacatgcataacctacatacaaaacacatacacataaattcacacatacatatacatgcactcacaTATCTACATATAACATAGACACACATTCAAGCACATATATACTCTCATACCCATATACACACATGTAAGAACAGCATTCAAGAGTTAAATGGAACTACCAAAATGCTCTCAAGTTTATACTTTAGCATGTACAAAAATTTGACACATCCTGATATTAGCACTGAAGGATGGGAAACATTAGTCCAGGAGGCAAACTGGATTAATGAGAAAGCATCCTGGTTAAATCCTAGCAGATCAGGCAGCAGGACAGCTCCACAGAAGACTTGAGAAAGCATGTATTGTTTTCTCCTTTTCATCAAGTCCCATAAATATCT 

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s danRer3.chr12  2914861 455 +  37038836 tttttGTCATTATGGTAGTTAGCACTGATTCTGCTGTCTCTCCAGCTAACCAATTAAGTCCCTTCACAA----ATAACACATGTTAATTAGAATTTTTTGGACTGATCTGATCGCAACTGCTCTAAAGGCATTTATTTTTTGGATTGAAAGAAAAAAAGTTACATCAAGCAAAAGCTAAATAAATCACAATT------------------CTCACCAATCAGATATTTAATGCAG--AGTTGGGGCTGGTTGGtaaaaatta------aataaattaattg---------atagatatatttattaaCTGAATAAT--TGATTGCAAACTAGATTATGTTTTAAATCTAACACAAAATTG-----AGTTATCAGAAATACTGCAGTCTTAAATAGTTTTGCTAAATCTTTGGGCATTTTTATATTCAAGGTCATGAATATTTCTGCAC--------------------TTAAATCTA-ATTGATGATAGT--------TTCTTAACTATTCTCTGTATGCAT-----------------TTGAATCA 
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s mm7.chr14     88268720 238 + 119226840 TATACATTGGTTTGAAACATTTATAGGCACTGTTATAAGAAATAAAAAGAAATGCCAAAAAATTTGTATTCCTACAAGTTATTTTTTATATTTGCatatatacatatatacat-tatatatataattgtatatatatatatatatacatgtacatatacatacatacacacacaca---------cacacacacacacacacacacacacac-------------------------------acacatatatatatatatataaaattGCATGAGTAT 

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a score=-970
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s mm7.chr12     58037047 186 - 117814103 TT-------TGAAATTCAATAATTGTATATTTCATTTCTGCACTAGAATAT--TTTATATAAATAGGATCACAGAAACAGTAGTATTGGTTAATATATCAAATGAGTATTAATATTCTTTG---TCTAGTATCTGTGGTAGACACTAAGGAAGAATAATATAACTAGACAGGTTGTAATATTAATTGAAAGAAATTAA 

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a score=11339
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s mm7.chr19     31463812 273 + 61223509 TACCTCTCGGATTTAGTGAACTTCCGGAACGCCTGGCGC---AGGTCGTGGAAGGACCTGTAGGTCTGCGGCTCCGCGGAGATGCCCTGCGCCCGGGTGGTCCGCGGGCCGATGTGGGTGGAGGGCACCGGCAGCACCGACTGGCATTTGTGGAGTTTCCTCTTCAGCTCCTGGATTTCTTCCTCCTTCTCTGACAGCCGCTTCTCCAGCTCTTTGATCCTCTCCTCCTTGAGCATGAGAATCTTCGCAAAGTCTTCCTCCAGTTCGCTCATTTTT 

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s danRer3.chr12  3043289 92 + 37038836 TCTGCAGACTAGGACGATTGT--TTCATTGAGAAAGCAATTAGATGTCCCTCTCCCTCCTTCCCCAGAGAGACCTGCTCACTCTCGCTCCATGC 
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s mm7.chr19     31608031 196 + 61223509 TTCCTCCCTGAACACACAGGAAAATGGACAAAGGAAGTATGGTGGCCCTCCACCAGGCTGGGATTCTACACCCCCAGAAAGGGGCTGCGAGATTTTCATTGGGAAACTTCCCCGGGACCTCTTTGAGGATGAACTCATACCATTGTGTGAAAAAGTGAGGCTAAATTTAATTTCTTTTTTCAGGAGAAAAATATCA 

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s danRer3.chr12  3067688 280 + 37038836 GAAAACTGACAGTTCTCACACATCTTCATGCAGGAATGGAAGGCTTCTGGGCGTGTGTGCAAGTGTAGACAACTGTCGTCTATTTGTGGGTGGTATTCCAAAAACCAAAAAGAGAGAAGAGATCCTGGCAGAGATGAAGAAAGTGACGGATGGTGTCTTGGATGTCATCGTTTACCCAAGTGCTGCTGACAAGGCCAAGAACCGAGGTTTTGCATTTGTGGAATATGAGACCCACAGAGCTGCCGCCATGGCCAGGAGGAAACTGCTCCCAGGTGAAACA 
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s mm7.chr19     31620053 223 + 61223509 CATCACTCTTCTGATCATTGTCAACAGGAAGAATTCAGTTGTGGGGACATCCTATTGCAGTAGACTGGGCAGAACCAGAAGTTGAAGTTGATGAGGACACAATGTCTTCCGTGAAAATCCTGTACGTAAGGAACCTTATGCTGTCTACCTCGGAAGAAATGATTGAAAAGGAATTCAACAGTATTAAACCAGGTGAG-----ACAAATGTGCAATTACTTCTTCAAAA 

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s mm7.chr19     31626193 275 + 61223509 AAAACTTAGTTCATAACTATAA-TAAATCAGGTTATCAGCATTTTATGACAAGTAAAACTTATATTGACTATACAGAAT-TCTAAACCTA--------GACATGCAAAGGAATCTCACCTTTGGAAGCTAGCCACATCACTGTCTCAAGTTTGCTAATAGTGTGGCTGCCATCAC--ATCAACAGGTGCTGTGGAAAGAGTGAAGAAGATCCGAGACTACGCTTTTGTGCACTTCAGTAACCGAGAAGATGCAGTTGAAGCCATGAAGGCTTTGAATGGCAAGGTAA 

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s danRer3.chr12  3070958 317 + 37038836 CTCTGACTTCCCACCAGGTTATTGACGGTTCACCAATTGAAGTCACACTAGCCAAGCCCGTGGACAAGGACAGCTACGTGCGGTACACCCGAGGCACAGGGGGCCGTGGTGGTACTGTTCTCCAAGGAGACTATGCTTACACTGTGGGCCAGATGTACGATCCCTCAGCTGCTTACCTAGGAGCACCAATATTCTACGCCCCCCATGCATACGCAACAATCCCTAACCAGTTTCGCTTCCCCAGTACCAAGGGGCAAATGAGTACCAGGGGTCTTGTCCGGACACCCTCAGTGAGAGGTAATCTCATTCACTTACTG 
s mm7.chr19     31631666 311 + 61223509 CTCGCTCTCTACAACAGGTGCTGGATGGTTCCCCAATAGAAGTGACCTTGGCCAAGCCAGTGGACAAGGACAGTTATGTTAGGTACACCCGGGGCACCGGTGGC---AGGAACACCATGCTGCAAGGAGAATACACCTACCCTCTGAGCCATGTTTATGACCCTACCACAACCTACCTTGGAGCTCCTGTCTTCTATACCCCCCAAGCCTATGCAGCCATTCCAAGTC---TTCATTTCCCAGCTACTAAAGGACATCTCAGCAACAGGGCTCTCATCAGGACCCCTTCTGTCAGAGGTAACACTAGCTAGTTCTTG 

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s danRer3.chr12  3072799 344 + 37038836 GGGTGATTT-CTGGTGATTTGATTCGACTTAATGCCTTCTTGCATTCCTAGAAATTTACATGAATGTACCTGTAGGGGCAGCGGGCGTACGTGGTTTGGGCGGGCGAGGATATCTTGCCTATGCAGGTGTGGGTCGCGGCTGTGGCACATACCAACTCAAGACAGACAAACGCCCCGACGACAAGCTCTATGACCTTCTTCCTGGCATGGAGCTCACGCCCATGAACCCAGTCACTCTGAAGCCCCAAGGCATCAAACACGCCCCACAGGTACACTCATACCCTCAGCGAAAAC-ATCTATTGGTGATTAGAGAATATTTCTCCAAGGACCATTTTGCCTGGGTTT 
s mm7.chr19     31633835 316 + 61223509 GGGTGATTTTCTGGTGGTTTGATTCAGTTTAATGCCTTCTTACATTCCTAGAAATTTACATGAATGTCCCTGTAGGGGCTGCGGGGGTGAGAGGACTGGGCGGCCGTGGGTATTTGGCATACACAGGCCTGGGTCGAGG---------ATACCACGTCAAAGGAGACAAGAG---AGAAGACAAACTCTATGATCTTCTGCCTGGGATGGAGCTCACCCCGATGAATACTGTCTCTTTAAAACCACAAGGAATTAAACTTGCTCCTCAGGTA-------------GGTAAGATCAATCCAGAGGTTGTTAA-----GTTGGGCCAGGGACCATTGTTCCGATGTTT 

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s danRer3.chr12  3073143 148 + 37038836 TTGCAGATCTTGGAAGATATTTGCCAAAAGAATAACTGGGGTCAACCTGTTTACCAGCTTCACTCTGCTATTGGACCAGATCAGAGGCAACTGTTCCTTTATAAAGTCACCATCCCTGCTCTTGCTACTCAATACCCAAATATGTAAG 
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s danRer3.chr12  3074427 221 + 37038836 ATCACTCAACTGAATACACAATATATTCCCATATAATAAGCTAATTTGTTTACCACTGTTCTAACCTCTCGTCAGACACCCGTTCACCCCTGCCAAACTCTGTGCATCGATGGATGAGGCAAAACTGCACGCAGCCGAGCACACGCTGCAGATCCTCGGTGTTCAGACAGAGGGtgctgacgcctctgctgctgcg---------gctgttgctgctgcATTCCCAGGTA 
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s danRer3.chr12  3077099 171 + 37038836 CTGTTTCCACAGGTTATGCAATTGCCAGCACCACTGGCACT------------CAGCTGAAACAGGCCGTTTCGTTGGGTCAGGATTTGACTGCCTATGCAACCTATGAGGGTTACCCTGCTTTTGCTGTGGCAGCCCGTGGCGATGGATATGGAGTGTTTTAAAAGAACTAACAGTCTCTGT 
s mm7.chr19     31646605 174 + 61223509 CTCTTCCTCCAGGATATGCTGTCCCCAGTGCCACCGCTCCTGTGTCTACAGCCCAGCTCAAGCAAGCAGTGACACTTGGACAAGACTTAGCAGCATATACAACCTATGAGGTCTACCCTACTTTTGCACTGACCACCCGAGGCGATGCATATGGAACCTT---------CTAACGATCCCTGT 

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s danRer3.chr12  3111947 122 + 37038836 ATATAGTACCTGAGCAATCCTATTCCATCCCCATCCAGGTCTGTGAATTTCAGGACGACAATCTGCTTGTCTGTGTTGAATTCATATCTGGGATCAGAAAGATGGATAGAAATAATTATTTT 
s mm7.chr19     31742730 119 + 61223509 ATGGAATACCTGATAAGACCCAAGTCTTCTCCATTCAAATCCACCAGTTTCAAGACCAGCATTTCCTTGTCTGTGTTTGAAGAATACCT---ATCAGAAAAATGAAGAAACTTGGTCAGTTT 

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s danRer3.chr12  3112177 376 + 37038836 TCAAATATATACAGTTGAAGACaaaattattatgta----aatattatcattattattattattttaaaaatGTAATATGGCAttttttattctttttcaaatattccccaagtgatgtttaacagagcaaagaaaatttaacagtatttcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatTGCTGGaataaaaaaagtaaacaattgtaaaaaattaaattaaattattagataaaaatgaaataaataaataaataaCGGAATTAAGAAGATTTTTTTCTGAATGCAAATGTCCTCCTatactaataatattaacaacaataataataataaaata 
s mm7.chr17     57715424 288 + 93276925 TCAGTTCTATCATGTCAAAGTTTGCATTATTTTAGGTTACATTATTAGAATTGTATTTATTCCTAGAAAAATCCTGTAATGTGTTTAAAGATTATCTTCTAACAAAACATAGCAAATGTCTCAAATAG-----GAAATTATATAGCAAGTCACATAATCTCTTAATTATTtataaatatacatatacatatacatatacatatacatatacatatac--------------------------------------------------------------------atatacatatacaGAGAGAGATTA-------TTTTCTATGaataaatataa-----------aattatattaGAGCAAATAA-ACTAGCAGTATA 

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a score=5385
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a score=-509
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s mm7.chr19     31752089 247 + 61223509 ACCTCCAACCTCAGTCGTTGGGAAATCATACATAGTTCCACGCTCACAAATGCCATTCGATTTGACCCATCTGGATCCGCCAAGATAAAAGCACGGCTGAACAGCCTGGTGAGGAGACCCCGTGCATTCTGGCCATTTTTGCCATAGCCCATCTAAAAGAGAGAAAGACACTGAACTTCTTCAGGAGC-CAGGCACCATCCTATCAGAAGAGACTACTCATGGACACAAATTAAAAATCAGCATTACA 

a score=-4195
s danRer3.chr12  3118341 1693 +  37038836 CAAGGAGGCTAAAAATTCAGAGTTTAACTGTAAATAGGC----CTATAATCATTATTATAACTACTCCAAATGCACAATGTAGAATACTTTCTTTAAAAGGTGTCATTACTTTTATCTGATTCCTGTTTGAGGGCCAGGACGGTGATCAGTGCCACTGAAACTGCCGTCATCAACAGAAAGAGAACAATGAGTGAGATCTCCAGTCCGCTGAGACGACGACTCTTACTCGCCATCACGATTGCTGAAAACAAAAAAAACACAACACTGACAGTCAATAT-------ACAAAAACACCA-CAACAATG-------ATGCTTTAACACAGCACAGAGCAAGAGTGAAGCAGCTCAAACATT---------Gtgcggttgaagtcagaatcattagacccctgtatattttccccaaaaattctgtttaattgaaaagaaggtattttaaacattttgaataactgatttcttttagctttgaacgcgcaaaatattttgcaagatatttttcaagat---actagtattcagctaaaagtgacaaagacttgct-taatttaaaaatcttgcttacagaggctaat----aattttgaccttaaaat---------gtttttttaaaaaaaactaaaaactgcttttgttctagctgaaataaaacaaataaga-ctttctccagaggaaaaaaacattataggaattactgtgaaacattccttgct-ctgttaaacatcatttgtgaaatatttgaaaaagaaaatcaattcacaggagggctaatacttttgacttcaactgtaCATTTTTATATGCATTTTTTGTTTTT----------TTATGTTTTTGAAAAAG--------TCTCCTGTATGCAT---TTATCTCATACATCTTGCTCTTGAAAGACTTAGAAGTCTGTCAATTCTGAATTTGCTTTTCAATTGATTTAAAAGTTTGAATTGTGATATCACAAAACTCAAAACTGAATCAAAATTCAGGATATTGAGTTTATAATCACACAATTCTGACATTTCTTAGAGTTGTCAATTTGCATCTCAAAAATCAGACCTTCTCTTTTCTGAATTCTGAG----------CTTCGATCAAAAATCAGACTATTGGACCAAGCTGGAGCACGTTATCTGGTCCCCCGGGCTCTGCAATGGCTGGGAAAATTCGAAATTGAACCAAAAAACAATTC---ATTACA-ATTTGGATCAAGA--------TTGGTTTTGAAAATAGGGTATATGCGGAAGTATGCT----------AAAGGACTTACAAT--TGGTCAG---TAATTGGTCATTTAGGGTCTGTTTTCtttaacagattgaattttaattacattacaatatcgatgctgtaaaaggaaccatataaaatggaaaaaagtcacattaacctttcaccggacgtttattggaatgggaagaaacaatgactctgcatataaccTATTTGGAAATTGCAGCCAGCTGAACCAGGGAAGTTTATAAAAAATAAAAAAAAGACTAT----TTTCATCACAAAATG-------ATTTTGTGTCAAAATGTGACTT---TTTTATTTTAACTTTTCTTCTTGAAATTCTCTTTTTGTTTCTCAAAATTCTTACTTTTAAATTTATATCTTAATTTCATGAATTTTGAGTTTGTATCACAAAATTATGACTATTTCAAATTGttataaattattcaattattatgatttatttaatcttattataactatttttaataatcatttatattaCAAATTCGACATTATTTCTTGCAATTCTTAAATTATAA 
s mm7.chr3      73068318 1653 + 159849039 CAATAAAGCTTTAAACCCACAGCT--ACTGTGGAATGACGTTCCCATGAC--TTCACTTCACTGCTTAAAGCAGACAGTGTGACCTACCTTCCACAGCAGGC------ACCTTTGT----------------AGCCAAAACCACAACAAGAGCGATAGCTATTATCGTTACTATGATGAAGAGAACAATCAGAGAGATTTCTAATCCACTGA------ATTTCTTCTTTGCCAT--------CTGAGGGAAGAAAGGAAACTGTGTTTAAATGGACTTTTTTTTTAACTAAGCCACGATTAATTATGAATCTCTATGCGTTGATTTCTAAGATAACAAAGCTGTGAGCATTTATACATGcaacaacaatcacagatgaagtcaaggatttcaga-----gaaaa-----catggagagagtgttagaaggaggaaaggggg----aagcatgtaaggtaa----------ttatattataatctcaagaaaatttaaaaaACTATTTTTACAAATCAAATTAATGTAAAAAAAAGACTTGAAAATGCATGCTATATGATATCAACCCTACTTTATGAAAGTAAGAATAAATATTATGCATAAAACAAGGATAAAGTTTATATAAAAATACAAATTAGCTAAGCATATTCACAGACAATGAAGACTAATATTATCCATTTTTTGAGGCTAAAA--ATTACAGCAATTATTTTT---CAGATCATACTAATTTTAAGCAAAGCTTCAGGAGAAATTAAAATTGATAAACAATTT-TTGCATGAATAATATTTT----ATTAGATG-ATATTTTGATGTCATTTTAATGTTCTGCTAGTAACAATTAAATATTTAATAAATCTAGAATCTCTTCTGCCTATATAAATAATCCTAAATAAATT-CTTTCACAATACCTAG-AGTATCCCAA---------TATTTTTCAACAAAAATTCAATTATATTCTCTGCTATTAAAAATATTTAAACCAAGCCAAGATT--AGATTTCTA-TTTGGACAAAAAATATTAGAGCATTCTGGAAAAAAATCTATTT-----TATAAACCTTGAACTTGTTTTTCTGCCATTAGAAGAAGGAGCATACTTAAAATGAGAATCTTACTATTTGACTATTTTTAAA---ATAAGCAGATATAACAAGC------ATAATTAGCATAAAACATATTTTGCTTAGAAAAATGATCATAATTACATACTGGGACCTAAAGACTTACCTTAGCTCATAGCCTGTAGTATCTGCTGTGTTGTGCTGGAGTTGGGCAAGGCTGTTAAAGTAATGATCAGAGAAAATTGCTCAGGTATATATTGACTACTCATAAAG-TTTTATTGCACTTTCACAAGCCTATCAATGTT---------------------------------TAATATTCTTCTGTTCAACATTCAAT------GGCTGAAGCCTTTGCCCTGAAAATAGTTTATATAAATATATCTCTCTGACATGCC----AAGTTAATTAATAACTGTGTTTTTTCTATAGCCTTTCACTTCTAGATGGCAGAAAATATTGAAACAACACATAATCCACGTTGAAAATTGGGTTTCTTACTTGAAAAAATCTGTACATCCTTCAA-----TAATTTTTAAA--AATGATTTCGTTTCATGAAATTTGAGTTTATTTGA-GAAAGTAGGAATGTTTTAACT--ACGTAAATTTTTGAAATTTTGTAAAATATTTGAAAGAATAAACACTTAACTGGGAAAATTTTACAATTATAAACCAGAGGCTGGAGCTTGTA--TCTTAAATGACAA 

a score=4895
s danRer3.chr12  3124860 366 + 37038836 AACCGTAATTTATTGTTCTCCGCCACAAA--CTTGGTAAGTTTACATCAAAAACTCTATCCTGCGCAAGGAAACGAGACGTTTTGAATGA--GTAGTTTGATAACTAAAGGGA------------TTAGTAACAATTTCAGTCTTG----TTCTGGCACTTCGGGTGAGTTTT---TTTCCAATGAGAAAGCTAGTCAATCGGAGTCTATC---CGTGTGTATTTGACATGGCTCC---AGTGCAGCAATCGCCATGAAAAGGGTTTCTGGTAGTGACGTGGAACAACGGCAGGAACATTGCTTTCTAGGTACTGGAAAAATCGATACCACCACACATTGGCGAAGAAGTTGCTTTGTGATGTTTCTTTGAGCACCT-GAAAGACATGGAGGTTAC 
s mm7.chr19     31823409 395 + 61223509 AACTTTTCTTTATTGTTGTCCAACGCGGGTCCTTTGGAGAGAAAAAAAAAGATCACAGTGCTGAGCA-GGTAACGCAATAGGTTAAGTCAAGGTAACTTGAGAGATAGCAGGGGGAGGTGGTTACTTTATGGCATCTTCTGTCATGGAGTTCTTAGCACTTCGGACTGTTCTTCATTCCCTAGTCGGCAGAGCTGTTATGTGTCGTTTACCAGCCGGCTATATTTAACTTGCCTACTAAGGTGGACTACCGGCCAGGGGAAGGGCCAATGGTAAGATCGAGGTACAATTCCTTGGACATTCTTTTCAAAGTACTGAAATGGCCTGTACCACCACACCCTGGCCAGGAGGTTCATCTGGGAGGCTTCCTTAAGCACCTAGGAAAGCAAAGAACATAC 

a score=10473
s danRer3.chr12  3126521 200 + 37038836 AATGAATGGCATACTTGTTGGTTGGCCATAGTGTGATACCACCAGAAAAGGCGTGTGGTGATGAAGTAGGCCACGACAACGTCAATGGTGTAATGGTCATGAGCCAGGAGGATGCAGAACACTCCGACCGCACACAAAGACCAGCAGCCCCAGTGAAACCACCAGAACCTTCTGGGAGAATCTGTGAGGAGAAAGAAGGT 
s mm7.chr19     31824470 200 + 61223509 AAGGGGCGACTCACTTGCTGATTGGCCATCGTGTGATACCACCAGAAGAGTCTTGTGGTGATGTAGTAGGCCACCACCACGTCCACAGTGTAGTGGTCATGCGCTAAGAGAATACAGAAGATTCCAACGACGCTGAGGAGCCAGCAAATCCAGTGGTACCACCAGAGCCGCCGAGGAGAATCTAGAAGGAGGAAACATGT 

a score=9130
s danRer3.chr12  3127526 166 + 37038836 ACCCACACTCCTTGATGAAGAGATAGGTGAGGGTCAGCATGACTGTATGGCCGCTGTATAAGTAGTCTCCGCACATGTTATGAGAGCCGGTGATGGTCAGACCTCCTCCTGCGATCAACTTCATCACCCGCCGCATCTGAGACTGCCAGTCTCCATTCACCTGCca 
s mm7.chr19     31828793 166 + 61223509 ACTTACACTCTTTGATAAATAGGTAGGTGAGCGTTAGCATGACCGTGTGGCCACTGTACAGATAGTCGCCACACATGTTGTGCGAGCCTGTGATGGATAAGCCACCTCCAGCAATGAGCTTCATTATTCTCCGCACTTGAGCTTCCCAGTCTCCAAAGAGCTACCA 

a score=6513
s danRer3.chr12  3133174 182 + 37038836 AAGAGTAAACAAATGATGTAA--TATAGAAAGATCTATTTTACCTTAGGAGAGCATTTGAAGTGCATGCCAGGCACGGGAAGAGTAGTAATGTACATGGTGATGCACCGGTAGAGGTAGAGCGTCCCGACTATGAAACAGAAGCGTCGAGCAACGATTGATCTGTGGACGGATGACATACAGGG 
s mm7.chr19     31841961 183 + 61223509 AGAAACAAACAAAAGTGGGAAATGACAGGGAGGAGTAGTTTACCTTCGGAGAACAGTTGAAATGCATGCCAGGTACTGGGAGTGTAGTTACATACATTGTAATACACCGATACAGGTACAGCGTGCCAACTATGCAGAAAAATCTTCTGCTAATAATAGACCTA-GAAAAAGGGAAAAACAGGG 

a score=1245
s danRer3.chr12  3133397 40 + 37038836 CTCACAGTCATGGTAATGA--CAACTGAACAAACTTAAAAAT 
s mm7.chr19     31842180 40 + 61223509 CTCAAAGTTTT--CAATGACCCAACAAAACAAACCCAGAAAT 

a score=16938
s danRer3.chr12  3135068 833 + 37038836 aaacatcttcttttgtgtt------caacggaggaaagtagctcataaactca--tctttaaccacttgagagtgagtaaataTTCATTAAACCATC-------------AGTAACTTC-------CCCATAACATTTGAAGCTAAAATAGGCCTAGGAAAGAAGTTCTTTTGGTTTAGAGTTTGATTACCCTTTAAA---AACTTCCACTAAA-----------ATCCAAAAGCCTACACATCTACAATCCATGCCACTTTTAAAAACTCACTTGTGTTTTAAGAGACTCCACTGTATAATCCACAAGACGATCAGGACCATCCCGTTGATCTCGCACACAGTGAAAGCCCACTCCACCCTGCCAAAAAAGTCAAAGAACTTGTCGGGGAGCGGCGGAGTCTCTTCCTTAGGAGGCACGCGTTCGTGAACCACAGAAATAACAACGGTGGTGAACACGAAGCAGCATAAGGCGTAAACCAGAGCCACGGCGGTCTTTCCCCATTCAGGAGGAAACTGTGGAGAAACCGGCTCCGGCATGGGAATCTGCACCAGTTCCTTGTGGAAGCCATTCGCCATGCCGTTCCGTTGAGCCTTGACGCTACTTCCGACATTGCCGTTTTGA--TTCAACACC-------ATGTGCCCATTGGTGTGTCCATT------------CATGTGATGCTCGATCTTAAGAGTCTCGATCTTTTCCAATAGTAGACGACCGCCGTCTGAAGTGACTCTAGAGAGAGGAGTCCTCTTGAAGTCTTCTGTTGTAAGATTTAATAAAGCCAGTCCGTCATATTTTCGCAGTGCTTCCGAGTACTCCTGCAAACCCTGATCGGTCAGCCAGAGCGAGACCTCGTCCTCTGACCACGCCGCTACTTTATTCAT 
s mm7.chr19     31858511 894 + 61223509 AAGTGTTTTCTTTCCTACTGCTTGAAAATAGACTAGCATTGCTCATGGTCTTAATTCTGGAGCAATCTTGTAGCGAACAGGCAACAAATACATCATCCTCTCAAAGCTGTAGGAGCTTCAATTAGTTCCATGG-GTGTGTGGCTTCAGAATGGAAAGGAAAGGGAATTCCTAAGCTTTGA-TTTCAACACTTGGTAAATTTCATTTCCAATAACTGGATCCCTGTGTGCAAACCCCTTCATGGCTGGATCTCAAGAGTGTTTACTCTACTTACTTGTATTTTAAGAGCAGCCACTGAAATAGCCAGAGTCCTACAAGGATCATGCCGTTAATTTCGCAAATAGAAAACGCCCACTGCACCCGGTTAAAATGGTCAAAAAACGTGTCCGGTAGTGGAGGCTGCACCTCCTTAGGAGGTACTCGTTCATGGACGACCGAGATCATCACTGTAGTGAGAACAAAACAGGAAAGTGCATAAAGAAAGGCCAGGAAAGTCTTGCCCCACTCCATGGGATACTGGGAGCGCTCCGGTTCTGGCATGGGGATCTTGATCATCTCTTTCCTAAACCCATTTGGCATTCCGTTGGGTTTAGTCTTGATGCTGAAGCTGCCATCGGGGTTGGGAATGTCAACGCCAATGCTGAGGTGTCCGTTGGCGTGGCCATTCTTGTGTGCTTCCATATGGTGCTCCATCTTCAGGGTCTCTATCATGTCTAAGAGTCGCTGCCCATTGTCAGAGGAGACTCGGTACAGTGGGGGTTTTTTGAAATCCTCTTGGGTTAGGTTGATTAAGTCCTGGCCTGTGAAGTGCTCCAGAGGCTCACAGTATTCTGGCATAGCATTCTCCAGCAGCCAGTCTGCCACCTTCTTGGGTGACCAGTAAACCACTTCCTTCAT 

a score=6869
s danRer3.chr12 3139045 346 +  37038836 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaAAGTTCTCATTTATGCAGATTTACATTCATGTGTGCGCAAGTGTGTGTTTGATCAACTATATTAAACAAATACCCAGCAATCAACAAACTTTACAGGAAACACACACACACAGTACTGAAAAAGTTCCC---ATTCATTCACATTTACATTCTACTACAAATCAAATTTCAAGCATTTCGAAATATTCATCTTACAAACTCAGCCAAGTGTGTCTTAACAAGATATTACATGTATAGGATGGCAAGATTCAGCTACAACATTTAGAAAGCTAT-----GCAAATACATATT 
s mm7.chr5      4866549 308 - 153054177 atacacacacacacacacacacacacacacacatacacacacacacacacacacacacacaca---------------------cacacacGCGCGCGCGCGCGCGCGCATGCAATCAAGCACTCAAAAAACAAAATATACAATCTAAAAAAATTTCAAGGAACACACACACACAAAAAAAAAAAACCTCATGGAATTTATTC----TAGCAATCTACTTTATTTAAA----CAATATGTCCACAGAACTAATATTTCAA---------------TAGATACAAAATACTATTTCAATAGA--TACAAGATACTATTTCAATAGATACAAAAGCATTGTGCGAAATTACATATT 

a score=2407
s danRer3.chr12  3175123 44 +  37038836 ATGGCTTTTCAGTGTCAGAGGGACTGTTATATGCGGGAGGTGCG 
s mm7.chr11     20565160 44 - 122091587 ATGGCGTTCCTGTGTCAGCGCGACAGCTACGCACGGGAGGTGCG 

a score=4048
s danRer3.chr12  3175621 177 +  37038836 CAGTTTGACACTTGTGTCGTGTCTTGCGTGCCTGCAGAATTAAAACTGGA---GAATAATGGAAGGAAAGAGAAGCTGACGGGGTTCAATGTGAAACTAAAAGACACTATTCTCTTTCCAGAGGGTGGAGGACAGGTGAGTGGCAATGGTAAATAAACTTAGCCAGATCTATTGTCTGAA 
s mm7.chr11     20565311 172 - 122091587 CAGTTCACCACCACCGTGGTCTCCTGTAGTCCCGCCGAGCTGCAGACGGACGCGAGCGGCGGCAAGAAAGAAGTGTTGAGCGGATTCCATGTGGTTCTGGAAGACACGCTGCTTTTCCCCGAGGGCGGGGGACAGGT--------ATTAGGAGCAGCCTCAGCCGGACCCCCTCCCCGGA 

a score=5398
s danRer3.chr12  3176932 186 +  37038836 taCATCTTTTTCATTTACAGCCTGATGATCATGGGACAATTGGGGGTGTCCCGGTCCTGCGTGT--TTTGAGACAGGGTCCAGAC---GCAGTGCATTTTGTCAGCTCCGCTCTGGAGGAGGGCCAGGAGGTCCACATTAAACTGGACTGGGAGCGGCGTTTTGACCACATGCAGCAGCATTCAGGTGAGG 
s mm7.chr11     20568436 182 - 122091587 TACTTCTTTCTCC----CAGCCTGATGACCGTGGTACCATCAATGACATCTCTGTGCTGAGGGTGACCCGTCGTGGGGCCCAGGCCGATCACTTCACGGAGTCACCTCTGTCCCCTGGGAGTC-----AAGTCCAGGTCCGGGTGGACTGGGAGCGGAGGTTTGACCACATGCAGCAGCATTCAGGTAAGG 

a score=2831
s danRer3.chr12  3178990 202 +  37038836 TGTGACAGGGCTGCCTTTTATGAATTGGTGCAGGGATTTGGGCCGTCAGCGCAGCTGCATAGAGCTGGACACAGCCACGGTGAAGCCTGGAGAGATGGAGGCTTTAGAGACGGCTGTTAATGAAAAGATTCGTGCACACGTTCCAGTCACTGTCAACCTCCTGTCCATTGATGATCCTGCTGTGGAGAAGGCATGTGGGCAG 
s mm7.chr11     20571072 195 - 122091587 TGCGTCTGTGCTTCTTTTTCTG-------GCAGGGAGTTAGGGAGACTCCGGAGTGTGATTGAGTTGGACAGCCCTTCTGTGACTGCTGAGCAGGTGGCTGCTATCGAGCAGAGTGTCAATCAGAAAATCAGAGACCGGCTGCCTGTGAGTGTTCGAGAGCTGAGCCTGGATGACCCTGAGGTGGAGCAGGTGAGGAGAGAG 

a score=6967
s danRer3.chr12  3180019 170 +  37038836 TTAACTTTCACTTAACACATTGTTGACTTTTTTTTTTCACGTATACAGGTAAGAAGTCGTGGTCTTCCAGATGACCATGCTGGACCCATCAGGATCATAGATATTGAAGGTGTAGATGCCAACATGTGCTGTGGAACTCATGTGTCCAACCTCAGTCACCTTCAGGTTAG 
s mm7.chr11     20571309 162 - 122091587 TCAAATTTCAGACAGCCC--TGTTCCCTTCCCTCTGT------TCCAGGTGAGGGGTCGGGGTTTGCCCGATGATCATGCTGGGCCCATTCGAGTTGTTACCATCGAAGGTGTAGACTCCAACATGTGCTGTGGGACGCACGTGAGCAATCTCAGTGACCTTCAGGTAAG 

a score=5852
s danRer3.chr12  3182279 136 +  37038836 TAGGTTATAAAAATCTTGGGGACCGAAAAAGGGAAGAAGAATAAAACCAACCTGATTTTCATAGCAGGCAACAGAGTGCTGAAATACGCTGAGAAGAGCTATAACATTGAGAAGTCTCTGACCGTCCTCCTAAAGT 
s mm7.chr11     20571654 136 - 122091587 TAGGTCATTAAGATTCTGGGGACTGAGAAAGGGAAAAAGAACAAAAGCAACCTGATATTTCTGGCTGGGAATCGGGTACTGAAGTGGATGGAGCGAAGTCATGGAAGTGAAAAGGCCTTGACCTCACTACTTAAGT 

a score=3199
s danRer3.chr12  3185146 267 +  37038836 ttTTTTAGGACCGGAGCAGATGAGCACGTGGATGCGGTGGACAAGCTCCAGAAGACAGTCAAGCGTCTTCAAAAGGTAA-----------GCCACTGTATAACCTA----------------CTATCTGTAAACAGGGATTAATCTTTCACTTCAGT--------------AATTATTAACCATTACCTTTTCC-------------------CCTGTAACAGAGTAATCTAACTATCCTGAGGGAAATGGCAGTTTTGATCGCACAGAACTTCAAAAGCAAACCAGACCGAGGACATTTCTTCAGCTTACACAAGTGCGTGCTGAG 
s mm7.chr11     20572120 327 - 122091587 TCTTATAGGTGTGGCGTTGAGGATCATGTGGAAGCAGTAAAAAAGCTCCAGAATGCCACCAAGCTCCTGCAGAAGGTAATGGATCCTGTGGGTACTGGAGGGGCTGGGCCCCTCGCCTCAGCCCATGTGTGGATTCTCAAGAGGGTTTGAGGGCAGTGCAGGAGGAGAGGCAATGGTGCCCTGTTATCTTTTGCACATGTCTGAGTTCTCATATCCATTTCAGAACAACCTGAACCTCCTTAGAGACCTGGCTGTGCACACTGCCCACAGCCTCAGGAGCAGCCCAGCCTGGGGTGGTGTGGTCACACTACACAGGTGAGAATTGAG 

a score=3456
s danRer3.chr12  3187355 108 +  37038836 AGCAGCTCTACAAAAGAGTAACTTTCCTTTCTGGTGATGTTTTCACAGCAAAGATGGTGATAATGAATTCATGAACATCGTTGCAAATGAAATTGGATTTCAGGTGGG 
s mm7.chr11     20572793 108 - 122091587 AGCACCACCACTTCATCCTGGGTCTCATGTCTGTGTCCTTTGTCGTAGGAAAGAGGGTGATTCTGAATTCATGAATATCATTGCTAATGAGATTGGATCGGAGGTAAG 

a score=2561
s danRer3.chr12  3187528 136 +  37038836 TATTTATGCTTTTGTATTAATTACTGTGTTTGGGCAGGACACGTTGATCTTCATGACTGTAGGTGATGAGAAGGGTGCAGGGCTGTTTCTCATCGCTGGACCTGAGAATATTGTCACTGAAGTTGGACCTCGGTAA 
s mm7.chr11     20574296 126 - 122091587 TGCTCATCTCCTTGTCTTACCTTCT----------AGGAGACCCTCCTGTTCTTAACTGTGGGGGATGAGAAGGGTGCTGGGCTCTTCTTACTGGCAGGCCCGGCAGAGGCTGTGGAAACCCTGGGGCCCAGGTAA 

a score=2823
s danRer3.chr12  3188606 209 +  37038836 AGGGTTTCAGAGCTGCTGCAGGGCAAAGGAGCTGGAAAAGCTGGACGATACCAGGGTAAAGCCAACAGTCTGGTGAAGAGAGCAGAGGTTGAGGCTTTACTGAAGGAGCGGAGCTATAAATGCACTGCAGGAGAAGAATAAAACAGACAGGTGTGCAGTCATGATGATCCAGACTCTGTCTACAACAAAGATGATTGTTTTGACTCAGA 
s mm7.chr11     20575522 188 - 122091587 AGGGTGGCTGAAGTCTTGGAAGGCAAAGGAGCAGGGAAGAAGGGCCGCTTCCAGGGCAAAGCCACCAAGATGAGCCGCCGGGCAGAGGCGCAGGCGCTTCTGCAGGACTATGTCAGCACACAGAGTGCTGAGGA----------------GTGAGGGGCCAGGACG---TCGTCCCTGTGACCAACAGTAA--AATATTGTGACTCAAA 

a score=14958
s danRer3.chr12  3191304 505 +  37038836 AAAGCTGTTTTTTGCTCTGTAACCCGAGGGCTCCGGATAAGCAGTACGGGATGATGCTGACCGTGACGAGGGGAACGGTGGCACTTTTGCAGAAGGACAGGAGGTAGAAGAGAGCAGCCGTGTGCGTTGGTGGTTTGATGGAGTCAAAGAGATGCAGCAGGAGCAGAGATGCGATAATACAGGTGATCCTGA-CAAAAGCG--TTGCTG------CTTTTCTTGCTCTCTGTGTACAGCGGTGAATGAAGACCGAGCCCCAGACCGAACAGGGTGCCCATGTTCCTCAGCAGACTTGCGAACGGTGTGGTGTCCAAATGAACCCAGGCTGGGTTGGCGCACCATTTCTGGGCTTTCTCAAGAGTCCAGAGCAGATCCACACCGAGAGCCTTCAGGAGGACGTACAAACCCACAGCGAACGAGAGCAGGAAGAGCGTGACGTTGAAGTAATTCTTTAGACTCGCACTGTAGATCCATTTCTGCCTGTTGAAAGCCTCGGCAACAATCATGCCTGT 
s mm7.chr11     20605754 511 - 122091587 AAGACTTCTTGTGTGTCTGT---CCCAGGATCCGGGCTAGGCAGTATGGGATAAGACTGACAGATGCAAAGGGAACTGTTGCGCTCTTGCAGAAAGACAAGATGTAGAAGATCAACTCAACCTGGGATGGGGGCTTCAGAGAGTCAAAGAGATGCAGGAGGACCAAGGAAGCCACAATGCAGGCGAAGCGGAATGGGAGCAACTTGCTGAGTTCTCCCTTGCAGCTCTTCCGGTACATGCTGGAGTTGAGGGCCAGCCCCAACCCCAAGAGGGTTCCCAGGTTTTTGAAGAGGCTGGCAAAGGGTGTAGTGTCAAGGTGGACCCATTCTGGCCGCTCACACCATCTCTTAGCTTTCTCCAAAGTCCACAGGAGGTCCACCCCTAGCCCTTTTAGTAGCAGGTAGAATCCAAGCGCGAAACCAAACAAGAAGATGGTGATGAGACAATACTTCCGGAGGCTGGCATTGTAGATGCCCCGGATGTGGCTGAAAGTTTCAGCCACAGCAATGCCTGT 

a score=4058
s danRer3.chr12  3193665 137 +  37038836 TACCTGAAATGACACCAGCGAAAACTTGATGTGGGAAATGAGCGGCGATGAAGACCCGAGAGAGACAAACACAGATCTGGACCGTCCAGAAGAGTGTCCAAAGTGAGCCACGCAAGTATCTGAGAAGAAAACAAACA 
s mm7.chr11     20607840 136 - 122091587 TACCTGACAAGACTCCAGCCACGACCTGGTGGGGAAAGTGAGCAGCAAGGTAGATCCGGGACAGACAGACGTTCAGCTGCACAGCCCAGAATCCCAACCACAAGATGACGTTCAAACACCTGC-AAGACAATAGGCA 

a score=4159
s danRer3.chr12  3193886 131 +  37038836 CTTACAGGCTATTGGATGTTGATTTCTTCCCTTTGCTAAGCATTATGGCGAGGATGGAGGTGACCAGTGTGTAGTAAACACCAGCAGCACCCATAGCATGACCTGATGGGCTACCTGTATCAAGAAGAAGA 
s mm7.chr11     20609736 128 - 122091587 CTTACCGGAATCCATACGTTGGCTTTTTCTTTCCTCGAAA---GATAGCAAGAGTAGAAGTGACCATAACATAGTATACACCTGCTGCGCCCATGGCATGGCCAGAGGGACTTCCTACATGGAAGAAAAGA 

a score=373
s danRer3.chr12   3196184 151 +  37038836 AGACAGTTGTCTACCATATATAATAAAGGAACCTTCCATTAACCAACTATGtattattattactattattattactaatattagtaatagtattactagtattattattactattattattatta-tcattTTATACAGGTTAAGAAAAAGA 
s mm7.chr2      113397136 146 - 182548267 AAATACTTGTCTCCCATAACCAGGGAAG-----TCCTGTGGATGCTTTGGGTACTTCGTTTGGAATTATCAAAATGGAACTTAGAAACATCAATCTCATTATTGT-ACTGCTAACTTCTTGGTTAATGATAGCATATGTGTTAAGTGTGAAA 

a score=5480
s danRer3.chr12  3196335 178 +  37038836 CGCACCTGGGCCAGTCTCACAGGTCATGGGATACTGTTCAATATGAGGCGCTGAGCTGTTCATGTAGTAGGACGTCTCATGGACCCACCAGTATGGACGTTCTCCAAAAAGGATCCTTAAATAGACGAGTGAGCAGTCATCAAAAATACAATCAACAATTGAATTTGACAGTAAACCA 
s mm7.chr11     20611728 174 - 122091587 CTCACCTGGTCCGGTCTCACAGGTGACAGGGAACTGCTTTATTATAGGCACGGAGCTGTTGCTGTAGTAGTCGGTGTCCAGGACCCACCAATACGGGCGTTGTCCAAACAGAATCCT---GTGGAGAGCAGAGCCAATGTCTGGAGTG-AGTCAGTACATGATTTTATCGGAAGCCCA 

a score=10078
s danRer3.chr12  3196529 308 +  37038836 CTCACCATTTGAAGACTAAATTAAGCCAATCTCCTATCACTGCCACCCAGATAAGCTTGATGCCCACTGACTCTTTCAGATGGAACCAAATGGGAAAGAAGATGAAGAAGGTGTTCCTCAGATCTGCGGCGAAGGAGACGAAAAGAAACCATCCTTGGGCATCTTTGTAATGAGTCTGAAGGTACTGTGTGCTGCTCACACCAAACCCGTGCATTGTATCCATCACTGCATCCATGTTT--------------------AGATTCTCTCAGAGCTCGTCTAGTGTGACAGTCATCCACCGCCTGCCTGTGGTTTTTATACTAGCAGGC 
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a score=1793
s danRer3.chr12  3197166 90 +  37038836 TTGCAGAATAGTATAAGGACAAAACAAACAAAAAAAGGATGTAATGTTACAAATATACACTCATATATACATATATACACAATATAACAA 
s mm7.chr11     20616968 90 - 122091587 TGGAAGGAAGGAAGGAAAAAAGAACAAAAGAAAAAAATCTTTATTATCTTGATTATTCTTTCATATATGTTTATACAATCACTCAAGCAA 

a score=7130
s danRer3.chr12   3206483 255 +  37038836 AGAGATGGATCTTCTTCACAGCTGGGGTGTGGAGCTGGCCGTCCACTTACAGATCAAATACCAGGATTATGAGAGCGTGTTTCACTGGGTCTCCTCTCTGGCTGATCTACACACCACCTTCTTTGTGTTTTTCCCCGTCTGGTTTCATCTGCGCAGAGATGTGGCTGTTAAACTCATCTGGGTGGCCGTGGTTGGAGACTGGCTGAACCTCGTCCTAAAGTGGTGAGATCTTCTTCATATTTTTATGGATTTAGA 
s mm7.chr11     101476843 255 + 122091587 AGGAATGAACATTCTCCATGACTTTGGGATCCAGTCGACTCGCTATCTCCAAGTGAATTACCAAGACTCCCAGGACTGGTTCATCCTTGTGTCTGTGATTGCTGACCTGAGGAACGCCTTCTATGTCCTCTTTCCCATCTGGTTCCATCTTAAAGAGACTGTGGGCATCAATCTCCTCTGGGTGGCAGTGGTCGGAGACTGGTTCAACCTCGTCTTCAAGTGGTAAGAACCATCCCGAGGGGTGATGGGTAGAGA 

a score=3217
s danRer3.chr12   3208666 154 +  37038836 TTTGCTGATGCATTTCCACACTATTTTCTGATATTTCCATAGGGTGCTGTTTGGTGAGAGGCCTTACTGGTGGGTGCATGAAACTAAGTTTTATGGC------TCAATGAAACATCCCGAACTGCAACAGTTCTCCATGACATGTGAAACTGGACCAGGT 
s mm7.chr11     101479704 152 + 122091587 TGTACTGACTCACT-CCAGAC-ATTGGCTCTGCTCTCCACAGGATTCTGTTTGGACAACGCCCGTATTGGTGGGTCCTGGACACCGACTACTACAGCAACAGCTCCGTG------CCTATAATAAAGCAGTTCCCTGTCACCTGTGAGACCGGACCAGGT 

a score=91
s danRer3.chr12  3208820 1 +  37038836 A 
s mm7.chr2      69151443 1 + 182548267 A 

a score=-1812
s danRer3.chr12  3209873 478 +  37038836 aattgggtaggct--aaattgtccgt----agtgtgtgtgtggatgtttcccagagatgggttgcagctggaagggcatccgctgcgttaaaaacttgctgg------ataagttgacggttcattccgc-tgtggtaatcccggattaataacgggactaagc-tggcaagaaaatgaaagaatgaa------tgaataaatga-atattaaaaatgaagcatatactttataatataatgtataaagtat---atactttataaattaGTGCCTTATTGTCATTCTTTCTGGTCATATTAAGTTGATTG-----TTTTGTATTTCattaaatattattttaattttata---aattattaaataaGGATATTTTGATGTACTTTAGTTGatatatatatatatatatatataatttatttttatatatttaaatatttatttatttattatttttttatttgt---------atttatttatttttttgttAAAGGAAAATTTGACATTAACCATTG 
s mm7.chr2      69152987 490 + 182548267 AATTCAGTCAGCTTGAAACTCTCTGGGAGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGAGAGAGAGAGAG------AGAGAGCATTCTCATTAAAGAAAGTTAGGTAGCATTACATAGAGTTATGGCTGATTATGTACATTGTAAGTTCATGGTAAT--CAGAATTTTGCATGGCCCCATTATATCACGATGGAATCGTCTGAGGAAATCACACTTTAACTCTTACCATTATTATCCATGTTATAAATGATCAAGAGTGGGACACTCTGGGGACCAA-GAGGAAAAATAGATATTTCTAGCAATTTTCACTCTGTTTCTTCCTTTTTTTTTTTTTTAAGTGTTTTTGAAATAGTGAACTTGAGTCTCAAACGGACTCAGTTTGTCTTATTTTTATCTACTTCTATGCA---GTACGTATAACCTATGGGTTTGTGAC-AAATACGCAATC-----CTAGTGTCTCATATGTGATCCTGATAATTAATCACCTTTTGAACAAATGA-----------TGCTCATTG 

a score=2947
s danRer3.chr12   3210356 97 +  37038836 TTCTCTGTCAGGCAGCCCGTCGGGTCATGCCATGGGCTCTGCTGCTGTTGGATATGTGATGATCACAGCGTTGCTTTCAATCCTT-GCTGAAAGAAAA 
s mm7.chr11     101481730 97 + 122091587 TTCCATGT-AGGAAGTCCCTCTGGCCATGCCATGGGCGCAGCAGGTGTATACTATGTTATGGTCACTTCTACTCTTGCTATCTTTCGAGGAAAGAAAA 

a score=3139
s danRer3.chr12   3211220 126 +  37038836 CTTTCAGACTTGTACAGTTGATGCTGTGGATGT--TTCTGGGTTTGGTAGAGTTGCTGGTTTGCATGTCTAGAGTGTATCTGGCCGCTCATTTCCCACACCAAGTAATCTGTGGAGTTATTTCAGGTA 
s mm7.chr11     101483621 126 + 122091587 CTTGCAGGTGTTTGAACGTCATCTTGTGGTTGGGATTCTGGGCT--GTGCAGCTGAACGTCTGTCTGTCCCGGATCTACCTTGCTGCTCACTTTCCCCACCAGGTCGTGGCTGGAGTCTTGTCAGGTA 

a score=8286
s danRer3.chr12   3214186 742 +  37038836 ATGTCTACTCCAGATGCTCTTACAGTTTCTGGTCTTGTATTTC---CAGGTATAATTGTAGCAGAAACCTTCTCCAGAGTGCAGTGGATCTATAGTGCGAGTCTGAAGAAGTACTTCAGCATCACGCTGTTCCTGCTGTCATTCGCTGTGGGCTTTTATGTGCTCCTGAAGGCTCTTGGTGTGGATCTGCTCTGGACTCTTGAGAAAGCCCAGAAATGGTGCATAAATCCAGCCTGGGTTTTAATGGACGCCACACCGTTCGCCAGCCTGCTGAGGAACATGGGCACCCTTTTCGGCCTGGGTCTCGGCCTT--------CATTTGTCTCACTACGATCCAGGAAGTAGTAAGAAACACACTTGCATTTGTTTCAGGATTGGATGTATTGGTGTATCACTGGTTTTGCTGCAGCTTCTGGATAAGATGACATTTTCCTCCAGCAGCCAGTTA---TTTTATCTTCTGTCGTTCTGTAAAAGCGCTGTGGCTTTGCTGCTTCCCACTGCACTTGTTCCTGGAATCATGTACTGGATTACACAAAAAAGCAAGCATGAGAAGGACATGTAGTGGATATATTTG-------TGCAAAA--CTTGCCATTCAAAACTAATTTCAGGTCAAATTCAATGGTTGAAGCTAACTAAAATACCTCAGGTACACAACGGGTGGCTACAAAATGTCATAAAAACTCTAATTAAAGCTCATCAAATAGTCTCATTTTTATTTAAAAACAAATCTTTCAGAAACTTTTAGAAATTTT 
s mm7.chr11     101485277 733 + 122091587 ATGTCACCCATAGCCGACCCTACTCCTCGTGCCTCTTTCTCCCACACAGGCATTGCTGTGGCTGAAACTTTCAGCCACATCCGGGGCATCTACAATGCCAGCCTCCGGAAGTATTGTCTCATCACCATCTTCTTGTTTGGTTTCGCGCTTGGATTCTACCTGCTACTAAAAGGGCTAGGGGTGGACCTCCTGTGGACTTTGGAGAAAGCTAAGAGATGGTGTGAGCGGCCAGAATGGGTCCACCTTGACACTACACCCTTTGCCAGCCTCTTCAAAAACCTGGGAACCCTCTTGGGGTTGGGGCTGGCCCTCAACTCCAGCATGTACCGGAAGAGCTGCAAGGGAGAACTCAGCAAGTTGCTCCCA-----TTCCGCTTCGCCTGCATTGTGGCTTCCTTGGTCCTCCTGCATCTCTTTGACTCTCTGAAGCCCCCATCCCAGGTTGAGTTGATCTTCTACATCTTGTCTTTCTGCAAGAGCGCAACAG---------TTCCCTTTGCATCTGTCAGTCTTATCCCATACTGCCTAGCCCG-------GATCCTGGGACAGACACACA--AGAAGTCTTTGTAAGGCATGCAGAGTCTTTGGTATTTAAAGTCAACCGCCATGCA-----AAGGACTAGGAACAACTAAA--GCCTCTGAAACCCATTGTGAGGCCAGAGGTGTTGACATCGGCCCTGGT--AGCCCTGTCTTTCTTTGCTATCTTAACCAAAAGGTGAATTTTTACAAAGCTTACAGGGCTGTT 

a score=6256
s danRer3.chr12  3242185 223 +  37038836 TGCTAATGTCCA-CTCTGTGTT----TAGAGAACTGCGGGCAGTAGTTCAGACGGGACTGCAGATTCGGATGACTCTGGAGATCATGAGAAGACCGACAGCTCTCACGGTGAAGCCAACCAGCGCAATAACACCCGCATGACCCGAGCATCACTGCGCCTTAGCCAGAGCTCTCAAGGTAAAAACACACAGCTCATTATTGGCTTCCT-ACAATCGTCATTGTTACTAT 
s mm7.chr11     26676323 229 - 122091587 TGCTAATGTCTGGATCTATGGTATTGCAGAGAAATGCAGGCAGTAGTTCAGATGGAACCGAAGATTCCGATTTTTCTACAGATCTCGAGCATACAGACAGTTCAGAGAGTGATGGCACCTCGCGCCGATCTGCCCGAGTCACCCGCTCCTCAGCCAGGCTAAGCCAGAGTTCCCAAGGTAAACATGTTTTCCTTTCCCCTGACTTCTTCACAGTGGACAGTGGTGTCAT 

a score=12172
s danRer3.chr12  3244083 363 +  37038836 GATATAAAGCAAGCAGTGGAGCGAGATGAGTCTCCTCCCAGGACGCCAACAGGAAACGCCCCGTCGTCTGAATCAGACATCGACATATCCAGCCCCAACGCATCCCACGATGAGAGCGTGACTAAAGAC------CAGAAAGACTCTGGCAGCGATCCCTCTCATCGGCCAAAACGCCGCCGCTTTCATGAGAGCTACAACTTCAATATGAAGTGCCCCACACCTGGGTGCAATTCTCTGGGTAATTGCTCTTCAGATTAATTTCCTGTTGCATCTGCTTAATAATCATTT---------------TCAGTGCTAATTGTTTACAAGGGCTTAATTGGGAAAAATAAACATTTAAATGTTACTGGATCGTTTATGATGAAATAT 
s mm7.chr11     26682329 377 - 122091587 GAAACTAAAAATACAGCTGATCATGATGAGTCACCACCTCGAACTCCAACCGGAAATGCACCTTCTTCTGAGTCTGACATAGACATCTCCAGCCCCAACGTGTCTCATGATGAGAGCATTGCCAAGGACATGTCCCTGAAGGACTCAGGCAGTGATCTCTCTCACCGTCCCAAGCGACGTCGATTTCACGAAAGCTACAATTTCAACATGAAGTGTCCTACGCCGGGCTGCAACTCTCTAGGTGAGTGTGCCCCAGCTTCATGACC-GTTGTG---GCCTGGGGATCCTGTTGTGGGGTTGTGAACTCAGAGC-AATCGTGAACAAGAGCTGTTCTTGGCCTATT--GTCTGTAAATATTAACAGATCTGGTTGCAGGAAATGT 

a score=5717
s danRer3.chr12  3244446 128 +  37038836 GAATATTGTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTGTTCTTTTGCACAGGACATTTAACAGGTAAACATGAGCGCCATTTCGCCATTTCAGGATGCCCTCTCTATCATAACCTCTCTGCAGATGAATGCAAGGTA 
s mm7.chr11     26687862 127 - 122091587 GCATGTTCTTCCTGGAAATTAAGTTTTCCCTCCTTTA-ACAGGACATCTTACAGGAAAGCACGAGAGACATTTCTCCATCTCAGGATGCCCGCTGTATCATAACCTCTCAGCTGACGAATGCAAGGTA 

a score=2239
s danRer3.chr12  3246732  96 +  37038836 CAGGTGAAGGCTATCGAGCGTGAGAAACAAGATG-----AAGAGCGCAGTC--AGGGGCAGAACGAGGAGAACAGGCACGCTACTCGACATCAGGTACTCGCC 
s mm7.chr11     26690936 102 - 122091587 CAGGTGAGAGC-ACAGAGCCGGGATAAGCAGATAGAAGAAAGGATGCTGTCCCACAGGCAAGATGACAACAACAGGCATGCAACCAGGCACCAGGTATGGGCC 

a score=6119
s danRer3.chr12  3247098 113 +  37038836 TTTTCCACAGGCACCAACTCCAAGACAGGTCCGATATAAAGAGAAAGTCATTGAGATGAGGAAGAGGAGAGATTCTGGGCTGAGTAAAGACCAAAAGGAAAAGTACATGGTAA 
s mm7.chr11     26692668 113 - 122091587 TTTCTTTCAGGCACCAACAGAGAGACAGCTGCGGTATAAGGAAAAGGTGGCTGAACTCAGGAAGAAAAGAAATTCTGGACTGAGCAAAGAGCAGAAGGAGAAATACATGGTAA 

a score=6314
s danRer3.chr12  3249301 142 +  37038836 TTAATTTGTATCAGGAGCACAGACAAACGCATGGAACCACTCGCGAACCATTGCTGGAGAACATCACCAGTGATTATGATCTGGAGCTCTTCAGAAAAGCTCAGGCTCGTGCATCAGAGGATCTGGTAAGAACCGAAATACC 
s mm7.chr11     26696094 142 - 122091587 TTGTTTTTTTCTAGGAACACAGACAGACCTATGGGAACACTCGGGAGCCTCTCTTGGAAAACCTGACAAGTGAATATGACTTAGATCTTTTCCGAAGAGCACAAGCCCGGGCTTCTGAGGATTTGGTGAGTATCAAAACCCC 

a score=13156
s danRer3.chr12  3250402 290 +  37038836 TTCTTTTTGTTCGCAGGAGAAACTGCGTCTTCAAGGTCAGATCACAGAGGGCAGTAACATGATCAAAACCATTTTTTTTGGCCGCTATGAGCTGGAGACGTGGTACCACTCTCCATACCCAGAGGAATATGCCCGTCTGGGGCGACTGTATGTCTGTGAGTTCTGCCTCAAGTACATGAAGAGCCAGACCATCCTGCGCAGACATATGGTATGAAGTAATAGTAACCTCTGCTATGGCTTGAGTTTAGTCAGATGTTTGTATTGGAGGCATGTTTATAAAGGTGAAGTTA 
s mm7.chr11     26698312 246 - 122091587 TTCTTTTTGCCAACAGGAGAAGTTAAGGCTTCAAGGCCAAATCACAGAGGGAAGCAACATGATTAAAACAATTGCTTTTGGCCGCTATGAACTGGACACTTGGTACCACTCTCCCTATCCTGAGGAATATGCGAGGCTGGGACGTCTCTACATGTGTGAATTCTGCTTAAAGTACATGAAGAGCCAGACAATCCTCCGCCGACACATGGTATG--------------TCT------GCTTGAGTTCA------------------------GCTCACCAGGGTGATGTTA 

a score=13464
s danRer3.chr12  3250692 411 +  37038836 AGTTTGACATTTTCATTTGTATGTCATCTC--TACAGGCCAAATGTGTGTGGAAACATCCTCCAGGGGATGAAGTCTATAGAAAAGGTGCCACCTCTGTGTTTGAGGTTGATGGAAAAAAGAACAAGGT---GGGCAATGAATTCAAA----------------------------------ATGACTCTTAC--------GTTTGGGATATA----TCCGTTTTTTTTTGTGTGTGGCA--------GTTTTCACTTCTAAATTAAATTCTATGTTAACTCGCTACATATGAAGCTGATTTCTTTCATCCA---------TGTGTCTCAACAGATCTACTGCCAGAACCTCTGCTTGCTGGCCAAGCTGTTTTTGGACCATAAAACACTGTATTATGATGTGGAGCCTTTCCTGTTTTATGTCATGACTGAAGCTGATAACACAGGCTGTCACCTTGTGGGATATTTCTCAAAGGTAA 
s mm7.chr11     26700583 469 - 122091587 AATCTTACTGCTTCATGTGAACTCCATTCTCTTGTAGGCCAAGTGTGTGTGGAAACACCCCCCTGGTGATGAGATTTATCGCAAAGGCTCCATCTCTGTGTTTGAAGTAGACGGCAAGAAGAACAAGGTAAAGAGTGGTGACTCCAGAGAAAGAGATGCATCGATGGGGTCCTAAAGGAATGATTATCTTCACAAACAGTTGTGAGGGAGATAGGAATTAGTTCTATTTCCTGGATAGTATTGGTGTGATCATTCTTTCTAGACTTTGGTTTGGGTGAGTTTG--------GAAGTCACTGGCCTCCATACAAACTCTCTTTCTGCTTC--CAGATCTACTGCCAAAACCTCTGCCTTTTGGCAAAGCTTTTTCTGGACCATAAGACGCTATACTATGATGTAGAACCTTTCCTGTTCTACGTTATGACAGAAGCGGACAATACTGGCTGTCATCTGATTGGATATTTTTCTAAGGTGA 

a score=6791
s danRer3.chr12  3252856 119 +  37038836 TCTGTTTTCATGTGTGCAGGAGAAGAACTCGTTCCTGAATTACAATGTGTCTTGTATCCTGACCATGCCACAGTACATGAGACAGGGCTATGGCAAGATGCTGATTGACTTTAGTGAGT 
s mm7.chr11     26702046 118 - 122091587 TCTGTTCTTG-ATTTTTAGGAGAAGAATTCATTTCTCAACTATAATGTCTCGTGCATCCTCACCATGCCTCAGTACATGCGACAGGGCTACGGGAAGATGCTGATCGATTTCAGTAAGT 

a score=9592
s danRer3.chr12  3253608 187 +  37038836 TGCTATTGCGTTCCAGGTTACCTGCTGTCGAAGGTTGAAGAGAAGGTGGGCTCTCCTGAACGCCCGCTCTCTGATCTGGGCCTCATCAGTTATCGCAGCTATTGGAAGGAAGTCCTGCTACGCTACATGTACAATTTTAAGGGCAAAGAGATCTCCATTAAAGGTAAGAGGAGTTTATTGTGCCCCA 
s mm7.chr11     26704917 178 - 122091587 TGTTTTTTCTTGGTAGGTTATTTACTTTCCAAAGTAGAAGAGAAAGTCGGCTCTCCAGAGCGCCCACTGTCAGACCTGGGGCTCATAAGCTACCGCAGCTACTGGAAGGAGGTACTGCTCCGATACCTGCACAACTTCCAGGGCAAGGAGATCTCCATCAAAGGTAGG---------TTGTGCTCCA 

a score=7582
s danRer3.chr12  3253866 143 +  37038836 TCCTCTCTT-CAGAGATCAGTCAAGAGACTGCAGTGAACCCAGTGGATATCGTCAGTACACTGCAGTCCCTTCAGATGCTTAAGTACTGGAAAGGAAAACATCTAGTTTTGAAAAGACAGGTA---------TCATCTGTTTGTTATTTCTCT 
s mm7.chr11     26705986 153 - 122091587 TCCTCTGTTACAGAAATTAGCCAGGAAACAGCTGTGAATCCCGTGGACATTGTCAGCACTCTGCAAGCCCTTCAGATGCTCAAGTATTGGAAAGGCAAGCACCTAGTTTTAAAGAGACAGGTGAGATTTTCCTCAGCTGCCTGTGGTGTCCTT 

a score=5234
s danRer3.chr12  3256104 343 +  37038836 gtttcagctcattttgaatatgtcgtttaa------acaaacagcaaacataa----------------ttttCCAGTGGACCAAATGTAGTAACTTGTAAATAAATATACAATTGTAAGACCTAAAATGTTCAAGTTTGGT--TTTATTTTGGTTTTTACTGCAGATGTAGCTGAATATATTTGT-TTTACTCTGCAGGTTTTCTTCATTTAGATGTTTTGCCT-----CAATAACTGTTTTGTTAATTAATGCCACAGGACCTGATTGACGATTGGAAGGCCAAAGAGACTAAAAGGGGAAAC---AGCAAGACCATCGACCCCGGCTCTCTCAAATGGACCCCTCCTAAAGGAACCTAATTGACTTTATTATT 
s mm7.chr11     26706412 365 - 122091587 GCTTAGGTCCATTTTGAATTTTTTTTTTAGTTACCTACACATCATAAGCATAAATGAATAATGATTTCAGTTCTCATTGAAGACAGAATAGGAATATAAAGAGGAAACT----TTGCAAATCTAAAAATAATAACATCTTGTACTTTAAGTATGTTATTA----GGACTTAGGTGAATCTGTTGCTAGTCATTTTGGAATCTTTTTTAAAGCGTATTGGTTGCATGTGTATAATGGTTGCTTCCTTATTC---TTCACAGGACCTGATAGATGAGTGGATAGCCAAAGAGGCCAAAAGGTCCAACTCCAACAAAACCATGGATCCAAGCTGCTTAAAATGGACCCCTCCCAAGGGCACTTAAAGTGACCTATCATT 

a score=2216
s danRer3.chr12   3314723  97 +  37038836 CCAAAAAACTCCCCGCAGCATGTGAGAGCAGGCCAAAGAATGA----------GCCATG-------TGTGATTGtgtgtgtgtgtgcgcgagattgtgtatgtgcctttgtg-----ga 
s mm7.chr5      145043263 119 + 153054177 CCTGACAGTTGACCACAGCTGGTAAGAGGTGCTCGAGGAATGACTCAAAATTGGCCGTGATCTAGTtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtctgtgt 

a score=7212
s danRer3.chr12 3314820 844 +  37038836 atatcaggacacaaatttgtatgtgtgtgcatgtttgtcagtgtttgtttgagtgtgtgcgatagcatgtgtgtgtgagagattttgtgtgagtgtttgagtgcatgtatgCATTTTtgtgtgtgtgtttgagtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgtgtgtgtgtgtgagcgtgtgtgttagcgcgcatatcaggatacaaatttgtatacccaaaagtgtctgtgcttgtgtatatttgtgtgtgtgcataggtgtgtgtatacgtgtgtgaGTA-GCATGCGTATGCGTTTCTGTTCCTGTGTGTGGATTTTTGTGTGTGGATTTTtgtgtgtgtggctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtggcatttcaggacacaaatttCTCTGCGTTTGCATGTTTGTTTGTGTTTGTGCGCATATACATGAGAGTGTAAGAATGTGTACTCTtgtgtatgcgtttgagtgcatgtctgggtgtgggtgtgtgtgtgcgtgcgcgcaaaattgtgtgtgtttgagcgtgtgtatatgtatttgtgtgCATATtggacaaaaagttgtatgaatgtctgtgcatgtgtgag---gtttgtttgtttgtgtgtatgtgtgtatcgtatgtgcatttgtgacaatttttatgtgtgtgcatgtttgtgtgtgtgcgtcattgtgtgtgtgtgtgtgt-gtttgtgtgcacatgcagtgtGTGTG-CATGCATGAGTGTGTGATACATGTGTGAGTGTGTGCATGCATTCATGTTCTtgtgtgcgagtgttagtgtgtgtatttgtgtt----tgagtgtctgggtgtatgtt--tgtatctatgtgtgtg 
s mm7.chr7      5525322 733 - 141766352 ATGGTATGCTATGAATGTGCAAATGTGCATATGTGTGTTAGTATGTGAGAAAATGTGCAGGTCAACATGTATG---GACAGACAGTGTAAAAGTGTTGAAGAACATGTTTGC----------------------TCAAATGATTACGTGTGAAAGTGTGTACAAATGTGTCCCAGAGTTCAAGTGTATACAAGTACAGCTGAATATACGTGAGCTCCTGAGCACTAGAGCCATTATGTGGGTGTGCCACTATGCCAACATGAGCAAAAATATGAGTGTGTCAGTATGCAAACATGCAGGCTTAGGTGGATGTGTGTAG------GTGTGTGG-----TGCTTGTGAAGAGGTGAGTATATGTGAGGATGTGT-----------------GCAAAT------------------------GTGGATGCACGTGAATGCATGAG----TCAGAATGTGAA--------GGAGCAATCAAGTGCAAATGTGTGTAAAAATGCAAACGTGGGTTTG-GCAAA------CATGTTAGGGTGAGT---TGTGTAGTTGT--------------AAGAGT-------ATGATTATGCCtgtgtgagcctgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgt-gtACTTGAATGTGCAAGAGAGTGGA-GTGTGGATGTGGATATATGCGATCACCAATGTGAATATGTGTAAGTTAATTGTGTGAGTGTG-AATGTGCACGGCATGCATGAGTGTGTGACGTGTGAGTGAGAATGTACATGCACAAACGTGTAAACATGAATGTATGAGTATATGCGTACACGTTAGTATGAATGTTAAtgtctcagttagggtttctatggctgtg 

a score=4943
s danRer3.chr12  3372045 347 +  37038836 ctctttatttgtaatatttatttttttaactgtttatctatttatttttaaaaact-----------attttttcatctatatatttatttatgtatatatctatataactatttatttatttacttatttatttatttaaatattaatttaactatttattgaactatttatttatttaacc-atttatctatttatttttttgactatttatttgtttgtttgtttgtttgtttgttcgtttTTTTTGTCTGACTACTCGGACTTATATTCATGTTGTTCTCTAAATCGCATCATTT-CTTGTG-TACATTTAGAAAAAACTTCA--TTAGTAGTTTTACTCAAAAGACTTGACTAGAAAT 
s mm7.chr15     53787115 329 + 103647385 CTCTCCACTGGCTACAGTAATTTGTTCA----------TATTTCTTTTTATGAAATGGAGGATATTCAGTGTTTTTGctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcta-----tcatctatctatctatc--tctagctagctat--atctgtctgtatctctgtcctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc---------tatctGACAAGCCCAAATCTAGCTCATTAT------TGAGtcacaccattgacttatgctgaaattacagggaatttaaacttttgagtcttcttcaaatgaactgaattcaaac 

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s mm7.chr15     53787471 147 + 103647385 ttttctaa------------------------------------accccaattcaattttaAGGTCTC----AATCCATCATACCAAACATTCACT-AACTATTCCGTTGGCTGTCCTCCCACATTTGTAGCAACCATGAAAATAAAAGCTCTGTGAGGTTCACGATAACTTTGAAGAGAGAAAAAGA 

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s danRer3.chr12  3374122 454 +  37038836 ataattctgacttcaact----gtatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat-atatatacatTTTTGTTCTTTTTTCAGAACTGACACTGCAGTTGAAATAAAATCCACACCCAT-GTATTGTTGTGCACAGAAAAACAAAACAAACATAGTCACATCATGTCGGCCAAACAGGCTCAAGAGGGCGGCTTTTGACCACTCTGTACCTGCATCAGACTTTATACTACTATATGTACAGTTTAAGAGGTCAAATTCGCTCAGCGCACTG---------TGCTGGCAGACATGCTGAAGACATA----TGAAAATTAT---TAGAGGCCTAAATTAGATCAGGCACAATCTCAGAATTTGTTATGTAGT---TTACAGCCATAAAATTTGCCATAATTCATACCAAAGCTGAGCACATAAAATGCACTCTAGTAAAAAATGCTGCTGCA 
s mm7.chr9      30633247 429 - 123828236 ATAATATTGAATACATTTCAAAGTGtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacatatatatatatatatatcatatataAATTTT------------AGAAAGCACG-------------AATTTCCACATAGATCAGATTGATGTA-----AAAGATGATACAAGTCTATATATGT------GTTCAAAGAAGC-----AGGAAAGCTTTCTGAACCTTTTTCACAGAAAGTGACTTT-TGGTGAAGTATGTCAGCCTTGAGAG----AGTGCCCATGATACACTGAATCTTGAACTTTGGTATAGACTTTGAACTCCtaactgctaacatcatattcctatgccta---ttgatcagtgcgtaactcagccttcattctagagtcattttctttcagtagatg-gtaatgaatggctgcagagCTGAGCACACATGGTGCCCTCTAGTATAAAATGCAGCCACA 

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s mm7.chr1      150413830 586 + 194923535 CTTTGTAGCTGTTCCCATCTC-ACAGCTGGATTTCTT--TCCTGTTTGCTCATGACTTGTTAGTTGAGCAAAGGTTCCATGAGGCAGCTGATTGATGAAGGAAATGGTGCTTTGAAAGGATTCAAGTAATATGACCTTTGCAGCCGCCACTTAGATGTCCAGTCCACCTGGAAGCCATCTGCTGAGTGGATTCATCCACGCACTGCCAGAGACCTATGCCAACACCTTCCAGAGACTACACTTTATTCCTCAAGTTCAGCTCCAGCTCTGG-----TCACACCACACCTCACACTAacacacatacactaaaacacacacacactcgcacacacataca--------------------------ctctc----------------------acacacctacactca--------tatatacacactcacacacacatacactaaaacacacactaatatccaca-----ctaaaaacacactcacatacacacacatacatacactcacacacactaatacccacacaaaaaacaagaatactaacgcacacactaacattc------acactaatatacacactaaaaaacacacactaacatacacactaaaacacacacactaacacacacatatactcacacacatgcacacacac 

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s mm7.chr10     74121929 142 + 130066766 CAGGACATGAATGACTACCCTCCAGTGTTTAG-CAAACGCATCTACAAGGGGATGGTGGCTCCAGATGCAGTCAAGGGGACACCAATCACCACCGTTTATGCTGAAGATGCGGACCCACCTGTAAGTAGAGATGCTGGCCAAT 

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s mm7.chr2      115968504 417 - 182548267 TTAATTTTTAAAATCACAGGGAATGCCAGAAAGAAATTTTTTTTCTGTTAAAAGTGCAGTTTT---------TATAACAACACTGT----------------------------GTTTTATGTATTTGTGTTAAAACTTTATGTTTTATAATATATAATGGAACTTTAAACCATAAAGCACGTTAATTTTACTGACACTGTATTATACATATTTGATTATCCCCCAAATATTTGAACTTGTCTGTCAAATAACAACTCAAACAGTACGTATAAAACTTTACACATCATT--TTCCTTTATTAA---ATCTACTTCCTTGTCAATCT-----TCTCTTGTTCTGAATAAGGAAAGGTTTGTTAGGGAAACTGTTTttttgttgttgttgtttttttgttttgttttg--------------ttttgtttt--gttttTTACAAtttttttattacatattttcctcagttacatttccaat 

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s mm7.chr10     74105792 326 + 130066766 TTTCTTCCATTTAGGCAACAGACCCAGATGCTGGGATAAACGGCCAAGTTCACTACAGCCTGGGGAACTTCAACAACCTCTTCCGCATCACATCCAACGGGAGCATTTACACAGCCGTGAAGCTGAACAGGGAAGCCAGGGACCACTATGAACTGGTTGTCGTGGCAACAGATGGAGCAGTCCACCCTCGACATTCAACTCTGACACTGTACATCAAGGTGTTGGACATTGATGATAACAGTCCTGTTTTTACCAATTCAACGTACACAGTTGTCGTTGAAGAGAATCTGCCAGCCGGGACCTCCTTTCTTCAAATAGAGGTGTGT 

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s mm7.chr10     74109522 558 + 130066766 CATAGGCCAAGGATGTTGACCTTGGAGCCAATGTGTCATATCGGATCAGAAGCCCAGAAGTGAAACACCTTTTTGCACTGCATCCATTCACTGGAGAATTGTCTCTTCTGAGGAGTTTGGATTATGAGG---CCTTTCCGGACCAGGAGGCAAGCATCACATTCTTGGTGGAGGCCTTTGACATTT---ATGGGACTATGCCACCTGGTATAGCAACAGTCACGGTAATTGTGAAGGTAAGGAACCTTTTCTCTCTATATGCCACATCTGGACTTTTAAACTCATGGTGTATTTTTGGAACAAGCCATAGGGACTGTGAGGGATAATGATTTATTGCTGTGAAGTACTTA-TGGAGACTTGCAAAATAACCCTACAAGATGGAttttttttaaagattcatttatttattttatgtatgagtgctctctctctctctctctctctctctctc---tctctctctctctctctctctctctgcatgtacacctgcatgtcaaaagagagtatcaaattccactataaatgattgtgagccaccatgtgggtactggaaattgaagtcag 

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s mm7.chr10     74286112 1548 + 130066766 CCTTTCTTATGAATCTGTATCACAACTTGTCTCCTTCTTCTCTTTCAAGTCT---TTTCCTTCTCTACCATTTTGAACAAAGCAGGGGAAATAACTCAGTCCCAGAAGACAGGAGCAGTCATCGCGATGGGATGGCCTTTTCCTCCAGTACCACTGAGTCTCATGAGCCAGCTCATGTAGAGGGACCACTTAAGGAGAGCCAGCCTAACCCAGCAAGGACGTTCTCATTTGTTCCTGATGAGGATAACTTAAGTACCCATAATCCCCTTTACATGGAAAGTATAGGTCAAAGGTCAACAAACTCAGACCTTCAGCCACGAACAGATTTTGAAGAGCTGTTGGCACCCAGAACACAAGTTAAGAGTCAGTCTCTGA-GGGGCCCAAGAGAAAAGATCCAGAGGGTGTGGAATCAGTCTGTGAGCTT---TCCTAGGCGGCTCATGTGGAA--AGCCCCA----AACAGGCCAGAGACCATAGACCTGGTGGAGTGGCAGATCACCAATCAGAGAGCTGAA--TGCGAAAGCGCCAG-----ATGCCACCCAAGCCAGAGAGGTAGCAGCAACGTTCTGCTGGCAACTGAAGAT-----GCCCACGAGTCAGAGAAAGAAGGGGGACACAGAGACACCCTAATCGTC--------CAGCAAACAGAGCAGCTGAAATCTCTGTCTTCTGGCTCTTCTTTTTCCTCCTCTTGGTCTCACTTTTCTTTCTCAACTCTGCCAACGATTTCCAGAGCGGTGGAACTCGGGTCGGAACCTAATGTGGTCACTTCTCCCGCTGACTGCACCTTGGAACTTTCTCCTCCTCTGAGACCCCGTATTTTAAACTCCTTAAGCTCTAAGAGAG------AGACTCCCACATGTGCATCAGATACAGAACCAAAAAGGAACTCTTTTGAGATCGCTCCCCATCCACCTAGCATCTCTGctcccctcccacatccgcctcttcctagacctcccattgcctttaccacttttcctcttcccctttctccccctaaccctcctcccccacaacttgttacattttctcttcccatttctacaccccctacttcttctctacctcttcctcctccactgtcacttcctcctcctcctcGGCCACCAGCTCC-CCGCCTCTTCCCACAGCCT-----CCTTCCACGTC-CATTCCAT-CCACAGACAGCATCTCTGCACCAGCTGCTAAATGCACTGCCAGTGCCACACACGCCAGAGAAACCACGTCTACGACACAGCCACCAGCATCCAACCCGCAGTGGGGGGCAGAACCCCACA---GACATCCAAAAGGGATCCTCAGACATGTGAAAAACTTGGCAGAGCTCGAGAAATCAGTGTCTAACATGTACAGTCACATAGAAAAAA---ACTGCCCACCTGCAGATCCCTCAAAACTACACACGTTTTGCCCTGCAGAGAA------AACAGGCATGAAAATCACACATG----------ACCAGAGCCAGG---AAACGTTGGTTAGAGTTGTTGAGGGAATTGACGTGCAACCTCACAGTCAATCAACATCTTTGTAACGATGCTTCTCCAATTTTACCTGGGCGATTCTTTTCTTGGTCGTAACCCTCAAAG 

a score=1880
s danRer3.chr12  3872700 47 +  37038836 TTTGTAATAAATTTACCCCTTTAATACACAGTCCGTTCAAACATTTT 
s mm7.chr10     74293399 47 + 130066766 TTTGTGATAAATTTAGGCCTTTGCTAAGCAATACATTTGATTCTTTT 

a score=4174
s danRer3.chr12  3885400 189 +  37038836 GGATGCACTCTAAACTGTAACTCTTTGCCCTC--CCTACAGGAACTCTCTATGGAGTCTGGCATTGACCCAGGACAGGACTATTATACGCAGGATTACTATAATTATGAGCACGGGTGAGTGTGCGCTCATCAGTTGAAAT------GTGCTGCTTTTAATAAATAATTTTAAGGACTATTTCATATGGCTTCCAGA 
s mm7.chr10     74296952 192 + 130066766 GAATGTATTCAAAAGTGTCAATTTTTCTCTTTGAACAATAGGAGTTATCCATGGAATCTGGGATTGATCCTGGCCAGGAATATGG---ACAAGATTATTACAGTTATGAGCATGGGTACATCTTCAGTTTTTATTCAGAATTGTATCATATTCTTTTTA--AAAAAATAATAATCAGAAGTTATTATTGCTATTAGA 

a score=2422
s danRer3.chr12  3887865 143 +  37038836 GTGCATGTTCATTATCTTGATATATTAAATGTCGGCATATGTCTATTTTAGTTATGACTTGCCTCAATATGGAAGTCGAAGGAAGCTGATCTCTCCATCAGGGATGTATGATGAATACGGAGAGGTGATTATGGAAGACGACG 
s mm7.chr10     74297892 129 + 130066766 GTGTATGAAAAATATCTCAAGTTA-----------CAAGTTTATGTTGCAGGTATGAGATGCCCCAGTATGGAAGTCGCCGTCGACTGCTGCCACCTGCTGG---ACAGGAGGAATACGGCGAAGTCATTGGTGAAGCTGAAG 

a score=13372
s danRer3.chr12  3890953 805 +  37038836 CTTGTGTTTGGCTGTTTCGCTTTTTAATGATGAGCAGGGCGGGAGTTTTCTAGGAA---GGCTGATGT---GACCTAACA----TTGATCAAAAGCAATTTTTATTCTAGGT---------ATTTTGTAAAAACTTGAAAAGATT-----CTGTCTCCCTTGCCTTTCTGAACAGAAC---GCCACTCTTGTG-----TGCTGTGTTCAATAAGTAAGTAAAATCT--GAAGTCATTTTAAACT----------CCTGTTTTTTCTTTTTT--TCAGTGTGGTAGAAAAAAGAGAATCAGACTTGTCGTAGACCGTGAATACGAAACCAGTTCAACTGGAGAAGAAAGTGCACCTGAACCGCACAGGAACCGCCTATCTAATGTGAACAGCCACAGCAACATTAATGGGAGCATATATTTGGCACAGAATGGTTCAATAATCCGGACGCGGCGGGTCACACACACCAACAACATCAAGCTCAACTCTCCAATACGACTAGGGAAGCACTTTAAGAAACTGGACAAACTTGCTGTTACACACGAAGAGCGAATTCCTTTAAACAGTCCTATAATCACAGGCGCCTC--------AGAAGGTGAACAGAACCTTACGACCAGGCCCTCCAGTGGGTCCCTGGCCTCCAGCACCACAGGCCCAGAGAGTATAGCTTCGAAATCAAATGTAGTGAAAGAAGTGGGAGAAAGAACACAAAATGTGGATGAACAAGAATCCACAGTGGACAATCAGGAGGCGAGGGACACTTTAGGATCACATAGTGACCGCACACAGTCAGATGAGGAGGAGCTCTGGATGGGGCCTTGGAATAATCTGCACATACCAATGACAAAACTGTGAC 
s mm7.chr10     74300900 824 + 130066766 CTTTTCTTTTGATACCTCATGGTATCTTGATGTTAAAAGAAAGGGTTTCCTATTAATTAGGTCTACTTCCAAACTCAGCAACACTTTATTCAAAGATGTTTCGACTCTGGATCCAATACGGAGTTAGAGAAAGGATAGTAAGATGGAAAAATGTTTCCTTTGCCTCTTGAGAATGTACTTTGCCACCTCTTCGGGTCTTGCTGTG------GATTGCACAAAGCCTTTGATTTCCTTTGAGAATGACCAAGCATATTGTTATTCTTTATTTCCTCAGTGGGCAAGAAAAAGAATGATCAAGTTGGTGGTCGATCGGGAGTATGAGAGCAGCTCACCTGGGGAAGACAGCGCTCCTGAGTCGCAGAGAAGCAGAACTCACAAGCCCAGTGGCCGCAGCAATGTCAACGGCAACATCTACATTGCGCAGAATGGTTCCGTGGTGAGAACACGCCGTGCCTGCGTCGCTGATAACTTGAAGGTGCCCTCCCCTGGGTTGCTTGGGAGGCATCTGAAGAAATTAGACACATTGGCAGGGACACGTGAAGAGAATGTGCCCCTGAACA---CACTGTTCAAGGGGCCATTTTCCACAGAGAAAGCGAAAAGAACCCCAA--------------------CTCTGGTCACGTTTGCCCCGTGCCCCGTG---GTGGCTGAGCACTCG---GCAGTGAAGCCATCAGGGACCAGGCTGAAACACACAGCTGAGCAGGAGTCCATGGTAGACAGTAGGCTCTCCAGAGAGTCGATGGAATTCCACGGTGACAGCGCGCCATCAGATGAGGAGGAGCTCTGGATGGGTCCGTGGAACAGCCTCCACATACCAATGACAAAACTCTGAC 

a score=3383
s danRer3.chr12  3952318 552 + 37038836 CTTTCATGTGGATCCAAGCAGCTTGTTTGTCATTAGCACTAGGCGCTGAGGTGCTAAATGTTGTTTGCCTTTCGACAGTGGCCAAAGCC-GCTCTTTTTGAAGTGGCCCCTCCAAATTAAGGCTGCCCGCTGGTGCTCTCGGATGACACAGATAAACTTCATCGAC--ACGTATTCGGTC---------------------GCCCTG------AACCCTTGTGCAAACG--------CGCAGAGAGTAATGCGTGGGTAATAGCCGGAATTAGAGGCAGCATTGTTTCGGT--------CAGCGCCTCACGCAACGGCATGCGGACCAAGTAAAGCCAACACATTTGCACCTCACTGAGATCAAAGATTTGAGGCCTTTTTTTTGTGGATGCAATCACTTAG------------GCAAATGAGATTCTGTGTAACCACCTCTTTGTGTAGTTTAAGTTGGGCTTTTGTGT---AGAACAAATGGGGGCATTATGGGTTTGGCGGAGGAAGAGGTGATATCAAAGGGAAGCGGCCTGCCCTATTAAGCACAGTAAACTGTACACGCTACAAAGGAGACAATTGAGGAACATTAAATTGG--CTTTGGCTACTTCCC 
s mm7.chr19     30160969 565 + 61223509 CTTTCATCTCCCTTCAA-CAGTCTTATGCTCATTGTTTGTTGCTGCTAAAGCAGTAAAGACTGTTTGTCTTCACCGCAAAACCAAGGCCAGGAAACTTTGAAGTGTTTTCTGTTGCTTAATGTCACCTACTGTTCCTGTCAGCAAACCGAGATAACCCTGATGGACCTAGGTGTCTGGTCTAATTCCTTTATTGACACACAGTCCTGTCTTCAAACACCAGTGTAAATGAATAAGTACTGAGTTAGCAATGTGTCAGTAATAGGCTGCCAGATAAATGCCATTGTTTATATACTGATCCCTGTTCCTTA---AGGCCCAAGCAGCTCAA--AAATCTTACAAATTAGCACCTCACTGAGATCAAAGAATT---GTCTCTTCTTTCTGCACTTACCTACTTGGAGGGTCAAACAAGCAAATGAAGTTA-----AGCTGCCTCTC-------TCCAGGGCAAATCTTTCTTTGCAAGAACAAATGGGACCTCTGCA---CTGACACACAAAGACATGCTGG-AGAAGAAAGGAGTTTACTTGATTTTGCTGGGT-------------------------AGTAGGGGAACCCTCAGTAGGTTCTTTGGTTATTTCAC 

a score=12408
s danRer3.chr12  3967547 683 + 37038836 AATAAAATAGACATTTAAATCAGCTCTATATGACTGTAGAATGAATGTATATACATTTAAGGTAGACTAGAAAAGACTGATGCACCTTCTTTCATAACAGGGTTGACAAAAATATT--------------TAAGTGCCA-ACTGCCTTATATTATTTACAGTATAATACAGTAATTTACTGCAATTAT--TTAAGTTCCGTTGAGAAACAATTAAATC--TACTCTTCAATGTTGACTCGAGAATATGAAGGAAACCAGTTGAAAAACAGAGTATCCCATTCCA-AGTCCTGCTTCCCTCGACTCAAGTCTGCTTCTCTGGGAG-----------------CTGGTGAAAGAAAATTCCTTGAATTTTCA-------TTTAGTGTCTCTGGCATGTGTGCAGACTCCGTGAAGCCTTGCCGCC------GTCTCCTCGCTGCGTTCTGCAGGACAGGCCTTCCCCGCAGTCGCAGCGCTGGAATATCTCCAAGCCATGAGTGCCTTTCCTCTTGTGCTTGGTGCAGACCTGGCCCTCTTTTAGGACAGGCTTGCAGATTTTGGACCAAAAGTGACGAGCGCAGCAAAGTCCCTCTGCACAATCTGATGATCTCAGACAGTTCTCTCCCTCCAGACCTTCAA---AAACACAACAACATTCA---TTAATATCATGCACACACCA-CACATTAAAATAA------------AGTTGATCTTTTAAAGGGG--GGATTCACCCTAAATGccttttt 
s mm7.chr19     30245991 718 + 61223509 AATATAGAATATTTATGAGTCAAGACAAT-CAACCGTGTACAAAAAAAATTTACATGCAAGAGAAACAAGGCAATG-TAGCACACCTC------TAGAAAAATAATTAAAAGTTTTGCTGCATTTACAGGTAAGTGCCACACTG------AGGATTTACA-----ACACAGTAATTTACTGCAATCACAGGGGAGTTCCATCAAGAAACAA---AGTCCTTACACTCCA----------GAGCTTTTGGAAGGTATT-GTCGGAATGCTTAATTACACACTGAAGATTCCTACATCCTTGGGATTGAGCTGACAAATCATAAAGGATTTTCGTAGCATATATTAGATAAAAAGAGTCCATCATATTTAGACTGTCGGTTTAGTGTCTCTGGCAGGTGTGGAGCCTA---GAAGAATTGCTGGCTTGATGGTGATCTTTCTGTATCCTGCAAGCCAGGCCTTCCCCGCAGTAACAGCGCTGGAATATCTCCAGCCCGTGGGAGCCTTTCCGTTTGTGCTTGGTGCACACCTGACCTTCTTTAAGGACAGGTTTACAGATCTTGGACCAGAAGTGTCTTGCACAACACAGCCCTGCGGCACAGTCTGATGATCGGAGGCAGACGGAGCCTTCTTGTCCTGTGAAGGAGACAGAAGGAAAATTACAGTTACTGCGAGGCCTGTACCATCCCACTGAGACAATTCTAAATGCACTTCTGATATATTAAATGGGAAAGGCTGAGCCTGAAAGCCCCTTT 

a score=5314
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s mm7.chr19     30247914 194 + 61223509 GAGTCCAAGACTCACCATTTTTGCAGTAGTTCCCGGGGCAGCACATAGCGTGCCTCATGCAGCGCTTCCTGCGCTTTCGGCAAGCCAGACAGATCTGTACACCTCCGACGCCGGCTGCCCCGCGGCTGGGGCTGGAGCAGTACTCGTCAGAGCCGCACTCCTCATCTTCAGCGCAAGGGTAGGGCTGTGGGAAG 

a score=2004
s danRer3.chr12  3969595 151 + 37038836 GATGTATTCCCTGGGTGAGCGGAGCTCTTCTGTGGTTCCTCATGAGCGCAAGCCGCTTCATTTATACGCGCGCGGGGTTGTTTGCGCTCCC-GCCCCTTGCTGTGAGCAACAAAGGGCTGGATGAAATTTCAAAGCGTTGTGTCATGAGCTG 
s mm7.chr19     30248636 144 + 61223509 GGTGGAGTCTCTGGCTGCCAGGCGCACAGCTCTGCACCGCCACCGCCACCTCTGGCTGCCTTTATACTCA-----GGCTCCCAGCCCTCCCAGCTCCTCAGGGAAGACAACAAAGC-CGGGATGGGATTTCAAAGCTTTGGG--AGGAGCTG 

a score=5088
s danRer3.chr12  3971104 193 + 37038836 CATCCAAAGCCTACAGTGGTGTAAAATGAAGCTTGTGTAAAGGAGCCTTTGATGAGCTCAGATCAAACAGGACTGAAGCCCGTGTCTTAATCAGACTTCCACAGCGATGGCATTTTCGCAAACAG-TCCATTTGCTCGGCTTTTAGCGGCTTTCTGTAGACATTGTACTCAGCAAATTCATTTAGCGGGATGCC 
s mm7.chr19     30253584 174 + 61223509 CATCGCCACCTTACAGTAGTGTAAAATGAAACTTGCTTAAA-GACTCTTTGATGAGAGAAGATCAAACAGCTCAGGGTCCC-TGTCTTAATCAACCGTGAGCCA-GGTGGC---CTCGCAGAGAGCTGGATTTG-------------GGGCTTCTGTGGACTTTGTGTTTAGCAAATTCA-TCAGCGTAATCCC 

a score=-136
s danRer3.chr12  3979608 776 + 37038836 TATTGTAGGAAAATGGCATATAAATCTCT----GTACCTTTTTTAAAAAAAAGCCACAACTGATTAAGAAGAACATTTTGAGGCGTGCA------------GCATCAAAACAAGCAGGGTGAATTCT-----GGATGCCATTGTGTTAAGGCACTTACAATAATGCCGAAAGATATATATATAGTG----------------AGCAGAATAGCCATCTTGTAAAGTAAAG-------AGAACTACCAA---AAAAAAGCATACAAATCAA-----ATCCAAAAACTAACTCCTAAGCAATAGGACTGTGACGATAAATCTCTACAAATATCACAAAAATATTAT-TACCACTGTATAT---------GTATATATTTACAGAAATATTTACCTCTGGTCCTACAAT-AAATAAGAT-----------TACTTAATTGGTTTTTCCAGTACAGCAC-------------TTTGTGTTCAAGCTAGTATTAGCCTGCAGGCAGTCTTCTCATCATGATTATAG--TGAAAATAATAGGAGAA--AATGTTCTGTCTGGTATCAATAATAGAGCTGATAACTTCATAAACGCAATCTGAGGCCATGG--GATGACACTAGGA--AGTGCAGTGTGAATTTTGAGTGAATTTCTGCCCTCTAGTGGTGCACAAACTGTATTGATTTGTATTCTTTTTACTTTTGAGATAAAAAAATAACCACACATTCAGAGCCTTTTAAGTTTATCATACTTGCAAAATAACCTTTAGTTCACATAATAATGATATTTACTCACCCTCATATTGTTCATACTGAAAACAGATCTATTTTTTTTCTGTGTAATGTTTTAAAGTATTCAGACAGACCTGGTTTTCA 
s mm7.chr19     30264489 831 + 61223509 TATTATATAATAAAGGCTTATAAATTGTTAGCAGAAAGAACTGTAAAACGCAGCAA--GCTAAGAAAGGACAACATTTTGAGGTGTGTTTGTCTTTGTCATGCAGCATAACACCAAATTTGTTTTCTTAATAAGATGCCATGAGTTTAAGGCACTTGCAACAACGCC---AGATAGCCAGGTCATGTTCTAAACTATGGGACAGATGGATGACAGTACTGTTGACTTAAGTTTCAATAATACTAACAATTGTAACGTCCATTCAAGTCTACTTGGACCTAAAACattatttaatacaaataaaat----aaaataatGCTGTGAAACACTAAAAAAAGTTATATGTACCACAAAATATCACACAAAAATATCTATTTACATAAATATTTG-TTGTGGTCCTATCCTGAAAGAAAATGTGGTGGATAATGCACAAATCGCCTCTGTTGTATAAAGTCAGTTTTAATACACTTGTGTTCAATATGGTAGCTGACTTC-TTTAGGTTTGTCATCAAGCCTGTCATTTGGAAATGAAGTGAGGACGATTCCACAGTTTAGAAATTATTCTACATGTGTAATTCGCGTGTATGTTCCCTAATTTTAAGGAAGAAAAAACTATGACTAATGAGGATCATAATAAAAATAAATTTGT---TTTAAATGCTACA---------------TGGATCTCGTTTACATCCAAAAAACAAAGAAGATCACAAATATAAAAAAAATCAACCTTAACAATTTTCCAAAACTCATTTTCTCTAATGTGTTCGATCTTCTTAAACACTGTGATGTCCTTTCT-----CGGCAG-TTTGCTGTTTTGCTG-----TGATTTCGGACACACAGGAAGCCCTATTTCCCA 

a score=1328
s danRer3.chr12  3984224 61 + 37038836 AGAAGCAT-GGGCAAAGGCAACTTGGTGTCACAGAGCTGGGCTTGACGTCTTCATTGTCCTC 
s mm7.chr19     30268259 59 + 61223509 AGCAGCATCGATCAAAGGCATCATGGTGACCCCGAGC---ACTAATCTTCTCTCTTTCCCTC 

a score=5602
s danRer3.chr12  3984352 284 + 37038836 TTTTAGAAATCAGTGTCCCAGCCAGAGTTGTCATCAGGAGGAGGGTCCTCGTTGTCCTCAGGAAAGCTATCAAAGTTACTGGTGTCAGTCGGGCTTGCAACCTGAAGCGTGAACGGGGG---AAATGGCTTGTTAGA---TGGGCAAATAT---CCCTAT--------TTTTCTATTATT-ATTTGGTTTACAGATTATCTTTAAAAGTGTGTCTGGATAATGTAATGTTTGAAATACAAAACTACataaattattatttaatttaaatccccaaat-tatttaatttacaatttttaaatCA 
s mm7.chr19     30268387 283 + 61223509 CATTAGAAGTCTATGTCCCAGCCTGAGTTGTCATCAGGTGGTGGCTCATCGCTGTCCTCAGGGAAACTGTCAAAATTGCTTGTGTCTGTGGGTGACGCAACCTGCAAGGTGACAGAAGGAACAAGAGGCTTTTGATGATTTGGGCAGAACTGTGACCTAGAGATTTTACTTTCTGTTATTGAAAAGGATTGCTCTTTATTTTAAAACATGTACC---------------ACAAAAGCAAAATCTGTATATACTGATGGGTAACCTGA-----CAGATGTATGCATTCAATAATGTTTAGGTCA 

a score=4809
s danRer3.chr12  3985919 130 + 37038836 CATGAAAACTACTCACATCAGGAATAATAGGAGGAATGAGAGTTCCTTTCCGCAGTCCTTCCCAGTTAAAGCCTTCAAACCATCTGTGATAGAAAGAAAAGAGAGCATTACGAT-CTGTCGTTTTACAAAA 
s mm7.chr19     30270747 130 + 61223509 CAAAAAGTCTACTTACACTTGGAATTATGGGAGGTGTCAAGGTGCCTTTTCTTAAGCCTTCCCAATTAAAGCCCTCAAACCACCTAGGA-AGCAAAAATAAAGACAATTAAGACACTGCCTCTCTGCTAAA 

a score=11762
s danRer3.chr12  3986086 367 + 37038836 ACTCACTTGTGCTTTTGGATGTCTTTCACTCCATTTTTCAAGTTTCCTAACCGCTCAGACGGGTTGTCCCTAGAGAAAAGATA-----TATTGGAAAACAATTTTGCACTTTGTATTTATTTTTTTACTTAAGGTTTAACTGTGTATTTAAAGCTTAACAGCAAAACACTTGAGGTTAATGTAATAAAAAGCCATTGACGTGTATAAATGTATCCACTAATCAGCACAGATTGAACTTCCACTTACCTGCATAGTTTTTTAATGAGATTTCCAGCATTTTTGGTGATCTTCTTTGGAAATTCTATCATGTCGATTCCTCTTAAAATGATATTATAAGTCTTCATTGGATCTGGTCCTGAAAACGGTGGGCTG 
s mm7.chr19     30277755 280 + 61223509 ACTTACTTGTGTTTCTGAATGTCTTTGACTCCGTTTTTCAAATTTCCTAACCTCTCTGATGGGTTGTCCCTAAAAATGAAATAATTGTCATGTGAAAAAAG-------------ATGAATATTTTTGCAGAATGATTC---------------CTTAAAAGTGATGCACTC------------------------------------------------------------CGAAC----ACTTACCTGCATAGTTTTTTAATTAAATTAGCAGCATTTTTTGCAATCTTCTTTGGAAATTCTATCATGTCAATCCCCCGCAGTATGATATTGTAGGTTTTCATTGGATCTGGGCCTGAGAAAGGTGGGCTG 

a score=11646
s danRer3.chr12  3986538 169 + 37038836 TACCTTCCGGTCAAGAGTTCATACATAAGAATTCCCAATGACCAGTAATCTGCAGAGATGTCGTGGCCTTTATTAAGTATGATCTCTGGGGCTACATACTCCGGCGTTCCACAGAAAGTCCACGTTTTCTTCCCAAATCCAATCTTTTTAGCAAAGCCAAAGTCCACCT 
s mm7.chr19     30284287 169 + 61223509 TACCTGCCAGTCAGAAGCTCATACATCAGAATTCCTAGTGACCAGTAGTCAGCTGAAATGTCATGGCCTTTGTTCAGGATGATCTCTGGGGCTACATATTCTGGAGTCCCACAAAAAGTCCATGTTTTCTTTCCAAATCCTATTTTCTTTGCAAAGCCAAAGTCAACCT 

a score=9758
s danRer3.chr12  3987114 168 + 37038836 ACTCACAAGCTTGGCATATCCTCTGTGATCCAGAATGAGATTTTCTGGCTTTAAATCCCGGTAGATTATTCCTTTGGAATGCAGGTAAGCGAAGGCTTCAACCACACAGGCTGTGTAAAACCTTGTAGTGGAGTCTTCAAATGATCCTCTATAAATATACAAAGGAAA 
s mm7.chr19     30285411 168 + 61223509 ACTGACCAGTTTGGCATAGCCTCGATGATCTAGGATGAGATTCTCCGGCTTGAGGTCCCTGTAAATGATTCCTTTGGAATGCAGATAGGCGAATGCTTCTACCACACATGCAGTGTAAAACCTGGTTGTTGAGTCTTCAAACGAACCCCTGAAAATGGAAAAATAGAA 

a score=6528
s danRer3.chr12  3987322 169 + 37038836 ACAAGATCAATGTTTGTTTTACCTGTCTCTAAGAATGGTCCAAAGCTCTCCTCCTAAACAGGCCTCCATTAACATATACAGGTATTTGCTGTCTTTGAAAGTCCTGTACAACCTGAAAGAACAG------------CCACATTTTGTCCATTAATCATTTTTTAAAAGGATTTTTTTAAGG 
s mm7.chr19     30291979 177 + 61223509 AAAAGATTTAAGTCT--CCTACCTATCCCTGAGAATAGTCCAGAGCTCTCCACCCAGGCACGCTTCCATCAACATATACAAGTATTTGCTGTCTTTAAATGTCCTGTACAGCCTG--CGAACAGTAAGCAAGGAAACAAAGGAATGAACATTAGTACCTTTTAAAACATTCATTTCTAAGG 

a score=11015
s danRer3.chr12  3987513 189 + 37038836 TCTGAGGGGGTTTCAGCTCGTACCTTACAATGAAGTCTGAATGTGCCTCCTGCATGATTTGCTTCTCAGAGCGGATGTGCTCCTGTTGTCGCGTGTCCACAATGTGACGCTTCTTCAGAATCTTCATTGCAAATGTTTTGGTCTCTTCACTCTTGAGCTGCACCTGCAGACACATGAAAAATGGGCACA 
s mm7.chr19     30294073 185 + 61223509 TCTCAGGGGTGT---GCCTTTACCTCACAATGAAGTCAGAATGAGCCCCCTGCATGATCTGCTTCTCTGAGCGGATGTGCTCCTGCTGTCTGGTGTCCACAATGTGGCGTTTCTTGAGGATCTTCATTGCAAATGTTTTGGATTCTTCACTTTTCAACTGGACCT-TAAAGACAGGCAGAAGGGACACA 

a score=9090
s danRer3.chr12  3989778 142 + 37038836 CCTACCAGCTCAACTCTCCCAAATCCTCCAACTCCCAAGGTGTCGATGATGTTAAAGTCCACCAGCTTCAGGTTGGAGAAGAAGGCATTCTCCGCCTCGTATCTGCATTTTTTGAAGTGGAAAAAGGGAAACTTCTTAGAGG 
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a score=4683
s danRer3.chr12  4040790 311 + 37038836 CTTACCCTTGAAGAGCTTTTTCTCCAAACCAGTCTCCTTTTCCTAATGCACGCAGATAGACAGGAGTCCCATTGGGTGCATCTTCTCGAGTCACATTCACCTGCAATTACAGATAATTGATCGTTAAATGCTCGAGGGCTCTGATTTGTTCCTAAAATATCA-ATTATATAAACCAATCACATTTG-TTGCAAGTAGGCATTTAT--------CACGCTAATGATACTTAATGAAAGAGCAATAGCAAGGAGTGTGTATTTGGATGAAAGGTGGATTGAGAT----AACTATTTTAAAAGGAGGATTCTGAATAATAAAAAAAGT 
s mm7.chr19     30480441 302 + 61223509 CTTACCCCTGCAACGCTTTCTCTCCAAACCAATCTCCCTTCCCTAAAGTTCTAAGGAAGACTGGGTCTTCACTTGGTGAGTCTTCTCGAGTAACATTCACCTACAAAGAGAGATTAGCA------------TCTAAATcagtgattctccacctatgggtcacattgcaggagtca--catattagataacatgctaggatttataacaggagcaaactaccactatgcaatga---agtaattttatggtgtgtgtg-gggggggaggggtcaccacacatgaggaactatattaaa-----gagttgcagcattaaaaacagt 

a score=5424
s danRer3.chr12  4043863 122 + 37038836 ATCTTACCTTTCCTTTGCTAATGATAAAGAACGTGTCCCCTCTGGCACCTTGTCTAATAATGTACTCTCCATCACTGTAGTGAGTCTAAGAAACGAG---ATAAAGAGAGAGAATTACTAAAGTG 
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a score=-136
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s danRer3.chr12  4056593 284 + 37038836 TTTTAGAAATCAGTGTCCCAGCCAGAGTTGTCATCAGGAGGAGGGTCCTCGTTGTCCTCAGGAAAGCTATCAAAGTTACTGGTGTCAGTCGGGCTTGCAACCTGAAGCGTGAACGGGGG---AAATGGCTTGTTAGA---TGGGCAAATAT---CCCTAT--------TTTTCTATTATT-ATTTGGTTTACAGATTATCTTTAAAAGTGTGTCTGGATAATGTAATGTTTGAAATACAAAACTACataaattattatttaatttaaatccccaaat-tatttaatttacaatttttaaatCA 
s mm7.chr19     30268387 283 + 61223509 CATTAGAAGTCTATGTCCCAGCCTGAGTTGTCATCAGGTGGTGGCTCATCGCTGTCCTCAGGGAAACTGTCAAAATTGCTTGTGTCTGTGGGTGACGCAACCTGCAAGGTGACAGAAGGAACAAGAGGCTTTTGATGATTTGGGCAGAACTGTGACCTAGAGATTTTACTTTCTGTTATTGAAAAGGATTGCTCTTTATTTTAAAACATGTACC---------------ACAAAAGCAAAATCTGTATATACTGATGGGTAACCTGA-----CAGATGTATGCATTCAATAATGTTTAGGTCA 

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s danRer3.chr12  4058327 367 + 37038836 ACTCACTTGTGCTTTTGGATGTCTTTCACTCCATTTTTCAAGTTTCCTAACCGCTCAGACGGGTTGTCCCTAGAGAAAAGATA-----TATTGGAAAACAATTTTGCACTTTGTATTTATTTTTTTACTTAAGGTTTAACTGTGTATTTAAAGCTTAACAGCAAAACACTTGAGGTTAATGTAATAAAAAGCCATTGACGTGTATAAATGTATCCACTAATCAGCACAGATTGAACTTCCACTTACCTGCATAGTTTTTTAATGAGATTTCCAGCATTTTTGGTGATCTTCTTTGGAAATTCTATCATGTCGATTCCTCTTAAAATGATATTATAAGTCTTCATTGGATCTGGTCCTGAAAACGGTGGGCTG 
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s mm7.chr19     30284287 169 + 61223509 TACCTGCCAGTCAGAAGCTCATACATCAGAATTCCTAGTGACCAGTAGTCAGCTGAAATGTCATGGCCTTTGTTCAGGATGATCTCTGGGGCTACATATTCTGGAGTCCCACAAAAAGTCCATGTTTTCTTTCCAAATCCTATTTTCTTTGCAAAGCCAAAGTCAACCT 

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s danRer3.chr12  4059355 168 + 37038836 ACTCACAAGCTTGGCATATCCTCTGTGATCCAGAATGAGATTTTCTGGCTTTAAATCCCGGTAGATTATTCCTTTGGAATGCAGGTAAGCGAAGGCTTCAACCACACAGGCTGTGTAAAACCTTGTAGTGGAGTCTTCAAATGATCCTCTATAAATATACAAAGGAAA 
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s danRer3.chr12  4059563 169 + 37038836 ACAAGATCAATGTTTGTTTTACCTGTCTCTAAGAATGGTCCAAAGCTCTCCTCCTAAACAGGCCTCCATTAACATATACAGGTATTTGCTGTCTTTGAAAGTCCTGTACAACCTGAAAGAACAG------------CCACATTTTGTCCATTAATCATTTTTTAAAAGGATTTTTTTAAGG 
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s danRer3.chr12  4059754 189 + 37038836 TCTGAGGGGGTTTCAGCTCGTACCTTACAATGAAGTCTGAATGTGCCTCCTGCATGATTTGCTTCTCAGAGCGGATGTGCTCCTGTTGTCGCGTGTCCACAATGTGACGCTTCTTCAGAATCTTCATTGCAAATGTTTTGGTCTCTTCACTCTTGAGCTGCACCTGCAGACACATGAAAAATGGGCACA 
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s danRer3.chr12  4136871 270 + 37038836 TTAGTCAGCTGACTGGCT--CTTCTCAGAAAACACACAATGATTTATACAGTACAGTAGAGTGGCTCACCTCCTCCAGCACATCAGCCAGCTTGCTGAGGATTTCTTCTTGGAGGCCCTGGAATGTGGGAACGCTGAGGAAAAAAAAGATGAACAGCAAGT-CTGAGGTTTTGTGAGGAAACAAAGCTGCTGTTGCTTCTGTATTGGTCAGAAAACATTTATACAGCATGA--------CCACAGAAAAACAACAA---GTGTTAGGATTCACAAGAATTGGTT 
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s danRer3.chr12  4137401 306 +  37038836 tttcaacaaaatttttTACATTTTGCAGTTTTACTTTTTTTTTAGAATG--TTTTATTTTTCCCT---AACATAGCATAGCAAATAATAATT----TAAATAAGAGAGTCGTGAGGGGTGTACATTGTATATATATT------GAGCATTGTA----TATGTAGGTTGTTTTCACATGACGTCATTAAAATCATTGATGCAAAATTCAGA--TGGAGGG-------------CAGGAAGTTCAGATGGAGGGCAGGAAGTTCAGATGGAGGGCAGGAAGTTCAGATGGAGGGCAGGAAGTTCAGATGGAGGgcaggaagttcagatggagggcaggaagt 
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s danRer3.chr12  4137722 55 +  37038836 gaatcgctaacagaacatcaaaatgtttcagttttatgttgtttataagttttaa 
s mm7.chr13     55060386 54 + 116696528 GAATC-TTAGCTGAAAGGCCAAGGAGTAGATTTTGTTGCTTTTGATAAACTTCAA 

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s danRer3.chr12  4358818 260 +  37038836 ATTTGTTATAAATGTGATAGAAC---GATTAGGAGAA--AGCC--ACCAATG--TGCAGTGAATTAATG---------AAAGTGTTTTGTCTCTTATTATCACAGGAACGCTTCTGGTGGAGAACATGCAGATAAACGGCAGAGCAGAAGACCCTGACAGGACCATCTCTTTATCTTTACGGGACAACAATGACTACTGGGTCATTCTGGACCCGGTCAAGCAGCGCCTGTATCTTAACAGCACCGGACGAGTTCTGGACCGAGATGTGATTATCTTT 
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s danRer3.chr12  4360671 173 +  37038836 CGTTCTGTCTTCCAGCCTCCCTCCTACATCCAGTCCATTGTGGTGCAGGTTCAGTGTACTAATGAGCTTGTTGGCACGGTGATCCTACACGAGGTGCGGATAGTCGTGCGGGATCGAAACGACAACGCCCCACGCTTTCAGCAACCGCGCTACTATGTGGCCGTTAATGAGGT 
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s danRer3.chr12  4371464 195 +  37038836 TGTGTTGATGACACTTAACAGATCTTCAGTGATACTCAGCCTCTTCAAATGTGTTTTTATCTGTTTCAGCTAACGCCTGTCGGAACCACCATCTTCTCAGGTTTTACAGGGAACAACGGGGCTGTTGACATCGATGATGGTCCTAATGGACAGATTGAATACACTATTCAGTACAACCCTAGAGATCCGGTAGGt 
s mm7.chr10     73817235 174 + 130066766 TGTATGGATGATAAAAAACAGA--------------CAGTTTCTCT-------TTCATGTTCTTTCCAGCTCACTCCAGTTGGCACCACGATATTCACGGGGTTCTCGGGAGACAATGGAGCTACAGACATAGACGATGGCCCTAATGGACAGATAGAATACGTGATTCAGTACAACCCAGAAGATCCGGTAAGT 

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s danRer3.chr12  4371752 1286 +  37038836 ttctttctttctttctttttctttctttctttccttccttccttccttccttctttccttccttccttccttcctctctctcactccctcccccctctctatttctttctttctttttttct-------------------ttctttctttcgttctttctttctttAATAGATAA-TAAAAATAAATAGATTTTAACTATTACAGTTTATTG--AGTGATCTTGAGAAATGTTCCAATACAAGGTGCTATAAAGATGTGCTTTGTTCTTTTGAAGAGAATAATAAAATTTTCATC-AATTTGTTGTTTTAGGATGGGATTATTTTGTTGATTTTTTTTTTTTTTTAGTTTGATATGTAATTGCATAAATCAAATGAAGTAtttctttctttctttatttctttctttctAAAAAAAAAAAATAATAACAATCATGAATTTTATGAGTTATAAAGCCTAAGTAAAGACTAAGTCATGACTTTAGTCAAA-ATTATTAGATAAAACGTTGAAATTATGACTTTTAGTTTTAGAAAGGTCAAAATAATGAGAAAGTGTCATGTTATTTTGAGAAAGTCATTGTTA--TGAGAACGTAAATAATCA------TGAGAAAGTATCTCAT---TATTGA--GAGAGTCATTTTTATAAGAAAGTAAATCATTATTATGAGATACATTATTGAGAAAATTTCCCATTATTATGAGAAAGTAAATCATTATTATGAGTCATTTTTATAACAAA---GTAAATCGTTATTATGAGAAAGTAAATCATTATTATGA-GTCATTTTTATAATAAAGTAAATCGTTATTATGAGAAAGTAAATCATTATTATGCGTAATTTTTATGAGAAAGTGTCTCATTTTTATGAGTCATTTGTATGAGAAAACAAATCATTATTATGAGATA-CATTTTTATAAAAATAAATCATTATTATGAGAAAATAAATCATTGTAATAAGATACAT-TTTTAGAAAAGTC--ATTTTTATGAGAAAATGTCTCATTATGAGAGATATTTTTATGAGAAGGTAATTCATTATTATGAGAGTGTCTTCTTGTT-ATGAGATGTAAGTCATAATTTTAAGTCTTTGTCTCATAATTTCCA----CTTTTTAAGTCATAATGTTAACCTTTTCGTTTGTAAT-TTTAACTTGCATGGTCATGATTTTGACTTTTCATGTCTTAACTGGCGGAAATGGGCTTCCATT---CTTTATTTTTCAATTCATATATTTCTGTAAAGTGATACTAAAACACACTATTGATAATATGTAATAGATTTTTTTTTATATGGATAGTTATGTTAGATGAATTTATTACATTTATAT 
s mm7.chrX      41047730 1179 + 164906252 Ttctctctctctttttttttctctctctctctc--tcCCCATGTCACCCTTCCCTTCATTCATTCCTAACTTCTTCATTGTC---------CTATTATAGACATATTTATATGTTTTCACCAGAACTCATAATAAAAGAAATAGTTGACATCATTCATGAATTTCCAAAGACACAAACTAAAACACATAGATTTTTATTGTGTGAATATCCTGTCAGGCATCTTAGCGAA-------------------GCAGAAAGTTGCATAACACATT----AAGTTTAGTGA---TTACATCGAATATATTGTTTCTTTCTAAGAATAACTTGATA-----TATCCCATTTAAGTCAGAATAATAAAATCATTGTCCAGAAAAAGAAACTTCTTGAAGGACTAAT-ATTTCTTCCAATCAAGGCTAAGGCAAGACTACTATAA--TTTCTGAGT----ATATCTGGGTATATATTATGTGCCAACTGCTTCCATGTATCACTATTTAATATAT----------ACTTATAGTGTTA-------CTTGATAAGAAATACATATTTTATTACTACTTCCAAGTGTTTTCTAACTTACTTATTAATTAATCAATTCATTAAAAATGTAATACATACTTATTCACTGAGAGTAATTTAGTTAAGGATGCAACCTGCTCTCAAAATATCTAGTTTC---------------TATTTTGGaaaa-----------taataaattatattttaaataGACATGCAATTCAATTCTATATAAAATTGAAAATGAGATGTGATATAAAAGTAATAATGCAGGAAATATCCAGGATAATAGTGAAAATACAAATAATGAAAACAATCTAAAATAAACTATTTCCA------AAGTGTCTTAAAGTAGCATAAAAGTTATAAGGACGAAAAAGCACAAGTGGAAAAGACATTAGTTTCTAAGAGAAGAGTAACCCTACTGTCTATATACACAGTTTAGAAAAACAGGAACTTTTTGAGTAGCTGTCTC------------------------------------------------TTTTCTTACTCATTAGATTAAACTCATAATT--AAGCACTATTCATTACATTTTAAATATCTTTTGTACCCATCATTTT---CTCTAAATGTATTATCTTTAAATTA---GTTTAGGCAATTGCTCTTACATAGTTCTACTG------ATGAACTAACATTTTCCCCTTTGTTTCAAACTATGTATTTCTGTAATCTGTCTTTCACACTCACATTTCATCATATGAAATTGCATCATTTTCACATAGATAACTTAAGTAG-TGAATTTCCTAAGTTTAAAt 

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s mm7.chr10     73879055 149 + 130066766 TGGCCTGAC-TTGTGTCTACTTAACACTTGCAGACATCCAACGACACCTTTGAAATTCCACTCATGCTGACTGGCAACGTGGTACTGAGGAAAAGACTCAACTATGAGGATAAGACTCGCTACTATGTCATCATCCAAGCAAATGTGAGT 

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s danRer3.chr12  4404001 117 +  37038836 TGCAAAAGAGATATGGAGGTTTCATAGGGGTCCGCAAATCTGCTCGCAAGTGGAACAACCAGAAGCGCTTTAGCGAGTTCCTCAAGCAGTATTTGGGCATGA----GTAGTCGAGCTAGCG 
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s danRer3.chr12  4407694 314 +  37038836 TTAGTCGAGGAATCTCTGACAGGCCTTTTTCCAGCGGCAGGCGGTGCACCACTGGTCTCGGTGCTCAATGCCGTACACCTTCCTGCATTTCTTGGCCTCACCTCGAATCCTCCTGTTAGCAGGAAAAAAAAGCAGCATTTAATTTGAC--ATATAATCTAAATACAACATTTTAACATCAGCATTTTTGCA---AGACGTTAAAAGGGACACAGAATTTGCCAAAAATGAATA--AGCTGCTGTGAATTATTAAAGACTGAAGAAGAATAAACAT----CCTACATGTTTGGAC---------GGCCTGTGGGTGAGCAAACTCAATTCTCTTT 
s mm7.chr14     58970327 329 - 119226840 TCAGTCCAGGAAGCGCTGGCAGGCCTTCTTCCACCGGCAGGCTGTGCACCACTGGTCCCGGTGCTCGATGCCGTACACCTTACGGCACTTCTTGGCCTCTCCACGGGCTTTCCTGACAG-GGAACAAAGTGAGGGTGTGTCACTCGATGGAGGTGACCCCCAGGTAATGGCTTAGCATGAGCACACAAACATGTAGGAGCTGGAAGGG--GTGGCTCCTGGCAGGAGTGAGTGGCACCTACAGCCAGAGACTCGAGG--GAAGAGAAGCCACCATGTGGTCTCCATCTGGGGACTTACCCTAGGGACTACAGTTGGGTAGATTCAGTCTACATT 

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s danRer3.chr12  4414777 128 +  37038836 TGCTTACCCAAGATGAGAATTTCGGATGTGACGTTTGATGCCCACTACTGTGGTCAGGACTTTTCCACAATTTGGCCATAAACACCAATATGCTACTTTGACAGAGTTCTAGATTGTGGAAAAACACA 
s mm7.chr14     58974495 128 - 119226840 TACCTACCCCAGGTGGAGGGCTTTGACGTGTCGTTTGATGCCCACAATTGAACGGAGAACTTTGCCACAGCTGGGCCACAGGCACTTGTACATCACCTTCACGGAGTTCTAGGGGGGGTAAAAAAAAA 

a score=4683
s danRer3.chr12  4417488 146 +  37038836 ACACCA--AACCCGTTCAGC---------TTACCAGG--AGTTACGCT--GCCCTGGGTTGAGTGCTGGACGACTGGACTGCAAGAAAGACTTGTGAGCACCATTGCAGCCATAATCTCATCCATGTCCACTGCCTCCACACTCCTGCAACATTAAACGAG 
s mm7.chr14     58977726 158 - 119226840 ACACCAGGAACCAGTTCAGCCCTGCTTGCTCACCAGAGAAGATGGGCTCAGCCCCAGGAGGACT-CTGCACAACGGGACTGCAAGACAGAGACGTCAGCACCATGGCGGCCATCATCTCGTCCATCTCCACCGCATCCGACTTCCTGGA--TTCAAATGAG 

a score=2143
s danRer3.chr12   4452592 138 +  37038836 TCAAAGTGGATGAGAGACTGCGAATGGCCAGGGAACGCAGAGAGGCGTACCAGAAACAGATAGGTATTTTTCTTACTCTGAACATTAACATCAATAAGAACAAAGGAACATACAGAAAGCTTCATAACTGAAGTTTTT 
s mm7.chrX      154218299 136 + 164906252 TAAAATCAGATGAGAGACAAAGATTAGCCAAAGAGAGACGAGAAGAAAGAGAAAAATGTCTGGGTAAGTTGTATACTTTGGCTATTGAAGTTCACAAAAGTAGAAAAGTAGAAATGAGG--TAATTTCTAAAGGTCTT 

a score=8445
s danRer3.chr12  4452749 169 +  37038836 AGCTTTGCGCGAGCGTGGCTGGCTGGCGAGGGAGGAACGGGCCAAGCAGATCTATGAGAAACACCTGGAGGAGCGACGCAAGAAACTGGAGGAGCAGCGGCAAAGAGAGGAGAGGAGGAGGACAGCAGTCGAGGAGAAACGCAGACAGAGGCTCAAAGAAGATAGAGTG 
s mm7.chr10     19969931 169 + 130066766 AGCTGCACGAGAAACCGTCTGGCTAGAGAGAGAAGAACGAGCCCGGCAGCACTATGAGAGACATCTGGAGGCGAGGAAGAAGAAGCTGGAGGACCAACGGCTGAAGGAGGAGCGGAGGAGGGCTGCGGTGGAGGAGAAGCGGAGGCAGAGGCTGGAGGAGGACAAGGTG 

a score=3051
s danRer3.chr12  4454008 98 +  37038836 CAGTGTTTTCATCCTGTCTTTCAGGAGCGTTACGAGTCTGTGGTGCGGAAGACGATTGAGAAAAGCCTGAAGGCCAAACAGAAACCAGGCCATTGCTC 
s mm7.chr10     19971239 96 + 130066766 CAGCTCTTCTATCCC--CCGTAAGGAGCGCCATGAAGCTGTTGTCCGACGGACGATGGAAAGGAGCCAGAAGCCAAGGCAGAAGTCTAACCGCTGGTC 

a score=4147
s danRer3.chr12   4491627 113 +  37038836 AAGTCAATGAAAAATTCCTACCTCCTCAATTCCAGGAAAGTGCTCCAGAAACTGGGACACATAGGTCATTATGGACTGCTCATCGGGGGGATTGAGCATCACATCTGAGAAGA 
s mm7.chr12     102278207 113 + 117814103 AAGGGAAGGGGAACAACGTACAGGCTCCAACTCTGGAAAGCGCTCTAGAAACTGGGCCACGTATGTCACAATGGACTGCTCATCTGGCATGTCAACCATGATGTCTGTGGAGA 

a score=6975
s danRer3.chr12   4493045 213 +  37038836 TACCCTCTGGTTCAAGGAGTTTCGGGATGCCAAGACTGTAGTGTGCCGTTCTGAATGCCTCCTCAATGTTCTCTCTGGGTGTTCGGAGAAAAGACCTCCTCATATCCACTAAACTGGGGTCAATGGACTTTATCACAGCAAGAAAAGCCAGACCACTCGTCCAACTCTTCCCAAAGTCCTGCACAGCAACTCCATATCTGGAAGAAAAACGCA 
s mm7.chr12     102279711 213 + 117814103 TACCTTCCGGCTCCAGGAGCCTCGGGATATGCAGGGAATCATGGGCAATGCTGAAGGCCTTTTCCAGATTGTCCCGGGTGGAATCTTCCAGAGCCTGCTTCATGTCTACAAGGCTGGGGTCAATAGCTTTGATGACAGCCAGGAAAGCCAGGCCACTCCTCCAGCTGCCTGCAAAGTCTTGGACTGCCACACCATACCTGATGTGAAGAGGTA 

a score=6307
s danRer3.chr12   4495085 276 +  37038836 AGCCTACTTTCTAGTCCGTCTCTGGACCCACTGCAGGAGGGTTTTGATGACCTTCCCATGACCCCGTGGAGCGACAGTGGGCTTTCTCTCATCTGTGGGTGTGCTGGAGTGGGACGTGTCTGAATCGGAGCTGGTCGGGATTGACGACAAGCTGGAGGACGATGGAAACTGGCTCTTAATGTTCCCCGTGAGCTCCTTGATCTGCAACACAAACAGGTCATTACTGAGTATGCAGACGAGCAGCGTTTGCTCAGCACGGTGGCATTTCCTATCATC 
s mm7.chr12     102284296 266 + 117814103 AGCTTACTTCCTGGTTTTCCTCTGCACCCATGACAGCAGGGTCTTGATGGCCTTCCTCTGGTCTTTCACTGCCACTGCCACACTCCTCTCGGTGGTGGGGGTGGGTGGGTAGGAAGAGTCGGAGTCGGTGCCCCCAGAGCCCGGTGACAAGCTGGAA---GATGGAGAACTCCTGCTGAGGTTGCCCGTGAGCTCCTTTATCT--AGAGAGAAGAGGGCA-TATCAGGCCCAGTGACCCACAGTGACTCCTGACCA--GTGGC--TCCCTCTCATC 

a score=5805
s danRer3.chr12   4495873 103 +  37038836 TTACCTGGAAAAACAGTATGATATTCCAGATAAGCCCGAGCACTATGGATGGATTGCCATCTGCGATATCCGTTGCATCGATGCTGACTAATTTCACCTAAAA 
s mm7.chr12     102286156 103 + 117814103 TTACCTGGAAGAAGAGAATGATGTTCCATATCAGCCCGAGAACCAGCGAGGGGTTGCCGTCCGCTATTTCCGCTGCATCGATGCTAACCAGCTTGACCTGGAA 

a score=4539
s danRer3.chr12   4496042 152 +  37038836 AATACTCACGTTTCTTTCTTCCAGAAAGGCCAATACCTTGGCGATGTTATTGAGCCTAAAAATGCGATGCGAGGACGGCTTAAACCCATGCAGCTGAAAGGATGAA---------AGGTCAGGGTTTTCTTAGTGGT---TCAAGAAAACAGATGAAGACATTT 
s mm7.chr12     102291354 164 + 117814103 AACACTTACATTGCTATCTTCCAGAAACTTGAGTGCTTTCGCTATGTTGTTCAACCGAAAAATACGATGTGATGAGGATTTGTATTCATGCAGCTGAAAAACAAAACATGCAGCTAAGCCAGTGCCCATGCAGTAGTGCCCCAAGACCACAGGGGGCGCCTTTT 

a score=4193
s danRer3.chr12   4496217 109 +  37038836 ACTAGTTTGCTTCCTGAGAGTTCGTCAAGAAGAGCCATCAGCATCTTCCCATCCTGGATATCACGGAACAGGTCCCGCACTTCCATACGAGGATTGCACTGCACAACAG 
s mm7.chr12     102294796 109 + 117814103 ACCAGATTTCGCCCAGAGAGGACTTCTAACAGAGCCATTAGGATTTTGCCATCTTGAATATCAACAAACAGGTCCGTAACTTCTAGAGGTGGGTCACACTGTGGGACAG 

a score=1525
s danRer3.chr12   4550602 114 +  37038836 AGCTGAGAACCAAAAATAAAATAAC-TTTGAATGGTAACAGGAATAAAATCAATGACTTAAAACAAAGATAAAACATACATATATAGGTTAAATAAAAAGAAGCACAGATTGGAG 
s mm7.chr3      138744909 102 + 159849039 aggggaaaacaggaaaggggataacatttgaaatgtaa-ataaagaaaat------------acccaattaaaagaaaaaGAGGGGGAAAAAAGAAAAAAAAAAACAGAGTGGAG 

a score=7622
s danRer3.chr12   4550726 281 +  37038836 TAAGTGGGTGGAGGACCGTCGTAGCGGAGCATGATGTTGAAGGAGCGGGCGAAGTTGTTGGCCAGAGAACAGCTGGTGCCCTCGTCCATCATGGGCAGCAAGAAGGCCAACAGCAGCAGAGCCAGTAACAGCAGCTGGAGAGGAAGAGCCACGCGACACACACGATACAAGA---AGCCCGGA--CCACTGCT--CGCCTGCAA-------AACACACACGAAACACACACACTGTTACATGC-TGAGTGGAAGTTTCTACAGGTGCTTTGATGCTGACAGGCAT--TGAATCAATCA 
s mm7.chr12     102426487 291 + 117814103 TAGGTGGGCGGGGGGCCATTGTACCGAAGCATGAGCGCAAAGGAGCGGGCGAAGTTGTTGGCCAGGGCGCAGCTGCGCTCCTCCTCGCCGGCcggcagcaggaacagcagcagcagaaagagcaggagcaacagctgcaatggcagTGCCACACGGCATGCTTTCTGTAGGAGAGAGCAGGGACTCCACCGCTTCTGCCTCCGACTCTGTGAACCAATACGAGATACACATG--AGTACATGAGTGGCTAGGAGCCTC-----GGGGATTGGGGCTGGAGGACATGCTGGATCAACCA 

a score=3799
s danRer3.chr12   4558738 135 +  37038836 CAGATCAGCAGCCTCTTTGAGCTTGGATTTGTATAACATCCAGCGATACCGCAGCTCTTCCAGCTCCAT------GTCCTCCACTGATCT---ATGCTGCTGATCTTCCAACAGTTTCTGGAACT----GACTCTGACCCCAGACTAC 
s mm7.chr12     102434930 148 + 117814103 CAGGTGGCCAGAGTCCTTGAGCTTGGACTTGTACAGCATCCACCGGTAGCGCAGATCTTCCAGCTCGTTGGAGGGGTCCCTTGCCGGCCTGAGACGAAGCAGGTTCTCAAAGAGGTGCTGGCCTTCTGGGATTCGGGCCTCCAGCTCC 

a score=5498
s danRer3.chr12  4572535 602 + 37038836 CACCTCCTCCTGCTCACCAGCCAGTAATATCGGCCATCAGCACCTCTAT-----CACCTCCTCCTGTTTACCAACCAATAACATCAGCCACCAGCACCTCTAACACCTCCTCGTGCTCACCAGCCAATAACATCAGCCACTAGCACCTCTATCACCTCCTCCTGTTTACCAACCAATAACATCAGCCACCAGCACCTCTATCACCTCCTCCTGTTTACCAACCAATAACATCAGCCACCAGCACCTCT-----ATCACCTCCTCCTGCTCACCAGCCAATAACATCGGCCACCAGTACGTCTAACACCTTCTCCTGCTCACCAACCAATAACATCAGCCACCAGCACCTCTA--ACACCTCCTCGTGCTCACCAGCCAATAACATCAGCCACTAGCACCTCT------ATCACCTCCTCCTGTTTACCAACCAATAACATCAGCCACCAGCACCTCTATCACCTCCTCCTGTTTACCAAC--CAATAACATCAGCCACCAGCACCTCT------ATCACCTCCTCCTGTTTACCAACCAATAACATCAGCCACCAGCACCTCTATCACCTCCTCCTGCTCACCAGCC-----AATAACATCGGCCACCAGTACGTCTAACACCTTCTCCTGCT 
s mm7.chr16     79533796 600 + 98481019 CATCTCTTACTACCTCCTA-----TGAGATCATCTCTTACCACCTCTATGAGATCATCTCTTACTAGTCTCTA--TGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCATCTCTTACTACCT---CTATGAGATCATCTCTTACCACCTCTATGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCATCTCTTACCACCTCTATGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCATCTCTTACCACCTCTATGAGATCATCTCTTACTAGTCTCTA--TGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCATCTCTTACTACC---TCTATGAGATCATCTCTTACCACCTCTATGAGATCATCTCTTACTAGCC--TCTATGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCATCTCTTACTACCT------CTATGAGATCATCTCTTACCACCTCTATGAGATCATCT--CTTACTAGCCTCTATGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCATCTCTTACTACCT------CTATGAGATCATCTCTTACCACCTCTATGAGATCATCT--CTTACTAGCCTCTATGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCATCTCTTACT 

a score=743
s danRer3.chr12  4573474 437 + 37038836 CCATCAATAACATTGGCCACCAGCACCTCTAACACCTCCTCCTGCTCACCAGCC-----AATACCATTGGCCACCAGCACCTCTAACACCTCCTCCTGCTCACCAGCCAATACCATAGGCCACCAGCACCTCCAA---CACCTTTTACTTACCAGTGAGTAACACCGGCCACCAGCACCTTCCAACAACTCCTACT-TACCAGACAATAACATCAACCACCAGCACCTCTAA---CACCTCCTCCTGCTCACCAACCAGTAACATCAACCACCAGCACCTCTAACACCTCCTCCTGCTCACCAACCAGTAA--CATCAaccaccagcacctctaacacctcctcctgctcaccagccagtaacatcaaccaccagcacctccaacacctcctcctgctcaccagccagtaacatcaaccaccagcacctccaacacctcctcctgctcacc 
s mm7.chr16     79534396 401 + 98481019 ACCTCTATGAGATCATCTCTTACCACCTCTATGAGATCATCT--CTTACTAGCCTCTATGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCATCTCTTACCACCTCTATGAGATCATCTCTTACTACCTTCTCTGAGATCATCTCTTACT--------------ACCTCCTATGAG--------ATCATCTCTTACTATATTCTATGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCACCTCTTTCTAGTCTCCA--TGAGATCATCTCTTACTAGTCTCTATGAGGTCATCTCTTACT-ACCTTCTATGAGATCATCTCTTACTACCTCCTATGAGATCATCTCTTACTACCC--CCTATGAGAT-------------------CACCTCTTTCTAGTCTCCATTAGAT--CATCTCTTACTAGCCTCTATGAGGTCATCTTTTACTAGCC 

a score=5272
s danRer3.chr12   4618200 231 +  37038836 ACGGTCAGATTGCGAGCGGAGGCTGTTGGTGT--ACCTGCAGGCGGTTCTTGCGCTGCTGGAGCTGGCTGTGGAGTAACTCTCTCTTCCTCATATCCCCGCTGAGCTCCCCCAACAGATCTTCAGCTTTCTCCTGGCCAAAAACTGCGCTGAGCAGATCACTCTTCACCTGGAGCAAACTCAAGCGCTCCTGGAGCTGCACGCTGTTTTTAAGCAACTTCTACAAAAGAACAA 
s mm7.chr12     102449812 233 + 117814103 ATGGCCAGGCTCCAGGGCGAAGCTGCTGATGCTCACCTGAAGTTTGCTCTTCCGCTGAAGAAGGCTGTTATGCAGTAGGTCTCTGTCCCTCACAGAACTTGTCACCTGCTCCAGGAGGGTGGCTGCTCTCTCCTGGCCAAAGATGCTGCCCAGCAGGTCGGTCTTCAGCTGCAGCATCGCCAGCTGCTCTTTCAGGCGAGAGCTTTCCGTGAGGGCCGCCTGTGAGAGACAAA 

a score=5948
s danRer3.chr12  4633970 145 +  37038836 GATCTCACCTCCTCGCATTCAGCACCATGAAACACCACAAGACTGTCACACTCCCTGCACTTTGATGGAGCCCTCAGTTTCCTCAGTTTGTGCGTCTGTGCAGCTTTCGACATCTGTGTGTTGCGGAAAGGTCCGGGAGAACTGG 
s mm7.chr3      38073329 145 - 159849039 GATCTCACCTCTTCACACTCGACGCCTGGGAACATTACGATGCCGTCACAATCCCTGCACTTTGTCGGGGATCTCAACTTGCGAAACTTGTGAGTGAGAGCTGCCTTTGACATCAAAGTTTTCTTAAATGCTCCGAGGGAATTGG 

a score=-1317
s danRer3.chr12  4639454 531 + 37038836 TACACTGGGAATGTACAAAAAGAACCGTGGACATTCTTCACGGTCTTTCCACGTAACACTTGTTAGGACATGTAGAAAAACAAGTACACTCTATAATACG----GCAATATTATAGTGAATCAGATGCATTTTAAGAGCTTTTTGGCA--GAGACACGTTTTTTTTTTACTTTAATTTAAAAAATGTATCCTCAGTTTTTTATTTATCTAAGTTAAAATGCATTAAAATTATATTTCAATCGGTTTAAAATTCCACTTAAGTCAAATAAAACGCCGTTTATTTAAAATACTTTGTCAGAGAAAAAATGTG----CTTTATTTGTTC--AAAGATCaaattatattaaaataaaacattctataaaaataatataataGT-ATAATGGTCCTTCCACGTAATA-CTTCT-------------TAGGACGTGTAGAAAAACAAGTGCACTG----TATTATGGCAAT-ATTATAGTAAATAA-----GATGCATTTTATGATCATTTTGGCTGT--ATTAAGAAATAGCTTTTTTTTGCAAAAACatttttttttttttactttaattttaa 
s mm7.chr19     39453424 533 + 61223509 tatactaggaaagtttatataaaa---------tttttaactatttttctttgtcaaatataata----atcaagtgaccttgtttcattttttaaaataatgtgttctattatggtgacttttttg--tttcaagtgatcattgattttgggata-attcccatttggctataggttttaaatcttaacat--attatatattattCCACTTTAATATATCTT-------TGCTATTATTTATATAAGTTCTCACATACCTACTTTTAGATTTCTATCCTTGAATACATAATTTCAACGCAAATATGGGTAAACTGTTTTTGCCAGGAAGGCTCAAATGATATTACAATGGCA-----TTTAATGCTACCACAGTAGTTGTGGCAGTTTTTCAATGAAAAAACTTCTGGTCATAATGTAATGGTATAGATACTAATATAAGCTTGATGAAAATATTACTACAGTCATTGTGGAAAATCATGTTAGAGGCCCTCTAGAATCTTTCTATATGTCTATCATGATGATATGTTCCTTTTTAAGAATAGTAGGA-------AATCTAATTATGA 

a score=1359
s danRer3.chr12  4640000 670 + 37038836 ATTTTATTTAACT------------ATTTGACACTAGAAA-AAGTTACTGGACAAAAACATCTCAATTGAAACGCATTAAAATAATTTAAATCGGTTTAAAATACACTTAAGTAAAAATAAAAGTCATACTTTTTAGAAGAAAAAATGTGATTTATTTGGTCaaaaataaaatcatattaaaataaataattctataaaaaatgtatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatatatatatatatatatatatatatatatatataGCATACTCtatata-taaacattacattt---atttaatattatattGGACCGTGGGCAAAAGCCGTGGACATTCTTTATGGTTTTTCCACG--------TAATACTTGTT-----------AGGACGTGTAGAAAAACAAGTTCACTCTATATTATGGCAATTTTGTA-GTAAATAAATGCATTTTATGATTATTTTGTCTGTATTAAGCAACACATTTCAGCAAAAACATGTTTTTTTTTTCTTTAAACTTTAATATTTCATCCTCAATTGTTTATTTATCAAAATTGCAGTGCATTAAAATGATATTTCAATCGGTTTAAAATTCCATTTA-AGTAAAATGAAATGCCATTTAAATAAAAATAAAACTCATTATTTTTTAGAGGAACAAATGTGC 
s mm7.chr19     39453976 658 + 61223509 ATTTTATTTAACTCAAGGACAGAGAATCTTATTACAGACATGAATTACTTTAGTAGAGAAGCCCCAGGGAATTAGATTCACATTCCTTACACTGTTTTT-----CACTATATTGAGAGAACAAGTAAT-TTTCATGGATGAA---------TCTGCATATCCAAAGATCAAACC----TAGCACACATTCTTCTTCATATGAAGTTGATACATGAAAAGAAATA-ATGAATAAAATGCCTCATTTAGTTGTGTTT-CAAGCATGCAAGTACAAAAATATACATAATTATATTCAGATAATCACATCAATGGAAAAGTCAGGCTAGTAAGAATTTAGGGTGAAACTGAAAATTATA--AAAATCTGGATCATAGCTTTTGAAATAGTTTA--ATTTCTCCACAACATTCTATGGTCTTTGTTCACAACAACATAAAACTTAAAAAAAATTGTATAAAGTTTACTGCAAAGTAACTTTGTAAGTTAATAAGTACAT-----AATTTCTATACAAGTACAAG---AGACATTTGAGATGAAAGCTATGTTGTTTCTCCTTAAATTTTGCAATTTCAACTTCAAATATTTAACTGTACAACTTGTAAAATATACAAAT-------------GTACAAATGTAGATTTATTGTAATAAGATATGC----TGATAAATAATTTATCTGATTGTTTTATGAAATTACTCATAGGC 

a score=3335
s danRer3.chr12  4649402 122 +  37038836 CCGTTTCAAGATCAGCAGTCATGAATGCGTAATAAATTTGAAAAGCAAATAATTGGCATTGCTGTTGCGTGGGGGAAGGGAATGGAGGGAAGCCGGTGGC------AAGTTGGAAGGAGGACAGAGCT 
s mm7.chr10     67879594 122 + 130066766 CCTTCTCCAGATCACAGGCCATGTTGAAGTAATAAATTTGAAAAGCAAATAATAAGAA-----ATCAGGAAGGGGGAGGGAG-AGAAGGAAGACAGCTGCGCAGCAAAGTTGGGTCGGGGGAGGGGCT 

a score=281
s danRer3.chr12  4649923 648 +  37038836 CACAATGCTGGCTTGGCTTTGCATTATAACCAAGCAGGTTTCATTAT--------TAAGCTTTTAAA--AATGTGTTGTCAAAAATGtaattata-ttaattttttaaaaataaataattaaaaattaatagtaatatttacttaataaataatataacctatcaaatacataatgttttatataaaaatagtatctataatttataaat-atcactacat-taatataatattataa---tagttgtta-ttttctgatataataataataaat--atgtttaatatgttaatttaaattatatGATTGTCTACATAGAGTAGattaattaatttatttaattatttaattgaaattaatttacaattaatttggatattaaattaacctggctaattatttttctattttaacttatgtgcat-ttcttttattaatataatcatttaaaattaatgcatttaatctGCTGAAGGTATACatttaaactataaataatattaaaaaatacaa-----aaatatttaaattataaat--------ttttataacatttaaataatacttatataaaCTTAACTt----------atatatatatatatatatatatatatatatatatat-atatatatatatatatat-atatatataAAACA----TACTGTTACAGCATATATTTACATTTTT 
s mm7.chr15     49448914 644 + 103647385 CACCTTTCTGTGTTGTCTTTGCAATATATTCAAATATGTTTTATCCTTTATAAGATAGGCTTTGATATTGGAGTATGGATTGAAGTTTACTTACATTTAGTTCTCTAAGGAC-----ACTGCCATCTTGTGGTCAGCATCAAGAAATAAATGGTGTG------CAAGTATGTAGCAAGCAATCTCATGGGTGAACCCTTAGTTTCAAACTGAACATTAAACGTGGTATGTTTTTTAAAATCCTGTAGTTACTTTTCTCATACCTTGAGAGAAAGTAAAAAATTATAATGCTGATGAGGATGCCAAAGCCCCCCAAAT---GAACACTCATTAAC---------------AATAAGTATAGTTCAAAGCATATAAGCATAAGAAGGTAA---GTATGAACACTAGTTCACTTGTACCTACTTGTATACTATACAAGTAGTATACCTATGTACA---------------CTACTA-----ATATGTGTATATTATTAATAGCAATAAAATATATAATACCCAATTACCATTATTATACATGAGACTAAGTTCTTTATATTTATAAAATCATGTAATCAACTTATCTTTCTGCCACCCACATACACACAATCACATATAT-TATGTAAACTTATGATTTATATATTTATATATGATGATTATTAAATGATTCTAGTGTTCCTTAAAATAAATACATATTT 

a score=17008
s danRer3.chr12  4652447 336 +  37038836 AACACACATCGCGAAGGGGACGGAGCCCTTCATGGAGAGAGAGAAAAAAAGCTGGGAAAACATGAGACATTACCTCTCCGTGAGTGACATTTCTGCCCTGGGGGGTATCTTCTGGGAGAAAATAAAGTTTGGAGCTGGATAGAAGTTGCTTGGTTGTCCTTTCCTCCCATAAGAGCTGTAGTTCTGCTATGCAGATGGGGTCCCCCGCTTTACATCTGACCAAGAAAAAATCTCCCAGGGACAAAATCCTCGCTTTGCCTTCAAGGTGAAATCTAAACGCCTTGTAGAAAATGTAAGGTCCGTGCAAACCACAAGGTGAGCCTACCCACTGCGGAA 
s mm7.chr10     67881228 330 + 130066766 AATACGCATTACTGGAGGGGGGGGGTAGATAATAAAGAAGGAAGAGA------GGGAGAGATAGGTTTACCACCTCGCCATGGTCGCTATTTCTGCCCTGGGGAGTGTCTTCGGGGAGGAAATAAAGTTTCGAGCTGGATAAAAGTTGCCGGCTGGTCCTTTCTTCCCACAACAGCTGGAGCTCCGCTATGCAAATCGGATCCTTTGGCGTACATCTTACAAAGAAAAAGTCGCCAAGGGACAAGATTCTTGGTTTGCCTTCAAGGTGGAATTGAAAAGCCTTATAAAAAATATAAGGTCCGTGCAAGCCACACGGTGAGCCGACCCACTGCAGga 

a score=8287
s danRer3.chr12  4653028 168 +  37038836 AGCGGAGTGGATGATATTACCAGGAGTGAGTTGGGCTCCATCTCGTCGCTCTGAATTGATTAAACTCAAACATTCTCTCCAAACTTGTTGGCTTGAATGGATCACAGAAGGTCCTGGAAGGACAAAATATCAACGCGTTCTTCAACGCGGCGACCT---TCAATATGAAAC 
s mm7.chr10     67882035 167 + 130066766 AGCGGAGGAGAGCGAAATACCTGGAGTGAGTTGGGCTCCATCTCGACGTTCTGAATTGATTGAACTC-AACATTCTCTCCAAACTTGTTGGCTTGAATGGATTGCATCAGGTCCTGGCAGGGGAAAGCATTCTC---TGCTTGCAGCCGGCGTGATGTCTCAATATAAAAC 

a score=1230
s danRer3.chr12  4653221 46 +  37038836 TAAAATGTCCGAAATTGGTGTCTAATATTTGTT--AAGGCTCTATTAT 
s mm7.chr10     67882227 48 + 130066766 CAAAATGATTGAAAATATATCCTAATATTTCCTCGAAGACTCAATTTT 

a score=670
s danRer3.chr12  4653313 306 +  37038836 ATTAAATTCGTGAATGCAAATAGAGAGTGGCTCGTGTGGTGTCTGTCAGCGCCTTGAAGGTGTT-------TTTAAAAATCATGAGATGATCTTTCGAAATAACCTCGTACTCATTTTGAAAGTGCTTCGAAAGCAAAGCAGATTTACGAATTGACTGAATTTTTAG-----ATGCGCACC--CGAAGGAGATATTT------AATAATATCATCCATGATGCCATTATCTACCTGCCAGGACCTGCGTAAAAGGAGGTTTGTATGAGTATA----CAGAAACATTTCCTGCAGAGAT-------------TCTTCCTTTTATTTCTCCACTGC--ATTTACTGT 
s mm7.chr10     67882320 314 + 130066766 ATCAAATTCG-------AAATAGGGAGAA----GGGCTAAGTCCGACCTCGGCGGGAAGAGAATGGATCAAGGCAAAAAGCAGACAGGAAGATGTAAAAAAAAATTGAAACCCATCCTAAAACC-------AAGTAATGAGGGTATCTTTCTCTTCTCAGTTCCTCGTGTCTGTGGGTAACGTCGGTTGAGATTTTTGGAGCAGACCAAGTCTCTCGAGCTG-CGTTGTGCATCTGACAGGACCTGC------------TTGTATATGTCTAATATAAAGAACATTTCCTGCAGAGATTCCGGGGCGCCGCTCCTCTTTCTAATGCTCCTTAGCAGATTTGCTGT 

a score=2780
s danRer3.chr12  4654211 67 +  37038836 AAATTACAGGATGTAACATTTAC--GTCAGCTATTTTTATGTCTTATGCAATGTTTTATCTCCAGTCAC 
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a score=-1194
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s mm7.chr6      42760485 385 - 149646834 TTcaaatatatacatatatatacatacacacatatatacatacatacatacacacacacacatatatacacacatacacacacacacacacacTTTTTTAAAAGTAAGAAATAGAAGGGTGTATTTGACTCAGGACTCTTCAGAAACTGTTTTTAGAAGTATACAGAAAAAGAGAAATTCATATTCTGCTGGAATTACAAGATTTCTTATCTGTCATATCTGAGATAAGTAATTTGTAGTTAAAAGAGTTTGAACTATATATCATAAACACTTTAAGTAAAAATTAAAATAGTGTAAC----ATTT---GGTTTTGAAGAGACGGGGTTGCAGATCCACTGGGATGTAGGTTATGCTCCGGCACTTTCTTTATATATTAACCATCTACACTT 

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s mm7.chr10     68876135 161 + 130066766 TTGGCAGACGTGACATTTACCTTGGATGACGGAGCCATCAGCGCCCACAAGCCGCTGCTGATCTGTAGCTGCGAATGGATGGCGGCCATGTTCGGGGGTTCCTTTGTGGAAAGCGCCAACCGTGAGGTACATCCGGTGGAAGCCCAGGTTTTAAGTAGCCC 

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s danRer3.chr12  4759549 196 +  37038836 ATTCAATTACAAAAAAGACAAACACTTGATACCAAGTAAAATCCATAATTTATT----CAACAATATTCCattttttaaaaaataaattaatGAAGTACATAAATAAACAAACAACCAACATTAAAGATAATGACCAGCAAGATCAAAGGCATTTAGACAGCAACAACCAAATGAACCAGCCATTCGGTTTTCAGCAGCT 
s mm7.chr10     61171526 177 - 130066766 ATGCTATTAAAATACATGTGAGGATTTTACACAAAAGTCGAGGCATTTTTTTTTATAGCTAAACAATTTTATTTGCTTTCTGTGAAATTAA--------AAAAACAAACAAACACAAAACG-----------AACCATCGTGGTTAAAGGCGGAT---CAGTGTCAACCAAATGAACCAGCCACTTGG-TTCCAGCAGCT 

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s mm7.chr10     61213631 119 - 130066766 TACCTGCCATATGCGAACCGCCTGTCTTTGTGGTGATCTCCAAACGTGTCCCAAAGCCTGAGGGAGATGCTCACTTCATCGACGACATCCCTGGACCGCTCCAGGACCTGT-Aggaggca 

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s danRer3.chr12  4793835 185 +  37038836 TTTACCTCTTGACAGACTCTATACTGGTCGATGGCCCATACGGTTGGTACATGCGTGGCCAACAATTGGTACTGGGTCAGTGTAGTGTTGCAGGCCCGGGCGCAAATAAGGCGAGTCTTCCCAACAGCATTATCTCCAACAACGACACATTTGATAGTTTCTACGTTGGGTCTTTCGTAGTCCAT 
s mm7.chr10     61214385 185 - 130066766 tttacctcctgGCAGACACGGTACTGATCAATGGCCCACACGGTGGGCACATGGGTGGCCAGCAGCTGGTACTGTGTCAGGGTGGTGTTGCAGGCCCGGGCACAGATGAGGCGCGTCTTCCCTACGGCGTTGTCGCCCACGACCACGCACTTGATGGTCTCAACGTTGGGTCGTTCGTAGTCCAT 

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s mm7.chr10     69309852 554 + 130066766 CATTCCCCCTTTGGAGGAACCACTTAGACACTTCCAGCTAGTGGCAGGGGATGCGGCCATAACACAGCTCCTCCGGTCCCAGCTGCC-TCCACTACAGCCTCTGCAC------CAGGATGGCTGTGCTCTCCTCCAGAGGGGAAGGCTCAGCAAGG---TGTAGGATGAGATCTGGCCCCTGCTGTGGTGGGTTTTGAAAGCTGCAGTTTCCCCAG-----CATCTCTGCCTCTCTGCCTCTTGGATGCCTTTCT---GCTCAGGCTTCTCTCCTGC-------GAGGGCTATGCTGCTCTATGCCTGATTAGAGGTACCCAAGGAGATCACCTTTCTCAGAGAAAGCTCTGCGCGCTGCTTGAGA----------CAGGGTCTTTTTCAAATGCATTATGGCTCATGCCGCCTCCCAGTTAAAGAAAAACAGGGATTTAGAAATCA---ATGCGGAAGAAGAGACTGAGAAAAAAAGGAAACACCGCAAACGGTCCCGGGATCGCAAGAAAAAGGTAGCTATGTGTGCCATGGCCTCTCATCTTTGTGTGTGGATCTCCTTTGACATCTGTGGCAAGCATGGAGAGATCTT 

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s mm7.chr9      48775972 451 + 123828236 TGGGATGATGGATCTCGGAGAACCCCTGCATGCTCTCAGGCCAGCTAGTCTGGTCTACACAGCCACAAACAGCAA---GAGACATGTCAATCAAAGGGGAAGGCAAGGTCCGGTGCCAAACTGTCCTCTGACTGACACACACACACACACACAAagagagagagacagagacagagagagacagagagaTAAGCGCGCGTGc------------------acacacac-acacacacacacacacacacacacacatacatacacacaAC-TTTTTTTTCATTTAAGAAGTGTGCCTATCTCTTTAAGATACTTGAGAGGTTTACACATCTCACCACAAGACAGAGATAAGAGATCAGCCAAA-------------CTCCCCGAGTTTTACTGAAAGCTGGGACCACATCTC--------TCCACTGTTCAAAGCTCGGC---AACATATTTCAGATGTTCAACTGAAGAGGGAAAaaaaaagaacaaaacaaaacaa 

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s mm7.chr10     69411776 146 + 130066766 TTTTTCTTCTTTCTTCTTATAGTCTGATGCCAACGCAAGTTACTTAAGAGCAGCTCGGGCAGGGCACCTGGAAAAGGCCCTTGACTACATCAAAAATGGAGTGGACGTCAACATCTGTAACCAGGTCCGTTGTGGTTATTGTTACA 

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s mm7.chr10     69412252 112 + 130066766 CAGAATGGATTGAATGCACTCCATCTTGCTTCCAAAGAAGGCCATGTGGAAGTGGTCTCTGAGCTGCTGCAGAGGGAAGCCAATGTTGATGCCGCCACAAAGGTCAGTGCCA 

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s mm7.chr3      32933235 337 - 159849039 ggagaggccccttggtcttgtgaagatcatatgc-cccagtacaggggaatgcaagggccaggaagcaggagtaggggtgtcggggagcagggtagagggagggta--------tagggggctttggggatagcatttgaaatgtaaataaagaaaatatctaatagaaaaAAAAGAAAGTAAAGTGAGATGTCAGAAGAGATTCCCAACTTCTTATTTTAAAATAGAAATCTT----TTGCAAGGTGGCT-TGGGGAAATGAGTGGTTTACCATGACAAAGTGTAGATTTTAATAATATGAATAAACTTGAAAATGCTTGTATATTTTGATTTCTGCACAGTTTGGAAAC 

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s mm7.chr10     69412532 163 + 130066766 CTCTTCCCTCTCATTCCACAGAAAGGAAACACGGCCTTACACATCGCATCTTTGGCTGGGCAAGCGGAAGTGGTCAAGGTCTTGGTTACGAACGGAGCGAATGTCAACGCACAATCTCAGGTGAATTTAAAAC----------CATATTGCAAAGGACTTTGACTGTTATTTA 

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s danRer3.chr12  5007047 248 +  37038836 AGATGATAACTGCGGTACGATCCTGCA-------------AATGAGGC---AGTGTTGTGATCTAATTAACATTCGAATCATGGGATGTATGTGTGTGTGCTGTACGG---TATGTTTGCTCAATACATTGGAAGAGCATTTGAATGAAATAGAAGTCTAAGCATTGTT-TTTGTTTCTGCTACAGAATGGCTTTACGCCACTCTACATGGCTGCCCAGGAAAACCACCTGGACGTCGTCAAATTCCTACTGGATAATGGATCCAGTC 
s mm7.chr10     69418909 249 + 130066766 AAATAATGACCGTGGTACGGGCTGCCACGCTCGATTCTCTAATGACTCCTAAGTGTTTGCAATGAAGGATTATCGACGTCAT------TTTGTGTGAGCACCGCTTGGGGATGTGCATGCTCGGTAC----------CAGCTCAACAGAGTAGC--TCACAGGACTCTTATTTTTTTCTTTCGCAGAATGGCTTCACACCATTGTATATGGCAGCCCAGGAGAACCACCTGGAAGTCGTCAGGTTATT-CTGGACAATGGCGCCAGCC 

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s mm7.chr3      32954192 22 - 159849039 AGAGTACTGCTACAGAGGTAGG 

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s mm7.chr10     69425566 204 + 130066766 TGTTTGTAGGACGGCTTCACGCCATTGGCCGTGGCTCTGCAACAAGGTCATGACCAAGTCGTGTCCCTCCTGCTCGAGAACGACACGAAGGGAAAAGTGCGCCTCCCAGCCCTCCACATCGCAGCCCGGAAAGACGACACCAAGGCAGCAGCTCTGCTCCTGCAGAATGACACAAACGCGGACGTGGAGTCAAAGGTAGGGCCA 

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s mm7.chr10     69426345 226 + 130066766 CTTCATCCCGTAGCTGCCATG-AGCTTCCTGCCGTCCACGTCACCGAGTGAAC--TAACCGTTCATTTTTTCCTCCTCTTTGCCTCCCAATGTGTTAACCTAGATGGTGGTGAATAGAGCAACTGAGGTATAtttat-----------------------gtatctgtctc-tgttttttttttgtttgtttgttttgttttttttttttgttgttttgttttgtttttatttttgtATAATCGGGATCTGCT 

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s mm7.chr9      110737940 432 - 123828236 TTTCCTTTGGGGAGGTGTGATCTGACTGTCATAGAGTTATTACCTTTTAGGCTCACTCATTTACTGTTCTTTAGTGACTTATGAACCTGAAAATCTTACCATGCGTTTATGACTCTTGAGCACTGTTGAGAATAGATTCTAATctgccttccttctctctcttcctccctatt--tctctttcttcctctacccctaccactttctcctttctttcctcccacttttttcttcttctttccatatccatcttcccaactttc---------------tttcctCTACCTTT--TTAAATGTATTCTTCCTATTGTTCTATAATTTTTTACAGAGAAATGGAAAATTTATGGAGTAGCTAC----TTAACTATTAACAACCATTCTCATTCTGTCATAGTCAACATATTAAAATGGTTATTATAGGTTTAAGCTATTTCTAATTGTTACTAATTGT 

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a score=7800
s danRer3.chr12  5044993 251 +  37038836 TTATAGGACGATCAGACCCCGTTGCATATATCCAGTCGTCTGGGAAAACCAGACATTGTCCAGCAACTGCTGCAGCATGGGGCTTTACCCGACTCCACCACCACGTCTGGATACACGCCACTGCACCTGGCTGCACGGGACGGCCACAAAGACGTGGCATCCATCCTGCTGGACAACGGAGCCTCTCTTGGCATTACTACCAAGGTCAGTCATAA--------AACAGAGCTGGATGATTCATAAAGCTTTTATAGATT 
s mm7.chr3      32994182 259 - 159849039 TTGTAGGAGGAGCAGACACCTTTACACATTGCCTCCAGGCTGGGGAAGACGGAAATTGTCCAGCTGCTTCTACAGCATATGGCTCACCCCGATGCAGCCACTACAAATGGGTACACACCACTACACATCTCTGCTCGGGAAGGACAGGTAGACGTGGCCTCTGTCCTGCTGGAAGCGGGAGCAGCCCATTCCTTAGCGACCAAGGTAAGGGGTGGGGGTGACTAAGAGGAACCAAGGCTTCATTCAGCTCCTGAAGAGT 

a score=4644
s danRer3.chr12  5058554 450 +  37038836 CAGGGAGTCGAGTGTAATGTGACATAAATAAAAATGCAATAACTGTAGATCAAAGAGCAAGGTGTGGTTCTGTGCCAAGCGTTCAGTGTCCTGACACACACATACACACTCTGAAAGAGAGAGAGAGATGGACAGACAGAGGGTGTGTCTGCTGCTGCTGCTGCAGTGCTGTAGTCTAGACACACCCTacacacacatgaacacacacacacacacacacacacaTGCCGCCAACATCCCAATCCATACActctctctctctctctctctctctctctctctctct---------------ctcCCACAGCCGACAACACATCAAATACTAGAGCT--GCTAAAACTGGGGATCGTTTTTCAAAAGCTTCACTCTATGTTCATGTTACAGATCGATATACATTGACTCTTTTATATACCGTTTAAACATAATACAGATTTT-----------GCTAAAAAAGCGAATGATACACAACA 
s mm7.chr9      48776013 409 + 123828236 CAGCTAGTCTGGTCTACACAGCCACAAACAGCAA---GAGACATGTCAATCAAAGGGGAAGGCAAGGTCCGGTGCCAAACTGTCCTCTGACTGACACACACACACACACAC--AAagagagagagacagagacagagagag---------------------acagagagaTAAGCGCG------CGTGcacacacacacacacacacacacacacacacacacatac-------------atacacacaACTTTTTTTTCATTTAAGAAGTGTGCCTATCTCTTTAAGATACTTGAGAGGTTTACACATCTCACCACAAGACAGAGATAAGAGATCAGCCAAA-------------CTCCCCGAGTTTTACTGAAAGCTGGGACCACATCTC--------TCCACTGTTCAAAGCTCGGC---AACATATTTCAGATGTTCAACTGAAGAGGGAAAaaaaaagaacaaaacaaaaca 

a score=6066
s danRer3.chr12  5063901 145 +  37038836 TTGTTTTTCTGTCTGTTT-CAGACTGACAGTAATGCCAGTTACCTCAGAGCGGCCCGGGCTGGAAACATTGAGAAAGCCCTCGATTATATAAAGACTGGTGTGGACATCAACATCTGCAATCAGGTCATTTATCTTCCTTTTTGTA 
s mm7.chr10     69411776 146 + 130066766 TTTTTCTTCTTTCTTCTTATAGTCTGATGCCAACGCAAGTTACTTAAGAGCAGCTCGGGCAGGGCACCTGGAAAAGGCCCTTGACTACATCAAAAATGGAGTGGACGTCAACATCTGTAACCAGGTCCGTTGTGGTTATTGTTACA 

a score=4922
s danRer3.chr12  5064670 111 +  37038836 CAGAATGGGTTGAACGCTCTTCATCTGGCTTCCAAAGAAGGCCACGTGGAGGTTGTGACGGAGCTTATAAACTTGG-TGCCACGGTGGACGCCGCAACAAAGGTAAAACCCA 
s mm7.chr10     69412252 112 + 130066766 CAGAATGGATTGAATGCACTCCATCTTGCTTCCAAAGAAGGCCATGTGGAAGTGGTCTCTGAGCTGCTGCAGAGGGAAGCCAATGTTGATGCCGCCACAAAGGTCAGTGCCA 

a score=419
s danRer3.chr12  5066272 114 +  37038836 CAGAAGCATTTCAGTAGCTCTT--TCAGAAGTGGA----TTTATCAAAGTGAATTCTTGATATTTGTGTTCTGTAGTGACAGAAA--------CAGTGATAAAAACAAACAT-----------------TGGGTCTCTTCACATT 
s mm7.chr3      32933419 145 - 159849039 CAGAAGAGATTCCCAACTTCTTATTTTAAAATAGAAATCTTTTGCAAGGTGGCTTGGGGAAATGAGTGGTTTACCATGACAAAGTGTAGATTTTAATAATATGAATAAACTTGAAAATGCTTGTATATTTTGATTTCTGCACAGT 

a score=6088
s danRer3.chr12  5066386 150 +  37038836 GAGTTAATCTG-CTCTACTCTGTTGTTGTTTTTTTCCAGAAAGGAAACACTGCTTTGCACATAGCATCTCTCGCCGGACAGGCGGACGTCGTCAAGGAACTTGTGAATAATGGAGCCAATATCAACGCACAGTCTCAGGTAGGGTCAGAGC 
s mm7.chr10     69412520 145 + 130066766 GAGCTCATGTGTCTCTTCCCTCTCATT------CCACAGAAAGGAAACACGGCCTTACACATCGCATCTTTGGCTGGGCAAGCGGAAGTGGTCAAGGTCTTGGTTACGAACGGAGCGAATGTCAACGCACAATCTCAGGTGAATTTAAAAC 

a score=5093
s danRer3.chr12  5069750 247 +  37038836 AGATGATAACTGCGGTACGATCCTGCA-------------AATGAGGC---AGTGTTGTGATCTAATTAACATTCGAATCATGGGATGTATGTGTGTGTGCTGTACGG---TATGTTTGCTCAATACATTGGAAGAGCATTTGAATGAAATAGAAGTCTAAGCATTGTT-TTTGTTTCTGCTACAGAATGGCTTTACGCCACTCTACATGGCTGCCCAGGAAAACCACCTGGACGTCGTCAAATTCCTACTGGATAATGGATCCAGC 
s mm7.chr10     69418909 248 + 130066766 AAATAATGACCGTGGTACGGGCTGCCACGCTCGATTCTCTAATGACTCCTAAGTGTTTGCAATGAAGGATTATCGACGTCAT------TTTGTGTGAGCACCGCTTGGGGATGTGCATGCTCGGTAC----------CAGCTCAACAGAGTAGC--TCACAGGACTCTTATTTTTTTCTTTCGCAGAATGGCTTCACACCATTGTATATGGCAGCCCAGGAGAACCACCTGGAAGTCGTCAGGTTATT-CTGGACAATGGCGCCAGC 

a score=1229
s danRer3.chr12  5069997 22 +  37038836 AGAGCATCGCCACGGAGGTGAG 
s mm7.chr3      32954192 22 - 159849039 AGAGTACTGCTACAGAGGTAGG 

a score=367
s danRer3.chr12  5072519 109 +  37038836 GGCAGTCTGCTTTTCCATTTACACTTGACATTTAAATGCGTTTCTTTTGCTCTTTAGAATGCTTAAAGTTTTCCATCTATTCCGACTATTCAAGGATTCTTGTGTTGTG 
s mm7.chr3      32958244  78 - 159849039 GGCAGTCCACTTCTGCTTCTGCTCTTCACAGTGAAACTCTGTCCTGCTG-------------------------GCCAGTCTCACTCATTCA------CATACGTTATA 

a score=11605
s danRer3.chr12  5072628 204 +  37038836 TGTTTGTAGGATGGTTTTACTCCGCTGGCCGTAGCTCTCCAGCAGGGTCATGATCAGGTGGTGTCTCTGCTCCTGGAGAACGACACCAAGGGGAAGGTGCGATTACCTGCCCTGCACATCGCTGCCCGTAAGGATGACACAAAAGCAGCGGCGCTACTCCTGCAGAACGACCACAACGCAGATATTGAATCCAAGGTACCTCCA 
s mm7.chr10     69425566 204 + 130066766 TGTTTGTAGGACGGCTTCACGCCATTGGCCGTGGCTCTGCAACAAGGTCATGACCAAGTCGTGTCCCTCCTGCTCGAGAACGACACGAAGGGAAAAGTGCGCCTCCCAGCCCTCCACATCGCAGCCCGGAAAGACGACACCAAGGCAGCAGCTCTGCTCCTGCAGAATGACACAAACGCGGACGTGGAGTCAAAGGTAGGGCCA 

a score=2653
s danRer3.chr12  5075261 248 +  37038836 CCTCACCATGTAGCCACCGTACAGCTTGGTGCTTCCATTGTGACTTTGTGAACACTAATCAGACCATTCTCTCTCCTC----CCGCTCTGGTGGTCCCTCTAGATGATGGTGAATAGAACGACAGAGGTATACATGTACAAACTCTACACACTTCACAAAGTGCCCACGTCACGCTGCTGCTGTGGCTG-CTGCCCCAATTCCCTCCTGTCCTGCTCAGTGCTGTTTTTGTCTCAGTAGAATGGCGCTTTATT 
s mm7.chr10     69426345 226 + 130066766 CTTCATCCCGTAGCTGCCATG-AGCTTCCTGCCGTCCACGTCACCGAGTGAAC--TAACCGTTCATTTTTTCCTCCTCTTTGCCTCCCAATGTGTTAACCTAGATGGTGGTGAATAGAGCAACTGAGGTATAtttat-----------------------gtatctgtctc-tgttttttttttgtttgtttgttttgttttttttttttgttgttttgttttgtttttatttttgtATAATCGGGATCTGCT 

a score=3697
s danRer3.chr12   5076789 425 +  37038836 TCCCCTCTTGGCAGGTGCCAGCAGAA------AGAGCTActtctttt----ctcttttcttttcttttcttttct----------cttggctatcttgtctatttttctcttctcttctcttctctt---------ctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctcttctctt-ctcttctcttctcttctcCTTCCCGTTCTTCTCCACAGTCAGCATGGCTTTCAGATTTGTTCCAGCTGTCCTGCAACTTGTTAACAACTCTGTTTTGCACTGCATGACAAGCAACTTACAGTATTAAGTAACTGATATGTTATTAACCACTGAGAATAATTTCCTATCTGTCAAAATTACAATAACTCACTGTCTATTTTAGCTGTGCGCTATATATATTTGCTATTAAATAT 
s mm7.chr9      110737940 432 - 123828236 TTTCCTTTGGGGAGGTGTGATCTGACTGTCATAGAGTTATTACCTTTTAGGCTCACTCATTTACTGTTCTTTAGTGACTTATGAACCTGAAAATCTTACCATGCGTTTATGACTCTTGAGCACTGTTGAGAATAGATTCTAATctgccttccttctctctcttcctccctatt--tctctttcttcctctacccctaccactttctcctttctttcctcccacttttttcttcttctttccatatccatcttcccaactttc---------------tttcctCTACCTTT--TTAAATGTATTCTTCCTATTGTTCTATAATTTTTTACAGAGAAATGGAAAATTTATGGAGTAGCTAC----TTAACTATTAACAACCATTCTCATTCTGTCATAGTCAACATATTAAAATGGTTATTATAGGTTTAAGCTATTTCTAATTGTTACTAATTGT 

a score=6662
s danRer3.chr12  5080012 155 +  37038836 CTATTTGTTTCTCTCCCCCTTTCCAGAGCGGCTTCACCCCTCTCCATATAGCGGCTCATTACGGGAACATCAACGTTGCGACCCTGCTGCTGAACCGCGGGGCTGCCGTTGACTTCAAGGCGAGGGTAAGGAC-------GCAAA--GCCCCAGCTGAATGGAA 
s mm7.chr10     69427661 162 + 130066766 CCATTTGT--CCCGTTTTCTTCACAGAGTGGCTTCACCCCGCTCCACATAGCTGCCCACTATGGGAACATCAATGTGGCCACGTTGCTGTTAAACCGAGCGGCTGCTGTGGACTTCACCGCACGGGTGAGTACATGCGTGGCAAAGTGTCCCACCTTCAAGGGA 

a score=5158
s danRer3.chr12  5084369 186 +  37038836 GCATGTAAACAGCACTTTTCACTTGATTGTGCGTCTGACAATTCGTTTGGTCTTTTTTGTATTGT-GGCAGAATGACATCACGCCTCTCCATGTGGCATCGAAAAGAGGAAACGCCAACATGGTCAGGCTTCTGCTGGAGAGAGGAGCCCGAATCGACGCCAGAACCAAGGTCAGTGCTGCGAGCAG 
s mm7.chr10     69452715 186 + 130066766 GCATGGGAAACTGAGTCCTCCCTACACTGTGTGTGTCA-AGCCTGTGACTTCTTCTCTGCTTCCCCTTCAGAATGACATCACTCCCTTACACGTTGCCTCGAAGCGAGGAAATGCAAATATGGTGAAGCTATTGCTGGACCGGGGTGCGAAGATCGATGCCAAGACCAGGGTAAGTGCCCTGCCCAG 

a score=6522
s danRer3.chr12  5087759 120 +  37038836 TCTAATCTCCAGGATGGCCTAACACCTTTACACTGTGGAGCGAGGAGCGGTCATGAGCAAGTGGTTGAGATGTTGCTAGATCGCGGAGCACCCATCCTTTCAAAAACAAAGGTTAGAGCT 
s mm7.chr10     69469321 120 + 130066766 TTTGTTCCACAGGACGGTCTGACTCCGTTGCACTGTGGGGCGAGAAGTGGCCATGAGCAGGTGGTAGAGATGTTGCTTGACAGATCCGCCCCCATCCTTTCAAAAACCAAGGTAAGGTCT 

a score=202
s danRer3.chr12  5092504 180 +  37038836 atttacacaaatagactcaatgatgggcaaaaa--atctgtgcgtgcagattccatgtgggcctaTTCAT--------CAATATTTACCTGAACGTTTTGGAAAAGTCCTGTAATTTTAGTAGTATAA----ATGTGTAGAAA---------------------CCCTGTAGAGGGGTGATAAACTGGTTTATATTCGG----------------------------TCCATCTGTGATTCCT 
s mm7.chr3      32978560 243 - 159849039 ATGTACACTGCTATATATAGTATTAGATATAAATGATCTATGCATGAGCACTCTGTCTAATACTGTTCTTATAATTTATAAAATCCAGCTGAATATTATGAAAACATGCAATATCTTTTGCTGAAGAATATTATGATCATAAAATTAAACACATGCTTCCCTTCCCTCCTTTATCTAGGATAATCTGTTCTACATTCAGATATTCAGAGAGAGTGATTTCTCCTGCCTCCAGCTGTGTTTCAG 

a score=13679
s danRer3.chr12  5092684 285 +  37038836 AAGATGCCAGAAAAATAGAGAAGTGAAAGTCATTCAGTTATTTGATTTCGTCATATCTTAAACTGCCGTGTGTTTCAACAGAATGGCTTGTCGCCGCTGCACATGGCCACGCAGGGAGATCATCTGAACTGCGTCCAGCTCTTGATTCATCATGAGGTGCCTGTGGACGACGTCACCAACGATTACCTGACAGCCTTGCACGTCGCTGCACATTGCGGACACTACAAAGTCGCCAAGGTCCTAGTGGACAAGAGGGCCAATCCGAATGCCAAAGCACTGGTGAGT 
s mm7.chr10     69472890 264 + 130066766 aaaaaacaaaaaaaacaaaaaaacaaaaaCAAT----------GAGTCC------TCTTCCCCTTCCGTGTTC-----CAGAATGGATTGTCGCCACTGCACATGGCCACACAAGGAGACCATTTAAACTGCGTCCAACTCCTCCTCCAGCACAACGTGCCCGTGGACGACGTCACCAACGACTACCTGACTGCCCTCCATGTGGCTGCCCACTGCGGCCATTACAAAGTTGCCAAGGTTCTTTTGGATAAGAAAGCTAGCCCCAATGCCAAAGCCCTGGTGAGT 

a score=-432
s danRer3.chr12  5093989 106 +  37038836 ACTGTAGAAAGACAAGAAGTCTGCCAAGCATC-GAGCAGCAGGAGCCACG-TGTTTTCATTCGTCTGGAAACAAAGCTTTCTTAACTCTTCAGTCATCTGGTTATGGT 
s mm7.chr8      21880343 108 + 127874053 ACTGTAAAGAGAAGGGACACCTGTTGGTTGTCAGCTCATGAGGTGACATGGTCTGTCCCTTGGTCTGTGGGTGCTTGTTGGTGCTCTTGGAAAGGACCTCCTTGAAGT 

a score=6895
s danRer3.chr12  5094095 169 +  37038836 CAAAGCACAAGCAGACTTTCA-GTAGTAAGCTGGAGTAAAAATACCCTTGTTTTTTTTTTTTGTAGAATGGTTTTACACCACTTCACATCGCTTGCAAGAAGAACAGGATTAAAGTGATGGAGCTGCTGCTGAAACACGGAGCGTCCATTCAGGCTGTGACTGAGGTGAG 
s mm7.chr10     69476677 166 + 130066766 CACAGTAGGAACTGACTCCCATGTACTGAAGTTAAGTAGATACA----TGTGTTTGTCCCTTACAGAATGGCTTCACCCCTCTCCATATCGCCTGCAAAAAGAACCGCATCCGAGTAATGGAACTCCTTTTGAAGCACGGTGCATCTATTCAAGCCGTAACCGAGGTGAG 

a score=4978
s danRer3.chr12  5099702 98 +  37038836 CACGCCGATTCATGTGGCTGCTTTTATGGGCCATGAAAACATTGTGACTCAGTTAACAAATCACGGAGCGTCTCCTAACACAATGAATGTGGTGAGTA 
s mm7.chr10     69479747 98 + 130066766 CCCCCCAATCCATGTTGCTGTCTTCATGGGACATGTAAATATCGTGTCACAGCTAATGCATCATGGAGCCTCCCCAAACACCACCAATGTGGTAAGTA 

a score=4528
s danRer3.chr12  5100139 243 +  37038836 AACAAAGAG--AGTTTGGGCAGAGGGGCTGGGTTTGATGAAAGGACTGTGCACACACAGGGACACACACACACAAAGGCTTACTGTC--------CAAACACAGTAGTACCTTTTTTTCCAGAA-------------GCTTCCTCTGTGTGTGTTTTTAGAGGGGAGAGACGGCGCTCCATATGGCTGCCAGGGCAGGACAGGCAAACGTGGTGAAATTCCTGGTGGCGAATGGAGCAGATGTGGACGCAAAAGCCAAGGTGAGTG 
s mm7.chr10     69481641 263 + 130066766 AGCAAAGAGGTACTCGGGGCACTATTTTTTTGTTTGTTAaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaAAC-CAAAAATAGTCACTATAACTTCATGCCAACGAAGTATGCCAATTGTCTTGAGAGTTGCTGCTAATTGGCTTCCACT-TACGT-TCCCCAGAGAGGAGAGACGGCATTGCATATGGCGGCTCGGTCCGGACAAGCAGAAGTGGTGCGGTATCTGGTCCAAGATGGGGCTCAGGTAGAAGCAAAAGCTAAGGTAAGGG 

a score=7800
s danRer3.chr12  5107736 251 +  37038836 TTATAGGACGATCAGACCCCGTTGCATATATCCAGTCGTCTGGGAAAACCAGACATTGTCCAGCAACTGCTGCAGCATGGGGCTTTACCCGACTCCACCACCACGTCTGGATACACGCCACTGCACCTGGCTGCACGGGACGGCCACAAAGACGTGGCATCCATCCTGCTGGACAACGGAGCCTCTCTTGGCATTACTACCAAGGTCAGTCATAA--------AACAGAGCTGGATGATTCATAAAGCTTTTATAGATT 
s mm7.chr3      32994182 259 - 159849039 TTGTAGGAGGAGCAGACACCTTTACACATTGCCTCCAGGCTGGGGAAGACGGAAATTGTCCAGCTGCTTCTACAGCATATGGCTCACCCCGATGCAGCCACTACAAATGGGTACACACCACTACACATCTCTGCTCGGGAAGGACAGGTAGACGTGGCCTCTGTCCTGCTGGAAGCGGGAGCAGCCCATTCCTTAGCGACCAAGGTAAGGGGTGGGGGTGACTAAGAGGAACCAAGGCTTCATTCAGCTCCTGAAGAGT 

a score=-278
s danRer3.chr12  5113205 365 + 37038836 gcgtatacacacacacacaaacacacaca---caTATATAgttttgtaga---------ctatcgaaaaaaaatagagctt--aaaggggctaataattttgtccttaaaatggtgtttaaaaaataaaaaagcagtctaaaaactgcttttattctagccgaaataaaacaaataagactttctccagaagaaaaaatattatcagacatacagtgaaaattt---------tcttgctctgttaaacatca------tttgggaaatatttaaaaaAGAAAaataataatata-aataataataataataatatttaaataataattaataataattaaata---aattcaaaggggggctaataa------ttctgac---tcttcaactatatATAgggtttt 
s mm7.chr18     39483209 392 - 90918714 gcccatgtagacac---cagacactcatatggcacacagaatttcatgaggcaaaacatcaatgaacataaaataaaTCTTTTAAAAAATTCAAATATTTGATGTTAGTAAC--TGTTGAATGAAATAAAAATCTAT-TAAACATGGTTGttatat-------aatttaataatttttaGTTTCAAATTAGGTAATGAATTGATAATATGCTCTGTATAAATTTGAAAACATGTATGTAATAATTAAACAGTAGTAAAATTTAGTATATATACACCAAGGGTGAAT--TTGTACAGAATAATGTTAACATTATTATTTATATAGTATTTAACTTCTATTTCTTATGAAGTTTTGTGTCTGCTTGATAGATAGTTTTCTGATATTTCTTCGCTTTGATTTAGAATTTT 

a score=580
s danRer3.chr12  5113597 470 + 37038836 ctaagctctcgaggatcagatCTGATGAGTATGAAT--CCAATT------------ATCTGTCATGATTGGGGTTCTGTTTTGCTAGGACCATTTT------TTTTTCTTTGTGAGTAATGTTGGTGCCTTAAAACATCTTCAGACTCAGTTAATGAAATCAATAGTATACAGGAAATGCTTTAAAATCAGTTTCTATAAAAGGATATAGaaataaaaagttttttttttttttttactttttgttttaaaatGAACTTTTTTTTTCTTCAGAGAAG---------TCAAAGaaaaaaatgta--aattaatttttaaaaatGATATTGAAATTCTGGAATCTCACAACTATGAGTTTTTGTTTCTCAGCATTGCTAATGTATTTTTCACAACTACTAATTCTGTTTTTAATCTAgtttgtttaaactatttatttaaaataagct-----ggaacaacacaattcttca------gggcttttttgggacaacttaataattttatgttca 
s mm7.chr18     39483615 423 - 90918714 CTAGGC------AAATCAAATCTAGACAGTATGAGTAGCTAATTCACTAGTGttttattcattataatt----ttatattttaataatttCATTCTGACCCTTTCTTTTCCAAGGATGATtttgtgtttttatattattttc---------------------------------------ctaacatttatttcc-------------------------ttttatttttctctatatttttattataattttcatATATAGCATATACCAAGATGGTATTCAGTTTGAACAACATAATGTTTTATTTTATTTGGGCAAATAGTATTGAAATATTTGGATCTTGCAGTTTGGACCATTTTATTCTCTTGGTTAAAAATTTTATTTTCATA---------TATGTTTAGGGCTTACTTTT------CTCTTTATTTCAAATCATCTTGTGAGTTACCCCCTGATTTTTAATCATATGTGCATTTTTTTTAAAAAATCAAGATTTAATGTTCA 

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s danRer3.chr12   5119740 118 +  37038836 ATATAGATATATTGTTTtgtttatgcgtgtgtgtgtgtgcttgtgcctttttgtgtgcagctttgtgtgtgtttgtggctttgtgtag----------gtgtatgtatgtatgtatgtatg-tacagta 
s mm7.chr7      107877470 123 - 141766352 atgctgaagcactgctgtgtgtgtgtgtatgtatccgtgctgaagcactgctatgtg------tgtgtgtgtgtgtgtattcatgctgaagcactgctgtgtgtgtgtgtatgtatccgtgctgaagca 

a score=6800
s danRer3.chr12  5119858 248 + 37038836 tgtatgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttTTTTTTTTGTTATTGTGTCATTGTGTATATATCTATTGAAATATTGGTGTTTATGTGTGTTTGTTTGTGCCTTTGTGTGTGCTGCTTTATGTGTGTTTGTTTCTTTTTGTTAACGGCTTTGTGGTTCTGTGTTTTACAGT-TTTTTACAATTGTTTTGCCACAAATTTCAGAACTCTGATG 
s mm7.chr18     39486380 236 - 90918714 tgtttgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt-tgtgctcacatgtgtatgtttacatgtgtgttgttcctggtat---------gtatgtgtgtgtgtTTAAATATGGATGTTTATATGTGTGTTTTTTCTGGTCTGTGTGTCTTCACATGTGTACATTTGCATGTTGTTGTTCCCGG-TGTATATGTTTGTGTATGTAGGTATGTTTACATTTGTGTTGTTACAGACCCTAT--CGCTGAtg 

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s danRer3.chr12  5134239 136 +  37038836 TTGTCTTTGCAGAAGGGATTCACTCCACTGCATGTTGCAGCCAAATACGGGAAGATGGAAGTTGCTAACTTACTGCTACAGAAGCGAGCACCGCCTGACGCAGCTGGAAAGGTACTATAAAAATCTCCATTTGCAC 
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s danRer3.chr12  5136639 155 +  37038836 GTTTATGTGTGTGTGTGTGCTTTTAGAGTGGACTAACACCACTGCATGTTGCTGCACACTATGATAACCAGAAAGTGGCTCTTCTTCTGTTGGACCAAGGAGCGTCTCCACATGCAGCAGCAAAGGTATCACAAAACGACCACACGCAAACTCAA 
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s danRer3.chr12  5144752 352 +  37038836 gAACTGCATTAATCAGTGTTAAATTATTTCATTTTGC--CTAATTCATTTCATATTGTT----CGCATGGTTTAAAAAA-TCATAGGATATTCCAAAGGAAACCGCTATCCAATATATTCTTTTTTGGTGATTTCCATCCC----TTGTTTTCCTCTTTAGAATGGCTATACTCCACTGCACATCGCTGCCAAGAAGAACCAGATGGAGATCGCCACCACGCTGCTAGAGTACGGAGCCGATACCAACGCCGCCACACGGCAGGGCATCAGTCCTCTGCATCTGGCAGCACAGGAGGGCAATGTGGACATGGTGACACTGCTGCTCGCCCGCGAAGCTGCCGTCAGTCTGGGAAACAAGGTGA 
s mm7.chr10     69494080 349 + 130066766 GAACTGCACTAATGAG------ACTATTTGGTTTAGCAGTTTCTTTACTTCATCATGTTTTTCCGTATGGTGAAAGAGAGCCACAAGA-------AAGGGAGACGC-ACGGCATGCATCTTTTCTTGGTACTAGACATGACCGAGTGATTGGTTTTGACAGAATGGCTATACACCACTGCACATCGCGGCCAAGAAGAACCAGATGGACATAGCCACGTCCCTGCTGGAGTACGGTGCTGATGCAAACGCGGTTACCCGGCAAGGGATTGCGTCCGTCCATCTTGCGGCACAGGAAGGGCACGTGGACATGGTGTCGCTGCTCCTGAGTAGAAACGCGAATGTCAACCTGAGCAATAAGGTGA 

a score=5236
s danRer3.chr12  5145387 113 +  37038836 TCTGTATCAGAGTGGACTGACCCCTATTCACCTGGCGGCTCAAGAGGACAGGGTCAATGTATCTGAAGTGCTGGTTAATCATGGAGCCACTGTGGACCCCGAGACTAAGGTAC 
s mm7.chr10     69495340 113 + 130066766 TCTCTTGCAGAGCGGTCTCACCCCACTCCACCTGGCTGCTCAAGAAGACCGAGTGAATGTGGCCGAGGTCCTTGTCAACCAGGGGGCCCATGTGGATGCTCAGACAAAGGTAC 

a score=9766
s danRer3.chr12  5151038 343 +  37038836 TGCTGTGGTAATGTTTCAGATGGGATATACACCGCTGCATGTGGCCTGTCACTATGGCAATGTGAAGATGGTGCATTTTCTCCTGAAGAACCAGGCGAAAGTCAACGCCAAAACTAAGGTAAATAAAACAGAAGTGATTTTGTTAAGTGTTTGAGGCTTTGGAACTGCGTTTATCTTATCACTGGTGTTCTGAAATAAAGATAATAATAA-TAAGAGCTCTGTTTCCCTC---TCATGTTCAGAATGGATACACACCTCTCCATCAGGCTGCTCAGCAGGGTCACACACACATCATTAACCTGCTGCTGCAGCACGGAGCTTCCCCTAATGAGCTGACAGTGGTGAG 
s mm7.chr10     69500518 310 + 130066766 TTCTGAAATATAATTACAGATGGGCTACACCCCGCTCCATGTGGGCTGTCACTATGGAAATATCAAAATAGTCAATTTTCTGCTGCAGCATTCTGCAAAAGTTAATGCCAAGACGAAGGTA---------------------------------GGCTCC----CTCCCCCTTCCTCCCCAGCAGAGCCCTGGGTTTTGTATTCAAGGAAGTGTGTGCCATCTCTCCATTGTTTCTTCTGCAGAATGGATACACAGCACTGCACCAGGCTGCTCAGCAGGGCCACACGCATATCATCAATGTCTTGCTTCAGAACAACGCCTCCCCCAATGAACTCACTGTGGTGAG 

a score=5520
s danRer3.chr12  5154440 134 +  37038836 TCTAAACTTTTCTTTTTCTTAAATCTACAGAATGGAAACACTGCCTTAGCTATTGCCAGGCGCCTGGGTTACATCTCTGTGGTCGACACGCTCAAAGCAGTGACAGAGGAG---ACGCACACTACTGTG-GTGAGGGA 
s mm7.chr10     69501469 129 + 130066766 TCCACATTTCCCTGCTTC---------CAGAATGGGAACACAGCTCTGGCCATCGCCCGGCGCCTTGGTTACATCTCGGTGGTTGACACACTGAAGGTCGTGACGGAGGAAATTATGACCACCACTGTGAGTAATGGA 

a score=4384
s danRer3.chr12  5155340 617 +  37038836 gtgtacctaataaagtggcctgtgagATT-ATGCACTAACACT----TTATTTTATTTCTTTGCAGACAGTGACTGAGAAACATAAAATGAATGTTCCGGAAACAATGAACGAGGTCTTGGACATGTCTGATGACGAAGGTAAACATGAAGGCTTTTCATACGTGGATGGTTTAATCCagtgtttcccaaccctgttactggaggcacaccaatagaacatgttttaggtgtctctcttatctgacccattaacttcagcttttggagtcccttcttatgttccgatcagttgattcaggtttgtttgattaatgtgta-ctgttggtgtggctttaggaacatggttgggaaaATGGTTTAATCATGTGAATTTCAGTTTATTTATGTGCATTTAAGTTCATTTTCATTCATTTATCTATCATTTCTAACCCTTTTTATTTAAATTACACAGTTCGTAGAGCCAATGTGCCTGAAATGCTCATTGA---GGACTATATTTCAGATGTTGAAGAAGGTAT------CCCTCTTATTTTGTGTGCTTTGCACTTATAGCACCTGCTT---TTTCCTTTCTTCCACATTTTCCAACTAACCCAAT------CTTCACATTCAGTCTTTTTGTGTGTGAGTGTG 
s mm7.chr10     69506677 499 + 130066766 GTCTCCTTAAAAAAGT--CCTTTCACACTGAAGCAACTGCAttgttgttgttgttgttgttCTCAGACCATCACGGAGAAGCACAAAATGAATGTCCCAGAAACGATGAATGAAGTCCTCGATATGTCAGACGATGAAGGT----ATGGCAGTGT------CCTCGAGGGGTTGCCATGGTGATGAGTGACCCTGTCTCTGTTGCTTCCTGAAGAAAGTCTGTCACAAACGT--------------------------GTTTTGGG-----------------CGAGGGGTGG------------------AATGTTTAGATGTTGG----------------------------TAGTTGTGTCATGGGAG-------------ATGAGTATTTTCATACACTCTTATTA-------------------------TCACTTAAATCATGCAGTAAGGAAAGCCAGCGCCCCCGAAAAGCTCAGTGATGGGGAATATATCTCAGACGGTGAAGAAGGTATTTACAGCTCTCTCGTGTGATGAGACTTAATCTCCCGGCTCCAGCTCTCATTTCTTATCTCTGAAAAGTAACACTTACTCCAGTTACTAACCTCTCAT---GTCATTTCGAGAATTAATTTG 

a score=7069
s danRer3.chr12  5166525 160 +  37038836 GAAGGGTTTAGTAATGGTGTGTTTTTCTGCT--AGGTGAGGATGCGATGACCGGAGACACAGACAAATATCTGGGGCCGCAGGATCTGCGTGAGCTCGGAGACGACTCTCTGCCTCAGGAAGGATATGTTGGATTTAGTGTTGGAGCCCGAACGGCCAGGTA 
s mm7.chr10     69529326 162 + 130066766 GGAGGGCTTCTGACTGGCTTGTTCTCCACCTGCAGGTGAAGATGCCATCACAGGGGACACTGACAAGTATCTCGGGCCACAGGACCTTAAGGAGCTAGGTGATGACTCCCTGCCAGCAGAAGGTTACGTAGGCTTCAGTCTTGGAGCCCGTTCTGCCAGGTA 

a score=6665
s danRer3.chr12  5173435 223 +  37038836 CAATAATGAGTGTTTTTG----TTTtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgttttgtgtgtACTTCACTGTCACTCCCCCGCCCTCCTGCACTGT---ATGGTATTAATGTAAATGCCAACAGCCTGCGCTCCTTCAGTTCGGATAGGTCCAACACTCTCAACCGGAGCTCCTTCGCCCGCGACAGCATGATGATCGAAGAGATCCTGGCGCCCACCAAGGACACGGTATGC 
s mm7.chr10     69533949 220 + 130066766 CATTTGTCGGTATTTTTAGCCATCTTGCCTGTTCTTAAAATTGCATGCCTTT--------ATTTTCTTTCATCCCATCATCACCTCCCACTGTTGAATGG-GTGACTGTAAATAC-AACAGCCTCCGCTCCTTCAGTTCGGATAGGTCCTACACCTTGAACAGAAGCTCCTACGCAAGGGACAGCATGATGATAGAGGAACTTCTGGTACCATCCAAAGAGCAGGTAAGC 

a score=5937
s danRer3.chr12  5177563 151 +  37038836 TGTTTTGTGTTTTAGCACCTGGCCTTAGCGAAAGATTACAACACGGACTCAATGAGACGTTACAGCTGGACGCCAGATACTATGGACAATGTGAACCTGGTCTCCAGTCCTGTCCATTCAGGGTAAGGCCACTTTCGCCATGACTATTCGT 
s mm7.chr10     69553138 151 + 130066766 TGCTTTGTTTTTCAGCACCTGACGTTCACGAGGGAGTTTGATTCTGACTCCCTCAGACACTACAGTTGGGCAGCGGACACGTTAGATAATGTGAACCTGGTCTCAAGCCCGGTGCATTCTGGGTAAGTGCCCACGTGACATTTCTCTTTAT 

a score=14237
s danRer3.chr12  5181572 285 +  37038836 CCTCTTGCAGGTTTTTGGTGAGCTTCATGGTGGACGCACGTGGCGGGTCGATGCGAGGAAGTCGCCACAATGGCATGCGGATCATCATCCCGCCTCGCAAATGCACTGCGCCAACACGTATCACATGCCGTCTGGTCAAGAGGCACAAGCTGGCGTCGCTGCCACCCATGGTGGAGGGAGAGGGCCTGGCGAGCAGGCTGGTGGAGGTGGGCCCAGCAGGGGCTCAGTTTCTGGGGTAGGTTTCACCTTCCTGCCCATTACACTCCAGCCTTTTCTTTTCATTCC 
s mm7.chr10     69558117 285 + 130066766 CCCCGCACAGGTTTCTGGTTAGCTTTATGGTGGACGCGAGAGGGGGCTCCATGCGAGGAAGCCGCCACCACGGGATGCGGATCATCATCCCTCCGCGAAAGTGTACGGCCCCCACCCGCATCACGTGCCGCCTGGTAAAGAGACATAAACTGGCCAACCCACCCCCCATGGTGGAAGGAGAGGGATTAGCCAGTAGGCTGGTAGAAATGGGTCCTGCGGGGGCACAATTTTTAGGGTAAGTTTCCCCCGTTTTCACTTTGGCCCTCTGACCACACTTTTTTTTCC 

a score=7563
s danRer3.chr12  5185267 356 +  37038836 CTCCTTTTTTTTTGTTCCTCTAAATGCTGCATGGAAATAATACAGTAAACTCCATCTACCCCGAAACCTCCCGCCTCTTAGCGAGGGCGAGAGCTACGTTAGCCGAATCCTGCAGCTCGGGCCGCGAGGAACGAAATTTTCGGGGTAGG------------------AGTGTGCGCTAAGTG---------ACGTTCAACTACTATTGACACCACGGC--TGATGTT-------TCCTTTGTTTCCTCCTTTACGTTCATCTACACCTTTTCCTTTTAGCTTTCAGTGAATGTACACATCGCTGAAAGTG---ACTCATA------CTGGCTGATTATGG-GCTG--GTTATGCAGTGCTTGGTGAGCATGAGTGT-----CTGCAGTCATGGCTGCTGCCTTTAGCCT 
s mm7.chr10     69558824 402 + 130066766 CTCCCCTTCTCGTTTTTCTCTTCCTGCTGCATGGATGTCACTCAGTAAACTGCATCTTCCCACCCATCCTCCCCCTGTAAATGAGGGCGAGAGCTTGGTTAGCCGAATCCTGCAGCTTGGGCCTCAAGGAACAAAATTTATTGGGTAGGATCTTCATAGACAAGACCAGAATGTGTACAGTTCTCCTTTCCATTTTCAATTTTTTTTTCTGTCACGCCCATGGTCTTATACTCGTCTTAAGTTTGTTCTTCTTCTTTTAGTT-----TTCTCTTTTCTGCTTTCAGTCGATGT--GTGTCGCTGAAAGGGAACACCCATAAGTGGCTTGACTTAATGTGGCACTGCCGCTGTCATGTGCTTACGAAGCATGTGGGGACCCATCGAAAGCACTACCGCTGGCTTGTGCAT 

a score=-263
s danRer3.chr12  5187569 87 +  37038836 CCATGAATGTACGTCATCGTCATTTACTAAAGTCATCCGCAGCATTTATATTTCTCTCTCTGTCTCGCATGTATTAG-----CCTGAGAGGA 
s mm7.chr8      21899981 89 + 127874053 CCAGGCCTGTAGGCCCTTCTCCCTGA---AGGCTGTAAGCAGGGCCCATTGCGATCCCCCTTGTGCCCAGGTATCTGACTCCCCGTAGATAA 

a score=11330
s danRer3.chr12  5187677 172 +  37038836 TGTGTTTTCACAGCCCCGTGATTGTGGAGATCCCTCATTTTGGGTCCATGAGAGGGAAAGAGCGAGAACTCATTATGCTCAGGAGCGAAAACGGTGAGACCTGGAAGGAGCATCATTACGACTGCAAAACTGAAGACCTCAATGAGCTACTCAATGGCATGGATGAAGGTAT 
s mm7.chr10     69561107 171 + 130066766 TTTGTTTTC-TAGCCCCGTCATTGTGGAAATCCCTCATTTTGGGTCCATGAGGGGGAAGGAGAGAGAACTTATCGTCCTTCGGAGCGAGAACGGAGAGACCTGGAAGGAACATCAGTTTGACAGTAAAAACGAAGACCTCGCGGAGCTTCTCAATGGCATGGATGAAGGTAT 

a score=11260
s danRer3.chr12  5189316 225 +  37038836 TGTCTTACAGAGCTGGACAGCTCAGGTGATTTGGAGAAGAAGCGCATCTGCCGGATCATCACTAAGGACTTCCCACAATACTTTGCGGTTGTATCACGGATCAAACAGGAGAGTAATCAGATGGGTCCTGATGGAGGCGTCCTGTCCAGCATGACAGTACCTATGGTACAGGCCTCGTTTCCTGAGGGTGCTCTCACCAAGAAGATCAGGGTTGGACTGCAGGTA 
s mm7.chr10     69575920 225 + 130066766 TGTCTTCTAGAACTCGACAGCCCGGAAGAGTTGGGTACAAAGCGCATCTGCAGAATTATCACAAAGGATTTCCCCCAGTATTTTGCCGTGGTTTCCCGGATTAAGCAGGAAAGCAACCAGATCGGTCCTGAGGGTGGGATTCTGAGCAGCACCACCGTGCCCCTCGTCCAGGCCTCCTTCCCAGAGGGCGCCTTAACCAAGAGGATCCGTGTGGGTCTCCAGGTA 

a score=15407
s danRer3.chr12  5217292 479 + 37038836 TAGACTTATATACACATC-TGCTTTATATAAACAAAATAGAAAATATCCAATACATCACAGTTCATCTAAAATAAAAACATATGTACAAAGCTCCGGTTAGGCTAATTTCTGACATAACTA----------------------GTGAATTTGGTAGGGAGATTGTCCACTGGGTAAACAGTCGGGCCTGTTTTCATTGTCGGGGGTCCGTTTGAGAGAATCCAATTGCAATGCTGCGTTAACTCAACTAAAAAGATCTTGAGTAACACTTTGGCGAACTCTTTGCCCACACACATCCTGGATCCTCCTCCGAAGGGGATGTAGTTAAACCTGGACCCGTCCTCCAGACCTTTGCTCATGAATCTCTCCGGCTGGAACTCGTCTTTGTTTGGAAAGACGTCGGCCACATCGTGCGTGTCACAGATGCTGTAAATGACGTTCCATCCTTTAGGAATTTGGTAACCCTG---AAAGGAAATATATAGTGTTAAAATTGTTTCTGACAA 
s mm7.chr19     23821363 491 - 61223509 TAGAGACACATAAATATCATACTATACATTTAGAAATTAAATAAAGTCAA---CATGACACT--ATTTTAAAAAAAACAATATACAC----TTCAAATAAGTCCAAGAATTGAAATAGCTATCAGATATCTCCCTGGAAGTGGGTAAATCTTGCAGGGAGATTGTCCACAGGGTACACAGTGGGGCTTGTCTTCATTGTAGGAGGTCCATTTAGAAGCTGCCAATCACAGTGCCTAGCCAGCTCCACTGTAAATATCTTAAGAAGAATTTTTGCAAACTCTTTGCCTACACAGCTCCGAAGGCCTCCTCCAAATGGAATGAAGCTGAACCGGGAAGCATCCTCTGGATGAGGCACTATAAAGCGGTCGGGATTAAATTCCTCCTTGTTAGTGAAGATATCTGCCACATCGTGGGTGTCACAGATACTGTAAATAACATTCCAGCCCTTGGGGATCTGGTATCCCTGTTTAAAAAAAAAAAAAAATCCTAAGAAT-----TGACAA 

a score=6094
s danRer3.chr12  5218491 181 + 37038836 GAAGTTCAACTTACATTCAATTCAAAGGTTTTGAGTGCGACTCTGAATCCTCCAGGAACAGGAGGGTTGATTCTGAGAGTTTCTTTAATCACACATCCAGTGTACTTCAGCTGGTCCAACAGCTCCATGCTCAAGCCTTTTCCCGGTGTATACATGCCCATTTCAACCTGTCAATGCAAAT 
s mm7.chr19     23822042 181 - 61223509 GGAGGTGCACTCACATTCAGCTCAAAAGTCTTCAGAGCAACCCGAAACCCTCCTGGAACCGGAGGATTCAATCGCAGGGTCTCCTTAATGACACACCCAGTGTATTTAAGCTGTTCCAAAGTTTCCATGTCTAACTTGTTGTCTTGATTGCTCTTGCAAAGTAAGCCCTATGGAAACAGAT 

a score=6420
s danRer3.chr12  5218732 147 + 37038836 ATCTTACCTTCTCCTGAACCTCCTCTCTGACCTTCTGCACCACTTCTGTGTTCAGACCCAGAAACATGACTAGTGAGGTTGCAGTACTGGCGGTGGTTTCATGACCTCCAAATAGAAGCTCTGTAGCTGCTTCTTTCATCGCCTAAG 
s mm7.chr19     23822789 147 - 61223509 ATCCTACCTTGCTCTTTATCTCTTCTCGAACTTTCTGGAGGACATGTGGGTAGAGTCCTAGGTAAGTGATCAGTGACGTCGCAGCACTGGCTGTAGTTTCATGACCACCAAAGAGGAGCTCTGTTGACGATTGTTTTAGTGCCTAAG 

a score=9714
s danRer3.chr12  5218951 561 + 37038836 ACCTGCAAACTAAAAGGTTCGTCACTTCTTCTGCTGTTCTCGATCAACAGCTGAAGAGCGTCTTTGTA-TTTCTGCTCGTTTTCATTGTCGTCATCT--TGAATTTTCTTCCTGATGTTTTCCTCAATTTTAGAGTGAATGAAATTGCGTGCCCTCAAACCCTGCCGATCAAAAATCACACAAGTTGAGTTTAAGAGT-ATCGCATATT-GAGAATGCATCTTCAGACATTTGTTCTGAGTAAC----TCACCCTGTACAGACCACTGAAAGGAACGTCGATTGGCAAGGAGAACAAGTTTTTGATCATTTCCTCAAAAGCTTCCACCAGTTCTTGCTCGTCCGTC------TTTATTTGCTCTGGTTCAAAACCAAGCAGGATTCTCATAGCTATCCGAAACATGAGTTTCTTCATTTCTGGATAAACCAGCACGCAGGAGTCTTTTTG---CAGCCATTCCTGTATGGCGCTCTTCACCTCCTGCTGGATCACGGGAATGTAGTGCTCCAGAGCATCTCGAGAGAACGCCCTCATAATGGCCTAAA------ACAGAAGAAGAAGA----AAAAACTTTTAATTTCC 
s mm7.chr19     23823515 577 - 61223509 ACCTGCATATCCAGCCTCTCTCCCCTCTCCCACGAGTGCTCAATCAGGAGCTGCAGCGCGTCCTTGCAACCCCCATCCGGCTCTGTAGCCTGAAGCCGGCGGATCTTGGCGCGAATGTTCTCCTCGATGCGCGCGTGTATAAGGTTCCGCGCCTTCACGCCCTGA------------GCGCGGAGAGAGCGTGGCGGTGAGCGGATGCCCGAGCTTGCGTTCCCCTACTCCGACTCCGCAAACCGCCCTTACCCGGTACAGGCCGCTAAAGGGCACGTCAATGGGAAGAGAGAAGAGATTGCGGGTCATCTCCTCGAAAGCCTCCACGAGCTGCTGCTCGTCCTCCCCGCCGCCCGCTGGACCCGGCTCGCAGCCCAGCAGGATGCGCATGGCGATGCGGAACATGAGGCGCTTCACCTCGGGGTAGACCAGGAGGCCGCGCTCGCCGCAGCTTAGCCACTGCTCCAGACAACTGCTGACTTCCTCAGCGATCACGGGCACGTAGCACTGGAGTGCCTCGCGGCTGAAGGCCTGCATAATCACCTGAGCACCCCCCAGGAGCAGAGAGTGTTACAATCCTCTACTTTCC 

a score=11286
s danRer3.chr12  5220080 267 + 37038836 TCATCCTTACCTTTTTCTTGTTTTTGTGTTGAACTCCATGGACATTGGAGAGGGTGTCAGAGCCCAGGATGGTTCTCACTGATGCTGGCCACTGAACAGACACCAGCTTGTGTTCGCCCAGCAGAATCTGCCTCACATTATCAGCTCCCATCACCCTGACAGTCGGGTTCCCGAAGAGGTGCGTCTTGTAGATGCACCCGTATTTCTGCCGTTTCATGCGCAGAAACTTCCTTCTCTGTGTGTGATG---------GAGATGCGTTATTGGCACAA 
s mm7.chr19     23824301 276 - 61223509 TCACCCTCACCTTCTTTCGCTGCTTGTGCGAGGAATCGTGCAGGTTGGAGAGGCAGCCAGCGCCCAGGATGGTGCGCACCGACGCGGGCCAGTGCACCGACACCAACCGGTGCTCTCCCAGCAAGATGCGCCGCACATTATCCGCGCCCATCACCCGCACCGTGGGCCGCCCAAACAGATGCGTCTTGTAGATGAAGCCGTATTTCCTGCGCTTCATCTGCAGAAACTTCCTCCGCTGAGAGGGAGGTGGAGGAGAGAGACCCGCAACCCGCATGA 

a score=8645
s danRer3.chr12  5220436 434 + 37038836 GCACGCTTACCTGGAGGATCAGCTGGAGCGTTTCTCCAATGAACGGCAAGCCCATGGTACCTGGCGGTAGAGGACTTCTGCAGTTCGGATCGACTCGTCGGATCAT---TAACATCTCCCACAACTTCACCGCGGCGAGAAAGAGTAAAACGGGTAGCACGATGGTGCAGAGAAAGGTGACCATAAGGGTGTACAGCCCCATGTTGAAGCGCGCAACTGATCGCCAAAACGAAAAACAAGCTTCTGGAGAGGAGACGCGTCTTTACGCACAAACTGAGGGCGTC--------------CTCGCCTGCGCGCCCT-TATATATCCATTGCGCGCAGGT--CTCCTCCTGTTAACTTCCTCAGATAAATTAGTTCACACAAAGTTCATCTTTAATTGTGG---TGTCATCTCGCCCCGCCCACAGGGCAGAAGCGGCTC---CAAACTCTCAACCATTTGTT 
s mm7.chr19     23824718 407 - 61223509 GCTCCCTTACCTGAAGCACCATCTGCAATGTTTCCCCAAAGAATGGGAAGCCCATGGTACCGGGGGGCAAGGGGAGGGCGCAGCTGCGATCG---CGGCTGCTCACACAGTACAGGTCCCAGAGCTTGAGCGCCGCCAGGAAGAGCAGCAGCGGCAGCACGAAGGTGCAGAGCGCACTGGCCAGCAGCGCCGGGAGCCCCATG--------------------------------GCACGCTTCAG--------------CCTCCCGCGCCACCTGCCGCCGCCGCCCTAGCTCCGAACCCCGCCGCGCGCCCTCTTTATA---AGGCCGCCCAGGTTACTGCCCACGTTACCTTGGTCAGACAAATTAGTTCACCCAAAGTTCATCTTTAATTGCGGATCGGGCCCCTGGCTCCTCCCCCCTCG-AGGCGCTGCCCAAAAAAATCTTTAACCGTTTGTT 

a score=4574
s danRer3.chr12  5225271 675 +  37038836 TTTCtctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttgggtttctttctttctttctttctttc-tttctttctttctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctatctatctATCAAAAATGTCACAGGAATTGTGAGAGCTAAAGTTTGTTGTGATGATAGCGCGGTTAAACTCCGATAATTTCAAAATAGCCTGTTTTAAAGAAAGTAAGTTTATTATAGAAAATATAGGCTATGCAAAATAATATATAAACAAAACTACAAACCTACCGTGGGCTCACATAAGACATAAAAGAAGTGTTATTTTTGCCTCCTCAGGCGAACACGACTTGCACTCC------AAACAATGCAGGAT----TGTTCCGACGCA----------AATTTGGG------TGAAATGTGGACAAACCTAAGTTTGGGTTCAAAATTTAATTAACATAACTGTTGGGGTTGTCCATATTTTACTCAGATTTAGCTCAGTCCTTTATTTAGTGCGCAATGACA-TGTAATTTCTAACTTTGGTGGTGACTAAAATGCAAAAAAATAGTCAAGAGTCTTTATTTAG--------CAGCACACCCCTTCCCCACATA--------------------------ATTCGCACCCCCATAAAAAGA---------------------AACATTTTG---ATTACAATCTTTGAAAATATCTCTACCCTCTGAGGAAAGGAAATAT 
s mm7.chr6      11309533 694 - 149646834 tttctctttctttccttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcttcctcccttcctccctctctccctccctccttccttcctttctttctctctctctctctctctctctctctctTTCTTTCTTTttctttctttctgaaa-----cagggttt-------------ctctttgtgg----------------ccctggctgtatgaaaattgctc----------------------tgtagacaaggctggct-tggaacttaagatctacctacctctgc----ctcttgagtactgagattaaaggcttgtgctgccatgctgctgccttGT-AGACTAATAATATGCTCATTTTTGGGAAAAATAAAGTAAAATGTTGTGCTCTGGGTCACAGTGTACTGAGTTTGTGAATCCCTAGAAAATGGACATGCCCA---CTGGCTGAGAAGAGTACTTACCATAGGCTTGCTGGTT--TCGTTTCTGAATCATGAATTCCTCACCCACTCCATGAGCATGCATTGGCAAGGCAACTTCTTGGTCACATTGTCTAGAACATACCCATATCCAGAGAAGAGAGATAGCTTAGTCTCAAACCTTCAGACCTCTTTCACATATACACAAAGAGTTTAAATGATCCTAGTGATTTTTTCTTTAATTTAATGACATTATAGGTTTGATGACCGGAAAGTTTTACCAACTACTAACTTTGACAGTATCATTACCCACTGAGAAAAGGAAGAAT 

a score=4607
s danRer3.chr12  5226262 254 +  37038836 CATTCCGCCTTTTATTTGCATTTAAAAATACTGTTGCTATTAAAGGCTCCGACTTTCCTGGCCAAAGCAAACTAAACGATCAG-ATAGTGGAATATAAACGGGTTTAAC-CGTGTCAGCGTAGGTTGTATAATTAATGCCTTTTGAAGATAGCTTATGTGTAA---ATGAGTGTTTCTATAGGGTTTTGTTAT---tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtTTTAGAAATACAAAATATT 
s mm7.chr7      82921357 257 - 141766352 CACACCACTTTATAGGAGGATTTAAACATTCTCATACTTTTATATGCATGGGAGTTCCTGTCCTAAGAACACTAAAGGATGAGTCTAATTGATTTTAGTTAATTTTTGCTTAAGTTGGCAAGAGCTGTCTAAGAAAGAGCT-----GGATTTCTCCCATCAAACATATTAGAACTTTTGGTGTCCATTTTAAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTCCTagacaggatctatt 

a score=8644
s danRer3.chr12  5231972 193 + 37038836 ATAAGTTATATTGTCAAACCCAGTGTTTG----------GAGTTCATGT---GGACGACTCTAGGAATGCTGGGACATGCCATTGACCAGACTTCTCAGCTGCTTCACCACAGTCTCGATCAGCTTCTGCCGGTCGCGATCATTCTTCCTGAACTGGGAGAAGATGTTGTTCTTTTTACTCGTGTCTTTCATCCTGAAAAAGGACA 
s mm7.chr19     23839788 206 - 61223509 ACAAGTTATTGTCTCACGACCAGTGCTGGCCACAGAGAAGCACTCAGGCATGGGTCTGGTCTACGTGTGCTGGGACATACCAGTCACCAAGCCTCTGAGCTGTCTCACCACTGTCTCTATCAGCTTCTGTCTGTCTCGGTCATTCTTCCGGAACTGGGCGAATATGTTATTCTTCTTGCTGGTGTCCTTCATCCTACAAACACACA 

a score=7858
s danRer3.chr12  5239162 161 + 37038836 TGAAAGAGAAGAAAATG----------ATACGTACTTCTCCAAAAGTGCTAGCGCAGTGGATGGGTTCACCCGCAGGTACTTTGAGGTTGGCTGCCCGTAGTCTGCCAGATACGTGGACCAATCCCACACCATGAACAGATCTAGGAGCTGAAACACAGAACACAGATGTC 
s mm7.chr19     23841019 171 - 61223509 TAAAAACCAAGGAAGTGTTTTGAGAACATACTCACTTCTCCAAAAGAGTGAGGGCTGCGTGTGGGTTCACTCGGAGGTACTTGGAAGCCGGCTGCCCATAGTCAGCCAGGTAAGTAGACCAATCCCAAACCATAAACAGGTCAAGGAGCTGAGGAAGAGGATGAGAATATC 

a score=1637
s danRer3.chr12  5244702 133 + 37038836 CAGCATTAGTACAAGCATCTGCGCAGTATCACCTTACAGACAACAAGGACTTAAGCAAATGTTTAAAACACGACAGAGTAAACACCGGTCTCCATTAGCCACTGCGTGATTGGCAGGGACACGGTGACCTCTC 
s mm7.chr19     23866017 119 - 61223509 CAGCACCAGGACCGCTAATCCCCCGGCATTGTCTGCTAGGCTCGTGGGTCTTAAGATGTTGTTGAGATAAC--------------TGGCTTCCATTAGCAAGTCTGTGATTGGCAGGATGATAAAGTCTTTTC 

a score=6454
s danRer3.chr12  5249800 91 + 37038836 TACCTGTCGGAGGTCAATAAAGGCCAACTGCAGCGTGTCCCCCTGGAATCCTGGTACAGGCTCTGAACTGGCAAACACTGCGATAGGAAAA 
s mm7.chr19     23869367 91 - 61223509 TACCTGTCTGAGGTCAATGAAGGCCAGCTGCAGGGTGTCCCCTTGGAATCCTGGCACAGGCTCAGAGCTGGCAAACACTGATATTTAAAAA 

a score=10205
s danRer3.chr12  5259934 243 + 37038836 gggtatgcAACTGTATAAAGGCTGCATTGAATTGGCATTGTAAATGTGCAGTAATTGATCCTACTCACATTCACACTGTATAACATCCAGGTTGAACTGCTGAATGGCTCCCATGCTGATCTGTTTGAGCTCAGTGTCCAGCAGCATCTGCATCAGTGACGTGGCCAGATGTTTACAGGCCGACATACACGCCGTCTGTGCCACTTTACCCTGAGGAAAGGGACAAAAACACAACA-GAAAACA 
s mm7.chr19     23883006 230 - 61223509 GAACATTTAACTATA-----GGTGTGTGGAGAAGGCAGGAGAGCTGGACAGTA------TGTACTTACGTTCGCACTGTATGACATCGAGGTTAAACTGCTGCACGGCTCCCATGCTGATCTGCTTTAACTCACTGTCCAGTAGCATCTGCATTAAGGATGTGGACAGATGTTGGCAGGCTGACATGCAAGCTGTCTGGGCAACTTTCCCCTAGGCAAA---ACAAACAAACAAAATGTAAACA 

a score=2609
s danRer3.chr12  5265779 146 + 37038836 CTCTTCCTCCTCTAG----------AATTTGAAGAGGGTTCTACTTACCGACATGGCAGCATGATCATTGTTGTTATTCTGAGCCCAAGAAAAATAAAACACGGACAGGGAAAGAAAGTATAGCGATAATAAATGGATAGACAAAGGAAAATCTGA 
s mm7.chr19     23909546 136 - 61223509 CTCATCCTTTTCTAATTTACATACTAACTTTAGCTTGTATCTACTTACAGACATGGCTACGTAATCACTGATGTTTGCCTTAGTCTGAGAA------------------GGAAGTAAGCAAGGCAAT--CAAATGAAAAGAGGAAATGTATTCTAA 

a score=10799
s danRer3.chr12  5269731 220 + 37038836 ACTTACCGGAAGGTGGGTGAAGACCTGGAAGGTGCTGCGCAGGAAGTTAATGAGGTCCATGAGGTAGCCGCTGGCCCTGCCATCCGACTCCGCCATTCCCCATTCATAATCCGCCAGCTGAATGAACTCGTCGATCTTCTGGTTGAGTTTAGTGTAGATTTCCCCTTCAGCTGCATGTCTGGCATCCTGA------------------CAATAAGAAA-------------ATGTGCATATGAATTCTTAa 
s mm7.chr19     23913715 251 - 61223509 ACTTACAGGCAAATGGGTAAACACTTGAAAGATGCTTCTCAGAAAATTAATAAGATCCATTAAATAACCACTTGCTCTCCCATCTGACTCAGCCATGGTCCAGTCATAATCAGCCAGCTGAACAAATTCATCAATTTTTTGATTGAGTTTGGTATATATTTCTCCTTCTGCCGCATGTCGAGCATCCTGAGAGAGGATAAAACACCAGCAATAAGAAACAATAACAGAAGCAAGTGTCCTTAAATTTTTAA 

a score=7941
s danRer3.chr12  5273259 256 + 37038836 TACGACCGTAATTAAAGAACATGTCTGTGAATGACTTTT--TACCTTGAAGGTGGAAAGCCCGTAAAGTCTTGTGGTGTGAACCGTTTCCGGGGAAACATTGGTGATGTTCGTGATAAAATCCTCCAGGTATTTACATGCGTGCTCTAAGTGGGTGGTGTTGATGATGATTTGAACAAGCTGCAAACATAAAAAAAGGTGTGTTATTTTCAAACTGGGCTTCAACAGG-----------CAGAATGAGGCAAGTCTTCGCATCAATACT 
s mm7.chr19     23923089 267 - 61223509 TCCTACAATAACTGAATGACAAGTTTTGGTCAGATTTTACATACCTTAAAAGTAGAAAGTCCATAAAGTCTTGTGGTGTGAACGGTTTCTTGAGAAATATTTGTAATGTTAGTTATAAAGTCCTCTAGGTATTTGCAAGCTTGTTCCAGGTGTGTTGTGTTTATGATAATTTGCACCAGCT--AAAAGACACGGAAGCCACGGTAAATACAGGCCACACCTGTGCAGGACCACCTGATTTTAAAAAACTCAAGTCATTACTTCCAGCCT 

a score=284
s danRer3.chr12  5273515 1433 + 37038836 ACCTCTGTTAATCCAATGTGTGGTTTTTTGATGAGGTTTTGTAAGCAGCTGCTCAAGGTCCTCGTCAACAGCAGGTTGGTGGATTTACGGAGCATGTCGTCGATCTCGGTTGAGCTGAAACAAAAATAAATAAACAAATATGTTCAGTCAAGGCATAGTTTCGTAAAGCTTATTATGATTTTTTAAGTCATGGTAATATATAACCAGGGCGGAAATTgctatggttccatccaaaaatgcaaagtagacttatgcacaaaactgaaatatcacataaaacgtttgtgaataaagtagtgtttccatccagtgaaacaaaaata-aaaaataaataaaaatgaaatcgccacttcctgatcaTATATAATCAGGTGGAAAATagctatatttgcattcaaaaatgcaaagtaggattatgcacaaaactaaaatatcacataatttttttttgaa---------taaagcaccatttccatcca--gtgagacacaaaaaTATTAATTAAATATTAATAAaaaaattataaaactgaaatttcacataaaacatttgcgaataagataccattaccatccagtgagacaaaATAACACTACtaataataaaataataaaaaactaaaaataatatatatataCATaaccaggg-------ggaaaaccagggggaaaatagctgttcccatcttaaaatgctaaatata--------cttatgcaaagaact---------ggaatatcacaaaaacatttgcgaat--aaagtagtgtttccat--caggtgagacaaaaaaaaaag-----aaAAATTTCAAA----AATAAATAAATAAACACATAATAAAAATGACACTTCCTGATAATA--------TATAACCAGgtggaaaa---tagctatatttgcattaaa---aaatgcaaagtagaattatgcacaaactaaaatatcacataaaaaatt-tgcaaataaagcaccattttcatccag-tgagacacaaaaaTATTAATTAAATATTAATAAaaaaattataa-------aactgaaatttcacataaaa-------catttgcgaataagataccgttaccatccagtgagacaaaa------taatactaataat--------aataaaataataaaaaactaaaaataataTATAT-------ACATaaccagggggaa-aaccagggggaaaaTAGCtgttcccatctaaa---aatgctaaatata---------------------------cttatgcaaagaac---tagaatat-cacaaaaacatttgcaaataaagtagtgtttccatcaggtaagacaaaaaaaagaaaaatgtcaAAAATAAATAAAGAAA-ACCATAATAAAAATGACACTTCCTGAT----AATATATAACCAGGGGGAAAATAGTTT------------ATAAATAGTTAAATAGTTTTAA-------ATAATAGAAAATAGTTacttaaatatcacata---aaacatttgcaaataaagcaccatttcca------------tccagtga--------gacacaaaaaaaataattaaatattaattaaaaaaata 
s mm7.chr19     23924147 1453 - 61223509 ACCTCTGTCAAACCTATATGAGGTTTTCTAATAAGGTTCAGTAAACAGCTACTCAGAATTCTGGTCAGCAGCAGATTGGTTGATTTCCTAAGCATGTCATCTATTTCTGTTGAGCTAA-------------AAACAAATGTTCACA-------------TTGATAAAGCCTTCCATGAGTAT-------------------------------AATTGC--TTAACACTCCCAATAATGTAATATA-ACTTACTCATTTTTCTGTCCTATCTTTtatatcatatataa-------agtatatctctctatataaacatatatatgtgtgtatatatatatg------------------tatatat-----------atatatatatatatTCTTTATAAATGGCAGTGACTCATTAAGCTACAAACTTCAATTTCA----------TCTTAAAAGGGATCACTTAAGCAGAATGTTCATTTATGACATGGTTTAAGGGTATCAAATCAAT-CAAGTTAAAAAATGA-------GATACTTTGTATAAAGCATT----ATTATAATCCCGTTGTAGAACAGTCACTTTGTAAAGTACT--TAAT----ACACAATCATAGCTAAAAGTTACTTTAAAAATATAAGACAAGAGACTTGGTGTGTATCCCATGGTAAGTTGCCTG--CCTGGCTTATGAGGCCACACATAGGCCAGGGCAAGTGCTAAGTGCTACATTCTgcagcatttctggtccttacctgctaattccaagtagacctcctaccacagctgtgacaaccaaaactgtctctaagcatcgccaattgtAGGGGGATAGTAAGCAGCCAAGAAAACCAAAATTATCCCATTAGAACTCCTGCCTTAAACAAGGGTAAAATTTTATCAGCCTTTACATAAAGGCTAATTCCAAAAT---GCTAAATGCAAAC-AGTGTGTTGAGTATGAATTTCTGTATTTTAAGAATCA---GCATTTAGCTTAGACA-------------TAAGTATTTGTAAAAACATTCAAATTGTATGTATTACCAATGTACACAATATTACAGCCATTAATGTTTCAGGAGTGAGTGCTACACAGTTAGGTGAAAGGTCATTGCTTCTGAAAGTTTCTTTTGAATGTCTTAATAACAggtcaagatcaatggatgctcttccagcagactcaagttcaattcccagcacccacatggcggctcacaactgcatgtaactctagttccaggggacccaatgccctcttctggccttcttaggcaacaggcatatacactatgcaaagatatacatgcagacaaaacagcctacacat-----------aataaaataataatagtaataataaatagggaaagaataTATGGCAAA--ATATTTACTAGTGTTAAATCTAGATGCTGAGGGCAAAGAACTTTCCTAACAAATCATTTATAGTATACGTGTCTCAACACTAATATAACAGAA---AGTTATAGAAATAAGACATAGTTAATAAAACTCAAATACAAAAGCCTTTCTAATGAGATGACGGTCCACTAAAGGGTGAGGGCCTAGAAACAAAGTTTTAATGTTTCCTAAAAAAGCA 

a score=7029
s danRer3.chr12  5283804 173 + 37038836 GGTGTCGATGGCATCTGCTCACCTGCGATGGAGTGACTCGGAGAACTTCAAGCTGGCATAAATAAACTCCTTCACTTGAGAGTAGATCTGAGGCACTGACTGGGACATGGGCAGCTTCTTTGGGAATTGTTGCTGTTTAATAAGGAAAGATTCAAACT---------AGTCAAAAAGAAATT 
s mm7.chr19     23925600 180 - 61223509 GATTTCATGTGAATAAGCTTACCTTCGGTGTAGCGACTCTGAAAATTTAAGACTGGCATAAATAAATTCTTTAACTTGAATATAAATAAGAGGCACAGACTGGGACATAGGAAACTTCTTTGGGAAAGATTGCTG--TAAAAAGAGAAAGTTAATACTGCATTTGAGATTTTAAAAAAAATT 

a score=5980
s danRer3.chr12  5285985 113 + 37038836 ACCTTTTCGATCTCTGCATCATGGAAGGGAAAGCGACTGACCACGGCCTTATACTCCTCTTCAGTATCCACAGGAATGGGGCTGTAGTTGTCCTGCTCAAAAATATCCCTGTT 
s mm7.chr19     23929057 113 - 61223509 ACCTTTTCGAGGTCTGGATCCTGAAACGGGAATCTACTGATGACTACTTTATATTCTTCCTCACTGCCAATAGGGATGGGGCTGTAATTATCTTCTTCAAAAATGTCCCTGTT 

a score=5967
s danRer3.chr12  5286174 119 + 37038836 ACCTGAACACCAAGGCCCATTTCTTGAGCAATGTTTCATTGTATTGATCTCGAACCTCAAACAACAGGTCAAAAAGTCTGTTCACAGGGAAGCCATAACCCTACAAaaacgaacaaaca 
s mm7.chr19     23931859 118 - 61223509 ACCTGAAAATACCAGCCCACTTCTTCAGCAGTGTTTCGTTATATTGATCTCTTATTTCGAATAAAAGGTCAAAGAGCCGGTTGACTGGGAAGCCATAACCCTA-AGATACAAAGAAAAA 

a score=5107
s danRer3.chr12  5286412 77 + 37038836 TACCTGTAAAGTGTCTGCAAAAATAACTATCAGGTTCTTCAGTTCTAGGACCAGGTCAGGATCGTTGCAGTAGGACT 
s mm7.chr19     23932901 77 - 61223509 TACCTGCAGAGTGTCTGCAAAAATTACGATGAGATTCTTCAGCTCCAGAACAAGGTCAGGGTCAGTGCAGTAAGACT 

a score=3411
s danRer3.chr12  5298772 137 + 37038836 GGGCTTTAGTCAGTGAGGTTTATTTTCAAAACAAGGCATTTGGAATGATAATTGGAAGCATTTCCTGGTGAGCCCTTTCAGTGGCGATCCATTCAATCTGATCTAATGGAGAGGTCAGTTGGGCCTAATGAGGACAG 
s mm7.chr19     23934556 117 - 61223509 GAGCTTTAAT-GGTAGGGTTGATTTTGGAAATAAAAACTCTGGAAT---AATTAAAAACCCTTTCT---------TCACAGTGTTGCTTGGT-------GAGCTAATGAAGAGGTCAGCTGAGACTAATGAGACCAG 

a score=8064
s danRer3.chr12  5301730 460 + 37038836 agcccctttaagctata-------tgtttt-tttaatagtctacagaacaaatcattgttagataaacacttgactaattaccctaacctgccttgttaaaat-----aattaacctagttaagcct-ttaaatgtcgctttaa----ATGCGTAG-------GACTCACAGAGTGTGTGCGGAGAACTGCGATGATTTTGGACAGCGCCATGTTCCACAGCTCGTCGGTGAAGGCTCTGGTCACCAGGCCTTGTGTGGCGTGTAATATGTGATCCTCCACCACAAAAAACCTGCAA---------------------------AGAGTGATGGGAAATAGCATTATTTG---ATGTACATTTTTGATTCC------GTTTTAATAA-----------------TTCCACATTGA--ACTTACCCAACAATTTGATTAAAGTACTTCCTGTAGCCCTCCACTGTTTCGTGCTACAGTAAAACAGGTGCATTTTAAATATAAATATACATTTATAC--ATGCATGATAACA-AATTGTTCAAAG 
s mm7.chr19     23934719 529 - 61223509 AGCCCCAGTCAGCTACAATACCACTGCTTTATGTAACCATAAGGAAACCTTGATATTACTACTTACAAATCTGAGCAATTACCTAAAAATGCAGAGTAATAACGGTGCAGTTTTCCATATTATACAAATCAAATGAAATTATAATGATGAGCATAGCTGGTCTGACTTACTGAGTGAGCTCTGAGGACAGCAATTATCTTTGAGAGGGCCATGTTCCAGAGTTCCTCAGTGTAGACCCTGGTTACTAATCCTTGGGTCACGTGTAAAATGTGATCTTCCACAACAAAGAACCTAAAATGGCAATTACCCACACAGCATGGGTTTAAGGGAAAGGGAGAAAGCGCAAGTAGAAAATAATTATTTCTGACTTTTAACAAACTTGAATAAAGATAGTAAATAGTTTCTTCCATATTAGATACATACCCTACAATTTGAGTGAAATATCTTCTATAGCCATCAACTGTTTCATGCTTCAA--------------ATGAAAAATAAAAATCCATTTAAACCAATAAATAACAACATAAAAGTTTCAAG 

a score=5315
s danRer3.chr12  5302198 121 + 37038836 ATACCCACCATGTTAGACTGAGGCTGTAGTACAAGTCTTGCTTGTTTTTTCCTTTGTTTCCTATAGTAATTTTCAAATGTCTCTCTGTCTCCCTGCAAGAAAAGACCAAATGGATTAAAAT 
s mm7.chr19     23936924 118 - 61223509 ACACTCACCACACTCGACTGCGGCTGCAGAACCAGGCGTGCCTGCTTCTTCCTTTGCTTCCGGTAATAATTTTCAAATGTTTCTTCATCACCCT---AAAGAACATCAGGAGAATGAGGAT 

a score=730
s danRer3.chr12  5310519 195 + 37038836 GTAAAACATATTTTGCAAAATGATTGTGTTATTC-----AACTATGATCATTTTTCAACCGCATATACTTAGGGAAAGAATTAGCTGAGAAATTAGTTTAAGATAAAA---TAAATTCAGAATAGCTGTAATTTGTAAATATATATTTTTTTCTGTTATTCAGTTATTTTGCGATTTATTTTCAGT------ATTTATGTTAAACTCAA 
s mm7.chr19     23938277 207 - 61223509 GTTAAAATTATTTTACTTCAGGAATAAATTATTCTCATTAATACTTAATGGATCCAAATAGCATAAACATGTGCTATGTTCTAAT--AACAAGTAAATAAAAACACAAATTTGTATTCAGAATTAATATCTTTTACATTTTTATATAACTAAATATGTTTGATTTCTTTTTTAATTTTTTTTCAGGTTAACATTTTATTATTAATTCAA 

a score=4138
s danRer3.chr12  5311079 147 + 37038836 TTAAGCTATTGAAGTTACATACCAAACTCTAGTTATATCAGTAGGAAATGAGATGATGGTAATTACCAAAACAGTGTAGATGTGGAGACATCGGTAGACCGGCGAAAAGTCCACCAGATCCTGAGCCGTCAAGACCTTTAAAGGAAA 
s mm7.chr19     23940500 146 - 61223509 TTAGCACATCAGAAGTACATAATCACCCTGGCTTACACAAGGTCAGAAC-CGATAAATATACTCACCAAAGCAGAATAAATGTGCAAGCATCGGTAAACAGGGGAAAAATCAACGAGATCTTGAACAGTTAAGACCTGAAAAATAAA 

a score=16
s danRer3.chr12  5311275 543 + 37038836 AATATTACTAAACAGTGATGTTTTTATGATGCTTTAGTCATTCTTATTATTAAA-ACAGTATCATTAAATTTGTATTTTATATATAATTGAAGTCTTTATAATGTAAATGTATAATGATACATACATACATATGCTCCTGTGTTTGCGTGTGTATCATTTTAATCATTTAAACAATTGTTTTAAAATAAAATACTTCAGTTAGTTTAA--------ATATATCAATAAATCTAAATATTTTGACTCTGTACAAACATGTTGATACCACACGCAAACCAGGTTCATGAAAAGTGCTATGAAAGAATTTTTAAGGAAACTCTAAATGTCCTGAAAACGATGCTGTGGAGGTCATACCTCCTCATCTATCTCTTCTTCCTCTGCTGTGTCTGTGCTTAAGC-------CGTTGTGATGGAGGGGCGTTCGGCCATTTAGCCCATACAGAGGTTTGGCACAACTCAGAGTGACCTGCTTCTGAACTGCACTGTTGAACGTACGGTGCTGCTGAGCCTGATGGAGAGAAGACCAACAATCA----ATTCAACGACTACAATACTAGCC 
s mm7.chr19     23943962 494 - 61223509 AAAATTATGAAATAAAAATTTGCCTCAGCTAGTTCACATACCATTACTAACAAGGAGAGAGAGATTAGATTTA-GTTTTACTACTAATTA-------TGCCAGACAGCTACGCTCTACTACCTATAAACACATA-------GTCTGCA-GTATATCCTGTTTGTCT--------ATTATTATATAGCCTAATATTTCAGGTCACTCAATGTGCACTGTGGACTGATGAGCATAAATC-----AATCTGCACATA---GAAGATACAGCACTTTAA---------------GGGACAAGAAAGCATTC-------AATACTAAAGG--CAGAAAGAAACCCGGT---------ACCTCCTCGTCGTTCTCCGCCTCCTCTTCAA-GTGCATGCTTCGGTATAACATCACTCTTCTCTTCTAGAATCCTGTCATTATTTACATGCATGTTTTTCCCAAACCTCATATTATTTTGCTTCTGCAGAGCAACACTGAAGCTCTTCTGCTGTTGTGCCT-ATTTTTGGGAGAATAAGATTCATATCATTCCAAAACT--GGTACTAGTC 

a score=11794
s danRer3.chr12  5313262 461 + 37038836 tgaaagacaaataaacttaacatagcaaaaccagacaagacaaaact----aaatgagacaaaaccaaaagagactaaaaacaaaacgagacaaaaaacaaaacaaaatgagacaagacaaacaacaaaactaaatgagaccaaacaaaacaaaacagatgagatgaaactaaacaattaaacaaaaATCCCACCTGTCTCATTGCGGTTTCCCCAATCTTATCTGAGTGCTTTCGGATACTTTCTAAGAAGTCTTTCAGATCAGACATGGAGATCTCTTTAATCTCCTCTCTGAGTTTTGGGAGAGTCTCAGCCATGATCTGGCAGAACCTGTACTGGCTCACTCTGGGAATATAAATGTTTTCTAGCTGCTCCATGGTTTTCAGTGCAGAGTAGTATCTGAAA-----TAAAAAGG--TTTAAAGTCAGTTAC-CAAATAATAGTTTCAAAACTACAAATAAAATATCAGA 
s mm7.chr19     23945498 467 - 61223509 TGAGGGACGCAAGGACTTAAATTA-----AACTGACTTTACCTAATTCTTAAAATAACTGTAAGTCCAAAGAAAATACTGTCAGAATCCACTCTAGAGGAAGACCAGGGATCATAAG-TAAATAGTAAGGCTAACCGCAACTAAGCATGCCGGGACACACTGCACACCCTGGAGGAACTGACTGTCAGGCTCACCTGCTTCATGGCTGCTTCACCTATTTTGTCAGAATGCTTTCGGATGCTTTCCAGAAAGTCCTTGAGATCAGACATGGAGATGTCTTTGATGTCTTCCCGGAGTTTAGGGAGTGTCTCCATCATGAGCTGGCAGAAGCGGTACTGGCTGACCCGGGGAAAGTACACATTCTCTAGCTGTTCCATTGTTTTAAGTGCGGAGTAATACCTGCGAGAGGTTAAAAGGGAACGTAAAAAAGGTCATGTCGATAAACGTTACACAAGGCCAGGCAATGAATCAGA 

a score=-256
s danRer3.chr12  5313723 146 +  37038836 GAAATAAAATGGGTTTAATAGTTTTTAAGATGCATCTTCTTTTTGACACCCATTAATGTTTTACCTTTGATAAGTTTTAACAACTTTATTTTACAAACAGTTTTTTAGTTTAGATGTATCTTATTAAACGCTTTTTTTAAAATGAA 
s mm7.chr6      85018900 128 + 149646834 GGAAAAAAA---ATCTAACCTCGATTAG-----------CTTTTGTTGTACATTAAGACAAATCCAGTGTAGtattttaataaagttttcttaaata----ttaaaaattaatatatgctttaaagactaataatttaaaaataaa 

a score=643
s danRer3.chr12  5318233 19 +  37038836 ATAAAGA--ATTTTAAAACTG 
s mm7.chr6      85032338 21 + 149646834 ATAAAGACCAATTTAAAAATC 

a score=3093
s danRer3.chr12  5318252 66 + 37038836 TTACCTTTTTGATTCAAGCTGCTCCTTCAATTTGCTGTACATTTCCAGAACTGCAAATAAAAATAA 
s mm7.chr19     23949065 66 - 61223509 TCACCTTTTCATGCTCATCTGTTCCTTCAGCTTACTGTACATCTCCAACACTGCATGAAAAAACAA 

a score=88
s danRer3.chr12  5318318 110 +  37038836 ATAAAACAGAGTGATTCACAGTAAAACGTACATTAA-------AAGGGAATCCATCCGAAACATTTAGTTAATTCTGTAAACAGAAACCACTTTCTCAcactgaaaaatgcagggtt 
s mm7.chr6      85032426 101 + 149646834 ATGACACA---TGCATCATTAAACAAAATAAACTAACTCAGCTAAAGGAATTACGTCAAGAATTCCACTCCATT------------AGCTGTTCCTCAC-CTGGAAGACACAGCATT 

a score=34424
s danRer3.chr12  5322199  973 + 37038836 CTCACCGGGAATGCAGAGCTGCAACTTCTCCACGGTGGTGGCCATGTTCCTCTGCTGAACCCGGCAGCGGATGACCTCCTCGGTTTGGGCCGTCACCTTACATAA----------GGGAAGGTCAAAGAGTGTGAAACCCTCTCAATTAACGAGA-------------CAGTCCTCTCTGCT-----CTATTGTCTGCTAA----------------------------------------CGGACATTC-----TGCTCTTGGGCAGACATGCAAACAAAGCCAGACTGTGCCAT----------------ACCTCCCGTCCGGCGTCTTGAAGTCTTCGGTTGGTGTCGCTCACTTGGCCCTTAAAACATAATATCACTTTTGTTAGACAAATAAGCCCACAGTT-CCCTGTTGTAACTGCTCACCCTTGTAATCAGATCATGCTTCATGAGGAGTCAAGAACAAAGGCATGCAAATTCAAATTAAATGTGCAGCGGGAACTTGAACTTTTGGTCGGCGGGGAGCTTTTATGGCCGGTAATCGCTTCTGACAGCTCTTTCTAACAGATTCTGTGACAAACTTCTCAATTTTACTTGGGATTTTTGAACTTTGGTTGTTCCTCTGGCTCTGTCAAACAATTCAAATCAATGACCCAATTGACCACTGGTCCCTTCCTGCTAACTTCAATGAGCTCTATGTGCCCTTCTTTGTCCTGGCTAAAACGCGGAGAGCATTTTCTGGTAATTAAACATTGGTTTCTTCTTTTTCTTTTTTCCTTTTTTGGCCCAGCAAGAACGCTGGGTGGCTGATTAACATCAAATGTGAAGACCTCCACACCACTGCGCTAGGATAGTGGCCCAGGTGCAGGGACCGCACGACCGCAGACTTTCCCACATATTAAGT--CTCATTAGGTCATCGTAATAAGGAACAGCTTATTC-CGTTTATTAAAAATCTCATTTATTCACGGACAAAGAGCAGCTCAGCGACCTCATTGGTGCCGTATGTGCTCTCTTGTTATCTGAATATGCTTTATATAAT-GTGGGTCTAATTGCGAGGATTGC 
s mm7.chr19     23950873 1033 - 61223509 CTCACCTGGGAGGCATAACTGTAATTTCTCTACTACGGTTGTAATATTTCTCTGCTGAATCCTACACCGAATAATATCTTCTGTTTGGATTATCACCTTAGGAAATAAAAATGTTGACAAGTTTAAACAGT-TAAATGGCATTCATATACTGAGCTCTCTCCCGGCtccctccctccctccttccatccataatccattcatcatccacccatccacccatcatccatccatccatccatccatccatccacccatccacccatccatccatccatcccacatccacccatcccatccacccTCACTTTCTTACCTCTTTTCCTGCATCTTGAAACCTTCGGTTGGTATCGGTAACCTGCACCTTAAAA-ATAATTTCACCTTAGTTAGACAAACATGTATAGAGCTGCCCTGATGTAACAGCTCACCCTTGTAATCAGATCATGCTTCATGAGAAACTCAGAACAAAGAAATGCAAATTCAAATTAACTCTACAGCTTGAACTTGAACTTTTGATTGA-AAAGAGCTTTTGTTAACTTCAATTGATTATGACAGTTCTTTTTAACAGATTCTGTGGCAAACTTCTCAAATTTACTCAGGATTTTTGAACTTTACTTGCTTTTCTGAGTCTGTCAAACAATTCAAATCACTGACCCAATTGACCACTGGTCCCTCTTTGACAACTTCAATGAGGTCTATGTGCCATTCACTGTCACAG--GAAATGGCGATTGCATTTCACGGTAATTAAACATTCATGCTTTCT-----------------------CAGTGCAAACCCTGGGAGGCTGACGGACATCAAACATAGAAATCTCAAT-CCACAGCAACATGTTCAAGCTGCAGGTGCAGCCAGGGCTCAGCC-TGGATTTTCCCACATATTAAGTGACTCATTAGGTCATCGT-ATGAGAGGAAGCACATTCTCGTTTATTAAAAATCTCATTAGCTGAAGAAC--GGAGGTGCTCAGTGACCTCA-TGACGCCGTCTCTGGTCTCTTGTTATCTGAATATCCTTCACATGATGGTTTTCCTAATCACAATCTTTGC 

a score=10742
s danRer3.chr12  5326691 193 + 37038836 TACCATCAGTTTCTCAGCATCTGCTCGGACCTTCAGCAGTTCTGTGATGGCGTCGACGAATCCCTGATGATGAAAGTTGCACATTTTTTCAATCTCTCTGTCGTGGTTACGTATTCTGGCATCAAGCTTCTCCATAAACCTTTTGTGTGCGTTGGGCTGATCATCGTAAACAGATC------TACAAAACAAACATCAA 
s mm7.chr19     23952269 199 - 61223509 TACCTTCAGTTTTTCCGCATCGGCCCTTACTTTGAGGAGTTCCGTAATCGCATCCACAAAGCCCTGGTGATGGAAGTTACACATTTTTTCAATTTCCTTGTCATGATTGCGGATACAAGCGTCTAGCTTTTCCATAAACTTCTTGTGTGCGTTTGGCTGATCATCATACACAGATCTGTATGTACAAGAAAAACTACAA 

a score=1835
s danRer3.chr12   5378517 732 +  37038836 agatagatatatagatatatggatagatagatagatatatggatagatagatagatagatagatagatagacagacagacagacagacagacagacagacagac-agacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatcataacaagaactgctgcttaattgcatgcatgtaatagcgacacccggtggttatttattgaattacgttcatttttgtatagcgggccag---------attctat------tgatatttataaaaagcctcgcgggccgc------------cacaaaactgattgcgggccg---cagatggcccgcgggccgtagtttggacatgcctgGACTAAGCCAAAAAGAAAATGAATGAAAAAAttaataattcatactgcatgactggcaagaacaagtcattttagaggcatcggttgccttcgatctcaggcatttgctggtgatttta---caatcaggagctaaaCCTGGAACAGGATTGGACACCCCTGGCCTAGGTTATTCTTGGAAAGGTGTCTTCAACTTTGCTCATCTCCATATAGGCAGGTAGCTGCCCAGGAGCAGGGCTGGAGATCCCTGTTT---AAGGGAGACTGTCTTATAAATTGTTGCTCCTGTTGAAGGTTTTCAGGGCTCAGAATAAACTC 
s mm7.chr3      124320255 666 - 159849039 agaaagaaaaagagaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaaggaagaagagagaggcaggaaggaaggaagaaaggaaggaagaaagaaagaaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagGATCCAGTCTGCCT---------TAGCCACGTAACTC---------TTACTGAAATGTGTTGAGTACTGATGACAAGGACAACAGAAGGCAGTTCCATCACAGATGACATATATGGCAAAACCAGCGTCACTTATAGAGTCAAAGTACAGACTTAATTGAGGGTGAAGTCAATTTCACAATGTGCTGTGTGATGTGTACTCTTGTCTCAGGA----------------------------AGCTCCCCCACCCTGGTCAGGGAGAAGTCGCAAGTTCGGTGGGTGTGGTTTACCTC--TCTGAG--------TAACAAATTCAGCTCAACAAGAAGAAAGACCTGTAATGAGTCAGAA--------GCGCAG-------TCAGGAGGAAATCT--ACCCTTAAAGCTCACTACAGACCCAGCTAGCTTTTCAGAAGCAGAACTGGAGAAACCTGTTTTAGAAGCAGCACTGGC-------------CTCCTGATACAGGCTCT-----------------TC 

a score=5344
s danRer3.chr12  5379252 275 +  37038836 CTTACCTGTTCCCCAAAGCCTTTGGCAGTGCTGGAGATGAGTGGGGCATTGGCCATTGTAGCAGTAACCCTGGCCAGAGCTGCAAGGTATGCCATTCATCCTGAAATCATTCTCAGGGCACTTCTCCGAAAGCCCTGTGCAGTACTCCGGAACATCACACTCATTTATAGATGCTCGACACAAGCTTTCAGCATCTTTTATCTGGCACAGCAGGAGAGAAAAGAGAACTGTCAATAACAGTAACTGTCATGCACAGCCTACCATCACTTCATCTA 
s mm7.chr11     76003011 264 - 122091587 CTTACCAGGTCCCCACAGCTGCTGGCACTGTTCCTGGTAAGTGAGGCACATGCCGTTGTAGCAGTAGGCCTGGCCACCCTCGCAGGGGGTGCCATCCATCTGATAATAGTTGGTGGGGCAGTGGGGAGACTTGCCGGTGCAGAACTCGGGGAGGTCACATTGCCGAACCTGCTCCCGACACTGGGTTCCAGGAGCCACCAGCTAG-------GTAGAGGAATGAGAA--GAGAAGAGTAGTCAT--TTCTTCCCTGCCCCCAACCCTTTCAGCCA 

a score=3548
s danRer3.chr12  5387179 144 +  37038836 CACAGTAAAAAAAAGCATTACCTGGCAATTCTCACAGCAGTCTCCCTGAGCACAGCGTGAACCTTCAGTGAGCTTGCAGGTCATGGGATCACAGCATGGATTTTTACATTCCTTCAA------CATAAATGCACAAGACGGTAAACCCAG 
s mm7.chr11     76005938 148 - 122091587 CAGAGGAAAGGAGACACTTACCTTGCACTGGTGGCAGCAGGAACCATGGGCACACTCTGCCCCTTCCTTCAGAGTGCAGTTGGAGGCATTGCAGCAAGGGTTCTTACATTCCTACAAAGGCAGCAGAAGGGCAAGAGTCAG--AGCCCAG 

a score=3270
s danRer3.chr12  5387463 186 +  37038836 TACCTCCACTGTTCCACAGTCACACTCCTCTCCAGGGTCCAGGAAAGCATTACCACAGACAGGCCCACTGTACAGTTTGTATGAGCTGGGGGTGTCCAGCAGACAGCTAGGGTTGGCGTTGTCTAGAAATAC--AGTCAGCTGCTCTAGACTGCAGTCACTGAACTGCTCTGGGAACAGCGTGCTTGA 
s mm7.chr11     76007408 185 - 122091587 TACCTCCTCTTCTCCACAGTCACATTCTTCACCGTCTTCCAGGTACCCGTTGCCACACCTCCGGCCTCCATACAGCGTCCTAGTGTCCGGCATGTTGGAGAGACA--CATCCCTCCTCCTGTCTGCAGATACCTGTCCAGCTCCTTCCTGTTACACCAACTGAAC-ACTTTGGGGAAAGGGTGCCTGA 

a score=3114
s danRer3.chr12  5389371 151 +  37038836 CTTACCCCACACTCTCTGTCATGATACAGAAGGAACTGAT--CACTGACGAGCCACACGTGCAGTGATCCTCATCATGGGACATGCCCATGTTATGACCCATCTCATGTGCAATTGTGGATGCCAGGCCCAGTGGGTTCTGATTATGATCCTG 
s mm7.chr11     76009682 148 - 122091587 CTCACCCGGTGGCGGCGGCCATGATGCAGCCGCCATCGGCTGCACTGGCAGAACA-----GCAGTGTGCAGAATCATGGCTCATGCCAAAGTTGTGGCCAATCTCATGGGCCACAGTGGAGGCTACACCAATGGCATTCTCGGAGTGGTCCTG 

a score=8517
s danRer3.chr12 5461019 160 +  37038836 ATCATGAGTGAATTCAGGATTCATCATGATGTTAATGAACTCCTCGGGCTCCTTAATGTCCGAGGGGGAGATGGTGCAGAGGTTTATATTGATTTACTGCAGAAGAACAGGACTGGATATGTGACCACTACAGTTTCTGCACACAGCGCTAAGGTAAACA 
s mm7.chr7      5318800 160 - 141766352 ACTATGAGCGAATTTCGGATTCACCATGATGTCAATGAGCTGCTCAGCCTGCTCCGCATCCATGGCGGGGATGGGGCTGAGGTCTACATTGACCTGCTGCAGAAGAACCGGACGCCGTATGTCACAACCACAGTCTCTGCCCACAGTGCCAAGGTGAGCA 

a score=8351
s danRer3.chr12 5461225 156 +  37038836 TGAAACTATTTACAT-----TGCCTTATAGGTCAAAATGGCAGAACACTCCAAAACACCTGAAGACTTCCTGAGGAAATATGATGAACTGAAGTCAAAGAATGCTCGCAACCTTGATCCACTGGTGTATCTGCTCTCCAAACTCACTGAAGATAAAGAGGT 
s mm7.chr7      5320289 160 - 141766352 TTAAGTTATTTACATGCTTGTGATTTG-AGGTCAAAATTGCAGAATTTTCTCGAACTCCTGAGGACTTTTTAAAGAAATATGATGAACTGAAATCTAAAAATACAAGGAACCTTGACCCACTGGTGTACCTGTTATCAAAACTCACAGAAGACAAAGAGGT 

a score=5845
s danRer3.chr12 5463326 212 +  37038836 AATGATAACCCACTACTGTTTCTGTTTATCAGACTTTAAAGTTCCTGCAGCAGAATTCCAAGGAGAGATCAGAAATGTCTGCCAATGCAGCATCCAGCACCACTGCATCATATAGCATTCCTGCAACCAGCAGCAAAATGTCCATGCAAGAACTGGAGGAATTGCGCAAAAAGCTGGGAAATGTCACAGCCAGTTCCAATGTACCACAGGTA 
s mm7.chr7      5321347 211 - 141766352 AGTGTGAATGCATGGTTTTGTGTGTTT-TCAGACACTTCAGTTTTTGCAACAGAATGCAAAGGAAAGAGCTGAGCTTGCAGCTAGTGCTGCAACTAGCAACACCACCAGCTTCAGCATCCCTGTTGCAGCCTCTAAGATGTCCACACAAGAGCTAGAGGAACTGAGGAAGCAGCTTGGCAGTGTATCCACAGGCTCCACACTGCAGCAGGTA 

a score=5118
s danRer3.chr12 5463608 192 +  37038836 ATTTTGTTTCCAGTCTTCTGAGGTCATCCGTAAAATGCTGAGAGACCGTCATAACAAGAAGAACCCCACTCAGCCCAACCCTGTGTTTCCAAACTGGGTGTATGACCGGCCTTCTCTGATTGGGGATTTCATCACTAGCCCCACCCCTGTCGGAGATCCTGTTGTGGCTATTGGTACGTGACAAGACTTTCC 
s mm7.chr7      5322566 192 - 141766352 ATGTCCTTACTAGTCTCTGGAACTTACAAGAAAGATGCTTCGAGACAAACAGAACAAAAAAAATTCAGGCCAGCCCCTCCCTGTCTTCCCAGCATGGGTGTATGAGAGACCAACATTGGCTGGAGATTTCCTGATTGGCTCGGGCTTGAGCTCAGACACAGTTTTGCCTATAGGTATGTGGTGAATTTCTTC 

a score=8309
s danRer3.chr12 5464887 308 +  37038836 TTACAGGCACAATGCCGCTGGCTGCACAGGAACAAGCTCTGGTTGAGGATCTGCTGTATGTTCTGATCGGTGTGGATGGGAGAGACATCACAGCTCAGCCAGTGCTTGGCAGACAGAGCCGATCGTTCATTGTGGATCCTTCTCTCGATTTGTCCGTCAAAGAGCTGGTCAACAGGATATTACCAGTCGCATCTTGTTACTCCACCATCACCCGGTTGGTGAACTATATTGCCTTTATGTTAACCTGGTTCACATTACAG-----TCAGAATTTAAAAACCTTTTCACTCTCTAGCTAATATTGATA-----ATAAGT 
s mm7.chr7      5344465 310 - 141766352 TTGCAGGTACATTGCCCTTGGCCTCCCAGGAGTCAGCTGTGGTGGAAGATCTGCTCTATGTGCTTGTGGGTGTGGATGGCAGGTATATCACTGCTCAGCCTTTGGCTGGGAGGCAGAACCGTACCTTCCTTGTCGACCCCAACCTGGACCTGTCCATCCGGGAGCTAGTAAACAGAATCCTCCCTGTGGCCGCCAGCTACTCTACTGTGACCAGGTGAGTCCCCGGTGTGACC--------AGCCACCTCCCTGATAAAGTCCTTTCCTGGTTTGTGATTCTCCCTTCTTCCTAACAAATTTTGACGAGCCTATGAGT 

a score=13494
s danRer3.chr12 5466887 337 +  37038836 CCCTGTTTGCCATATTGAATCAGTTCTGTTAATAATGTCAGGCAGGTTTATTGGCCCTG-----TATAGTCTGTCATTTAT---------------------------GATCAAATTTCGCATGGG---------TTTCTCAAACATTTTATATGTATAATCCATTTCCAGTTTCACCGAGGAGAAGTCGTCATTTGAGTATGGTCAGGTGAATCACGCTCTGACTGCAGCCATGAGGACTCTGATGAAAGAATATCTGATCCTGGTGACGCAGCTGGAGCATCTGCACAGACAGGGCACGCTTTCCCTGCAGAAGCTCTGGTTCTACATACAGCCCACCATGCGCACCATGGAAATCCTGGCCTCCATTGGTAAAGA 
s mm7.chr7      5344775 371 - 141766352 CCCCAGTCCCTATCTTGACTAAACTCT-----TAATACCACGGAGTCCCATTGGCTCTAAGTACTGGAGTGAGTGATTTGTTCCTGGGTGAGAAGGGAACTTGGAATAGCTCAGCTTTTGTTTGGTAATTTAGCTCTTCCCCCACAGTGTCCATGTATCTTTGCTGT--AGGTTCATTGAGGAGAAGTCTTCATTTGAATATGGGCAGGTGAACCATGCCCTGGCTGCTGCCATGAGAACCCTAGTAAAGGAATACCTGATTCTGGTCACACAGCTGGAACAGCTGCACAGGCAGGGCCTCCTCTCACTGCAGAAGCTCTGGTTCTACATCCAGCCAGCCATGCGCACCATCGACATCCTTGCCTCCCTTGGTATGGA 

a score=12968
s danRer3.chr12 5468101 210 +  37038836 CCTTGTCTTTCTTGTAGCCACTTCCGTTGAAAAGGGTGAGTGTATGGGTGGCTCGACCCTCAGCCTGCTTCATGATCGCACTTTCAATTACACCGGAGACAGCCAGGCTCAAGAGCTCTGCCTCTATCTGACCAAAGCAGCCAGTGTTCCCTACTTTGAAATACTCGAGAAGTGGATCTATAGGGGCATCATTAAAGATCCGTACAGGTA 
s mm7.chr7      5345507 210 - 141766352 CCCCTTTCTACCCACAGCCACCTCAGTGGATAAAGGCGAGTGTGTGGGCGGGTCGACACTGAGCCTTCTTCATGATAGGAGCTTCAACTACACCGGGGACAGCCAGGCGCAGGAGCTGTGCCTCTATCTGACCAAGGCAGCCAGTGCACCTTACTTCGAGATCCTGGAGAAGTGGATCTATAGGGGCATCATTCATGACCCATACAGGTA 

a score=9255
s danRer3.chr12 5469899 199 +  37038836 ttgTACCACAGTAACAAGTATAGCATACTCTGTGTGTGTTTCTTTAAAGTGAATTCATGGTTGAGGAACATGAGCTGCAGAAAGAGAAGATTCAGGAGGATTATAATGACAAATACTGGGATCAAAGATACACTATCGTCCAGCACAGAATCCCATCATTCCTTCAGAAGATGGCAGATAAGATATTAAACACGGGTAA 
s mm7.chr7      5346367 188 - 141766352 TTGTGCTGTAGTGGCCTGAA------ACTCTGTGTG-----ACTTACAGTGAGTTCATGGTGGAGGAACACGAGCTGCGGAAGGAGAAGATCCAGGAGGACTACAACGACAAGTACTGGGACCAGCGCTACACTGTGCTGCCGCAGCAGATCCCATCCTTCCTGCAGAAGGTAGCAGGCAAGATCCTCAGCACAGGTGA 

a score=11180
s danRer3.chr12 5470271 198 +  37038836 TTTCAGGCAAGTATCTGAATGTTGTGCGAGAGTGCGGTCGTGATGTAACCTGTCCAGACGCCAAAGAGGTTCTCTACACGCTTAAAGAGAGAGCGTATGTGGAGCAGATCGAAAAAGCATATTACTATGCCAGTAAGGTTCTGCTTGACTTCCTGATGGAGGAAAAGGAGCTTGTTTCACGCTTGAGGTAAAACTTAA 
s mm7.chr7      5347109 198 - 141766352 TTTCAGGAAAATACCTAAATGTGGTCAGAGAGTGTGGTCATGATGTCACCTGTCCCGTAGCCAAAGAAATCATCTATACCCTTAAAGAGCGGGCATATGTGGAGCAGATAGAGAAAGCGTTCAATTATGCCAGCAAAGTGCTGCTGGACTTCCTCATGGAGGAGAAGGAGCTGGTGGCCCACCTGAGGTTGGACTTCA 

a score=11883
s danRer3.chr12 5474779 204 +  37038836 TTTACCCTTTACGGTGCAGGTCAATCAAACATTACTTTTTAATGGATAAAGGAGACTTTTTTGTGCATTTTATGGACCTGACGGAGGAGGAACTGAAGAAGCCGGTTGATGACATCATTCCTCCACGACTGGAAGCTCTGCTGGAGCTGGCCTTGAGGATGAGCACTGCCAACACTGATCCATTTAAAGATGATTTAAAGGTAA 
s mm7.chr7      5347567 204 - 141766352 TTCACCAACCCTGACACAGGTCCATCAAGCGCTACTTCCTGATGGACCAGGGGGACTTCTTCGTGCATTTCATGGACCTGACTGAGGAGGAGCTCAGGAAGCCAGTGGAGGACATCATACTCACACGCCTGGAGGCCCTGTTGGAGCTGGCCCTGCGAATGAGCACTGCCAACACTGACCCCTTCAAAGACGACCTCAAGGTGA 

a score=9678
s danRer3.chr12 5477682 318 +  37038836 TGGCTGTTGTCACCCATCTAAATGGT--------GGTTATCGAGGTGTAGAAGATTCTCCTTAATGAA--TGGAAAATGATGCGCAGTT----GCCCGAAACTAGGCAATAGGTCATCATTAAAACTGCATTATTTAACAGCATTTTTCTCT-----TCCAGATTGACCTGATGCCCCATGATGTAATCACTCAGCTGTTACGTGTCCTCGCTATTGATACCAAACAGGAGAAAGCCATAATTAATGCAGAGCCCACAGAGGTGTCACTTAGCGGTCTAGAGGCTTTCTCTTTCGACTACATCGTCAAGTGGCCACTTTCACTCATAATTAACAGGT 
s mm7.chr7      5350812 330 - 141766352 TTGTTGCTGGCTCCAACCTAATCTGTTAATTAAGGGTTATCAGCGGGTGGTTGGC---CTGTAATAGAGTTTAAGAAGCTTTCTCGGTTCCCAGCTCCAATCCTGGC--TAGGTAAGGGCCAAGAC--AATTCTGTGTCCATCTTTTCTTCCACCTCCCCAGATTGAACTGATGCCTCACGACCTAATCACTCAGCTTTTGCGGGTTCTGGCCATCGAGACCAAGCAGGAAAAGGCAATGACCCATGCTGACCCCACGGAGCTCACACTGAGTGGTCTGGAGGCCTTCTCCTTTGACTACATGGTCAAATGGCCCCTGTCACTGATTATTAACAGGT 

a score=1470
s danRer3.chr12   5478681 46 +  37038836 CATTTTATGATTGGGAAATGTTACA-CGTTAAGAATAGGAAGTGTCA 
s mm7.chr8      109174849 47 - 127874053 CAGTTCAGGATGGGGCAAAGCTACAGTGTTAAGGGTAAAAGACATCA 

a score=1065
s danRer3.chr12   5478807 164 +  37038836 AAATGTTATGCGTTGCACTTTAACCATCGG-AAGTGTCACATTACGCATTTCACGATTGGCAATTGTTATGCGTTGCACATTAACCATTGG--AAGTGTCATATTCCGCATTTCACGATTGGCAAATGTTATGCGTTGCACATTAACCATTGGAAGTATCACATTAC 
s mm7.chr8      109174945 165 - 127874053 AAAGGACATGAGGGGCACATCA-CCATAGGCAAAGGACATGAGGGGCACATCACCATAGGCAAAGGACATGAAGGGCACATCA-CCATAGGGAAAAGGACATAAAGGGCACATCACCATAGGCAAAGGACATGAAGGGCACATCACCATAGGCAAAGGACATGAAGG 

a score=2501
s danRer3.chr12   5478971 513 +  37038836 GCACTTCACGATTGGGAAATGTTATGTGTTGCACATTAACCATCGG-AAGTGTCACACTACGCACTTCATGATTGGGAAATGGTATACGTTGCACATTAACCATCGGAAGTGTCACATTCCACATTTCACGATTGGTAAATGTTAAGCGTTGCACATTAACCATCGG--AAGTGTCATATTACGCACTTCACGATTTACAAATGTTATGCGTTGCACAATAACCATTGG-AAGTGTCACATTACGCACTTCATGATTGGAAAATGTTATGGGTTGCACATTAACCATCGGAAGTGTCACATTAC--GCACTTCACAATTGGGAAATGTTATGCGTTGCACATTAACCATCGGAAGCGTCACATTCCGCATTTCACGATTGGCAAATGTTATGGTTGCACATTAATCATTGGAAGTGTCAAATTACGCACTTCACAATTGGAAAATGTTATGCGTTGCACATTAATAATCGGAATTGTCATATTACGCA-----CTTCACGGTTGGCAAGTGTTATGCGTTGCAC 
s mm7.chr8      109174899 427 - 127874053 GCACATCACCATAGGCAAAGGACATGAGGGGCACATC-ACCATAGGCAAAGGACATGAGGGGCACATCACCATAGGCAAAGGACATGAGGGGCACA------------------------------TCACCATAGGCAAAGGACATGAAGGGCACATC-ACCATAGGGAAAAGGACATAAAGGGCACATCACCATAGGCAAAGGACATGAAGGGCAC-ATCACCATAGGCAAAGGACATGAAGGGCACATCACCATAGGGAAAAGACATGAGGGGCACATC-ACCATAGGGAAAAGGACATGAAGGGCACATCACCATAGGGATAGGACATGAGGGGCACATCACCATAGGGAAAGGACATAAA-----------------------------------------------------------GGGCACATCACCATAGGGAAAGGACATGAAGGGCACATCACCAAAGGCAAAGG--ATGGCAGGCACACACCCTCATAGTTA--AAGGGATATCAGGTGCAC 

a score=8482
s danRer3.chr12 5481069 144 +  37038836 TTTACAGGAAAGCCCTGACAAGATACCAGATGCTCTTCAGGCACATGTTTTACTGCAAGCACGTAGAAAGGCTGCTCTGTAATGTGTGGATCAGCAATAAAGCAACTAAGCAATATTCACTGCACACTGCGAAATGGTGAGACT 
s mm7.chr7      5351415 144 - 141766352 TTTGCAGGAAGGCACTCACCCGCTACCAGATGCTCTTCCGACACATGTTCTACTGCAAGCACGTGGAGCGGCAGCTCTGCAGTGTCTGGATCAGCAACAAGACGGCCAAGCAGCATGCACTGCACTCCGCCAAGTGGTGTGTCT 

a score=8673
s danRer3.chr12 5481220 202 +  37038836 TATTTGTTTTTTAATATTACACTATGTATC-GTTAGATAAGCTCTTATT--CGATTCATTTTGTCATTTGTAGGTTTGCTGCTGCCTTTGCATTGAGGCAACGGATGCTCAACTTTGTCCAGAACATTCAGTACTACATGATGTTTGAGGTTATGGAGCCCACATGGCACGTCATGGAGAACAACTTGAAGTCTGTGAGTCACTG 
s mm7.chr7      5353152 198 - 141766352 TACCTGTTCCTTG----TGCACTCAGTACCTGTTCCTTGTGCACTCAGTACCTGTTCCTTGTGTACTC---AGGTTTGCTGGTGCTTTCACTCTGCGGCAGCGAATGCTCAACTTTGTCCAGAATATTCAGTACTACATGATGTTTGAAGTGATGGAACCGACCTGGCACATCCTTGAGAAAAACCTGAAATCTGTGAGTTTCTG 

a score=9843
s danRer3.chr12 5484809 270 +  37038836 GTTCTTTCAGATAATGGTAAT---CAGGCTGTTATGTAATAATTGTGACAGCTCTAGCTGAGCACAAATGGACTTTAAATTATTTCTCAGTGTGTTCTTAATTGGCTTGTCTTTTTTAGGCGTCCAACATTGATGATGTGCTGTGTCACCACACCAGTTTCCTGGATAACTGTTTGAAAGACTGTATGCTCACCAACCCTGAACTGCTCCGGATCTTCTCCAAGCTCATGTCGGTCTGTGTCATGTTTACCAACTGTATGCAGGTAAAAAAAA 
s mm7.chr7      5353551 256 - 141766352 GCCCATTGAGACAATGGCAACATACAGGCAATAGGGTACCAA--------GCCAGAACTGAAAACAACATGCCCAGGA-----TCTTCGGTGACGTCCC---CGGCCT-TTGTTTGCAGGCCTCCAACATTGACGATGTCCTTGGCCACCACACAAGCTTCCTTGACAACTGCCTGAAGGACTGCATGCTGACCAACCCTGAGCTGCTGAAGGTTTTCTCCAAGCTCATGTCCGTATGCGTCATGTTTACCAACTGTATGCAGGTGAGGACAA 

a score=2827
s danRer3.chr12 5488249 103 +  37038836 AGCGATTCACACAAAGCATGAGGATAGACAGCGAGATGAAGCGTCTGACTCTCGAGCACGGCACTATGGAAGGCACTTCAGTCCTGGCTGATGAGGCCGAGAA 
s mm7.chr7      5354463 103 - 141766352 AGAAATTTACACAGAGTATGAAACTGGACAGTGAGCTAGGCCGTCTGACACTGGATCAGGGTAGTGTGCAGGGGCCACCCACAGAGACTGAACGGATTGAGGA 

a score=8332
s danRer3.chr12 5491535 176 +  37038836 TCTTAGTTTCTAGCTGAGCATGTGGATGCTCTTCAGTCTGACTCCGGGTTCGAGGGGACCATCAGCAAGTTTGACAGTAACTTCAGCACTTTATTGCTGGATCTTTTGGACAAGCTCAGCATTTACAGCACCAATGACTGTGAACACAGCATGATCAACATCATCTACAGGTGGGT 
s mm7.chr7      5355614 176 - 141766352 TTTCAGCATCTGTCTGAGCATGTGGATGCTCCTCAGCTGGCCTCTGGTTTCGAGGCCACCATCAACAACTTTGACAAAAACTTCTCTGCCCATCTTCTTGATTTGCTGGCCCGACTAAGTGTCTACAGCACCAGTGACTGCGAACATGGCATGGCCAGTGTCATCTCCAGGTAAGT 

a score=3192
s danRer3.chr12 5498023 144 +  37038836 GAGCTTATACAAGTCCTCATTTAAATTCAGTCTTCTCACCAGAGGTGCTGTGAATAATGAGATTTCTTTTTATAGGCTGGACTTCAATGGCTTTTACACTGAGAGACTGGAGCGCATGGCCATCGAAAGAAGCCAGAAGACGGC 
s mm7.chr7      5356325 143 - 141766352 GATCCTGTGTATTTTCTCAGCTTGGGCTAG-CTTCTGCCTGGAGTTTTTCTGACACCCATTTTCCTCCTCTAAAGACTAGATTTCAATGGTTTCTATGCTGAACGCCTGGAACGTCTGTCTGCAGAAAGGAGTCAGAAGGCTGC 

a score=3410
s danRer3.chr12   5541190 153 +  37038836 CACTGAGACACACGCTCTGTGTGGTGGTGTGGGACATCATTCCTCCATAGTAACCACTTCCACATCCCGCACTGCTGTGGACTCGAGCCTTCTGCTTCAGGTCTAACGCAAGACTGCGTCGCAACCAGGCCTTCTTCACCTCTGCCTGCACCT 
s mm7.chr9      110420197 141 + 123828236 CACGGGGGCCCACATTGGTCACACTCGTGTGTGACACCATTGGGCCATAGCTGTAGCTGCTAC-TCCCAC-----------TTCGTGCTTTACGCTTGAAGTCCAATGCCAGTGTCCAGCGGCTCCAAGACTTCCTAATCTCTGCCTGCACCT 

a score=-1097
s danRer3.chr12   5541343 203 +  37038836 GTACATGATGAACAACA--------GAAAATCTTAAGGGGAAAGCTG---CTGTGTAGTTGGATTAACAGTTTCAACATGAACTCTTGATAGCTATCGATTGTA--CTGTATgtgtacaa---------catatatgagt-----acacccctcccaaatctctcat-ataaatattgttttaatgggTCGTTTTAAAACCCATTGAATGCTTGTAAATACACCTTTCCTA 
s mm7.chr1      129293492 224 - 194923535 GTAGCGCAAGAAGCACACATCCTATCAGAAACCAAAAAAGAGCCCTGCACCTGTGTC-----ATGAAGAGCTTTG--CTTAAATGATAGTAGCCGCTGATTGGGGTCCTTCTCGGTGCCAGGGACTCTTCAGATCTGTGTGTTCCATACACCTCAAAAGCCTTTCCCAATTAATGTTATTTTTAGTATTTAAATGAGAACTGACATGCCACTGATACAAATAACTGTCTTA 

a score=282
s danRer3.chr12   5542117 3 +  37038836 ACA 
s mm7.chr1      129295557 3 - 194923535 ACA 

a score=3053
s danRer3.chr12   5542120 56 +  37038836 CTCACCTCCCCATTGCAGAAGCAGTAAATAAACGCCACAAAGAAACCCTGTCAAAA 
s mm7.chr9      110421282 56 + 123828236 CTTACCTCACCATTGCAGAAACAGTATATGATGGCAACAAAAAATCCCTGTAGAGA 

a score=8087
s danRer3.chr12   5542902 151 +  37038836 ATACCTGTGAAGAATTGAAGAGCATCTCGTAATGCATCTGAATCTGCCACAGCAAACCAGTCACATCAGTGTACGGAAGAGCCATGAACAGCATGTAATGAACTCCAAACAGTGGCATCAGCACCATTGTTGACTTCAGCAGCTTCCTATA 
s mm7.chr9      110421407 151 + 123828236 ACACCTGGAAGGAGTTGAAGAGCATCTCATAGTGCATCTGGATCTGCCACAGTGTCCCTGAGACCTCGGTGTACGGCAAGGCCATGAAGACGGTGTAGTGGACACCGAAGAGTGGCACAAGCACCAACGTGGACCTGAGCAGCTTCCTGCA 

a score=4284
s danRer3.chr12   5544745 101 +  37038836 TAACCTGTACTGCTGTCTAGGGTCCAGTTTTCCTGTGTTTGTTTCCCACAACTTAGAGGCCAAAACCCTGATGATATTGAGGAAGAGGAAGAAGTTTACCT 
s mm7.chr9      110422096 101 + 123828236 TCACCGGTACTGCTGCCTGGTGTCACACCGGCCCGCATTGGTCTCCCGAAGCTTAGTGGCAAGCACCCGGATGATGTTGATAAAGAGGATGAAGTTGAGCT 

a score=3181
s danRer3.chr12   5545168 78 +  37038836 CTCACAACAATGGCTGCCAGGATTGGTACTTGATAGATCCATTTTAGATTGCCTGCGCTGATATCCCAGCACCTGGAG 
s mm7.chr9      110422423 78 + 123828236 CTCACCACAACAGATGCCAGGATGGGCACCTGGATGATCCACTTCTTGTGCCCAGAGCTCAGGTCCCAGCACCTAAGG 

a score=8512
s danRer3.chr12   5551542 211 +  37038836 ACCCCAGCCTATGATTGTTAAAGCCCACAGGCAGTTCTTATCAGACAGGAAGGCCATGAAGATCAGACTATGCAAGTACAAACCCTCCACCAGGATCCAATAATGATTGGTCGCCAACAGATACAGGAAGAGGGTCACAGCAGCCTTGCAGCCCACCTGATAAACACAC-------AGGCCAATAAAGCTGATGTTG-ATCTCTTAGGAAAGCGTTAGT 
s mm7.chr9      110424142 219 + 123828236 ACCCCAGCCAAAGATGGTGAAGCCCCACAGATACTTCTTCTCTGAGAAAAAGGCCATGAAGATGAGGCTGTGTAAGTACAGTCCCTCCACCAGAATCCAGTAGTAGTTGGTAGCCAGGAAGTAGAGGAAGAAGGTCACGGCCACACGGCAGCCAGCCTAAGAGACCAACCACAGTTAGTTCCAAAAGGTAGAACCTGCATCCTATAGGCAAGGTTTGGT 

a score=4676
s danRer3.chr12   5551826 118 +  37038836 CTCCATCATTCGTGA---CGGCGTAAAGAACGGCGTCTTTCACAAAAATACTGATTGCTCGACATATGAACGAGGTGAAGAGGTGGATGTGGATGTAGTTACGAGTGCAATGGAGACGTCT 
s mm7.chr9      110424748 121 + 123828236 CCTCATCCAGCGTGAAGCCAGAGTAGAGCACAGCGTCCTTCACGAAGATGCTCGCGGCGCGCAGCATAAACGACAGGAACATGTGCATGTGGATGTAGTTGCGCGTGCAGTGCAGCCGCCT 

a score=199
s danRer3.chr12   5551944 48 +  37038836 AGAGAAAGAAAATACAGAAGAGAGAAAAAAATGAGGTTGACTTGTAtt 
s mm7.chr1      129336107 39 - 194923535 ATGCAGAGAAATCAT---------TAATTATTGAGGTTGGATAGAATT 

a score=3621
s danRer3.chr12   5554257 125 +  37038836 ACTTACTTGAAATAGCAAAGGATAGAGACCGCCACCAGTAACGCTGCCAGTGATATGGAGTATCCAATAGTGTACATGAGGTAAAGGCGCTCAAACACTTCCTA--ATTAAACACACAAGCATATTT 
s mm7.chr1      129337930 126 - 194923535 ACTCACCTGAAGTAGCCAATAATGAGAATGGCTACAGCCAAGGAGCCAAAAGAGATGGAGTAGCCAACAGTGTACAGGATGTAGAGGCTTTCAAAGAACTCTTGCTATGAGACAGTCAA-CATATGT 

a score=25176
s danRer3.chr12  5556365 1062 +  37038836 tgtgacgctgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgCTGTGTCATATGGTGTGACGCTGTGTCATATGGTGTAACGCTGTGTCATATGGTGTGACGCTGACATAGGGTGTGACGCtgtcatatggtgtgacgcggtgtcatatggtgtgacgctgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgacatatggtgtgaccctgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtaacgctgtgtcatatggtgtgACGCTGACATATGGTGTGACGCTgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgacatatggtgtgacgctgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgatg--ctgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtg--atgctgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtg--tgacgatgtcatatggtgtgacgctttgtcatatggtgtgacgctgtgtcaaatggtgtgacg--ctgacatttggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtcatatggtgtgacgctgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgatgctgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtcatatggtgtgacgctttgtcatatggtgtgacg--ctgtcatatggtgtgacgctttgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgacatatggtgtgacgctgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtgacgctgtgtcatatggtgtg 
s mm7.chr13     57748726  942 + 116696528 TGTGAGTGTGTCCTGTGCTGAGTCAGTGTGTCCCCTGGTGTGTCAGTGTGTCACATGGTGAGTCATTGTGTCACATGGTGTGTCAGTGTTTCCTGTGGTGTGTCAGTG----------------TGTCCTGTGGTGTGTCAGAG------------------TGTCCTGTGGTGAGTCAGTGTGTCCCCTGGTGTGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGTC----------AGTGTGCCCCC------TGGTGAGTCACTGTGTGACATGGTGAATCACTATGTCCTGTGGTGAGTCAGTGTGTCCCCTGGTGAGTCAATG----------------TGTCCCCTGGTGAGTCAGTGTGTCCCCTGGTGTGTCAGTGTGTCCTGTGGTGTGTCAGTG----------------TGTCCCCTGGTGAGTCAGTGTGTCCCCTGGTGAGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGCCAGTGTGCCCTTTGGTGAGTCACTGTGCACCCTGGTGAGTTAGTGTGTCCCCTGGTGTGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGTCAGTGTGTCCCCTGGTGAGTCACTGTGTGACATGGTGAATCACTATGTCCTGTGGTGAGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGTCAGTGTGTCCCTTGGTGTGTCAGTGTGTCCTGTGGTGTGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGTCAGTG----------------TGTCTTGTGGTATGTCAGTGTGTCCTATGGTGAGTCACTGTGTGTCCTGGTGTGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGTCAGTGTGCCCTGTGGTGAGTCACTG----------------TGTGCCCTGGTGTGTCAGTGTGTCCCCTGGTGAGTCAGTGTGTCCTGTGGTATGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGTCACTGTGTGTCCTGGTGTGTCAGTGTGTCCTGTGGTGAGTCAGTG----------------TGTCACATGGTGAGTCAGTGTTCCTTGTGGTGAGTCACTGTGTGCCCTGGTGTGTCAGTGTGTCACCCAGGGTG 

a score=2642
s danRer3.chr12   5558288 107 +  37038836 TGTGCAGGTAAGTGGTGCATTCTGTGTAGTTTGCCCACGTCCGGTTTATAATGGACACCTGCTCCCAGTTACCTGACGCATCACAGTGTCGATACGCGTATCCTAAA 
s mm7.chr9      110425396 107 + 123828236 TGGTCATGAACTTGAGGCACTCGCTGTAGTTGGCCCACGTCCGGTTGTGCCCTGGAACCACCTCCCAGCTGCCATTGCGGTCGCAGCGTCTGTAGGCATGGCCTGAA 

a score=5426
s danRer3.chr12   5560191 132 +  37038836 ACCTCTGTGGTTGAAGTCATAGATGTACTCAGGACACAGAACTGCCACCATCTGATTGGGTTTTCCTGTGGGCCAGCAAATGATCCCATCCCACTCAGGAGCACAGTTATTCTCTG--------ACAAACACAAAAATAG 
s mm7.chr9      110425597 140 + 123828236 ACCTTTGTGGTTGAAGTCATAAATGTAATCGGGACAAGGTACTGCCACCACTTCACCTGGTGCCCCCAATGGCCAGCAAACGATGTTGTCCCACTCTGGCAGACAGGGACGCCCTGTGCCCAGAGAAAACACAGAGTCAG 

a score=2801
s danRer3.chr12   5606589 198 +  37038836 CTTGAAGAGCAGTTTGAGGAACTCCAGAACTTCCAGCTCTGAGCGGATGAA------AGCTTTAAACAGGTTTCATTCATTCCGTCTAAACCTGCGTCGACCCAGAAGATCCAACCCCTCCACAGCACACTCCAACATTGAGCTGG------TTACCCCAAAAGTGAAGGAACGCACGCAGAATGTGACAGAGAAGGTCACACAGGTAAG 
s mm7.chr5      129682575 204 - 153054177 CCTGCGCAGTGGCCTGCTTAACTCCA---CCTCAGACTCTGACCTTGTACGCTACCGAACCATTAGCAAGATACCCCAAATCACTCTCAACTT-TGTGGACCTCAAAGG--CGACCCTTTCCTGGCTTCACCCACCAGTGACCGGGAGATTATAGCACCCAAGATAAAAGAGCGGACCCACAATGTCACCGAGAAGGTCACCCAGGTAGG 

a score=19601
s danRer3.chr12   5611004 430 +  37038836 AGGTACTGTCTTTAGGTGCTGATGTCTTGCCTGAGTACAAGCTCCAGGCTCCAGACGTCCACAAGTGGATAATGTTGCACTACAGTCCGTTCAAAGCCATATGGGACTGGGTCATCCTCCTGCTAGTGCTCTACACTGCTGTCTTCACTCCATTTTCAGCTGCTTTCCTCCTCAATGAACTCGAGGATGAG----AGGAGACAGACCTGCGGGTACACCTGTAACCCTTTAAACGTGGTTGACGTGATAGTGGATGTTCTGTTCATCGCAGACATCGTGATTACCTTCAGGACGACATACGTGAATCACAATGATGAGGTGGTGACCCATCCCAAGCGCATCGCTATACATTATATCAAAGGCTGGTTTTTCATCGACATGGTGGCTGCAATTCCTTTTGATCTGCTCATCTTCAGGTCTGGATCAGATGAGGT 
s mm7.chr5      129686905 433 - 153054177 AGGTCCTGTCCTTGGGAGCAGATGTGCTGCCTGAGTATAAGCTGCAGGCCCCAAGAATCCACCGCTGGACCATCCTCCACTACAGCCCCTTCAAGGCGGTGTGGGACTGGCTCATCCTGCTGCTGGTCATCTACACGGCAGTCTTCACACCGTACTCGGCCGCCTTCCTGCTGAAGGAGACTGAAGATGGGTCCCAAGCCCCTGAC-TGTGGCTACGCCTGCCAGCCCCTGGCTGTAGTGGACCTCATCGTGGACATCATGTTCATTGTGGACATCCTTATCAATTTCCGTACCACCTATGTTAATGCCAACGAGGAGGTGGTTAGCCATCCTGGCCGCATTGCTGTGCACTACTTCAAGGGCTGGTTTCTCATTGACATGGTGGCTGCCATCCCCTTCGACCTGCTCATCTTTGGCTCTGGCTCCGAGGAGGT 

a score=317
s danRer3.chr12   5611434 28 +  37038836 ATAGTTTTAAATTCCTTTTATTTTGTGA 
s mm7.chr2      119830132 28 - 182548267 AGAGCTGCTTAAGAATTTTATTCTCTGA 

a score=1639
s danRer3.chr12   5611700 84 +  37038836 TCCGATTGCCATTCATTTATAAATCTGGCAAATATCTGCAAAATATCATTCACATTTATAATTCACAAGTATAATTCACACTTA 
s mm7.chr2      119836410 84 - 182548267 TCTGAACACTAACATTTAATAAATCTAAACAAAGTTTACTAAGTATACTAAACATTCTTAATATAAGATTATTATATATACTCA 

a score=521
s danRer3.chr12   5618472 76 +  37038836 AATGAATAAAATCATTATATGAT--AATGAACCCTGTATGAAACTAACTATGATTAATTTTTGCAGACAACAGCCACT 
s mm7.chr11     106127723 78 + 122091587 AACAAATAGAACAAACTTAAGCTTGAATATACCCTTTCGAGAGCTGACCCTGACTTTCTCTGTCCCTAGACCACCACC 

a score=20786
s danRer3.chr12   5618548 391 +  37038836 CTGATTGGCTTGCTGAAGACAGCCCGTCTGCTCCGGTTGGTCCGTGTAGCCAGAAAATTAGATCGATATTCAGAGTATGGAGCTGCAGTCCTTTTCTTGCTCATGTGCACCTTCGGGCTGATCGCTCATTGGTTGGCATGTATCTGGTATGCCATTGGCCATGTGGAGAGGCCATACATGAAAACA------GGCTGGCTGGATAACCTGGCCGATCAACTAGGGAAACGTTACAACGACAGCGATGCCAGCTCAGGACCCTCCATTCAGGATAAATACATCACTGCGCTCTATTTCACCTTCAGCAGTCTGACCAGCGTGGGCTTTGGGAACGTCTCTCCAAACACCAACTCTGAGAAAATGTTTTCTATCTGCGTCATGTTCATCGGCTGTAAGT 
s mm7.chr5      129687803 394 - 153054177 CTGATCGGGCTGCTGAAAACTGCGAGGCTGCTGCGGCTGGTGCGCGTGGCTCGGAAGCTGGACCGCTACTCGGAGTACGGGGCAGCAGTGCTCTTCCTGCTCATGTGCACCTTCGCCCTCATTGCGCACTGGTTGGCCTGCATCTGGTACGCGATCGGCAACATGGAACAGCCTCACATGGACTCACACATCGGCTGGCTGCACAACTTGGGCGACCAGATCGGCAAGCCCTACAACAGCAGCGGCCTGGG---AGGCCCCTCCATCAAGGACAAGTATGTCACAGCGCTCTACTTCACCTTCAGCAGCCTCACCAGCGTGGGCTTTGGCAATGTCTCTCCCAACACCAACTCAGAGAAGATCTTCTCCATCTGTGTCATGCTCATTGGCTGTGAGT 

a score=885
s danRer3.chr12   5618946 24 +  37038836 TAAAATTCTTTTATGTAGTCAGTT 
s mm7.chr2      119840442 24 - 182548267 TAGACTTCTCTTTTGCTATCTGTT 

a score=602
s danRer3.chr12   5620981 147 +  37038836 CTCAGCAGCACTTTAGCATATGTAGATATATGTATGTATATGTAGTCGATATGTACTTGAGTGTTTTAACAATCATGATCTGAGGTTAGTA-GCATGTTTTTAGTACAGTGCCATCTTGTGGTAAAAACAGTCATTTTGACTAAAATC 
s mm7.chr2      119852689 139 - 182548267 CTGAACATCCAGTTAATATTCTTGGTTGCATGTGTATCTCACAAAGAAATACCAATTTTACT--TTAAATCATGATGATTTGGGGATATTTTACATCTTTTTACTAT-------TAAAATGTAAAGAAGGATTACTGTAACCAAGGTC 

a score=704
s danRer3.chr12   5621157 73 +  37038836 TAATTAAAACTGGAACAGTCTTGCCTTTG------CTTACTTTTCCCA--CTAAATATTTTCCT-----CTTGTTTTTTTTTTTGT 
s mm7.chr2      119852857 86 - 182548267 TAATTAAAATCAGCACATTTGATATTCTGAGAAAATATACTCTGCCCAAGCGCAGTGTTTCCCCATAACTTTGTTTTTTTATCCAA 

a score=11228
s danRer3.chr12   5621230 280 +  37038836 CTTAGCTCTCATGTATGCCAGCATATTTGGTAATGTCTCAGCAATAATTCAGAGGCTTTATTCGGGAACAACTCGCTATCACACCCAGATGCTGCGGGTTAAAGAATTCATCCGCTTTCATCAGATACCTGGAGGTCTAAGGCAGAGACTGGAGGAGTATTTCCAGCATGCCTGGTCTTACACTAATGGCATTGATATGAACGCTGTAAGTCATACA-------GACAAAGCTATATTGTTGTATacactaccgctcaaaattttagggtcagtttgaattttttca 
s mm7.chr5      129688524 287 - 153054177 CCCAGCCCTCATGTATGCCAGCATCTTCGGCAACGTGTCCGCCATCATCCAGCGGCTGTACTCGGGCACGGCCCGCTACCACACACAGATGCTCCGGGTGCGGGAGTTTATCCGCTTTCACCAGATTCCCAACCCATTACGCCAGCGCCTCGAGGAGTACTTCCAGCATGCTTGGTCCTACACCAATGGCATCGACATGAACGCGGTGAGGCATTAATGAGTGTGGGGCCACCCTTGTGGTGCATCCAGCATATCTCAGGTGGTTGTAGTTAGTATTAAATTATTAA 

a score=9636
s danRer3.chr12   5622344 267 +  37038836 TTCTAATTATAGGTCCTGAAAGGGTTTCCAGAGTGTTTGCAAGCTGATATTTGCCTGCATCTGAATCGTAGTTTGCTGCAGAACTGTAAGGTGTTTCGTGGGGCGAGTAAAGCGTGTCTGAGAGCCCTCGCCGTCCGCTTCAGAAGCACTCACTCTCCTCCAGGAGACGCTCTTTACCATCAGGGTGACATGCTAAGAGCCCTTCACTTCATCTCCCGTGGCTCCATTCAAGTGTCCCAACATAACATTGTGCTGGCCATACTGGGT 
s mm7.chr5      129689087 267 - 153054177 TCCCCATTGCAGGTGCTGAAGGGCTTCCCTGAGTGCCTCCAGGCTGACATCTGCCTACACCTGAACCGCTCGCTGCTGCAGCATTGCAAGCCATTCCGAGGGGCCACTAAAGGCTGCCTGAGGGCGCTGGCTATGAAGTTCAAGACCACACATGCACCACCAGGGGACACACTAGTGCACGCCGGGGACCTGCTTACTGCCCTCTACTTCATCTCCAGGGGCTCCATCGAGATCCTGCGGGGTGATGTCGTGGTGGCCATCTTGGGT 

a score=-358
s danRer3.chr12   5622645 176 +  37038836 TTAAAAAT-GTTCCCTTAATACTCCCTATatacagttaaagtcagaattattcaccc-----tcctgtgaattttgttttccttttcaaacattttccaaa-taatgtttaacaaagcaaggaatttttcacagtat-----tttcttataatatttCAGAATTAAGATAATCTTTTTcatcctgtga 
s mm7.chr2      119878622 183 - 182548267 GCAACCATCATTAGTTTAGAATTATAGATGAATAGACTGGTTGATAAGGAGTCTAGCATTGATCATTTTAAAGCTTTATTTCAATTCAAACATATATCAAATTAATCTTGCAGAAA-----TATCTTTTCTTAATGTCTCCATTTTGTTTAATATTTAAATATTCTTATGATTCTCTTTAACAGTTGA 

a score=-107
s danRer3.chr12   5623899 149 +  37038836 tccattcatccatccatccatcTGTTTTGAATTCAAAACTTTACAAGTGTCAAACTACTTGAAAACAAGCTTTTAAATTTTCTATTTATTCTTTCTGGTCAGCTCTTAGCTTGACATTTTTTAGTCTTTTCAAGATTGTTTTCCGAATT 
s mm7.chr2      119881377 141 - 182548267 TCCAATGATTTGTCAGTTGATCAGTGTCCCTTTCAAC-TTTTATAA-----AGAAGACATTTAATTAATCCCCTTTCTCTTCTTCCTTTTCTTTCT--TTTGTTCTTTCCTCccttctcctcttcctcctcctcctcttcctccttctT 

a score=8555
s danRer3.chr12   5624060 223 +  37038836 TGTCTTGTCCTGTTTCTCCTACAGGTAAGAATGATGTCTTTGGCGAGCCTGTAAACCTCTATGCAGAACCTGGTCACAGTAATGCTGATGTAACCGCACTGACCTACTGTGACCTTCATCGTATTCGAAGAGATGACCTTCTGGAGGTGCTGGACATGTACCCTGCTTTTGGAGAGAGCTTCTGGAGGAACCTGGAAATCACCTTTAACCTGCGAGATGTAGG 
s mm7.chr5      129690399 220 - 153054177 TGTCTT---CTGCACGGCCTCCAGGGAAGAACGACATCTTTGGAGAGCCTCTGAACCTATATGCCCGTCCTGGAAAGTCCAATGGGGATGTGCGGGCCCTCACGTACTGTGACCTGCACAAGATCCATCGTGATGACTTGCTGGAGGTGTTGGACATGTATCCCGAGTTCTCAGATCACTTTTGGTCTAGCCTGGAGATCACCTTCAACCTTCGAGATGTGAG 

a score=2283
s danRer3.chr12   5628875 162 +  37038836 GACTGTACCATTACTGGCCTGACCCCCACACACCTCATTTCAGTGATCAGCCTCTGCGACCTCCATCTATCCAGACCTCCTTCCCTCCGCAGATCTTTGCAGATCATCAACCC---GGTGAAGTGGAGGCCAGACTGGATCTCCTGCATAGTCAACTCAACAGGT 
s mm7.chr5      129691916 135 - 153054177 GCCAGTACCAGGAGTTGCCTCGATGCCCTGCCCCT-------GCCCCCAGCCTCCTCAACATCCCCTTGTCTAGCCCT-----------------------GGTCGGCGATCCCGGGGTGATGTGGAGAGCAGGCTGGACGCACTCCAGAGACAGCTGAACAGGT 

a score=3937
s danRer3.chr12   5630884 99 +  37038836 TTTCCCCAGGCTGGAGACGAGAATGACTACAGACATCAATGTGATCCTTCAGCTTCTCCAGCGACAGATGGCTCCTGTTCCTCCAGCATACAGCACAGT 
s mm7.chr5      129692253 99 - 153054177 TTGCCCCAGGCTGGAAACCCGGCTAAGTGCAGACATGGCCACTGTCCTACAGCTGCTACAGAGGCAAATGACCCTGGTCCCTCCTGCCTACAGTGCTGT 

a score=3552
s danRer3.chr12  5655235 214 +  37038836 CTGACCCGGTGTGA------GTGGTGTCTGCT-CGGCCCGTTGGCTCTCATTTCTCCATGTGTGTT----GAAGATGCTGCCAGGTTGTGGTACCAGGTATTCCTCTGCATCCAGAAACTCCTTCACATTCCCGCCCTCCTCTGCCATCAGGATGCGGAAGAACTCGCTATCAACAGGACTCGACAGACTCATCTGATCTTCGTTCTGTG--GAAAGGAGAGAAATG 
s mm7.chr11     23546830 216 - 122091587 CTGACCCTGGCCGACGAGCTGCGGTGTCTGCGGTGGGCTGT--GCTCCCAGTACCTAGGGCAGGGTCTGGGGAGAAGAATCCCTGCTGGGGTACCAGGTACTCTTCAGCATCGACCAGCTCCCCCATGTCATCATCCT------CCAGCAGTGAACGGTAGAAGGTGCTGTCCATGGGGCTGGAGGGGCCTA---AGTCCTCGTTCTAGGAAGGAAGGGGAGACACG 

a score=91
s danRer3.chr12  5655455 1 +  37038836 T 
s mm7.chr1      68314195 1 + 194923535 T 

a score=-1769
s danRer3.chr12  5657760 765 +  37038836 aaaacttttttattgcagcca--agctaaaaaaaaacttatttctgcaga-agagaaagaaaacttataatcatgaatgctgtgtcctttctctgtaaaacaaccattacttgggaaatatttgaaaaagaatgaaaaaaCTACAttggtaacactttattttgaaggcccgtttgagtattagaagactg------tctgcttcatgtctgttcata-cag---acattcaa---------cggatgtttaactgactataagaaactttgcaagtgcatgt------caacttacactaaccataaccctaaccccaacctaacagtctacttaagttctaatgagaattagttggcag----gtaaatgcaatgtaacttaaacacgccatcaaaataaagtgaccaaaAAATGAACATGAAGGTTTATAATTTATA-------CTGTTATACT--GTTTAATTTATTCATCATTTATTCTTTAAGGATATACAATATACATTTTTTCAGAACA-ATAATCAATAGTTAATCTGTTGTCATACACAGATTA-TATGCAACAGCTTGCTTATTATTCTAATTCTTGGTTACAGCCCTTCttttatatattttatatttgttttaaaaGTATTTTCggtcccactttata-----------ttaagtgtccttaa----ctactatgta---cttacatcaaaaaataaatacaatatacttacagtgtttataatgtatttgagaacacttg--ttgtgcttttgagttggaa-tagaggttgggttatggacaggtttggt--ggcatgggtaggtttaagggggggt 
s mm7.chr1      68314286 766 + 194923535 AAAATGGTCTTAGCATAACTACCATCCAAAAAGAATCCTATA-CTACAGTTAGATAATAAAAAGGTATGATAAAGAA-----------------ATATAATA------------GAAGAATGTGATAAT---TGTAAGAACAACAACAGAAAGAATGTAGCTGCCAGGTGC-TGTGTATGTTTTAAGGTTGGTAAAATCTACTTCAGATCTGAGAATAACAGTTCACTATCAAGGAGGGGTATGGATTAAGAACAGACAATAAGAGACATTTGACATCAGTTTTTAATTCAACATGTTCCAACTATCCTGCTTAGCTGGG----ACAGACGTCCATAGTTTGTCTTGTAGTTTAATGGCATCATTGTCAAAGTGATGGCATTTAAA------ATCACAGTACAGTGACCTATAGA-GCATATATGGGTGTGAAAGACATAAAAACCTCTGCGAAGCTCTGTTCAGTTTATC--------ATGTCCTGA------ATAGTTTTCCTTTTTCCAAAGTTTGTTACATTTGGTAAATATGTCAGTTTATGAAAATTAATTTGTAGGAAAGTGACTAAAAAACCA-TTATCGTCTACTGTTTGGCTTTTGTCTTTATGTTAGTCTATTTAAAGATAA---AGGTTCCCTTCAGCAAGGAAAGATAATTAAGATTCTTCAAGGTACAACTGTGTAGGCTTTAGGT--GAAAATCAGCACAGAGaaattattatattaaataaataaGCCAGTCCACTTGGTTTTTGGTGTTGAATGCCAACTATCTTTTGGATTGTTCTTTGGTTTAGTTAGGCATCAATTCGTTTAAATTGAGTT 

a score=-2894
s danRer3.chr12  5658582 428 +  37038836 cagatgtaataacatacatgta---tttaatcaagcataagtacacaataaatacat----gtatttacaca--------ataagcacattgtaacaaactattaattcctgtatacgtacatattagttaaggccacttaa----tataaagtgggaccgtactttcaaagtaaagtcattagtaatctgattactttttacgtgaggtaattactaatttaatcagattacaatttt-----tccagtagtagtcagtagtttgtaatctattacttttcttaaagtaactgacccaacacTGGTCATGTTTTATTATGGCAGCACACATTCAGC--CTATTTGAACAAGGCTGTGTTCATTGAATCGTTGAATCGTCCAATTTTTCAGAACAATAATCAAT------AGTTAATCTGTTGTCCTACACACACATTATATATAATTGCTTGTTTATCG 
s mm7.chr1      68315077 431 + 194923535 CTGATAAAACAATCCACATGTACTTTTTAAATTAACATATGAACGTACAGATTTTGTTATAGTGTTATGATAGAAAGGACATACATACATTATTTTGGTTTATCATCTTCTG-----GTACTCCTCTCCTCTGGCTGTTTAGCCCTTTCCTTCTGAAATAGTCTTTCCATTTCTCTGTCATATGTATTCTATTAGCCTCTTTTGTAGTTTACCTTTCCCTTGAAACCTTTTTCCTTTCTAATCATCTCTTCCTAGT------TTTGTGGCCTATACCATGTATATGTGTATATGTATGCATGTGGGTTATGcat----atgagagagaacatatagcatttgcttttctgagcctg------------ctttgtctcatagacatatatagaaccatattcagtttcatGACTTCACAAGTTCTTTCACATGGTCACTTTATT--GCTGGATGTTTTCAA 

a score=4708
s danRer3.chr12  5659010 184 +  37038836 ATCTAGTTTTAGTTACAGCCCTATGTTATTCTT---------CGTATGCTTTTAAAG---GTGAAAAATGAGGAATGCACGTACCTGGATGACAACATAACGTGAGGGATCCCGTGCCATGGTGGTGAATTCATCCACCAGGTCCTTAAATCTCGGTCGATTGTCAGGATCGATCTGCCAACCTGACATACAGAAA 
s mm7.chr11     23547092 196 - 122091587 ACCGAGCTTTGGCTAGAGGCAGGGGCTATCCCTGCAGGAGGGAGGATGCTGTCAGAGCAGGTATGGTGTGGGAAAGCCCAGTACCTGGATGACCACAAAGCGCTGGGGGTCCCTTGCCATACGGGAGAATTCTGATACCAACTCCCGGAATCTCGGGCGACATTCGGAGTCAATCATCCAACCTAAGGCGGAAAAA 

a score=495
s danRer3.chr12  5659267  88 +  37038836 ATTTGC---------CTAGTGAACATTGT----TATTCTTTAGCTCAA-CAATTAATCTTTGC------ATGTTA-ACCTTCTAAA----ATTGTTCACATgcaacaattttt 
s mm7.chr1      68315765 113 + 194923535 atatGCAAAACAAAACTAGAGAAAGAAGTGAACTATGCTGTAACTCAATTAATTGACATTTGTCACAAAATGCAATATACTATAAATAACATTTTTTAAATTCAAttattttt 

a score=-579
s danRer3.chr12  5661338 275 +  37038836 AGGATGTGTAAATCTGAGCATATTTTCACAACAA-AACAAAACAAGAAATGCCCTTAAATATTGTAAATTTTTGGAAAATGCGTTGCTAA-AATAGTAATTTTAGACCAAAATAATTAGAAATTGTTCTATTTTTCTGACCTTTAGAAAAACTCTGTTCCTTTTATATAA-GTTACAGTGAACAATAGTTTTTGAGATTAAAAAAGTTCAAGTAAAAGCATTTGAATCAAACAAGCAAACACACTTCAATCATGATGGTTATGGTCATTACAAGTGA----G 
s mm7.chr1      68317652 231 + 194923535 AGGGTATGGAAATTTGAAAA-ATTGTAAGAGTAAGAACGACATAA--------TTTTTACTTTGTAACTTAGTGGCATACTATTACCTCATAATAGTAATT----ACCACAACA---------TGTATTTATATTCTG-CATTCGTAAATATTCTTGCTACTCTATTTAACAATTCAGAGAAACAT----TTTGCAGGTAAAACAATCTAA--------ACTTTTATTTATTAAG------------AATGATAATG----CAGGCAGAAAGAGTGATTTTG 

a score=8050
s danRer3.chr12  5661613 167 +  37038836 CACTAACATTTGACCATGATCATGTAGACTTCTTTGGTGCAGTTGCACGGCTGTGAGAGTCGCTCCCCGGCCTCCAGCAGCTCTGGAATGTCCCGCGCTTGAAAACTCTCATAGGGCTTCATGCCAAAGGTCATCAGCTCCCACACGGTCACCCCTGAGATGGAGAG 
s mm7.chr11     23547593 167 - 122091587 CACGCACATTTGACCATGATCATGTAGACGTCGATGGTGCAGATTGGAGGCTGAGGTAGGCGTTCTCCCTTCTCCAGCAAATCAGGGATCTCCCGAGCTGGGATCCCATCGTAAGGTTTGGCCCCAAAGGTCATCAGCTCCCACACAGTCACACCTAGGACAGACAG 

a score=4418
s danRer3.chr12  5661811 113 +  37038836 CAGCAGAGTAACTGTAAACCCTGGCTGATACTGACCGTAGCTCCACACGTCACTTTGGTGAGTAAACTTCCGGTGTAATATAGACTCCAGCGCCATCCATTTGATCGGCACCT 
s mm7.chr11     23547945 106 - 122091587 CAGCAACGCATCTACAGCCTCC-------ACACACCATAGCTCCACACATCACTCTGATGGGTGAACCGGCGTCTGAGAATAGATTCCAATGCCATCCACTTGATGGGCACCT 

a score=-6893
s danRer3.chr12  5661931 1567 +  37038836 ACAAACACATGAACATT-----CTTAATATAACTTTGGA-----------AAAAAGCCTTATTATTtgcagttttgtgacctaatctaaagtgaggactatttaagctttataaatcctttataaatgacaaataaaggctcagttaaatTCTAGACAGAAaaaatgacattattcattcctattcaattaaagatacacaaatgaaactgtacttcaaataaaaaaataaatctttgcaacctgatctaaaataaaatcactgtagagtttaaacattacattttattacattgtttaataattatattgttgttttatcccgttttgttgtgttttgacactcctgttattcagcaattttaaaactttacagtcattttacattttagaaaagattgctaagattattgttcatttaattcagagcctttatttgtcatttataagggatttataaagcatgaaaagtcctcaccttag-------------attaggtcacaaaactgcatgaact--tgagttaataaagca--tttattaacatattagttgacaattagtata---tgcct-------gaataataagatatataaacgttgatttaaatagt--------ttattaatcatt-------------tacaaactcattctgaatgatcctaaaaaccctcaactactcttaaatacaactggtttgtaaataatgcaatacttaatttagtaatgaaaaataaatcat---taactaagtatgaaagtacactc------attaag---cacattatatagctgcttataagacaataatagagaatttgtagctgcagttataa-----actgcttactaacgtttattaatgtagagttaatgct-tgacag-attatgaattcactatttgctaatgcttaataaatgatatatagtgtgtagttatt------aaaaagtgttacCTTATTTTCTATGGAATTATAATTTTGGTTTGAGTAAAACAT---AATTTTTAATATTTTGTTTAATGACCTACTGAT--TCCATGTCTTGAAACAAAAATGAGACCAGTTTTAACAAAACTGT-CAATTGGTTTTTCTATCATAACAAATGAAATCATGTGCTATGTAAACCAATTATTTTTGTACTTACATAtacagttaaagtcagaattattagccccctgtttatttttccccaat-----ttctggttaacgtagaaaagtttttttttaacac----------------atttctaaacataatagttttaatgactcatttctaataactgatttattttatctttgccataatgacagtaaataatatttga--ctagatatttttcaagacacttcta-tacagcttagagtgacatttTGATTTGattttgatttaatttatttattttcgaacagaaatatcatacata-aaatatcattaacaaaaaatacatttcaacatggtcgaaaagggagtgggatgaagcacaagcttattattttcccaccccattaccacatacatcaatcgtctattactttaacttatt--tcttcttttacttatctcttctt-tttatattagacatattttattgttttggcatctttaccaaattat----atgtttgattccatttgtaacttcacattttgtaacatag 
s mm7.chr1      68321090 1536 + 194923535 ataaaaatataaaaagtaaataattaaaattataCAAGAAATCATCTTTTAAAAACATTTCTTATATGCTAGTCTCTGGACTGACCTCAATTATAGTTTTGATGGAATGTAT-ATTGCTATGTATATTTCAAGATATGG---------------AACAAATGAATTGAAGTTTGTAACATCTATAAAGT--AAATTAACCAAAAGACAC---ATTT------------TAAAGTTTCATAAAC-AATACAAAGAAAATTAGTAGTAGAAACC--ACTTTATATATTTTTAAA-TGTCTAGTATCTAAA--------------------------TTTTGACCTGACGTTAAGCCTGGCATTATCAAATCTGACAATCTTTCTACAT----GAATCTTTCTCAAAAGTGAGACTCCTTCAGATTCAGTGATCCTGTTTCTCTTTCAGATATGGTTTTGGCCACAGATGTGATCGTTTTTTCAGTTGCCCCAACGGCTTCTGGTCACTAAATTGTCTAAAATCATGAATTCCAAAGTTAGCTTTGCTTTCTTCTTCGGTCACCAATGATCTCCCTTGCCTTGGTAGGGAAGAATTGAAAATATGTACCATTTTTGAAATAGGAGCTCTGAATATAAAGGAATGTGAGGGGATCAGCACAAATTCATCATCACTACAAGAAAAACAACTCAACCCACATCCCCTGTGGGTGATGGGTCA-----GCAGAACGTATTTCA--ACTCAAAGGGCAGCTGTATGTAGCTGGGGATATAATTAGATCCTATGGAATAAAGATAAACATTTCTACTTTGCAGTTGAAAGCTTAAAACTAAATAGGCATTTGAAATAATGAGGTTGGCTGCTCACCAAGG-----TGACACCAAGGTAACTCTATGACAGAATCATGGG------ATTCACTGAAAAGGAACCGAAGACACAGTGAAAGTAATTTCCCTATGGGCAAGGAGTTGGCAGACTTTATGGAGTATGGACACCAT-GTTACAGAAGTACGTTTAAATCATAGGTGGCTTG-ATAAAGACCTAATGGTGACCAGGATTTTAAAGCTGTAATGAATCTTGCTTTAGACAAACTTTACAGGTGTATGTTC--TTAAGATGGGTGAAGTCATATGATTTATAGACTGCTCTTTT------TGAGGAATGTTGTTGA------AAATTTCAAAGCTATGATTTTTTTCAACCACTGCTGCTTGTAGTAAACAGAGAAAATAAGCTTACGAAATTGAGAATAGGTAAGATAATTTCTGAAAGttaaaattttta-----cattttataaaattttGTTATCTTACTTTTT--------------GGTAAGATTTGAATATAGACATTATGCAA---ACTCCCAGGGTGAATTAGTGCTAAGTATTTAGAAGCTTATTATTGTAAATATTTATTTTTG-ATAGAAAAGTAAGGTATATAATTATC--------AAAATTCATATATATATAATC--------------------------TTTCATATCATAACTTCATAATTCAACAGAGATTAAGAATTTTTGGGTTTGTGTCATTGATCTGGTCTCACATAGTTCTCTTTAATTAAGCAAGATAGATCTTCACATACAAACTTCCTTAATTAATTAGCAAAGAGTGTGGCTTAATCAGTAAATAAAAGATCTATAACTCAG 

a score=100
s danRer3.chr12  5667097 1 +  37038836 C 
s mm7.chr1      68323109 1 + 194923535 C 

a score=8981
s danRer3.chr12  5667102 165 +  37038836 ACCTTTCCTCCATCAGCGTGGTACTCCTTCTCATCGATGTCCAGCAATCTGGCAAGCCCAAAGTCTGTAATCTTCACATGGTTTGGGTTTTTCACCAGAACATTCCTAGCCGCAAGATCTCTGTGAACCAGCCTCACTTCTTCAAGGTAACTCATTCCCTGGGTA 
s mm7.chr11     23548177 165 - 122091587 ACCTTGCCCCCATCTGCATGGTATTCAGTCTCATCAATGTCCAGCAGCCGTGCCAGCCCGAAGTCGGTAATCTTGACGTGGTTGGGACTCTTGACTAGCACGTTTCGGGCAGCTAGGTCCCTGTGAACAAGCCGAACTTCCTCCAGGTAGCTCATCCCCTGGACA 

a score=10368
s danRer3.chr12  5669961 205 +  37038836 TACCTTTGCAATCTGAACACACCAGCTGAGGAGATACTGAGAGCCAATTCGGTCCTTGTTCTCTCTGACGTAGTCCAACAAGCATCCGTATGGCATGAGCTGAGTAACCAGCTGAACCGTTGATGTCAGACAGATTCCCAGCAAACGGCACACATATGGGCTCGCTACACCTGCCATCACATAAGCCTCCTGTGGAGAGAGGCAC 
s mm7.chr11     23548468 205 - 122091587 TACCTTGGCAATCTGAACACACCAGTTGAGCAGGTCCTGGGAGCCTAAGCGACCTCGGTGTTCTCGGACATGGTCCAGAAGGCAGCCATAGGGCATAAGCTGTGTCACCAGCTGCACTGTGGATGTCAGGCAGATGCCCAGGAGGCGGGACACATATGGAGAACCCACACCAGCCATGACGTACGCTTCCTGCAGACAAGGGAAC 

a score=-3673
s danRer3.chr12  5670166 769 +  37038836 GCATACACAATATATTgta----------------------tatattaaa---------------gtatatattaaagtCA---------GCGTGAACTGGACGTTtttgcgcatcattctctcatagcaaactaatggtaacaggggtgcggttaaaattattgatatagagttg--ctatggta-gccctcaggttgaagtcaacagaaggactgcttttatagctaatgg--tcagactttgattgtagattaccaaaaatatatatttttaagtggataaacttacggattaattgtttactt--taggaata--acaatgtgattcagcaaaacaaacattg--------tacattttgatttcacCCGGACTTTAAAACTCACACAGAATTGGTTATTGTTATCGAG-TTGTACTGCA-----AATGTGTTTTTGACACTGTTAG------CAAGAAGGTGCA------------------TTATTTTT-------TATTATGGAGACAAAGATTTTGAAAAC-TGGTT--------GCGAAATGCAATGAGCT---------------TCATTCATTTGGAAAAAAATAGGGTTTACAATAAATGGCAAATCTAGTGCTTTTTCTGAGTAATGGGAGCCATCTCGATTTTGATTTCTTCTGAAC--ATGTGAGTATTTCT-----------------ACAGACTGTCAATCT----AAGCCTTAGGGTTGTTC-AATTATAGAG---TAAACATTTATTAAGT------ATATTGCATAAGTCTCTGTGGATT-TTTTTATAATTTTACAAA--CATAAACAACCCTCaat-tttttatgataataattttaaaatataataaaataatat-------taattatatata--aatGTTGACATCTGCCCCTCATTTAGT-TGACTATATATAT 
s mm7.chr1      68441527 918 + 194923535 GAAAAAACAGAATATCATAACTTCAACTCAGCATTCCTCAGTATTTTAAATACATTGGAGAAAAGGTGTATAATAGATTAACAACATACTCCGTAagtcagacatagtgcttacttaagcttttaagccaacattcaggaagcagaggtcagtgaagctctgtgtgtttgaagccagcctattttacacactgagttcgaggtcag--------------ttatggc-agtggaataagacccagtttcaaaagaaacaTCAGTAGACTCAACTAACTATGTAAATATATTTATTAACTCCTTTCCTGCTTAGACTGATATAATTAAATGAAGCAAAGGAAGAAATGGTCTATACCACAAAGTGAATTCAGTTACATAATAATAA-CGCATTAAATCAAACCCTGTTTTTCATCTTTTACAGCATGAACAATATGTTTTCTTGACTGTCAATTAAGTTTAAAAGGTACCGCTAAATAATAGAGACTTTTAATTTTAACAATATCTCAAAGGAATAATAACTATGAAAATATGGTTTTTCTCAAGAAAAATATGGTGATCCTACTTAACTTACCCATTACTCATGTGGAGTTAGCACATGTAAGTAATATATGGAAATTGTAAAAC----TATAAATAATTATAACCAAGTCCA--ATGCTGGCTTATAAACAAAAATGAAGATTTTTAAAAGACTTTTTCTCaaatatattttaaatataaaaaaattCAAGGGTTGTCCTATTTATAGATATCTGTACAATGGGCAAGCTAACTGATACTATTAGATTTTATCTGGATTAATTTCTTCATTTGATGAAATCAAAGACAAGTTACAATGGTTTTACCATATTGATATTTAACTAAAAGGTGAAAATGTAGCCATATGGTGGTACATAGTACATCTTATGTTTGTCTCTAATTTAATGTTATTATAAATAT 

a score=70
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s mm7.chr11     105246330 137 - 122091587 TGCTCTTACCTTATAAACAGTGCTCAAATATACATTATTGGGTGTAATTTATTAGTGCATCCAGAATAAATTAAAACATGAACTAAGGA---------AGCAAGATTGACCTTATGAAATTGTGGTTAGTGAGACATAAAAGAAAA 

a score=7601
s danRer3.chr12  5671980 135 +  37038836 CTCACATCCAGGATTTCTTTGTTGGCTTTGGGTGAGGTGTTCTCACGTAAAACTTTGATGGCCACAGGGATCCTCACGTTCTCCCCATCAGGAGCCCAGATACCCTGGTGAGAAAAGAGGAACAGGTTAGAATTA 
s mm7.chr11     23549046 132 - 122091587 CTTACATCTAGGATTTCTTTGTTAGCTTTAGGAGATGTGTTTTCCCTCAACACCTTGATGGCCACGGGGATTTTCACGTTCTCCCCATCTGGGATCCAGATGCCC---TGAGCGAAAAGAAAGGGACTAGAGTCA 

a score=271
s danRer3.chr12   5672115 11 +  37038836 TTA-GACAGTAA 
s mm7.chr11     105246609 12 - 122091587 TCATGCCAGTAA 

a score=-35
s danRer3.chr12   5673514 103 +  37038836 AGCAAAGACTGG----CATACTTCTATGGCTGGATATTTCAGCTGAAAATCTAATATTGAGACAAGGAATGGTAACAGAGAGCTCTTTTCCTTGCTGTGTGCAGTGT 
s mm7.chr11     105248174  99 - 122091587 AGCAAACACTGGTTCCCAGAAGCCTAGTGC-GGACCTGTCTCCAGGAAGCCTAGTGCGGA-------CCTGTCTCCAGGAAGCCTAGTGCGGACCTGTCTCCAGGAT 

a score=9545
s danRer3.chr12  5673617 139 +  37038836 CTTACCTTGAAGACGGTGCCGAAGGCTCCGGAGCCGAGCACTCTGAGCTTCTTCAGCTCTGTCTCCTTAAGGATCCGCATCTGAGCCTGGTTTGGCATTGCTCCACTCGGGGTCAGCGGCTCCACCAGCTTCAGGGAAA 
s mm7.chr11     23549290 139 - 122091587 CTGACCTTGTAGACAGTGCCGAAGGCTCCTGACCCAAGCACCTTCAGCTTCCTTAGCTCTGTCTCCTTTAGGATCCGCATCTGAGCCTGGTTGGGCACAGCTCCACTGGGCGTCAGCGGCTCCACCAGCTGGAGCGAGA 

a score=3049
s danRer3.chr12  5679425 171 +  37038836 ACTTACGAGACAGTACAGTTGGTCTCACAGGGCAGACAGTGTCCCGTAGCATTGGAGTATTTCCACACAG-TGTGTTGT-----TCCTCTTTGACTCCACTGGGACAGCGCTCGACACACACGTCTCCATCTTGAAAGTGCATACAGTCTGTACACTGATCTGGACCCTGTGCACAG 
s mm7.chr11     23553558 177 - 122091587 ACTCACGAGTGGGTGCAGTTGATGGGGCATGGCTGACATATGCCCTCCTCATCCGGGTACTTCCAGATAGGCATGTAGGAGAGGTCTGGCTTCACACCACTGGGGCAGCGAGCCACACAGGAAGATGAGTCCTTGTAGTGGGCACAAGCCTCACACTGGTCAGCCTCCTGGACAGAG 

a score=1360
s danRer3.chr12   5681411 187 +  37038836 aaaaaaaaCATGCATACTAACTATAAAAAAAAAATATTCTGTCATTATTCCTCATCCATGTCTTTTCAAACCTGTCTGACTTCTTGTCTTTCTTCCTTCCATGGAACACACACACAAAAATCATTTGTTTTTCTTTTTAATTTTTTACATCACTTCCTAGTACTAAGGAACTGTGTTGTTGTTTTTA 
s mm7.chr11     105250554 160 - 122091587 AGAACACACATGCA--------ATTGAAAAAAAATTGTCAGGCATTTTCCCACAGCCATG--TTGGGAGACCTTCCAGGCACATTG-----AGACCTCTGATAGGGTCCCC---------TACtttttttttttttttaagattt---atttatttattatatgtaagtacactgtagctgtcttca 

a score=419
s danRer3.chr12   5682350 8 +  37038836 AAATGACT 
s mm7.chr11     105258011 8 - 122091587 AAAGGGCT 

a score=1679
s danRer3.chr12  5682358 114 +  37038836 CTTACTGGGCCTGTACAGGAGGCAGTGCCATTGATTGGTCGACACTCGGGATGACAAGGAACACAGTTAAATCCATCCTCAAACTCCCGCACTGACCTGTTGCAAA---TGGTGTAG 
s mm7.chr11     23554317 117 - 122091587 CTCACCGATCCATAGCAGGTCTCCGAGCTGTTTTGAGGCTGACACTCGGGGTGGCATGGCAGACAGTGCTTGCCCCTCACATACTCCCTGGGGAGCCTGTGAGAGAGGTGGGTGTAG 

a score=1987
s danRer3.chr12  5683444 174 +  37038836 ATTCCCCTTGTACTC--ACCCGTGTAGGACATTACACAGCTCCACACACTCAGTTCCTCGTTTGTAATTCAGACAAGACACACATTGACTGGGTCCTGGACCCCAACAACCTGAATCCCCACACAAGGGGTCACATATTTTCCCCTCTGAAACTAAACACAGACAGAAAAAGTCTT 
s mm7.chr11     23554483 176 - 122091587 ACTCCTCTGCAATTCGTACCCCTTCCATACTCGGCACTCCTCCACACACTCCTGGCCCCGGAGGAACTGACTGCAGTTGACACACTGGGTGGGCCCTGGCCCCCAGCAGTGCCCACGGGCACACAGTGAGTTACAGACCAAGCCCTCAAGACCTGCAGCAAGGAGAAGGAAGTGTT 

a score=2966
s danRer3.chr12   5685890 322 +  37038836 AAATCACATTACGTCCCCATGACAGACCATATAAGCAGGGCTAAACATAAGAATGGATGTTTACCACATGTTTGCTGGTCTTTGTTGTTGTTGCTGATGAGGTTTGGTCCTTGTGTTGGGTG----GAGCAGTGAAGTCCAGGGCAGAGAGGAGGTGTAACACAGTCTGGAGTTATTATGAATCAGCACTAAACCTCCACTGACACTCCGTAAAGAACGCAATCCCAGCGACTCGATCTGCAGAGACTGAACTCCCAACGAGAAAACACCCCTGAAATGAGAGACAGCAAAATTCATTTATTAC---ATTCCAAAAGAAATAAAACAGC 
s mm7.chr11     105264363 313 - 122091587 AAACTAAGTTACCTCC-----GGGAACTATCTGTGCAGGT---GAGAGGGGACCAGCTACTTACTGCAGTCTTTCTCAGCTCTGTTGTTCATGAT-------TTTGGTTTTCTGATTGGGTGTCCCGAAGAGTTTTTTCCAGTTTATTGTGTTTGCGTAGCACAAATTTCGGTTTCCAGAAATGATCACATCCCCATCACTGATCTCCTTGAGGGAACGCAGCCCCAGTGATGTGATGTTCAGGCCAACGACCGCCAAAGAAAACTGACCACT-AAATGGGAGAGAAGAAAATTGCACTGTTGTGTGATAGCGAAAGCAATGGGCCATC 

a score=4169
s danRer3.chr12  5688906 104 +  37038836 CACTTACTTGTAAAGCATTCGTCCTCTGATCACCTTCAGGTTTTCAAAAACACTCAGATCAAGCAAGTTTTCTGACCATGCATCTATGTACAGATATCCTGAAA 
s mm7.chr11     23555391 104 - 122091587 CACTTACTCATGGAGAATCCGTCCCCGAATGACCCGAAGGTTCTGGAAGACACTGAGGTCTTGGAAGCTCTCTGGCCATGCTGAAATGTATAGGTAACCTGCAG 

a score=994
s danRer3.chr12  5689068 98 +  37038836 CGTGATCTTCACCTGTGATTTCTTCTATCGTCTTCAACTTCTCCAGATCGCTGGGTTGCAGGCCGGATGAATTGGTGTCTGTATTTCTAAATGGGCAA 
s mm7.chr11     23555560 98 - 122091587 CGTACAGCCTACCTGTGATCTCCTCCAGGGTTTCGAACACTTGGAGATGCTCTGGCTTCAGTGGGGCAACGCCGGAGGAGGGGTTCCTAGAGGGACCA 

a score=4281
s danRer3.chr12  5692690 134 +  37038836 CTTACCCTTTGAAGGAGTCTGAAAGAAAAGCCAAACTGCCGTAGATCTTCTCGCAGCCGGTGAACATGCCGATGTTGGTTGAATTCACCACTGA-------AACTCCCTGCAGGTTTCCCATTCCCAGACCATAACACACT 
s mm7.chr11     23557320 134 - 122091587 CTTACCCATCAAAGCTCTCCGGCAAAAATGCCAGGCTCCCAAAGATCTTCTTGCAGCCAGCAAACTCCTGGATATTG-------TCACTGGTGATGGCCCTCGCCCCTCGGAGGTGCTCCATGCCCAGACCATAGCATACT 

a score=3851
s danRer3.chr12  5694649 122 +  37038836 CACTTTTCACATTTCTGTGTTTCTTGGCCGTCTGGCTCCACAGATATGACTTCCTTGTTGGCTTTGGGACAGACCATTGTGCATG---CCACTTCCATTGCCAGGTAGTTATCTAAAGAAATATG 
s mm7.chr11     23557709 113 - 122091587 CATTTCTCACACCGCTGTGTTCCGT------------CCTCAGCTGTGACCTCTTGGTTGTTCGGGGGACAGACCAGAGTGCAGGATCCCACTTCCGTGGAGAGGTAGTTGTCTGTACAGATTTG 

a score=7707
s danRer3.chr12  5694856 368 +  37038836 ACATACGGGGACACTGTTTAACACAGGTGGCTCCGAAGCTGAACTTTTTGTCTTTGTTGGGTTTGGACTGGAAGGTGATTGGGTCGTAGATAGTGGGCGGTGGACAGCTGTCTTTACACGTCCCGCTGTCATTGAAGTGTCGACAGGCCTATAGATGCGGGAAAAAAATGCTGAGGTTTTTTGCG-------TGTCTGT---TGAATATGCATGATAGAAATTCAAGATTGATGTTTT------------------------------------TACCAGACAATCGGAGTCTTTGGGCCCAGTACAACCAGCAGCACACTGGACATGGCAGCAGTCACTGGGTTTCGGGCCCTTACAGCGCGAACAGCCAGATGAGCAGTTCACAGACGTCACTGTAGAGGGTTGGACAAGAT 
s mm7.chr11     23559406 409 - 122091587 ACTCACAGGGGCAGGTGGTCACACAGCTGGCACCAAAGGTGTAGCGACCCTCAGGGTTGAGCATGGACTCGAAGGTGTCTGTGTTGTAGGTGATGAGGGCCGGGCAGTGCAGCTCACAGATACCACTATGATTGAAGTGGAGGCAGGCCTG-----GCAGAGACAGGCCGCTGGTGGTCACTGTGATGTTTCCACCTGTGCGCCAATGGCCAGGAGAGATGCCCACCCCTTGCGTTCTAGAGGGTTGACCCAGGGGGCACAGGAGCGAGACACATACCAGGCAGTCAGAATGCTTGGGACCCGTGCAGCCTGCAGCACACTGCTCATGGCAACAGTCAGTGGGCAGCCGGCCCTTGCACCGGGCACAGCCACTAGTACAGATGGTGCCAGTCACTGTTGGGGAAAGGGCAGGAT 

a score=2484
s danRer3.chr12  5697195 94 +  37038836 TCAATCACACTCACATGTTTGGCAGTCCTGATCTTTTTCTCCCCAACATCCACCAGATTTACAAGCTGAAGAGCAGCGAGGACCTGAAAAAAGA 
s mm7.chr11     23559942 94 - 122091587 TCCCTCTGACTCACAGATCTGACAGTCTTCAGGACTCTCACCCCAACAGTGATTGTCTTTGCAGGTTGGGGCACAAGGTGGACCTGTggacaga 

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s danRer3.chr12  5707080 158 +  37038836 ACCTGCAGAAAAGAGAGGTCTGGATTGCCCTGCAGGTGTGTAATCTCCAGGTTACCATGAACCACCTGACAGCCTGTGTAGAGCAGCCTAAGCATTTCATAATGATTTTCCAGACTGGAGGGTAAAGCCAGTTTCATATCGGTCCCGAGACATACTGA 
s mm7.chr11     23562306 158 - 122091587 ACCTGCAGGAATGAGAGGCTGGCATTGGCGGGCAGGTAGGTAAGCTCCAAATTGCCCTGCACCACCTGACAGCCCTGGTAGAGGTGGCGAAGCATGTCCAGGTGGGTCTCAGGACTGGCAGGGAGTCGCAACTTCATGTCGGTACCGGTACACACTGA 

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s danRer3.chr12   5727760 257 +  37038836 AATTAGCAAAAATGTTACAAAATAGGTAAAAGGCGATATGGACTTATTATATATTTGGTATTTATTGCAATAATTGTTTCAGTGATGATAAATCAAATATATT-TACTGAGACGAAAGGTTCTGTATGTTAAGA-----GAAAAGTTACTTTTTCCGT-----TTAttcattcgtttgtttattcgtttgtttgttcgtttctttcttcggtccttttttcgttcctttgtttgttcgctcctttgttcgttccttcctttgctcatt 
s mm7.chr6      141489217 251 - 149646834 AATTAGCAGAGATATTACAGAATAGGAAGGTAGAGGAATGGGATCCTTATATATTC-----------TAAGGAATTTTTCAAGGTTAAGTAGCCAAAGCTATTGGAAAGAGAAGACAGTACCAGAATGTACACACTTTCAAGTAGTTCTTCATTCCACAATTATTATTGA------TGAATAATCAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtctgtctgtctgtctgtgtgtCGCTATGGGCACT 

a score=3646
s danRer3.chr12   5728116 342 +  37038836 CAATATTGGTTTCAGTGACGATACATCATATGTATTTACTGAG---AGACAAAAGAT--------ATTTTATGTTAAGAGAAAAGTATT------------ACTTTTTCCTttcatttatttgtttgtttatttgtttgtttgttcgttcgtttcttt--cttcggtcctttgttcgt--------tcttttgttcattccttcgttcattcctttgtttgttcttttgttcgttcactctttttgttcgttccttcctctgctcgttcgtttgttcattcctttctttgttccttccttcATCTCtttcttcgtttgttccttccatggtttctttgtttgttcctttgttcgtttattatttatttgGTATTT 
s mm7.chr6      141489631 358 - 149646834 CAATCCAGGCCTCAAAGGGGAAATTTGGATTGTGTGTTTTAAGTCTAGAGAGAGAATGAGCTTCCATTTTACTTCAGTGATGAAGTGATCACACATATGAACCATGTTTCTTTTTATTGTCTGGTTCTCTATTAGCTTCATCAAAGGGCAGGTTCCTTAACTGTGGGTATTTCTTCATAAGAGAGATTTCTTtttctttctttctttcttcctctctttctttctttctttctttctttctttctttctctctctctctct----------------ctctctctctctctctctctctctctctttttctttctttttttTAATAGTGATTTTATTTGCTGTGCATTTTTTTGTCT-ttttttattagatattt 

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s danRer3.chr12  5758316 233 +  37038836 ACCTGTAGAAGAGGAAGTGGACGGGCACAGTGCTGAGATGCCAGACAGCATGAGCATCTAGAACCCAGAAGAGTGGAGGGAAATCCAGCAGCTCCAGCAGAGCAAGACCATGCAGTAAGAGCACCACCATCCCACACTTCCACCAGTACGGCAAGATCCTCCGGTTCAGCCAACACCAGCACAGCCACCACAGCAGGTTTATTATGCCTACGATCAAAGAGCAGGATCAGAAG 
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s danRer3.chr12  5760678 158 +  37038836 CTTTACACAACACCTCACCTATAGAGGCGTTGGCAGCCATGTTGTACCCATAGTCAAAACTGACAAAGGTCAGATAAGACACATGAGATGTGAAGGCCAGAATGAGCAGAACTCCCACCATGCTGGAAATTGCCGGTCTGCGCAAGCCCAACGTCCTG 
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a score=-2622
s danRer3.chr12  5779202 920 +  37038836 atcataagcacatgctcctccggaaatgagtttataaataaacttcacttaTGTTAGCAACCTGACTTGCGCTAAA---ACACAAAAT--GGTGAAAATTGTCAACTTTGTTATTGTGATGTCAATAATTTTCTCATTCACTTAAAAAAAAGATAAAAAAAATCTTTAGATTTAAAAAAGTCTCTAGATTGAAGTTAGCATCTTGAGC-----------TAAACCACAAAATGGTGGAAAATGTCGACTCTGTTGTTGTCATCTGTTATTGTACAACTTTTAACAAAAAGCAATTAGTAGCATGTCCCCTATATCACATTTAAGCATTTTTGCATT---ATTATACATTAATAAATAGATTAATAAATGTAACACAA------------ACTATAC----------AGGAATGTAAATTCTGCGATTGTTGTAATGCGTTCCAATATGTG-----AAATGTACCTGCAACTCTGGAATGAGTCCCATACATATTTAGATGCATAAAAACGTTTAC--GATGAATATTTCTCATGCTGAGTGAAGCAATCATAAACACTGGTCAGATGAACAAATGAACAAGTGATTTATTGAAAACACAAGATTCACTGTACTAGGAAACATTGTCATGATAAATAAACGCGGTGGCAAAAATCAACAGAGTAATCA----AATATTAAAGTGTAAATAAATA--CTGTATTTGACTATTTGGATGCCGTTTA---ATCTTTTAAACATTTCAGTCTTTCTGTTGCTGCAAATA----ACACCAAA-----TTAAATTAATCATTTAAAGGTGAC---------------TTGTAGATATCAAAATCC--ACTGGTGGAGTTTTTTTTTTTTTTACTATGTTCCCACTCAAACTTAAAAAACAGGTCAGTAATTATGACACACAAGCTTTTTCA-----TTTAGGATCCATG---AGTAAAGGTGCAACGTCACAATTTAAGATGTGTATAGAAAAACACTAACACACTGAGAAAACATCA 
s mm7.chr11     47921611 930 - 122091587 ATCATATACA-ATGCACTTCC----ATTTAATAAAAAATACATTTCTCT-ATATTGTAAAATTTAGAGATTCTAAATTCACATTACCTTGGGTGGAAATACTCAATTTAAGCACTAAAAAAACCATA-TTTCCTGGGTTACCAAAAGGAGAAATCA------TTTTTAATTTTAAGA------CTTGTACAAAGTTCATACTTTAGGTGCTGAATACATTGAAAGGCAGAATTCTAAGTAATGTTTACATTTTGATAAGCTTCTTTTTCTCTAGGTCTGT----AAAATGTTATTAATGAAGTTTTACTGATATAATAATTAGTGCTTAATACATTGGCAATTTTCATCCTTAAAGAAATTA-TGGATGCAATTCAATTGAAAAACTTAAAAATACTTCTTGTTTGAACAACAAATATTTTCCTAAAATTGTCAT---TTCCAGCAGGTTTCCATCAATGGTCCTGCCTCC------TGTGTCAAGGGAATATTTAAAAGGCAGAACACAACAACTAAAGGGATCTGTTTAAAGCTAATTTCAGGTGTGATC----CTAGTGAGGTGA-----TGTACAA------TGTTGAA----------CCACTGCACCCAGAAAGCTCAGCAAGTTCATTACATACAGT--------TTAACAAAGAACTCAGGTTAATGTCTATGAATAAGCAAAGGGGCAGCATTATTATATACAGGTGGGGTGGAGGCAGCTTTGGCTCATCTTAGTAGGTATAGTAGGAGCAATATTTTGCACAAAAATTCTCTGAGGGAAAATTCTATGGAGGACGATATTCACCACACACTATGAATATCAACATTTGGACCAGAGGATAATTTGTCATCTTAAATCT--------TCAACCTTT-----TGGATCCACACTGGCTCTACTTGGATTTTTTTCCATATTTTAGAAGCCATATTCCTTGAAATGGCAGTGACTTTATCCATAAAACACACAAACACACAC--ACACACTGAGAAAACCTCA 

a score=793
s danRer3.chr12  5785274 171 +  37038836 actgttaactctaaagg---------agtagaaaaatgatgtttatttaaAATAAAAGCTTGTT-CATTTAACTTCTGCAAGCC--TCTTTCATCCACCATATGGTTTATTTCACAGAAAGAAATGT---GCTCAGAATTCTACTACAGTGACGAATGTCCTACACACCATGATTAAGCATAAAAG 
s mm7.chr11     72916601 173 - 122091587 ACTGTTAAGTCTATAATTCATGACCCACTAATAAACTGATATTCCCTGAAACCATCCTCTCCCTGAATTTGCCTGTTGGAGGCCCTTCTTGGATC----------TTTTTTCCACTGACTGAAGTATAGAGCTCAAAATTATACCAACTTTATACAT-TCTTATTCAC--TTATTTATCCAAATAG 

a score=15782
s danRer3.chr12   5785479 830 +  37038836 ACCTCTTCCCACATTTATCGCATATGTACTGCTTCCCTCCTCCATGAATGTGGCGTTTG-TGAGTACGCAGGTGACTTCCCTGACTGAAATActtgtcgcattgctcacagtagtaaggtttctcgccggtgtgcactctctggtgcagcttcaggctgtttgaatt---gttaaaccacttatcgcagtaattgcagccaaagggtttttctccggagtgagtgcggctgtg----tgtaa---tgagactgctctgctgactgaagctcttcccgcactccttacagctgaaaggcttttcccccgtgtgaattcgtttgtggatTTTCAGATTGACAGCCTGGCGGAAAGTCTTGCCGCACAAGTCACAACTGAACGGTCGCAGGCCTGTGTGGATGCGCTCGTGGTTTCTCAGGTTAACCGCGTGACGGAAAGCCTTCCCGCAAGACACGCAGGAGTACGGTTTCTGTCCTGTGTGGATGAGCTGATGCGTTTTGAGCGTTACGGCCCGTGTGAAGCTTTTCTGACACACTGAACATTTGAACTCCTTTTCGCCGGTGTGTGTGAGTTGGTGTCTGGACAGATTTTGAGCGATGTTGAATCTCTTTCCGCAGACGTTGCAGGCAAAAGGTTTTTCGCCGGTGTGGATGATTTCGTGGGTTTTCAGATGCGCCGCTTTACCAAAGGATTTGTCGCAGATTTTACAAACAAACGGCTTTTCTCCTGAGTGGACTCGTTGGTG-ATCGGAGAGACTTTGTTTGTGAGCGAAAGCCTTGCCGCAGAGGCCACAGCCGAAGGGCTTTTCTCCGGTGTGAATGCGCTGGTGGGATTTGAGGTTG 
s mm7.chr7      120796919 806 - 141766352 attccttcccacactcctcacacttgaacggcttctccccggtgtgaat----tatctgatggactaggagatgggatctctggctgaaggctttcccacagctgtcgcactgataaggcttttcccccgtgtgcactctctgatgagtCTGAAGA---TATGAAGTCCGACTGAAGCCCTTCCCACAGACACTGCAGACAAATggcttctctcctgtatggacccgctggtggctttggaagcttgaggctg-------aagtgaaacccttcccacactcttcacatttatatggcttctctcctgtgtggacccgctgatggctgtggaggttgaagctcaagctgaagcgcttcccacactcgtcacacttgtaaggtttctcctcagtgtggactctctggtgggtgtggaggttcgagctgcagctgaagcgcttgccacagtctccacacttatatggcttctctcctgtgtgaatcctctcatgggcctggaggtgtgacaactttgtgaagcccttcccacacacctcacacttgtgaggcttctcttcagtgtgCACGCGGCAGTGGATGTTGAGATCTGAGGTGCGGCTGAAGCCCTTCCCACAGCTGTCGCAGTGGGAGGGCTTCTTGCCCGTTTGCACTCTCTGGTTAGTCTGAAGATGTGCGTTCTTGCTGAAGCCTGTGCCACACTTGTGACGTGAGTATTGCTTTTTTCCTGGATGAACACTTTGTTGAATGGGGGTGTCCTCATGTGT----------------------ACTACGTACAGGGGACTTTTCCCCTACTAGCACAGGCTGATGAAGTTCGTGATTG 

a score=696
s danRer3.chr12  5786545 116 +  37038836 CAGACAACcctgctgaaaaa---------tccagcttaaacca---------------------gcctaggct---ggttttagctggtc-----aaccagg---ctggttttagaggggttttggccacttccaggctggtttccagccatttcca 
s mm7.chr15     26675521 157 - 103647385 CAAACGGTGCTTCTGGAAAAGTGAGCCACTCACGCTTAGCCCAAGGCTTCTTGGGCAATTCTCTGACCAGACCTTAGAATCCAAATTGTCTCCAAAGCCAGGAATCTGCCTTTGGAGGAGGCTCGTGTACTCACAGGTCTGCTTGCGATCAGTTCTA 

a score=6064
s danRer3.chr12   5802191 179 +  37038836 GTCATGGGTTTGCTGGATCAGTGTGAGGAGCTCTTCAAGACCTCCAATCTGTATGAAGTCCTGGGCGTCTGTAAAGAAGCTCCAGACTCGGAGATCCGACGCGGATATTATAAAGTGTCTCTGCAGGTTCATCCAGACAGAGCTCCTGGTGACCAATCA------GCCACGACCAAGTTCCAGGT 
s mm7.chr14     101181497 185 - 119226840 GGCATGGGGCTGCTGGAGCTGTGCGAGCAGGTGTTTGGCACCGCCGACCTCTACCAAGTGCTGGGCGTGCGGCGCGAGGCTTCGGACGGCGAGGTCCGACGCGGCTACCACAAAGTGTCCCTGCAAGTGCACCCCGACCGAGTAGAGGAGGACCAGAAAGAGGACGCCACCCGCCGCTTCCAGGT 

a score=6364
s danRer3.chr12   5805342 196 +  37038836 CTGTTAAAGGGTGAAATACATGCTTAAATGATCATTTTCATAATTTGC--ACAGGTCCTGGGTAAGGTATATGCAGTGTTAGCAGACAAGGAACAAAGAGCGGTCTATGATGAACAAGGAATCGTGGATGAAGAGTCTGTCTCTCTTGATCAAGACCGCAACTGGGAGGAGCACTGGAGAAGATTGTTTCCCAAGGTA 
s mm7.chr14     101181795 192 - 119226840 CTGTTTCGGTGGGAGGTTCAGGATGA------CTTTTGGATACTCTGCTTACAGATCTTGGGAAGAGTCTACGCGGTTCTGAGTGACAAGGAACAGAAAGCAGTGTACGATGAACAGGGGACAGTGGACGAAGACTCTGCTGGCCTCAACCAAGACCGGGACTGGGATGCATATTGGAGATTACTCTTTAAAAAGGTA 

a score=7061
s danRer3.chr12   5808212 429 +  37038836 AGATTACATTGCAAGACATCTTGGACTTCGAGAAGCAGTATAAAGGCTCCGACGAAGAAGTGGAAGACTTAAAAAGAGTGTACCTGCAACACGAAGGTGACATGGATCAGATCATGGAGTCGGCCCTGTGCTGTTCTTATGAAGATGAGCCTCGCGTTAAGGACATCCTTCAGAGAGCCATTGATGCTGAAGAGGTGCCGGCCTACAAAGCCTTCACTCATGAGAGCGTCAAGAAGAAGAACATCCGTAAAAGAAAGGTTGATGACTTTCCTTTTTTTTTTTGATGTGCATTTGGGTATAGGCTTTAAAGcagtggtttcaaactcatttcccggagggcaacagctt---------tgcatgcttcagctctaaccacctccagatcacacctgcttaataatcatgaaca---ccttaattagttggatcagctgtgct 
s mm7.chr14     101182070 419 - 119226840 AGATATCGCTAGAGGATATCCAAGCTTTTGAAAAGACATACAAAGGCTCCGAAGAAGAGCTAAACGATATTAAGCAGGCCTATCTGGACTTCAAGGGCGACATGGACCAGATCATGGAGTCTGTACTTTGTGTACAGTACACAGATGAACCCAGGATAAGAAACATCATTCAAAAAGCTATTGAATCCAAAGAGATTCCAGCCTACAGCGCCTTCGTCAAAGAGTCTAAACAAAAGATGAATGCAAGGAAAAGGAGGGTAAGTAGTGTTGTTCCT---------AGCACATCTCAGC---TGCTTCAAAAAAG-GGTCTCGCTGTATTCACAGCGACGGAAATAGACTGCTGCGATATGACTGCTTGACCTGCAGC---------ATTGATCTAACTAGATGACCAGGAAGAAAGCCCTGATTACTTTGGTATGTTGTGCT 

a score=1732
s danRer3.chr12   5808735  98 +  37038836 TCTTTCTAGGCGGAAAAAGAGCGCAAGGAGGCGGAGGAAATGCAGGAGGAGATGGGCTTGAACAGTGAA---GACAGCCTCGTAGCTATGATAAAGGTACA 
s mm7.chr14     101184388 101 - 119226840 TCTGTCTAGGCTCAGGAAGAGGCTAAAGAAGCAGAGTTGAGCAGAAAGGAGCTGGGACTGGAAGAAGGAGTGGATAACTTGAAAGCACTCATCCAGGTAAA 

a score=565
s danRer3.chr12   5811225 406 +  37038836 TTTTACATAGTCAACAAAATTATTCAG-ATATTATCGCTAATATTTGATGTATCCTAGATGCTCTACTGTTGGCACATGGGCTTTTTCAAGGATGTTTTTGGTTTGTTTGTGGACCCAATCTAAGCTAAGAATTCTCTGACTTTTGCTGGTAAGCTGAAAGGCGACCTTTAATGAATAGAAAAACAGGCAGCCGTTGTCTTGAGCAGTGCCTCCAGAATTCTATTTTGGGGCAGCAGCCAGTGTGATGCATGAA---TATTATTGCAATG----AAATTGACTGTTGGCTTTTCTGTCTACTATTTAGCAAAGACAAAAGGCT-----AAAGAAAATGGATTCAACTCCCTCATCTCAGATCTGGAGGCAAAATATTGCAA---------------GAAACCAGCAGCTGGAAAGAAAGGCAAGAAAAAGTGAA 
s mm7.chr14     101184527 399 - 119226840 TTGTACACTGTTTGGAATGTATTTCAGGATTTTTTTGTTTTTGCTTTGTTTTTCCTTTAAGGTACACTT---ACACATAA----TTTATAGCATCTTTTTGGG--GTTTGAGAATGTA--CAAGTCAGAGAATTGCC--ACCCCCGCTC-CAAGCTGTACAGCTGTCACCACCACAGAGGAAGCCCG-TAGCCATTGTT------AGTCACTGGGGTGCTTTACTC--------CAACCCCTCCTAATGATGAAATGCTTTGTCTCAGTGTTGCATATTGAAAGCTATATTTTA-ACTTCTCAAACAGAGCAGACAAAAGGATCGGCAAAAGGAAATGGA--CAGTTTTCT-GGCTCAAAT--GGAAGCAAAATACTGCAAACCTTCCAAAGGAGGGAAAAGAACAGCACTCAAGAAGGAAAAGAAATGATGGA 

a score=1048
s danRer3.chr12   5820624 540 +  37038836 CCCATTCCCGAATGAGCTGATTGGCAATGGCATATGAAGGTGGGACCCAG-AACACAGGTGGCTGTTCTCTTGG--GTTGCGTGGAGGA-------TTCTGCAGTGCTGTTGTTATTTCTTCTAAAGTGAACCAGCGAGCATCCTCAAGTTCAGCCTTGTCTATATTCACCTATGCATCAACACAGTGAAAGTGGT----------------------------------TAAAACACAGC------------AATGTCTCTCTTTACCATTGCTGTCATTGGATTAAATGGGAATACATT-------TTGAAAGGTCTGAAT-ATTTGTA---AAGGGTCAAAAACGGTAACTGCCTGCTAAACATGTTAGTATCTGGAAATAAAACTGACAAGAATACTGttaatattttaacaaatttataaatatatattttaaattataGATGTGATTCAAAGCAAATCCATTCATCTAAATTCACCTAAAAATAGCTCTGAGACGTTCTTTACAATCAAGTTT--------GCTGATAGATAAATAAAACAATAAAAAACATAGATTAATAATTGAATTAAACATAACATGAATAAAATGTAATGTACAAATTATACGA 
s mm7.chr14     101254094 564 - 119226840 CCCACTTCTTAATCAAGTGGTGGGCAATGGC----TAACTTGGGAGGCAGCAACAGTGGGGAAGCCTCACTCGGCTGCAGAGCCAAGGAGCCCTTTCTCCTCAGGGCTGTGGTCACCTCATCAAGACTGAACCAGGCGGCTGCCTCTAGTTCC------TTCAAGTTCACCTGAATCTGAAAGACAAGGAAGGGGTATAGGGTAGGGGTAAAGTTAGGAACTATGAAATATAAAACACCACGGCCAAAGTGAGAAAATTCATACAGAACGGTGCAGTC------TTAGATGGGAACACCTGGGACCAATGGCTAGGTTAAAATCAGTTCTAGATAATGTTCAGAAACTG-AACAGAGAATTAAAT------GTATTTTGAAATAGTTCtaaaaaagataa-------atttttaaaaattt-----tatCCTATTTGTACAATAGTTATAATTAAAAAAAAAATCCTTC--------TTGTCCAAGGCTGAT-----GGCATTTGTTAAGCCCGGATTCAGTCCCCAGTGTACACACACATAAAATCCTAAAGCAGACACTTAAACTATCGAGT--GGCAAGGCATGAGT-GAGTGTGTCGCATCAAGTATATAA 

a score=7499
s danRer3.chr12   5822418 190 +  37038836 AACAGTTAAAGGCATTGTGCAGGTCTCACCTGTGTTTTGTTTGGGTTTACCGTGGCGTGACAGGCTAACATAAAGGAGCTTTGTGGGAATGGCCAGTGCTGTGATCCAGAGTACTGAAGATTCTCCACCTCTAACCCCACCTCTTCTGCCACCTCTCTGTGCAGCGCCTCCTCCACTGACTCTCCTGCAA 
s mm7.chr14     101258629 190 - 119226840 AGCAGTACAAGGGAAAGTTAAGACTTTACCTCTGTGTGTCCTGGTTTCACGGTTGCGTGACAAGCGATCATGAGTGAGCTATTGGGAAAGGGCCAGTGCTGGGACGCAGAGTACTGTATGTTTTCCACTTCCAGGCCCACCTCTTCCGCAACTTCTCGATGGACAGTTTCTTCCACACTTTCACCTGCAA 

a score=4209
s danRer3.chr12   5828419 133 +  37038836 CCTCACCCATGTCACAGAAGCCAGAGAGTGCGCTGTACATGCCTGGAGGAAACATGGCCTGTCGCGCCAGCAGACACCTGCTCCCATCAGACACCAGAACAATCACCACTGGAGACATCT-GCACAGAGACGTG 
s mm7.chr14     101259544 134 - 119226840 CCTTACCTATGTCACAGAAACCTGCCAGGGCAGAATATAACCCCTTGGGAAAGGAACTCTGGCGGGCAAGTAGGCAGCGGGCCCCATCTGACACCAGTGTGATCACTACGGGCGCCATCTAGGACAGAAGAGTG 

a score=3262
s danRer3.chr12   5830596 147 +  37038836 CTTACTTTAGGGTAGTAGGTGATACCACTGCTTTGGCAAACTCTAAAACTTCCTGATTGGTTCCTGGTGGTGGGCTGCCCTGTGGCACTACAGAAGCCATTGGTCTGGTGCCATCGGAGGAGAGCTTGGCCCTTTAACAAAAAAAAC 
s mm7.chr14     101260481 147 - 119226840 CTCACCTGTGGATAATAGATGATTTTACTGGAGGGACACACTCGCTTGCTGCCCGCCACGTTCTTCTGGGTGGGCTGCCCACTTTTGCTGCAGAACTGATGACCGTCATGCCAGCGGAGAAGAGCCTGAGCCTGCAGACACAAAGGC 

a score=6234
s danRer3.chr12  5855240 181 +  37038836 AGGAGAACTACACCGAT---TATTTACTAATCACTGATTCTCATGTTGTGTTTTTTTTTTTTTCAGGTCATATGACAGATCTGTTGTTCACAGAAAAAGACCTGGTGACATCATTGAAAGACTACATTAAAGCAGAGGAGAGCAAACTAGAGCAAGTTAAACAGTGAGTA-ACATTCATTGTTAC 
s mm7.chr10     58857441 168 + 130066766 AAGAGATTTATATTGATGAATATTTAATAACC-----------------TTCCTTTTCCTGTGTAGGTCAGATGACTGACTTGATCCATAATGAGAAAGACCTGGTGACATCACTAAAAGATTATATTAAAGCAGAAGAGGACAAGTTAGAGCAAATCAAAAAGTAAGTGCGTTTTCCTTACTAC 

a score=7659
s danRer3.chr12  5856172 171 +  37038836 TATTGTCAGGTGGGCAGAGAAGCTTGATGCTTTAACAGCCACAGCCGTCCAGGACCCAGAGGGCTTTTTGGGTCATCCTGTCAATGCCTTTAAACTCATGAAGAGACTAAACACAGAATGGGGTGAAGTGGAAGATCTAGTGCTCAAGGACATGTCTGATGGTTAGTATCA 
s mm7.chr10     58860869 171 + 130066766 TATCTGTAGATGGGCAGAGAAGTTAGACCGGCTAACGAGTACAGCAACAAAAGACCCAGAGGGGTTTGTTGGGCATCCTGTAAACGCATTCAAGTTAATGAAACGTCTGAACACTGAGTGGAGTGAGTTGGAGAATCTGATCCTCAAGGACATGTCGGATGGTGAGTGTAA 

a score=326
s danRer3.chr12  5856343 126 +  37038836 CTG--CAATcagggcttgacattaacttttttgatcacctgccactgtggctagtagttttccaaca-----ttactatccactcgccattttt---agtagccacaattttgttgtt-------gggaaaatatattttata 
s mm7.chr11     54068341 123 + 122091587 GTGAACAGCCTGGAGCTGTCCTTGTTTTGTTT-------------------TAAAAGTATAGTAACAATCACTTCCTGTCCTTTTGTCATGTTTCCCAGTAGTAAC-ATTTTCTAATTATACTTCAGTAATACATATTTTATA 

a score=7431
s danRer3.chr12  5856937 304 +  37038836 AAGATATGTTTTTTCTTATAAAAAGCTAAAAACATTTTCTTTT---AGGCTTTATCTCAAACCTGACCATTCAGCGCCAGTACTTCCCCAATGATGAAGACCAGAACGGTGCAGCGAAAGCCCTCCTCCGACTGCAGGACACATATAAACTGGACACACAGACCATCTCTTCTGGAGACCTGCCTGGTAAGAGTTACTATTATATTTGTTTGTCTCTTTCCCAACCA--TGtttgtaacgaggagactgacacggagggatccattatgcagcatttattaatcaagctctcactcaaacacacaatat 
s mm7.chr10     58861815 288 + 130066766 AAGATATTTTTTATACTC------------AATTTTTTCTATTTCAAGGCTTCATCTCTAACCTAACCATTCAGAGGCAGTACTTCCCTAATGATGAAGATCAGGTTGGAGCTGCTAAAGCTCTGTTTCGGCTGCAAGACACCTACAATCTGGACACAAATACCATCTCAAAGGGGAATCTTCCAGGTGAGTG-GACGCTTCCATCCGTGGATATATTTGTCACTTAGCTGCTCTTCA-------GCCCACAAGGAAAGTGTAATT-TTTTTCATTAATTAAttatttattcactttacatctcaatat 

a score=9839
s danRer3.chr12  5859453 280 +  37038836 TTTTTTTTTGCAGGTGTTAATACAGGTCTGCCATATAAAAGCACCCTGACGGTAGAGGACTGTTTTGAACTAGGAAAAATTGCCTACTCTGACGCAGACTACTATCACACGGAGCTGTGGATGGCCCAGGCGCTCAAGCAGCTGGATGAAGGAGAAGAATCCAGCGTTGAGATTGCCACCGCTCTGGATTACCTCAGTTACTCTGTCTACCAACAGGGGGAGCTGGAGAGAGCTCTGGAATATACTAAGAGACTGCTTACTGTGGGTAAGTCTGCTCTAT 
s mm7.chr10     58866350 276 + 130066766 tttgtttgtttgtttgtttTTGTAGGAGTGCAACATAAGTCTTTCCTGACAGCCGAGGACTGCTTTGAGCTGGGCAAAGTGGCCTATACAGAGGCAGATTATTACCACACAGAACTGTGGATGGAGCAGGCTCTGACGCAGCTGGAGGAGGGAGAGCTGTCTACTGTAGATAAAGTCTCTGTTCTGGATTACCTGAGCTATGCGGTGTACCAGCAGGGAGACCTGGATAAGGCGCTTCTCCTCACCAAGAAGCTTCTTG----AGCTAGGTCTGTTATCT 

a score=4862
s danRer3.chr12  5865245 278 +  37038836 TTTATCTCTGCTGTTTAGAGCCGGAGCACCAGCGAGCTCTTGGGAACCTCAAATATTTTGACTACCAGCTGGCCAAACAGAAGAAGGCAGAGAAGG-AGCAGAGCACCAAGGAAGAGAGCAAGAAGGAGCAAGAAACGTCAGATGGGAAG--AAGGAATATCTCCCGGAGAAGAGGAAATATGAGAAGCTGTGTAGAGGAGAAGGACTCAAAATGGTGAATAACTGAATGTTGTAACTGAAATGTCAACCATATGTAATATTATGTCAGTGCAGATGTATG 
s mm7.chr10     58868580 261 + 130066766 TTTGTTTCTCTTCCTTAGATCCTGAACATCAGAGAGCTAATGGTAACTTAGTATATTTTGAATATATAATGAGTAAAGAAAAAGATGCCAATAAGTCAGCGTCGGGCGACCAATCTGATCAGAAAACTGCACCAAAGAAAAAAGGGATAGCTGTGGATTACCTGCCAGAGAGACAGAAGTACGAAATGCTGTGCCGTGGGGAGGGTATCAAAATGGTAAA---------GTGG-----AAAAAGTCAATCgtgtg------tatgtgtgtgcggctgtgtg 

a score=6583
s danRer3.chr12  5868552 388 +  37038836 TGTTTACACAAATAATTATCTTT------TTTTTTTTATACAGATACACTTTTATATG---AGCTGTA---ACANNNNNNNNNNGTGTGACAAATAACACATAATATGTATTTTTGTCTTTTGTAAG---GGGCAATGTAAATAAAATTCAAAAACACGTATTACCTCACCCTTAC--AGACTCCTCGGAGACAGAAGCATTTGTTCTGCCGTTACTTCAATGGTAACAGACATCCATTTTACACAATTGGGCCAGTGAAACAAGAAGACGAATGGGACCGTCCCCGAATCATCCGTTATCATGAGATAATAACAGAACAAGAAATAGAGAAAATCAAGGAGCTCTCCAAACCAAGGGTGAGTTTAACTTTTACACACATTA---ACatgtttattattatgtttatt 
s mm7.chr10     58870107 398 + 130066766 TGTGTACACACATCATTATTGTTGCAGGATCATTtgtgtgtgtgtaagctcgtatgtgtgtagatgtgtgtgcat---------gtgtgcgCACACAAACATCGTTACTGTTTCTAACAGATGTACGAATGGACACTG-AGTTGCTGTTCTAACACGTTTATTACTTTCTTTGTACGCAGACTCCCCGGAGACAGAAAAGACTGTTCTGCCGCTACCATGATGGGAACCGGAATCCTAAGTTCATCCTGGCCCCAGCCAAGCAGGAGGACGAGTGGGACAAGCCCCGGATTATCCGTTTCCATGACATCATCTCTGACGCGGAGATTGAGATTGTCAAAGACTTAGCAAAACCAAGGGTAACTTTTTCTTCTCAGTTTACCAGATATGTGTGTGTTAATCTTTTAATT 

a score=5062
s danRer3.chr12  5873949 99 +  37038836 TTGGCCGGTTGGCTCAACAGCTGCGCCGAGCCACCATCTCCAACCCCATTACTGGTGTCCTAGAGACTGCACACTATCGCATCAGTAAAAGGTAAGGCT 
s mm7.chr10     58872514 99 + 130066766 TTTGACGGTTGGCTTCACAGCTGAGGCGAGCCACCATTTCAAACCCAGTAACAGGAGCCTTGGAGACGGTACATTACAGAATTAGCAAAAGGTAAGATT 

a score=5013
s danRer3.chr12  5875997 192 +  37038836 TTTCCTCTGTTTGTTTGTTTTTTGCCGGCTCTATAGCTCAGGCGCGCCACAGTTCATGACCCTCAAACTGGCAAACTCACCACCGCCCAGTACAGAGTCTCCAAGAGGTAAGGGGTCAGAGATCAAGGGCAGAGGCCACATCT---GTTCCCCCTTCTCCATTTTTACCTAGAATCATATTTGTGCACCTCAGTT 
s mm7.chr10     58873517 184 + 130066766 TGTCCTTTCTCTTTTTTCTTTTTG---------TAGCTGAGCCGAGCTACAGTACATGACCCTGAGACGGGGAAATTGACCACAGCACAGTACAGAGTATCTAAGAGGTAAGGGAGAATGGAC--AGAACTTGAGGCATATTTGGAGTGCTCTTTCCTGAGGATCTAATTTTGACCATATTTATATGATATAGTT 

a score=3954
s danRer3.chr12  5886772 135 +  37038836 TTGTCTTCTCTCAGTGCGTGGTTGGCGGCCTATGAGCATCCGGTTGTGGATCGCATCAATCAGCGCATTGAAGACATCACAGGCCTCAATGTCAAAACCGCAGAAGAGTTACAGGTAA-CTTTCAACTTTTCAAGT 
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a score=4792
s danRer3.chr12  5889507 92 +  37038836 TATTACAATTTTTACATTTTCTCTCTT------TTAAGGTGGCGAATTATGGTGTTGGAGGACAATATGAGCCCCATTTTGACTTTGGACGGGTAAAT 
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a score=4555
s danRer3.chr12  5889637 120 +  37038836 ACCAAGTTGAATGGATCATTTTAACAAGTGTTTTCCACCAGAAAGATGAACCAGATGCCTTTAAAGAGCTGGGCACAGGGAATCGCATAGCAACCTGGCTCTTCTACGTGAGT-ACAGTTC 
s mm7.chr10     58885444 119 + 130066766 ACTGAGTTTATGCCATTATATTCACT-GTTTTGTCCAC-AGAAAGATGAGCCGGATGCCTTTAGAGAGCTTGGGACAGGAAATAGGATTGCCACGTGGCTGTTCTATGTAAGTAACAGCTA 

a score=3356
s danRer3.chr12  5889757 167 +  37038836 CATCACTGTCCTGTCAATATCAGGATCTGCTGCTGCCATCACTTATTATCGATTTCCATGTAAAATATCCGGTGTGTTGCAGATGAGTGATGTAGCAGCAGGGGGAGCCACTGTCTTTCCAGAAGTAGGAGCTGCAGTAAAGCCACTGAAGGTGCTCTTTGTTTGGT 
s mm7.chr10     58887363 157 + 130066766 CCTCAGTGTCTATTCAGCATCAGCTCCACCCAGTGCTACCTCTCAGTGTTTCTACCCTGGC----------TTCTCTTGTAGATGAGCGATGTGTCTGCTGGAGGAGCTACTGTTTTTCCTGAAGTGGGAGCCAGTGTTTGGCCCAAAAAAGTGAGTATGGCTTGTT 

a score=7533
s danRer3.chr12  5893584 118 +  37038836 CTGTGTTC---AGGGCACCGCAGTGTTCTGGTATAATCTGTTTCCCAGTGGAGAAGGAGATTACAGCACGAGACACGCAGCCTGTCCAGTACTGGTGGGAAACAAGTGGGGTGAGGGTCTC 
s mm7.chr10     58887768 121 + 130066766 CTGTGCTCCACAGGGCACTGCTGTCTTCTGGTATAATCTGTTTGCCAGTGGGGAAGGAGATTACAGTACACGGCATGCAGCCTGTCCCGTGCTAGTTGGAAACAAATGGGGTAAGTACTTC 

a score=3247
s danRer3.chr12  5893765 196 +  37038836 AATAATTTTTTTTCTTTCCTTTAGTGTCAAATAAATGGATCCACGAGCGAGGTCAGGAATTCAGGAGACCCTGCGGCCTGAAAGAGACCGACTGACCAAC--GCTGTCCACCATTTTTCTCATTCACTCCTTCAGACTCTGAAAACACTCCTGCTCTTCAT--TTCCTCTGTCCACAGCAGCAACACTAATTTTCAGTGA 
s mm7.chr10     58889174 190 + 130066766 AACATTCTTTTTTCCCTCTCACAGTATCCAACAAATGGCTCCATGAACGTGGACAAGAATTTCGAAGGCCGTGCACCCTGTCAGAATTGGAATGACAACCAGGCTTCCCTTGGCTCCTGTTGT------CCTCTAACGCACCAGGCACGATGGCTGATTATAACTCCGACGTTTACAGCTG----ACTAACACTCCATGA 

a score=1477
s danRer3.chr12 5903701 221 +  37038836 tattaatctggggtcgccacggcggaatgaaccaccaatttatccagcatatgttttacgcagcggatgcccttccagctgcaacccatctctgggaa-----AGGTACATTGATTAGGTAAGTGCAAAAAATCTTTTACAATCCCATTTATAATCATAAAAATTGGCCTTAGATTTAAAGTGCAATGTTTTCAGCTTATTTGGAAGAGTCATGAATATTAATCTC 
s mm7.chr9      3983884 220 - 123828236 TATGAATGTGGGGTTTCCATGGGAGAACTGGCAACTGTTTGTCCTGGCACATGGCACATGGGTCAAGT---CATAAAAACACAGTAAATACATGGTGACTTGAAAATACATTTATACAGTAAGTGGAAGGGAATTTAAATAAAGTTATATGTAAAAAAGATAATGTAATTTATATAAAGAGGAAGATGATGTAAGTATATTTGTCCA---CAGAGATACTAATCCC 

a score=4070
s danRer3.chr12  5905851 226 +  37038836 CTGGGTCATGAGAGCCTTCGCGAATCCGTCCAAAGCAGCCCAGCAGCAGATCCACAGCAGCGTTTACTGTTGATTTGATCTCGTCCGCTGTTCTGCCCAGTTTGGGGTTCACTTCCACCATGTCTACAGCAGAGAGAAGCCCTGCAGTGAAGCCAAACACACAACAAAGTCTATAGGAGAATGGTCATCTAAAATTGATGATTGTAAATTTCTTTTTAATTTCAGT 
s mm7.chr10     24668296 206 + 130066766 CTGGCTTATGGTTACCCTCCCGTTGAGTTCCGAAGCAAGCCAAGGTTAAAGCCACTGCCGTGTTCACAGTACTCTTCACCTCCTCTGCTGTCTTCCCAAGAGTTGGGTTCACTTCCATGATATCTAGTCCTGAAAGGAGCCCTAC----------AACAAAAAAAGGAAGGCATAGTGACATAG----------TTGATCAACGTAACTGACATTTTAAAGTCTGT 

a score=1299
s danRer3.chr12  5906224  830 + 37038836 AGTGATGCCCTGTAAGACAATATTGATGTCCTGTTA-ATGACTATG-------TGCTCTAAGAG------ACTA--------GTGAAGTCCTGTGAGACCATATTGATATCCTGTTAAAGACTAATGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAG-AATATG---TCCTGTGGGAGACTAGTAAAGTCCTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTTA----GAAACTAAGTCCTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTGAGACAATATTAATGTCCTGTTAGAGACGGGTGATGCCCTGTGAGACAATTTTGGTGTCCTGTTAAAGACTAGT-------GATGTC----CTGTAAGAGACTATGGC-------------------------------------------------------------------------------------------------CTATGAGAGACTATTGAAGTCCTGTGAGACAATAATAATGTCCTGTGAGAAACTAGTGATGTCTTGTGAGACCATATAAATGTCCTGTTAAAAAACAGCTATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGATTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGATTAGTG----------ATGTCCTGTTAGA-CACT--------AGTGATGTCCTGTTA------------------GACACTA--GTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTAATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTATGAGAGACTAGTGATGTCCTGTGAGGGACCAGTGATGTTCTGTGAGACAATTTAAACAACCTGTTAGAGACTAGTGATGTTCTGTAAGACAATATTGAT 
s mm7.chr17     90263121 1003 - 93276925 AGTGTAGCACTGTGACACCACAGTGGAGCACTGTGGCACCACCATGAGCACTTTGATATAAGAGTGGAGCACTAACATCACAGTGGAGTACTGTGATACCACAGTGCAGCACTGTGACATCAGAGTGGAGCACTGTGTCACCACAGTTGAGCACTGTGACAACAATGTGGAGCACTGTGATATCACAGTAAAGCAGAGTGACATCACAGTGGAGCACTGTGACATCAAAATGGAGCACTGTAACACAAGAGTGGAACACTG--ACACGacagtggagcactgtgacagtacagtggagcactgtgacagtacagtggagcagtgtgaaaacacagcagagcaggatgtcatcaccgtgcagcactgtgacatcacattggagcacagtgacattacagtggagcactgtgacaccacagtggaggactgtgacatcacagtTGAGCATGTGACACCACATTAGAGCTCTGTGACAGCACAGTGAAGCACTGTGAAATCACAGTGGAACACTGTGAAACGACAGTGGAGCATTGTGACACCACAGTGGAGCACTGTGAAACCACAGTGGAACACTG--AAACGACAGTGGAGCATTGTGACACCACAGTGGAGCACTGTGAAACCACAGTGCAGCACTGTGACCCCGCAGTGGAGCACTGTGACACCAAAGGGCAGTACTGTTAGAGCACAGTGGAGCACACTGACATCACAGTAGAGCACTCAAACCACAGTGGAGGACTGTGATACCACTGTGAGCAGTGTGacaccacagtggagcactgtgacagcacagtggagcagtgtgacaccacagtggagcactgtgacagcacagtggagcagtgtgacaccacagtggagcagtgtgacagcacagtggagcacagtgacattgcagtggagcactgtgacaccacagtggaggactgtgacatcacagtagagcacTGAGAAACCACATTAGAGCTCGGTGACAGCACAGTGGAGCACTGTGAAATCACAGTGGA 

a score=3449
s danRer3.chr12  5907054 1033 + 37038836 GTCCTGTTAGA-----------CATGTGATGTC-----------CTGTGACAGACTAGTGATGTTCTGTGAGACAATATTGATGTCCTGTCAGAGATTAGTGATGTCCTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTAATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTAAGACAATATTGTTGTCCTGTTAGACA--TGTGATGTCCTGTGACAGACTAACGATGTTTTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTGAGACAATTT------------AAACAAC--------CTGTTAGAGACTAGTGATGTTCTGTAAGACAATATTGATGTCCTGTTAGAC--ATGTGATGTCCTGTGACAGACTAGTGATGTT-----------------------------------------------------------------------------------CTGTGAGACAATATTGATGTCCTGTCAGAGATTAGTGATGTCCTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTA------------------------GAGACTATGTCCTACGAGATACTAGTGATGTCCTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGT----------TAGAG---------ACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTA------------GTGATGTCCTGTTAGAG----------ACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACAC 
s mm7.chr17     90264478 1217 - 93276925 GTCCTATGacaacacaggggagcatgtgacaccacagtggagcactgtgacagcacagtagagcactgtgacatcaaagtggagcactgacaaa-cccagtacagcactgtgacagcacagtggagcactgtgacagcacagtggagctctatgacaacacaggggagcactgtgacaccacagTGGAGGACTGTGACACCACTGTGGAG-CATGTGACATCACAGTGGAGCACTGTGACACAACAGTAGAGCGCTGTGACACCACTTTGTAGCCCTTTGACACAACAGTGAGCACTGTGACAGCACAATGGAACACTGTGATACCAAAATGGAGCACTGTGACACCAGAGTGGAGCACTTTGACAGTACAGTGGAGCAATGAGATACCACAGTGGAGCAGGTGACACCACAGTGGAGCATTTTGACACCAAAGACTAGCACTGCGACACCACACTGGAGCACTGCGACACCACACTGGAGCACTGTGACACCACAATGGAGCATTGTGATACAAGAATGCAGCACTGTGACAGCTCAGTGGAGCACTGTTACACCAGAGTTGAGCACTTTAACAGTACATTGAGCACTGTTACACCACAGTGGAGCAATGTGACACCACAGTGA-GCACTGTGAAATCACAGTGGAGCACTGTGTCCCCAAATTGGAGCACTATGACACCACAGTGGTAGTGTGACACCACAATGGAGCACTGTGACAACGAAGTGGAGCACTGTGACAGCACAGTGGAGCACTATGACTGCACAGGGGAGCAGTGTGACAACACAGTAGAGAACTGTGACACCATATTGGAGCACAGTTACAACAAAGTGGAGCACTGTGACAGCTCTGTGGAGCACTGTGACACCACAGTGGAGTCCTGTGACACAACAGTGGAGCACTG--AGATACCACAGTGGAGCAGTGTGacaacatattagagcactggacaccataatggagcactgtgacaccacagtagagcactgtgacaacacagtagagcactgtcacaccacagtgcagcattgtgacagcatagtggagcactgtgacaccacagtgcagcgctgtgacaacacagTGGAACATTATGACAGTACAA-GAAGCACTCTGACACAATAGTGGAGCACTGTGACAAAATAGTGGAGCATTGTGACAG---AGTGGAGCACTGTGTGACCACAGTGA-GCAATATGACACCACACTGGAGTACTGACAAACAC 

a score=1363
s danRer3.chr12  5908087 119 + 37038836 TAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGAAGTCCTGT 
s mm7.chr17     90266453 119 - 93276925 CAGTGAAGCACTCTGACACCACAGTGGAGCACTATGACACCACAATGGAGCACTGTGATACAACAGTACAGCACTGAGACAGCAGAGTGGAGCACTGTTACACCACAGTGGAGCAATGT 

a score=2052
s danRer3.chr12  5908206 714 + 37038836 TAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTC-----------CTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTA--------------------GACACTAGTGATGTCCTGT----------TAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGA-CAC---------TAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGA---------GACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGA--------------------------------------------------AGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTC-CTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTA---------GAGACTAGTGATGTC-----------CTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTATAGACTGGTGTTGTCCTGTTAGAGACTAGTGGTGTCCTGT 
s mm7.chr17     90266809 842 - 93276925 tggagcactgtgacaccacattggagcacagtgacatcaaagtggagcactgtgacagctcagtggagcactgtgacaccacagtggagccctgtgacactacagtgcGAACTGTGACACAATAGTGGAGCACTCTGATACTACAGTGGAGCAGTGTGACACCATATTGGAGCACTGGACATCATAGTGGAGCACTGTAACACAACAGTAGAGCACTGTGACACCACATTAGAACAAGTGACACCACAGTGTAGCACTGTGACAGCCCTTGAGCACTGTGACAACACAGTGGACCATTTTGACAGAACAAGAAGCACTGTGATACCATAGTGGAGCACTGTGACAAAATAGTGGTGCATTGTGACACCAGAATGGAGCACTGGGACACCACAGTGA-GCACTGTGACTCCACAGTGGAGTCACAGTGACAGCACAGTGGAGCCCTATGACAACACAGGCGAGCACTGTGACACCACAGTGGAGGACTGTGACACCACACTGAAGCATGTGATATCACAGTGGAGCACTGTGACACAATAGTAGAGCACTGACACACCACAGTGTAGCCCTGTGACACCACAGTGA-ACACTGTGACACAATAGTGAT-CACTGTGACAGCACAGTGGAACAATGAGACACCTAAATGGAGCACTGTGACACGACAGTGGTGCACTTTGACAGTACAGTGGAGCACTGTGTTACCACAGTGGAGCAGGGTGACATTACAGTGGAGCATTGTGACACCACAGACCAGTACTGTGACACCACATTGGAGCACTGTGACACCACAATGGAGCACTGTGGTAAAACAATGCAGCACTGTGACAGCTCAGTGGAGCACTGT 

a score=-639
s danRer3.chr12  5908920 377 + 37038836 GAGACAATATTGATGTCCTTAGAAATGAGTGATGATGTGTGTtatgttttgcacagcagatgcttgtctagctgccaatccggtactag---gaaacacccatacacactcattcacacatacactatgaccaatttatttaattcagttcacctatagcggatgtctttggactgtgg-gggaaactggagcacccggaggaaaTTGTATAATGACATTGGTATGACAATGATAAGGAGGTTTAGGAGGACATGCCTTCTGTCCTTGTAAAGCAAAACTCCTAAAAGTAGGGTGGCACAAGTGTATCACCATTTGAagggtcacgaaacaccaaaacacaatttttgagctgttgacagtcgtatatgtgtc-ccacactg 
s mm7.chr17     90269525 321 - 93276925 GACACAacagtgtagcactgacagcatagtggagccctgtgacat------cacagcggat--------------cactgtgacaccagagtgaagcactatgacaccacagtgga-----gctctatgacaacacagtgaagcactgtgacaccacagtgga-------gtactgtgacaccacagtgtagcactgacagcacagtgtagcac--------TGTGACAACATAGTGGAG---CAGTGTGACATTACTTTGAGCACTGTGATACCACAGT----GGAGCAGGGTGACACCACAG----------TGGAGCATTATGACACCACAGACCAGCACTGTTACACC----AAAGTGGAGTATGTGACACCACATTG 

a score=7126
s danRer3.chr12  5910477 366 +  37038836 CATCCTACTGTTCTGACCTGTTTGGCAGATGTGCTCAGTGATGTAAATGCCCTCTCTATAGGTCAGTCCTCCTGCTACAGGTGTGCCAGTCGCCGGTGACACTGACGGGTCCAGCGCATCAATGTCGAAACTCAGATGGATCGGCTTCTTCACTCTGATGCAAAAGAGCAG--------------CAATGTTTCC----TCAATAAACATTTACA-------------CTTACGAAGACATTCCA-----------------------------------------------ACAAATG-CAAAAAAAGAGAATATTTGCATAATCACACA--------CTTACTTTGAAAACATGTGATCACACGTCTGCTCCATGACTTTTGCTATTCCAAGTCGATCAACTTCAGTCATGGAGAAGGTTTTGATGCCCAGGTATTTAAGGATATAACTGT 
s mm7.chr10     24668668 453 + 130066766 CCTCAGACTCTCCCTACCTGTCTTGTAAATTTCTTCTGTGATGTAGAGACCTTCTCTGTAAGATAGGCCTCCCAGAACCGGGGTGCCGGTCGCCGGGGTGAATGCTGGGTCCAGCCCGTCGACATCAAAGCTCAGGTGAATCGGCCTTTTCTTCCTGTTAGGAAACAGGAGGGGCTTTCAGCTTAAAGTGGTTTAGGAGTCAGTAATCAAATGCAGGTCTGACCCTGCATTATAAAAGCATCACATGGAGATCCATGGTTTTACCTAAATTTTATTAGCAGCCTGCGCTGACAGGAATGTCAGGAGGAAACCTTAGTCATGAACTCGCACACAAAGCATCGTACCTTCCCAGCAGGTAGCTGAAGGTCTCTTCCATCACCTTGCCAATCCCCAGCTTGTCTACTTCAGTCATGGAGAAATACTTAATTCCCAGAGTTTTTATTATATAGCTAT 

a score=4660
s danRer3.chr12  5910916 120 +  37038836 AAACTTACTGTTCTTCCGGGTCCACGTCTCGGAGTCCAATATACACAACATCCTGAGCTGCTATGCAAGGCTTTAGCCATGAGAAATTTGGAAGTTTGGGCATCTGAGGAAGATTAGAAA 
s mm7.chr10     24669424 110 + 130066766 AAACTTACTGTTCCCCAGGGTCTACGTCTCGCAAGCCAATGTACACGATGTCTTTGGCAGATATGCAGGGAGTCACCCAGGAGAATCCTGGTA-------CATCTGGG---AACTAGAAA 

a score=4925
s danRer3.chr12  5918934 167 +  37038836 TTGACCTTGGAGTGCAGTTCGTGGATGAGGTAAGACATCGGCTGGCCGTGAATATTTCCAGTCGGTGTGGTTAAAGGTGTGTTGATGTCTGCGTGTGCGTCCACCCATAAAACACTCAGCTCATGTCTGTATGCAGCATGACCAGAGATTGAGCCGATCGCCAGGCT 
s mm7.chr10     24670565 167 + 130066766 TTTACCTTTCCTTTCAGTTCCTTCAGGAGAAAGGACACAGGTTGCCCATGCAGATTCCCAGAGCTGGTTGTCAGGGGAGTGTTGATGTCAGTGTGAGCATCCACCCAAATGACACATAGGTCAGGGTGGACCCTGGCGTGGCCAGAGATGCTTCCAACTGCCAGACT 

a score=4959
s danRer3.chr12  5919420 180 +  37038836 ACCTGTGATCTCCTCCCAGCATCACGCATGTGTTTCCATCACTCTTGATCTTTTGCACAGCCCCTGAAAGCAGCTCATTTGCTCGTCCCACCGCTCTCGGGGTCTTGAGTCTCCCGATGGACTCGTCGTTGGGAAGGTTTTCAAATGTCACATTCCCATAATCCTTCACCACACAACCTG 
s mm7.chr10     24673278 180 + 130066766 ACCTGTGGTCTCCACCCAGCACCACACTGACTCTTCCATTCTTCTGGACCTCTGCCACCACACCAGCCAGCTCTTCATTGGCTTTCCCCACAGACCGTGGGTTCTTCACAATTTGAAAGGAGCTGTCATTAGGGACATCAACAAAGGCCAGGTCCCCGTGGTCTCTCACGTCATACTCTG 

a score=192
s danRer3.chr12  5919600  99 +  37038836 GAAAAGGAGAGAGGTCTTCAAATAGAGGGCTCACGAAA---------ATACTGTCATGGTTTGTATATAATAAGCAGTGGTAAAAAGAGTACTGAAAAGTCATACTCA 
s mm7.chr12     40708042 104 - 117814103 CAACAGATGGAGAACAACAGAATGAACCATTTGTGCCATTCCAACGTCTACTGGCCTGGGCTACAAGTAATTACCTGGGACAA----AGTGGTGACACGTCATACTCA 

a score=1872
s danRer3.chr12  5926541 178 +  37038836 TAGTGTTACCTTGCCCTTTAAGTTTCTGCACCAGTCCAGCGGCTCGAATGAGGTCTGCTCCTTCCTGCACACCATCCTTCTGCTGCAGTGACAGA--------------CAGTCATGAACATGAGCTCCACTACTGCAGCAGACATATTCATTTCTCACACAGTTCACC---------TCAGTGTTTTATTTCCCGTCAGT 
s mm7.chr10     24675269 199 + 130066766 TAAAGTTACCTGTTTCTTTAAGTTTTTCCAGCAGACCAGCTTTCCTCAGTGCTGCAGGGCCTTTCTCTACCCCTCCTCGAGGCTGAAG-AACAGAAAAAACACAGTATTCAGTCATGATTGTGA-CTAGCCAATGCCCACAAGAAAACTTACTCCTCAGTCAATTGAACTATTAACATTCAGTGTTTAAGCTTTCGTGGGT 

a score=1888
s danRer3.chr12  5926729 140 +  37038836 ACTCACCTGTCCTTTGGAGAACGGAGCGCCTATTATTCCCACAGAGTACCGC-TGATGATGGAGGTGTCTCCTGAATATGTGAAGAGCTGCTCGTG-ATCCGCTAAGGCTCTTCATCTTCATCATCACTGTAGTGATACTAA 
s mm7.chr10     24679963 142 + 130066766 ACTCACCTGTCCTTTTGAGAAAGGCGCTCCGATAATCTCTAAGGACTTTGGCTTGGAGCTCATGCTCTCTCTGGGTTCCAGCGGCTGCTGCTGCTGCATGTGCTCGGGCTGTCCAGCTCCTCTCCACCGGCCGTAACCCTAA 

a score=4581
s danRer3.chr12   5929312 244 +  37038836 CAAATACACTGTAGTTGCCTCAGGTGCCATTAAAAGTAGCTCTGCAGCGGTTCACCGAGGATAGTCTCCATTTCTTGAATGACCTTCTGAACCTGGTGCTCAACTTCTTCGCATTCATCTGTAAATCAAAGAAAGAGCTTAATGAGCAAAGTTTGCAG-GGACAAACTTTTATGTTGGCTTGTCACAGCCATAAGTGCTTCAAGTTTAAAGTAG---------GGTAGTGTTCAGAGTGGCTGCTCATGTGTTc 
s mm7.chr13     104296904 225 - 116696528 CAGATGCGCTTT--CTGCCTCAG----------AAGTAGCTCTGCAGCGGCTCTCCCAGCACGGCCTCCAGCTGCTGGATGGTCTTCTGGCACTGATGCTCCACTTCTTCACACTCGTCT----AACAACGAAA----------ACCAGAATTAGAAGTGGGCTGCCCACTGTCCTGCCTAATTACCACTGT---TGTGTCAAGGTACAGGAAGCACCTAGCAGGCTGTGACCCGAGGTGCTCCCCAACTGTCC 

a score=5266
s danRer3.chr12   5930327 173 +  37038836 GGTTACAGAATCATGATGGGTGTCCA----TTTGTTGAAATAAAACTGGTGTAGTGTT---------CTTACCCTCCATGAGCTCGGCCAGGAATGGGATGGTCTCTGGCAGAAGAACCATGTAGTTCTCCCTCAGCTTGCCTGCCAACTCCAGCAACATGACAAGCGCAGAGAAACGAACCTGAA 
s mm7.chr13     104297584 186 - 116696528 GGTGACAGCTTCCTGACTTGTATCAGACAGCCTGTGGCCACAATATTTTGTCAGTGTTAGCTGCAGACTTACCTTCCATCAGCTCTGCTAGGAAAGGAATGGACTCTGGTAGCAGAACAATGTAATTCTCTCTCAGCTTCTCAGCCAGTGCCAAGACAGTAATCAAGGCTGCAAACCGCACCTGGA 

a score=7319
s danRer3.chr12   5932692 177 +  37038836 GTGCATACCTTTGGTGAACTGTGTCGTGTCTTGAGCAGAATCTGATAATTGAGAACTTTCCACTGCGAGTCGTCTCTCATGGCAACAGCAAACTGAGCAATGCAAGGCACCAAGTGTGTGGTAATGCGGCTCTTGTAGGTCTCCTCTCCTCCTAGTATGTTCTCCAACTTCAGAAAT 
s mm7.chr13     104299762 177 - 116696528 GTGCTCACCTTAGGGGAAGAGTCTCTTGTCTTCAGCAAAATCTGGTAGTTCAGGGGTTTCCACATGGAGTCATCTGCCATGGCCACAGAGAACTGTGCGATGCAGGGCACCAGGTACTTGGTTACCCGTTCCTGAAACCTTTCTTCTCCTCCAAGCCTGTTTTCCAGCTGGGAAGAT 

a score=7173
s danRer3.chr12   5934990 247 +  37038836 TTGCACTG----ACCTGATCCACCAGAGGACACAAAAGGGCATCAGCTCTTTCCTTACTGAGGAAGTGCTGAGTATCATAGAGGAAGATCTTGTGAAGGCAGTCCAACACATACTGTAGCAAAAGGCTGCTCTTTGTCACATTATCATCAGCCTCCTCATCTGAATCATCATCACTCTCATCCTCGGAGTCAAAGAAGGCTTTGTCTATCGGCAGAAGGTAAGT--AAATGTAAGCATTAaaatcttattgct 
s mm7.chr13     104300383 217 - 116696528 TTGCAGTGGGTTACCTGATCCACCAGGGGCATCATCAGGGCTTCTGCTCTCTCCCTACTCATGAAATTCTGGGTGTCAAAAAGGAAGACCTTATACAAGCAGTTCAAGATAAACTGCAGCAACAAGCAGCACTTT------------------------------------TCAGGGTCACGTTCGGAGTCAAAGAAGGCTTCGTCTGTATGCAGGGAAAGAGTACAAATGCAAAACACTCAGTCCTGGTGCT 

a score=7444
s danRer3.chr12   5936951 220 +  37038836 ACCTGTGTGGGAAGTGTTGAGCTGATGCAGCAGATCGGAAAAGGGTTTGACCAGCTGGCCAGCAAACAACACAAACAGTCCTTTGAGTTTGTCTGCGATACGATCTGCAAGTCTGTAGAAGGTCAACAGGCGATCTTTAGAAGCACCGTCAATCTTTGACCAGTCAAACAACTGCAGAAGAGAGAAAATA-TGATGCAGTTAGCATCtacactgcctgaca 
s mm7.chr13     104301054 215 - 116696528 ACCTGTTTTGGAGATGTTTACTTGGTTCAAGGTATCAGCAAAAGGTTTCACCAAGTGGCCAGCAAACAGAGTGAAAAGGCCTTTCAACTTCTCAGCAATGCAGTCAGCCAGATTGTAAAATGTCAACAGCCTGTCCTTCGGCGCATCTTCTGTCTTGGCCCAATCAAACAGCTACAACCAGGAGAGAACAGTGA------CATCATCTACTCACCCTGCCA 

a score=5496
s danRer3.chr12   5939527 347 +  37038836 AACAGAAGTTTACCTTGAAGAAAAGAGGCCTGAAAGTGACTTCTGAAAGTTTCATAATC-TCACTAGCAGACAGTCGATCACGCAGCCTTCGATCTCAGCAGTCTTCTTCAGATCGCCCTAATAAATTA-----TATTCGTCAGTAAATGAATG-------------AAAT-------------------------------CAGGGAAAAAGAAAAACTGTACCAGG----GGGGATTTAATACCTGGC--------AATGCTGAGCACGGAAAT-CAAGGCCAACAGGAGAAGGAAGGG-AGCTTTGATGGGT--GTTAATGAATTGGTTTTGTCCATGTGGCTGATATGTTCCTTCAGGATGTTCATCAGAGAACTGAGACGATTCTGCACAGAGAATA---CACAGAATATG 
s mm7.chr13     104301294 414 - 116696528 AAGAAAGGCTCACCTTGAAGAAGAGAGGCCTGAATGTGACCTCTGAGAGCTTCACCACCATGGCCACTAGACAGTCAATGATCCAACCTTCCGTTTTCCCAACTTCCTCTAGATCGTCCTGAAAAGAAAGGAACTAATTGGCATGGACTCAATGTTTTGGCAAGGACAAATGCTACACTGTTAAAAATTAATCTGGCTCTTGCACAGATAGGAAATGACAGCTTCAGGGCCTGGGGAGTGGGGACCAGCTCACCTCTGAATGCTGTGCCCGGAAGTCCAGGGCTTCCAGGAAAAATGTGGTCAGCTGAGACTGGTGAGATAAGAGCTCTTCCTTCTTCATCACCCCAATGTGCTCTTGTAAGATGCTCATAAATGGGCCCATGTGATTCT--ACCGTGAATACAGCAGAGAATATG 

a score=4991
s danRer3.chr12   5942847 152 +  37038836 GTAAGATGGTGTCCAGCAGGTATGGGCTGATGAAGTGTGGCAGAGTCTCAGATGCCCGCTGTAGAGCTGTGACGGCGCTCAGTAGGTAGATTTCATTATTTAGCAGGTCCTTCCTTTCCTTAAGAGTGTCCAGCACAGCGGGCATCAGCCTG 
s mm7.chr13     104302823 150 - 116696528 GTCAGAAGGCCTTC--CAGGTAGGGGCTGATGAAGTGTGGCAGAGTCTCAACGACTTTGTGCAGGGCAGCCAGGGCGCTGAGCAGGCAGACCTCACTGTGGACCAACTCACTGGTGCTCTTCATGGCTGTCAGCAGCGAAGGCATCAGGCTG 

a score=9880
s danRer3.chr12   5945512 376 +  37038836 GCTCTACGGTACCTGTGTAACTGTGGTATAGCAAGCGCTTTCAGAGTGCTGGTAACTTCCGCTACACACAGCAGAGCACTTCCCATGACATTCTTCTCCTCGTCTTTATCAG---CAACCAGCTCCACCGCTTTATTCAGCACTGGTACAAACTCCTCCTTGTGATCAGAGCCGAAATTTCGGCACAGAAGCTTGAGGCTATAAAGGGCCGTCTGTCGATTGATGGCCAGCTCTTCTTCTTCCTGGGCCGTGACCTGACGATGACTGCGACCCACGATGCTCAGAAGAGTGCCAATGAGCTCAAGAAGAGCAGTGATCTGTCAGAGAAATAATTTCCAGCTATTATTTAAAAGCATGTATTAATG-----AAGAACGGGCAGTC 
s mm7.chr13     104303614 360 - 116696528 GTTCCTAGGTACCTGGGCAGCTGGGGGATGGCCAGCGCTTCCAGAGTGGACGTCACCTCTGCTATGCACAGCAGGGCGCTTCCCAGGACATTCTTCTCCTCCTTTTTCTCTGGTTCTATCAGCTTTACTGCAGTGCTGAGAACTGGTATGAAAGGCTCTCGGTTCTGTGCCCCGAAGTTCTTGCACAGGAGTTTCAGGGTGTACAGCGCTGTCTGTCTGTTAATTGCCTGTTCATCCTCTGCCT---CCCTTTTCTTATGTTG---------CACAATGGCCAGAAGGACTGGAACCAGTTTGAGAA-AGCGGTGGAC--CTGAAGAAATGGAAGCCAA---------AACAACCTGTAATCAGAGCTACAAGAAGGGCCAGTC 

a score=5203
s danRer3.chr12   5945942 150 +  37038836 TTACCTGTTCCTTCAGCCACTTCGTCCTCTGTTGTAGTTTGTTATTGAGTAACTCCATGGCCTTCCTTCTTACTGATGCCAACTGATTACCCATCAAGCCTCTCATTACCGTAATGAACGTATCCATTGGTAGAAGGGCATTGACCTAAA 
s mm7.chr13     104304543 150 - 116696528 TTACCATTTTCTTCCTCCAGAATGTGTGCTGCTGGAGCTTGTTATTCAAAAGATCCAGCGCCTTCCGACGCACAGACGGCAGGGGGTTGCCCACCAGCCCTCTAATCACAGAGATGAATGTTTCTGTGGGCAGCAAGGCATTGACCTACA 

a score=5425
s danRer3.chr12   5949264 216 +  37038836 GTAAAAACAAATGAAGTATTT-----GACAAACAAAAGTATGATTATTCATCACAATAAAGTGCTTCTTACCTTGTCCAGGGTGTCATAGGACTTGCTTAGGAGGGCTCTCCAGAACTTAGCTGTTGGCTTATCTGCATTATCCTCGACACATCGAGCAACTGCCTGAATGTAGCGCAGAACCTCCACCAACAAACTAACAAGTAAACATAAAGAAAAAAC 
s mm7.chr13     104305282 202 - 116696528 GTAGTAACAAACAGGGTAGTTAAGGGGAGAAACGAAAG-------------CCCAGAAAA------CCTACCTTATCCAGCATGTCGTAAGCTTTGCTGAGCAGCGCTCGCCAAAACTTCCCAGTCAGTTTGTCTGCATTCTTTTCCATGGACTGTGCTACCGTGTTAATATAGCTGAGAACCGTTTCTAACAGACTAAAAGAAACAGATCCACAAAAGGC 

a score=3599
s danRer3.chr12   5949689 196 +  37038836 TACCTTCCCAACGAATCCGTCAGAGGCCAGCAGCTGAGCCATGAAGGAGATGGAGATGAATTTAAAATGGCGGAGGTCTTTGCCACTGTGAGTCTCCACACTGAATATCAGATCAGAGACTGTTTCATCTTTCTTCACGGCACTTC-TTCCACGGGGTTTCTTTTTCTCTGGTGCTTTGCAGAAAAAACAAACAAAC 
s mm7.chr13     104308673 183 - 116696528 TACCTTTTTGAGAAAATGATTGGAAGCCAGGAGTTGGGACATGAAGGACACTGACAAATACTTAAAATGCCGAAGCTGCTTGCTTGTGTGAGCGTCCACCTTAAA------AACTGGCAACATTTCATCTT--------GTACTTCACTCTTAGTAGATACTGTCTTGGAGGTGGCTTCTGAAAAACAGCAACAGAC 

a score=3602
s danRer3.chr12   5951665 147 +  37038836 TGGGCAGTTCTTACCTTCTTCTCTATCTTGTGGCAGAGTCATGAGATACTGCAGGATTTTGATAAGGGAAGTCAGCTGCTCCTTCACCTCAAACTCACAACACACCAAAATCCAGAAGTCTTGATCTCTCTCCACAACAGCCTCCTG 
s mm7.chr13     104309304 144 - 116696528 TGACCGGGGCTTACCTTCCTTT---TCCTCTGGCAGCTTTTCTAGGTAGTGGAGGATATGCATCAAGCTCTGGACCTGATGCTGGACACTGAATTCACAACAGACTGAAATCCAGAACTCAGTATCTGCCTCTAAAATAGCATCCTG 

a score=5630
s danRer3.chr12   5954454 193 +  37038836 ACCTTTTCAGCCCCCGTCGC-ACCAGCAGATGTTTGTGTGACATGCTGCTTGAACAGAAGCAGCATCAGCACCCAGAGGAAGCGGGACGGGCCCAGTGTGCTCATCAGCTGGCTGAGGATGGGTAACCGTCTGTGCTCGGGCACATGAGGAAGAGCATCAACAAACACATGTATGATCTGGGCTACCACAGTCT 
s mm7.chr13     104310746 190 - 116696528 ACCTTTTCTCCATAAGCAGCCACCAGCA-CTGTTTTAGTGACATACTGTTCAAAAAGCAGGACGAGGAGAATCCACAGGAATTTTTTTGCACTTAGCGTGGTGACTAGCTGAACAAGGATGGGCAGGCGCCTGTGTTCTGGCACATGTGGAAGTGCGTCCACAAAGACACCGATGATTT---TCACCACAATCT 

a score=8280
s danRer3.chr12   5957626 137 +  37038836 ACCTTAATCAGAGCAGGGATGACTGCCTGAACAGTCTTGTTGATGACTTGGAAGCTGTAAGTATCATCCAAGCGCATGATGTTGGCTCCCATGAAAGTGAAGATGGGCATGATGTTGTGAAGAACCTTCTCCTGAAA 
s mm7.chr13     104311834 137 - 116696528 ACCTGAATAAGTGCTGGAATGACCATTTTCACTGTCTTGCTAATAACTTGAAAACTATAAGCATCATCTAGACGCATGACATTGGCTCCCATGAATGTAAAAATAGACATGATGTTGTGAAGAACTTTATCCTGAAA 

a score=6596
s danRer3.chr12   5957951 136 +  37038836 TGCACTTACAGGGAAGATGCCGGCCAGAGCCCCGAGCAGAAGCAGAGCATGATGGTGAGTTTGGGGCATTTCTGACACCCTGACACACTGAACGACCAGCTCCATATTAAACTTATCCTCCTCCAGCACATCTACA 
s mm7.chr13     104313227 136 - 116696528 TTCACTTACCGGAAATATTCCAGCAACAGTACCCAAAAGTAGCAGGGCATGGTGGTGAGTCTGCGGCATCTCCGAGAGGCGGATGCACTGCACTATCAGCTCCACGTTGAACTTCTCCTCATCCACAACATCTACA 

a score=4981
s danRer3.chr12   5960351 129 +  37038836 ATACCTTTGCTGATTGGCCCTCCCTCTGGAGACAGTTTCTGACAGACATTCAACAGGCAGATGAGGATGAGCTGTTTTGTGTACTCTATATTCTCCTGTTCAGCAGCAGCAGGTTCCAGACACCTGTAG 
s mm7.chr13     104313435 129 - 116696528 ATACCTTTAGGTATTCTGCCACCATCTGGGGAGAGTTTTTGGCAGATGTTGAGCAAACAACTCAGAATTAACTGCTTAGTGTACTCCATGTTCCCCTGCTCTGATGACAAAGGCTCTAAACACCTTCAG 

a score=4349
s danRer3.chr12   5963183 340 +  37038836 TACCTTGAGAGCAAATTAAACAGAGCGGGCACAAGATACTGAGCCCTCTTAAGTTTCTTCTTGTGTTGAAGCAGCTCTAAAATTAGCGTCACCCTTGGCCAAGAAACAACACTCTCCTCTGGCACTGCCCCAGATGTGTCTTGTGTTTTTCTAGGAGAAAACAAACTGCAGTCTGAATCTTCAAACCTCT-------TAGAACTG--GAATATTTGCGGTGTACTACGAAA-------------GTACA--ACCACTCACCTCA-------------TTTTACTTCTG----------------CGCGTTTGTTGAACTGTTGCAGTAACTCTTTGTTTATCGGCAGGAATCAGCTCATTGGCCACAAGCTCGCAATCCACTGCAATCTAGAA 
s mm7.chr13     104314174 389 - 116696528 TACCTGGACAGCAAGTTGAAGAGGGGTGGGATCAGTATCTGAGGGCACTTGAGCTTCTTCTTGTGCTGCAGCAACTCCAGGATGAGGGTGACTCTTTGCCAGTAAGGGCCCTCCACTTCTTGGACAGACTC---TACATCTTGTGACTTTCTGGGA-AACAGAGTTGACAATGCAAACACTATTACCCCTGTTTATGCAAAACTGGTGAGTATCTAGAAACCACAACAAAAGCCTGAGCCTGAGGTACAAGACCAGACCCCTTGGTGTATTCAAAGCTCTTACTTCTGTTGCATTTTCTGCCTTCTCGTTTGCTGAATTGTGCCCAAAGATTTAGCTTTATCTCGTGGCTCCAGTTCTATTCTGATTTGTTCAGCATCGACAGAAATCTGAAA 

a score=4521
s danRer3.chr12   5963684 250 +  37038836 CATAGAGAAGATATGAAGATTTCCCCT-ACCGTTTTAAAGACACTGTTGATACTTTGGGCGCAGGCAGGGCTTTTATTCCCAACAAGCAGGTCAAACAAAATCGAAAGAATCTTCTGTTGAATCTTTTCATCTCCAATAGCAGTGAAGAACGGCTTGGTAATCT--GAGGAAACATCCCATCAAAATACACAGACAAATAAAGCTCTGAAAATAATCCAGTCAGGGGCAATTATCATTTCTGTTTGAATATAG 
s mm7.chr13     104317339 249 - 116696528 CATGTACAAATTACAAAGTTTGCAACTCACCCCCTTAAAAACACTGCCGACCGTCTGAACACAGTGTGCGTCTTTGCAGTTCACTAACAAGTCAAACAGCACACACAGGAGCTTCTGCTGGACCTGTCCATCTGACACAGCGGCAAAAAACGGCTTTGTAATCTAGGAGCAAAAAAACC-CCAGAGTGAGAAAACAACTTTAAC-CTAACTATAATACAACTGGTGCTA--CATTTTTCCATTTCAAATTCAG 

a score=990
s danRer3.chr12   5969285 364 +  37038836 GTAGAACTTGGACAAT-----GCCTACAATAAAT-------TCAGAAGTC---ATTTGATTATGGAAATTACTGA-----GTGTATTA----CTGAGAGCAATAAAAACATTCAAGAG-----------CCAGTTGTATTTAGTTTTGACTGACTTGGGTAAGATATGAGGAGTCAGCGATGATCTCCTCTGATGATTTGAGGAGTTTCTCCACAAGCGGATGATACGGTGAAGAAACAAGCCCAGAGAGACACTGGAGCACAGCGATGGCAGCTCTACGAACTTCAC--ACACGCCTGAACATACACACACCAGCAGAGACGGCACCACTGCAAATATACAAACATAGAGAGAGATGCATGTTAGTCATGGTGGAGAACAAACTTTCTGTGGAGGATCCa 
s mm7.chr13     104319858 384 - 116696528 GCAGAATTGAAACAGTCTATGGCCTTTAAAAAAAAAAGGGATCAAAAGCCTGTAGTTGCTGATGCAAATTATTTAAATTAGTGGATTAGCCTCCCAAAATCCCTACAAGGTACAGGAAGAGAAAACTTCTCAACCTTCTTTGACAGTGGTCTACCTGAAGCACATAGGTAGCGTCTGAAGTGATCTCTTCTGCCTTAGGAATGAGGTGATCTATCACCAGCTCAAACTTTGAGGGTAC---CCCTCTGAGGGCCTGGAGACACTGGACGGCAGCTCTGCGGACTTCTTTGATATGGCTTCCCAGATTGAGG--AGTAGAGACATCACCACTA-----ATACCAA-----AGGGGAAAGGATGT--GTCAGTGAGCAAAACTTAAATAGTGTCAAAGGTACA 

a score=3433
s danRer3.chr12   5970624 321 +  37038836 ATGCTATTT-TCCAATATCCAGTGTAGTAATACAAATAAA---TACACAAAAAGCCACACGACTAACCGCAAGTGTAACTA-AAGGTAAATG----CTGATATACCTGGTGAGGAATCTGACGCCAGCAGGTTGAGGGTTTTTACAGGCTGGCTGGACAGAAAAGCCTTTC-----CCACATAAAGAGCCTGAGTCTGAAGAATGGCACTGACTCGACAATCCAACTGATCG--CCTAAATTGCT---GTTGTAGCCCCATAACAGAGACAGAAACTTAAACAGGACCATCGGCTCATTCAGGTGCACCTGTAAAGTAAAGAAACCAAATATATAAAAAA 
s mm7.chr13     104320933 323 - 116696528 ATGTTATCTCTATACAATCAAGTGCAAGATTGTATACCACACTTCCTCACAGAGTAAGATGTCTAA-----AATGTATTAAGAAGTTAAATGTGACCTGTTGTACCTGGAGATGCAGTAGATGCCAGCTTTT-----GTTTATACTGTGTATTCTGAGAAGAAAGCATCGCAGAGCCTATGTAAAGAGCTTGAGTCTGCA-----GCTCTGACTTCACAGTGCAGTTAAGTGGATTTGAAAGGCTAGAACCATAGGTCCACAAAACACAAAAGAACTTGAACAACTGCAGAACATCTTGTAGATGTACC--TAATGAAAAGAAAGCAAAAACAAACAAAA 

a score=2777
s danRer3.chr12   5972497 174 +  37038836 TGTGTTAAGAGAATCAATTACCTGTAATAGAGGCTGCATTAGGCTCCTGAA--GCAGGGAGCCAAGGGCCCCTGACTGGCCCCTGATATCACCACATCAAACAGACGACAGAGGAGACGCAGGTAACAGCATGTAGTAGTC-TCCATTTTCTCTGGGTTCCACCATGGCTCACCTGA 
s mm7.chr13     104321929 162 - 116696528 TGTGAGGAGTGAGCCAAGTACCTTCATTATAAGCCTAATCAGAACCCTGAAATGCATGGCATCAGAAACCTCC--------------AGCAGCATCTCAAAGATACCAATGAGCAGGTGCAGGTAGTGTC-TGCTGTCTTCATCTAGCTGCTCGGGATTCCACCACATGGCACCTGA 

a score=193
s danRer3.chr12   5990981 682 +  37038836 AAGATCAGCAATACCTGATATTTCCCACAGCTCAGAGTGAGAGAGATGAACTGATGAAGCAGGTTTTTTTCATTATCGGATGACACATTTTTGACATGATTTTCCAATGCCATATCCAGTGCACATGGATACCTATTAGTAAAGAACAC----------------ACAAAGGTAAACACCAGAAACAAA-------ACACTGCCCATGAC---TTGACTGTACTCCAGCACAACAAGTGCAAAACTGAACAGAC-CTGGATTCAAACAGTCGTACTGTAGGCTGAATTCTCTGATTAAGAGCTGAAATCCCATCTGAAGGAAGCTCTTTGCCGCAGACAACATACTCTTCAAGCAGCAGCCTGTACAAATCGATGCATGTGAATGAGTCAAGATCCAGTGAATCAAAGATCATAATAAATGGGTAATGTTCTGgttcacccaaaaatgaaactatcctcatcaatcacacacacactcaagtggttctaaggttttatt---aatttatttcttctgttgaaaacgaaacaagatattctga--acaatattgggaaaagcccccattgacatccatagtagaaacctaaaacactatagaagttattgtttttttccaac--atccctcag--tatatcttcctttgttaaacagaagaaagaaactc-------aaacaggtgtggaataaatgaaggatgagtaaacgatgggtgaacgttc 
s mm7.chr13     104328943 674 - 116696528 AAGAACAACT-TACCTGATACTTGCCTCCACTCGTAGAGAGAGAAATGAACTGGTGGAACAGCTCCTGCTTTTTAAGGCCTGTGATCTCCTTCAGGTGCTCCTCTAACACAGCATCCAACGCTCTGGGGTATCTAAGCGGGAGTCACACGTCATCAGTCCTCCTGACAGAGCTGCTAACCACACTCAAACACGTGTACAGAACACATGACATTTTAAAAGTTACTTAGAGTGAAACGT---AATTTTAACACATGCTATATATAAAGGCTAATATT----GATCAAGTCTGTCACTATGAA-GACAATAATATCT--------CTAGTTTAAAAAAATTATATTGTCCACAAAC-----CTTCTACAGTCCTATTTCCTTTTGTCTTTCAATAT------------ATCTCATAATAAAT--ATACTGTCCCTTT----CTGAAAAGGAAAAAAATAAAAACAAATATCCACA-ACCCA--TTGCTTTAAGACACAACTTGCAAGTTATTTCT----TTGAAGAACAGTCAATAAACACTGAAGACAACATTCACAACA--CTTGACTTACTTGCTTTCTAAAAGTCTGATGAGTGGAAGAAACTGCTCATTAAGCAAAGCCACTCCATTAGCCTGGGTTTCCTCCTGGGAACTGTATGAAATATATTCTTCAAAAAGATGGCTGCAAAAGAAGTGGAACACCAGCAAA--ATgggttaccattc 

a score=3824
s danRer3.chr12   5994716 442 +  37038836 ACACAAAAAAATTGTACTTTTGACCAATCACTCCTTTTTTCTGGTTTTGGAGCAGGATGATAATGCAGCTCAAGCCTTCTCTGATGAGCTGTGGTGTTCGGCCTAGAGACCTGCTCAATTGAACGCTCAGAGAGTCCACCAGCTGGGCCTCCATTACCACCTTCACTGCCATCTGACACACGATCATGTAAGTGGCAGCCGTGTAGTCCGAAAGATTAGATTTCAGCCCCTAG----TTATGAAGGAAAAAAAAAAAAAGAGACCTTTAAAGTATTTGAAGAAACTTTTAAAGTATCTAGAAACCGAAAATTATTTGGATTCAGAAACATTTTTCTTTTGTTAAATGGCATTATGTATACATTGTAA--ATATATTGCCAGTCATTTCA--CCACACCAGTCCCTGACTTCATTTACATTTAATTTTTACACTTGCAT-TATAAACTGGAA 
s mm7.chr13     104332660 429 - 116696528 ATACAATAATAC-ATACTTTTCCCCAAGGTTCTCTGGCTTCTGTCGCTGTAAGAGAATTATCAGGCAACCTAATCCATCATTGACCTGAGAAGGAACCTTGGTCAGTGTTTTGATGAGCTGGGATGCCAGTGACTTCACAAAGGTATCTTCCATCGTTACTTTCACAGAAATCTGACAGATTATCATGTATGTCGCAGCTCTATAATCTGGTAAAGAGGATTTCAATCCCTAAATGTTTTTAAAATATAAAGAAAATGACAAAATATAAAATTATGTTCTTCTAC--TTAACATGTTTATTAACT-ACAACAAATTAGAAATGTCAATGTTTGCCCTGATTTAAATG-------TTAAACATAGTAACTACACATACTGAAACATTACATGCTATAGCAGC-----------GTTATGTACAATCCTTATGTTTCCATGTATAAGATAAAA 

a score=3429
s danRer3.chr12   5999401 226 +  37038836 TTATGAAATGTTCT--------TACCAGTTGTACAAAGGGAAGCAGTTTGGCAATAATAGAGTTAGTGATCTTCTCCACTGCATCAAGTGCTGAAACAATAGTCGATGCATAGAAAGAGAAAATCACACGCAGCTGTGGACAGTTCCCATCCCGGGTCAGTTCAGAGTACGCCTACAACAGAATTAAATATATATGTAACCACTGCA---ATACTAGACAGTATGGCAGTATGACTT 
s mm7.chr13     104333986 230 - 116696528 TTAGAAAATGATCTACTTGACCTACCTTTTGGATGTATGGAAAGAGTTTGGCGACTACATTGTCTGATAGGTTCTCAGCGGCCACTAGAGCAGACACAATGGTGGAGGCATAGAAGGCCAAGAGCACTCTCAACCGGGTGGAGCTTCCA----GGATC--CTCAGCGAAGGCCTGGAACAGAGACCACAGCACACGTCGGCTCTCTAAGTATCACACACAGCACTG-AGAATGACTT 

a score=4687
s danRer3.chr12   5999627 124 +  37038836 CAACCAATGCAGATCTTACCTTTACTGAATTTGTGACCATAGAGCAAACGAAATCCATAAAGCCTAAATCCTTATAGCAGTGTGTGAGCAGGGTTCCTCGGGCCAGGGGAACACCAGGTTTCTA 
s mm7.chr13     104334431 124 - 116696528 CAACTCACTCACGGCTCACCTTCACAGATCTCGTCACTAGGCTGCAAATAAAATCCATGAATCCAAGGTCTTTGTAGCAATGGGTGACCAAAGTTCCTCTAGCTAAAGGTACTCCAGAGTGCTA 

a score=6701
s danRer3.chr12   5999787 204 +  37038836 AAAACTCTTACTTTCTTTACTACGA-CACGCATTTGGACTGATATGATATGG------TTTACCTGGATTCCATGGAGCCAGTGCCATTTGTGGGTTGGATCTTCAATCTTGAACAGCTGGATCACTCGTACAAACACTTTAGTCTCATGATACGGTAAAACACAAGCAATCAGACTGTCCTGGTTGTACAGATGAATGTGAAATCTGAAA 
s mm7.chr13     104336494 211 - 116696528 AAACCTTAATCATTATTTATAATAAGCATGTACATGAATGAATATGTCATTAAACAATGTTACCTTAACAGGAGACAGCCAAAACCATTTGTGTTTCGGATTACTAATTTTTAGAAGCTGTATCACCCGCACAAATACCCGTGTCTCATGGTACGGCAGAACACAAGCAATGAGACTATCTGCATTGTAAAGATGGATGTGGAACCTAAGA 

a score=8736
s danRer3.chr12   6002266 222 +  37038836 TACCTGTGTAAAAGCCATTCAATGCATTTCAGAGCAGGCTTGAGCAGAAAGTAAGGTGACAGTCGAGTGAGGAAGAGAGAAATGCTCTTGTCCAGTTTCTTGTTGACCTCTTTGGACTGAACGCTGCGCTCTAAAGTCAAAGATCCTTGACTGAACAGAGTCTCCTGAAACTCACTGAACGCTGCATCAATACCCATCAGCTCCTCCAGTCCCGTGCAGCCT 
s mm7.chr13     104338960 222 - 116696528 TACCTGTGAATCAGCCATTCCAGACACTTCTGCGCTGGCTTGAGGAGGAAATAAGGAGACAAGTGAAGGAGGAACGATGAAATGTTTTCATCCAGCTGCTTGTTCACTGCTTTGGTCTGGACGCTGCGCTCCAAGCCTTTTGCCAGCTGGCTGAACAATGGCGCTTCAAACTGTTCAAAGGCAGGGTCAATCCCAAGAAGCTCCTCCAGGCCAGTGCATCCT 

a score=5104
s danRer3.chr12   6007536 154 +  37038836 GATTACTCACCAAGTGCATGGAAGGTGCTGCGGTCCATACTGGCTGCATCTTTAGGGTCAAAGAGCACAGAGACCACCTCTTTCCGGCCGAGCAGACTCGAGTCATTCTGCGGCAAGGCCAGCCGCTTCAGCTGATGCGCTAACGATGTCATCT 
s mm7.chr13     104339565 154 - 116696528 GGTGGCTCACCGATGGCAAAGGCGGTGTCCCTGTCGATTGTGGCCGCCTCCTTGGGGTCAAATAACAGAGAGGCAACTTCACGTCTCGATAGGAGGCTGGGATCAGTTTGAGGGAGGGCGAGTCGCTGGAGCTGCTGGGCTAAGGACGTCATCT 

a score=26534
s danRer3.chr12  6012340 1335 +  37038836 ACCATGATGAAGACCGAATCCTCATCCTCCTCCAAGCCAGCGAGCAGCACCTCGCTCCGCAGCCCCTCTCCGCACCGCAACGCGTACGAGGCGGCGGGGATTCAGGCGCTGAAGCCGGCCAACGACATCTTAAATAACGGGGACGCGCAGGATGGCAAGCCGAAGTCTACTAGCCGCGGTCGCACGTACGGCTCGAACGTGCACCGCATCAAGAACATGTTCATGCAAATGGGCGCATCCTCA----------------CCCACCGAGGCTGAAGACCCGCAGAGGGCAAACGGCGACGGGAAAGCGG--TGCGTCTGACGCTCCCGCGGGCCGGCAGCCTGAACGAGAACGTGGACCACAGCGCGCTGCTCAAACTCGGGTCCAGCGTCTCCGAGCGCGTCAACCGCTTTGACGGCAAATC--------TGACGCG----------TCGCCCTGCAGGTACTCCAAGCTGCAGGAGACGCGGAAGATCTTCGAGCAGAAC-------------CAGGAG-----AAGCAGGCTGCATCGAATCGCGTCCTGCTCAAGAAAGAGCGCGCCGCTGGATTTCAGGATGCGTCGCGTTTGGATGTGGTCGCGCGCTTTAATGGCAGCACGGAGTCGCTGGATAGCCTGGACGCGATCGGAGGCACCGGTGAGGCCGTGTCGCCCACTGTCAGCCAGCTGAGCGCTGTGTTTGAGCGGGCCGCCGAGCTGCGAAACAACCTGCACCGGCTCTCCAACACGCCCCCGCTGCCCCTGCCTCTGCGCGGCCGCGTCGGCGC-GCTCAACTCCAAAATCATCTCCAAACGCGCTCGCGCCTTT------CCTCCGGGGGCCAACAGAGAGGATGGGGTTAACCAGCACCAAGAGGAACAAGA--CGGGAGGTTCAGCAGCCTTAACGGAGCC-----------------------TCTGAGCTCCAGGA------TAGTCTCTCATCGGTGGAAGAGAAGCAAACAGGGGA---------CGAATGTAGTGCCAGTGAATTCGCGACTCAAGACTCGAAGTG------TAAGCA-----AGAACAAGCCAACACCACAGAAGCTAAAGGTACTCTTATTTCAGCAGATCTCCA--------CAGTTTTGGGAACAGCGGAGTCAGTTCTAATGGAGAGGCCGTGGAGAGAGATGCTGAGGATGGACGGTCTGTGGGGGTCAGTAAGACCGAGGATGATGATGGTACTCAGCAGAAGGGTTTCTCCACGGCTGATTTGGTGGATATCAGTGCCTACAGTGCAGTAGGAGAAGACTCTGCTGGCAGCCAGCTGGAGGATGAGGAGGAAGAAGATGAAGAG---------------TATGAGCCAGAGTCCAGCTGCTCTGAGATTCCCGGATTACCTGCGGAGGAGGAGCCGCCCCCGAGCAGGAAAATTAAATTCAGTGTTCAACCCATTAAGGTGAGT 
s mm7.chr11     95100583 1380 + 122091587 ACCATGATGAAGACGGAGCCT---------------CGGGGGCCCGGGGGTCCCCTCCGGAGCGCCTCCCCGCACCGCAGCGCCTACGAAGCGG---GCATCCAGGCACTAAAGCCTCCCGATGCACCCGGGCCCGACGAGG-CACCCAAGGCGGC-----------------CCACCATAAGAAATATGGCTCCAACGTCCACCGCATCAAAAGTATGTTCCTGCAGATGGGCACCACCGCGGGGCCGCCGGGTGAGGCAGGCGGAGGCGCAGGCATGGCCGAGGCCCCACGGGCGTCCGATCGCGGGGTGCGCCTGTCCCTGCCGCGGGCCAGCAGCCTGAACGAGAACGTAGACCACAGTGCCCTGCTCAAGCTGGGCACCAGTGTGTCGGAGCGCGTGAGCCGCTTCGACTCCAAGCCCGCGCCCTCGGCGCAGCCCGCTCCTCCGCCGCACCCGCCGTCCCGGCTGCAGGAGACGCGGAAGCTGTTCGAACGGAGCGTCCCCGCGGCCTCGGGTGGCGACAAGGAGGCCGTGGCGCGGCG---GCTGCTGAGGCAGGAGCGCGCC---GGCCTGCAGGACCGGAAGC---TGGACGTCGTGGTGCGCTTTAACGGCAGCACCGAGGCGCTGGACAAGCTGGATGC---------------TGACGCCGTGTCGCCGACGGTCAGCCAGCTCAGTGCGGTCTTCGAGAAAGCCGAC---TCGAGGACCGGCCTTCACCG-----------TGCACCCGGCCCCCCT-----CGGGCAGCCGGGGCGCCCCAGGTCAACTCGAAGCTGGTCACTAAGCGGTCCCGGGTGTTCCAGCCACCGCCGCCGCCTCCCGCCCCGTCGGGGGATGGCGCGACCGAGAAGGAGCGTGGCCCCGGAGG-GCAGCAGCCCCCACAGCACCGGGTGGCCCCTGCCCGACCTCCGCCTAAGCCGCGGGAGGTGCGCAAGATCAAGCCGGTGGAGGTTGAAGAAAGTGGGGAGTCTGAGGCCGAGTCGGCTCCCGGGGAA---GTGATCCAGG--CCGAGGTGACGGTCCATGCAGCCTTGGAGAATGGCAGCACCCCGGCCACCACAGCCAGCCCTGCACCCGAGGAACCCAAGGCCGAAGCGGTCCCCGAGGAGGAGGCGGCGGCGTCAGTGGCGACGC--TAGAGAGGGGGGTGGACAATGGCCGGGCCCCGGA---CATGGCACCTGAGGAGGTGGATGAATCCAAGAAGGAGGACTTCTCGGAAGCGGACTTGGTGGATGTGAGCGCCTACAGTGGACTCGGGGAGGACTCTGGGGGCAGTGCCCTGGAGGAGGACGATGAAGAAGACGAAGAGGACGGGGAGCCCCCCTATGAGCCGGAGTCAGGGTGTGTGGAGATTCCCGGGCTCTCAGAGGAAGAGGACCCGGCCCCGAGCCGGAAGATCCATTTCAGCACCGCACCGATCCAAGTGAGT 

a score=5049
s danRer3.chr12   6030010 165 +  37038836 GATTACTCACCAAGTGCATGGAAGGTGCTGCGGTCCATACTGGCTGCATCTTTAGGGTCAAAGAGCACAGAGACCACCTCTTTCCGGCCGAGCAGACTCGAGTCATTCTGCGGCAAAGCCAGCCGCTTCAGCTGATGCGCTAACGATGTCATCTACACACGGATG 
s mm7.chr13     104339565 164 - 116696528 GGTGGCTCACCGATGGCAAAGGCGGTGTCCCTGTCGATTGTGGCCGCCTCCTTGGGGTCAAATAACAGAGAGGCAACTTCACGTCTCGATAGGAGGCTGGGATCAGTTTGAGGGAGGGCGAGTCGCTGGAGCTGCTGGGCTAAGGACGTCATCT-TGCACGGAGG 

a score=-584
s danRer3.chr12 6069118 196 +  37038836 ttcatttttcaattatattacgtcaaacgccaaatgaa-----aaatgtaca-gttcaaagcacttcattggacctttaaatatctgcaaacatattacaatatttgtatactttagaacagtccaaaatgtacaaataacacctttaaTATAACCTTTAAAGCTTGCTTCTGATGTGGTCATTAATATAT--GATCAAACTTT 
s mm7.chr6      4998641 177 + 149646834 TGCACTCAACATATATACTACATTCATTTTCAGATACATCTGTGAATGAACATACTCATAGCATTTT--------TTAAAAGAACAAGAAATATGTCATTGTGTTTGTTTTTTTCA-------TTAAATTGTGTAG--------TTTGATA----CTGAATGGCATCTTTTCTGTATGACCATTTTTTTCTTGGCCTTTTCCTG 

a score=8759
s danRer3.chr12  6069314 148 +  37038836 CAGGTGTTTACAACCTATTCCAATGAGGACTACGACAGGAGGAATGATGACGTGGACCCCATGGCTGCTTCTGCTGAGTATGAGCTGGAGAAACGTGTGGAAAGGCTGGACCTGTTCCCCGTCGAGCTGGAGAAAGGTACTGAGAGGC 
s mm7.chr11     95105570 145 + 122091587 CAGGTATTCAGCACCTACTCCAACGAGGACTATGACCGACGCAATGAGGATGTGGATCCCATGGCAGCCTCTGCGGAATATGAGCTAGAGAAGCGAGTGGAGAGGTTGGAGCTGTTTCCTGTGGAGCTGGAGAAGGG---TGAGAGAC 

a score=8499
s danRer3.chr12  6073515 127 +  37038836 ACAGACAATGAGGGTTTGGGAATCAGTATTATTGGCATGGGTGCTGGAGCTGACATGGGCCTGGAGAAGCTTGGCATATTTGTAAAGACCGTCACAGACGGAGGAGCTGCTCATCGGGATGGCAGGT 
s mm7.chr11     95107028 127 + 122091587 ACAGACTCTGAGGGCTTGGGCATCAGCATCATTGGCATGGGCGCCGGAGCCGACATGGGCCTGGAGAAGCTGGGCATCTTCGTCAAGACTGTGACTGAGGGTGGTGCAGCCCATCGGGATGGCAGGT 

a score=6085
s danRer3.chr12  6073712 128 +  37038836 CTTATTTTTCCCATTTAGGATACAAGTGAATGATTTGATTGTGGAGGTGGATGGAACAAGCCTGGTTGGTGTAACTCAGAGTTTTGCAGCATCTGTTCTGAGAAACACATCCGGGACCGTTCGGTAAG 
s mm7.chr11     95109231 124 + 122091587 CTCACTTTCCC----TAGGATCCAAGTGAACGACCTGCTGGTGGAGGTGGATGGGACGAGCCTGGTGGGAGTGACCCAGAGCTTTGCAGCCTCTGTACTTAGGAACACCAAAGGCCGAGTGCGGTGAG 

a score=7811
s danRer3.chr12  6083024 221 +  37038836 TTCAGGTTTATTATTGGCAGAGAAAAGCCGGGAGAGCAAAGTGAAGTGGCCCAGCTCATCCAGCAGACCCTTGAGCAGGAGCGCTGGCAGCGGGAGATGATGGAACAACGATATCGAAACTACATGGGCGATGAGGAAGAGGTTTGACACATCTTcgcaaccctaattttcacgttttaggtcatggtgtttaaat-----agctaattcatttgt----gccacttttt 
s mm7.chr11     95110252 207 + 122091587 TGCAGGTTCATGATTGGCCGGGAGCGGCCTGGAGAACAGAGTGAAGTGGCCCAGCTAATTCAGCAGACCTTGGAGCAGGAGCGATGGCAGCGGGAGATGATGGAGCAGAGATACGCCCAGTATGGAGAGGATGATGAGGAGGTAGGGC----CGTGACTGCCCT-------------------CTGGTGGTTAGATGAAGCAGCGCACTCATTTGCCTCAACTACTTTTT 

a score=6093
s danRer3.chr12  6085303 168 +  37038836 TCCCTTC-TAGCCGGGTGATTATGGCACGGATGAAGAGGAAGAAGATGAAATGAGCCCCACATACCCCAGTG---------CCATAGAGGTGTTCGACCTGGCTGAGAACGAAGACATGCTTTCACCTGTAGAAGTGGACCCTGAGAAGCTTGCCCACAAATATAAAGAAGTAAGACA 
s mm7.chr11     95110869 172 + 122091587 TCCCTCCACAGACAGGAGAGTATGCCACCGACGAAGATGAAGAA------CTGAGCCCAACGTTCCCAGGGGGTGAAATGGCCATTGAGGTGTTTGAACTAGCAGAGAACGAGGATGCGCTGTCCCCCGTGGAGATGGAGCCCGAAAAGCTGGTGCACAAGTTCAAGGAGGTTGGAAA 

a score=3835
s danRer3.chr12  6086481 79 +  37038836 CACAGTTGCAGATCAAACATGCTGTGACCCAGGCTGAAATCCAACAGCTCAAGAGGAAGGTATGAGCACACTTTTCTAT 
s mm7.chr11     95111112 79 + 122091587 CGCAGCTCCAGATCAAGCATGCTGTCACTGAAGCGGAAATCCAGCAGCTGAAACGGAAGGTGAGGGTGCGCGTGCCTGT 

a score=-2088
s danRer3.chr12 6086560 412 +  37038836 CAAACGGATCATCATACATCTTGACCTTTTAAAGTCTATGGTCTTGACAGATACTTTGGACATGTTCTTTGAATTATACGCACAT---------ATTTTCTAAACC---TGCAT-----GATTTCATTTGGAATTTAAAATGA---GATATTAC---------ACAAATTGCAC----TGCTAAAAGTGGACAGTGATTTAAACCGTCAAG-----CTCAAAAAACACCAAAAGCACCATATTAGTATGAATCGAGATCTTCTACAAGCCATAGCTCTGAAATGTG-------ACAGTGAATTTCCT-------------------GTGAATTCAGCTAGTTTATTACAAGAACTG-------ATAATCTCTAACATTAAGCTAGTTTATATgtgtaacggaggacagctagtaagtgctgtgcaggta-aacctcactcctctgacctctataggtgctctagcgacagacgctagaggcaat 
s mm7.chr6      5063957 462 + 149646834 TGTTTGAATTGT----ACTCTTTAAACTTCAGATACTCTGGGAGTAATGGAT-TTGCTCCCGTGCACTTGAGAGCATATTTCCATGAGATGGTCATTTCCAACATTAAGTACATCGATGGACCTGTCTTGAGACTGAGCATAACCGCACATAACCAGAGAAGGCCACAGGGCACTTGGTGTTTTAAGTA------GATTTAAACTGTTTAGTCTCTCTGAAATTTCattaaaaataatattttta-atGGCTCAAG--CATCTGTGTATTA-ATTTCTAAAATATAAGCTGGTATAGCAAATCTCCTTTCTGTCATTTACCTTATAATAATTTCAGCTAATTTACTGGAAGCAATGTATTGTTTTAATGTGGAACATTAATTTCTTTT-TAGGAAAAACTTCCCATGTCTAAGAA-----GTAAAGTTATAAGCTCA-TTCTATGCATTGTGTAATTAATTTAGATTCAGCTGCTACTGGAAAT 

a score=-1395
s danRer3.chr12 6088797 269 +  37038836 cttttgtcaggtattgtaCATATTTGAGGCCATTTTTTTTCTTT------CTTTCTTTTCTTCAACTATTACCAGAGTTGTTTTATACATGAATATCTGTACTTCTATTAAGTAAAGGATTTGTGTACTTCTGCCATCTCTGAAATAACAGATTCACATTTTTCAAAAAGGAAACACTGAAGCTTCTACTCTGACAAAGAGATCTCTTACTAATTACATGAC-AAGTAATGTTTGCAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgAAGTTAAATCACGCA 
s mm7.chr6      5066261 237 + 149646834 cttttatcagat---gggtaaccttgagcaaatcatttctcttttcaagccttccgttttatcctctatggatatgg----------aaagaacagttgctcttctcatcttgagctgttttgatgactgactgaTTGTATATAACAATAGGGTTTTATCTT--AAAAAGCTAATAGTGTGG-----------------AGAGATGGTGCTACAGACATGCCCAAATTATTTTTGCCTTGACATTTGTTTTCTCCAGCTTCAAGC-------AGCC 

a score=13894
s danRer3.chr12  6089066 224 +  37038836 GAGCAGGATAAGCAGCGCTGGCGTTCTGAGAAAGCTCAGATGGAGCGCAACATGCAGGAGAACCGGGAGCGCATGGAGAAGCTTGAGGGGTATTGGATGGAGGCGCAGAGTTTGTGCCAGGCTGTGGACGAGCACCTGAAAGAAACGCAGGCTCAGTACCAGGCTCTGGAGCGCAAATACAGCAAGGCCAAACGCCTCATCAAAGAGTATCAGCAGAAGTGAGT 
s mm7.chr11     95113611 224 + 122091587 GAGCAGGAGAAAGGGCGCTGGCGGGTAGAGAAGGCCCAGCTGGAGCAGAGCGTGGAGGAGAATAAGGAGCGGATGGAGAAGCTAGAGGGCTACTGGGGTGAGGCCCAGAGCCTGTGCCAGGCTGTGGATGAGCACCTGCGGGAGACCCAGGCCCAGTATCAGGCCCTGGAGCGCAAGTACAGCAAGGCCAAGCGTCTCATCAAGGACTACCAGCAAAAGTATGT 

a score=3808
s danRer3.chr12  6097265 107 +  37038836 TACAGGGAGATTGAATTACTCAAAAAGAAAACAGCTCAGCAACAAACTGTAGAGGAGACTGAAGCTTCACAAAATGAGGAAACAGAACAACTTCAAGACAAGGTATC 
s mm7.chr11     95114054 107 + 122091587 TCCAGGGAGATCGAGTTCCTGAAAAAAGAGACAGCCCAGCGTCGGGTACTGGAAGAGTCGGAGCTAGCCAGGAAGGAGGAAATGGACAAACTTCTGGACAAGGTAGC 

a score=1076
s danRer3.chr12 6104456 330 +  37038836 GTGAATTCCACGTCCTATAGGAAGACTATTTGTTATTATCATGTGAAATAT---------------ATGATGGAACCAAGAATTA-------------------------TAAATGATTGTGATTGTAGTATTT-----------AGTATGTCACCTTTGGTCTTTACACAAAGACTAAATTAAGTCGATGAGGCATGTAAACAACCTTTTTCTCAGTGCAAGGCTTGTATGGAAAACACACTCATGTGGTTTGTTAATGTGCTTTTATGAAATA-AAGTCAACTGTGGATTTGTAACCAAGGTTGAGTTTCTTCGTCAAAATATGGGACAAATTCCTCGC-TCGTGTTTTTAACTATTTTACCAAATCTGTCAAGTGGTATC 
s mm7.chr12     1176092 343 - 117814103 GCAAGTCTAATGTTCCAGAGAAAGGCT---TTTCATTTCAATGTGAAATATCCAAATTATTTCAACATGAC--AATGAATAGTTAGTTTGCAGACTCTGCAAACAACACTTAAATG-TAGTGTCAGGAGTATTTGTCAACAGTTAACAATATCACCTTCAGGAAATACACAAAGGCCAAAGTTAGTCGA-GTATCACTTGGACAA---TTTATTTAATACATGG---GTTTGGCAGACCC--------------------CGTTATTATGAAGTATAGGAGAACTCTCACTT--TAACTATACCTGAACT-----GCCAGCAAATGCAAATAAGTACATGCGCCATTAAATTAAATGTCATCCAACATTTATCAAATAGTGTC 

a score=-742
s danRer3.chr12  6108855 435 +  37038836 tttctatttttttttttgtttgtttgcttattacaagcaggttggaaacaagaacaaatgatgacagaattttcgtgtttgg---atgaactatccTATAAGAAAAAAAAATGTGT---ATGCATCTACACA-AACCCATAAAC--GTTAAAATTATGAAACATTTTCCCTCAGTC-CATGATCTTCCAAGCTTCTTACCTTAAAGAAAACATCTCGCAACACATACATTTACAAAATTATTTTACTATG-------TTAACATACCATTAGACATTTTGGCATTAATAAAATATA-ATTTGGAATTTTGATTACAACCGGCC--TAATGCATCTACAATCCAACAAGTGCTTGCCCACTTGTGTTAAACTCAAAAATCTATCA-CAGCTATTTAGCGACAAAGAAACTAAATAAGTTTTAAAGCATTTCATGTGGCGTCCGTGCATTTCTATTTG 
s mm7.chr13     20753065 424 + 116696528 tttct-tttttttttttttttGTTCTCTCAAGAGTAACAAAATTAACAAGAAAAAAAATATTAGTGGAATTC-CATGGGTGGCACATTCACAATGATTTAATGCTAAGAAAGCTGTTTAAGGCACTCTCACAGAATTCCTAAATTAGGTAAAGGATTAAAGGATTTTAGCACAGTAACCTCACCTTCACCTCTGCCCTGCCAAGTTGGGGTACTTGGCAAAAAACAAAA--ACAAAGCAGTTCTACATTGATTCAATCTAAAACATCATT-----TTTT----TTAAAAAGATATACAAATGG--TTTTGGTGAGAATTTCCAGATAATGGGTTTTTAGAGCTATGTAGGAAATCTCACCAGTATATTTAATAAATGTCTATTAGCACCTGTATA-----------------CAAGGCACAAAGCAGGACATAAGAGTTCCAAGTCTGACCACATG 

a score=-726
s danRer3.chr12  6109299 1546 + 37038836 TGCATTTTTTGATGATGCCGGGTGAGGTGGTACCTCCGAGTAAAGCTTTTTCCACACTGAGTGCAGGGGAAAAGTTTAGTGCCGACGTGAAGCTGTTGATGAGCTTTGAGACTCTGCGGCCGACTAAAGCTTTTCCCACAATCCGGACACTGGCACGGACGGACACCAGAATGCTTCTGCTCGTGCCTCCTCAGATCTCCAGACTGCCTGAAGCTTTCGCCGCACTGAGAACAGAGGAAAGGTTTTTCGCCTGTGTGAGTACGGAGGTGCACATTCAGTTGCCCGGAGTGGACGAAACTCTTTCCGCACTGCGAACAGGTGTAAGGCTTTTCCCCGGTGTGGATTCGCTGGTGCTGCTTGAGGCTGTTAAACCAACTGAAGGCCTTCCCGCAGTCCGGGCACAGATACACCTTCTCCCCTTGCTTGAAGCAGCTG-TGATTCTTAAAACCCTTGATCGTGCTGAAGCTCTTGCAGCACTGACTGCAGCTGTGAGGCTTTTCGACTGATAAAACGCCCCCTTCTTGGAAGCTCAGATATTTGAGGCTCATCTCCGGGTGATGGCGCCGGATGTGTTTGTAAAGATATCGCTCATCAGTGAAGGAGAACGGGCAGTATGCGCAGGGAAAGATGGCGGCAGTGAACAGAGCTGAGCTCTGGCGGTGGGATTTACGGCGTAAGTGGCTTTGCTGGTGGCGTTTCAATCCAGAAGACTGAGTGAAAGACTTGAGGCACACCGTGCAGCAATAGGGCTTCTCCTTAGAGTGGATCGTTCTCTCATGGCGACGCAGATTGCACATGCGGTTGAAATAAAGCTCGCAATGGGGGCAACAGTAAGATCCTTCCCCTTGCTGGATGCACTCGTGGGCTTTAAGAAGATCCAAATTGCTGAAAGCTCGAATGCATTCGCCACAGATATACTGAGAAGCTTCTTGTGGATGCTCTACATTATCACCCTCATCATCACGTCTTGGACACTGATGCGTTTTCAG----TGTCTCCAAATCAGAGAAGCTCTGTTCGCAGTTAGTGCAGACGGGAGAAATCTTCTGCACTTCAACCTCCGGATTCTTGTTTTTAGGTGGTCGTCCTCGTGGCCTGCCTACAGACACTTTTTTAGGACAACCTCTGCCTTTTAAAGAGTTCTTTGTGGACTTCCTTCCTCGAGAAGGAGGTTCATAGTTTGGATCCTGCTTGTCAAAACACACTTCTGTATGATCTTCTTCGGTTTCTGCAGTAAGTGAGCCACTCTCAACTAATCGGAGGTACTCTCCGTGGTGATGTCGTTTGAGATGTTGAT-GTAAATTGATCTTCGCCACGAAGGACAAGGTGCACTTAGTGCAGGGGTATATATCAGAAGGTCTGTCTGGACTTTCAATGTTCTTTTCTTGTTCCTGATGGGTGTGCTGGTGTCTTTTCAGCCCTGTTGCTTGACTAAAGCACTTCTTACATTGGCTGCAGCAATAAGGCTTCTCTTTGGAGTGAATGGTGCGCTGATGTCGCTTCAGATGACAAGATCTCAAAAACGACCGACCGCAATCAACACATGCAT 
s mm7.chr17     72320906 1322 - 93276925 tgaattctttgatgacatc---taagacaggatttctgggtaaaacatttgttccattcacctcatctgtaatgtttctctcctgtatgatttttctgatgatttctaagaaagtatttactggaaaagcatttgtcacattcactacatttgtaaggtttctctcctgtatggattctttgatgacttctaagtttgcctttctcagtaaagcatttggcacatt-----catttgtaaggtttctcacctgtatgaattctctgatgtcttctaagagcacctttgtaggtaaagcctttgtcacattcactacatttataaggtttctctgctgtatgaattctctgatgaactgtaagatggtatttccgggtaaagaatttgtcacattcactacatttgtaaggtttctctcct-gtatgacttctctgatgaacagtaagatggtatttccgggtaaagaatttctcacattcactacatttgtatggtttctctcctgtatgaattctc---tgatgaactgtaagatggt--------atttccgggtga--------------------aacttttctcacattca--------------------------------------------------------ctacatttgtaagatttctcttctatatggattatttgatgacttataagttttcctttctcagtaaagcatttggcacattcattacatttgtaaggtttctcacctgtatgaat---tctctgatgtcttctaagagcacctttgtaggtaaagtctttgtcacattcactacatttgtaaggtttttctcctgtatgaaatcttgaatggcttctaagattgtatttcttggtaaaagacatgccacattcactatat-----ttgaaaggtttctt-------------------------aacagtatgtatt---ctttgatgaactgtaagatggtatttccgggt-aaagaatttct---cacattcactacatttgtaaggtttttctcctgtatgaattctctgatga--actgtaagatggtatttccgggta---------aagcatttctc----acattcactacatttgtaaggattct---------------ctcctgtatatggtctacaat----agtatacaggttgaaagaatgtacaggatgatataagtccttgattacatttgtagggtctctctcctccaa------gaattttc-----tgatgttttctgagacctgagtagtagat-------------gaaggatttgtcacaattactgc-----------------------------ctttgtaagtgtttGC----TTCAGGGTAGATCCTGTAATGTCTTTCTAAACCTGATGCATGATAAAAGCACTTACCATATTCTGTACATTTGTAAGGATATTGTCCACAATGAATTTTG---TAATGTAGTCTGAGCTTTGACAAATGCAGAAAGGATGTAGTACATTTTGTACATTTAT 

a score=3711
s danRer3.chr12  6114081 164 + 37038836 CCCAGATGGCGCCGAGTCCTTGAGCATATTCCTCAGCATACCAAACTCTAAATTCCTGACCAGGGCTAATGGGGCGGCAACAGCGGAACAGAATACGTCCATTTTGTTGGAACGCAACAAGATTCTGCTCCGTCTCACTCCTTGAGCACACAACAAACCTAAAG 
s mm7.chr17     13790281 164 + 93276925 CCCACTTAATGCCCAGTTCCTGGCCGTACTCATCCCCATACCAGACCAGAAGCTCACAACCTGGTCTGATAACCCGGCAGGTTCGATAGAAGATTTTCCTGTGATATTGAAAGGCTACCAGGTTCTGCTCTTCATCATCCCGGGCACAGTTCACATACCTAGAG 

a score=-520
s danRer3.chr12  6116018 288 +  37038836 ATTTGAAAACTTCTTGACTCCCAAAAAA--CCATAAAGCCGTTCATTTAACTTTTTACCTATTGTGTTTAACTTTGTAATTTGTTGATCATACTGTGTGAATATTTACTCCCCTAAAAAATCATATCAATCtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatTTTTTTTTACTATGCCTTTAGTAACTAGATTTATTATTAGATAGCACTTGTGGGTAGTTGGTTGGGGTAATGCATGTTTATTTTTTTGTTTAATTATCATTTTTAGGACT 
s mm7.chr13     53540663 237 - 116696528 ACTTTATAGATTCTGGACTCTCAAACAAATCTATAAATCTGAGCCTTCAGGTGT-----------------CTCTGTAAC-----------ACTATCTG------------CCTCAAGATTTCCCTTACTCTTTCTAAGTTTGGACTCATACTGAAAT-TACCTTTGAAGATACAC-TCTTGTTTCTTGGCGTTTCTTCAGGTATTC-ATTCACTCTGTGATACC---------TTCTTACTAAGGGCCACGTA-ATTCAGTCATATTGCTAATTGGAATTTATAGAATA 

a score=1188
s danRer3.chr12  6116306 339 + 37038836 GTTTTTTTTCTCTTTTTTTCTTTTTCAAATTTCTAATTGTTAATGTCTGCAAAAATTTCTAATAAA-ATATTGCAACCATAAATTCATTATTCCCTAAAagagcaattgaagttatttggagaaattgt--aatcatatcgcagtata-cattgcagaaaaacaaacatcaca-ctcaaatcttttcaatCCTGCATGCCCCAAAACAACAATACACAACAAAAAACATAAAAT-ATGTACTTACTTCATCCAG--------TTAGAGT---GAGTGTCTTTC-----TCTGCATCTATG-----TAACTATA------CTGATTATTTCCTCTGCAAATCTGGAGaaaataaatatataaatatacattta 
s mm7.chr17     72325239 341 - 93276925 GTTGCTCTTCTCTGAGTTTCTGTCTCAAGAATAAAGTCTAGAATTTGTGACAAAATTTCACATAAAGGTGTCAAAAATACAAAGCCAATATT-------------AATAAAACTCTTTGTGGACAATGCTAAACCATATAAGAAGATGTCCCTGCTCCCAAACCAAAATGATATCAGGGATCTTGTCAATATTCC-----------------TACAGATAAAAGAACATGTAATGATATATTTAGTGTGGCAAGGAAAATAACTACAATCTGAGGTATTTTTCTACCTTCAGCAGGTATGAGGCACAAATATAGAATACATGATTATCTCCTGCA-AAATATTAAGTACTCAGGGATATTAGTGTGAACTTA 

a score=4957
s danRer3.chr12  6116650 377 + 37038836 ACACTAAAATAACAATTAGGACTGTGACAAATACAGAAAAAAAAACAGTAAGGTAGACACTTACTACCCAAGAGTTGGCACTATCCAGTGCCTTTTCCTCACTGATCTCTTCACCGTCAAAAGGCCCAAAATGCATCCCTAGAGGAACAGTTTGGCCCTGGTTGAAAACCCCAAGTCCTGCATGAGAGATGCTTGATCGACCAATAACCAAGCCTTGTGGCAGTGTTAG--CAGAGCTCTTTGAGGTGTACCCAAAGCCGCTGGAGAGTCGCATGTAAACGAAGGTGGACCATGGGTCTCACACTGATCTATGAAGTGTTGTTGACACATCTCACAATCTGTCAATAAGATGAAGTAGAAGAATTAaggtaaagttggt 
s mm7.chr17     13792011 371 + 93276925 ACACCAGAAATACAGAAAGGATATGGGGAGACAGAAGATGAAGGAAAAGGAGGCATTT-CTCACCAGCCAGGAGTAACCACTGTTGGCTGCCTCTTCATCCTCTGTGATCTGACCCTCATAGGGGCCAAAGTGCAGACCGACTGGTAGATCAGATGCTTCATTCCATACTCCAAGTCCAGCTTCAGGGATGCCCGATGGACTAATTCTTAGCCCAGGGGGCAGACTGAGGACTGAG-TGGTTGGGATGC-CCCCTGTCCACCATACTGTCTTTTACAAATAAAGGAGGCCCATGGTTGGGACAACTGTCGATGAAGAAATTCTGGCACTTCTCACAATCTA-----AGGTAAAAACAGCAGGGATTGGGGAAGGTATGT 

a score=-636
s danRer3.chr12  6117027 183 +  37038836 tttatatttgcacattcgttctgtcaatgacttggaaaacgctccctgtattgtttaccgctactttgaattttcagtctaaaattgcatgcaagtatgacttcaa----aacaacattagcactatttgattgactgtataacaatgttgtacttttaaagacattggctgattatatgaattccc 
s mm7.chr2      92863648 159 + 182548267 TATA-------AGAACCGCCGCCTTACTGGCTGGGGAAACA-----------ACTGGGGGCCACTGAGGA---TCAGTAGAAAATACTGTGCATGTAG---CTCAAGCCTACCAACCCTAGATCTGCCCAGCTAGCTGCAGTCCCAGGT----CCATCAGAAGCAATAAACCATGATACTTACTCCC 

a score=-493
s danRer3.chr12 6134319 192 +  37038836 ttcatttttcaattatattacgtcaaacggcaaatgaa-----aaatgtacat-ttcaaagcacttcattggacctttaaatatctgcaaacatattacaatatttgtatgctttagaacagtccaaaatgtacaaataacacctttaaTATAACCTTTAAAGCTGGCTATTGATGTGGTCATTAATATATGATCAAA 
s mm7.chr6      4998641 171 + 149646834 TGCACTCAACATATATACTACATTCATTTTCAGATACATCTGTGAATGAACATACTCATAGCATTTT--------TTAAAAGAACAAGAAATATGTCATTGTGTTTGTTTTTTTCA-------TTAAATTGTGTAG--------TTTGATA----CTGAATGGCATCTTTTCTGTATGACCATTTTTTTCTTGGCCTT 

a score=8757
s danRer3.chr12  6134511 152 +  37038836 TTTCCAGGTGTTTACAACCTATTCCAATGAGGATTACGACAGGAGGAATGATGACGTGGACCCCATGGCTGCTTCTGCTGAGTATGAGCTGGAGAAACGTGTGGAAAGGCTGGACCTGTTCCCCGTCGAGCTGGAGAAAGGTACTGAGAGGC 
s mm7.chr11     95105566 149 + 122091587 TCCCCAGGTATTCAGCACCTACTCCAACGAGGACTATGACCGACGCAATGAGGATGTGGATCCCATGGCAGCCTCTGCGGAATATGAGCTAGAGAAGCGAGTGGAGAGGTTGGAGCTGTTTCCTGTGGAGCTGGAGAAGGG---TGAGAGAC 

a score=8630
s danRer3.chr12  6139565 127 +  37038836 ACAGACAATGAGGGTTTGGGAATCAGTATTATTGGCATGGGTGCTGGAGCTGACATGGGCCTGGAGAAGCTTGGCATATTCGTAAAGACCGTCACAGACGGAGGAGCTGCTCATCGGGATGGCAGGT 
s mm7.chr11     95107028 127 + 122091587 ACAGACTCTGAGGGCTTGGGCATCAGCATCATTGGCATGGGCGCCGGAGCCGACATGGGCCTGGAGAAGCTGGGCATCTTCGTCAAGACTGTGACTGAGGGTGGTGCAGCCCATCGGGATGGCAGGT 

a score=5832
s danRer3.chr12  6139762 128 +  37038836 CTTATTTTTCCCATTCAGGATACAAGTGAATGATTTGATTGTGGAGGTGGATGGAACAAGCCTGGTTGGTGTAACTCAAAGTTTTGCAGCATCTGTTCTGAGAAACACATCCGGGACCGTTCGGTAAG 
s mm7.chr11     95109231 124 + 122091587 CTCACTTTCCCTA----GGATCCAAGTGAACGACCTGCTGGTGGAGGTGGATGGGACGAGCCTGGTGGGAGTGACCCAGAGCTTTGCAGCCTCTGTACTTAGGAACACCAAAGGCCGAGTGCGGTGAG 

a score=-677
s danRer3.chr12  6148911 563 +  37038836 ATGAAAACAAGAGAGATGATGACAATGAGAAGCAAACTGCATCataaataaaaaatataaataataataaatggctac-attaatattgcataaataaaccaataaataaatGCATGTTTATGTTAACAATTttgt-----tgttattt-------------ttat-tatattattaataatattattat--------------AAACGCAACATTAATATTGCATGAATAAACCAATAAAAAAATGC-------------ATGTTTAGG-------------TTTGTATGAAAATGT----------AAAGAAAAAAATTATGAATCAT------CAAGGaattattttttaaaaaataatGCTATAATTGGTATCATTAATAATAAAAAGGTATACAAATGTTTATTAGTTATCATTTTGTGCATA---------TTGAGAAACAATTttgttgttgttattattattattattattattattaAAAATGGCATAATTTACTTTATGTTTATGTTTCTATAAAAATGTAAATAATTAATAATCATCAGGGGGGAAATGCAATAATTAGTATTATTAATAACAAATAAAATACAAACCATTATTTTTTTATATTGGGAAACAATTTAGTTTTAATTATTATTATTGT 
s mm7.chr15     84175259 589 - 103647385 ATATAAAGAAAATAAATCACAAC--TCAAAAGCA--TTTAATCATCCCTAAG---CATAAATGATTATATTTAGCCATGATTTATATTGGCTTGATTTGTC--TAGATCAATGGCAGTCATAGTTAGAAAGTTTGTCTAGATGTCATTTAGCTAAAAACATGTTATGTTTATGATCAATGTTCATTTTATCTACTCCAAGTAGCAAACAACAATTTATTTCTGCATT--TAGATAGGCTAAAATATGCTTTGCTGTTTTGTATTTTCAGTGCCTTTCTATTATTTTTCAGGGAAATGGTGATTTACAAGAGGTGACAAGTTGCAGAGTAGGCTTTGCTGGAATTTATTCTTTGCAAAATGCTCTCTTGATAGTAATCAATGACAGGAGCACTGTTTAC---TTTTTCTCATTTATTTTCAGGTTCATACATTATAGGTCTGGAAATAGAAACACTACCATC----TGAGTGTTCCCTACATTTTTTAAAATG-------------TATCTTTAT---TATAAAGAAACTCAGTTGAGTACT-----------GGAAGTTGTAAACTTTGGAATTA--------------GATATAATCCATTATCCTCATAGAGTATGGAAGAACTTTTTTTTTTTTGCTCTTATGGT 

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s danRer3.chr12  6149723 933 +  37038836 AAATTGCTataataataataataataataataataataataataataaCCGGCTAC-ATTAATATTGCATAAATAAATCAATAAATAAATGCATGTTTATGTTTCTACAAAAAATATAAATGATGTAATAAATGGTATGATTATCAACAGAAAATTACTAATAATTATTAGTTATCATTTTGTGTGtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatTGAGAAATATTTTTTTCTTTAATGATGATTATTATTATTATtaataataataatcataatgaaaataataataataatCGGCTACAGCAATATTGCATAAATAAAACCA---ATAAATAAATGCATGtttatatttctataaaaatgtaaataattaataatCATCATTATCATTTTGTGTGTGTATAATCATTAATGAAATCTTTTGTTTTATTATGCAGTAATTGGTATTGttattaaaaa-aatacaaataattttaagtaatcatttgtgtatatatattgagaaacaatattttttgttttgaatactattatcattatttttaaagtaataaaataaaaaattGCTACATCAATATTGCATAAATAAACCAACAAATAAATGCATGTTTGTTACtataaa---aatatttttatgattaaacattaaatta---ttaaaaaaGCAATAA-TATCAATTAACAACTACAATTAATAATCACAATAACAGCAATTAATAACAAACAAGAAAATACAAACAGATAATAGTTATCATTTTGTGTATATCAAGATATGACAATTTTGTTTTATTTGTTGTTGTTGTtaataat--aataataat-------aataataat-----aataataataataataCTTTAATAAAGATATCAAATTAAA-------TCAAAGTGTGGTTGAGTAGTAGTA-TGACATGATTCCTATTCATAAAGCACGATTTACGTC 
s mm7.chr15     84176048 821 - 103647385 aaactgtctcaaaattgataaagatgaagctattgaggG-ATTCATCTCTTGCCACCATTTGCATTGTATAAATAAGTATATAAGCAAACACATATCTATATATCCATATGAAATATATGTG-------------------TGTAGACACACAGACACACATG-----------------TGTGTTTGTAAGcacacacacatacaaacacacacatacacacagatatacacT--------------------ATCACTACCACCAGTAATATCACCACTAACAAACA-AACAAatat-atatatatatatgattaca-------cacacacacacaaacacacacacacacatatatatatatatatatatatatatgtatata---------tatatatatatatatatatatatatGAACTATGATTTTATTTCTAGATGTTTTCTA----AATTGGATTTGGTGTGAAAAACAATTGACATAATTTATGATAA----TTCTGTATAATTATTAAAGGAC------CTAAGTGTTAGAAATTAC-----TTCCTTGAAAATTCTTAAAATTTTAAATTCTTA----AAAGTTTATTATAGAAACCTAAAAATGATGGTGTGGCTTTACTTCTAAATCCAACATGATTAT--TTAGATTTTGAAATACTGTTATTTAATCAAGGATTATGAGGAGAAAATTGTAATTCAATATC----TGACTTGGCTTGATTACA------------------------GGTTGTAATTGTTTGAGCATC----TATGATA-----TTTATATTTGGAGATGAT-TAGATAATGCAAAAATAATTTGCTTCAATTATCGTCTGTGATTGGCAGGAACAATTTTTTATTGAAAATTTTAGGTGATAGCATTGCCCAACTTATGGTTGA-TAGCATTACTGAAATGATT-------ATAAGGAAGTATTAACTTC 

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s danRer3.chr12  6210100 760 + 37038836 TAGTATGTGTCTGTCAAT-TACAAATCTGTTTGCCAATGTCTGCTGTGATCCTAATGTATtttttttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttaATGTTGATATTTTTATTTATGTGTTTGTTGATTAATGTGTCTTGTCTTGTCTTTTGTTTTGTTTTGTCACAAGAAAGTCTGATGGCAGTGTTTCATTAACAAAGATTAATTAATTCAATTTTAAGATGAATTAAttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttattttGGATTTGTTTTGTTATTTATTGGCCCTTCCAAGCAGGTTATATACTAGGAGTATTCACAATTGCCAA----ACCGCATGCACA--------TTTCTTGTTGT-TCTCTTACAGGTTCTT--------------------TAGAGAGTACCTCAAAAACCTCTATAGCACATCCTTTGGTTGTTG--------------------------AATCAGGCGGATTTAAATT-------------TTTAATGGTGAATTAATTAGA-GAGAGAGAAGGAAATACAGACAAGGTAATGTATTATTCAGATGAGCAATGCCTTGATAAAATGCCTGATTACTTTAAACTGCTTTCACAGAGTATTTGTCATGTGTCAACTTGGTGCATAACAAAAAAAAAAAAAAATGTCTCTGTAGGCACTTCTTCATTTCTCTGAGGTCACTGCAAATCACTTC 
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s mm7.chr6      75723555 727 + 149646834 aaatttaaatataa--aGTGTAAGTTTTTTTGAAAAAATTTAAACTTTTACTTCAA----ATCATGTAATTATTTGCATAGAAATGTATATTAATGTGAGCTCATGGTATATATTTATTTTATAAATGCCATGTCTTTCCCCTTAGGACCTATGAAATGCAGCACTTAGTGCCCCCAAACTATTACATGACATTATTTAGGTATTGCCTCTTTA-TAATATAATAATTTACTTGTCATATTGCCTTTCGATGAATATTAATTTAATTATAGCTGTTTtatttatttaagtatttatataaatatatttata-taaatatatttatCTTTGAAGATACTATCT-TCTTTTTGTCATTCCTTTATACAGAATTTCTGATTATTTTGCTTTTAGATGAAATCGTATCATGTGTCTA-CAATATAGTTTAAAGG---TCAATATGTTTTCATTGATTTAGCATACAGATAATTTACATTAGAAGTGGGCT---------TCTGGAATCTGTTATCAACATGCTAATATTTATGACTCTACTCTCCTAGTAAAACTTGCCTTCCTCATCCAAATGTTGGGCACACAAGTATTCATCTTAATTAATCTGCTTTGTGAATTCAGATCTTTATTTCTATATGATGAAAGTTTTTGTTT-AGATTCTATTTTGTCTTTTTTCACACCAGAGTGTATTCTATGATAAAATTATACCTATTTA------TCACTTATTTTGCAGT-----GATAATCCTTATTTTACCTTTT 

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s mm7.chr6      75725290 204 + 149646834 TAATATTACATGTTCATTGCCTTATGTTTTTGTAGTCAAAATGAATTCAGG--------------ATTGC---------AAATTCTATTGATACAACTACACCATCCACAGAAGGATAACTTATATAGCAATTTTAGAAGATGTCAGTCTATTTTTT--TAATTTAAttttatttataattcattttttacactccatattccattccccaccattctccatacaccat 

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s mm7.chr14     30511714 248 - 119226840 cacgccttt-------aatccaatcagcacttggtgggcagaggca----------gaagcaggcagatttctgagttcg-----aggccag------------------cctgctctaccaagtgagttccaggacagccaggactacaaagaggaaaccctgt--ctcaaatata--tatatttgagatatatatatatatatat-----------atatatatatatatatatatatatatatatatatacacacgtacatatatatacatatatataaataaataAGTTGCTAGTATCT 

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s mm7.chr1      60064713 208 + 194923535 TTTATCATTGTGTTCTTTGTTCTTTTGTT---------CAGCTTCTCAGAATCAAGAACG------GCTGTGTGCATTTAAAGATCCATATCAACAAG---------ATCTTGGGATAGGTGAGAGTCGAATCTCTCATGAAAATGGGACAATATTATGTTCCAAAGGGAGCACGTGTTATGGTCTGTGGGAGAAATCA---AAAGGGGACATCAATCTTGTGAAACAAGGCAAG 

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s danRer3.chr12  6507214 294 +  37038836 TCATTGTTAAGAAACTCCAG---TTTGTTAAGAAACTCCAGTTTGTATCTCAGTGTTTCACTCCACCATCTGCATCTTTTCATCGCAGGCTGTTGGACTTACATTGGTGACCAGCAGGACTGCCATGACGACCGTTGCGTGGTTACCACAACGCCATCGCAGATCCAGAATGGCACCTACAGATTCTGCTGCTGCAGCACCAACATGTGCAACGTCAACTTCACAGAGAACTGGGTGCCCAGTCCCACCAGCACTGCCAACCGTAAGT-CCTACAAACGCAGCATCTCTAGACTTCAT 
s mm7.chr1      60066312 290 + 194923535 TTAGTTTTATAAGACTGCAGGTATTTCATAATTAGTTGTTATATTTACCATATTGCTTC--CTAACTAACTTTAATATCGATCTGTAGGATGTTGGTCTCACATCGGTGATCCCCAAGAGTGCCACTATGAAGAGTGTGTAGTAACTACCACCCCACCCTCAATTCAGAATGGAACGTACCGCTTTTGCTGCTGTAGTACAGATTTATGTAATGTCAACTTTACTGAGAACTTTCCACCCCCTGACA-CAACACCACT--CAGTAAGTATTTACA---GTAATTTCTTTATAATTCCT 

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s mm7.chr1      60093895 102 + 194923535 TCTAGGAGACCGGAAACAGGGTCTTCACAGCATGAACATGATGGAGGCGGCAGCAGCAGAGCCCTCCCTTGACCTGGATAACCTGAAGCTGCTGGAGGTAAG 

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s danRer3.chr12  6554624 244 +  37038836 CCTGCAGCTGATTGGCCGAGGCCGCTACGGTTCCGTCTACAAGGGGTCTCTTGACGAACGGCCGGTTGCAGTAAAAGTTTTTACCTATGCCAACCGGCAGAACTTTGTGAATGAGCGCTCCATCTACCGAGTGCCTCTTCTGGAGCATGAAAACATTGCTCGCTTTATCGTCGGCGATGAGCGGATGACCACTGACGGACGCATGGAGTACCTGCTGGTCATGGAGTACTACCCTCATGTAAGT 
s mm7.chr1      60096628 244 + 194923535 CTTACAGCTGATTGGACGGGGTCGATACGGAGCAGTATATAAAGGTTCCTTGGATGAGCGTCCAGTTGCTGTAAAAGTATTTTCTTTTGCAAACCGTCAGAATTTTATAAATGAAAAAAACATTTACAGAGTGCCTTTGATGGAACATGACAACATTGCTCGCTTCATAGTTGGAGACGAGAGGCTCACTGCAGACGGCCGCATGGAGTATTTGCTTGTGATGGAGTATTATCCCAATGTAAGT 

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s mm7.chr1      60098036 299 + 194923535 tcagttacataaaactagtcagcataCTCTCTTCTTTTCTTTTCAAAAATACCTTATCAT-TATCATTATATCTTCATGGAATCCTAGCCTATGCAAATCCTTAAGAAGGTTGCCTAACTTGCCTTTTCTTGTTGAAGCAAATTAGTTTCAATGTTTGATATCTTTTTTCCTTTATACAGGGATCTCTGTGCAAATATCTGAGTCTCCACACAAGTGATTGGGTAAGCTCTTGCCGTCTGGCTCATTCTGTGACTAGAGGACTGGCTTATCTTCACACAGAATTACCACGAGGAGGTAAG 

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s mm7.chr1      60110311 180 + 194923535 CTTTTCTATGAATACACAGGTGAATCTGTACCAGATTACCAGATGGCTTTTCAGACAGAAGTTGGAAACCATCCCACATTTGAGGATATGCAGGTTCTTGTGTCCAGAGAGAAGCAGAGACCCAAGTTCCCAGAAGCCTGGAAAGAAAATAGCCTGGTAAGAAAATGAGGGCTTCTCACT 

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a score=2195
s danRer3.chr12  6585069 419 +  37038836 AAGAAATCGCTTTAAACCGAACCCAGCTATGCAG-CAACATTGGCATAAAATGCTTCCATTTGTTTTGGTTCTTTTTTTTTCCTTT----CCTCAATCAAGTATGGTTGCTCTATTATTCGTTGCACTTTTATT------TTGTACGTAATCTTAATCATAGATCCTCCGACCATCCAAGAATGGTCTTAAAACGTAAAC---GACAATGTGTTGATTTAACAATCATAATAGATCAGACAAAATCGAAATCATGTCTATCTATGAAAGAAAAGGCATCTGAGATGAAGTGGTCTTTAAGACTAGCATCTGTTGACTGCGTCTCTAATACCTTTTTAATCCACAGTACATTCATATGTTTTATATTTGTTGTACGT-ATCTGTGTACTCGGTTTTTTTTTTGTATCATATTTTGAAATGTGCAATAGACTTTAG 
s mm7.chr1      60121761 394 + 194923535 AAGGACTTGCTTTAAATAGATTTCAGCTATGCAGAAAATTTTAGCTT---ATGCTTCCATAATTTTTAATTTTGTTTTTTAAGTTTTGCACTTTTGTTTAGTCTTGCTAAAGTTATATTTGT----CTGTTATGACCACATTATATGTGTGCTT-ATCAAAAGTGGTC------TCAAAATATTTTTTTAAGAAAAAAGCAAAAACAATGGATTG--CTGATAAtcagtttggaccattt----tctaaa-------ggtcattaaaacagaagcaaattcagacaggtttgactgcaa---tggtgtctggtatccatgttt-------tatTTCTGGGCACAAGCTAGTTATGTG-TTAACGTGTTTTGACCATAATCTGTTGGACATTCTTTTCTCGTGTATTTTATTT--GAATGTGCAATAGTCTATAG 

a score=-540
s danRer3.chr12  6585524 273 +  37038836 TGCGAATTTTGCCGTATTTG-----TTTCTTTGTTTTCTTTAGTTTTTT----ATTTCCAAGCGCCACACTTAC--CAGTGCAAATCCTGTGTCCAATCGACCATCCTGACTGCATTCGTGAAATGTCGTAGAAATGAC-----AATCTCACACCTTAAATCAGGGTATCTTCCATCCATTCCATAtccgttttcaaacaaaaaaaaataaaactaagaaaacggacgttctcaaaaaa--aaaaaaaaaaacgagaaaaacgagattttggctttttcatttttaggttt 
s mm7.chr1      60122195 282 + 194923535 CACACATTCTTCCATTGTTGAAACATTTTTCCTCATTCTTTGATAATATGAACATTGTCTAGCTTTCTCCTCATGGAGATACATAGACGCTGTCCAAAGGGCTCCACAAAGGACTTATCAAAACCTTTTTTGAAATGCCTTTGTCTTCTAACCTTCCAAAT-------GCTACTATTGTTTCCTTCCAGGCATTTTAATAAGCATATCTGGTTCT--GATTTTGGAAGTTCATAAGAGAGCATAGAACAAAACAGAAGAAAGCAAATATTAGCCTTTTCCATTTTATTTTT 

a score=6713
s danRer3.chr12   6603853 175 +  37038836 CTCACCTGTGATTGGCTGAAAGCAGCATGGTTGCCATTGAAGGGAGATTTGCGTTCCTTGTCGCGATGGTGACGACTGCTGTGTTTACTGCGCTGGAGCTGCTGCCTCAGCTTCACAATCTGAAACATGCAGAGAAAGACTGTCAGGACACACATTATTCCTCACTTCAAGTCAA 
s mm7.chr1      134714160 165 - 194923535 CTTACCTGGCTCTGGTTAATAGCTGCATGGTTGCCATGGAATGGAGACTGCCTTTCTTTATCTCGGTGGTGACGACTGCTGTGTTTGCTTCTCTGCAGTTGCTGGCGTAATTTTGCAATCTGAAA-------GGAAGAATGGGCAGAA---ACAGTGTTTTTCACACTAAACAAA 

a score=5450
s danRer3.chr12   6610054 108 +  37038836 CTGACCTCTTTTAGCTGGTCAGTGCTGCCGCAGGAGGCTGAGCGCTTGTGACAGCCTCTCTTCTTCTCTCCGCATTCATCAGCCCAGGCGCTGGGGGTCTGTGGGAGA 
s mm7.chr1      134719244 105 - 194923535 CTGACCTCTTTAAGCTGTTCTGTGCTGCCCCAGGATGATGAGCGCTTATGAGACCCT---TTCTTCTTTTCATATTCTTCAGCCCATGCACTCTCGGTCTATTGTAGA 

a score=-385
s danRer3.chr12  6674556 78 + 37038836 TTGTGTTGCTTTTAATGTGTG---AACTGACACTGT--AACATGCACTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg-tgtgtgtgtg 
s mm7.chr17     54473349 84 + 93276925 TTGGCCTGTGTGTAGTGTCTGCGGGAAGGACATTATCCACCTTGCACTTTGGGCTCCAGGCCACATGCAGTTGACATTCTTGTC 

a score=7556
s danRer3.chr12  6674634 136 + 37038836 tgtgCAGGTATTGTCCCACCTGTAAGAATGACAGCAGTGAGGTGGTTAAAGCCGGTGAGAAACTGAGGACCAGTAAGAAGAAGTCCAGGATGCCGTCAGCGACCACAGAGAGCCAGAGAGACTGGGGCAAGGTGAG 
s mm7.chr19     29777850 136 + 61223509 TGTTAAGGTATTGTCCTTCCTGTAAAACTGACTCCAGTGAGGTGGTAAAGGCTGGAGAGAGACTCAAGCTGAGTAAGAAGAAAGCGAAGATGCCCTCAGCCAGTACTGAGAGCCGGAGGGACTGGGGCAGGGTAAG 

a score=7180
s danRer3.chr12  6678030 124 + 37038836 AGGTGAGTGAAGCGGGCGTTCACAGGCCGCATGTTGGAGGAATTCATGGACGGAGCAATGATGGCTCGTACTCACTGGTGCTCGCTGGGGGATTCGAGGATGAagttgtgag------tgtttctttatt 
s mm7.chr19     29779680 130 + 61223509 AGGTGAGCGAAGCAGGTGTTCATCGGCCACATGTTGGTGGAATTCATGGTCGCAGCAATGATGGGGCTTATTCTCTTGTCCTGGCTGGAGGATTTGAAGATGAAGTTGTAAGTAATGATGTAACTTTATT 

a score=4653
s danRer3.chr12  6680313 114 + 37038836 AGGATCGGGGTGACGAGTTCACCTACACCGGCAGTGGAGGTCGTGACCTGTCGGGAAACAAGCGTATCGGCGAGCACTCGTTCGATCAGACGCTCACACACATGAACAGGTGAT 
s mm7.chr19     29782575 114 + 61223509 AGGACCGAGGTGATGAGTTCACGTATACTGGAAGCGGTGGTAAAAATCTTGCTGGTAATAAAAGAATTGGAGCTCCATCGGCTGACCAGACACTAACAAACATGAACAGGTGCT 

a score=8385
s danRer3.chr12  6680496 173 + 37038836 TCTCAGGGATCGGGCGTTGAACTGTGATGCGCCGCTCAATGACAAGAACGGGGCCGAGTCTCGAAACTGGAGAGCGGGGAAACCGGTGAGGGTGATCCGCAGCTCCAAGGGCCGACGCATCAGCAAATACGCTCCTGAGGAGGGAACCACNTACGACGGCATTTATAAGGTac 
s mm7.chr19     29786083 173 + 61223509 TTTTAGGGCATTGGCCCTAAACTGTGATGCTCCATTGGATGATAAAATTGGAGCAGAGTCTCGGAATTGGAGAGCTGGTAAGCCCGTCAGAGTGATACGCAGTTTTAAAGGGAGGAAGATCAGCAAATATGCTCCAGAAGAAGGCAACAGATATGATGGCATTTATAAGGTGC 

a score=4183
s danRer3.chr12  6682447 100 + 37038836 AGGTGGTCAAGTACTGGCCGGAGATTGGG---AAATGTGGTTTTCTGGTGTGGCGGTACCTGCTGCGGAGAGATGATCTGGAACCCCCGCCATGGACCCCTGA 
s mm7.chr19     29787017 103 + 61223509 AGGTGGTAAAATACTGGCCAGAGATTTCATCCAGCCATGGCTTCTTGGTTTGGCGTTATCTTTTAAGAAGAGATGATGTTGAACCTGCTCCTTGGACCTCAGA 

a score=-724
s danRer3.chr12   6686768 640 +  37038836 CCAAATTCATAAGAATTTTCCCTGATTTCAATTTTGAGTGTTTATTTGCATCTCTTTAATTTATTGTTAGTTTAGATT-----TCTCATTTGCATATATTA----GTCATGATAGTTTTTGCTTATATTAATGTTGTAAATGG--------TTTAGATTGTGTAAAATTACGTTG---------TTGTTGCTTTATAATAGGCTTTATTTTTTTTTAAAGCAAAAGAATCATTATTAATCATCAGC-AAAATATAATTTTAGTACCCCAAGAGCTCATTTTTCTTTCATAAAATAAAACATGATCACATTAGAAATCACATGTTGCTT--TAAAAATCTTAAAGCCTATTTTTAAAAATTTCTTTTAAGCACTGATGCATGTAACCACAAATTCATATTAATATTTCTACATTTTTACTATTTAGTTTT--------TATTTGCATCTCTAGTTT--TTATGTT----AATTTCTCATTTGCATA-TATTAGCATAATAGTTTTTGCTtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatatTTTGCttataataatatatataatatatattttGCTTATAATAAAATGATGTCATTGTTGCTTTAAAATAAGCT--GAAAGCAAAATATGCATAATTAATCATCAGCAAAAGAGCTCA 
s mm7.chr5      105312822 638 + 153054177 ctgactttaatagagttatagccactttcttttagtgatatttcttttaccttttttattctattgttcctttatgttgtatgtgttctttgtatgcagcatacaaacattctcctttttatctagtctgttgatttaacttagtggcaactctagtacattaacacttaccatggctactTACCTAGTATTTTATAATTTGTTTTAAACTGTTCTAGATTTTAAAAATTcttcctttggattaattgagatattcctctattatt-----------ttttctattcactagtttggaagtta-catatt-----ttacttttttcttgttatcACTCTGATA---TATTGTATATAATATGTCAGAGTATATAATACACTTGAC---------ATATTAATACTTCCGTATTTTAACAACTTATATTTTCAGTCAATAGTTTTATCTCTGTCCCAAATAAGTTAAAGAATTTAGAATTTTAACACTACAAGCATTCTATTATT---TCATCTATATTCTAGTGT---TATGTTTTATTTCTTATTCCTATTTAAAATTAGATGCTATT------------GTTTAAATACTGTTTA-CCTGTTTACTATAGTATTATTTAATGTTTGTTTGTGTCCAAGCTCCTAAAACATGAATTGGATTTCCCAGAATGAGGAAAAGAACTCA 

a score=1666
s danRer3.chr12 6687417 360 +  37038836 TCAAATAAAACACAAAC--ACATTAGAAGTTACATGCTGCTTTAAGAATCTTAGTCAATTTTTTTTCAAGATTTATCTAAAGCACTGATGCATAACCCCAAATCCATATTAATATTCCCAGATTTTTACCTTTGAGTTTTTACTTGCATCTCTTATTTTAATGTTAATTTTAATTTCTAG-------------------TTTGCATATATTTGCATAATATTTTAACCTTATATCAATGTAATAAATGGTTTAAATTATATAAAATGGCGTCATTATTGCTTTAAAATAAGCTTCATTTT--CTTAAACCAAAATGCTTATTAATGATCATAAGCAAAATATAATATTTAGTACCTCAAGAGCTCAGTTTTCTCCATCAAATA 
s mm7.chr9      5625424 347 + 123828236 CCAATTAAAATATCTATTACCATTAGTATCTATTTCCTATCTTTAAACACTTGGTTTATTTCTCGT-----TTTA-------CATTGACACAAAGCTATAAAT--------ATTTGATGAGATTTTTACATTTAAGTTTTAATTTTGCTTCCAGATTTCAGTTTTAAGCTTAATTTTCAGAATAGGCTACCAGAATGTAATTCCATACTTTCTCTTAATGCTTAAAGGAAGATTAAGAGCAGTAAAGGCTCCCAGGCATATGATCCAACA-CAATATCCATGGAAAAATAGTTGCTTTGTGCTCTACAGTGAAATG-TAGTCAATAA--------AGTACATGGTATTT------TTCAGAGTTGAATTATTTGTGTAGAATA 

a score=11597
s danRer3.chr12   6689860 352 +  37038836 tgtgtgtctatgaatgtgtgtctgttcagtacaagcgcgagtgtgtgtgcatgtttgtacagtgtttgtgtatgaaagagtgtgtgtgcatgtgagtgtatgagagtgtagactagagtgtgtttgtgtTTTTGTACAATATGTTGATGTGTG--AGTGTGTGTGTGTATATAAATGTGCTTATGagtgtgtgtgtctgtgcacatatgcttgcatgtgtgtgtgcgtgtatgtgtgcatttgtgtgtgtgtgtgtgcacgtgtattcgtgcatttgtgtgtgtgtgtgtgagcatgtatgcgtgcatttgtgtgtgcgtgtgtgagtgtgtatgcgtgcatttgtgtgtgcgt 
s mm7.chr5      105321741 326 + 153054177 tatctttcttccaatggatgtttatgtacctctgGTAAGTGTGTATgtgagtgtgtgcaa---gtatgtgaatgagtgagtgtgtgagtatgcaagtgcatga-------------agtgagtgtgtgagtgTGCA-AGTATGCAAGTGTGTGCGAGTGAGTGTGAGTATATAAGTGTGCTTATGTGAGAGTATGTAAgtg------tgcgagtgtgtgtgtgtgtctgaatgtgtg-gtgtgtgtatgtgtgtgtgcaagtgtttgtgag----tgcaagtgtgtgtgagtgtatatgtgtgtgagtgtgtgtgtgagtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt 

a score=1688
s danRer3.chr12   6692737 216 +  37038836 TGTTTGTGTCGTTTTCTCATCATCCAGGTCTAGTTTTCAGAGGAGTTTTACACTTTTCTGTGATTGAATTCTCGTACACAGTCATTTTTTTCATGTGTTTTACAT---TCAGAAACTCCACCGGGATGCAGAGCTTCTG---CTT------TACTATAAAACAATAAAGTGATTCAGCTCAAATGTCAAAGGAAATGTGCTTTCATTTTATTTGTAGGGGAAAAAACA 
s mm7.chr5      105326642 219 + 153054177 TATATGTATCGCTGTCACATTGTA-ACGTGTTGAATCTACTGAAGTTTGAAAACCTGTGAAGATTTGATTTTGGTTTAAACTCTTTTTTTGAATGTGTTTGCCATTTCTCTTGGCTTTGACTAATATACAGAACTTCTGAGACTTATCTGATACAGTTAATAAAAAAAAAGAGTAGAGTCAA--GGTAATGGGAAGGACC------TTCAGGTAAAGGGGAAGAGACA 

a score=5844
s danRer3.chr12  6695814 138 + 37038836 ACTGACCTTACAGACGGTGTGTGAACACTCGGTGGTCACAGGCTGAAACGACAGCTCCTGACAGCACACACACATAAACAGTTGCTCCACTTTACGCAGGAAGTTCTGCA--------GGATGACAGGAAATCa-agcagattaaca 
s mm7.chr19     31431520 147 - 61223509 ACTTACCTTACAGACGTTGTGAAAGCATTCAGTTGTGACAGGCTGGTAAACTAGTTCTTGGCAGCACACACACATAAAAGATTGTTCCAATTTCTTCAGAAAATTCTACAATGGTGCCAGATAGGAGGAAAGAAGAAAAGATTAGCA 

a score=1591
s danRer3.chr12  6709047 94 + 37038836 GAGGAGGATCTGAAACCTGAGGTCCAGCAGGCACACAGAATATTCCAGAGCTTTCTTTCTGAGAAGCATAAGTCCACCACGGCCCCGTTCTGGC 
s mm7.chr19     31718010 94 - 61223509 GAGCAGGAGCTGACCTACGAGCTGCAGCAGGGCTACCGCATCCTGGGCGAGTTCCTGCAGGAGAAGCACCGCGGCCTCACCGCCCCTTTCCTGC 

a score=9744
s danRer3.chr12  6709142 212 + 37038836 CCCCATCGGC--CCCGGCGCACACATGAGCTTCAGAACGATGGATGATAAATTCGTGAAGCGCGAGTATGAGTCCATCACCGCGTTCGTGGCTGATTTCAGACTGATGCTGGAGAACTGCTACCGCTTTCACGGGGTCAACCACTGGATCTCCAAACAGGCTCAGAAGCTGGAGACTATTCTGGAGCAAAAGCTGACGCTGCTGCCCAGGTGAG 
s mm7.chr19     31718181 214 - 61223509 CCCCCGCAGCAGCCCAGCCAGGGCATGTGTCTGTTGAAGATGGAGGAGAAGTTCTCCAGCGGCCAGTACAGGGGCATCACGGAGTTTGTGGCGGACTTCAGGTTGATGCTGGAGACCTGCTACCGCTTGCACGGTGTCGACCACTGGATCTCCAAACAGGGCCAGAAGCTGGAGATGTTGCTGGAGCAGAAGTTGGCGCTTCTCTCTCGGTAAG 

a score=11193
s danRer3.chr12  6713925 410 + 37038836 TCTATGTCCTCCAGGCAGCGTGATCAGGAGCGCAAGGAGGCAGAGGAGGCATCGCTGAAGGATCTTGAAGACTGGGAGACGTCTTTACTTTCTCTTGCAGAACCGCATCCCGTCTCCAGCATGTGGGAACTTCCTGCCATCGGCCACTTCCTGTGCCTGGCCCAGAGAGCGCTGAACCTGCCGGAGATTGTGTTTTACGAGCTGGAGCGCTGTCTGCTGATGCCGCGCTGCAGTGTGTTCCTGGCCAGACTGATGACGTCTCTGCTGTGCCCGCCGCAGAGGAGGTCCAGTGTCCACCGCCGCCCGCCAATGCCTTATCGCCGCTGGGAGAGCGAGCTGCGCCGCCGTGTACAGGCCTGGTACTCCTCTGTGGGCCGAGATGATGAGCGTGC------CGCTGAACAACTGGGGCT 
s mm7.chr19     31768640 416 - 61223509 TCAATTCTGTTTAGGCTTCGGGAGCAAGAAAGAAAAGAAGCAGAAGAAGCTTGTCAAAAGGAAGTAGAAGAGTGGGAAAGAAAGCTCCTTGCTCAGGCAGCTCCAGCCTGCATGGAGAACATGTGGGAAATTCCAGCCATTGGCCATTTCCTTTGTTTAGCCCAACAGATTCTAAACTTGCCAGAAATTGTCTTTTATGAACTGGAGCGCTGTCTTCTGATGCCTCAGTGTAATGCCTTTCTCTCTAAAATAATGACTTCTCTACTAAGCCCTCCCCATCGCAGACCTACCTTACATCGAAGACCTACTTTGCCTTACAGGACTTGGGAAGCAGTGCTGAGACAGAAAGTGCAGCAGTGGTACACTGCTGTGGGACAGACTGAGAATCCTGATAACTGTGCTGAAAAGCTTGGCTT 

a score=9828
s danRer3.chr12  6716858 553 + 37038836 GTGCCGCCAGTTCTTCTGGACCCTGGGGTATGTGAATCCGCTTGAGGAGACGCCGTTCCACCTGTTATCCTTCAAGAAGCGCGTCTGGCTCCTCAAGGGTTTGTGTGATCACGTTTATGAGACGCAGAAGGATGTTCAGGACGCCGTACTCGGCCAGCCCATACACGAGTGCAGAGAGTCCATCCTGGGCTATGACGAGCAGGAGAACGCTTACATCCACTTCCCACACTTCTGCGGAGCCGACCTAAGGATCTACCGCCAGAGTCCCTGCGGAGCTGTGGAGCTGCCACTACCGGATATCAGCGTCAGGAGGACAGCGCAGG--AACCCAGCGGTCAGTCACTGGAGTGTTACT---------------------AACACAAATG------AGAA----TTCTGTTGTTATTTGCGCATGTGCAGGACCATTTATTTTG----TGTTTGTGTGTACAGATGGATTAAAGGTGGAGA---ATGAAAGCTCATGGGACATTAAAGAAGATTCTCTCAGCGATGGAGAAGATCC-----------AAATCAGAGAAGCTCCTCCATCTTGGTCTCGTGGTGCCCAGAAGATTCCCAGCAATCCAGA 
s mm7.chr19     31769056 583 - 61223509 GTGTCCTCAGTTCTTTAAGGTTCTTGGAGAAGTTAATCCATTGGAAGAAAGACCTTTTCACGAGCTACCTTTCTACCAGAAAGTATGGCTGCTTAAAGGACTTTGTGACTTTGTGTATGAAACACAGAAAGAAGTTCAAGATGCTGTGCTTGGGCAGCCTATTCATGAGTGCAGGGAAGTTATCCTTGGTTATGATTATCTGGAGAATGCTTATGTACATTTTCCACAGTTCTGTGGTGCAGATGTGCGGATTTATAAACAAAGACCCTTTCAGGCCCCAGAATTTCCAGTTCCACCCATTAAAGTAAAAAGAGTACCTCGGATTAAACTGG-----AGAAATTCAAGTGTGACTATGCTAATACAAGTAACGGAGAACACAGATGTACTAAAGAAGGCCTGCCCTTGGCTTTCAAGAAAGAGCAAGA-AATTGATTTTGATCCAGCCTGT-TGTCCTACTAAAATGAACTTTGATAATCATGACATCACTCTTGAAATGGAAGTAAAATCCAACTGTGATATTAAAGTTCACAGGCCTTGTGAAATTGAAAAAACTGAT--------------TGTTGTAAAGAAAATTTGCAGAAACCCAGA 

a score=1869
s danRer3.chr12  6721990 71 + 37038836 GTTGAAATTTACACAACAGGTTATCATATTTATTTATTGTTAGTCATTTTAAAGTTGTTGTTTTATGCTTT 
s mm7.chr19     31799728 70 - 61223509 GTTAAAACTT-TACAACATGATACCATATTTATTTAATGAATGTATTTAAATATTTGTGCCTTTACATTGT 

a score=716
s danRer3.chr12  6722105 167 + 37038836 GTTTTGGCAGCACTGATCAGATCAATAAAATAATGCAGAC-----TCGAATCATTTATGACTAAA---ACAAATCACAGAAACTGA-GGTTTTAAAACT-----------CTGAGATTAAAAATAATGACATTTAAAGGAATAAA-------------AACCATTCAGATGAAGCTTCACATGAAGAATTTTCCTTTTTT 
s mm7.chr19     31799841 193 - 61223509 ATGTTGGCACTGGGGATTAAAC--ACAAGACACTACATACATTTAGTAAATGATTTGTTAAGGTATTTACAACTAACATAATTAGATTATTTTTAAATTTGTTTTTTCTACTTAGATAATATGTATTTGGGTTTTCAGGTATAGAATTGAAAGTCACTAAACATTCAGAT-----TTCTTATAAAATATTTCCTCTTTTT 

a score=1740
s danRer3.chr12  6727309 268 + 37038836 AATTTGAGCTTTGTGAGTTCACCGCTGTCCTTGTCCTCAACAGAGCACGTTTGAAAAAGGAATGTGACGATTTCAGAAAACACCCAGAATATGAAAACTTCATCAGAGAGCAGACGGACAC------------AGTGCATTCTGGGGAAGTTACGGGTAA---TGATGCATCTGTGTCCACTGAGGCAACAAGGGAACTGGAAG--ATGAAGATGAAATCAGCAGAAATATGAAGGAATATTCTGAG-----GAAGCAGGTGAGAAAATATATACTtttgtttgtttgtt 
s mm7.chr19     31802855 287 - 61223509 AGTTTAACTTCCAGAAGTTCCATATTATGTTGGTGTATTTCAGGAGCCGCCTGAAGAAAGACTATGATGATTTCCGAAGACAGCCTGATCATGGTCAGTTCACTAGAGAGCTATGGGCTACTGACGAGTGTGAAGGGAACCCTGAGAGAGAGGCTCCTAAAGCCGAGGTCAGTAAGTCTGTAGATGCAGCAGAACCTCTGGACACCCTGGAGAAAGAACAGGAGGGCTCAGGTAGGCA---TCCGAGCTTTCTAAATAGAAGTACAGAGAGAATCCGCTGTTTGTTTGTT 

a score=5256
s danRer3.chr12  6728324 688 + 37038836 TTGGTGTTTGGTTATATGTGTATCAAATCGGCTA-ATTCCTGCTGCTTTATTTTGCAGAGAATGTAAACCAGCTTGGAAATCACGTGTCAAGATGCCTAGTCGACACACCCAAACTATTGA---------TGCATTCTTCAGA---------------GTCTGGACCCTTTACTCG-CGGTTCAAAGCGCCGCCAAAGTGCTGCGATCACTGATGAAACGAG---------CCCAAGCAAGAAAGGCAA---AATCGAAACAGAGAGCTC---TTCGACATCAGAATATAATGTTCAAGCTGTATCTCGAGATCAAGCGACAGTTTCAGTATCGCCTGAGCCCACGAGTAGCTTAC-----------------------------------AGGGGACTTGCAAACCCATCCAGGCATTGCTGGCCAAGAGCGTTGGAAACAAAGTGACCTTAATAAGTCATCCTAAGGCTGCGGAGATGGCTCAGATTTCACGTGACCATAGGACAGCATCTGTAGCTGTGCACCCTGTAGTGTTAACTACCTGTCCGCCTACACCACATGCTAAAGAAACACTTGCACCA--ATTACAACTGAAAGCACTGGACAGGTGGTGTACAAGACGGCAGGTGGT------------GTAGGCCTTCTCAGTAAAGCAAGTACGTTTTCCATGCAGCAAATATCAGATCAAAAAACAGGAGAGAAGTTGATGCAAAAAGTTGTTATCCTGCCTTCAAATCTACTGATTCAAAGCACTGAGCAAAGGGCAGT 
s mm7.chr19     31804007 731 - 61223509 TTGGTGTTACTCGATCACTGTTTTCTATAAACAACATGCTTGTTTTTATAATTTTCAGATGATATGAAGTTA-TCAGAAAT--------AGGCTTTCCTATGGCCAGGAGCAAGTTGTTGAAAAAAGAATTGCCTTCTAAAGATATAGTGAAGACACTGCCTAAAACACTTAAACGACAGTCCAAA-------CAAAGTAGTTATCTAGATGATAGCACAAAAGAGCTTTCCCCAAGGAAGAAAGCAAAGCTAAGCACAAATGAGACATCAGTTGAGAACTTAGAAGTCAACATGCAGATTGAATGTTTGAAAGAATCAAAGCCTCCAGAACTGCC--AACTCCAGAGTCATTTGCCTCAAAGGCTTCAGTACCAGTGTCTACTCTCCAGAAAGGGAC---CAAACCTATTCAGGCTTTGCTTGCAAAGAATATTGGGAACAAAGTGACCTTAACAAATCAACT---GCCCCCTTCTACAGGTAGGAGTGTTCCTG-CTGTGGAAAAGC-----CAGCTCTATCTCCTGAAGATACAAGCCCCCTAAAGCCAGCATTG--------------ACCTGCCTCACCAGTACAA---AAGGACCTTTACAGATGGTATACAAAATGCCCTGTGGTCAGTGGTTGCCAGTAGACCTTCACAGTAGTTCTGTCAAGATTCAGATGCAGCCTATGGTGGACTCTAAAACAGGAGAAAAGATCATGCAGCAAGTTCTTATTCTGCCTAAGAATTTTGTGATTCAGCACAAAGAGGGGAAAGCAGT 

a score=3223
s danRer3.chr12  6729233 726 + 37038836 CTGACGCTAAAGAGGAGCTCAGGACAGTGTGCATTAGAGACTCACAATCTATTCTCGTCACTACAAGAGGAGGCAACACAGGTGTGGTCAAAGTACAGAC--ATCAG----ATAGTGGAACAGGGGTTTTACCTCCCAGTCCAGTTTTTACCATCTCACCGCAACTTCAAGCCTTTCTGGTGTCAAAGTCTTCCACGTTACAAGCTGTCTCGGCCTCCCCTGCTGCTAATTCTGTATCTGGAGTCACTCCTCAATCCCTCTCAAAGGATGGCGCTCATCCCAGCTCGTCTACTTTTGTGGCAGGAACTTCTTTGACCCTTAATAACACTTCTACCAAAACATC-AGTCAATACATCTTCAAGCCTGGCCACAGGCAGATTCAGTGATAGTGTCATTATTCCAACAAAAAATGTTCAAGGAGTCC-------------AGAATGTGGTCTCCAAATCTGGATTAAAGACCCCACAGAAGAGCACTCTACAAGAAACCAGACCTTCTGCCCAAACTACCTTCCAAAAGGTTTTTCTTGTCAATCCTTCACCTTCAGCAGCATCAATGCCTACCGTTACAACAGCAACCTGTTCCAAACCAGCACCA-CAGGTTATGT--TTATAAGCAACTCAGCACTTACCATTCCAAAAGCTGTAGCAACTTCAGAGGTCAATAAT----TCCTCTGTTAGTACACCACCGATGAAGATCATTCCTAAGTTAGGGACAACTTCATCTAGCACTTCTTCTGGTA 
s mm7.chr19     31805148 666 - 61223509 CTGAGGCAAAGCAAGAACTAAAAACTGTATGTATACGAGATTCACAGTCAATTCTTGTTAGGACTCGAGGTGGGAACACTGGAGTTGTAAAAGTACAAACTAATCCGGAACAAAATTCACCCAACAGTTTATCTTCAAGTTCTGTTTTCACCTTTACACCTCAATTTCAGGCATTTCTTGTGCCAAAA---TCAACATCA---------------TGCTCTGCTTCCTCACAAGTAGCCGGAGTGACTACTACATCTAGTCTA----CCATCTTTCAGCCAAG--CATCTACGTCTGTGTC--TATTTCGTGTGGCTTTCATCCACCCATGGGGAAAAATCTCAAATCTACACA-----AGGCCAAACCTTGAGCAGTGGTTATGTAGGCCCCATGAT----AGAAAAAACGTCATACATGCCCTCTTCACCCTTGAAGCCTTCTGTTTCT---TCCAGCTCACTGCTACCA-----------TCAACAACAAATAGTTCAGTGAGTGTAATTAGCATATCAACAGGAAATTTTGGGCAAAC------------CAATACAAATGTTATTCAT----ACATCAA------CTAAACCACAACAAGTAGATTGTATCACAAAAAGTTACCCAG---------TTACAAGATCAGAAGCAACAACAGCAGTAAATGGTGATGTGCTCGGTGAG-ACTCCAGGTCAGAAACTGAT------GCTGGTGTCAGCTCCATCTGGTCTCCCTTCTGGCA 

a score=2673
s danRer3.chr12  6730146 544 + 37038836 ATCTCTGAAGGTTCCTGGGGCTGCTGAAAGCAAAATGCTCACATTTTCATCTTTAGGCACTGGCCACATGGCTTCC---TCTGCACTTTTGTCAGTTGTAAAACAAGATGTACCTTCATC--------AGTTTCAACGTTAAATGCTTTTCATTGTAA---ACCAGTGTTTACATCTGGCAGCTCTACTTCCTCAAATTCAGG-AAGTCT-------AATTACCAAACACACTACAGT--------ATCAATTGATGTGGCCACTAAGCCAGTGATTGCATCCCTTTGCACTTCACGCTCACCGGTTAAAACAACAGCCAATTCTTGTGCTTCTGGTGTATCTCATTCTGTTGCAATAAGCCCAA------ACTCTCCTTCAACTCTTCCAATTGTCATGACTTCTGG--GATTCGACCTCCAGCCACAACTAACAAAAGTGTTCATGAAAGAGTCGTAATAAACACCACTGCCCCACTTGCTCCAGGAACTCGGCTGCTAATAAACAACACCAGATTTGTTGTCCCATCTCAAGGCCTTGGACCTGGCACCCATGTCTTGCTCATC------AGCTCAGGATCTGGA 
s mm7.chr19     31806559 556 - 61223509 AGCTTTGCAGATTCCTGTGACTGTTGCCTTGCCTACACCTGTAACTACATCTCCAAAAATTATCAACACAGTTCCACAGTCAGCAACAATACCAGGAGCCACGCGCCCTGTATCTCTCTCTAAAAGACAGTCTCAA-----ACTTCTCTCCAGTTTCAGTCACCAGGGACTACAACTATAGTGCCAACAAATGCAAACACAAATAAGCCTCCAGCTGAATTATCCCCCTCAGCA-AGTCCAGGGAAAATAGTTAATATTTCCAATGTTACTTCTATGCCAAACCAGCATATGTCCCCTTCATTAGTAAAAA---------------GTACTCTCGGTA---ACAATTCTATTGCAGGTGGCTCTGCCATTCACACTTGTTCACCACCATCAAATATAACTA-GTCTGGCAGGTGCTCCGTTCAGTGAACCTT-------GTATTCAGCAAAAAATAGTTATCAACACAAGTACACCTTTGGCACCAGGAACTCAAATCATGATGAATGGAGCCCGGTTTATTGTTCCGCCTCAAGGTCTTGGAGCTGGTAGCCACGTCCTCCTTATCTCTACTAATCCAAAATATGGA 

a score=535
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a score=-2486
s danRer3.chr12 6731219 957 +  37038836 GATTGCAAGTTCCAAGTCCTGTTAATCCTGCAAGATTGCAAGTCTCAAGTCCTGCTCCTCCTGTACGATTGCAACCCCCAAGTCCTTCTCATTCTGTGGGATTGCAAAACCCAAGTGCTGCTTA-TCCTGCAGGATTGCAAGTTTCAAGTCCTGTTCATCCTGCAAGATTCCAAGTCTCAAGTCCTGCTCCTCCAGTACAATTGCAACCCCCGAATGCTACTCATT-CTGCGGGATTGCAAGTCCCAAGTCCCGTTAATCCTGCAGGATTGCAGGTTTCAAGACCTGTTCATCTTGCAGGTTTGCAAGTCTCAAGTCATGTTCATCCTGGGGGATTGCAGGCCCTTGGAGATTTACAAGCCCCAAGTTCTGCATCTACTGTTCTTAAAGGGCCAAAGAGTTTGGTCCCTTATACTGTTGCTTCAGTTGTACAAGGTGTAAGANNNNNNNNNNCAGAATTGCAAATCTCAAGTCCTGCTCGGCNTAAAGGATTGCAAGTTCCAAGTTCTGT-TCATCTTTCAGGATTGCAAGTTCCAAGTTCTGCTCCTCCTGCAGTATTGCAAGTTCAAAGTCCTGTTTG-TCCTGCAGGATTGCAAGTCTCAAGCCCTGTTCATTCGGCAGGATTGCACGTCCCAAGTCCTGCTTCTCCTGCTGTATTTCAAGTCACAAGTCCTGCTTGCCCCAAAG-GATTGCAAGTTCCAAGTCCTGTTAATCCTGCAAGATTGCAAGTCTCAAGTACTGC-TTCTCCTGTACAATTGCAACCCCCGAATCCTACTCATTCTGCGGGATTGCAAGTCCCAAGTCCTGTTAATCCTGCAGGATTGCAGGTTTCAAGACCTGTTCATCTTGCAGGTTTGCAAGTCTCAAGTCATGTTCATCCTGGGGGATTGCAGGCCC------------------------------------------------------------------TTGGAGATTTACAAGCCCCAAGTTCTGCATCTACT--GTTCTTAAAGGGCCAAAGAGTTTGGTCC 
s mm7.chr14     5828149 932 + 119226840 GGCTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTATGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAA-TGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCC-AATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTATGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGT-------------------GACTCCCAATGCTGTG-----TGTTCCTGTGTGG-------GTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGT-----------------------------------------------------------GGGTGTGACTCCCAA-TGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAA-TGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAA-TGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAA-TGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCCAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGGTGTGACTCCTAATGCTGTGTGTTCCTGTGTGGTTGAGCCTGTctacttgtggctattgagagcttgaaacagttattgta-attgagaag--tgaactttggattctactaaattagtaaatgatctaaatttatggtac 

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s danRer3.chr12  6732817 50 + 37038836 ACCTCTAGTAAA---CTATTGTTGAGCCCCGATGGTGCCGTTTTAAATATCAT 
s mm7.chr19     31807475 53 - 61223509 ACCTCTGTCAAAAAGTTATTGGTTAGCCCAGAAGGAGCCATTTTAAATACCAT 

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s danRer3.chr12  6737268 161 + 37038836 GGGCTCTTTATCCTGCAGATTT------------ACAGGTGTTT-----TCCTCAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTTAAGGTGTGTATGGTGGAGGTGATGGTCCAGAGGCGATCTTCTCGTATGCTGGAGGAGCGTTGGGGATCTG-GAGGAGAA 
s mm7.chr19     31815332 178 - 61223509 GAGCTGTATATTCTGCAGCATTCTAAAGCGAAACACCGGCGTCTACTCAGCCTTAAAGCGGAAGTGTGAGGGAAGTTGT-TCAGCGTTCTCAGGAGTTTCCCGGCTCTCAGGGTGAATAAGGTGGCGGTGAAGAGAGCTTCTCATAGGCAGGCGGAGCGTTGGGAACCTGTGAGGAGGA 

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s danRer3.chr12  6825299 326 + 37038836 TTGTGTTTGTGTGCATCAGGAAGCATCTGGATCAGATCACCAGTGTGGGTCCTCGCACCGTGGGCAGCCCAGAGAATGAGATCCTGACAGTGAATTATTTGCTGGAGCAGATTGAGCAGATCCGCTCTGAGAGCCGCTCGGGCCCTCACTCTATCACAGTGGACGTCCAGAAGCCCACCGGCTCCTTCAGCATCGACTTCCTTGGCGGATTCACCAGTTATTACGACCGCGTCACCAACATCGCCGTCAAGCTGGAGCCCAAGAGCTCCGCACAGCACTTCATGCTCGCTAACTGCCACTTCGACTCAGTGGCCAACAGTCCAGGT 
s mm7.chr19     31877387 320 - 61223509 TTCTGATTGT---CTCCAGGGATTATCTGGAACACATAACGGCCATTGGCCCCAGGACTACAGGAAGCACAGAAAATGAAATTCTGACGGTACAGTACCTTTTGGAGCAGATCAAGCTGATAGAAGCACAAAGCAAC---AGCCTTCACAGCATCTCCGTAGATATACAGCGGCCCACCGGTTCCTTTAGCATTGACTTCTTGGGGGGCTTCACGAGCTACTATGACAACATTACTAATGTCGTGGTAAAGCTGGAGCCCCGGGATGGAGCCGAGTCTGCTATCCTGGCTAACTGTCACTTTGACTCAGTGGCAAATTCACCAGGT 

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s danRer3.chr12  6825625 763 +  37038836 GCTGCACGCTTACACCTATATTAACATTCATGCATGAATTAACAGTCCAGGTACTGTGTGTGTGCATTCATATT----------TGCATTTTTGCATAAATTAACAGTCCAGGTACTGTACGTGTACATTCATATTTACATTCATGCATAAATTAACAGTCCAGGTAC---TGTGTGTGTA---CATTCATATTTAAATTTTTGCATAAATTAACAGTCCAGGTACTGTACGTGTACATT---------CATATTTAAATTTTTGCATAAATTAACAGTCCA-GGTACTGTACGTGTACATTCATATTTAAATTTTTGCATAAATTAACAGTCCAGGTACTGTGTGTGTACATTCATATTTACATTCATGCATAAATTAACAGTCCAGGTACTGTGTGTGTACATTCATATT---TAAATTTTTGCATAAATTAACAGTCCAGGTAC-TGTACGTGTACATTCATATTTAAATTTTTGCATAAATTAACAGTCCAGGTACTGTAC------------------GTGTACATTCATATTTAAATTTTTGCATAAATTAACAGTCCAGGTACTGTACGTGTACATTCATATTTGCATTTTTGCATAAATTAACAGTCCAGGTAATGTGTGTGTACATTCATATTTGCATTTTTGCATAAATTAACAGTCCAGGTACTCTGTGTTGACATTCATATTTACGTTTTTGCATAAATTAACCGTCCAGGTACTGTGTGTGTACATTCATATTTAAATTTTTGCATAAATTAACAGTCCAGGTA-CTGTGTGTGTACATTCATATTTAAATTTTTGCAT 
s mm7.chr7      33341259 748 + 141766352 GTTGCA----TTCATCTATGT--GCAGTGGTACATGT-------GTGCAGGTA-TGTGTGTACCCATTCATGTGCAATGGTAAgtgtgtgtctgtatacattcatttgtatgcagtggtaaatgtgtgtgtgtgtgtacattcatatatgtgc-agtggcacgtgtgcatgtgtgggtgtattacattcatatatgtgcagtggtatgtgtgcatgggtctgg----gtgtgtgtgCATTATTTATGTGCAGTGGCAAATGCATGTGTTCATTCACTGTATACAGTGatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata-tatatata-tatgtatacacacacacacacacacacaTTCATATATCCACAGT------GACATGTGTGCATGTGTGTGTTACATTAATTTATGTGCAA-----TGATGCATGTGTATGCATGTGCACATTCATTTATGTGCATTGGTACATGTTCAT-GTGTGGGTGTATTACATTCATTTATGTGCAGTGGTACACGTGCAGGTGTCTGGCTGTGTATGCATTCATA-TGTGTGCAATGT---TGTATGTGCATGTGTGAAAATGTGTAGACATTCAAGTGCAATGTTATGGGTGTGTACATTCATATATGTGCATTGGCACATGTGTATGGT--AGG-----TGTGTT-ACATTCCTATATGTGCAGTGG-------TAGGTGTACA-----TGTGGGGGTATATATATATTCATGTGTGTG-------GGAGGGTACATGCACCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt 

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s danRer3.chr12  6827510 154 + 37038836 gtgtgtgtgtgtttgtgt-----aggggccagtgATGACGCTGTGAGCTGCTCCGTGATGTTGGAGGTTTTACACTCTCTGGC-GAATCTCTCGACTCCAATCAAACACGGCGTCATCTTCCTGTTCAACGGTGCAGAGGAGAACATCCTGCAGGTGAGA 
s mm7.chr19     31883662 159 - 61223509 GTGCCTCTGTTTTTCTGACTTCAAGGTGCCAGTGACGATGCAGTTAGCTGTGCAGTGATGCTCGAAGTTCTCCGGGTCATGTCAGCGTCTCCAGAGCCCATGCAG-CACGCTGTGGTGTTCCTCTTTAATGGCGCAGAGGAAAATGTCTTGCAAGTAAGA 

a score=5412
s danRer3.chr12  6827664 369 +  37038836 GGTCATGACCTTGTGACCTTTGAC---CTCGCATACA-------------------CTCACATGCCATGTATCCAGC----------TAATGATGTca-cacacgcacatacagactcccacacacacacacatgcacacacaATACGCATATGCACTACCAGACACACAAACACATAATTACAAATACGCAGTTCCATacacacacacacacacacacacacacacacacactcacacactcacacacacacacacaaacaaccaggcagtacatatgcagttccatacacacactcacataaacgcacatactaacatacacacacacattcacacaca-aacatgcatacgcactcccatacacacacaca-cacacacacacacacactagggatgtaac 
s mm7.chr3      13965397 378 - 159849039 AGCCATTGCTTTGTGACCTGAGACTCACTCCAAAACACAGGAATGCAGAGGGGAGGCTGAAGGGCTACCTACCCATCCTCCTCTTCACCATGGAGTCAGCTCCCACACAGACTAGGTCTCAGGTTCTACCAAACTT-----CAAGAGTCCTTATCACTACACAGCACACATTCA---AAACACATATACCCTGCATGccacacatatac-cacacacacacacatatatac---cacacacacacac-cacatacacca-----cacacaccacacataca---ccacacaca-acacacatgcatgcatatacacacaaacacatatata-ccacacacacaccatgcacaagtacac---tacacaaacacaccacacatatacacaTGCTACACATATACC 

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s danRer3.chr12  6829068 117 + 37038836 CTCTGTCAGGCCAGTCACGGCTTCATCACACAGCACCCCTGGGCTCAGCAGGTCCGAGCGTTTATAAACCTGGAGGCGGCAGGAGTCGGAGGGAAGGAGGTGGTGTTTCAGACAGGT 
s mm7.chr19     31886266 117 - 61223509 CTCATTAAGGCAAGCCATGGTTTTATTACTCAACATCCCTGGGCCAGTTTGATTCGAGCATTTATTAACCTGGAGGCTGCTGGTGTCGGAGGGAAAGAACTTGTGTTCCAAACAGGT 

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s danRer3.chr12  6829959 184 + 37038836 CCTGTAATGAGGTAATGCTGCTGTGTTTC-TGTCAGGTCCAGAGAACCCGTGGCTGGTCCAGGCGTATGTCCGAGCCGCCGTCCATCCCTTCGCTTCAGTGGTCGGGCAGGAGGTTTTCCAGAGCGGCATCATTCCCTCCGACACAGACTTCCGCATCTACAGGGACTTCGGCAACATTCCTGGT 
s mm7.chr19     31891104 179 - 61223509 CCTGTATTG------TGTTGTCTTGTTTCATTTCAGGCCCTGAAAATCCTTGGTTGGTCCAGGCTTACGTTTCGGCAGCTAAACACCCTTTTGCCTCTGTGGTGGCTCAGGAGGTTTTCCAGAGTGGGATCATTCCCTCTGACACCGACTTCAGAATCTACAGGGATTTTGGGAACATTCCAGGT 

a score=5198
s danRer3.chr12  6830352 97 + 37038836 AGGGATTGATCTGGCGTTTATAGAGAACGGCTTCATCTACCACACCAAATATGACACTCCAGAGAGAATACACACCGACTCCATCCAGAGAGCAGGT 
s mm7.chr19     31892234 97 - 61223509 AGGAATAGACTTAGCTTTTATTGAAAATGGATACATCTATCACACCAAGTATGACACAGCGGACAGGATTCTCATAGATTCCATTCAGAGAGCAGGT 

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s danRer3.chr12  6830468 285 + 37038836 GTGTGTGGAGGTGATAATATGCTGTCAGTACTCCAGCATCTGGTGATGTTTGATGTGTGTGTGTGCGCAGGTGATAATATCCTGTCGGTCCTCCAACATCTGGTGATGTCTGATGAGCTGGCGGACTCCTCTGTGTATCGGCACGGGAACATGGTGTTTTTTGATGTTTTGGGTCTGATGGTGGTGGCGTATCCGGCCCGCGTCGCCGCGATCATTAACTACTTGATGGCTGCGGCAACACTCGTCTACCTGAGCCGCAAGTGTAGCGGCGGTGCGGGTACAAGA 
s mm7.chr19     31894797 271 - 61223509 GTATGTGGAAGTCACAATGGAGTAGC-TTACTAGACCATGTTATTTTTCTTAATA-----------AAAGGTGACAACATTTTAGCAGTTCTTAAACACCTGGCTACGTCTGACACCCTGGCTTCTTCGTCTGAGTACCGGCATGGGAGCATGGTGTTCTTCGATGTGCTCGGCCTGCTGGTCATTGCGTACCCTTCTCGTGTCGGCTCCATAATCAACTACATGGTGGTCATGGCCGTGGTTCTGTACCTGGGGAAGAAACTT--CTGCGGCCCAAGCACAGGA 

a score=3846
s danRer3.chr12  6830916 516 + 37038836 ctgttattgtcgccaactcccttattgtcgtcAACTCTGC--TATTGTCGTCAACTCCGTTATAGCTTCGTTA-----TTGGCGTCAACT----CTGAGACCGTCAACTTAGTGGATGTG-TAACATtatgtgtgtgtgtg----tcctcaggtgtgcgttacctgcgtgatgtggcgtgtgcggtgtgtgtgtgtgtCCTCAGCTGGTTCGTCACTCTGCTGACTCTGCTGATTGTGGCTCTTCTCCTGACGCTGCTCGGTCGCTCCATGTTCTGGTACACACACTTCTACGCTGCCGTTTGTCTGTACGGATCCGCCGCCGCCGCCAAGATCATCCTCATACACACACTGGCCAAGAACCTCTACTACACCGTGAGTCTGCAGTTCAATATATTACTCATCGGTTCTGTGATTTCAGCTGCTATTAACACA------AAATCAATG--------CTCACAGATTATTTGTTTATTACAAAGTAGGTGAT--ATAGTCATGTATATAATATTATTAATTCCTTTATTAGTTTTAAATAGCTCAAGTG 
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s danRer3.chr12  6833757 929 + 37038836 ATTATTATTACTGAATCTGTCCTGATGTGTGTGCTGTGTGTATCAGGGAGTGAGCGCAGTGGATCTGGCCGAGCTCTTCTTTGACGTGGGTCTCCTGTTGTGGTGCTGTGCG---CTGGTCTTCCTCACTCTAAACGGCTTGTGTTCTGCATATGTGCCCATGATGATGGTGGTCTTCCCTCTGCTCTTTAAATGCTGCTCAGGACAC--ACTTCAGGGCCAAAGGTGCAGTCAATGTTTTTGAATGttatttatttattatttttttGCTTATTTCCCTTTTGTTTCCTATGGCGGGCATTTTTGAC-CACGAAGACCACAAGTGTGACtt-----------------------ttttttttatttttttttttaGTCCTGGCCTTTTTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt-TCTCAGACCAAATGCCAACAAAGTCAGGGAGTTTTAGACCATTCTGGTGATTCTGTAATTT-------GAAAATGACTTAAGACTACCAGAGGCTTAATAT-TTAAGCAAACAAAAGCAAATGCAAATTATTTTCAGCCATATCAGTTATAAAGGGTATATGATATTCAGAAACTGTTTTATTCAAATAGTTTGGTCTTATTAAGTTAGTACCTGTATTATTATTCTGTTCATAGTCATGTGTTGATGTGTGTGTTGTTGTGTAGGAGCGTCTCTGCAGTACTCTGTGTTTTATCTGATGGGTCTCTCCGTGCCGTACGTCCACATCATGTTCCTCATCTGGGTGGTCTTTGAGATCTTCACACCCATTCTGGGACGCAGTGGAACTGAAATCCCACCTGATGTGGTTCTGGCGGCCCTCATTACACTGGCGGCTGTCATCCTGTCCTCATATCTCGTGAGTCAAACTGACATA----ACTGTATAATGCATATTACGCATTCAGATTCACACATTTAGATGAAATATTCCTGCTCACAAGTT------AAACTTCAAAC 
s mm7.chr19     31899810 895 - 61223509 ATCTTTACGAATGACTGTGAATGAGACTGTATTCTCTTTCTTTCAGAATGCCAGCGACCTGTATCTGGGAGAACTGTTCTTCGACAC---CTCCCTGTTCGTGCACTGTGCTTTTCTTGTTGCTTTAACTTATCAAGGGTTTTGCTCTGCATTCATGAGTGCCGTCTGGGTAGTTTTTCCATTGCTCACAAAGCTTTG-TGTGTACAAGGACTTCAAGAAGCACGGT--AGGGAATTTTTTT--------------------TTGTTTGTTTTTTTGTTTTTTTATAAAAATGGGGAATATGTTAAAAATGCAAAGCTCCCAGATATTATTTGACCAAATTATCTTTCCAAAATATTTGTTTTAATTTTTTATGCCATGCAAGTATCTTATACTGTATACCCCATCCCATTCTCACATTTCTGAACATATGCTAGTATATT------GCCTTA----ATACTGTTTGTCTTTTATCTTCCCTGGTGACATTGACT---GAGTGCACTAGGTCACATGTACCAAGGGACTAGAGTCCCACCTGACCCAGTTTCTGTCAAGT------GCCAGGGCAGGTAA-ACCCTGAAGATGAGCCCTGCA------TCGTGCCCTAGAATTCCATAGGCTTGTTCTCTTTCTTTTCCC--CCAGGTGCCCAAGGAAGATTTGTTG---------------------CTCTGT-----ACCTTTTGGGGATGTTTATCCCATATCTTTACGGGCTCTACCTCATCTGGGCTGTGTTTGAGATGTTCACTCCTATCCTGGGAAGAAGCGGGTCGGAGATCCCCCCCGACGTTGTGCTGGCCTCCATCCTGGCTGTCTGTGTGATGATCCTCTCTTCCTATTTTGTAAGGAAAAGCGTCCTGTTTTACTGTCT-ATACACGTGATGC-CTGAGATGCACTGGATTCTGTGAAATTATGTCGCTCATACCTTGTTAAGAGAATTTAAAC 

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s danRer3.chr12  6836482 216 + 37038836 tCTCCAGCACACCACTCGTGTGTTTCACGCTCTGGATGGTTCAGTGGAGCGCTCAGACTCTGGTCTGTGGATCAACAGTCTGGATTATACAGGAATGCAGCACATCAGCGCACACGTCCCGCAGCTCAACGACAGCATCCGCACGCGCTGCCAACACACACTGCCGTACTGCGGCTTCCCCTGGTTCCTGCCCGTCAAATTCCTCGTCAAGTGAGT 
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s danRer3.chr12  6836818 314 + 37038836 tttctcacagctcgcaattcgtag-tgggtgtgaatgGCCAGAAACATCATGTGGCGTTAGTGCTTCATGTTCTGATGTGTACAGGATGAGGCTCTACACTGATAACTGGTGTGTGTTTCAGGAAGAGCTGGTATCTCCCGGCTCCAGCTGTATCTCC-TGAAGCGCCGCTGGAGTTCCGGCTTCTGTCCCGACAGCAGAGTGAATGGGGGACGCTCAGACTCAGCTTTGAGGCTAAAGGTGAACACTTCTGCCtcagtaatatt-catctt---ccttcagcttattacctttattcatcagaggtcaccacagcggaa 
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s danRer3.chr12  6841193 164 + 37038836 TGTTTCAGCCGGGGGTCTCAGACGCGTCTCCTGATGAGGGTCTGCTCTCGTTGGCCATTTCTGCTCATTATTTCAGCGGTCCTGATAAACACTCGCCGCCGCTGCACACACTCATCAGCACATTCCCTGACTGGGCCTTCCCTTCAGCCTGGAGCAGCACATAC 
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s mm7.chr2      40324799 1025 + 182548267 TGGTACACACATGTACGTGCATGTGTGAACACACACACAAATACATACACATTTACACATTAAATAGATTTAACAAAATGTTT------AACATCACACAAGTGTT--TGGACAGATATGATAAATCCATTTGTTTCATGCAAATTTCTTGCTTTT--AATATCTTTGTTCAGTAAAAAGTggggatgaaaagatggttcagtgataaagaacacttattgctcttgaaga---gaacacatgtttagttt-ccacacctatatg--------ttggctaaccactaaagtgccagtttca-----------ggacacctga--tgagttctttttgc----------ctctatgggtaccaaa----tatgtatcccatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatacatacatacatacatacaTATATATAT-TGTGTGTATACATACACATATATA--------TTCATGTAAACTAGTATTAATA--TAAATACAA----------------TAAAATTTAGTAGAC---ATTTTAGAAAGAGAAGTCTCTCTTAAAAAATAATTTA--CCCAGCAATTAT------TGAAATCACataaataaatatatacaata-ttataatattatgttactacatattaatttttatatttaaaaCTAAGCTATTAA-------CAAGTTAAATTTGAGGTTGACAAAATAACTCTATGGATGA--AGGTAATTGCTGTTTCACAATTTACAATATATGTACTGGAAATATATGTAGATGTATATATTGGAAAATTTATCAGAACTGGATTGTTGAAAGGAGTC-------TAAATAGATATTTAGATCT-TTATTCATGGAACTGTAGTCAAGTAAATGCAGGCAAGTTTGTGTACA-ATACTTATTTTCTTTTTATAAACAAAATTTGATGATTTTGAATGTAGAACTTCT----TTGATATTACCATAATA-GTACTTATG---------ATTTGAGACTATAAG--AATCTAATAAATGAAATAAAAGATTCTAGGATTCCTCATTTGGGATTTAT-ACTTCCTATGTGATTACTCTAGGACACAATGAGTTAAAGCTTATGTGCCTACTGCTGTCACTTAGGGTCTTAATGACAAAC 

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s mm7.chr1      110814282 1599 + 194923535 ACAATTATCTAAA----GTGAAATTAATGAGTTGCTTTAAAAAATGTCCATTTGAA----TGGTATGCAAATGTTGAAAGTGCTTATACAATGGTACTTTCTTTTTTAAAACTTCATTCATTATTCTGTATCCTTTAAGCCAAAAGATAAAAATAATATGGGAAAATATCAGAATCCTTTTTACTAAAATGGTT---TGTGATTCTCA--GAAATATGACCATATA-GCATCAG----AAACAGATTAGGATGCACTTCATCTTTCTGATCTGAAAATATTTACTATCAATTACCTTAAAATATCTATAA--ACTTATAAGATTTGTTATAATTAAAATAAATGTATTTAGTTTATAT-TCTTTAGTTTTCAAT-------------------TGTTGACACTTTAACT-TTATTTTTGTGTTTTAG------TTTTTAACATTTGTTTGTCAAGAATAATATACACTAAGCATAATGTCTAAGTTAATATAAATATAATTTTGAT--TCATATTATCAACTACACC----------ATTGATGTAAAATATTTTG---TGAATTATACATCTAAATTTACTAAAACTTTTAATTGCTGGAT-----------TGACTGATTGATTGATATGATTATCGGAGATAG-------------ATTCTAACGCCTGAAACCAT--------------TTTGGCTTTATAAT----CTCAAAA-------GACTTTATCAGTGTTGAACTTATAG-----GCAATTTTCAGTTCAGCCTTGCAAAAGTTGTGATTGAA-----GGAACCTAACTATATTTTATAGA----CTTGGCTCTTTACTTTTTCTTCAATTCCT--TCAGGATAATTAAACTGTTTTCGTCTTATATTTTGAAT--------TTTATGTGTCTATTTCTCTACT------------------------------TATGATATAAAATTATAGTTTCAACATTAATACATTCTTCTTTAATGCTTTCAT--AATGATTTGAAAACATTTTAAGATAAAATTTTGTCACAAGTATGTTATTTGAAAACTAATTGATATTATAATAAT--CTCTTCAAATCCCACTATATCAATATAATTTCTCTAATCCTCACATTTTCAATGACACATGAATTAGAAAGTCAAGACACTTTCAGAGTAATGAGCAATAACTTACATTCTTAGGAATTATTACTTTATTAT-----ATAAAAAGCTATGCAACAAGCATAGCTCCAACTAGCATGCTATATTTGGCCTGTTCACTGAAATGACTTATCTCTTAAATTTTAAGGATAGATAAGAAAATCTATAAAATCTTGAT-----TAAGACTACAGCTCATACAGCTCACT-------TAATTAAAAATATTAGATTAAAATAACTTTTCACATTTGT-------TAATAAGGCACTTTATTAATGAAGTGGAATTAAGACAATATGATTGACACTGGGATTAGATATAATTGTGATTCTTCCTTCTCTTATTACTTAAAGAATGTAGTATAGATT--TAAGAGGCTACATGTTTA-ACATAGTATAGAACTAACAATGTTTATTTCAAACAGTTTTAAGTATCATTGAAAGCTTTTTATCCATAAAGAAAT-----ATTATAATATTG--CCTATGATGAGATATAATATCACTATAAGATTACAAAGTATAAGGTTTTTCTGTCTATCAAAGCTACATAAATAAGGAAATGTTGAAGATAATCATTTGTGTAGGTCTATCCCTAAATAAGAATCC----AGTTAAAAACATCAGAAAACTAATG 

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s mm7.chr2      149100582 564 - 182548267 CCATCCCTCCCCC-----ACACTCCAGCCAtccctccccc-----acactcctgccatccctctccc-----acactccagccatccctcc-cccacactcctgccatccctcccccacactcctgccatccctccccca-----cactcctgccatccctcccccacactcctgccatccctccccc----acactcctgccatccctcccccACACTCCATCAAGTCTGACTCTTCACCTTGGACGGCAGCTGCCCCCACCCTGTC----CTCATTCACTCT---AGCCCAGCTTGTTGCACCAGCT--TGGCCTCCTCACTACATTTCACCCTATACTCCCGTCCAGGCCTCCTGGCTCTCCCTGTACCAGCCCACTCAGCTCAGAAACCTTCACGGGGTGGGTCACCAGTTTCTATCCACCACACCCAAACTCTCCAGACTGTGGTCTTAGACTCTCTGATTGGTTTCTCTGCTGCCTCTCCAGCCTCCTCCAGTCCTCTCTTCCT------TGGATTTTGCCTCAAACT----------------------------------TCCTGTACCCATGAGCAT-TGCCCTGTGTCGGGGAT-------GCACTCAGTCTT-------TCCTCCCTGCCACTGTGACCAAG 

a score=3785
s danRer3.chr12  6854862 288 + 37038836 GTCATGAGAGCGTGCAGTCGTATGAACCCTCCTCCAG---CTCCTCGTCCTCCGGCTGCTCCAGCGGTGTGTCCTC------CAGG--GGCCGGGGGGAGGCTCCGGCGGGGCCATCCAGAGGCAGTGTGTGGAGGGTGGAGGTG---------TCCTCCGCTCGGGGTAGCAGCAGCGGCGCCTCATTCAGG----TTAAAGGCTCCGGTGGGCTGGAAGGCATCAGGCTGCACCTGCTCCACCTCAACCTCCATCAGCTTCAGCAGCTCCGGGCGGATGAGGTTCAGGAACGCCTTATAGCCCAGACTGA 
s mm7.chr19     31919521 294 - 61223509 GTCAGGACACAGAACAGTCATAAGCCCCATCCTGAAGTGGCTCCTCCTCATCCG------CCTGTGTTGTGTCCTCTTCTTTCCGGCTGACCACGTTGTTACTCC--CAGGCTCACTCTGAGAGATGCTCCCATGGCTGCAAGAGCCTCTGTTCTCCTCTGCCCGGGG----------ACTGGTCTGTTCAGGAGTCTTACCCACTGTTACTGGCTGGAAGGTGTCAGGCTGGACCAGTTCTTCTGTTATCTCACTGAGCTTCTGCAGTTGTGGCTTAATGATGTTTAAAAATGGCTTATATCCAGGGCTGA 

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s mm7.chr19     31921215 196 - 61223509 ACTCACCGAAGCTGGACCTGAGATTTATGGGGTCCTTTACTCGCCAACTCCATGGAGATGTGCTCTAGCTCAGACTGGGTCAAGCTGAGGGTGGAGAAGTTTTCATCCACCATTGTCCAGTCTCCATCCACCACGGAGCTGCTTTCAGTCAGGTCTGTAGCTGAGCCAATGCTGCACTCATCCCCTGACAAAGAAA 

a score=6314
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s mm7.chr19     31920885 206 - 61223509 ACTCACCAGTCTGTAGAGGCCCAGCGGTCCACTGCTTGCAGCCCTGATTTTATGTTCTGTAACATCTCTCCATCCATCTCGGAAGACTGAGCAATCCCAAGAAGCTGACTGACCACTGAGGATTCTCTGAGAATCAGGCCGATGACAACACACCAGTCCAGACATCCCGCCTCCATGAAAATGTGCAGCAAATAGCTAGACATAAA 

a score=1982
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s mm7.chr19     31922418 75 - 61223509 CTGATAAACATTTTAAAACTTGATTGCAAAGATTTATTA---AATGTTTACCTGTATTTCATATATCTAAAATAAATA 

a score=5978
s danRer3.chr12  6863552 152 + 37038836 TCAGACTGTGGGCGGAGCCT---CATACTTACCAGTTTGCTGTGATTGGCCGGCGCGTCCTTCTCTCGTACCTGTGGGCCGGATCTGTCTCTCTGCAGCATGATCAGCTGACCAGCCAGATTCAGCAGGATACTCTCAGCCGAACAGGCCTGACA 
s mm7.chr19     31928724 155 - 61223509 TCGGGCTGGAAGTGCCGTCTAGCTGTACTCACAAGCTTCCTTTGGTTAGGGTGGCTGTCCTTCTCCCGGATCTGCGGGCCTGACCTGTCCCTCTGCATCATGATGAGCTGTCCCGCAAGGTTCAGCATTATGCTCTCTGCATCACGAGCCTGAAA 

a score=7219
s danRer3.chr12  6863850 161 + 37038836 gtACCTGCTGTGGGGCTTTGAGTGTGATGCCGCTCTCCGTGCGCACTGATGTGAGGGTCACAGACACCACCAGGCCAGGGTGAGGAATATAGCGGGACATGGAGACCTCCTGCAGCAGCTCCACACTGGCGGACGGGCTCGGGCTGAACACACACACAACA 
s mm7.chr19     31935821 160 - 61223509 GTACCTGCTGCGGCATTTTCAAGCTGATGCCATTCTCTGTACTCACTGACGTCAGCGTGACAGACACTACCAGGAAGGGGTGAGGAATGTACCGTGACATGGAGACCTCCTGAAGAACCTGGACACTAGCTGTAGTATTGGAACTGAA-AAATAAACAAAA 

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s danRer3.chr12  6864970 379 + 37038836 ttaaatatagctaaataatatttaatgaataaattaaaatataataaaGCTTTacgcacgcacgcacgcacacacacacacacacacacacCTGGGCGGCAGCGTCCGTTCTTGAGCGGCGAGCTGATGGTGCATGCTGGGATAACAGGAAACGGCCACAGGAAGTCCTTATGCAGGCATTTGAGCGCGGTGACGAAGTCGTCCACTCGTGCGACACGCGTGCGCTCGCGACACAACCAGCCAATCAGCTCGAAGCCCAGCTGAGCAGAGAAACAGCCCAGATCCCGCAGACGCACCTGCTCCAGCAGACGGCGAGCGTGTCTCCATAACATCACATCAATGTAGAGATTCTCTGCTGAGTCACTGTCCTTACACCAGC 
s mm7.chr19     31923476 365 - 61223509 TTGAATGTCAACCAATGATAACATGTCCAAATATCTAAAATAAATAATTTTGTAAACACGT-CTCAAGTCTACAT-------------TACCTGCTCGGCATTTCCCATTTTTGAAAGGGGAACTTATGGAAGAGGCTGGGATAATGGGAAGTGGCCACAGGAAATCCTTGTGAAGTCTCTTCAGGGCTACTACAAAGTTGTCTACACGGGCAGCTCGGGTACGTTCTTTGCAAAGCCAACTGATCAGTTCAAAGCCTAGCTGGGCTGCAAAGCAGCCAAGGTCCTTTAAGCGCACCTCTTCTAGGAGGCGCCGCGCATGTCTCCACAGCATCATGTCAATATACATGTTCTCAGCACATTCACTGTCTTTGCTCCATC 

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s danRer3.chr12  6868917 233 + 37038836 ATGTCCTAATTTCTTTGGAATAGGCTGCCCAATTTAACGTCCTCGTTAGATTTAAATGAATGTGTGTGTTGTTACCTCTTGGAGGAGGGTCCGGTGGGCATACTCATGGTCTTCTGCAGGTTGAACTTCCCTGCGGCGATGCTGTCTGCAGACTGAGAGAGACTGATGCTGCGGTTCCTGAAGAACTCAAAACCACTGCTGGGGCTCTGTTCCTGCACACATACAAGCAAACA 
s mm7.chr19     31925477 225 - 61223509 ATGTTATAAATGCTTTGAAATGCAGCGGACAA---AAGCTCTGAACCAG---TAACTGC-TCTTTATTCTTTTACCTTTTCCCAGAAGGACCAGTTGGCATACTTAGTGTTTTCTGTAAGCCGAATTTACCAGGAGGAACATTCTCAGCTGACTGGGATAAACTGATGCTCCGATTCCTGAAGAACTCAAACCCACCACTTGAACTGGGCTCCTGTGGTTACAC-AGCATACA 

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s danRer3.chr12  6871057 178 + 37038836 CTCACCTGAGTTGTAGGTGTGGTGGGCGGAGTCTCGCTCTCCCCTGAGCCAATCGCCTTGAGAAATCGTATCATGTGTCGACACAGATCCCACTTCCCCTGCTCCAGAGCAGTGTTGAAGAGCAGTGTGGCGTGCTGACGGCTGACCGCTGGAACCTCCATATTC--TGAAGACAAACAA 
s mm7.chr19     31925761 180 - 61223509 CTAACCTGAGATGTAGGTGTGGATGGAGGGGTCTCAGATTCTCCAGAACCAATGGCTTTAAGAAATCGAATCATGTGTCGGCACAGGTCCCATTTGCCCTGTTCCAGTGCTGTGTTGAACAGCAGGGTAGCATGCTGCCTACTTACTGCTGGGACTTCCATATTCTATAAAAACAACCAA 

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s danRer3.chr12  6871612 344 + 37038836 ACCTGCAGTATGATCAGGTATGACGCCGCCGTGTCCAGATCCTGCGCCATCAAGCACTCCTCAAACAGGTCTTTGGGGTTCCCGACAGCGGCGAACAAGTAGTTCCAGAGGGCGTATTCGGTCTTGCGTGCGCAGTGGACGATAGTCTGCAGGAAGAGCGGGAACTCGGTGACGAATTTGGCCACGGTGGGCAGCAGCGGGTCAGGGATGGGCTCTCTGGACGTGGCCTCCTCCTCCAGCACCACATGCACCATCAGCTCCAGAACATGCGGGAAATAAGGCAGCGATGCACACGACTGCGCCAACATCAGCGCCTGCTCACCCAGATTACGCACCAGCAGCTG 
s mm7.chr19     31927670 344 - 61223509 ACCTGTAAGATAATAAGGTAAGAGGCAGCTGTGTCCAAATCCTGAGCCATCAAACATTCCTCAAATAAATCCTTGGGGTTTCCGACAGCTGCAAAAAGGTAATTCCACAGAGCATACTCAGTCTTCCTGGCACAGTGCACGACTGTCTGAAGGAAGAGGGGGAACTCGGTGATGAACTTGGCCACGGTGGGCAGCAGCGGGTCGGGAATGGGCTCCCGGGAGGTAGCTTCTTCCTCCAGCACCTCGTGGAGCATCAGCTCCAACACGTGAGGGAAGTAAGGTAACGCAGCGCAGGACTGAGCCAGGAGGAGCGCCTGCTCGCCCAGGTTCCTGACCAGGAGCTG 

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s danRer3.chr12  6873207 389 + 37038836 TCTTAGTATGTGGTGCAGGTATATCTGTGATGTTCTCTCCACCGTGCAGTAGGGGAACAGCGCCTCTAGTGGCTCC---GCACTC------GAGCTCAGCCCGTCAAACAGCACAGTCTCGTTGGAAGCTCCGAGGATCAGCGCGTCCTCGAACAGCACCGTCAGCGGGTAGATGTTGATGTGGAAGGGGAGCATGATCCTGCGGGACAGGAACGAGTGCGGTTTTCGGTGGTCTCGGGGGAACAGCGGCAACCACACCTTCATCCCCGCTTCTCCGCAGGAGAGCCACAGCGCCTCCATCAGGTGACGCTTCTTACGGTTACTGCGACTCGACGTCCACACGCTCTCCACACACTGCGCCAGAACCACCGGCGGGCAGAACGGCAGCTGGGGAGGAC 
s mm7.chr19     31928014 398 - 61223509 GCGGAGGATATGGTGGAGGTAGATCTGAGAGGTCCTCTCCACAACACAGAAGGGAAAGAGCACCTCCAGCTGCTCCCTGGCACTGCTCCGGGTATACAGAGAATCATAGAGGAGAGTGTCGTTGACAGCACCAAGGACCAACGCGTCTTCAAACAGAACGGCCAGGGGGTAAATGTTGATATGAAACGGCAGCATGATCCGCTGGGACAGGAAGGAGTGGGGCTTGCGATGATCCCTGGGGAAGAGAGGGAGCCAAACCTTCATCCCCGCACCACCACAGCTCAGCCAGAGGGCCTCCAGAAGGTGACGCTTTTGTTTGTTTGCTCGACAGGTAGTCCAGACATTTTCCACCGACTGGGCTAGTACAACAGGAGGACAGAACGGCAGCTGAAGGAGAC 

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s danRer3.chr12  6874558 193 + 37038836 ACCCGTCGTGGCGTCTCTCGATGCTGTACAGGCAGATGGAGCAGTCGGCTCTGAACAGAATCACCATGTTGCGAAACACGTTGAGCATCAGTGTGTCTGCGTGCAGTTTATTGATGCTGGCAAATGCGTTATCCAGGTTAGCAGAGCGCACGTACAACCGGAGCTGCAAacacacacacacacacacacacat 
s mm7.chr19     31936969 193 - 61223509 ACCCATCGGATTTTCTTTCAATACTGTAAAGGCATATTGAACAGTCTGCTCGAAACACTACCACCATGTCGCGGAAGACACTAAGCAGTAATGTTTCCATTGGTGCTTTGGTGACATGAGCAAAGGCATTGTCCAGGTTGGATGTTCGTAGGTAGATTCTGAGCTGAAGAAGGAAAGAAGTGCACATATAAAT 

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s danRer3.chr12  6874847 100 + 37038836 TTACCTCTTCCTGACGATCAATGAAATTGTAACAGGCAACAACAACAAAGTCATTCCCCCACGCAAGACCACCGGTCACAGTCATATTCTGCTCCTGAAa 
s mm7.chr19     31937797 100 - 61223509 TTACCTCTTCTTGACGGTCACTTAAGTTGTAACACGCAAGGACCATAAAGTCATCCCACCAGGCTAAGCCACCAGTCACAATCATATTTTGCTCCTTAAA 

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s mm7.chr19     31939092 146 - 61223509 ACCTGAGTAATGTTTCCAAAAAGTTTCCATTTTTTGGTGAGTAGAGAATAATGAGCAAATCCAAACTTGCCAGCCACAGCAATATTTTGTCCAAGTTTATCAATAGCTGAAAACTTTAAAAAAAATTAAAATCTCTTTCCTGCACA 

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s danRer3.chr12  6876413 53 + 37038836 CTTACCCTGATGGGCCAGTTAGTCTCTAGATATGTGCTGTGAATCTGCGGAGA 
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a score=2370
s danRer3.chr12  6881129 535 + 37038836 CTCACCTGGATAGTGTTTAGGGGTTAATTCTAGTTTATGAGACAGCTGCATGCAGCCGGTGGAGCTGTCAATCATGTAGACCAGCACCGAGCCACTGCAACACACACACACaatatatatataaatatatttatttatttGATCAAAGTTAAAGAAAAAACACAAGTCGATAAAAATAAATATT----TAAACAGTCTATAATAGAATACAATATAATATATTCAAATAATCAATTCCACTACATATGAAGCAGCACACCTCTCTTCAACACTGATAATAA------TTAGAAATATT---GATCATCCTCATATTATCTATTACTTATGAACTTCTCATATAAGTCACATTTCAGCATATATTCCGATAAAACAACATTTGTTTGTCATTTTAAAAATATTTC----------AGATTTTTATTGCACTTTTGTTCCAATAATAAAACCTTGACGAGCACAAGAAACAGCTCTGAGACAAACGCA------GAGGCGTAACATGACAACTATCCACACACAGACCCCCTCACACACCTAATAACACACTTGAGGGCACACACA 
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s danRer3.chr12  6881881 188 + 37038836 cacacacagacatgaacgcacacggatatagaccacatctgacacacacacacactcactcac-tcactctcaca-------caTCTACCTTGTGCAGCCGAAGGCCATGAGTCTGTATTTGTTGTTGACGGCTACACATGTACCATCAGTGACGTCCGCGGCCCAAACACCCTGCAGCTGCTGcacacacacaca 
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a score=5845
s danRer3.chr12  6882184 164 + 37038836 ACGTCTGTGGCGAGTCTGTTAGCAGTGGGTGTGATGAAGCCGATTCTCCCATCATCAAACACCACAGCGAATCCATCCAGCGTCGCACAATACTCCAGATCACGAATATACACACCGTCCAGATCCAAACACGGCCCTCCTGGAGAAAACACACACAGACACAG 
s mm7.chr19     31956048 163 - 61223509 ACCTCTGCCGTAAATCTACTGGATACTGGTGTAATAAATCCAACTTTACCATCATTAAACACAACAGCAAATCCATCAAGTGTGGCACAGTATTCCATATCTTTAATGTGCACATCTGCAAAGCCGAGGAATGAACCAACTGATGAAAA-ACACATAAATAGAG 

a score=4713
s danRer3.chr12  6884106 207 + 37038836 acacacagaGCGGATCTGACCTCTGGAGGACTGCAGGTCCAGGGAGAAGGGGATGGTGCAGAGGTTCACTGCTCTGCGGCCGTTACTGACACTGTCCCAATGCAGCATATGGAGGAAACCATCCGCCGTCGCCACCAGCAGATCCTCCGCTAGAGACTGAAGACT-----GACACACACACACCAGAATATATACATCACAGATCAGGACAC 
s mm7.chr19     31956290 211 - 61223509 ATATACAAAGTATAACT-ACCTCTGGATGACTGGAGGTCTACTGAAAATGGTACTGTagacagattgatggcttttcttccatttgtcattccttcccaatgaataagatgaagaagtccatcagaagttgcaacaaggagatcttccagcacaGACTGCAAACTGGACGGAAGCAAGCAACTCAAGTCAATTACCTTGCAAGACAGCATAC 

a score=3121
s danRer3.chr12  6885657 114 + 37038836 tACCAGCTGATGGGAGCCTCCAGGTCGACAGGTTTCTTCATCTCTAGTGTGAGAGCAGGAGCACACTGTTCCTCTTTATATGCTGGAGTCACCTTAACACGAGCACTGCCCCTa 
s mm7.chr19     31961576 114 - 61223509 TACCTCATAATGGGTGCTTGCAAATCCAGTATTTTCTTCATTTCTAAATTCAATGCTGGGGCACAATGTTCTTCCTTAAAATGAGGTATCCCCTTCATTTGTGGACTTCCTCTA 

a score=10117
s danRer3.chr12 6906956 858 +  37038836 GAACATTATTATCAAACTGCAATGAACATTATCAGTCTGCATTGGTCATTATTATCAGTCTGCAGTGAACATTATTATCAGTCTGCAGCGAACATTATTATCAGACTGCAGTGAACATTATTATCAGACTGCAGTG--AACATTTTAAATA---CTGCAGTGATCATT-------ATCAGTCTGCAGTGGTCATTATTATCAGTCTGCAGTGGTCATTATTATCAGTCTGCAGTGGTCATTCTTATAAGACTGCAGTGAATATTATTATCAGTCTGCAGTGGACATTATTATCTGACTGCAGTGAACATCCTTATCAGTCTACAGTGGTCATTATTATCAGCCTGCAGTGAACATT--TTAAATACTGCAGTG--ATCATTATCAGTCTGCAGTGGTCATTATTATCAGT----CTGCAGTGGTCATTATT----ATCAGACTGCAGTGGTCATTCTTATAAGACTGCAGTGAACATTATTATCAGTCTGCAGTGGACATTATTATCTGACTGCAGTGAACATCCTTATCAGT----CTACAGTGGTCATTATTATCAGCCTGCAGTGAACAATATTATCAGACTGCAGTGAACATTATTATCAGACTGCAGTAAACATTATTATCAGT----CTGCAATGGTCATTATTATCAGT----CTGTAGTGAACATTATTATCAGTCTGCAGTGGTCATTATTATCAGACTGCAGTGAACATTATTTTCAGACTGCTGTGATCATTATTATCAGTCTGCTTTGATCATTATTATCAGACTGCAGTGGTCATTATTATTAGACTGCAGTGAACATTTTTATCAGACTGCAGTGAACATTTTTATCAACCTGCAGTGAACATTATTATCAGACTGCAGGGGTCATTATTATCAGTCTGC 
s mm7.chr1      9379846 863 - 194923535 GAAAACTATGAC--ACCTGTTACCTACCCTGAGAGCCTGCACTGGCCATCCCTGAGAACCTGCACTGCCCATCCATGACAGCCTGCACTGGCCATCCCTGAGAGTCTGCACTGG-CATCCCTGAGAGCCTGCACTGGCATCCCTGTGAGTGAGCCTGCACTGGCCATCCCTGTGAGTGAGTCTGCACTGGCCATCCCTGAGAGCCTACACTGG-CTTCCCTGAGAGCCTGCACTAGTCATTCCTATGAGCCTGCACTACCCACCCTCGTGAGCCTGCACTACCTATCCCTGAGAGCCTGCACTTCCTATCCCTGAGAGACTGCACTGCCCATCCCTGTGAGCCTGCACTGCTCATTTGTGAGAGCCTGCACTGGCATCCCTGTGGGCCTGCACTGCCCATCCCTGTGAGTGAGCCTGCACTGCCCATCCCTGTGAGTGAGACTGCACTGG-CATCCCTGAGAGCCTGCACTG-GCATCCCTGAGAGCCTACACTGG-CATCCCAGAGAGCCTGCACT-AGCATCCCTGTGAGTGAGCCTGCACTGCCTATCCCTGTGAGCCTGCACTGGCAAAC------------CAGTGA--------GTGAGCCTGCACT-GGCATCCCTGTGAGTGAGACTGCACTGGCCATCCCTGTGAGTGAGCCTGCACTGGGCATACCTGAGAGCCTGCACTGCTCATCCCTGAGAGCCTGCACTGCCCATCCCTGAGAGCCTGCACTGCTCATCCCTGAGAGACTGCACTGCCCATCCCTGAGAGCCTACACTTG-CATCCCTGAGAGCCTGCACTG-GCATCCCTGAAAGCCTGCACTGCCCATCCCTGTGAGCCTGCACTGGCCATTCCTGAGAGCTTCCAGGGTCTGTGATACTCAATAAGC 

a score=735
s danRer3.chr12 6907814 175 +  37038836 AGTGGTTAT---TATCAGACTGCAGTGATCATTATTATCAGACTCCAGTGAACATTATTATCAGTCTTTAGTGGTCATTATTATCAGACTGCAGTGAACATTATTTTCAGACTTCTGTAGTCATTATTATCAAACTGCAGTGAACATTATTATCAGACTGCAGTGAACATTATTTTCA 
s mm7.chr1      9380527 176 - 194923535 ACTGCCCATCCCTGAGAGCCTGCACTGCTCATCCCTGAGAGACTGCACTGCCCATCCCTGAGAGCCTACACTTG-CATCCCTGAGAGCCTGCACTG-GCATCCCTGAAAGCCTGCACTGCCCATCCCTGTGAGCCTGCACTGGCCATTCCTGAGAGCTTCCAGGGTCTGTGATACTCA 

a score=-4160
s danRer3.chr12  6930419 1855 + 37038836 TATTTTATTATTAGCTGATGATCAATTAGGAGTTGA-TTAATTGAAAATGCCTTCTCAGATTTTCATTTAAAATTCAGTTTCActttcttttcttctttcttctttatttctcctgttccttt--------catatttgtcttttccttct------------atgcttttctttctt----tttccctattcttttttctgtcttatgtccttagtttttttttatttttcttccatt----------------ttctttctctttttcatcatattcctttttttatccttttctttcATAATATTTGTCtttttattatttttccttccttttctttctttttcccttttctgtctttttgtttttgatttctttcta--ttttcattttctttttgtcctttctcttttttcttcattttatttatcttttttccttccttttattttaattctttttACATTTTCTTTCTTCCATGTTTCATGTTCATGCTGTAGTGTTTTGGGGTCGGTGATTTTTAGTCTTTTTATATTTTATTATTAGCGGATGATCTATTAGGAGTTGATTAATAAAAAATGCCTTCTC--------------AGATTTTCATTTAAAATTCAGTTTTTATTTCACTTGTCTttttctttattttttatttttcttcttcccttttgtttcgtattttctttttctttatttctttc---------cttgttttctttatttttcattttctttatttttccgcttttccattttatttattttcactttgtttcttcattttcttattttattttattttc----------tttCTTTCT-----TCTATCTGTTCTGATTAACTTTTTAAAGTTAATAAAAATATTTGAGTAATCAGTGTAAAAATGTATCTCTTTTCCTGTCATTCCTGTTAACTTtaataataataataataataacaacaatTTAATAAACATTTAAATAATTGCTTTTA-AAATGTAAATT-TAATTTCCTTTATTTTTTTCTATCATTTTATTTCTTTTTCTTTTTAtctgtctgtctgtctgtctgtctatctatcCCTTTTTCCTGTCACTCCTGTTCTGATTACCTTTAATGATTTAAACATACAATTTTAAAGTATTTTTTTTATTTCAAATTTCTTGCAATAATAA--TTTAGATATTAAATGTTACTTCT-----------ACTTTATTAATATTTTGTAAACAATTGAATAATTAACTAAACTTAATGTTTCTATAGTTTATAATTATTAAAAAAGAAAGATGACTTTTCTGAGATGtaaaaaattatatttataaattactttttctttttttttCCTCATTTTCTCCATCGGCCAgggtttcctccgggtgctccagttttccccagtctaaacacatgcacaataggtgaattggatt---aactaaattggccacagtgtatgagtgtgtatgtgtgtgactgagtgtgtacagatgtttcctagtacagtgttgcagctga--------------------aaagacagct--gtgcaaaacatttgctggataagttggtg------gttcattctgctgtggcaa-------cacctgatgaataaagggactaaagctgaagaaaaac---taataaaata-------------------atgatttttttcCAAATATTGCTTCCGAAATCACATCTCGTGTTTC-----TTTACAACCTATCGTGACTTGTTAATTAGTTACCTACTGTTCTCACAATTACCTTGGTGATAAAAATATCTACCCTGATTTATCCATTTTTTTAATAATAAGCT--CTGGCTCCATTTCGCAATTC--CGTTTCCATGCCAACAAGATCAAGGTAAAAAT--TTACACCAGTCAGAACGGTAG----------ATAAACATGAACACTAACTAATTAACAAGCCAGACGCAG--------CAGTCACACTCACTGTGGATTGGAAGATGAAGACAAGAAACCAGTGCTTCAACAACAACAACAACATGAAGCCTAGAA 
s mm7.chr18     21467464 1893 - 90918714 TATTCTATTTCTAAAAAACATCAAATTCTGAGAGGAATTTATTAAAATGACCCTTTATGATTATGGTATAATGTTCTTCATACATTTCTGACATTTTGCTTCAATTACTTGGCCTAAGTTTTAAGTGAGGACAAATATAGTTGCTGCAGCTCATGAGTTAACCATACCTTTTATTTTTAGGACTGCCCCGGTCTTGATGACTTGCCATG--ATTATGTTTGTGTGATATATGTTTCATTATAGAAAGGACATCTGTCTTTTGACTTGtataaaatattttaataatttatgatttttttcaaaatttGTGTTTTTCAAAAAGTAATTATTTTGAACAACAAACTGGAGGTTTTTTTGCATTTTAATTCTGACTTGAATATAGCTATTCACCAACTCATCCTCTCCTCCATAATCTATTTAAATTATAAAACTATGTTTTTTC---------TAATCCTT-----ATTTTGTTTCTTT-AGGTTCAATGCACAAATTTTATC----------CCCAGATTT-----CTCTTTACTTCTATTCACTGTTGGGCATTATATTTATATCT----------AAATGGATTCTCTTGTCCTGGTCTGTGGATTTACATGTGATAGATTGctttc--tctctttctttctttcttcctttcttccttccctccttcctttctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctccctctttctctctctcccttcctccctccctctctccctccctccctcccttccttcctttctttcAttttttttttaaaggcagggtttcactatgtaactctggctggtctga--aactttcta-------------tatttccatggaactcatagagatccaccttcttc-------tgccttccaagtgctagaattaagtcatgagctacGAAAACTCCT----CTTTCTAATAGTTTCTTTAATACACATAGGTTATAAGTATCTGGTCCTTTAGATAGAATAGATTTATTTTGTCTTCCCAGTGAACTAATAGTTTTGTTGGGTATAGAAATATTTTTTC---CCATTGGGTTTTGAGTTGCTTCCTTGTCTTC----TAAAAGTTGACTGTCTCTTAGTT-TCTTGAATTGGTTGGGTTGCTTAGCTGTAAGCAATAGATACTCCTCATGAAACAGAAGTAATTTATTAGTCTAT----ATCAATGGACATAGCATCTCAGAGAACTACTCATAGAGATTATG-CTACTAA------------------CTGAAATCCAAAATGTT----CTTCAAGGGCCATCTTACTGTATCCCACTACTATTATCAATACAATAGAGACTCATGCATACATGCTAGCTAT--------TAAAC---TGGAACTTCTATCACTTCCATTGTGAACTGAATCAGACATGATATCC-----------TGTAGTACTTAGTTCTTA-ACAGGCTTCTCAAT-CACTGTTAAGGGTAAGATGGTATATGTTCTTGTGTAAAGGCAGCCCAGTGAAAAGTATATGCTTTCTATCTTTGAGAAATAAGGACTTTATGCAGTCACAAACAATGCCATCCAAAGAA--AAATTATTGATGCAGAAGCATGACAGTCACTGAAATTTAAAGTTCATCTTCATTTTATTGGCTTTATTCAGATAGTGCTTTTGTACTTATTTCAGGCTGGTCACCATTATATACCCTAGGATGGCTTTGAACTCAAATGATTACC-CTGTCTAAGTTTCCTAAATATTAAAATATTAGACATTGTCCCATC----------ATACCAGTCTTCCCAATTCCATTTCAAAGATAAACTTTACCTGGCCACTGAAATGAAAGTTTACATGATTTCACCTGCCA-ATTGGTAGTCTGTGCTGTATGGTCTAGAAGATGGTCTAGCTGCC--TCCATACACAAAAGCAAAACAATCCTATTAACTGATAA--AAAAAATAGAGACAGGCAACCAGTCCTTCAAAAACAATGACAAATTGGATCCCAGAA 

a score=2856
s danRer3.chr12  7081180 561 +  37038836 TTGGCCCTTTTAACCTCCTACTG------CAAACCTCTCGAACTGATAAACAAACCTCTCTATTCTGCAACCCCATCAATCTCCCCACTACTACACTATAAGGACGACATGCCACGCGATGAT-CAAACAAAT---CAACT----CTTCCCCATGAACCCCACACATAGGTGGTGAGAAAATAGACTCTGTGCCAAGTAACGTTTTTCTCACCTGTGGGCAGAGTTGTTGTTTTTTTTGACTGTACTGAGTAATATAGA------GATGTTCCCACAGTTTTGCTAAAAACATTAATAGCATATTTATGGATGCGTTGAAACTAAATGTATAGTGTCTAAATTAAAAGTTCATTTCTatacttacacacacacacacatatatatatgtgtgtgtgtgtgtatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctgtctatctgtctatatgtctgtctatatgtctgtctatatgtctgtctgtctgtctgtctgtcctgtcaatgtctatctatctgtctatgcttctatctatccgtctgtctgtctgtcca 
s mm7.chr4      88377221 506 + 155175443 TTGCCCTTTCCTACCTCATGTTGATGTTGTGAATACATGTGAATAATGCATTAGTTTATGTTTTCTGAATTCA----AAAGTCCCCATTA-TAAATGAGAAAGATCATATGGGGTTGATTGATGCAGATATGTGCACAACCTTGGCTACCACACAA---CTACACATAGGTTTTGACAAAGATGGTTTAATGCTTGTCAGTGTCTTTCTCACCTCTAAACAGAGATGAGCATTTGGTCATCAGGA--GACAAGTATAGAAGACTTGATTTTAGCCCATTTTGG---------TTTTTAGGACAT---------------------------------TATCCTACCAGTTGCCTTCTTGATTTA-----------ACTTAGATCC-----TGGGATTCtctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcttccttccttccttccttccttccttccttcctttctttctttctttctttctt-------tctttctttctttctttctttctttctttcattctttcttCCAGTACA 

a score=63
s danRer3.chr12  7094342 95 +  37038836 ctatctatctatctatctctctatctttctatctaactcaaaccactcccgacaggctttctcatg-tctccatagaggttgtcttcag--actgtaa 
s mm7.chr14     25398837 92 + 119226840 ctaaccactgagccatttttctagccccC------ACCCAGGTGTCCTCGAACAGAATTAATTGCACTCTGCTCAGGTGCTGTCTGCTGCCACCCCTA 

a score=9329
s danRer3.chr12  7094437 251 +  37038836 tatctatttCCCTGTTGGTGTATTGTCCTTATTTGTAAAGGTGCTGCTGTTGTCCTGCAGGTGGAGGCTCTGCGTCTGCGTGTGGAGGAGCGAGAGTCTTTCCTCAACAAGAAGAACAAGCAGATCCAGGATCTGATCGAGGAGAAGGCCACGCTGAGCAGCGAGATCTGCGACCTGAAGGACATGCTGGACGTCAAAGAGAAGAAGATCAGCATCCTGCAGAAGAAGGT---GCACAAGACACAAGAGGACAG 
s mm7.chr6      29860172 244 - 149646834 TATTCCTCTCCTTTCTGTTCCATT--CATGGTTTGTAA-------TCTTTTGTTCT-CAGGTGGATGCTCTTCGATTGCGTTTGGAAGAAAAAGAGACTATGCTGAATAAAAAAACCAAGCAAATCCAAGATATGGCTGAGGAGAAGGGCACCCAGGCTGGAGAGATCCATGACCTCAAGGACATGCTGGACGTGAAGGAGCGGAAGGTCAATGTCCTCCAGAAGAAGGTAAGGCATGGGTGTCGTGAGCACAG 

a score=5716
s danRer3.chr12  7095320 161 +  37038836 tgtgtgtgtgtgtgtCAGCTGGAGAATCTTGCGCAGCAGCTGAAGGAGCGAGACACTCAGCTGGTCAGTCTGGAGCTCAGAGTGTCGTCTCTGCAGGCAGACTCCAGTAACACCGACTCGGCTCTGATCACACTGGAGGAGGCTCTGTCACAGAAGGTCAG 
s mm7.chr6      29868120 160 - 149646834 TGTATATGTATAT-TTAGATAGAAAATCTTCAGGAACAACTAAGAGATAAAGAAAAGCAGATGAGCAGCTTGAAAGAGCGAGTCAAGTCTCTGCAGGCGGACACCACTAACACAGACACAGCTCTGACAACTTTGGAGGAGGCTCTTGCAGATAAAGTAAG 

a score=12871
s danRer3.chr12  7144437 256 +  37038836 TGCAGGTCTCTGGCGATGAATCCTCTGCTGATTCCTGAAGTGTATGTGATCGGTGGTCAGCCGCTGTGCAGTCAGTTATCTGGACTCTCCAAGGGCCAGAAGAAGCTCTGCCAGCTCTACCAGGACCACATGCAGTACATCGGAGAAGGGGCAAAGACGGGCATCAGGGAGTGCCAGCACCAGTTCCGCCACCACCGCTGGAACTGCAGCACCGTCGACAACTCCACAGTGCTGGGCAGAGTCATGCACATCGGTA 
s mm7.chr6      30175105 256 - 149646834 TGTAGGTCACTAGCTCTGAACCCAGTGCAGAGACCGGAGATGTTCATCATTGGCGCTCAGCCCGTGTGCAGCCAACTTCCTGGGCTTTCCCCAGGCCAGAGAAAGCTGTGTCAGTTGTATCAGGAGCACATGTCCTACATCGGGGAGGGAGCCAAGACGGGCATCAGAGAGTGCCAACACCAGTTTCGACAGAGGCGCTGGAACTGCAGCACCGTGGACAACACATCTGTCTTTGGCAGAGTTATGCAGATAGGTA 

a score=-1275
s danRer3.chr12  7144693 282 +  37038836 TGTACGCCGCAAAAACACGTGCTGGATACGGAATACACTCATTCACTATTCCCTACtaggcatgggataataacggctctcaaggtgtactgca--gtttgagaaagtcaaggttttaaacctttttcgctaaacagaaattgggggaaatttatacaggggggctaaaaattctgacttcaactgtaTATGTGcacttgccggccactttattaagcacacgttactagtactgggttggacccctttttccttcagaactgccttattccccttcatgttgt 
s mm7.chr14     25943078 228 + 119226840 GG--------------ACGTGTTGGG--------ATGCCCA-TCACCTTTGTCTGC----------------AAAGGTCTTTGTGTTTGCTTCAATGTTTGATGAGCTGTCTGCTTTACAGCCTGGGTGATGGCTTGGGA--GATGCATTCTTTTCCAGAATGGTTTTAATTTCTGATCCCCACT-TCTGATTGCAGTTTCTAACTCCTTGAACCAG--------ATCAGTA--GAGTGACACCTCATATCCCATCG----TTCTCTATGACACTTCATGTTTT 

a score=498
s danRer3.chr12  7146113 18 +  37038836 atatatatGTGTGTGTGT 
s mm7.chr14     25947912 18 + 119226840 AGATTTAGGCTTCTGTGT 

a score=15572
s danRer3.chr12  7146131 348 +  37038836 GGGCTGCTCAGCTAATGCTCCTGTTGTTTTTCCTCTTGTCAGGCAGCAGAGAGTCAGCATTCGCCTTCGCCATCAGTGCAGCAGGAGTCCTGCATGCAGTGAGCCGTGCCTGCAGAGAGGGGGCGCTGTCCAGCTGTGGCTGCAGCAGAGCCTCCAGACCCAAAGACCTGCCTCGTGACTGGCTATGGGGCGGCTGCGGAGACAACCTCAACTACGGCTACCGCTTCAGCAGAGAGTTCGTGGATGCCCGCGAGCGAGAGAAAACGTTCAGCAAGGGCTCCGCGGAGAGCGCCCGGCAGATGATGAACCTGCATAACAACGAGGCCGGACGCAGGGTGAGGAGTGTGg 
s mm7.chr6      30181089 335 - 149646834 GGGCTTACCATCTATTGTCCCCGCTG-------------CAGGTAGCCGAGAGACTGCCTTCACGTATGCAGTGAGCGCCGCTGGCGTGGTGAATGCCATCAGCCGAGCCTGCAGAGAGGGTGAGCTGTCCACCTGTGGCTGCAGCCGTGCTGCGAGGCCCAAGGACCTGCCTCGGGACTGGCTGTGGGGTGGCTGTGGAGACAACGTGGAGTACGGCTACCGCTTTGCCAAGGAGTTTGTGGATGCCCGAGAGCGTGAGAAGAACTTTGCCAAGGGATCGGAGGAGCAGGGCCGAGCTCTCATGAACCTACAGAACAACGAGGCTGGCCGCCGGGTAAGCCGTCTTG 

a score=-542
s danRer3.chr12  7146479 175 +  37038836 gtgtagttgtaaacctagctgcatgcagttatttaatgcgcacacctaaccccacGTATGAAAGTGAAGA---GTGGGGCCGGGGGGTAGGGGGATCGTGGACGAAAGTGAAGAGGGTTGGGAAGTCGTGGATAAAAGTGAAGAGCGGGGAGTGGCG---GGTGTGAGGAGAAGGAGCAGT 
s mm7.chr1      75022584 140 + 194923535 GCAGAA----GAAGCAGGCGTTATGCA-------------------------TGCGTGTGGAAGTGTGGATGTGCAAGAGAGTGTGAGCGTGGTAGCGTGGGCACAAGTAAAGG------------TGTGAATGTCAGAGTGTGTCAGCGTGTGTCGCGCGGTGAGCAAGACAGGGGCAAT 

a score=21399
s danRer3.chr12  7148604 544 +  37038836 cttgattCCCTAGATTCCATCTCTGTTTAGTATTTTTCCCATGATCCTCTCTCCAGCTAACAGACACTCTCTCTTGTGCACACAGATAGTGTCAGATCTGGCTGACGTGTCGTGTAAGTGTCACGGTGTGTCCGGCTCCTGCAGTCTGAAGACCTGCTGGCTCCAGCTCGCTGATTTCCGCAAAGTAGGCGACGTTTTGAAGGAGAAATACGACAGCGCCGCCGCCATGAGGATGAACGGGCGTGGGAAACTGGTGCAGATGCACTCCAAATTCAGCCCTCCGTCAGGCCAGGACCTGCTGTACCTGCAGCCCAGCCCGGATTACTGCATCCGGAACAGCAGCTCTGGCTCTCTGGGCACGCAGGGGCGGCTCTGCAATAAGACGTCTGAGGGAATGGACGGCTGCGCGCTCATGTGCTGCGGACGCGGGTACGACCAGTACAAAGCGGAGCTGGTGGAGAGATGCCACTGCAAGTTCCACTGGTGCTGCTACGTGCGCTGCAAACGCTGCTCCAGCATCGTGGACCAGTACGTCTGCAAGTGA 
s mm7.chr6      30187762 533 - 149646834 ctgaattcactggcctgcctcTTCATTTG------CTTGAAGGATTCTCCTT--AGTTATT---CTCATTCTTCTCCTCCCCCAGGCCGTGTATAAGATGGCTGATGTCGCCTGCAAATGTCACGGAGTCTCCGGGTCCTGCAGCCTCAAGACCTGCTGGCTCCAGCTGGCCGAGTTCCGCAAGGTGGGGGACCGTTTGAAGGAGAAGTACGACAGCGCCGCGGCCATGCGCATCACCCGCCAGGGCAAGCTGGAGCTGGCCAACAGCCGCTTCAACCAGCCCACCCCAGAGGACCTGGTCTACGTGGACCCCAGTCCTGACTACTGCCTGCGTAATGAGACCACAGGCTCCCTGGGCACCCAGGGTCGCCTCTGCAACAAGACCTCAGAGGGCATGGACGGCTGCGAGCTCATGTGCTGTGGCCGCGGCTATGACCGCTTCAAGAGCGTTCAGGTGGAACGCTGCCACTGCAGGTTCCACTGGTGTTGCTTTGTCAGATGCAAAAAATGCACCGAGGTTGTGGACCAGTATGTCTGTAAGTGA 

a score=5203
s danRer3.chr12  7157823 224 +  37038836 GTATTTCAGAATTATGTGTACGTGAACGAACAACACAAAAGCTGTGATGTGTGTGTATGTTTTCGTTTCTGTGTGTGTGTGAGTGCAGCACATACTTCACACAGCTTTCACAGTCAATATTGCCCACAGTCTCTTTAATGGTGCGCTCGGACACGAAGGCTGGATACTCGGTGTCGCAGGGAACCAGCAGAGTTCTGCCTCC-TCTGTGAGCTGcggagaaaaga 
s mm7.chr14     26372934 214 + 119226840 GTGCTCCAGTCTCATGGGTCCGTGG--GGAAAGCTCCACAGTCAATAGAAAGGTGTGTGCTGTGGGCTGC-TGGGGCTGGGGGTG----GCTTACTTGGAGCAGTCTTCGCAAGCAATGTTCCCTGTGGTCTCCTTGATGGTGCGTTCAGAAACAAAGGCTGGGTATTCAGTATCACAAGGTTCCAG----GGTCTGTTTCAGTTTCTGGGCTGCAGGGAAAAAA 

a score=3594
s danRer3.chr12  7158181 206 +  37038836 gttgccacagcggaatgaaccaccaacttatctagcatat---gttttacgca-----gcggacggccttccagctgcaacctagtactgggaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGTATCCGTCATACCTGTAATGGTGAGGTCAGAGTGCCACCAGCTGTACAGGTTAAACTCAACCAGGAATCTGCAAGA 
s mm7.chr14     26381122 200 + 119226840 GCTGACAGAGCTGAA-GAACTGTCACATCGTCCTACATGGTTAATTTAACGCAAGCCAGTGGATCCCTGATGAAGAGCATCAGAGACCTGGGATTCAT-------CACTCACACTAAGAAACAGAAACCC-CAGTCACTACC-----TACCTTTAGCTGTCATGTCGGAGTGCCACCAACTGCACAGGTTAAACTCCACCAGGAACCTAAAGAA 

a score=1955
s danRer3.chr12  7158498 222 +  37038836 CTTACATGACAAACTCCGTCAGGAGCCATCGGATAGCTGCGAACAGAGCAAAGTAGGGCTGCAGGGAGAGAACAACAACCAATCAAACACGCAGACACAGACCaggttagaagatgttggaagaaagatcaagatcta---ataatgcaattcagataaagattaaagaataaatatgatgataaatatgaatcaaaaagtat-----------gagaaactgc-taaattctggat 
s mm7.chr14     26382892 223 + 119226840 CTTACAAGACAAGTTCCGTCATTATCCACTTGGCTGCAGAGAGAAAGGCCTTATAGGGCTGGAGGGA-AGAATTCGCCCCGTTAAAACAATGAATTACATAAGATGTTTGTA---GTTTGACTTAAGGTTTTTACATAGAGACAATGTTATTCTTTTAGAGA------GATGGATATCATGTTAAA----AACCAGGGAGGGTCTAGCTAAAGGAAGAAAATGCTTAGATACTGTAT 

a score=2637
s danRer3.chr12  7163288 65 +  37038836 CTCACATCGTTATCACAGCTGATTGAACACTTTCCATCAAGCGCCGCACACTGAAATATGCAAGA 
s mm7.chr14     26410168 65 + 119226840 CTTACCTCGTCATCGCAGCTTATGGAGCATTTGCCATCCAGGGAGGCACACTGTTGTGGGAAGGA 

a score=5974
s danRer3.chr12  7164613 105 +  37038836 AAAAGTTACCTGTCTGCTGGCGGTCCAGAACTTCCTCTGAAAGAACTCTAGCTTCATCTGAATACCTACAGCTGAG--------CAAACCAAAGCAAGACGTCAGAACACTTT 
s mm7.chr14     26411319 112 + 119226840 AGAGCTTACCTGTCTGCTGGCAGTCCAGAACTTCCTTTGGAAGAATTCAAGTTTCATCTGAATGCCTACAGCTGGGACAGATTACAAATAAAAGAAAG-CATCAGAGAACCCT 

a score=1855
s danRer3.chr12  7171696 46 +  37038836 AGGAAGGATGCTTTAATAAGGTCAAGAGTGATGATAAAGACATTTA 
s mm7.chr14     26443718 46 + 119226840 AGGAGGGATAGATTGATAAAGGGAGGAAGGAAGTTAAAGACATTGA 

a score=4470
s danRer3.chr12  7176204 652 +  37038836 GAGATTAAACCAAGTGAGAACCATGACGGCTAATTTTCCCTCTCTCTCTCTCGACTAGGT-TTGGTTTTTGCATTCTCCAGCCTGTTATTACTCCACACGGCCTCCTCCTGCCCCAAAGAGTGCTCGTGTGAC-GCCAAAAC-----GGTGGACTGCCGGGGTCGAGGACTGTATGATATCCCACGAAAACTTCATCAAGACACCCTGGAGCTTTATCTCCAAAACAACCGGCTCCGAGGCCTGAGCTCCATGTCTTTTCGGGACACACCAAACCTCCAGACCCTGGACCTGGCCAACAACTCGATCTCCATGCTTTCTCCCACCTCCTTTTTGGGCCTCAGGAGCTTGAAAGTCCTGAGTCTGGCTAATAACTCTATACGGGAGGTGGATCGG---CGGCTTCTGGTTTCCATAAGGAATCTTACGACACTGGACCTCTCCTTTAACACCATAAACAGTCTACCTGGAGCTCTAGCGGATAGTTTCCACTATCTGACGCATCTGTTTCTCCATAACAATCGGCTAACCAAGCTGGACCGCATACATCTGGAGGCTCTGGGCAGTCTTAAAGTTCTGCATCTAAAGGGCAATCCCTGGAGATGCGACTGCCATCTGATCGGACTCAAACTATGGCTGGAGACATTCGCTTTCAAAGGTAAAC 
s mm7.chr6      30300623 655 - 149646834 GAAACTGAGGCAGGGGAGTCCAATAGCCTGTTATTCTCTCCTCCTGACTGCTCCCTAGGGATCACCTGCTGGATTGCCCTGTGTGCTGTGG----AGGTGATCCCTGCCTGCCCCTTCTCCTGCACATGTGACAGTCGCAGCTTGGAGGTGGACTGCAGTGGCCTGGGTCTCACCACTGTACCCCCGGATGTGCCCGCGGCCACCCAAAGCCTTTTGCTCCTGAACAATAAGCTGAGTGCCCTACCAAGCTGGGCATTCGCCAACCTGTCCAACCTGCAGCGACTGGACCTGTCCAACAACTTTCTTGACCAGCTCCCCCGGTCCATTTTCGAGGACTTGGTCAATCTGACAGAGCTCCAGCTTCGGAATAACAGCATCAGGACCCTGGACAGGGACCTGCTCCAGCACTCCCCACTA---CTTAGACATCTGGATTTGTCTATCAACGGCTTGGCCCAGCTGCCCCCGGGGCTTTTTGATGGGCTCCTGGCTCTGCGCTCCTTGTCCCTCCGCTCCAATCGTCTGCAGAGCCTGGACCGGCTGACGTTCGAGCCCCTGGCAAGCCTGCAGCTGCTTCAGGTTGGGGACAACCCGTGGGAGTGTGACTGCAACCTTCGGGAATTCAAACACTGGCTGGAGTGGTTCTCCTACAGAGGTGAGC 

a score=6176
s danRer3.chr12  7178944 438 +  37038836 TATATCTGCTTG---ACCTCTTCTGATTGTGCCTCAGGTGGAGTTG------TGGACAGCATCACGTGTGTCCAGCCGCATCTGATGCTGGAGCGAGACCTCCGGCTCGTTCCCTACGAGCTGTTCCACGCCTGCATGATCACCAGCTACAGCTACCTATTCGCCAACATCCACTACATGGACAGCAAGCACCGCACGCTCAGCGGACAGCTCTACCCCAGCCCCAGAGCCCCGTCTGGGGGAGACTTCAGCCCCGCGGGAGACCCCATACTGCCCGAATGCGAGGCCAAGCAGAGATCCAGACCCGCAAACTACAGACACGCCATCGCCACCGTGGTCATCACAGGGGTGGTGTGTGGGATAGTGTGTTTAATGATGCTAGCGGCCGCCGTCTACGGATGTGCATATGCAGCGATCACAGCCAAATATCAACGAGAGCTCAAGAAG 
s mm7.chr6      30304139 429 - 149646834 TCTAGCTGCTTGTTCACCTTCTCTTTTTTCCCCCTGGATGCAGGGGGTCGCCTGGATCAGCTTGCCTGTACCCTACCCAAGGAGCTAAGGGGGAAGGACATGCGTGCGGTCCCCATGGAGATGTTTAACTACTG-----TTCCCAGCTAGAGGATGAGAACAACTCTGCTGGGCTAGATGCTCCAGGACCACCCTGCACCAAG--GCCAGCCCGGAGCC--TCCTAAACCTAAGCCTGGGGCTGAGCCTGAGCCCG-----AACCCAGCACTGCCTGCCCACAG----AAGCAGAGGTACCGGCCCGTGAGTGTGCGGCGAGCCATTGGCACAGTGATCATCGCCGGGGTCGTGTGTGGCATTGTCTGCATCATGATGGTGGTGGCCGCTGCTTACGGCTGCATCTACGCATCTCTCATGGCCAAGTACCACCGTGAGCTCAAGAAG 

a score=631
s danRer3.chr12  7179382 33 +  37038836 AAAGCAAAGGAGACTGCAGGAGAGGAGCAGAAA 
s mm7.chr14     26456711 32 + 119226840 TCAGCCAGGAAGTCTG-AGAAGATGGGAAGTAA 

a score=3091
s danRer3.chr12  7184736 143 +  37038836 CACATCTGTAACTGTGTAAAGTTGTGGT--ACCTGCAGCGATGGGTGACTCTCTCTCATCCAGCAGATGGATGGCGCTGCTGGCCAAGACCACA---CTCTTATTGTCAGAGGCTGAAAAATACAGATAAAGCTCAGCTCAGGTCAAA 
s mm7.chr14     26472489 139 + 119226840 CAGATCTTCAACC----AAAATCATTGTTTACCTGCCACCACGGGAGATTTCCGCTCATCCAGGAGCTGGATGGAGGTACTTGCTGTCACCACATTGCTTTTGTTGACTGTTCCTG-----TAGAAAGAAATCTCAACATAGGAAAAA 

a score=501
s danRer3.chr12  7189185 15 +  37038836 CACCTGCGTCATACG 
s mm7.chr14     26474562 15 + 119226840 CACCTGTGCTGAAGG 

a score=2977
s danRer3.chr12  7189200 105 +  37038836 GAAGGCTGTAGACAAATGTGCCGGGCACCTGTTCAGCAGCTCTTCTGTACCACAGAGGGAAATGATCAGCGCTGAACTGCACCTCTTTATCCTCTCCTGTCAGGA 
s mm7.chr6      30312906 105 - 149646834 GGAGATTGAAGACAAAGCTGCCGGGGGGCTGCTCAGAGGCCTGGCGATACCACAGCGGGAAGTGGTCCATGGTAAAAATACTGGCTTCATCTTCAGGGGTCAGGA 

a score=298
s danRer3.chr12  7189305 7 +  37038836 GGCCTCT 
s mm7.chr14     26474682 7 + 119226840 AGTCCCT 

a score=5524
s danRer3.chr12  7191513 127 +  37038836 TGCTTACTGATTGCTCAGTTGATCTGGCGTCACAAAAAGGTTGATGCGTGATAATCCAGTTCGAGTGGCGAGGAAAGAGATCTCCACACCTTTATCAGAGTTTCTAGCGGAGCGAACACAACCACAG 
s mm7.chr14     26481414 120 + 119226840 TACTTACTGATTGGTGAGTTGTTCGGCCCCCACAAACAGGTTGATTCTTGAGAGGCCTGTGCGAGTGCCGAGGAAGGCGACCTCTACACCCTTGTCAGAATTCCTG-------AAACAGAACAGCAG 

a score=-361
s danRer3.chr12  7192561 119 +  37038836 AGCTTTTAAGATAATTCAAATACAATAAAAGT-GACCCTGATGACTGCTTTGTGTGCAAAATCACACATTATACAATGTTTCTCGCATCTAGAAGCGTGTCTACAGAGTGTGTTCATGAG 
s mm7.chr14     26484778 114 + 119226840 AGCTTAGGGGAAAATTAAAGAACTTTAACACCAGGCTCCTAAAATGGTTTAGTTCCTTAAACCATA-ACCATATTTTGGAGCTTGAGTGGAAA----TGGCCATGGAGGGGGA-CATATG 

a score=5363
s danRer3.chr12  7192680 184 +  37038836 CTGTTCTTACTCGGATTTATTGAGAGCGAGGCTGGTCCAGTACGCCTCCAGTGGTGCCGTGACCACCGCATCAAACAACACCTCCTGCACCAGCTCCTGATCACCTACAcaaggcagagcacgattacttacagcacaccacacacacactggtcattcagcatgcttcacactaacaagaata 
s mm7.chr6      30319563 171 - 149646834 CTGTACGTACTCAGAGATGTTGAGTGCCAGTGCTGTCCAATAGGCTTCCATGGGGGCGGTTACCACCGCATCAAACAGCACCTCCCGCACCAGTTCCTCGTCACCTG---AGGGTAAAG---------TCACAGGA-ACCAGTTGCATGTCATCCATTACCCCATCATCCCATTAAGAAGAGCA 

a score=1368
s danRer3.chr12  7194187 274 +  37038836 AGGTCACTCACACTTCAGAT---GCTCTTCTCCATTGAAATACAGCTTAATGGCTTCAATCTGAGAGAGCACGGGATGGTCTGGATGTTCCTCTGTGTTACAGTATGTCCTGAAAAACATCAGTCACACACGCACGCACGCACGCCATATACTTCAATCGGCATACACATAAAGAGCTGAATAAAATATGTAAATAAAATAGCCTGCTG---TACCATTCATCTGCTAATGCAACGTCTGGATGCTCCAAATCATGCAGCCCTGAAACAGAAGGACATGC 
s mm7.chr6      30321256 247 - 149646834 AGGGAACTCACACTCCAGGTCTGGATCCACCCCTGTCAGGAAACGAACCACAGCTTCCAGTTGGCTGAGTTTCCGGTGGTCCGGGTCGATATCTGTGATACAGTAGATCCTGGAAGCCCAGAGAGCCTGGTTACCTCCAATCCCCCCCTTTTTTCCCTTCCCACCCACA---------------------------------CCTTCTTGCCTACCAGTCACTGGCCAGGGTCAGATCCGGATGAAGCAAGTCGTGCAGGCCTGAAAGCAGAGTCCACAC 

a score=3914
s danRer3.chr12  7195637 86 +  37038836 TACCTTCTTCAACAGAGATATTTCCTCTGAAGACATATTTGCCGTGACCTCCAGACAGAGCCACTCCTAAGCTGAAAACCAGAGAA 
s mm7.chr6      30323192 86 - 149646834 TACCTTCTTCCACAGATGTGTTCCCCAGGAGGATGTATTCTCCATGACCTCTGGTGAGCACCACTCCCAGGCTAGAGAGAAGAGAA 

a score=3831
s danRer3.chr12  7196086 78 +  37038836 TCACCTGAAGGGCGTTCCTTTAATGTCTGTGTAGTAGTAATCATTGTGAAGAACAAGCACCCGCTTCTGAAACACAAA 
s mm7.chr6      30324149 78 - 149646834 TCACCTGAAAGGTGTGTCACTGATGTCTGTGAAGAAGTAGTCATTGGTCAGGAATAGAACTCGCTTCTGAAAGAAAAA 

a score=565
s danRer3.chr12  7196169 63 +  37038836 ACAAACACTATAAGAGAATGAAAGAAAA---ACTCTGTATGGTAGTGTCTTT-----ATTCATAATAATAT 
s mm7.chr14     26492975 71 + 119226840 GGAAAAGTCATAGAGAAAAGAAAACACAGTTAGTCTGCTAGGTGATGTTCTTCAGAAACCAACaataaaat 

a score=4426
s danRer3.chr12  7197264 122 +  37038836 atgtgtgtTTAGGTGAAGTTTCTTGCCCCTTTATCCACAGTTTTCTTGACTTTCATAGAGAAGCTTCCCGTCTGTCTGTTCACCATAGCGTTACGCAGCTGAGAGAGAAAAAGCACATCTGA 
s mm7.chr14     26493240 119 + 119226840 ATGAATGTTTGAGAAAAAGGT---ACCCCTTTGTCCACGGTCTTCTTCACTTCCATGGAGAATTTCCCAGTCTTCCGATTTACCATGGCATTTCGTAACTAGAACAAGAAAATAAAATCAGA 

a score=2100
s danRer3.chr12  7198559 44 +  37038836 CTGTGTGTATATGCATATGTGTGTGTGTGGGTAAATACTGCCCT 
s mm7.chr14     26525769 44 + 119226840 CTGTGCATTTATGTGTGCGTGTGTGTGTGGCCAGAAAATGACCT 

a score=4223
s danRer3.chr12  7199410 108 +  37038836 CTCTCTCCATTCCCTTCAGACATACATTACCAGCGGCTGCAGGTCCGGATGGGTGAGGATGTATCCGTTGTTGGTGATGGCAAAGGCATACCCATGGATTCCCAGCTG 
s mm7.chr6      30343399 108 - 149646834 CTGTCCCCAATTCTCATAGGCTGTACTTACCAAAGGTCGGAGGTCAGGATGAGAGAGGATGTAGCCATTGTTAGTGTTCAAGAAGGCATAGCCATGCACCCCAAGCTG 

a score=314
s danRer3.chr12  7199518 54 +  37038836 AGAGCAGA---CAAAGAAATAAATGACAGCCATACACAGATACTGTCACATATTTAC 
s mm7.chr14     26526878 57 + 119226840 AAAGGGGAAAGTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCCTTCATTAACTGAC 

a score=6110
s danRer3.chr12  7201865 127 +  37038836 TACCTTGTATTTGGGGATGGCCTTCAGGATTTCTGACACTGGTACATCTGTGCCGACCACTCCAAGAAGAATCCCTTTATTCCTCTGAAAACAACCAACATGAGACAACATAATACAGCAAACCACT 
s mm7.chr14     26532679 124 + 119226840 TACCTTGTATTTGGGGATGGTCTTCAGAAGCTCTTTAACTGGGACATCTGTGCCAACCACACCCAGAAGAATGCCCTTTGACCTCTGTAGAAAACAGACATTA---AGCAGAATACAATAGGTTACT 

a score=238
s danRer3.chr12  7203359 60 +  37038836 TGAGACATTTCAGAGGATTCTCAACAATATTAACAATTACCACCCCAGCAGTGAGAGCTT 
s mm7.chr14     26533906 52 + 119226840 TAAGATATTTGAGAAATATCCACCCACCCCCAAC--------CCCAGGCAGAAGGCACAT 

a score=3903
s danRer3.chr12  7203419 79 +  37038836 ATGATCACTCACGGTCTCGTTTTTGGTGCTGAACACAGGCATGGCCACGGTAGTCATGAGCACTGGACCCTGAGCGTCT 
s mm7.chr6      30344541 79 - 149646834 AGGGCCACTTACTGTTTCATTCTTTTTGCTGAAGACAGGCATGGCCACTGTGGTGAGGAGCATCAGGCTCTGTGCCTCT 

a score=4057
s danRer3.chr12   7204757 451 +  37038836 GAAAAAAATAGATATATTATCTAGTTAATTTGACTGTTTTCTAGATAA-ATGCAATTTAA--AATTCAAACAAGGTCTGTAATACAATAGTAATACATTATAGtgttttgttgttatgatttattatgttatgttttgtcattttatgttGATTATAATGGATTTGTGTTTGTGTCAGGCATCTGTTTCATAAATGCTGCGTGGACCCGTGGCTGGTGGACCACCGGACGTGTCCCATGTGTAAAATGAACATTCTCAAAGCCCTCGGCCTCACGGTCAGTGTTTTGCTTTTTTTTTGTGCCTGCGTGTTTTTTTTTTTATTTACCTTAATTCATACAATATTAGTACATTTGTGTCA---AACCAAATATAAAATAAACAAAGAAAAAAAAACATAATTAGCTGAAATATTTTTTCTTCTGTTTTCAAAAGTCCATTTTATATTGTAAAACAATAT 
s mm7.chr1      155123586 409 - 194923535 GAAATAGACTGGAAAATAACTTAGACAAGTAGGTGGACTTCATGTTAATGTGTGGTTGGCTCACTTTATACAGGGTGTGT----------TGGTAAAATGCGTTATTTCCTTTATAAGATATGCAAACATTTATTTTAA-----------GACATTAATACATACTTAATTTTTTTAGGCATATTTTTCATAGAATATGCATTGACCCATGGCTTTTGGATCACCGAACGTGTCCAATGTGTAAACTTGATGTCATCAAAGCCCTGGG----ATATTGGGTTTGTTACGTTTTTGT------------TTATATTCAATCTCTACCCCAGTTCTTCCTG-AGTATCTCACTTTTATTACTGACCCAGAGGCAAGGTGAACAGATGAAA--------TATTCCTTCTGATATCCTTACTGTTACTTAAAGAAGTT--TTCAGTATTTAAAATGAATAT 

a score=7742
s danRer3.chr12  7209400 142 +  37038836 CTCACAGTGTTGTCGATGTAGGCTTCAGTCCACACCATGTCATGCTCTCGATCGATGACTTTCGGCCGACTGAGAACATGCAGATACTTCATCACGTTCTCCTGTACGTCCGCCAGCGTGGAGATCTGGGTGAAGTAACCTG 
s mm7.chr6      30347329 142 - 149646834 CGCACCCGGCTGTCCATGTAAGCCTCTGTCCAGATGATGTCGTGGTCATGGTTGATGACCATGGGGCGGCTAAGCACATGCAGGTACTCCATCACGCTCTCCTGCGCATCCGCCAGTGTGGAGATCTGTGTGTAGTAGCCTG 

a score=442
s danRer3.chr12  7209542 89 +  37038836 ACACACAACACACAAATCCATCAGAAATAAACAAAGATGCACTGATGTGAACATGCGCACACACATACACATTGACTTGTGACCCAGAC 
s mm7.chr14     26599657 73 + 119226840 CCAAAAGAAGGACGAGGC--TTAGAAATGCACA-------------GGGAGCATGCATCAAGCAACACACATTGGCCAGAG-CCCAAAC 

a score=5049
s danRer3.chr12  7209636 133 +  37038836 AAAGAGGTTCAGAAACACATGAGTAAATCTGACCTTTATTAGCGCAGGCCATCCACTTCAGGTTATCAGCGAAGGCAGACTCTCGACCAATCAGGTAAGGGAAAACACGCACCTGTCGACAGGAGACTTGGCC 
s mm7.chr6      30349717 124 - 149646834 AGAGTGTTTCACAAAGTCA---------CTTACCTTTATTGTTGCAGGCGATCCACTTCATGCGGTCAGCGAAAGTCACTTCTCTTCCAATAAGGTAAGTGAAAACTCGGACCTGTCCATAAGAGACAGGTCC 

a score=3828
s danRer3.chr12  7213180 120 +  37038836 ACCTTCCTGTCAGGCCAGTTGTAGACGGCGAACACAGCATCATATGTCTCCACTGCGCCGTCTGTCACCAGCATTATAGCCTGACTGCACTCACTGCCTCTGCCTGTCTGATTAAACTAA 
s mm7.chr6      30350168 120 - 149646834 ACCTTTCGGTCTGGCCAGTTATAGGTCTCAAACACGGGCTCATAGTCTTCCACAGCCCCATCGGTGATAAGCATGATGGCCTGGTTGCAGAGACTTCCTTGTTTGGACTCTTGGAACTGA 

a score=2349
s danRer3.chr12  7213575 108 +  37038836 AGCAGCTCAAAGGCCTCTGTCAGAGCCACGTCCAGCATGCCGATCCCTTTAGCGAGGAGCTTATCGAGACGCTGGCGGAAATGCTGT---GGGGAGAAACACAAACACACA 
s mm7.chr6      30350394 111 - 149646834 AGGATCTCGAAAGCTTCAATTAGAGCTTGACTCACGACACCCACACCTTTGACCATCAGCTCATCCACCAACTGCTTGAAATGCTGTCAGGGTGGGGGACATGTAGATACA 

a score=2881
s danRer3.chr12  7216336 120 +  37038836 ACACTTACATCTTTGTTGGTAATGTCAGCCTGAACTAATGTTCCGTTCAGACACGGCTCCACGTAATGCAGATCCTCGTTGTACTGCAAAACACACAATATATATAGAGTCAAGGTTAAA 
s mm7.chr6      30350856 120 - 149646834 ACACTCACCTCTCGGTTGTCTCGATCTGCTTGGACAAGGATGCCTTTGAAGCAGGGCTCAATGTAGTGGACGTAGTCATTGTACTGCAAGCCAAGTAAAGgagagagagagagagagaaa 

a score=6223
s danRer3.chr12  7216923 191 +  37038836 TCACAGCAATAACGTTGAAGAAAGTCGTCGTCTCCGAGTGTGTCCAGTATAGAGGAGACGGTCTGTCTAGCGATGGTGAGCCGTAAACCCTTCATAACTGCCGCTCACATCCACCAATATCACCACATCTTTAGGAGACGTAGCGGCCTGGAT-TACCTG---GAAAAACACAGCAGTGTTACCAGAGACAAGAC 
s mm7.chr6      30353342 193 - 149646834 TTACCGCGATGATGTTCACGAA-GTCGTTCTCTCCCAGGGTGTCCAATATGGTGGTAATGGTGTGCTTGGCGATAGCCATCCTCAGCCCCTTCAT-GCTGCCGCTAATGTCCACCAGAATTACGATGTCTTTGGGAGATGTGGCAGCTTGTATGTACCTTATCAGAAAGAAAGGCAATGGGAGGGAGGCCAAGGC 

a score=3818
s danRer3.chr12  7218230 77 +  37038836 CTTACCATTTCCGATTTCGACAGTCAAACTCTAGAACTCCGTGTTCATCAGGCGTCCACTTCATTCCTGTCAAGATA 
s mm7.chr6      30353820 77 - 149646834 CTTACCAGCCACGGTTTCTGCAGTCGAAGGCGATGACTCCGTTTTCATCAGGCATCCACTTTATTCCTGGGGAAACA 

a score=6314
s danRer3.chr12  7220473 273 +  37038836 ATGTGATTGCCTTGACACTATATAAACTCACCTGGATACTGTCTGAAGAAACCTTGAGCGCTGCCAAAATACTGCCATAGGAGAGAAGGGTCTCTTTTAAAGTTGTCCACAAACACTGTGTTGAGAGCCTCTGACCAGTAAACCCCGTTCACGATGTCTGAGTCTGAA---------ACACAAGTTAATTAATAGAGTA------------CATGACAAAATCACTACAGACTTACATGCTGATCTGTGTGTAATCTGTATTTTTCAGACCAGAGATACATATAGATTACTAGT 
s mm7.chr6      30377331 286 - 149646834 AGGTGACAGAGATGCCATCCTGTGTCCTCACCTGGATAGATCCTGAAGAACCCAGTTGAGCTGCCGAAATACTGCCATGTCAATGTAGGGTCTCTCTGAAAGTTCTCCACAAACACGGGGTTCAGGGCTTCGGACATATACACGCCATTTAAAATGTCTGGGTCTGAAAGTGAGAGCATGGAAGGAACTTCATGGAATGTGAAATTAGCATCAGGAGACACAGGCTACAGACCGAAAC----ATGGGTGAGTGTTCCCTGCTTCCCG----CGGGCTGCATCTGGCTTACTTGT 

a score=6314
s danRer3.chr12  7223859 255 +  37038836 ATGTCTGAGACCCTTTTGGCTGAGCATCCT---CTTAATGTAGTATAGTAAGGTGTCTGCAGTGCGGATCATACCTTTGTTGTACATGTTAGTTGGCACCTGGACGACACTGAGGCTGAGGTTTACTGACAGATTATTGAAATGTTCGTTCGGCTGAAGGATGAATTCTCCACCCAGCTCCACGCTGCGGCCCTCCTCGTCCAACTCATTGATCAACACTGCATTAAAATACTCGTACTGTCAGCAAAAAAGAAAGAG 
s mm7.chr6      30378686 249 - 149646834 ATGTTTAAAACCCTCTAGGATCCCCATCCTATCCTCTAGACTACCCAGTGGCGAGGCAACAAT--------CACCTTTGTTGTACACGTTGGTGGGCAGTTGAACGCTGCTCATGGAGACATTCACCCTCAGGTTGCTGAAGTGCGCGTCGGACTCGAGAAGAAACTCAGCTCCCAGCTCCACGTAGTTGCCCTTGTCATCCTTCTCATTGATTAGTACCGAGTTGTAGTAGTTAAACTGG-GGCGAAAGGGGAACAG 

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s danRer3.chr12  7232254 1602 +  37038836 TAAAAAATATAGAGCATGGTAAAGTATTTG---GTAACACTTAAGTGTAACACATTCTTGTTAATTAAT----TGCAGTGTTATTAAATAAATACAGTGTTATTACTGCAGTGTTATTAATAAATACAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTGTTAAATAAATAAATGCAGTCTTATTaatgcagtgttattaaataaatgcagtgtta-----ttaatgcagtgttatttaataaatgcagtgtta-----ttaatgcagtgttaataaataaatgcagtgtta-----ttaatgcagtgttatttaataaatgcagtgtta----------ttaatgcagtgTTAATAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAAGGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAAGGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAAGGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTT---ATTAAG-------GCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAAGGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAATGCATTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAAGGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAATGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTATTAAGGCAGTATTAATAAATAAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAAGGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTATTAAGGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTTATAAATAAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGT-------TACTAATGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTA-----TTAAGGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTTATAAATAAATGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGT-----TATTAATGCTGTGTTAATAAATAAATGCAGTGT-----TATTAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGT----------------TATTAAA--------TAAATGCAGTGTTTATAAATAAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTTATAAATAAATGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGTTTATAAATAAATGCAGTGTTAATAAATAAATGCAGTGT----------TATTAATGCTGTGTTAATAAATAAATGCAGTGT-----TATTAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGTTTAATAAATAAATGCAGTGTTATTAAATAAATGCAGTGT-----TATTAAGGCAGTGTTAATAAATAAATGCACTGTTAAGACAAAGTTATTAAATAAATGCACTGTTATTGT-----TGCAGTGTTAGTATTT-----CAGTGTT----ATTAAATAAATTAACTGCTTTTAT-TGCAGTGT-----TATTAATGCATTGTTATTGAATAAATGCAGTGTTAATG-----ATGAGGTGTGTTTAAATAAATACAGTGT-------------TGTTAATACAGTGTTATATGCATTGTTATTAAAAATACACAGTTATAATTGCATAGTTATTAA 
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s mm7.chr6      120335756 228 - 149646834 GGCTGAACGGGAGGTGAGTCATATGGTGGTGGTGATGGTGGGATCCTTCTGTCTCTGCTACGTGCCCTATGCTGCCCTGGCCATGTACATGGTCAACAATCGGAACCACGGGCTG------GACTTACGGCTTGTCACCATCCCCGCCTTCTTTTCCAAGAGCTCCTGTGTCTACAACCCCATCATCTACTGCTTCATGAATAAGCAGGTAAAGCGGTCTATCTACATTCCCAC 

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s danRer3.chr12   7594254 182 +  37038836 CACCTGCTGTCTGGCTTGTGTTATGAACTCAAAGCATTCTGGGAAGTATGCAGTGATGTCCGTCTCTGGAAGATCTAGCATGCTGACAGTCTTGTATGTGAAGAGTTCAGGAAACGCGTTCTCCACCCCGAACGCCACATTCAGCACATGAGTCACCTACAGCAAAAATACAAATCAGAGGA 
s mm7.chr2      102080188 182 - 182548267 CACCTTCAGTTTTGCTTGCTCAATAAACTCAAAACATTCTGGAAAATAAGACAGGATATTGGTTTCAGGCACATCCAGTATAGAAATGGTCTTATATGTAAACTCACTGAGGAAAGCATTTTCAACTCCATATGCAACATTGAGAATATGAGTCACCTTAAAGGAAAGAAAAAAAAAGATGA 

a score=2032
s danRer3.chr12   7594511 237 +  37038836 AACAACATTTAAAAAGTACCCAAAC--ATAGGAATAAATCATA--CATGCAGAGAAACCGAGAGAGGAGAATAATACTTTTAATATGTGAATTTAGCTACATAAAGTGTGTATAGATCTAATAATCTCAATATCAAATATATTTAAAATAAAAACTGTTACCTTTAGTTTCTTCAACGTGTCGATGTCATGAGCAGCGTCCTGAGATGCTAA--ATATAAATTAAA--ATGTTGAGTGTTAATAC 
s mm7.chr2      102083172 223 - 182548267 AATGCTACTAAAAGGATACCCCAAGTGATACAGATCAATCCAAATTATGCAAA-------AGTGAGGGATACAATCCTTCCCATAGAAGAATGGACAT-CTTCCTGTATGT---GATGCCAGAGTTGAAATATCCATTTTCTTCA-----------TTTACCTTATGCTTTCTCAGTAGCTCCAGGTCATGAGCAGCATCCTGTGACCCTGAGGAAATAAATCATATTACCTTGAACATAAGTAC 

a score=5601
s danRer3.chr12   7600660 322 +  37038836 AGTAAACCCGCACAGAGCAGCAGGAAGGGTGTGATGATTCCCACTTGCAGATCCAGACTGAAGTCCTGCACGAAGCCGCAGGTATCCGCGCTCTGGCGCTCCGTGTCCG----GCGTGCTGTGGTAATCAGCGCCGCTGCGGGTCTCCAGGAGGACCTGACCGCTCGCTGTGGTCACTCTGGTGCTCTGCTTCCTCAGCCGAGACGTAGAGAAACCCGCGATCTCCTGCGCCAGGGAATTCATCTTTATTTATTTACTCACGACATCCGAAACTGCTGAGAAGCTGAAGAGAAATGCGCT-CAAAACAAACCGGAGAA-------CGTTGCTAG 
s mm7.chr2      102086934 314 - 182548267 AGTCTACTCACCCAGA--AGCAACCAGGGCTTAATAACGCCAACTTGCAGGTCCAAGGTAAGGTCCTGCACATAGCCACAACCACCCCCACCGCTGGGCTCTGTCTCCACAACATGAACTGTGG-------CATCTTCCCAGGTTTCTATAAGTTTCTTTCCAGTTAGCGTGGTCACCCTGGTGCACTGCTTCCTGAGATTATCCCGGGAGAATGCTTTGATTTCTTGGTTCAGGGAGTGCA-------TTACATGAGCGGAGAAGGAAAAGCAGC----AAGCTCAAGAAAAAAGAAATAAAAAACAAAACAAAAAAGGCACTGCACTGCTAG 

a score=2564
s danRer3.chr12 7605054 197 + 37038836 TGGCTTTCCTCACATTT-------GGCACCATATGTTTGTGTAATCGTGCTGTGATTACTGACGCTGTAAACAGGGCTTTATTAATAAGGCAGTTTCTCTCGGAGAAGTGTAATGATGAAGGCACAACGAAGGTCAGAGCAGACAAA--CGCCATTTCAGGCAAACATGGTCAGGGTGATCCACTGTCACACagagagagagatag 
s mm7.chr19     5884020 193 + 61223509 TGCCTTCCTTCCTGTTCTGAGGAAGGCACCAGAAGCTGGTGTAGTCTGG--------AGTGGCACGGCGGGGAGGCGTGGCTTGGCGGGGAGGCGTGGCTTGGC--AGAGGAAGAATGGAAGAACAAAGGCAACTGGAGCGGAGCGATTCCCCACTTCAGGCAAACATAGTCAGCTGGAGCCACTG---CAGGGCAAGACAGACAG 

a score=2106
s danRer3.chr12 7607757 73 + 37038836 TGATTTTACCTGGAAGAATGTGAGTGAAATGACTCCATCAGCGTCTGTGTCCAGACTCTTGAACGTCTCTGTG 
s mm7.chr19     5884788 73 + 61223509 TTATCTCACCTTAAATAGATCAAAGGTCACAACACCATCCAGGTCTGTGTCCAGAAGTTTGAAAAACCCTGTG 

a score=6087
s danRer3.chr12 7608257 152 + 37038836 AAACTGACTGAACATGGTCTCCAGTCGCACTAAACAGGACACAAAGTTGTCAAAATCCACGGAAAGATCCTCCTCAGTGTAGCGCAGGATGATCAGCTGGAATAAATGATTGTTCAGCTTAAATCCT--GCAGAAAGAGAGAGACAGAGTCAGG 
s mm7.chr19     5885135 154 + 61223509 ACACTCACGGAACATGGTCTCCAGCCGCACAAGACAGCACACAAAGTTGTCAAAGTCCACGGCCAGGTCGGGCTCCGAGTAGCGGGTGATTATGAGTTCATGCAGCTTCTTGTTAAGCTTGAAGCCTGAGCAGAGAGGGGATGGGCAAGTGAGG 

a score=3638
s danRer3.chr12 7609483 116 + 37038836 GCTGTACCTGCAGTTTCCAGAGCTTTCCTCATCTCATACGAGCTCATAGTGCCTGATTTATCCACATCGTGATCGCGGAAGATTTGCTGGAAACACACGAGCGGAAAGAGAAAAGG 
s mm7.chr19     5886337 106 + 61223509 GCCTCACCTGCAGCCTCGATGGCCATCCTCATCTCATAGGCACTCATGCTGCCAGACTTGTCCAGGTCAAACTTCCGGAAGATGGTCTGT----------GTGGAAGGATAAAGGG 

a score=2260
s danRer3.chr12 7610904 131 + 37038836 CTCACCAGGTAGCGTTTAATCTTCTCCCACAACACATGAAACTCTACGAGTCCGAGTTTCCCACTGCCATCCGTCTAAATATATACATCAAGGATTATAATAATAAATCCAGCAGAAATACATTAAAGAGA 
s mm7.chr19     5886656 129 + 61223509 CCTACCAGGTAATTTCGGATGCGGTTCCACAGGATGTTGAACTCCACCAGACCCAGCTTCCCGTTGCCATCTCGCTTGGCAGAT--GTTAAGAAGGAAACTACTCAGCTTAAAGTACTTATGTGAGAGGGA 

a score=-1221
s danRer3.chr12  7611035 115 + 37038836 CTGAGATTG---ATGTTAGATGTGCATTTTACATCACTTTACATCACAAAACAACATTGGCAACACGTATACAATGACTGAAGACACTCAATatccatccatcca----tccatccTACCAT 
s mm7.chr17     43761907 108 + 93276925 CAAAAGGTGTCCACAGTCTACACAGGCTTGGGGTTCCTCAATGCTAACAGCCAGAACTGGGAGCTC--------------CAGCTACGCCACCCCCCTCCCCCCAGATCTCTTCCCTATCAC 

a score=-462
s danRer3.chr12  7611180 27 + 37038836 ATACTTTAAGTGTTTTGTTATTAAAGT 
s mm7.chr17     43762066 27 + 93276925 ACACCCCAGTAGGCTAGCCACAGGGCA 

a score=4362
s danRer3.chr12 7611208 99 + 37038836 AAGGATACGTCCATGAGGTTGATCATACTCCGACACGACTCCTTACCAAAGCCGTCTGTCTTTAAATCTTTATCTGCGAATATAAACACAAAACAGGTT 
s mm7.chr19     5887147 96 + 61223509 AAGGATACATCCATGAGGTTCACCATGCTGCGGCACGACTCCAGGCTGAAGCCATTAGTGCGCAGGTCTTTGTCTG---AAACAAACAACAAACAGTTT 

a score=4896
s danRer3.chr12 7613824 243 + 37038836 CTCACGTTTGGCGATGATTCTGTTCAGGATCGTCTGTAGCTCCGTCACACTGATCTCCATGTCCTA---GAAAACACATTTACGCACAAGTG-----------CTTTACATATAAAAGCATCATAGTATTCAGTATCTGTATTCAAGAGGTGTTTCTCTCACCGCTCCAGCCAGCTGTCTGAACAGACTCTTAAAACCAGCGTCAATCTGACTCTCATCAAGACGTTGCTAGACAGAAAGAGGGACAGTATCACATT 
s mm7.chr19     5888674 246 + 61223509 CTTACGTTTGCTAATGATCCTGTTCAAGATGGTCTGTAGCTCCTTGACGCTGATCTCCATGTCCTAGGGGAAGAGAAGGATG-GCACCTGTGGGGTTCCCCCACTTCACACAGGGGCTCCCCATCTTAT----CATCCCTGCC-----AGGCCTTGACTTACATCCCCTGCCAACTTGCTGAACAAGGTCTTGAAGTTGTCATCAATCTCCTCTTCAGAGAGAACTTTCTGTACACGAA-ACGGAGAGAATTAGGTT 

a score=9343
s danRer3.chr12 7618304 269 + 37038836 ACTTACTCTGAGTTGGCGGGCTTCTCTGAGAAAACTCTGAGCACGAAATCGGCCTCTTTGTTTGGCTCGAAGGTGGACGGGACGATGATGTACTCGCCCGCGGGCAGCCGGAAACGGGAGCTCACCTCCCGCAGGTTAATGAAGAGCTCCGATCGAGCGCTGGACGCGTGTGTGAGGAAGAAATCCCGCTTCAGATGAACACCAGACTGACCTAGAAACTGAAAGAAAGAGAAAAAC-----GTAGAGTATAGGGTGAAGAGTGTGTCCTTCTA 
s mm7.chr19     5889478 271 + 61223509 ACTCACTGGGTCCCAGCCTTCTTCTCTGAGAAGAAGCGCAGCAGGAAGTCGCCTTCTTTGTTGGGCTCGAAGGTGGAGGGCACCACTATGTACTCCCCGGGCGGCAGGCGGATACGGTTGCTGACTTCCCGAAGGTTGATGAAGTGCTCTGACTGCGCCCGAGAAGCGTTGGCCAGGAAGAAATCACGCTTCAAGTGCA---CAGGCTGACCCGCCAGCTGGCAGGAGAAAAGAAGCAAGCGGGGGGCTGCAGGGTCCACTCTGTCTACCTTTA 

a score=2327
s danRer3.chr12 7619909 188 +  37038836 CCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCACCCGC-GTTCTCGGTTATGTTCGCGACAGCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCACCCGCGTTTTCAGTTATGTTCGCGA 
s mm7.chr8      4495572 189 + 127874053 CCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCCGGATCCAGCTCCCCCACCCCCCACTGTACTCACATCCTCCTATTCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTATTCACATCCTCCTATTC 

a score=2941
s danRer3.chr12 7620097 170 +  37038836 CACCTCCCCCACCACCCGCGTTTTCAGTTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACATCTCCCCCACCACCCGCGTTTTCAGATATGTTCGCAACACCTCCCCCACCACCCGC-GTTCTCAGTTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCA 
s mm7.chr8      4495526 171 + 127874053 cagctcccccacccccactgtactcACATCCTCCGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCCGGATCCAGCTCCCCCACCCCCCACTGTACTCACATCCTCCTATTCCAGCTCCCCCACCC 

a score=3145
s danRer3.chr12 7620306 259 +  37038836 CCTGCATTCTCAGTTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACATCTCCCCCACCACCCGCGTTTTCAGATATGTTCGCAACACCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCACCCGC-GTTCTCAGTTATGTTCGCGACATCTCCCCCACCACCCGCGTTTTCAGATATGTTCGCAACACCTCCCCCACCACCCGCGTTTTCAGTTATGTTCGCGA 
s mm7.chr8      4495501 260 + 127874053 cttgtgtactcacatcctctggatccagctcccccacccccactgtactcACATCCTCCGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCCGGATCCAGCTCCCCCACCCCCCACTGTACTCACATCCTCCTATTCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTATTCACATCCTCCTATTC 

a score=6673
s danRer3.chr12 7620565 455 +  37038836 CACCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACATCTCCCCCACCACCCGCGTTTTCAGATATGTTCGCAACACCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCACCCGC-GTTCTCAGTTATGTTCGCGACATCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACATCTCCCCCACCACC--TGCATTCTCAG--TTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACATCTCCCCCACCACCCGCGTTTTCAGATATGTTCGCAACACCTCCCCCACCACCCGCGTTCTCAGTTATGTTCGCGACACCTCCCCCACCACCCgcgttctcagttatgttcgcgacatctcccccaccacctgcgttctcagttatgttcgcgacacctcccccaccacccgcgttctca 
s mm7.chr8      4495526 455 + 127874053 cagctcccccacccccactgtactcACATCCTCCGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCCGGATCCAGCTCCCCCACCCCCCACTGTACTCACATCCTCCTATTCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTATTCACATCCTCCTATTC----CAGCTTCCC-ACCCCCACTGTACTCACATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCCGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCATATCCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACTCACATGCTCTGGATCCAGCTCCCCCACCCCCACTGTACACA 

a score=5668
s danRer3.chr12 7622016 186 + 37038836 CTCTCTGACCTCATAAATGGCGAATCCGATAGTCTCCATGTCCTGCCCTTCTCTTCTCTTCTTCCTGCGGTCCTTCTGCATCAGCGCCACCAGGAAGCTGCACTCTGAT---------------TGGCCGGGAGAATCCGGGTGTTTCAGGGCCACCTTGAACTGCGGGTTGATCCAGAATGTTGCTGTGGGAAGAAAAGA 
s mm7.chr19     5892487 201 + 61223509 CTGGCTAACCTGGTACACTGCAAAACCGATGGTCTCCATGTCCCGGCCAAAGCGACGCTCCCTGCGGCGGTGTTTCTGCATGAGGGCCAGCAAGAAGCTGCAGCCCGACTCCCGGTTGTCATAGTCGTCTGCGTCATCCACCTCCTCCAACCGGATCTTGAACTGGGGGTTTACCCAGAAGGTAGCTGCAGGAGGAGAGGA 

a score=7106
s danRer3.chr12 7622670 170 + 37038836 ACCTGGATAGTTCCTGCAGCCACCTGCAGTGCTTCCTCTCCTCCACTCGCCGTTATAGTTGGCGGTGCTCCACTTCTTCACCTGACTGGCCTGGAGAGCGTCCGCCGTCAGGTTACAGATTTCCAAACGGGTGAACTCGCGCAGAAAATCACTGAACGACATCCTGATGG 
s mm7.chr19     5902055 170 + 61223509 ACCTGGGTAGTTCCTGCAGCCTCCAGCGGTGCTTCCCCGACGCCAGGTGCCCTCGTAAAATGTGGTATTCCAATTCCGGAGGGTCCTGCTCTTAAGGGCGTCCGGTGTAAGGTTGCAGATTTCCAGTTTGGTGAATTCACGGATGAAGTCTCGGAACGACATCCTGAGGG 

a score=3092
s danRer3.chr12 7624832 84 + 37038836 GCTCACCAGAACTCTCCGTCCTCGCTGCGGTTCTGTAATCGGCCCCGGACGGAGCGGTCCACATTGTCCCATTCGCGAGAGCTG 
s mm7.chr19     5902299 84 + 61223509 GCTTACCAGAACTCCCCATCCTCCATCTTGACCCTCAGCTGCTCTCGTTCATAGGGGTCCACTTTGTTCCACTCATAGGAGCTG 

a score=4009
s danRer3.chr12 7624999 98 + 37038836 ACTCACTTGTCGCTCCAGGCTCCAGTCCACTCCACTTCCCCCCACGGGTTCCTGATGCGCACCAGTTTGGTCATGTTCCCCCTGTAGACCACCTGATC 
s mm7.chr19     5903475 98 + 61223509 ACTTACCTGTCACTCCAGGGTCCTTTCCACTCCACTTCACCCCAGGGGTTCCGCATCCGGATTAGGTTCACCCGCTGGCCCTGGTAAGTTACCTGTTC 

a score=4076
s danRer3.chr12 7628049 99 + 37038836 ACCTCTTCTGCTCCGGTCACAGAGTATGCGTGGCCTTTGACCAGCTTCTTAAAGGTCACCGCCTCCATGTCAAACTTACTGGTGATCTTGTaaaaaaaa 
s mm7.chr19     5903890 99 + 61223509 ACCTGCTTGGCGCCCGTCACAGAGTACGCATGGCCCCTCACCAGGTTCTTAAAAGTAATAGCCTCTAAATCACGGATATCGGAGATCTACGGAAAGAAA 

a score=8544
s danRer3.chr12 7630569 182 + 37038836 CACTCACATCAATAGAGCAGCCCAGCAGCGAGCCTCTCTCGATGGCGCGGCCAATAATGCTGAAGAGGTCAGCGGGAGCTTTCTTTAACTCGTACATCTCTGTCACTCCACCGGTGAAATCCTCGAAGCCTTCACACGTGCTGCCTCCAGACAGAGCCTCGTAACAGCCGTTCAGCCTGAGG 
s mm7.chr19     5905813 182 + 61223509 CACTCACATTAATGGAGCAGCCCAGCAAGGAGCCTCGTTCCAGGGCCTTTAGAATGATCTGGTAGAGGTCGCTGGGGGCCTTCTGCAGGTCGTACCACTCAGTGACCCCACCGGTAAAGTCCTCGAAGGCCTCTGAGGTGCAGCCTCCCGAAAGAGCCTCATAGCTGCCATTCACTCTGTGG 

a score=8236
s danRer3.chr12 7631129 161 + 37038836 ACTTGGCGTAGGCCTTCTCCAGCAGAGCACTCCAGAACTCTCCACCCTCCGCCGAGTGCACGAATAACAGTTTGCCATCCTTCGTCGGCAGCCGGTCGTCGATCACCACGTCCACCCATTCACCAAACTGCCAGAACTGCAGACCGAGAGAGACCGATTCA 
s mm7.chr19     5906100 156 + 61223509 ACTTAGCATAGGCTTTCTCCAGCAGTGCGCTCCAGAATTCGTTGCCCTGGGCAGAGTGCACGAACACCAGCTTCCCGTCCTTGGTGGGCAGCAAGTCATCTATGACCACGTCGACCCACTCCCCGAACTGCCACAGCTG-----TGGGAGGGACAAAGTCA 

a score=5783
s danRer3.chr12 7646967 124 + 37038836 ACCTGGAAGTGGAATATTCCTGCATATCTGCTGTCAAAGTCCTGTCCGTGCGGCACCACGCGATGCAGCAGATTATCATTCAGAGTCAGGGACGCGATAGCAGCCAGCAGCCAACAATCACCTG 
s mm7.chr19     5908392 124 + 61223509 ACCTGGAAATGAAAGATGCCAGCGTAGCCATCCTGAAAGCTCTGGCCGTAGGGAACCACTCGGTGCAGAATAGTCTCGTTGAGGGTGAGGGAGGCAATGGCAGCCAGGAGCCAACAGTCCCCTG 

a score=4689
s danRer3.chr12 7652250 126 + 37038836 GACTCACCCAGCGCTCCCTGACAGATGTCTGTGCGAGTGGCTCCATCCACGATAAACTGAGGACGCGCACACATTTCCTGAAGAAACACAAACACAGCTACATTACATCTATACCtgagcaattcc 
s mm7.chr19     5908794 112 + 61223509 GGCCTACCCAGTGCTCCCTGGCAGATGTCTGTCCGGGTGGCTCCATCCACGATGAACTGGGGGTTTGACATCAGTTCCTACAAGACC-----CACGGTCATGTT---------CCTGGGCCAGTCC 

a score=5818
s danRer3.chr12 7656846 302 + 37038836 ACAAACATCATCAGTAGTTTCCAGCATATATTGAGTCAGTACAGTCCTGCGCTCACCTTGGGTCTCATCCAGCGCACTCCTTGTGTTTTGGAGGATCGCGGGCCGAGTTCATTGAAGCCCAGA-GAAGAGCTGCTGGCGGTGAACATTGGATCCTCAAACAGTCGTCTGCTCTGCTGGCTCTGAGCTCTCAGCGTCTCGTAATCTTGACCCAAGAACTTGACAGCGTTGTGGTTTTGACCCAAACCCGCGTCTCGATCCCACTGACTCCGCAGCCTCGCAGCCATTCCAGTGGCGCAGATGGG 
s mm7.chr19     5908964 288 + 61223509 ACCACCATCAGAACCAAGTTCCACC-----------CAGAGTGGCCCT---CTTACCGTAGGCCGCTTCCATTTGATGCCATAGGTTTTAGAGGAATGAGGACCCAGTTCCTTGAAGCCCAGGCTATGAGAAACCGGAGG-GAAGGCCTCGTCTTGGAAGAGGACCCCACTCTGCAGGCATCTTGCCCGAAGCGTTTCATAATCCTGGCCCAGGTACTTGATGGCGTTTTCATGGCGGCCCAAGCCCAGCTCCTTGTCCCGCTTCTTCTGTACTTGGGCTGACACCCCGGTGCAGTACACAGG 

a score=2368
s danRer3.chr12  7684400 143 + 37038836 CATCAAATCCTCATGGTGTTTGTGTGCG------TTTCTCTCAGGCTGTTGTTCTTCTGGAGCACGAGCGCCAGCAGGAGCTTGCTAAAAT------------------------CCAGCA---GGGGCAGCCGGGAGCCAGAGGACCAGATCTGGGACCCCGACCCAACCTCCTG 
s mm7.chr19     56037237 173 - 61223509 CGCCAAATTCTTTTCCAAGCTGAGTCCGCACTTCTTTCTTGTAGGCAGCTGTGTTAATGGAGCAGGAACGGCAGCAGGAGATCGCCAAGATGGGCACTGCAGTCCCTCGGCCGCCTCAGGATATGGGGCAGCTGGGTGTCCGTACTCC---TCTGGGGCCTCGCGGTAAGACCCTG 

a score=1766
s danRer3.chr12  7686745 148 + 37038836 ACATTAAACCTGATTGTTTTCCTCTTTTAGTCG-GGATTCAGAGCGGTCTGCCTCCTCCAGGCCTTTCATTGGTTGCCCAAAA-------------TCAACGGCAGAAAGTCCCGCCCCCTCCTGGGGAGGACGGCAGAGAGGTACGAGAAACTGAAAACCT 
s mm7.chr19     56040260 158 - 61223509 ACATTGGATTTCTTTTTTTCCTTTTCACAGTAGCTGCTCCAGTAGGCCCTGTGGTTCCCACGCCTACGGTT--TTGCCCATGGGGGCACCTGTTCCTCGCCCTCGGGGTCCCCCCCCACCCCCTGGAGATGAGAACAGAGAGGT--GAGAGACTGCTGACTT 

a score=3945
s danRer3.chr12  7686956 91 + 37038836 GCAGGGGGAAGATGTCGGCATTGGACCCAAGATTCCTCAGGCTCTGGAGAAAATCCTGCAGCTGAAGGAAATGAGGCAGGAGCAGCTCAGC 
s mm7.chr19     56040693 91 - 61223509 GCAGATGGATGATCCTTCTGTGGGCCCCAAGATCCCCCAGGCTTTGGAAAAGATTCTTCAGCTGAAGGAGAGCCGGCAGGAAGAGATGAAC 

a score=7128
s danRer3.chr12  7689913 246 + 37038836 CTGAATTTGTTCTTGTGTACTTGCAGAAAAACCGTAAGCGCAGGAACAGgaagaagaagaagaagaagaagcag-cgtgagcagg------agaaggagcagcaggacgaggagaagaagaaagatgagaa---------ggagCC---------GGAGGTGGAGATCGAGTACGTGACAGAGGAGCCGGCCATCTATGACCCCAACTTCATCTTCTTCAAGAGGATCTTCGAGGCGTTTAAGGT-CAGAAACTGCTTTCATTTAAAAGGTC 
s mm7.chr19     56041393 271 - 61223509 CTTAGGTAGTTTTCCTGTCTCGATAGAAAAACCGAAAGCGTCGGAACCGAAAGAAGAAGAAAAAGCCACAGCGGGTGCGGGCAGCCTCATCAGAGAGCTCTG-GGGACCGAGAGAAGGACTCCGGTCGGTCCCGCGGCTCGGACCCCCCTGCTGCTGACGTGGAGATTGAGTATGTGACCGAGGAGCCTGAGATCTACGAGCCCAATTTCATCTTCTTCAAGAGGATTTTTGAGGCTTTCAAGGTACAGAGGGTGGTGTGCTCTGAGTAGCC 

a score=6426
s danRer3.chr12 7690760 1019 +  37038836 ATAACTTTTTGGACACATGGTGCACTGTAACGCCTTTTTTG-ATATGTGGCCCACTATAATCACTTTTTGGACATGTGGCCCACTATAATCACTTTTTGGACATGTGGCCCACTATAATAACTTTTTGCACATGTGGTCCACTATAATAACTTTTTGCACATGTGGTCCACTATAATAACTTTTTGGACATGTGACCCACTATAATAACTTTTTGCACATGTGATCCACTATAATTACTTTTTGGACATGTGGCCCACTATAATAACTTTTTGGACATGTGGCCCACTATAATAACTTTTTGGATATGTGGCCCACTATAATCACTTTTTGCACATGTGGTCCACTATAATAACTTTTTGGACATGTGACCCACTATAATAACTTTTTGCACATGTGGTCCACTATAATTACTTTTTGGACATGTGGCCCACTATAATTACTTTTTGGACATGTGGCCCACTATAATAACTTTTTGGACATGTGACCCACTATAATAACTTTTTGCACATGTGGTCCACTATAATTACTTTTTGGACATGTGGCCCACTATAATTACTTTTTGGACATGTGGCCCACTATAATAACTTTTTGGACATGTGGCCCACTATAATTACTTTTTGGAACTGTGGCCCACTATAATCACTTTTTGGAACTGTGGCCCACTATAATCACTTTTTGCACATGTGGTCCACTATAATAACTTTTTGGACATGTGACCCACTATAATCAAGTTTTGCACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACTTGTGGTCCACTATAATAACTTTTTGCACATGTGGC-------------CCACTATATTAACATTTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACTTTTGGTCCACTATAATAACTTTTTGGACATGTGGTCCACTATAATAA 
s mm7.chr15     2812070 1031 - 103647385 ATCACCTGTCACACATATGTT-CTGTGTACATCATCTGTTGTACATGTGTTCTGTGTACCTCATCTGCTGCACATGTGTTCTGTGTACATCATCTGCTACACATATGTTCTGTGTACATCATCTGTCACACACATGTTCTGTGTACACCATCCGTTGCTCATATGTTCTGTGTACATCATCTGTTACATATGTGTTCTGTGTACACGATTCATTGCTCTTATGTTCTGTGTACATCATGTGTTGTACATGTGTTCTGTGTATATCATCTGTCGCACATATGTTCTATATACATCTTCTGTTGCTCATATGTTCTGTGTACATCATCTTTTGCACATGTGTCCTGTGTACATCATCTGTTCTACATGTGTTCTGTGTATATCATCTGTTGTACCTGTGTTCTGTGTAAATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTGTAAATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTGTATATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTGTATATCATCTGTTGCACACGTGTCCTGTGTACATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTGTAAATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTGTAAGTCATCTGTTGCACATGTGTTCTGTGTACATAATCCGTTGTACACGTGTTCTGTGTAAATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTGTAAATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTGTATATCATCTGTTGCACACGTGTCCTGTGTACATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTGTAAATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTGTAAGTCATCTGTTGTGCACGTGTTCTGTGTAAGTCATCTGTTGCACATGTGTTCTGTGTATATCATCTGTTGCACATGTGTCATGTGTACATCATCTGTTGTACACATGTTCTGTGTAAATCATCTGTTATACACATGTTCTGTGTATATCATCTGTTGCACATGTGTTCTGTGTAAATCATCTGTTGTACACGTGTTCTGTATCTTCCTTCCA-TGGAAGATATGCATGAacatctgctcacccagaatga 

a score=4264
s danRer3.chr12  7692039 1058 +  37038836 TTGGACACGTGGCCCACTATATTAAGTTGTTGGACCATGGCCCACTATAATATCTTTTTGGACACGTGGCCCACTATAATATCCTTTTGGACACGTGGCCCACTATATTAAGTTTTGCACATGTGGCCTGCTATAATAAATAACTTTATGGACACGTGACCCACTATAATGAAGTTTTGCACATGTGGC-CCACTATATTAACATTTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTAGACATGTGGCCCACTATAATAACATTTTAGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGATAAGTGGCCCACTATATTAACATTTTAGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGATAAGTGGCCCACTATATTAACATTTTAGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGAAATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACAAGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGAAATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACAAGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGAAATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACAAGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGAAATGTGGCCCACTATATTAACATTTTAGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGATAAGTGGCCCACTATATTAACATTTTAGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTAGACATGTGGCCCACTATATTAAGTTGTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTAGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTAGACATGTGGCTCACTATATTAACATTTTGGAAATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGATAAGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGAAATGTGGCCCACTATATTAACATTTTAGACATGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGATAAGTGGCCCACTATATTAACATTTTGGACATGTGG 
s mm7.chr12     10490200 1027 - 117814103 ttgcagacatgtatcaccctgctcagtgttacagggatgTGTCACTGCGCTCATGTGTAACAGACATGTATCACTGTGCTCATGTGTTACACACATGTATCACTGA----------GCTCATGTG--------------------TTATAGACATGTA--TCACCATGCTCATGTATAACAGACATGTTATCACTGAGCTCATGTGTTATAGACATGTACCACCATGCTCATGTGTAACACACATGTATCACCCCGCTCATGTGTTACAGACATGCATCACCATGCTCATATGTTATAGACATGTATCACCCTGCTCATGTGTTATAGACATGTAGCACTGTGCTCATGTGTTACAGATATGTATCACCATGCTCATGTGTAACAGACATGTATCATCGTGCTTATATGTTATAGACATGTATCATCCTGCTCATATGTTATAGACATGTATCACCCTGCTCATATATAACAGACATGTATAACTGAGCTCATGTGTTATAGACATGTATCACCGTGCTCATGTATAACACACATGTATCACCCCACTCATGTGTTACAGACATGTATCACCGTGCCCATGTGTAACAGACATGTATCACTGTGCTCATATGTTATAGACATGTATCACCCTGCTCATGTGTTATAGACATGTAGCACTGTGCTCATGTGTTACAGACATGTATCACCCTGTTCATGTGTTACAGGCATGTATCACCCTGCTCATGTGTAACAGACATGTATCACCGTGCTCATGTGTAACAGACATGTATAACCATGCTCGTGTGTTACAGACATGTATCACCGTGCTCATATGTTATAGACATGTATCACCCTGCTCATGTGTAACAGACATGTATCACCGTGCTCATATTTTATAGACATGTATCACCTTGCTCATGTGTTATAGACATGTAGCACTGTGCTCATGTGTTACAGATATGTATCACCGTGCTCGTGTGTTACAGACATGTAGCACTGTGCTCGTGTGTTACAGACATGTATCACCCTGCTCATGTGTAACAGACATGTATCACCCTTCTCATGTGTTCAttttatgg 

a score=3415
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s mm7.chr17     7279963 307 - 93276925 CCGGCTTTCTCTCCATCTTACACGCTTAGCCAGCTCTCTCTCCATCTTACACACTTAGCCGGCTCTCTCTCCACCTTACACGCTTAGCCGGCTCTCTCTCCAGTCCTTACACGCTTAGCCGGCTCTCTCTCCATCTTACACACTTAGCCGGCTCTCTCTCCACCTTACACACTTAGCCGGCTCTCTCTCCATCTTACACGCTTAGCCGGCTTTCTCTCCATCTTACACGCTTAGCCGGCTCTCTCTCCATCTTACACACTTAGCCGGCTCTCTCTCCAGTCCTTACA-ATCTTTCTAAATGCATTAAC 

a score=7273
s danRer3.chr12  7693766 295 + 37038836 TTTGTTTCTCACAGCTGACAGATGATGTGAAAAAGGAGAAGGAAAAGGAGCCGGAGAAGCCTGAAAAGCCTGAAATCCTGTC---CTTTAAGAAGAAGGGGTTCGAGCTGGAGAAGAGGGACAGCGACGA------CAGTGATG------AGGTCAG-----------TGGAAGGACATGTAG----------------------------------ATG---------TCTTATGGTCTAATAAT-------------------AATCCTGTCTAACTCCTCC-----ACTTCCTGTTTGACAGGAAATCAAGAAGGACTTACCCAAGCTGTCTAAAAAGAAGCTCAGGAGGATGAACAGGTTGACTGTGGCTGAACTCAAACAGGT 
s mm7.chr19     56041742 387 - 61223509 TCTGTCTC-CTCAGCTAACTGATGATGTGAAGAAGGAAAAAGAAAAGGAGCCAGAGAAGCTTGACAAGATGGAGAGCTCTGCAGTCCCCAAGAAGAAGGGCTTTGAGGAGGAGCACAAGGACAGTGACGATGACAGCAGTGATGATGAGCAGGTCAGGCCCCCTCCGTGGGAGAGAGATGCAGGGCCCAGGGAGGTGGAGTGTTTTCCTCAGAGACCATGGTAAAGGGCTTTCGTGGCTTAAGCATTGCCACGGCTGGCAGTTTGATTGCTACCTGATGCCACCTAAGAGGTTATTCTCTTTTAGGAAAAGAAGCCGGAAGCCCCTAAACTGTCGAAGAAGAAGTTGCGCCGAATGAATCGTTTTACTGTGGCAGAACTCAAGCAGGT 

a score=14516
s danRer3.chr12  7698604 369 + 37038836 gccccacaactgtgcttaaacccagtc---attt------tgcattataggtcccccttaGCCACCATGTTAAGGGGAAATGGCTAAGATAACCGATCTAACAGGCCTATAATCATCCTTCATTGTTGTTCTGTCTTGTGTCGGTCAGCTGGTGGCTCGTCCTGATGTCGTGGAGATGCACGATGTGACTGCGCAGGAGCCCAAACTGCTGGTCCACCTGAAGGCCACCAGAAACACGGTCCCCGTCCCCCGCCACTGGTGCTTCAAGAGAAAGTACCTGCAGGGGAAGAGAGGTATCGAGAAACCCCCATTTGAGCTGCCTGAATTCATCAGGAGGACCGGCATCCAGGAGATGAGGGAAGCCCTGCAAGAGAAGGT 
s mm7.chr19     56042151 366 - 61223509 GCTCTGCAGCCTCGCTGGGACTCAGCCCCAGTTTGTTAGATGTTTTATAAGGCAGGCTTGGTCTGGGGGTCATTGAGAAA-----GAGAACACAGCTCTAACCCAGAGGTGGCCTTTCTGCAAACCCACTGTGCTTT-------TCAGCTGGTGGCCCGGCCTGATGTTGTGGAGATGCATGACGTGACGGCACAGGACCCCAAGCTCTTGGTCCACCTCAAGGCCACCCGGAACTCCGTCCCTGTGCCACGCCACTGGTGTTTTAAGCGCAAGTACCTTCAAGGCAAACGGGGCATTGAGAAGCCCCCCTTTGAGCTGCCAGACTTCATCAAACGCACAGGCATTCAGGAAATGAGAGAGGCCCTGCAGGAGAAGGT 

a score=11984
s danRer3.chr12  7700445 201 + 37038836 AAATTTGACTTGAAATAGTGTAAAAACCCATCTGTCC--CTCTCCCTGCAGGAAGATGCCAAAACCATGAAGACCAAGATGAGAGAGAAAGTTCGACCCAAGATGGGGAAGATCGACATCGACTACCAGAAGCTGCACGACGCCTTCTTCAAATGGCAGATCAAACCCAAACTCACCATCCACGGAGACCTTTACTATGAGGT 
s mm7.chr19     56043931 200 - 61223509 AGACTTGACT---ACTAACCCAGTAATTCATCTCTTCTGCCTTCTTTACAGGAAGAACAAAAAACCATGAAGTCAAAAATGAGAGAGAAGGTTCGGCCGAAGATGGGGAAGATCGACATTGACTACCAGAAGCTACACGATGCCTTCTTCAAGTGGCAGACCAAGCCGAAACTCACCATCCATGGGGACCTTTATTATGAGGT 

a score=6149
s danRer3.chr12  7704977 105 + 37038836 TCTTTCAGGGTAAGGAGTTTGAGACGCGGCTGAAGGAGAAGAAGCCGGGCGATCTATCAGATGAGCTGCGGGTGGCACTCGGGATGCCCACCGGACCCGTGAGTT 
s mm7.chr19     56044748 105 - 61223509 TTCTTCAGGGGAAGGAGTTTGAGACACGGCTGAAGGAGAAGAAGCCTGGAGATTTATCTGATGAGCTAAGGATTTCCTTAGGAATGCCAGTAGGACCTGTGAGTG 

a score=7249
s danRer3.chr12  7705139 126 + 37038836 GTTTGCGTTTCT-GCAGAACTCTCATAAAGTTCCTCCACCGTGGCTCATCGCCATGCAGAGATACGGACCTCCACCATCATACCCAAACCTGAAGATCCCCGGCCTCAACGCCCCCATACCCGAGGT 
s mm7.chr19     56044936 127 - 61223509 GTCTGCTTTTCTTACAGAATGCCCACAAAGTCCCTCCTCCGTGGCTGATTGCCATGCAGCGATACGGGCCACCCCCATCCTACCCAAACCTGAAAATCCCTGGACTGAATTCACCTATCCCTGAGGT 

a score=7236
s danRer3.chr12  7706622 190 + 37038836 GTGTGTGTGTGATTTCAGGGCTGCTCGTTTGGGTATCACGCTGGTGGTTGGGGAAAACCTCCTGTGGACGAGACAGGAAAACCGCTGTACGGAGACGTGTTTGGGACCAACTCCATAGACTTCCAGGTCAGGACACGCAA---------ATATTGTCCAATGTTAGAAATATGGAGCAGCAGTAGATGACACACACTGT 
s mm7.chr19     56048736 195 - 61223509 GTGTGTCCTCTCTTGCAGAGCTGCTCCTTTGGATACCATGCTGGTGGCTGGGGCAAACCCCCAGTGGATGAGACTGGGAAGCCGCTCTATGGGGACGTGTTTGGAACCAATGCTGCTGAGTTTCAGGTATGGGTAGACTGTTTAGTTTCATTTTACTCCGTGCTAGAAA----GGTTAGCAATAGTTGGTCTAAACCGT 

a score=10034
s danRer3.chr12  7709427 148 + 37038836 AGGCTAAAGCGGAGGAGGAGGAAGTGGACCGAACCCCGTGGGGCGAGCTGGAGCCGTCAGATGAAGAGTCCTCTgaggaagaggaggaggaggagagcgacgaggagaaACCAGACGAAACCGGCTTCTTCACTCCTGCAGACAGGTA 
s mm7.chr19     56049089 148 - 61223509 AGACCAAAACGGAAGAAGAAGAAATTGACCGGACCCCGTGGGGGGAACTGGAACCATCTGATGAAGAATCCTCAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAAGCGATGAAGACAAGCCAGATGAGACTGGCTTCATCACACCTGCAGACAGGTA 

a score=7340
s danRer3.chr12  7711142 246 + 37038836 CAAAGCCTGTCTT----AAATCTGTCTTGATGTTACCCTGCTGTTGTTTGTGTTGACACTCCTCT----------GCTTTTCTCATTTGCAGTCACAGTGGTTTGATCACTCCCGGCGGCTTCTCCTCTGTTCCTGCCGGTATGGAGACTCCAGAGCTGATTGAGCTGAGGAAGAAGAAGATCGAGGAGGCCATGGATGGGTAAGAATCTCCTGGAAATACACTTCAGGGTAGGGTAGCGATGGGAGAAACTGAGCTTTA 
s mm7.chr19     56049241 236 - 61223509 CGGAGCCTGTTTCCTCCAGAGCAGCCTGTCTGT----CTGTGGCTTTGTCTGTGGGGACTGCTCTTCACAGTGGAGCTTTGCTTCTT--CCTGCACAGCGGCCTCATCACTCCCGGAGGATTCTCATCCGTGCCAGCTGGGATGGAGACCCCTGAACTCATTGAGCTGAGGAAGAAGAAGATCGAAGAGGCGATGGATGGGTGAGA---------GAAGTCACC---------AGCAGTGATGGGAGGGCCTTTACTTCA 

a score=5662
s danRer3.chr12  7714283 143 + 37038836 TATTTGTGTGTGTTTT-CAGCAACGAGACTCCTCAGCTGTTTACTGTGCTGCCGGAGAGGAGGACGGGACCTGTCGGAGCTGCTATGATGGCGTCCACACACATCTACGACATGACTACCGTACGCTCTT--ACACTTTGTTTGGT 
s mm7.chr19     56053520 146 - 61223509 TATTTTCTTGTCCTTTGCAGAAGTGAGACACCTCAGTTATTCACTGTATTGCCAGAGAAGAGAACAGCCACTGTTGGGGGAGCCATGATGGGATCCACCCACATTTATGACATGTCCACGGTAAGCATTGGAGAACATTGTTTTGT 

a score=10929
s danRer3.chr12  7717183 236 + 37038836 GACTCTCAGGGTGTGGAGGTTGCTCTGGCCCCAGAGGAGCTGGAGTTGGACCCCATGGCCATGACCCAGAAGTACGAGGAGCACGTCCGGGAGCAGCAG------GTGGAGAAGGAGGACTTCAGCGACATGGTGGCCGAGCACGCCGCCAAACAGAAGGTCAGTTC-ACACGCAAGcct-tcaagacttttagcattactgcattaaagcagggctgctgcccaaactcggtgctggagagtc 
s mm7.chr19     56053753 240 - 61223509 GAATTGCAAGGTGTGGAAGTAGCGCTGGCGCCTGAGGAATTGGAGTTGGACCCCATGGCCATGACGCAGAAGTACGAGGAGCACGTTCGGGAGCAGCAGGCACAAGTAGAGAAGGAAGACTTCAGCGACATGGTGGCTGAGCATGCTGCTAAGCAGAAGGTGGGAGCAACCTGTGGGCCTAGGAGGAGGGCTGTCCTTTCTGGTGGAGGGAGAGGCGGGTG----GACTCGGTGCCTGAAGGTC 

a score=4468
s danRer3.chr12  7720160 389 + 37038836 ggacacttc--tgGTGTAGATGTAGTCTTTCACCTGCAGAAACTGAGCATTTTGAGAACGCTAAACATCCTGTT-------------GAGATTGTAAACTCA----TCTTTTTCTTTTTTTTGTGTTTG---TAAATGATTTTTTTTCCTGAAATATTT------TCGTGATTTGTTTCTTTC----------AGCAAAAGAAGCGCAAGGCGCAGCCGCAGGACACACGCGGAGGAGCCAAGAAATACAAAGAGTTCAAGTTCTAGAT-CTGCTCGT------------CCTTCAGTCTTTTATTGTGCGGGAGCACACATGTGTTTGTGCGTCACCTTACAGTGAG-----------CCACGTTTTTCATTTACGGTCAATGT----------TTTTGTAAATAAAA-----TCCCAGTCCATGACAAACACGCTCAGAGCTTTTATTTCATCCACTGTTTTGG 
s mm7.chr19     56053997 440 - 61223509 AGATGCTCCATTGGTG-----GCAGTCTCTTAAGTTCAGGAA-----------GAGGAAGGAAGTCATTTAGCTCTCAGGGGGAGAGGAGAGTGTGGTTTCAGTGCTTTTTACCTTAATTTTATGTCTGGGTCAGGCTGCCTCCTGTCTGGGGTTGTCTAACCTATTGTAACTTCTCTCTCTCTCTCTCCTACAGCAAAAGAAACGGAAAGCTCAGCCCCAGGACAGCCGTGGGGGCAGCAAGAAATACAAGGAGTTCAAATTTTAGGTCCTGCTCGCATAGCTGGCCTGCCTTTAGGCTCTTTGTATGTCTGGGC-------TTTCTCTGTGGCTCCCTAAAGCTAGATCTGGACTCCCTAGGCTCGTCACTTCCTGTTCTTATTTTAGACTTGTTTTGTAAATAAAGCTGTTTCCCAAGGAAGGATGAATACA---GGCGCTCTTGAACCTCTCTCTCTTTTAG 

a score=9444
s danRer3.chr12 7746244 331 +  37038836 ATATCCATCCACAAAAACATCACTTATTCTAAATA-ATTGCAAACACAGAATG----------CAGTTTTGGTTTAACAGTAAAATCGAATGTGGCTATACCGTGTTTTTCCAGTGATGAGGATCTTACTGGGGTCCATAACCCTGCAGGCTAGTCCAGCTGTGTGAATGGTGCGCAGTGCTGAACTCAGCTGGACAATGTAGGCCCAAATCAGAGACTCTGGTAACAGGCCTGCATGCTGCCGTGGAGGAGGGAGCTCATGTTGTCCTAATGGAAGAAGAAATGTATTATTTCTCATAGCGAAAAAAGTGAATGAAAA-----AAAGGTTTTCAAAACTGTCCTGA 
s mm7.chr5      6629562 333 - 153054177 acacacacacacacacaca-cacacacacTAAATAGATCACTAAAGAAAAATGACAAGAAACCCAGATTCAG---------AACATTGAAAATGCTAGTACCTTGTTTTGCTGGTTATCAGAATCTTCGTTGGGTCCATTACTCTACAGGCCAAACCTGCTGTATGAATGGTCCGCAGAGCAGAACTCAGCTGTACAATGTATGCCCAGATGAGAGACTCTGGTAACAATCCAGCATGCTGCCTGGGCAGTGGTCCATCGTGCTGGCCTAGAAGAAAAATGAATAT----CCATTCACAGCAGTAAGGCCCAACAAACAAGCTCAGGAGCCTCGAGAACTGAGCTGA 

a score=3716
s danRer3.chr12  7759664 390 +  37038836 TGACTTGTCCTGTTATCTTTTCATT-ATCATTATTACAAGTATTTATACCATTATCATTAGTAAGGTTGTAGTTGTAACagtagtagttgtagtagtagtagtagtagtagtagttgaagtagtagtCATTGTAATAGTATCGATTGTTATTGAGTAATTGTTACGGAGATTATAGAAGTTGTAGTTCATGTAGTAGTAGATGTCATTGGTATAGTAGTAGCAGAAG------------TAGTAATGGTGTGGTTGTTACAGTAGTAGTAGTCGTAGTCGTTGTTGGTGTAGTAATATCAGTAGTAGATGTTGTTGATGTAGATGTAGTAGAAGTGATTgtagtagtagtactagtggtagtagtagtagtagtagCAGTCGCAGTAGACGTTGTTGTATTAG 
s mm7.chr5      64785297 383 - 153054177 tggttgttgctggtgtggttacatttgtggttgttgctggtgtggttACATTTGTGGTAGATTTGGTGGTCGGTGCTGGTGTGGTTGTATTTGTGGTAGGTTTTGTGGTCGGTGCTGGTGTGGTTGCATTTGTGGTAGT-TCTGTTGTT----------TGGTGCTGGTATGGTTGCATTTGTGGTAGGTTTGAGGGTCGGTGCTGGTGTGGTTGCATTTGTGGTAAGTTCTGTTGGTCTAGTACTGATGTGGTTGCAATTGTGGTACGATTGGCAGTCGGAGCTGGTGTGATTGCATTTGTGGTAGTTCTGGTGGTTGGTGCTGGAGTAG------TTGCATTTGTGGTAGGTTTGGTGGTAG--GTGCTGGT-GTGGTTGCATTTGGTTTCGTTTTATCAG 

a score=2493
s danRer3.chr12   7800417 44 +  37038836 CTCATAA-GGTGTGTGTGCGCGCGTGTGTGTGTACATTTATAAAC 
s mm7.chrX      102489192 45 + 164906252 CTCATAAAGGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTTCATGCACACAC 

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s danRer3.chr12   7800561 1557 +  37038836 GGTCAGCCGT---GTGTGTGTGTGAGCAGAATCTCTTCAGAAGCTTCATTAGTCCTCCTGTAAACACTGACTGTAGTGTTACTCTGCTGTACTGTATCTGTGATCA-ACAGTAAGGCAGTT----AATCGTTGTTAtatataataatttatatattaattaatttattgtttatttatttgttatttaattaataattttattttgattttattttgatttatgtatgc-ttgttgctttatt----tatttatttg-ttaattttatttatttatatgtattatttatttatctaaatgttttat-taaccgatatatttatcagtcatctacat----------atgcttgttgcttta-tctataaattttttatttattatttaat-----ttcttatttcttcttatttatttatttatttatttatattaattaattgtattttattttta---ttatttaatttgtattttcttatactactttttatttaactacttgccacatttattactcatttatgtatgattgttg---------ctttatttttttattaattaattaatttattatttaatgaa-----ttagatcatattttatttttgtttat---tattttattttagtatttattatttATGCATGCTTGCTGtt-----tatttatttaattttttattta----------------ttgttgaaatactaaatttatttatttgttatatttatttatttatcctaatttatattttgtatttactgtatgtattttattttattttaatttacctacttccaacatttattagtcacttatttatttatttatttatttatttatttattatttaattaATAAATttttatttta----tactaa---tttattttgttttatttttattttatttCTTCC------CACATTTTTCAGTCATTTATGTATGCTTGttgtttatttatttaattatttatttattgtttgaataattt---------aattaattaaacatatatttatttattttattttta-----tttacctacttgcaacatttatttgtcactttatttgtttatttatattaattaattaa---ttattatattatagttatttattttattgtttattATTCCCACATTTATCAGTCATTAATGTATGCttgttt--------atttatttattttatataattaattaatttataaattaatttattcatttt--------tcatatttgtttatttttatttatattatttTTATATACCCTCTTGCCTTAGTTATCACTCATTTCTGTTTACTTGTTTATTAGTTTTTTATtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtatgtgtgtgtatgtatgtgtgtgtgtgtgtTCATTGTCAATTAGAATATTATACTAGCATTATTTTAACATTATTTAAATGTTCCCCTAATGTCAACATTTATTTGTAGAGTTTAAATGTAACATCAGCAAAACATTCTCTCAACATTTTCTGttattattattgttgttgttgttattgctattattattgctattattattaatattgctattattattattatt------ttttttttattatt 
s mm7.chrX      102489321 1554 + 164906252 GTTCAGCTATTCAGTAGTTCTGTGATCA--------TCAAATTATTATTTCTTCTTCCT---AAC----ATTTTATTGGTACTCTTCTAGAGCAC-TCTTTGATCACACACTTCACAAATTTCCCAAACACTG-----TAAAATCATGTACATGCT-----TCCAGTTGCCAAACtatgagttatatttctaa-actttaaaataga--ttacattaatctatatatctgttattattctacccccacattgctttgattactatcatttgattac---tatcatgtgaaagtctgtatcttctatgttttctatcttgttataagctctttgtatttttgaagaagtattttttgcatcattttgtcaataaggtagctatgatttgacaggcattgcaattaatttgtataacaacatggctccattgccatt--ttaacagcattgaACCGttagccttaattcatttttaaaagctt-tataactcattagtgaagtcttcagagcctacacttttcattttggtatgattattgattgtgaattttgtttcctttcttcctaagtccatttgattttaaaagaaacgtttaaaataaaattttactggtttctgtaaatatccaaatttagccatgtaaacattggcatac-tgttgttaatagcatttttctaaactttcttctattcagtcagtaatgtcttctagaacttttaacccttgttactagtaagttatgctttttccccttaatttatttttgctagtcaagttaaaggcttca---cagttttgttta--tgcattcaagg------aatcaattttgtcttccttgttttttctactactttatattctgctttgcttattcatattgtagtgttgcaagattttcatttagtgttatttttctattgatgcttctataatgtagaatattaggtcatagatttcaaaatgctgtctcttt------taatatatcttttaatctaaaacttttcctctaaagactAATTAAA---ACATTTTTATATTTTTCTTGTGACGCTTTTACTCCTCTG------TTACTTAACAGTAAGTTCCTTTACATTTGTTAAAGTACAAAAATTCCTTCTCTTACACTTCTCTCCT---CTTTCTATTTTGCCCAACTTTGCTTTGAATTACCAAGTTTTCATCTTAGCTAAAATTAAGGCATAATCCATGCTTAACTTATTAGTAGATTTATTTCAGTGTTTTAGTGCTGAGAATAAATTCAGGGTCTTGTTCATATTGATAGTATATTCTATCTGTTCTCTGTAGGAACATATAGTTGATTA---------TAGTCATTCATCCTATTCCATTTTACCAATGTATATCTTTCCCCCAATGTGTCTA-ATTTGCTTATACTTGATTTAGGGCATTTAGGTACCAATGAGATTCT-------------CAAATATTCATTGTC-TTTATAATTTCAT------GGTATTATAATATTATTTATCTAGCATTCT---------ATTTCCTTGTCATTT----ATGTCACAT-----AGACATTTCCT----------TGTGATTAT--TTGAatttgt--ttatttatttatttatttatttatttatttatGTTTCTTTGGCTTTCACTATTGAGCGATTTTCTCAGTTGTT 

a score=1794
s danRer3.chr12  7806764 324 + 37038836 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTTACGGGTGTCTG-GTGATTGTGGTCTGGTCAATAGGTGTTTCAGATTGTCATCGATCTGTATGGCAGGAGCTTTTGTGGGCAGATCCTCTATTTCAGGAGAGACTGTAAATAATGCCCTCCATAACCTTCTCTGACCCTCAGAAAC-----GACACACAC---ACACAC-----------------ACGTACAAACGTCTTCATTCACGTGTCAGAATAAAGCTGAAGCAGATCGTTGTCCTCATAACT-------------GCTGGAACAGATTGATTTCTCTCTG---TCTGGTGTCTTGATTTGTGCTGATC 
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s danRer3.chr12  7807111 111 + 37038836 gtgtgtttgtgtgtTCGCAGGCTCTTCAGTCTGACTCTGAAGAAGCTGGTGATGCTGAAGGAGCTGGATAAAGACCTGACGTCTGTGGTCATCGCTGTCAAACTACAGGTG 
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s danRer3.chr12  7809947 98 + 37038836 TTTCAGGGCTCAAAGCGAATCCTTCGCTCCAATGAGATCCAGTTACCGTCGAGCGGACAAACAGAGACAGACCTGCAGCTCACCTTCTCCTTACAGgt 
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a score=9034
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s mm7.chr7      107719323 273 + 141766352 AATTCAGCTGTCAGCCTACAGATACAGCT------------TTCAGTCTACAG-ATACAGCTGTCAACCTACAGATACAGCT------------GTCAGTCTACAG-GTACAGCTGTCAGTCTACAGATACAGCT-------GTCAGCCTACAGATACAGCTGTCAATCTACAGGTACAGCTGTCAGTCTACA-------GGTACAGCT-----GTCAATCTACAGATATAGCTGTCAGTCTACA-------------GGTACAGCTGTCAGCCTACAAGTACAGCTGTCAGTCTACAAGTACAGCTGTCAGTCTGCA------GGTACACACATTC 

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a score=-3685
s danRer3.chr12  8274677 1675 +  37038836 agccatcgtgctgccgatTTTACCGTACATTGAACCCGATATATTT-TTACAGTGCAAAAGCATTAACAAACCC--ATCTTCATCTTAAAATGACCCTTTTATTTCATTTGTTTATTCATTCCCTTTAATCTTGTCATGAATCATGACATAGTTGTGTTTTCTCAAGGATATCTTGTTT-----ATttg---ctaacattcttgc-taacatt-cttCAAACAAAACCCTTCAATATCC----------------CTCAAAGTTTTACACACATAACCT-TGCGAAAATATC---------CAGCATGTGTTTCTTCCTCAAAAGCGCTC----GCTGTTGCAG--------------------------CCTCAGTGCTC-----------------GTAAACATGAC--------------TTTGTTTGCCAGTGAAC---TCAAAAACACAGCACTCACTGACTCTCATAAATTTTGTAAA-------------------ATCAACA------GAAAACAA----AAGGAGCTTGTCATTTTGGTGTGAAAAATGCATCAGATGCTCAGGATGCATGAGTTTTTTTTTTTCCCCCTTTTTCCAGCTTCAGACATCAGTGCAGAA-------CAAAATACATC--------ATTATTCTTTCCAGGCACTGCAAGTGAACAAGTTGCATTAAAAACTACTAAAATGTATCACCACaataattattattattttacactatatattttatatt---------gttttatttattaCTT-CTATTACTGCAGG------TGAACACTTTGCAAAAAAACT-----------AATATTTATCACCatatttactatttttaaatatcatatttattattattttacaccataaatatattttaatagttttatttattatttCTATTCCTGCAGGTTAACACAATGCAAA---AAAGACTAATATTTATCACTATCTTTATTATTTTAAATATCACCATATTTATTATTATTTTACACCATAAAGATTTAAATTGTTTTATTTATTATTTCTAT-------TCCTGCAGA-ACATGATGCAAAAAAGACTAATTGATCACTGtatttataatt-ttttaaatatCGTCatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatTTTTTTTTTTTTTTTTTTACACCAT-AAATATTATTGTTTTTGTTTGTTTTATGTATTATTTCTATCACT-----GCAGGGGAACACA---------ATGTAAAAACAAATGACTAATATAATTGCAATTTGTTTGGATTATACTTTGCTAAGATGTTATGTTTAATATGCAAATTAAACTCTTTAGGTAAATATA-ACATAATTGGCAGTCTTTTTTCTAGCACAGCAATCTAAAAATTGGATAAATCAGGTTTTAATTTAATTTAATATCTGAATACTGAATGCATCCATTTATTTATTTTTTTTTTTGACTAT------CTTATTAGAAAGTTT---GTGGAAAGTCACacaaacaaacaaacaaacaaacaa---acaaacaaaaacataa--acaGTTGAAAATGTTTATAAATATGCATTGCAACTGCAAATAACTG----------------ATTTTTGCTATTTT--------TTGGATTACTTTTCCaaaataatttatttaactata--aaaattatGCATTATTTTGTAAATATACACACACTTTATTAATATTTTAACACTCTAATCTTAATATTGGATAAATAAGGTCattattatttatttattaattaatttattGCCACATTAAAGTCACATTAGAGGAGATTTTTTACTCCAAAGAGTAGAAAATAATACTATAAATTGCAAAAACAAACAAAT-TAATATATAAC 
s mm7.chr3      73389973 1775 + 159849039 AGCTGTTGTGCTCTGAAGCTTGCC---CATCAAATTTTACTTCTCTCTTGTGGTTTAGAAAAAAAAATAAAACCCAGTGTTTAAGTAAATATA----------TGCATATACATATTTACTTCCTTTAACATTGTCATTTATCATTATATAAATTTGTTTCCCTGATGAGAACCAGTATTCAAAGTTTAGACATAGCAGTCCTTCATTACATGACCTTGGGTGAACTATTTTACTGTTCTTGTTTTATGCATCTTCCCTCAGTTTTCTATACGTGAGCTATTTGAAGAAATTAGTTGGGCACAACTAAATTCCATTCCTGTAACGGATTCTTTATCTGTTCCAGAACTTTTATTACACCCAAGCTAACCATCTCATTATACACACTGCCAAGGTCAGGGAAAAGATGTCACACTGTAAAACTATTTGTTTTTCAACGAAATTGTTAAGCACACAATCTCTTTTTCTTTACATAAAACTACTACATATTTAAATTTCAAGTTCTGTCAGTACTCTATGAAAACTATGTGAAGTATTTTTTAAGTTAGGTATAGGTAAAG----ATGTGCTTAGGATTCATG-----------CTACCTCTTT------CTTCAAACA-CAAAGTAAAACCATCCCCAAAAGATATCAGCAACAAATAAATATCTCCTAGAGCT----GTAAACATATGATGTTTATTTCTGCCATGTTGTTCAACTATCCTCACTCCCA-CAATATACACTTTAAAAATTACATTATGTTCACAGTCTTATTTTCCCCTTCCTAGTACAATGGAAAAAATGAAACGATATACATAGGCAGTGTATTGTCAACAACAATTATAATCATGCTTA-------TAAATGTGATGGCTGACAGAAGTTCAC-CTGTGAAATTGTTTTA--AGTTATATTTTCCCTTTCTTTTCTGTAATGGTTGTAAAAAGGAAACCCAAAGACAAA--------ACTA--------ATTTTAAGTA----AATGTT-----TTACTAAATAGTATAAGAAATTGAAATGGTCAGAGTTCTATCACAATGGACATATTGTTCAGATATAAAACATTAGCTAGACTCCTTGGAAACATTCTTTATATTTCTCTTGTACGTTCTCATTTGATTTTCTTTTTGTATCATTAAATTTCATTTTATGAACATATATAATTTTCTACCAAAGTGTTGTTTATTTCTTAAGGAAATATGCTGTCAGCTGTTCAAGTAATTAGTTCTCTAATATAAAATCACTTTAAATATTAGGTAGGGATACATATAATATTTTATGTTAA---GAATCACAAATAT------TATTTGTATGATTTA-GCTATGTTTAGGTAGCATTTT--ATAAGGAAGCTAAACTTTTTAACTGATGGTAGAGATAATTTATATACTT----------CAGATATTTTGAAGCTAG-----------TATAGTTTCATTT--------------------ATCTATAAATATGTTGTTCTTATTGAATATGAAAAACTTGATAAGCAATATTCATTGCACATTTCCTCAAATATCATATCGTATACATTATGTACAAGCAAACACTTGAGTGCCTTTTAAAATGATTCT-GTTGTACGTTTCAGATGTAGTTTATCACTTATATAGAATAGACATTCTACCTGTCTTAAAAAATATTTATTTACTTTT-CAACATATCATAATAAAATGTGCTAAAATTATAATCTATAAAACAGAAATCTGTACAT----TTAACATTATATCTCT-TAGTTATTATGATGTGAAGTTGATTTTCTCAGTACTTATTTAATTGTAAGATTTTTCTCAAGAAAAATTAACAGT--------TTAATTTCTTTGAAGATAATATAACTGTAGTATAATTTTATCTATTAAAAATTTGTAATATATagc 

a score=652
s danRer3.chr12  8281881 286 +  37038836 AAATACTGA----GATGAACAAACTAACAAAATTAATTGAATAACCAATGATTTGTGTTATTGAAATATTGAGA-CAAACAAACAAACAATTTG---TGTTATTGAATTATTAAG-----------TTCAACAAAC-TAACAAAACTAGAACGATATTTGTT------TTATTGAAATATTGAGACAAAAAACAAACTAGCtaaataaatacataaatagctatttaagtaagtaattaaataaataaCAATTTGCTTTTATTTTTAAATGATAATTACTAAAATTTAGATTTAGTAATTTTAAGTTTGATT 
s mm7.chr3      73397005 268 + 159849039 AAAAACTGAATATGATGAA--ATTTAGCAAAATT--TTACAGAATTAA-GGTGTCAATTTTTGAAAAATTGGCAGCAAACCCTCACATAATTCACAATATGATCAAGTCAGTATTAGCTGAGATTTTCCAAAAAATGTAAATAATCTTCACTGGTGATTTTTATATGATTACTTCAAATTTGAAAAAAAGAACT----------------------------------GTAAGATTTTGAA-----ATTAATTTGTTTTTCTGCCTAACAGATAATTTGGAACATTTCATGCTTTGACTTTTAAATTCAATT 

a score=3773
s danRer3.chr12  8305811 544 + 37038836 CTCAAAACATTAGGCTTTGGATTAACTGTATTACAATG---TGTGGCATAAATTACAGGTCATGCATGTAAATAAATTGAAAACATGTTAGTCAAAGGAAAAACTTTCAT--TTTAAATTGTTTTTCATAATAAAAGTTTTCA------TTAATTATAAAGACAACTTGAATTTACATCTGTGTTTTTCAACCAACAGTTTAGATCATTACATTTTAGATAACGTTGTTTTAAAAGGTGTGACAATTTATTGTTAATACAGATTAAGATTTGTTATTTACTGGATTAATATTGTAAACAAATTTAAATTTAATAGTCCAACAAAGATACATCAAAATGTTTGTGTGTCTTTAAATATGTAT--TAATGTAGTAATA---------ATGTAAAAAACAACATAACCTATTAATGAACATATTTAGTAAATACTGTGTCATGTATTCAAACATA-----CAAAGCCAGACCCAAGTTCGCTCGAGCGCGCGcacacgcacacacacacacacacacacacacacacatacacacatacacacatacacacacacacacacacacacacacata 
s mm7.chr16     28109394 529 - 98481019 CTCAAGCTATAATGCT--GAATCAATTATACTACTGTAGAATTTGGAATCTATTCTAGATCACACATAAAATTAGGAAGATGACATGATAGCCAAAAAAAAAACTTTAATAATTGAAGTTATTT-------CAATATTTTTTACAGTGCCCTAGTCTAAATAGCATTGCAAGTACCATTTCAGGTTGTTACCATACCTGCCAGCTCCCTGCACGC------GTGCCCCTTTAAAGTGGGTGAAA----------GAAAATGAGAAAATTGTCTTACTTTCCCT-CAAATAAAGAAAATAGATGTACTTTGTAAAATGTGA-AGTTCTTTGTCAAGAAGTTT-------TTAAAACACAGATGGCAggccagcaggatggctcaacaggtagaactgaataccactcaagtctgaggacctaaattagattc-----cccagatccaaaggcagaaggaaaaaacagattccAGATGACTGTAGTCCAGCCCcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacGC---CACATTAAAGCTCATACACACACaaata 

a score=3330
s danRer3.chr12  8350427 763 +  37038836 TGTATAATATAACATTATAACAAATAACATTTTCTCAAATATATGCATGTGTGTATATGCACACA-------------------GTACACACACATATATTATGTAAAT---AAATACATGCAGTGTAGTCATGCatttatatatttatgtatttatttat-ttattcat-tcatctattcat--ttatttatttattatgtattttaa-aatagaataaattttat---aaattttaaatacattt-attatttttttataaaataaaaacgtaatatgttaataattat-aataatataataattttCTAttatg---tatttatttcattattt-------atttatttttatttatttattattaataattt--------------ttttaataaaataaaaagtagcatacaatttta----------------------------------tatttattt-----------gataaaattttCTGTTACTAACttatttattctttgtttgatttattcatt-------cattcattcattaaataat-------ttattcatgtattttttattca--------tataatcattcatgattagttaatttatttatttatgtgtgtattcaattatttatttttaattattctaaataaaataaaaatataaCTTttaatttatttatttta-------------------tttcatttattatttattattaat-----taattatttaataaaataaAAAGTAATATGTAAAATTTT--AGATTTATTTTATTTAAAGTtttattcatttatttattaattcactcatttatttatATTTTTAAATAAATAAAAACATGCAATGAAATGtatatttattttatttttattatttattattatt 
s mm7.chr6      13722311 877 + 149646834 TTTAAACTATAGTAATAAAGTAATTAAAAGTGTCCCAAATATATGTATGTGTGTATATGcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaATATTTTAATTGGAGTTACCTGACACGTGGTGATATTGCTCCTCTTTGAAGTGATAGGCCATATTGTTTATGTAAAATTTTCATAGTTATTTGAAGACAATTTATACTAATGTTTGGAAAAATATTATCTCCAATATTACTTATATTTCATTTTTCCTTAATTAGGGGAAAATGACTAAAGAAAACAAATATGAATAATATATGACATCTCTAGAAGGAGCAATTTGCTGTCCTGTTTGACACACATTGAACTAGGATGATTT-TAACGGAGAACTTTGGAATGCTCTGGCTTTCTCTGTGATAATAGATAATATATAAAGTTAGGATTGCAGATGAGAGCGATGTAATGTGTGATACTGGTTATCTCAAACCAGAGAGACAACATGTTTAATTTACAATGTGTTCCT--TTTGTTTTACTTGTTTATTGTTTAACCAGACGTTTATTAAATAATAGCATACGTTCTCTTTCAGTTTCCAGTAACTATTAATTATGATTTTTCATGATGTATTAGACT-----TTTAAAATTATGATTGGCTATTTGATTTTAG-------AAGTAAGACATGAAT---TCTTCCAGTTTTTTAACTTTCAGCTAGAACTGTGACTCCTGTTAACATGCTACCTCTTATAACTATCTCTAGCTTTTTA--AATATAATAAGCAA---GTAGAATTCTGAAAGTGCATTCTAGtaaa-----tataaatataatcattaaatcacactttaaaaagaatttatatataaataggcatatata-------ttattattattttaCATGTACCATATTCTACTATT 

a score=6085
s danRer3.chr12  8395540 128 +  37038836 CTTACCGAACGGTCCCGGATGTGTTTCTCAGAACAGATGCTGCAAAACTCTGAGTTACACCAACCAGGCTTGTTCCATCCACCTCCACAATCAAATCATTCACTTGTATCCTAAATGGGAAAAATAAG 
s mm7.chr11     26982232 124 - 122091587 CTCACCGCACTCGGCCTTTGGTGTTCCTAAGTACAGAGGCTGCAAAGCTCTGGGTCACTCCCACCAGGCTCGTCCCATCCACCTCCACCAGCAGGTCGTTCACTTGGATCCTA----GGGAAAGTGAG 

a score=8499
s danRer3.chr12  8395738 127 +  37038836 ACCTGCCATCCCGATGAGCAGCTCCTCCGTCTGTGACGGTCTTTACAAATATGCCAAGCTTCTCCAGGCCCATGTCAGCTCCAGCACCCATGCCAATAATACTGATTCCCAAACCCTCATTGTCTGT 
s mm7.chr11     26984432 127 - 122091587 ACCTGCCATCCCGATGGGCTGCACCACCCTCAGTCACAGTCTTGACGAAGATGCCCAGCTTCTCCAGGCCCATGTCGGCTCCGGCGCCCATGCCAATGATGCTGATGCCCAAGCCCTCAGAGTCTGT 

a score=8759
s danRer3.chr12  8399918 148 +  37038836 GCCTCTCAGTACCTTTCTCCAGCTCGACGGGGAACAGGTCCAGCCTTTCCACACGTTTCTCCAGCTCATACTCAGCAGAAGCAGCCATGGGGTCCACGTCATCATTCCTCCTGTCGTAGTCCTCATTGGAATAGGTTGTAAACACCTG 
s mm7.chr11     26985872 145 - 122091587 GTCTCTCA---CCCTTCTCCAGCTCCACAGGAAACAGCTCCAACCTCTCCACTCGCTTCTCTAGCTCATATTCCGCAGAGGCTGCCATGGGATCCACATCCTCATTGCGTCGGTCATAGTCCTCGTTGGAGTAGGTGCTGAATACCTG 

a score=-584
s danRer3.chr12   8400066 196 +  37038836 AAAGTTTGATC--ATATATTAATGACCACATCAGAAGCAAGCTTTAAAGGTTATAttaaaggtgttatttgtacattttggactgttctaaagtatacaaatattgtaatatgtttgcagatatttaaaggtccaatgaagtgctttgaac-tgtacattt-----ttcatttggcgtttgacgtaatataattgaaaaatgaa 
s mm7.chr6      144648016 177 - 149646834 CAGGAAAAGGCCAAGAAAAAAATGGTCATACAGAAAAGATGCCATTCAG----TATCAAA--------CTACACAATTTAA-------TGAAAAAAACAAACACAATGACATATTTCTTGTTCTTTTAA--------AAAATGCTATGAGTATGTTCATTCACAGATGTATCTGAAAATGAATGTAGTATATATGTTGAGTGCA 

a score=26274
s danRer3.chr12  8430084 1335 +  37038836 ACTCACCTTAATGGGTTGAACACTGAATTTAATTTTCCTGCTCGGGGGCGGCTCCTCCTCAGCAGGTAATCCAGGAATCTCAGAGCAGCTGGACTCTGGCTCATA---------------CTCTTCATCTTCTTCCTCCTCATCCTCCAGCTGGCTGCCAGCAGAGTCTTCTCCTACTGCACTGTAGGCACTGATATCCACCAAATCAGCCGTGGAGAAACCCTTCTGCTGAGTACCATCATCATCCTCGGTCTTACTGACCCCAACAGACCGTCCATCCTCAGCGTCTCTCTCCACGGCCTCTCCATTAGAACTGACTCCGCTGTTCCCAAAACTG--------TGGAGATCTGCTGAAATAAGAGTACCTTTAGCTTCTGTGGCGTTGGCTTGTTCT-----TGCTTA------CACTTCGAGTCTTGAGTCGCGAATTCACTGGCACTACATTCG---------TCCCCTGTTTGCTTCTCTTCCACCGAAGAGAGACTA------TCCTGGAGCTCAGA-----------------------GGCTCCGTTAAGGCTGCTGAACCTCCCG--TCTTGTTCCTCTTGGTGCTGGTTAACCCCATCCTCTCTGTTGGCCCCCGGAGG------AAAGGCGCGAGCGCGTTTGGAGATGATTTTGGAGTTGAGC-GCGCCGACGCGGCCGCGCAGAGGCAGGGGCAGCGGGGGCGTGTTGGAGAGCCGGTGCAGGTTGTTCCGCAGCTCGGCGGCCCGCTCAAACACAGCGCTCAGCTGGCTGACAGTGGGCGACACGGCCTCACCGGTGCCTCCGATCGCGTCCAGGCTATCCAGCGACTCCGTGCTGCCATTAAAGCGCGCGACCACATCCAAACGCGACGCGTCCTGAAATCCAGCGGCGCGCTCTTTCTTGAGCAGGACGCGATTCGACGCAGCCTGCTT-----CTCCTG-------------GTTCTGCTCGAAGATCTTCCGCGTCTCCTGCAGCTTGGAGTACCTGCAGGGCGA----------CGCGTCA--------GATTTGCCGTCAAAGCGGTTGACGCGCTCGGAGACGCTGGACCCGAGTTTGAGCAGCGCGCTGTGGTCCACGTTCTCGTTCAGGCTGCCGGCCCGCGGGAGCGTCAGACGCA--CCGCTTTCCCGTCGCCGTTTGCCCTCTGCGGGTCTTCAGCCTCGGTGGG----------------TGAGGATGCGCCCATTTGCATGAACATGTTCTTGATGCGGTGCACGTTCGAGCCGTACGTGCGACCGCGGCTAGTAGACTTCGGCTTGCCATCCTGCGCGTCCCCGTTATTTAAGATGTCGTTGGCCGGCTTCAGCGCCTGAATCCCCGCCGCCTCGTACGCGTTGCGGTGCGGAGAGGGGCTGCGGAGCGAGGTGCTGCTCGCTGGCTTGGAGGAGGATGAGGATTCGGTCTTCATCATGGT 
s mm7.chr11     26989624 1380 - 122091587 ACTCACTTGGATCGGTGCGGTGCTGAAATGGATCTTCCGGCTCGGGGCCGGGTCCTCTTCCTCTGAGAGCCCGGGAATCTCCACACACCCTGACTCCGGCTCATAGGGGGGCTCCCCGTCCTCTTCGTCTTCTTCATCGTCCTCCTCCAGGGCACTGCCCCCAGAGTCCTCCCCGAGTCCACTGTAGGCGCTCACATCCACCAAGTCCGCTTCCGAGAAGTCCTCCTTCTTGGATTCATCCACCTCCTCAGGTGCCATGTCC---GGGGCCCGGCCATTGTCCACCCCCCTCTCTA--GCGTCGCCACTGACGCCGCCGCCTCCTCCTCGGGGACCGCTTCGGCCTTGGGTTCCTCGGGTGCAGGGCTGGCTGTGGTGGCCGGGGTGCTGCCATTCTCCAAGGCTGCATGGACCGTCACCTCGG--CCTGGATCAC---TTCCCCGGGAGCCGACTCGGCCTCAGACTCCCCACTTTCTTCAACCTCCACCGGCTTGATCTTGCGCACCTCCCGCGGCTTAGGCGGAGGTCGGGCAGGGGCCACCCGGTGCTGTGGGGGCTGCTGC-CCTCCGGGGCCACGCTCCTTCTCGGTCGCGCCATCCCCCGACGGGGCGGGAGGCGGCGGCGGTGGCTGGAACACCCGGGACCGCTTAGTGACCAGCTTCGAGTTGACCTGGGGCGCCCCGGCTGCCCG-----AGGGGGGCCGGGTGCA-----------CGGTGAAGGCCGGTCCTCGA---GTCGGCTTTCTCGAAGACCGCACTGAGCTGGCTGACCGTCGGCGACACGGCGTCA---------------GCATCCAGCTTGTCCAGCGCCTCGGTGCTGCCGTTAAAGCGCACCACGACGTCCA---GCTTCCGGTCCTGCAGGCC---GGCGCGCTCCTGCCTCAGCAGC---CGCCGCGCCACGGCCTCCTTGTCGCCACCCGAGGCCGCGGGGACGCTCCGTTCGAACAGCTTCCGCGTCTCCTGCAGCCGGGACGGCGGGTGCGGCGGAGGAGCGGGCTGCGCCGAGGGCGCGGGCTTGGAGTCGAAGCGGCTCACGCGCTCCGACACACTGGTGCCCAGCTTGAGCAGGGCACTGTGGTCTACGTTCTCGTTCAGGCTGCTGGCCCGCGGCAGGGACAGGCGCACCCCGCGATCGGACGCCCGTGGGGCCTCGGCCATGCCTGCGCCTCCGCCTGCCTCACCCGGCGGCCCCGCGGTGGTGCCCATCTGCAGGAACATACTTTTGATGCGGTGGACGTTGGAGCCATATTTCTTATGGTGG-----------------GCCGCCTTGGGTG-CCTCGTCGGGCCCGGGTGCATCGGGAGGCTTTAGTGCCTGGATGC---CCGCTTCGTAGGCGCTGCGGTGCGGGGAGGCGCTCCGGAGGGGACCCCCGGGCCCCCG---------------AGGCTCCGTCTTCATCATGGT 

a score=5049
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s mm7.chr13     12356799 164 + 116696528 CCTCCGTGCA-AGATGACGTCCTTAGCCCAGCAGCTCCAGCGACTCGCCCTCCCTCAAACTGATCCCAGCCTCCTATCGAGACGTGAAGTTGCCTCTCTGTTATTTGACCCCAAGGAGGCGGCCACAATCGACAGGGACACCGCCTTTGCCATCGGTGAGCCACC 

a score=8736
s danRer3.chr12  8441136 222 +  37038836 AGGCTGCACGGGACTGGAGGAGCTGATGGGTATTGATGCAGCGTTCAGTGAGTTTCAGGAGACTCTGTTCAGTCAAGGATCTTTGACTTTAGAGCGCAGCGTTCAGTCCAAAGAGGTCAACAAGAAACTGGACAAGAGCATTTCTCTCTTCCTCACTCGACTGTCACCTTACTTTCTGCTCAAGCCTGCTCTGAAATGCATTGAATGGCTTTTACACAGGTA 
s mm7.chr13     12357346 222 + 116696528 AGGATGCACTGGCCTGGAGGAGCTTCTTGGGATTGACCCTGCCTTTGAACAGTTTGAAGCGCCATTGTTCAGCCAGCTGGCAAAAGGCTTGGAGCGCAGCGTCCAGACCAAAGCAGTGAACAAGCAGCTGGATGAAAACATTTCATCGTTCCTCCTTCACTTGTCTCCTTATTTCCTCCTCAAGCCAGCGCAGAAGTGTCTGGAATGGCTGATTCACAGGTA 

a score=6570
s danRer3.chr12  8443633 204 +  37038836 TTTCAGATTTCACATTCATCTGTACAACCAGGACAGTCTGATTGCTTGTGTTTTACCGTATCATGAGACTAAAGTGTTTGTACGAGTGATCCAGCTGTTCAAGATTGAAGATCCAACCCACAAATGGCACTGGCTCCATGGAATCCAGGTAAA------CCATATCATATCAGTCCAAATGTGTG-TCGTAGTAAAGAAAGTAAGAGTTTT 
s mm7.chr13     12359823 211 + 116696528 TCTTAGGTTCCACATCCATCTTTACAATGCAGATAGTCTCATTGCTTGTGTTCTGCCGTACCATGAGACACGGGTATTTGTGCGGGTGATACAGCTTCTAAAAATTAGTAATCCGAAACACAAATGGTTTTGGCTGTCTCCTGTTAAGGTAACATTGTTTAATGACATATTCATTCATGTACATGCTTATTATAAATAATGATTAAGGTTT 

a score=4595
s danRer3.chr12  8443873 124 +  37038836 TAGAAACCTGGTGTTCCCCTGGCACGAGGAACCCTGCTCACACACTGCTATAAGGATTTAGGCTTTATGGATTTCGTTTGCTCTATGGTCACAAATTCAGTAAAGGTAAGATCTGCATTGGTTG 
s mm7.chr13     12361973 124 + 116696528 TAGCACTCTGGAGTACCTTTAGCTAGAGGAACTTTGGTCACCCATTGCTACAAAGACCTTGGATTCATGGATTTTATTTGCAGCCTAGTGACGAGATCTGTGAAGGTGAGCCGTGAGTGAGTTG 

a score=3797
s danRer3.chr12  8444049 174 +  37038836 TCTGTTTTAGGCGTACTCTGAACTGACCCGGGATGGGAACTGTCCACAGCTGCGTGTGATTTTCTCTTTCTATGCATCGACTATTGTTTCAGCACTTGATGCAGTGGAGAAGATCACTAACTCTATTATTGCCAAACTGCTTCCCTTTGTACAACTGGTA--------AGAACATTTCATAA 
s mm7.chr13     12362366 176 + 116696528 TCTGTTCCAGGCCTTCGCTGAG--GATCC----TGGAAGCTCCACCCGGTTGAGAGTGCTCTTGGCCTTCTATGCCTCCACCATTGTGTCTGCTCTAGTGGCCGCTGAGAACCTATCAGACAATGTAGTCGCCAAACTCTTTCCATACATCCAAAAGGTAGGTCAAGTAGATCATTTTCTAA 

a score=4194
s danRer3.chr12  8450512 438 +  37038836 TTCCAGTTTATA-ACGCAAGTGTAAAAATTAAATGTAAATGAAGTCAGGGAGTGGTGTGGTGAAGTGACTGGCAATATATTTACAATGTATACATAATGCCATTTAACAAAAGAAAAATGTTTCTGAATTCAAATAATTTTTGGTTTCTAGATACTT------AAAAAGTTTCTTTAAATACTTTGAAGGTCTCTTTCTTTTTCCTTCATAACTAGGGGCTGAAATCTAATCTTTCGGACTACACGGCTGCCACTTACATGATCGTGTGTCAGATGGCAGTGAAGGTGGTAATGGAGGCTCAGCTGGTGGACTCTCTGAGCGTGCAATTGAGCAGGTCTCTAGGCCGAACACCACAGCTGATCAGAGAAGGCTTGAGCTGCATTATCATCCTGCTCCAAAACCAGAAAAAAGGAGTGATTGGTCAAAAGTACAATTTTTTTGTGT 
s mm7.chr13     12363439 429 + 116696528 TTTTATCTTATACATGGAAACATAAGGATTGTACATAA-CGCTGCTATAGCATGTAATGTTTCAGTATGTG------TAGTTACTATGTTTAA-------CATTTAAATCAGGGCAAACATTGAC-ATTTCTAATTTGTTGTAGTTAATAAACATGTTAAGTAGAAGAACATAATTTTATATTTTGTCATTTTCTTTATATTTTAAAAACATTTAGGGATTGAAATCCTCTTTACCAGATTATAGAGCTGCGACATACATGATAATCTGTCAGATTTCTGTGAAAGTAACGATGGAAGATACCTTTGTGAAGTCACTGGCATCCCAGCTCATCAAAACACTGACCAAGGTTCCTTCTCAGGTCAATGATGGATTAGGTTGCCTGATAATTCTCTTACAGCGACAGAAGCCAGAGAACCTTGGGGAAAAGTAT-GTATTATTGTAT 

a score=2515
s danRer3.chr12  8472738 174 +  37038836 TCAGGTGAGCCATGGTGGAACCCAGAGAAAATGGA-GACTACTACATGCTGTTACCTGCGTCTCCTCTGTCGTCTGTTTGATGTAGTGATATCAGGGGCCAGTCAGGGACCCTTGGCTCCCTGC--TTCAGGAGCCTAATGCAGCCTCTATTACAGGTAATTGATTCTCTTAACACA 
s mm7.chr13     12374437 162 + 116696528 TCAGGTGCCATGTGGTGGAATCCCGAGCAGCTAGATGAAGACAGCA-GACACTACCTGCACCTGCTCATTGGTATCTTTGAGATGCTGCT--------------GGAGGTTTCTGATGCCATGCATTTCAGGGTTCTGATTAGGCTTATAATGAAGGTACTTGGCTCACTCCTCACA 

a score=3333
s danRer3.chr12  8474497 357 +  37038836 TTTTTAATATATTTGGTTTCTTTACTTTACAGGTGCACCTGAATGAGCCGATGGTCCTGTTTAAGTTTCTGTCTCTGTTATGGGGCTACAAC---AGCAATTTAGG--CGATCAGTTGGATTGTCGAGTCAGTGCCATTCTTCAGACTCAGGCTCTTTATGTGG-----GAAAGGCTTTTCTGTCCAGCCAGCCTGTAAAAACCCTCAACCTGCTGGCGTCAGATTCCTCACCAGGTATATCAG----CATTTACCTT-TAGTTACACTTGCGGTTAGTCGTGTGGCTTTTT------GTATTATTTGTGTTACTACACTGGATATT----GGAAAACAGCATTTGCAAAAGCTTTCAATTGTTTTGTAATTCATTCTTTAG 
s mm7.chr13     12375272 350 + 116696528 TTTTGTTTGTTTTTGCTTTCTTTTCATTA--GGTACATCTACAAGATGTTCTGCAGTTGTTCAAGTTCTTTTGTGTTTTGTGGACCTATGGTTCTAGCCTTTCAAATCCACTTAACTGCACTGTGAAGTCAGAGC-----TGCAGACTCAAGCTCTTTACATAGGCTCTGCGATGCTTTCTTCTCAGAATACACAGTATAAAC-----AAAAGCTGGCATCTACTGCATCTCCAGGTACAACAGGTCACATTTAACTTCTTAATACATT-----TTAGACATCTTACTCTGTGAGGAAGTGTGGTATACAATCTTGCACTTGATTGTATAGAGATAACATAATTTAC---------------TTAAATAGTTCATTCTATAg 

a score=1985
s danRer3.chr12  8475820 336 +  37038836 ACTAACATGCATCTCTCTCCATGTTTGTATATTTGCAGTGGTGCCGTCTCTGCTGGTGTGTGTATGTTCAGGCGTGT--GTGAAGTTCGTAGAGCTGCCATCGCTGTGCTCCAGTGTCTCTCTGGGCTCGTTTCTTCACCGTATCATCCGCTCGTGGAGAAACTCCTCAAATCATCAGAGGAGATCATCGCTGACTCCTCATATCTTACCCAAGTCAGTCAGAACTAAATACAACTGGCACTTGAATGTTTTTATTGCT--------------CTTTGGGACACGCATACACTCAGTT-----ATTTCCATTATCAAAT---GACTTCTGA-------ATTTATTGTAGGC-----ATTGTCCAAGTTCTAC 
s mm7.chr13     12376316 354 + 116696528 ACTGACA--CATC-CTTTCCCCTTTGGTAT-----TAGTGGTGATGTCTCTACT--CCTCAATCTGGGAAGCCATATCAAAGAAGTCCGCAGAGCTGCCGTCCAGTGTCTCCAGGCCCTCAGAGGG---GTACCCTCAAAGTTTGAGCTGGTGATAGATCACCTCATTCCTAAGGCAGAAGAGATCACTTCAGACGCTACCTATGTGCTTCAGGTAGACCACTGTCAAAGAAGGTTGA-----GAAGTTTTCTCTTCCTGTACCTTGTAGGGATTTTGGGAGGCTAATCCACTAATTTAAATAATTTGCATCAGCAACTACAGGCTTTTGATCCCTTTTTTTTTTAAAGGCCATAGACTGTTTCAATTCTGC 

a score=4642
s danRer3.chr12  8477965 278 +  37038836 TATGATAATGCTCTGTTTTT---TTCAGCCTGTTTTGTCTGTTCTTCTTCCTGCCGTGGAGCGTCTTCTTGAACAGTGTGCTCCAGACTCTTGCACCT-TCCTGCCAGACGAGGCTCTTCTTCTGCAGCTCTTGTTGAGCAAGTTCAATGAGATGTCGGCACCTTTACTGGTCAAAGACCCTCGATGCCTTGAGGTCTTCATTAGAGCACTCCACACCTCAGCCAGGCCATACCCTACAATACCTAGCTTCCAGATTACTGCCCTGGAGCAGGTTGGTGGAT 
s mm7.chr13     12378361 281 + 116696528 TCTGACAACCTTCTCTCTCTGTCTTTAGATGGTGCTTGCCCAGCTGCTGCCTATGGTGGAACAACTCCTAGAGAAG-GTGGAGAAGGAGCCCACAGCTGTCCTGAAAGATGAGGCTGTTGTTTTGCATCTCACTCTGGGGAAATACAATGAGTATTCAGCTTCACTCTTACAGAAAGACCCAAAGAGTCTAGACCTGTTCATAAAAGCTATGCACACAACAAAGGAGCTTCACCCAGGAATGCCAACTGTTCGGATCACTGCTCTCGAAAAGGTCAGTGGCT 

a score=4521
s danRer3.chr12  8480499 250 +  37038836 CTATATTCAAACAGAAATGATAATTGCCCCTGACTGGATTATTTTCAGAGCTTTATTTGTCTGTGTATTTTGATGGGATGTTTCCTC--AGATTACCAAGCCGTTCTTCACTGCTATTGGAGATGAAAAGATTCAACAGAAGATTCTTTCGATTTTGTTTGACCTGCTTGTTGGGAATAAAAGCCCTGCCTGCGCCCAAAGTATCAACAGTGTCTTTAAAACGGT-AGGGGAAATCTTCATATCTTCTCTATG 
s mm7.chr13     12378940 249 + 116696528 CTGAATTTGAAATGGAAAAATG--TAGCACCAGTTGTATTATAGTTAG-GTTAAAGTTGTTTTCTCACTCTGG-GGTTTTTTTGCTCCTAGATTACAAAGCCGTTTTTTGCCGCTGTGTCAGATGGACAGGTCCAGCAGAAGCTCCTGTGTGTGCTGTTTGACTTGTTAGTGAACTGCAAAGACGCACACTGTGTTCAGACGGTCGGCAGTGTTTTTAAGGGGGTGAGTTGCAAACTTTGTAATTTGTACATG 

a score=4349
s danRer3.chr12  8480910 340 +  37038836 TTCTAGATTGCAGTGGATTGCGAGCTTGTGGCCAATGAGCTGATTCCTGCCGATAAACAAAGAGTTACTGCAACAGTTCAACAAACGCG----------------CAGAAGTAAAA-------------TGAGGTGAGTGGT--TGTAC-------------TTTCGTAGTACACCGCAAATATTC--CAGTTCTA-------AGAGGTTTGAAGATTCAGACTGCAGTTTGTTTTCTCCTAGAAAAACACAAGACACATCTGGGGCAGTGCCAGAGGAGAGTGTTGTTTCTTGGCCAAGGGTGACGCTAATTTTAGAGCTGCTTCAACACAAGAAGAAACTTAAGAGGGCTCAGTATCTTGTGCCCGCTCTGTTTAATTTGCTCTCAAGGTA 
s mm7.chr13     12381965 389 + 116696528 TTTCAGATTTCTGTCGATGCTGAACAAATCAGAATAGAACTGGAGCCACGAGATAAAGCTAAATCTTTGGGCACAATTCAGCAAACGAGAAGGCAGAAAATGCAACAGAAGTAAGAGCTTTGAATACACCAAGGGGTCTGGTCTTGTACCTCAGGCTCAGGCTTTTGTTGTGGTTTCTAGATACTCACCAGTTTTGCATAAACAGGGGTAATAGTGTTTGCATTGTCAACTCTGTT-TCCCAGAAAGTCACAAGATGTA---GAGTCTGTCCAAGAAGTGGAGGGCCCTTACTGGCAAAGAGTCACCCTCATCCTGGAGTTGCTGCAGCACAAGAAGAAGCTCAAGTGCCCTCAGATACTGATCCCACCCCTCTTCAACTTGCTGTCCAGGTA 

a score=4981
s danRer3.chr12  8483953 129 +  37038836 CTACAGGTGTCTGGAACCTGCTGCTGCTGAACAGGAGAATATAGAGTACACAAAACAGCTCATCCTCATCTGCCTGTTGAATGTCTGTCAGAAACTGTCTCCAGAGGGAGGGCCAATCAGCAAAGGTAT 
s mm7.chr13     12382964 129 + 116696528 CTGAAGGTGTTTAGAGCCTTTGTCATCAGAGCAGGGGAACATGGAGTACACTAAGCAGTTAATTCTGAGTTGTTTGCTCAACATCTGCCAAAAACTCTCCCCAGATGGTGGCAGAATACCTAAAGGTAT 

a score=6596
s danRer3.chr12  8486324 136 +  37038836 TGTAGATGTGCTGGAGGAGGATAAGTTTAATATGGAGCTGGTCGTTCAGTGTGTCAGGGTGTCAGAAATGCCCCAAACTCACCATCATGCTCTGCTTCTGCTCGGGGCTCTGGCCGGCATCTTCCCTGTAAGTGCA 
s mm7.chr13     12383165 136 + 116696528 TGTAGATGTTGTGGATGAGGAGAAGTTCAACGTGGAGCTGATAGTGCAGTGCATCCGCCTCTCGGAGATGCCGCAGACTCACCACCATGCCCTGCTACTTTTGGGTACTGTTGCTGGAATATTTCCGGTAAGTGAA 

a score=8066
s danRer3.chr12  8486648 137 +  37038836 TTTCAGGAGAAGGTTCTTCACAACATCATGCCCATCTTCACTTTCATGGGAGCCAACATCATGCGCTTGGATGATACTTACAGCTTCCAAGTCATCAACAAGACTGTTCAGGCAGTCATCCCTGCTCTGATAAAGGT 
s mm7.chr13     12384557 137 + 116696528 TTTCAGGATAAAGTTCTTCACAACATCATGTCTATTTTTACATTCATGGGAGCCAATGTCATGCGTCTAGATGATGCTTATAGTTTTCAAGTTATTAGCAAGACAGTGAAAATGGTCATTCCAGCACTTATTCAGGT 

a score=5619
s danRer3.chr12  8489728 193 +  37038836 AGACTGTGGTAGCCCAGATCATACATGTGTTTGTTGATGCTCTTCCTCATGTGCCCGAGCACAGACGGTTACCCATCCTCAGCCAGCTGATGAGCACACTGGGCCCGTCCCGCTTCCTCTGGGTGCTGATGCTGCTCCTGTTCAAGCAGCATGTCACACAAACATCTGCTGGT-GCGACGGGGGCTGAAAAGGT 
s mm7.chr13     12385592 190 + 116696528 AGATTGTGGTGA---AAATCATCGGTGTCTTTGTGGACGCACTTCCACATGTGCCAGAACACAGGCGCCTGCCCATCCTTGTTCAGCTAGTCACCACGCTAAGTGCAAAAAAATTCCTGTGGATTCTCCTCGTCCTGCTTTTTGAACAGTATGTCACTAAAACAG-TGCTGGTGGCTGCTTATGGAGAAAAGGT 

a score=3563
s danRer3.chr12  8492232 147 +  37038836 CAGGAGGCTGTTGTGGAGAGAGATCAAGACTTCTGGATTTTGGTGTGCTGTGAGTTTGAGGTGAAGGAGCAGCTGACTTCCCTTATCAAAATCCTGCAGTATCTCATGACTCTGCCACAAGATAGAGAAGAAGGTAAGATCTGCCCA 
s mm7.chr13     12387080 144 + 116696528 CAGGATGCTATTTTAGAGGCAGATACTGAGTTCTGGATTTCAGTCTGTTGTGAATTCAGTGTCCAGCATCAGGTCCAGAGCTTGATGCATATCCTCCACTACCTAGAAAAGCTGCCAGAGGA---AAAGGAAGGTAAGCCCCGGTCA 

a score=3665
s danRer3.chr12  8494205 138 +  37038836 GTGAAG--AAAGATGAAACAGTCTCTGATCTGATATTCAGTGTGGAGACTCACAGTGGCAAAGACCTCCGCCATTTTAAATTCATCTCCATCTCCTTCATGGCTCAGCTGCTGGCCTCTGACGGATTCGTTGGGAAGGTA 
s mm7.chr13     12387721 134 + 116696528 GTGAAGTACAAGATGAAATGTTGCCAGTT------TTTAAGGTGGACGCTCACACAAGCAAGCAGCTTCGGCATTTTAAGTATTTGTCAGTGTCCTTCATGTCCCAACTCCTGGCTTCCAATCATTTTCTCAAAAAGGTA 

a score=5380
s danRer3.chr12  8494529 243 +  37038836 GTTGGGTTGGTAGCAGGTGTCAAGTTTTTTCTTTATGTTTACTTTATGTTTAGTTTGTTGGTGGAGGTTCTGCGCTACATTCAGGCAGTTGCTCGATGTGTCGAAGATAATGCAGATAAGCCAACAGCTAAGTTCTGGAGAGCCCTCCTAAGCAAGTCCTATGACACCCTGGACAAGGTAAGAAGCACTTTATTGTGATGAATAATCATACTTTTGTTTGTC-----AAATACTTCATTTGTTTTTAC 
s mm7.chr13     12391017 229 + 116696528 GGTAAGTCTGAAGTAATTTACTGACTTGCCTTTTGTGGATCTGTTTCTTTTAGTCTGTTAGAAACGGTTCTCAGCTATATTAACACGGTAGCACAGTCCATGGAAAAGAATGCAGACAAACTGACTGGGAAGTTTTGGCGAGCGCTGCTCAGCAAAGCTTACGACATGCTGGATAAGGTAGG------TTTTCTGGG-------------CTTTCGTTTCTCCCCTTAACTACCCTGTTTGTTACTAC 

a score=5072
s danRer3.chr12  8497939 150 +  37038836 TTTAGGTCAATGCCCTTCTACCAATGGATACGTTCATTACGGTAATGAGAGGCTTGATGGGTAATCAGTTAGCATCAGTAAGAAGGAAGGCCATGGAGTTACTCAATAACAAACTACAACAGAGGACGAAGTGGCTGAAGGAACAGGTAA 
s mm7.chr13     12391835 150 + 116696528 TGTAGGTCAATGCCTTGCTGCCCACAGAAACATTCATCTCTGTGATTAGAGGGCTGGTGGGCAACCCCCTGCCGTCTGTGCGTCGGAAGGCGCTGGATCTTTTGAATAACAAGCTCCAGCAGCACACATTCTGGAGGAAGAAAATGGTAA 

a score=10291
s danRer3.chr12  8498195 324 +  37038836 TCTCTGACAGATCACTGCTCTTCTTGAGCTCATTGGCACTCTTCTGAGCATCGTGGGTCGCAGTCATCGTCAGGTCACGGCCCAGGAAGAAGAAGAGCTGGCCATCAATCGACAGACGGCCCTTTATAGCCTCAAGCTTCTGTGCCGAAATTTCGGCTCTGATCACAAGGAGGAGTTTGTACCAGTGCTGAATAAAGCAGTGGAGCTGGTGG---CTGATAAAGACGAGGAGAAGAATGTCATGGGAAGTGCTCTGCTGTGTGTAGCGGAAGTTACCAGCACTCTGAAAGCGCTTGCTATACCACAGTTACACAGGTACCGTAGAGC 
s mm7.chr13     12392600 314 + 116696528 TTTCTTCAGGTCCACCGCT-TTCTCAAACTGGTTCCAGTCCTTCTGGCCATTGTG---------CAACATAAGAAAAGGG---AGGCAGAGGATGAACAGGCAATTAACAGACAGACAGCGCTGTACACCCTGAAACTCCTGTGCAAGAACTTCGGGGCACAGAACCGAGAGCCTTTCATACCAGTTCTCAGCACTGCAGTAAAGCTGATAGAACCAGAGAAAAAGGAGGAGAAGAATGTCCTGGGAAGCGCCCTGCTGTGCATAGCAGAGGTGACGTCCACTCTGGAAGCGCTGGCCATCCCCCAGCTGCCCAGGTACCTAGGAAC 

a score=4923
s danRer3.chr12  8501033 173 +  37038836 ACTTTTTTATTGCTGTGTGTTCAGGCTGATGCCCGCTGTGCTGGACACTCTTAAGGAAAGGAAGGACCTGCTAAACAATGAAATCTACCTACTGAGCGCTGTCACAGCTCTACAGCGGGCATCTGAGACTCTGCCACACTTCATCAGCCCATACCTGCTGGACACCATCTTAC 
s mm7.chr13     12393539 166 + 116696528 ACTTGTTCCTTCTTGC-----CAGCCTGATGCCTTCGCTGCTGACAGCCATGAAGAGCACCAGTGAGTTGGTCCACAGTGAGGTCTGCCTGCTCAGCGCCCTGGCTGCCCTGCACAAAGTCGTTGAGACTCTGCCACACTTCATCAGCCCCTACCTG--GAAGGCCTTCTGAC 

a score=7447
s danRer3.chr12  8503635 352 +  37038836 CATATTCTGTG---TATTCTCTGTGCAGAATCGTCTCAGTTCTCTGATGAACATCCTGAAGGAACATATCAGCCACATGGACAAAGACCAACTCAATAACCACCAATCAGAGCTCACTTCCTTCTTCCTGTCTGCGCTTGATTTCCGTGCTCAGCATT--------GCCAGGTATTAAATCCCC----CCTGGTACAGTTTTTCTTTTTCCCTG-------------------------------ATTT-------------CATTCATTTACTGACGAATA-----TAATTTATTAGGGCGATCTGAAGAAGACTGCTGAGATCGAAGGCTGCGTGATCGACTGTCTGCTAGTGATGATTATGAAACTTTCAGAAGTCACTTTCAGGCCTCTTTTCTTCAAGGTAAACTTCTGTT 
s mm7.chr13     12394820 414 + 116696528 CATATTCTCTGCTGTATTCACGGT--AGAATCACATGGGCCCATTTATGAGCATCTTACAAGAGCACATTGGGGTGATGAAGAAGGAAGAGCTCTTATCTCACCAGTCTCAGCTGACCACATTTTTCCTGGAAGCCCTGGACTTCCGGGCACAGCATTCAGAGGTGAGCTGGTCCCCACTCCCCAGGCCCTGAAGCTGTCATTTCCTATCTGTGCAAGAGCCAGATTAATTTTTAACAGTGTAGCATTTGTCCTTGCCAAAACATTGAGTCCATGCCAATTAGTTCCTTTCTTTTCAGGACGATCTAGAGGAAGTTGGGAAAACGGAAGGTTGGATCATTGACTGTCTAGTGGCCATGGTGGTGAAGCTCTCAGAGGTCACATTCAGGCCTCTCTTCTTCAAGGTGAGCCTTTCTT 

a score=7322
s danRer3.chr12  8506325 220 +  37038836 tgtcaggcagtgtaGATGCTAACTGCATCA-TATTTTCTCTCTTCTGCAGTTGTTTGACTGGTCAAAGATTGACGGTGCTTCTAAAGATCGCCTGCTGACCTTCTACAGACTTGCAGATCGTATCGCAGACAAACTCAAAGGACTGTTTGTGTTGTTTGCTGGCCAGCTGGTCAAACCCTTTTCCGATCTGCTGCATCAGCTCAACACTTCCCACACAGGT 
s mm7.chr13     12395259 215 + 116696528 TGGCAGGGTGAGTAGATGATG------TCACTGTTCTCTCCTGGTTGTAGCTGTTTGATTGGGCCAAGACAGAAGATGCGCCGAAGGACAGGCTGTTGACATTTTACAATCTGGCTGACTGCATTGCTGAGAAGTTGAAAGGCCTTTTCACTCTGTTTGCTGGCCACTTGGTGAAACCTTTTGCTGATACCTTGAACCAAGTAAACATCTCCAAAACAGGT 

a score=7122
s danRer3.chr12  8508277 241 +  37038836 agcaataagatttTAATGCTTACATTT--ACTTACCTTCTGCCAATAGACAAAGCCTTCTTTGACTCCGAGGATGAGAGTGATGAGGATTCAGATGAGGAGGCTGATGATAATGTGACAAAGAGCAGCCTTTTGCTACAGTATGTGTTGGACTGCCTTCACAAGATCTTCCTCTATGATACTCAGCACTTCCTCAGTAAGGAAAGAGCTGATGCCCTTTTGTGTCCTCTGGTGGATCAGGTCA 
s mm7.chr13     12395928 207 + 116696528 AGCACCAGGACTGAGTGTTTTGCATTTGTACTCTTTCCCTGCATACAGACGAAGCCTTCTTTGACTCCGAACGTGACCCTGA------------------------------------AAAGTGCTGCTTGTTGCTGCAGTTTATCTTGAACTGCTTGTATAAGGTCTTCCTTTTTGACACCCAGAATTTCATGAGTAGGGAGAGAGCAGAAGCCCTGATGATGCCCCTGGTGGATCAGGTAA 

a score=7450
s danRer3.chr12  8510621 177 +  37038836 ATTTCTGAAGTTGGAGAACATGCTAGGAGGAGAGGAGACCTACAAGAGCCGCATTACCACACACTTGGTGCCTTGCATTGCTCAGTTTGCTGTTGCCATGAGAGACGACTCGCAGTGGAAAGTTCTCAATTATCAGATTCTGCTCAAGACACGACACAGTTCACCAAAGGTATGCAC 
s mm7.chr13     12396589 177 + 116696528 ATCTTCCCAGCTGGAAAACAGGCTTGGAGGAGAAGAAAGGTTTCAGGAACGGGTAACCAAGTACCTGGTGCCCTGCATCGCACAGTTCTCTGTGGCCATGGCAGATGACTCCATGTGGAAACCCCTGAACTACCAGATTTTGCTGAAGACAAGAGACTCTTCCCCTAAGGTGAGCAC 

a score=5503
s danRer3.chr12  8513056 119 +  37038836 TTCAGGTTCGTTTCTCTGCGCTTGTCATGTTGCTGGAGTTGGCAGGCAAGCTGAGGGAGAACTACATGGTTCTTCTGCCAGAGACCATCCCATTCCTGGCCGAGCTCATGGAGGGTAAG 
s mm7.chr13     12398758 119 + 116696528 TCCAGGTGCGGTTTGCAGCCTTGATTACTGTCTTGGCACTGGCTGAGAAGCTGAGAGAGAATTACATTGTTCTGCTACCAGAGTCCATTCCTTTCCTAGCAGAGCTGATGGAAGGTAAG 

a score=4452
s danRer3.chr12  8514738 218 +  37038836 gaatacatgAGCAGCCACTCTGAACACTACCCTACTTTAAACTTCAAGCACTT----ATGGCTGTTTCAAGCCAACATAACAGTTTGTCCCTGCAAACTTTGCTCATGAAGCTCTTTCTTTGATTTACAGATGAATGCGAAGAAGTTGAGCACCAGGTTCAGAAGGTCATTCAAGAAATGGAGACTATCCTCGGTGAACCGCTGCAGAGCTACTTTTAATGC 
s mm7.chr13     12399399 211 + 116696528 GGACAGTTGGGGAGCACCTCGGGTCAC-AGCCTGCTAGGTGCTTCCTGTACCTTGACACAACAGTGGTAATTAGGCAGGACAGTGGG---CAGCCCACTTCT-------AATTCTGGTTTTCGTTGTTAGACGAGTGTGAAGAAGTGGAGCATCAGTGCCAGAAGACCATCCAGCAGCTGGAGGCCGTGCTGGGAGAGCCGCTGCAGAGCTACTTCTGAGGC 

a score=1635
s danRer3.chr12   8517688 140 +  37038836 TTAGTATCACTACAGTGATGATGAAGATGAAGAGCTTTAGCGGAT-CACGAGCAGCTCTTCACATATTCAGGAGACACCTCCATCATCA-GCGGCACTCTGTGGGAATAATAGGCGCTCCGTTTTCCAAAGGACAGGTGAGT 
s mm7.chr10     105386661 142 - 130066766 TTAGGGTTACGGCCGGTGGAGAGGAGCTGGACAGCCCGAGCACATGCAGCAGCAGCAGCCGCTGGAACCCAGAGAGAGCATGAGCTCCAAGCCAAAGTCCTTAGAGATTATCGGAGCGCCTTTCTCAAAAGGACAGGTGAGT 

a score=1955
s danRer3.chr12   8517838 178 +  37038836 ACTGACGGGAAATAAAACACTGA---------GGTGAACTGTGTGAGAAATGAATATGTCTGCTGCAGTAGTGGAGCTCATGTTCATGACTG--------------TCTGTCACTGCAGCAGAAGGATGGTGTGCAGGAAGGAGCAGACCTCATTCGAGCGGCTGGACTGGTGCAGAAACTTAAAGGGCAAGGTAACACTA 
s mm7.chr10     105391298 199 - 130066766 ACCCACGAAAGCTTAAACACTGAATGTTAATAGTTCAATTGACTGAGGAGTAAGTTTTCTTGTGGGCATTGGCTAG-TCACAATCATGACTGAATACTGTGTTTTTTCTGTT-CTTCAGCCTCGAGGAGGGGTAGAGAAAGGCCCTGCAGCACTGAGGAAAGCTGGTCTGCTGGAAAAACTTAAAGAAACAGGTAACTTTA 

a score=4620
s danRer3.chr12   8521357 346 +  37038836 aaccgaggtatgtattgaaccgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata-----------tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataGGTTTTGAATGAGTGAAGGATGAGTCAATTTTTGTCTGCATTT-CATAAATGCACAGAATGTT-------TTCTAACAGTGAA-CATTCCATTCAGTACATTCAG-----TAGTGCCTCAGAG------------------CTGCCGTGTATGTTTGTATTTATTAATTTAGTTGAGAGAGAGAGA---GTGTGTGTGTGCGTGTCTGTATTCTGATTGGACAGTGACCACAACGATTTTTCACACCCCTCGTGTATCTGCTGCAGTATGT 
s mm7.chr13     107036012 391 + 116696528 AATTAACGtatatatgtaagtatatatttatagatatatgtagatatatatatgtgtgtgtgtataattttattttatatctatacatatatacatacacacatacacacacatatatatatgtgtatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaTATATATACCAATTCTTGCAAACATTCTAGCAACAAATCATTGTGATAAGAGTATTTAGGGATTTGGTGACTTTGAGAACTAACTTCTGATTTGACTCCCGTGCATCAACATATGAATTCCATTATACTATAAATACATATACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCCCCATTTCATAGTAACCTAGATTTTTTTTCCCAGTGCTCTCTTA-ATCCTGCATAATGT 

a score=4157
s danRer3.chr12   8525444 347 +  37038836 CAGGTTGTGTGGTGAAGGATTATGGGAATGTGACGTTTGAAAACCTTCCCAACGACGAGTCCATCGGGAGACTTAAGACCCCGAGAGCGGTGGGACGAGCAAATGAGCTGCTTTCAGGAGCCGTGCAGAAGATCAAGAGTGATGGAAACACATGCGTGATGCTGGGAGGAGATCACAGGT----------CATTCATCC-----AGATGTTACATA---TTTAAGATGATCACAGTCTCTTAAAAATAACATTCATCTTTATCGAACCTCACAT---TCTCTTTCGATTTATTTTAAAT------GAGATCTTTTTAT---TTTAGAATATACATGTTTCTTTTCACGTGATAAATAAGAATGAATACATTTCAGTG 
s mm7.chr10     105393308 363 - 130066766 CAGAGTATGACGTGAGAGACCACGGGGACCTGGCCTTTGTTGATGTCCCTAATGACAGCTCCTTTCAAATTGTGAAGAACCCACGGTCTGTGGGGAAAGCCAATGAAGAGCTGGCTGGTGTGGTGGCAGAGGTCCAGAAGAATGGAAGAGTCAGTGTGGTGCTGGGTGGAGACCACAGGTGTGTGGACTGCCTATATCCCTGGGGGTCGGCACAAAGGGCATAAGGAGACCAAGA------AAGAGTTTGCTCCCTCTCCCTCTATCTCTCCATAGATTTTTTTATATACATATAAAATCTTATATAAATCTCTCtatatatataaaatctacatatatctt--------atatatatgtatatatatatgtgtgtg 

a score=5006
s danRer3.chr12   8525942 167 +  37038836 AGCCTGGCGATCGGCTCAATCTCTGGTCATGCTGCATCCGGACATGAGCTGAGTGTTTTATGGGTGGACGCACACGCAGACATCAACACACCTTTAACCACACCGACTGGAAATATTCACGGCCAGCCGATGTCTTACCTCATCCACGAACTGCACTCCAAGGTCAA 
s mm7.chr10     105396034 167 - 130066766 AGTCTGGCAGTTGGAAGCATCTCTGGCCACGCCAGGGTCCACCCTGACCTATGTGTCATTTGGGTGGATGCTCACACTGACATCAACACTCCCCTGACAACCAGCTCTGGGAATCTGCATGGGCAACCTGTGTCCTTTCTCCTGAAGGAACTGAAAGGAAAGGTAAA 

a score=3801
s danRer3.chr12   8531659 248 +  37038836 GAGCCTTTTGTGTACATTTTAGATCTCTAAGTTTAGCTAATGA-----AATATGGAAGTGAAAACA----AAATGGTTGTGTTTA----------TATTTTTGTTGAATGTGGATTATATTTATTTTCAAAAATGCTTTGTGCAACTTTTCTAATCTTCCTCAGATGCCCAAACTTCCAAATTTCTCATGGCTAAAGCCTTGCGTAGCAGCTCAGGATGTTGTGTATATTGGACTCCGAGATGTGGACCCGGAAGAACAGTAAGTTT 
s mm7.chr10     105397093 249 - 130066766 GAAACTTCTCTCCAAATTCTGGCT---TAAGTCTTTTTGAGAAGCACAAGTACAGATGTTAAGAAATGTTAATTGTCTGTGCTCAACATTAAATGCAGTTCTGTCAAA-GAGAAACACATCTATCT----AAATGGAAACACCATTGTTTCTAGTT---CCCAGATG-------TACCAGGATTCTCCTGGGTGACTCCCTGCATATCTGCCAAAGACATCGTGTACATTGGCTTGCGAGACGTAGACCCTGGGGAACAGTAAGTTT 

a score=7468
s danRer3.chr12   8531980 365 +  37038836 ACAGTTATATCCTTAAATACCTGGGCATCAAAACCTTCTCCATGACTGAAGTTGATCGACTTGGAATAGCAAAAGTCATGGAGCAGACGTGTGATCACATGTTTTCAAAGTAAG--------TGTGTGACTATGCAAATA--TTCTCTTTTTTGCATTTGT-----------------------------------------------TGGAATGTCTTCGTAAG-------------TGTAAATGTTTATTGAGG------------------AAATATTGCTGCTCTTTTGCATCAGAGTGAAGAAGCCGATCCATCTGAGTTTCGACATTGATGCGCTGGACCCAGCAGTTTCACCGGCGACTGGCACACCTGTAGCAGGAGGACTGACATATAGAGAGGGCATTTACATCACTGAGCACATCTGCCAAACAGGTCAGAACAGTAGGATG 
s mm7.chr10     105397645 453 - 130066766 ATAGCTATATAATAAAAACTCTGGGAATTAAGTATTTCTCCATGACTGAAGTAGACAAGCTGGGGATTGGCAAGGTGATGGAAGAGACCTTCAGCTACCTGCTGGGAAGGTACGATGCTTTGTGTGCGAGTTCATGACTAAGGTTTCCTCCTGACATTCCTGTCAGCGCAGGCTGCTAATAAAATTTAGGTAAAACCATGGATCTCCATGTGATGCTTTTATAATGCAGGGTCAGACCTGCATTTGATTACTGACTCCTAAACCACTTTAAGCTGAAAGCCCCTCCTGTTTCCTAACAGGAAGAAAAGGCCGATTCACCTGAGCTTTGATGTCGACGGGCTGGACCCAGCATTCACCCCGGCGACCGGCACCCCGGTTCTGGGAGGCCTATCTTACAGAGAAGGTCTCTACATCACAGAAGAAATTTACAAGACAGGTAGGGAGAGTCTGAGG 

a score=3412
s danRer3.chr12 8532677 825 + 37038836 CAATATTGTCTCACAGGACACCACTAGACTCTAACAGGACACCACTAGTCTGTAACAGGACAT-CACTAGTCTCTAACAGGACATCACAAGTGTCTAACAGGACTTCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTGTCTAACAGGACTTCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTTACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTCACAGGACATCAC--TAGTATCTCGTAGGACATAGT-CTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTCACA--------------GGACA---------------------------TCACTAATCTCTGACAGGACATCAATATTGTCTTAAAGGACATCACTAGTCTCTAACATGTTGTTTAAATTGTCTCACAGGACATCACTAGTCTCTCACAAAACATCGTTAGTCTGTCACAGGACATCAC--ATGTCTAACAGGACAACAATTTTGTCTTACAGGACATCACTGGTCTCTAACAGGACATTACTAGTGTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTCACAGGACATCACTAATCTCTGACAGGACATCAATATTGTCTCACAGAACATCACTAGTCTGTCACAGGACATCACATGTCTAACAGGACATCAATATTGTCTTACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGTTGTTTAAATTGTCTCACAGGACATCACTGGTCCCTCATAGGACATCACTAGTCTCTCATAGGACATCACTAGTGTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTTAG 
s mm7.chr17     3006517 866 + 93276925 CAATATGGTGTCACACTGCTCCACTGTGGTATCACAATGGTTCACTGTTGTATCACAGTTCATACAGTAGTGTT--ACAGGGCTGCACTGTGGTGTCACAGTGCTCTACTTTTGTGTCACAGTGCCCCATTTTAATGTAACTGTGCTCCAATGTTGTGTCACAATGCTCCACTGTGGTATCACACTGCTCCACTGTGCAGTCATAGGGCTCCACTGTGATGTCACAGTACACCACTTCATTGTCACAGTGCTCCATCGTGGTGTCACACTACTCCAATGTGGTGTCAGGATGTCCACTGTGTTGTCACAGTGCTCCACTGTGTTGTCACAGTGCTCCACTGTGTTGTCACATG-CTCCACTGTGGTGTCACAGTGCTCCGGTTTGGGGACACAGTGCTCCAATGTGATTTCACAGTGCTCACTGTGGTGTCACACTGCTCCACTGTTGTGTCACATTGCTTCACTGTGGTGTAACA-GTGCTCAATGTACTGTCATAGTGCTCAACTGTGGTGTAACAGTGCTCCACTGTGCTGTCACAGTGCTGCACTGTTGTATCACAGTGCTCCAATGTGGTGTCACA-TACTCCACTTTGGTGTAACAGTGCTGGTCTGTGGTGTCATAATGCTCCACTGTGGTGTCACCCTGCTCCACTGTGGTATCACAGTGC-TCAAAGTAATGTCACACTGCTCCACTATGTTGTCACAgtgctacactgtgctgtcagtgctacactgtggtgtcacagtactccactgtggtgtcacagtgcttcactgtgttgtcatagagctccactgtggtgtcatagtgcttcactctggtgtcacagtgatccgctgtgatgtcacagggctccactatgctgtcag 

a score=5743
s danRer3.chr12 8533502 661 + 37038836 AGGACGTCACTAGTCTCTAACAGGACATTACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTGTCTAACAGGAC----------ATCACTAGTCTCTA----------ACAGGACATCACTAGTGTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTGTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTAACAGGACATCACTAGTGTCTAACAGGACATCACTAGTTTCTCACAGGACATTATTATTGTCTCACAGGACTTCAATAGTCTCTCATAG-------------GCCATAGT-----------CTCTTACAGGACATCACTAGACTTTAACAGGACACCAAAATTGTCTCACAGGGCATCACCCGTCTCTAACAGGACATTAATATTGTCTCACAGGACATCACTAGTCTTTCACAGGACATCACTAGTCTCTCACAGGACTTCACTAGTCTCTCACAGGACTTCACTAGTCTCCCACAG-GCCATAGT---CTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTCACAGGACTTCACTAGTCTACCACAGGAC----ATATTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTCACAGGACTTCACTAGTCTCCCACAGGACATATTCTC---TAACAGGACATCACTAGTCTCTCACAGGACTTCACTAGTCTCCCACAGGAC 
s mm7.chr17     3008278 711 + 93276925 AGCAC-TCACCTTGTTGTCACAGTACTCCACTCTGGTGTCACAATGCTCAACTATTGTGTCACAGTGCTACTTGTAGGGTCACTATGCTCCACTGCGGTGTCACAGTGCTACACTGGGGTGTCACAGCTCTCCAGTGTGCTGTCTCGATGCTCCAATGTGCTGTCACAGTGCTCCACTGTAGTCTCACAGTACTGCACTA-TGTTTGTCAGTACTCCACTGTGGTGTCATATTGC-TCACTGTGGTCTCACAGTGCACCACTCTGTTGTCACATG-CTCCACTATTTTGTCAAAGTGCTCCACTATTGTGTCAGAGTGCTTCTTGTACTGTCACAATGTTCCACTATGCTGTCACAgtgctgcactgggctgtcacagtgctgcactgtggtgtcacagtgcttccctctggtgtcacagtactgcactgtggtgtcacagtgcttccctctggtatcacagtactgcactgtggtgtcacagtgcttccctctggtatcacagtgctccactgtggtgtcacagtgctctactgtgttgtCACAGTGCTCTACTGTGGTGTCAGAGTCCTCCACTATGGTGTC-CAGTGCTCCAATATGGTGTCACACTGCTCCACTGTGGTATCACAGTGCTCCACTGTTGTGTCACAGTGCACACTGTAGTGTCACAgtgctccactgtggtgtcacagtgctccactgagctgtcacagtgc 

a score=534
s danRer3.chr12 8534163 43 + 37038836 ATATTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTCACAGG---ACATAGT 
s mm7.chr17     3012140 45 + 93276925 TTGTGCTGTCACAGTGC-TCACTGTTGTGTCAAAGGGCTACAAAGT 

a score=1280
s danRer3.chr12 8534206 51 + 37038836 TTCTTACAGGACATCACTTGTCTCTAACAGGACATCACTAGTCTCTCACAG 
s mm7.chr17     3012290 51 + 93276925 ttgtcatagagctccactgtgctgtcacagtgctccactgtgctgtcacag 

a score=1918
s danRer3.chr12 8534257 148 + 37038836 GCCATAGTTTCTAACAGGACATCACTAGTTTCTAACAGGACATCATTAGTCTTTAACTGGATATCAATATGGTCTCACAGGACTTCACTAGTCTCTTAGAG----------------CACATAGTCA--------TTAACAGGACATCAATATTGTCTCACAGGGCATCACT 
s mm7.chr17     3013240 170 + 93276925 ACTGTGGTTTC--ACAGTGCTCCACTGTGGTGTCACAATGCTCCACTGTCGTTTCACAGTGTTCCACTGTGATTTCACAGTGCTTCACTGTGCTGTCACAGAGCTCTAATGTGGTGTCACATGCTCAactgtgatgtcacagtcctccactgtggtgtcacagtgctccact 

a score=4350
s danRer3.chr12   8534627 151 +  37038836 TTCACTGCAGGGCTTCTCTCTGCTGTAGACATGGTGGAAGTGAACCCCAAACTGGGCAGAACAGCGGACGAGATCAAATCAACAGTAAACGCTGCTGTGGATCTGCTGCTGGGCTGCTTTGGACGGATTCGCGAAGGCTCTCATGACCCAG 
s mm7.chr10     105398319 151 - 130066766 TTTGTTGTAGGGCTCCTTTCAGGACTAGATATCATGGAAGTGAACCCAACTCTTGGGAAGACAGCAGAGGAGGTGAAGAGTACTGTGAACACGGCAGTGGCTTTAACCTTGGCTTGCTTCGGAACTCAACGGGAGGGTAACCATAAGCCAG 

a score=1984
s danRer3.chr12  8534792 113 + 37038836 AATCCATAAATCTTTATCTTTTAGGCTTTATTGCTCTATTTTTGTTCTTTTAAATAATCCTTATTAA--ATTGACTTTATGTCAGTGTCTAATTCTGAATGGAaaagatgccata 
s mm7.chr18     25114153 109 + 90918714 AATTCCTGGGTCTGTTTCTTTTAGGGTCTGTAGTTTTATTTTTTTTCC------CAttttttattagatattttcttcatttacatttcaaatgctatcccgaaagtcctctata 

a score=3102
s danRer3.chr12  8547522 179 +  37038836 AGTGTTG--CTGCTGTGGACAGAGGAA--ATGAAGAGCAGGAGTGTTTTCAGAGTCTGAAGGAGTGAATGAGAAAAATGGTGGACGGCGTTGGTCAGTCGGTCTCTTTCAGGCCGCAGGGTCTCCTGAATTCCTGACCCCGCTCGTGGATCCATTTATTTGACACTAAAGGAAAGAAAAAAAA 
s mm7.chr10     71177408 179 - 130066766 AGTGTTAGTCAGCTGTAAACGTCGGAGTTATAATCAGCCATCGTGCCTGGTGCGT-TAGAGGACAACAGGAGCCAAGGGAAGCCTGG---TTGTCATTCCAATTCTGACAGGGTGCACGGCCTTCGAAATTCTTGTCCACGTTCATGGAGCCATTTGTTGGATACTGTGAGAGGGAAAAAAGA 

a score=7533
s danRer3.chr12  8547769 118 +  37038836 GAGACCCTCACCCCACTTGTTTCCCACCAGTACTGGACAGGCTGCGTGTCTCGTGCTGTAATCTCCTTCTCCACTGGGAAACAGATTATACCAGAACACTGCGGTGCCCT---GAACACAG 
s mm7.chr10     71178877 121 - 130066766 GAAGTACTTACCCCATTTGTTTCCAACTAGCACGGGACAGGCTGCATGCCGTGTACTGTAATCTCCTTCCCCACTGGCAAACAGATTATACCAGAAGACAGCAGTGCCCTGTGGAGCACAG 

a score=3356
s danRer3.chr12  8551456 167 +  37038836 ACCAAACAAAGAGCACCTTCAGTGGCTTTACTGCAGCTCCTACTTCTGGAAAGACAGTGGCTCCCCCTGCTGCTACATCACTCATCTGCAACACACCGGATATTTTACATGGAAATCGATAATAAGTGATGGCAGCAGCAGATCCTGATATTGACAGGACAGTGATG 
s mm7.chr10     71179246 157 - 130066766 AACAAGCCATACTCACTTTTTTGGGCCAAACACTGGCTCCCACTTCAGGAAAAACAGTAGCTCCTCCAGCAGACACATCGCTCATCTACAAGAGAA----------GCCAGGGTAGAAACACTGAGAGGTAGCACTGGGTGGAGCTGATGCTGAATAGACACTGAGG 

a score=4555
s danRer3.chr12  8551623 120 +  37038836 GAACTGT-ACTCACGTAGAAGAGCCAGGTTGCTATGCGATTCCCTGTGCCCAGCTCTTTAAAGGCATCTGGTTCATCTTTCTGGTGGAAAACACTTGTTAAAATGATCCATTCAACTTGGT 
s mm7.chr10     71181203 119 - 130066766 TAGCTGTTACTTACATAGAACAGCCACGTGGCAATCCTATTTCCTGTCCCAAGCTCTCTAAAGGCATCCGGCTCATCTTTCT-GTGGACAAAAC-AGTGAATATAATGGCATAAACTCAGT 

a score=4792
s danRer3.chr12  8551781 92 +  37038836 ATTTACCCGTCCAAAGTCAAAATGGGGCTCATATTGTCCTCCAACACCATAATTCGCCACCTTAA------AAGAGAGAAAATGTAAAAATTGTAATA 
s mm7.chr10     71183223 98 - 130066766 ACTTACCCTTGCAAAGTCAAAATGGGGCTCATACTGTCCTCCAACTCCGTAATTTGCTACCTGAAGGAAAGAGGAGAAAAGACTAAGAACTAATATTA 

a score=1048
s danRer3.chr12   8554341 540 +  37038836 CCCATTCCCGAATGAGCTGATTGGCAATGGCATATGAAGGTGGGACCCAG-AACACAGGTGGCTGTTCTCTTGG--GTTGCGTGGAGGA-------TTCTGCAGTGCTGTTGTTATTTCTTCTAAAGTGAACCAGCGAGCATCCTCAAGTTCAGCCTTGTCTATATTCACCTATGCATCAACACAGTGAAAGTGGT----------------------------------TAAAACACAGC------------AATGTCTCTCTTTACCATTGCTGTCATTGGATTAAATGGGAATACATT-------TTGAAAGGTCTGAAT-ATTTGTA---AAGGGTCAAAAACGGTAACTGCCTGCTAAACATGTTAGTATCTGGAAATAAAACTGACAAGAATACTGttaatattttaacaaatttataaatatatattttaaattataGATGTGATTCAAAGCAAATCCATTCATCTAAATTCACCTAAAAATAGCTCTGAGACGTTCTTTACAATCAAGTTT--------GCTGATAGATAAATAAAACAATAAAAAACATAGATTAATAATTGAATTAAACATAACATGAATAAAATGTAATGTACAAATTATACGA 
s mm7.chr14     101254094 564 - 119226840 CCCACTTCTTAATCAAGTGGTGGGCAATGGC----TAACTTGGGAGGCAGCAACAGTGGGGAAGCCTCACTCGGCTGCAGAGCCAAGGAGCCCTTTCTCCTCAGGGCTGTGGTCACCTCATCAAGACTGAACCAGGCGGCTGCCTCTAGTTCC------TTCAAGTTCACCTGAATCTGAAAGACAAGGAAGGGGTATAGGGTAGGGGTAAAGTTAGGAACTATGAAATATAAAACACCACGGCCAAAGTGAGAAAATTCATACAGAACGGTGCAGTC------TTAGATGGGAACACCTGGGACCAATGGCTAGGTTAAAATCAGTTCTAGATAATGTTCAGAAACTG-AACAGAGAATTAAAT------GTATTTTGAAATAGTTCtaaaaaagataa-------atttttaaaaattt-----tatCCTATTTGTACAATAGTTATAATTAAAAAAAAAATCCTTC--------TTGTCCAAGGCTGAT-----GGCATTTGTTAAGCCCGGATTCAGTCCCCAGTGTACACACACATAAAATCCTAAAGCAGACACTTAAACTATCGAGT--GGCAAGGCATGAGT-GAGTGTGTCGCATCAAGTATATAA 

a score=7499
s danRer3.chr12   8556133 190 +  37038836 AACAGTTAAAGGCATTGTGCAGGTCTCACCTGTGTTTTGTTTGGGTTTACCGTGGCGTGACAGGCTAACATAAAGGAGCTTTGTGGGAATGGCCAGTGCTGTGATCCAGAGTACTGAAGATTCTCCACCTCTAACCCCACCTCTTCTGCCACCTCTCTGTGCAGCGCCTCCTCCACTGACTCTCCTGCAA 
s mm7.chr14     101258629 190 - 119226840 AGCAGTACAAGGGAAAGTTAAGACTTTACCTCTGTGTGTCCTGGTTTCACGGTTGCGTGACAAGCGATCATGAGTGAGCTATTGGGAAAGGGCCAGTGCTGGGACGCAGAGTACTGTATGTTTTCCACTTCCAGGCCCACCTCTTCCGCAACTTCTCGATGGACAGTTTCTTCCACACTTTCACCTGCAA 

a score=4209
s danRer3.chr12   8562121 133 +  37038836 CCTCACCCATGTCACAGAAGCCAGAGAGTGCGCTGTACATGCCTGGAGGAAACATGGCCTGTCGCGCCAGCAGACACCTGCTCCCATCAGACACCAGAACAATCACCACTGGAGACATCT-GCACAGAGACGTG 
s mm7.chr14     101259544 134 - 119226840 CCTTACCTATGTCACAGAAACCTGCCAGGGCAGAATATAACCCCTTGGGAAAGGAACTCTGGCGGGCAAGTAGGCAGCGGGCCCCATCTGACACCAGTGTGATCACTACGGGCGCCATCTAGGACAGAAGAGTG 

a score=3262
s danRer3.chr12   8564298 147 +  37038836 CTTACTTTAGGGTAGTAGGTGATACCACTGCTTTGGCAAACTCTAAAACTTCCTGATTGGTTCCTGGTGGTGGGCTGCCCTGTGGCACTACAGAAGCCATTGGTCTGGTGCCATCGGAGGAGAGCTTGGCCCTTTAACAAAAAAAAC 
s mm7.chr14     101260481 147 - 119226840 CTCACCTGTGGATAATAGATGATTTTACTGGAGGGACACACTCGCTTGCTGCCCGCCACGTTCTTCTGGGTGGGCTGCCCACTTTTGCTGCAGAACTGATGACCGTCATGCCAGCGGAGAAGAGCCTGAGCCTGCAGACACAAAGGC 

a score=6234
s danRer3.chr12  8588928 181 +  37038836 AGGAGAACTACACCGAT---TATTTACTAATCACTGATTCTCATGTTGTGTTTTTTTTTTTTTCAGGTCATATGACAGATCTGTTGTTCACAGAAAAAGACCTGGTGACATCATTGAAAGACTACATTAAAGCAGAGGAGAGCAAACTAGAGCAAGTTAAACAGTGAGTA-ACATTCATTGTTAC 
s mm7.chr10     58857441 168 + 130066766 AAGAGATTTATATTGATGAATATTTAATAACC-----------------TTCCTTTTCCTGTGTAGGTCAGATGACTGACTTGATCCATAATGAGAAAGACCTGGTGACATCACTAAAAGATTATATTAAAGCAGAAGAGGACAAGTTAGAGCAAATCAAAAAGTAAGTGCGTTTTCCTTACTAC 

a score=7659
s danRer3.chr12  8589860 171 +  37038836 TATTGTCAGGTGGGCAGAGAAGCTTGATGCTTTAACAGCCACAGCCGTCCAGGACCCAGAGGGCTTTTTGGGTCATCCTGTCAATGCCTTTAAACTCATGAAGAGACTAAACACAGAATGGGGTGAAGTGGAAGATCTAGTGCTCAAGGACATGTCTGATGGTTAGTATCA 
s mm7.chr10     58860869 171 + 130066766 TATCTGTAGATGGGCAGAGAAGTTAGACCGGCTAACGAGTACAGCAACAAAAGACCCAGAGGGGTTTGTTGGGCATCCTGTAAACGCATTCAAGTTAATGAAACGTCTGAACACTGAGTGGAGTGAGTTGGAGAATCTGATCCTCAAGGACATGTCGGATGGTGAGTGTAA 

a score=326
s danRer3.chr12  8590031 126 +  37038836 CTG--CAATcagggcttgacattaacttttttgatcacctgccactgtggctagtagttttccaaca-----ttactatccactcgccattttt---agtagccacaattttgttgtt-------gggaaaatatattttata 
s mm7.chr11     54068341 123 + 122091587 GTGAACAGCCTGGAGCTGTCCTTGTTTTGTTT-------------------TAAAAGTATAGTAACAATCACTTCCTGTCCTTTTGTCATGTTTCCCAGTAGTAAC-ATTTTCTAATTATACTTCAGTAATACATATTTTATA 

a score=7431
s danRer3.chr12  8590625 304 +  37038836 AAGATATGTTTTTTCTTATAAAAAGCTAAAAACATTTTCTTTT---AGGCTTTATCTCAAACCTGACCATTCAGCGCCAGTACTTCCCCAATGATGAAGACCAGAACGGTGCAGCGAAAGCCCTCCTCCGACTGCAGGACACATATAAACTGGACACACAGACCATCTCTTCTGGAGACCTGCCTGGTAAGAGTTACTATTATATTTGTTTGTCTCTTTCCCAACCA--TGtttgtaacgaggagactgacacggagggatccattatgcagcatttattaatcaagctctcactcaaacacacaatat 
s mm7.chr10     58861815 288 + 130066766 AAGATATTTTTTATACTC------------AATTTTTTCTATTTCAAGGCTTCATCTCTAACCTAACCATTCAGAGGCAGTACTTCCCTAATGATGAAGATCAGGTTGGAGCTGCTAAAGCTCTGTTTCGGCTGCAAGACACCTACAATCTGGACACAAATACCATCTCAAAGGGGAATCTTCCAGGTGAGTG-GACGCTTCCATCCGTGGATATATTTGTCACTTAGCTGCTCTTCA-------GCCCACAAGGAAAGTGTAATT-TTTTTCATTAATTAAttatttattcactttacatctcaatat 

a score=9839
s danRer3.chr12  8593141 280 +  37038836 TTTTTTTTTGCAGGTGTTAATACAGGTCTGCCATATAAAAGCACCCTGACGGTAGAGGACTGTTTTGAACTAGGAAAAATTGCCTACTCTGACGCAGACTACTATCACACGGAGCTGTGGATGGCCCAGGCGCTCAAGCAGCTGGATGAAGGAGAAGAATCCAGCGTTGAGATTGCCACCGCTCTGGATTACCTCAGTTACTCTGTCTACCAACAGGGGGAGCTGGAGAGAGCTCTGGAATATACTAAGAGACTGCTTACTGTGGGTAAGTCTGCTCTAT 
s mm7.chr10     58866350 276 + 130066766 tttgtttgtttgtttgtttTTGTAGGAGTGCAACATAAGTCTTTCCTGACAGCCGAGGACTGCTTTGAGCTGGGCAAAGTGGCCTATACAGAGGCAGATTATTACCACACAGAACTGTGGATGGAGCAGGCTCTGACGCAGCTGGAGGAGGGAGAGCTGTCTACTGTAGATAAAGTCTCTGTTCTGGATTACCTGAGCTATGCGGTGTACCAGCAGGGAGACCTGGATAAGGCGCTTCTCCTCACCAAGAAGCTTCTTG----AGCTAGGTCTGTTATCT 

a score=4862
s danRer3.chr12  8598460 278 +  37038836 TTTATCTCTGCTGTTTAGAGCCGGAGCACCAGCGAGCTCTTGGGAACCTCAAATATTTTGACTACCAGCTGGCCAAACAGAAGAAGGCAGAGAAGG-AGCAGAGCACCAAGGAAGAGAGCAAGAAGGAGCAAGAAACGTCAGATGGGAAG--AAGGAATATCTCCCGGAGAAGAGGAAATATGAGAAGCTGTGTAGAGGAGAAGGACTCAAAATGGTGAATAACTGAATGTTGTAACTGAAATGTCAACCATATGTAATATTATGTCAGTGCAGATGTATG 
s mm7.chr10     58868580 261 + 130066766 TTTGTTTCTCTTCCTTAGATCCTGAACATCAGAGAGCTAATGGTAACTTAGTATATTTTGAATATATAATGAGTAAAGAAAAAGATGCCAATAAGTCAGCGTCGGGCGACCAATCTGATCAGAAAACTGCACCAAAGAAAAAAGGGATAGCTGTGGATTACCTGCCAGAGAGACAGAAGTACGAAATGCTGTGCCGTGGGGAGGGTATCAAAATGGTAAA---------GTGG-----AAAAAGTCAATCgtgtg------tatgtgtgtgcggctgtgtg 

a score=7244
s danRer3.chr12  8601726 256 +  37038836 TTCAAAAACACGTATTACCTCACCCTTAC--AGACTCCTCGGAGACAGAAGCATTTGTTCTGCCGTTACTTCAATGGTAACAGACATCCATTTTACACAATTGGGCCAGTGAAACAAGAAGACGAATGGGACCGTCCCCGAATCATCCGTTATCATGAGATAATAACAGAACAAGAAATAGAGAAAATCAAGGAGCTCTCCAAACCAAGGGTGAGTTTAACTTTTACACACATTA---ACatgtttattattatgtttatt 
s mm7.chr10     58870244 261 + 130066766 TTCTAACACGTTTATTACTTTCTTTGTACGCAGACTCCCCGGAGACAGAAAAGACTGTTCTGCCGCTACCATGATGGGAACCGGAATCCTAAGTTCATCCTGGCCCCAGCCAAGCAGGAGGACGAGTGGGACAAGCCCCGGATTATCCGTTTCCATGACATCATCTCTGACGCGGAGATTGAGATTGTCAAAGACTTAGCAAAACCAAGGGTAACTTTTTCTTCTCAGTTTACCAGATATGTGTGTGTTAATCTTTTAATT 

a score=5062
s danRer3.chr12  8606987 99 +  37038836 TTGGCCGGTTGGCTCAACAGCTGCGCCGAGCCACCATCTCCAACCCCATTACTGGTGTCCTAGAGACTGCACACTATCGCATCAGTAAAAGGTAAGGCT 
s mm7.chr10     58872514 99 + 130066766 TTTGACGGTTGGCTTCACAGCTGAGGCGAGCCACCATTTCAAACCCAGTAACAGGAGCCTTGGAGACGGTACATTACAGAATTAGCAAAAGGTAAGATT 

a score=4930
s danRer3.chr12  8609002 192 +  37038836 TTTCCTCTGTTTGTTTGTTTTTTGCCGGCTCTATAGCTCAGGCGCGCCACCGTTCATGACCCTCAAACTGGCAAACTCACCACCGCCCAGTACAGAGTCTCCAAGAGGTAAGGGGTCAGAGATCAAGGGCAGAGGCCACATCT---GTTCCCCCTTCTCCATTTTTACCTAGAATCATATTTATGCACCTCAGTT 
s mm7.chr10     58873517 184 + 130066766 TGTCCTTTCTCTTTTTTCTTTTTG---------TAGCTGAGCCGAGCTACAGTACATGACCCTGAGACGGGGAAATTGACCACAGCACAGTACAGAGTATCTAAGAGGTAAGGGAGAATGGAC--AGAACTTGAGGCATATTTGGAGTGCTCTTTCCTGAGGATCTAATTTTGACCATATTTATATGATATAGTT 

a score=3954
s danRer3.chr12  8613142 135 +  37038836 TTGTCTTCTCTCAGTGCGTGGTTGGCGGCCTATGAGCATCCGGTTGTGGATCGCATCAATCAGCGCATTGAAGACATCACAGGCCTCAATGTCAAAACCGCAGAAGAGTTACAGGTAA-CTTTCAACTTTTCAAGT 
s mm7.chr10     58880041 136 + 130066766 TTTTCTTGTCCTAGTGCTTGGCTGTCTGGCTACGAAGACCCTGTGGTATCCCGAATTAATATGAGAATACAAGATCTCACAGGACTGGATGTTTCTACGGCCGAGGAGTTACAGGTAAGCAGCCAGTGTCTTAAGT 

a score=4792
s danRer3.chr12  8615877 92 +  37038836 TATTACAATTTTTACATTTTCTCTCTT------TTAAGGTGGCGAATTATGGTGTTGGAGGACAATATGAGCCCCATTTTGACTTTGGACGGGTAAAT 
s mm7.chr10     58883445 98 + 130066766 TAATATTAGTTCTTAGTCTTTTCTCCTCTTTCCTTCAGGTAGCAAATTACGGAGTTGGAGGACAGTATGAGCCCCATTTTGACTTTGCAAGGGTAAGT 

a score=4555
s danRer3.chr12  8616007 120 +  37038836 ACCAAGTTGAATGGATCATTTTAACAAGTGTTTTCCACCAGAAAGATGAACCAGATGCCTTTAAAGAGCTGGGCACAGGGAATCGCATAGCAACCTGGCTCTTCTACGTGAGT-ACAGTTC 
s mm7.chr10     58885444 119 + 130066766 ACTGAGTTTATGCCATTATATTCACT-GTTTTGTCCAC-AGAAAGATGAGCCGGATGCCTTTAGAGAGCTTGGGACAGGAAATAGGATTGCCACGTGGCTGTTCTATGTAAGTAACAGCTA 

a score=3356
s danRer3.chr12  8616127 167 +  37038836 CATCACTGTCCTGTCAATATCAGGATCTGCTGCTGCCATCACTTATTATCGATTTCCATGTAAAATATCCGGTGTGTTGCAGATGAGTGATGTAGCAGCAGGGGGAGCCACTGTCTTTCCAGAAGTAGGAGCTGCAGTAAAGCCACTGAAGGTGCTCTTTGTTTGGT 
s mm7.chr10     58887363 157 + 130066766 CCTCAGTGTCTATTCAGCATCAGCTCCACCCAGTGCTACCTCTCAGTGTTTCTACCCTGGC----------TTCTCTTGTAGATGAGCGATGTGTCTGCTGGAGGAGCTACTGTTTTTCCTGAAGTGGGAGCCAGTGTTTGGCCCAAAAAAGTGAGTATGGCTTGTT 

a score=7533
s danRer3.chr12  8619954 118 +  37038836 CTGTGTTC---AGGGCACCGCAGTGTTCTGGTATAATCTGTTTCCCAGTGGAGAAGGAGATTACAGCACGAGACACGCAGCCTGTCCAGTACTGGTGGGAAACAAGTGGGGTGAGGGTCTC 
s mm7.chr10     58887768 121 + 130066766 CTGTGCTCCACAGGGCACTGCTGTCTTCTGGTATAATCTGTTTGCCAGTGGGGAAGGAGATTACAGTACACGGCATGCAGCCTGTCCCGTGCTAGTTGGAAACAAATGGGGTAAGTACTTC 

a score=3247
s danRer3.chr12  8620135 196 +  37038836 AATAATTTTTTTTCTTTCCTTTAGTGTCAAATAAATGGATCCACGAGCGAGGTCAGGAATTCAGGAGACCCTGCGGCCTGAAAGAGACCGACTGACCAAC--GCTGTCCACCATTTTTCTCATTCACTCCTTCAGACTCTGAAAACACTCCTGCTCTTCAT--TTCCTCTGTCCACAGCAGCAACACTAATTTTCAGTGA 
s mm7.chr10     58889174 190 + 130066766 AACATTCTTTTTTCCCTCTCACAGTATCCAACAAATGGCTCCATGAACGTGGACAAGAATTTCGAAGGCCGTGCACCCTGTCAGAATTGGAATGACAACCAGGCTTCCCTTGGCTCCTGTTGT------CCTCTAACGCACCAGGCACGATGGCTGATTATAACTCCGACGTTTACAGCTG----ACTAACACTCCATGA 

a score=1477
s danRer3.chr12 8630071 221 +  37038836 tattaatctggggtcgccacggcggaatgaaccaccaatttatccagcatatgttttacgcagcggatgcccttccagctgcaacccatctctgggaa-----AGGTACATTGATTAGGTAAGTGCAAAAAATCTTTTACAATCCCATTTATAATCATAAAAATTGGCCTTAGATTTAAAGTGCAATGTTTTCAGCTTATTTGGAAGAGTCATGAATATTAATCTC 
s mm7.chr9      3983884 220 - 123828236 TATGAATGTGGGGTTTCCATGGGAGAACTGGCAACTGTTTGTCCTGGCACATGGCACATGGGTCAAGT---CATAAAAACACAGTAAATACATGGTGACTTGAAAATACATTTATACAGTAAGTGGAAGGGAATTTAAATAAAGTTATATGTAAAAAAGATAATGTAATTTATATAAAGAGGAAGATGATGTAAGTATATTTGTCCA---CAGAGATACTAATCCC 

a score=4070
s danRer3.chr12  8632221 226 +  37038836 CTGGGTCATGAGAGCCTTCGCGAATCCGTCCAAAGCAGCCCAGCAGCAGATCCACAGCAGCGTTTACTGTTGATTTGATCTCGTCCGCTGTTCTGCCCAGTTTGGGGTTCACTTCCACCATGTCTACAGCAGAGAGAAGCCCTGCAGTGAAGCCAAACACACAACAAAGTCTATAGGAGAATGGTCATCTAAAATTGATGATTGTAAATTTCTTTTTAATTTCAGT 
s mm7.chr10     24668296 206 + 130066766 CTGGCTTATGGTTACCCTCCCGTTGAGTTCCGAAGCAAGCCAAGGTTAAAGCCACTGCCGTGTTCACAGTACTCTTCACCTCCTCTGCTGTCTTCCCAAGAGTTGGGTTCACTTCCATGATATCTAGTCCTGAAAGGAGCCCTAC----------AACAAAAAAAGGAAGGCATAGTGACATAG----------TTGATCAACGTAACTGACATTTTAAAGTCTGT 

a score=8065
s danRer3.chr12     8632578 2359 + 37038836 ATTACTGATTATGGCTAGTGATGCCCTGTAAGACAATATTGATGTCCTGTTAATGACTATGTGCTCTAAGAGACTAGTGAAGTCCTGTGAGACCATATTGATATCCTGTTAAAGACTAATGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGAATATGTC--------------CTGTGGG----------AGACTAGTAAAGTCCTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTTA---------GAAACTAAGTC----------------CTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTGAGA-CAATATTAATGTCCTGTTAGAGACGGGTGATGCCCTGTGAGACAATTTTGGTGTCCTGT-----------TAAAGACTAGTGAT--------------------GTCCTGTAAGAGACTATGGC--------------CTATGAGAGACTATTGAAGTCCTGTGAGACAATAATAATGTCCTGTGAGAAACTAGTGATGTCTTGTGAGACCATATAAATGTCCTGTTAAAAAACAGCTATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGATTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTG--ATGTCCTGTTAGAGATTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTAATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTATGAGAGACTAGTGATGTCCTGTGAGGGACCAGTGATGTTCTGTGAGACAATTTAAACAACCTGTTAGAGACT-AGTGATGTTCTGTAAGACAATATTGATGTCCTGTTA----------------GACA----TGTGATGTCCTGTGACAGACTAGTGATGTTCTGTGAGACAATATTGATGTCCTGT-----CAGAGATTAGTGATGTC---------------CTGTGA-------------------GAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTAATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTAAGACAATATTGTTGTCCTGTTAGAC--ATGTGATGTCCTGTGACAGACTAACGATGTTTTGTGAGAGACTAGTGAT--------------------GTCCTGTGAGACAATT-TAAACAACCT--------------------GTTAGAGACTAGTGATGTTCTGTAAGACAATATTGATGTCCTGTTAGACA--TGTGATGTCCTGTGACAGACTAGTGATGTTCTGTGAGACAATATTGATGTCCTGTCAGAGATTAGTGATGTCCTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAG-ACTATGTCCTAC---GAGATACTAGTGATGTCCTGTGAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAG---------------------TGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGAT--------------------GTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTA--GTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGACACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGAAGTCCTG-------------------TTAGACACT--AGTGATGTCCTGTTAGAGACTAGTGATGTCCTGTTATAGACTGGTGTTGTCCTGTTAGAGACTAGTGGTGTCCTGTGAGACAATATTG-------ATGTCCTTAGAAAT----------------GAGTGATGATGTGTGTtatgttttgcacagcagatgcttgt 
s mm7.chrUn_random 10420388 2615 + 12779112 ATTACTGTGACAGCACAGTGCAGCACTGTGACACCACATTG------------------TGCACTGTGACATAACAGTGGAGTATCGTGACAGCACAATGGGGCACTGTGACAGCTCATTGGAGCACTGTGAGAGCACAGTGGAGCACTGTGATAAAAAGTGGAACACTTAGACACGACAGTGGAGCAAAGAGAAAGCTCAGTGGAACACTGTGAGAGCACAGTGGAGCACTTTGACCCAAGAGTGGAGCACAGTCACAGCACTGTGGAACACTGTGACAGCACAGTGGAGCACTGTGACAGCACTGTTGA-GCACTGTGACAGCAAAGTGGAGCATTGTGACACCACATTGTAGTACTGTGTCAGCACAGTTTAGGATGAGTCACCAGATTGGAGCAGTGTGACAGCACAGTGGAAAACTGTGGCACCACAGTGGAACACTGTGACAGTATATTGGAGTACTGTGACAACAAAGTGGAACATTGTGACACGACAGTGGAGCATTGTGACACGACAGTGGAGCATTGTGACAGTATAGTTTAGCACTGTGACACCACAGTGTAGCAGTGTTA-AGCACAGTTGAGCACTGTGACAGCACAGTTGAACAATGTGACACCACACTAGAGCATTGT--GACACCAGTGTAGAGCACTGTGACACCAGAGTGGAGAACTGTGACACCAGAGTGGAG-CATGTGacaccatagtggagcactgtcactgcacagtggagaactagcacaccagagttgagcactgttacaatatattggagcactgtaaaacac-agtga-gcactgtgacagcagagtagaacacagtgacaccacaatgtagcactgtgacagcacagtggagcactgtgac--accacagTTGATCACTGTAATAACAAAAGTGAACACTGAGAACCCCAGTGGATCACTGTAACAGCACAGTGGACCACTGTCACGACAGTGGAGCACATGACACCATTGTGGAGAACTTTGACAGCATAGTGGAGAACTGTGACAGCACAGTGGAGCACTGTGACCCCAGAGTGGAGCACTGTTACACACATTGGAGCACTGTGACACCACTATGTAGCACTTTGACAGTTTTGGAGCACTGTGACACCACAGTGGAGCACTGTGGCAGAACAGTGGAGCAATGTGACACCACAGTTGAGCACTGTGAAAACAGAGTAGAACACAGTGACAAAACAGAGGAGCACTGTAACAGCACAGTGGACCACTAATCACAACATTGGAGCACAGTGACACAATTGTGGAGAACTTTGACAGCACAGTGGAGCAAAGTGACAGAAGAGTTGAGCACTGTGACCCCACAGTGGAG-CATGTGACACAATCGTGGAGCACTGTGACAACAAAGTGGAACATTGGGACACCACAGTGGAGCACTGTCACAACAAAGTGGTACATTGTAATACCACAGTGGAGCACAGTGACAAAACAATAAAGCTGTGTGACAGCACAGTGGAGAACATTGACAGCACTGTGGAGCACTGTGATTGCACTATGGAGCACGGTTACACCACAGGGGAGCACTGTGACACCAAAGTGGAGCACTGTAATAGTACAGTGGATTACTGTGCCACCACATTGTAGCACTGTGACAGCACATTGGAGCAATGTCACACCTCAGCTGAGCACTGTGAGAACAAAGTGGAACATTGTGACACTACAGTGGCATGCTGTGACAAAACAGTGGAGCAATGTGACTCCACAGTGGAGCACTGTGACAACAAAATGGAACATTGTGATACAACAGTGAAGCACTGTGATAGCACAGTGGAGCTTTGTGATAGCACAGTGGAACACAGTGACTGCACCATGGAGCCCAGTTGCACCACACTGGAGCACTGTGacaccacagtggagcactgtgatagcacagtggaacacagtgactgcaacatggagcacagttacaccacattggagcactgctacagaacattggaacattgtgacaccatagtgaagcactgtgacagcacagtagagtaccgcgaaaccacagtggagccctgtgacaggacagtgcagcacTGTGACACCAGAGTGAGCACTATGACAAAACAGGAGAGCATTGTGACAGCTCTGTGGAGCACTGTGACACCACAGTGGAGCACTGTGACAGAACAGATGAGCACTGTGACACCAAAGTGGAGCAATATCACACCCCAGTGGAGCACTGTTATA-ACAAGTGGAACACTG--AGACACCAAGGTGGAGCACTGTGACACCATAGTGGAGCACAGTGACAGCTCCGTGGAGCACTGTGACACAACAGTGGAGCAATGTGATAACAAAGTGGAGCACTGTGACACCACAGTGGAGCACAGTAACAGCAAAGTGGAGCACTGTGACAGCACATTGGAGCACTGTGACAGAACAGTGGAGCACTGTGACAGCAAAGTGGAACATTGTGAAACCACAGTGGAGTACTGTGTCAGCACAGGTTAGGACTGAGTCACCAGAGTGGAACACTGTGACAGTATATTGGAGCACTGTGACAGCACAGTGGAGCACTGTGACAGCAAAGTGGAACATTGTGACACCACAGTGGAGTATTGTGTCAGCAGAGTTTAGGACTGAGTCACCAGAGTGGAGCAGTGTGTCA------GCACAGTGGAGAATTGT 

a score=-714
s danRer3.chr12    8634937 280 + 37038836 ctagctgccaatccggtactaggaaacacccatacacactcattcacacatacactatgaccaatttatttaattcagttcacctatagcggatgtctttggactgtgg-gggaaactggagcacccggaggaaaTTGTATAATGACATTGG----TATGACAATGATAAGGAGGTTTAGGAGGACATGCCTTCTGTCCTTGTAAAGCAAAACTCCTA-------AAAGTAGGGTGGCACA--AGTGTATCACCATTTGAagggtca-cgaaacaccaaaacacaatttttgagc 
s mm7.chrUn_random  153245 244 + 12779112 GAAACCA-CAGTGGAGCACTGTGACA-------ACACAGTGAAGCACTGTGACACCACATTGGATCAGTGTGA-------CACC-ATAGTGGA-------GCAGTGTGACACCACACTGGAGCAC-----------TGTGAAACTACAGTGAGCACTGTGACAGCAAAGTGGAGCACTGTGACAACA---------------CAATGCAGGACTGTTACCAAATTGGAGCACAGTTACACAGCAGTGTAGCAC--TGTGAAAGCACAGTGGAACACTGTGACACCAGAGTTGAGC 

a score=7126
s danRer3.chr12  8636427 366 +  37038836 CATCCTACTGTTCTGACCTGTTTGGCAGATGTGCTCAGTGATGTAAATGCCCTCTCTATAGGTCAGTCCTCCTGCTACAGGTGTGCCAGTCGCCGGTGACACTGACGGGTCCAGCGCATCAATGTCGAAACTCAGATGGATCGGCTTCTTCACTCTGATGCAAAAGAGCAG--------------CAATGTTTCC----TCAATAAACATTTACA-------------CTTACGAAGACATTCCA-----------------------------------------------ACAAATG-CAAAAAAAGAGAATATTTGCATAATCACACA--------CTTACTTTGAAAACATGTGATCACACGTCTGCTCCATGACTTTTGCTATTCCAAGTCGATCAACTTCAGTCATGGAGAAGGTTTTGATGCCCAGGTATTTAAGGATATAACTGT 
s mm7.chr10     24668668 453 + 130066766 CCTCAGACTCTCCCTACCTGTCTTGTAAATTTCTTCTGTGATGTAGAGACCTTCTCTGTAAGATAGGCCTCCCAGAACCGGGGTGCCGGTCGCCGGGGTGAATGCTGGGTCCAGCCCGTCGACATCAAAGCTCAGGTGAATCGGCCTTTTCTTCCTGTTAGGAAACAGGAGGGGCTTTCAGCTTAAAGTGGTTTAGGAGTCAGTAATCAAATGCAGGTCTGACCCTGCATTATAAAAGCATCACATGGAGATCCATGGTTTTACCTAAATTTTATTAGCAGCCTGCGCTGACAGGAATGTCAGGAGGAAACCTTAGTCATGAACTCGCACACAAAGCATCGTACCTTCCCAGCAGGTAGCTGAAGGTCTCTTCCATCACCTTGCCAATCCCCAGCTTGTCTACTTCAGTCATGGAGAAATACTTAATTCCCAGAGTTTTTATTATATAGCTAT 

a score=4660
s danRer3.chr12  8636866 120 +  37038836 AAACTTACTGTTCTTCCGGGTCCACGTCTCGGAGTCCAATATACACAACATCCTGAGCTGCTATGCAAGGCTTTAGCCATGAGAAATTTGGAAGTTTGGGCATCTGAGGAAGATTAGAAA 
s mm7.chr10     24669424 110 + 130066766 AAACTTACTGTTCCCCAGGGTCTACGTCTCGCAAGCCAATGTACACGATGTCTTTGGCAGATATGCAGGGAGTCACCCAGGAGAATCCTGGTA-------CATCTGGG---AACTAGAAA 

a score=4925
s danRer3.chr12  8644884 167 +  37038836 TTGACCTTGGAGTGCAGTTCGTGGATGAGGTAAGACATCGGCTGGCCGTGAATATTTCCAGTCGGTGTGGTTAAAGGTGTGTTGATGTCTGCGTGTGCGTCCACCCATAAAACACTCAGCTCATGTCTGTATGCAGCATGACCAGAGATTGAGCCGATCGCCAGGCT 
s mm7.chr10     24670565 167 + 130066766 TTTACCTTTCCTTTCAGTTCCTTCAGGAGAAAGGACACAGGTTGCCCATGCAGATTCCCAGAGCTGGTTGTCAGGGGAGTGTTGATGTCAGTGTGAGCATCCACCCAAATGACACATAGGTCAGGGTGGACCCTGGCGTGGCCAGAGATGCTTCCAACTGCCAGACT 

a score=4959
s danRer3.chr12  8645370 180 +  37038836 ACCTGTGATCTCCTCCCAGCATCACGCATGTGTTTCCATCACTCTTGATCTTTTGCACAGCCCCTGAAAGCAGCTCATTTGCTCGTCCCACCGCTCTCGGGGTCTTGAGTCTCCCGATGGACTCGTCGTTGGGAAGGTTTTCAAATGTCACATTCCCATAATCCTTCACCACACAACCTG 
s mm7.chr10     24673278 180 + 130066766 ACCTGTGGTCTCCACCCAGCACCACACTGACTCTTCCATTCTTCTGGACCTCTGCCACCACACCAGCCAGCTCTTCATTGGCTTTCCCCACAGACCGTGGGTTCTTCACAATTTGAAAGGAGCTGTCATTAGGGACATCAACAAAGGCCAGGTCCCCGTGGTCTCTCACGTCATACTCTG 

a score=192
s danRer3.chr12  8645550  99 +  37038836 GAAAAGGAGAGAGGTCTTCAAATAGAGGGCTCACGAAA---------ATACTGTCATGGTTTGTATATAATAAGCAGTGGTAAAAAGAGTACTGAAAAGTCATACTCA 
s mm7.chr12     40708042 104 - 117814103 CAACAGATGGAGAACAACAGAATGAACCATTTGTGCCATTCCAACGTCTACTGGCCTGGGCTACAAGTAATTACCTGGGACAA----AGTGGTGACACGTCATACTCA 

a score=1872
s danRer3.chr12  8652492 178 +  37038836 TAGTGTTACCTTGCCCTTTAAGTTTCTGCACCAGTCCAGCGGCTCGAATGAGGTCTGCTCCTTCCTGCACACCATCCTTCTGCTGCAGTGACAGA--------------CAGTCATGAACATGAGCTCCACTACTGCAGCAGACATATTCATTTCTCACACAGTTCACC---------TCAGTGTTTTATTTCCCGTCAGT 
s mm7.chr10     24675269 199 + 130066766 TAAAGTTACCTGTTTCTTTAAGTTTTTCCAGCAGACCAGCTTTCCTCAGTGCTGCAGGGCCTTTCTCTACCCCTCCTCGAGGCTGAAG-AACAGAAAAAACACAGTATTCAGTCATGATTGTGA-CTAGCCAATGCCCACAAGAAAACTTACTCCTCAGTCAATTGAACTATTAACATTCAGTGTTTAAGCTTTCGTGGGT 

a score=1888
s danRer3.chr12  8652680 140 +  37038836 ACTCACCTGTCCTTTGGAGAACGGAGCGCCTATTATTCCCACAGAGTACCGC-TGATGATGGAGGTGTCTCCTGAATATGTGAAGAGCTGCTCGTG-ATCCGCTAAGGCTCTTCATCTTCATCATCACTGTAGTGATACTAA 
s mm7.chr10     24679963 142 + 130066766 ACTCACCTGTCCTTTTGAGAAAGGCGCTCCGATAATCTCTAAGGACTTTGGCTTGGAGCTCATGCTCTCTCTGGGTTCCAGCGGCTGCTGCTGCTGCATGTGCTCGGGCTGTCCAGCTCCTCTCCACCGGCCGTAACCCTAA 

a score=4581
s danRer3.chr12   8655263 244 +  37038836 CAAATACACTGTAGTTGCCTCAGGTGCCATTAAAAGTAGCTCTGCAGCGGTTCACCGAGGATAGTCTCCATTTCTTGAATGACCTTCTGAACCTGGTGCTCAACTTCTTCGCATTCATCTGTAAATCAAAGAAAGAGCTTAATGAGCAAAGTTTGCAG-GGACAAACTTTTATGTTGGCTTGTCACAGCCATAAGTGCTTCAAGTTTAAAGTAG---------GGTAGTGTTCAGAGTGGCTGCTCATGTGTTc 
s mm7.chr13     104296904 225 - 116696528 CAGATGCGCTTT--CTGCCTCAG----------AAGTAGCTCTGCAGCGGCTCTCCCAGCACGGCCTCCAGCTGCTGGATGGTCTTCTGGCACTGATGCTCCACTTCTTCACACTCGTCT----AACAACGAAA----------ACCAGAATTAGAAGTGGGCTGCCCACTGTCCTGCCTAATTACCACTGT---TGTGTCAAGGTACAGGAAGCACCTAGCAGGCTGTGACCCGAGGTGCTCCCCAACTGTCC 

a score=5266
s danRer3.chr12   8656278 173 +  37038836 GGTTACAGAATCATGATGGGTGTCCA----TTTGTTGAAATAAAACTGGTGTAGTGTT---------CTTACCCTCCATGAGCTCGGCCAGGAATGGGATGGTCTCTGGCAGAAGAACCATGTAGTTCTCCCTCAGCTTGCCTGCCAACTCCAGCAACATGACAAGCGCAGAGAAACGAACCTGAA 
s mm7.chr13     104297584 186 - 116696528 GGTGACAGCTTCCTGACTTGTATCAGACAGCCTGTGGCCACAATATTTTGTCAGTGTTAGCTGCAGACTTACCTTCCATCAGCTCTGCTAGGAAAGGAATGGACTCTGGTAGCAGAACAATGTAATTCTCTCTCAGCTTCTCAGCCAGTGCCAAGACAGTAATCAAGGCTGCAAACCGCACCTGGA 

a score=7319
s danRer3.chr12   8658643 177 +  37038836 GTGCATACCTTTGGTGAACTGTGTCGTGTCTTGAGCAGAATCTGATAATTGAGAACTTTCCACTGCGAGTCGTCTCTCATGGCAACAGCAAACTGAGCAATGCAAGGCACCAAGTGTGTGGTAATGCGGCTCTTGTAGGTCTCCTCTCCTCCTAGTATGTTCTCCAACTTCAGAAAT 
s mm7.chr13     104299762 177 - 116696528 GTGCTCACCTTAGGGGAAGAGTCTCTTGTCTTCAGCAAAATCTGGTAGTTCAGGGGTTTCCACATGGAGTCATCTGCCATGGCCACAGAGAACTGTGCGATGCAGGGCACCAGGTACTTGGTTACCCGTTCCTGAAACCTTTCTTCTCCTCCAAGCCTGTTTTCCAGCTGGGAAGAT 

a score=7173
s danRer3.chr12   8660941 247 +  37038836 TTGCACTG----ACCTGATCCACCAGAGGACACAAAAGGGCATCAGCTCTTTCCTTACTGAGGAAGTGCTGAGTATCATAGAGGAAGATCTTGTGAAGGCAGTCCAACACATACTGTAGCAAAAGGCTGCTCTTTGTCACATTATCATCAGCCTCCTCATCTGAATCATCATCACTCTCATCCTCGGAGTCAAAGAAGGCTTTGTCTATCGGCAGAAGGTAAGT--AAATGTAAGCATTAaaatcttattgct 
s mm7.chr13     104300383 217 - 116696528 TTGCAGTGGGTTACCTGATCCACCAGGGGCATCATCAGGGCTTCTGCTCTCTCCCTACTCATGAAATTCTGGGTGTCAAAAAGGAAGACCTTATACAAGCAGTTCAAGATAAACTGCAGCAACAAGCAGCACTTT------------------------------------TCAGGGTCACGTTCGGAGTCAAAGAAGGCTTCGTCTGTATGCAGGGAAAGAGTACAAATGCAAAACACTCAGTCCTGGTGCT 

a score=7444
s danRer3.chr12   8662902 220 +  37038836 ACCTGTGTGGGAAGTGTTGAGCTGATGCAGCAGATCGGAAAAGGGTTTGACCAGCTGGCCAGCAAACAACACAAACAGTCCTTTGAGTTTGTCTGCGATACGATCTGCAAGTCTGTAGAAGGTCAACAGGCGATCTTTAGAAGCACCGTCAATCTTTGACCAGTCAAACAACTGCAGAAGAGAGAAAATA-TGATGCAGTTAGCATCtacactgcctgaca 
s mm7.chr13     104301054 215 - 116696528 ACCTGTTTTGGAGATGTTTACTTGGTTCAAGGTATCAGCAAAAGGTTTCACCAAGTGGCCAGCAAACAGAGTGAAAAGGCCTTTCAACTTCTCAGCAATGCAGTCAGCCAGATTGTAAAATGTCAACAGCCTGTCCTTCGGCGCATCTTCTGTCTTGGCCCAATCAAACAGCTACAACCAGGAGAGAACAGTGA------CATCATCTACTCACCCTGCCA 

a score=7578
s danRer3.chr12   8665478 352 +  37038836 AACAGAAGTTTACCTTGAAGAAAAGAGGCCTGAAAGTGACTTCTGAAAGTTTCATAATCATCACTAGCAGACAGTCGATCACGCAGCCTTCGATCTCAGCAGTCTTCTTCAGATCGCCCTAATAAATTA-----TATTCGTCAGTAAATGAATG-------------AAAT-------------------------------CAGGGAAAAAGAAAAACTGTACCAGG----GGGGATTTAATACCTGGC--------AATGCTGAGCACGGAAATCAAGCGCAGACAGGAAGAAGGAAGTGAGCTCTGATTGGTGGTTATTGAGTTGGTCTTTGTCCATGTGGCTGATATGTTCCTTCAGGATGTTCATCAGAGGACTGAGACGATTCTGCACAGAGAATA---CACAGAATATG 
s mm7.chr13     104301294 414 - 116696528 AAGAAAGGCTCACCTTGAAGAAGAGAGGCCTGAATGTGACCTCTGAGAGCTTCACCACCATGGCCACTAGACAGTCAATGATCCAACCTTCCGTTTTCCCAACTTCCTCTAGATCGTCCTGAAAAGAAAGGAACTAATTGGCATGGACTCAATGTTTTGGCAAGGACAAATGCTACACTGTTAAAAATTAATCTGGCTCTTGCACAGATAGGAAATGACAGCTTCAGGGCCTGGGGAGTGGGGACCAGCTCACCTCTGAATGCTGTGCCCGGAAGTCCAGGGCTTCCAGGAAAAATGTGGTCAGCTGAGACTGGTGAGATAAGAGCTCTTCCTTCTTCATCACCCCAATGTGCTCTTGTAAGATGCTCATAAATGGGCCCATGTGATTCT--ACCGTGAATACAGCAGAGAATATG 

a score=4991
s danRer3.chr12   8668801 152 +  37038836 GTAAGATGGTGTCCAGCAGGTATGGGCTGATGAAGTGTGGCAGAGTCTCAGATGCCCGCTGTAGAGCTGTGACGGCGCTCAGTAGGTAGATTTCATTATTTAGCAGGTCCTTCCTTTCCTTAAGAGTGTCCAGCACAGCGGGCATCAGCCTG 
s mm7.chr13     104302823 150 - 116696528 GTCAGAAGGCCTTC--CAGGTAGGGGCTGATGAAGTGTGGCAGAGTCTCAACGACTTTGTGCAGGGCAGCCAGGGCGCTGAGCAGGCAGACCTCACTGTGGACCAACTCACTGGTGCTCTTCATGGCTGTCAGCAGCGAAGGCATCAGGCTG 

a score=9880
s danRer3.chr12   8671466 376 +  37038836 GCTCTACGGTACCTGTGTAACTGTGGTATAGCAAGCGCTTTCAGAGTGCTGGTAACTTCCGCTACACACAGCAGAGCACTTCCCATGACATTCTTCTCCTCGTCTTTATCAG---CAACCAGCTCCACCGCTTTATTCAGCACTGGTACAAACTCCTCCTTGTGATCAGAGCCGAAATTTCGGCACAGAAGCTTGAGGCTATAAAGGGCCGTCTGTCGATTGATGGCCAGCTCTTCTTCTTCCTGGGCCGTGACCTGACGATGACTGCGACCCACGATGCTCAGAAGAGTGCCAATGAGCTCAAGAAGAGCAGTGATCTGTCAGAGAAATAATTTCCAGCTATTATTTAAAAGCATGTATTAATG-----AAGAACGGGCAGTC 
s mm7.chr13     104303614 360 - 116696528 GTTCCTAGGTACCTGGGCAGCTGGGGGATGGCCAGCGCTTCCAGAGTGGACGTCACCTCTGCTATGCACAGCAGGGCGCTTCCCAGGACATTCTTCTCCTCCTTTTTCTCTGGTTCTATCAGCTTTACTGCAGTGCTGAGAACTGGTATGAAAGGCTCTCGGTTCTGTGCCCCGAAGTTCTTGCACAGGAGTTTCAGGGTGTACAGCGCTGTCTGTCTGTTAATTGCCTGTTCATCCTCTGCCT---CCCTTTTCTTATGTTG---------CACAATGGCCAGAAGGACTGGAACCAGTTTGAGAA-AGCGGTGGAC--CTGAAGAAATGGAAGCCAA---------AACAACCTGTAATCAGAGCTACAAGAAGGGCCAGTC 

a score=5203
s danRer3.chr12   8671896 150 +  37038836 TTACCTGTTCCTTCAGCCACTTCGTCCTCTGTTGTAGTTTGTTATTGAGTAACTCCATGGCCTTCCTTCTTACTGATGCCAACTGATTACCCATCAAGCCTCTCATTACCGTAATGAACGTATCCATTGGTAGAAGGGCATTGACCTAAA 
s mm7.chr13     104304543 150 - 116696528 TTACCATTTTCTTCCTCCAGAATGTGTGCTGCTGGAGCTTGTTATTCAAAAGATCCAGCGCCTTCCGACGCACAGACGGCAGGGGGTTGCCCACCAGCCCTCTAATCACAGAGATGAATGTTTCTGTGGGCAGCAAGGCATTGACCTACA 

a score=5425
s danRer3.chr12   8675218 216 +  37038836 GTAAAAACAAATGAAGTATTT-----GACAAACAAAAGTATGATTATTCATCACAATAAAGTGCTTCTTACCTTGTCCAGGGTGTCATAGGACTTGCTTAGGAGGGCTCTCCAGAACTTAGCTGTTGGCTTATCTGCATTATCCTCGACACATCGAGCAACTGCCTGAATGTAGCGCAGAACCTCCACCAACAAACTAACAAGTAAACATAAAGAAAAAAC 
s mm7.chr13     104305282 202 - 116696528 GTAGTAACAAACAGGGTAGTTAAGGGGAGAAACGAAAG-------------CCCAGAAAA------CCTACCTTATCCAGCATGTCGTAAGCTTTGCTGAGCAGCGCTCGCCAAAACTTCCCAGTCAGTTTGTCTGCATTCTTTTCCATGGACTGTGCTACCGTGTTAATATAGCTGAGAACCGTTTCTAACAGACTAAAAGAAACAGATCCACAAAAGGC 

a score=3599
s danRer3.chr12   8675643 196 +  37038836 TACCTTCCCAACGAATCCGTCAGAGGCCAGCAGCTGAGCCATGAAGGAGATGGAGATGAATTTAAAATGGCGGAGGTCTTTGCCACTGTGAGTCTCCACACTGAATATCAGATCAGAGACTGTTTCATCTTTCTTCACGGCACTTC-TTCCACGGGGTTTCTTTTTCTCTGGTGCTTTGCAGAAAAAACAAACAAAC 
s mm7.chr13     104308673 183 - 116696528 TACCTTTTTGAGAAAATGATTGGAAGCCAGGAGTTGGGACATGAAGGACACTGACAAATACTTAAAATGCCGAAGCTGCTTGCTTGTGTGAGCGTCCACCTTAAA------AACTGGCAACATTTCATCTT--------GTACTTCACTCTTAGTAGATACTGTCTTGGAGGTGGCTTCTGAAAAACAGCAACAGAC 

a score=3602
s danRer3.chr12   8677619 147 +  37038836 TGGGCAGTTCTTACCTTCTTCTCTATCTTGTGGCAGAGTCATGAGATACTGCAGGATTTTGATAAGGGAAGTCAGCTGCTCCTTCACCTCAAACTCACAACACACCAAAATCCAGAAGTCTTGATCTCTCTCCACAACAGCCTCCTG 
s mm7.chr13     104309304 144 - 116696528 TGACCGGGGCTTACCTTCCTTT---TCCTCTGGCAGCTTTTCTAGGTAGTGGAGGATATGCATCAAGCTCTGGACCTGATGCTGGACACTGAATTCACAACAGACTGAAATCCAGAACTCAGTATCTGCCTCTAAAATAGCATCCTG 

a score=5630
s danRer3.chr12   8680408 193 +  37038836 ACCTTTTCAGCCCCCGTCGC-ACCAGCAGATGTTTGTGTGACATGCTGCTTGAACAGAAGCAGCATCAGCACCCAGAGGAAGCGGGACGGGCCCAGTGTGCTCATCAGCTGGCTGAGGATGGGTAACCGTCTGTGCTCGGGCACATGAGGAAGAGCATCAACAAACACATGTATGATCTGGGCTACCACAGTCT 
s mm7.chr13     104310746 190 - 116696528 ACCTTTTCTCCATAAGCAGCCACCAGCA-CTGTTTTAGTGACATACTGTTCAAAAAGCAGGACGAGGAGAATCCACAGGAATTTTTTTGCACTTAGCGTGGTGACTAGCTGAACAAGGATGGGCAGGCGCCTGTGTTCTGGCACATGTGGAAGTGCGTCCACAAAGACACCGATGATTT---TCACCACAATCT 

a score=8280
s danRer3.chr12   8683580 137 +  37038836 ACCTTAATCAGAGCAGGGATGACTGCCTGAACAGTCTTGTTGATGACTTGGAAGCTGTAAGTATCATCCAAGCGCATGATGTTGGCTCCCATGAAAGTGAAGATGGGCATGATGTTGTGAAGAACCTTCTCCTGAAA 
s mm7.chr13     104311834 137 - 116696528 ACCTGAATAAGTGCTGGAATGACCATTTTCACTGTCTTGCTAATAACTTGAAAACTATAAGCATCATCTAGACGCATGACATTGGCTCCCATGAATGTAAAAATAGACATGATGTTGTGAAGAACTTTATCCTGAAA 

a score=6596
s danRer3.chr12   8683905 136 +  37038836 TGCACTTACAGGGAAGATGCCGGCCAGAGCCCCGAGCAGAAGCAGAGCATGATGGTGAGTTTGGGGCATTTCTGACACCCTGACACACTGAACGACCAGCTCCATATTAAACTTATCCTCCTCCAGCACATCTACA 
s mm7.chr13     104313227 136 - 116696528 TTCACTTACCGGAAATATTCCAGCAACAGTACCCAAAAGTAGCAGGGCATGGTGGTGAGTCTGCGGCATCTCCGAGAGGCGGATGCACTGCACTATCAGCTCCACGTTGAACTTCTCCTCATCCACAACATCTACA 

a score=4981
s danRer3.chr12   8686306 129 +  37038836 ATACCTTTGCTGATTGGCCCTCCCTCTGGAGACAGTTTCTGACAGACATTCAACAGGCAGATGAGGATGAGCTGTTTTGTGTACTCTATATTCTCCTGTTCAGCAGCAGCAGGTTCCAGACACCTGTAG 
s mm7.chr13     104313435 129 - 116696528 ATACCTTTAGGTATTCTGCCACCATCTGGGGAGAGTTTTTGGCAGATGTTGAGCAAACAACTCAGAATTAACTGCTTAGTGTACTCCATGTTCCCCTGCTCTGATGACAAAGGCTCTAAACACCTTCAG 

a score=3925
s danRer3.chr12   8689116 444 +  37038836 TACCTTGAGAGCAAATTAAACAGAGCGGGCACTAGATACTGAGCCCTCTTAAGTTTCTTCTTGTGTTGAAGCAGCTCTAAAATTAGCGTCACCCTTGGCCAAGAAACAACACTCTCCTCTGGCACTGCCCCAGATGTGTCTTGTGTTTTTCTAGGAGAAAACAAACTGCAGTCTGAATCTTCAAACCTCT-------TAGAACTG--GAATATTTGCGGTGTACTACGAAA-------------GTACA--ACCACTCACCTCA-------------TTTTACTTCTG----------------CGCGTTTGTTGAACTGTTGCAGTAACTCTTTGTTTATCGGCAGGAATCAGCTCATTGGCCACAAGCTCGCAATCCACTGCAATCTAGAAAGAGACACACGGCAAACATTTTTACAGGTTTACATTTATTGCTCTGattaaatgaaaaaaaaat----taataaatataaaataaataatCACTTTT--CTTCTAAATAA 
s mm7.chr13     104314174 478 - 116696528 TACCTGGACAGCAAGTTGAAGAGGGGTGGGATCAGTATCTGAGGGCACTTGAGCTTCTTCTTGTGCTGCAGCAACTCCAGGATGAGGGTGACTCTTTGCCAGTAAGGGCCCTCCACTTCTTGGACAGACTC---TACATCTTGTGACTTTCTGGGA-AACAGAGTTGACAATGCAAACACTATTACCCCTGTTTATGCAAAACTGGTGAGTATCTAGAAACCACAACAAAAGCCTGAGCCTGAGGTACAAGACCAGACCCCTTGGTGTATTCAAAGCTCTTACTTCTGTTGCATTTTCTGCCTTCTCGTTTGCTGAATTGTGCCCAAAGATTTAGCTTTATCTCGTGGCTCCAGTTCTATTCTGATTTGTTCAGCATCGACAGAAATCTG----------------AAATATTGAAATA-----ATGGCTAGTGATGTGAGTCACTGGAACAAGAGTACAGCAATAGTTGTAATGTAATTATCAACTATCAACATTAAAATAA 

a score=4364
s danRer3.chr12   8689565 303 +  37038836 GTTAAATAAAATCCTTTTGTTTAATATACAGAAATGATTCAGTTTTTGCAGTTCATAGAGAAGATATGAAGATTTCCCCT-ACCGTTTTAAAGACACTGTTGATACTTTGGGCGCAGGCAGGGCTTTTATTCCCAACAAGCAGGTCAAACAAAATCGAAAGAATCTTCTGTTGAATCTTTTCATCTCCAATAGCAGTGAAGAACGGCTTGGTAATCT--GAGGAAACATCCCATCAAAATACACAGACAAATAAAGCTCTGAAAATAATCCAGTCAGGGGCAATTATCATTTCTGTTTGAATATAG 
s mm7.chr13     104317297 291 - 116696528 GTAAAACACAGGTCATATATTTTGTCAACTGGAAAGACTAAA-----------CATGTACAAATTACAAAGTTTGCAACTCACCCCCTTAAAAACACTGCCGACCGTCTGAACACAGTGTGCGTCTTTGCAGTTCACTAACAAGTCAAACAGCACACACAGGAGCTTCTGCTGGACCTGTCCATCTGACACAGCGGCAAAAAACGGCTTTGTAATCTAGGAGCAAAAAAACC-CCAGAGTGAGAAAACAACTTTAAC-CTAACTATAATACAACTGGTGCTA--CATTTTTCCATTTCAAATTCAG 

a score=990
s danRer3.chr12   8695233 364 +  37038836 GTAGAACTTGGACAAT-----GCCTACAATAAAT-------TCAGAAGTC---ATTTGATTATGGAAATTACTGA-----GTGTATTA----CTGAGAGCAATAAAAACATTCAAGAG-----------CCAGTTGTATTTAGTTTTGACTGACTTGGGTAAGATATGAGGAGTCAGCGATGATCTCCTCTGATGATTTGAGGAGTTTCTCCACAAGCGGATGATACGGTGAAGAAACAAGCCCAGAGAGACACTGGAGCACAGCGATGGCAGCTCTACGAACTTCAC--ACACGCCTGAACATACACACACCAGCAGAGACGGCACCACTGCAAATATACAAACATAGAGAGAGATGCATGTTAGTCATGGTGGAGAACAAACTTTCTGTGGAGGATCCa 
s mm7.chr13     104319858 384 - 116696528 GCAGAATTGAAACAGTCTATGGCCTTTAAAAAAAAAAGGGATCAAAAGCCTGTAGTTGCTGATGCAAATTATTTAAATTAGTGGATTAGCCTCCCAAAATCCCTACAAGGTACAGGAAGAGAAAACTTCTCAACCTTCTTTGACAGTGGTCTACCTGAAGCACATAGGTAGCGTCTGAAGTGATCTCTTCTGCCTTAGGAATGAGGTGATCTATCACCAGCTCAAACTTTGAGGGTAC---CCCTCTGAGGGCCTGGAGACACTGGACGGCAGCTCTGCGGACTTCTTTGATATGGCTTCCCAGATTGAGG--AGTAGAGACATCACCACTA-----ATACCAA-----AGGGGAAAGGATGT--GTCAGTGAGCAAAACTTAAATAGTGTCAAAGGTACA 

a score=3433
s danRer3.chr12   8696572 321 +  37038836 ATGCTATTT-TCCAATATCCAGTGTAGTAATACAAATAAA---TACACAAAAAGCCACACGACTAACCGCAAGTGTAACTA-AAGGTAAATG----CTGATATACCTGGTGAGGAATCTGACGCCAGCAGGTTGAGGGTTTTTACAGGCTGGCTGGACAGAAAAGCCTTTC-----CCACATAAAGAGCCTGAGTCTGAAGAATGGCACTGACTCGACAATCCAACTGATCG--CCTAAATTGCT---GTTGTAGCCCCATAACAGAGACAGAAACTTAAACAGGACCATCGGCTCATTCAGGTGCACCTGTAAAGTAAAGAAACCAAATATATAAAAAA 
s mm7.chr13     104320933 323 - 116696528 ATGTTATCTCTATACAATCAAGTGCAAGATTGTATACCACACTTCCTCACAGAGTAAGATGTCTAA-----AATGTATTAAGAAGTTAAATGTGACCTGTTGTACCTGGAGATGCAGTAGATGCCAGCTTTT-----GTTTATACTGTGTATTCTGAGAAGAAAGCATCGCAGAGCCTATGTAAAGAGCTTGAGTCTGCA-----GCTCTGACTTCACAGTGCAGTTAAGTGGATTTGAAAGGCTAGAACCATAGGTCCACAAAACACAAAAGAACTTGAACAACTGCAGAACATCTTGTAGATGTACC--TAATGAAAAGAAAGCAAAAACAAACAAAA 

a score=2777
s danRer3.chr12   8698445 174 +  37038836 TGTGTTAAGAGAATCAATTACCTGTAATAGAGGCTGCATTAGGCTCCTGAA--GCAGGGAGCCAAGGGCCCCTGACTGGCCCCTGATATCACCACATCAAACAGACGACAGAGGAGACGCAGGTAACAGCATGTAGTAGTC-TCCATTTTCTCTGGGTTCCACCATGGCTCACCTGA 
s mm7.chr13     104321929 162 - 116696528 TGTGAGGAGTGAGCCAAGTACCTTCATTATAAGCCTAATCAGAACCCTGAAATGCATGGCATCAGAAACCTCC--------------AGCAGCATCTCAAAGATACCAATGAGCAGGTGCAGGTAGTGTC-TGCTGTCTTCATCTAGCTGCTCGGGATTCCACCACATGGCACCTGA 

a score=6010
s danRer3.chr12 8725419 140 + 37038836 CAGTTGTCCTCGTGAGATGGGTTTGAACAGTAATAGCAGTTTGAAAGTGAATGAGATGGAAGAGGGAACTGAGTCCAAGGAATTTTGGGATGCTCTTGGCAACCAGGACAGGAAAGCATACGACTGCATGCTGGAAGGTA 
s mm7.chr18     5274499 140 + 90918714 CAGATGTCCCCTGGAAGCAGGTTTGCACAGCAGCAGCAACGTGACAATACATGAGTGTGACGAAGGATCCGAGCCCCTGGGATTCTGGGACGCTCTGGGGAGGAGGGACAGAAAGGCCTATGACTGCATGCTTCAAGGTA 

a score=5379
s danRer3.chr12 8726710 215 + 37038836 GTTTTCACAGTGGGTAAGAGACAAAAG--------CCTGGTGAACTGAGTACAGCTGGCCCAGGAAGGGAGCGTACAGCGTGCTTCTTCTGGCAGGGCCGTCACTCCAGTGTAAGTGGCCGCGGCACGTCTGCCCTCATGACTGTTGAGCTGGGCAACAACAAAGGGGC----GCAAGTCCTGGTCACACAAGGGAAAGAGCCACCCTG-CTTCCTCCAGCTCTTCCT 
s mm7.chr18     5269492 217 + 90918714 GTGTCTGCAGTGGGAAGCCGACAAAAGGGAGAGCACCTGGTGA---GAGTG--GCTGGC---AAAGAGAAGTGT---GTCTATTTCTTCTGGCAAGGCCGGCACTCGACCGTGAGTGAGAAGGGAACGTCAGCTCTCATGACAGTAGAACTGGATGAAGAGAGGGGGGCCCAGGTAAGCTCTGGGGAGCCATTGCAGACCCCAACCCTGCCCCCCTCCACTTCTCCCT 

a score=3981
s danRer3.chr12 8727060 230 + 37038836 CCATTCAGGAGACTGGCGTTTGTTCTGTGTGCGTGGAGAGACAAAGATGGAAGGTTCATTGGTTGAAGTTGAGTGCTGTAGTGCCAGCCTGCGCTCCCGTGCTAGCTTGTTGCTGCTTGGTGTGCAAAATGGACAGCTTTACCTTTGGCATGGCTGTAAATCTCATCCTGGTACACGGGAAGTGGGAAAGAGGACCGTGGAGCGCCTCACTCAAACGTGAGCAGAGTTTT 
s mm7.chr18     5272583 230 + 90918714 CCCTGCAGGTGAATGGAGACTGTATTGTGTGCGAGGAGAGGTGCCCATGGAAGGGAACTTGCTAGAAGTGGCCTGTCATTGCAGCAGTCTGAGGTCCAGGACTTCCATGGTCGTTCTGAATATAAACAAGGCCCTCATCTACTTGTGGCATGGATGCAAAGCTCAAGGTCATACGAAGGAGGTTGGAAGGACTGCAGCAAATAAGATCAAGGAAGAGTGAGTGTCGCTCT 

a score=6010
s danRer3.chr12 8727384 140 + 37038836 CAGTTGTCCTCGTGAGATGGGTTTGAACAGTAATAGCAGTTTGAAAGTGAATGAGATGGAAGAGGGAACTGAGTCCAAGGAATTTTGGGATGCTCTTGGCAACCAGGACAGGAAAGCATACGACTGCATGCTGGAAGGTA 
s mm7.chr18     5274499 140 + 90918714 CAGATGTCCCCTGGAAGCAGGTTTGCACAGCAGCAGCAACGTGACAATACATGAGTGTGACGAAGGATCCGAGCCCCTGGGATTCTGGGACGCTCTGGGGAGGAGGGACAGAAAGGCCTATGACTGCATGCTTCAAGGTA 

a score=4323
s danRer3.chr12 8729911 232 + 37038836 TTTAATTTGATCTATTTACTCCAATTACTGCATCAG---------CTATAT----TTATTTGCTATACTTCTTTGTTTGTTTGCAGATCCAGGGAAGTATAACTTCACACCACGTCTTTTCCTTCTAAGT-GCCAGTGGTGGAACTTTTCAGGGAGAGGAGATATTTGGGCCTGCTCAAGTGACAGGAACCATCATGGCCATGCCTTTCCTGCAGGAGAACTTGTATTCAGCCCCTCAACCTGGTA 
s mm7.chr18     5280373 244 + 90918714 TTTGAGTTGTTTCATGTTTTACCTTCAGTCCATCTGGAAGTTGGTCCATATGGTGTCCTTAGCTTTG-TTCTCTTTTCTTTGGAAGATCCTGGAAGTTTTAACTTCGCGCCCCGCCTGTTCATCCTCAGCAGCTCCTCCGGAGACTTCTCTGCGACAGAGTTTGTGTAC-CCCGCACAAGCGCCCTCTGCCGTCAGCTCCATGCCTTTCCTGCAGGAGGACCTGTACAGCGCGCCGCAGCCAGGTA 

a score=5882
s danRer3.chr12 8732302 176 + 37038836 TTGCTCTATCTGGCTTATCCTTTGCAGCTCTGTTCTTGGTGGATAACAGGATGGAAGTATACCTGTGGCAAGGACTACAACCAGATGATACAGAATTAACTGGCTCTGCCAAAATCCGCTGGGACAGTGAGAGGAAGTGTGCAATGGAGACAACACTACAGTACTGTCAAGGTTAG 
s mm7.chr18     5281878 176 + 90918714 TGGCCTCATTCTGCTCTTACCTCACAGCTCTCTTCCTTGTTGACAACCATCACGAGGTGTACCTCTGGCAAGGCTGGTGGCCCACTGAAAACAAGATAACCGGCTCTGCCCGCATTCGCTGGGCCTCAGACCGGAAGAGTGCCATGGAGACGGTCCTGCAGTACTGCCGAGGTAAG 

a score=3651
s danRer3.chr12 8742039 112 + 37038836 GTATTTTATGTGCTTGTTTTTCAGAGAAAAACTCCAGACGGCCTCCTC---AAGCTTACCTGATCCTGGCTGGTGCAGAGCCACTCACCTTTACCAACATCTTTCCTTACTGGGA 
s mm7.chr18     5282881 110 + 90918714 GCATTCTGTGTTCCCA-----CAGGAAAGAATCTCAAAAGGCCACCCCCCAAGTCTTACCTTATTCATGCTGGGCTAGAGCCCCTGACATTCACCAACATGTTTCCCAGCTGGGA 

a score=3206
s danRer3.chr12  8801961 537 +  37038836 taattgatttcagcgttaagtcaattagagcagcaaaagCTGTGTGTTTACAGTACAG--------TATTTGTTAAATGTTACTAAATACAGAAAATATCTTAATAATCATGCATTACCATAGATGCCCCATATACCTAAAAAATAAATATTGTCCCCGTTTTTCTTTATTATATTTTTACTTTTGAACTTCGT-------CATTTCCACGTCAGAAGTCTGCTCACGTTAGCAGTGGCATGGCAGCCCCTTCAATAGTGCGTGTGTGTGTGGTGATGTG---ACCCGTTTATATAATCA-CTTTTTAAGGACTTAAATAAATGTATACGTCCT---TAAAACATTGGTAA-TTAGTTCCAAAACACTACCTTACAATAGCCACAGCAGGGGTGGGCTGGGTTGTGTTAACCTGTGAATGTGTAAA---ATTTCAGTTTAAGACTGATGgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg------tgtgtgtgtCccacatagcaaaatttctctggc 
s mm7.chr10     91977536 529 + 130066766 TAATTGATTT--ACATTGACTGAAATTTAATAGAAGGAGCAAT----TAATAATATGGATTTTTCACAATTGATAAAAATCACTAAAAACTGAAAATATTTTTCTAACATTGCATTGTTAAAAATACCAAACATACTTAATGTTTGAA-AGAGTTAATGatattaattattaattaattaatt----aCTCAGTGGGGTTGCATTT----ATTAAGAGTTTCCTTCCTTC--------CTTGCTATGCCCAACCATA-TGAATATGTGTGTGAATATCTGTTTATCTTTCTGCACATACATCTGTGCATCCATGTAAATATAGGTATATGTTATATATGATGCATGCATGATTTAGGCACAAATTCTTGTCTGAAtata-------------tatgtaggtatgtatttatatatgtatgtacacatatatgtatatatggagctgtggatacatatatatttatgtatgtatatatctatatacatatgcatgcatgtaggtttgtatacttatatatatttacatatggatctatgtatgtgtcttagttag---gatttctattgc 

a score=4244
s danRer3.chr12   8862818 327 +  37038836 cttagttcttttccattaagtactaactagtact------tatttttagttactagtacttatttaatagatactagtacttatttattagttactagtacttattaaatagatactagttcttatttattagttactagtacttattaaatagatactagtacttatttattagttactAGTACTTATTAAATAGATACTAGTTCTTATTTATTAGTTACTAGTACTTATTAAATAGATACTAGTTCTTATTTATTAGTTACTAGTACT----TATTAAATAGATACTAGTACTTATTAAATAGATACTAGTTcttatttattagttactagtact 
s mm7.chr8      124610570 322 + 127874053 CTGAGTTCTCTCTTGCTG-GCATTTGCTACCACCCCCCAATATGTTTTTTTTTTAATAATGATTTTGAGGAAAGAAAAACAGACACA--GGTTATGAGCA--------ACAATCCCTAGTCCTAAAGTAACAATCACTAATCCTAAATAA-CAGAGACTAGT-CCTAAATAACAGTCACTAGTCCTAAAGTAACAATCACTAGTCCTAAAGTAACAATCACTAGTCCTAAAGTAACAATCACTAGTCCTAAAGTAACAGTCACTAGTCCTAAAGTAACAATCAATCACTAGTCCTAAAT-AACAGAGACTAG-TCCTAAATAACAGTCACTAGTCCT 

a score=1743
s danRer3.chr12   8863255 385 +  37038836 aatagatactagttcttatttattagttactagtacttatttattAGATACTAGTACTTATTAAATAGATACTAGTTCTTATTTATTAGTTACTAGTACTTATTTTAATAGTGACTAGTAACTATTCTGTTGTTACTCGTAATGAATTAAAAATTTTCCCATTCATTTCTATGGGATCTCTAAT--TGAGATATCAACTATTCAGTTTTGACTAGTATGTATTCCAGCTGTGACTAGTGCATATTTTTATCTACTAGTAGTTAATCATTAGGTACTAGTACCTATTACTGAGATGCTACTACCTAATTAATAGATACTAGTACTTACGTATTAGATGCTAGTCCTTATTCATTAGGTACTAGTATCTATTTAATAGATACTAGTACT 
s mm7.chr8      124611185 271 + 127874053 AACAGAGACTAGTCCTAAATAAC-AGTCACTAATCCTAAAGTAACAATCTCTAATCCTAAAGTAACAATCACTAGTCCTAAAGTAACAATCACTAGTCCTAA-------AGTAACTAACAA-----------TCACTAGTCCTAAAGTAACAAT-----------------------CTCTAATCCTAAAGTAACAATCA-----------------------------------------------------CTAGTCCCTAA------------AGTAACAATCACTGGT---------CCTAAATAACAGTAACTAGTCCTAAAGTAACAATCACTAGTCCTAAAGTAACAATCACTAGTCCTAAAGTAACAATCACTAGTCCT 

a score=-437
s danRer3.chr12  8990314 589 +  37038836 AGGAGTTTCCACAATAAAAACAGTTTTTGATGAG--------CCTTATTAACAGTTGTGTGTTTTCATCAAATTTCAACCTGTTGTCAATAATTGTTCCTAGGTAACTATATTCCTC----CACAACCTTTTTTTCACATGA---TCAGTGTTGGAAAGTAACTACTGTAGTTACAGCATCATT---ATGTCATTTAATTTCTAATTAAATCTAATGAAATGTAAC---TGTAATCCATTACAACTATGGAGAGAAAAAAATATCATAAAAATACAATTAATAATGAAACTGTTAATGATTACAGCAGGAGTTACAGCTGGAATTGACCATCACATCTAGTGGAAACATAATAGGAAT----------AATAGACCAAAAAGAGGACCTTTTCATCaaaatatttttttttattgttattctttaacaaaataaaa----------atGCTCAGCTGTAA-------CACCCATTGTAATCATTAATAGTA-------------ATTTATTAAATTTTAATGACATTTTTTCTTTCCATAATTGTAATAGATTACAATCACATAATTAGATTAATTAGAAAATAAATTAGATAATGCTGCTGTAACTACAGTAGTTACTTTCCAACACTGA--TTATATGA---AAAAAAGCAAT 
s mm7.chr6      86166854 603 - 149646834 AAGAGTT----CAATGAGAACATTACTGCGAGAGAACACACATTCTATAAGCTATTGAATATCTTCATCAAATTCTAAATTATTTTGCAAACTTCTTTATAGATTCTGATATCAGACATATTACAAATGCTTCCATAAATGATTTTCAACATTGGAA--TAATT--TGTGGTAAAGCTATTATTTTAATGTGA--AAATATTTAGATGCAGTTTTTAAAATGTTGCCCTTGTATTAATATCCAGTTATTAAAATCAAAATCTATC------------ttattattaaatatatt-----------------ttttagttttctttgaaaattttttattttaCACAAATAATGTGATTTATACTATCCAATCAGCAATAAAGAACATCTTTTCAGACCACTA----ATGTCATATCTAGTCTATGAATAGATGTAAATGATTGCATATGATCATCTATAAAACAATGTACACATCAAAAGTTCTAGTAGTAGATAAAGTGGTACATGTACTAAACTTT--TGGCGTTATT--TTCTCATCCTTTCAATAT----CAGTCTTTTGACATGGTTTCCTGCCAAACTAATT-TATATTTCCAATGTGGTTTTGTTGTTTCTTCTTCAAAATTTGATTTAAATGGTCCATAAAAACAAT 

a score=400
s danRer3.chr12  8995930 83 +  37038836 CTTGCATGTCATATCTGTTTTTTTAGC-ATATTCACACAGACGTCAGGGAATGATGCGGTTCGAGAGAGTCAAGAGAAATAACA 
s mm7.chr6      86168470 77 - 149646834 CCTACATTGAATTGCTGTTTATGGATCTATTTTTATTTCCATTTTACTGAATAATA-------ATATAATCAAAATAAACAATA 

a score=9104
s danRer3.chr12  8996013 454 +  37038836 CAGTGATTCACTTACCTTCCTGCACTGCCTGAAAGGGGTTGTTGGGCTCGATATATTTTATGGAGTGGGTGATTTTCTCGCTCTGCAAAATGTCATCGTTGAGGCTGAGGTCAGAGATCGCCAACTGAAACACCTCATCATCCCGTGCCGCGTTCTCCTCAAAAATGGCACCTGCGGGCATGTGCAGATAGTTATCTGAGTCTTAGTGGAGCTTAGAAAGCAA--TTGCCAATTTGCATACAA----AGGGCAATTCGCTCGCTTGGTTCATCTTGCTCAAAGGTCTG-------------------TTATTTGCAAACATTTGAATTAACCAAGAGCTGCTTAAAAGCACATCCTAGGTACTTATTTTCTATCCACGTGTGTTTTCTCTTGGATCAAACGCATGACCTTGACATTTCTAGCACCTGCCGAGCTACAGAAACTCATCCTCGGGGCTCAATATGAACTGTTGATTGTTTA 
s mm7.chr14     86975587 445 - 119226840 CAGTGAC-CACTCACCTTCTTGCACCGCCTGGAACGGATTATTGGCCTCGATGACCTTGATGGAGTAGGTGATCTTCTCACTCTGCAGGATGTCATCATTGAGGCTCAGGTCTGATACAGCCAACTGGAACACCCTGTCGTCCTTGGCTGCGTTCTCCTCGAAGATGGCACCTGAGG------------AAGAAGAGGGGTCAAGACCAAGCCTGGAGAGGAACCCTTCCCATGTTCATTTAGCCCTAGGG---TCAGACCACTGGGTACCACGTGGTGGGAGGACTGAGCTAGACTTTGGTTTGGTTTGGTTTATAAtgctttgttgagacaggttctccttctgtgc---ccctagatgc----tttcaattcatg-gtgattctttatgcctca--------gccttcacaagtagag-agatttcaggcatgaggcact-aGCCTCAAGACTCTGTGCTGATTGTTGATTGGGTA 

a score=7577
s danRer3.chr12  9179875 423 +  37038836 TCTGTAGGACAAGTTGCTATTCCCCTGCTATTCAGACTTATGGAAAATCAATGGACGGATGGATTGATAGAGAGACTGACAGA-AATaca-------------------gacagatggacggacagacggacggacggacgtatgaacggatggatagatagagagacagacagacataa---------agacagaaatacagatagataaatagcaagatagaAAAGGcagatagaaagaccgacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagaca-gacagacagac-agacagacagacagac--agacagacagatagatagatagatagatagatagatagataga---tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatGGCAACACTATAACACACTGGTGATATGTATACTGTAGCAGA 
s mm7.chr6      84005400 453 - 149646834 TCTGTGATTCAAGACCTTAT--CTCAGATATTCAGATCTATGATAAATAGATGGATGCATGAATGAATAGAAAGA-TGATAGATGATACatggtgtgatgtgatgtgatgtgatatgatatgatata-atatgctatgatatatgggtggatagatggatggatggacagacagatacgatgtgatgtggggtgatgtgataaatggacggatgggaagata-aagagagagagagagagaaagaaaga-aaaaagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatatgataaatagaCAAGACaaagaaacaaaaggagaaagactaacaagcagacagaaagagaaaaagagagagagagattaaaaagggaaaccaaaaagaggaaagaTTAGGGAAGATTTATCTTAAATATGTGAAAAAGCTGGAAGATATTTTGTAGTAGA 

a score=7208
s danRer3.chr12  9281641 180 +  37038836 AGCGACAGATGGTGGGCTCCTCTTCCCTCGGGAAGGCAATCTCTACGAATGCGAGCGCGTGTCAATCACCCGCTCTCATGTGATGGCTCCTGCCAGTGACGTGCCCA--CCATATGGCTTGGCATAAGAGCAGGTATGTAACCCTGCTTGCTAGGGATGCCACACCGTCTCGCTGCAGTCCG 
s mm7.chr11     23652780 171 - 122091587 AGTGACAGATGGCGG----CGGGTCCCGGGGGAGCCGGCTCTCCCCCAATGCAGACGCATGCCAATCACCGTCTCTCATGTGATAGCTGCTGCCCGTGACGTGCCAAGCCCATATGGCCTGGCATAGAGGCTGGT-----ACCCCGCCTGGTAGAGATGCCACAC--TCGCTCCGCGGCTCG 

a score=-1138
s danRer3.chr12  9282990 239 +  37038836 TGAAGTAAGGCCTCTCTGT----CACTGTTTCTCATTAATGTATAGGCTGATATTTTAGAACTTTTCTCTCACATATAGACTCAAACCCAAGAAAACGACTTTTTAAACTTT----------TTTTACCCAATTAATCCCATGTCATTAAAAATAGTTCGGTTCACAAGACATAGCC-TATTTAAATTCGTACTAAATTGCAACATGTTTTAAAACGTTTGTTTAATCGCTGTTTATGTTTCAGTGGAATCGTA 
s mm7.chr6      94003588 226 - 149646834 TAAATTAAGGCTTCTGCATAGATCAATGTCTTT-ATGATTGT------TGGTCTGTGAAAACTCAAATTTTTTATTTAATATAAGAGTCCTGGAATCAGTCTTTTTCATTCTGCTCTTGGAGTCTTAACGATTTA-------GTCATCAAATATATTTTG-------AAGTATATCAATGCTAAAAATGAAAACACTTTACATACTGTGCTGGCATTTTTTTTCAGG-------TAAATTAAGGTTAAAGAACC 

a score=29949
s danRer3.chr12  9283229 1118 +  37038836 ATGTTAACAAGATTATTCAAAGAACCTTCACTGCTTCCGGACATGCAGAAGTTCGGGGGCTGGGTGGATGACAGCGGGAGCGAGGACTCCAAAACCAAGGACGAAGAGCAGGAGCGCTGTCGCCTTG-----GCGACGAGGACTTAGA---------------CGAGGGCAGTGT---------GAAAGGAGGGGGCAGCCGGGCTCA----GTCTGAAATTGCAGGGGAGGAAGA---------CTATGACGAGGATGTTGATGAAGATGACTGTGGA---GAAGAAGGTGATGGAGACAGACCCAAAAAACGTGGGCCCAAAAAACGCAAAATGACTCCGGCTAGGTTAGAGCGCTCGAAAGTACGGCGCCAAAAAGCAAATGCCAGGGAGCGCACGCGCATGCACGATCTTAATTCAGCCCTAGACAATCTACGCAAGGTCGTACCGTGCTATTCAAAAACTCAGAAACTTTCCAAAATTGAAACGCTAAGATTGGCAAAAAATTACATTTGGGCCCTGTCCGAAATCTTAAGGAACGGGAAAAGACCGGACGTAGTCTCTTATGTTCAGACATTGTGCAAAGGACTATCCCAGCCCACGACCAATCTGGTGGCTGGGTGTCTCCAACTTAACTCAAGGAATTTCCTAACGGAACAGTGTCAGGAGGGAGT---GCGCTTTCACACACCCACCCCTTCATTCTCCATTCAATCATATCCATATCAGTGCTCCCGTCTTTCAAGCACAAATTGTCAGTC------CGGATCGAGC---------ACTCATAGCCTCCGAAATCACTCCCTCTGTTCGGCCTATGAGGCTCTGTACAC------------CGAAGGGACGTCCCCAGAATACATCAGTGCAGATTTCGAGGGCCACCACAGCCCTCCGGTATGTGTAAATGGTAACTTTGGTGTGAGACAAGAGGAGCCACTTTCACCAGACGCGGAAAGAGGCTATCAATATTCTATGCATTACACCAATCTGCATGGCTCACGTTCATCTGCTGCTCATGGTATTACTTGCGGACCACCAGGAGCTCGCAGCGGCAGTGTACACTCAGAAAACCTTCCCCTGTTTCATGATGTACACATGCACCACGATCGTACGCCTGCATATGAAGAACTCAACGCCTTTTTCCACAGTTAGGTGATTCTTCCCTGCTCTGACTTTTT 
s mm7.chr11     23654212 1178 - 122091587 ATGCTGACCCGCCTGTTCAGCGAGCCCGGCCTCCTCTCGGACGTGCCCAAGTTCGCCAGCTGGGGCGACGGCGACGACGACGAGCCGAGGAGCGACAAGGGCGACGCGCCGCCGCAGCCTCCTCCTGCTCCCGGGTCGGGGGCTCCAGGACCCGCCCGGGCCGCCAAGCCAGTGTCTCTTCGTGGAGGAGAAGAGATCCCTGAACCCACGTTGGCTGAGGTCAAGGAGGAAGGAGAGCTGGGCGGCgaggaggaggaggaagaggaggaggaggaAGGACTGGACGAGGCGGAAGGCGAGCGGCCCAAGAAGCGCGGGCCGAAGAAACGCAAGATGACCAAGGCGCGTCTGGAGCGCTCCAAGCTGCGGCGACAGAAGGCCAACGCGCGGGAGCGCAACCGCATGCACGACCTGAACGCGGCTCTGGACAACCTGCGCAAGGTGGTGCCCTGCTACTCCAAGACGCAGAAGCTGTCCAAGATCGAGACCCTGCGCCTGGCCAAGAACTACATCTGGGCTCTCTCGGAGATCTTGCGCTCCGGGAAGCGGCCGGATCTGGTGTCCTACGTGCAGACTCTGTGCAAGGGGCTGTCACAGCCCACCACGAATCTGGTGGCCGGCTGCCTGCAGCTAAACTCTCGTAACTTCCTCACGGAGCAGGGCGCGGACGGCGCCGGCCGCTTTCACGGCTCGGGTGGCCCGTTCGCCATGCATCCGTACCCATACCCGTGCTCCCGCCTGGCAGGCGCACAGTGTCAGGCGGCTGGCGGCCTGGGCGGAGGCGCGGCGCACGCCCTGCGGACCCACGGCTACTGCGCCGCCTACGAGACGCTGTACGCGGCGGCCGGTGGCGGCGGCGCTAGCCCGGACTACAACAGCTCCGAGTACGAGGGTCCACTCAGTCCCCCGCTCTGTCTCAACGGCAACTTCTCGCTCAAGCAGGA-----CTCGTCCCCCGATCACGAGAAGA-GCTACCACTACTCTATGCACTACTCGGCGCTGCCCGGCTCACG---GCCCACGGGCCACGGGCTGGTCTTCGGCTCGTCGGCCGTGCGCGGGGGC---GTCCACTCCGAGAA---TCTCTTGTCTTACGATATGCACCTTCACCACGATCGGGGCCCCATGTACGAGGAGCTCAACGCATTTTTCCATAACTGAGACCTCGCGCCGACCCCTTTCTTTTT 

a score=-1559
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s mm7.chr11     23661809 283 - 122091587 TTCTGCCGCTTTTCTTTGGTGTTGCCGAGGGgaggaaaaaaaagaagaaga-agaagaagCTCCCGCCT--------GCCCAAGCCC---TGAGCTTGATGCACCTCCACCACCCCAGAGCCCTGGCGCTGAGCCCAGGTCGCCC-----------CCTGCCCACCCTTCACTCGCAT----GTCTGTGC---CAGTCTGTG-------CCACTCAGCCGGTGCCCGGTGCCCA---GTGCCAGGCGCGGGGGGG----AAGGCGGGGAGGAGCCGAGGCTCCAGCTTAAATTCCATGGCATCTGTTCATTA-------TTATACAGTGAGGAT 

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s mm7.chr11     101404569 101 + 122091587 TGCCTTGAGTCTCCGGCTGAGGTTCTCCATGGTGCCACCATCAGATGCCTCCCCGATCAGAGTGAAGCTATTAGCACTTTCTGTAGACATCATCCTGCAGA 

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s mm7.chr11     20687055 208 - 122091587 TTACGGGGTGGCTCGGCAGGTAGCCAAGGAGAGGCCCTGTCCTGACTGTCCCATGCTTCCAGGTCACTGGAGACCTGTTTGACATCATGTCGGGCCAGACCGATGTGGATCACCCGCTGTGTGAGGAATGCACAGACACTCTTTTAGACCAGCTGGACACTCAGCTCAATGTCACTGAGAATGAATGTCAGAACTACAAGTGAGTAGC 

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s danRer3.chr12  9589453 190 +  37038836 ACCATTGGGTTGTTTAATTGCCTGTGAATTGTCAGGAGCTGTTTAGAGCTGCTGTCTCAGCTTCCAGAAGAAGAGGAGGCCAGT------CTACTGAATGCATTGCAGCAGTTGAAACAAGAAGAGGAATCTCTGATCCAGGAACTAGAGAGCATTGAGACAAAGCGTGAAGCCGTGGCCAAAGAGCTGGATGAGG 
s mm7.chr11     20687351 188 - 122091587 GTCAGTAGACTGTGTG--TGTCTGTGCCTTGGCAGACGCTGTTTGGAGATCCTAGAGCAGAT------GAATGAGGATGACAGTGAGCAGCTGCAGAGGGAGCTGAAGGAGCTGGCCTTGGAGGAGGAGAGGCTGATCCAGGAGCTGGAAGATGTGGAAAAGAACCGCAAGGTGGTGGCAGAGAACCTGGAGAAGG 

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s danRer3.chr12  9605432 155 +  37038836 TCTTAGGTATCAGAAGGAGTACTGTGAGTTTAAGAGACAGCAGCTGGAGTTGGATGATGATCTTAAAAGCGTGGACAATCAGATGCGTTACTGTCAGATTCAACTTGACAAACTCAAGAAGACCAACGTTTTCAATGCGACCTTTCATATCTGGT 
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s danRer3.chr12  9605661 331 +  37038836 TACATTTTTCTTTCTCTACACATTTTCC--------AGGCATAGTGGGCAGTTTGGAACAATAAATAACTTCCGCCTTGGCAGATTACCCAGCGTACCAGTGGAATGGAATGAGATTAATGCAGCCTGGGGTCAAACTGTTCTTCTGTTGCATGCACTTGCCAGCAAGATGGGGCTATGCTTTCAGAGGTGCTTAGAAAAAAAACTACACATAACATTTGCTGTTAAAATGTGCTATGTAAAAGAGTCATAGCCATTTAAATACTCttttatttattattattattttaatGGTACTTAAGTTGCACTTAAGTATTAAAGTATTTTTTCTACAAAAAGA 
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s danRer3.chr12  9610549 68 +  37038836 ttcaGATACCAATTAGTTCCGTATGGAAATCATTCCTACTTGGAGTCTCTCAGTGATAAGTCCAAGGT 
s mm7.chr11     20692044 68 - 122091587 TTTAGGTACCGACTTGTTCCCTATGGAAATCATTCCTATCTGGAGTCTCTGACAGACAAATCTAAGGT 

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s danRer3.chr12  9615126 168 +  37038836 gttttgtttttttGTTGTAGGAATTGCCATTGTATTGTTCAGGTGGTCTGCGTTTTTTCTGGGATAATAAATTTGATCATGCAATGGTGGCTTTCCTTGACTGTGTCCAGCAATTTAAAGAGGAGGTGGAGAAGGATGACACTGGCTTCTGTTTGCCATACAGGTGAG 
s mm7.chr11     20692604 167 - 122091587 GTTCTTTCTTCTTGG-GCAGGAGTTGCCGTTATACTGTTCTGGGGGTTTGCGGTTTTTCTGGGACAACAAGTTTGACCATGCAATGGTAGCTTTTCTGGACTGTGTGCAGCAGTTCAAAGAAGAGGTGGAAAAAGGAGAGACTCGATTTTGTCTTCCGTACAGGTAAG 

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s mm7.chr11     20693565 165 - 122091587 AGGATGGACGTGGAGAAAGGCAAGATTGAAGACACTGGAGGCAGTGGCGGCTCCTATTCCATCAAAACCCAGTTTAACTCGGAGGAGCAGTGGACAAAAGCGCTCAAGTTCATGCTGACCAATCTCAAGTGGGGTCTTGCCTGGGTGTCCTCACAGTTCTATAAC 

a score=-2188
s danRer3.chr12  9615752 577 +  37038836 CTTCACCTTACAATGATGGATGTTTTTACTCTCAAATTTAAACCACAATATTTTTGTTAGAAAACAGAAATTGAGTATTTGAAAA--CAGAAAATTGTATTCAGTTAAAAAACAGTAAAATTAATTTTTGTTTATATTTCAACAGGTAAAGCTATCCAAAATGTAATGATGTAG---TGGAAATATGTTTGTCTTGtttttttt--------------ttttgttttgttttttttttttttttGTGTTTTAACCTTTACCTTATTATTTTTCTAAT---TTGGATCTCCCTATGAGTTC----CATAAAACTATAAAAGCTGTGGGTTTGTGGTG-GTTATATGTAGTACATA------TGCTGTAGTATATATGTTTAGGTTTACTAACAACTTGTTTACAAAGGGCTAAGTAGCCAATTGCAGGATT--ATGCCATTTCAGTTTTGAATTAGAA------------ATTAGTCAAAGTCAGAAACATCATAAGCAATTAAAATATTTGT-GTAAAAAAT-------------GTAAATAAAAAAATGTATGTCTATATTTATCAAGTATTCCTCATTTTTCTGCCTTATTTTAAATTAGGAAAAATGTAATCAGTAGTTTACAGCATAATACAAA 
s mm7.chr11     20693774 597 - 122091587 CTTTGTTTGGTTTGGAAAGATGCTTTAA--ATTAAATTTGG---GTAATATT--------AAACCACATGTTTACAATACCAAAATCCACAAAAGC-TACTTTATTTTCAAATATGACAGATAGTT----TCCAGAGTACGCCATGTATAGCAAAGAACCCTGCCATAGTTTTGACTCAGCCCCATGCATCCTTTCCCTCTTTCCTGAAAACAACTAATTTAAATTTGCTTTGTTTTCTTTTTTAAGTTGAA---TTGACGTTAATGTGTTTTCACTGGATTTTATCTCTCTCAACTTCCTGCACTTAAAATTTGAAACAGCAAAGGTTTGAGATGAGATGCTTGTGGCACACAGTTGGGTGATGTGGGGAAAGGACACCGGGTCAGGAGTTGCAAGTTTA------ACTCCGTCCTCACTTGTAGCATTGAATGCCTCCTGTGCTGTCTAGTGGGACTACAGAATGCTGTTTGATACTGTGTGCGACGT--GGAGAGATTTAATTATTTGTAATAAAGGATTTGCTATGGTCTATTAATTACCAAGTGGTACGCCTGTATGT------TTTTCCTTAAAATTGAG---TATTTTGTATTCTGAAAGAATTGAGTTGTAGT---CAGTTCAGTAGAAA 

a score=17664
s danRer3.chr12  9725977 1286 + 37038836 TTAGTCaattttattttt---tttaaaaaaGCCTTAAAACTACAACTTATTAATATAGGT---------TATTTAAAGTTCAGTTATTTTAGCTAAGACCTCTGAATCACTTCAT-TCATGAA---ATTTAATT-----------CATAAAACATATCTAGCTCTAAATAGTTAGCATTTTTATTCAATTCTAATTATCATATTATGCAAAAGAAAGTAACCACAGACACTGTATTTATATTATCTACTTCACAGAT-----TTATTGCAAT-TAGCTTGTTGAATTTCTTCATGGTCCACGTTAATACATTTAGTAATAACAACAACACAAACTTA----TAAATGCAAAACAACAATCttataaata-ataaatataatatGATTAACATAATACATTTCTTACATC----TCAGTTTTTACAG---------TCACTCTTAAA--TACAGACACTCAATAAATAGACAAATTGGTCAAACAGATCTGAATTATAAATAATCTTTTATAAAGTTTTAGAGTCAAAGGTAT------TCATTCACAGAA--TGAGAAAGAACTTTTTACAAAAA-AAAGAGTCTGTTTCAAATGTTCTGTTCATTCAAAGTGCAGTGTCCCAAAGAGCTTGTCCCAGTGAGTGAAGTATGGAGCGTAGTTGGACTTGAACTTCTGATGGTGGACATCATGGTGTGGAGCTCCTCCGTAAAGTCCAAAAGGCATCAGTCTGTGCGTGGCCCATGGCAGGTCATAGCCACAATGGTCCTCAACTGACAGCCACATGTTCAGCATGTGGAAGAGCATCTCTGTCATAGGATGAACCCCAAGCAACATGGGATTCACCGCAGCGAAGAACCCCAAAGACAGGGTCTCCCAAGCCCCAGAGTACTCAGTGGCCAGAGCGAAGGTGGATGTGTATTTGTGGTGCACCTTATGGAAAGTCCGGTAAAGCCAAGGCACTTTGTGATGTAGAAGATGCCACACAAAGTACTGGAAGTCAAACAGAAGCAGGCAGGCAGCAAGATCCCAGACGACCCGCAAGACCCCAGGTGCCTCCGCTAGGTAGCTGACAGGTCTCCAGTACCAGTGCAGGACACTCAGCGGGAAGATGTACACCACGTGGTTGTAGAGGGAGAGTGCGAGGCAGCTCCACATCATAGTCCAAGACACGCT-GGCTTTCTGTTGGATCTTGTATCTCCTTATCAGTTCTACCTTTGGAGACAGGGCATCCAGAAGGACAAAAGGCAGGCAGAAGCTTAGGTAGACTGTAATTGAGAAGAGGACTGGGAAAAATGGAGACCTTAGCTGTGCTTCGTACTGCAGAATGCAGTCCCAGATGTGCTGTAG 
s mm7.chr19     34175087 1286 + 61223509 TTAGTTCATGTTCtttttatttttaaaatacaaataaaact----tttttcaatataaatatatCATTTCATTCAAAAGTAGAAAAAATATACTATAACCTTGG--TCACTGCCCAGCAGGAACAAATTTGATTATTTAAAGAGTCAGAAATCAGGTCT-TCTCTCAACATGTGAGGTTAGAGCCCAGTTCCAGT-GCGATTTCATACATAGGAAAGTCTT----GGTTCTAGAAACAAATCAT----TTCAGAGATCATAATGATTCAAATACACCACGCTGAATGTCTACCTTGTGTCCTGGAGT--------CAATGACACTGGGATAAGTTGAAATTTAACACCAAGACCACAATTAAATTCACATAGAAACATTATATAAATTACTTTGTCAGGCTGCAGAAACAACATTAGATTTTATAGCAGTGTGCATCACTTTAAAAGTTACAAACTTCTAATAAA-----------GTAACTCAAGTCTG------------TTTCTT------CTTCTGGATCAAGTGTACAGCGCATCGCTCTCTGGAGTTCACGCAGCGCTCACCGCAGGCGCAAAGGCTCTCTGGCAGGGGCGCGGACC---------GCAGAGTGCCCAGCATTTTGTCCCAGTGTGTGAAGTAAGGAGCAAAATTGCAGTTAAACTGAGAGTGATGCATGTCGTGGTGAGCCACGCCCCCGTACCAGCCAAAGGGCACAAGTCTGTGAGTGGACCACGGGAAGTCATAGCCCGAGTGGTCCTCCACCGACAGCCAGATGTTAATCACGTGAAAGGTAAAGATGGTGAGTGGGTGACACCGAAGCACCGCGACGTTCAGCACGTCGAAGAAGGTCAGCGAAAGCAGCTCCCAGAAGCTCATGTATTGGGTCGCCAGCGCGAAGGAGGACGAGTTCTGGTGATGCACCTTGTGGAAGGTGCGGTACAGCCAGGGCACCTTATGGTGCAGCAGGTGCCACGCGAAGATCTCGGTGTCGAAGAGCAGCAGGCAGATCAGGACGTGACTTAGGAGCTGGACGAGCTCAGGGGCCTCCTGGGGGAGGAGCGCCGGGCTGCGCACCCAGTGCAGCAGCGTCACCGGGAACACGAACACCAGGTGCTGGTAGAGTGTCAGCCCCAGGCAAGGCAGAAGC-TGCTTTACGGAAGGCGAGAAGTCCGGGTGGATCTTGTAGCGTCGCAGGATGGGGACCCAGGGATACAGGACGTCCAGCACCACGAACGGTAGGCAGAAGCCCACGTAAGTGATGATAGAAAAGGTGACTGGGAAGATGGGTGAGCGCGTGAACGCCTCCCTTGTCCTTATGGTGTCCCAGAGGGGCTGCAG 

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a score=1863
s danRer3.chr12  9735757 43 + 37038836 GGGGTCAAAGAGACAGGAAGCTCAGAATCTTATAAAAGAGGCC 
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s mm7.chr19     26902713 748 - 61223509 TACGCTCACAATATCCTCCCAGAACAATATCTTTGGATATGTAGCCAAATTTTACCGAAGGAAAGGTTGTGTGGAGGAAGCTCTCGGGTTCCTTAAAAAAGCCTTGGAGACAAAACCTTCCTCTCCTTACTTGCATTTCCAGATTGGCCTTTGCCATAAAACACAATTTTTTCAAATG-----AAAAAAGCTACAAGCAGGGAGAATAGAAAAAGAGCAGACCAATCATGCCATTTGGCTATATGT------CATTTTAAAAAGACTTTAGAGCTGAAACCCACATATGACAGAGCATATATTGATTTGGCTGAGGTGTACGCAAAAAATCATCAACAAAAAGAGGCAGAGGACAATTTTCAGGAAGTGTTGAGCATGAGTAACTTGGGAGATTATATGCAGCAAGAAATTCATTTCCGGTATGGCAACTTCCAACAATACTATAAGAAATCAGAAGAGGCAGCCATCACACATTACTTAAAAGGCCTGAAAATAGAGGTAACTTCTCACTACAGGGATAAACTTCTCAAGGCTTTGGAGGAACTGGCTGAAGGA------CGCAAGGAGGATCATGTCCTGGAAA-GCTTGAGCCT----CCTTGGGCTCGTCTGCAGACTGAGAGGGGACACAAGTGAAGCCATGTCATGTTATGAGAAGGCCCTGAGG-----CTCACA---GGAGCAGTGAACCCTGAGTTTTGAGGTAGAGCTTCTTGTTAAGCGTGAGCATGACTTCCTATTCTA--CTAGTCTTTTCCAGCTGTTGCCTTAAC 

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s mm7.chr19     34274360 587 + 61223509 TGTCTCACAGTACAACGAGTAAGGAGTCACTGGAGAGCAATCTGCGACAGCTAAAATGCCATTTCACCTGGAACCTGATAGCAGAAGAT------------GAGTCCTTGGATGAGTTTGAGGACAGGGTGTTTAACAAGGATGAGTTTCAGAACAGTGAGTTTAAAGCCACCATGTGCAACATACTGGCCTATGTAAAGCACTGCAGAGGTCTAAATGAGGCAGCACTGCAATGCTTAGGGGAAGCTGAGGGCTTCATCCAGCAACAGCATCCTGACCAAGTAGAAATCAGAAGTCT---GGTCACCTGGGGAAACTATGCTTGGGTCTACTATCACATGGGCCAGTTCTCAAAGGCTCAGGCTTATCTGGATA-------------AAGTGAAACAGGTCTGCAAGAAGTTTTCCAGCCCCTACAGGATTGAGAATCCTGCTCTTGACTGTGAGGAGGGGTGGGCCCGATTAAAGTGTACCAAGAACCAAAACGAGAGAGTGAAGGTGTGTTTCCAGAAGGCTCTGGAAAAGGACCCGAAGAACCCAGAATTCACCTCTGGATGGGCCATTGCGAACTACCGTCTGGATGACTGGCCAGCAAGGAATTA----------CTGC 

a score=4037
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a score=7547
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s mm7.chr19     26927330 1220 - 61223509 GGGATGCACAACCTC--------CTGGCCTACGTGAGGCACCTGAAAGGCCAGCAGGAGGAAGCCCTGCAGAGCTTGAAAGAAGCTGAAGCCTTGATCCAGAGCGAGCAGTTGAGCAA-------GAGAAGGCT-----GGTGACCTGGGGCAACTGTGCCTGGCTGCATTACCACAGGGGCAGCTTGGCAGAAGCCCAGGTCTACCTGGACAAGGTGGAGAAGGTGTGCAAGGAATTTTC----AAGTCCCTTCCAATACAGGCTGGAGTGTGCTGAGATGGACTGTGAGGAAGGCTGGGCCTTGTTGAAGTGTGGCATACAAA-ATTATAAAGGAGCCATGGCCTGCTTTGCAAAGGCTCTGAAAGTGGAGCCAGAAAACCCTGAGTACAATGCTGGCTATGCAGTCGTAGCCTATCGCCTGG--ATCACATTGATGGCACTTCGC----------------------------------------TCCAACATTTACAGAAGGCTGTCAGCGTAAAACCAGAAGATCCATACCTTAAAGTTCTCCTTGCCCTAAAGC--TTCAGGATTTACACAAACTAG----AAGAAGCAGAAAAACACATTGAAGAAACTCTGCCCAGGATATCCTCGCAGCCCTATGTCTTTGGATATGTAGCCAAATTTTACCGAAGGAAAGGATTGGTGAAAGAAGCTCTTGAGTTCCTTGGCAGAGCCTTGCAGAAACAACCTTGCTCCACCTTCTTGCATTTCCAGATTGGCCTTTGCCATAAG----AAACGACTGATT--CAAATAAAGAAAGCTTCAAACATGCAACCAAGAGGGGAAGATAGAAAAAGAGC-AGACCAATCCATCCATTTGGCTATATGTCATTTTAAACGGACTTTAGAACTGAAACCCACATATGTGATGGCATATGTTACTCTGGCTGAAATGTACATTGAGAAAAATCAACTAAAAGAAGCAGAGGACAATTTTCAGAAATTGTTGAACATGAGTAACTTGGAAGATCATATTCAGCAAGAGATTCACTTCCGGTATGGCAACTTCCAACAATACTATAAGAAATCAGAAGAGGCAGCCATCACACATTACTTAAAAGGCCTAAAAATAGAGGTAACTTCTCACTACAGGGATAAACCTCTCAAGGCTTTGGAGAAACTGGCTAAAAGACGCAAGGAAGATCATGTCCTGGAAAACTTGG--GCC-------TACTTGGGTTTGTCTACAAACTGAAAGGGAACACAAGTGAAGCCATGTCATGCTATGAGAGGGCCCTGAGGCTCACAGGAGCAGTGAA 

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a score=4195
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s mm7.chr19     26927324 426 - 61223509 AGCATCGGGATGCACAACCTCCTGGCCTACGTGAGGCACCTGAAA---------GGCCAGCAGGAGGAAGCCCTGCAGAGCTTGAAAGAAGCTGAAGCCTTGATCCAGAGCGA----GCAGTTGAGCAAGAGAAGGCT-----GGTGACCTGGGGCAACTGTGCCTGGCTGCATTACCACAGGGGCAGCTTGGCAGAAGCCCAGGTCTACCTGGACAAGGTGGAGAAGGTGTGCAAGGAATTTTCAAGTCCCTTCCAATACAGGCTGGAGTG--TGCTGAGATGGACTGTGAGGAAGGCTGGGCCT-TGTTGAAGTGTGGCATACAAAATTATAAAGGAGCCATGGCCTGCTTTGCAAAGGCTCTGAAAGTGGAGCCAGAAAACCCTGAGTACAATGCTGGCTATGCAGTCGTAGCCTATCGCCTGGA------------TCACATTGATGGCACTTCG 

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s mm7.chr19     34274947 806 + 61223509 ATTGACTCTCTGGAGCAAGCCATTCAACTGTCTCCTGACAACACTTATGTTAAAGTCCTCTTGGCACTGAAGCT--TGACGCGGTACATAAAAACCAAGCAATGGC-------GCTGGTTGAAGAAGCCTTAAA---------GAAAGACCCAAGTGCAAT-AGATACACT--------CCTCAGGGCAGCCAGGTTTTATTGCAAGGTATATGACACAGACAGAGCTATACAGTTGCTTAGAAAGGCTTTGGAAAAGCTGCCAAACAACGCCTATGTGCATTACTATATGGGGTGCTGTTATAGGTCAAAAGTCCATCATATGTTGAACAGAAGGGAAATGGTATTTAG-TGGGGATA--GGAAGAAGTTAGAGGAACTAATAC----AACTGGCAGTGAATCACTTACGGAAAGCAGAGGAAATCAAGGAGATGCTTGAATATTCCTGTA--------------GCTTCCTTGC-----------TGATCTTTATATCATAGCAAAAAAGTATGACGAAGCCGATTACTACTTCCAGAAAGAATTGAGCAAGGACCTCCCTCCTGGCCCTAAACAGTTACTCCACCTTCGGTATGGCAACTTTCAGTTTTTTCAAATGAAGCGTCAAGACAAGGCTATCTACCATTATATGGAGGGTGTGAAAATAAAG-AAGAAAACAATCCCCCAAAAAAAGATGAGAGAGAAACTTCAAAGAATTGCCCTAAGGCGGCTTCATGAAGATGAGTCTGATTCTGAGGCCTTGCATATCTTGGCATTTCTTC-----AGGAGAATGGAGGAGGTCAGCAAGCTGATAAAGACTCTGAGAGGGGAGTGGACTCTGCAAACCAGG--TACCTTCAGCATCTTT 

a score=7531
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s mm7.chr19     34348803 827 + 61223509 AGAATCTGCTTCAGCTGAGATGTCACTTCACATGGAAGCTGCTATTTGAAAATAA----------TGACATACCTGATTTGGAAGTGAGAATCTCAGAGCAGGTCCAGTTCCTTGACATCAAGAACCCATTGGGGATGCACAACCTCCTGGCCTACGTGAGGCACCTGAAAGGCCAGC---------AGGACGAAGCCCTGCAGAGCTTGAAAGAAGCTGAAGCCTTGATCCAGAGCGA----GCAGCTGAGCAAGAGAAGCCT-----GGCGACCTGGGGCAACTGTGCCTGGCTGCATTACCACAGGGGCAGCTTGGCAGAAGCCCAGATCTACCTGGACAAGGTGGAGAAGGTGTGCAAGGAATTTTCAA--GTCCCTTCCGCTACAGGCTGGAGTGTGCTGAGATGGACTGTGAGGAAGGCTGGGCCTTGCTGAAGTGTGGAGGAGGAAATTATAAACAAGCCATGGCCTGCTTTGCGAAGGCTCTGAAAGTGGAGCCAGAAAACCCTGAGTACAACACTGGCTATGCAGTCGTAGCCTATCGCCAAGA----TTTAGATGACAACTTTAT--------------TTCTCTAGAACCTTTGAGGAAGGCTGTCCGGTTAAATCCAGAAGATCCATACCTTAAAGTTCTCCTTGCCCTAAAGCTTCAGGAT-----------TTAGGAGAACATGTTGAAGCAG------AAGCACACATTGAAGAAGCCCTCAGCAGCACATCTTGCCAAAGCTATGTCATTCGCTATGCAGCCAAATATTTCCGTAGGAAACATCG---CGTAGACAAAGCTCTTCATCTTCTAAACAGGGCCTTGCAGGCATCACCTTCCTCTGGCTACTTACATTATCAAAAAGGGCTCTGCTACAAG 

a score=71
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s mm7.chr19     26928032 471 - 61223509 AAACGACTGATTCAAATAAAGAAAGCTTCAAACATGCAACCAAGAGGGGAAGATAGAAAAAGAGCAGACCAATCCATCCATTTGGCTATATGTCATTTTAAACGGACTTTAGAACTGAAACCCACATATGTGATGGCA-TATGTTA-CTCTGGCTGAAATGTACATTGAGAAAAATCAACTAAAAGAAGCAGAGGACAATTTTCAGAAATTGTTGAACATGAGTAACTTGGAAGATCATATTCAGCAAGAGATTCACTTCCGGTATGGCAACTTCCAACAATACTATAAGAAATCAGAAGAGGCAGCCATCACACATTACTTAAAAGGCCTAAAAATAGAGGTAACTTCTCACTACAGGGATAAACCTCTCAAGGCTTTGGAGAAACTGGCTAAAAGA---CGCAAGGAAGATC---ATGTCCTGGAAAACTTGGGCCTACTTGGGTTTGTCTACAAACTGAAAGGGAACACAAGTGAA 

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s mm7.chr19     34373730 299 + 61223509 AAAACTTACCTGCAATGGGTGGGCTCACCAAGTATGGCACTGCATGAAGGAAGTAGACCACGCCAAGTGCTGAAGACAAAGAGGTGGTCCCTACTATCTCTGCAGTCACGACCGGGATCAAGGTAACGTAGGCTCCATCAAAGTAGCCAAAGGTACAAGAGAAAGGCACAAGAAGGGGGAAGGTTTGAAGCATTGGAAGACACAGATAGCACAGCCCATCTAGTGCCACGGCAAAGAGGTAGCAAACATATCGGTAATTCTTCAGACACCTACAAATGTGA----AGAGCCATAATGAGTATG 

a score=22270
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s mm7.chr19     34376103 597 + 61223509 AATTTACCTTCTGTCAGTTAGCCAGCCAAATGTGATATTGCCAACAATATCGATTACCCCGAGGATGGACATGAGGAAAGCAGCTTGATGGTGGCTCACTCCGACACTCAAAGCATAAGGCACTAGGTACACAAAGAGAGGGCTGCAGCCGTAGGCCATGAACAGAACAGAGACGGCCAACACGACGAAGTCTGACATCAGTAAAAAACCGTATTCCTGCTGCAAGGAGCAGCAAAGACGGGTCTCTGT-----------ACATTCTTTG---GTCAAAGGTGAATAGGGAGATGCTTGCTTACAGTCTTCTCGCTGAGATTCACGGTTGTGATTCTTTTCTGGGACTGATCGG------TCCTCTTTAAGGGTAATTGGACGCATCAGAGCGCCGCAGACGCAGAGATTCAGAACGAACCCGCCAAGAATGAGCAGTGCTCCTCGCCAGGAAAACTGTTCGATGAGGAGCTGAACGACAGGAGCCAGGATGAAGGTACCAATGCCACTGCCTGACATGGCAATCCCATAAGCCAGGGCTTTCCGTCTGCTGAAATACTTGCCCACCATGGCAATTGCCGGAGAGTAACAAAGTGCAAATCCAAGACCTGGGAAACA 

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s danRer3.chr12  9806390 237 + 37038836 TCCTCTTGGTCACCTACTCACATCTTGAGCATAGAAG-----AGCCGATGTGTCGATGATTTGAAGCTAAATGGAAAC---------TCGGTCACATTATTAAATGGCTTATCCTTATTAGGGGATGTGGCTTTC-CTGAAATCTTACAGCAGCTTCTGGTTTGTAGGTTGGGTT----TTCTTCAGTGTCTCAGGAATCTTCTGTCATCTTCAGCAGCTCTAGGAAGGCACCGACAGCTCCAAAATAACCCTGCA 
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a score=418
s danRer3.chr12  9806627 68 +  37038836 GCACAGAAGCACAACATTTTATTATGTTTCCATTACATGCATGCATTG----CTCTTTTCAATAGCATCTGA 
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s danRer3.chr12  9806735 109 +  37038836 AAAGGGTATTAAAAGAGGAAG----ACATTTAT---AATGGTACAAAAACCTCTAAGTGAAATAGGTGCTGTTTGTTTGAATTGCCGATTTAAGAAATATACTAAACATAAATTTT 
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s mm7.chr11     86456137 18 - 122091587 CAATTAAAAAAGATTCTT 

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s mm7.chr13     59964219 235 + 116696528 TCATCCACCTAGAG-AAAAAGACATGAGATTCTGATTACATTAGTGATTC------AGAAAACCTTCTTATCCATACTTAGAAATTACTATCATAATGGTGTAGCAAAATTATTAAA----ACTGTTCTTCTAAA-GAATGTAGTATGAGAAAAGTTAAAGATCTGTTTGTCTTAAAGCAGACACACAGAGGAATTTTGTTTA---TTCAC---TAAACCGAATAGTAACCGGCTTAGCTCATCACAGGGTGT 

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a score=21
s danRer3.chr12  9846161 330 +  37038836 ATAATATGATGATATGTTTAAAAAAGATTAATAACAGATAAAACG-GTAATTAAACAATTA-----TAACTGTAGGACAAACACACACATTCTTAAATGTGCAATGATGTTCTCTCTCCTGCAGCCAGAA-----------------AAGGatatgtatatatatatatatatatatatatataCACTATAAAACTGGAAGTATTGTGTCTGCTAATTTCAGTCAG------TCTTAATT--ATTAAATATATTTAGTAATTAGAATGAAATAATTAGCC----------CCTGATGCTATTTAAAAATGCTTAGTTTTCTAAATTTTGCTAAACTAATGCTTAGTTTTCTAAATGGACTCTGTGTTTTCT 
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a score=-308
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s mm7.chr17_random 4918168 166 +  8540065 TCTTCATTTCTCTTCCCTCTCTACATTCTTGAGATATGACTTCTGCTATCTTCCTGGCCATGCTCTGCTTGGGAATGGCTTTACCATCACCAGCACCTGATCCCATTTTGGATGTTGAATGGCAGAAATGGAAAATAAAATATGGAAAAGCATACAGTCTGGTTGG 

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s mm7.chr13     56379286 329 - 116696528 GTAAGTGTAGTTAGTGTTTCTTTGTG-GATGACCATATTTTATTTTCTG--CTTAGAAATTTTGTAATTCCTGTTGGGCTTTTGCTGTGAATGGTGCCATAGAAGGACAGATGTTCAAAAAAACTGGCAAACTCACCCCTCTGAGTGTTCAGAACCTAGTGGACTGTACTAAAACTCAAGGAAATGATGGCTGCCAATGGGGTGATCCATACATTGCCTATGAATATGTTTTGAATAATGGAGGTCTGGAGGCTGAGGCAACCTATCCATATGAAGGAAAAGTAAG-TTGACATCCT-ATGTTGTCCTTGCAACTCATCTTGGAGTATTAGACA 

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s mm7.chr13     56380489 466 - 116696528 tacataccactacatacatacatacataccactacat-accactacatacactacataccactacatac-cactacatattcatgggctcactacataccactacatacactacataccactacatattcatgggctcactacataccactacatacatacatacatacataccactacatacactacatacactacataccactacataccactacat-aTTCATGGGCTCACTTTTCTGTGTAAAATGTGATGTG-----AATTACGGGTTTCTGGATTTTCCTCCTGTCCGTTCAATAATCCTGAGGGATGTTGGGATGTTCTCATCTGAACACCCAAATTCAAGATAATATGTCACAATTCATAAAATTTATTGGATAGATAAGTTTTCAACTCTCCTCCATTCGCTGGCTGTTTTGTATAATTATAGAGAATGATCATCTGA----------AATCAATTAAAAttttctttttttttt 

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s mm7.chr13     56417092 233 - 116696528 GAACAACAACCAACCCACAAAAT-TCCAAGGATTTTTATATCATAAGCACAT-AGACAAGTGTTTACCAACAAATAAACACTATTAGAATTTCTTTAGTTTTCTGTAAAACCCTAT-----ATAGTTATGTTTTTGGTAACAATTCATA-CAGCTATTTATTTGAATTGTAGTTTGTGTCATTTTACAATTTTTGAAAATGCCTCCTTTGAAAACTGTTGGTGACAGAACTCACTGTCAGA 

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s danRer3.chr12  9873156 262 +  37038836 TGTTTGGTGACTCTTCTGTTTTTTGGT-TTTAGAAACAATGTGGATCTTGCTGGTCTTTCAGTTCAACGGGTGCCTTGGAAGGTCAGCTCTTCCGTAAAACTGGAAAGCTGATTTCTATGAGTGAGCAAAACTTGGTGGACTGTTCCAGACCACAGGGCAATCAAGGGTGTAATGGAGGCATCATGGACCAGGCCTTCCAGTATGTTAAAGAAAACAAGGGGCTGGATTCTGAGCAGTCATACCCTTATCTTGCAAGGGTAAG 
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s danRer3.chr12  9873579 209 +  37038836 TTATTTTAACTTTGTGCTTGCAGGATGATCTGCCATGCCGGTATGACCCCCGTTTTAATGTCGCTAAAATCACCGGATTCGTGGACATCCCCAGAGGTAATGAGCTTGCCCTAATGAATGCTGTTGCTGCTGTGGGTCCTGTATCTGTTGCTATTGACGCATCACATCAATCCCTACAGTTCTATCAGTCTGGTAGGTGCCTGATATCC 
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s danRer3.chr12  9895038 461 +  37038836 CAAGCTTGATTGCATGTT-TTCATGTTTTATTATTTCTTTCAA-------------CTTTTTTTAGCTGGTCTGACAAATGGGGTGACAAAGGCTACATCTACATGGCAAAAGACAAAAACAATCACTGTGGCGTTGCAACAACGGCCAGCTATCCCCTAATGTAAGGCCACTGGAGCCTTCTCTGCATTCTGAAAAAGA-CACGTTTATGGT----TTCTCTATTTTAATGTGTTTTTATTTCTT-CAATTTTATCAAATTGTTCTGCTGTTAGTGCTATGATAGTAGT---ATTTTAGGAAATTCCATTTTTCTTG----------------TGTTTCATATATTCTTGTTTATGCAAGA-----ATGAGAATTCTGT----ACTGGATCTATTTGACCTGCAAATGGAAAAATATAAAATT----TTCTGGCATGGCAATCTCAAGTCTGTACTGTATTTATTTGCACTTCATGTAGGAATGCCATAAATATTAAATGCTTTTAAAAGTG 
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s danRer3.chr12  9895499 190 +  37038836 TTTCTTACATTAGACCTGTGTTGAATTAAATGGAGCAGATTAAGACTAAGCTATTCTGATTA--TGTAATACAATTCTGTATAACTGGATCAAATTACCACACAAAATCTAATAAGCTATTT-----AGATTATGTAAAATATCTCTATAACCGGATCAAATTACCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTCTAATTAAAG 
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s danRer3.chr12  9895833 577 +  37038836 tggttgttaataatgcattaCACTGTaaaaaaaaaaa-----aaaaaaaaaCAACACCTAATTTTAcagaaaatatctctaatttttttacagtaaatttttgtcatttcaaattatattcaaaacttagtaaaatgacaatctctctgaattaacagtttaactttc-attttagggactttatcattaaagaaattactgacattcttgttttttttataatgggaaattacagtattagttatacagtatttatacaaaagtaaaaattac----------------------aaacaatatctgtaaattaacagcttgactg--ttattttatgtactatat--aagtaatgacaaattacagcaatttgtctgtttttttttacaataaa------------attgccatatta--ttataacgt-gttgtcctgtttttttaagtatatttaaaattacgtaaaaaaaaaaactaataaactgcaattacttgctctgtaaa---aaaaataaaacaataataattataaaaaaaaggtcaaatgactggtagctctaactgccaaacaaaacccataaaattatggtaaaatttctttttttaaaataaagtgcaaaaa 
s mm7.chr13     56543270 575 - 116696528 tggctctgctaaatgcatcagagcagaagcacaaagacttttaaatagcctcaatac---atgttaaaga----gccccttatt-------ggagaaatgatggaattaatgaagacagaaaaagcaaaggaaatgaataa------------aatagttcaacacccaagagtagaaataaaatcaataaagaa--ttctcaagctacaggtattctggaaatgaaaactttaggtatttg------aatatgaacctaaaaggaaatctcaccagtaaaagattaaagagggaagaaaaatattttttattaaattattttatttGCTTACattccacaatatttcaaagtaagaattaattcaagtacttcccagattttactacaaaataaaaacagaaggaatattgcccattcaccttatgaggtcataattatcctttttaaaaaaagtataaaa--actcaagaaagaaaaattgtca----catcaatttctcctatgaacatagaggcaaaggatttgcaaatgtaagaatgagatcca--------tggctgtttccgcatatgtaaatcaataaa--tgtgatcca--tcatctaaacaaactgaaaggcaaaaa 

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s danRer3.chr12   9958841 780 +  37038836 CAGTGAGGGGATTCCTGGTAGAAAGTGTCCTAAAAGTTTCAGACTTTCATCAAGCAAAGAGGTAAAAGTAATATTGAATTGGATAATAAAAT-ACTGAAGATTATGTTATACATCATCTTATTCTGTACACAGAA---TGGTATTAAATAATAAATATATACAGGTTTCCCCCTCTTTCATAAACAGCAGATTTAAAG---------ACTTAAAGCACCAATAATTT-----TGAAT---CAAACACCTTTTTTAATCTCCCCAGTATATGTAGCGCCATTAAAGTCCTTTCTGTATTTAACATTTCAGTTACACTTACTATTTACATTGCAATGTC-------AGATTAATGATGTTGTGTGTTGATGTCATGTTCAAAGAACTTTAGTC-AAATTTATTAAATCAATACTGGAAAGATTCAAATGTCATTTCTAAAATGTTGATAAAATATGCATTGTTTGGTTTAAAACAGTTTATAATGTTTTAGTTCT---GTTTTTAACAGCAGCACAGTACAATTTTCTAAATAAACCTATAAAATTTAATTTACAAATAAATTCAAGCACTTTCAAAAAACTGCTTTTTGAGT---ACTTTCCAGGCCTTAAAATTTAAGTACTTTCAAGAAGTGTGGGAACCCTGTCTATATTTTGTATTTGTAAGATATTTGA----------------------AGCTTTATAACGCTCATAATTGTTAATTCAGATACCTGGTTACATCAG--------------------AAGAGCTACAAAGGAGGTGCTCTCCACCAGAAAGTTACTCTGCAAATACAGTAGTG------------------------------------GCCTATCTAAGGAAAGCCAAAGGACAAAAAAGGAAAAT 
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s mm7.chr10     100017683  943 + 130066766 AATAGAGTAAATAGAATAACACTCCTGGGGATATTTTGTTGTTGTTGCTTTTCCCATAGCTTACTAAAATCAACCTGGATGCACAAAAGGTGGAGCAGATGTTGAGAGACGAATTAGCTGATAGTGTGACCAAGGCAGTAAGTGATGCTGA-----CCGACAGCGGATTCTAGAACTAGAGAAGAGTGAAGTGGAGCTCAAAGTTGAAGTGTCCAAGTAAGTGCTTGAAAACAAATTTCATCATTTGATGAGTCTATTTGATTTGTCTTTAAGTTCAGTTTCAAATATATGGAGCAGTTGCTATACTCATT-------------TTTTTTAAA---GAAGAGGATTTATATTCTTTATGGTTATTTTTTAACCAGATGACATACATTGAAGAGGAAATAACATTACACAGTTTGCTTTTGTTTTCCCTGAGTGTAGAGCTGTGCCTG----TAGAAGGCACTAAAACTGAGACAGAAACTTACTCC------TAGTGCCT---GTTTTGGGGGAAGGAGAGA-------------------TAGAAGAGTCAGTTAGTATTTAGT-TTATTCACTTTAACAA--GAAAGAAATTTTACCTTTTTATAA--GGTTGATGTAGACATATAA--TTCACATGTAGATTTAATTTAATTTCCTTAGGAGCT----AGCTATG---------TGATAGGCATTGTGTAAGACATCAGACATATTAACTCATGAACT----CTTGCTTAGGTAA-----ACTGTTTTTTCATTTGGC----------AGTGGAAAATACTCCCAGTTACTTTAGAACACTAAATATATGTGCTAGGTAGATATTCTCCACTCACTTTTCTGGTCAGGTG----CTGCTTTAGTGG-----GTGATCATAAGG-------AGCTTTGAGTT-------------------------AATGTGTCAAGC---------------------ACAAATAACTAGTGTATTtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt-------gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtatgtgtgtgtgtgtatgtgtgcgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgt 

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s mm7.chr13     56796092 425 - 116696528 aaaacacagggaagagatcaggagctacagatgcaagcatcacaaacagaataagagaatggaagagagaatctcagtcatagaagata-ccatagaagatattgaaccatccatcagtcaaagaaaatatgaagggtaaaaattttct---aacccaaaacatccaggaaatttgggacacaatgaaaagaccaaacctaagaataataggcatGTGACAAAGAAGTGCTCAGTGG--GACAGCCTGAGATTCAAGGGTCTGATGTGATTTGGGCCAGCATCATTTCACAGATGTTATATGCACAGGTGTTTCAGTGATT--GATGAGACTATTGATACCTTCAGATTTGTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATATATGTCCTCAAAAC--------------TTGGTTTCCTCATATAA-----------TTTAAAATTTAGAGCACCTTGGGC 

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s mm7.chr13     56802041 45 - 116696528 AAACACTGAAAGATGGTGAACTTAACAACTTATGTCAAAATAAGA 

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s mm7.chr13     56573778 143 - 116696528 TATGCTCATTTACAGAAGGAAGAAGCACTGAGGAGAGCAGTATGGGAAGAAAACATGAGAATGATCAAACTGCACAACAAGGAGAATAGTCTGGGGAAGAATAACTTCACCATGAAAATGAATAAATTTGGTGACCAGGTGAG 

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s danRer3.chr12 10009497 169 +  37038836 TCTCTTTATAAGACAAATGAGGAGTTCAGACAGGCAATGAATGGTTATAAGCAGGACCCTAA--CCGGACGTCA-AAGGGTGCATTGTTCATGGAACC---CAGCTTTTTTGCAGCCCCACAACAGGTTGACTGGAGACAGAGGGGCTATGTTACTCCTGTCAAAGACCAGGTGA 
s mm7.chr13     56574047 162 - 116696528 TTTCCTTA-AAGACCAGTGAAGAATTCAGAAAATCAATAGA----------CAATATTCCAATTCCTGCTGCCATGACAGACCCACATGCCCAGAACCATGTATCTATTGGTTTACCCGATTATAAG--GATTGGAGAGAGGAAGGCTATGTGACTCCTGTACGGAATCAGGTAA 

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s danRer3.chr12 10009853 296 +  37038836 AATGTGGATCTTGCTGGTCTTTCAGTTCAACGGGTGCCTTGGAAGGTCAGCTCTTCCGTAAAACTGGAAAGCTGATTTCTATGAGTGAGCAAAACTTGGTGGACTGTTCCAGACCACAGGGCAATCAAGGGTGTAATGGAGGCATCATGGACCAGGCCTTCCAGTATGTTAAAGAAAACAAGGGGCTGGATTCTGAGCAGTCATACCCTTATCTTGCAAGGGTAAGAA----TCATATTGTGACGGTTTCTGAGCAATGAAACATTTTCTTTTGAAGACA----TGGGATTAAACTGCTGTATT 
s mm7.chr13     56574667 297 - 116696528 AATGTGGCTCTTGTTGGGCTTTTGCTGCAGCTGGTGCCATAGAAGGTCAGATGTTCTGGAAAACTGGCAACCTCACCCCTCTAAGTGTGCAGAACCTATTGGACTGTTCTAAAACTGTAGGAAACAAAGGCTGCCAATCGGGTACTGCACACCAAGCATTCGAGTATGTTTTGAAAAATAAAGGTCTTGAAGCTGAGGCAACCTATCCATACGAAGGAAAAGTAAGAGGACTTCCTATTTTGTCATTAT-------ATCTCACCTTTAAGCATGAAGACACTTCTAGAAATAATCCTTTGTCTT 

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s mm7.chr13     56576342 274 - 116696528 CTCTTACATCTAATTGTGATTTACATCATTTCAGAGACCTGTGAAAACTCCTCCCTATTGATGGTGGCAATGCTCACTGTCATGTATCCTTTGCATCTCATGTCAGCTTCCATTTCATTTCTCAGGTATTTATTATGAGCCAAATTGCAGCAGTTACTTTGTGAATCATGCAGTTCTGGTGGTTGGCTATGGATCTGAGGGAGATGTGAAAGATGGTAATAACTACTGGCTGATCAAGAACAGGTATACTTGCCAAAAAAAATTTTTATATTTG 

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s mm7.chr13     56577323 100 - 116696528 TCCTTTTAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGAATGGCTACATGCAGATTGCCAAAGATCACAACAACCACTGTGGAATTGCTTCACTTGCCAGCTATCCC 

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s mm7.chr13     56414518 353 - 116696528 ATCCTTAGCCTTTTCCATAATCTTGGAAATGTATT--TGGAGGTATAGTTCAAAGAATTTTA--TCAACT--------AATGGCTTCTTTTTGCAGAAAAGAGAGAAAAGGGCATTTTTAA--------AAGTCTGTGTGTAGCTATATCTTAAGTTTTCTCCCCT----------CTCCAGGTACTTGAGACATGGCTGCTGTTGTCTTCATAGCCTTCCTGTATTTGGGAGTGGCCTCAGGTGTTCCAGTACTTGATTCAAGTTTGGATGCTGAATGGCAAGACTGGAAGATAAAGTATAACAAATCATATAGCCTGGTTGGTAATGTGAAAACTGTCCAGAAG----GGCCTAAGAGTGAATTGTCATTGCTGTTGCAAGTGTT 

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s danRer3.chr12 10023970 143 +  37038836 TACTTTCTACTCCAGGACGTAGAGGTCAAGAGGAGAATGATTTGGGAGGAGAACTTGAGAAAAATTGAGCAACACAACTTTGAGTATTCCTATGGAAATCACACCTTTAAAATGGGAATGAATCAGTTTGGTGACATGGTGAG 
s mm7.chr13     56415093 143 - 116696528 TACACTCATTTCTAGAAGGAAGAAAAACTGAAGAGAGTGGTTTGGGAAGAAAAATTGAAAATGATCAAACTACACAACAGGGAGAACAGCCTGGGTAAGAATGGCTTCACCATGAAAATGAATGAATTTGGTGACCAGGTGAG 

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s mm7.chr13     56415236 236 - 116696528 TGTGGCATGGATTGCTTCACACTGTGCTCTCATTAGTACT--TTATAAGGTGGTTTTTTTTAA---TAACTATGTACTTCTCCTTGAAGACTGATGAAGAATTCAGGAAAATGATGATTGAAATTTCAGTTTGGACTCACAGAGAGGGGAAAAGTATCATGAAACG-GGAAGCTGGCAGTATT-CTCCCCAAATTTGTCGATTGGCGAAAGAAAGGATATGTGACTCCTGTACGGAGACAGGT 

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s danRer3.chr12 10025513 664 +  37038836 ctacaataataaacgttagtaagcagtttataactgcagctacaaatgctctattcttgacttacaaccacatttataatgtgattaatgat-tgtactttcatacttaggtaatgatttatttttcattactaaattaagtatcgcattatttacaaactagttgtatttaagagtagttgagggtttttaggatcattcaaattgagttagtaattgattaataaactattgaaatcaacattcatatatcttattattcatgcatatactaatagttaactaatatgttaataaatgc---ttaattaactcaactttatgcatttttgtgacctaatctaaagtgaggactattcatgctttataaatccct----tataaatgacaattaaaggctcagaatcaaatgaacaataatctgtgcaatctattgtaaaaagtaaaattac--tgtaaagtttaaacattgcttaataacaggtgtcaaaatatgacatccaactggataaaacaacaacaatataataatttaacaatataataagatg-----caatgtttaaactttacagtgatttt-----tattttagataagcttacaaagatttattttt----acagtttcgattgtgtatctttaaatgaataggaatgaataatgtcattCTTC--CTGTTTAAAat 
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s mm7.chr13     56733264 216 - 116696528 GAGTACAACCATCCTTTGCCATGGTTCCTCTT--CATCAGTGGGT---GCACTGAGTGAACTTGGGTTGGACT-------TGAAATAGAAGGAAAGATCACAACTTGTATTTTTTCCCAGAATGAAGAAAGATTGAGGAGAGCTGTGTGGGAAAAGAATTTTAAAATGATTGAGCTGCATAATTGGGAATACCTTGAGGGGAAGCATGACTTCACCATGACAATGAAT 

a score=7972
s danRer3.chr12 10134012 701 +  37038836 GCCCTGTGTGCTTTAATGGATTTTCTGCAAAATTACTTTAATTCTCAATTTGAGGTGCTATTAATACCTTTTTAAAGCACTATTTGTAAGGTTGTTTTCTTAACTTTTTCACTTCAATCTCTTTATTAGACAAATGAGGAGTTCAGACAGGCAATGAATGGTTAT---AAGCATGACCCCAACCAGACATCACAGGGCCCGTTGTTCATGGAACCCAGCTTTTTTGCAGCCCCACAACAGGTTGACTGGAGACAGAGGGGCTATGTTACTCCTGTCAAAGACCAGGTGAGTTTAAAGTAACTGAAAACTGCAAATGTTTTATGCTAAATTAGGACCTATAGTTGCATCTATGACAA--TTGATCTATTTACAGTTGATCTGGTAAACCCAGTTTAATGTAT----AAATGGCTATTAAATGTCAGT-----ATGTGTATCTG----TAGCTTT--ACTGTTTGGTGACTCTTCTGTTTTGTGGTTTTAGAAACAATGTGGATCTTGCTGGTCTTTCAGTTCAACGGGTGCCTTGGAAGGTCAGCTCTTCCGTAAAACTGGAAAGCTGATTTCTATGAGTGAGCAAAACTTGGTGGACTGTTCCAGACCACAGGGCAATCAAGGGTGTAATGGAGGCCTCATGGACCAGGCCTTCCAGTATGTTAAAGAAAACAAGGGGCTGGATTCTGAGCAGTCATACCCTTATCTTGCAAGGGTAAGAA 
s mm7.chr13     56733480 678 - 116696528 GCCTTTGGTGATTTGGTGAGTGTGACATGACATAAATTGCATAGCATAGTCATTCTACTCTTCAGTTCTTTATAAA----TACCCTCAA---TGATTTGTTGACTTTT------------CTTGA--AGACCAATACAGAATTCGTGAAAATGATGACAGGCTTTCGAAGGCAGAAGATCAAGAGGAT--------GCATGTATTCCAGGATCATCAGTTTCTTTATGTCCCCA-AATATGTAGATTGGAGAATGCTTGGCTATGTGACTCCTGTCAAGAATCAGGTA---TGGCAGTA--TGACAGTCACAA----CTTATACCACTTACAGAAAGGTATGAAAAAATATGTCATCTTTGCTTTTTCTGAGTTTGGAGTAGCATGC--AGTTCACTGTTTTATAAAATG--TATGAAGTGTGAATTGTCCACAAATATCTGATATTAGCCTTGTAATGACTCATAGCTTTTTTTTTCTCATCCCTTAGGGTTATTGTGCCTCTAGTTGGGCTTTTAGTGCAACTGGATCCCTAGAAGGACAAATGTTCAAGAAAACAGGGAGATTGGTCCCTCTGAGTGAGCAGAACCTGCTGGACTGCATGGGATCTAATGTTACCCATGACTGCAGTGGTGGCTTCATGCAGAATGCCTTCCAATATGTGAAAGACAATGGCGGCCTCGCAACTGAGGAATCCTATCCATACATAGGACCAGTAAGGA 

a score=-405
s danRer3.chr12 10134713 287 +  37038836 TCATATTGTGA--------CAGTTTCTGAGCAAGGAAAACTCTTTTGAAGACATGGGATTAAACTGCTGTATTTGCAGATTGTGGACAAATGTCATTTTAGTTTTTTAATCTCTTTGAATGAAGGTCATTAAGTAT------TTTAAGACTTC------AATGTACCA----TGTTTTTCTTATTTTAACTTTGTGCTTGCAGGAT----GATCTGCCATGCCGGTATGACCCCCGTTTTAATGTCGCTAAAATCACCGGATTCGTGGACATTCCCAGCGGTAATGAGCTTGCCCTAATGAATGCTGTTGCAGCT 
s mm7.chr13     56540253 270 - 116696528 CTATGTTGTCATTTCAGCTCAGCTTCTAGTGAGTGACAA-----TTGTAGAGATAGTACACTATCTCAGAGCTCAAAATACATGGTAGAATCTC------TTTGTTCAATATCCTT--------GTTGTCATATATTTTTTGTTTAAGATTTTGGCGTGAAAGTATCAGTATGGCCTTTTTTCTTTT---TGTGTACATGGAGAATATGGAAACAGTTGTACAGATA----------TTTAACATCTCTGTGA-CACTTAAT---------TTTCTAATGATTATGAA---GACCTATTGGTTGTTATTGAAGAT 

a score=548
s danRer3.chr12 10135074 90 +  37038836 ATCCCTCAACTCTAGTTTTAAT----TCAATATTTGCAAAAATGGTTAGTTATACAATTATTGCAAACTTATTACTGAACTTACTCTGTCTTGA 
s mm7.chr13     56541508 92 - 116696528 ATTATTCCATTGTAGTTTATATAATTTCAATACCTGTGAAAATGCCTCCCTATT--GTCATTGCTCACTGTTATGTATCCTTCGCATCTCATAA 

a score=5464
s danRer3.chr12 10135164 150 +  37038836 CACCTTTGTAATATTCTGATCTTTAGGCATCTATTATGAGAGAGCATGTAGCAGTAGTCGACTTGATCATGCAGTCTTGGTGGTTGGCTATGGTTATCAGGGTGCTGATGTTGCTGGGAATAGATACTGGATTGTGAAGAACAGGTATGA 
s mm7.chr13     56742800 148 - 116696528 CAGCTTTG--ATTTTATTTTTTTTAGGCATCTATTATGAGCCACAGTGCAAAAGGGTCCACCTAAACCATGCTGTTCTGGTGGTCGGCTATGGTTTTGAGGGAGAAGAATCAGATGGCAACAGTTATTGGCTGGTCAAGAACAGGTATGA 

a score=-613
s danRer3.chr12    10135505 25 + 37038836 CTTCTCTGCAT--------------TCTGAAAAAGTCCC 
s mm7.chr13_random 11326507 39 - 12278716 TAACAGTGTAGGAAAAGGCAACACATCCAGAACAGCCTC 

a score=-1306
s danRer3.chr12    10135590 552 + 37038836 TGTTAGTGCTATGATAGTGGTATTTTAGGAA-ATTCCATTTTTCTTGTGTTTCATATATTTTTGTTTATCCAAGAAGAAGAATTTTGTACTGGATCTATTTGACCTG---CAAATGGATAAATATTAAATATTCTGGCATGGCAATCTCAAGTCTGTACTTTGTTTATTTGCATATCATGTAGGAAAACCATAAATATTAAATGTTTAAAAAGTGTTTCTTACATTAGACCTGTGTTGAATTTAATGGGGCA--GATTAAGACGAAGCT----ATTCTGA-----TTATGTAATACAATTCTTTATAACCGGATCAAATTACCACAAAAAAATCTAATTAAAGGTACAAATCTCAGCATTCAACAATATTGTTTTGATATGCATTAATGGTAACAGTAAGTATTTGCTTG--ttagtcaatgaaaat----acagttt--ttcattggtaatagataactcatggtg------------cattaactaatgtgtcacaattaccagcgatcatttcccata-----agatctctggtttgcacctacaaataccatggactacaaatccgccatttctggactacatattca 
s mm7.chr13_random 11326613 560 - 12278716 TGTGAATTCTGTGATATGATTACTCTAGTAAGACATGGCTACTGGTGTAATTGATGC-TTTGCATTGGTTTGTATTGAGAATTTTTGTAATCACTTGATTTTAATTATTTTCATTGTACAAATG--ATGTCTTTAAGCACTGAAAGTT--AATTTAAAATGTAGGATCTAGCGTGTCTTTTTGTGAAGTGATATTTTTGTGAAAAATAAAAAACAATATTCATCTTGA----GGGTTGAACTGAATGGGGCGCTGTTAGAAACGGAGTTAGAGATTGTGACTCCTCTGTGTTGGATGCTATTCTATCATTGGCTGTGGTTTCTATAGAAAGTCTTGTTTA-------------------TATACAACAATCCTCTGAAAGACAGT-ATGAAAATATTGA-TATTTGATAAATTTAGTTGACACGAATTCACACAGTTTCATTTTTTGAGACTCTGTGGAATGTGATGGTACTCTGTCCCCACTGCATTATGTGACTCTGTTTTCAGCATCTCAGTCCTGTATTAGCTGCCCTATGACTGTGATATAAAAATCAAAGTGACAAT--ATCTGCTGTTACAGAAATAAATATTCA 

a score=-1289
s danRer3.chr12 10150402 570 +  37038836 TCTTTAATT-TTTTCCTTCCTTTATAAGAGACATTCCTTGTATTATATTAATGAGACATTTACCTCAACTCACAGGATATTTAACTGCTTGTGCTGTTGCCTGTTTAAAGTGTTTTGTTAATGTTTGTAAATTTTCTTTTTCTTTTTCATTTGCTTTAA-----------GTAATTTTTTTTTTACTGTTATTGTTTTTTTCTGTTAGTCCTCCAGGCAGGATGATGTTTGCTTTGCTCGTCACGCTGTACATAAGTGCAGTGTTTGCTGCTCCATCTATAGACATCCAGTT-AGATGACCACTGGAACTCCTGGAAGAGCCAGCATGGAAAAAGCTATCATGAGGTGGGAAGACTGTTGTCTGTAGCCATGTATCAGCTTAACATGAATGAATGATGCAGTGCATGTGTTTATGTTGAACTGGTGCTTTGCAATAACTGATACTGTATCTACTTTCTACTCCAGGACGTAGAGGTCGGGAGGAGAATGATTTGGGAGGAGAACTTGAGAAAAATTGAGCAACACAACTTTGAGTATTCCTATGGAA-----ATCACACCTTTAAAATGGGAATGAATCAATTTGGTG 
s mm7.chr13     56785546 520 - 116696528 TCTTTATCTGTTTTTTTTTTTTCACTAAAGAAATTCCT-ATAT-ATGTGGTTGTAACAAATGC----ATTCTTAGGCTTTTCAACAAATTTAGGTATATCATTGATAGAATG--------ATGCAGGTAA----TTTTATTCCACTGCAGTAGCCTGAATTTCTGAGGGAGGAATGTCACAGGAACCTCATTTCTTCTCCACTTCTAGGTTTGGAAGTATGACTCCAGTTTTCCTCCTGGCCACCCTGTGCTTAGGGGTGGTCTCAGCTGCTCCAGC-ACACAATCCCAGTTTGGATGCTGTATGGGAGGAATGGAAGACAAAACACAAGAAAACATACAACATGGTTGGTA---------CCAGGGACATGTCCAGGGGCGACACA-------GAGACAGTGGTCCTTGTTGTGGTGAGATTAGAGTTTATAATG--------TAGAAGCACTTCCT--CCCAGGC-------------------ATGACCACATGGCAGGCTTTATGAACACTGGTGGCAAACCACCTTGA----TGCCACAGAGCCTGGGTTATGGCTTCCAGAGGTGGACAGATACCCTTGGTT 

a score=127
s danRer3.chr12 10151032 103 +  37038836 CTTTATACAATCCA-AATGGTCAAAGAGAGAAAAAAAAAACTATCAAAATGCAAGATTCATAAGTGTGAAACCAGATCAGAATGTTGTTGTGTTTATTAAATGA 
s mm7.chr13     56786133  80 - 116696528 CTGTATCTCTTCCAGAATGATGAAGGACAGAAGAGAGCA------------------------GTGTGGGAGAACAACAAGAAGATGATCGACCTGCACAATGA 

a score=9564
s danRer3.chr12 10151159 725 +  37038836 AGATTAGAGATTTAAGCCCTGTGTGCTTTAATGGATTTTCTGCAAAATTACTTTAATTCTCAATATGAGGTGCTATCGATACCTTTAAAAGTACTATTTGTAAGACTTTTATTAACATTTCACTACAATCTATTTACT---------AGACAAATGAGGAGTTCAGACAGGCAATGAATGGTTATACGCATGACC------CCAACCAGACGTCACAGGGCCCGTTGTTCATGGAACCGAGCTTTTTTGCAGCCCCACAACAGGTTGACTGGAGACAGAGGGGCTATGTTACTCCTGTCAAAGACCAGGTGAGTTTAAAGTAACTGAAAACTGCAAATGTTTTTTGCTA----------AATTAGGACCTATAGTTGCATCTATTACAATTGATCTATTTACAGTTGAT--CTGGTGAACCCAGTTTAATGTATAAATGGCTATTAAATGTCAGTATGTGTATCTGTAGCTTTACTGTTTGGTGAC-----TTTTTTTCTGTTTTGTGGTTTTAGAAACAATGTGGATCTTGCTGGTCTTTCAGTTCAACGGGTGCCTTGGAAGGTCAGCTCTTCCGTAAAACTGGAAAGCTGATTTCTATGAGTGAGCAAAACTTGGTGGACTGTTCCAGACCACAGGGCAATCAAGGGTGTAATGGAGGCCTCATGGACCAGGCCTTCCAGTATGTTAAAGAAAACAAGGGGCTGGATTCTGAGCAGTCATACCCTTATCTTGCAAGGGTAAGAATCATATTGTG 
s mm7.chr13     56786241 700 - 116696528 AGCTTGGAGATGAACGCCTTTGGTGATTTGGTGAGTGTGGTGTGGA-----------TTGCAGAACATGGTCCTTCCTCTCCAGTTCA---------TTGTAAGTCATCTCTCCA---TTTGCAATGATTTGTTTACCTTTTCTTGAAGACCAATACAGAATTCAGGGAATTGATGACTGGCTTT---CAAGGCCAAAAGACCAAGATGATGATGAAGGTC------TTCCAGGAGCCCTTGCTGGGTGATGTCCCCAAGTCTGTGGATTGGAGAGATCATGGCTATGTAACTCCTGTGAAAGACCAGGTAGGATGCATGGCAC-----ATTCCAGGTATCACTGTCCACCAGGAAGCCAGGAAGGAAATGCCACAGACTTACTGACTGTGGAGCTCCATAGAGCTCACTCCTTGTGAAATTGTTGTGTCGTGAGATTTGCTGAGAAA-----------ACATCTGTATTCATTTTGTG-GGTGACAGCTTTCTCTTTCTTTCCTAGGGTTCT--------TGTGGCTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCAGTTGGTTCACTAGAGGGACAGATGTTCCGGAAAACAGGTAAACTGGTCCCTCTGAGTGTACAGAACCTAGTGGACTGCTCCTGGTCACAAGGCAACCAAGGCTGCGATGGTGGCTTGCCAGATCTTGCCTTCCAGTACGTAAAGGATAATGGAGGCTTGGACACCAGTGTGTCCTACCCATATGAAGCACTGGTAAGTATAACCCTATG 

a score=5223
s danRer3.chr12 10152051 211 +  37038836 ACTTTTTTCTTATTTTAACTTTGTGCTTGCAGGATGATCTGCCATGCCGGTATGACCCCCGTTTTAATGTCGCTAAAATCACCGGATTCGTGGACATTCCCAGCGGTAATGAGCTTGCCCTAATGAATGCTGTTGCTGCTGTGGGTCCTGTATCTGTTGCTATTGACGCATCACATCAATCCCTACAGTTCTATCAGTCTGGTAAGTGCCT 
s mm7.chr13     56787382 206 - 116696528 ACCTTTTTTTCCCCCCTCTTTTGTCTTTCAAAGA--ATGGAACATGCAGGTACAATCCTAAAAACTCTGCTGCTACAGTCACGGGCTTTGTGAACGTCCAATCCAGTGAAGA---TGCCCTGATGAAGGCTGTGGCCACTGTGGGGCCCATCTCAGTTGGAATTGACACTAAACACAAGTCGTTCCAGTTCTACAAGGAGGGTAAGTGCTT 

a score=4536
s danRer3.chr12 10152342 178 +  37038836 TACTCTGCCTTAGCTCCTTTCTAA-------TATTCTGATCTTTAGGCATCTATTATGAGAGAGCATGTAGCAGTAGTCGACTTGATCATGCAGTCTTGGTGGTTGGCTATGGTTATCAGGGTGCTGATGTTGCTGGGAATAGATACTGGATTGTGAAGAACAGGTATGAT---GCAAACAATCTTTA 
s mm7.chr13     56381416 188 - 116696528 TCATGTGTCATGGATGCCACACAAAAGCTTCCATTTTATCTCTCAGGTATTTATCATCAGCCAAATTGCAGCAATAATACTGTGAATCATGCAGTTCTGGTGGTTGGCTATGGAACTGAGGGAAATGAAACAGATGGCAATAAGTACTGGCTAATCAAGAACAGGTATGATCTGCCAAAAGATCTGTA 

a score=3229
s danRer3.chr12 10152572 320 +  37038836 AACTTTTTTTAGCTGGTCTGACAAATGGGGTGACAAAGGCTACATCTACATGGCAAAAGACAAAAACAATCACTGTGGCGTTGCGACAAAGGCCAGCTATCCCCTAATGTAAGGTCACTGGAGCCTTCTCTGCATTCTGAAAAAGA-CACGTTTATGGT----TTCTCTATTTTAATGTGTTTTTATTTCTT-CTATTTTATCAAGTTGTTCTGCTGTTAGGGCTATGATAGTGGT---ATTTTAGGAAATTCCATTTTTCT-------TGTGTTTCATATATTTTGTTTATCCAAGAAG----AAGAATTTTGTACTGGATCTATTTGACCTGCAAATG 
s mm7.chr13     56382399 339 - 116696528 AATTCCTTTCAGCTGGGGTAGAAGATGGGGCATTGGAGGCTACATGAAGATTATCAGAGACCAGAACAACCACTGTGGCATTGCTACATATGCACATTATCCCATTGTATGAGCAGTCTGATGCACACAGGGAAGAATGTGAGACAGCATTTCCACAGTAATGTCATCCACTTCAATGACCAGCCTTCCCTTGCTGTGTTAAAAAGTTGAACC-CTAGAAGAGCTCTGTTACTATTTGAATTCTTAGAACTTTCAATGTTTTGACATTATGAGTCAAAATTGTTTCTCTCACTAATGAATATTCATGATTCCTGTGATAACTCTATTCTCACTGTTAATG 

a score=355
s danRer3.chr12 10174826 12 +  37038836 TCTTTAAATTGC 
s mm7.chr13     56414620 12 - 116696528 TTTTTAAAAGTC 

a score=1595
s danRer3.chr12 10174838 199 +  37038836 TTTAAGTACTTTTTTTTTT--TTTGTTATTGTTTTTT-----TCTGTTAGTCTTCCAGGCAGGATGATGTTTGCTTTGCTCGTCACGCTGTACATAAGTGCAGTGTTTGCTGCTCCATCTATAGACATCCAGTTAGATGACCACTGGAACTCCTGGAAGAGCCAGCATGGAAAAAGCTATCATGAGGTGGGAAGACTGTAGTCTGT 
s mm7.chr13     56573301 206 - 116696528 TTTAAACACTATTGGTGTAGACTTGTCATCATCTCTCATTCCTCTCCAGGTTCTTGAAACATGACTCCTACTGTCCTTCTGTTAATCCTGTGCTTTGGAGTGGCCTCAGGTGCCCAAGCACATGATCCCAAATTGGATGCTGAGTGGAAAGACTGGAAGACTAAATATGCAAAATCATACAGTCCGGTTGGTAAACTGAAAACTGT 

a score=4611
s danRer3.chr12 10175122 143 +  37038836 TACTTTCTACTCCAGGACGTAGAGGTCGGGAGGAGAATGATTTGGGAGGAGAACTTGAGAAAAATTGAGCAACACAACTTTGAGTATTCCTTAGGAAATCACACCTTTAAAATGGGAATGAATCAATTTGGTGACATGGTGAG 
s mm7.chr13     56573778 143 - 116696528 TATGCTCATTTACAGAAGGAAGAAGCACTGAGGAGAGCAGTATGGGAAGAAAACATGAGAATGATCAAACTGCACAACAAGGAGAATAGTCTGGGGAAGAATAACTTCACCATGAAAATGAATAAATTTGGTGACCAGGTGAG 

a score=-344
s danRer3.chr12 10175269 315 +  37038836 TTAGTATTACAGTCAATTACAGTCATTTAT--TTCTCTATCTA----TATTGCTTTATACcagtggttctcgaacttttttcatcaagtacc-------acctcagaaaagaattgtct----------ctccaaataccaccaaaaagagcagtattgaaatacagtagcgtagtaggcccagtaaagcagctacaactctgcacagttaaaaaaaaagtggcagattacctcagaaatataggctatatgtcatttatggcatattatatac------atcatttttaataaattttgaaatgtgtgtagcatgtacatgacacatttcatttctctgcgta 
s mm7.chr13     56324366 292 - 116696528 TTTGACATAGACTGCATCACATTTTTTTCTAATGCTTTATGTAAATTTTTTGCTTTTT---AATGATTCATG--TTCTTTTCCTTGAAGACTGGTGAGGAATACAGGAAAATGCTGACTGATATTCCAGTCCCAAATTTTAGGAAGAAGAAAAGTATC------CACCAACCTATTG---CTGGT----------TATCTCCCCAAATTT---------GTGG------ACTGGAGAAAAAGAGGCTGTGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGTACAAAAGTATCTTTTTCAGTCACTGGGGAGATAAAAATAGGATG-------------ACATCTCTCTGTGTG 

a score=-132
s danRer3.chr12 10175739 35 +  37038836 TTAAATGATTCAATTACAGTCA---ACAACATCCTAGA 
s mm7.chr13     56324658 31 - 116696528 TTGAGTG-------TACAGTGATACACAATCTACtttt 

a score=2854
s danRer3.chr12 10175774 301 +  37038836 TTAGAGATTTAAGCCCTGTGTGTTTTAATGGATTTTCTGCAAAATT----ACTTTAATTCTCAATTTGAGGTGCTATTAATACCTTTTTAAAGCACTATTTGTAAGGTTGTTTTCTTAACTTTTTCACTGCAATCTCTTTATTAGACAAATGAGGAGTTCAGACAGGCAATGAATGGTTAT--AAGCATGACCCCAACCGGACGTCACAGGGC-----CCGTTGTTCATGGAACCCAAATTTTTTGCAGCCCCACAACAGGTTGACTGGAGACAGAGGGGCTATGTTACTCCTGTCAAAGACCAGGTGAGTT 
s mm7.chr13     56802646 277 - 116696528 TTGGAGATGAACGCCTTTGGTGATTTGGTGAGTGTGGTGTGGATTGCAGAACATGGTCCTTCCTCTCCAGTTCATTGTAAGTCATCTCT------CCATTTGCAA---TGATTTGTTTACCTTTTC-------------TTGAAGACCAATACAGAATTCAGAGAATTGATGACTGGCTTTCAAAGCATGG------------GGCACAAGGAGATGACCATCTTCCA-GGAGCCCTTGCTGGGTGATGTCCCCAAGTCTGTTGATTGGAGAGATCATGGCTATGTGACTCCTGTGAAAGACCAGGTAGGAC 

a score=10111
s danRer3.chr12 10176118 367 +  37038836 CTATAGTTGCATCTATGACAATTGATCTATTTACAGTTGAT--CTGGTAAACCCAGTTTAATGTATAAATGGCTATTACATGTCAGTATGTGTATCTGTAGCTTTACTGTTTGGTGACTCTTCTGTTTTGTGGTTTTAGAAACAATGTGGATCTTGCTGGTCTTTCAGTTCAACGGGTGCATTGGAAGGTCAGCTCTTCCGTAAAACTGGAAAGCTGATTTCTATGAGTGAGCAAAACTTGGTGGACTGTTCCAGACCACATGGCAATCAAGGGTGTAATGGAGGCCTCATGGACCAGGCCTTCCAGTATGTTAAAGAAAACAAGGGGCTGGATTCTGAGCAGTCATACCCTTATCTTGCAAGGGTAAG 
s mm7.chr13     56802974 362 - 116696528 CCAACTTTGGCTTGCTGATGGTGGAGCTCCATATACTTCATTGCTTGTGGAATTATTGGGTCATGTGCACTGCTATCAAACACCTGTAT-------TATTTTTTTTGTGTGTGGGTGACAACCTTTTCTTTCTTCTTAGGGTCATTGTGGATCTTGTTGGGCTTTTAGTGCAGTTGGTTCCTTGGAAGGACAAATATTCAGAAAAACAGGCAAACTGGTCCCTCTGAGTGAACAGAACCTAATGGACTGCTCCTGGTCCTATGGCAACGTAGGTTGTAATGGTGGCTTGATGGAACTAGCCTTCCAGTATGTGAAGGAAAACAGAGGCCTGGACACAAGGGAGTCCTACGCATATGAAGCCTGGGTAAG 

a score=3451
s danRer3.chr12 10176628 313 +  37038836 ACCATGTTTTTCTTATTTTAACTTTGTGCTTGCAGGATGATCTGCCATGCCGCTATGACCCCCGTTTTAATGTCGCTAAAATCACCGGATTCGTGGACATTCCCAAAGGTAATGAGCTTGCCCTAATGAATGCTGTTGCTGCTGTGGGTCCTGTATCTGTTGCTATTGACGCATCACATCAATCTCTACAGTTCTATCAGTCTGGTAGGTGTCTGATATCCCTCAACTCTAGTTTTAATTCAATATATATCCAAAATTATTACAAACTTATTACTGAACTTACTCTGC--CTTAACTCCTTTGTAATATTCTGAT 
s mm7.chr13     56803779 281 - 116696528 ACCATGACTTT-----TTCAAATCTTTGTCTTTCAAAGGATGGACCCTGCAGGTACGATCCTAAGTACTCTGCAGTTAACATCACAGGCTTTGTGAAAGTCCCATTGAGCGAAGA---TGCCCTGATGAATGCCGTGGCCAGTGTGGGGCCCGTCTCAGTTGGAATTGACACTCATCACCACTCCTTCAGGTTCTACAGAGGTGGTAAGTAT-------------------GGTTTCTTCCACTAATCATACATAAC-------AGCTAACAGTTGTGCTTCCACCGAGGCCTGTGAATTTGGTAACTTTTTGGT 

a score=3911
s danRer3.chr12 10176941 127 +  37038836 CTTTAGGCATCTATTATGAGAGAGCATGTACCAG---TCAACTTGATCATGCAGTCTTGGTGGTTGGCTATGGTTATCAGGGTGCTGATGTTGCTGGGAATAGATACTGGATTGTGAAGAACAGGTATGA 
s mm7.chr13     56804535 121 - 116696528 TTCCAGGTACGTACTATGAGCCAGACTGTAGCAGCACTAATCTGGATCATGCTGTCCTGGTAGTTGGCTAT---------GGTGAAGAATCAGATGGCAGGAAGTACTGGCTGGTCAAGAACAGGTATAA 

a score=4257
s danRer3.chr12 10177133 121 +  37038836 TCTTTTTTTAGCTGGTCTGACAAATGGGGTGACAAAGGCTACATCTACATGGCAAAAGACAAAAACAATCACTGTGGCATTGCGACAATGGCCAGCTATCCCCTAATGTAAGGCCACTGGA 
s mm7.chr13     56805028 121 - 116696528 TCTTCTTCCAGCTGGGGTGAAGACTGGGGCATGGATGGCTACATAAAGATGGCCAAAGACAGGGACAACAACTGTGGGATTGCTACCTATGCCATCTACCCCACCGTGTGAGCTGCCCGGA 

a score=-4100
s danRer3.chr12 10177254  938 +  37038836 GCCTTCTCTGCATTCTGAAAAA---GACACAGTTATGGTTTCTCTTTTTTTAATGTGTTATTTATTCAATTTTTTCAATTTGTTCTGCTGTTAGGGCTATGATAGTAGTATTTTAGGAAATTCCATTTTTCCTAAAAAAAATATT-----------------TCATATATGCTTGTTTATCCAGGAATGAGAATTCTGTACTGGATC-------TATTTCACCTG---CAAATTGATAAACATAAAATTTTCTTGATGGCAATCTCAAGTCTG--TATGGTTT------ATTTG--------------CACTTCGTGTAGGAAAACCATAAATATTAAATGCTTAAAGTCT-TCCTTGCAGT----AGACCTGTGAGCAA---TTTAATGGAGCAAATTAAGACTAAGCTATTC----TGATTATGTAAAAAAATTC------------------------TGTATAACC--GGATCAAATTACCACAAAAAAAAAAAAAAAAACTAATTAAAGGTACAAATCTCA---GCATTCAACAATA-------TTGTTTTGATATGCACTAATGGTAACAGTAAGTATTTGCTTGttagttaatgaaaatatagtttttcattggta-----atagatatctcatggtg----catttatgttacaaaacatgaatttggatgttaataatgcattaCACTGtaaaaaaaaaaaataataatttttacagaaaatctctaaatattttacat-----------taaatttttgttatttcaatttatattcaaaacgt-------------agtaaaatgacaatctctctgaattaacagtttaactttcattttagggactttatcattaaagacaaattactgacattcttgttttttttta----------atactgggaaattacagtatt--atttatgcagtatttatacaaaagtccgtaaaaattacaaataatatctgtaaattaacagcttgacttttattttatgtactatataagtaatgacaaattacagcc----atttttacacagtgttttttcctgttttttttaagtatatt 
s mm7.chr13     56417178 1011 - 116696528 ATTTCTTTAGTTTTCTGTAAAACCCTATATAGTTATG------TTTTTGGTAACA----ATTCATACAGCTATTT--ATTTGAATTGTAGTTTG---TGTCATTTTACAATTTTTGAAAATGCC-----TCCTTTGAAAACTGTTGGTGACAGAACTCACTGTCAGATA-GCCTGTGCCTCTTACACCAATCACCTTTCATTTTATTTCTCAGGTATTTACCATGAGCCAAATTGTAGCAGTGATACTGTGACTCATGGAGTCCTCGTGGTTGGTTACGGATTTAAGGGAATTGAGACCGATGGTAATCACTACTGGCTGATCAAGAATAGGTATAAATTGCCAAAATTGTATATTTGAAATTGCAAGACctg-gagagatggttcagtggttaaaagcactgcctaacatttcaggggGATTA-GTGAAGGAATTTTCCTGTTGCAAGTCAGCAATTGGATACATAGCCTAAAATTAaaaaacaaaaacaaaaacaaaaaaacaacaacaaaaacGTTTGTTTCATTTAAGTTGAATAATAGTTGTTCTTATTTTTTTATGTACACGTGGGAAGTATGTATACATGTTTGCATGTCTGTAGATACATGAgtgtgcaagtacatccatgtagaggtctgatgttaacctcaattattttctcaatcattatccaacatcaaaattatg----gcagtgt------------ttctcattgatctaggagttcactgactaatttggttacccagcttggtccatgtatgtcttatcatcatgccctcagaacttgagttacaTGTACAACAAAATGTCAGTTT-----------CAGTTTAACATAGCTCTT---GAATTTATCTCCAGTCCTTAATCTCTGAATTTTCCTATAGCTTTCACAACCTACTCACAATGGAAAATCATAATGTTCAAATTCTGCCATCTGTGTTT-----TGGGTGGCAAT-----ATTATGTCTG-------------TGCCATTGTTTTTCTAAACTATGACAAAATTGTTAATTCTGAACCATGAATTGGTAGATAGTCAGTCTGCCCATTCTCTGTTGTTATGTT 

a score=8051
s danRer3.chr12 10191455 313 +  37038836 AGAAGAAGGAGGTGTCGGAGGAGAAGGCGCG-GCCAGCCTGAACTCGTCCCGCATCAGCACACAGAAGAGTCTCTGCGGTAGGGCTTTAGAGTACGGTGCGGGACGGGGAACGCAGGTGCGCAGGAGGATCTCCCGGCCAGCAGGGGGCGGAAAATCTGG---AAAGGC---TTTTCTGTCATCAGACCCTCCAGAACGAAGCGTTTCCTCCTCCATGGGAGCCAGCAGAGCAGCC-TGAACACAACAGAACACACA---------CCAGTCAACAACAACA--AACCCAAAGCTGATT--TACACACATTAAATGCACAGTCAAATGCTTCAC 
s mm7.chr1      67101075 334 - 194923535 AGAAAAAGGAGGTGTCTGAGGAAAAGGCACCCGCGAGTCTGAAGTCCTCCTTGGTGAGTACGCTGTACATACGCTGTGGCAGGGCCTTGGAGTAGGGAGCAGGCCGCGGCACAGTGGCCCTCAGGATCAGCTCCCGGCCTGCAGGTGGTGGGAAGTCTGACACCAAGGTCTGTCTTCTCTCCTCTGGGCAGCCTGATTTCTTAAGCTCCTCCTCTGGCAGAGCCACTGCCGCAGCCTTGAACAGAACAGAACACCAAATTCAAGAGCCAGTCGAAAGCTACATTACCCAAGGGCAGATGGATAAACACAAGAAACACACAATGACCTGTGTCAC 

a score=1302
s danRer3.chr12 10252365 102 +  37038836 actaatactc-------aaatggatcataa------aaatcaagggttaccaCCAGTTTATATGAAATGTCTCCAGAATATGATTAAGCTTACCACTG-----GGAGCAAAGGTGTTCTG 
s mm7.chr10     24805002 119 + 130066766 ACTAATACTCTGTTGTAGAATGGATGACAACCTTTTAAGTCCAGGGTCACTAAAACATTATAAGAAGACTAATTAGAGTTTTGTTAAGTTGAC-ACAGACAAAGGAATGATAGTGCCTCT 

a score=9396
s danRer3.chr12 10252467 265 + 37038836 AAATTAACACAATAC-ATTAACAACACACATTGTTGTCATGGGCTATTATA----ACTCAAAATATGTAAGCAATGATGTTTTTTTGCAGTGATTGTCTCCTGTTGGAGTAAGAAAGGATATCCGAGCTGAAAATGTGTGACGACGAAGAAAGCACTGCCCTGGTGTGTGACAATGGATCTGGACTGTGTAAGGCAGGCTTCGCCGGGGATGATGCTCCCAGAGCGGTGTTCCCTTCCATAGTGGGACGTCCCAGACATCAGGTAAACCA 
s mm7.chr19     27269598 263 - 61223509 AAAATAACACAACAGGACCAAGAACCCTGTCTGTGGGTGGGAGTGACTAGGCTCTAGCCAAATGCTCTGCGCTACAGTAGCTTCTCGC--TCGCTGTCTC-TGCAGAACCCTGAGACGCTGCTCCAGCT----ATGTGTGAAGAGGAAGACAGCACAGCCCTGGTGTGCGACAATGGCTCTGGGCTCTGTAAGGCCGGCTTCGCTGGTGATGATGCTCCCAGGGCTGTTTTCCCATCCATCGTGGGACGTCCCAGACATCAGGTGAGCCA 

a score=337
s danRer3.chr12 10252744 112 +  37038836 CAAGTCAGCAATAAGCACAGCAGACCATCAATAATTTTAAACCTAAAGGGGACAGATATTTGGCA-AACATTTTCAACAATACatagttgaacttaaaaatattaaaccccct 
s mm7.chr5      84664246 104 - 153054177 CGGGTC----ATGAGGACCAGAGCCAGAGGGGAATCCTGACCCTGGAGTATCC---TATTTAGCATGGCATTGTCACTA--ACTTAGATGACATAAATAAGATCTGACACCAT 

a score=13696
s danRer3.chr12 10262122 198 + 37038836 ACAGCTGAAAGAGAAATCGTCCGTGACATCAAGGAGAAGTTGTGCTACGTGGCTCTGGACTTTGAGAATGAGATGGCCACCGCTGCCTCTTCCTCCTCTCTGGAGAAGAGCTATGAGCTTCCCGATGGACAGGTCATCACCATTGGCAATGAGAGGTTCCGCTGTCCTGAGACGCTGTTCCAGCCGTCCTTCATCGGT 
s mm7.chr19     27277169 198 - 61223509 ACAGCCGAGCGTGAGATTGTCCGTGACATCAAGGAGAAGCTGTGCTATGTAGCTCTGGACTTTGAAAATGAGATGGCCACGGCCGCCTCCTCTTCCTCCCTGGAGAAGAGCTACGAACTGCCTGACGGGCAGGTGATCACCATTGGAAACGAACGCTTCCGCTGCCCAGAGACTCTCTTCCAGCCATCTTTCATTGGT 

a score=13755
s danRer3.chr12 10262846 200 + 37038836 CTTTGTTTCTTGTC-AGGGATGGAATCTGCTGGTATTCATGAAACCACCTACAACAGCATCATGAAATGCGACATTGACATCCGTAAGGATCTGTACGCCAACAATGTGCTGTCTGGCGGTACCACCATGTACCCGGGCATTGCAGACAGGATGCAGAAGGAGATCACTGCTTTGGCTCCCAGCACCATGAAGATCAAGGT 
s mm7.chr19     27278761 201 - 61223509 CTGTGTCTCTTTTCCAGGGATGGAGTCAGCGGGCATCCACGAAACCACCTATAACAGCATCATGAAGTGTGATATTGACATCAGGAAGGATCTCTATGCTAACAACGTCCTGTCAGGGGGTACCACCATGTACCCAGGCATTGCTGACAGGATGCAGAAGGAGATCACAGCCCTCGCACCCAGCACCATGAAGATCAAGGT 

a score=10120
s danRer3.chr12 10265038 231 + 37038836 CAGATAATCGCTCCACCTGAGCGCAAGTACTCAGTATGGATCGGCGGCTCCATCCTGGCCTCTCTCTCCACCTTCCAGCAGATGTGGATCAGCAAGCAGGAGTATGATGAAGCCGGACCCTCTATTGTGCATCGCAAGTGCTTCTAGACGACACCTCCAGCCCCCTCCTGGTCCCGTAATTCTGCTATTGCTTCATAGCCTGTAAAC----TGTGAACCTGC-CCTTTATTTCCCT 
s mm7.chr19     27280463 213 - 61223509 CAGATCATTGCCCCTCCAGAACGCAAGTACTCTGTCTGGATCGGTGGCTCCATCCTGGCTTCGCTGTCTACCTTCCAGCAGATGTGGATCAGCAAACAGGAATACGACGAAGCTGGGCCCTCCATCGTCCACCGCAAATGCTTCTA------------AGTCCCCCCT----------GCTCTGCCTCTAGCACACAA-CTGTGAACGTTTTGTGGATCAGCGCCTCCAGTTCCTT 

a score=110
s danRer3.chr12 10265269 171 +  37038836 CTATTGTATTGTCTTTGCACTGCCCACTTCTGTTTGAATGTTCTGATCTAATTATGTCATGACCATATAGAGGTGTTTTCGGTTGGGTTATTAAGCTTGAACGTGCTGCCAATAAAGAAGATTGGGGGGATTTTTTTTAGGGTG-GTGAGACTCCAGAGATGAGGAGAGCGT 
s mm7.chr2      68760050 142 - 182548267 TCATTGTACAGTTTGTTTAC--ACAAGTGCAGTTTG---TTTGTGCTTCAAATAT-TTATTGCTTTATAAATA---------------AACCAGACCAGGACTTGCAACC--TACAAAAGCCTGTG----TTCTTTCTTGTGTGAGTGGGCCT---GGGATGGAGAAGGTGT 

a score=1303
s danRer3.chr12  10265455 107 +  37038836 GTGTTTAAATGCTACGAGGAAACACAACTGCATGTCGGCTT-----------TCAGGCAGTCTGTTTGGATTTCATATGAAGGAATAAAGCTCAGCAATAATTAATTTGTCTTTTCAT 
s mm7.chrX      140762545 117 + 164906252 GTTTTTAAATATCTTATATAAA-ACACCTAGAGGCCTACTTAGTGACCTTCCTCAGGTATTTGGTTTGGAGAAGATAAGCAGGAAAAATTCTGATAAACTATTATTTTTTATAATCAT 

a score=1234
s danRer3.chr12 10268447 208 +  37038836 TTTCAATTAATTTAGGAAAGTCAAAAATGTCCTTTAACTCCCCACAAAATTAAAATGAACGAAAAATAAAAACATCAAATGCCCAAAAGACATCTGACATGTTGAGGCATATGACTGGTTTCATGCCTGTGATGAATCAAACAGCTCTTTTCATCACAATATATGAATCATTTAGT-TTTGTAAAATGATGTAACGTTTTAATCCAGAT 
s mm7.chr10     24808354 181 + 130066766 TTTTAATTAAAGAGCAGAAGTTAGAAGTATATCTCAACCTTCAACAAAATGAAGAACTGCAATTGATTACAATGT--------CAGAGAAGATCATGGTTTTGGATGCACAGGA-------------------GAATAAAATTTGCCTTGACTTGAt-ttttatattttatttaatatttatataggtatataacattttaaaacaaat 

a score=-209
s danRer3.chr12  10269246 317 +  37038836 ATTATAGTCTGTATTGCATTATTTTAAAGTTGATCTCCTGCCTTATATTGCATCTTTATTAATTTGACCATTAAAAATAATAATGGACTCTCTAAAGTTGAGTCTGAGTCTAA--AAAAATCTG-----TTAGGTTTTTGTTAAAAAAAC---AAACTATT----GGTTATTCAGTGTATATTGTG------------TTAAAGAGATAACTGCCCGTGATATCAGTGATATATTAAAGGCAAATCATACACACTTTTGTAAAAAGTCCTGAAAACAGTTCACATTTTAGCAGCCTTATTGTACAGTATGCCTTAATA-------AATGGCGCCATCT---------TGAGGACAAACA 
s mm7.chr2      174463012 327 - 182548267 ATAAAAGATCATTCTGTTTTATTTCAAAAATTAGTACATAGTTTGT------------TTAATTTACCCATTAAAAATCACAA---ACTTGATAAATCT---TTTATTTCTCATTACAAATCTTGCTCCTTATTTATATACTAACAAATTCCAAAACTTTTAAGAGGCCATTGATTAAATTTAGTGCCATTTAAAAGCTTGATTAACTATCTGCCATTGA---CAGTTAAATATTAGTTACAAATGAAACATAATTACT---ATTGTCTTAAAG--------CACTTCAGTGGTCTGAGTAATAAAGCTTCCTAAATATTGAACTAATGCCTTTAGCCCTATAAAAATAATCATAAGTA 

a score=850
s danRer3.chr12 10269563 228 + 37038836 AGCAAAATGGGCGTCCAAATATACCACACGTTCTGACTAGAACATACTGGCCACGAACAAAAAGCGCATGATGATGATGATCTAAAAAAAAAAAACAAAAAAACACCAACTTCACTAAACCTGC--TCACAGCAAACAGCGCAGCTGAGGGGTTCTGTCACAGTACCTTTTTGTAAAATAAATAAATACAAAAAAGCCTTCAAGTAAAGAAAGATATAAATAGAAATTCT 
s mm7.chr19     27281955 205 - 61223509 AGCACAATTTATTTCCGATGGCATCACTTGGGTATATTAATAGGTATAGGCTGAACACCACGTGGCCTCGTTTGAGACGCAGCAACCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAACTTCA--AAATGTGCAAGAACAATAAATATCAAAGTTTTGG---------------------TCtaaaatatataaatataaaatatCAGTCACTTC--TGAAAACATCATAAGAAATTCG 

a score=3157
s danRer3.chr12 10269828 76 + 37038836 TGTCACCTGAGGTCCAGGACTATCGTTTTTGAGTCTTTCACCACAATGTGCTTGCAAATCTGCAAACAGAAAAAAA 
s mm7.chr19     27282200 76 - 61223509 TGTCACCTCAGATCCAACACAGTTGTTTTTATGTCCTTTACTAACACATGGCTGCATATCTAGAAAAGGAAACAAA 

a score=4522
s danRer3.chr12 10270015 126 + 37038836 CTTACAGTGAACAGAGGAGGGTCTTTCGAGTGGGGGTGAAAACCTTTCAATCTGCATCCGGCCACTTCTCCCATTCCAGCACTGGTGAGCCGGAAAACTCCTGTGCT------GAAGCAGAAAAATGACACA 
s mm7.chr19     27282668 132 - 61223509 CTCACACTGAACAGCTTGGGGTCCTTGGTGTGAGGATGGAAGCCCTTCTTTTTACAAGTAGAAACCTCAAGCATGCCAGCGTTGGTGAGCCTGAAAATGCCGGTGCTAAATAAGAGGTAGAAAAGAAGCACA 

a score=7377
s danRer3.chr12 10274335 132 + 37038836 TACTCATTGTGTTTAGGTGCGCAAACAATAGCGATGGCCTCAGGTAGCATAAGCTGATAAGAGCTGTGTGTATGTAGATCCACGCTGGAGAGGAAGGCCGTCTGCGTTGGGTGAGTCTGCAAGCCAAACAAA 
s mm7.chr19     27283384 132 - 61223509 TACTCTTTATGCTTTGGGGAACACACAATGGCAATGGCCTCTGGCAACATAAGCTGGTAGGAGCAGTGAGTGTGGAGATCCACACTGGACAGGAATGCCGTTTGCGTGGGGTGTGTCTGCAAATGGAAAAGA 

a score=8049
s danRer3.chr12 10277250 234 + 37038836 TGTGAAAAAAAAAACTGCAGAGCTTTAATTATAATAGAAGACAATATGTAAGAGCTACAAAAATAGACACCCACATGGATCCAGCCTAGGGTCAGTAGGTTATGATGATCCTGGTAACTGAACAGCTCTTCCACATTCTCCATGTCACAGTAATCAGGACCGGCAGACTGCTTTGGGACGATCACGTGAGTCAGCACAAACTCATTATGTGTCTGGGGGACAACAAAACACAGA 
s mm7.chr19     27285804 218 - 61223509 TATGAAGAAAACAACA-------------CACCATACAAAATAAAACCAAAA---CACAAAGGGCCAAACATACATGGATCCATCCCAGTGTGAGGAGACCATGTTGATCCTGAACATTGAATAATTCTTCGACGTTCTCCACATCGCAATAGTCTGGGCCAGCAGACTGCTTTGGCACAACCACATGAGTAATGGTGAATTCATTGTGTGTCTAGAAAACAAAACAAAACAAA 

a score=6484
s danRer3.chr12 10286501 316 + 37038836 AAGGTTAAATGATGTTTACAACTGACCTTCAGCACTCCCTAAACCACATTTACACT-CACTTCCAGGGAAGTATCAGCATAAATCAGGAAATTCAGCTTTGGTTATCACTCGATAAAAGGGATCTCACTCACACCCACAGAGAAATGGTTTGCTCGGTCTGAGGACTTACCAGTTTTCCACAGAGAACTCCACACGTTTCAATTCCTCTCGCTGTGTTACTGTCTGCCAGCAGAAGGAACCTGTAAGTCAGGTCTCGTGGGATTAAAACCCGCCTCAGGCCTTCCACGCGCTGATCTAAAAC---ACACAGAAACATATT 
s mm7.chr19     27286819 272 - 61223509 AAGAGTTAATAGTAACTTCA--TAATATTTACCCCTGCCCAGCCCCCATCTACACTGCTCTTCC-------TATCA--------CAGGGAAGCCAG-------TACTACTCAATGGAC---------------CCTATTGAGAGATGGA---------ATAAGATCATACCAGTTTTCCACAGAGGATCCCACAGGTCTCTATTCCTCTCACTGTGTTAGAGTCAGCCAGCAGCAGAAATTTATGGCAAAGATCTCTTGATAAAACTACACACCTCAGCCCTTCAACCACCAAATCTAAAACAGAAAAGAGAAACACGCT 

a score=5456
s danRer3.chr12 10291354 265 + 37038836 CACTTACTCTGTACAGCTGCTAAGGTGGCTGCCGGTTT-----------------GGGAATAGGGGCT-GCTGGTTTGTTACGAT--------TGGGGTCAAGGCGCACATG-GTTTCTGGGGG------TCTGG------GATAAACAGGAC---------CCGTCAGTTTGTTCAGGCACTTTGGGGCCAGCATCATCCCTCCGA---------CTGGCCAGCTCCTGTCTACGCAGTTGGTCCTCAAAGTAACGGAACTGCTCAGACTCGATCTGCATCTTCCTGAGCTGTGCCACACGCTGCCGCTCTTCCTCCAGCA 
s mm7.chr19     27287950 319 - 61223509 CACTTACTCTGAACAGCACTCAGGGTGGCTGCTGGCTTTAGGGCCCTGTTCACGGGAGGAGAGTAGTTAGCGAAATTGCTTCCATCACTTTTATGAGGGTGATCTGCAAATGCGTTCCTCAGAGAGTTGCTCTGGTGGGTGGAAAAGCAGGACAGCGCACTTCCGTCAGTCTGCTCAGACAACACCGG---AGAGTCCTGACCTCGAATCTGGCCTCGAGCCAACTCCTGCTTCTTGAGTTGGTCTTCAAAAAACAGGAACTGTTCAGACTCTAGTTGCTGCTGGCGCATCTGAGCTATCCGCTGGCGCTCTGCCTCTATCA 

a score=2150
s danRer3.chr12 10291754 164 +  37038836 CAAATGTACCTGACTCTTCAGATATTCGCTGTGTTCTTTGCTGTATTTCTCGTGGAGAAGTCTCTTTAATTGGTCCTTGCGTGGAAAAGCCACTTCCTGTAATTTCTGAACACAGAAGAACAGA--TAATGGGGAAAACA-TTAGGTGTCGGGTTACAGACAGCGAA 
s mm7.chr6      83589198 166 + 149646834 CACACAGACCTTTCGCTCTTTATACTGCTCATATTCTTTGGTGTATCTTCTCAAGAGCTCTGTCTTCAGCTCTTCCGCTTTAGGGAAAGCGACGCTCTTTAATTTCTGAA-ATACAAAACCAGACCTGACAATCAGAGCACTCCAATGTCAGCTGAGGGAGAGAGAA 

a score=286
s danRer3.chr12 10293915 23 +  37038836 CCGAGAGCAACACGCCAG---------GGGCT 
s mm7.chr6      83589530 32 + 149646834 CTGAGAGACAGGCACCAGTGAAAATAAGGACC 

a score=4997
s danRer3.chr12 10293938 93 + 37038836 TACCTTCATTATCACCTGCTTCTCAGGGATGTTGCACTGCTGATAGTCCCTGTGGCTGGGGAGTTTCTCAACAAATAAACTGTACAAAGTAAA 
s mm7.chr19     27292104 93 - 61223509 TACCTTCATAATATCCTGCTTCTCTGGAACTGCACACTGCTGGTAATCTCGGTGGCTGGGAAGTTTTTCTACAAATAACCTAGAGAAAGAAAA 

a score=11115
s danRer3.chr12 10294139 307 + 37038836 AAACATACGTGATGAACTTGTTGTAGAGGACAAAGGCATTCTCCAGGCTGCCCTCCTCTAGATAAACAGCTGCCATACGCTCCATCTCCACACCAGAGCGAAAGTAGCGTCTCGGGGCGATGTCTTCGTTTATTTCTATGTTATAGCCCATTTTGCTGAGGGCCCGCACACGTTCCACAGCAGGCAGAGTGACATCAGTGTGATCCGGCTCAGCTGCTAACTTCTTCTGCAA---------------ACAGACAACAGCCGTGAGAATAAAGCAGTGGCTTATTTAATTatttattcattcattcattcattcattTTCCTT 
s mm7.chr19     27295508 315 - 61223509 AGACTTACGTTATAAATTTGTTATAAAGAACAAAGGCATTTTCCAGGTTTCCTTCTTCCAAATACACAGATGCCATCCTTTCCATTTCCACTCCGGACCTGAAGTAACGGCGTGGGGTGATATCTTCATTAATGGAGATATTACAACCAAGTTTGCTTAGGGCGCGGACCCGCTCCTCTGGACTTAGAGAAACATCTGTATGGTCAGGCATAGCAGCTAACTTTTTCTGCAATAGAGAATTTAAATTTCTGATTATAATCTTTTGAATA-------TGTGTGTGTGACTATATATAAACTATTTAATTCATGTATTCTCTTT 

a score=1980
s danRer3.chr12 10304177 182 + 37038836 TGAATAATACGACATTTACGCTTTGATTTATTGATTCTACATTATTTTCAAGCACTCGCAGATTTTTA----TGACAGTTT-------ATTCACATTTTAAAGGCATTGTAGGCCTAGTCTGTAATTTGTTGTGTGTTTATTGGGGCATGTTTACGTTTATTTTGTGCCATTTTTCTCGTCACAATAGTTAAA 
s mm7.chr19     27436744 183 - 61223509 TTAGTAATA-GACAATTTATTTTCAGTTCATTT-TCCCAAATTTTTTCTATCCCCTTGCCAGTTTGTAGTAGTATAAGTTTCTGGAAAACTTAAATTTTGATTGTATTTCATAT--------TACTTTCTTTTATGCTTGTTGATGGGAGCTAAGATTTCTTTTGTGCCTTATTTCTAATACCTATGGCCAAA 

a score=5404
s danRer3.chr12 10309032 146 + 37038836 AATATATGTATCTCTTCCTT-----TAGAAACAAAGGACTTGTTTGCACTATGCTACAAGAAGAACCTTTTCCTTCTTGGACTACCTGATGATTGCCATTTTAATGCCTATTTTGCTCATTGGTTTTCTTATATTGGTAAGTTGTGGTATT 
s mm7.chr19     27393390 151 - 61223509 AATTAACGATTCCTTTCCTTAATTGCAGAAGGAGAGAACCTGCTTGCACTATGCTGTGAAGAAGAGATTTACCTTCTTTGATTATCTACTCATTATCCTTTTAATGCCTGTCTTGCTAATTGGATATTTCCTCATGGTAAGTACTGTTGTT 

a score=3688
s danRer3.chr12 10309492 112 + 37038836 TTTTTTAGAAGGGGAACACTGGACTTCACTATGCGTGCCAAAGAAAAAGTCAAAGGATTATTCCATTGTTACTGCAGAGGAATGCAGATGTTTCAATACAGAACAAAGTAAG 
s mm7.chr19     27398106 112 - 61223509 TGTTTCAGGACGGCTACACTGCCCTGCACTATGCTTGCCAGATGAAAAACCAGACTCTCATCCCTCTGCTTCTGGAAGCCCATGCAGACCCCATGATAAAGAACAAGGTAAG 

a score=2915
s danRer3.chr12 10310832 77 + 37038836 tcttctcttACAGAATCGGGAAACTCCACTAGATATTGCACAGAAACACAAATTCCTAAAAATTGTTTCAATGTTAA 
s mm7.chr19     27398725 76 - 61223509 TTTTCTCT-GCAGCATGGTGAGAGTTCACTGGATATCGCACAGAGACTAAAATTTTCCCAGATTGCACTAATGCTAA 

a score=5428
s danRer3.chr12 10311742 244 + 37038836 TTCTCCCTCATTATTTCGATCATTTTCTCATACATCTCTTGTGGGGCGTCCATCCCCCAGATAAAATCCAGGTGCTCCCAGTGCTTAATGTCGCGTTTATACACCAATTTAGGGATCTGTGTTAGCAGCAAAGCCACATCCTTGGGATCTGCCAGAGTGTCCTGTCCACCAGACCACACAGCTGTGGGTACCGTCATGTCCTGGATGTTGTAAAGTGGAGGGGTCGACTAATAGGGGAAAAGCA 
s mm7.chr19     27400919 241 - 61223509 TCCTGCTTCATCAGATGTATAATTTCATTGTAAACACGCTGAGGGGCATCCAGCCCCCAGATGAAATCCACATGAGCCCACTCAGGAATGTTCTTGTGGTAGATGAGGTTGGTTACTTCAGAAAGTAATGTTTTCACATCATCTGGATTTGAAAGCCAGTCTTGACCTCCAGTCCACATTGCTGTTGGGACCATCATATCTCGAACTTTGTACCTTATAGGAGTTGGC---TAGGTAAAAAGAA 

a score=152
s danRer3.chr12 10311986 25 + 37038836 GGA----------ACAGAAAACTTAGGCATTGATC 
s mm7.chr19     34195534 35 + 61223509 AAAAAAAAGAGTCATAGAAAGCTTTGCAATTATTC 

a score=-88
s danRer3.chr12 10314030 170 + 37038836 TTTGAAGAAATGTGTTGAGAGTTATGC-----CTCTCTACTTTTTGACTTCCATTGTATAGAAAATTACAGTGGACGAAAAGTAATGCATACAATCATGAGACTAAATAATGACAGAATGTTCGCTGTTAGGTGGTCTTCAAGGGTTAAGGGGAGAACAGTTTTATTCCATAAAA 
s mm7.chr19     33554930 159 + 61223509 TTAAAAGAAGTGTTTTTATTCTTTTGAAGCCATTCTCTGGCACCTGTCTTCCAATATCCTGGGAAGTATAAAAAATGTTCAACAATCTTTAAAA-----AGTATCTATTTTGTTAGAC------CTTTTATACACTTTCCAA-----AAGGGAGGAATCAGTACAGTTTGTAGGA 

a score=1832
s danRer3.chr12 10314200 155 + 37038836 TTACCTGATTATAATGTGCCATA----TTTCCAGCTCTTCCATAATCGTATGCCATGAGCTTACTGGATTTCACAGCCTGTACAAAGAATACACAAAATATTTTTAAAAAGAAAGGCAAGCTACAAAGGAAACAGAACTTTCATATGATTT--GAGGTTGC 
s mm7.chr19     34196359 148 + 61223509 TTACCTGGTTGTAATG-AAAATAATTCTTTTCACTGCTTCCCCAGTCAAAAGCTTGAAGCTTACGGTATTTAAAAACCT----AAAAAATAAAA--------TTTGGAGGAAAAAAAAAACTTAGCAGAGATGAAATTTATAAAATAATATAAGAGGTTAC 

a score=-1720
s danRer3.chr12 10322992 387 + 37038836 gacactcttgaggtcattaataatataataacactaaaaatgaaatggttaaggcattttaggataac--caaaacaacatttcagatgttttacaatgtgctcagcctgctgctctgtccattcacacacgttttaatcatcacatgatctcttataacaaaatcatatgacctttttaatgcgcatgctggaat---ttgtttggtaaaagtgtttcg------accgcagtttatgagcatc--tattcttatcaaataaaaagtttatgctactctgttatgttttttatgggcattttctaaatatatgttcatctt--gaagtttccatcaacag-------gttttgtatgcgcacatccaaaatgcg--------tataaaaataggtggatggaaacgtagctattgT 
s mm7.chr19     27548780 393 - 61223509 GAAAATTTAGAGGT-ATAAATTAAGTAA-GTTAATTAAAATTAATTAGCTAA---ATATACTCATAACTACACAAAAGCAATTTA-ATATTCTCCAACTAGCTCATTTTGA----------ATTTTTATAATTATTGAAAAATACTTTCTCATTTGAAATAATAACTAGCCATCTAGGACATATGTGAGTAAAAATATAGTGTTTGTTTTAAATATTTTGTTTTACACAGCGAATCATTAAAATAAGTATTCCTTTGTTACTCAAATCACATGTT---CTCATAAGATTTTTATGTACAT-----GGATTAATGGTTATTTTCGTAGGTTGGCATATATAGAAGCATTGCTTTAGAGGAACATCTTAATTATGTGCTTTAGGTTAAACACAAAAGTTCATTGCCACAAGATGAATGC 

a score=675
s danRer3.chr12 10323379 18 + 37038836 GAGTTTTATTTAACTTTT 
s mm7.chr19     34201371 18 + 61223509 GAGTTCAATGGAACCCTT 

a score=3364
s danRer3.chr12 10323397 98 + 37038836 TTTTTACCTGAGCCCAGTGAATCATGTTCTGGACGGAGGTTCCTGCTGGACAGTGTGTCGTATACACAGGTGTTCTACTCTGAAAGAGAAAAAAAAGA 
s mm7.chr19     27404332 98 - 61223509 TTCTGACCTGGCTCCAGTGGAGAATGTTCTGCACAGACGTTCCAGCAGGTGTATGGGCGACATACACATTTGCTCTGCTCTGTAACAAAGCATAATGA 

a score=2962
s danRer3.chr12 10323565 180 + 37038836 ACCATGTTCAGGTTCTTCTCATCAAAACCGCAGAGAAGAAAGAAGACGTTTCCACACAACACACTCAAAGGCTTCCTGCTGCAGAACTCAGTGGCGAAAAACTTGATCAGTTCATTCTGAGGAAAAAAGTCTTTTTGACCAAAGAGATCCTACAGA------AGAAAAAAAAATCATTATTACAAG 
s mm7.chr19     27405731 186 - 61223509 ACCATGTTCATATTGTTTGTGTTAAAACCTCCCAGGAGTAAGATGATGTTGCTGCAGATTTGGTCAAGAATCATCTGGCCACAAAGGTAAATAAAAAGCTGTCTGAAAAATCTAGTCTGGTATAAAAACTCTTGTCTGCCAAATAATACCTGTAAAGAGAAGAGGTAAAATAATGTCCATGACAAG 

a score=-2727
s danRer3.chr12 10323745 597 + 37038836 TGAGGATATTATAACTTGCTTGTGGCTTTTAAGTTCATTTCAACATTTCTTTGTAGATTGGGCCACAATCATCAAAACTTTTAAATGAATACATCTTTGTTTTTCTG--------TGTCATTTTTGTATTTTCTGAGCAAAAAAAAAAAAAGTGTAAAAAATTGTTTACATCCCAAACAATCTTGTCATTTAAACAAAAAATCATTGTATGAAAT--------TATAAAGGACTTTGTTTGAGGATCACAGTTCAGCCCCTATATATGAAGCAATACTTTCTA--CCTTA----AACATTTCCCTATCTCTAGGTT-----CTAACCATTTGTTTTT----------AATTTCAGTTATAACCAAATT-TAGTATGATCACCT-ATTCCTTTTGGTTTTAATAAATATGGGTAGGAATAAATAAGTA---------TACCACTGTTCTGTTATACAGA--------------ATGATGATGGAAGCCATAATTTGTCATTTTTTTATTTTCAGAAAT---ATTATTTGACATACGAGTACTGTAGACTTTTACTT---------------------------------------GACCTATTATCCTTTCTAAAGAATAAATACAACATTTTAAAAATGTATTAACAGT------ATTAGGGTCAGAAGTTGAATC------ATTAAATATAAAAAAACACAGATTAGTCTTC 
s mm7.chr19     33480519 674 + 61223509 gtaaaagataaaAGCT----------ATTTATGTCCAGTTTATAATGGAAGTCTTGATTTTGACTGCAATATGGAATCT---------ACATATTATTGTTACAATAAGAAAGGTTTTCATtttta-attttttgagacacaaatacaattatatcattttcactttctctgctctccaatgttaccacttatactcctttacattctctaaaatctgtgaactataaagtatttttttaaattgttgca---cattcctaatatataaatacaaccttcacaagccatataatattacttgcatgtttatggtttcagggctcaccactgagttttgTTAAGTAGAAATAGTACTCACACCAAAAGTATGGTGTGAGCTTCTCACAAGAGTTGACTCTAAT--ATTTTTTTAACAGTACATACATATTTTGTATGTTTTGCTGTTATGTTATTCAAAGGATGTGATTTGCTATGAAGGTAGAAG----ATTTAGAAAAGCTTAGATGTTAGAAAATCTAATCATTTACTTCTCATGTATTAAAGAATTTCTTTTTTGTTAATAGAATCCATATTGTATGTGGTAGATTACATGGACCTATTCTTAATTTTAGAGTACAAGTGC--------TGAAATGGGTGATCAGTTACTTGATGAATGACAGCAGATGCATTCACTGAACCGAGTAGAAGAAAAGATGAA--AGTCATC 

a score=560
s danRer3.chr12 10324397 219 + 37038836 CTTGTACCCGAATGCTTTAAACTCTCATGAAATGCTCACAGACACAGACATCtcattcactcatttccctttggcttagtcccttatttattaggagtgatcacagcggaatgaaccgcctaatatttcagcatatgttttacccagtggatgcccttttagccataatgcagtactggaaaatacccatacactctcacattcacacacacactcata 
s mm7.chr19     33481237 201 + 61223509 CCTGTGCTCTTATGGTGAGAACT----TGGAAAGCAAGTATGCAAAGCAAACTTTCATTTTCATATGTACCAGACTAAATGAATTA--AATGAAAAACAAAAACAAATAAACAAAATGAATTGAAATTAA--------TTTACC----AGATACAGTTTTTATCTTAGCAacatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 

a score=4899
s danRer3.chr12 10324754 158 + 37038836 ACTGCTTACCCAAATCAGAAACTCTGGAATTACTGACAGTTTGGTCATCGGGCTTTTGGTCATCCCCACTGTGGCAACAGGAGCCAGTGCAAAGAACATCTTGATTTTGCTGGCCAGCTCAGGCATTGTGGAGAAAGCCATGAATGCTGAAAAAAAAA 
s mm7.chr19     27406004 158 - 61223509 ATCACATACCTTGATCATCATATCTGGCAGCAGCAGAAATTTGGTACCAGGACTTCTTGCATATTTAACAGTGGCTATAGGAGCTAAGGCAAAATACATTTTGATTTTATGAGCTAGCTCTGGCATTGTGGAAAATGCAATAAAGCCTGTAAGAGAGA 

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s danRer3.chr12 10324912 67 + 37038836 TGTAAAAAGGGAAGTTA--CACACCAACAAGTCATGCATAGCAAACAAAAAAGAAAAGTGT-----ACTGTAAC 
s mm7.chr19     34208461 68 + 61223509 AGAAAGAA------TTAGCTAGATCTTCAAGGAATTCCTCACAAAAGAACATGTGAATGGTCAGCCATTGTAAC 

a score=148
s danRer3.chr12 10325012 135 + 37038836 TGTGCATTGTATTTGCCTACTGTGCAAAAAAAATTCATAATGAACGACATCTCTGAGCTGATTTTCTAGACTATTGATTTGATGAATACCAGTCCAGAGCCACATTCTTACAGATCAAAATAATCCATGGGTAGA 
s mm7.chr19     34210183 106 + 61223509 TATTCATGATTTCTGCCTGTTATTTTAAAAAACTCTAC--------------TTGAAGTAATGTC-----------ATTTTGTGTATTTCACTTCTAAGACACATTGCCTTTGACC----TCTTTATTGGATACA 

a score=5765
s danRer3.chr12 10325157 133 + 37038836 TACCTATTGTTGTTCCCTGAGAATGGCCCACGTAAAAGATTTGTTCCTGGCCAGTCATCTTTGTGATGAAGTTTATCACTGCAGGAAGATCCTTTTTAGCCATTTCATCATGACTGCcatacgcacacgcaaa 
s mm7.chr19     27409278 133 - 61223509 TACCCATGGTGGTGCCCTGTGAGTAGCCGACATAATAGACCTTTTTCTGGCCCGTTTTCTGTAAGATAAAGTTTATCACAGCTGGAAGGTCAAACCTAGCCATTTCATCATAACTACAAAGGGAAAAGACAAA 

a score=4
s danRer3.chr12 10325290 47 + 37038836 cacacacacacacacaca-cacacacacacacacacacacacacacac 
s mm7.chr19     34210422 48 + 61223509 AACTCTTTAATTGAAATAGCACACAAATATAGAATAGCATGCAGACAC 

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s danRer3.chr12 10325337 416 + 37038836 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagagagagag-agagagagaaagagataaagagaAAAACAGATTTACAGTTCTGGAA-GGTACATTATTAACTCAACAGAGAATTCCCA-----AAATAAGAATGAGATTTGCATGTCCTGGAGGAAAT--------AGCAAAGGTTTGC-------------------AAGGCAATAATAAGAATA-----ATGCTAGA---GTTTGAGAGAGAACTATCATGGTTTCAAAGATATCATTTCCAAAGAGGaaataaataaaatataaatcataattaaatataCGA--TTACTATATACAGTTCACTTCAAAAGTGATAGTAATGATGTGTAATAC--AATGTTACAAAA--GATTACTATTTCAAAAATATATGATCTGATCTAATCTAAACCATGCATGTATCAAAAAAGAGATGAAAC 
s mm7.chr19     27555546 439 - 61223509 TTACCCTCAACCTGGTTCTTAGGCCCACATTCACAAACAAACTGAATCTAAGCCAAGAAAAGCATATGTATAAAGAAACATCTATTTTTACTTGAGGAATAGAAAACTAGGCACTTTA---ATTATTGCCAGTTATATATAAACCCAAATGCCACGTGTCTTTGGGGTAGTTGCTTGTAAGCAAAGGTTATCATTTTTTCAAGCATATATAATGGCTATAATCTAAATATAAACATGATAGGTACTTATGGGTGGATATTATTTTTGTTTTTGAAATATATTATC------------AGATTTAATAAGCACTTGTGTTCTACATTCGACTTTTTTATTTGAGGCTCATCTCTGTAGT-ACATTCTTCACAAGTAATCCAGAATGATACAAAAATGAGAACTCGTGTTGAAAAATATTTAGTGATT---TCTCAATTGTGCAC------AGAATGAACTGCAAC 

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s danRer3.chr12 10327166 148 + 37038836 gatttacatgtttagtcaatgcatagatgcaattagatatctgtattgcaatttacgcaaGGTGGTGATTCCACACTCAG--TCACAATGTTATCAAACTACACCTTTGTTAGTTTAGAATACAACCCTCTAGTGGTGAAATGACATGCT 
s mm7.chr19     34211920 148 + 61223509 GAATTCCTAACTGAATCTAATCACTTATGCAATCACTTGTTTAAATTTACCTTCATGACTGGTTTTAAATCCCTGACAAGCTTTACAACTTTTCAAGATATCAGCTCCCTT--TTTAGACAACTTCAGGGTACTCTTTAACTTCACCTGT 

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s danRer3.chr12 10327314 1159 + 37038836 GCGCCTTTAAATATGTTGAATATTACACACCACTTCCATAAAAATGTTAGTTTTGTATACCTGAACTTCCAGTATTCTTTCTGTCTTGGGTCAAGGCTGACATGTTTGCAGGACCAGGTGTTCCCGCGACTGTTCCCGATCCATACATCAAATCCAGCATCAGCTAAAACGAATCCCAGACTGTTGTTGGGCAGGTTTGTCACCCAGTTACTTCCAGCAGCGAGAAGACCGTGTTGGAGAAACACTACAGGCTTGACTTCTGTAATAAAAAATCAACGACAATAAAACTTTTAAGTATATTTATGTACTGTACAGATGGTGTGAAATGTAATAAAAATGACTCAATTA------AAGTATATGGGCAAAAAATACTTGATTAAAAAGTAAATATGTTCAGCTTTAAAAGGTTAGTATGTATTTATAGGGTAAATACTGTATAGGTTTGC----TTAAAATACCAAATGTCCAAAAAAAA---TTATACTTACATCTATCtacactacctgacagtattgtcgcctattcaagttttagaaacaacaaataataacttgacttctagttgatcattgtggtatcagaagtggctt--atattaa------aggcaaaggcctctagattacact--cattgtaccaaaatgaaatatgatcatgtcttgatttttaattaggacagtaaggtctggctttacttagacaaa----agtct------------tcacacttaacagaaataatgtacagtatagattataaagtcatgctgcagtggaaaagatttat-----------------tattgtgtctgactcccatgagcttggaagactgcatcg---atacatcaatgactcaaataacttatcaaagaaagc--------tgtcttgcaggactcccagagtttatcaagattctttggattaatcttca-atggctcctccatcttaccacagacactctcaa----------------taacattcatatcaggtgactgg---gctggccaatcctagagcaccttgaccatgcttgccttcaggaactgaaggctgaagtattaggagccctatcttgctgaagaa---tttgccctctcctgtgg----tttgtaatgtaaagggcagcacaaatgtcttgatacctcaggc---tgttgatgtttccattcactctgcagatctctcacatgcttccatactgaatgtgaccccaaaccatgatttttccc 
s mm7.chr19     27410117 1145 - 61223509 GTGCTTCAGGGCATGTCGG----TATCTACCTCCACCCTCAAAGTGTT-----CTTGTACCTGAAAGCCCAGAACTCATCTTGATCTATGGAGAGGGTCTTGTGCTTCCGAGACCAGGTGTTTCCTCTGCTGTTTCCCATCCACACATCAAAACCTGCATCTGCCAGAATAAAACCCAGGCTGTTGTTGGGCAGGTTGGAAATCCAGTTGCTAGCATCCCCAAGAAGACCATGTTGCAGTAACACCACTGGCCTGGATCCTGCAAACAAGA------------GAAAATTCCAACTGGTTGAGTGTTCTCTGCTCTTCTTGCTTTCTCTAAATATAAGGACTTGCATACCAGAGAAATCTACGCGCAAACCTTTCTT----------------TTTATTGCTT------GCTAGTTTGATTTTCTATAGTCAATTATTTAATGTTTTACAGTTTTAATTTCCTCCCCGTCAGAAAATAAGATTTTTGTTGCAAACAAACTACAC------AAGGAACAGATGCACACT-GCCTGTTAAAGGAAAAAAAAAAGCACTAGAATTC-AGTT-CCCATTATTGTTTTTGAGGAACTTTTAGTATTAAACTGCTAGTATTATGTCTTCAGAAAATATTAGAACTGTTTCAGAAGAAGGTACCATAATGAC--------------GAACACACACATACATATGTACATATATAAAAAATAGTCTAATGGCAAAGACCCACACTTGAGGGAAAT--------------GTTATAag--ctgggtgtggtggcacatacttataacactagaactgaggagactagttcagacgatcatgagttt-gagaacagccttggctacacagcaagaGGTCATAAAAATTAAATAAATGAGTAATGGTAATACATTACAGCCCACTAGGTAATAAGCAGAGCTGTAAGAAT--ATCATCACATGGGGGCTGTATTGCACACCAATTGGACTCAAAGGCTTTTTAAAATGTCAACACTCATGCCGTGTGACCAGTCAGCAGCCTGTGTATACAAACTTTTGACCCTGGTTACCTCTATACCCAGTAATCAGCA-----CAGACACTTGACAGGAAGAAGGACACCTTGCCCAAGCCTGTAGGATTTGTGGAACTTAATG--------AAAAGCCTCTGTTCCCAGGGCACTCATTGATGTGCATACTTCGttccttcatctcacagatacatctat--------tagcc-----ccatgactattccc 

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s mm7.chr19     27412594 276 - 61223509 ACCATACCTTCCTTCTTTAACCGTGTCTG--TCCCCGAGGGATTCTGTTCACAGAAAGGATGTACCCATCTTCCGTTGCAACTTCATACTCCTCACTGGGATAACCCTTGTGTTTGATGATTTCGCTCT---AAGGAAAAACAAACAAAAGCCTCAATA---TTTATTTAGACTTCAGGTCTACATGGCCACAATCCCAACAACTCAAG---------GGTAGGAGTAGCTTCTTTGGCATTGCAAGAAGGTCCTGGTCTCTCCCTAACTGACGCTACTTAGGTCAAACCAGC 

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s danRer3.chr12 10343271 256 + 37038836 gcaaattgttttgcacacacattgcatgcacacacatttatatatatatatatacacacacacatacatacatacatacacacacacacacacacatatatatataGgag-atttcccagtcgcgacgctgcagaacgacggctaagctc--tcgaggatcaTCTT-------------------ACAGAGATTCCTCTTTCGCACGGCCACGTAAGGACAGAAAGAACATCTTTAATAATTCACGCTAACGCAAGCAGAAGAGGAGCTTGAATGGG---C 
s mm7.chr19     33384989 269 + 61223509 GCACATTATTGTCCTCACAGTGACCAATGAAAACCAAGTTTGTTTGTTTATAGAAACACATGTTTGTTCTCATAGTGACCAATGAAAGC---TACATTTGTCTATAGAAGTACATCCTTATCCTCAGAATTGCCAATGAAAGCTAGGTTCCTTTAAGCTCCAGCTTTAATCATTGGAATCAGGGAGCTCTGATTGCTCTTTTG-ATGGCTCAGTTTGGA-----AGTGCCTTTTTAGTAAGTCAT--TGCCTCAAGGTGCTGAC-AGCTTCAGTATGTATC 

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s danRer3.chr12 10343527 180 + 37038836 TTGTTCAAATCTTTAGCCA----CTCAAGCTAAACTTCTACCTTACCT-TCATTTTTGTTTTTGACTCCATGTGGGATTCGATTGATGCTCAGGATGTATCCGTCTTCAGTGACCACCTCAAATTCTTCAGCAGGGTAACCCCAGTGTCTGATAATTTCACTCTGCAAGAGA---CAAACAACAATAA 
s mm7.chr19     33216788 183 + 61223509 TTGCTGAGAGCTTCAGTATGTATCTCACGCAGATCTT--ACCTGAACTATTAGCATTGTTCTT---CCCATGAGGAATTCGGTTAATTGGAAGAATGTAGCCATCATCAGTCACAACCTCATATTCTTCACTTGGATATTCCCAGTGTTTAATAATCTGACTCTACAAGAGAAACCATACAATAATGA 

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s danRer3.chr12 10343707 137 + 37038836 ACACGAGTAAAGTCCATGTGAA--TCATGACAGCATGGAGAAATCTTTAAAAACGCACGTCTATGTGAGATAGTTGAAACTCCATAAAACACTCAAGTGAGTCAT--TCTCTCTTTAAACAATACAAC--ACTTCAAACTAGC 
s mm7.chr19     27412739 131 - 61223509 GCCTCAATA---TTTATTTAGACTTCAGGTCTACATGGCCACAATCCCAACAACTCAAG---------GGTAGGAGTAGCTTCTTTGGCATTGCAAGAAGGTCCTGGTCTCTCCCTAACTGACGCTACTTAGGTCAAACCAGC 

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s danRer3.chr12 10346704 308 + 37038836 TGACTTGATCTATCACCTGATTGATAATATACAGGGTTTTTTGTCAAGTAAAAAGTCTTTTAGTATAATTTCAAAAATATCCGTCATTTGTCTTTTGATTT---TATTAAGTAATGTAAATTCGTGAATAACTTGAATAACTTGTTAGTAACATTT---GAAAA-------CAAAAAATACTGGAATT-------AAAGA----------------ACTTGTATTTGAGGAATG--TTTATTTGTGCTCTCTTAATCGTCATTGCATTG--------TATCATAA--GTCTTCTA----------TTCATTTTAACAGCAGGGCCTATTTGataaaattaaagaaattatatatatatatatatat 
s mm7.chr19     33394427 348 + 61223509 TGACTTCATCCAAAATTTGCATGATTATTTCTGGGATATTTTTATAAGTAAAGATTTTTAAAATTTGTCTTTAA------TCTTTAATTGCAGTCTATATCAAATAGAAAGAAATGGAAATTT-TCAATATGTAGGATAATT-----ATCATATTTTCAGAAAATACCCATTAAGAAAGAATGAAATTATATCACAAAGATAAATTATTTATTTACACTGCAAATTAGGAAATGAATTCATTGAAGTATTGATAATCAT--TTAGATTGTGCAGATTTATCAAGATCATCTTCTAAAATCAAAGGTTAACATACTCAAAAAAGCTTAT----CAATATGTAGGACATtatatatatatatgtatat 

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s danRer3.chr12 10349007 619 + 37038836 ATTACAGGCTATATATACTTACAATGTTCATGTTAACTTCGGGGTCCAATCCTGTCCCATCCAGAGCCGACTGGCCATACTGAACCAGTCCAGATGTAAGTATTA---CCAAAGACAACACCAGCCATGACATCTTTCTGTTGAATGCAGAAAAAAAAAAAACAT----ACAGAATATCTCAACACA---CACTATACAAAATAGTTTA--AAAGCTATATGGTTATCTTTTGCAGCAATC---------AGTTCACATGTTGCCCAATATGCACCTTTT-----------GACTCTAAAGTAAGCATAC-CATAAAAAACACAAGGTGCAGCAAAATCCTTGTTTGCTCAGACAAAATAACCGGTCAAAGTTATTATTGCTAAACACAGTGGTTTATGATATCAGGTTGGAAAATGTTCACCTTTTTATTTACTTAAATGTGAACAATCCTGACATAATGAAAATTGTATTTGGGTCCACTTTAATTATGCATCATATCGATAAAGTAAGGTTTAATTTTACAACTCAGCGTTCACTCAAAGAAAAAGTAATTCAAGTAGCACATCTG--AATGGTTTTAAATGAGTTTTTTTTACTTAAAGA-------ACGACTTTTAGAACAATGCAAGATGGAACGAAAAATGAAAA----ATGGCAGGG 
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s mm7.chr19     33223455 385 + 61223509 GTGTGTAAGAGGCAAGATATGGAACACAAGGAATGTACATCCTTATCAATGTAGTTATCCCAGTCTACGTCATCAAAAATTTGCATGATTATTTCTGGGATACtttaataagtaaatattttttaaaaattGTCT-TTAATCTTTAATTACAGTCTATATCAAATTGAAAGAAATGGAAAATTTCAATATGTAGGATAATTATTATATTTTCAGGAAATACCAATTTAGGAGAAATGAAATTATATCACAAAGATAAATTATTTATTTATACTGCAAATTAGGAAATGAATTCATTGAAGTATTAATAA-----------TCATTTAGATTGTGCAGATTTACCAACATCATCTTCTAAAATCAAAGGTTAACATACTCAAAAAAAGCTTATCAATA 

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s danRer3.chr12 10351452 123 + 37038836 ATGTCCCGAGTTCTTATAGTTGGGGCTGGACTCACAGGTAGTTTATGTGCCTGTCTGCTGAGGAGGGAACTGCCAAACAAAGTTAATATAGTCGTGTGGGACAAATCTCGCGGTGCAGGTTAG 
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s danRer3.chr12 10353516 139 + 37038836 AGATGTTTTTGCATTAATGTTATAGGGGGTAGAATGTCCACAAGCAGAAGTCCAAACAATCCTTCTTGCTCGGTTGATCTTGGAGCTCAATACATCAGTGCCACACAGTACTATGCTCAAATTCACAGCAGGTGGGCTA 
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s danRer3.chr12 10353764 183 + 37038836 TGCATTTTCTTGTATTTCCAGCTTTTATGAAGAACTCCTAGCGCAAGACATTTTAAAACCCCTCAGTGCTCCTGTTGAAGGCCTGATGGTAAAGGAAGAAGGAATGGTGAACTATGTGACACCTCATGGGGTCTCCTCCATCGTCAAACACTATCTCAAAGAGTCAGGTATACACTGTACTGT 
s mm7.chr19     28132210 180 - 61223509 TACATTTAATGATTATTTCAGTTTTTATGAGGAACTGTTAGCTCATGGAATTTTGAAGCCTCTGACATCCCCCATTGAAGGAATGAAAGGGAAGGAAGGAG--ATTGC-AACTTTGTGGCACCTCAAGGATTTTCTTCAGTTATCAAGTACTACTTGAAAAAGTCAGGTGGGAAATGGATTTT 

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s danRer3.chr12 10360983 430 + 37038836 TTTTGTCTCTTTTTTTGCTCCTTGTGCAACATTGCCAACTGTGCCCTTCCG----CACTCAAGCAGGAGCAGAGGTTTTCTACAACCGACACGTCACTCACATTCACCGGAAAGACACTGGCTGGGAAGTGTGTCGCAAAGAAGGAGCTCCAGAGCGGTTTGACGTAGTGGTTTTAACCATGCCAGTTCCCCAAATCCTCCAGCTGCAAGGAGACGTGGGTTCTTGTGAGTA-------CATTACCACATCGCCGCAGACACATATAAACACACACT--TTGGCCTTAAAATTGAAATATGACTTTTGGTTTT-GCTGT-CTGCCATTGTTTCTGCTGAAAATGCATCCCAGTGAAGTCTCATCATTTTTTAATTTGGTCTTATTTCAGAAATATCCATAGAAGATTTCAAAAGTTATTCAAAATTCTCTATTAAGTGAACTTCT 
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s danRer3.chr12 10452243 286 + 37038836 GCAGAATCAAAAGTCTCCGGACCTTCTGTGGTGGTCCACACCAGTGTGCCCTTTGGCATCCAGCACTTGGAAGAGGAGAAGGATGCTGTGCAGCCCATCATTCTGGAAGAGCTGAAAAAGCTGATGCCAGAGCTGCCTAAACCTGAGAGTGTCAAGTGTCAGAAGTGGAGATATTCACAGGTTAGTCTGTTTGATAGAAAGTGAACTCACTTATTTTCTTCTTTTCCTTATC---TAAATATAT-------TCTTTGGCAT--ATACAGTATGGGCATATGCATATTAAATTTCggta 
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s danRer3.chr12 10459475 223 +  37038836 TCCATACTCTCCCCCCACTCACTTGGCTTACAacacacacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGACTTACAGTAGTACTTTATGCATTCACACACTGTGTGGGACTGCACCCTTTCACACACAGTTGCATTCTCTcacacacacacacacacacacaGACGTTCTCTTTGGAAGCCCCCACACTCTCAGCTCCTCTGTGACATGCAG 
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a score=2613
s danRer3.chr12 10459795 273 +  37038836 GCACACAAAGCTTACTAacacatacacacacacatacatactcaca------cacacacacacacacacacacacacacacacacCTGTGCACATGCCA---------GTTCCTGGTCATACACACAGAGG-GCATGAAGTCCGTTTCCTAGTCAC-------TGGCCACAT-----------CACAGTTTGCTGAGCACAAAT-----CAGCAGCACACACT-CAAACTCACCACATG--------------------TCAAAGTCATTGACTCTAATGGCTGGAAAGGCT------CTTCATGAGTCATGACTTTCAATCTACTGTAAATGTAGACT 
s mm7.chr1      92688096 328 + 194923535 gcacacaga-cacacaaccacatacaaacacaaacagataagcacagagagatacagacatatacacacatgcagacacacaTAGATGTATACAAGCATTACACACATGTGCATG--CAGGCACACAGAGGCACATA--------CTTCTAGACATAGGATTTTTGCTCCATTTTTTTTTTTGCTCCATTTGTTACAAACAAATGGTCCCAGAAGAAGATGATGCGAGTTCTAGACATGCTTCTTCCCCGTGTGTGGCATCAAAGGGACACCATGTAGCCTTTGTGTACTCTATGTGGCTTTCTGAGTAATGACATCCATTCTACTGTAAGTGTTGACT 

a score=6908
s danRer3.chr12 10475484 211 + 37038836 TTTGTTGTTCCCTAATTAGGTGACAAGATCGGTGGCTGATTGCCCAGGGCAGATGACAGTGCTCTCCCAGCCTCTGCTGGTGTGTGGGGGGGACGGATTCACACACTCCAATTTCGACGGCTGCATCGAGTCTGCCCTGAAGGTCTTTGCGGTTCTGAAGTCTTCTCTTTGAAAGGAGGTTGGAAAAGTATGCCTTTATTTTTGGTTTTTA 
s mm7.chr19     28383997 193 - 61223509 TTTATTTTTGCTTTTCCAGGTTACAAGCTCAGTTTCCGACAGACCTGGTCAGATGACTCTTCATCTCAAGCCTTTCCTGGTGTGCGGAGGGGATGGATTTACTCACTCCAACTTCAATGGCTGCATCTCCTCTGCCCTGAGTGTCATGAAAGTTTTAAAGCGTTATATTTA------------------GTGTCTGTGTTCTTGTTCTCTA 

a score=5143
s danRer3.chr12 10540671 525 +  37038836 GCTAAATAGCACCTCAACTACCACAAGCAACCACTGAAGAACCTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtCCAAAGCTATAAACTACATGAGAGTATTTTGGAATACAGT-----GGCTAAAGGGCAAGAATCGTGCAACATACCCCCACTGAATTCTACATTTTAGTGTAGAAATTTAAATTGAGAAAAAACAGGTTGATTTGCAATATGCAA--TATGCTACGAATTGTTTTCATTGTTTTAAAAATGTCTAAATAGTAAAAATTGGCATGATTAAA--AAATTAATGAGGCCATGGACCACAAAAGCACCATGGGTATATGTGTGGCAATAACCAACAATTTCTTGCATTTTTATTTTATGC-----------------CATAAATCGTTAGAA-TATTAAGTAAAGGTCATATCCCACAAATATATTTGGTAAATTTGAT 
s mm7.chr4      19301845 481 + 155175443 GTTAAATAAGAGGACCACAACAAAAGGGAAACAAAACAGCATCCAtgtttgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTCACTCTTGATTTGGTTTG-----GTTtttgtctgatttgatttttatttgtttatttgtttatttgtatgtctatttgtATTTTCA---------------------TGTTTTGGTGTTTGTTTCTTGGTTTTGGGGGTGAGAAGAACATAAAAT---------------TAGGTGTATGTGGAGACAGGGGGATCTGGAAGTAATGGGGGGAAAGGAAATGGTCAAAATATACTACA-----------------TAAAACTTTTTAGTTAGAAGTAA-----ATAAATAAGTGAAATTAATGAAAACA------ATAAAAGCACCATGGGCATCTGTGTGGTTTTAAAATGCAAACTGCTGGAGCTTCACTCTAGGCTGAGGTTGAAGAAACCTCATAGAGAGaaataattattaa--aaaagtaaaaagtaataaataaaatttCTGAACCTAAT 

a score=16562
s danRer3.chr12 10550608 814 + 37038836 agaataaagaacaataataaaagtttgcaaccacatgatggtgagcacatttgaatattt-ggtggaaccatccctttaa--AAGATGAA--ACAAATACAGCAAACTGCACAAGTTAAATGCTGTCAAACACTGACAAGAATGAGACTTTATTGGATTTTATGTGGAGTTTATAACACTAAGA--TAAAGGGCAGTTTACACATACAATTACAAACAAACATGTGATTTGTATGAGCAACATGATTACCTGTACAATATTTCATACATGGTTGGTTTGTGTATTCTCAGTGCATAGGCATTACACACAGAGCAACTGTTGCACAGCACAATAGTATCTGAACAGGCTGAAACAGAGTAAGGCTGTTTTCTTAAGAGACCAAA--GATAAACCGTGTTTATATTATGTGAACGTAAAAGAAAACCCTCTGGGGAAGAGAATGGTTTCTAATGAAGCATGGCTGACGTCCAAAG----GGCCCCCTTCTTTCAAGTCTAGCGGGACGATTTAGTGCACAGTACCACCCCATCCATCCATCCGCACGCGTGACAAGACGTCCTGCGACAGTTTTTAAAGCCAGTACTTTCTCTTCAACTGTAAACGAGAGGCACTTTGTGGCAACCACAGGCATCATAAACAACATATTGCACAAATCAGCTAAGAAAGAGTGACGTGAGACATATACACACTGGCACCTTTGAAGACGTTTTGTTTTTCATTAAAGCTGAAAATTTATTTTTCATGCTGCCTGTGAGCTCCACACAG---------CCATGCCACGGACGGGACGTCTGAGGGTTTGCATTTAAA----------GGTACTGTGGCTAAATTGTCAA 
s mm7.chr19     28701179 722 - 61223509 AAAATAGAAAAATGCACAGGAACTTTGTAATCATATGTGGCTGCCCATTACTGAACATTTTAATGGA--------TTTAAGCAATTTGAATTATAAATACTCTCATTT-----AATAAAACACC--CACACAATGACAAGAATGAGACTTTAATCAGTTTTAAGTGGAGTTTATAACACTAAGAGATAAAGGGTTGTTAACAAACACAGTAACAAATGGACATCTGATTGGTATGAG----------------GCATTATCCTGTACACGTCATATTTGTGTATCCTCAGTGCATAGCATTTACACACAGAGCCACTGCTGCACAGCACAAGAGTATCTGAAGAGGCTGAATCGGGGTAAGGCTGTTTT----ACAGACTGGATGGTTTTAGTATATATATTCTATATGAAAACAGATCGAA--CTTTTGAGCTGGCAGGTAG-----AAGGCAACTCTGCCGAATACTAGAGTAAAAGCCCCCC---------------------GTTTAGTGCACAGATCCACC----CCTTCCGTCTGCATGCACGACA-------CATTAACAGTATTTAAAG--------------------GTAAAC--GAGGCACTTTGTGGCAACCACAGCCATCGTTATGAACATATTGCACAAATTTTCTAAAA----------CTAAACATGTA---------ACTTGTAACCTACTTTTATTT----TTAAAGCTGAA-----ACATTTGATGCTGCCGGTAAACTCCACTTAAGTTTATAACCTGTGCCACAGCAAAGAATGGTGACGCTATTTAATTCAACTACCCTTTTACAATTATGGCAAAAATGTCCA 

a score=-368
s danRer3.chr12 10551422 159 +  37038836 TT------GGTTTGGGGGTTAAAAAGAGAA-----GAACATTCGGTCATGTACTCACCCTTACGTCATTCTGAATCTGTATG----TGTAAAT-GACAAACTAAAGTAGAAT----AAAAGTCAATAAGGTCCAACAACAAAGTGCATTTT----------TGGACGCTATTGACAAAACGGTTTAAAT 
s mm7.chr9      57298575 188 - 123828236 TTACAGAGGACTTGGGATGTACAGGGCCCAACTGTAAGCCTTCTTAAAGGTGAT-GCCTTCAAGTCATTTCAGACACGTAAGCTGCTGCACATCCAGAGTCTAAGAAAGCATTCCAGAAACACGGGAGAGATCACCTACAGAATGCACTTCAGGCTAATCGTGAATACTGTCAGAAAGAAAGTTTGAAT 

a score=1836
s danRer3.chr12 10551733 63 +  37038836 AAATAGTCGCTTTATTCTTTTTTTTTTCTATTTTGTGTTTTCTTAAAAAAGAAACAAAAACAA 
s mm7.chr9      57302781 62 - 123828236 ACATAGCAAACCTGGTCTTTCTTCCTTTAATTTTTTCTGTT-TGAATAAAGAGACAAAAACag 

a score=876
s danRer3.chr12 10551819 142 +  37038836 TTTGATTCTA----TTAGGATGCACAGATAATATTAATGTATTT-TCATTTCAC--CTATATTCTCCTACA---TTGATTGCTGTAAAAGCA--TTTACAGAGAGAGAGGGGGGGGGGGGAACAAAAGCAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAATAC 
s mm7.chr9      57302864 149 - 123828236 tttaatcccagcactcgggaggcagaggca-----ggcggatttctcagttcgaggccagcctggtctacagagtgaattccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtcttaaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaaaaacaaaaac 

a score=1272
s danRer3.chr12 10551961 147 +  37038836 TGTGGACCACTGACTGAAACCCTGCAAAGACCTGTAACAGTGCAAATGTCTAGTACAATATGTTGCTCTATTATAGTAGCTTTAAATAAGTCAGTGCTTGGGCAGAATGGTAGGTATGAAAGCAGTAGAAGAGTAAGCATTGTCAAC 
s mm7.chr1      84894287 141 - 194923535 TGTGCCCCACTGAGGCATAGCCAACAGAGACAGGTAGCATGACAATTGTCTGGTCCCTGCACTCCCTCCAATG-ATcaggattatctaa-ccaataccagggtaaatcagatg--actaaagcaccaggaaag--agtacagccaac 

a score=9388
s danRer3.chr12 10553758 823 + 37038836 TTACGCCGTGAACATGTATTTACATAATA--GCTACTGACGCTGTTTTCTCAAGGAACATCAGTGTCGATACTTCATGGAGAGGGAGGGGGGGAATGAACCAAAACAAGTCAGCATTTTTGTCCGTAAACTGGTGGCATTTGTGATGTGTTCTAGTTCTGCA--TTGAGGGGAGGTTGGaaaaaaataaagaaagaaataacaggggtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaGTACTTGCTTTGAGTTCATATTCAAGTTTTCTCCTTTATACAACTCTGTTACGCATGTTTACTTTTTTCTTCCCATAA----AAATATTTCAAACTTTAGTAATCTGT---------TCTTCATCGTACTGTTCATTTTCAGGGTCTGAGTCTGTTGTGTCCGAATAACGATAATGGTCCGGTTCATTATCGCTAACATCCGGGGTTACAGAAGTAGAAGTGCTGGCCTCTGAGTTGGATGGTTCCTCCACTGTTTTCGTAAAAAACATTTTAACCTAAAAGAAAAACAGAGCACATTTTAATCCAAATGAACAGCAGTATATTTGGAGATTTGAACTGGATGAGTCTTTTAGCACAGTTAAACACACATCTGAATGTGCTTTA--------CATtaagcatgggccag--tataagat--tctgacactatgataatcttggattaaaaaaaaaaat--ctgtttgacagttctttttaaatgtttggataaaaacaaaacaaaaatgtcccctttgagcacaatatattttattttaaaaaacatttaaaagattttggaacagtagctaaacaagtcaggctaaataattcaaatcaatgattagatatggttccattcaaaaa 
s mm7.chr19     28704340 736 - 61223509 TTTTGACACAAAAAGGTATATACATGACACAGCTACACAACCTTTTTTTAACTGGACAACAAGTGTCAAAACCCTGTGGATGTATAGGG------TAAAACAAGATTGGTCAGGA----------------GAAGAGAATTGT------TCCTATAACTGCAATCTGACACAATGTCCTATTGCCATTTaaaaa---------------aaaaaaaaaaaaaaaaaGGTCC---ATTTCAGTT--TATTCAAGTTTTTTTTTTT---------------TCATGGTATTTTATCCCTCTTGATAAGAAAAAAAAAATCAGACTTTTGTAATTTGTGAATGCTGATCTTCATCAAAAGGTTCATTCTCTGGATCAGAGTCAGTGGTGTCAGAATATCTATAATGATCAGGTTCATTGTCACTAACATCTGGAGTCACAGAAGTTGAACTGCTAGCCTCTGGATTTGATGGCTCCTCTACTGTTTTTGTAAAGTATAGTTTCACCTAGAGAAAGAA------AGTTTAAGATGAAAATGAACA--ATTAGAAT--GAGTTCTGTATTAGCAAAGACATTCTGT---TTTGCAGATTTACTTGAAAGTACTATAACAAAATGAATTCTGAAGGGCACTGCTTTTCAGATGACCTGAAGATTGACTACTGTGCTCTCAAAAGACACAATGATGAGTTGAAAGCTATTTTTA----------------------AAATACATCAGCCATAAGCACTGTATA----ATTCTATAAAA------------GTGCAAACTGAAGGCAATGAACTCA--CTAAATCACAAAATTCAAT--TTACAAGTGCTTATGTTTCAAAA 

a score=10936
s danRer3.chr12 10555319 250 + 37038836 ACTTACTTTAAAATTGGGAGAGAAGTATCTGTTGGCTTTATCCTTGTTCGCTTTATCCAAATCCGTCTTACTTAAAGTAAGAATTAAATAGTCTTTGTCATTCTCTCCTCTCTCTGCTGTTTGTATTCCATCCAGGTCCT--TCACTAA-ACCTCCATTTTCCACTTTCTCTGTGCTCTCCTCTGACCCAGGGATGAAAAAGGTGTTCACCCAGAAGTGGAACATTTTCTCCTTTAAAAACAAACAAAAGAAG 
s mm7.chr19     28706555 253 - 61223509 ACTGACCTTAAAATTTGGAGAGAAGTATCGGTTGGCCTTGTCTTTGTTTGCTTTGTCAAGATCGTTTTTTGTTAGGGTGAGTACAAGATACTCCTTGTCATTATCTGCACGCTCTATACTGCAAATGCTATCGATTTCCTGATCACAAAGACTTCCATTTTCCACTTTTTCTGAGGTTTCCTCTGGTCCTGGTATGAAGAACGTATTTACCCAAAAGTGAAACATTTTGTCCTAAACAGAAAAGAAATGGAAG 

a score=11062
s danRer3.chr12 10558022 400 + 37038836 taagtaaatagatataaatCTGATTAAAGAAAAATTAAATGTCCTCCCTCTTAGCATTACAGCTAAA--AGATGCTGTAATGAAAAGCAATAAAGATCTGCAAGTACACACTA------GGCTGTTT---------AGAACGAACT--CATACCTTCTTCATCATCTTGTTTTGTTTGTGGAAGAACTCCACCTTGATGTCCCCACACACAGGCAGTGGTTGAGGAAATTCGAAGAACATGTACTTCTCCTCTCTTCTTGTGTGCGCTGGGTTTGAGGTGTGAATTTTCACCTTCAGCTGGTACACCACAAACTGAGGATCTGCAAAATAAAGTGATGTGTAATTGCTGTTCCGGCTATGTGCAACAAACAACTGTGAGCTTATGAATAACTG--TTAATGTGAAACAAAAGAGAAGCATA 
s mm7.chr19     28708893 402 - 61223509 TAACAAAAGAGTAATCAGTTTGGTAGATGGCAGAGAAATAGTCTCTCCTTACAGAATAATTTCCTAACCAAAGGCTTTAAGCAAAAG--------GTCTGTGGTTACTCATTGAGGAATGGCTATTTCTACACAATAGAACTGAATTGCAAACCTTTTTGAGCATCTTGTTCTGTTTGTGGAAGAACTCTACTTTGATATCACCACACACAGGCAATGGCTGAGGGAACTCAAAGTACATGAACTTGTCCTCCCGCCGCGTGGGTCCTGAATTGGAGGAATATATCTTCACCTTTAGCTGGCAGACCACAAACTGAGGATCTGTGTGGTTAAAT-ACATATAGGATCATTTC---------ACAAGAAATGTCT-TCAACTTATCAAAAACTACTTTAATGATAAAATAAACAGAAATATA 

a score=10070
s danRer3.chr12 10562484 157 + 37038836 TAGTTCACTTACTGCAGGTCCCTCCACTGAACATAGGCACTGTCTCAAACACCATCTTGTGAAAGAGCAAGGCCACAGGTTTGTACTCCAGCTTATTCCTCAGAAGGTAGCTATAGTAGTATACATATCGCCTCTGACTGGGAATAGTCACTCCCTG 
s mm7.chr19     28712772 157 - 61223509 TAGAGCACTTACTGCAAGTTCCGCCACTGAACATTGGAATAGTTTCAAACATCATCTTGTGAAACAGCAGTGCCACGGGTCTGTAATCCAGGTGATTTTTTAGCAGGTAGCTATAATAATATACATAGCGCCTCTGACTGGGAATTGTGACTCCCTG 

a score=13662
s danRer3.chr12 10566835 823 + 37038836 AAAATCTGCATATCAAC---TTTTTTAAAAACAAAATGCAAAGCAGAAATATGTTCATATATATTTCTCACCTTCTTGTCTCTGGTCCTAACTTCATCGTAGAAGTCCAGAGCCTCTTGTGCTTTTTTGAATTTGCCTCGGTGTAACAAGTACGCACAAATCATGACACCCGTTCTTCCCTTTCCAGCTTTGCAGTGAATGGCAGCCACATGATTGTCATTTTCACTGAGCCATTTATCCAAATCTTCACAGAAAGGTTTAATGAGCTCTAGCTGAGGAGGATTGTGATCCTCAAATGGATACTGTGCAACTGC----AAAAGATAA-------ATAAAGAGA-----------TCATTGAGAGAC-------------------------CATCAAC------GTTACCACACAAAAACTGACATTTATGCAATCCAAGCCTCTTACCTCTGCAGTTAAATTTGGCAGTATCGTAATGTCTTTCTGCACATCTAAACAACACAAAGTAAAGCAGATAAGTACACAAGTTCAACATAATACTTTTCTGCTTAG---------AACTTTGCACCA-------ATGCCAAAACC-AACAGAACAATCGGAGTTAAGTAAGGGATCTATGTGCA-ATGACAAAGCCCTCCATTCACAACGATCAAACAGCCGCCTTAATCTTCA-----AGTGAACATGATTGCAGC-TTTCAGAACATTCT-AGCAGTAAAAGCAGTT--TGATGAA---ACCCATTTACAAAACCGA-------TATCACAGAACTGAA--------------GTTTTTGAAACACACTTACAGGTTATATATCTTGTAATGATCTTTATGCTTTGAATCAAGAAACCTGCAAAACAAGATAGAACAAAAG-----------------CATGTTATAGATTTTAATTAAAGGAATAGTTCATCCAACA 
s mm7.chr19     28724457 894 - 61223509 AAAACCTGTTTCCCAATAAATTCTTGGTCCACAAAGAGGGAGGAAGGAAAAAGTAAACAG------CTTACCTTTTTGTCTCTGGTCCTTACTTCCCCATAAAAATCTAGGGCCTCTTGTGCCTTTAAAAATTTGCCCCGATGCAATAAATATGCACAAATCATTACACCAGTCCGTCCCTTTCCAGCTTTACAGTGAATTGCTGCAACATGATTGTCATCTTCACTTAGCCATTGGTCAAGATCTTCACAGAAGGGTTTGATAAGTTCTAGCTGTGGTGGGTTATGGTCTTCAAAAGGATACTGTGCAACTGTTGCAAAAAGATAATCCCAGTGTAAGaaaattttaaattttttatttaaaaaCATAGGTTAACTTTCAAAATGTTATATATAAACTTACTGGTTCTTAAAAGAAGCCTAACTTTCAGGAAATTTTAATTTATTAC-----TAATTAAACCTAGATTTTAAAGAAAGTCTTTTATTAATTCTTAAATGCA-----TTCATTAGACATGGAAACAAG-----CATTGTGCTCTTCACTCCAGGGAGGATGAATCTGTGCATGAAGGGAACACGTCATAGCCTATCAGTACAACT-------------GAATCCAAATGCACGTCACCCAGGCCTC---------TTGTCAAGTAGTAACTTCTATCAGGACCAATAGCAGATATTACTACAGCATTGCCAGACATGCTCCGAAGAAAGTATAATTACTAATAGAGTCAACTATGGAAAAGACTGACTTTTCCTATCCCATAATAAAATTACCCAGTGACTTGTTTTTAAAATGGTCTCACAAACATTATATT---------TCCATATACATGAGATTAAT-CACTCACAGAAAAACATACAACTGAAGTAAagtttatagcaaattaagtttcagatttttttcacatgaattaagaatctaaga 

a score=1084
s danRer3.chr12 10567680 128 + 37038836 AAAAACAAATGAAGGTATTTTAATGGAACTGGATTTCTGTTCTTTCATTGAAAGTCCT--TCAAAATAGT-TATGCTTAAATGTAATCAATCCGAATCAAGTGCTTTAAAGCAAGTCTCCTGAAATGGACT 
s mm7.chr19     28725385 117 - 61223509 gaaggcaa--gatgctattatctagaagcaagacttccgttctatcactactggtttttatcttactagtatctgttttgat----tctatcctattgagatccttaaa--------tcctggtATGAACT 

a score=1892
s danRer3.chr12 10570639 123 + 37038836 CTTAAATAAAGACAGATAAAAAAAAAATTGGTATTAAATCGATTATC--AGCAAACACTCA-------TTTTAGCATCAGGATCAGACTGGTTTGTTCCAAATAAAAAATGAATTAAAAAAAGAATAATGCA 
s mm7.chr19     28729184 132 - 61223509 CTAAAATAGAAGATAGCAAATAACAATTTGGATTTAAATTTTTCTTTGTAATTAAAACTCAAACGATATTTTTGTCCTTATCTTAAATTGGCTTATATGAAAAGAGAAATGAAAAAAAAAAAAAACAAGGAA 

a score=7108
s danRer3.chr12 10572544 185 + 37038836 AGAACAAAGTGAATACTTACCTCACTACATCATCTATGTTGTTTCTATATACACCCTCCAGTCTTTCAGCAGGGAAACCCATAGCTATTATGTTAGGATAAATGTCTGTACAGCAGCGTTAAGGAAAT--CTAGAAAAGTTGATATGAACAGGAAAACAAAACTACATAACATCTGATTAAACATGA 
s mm7.chr19     28748502 175 - 61223509 AGAAAATCAAGAATGCTTACCTTACTACATCATCAATATTGTTCCTGTATACACCTTCAAGTCTTTCTGCAGGAAATCCCATAGCAATAATATTTGGATAAATATCTAAATTATTAAGTTAAGGAAATACCTAGA---------ATATACAATGACACAAATATGCAT-GCATTTGA--AAACATTA 

a score=4414
s danRer3.chr12 10576108 421 + 37038836 AAGAGGATACATGTCAAGTCCAAGTCGAACCCGTCTTCTTGGTATCTCCTTTTATTTCTACTGACAAATTCCTTTATGATCGCAGCCATGGCTG----------------------------------TGACAGGAGTCTTTAG------GGTTTTTAGTGTGAGAGAGAGTATTGTTGCTTTCGGACGGTCGGTCGT-----CTTTATGCTCTGCT--CGTTTCGCA--GTCCCCCAGCTAGCTAGAATGGAGTCTGCTGTGGCTCACTCAT-----CAAGGGC--------CTCGCTCCAAACCACCACAGGCCCGGCTTCCAA--------------------------AATGCCCTCCTCGG-------CTCAGACGAGCCCTGGGTGAAAAGATAAGCAACTTCCCACGTCTG-GAACTGCAGAATCTCTAGTGCACGACAAGTCTCTGGTCG------CACCGAAGCCGCCGTGATTGAG--CGGAAAGGCGGAGAGAAAATCCTCTCCGGTGCTTCCA 
s mm7.chr19     28766088 516 - 61223509 AAATGGATACAGGTCAAGTCTAAGTCGAATCCATCCTCTTGATATCTCCTTTTGTTTCTGCTAACGATCTCTTTGATGATGGCTGTCATGTCTGGGAGCCTGTGGCTGAAGAAAAAGGAGGAGAGAGATGGCAGAAGCTGCTGGTGGCGAGGCTTCTTCTGCAGGATGGAA----ATGGCTCTGGACTTGGCGGTCGCTGATGCCCCTCGCTCTGCTGCCGCTTGGCCCTGGACCGCAGCCGGGT--AATGGCTGCTGCGGCGGCTGCTGGATGGTTGCAGAGACTGGGCCTGCTTCTCCTCAGCAGCCAGAGGCCTGGCAGCCGAGGCAGCGGAATGGGGAGAAGACGGATAATCCTCGCAGCGGCTGCCTCCTCCGGCGGCCTCCGGAGCCCGGGCCAGGGGGGGTGCGGCGGCGGCGGACGGGAGGCTTAACACCGGCC--CGGGTCCCTGGACGTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGTGTTGGAGGCAGGAGAAGGGGAGAGAGCA-ACTCTCCGGCGTTCCCA 

a score=2051
s danRer3.chr12 10576728 144 + 37038836 TGTGGCGTAAGAGACACCTCCGGTTCTGTCCTTATCCTCCACTG-------CTCCACTGCCTGTTACACTCTCAAACTTCCATCATG------GCTTCCCATTGAAAAAAGATGA---------CGTTCGGACG-------ACATATTCATCCGCATTG-GCAAATAGTTCTAC 
s mm7.chr19     28766891 173 - 61223509 TGGGCCGTGGCCGCCGCCGTCTCTCATCTCCCTCGCCTGCGCCGGGCCTGGCCTCACAGC-GGCTCAACTCTCAAACTTCCATCATGGCTGCAGCTTCCGAGAGGAGAGAGCTGAGCGCAGCCGCGTCCCGACGCCCAAGCGCGTATCCTGCCGCAGTGCACAAAGAGTCCCGC 

a score=7006
s danRer3.chr12 10592186 422 + 37038836 TTCTGAATAATACTTTTATCGTCTTTTGCAGGTGAACGTGAGAAGATGGTTTTGAAAGAAATTCCCACAGAAAACATAACTCGCCCTTTGGGCCGGAATGAGGTCATAGGTTTACTCTTCCGTCTCACAATATTTGGCGCTGTCACCTATTTTACAATAAAGTGGATGGTTGATGCTATCGATCCAACAAGAAAACAAAAGGTTGAGGCACAAAAACAGGTAAGGTGTTTGATTTCAGCATCAGTTGTGTACATGAGTGTGCCTTTAAAGAAAAGGGTGTATAGTTCACACTATTAGCCAGATTTGTATACAGTAGTCAACATTTAAAGTGGATCAAAAGATTT---TATCAAAGTTGTCCTAAAACTATTCAATAACACCCAT-----TCTTGTCTCTGGTCAATTTTGAAAAGAAA------AATAAAAGTGAT 
s mm7.chr19     28817582 398 - 61223509 TTCCTAGTGACTTTTCTGT-GTCTTTTTAAGGTTAACA-ATCAAGATGGTA------------CATGCTGAAGCCTTTTCTCGTCCATTGAGTCGGAATGAAGTTGTCGGTTTAATTTTCCGTTTAACAATATTTGGTGCAGTAACGTACTTCACTATTAAATGGATGGTAGATGCCATTGACCCCACCAGGAAGCAGAAGGTAGAAGCTCAGAAACAGGTATGAGG----------ACAGCAGGGGTG---AGGAGGGTG--GTAGGGGTGAAGGCCAT---GCTTCCTGTGCCAGCAAAGACTGTTTACCCAAGCTGAGATTGTAAATGT-----AAAACTTGGGTGGCCATTCCTTGCTGCAGCTTTTCAATATCAAGCCTGAAAATCTT-TTTTTTTTTAACTTTGTAAATGAATATCACAAGAAAAATGAT 

a score=5642
s danRer3.chr12 10594579 253 + 37038836 gattatccctttaaCAGACCCTGGTGTTTTGCTTATAACAAAAGGTTTGAATTCTGCATATAAAATCTTTGATATGTTTTCAGTAAGTCATATTTTTATTGTCGATAATAAGCTTTACTGTCCTCTCACAGGCAGAGAAACTCATGCGGCAAATTGGAGTGCAGAATGTGAAGCTTTCTGAATATGAGATGAGCATTGCAGCTCATCTTGTGGATCCGTTGACAATGCAGGTATGGA---ATGATGTCTCCTCCTT 
s mm7.chr19     28821867 241 - 61223509 GAGTATCC--TTGGAAGAGTCTTACATCTTGCTGTTCATTGCTGTTTAGACTTCTTTGTTTTGAAATGTCAGTGTTTAAACATCAGAACAAAGATTGCTTGTC------------TTTTTTTCTCTC-TAGGCGGAAAAACTGATGAAGCAAATTGGTGTGAAAAATGTGAAGCTTTCAGAATATGAAATGAGTATTGCTGCTCATCTAGTAGACCCTCTTAATATGCATGTGCGTATCTTTAATCTTACCTTCTT 

a score=6468
s danRer3.chr12 10594832 218 + 37038836 AAGACTTCATTTACTTGTATTTATTGTCTCTAGATCACATTTTTTCTTATTAATT------ATGCGAAAGTTCCACCAATGAT-TTCTCTGTGCCC----ACAGATTACATGGCATGACATTGCTGGTCTGGATGAAGTCATTACTGAACTGAAAGACACCGTTATACTTCCAATCCAGAAAAGGCATCTGTTTGAAGGATCCAGACTTCTTCAGCCACCCAAAGGTAT 
s mm7.chr19     28822880 226 - 61223509 AACCTTTTATTTACATGTAATTATTAGCTT---ATAAAATGACTTGCCATTGGGTGTCTATATGTATAAGTTGTGACATTCATGTTGACTTTAACTTTTGCCAGGTTACTTGGAGTGATATAGCAGGTTTAGATGACGTCATTACAGATCTGAAAGACACAGTCATCTTACCTATCAAAAAGAAGCATTTGTTTGAGAATTCCAGACTACTGCAGCCTCCAAAAGGTAT 

a score=7247
s danRer3.chr12 10598613 1079 + 37038836 ttaatataaaacgtgtagtaactgctcataacttt----tATTTCTAGCCCTGAATGTGttttttatattaaattaatctttaaaattttaaattGATAGTAAATAAATGGCAAATAATTTAACTTGCACTTAAAAATACCATTTTA-----------AGGAAATGGCACTGG-TGTAAGCTACATTTTTAATTTAAAGTGTAGTGTAT-------AAGCTTTCACCATGT-----------AATACTCAGAACTCTTGAGTATATTTAGAAGCACTACTTTTTACTTATAATTCGAGTAGTACTTAAAACTGATACTTTTCCTTTTCTTGCAATACCTTTTTTACCAC--TGGACACTATAAACCCTGG------AAAACAGCACTTGCAGTCAAAACAAGCCATTTGGTATACTTCTTGATT--CCTGAAAAAGAACAAACTCAAAAATGTTTCCATAAAGTTCACAGTGAAAC----------TCCAGACCTT------AATCTGAGGAGGTTTTCTTGTCATCTTC------------------------TTCTAAGGTGTGTTGCTGTATGGGCCTCCAGGCTGTGGGAAAACTCTCATAGCCAAAGCTACTGCCAAAGAGGCTGGTTTCCGTTTCATCAACCTGCAGCCATCCACTCTCACAGACAAATGGTACGGAGAGTCCCAGAAACTGGCTGCAGCCGTGTTTTCACTGGCCATCAAGCTACAGCCCTCCATTATCTTCATCGATGAGATTGGTAAATGCATATATTTAATTCCTAATGTTGTAGTTTAGCATGGCAGGTTTATGGAACATCTGTATTTATTCAAAATTAGAGCTTTTTGGCTGTTTTAAAGGCActgtgaagtgctttgaaatgtgcactttcattcaatgtttgacgtaatctcaactgaaaagtgaagaaagtagt------tcctccctttttttaaaaacagccaaaagaattttgtttttattacagctctgctattgacc-----gtggttgagatccagtgcatcaaatgtgaaacttcttaaatgggggcgggaca-----------------------tatcagacacaagagagaatttgattggttagaagatttg-attagaaact----------gaagtttgagg------tgaaaaaatcgtttat--ccatttacgc----caagggtgtcaaactCATTTTA 
s mm7.chr19     28825441 1172 - 61223509 TTAACTGAGAAACTGTAATGATTGCCAAAGACCTTAAACTGTTAACATCTCTTGATATG------GTAGAATATTAGCCTTTTTA-TTTTGAATTCAGAG---GTAGATTGCTGTTGATCAAGAGTAAAGGGGATAACATCATTTTATCCTTTGGAAAGTGAAATGGTACTGACTGAAAGCTCCTTTCCTTTTTAGAGAAGATGTGTATCTGGGAAAAGACATGTCCTTTTTGCTGAGACAGAAACCTGAGCAATAGCAAATGTGTTTG------CCACAGTCTGTTTAGAAATTGCCTTTTACCTAGAGGTTATCATCTGTCAGGTGCTGCAGAGTTCAGCTCGCCAAGGTGGAAGGCATTTCTACTGTTACATTAATAGAGGAATTGAATATTGAGAAAGTTTTATTAGTTCTATGTTGATTAGCATGTAAACTAAAGAAATCCT---TATTTTCTTTAAGATAATAATAAAATAACTTTGATTTCCAGGTGTTGCATGTAAACTAAAGAAATC--CTTATTTTCTTTAAGATAATAATAAAATAACTTTGATTTCCAGGTGTTCTTCTGTATGGACCTCCAGGCTGTGGGAAAACATTAATTGCCAAAGCAACAGCCAAAGAAGCAGGCTGTCGGTTCATTAACCTCCAGCCTTCGACACTGACTGATAAGTGGTATGGAGAATCTCAAAAACTGGCTGCTGCTGTTTTCTCCCTTGCCATAAAGCTACAGCCTTCTATCATATTTATTGATGAAATAGGT--ATGC-------TATTTCCTATGTGAGCATTTTAAAAAGCCA--TTTAAAGGTGCTATGTAGAGAAACAGATTTAA----TTTTAGTATTTATCTAGGT-CTATGGAAAACCAAAAGATCTGTTCtttttttttttttaagatttatttattcatgtattttatgtatatgagtacgctgtcttcatttgtattggaagagggcatcaga-------tcccattacagat-tgttgtgagccaccatgtggttgctgggaattgaaacctctggaaaacctctggaaggaagatcagccagtgctcttaactgctgagccatctctccaaccccA---AGATTTGTTCTTTTTAAAGAATTtgtgtgagtgactgtgccatgtggaagtcagaggacagcttggtagagttggttcttcccatttacacaggaccagaggatcaaactcatgcta 

a score=7115
s danRer3.chr12 10601545 123 + 37038836 CTTCATGTTTTAGATTCCTTTTTAAGGAATCGCTCAAGTTCAGATCATGAAGCCACGGCTATGATGAAGGCTCAGTTCATGAGCTTATGGGACGGCCTCGATACTGACTACAACTGCCAGGTA 
s mm7.chr19     28828710 123 - 61223509 CCTTTTCTTTTAGACTCTTTCCTACGAAATCGTTCCAGTTCTGACCACGAAGCTACAGCGATGATGAAAGCTCAGTTTATGAGTCTCTGGGATGGACTGGACACTGATCACAGCTGCCAGGTA 

a score=5588
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a score=1822
s danRer3.chr12 10602275 38 + 37038836 TTGTGTTCTGAATTCATAGACTGCAGATATTGAGTTTG 
s mm7.chr19     28837718 38 - 61223509 TTGTTTTCTGAATTCTTAGCCTAGAACAATTGAGATTG 

a score=5007
s danRer3.chr12 10606855 225 + 37038836 AGCACGTTTTCTTTTT-CTGAAGGTGGAGTCCGCTGTGGAATTAAGTGAAATTGCAAAGCAGACTGATGGGTTTTCTGGAAGTGACCTTAGAGAGATGTGCCGAGATGCTGCTCTTCTGTGTGTGCGTGACTTTGTTCACCAAGAAAGGTAAACATTTCAaaaaacttgtctttatttactcaccctt---catctttcataaaccttt-atgaggttctatttggtgtt 
s mm7.chr19     28847748 221 - 61223509 AACATATTTCATGTTTATTTAAGGTGGATAGACACGTAGATCTTCTAGAAGTTGCCCAGGAAACTGATGGATTTTCAGGAAGTGACCTAAAAGAAATGTGTCGGGATGCCGCCCTCCTCTGTGTCAGGGAATATGTC---------AATTCTACATCAGAAGAGAGGTAACTGTGTAGACTCAATTTCTGGTATCTGTCAAACACTTTTGATGAGGTGATTATTGTTGTT 

a score=852
s danRer3.chr12 10607764 153 +  37038836 TGTAAAGAGGCCGTTTTAAATTGTAAAAATGCCATTTTAAATTATAAATATGCCATTTTAAACTGTAAAGATGTCATATTTAAACTGTAAAGATGCCTT-TTAAACTGTAAAGATGCCATTTTAAATTGTAAAGATGCCATTTTTAACTGTATA 
s mm7.chr12     14405190 153 - 117814103 TGTATAGATTTCATAGTCACGTGTATAGATCTCACAGTCACGTGTATAGATCTCACAGTCACGTGCATAGATCTCACAGTCACG-TGCATAGATCTCACAGTCACGTGTATAGATCTCACAGTCACGTGTATAGATCTCACAGTCACGTGTATA 

a score=5266
s danRer3.chr12  10607917 490 +  37038836 GATGCCGTTTTAAATTATAAAGATGCCATTTTAAACTGTAAAGATGCCATTCTAAAATGTAAAGATGCCGT-----------ATTTAACTGTATA----GATGCCGTTTTAAATTATAAAGATGCCATTTTAAACTGTAAAGATGCAGTTCTAAACTATAAAGATGCCGTTCTAGAATGTAAAGATGCCGTT-------TTAATGT-----TAAAC----ATGCCATTCTAAATTGTAAATATGCCA-----------AGTTACATTGTAAA----GATGTCATTTTCAAATTGTAAAGATGCCATTTTAAACTGCAAAGATGTCATTTCAAATGATAAAGATGCCATTTTAAACTGTAAAGATGTCGTTTTACATTGTAAAGATGTCATTTTAAATTATAA------------------------------------TGATGCAGTTTTAAATTGTAAAGATGCCTTTTTTAACTGTAAAGATTTCGTTTTAAATTGTAAAGATGCCTTTTTAAATTGTTAAGATGCTGTTTTAAattgtagagcagtaatcacaataccgtgaaaccgtg 
s mm7.chr4      152386770 561 + 155175443 GATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGTCATTACAGACCCTGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGTCATTACAGACCCTGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGTCATTACAGACCCTGATGTCA-TTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGTCATTACAGAACCTGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAG-ACCCTGATGTCATG 

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s danRer3.chr12 10608436 252 + 37038836 cagaatcttataccggcccatgcttTATCAGAACATCAGTAATGACTGCATTTTTCAATTGTGGGAAGGGTGCAGACCCTGAGCAAAGAATGATCTTTTCATAAAATACAATTTTCTTCTATCCCATAACAGTCCAGAGGAAGACTTCATCCGTCCCATCAGGCAGGAAGACTTGCAGAGGGCAATCGAGAAAATGAAGAAGTCCAAATCTGCAGGAGTGCATGAGGCATTTATGCAAGTACCACTGGACTA 
s mm7.chr19     28850150 227 - 61223509 CAAAATCATTTTTCAACACATGCATCTTTTGAATCTTGGTAAAAT------------ATTTTAGGTAGG---TATACTCTATAAAGAGATTTGGC---------AATTTGATTGTTTTGT-TTGCATTTTAGTCACGATGAAGATGAAATCCGGCCTGTGCAACAGCAGGACCTGCATCGGGCAATTGAAAAGATGAAGAAGTCAAAGGATGCAGCCTTTCAGAATGTTCTAACTCACGTTTGTTTAGATTA 

a score=6988
s danRer3.chr12 10612333 167 + 37038836 GAGTGTTCACTGGTCTTTCTTCAGAGAACTGTAATACTCCACCAGGACTTTCCATGCTTTGGGAGCCATGAAGCCATCGGGAGGGTTTTCTCCGCTGCGTGCAAGGCTCCGCATTTTGGTCCCGGAGATGAATTCAAATTCGCCATGTCTGTAAAACACAAAAGCAG 
s mm7.chr19     28859048 166 - 61223509 GAGCACCTAGTTGGTCTTCTCCAGAGACCTGTAGTAATCTGTCAACACTTTCCACGCTTTCGGGGCCATGAAGCCATCTGGGGGATCTTCTCCTTCCCGGGCGAGCTTCCTCATGCGAGTTCCTGAGATGAAGTCAAACTCCTCGTGCCTGT-CAGTACAGCAACAG 

a score=13168
s danRer3.chr12 10615230 244 + 37038836 ACAAACCTTTCCTTGTCGTAGAAATCCATGGCTCTCTTAACCCTGTTGTAAGCAGCAACTCTGAAAGGAATAATCTCTAGAGAGGTGAGGCCTGGTGCCATGGTCAACACTTTTCCACCGTGTGTGGGCTCATACAGGTCCTGCTTTGTCTCCGGATGGGGCATACCTGCAGGATCTCGTCCTACAATGTAAAAGTTGGCCCCTGCGATCATCCTAGCCCGACAATGCCATTGTACCTGTAAGA 
s mm7.chr19     28859965 244 - 61223509 ACCTACCTTGCTGGATCATAAAAGTCCATGGCCTTTTTAATTTTATTGTAGGCAGCCACTCGGAACGGAATTATTTCCACAGAGGTAAGGCCAGGGGCCATACTCAAGACCTTGCCCCCGTGGGTGGGTTCATATAGGTCTTTCTTTGTCTCAGGATGGGGCATTCCTGCGGGATCCCTACCCACAATGTAGAAATTGGCTCCTGCAATCATCCGGCATCTGCAATGCCACTGGACCTGGAAAA 

a score=15411
s danRer3.chr12 10618781 287 + 37038836 CTGACCTCTGTTGGCCCAGCGTACATCATGGGTGAGGGGAAAATGGCCACGATGGTGTTTTCTGGATCCAGCACTCCTTCCTCCAGCACAGCAGCGTGTTGTCTCATGCGCCAGTCCAGCGGTACATCATCTTCTTTGGTCCAGCCACCCAGAGGATGCAACAGCAGCACAGGCTTCTTGTAGCCTCGATCCAGCAGACGACGCTTAGTGTCCTGCATCAGGAGCGCATGGCCGTTGTGCACAGGATTACGCAACTGGAATGCAAAAATGGCATCTGTGGGGGAAAA 
s mm7.chr19     28861293 287 - 61223509 CTCACCTCTGTGGGACCAGCATATAACATAGGAGATGGAAAGATGGCAACAATAGTTGACTTGGGATCCAGGACCCTTTCCTCCAGTACAGCTGCATGCTGTTTCATCCTCCATTCCAGAGGTACGTCATCGTCCTTGGTCCAGCCCCCAAGAGGGTGGAGCAGGAGGACTGGGTGCTTGTAACCCCTCTCCAGGAGCCTGCGGCGGGTGTCCTGCATCAGGAGGGCATGACCATTGTGGACAGGATTGCGCAACTGGAATGCAAACACGGCATCTAGAAAGGAAGA 

a score=8096
s danRer3.chr12 10619558 188 + 37038836 TACCTGCTCTCATTTCCTTAAATTTCTGCCTTAGCTGCTGTGGAGTAAGACGGTACTGGTCAAGACCATCGTTCCACTTAATTCTCTCCAACACTTCCAATTCTCCGCCGGCCAGCCAATCCCCACTCTCCATCACCATCTAAACAGAGAACAA--AACGTT--TTGTAGCTTT-----TTTTTAGCTTGGTTATTT 
s mm7.chr19     28863904 195 - 61223509 TACCAGCATTCATGTCTTTACACTTCTGTTTGAGCTCCAGAGGCGTAAGGCGGTATTGGTCCAGCCCATCGTCCCACCTTATTCTCTCTAGCACCTGTAGGTCTCCACCAACAAGCCAGTCCCCACTTTCCATCACCATCTAGAAGGAAAATCACTAAAGTTAATGGTAACTATGCTGATTTTTAAATT--TTATTT 

a score=1186
s danRer3.chr12 10619816 89 + 37038836 aaacactttcattgtcttataatatgcatt----tatattttatctaattatcctaacgactcccatttgatttgttcagcgattcatttgtt 
s mm7.chr19     28864185 86 - 61223509 aaacttcttcaatagcccttcacattattttttatttattttattttatttttttaaaaaa-------agatttatttatttatttatttatt 

a score=6922
s danRer3.chr12 10621021 282 + 37038836 cataataggggctctTTAACACATAAG-CATTGCAAAAGCAATGACACACAGATGTGCCCTCTCACCTTGATGTATGGATGTTTGGGGCATGTTGTCCCCCATTGCCTGGCACATCGCTCCTCCTTCCGATGCTCATAAAACTCAGGGTTGCGCATGATTGCCACTTTTTGACCATTGAACTCCAGGACAAAAGCAGCACAACCATCCAGCCTTTCCTTGTCCTCTTTGCATACGGGAAGCACAATTGGAACAGACATGTTGATGATCCCTCCTAAACAGAAA 
s mm7.chr19     28872469 268 - 61223509 CACAAAAGTTGTTTTTTTTTTCTTAAGTCCTTGCAAAGGTTTTG---------------TACTTACTTTGATATGGGGGTGCTTTGCAGTGGCTGTTCCCCACACACGAGAACAGCGCTCCTCTTTCCTATGCTCATAGAATTCAGGGTCCTGTAATAGAGCGACCCTCCGACCTTCGTACATCAAGGCAAATTTGCTGCACCCTTCGAGCCGTGCCTTGTCATCCGCAGAAACGGGCAATACAATGGGAATACTCATGTTGATGACTCCATCTGCAGAAAGA 

a score=6494
s danRer3.chr12 10624740 140 + 37038836 AATGTTTACCATCAAGCAAAGTTCCAAAATGCAAGACTTGAAGGAACTCCCTCTCCCTCATGAATCCCCTCAGCGGAGTCGCCCATCCTTCAGCCAGAACCTGCACCCACTGCAAATCCAGCTACAGGAC-CAGAGAGGAA 
s mm7.chr19     28883201 141 - 61223509 AAAACCTACCGTCCAGTAGAGTGTCGAAGTGTAGAGTTTGCAAGTACTCCTTCTCCCGCATAAAGCCTTTGAGGGGAGTGGCCCAGCCTTCACTCAGAATCTGCACCCACTGCAGATCCAGCTGGAAAACACAGAAAACAA 

a score=7339
s danRer3.chr12 10625144 409 + 37038836 TACCTCAGTGATGGTTACGGTGGGGAGTATATTGGCATCGCTCAGCACCAAGTCCAGCTTGTTTTCGGGAACAAAGAGTTCATTCACTTCCTCTGTCACACCAGTTGGTACAATATCCTGTGATAA-CGAA-----------TCACT-----TGGTCAGTGAGG--------TTTTAACATCTCTCAAC---------TGAAAACGAAC---CGTCTGTCAGTTGGCACAAAAAAACA-ACGAACAACTGACAAAACACAAAGATACATTTGATGA--------GCAGAAATGACTGACCCACCTGTTCCTTCAAGAGATCTACCACCTGGTGAATGCAGTCATTGACTGTGAGCTCTCCGGTTTTCAGCACCAGCTCAGGGGCTTCAGGTTTCTCATAGTCAGAGTCAATTCCCGTAAAACCTACATCATACAAATATAAAGTTAAAGCATGTC 
s mm7.chr19     28885287 444 - 61223509 TACCTTGGTAATTGGTAGTGATGGGAGAGTCTCTGCCTCAGCTCGGATTTGATCGACTTTGTTTTCTGGCACAAAGAGTTCGTGGATGCCTTTGATGGTGGTGTGGGGTACAATGTTCTGTGGGAAACGAAATTGGCAATAGTTACTGAGATTGGCCAGGGAATAAAGAAACTCAGATTATCTTTCAacacacacacatgcacacgcacacacacatgc------acacacacatgcacacgcacacacacacacacacacacacacacacacTGAACACACTGGCAAGAACCACCCTCCTACCTGCTCCTGCAAAAGTTCCACCACCTGTTGCACACAGTCGCTTACTGAAGACAGGTTGGTCTTCAGCACACACTCTGGAGTTTCAGGTTTCTCATAGTCAGAATCGATGCCTGTAAACCCTGCGGAGTATA-----AGATCTAAATCATATC 

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s danRer3.chr12 10628551 148 + 37038836 TTGATACCTTTAATCTCTCCAGCACGGGCCTTTTTATAAAGTCCTTTGACATCTCTGCTCTCACACACCTCCAGTGGAGCATTTACAAACACTTCAAAAAACGGCAGACCTGCACTCTCATGGATCTTCCTGGCTTCTTTTCGATCCT 
s mm7.chr19     28886222 148 - 61223509 TTCATACCTTTAATCTCTCCTGCTCGGGCTCGTTTGTAGAGTCCTTTTACGTCTCGGCTTTCACAGATATTTAAAGGCGCATCTACAAAGATCTCAAAGAACGGGAGTCCTGCTGATTCGTGGATTTTTCGGGCATTCTCACGATCCT 

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s danRer3.chr12 10628787 252 + 37038836 TACCTTGGTAAATGGAGAAATGAAACTAGTGATGCAAACCAGTCCAGCATCAGCAAACAATTTGGCAACCTCAGCAATTCGTCTGATGTTCTCTTCTCTGTCCGTAGACGTGAAGCCCAGGTTCTTGTTTAAGCCATGTCGAATATTGTCACCATCGAGCGAGTAGCAAGGAATGGCATGGGAGACTAGATATTCTTCCAGAGCAAATCCAATTGTAGTCTTTCCAGCACCAGAAAGCCCTATAGAAAACAG 
s mm7.chr19     28887349 252 - 61223509 TACCTTTGCAAAAGGAGAGATAAAGCTGGTGATGCAAACCAGGCCGGCGTCGGCAAAGAGCCTGGCCACCTCCGCGATCCGGCGGATATTCTCTTCTCGGTCCCCCGCAGAGAATCCCAGGTTCTTATTAAGGCCATGACGGACATTGTCCCCATCCAGAGAGTAACATGGGATGGCGTGAGATACAAGGTACTCTTCCAAAGCAAAGCTTATGGTTGTTTTCCCAGCACCAGAGAGACCTGTTGAGAATAG 

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s danRer3.chr12 10629482 135 + 37038836 ACCCGTCAGCCAGACAGTACAGCCACGAAATCCCCCTCTAGTCCCAACTACCTGGCCACGTTTGCTTCTACTCACATGGTGAGCCTGGTACACAACATTGGTGGCCCTCTGCAGGTCCTACAAACCAGAAAAATA 
s mm7.chr19     28890619 135 - 61223509 ACCTGTTAGCCACACGGTACATCCTCGGAATCCTCCCCTGGTTCCAACCACTTGTCCTCTCTTGTTCCTGCTCACATGATGGGCCTGGTAGACCACATTGGTGGATTTTTGCTGGTCCTACAAAACAAGACAAGA 

a score=-1146
s danRer3.chr12 10630328 1270 +  37038836 CATTATAATTACTTTATTTTGAATTTATGTCATAGATATATTCATTCATTAATTTTGATTCTGATAAAAGGTGTTTG-GAAAATCTATGTCACTTGtaggcatgggccggtataagattcta--tgataaccttaaataaacatatcacgttttgacagtagtgattactgctctaaaatatgttctttttaaatgtctggatgaac---------------------------------tgctttttcccccatttgaaaataatatattttaatattttgagaaacttttattatattt----------tgggacagtaaacatctcaggctgaataattcaaatgaatcattgactt--ctgcggtctttgtttcta--------aaacacaagat--ttcattacaatttaaaacggcatctttggatatctttt-------ctgttggagatactggtgtcct---------aaaaaaaaaaagtaaata---aaaaatat----------------tacctatacggtagaaatg----------------gtatagcagaaaatttaaactttaaa--------accttgacttttccaaactgcggtat-------------------accttgaaaacgg-gtatcgtcccatgcctCGTCACTTGAA---------------TGTAAATAAACTTTAAAATATAACAGAAAACACACAATTTGTAAATACCTTTAAATCA--CATTACTGACAA-----GTAATGCCTCATGTTGCCCAA--CATTTCCTCATATTATTTTCTATTCATATACACATACTAAATATAATGGATAATATGT-AGGTGTTTTTTTTAATATTATTGTCATGAAAAATATGATTTTGAAGCATAA----CCCCTTGTAAAAGTTAACTTACTTCAGAAAAAATTGTTTCAATATGTGAAATGTGACTTT------------ATATGTAACTGAGTGACAAAAATGCAT----TAACCTTA-TAGTATTTGTGTAT---TTATATCGTA------------GAAAACAAACAACAAAACACAAAAGTAAAACAAGTCCCATCAAATCTAGGCAAGGTGAAGTGATGTAAATG--TTAAACCTGAATCATAACATCCTGCCACATCACCACAAGTAAAGCACTTTAAATACCCGTTTAGCCAAAAACAAACTCTTGCTTCATGTGGAGAAGCTGTCACTCCGTGTTTATTCAGCATTTCTGTAACGTAACACTGTTTGGATAAGAAACTCACATTTGTGTGAATTTAAGAGTTTCGAAATGAACTGTTGTTTATTAAACGTCTACC--------ACAGCACACTTCAAGCTATCTCTAGTAGATAA-----------AACAACTTTCATGATTTAAATTCAGGTGACATTCATAGAATCCGTGAAACTTTTAATAGTCCATTGAGAGAGAAAACA---CAAAACAAAAGAAAATTCA 
s mm7.chr1      49497315 1399 + 194923535 CATAATATTTACCTAATATGGCTGTGACAATACAGGTACACACATTTGTT---TTTG---CTGAAGACAGTGGTTTCCGAGGAAATGTCTCATT-----GCTTGAGCTGAGACACAATTCTACATATAAACCATTAACAAACA-ATTAAGTTGTAAAACTAATCACTATTGGG-TATAACATTCCATGTTTAAATA-----ATGATCAAAGACTCCTATTTTTATTTTTCATTTTTTCTGTGCTTTTGCTTTCTTTT---ATTAGTCTAATTTAATGGTTTG------TTTTACTGTATTAAAAAATAATATggggctggagagat----ggctcagcggttaggagtaccaactgctcttccagaggtcctgagttcaatttccagcaaccacatggtggcttacaaccatctatcatggagtccgatgccctcttctggtgtgtctgaagagaacaatagtgtactcatatatgtaaaataaataaataaatatttaaaaaTATGCCTCCAAAATATTGCTTCCTGGAGAATATGACTGCCCAGTTTTGGTCTTTTTATAGAAGAGTCTCAGTATTTTCTATATCACCTCCCTGGGATGGTTTCAATTATGATAATACAAAGTTGGTCACTGGAACTCTGACAGTGAAGTGTTGTTCCATTCATTGGACATATAAGGTGTTTACTGATTTTGTTCATAAACT---AGATAAAATATGAAGTATCTGATATGAAAATGTATTTCATTTTTTCAGTATGAACAATGGCAGGTGTTTATTATTTTGCAAGAGACATTTTCTAATATTACTTGTTA--AAAGGAGAATTACTAT-TCTGACCTTTAAAATGTCATATTTTACGGTTAATAT----GTCATTCATAATTTG-TTTTAATGCAAGATACTCACCTTGGAAAAGGCAAAGCAACTGTCAA-----TGTCTGACCCTGTACACCCTGACCTTGGCAACATTTGAAAATGTAACTGAAGGTTGATAGTGAATATGCTAAGATTGCTAGTTTCTGCATATCCCTCCTACCTTATACAAAAAGCAAAAAAACAAGCAACAAAAAACAAACGAAACATAAATTCCATCAAGCTTCAGATAGTTGCTGTGATTTTAATTACTTAAAACT---TTGTAACTTTATG--------------ATAAACTATTCTCTATTTC---TCAGTCACATATAAG---------CAAGCAGA------GTGATTCAGTAACTATT----ATTACAATATTTTAAC----TAAAAAGAGAAAATATATTTTACTGTTTATTAAAAGTTTATAAGTCAAATTCCTACATTTTGAGTGCTTATCTACAATGTGAAAGACACTACA--CAATTTTGAGAAAATAAGAAATTCAGTGAACATCTCATCCAATATTATTTC-TCTCATCTTCGTAGAGTACAGACAAGGATTCCTAACACATTATGGGTGAGGAGAGGTTAAAAAGGAAGAAAATTCA 

a score=6770
s danRer3.chr12  10635538 449 +  37038836 CTCACAGTTCAGTGTTCCTGAGATTCAACTGAGGCAAATCACACTCCTTATTAAAATCGCACCCATGAAGAAGCTTTGAGTAATGCTTTCGAACTCTTTCATACAGAGGAGCTGCATGGTTCATGCTGGGAAAAATCATGGGC------TTCTCATTGAGAAACAACTGAACT------------------CTTAGTCCATCGCTACATTCATACAGGACAAAGACAACGTTTGCAGCATAAGGTAAAATCTTACTGGAGCGGAATACACGTTTGCGTTGCAGTGCAAAATTCTCTGAAGTTAAAGGTTTTTCATCCTTGAAGAAGCCCATTAGAGAGAGCAGAGGCAGCAGGGTTTCACCATGACCAACCTGAATGGTGGC--------AGTCTTTTTCACCTCTCCGAATCTGTTTTATTAAAAAACACAAGTGAACATAAATAT-TTATACTATGCTACA--TGGAATGTTTTTGAAGGTG 
s mm7.chr4      112354902 478 + 155175443 CTCAGAGCTCATCGAACATGATGTTCACTTTGGGCGGGCTGCACTCCTTACTAGTTTGGCAGCTCTGAAGAATGTCCCGGTAGTGGGTCTTGAGCTCCTCATACA----ACCTGACAGGTCTCTGC--GAGTGAGCCAGGGGCAGCACCTTCTCATTCAGCAGCGGCTGTATCTGGAATTGTTCTTCGGGGCTCTGCGCGTTGTCACAGTGGTAAAGCACGAAGATTAGGTTTGAGACGTAAGGTACGATGTGACCACTTCGGAACTTGTGGTTAACTTGCTCCTCGAAATTGTAAGCGGTCAGAGGCTCCTTGTCCTTGAAGTAGCCCATGAGGGAGAGGAGCGGCAGGAGCGTCTCCGCGTGTCGAAACTGGAGGATGACTGGAGAGGAGACCAGCTGAGACCTTTGCTTCTGCTCCACTGCTTTGTCCAGGTGTAGAAAAATGTCCTGAAATAGGTTGCAGCTGGACCGATGTTAATGGTG 

a score=2736
s danRer3.chr12  10638649 107 +  37038836 CCATATCCCCGCTTCCAATACTGTTTTAGGTCATTTTTATACTCCAGCACC--TACAACATCAATAGACCAAAAACATGTTACT-GAAAAAGTGAACATGCCTTAGGGTG 
s mm7.chr4      112355383 106 + 155175443 CCATAACTTGGTTTCCAGTACTGTTTCAGGTCGTTTAAGTATTCCAGAACCCTTGCATCATC--TACGTCAAACACATCAAACCAGGGAGAATGGACA--CCTTTAATTG 

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s danRer3.chr12  10639647 228 +  37038836 CAAAGCCATACAAAAAAGCCAAATTACCTGCCGTGATTCGATC-GTAT--------------GGAATTTGAAGACGACTGGATATTTTCCTGCGCACTGAATCCATTTCTGATGAAGATTTGAAGCGCTGCACTTCCTTCAGAGCTGTTTTATTGTTTTCAACACCTTCCACAAATTTCTCACAGTGATCAAAGTATCTCATGAGTGAATCATCCACGT---AATGTTGGTAATCCATATCTAGAA 
s mm7.chr4      112355489 246 + 155175443 CCAGGCCAAATGAACAGGTGAAAAAAGCTACCTGAATTAAGTCTGTATTTAAACTGTTCACTGGAACTTGCAGAGTAGCTGCAACTTTTTGTAAGACCTTCTGCATTTCTGGTCCAGTTTTGAAAGCTTCTACATGATAAAGAGCCGTCGCGTTTCTTTCCACATCAGTTAAGAACTTCTCACAATGATCGAAGAACCTCATTAGTTTATCATTAATTCTTGGAGGGTCACACTCCATATCTGAGA 

a score=3835
s danRer3.chr12  10644836 476 +  37038836 CCCTCTTGAAAGGCTTTGACACTATCAACACAGCGGTGTTTGGAGCTAGTCATGAACTCGATGCGATTGGCACGGAGGT-GATCAGCAGAAATCAAAGTGGGGAAGGACTTTGCCAGTCTCATGGCCAAATGCCTATGGTCATCTCGTCCTTTCTCCACTAGTCTGCCGTCCATGTCTTCAGTGTACCACATCTTCCATGTCTTTA-------AGTCATTTAGCCATGATGAAGCTGAACGCAGCGAGTCAGACTTGACCAGATCAAACAGTTGCGCGATCTTTCTCACATTTTTGGTGGTCGGATAGCGTGTCCCGTGACGTATCACAGACACCATATGGATGGCACGGCAGTCTAGGGAAGGGGGAGCCACCTGC-GATTTGTTTACAAACAGAACGTCATCTAAT--------AAATGTGGGTTCACTTCCTCGTACCTGCCTTTTGTCCCAAAGTAATGTGCTATCGATGGGACCGTTGGTCTGGCGAG 
s mm7.chr4      112355776 470 + 155175443 CCCTGGAGGAAGGCGGCGCTGCTGTCCACACAGCGGTGCTTGAAGCTGGTGATCAGCCGCAGGTGGT-----CGTAGTTCTCCCGGCTGAAG--AGGTCTGGGAAGAGGGCAGCCAGACGCAGGGCCAGCTGTCGCATGTCCTGCCGCCCCTTCTCCACCAGCTGCCCGTCCATCCAGTCACCATATCACAGCGGCCATTCGGCCAGCGCGGCGGCCACTTGGCTCCCGCCATCCCGGGACTCGCGGGTCTGC----AGCAGCCCCTGCAGCTGCTTCAGCTTGCGGATCTGCTTGGTGGTAGGGTAGCGGGTGCCGTGACGGATGAGGGCGACCAGCTGCA------------CCGGGGTGCAGGTCCCCGCCAGCAGCTCCGGGTCCCGCCGCGGCGCCACCGGATCGACCAGCAGCCAGGGATTGGCATCTTCGTAGCGTGTCTTCGTGCCGAAGAAGGGGCTGAGCACCGAAGCCACCGGGTCGCCGCG 

a score=4557
s danRer3.chr12  10674491 106 +  37038836 TCCTATTTGTCTCCAAACAGTGCCGGAAGATCTTTCCTTTGAAGAGAGAGATGAACTGTCCAATATTAGAAGGAGGAAAAGGGAGCTACTGGATGACATTGAGGTA 
s mm7.chr5      142716654 106 + 153054177 TTCTTTCTTCTTCTTTTCAGTGCCTGAAGACCTGTCATTAGAAGAGCGAGAAGAACTTTTGGACATTCGTAGAAGAAAAAAGGAACTTATTGATGACATTGAGGTA 

a score=2534
s danRer3.chr12  10674778 106 +  37038836 TGACCATTTTTCTGTGATCCTTGCAGCGGTTAAAATTAGAGATCTCTGAAGTCATGACCGAGATTGAACATTTAACGTGTGTCAGAGAGACGTGAGTTCCTTTTTG 
s mm7.chr5      142718725 106 + 153054177 TGACCTGGCTCCTTCTTTTCTAACAGAGGCTGAAATATGAAATTGCAGAAGTGATGACGGAGATTGACAACCTGACTTCAGTGGAGGAGAGGTAAAATGCTTGTGG 

a score=4982
s danRer3.chr12  10674965 91 +  37038836 ATTGTTTATCGTCACATTACAGTAAAAGCACTCAGAGGAGCAAGCAGATTGCTGTTGGAAGAAAGAAATTCAATATGGACCCTAAGAAGGT 
s mm7.chr5      142719238 87 + 153054177 ATTGTTTAAAACCA----ATAGCAAAACTACTCAGAGGAACAAGCAAATAGCCATGGGAAGGAAGAAATTCAACATGGACCCCAAAAAGGT 

a score=6600
s danRer3.chr12  10675113 169 +  37038836 TGAGCAAACATCATGAAGTGGTTAATATCTCCAACGTTGTT--GCAGGGAATCCAATTTCTTTTGGAGAATGATCTTCTGCAGCACACACCTGAGGACATCGCTCAGTTCCTCTATAAAGGTGAAGGCTTGAACAAAACTGTCATAGGAGATTATTTAGGAGAACGGTAAG 
s mm7.chr5      142724779 171 + 153054177 TGAGTGGCCCTCCTGACCTGCATGTTCCATTCCACCTTGTTCCTCAGGGCATTCAGTTCCTAATTGAGAACGACCTGCTGCAGAGCTCCCCAGAGGATGTCGCCCAGTTTCTGTACAAAGGAGAGGGCCTGAACAAGACCGTCATCGGAGACTACCTGGGTGAGAGGTAAG 

a score=5561
s danRer3.chr12  10678992 93 +  37038836 TTTTTAGAGATGACTTCAACATTAGGGTTTTGCAGGCATTTGTGGAGCTTCATGAGTTTGCTGACCTCAACTTGGTGCAAGCATTGAGGTAAG 
s mm7.chr5      142729987 93 + 153054177 TTCCTAGGGATGACTTTAATATCAAAGTTCTTCAGGCTTTTGTTGAGCTGCATGAGTTTGCTGATCTCAACCTTGTCCAGGCCTTAAGGTGAG 

a score=8264
s danRer3.chr12  10681751 124 +  37038836 TCCTTACAGGCAGTTTTTGTGGAGCTTCAGACTTCCCGGTGAAGCACAAAAGATTGATCGAATGATGGAGGCCTATGCTGCTCGATATTGCCAGTGTAACCCTGGTGTCTTTCAGTCAACAGGT 
s mm7.chr5      142733588 124 + 153054177 TCTTTGTAGGCAGTTCCTATGGAGCTTCAGACTTCCTGGAGAGGCACAGAAGATCGACCGCATGATGGAGGCCTTTGCATCCCGATACTGCCTGTGCAACCCTGGGGTCTTCCAGTCCACAGGT 

a score=9701
s danRer3.chr12  10684243 160 +  37038836 CAGACACATGCTACGTTCTCTCGTTCTCCGTAATCATGTTGAACACCAGCCTGCACAATCCTAACGTCAGAGACAAGCCCTCAGTGGAGAGGTTCATCTCCATGAATCGAGGCATCAATGAAGGAGGAGATCTGCCTGAGGAGCTGCTCAGAGTGAGTCT 
s mm7.chr5      142733872 160 + 153054177 CAGATACATGCTACGTGCTCTCCTTTGCCATCATCATGCTCAACACCAGCTTGCACAACCACAACGTGCGCGACAAGCCCACCGCTGAGCGCTTCATCACCATGAACCGAGGCATCAACGAGGGTGGGGACCTTCCTGAGGAGCTGCTGAGGGTGAGTCT 

a score=7608
s danRer3.chr12  10686729 134 +  37038836 TCTTTTTTAGAATTTATATGAAAGCATTAAAAATGAGCCCTTCAAAATTCCTGAAGATGATGGGAACGATCTAACTCACACCTTCTTTAATCCAGACCGAGAGGGATGGCTGCTAAAACTAGGTTGGTCATCTT 
s mm7.chr5      142735082 134 + 153054177 TCCCTTACAGAACTTGTATGAAAGTATCAAGAATGAGCCGTTTAAGATCCCAGAAGACGACGGAAATGACCTGACACACACGTTCTTCAACCCAGACCGAGAAGGCTGGCTGCTGAAGCTGGGTGAGTGAGCCT 

a score=4966
s danRer3.chr12  10687273 101 +  37038836 CTTGCAGGGGGAAGAGTGAAAACCTGGAAGAGGAGGTGGTTCATTTTGACAGACAACTGTCTGTATTACTTTGAATATACTACAGTAAGTTGAACTGTTCA 
s mm7.chr5      142739355 101 + 153054177 CTCCTAGGGGGTCGTGTGAAGACCTGGAAACGGCGCTGGTTCATCCTCACAGATAACTGCCTCTACTACTTTGAGTACACCACGGTAAGTGAGGCCGCACA 

a score=4835
s danRer3.chr12  10690406 104 +  37038836 GTGTCTGTCA--------CTCTTGTGT-----TCATAGGACAAAGAGCCTCGGGGAATCATTCCACTGGAAAATCTTAGTATAAGAGAGGTGGAAGAGCCAAGAAAACCAGTATGTG 
s mm7.chr5      142739479 117 + 153054177 GTGTCTGTCAGGCCTTGCCTCACATGCCTCTCTCTTAGGACAAGGAGCCCAGGGGCATCATCCCCCTGGAGAACCTCAGCATCAGGGAGGTGGAGGACCCCCGGAAGCCGGTACGTG 

a score=10190
s danRer3.chr12  10695052 187 +  37038836 TGACTATTTCACGCTTTGACCTTTCAGAACTGCTTTGAGCTCTACAACCCGAGTCATAAGGGCCAGGTAATTAAAGCATGCAAGACGGAGGCTGATGGGAAAGTAGTGGAGGGGAATCACGTGGTGTACAGAATATCAGCACCCACGCCGGAGGAGAAAGAAGAGTGGATCAAATCCATCAAGTAAG 
s mm7.chr5      142739646 187 + 153054177 TGACACTCACCCCCTTCTCTCTGTCAGAACTGCTTTGAGCTGTATAACCCCAGTCACAAAGGTCAAGTCATCAAGGCCTGCAAGACGGAGGCCGATGGCCGTGTGGTGGAGGGCAACCACGTTGTGTACCGGATCTCTGCCCCCAGCCCGGAGGAAAAGGAGGAGTGGATGAAGTCCATCAAGTGAG 

a score=4800
s danRer3.chr12 10716725 286 + 37038836 GCAGAATCAAAAGTCTCCGGACCTTCTGTGGTGGTCCACACCAGTGTGCCCTTTGGCATCCAGCACTTGGAAGAGGAGAAGGATGCTGTGCAGCCCATCATTCTGGAAGAGCTGAAAAAGCTGATGCCAGAGCTGCCTAAACCTGAGAGTGTCAAGTGTCAGAAGTGGAGATATTCACAGGTTAGTCTGTTTGATAGAAAGTGAACTCACTTATTTTCTTCTTTTCCTTATC---TAAATATAT-------TCTTTGGCAT--ATACAGTATGGGCATATGCATATTAAATTTCggta 
s mm7.chr19     28353789 287 - 61223509 GCAGAGTCATCAGAATGTGGTCCATCCGTGGTGATCCAAACCACTGTCCCATTTGGAGTTCAACACTTGGAGGCCAGTGAGGCGGATGTGCAGAAGTTAATGATCCAGCAATTGGAAACCATTCTGCCGGGTTTGCCTCAGCCAGTTGCTACCATATGCCATAAATGGACATATTCACAGGTAA---------CCAGAAAACGTAGTGGA--GTCTTCTACATTGTCTAGTAGAGGAAATGAATGCTGGGATCCTTGGAGTTCATATGGGTTTGTCATATGCATATGTCATTTCTATA 

a score=4496
s danRer3.chr12 10723957 223 +  37038836 TCCATACTCTCCCCCCACTCACTTGGCTTACAacacacacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGACTTACAGTAGTACTTTATGCATTCACACACTGTGTGGGACTGCACCCTTTCACACACAGTTGCATTCTCTcacacacacacacacacacacaGACGTTCTCTTTGGAAGCCCCCACACTCTCAGCTCCTCTGTGACATGCAG 
s mm7.chr1      92687782 206 + 194923535 tctaccctctacatgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactcacactcacatacacacacacagatacacagtcaca---gatacacacacatac-atgcaaacagacacacaaacacagatacatgcacacacacacatactcacatacacacagagatagacac-----agacccagatacacacacat--------acatgcaa 

a score=2613
s danRer3.chr12 10724277 273 +  37038836 GCACACAAAGCTTACTAacacatacacacacacatacatactcaca------cacacacacacacacacacacacacacacacacCTGTGCACATGCCA---------GTTCCTGGTCATACACACAGAGG-GCATGAAGTCCGTTTCCTAGTCAC-------TGGCCACAT-----------CACAGTTTGCTGAGCACAAAT-----CAGCAGCACACACT-CAAACTCACCACATG--------------------TCAAAGTCATTGACTCTAATGGCTGGAAAGGCT------CTTCATGAGTCATGACTTTCAATCTACTGTAAATGTAGACT 
s mm7.chr1      92688096 328 + 194923535 gcacacaga-cacacaaccacatacaaacacaaacagataagcacagagagatacagacatatacacacatgcagacacacaTAGATGTATACAAGCATTACACACATGTGCATG--CAGGCACACAGAGGCACATA--------CTTCTAGACATAGGATTTTTGCTCCATTTTTTTTTTTGCTCCATTTGTTACAAACAAATGGTCCCAGAAGAAGATGATGCGAGTTCTAGACATGCTTCTTCCCCGTGTGTGGCATCAAAGGGACACCATGTAGCCTTTGTGTACTCTATGTGGCTTTCTGAGTAATGACATCCATTCTACTGTAAGTGTTGACT 

a score=6908
s danRer3.chr12 10739964 211 + 37038836 TTTGTTGTTCCCTAATTAGGTGACAAGATCGGTGGCTGATTGCCCAGGGCAGATGACAGTGCTCTCCCAGCCTCTGCTGGTGTGTGGGGGGGACGGATTCACACACTCCAATTTCGACGGCTGCATCGAGTCTGCCCTGAAGGTCTTTGCGGTTCTGAAGTCTTCTCTTTGAAAGGAGGTTGGAAAAGTATGCCTTTATTTTTGGTTTTTA 
s mm7.chr19     28383997 193 - 61223509 TTTATTTTTGCTTTTCCAGGTTACAAGCTCAGTTTCCGACAGACCTGGTCAGATGACTCTTCATCTCAAGCCTTTCCTGGTGTGCGGAGGGGATGGATTTACTCACTCCAACTTCAATGGCTGCATCTCCTCTGCCCTGAGTGTCATGAAAGTTTTAAAGCGTTATATTTA------------------GTGTCTGTGTTCTTGTTCTCTA 

a score=1205
s danRer3.chr12  10806657 824 +  37038836 CATCAGGCTGTCCAATGCATTTAAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCATTTGAAGCTCTTCAGGCTCTCCAATGCATTTGAAGCTCTTCAGGCTCTCCAATGCATTTGAAGCTCTTCAGGCTTCCCAATGGATTTAAAGCTCTTTAGGCACTTCAATGCATTTGAAGCTCATCAGGCTCTCCAGTGCATTTGAAGCTCTTCAGGCTGTCCAATGCATTTGAAGCTCATCAGGCCCTCCAATGCGTTTAAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCATTTGACATTTAACACAGTTAACATTAGCTTTTATTTGCATGGAAATCT-ACTTAAACTGCTAGAAAACTATTTTGCTGAACTGATTCTCACTCTTACAGCTTTTGTACGTAGCCTAGAAAACATGCATGACCTACTAACTCAAAGTGTTTAGCCAGTCTGCTGCCAATGCAGATGATGTG-----GGTCCGAAACCAGCATTGGGCAATATTGAACTATT-----AGCAGCCAAGG---ACCAAAGATGAAATGAAACAGAAGTTTCATGAAACAGAATCAGGCTCTCCAATGCATTTGAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCATTTGAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCAT--TTGAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGC--GTTTAAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCATTTGACATTTAACACAGTTAACATTAGCTTTTA-TTTGCATGGAAATCT-ACTTAAACTGCTAGAGAACTATTTTGCTGAACGGATTCTCACACTTACAGCTTTTGTTTG-TAGCCTAGAAAACATG--CATTACCTACTAACTCAAAGTGTTTAGCCAGTCTGC 
s mm7.chr4      152242589 749 + 155175443 caTCAAACTCTCACACACAGTTAGTGTGCACCAGGCTCTCACACACAGTCAGTGTGCACCAGGCTCACACACACAGTCAGTGTGCACTAGGCTCACACACACAGTCAGTGTGCACCAGGCTCACACATACAGTCAGTGTGCATCAGACTCTCATACACACTGTCAGT---------------GTGCA-----------CCAGGCTCTCACACACAGTTAGTATGCACCAGGCTCACACACACAGTCAGTGTGCATCAGACTCTCACAC--------------ACACAGTCA------------GTGTGCACCAGACTCTCACACACACAGTCAG----------TGTGCACCAGACTCTCACACACACAGTCAGTGTGC------------ACCAGGCTCACACAGTCAGTCAGTGTGC---ACCAGGCT--CACACACACAGTCAGTGTGCACCAGGCTCACACACACAGTCAGTGTGCATCAGACTCTCACACAAACAGTCAGTGTGCACCAGACTCTCACACACACAG--------TCAGTGTGCACCAGACTCACACACACAGTCAGTGTGCACCAGGCTCACACACACAGTCAGTGTGCATCAGACTCTCACACACACAGTCAGTGTGCATCAGACTCTCACACACAGAGTCAGTGTACACCAGGCTCTCACACACAGTCAGTATGCACCA-GGCTCACACACACAGTCAGTGTGCATCAGACTCTCACACACACAGTCAG----------TGTGCACCAGACTCTCACACACACAGTCAGTGTGCACCAGACTCACACACACAGTCAGTGTGCACCAGTCTCACACACACAGTCAGTGTGC 

a score=5352
s danRer3.chr12  10807582 316 +  37038836 GAATCAGGCTCTCCAATGCATTTAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCGTTTGAAACTCAACAGGTTCTCAAATGCGTTTGAAACTTATCAGGCTCTCCAGTGCATTTAAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCATTTGAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCATTTGAAGCTCATCAGGCTCTGCAATGCATTTTAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCATTTTAAGCTCATCAGGCTCTCCAATGCATTTGAAGCTCATCAGGCT-TTGCAC-TGCGTTTGAAACTCATCAGGCTCTCCAGTGCATTAAG--AGCATCAGGCTT 
s mm7.chr4      152243450 317 + 155175443 GTACCAGGCTCTCACACACAGT---GTGCACCAGGCTCTCACATACAGTCAGTGTGCACCAGGCTCTCAAACACAGTCAGTATGCACCAGTCTCACACACACAGTCAGTGTGCACCGGGCTCACACACACAATCAGTGTGCACCAGGCTCTCACACACAGTCAGTGTGCACCGGGCTCACACACACAGTCAGTGTGCACCAGGCTCACACACACAGTCAGTGTGCACCAGGCTCACACACACAGTCAGTGTGCATCAGACTCTCACACACGTGGTCAGTGTGCACCAGGCTCTCACACACAGTCAGTATGCACCAGGCTT 

a score=1732
s danRer3.chr12  10862850 504 +  37038836 TCCAACCAGCGTGTAAATCACaatatttatttattat---tttttCCTGGAGAACATTGTACATGGAGTTTATTAATCCTC-GCTCGT-TGTTTGTGTTGGCCAGGTCCGCAGTCTTCGG-----AGAGGCATGTTGAGGTGATGGGCATGGCCGACTGCATGCCGTTCTTCGGGATAGGAGACCTGAGGGAGATTCTGCAGGCTATAAAGGCCCGCGGAGCAAAAACCGTGGCGCAATGTAGACCTCGCAAAGTCTCACACTACCTCGAGGTGAGAGATGATGATTGAGATGTA--TGAGTAAATGGTTGATTTACCATCCAATTATTGCAGAATTGACATGTTTGGCTAG-TTTACTCATACAtacagttgaagtcagaattattagc---------ctctctttaaatat----------------------tttttgcctaatttctgtttaacgccatg----------aggatatttttcaacacatttctaaacataatagttttaataaccgatttcttttaatatttcttttgccatgatgaaagtact 
s mm7.chr1      141497643 549 - 194923535 TTCACTAAGTGTTCTAACAGTGATACTTGTTTCCAATGGACATGTTCTGGAATATAATTTTAACTAACTTAACTATGCCTCTGCATGTGTGGTTTTGTTTTTTCCCTCAGGAGTTTCCAGTACTGAGAACTACTTGGAAATAGAAGGAATGGCTCAGTGTCTCCCATTCTATGGAATAATGGATTTAAAGGAAATTCTTAATGCTATAGTAAACAAAAATGCAAAGGAGATTTATGAATGTAGACCTCGAAAAGTAATAAATTATCTGGAGGTATGCCTCACTGGATCACATGAACCTGCCTAAATTTTATGACTCTTATTCAA--ATAGAAAACTT--TGTGTTTATTTTGCtttgtttttagacagggtcccactaagtaacattggctggatggaactcactttgtggaccaggcttgtagagacctgcctatctctgcct--tctgTCTTTAACCCTCTGCTAGGAGTAAAGGTTGTTTTGCCCACCAACCCCAGTAGTAAATGGTTAAAAGA---ATAGTTTTTAAAATGTTAGTTTTCAGGAAGAAAGTACT 

a score=4427
s danRer3.chr12  10865097 293 +  37038836 tgaagcgttatgaatactttccggatgcatg-gtaTATGGACCTATTTCATTAAAAAA---TATTTCTACCCCAAGGTCTTTTTGCATTAAAAACGTGTTTAGTATTTTGTTTAATATTCTGCATGTTTTTCTTTTTAGAGCGAG--GCAGTGAGACTAGCAAGACAGTTACCTCTCAGTCTCTCAAGAGCCGATGTTACAAACACACTTCGCCGAATGCAACAGGAACTTCAAGACGAAAGTCAGGTCTGCATTCACAGGCTGCCATTTTTTCACAATCTGGTGACCCTTCCTGAAAC 
s mm7.chr1      141500401 272 - 194923535 tggtgcttaataaatacttgttgagtaaatgaGAATCAGTTTTTATTTTGCTGGAATAGTGTGTCTCTTCTTCAGGGTCTATCAGGATGAAACATGTG---------------------------GCTTTTCTTTTCACAGGGAGAAGCCGTCCGTCTATCCAGACAGCTACCCATGTACTTACCAAGAGAGGATGTCCAAGATCTTATCTATAGAATGAAGCACCAGTTCGGAAAAGAAATTAAAGGCTGTGTTCATGGCCGCCCATTTTTTCATCATTTGACCCATCTTCCAGGAAC 

a score=1766
s danRer3.chr12  10865672 109 +  37038836 TTACTTTATATGAATGATTTTATGAGGGCAAAGCTATGATTTTAGTATATTTATATCATGGCACATTTGAGTTTTGAAACTTAAACCACTCTTC-----------------GGTGGTTTTTCTGCT 
s mm7.chr1      141505801 106 - 194923535 TTACTGTGCATGAAGGATCTT--------------------TTAGTCTTTTCCTAATGTGAAATATTTTAGTTATACTTCTTAAATTACCTTTCATGAAACAGCCAAAGTAGGTGTTTTTTCTATT 

a score=19496
s danRer3.chr12  10889724 576 +  37038836 GTTCATGAGCAGCCACAGCGGTCTACTACCATCGAAGGGATCTTGCCGTAGATGATCTGCTCTTTGCCGTTAAAGTAAAGCATGTTGATGGGAGACATCTTGGTGGGAGTGCAGCAGGGCCCAGCCGTTCCTCTCGGACTGGCCTTGTTCACCAGATGGGTGTGGGGATACTTCTGCAGGTACATGTAGTCGCATTCTCCTGAACAGTAATTCGCCTTATAGCGTTTTGGAGCAATAATCCAGTCCCAGCCAAAGTCCTCGAAGTCCACAGTGAGAGGGTACCTGCAGCAGCGAGACTCTGAGGAATTCTCATCGCAGTCCAGTCCGGAGTCCCTCCGGATTCGTTTTGGGCCCTCTGATATTTTCACCTCCATAAAGGGGAGCTGAGAGGAAAAGAAGCCAAAGAGAGTTGGTAAA-----CTTAATATTTTGCCCATACATCAATGGAGGCTGCAAATAGTTA-TAAAAATACAGATATGATTATGGAAAGGATGAATGAATTGATTCTGATTCTACCAAACAATTCCAGTTCTTAATGGAACCG------TTAGAAATATTTATCGTTAGATATATATCATTTTT 
s mm7.chr1      141623380 559 - 194923535 GCTCATGAGCACCCACAGCGGTCTACTACCATGGCTGGAATTTTCCCATATATTATTTGTTCTTTGCCATTAAAATATAGCATATTAATGGGAGACATTTTTGTCGGAGTGCAGCAAGGGCCTGCTGAGCCTCTGGGGTTTGCTTGGTGCACAAGATGAGTATGCGGATATTTTTGTAAAAACACAAATTCACACTCTCCTGAGCAGTAATTGGCCTTATATCTTTTGGGTGCGATAATCCAGTCCCATCCAAAGGCTTCAAAATCGACCGTGAGGGGGTAGCGGCAGCACCGGGATTCCGTGGAGTGCTCATCGCAGTCAAGCCCAAAGTCTCTCCGGGACCTCTTGGGTGTGTCTGTCACCTTGACTTCTAAAAAGGGATTCTGTGTGAAAAGGAA---AGAACAATTATGTAAATAGAGCCTGAAATCCTTCC--TACCTTAA----------AAATCATTATTAGAAaaacaaaca-aacaaacaaacaaaccaacCACATAATTTTTACGCTTTT------------TTTTTAAAAGAACTGCAGAATTAAGGAATTTTTAT-ATACACTAGACTTCATTTTT 

a score=8957
s danRer3.chr12  10890964 735 +  37038836 ACTCACCAGTCCATCCTCCCCAGTCTCGGTTGAAGTGACGGCCAAGTCGTTTCCCTTCGCGTCATATGCGTTAATCTCGATGCCTCGGTTGGTCTCCGGTTGTTTTAACCACACCGTGAGCACCTGCTTTACGTCTATACTCTGCCAAGACGTGACTCCTGCGTTCACGTCGATTTTCAGGGATCGTATTC---GGTGTCTTCCTCCGTCCTTAACGGGC---ATCAGCCGAGATATCTGTAAGAAGACGGTGGTCGCCTCCTCCGCCGGTCTCAGATGAACCCAGAGCTGCGCTCTTACGATCCGGTTCGCTTGGATCTTCGGACTGAAGGAGAAAAAGCAACACTTCGGTTTCCGATCTACTTGAACAATGGGGTCAGCTGAAAGAAGGACAGGAAAAGTAAATCAGAGTGAT-AGGTGAAAAAGAAACGGAATATGGTTTTCAGTTGTAGGTTTATTCTTAAAAGAGTTTAATTGTTGTTAAATTAAAAGGAGGAATATTATGCAGTTATAAG----TTTTAAATAAATAGCTGTTATTGGGGATATAAACTGTAATACATAACAAATATAAAGGAAACACATAAATATTAGCTTGAAAAAAAAAAAAAatatatatatatatatatatagctatatatacacacacatata-tatCAGTTATTTAAAAACATACTTAACGTATTACAGACGGATTTACTTTATAGCCTA-TTTAAAAAAGAATAATCTACAGATAAAATATTTA 
s mm7.chr1      141625751 680 - 194923535 ACTTACCAGCCCATCTTCTCCTGGTCCTGGGAAGGTTACAGCAAGATCATGGCCATTCTCATCCAAAGCTTTGATTTCAATGCCTAAGTTGGATTCAGGCTGTTTGAGCCAATTTTGCAACACTGTCTTCACATCAATACTCTGCCAAATACCAGTGCCTGGGCTCATGTCAAGTTTCAGAGATCGGATTCCAGTATACCTTGTACCGTCTTTCATGGGTTTGATGAGTCTCAGGATTTGCACAAACACTGTTGTAGGAGTCTTGACGGGTCTGAGATATATCCACAGTTGGGCTTTTACTACTTTGTTGTACTGTATTTTAGAGCTAAATTTAAAAAAGCAACATTTGGGCTTGCCATCCGCTTGCATTAGAAAGTCAGCT---ACAAAGGAATAAGAAGAAAATGACTGACATCAGGCCCCATCAAAACACAA--------------ATAAACTCACTCCTTAACA---TCAGCTGTT---------------GGGGTAGTGTGTACGTATGTGGTCTTTTAAAATAAA---ATATTATGTGGAACTTCATTCATAGTTCAGAAGAAACATCAGAGA-------AAATAGTTGCTC-----------------------TAGCTTTTCAGAATTTTTTTTTTTGACATCTGTATTTTCACCTGTTTATGTAGATTCTACTCCCCTTCCAGAGAACTCTGGGCTAAGGGATATTTTGTAAAAGAATGAACAGCACATGAAATTTTCA 

a score=9774
s danRer3.chr12  10892091 699 +  37038836 ATCCTTACGTTCTGTGGCCATGGTCATGATGGTTTCTGTGGTGGCATGTTCATCGTCCTCTTCCACAGCTCCATCCTTACTGTCATCTCCTAAAACATCGTACTGATCCAGAAGTTGTTGCAAAGGCGGTGCTTTGGGTAACAGCTGCTTGACCACGTCCCGGCTGATGTTTGGAGCCTGCTTGAGTCGGAGTTTGCTAAGAATTTGGGACTTGATGGCATGCAGTCTCATCAGCTTGCTGTGTTGTCTGAACTCACATGTGGAACACTGCTCGCTTTCCTCCGTGGCTGTGGAAGGCTGCTGGTGCGCCGTTATATCTCCAT---AACCCACTGGACCACATGCAATTAATACACTTAGAGAAATTAAAACCTGTGTAAAATGCATGTTCCAAGGCGTGCTAAAG--------GATGTTTG--------ATGTTCTGA---------TTTGCTATGGA--AATG--------AACCTCA--CCACGCACCGGACAAGTAGATGTCATGC---------------------TTAAATTCGGCAAGGCTTTTTATACTGCAACTTTGGCCACTCTATTGTGTCGTAAGATTCAATGATTGGCTGAGCTG-GCAACAATAAACCTAATGGACAGAGCTGGA-----CTTCTTTCGCAGCTCTTAAAGAGGTATAACACATCTTTGAGGACTCGTGGGGAAA-----TCATTTGA--ACCTGAGAAATTATGCAGAT-------TTATGAAAAATACA---AACATTTAAAATACATATTTCCGTG 
s mm7.chr1      141627864 756 - 194923535 ATACTTACACTCTGTAGGCATGGTAATGATTGTTTCCGTGGTAGCGTGATAATCGTCATCTTCCAAAGAGCCATCACTGCTGTCATCCCTCTGGACGTCGTACTGATCGATCAGTTCCCGGAGTGGAGGCGCTCTTGGCAGAAGTTGTCTTATAGCATCTTTGCTGATGTTAGGAGCTGTTTCCAGGCGCAGCTTACTGAGGATTTGAATTTTTATGGCTTCTATTCTGGAGTACCTCGTGTTTTGTCTCCACGCACATGCATTACACAGCCCCTCTTTTTCCACATTT-------TCTTCTCTCTCACTG-----CCCTCATTTAGATCCACTGGGCCAGCAGCAATCAGCATGAACAGGTAAATATAAACATACAT---TTGCAGTTTTTGCATCATTTTAAAAATCAGCACAATCTTTTTTTTTCCCTTGTTCTTATTTCTTCTTTTTGCTTTTGAGTAATGCCAAGTGAAATATTAGTGCATGTACCGTCCGAG-AGACAACCTGCCACGCCAGGGAGTCCTGTATACTGTATTCCAAGTGGCTTTTTATATTCCAACTTAGAGGAGACAA--GTGTCGTCAGGATCTATGATTGGCT--CCTGCTCCACAATGAATCTCGCTGTCAGAGGTTAAAACCCTGTCTGTCACAAGTCACCAAGCAGT-------ATTTTGTTACAGTCGAGGGCAAGCTGATTCATTTGACTACTTCATAAATGAAATAAATCCCCAAATCATGAAAGATATATGTGACATTTGATAAATTGAAGTCTGTG 

a score=4411
s danRer3.chr12  10940502 290 +  37038836 CCCAGGAAAAATAAGATGTTTT-TTTGGCACATGCTATCAATTTTCAACATTTTTGGGGAGATAAAGTACTATTGATTCCTGTGAAATCAAAGCTACCTTGCATTATTAATGTAAACTTAGATTATAACCCAGTTATGCTCCACAGGGAGATAGAGAAACATGGTCTGCCTCTTACCAATGCCCGTCTCTGGCATGGCAAATAGTGTCTTCTCAGTGGCCACACGAAACTGTCCGTGAACTGAAAGACCCACACCCTGCAGAGACAAAAAACAGAACAGATCAATAATTGG 
s mm7.chr1      141804669 278 - 194923535 CCGAGCTAACACAAAGTGTCTTGTTTTTTTTATTTTAAGTTCTTTCATCATGGTATCTCACGTGGAGTCCTTTGTCTTCATGTGTAA--AAATGTATAAAATATCTGAAATGTAGTAAAAGAATGTAA-----------TTCAAAAGTAATTACAAAAACTTTCTGGTATTTTTACCTATTCCCGTTTCTGGCATAGCAAAGAGAGACCTTTCTGTAGCCACTCGGAATTGACCATGGACTGAAAGACCAACTCCCTAGGGAAATAAGGAAAAAAATGCTTTAAAATATGG 

a score=1166
s danRer3.chr12  10948278 286 +  37038836 GATCACATTATTACAGAGTTTTTAATGATTTTCATTTAA--ATCCGACTTAAT------CTGACCTACTTT------TAACATCTGTAAGACTGAATTTATTATTTGTCATTTATAATTAATCACTTATTTATAACAGATGTCCAA---GAGCATATCTTCAAATCATGCTGCCCACATTCAATGTTCACAGCAATTCTGAGTGCTGTGACTGCAACAAAGCTTTGTCCCAAAAGAAAAGCAGGAATTA--------AAGACTAAACACAGACACTCTCGCAAAGAGAAGAAGTTATTGTGAATGCAAATT 
s mm7.chr1      141805249 282 - 194923535 GATCAAGTTATTACAGAGAATTTAGTAATTTTGAAAAGAATATCTAACATATTTCTTTACTTACCTACTTCATCAAATAAAATTAGCAACACCATGATTTTCACATGCAGCATTTAATGAGAC---CAATTTTAAAACTCCTCCAAATTGGCTATACTATGAGATTTG---------ATTAAAAGTCTACCTCAGACTTGACAAATGACACTG-----------------AAAAGGACAGCAGACACTGCATACAGCAATGCTAGAAACAGAAGTATACGTGAAGACCAGCTGTCCCTGTGCATGCTGACT 

a score=12609
s danRer3.chr12 10959839 260 +  37038836 TCAGCTACCTCCTGTATGATGTGAATCCACCTGAAGGCTTCAATCTCAGACGGGATGTTTATATCCGCATGGCCACTTTGCTGAAGACGTTGAGGAAAGAGGGTGACTGGGTGCTGGTTTTGCCTCCATGGGGACGACTGTATCACTGGCAAAGCCCTGAAATACATCAGCTCCGCATCCCGTGGGGTGAATTCTTCAGCATAACCAGCCTGCAGGCTAACATACCAGTCATTGAATACGAGGAGTTTATTGCTGGTAAG 
s mm7.chr10     76915157 260 + 130066766 TCAGGTACCTCCTGTATGATGTCAACCCCCCAGAAGGCTTCAATCTCCGCAGGGATGTCTATATCCGGGTGGCATCCTTGCTGAAGACGCTGTTGAAGACTGAAGAGTGGGTGCTAGTCCTGCCCCCGTGGGGCCGCCTCTACCACTGGCAAAGCCCTGACATCCACCAGGTCCGGATTCCCTGGTCCGAGTTTTTTGACCTCCCGAGTCTCAATAAAAACATCCCCGTTATAGAGTATGAGCAGTTCATTGCAGGTGAG 

a score=7571
s danRer3.chr12 10961639 161 +  37038836 TCTCAGAGTCTGGGGGTCCCTTCATTGACCAGATCCTTGTGCTGCAGAGCTATGCAGAGGGCTGGACGGATGGAAAATGGGAGGAGAAGGTGGATGACAGACCGTGTATTGAAAAGCTGATGTACTCAAAAGACAAACAGGGTTATTACAGGTACTGCTTT 
s mm7.chr10     76917018 161 + 130066766 TTTCAGAGTCCGGCGGGCCCTTTATCGACCAGGTGTACGTCCTACAAGGTTACGCCGAGGGCTGGAAGGAGGGCACCTGGGAGGAGAAGGTGGACGCACGGCCCTGTATTGACCCTCTGCTGTACTCGCAGGACAAGCATGAGTATTACAGGTAGCACTGT 

a score=5178
s danRer3.chr12 10965038 125 +  37038836 TTTTCCAGAGGTTGGTTTTGGGGTTTTGAGGAGACCAGAGCATTGAATGTCACCTGTTTATCTGCTCAAGGACATGCATCTATCCTGGCCCCTGTCTTACAAAATAACATAACAGCCACGTAAGT 
s mm7.chr10     76917844 125 + 130066766 TTTTCCAGAGGCTGGTTTTGGGGCTACGAAGAAACACGGGGTCTGAATGTCTCCTGCCTGTCCGTCCAGGGGTCGGCTTCCATCGTCGCGCCTGTCCTCTTAAAAAACACATCTGCTCGGTAAGT 

a score=4076
s danRer3.chr12 10975687 87 +  37038836 TCATCCAACCACAGGTCAGTAATGGTGGACAGAGCCGAGACTGTCCTTCATGATCACTATGCTGGGAAAGACTACTGGGATGTAAGT 
s mm7.chr10     76919529 87 + 130066766 TTACGTAAATGCAGGTCTGTGATGCTGGACCGAGCTGAGAATCTGCTTCATGACCACTATGGAGGCCGGGAGTACTGGGATGTGAGT 

a score=4990
s danRer3.chr12 10977594 128 +  37038836 TACAGACACGGCGAAGTATGGTGTTTGCCAAACACTTGCGCATAATAGGAGACAAGTTTAGAGCCAATCATCTCAACTCCACAGATAAACAAGACCAGACACCGTACAATGAGGACTGGACTCAAATG 
s mm7.chr10     76920418 128 + 130066766 TGCAGACCCGGCGCAGCATGGTGTTTGCAAAGCACTTGCGGGCTGTGGGAGACGAGTTTAGGAGCCAGCACCTCAACTCGACGGATGCCGCTGATAAGATGGCCCCGGAGGAAGACTGGACGAAGATG 

a score=7642
s danRer3.chr12 10977722 391 +  37038836 AAAGTATGTTTCCCTTACAATAATCCTCATTCCTGATTGATCAAATTCATGAAGCTGTCAGAACAACTGATATAGTCAAAAAGTAATGTATTTGAGCCTTAGTCACACGTCAGGAC-------AATGCATTTCTGAG-ATGTTTGTCATGTACTTT--------ACACCCACACACGTTTTGTTGTGACAAATCTATCATAATTTTCACCTGAACTTTTGTTAACTC--CTGGACCCAGAACCCTCTGGGGAGTGCTAAAGGTGGCCCTTACCTGGGGGTCCATTTACGGAGGAAGGACTTTATTTGGGGTCACAGAGAAGATGTGCCCAGTCTTAAAGGTGCAGTGAAGAAGATCCGTAGTCTCATGAAGAAGCACAAGCTACTGCAAGTCTTTGTTGCTACTGATGC 
s mm7.chr10     76921302 368 + 130066766 AAAGTAT-------TTGTGATAATCATGGTCCTCA--TGGTC---TTCTTGA------CAAGACATCTGTTTCCCCCAGGAAGTTCTGTGT--GAGACTCAGTCAGGCCTCAGCATCAGGAGGGATGCTTTAGAGAGCACGTTCATCCCGCTCTGCGTTTCAGGATACCCAGGTGAACCCTGTTCAGC--AATTTTCCAACAGTTGCATGT---CTTTTGTAGGTCAAACTGGGCTCAGCACT----------------AGGCGGCCCCTACCTCGGAGTCCACCTGAGAAGGAAGGACTTCATCTGGGGCCACAGGGAGGATGTGCCCAGCCTGGAGGGCGCCGTGAAGAAGATCCGCAGCCTCATGAAGACTCATCAGCTGGACAAGGTGTTCGTGGCCACAGACGC 

a score=6857
s danRer3.chr12 10979978 257 +  37038836 CGTTTTTAATTGTAGCAATCCCTAATGTTTGAACTCAAATATGTATTTACCCACACACAAACAAGTATTTATATTGATATGTGACGGCAGTGTTTTTTCTGCTTC-TAGAGCTTGCTAAACTAAAACGGCTGCTGCCCGAGATGGTACGGTTTGAGCCCAGCTTGGAGGATCTGGAGCTCCTGAAAGATGGAGGAGTAGCCATTATAGACCAGTGGATCTGTGCTCATGCCAGGTACTCAACCACACCCTCTGCTCTC 
s mm7.chr10     76921670 248 + 130066766 CATCAGGAAGGGTAGGCAGCCCTAAGGCCAGGCCTTCCTCATG------CCCCTCCACAGTGTGACCTTCATTCTGGAAGGT--CAGTAGCCTCTCCTTTGCCTCGCAGAGCAGGAAGAATTGAGGAAGCTGCTGCCGGAAATGGTGAGGTTTGAGCCCACGTGGGAGGAGCTGGAGCTGTACAAGGACGGAGGCGTCGCCATCATCGATCAGTGGATCTGCGCTCATGCCAGGTGCTTGGGTCCA--CGCTGCTCTC 

a score=8340
s danRer3.chr12 10983359 165 +  37038836 TTTCTTGTCAGGTTTTTCATTGGGACATCAGTTTCAACCTTCTCTTTCCGAATACACGAAGAAAGAGAAATCCTAGGTTTTGATCCTAAAACCACTTATAATCGATTCTGCGGTGATGTTGAGCAGGAATGCGAACAACCCACACACTGGAAAATTGTATACTGA 
s mm7.chr10     76923103 165 + 130066766 TTGCTCTGCAGGTTTTTTATTGGCACCTCTGTTTCCACATTTTCCTTTCGGATTCATGAAGAGAGAGAGATCCTGGGGTTGGACCCCAAGACAACATACAACCGGTTTTGTGGAGACCAGGAGAAAGCATGTGAGCAGCCCACACACTGGAAGATTGCGTACTGA 

a score=1488
s danRer3.chr12 11042590 785 +  37038836 ACCCGCCCTATTAATTCTTTTTTTTTTTTCTTTATTTCCTCCCCCCAGAGTAAGAGAGGAGAAGATAGTATTTTGTTTTTTTAGCCATC------------------AAACCACACCACTCACATCTTTTTATCT------------------GTGTTTCTTGCATTCAGGTGCGTGTGTGCGCGTGTGCAGGAAACCCAACAAACGAAGGGAGGGATTTCCCCCCCCCCCGC---------GCACACAGGCACATATGCATATATGGCAGAGAATATCTCTCTCTATATTTATCGAACCGG-----AAGGAATAGATATTTATACACTCTTTGTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCGGGGG---------GAGAGTGTCTCTCT-CtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtCAGTAAATCTCTCTCTCTCGCTAGTTCGCGGGGTGGGTGTGAGTGTGACAAAGAGAAA--------AACTCACA---GAGCCCATGAGCGGGGGGGTGTGGGTGTCTCTGTAACTCTTGATCTATATCTCTCTCTCTCTATCTCTAGGGAGAGAGAGATATAT-TGCGAGCGCGTTCACTCGCTCACACG-AGAAGtctctgtcactctctgtgtcacactctctctctctctctctcACGCGatatatatatatatagatatagcaatatatatatatat-atatatatagatagatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataCCTATTTCTAAATATATAAAATTTC 
s mm7.chr1      37795356 805 + 194923535 aaccATCCTACCTGCTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTCTTGCAGCTGCAGGTAAGGATGAAACGGTAACAGTTTGTGTCCTTTGCCAGCATCACACTAAGGATACATAAAGTGCACAAGTTAGCTAGTTTAATGTCATCAACAACACTAACAGGTTGGGCTTTCATTTTGTTGTTT-------CATGAACGAGCAAACCAAC--CCTGAGCTAAAGATCTTCATCTACATTACCAGGAAGCAGCTCAGCTTCAGCCTTCCCCATCTGCTAGAG------TCTGGTCGTAATTCTGATGCTGGCTTTTCGGGATTAAGGATTTAAGGATACACAGTCCACATCAGGC-CTCTTCCTGAAGATGGTCCTGATTTGGCATGTTCTCTCTGCTATTTAGGACAGTTCCTGTCTC-------CTTTCTCTCTCCCTTGAT--CTGTATGTTTGTGAGTGTGATTTCATGAGCCTATGCCTGGATTACAtgtgtgtgcatgtgcgtgtgcgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtttgtatgtgtgtgtctgagtatgtgtatatgtgtgtgtatgtgtgtgtatatgtgtataggtgtgtgtatgtgtgtgtg---------------------ctcatgc-----atgtgtacatatgtgtgctcgtgtgtgtatttgtgatatgtgtatatgggcatgtgtgagtgtatatatgtgtgtatgtgtatacacatgtgtggttatgtatgtgtatatgtgtgggt---tgtatatgtgggtatgtgtatgtacatttgtgtgtgtttgtAGGTGAGTGGGTACACTGATGTGTGCAGGTATGTACATTC 

a score=3767
s danRer3.chr12  11078308 169 +  37038836 TTAGAGAAAAACAAGTTTATCATGGACCAGATCACCACCCTCTCTGTGCTCATGATGAACCTCTCCTCCTGTGTCAACTTCGACCGATACCGAGGCTTCA-ACTCTACTGATGAACTCGACAAGCAAGCCGAAAAACTGGCTCAAAACCGTGAGCTGTATGCCAGTGAGT 
s mm7.chr1      123378066 169 - 194923535 TTAGTGAACAACATTGACATCATTGATCAGCTCAACACACTGTCTTCCCTGACTGTAAATATTTCCTCCTGTGTTCTTTACGACCG-TATTCAGGCGTCAGACACTGTAGAGGAGATGGAGACGGTGGCCGAACAACTCTACAAGAGCAACGAGCTCTTTGGAAGTAAGT 

a score=5632
s danRer3.chr12  11084774 308 +  37038836 TTATCTTCACAGGCATTATTTTCAAACTTCC---CAAGGAGAACTCCAGCAG------------------------CCTGCCACCAAACATCGACTACACCATACGCATGAACATCGAGAATGTCATGCGCACAGACCGTGCACGCAATCCCTTCTGGGTGAAAGATGCCTACATATCGGCAACCAGAACCCAGCGGTACAGCCGAGGCTTTGTGTACCTGCAGGAAAGCATCGAGAGGGCCATCATCGAAATGCAGACGGGTAATGCCATGGATGGGCCCGCGGTCCAGATGCAGGCATTCCCTTATCCCTGCTACTATAAGGACGAGTGAGTG 
s mm7.chr1      123378736 335 - 194923535 TTTTGTTTTTAGGTGTCATTTTTAAGCTTCCATCTAACGGAAGTTTGCACAGAGGGTTTGACCCTGAAAAAGTGTCTCTTCCTCCTATCGTAAGATATACCATCCGCATGAGTCTGAAGACGGCACAGACCACAAGGAGCATAAGAACAAAGATCTGGGCCCCAGGGCCACACAACTCTCCATCCCATAACCAGATCTATGGCCGGGCTTTCATTTATCTGCAGGATAGCATTGAGAGAGCAATTATTGAGTTACAAACAGGAAGGAACTCACAGGAAGTCGCCGTCCAGGTTCAAGCGGTTCCTTATCCCTGCTTCATGAAGGACAAGTAAGTG 

a score=5445
s danRer3.chr12  11087625 133 +  37038836 TCTTTCCTTCT-------AGATATCTCAACAGCATCGCGTTTGCCTTCCCAATGGCGCTCATGATTTCCTGGGTGCTGTTTATTGCACACTTTGTCAAGAAACTAGTGCACGAGAGAGAGCTGCGTCTTCACGAGGTATG 
s mm7.chr1      123380640 140 - 194923535 TCTTCTCTTCTGTTCCACAGTTTCCTCACCAGTGTCTCCTATTCCCTCCCGATTGTGCTTATGGTCGCCTGGGTTGTATTTATAGCTGCCTTTGTTAAAAAGCTAGTCTACGAGAAGGACCTTCGGCTCCATGAGGTATG 

a score=13129
s danRer3.chr12  11087799 484 +  37038836 CATTAAATGTCTCCCTTATCTTGCAGTACATGAAAATGATGGGGGTCAATCCCATCAGCCACTTCTTTGCCTGGTTAATTGAGAGCGGTGCGTTCCTGTTGGTGACCGTCATCATCCTCACCATCATTCTGAAGGCTGGCGGGATCCTTCCTCGCAGCGATGGATTTGTGCTCTTCCTCTACCTCTGCGACTACGGCTTCAGCGTCCTCGCGGTCAGCTTCCTGGTCAGCTCCTTCTTCGATAAGACCAACATCGCCGGGCTGAGTGGCAGCCTTATCTATGTCATCTCTTTCTTCCCCTTCATTGTGCTGATCCACTTGGAGGACAACCTCTCCTTCTCTGTGAAGAGCGCTCTGGTGTGTATCATGTTTTAATTGGTTTTTGCAGTTTAACATTGTTGTACAGTCACATTTTGAAGATTTG---CATAAACAC-------TTGAGA-TTCATTAATGATAATTATTCTATCAGGCAGTTGA-----ATGCTTAATTCT 
s mm7.chr1      123386612 487 - 194923535 CATCTAACTCTTCCTTCCTCTTCCAGTACATGAAGATGATGGGTGTCAACTCCTGCAGCCATTTCTTTGCCTGGCTTATAGAGAGTATTGGGTTCTTGCTGGTCACCATTGCAATCCTCATCGTTATCCTCAAGTTTGGCAATATTCTTCCCAAGACAAACGGCTTCATTTTGTTCCTGTACTTCTCAGACTACAGCTTCTCAGTGATTGCCATGAGCTATCTCATCAGTGTCTTCTTCAACAACACCAACATTGCAGCTCTGATTGGAAGCCTCATCTATGTCATCGCCTTTTTCCCATTTATTGTTCTGGTTACAGTTGAGGATGAGCTGAGCTACGTTATTAA---------AGTATTCATGGTAAGTCAACCGG---CTGGAGTGCACCCTTGTGTGACATAAATACTTTCCTCCCTTAGTTCACGAATACCCTCAAGTTGAAAGTTCATTTAT-ACAATTAAAATATAATGTAATAGCAAAATATACTTAACTCT 

a score=6768
s danRer3.chr12  11093453 312 +  37038836 TCTGCTCCACAGAGTCTCTTTTCTCCGACATGCTTCAGTTATGCCAGCCAGTACATCGCCCGCTATGAAAAGCAGGAAGAAGGTATGCAGACACAAACCCTCAGACCGTCTTTAATTGGTGTTTGTTTGGAATAATTAGATTGAGTGAGTTTGTTGTGTGTACCTACACCTCAGGCATCCAGTGGAGCAACATGTACATCTCTCCTCTGGCTGGCGACACCTCCTCCTTCGGCTGGCTCTGCTGGCTGCTCTTAATTGACTCGCTTGTATATTTCATCATTGGGATTTACATCCGCATGGTCTTTCCAGGTA 
s mm7.chr1      123388012 305 - 194923535 TTTTCTTCTCAGAGCCTGCTGTCCCCGACAGCATTCAGCTATGCAAGCCAATATATTGCACGGTATGAAGAACAAGGCGTTGGTACGTT--CAATTTCTTTAAAATAGGGTTTTATCTCTAAGTGTGATGTGTGCCAAGGAAGAGTAAACAC-CTGTGTTCAATTTC----TAGGTCTTCAGTGGGAAAATATGTACAAATCCCCTGTTCAGGATGACACCACCTCATTTGGCTGGCTGTGCTGTCTAATCCTAGCAGACTCCTTCATTTATTTCTTTATTGCTTGGTACGTCAGGAATGTTTTCCCAGGTA 

a score=1551
s danRer3.chr12  11095919 266 +  37038836 TTTTTCTGTACTC-------AGGAAAGTATGGCATCGCTGTACCGTGGTATTTCCCAGTAACTAAATCCTTCTGGACGGATATGTTCAGCTGTTGTAGCAAGACACCTAAGAAAATAGGGAGAGGGCTGCTGTTTACCAA---CATGATGCAGGACCAAAGCAGCATGAACAAGAGCAAAGGTACATTCATAACCATTTCCCTGGGAAT--ACTTGATTCTGA---TGTGTCAATAGAAAGTTTGGAGTGCCAATCTGTATATTTGATTATTGTCTCCCAT 
s mm7.chr1      123389103 277 - 194923535 TTTTCATGTATTCTCATTACAGGGACATATGGAATGGCAGCTCCATGGTATTTTCCCATCCTTCCTTCCTATTGGAAAGAGCGCTTTGGATGCGCAGAGGTGAAGCATGAGAAAA---GCAATGGCTTAATGTTTACTAATATCATGATGCAGAACACCAACCCTTCTGCCAGTAAGACAAGTAGGTCAATAGCATGTACTATTATAACAGAAATTATACTAAAATTACATAACTAGTGGGTTTAG-GTACATTTTTCTAAATGAAATTATTATCGTCCCT 

a score=-1909
s danRer3.chr12  11096294 543 +  37038836 TCTGTTATTTTCTGTGCTAATTTACGGGTCAGTGTGTTTTTAAATGAGTAAAATTAGTAAATTCTACATTTCTCAAATTTTATTTTTGATCAATTTATTTTGTCCTTGCTAATTCCTTGTATCCTTG-ACAGTAT---TATCTGTGCTGTAACAAAACATGTCAATTATAAGCAAACGTGTAGTTTTCATCCACATATTTTTAAATT-----TGCCATCTTTCCTGCTCAATTGTAAGTTGCGAATTATGAGTTTGTTTATTTATTAATACTCATGCATTATACTGAGCTCTTCTGCAAATATGACAGGCAGGGGTATTAATGAAATCCAAAAACTAGTACTGAAATGAAATGCATTTAAATTTAAATTAGCAGGTTAAAACAGGCTGATATGATTTCACCA-ATATTCTTACTTTTGTTTATGGTGACACATACTGTAACCTTAAGTTTCTGTGTGATTTATTATTAACATCTTTTCTTCTGTTTATATATTTTTTTTTGTCACAGGAAAAGGTAGCTTGGTGGCTAAAGGAGAAGAAGACTTCTCAGGGTT 
s mm7.chr4      102083080 463 - 155175443 tttgtttgtttgtttgtttgttt--TGGTGAGTCcttttctcacttggtataattcttttgatttcca---ctcaaattgtgatat-atttaattcattttttccttaatga------gtagtattgcacagtatggacatccatgatACTTTTAGATATGTTTTT-------AAAATGGCTGTTGGCATAC---TGTATTTTAATTGTTTGTGCAGCCTTTCTTCATCAAAAGACTAATGTGGTTTTT---TTTATAAGTTCATTGCTACTG-----------TCAGCTCACGTGTTC----------CAAGGGGCTTAAAATATTTCAT---CTTGTGTTTGTCTACAA--CATTAAAGGTTGAGC--ATAGACAGAAACTAGTTCTAAAAGTCTAAGCATAGACTTTTGTATTTGTGTACTCTACGGATCAGGGCAGTGTT----TCCTGTGGGAT----------CATCTCTGTCTCC----------TTTCTTTTGTCACAGTC-------------TGCATGGAAGAGGAACCCACTCATCTGAGGC 

a score=6003
s danRer3.chr12  11096841 137 +  37038836 GTTGGAGTCTCACTGTATGGCCTGACGAAGACCTACGGCAAGAGGAATGCTGTAGACAACCTAAACCTGTCTTTCTATGAGGGACACGTCACCTCTCTGCTGGGTCACAATGGAGCTGGAAAAACCACCACTATGTA 
s mm7.chr1      123390229 137 - 194923535 GTTGGAGTTGCCCTTCATGGGGTCACAAAGATCTATGGCTCAAAAACAGCTGTTGAGAACCTCAATCTGAACTTCTACGAAGGGCACATTACATCACTGTTGGGGCCAAACGGAGCTGGCAAAACCACAACAATGTA 

a score=8436
s danRer3.chr12  11098695 391 +  37038836 ttcattcattcat----tgattttctttcgccttagtaccttatttatcaggggttgcaccgcggaatgaatcgccaactattccggcatatgttttacgc--agccctccagctgcaactctgtcccagtactgggaaaatatttccatatttatttctttaatttcagGTCACTTTTGACTGGATTGTTTGCACCCACTGTCGGCACCATTGAGGTCTACGGGATGGATATGCAGATGTTCATAGATGATGTGCGCAAGGAGATGGGCGTCTGTATGCAGTATGACGTCCTGTTCGACCATCTGACCACTAAAGAGCATCTGTTACTGTACGCTCAGATCAAAGCTCCTCATTGGACCAAGCAAGAAGTGAAGGAACAAGTGCACAAGTATGTTA 
s mm7.chr1      123392778 387 - 194923535 TTCATTTCTTCTTAATGTGTTTTTCTTTCACAGCTTGACTTCGTTTG--AGGAGAGGCATTGCAAACCCCCTCTCC--TTTGGTCAGCATATGAGTTACGCTTAGTCTT------GCTGTCTAGCTTGAGTGATTGGTCCATATCTAATTTCTCACATCCTCATTTCCAGCTCCATGCTGACTGGGCTGTTTGGTGCCACAGCGGGTACCATTTTTGTATACGGAAAAGATATCAAGACAGACCTGAATACTGTTCGGAAAAACATGGGGGTCTGCATGCAACATGACGTCTTGTTCAGTTACCTAACCACCAAGGAACACCTTCTCCTGTATGGCTCCATCAAAGTTCCTCACTGGACCAAAACACAGCTCCATGAGGAGGTTAAAAGGTGAGTTA 

a score=8812
s danRer3.chr12  11101143 227 +  37038836 AACATTGTCCCACTTCTCACCATTTC--------AGAATCCTAATGGAAACAGACATGCATGCCCACCGGCACAAGCGTGTTGGCACTCTGTCAGGAGGCATGAAGAGAAAGTTATCCATCTCCATTGCCTTCATCGGAGGCTCGCGGCTGGTGGTGTTGGATGAGCCGACCACCGGCGTAGATCCATGTTCCCGACGCAGTATCTGGGACATTATCATACAGCACAAACAAGGT 
s mm7.chr1      123395003 235 - 194923535 AACACAATAGCACCATTCACTATTTTTTTCTTGAAGGACTTTAAAAGACACTGGACTGTATAGTCATCGCCATAAGAGAGTTGGAACGTTGTCGGGAGGAATGAAGAGGAAGTTGTCCATATCCATAGCTCTCATCGGTGGCTCCAGGGTAGTGATTTTGGATGAACCATCCACGGGCGTTGACCCATGTTCTCGCCGAAGCATATGGGATGTCATATCCAAGAACAAAACTGGT 

a score=8649
s danRer3.chr12  11104988 186 +  37038836 TCTGTGTTGTTTTTGTTTGCCTGTCCA-GAGCGTACCATCATTCTTTCCACACATCACCTGGACGAGGCTGAAGTTCTCAGTGACCGCATCGCTTTTCTGGAGCGCGGAGGCCTCAAGTGCTGCGGTTCACCCTTCTATCTCAAAGACAAACTCGCTAAAGGATACAACCTCACCCTCACTAAGAAG 
s mm7.chr1      123395927 187 - 194923535 TCTCTATTGTTCTTGATTGTATTTTCAAGCAAGAACAATCATTCTGTCCACACACCACTTGGATGAGGCCGAAGTGCTGAGTGACCGCATCGCCTTCCTGGAACAGGGTGGGCTCCGGTGCTGTGGATCTCCATTTTACCTCAAGGAAGCTTTTGGGGATGGTTACCACCTCACACTCACCAAGAAG 

a score=4852
s danRer3.chr12  11107210 290 +  37038836 ttttataattttCCCTTTTATCAACATTCATTTCTATATTTTTGGTTCAGGTCGAGACTGCCGACTCAAAGGAGAAGTTTGACTATGAGAAACTCAGGGATTTCATTCATTCGCACCTACCTGATGCCCGACAGAAGGATAGAGAGATGGGTGATCTAGTCTATGCCTTGCCACCGTACACCCCTCAAAACGCCTCTGAGTACCACTCTCTGCTTAACAGCCTGGATCAGAATCTGGACAAGCTTCACCTAGGCTGCTATGGCATCTCTGACACCACCCTGGAAGAGGTA 
s mm7.chr1      123397486 267 - 194923535 TTGCATAACTTTCCCTTTTGTCCACAG----------------AGTCCAAACCTAGACA-------CAAATGCAATCTGTGACACAGTGGCAGTGACAGCAATGATCCAGTCGCACCTTCCTGAAGCCTACCTCAAAGAGGATATTGGGGGAGAGCTTGTATATGTGCTCCCTCCATTCAGCACGAAAGTCTCAGGAGCTTACCTGTCCCTCCTGAGAGCACTGGACAAGGGCATGGGTAAACTCAACATCGGCTGCTATGGCATTTCAGACACCACTGTTGAAGAGGTA 

a score=3893
s danRer3.chr12  11110205 342 +  37038836 GTTTTAGAATTTTGATATGATTTTGTCATTTCTCACAATTCTTGTTTAAAATAATTGTCCCTCTCTTCTTCTCTCTTCTA----GGCCTCACAGGGAACTCGACGGTGCGTGGATTTGCTTTGGGTGTTCAGCGTGTGATAGCCATGTTGCTGAAGCGCGTGCATCACTCTAGGAGGGACTGGAAGGGGCTTTTCTCTCAGGTGCTGTTGCCTGTACTCTTTGTAATTGCTGCCATGGGCTTGGGCTCCATCAAGAGTGATCTTCAGCATTT-TCCTGAGATTGTGCTCTCTCCTGCGCTCTACCACGTTGATGAACAGTACGCCTTCTTCAGGTCAGACTTGCTTT 
s mm7.chr1      123401028 338 - 194923535 GTCTGTGAAGTCGACTATGACTTGAT------TTACAGAGCTTTCCTGGAACCGCATTAAATCTCTTGTCCTTACTCAGACAAAGTCCTGACAAGAAGCGAGAAGCTGGAGGGCTTTGGACTCTTACTGAAGAAGATAATGGCTATTCTCATCAAGAGGTTCCACCACACCCGCCGGAACTGGAAAGGTCTCATTGCTCAGGTCATTCTCCCCATCGTCTTTGTAGCCACGGCCATGGGTCTCGGC-ACACTGAGAGATTCCAGCAACAGTTACCCAGAGATCATGATCTCTCCGTCCATTTACGGCACCTCCGAACAGACAGCCTTCTACGCGT--GAGTTACTTT 

a score=3856
s danRer3.chr12  11115743 144 +  37038836 TTTCTCTTCAAGTCATGTCCGGCACAGGGTTACGATCCACCTCGCAAAAGATGTCCATCATCCCAGATCGTCTATAACCTTACGGGCGTCAACATTGAAAACTACCTGCTGGCTACTGCCAATAACTTCATCAGAGACAGGTGA 
s mm7.chr1      123405484 144 - 194923535 TTTATTTTCTAGGAATGCCCCAAATTCAACTATCATCCACCTCATAGAAGAACTTACTCTTCCCAAGTTATTTATAACCTCACTGGAAAACACATGGAAAATTATCTTATAACAACTGCAAATCATTTTGTGCAGAAAAGGTAA 

a score=3271
s danRer3.chr12  11118731 148 +  37038836 GAGTGTTATACCAGCCAGGATTAATTTATGCTTTTTTGTGCTTTGTTTCAGATATGGAGGCTGGGAGTTTGGAAAGCCTCTTCCCATTGATCTTAAGATGGACATGTTAGATGTGCCAGCAAACAGAACCCTTAGTAAGGTAATTTGG 
s mm7.chr1      123407147 144 - 194923535 GAAGATTTTACCCAGCAAAAC-AATATAAATTTTGTTGCTCTATGT---AGATATGGAGGTTGGAGTTTTGGGATGAAATTGACTAACGACCTTCGTTTTGATGTGACAGCTGTCCCTGACAATAGAACTCTTGCTAAGGTAAATTTG 

a score=4080
s danRer3.chr12  11119171 273 +  37038836 CATTCAGTAACAAAAGTTGATTCCAAGCATGCATTTATTATTTTACACAAT------AGTTATATGTATATTTACACAGTT-TAGAATAACAAATTGTTAACTCCTTGATAAATCAGTGTAGCTCAGGAACAGAGCCTTAGACTGACTTTTTTATTACCATTGTGATGGATTGTATTAATATTTGTGTTCACACAGGTTTGGTATAATTCAGAAGGTCACCACTCTATGCCAGCCTACCTCAACAGCCTTAACAACTTTTTCCTGAGATCCAGTTTGCCA 
s mm7.chr1      123409060 249 - 194923535 CAATCAGCACTCCAGGGGCACTCCAGGGGTACCTTAACTATCTTCCGAGGTGGAAGGAGTCACTAGTAAATTGAGACTTTCCTTTAAAAATAAAGTATC--CTACCGGATATTTTAATGT----------------------CTTACTCAAATACAATCCTGATCTTGTCTCCTTTTGAAATTTG-------GCAGGTGTGGTACGATCCGGAAGGCTACCATTCCCTCCCAGCTTACCTCAACAGCCTCAACAACTTCCTCCTGAGGGTTAACATGTCA 

a score=1979
s danRer3.chr12  11127790 77 +  37038836 TTTTTCCCTAACTTGTGTTCAATAAAATAAGCATAGAAAAACCAATTAAATTTTACAATTCCTAATTACAGTTCAGA 
s mm7.chr1      123410220 74 - 194923535 TTTTTCCATA---TGAACCTAAAAAAATAAAAAGAGAGAGAAAAATGAAATAATACATTTTCTGGCCAGGGCCCAGA 

a score=7025
s danRer3.chr12  11128519 359 +  37038836 TCCATGAGCTCAATTATTAATTCTCTGTCCTGTTGTTTCTCA-AGGGTGGGCGGTCTGGTCAGCATCCTGGTTGCGCTCTGTGTCCTCACTGGCTACTCCATCATGACTGCTAGCTTTGTCATCTATGAGGTTCAGGAACATCACACAGGCTCCAAGAGACTACAGCAAATCTCTGGCATCAGCGAACCTTTTTACTGGATCATCAACTTCTTCTATGATATGGTA------CTTCAGTATTAATAGATTGTATCCTTTTA----------TATCTGATAAGTGATCTAAAATAAACAAGAAGAAACTGTTCAAATAACAATCCAAACTACATGAAATACTGTTGTAACAACAAAACCATTCGGGTTTCACTTTAT 
s mm7.chr1      123414043 375 - 194923535 TCCAAAAACTTATGTGTACTTTCCTCTCCCTGTTGCTCATGATAGAATCAGCAGTTTAATCGATATTTTAGTGGCGCTGTCCATCCTGATGGGCTACTCTGTCACCACTGCCAGCTTTGTCACCTACATTGTCAGGGAACATCAGACCAAAGCCAAGCAGTTGCAGCACATTTCTGGCATCGGTGTGACGTGCTACTGGGTGACAAATTTCATCTATGACATGGTGAGTAATTTTTGTCATTGCAAGACAGTGTCAATTTAAGTAGAAGTCTATCAGCTTTGT-ATTCAAGAGCTGTTTGATCTAATTATTCAAATTATTACTACAAGGACAGAAAATTATGAAAAGCCAATTGAATCAAGCTTATATCATCTGAT 

a score=3332
s danRer3.chr12  11130592 230 +  37038836 GAGAAGAAAAAACGTGTTCGC----AACTTTT--------ATTTAGTGTCAACTTTAATGATAAAACATATT--CCATGCAAGACTGTTTAT-ATTTACAATGTGTGCTTTTCTGCAT---TGCAGGCTCTATACATGATTCCAGTGGTGCTGTCGGTGGTGATGGTCGCAGCATTTCAGCTCCCAGCCTTCACAGAGAGACAGAACCTTGCCGCGGTCACACTCCTACTGGTGCTATTTGGGTCAGC 
s mm7.chr1      123415591 248 - 194923535 GATAAATAAAAATTCATTCCCTCAGAATTTTTCTAGGTCGACTTATTGCAGAGTTAAATAAGGTGGGTTATTGATTTTAAAAGACTGTTCACCATATACTAAACATTGTTTTGTCTATATCCATAGGTCTTCTATTTGGTTCCTGTAGCATTTTCAATTGGTGTCATCGCAATTTTCAAGCTTCCTGCCTTCTACAGTGGAAACAATCTAGGCGCTGTATCCCTCCTACTTTTGCTGTTTGGGTAAGC 

a score=5647
s danRer3.chr12  11131611 241 +  37038836 TAGTTCTTTTGTCTTTTTGATGCATGCAACCTAAAATTGACTGATTTTATAGGTTTTTTTATGTCTCTTTTTTTAGATTTTCCACCTTCCCTTGGATGTACCTTCTATCCGCGATGTTCAAAGATACAGAGATGGCTTTCATTGGTTATGTTTGCATCAATCTCTTCATCAGTGTCAACACCATCATTTCCACATCCATCATATACTTCCTCGGTCAGCTCAACCAGAATGACCAGGTGAG 
s mm7.chr1      123416742 234 - 194923535 TGATTTTATTGTTTTGTAGACTAGAATAACTAAGGCGTAA------TTTTAATTTTTAGTAT-TATTGTCCTACAGCTATGCAACATTTTCTTGGATGTACCTGCTGGCTGGCCTCTTCCACGAAACAGGAATGGCCTTCATCACTTATGTGTGTGTCAACCTGTTCTTTGGTATCAATTCCATCGTTTCCCTGTCGGTGGTATACTTCCTTTCCAAGGAAAAGCCTAATGACCCGGTAAG 

a score=4551
s danRer3.chr12  11134014 291 +  37038836 ACCTGGATCTCACTCTTCATTTCAGAGCATCCAGAATATCTACCAAACCATGAGCAACATATTTCTAGTCTTCCCTCAGTTCAGCTTTGGCAATGGGTTGATGGAGCTGGCACGGGTTGACATGCAGGTGCAGA--TCTTGAGCGGTTTTGGAGTGG-ATGCCTACAAGAACCCCTTCAGCATGGATGTTCTGGGCTGGATGTTCATTTCCATGTTCCTGCAGGGCTTCATCTGCTTCACGCTCCGCCTGCTGCTTAACAAGACACTCCTTCGCAAAGTCAGGTATACCTGAGG 
s mm7.chr1      123418005 290 - 194923535 ATTTGGTTCTTTCTCTT-GTTTCAGACGCTAGAACTTATTTCTGAAACTCTCAAGCGGATTTTCCTGATCTTCCCCCAATTCTGTTTTGGCTACGGTTTGATTGAACTTTCTCAG--CAACAGGCAGTCTTGGATTTCTTAAAAGCCTACGGTGTGGAATATCCAAGCGAGACCTTTGAG-ATGGATAAGCTGGGGGCAATGTTTGTGGCCTTGGTTTCTCAGGGCACCATGTTTTTCTTGTTGCGACTCCTCATCAATGAGTGGCTGATAAAGAAGCTCAGGTAAGCCAGATG 

a score=3123
s danRer3.chr12  11135963 227 +  37038836 ATGAAGATGAAGATGTGCTGGATGAACGTCTGCGTGTGGGCCGTGGAGATGCAAGCTCTGATATTCTGCAGGTTAATCACCTGACTAAGGTGTACCAAAACTTCAGCAAGAGGGTACAGGCGGTGAAGAGTCTGTCTGTGGGCATCCCAGCTGGCGAGGTCTGTGCTAT--TTGCATATTAATATTCATTATGAGAGTGTTTACATGAAAATCAATATTCCAGTCTAGA 
s mm7.chr1      123420756 229 - 194923535 ATGAAGATGAAGATGTGCGGGCTGAGAGATTTCGAGTTGAGAGTGGTGCAGCTGAGTTTGACCTGGTCCAGCTCCATCGTCTCACAAAGACCTACCAGCTGATCCACAAGAAGATTATAGCTGTCAACAACATCAGCCTGGGGATACCTGCTGGAGAGGTAGGGGCCATGGTTTTATTTTGTCATCTAGAAATAGAAAACCCAAGCCCTGAATATTTTCATAGTCTAGA 

a score=5191
s danRer3.chr12  11138875 251 +  37038836 CAGTGCTTTGGATTGCTTGGAGTCAATGGTGCAGGAAAGACCACTACCTTTAAGATGCTGACGGGAGACATCAGCCCTTCTGGCGGCTCGGCCAAGATCCGTGACATTGACGGGTACCTTTTTTTCCTTCCCCCT-TTAAAAACGACATCTGTTACTTTAACTGTTTGCATCGTCTTTTTCTAATGCACTCCCAGCTATTTACTAGACATTTGTGTTGGTTTTCATTGCCTGTTCATAAATCTCTCTGGCCT 
s mm7.chr1      123421793 204 - 194923535 CAGTGTTTTGGCCTCCTTGGTGTGAACGGAGCAGGGAAAACCACTATATTTAAGATGCTGACTGGAGACATAATTCCTTCCAGTGGAAACATTCTGATCAGAAACAAGAGCGGGTACAAACTAGTACTTCTACTTATTGAGCACAACATAATTTA---------------------------AATGGACTTTTATCTAATTTCCTGA---TTGTGTT------------------ATAAATCTTCCTGGCCT 

a score=4965
s danRer3.chr12  11139180 112 +  37038836 TTGGTTACTGCCCTCAGGTGGACGCACTGGATGACCTTCTGACTGGGGAGGAACATCTCTATTTTTACGCCCGCATCAGGGGCATCTCCAAGAGGGACATTAGCCAGGTAAG 
s mm7.chr1      123422230 112 - 194923535 TTGGCTACTGCCCTCAGGAGGACGCTTTAGATGACCTAGTAACTGTGGAAGAGCACTTGTATTTCTATGCCAGAGTGCATGGGATTCCAGAGAAGGACATCAAAGACGTAAG 

a score=168
s danRer3.chr12 11139292 4 +  37038836 GTCA 
s mm7.chr2      25453427 4 + 182548267 GACA 

a score=3835
s danRer3.chr12 11145871 189 +  37038836 TGTGCATATATTTGT--------TGTAACAT--------CATCTCTTGCTTTTTTCCTTTTAGGTTGTGAACTATCTGTTGAAAAAATTGCAGCTGAATTACCACAGAAACAACACAAGCGAGAGCTACAGTTGCGGAACCCGCCGGAAACTCTCGACAGCCTTAGCCCTCATCGGAAACCCTCAGATCCTTCTCCTGGTGAGCC 
s mm7.chr2      25453458 205 + 182548267 TGTGCATGTGCTGGTGGGAGTTCTGTAAGGTGAAGCCCACACCTCCTCGCTTGGCCCTGCCAGGTAGTGAAGTGGGCCCTAGAGAAGCTGGAACTGACAAAGTATGCAGACAAGCCAGCTGGCACCTACAGTGGAGGCAACAAACGGAAGCTTTCCACAGCCATTGCCCTCATTGGGTACCCTGCCTTCATCTTTCTAGTAAGTC 

a score=-3559
s danRer3.chr12 11146060 329 +  37038836 AAAAACACACATGATCACCATCATCTTCACGCTAAGCTGAAACTATCCACTCTTTAGTAAATCACACAGCAGCTCTATAAATCACCATACTGGAGTGTTTGCTCTGAGGGCTTTGAATGGGTAAATATTGCAC--ACTCGTTGCAAACACCTCTGAAATGCGTTGGTGTGCTGTTTGGCCAACATCTTGTAGCACATCACTTATTCTGACTTGAAATGTGGGCATGATTGCGTTTACCTGGAGAGTGTGTGTGTGTGGGTTTTTTGCATTGGATATTTTTTTTTTGTAAGCTCTCTGGAAC----ATCCCACATGTTTCTCACATGTCTCTTCTG 
s mm7.chr10     79794003 238 + 130066766 AAGACCGGATCTGAGT-------------------------------------------------------GGTTTGTGAAT--------GGGAGTTACTG------GGGCCGAGCCTTGGTGAATTGGGGTCTGAGCTGTTGGAGGC-CATGGGGGACGGGGAGGGGAGCTGTG----CAAAATCTAGC---------TTCGTTTGGGCTTTA--CCTAAGCAGAGTGGGGTCTGATTGAAGTGTGT-----TCTGG----CTTACACAGGACGGAGTCCCAGTGGACAGGCTTTGTCACTGCGGTCCCACCAGAGTC---CATATCTCCTTTG 

a score=169
s danRer3.chr12 11146395 3 +  37038836 CCC 
s mm7.chr2      25453743 3 + 182548267 CCT 

a score=5971
s danRer3.chr12  11146398 185 +  37038836 AGGATGAGCCCAGCTCTGGAATGGACCCACGATCCAAACGGCATCTCTGGAAGATCATCTCTGAACAAGTGATGGGCAAATGCGCGGTGGTGCTGACATCACACAGGTAACACATGC----TCATGACACACACTAGtacactgtaaaaaattatattatgaattaatgtgttttaaaatcattgtaac 
s mm7.chr1      123431734 183 - 194923535 AGGATGAGCCAAGCTCTGGGATGGATCCCAAGTCAAAACGACACCTCTGGAGGATCATTTCAGAAGAGGTGCAGAACAAATGCTCTGTCATCCTCACATCTCACAGGTAAACTGAGCCAGGTCCCGAGGAATCCTGG------GTAACACATCATTGTCTGGAATATTTTGTTTTTAATTTTTATTAAC 

a score=628
s danRer3.chr12 11148173 229 +  37038836 TGCACAAAAATTTACA-AATGTTGCTCTTTAGTTTTACAATATATACTGAATATTTGTTTACTCATAATAATATGTGTGTTTGTATGCATGTTAATATATGTATAATATGTGtaataatatgaaaaatatatattaattaa-tatattaaaGCAAATATGTATTACTATATGACACTAATATGTTAATATATGAAAATTATCTTATGAAAGT--------------CTATTTATTCCTATATAAA 
s mm7.chr11      9587677 235 + 122091587 TACACtaatattaaaataattttataattttaataaattatagttacaaagtaaaagtttatttttagtattttatatcatattttacatgctattaaa-atataaaactttttaaaaattataGGTCCTACTTCAATGAAATATATTCTTTCAAATTTCTAT---------ACATTATTTTATTAAAATAGAACAACTTCACTATCCACCTTCCCTCTCCTCCCTCTGGCCATTCCCACATAGC 

a score=-3873
s danRer3.chr12 11148446 505 +  37038836 TTTCTAAATAATACATTTGTTTAGTTGAAAAAATAAATATTCCCAAAAGCAAAACTACTTA---GTGTGCATGATTATA-ACATA----TTATATCCTAATTAAAATATATACACAAATGAATGTTAATAATTTAACTTAACATTATGGATGAAAAAGTTTCAGCTTCATATCAGAAGTCGATTTGCTATAATGCCATAAGTTATTAAAACACTGAGATCCTTACAAACCATATATATTTTAAGCT--ATATTTTCCAGCGGCCCCCC--TGGAGCTCCATCAGTCCCTAGTTTGA-AAACTAT------GCCAACATTTCT-------GTTTTTCAGTGTTGCCTCGCCGACTGTATTTTACCTTTATAGAAGTCTTCTGGATTCAGTTGTCAGTGAAAA-----CTAGATAAAAAAACTATTTAA---------GACACACTGTTTCCTCCACTAAGCATTGCAGAAACTTTAAACACATTTAAAAAAAGCCTGAAGACAGTGATATATTATACACTACCATA-------CCA----------TGCATCTCCTGCGAACA 
s mm7.chr11      9587945 540 + 122091587 TCTCAAATTGATAGCTTCTTTTTCTT-------TGATTATTACTGACACACATACTATGTATATGTCTGCACAAATATGTACATAGAACTGATGATTCCATTTCGTTGTTTACCTGCATATGGTTCCCAAGTTGACCCCTTCGTGTTTGATAACAAATAAGGGGACCCATATTTTAC-TCATTTTCAGATTATGTTTCCCATTTTTGAAATATTCATTCTTTCCCTTGTTATTGATCCTATTAACTCAAGATTTCATGTCTGCTTGTCAATGAAATTACATAATTCTCTTTTTAAAGAAACTACATGCTCGTTAACATCTCTTACACACATATTTCATAGTT---TTGAGGATTATAA---------ATAGTTCTCTCCTGCATTT-TTTATTAATGATTATTTGTCCAGGCACATAGACTTGCTAATAATTCCCTGATATAATTGGCCACTTAAATAAAACCTTAGCAATTTTAAAAACACATTATTTCATTTTCATGAGTGTTATATAGTA-AAAGTTCCATAATTTGGGCCAATGCTAGTTTTGTGTCTTCTTTTATGT 

a score=6028
s danRer3.chr12  11148996 122 +  37038836 TGAGAGAGTATTTGTGTCCGCAGTATGGAGGAGTGTGAGGCTCTTTGCACTCGTCTGGCCATAATGGTGAAAGGACAGTTCAGATGCCTGGGTTCCCTACAGCACATCAAGAACAGGTCAGC 
s mm7.chr1      123433234 122 - 194923535 TAGGAACGTGTTTCTTCTTTCAGCATGGAAGAATGTGAAGCTCTTTGTACCCGGCTGGCCATTATGGTGAACGGAAGGTTCCAGTGCATTGGGTCTCTGCAACACATAAAAAGCAGGTAAGC 

a score=1899
s danRer3.chr12  11149273 126 +  37038836 TGTGTTGGTCTGACAGGTTCGGCAGCGGGTTCACGGTGAAGATGTATTTAACCGGAGCCTCCTATGATG----TAGATATGATCAGTAACTTCATGCAGCAGAACTTCCCCGGCACGTGCCTGAAGGTGA 
s mm7.chr1      123434441 126 - 194923535 TATTTTGCACTTTTAGGTTTGGACGTGGATTTACTGTCAAGGTTCACTT----GAAAAATAATAAAGTGAGCATGGAAACCCTCACGAAGTTTATGCAGCTACACTTTCCAAAAACATACTTAAAAGTAA 

a score=5662
s danRer3.chr12  11152231 192 +  37038836 TTTTATTTTGCTGTC-TAATTTACATGATCCATTTTCTTTCCATAAAGGATAATCATTCCAATATGGTGGAGTATCATGTGCCTGTTGCTCCTGGTGGTGTGGCTTCAATCTTCAGCCTGTTAGAGTCCAACAAGACAGTTCTGCAAATCAAACACTTTTCAGTCAGCCAGACCACGCTGGATGAGGTAAGAT 
s mm7.chr1      123436778 192 - 194923535 TGTTACCTTGCTATTGTAAAACAAGTTGTCCTCTTTGGTTCCCTCA-GGATCAGCACCTGAGCATGCTGGAGTACCACGTGCCAGTCACAGCAGGAGGGGTCGCAAACATCTTTGACCTTCTGGAAACCAACAAGACTGCTTTAAATATCACAAATTTCCTCGTGAGCCAGACCACTTTGGAGGAGGTAAGAT 

a score=2172
s danRer3.chr12  11166550 86 +  37038836 CAGGGTGATGTGGAGGGGGTCCGTAAGCTCCTTGCTCAGGGAGCCGACCCCAACCTGAAGGACAATGCAGGCTGGACACCGCTGGT 
s mm7.chr1      123614503 86 - 194923535 CAGGGTGATATACCTTCTGTTGAATACCTCTTGCAAAATGGAAACGACCCAAATGTTAAAGACCATGCTGGATGGACACCGTTGGT 

a score=7730
s danRer3.chr12  11169666 320 +  37038836 AGCACGAGGCCTGCAATGTGGGTCACCTAGGAGTGGTGGAGGAGCTCCTTCAGCAGGGGGCGCTGTTGAACACACCCGGCTATCAGAACGACTCTCCGCTACATGACGCCATCAGGAGTGGTCACATAGCAGTAGTCAAACTCTTGGTGGAACGAGGTGCATCTCAAAGTGTTCTGTGAGTATTTGACAtcagttcaactcagttcatctttttagcgcttttacaatgcaga-gtgtgtcaaagcagcttaacatagaagttttagtaaattgaaactgtgtcagtttcagatttAACATCACATTTTATACTGATTAAT 
s mm7.chr1      123616041 300 - 194923535 AGCATGAAGCCTGCAGTCATGGGCACCTGAAGGTAGTGGAGTTGCTGCTCCAGCATAATGCCCTGGTGAACACCCCTGGCTATCAGAATGACTCGCCACTCCACGATGCCGTCAAGAGTGGCCACATCGATATAGTCAAGGTGTTACTGTCCCACGGTGCTTCCAGGAATGCTGTGTAAGTATCTGATTT---TCAAAATGGATTTGTGTTCCTG----------AATGGTGATGTGTACCGAAGCAGT---AAATACCCACGTTGGTATTTTGGTCTCTTGTC--TTCCACAGCTAAACTTAGA---TGTGCTGATCACT 

a score=9870
s danRer3.chr12  11197963 350 +  37038836 AACTGCTCTCATCTTCTTATCCATCTTTAGCTGCCTCCGCTCTTCGACGGCTGCTTCTTCTACATGCTGGGCTCCTTCCGCAAACCACCAAAAGATGAACTCCTCCAGTTAGTGAAAGCAGGAGGAGGTCAGCTTCTGAAACGCCTGCCCAAACCTGACAGCGACGTCACACAAACCCTGAACGCAGCAGCCTACCACGCTCAGGCTGGATCAGACCAGGTTTTGTGCACCCAGTACATCCTATACGATCCTCAGAGCTCCTACAAGCCCCAGAAGGTCAGGTTAGGTAAGGTTTGGTCAGCCCCATCCACGTGGCTTCTGGACTGCATAGCTGCCTTTCGACTCCTACC 
s mm7.chr1      123650817 345 - 194923535 AACAGTTACTTTCTTGTTAT-----TTCAGTTGCCAAAGCTGTTTGATGGATGCTACTTCTTTTTGGGGGGAAACTTCAAGCATCATCCAAGGGATGACCTCCTTAAGCTCATTGCTGCAGCAGGAGGCAAAGTCCTGAGTCGCAAGCCCAAGCCAGACAGTGATGTGACTCAGACCATCAACACGGTTGCATACCATGCCAAGCCTGAGTCGGATCAGCGCTTCTGTACGCAGTACATCGTCTACGAAGACCTGTTTAACTGTCACCCAGAGAGGGTTCGGCAGGGCAAAGTCTGGATGGCTCCGTCCACCTGGCTTATCAGCTGTATAATGGCCTTTGAATTGCTTCC 

a score=6741
s danRer3.chr12  11227240 463 +  37038836 ACGTCGCCTGACCGTTCAAGCACTCCCGTCGCAAACACTGCGCAGGCTTCCACCAGTCCCCGCTGTGGCACCGACAGATGGTGCAGTCGTCCACCTTCACTTCAATGCCAGCTGGGATGATCGTCGTTCCAGCGAAGCAATTTGGACCTGT------CGCATGGGGTAA--AAGGGAGAAGATTTTAAGG-----------ATCTGGAATAAACGATGCAAGGAATAAGCTTATTTTTAATGCACACAGTggtggaaataagtactgaacacgtcaccattttttc-ccagaaaatatttcttaaggttctgttgactgaaatattttactggatgttggtaacaaccaaataaatccatatatgcaaagaaaacaaaactaattgtttaacaaatgaagttgtgtaataaaatgacagtgaaatagtattgaacacttgaatatagggagatgtagaaaggtgaaaaaagcccagacagcag 
s mm7.chr1      123799481 468 - 194923535 ACACAGTCTGCTTGCCTTGGCATTCGCGCTTTGAACACTGAGCAGGTTTCCACCAGTCCCCGTTGTGACAGTGACAGATGTTACAGTCGTCCACTTTCACTTCAATGCCAGCTGGAATTATTGTAGTTCCTGCAAAGCAGTTTGGACCTGGAACACACACATGTATTAGTTAGTGCATTAAATCTGAGAGCCTCCCCTCTACTCTCTTGTACTGCTTCCCAAGAACAGGCCCAT------TGCAAACCATGAATGAG--AAGGGCAGGCTATGCCAACAGCTTGTCATCAAGGAGTTTCTAGTCAACTTCTTCAGATTCAAGCTTTCAACCCGATGATCTTAAGCACA----CAGTTTATATTTCCTATGTATATCACACTgagag---agagagagagacagagagagagagagagacagagagagacagagacagagaaggagaaggagacagaaaaggagggagggagggaagaaaggag 

a score=8770
s danRer3.chr12  11258529 239 +  37038836 TTGGGAATGGAGAGACTGTACTCGGAGGATTTCT-------------TTAAAGTACACCTTGCAGGTATTTTCATCTCCTCCGTAGACCTATAATAAGAAATAGGCCATTCTTACCGTTTTTACAGATGGGGCAGCACTGTTCTGGCTCGTACACTGGATTGACGCACTCTGGTACTGCACAGTCAGCGACCACACAGTGCACCTCGTTATTTGGCTCACAGCGACACCATTCACAGGGCGAAGGCTGGGGA 
s mm7.chr1      123930515 250 - 194923535 TTGAAAAGCCAGAGGCAGATCTTAGAGGTCTCTTGCACTAAATGGTGTGAAAGGGTAAAATACTGGTGTCTTGTCCTGACCCCTT--CTTGAAAGCTAATACAGGGCATTCTTACCATTTTTGCAGACAGGACAACATTGCTCTGGTTCATAGATTGGGTTGACACACTCAGGAACTGCGCAGTCTGCTACAACACAGTGAACTTCATTGCTGGGCTCACAGCGACACCATTCACATGGAGAGGGCTAGGAA 

a score=-549
s danRer3.chr12  11258768 180 +  37038836 GACAGAGAAATATGACTGTTAGAGGCTAGACATCAAAGTTAAGGTGCACCATTACGCTTATTCGGATATTACCTCTCATGCAGTGTGTAATGTAGCTGTTTGTGAATGTTGAAGGTCTGCACAGTTTTCAA------GAACAAAGTGCACAGCTCAGCACACACACAAAAAAGTAATTTTGTTTTA 
s mm7.chr11     110985423 152 - 122091587 CACAAGCCCATAT-------------------TCAGGGTCA--------CACCTCCCTTACACAGTCCTTACCCTATA------AAGTCATATCTTTATTTTTTAGTGATGAAGATA-GCCCTGTGTTTAAATGCTTGGAACAAGTATTTTTCCAAATGTGGACATAATAAGGTGATTACGGGTTA 

a score=16493
s danRer3.chr12  11295677 649 +  37038836 AATAAAAATTCGACAGACAGCGTG-----TTCCTACCTTGAACTCCTCCAGGATTTTATACGTCTTCCCTCTGTATTCACAGAAGTTTTTGACCTCCTTGCATTCGGGGCAACAACCGTTGTGTTCCACCTTGGTGCACTTGGGGTGTATTTTAGGGCACTCGGGTTGGTCACAGACCGGTCCGTCCTCCGTGCACACGCACGGGCAGTTCGAGTGGCCCGGGAAGAAGCGTTCCCCGAGCTTGTACACGAAGCCACTGTCATCCACGCAGCCTTTCCCTCGGTAGTCATCGAAAATGA---TGTCATTGTTGGCAGTTCTCTCGGCCTCGTCCGCGGCGGGATAGTCCTCAGGGCCGACAGAGGCCGGCGAGACAGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGCACGACGCAAATCGCCGGGAGAAAAGGGCCCATCCTTCGC--CGCGGCTGTCTTGACGCATTCA----AGGAGAGTGTCTCAGATCCCTTAA----ATTGTAAG-GCTCCATGCTGCAAATATGACACTGAAAGAAATGTAAACAATCCGAAGCTTGATAACTGGACATGCATTT----TTGTTGTCTTAACTGA--TAGATGGACATGTCATGGCAGTTTACTGAAAAGTTACCTCAAATAAGAATGTTTTACCCTAATAATCATTTTACTTTGCAA 
s mm7.chr1      123952490 660 - 194923535 AATTAGAATTCAATAAATATGGAGGGTAACTCATACCTTAAATTCCTCCAAGATTTTGTAATTTTTCCCATGATATTCACAAAAGTTTTTCACTTCTTTACATTCGGGACAGCATCCATTGTGTTCCACCTTTGTACATTTCGGATGAATTTTAGGGCATTCTGGCTGGTCACAGACAGGTCCATCTAGGGCACAGACACACGGACAGTTGGAATGCCCCGGGAAAAACCGTTCTCCCAACTTGTATACAAAGCCGCTGTCATCCACACACCCTTTCCCTCGATAGTCATCAAAGATCAGATTGTCATTACTGGAAGCCTGGTCACCTTCAT---CAGCAGGATAGTCTTCGTGACTGATGGCAGCAGAGGTGACCAATCCAGGGATGACCAATAGAAGTATGCAAGCTTCATGAATATGAAGAGCCATCCCCCTCCTCACAGACTTCTGGATGTTCTCCTAATATTAAACACACTCAGCTCCTTCCATGGGAATGCAAGAGGGGTGGGCTGAAAATAAATATTTAAAAGATAATTTGACATATAAAAGAT-----AATAAAGATGCAGTTAAGCCCATGCTTTTAAATCATTTGTATGGATTCAATTTGGAAG-ACACTGAGACTTCAAATCAACTAAG-----TTCATCCAACTGCCTATACTTTATTGTAA 

a score=-6186
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a score=5810
s danRer3.chr12 11635162 174 +  37038836 TATAAATCGCAAAACGAACCTTACAGTGGTCAACTACTGCC--ATTATCAGTAATAATCATACCATTGTCTCCATACTCAAAACGAACAGCAAGGCCCAGCAGCCAGTCAACAGTCTCCTGTCTTTCCTGAACGCTGAATGGACAGTTCACATCTTGAAGGTACTGCAAACATAAA 
s mm7.chr14     17477827 174 + 119226840 taaaaatcttttaagaaGCCCCATAA--GCCAACACCCACCCTATATCCTGCACAAAACATACCGTTATCTCCATATTCAAGTCTAACAGCTAAACCAAGAAGCCAGTCAATCGCTTCTTGCCGATCCTGAATCTTGAAAGGACAGTTAACATCTTTGAGATACTGTGAAGGGAAA 

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s mm7.chr14     17480543 207 + 119226840 TTACCTTTTCAAAGAACTTGGGCCAGTCACTGCTGTGGATGTTTCTCAAGTTACCTCTGTCTTCAATCTTGTAGTGTCTGATTTTCTGGTCTTCAAGCCAAACGATAAAGTTTCTAAATTCTGTTTCATCTG----CAACGAAACATCATATATCAAGTCACTAAAAGCCTTTGTGATCCTTGGTGGCTTTCTAACCTGCAAACACTACAT 

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s mm7.chr14     17481645 66 + 119226840 CCCACCTTTGCAGTTGAAGCCTGAGGGGTTGTGGTAATCCAGGGCCGTGAGCTTGCGTCGGAACAT 

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s danRer3.chr12 11650010 216 +  37038836 GAACTGAGGATTAGCTCTGTTTATTCTGTCAGTGG-----------------------------------------------------GAACAGCAGT--GATGCAGTTTCTGGTAGG----AGTCTACAGTGTTTTTTATGTTAATGTACAGTGCCCTACGCTA-ATATAAGCACCCTTGATAAATATGAGGAT---ATGAGGCTGTAAAAAAAAAAGTCATTATTGTTTAAAGTCTGCGTGAAATTAAAAATAGCgcacattgttattctttaggtg 
s mm7.chr4      28815170 265 - 155175443 GAACTGAAAATTAGTGCTGTGTTTTCAGTCAGTGGCAGTCCTCTTGGTAAGAATCAGACCTGAATGAATGAATTGTATTTATTCTGGCCAACATCAATGAGAGGCCATTTCTACTTGGGTAAATAAAATAGGGTGTCCTCTGTTCATTTAGAATCCTTTATGTTGTATAT-----TCCATAATTAATACTGGGTTCCAAAGTAGCTATAGAAGAGAAAGT-ACAGATGCataaaat----ataaaattaaaaa----gtaaaattttttGCTTTGAATG 

a score=5374
s danRer3.chr12 11652149 188 +  37038836 TCCACCCACAG---TCAGGATCTGCTGCTCGGGCTGCTCGAAGGTCCTCCAGAAGGGGCAAACGGCGTTCCAGCGAAAAGGCTCCAACCAGCTGTTTTGCTCCACCGTGTGTCTAACGAGTTTCAGTTTACCCTCGGTTCAGTTTACACCCATCATCGCCC----CCAAGAAAACCTGCCACCTCTGCCTTAAGT 
s mm7.chr4      28815539 188 - 155175443 TCCAGCCACAGCTGTTCGAGTTTCTTGCTCTGGTTGTAAAAAAATCCTCCAGAAGGGGCAGACTGCTTATCAGAGGAAAGGGTCTACTCAGCTTTTCTGCTCTACCCTGTGCCTCACGGGATACACAGTTCCACCTGCC-------CGCCCACCGCCTCCCCTCACCAAGAAGACTTGTTCAAGTTGCTCAAAGT 

a score=5282
s danRer3.chr12 11659097 288 +  37038836 TCTTTTCATTCC-AGATTCAGCATGAAGTGACTCATTTGGGTGCCGTGCACAAGCTGTGCAGCGATGAATGCTTTGCACGCTTCAGATCCTCCCGAAACCTCTACATGAGCTACTGTGAAAACTGTGG------CAACTGTAAAGCCTCAGGAAACTATCACCTGGTTCAGATAGACGATAGTATTAAGAAGTTTTGCTGCGTCGAATGCATCGCCAATTATAAACAGGTACTTCATTATTGCACAAAAGAACTGTAGTTAT---GGGATAATGGGATGTGCGGGTTAAATTTTTTTT 
s mm7.chr4      28819779 298 - 155175443 TTTTGTAATTCTTAGATTCGACATGAAGTTAATTACCAGAACGTGGTTCATAAGCTCTGCAGTGATGCCTGTTTTTCGAAGTTTCGCTCTGCTAACAACCTCACTATGAACTGTTGTGAGAACTGTGGGGGTTACTGTTATAGTGGCTCTGGACAGTGCCATGTGCTGCAAATTGAGGGGCAGTCTAAGAAGTTTTGTAGTTCAATGTGTGTCACCTCATACAAGCAGGTATTTGATCTTTTAAATCTTGATTTATCTTCATTTCAGGGGAGTTGAAACCTTGGGTAGGATTATTTTT 

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s mm7.chr4      28823917 362 - 155175443 ATGTATTTTCTTTATCCACATCCAGTATATTTCAAGATCCATTTATTTTATAATTTCAGGGTAGATTATGCCTATTTAAAAATTTAAAGCTTTTTAAATG---------TTCAGTTAGTTTATGATAGATGTG--------------GCATGATTGAGGTTTAGCTTCAGTTCCTATAGCTTAACCTAAAAATT--GAATTT--TTGTCTGATACTTAATTCCTCCTAGGTTTATGTGTGACTCATTAGCTTTTACTTTCATTTGCTAAGGTGTACAAGTTCAGTGTAACAGTTGTAAAACCTCAGCAATCCCTCAGTATCATCTAGCCATGTCAGATGGAAGTATACGCAACTTCTGCAGCTACAGTTGTGTGGTAGCTTTCCAGGTA 

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s mm7.chr16     29261869 1058 - 98481019 AGAGAAATAGTAATTTTATTGACAATAATAGTCATGATTTCAAGTAGAATTTTGGAAAAATATCTATTTTTTCTGGTCATTGGGTTGAAGAATATAATTTATTTTTATGTGTTTGGCTATGATTTTATAGACACAGGTATAAATAATTTAGGACAAAATCATATGGCATTTTTTCAATTCATTGT-AAGAATATGTCTTGATTTGGGTTTTTACTTTAATTTTAATTGTATAACAGACTATTTTACATTTATTGTTATTTACAATCTTTATTCAGAAAAATTAGTATAATATAAATAGAAATAC---------TTTTTCATGAT----AAATGTTTTGTGCAATTTTCTGTGTTGTTGTTTTGTAACAATTTTACTTACATTTGTTCATTATTTATCTTTCATGAATTAATTTTAAGGGGAGACAAAATGGCATTGGCTCATTTTCTAATAGTTTTGGGTAAATTTGAGTTTTGTTTTAATATGTTTGGAGAAGATTTTTGAACTAAGGTCTATAATCTTATTGTAGTTACAACTGTCTTTGAAAGGaaatttatttatcatataaa------atcaagtattta--aatttaatttGAATTTCTCAACATAAAATAATTACAGT---AAAACACTCTTATGATCATGAGAATACAATCTACTTCACAGTTTTCTATTCTTGAAACCTGAAATTACTTAGTTTAACTCAGTTTATTACTCAATTCAGGCCCCAAGTCTCATTTATTTTTCTCTTCAGGTTTGTTTGCCTTTTTTTTATTTTTATATTACATGCCTAAT---TTAATTTTGATTCTTGCTTATTAAAACCCTCAATCAATTATGTC--------------------------AACTATTTACTATCATT---AGCATTCTTGACTTCCATACTTTTTATT----TTGTACATTAATATTTATTTTTATT---CAGTAAGTTAAATAACACTAATGGCCAGTCATTACATACTTATGAATGATGGTATGTGCAAACTTATTAAATCA----------TTAATACTTCCATCATCC--CAAAAGCA--------TATATTTCCTTATCCTATTTTAAATAAAGACTTTCAAGATCACAAAGTtatatatatatatatatatatat 

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s danRer3.chr12 11680658 278 +  37038836 CATTTG----ACCACTGGAA---TAATGAATGTAAACA---GTTTGAGAATTATAAGGCTAAGATGAAGCCCACACAGTCAAAAATGAGAGG-------CTGTAAGTTGACTCAGA----TAACCTCAATATTCTTTCCTCTTTGCAGACGATTCTGACCGTATTCCTGAGTGATAATCAACAGTTGCTGACCGAGGTGCCCATTACTCCAGAGACGCTCTGTAAGGATGTGGTGGAGTTCTGTAAGGAGGCCGGAGAGAGCGGCTGCCACCTCGCTGAAGTCTGGAAAGGAAAAGGTA 
s mm7.chr12      8416581 295 - 117814103 catttgggatagcattggaaatgtaattgaggaaaatacataataaaaaaatatatagaaaaaGAAAAACCCAAACCCAAAAAAAAAAAAGAAAGCTCCTTATATGAGGACTCTAAATTGTGGTCTTAATCTTTTCTC----TCACAGATGATATTAACCGTGTTCTTGAGCAACAATGAACAGATTTTAACAGAAGTTCCTATAACACCAGAAACCACCTGTCGAGATGTCGTAGAATTCTGCAAGGAACCTGGAGAGGGCGGTTGCCACCTGGCTGAAGTGTGGAGAGGAAGTGGTA 

a score=4932
s danRer3.chr12 11685264 146 +  37038836 TGTTGTTATTTTGC-AGAAAGAGCCATCCCGTTTGATCAGATGATGTTCGAGCATCTGCAGAAATGGGGTCAGAGGAGAGCGGAAGTCAAGTTTTACCTGCGGCATGAAGAGTGTCCCATCACAAATGCTTCTCAAGGTAAGGAAAT 
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s danRer3.chr12 11687759 63 +  37038836 GAAATATAGACATATTTAGGAAAAATGTGGC--------------TTTTATAGTTGATGTATAACTTTATTACAATT 
s mm7.chr12      8424984 77 - 117814103 GAAATATATACATATTTAAGATAAATTTTGCAAAATATAAGGTAATTTTTTTCCTGATACATAAACACTGTAGAATT 

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s danRer3.chr12 11714732 386 +  37038836 tttgttcacatctctcaaaatggtctataTAATCTGTTGACTTAAAGCCTGTAT--GAAACT--------------ACCGTCCTGACAACAAAAGATGGCTCATTGtttttattttaataaagata----tcatttaaa---------tttaaccaaataaaataattattaaG----------CTTGTGAA---GTTTAGACTGTTTGCTTCTAAT----------------------------ACAGAT---TCATCAATATTTTGTGTGTATGTGTGTGTAGGTGGGGAATCCACGTGTGGAGCTAACACTGTCAGAGCTGCAGGAGATGGCAATGCGACAGCAGCAGCAGATCGAAACTCAGCAGCAGATGCTTATAGCGAAGGTAAGCGCCACTGGATGAAGCCTCATATCTTTATTTATTCATATGTCCTCAGATCTGAACTGTTAAATTAAG 
s mm7.chr12      8442457 431 - 117814103 TTTATGCACATCTGC--AAATGGTC-ATGTCATCTTTTA--TTAAATACAGTATCTGAAATTTATGCATTAGAAAAATGGTATTTAGAAAAAAATTACACTTGTTATTTAC-TTTTAATAAAAGTAGTCACCACATAGGAGAAGTTCTTGTCAGGAAAAAAACTAAGTTTTATTTTTCTAATTCCTTGTGAGCCTATCTAAAATGTATGCTGACACTTAGAGAAAGGTAACCTTGCAGAAGGAGGACAGATGTCCCATGAGCACTTT-------TGTTCCTACAGGTTGGGAATCCACGTGTTGAACTTACCCTCTCAGAACTTCAAGATATGGCAGCCAGGCAGCAGCAGCAAATTGAAAACCAGCAGCAAATGTTGGTTGCCAAGGTACATTCAAAAGAAACCTGACTCACA-------------ATGTGTAATTCAACTTG--CTGTTAGGTTAAG 

a score=8609
s danRer3.chr12 11717405 366 +  37038836 ATTGGCTTCATCCCATTCTTGTGAA-------GCTCTCCATTGTGCGTAGTGAGGTGTGTGTGAAAGGGCTTTTGTTGATCGGTTGCAAG-ATTGTTTTGATGATCAGTCAGTGCAGCATGTTCCTTCCCATTCCGTAATTGACCGTCACCCTCTCCTGTCCTCTCCTCCCATTTCCGCTCCGTCTTTTAGGAGCAACGATTGCGGTATCTCAAGCAGCAGGACCCATGTCAGGGCCAGTCTGCGTCTGAGAGTGACAAGCTCCAGAGGTTGAGGGAAAGAGTGGAGAATCAAGAAGCCAAACTCAAAAAGGTCCGTGCCATGAGGGGTCAAGTGGACTACAGCAAACTCATCAATGGCAACCTGTGTACGTAC 
s mm7.chr12      8443976 369 - 117814103 ACTCACATCGTCTCACACATATGGACACCAGTATTGTCAGTTTTGTGTGGTCTGACGTGTGCAGAATTCCTTCAGT-GTTCTTTAGTAGGTGATGCTATAGGGTGCACTCAGTTTGTC-TGTTTGTTTCATGTATAAAAGTAACCTTAAGTTTCTACCTGCAAAGCTTATGGTTTTCATTCT---TTATAGGAACAGCGTTTACATTTTCTAAAGCAACAGGAGCGCCGCCAGCAGCAGTCCGTTTCTGAAAATGAAAAGCTTCAGAAACTGAAAGAGCGAGTTGAAGCCCAGGAAAACAAGCTGAAGAAGATCCGGGCCATGAGAGGACAAGTTGACTACAGCAAGATCATGAATGGCAATCTGTGTATGTGC 

a score=5550
s danRer3.chr12 11720731 240 +  37038836 AGTAT-TTTTATAAATGGAATGCTTTATGT---GTGCCTTTCAGCTGCAGAAATCGAGCATGTGAGCAGCCTGTTCCAGGAGAAGCAGGCAGAGCTGCAGTCGGCCATGCTGAAGGTGGACCAGCTCACGCAGCAGCTAGACGATCTGCGGCAGGGACGTCTCAATGGACTGCAGCCTCTAGGGGGACCAGTGACCAGTAATGCTGCACTGGAGCTCCGCAAACTCTACCAGGAACTGCAGGTA 
s mm7.chr12      8445373 244 - 117814103 AGTATGTTCTTTAAATAACCTGTTTTCTGTTTTGGTCATTACAGCTGCTGAGATAGAAAGGTTCAGTGCCATGTTCCAGGAGAAGAAACAGGAAGTTCAGACTGCAATCTTACGAGTTGATCAGCTTAGTCAGCAACTAGAAGATTTAAAGAAAGGAAAACTGAATGGGTTCCAGTCATACAATGGCAGGTTGACAGGGCCAGCAGCAGTGGAGTTGAAACGACTCTACCAAGAGCTGCAGGTA 

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s danRer3.chr12 11721579 150 +  37038836 AGATCCGGAACAAGCTAAATCAGGAACAGAACAGCAAGCTACAGCAACACAAGGATATGCTTAACAAACGTAATATGGAGGTGACCATGATGGACAAGCGAATAGGGGACCTTAGAGAGCGTCTCTACAAGAAAAAAGCAGAGGCAAGTG 
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a score=4744
s danRer3.chr12 11723616 207 +  37038836 TTTTTCTTCTCTGTAGCTCGGCCGAATGAATGGTCCTCCCTCCCCTCAGCCTACCCCTGGCAGTTCAGGGCGGGTGGCAGCGGTCTGTCCCTACATCCAGG-TCCCAGTGCCTGGAAGAAAGGAAGGTTACACTTTACCTCCAGAGCCCTTGAAGCCACACTCTTTTTCCACAG--TCAA-------CCATGCTCGTTCCAAATCAGGTCAGTCTCC 
s mm7.chr12      8450361 207 - 117814103 TTCATCCTCATTGCAGCTGAACCGTGTGAATGGCACATCGTCACCACAGTCACCCCTGAGCACATCTGGCCGGGTCGCTGCTGTGGGTCCTTATATCCAGGTTCCCAGTACT---------GGGGGGTTTC-CTCTCCCAGGGGACCCTGTGAAGCCCCAGTCTCTCACCATCGCCTCAAGTGCTGCCCATGGAAGATCCAAATCTGGTGAGTTGCC 

a score=6872
s danRer3.chr12 11725814 452 +  37038836 AAGCAGCCTCCACCCATCTATGGAACCTATCCCAGTGCAGGCCATCACTCCACAGTCTGTGCT--ACCAGCTCT------------------------TTGCCCCGCTCTGCTCCTGGCACCCTAGGTTGGCAGAGA--------GCACCCCCCACC----------------TCTGGTTCCACTTCACAACAAATCCAACAGCGGATTACTGTGCCTCCCAGTCCTACGC---------CTGGGTCAGCTCTTTTTCC---TCACGGTGAGAGAACAGAACCTCCTCTTGCTGTTGCGGTGCGTCCCTTTATTCCAGACAGAGGTTCCAGGCCCCAATCTCCAAGGAAGGGCCCTGCCACGATGAACTCCAGCTCAATCTACAATATGTACCTGCAGCAGCCTA---CAGCCAAAAACTACT---------CCGGTAGCAGCAGAACTG---CTGTTAAAGCAGGTAAGATGCAGTTGCAGCTAAGCAGGAAATTAGCTTAGACTACACGTTTCCttattttaaactt 
s mm7.chr12      8453900 521 - 117814103 AAGCCACTGCCCCCAAGTTATGGGACATATCCAAGTTCTGG-----GCCCTTGGGCCCGGGATCAACAAGCTCTCTGGAGAGGAGGAAAGAAGGAAGCTTGCCCAGACCTGGTGCAGGCCCACCGAGTCGGCAGAAACCTGCCCCGCTGCCCCCAGCAAGCAACGCTCCCCAGCCTGGCTCC---TCACAGCAGATTCAGCAGAGGATCTCAGTGCCACCAAGTCCCACATACCCGCCAGCGGGGCCACCTGCCTTTCCAACTGGAGATGGAAAACCTGAGCTTCCACTCACAGTGGCCATTAGGCCTTTTCTGGCTGATAAAGGGTCAAGGCCACAATCTCCCAGGAAAGGACCTCAGACAGTAAATTCAAGTTCTATATACTCCATGTACCTCCAGCAAGCCACACCACCTAAGAACTACCAGCCACCAGCGCATGGCACCTTAAATAAGTCAGTTAAAGCAGGTATGCTGGCTATATACTCTGTCCGAAATGGAAGATCCATTGCATGTTACTTAGGATAAAACAT 

a score=14341
s danRer3.chr12 11726266 732 +  37038836 tatttattttaattttCTTACAGTATATGGAAAACCAGTCCTACC---AGGCTCCACCTCTCCGTCTCCAGTTCCACTCTACCAG------------------------------CAGTCATCCACAGATGAGACAGACAGAGAGGCAGCCCAAGAGAACCATCCCTTACCTCCTTCTAGT------GTGGAAAACATCCCTCGCCCTCTCAGCCCTACCAAGCTGACCCCTGTTGCCCACTCCCCTCTCCGTTACCAAAGTGACATTGATTTGGAGGTGCTAAGAAGGAAGTTATCCAATGCTCCCCGACCACTGAAGAAGAGAAGCTCCATCACAGAACCAGAAGGCCCCAGTGGGCCTAACATCCAGAAGCTCCTGTACCAACGATTCAACACCCTTGCAGGGGGTATTGAGAGTGGAGTAGGTGGTACACCCTTCTACCAGCCTGACAGTCCTCTGAACTACATGGCCA------CTGCTTTGGGCAATGTAGACACA---GCTAATGGGAACCTGATGGAGTCAAGCATGTTAGTTGAGCCTTCAGCAGAGCTGGTAATGGTTCCTCCTCCCACCGCTTCTGTGTCTCCTACAGCTGATGACAATGAGAACAAGTTGACACATCTTTCTAGTGACTCAGGGGGTGCCCAGTCTGCTGATGCCTTAGAACATTCTCTTAAA-----GACACCCATGAGGACAATCATAACAACAACCACACAAATGTCACGGACACACAACCTAGTTCAGTACCAGAACCCCACTCCCCTGCAGAGGAAGA 
s mm7.chr12      8455241 735 - 117814103 TGTTCTGTCCTGTTTCTCCTCAGTGTACGGTAAGCCTGTCCTGCCGTCAGGGTCAGCATCGCCATCACCCTTACCGTTTCTTCATGGGTCACTGGGCACAGGCACGGCACAGCCTCAGCCACCTTCAGACTCTGCTGAGAAAGAGCCAGAGCAGGAAGGCCCCAGTGTACCTGGAGAAGGCAGCACAGTGGAAAGCCTGCCACGGCCGCTCAGTCCCACCAAACTCACACCCATCGTACACTCCCCACTCCGTTATCAGAGTGATGCAGACCTGGAAGCTCTCCGCAGGAAGCTGGCCAATGCACCCCGACCCCTGAAGAAGCGCAGCTCTATCACAGAGCCAGAGGGCCCTGGAGGGCCCAACATTCAAAAGTTGCTTTACCAACGTTTCAACACCTTGGCTG------------GTGGAATGGAGGGTACCCCTTTCTACCAGCCCAGCCCTTCCCAGGACTTTGTGGGCACCTTAGCTGACATGGACAACGGAAACACCAATGCCAATGGCAACTTG------------------GACGAGCCTTTCCCTCCCCGGCCCACGGCCCCACTTCCTGAGGAGCTTG---CCCCTTCCTCAGATGCCAATGATAATGAGTTA------CCTTCCCCTGAGCCAGAGGA-GCTCATT-------TGTCCCCAAACAACTCATCAAACTGCTGAGCCCACTGAAGACAATAACAACAATGTGGCCCCA---GTACCCTCCACAGAACAGATCCCAAGTCCTGTGGCTGAGGCTCCTTCAGAGGAGGA 

a score=7582
s danRer3.chr12 11727169 189 +  37038836 ACAGGTCAAGCGTACCAACTTGAAGAAGCCTGGTTCTGAGAGGACAGGTCATGGCTTGAGGGTCAAATTCAATCCTCTTGCACTACTTTTGGATGCATCTTTGGAGGGCGAGTTTGATTTGGTGCAAAGGATTATCTATGAGGTACAATTTAGCTGCCAAATGCACCTCACACCTTAAGTACACACTGT 
s mm7.chr12      8456508 172 - 117814103 ACAGAGCAAACGCACCAACCTGAAGAAGCCTAACTCTGAACGGACAGGGCACGGGCTGAGAGTGCGCTTCAACCCCCTAGCCCTGCTTCTGGACGCTTCTCTCGAAGGAGAGTTTGATCTAGTGCAGAGGATCATCTATGAGGTGA---------GCCA--------TCCTCCCTTCTGTGTGTGCTGC 

a score=8772
s danRer3.chr12 11727407 145 +  37038836 CAGGTGGAAAATCCTAGCACACCAAATGATGAAGGTATCACCCCTCTCCATAATTCGGTATGTGCAGGTCATCACCATATTGTAAAATTCCTGCTGGATTTTGGGGTCAACGTTAATGCAGCTGATAGCGATGGATGGTAAGGAG 
s mm7.chr12      8456719 145 - 117814103 TAGGTGGAGGACCCTAGCAAACCCAATGACGAAGGGATCACCCCCCTACACAATGCTGTCTGTGCTGGCCACCACCATATCGTGAAGTTTCTGCTGGACTTTGGTGTCAATGTGAATGCTGCAGACAGTGACGGATGGTGAGAAG 

a score=11180
s danRer3.chr12 11727660 205 +  37038836 GTTAGTTTCTAATT-TATGATCTCTCTTGTGA--CCAGGACACCCCTTCATTGTGCAGCTTCATGCAACAATGTTCATCTTTGTAAATTGCTGGTGGAATCTGGAGCTGCCATTTTTGCCACTACTATCAGTGACGTGGAGACGGCAGCAGACAAGTGTGAAGAGATGGAGGAAGGTTATGTCCAGTGCTCTCAGTTTCTTTACGGTA 
s mm7.chr12      8457494 208 - 117814103 GGTGGTTTCTGACTATACATTTCCCCCTCTGGTTCTAGGACACCACTGCATTGTGCTGCCTCTTGCAACAGTGTCCACCTCTGCAAGCAGCTGGTGGAAAGTGGAGCCGCTATCTTTGCCTCCACCATCAGTGACATTGAGACTGCTGCAGACAAGTGTGAAGAGATGGAAGAGGGATACATCCAGTGTTCCCAGTTTCTGTATGGTA 

a score=10882
s danRer3.chr12 11727928 233 +  37038836 TAAAGCTAAGTTTTTCTTTTTATTCCAGGTGTGCAGGAGAAACTGGGGGTAATGAATAAAGGGACTGTTTATGCCCTGTGGGACTATGAAGCTCAAAGTGCAGATGAGCTGTCTTTTCGTGAAGGTGATGCTCTCACTATAATGAGTCGTAGGGACGACAGCGAGACAGAATGGTGGTGGGCCAAAGTAAATGACAAAGAGGGCTATGTACCACGCAACTTGTTAGGGGTAAG 
s mm7.chr12      8458676 233 - 117814103 TAAAACCTGTATCCCTTTCTGGTCCCAGGGGTACAAGAGAAGCTGGGAGTGATGAACAAAGGCACCGTGTATGCTTTGTGGGACTACGAGGCCCAGAACAGCGATGAGCTGTCCTTCCATGAAGGGGATGCCATCACCATCCTGAGGCGCAAAGATGAAAACGAGACCGAGTGGTGGTGGGCTCGTCTTGGGGACCGGGAGGGCTACGTGCCCAAAAACTTGCTGGGGGTAAG 

a score=-244
s danRer3.chr12  11728161 164 +  37038836 ATATCTGCATAAGCTCATTTATTTCTTTGCTCtagggctgcacaaaatatcatttcagcatcaacaatgcaatgtgcacatccacagttacagtatgtgccatttcaagatgggataattattgactgggcaccacaATTTAGAACACATGTGATTTCTGGAGA 
s mm7.chr1      182443759 121 + 194923535 TCACTCCAAT--GCTGACGTGTTTCATATATGAACTGCTGTGTAGAGT----------------CAGTGCAGT--------------TTACTGCCTTTGTTAT---AAGACGTGAT--------ACAGggctcagcacttaggagcacttgctgctcttgaaga 

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s danRer3.chr12 11729832 79 +  37038836 GTTGCTGTTCATTCTTGTT------TTTCCAGCTGTACCCAAGAATCAAACCCAGGCAACGTTCTTTGGCATAGATGGCCTGAAG 
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a score=5606
s danRer3.chr12  11731628 135 +  37038836 TTCACGTCGTCACCCCACTTCTCGAGAGCACGGGCATGTCCAAGTTGGTGGGTAGCACCGTGTATCTGAAGATGGAGAGCTCACAGCCCGCCGGTTCCTTCAAAATCCGTGGAATAGGATACATGTGTCAAAATG 
s mm7.chr5      119713085 134 + 153054177 TGCATGTGAAGACCCCACTTCGTGACAGCATGGCGTTGTCCAAATTGGCCGGCACCAGCGTGTTCCTAAAAATGGACAGCTCCCAGCCCTCAGGCTCCTTCAAGATCCGAGGCATTGGGCATCTCTG-CAAGATG 

a score=3978
s danRer3.chr12  11734297 326 +  37038836 ACTTATAGGTGGTAATGCTGGAATGGCCACAGCATATGCAGCAAGAAAACTTAACCTACCAGCCACTATTGTTTTACCATTATCGACACCTGAACTTGTAGCTCAGAAACTTAAAGACCAGGGAGCTACGGTCAAAGCTGTGGGCAAGGCAAGATCACAGTTGTCATTCATGCATTTGTTTCCAGGTCTTATCAAGGTTTTACAAGGGAAATCTTTGTCAT--------------------------ATTGTAGGTATGGGATGATGCAAATGCAGAGGCCCTACGATTGGCTGAAAGTGAA------GGTCTTACTGTA-ATACACCCATTCAACCAACCTCTGGTTTGGTGAGTTTG 
s mm7.chr5      119714553 340 + 153054177 ACTGACAGCTGGCAACGCGGGCATGGCGACCGCCTACGCTGCCAGGAGGCTGGGCATCCCAGCCACTATCGTTGTGCCCAACACCACACCTGCCCTCACCATTGAGCGGCTCAAGAATGAAGGCGCCACAGTTGAAGTGGTGGGAGAGGTGAGTGCGGA----TCCCTCGTGGGCAGG-----AGGGCTGATAACTA------GATGGAGATCCTCATCATCTCAGTCTCCCCGCCCCGCCCCGCCCCTTGCAGATGCTGGATGAGGCCATCCAAGTGGCC--AAGGCT--CTGGAAAAGAACAACCCGGGTTGGGTGTACATTTCCCCCTTTGATGACCCTCTCATCTGGTAAGTTGG 

a score=8016
s danRer3.chr12  11736223 366 +  37038836 AGGAAAGGACATTCCAGCATTGTGCATGAACTCAAAGCCTCCCTCCCATCCAGACCTGGACTTATAGTGCTGTCTGTAGGTGGTGGAGGTCTGTTTTGTGGAGTGATAGAGGGCCTGGATGAGGTGGGCTGGGGCGATGTGCCTGTCCTGTGTATGGAGACCAAAGGTGCTGATTGTTTCAATGTTGCCCTGAAAGCCAAAAATCTAGTTACCCTGCCTGACATTACAAGGTACAAGTTAAGAAATCATTACACATTAATGAACACCAGTCAAATTTAAGTTTAATTAACCACATGCA-ATTCACTGCCTATTAGTCAAGCGGTATGTTTGGGAGCAAAAACGGCA----TGCCAGCAAGCATTTGAGTAC 
s mm7.chr5      119715436 364 + 153054177 AGGGAAGGCCACACTTCCCTTGTGAAAGAGCTGAAGGAGACGCTGAGCGCCAAGCCCGGGGCTATCGTGCTGTCTGTGGGCGGTGGAGGCCTGCTGTGCGGAGTGGTCCAGGGGCTGCGGGAGGTGGGCTGGGAGGATGTGCCCATCATCGCCATGGAGACCTTTGGCGCCCACAGCTTCCATGCTGCCATCAAGGAAGGAAAGCTGGTCACCCTGCCCAAGATCACCAGGTA-AACCCGGGGCATCTCTCCAT-CACATGAG---CAGTGGGATTGAGGCTTCGGGAGCTGCGTGCCTATGTGTAGCCCGTC--TAACACAGCGTGGGGGGGGGGGGAAACGCCCTCTTTGCCTGCAAAGAATTTATAAC 

a score=1977
s danRer3.chr12 11736589 78 +  37038836 GGCAAACGGCCCACTGTCATTTCAGAGGTGGTGACAGACCTGCAGGCCCTGGAGGCGGTGGAACTGTTCCTGGGTAAG 
s mm7.chr5      33360674 78 - 153054177 GCAAAGGAGTGTGAGGTCCTCTCTGAGGTGGTAGAAGACCGGGAGGCTGTCAGCGCTGTGCAGAGGTTCCTGGGTGAG 

a score=58
s danRer3.chr12 11738592 10 +  37038836 TGTACTGTAT 
s mm7.chr5      33361626 10 - 153054177 TGTCCTCCCC 

a score=7344
s danRer3.chr12  11738602 178 +  37038836 GCAGATGAGGAGCGTGTGTTGGTGGAGCTGGCCTGCGGAGCTTCATTGGCTGCAGTGTACAGCGGTGTCGTCAACAGGCTCCAGGATGAGGGACGTCTTCCTAAACCTCTCGGCCCGCTGGTAATGATCGTGTGTGGTGGCGGCAGTATGAACATGGCTCAGCTACAGCATCTACAGG 
s mm7.chr5      119717554 178 + 153054177 GTAGACGATGAGAAGATTCTGGTGGAGCCCGCGTGCGGCGCGGCGCTGGCTGCTGTGTACAGCCGCGTGGTGTGCAGGCTGCAGGATGAAGGCCGGCTGCAAACCCCACTGGCCTCGCTGGTTGTCATCGTGTGTGGCGGCAGCAACATAAGCCTGGCGCAGCTGCAGGCACTCAAGG 

a score=6590
s danRer3.chr12  11794855 449 +  37038836 aatatttaaaacatttacattaaacatttataatatttaaaaattGCtactactactactactactaataataatattcatatttataataataataaATGCTTTTCCAAAAACAGTTTTA---TTTTAGGACGTATTTTA------AAAAGTCATTTATGTTG------------TGTTTGTTTGCAGGATTCAGGCAAAGACGCGCGAGCTGCGGGAGCGTCAGGCCAAAGAGCGCGAGTATGCAGAGATCCAGGACTTCAGCCGGCCGCTGAGCTCAGATGAGGAGCACACCTACGCCGGCATCGGCTCTCTGGACTCGTCTCTGGACAGCAGTCTAGATCTGAGCCTCACGCCAGGACAGGAGCGTCCGTTGGGCCCTAGAGAGCCACCGCTGGCCCTTGAGACCCTGTACGCCCAGGTCAACAAGCCCCGCAGCAACCGGACGGCCCCTGCAGACAGGTAAGCGC 
s mm7.chr8      126082445 420 + 127874053 AGTGTTTATGGCATT-ACATGGGA-ATCTAAAATGTGTGTAAATTATCACTCATAATACGTCT-----------TCCCCATAACTGCAGGAAACA-AAGTGCATCTCACAACAGAGCTTGAAGTTTCCTGTATCTGGTTCATAGAAAAGGAATTGTTTCTCTTGCTTCAGCACTGTTCTCTTTTTGCAGGATTCAAGCCAAAACTCGAGAGTTTAGGGAGCGGCAAGCCCGAGAGCGTGACTATGCAGAGATCCAAGATTTCCATCGGACGTTTGGCTGTGATGACGAGTTGCTGTATGGGGGCAT------------GTCATCCTATGAAGGCTGCTTGGCTCTCA-----ATGCCAGA----------CCCCAGAGCCCAAGAGAAGGGCACCTGA---TGGACACTTTGTATGCCCAAGTAAAGAAACCTCGGAGCTCCAAA------CCTGGAGACAGGTAGGTGC 

a score=7452
s danRer3.chr12  11795826 1101 +  37038836 TCCGTTAGGCATGTTAAGTGCACACGGTGAATAGGTTAAGGTTAGGATTAGT---TTTAGCAA-CTGGTATTATGTTTTAGCATTCTGTTATTGGGTTAGG------ATTAGT---TTTAGCATTCTGATATTATGTTGTAGAATTTTGTTGGTATGTTATAGCATTCTGTTAGGGCTAGGGTTAGCATT--------------AGCATTCTGATATTGTGTTTTAGCATTCTGTGGGGATTGTGATGGGTTTTAGTATTTTGATATTATTTTTTTAGCATTCTGTTAGCATATTTTAGCATTCTGTTGGTATGTTTTAGCATTCTGTTTGTATGTTGTAGCATTCTGTTGGGGTTAGTTTTAGCATTCTGATATTATGTTGTAGCATTCTGTTGTGGTTAGGATAAGTTTTAGCATTCTGTTGGGGTTAGGGTTAGTTTTAGCATTCTGATATCATGTTTTAGCATTCTGTTGGGGTTGGGGTTAGCTTTAGCATTCTGTTGGTGTTAGTTTTAGCATTCCGTTGAAGTTAGGTTAGGGTTAGCTTTAGCATTCTGTTTGGGTTAGTTTTAGCATTCTGTTGGAGTTAgctgggaaatgaccagctaaaaccatcttgaccagcctagtttaagctggacatactgtagctggttttggctggactcccagtctggctaggttagtcaaagctggttttagctggtcgtatcccagcctggaaatggccaaaatccctctaa---aaccagctaaccatcttagactggt-----ttaagctgttttttttcagcagggctgttagtctgttttagcgttctaaaattatgttttagcattctgtttgggctagggttagttttagcattatgttagtgtggt-actgctttgttagtgtggtttgttcgttaagttagtatgttttagcattgtcttagggttagatttagcattttgatatcatgttttagcatcctgttagaatgttttagcattatattagtttgttttagcatgctacttgtt--tttagcattctgttagggttagttttagcattttgatatcatcttttagcattcttttagtgtgttaggccattctgttagtgtggtttagcattctgttataatgtt 
s mm7.chr12     108360861 1020 - 117814103 TCTGTTAGCTCAGTTCAG--CACTCTGCTAGTCTGTTCAGCACTCTGCTAGtctgttcagcactctgctagtctgttc-agcactctgctagtctgttcagcactctgctagtctgttcagcactctgctagtctgtt-cagcactctgctagtgtgtt-cagcactctcctag---tctgttcagcactctcctagtctgttcagcactctcctagtctgttc-AGCACTCTGCTAGCTCAGT--------TCAGCACTCTCCTA--GTCTGTTCAGCACTCTGCTAGCTCAGTTCAGCACTCTGCTAGCTCAGTTCAGCACTCTGCTAGTCTGTT-CAGCACTCTCCTAG---TCTGTTCAGCACTCTCCTAGTGTGTT-CAGCACTCTCCTAGTGT---------GTTCAGCACTCTCCTAGTGt---------gttcagcactctcctagtctg-ttcagcactctcctag---------tctgttcagcactctcctagtct---gttcagcactctcct--agtctg------------ttcagcactctcctagtgt---gttcagcactctgctag-----tctgttcagcactctgctagtctgttcagcactctcctagtctgttcAGCACTCTC-----CTAGTGTGTTCAGCACTCTC-------CTAGTGTGTTCAGCACTCTCCTAGTGTGTTCAGCACTCTGCTAGT--CTGATCAGCACTCTCCTAGTCTGTTCAGC--ACTCTCCTAGTCTGTTCAGCACTCTGCTAGCTCAGTTCAGCA-CTCTGCTAGTCTG-TTCAGCACTCTCCTAGTCTG-TTCAGCACTCTGCT--------AGCTCAGTTCAGCACTCTCCTAGTCTGTTCAGCACTCTCCTAGTGTGTTCAGCACTCTC--CTAGTGTG-TTCAGCACTCTCCTAGTGT---GTTCAGCACTCTCCTAGTGTG-TTCAGCACTCTGCTAGtctg-ttcagcactctcctagtctg-ttcagcactctgctagtctgttcagcactctcctagtgt---gttcagcactctcctagtgt-gttcagcactctcctagtgtgttcag-cactcgcctagtct-gttcagcactctcctagtctgtt 

a score=5075
s danRer3.chr12 11919727 805 +  37038836 AGGGGTAGGCATAtgggggtgtagaggtaggcata-------agggtaggcatgtggg-----------tgtgtaggggtaggaatgtgggtgtgtaggggtag---gcatatgggggtgtagggctaggcatatgggggtgtagaggtaggcatatgggggtgtaggggtaggcatatgggggtgtagaggtaggcatatgggggtgtaggggtaggCATATG------------GGGGTGTAGGGGTAGGCATATGGGGGTGTAGGGCTAGGCATATGGG------------GGTGTCGGGGTAGGCATATGGGGGTGTAGAGGTAGGCATAAGggta-ggcatgtgagtgtgtagaggaaggcatgtgggtgtgtaggggtaggcatgtgggtgtgtagg-ggtaggcatatgggggtgtaggggtaggcatatgggggtgtagggctaggcatatgggggtgtagaggtag-gcataagggt-aggcatgtgggtgtgtaggGGTAGGCATATGGGGGTGTAGGGGTAGGCATATGGGGGTGTAGGGCTAGGCATATGGGGGTGTAGGGGTAGGCATATGGGGGTG-TAGAGGTAGGCATAAGggtaggcatatgggtgtgtagaggtaggcatgtgggtgtgtaggggtaggcatatgggggtgtagaggtaggcatatgggtgtgtaggggtaggcatatgggggtgtaggggtaggcatatgggggtgtagaggtaggcataagggtaggcatgtgggtgtgtaggGGTAGGCATATGGGGGTGTAGGGGTAGGCATATGGGGGTGTAGGGCTAGGCATATGGGGGTGTAGAGGTAGGCATAtggggg 
s mm7.chr15     20255323 816 - 103647385 AGGGAGTTGCGTCTGTATGTGTGGTCCTGGGCATATATGTATAATATATACATGTGGGCCAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGATCCTGGGCATATATGTATAATATACACATGTGGGC-CAGGGAGCTGTGTTTGTGTGTGTGGTCCTGGGCATATATGTATA---ATATAAACATGTGGGC---CAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCTGGGCATATATATATAATACATGTGGGCCAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCTGGGCATATATGTATAATACATGTGGGCCAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCTGGGCATATATGTATAATATATACATGTG---AGCCAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCTGGTGATATACATATAATATATACATGTGGGC-CAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCTGGGCatatatatatatatataaaataCATGTGGGCCAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCT--GGTGATATA----TATACATGTGGGC---CAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCTGGGCATATATATATAATACATGTGGGC-CAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCTGGGCATATATGTATA-----ATATATACATGTGGGGCCAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCTGGGCATATATGTATA-----------ATATATACATGTGGGGCCAGGGAGCTGTGTCTGTGTGTGTGGTCCTGGTGATATATGTATGGAGATGTGTATACCTGCATATGTATGTGTGGGGCTAGGAATATGTGGGCGTGGGTGTA--TATGTGGGGG 

a score=964
s danRer3.chr12 11983795 845 +  37038836 TTTAATATTGTTACTTATGCATGAAACTAAATTTATGGTCTTTATTTTTTTACATTGTTTAATGAATGAAATATGGTAGTTTACTGTAAAATTGTAAGGATCATTTTACATATTTTTTAAAGGTAAAACCATAGCTGCCATTTTTCACTGTGAGTTTTATATATTTTGTTTACAGTATTACCTTGTTACTTCTACGTGCCACAAAATGTACAATCTTTTTTTTTT----------CGtaaaaatgttaataattcattaaa-----ataaatataataattaatttactatatatatatatattttttttttatatatatatatttttaacggttaagcaaccgtagct-gccattttttacagtatattttacagattttttctttacagTAGTTTAAAATTGTTATTCTTCCT------------------AAGATC--AAACTGTACAATCTTCATTTTGCACATTGTGTAATAATGAA-----TGAGTTATTTGCCGTAAAATTTTTAACATAATTTTACAGTTTACAGCATATTTTAATGGTAAAGAAACAGCAACTGTCAT-TTTTATTTATAGTCaattaatgaaatatggtaatttactgtaaaattttgataattttttttctgatttct-accaattttttttacgataaaagcaaatgcagttgct-gttttttacagtaaatttgacagttttTAAAATGT----------ATTTTAATATTGTTACTTCTGCTTAAAATCACAGTTAACTGTCTTCATTTAGCAAATTGTTTAATaattaatgaaacacagtagtttcctgtaa--aattgtgaacattcttttactgtttctactttatttttaatggtaaagcaaccaca--gttgtcatttttcactgtattttaAT 
s mm7.chr3      45851106 844 + 159849039 TTTTATTTTATTACTTCTTCAAGAATCGTAACTTTTATTCTTAATCGTTTTACATTATTAAATAAATAAAAGA-GATAATTTA------------------CATTTAGTAT-TCTTCTGGAGCTG-----CTAGATGGCACATATGATTGTCtgttttgttttgttttttatttgttttgttttgtt-ttgttttgttttTTAAAAAACATTCTCTTTGTACCTTGAAGCAATGAGGTAATACTTTGGGTTATAAATTGAATATGTAAAAACATACTAGATATTGTGCCATCAATG-----AATTTTATTTTATTTCAATTTCTTTCAATAGATGGGTGTACTGAAAATAATTACTTATTGCAAATTAATTCACTGA---TTCCTTTTCAAGAATT--AGGTTGTTAGTAACACTCATAGAAACAATGAAAAGAAGTTCATAAATTATAAACTCATAACATTTGGAAATGTATCCAAATGAAATGCTTAATTTATTAACAATAATATTT-----ATGGATTTATATTTTCCATC-TATTATAACATTTCAGAAA-------TGTTATAatagatggatagtaaatagataaataataataaattgatataggttgatgataggtat-----agatagatgatagattattgatagagtaatggcatatatatttgtgaatgatatatgataaattatattgatatatagatgttaaatggataagtctataatagatagat-ggCAGATATCCTTAATCTCCTGTGTTTATAGATATAAATTTTTAG-ATTTTGTGCATCAT--TAATTCTTTGTAATTGATCCTAGCTTTTCTTTTCTCCATACGTAATTCTACCCAATATCCAAACAAGAACAATATTCTCATTTAT-ACTGTATATGAGT 

a score=13238
s danRer3.chr12 11989470 509 +  37038836 GAGCTGCTCAAACACTGCAAGACCTGTTCGAAAGCACACGCGCCATGGAGGCTGGAGCGAGAGGGATGCACTGGAAACTTTTGCTACTTTCG---TGTCTTTTGGCCGACGGGATGAGCCAGGACTTCGGACAGACCCAGTTCATTTGCACGTCCGTGCCCAAGGATATGGACATATGCGCGGCCACTCTGCAGAACAGCGTGCC-CGGGGAGGATCTCAAGAGCACGGTCATGCAACTGCGCGAGACTGTGCTCCAGCAGAAGGAGACCATCATGAACCAGAAAGAAACCATCCGGGAACTGACCTCCAAGCTGACGCGGTGCGAGAGCCAGAGCGCGTCCGAGCCGGGAGACGCGCGGGTCGG--CGGCGGACGG-CGAAAGGAAACGGGCAC---CAAAAACACAATGGGAGATGTGTCGAGGGGTCCGACC---GACACACTGGCGCAACTCTCGCAGACTTTACAATCGCTGAAGCAGAGGCTCGAAAACCTGGAGGTATGTTT--TTTTTGGTTCCCC 
s mm7.chr11      2434921 499 - 122091587 GAGCGGCCCCGGTGCTCCAAG---TGTCCGGA---------GCCATGCTGGCCGGC-CGCGCCGCACGCACCTG-----TGCGCTGCTCGCCCTCTGCCTCCTGGGCAGTGGGGC---CCAAGATTTCGGGCCGACCCGCTTCATCTGCACTTCGGTGCCGGTGGATGCAGACATGTGTGCCGCGTCCGTG----GCTGCGGGCGGCGCGGAGGAGCTTCGGAGCAACGTGCTGCAGCTCCGCGAGACCGTGCTGCAGCAGAAGGAGACCATCCTCAGCCAGAAGGAGACCATCAGGGAGCTGACCACCAAGCTTGGCCGCTGCGAGAGCCAGAGCACCCTGGACTCGGGTCCCGGCGAGGCCAGGTCGGGAGGCGGCCGCAAGCAGCCTGGCTCGGGCAAGAACACGATGGGCGACCTGTCCCGGACGCCGGCCGCGGAGACGCTCAGCCAACTCGGGCAAACTTTGCAATCTCTCAAAACCCGACTGGAGAACCTCGAGGTCCGCGTGAGCTGCGGTTTCCC 

a score=9408
s danRer3.chr12 11991976 221 +  37038836 CTTCCGTAGCAATTTAGCCGGAATAACAACTCGGTCCAGGCGAACAGCTTGAAGGATCTCCTGCAGAGCAAAATCGACGACCTGGAGAAGCAGGTCCTGTCCCGGGTGAACGGTCTGGAGGAGGGGAAGCCGGGCATGCGCAACGAGAGCGAGCAGCGCGGGCGCGTCGAGTCCACGCTCACCTCACTGCACCAGAGGATTACCGACCTGGAGAAAGGTAA 
s mm7.chr11      2435674 221 - 122091587 CCCCCGCAGCAGTACAGCCGCCTCAATTCTTCCAGCCAAACCAACAGCCTCAAGGATCTGCTGCAGAGCAAGATCGATGACCTGGAGCGGCAGGTGCTGTCTCGGGTGAACACTCTGGAGGAGGGGAAAGGGGGCCCCAAGAACGACACAGAGGAAAGGGCCAAGATCGAGAGCGCCTTGACCTCCCTACACCAACGGATCAGCGAGCTGGAGAAAGGTAA 

a score=5051
s danRer3.chr12 12000629 598 +  37038836 actgcatatatatatatatttatatatatatttatttatatatatatatatatatatat-------------------------atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttatatatatatttatatttattctatatctgtttgcacctgtgttgacca--ttgctagcctgacatcgaataaatctgcatttggatcttacctc------agttgtttgtgtcatcccctgtgGTT--------ATACACTGTAATACACACAGCTTCCTCTAGTGCATTCAAATGCCTTGGACTTTTCAGAGTGCATCATTTGAGAAAAATAAAAAataaataaataa-atgtgtgtgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataGCAAAAGTACAATTCATTTCTAGGAGTAAAACTTT--TTTTTAAT--------------------GAGCAAAAAATGATGTGCACCAAATGAGCTTTGATGACAAAACCCGGAA----------CAAATGAAGCTCTTCTGAGAGTTTTCAGAGGGC---------CTGTGTAGATTAATCAGTCCGGGTTTAGCTTCCCCGAGCTCATTCATCATCCGCCACAGAGTCGCCATGCTTTCCTAAGTGTGATAAAT 
s mm7.chr12     94932507 648 + 117814103 ACtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgataaatactatatggccacaaaggaaataactatatatatatatatatatatatgtgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatC----ATCAGTGTAACACAGAATGGACTACTTTATTAGCATATC--TGAAATAATGCTAATTTGGGACATGCATATTTATAAATGGATTTTGTATACACTTCAGATTTCTAACCTATACAGTGAGAAAAGAGCTCCttgctat-gtaaaatcaa-------ggatgtttaggtaaactttaatt---ataggttaataatgaacaattgttattcatatgctctgatcaatatttgtg-gcatgtttataagaatattttaata-ctaatttgaaatttagatttacctggacatccttggtttttaATAGCAACCCAGATATGGGGGGGGGGTAATAATGACTTGTAA-AAATTACAAATTATGGCAAAATAAGGAAGAATTCCATTCATGTTATCTTTCTCTTAAAAATTGTAAATGTCACCACACTTTTATGATGATAAAATACTTTAAATTAGACAT----GGAATCATTTTCCATGT---ATAATGTTCACAAG------TGGATGGGATAAAT 

a score=1662
s danRer3.chr12 12001285 139 +  37038836 CCGGTGCTGTCCTGGACTGCT-GGAGGAGGCGTTTCTGTCAG------------------------GAGATCTGACTG---AGGCACTGTCCATGCTGTTTGTCTTTTTTTTAAAAAAAGAGTATCGGGGAATTTACTAAAAAAAAAAAAACAGCCAGGGTTAAGAT 
s mm7.chr12     94933225 167 + 117814103 CTGAGGCAGACCTTGGCAACAAGGAGCATGTGTCTCTCTTGGCCTCAGCCTTACTGCTTCTCCTGCGGGAAATGATGGGGAAGAAACTGCCCACACTGATTGAGATTTCTCTCCAAAATGGAAATGCAGGAACTCCTTAGAAATCATGAAGCAGACAGAGTTTAGAT 

a score=11947
s danRer3.chr12  12026499 229 +  37038836 TTTAGTTCAGTTGGCGACAGGCTTCAAATGTCCACTTGGAAGCTCCTCCGTAGATCTCGATGCTGGTTTCCAACCAGGAGAACACGTTGCCCACTTGCGCTTTGCTGCTGCACGTGGCCAGGTTGTAAATTTCGCCCACCGACAGCTTTCGGTCCCAGATGTTGAAGTTGGCCATGTCGCCGACGAACGCTTGAGTGGCGTCAAACCCTCCGCCGAGAGTGTCCTGCGG 
s mm7.chr11     119651516 229 + 122091587 TTCAGTTGATCTGGCGACAAGCCTCGAATGTCCACTTGGTGGCTCCACCAAAGATCTCGATCTGGGACTCAGCCCAGGCGATGACATTGCCAGAGAGAGCCTTGCTGCTGCAGGTGGCCAGGTTGTACACCTCCCCGGGGGTCAGCTTGCGGTCCCAGATGTTGAAATGGGCTAGCTCACCCACAAATGCTTGGGTGGCATCAAACCCTCCACCTAGAGTGTCCTTTGG 

a score=347
s danRer3.chr12 12026728 48 +  37038836 GTGGATAACATTTATTTGAGATCCTGAGAAAAACAAAACTGAATGCCT 
s mm7.chr5       9469884 48 - 153054177 GTGGAAAAGGGCACGCTGGGATAGGTTCACAAGCAGAACTGGCCTCCT 

a score=227
s danRer3.chr12 12030914 9 +  37038836 AGGAGATGC 
s mm7.chr5       9470657 9 - 153054177 AGAGAGTAC 

a score=9832
s danRer3.chr12  12030923 207 +  37038836 GTACCTGC-CTTGTCCCAGGATCAATACCCCCTGTGGTTTGATTGGATGGTACGGGGCGAGGCTGTCCCCGTTTCCCCTCATTACTCCGTCTTGATAGGCTTCCCACACGCCGTCTCGAGTCGTCCAGGTGACGCAGATGTGATGCCACTTCCCATCGTTTATCAGGAACGGCAGCTTAGCAACCTAAACAGAGAGAAAGAGAGAGAC 
s mm7.chr11     119652222 201 + 122091587 GTACCTGTTCCTGACCCAGCACCAGCACGCCCTGTGGTTTGATGGGGTGATAGGGTGCCAAGTTCTCTCCATTGCCACCCTGGGTGCCATCCTGATAGGCCTCCCAGACCCCATCCCGGGTGGTCCAGGTGACACAGATGTGATGCCATTTGCCATCGTTGATTACAAACGGCAGCTTGGCCACCT-------GGGAAGGAGGAGGAC 

a score=16084
s danRer3.chr12  12033076 266 +  37038836 TACCTTGTCATTA-TGAGCAGCTCCATCGGGTTGTTCCCCCACTCTATGAGCACCAGTTCGTTGGCCTGTCCTGGGACGGCATAAGAGAACGGCGTCCCGACTCCAGGAGAGGCGTTGGACTTGAGCCACAGGCAGACGGTGAAGGCGTACATCTCCGGCAGACTCTTCTTCACTTTAGCGTACATGTAGTTCGTCCTCAGAGGGAACGTCAGCTGGAACTTATCCAGAGGCCGGTTATCCTTTTGACCTGTTAGTAAAAAACGAAT 
s mm7.chr11     119653633 267 + 122091587 TACCTTGTCATTAATGAGTATCTCCATGGGGTTGTTGCCCCACTCGATGAGGACCAGTTCGTTGGCCTGCCCAGGCACAGCATAAGAGAAGGGTGTGCCCACTCCAGGCGCCGCACTGGACTTGAGCCACATGCACACGGTGAAGGCATACATCTCTGGCAGGCTCTTCTTCACCTTGGCATACATGTAGTTGGTCCGCAGTGGGAATGTCAGCTGAAACTTGTCTCCGGGGCGATTGTCTTTCTGACCTAGGGAGGACAAGTGAGT 

a score=3835
s danRer3.chr12 12071112 476 +  37038836 CTCGCCAGACCAACGGTCCCATCGATAGCACATTACTTTGGGACAAAAGGCAGGTACGAGGAAGTGAACCCACATTT--------ATTAGATGACGTTCTGTTTGTAAACAAATC-GCAGGTGGCTCCCCCTTCCCTAGACTGCCGTGCCATCCATATGGTGTCTGTGATACGTCACGGGACACGCTATCCGACCACCAAAAATGTGAGAAAGATCGCGCAACTGTTTGATCTGGTCAAGTCTGACTCGCTGCGTTCAGCTTCATCATGGCTAAATGACT-------TAAAGACATGGAAGATGTGGTACACTGAAGACATGGACGGCAGACTAGTGGAGAAAGGACGAGATGACCATAGGCATTTGGCCATGAGACTGGCAAAGTCCTTCCCCACTTTGATTTCTGCTGATC-ACCTCCGTGCCAATCGCATCGAGTTCATGACTAGCTCCAAACACCGCTGTGTTGATAGTGTCAAAGCCTTTCAAGAGGG 
s mm7.chr4      42819197 470 - 155175443 CGCGGCGACCCGGTGGCTTCGGTGCTCAGCCCCTTCTTCGGCACGAAGACACGCTACGAAGATGCCAATCCCTGGCTGCTGGTCGATCCGGTGGCGCCGCGGCGGGACCCGGAGCTGCTGGCGGGGACCTGCACCCCGG------------TGCAGCTGGTCGCCCTCATCCGTCACGGCACCCGCTACCCTACCACCAAGCAGATCCGCAAGCTGAAGCAGCTGCAGGGGCTGCT----GCAGACCCGCGAGTCCCGGGATGGCGGGAGCCAAGTGGCCGCCGCGCTGGCCGAATGGCCGCTGTGATATGGTGACTGGATGGACGGGCAGCTGGTGGAGAAGGGGCGGCAGGACATGCGACAGCTGGCCCTGCGTCTGGCTGCCCTCTTCCCAGACCT--CTTCAGCCGGGAGAACTACG-----ACCACCTGCGGCTGATCACCAGCTTCAAGCACCGCTGTGTGGACAGCAGCGCCGCCTTCCTCCAGGG 

a score=3380
s danRer3.chr12 12076549 228 +  37038836 TTCTAGATATGGATTACCAACATT---ACGTGGATGATTCACTCATGAGATACTTTGATCACTGTGAGAAATTTGTGGAAGGTGTTGAAAACAATAAAACAGCTCTGAAGGAAGTGCAGCGCTTCAAATCTTCATCAGAAATGGATTCAGTGCGCAGGAAAATATCCAGTCGTCTTCAAATTCC--------------ATAC-GATCGAATCACGGCAGGTAATTTGGCTTTTTTGTATGGCTTTG 
s mm7.chr4      42819708 246 - 155175443 TCTCAGATATGGAGTGTGACCCTCCAAGAATTAATGATAAACTAATGAGGTTCTTCGATCATTGTGAGAAGTTCTTAACTGATGTGGAAAGAAACGCGACGGCTCTTTATCATGTAGAAGCTTTCAAAACTGGACCAGAAATGCAGAAGGTCTTACAAAAAGTTGCAGCTACTCTGCAAGTTCCAGTGAACAGTTTAAATACAGACTTAATTCAGGTAGCTTTTTTCACCTGTTCATTTGGCCTGG 

a score=4227
s danRer3.chr12 12077668 173 +  37038836 CACCCTAAGGCATGTTCACTTTTTC-AGTAACATGTTTTTGGTCTATTGATGTTGTA--GGTGCTGGAGTATAAAAATGACCTAAAACAGTATTGGAAGCGGGGATATGGACATGACATCAACCGCAAATCCAGCTGCCCTCTCTTTCATGATATTTTCAGTCGTCTTGATAATGC 
s mm7.chr4      42819954 171 - 155175443 CAATTAAAGG--TGTCCATTCTCCCTGGTTTGATGTGTTTGACGTA--GATGATGCAAGGGTTCTGGAATACTTAAACGACCTGAAACAGTACTGGAAACCAAGTTATGGCTACACCATTAACATC-GGTCCAGCTGCAACCTATTTCAGGACATTTTTCTACACCTGGACAAAGC 

a score=4068
s danRer3.chr12 12080496 183 +  37038836 AATAAAACAGATTCGGAGAGGTGAAAAAGACT--------GCCACCATTCAGGTTGGTCATGGTGAAACCCTGCTGCCTCTGCTCTCTCTAATGGGCTTCTTCAAGGATGAAAAACCTTTAACTTCAGAGAATTTTGCACTGCAACGCAAACGTGTATTCCGCTCCAGTAAGATTTTACCTTATGCTGCAA 
s mm7.chr4      42820125 191 - 155175443 AGTGGAGCAGAAGCAAAGGTCTCAGCTGGTCTCCTCTCCAGTCATCCTCCAGTTTCGACACGCGGAGACGCTCCTGCCGCTCCTCTCCCTCATGGGCTACTTCAAGGACAAGGAGCCTCTGACCGCTTACAATTTCGAGGAGCAAGTTAACCACAAGTTCCGAAGTGGTCACATCGTACCTTACGTCTCAA 

a score=7006
s danRer3.chr12 12080794 422 + 37038836 TTCTGAATAATACTTTTATCGTCTTTTGCAGGTGAACGTGAGAAGATGGTTTTGAAAGAAATTCCCACAGAAAACATAACTCGCCCTTTGGGCCGGAATGAGGTCATAGGTTTACTCTTCCGTCTCACAATATTTGGCGCTGTCACCTATTTTACAATAAAGTGGATGGTTGATGCTATCGATCCAACAAGAAAACAAAAGGTTGAGGCACAAAAACAGGTAAGGTGTTTGATTTCAGCATCAGTTGTGTACATGAGTGTGCCTTTAAAGAAAAGGGTGTATAGTTCACACTATTAGCCAGATTTGTATACAGTAGTCAACATTTAAAGTGGATCAAAAGATTT---TATCAAAGTTGTCCTAAAACTATTCAATAACACCCAT-----TCTTGTCTCTGGTCAATTTTGAAAAGAAA------AATAAAAGtgat 
s mm7.chr19     28817582 398 - 61223509 TTCCTAGTGACTTTTCTGT-GTCTTTTTAAGGTTAACA-ATCAAGATGGTA------------CATGCTGAAGCCTTTTCTCGTCCATTGAGTCGGAATGAAGTTGTCGGTTTAATTTTCCGTTTAACAATATTTGGTGCAGTAACGTACTTCACTATTAAATGGATGGTAGATGCCATTGACCCCACCAGGAAGCAGAAGGTAGAAGCTCAGAAACAGGTATGAGG----------ACAGCAGGGGTG---AGGAGGGTG--GTAGGGGTGAAGGCCAT---GCTTCCTGTGCCAGCAAAGACTGTTTACCCAAGCTGAGATTGTAAATGT-----AAAACTTGGGTGGCCATTCCTTGCTGCAGCTTTTCAATATCAAGCCTGAAAATCTT-TTTTTTTTTAACTTTGTAAATGAATATCACAAGAAAAATGAT 

a score=5143
s danRer3.chr12 12086536 525 +  37038836 GCTAAATAGCACCTCAACTACCACAAGCAACCACTGAAGAACCTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtCCAAAGCTATAAACTACATGAGAGTATTTTGGAATACAGT-----GGCTAAAGGGCAAGAATCGTGCAACATACCCCCACTGAATTCTACATTTTAGTGTAGAAATTTAAATTGAGAAAAAACAGGTTGATTTGCAATATGCAA--TATGCTACGAATTGTTTTCATTGTTTTAAAAATGTCTAAATAGTAAAAATTGGCATGATTAAA--AAATTAATGAGGCCATGGACCACAAAAGCACCATGGGTATATGTGTGGCAATAACCAACAATTTCTTGCATTTTTATTTTATGC-----------------CATAAATCGTTAGAA-TATTAAGTAAAGGTCATATCCCACAAATATATTTGGTAAATTTGAT 
s mm7.chr4      19301845 481 + 155175443 GTTAAATAAGAGGACCACAACAAAAGGGAAACAAAACAGCATCCAtgtttgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTCACTCTTGATTTGGTTTG-----GTTtttgtctgatttgatttttatttgtttatttgtttatttgtatgtctatttgtATTTTCA---------------------TGTTTTGGTGTTTGTTTCTTGGTTTTGGGGGTGAGAAGAACATAAAAT---------------TAGGTGTATGTGGAGACAGGGGGATCTGGAAGTAATGGGGGGAAAGGAAATGGTCAAAATATACTACA-----------------TAAAACTTTTTAGTTAGAAGTAA-----ATAAATAAGTGAAATTAATGAAAACA------ATAAAAGCACCATGGGCATCTGTGTGGTTTTAAAATGCAAACTGCTGGAGCTTCACTCTAGGCTGAGGTTGAAGAAACCTCATAGAGAGaaataattattaa--aaaagtaaaaagtaataaataaaatttCTGAACCTAAT 

a score=16562
s danRer3.chr12 12096473 814 + 37038836 agaataaagaacaataataaaagtttgcaaccacatgatggtgagcacatttgaatattt-ggtggaaccatccctttaa--AAGATGAA--ACAAATACAGCAAACTGCACAAGTTAAATGCTGTCAAACACTGACAAGAATGAGACTTTATTGGATTTTATGTGGAGTTTATAACACTAAGA--TAAAGGGCAGTTTACACATACAATTACAAACAAACATGTGATTTGTATGAGCAACATGATTACCTGTACAATATTTCATACATGGTTGGTTTGTGTATTCTCAGTGCATAGGCATTACACACAGAGCAACTGTTGCACAGCACAATAGTATCTGAACAGGCTGAAACAGAGTAAGGCTGTTTTCTTAAGAGACCAAA--GATAAACCGTGTTTATATTATGTGAACGTAAAAGAAAACCCTCTGGGGAAGAGAATGGTTTCTAATGAAGCATGGCTGACGTCCAAAG----GGCCCCCTTCTTTCAAGTCTAGCGGGACGATTTAGTGCACAGTACCACCCCATCCATCCATCCGCACGCGTGACAAGACGTCCTGCGACAGTTTTTAAAGCCAGTACTTTCTCTTCAACTGTAAACGAGAGGCACTTTGTGGCAACCACAGGCATCATAAACAACATATTGCACAAATCAGCTAAGAAAGAGTGACGTGAGACATATACACACTGGCACCTTTGAAGACGTTTTGTTTTTCATTAAAGCTGAAAATTTATTTTTCATGCTGCCTGTGAGCTCCACACAG---------CCATGCCACGGACGGGACGTCTGAGGGTTTGCATTTAAA----------GGTACTGTGGCTAAATTGTCAA 
s mm7.chr19     28701179 722 - 61223509 AAAATAGAAAAATGCACAGGAACTTTGTAATCATATGTGGCTGCCCATTACTGAACATTTTAATGGA--------TTTAAGCAATTTGAATTATAAATACTCTCATTT-----AATAAAACACC--CACACAATGACAAGAATGAGACTTTAATCAGTTTTAAGTGGAGTTTATAACACTAAGAGATAAAGGGTTGTTAACAAACACAGTAACAAATGGACATCTGATTGGTATGAG----------------GCATTATCCTGTACACGTCATATTTGTGTATCCTCAGTGCATAGCATTTACACACAGAGCCACTGCTGCACAGCACAAGAGTATCTGAAGAGGCTGAATCGGGGTAAGGCTGTTTT----ACAGACTGGATGGTTTTAGTATATATATTCTATATGAAAACAGATCGAA--CTTTTGAGCTGGCAGGTAG-----AAGGCAACTCTGCCGAATACTAGAGTAAAAGCCCCCC---------------------GTTTAGTGCACAGATCCACC----CCTTCCGTCTGCATGCACGACA-------CATTAACAGTATTTAAAG--------------------GTAAAC--GAGGCACTTTGTGGCAACCACAGCCATCGTTATGAACATATTGCACAAATTTTCTAAAA----------CTAAACATGTA---------ACTTGTAACCTACTTTTATTT----TTAAAGCTGAA-----ACATTTGATGCTGCCGGTAAACTCCACTTAAGTTTATAACCTGTGCCACAGCAAAGAATGGTGACGCTATTTAATTCAACTACCCTTTTACAATTATGGCAAAAATGTCCA 

a score=-368
s danRer3.chr12 12097287 159 +  37038836 TT------GGTTTGGGGGTTAAAAAGAGAA-----GAACATTCGGTCATGTACTCACCCTTACGTCATTCTGAATCTGTATG----TGTAAAT-GACAAACTAAAGTAGAAT----AAAAGTCAATAAGGTCCAACAACAAAGTGCATTTT----------TGGACGCTATTGACAAAACGGTTTAAAT 
s mm7.chr9      57298575 188 - 123828236 TTACAGAGGACTTGGGATGTACAGGGCCCAACTGTAAGCCTTCTTAAAGGTGAT-GCCTTCAAGTCATTTCAGACACGTAAGCTGCTGCACATCCAGAGTCTAAGAAAGCATTCCAGAAACACGGGAGAGATCACCTACAGAATGCACTTCAGGCTAATCGTGAATACTGTCAGAAAGAAAGTTTGAAT 

a score=1836
s danRer3.chr12 12097598 63 +  37038836 AAATAGTCGCTTTATTCTTTTTTTTTTCTATTTTGTGTTTTCTTAAAAAAGAAACAAAAACAA 
s mm7.chr9      57302781 62 - 123828236 ACATAGCAAACCTGGTCTTTCTTCCTTTAATTTTTTCTGTT-TGAATAAAGAGACAAAAACag 

a score=876
s danRer3.chr12 12097684 142 +  37038836 TTTGATTCTA----TTAGGATGCACAGATAATATTAATGTATTT-TCATTTCAC--CTATATTCTCCTACA---TTGATTGCTGTAAAAGCA--TTTACAGAGAGAGAGGGGGGGGGGGGAACAAAAGCAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAATAC 
s mm7.chr9      57302864 149 - 123828236 tttaatcccagcactcgggaggcagaggca-----ggcggatttctcagttcgaggccagcctggtctacagagtgaattccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtcttaaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaaaaacaaaaac 

a score=1272
s danRer3.chr12 12097826 147 +  37038836 TGTGGACCACTGACTGAAACCCTGCAAAGACCTGTAACAGTGCAAATGTCTAGTACAATATGTTGCTCTATTATAGTAGCTTTAAATAAGTCAGTGCTTGGGCAGAATGGTAGGTATGAAAGCAGTAGAAGAGTAAGCATTGTCAAC 
s mm7.chr1      84894287 141 - 194923535 TGTGCCCCACTGAGGCATAGCCAACAGAGACAGGTAGCATGACAATTGTCTGGTCCCTGCACTCCCTCCAATG-ATcaggattatctaa-ccaataccagggtaaatcagatg--actaaagcaccaggaaag--agtacagccaac 

a score=9388
s danRer3.chr12 12099623 823 + 37038836 TTACGCCGTGAACATGTATTTACATAATA--GCTACTGACGCTGTTTTCTCAAGGAACATCAGTGTCGATACTTCATGGAGAGGGAGGGGGGGAATGAACCAAAACAAGTCAGCATTTTTGTCCGTAAACTGGTGGCATTTGTGATGTGTTCTAGTTCTGCA--TTGAGGGGAGGTTGGaaaaaaataaagaaagaaataacaggggtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaGTACTTGCTTTGAGTTCATATTCAAGTTTTCTCCTTTATACAACTCTGTTACGCATGTTTACTTTTTTCTTCCCATAA----AAATATTTCAAACTTTAGTAATCTGT---------TCTTCATCGTACTGTTCATTTTCAGGGTCTGAGTCTGTTGTGTCCGAATAACGATAATGGTCCGGTTCATTATCGCTAACATCCGGGGTTACAGAAGTAGAAGTGCTGGCCTCTGAGTTGGATGGTTCCTCCACTGTTTTCGTAAAAAACATTTTAACCTAAAAGAAAAACAGAGCACATTTTAATCCAAATGAACAGCAGTATATTTGGAGATTTGAACTGGATGAGTCTTTTAGCACAGTTAAACACACATCTGAATGTGCTTTA--------CATtaagcatgggccag--tataagat--tctgacactatgataatcttggattaaaaaaaaaaat--ctgtttgacagttctttttaaatgtttggataaaaacaaaacaaaaatgtcccctttgagcacaatatattttattttaaaaaacatttaaaagattttggaacagtagctaaacaagtcaggctaaataattcaaatcaatgattagatatggttccattcaaaaa 
s mm7.chr19     28704340 736 - 61223509 TTTTGACACAAAAAGGTATATACATGACACAGCTACACAACCTTTTTTTAACTGGACAACAAGTGTCAAAACCCTGTGGATGTATAGGG------TAAAACAAGATTGGTCAGGA----------------GAAGAGAATTGT------TCCTATAACTGCAATCTGACACAATGTCCTATTGCCATTTaaaaa---------------aaaaaaaaaaaaaaaaaGGTCC---ATTTCAGTT--TATTCAAGTTTTTTTTTTT---------------TCATGGTATTTTATCCCTCTTGATAAGAAAAAAAAAATCAGACTTTTGTAATTTGTGAATGCTGATCTTCATCAAAAGGTTCATTCTCTGGATCAGAGTCAGTGGTGTCAGAATATCTATAATGATCAGGTTCATTGTCACTAACATCTGGAGTCACAGAAGTTGAACTGCTAGCCTCTGGATTTGATGGCTCCTCTACTGTTTTTGTAAAGTATAGTTTCACCTAGAGAAAGAA------AGTTTAAGATGAAAATGAACA--ATTAGAAT--GAGTTCTGTATTAGCAAAGACATTCTGT---TTTGCAGATTTACTTGAAAGTACTATAACAAAATGAATTCTGAAGGGCACTGCTTTTCAGATGACCTGAAGATTGACTACTGTGCTCTCAAAAGACACAATGATGAGTTGAAAGCTATTTTTA----------------------AAATACATCAGCCATAAGCACTGTATA----ATTCTATAAAA------------GTGCAAACTGAAGGCAATGAACTCA--CTAAATCACAAAATTCAAT--TTACAAGTGCTTATGTTTCAAAA 

a score=10936
s danRer3.chr12 12101184 250 + 37038836 ACTTACTTTAAAATTGGGAGAGAAGTATCTGTTGGCTTTATCCTTGTTCGCTTTATCCAAATCCGTCTTACTTAAAGTAAGAATTAAATAGTCTTTGTCATTCTCTCCTCTCTCTGCTGTTTGTATTCCATCCAGGTCCT--TCACTAA-ACCTCCATTTTCCACTTTCTCTGTGCTCTCCTCTGACCCAGGGATGAAAAAGGTGTTCACCCAGAAGTGGAACATTTTCTCCTTTAAAAACAAACAAAAGAAG 
s mm7.chr19     28706555 253 - 61223509 ACTGACCTTAAAATTTGGAGAGAAGTATCGGTTGGCCTTGTCTTTGTTTGCTTTGTCAAGATCGTTTTTTGTTAGGGTGAGTACAAGATACTCCTTGTCATTATCTGCACGCTCTATACTGCAAATGCTATCGATTTCCTGATCACAAAGACTTCCATTTTCCACTTTTTCTGAGGTTTCCTCTGGTCCTGGTATGAAGAACGTATTTACCCAAAAGTGAAACATTTTGTCCTAAACAGAAAAGAAATGGAAG 

a score=11062
s danRer3.chr12 12103887 400 + 37038836 taagtaaatagatataaatCTGATTAAAGAAAAATTAAATGTCCTCCCTCTTAGCATTACAGCTAAA--AGATGCTGTAATGAAAAGCAATAAAGATCTGCAAGTACACACTA------GGCTGTTT---------AGAACGAACT--CATACCTTCTTCATCATCTTGTTTTGTTTGTGGAAGAACTCCACCTTGATGTCCCCACACACAGGCAGTGGTTGAGGAAATTCGAAGAACATGTACTTCTCCTCTCTTCTTGTGTGCGCTGGGTTTGAGGTGTGAATTTTCACCTTCAGCTGGTACACCACAAACTGAGGATCTGCAAAATAAAGTGATGTGTAATTGCTGTTCCGGCTATGTGCAACAAACAACTGTGAGCTTATGAATAACTG--TTAATGTGAAACAAAAGAGAAGCATA 
s mm7.chr19     28708893 402 - 61223509 TAACAAAAGAGTAATCAGTTTGGTAGATGGCAGAGAAATAGTCTCTCCTTACAGAATAATTTCCTAACCAAAGGCTTTAAGCAAAAG--------GTCTGTGGTTACTCATTGAGGAATGGCTATTTCTACACAATAGAACTGAATTGCAAACCTTTTTGAGCATCTTGTTCTGTTTGTGGAAGAACTCTACTTTGATATCACCACACACAGGCAATGGCTGAGGGAACTCAAAGTACATGAACTTGTCCTCCCGCCGCGTGGGTCCTGAATTGGAGGAATATATCTTCACCTTTAGCTGGCAGACCACAAACTGAGGATCTGTGTGGTTAAAT-ACATATAGGATCATTTC---------ACAAGAAATGTCT-TCAACTTATCAAAAACTACTTTAATGATAAAATAAACAGAAATATA 

a score=10070
s danRer3.chr12 12108349 157 + 37038836 TAGTTCACTTACTGCAGGTCCCTCCACTGAACATAGGCACTGTCTCAAACACCATCTTGTGAAAGAGCAAGGCCACAGGTTTGTACTCCAGCTTATTCCTCAGAAGGTAGCTATAGTAGTATACATATCGCCTCTGACTGGGAATAGTCACTCCCTG 
s mm7.chr19     28712772 157 - 61223509 TAGAGCACTTACTGCAAGTTCCGCCACTGAACATTGGAATAGTTTCAAACATCATCTTGTGAAACAGCAGTGCCACGGGTCTGTAATCCAGGTGATTTTTTAGCAGGTAGCTATAATAATATACATAGCGCCTCTGACTGGGAATTGTGACTCCCTG 

a score=13662
s danRer3.chr12 12112700 823 + 37038836 AAAATCTGCATATCAAC---TTTTTTAAAAACAAAATGCAAAGCAGAAATATGTTCATATATATTTCTCACCTTCTTGTCTCTGGTCCTAACTTCATCGTAGAAGTCCAGAGCCTCTTGTGCTTTTTTGAATTTGCCTCGGTGTAACAAGTACGCACAAATCATGACACCCGTTCTTCCCTTTCCAGCTTTGCAGTGAATGGCAGCCACATGATTGTCATTTTCACTGAGCCATTTATCCAAATCTTCACAGAAAGGTTTAATGAGCTCTAGCTGAGGAGGATTGTGATCCTCAAATGGATACTGTGCAACTGC----AAAAGATAA-------ATAAAGAGA-----------TCATTGAGAGAC-------------------------CATCAAC------GTTACCACACAAAAACTGACATTTATGCAATCCAAGCCTCTTACCTCTGCAGTTAAATTTGGCAGTATCGTAATGTCTTTCTGCACATCTAAACAACACAAAGTAAAGCAGATAAGTACACAAGTTCAACATAATACTTTTCTGCTTAG---------AACTTTGCACCA-------ATGCCAAAACC-AACAGAACAATCGGAGTTAAGTAAGGGATCTATGTGCA-ATGACAAAGCCCTCCATTCACAACGATCAAACAGCCGCCTTAATCTTCA-----AGTGAACATGATTGCAGC-TTTCAGAACATTCT-AGCAGTAAAAGCAGTT--TGATGAA---ACCCATTTACAAAACCGA-------TATCACAGAACTGAA--------------GTTTTTGAAACACACTTACAGGTTATATATCTTGTAATGATCTTTATGCTTTGAATCAAGAAACCTGCAAAACAAGATAGAACAAAAG-----------------CATGTTATAGATTTTAATTAAAGGAATAGTTCATCCAACA 
s mm7.chr19     28724457 894 - 61223509 AAAACCTGTTTCCCAATAAATTCTTGGTCCACAAAGAGGGAGGAAGGAAAAAGTAAACAG------CTTACCTTTTTGTCTCTGGTCCTTACTTCCCCATAAAAATCTAGGGCCTCTTGTGCCTTTAAAAATTTGCCCCGATGCAATAAATATGCACAAATCATTACACCAGTCCGTCCCTTTCCAGCTTTACAGTGAATTGCTGCAACATGATTGTCATCTTCACTTAGCCATTGGTCAAGATCTTCACAGAAGGGTTTGATAAGTTCTAGCTGTGGTGGGTTATGGTCTTCAAAAGGATACTGTGCAACTGTTGCAAAAAGATAATCCCAGTGTAAGaaaattttaaattttttatttaaaaaCATAGGTTAACTTTCAAAATGTTATATATAAACTTACTGGTTCTTAAAAGAAGCCTAACTTTCAGGAAATTTTAATTTATTAC-----TAATTAAACCTAGATTTTAAAGAAAGTCTTTTATTAATTCTTAAATGCA-----TTCATTAGACATGGAAACAAG-----CATTGTGCTCTTCACTCCAGGGAGGATGAATCTGTGCATGAAGGGAACACGTCATAGCCTATCAGTACAACT-------------GAATCCAAATGCACGTCACCCAGGCCTC---------TTGTCAAGTAGTAACTTCTATCAGGACCAATAGCAGATATTACTACAGCATTGCCAGACATGCTCCGAAGAAAGTATAATTACTAATAGAGTCAACTATGGAAAAGACTGACTTTTCCTATCCCATAATAAAATTACCCAGTGACTTGTTTTTAAAATGGTCTCACAAACATTATATT---------TCCATATACATGAGATTAAT-CACTCACAGAAAAACATACAACTGAAGTAAagtttatagcaaattaagtttcagatttttttcacatgaattaagaatctaaga 

a score=1084
s danRer3.chr12 12113545 128 + 37038836 AAAAACAAATGAAGGTATTTTAATGGAACTGGATTTCTGTTCTTTCATTGAAAGTCCT--TCAAAATAGT-TATGCTTAAATGTAATCAATCCGAATCAAGTGCTTTAAAGCAAGTCTCCTGAAATGGACT 
s mm7.chr19     28725385 117 - 61223509 gaaggcaa--gatgctattatctagaagcaagacttccgttctatcactactggtttttatcttactagtatctgttttgat----tctatcctattgagatccttaaa--------tcctggtATGAACT 

a score=1892
s danRer3.chr12 12116504 123 + 37038836 CTTAAATAAAGACAGATAAAAAAAAAATTGGTATTAAATCGATTATC--AGCAAACACTCA-------TTTTAGCATCAGGATCAGACTGGTTTGTTCCAAATAAAAAATGAATTAAAAAAAGAATAATGCA 
s mm7.chr19     28729184 132 - 61223509 CTAAAATAGAAGATAGCAAATAACAATTTGGATTTAAATTTTTCTTTGTAATTAAAACTCAAACGATATTTTTGTCCTTATCTTAAATTGGCTTATATGAAAAGAGAAATGAAAAAAAAAAAAAACAAGGAA 

a score=7108
s danRer3.chr12 12118409 185 + 37038836 AGAACAAAGTGAATACTTACCTCACTACATCATCTATGTTGTTTCTATATACACCCTCCAGTCTTTCAGCAGGGAAACCCATAGCTATTATGTTAGGATAAATGTCTGTACAGCAGCGTTAAGGAAAT--CTAGAAAAGTTGATATGAACAGGAAAACAAAACTACATAACATCTGATTAAACATGA 
s mm7.chr19     28748502 175 - 61223509 AGAAAATCAAGAATGCTTACCTTACTACATCATCAATATTGTTCCTGTATACACCTTCAAGTCTTTCTGCAGGAAATCCCATAGCAATAATATTTGGATAAATATCTAAATTATTAAGTTAAGGAAATACCTAGA---------ATATACAATGACACAAATATGCAT-GCATTTGA--AAACATTA 

a score=4414
s danRer3.chr12 12121973 421 + 37038836 AAGAGGATACATGTCAAGTCCAAGTCGAACCCGTCTTCTTGGTATCTCCTTTTATTTCTACTGACAAATTCCTTTATGATCGCAGCCATGGCTG----------------------------------TGACAGGAGTCTTTAG------GGTTTTTAGTGTGAGAGAGAGTATTGTTGCTTTCGGACGGTCGGTCGT-----CTTTATGCTCTGCT--CGTTTCGCA--GTCCCCCAGCTAGCTAGAATGGAGTCTGCTGTGGCTCACTCAT-----CAAGGGC--------CTCGCTCCAAACCACCACAGGCCCGGCTTCCAA--------------------------AATGCCCTCCTCGG-------CTCAGACGAGCCCTGGGTGAAAAGATAAGCAACTTCCCACGTCTG-GAACTGCAGAATCTCTAGTGCACGACAAGTCTCTGGTCG------CACCGAAGCCGCCGTGATTGAG--CGGAAAGGCGGAGAGAAAATCCTCTCCGGTGCTTCCA 
s mm7.chr19     28766088 516 - 61223509 AAATGGATACAGGTCAAGTCTAAGTCGAATCCATCCTCTTGATATCTCCTTTTGTTTCTGCTAACGATCTCTTTGATGATGGCTGTCATGTCTGGGAGCCTGTGGCTGAAGAAAAAGGAGGAGAGAGATGGCAGAAGCTGCTGGTGGCGAGGCTTCTTCTGCAGGATGGAA----ATGGCTCTGGACTTGGCGGTCGCTGATGCCCCTCGCTCTGCTGCCGCTTGGCCCTGGACCGCAGCCGGGT--AATGGCTGCTGCGGCGGCTGCTGGATGGTTGCAGAGACTGGGCCTGCTTCTCCTCAGCAGCCAGAGGCCTGGCAGCCGAGGCAGCGGAATGGGGAGAAGACGGATAATCCTCGCAGCGGCTGCCTCCTCCGGCGGCCTCCGGAGCCCGGGCCAGGGGGGGTGCGGCGGCGGCGGACGGGAGGCTTAACACCGGCC--CGGGTCCCTGGACGTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGTGTTGGAGGCAGGAGAAGGGGAGAGAGCA-ACTCTCCGGCGTTCCCA 

a score=2051
s danRer3.chr12 12122593 144 + 37038836 TGTGGCGTAAGAGACACCTCCGGTTCTGTCCTTATCCTCCACTG-------CTCCACTGCCTGTTACACTCTCAAACTTCCATCATG------GCTTCCCATTGAAAAAAGATGA---------CGTTCGGACG-------ACATATTCATCCGCATTG-GCAAATAGTTCTAC 
s mm7.chr19     28766891 173 - 61223509 TGGGCCGTGGCCGCCGCCGTCTCTCATCTCCCTCGCCTGCGCCGGGCCTGGCCTCACAGC-GGCTCAACTCTCAAACTTCCATCATGGCTGCAGCTTCCGAGAGGAGAGAGCTGAGCGCAGCCGCGTCCCGACGCCCAAGCGCGTATCCTGCCGCAGTGCACAAAGAGTCCCGC 

a score=7006
s danRer3.chr12 12138051 422 + 37038836 TTCTGAATAATACTTTTATCGTCTTTTGCAGGTGAACGTGAGAAGATGGTTTTGAAAGAAATTCCCACAGAAAACATAACTCGCCCTTTGGGCCGGAATGAGGTCATAGGTTTACTCTTCCGTCTCACAATATTTGGCGCTGTCACCTATTTTACAATAAAGTGGATGGTTGATGCTATCGATCCAACAAGAAAACAAAAGGTTGAGGCACAAAAACAGGTAAGGTGTTTGATTTCAGCATCAGTTGTGTACATGAGTGTGCCTTTAAAGAAAAGGGTGTATAGTTCACACTATTAGCCAGATTTGTATACAGTAGTCAACATTTAAAGTGGATCAAAAGATTT---TATCAAAGTTGTCCTAAAACTATTCAATAACACCCAT-----TCTTGTCTCTGGTCAATTTTGAAAAGAAA------AATAAAAGTGAT 
s mm7.chr19     28817582 398 - 61223509 TTCCTAGTGACTTTTCTGT-GTCTTTTTAAGGTTAACA-ATCAAGATGGTA------------CATGCTGAAGCCTTTTCTCGTCCATTGAGTCGGAATGAAGTTGTCGGTTTAATTTTCCGTTTAACAATATTTGGTGCAGTAACGTACTTCACTATTAAATGGATGGTAGATGCCATTGACCCCACCAGGAAGCAGAAGGTAGAAGCTCAGAAACAGGTATGAGG----------ACAGCAGGGGTG---AGGAGGGTG--GTAGGGGTGAAGGCCAT---GCTTCCTGTGCCAGCAAAGACTGTTTACCCAAGCTGAGATTGTAAATGT-----AAAACTTGGGTGGCCATTCCTTGCTGCAGCTTTTCAATATCAAGCCTGAAAATCTT-TTTTTTTTTAACTTTGTAAATGAATATCACAAGAAAAATGAT 

a score=5642
s danRer3.chr12 12140444 253 + 37038836 gattatccctttaaCAGACCCTGGTGTTTTGCTTATAACAAAAGGTTTGAATTCTGCATATAAAATCTTTGATATGTTTTCAGTAAGTCATATTTTTATTGTCGATAATAAGCTTTACTGTCCTCTCACAGGCAGAGAAACTCATGCGGCAAATTGGAGTGCAGAATGTGAAGCTTTCTGAATATGAGATGAGCATTGCAGCTCATCTTGTGGATCCGTTGACAATGCAGGTATGGA---ATGATGTCTCCTCCTT 
s mm7.chr19     28821867 241 - 61223509 GAGTATCC--TTGGAAGAGTCTTACATCTTGCTGTTCATTGCTGTTTAGACTTCTTTGTTTTGAAATGTCAGTGTTTAAACATCAGAACAAAGATTGCTTGTC------------TTTTTTTCTCTC-TAGGCGGAAAAACTGATGAAGCAAATTGGTGTGAAAAATGTGAAGCTTTCAGAATATGAAATGAGTATTGCTGCTCATCTAGTAGACCCTCTTAATATGCATGTGCGTATCTTTAATCTTACCTTCTT 

a score=6468
s danRer3.chr12 12140697 218 + 37038836 AAGACTTCATTTACTTGTATTTATTGTCTCTAGATCACATTTTTTCTTATTAATT------ATGCGAAAGTTCCACCAATGAT-TTCTCTGTGCCC----ACAGATTACATGGCATGACATTGCTGGTCTGGATGAAGTCATTACTGAACTGAAAGACACCGTTATACTTCCAATCCAGAAAAGGCATCTGTTTGAAGGATCCAGACTTCTTCAGCCACCCAAAGGTAT 
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a score=7247
s danRer3.chr12 12144478 1079 + 37038836 ttaatataaaacgtgtagtaactgctcataacttt----tATTTCTAGCCCTGAATGTGttttttatattaaattaatctttaaaattttaaattGATAGTAAATAAATGGCAAATAATTTAACTTGCACTTAAAAATACCATTTTA-----------AGGAAATGGCACTGG-TGTAAGCTACATTTTTAATTTAAAGTGTAGTGTAT-------AAGCTTTCACCATGT-----------AATACTCAGAACTCTTGAGTATATTTAGAAGCACTACTTTTTACTTATAATTCGAGTAGTACTTAAAACTGATACTTTTCCTTTTCTTGCAATACCTTTTTTACCAC--TGGACACTATAAACCCTGG------AAAACAGCACTTGCAGTCAAAACAAGCCATTTGGTATACTTCTTGATT--CCTGAAAAAGAACAAACTCAAAAATGTTTCCATAAAGTTCACAGTGAAAC----------TCCAGACCTT------AATCTGAGGAGGTTTTCTTGTCATCTTC------------------------TTCTAAGGTGTGTTGCTGTATGGGCCTCCAGGCTGTGGGAAAACTCTCATAGCCAAAGCTACTGCCAAAGAGGCTGGTTTCCGTTTCATCAACCTGCAGCCATCCACTCTCACAGACAAATGGTACGGAGAGTCCCAGAAACTGGCTGCAGCCGTGTTTTCACTGGCCATCAAGCTACAGCCCTCCATTATCTTCATCGATGAGATTGGTAAATGCATATATTTAATTCCTAATGTTGTAGTTTAGCATGGCAGGTTTATGGAACATCTGTATTTATTCAAAATTAGAGCTTTTTGGCTGTTTTAAAGGCActgtgaagtgctttgaaatgtgcactttcattcaatgtttgacgtaatctcaactgaaaagtgaagaaagtagt------tcctccctttttttaaaaacagccaaaagaattttgtttttattacagctctgctattgacc-----gtggttgagatccagtgcatcaaatgtgaaacttcttaaatgggggcgggaca-----------------------tatcagacacaagagagaatttgattggttagaagatttg-attagaaact----------gaagtttgagg------tgaaaaaatcgtttat--ccatttacgc----caagggtgtcaaactCATTTTA 
s mm7.chr19     28825441 1172 - 61223509 TTAACTGAGAAACTGTAATGATTGCCAAAGACCTTAAACTGTTAACATCTCTTGATATG------GTAGAATATTAGCCTTTTTA-TTTTGAATTCAGAG---GTAGATTGCTGTTGATCAAGAGTAAAGGGGATAACATCATTTTATCCTTTGGAAAGTGAAATGGTACTGACTGAAAGCTCCTTTCCTTTTTAGAGAAGATGTGTATCTGGGAAAAGACATGTCCTTTTTGCTGAGACAGAAACCTGAGCAATAGCAAATGTGTTTG------CCACAGTCTGTTTAGAAATTGCCTTTTACCTAGAGGTTATCATCTGTCAGGTGCTGCAGAGTTCAGCTCGCCAAGGTGGAAGGCATTTCTACTGTTACATTAATAGAGGAATTGAATATTGAGAAAGTTTTATTAGTTCTATGTTGATTAGCATGTAAACTAAAGAAATCCT---TATTTTCTTTAAGATAATAATAAAATAACTTTGATTTCCAGGTGTTGCATGTAAACTAAAGAAATC--CTTATTTTCTTTAAGATAATAATAAAATAACTTTGATTTCCAGGTGTTCTTCTGTATGGACCTCCAGGCTGTGGGAAAACATTAATTGCCAAAGCAACAGCCAAAGAAGCAGGCTGTCGGTTCATTAACCTCCAGCCTTCGACACTGACTGATAAGTGGTATGGAGAATCTCAAAAACTGGCTGCTGCTGTTTTCTCCCTTGCCATAAAGCTACAGCCTTCTATCATATTTATTGATGAAATAGGT--ATGC-------TATTTCCTATGTGAGCATTTTAAAAAGCCA--TTTAAAGGTGCTATGTAGAGAAACAGATTTAA----TTTTAGTATTTATCTAGGT-CTATGGAAAACCAAAAGATCTGTTCtttttttttttttaagatttatttattcatgtattttatgtatatgagtacgctgtcttcatttgtattggaagagggcatcaga-------tcccattacagat-tgttgtgagccaccatgtggttgctgggaattgaaacctctggaaaacctctggaaggaagatcagccagtgctcttaactgctgagccatctctccaaccccA---AGATTTGTTCTTTTTAAAGAATTtgtgtgagtgactgtgccatgtggaagtcagaggacagcttggtagagttggttcttcccatttacacaggaccagaggatcaaactcatgcta 

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a score=5588
s danRer3.chr12 12148407 210 + 37038836 CAATCGAGCATCTGTTTGTGTTTGTTGTGCAATTCTTGTGAA-------GTTTAATAGTT------------TGATTACTTGCGTAAGTTTCTTT-----ACCCATCTGATGTGTTGTGGTCGTTTTTTTGCACGAAGGTCATAATAATGGGAGCCACCAATCGGCCACAAGATCTCGATTCTGCTATTCTCCGAAGGATGCCTACAAGATTCCACATCAATCAGCCTGTAAGT 
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s danRer3.chr12 12149014 38 + 37038836 TTGTGTTCTGAATTCATAGACTGCAGATATTGAGTTTG 
s mm7.chr19     28837718 38 - 61223509 TTGTTTTCTGAATTCTTAGCCTAGAACAATTGAGATTG 

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s danRer3.chr12 12153594 225 + 37038836 AGCACGTTTTCTTTTT-CTGAAGGTGGAGTCCGCTGTGGAATTAAGTGAAATTGCAAAGCAGACTGATGGGTTTTCTGGAAGTGACCTTAGAGAGATGTGCCGAGATGCTGCTCTTCTGTGTGTGCGTGACTTTGTTCACCAAGAAAGGTAAACATTTCAaaaaacttgtctttatttactcaccctt---catctttcataaaccttt-atgaggttctatttggtgtt 
s mm7.chr19     28847748 221 - 61223509 AACATATTTCATGTTTATTTAAGGTGGATAGACACGTAGATCTTCTAGAAGTTGCCCAGGAAACTGATGGATTTTCAGGAAGTGACCTAAAAGAAATGTGTCGGGATGCCGCCCTCCTCTGTGTCAGGGAATATGTC---------AATTCTACATCAGAAGAGAGGTAACTGTGTAGACTCAATTTCTGGTATCTGTCAAACACTTTTGATGAGGTGATTATTGTTGTT 

a score=5698
s danRer3.chr12  12154465 625 +  37038836 TAAAGATGCCGTTTTAAAC--TAAAGATGCTGTTTTAAACTGTAAAGAGGCCGTTTTAAATTGTAAAAATGCCATTTTAAATTATAAATATGCCATTTTAAACTGTAAAGATGTCATATTTAAACTGTAAAGATGCCTTT-TAAACTGTAAAGATGCCATTTTAAATTGTAAAGATGCCATTTTTAACTGTATAGATGCCGTTTTAAATTATAAAGATGCCATTTTAAACTGTAAAGATGCCATTCTAAAATGTAAAGATGCCGTATTTAACTGTATAGATGCCGTTTTAAATTATAAAGATGCCATTTTAAACTGTAAAGATGCAGTTCTAAACTATAAAGATGCCGTTCTAGAATGTAAAGATGCCGTTTTAATGTTAAACATGCCATTCTAAATTGTAAATATGCCAAGTTACATTGTAAAGATGTCATTTTCAAATTGTAAAGATGCCATTTTAAACTGCAAAGATGTCATTTCAAATGATAAAGATGCCATTTTAAACTGTAAAGATGTCGTTTTACATTGTAAAGATGTCATTTTAAATTATAATGATGCAGTTTTAAATTGTAAAGATGCCTTTTTTAACTGTAAAGATTTCGTTTTAAATTGTAAAGATGCCTTTTTAAA 
s mm7.chr4      152386787 531 + 155175443 TGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGA---TGTCATTACAGACCCTGA---TGTCATTACAGACCCTGATGATGTCAT-TACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCT-----------------------------------------------------------------GATGTCA-TTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGAACCT---GATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGACCCT---GATGTCATTACAGACCCTGATGATGTCATTACAGA 

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s danRer3.chr12 12155175 252 + 37038836 cagaatcttataccggcccatgcttTATCAGAACATCAGTAATGACTGCATTTTTCAATTGTGGGAAGGGTGCAGACCCTGAGCAAAGAATGATCTTTTCATAAAATACAATTTTCTTCTATCCCATAACAGTCCAGAGGAAGACTTCATCCGTCCCATCAGGCAGGAAGACTTGCAGAGGGCAATCGAGAAAATGAAGAAGTCCAAATCTGCAGGAGTGCATGAGGCATTTATGCAAGTACCACTGGACTA 
s mm7.chr19     28850150 227 - 61223509 CAAAATCATTTTTCAACACATGCATCTTTTGAATCTTGGTAAAAT------------ATTTTAGGTAGG---TATACTCTATAAAGAGATTTGGC---------AATTTGATTGTTTTGT-TTGCATTTTAGTCACGATGAAGATGAAATCCGGCCTGTGCAACAGCAGGACCTGCATCGGGCAATTGAAAAGATGAAGAAGTCAAAGGATGCAGCCTTTCAGAATGTTCTAACTCACGTTTGTTTAGATTA 

a score=6988
s danRer3.chr12 12159072 167 + 37038836 GAGTGTTCACTGGTCTTTCTTCAGAGAACTGTAATACTCCACCAGGACTTTCCATGCTTTGGGAGCCATGAAGCCATCGGGAGGGTTTTCTCCGCTGCGTGCAAGGCTCCGCATTTTGGTCCCGGAGATGAATTCAAATTCGCCATGTCTGTAAAACACAAAAGCAG 
s mm7.chr19     28859048 166 - 61223509 GAGCACCTAGTTGGTCTTCTCCAGAGACCTGTAGTAATCTGTCAACACTTTCCACGCTTTCGGGGCCATGAAGCCATCTGGGGGATCTTCTCCTTCCCGGGCGAGCTTCCTCATGCGAGTTCCTGAGATGAAGTCAAACTCCTCGTGCCTGT-CAGTACAGCAACAG 

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s danRer3.chr12 12161969 244 + 37038836 ACAAACCTTTCCTTGTCGTAGAAATCCATGGCTCTCTTAACCCTGTTGTAAGCAGCAACTCTGAAAGGAATAATCTCTAGAGAGGTGAGGCCTGGTGCCATGGTCAACACTTTTCCACCGTGTGTGGGCTCATACAGGTCCTGCTTTGTCTCCGGATGGGGCATACCTGCAGGATCTCGTCCTACAATGTAAAAGTTGGCCCCTGCGATCATCCTAGCCCGACAATGCCATTGTACCTGTAAGA 
s mm7.chr19     28859965 244 - 61223509 ACCTACCTTGCTGGATCATAAAAGTCCATGGCCTTTTTAATTTTATTGTAGGCAGCCACTCGGAACGGAATTATTTCCACAGAGGTAAGGCCAGGGGCCATACTCAAGACCTTGCCCCCGTGGGTGGGTTCATATAGGTCTTTCTTTGTCTCAGGATGGGGCATTCCTGCGGGATCCCTACCCACAATGTAGAAATTGGCTCCTGCAATCATCCGGCATCTGCAATGCCACTGGACCTGGAAAA 

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s danRer3.chr12 12165520 287 + 37038836 CTGACCTCTGTTGGCCCAGCGTACATCATGGGTGAGGGGAAAATGGCCACGATGGTGTTTTCTGGATCCAGCACTCCTTCCTCCAGCACAGCAGCGTGTTGTCTCATGCGCCAGTCCAGCGGTACATCATCTTCTTTGGTCCAGCCACCCAGAGGATGCAACAGCAGCACAGGCTTCTTGTAGCCTCGATCCAGCAGACGACGCTTAGTGTCCTGCATCAGGAGCGCATGGCCGTTGTGCACAGGATTACGCAACTGGAATGCAAAAATGGCATCTGTGGGGGAAAA 
s mm7.chr19     28861293 287 - 61223509 CTCACCTCTGTGGGACCAGCATATAACATAGGAGATGGAAAGATGGCAACAATAGTTGACTTGGGATCCAGGACCCTTTCCTCCAGTACAGCTGCATGCTGTTTCATCCTCCATTCCAGAGGTACGTCATCGTCCTTGGTCCAGCCCCCAAGAGGGTGGAGCAGGAGGACTGGGTGCTTGTAACCCCTCTCCAGGAGCCTGCGGCGGGTGTCCTGCATCAGGAGGGCATGACCATTGTGGACAGGATTGCGCAACTGGAATGCAAACACGGCATCTAGAAAGGAAGA 

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s danRer3.chr12 12166297 188 + 37038836 TACCTGCTCTCATTTCCTTAAATTTCTGCCTTAGCTGCTGTGGAGTAAGACGGTACTGGTCAAGACCATCGTTCCACTTAATTCTCTCCAACACTTCCAATTCTCCGCCGGCCAGCCAATCCCCACTCTCCATCACCATCTAAACAGAGAACAA--AACGTT--TTGTAGCTTT-----TTTTTAGCTTGGTTATTT 
s mm7.chr19     28863904 195 - 61223509 TACCAGCATTCATGTCTTTACACTTCTGTTTGAGCTCCAGAGGCGTAAGGCGGTATTGGTCCAGCCCATCGTCCCACCTTATTCTCTCTAGCACCTGTAGGTCTCCACCAACAAGCCAGTCCCCACTTTCCATCACCATCTAGAAGGAAAATCACTAAAGTTAATGGTAACTATGCTGATTTTTAAATT--TTATTT 

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s danRer3.chr12 12166555 89 + 37038836 aaacactttcattgtcttataatatgcatt----tatattttatctaattatcctaacgactcccatttgatttgttcagcgattcatttgtt 
s mm7.chr19     28864185 86 - 61223509 aaacttcttcaatagcccttcacattattttttatttattttattttatttttttaaaaaa-------agatttatttatttatttatttatt 

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s danRer3.chr12 12167760 282 + 37038836 cataataggggctctTTAACACATAAG-CATTGCAAAAGCAATGACACACAGATGTGCCCTCTCACCTTGATGTATGGATGTTTGGGGCATGTTGTCCCCCATTGCCTGGCACATCGCTCCTCCTTCCGATGCTCATAAAACTCAGGGTTGCGCATGATTGCCACTTTTTGACCATTGAACTCCAGGACAAAAGCAGCACAACCATCCAGCCTTTCCTTGTCCTCTTTGCATACGGGAAGCACAATTGGAACAGACATGTTGATGATCCCTCCTAAACAGAAA 
s mm7.chr19     28872469 268 - 61223509 CACAAAAGTTGTTTTTTTTTTCTTAAGTCCTTGCAAAGGTTTTG---------------TACTTACTTTGATATGGGGGTGCTTTGCAGTGGCTGTTCCCCACACACGAGAACAGCGCTCCTCTTTCCTATGCTCATAGAATTCAGGGTCCTGTAATAGAGCGACCCTCCGACCTTCGTACATCAAGGCAAATTTGCTGCACCCTTCGAGCCGTGCCTTGTCATCCGCAGAAACGGGCAATACAATGGGAATACTCATGTTGATGACTCCATCTGCAGAAAGA 

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s mm7.chr19     28883201 141 - 61223509 AAAACCTACCGTCCAGTAGAGTGTCGAAGTGTAGAGTTTGCAAGTACTCCTTCTCCCGCATAAAGCCTTTGAGGGGAGTGGCCCAGCCTTCACTCAGAATCTGCACCCACTGCAGATCCAGCTGGAAAACACAGAAAACAA 

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s danRer3.chr12 12171883 409 + 37038836 TACCTCAGTGATGGTTACGGTGGGGAGTATATTGGCATCGCTCAGCACCAAGTCCAGCTTGTTTTCGGGAACAAAGAGTTCATTCACTTCCTCTGTCACACCAGTTGGTACAATATCCTGTGATAA-CGAA-----------TCACT-----TGGTCAGTGAGG--------TTTTAACATCTCTCAAC---------TGAAAACGAAC---CGTCTGTCAGTTGGCACAAAAAAACA-ACGAACAACTGACAAAACACAAAGATACATTTGATGA--------GCAGAAATGACTGACCCACCTGTTCCTTCAAGAGATCTACCACCTGGTGAATGCAGTCATTGACTGTGAGCTCTCCGGTTTTCAGCACCAGCTCAGGGGCTTCAGGTTTCTCATAGTCAGAGTCAATTCCCGTAAAACCTACATCATACAAATATAAAGTTAAAGCATGTC 
s mm7.chr19     28885287 444 - 61223509 TACCTTGGTAATTGGTAGTGATGGGAGAGTCTCTGCCTCAGCTCGGATTTGATCGACTTTGTTTTCTGGCACAAAGAGTTCGTGGATGCCTTTGATGGTGGTGTGGGGTACAATGTTCTGTGGGAAACGAAATTGGCAATAGTTACTGAGATTGGCCAGGGAATAAAGAAACTCAGATTATCTTTCAacacacacacatgcacacgcacacacacatgc------acacacacatgcacacgcacacacacacacacacacacacacacacacTGAACACACTGGCAAGAACCACCCTCCTACCTGCTCCTGCAAAAGTTCCACCACCTGTTGCACACAGTCGCTTACTGAAGACAGGTTGGTCTTCAGCACACACTCTGGAGTTTCAGGTTTCTCATAGTCAGAATCGATGCCTGTAAACCCTGCGGAGTATA-----AGATCTAAATCATATC 

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s danRer3.chr12 12175290 148 + 37038836 TTGATACCTTTAATCTCTCCAGCACGGGCCTTTTTATAAAGTCCTTTGACATCTCTGCTCTCACACACCTCCAGTGGAGCATTTACAAACACTTCAAAAAACGGCAGACCTGCACTCTCATGGATCTTCCTGGCTTCTTTTCGATCCT 
s mm7.chr19     28886222 148 - 61223509 TTCATACCTTTAATCTCTCCTGCTCGGGCTCGTTTGTAGAGTCCTTTTACGTCTCGGCTTTCACAGATATTTAAAGGCGCATCTACAAAGATCTCAAAGAACGGGAGTCCTGCTGATTCGTGGATTTTTCGGGCATTCTCACGATCCT 

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s danRer3.chr12 12175526 252 + 37038836 TACCTTGGTAAATGGAGAAATGAAACTAGTGATGCAAACCAGTCCAGCATCAGCAAACAATTTGGCAACCTCAGCAATTCGTCTGATGTTCTCTTCTCTGTCCGTAGACGTGAAGCCCAGGTTCTTGTTTAAGCCATGTCGAATATTGTCACCATCGAGCGAGTAGCAAGGAATGGCATGGGAGACTAGATATTCTTCCAGAGCAAATCCAATTGTAGTCTTTCCAGCACCAGAAAGCCCTATAGAAAACAG 
s mm7.chr19     28887349 252 - 61223509 TACCTTTGCAAAAGGAGAGATAAAGCTGGTGATGCAAACCAGGCCGGCGTCGGCAAAGAGCCTGGCCACCTCCGCGATCCGGCGGATATTCTCTTCTCGGTCCCCCGCAGAGAATCCCAGGTTCTTATTAAGGCCATGACGGACATTGTCCCCATCCAGAGAGTAACATGGGATGGCGTGAGATACAAGGTACTCTTCCAAAGCAAAGCTTATGGTTGTTTTCCCAGCACCAGAGAGACCTGTTGAGAATAG 

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s danRer3.chr12 12176221 135 + 37038836 ACCCGTCAGCCAGACAGTACAGCCACGAAATCCCCCTCTAGTCCCAACTACCTGGCCACGTTTGCTTCTACTCACATGGTGAGCCTGGTACACAACATTGGTGGCCCTCTGCAGGTCCTACAAACCAGAAAAATA 
s mm7.chr19     28890619 135 - 61223509 ACCTGTTAGCCACACGGTACATCCTCGGAATCCTCCCCTGGTTCCAACCACTTGTCCTCTCTTGTTCCTGCTCACATGATGGGCCTGGTAGACCACATTGGTGGATTTTTGCTGGTCCTACAAAACAAGACAAGA 

a score=-1146
s danRer3.chr12 12177067 1270 +  37038836 CATTATAATTACTTTATTTTGAATTTATGTCATAGATATATTCATTCATTAATTTTGATTCTGATAAAAGGTGTTTG-GAAAATCTATGTCACTTGtaggcatgggccggtataagattcta--tgataaccttaaataaacatatcacgttttgacagtagtgattactgctctaaaatatgttctttttaaatgtctggatgaac---------------------------------tgctttttcccccatttgaaaataatatattttaatattttgagaaacttttattatattt----------tgggacagtaaacatctcaggctgaataattcaaatgaatcattgactt--ctgcggtctttgtttcta--------aaacacaagat--ttcattacaatttaaaacggcatctttggatatctttt-------ctgttggagatactggtgtcct---------aaaaaaaaaaagtaaata---aaaaatat----------------tacctatacggtagaaatg----------------gtatagcagaaaatttaaactttaaa--------accttgacttttccaaactgcggtat-------------------accttgaaaacgg-gtatcgtcccatgcctCGTCACTTGAA---------------TGTAAATAAACTTTAAAATATAACAGAAAACACACAATTTGTAAATACCTTTAAATCA--CATTACTGACAA-----GTAATGCCTCATGTTGCCCAA--CATTTCCTCATATTATTTTCTATTCATATACACATACTAAATATAATGGATAATATGT-AGGTGTTTTTTTTAATATTATTGTCATGAAAAATATGATTTTGAAGCATAA----CCCCTTGTAAAAGTTAACTTACTTCAGAAAAAATTGTTTCAATATGTGAAATGTGACTTT------------ATATGTAACTGAGTGACAAAAATGCAT----TAACCTTA-TAGTATTTGTGTAT---TTATATCGTA------------GAAAACAAACAACAAAACACAAAAGTAAAACAAGTCCCATCAAATCTAGGCAAGGTGAAGTGATGTAAATG--TTAAACCTGAATCATAACATCCTGCCACATCACCACAAGTAAAGCACTTTAAATACCCGTTTAGCCAAAAACAAACTCTTGCTTCATGTGGAGAAGCTGTCACTCCGTGTTTATTCAGCATTTCTGTAACGTAACACTGTTTGGATAAGAAACTCACATTTGTGTGAATTTAAGAGTTTCGAAATGAACTGTTGTTTATTAAACGTCTACC--------ACAGCACACTTCAAGCTATCTCTAGTAGATAA-----------AACAACTTTCATGATTTAAATTCAGGTGACATTCATAGAATCCGTGAAACTTTTAATAGTCCATTGAGAGAGAAAACA---CAAAACAAAAGAAAATTCA 
s mm7.chr1      49497315 1399 + 194923535 CATAATATTTACCTAATATGGCTGTGACAATACAGGTACACACATTTGTT---TTTG---CTGAAGACAGTGGTTTCCGAGGAAATGTCTCATT-----GCTTGAGCTGAGACACAATTCTACATATAAACCATTAACAAACA-ATTAAGTTGTAAAACTAATCACTATTGGG-TATAACATTCCATGTTTAAATA-----ATGATCAAAGACTCCTATTTTTATTTTTCATTTTTTCTGTGCTTTTGCTTTCTTTT---ATTAGTCTAATTTAATGGTTTG------TTTTACTGTATTAAAAAATAATATggggctggagagat----ggctcagcggttaggagtaccaactgctcttccagaggtcctgagttcaatttccagcaaccacatggtggcttacaaccatctatcatggagtccgatgccctcttctggtgtgtctgaagagaacaatagtgtactcatatatgtaaaataaataaataaatatttaaaaaTATGCCTCCAAAATATTGCTTCCTGGAGAATATGACTGCCCAGTTTTGGTCTTTTTATAGAAGAGTCTCAGTATTTTCTATATCACCTCCCTGGGATGGTTTCAATTATGATAATACAAAGTTGGTCACTGGAACTCTGACAGTGAAGTGTTGTTCCATTCATTGGACATATAAGGTGTTTACTGATTTTGTTCATAAACT---AGATAAAATATGAAGTATCTGATATGAAAATGTATTTCATTTTTTCAGTATGAACAATGGCAGGTGTTTATTATTTTGCAAGAGACATTTTCTAATATTACTTGTTA--AAAGGAGAATTACTAT-TCTGACCTTTAAAATGTCATATTTTACGGTTAATAT----GTCATTCATAATTTG-TTTTAATGCAAGATACTCACCTTGGAAAAGGCAAAGCAACTGTCAA-----TGTCTGACCCTGTACACCCTGACCTTGGCAACATTTGAAAATGTAACTGAAGGTTGATAGTGAATATGCTAAGATTGCTAGTTTCTGCATATCCCTCCTACCTTATACAAAAAGCAAAAAAACAAGCAACAAAAAACAAACGAAACATAAATTCCATCAAGCTTCAGATAGTTGCTGTGATTTTAATTACTTAAAACT---TTGTAACTTTATG--------------ATAAACTATTCTCTATTTC---TCAGTCACATATAAG---------CAAGCAGA------GTGATTCAGTAACTATT----ATTACAATATTTTAAC----TAAAAAGAGAAAATATATTTTACTGTTTATTAAAAGTTTATAAGTCAAATTCCTACATTTTGAGTGCTTATCTACAATGTGAAAGACACTACA--CAATTTTGAGAAAATAAGAAATTCAGTGAACATCTCATCCAATATTATTTC-TCTCATCTTCGTAGAGTACAGACAAGGATTCCTAACACATTATGGGTGAGGAGAGGTTAAAAAGGAAGAAAATTCA 

a score=6770
s danRer3.chr12  12182276 449 +  37038836 CTCACAGTTCAGTGTTCCTGAGATTCAACTGAGGCAAATCACACTCCTTATTAAAATCGCACCCATGAAGAAGCTTTGAGTAATGCTTTCGAACTCTTTCATACAGAGGAGCTGCATGGTTCATGCTGGGAAAAATCATGGGC------TTCTCATTGAGAAACAACTGAACT------------------CTTAGTCCATCGCTACATTCATACAGGACAAAGACAACGTTTGCAGCATAAGGTAAAATCTTACTGGAGCGGAATACACGTTTGCGTTGCAGTGCAAAATTCTCTGAAGTTAAAGGTTTTTCATCCTTGAAGAAGCCCATTAGAGAGAGCAGAGGCAGCAGGGTTTCACCATGACCAACCTGAATGGTGGC--------AGTCTTTTTCACCTCTCCGAATCTGTTTTATTAAAAAACACAAGTGAACATAAATAT-TTATACTATGCTACA--TGGAATGTTTTTGAAGGTG 
s mm7.chr4      112354902 478 + 155175443 CTCAGAGCTCATCGAACATGATGTTCACTTTGGGCGGGCTGCACTCCTTACTAGTTTGGCAGCTCTGAAGAATGTCCCGGTAGTGGGTCTTGAGCTCCTCATACA----ACCTGACAGGTCTCTGC--GAGTGAGCCAGGGGCAGCACCTTCTCATTCAGCAGCGGCTGTATCTGGAATTGTTCTTCGGGGCTCTGCGCGTTGTCACAGTGGTAAAGCACGAAGATTAGGTTTGAGACGTAAGGTACGATGTGACCACTTCGGAACTTGTGGTTAACTTGCTCCTCGAAATTGTAAGCGGTCAGAGGCTCCTTGTCCTTGAAGTAGCCCATGAGGGAGAGGAGCGGCAGGAGCGTCTCCGCGTGTCGAAACTGGAGGATGACTGGAGAGGAGACCAGCTGAGACCTTTGCTTCTGCTCCACTGCTTTGTCCAGGTGTAGAAAAATGTCCTGAAATAGGTTGCAGCTGGACCGATGTTAATGGTG 

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s danRer3.chr12 12193627 1255 +  37038836 AACATAGCTGCAAAGTAGGacttatagtacttta-gtactatagtacttatagt--------aAGAATTGTGTACTGAAACAACTCACTGATAAGTTTTAAATAAAAAGTGAATGGCATGATTATTCACACATTTTCTGTCATTGCTGTAGATGAAGATGAGTGTGAGCAGGAACTCATTTGTGGGGAAAATGCAAAC-----TGCTTCAACACTGTTGGCAGCTACTACTGTCAGTGTGACACAGGATTCATACCAGAGGGCACTAAACCAACT-----------GTTAATTTCACACAAGCAGATGGGATTCAGTGCAAAGGTAAATAGAGCT--TTACATGACTAGCAGCAGAAACAGCATTTGAATCTGTTCATTTCAGACACCAATAAATGT---------GTGATGGAA---AACTCTAATTGTGGCTCTATTGCAAAATGTGTAAAACATTCTTAAATGGCCTAAAAAGGCCTTCCATAGCACAAAAAAAGACTATTCTTGCAGCCAGACTAA---TTGTAAATA----TTGACCTACTTTAAATCTGTTAATGATTAATCAACATTGCTAACTGTTTTGGAAGAACTAATATTGTGCTAGGTATATTCTATTTGAAATCAAATTGTTGTAACTCATAACTTTCA-GTGTATT-TGTCAAATCaaattattttaaatatttaaaaaaCACAATTTAGCACTAGAAACATTTTCTTTGTACATTTGTTG-----AATAACTATAAGGGTATAATCAGCAAATGCCATACTCTTGATTTTATTACATTTTACAAAACATCCCAACTTTTAGGAATTGGAGTTGTATGTTACTCAGCATGACTAGAAATGTAAAGCA-AGCAAATGTAATAATTGTGATGTGATGTA------TTTCATGTGACAGCTGAGCTGCAGAAACAGCATCTGAATCTTTGTTCATCTCATTTCAGACTTTGATGAATGTGTGAATACCAGCATTATTTGTGGTCCAAATGCAGAATGTGTCAATAA------TCAAGGAGGTTATGCCTGCATATGTAGAA-------CTGGCTACACTTCCAACAATGGAAAGAAGACATTTATTGTAGGACAAGGAGTTCAGTGTTTTGGTAAGAAAGTGGAATTGTT---GTCTATTTTATTACATAGTTAAATTCAAGTTCATATATGTTATGCAGTAAGTACACTATAAAATGATG----TTTGATACTGTAGAATGAAGTTACAACATCAAACTTACAGAACAAAGTTAAATCAACGAAAATGTTATTAAGACG--AGTTTAAGGAGCTTTAACACATGTAAAATAAAGGCTCTAGCCCA 
s mm7.chr3      29385247 1224 + 159849039 AGCATAGATTTGTGGTAACAGAGATGGTGCTTTTTGTACAATATAACTCATACTGTGTATCAAAGAAATAT---TTGTACCACTTCTCTGA--------AGTTGACATTGGAATGACATTGTAATCCTGGCCATCTGTCTTCCCCCTGTAGATGTGGATGAGTGTGCCGTGG--------TGAACGGAGGCTGCCAGCAGCGCTGTATTAACACTCTGGGCACCTTCCACTGTGAGTGTGACACAGGATACAGACGCCATGCTGACGAACGTACCTGCATAAGTGAGTAAATAT--TAGAGCCAGCTTGAAGCCATTTTCAATAAAAATCGACCTGCTCACACAAGGGGCTGAGGAGAAAG-------ATTTCTCTATTGTAAAAAAAAAAAAATATCTATAGAAGCTGATGGTATTTGAGTTCAATT----CCATGTTGTAGGATATAAAAGGCATTTT------GCTTATTAAAAGATAGGCAAATATGGAGAAGGA-----TATGCAG--AAATTAATGTTTGCAAGTACAGCTTGATCT--TCCAAATATGTGAATATT---TCTATAGTG----------------------TATAATTTTGGGCATATT---TAGAAAACTATAAATTTGTTAATTATTACTTACACAAGTATGATATCAAACTGAAAGGATGGGGAACTTTAAGCCATGATAATTACTAGCTGTGGTATTCTC-ATGTAGAACTATAGTCAAAAATAAATTCAAGA-------CAAAAGCTGTCATTGaaaaaattataataaatt-------atatCCCAA-----AGAATTTGAAGTTACCCAAGTGTACTTAAGACTATACATATTAAGTATAGGTTACAGAATATTTATTCTGCAACAAAATGTGCTTAAATGTAATCTAGGAACAATAAAGTGATCATTCATCCCTTTGGTTACATGATTTCAAA--TTCATAGATTTCCTAAAATGAGTAATACTTTTG---TAAATGAAAAG-----CAATAAGAGTTTTAAAAACTGTCTTCCTTGTATAATTAGCAGTGTTTCTTGTTTTCACTGAAATCATTTGAGTAAGTATGTTTATTTTTCACCAAG-----TGTTGATCCTCACATGACATGGTATTTTTCAGGTTTACCTCAGCCCCTGTTTAAAATAATCATTATATTAATATAGCACCTGGTATAGGACAATTTAATGACTCTTTTTTAATATAAGTTCTATTGACTATGTCATCCTTATGCAATTGCTCTTTGTAGCATATAATGCACTTTATATGCTACTATATGTAGTTTATAC---TGTGAAATGTGGGCTATAAACCA 

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s mm7.chr14     42726155 264 + 119226840 ACATTCTTAGAAACAAACCAGAGCAGAATCTGT-GCTAGGGATGCACAA--ACCTACCCGGAGGACTTTTTT------GCTTGGATTATTGCTGTCTTTCCATCCTGACGCCTCAAGTTTGATCAGGTTGTTGAATTTCTGGTTCACATCATCGACCTGGTGATAAAAGCCCGAGTTTGTGCAATTAGTGCTATGTCAAAATTGCTACTTTAGGACTCTAAAATGAATG-ACCATGTCA-AATAAACAGAAAATGGTGATCCAGAACTGGTTAGT 

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s mm7.chr14     42727265 318 + 119226840 TTTACCGATGTCAGAAGCAGATGTGGGCAGCACACCTGACACATACCTGAAAACTAACCATATCCCAGAATCCATCCAGATCTGTGCAGGTCGTCTCCTTTTCACCCCGTTTATACTCGCAGTTGTCCACCAGTCCTTCAAACTGTCTGAATCTCTCCTTGATAAGGAGTCTTGTTTGACCAACCGTTGTACGGATAAGACCTTTAGCTAAAGAAGTTAAGAAA---------------TGAAAACGGGCCTTTATAGCAAGCCAGACAA------------CTGAGTCTTAACCTCTAATACCCTCGAGCTCGCAGAATCAAATTCTTACAGCAAAACAAAAAT 

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s mm7.chr5      143015894 426 + 153054177 GCAGTCAAAACAGCCAGCAACACAGGACTCAACAGGAAACCAGTATTTTTAAAAACTTTAACAATTTATTAGTCTTATTTCCCAGTAAAATACCCATACAATGTCAGCAGAATGGAA----------------TGGTATTCAGCTGAC------TACATTTAATTAATTTCACATAAATATTTA-----ACATCTAGA-----------AACCTCAGGGAATCATC-------------AGACCAAGTAGAAATGTGGTTTTCCAAGCAGGTATTGCTTTA----------CTGTGTCCCTAACCCAGTCACTAGCATGACCAGTAAGTTGTAATGGTAAACACAAAGGTTG-----TTGAGGTTTTTAAAGATGTTC-TGCTGAGCCAGTGGAGTCAATCCAAGAAGAAGATGTTGTTGAACTGCGTGGCACACAGTTTCTTCACCTCTTCTGCAGAAAGAACAGAAAACAGTGTGTCAAG--GAGCATAGCTT 

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s mm7.chr5      143018660 152 + 153054177 CCTTACCATTGACCTCGATCAGGTTCGCATTCTTCTGACTGAGAATCACGTACAGCTCCCGCTGGTCAGACTTCTTCCCAACAACCCAGTAGTCGCTCATGGCCTTCACAATGATTTCTTCATCTTCATCTGCTCTGTAACAAAGTTTCAGA 

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s mm7.chr5      143019494 190 + 153054177 GATTACCTGGTAAAGTCACTGTTGATGTCCCCTAATATCTTCATTAGATCTGGGTGGACGGATGTGAGTGACACACTGGGCGTTTTCCTCATGTGAATTGTACTTTTCTCTGCTAAATTCATGTGGTTGAAGTAGATGAACTTAAACTGGGGCTCCTTTTCAGACCTGTGCAGACATGACATTGAGATGA 

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s mm7.chr5      143020507 150 + 153054177 GTGAGAATAAAGCCGAAGCAGAGTACGAACCCAGAGATCCTCTTGTTGATATTAAACTGCTCACAGATGTCAGATGCCAGCACCGTAAGCTGGGGCCCAACGATGCTGTCCAGTCTTCGGCAGAAATCCAGCGTGAGCGGCGTGGAGGCT 

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s danRer3.chr12  12238301 49 +  37038836 ACTTACCATTTATCATGAAGCATACAGCTGCACTCATTGCCTGAAAAAA 
s mm7.chr5      143021248 49 + 153054177 ACCTACCGTCAATCATGAAGCACACGGCTGCACTCATGGCCTGCAGAGA 

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s danRer3.chr12  12240215 127 +  37038836 ATTACCTTGTAAACAATCAAATGTAGCTCCTCGTAACTGTC-TCTGTGTTTACAAATATCCTGGGAAATCTGAATTTTGCCTCTGGATCTTTAAGATTTGCTGGTCCTGTTAAAAATCTGTAacataa 
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s danRer3.chr12  12240975  96 +  37038836 CTTGCCTCCCATAGTGCAACAGATTCCCAGCCACCTCTGGCCTGAGGGGAGAGTCTCTTCCTGCAAGCTGT--------TGAATGTTTACACACACAATGAGAT 
s mm7.chr5      143026567 101 + 153054177 CCTACCTTCCATAGTGCTGAAGATTCCCAGGCATCTCTGCCCTGACTGGGGAGTCCCTTCCCGCCAACTGCAAACAAAATGAATATTGACA---ACAATCACAT 

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s mm7.chr5      143029403 122 + 153054177 ACCTCAGGTTCGATGTGCCTGGGGAACAGTGAGGTGGTGAGGTATTTGTACAAAATTCTCATGTCATCTTGCTCTAGTCCACTCCTGAAACACCAGGGAAGCACGAGT----TAAAGTCTGGAAAC 

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s mm7.chr5      143032055 220 + 153054177 ACAGGGTGCTACTTACCAGATAAGTTGGTCATTGTAGAGGAATGCTGTATATTTGACTACACTTAGGCTTTCTTCCATTCGGTTAATAAAGGACTGGATTTTCAAGTAAGTCATTTTATCCAATGGGAAGAAGCTGATTCCACCAAAAATATCAAGTAGGTCACATGACTGCAAATGTAGTGTCTGCAAATACTGTGGGGGAAACAGACAC--TAGATTAAC 

a score=5279
s danRer3.chr12  12255772 150 +  37038836 GTAGTACTAAAGCTCTGGAGTAGCACTGACCCTGATATCCTGCGGTTGATGTTGTACTGTTCACATATGTCAGAGGCCAGCAGGGTGAGTTGGGGTCCAACCAAGCTGTCTAATTTCTCACAAAACTCCCGATTCAAATCCACCGAGGCT 
s mm7.chr5      143020507 150 + 153054177 GTGAGAATAAAGCCGAAGCAGAGTACGAACCCAGAGATCCTCTTGTTGATATTAAACTGCTCACAGATGTCAGATGCCAGCACCGTAAGCTGGGGCCCAACGATGCTGTCCAGTCTTCGGCAGAAATCCAGCGTGAGCGGCGTGGAGGCT 

a score=3362
s danRer3.chr12  12256788 55 +  37038836 ACTTACCATTTATCATGAAGCATACAGCTGCACTCATTGCCTGAAAAAAAAAAAA 
s mm7.chr5      143021248 55 + 153054177 ACCTACCGTCAATCATGAAGCACACGGCTGCACTCATGGCCTGCAGAGAGACAAA 

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s danRer3.chr12  12258670 127 +  37038836 ATTACCTTGTAAACAATCAAATGTAGCTCCTCGTAACTGTCCTCTGTGTTTACAAATATCCTGGGAAATCTGAATTTTGCCTCTGGATCTTTAAGATTTGCTGGTCCTGTTAAAAATCTGTAACATA 
s mm7.chr5      143026186 127 + 153054177 ATTACCTTATAAACAATTAAATGGAGCTCTTCATACGTGTCATCTGTATTTACAAAAATTTTGGGGAATCTGCATTTTGCTTCTGGATCATTAAGGTTCAAGGGTCCAGTAAGAAATCTTAAAAGTA 

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s danRer3.chr12  12259431 110 +  37038836 CTTGCCTCCCATAGTGCAACAGATTCCCAGCCACCTCTGGCCTGAGGGGAGAGTCTCTTCCTGCAAGCTGT--------TGAATGTTTAC-ACACACACAATGAGATCATTCACCATCA 
s mm7.chr5      143026567 119 + 153054177 CCTACCTTCCATAGTGCTGAAGATTCCCAGGCATCTCTGCCCTGACTGGGGAGTCCCTTCCCGCCAACTGCAAACAAAATGAATATTGACAACAATCACATTTTATTTTTTTACTTTCA 

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s danRer3.chr12  12264270 126 +  37038836 ACCTCAGGTTCAGTGTGCCGCGGGAACAGTGAGGTTGTCAGGTATTTGTACAGAATACGCATGTCATCCTGCTCTAGACCACTCCTACAAAATGAAAAACAAAAGCGTCTTACAAATTTTGGTAGC 
s mm7.chr5      143029403 122 + 153054177 ACCTCAGGTTCGATGTGCCTGGGGAACAGTGAGGTGGTGAGGTATTTGTACAAAATTCTCATGTCATCTTGCTCTAGTCCACTCCTGAAACACCAGGGAAGCACGAGT----TAAAGTCTGGAAAC 

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s mm7.chr5      143032050 225 + 153054177 AAGTCACAGGGTGCTACTTACCAGATAAGTTGGTCATTGTAGAGGAATGCTGTATATTTGACTACACTTAGGCTTTCTTCCATTCGGTTAATAAAGGACTGGATTTTCAAGTAAGTCATTTTATCCAATGGGAAGAAGCTGATTCCACCAAAAATATCAAGTAGGTCACATGACTGCAAATGTAGTGTCTGCAAATACTGTGGGGGAAACAGACAC--TAGATTAAC 

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s mm7.chr5      143039325 309 + 153054177 TGAAGTATTTTTAGAGGATTATGTGAAAGTAAGCAATAAACATAAAACCTTTCTATGAAGCCCAAGAAGGCTCCTAAAGCTACTTAGGTTAAATGCATGTTATGTGACATCTCCAGGAGCATCCTAAGAGCACAGGATAAGAA-ACTGCACATTACCAACAGCTCCTCCTCTTGGTACTCCACTAC---CGCCTTGCCATCTTTACTTTGCTTCTCGATGATAGGATTCCGAACAACCTATGAAGTTTGATAAACAGAAATTAATA-ATGATGTGACCGG-ATGTTT---TAAACCTTCTTTTAATTTTAAAAATCTG 

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s danRer3.chr12  12272847 466 +  37038836 tgaggggtgtacttatatatcctgagcactgtaCTTCAGTCACATCCTGCCACACTAGTTAGATTTAATTCTATTCAATCTTCTTTGTTTGGTTTTTAAATTGTGACTAATTC-----TCTCCAAAACATCACAGATGCACAGTT-----------------------------ATACCATGACCATCCAGTAATTTTCCTCTGGCTCATGGAAAAACTGTCTGTTCTTCTGAGTATGAAGGGATTTGGCTGGTTTTGTTGGACAGAATGTTCTG--------AAAATGAGGAAAATCTGTGTTAATAATGCTTTTTTTAATAAAGTTTTTTCATTGCTCTTGATCCCATCAT-TAGCAGAGTGCTAACCTGGTGAACTGAACAATGGCCTCACAGAGTCCAACATTGCGAATCTTCTCGTTCTTCTCTATTTCAATGGGGTGGTAAAACAAAATTTTCTTTTCCTCCTACAAGAGACA-ACAACAGCTCTATAAACATCTGATTAACAT 
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s danRer3.chr12 12295126 144 +  37038836 TCCTCACCATCAACTCCAATCTTGCCGTCACCATCAGAGTCTCCAGCTTTCAGGAAGGCCTTTGTCTCTGCATCAGTGAGTGCCCTGGCACCAGCAGAGAAATTCTGCAGGAACAGTCTGAAGGGCACA--TAATCAGAATTAGGT 
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a score=6548
s danRer3.chr12 12301175 231 +  37038836 TTACTTCAGCTCATCCTCCTCAATGAAGCCGCTCTTGTCCTGGTCAATGACGAAGAAGGCCTTCTTGATGTCATCGGGAGACTTAGCGCTCAGGCCAACCTTGGCGAAGAAGTTCTTGTAGTTGAAAGAGTCGGCAGCTG--------------------------TAAAATATGACAAGGAAAA--CACATTGAAAATCAGG------AATTTTATTAGCATTATTAAA-ATTACCATTCTTCTTTTGGAGAGTAATATGATGGA 
s mm7.chr15     78285468 266 + 103647385 TTACCCCAGCTCATCCTCCTCAATGAAGCCACTTTTGTCTTTGTCCAGAATATGGAACACCTTCTTCACCTCATCCGGGTTCTTTTTCTTCAGGCCCACCATCTGGAAGAACTTTTTGTGGTCGAAGGAGTCTGCAGCTGTTGGGGGTTGAGGGGGAAGAGGAGGTTAAAGAAGGACAGGGGAGAGGCACCGGGAAAGTCAGGGAAAGAGATGTTGTACCATTTATTAAAGGGTACCTGCATGGTTGTGGGGAACAGGAGGACAGA 

a score=11706
s danRer3.chr12  12345037 523 +  37038836 ACGCTGGAAACAGAGCCAGGTTCCAGCGAGCAGGAGGGCTCAGAGGCGTCCGTCAGGCT-GGGTGGGTCATGGAGAACACTGAGAGGC--GAGGGGCACAGC-CGTACCCGTGTGGG------------CGCACGACGAAGGCGGCAGCATGGCAACACTAAAGAACGCAACGTCCGCAGGC---TAGAGAGTAATGAAAGAGAAAGACAGAGGATGCACAAACTCAACAATGCCTTTCAGGCCCTGCGAGAGGCCATTCCTCACGTCAAAACAGAAAAGAAACTTTCCAAGATCGAGACTCTCACATTGGCCAAGAATTACATTAAGGCCTTAACCACCATCATCCTGGGCATGTCTAATGGCTGCCTGCCTGACGCTGAGAG--TCAGATGGAGGCTAACGCCTCG--------------------CGGCTGCTGCAGTGCTATCAGCAGCATCTACGGGAAGAGGGAG---------------AGGAGGATCTGTCCAA---------------CTACCTGAACCACATTCACAGCTTCAGCCAGGACAGCTAACACACACTGCACACTACAGACTCAGTGAGCGCTCAAG 
s mm7.chr5      143219139 592 + 153054177 ATGCAGGACACAGAAGCCACCCCAGGAGAGCAG-ACACCTGACAGACCCCAGTCAGGCTCAGGGGGGTCAGAGCTGACAAAGGGTCTCCGGAGCAGGACAGCGCGTGCAAGCGGAGGTCGGGGAGAGGTCAGCCGCCGGCGACAGGGGTCTGGTGGCCGCAGGGAGAACAGTGTTCAGAGGCGGCTGGAGAGCAATGAGCGAGAGAGGCAGCGGATGCATAAACTCAACAATGCCTTCCAGGCACTGCGCGAGGTCATCCCGCACGTGCGGGCTGACAAGAAGCTCTCCAAGATCGAGACCCTCACGCTGGCCAAGAACTATATCAAGTCGCTGACCGCCACCATACTTACTATGTCCAGCAGCCGCCT-CCCGGGGCTGGAGGCACCAGGTCCTGCGCCAGGCCCTAAATTATACCAGCACTACCATCACcagcagcagcaacagcagcagcagcagcagGTAGCTGGGGCCATGCTTGGTGTCACTGAGGACCAGCCCCAAGGCCACCTGCAACGCTACTCTACACAGATCCACAGCTTCAGAGAGGGGAGCTAGCACGCGCTTCGGGCTCCGGGGCAGGTTGGCAGTGAGG 

a score=1597
s danRer3.chr12  12350666 102 +  37038836 TGTTTGTTTTTTGTATTTAATGCCCCTGGATTCAAATAAAGAATCGAAACTGCAAATGTGTTACTTGACCACAGACCAATAAATAAACGCTAAATTAAGATC 
s mm7.chr5      143220352  96 + 153054177 TGTTTCCTCATTTTATAGGATTCCCCTGGGCCCAACTCAACAACTGGAGTTAAAAAGG-----CCTAGCCA-GGCCCAATCCATAGGACTTTAAACGAGAtc 

a score=2257
s danRer3.chr12  12351108 63 +  37038836 CATGATGCGAGGAGCCTCCATGGCATTTCCTCGGACCGTTATGTGATCCCATCCACCCTGAAA 
s mm7.chr5      143223989 63 + 153054177 CATGTTCCTTGGGACCCTGGTGGCATTGGCCCGGACAGAGATGTGGTCCCAGCCTCCCTACAA 

a score=9150
s danRer3.chr12  12354837 368 +  37038836 GACATCAGCAGTGCTCACCCCAATGCCATAGTCCCATGAGTGTCCTTTCGGCTCCATTGGCAGCACCCCTAGCCGGCGACACACAGTGCCACAGCTCAAACTGTGACTGCCCTGTACCTTATCTGCAATAATCCACACCTTCAGAAAA-----------acacacagacacacac-----acacacagacgtgcacgcatacacacacaGTCATTTAGCATCGCAGCAAACCTATTGGCTGTAACAACTAGTTAGAAGGGGAAATGGTCTAGACCTGATCCAGAGGTCCCACAGACACCTTGCGCACATTATTGGAGATGTGTTCCCATGATGAGCCCTGAGGGTAACTGGGCATCACACCATGTCTGTACCACAGATTACCTG 
s mm7.chr5      143224142 348 + 153054177 GATTTCCACTGCACTCACGCCAATGCCATAGTCCCAGCCCTGTCCCTTGGGCTCCCGAGGCTGGACACCCATGCGACGACACACCGTCCCCCGGCTCAGGCCATGGCTCCCCTGGACTTTGTTGGCAATCACCCAGACCTGGAACAGACTTTTGTTGGGGCAGCTGGATACAGAAGGGGGAGACCAGAGGGGGGACCCTTCTTCCCACGGCCA-----------AGAAACCTGATCTCCTCTA-------------------------CCTCACCTGGTCCAGGGGTCCCACAGACACTTTGCGTACATTGTTGGATACATGCTCCCAGCTGGAGCCCTGCGGGTAGCTGGGGGTGATCCCTGCTCGGTACCACAGGTTCCCTG 

a score=4905
s danRer3.chr12  12361057 99 +  37038836 TACCATTTTCATCAACTGTGTATACAGACGTCCTTCCCACTGACACCTGTTTGAGCTTCTGTCCTGTTGGTGAGGGTATGTGATACCAGCAGTCTCCTG 
s mm7.chr5      143225917 99 + 153054177 TGCCATTTTCGTCCAAGGCATAAACGGATGTCTGGCCCACAGACACCTGTGTCAGCTTCTGCTTGGGAGGGGAGGGGATGTGGTACCAGCAGTCACCTG 

a score=6794
s danRer3.chr12  12361332 147 +  37038836 TCTCTCACCGGCTGGGGTTTGGGTTGACACTGAGCCCCTATAGAATGCAGAGCCGTCTTTAGCAATGGCCCAAACCTGATGAACGCCACCTATGGAGATTGACTTGAAAGGCTGGTCAGTTCCCACATGTAACCATGACGACCCCTG 
s mm7.chr5      143226575 147 + 153054177 TCACTCACCAGCTGGCTGGGAGGGAGACACGGAGCCCCGGTAGAATGCAGAGCCATCCCTGGCCACAGCCCACACCTGATAGCAGGCTCCGATGGAGACAGAGGCGAAGGGCTGGTCAGTGCCAACATGCAGCCAGGAGGAGCCCTG 

a score=4947
s danRer3.chr12  12363645 231 +  37038836 CTAGAAAATGAGGAACTTGTCTCTTACCCCAGGAGTCAGTGATGTGACACCCAGGCGGCACAAAACATCTCCCTTGTTGCTGATGGCCCATAATGACACCTGTTCTACGGTGCTCTTCGGCCCACA-----------AGGCAGGATTGTTATGTCACTCAATGGTATAGGTGGGACCTCCTGCCAGGGGCCGGTTGTAGTGAGTTTACACTTTCTA---GAGGGAAAGAATAGAAAGAGTAATGG 
s mm7.chr5      143227130 240 + 153054177 CCAAAAAGCAAAGGGGCCGGTGCTCACCGCGGGGTTGAGTTCAGACACACCCAGGCGGCACAGGACGTCCCCCTTGTCACTGACGGCCCATAGTGCAACATTGT-----GCCCTCTCCCGTCAGCATGTGCACTCTCTGGGATGATGGACACGTCGCTGAGGGTGATGGGGGCCACCTCCAGCCACGGCCCACTGGTCACCAGCTTGCATTTTCTGTGCAGGGAAACGTGCAGAAGCTGAGATGG 

a score=3420
s danRer3.chr12  12364934 69 +  37038836 TATTACATACCTGGCCCAACGTCTGCGGCGGACAAAATCCTTCAGTGTTTTATATCCATGGTATGACCT 
s mm7.chr5      143227748 69 + 153054177 TGTCTCTCACCTGGCCCAGCACCTTCTCCTGACAAAATCCTTCATGGTTTTGTACCCATGGTAAGAGCT 

a score=6938
s danRer3.chr12  12366471 273 +  37038836 CTTACGCAGGAAAGTCAGCTGCATACTGCCAGCCCTCTCTGTCTGTCCCTCCTGCTACAGAATAGTCAATAGACCATTCTGAAACCTGTAACAAAA--------------------------TAAAGGAGTATTCAAAAATACAG--CAATTGAGTTCTTTATGTATTGGG--------AGAAAATGAATAGCAGT-CGAACCCAAGTCCAGTGTGGAGAGGGAGGTTTAGTGTTGTTTTTAGTGCACTCCTTCAGACCCGAGGCATCACTCCACATGTAACGATCAGTAGGAAGACCCCTGGAGGAGAA 
s mm7.chr5      143228838 310 + 153054177 CTCACGCGGGGAAATCGCTGGCATACTGCCATCCTTCCTGATCGGTGCCTCCGGGGACACTGAAATCCACATACCAGTCAGAGACCTGGGAAGAGAGGCTCAGTGTGAGTCACTGAGCCTCACACACACATACCCAAACCCACAGACCAATTAGAAACCTGGGGGATAGGACCCTACACACAGAGAGGGAGGCAGGACTCACCCAAGTCCACTGCAGCGATGGGGGTTTTGTGCCGGCCTTGGTACATTCTTGTAGTCCCGTGACATCACTCCACATGAACCGGTCAGTGGGCAGACCCCTGTAGGACAA 

a score=7193
s danRer3.chr12  12366798 160 +  37038836 ATTAACCTGTCAGTGTAGCCAGTGACAGGATTCCAGCGCTGGTTCTCATATATGTAAACACTCTTGACATCGGTCTGTGTGTAGATGTTATCTGTGCTGCTTGCCAAACCTGTGTGTGTGAAATAAACAAGTAACGTTATTAAAACACAGACTGGGTTAG 
s mm7.chr5      143231430 155 + 153054177 ACTCACCTGCTGGTATAGCCCGTGACAGGGTTCCAACGCTGGTTCTCATAGATGTAGACACTCTTCACATCTGACTGTGTGTAAATGTTGCTGGTGCTACTGGCCAGGCCTAGGCGTG---AGGGGACAAG--AGGCTGCTGGCACCCAGGCCATATTAG 

a score=7681
s danRer3.chr12  12366982 137 +  37038836 TTACCTTGAAAGAAGCCTCCTCCATAACCTCCAGTGTGGACCCAGGCGGTGTGGTCGTAGCCGATCCCCCACACCACACCAAGACTGTTGGACTCCACAATGCGCAAATGCCCTCCAACTTGACGCCAGAACCTGTA 
s mm7.chr5      143232649 137 + 153054177 TCACCTTGGAAGCAACCGCCGCCATAGCCGCCCGTGTACACCCAGGCCGTGTGATCATAGCCAATGCCCCATACCACGCCTCGGCTGTTGGCCTCTATGATCCGCAAGTGGCCTCCCATCTGTCGCCAGAACCTGCA 

a score=4931
s danRer3.chr12 12370295 215 +  37038836 gcactgctaagagtgtgatattgctCATATA-TATATATATCTATacacacacgcacacacacacacgcacgcacgcacgcacgcacgcacacacacacacacacacacacaaacatacacTGTCATTCTATGGCACCttttaaataa-------------ataaataaattCCTTATTACAGATTCACCTAATTACAGCAAACTTTTTCACATAAAATAAATGAGTTA 
s mm7.chr14     72312074 224 - 119226840 GTATTGCTCAGAGTCAGCATGTTCACATATACTATATATATc-acacaaacacatggacacacacactcacacatatatcctgaaacacacacacacacacacacacacactctctctcacacacacaATTTTGGAAATTGAGGATGAGCTGTGCTGAGTCACATGCAAGTAC----TGACAGTTTTCCCTAAATACAGCACACACTTTCATATCAAATCAGTGGGTCA 

a score=13616
s danRer3.chr12  12370517 414 +  37038836 CTTACATCTGATCACAGGCTGTAGGATAGGGAGATGCCTCTAGTTCCTTCGTTGGTTCGCTCACAAAGACGTCCCCTTTACAGGTGACAGACCAGATGGCCTGTTTGCAAGGAGGGCCCTGAATACCTCTGGAGTCGCAGCAGGACACGCTGAGAAGGGCCAGCTGATTGCATGAATAAAGAGTCAGTCAA--------ACAGCAAGGTACTGACAATTTGTTGTGTTTCCCATAACTCATG--TACTCT-----GCTCACCCAGTCGTACATCTCCAGCTCAGTTGCCGCAGCCAAGCGAATGGGCCACCTCTGTTTGGTTCGCTCTGCTGTATAGATGGCAAACGTGTGTTTGGACTCATTCAGTACCGGCACCAGGATCGTCACTTCATTAATGAACGCATGAAGATACTGGACAGAGGAGGAGCA 
s mm7.chr5      143234188 425 + 153054177 CTCACATCTGGTCGCAGGGCAGCAGGCGCTCACGGGCTTCCAGGTCTGGGCTGGGCTCGCTCACAAAGATGTCACCCTTGCAAGTGACAGACCAGATGGCCTGCGGGGATGGGCGTCCATGGACCTTCCGGCTCTCGCAGCAGGACAGGCTAAGCAGGGCGAGCTG---GCATGGGTACAGAGCCGGTCAATGCTGGGCAGAATGAGGC-CTGGGTGCAGGTCTCTTCTCGCTAAGCCCATGAGGACCCCCGATCACTCACCCAGTCATTCATGTCTTGCTCTGTGGCGGCAGCCAGGCGTACGGGCCACCTCTGTCTCGTCCTCTCGGGGGTGTAGAGGGCAAAGGAGTGCTTGGCCTCATTAAGCACAGGGACCAGCACGGTCACCTCATTCAGGAACACGTGTAGGTACTGTTTGGATATGGGGTA 

a score=8031
s danRer3.chr12  12374709 177 +  37038836 TACCTTCTTCTCATCATTGAAGGTGTAGTAGATAAACAGAATCCCATCCTTGTTCCCCTCTGCTCCTGAAAACTGCTCCAGTGCAAACTGAACATCCACCCATTTATGAGGCTTCCAGTCTCTCCACCACTGCATGGTGCCCTTCTTCACCCACACAGACTGTGAGAAACACAACAA 
s mm7.chr5      143235419 177 + 153054177 TACCTTCTTCTCCTCATGGACCACATAATAGATGAAGAGGATGCTGTCTCGAGCCCCGTCGTGCCCTGTGAACTGCTCCAGGGCCACACGGACGTCCACCCACTTGTGGGGCTTCCAGTCACACCACCACTGCAGGGCCCCCGTCTTCACCCACACTGACTGTGGCACGGTCAACCA 

a score=6984
s danRer3.chr12  12375120 162 +  37038836 CTACCTGTTCAATGGCCTGCTCATAATGCATGAAATTCTCCATTTCTCTCTTGGAGCGCTCGCTCAGCTGCTCAAATATCTGTTTACGCCATGCTGCCGTTTGAGCAGGTGTGATGGAGAAAGACATGGCCTGCATGGAGGAGTTCAGGGCTG-AGGAGACAA 
s mm7.chr5      143236619 163 + 153054177 CTACCTGCTCCACGGCCTGCTCGTAGTGCCTGAAGCTCTCCAGCTCCCGCTTGGTCCTTTCTGTGAGTTGCTGGAAGATCTGCTTCCTCCAGGCAGCCGTCTGGGCAGGGGTGATGGACAGGGACAGCGTCTGCACTGAAGGGGACAGGCCTGCAAGAGGCCA 

a score=4056
s danRer3.chr12  12378452 540 +  37038836 GTTGAACCAATTGAGCTGTGAGTGACATTCAACCAAACATCCTCCACCGCTGATCCAGGCCCACTTTGGATGCTCATCTGCCCCATAAGGCTCCTCTACAGCCAAATTATAGGTGGCTACAGAAGACAGGCTGGAGGTTTCAGCTGCGTCTCCTCCAGCT-CCTGATGCGAGATGAGTCTGGGCTTCCTCCAGGTCCACATTGCTCCACTGAGGATCCACTCCACCTGACTGACTAGGAGACAGAACC----------TGAGCTGGAGAAACCCGGTCATCCACCTCTTTTTCTGGCTGCTCTTCTTCAGGAATAGAAGGGCTGGCTGAAGGGAC-----GTCGCGCCGACTTATTTGACCTTCACGATCAGACACAAGCTC----TGAG----ATGAAGCTGTCGCTAGTCACTTTGGGTATACGTGGTTTAGGGGCGTCTCCCATCTCAGGTGCTGGGACAACTTCACCTGCAGCAGGGTCAGTCTCAGCGTCTGCATCACTCAACATTGATGCCTGGGACTGCAGACGCACCTCGCCACCAAAGAAACAACCGGCACTAGG 
s mm7.chr5      143237898 501 + 153054177 GGTGAACCACTTAAGTGTAGAGCCCGCCTCCACTGCACATGCGCCTCCAGACACCCAGGCCCACAGAGGATGATCATCTGCCCCGTACGGCTCCTCCATGCCCATCGGGAAGAGCCCCAGGGAGGAGAGGCCCGCCGTCTCGGGAAAG---CCAGCAGCTGGCTGGTTAGACACCTTCTTGGGC-TCCTTTAGGTCAATGTTGGTCCAGGGCAGCTC----------AGCTGGCGTGGAGGCAGGGCCGCGGCATTCATCAGAACGAGAGGTC---TCAGGAGCCTTTTCTT-----TGCCTTCAGTCAGG--CAGGCGTTCTCCGTGGAGTGATCAGTGTTCCCGCTGGTCTCGTGGCCCTT---------GGACAAGCTCCCTTTAAGGTTTGTGGAATTGTCCAAAGCTTCTTTGGGGAGAGGCTGTTCGGGGCCCTGTCTC---------------TCAACTTCCAAGGAGGCA---TCGGTATCACTGGGTGC-CGACTCTGTACCACTGCCC-----------CTCACCTCGTCGCCGAAGAAGCAGCCAGCACTGGG 

a score=7042
s danRer3.chr12  12383416 207 +  37038836 ATGCAACACATTTTG-------CAAATTCTGCAGATGCTGAGGCTCTCTA--ACCTCTGCAGGCTGCTTGCGCTGGCACTAGAATGGGACCGGTCATTATCTCTGGTCAAAGACACAACCTTCCAGGCCTTCCCACTGAGCTCGCTGGCAGTCACACCCTGACGAAAATAGACGGCCCGGTCTTCAAAAGCAATACCCCACACCTGAGGACAGAAA 
s mm7.chr5      143239379 212 + 153054177 AGGCCACACAGTCCGTCCCACCCAACTCCTCCATGCCCTGCTGCCTTGTGTCACCTGAGGAGACTGGACGAGCTG---CCAGAGTGTGACCGGTCACTTTCTCGGCCCACGACAATGGCCTTCCATGTCTTCCCGCTGAGCTCGCTGGGAGTCACACCCTGCCGGAAGTATACGGCTCGGTCCTCACAGCTGATACCCCAGACCT-AGAACAAACA 

a score=6561
s danRer3.chr12  12383973 124 +  37038836 ACCTGGTCATTGAGACCCACGTTGATCATGACCATTTCTCCAACCATACTAATCCAACTTGAGCCACAAGGATTATGGGAATTCACGCCCCTCCTAAACCAGACCT-----ATAAGAAATAAGAAGATG 
s mm7.chr5      143240599 129 + 153054177 ACCTGGTCATTCAGCCCCACGTTCACCATGGTCATCTCTCCGACCATCTCGATCCAGCTGGTGCCACAGGGGTTGTGAGAGTTGACACCCCTCCGGAACCACACCTGGAAGATCAGAAAGAAGCAGGTG 

a score=6976
s danRer3.chr12  12388409 466 +  37038836 CTTACTTTATGATCTTTAGTGACAGCCCACACTACATTCACACCAACAGCTACATGTACAGCACCCACTCCAGGGTTCGGTGACTCCACTGTCACCCACGATGACCCTGTGATTACATCAGTGGTATTAGAAACAGACAGGAATATAATACTTCTACTGAATGAAAGtatatatcaatataaatataaatttttaaaaagtttaaatCACAGCTCAGCCAATGTAAATGTACTGCAGAACTACATTCACCCCTAAGACAGTCTCTGCCAATCCCCTCTCTGACTAGCAGATGACCTTCCCACAGGACGGCCCACACCAAGTCACCAGGCCCACAGCTGATCTGCACGACCTCTCCTGGTACGGTCACCTCCTCCCAAAAGGAGCCCTCAGGATTATGGTGGTTGATGCCACTGCGGAACCACACCTGCTCAAATTAAGAGGAAAATATATATATCAAACTCATCAG 
s mm7.chr5      143242079 404 + 153054177 CTTACTTTGCGGTCCTTCGTGATGGCCCAGACCACACTGACGCCCGCGGAGACGTGCATGATACCGTTTTCAGATCCAGGAGGCTCCACCATGGACCAGTAACTTCCTGCCAGTCCCCAA--------AGAAACCCA-------------------------GGCGGTCTCCATCAGC-------CAAGATTCTGGAGAGCAGGCACCCCGCTTCCTATCATGGGGCTGG---------------CTACCTTTTGGGTTGTTCCTGCAGACTCCTTCTCTGACCAGAGCCTGTCCCTCCCAGAGGGTGGCCCATATAAGGTCGTGGGGCCCACAGCTGATCTGGACCACCTCCCCTGGGGTTTCCACGAGAGACCAGGAGGAGCCTTCTGGGTTGGGGTGGCTGACATCCTCTCGGTACCACACCTA-------GAAGGGGGAAGAAAGCATGGTATTCGCATCAG 

a score=5436
s danRer3.chr12  12390424 131 +  37038836 CTCACCTTGCCCTGCAAAGAAACAGCCCACAGTGCCAAACACCCTCTGGGCTCCTCAGTGACTTCCCAACCACCACAAGTGATGTCATTAAACGGGTCAGGAAGACTCCCGGTCTGATC---TGAGGGGATCTG 
s mm7.chr5      143244276 134 + 153054177 CTTACCTTTCCCTGCAGGGATACAGCCCACACTGACAGGCGGCCGACTGGTTCCTCTGTGATCTCCCACCCCCCAACAGACAGGTCATTGAAGGGATCAGGGAGTTCCTTGGGGTCATCCTTTGAGGGGATCTG 

a score=7214
s danRer3.chr12  12391857 137 +  37038836 ATACACACCTTGACCCAAGTGTCCTGTGCCTTGTACCTTCTGTATCGTAACCATCTGCGGCGACGCACACAAGAGTTCCATTTTTTATCTTTAGTGTAAGTAGCTGGAAAATCAATAGCATATGTCCATCCCTGAAA 
s mm7.chr5      143244923 137 + 153054177 ACAAAGACCTTGGCCCAGGAGTCCCGGGATTTGTATCGCCTATACCGGATCCATTTCCTCCTTCGCACACATGAATTCCATTTCTTGTCTCTAGTGTAGGTGGCAGGAAAGTCCATAGCGTATGTCCACCCCTGAAA 

a score=8652
s danRer3.chr12  12392078 217 +  37038836 ACTGACCCCTTTCTCTGTGGGCTCTCCTCCAAAGTTTTCATCCACATACCAGTCCCCTTCCCACTCCCAGTTCTCAGAGGGCAGCTGAAAGTCAGCCAGAGGTTGGTGCTTCAGCCCGGTGACATCACTCCACTGCCATCGGTCACTGGGCAACAACCGGTCTGAGAAGCCATCGACTGGGTTCCACCTCTTTTCGGGAACAGGAAGCACATTAATG 
s mm7.chr5      143245248 213 + 153054177 ACCTACCCCTTTCTCGGTGGGCTCCCCTCCAAAATTCTCATCCACGTACCAGTCTGACTCCCATTCCCAGTGTGGCGAAGGCAGTGCTACCCCATCCAGCGGCCGATGCTGGAGCCCACTCACGTCACTCCATGGCCAGCGGTCGCTCGGCAGGAGCTTCTCACAGAAGCCTCCCATGGGGTTCCAACGCT----GAGGCCAGGGGACACAGAGATG 

a score=9113
s danRer3.chr12  12396228 272 +  37038836 ACCTGGTTTTCATACGTGTCCTCTTGGTAGCGGATGGGCACATCACTTGCATGGACGTTCAGGTAGATGTTGTGGTCACAGGCAATGCTCCAGCAACACTGCTGCACAGCCGTGATGCGCTTGAACTCCAAATGGGCCTCGCGACAATGTTCCCACTGCTGTCCCGCTGTCGAAAGACTGTAAACCCTCCCGTACACATCAACAGCCCACAGGAGGGAGCTCGGCATAATGCTCCCTGCTGAACACACAAGAGAGAGAGATATCTGAAGATA 
s mm7.chr5      143246540 268 + 153054177 ACCTGATTCTCATAGGCCTCCTCTCGATGGCGGATGGGTACATCACTGGAGCACACATACAAGTAGACCTGGTTGTCGCCGGCGATGCCCCAGCAGCACTGGGTGGCCGCACTGACCCTCTTGAACTCCAATTGGACATCCTTGCAAAGCTCCCAGTACTGACCGGCCGTGGACAGGGTATACACTCTCCCAAAGAGGTCCACCGCCCACAGCACGGAGGTGGGCATGGC-CGCAGTGCTGTG---GCAAAGTCAAGGGATAAGAGAAGGTA 

a score=6616
s danRer3.chr12  12419998 218 +  37038836 GTCCACTTACTGTCCGGTATGTTCAAGTTCTCCGTACAGCCATCCGTCCCGCTCTTCCTGGATAAGCAAAATAATGATGTCTCCATCCTCAAAGCTCAGCAGCGTTTCGTTATTCCCTGCTGTGTGGGGGAAAATAGTTTGCACCCTGGTCTTTTTCGCCGTGTCCATGCCGCTAGACACTGACGTAGACCGAGACAGGCCGTTTTCGTCTAGACTGT 
s mm7.chr5      143306546 218 + 153054177 GCCAACTCACGCTTTGGTGGTGTCATGCTCCCCGTAGAGCCAGCCGTCCTTCTCCTCAGGGATGAGCAGTGTGAGGACGTCCCCCTGGGCAAAGCTCAGTAGGGTCTTATTGTTGCCAGCCGTGTGAGGGAAGATGGTCTTCACCTTCTGCTTCTTCATCATGTTCAGCCCAGTTGCAACAGAAACCGATCGCTGTAGACTGGGATCTTCCCCAGTGT 

a score=2221
s danRer3.chr12  12420406 106 +  37038836 TTAGCTTGCCTGAATACTGCTCTGATGAGATGGGGCTTTTGGGAGCTTCCTGGGAGAACATGCTGGCCAGTGGGCTCGTGTGGGCTTTAAGTGATGGGGCTGGCGG 
s mm7.chr5      143308860  91 + 153054177 TTGTTTTTTCTGAACTCTGTGCAGCTGTAGCTGGGTTATTG---------------AACATGTCAATCAAAGGACTGGTGTAGGCTTTGACTGAAGGAGCAGGGGG 

a score=3358
s danRer3.chr12  12423075 305 +  37038836 CAATCATAG-CTTTTGGATTAATTTTAAGTTGTGCAGCCCTAATGTTAATAGAGGTACAACATGTTTTGTTAGAGACCAACCCTGTCA-----CTGCGTTCCAATGTAGGTGAAGACTCTGGTATGACTGACA------------TTGAAGTCCGCAGACCCTCAATCATGGATATCACTGTGTCTGGCACCCTGGTGGCATCATTGCACTTTTCTTGCCAGCTGGGCAGTTTGACGGTCAGCATCTCCTTGGCCTGTGGGTGAAAGAGCACAAACAATTCTAGTGAAAAAGCAAGCA----AAGAAACGACACATTACAATTCAAA 
s mm7.chr5      143309947 311 + 153054177 CAGTCCTGGTCCTTTGGGTCAGTTTGAACTAATGCA-------TACTAGTAAGCATGTAGAAAG--------GAAACTGATCCTACCATCTTGCTTCTCTCGATCATGGGCGATGGCTGCGGCGTCCCGGACACGGGGGTGGAGATGGGCGTCTTTATCTCTTCTATCATGTTCATGATTTTCTCTGGGACTTTTGTGGCATCACAACAGGTTTCCTGCCACCGGGGCAGCTTGGAATTAAGTAACTCTGCAGACTATAAAT-ACAGAAGAAACAAAATTAAAGGCAAAGGCTCAGCGTTATAAGAGCTGATAAAGACTACTTCAAA 

a score=6195
s danRer3.chr12  12427034 162 +  37038836 TGATAGT--------TGATAAGAAAGGGCACAGTGTTTGTCCACCAGGAAACAAAACCTCCTTTTCTCTTCTAGTAAAGCCTCCTTACATCCATCTGCGATAAACCTCTGCATGTCTGTCTGCCGGGATGAGATGGTCTCCATGCACTAGAGATGATAAAGATAATAAGA 
s mm7.chr5      143312479 170 + 153054177 TGATAGTAGTGTATGTGACTGGCAAAGCTGCAGTGCTTGTCCACCAGAAAGCAGAAGCGCCTTTTTTCCTCAAGCAGGGCTTCTTTGCAGCCATCGGCAATGAACTTCTGGATCTCACTCTGGCGAGACGTCACCGTCTCCACATACTATGGAAATAAACAATAGAAAGA 

a score=6655
s danRer3.chr12  12432964 166 +  37038836 AAAGCCTCACCTCATTTTCTTTGATCTCATATTTGGACGAAT---GTTTCCCTTGACTTTTTCTTCGTAGTTTCTTCAGGTCAGCCTGTGATTTGTCCAGGAAGTCTTGCTTTAATTTGTGTTCTGACTGGTATCTTTTAAAAGTGGCCTAAAGGGAATGTAATTCCAC 
s mm7.chr5      143313476 169 + 153054177 AAACGCTCACCTCAATTTCTTTGTGCTCGTATTTGAGTGCGTTTCGTCCACCTTGACTTTTTCTTCTGATCTTCTTCAGCTCCGCCTGAGATTTCTCCAAAGAATCTAATTTATTCCTGTGCTCTGCTTGATATCTTTTAAGAGTAGCCTGTAAGTTAAACAATGTCGC 

a score=3739
s danRer3.chr12  12433209 154 +  37038836 ACTTACAGTCATGTACTTGGTATCCATATCAGTTTTCTTTTCCAGTTCAGCAATGAGCTCTTTGTGGAACCTCTTGAACTGTAACC--------ACAAGATTTATAGAGATAA-GTCAAATTTGAATT-----TGaaatttataaaaaaaaaaaatcaataaattGCA 
s mm7.chr5      143314097 168 + 153054177 ACTCACGTTCATATACTTTACATCAAGTTCTGTCTTCTTCTCCAGCTCATGGATAATATCCTTATGGAATTTTTTGAACTGTTGACAAAATGAAAAAAAATCTTTAAAAATCATATCTTATTTGAGTTGTAGGCaatatttttaaaaatacatttttaaaatataaCA 

a score=3636
s danRer3.chr12    12442779 536 + 37038836 AAAAAACAGTGACCATTGACTTGAGTTGACGAATGAGCAAAGGTCTAAAAATCGTCTTTAATGTTCT-ACTAAAGAAGAAAAGCCATCTATATCTTCCATGCTAAGAAAGTTTCTTACATGGCTCCCATTGGGGTTGATAAGC-------GTAATGGCCTGTTACCAGTGTCATTAaaggtcaggtgaaattaaa-------------ttaaagatttttaaatattag---tttcagcctgtgaattaagaatatttataatctagtatgctccaaaacagCAGCGGTGGAA----------AGAGTACTGAAAACACGCTCAAGCAAAAGTAACATTACTTGCCCAAAAATGTAGTGCAAGTAGTAAAAGTATCTGTTGTAAATATTACTCAGAGTATAAGTAAAAAGTAGCCCTTCTAAAAGTACTCAAGAGTAGCGAGTAAAAATTTATGTTTATATGCAGTTTGTGCAGGGATAAGTGTAAATGTAACATTCTGTAGTGCATTTAGTGATCTTTCTATTttcactcgttccttccttccattgttggt---------ttgttctgtccttactt 
s mm7.chrUn_random  3976542 510 - 12779112 AACACATACTGCCACTCTTCTCGGGTCTGAAAAGAAGAAGAG-----AGAGTCGTCAGGAATGACATCACTGACAAAGAAATCCATCCTGGGGCTT----GCTAGAATAATGCATGAAATGAAGAC----AGAGCTCATGAGCTCTTTTGGAAATGATTAAAGATCAGTGTTATATAAGACAAGATAATAATAGACCCGCTGTGCTGCTTAAAATCACATAAATATCACAACTTTTAGCTTTTTAATCTACCATGGACAAAATCTGATAT---TCAAAACATGATCCATGCAACCCAAACACGAAAGCCAACAAGAAATGGTATCACAAAAGTACCATTACTTGTCAAAAAGCGTAGTGCG---AGTAAAAGT-----------ATACTACTCATTGTAT--------AGTAGCCCTTCACAAAGTACTCAACAGTAATGATTA---------------ATGCAAT-----------AAAATTTAAATCAA-----CTGGAGCATACATAAACATGCCCTTTTCTTTAAAGGTTGTTTCTTTTAAGTGTAGGTTAAGGGGGATTATGCTATACTTATTT 

a score=10004
s danRer3.chr12 12478457 270 +  37038836 GTCAAATAGTCGGTCTTCACAGAGCTCCAGTGGCCCCTTTGAGGCTCCACCGAACACTTCGATGTTACTGTCGGTCCAGGACACCACGTTTCCAGGCATGTAGGATGAGCAGTTGGCCATAGTTATGATATCCGTGGAGCGCAGGACCCGATCCCAGATGTTAAAGTGGCTCAGTTCCCCCACAAAGGCCTGGGTGGCATCGAAACGCCCCCCTACTACATCCTGTTGAGGCCATAAACGACAGGCCTCGTTAAGACAACAACAATAACT 
s mm7.chr5       9469655 269 - 153054177 GTCCAGGAGCCGCTCTTCACAGGTCTCCACAGGCCACTTGGAAGCCCCGCCGAACACATCGACATTGTTGTCCACCCACGGGATGATGTTGCCGGGCATGTTCGTGGAGCAGTTGGCGATGTTGATGATCTCCTGCGCCCGGAGGACGCGGTCCCATATGTTGAACTGGCTGAGCTCTCCAACAAAGGCCTGCGTGGCATCAAATCTGCCTCCCACCGTGTCCTG-GAAAGTGGAAAAGGGCACGCTGGGATAGGTTCACAAGCAGAACT 

a score=10392
s danRer3.chr12 12478909 207 +  37038836 GTATCAGCCCTGCTACTGTTCTCACCTGCTCTTGGCCCAGGATGAGGACTCCTCCAGGCTTGATAGGGTGCCAAGGGGCTAGATTTTCCCCTGAGCCCAATCTTTGGCCATCCTGGTAGGCTTCCCAAAGCCCATCCCTGGTAGTCCAAGTGATGCAGACATGGTGCCACCTCCCATCGCTCAATGAGAGAGGTAACTGTGCCACCT 
s mm7.chr5       9470645 207 - 153054177 GTAGCATCCGTGAGAGAGTACCCACCTGCTCCTGCCCCAGGATGAGCACGCCCCCTGGCTTAATGGGGTGCCAGGGTGCCAGGTTTTCCCCAGTGCCCAGCTTCTCCCCATCCTGGAACGCTTCCCACATGCCGTCTCGAGTGGTCCAGGTGATGCAGATGTGGTGCCACTTGCCATCACTGACAAACAGCGGCAGCTGTGCGACCT 

a score=11969
s danRer3.chr12 12482524 267 +  37038836 CTTACCTTGTCATTGATGAGCAGTTCTATAGGGTTATGGCCCCATTCGATTAGTACGATCTCGTTTGCCTGTCCAGGCACTCCATAAGAAAAAGGGGTTCCAATGCCAGGGCTTGAACCTGACTTGAGCCACATGCATATAGTGAAGGCGTACATTTCAGGCAGGCTTTTCTTTACTTGTCCAAAGAGGTAATTTGTGCGAAGAGGAAGAGAAATCTTGAAATTCTCTGGTGATTTGAATCCAGCTCCTCCT------AAAGCCAAAAGTGTT 
s mm7.chr5       9472497 273 - 153054177 CTCACCTTGTCGTTGATGAGCAGCTCAATGGGGTTATTGCCCCACTCTATCAGCACAATCTCGTTGGCTTGCCCGGGCACAGCGTAGGAGAATGGCGTACCGATGCCTGGCGAGGCACTGGACCGCAGCCACAGGCAGATGGTAAAGGCGTACAGCTCAGGCAATGTCTTCTTGATCTTGCCATACAGGTAGTTTGTACGGAGAGGAAGGGACACTTTGAATGCATCTGGTGACTTGAATGCACTGTTGCCTGGGTGGAAGGAAAAAAGAGTT 

a score=6358
s danRer3.chr12 12483299 238 +  37038836 AGTGCAGACCTTTCTCTAGTTCAGAGATTCTGTTCATGAGAGAGTTGAGGGTATTATCTGTGCGCTGGCGATGTGCGACTGTCTCATTATAAAGCTGGGACTTTTCTTCCTCCAACTCATTGACCTTCTTCAGCAGCTGGTTCTCCAAGTCCTCCAGTCGATGCTGCAGTAGATTTCTCAGCTCATTAGGGAAGGAGGCACCAGAGGCATTGGCTCGCATTTGCTGTTGCTTTAAAAG 
s mm7.chr5       9477804 235 - 153054177 AGCACCTACCTCGCTCCAGCTCAGTCACCCTCTGCAGCAGGGCGTTCAGCGTGCTCTCTGTCTTCTGCCGGTGAGCCGAGGTCTCATTATGAAGCAGGGACTTCTCATCTTCCAGCTCCGCCACCTTGCGTAGCAACTGCCTCTCCAGCTCCCCGAGCCTCCGCTGGAGCACCTCTCGGAAGTCGCTCGGCAGCCCAGCGTTAGACACATTTGTGCGGA---GCTGGAGCTTTGGAAG 

a score=2270
s danRer3.chr12 12485711 102 +  37038836 ACCTCTAAATTTTCCAGTCGATCTTTTAAACCCTGCATGGTCTTTCCAAGAACGTCAATGGTGTCATTTGGATCTTTAGGCACATCATCCATTGTGTCCTTA 
s mm7.chr5       9479663 102 - 153054177 ACCTCGAGGCTCTCCAAGCGGTCCTTGAGGGTTTGCAAGGAGCGGCTAAGCTGCTCCACGACGTGGCCCGGGTCCCGCGGCAGGTCGCCCATGGTGTCCTTG 

a score=5358
s danRer3.chr12 12485842 216 +  37038836 CTCACATCGTGAAAGTTTAGAAGTCAGTTCTTTAATTGTTCCCAGCTGGTTGACAATTGTCTCCTTCTGCTGCAAGATTGTCTCGCGGAGCTGCATGACAGTGTTTCTCAGTTCCTCCTCCTGA---AGAGATGCGCTCGGGA---------CAGGCACGGGGCAACTTGTGT---CCTGGTCAATGGGGACTGCAGTGCACAGAAAAC-GCTCCCCTTTCTCGGTTTGTCC 
s mm7.chr5       9479797 232 - 153054177 CTCGCAGCGGGCCAGCTTGCCGGTGAGCTCTCGGATGGCTTCTCGCTGGGCGCCCAGCGTCTCCTTCTGCTGCACGACGGTCTCGCGCAGCTGCAGCACAGCGGCTCGCAGCTCCTCCTCGGGGCTCAGAGCGCCTCCCTGCATGGGCATCGCGGGCAGCGGGCAGCCGGCGCGCGCCGCTTCGGGGGGCAACGCGGTGCACACGAAGCGGCTGCCAGGTATCGGGCTGTCC 

a score=6069
s danRer3.chr12  12522761 116 +  37038836 ATGTCTTTTGTGCCCACCCCGAGCCCCACCGTGGTGGACCAGACCACTCTCATGAAGAAATACCTGCAGTTTGTGGCGGCACTCACTGACAACAACACACGTGAGTCAATTCTGTT 
s mm7.chr5      143799789 116 + 153054177 ATGGCGTTCGTTGCAACCCAGGGGGCCACGGTGGTCGACCAAACCACTCTGATGAAGAAATACCTTCAGTTTGTGGCAGCTCTCACGGATGTGAATACACGTGAGTCTGTCCTTTT 

a score=6228
s danRer3.chr12  12523330 477 +  37038836 TGTAAAATTGTGATCATCCAAATTCTAAGATT--GTATTACTGTAAACATTGCATTTCGCAAAACCATTAAATAAATTATTATAGACTTCTTATTTCATTCATAG-GATATGTAGTCATATTG---CACAGCCCAATCTCTGCTTTTATTCCATATAAGCATCTAATCTCTTTT--CACATCTCTGCTTTTATTTCACTTA---TTTCATGTAAACATCAGCGGATGAGACCAAACTCAAAATGATGCAGGAAGTCAGTGAGA--------ATTTTGAGGTAAGCACTTATATTTTGCTTATCAAT--GCTTGAAATTTAA-GTCTCTTCCCCGTGTTGATTCATGTTAATCTTCTTTCTCAGAATGTTACATCCTCACCACAGTATTCTACTTTCCTGGAGCACATCATTCCTCGTTTCCTAACATTTCTGCAGGATGGAGAAGTGCAGTTCCTTCAGGAGAAACCAACACAGGTGTGATATTTGATGAAATTATTGA 
s mm7.chr5      143805405 473 + 153054177 TGTTATCTTGGAAGCATCCGAA----AGAATTAAGGATCGCTGTGAGCTCTGGAAAt-gcagggacgtctcagtggtta--agagagttgacagctcttgcaaagagctgtccagtcacagtggcttgcagctccaggtccacggg-atcccatgttctcttgtggtctccttggaaacgtggatgcctgtggtgcacataaaacctcatgcagacacaagt---tcaaattaaacacaaaa----GCAGAAAGACCCTTATGTTTGTTTTCTTTTGAGCTTATTATGTGAGTTTAAAATGAAAATATGCATAAAACTTACTGTGCCTTTCCTTTTTTTAAT--TGCCAACT---------AGAATGTCACGTCATCTCCTCAGTATTCTACATTCCTGGAACACATCATCCCTCGATTTCTTACCTTTCTCCAAGATGGAGAAGTCCAGTTTCTTCAGGAGAAGCCAGCCCAGGTAATCTGTTAATGGGAATGGTTTA 

a score=6156
s danRer3.chr12  12524380 228 +  37038836 TAAACTCTTGGTATTTTTGTGTCTTTTTGTAGCAATTAAGGAAACTTGTCCTGGAGATCATCCACCGAATCCCAACTAATGAACATCTGCGCTCTCACGCCAAGAACATTCTGTCAGTCATGTTCCGCTTCCTTGAGGTCAGATTT-----------------CTTTACCT-GAATACTAAATAATTCTAATTTGGAAACCTTATTAAGTAGCTTCTCATTTGACAGAGCATCTTATCAGACAAAT 
s mm7.chr5      143806489 244 + 153054177 TGACTTTTCCGCGTGTGTGTGTCTCTG-GCAGCAACTACGGAAGCTGGTACTTGAGATACTCCACAGGATTCCAACCAATGAGCATCTGCGTCCTCATACGAAAAACGTTCTGTCTGTCATGTTTCGGTTTTTAGAGGTAAGCTTTGACAATTCTCTTAATAGCTGTATTTAAAACATTGCATGATTTTTTTTTCTTAAAATTCAGTAATAG-TCCACACCTCACCAAAGATCTAATTAAATGAGT 

a score=5218
s danRer3.chr12  12525149 122 +  37038836 TTCTGACTGTCTCTGCGTTCCATTATTTAGATTGAAAGTGAGGAGAACGTGCTAATTTGTTTACGCATCATCATTGAACTGCATAAACAGTTTCGCCCACCAATCTCTCAAGAGGTGAGATG 
s mm7.chr5      143808596 119 + 153054177 TTTTGTTTGTTTGTTTGTT---TTTTAAAGACGGAAAATGAAGAAAATGTTCTTATTTGTCTAAGAATAATTATTGAGCTGCACAAACAGTTCAGGCCACCGATCACGCAAGAGGTGAGTTG 

a score=5493
s danRer3.chr12  12527388 392 +  37038836 GATGTCTCTTCCTCTCTCTAATTGCGCTAGCGTTTACATTTGAAATAAGGAATTTAAGCTGAGC--ACAAAAGATGCTGTATGCGTACGGCTATATG-------GCTTCATCTTTTCTGGCATATACCAGGCCTCTCAAATAAGAATATAAttggcagtggaaacacaagcagtgtgacccgttctagaactgtacagtactgctcagtggaaatgaggcaAGGGAATCTGTTTTCTGAAGCTTTATCTCTGTCTGACAGGCAAGGTACTTTGAGAATCCTCAGGTTATAGCAGAAAACACAGTGCCTTCTCCGGAAATGGTGGGGATGATCACCTCCGTAATGGTGAAGACGGCACCGGAACGTGATGACAGCGAGACCCGGACGGTCAGTACTCACTCT 
s mm7.chr5      143810594 382 + 153054177 GGTTTTTTTGTTATTGTTTAGATTCATCACTTTTTGGATTTTGTGAAACAGATTTACAAGGAGCTTCCAAAAGTAGTGGTATGTGTCTGTTTACGTTTGAATTTACTGCTTATATTTATTCATTTATCACCTTTCCTAATTTGGGGTAGTTT----AGTTCAAGTGTCAGGGGTGGG----GTTTTAGGA-TGGGGAGTACTGACCACCATAA--GATGCA-------CCGTTTGCCCCTATTGTGTTCTTCTTTG-TAGAACCGCTACTTTGAGAACCCCCAGGGGATCCCTGAGAACACAGTGCCTCCCCCTGAAATGGTGGGCATGATCACGACTGTTGCTGTGAAGGTCAATCCTGAGCGCGAGGACAGCGAGACACGGACGGTGGGTGCCCTCCCT 

a score=5947
s danRer3.chr12  12529727 101 +  37038836 CATCTCCTCTGTGTCCTCCAGCATACCATAATCCCCCGGGGATCGCTGTCACTCAAAGTATTGGCTGAGCTGCCCATCATCGTGGTCCTCATGTATCAGGT 
s mm7.chr5      143812606 101 + 153054177 CCTCTCCTCTGCATCTCACAGCATTCCATCATCCCACGAGGATCGCTCTCACTGAAAGTCCTGGCCGAGCTCCCCATCATTGTCGTACTGATGTACCAGGT 

a score=5906
s danRer3.chr12  12532175 104 +  37038836 TCTCTTCTAGCTGTACAAACTGAACATTCACAATGTGGTGTCAGAGTTCGTGCCTCTCATCATGAACACCATCATGCTGCAGGTGTCTCCACAGGCTCGGTCAG 
s mm7.chr5      143812887 104 + 153054177 TTCCTTCCAGCTGTACAAACTGAACATCCACAACGTTGTTGCCGAGTTTGTGCCCCTGATCATGAATACCATTGCAATTCAGGTATCCACACAGGCCAGGTAAG 

a score=6607
s danRer3.chr12  12532380 116 +  37038836 GTTTTTTTCCGTGACAGGCAGCACAAGCTGTTCAACAAGGAGCTTTATGCAGATTTTATCGCCGCTCAGATCAAGACCTTGTCATTTCTTGCCTACATTATCCGGATCTACCAGGT 
s mm7.chr5      143814091 116 + 153054177 GTTCCATTCCTGCCCAGGCAACATAAGCTTTACAACAAGGAGCTGTATGCTGACTTCATTGCAGCTCAGATCAAAACGCTGTCGTTTTTAGCCTACATCATCAGGATTTACCAGGT 

a score=8585
s danRer3.chr12  12535662 164 +  37038836 TGTATCAGGACTTGGTTGGGAAGTACTCCCAGCAGATGGTGAAGGGGATGTTGCAGCTGCTGTCGAACTGCCCCCCTGAGACGGCTCACCTGCGGAAAGAGCTGCTAATCGCTGCCAAGCACATCCTCACCACAGATCTACGCAGCCGTGAGTCATCCACCGCT 
s mm7.chr5      143815263 164 + 153054177 TGTGACAGGAGCTGGTGACGAAGTATTCTCAGCAGATGGTGAAAGGCATGCTACAGCTGCTTTCCAATTGCCCAGCGGAGACTGCGCACCTCAGGAAGGAGCTGCTCATTGCGGCCAAGCACATCCTCACCACGGAGCTGAGGAACCGTAAGGCCGCCTGCACT 

a score=5475
s danRer3.chr12  12536138 135 +  37038836 TTAGAGCCTGCGATGGCATCTGATAAAGTCTGTTTGTGTTGCAGAATTCATTCCATGCATGGACAAGCTTTTCGATGAGTCAATACTCATTGGCTCAGGATACACAGCGAGAGAGACGCTAAGGTAAGACCGTAG 
s mm7.chr5      143816256 134 + 153054177 tgaaggcctgtgaaggcctgtgaCATGCTCT-CCTGTTTCCTAGAGTTCATCCCCTGCATGGACAAGCTGTTTGATGAATCCATCCTGATCGGCTCTGGGTACACCGCTCGGGAGACACTCAGGTACAGCATTAG 

a score=785
s danRer3.chr12  12536293 84 +  37038836 TAAGGATATTGGCCTACGTAGGCAGCATTGCTAGGAATT------GTCCAAGTGTTCAAGAAGCAAAGGCTGCTTTCAGAAATTAGGCTG 
s mm7.chr5      143816424 88 + 153054177 TAGGGACAGGATCATCTGCACGTAGCATTGGTAGGGCTCTAATGAATGCAGGTGTGC--TGAGCCCTGCTCACTTCCTGGATTTAGAATG 

a score=15042
s danRer3.chr12  12540429 309 +  37038836 TCTTTCAGGCCCTTGGCGTACAGCACACTAGCAGACCTGGTGCACCATGTTAGACAGAACCTCCCATTGACGGACCTCTCCCTGGCTGTGCAACTGTTCGCCAAGAACATCGATGATGAGTCTCTGCCCAGCAGCATCCAGACCATGTCCTGTAAGCTGTTGCTAAACCTTGTTGACTGCATCCGGTCCAAGAGCGAACAAGAGAATGGAAACGGCAGAGACATCCTCATGAGAATGCTGGAGGTGAGATAGACTGGCACAGTAATAAAGTTGGTATCATGATTGTAATGAACTCCAAAATGTGACTGA 
s mm7.chr5      143817989 290 + 153054177 TCCTGCAGGCCCCTCGCCTACAGCACACTTGCCGACCTTGTGCATCACGTTCGCCAGCACCTGCCCCTCAGCGACCTCTCCCTCGCCGTCCAGCTCTTTGCCAAGAACATCGATGATGAGTCCCTGCCCAGTAGCATCCAAACCATGTCCTGCAAACTCCTACTGAACCTGGTGGACTGCATCCGCTCCAAGAGTGAGCAGGAGAGTGGCAATGGCAGAGATGTCCTGATGCGGATGCTGGAGGT---ACCGACCGCCATGAT----------------TTATCTTAAAGCACTGTGAAACGTAGGTGA 

a score=19952
s danRer3.chr12  12540768 618 +  37038836 CAAATGCTTAGATGTAACATTG---------TATTGTCTACATTCTC----------AGGTGTTTGTATTAAAGTTCCACACAATTGCTCGGTATCAGCTGGTGTCCATCTTTAAGAAATGTAAGCCCCAGTCAGAGATGGGAGTTGTGGATACAGGGGCGTTACCAGGAGT---------CCCAGCTACTCCTA---------------------CTGTAACTACGCCCGCATTGCCTCCACCTGCACCCCCAACACCAGTCACCCCAGCACCGCCT---CCAGCAACATCTTTTGATAGAGCAGGGGAGAAGGA------GGACAAACAGACCTTCCAAGTATCGGACTGTCGCAGTCTGGTGAAAACCCTTGTATGCGGAGTGAAGACCATCACATGGGGCATCACCTCTTGTAAAGCCCCTGGAGGTGAGATGCATGGACttttattaatttatatatttttttGCAATGTCGTTAAACATTGGCACTTGTCTAGAAGTTGTTAAAGGGATAGTTCTTG---CTGCGCAGGTTAAATGTAATAACCTCACGTTGACATTGTTGTATTACAGAGGCTCAGTTTATTCCCAACAAGCAACTTCAGCCCAAAGAGACGCAGATCTACATCAAGCTGGTCAAATATGCCATGCAAGCATTAGACATCTACCAGGTACGA 
s mm7.chr5      143819401 613 + 153054177 CAGATGTTTGATTGTAACTTTTGTTTCCTCTTTCTGACTCCAATTTCTTTTGCCATTAGGTTTTTGTCCTCAAGTTCCACACCATTGCCCGGTACCAGCTCTCTGCCATTTTTAAGAAATGCAAGCCTCAGTCTGAACTGGGGGCTGCAGA---AGCTGCACTACCTGGGGTGCCCACAGCCCCTGCTgcccctggcccagccccttccccagcccctgtgcctgcccccgcaccacctccacctccacctccagccccagccACCCCGGTAACCCCTGCCCCCGTGCCCCCATTTGAGAAGCAAGGAGAGAAGGACAAGGAGGACAAGCAGACGTTCCAGGTCACAGATTGCCGGAGTCTGGTGAAGACCTTGGTCTGCGGTGTCAAGACCATCACATGGGGCATAACGTCGTGTAAAGCACCTGGTGGTAATACTC----GCTTCCA-------------CTCTTCACACTGAC----------AGCACT--------------------GTTAGCTCTTGTATTTGCCAGGTTTTAATGTATT---------------CTGTC-TCTTCTAGAAGCTCAGTTTATTCCTAACAAGCAATTACAACCCAAAGAAACTCAGATTTACATCAAGCTGGTGAAGTATGCGATGCAGGCCTTGGATATTTATCAGGTATGA 

a score=12971
s danRer3.chr12  12542413 259 +  37038836 GCACATGATCC-CGAAAGCTGAATTTTACAGCTTATCACAGAGCCAACCCCCTTTTGGCTAGGTACAGATTGCTGGCAATGGGCAGACGTACATTCGTGTGGCAAACTGTCAGACGGTGCGGATGAAGGAGGAGAAGGAAGTTTTGGAGCACTTCGCTGGAGTCTTTACCATGATGAACCCTCTCACTTTCAAAGAGATCTTCCAGACTACTGTTCCATACATGGTGGAGCGCATATCCAAAAACTATGCCTTACAGGTA 
s mm7.chr5      143820674 256 + 153054177 GTACATGTTCAGTAGAAGCTTTTCCTTTCTAACTGCCATGGGGCTTCTCCCGTC----CTAGGTCCAGATCGCAGGAAATGGACAAACATACATTCGAGTAGCCAACTGTCAGACCGTAAGGATGAAGGAAGAGAAGGAGGTGCTGGAGCACTTTGCTGGGGTCTTCACCATGATGAACCCACTAACATTCAAGGAGATCTTCCAGACTACAGTTCCTTACATGGTAGAAAGGATCTCAAAAAACTATGCTCTTCAGGTA 

a score=13012
s danRer3.chr12  12542737 294 +  37038836 CTGTTTATCTATTCAATCCTTCAACAGATTGTGGCAAATTCATTCCTGGCCAACCTAACCACATCTGCTCTCTTTGCCACCATCCTGGTGGAGTATCTGTTGGAGCGTCTGCCTGAAATGGGCTCCAATGTGGAGTTATCAAACCTTTATCTCAAACTCTTCAAGCTGGTCTTTGGCTCAGTGTCTCTCTTTGCTGCTGAAAACGAGCAAATGCTCAAGGTGA-----GTGTCGTCTTG--------TGCTGCTTTAGAAACTTGTGGCCTCTTTTGTCTTTG-----------AGTGGGCTTATTTAAGGTGCTTAT 
s mm7.chr5      143821625 317 + 153054177 ccATTTTGCCGTTTCCTGTTTTGACAGATTGTTGCCAACTCCTTCTTGGCGAATCCCACTACCTCTGCTCTGTTTGCCACCATCCTGGTGGAGTACCTCCTGGAGCGGCTGCCGGAAATGGGCTCCAACGTGGAGCTCTCCAACTTGTACCTCAAGCTCTTCAAGTTGGTCTTCGGCTCAGTGTCGCTGTTTGCAGCGGAGAATGAGCAGATGCTGAAGGTAACGCGCGTGCTGCTCTGAGGGCCACTGCGGCTCT-GGCTTTTATTGCTTCATTTATTTTTATCGAAAATTACAGTGACTCCATTTTACATGTGTAT 

a score=11107
s danRer3.chr12  12544928 204 +  37038836 TAATTCCTTTTTTTCTCCCACAGCCTCACCTTCATAAAATTGTAAACAGTTCCATGGAGCTGGCACAGTCTGCCAAGGAGCCCTATAACTACTTCCTGTTGCTTAGAGCCCTGTTTCGCTCAATAGGTGGGGGGAGCCATGATCTCCTGTACCAGGAGTTTCTGCCTTTGCTGCCTAATTTGCTGCAAGGTGAGTGAAATTACT 
s mm7.chr5      143822527 203 + 153054177 TGACTGCCTTCCCTCTGCC-CAGCCTCACCTGCACAAGATCGTGAACAGCTCCATGGAGTTGGCGCAAACCGCCAAGGAGCCTTACAACTACTTCCTTCTGCTCCGTGCTCTCTTCCGCTCTATAGGAGGTGGCAGCCATGACCTCCTGTATCAGGAGTTTCTGCCTCTCCTTCCAAATCTCCTCCAAGGTAAGAGCAGTGGCT 

a score=17856
s danRer3.chr12  12545842 276 +  37038836 TTTCTCAGGTTTGAACATGCTTCAGAGTGGCCTCCATAAGCAGCACATGAAGGATCTGTTTGTGGAGCTGTGTCTCACGGTCCCGGTGCGCCTCAGCTCTCTTTTGCCCTACCTGCCCATGCTTATGGATCCACTGGTGTCTGCACTCAACGGTTCCCAGACTCTGGTCAGCCAGGGTCTGCGCACACTGGAGCTCTGTGTTGACAACCTGCAGCCTGACTTCCTCTATGACCACATCCAGCCAGTCCGAGCCGAACTGATGCAGGTAAAACATCT 
s mm7.chr5      143823232 276 + 153054177 TTTCCCAGGACTGAACATGCTGCAGAGCGGCCTGCATAAGCAGCACATGAAGGACCTCTTTGTAGAGCTGTGTCTCACCGTGCCAGTCCGGCTGAGCTCTCTCCTGCCCTATCTGCCCATGTTGATGGATCCCTTGGTGTCTGCCCTCAATGGGTCTCAGACATTGGTCAGCCAAGGCCTGAGGACCTTGGAGTTGTGTGTGGACAACCTGCAGCCGGATTTCCTCTATGACCACATTCAGCCTGTGCGTGCAGAGCTCATGCAGGTAAGACCGCT 

a score=12798
s danRer3.chr12  12546172 265 +  37038836 TTAATTTTTTTAAATGAACAGGCATTGTGGCGAACGCTTCGTAACCCCGCAGAGACCATCTCTCATGTAGCTTACCGTGTGCTGGGTAAGTTTGGAGGAAGTAATCGTAAAATGCTGAAGGAGTCGCAGAAGCTGCTGTATGTGGTGACTGAGGTTCAAGGGCCAAGCATCAAGGCAGAGTTCACTGACTGCAAAGCCTCCATTCAGCTGCCTATGGAAAAGGTAATGCTCTTTTAAGCTTCATTCAAGCAGAATTCTGTTATGA 
s mm7.chr5      143825587 253 + 153054177 TTGGTTTTTTTA--------GGCTTTGTGGCGCACGCTTCGCAACCCTGCAGACAGCATCTCCCACGTGGCCTACCGTGTGCTTGGGAAGTTTGGCGGCAGCAACAGGAAGATGTTGAAGGAGTCCCAGAAGCTGCACTATGTTGTGACTGAAGTTCAAGGCCCCAGCATTACCGTGGAGTTCTCTGATTGCAAAGCTTCTCTCCAGCTTCCGATGGAAAAGGTAAAG----TTGGAGCTTCCGGGAGATCGTGTTTTGCTCTAA 

a score=10793
s danRer3.chr12  12555459 179 +  37038836 TGTTGTTCTGATTTATGCAGGCTATAGAGACTGCGCTGGATTGCCTGAAGAGTGCCAATACTGAGCCCTATTACAGGCGACAGGCATGGGAGGTGATCAAGTGCTTCCTGGTGGCAATGACTAGCTTGGAGGACAACAAGCATTCTCTTTACCAACTTCTCGCCCATCCCAAGTAAGAC 
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a score=1808
s danRer3.chr12  12583696 81 +  37038836 TCATGTGATTGGCTGTTTGCTGCACTTATGTGTCATGTGATTGGCTGTTTGCTGCACTCATGTGTCATGTGATTGTCTGTT 
s mm7.chr5      101403021 77 + 153054177 TCACGTGGCTGGTGGTGTGGTGCAGCT--GGATCACGTGGCTGGTGGTTCAGTGCAGC--TGGATCACGTGGCTGGTGGTT 

a score=5895
s danRer3.chr12  12583777 266 +  37038836 TGCTGCAGTCTTGTGTCATGATTGGTTGTTTGGTGCACTCATGTGTCATGTGATTGGTTGTTTGGTGCACTCATGTCATGTGATTGGTTGTTTGGTGCACTCGTGTCATGATTGGCTGTTCGCTGCACTTATGTGATTGGCTGTTTGGTGCACTTATGTGATTGGCTGTTTGGTGCACTCATCTGTCGTAAGTGGTTGTTTGGTGCACTCATGTGTCATGTGATTGGGTGTTTGGTGCACTCATGTCATGTGATTGGTTGTTTGGT 
s mm7.chr5      101402978 244 + 153054177 tgatgcagctggatcacgtggCTGGTGGTGTGGTGCAGC--TGGATCACGTGGCTGGTGGTGTGGTGCAGCTGGATCACGTGGCTGGTGGTTCAGTGCAGCTGGATCACG--TGGCTGGTGGTT----------------CTGTGCAGCTGGATCACGTGGCTGGTGGTTCGGTGTAGTTGGATCACGTGGCTGGTGGTTCGGTGTAGT--TGGATCATGTGGCTGGTGGTTCGGTGTAgttggatcacgtggctggtgcttctgt 

a score=10004
s danRer3.chr12 12601287 270 +  37038836 GTCAAATAGTCGGTCTTCACAGAGCTCCAGTGGCCCCTTTGAGGCTCCACCGAACACTTCGATGTTACTGTCGGTCCAGGACACCACGTTTCCAGGCATGTAGGATGAGCAGTTGGCCATAGTTATGATATCCGTGGAGCGCAGGACCCGATCCCAGATGTTAAAGTGGCTCAGTTCCCCCACAAAGGCCTGGGTGGCATCGAAACGCCCCCCTACTACATCCTGTTGAGGCCATAAACGACAGGCCTCGTTAAGACAACAACAATAACT 
s mm7.chr5       9469655 269 - 153054177 GTCCAGGAGCCGCTCTTCACAGGTCTCCACAGGCCACTTGGAAGCCCCGCCGAACACATCGACATTGTTGTCCACCCACGGGATGATGTTGCCGGGCATGTTCGTGGAGCAGTTGGCGATGTTGATGATCTCCTGCGCCCGGAGGACGCGGTCCCATATGTTGAACTGGCTGAGCTCTCCAACAAAGGCCTGCGTGGCATCAAATCTGCCTCCCACCGTGTCCTG-GAAAGTGGAAAAGGGCACGCTGGGATAGGTTCACAAGCAGAACT 

a score=10392
s danRer3.chr12 12601739 207 +  37038836 GTATCAGCCCTGCTACTGTTCTCACCTGCTCTTGGCCCAGGATGAGGACTCCTCCAGGCTTGATAGGGTGCCAAGGGGCTAGATTTTCCCCTGAGCCCAATCTTTGGCCATCCTGGTAGGCTTCCCAAAGCCCATCCCTGGTAGTCCAAGTGATGCAGACATGGTGCCACCTCCCATCGCTCAATGAGAGAGGTAACTGTGCCACCT 
s mm7.chr5       9470645 207 - 153054177 GTAGCATCCGTGAGAGAGTACCCACCTGCTCCTGCCCCAGGATGAGCACGCCCCCTGGCTTAATGGGGTGCCAGGGTGCCAGGTTTTCCCCAGTGCCCAGCTTCTCCCCATCCTGGAACGCTTCCCACATGCCGTCTCGAGTGGTCCAGGTGATGCAGATGTGGTGCCACTTGCCATCACTGACAAACAGCGGCAGCTGTGCGACCT 

a score=11969
s danRer3.chr12 12605381 267 +  37038836 CTTACCTTGTCATTGATGAGCAGTTCTATAGGGTTATGGCCCCATTCGATTAGTACGATCTCGTTTGCCTGTCCAGGCACTCCATAAGAAAAAGGGGTTCCAATGCCAGGGCTTGAACCTGACTTGAGCCACATGCATATAGTGAAGGCGTACATTTCAGGCAGGCTTTTCTTTACTTGTCCAAAGAGGTAATTTGTGCGAAGAGGAAGAGAAATCTTGAAATTCTCTGGTGATTTGAATCCAGCTCCTCCT------AAAGCCAAAAGTGTT 
s mm7.chr5       9472497 273 - 153054177 CTCACCTTGTCGTTGATGAGCAGCTCAATGGGGTTATTGCCCCACTCTATCAGCACAATCTCGTTGGCTTGCCCGGGCACAGCGTAGGAGAATGGCGTACCGATGCCTGGCGAGGCACTGGACCGCAGCCACAGGCAGATGGTAAAGGCGTACAGCTCAGGCAATGTCTTCTTGATCTTGCCATACAGGTAGTTTGTACGGAGAGGAAGGGACACTTTGAATGCATCTGGTGACTTGAATGCACTGTTGCCTGGGTGGAAGGAAAAAAGAGTT 

a score=6358
s danRer3.chr12 12606156 238 +  37038836 AGTGCAGACCTTTCTCTAGTTCAGAGATTCTGTTCATGAGAGAGTTGAGGGTATTATCTGTGCGCTGGCGATGTGCGACTGTCTCATTATAAAGCTGGGACTTTTCTTCCTCCAACTCATTGACCTTCTTCAGCAGCTGGTTCTCCAAGTCCTCCAGTCGATGCTGCAGTAGATTTCTCAGCTCATTAGGGAAGGAGGCACCAGAGGCATTGGCTCGCATTTGCTGTTGCTTTAAAAG 
s mm7.chr5       9477804 235 - 153054177 AGCACCTACCTCGCTCCAGCTCAGTCACCCTCTGCAGCAGGGCGTTCAGCGTGCTCTCTGTCTTCTGCCGGTGAGCCGAGGTCTCATTATGAAGCAGGGACTTCTCATCTTCCAGCTCCGCCACCTTGCGTAGCAACTGCCTCTCCAGCTCCCCGAGCCTCCGCTGGAGCACCTCTCGGAAGTCGCTCGGCAGCCCAGCGTTAGACACATTTGTGCGGA---GCTGGAGCTTTGGAAG 

a score=2270
s danRer3.chr12 12608573 102 +  37038836 ACCTCTAAATTTTCCAGTCGATCTTTTAAACCCTGCATGGTCTTTCCAAGAACGTCAATGGTGTCATTTGGATCTTTAGGCACATCATCCATTGTGTCCTTA 
s mm7.chr5       9479663 102 - 153054177 ACCTCGAGGCTCTCCAAGCGGTCCTTGAGGGTTTGCAAGGAGCGGCTAAGCTGCTCCACGACGTGGCCCGGGTCCCGCGGCAGGTCGCCCATGGTGTCCTTG 

a score=5358
s danRer3.chr12 12608704 216 +  37038836 CTCACATCGTGAAAGTTTAGAAGTCAGTTCTTTAATTGTTCCCAGCTGGTTGACAATTGTCTCCTTCTGCTGCAAGATTGTCTCGCGGAGCTGCATGACAGTGTTTCTCAGTTCCTCCTCCTGA---AGAGATGCGCTCGGGA---------CAGGCACGGGGCAACTTGTGT---CCTGGTCAATGGGGACTGCAGTGCACAGAAAAC-GCTCCCCTTTCTCGGTTTGTCC 
s mm7.chr5       9479797 232 - 153054177 CTCGCAGCGGGCCAGCTTGCCGGTGAGCTCTCGGATGGCTTCTCGCTGGGCGCCCAGCGTCTCCTTCTGCTGCACGACGGTCTCGCGCAGCTGCAGCACAGCGGCTCGCAGCTCCTCCTCGGGGCTCAGAGCGCCTCCCTGCATGGGCATCGCGGGCAGCGGGCAGCCGGCGCGCGCCGCTTCGGGGGGCAACGCGGTGCACACGAAGCGGCTGCCAGGTATCGGGCTGTCC 

a score=6069
s danRer3.chr12  12644091 116 +  37038836 ATGTCTTTTGTGCCCACCCCGAGCCCCACCGTGGTGGACCAGACCACTCTCATGAAGAAATACCTGCAGTTTGTGGCGGCACTCACTGACAACAACACACGTGAGTCAATTCTGTT 
s mm7.chr5      143799789 116 + 153054177 ATGGCGTTCGTTGCAACCCAGGGGGCCACGGTGGTCGACCAAACCACTCTGATGAAGAAATACCTTCAGTTTGTGGCAGCTCTCACGGATGTGAATACACGTGAGTCTGTCCTTTT 

a score=6228
s danRer3.chr12  12644660 477 +  37038836 TGTAAAATTGTGATCATCCAAATTCTAAGATT--GTATTACTGTAAACATTGCATTTCGCAAAACCATTAAATAAATTATTATAGACTTCTTATTTCATTCATAG-GATATGTAGTCATATTG---CACAGCCCAATCTCTGCTTTTATTCCATATAAGCATCTAATCTCTTTT--CACATCTCTGCTTTTATTTCACTTA---TTTCATGTAAACATCAGCGGATGAGACCAAACTCAAAATGATGCAGGAAGTCAGTGAGA--------ATTTTGAGGTAAGCACTTATATTTTGCTTATCAAT--GCTTGAAATTTAA-GTCTCTTCCCCGTGTTGATTCATGTTAATCTTCTTTCTCAGAATGTTACATCCTCACCACAGTATTCTACTTTCCTGGAGCACATCATTCCTCGTTTCCTAACATTTCTGCAGGATGGAGAAGTGCAGTTCCTTCAGGAGAAACCAACACAGGTGTGATATTTGATGAAATTATTGA 
s mm7.chr5      143805405 473 + 153054177 TGTTATCTTGGAAGCATCCGAA----AGAATTAAGGATCGCTGTGAGCTCTGGAAAt-gcagggacgtctcagtggtta--agagagttgacagctcttgcaaagagctgtccagtcacagtggcttgcagctccaggtccacggg-atcccatgttctcttgtggtctccttggaaacgtggatgcctgtggtgcacataaaacctcatgcagacacaagt---tcaaattaaacacaaaa----GCAGAAAGACCCTTATGTTTGTTTTCTTTTGAGCTTATTATGTGAGTTTAAAATGAAAATATGCATAAAACTTACTGTGCCTTTCCTTTTTTTAAT--TGCCAACT---------AGAATGTCACGTCATCTCCTCAGTATTCTACATTCCTGGAACACATCATCCCTCGATTTCTTACCTTTCTCCAAGATGGAGAAGTCCAGTTTCTTCAGGAGAAGCCAGCCCAGGTAATCTGTTAATGGGAATGGTTTA 

a score=6156
s danRer3.chr12  12645710 228 +  37038836 TAAACTCTTGGTATTTTTGTGTCTTTTTGTAGCAATTAAGGAAACTTGTCCTGGAGATCATCCACCGAATCCCAACTAATGAACATCTGCGCTCTCACGCCAAGAACATTCTGTCAGTCATGTTCCGCTTCCTTGAGGTCAGATTT-----------------CTTTACCT-GAATACTAAATAATTCTAATTTGGAAACCTTATTAAGTAGCTTCTCATTTGACAGAGCATCTTATCAGACAAAT 
s mm7.chr5      143806489 244 + 153054177 TGACTTTTCCGCGTGTGTGTGTCTCTG-GCAGCAACTACGGAAGCTGGTACTTGAGATACTCCACAGGATTCCAACCAATGAGCATCTGCGTCCTCATACGAAAAACGTTCTGTCTGTCATGTTTCGGTTTTTAGAGGTAAGCTTTGACAATTCTCTTAATAGCTGTATTTAAAACATTGCATGATTTTTTTTTCTTAAAATTCAGTAATAG-TCCACACCTCACCAAAGATCTAATTAAATGAGT 

a score=5218
s danRer3.chr12  12646479 122 +  37038836 TTCTGACTGTCTCTGCGTTCCATTATTTAGATTGAAAGTGAGGAGAACGTGCTAATTTGTTTACGCATCATCATTGAACTGCATAAACAGTTTCGCCCACCAATCTCTCAAGAGGTGAGATG 
s mm7.chr5      143808596 119 + 153054177 TTTTGTTTGTTTGTTTGTT---TTTTAAAGACGGAAAATGAAGAAAATGTTCTTATTTGTCTAAGAATAATTATTGAGCTGCACAAACAGTTCAGGCCACCGATCACGCAAGAGGTGAGTTG 

a score=5493
s danRer3.chr12  12648718 392 +  37038836 GATGTCTCTTCCTCTCTCTAATTGCGCTAGCGTTTACATTTGAAATAAGGAATTTAAGCTGAGC--ACAAAAGATGCTGTATGCGTACGGCTATATG-------GCTTCATCTTTTCTGGCATATACCAGGCCTCTCAAATAAGAATATAAttggcagtggaaacacaagcagtgtgacccgttctagaactgtacagtactgctcagtggaaatgaggcaAGGGAATCTGTTTTCTGAAGCTTTATCTCTGTCTGACAGGCAAGGTACTTTGAGAATCCTCAGGTTATAGCAGAAAACACAGTGCCTTCTCCGGAAATGGTGGGGATGATCACCTCCGTAATGGTGAAGACGGCACCGGAACGTGATGACAGCGAGACCCGGACGGTCAGTACTCACTCT 
s mm7.chr5      143810594 382 + 153054177 GGTTTTTTTGTTATTGTTTAGATTCATCACTTTTTGGATTTTGTGAAACAGATTTACAAGGAGCTTCCAAAAGTAGTGGTATGTGTCTGTTTACGTTTGAATTTACTGCTTATATTTATTCATTTATCACCTTTCCTAATTTGGGGTAGTTT----AGTTCAAGTGTCAGGGGTGGG----GTTTTAGGA-TGGGGAGTACTGACCACCATAA--GATGCA-------CCGTTTGCCCCTATTGTGTTCTTCTTTG-TAGAACCGCTACTTTGAGAACCCCCAGGGGATCCCTGAGAACACAGTGCCTCCCCCTGAAATGGTGGGCATGATCACGACTGTTGCTGTGAAGGTCAATCCTGAGCGCGAGGACAGCGAGACACGGACGGTGGGTGCCCTCCCT 

a score=5947
s danRer3.chr12  12651057 101 +  37038836 CATCTCCTCTGTGTCCTCCAGCATACCATAATCCCCCGGGGATCGCTGTCACTCAAAGTATTGGCTGAGCTGCCCATCATCGTGGTCCTCATGTATCAGGT 
s mm7.chr5      143812606 101 + 153054177 CCTCTCCTCTGCATCTCACAGCATTCCATCATCCCACGAGGATCGCTCTCACTGAAAGTCCTGGCCGAGCTCCCCATCATTGTCGTACTGATGTACCAGGT 

a score=5906
s danRer3.chr12  12653505 104 +  37038836 TCTCTTCTAGCTGTACAAACTGAACATTCACAATGTGGTGTCAGAGTTCGTGCCTCTCATCATGAACACCATCATGCTGCAGGTGTCTCCACAGGCTCGGTCAG 
s mm7.chr5      143812887 104 + 153054177 TTCCTTCCAGCTGTACAAACTGAACATCCACAACGTTGTTGCCGAGTTTGTGCCCCTGATCATGAATACCATTGCAATTCAGGTATCCACACAGGCCAGGTAAG 

a score=6607
s danRer3.chr12  12653710 116 +  37038836 GTTTTTTTCCGTGACAGGCAGCACAAGCTGTTCAACAAGGAGCTTTATGCAGATTTTATCGCCGCTCAGATCAAGACCTTGTCATTTCTTGCCTACATTATCCGGATCTACCAGGT 
s mm7.chr5      143814091 116 + 153054177 GTTCCATTCCTGCCCAGGCAACATAAGCTTTACAACAAGGAGCTGTATGCTGACTTCATTGCAGCTCAGATCAAAACGCTGTCGTTTTTAGCCTACATCATCAGGATTTACCAGGT 

a score=8174
s danRer3.chr12  12656992 139 +  37038836 TGTATCAGGACTTGGTTGGGAAGTACTCCCAGCAGATGGTGAAGGGGATGTTGCAGCTGCTGTCGAACTGCCCCCCTGAGACGGCTCACCTGCGGAAAGAGCTGCTAATCGCTGCCAAGCACATCCTCACCACAGATCT 
s mm7.chr5      143815263 139 + 153054177 TGTGACAGGAGCTGGTGACGAAGTATTCTCAGCAGATGGTGAAAGGCATGCTACAGCTGCTTTCCAATTGCCCAGCGGAGACTGCGCACCTCAGGAAGGAGCTGCTCATTGCGGCCAAGCACATCCTCACCACGGAGCT 

a score=5906
s danRer3.chr12  12658179 104 +  37038836 TCTCTTCTAGCTGTACAAACTGAACATTCACAATGTGGTGTCAGAGTTCGTGCCTCTCATCATGAACACCATCATGCTGCAGGTGTCTCCACAGGCTCGGTCAG 
s mm7.chr5      143812887 104 + 153054177 TTCCTTCCAGCTGTACAAACTGAACATCCACAACGTTGTTGCCGAGTTTGTGCCCCTGATCATGAATACCATTGCAATTCAGGTATCCACACAGGCCAGGTAAG 

a score=6607
s danRer3.chr12  12658384 116 +  37038836 GTTTTTTTCCGTGACAGGCAGCACAAGCTGTTCAACAAGGAGCTTTATGCAGATTTTATCGCCGCTCAGATCAAGACCTTGTCATTTCTTGCCTACATTATCCGGATCTACCAGGT 
s mm7.chr5      143814091 116 + 153054177 GTTCCATTCCTGCCCAGGCAACATAAGCTTTACAACAAGGAGCTGTATGCTGACTTCATTGCAGCTCAGATCAAAACGCTGTCGTTTTTAGCCTACATCATCAGGATTTACCAGGT 

a score=8585
s danRer3.chr12  12661726 164 +  37038836 TGTATCAGGACTTGGTTGGGAAGTACTCCCAGCAGATGGTGAAGGGGATGTTGCAGCTGCTGTCGAACTGCCCCCCTGAGACGGCTCACCTGCGGAAAGAGCTGCTAATCGCTGCCAAGCACATCCTCACCACAGATCTACGCAGCCGTGAGTCATCCACCGCT 
s mm7.chr5      143815263 164 + 153054177 TGTGACAGGAGCTGGTGACGAAGTATTCTCAGCAGATGGTGAAAGGCATGCTACAGCTGCTTTCCAATTGCCCAGCGGAGACTGCGCACCTCAGGAAGGAGCTGCTCATTGCGGCCAAGCACATCCTCACCACGGAGCTGAGGAACCGTAAGGCCGCCTGCACT 

a score=5475
s danRer3.chr12  12662202 135 +  37038836 TTAGAGCCTGCGATGGCATCTGATAAAGTCTGTTTGTGTTGCAGAATTCATTCCATGCATGGACAAGCTTTTCGATGAGTCAATACTCATTGGCTCAGGATACACAGCGAGAGAGACGCTAAGGTAAGACCGTAG 
s mm7.chr5      143816256 134 + 153054177 tgaaggcctgtgaaggcctgtgaCATGCTCT-CCTGTTTCCTAGAGTTCATCCCCTGCATGGACAAGCTGTTTGATGAATCCATCCTGATCGGCTCTGGGTACACCGCTCGGGAGACACTCAGGTACAGCATTAG 

a score=785
s danRer3.chr12  12662357 84 +  37038836 TAAGGATATTGGCCTACGTAGGCAGCATTGCTAGGAATT------GTCCAAGTGTTCAAGAAGCAAAGGCTGCTTTCAGAAATTAGGCTG 
s mm7.chr5      143816424 88 + 153054177 TAGGGACAGGATCATCTGCACGTAGCATTGGTAGGGCTCTAATGAATGCAGGTGTGC--TGAGCCCTGCTCACTTCCTGGATTTAGAATG 

a score=15042
s danRer3.chr12  12666475 309 +  37038836 TCTTTCAGGCCCTTGGCGTACAGCACACTAGCAGACCTGGTGCACCATGTTAGACAGAACCTCCCATTGACGGACCTCTCCCTGGCTGTGCAACTGTTCGCCAAGAACATCGATGATGAGTCTCTGCCCAGCAGCATCCAGACCATGTCCTGTAAGCTGTTGCTAAACCTTGTTGACTGCATCCGGTCCAAGAGCGAACAAGAGAATGGAAACGGCAGAGACATCCTCATGAGAATGCTGGAGGTGAGATAGACTGGCACAGTAATAAAGTTGGTATCATGATTGTAATGAACTCCAAAATGTGACTGA 
s mm7.chr5      143817989 290 + 153054177 TCCTGCAGGCCCCTCGCCTACAGCACACTTGCCGACCTTGTGCATCACGTTCGCCAGCACCTGCCCCTCAGCGACCTCTCCCTCGCCGTCCAGCTCTTTGCCAAGAACATCGATGATGAGTCCCTGCCCAGTAGCATCCAAACCATGTCCTGCAAACTCCTACTGAACCTGGTGGACTGCATCCGCTCCAAGAGTGAGCAGGAGAGTGGCAATGGCAGAGATGTCCTGATGCGGATGCTGGAGGT---ACCGACCGCCATGAT----------------TTATCTTAAAGCACTGTGAAACGTAGGTGA 

a score=19952
s danRer3.chr12  12666814 618 +  37038836 CAAATGCTTAGATGTAACATTG---------TATTGTCTACATTCTC----------AGGTGTTTGTATTAAAGTTCCACACAATTGCTCGGTATCAGCTGGTGTCCATCTTTAAGAAATGTAAGCCCCAGTCAGAGATGGGAGTTGTGGATACAGGGGCGTTACCAGGAGT---------CCCAGCTACTCCTA---------------------CTGTAACTACGCCCGCATTGCCTCCACCTGCACCCCCAACACCAGTCACCCCAGCACCGCCT---CCAGCAACATCTTTTGATAGAGCAGGGGAGAAGGA------GGACAAACAGACCTTCCAAGTATCGGACTGTCGCAGTCTGGTGAAAACCCTTGTATGCGGAGTGAAGACCATCACATGGGGCATCACCTCTTGTAAAGCCCCTGGAGGTGAGATGCATGGACttttattaatttatatatttttttGCAATGTCGTTAAACATTGGCACTTGTCTAGAAGTTGTTAAAGGGATAGTTCTTG---CTGCGCAGGTTAAATGTAATAACCTCACGTTGACATTGTTGTATTACAGAGGCTCAGTTTATTCCCAACAAGCAACTTCAGCCCAAAGAGACGCAGATCTACATCAAGCTGGTCAAATATGCCATGCAAGCATTAGACATCTACCAGGTACGA 
s mm7.chr5      143819401 613 + 153054177 CAGATGTTTGATTGTAACTTTTGTTTCCTCTTTCTGACTCCAATTTCTTTTGCCATTAGGTTTTTGTCCTCAAGTTCCACACCATTGCCCGGTACCAGCTCTCTGCCATTTTTAAGAAATGCAAGCCTCAGTCTGAACTGGGGGCTGCAGA---AGCTGCACTACCTGGGGTGCCCACAGCCCCTGCTgcccctggcccagccccttccccagcccctgtgcctgcccccgcaccacctccacctccacctccagccccagccACCCCGGTAACCCCTGCCCCCGTGCCCCCATTTGAGAAGCAAGGAGAGAAGGACAAGGAGGACAAGCAGACGTTCCAGGTCACAGATTGCCGGAGTCTGGTGAAGACCTTGGTCTGCGGTGTCAAGACCATCACATGGGGCATAACGTCGTGTAAAGCACCTGGTGGTAATACTC----GCTTCCA-------------CTCTTCACACTGAC----------AGCACT--------------------GTTAGCTCTTGTATTTGCCAGGTTTTAATGTATT---------------CTGTC-TCTTCTAGAAGCTCAGTTTATTCCTAACAAGCAATTACAACCCAAAGAAACTCAGATTTACATCAAGCTGGTGAAGTATGCGATGCAGGCCTTGGATATTTATCAGGTATGA 

a score=13012
s danRer3.chr12  12668459 258 +  37038836 GCACATGATCC-CGAAAGCTGAATTTTACAGCTTATCACAGAGCCAACCCCCTTTGGCTAGGTACAGATTGCTGGCAATGGGCAGACGTACATTCGTGTGGCAAACTGTCAGACGGTGCGGATGAAGGAGGAGAAGGAAGTTTTGGAGCACTTCGCTGGAGTCTTTACCATGATGAACCCTCTCACTTTCAAAGAGATCTTCCAGACTACTGTTCCATACATGGTGGAGCGTATATCCAAAAACTATGCCTTACAGGTA 
s mm7.chr5      143820674 256 + 153054177 GTACATGTTCAGTAGAAGCTTTTCCTTTCTAACTGCCATGGGGCTTCTCCCGTC---CTAGGTCCAGATCGCAGGAAATGGACAAACATACATTCGAGTAGCCAACTGTCAGACCGTAAGGATGAAGGAAGAGAAGGAGGTGCTGGAGCACTTTGCTGGGGTCTTCACCATGATGAACCCACTAACATTCAAGGAGATCTTCCAGACTACAGTTCCTTACATGGTAGAAAGGATCTCAAAAAACTATGCTCTTCAGGTA 

a score=13226
s danRer3.chr12  12668782 294 +  37038836 CTGTTTATCTATTCAATCCTTCAACAGATTGTGGCAAATTCATTCCTGGCCAACCTAACCACATCTGCTCTCTTTGCCACCATCCTGGTGGAGTATCTGTTGGAGCGTCTGCCTGAAATGGGCTCCAATGTGGAGTTATCAAACCTGTATCTCAAACTCTTCAAGCTGGTCTTTGGCTCAGTGTCTCTCTTTGCTGCTGAAAACGAGCAAATGCTCAAGGTGA-----GTGTCGTCTTG--------TGCTGCTTTAGAAACTTGTGGCCTCTTTTGTCTTTG-----------AGTGGGCTTATTTAAGGTGCTTAT 
s mm7.chr5      143821625 317 + 153054177 ccATTTTGCCGTTTCCTGTTTTGACAGATTGTTGCCAACTCCTTCTTGGCGAATCCCACTACCTCTGCTCTGTTTGCCACCATCCTGGTGGAGTACCTCCTGGAGCGGCTGCCGGAAATGGGCTCCAACGTGGAGCTCTCCAACTTGTACCTCAAGCTCTTCAAGTTGGTCTTCGGCTCAGTGTCGCTGTTTGCAGCGGAGAATGAGCAGATGCTGAAGGTAACGCGCGTGCTGCTCTGAGGGCCACTGCGGCTCT-GGCTTTTATTGCTTCATTTATTTTTATCGAAAATTACAGTGACTCCATTTTACATGTGTAT 

a score=11107
s danRer3.chr12  12670973 204 +  37038836 TAATTCCTTTTTTTCTCCCACAGCCTCACCTTCATAAAATTGTAAACAGTTCCATGGAGCTGGCACAGTCTGCCAAGGAGCCCTATAACTACTTCCTGTTGCTTAGAGCCCTGTTTCGCTCAATAGGTGGGGGGAGCCATGATCTCCTGTACCAGGAGTTTCTGCCTTTGCTGCCTAATTTGCTGCAAGGTGAGTGAAATTACT 
s mm7.chr5      143822527 203 + 153054177 TGACTGCCTTCCCTCTGCC-CAGCCTCACCTGCACAAGATCGTGAACAGCTCCATGGAGTTGGCGCAAACCGCCAAGGAGCCTTACAACTACTTCCTTCTGCTCCGTGCTCTCTTCCGCTCTATAGGAGGTGGCAGCCATGACCTCCTGTATCAGGAGTTTCTGCCTCTCCTTCCAAATCTCCTCCAAGGTAAGAGCAGTGGCT 

a score=17856
s danRer3.chr12  12671887 276 +  37038836 TTTCTCAGGTTTGAACATGCTTCAGAGTGGCCTCCATAAGCAGCACATGAAGGATCTGTTTGTGGAGCTGTGTCTCACGGTCCCGGTGCGCCTCAGCTCTCTTTTGCCCTACCTGCCCATGCTTATGGATCCACTGGTGTCTGCACTCAACGGTTCCCAGACTCTGGTCAGCCAGGGTCTGCGCACACTGGAGCTCTGTGTTGACAACCTGCAGCCTGACTTCCTCTATGACCACATCCAGCCAGTCCGAGCCGAACTGATGCAGGTAAAACATCT 
s mm7.chr5      143823232 276 + 153054177 TTTCCCAGGACTGAACATGCTGCAGAGCGGCCTGCATAAGCAGCACATGAAGGACCTCTTTGTAGAGCTGTGTCTCACCGTGCCAGTCCGGCTGAGCTCTCTCCTGCCCTATCTGCCCATGTTGATGGATCCCTTGGTGTCTGCCCTCAATGGGTCTCAGACATTGGTCAGCCAAGGCCTGAGGACCTTGGAGTTGTGTGTGGACAACCTGCAGCCGGATTTCCTCTATGACCACATTCAGCCTGTGCGTGCAGAGCTCATGCAGGTAAGACCGCT 

a score=12798
s danRer3.chr12  12672217 265 +  37038836 TTAATTTTTTTAAATGAACAGGCATTGTGGCGAACGCTTCGTAACCCCGCAGAGACCATCTCTCATGTAGCTTACCGTGTGCTGGGTAAGTTTGGAGGAAGTAATCGTAAAATGCTGAAGGAGTCGCAGAAGCTGCTGTATGTGGTGACTGAGGTTCAAGGGCCAAGCATCAAGGCAGAGTTCACTGACTGCAAAGCCTCCATTCAGCTGCCTATGGAAAAGGTAATGCTCTTTTAAGCTTCATTCAAGCAGAATTCTGTTATGA 
s mm7.chr5      143825587 253 + 153054177 TTGGTTTTTTTA--------GGCTTTGTGGCGCACGCTTCGCAACCCTGCAGACAGCATCTCCCACGTGGCCTACCGTGTGCTTGGGAAGTTTGGCGGCAGCAACAGGAAGATGTTGAAGGAGTCCCAGAAGCTGCACTATGTTGTGACTGAAGTTCAAGGCCCCAGCATTACCGTGGAGTTCTCTGATTGCAAAGCTTCTCTCCAGCTTCCGATGGAAAAGGTAAAG----TTGGAGCTTCCGGGAGATCGTGTTTTGCTCTAA 

a score=10023
s danRer3.chr12  12679314 147 +  37038836 GCGCTGGATTGCCTGAAGAGTGCCAATACTGAGCCCTATTACAGGCGACAGGCATGGGAGGTGATCAAGTGCTTCCTGGTGGCAATGACTAGCTTGGAGGACAACAAGCATTCTCTTTACCAACTTCTCGCCCATCCCAAGTAAGAC 
s mm7.chr5      143826899 147 + 153054177 GCCCTGGACTGCCTGAAAAGTGCCAACACAGAGCCCTACTACCGGAGGCAGGCATGGGAGGTGATCAGGTGCTTCCTGGTAGCCATGATGAGCCTGGAGGACAACAAGCATGCGCTCTACCAGCTGCTGGCGCACCCCAAGTATGAC 

a score=10793
s danRer3.chr12  12686037 179 +  37038836 TGTTGTTCTGATTTATGCAGGCTATAGAGACTGCGCTGGATTGCCTGAAGAGTGCCAATACTGAGCCCTATTACAGGCGACAGGCATGGGAGGTGATCAAGTGCTTCCTGGTGGCAATGACTAGCCTGGAGGACAACAAGCATTCTCTTTATCAACTTCTCGCCCATCCCAAGTAAGAC 
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a score=13211
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s mm7.chr5      143829359 280 + 153054177 TTCAGTTACTCTACATGAGA-GCTTGTTGTGACCCGAGACACTGGGTGTGT----------------GACGCGTGTGATTCTGTCTTCTAGCTTTACAGAAAAGACCATTCCCAATGTCATCATATCACATCGCTACAAAGCACAGGACACTCCAGCCCGGAAAACATTTGAACAGGCTCTGACTGGGGCATTCATGTCTGCAGTCATCAAAGACCTGCGACCCAGTGCCCTGCCCTTTGTGGCCAGCTTGATCCGCCACTACACCATGGTAGCAGTGGCCCAGCAGTGTGGTGAGT 

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s mm7.chr5      143832675 272 + 153054177 CAGGTTTCCAATGGGGCAGTGGCCATGGCGAAGACCACCCTGGAACAGCTCCTGATGAGATGTGCGACCCCTTTGAAGGATGAGGAGAGAGCTGAGGAGATTGTGCTGGCTCAAGAGAAATCTTTTCACCACGTGACCCACGATTTGGTTCGTGAAGTCACCTCCCCAAACTCGACTGTGAGAAAGCAGGCCATGCATTCGCTGCAGGTCTTGGCCCAGGTCACTGGAAAAAGTGTGACAGTAATTATGGAGCCACATAAGGAGGTAGGATT 

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s mm7.chr5      143833273 230 + 153054177 AGATGAGCAGCCTTTGCTCT---TTGAGGAACATCTGACCAGTGGTGCCCCTCCTTGCTTTTCATCCAGGTCCTTCAGGATATGGTCCCACCGAAGAAGCACCTGCTGCGACACCAGCCTGCCAACGCCCAGATCGGACTGATGGAGGGCAATACGTTCTGTACCACGCTGCAGCCTCGACTCTTCACGATGGATCTCAATGTGGTGGAGCACAAGGTCTTCTACACAGAGGT 

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s mm7.chr5      143833780 244 + 153054177 TGGGCTTCATCATAGACTAAAT--ACCTACTTCTCTATG-------GTCTTTTAGACATAGACTCAGAAGCT---GTGTTAGTTGTCAAGTTGAACCGTCATTGTTAGGGTTTAAGTAGTTTGTC---TTTTACAAATGGGATTTTACTCTCCAGTGAGCGCTGCTCTGTGACTCTTGAATCAGAGTTCTGGTTTGAGACCTCTTGTACTCA-----GCACATAGAGCCGTTCCCATCAGACCTAGCCTACCTTTTTTTCTTTT 

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s danRer3.chr12  12735713 280 +  37038836 AAACCTTTGAATGATCATTCC-----CCTGTACCTCATTAATAAGCTCATTCTCTTTTGATTTCAGGAGCAGCCAAACCAGGCGAACTTCTCCAACAT-TGCACAGGGCTGGAGATTCTCAGCTTTCTTCTGTCTGTGCTCCAGCCTCCAGCCATCCTCTCTCACTTCAAGCCCCTGCAGCGGGGTATTGCAGCATGCATGACCTGTGGAAACACCAAAGTGTTAAGGGCAGTCCATTCCCTCCTGTCCAGGCTCATGAGCACCTTCCCCACTGAACCCAGTGAGT 
s mm7.chr5      143850351 281 + 153054177 AGCTCTTTGGATTTGCGTCTCTACTCCTTGTACCTGAC-AGTGGCCTGCTTTCCCTTC----CCAGGAGCAGCCTAACCAGGTGAACTATGGGAATATCTGCACAGGGTTGGAAGTCCTGAACTTCTTGCTAACTGTGCTGCAGTCTCCGGCCATCCTCAGTAGCTTCAAGCCCCTGCAGCGGGGCATCGCAGCCTGCATGACATGTGGGAACACCAAGGTGCTGCGAGCTGTGCACAGCCTCCTCTCTCGCCTCATGAGCATTTTCCCTACAGAGCCAAGTAAGT 

a score=8250
s danRer3.chr12  12738004 160 +  37038836 CTATTTATCTATTTTTTTCTTTAGGCACTTCCTCGGTGGCTTCCAAGTATGAGGAGCTGGAGTGTTTATACGCTGCTGTAGGGAAAGTCATTTACGAAGGCCTCACCAACTATGAAAAAGCCAGCAGCGCTAACCCAACTCAATTGTTCGGTGAGAATTT 
s mm7.chr5      143851306 160 + 153054177 CCAGCTCCCTGCCCTGTGTTACAGGCACATCAAGCGTGGCCTCCAAGTATGAGGAGCTGGAGTGCCTCTATGCGGCCGTGGGGAAGGTCATCTACGAAGGCCTCACTAACTACGAGAAGGCCACCAGCGCCAACCCCTCCCAGCTCTTCGGTGAGCACCT 

a score=8931
s danRer3.chr12  12738975 170 +  37038836 TTCTCTTCTTTGCTTCCAGGAACGCTGATGATCCTGAAGTCGGCCTGCAGCAACAACTCCAGCTACATCGACCGGCTCATTTCCGTCTTCATGCGCTCCCTGCAGAAGATGGTGAGAGAGCACCTGAGCCCGCAACCCAACCCTGGAGCCGCTGAAACCAGCACAGGTGA 
s mm7.chr5      143853077 170 + 153054177 TGCTATTCCTGCTCTGCAGGAACACTTATGATCCTCAAGTCAGCCTGTTGCAACAACCCAAGCTACATTGACAGGCTCATCTCTGTCTTCATGCGCTCCCTACAGAAGATGGTCCGAGAGCATCTAAATCCACAGACAGCATCCGGGAGCACCGAAGCAACCGCAGGTGA 

a score=10910
s danRer3.chr12  12742808 205 +  37038836 ACGAGTGAGTTGGTCATGCTCAGTCTGGATCTTGTCAAGATGAGGCTCTCGGTTATGAATATGGAAATGAGGAAGAACTTCATCCAGGTCATTCTCACTTCCCTCATCGAGAAATCTCCCGATCCAAAGATTCTTCGAGCTGTGGTGAAAATCGTGGAGGAGTGGGTGAAAAACTCAGGCAACCCTATGGCCACTAACCAGGTAA 
s mm7.chr5      143853863 202 + 153054177 ACAAGCGAGTTGGTGATGCTGAGCCTGGATCTTGTGAAGACTCGTCTGGCGGTGATGAGCATGGAGATGCGGAAGAACTTCATCCAGACCATCTTGACCTCCCTCATTGAGAAGTCCCCAGATGCCAAGATCCTCCGAGCTGTGGTGAAGATTGTGGAAGAATGGGTTAAGAAT---AATTCCCCGATGGCAGCCAATCAGGTGA 

a score=8621
s danRer3.chr12  12747053 176 +  37038836 tttcctAGGTGCCCAATCCAAGGGAGAAGTCCATTCTGCTTGTGAAAATGATGACCTACATTGAGAAGCGCTTTCCTGACGACCTTGAATTGAATGCCCAGTTCCTGGACCTCGTTAATTACGTCTACAGGTAATTACGCCGATTAATCACGGGGCTCTCCATCCATTGCCATTAG 
s mm7.chr5      143854505 171 + 153054177 TTTTATAGACACCTACGCTCCGGGAGAAGTCAATCTTGCTTGTGAAAATGATGACTTACATAGAGAAACGCTTTCCAGAAGACCTCGAACTAAATGCCCAGTTTTTGGACCTTGTTAACTATGTGTACAGGTAATTA-----GTTGAGCACTGGCCACATTGCCTGTGGTCACTGG 

a score=11413
s danRer3.chr12  12747524 274 +  37038836 ACAGCATTTCTTCAAGTGTTTGAAGTA--CACTGGGATTTTATTTTTATTTTT----TTTCAGAGATGATAACCTCTCTGGAAGTGACATCACGTCCAAGCTGGAGCCGGCGTTCTTGTCAGGGCTGCGGTGCACCCAGCCGTTGATCAGAGCAAAATTTTTCGAGGTGTTTGATGCTTCAATGAAGCGGCGAGTGTACGAGAGGCTTCTGTATATTTGCTGCTCGCAGAACTGGGAATCCATGGGCAGCCACTTCTGGATCAAACAGTGCACTGAGGTA 
s mm7.chr5      143855096 280 + 153054177 ACATCATCTTGACCACTGATTTGGGTGGTCATCTGGCTCTTCTCTTGCCTTCTCTCATTACAGGGATGAGGCACTTTCAGGCAGTGAGCTGACTGCAAAGCTTGAGCCTGCCTTTCTCTCTGGACTGCGTTGTGCCCAACCATTGATCAGGGCCAAGTTTTTTGAGGTTTTTGACAACTCTATGAAACGGCGCGTCTACGAACGGCTGCTGTATGTCACCTGTTCCCAGAATTGGGAAGCCATGGGGAGCCATTTCTGGATCAAGCAGTGCATTGAGGTA 

a score=12596
s danRer3.chr12  12750543 193 +  37038836 CTTCACAGCTGCTGCTGGCGGTCTGTGAGAGGAACACCACCATTGGCACCAGCTGCCAGGGCTCCATGCTCCCCTCCATCACCAACGTCATCAACCTGGCCGACAGCCATGACCGCGCAGCCTTCGCCATGGCAACGCATATCAAACAGGAACCTCGTGAGAGAGAAAACAGCGAGACCAAGGAGGAGGTCAG 
s mm7.chr5      143857098 193 + 153054177 CTCTCCAGCTCCTCCTGGCCGTGTGTGAGAAGAGCACTGCCATCGGTACCAGCTGCCAGGGAGCCATGCTCCCGTCCATTACCAACGTCATCAACCTGGCCGACAGCCATGACCGAGCTGCCTTTGCCATGGTCACTCACGTCAAGCAGGAACCTCGGGAACGAGAGAACAGTGAGTCTAAAGAAGAGGTGAG 

a score=9035
s danRer3.chr12  12752528 249 +  37038836 GTCTGGGGTTTGTAGAGGCT---TGTTTTGGGTCTAGCAAGTAAGCACTTGTTCCTCCCCATATTTAGTGTTTTTCTGACCTCTTCGTCTGTAGGATGTGGAGATTGACATTGAACTGGCACCTGGAGACCAGACCAGCCTCCCCAAGACCAAAGAGCAGGCAGAGAGAGACGCAGGCAACCAGCTGCACATGCTCACTAACCGCCACGACAAGTTCCTGGACTCCCTGAGAGAGGTCAAGG--TGAGCGTAAC 
s mm7.chr5      143859469 236 + 153054177 GGCAGTGGGCCATAGGAGCTGTGTGTGTTGGGATCATGAACTCCG----TGACCTCCTGCATCCTTTGTGCTTTGTT--------------CAGGACGTAGAGATTGACATTGAGCTGGCTCCTGGCGATCAGACCAGCACACCCAAGACCAAAGAGCTTTCCGAGAAGGACATTGGGAACCAGCTGCACATGCTCACCAACAGACACGACAAGTTCCTTGACACTCTCCGGGAGGTGAAGGTCTGTGCGCAAC 

a score=8954
s danRer3.chr12  12757615 157 +  37038836 TTTGCATTTAGACGGGAGCGCTGCTAAATGCTCTGGTTCAGCTTTGCCACATCTCCACTCCACTGGCCGAGAAGACCTGGGTCCAGCTTTTCCCTCGCCTCTGGAAGATTCTGTCGGACCGCCAGCAGCACGTGAGTACAATCTAAAAATcttgttt 
s mm7.chr5      143861076 157 + 153054177 TTTGCCTGCAGACTGGGGCACTGCTCAGCGCCTTCGTTCAGCTCTGCCACATTTCCACAACGTTGGCCGAGAAGACCTGGGTCCAGCTTTTCCCGAGGCTGTGGAAAATCCTCTCTGACAGACAGCAGCATGTGAGTCAGATCTTAAAAGCCTGTTT 

a score=18202
s danRer3.chr12  12760030 351 +  37038836 TTTTTTCTAGGCACTGTCTGGCGAGATGGGTCCATTCCTATGTAGCGGCAGTCACCAAGCTCAGCGAGATTGCCAACCCAGTGCTCTAAACTGCTTCGTGGAAGCCATGTCCCAGTGTGTGCCACCCATACCCATCAGGCCGTGTGTGCTGAAGTACTTGGGCAAAACCCACAATCTTTGGTTACGCTCCACCCTGATGCTGGAGCAGCAAGCTTTTGAAAAAGGCCTCAACTTGCACATCAAACCCAAACAGAGCACCGAGTTCTACGAGCAGGAAAGCATCACTCCTCCGCAGCAGGTACAGCGATGCCCTTCTTCAGTCTTCGTTGTCATTG-ATGTCATTGGCGGAGG 
s mm7.chr5      143861535 337 + 153054177 TTGGTTCTAGGCGCTGGCGGGGGAGATCAGCCCTTTCCTGTGCAGCGGCAGTCATCAGGTTCAGCGAGACTGTCAGCCCAGCGCATTGAACTGCTTTGTGGAAGCCATGTCCCAGTGCGTCCCACCCATCCCCATGCGACCCTGTGTGCTGAAGTACCTGGGAAAGACTCATAACCTCTGGTTCCGTTCCACGTTGATGCTGGAGCACCAGGCCTTTGAGAAGGGGCTGAGTCTGCCCATCAAACCGAAGCAGACAACCGAGTTTTATGAGCAGGAGAGCATAACACCGCCTCAGCAGGTGA---------------CTGTCCTCATTGGCTTTGAATAATCTTCTCGGAGG 

a score=9889
s danRer3.chr12  12760525 250 +  37038836 TTGGGGCACCTCTGAATATGGATGTGTTTGTCCTCTATATTCTTTGAAGATGTGTTCTTGTATTCCCTCAGGAGATCCTCGACTCGCTTGCGGAGCTTTACTCCCTACTGCAAGAGGAGGACATGTGGGCCGGGCTGTGGCAGAAGAGATGCAAGTTCCCAGAGACGAGCACTGCCATTGCATACGAACAGCATGGCTTCTTTGAACAGGTGAGAAACCGGAATCATCGGTTCAGCGTGGATGTAGTTAG 
s mm7.chr5      143861873 241 + 153054177 TTAAATCACAGCTCCGTAGGCATGCGATTGGCCCGAGCACTCAGAAGCGATGATTTCTT--------TCAGGAGATCCTGGACTCCCTCGCTGAACTTTACTCTCTGTTACAAGAAGAGGACATGTGGGCCGGCCTGTGGCAGAAGCGATGCAAATTCTCCGAGACTGCCACCGCCATTGCTTATGAGCAGCACGGTTTCTTTGAGCAGGTGAT-GGCCGGCAGCAATGCCTCCGGGTGATGGCTGGTAG 

a score=6594
s danRer3.chr12  12763295 140 +  37038836 CTAATGCTGGTTTCATCTTCATTAGGCTCAAGAAACCTATGAGAAAGCAATGGAGAAAGCACGCAAGGAGCAC---------AATGTCTCACCCGCCATCTTTCCAGAGTACCAGCTGTGGGAAGATCACTGGATCCGGTGagttgaat 
s mm7.chr5      143862771 149 + 153054177 CTGATGCTATCGTTAACCTTTTCAGGCCCAAGAATCCTACGAAAAGGCAATGGACAAGGCGAAGAAAGAGCATGAGCGCAGTAATGCCTCCCCGGCCATTTTCCCTGAGTACCAGCTCTGGGAGGACCACTGGATTAGGTGAGCCAAGT 

a score=9598
s danRer3.chr12  12763569 170 +  37038836 ATTTTCAGCTGTTCTAAAGAGCTGAACCAGTGGGAGCCTCTGACTGAGTATGGACAATCTAAAGGACATAACAACCCATACCTGGTGCTGGAGTGTGCCTGGAGAGTGTCCAACTGGGCTGCCATGAAAGAGGCTCTGGTGCAGGTAAGCTCAC------TGTAATCATTATGCTC 
s mm7.chr5      143864619 176 + 153054177 ACTCCTAGGTGCTCCAAGGAGCTGAACCAGTGGGAAGCCCTGACTGAGTTTGGCCAGTCTAAGGGACACATAAATCCTTACCTTGTCCTGGAGTGTGCGTGGAGGGTGTCCAACTGGACCGCCATGAAGGAGGCACTGGTGCAGGTGAGATCCCCTACCGTGTTGTCACTGGGATC 

a score=13222
s danRer3.chr12  12768248 203 +  37038836 CAGGTGGAGCTGAGCTGTCCGAAGGAGATGGCCTGGAAGGTGAACATGCATCGTGGCTACCTGGCCATCTGTCACCCTGAGGAGCAGCAGCTCAACTTCATCGAGCGGCTGGTGGAGATGGCCAGCAGCCTGGCCATCAGAGAATGGAGGAGACTTCCACACATCGTTTCTCACGTCCACACACCCCTGCTGCAGGTGAGGAC 
s mm7.chr5      143865768 203 + 153054177 CAGGTGGAGGTCAGCTGCCCCAAGGAGATGGCTTGGAAGGTTAACATGTACCGAGGGTACCTGGCCATTTGCCACCCCGAGGAACAGCAGCTCAGCTTCATTGAGCGCCTGGTGGAGATGGCCAGCAGCTTGGCTATCCGTGAGTGGAGGCGGCTGCCCCACGTGGTGTCCCATGTGCATACACCTCTTCTGCAGGTAGGTAC 

a score=14549
s danRer3.chr12  12773511 201 +  37038836 AGGCTGCCCAGCAGATCATCGAGCTACAGGAAGCGGCTCAGATTAACGCAGGACTGCAGCCTGCCAACCTGGGCCGCAACACCAGCCTCCATGACATGAAAACTGTGGTGAAGACCTGGAGAAACAGACTGCCGATTGTATCTGACGACCTTTCTCATTGGAGCAGCATTTTTATGTGGCGTCAGCACCATTATCAAGGTA 
s mm7.chr5      143868038 201 + 153054177 AGGCTGCCCAGCAGATCATCGAGCTTCAGGAGGCCGCACAGATCAATGCAGGCCTGCAGCCGACCAACCTGGGCCGGAACAACAGCCTCCACGACATGAAGACCGTGGTGAAGACCTGGAGGAACCGGCTGCCCATCGTGTCTGACGACTTGTCCCACTGGAGCAGCGTCTTCATGTGGCGGCAGCACCATTACCAGGGTA 

a score=18742
s danRer3.chr12  12776862 300 +  37038836 CAACTGATTTCTTTTTTTTGTCTCTGCAGCCATTGTGACTGCATATGAAAACAACACACAACATGACCCAAACACTAACAATGCCATGCTTGGAGTGCACGCCTCAGCATCTGCTATTATTCAGTATGGAAAGATTGCTCGAAAGCAAGGTCTGGTCAACGTGGCTTTGGACATTCTGAGTCGCATTCATACCATCCCTACAGTGCCTATTGTAGACTGCTTCCAGAAGATTCGTCAGCAGGTTAAATGCTATCTGCAGTTGGCCGGAGTCATGGGCAAGAATGAATGCATGCAGGTGAG 
s mm7.chr5      143868954 294 + 153054177 CAGCTGATTCCTTTG------CTCTTTAGCTATTGTGACTGCATATGAAAATAGCTCTCACCATGACCCAAGCTCCAATAACGCCATGCTTGGAGTTCATGCCTCCGCCTCTGCCATCATCCAGTATGGGAAAATTGCCCGGAAACAAGGTCTGGTTAATGTGGCGCTGGACATACTGAGCCGAATCCACACCATCCCCACCGTTCCCATCGTGGATTGCTTCCAGAAGATTCGACAGCAAGTGAAATGCTACCTCCAGCTGGCAGGAGTGATGGGCAAGAACGAGTGCATGCAGGTAGG 

a score=7398
s danRer3.chr12  12781390 125 +  37038836 TCATTGTTTTTGTATTGTCAGGGTCTGGAGGTGATTGAGTCCACCAACCTGAAATACTTCACCAAGGAGATGACCGCTGAGTTCTACGCTCTCAAGGGCATGTTCCTAGCACAGATCAATAAGTA 
s mm7.chr5      143869595 121 + 153054177 TCACCATTTCTGAA----CAGGGCCTTGAAGTTATTGAGTCTACAAACCTAAAATACTTCACGAAGGAGATGACAGCTGAGTTTTATGCCCTGAAGGGAATGTTCCTGGCTCAGATCAACAAGTA 

a score=13145
s danRer3.chr12  12786246 442 +  37038836 TGTGTTTTCTTTTCCTCCAGGTCAGAGGAGGCAAACAAGGCCTTCTCTGCTGCAGTCCAGATGCATGATGTTCTGGTTAAAGCCTGGGCTATGTGGGGCGACTACCTGGAGAACATCTTTGTCAAAGATCGCCAGCCTCACCTTGGTGTCTCCTCCATCACCTGTTACCTACACGCATGCCGCCATCAGAATGAGAGCAAGTCTCGCAAATACCTGGCCAAGGTAAG-------AACTCCACTCTCTT---------GCTGACCTCATCCAGGTTTATCTACAACTTGGAAT--TTTCCTTTCTTCTTGTCC--------------ACCAAATGACATTTAGTCTTCTACTCAAGGTAAAAAGTCATCTATATATGATAGAGAGTAAGTTTGAtttaaatcataggtctcaatctgaattcctggagggccgcaactctgca-----cagt-tttgctccaaccctaatccaacacagct 
s mm7.chr5      143871156 470 + 153054177 TGTGTTTTGGTTCCACACAGATCTGAGGAGGCCAACAAAGCGTTCTCGGCTGCCGTGCAGATGCACGATGTGCTGGTGAAGGCCTGGGCCATGTGGGGGGACTACCTGGAGAGCATCTTCGTGAAGGAGCGGCAGCTGCACCTGGGCGTGTCTGCCATCACCTGCTACCTGCATGCCTGCCGGCATCAGAACGAGAGCAAGTCCAGGAAGTACTTGGCCAAGGTGAGCTGAGGAGACTCCGTCCTCTTTGTCACAGAGCAGCCTCTGACTGGGCTGAGCTCCAGCTCTGCTTGCTTGCCTTTGTTCACTTCCCATCCCTACAGAGGCCTGACCATCCTGGGGTCTCACACACCCTGGGGAAAGCCTTCTAGGCCAGAGGGAACTGAAATCCAACCTGCATCCATGCTCTC----------CGTGCAGAGGCGCAGCACAGCCGGAGTCAGTGTTTGCAGCAGACATGAATAAACTCTGCT 

a score=11732
s danRer3.chr12  12793184 212 +  37038836 AGATTTCTAAACGTATATTTGAAAATGATTGTCTGTCATCCTCAGGTGCTGTGGCTGTTGAGTTTTGATGAT---AAGAACACCTTGGCTGATGCTGTGGACAAGTACTGCATTGGAGTGCCTCCTATCCAGTGGCTGGCCTGGATCCCACAGCTCCTCACATGTCTGGTGGGCTCAGAAGGAAAGCCCCTCCTCAACCTCATCAGTCAGGTAGG 
s mm7.chr5      143871807 206 + 153054177 AGATTTC-----ATATAACTAAAACTTGTCCTCTG----CTTTAGGTGCTGTGGCTTCTGAGTTTCGATGATGACAAAAACACGCTGGCGGATGCTGTAGACAAGTACTGCATCGGTGTACCTCCCATCCAGTGGCTGGCGTGGATCCCGCAGCTGCTCACCTGCCTGGTGGGCTCTGAGGGCAAGCTGCTGCTGAACCTCATCAGCCAGGTGGG 

a score=7104
s danRer3.chr12  12798021 98 +  37038836 AGGTGGGACGTGTCTACCCTCAAGCGGTGTACTTTCCCATCCGAACCCTGTACCTGACGCTGAAAATCGAGCAGAGGGAGCGCTACAAGAGTGGTACG 
s mm7.chr5      143872836 98 + 153054177 AGGTTGGACGGGTATATCCCCAGGCTGTCTACTTTCCCATCCGGACTCTGTACCTGACCCTGAAGATTGAGCAGAGGGAGCGCTACAAGAGTGGTATG 

a score=13978
s danRer3.chr12  12800400 217 +  37038836 TTTTCCTTAGACTCCGGTCAGCAACAGCCCAGTTCGGCAGCTGCCCAGACGCACTCCGCATCTGACCCGGGTCCCATTCGTGCCACGGCTCCCATGTGGCGCTGCAGTCGGATCATGCACATGCAGCGCGAGCTTCATCCCACCCTGCTCTCCTCTCTGGAGGGCATTGTTGACCAGATGGTCTGGTTCAGGGAGAACTGGCACGAGGAGGTGAGCG 
s mm7.chr5      143874044 217 + 153054177 TTGCTCTCAGATTCTGGACAGCAGCAGCCCAGTTCAGCGGGTAACCAGTCCCATTCTGCGTCAGATCCAGGGCCCATCAGAGCGACAGCGCCCATGTGGCGCTGCAGCCGGATCATGCACATGCAGAGGGAGCTGCACCCCACCCTCCTGTCCTCCCTGGAAGGCATCGTCGACCAGATGGTCTGGTTCAGAGAGAACTGGCACGAAGAGGTAGGCG 

a score=17473
s danRer3.chr12  12801413 313 +  37038836 TCCTCGTTTCTTTATTGCAGGTTCTACGGCAGCTCCAGCAGGGTTTGGCTAAATGTTACTCGGTGGCGTTTGAAAAAAGTGGAGCTGTATCCGATGCTAAAATCACTCCACATACACTCAACTTTGTGAAAAAGCTGGTCAGCACATTCGGCGTAGGCCTGGAGAATGTCTCTAATGTGTCCACCATGTTCTCCAGTGCCGCCTCGGAGTCCCTGGCCCGCCGAGCTCAAGCCACCGCTCAAGACCCAGTGTTCCAGAAGATGAAGGGCCAGTTTACAACAGGT--------CAGAACACACACATTTT--ACTTCATCTTTT 
s mm7.chr5      143874988 322 + 153054177 TCTTTGTCTCTTC-TGCTAGGTGCTCAGGCAGCTCCAGCAGGGCCTGGCAAAATGTTACTCTGTTGCCTTTGAAAAGAGCGGTGCAGTATCAGACGCCAAGATCACCCCTCACACTCTTAACTTTGTCAAGAAGCTGGTGAGCACTTTCGGGGTCGGCCTGGAGAATGTGTCCAACGTCTCAACCATGTTCTCTAGTGCGGCCTCCGAGTCCCTGGCCCGCCGCGCACAAGCCACCGCCCAGGACCCTGTCTTCCAGAAGCTGAAGGGCCAGTTCACCACAGGTAGGCTTGCCTGCGCACACGCTTGTTAGACTTTGtttctt 

a score=15674
s danRer3.chr12  12811862 242 +  37038836 TTCCATACACAGATTTTGACTTCAGCGTTCCCGGCTCCATGAAGCTGCACAATCTTATTTCAAAGTTGAAGAAGTGGATCAAGATCCTGGAGGCCAAGACAAAGCAGCTGCCCAAGTTCTTCCTTATAGAGGAGAAGTGTCGTTTCCTTAGCAACTTCTCGGCTCAGACTGCTGAAGTGGAGATCCCGGGAGAGTTCCTCATGCCCAAACCCACACACTATTACATCAAGATTGCCAGGTAA 
s mm7.chr5      143878487 242 + 153054177 TTTTACCTGCAGATTTCGACTTCAGTGTCCCGGGATCCATGAAGCTTCACAATCTGATCTCTAAATTGAAAAAGTGGATCAAAATCCTCGAGGCTAAAACCAAGCAGCTTCCCAAGTTCTTCCTCATAGAAGAAAAATGTCGGTTCTTGAGCAATTTCTCAGCTCAGACAGCTGAAGTGGAGATCCCTGGAGAGTTTTTGATGCCTAAGCCAACACATTACTATATCAAGATCGCTCGGTGA 

a score=15045
s danRer3.chr12  12813265 390 +  37038836 CACGCAAGGGGTTTTTGATTGAAAGTTGTTTTTTTTTTTTTTTAAATCC---------TGCCGTTGGAGTTGTAAGCTAGAATCCAGCTGAGACCCTAATTTTCAGTAATT-----TATTCATCACGTAGCCATCATTCGCTCTTTCACACCCTCTTACTTTACCCCCTAAGGTTCATGCCCAGGGTGGAGATTGTTCAAAAGCACAACACAGCTGCTCGACGCCTCTACATCCGCGGGCACAACGGCAAGATCTATCCGTACTTGGTGATGAATGACGCATGTTTGACAGAGTCCCGCAGAGAAGAGCGTGTGCTGCAACTCTTGCGGCTACTCAACCCCTGCCTGGAGAAGAGAAAAGAGACCACCAAGAGGCACCTCTTTTTCACAGGTAATTCAGCAACA 
s mm7.chr5      143879601 390 + 153054177 CACGGAAGGCTTGTTTCCTTCCTCCCTGTCTTCTGTCCATCCTCAGTCCATCCTAGGTTACCGTGGCCGCTG--AGCCG---CCCAGCTG-----CTCGTCTGTGGTAGTTAAGGTTCTTCTCCCCGAGGC----AGTCCCTGCTTCACACCTTCCTCTCTCCGCCCCGTAGCTTTATGCCCCGAGTGGAGATTGTGCAGAAGCACAACACAGCAGCCCGCAGGCTGCACATCCGAGGGCACAACGGCAAGATCTACCCGTACCTGGTCATGAACGATGCCTGCCTCACGGAGTCGCGCAGGGAGGAGCGAGTGCTGCAGCTGCTGCGCCTGCTGAACCCTTGCCTGGAGAAGAGGAAGGAGACCACCAAGAGGCACTTGTTCTTCACAGGTATGAGAGCCACA 

a score=12514
s danRer3.chr12  12816820 199 +  37038836 TCTCTTCTCAGTCCCAAGGGTGGTGGCGGTGTCTCCTCAAATGCGGTTAGTAGAGGACAATCCATCGTCTCTGTCTCTGGTGGAAATCTACAAGCAGCGCTGTGCTAAGAAGGGCATTGAGCACGACAACCCCATTTCCCGCTATTATGACCGGCTTGCCACTGTTCAGGCGAGAGGAACACAGGCCAGCCATCAGGTA 
s mm7.chr5      143882068 199 + 153054177 TTCTTCCTCAGTTCCTCGGGTTGTGGCTGTGTCCCCGCAGATGCGCCTCGTGGAAGACAACCCCTCTTCACTTTCCCTCGTGGAGATCTACAAGCAGCGCTGTGCCAAGAAAGGCATTGAGCATGACAACCCCATCTCCCGTTACTATGACAGGCTGGCCACAGTGCAGGCACGGGGAACCCAGGCCAGCCACCAGGTA 

a score=13505
s danRer3.chr12  12819288 244 +  37038836 TGTGTTTTAAGGTCCTGCGTGACATTCTGAAGGAGGTTCAAGGTAACATGGTTCCACGCAGCATGTTAAAGGAATGGGCGCTGCACACTTTCCCCAATGCCACAGACTATTGGACCTTCCGCAAAATGTTCACCATCCAGCTTGCTCTAATTGGCCTAGCGGAGTTCATGCTGCATCTAAACCGCCTCAATCCAGAGATGCTGCAGATCGCACAGGTA------TATCAAGAAACTGATCTCGTACCTGA 
s mm7.chr5      143885516 247 + 153054177 TGTGTTCCA-GGTCCTCCGAGACATTCTCAAAGAGGTCCAGAGCAACATGGTCCCCCGCAGCATGCTGAAGGAGTGGGCCTTGCACACTTTCCCCAACGCTACAGATTACTGGACCTTCCGGAAGATGTTCACCATTCAGTTGGCGCTCATCGGCTTCGCAGAGTTTGTCCTGCACCTAAATAGGCTCAACCCTGAGATGTTGCAGATCGCTCAGGTAACTCGCTGTCAGCAGCCAGGTCTTG--CCTGA 

a score=4757
s danRer3.chr12    12821223 302 + 37038836 aaatgtcttaagtcttaaatttaacttggtgaaatctgcaaaaaccctgTTGGTGCCACCTAATATTTGCTCTCTGAAAAATTGTAATTTCTCTGATGCTGAATTTAATTATTTAAAAGTGCCATAGAGTAAAAATCTGGATATTTCTAGCCATGGCTGAATAATA-------Agtacatggaaat-gacatgccatgagcctcaaacaggattg---------ttttcatgtaaatcccatgagtgtaaaatcccagtgaaaaacaggccaattggaaCAAA-TGTTATGTTGCCCACgggat----------cattaatatgcatgcc 
s mm7.chrUn_random  3998616 313 - 12779112 AAAGGTCTAAGGGCTAGAATTGGGATTGG----GCCTTAGTATGACTTTTCTGTGGTTTTTAATAATAGTTATGCAAATAAGCATAAATCCCC--ATGTCCATTTTAA--------AGGTGCCCTATAATGAAAATCTGGGTATACCAAGGCATATTAGAATAATAAAATATCAGTATATGGATATGGGCATACTGTGAGCCTCAGACACCACTGTTTCCTCATTTTTCATGTAAAGTCCACCAGTTTAAA---CAAAGTTTAAACAGTTTAGACAAAACAAACTGTGACGAGACTCACAGGCCATGCCCCCCGCATTTGCATGTATGCC 

a score=11242
s danRer3.chr12  12822250 272 +  37038836 gtgttaccgaaaTTTGCCTGCACCTCATCATCCTGATTTGTCATTTTCCCTAACAGGACACTGGAAAACTCAATGTTTCATACTTCCGCTTCGATATTAATGATGCTACTGGTGATCTGGACGCCAACCGGCCAGTTCCCTTCAGGCTAACACCCAACATCTCCGAGTTCCTTACCACCATTGGCGTATCTGGACCCCTTACAGCTTCAATGATAGCAGTAGCACGCTGCTTTGCTCAGCCAAACTTCAAGGT--------ACACTTTACAGCGAGCAAG 
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s danRer3.chr12 13012147 799 +  37038836 CATCTCAGACTGTTCCTATAAATGTTTAACGATTTCAATTCTGGCACATCTTTCTG----CATTGTGGCCGATATGTTTCCCATTGTGCTACAGCCAGCTACTGGATTCCATGTTTTCACCACATGGTCCATAGCATGTGATTTGAAATTGAATTTAAGGC----------CATTTTGACCCTTTGACCGAAGCTATTTTT-------TCATTGTGGGAGATCTTAGAAGTGCA--------GAAGCCTTTGTCTCTTTTAGTCTGGGCTGATTCCATCGCAGTTGTCATCTCTTCACTATAATCAGATGTGCCTTAAAGTTATTGTCTGGGCTGGGTTCAATACAATTGAATTGAATGGAGCCAATAAACACTGAAATA-CTCACC-ATTTCAGCAAGCCAGAGGACTTAAACCATTTCAGTATTAACATCGAGAAGGAGCACAACTGTCTATTGTGTTAAATAATAAAATAACCG--TCACCATAAAAACAACTAGCAAAACTTCACAGTCTAGAAATATGTTTTTTGCAGAAGAATTATTATACACGGTTCCATTT--GTCATTCATTTGTCATCTGAATTA-AACATTTTAAATGCATCTTGTGCTTAACATGGCTGCATTTATTTGATAGGTGTTACGCCCCGTGTGGCTCGGAGGATGAAAA----AGGGCTTAACATAATTATGACAACCCAATATTTTAAGAAT--TCCCCTGAGATGTTAACTGCTATGAAT-CAACACAGACAACGACGTGGCAAAAAAAGTGGTTCGCTTTATTACAATaaagataaagaaatgaatatttatatcaccc---aaaatatatttacaaatatgt 
s mm7.chr5      61227287 750 + 153054177 TATCTGTGCTTCTTCTTCGTTATCTTGATTGAGAATATTTCTTTGCCTCCTTTTGGGTATCATCAAGGTATATATGTTGCTCTTTGTGCTCTCAGCATCTCCTTGATCCCCTGCCTCCACCATATGTTCT-----------------------TTTAAGGCACCAATTACTTGTCTAGTCCATTTTACAAAAATAAAAGTGAACAGCACCATCACAGGGA--TTTAGAAATGTAACCTAAGTGATCCCATATTCTCCCTTCCTCTGGGAGGTGAGAATCTTGGGAGCAATCT-TTGAGTTTAATCTGACACATAGTGAAAGCA-TATCTGTTCTATGTTCACC--------TTTGTAATTAGCACATCTGTTCTTTAACAGCTTACCAACTTGAGCA---CCTAAGGCTGGACTAATCTCAGCAAAAAAATAGTGTATGA-CACAAAGAAAAATAGT----AACAATTAAGTAATTGTTTTACTGTGA--------AGTAAGCCTTTTTAATTAAAGCTTAAATTTT-----AAATGATTAATACCCATGGTCTCTTTCAAAGAATACCACTGTCTGTCACATTACAGTAGTGACACTATTTACTTTGCCTGAGGTGAACGGTTTTAATT------------------TGTCTTTTAAATGACTAAAAACACAGTTTTCAATATAA--ATGATTG------ATTTCAATAATAATCAACTG-------AACTCCTCTAATTACAACCTTTACA-----GCAGTAAAGTTTGTGTTTCAGTTTA-TAAAATAGTGTTTTTAAAAGGGATATTAAAATCATACATTAAACTACACTTATAAGTAGGT 

a score=6493
s danRer3.chr12  13058210 178 +  37038836 CTTTAGTTTCAAGGGC---TAGAGCTGCGATTATGGCTTTAGTTGA------------TGAAAGAGACTCACAGCAGATTAACCTTTGCCTTGCAGGCAGACACGGGAGCAGGAGACACCACCAGACTTCTTCTACTTCTCTGATTTCGAGAGGCACAATGCAGAGATCGCAGCATATCATCTAGACAGGTAA 
s mm7.chr5      137765200 193 + 153054177 CTTGAGTTCCAGCGGCACCCACACCTCTGCTTGTCCCCTCAATCCAGAGAGTCCCCTCTGTGACAGACTCTTCCTGTCTCTATCTGTGTTCTACAGGCAGACGAGAGAGCAGGAGACGCCGCCTGACTTTTTTTATTTCTCTGACTATGAGAGGCACAATGCGGAGATCGCTGCCTTCCACCTGGACAGGTAA 

a score=8029
s danRer3.chr12  13072614 123 +  37038836 CAGGATCCTGGATTTCCGCAGAGTGCCGCCGGTGGCCGGGAGACTAGTTAATATGACCAAAGAGATCCGAGACGTGACCCGTGACAAAAAACTGTGGAGAACTTTCTTCATTTCACCAGGTAG 
s mm7.chr5      137767100 123 + 153054177 CAGGATCCTGGATTTCCGCAGAGTCCCTCCAGTGGCTGGTAGGATGATCAACATGACCAAGGAGATCCGGGATGTGACGCGGGATAAGAAGCTATGGAGAACTTTCTTTGTGTCTCCAGGTAG 

a score=11833
s danRer3.chr12  13076043 193 +  37038836 TCTCCAGCCAATAACATCTGTTTCTACGGTGAATGTTCGTACTACTGCTCTACTGAACACGCTCTGTGCGGAAAACCTGATCAGATCGAAGGGTCTTTAGCAGCTTTTCTGCCTGATCTTTCCTTGGCAAAACGCAGGACCTGGAGAAACCCCTGGAGAAGATCCTATCACAAACGCAAGAAAGCAGAGTGAG 
s mm7.chr5      137778309 193 + 153054177 TCTCCAGCCAACAACATCTGTTTCTACGGGGAGTGTTCCTACTACTGTTCCACCGAGCATGCCCTGTGTGGGAGGCCCGACCAGATCGAAGGATCCCTGGCGGCCTTCCTGCCTGACCTGTCGCTGGCCAAGAGGAAGACATGGCGGAACCCCTGGCGTCGTTCCTACCACAAGCGAAAGAAGGCAGAGTGAG 

a score=7153
s danRer3.chr12  13077674 143 +  37038836 AGGTGGGAAGTGGATCCAGATTATTGTGAAGAAGTGAAGCAGACGCCGCCGTATGATAGTGGCACACGTCTGCTGGACATCATGGATATGACCATTTTTGATTTCCTTATGGGTA--------------AGATGATTTCAGAGTGTTCCTAAAAATA 
s mm7.chr5      137779358 157 + 153054177 AGGTGGGAAGTCGACCCTGATTACTGTGAGGAGGTGAAGCAGACGCCACCCTACGACAGTGGCCACCGAATCCTGGACATCATGGATATGACCGTCTTTGATTTCCTCATGGGTATGTCCCGCAGGGCGGGCTGGCTACCCGGAATGCCTAAACACC 

a score=5529
s danRer3.chr12  13077856 105 +  37038836 atttatatatCCATAAAGGAAACATGGATCGTCATCATTATGAGACGTTTGAAAAGTTTGGGAATGAAACTTTCATTATTCATCTTGATAATGGAAGAGGGTAAG 
s mm7.chr5      137779565 105 + 153054177 GTGTGCTTGTCCCTGCAGGGAACATGGATCGGCATCACTACGAGACCTTTGAGAAGTTCGGGAATGAGACCTTCATCATCCACTTGGACAACGGGCGCGGGTGAG 

a score=3588
s danRer3.chr12  13078060 77 +  37038836 TCAATTTTCAGTTTTGGTAAACATTCTCATGATGAACTTTCCATTCTGGTGCCTTTGAGTCAATGCTGCAGGTCAGT 
s mm7.chr5      137780134 77 + 153054177 TCATCCCACAGGTTTGGGAAATACTCACACGATGAGCTTTCCATTCTCGCTCCTCTTCATCAGTGCTGCAGGTACGT 

a score=9287
s danRer3.chr12  13082126 268 +  37038836 CAGAGTGAAGAAGTCCACTCATTTACGGCTTCAGCTTGTGGCTAAAGAAGAGTTTAAACTGAGCTCTCTGATGGAGGAAAGTCTCCAGACGGACACACTGTCACCCATCCTCATCAGGCCTCATCTTGAGGCTATGGACCGCCGGTTGCGTCTGGTGCTACAGGTATTGGCCGACTGCATTGAGAAGGAGGGCTACAGTAATGTAGTGGAGGACGACATGGGCACAGAGGGCATGGACACAGGCACAGTCCCGCAGAGGTAGTGGGCA 
s mm7.chr5      137781214 259 + 153054177 CAGGATCAGGAGGTCCACCTACCTGAGACTGCAGCTGCTGGCCAAAGAGGAACACAAACTGAGCCTGCTGATGGCCGAGTCCCTGCAGCATGACAAGGTGGCACCCGTGCTCTACCAGCTGCATCTGGAGGCCCTGGACCGGCGGTTGCGCATAGTGCTGCAGGCTGTGCGAGACTGTGTGGAGAAGGACGGGCTGAGCAGTGTGGTGGAGGACGACCTAGCCACTGAGCACAGAGCCTC---------CACGGAGAGGTAGTGACCA 

a score=4430
s danRer3.chr12  13096787 112 +  37038836 ATGATGTTTGACAGTTCGCAATATCCTTATAACTGTTTTAACTATGATGGAGAAGGATACCCGTCATGTGGCACTGATGAAGAAAAGAAAGTGTGTCGACCAGCTTACAGGT 
s mm7.chr5      137792186 112 + 153054177 ACGATGTTTGACAGCTCACAGTATCCCTATAACTGCTTCAATGACGACGCTGACGACTACCCTGCCGGCAGCTCCGACGAGGAAAAGCGGCTTACAAGGCCAGCGTACAGGT 

a score=9569
s danRer3.chr12  13098183 204 +  37038836 TGACGTCCTTTTTGTCTG-----TCTATT--AGCTACATTGCACTGATAGCGATGGCTATACAGCAGAGCCCAGAGAACAAAGTTACTCTATCGGGAATCTACGAGTTCATCATGAAGAGATTTCCTTATTACAGATCCAACCAGAGGGCTTGGCAAAACTCAATTCGCCATAACCTCTCTCTCAACAGCTGCTTCATAAAGGTATGATCC 
s mm7.chr5      137792920 211 + 153054177 TGCAGCCCCCTCTGTCTGGCCCCCCTGTTGCAGCTACATTGCTCTCATCGCCATGGCCATCCAACAGAGCCCCGCGGGCCGCGTAACCCTATCAGGCATCTACGACTTTATCATGCGCAAGTTCCCTTATTACCGCGCCAACCAGCGCGCCTGGCAGAACTCCATCCGCCACAACCTGTCGCTCAACAGCTGCTTCGTCAAGGTGAGCCCC 

a score=9080
s danRer3.chr12  13100324 426 +  37038836 GGGGTTTGTTGTAACCGGCTGCTCGTGATGTATTTTCCTCAGGTTCCGCGTACAGAAGGTAACGAGAAAGGAAAAGGTAATTACTGGACGTTTGCCACAGGCTGTGAGTCCATGCTGGACCTCTTTGAAAATGGCAACTTTCGTCGCCGCCGCCGCAGACGCAACTTAAAAATGGGCCTGAAGGAACCAACTGAAGCCTTTATATCCATGGACGC-----TCATCAGGCCGTCGCAGTGAGATCCTCAGATTCAGATTCTTTCATGAACACTAGTCACAGAGCGGCACAAAACAAACCTGAGACCGAGATTAAATTTAGCATTGACTACATTCTGTCCACACCGGACCCCCTGCCAGCGTTCAGA-------GCCCCTAACAGTG---CGATTCCCCA--TTTGGAGCCACAACATCTCAATCTACACTTCTGGACCATGTAA 
s mm7.chr5      137793315 414 + 153054177 GGAGTCTGGGGACACTCGCTGAGCCTCACAC---TCCCGTAGGTGCCACGGACCGAGGGCAACGACAAGGGCAAAGGCAACTACTGGACGTTCGCGGGCGGCTGCGAGTCCCTCCTGGACCTTTTCGAGAACGGCAACTTCCGTCGGCGACGCAGGAGACGCGGCCCCAA-----GCGCGAGGAGGCC--CCGGGTCCCCTCGAACCAACAGCGCGCGGGTCCCCGGGCCCCGACAGCG----CTCAAGCCCCAGAT-----------CACGAGGCCCAGGCCAGCCCTACGACACACAGAGAC----ATCAAATTCAGCATTGACTACATCCTATCTTCCCCGGACCCTTTCCCAACTCTCAGGTCATCCTGTCACTCGCAGGAAGCCAGGTACCCGGCTCTGGAACCCCAGCAGATGAGCTTTCAGTTTTGGGCTGCATGA 

a score=6923
s danRer3.chr12  13104627 344 +  37038836 CCTTCTAAGGTGTATCAATCATGGCTTGCTTTGTGCTCAGGAG----GGGACATTTTTCAATTT---AACCTTT-ATATTACGGAGTGACTGCATCAGAAAGGGTTTCAACACACTTAACATGAGTGGCATTTAATATAGCATTACACTTGCAAGGTTAGCCGGAGATGTGACCTTATTCAAATCCTGCTGCCACTACAACACCGATCCTGACGCAATTATAATTAAACGCCTTATGCCG-GCTTGCAAATCCTCTGATCGATCACTGATATTAAGGTAAATATTGCACTGCCCCCAGTGAACATCTAACTGTAAAACTGTTATGGATCAGCAGGTTTCTATTAACAGCGCCG 
s mm7.chr5      137795694 313 + 153054177 CTTTGTGGAGGCTATCAATCATG----------TTCTTAGAAGCAAAGGGACATTTC-CAGTTTGCCAACGTGTGATATCCCAGGATG------TCAGGAG--------------------TGAGTGGCATTTAATATCG-ATAACATAACAGGGGTGAGGGCTGGCCGTGACCT-ATTCAAATGTCGCTGCCACCACGCAGACTTGCTCAACGTGATTATAATTAAATACTTTATGCCGCTCTTGCAAATCCACAGATTGATCATCAATACGTACATTACCAGCGCATTACCCCGAGCAGATGTCT-GCCATGCGCGTGTCACGGATCAGTAGGTTTCCATTAACAAAGTTG 

a score=5254
s danRer3.chr12 13120648 159 +  37038836 ACAAGGCAAAGAGGGTGTCCTCGGATCTGCCTGTTTTTTTACTTGCATTGGCAGAGGAGCCGGCAGCAGCAGAAAGCTCATCGGTCGGGGGGGTCGGCAGCGTGGGCACCATCTCTGCTGCTTTGGCTCTCTCCTCTAGAAACTTGTCGAACTCTGAAA 
s mm7.chr11     60311652 153 + 122091587 ACAGGGCAAAGAGCGCATCGTCGGAGCGCTCTGGCTTCTTCCG------GGTTGAAGTGTTTGAGGCTGGTGCAGGGGCCTCTGTCGGGGGTGAGGGCAGGTCTGGAACTGTTTCTGCAGCTTTGGCTCTTTCTTCCAGGAACTTATCGAACTCTGCAA 

a score=2358
s danRer3.chr12 13126935 60 +  37038836 CATACCTTCACTTGTCACACCCTCCTCACCTTCATCTCCTTTCTG-GAGGAAAGCAGATAA 
s mm7.chr11     60312653 61 + 122091587 CCTACCTTCACTTGTGACACCCTCTTCTAGGTCGTCACCCTTCTGTGGATGGAGTAGAGAA 

a score=4409
s danRer3.chr12 13127463 284 +  37038836 AAAAGGAAATCTCACCACATCAGTACTGAGCCACTCCTCAATGTCATCCATGACAGAGGACTGGTCTAGAGCTGCCTATGGACCCAAACCATGGGCCGGAGCCAAGCAAATAAACCATAAAAATCCCAAGAATACATGACAAAACAAACAAATGACAAAAAAGGAAAAACAAAAAACAAGAAGACTTTAACA-TAAGTCTTAAATCAAAACAATATTTAGCAAACACACCCCCAAATGGACACATGAAAAAATAAACCAAACACATGCACAGCCTGTCTCTGCAG 
s mm7.chr11     60314440 243 + 122091587 AAAGTCAAGTCTCACCAGGTCTGTCCTGAGCCACACCTCAATGTCGTCCATGACAGAGGGCTGCGCAACGGGAATCTATGAAGGCAGA---------GGCGGCAAGCAGCGGGGTCAGGCAGCCCCCACACAGCCAGGCAAAAGAAGACA-------------GAACACCAGAACAAAGTAAATCGTCAAAAGTAACCCCCAAAACAAAA--------------------CCAAAATGTACACAGAACAAAACAACTACACAGCACGCACAGGCGGCACAGGCAG 

a score=4082
s danRer3.chr12 13131648 145 +  37038836 CATACCTTTTCCACT---CAGGAACGGTGCCAGTCCTAGTTTGGGCAAACATGTCAAAGTCATCTTGGGGTTGACAGGTGGCCAAAGAGCTCAAGGTGCCGCTCACACTGTCCGAACCAACGTCTGT---AAAAAATCAAAGAACAGCAAA 
s mm7.chr11     60324260 151 + 122091587 CATACGTTTTTCGCTGTTCAGCCAAGGAGTTTCCTCTGGTCTGGGCAAACATGTCAAAACCATCTTGTGGCTTGCACTGCTGAAGTGAACTGAGGGTGCCACTGACACTCTCTGTCCCCAAGTCTGTGACAGCAAAACAAGAACCAGACAA 

a score=4232
s danRer3.chr12 13131859 184 +  37038836 GTTAAGACATTTACCCAAACCAGCCAATCTAGACGAGAGTGTGACTGGAGAGGCGGAGCGAACTGGAGCCACAGATGGAGGCAGACTGGATGGAGGAGTTGCACTGATTCTGGGACTGACCACCGCTGGTGATCCTGGTCCCAGGTCAATCAGGTTGTCTTCTGTAGCCTCATTCAAAACCTGT 
s mm7.chr11     60326605 142 + 122091587 GTTAGGACACTTACCCAAGCCTGCGAGTTGGGAGGAGAGAGAAGATGGGGGTGCTGTGC------------------------------------------TCCCCACCATGGGGCTAACCACAGCGGGGGAGCCGGGGCCCAGGTCTATTAAGTTGTCTTCAGTAACTTCGCTTAGTACCTGT 

a score=2883
s danRer3.chr12 13135176 82 +  37038836 ACCCACCCCATTGTTTACGCCTTGGGCAGTTCGGCCGGAACGGAACCTCTCATATCTAAAAACAGAAAAGCGAGCAATCAGA 
s mm7.chr11     60327187 79 + 122091587 ACTTACTCCATTGCTGGCATTCTGAACGGATCGGCCGGACCTGTACCTCTCGAACCT---AATGGGAAAGAGAGCAGACATA 

a score=9711
s danRer3.chr12 13136498 466 +  37038836 TCAAAAAGAAAAGATAAAGCCATTGTGCTCAATCACACCTCTCATATCGCAGGAAGATGTTGTTGAGGTCATCGTTGACATGCAGGAGCTCCTCTGTGACTTCCTCATTGGAAACGCGTGAGATGAGCTCAACTATCCTCTGCTGCATAGCTCTGCACGTCCTGTTCAGCTCCT------------------------------------------------------------TTCAACAAAACAGGCAAAATGT-----AGAACACAAATAGTTAACATACTCCCTC------------------------------TAGTGGCCTTCTGCAGCTCTTTC----AAGATACTACCAATGTTATATGTATATTGGTATACTACCAatacacatatacatatacacatatacatacatac--------atacatacatacatacatacatacatacatacatagacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata------tTTAAAAAAAGAAATCTGATT--GAGAA 
s mm7.chr11     60330454 576 + 122091587 TCTCAAGGAGAAGAC----CCCGAGGACTTTGCCCCACCTCTCATAGCGGAGGAAGACATTGTTGAGGTCATCGTTGACGTGCAGCAGCTCCTCGGTGACCTCCTCATTGGACACTCGGGAGATGAGCTCCACTATGCGGTGCTGCATGGCTCGGCAGGTCCTGTTCAATTCCTAGGGAACATATGCACTTCTGGCAGGGCCTGCTGGGAATGCTTTTCTCACATTCCACTGCCTTTGAAAGGATTTGCACTGTTTCTTGAAAGTCACAGAAGGAGTACATGCTTGTTCATAAAATCAGGCGTGTGCAGAATGTGAAGTTAACAGCTTCCTCCTCTCCTGCCTCAGAGGAAGCAAGTAGTTCTGTAGGCTTGCGAGCATG-TGCAACcacacacacacacacacacacacacacacacacaatgacggacacacacatgcacgcattcacacagatacccagacacacacacagagatgcacactcacacgtgcacacacacacatacacacacacacCTCTGAGCATACACAAGTATGTTAGTACAAGTCATTTTTAAAAAGAATATTTAATGCAAATAA 

a score=7544
s danRer3.chr12 13136964 121 +  37038836 ACCTGCAAAAGCTCATGATCGGAAGGATCCTCTTGACCAGGAACCATCTCTGTCAACATCTCTGACATCACCTTAGTGTTCCCACGTACGATGTCCAGCTCACTGCGCAGCTTGCAAATCT 
s mm7.chr11     60340411 121 + 122091587 ACCTGTAGTAGTTCCAGATCAGAAGAATCCTCCTGCCCAGGGACCATTTCTGTTAACATCTCAGACATGACTTTTGTGTTTCCCCGAACAATGTCCAGCTCACTGCGCAGCCTGGCAATCT 

a score=2257
s danRer3.chr12 13141456 170 +  37038836 AATACCTGTTCAGGAGAAGGATTGATGGGCCCTGCGATGTGCAAATTGGGCATCTGTGGGGAAGTGTGGGCCACAGGAGCAGTGAAGGGTGGAGCGGAAGCAGGGTGAGGCTGTGGCTTGGGCTG-GACTGGGGCGCTGTA----TTTCTGCTGG-TCCATCTCTGGAGCTGTTTG 
s mm7.chr11     60342607 167 + 122091587 AATACCTGTTCTGAATTGGCTGTGATGGGGCCCGTCACACTCAGAGCCGGGGCCTGCAGAGTAGAGTAGGAAGCTGGAGGAGGTGAGGAATAGGTGCCAGCGG---------TTGTCCTGGGCTGTGTCTGGGACCTGGGAATGGTGGCAGCTGGATCCATTTCTGGGACACTCTG 

a score=8510
s danRer3.chr12 13141780 149 +  37038836 AAACTTACACGCTGTGGTGTGTGAATGGGTGACAGGGTCTCCAATTCAGACCGAGGAAACTCTATACCCTTCCTTTTCATTTCTTCATAGACGTGGACTACTCCTGTCAAATCTGGACTACTCCTGAAGGCATCTGCCCATGCCTGAAA 
s mm7.chr11     60344198 149 + 122091587 AAGCTTACCCGCTGGGGTGTGTGGATAGGAGACAGGGCGTCCAAGTCCGCCATGGGGAACTCAATCCCCCTCCTCTTCAGTTCTTCATATATGTGCACAACACCTGTGAGGTCAGGACTGCTCCTAAAGGCATCTGCCCATGCCTGGGA 

a score=9345
s danRer3.chr12 13145341 170 +  37038836 AATCCAGATCTTTACCTGTATCAAAGCAAGTACTTTGTCCTGAACAATCGCGGGTGGGTTATTTTTGGGAGATATGATTTTCACCAACACGCCATCAATAAAGTCTCGGGTGGTGACAAGCATGTGGAAACGATAGCCACAGTTCTTTACACATGTCTCAAGAACCTGAA 
s mm7.chr11     60351863 167 + 122091587 AAGCCAGCTC---ACCTGAATTAGAGCCAGCACTTTGTCCTGGACGATAGTGGGAGGGTTATTCTTGGGAGAGATAATTTTGACCAGAACGCTGTCGATGAAGTCTCGGTTGGCCACGAGGAGATGAAAGCGGTGGCCACAGTTCTTCACACAAGTCTCCAGCACCTGAA 

a score=5231
s danRer3.chr12 13145577 112 +  37038836 TCCTCACCGTCAATGTAAGCATCACCTCCCTGTAGTTTTTATTCCCATTAAGCCTCTTCTTCACAGCTCTCATTGCATCCTTAGGCCTATTAATCAGATGAACAAGTTACAA 
s mm7.chr11     60356474 112 + 122091587 TACTCACCGTCAGGGCCAACATCACTTCTCTGTAGTTTCGGTTCCCACTAAGCCGCTTCTTTAGAGCCCGGATGGCATCCTTTGGCCTGGCAAAAGGACAGATAAACTATGA 

a score=6257
s danRer3.chr12 13146242 115 +  37038836 TACCCATCTTCTGTTTCATTGATTATGTCACATATTTCCATATTCAAAGTCCAGTCTTCACTTTGCAGGGAGCCATCTGTGGCCCTTTCTAGGGAAGAGCAAAAGGTAAACTGAT 
s mm7.chr11     60361753 112 + 122091587 TACCCTTCCTCTGTCTCGTTGATGATGTCACAGATCTCCATATTCAGTGTCCAGTCCTCGCTCTGCAGGGAGCCATCTGTTGCCTTCTCTGTGAAATCAGAAAG---AAACTGCT 

a score=1598
s danRer3.chr12 13146481 74 +  37038836 GACTGGCCATTTATAACAACAGTATGAATCATTTACACAGATTACTTCAGGCTTTAGCTATGAAACTGGGTGTG 
s mm7.chr11     60368745 74 + 122091587 GGTTGGTTCCTTATAATCAAAGTGAGTATCATTTAGCTGGAAAACTCAAAACCCTAGAAATTGAAATAAACGTG 

a score=2070
s danRer3.chr12 13146876 130 +  37038836 AATGCAGTGTCCCACCGGAGTACTATATGGGTTTCCCAGCAAGAACTCCATCTTGTCAACATACCCATCGACTAACACTCA-----ATGAGACGGTAAACACAAAAGTC-CCGCCCCCGGACG---------ATCCTCATTGGTC 
s mm7.chr6      20978632 145 - 149646834 GATCCGTTGTCCCACCGGAGAGCTGAACGGATTTCCCAGGAGAAAGTCCATTGCCGCGGCTACCGCTGCCACCAGCTCCCAGAATCAGGTGACAGCAACCGCCGGCGCCGCCGACCCGCCACGtcaggtggagtccttgttgatc 

a score=5070
s danRer3.chr12 13149250 143 +  37038836 TCAGTCTTGTAAGATTTTTTTCTTCACAGATGTTTTTTCAGATGACAGATGCACAAACAATGCACCAGCCGCCGTTCGCGCTCTCAGCTCATACATGTCATAATCATGGACCCACTCCACATTTCCCCAGCTCCGAATCTAAG 
s mm7.chr11     60482958 143 + 122091587 TCACTCTTGAAGGAGCTTGTGCTTGACTGTAGAGCTTTCTGAGCAGAGGTGGACAAAAAGGGTGCCAGCAGCAGTGCGAGCCCGCAGCTCCTGGAGCTCATAGTCGTGGGCCCACTCAATGTTGCCCCACTTCTGGATCTAAG 

a score=5244
s danRer3.chr12 13149459 215 +  37038836 ATCAAAA--TACCTGGTATTCTTCCTCAAGTCTGGACAACAGAACCGCTTCTTCCACATTTAGGTGTCTGTCAATCAGCGCAAAGGACAAAACCAGCGACTTCAGCTGATTGATCACAAACTCAAGCCCTGAGGAAA----AATCAAGCACATTCACATAAGATTTACACAAAGTCTATTGTAAACAAG----------CTCATTTACATGAGATACAAAGAACCAACGTA 
s mm7.chr11     60485382 223 + 122091587 ATCAGAACTTACCTGGTACTCTTCCTCCAGGCGTGACAGAAGCACAGCTTGTTCCACAGTCAGGCGCAAGTCAATCAGGCCCAAAGTCAGCAACATGGATTTGAGCTGGGCCACTACAAACTCAATCCCTAGGGGTAGGGGACACAAGCCCAGTCAGAACTGAT--------AGCCTACTGCCTGTCAGTTTCTATTCCCTCATGGACAGGGGGTAGGAGGCACCATCCTA 

a score=2855
s danRer3.chr12 13149675 182 +  37038836 CTGTCAGAGACCAGAAGTTGAAGGAATTAAGGTGCTGATGAAATGTCTCTTTAGTCTCTTCTGGGATTTGAGGGCCCATTATATTGGAGGACGAGCCAATGACTACATTGTACCTA-------AAAACAACAGTACGT-TCTTATATACCAGT--------AAATTGTAACTTTTTGTAATTAGTACACAATCAAAAC 
s mm7.chr11     60485937 198 + 122091587 CTTGCAGAGCCCACATGTTGTAAGAGGACAAGTGGCTGGTAAGCACCTCTCGGGTCTGGGTAGGGATGCTGGGTCCCATTATGCTGGTGGAGGAGCCGATCTCCATACCGTACCTATAAGGGGAAGGCATGAGCATGTCTCTGGCACACTGTTCCCCAAAAGCAGTCTAACTTTTAACCAGAAGCAAAAAACCAAACC 

a score=4148
s danRer3.chr12 13149870 96 +  37038836 CTGTCAATTTTACCTTTGTTCAATCCAGTTCATCACAGGGTCCCATTCATTTGTCTGAAGTTCCACAAGGCCTGGAGGTTCTTCTACTCTGTAACT 
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a score=4731
s danRer3.chr12 13150050 134 +  37038836 TACCAGATAGTGTCTGTTTCCAAAAACTTCAGAGCGGCAGAGATCATCTGTTCTTTTGTCCTTTGTGTTGGATTATCAAGAGCAGTGTTACAAAGGGTGGTC----TGTAGGGACAGAAATCAGTCTATTAGATTCTG 
s mm7.chr11     60488848 138 + 122091587 TACCAGATGGTGTCAGTGTCTAGAAACTTCACAGCTGCCCGGATCAGCTGGTCTTTACTTCGCTGGGTTGGGTTGTCCAAGGATGTGTTGCACAATGTGGTCTTAATGAAAAGGTAGAAGATGCTCTGTCACCCTCTG 

a score=7639
s danRer3.chr12 13152019 389 +  37038836 TACTAGTAGTACTTGGGAAAC-------CAAaatatagtataataataataatataatataaattaataataatatCCTACCAAGTGCATAGTGTAAAACTTCAATGTGTCCTTTTGAACGTCCCACTCATTTGCAACAGCAATGGCAAGAGCTTCATTGGGAACTGTGAATAGTTTTCCACTTGGGGTCTTCAGCTTTCTCTTATCAAGGTTTATTTCAAACAAGCCACCTATAAACAAGAAAATCTGTGTTTTC-----------ATATGAGCAAACCCTCGATCTTCTTCATTGAAAACATGTTTCTTTTA--------------------AGGTGCTGCTAT-------------------------------------------GGCCATCAGTACTGAATGATGCTCACCTTCACCTTGAGTTATAGATACAGTCTCGTAGAACTTTTTCCTCTCTGCAAAACA 
s mm7.chr11     60490746 452 + 122091587 TGCCAGGAAGGCTTGGGGAGCATCAGGTCAAAGTCT-GTATGATAAAAGT---------CTGCTTGCTACAAGTTTGTTACCAGGTGCATGGTGTAGAACTTGATGGTATCCTGCTGAGAGTCCCATTCAGTGGCCACTGCGATGGCCAGGGCTTCGCTGGGGACAGTAAAAAGCTTGGCTTGGGGAGTTTTCAGCTTTCTGTGGTCCAGGTTTATCTCA---AAGCCACCT-TAAAAGATCAAATGAAAGTTCTCAGGGAATGTGGATTTGAGTGA----CCATTCCTGTCCTTTAGCAACAAACTTGGTGCACACAAAGACAACACTGACATAAGTGCTACCGTCATCTGGCTGGAGACAAAAGTTTGCCCCAACAATTCACAAAAAGGCCATCAGATTTCTCAGACACTTACCTTCACCCTGTGAGATGCTGACATTCTGATAAAACCTCTTCCTTTCTGTAAGACA 

a score=3488
s danRer3.chr12  13207044 243 +  37038836 TAATTCTGCAGAATGTTCCA--------GATCACTCCTG-TCGGTTGAGGCCATTGAGGAATTCTGAGAGAGCTTTGCAGGGTGTTGAGCAAGTGGTGGGTTGTCCATTCCAGAGTGCATTAGTGGCAGATAAATATCATCCATGTTGGGCAACACAAAAACATTCTATAAAAAAAGCAGGATATTTGAGAAGATTTGTTATGGGGCTAATTCCAGCAATTTTCATTTAAATCAATTGAAGTATATATTTCA 
s mm7.chr11     106612607 232 + 122091587 TAATACTG-GGAATGTCCCATCTTCACCAATCACAGCTGATCAGAGGTCTCCACAGGTGGCTCTTTCAAGAG----GCAGGAAGTGGAGCGAGGG--------TCCATGGCCGAGTGCATTATAGGAATATAAACGTCATCCATGTTTGGCATGACAAACACTTTCTGTAGGGAGAG------ATTAGAGGAGAGCATGCATCAGGCAAGCGTCCTCCTTTCATACATGAA-CGATTTTCCTATACATTCCA 

a score=5472
s danRer3.chr12  13209490 131 +  37038836 ACCTGAAACTCATCCTGTAGCTTCTTTTCGATCCATTCAGTCACATGACAGAAAGTCACCTCTCGCTCTCCCAGTTTGGGTCTAACTCTCAAATCGAGCTTTGGGGGTCCGCAGAAGCTGTACCTGAGAGA 
s mm7.chr11     106615905 131 + 122091587 ACCTGAAGCTCCTGCTCCAGTTTCTTCTCAATCCACTCTGTCACGTGAACTAAAGTCACTTCTCTCTCTCCAAGTTTTGGCCGAGCTTTCAGCTCCACATACGGTGGCTTCCGGAAACCATACCTTTGTGA 

a score=10273
s danRer3.chr12  13213428 221 +  37038836 GGATCTTTGTGAGAACAGCTCGTACCATATTCTGTCAGTAGGGGGAGGAGGAATGTTGACGACGAGGGTTCCTGAGAGCTCCTGCACTTCCACCGCAAGCAGCAGAGGAGTGTTGGACATTTCTTCGATCTTCTTTTTTATGTACTCGTTTTCTGTGGCCTTCTGGAAATACTTCGACTTGGCAATCTTGTCGACGAATTTCAAAATCCGCCTGCTTGTGC 
s mm7.chr11     106620918 217 + 122091587 GGATCACTTAGGGAATA-TACGCACCATATCCGGTCAGTCGGTGGTGGGGGGATGTTGACCGCCAAGGTCCCTCGACACTCTTGCACTTCCACAGTTAGCAGCAGTGGTGTATTAGAGACTTCTTCGATCTTCTTTTTAATGAATTCTGTCTCTGTTGCTTTTTGGAAATATTTTGATTTGGTGATCTTATCAACAAACCTCATAAT---CTTGCTTGTTC 

a score=4548
s danRer3.chr12  13220895 148 +  37038836 AATTACCCATCAACACCAGTTAGAGTCTTATCAGTTAGAGCTCCTTGAGTGTCTGCAGATGAAACGTCCTCTTCATCTGAGGATCCTGCACTGGAGGACTCCTCATCACTGTCAGCCAGAACTGAGAGCCTGGACCTGCTGCTGCACA 
s mm7.chr11     106622621 139 + 122091587 ACTCACCCTTCAGCCCCGGGGAGCGGCTGTTTGTCTCCAGC------AGTGGGTTCTGGTGG---GTCATCTTCCTCAGAGGAGCCAGCACTGGAGGATTCTTCATCACTGTCAGCCAGACAGTATGCCCTGGGCCTGCAACTGCATA 

a score=3759
s danRer3.chr12  13221607 104 +  37038836 CCTCAAGGATTCCA--------TCTTTCCCAAGTTTAGAAAGGTTGATTTTGGTCTCTAAAGTCATCTGAAGCGCTCCTGTGTACTCCATCTCCAAATGCAACCAAAGACCT 
s mm7.chr11     106628945 112 + 122091587 CTTCAGGGCTTCAACAAGAGGCTCTTTACCTAGTTTGGTCAAGTTCATTTTGGTTTCCAGAGTCATCAGAAAGGACCCATTGTAAGACATTTCCAAATCGATCCAGAGTCCT 

a score=7921
s danRer3.chr12  13252207 487 +  37038836 GCTTGGGGCTT----CCAACACTGTCCTCACGCATAATCTTACTGAACATGCTCAGAGGCTCCTGCATGGCCTCCGAGAGCTTGCGTCGGGTGTC------------CTCCAACTC---CATTTTAAAGAAGCTGGCTTTGGTTTCGGTCGGGGATAGGTTGACTGGAGTTGGAGGTGCAGTACGTGAGTCTCCATTGCGGCTTTTGGGCTGTGTGAACTGCGCCCATAAATGCAGATTGAGCTTGGAATCAGATCTGGATTGAGACACT---TCCGGCTCGCTGCGAGAAAGCTCAGTGGAAATGGACTTTACGAGA---CTGATGAGTGGCTTGGGCTTCAGAGAA------GACTCTTTCAGCTCTATCTCTGTAGACAGTGACTTCACCAAGCTGCTCAAGGGC-CGATGAGTGGGAGAGAGGAAGGCAGATCCTTTGGGGAAAGAGTTTCCCAAGGAGCCTGGTGAAGATGGAGAAAGTGGAACGTTAAATGCTGATGAGCTGGTACCCCATTC 
s mm7.chr11     106676687 497 + 122091587 GCTTTGGGCCTATGGCTGCCGCTCTCCTCCCCGATGATCTTGCTGAGGAGCTGGAAGGGCTCATAGATAACTTCAGAAAGGCGTCGCTTAGTGTCTTCGATTTTTGCCTCCATTTCGGGCACTTTAAAAAAGGAACGAGTGTCAGAGGGCGAAGTCAGG------GGGGAAGAAGGCGCAGTCTTGGAGTCTCCACCCGTGTTCCGTGGCTGTGTGAACTGTTTGAAGAGGTGCAGGTTGAGTTTGGAGTCGGGGGGCTTGTAGGACACGGTGTCCGACTCCTGCCGGGAAGTGTCTGTGGACAGAGACTTGACCAGAGTCTTCATCAAGTGTCTGTGCCTCGGGGGGTGGGGGGACTCTTTTGGCTCCACCTCAGTTGACAGGGACTTCACCAGGCTCATGAAGGGCTTTGCGCTTGAGAGGGCCGAGGACGAGGCACTGGAGGACAGGA-----CAGGGGACTTG--GAAGGAGAAGACAGTGGA---------GACGAAGAACTGGTTTTCTGCTC 

a score=19589
s danRer3.chr12 13263532 727 +  37038836 TTTCACTCAGTTCATGGGACCAACGTTCAACTGGATCCTTCGAGGACTCGGGCCACCAGAGTAGAAAGTTTTGCAAATGGCGTCTGCTTCAGTAAAGACCCTTTAAGCCCAGGGGAGATTTTCCTAGTGGAGATTGAAGAGAAAGAACTAGGCTGGTGTGGTCATTTGAGGATCGGACTGACTGCCCATGACCCTCGAACGCTGGACACTGTGCCAGAATACTCTCTGCCTGATCTGGTAGAAAAGGGAGACAGCTGGGTGTTCGCAATCACAAGAAATCACAATAAAGTCAATGAGGATGAAGGAGCAGAAGTAGAACAGCCAAATGAGGGTAATGACACCAGCAACAAACCTAAAACCTTTTTCACAGACACTCATTTGTATATTGAAAACATGGGAATACCTAGAGATAAACTAGTGGGACGCAGTCGTCCGGGGAGGTTCAGTCACATTCTGGATGATCTGTACAAAACCAACGCTCTACCACCAACTGCCCGCCGTAGTCGGATAGGGGTTGTCTATGTACCAAAGGGAGAAGGTTGTGCCAACATGCACATTGTCATCAACGGTGAAGACATGGGAGCCTCTGCTAAAAGGATTCCCACTAATAAACCATTATATGCAGTTGTGGATGTATTTGCAGCTACCAAATGTGTTCGAATTGTTCAGGTGGAATATGGCTGTAAGTTTGATTTTGCTCGTATGATCATATGGCTCA-TGTTGTGAC 
s mm7.chr2      17974248 713 - 182548267 TTCCACCAAGTGCATGGAGCCAACATCCGCATGGACCCCTCAGGAACGCGAGCCACACGCGTGGAGAGTTTCGCCCACGGTGTGTGCTTCAGTCGTGAGCCCCTGGCCCCCGGCCAGGTATTTCTAGTGGAAATTGAGGAAAAAGAGCTGGGCTGGTGCGGGCACTTACGTCTTGGCCTGACCGCTCTGGATCCCGCCAGTCTGGCCGCTGTACCCGAGTTTTCACTGCCTGACTTGGTCAGCCTTGGCCACAGTTGGGTCTTCGCTATCACACGCCACCACAACCGTGTGCCCCGGGAAGGTCAACCAGAAGCGGA-------------GGCAGCGGTCCC--CAGTGGTCCCCAAGCCCTACTGGTTGAACCCTATCTGCGCATCGAGCAGTTCCGAATTCCCCGGGACCGTCTGGTGGGCCGCAGCCGGCCAGGGCTTTATAGCCACCTCTTAGATCAGCTCTATGAACAAAACGTGCTGCCTCCTACAGCGCGCCGAAGCCGCTTGGGTGTTCTCTTCTGCCCCCGTGAGGATGGGACCGCCGACATGCACATCATCATCAACGGGGAGGACATGGGCCCTAGCGCCCGGGGGCTGCCAGCTGCTCAGCCCCTCTACGCTGTGGTAGATGTGTTTGCTTCCACCAAGAGCGTGCGTCTGGTCCAGCTGGAGTATGGCTGTAGGTATCCCACCCCTGGAGTGACCTTCTGGTTCAGTGTAGGGAC 

a score=3482
s danRer3.chr12 13264295 124 +  37038836 CAGTTGCCTCATTGCAGACACTCTGCCGAAAGACTATCCAGAAACACATCGTTCACAGGATGGCTTTGGATTGGTTGGAACTTCCGGAGTTACTAAAACATTATTGCAAATATGAGTGAGCAAA 
s mm7.chr2      17976623 124 - 182548267 CAGTGCCATCTCTGCAGACTCTGTGCCGACTAGTGATCCAGAAGAGGGTGGTACACAGGCTGGCCATTGATGTGCTCCACCTGCCCAAAGGACTGAAGGACTTCTGCAAGTACGAATGAACGAA 

a score=2431
s danRer3.chr12 13267787 61 + 37038836 ACTATGTCTTTTTGTTCTTTTTTCGGGAAAGAGTTTTATAAAGATCACTTCAAACCTGGTA 
s mm7.chr17     22919035 61 + 93276925 ACCATGTCGTTCTGCAGCTTCTTCGGAGGCGAGGTTTTCCAGAATCACTTCGAGCCAGGTA 

a score=4522
s danRer3.chr12 13268047 162 + 37038836 ATGTTCCTCTGCAGGTATATATGCTTGTTCCCAATGTGGACATCCGCTGTTTTCAAGTAGATCCAAGTATGAGCATTCCTCCCCCTGGCCTGCCTTCACAGAGACTATTCGAGAGGACAGTGTAACAAAA----ATGATGGAGACC--TTAACAGCCTACAAGGTCAG 
s mm7.chr17     22921814 168 + 93276925 ATCCTCGGCTACAGGTGTCTACGTGTGTGCCAAGTGCAGCTATGAGCTGTTCTCCAGTCACTCGAAGTACGCACACTCATCCCCGTGGCCAGCGTTCACTGAAACCATCCACCCAGACAGTGTGACCAAGTGCCCTGAGAAAAACCGACCAGAAGCTTTAAAGGTGAG 

a score=6624
s danRer3.chr12 13269561 124 + 37038836 CAGGTTCTGTGTGGGAAGTGTGGTAATGGCCTTGGCCACGAGTTCCTGAATGATGGGCCGGAGGAGGGCTTATCACGCTTTTGAATATTCAGTCACTCGCTCAAGTTTGTCCCGAAAGGTACGT 
s mm7.chr17     22922406 124 + 93276925 CAGGTGTCCTGTGGCAAGTGTGGCAATGGGTTGGGCCACGAGTTCCTGAATGATGGCCCCAAGCGGGGACAATCAAGATTCTGAATATTTAGCAGCTCACTGAAGTTCGTCCCTAAAGGTGAGT 

a score=2892
s danRer3.chr12 13271884 335 + 37038836 ACACGTTTACAAAATATACATATACGGACTTGTTGGAATAAGTAAAACATTCTTAAGTGTTATT--TTAGTGCACA-------TATTAGTATAATGTACTGTT--------ATAAATTCACATTTGatttaatattgattaat-attaattttttttaa--ttattGTAAGTCAATAAGTCAACCTCATAATGAAAGGTTACATGTAATAAATATATATATATAGATTCAATTGGTAAAAAAGGCTTTTTTTATTTTCTAGAAGGTGGTGGGGGTGATAATTGGAAAAACTGATTCAAGAGGATTTCCTGACCGGAAAAGTTTGTTACCATAACATTATTCATTTTTTTTCTATT 
s mm7.chr17     22998718 335 + 93276925 ACATGTTAAGTAAATGATTATATTTGTAATAGTAGT--TAACTGTCTCATTACTTTGTATTATTCCTTGGAGAACTAAATATTTATGAAGATTGTTAGCTGTTTGTCTGGAATAAATGCAT------TTAAATATTTCCTAGTCAAAAATGTTTGTTAAAGCTAGTAAAACACAACAAGTCCA--------TGAAA--TTAAATTTGCCATCTACATCTGTGTTTAAT--ATTGGTCTTCTATTATTCTTTTGTTTTTCAGAAAATAATCGGAATAGTTATTGGGAAAACAGATGTCAAAGGCTTTCCAGACAGAAAAAGTTGAGTTCTATTTAACTCTTTCTTAATTTTTCATT 

a score=5733
s danRer3.chr12 13272301 188 + 37038836 TTAGATGTTGGGTCTGAAAGATTCACTTTCAGCTTCACCATCAAAGATTCACCAGAACATTTTATCAATGTGTCTGCATGGGGAAATGAGGAATACATTCAAGCACTGAGCTGTCGCTTTCAGATCGGGGATTGTGGTGAGATTGTAAAACAGCTGTTTTAGTTGTCAATTCCAAAAAAAAAACACTT 
s mm7.chr17     23000925 187 + 93276925 TCAGATATTGGATCAGAAAGATACACTTTCAGTTTCACCATTCGTGACTCACCATGTCACTTTGTGAATGTATCCTCCTGGGGCAGTGAGGACTACATCCGCTCGCTGTCCGAGAGCTTCAGGGTTGCTGAGTGTGGTAAGTAGGCAGGATTCTTTTGTTTGTT-TGATTTcttaaatcccagcactt 

a score=4389
s danRer3.chr12 13272539 89 + 37038836 CTTGTGTTTTAGTTGTAATTGAAAATCCCCTCGTTGTGACCAAGGACTATGAGAAAGAAGAACGGTTTTGCCCTTCAACACCTAGGTAA 
s mm7.chr17     23002512 89 + 93276925 CCTCTGTTTTAGTGATAATTGAAAATCCCCTGATCCAAAGAAAGGACACAGAAAGAGAAGAAAAGTTTAGCCCTGCAACTCCTAGGTAA 

a score=5474
s danRer3.chr12 13272628 280 + 37038836 AAAAATAAAAATGAAA-ATAGCATCAGATTTAGATACATCATACTCTGTATTTGTGACACATATACCTATTTTATCTCAGTTCCTACAGGTTGTTGCTTACAGAGACTCACTCGAGCATTAGGATATGCTCAGACATAGACACTGAGGCCAGGATTCTGCCGCTATTTCACATACCAATCAAAGACCCAAGAGATTTCTATTCGTTGGGAGACATTACTGCAAATGGACAAAGTCTGGATGGACACGTTATTAACATCCTAGCAGCTGTACAATCGGTTAG 
s mm7.chr17     23006113 272 + 93276925 ATAATTGAATGTGAACCAAAGtat----tttttattaataataatatGCTGACTTGTTGTGTTTTCCTCATTTA-----GCAACTATAAACTATTGCTCAGTGAGAATCACTCAATGGTAAAAGTTTGCTCCCCTTATGAAGTGGATACCAAGTTACTTTCTTTGATACACTTGCCTGTTAAAGAATCTCGAGATTATTATTCATTGGCTGACATTGTTGCAAATGGACACAGTCTTGATGGGAGGATTATTAATGTGCTTGCAGCTGTGAGATCGGTAAG 

a score=3358
s danRer3.chr12 13273043 109 + 37038836 TCATAGGTTGGAGAGGAGAAATTCTTTACAAAATCTGGTGGCTGCAAAGGACAGAGAATTGAAATAAAACTCTTCGATGACACTGGGAGATCATTTCCTTTTGTTTGGT 
s mm7.chr17     23010578 109 + 93276925 TCTTAGGTTGGAGAACCAAAATACTTTACAACTTCAGACCGAAGAAAAGGCCAGAGATGTGAGGTTAAACTCTTTGATGAAACAGAGCCTTCTTTCACAATGACATGGT 

a score=2165
s danRer3.chr12 13273217 104 + 37038836 TTTTTTTATTGCTTTTT---TTCATATAGTTGGGATAAAGAGAATATTCGTCTGGTGCAAACGCTGACACAAAGAGAAACAGGTGTGATAAAATTTATTTGTCTGTT 
s mm7.chr17     23011575 105 + 93276925 TTGTTTCACTTCTTTTTAAACCAATACAGTTGGGATAATGAATCCATTCTACTTGCACAGAGCTGGATGGCGCGAGAAACAGGTCT--TACCATTTATGACTGTGTT 

a score=3253
s danRer3.chr12  13317033 231 +  37038836 AATGTTCCA--------GATCACTCCTG-TCGGTTGAGGCCATTGAGGAATTCTGAGAGAGCTTTGCAGGGTGTTGAGCAAGTGGTGGGTTGTCCATCCCAGAGTGCATTAGTGGCAGATAAATATCATCCATGTTGGGCAACACAAAAACATTCTATAAAAAAGCAGGATATTTGAGAAGATTTGTTATGGGGCTAATTCCAGCAATTTTCATTTAAATCAATTGAAGTATATATTTCA 
s mm7.chr11     106612617 222 + 122091587 AATGTCCCATCTTCACCAATCACAGCTGATCAGAGGTCTCCACAGGTGGCTCTTTCAAGAG----GCAGGAAGTGGAGCGAGGG--------TCCATGGCCGAGTGCATTATAGGAATATAAACGTCATCCATGTTTGGCATGACAAACACTTTCTGTAGGGA-----GAGATTAGAGGAGAGCATGCATCAGGCAAGCGTCCTCCTTTCATACATGAA-CGATTTTCCTATACATTCCA 

a score=5341
s danRer3.chr12  13319649 131 +  37038836 ACCTGAAACTCATCCTGTAGCTTCTTTTCGATCCATTCAGTCACATGACAGAAAGTCACCTCTCGCTCTCCCAGTTTGGGTCTAACTCTTAAATCGAGCTTTGGGGGTCCGCAGAAGCTGTACCTGAGAGA 
s mm7.chr11     106615905 131 + 122091587 ACCTGAAGCTCCTGCTCCAGTTTCTTCTCAATCCACTCTGTCACGTGAACTAAAGTCACTTCTCTCTCTCCAAGTTTTGGCCGAGCTTTCAGCTCCACATACGGTGGCTTCCGGAAACCATACCTTTGTGA 

a score=10042
s danRer3.chr12  13323660 220 +  37038836 GATCTTTGTGAGAACAGCTCGTACCATATTCTGTCAGTAGGGGGAGGAGGAATGTTGACGACGAGGGTTCCTGAGAGCTCCTGCACTTCCACCGCAAGCAGCAGAGGAGTGTTGGACATTTCTTCGATCTTCTTTTTTATGTACTCGTTTTCTGTGGCCTTCTGGAAATACTTCGACTTGGCAATCTTGTCGACGAATTTTAAAATCCGCCTGCTTGTGC 
s mm7.chr11     106620919 216 + 122091587 GATCACTTAGGGAATA-TACGCACCATATCCGGTCAGTCGGTGGTGGGGGGATGTTGACCGCCAAGGTCCCTCGACACTCTTGCACTTCCACAGTTAGCAGCAGTGGTGTATTAGAGACTTCTTCGATCTTCTTTTTAATGAATTCTGTCTCTGTTGCTTTTTGGAAATATTTTGATTTGGTGATCTTATCAACAAACCTCATAAT---CTTGCTTGTTC 

a score=4548
s danRer3.chr12  13332859 148 +  37038836 AATTACCCATCAACACCAGTTAGAGTCTTATCAGTTAGAGCTCCTTGAGTGTCTGCAGATGAAACGTCCTCTTCATCTGAGGATCCTGCACTGGAGGACTCCTCATCACTGTCAGCCAGAACTGAGAGCCTGGACCTGCTGCTGCACA 
s mm7.chr11     106622621 139 + 122091587 ACTCACCCTTCAGCCCCGGGGAGCGGCTGTTTGTCTCCAGC------AGTGGGTTCTGGTGG---GTCATCTTCCTCAGAGGAGCCAGCACTGGAGGATTCTTCATCACTGTCAGCCAGACAGTATGCCCTGGGCCTGCAACTGCATA 

a score=3759
s danRer3.chr12  13333578 104 +  37038836 CCTCAAGGATTCCA--------TCTTTCCCAAGTTTAGAAAGGTTGATTTTGGTCTCTAAAGTCATCTGAAGCGCTCCTGTGTACTCCATCTCCAAATGCAACCAAAGACCT 
s mm7.chr11     106628945 112 + 122091587 CTTCAGGGCTTCAACAAGAGGCTCTTTACCTAGTTTGGTCAAGTTCATTTTGGTTTCCAGAGTCATCAGAAAGGACCCATTGTAAGACATTTCCAAATCGATCCAGAGTCCT 

a score=7707
s danRer3.chr12  13359759 487 +  37038836 GCTTGGGGCTT----CCAACACTGTCCTCACGCATAATCTTACTGAACATGCTCAGAGGCTCCTGCATGGCCTCCGAGAGCTTGCGTCGGGTGTC------------CTCCAACTC---CATTTTAAAGAAGCTGGCTTTGGTTTCGGTCGGGGATAGGTTGACTGGAGTTGGAGGTGCAGTACGTGAGTCTCCATTGCGGCTTTTGGGCTGTGTGAACTGCGCCCATAAATGCAGATTGAGCTTGGAATCAGATCTGGATTGAGACACT---TCCGGCTCGCTGCGAGAAAGCTCAGTGGAAATGGACTTTACGAGA---CTGATGAGTGGCTTGGGCTTCAGAGAA------GACTCTTTCAGCTCTATCTCTGTAGACAGTGACTTCACCAAGCTGCTCAAGGGC-CGATGAGTGGGAGAGAGGAAGGCAGATCCTATGGGGAAAGAGTTTCCCAAGGAGCCTGGTGAAGATGGAGAAAGTGGAACGTTAAATGCTGATGAGCTGGTACCCCATTC 
s mm7.chr11     106676687 497 + 122091587 GCTTTGGGCCTATGGCTGCCGCTCTCCTCCCCGATGATCTTGCTGAGGAGCTGGAAGGGCTCATAGATAACTTCAGAAAGGCGTCGCTTAGTGTCTTCGATTTTTGCCTCCATTTCGGGCACTTTAAAAAAGGAACGAGTGTCAGAGGGCGAAGTCAGG------GGGGAAGAAGGCGCAGTCTTGGAGTCTCCACCCGTGTTCCGTGGCTGTGTGAACTGTTTGAAGAGGTGCAGGTTGAGTTTGGAGTCGGGGGGCTTGTAGGACACGGTGTCCGACTCCTGCCGGGAAGTGTCTGTGGACAGAGACTTGACCAGAGTCTTCATCAAGTGTCTGTGCCTCGGGGGGTGGGGGGACTCTTTTGGCTCCACCTCAGTTGACAGGGACTTCACCAGGCTCATGAAGGGCTTTGCGCTTGAGAGGGCCGAGGACGAGGCACTGGAGGACAGGA-----CAGGGGACTTG--GAAGGAGAAGACAGTGGA---------GACGAAGAACTGGTTTTCTGCTC 

a score=19934
s danRer3.chr12 13370935 727 +  37038836 TTTCACTCAGTTCATGGGACCAACGTTCAACTGGACCCTTCGAGGACTCGAGCCACCAGAGTAGAAAGTTTTGCAAATGGCGTCTGCTTCAGTAAAGACCCTTTAAGCCCAGGGGAGATTTTCCTAGTGGAGATTGAAGAGAAAGAACTAGGCTGGTGTGGTCATTTGAGGATCGGACTGACTGCCCATGACCCTCGAACGCTGGACACTGTGCCAGAATACTCTTTGCCTGACCTGGTAGAAAAGGGAGACAGCTGGGTGTTCGCAATCACAAGAAATCACAATAAAGTCACTGAGGATGAAGGAGCAGAAGTAGAACAGCCAAATGAGGGTAATGACACCAGCAACAAACCTAAAACCTTTTTCACAGACACTCATTTGTATATTGAAAACATGGGAATACCTAGAGATAAACTAGTGGGACGCAGTCGTCCGGGGAGGTTCAGTCACATTCTGGATGATCTGTACAAAACCAACGCTCTACCACCAACTGCCCGCCGTAGTCGGATAGGGGTTGTCTATGTACCAAAGGGAGAAGGTTGTGCCAACATGCACATTGTCATCAACGGTGAAGACATGGGAGCCTCTGCTAAAAGGATTCCCACTAATAAACCATTATATGCAGTTGTGGATGTATTTGCAGCTACTAAATGTGTTCGGATTGTTCAGGTGGAATATGGCTGTAAGTTTGATTTTGCTCGTATGATCATATGGCTCA-TGTTGTGAC 
s mm7.chr2      17974248 713 - 182548267 TTCCACCAAGTGCATGGAGCCAACATCCGCATGGACCCCTCAGGAACGCGAGCCACACGCGTGGAGAGTTTCGCCCACGGTGTGTGCTTCAGTCGTGAGCCCCTGGCCCCCGGCCAGGTATTTCTAGTGGAAATTGAGGAAAAAGAGCTGGGCTGGTGCGGGCACTTACGTCTTGGCCTGACCGCTCTGGATCCCGCCAGTCTGGCCGCTGTACCCGAGTTTTCACTGCCTGACTTGGTCAGCCTTGGCCACAGTTGGGTCTTCGCTATCACACGCCACCACAACCGTGTGCCCCGGGAAGGTCAACCAGAAGCGGA-------------GGCAGCGGTCCC--CAGTGGTCCCCAAGCCCTACTGGTTGAACCCTATCTGCGCATCGAGCAGTTCCGAATTCCCCGGGACCGTCTGGTGGGCCGCAGCCGGCCAGGGCTTTATAGCCACCTCTTAGATCAGCTCTATGAACAAAACGTGCTGCCTCCTACAGCGCGCCGAAGCCGCTTGGGTGTTCTCTTCTGCCCCCGTGAGGATGGGACCGCCGACATGCACATCATCATCAACGGGGAGGACATGGGCCCTAGCGCCCGGGGGCTGCCAGCTGCTCAGCCCCTCTACGCTGTGGTAGATGTGTTTGCTTCCACCAAGAGCGTGCGTCTGGTCCAGCTGGAGTATGGCTGTAGGTATCCCACCCCTGGAGTGACCTTCTGGTTCAGTGTAGGGAC 

a score=3613
s danRer3.chr12 13371698 124 +  37038836 CAGTTGCCTCATTGCAGACACTCTGCCGAAAGACTATCCAGAAACACATCGTTCACAGGATGGCTTTGGATTGGTTGGAACTTCCGGAGTTACTGAAACATTATTGCAAATATGAGTGAGCAAA 
s mm7.chr2      17976623 124 - 182548267 CAGTGCCATCTCTGCAGACTCTGTGCCGACTAGTGATCCAGAAGAGGGTGGTACACAGGCTGGCCATTGATGTGCTCCACCTGCCCAAAGGACTGAAGGACTTCTGCAAGTACGAATGAACGAA 

a score=2431
s danRer3.chr12 13375206 61 + 37038836 ACTATGTCTTTTTGTTCTTTTTTCGGGAAAGAGTTTTATAAAGATCACTTCAAACCTGGTA 
s mm7.chr17     22919035 61 + 93276925 ACCATGTCGTTCTGCAGCTTCTTCGGAGGCGAGGTTTTCCAGAATCACTTCGAGCCAGGTA 

a score=4522
s danRer3.chr12 13375466 162 + 37038836 ATGTTCCTCTGCAGGTATATATGCTTGTTCCCAATGTGGACATCCGCTGTTTTCAAGTAGATCCAAATATGAGCATTCCTCCCCCTGGCCTGCCTTCACAGAGACTATCCGAGAGGACAGTGTAACAAAA----ATGATGGAGACC--TTAACAGCCTACAAGGTCAG 
s mm7.chr17     22921814 168 + 93276925 ATCCTCGGCTACAGGTGTCTACGTGTGTGCCAAGTGCAGCTATGAGCTGTTCTCCAGTCACTCGAAGTACGCACACTCATCCCCGTGGCCAGCGTTCACTGAAACCATCCACCCAGACAGTGTGACCAAGTGCCCTGAGAAAAACCGACCAGAAGCTTTAAAGGTGAG 

a score=6829
s danRer3.chr12 13377016 124 + 37038836 CAGGTTCTGTGTGGGAAGTGTGGTAATGGCCTTGGCCACGAGTTCCTGAATGATGGGCCGGAGGAGGGCTTATCACGATTTTGAATATTCAGTCACTCGCTCAAGTTTGTCCCGAAAGGTACGT 
s mm7.chr17     22922406 124 + 93276925 CAGGTGTCCTGTGGCAAGTGTGGCAATGGGTTGGGCCACGAGTTCCTGAATGATGGCCCCAAGCGGGGACAATCAAGATTCTGAATATTTAGCAGCTCACTGAAGTTCGTCCCTAAAGGTGAGT 

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s danRer3.chr12 13379352 358 + 37038836 ACACGTTTACAAAATATACATATACGGACTTGTTGGAATAAGTAAAACATTCTTAAGTGTTATT--TTAGTGCACA-------TATTAGTATAATGTACTGTT--------ATAAATTCACATTTGatttaatattgattaatattaa---tttttttaaattattGTAAGTCAATAAGTCAACCTCATAATGAAAGGTTACATGTAATGAATATATATATATAGATTCAATTGGTAAAAAAGGCTTTTTTTTTATTTTCTAGAAGGTGGTGGGGGTGATAATTGGAAAAACTGATTCAAGAGGATTTCCTGACCGGAAAAGTTTGTTACCATAACATTATTCATTTTTTTTCTATTTTCCTTTTTTTCTTGTTTGTT 
s mm7.chr17     22998718 349 + 93276925 ACATGTTAAGTAAATGATTATATTTGTAATAGTAGT--TAACTGTCTCATTACTTTGTATTATTCCTTGGAGAACTAAATATTTATGAAGATTGTTAGCTGTTTGTCTGGAATAAATGCAT------TTAAATATTTCCTAGTCAAAAATGTTTGTTAAAGCTAGTAAAACACAACAAGTCCA--------TGAAATTAAATTTGCCATCTACATCTGTGTTTAAT----ATTGGTCTTCTA--TTATTCTTTTGTTTTTCAGAAAATAATCGGAATAGTTATTGGGAAAACAGATGTCAAAGGCTTTCCAGACAGAAAAAGTTGAGTTCTAT-------TTAACTCTTTCTTAATTTTTCATTAAGTGTGGCTTATT 

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s mm7.chr17     23000925 181 + 93276925 TCAGATATTGGATCAGAAAGATACACTTTCAGTTTCACCATTCGTGACTCACCATGTCACTTTGTGAATGTATCCTCCTGGGGCAGTGAGGACTACATCCGCTCGCTGTCCGAGAGCTTCAGGGTTGCTGAGTGTGGTAAGTAGGCAGGATTCTTTTGTTTGTTTGATTTcttaaatccca 

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s danRer3.chr12 13380008 89 + 37038836 CTTGTGTTTTAGTTGTAATTGAAAATCCCCTCGTTGTGACCAAGGACTATGAGAAAGAAGAACGGTTTTGCCCTTCAACACCTAGGTAA 
s mm7.chr17     23002512 89 + 93276925 CCTCTGTTTTAGTGATAATTGAAAATCCCCTGATCCAAAGAAAGGACACAGAAAGAGAAGAAAAGTTTAGCCCTGCAACTCCTAGGTAA 

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s danRer3.chr12 13380097 280 + 37038836 AAAATTAAAAATGAAA-ATAGCATCAGTTTTAGATACATCATACTCTGTATTTGTGACACATATACCTATTTTATCTCAGTTCCTACAGGTTGTTGCTTACAGAGACTCACTCGAGCATTAGGATATGCTCAGACATAGACACTGAGGCCAGGATTCTGCCGCTATTTCACATACCAATCAAAGACCCAAGAGATTTCTATTCGTTGGGAGACATTACTGCAAATGGACAAAGTCTGGATGGACACGTTATTAACATCCTAGCAGCTGTACAATCGGTTAG 
s mm7.chr17     23006113 272 + 93276925 ATAATTGAATGTGAACCAAAGtattttttattaata-ataatatGCTG-ACTTGT------TGTGTTTTCCTCATTT-AGCAACTATAAACTATTGCTCAGTGAGAATCACTCAATGGTAAAAGTTTGCTCCCCTTATGAAGTGGATACCAAGTTACTTTCTTTGATACACTTGCCTGTTAAAGAATCTCGAGATTATTATTCATTGGCTGACATTGTTGCAAATGGACACAGTCTTGATGGGAGGATTATTAATGTGCTTGCAGCTGTGAGATCGGTAAG 

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s mm7.chr17     23011557 123 + 93276925 TTTTCTAATGTATTCACTTTGTTTCACTTCTTTTTAAACCAATACAGTTGGGATAATGAATCCATTCTACTTGCACAGAGCTGGATGGCGCGAGAAACAGGTCT--TACCATTTATGACTGTGTT 

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s danRer3.chr12 13391406 95 + 37038836 TCCATTCAGGTCCCGAAACCTTCAGTGCCAAAGAATATTTCAAGTCAATGCACCCATTAATTGCGTGTGTCTTCATCCCAATCAGGTCAGTTAAA 
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s danRer3.chr12 13393146 157 + 37038836 TTTGGTTAATTTTTCT----TTCTGTAGGGCAACTGTTATGTGTGGAATTTGGCTGGAGGAATGGGGGATGAAGTGACGCAACTCATACCCAAGACAAAGATCCCAGCTCACAAACGCTACTCATTACGCTGCAAATTCAGCCCAGACTCCACGTAAGTGT 
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s danRer3.chr12 13396203 176 + 37038836 CTAGATTGCTGGCCACATGCTCTGCTGACCAGACCTGTAAAATTTGGAGAACCTCAAACTTCTCACTGATGACAGAGTTGAGCATTAAGAGTAACAACCCAGGAGAGACGTCGCGAGGCTGGATGTGGGATTGTGCCTTTTCTGGAGATTCACAGTACATTGTCACAGGTGAGCAC 
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s danRer3.chr12 13397305 175 + 37038836 ATGCGGTTTATTCCTGTTGATGTGTTGACTGTTGTATCTTTTCATCTGGTTTTCAGCCTCCTCTGATAACCTTGCTCGTCTGTGGTGTGTGGAGACCGGAGAGATCAAGCGGGAGTACAGCGGCCATCAGAAGGCCGTTGTGTGTTTGGCCTTCAATGACAGTGTGCTTGGATAG 
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s danRer3.chr12 13398377 130 + 37038836 GAATGTCACTCTGGCAAGTAGTAGAAACACACGGAAACGCAAATGTTGCTGGGGAAGCAGATGTCGATGCAGAAGTAAATAAGTCTTTGTTTTCCGGGACCTTCAGGAAGAAAGGAG----AGAAATCTTAAGG 
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s danRer3.chr12 13401280 133 + 37038836 TCGTCTCATCTGCCACAGTCTTACCTTCAGATCTTCTAGTCCAGTAGACAGAGGCCTGTTCACAGAGCGACTGAAGAGGTTCTTGAAGACTTGAAGCTTCGACACGACTGCCAGGCATCACTCCCAAAAACTC 
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s danRer3.chr12 13413977 582 + 37038836 ACCCGGGACCGCTTTGCCTCCCTCCAGAGGCAGCCTAGTGTCGGTGTTCGTGCCCACAAACTGGCAGTCGGGGTCACAGAGGTACTGCAGGGCTCTGTTCAGCTTCATGTAACTGAAATGCTCATCAAACCCGACCAGCACAGCTTGAACCTCCTGATCCAGAGGCACATTCGCCCAGTCGATCTG--CACTCCCGAGATG-AGGTCAGGCCCTACACCGACCGGTTGAATGCCAACCTCCTCGAGCTC--CTGCTTCATCGCCTTGCTCCCAATCAGATAGACCTT----TCCGTCGAGTTTAC-ACACGTTTTTG-AGGTACTGCGCCGAGCAGTACGCCGTCCCGAACACCTCG---------------TCCGCGGCGGCGTCGAAACCGAGCTTTCCAAGTTTATCCGCGTACATCTGTCGCGTTTTCGTGCTGTTGTTTGTGACGAAAAACACCTGCTTTCCGTGTTTCTTCAATGAATTGATGACCTCAGGGGCGCCAGGGATGGCCTGGTCCCCTCGCCATATCACGCCGTCGCAGTCAAACAGCACACAGTCCACCGAGTCCAGCAACTGCCTGCTCAGAGCGCCGTTCAGACGGACACA 
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s danRer3.chr12  13418636 260 +  37038836 TTACCTGGATGATAAAGAGTGGTCCAGCGGGCTGTTGTATGCCCTGC-TCATCAATGTAGTGAGCGTGCAGGAGTCCAGTTCGCAGAACAGTTTGGAGCAGCATGTCTGTTGTAAGGACTGCGATATTCCCTGCCATGGCACAAACACTGAGGAGGTACAGCATAAAGTATCTTGTGTTCTGGGCACCAATGCAGTTGTTCACCCACACACAGTGATGGTCAAATCTCTGGACACATCGATTGCAAACACCTGTAAAAAAA 
s mm7.chr5      142353160 260 + 153054177 TTACCTGAATAAGAAAGACAGTGTCCACAGCCTGGAA-ATGCCCCACGTCATCTAGGTAAGTTTCCTGGTAGAGATCAGACACTGTCACTAGGCGGAGCAGAAAGGCAGCAGTCACGGTGGCTATGGTGGCAGCAGAAGCCGTCAGCGTCAGGAGGTAAATGAGGAAGTACCTGGTGTTCCAGGCCCCGATGCAGTTGTTCACCCAAACACAGTGATGGTCGAACCGGTGCACACAGCGGTCACACAACCCTGCAGAGAAA 

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s danRer3.chr12  13420566 141 +  37038836 ACTTACGACAGTGTTTGGAGCGGGCAGGTTTGATCAGCTGACAGGTTGAACACTTTATGCCCTGCTGGAACAGTTTTTCATCATACTGGTAGATCTTCAGATGTGCAGAGAGGTTTGACTTTGTCAGCGTCCCTTTAAAAA 
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s danRer3.chr12  13420780 206 +  37038836 CTTACCTGGGTCTCTGCTACAACACAGGTAAAACAAACAGGACTTCAGTGCAAGGAGGATGTAAGGGACACACAAGCTTAATGAACTGGAGCCCATGTCCAAACAGAAGCCAAAAACCTCATAAGTGAATTCTCCATACACAACCACTTCAAGTAACAGGTGCAGGTAAAGGAAGAAGTTGTTCCTAATGTGAAACAAATAATGAG 
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s danRer3.chr12  13423533 85 +  37038836 GCTGATGTCCTGAGTACTTACAAACCAGAGCAATGCAGGTGAGCACCACTGCCACATATATACCAAACAGAGTCAGGAAGTCCAT 
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s danRer3.chr12  13429846 240 +  37038836 GCCATGCCAGCGTCCAACCAGGGCTGGCCAGAGGAGTTTGGCTTTCAGATAGGGGGACATGGACCGAGCTACATCCTGACAGTGGAGGAGGGAAGCAGTGCTCAACTGTCTGGACTACAGCCTGGAGATCAGGTCTTGGAGATTGAAGGCCAAAATGTTTCCAGTCTGAGTGCTCAGGAGGTCAT--TGCTCTTGCCCAGTCACAACGAAACA-TCCCACCTAGTATTGGAGTAGTTTCACGC 
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s danRer3.chr12  13435657 174 +  37038836 GATGGCGGCC-----GCTTTGATAAAGGCCTCTCAGGGCCGGACGCTGCGTCTTGGGGTGCTGTGTATGGGCAGCCGGCAGAAACGCA----GCAGCGGCAGCCTGGAGGGTTTACAGAAAGATATTGACGGCATGCGCCAGGACCGCAAACACAAGGCCCTGGAGTTTAACAGAAGGGTGAG 
s mm7.chr5      142390891 161 + 153054177 GAGGGTGGCCCCACAGCCTTGACAGCAGCCT------GGCTAACCCGGCGATTTGG----CCGCA-----GCCTCCCGCTGAGCCGCGAACTGCTGCGTTTGGCTGGTGGTCCCAGACCA-------GATGCTGTGCACAGAGAGCGCAGGCGCAAGGCCCAGGAGTTCAGCTGCCAGGTAAG 

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s mm7.chr5      142395542 270 + 153054177 AGTCTCTGCCTCCAGGGCAGCTGAGAGAAGTGAGGTCAGGTGTCAGC--TGTCCTATGGCGGTAAACCAAGGTAAACCTGCCATGGTTTTACCTGGGACCCTGTCCTTGCAGGTAGATGACATCTTGGGGGATCGGCTGACAGCCAAGGAGCAGGTGTTTACTGCACTGAAGCAGTTCGCTGCCGAGCAACGGGTGGATGAGCTGGTGTGGACCCTCACTCTCGTGCTGCCCAGCGAGGCCCAGGGGCCAGTCCTGGACAACCTCAGGTACC 

a score=-154
s danRer3.chr12  13445399 384 +  37038836 TGTTGTGATCGAGCCTGA-GTCAGAGGAACTTTTGTGAATTCCTGATGCTCTGACCTTT---AGAAAAGCTTTGTAAAGTTTTGTATAAGCAGTTTATTTACATCCACTGAGAGATTATTATTAGAATTTTTAGCATACTTGACATTTGATTCAACAACAGCATATATTTT---------------CTGTAATTGATGGGTAGACATGAGTTGACACAAAAGATATCCTTGAATAGATATAACGACGATAAAATACATTGAGAATTGTGACTATCATTTTTTTTAAGTGGCTATTTCAGAATTGTTCAAAAGAACTAGACAAAAAACAATTAGTCAAGACAAATTTTGAGGTTAACTTGAGCAAAACAG----TTGAAACTTTTCCAAAGCTAAATAGAAAAATATC 
s mm7.chr5      142398489 360 + 153054177 TGCAGTGGCCCAATCAGAAGAGAGAGGAACTGCTGTGTGAGACTGATGCTCAGACCTCTCCCACAGAAGCC-------ATTGAGTACATGTGGTTATTTAATA----------------TGGTCGAATTTTTCATACATGTGggtgatcacacaccaatagccccagcacttgggaggcaagacgactgcaactttgtgactaacctaggt---cacagagggaggccctgggttcaattctcaacaccacagaaaaccacggatggtggtgtatgcct----------gtaatctcagcatt-----agggagggggacctagaa-----ggcccaga-gaatttcaaggtcatcctaggcaacacagcaaatttaaggccagcctgggctacatgcaacactatc 

a score=5065
s danRer3.chr12  13453515 361 +  37038836 AAACTGAAAATCCTCTTCATTTTGT--ATGGGGAAATTGAGTGACTGAACTTAACTAGCCACCTTTCAAAAGTCTCTCAAAATGGCTCCTCGAAGCTGA--TTGAAATCTGTTTAAATCTGTTGCCTTCCTGTGA-----------TCATGTTTGCCAGGATCTTCATCCCCAAGAAGCATCGGCAGCGCTTTGACGAGGCCGTTTCTCAGAGTCTCATCAACCGCATGTGCCGTAGCAAGAGTTTGGGTGAGCCCCAAAACAGACTGCGTCGGAGCCGAAGTCAAGACCACCATGAGCGTCCTCAAGGATCCAAAAGGGCCAGCTCTGTGCCCAGAGATACCGGTGATGAGGCTGCCCAAAATGACCGTACCCTC 
s mm7.chr5      142405941 361 + 153054177 AAGCTGGGAATGCAAGTCTGTTCACCGAAGGGGAGAATGAA------AATGTCCCTGGTCACCCCTAGGAA--TGCACAGAAGAGCCACTAGGAGGTGCCTTTGGAATGTAGTCAGGGACGGCGCCTGACTCAGAGGTTGGTCGATCCTTGCCTTGCAGGATCTTTATTCCCAAAAAGCATCGGGCGCGCTTCGACGAGGTGGTGTCGCAGGGTCTGCTGGGCAAGCTGTGCCGTGCTCGGAG--GGCGCAGGGCGCACAGC-GTTTGCGTCGGAGCCGCAGCGAGGAGCGCCCGGAGCGCCTCTTAGTGTCCACGCGCGCTAGCGCCGCTCCCCGCCGTCCGGATGA----GCCACCCCCGCGGAAGGCAACCTC 

a score=4879
s danRer3.chr12  13457707 110 +  37038836 CGTCTCTCTTTTCCTCT-GCAGAACCATCCGTGTGTACAGGGGGAAGAAGAGCTTTGGCTTCACTCTGAGAGGTCATGCTCCTGTGTGGATCGACTCAGTAATGCCAGGTG 
s mm7.chr5      142406507 111 + 153054177 CGTTCCATTTTTCCTCCCACAGGACGGTTCGAGTTTATAAAGGCAACAAGAGTTTCGGCTTCACTCTGCGAGGCCATGGACCGGTCTGGATCGAATCTGTCCTGCCTGGTG 

a score=2805
s danRer3.chr12  13462577 155 +  37038836 TGAGTGTCTGAGGATTTATACTGTGTCTCAAACCATTGTTTTTCTACTACAGGAAGTCCAGCTGAAGCATGTGGCCTTAAAACAGGAGATCGCATATTGTTCCTTAACGGGCTCGATATGAGGTGTG----TGTTTGTTTTTGTTATAATTTGATGGTG 
s mm7.chr5      142407459 146 + 153054177 TGGTCGGCTGACGGCTTACCCTGTCTTTC-------------TCTCTTCCAGGCAGCCCGGCTGAAAATGCCTCCCTCAAGTCAGGTGACCGGATCCTCTTCCTCAATGGATTGGACATGAGGTTAGGAGCCTCTGGGGTGTCTTGTGATTTGGTGACG 

a score=5756
s danRer3.chr12  13469809 98 +  37038836 CAGGAACTGCTCCCATGAGAAGGTGGTGTCGATGCTGCAGGGCAGTGGTGCGATGCCCTCCCTGGTGGTGGAGGAGGGTCCTGTGGATTATCCTCAGT 
s mm7.chr5      142408347 97 + 153054177 CAGGAACTGCTCCCACGACAAGGTGGTGTCCATGTTGCAGGGCAGTGGCGCCATGCCCACGCTGGTGGTAGAGGAAGGACCGGTCCCTT-TCGCCAGT 

a score=8153
s danRer3.chr12  13469907 201 +  37038836 CCGATTCAGAACCAGAGGAAACCCCCAGCGCCCCCCGCTCACGCTCCCCAGCCCTCAGCTCTCTGCAGTGGGTGGCTGAGATCCTTCCTCCCAGCATTCGCGTTCACGGCCGTACCTTCAGCCAGCAGCTGGAACACCTGCTCACCCTGCAGGAGAGATACACCATCTGCAAAGCTCTGGAGACCTTCTTCCAGCACAGGT 
s mm7.chr5      142408645 189 + 153054177 CAGATTCAGATTCTCTGGATTCCCCGA------------CCCGGGCGTCAGCTCTCACCTCGCTGCAGTGGGTGGCGGATATCCTGCCTTCCAGTATCCGAGTCCAGGGGAGGACCTTCAGCCAGCAGCTGGACCACCTCCTCACTCCTCCCGAGCGCTATGGAGTCTGCCGAGCTCTCGAGCGCTTCTTTCAGCACAGGT 

a score=8521
s danRer3.chr12  13474434 172 +  37038836 GCAGGAATGTGGACACTCTCATTGTGGATGTGTTTCCTGTGCTGGATACTCCAGCCAAACAGCTGATCTGGCAGTTCATTTACCAACTGCTGACCTACGAGGAGCAGGAGCACTGCAAGACCAAGATCGCCCGGTTCCTGGGCTTCAAGAGTGCAGGTTAGCCATGATGAGT 
s mm7.chr5      142410583 161 + 153054177 GCAGGAACATCGATACCCTCATCGTGGATGTCTACCCCGTCCTGGACACACCCGCCAAGCAGGTACTCTGGCAGTTCCTCTACCAGCTGCTGACCTACGAGGAGCAGGAGCTGTGTCAGGAGAAGATCGCGTGCTTCCTCGGCTACA-----------CAGCCATGACGGGT 

a score=2089
s danRer3.chr12  13479626 60 +  37038836 ACCCTATAGATGACAGGAGTTTACACAGAGCTCGGGAACGTGTATCCTGTGAAGAGCAGC 
s mm7.chr5      142413475 54 + 153054177 ACCCCCTAGATGTCAGCGGTCTATGCAGAGCTCGA------GTCTCGACTGAACAGCAGC 

a score=8833
s danRer3.chr12  13482750 288 +  37038836 GACTGATTCCTTTCCTGGGCCTCAGTTTGAGACTTACCAGCAGACTGTTGCTTCTCCAGACAGTGTGGACTCTAATCCCTATGTCAGTTTGGACAGC-------CCCCCTGCCTCTCCTCTGCCTTCTGAT-----------------------------GAACTCAGTCCTCTGCCCCAGCGCAGAAAGCTATTCACCTTCTCACGTCCACCTCGCAGCAGAGACACAGACAAGTTTCTGGATGCCCTGAGCGAGCAGCTGGGTCACCGAGTTAATATTGTGGATGACTTCAAGGGCGGAGAGAATGACTATGAGGAGGTGTG 
s mm7.chr5      142414720 322 + 153054177 GGCTCCTGCCTTCCCCGTGCTATGACCCGCTGTGTTCTGGGGGTCTG--GCCTCTCCCAGCAGCTCGGAATCCCACCCCTACGCCAGCTTGGACAGCAGCAGGGCGCCCTCCCCACAGCCAGGCCTTGGATCCATCCACGCCGACAGCCCCCCAAGCCCAGACCCCATCCGGCCGCCCAGTCGCCGGAAGCTCTTCGCCTTCTCACGCCCAGTCCGGAGCCGAGACACAGATCGCTTCCTGGATGCGCTGAGCGAGCAGCTGGGTCCCCGCCTCAGCATCGTGGATGACTTCCTGACACCCGAGAATGACTATGAAGAGGTGGG 

a score=4844
s danRer3.chr12  13488587 105 +  37038836 TTGTTTGTTAGCTTGGAGATGATCCGGACTATCATAAACTCAGTGACATGGTCAAGTACTTGGATCTGGATTTGTACTTTGGCACACAGAGGAATTCCAGTGAGT 
s mm7.chr5      142418737 104 + 153054177 TTGCTTGC-AGCTTGGGGAAGACTCTGACTATGACAAGCTGAGTGACATGGTGAAATACCTCGACCTGGAGCTCCACTTCGGCACCCAGAAACCTCCGAGTGAGT 

a score=4792
s danRer3.chr12  13489663 121 +  37038836 ATTAAAT-GTGTCAGTCTCTCTTCCAGAGCCCACCTTCCTGCCCGAGAACTTAAAAAAGAAAGACGTGGTTGAGATTCTCTCCCATAAAAAGGCCTACAATGCCTGTGAGTATGCGCAGAGT 
s mm7.chr5      142419434 122 + 153054177 ATTAAACAGTACTGTTTTCTCTTCCAGAGCCAGTGCCCGGCCCGGAGCCCTTCAGGAAGAAGGAAGTGGTGGAGATCTTGTCCCACAAGAAGGCCTACAATACCTGTGAGAAGCTTTAGGGT 

a score=9129
s danRer3.chr12  13493061 205 +  37038836 CAGCGATCCTCATAGCGCATCTGAAGCTGGCCCCGAAAGAGCTGCGGGACATCCTCATGACCATGAGCACTGAGCGTCTGGAGCCCGCACACATTAAACAACTGTTGCTCTACGCTCCCGATGACGAAGAGGTCAAACAGTTTCAGCATTACGACCAGGACCCTGCTAAACTCAGCGAACCCGACCAGTTCGTCCTACAGGTGCT 
s mm7.chr5      142420055 205 + 153054177 CAGCCATTCTCCTAGCGCACCTGAAGCTGACCCCTGGCGAGCTGCGGCAAGTGCTCATGAGCATGGAACCCCGGCGCCTGGAGCCTGCTCATCTGGCGCAGCTGCTGCTCTTCGCTCCTGACGCCGACGAGGAACAGCGATATCAGGCTTTCCGCGAGGCTCCGGGTCGCCTCAGTGAGCCGGACCAGTTCGTCCTGCAGGTGCT 

a score=7013
s danRer3.chr12  13496296 173 +  37038836 CTACAGATGCTACTAGTTCCTGAGTATAAAACCAGACTGAGGAGTCTTCTTTTTAAGACCACTGTGCAGGAGAAAACAGAAGAAATGAGAGCTGCGTATGAATGCATATACAAAGCCTCATTAGAGCTCAAAAACAGCAAGAGGTTGGCCAAGATCCTTGAGGTAAAATTATT 
s mm7.chr5      142420556 173 + 153054177 CTTCAGATGCTGTCGGTTCCCGAATACAAGACCCGCCTGCGCAGTCTACACTTCCAGGCTACCTTGCAGGAGAAGACAGAGGAGATACGAGGCAGCCTCGAGTGTCTGCGACAGGCATCTCTGGAGCTCAAAAACAGCCGGAAACTCGCCAAGATCCTGGAGGTCAAGCCATT 

a score=5830
s danRer3.chr12  13497857 95 +  37038836 CAGTTTGTTTTAGCAATGGGAAATTATCTGAATAATGGTCAGCCCAAGACCAATAAAACAACAGGATTCAAAATTAACTTCCTAACAGAGGTAAG 
s mm7.chr5      142420846 95 + 153054177 CAGTTTGTGTTGGCCATGGGTAACTATCTCAACGATGGACAGCCCAAGACCAACAAGACCACTGGCTTCAAGATCAACTTCCTGACCGAGGTGAG 

a score=8373
s danRer3.chr12  13498029 157 +  37038836 TTATGAACTAAA-ATTCCCTACAGCTAAACACAACTAAAACAGTTGATGGAAAGTCAACTTTCCTCCATATCCTTGCCAAATCACTCTGCCAACACTTCCCAGAACTCCTCGGCTTTTCCAGGGACCTCATAACAGTGCCATTAGCTGCCAAAGGTAG 
s mm7.chr5      142421365 158 + 153054177 TTATGGGCTGGGCATCCCTTGCAGCTAAACTCCACCAAGACAGTGGACGGGAAGTCCACCTTTCTGCACATCCTTGCCAAATCGCTAAGCCAGCACTTCCCTGAGCTCCTGGGCTTTGCCCAGGACCTGCCCACTGTGCCCCTGGCTGCCAAAGGTAG 

a score=3630
s danRer3.chr12  13501447 189 +  37038836 TGTTTGTCTGTTCACTGTAATTGCAGTCAATCAGAGGACCATTACTGCTGATCTCAGTGACGTTCACTCCACCATCCAGGACATAAGAACCGCCTGTGTGAAAATCCCAGCTACAGCAGAGGATCGATTCGCAGCCGTCATGAGTGTATCCTTAAACCCACAGCTTCTTCAGTGTAATcagggtttctg 
s mm7.chr5      142421581 186 + 153054177 TGCTTTGCTTCTTTCCTTACATGCAGTGAACCAGCGAGCCCTGACTGGTGACCTGGCTGACCTCCATGACACCGTCAGTGAGATTCAGGTGGCCTGCCAGAGCATGGCCCCTTCCAGTGAGGACAGGTTTGCTGTGGTCATGGCTGTATCCTCTAAT---CAGCCTGTCCAGCACAAGCCTGGACTCTG 

a score=6170
s danRer3.chr12  13505871 188 +  37038836 CCTTGACC--TTTCTATTAGAGCTTTCTGGAAAACTGTCATCCAGCGGTTCAATCCCTCGACTCCTTGCAGCAAAGAGCGATGGACGAGTTTCATAAAGTGGCCTCTTACTTTGGAGAGGACAGTAAGGTCACAACCACAGAAACCTTCTTCGGCATCTTCGCTGAGTTCATTTCCAAATTTGAGGTGAG 
s mm7.chr5      142423761 190 + 153054177 CCTTGACCAAGGTCTTGTAGTCCTTTCTGGAAACAGCGCAGCCAGCCCTGCGAGCGTTGGATGGTCTGCAGCGAGAGGCCATGGAGGAGCTAGGGAAGGCTCTGGCCTTCTTCGGAGAGGACTCCAAGGCCACTACCTCAGAGGCCTTCTTTGGCATCTTTTCAGAATTCATGAGCAAATTTGAGGTGAG 

a score=2420
s danRer3.chr12  13506138  93 +  37038836 AGAGAGCACTGAGTGAAACACAAGGAACAGAAAACCCCAAAAGCCCACGAATCGCCTCACCGCTGGCATGGTGAAAACCCTCGACA-------TCTGCAG 
s mm7.chr5      142424135 100 + 153054177 AGAGAGCCCTCAGCGACCTGCAGGCAGGGGATGGCCCACGCAGCTCAGGGATGGTGTCACCCCTGGCCTGGTGATAGCTGCCACCAAGCATCTTCTGCAG 

a score=3071
s danRer3.chr12  13554868 651 +  37038836 ATACTGTGTAAAAAGGTGtaaaatatatatatatt---------------tatatatGTTATCTCAGGATGTTTTAATTAAAtgtgtgtg-tgtgtgtgtgtgtgtgtg-tgtgtgtgtgtgtg---tgtgtgtgt-gtgtgtgtgtgtgtgtgtg-tgtgtgtg-tgtgcgtgtgcgtgcgtgtctgcagccatgcatgtgtg-tgtgtgtgttt---------------------gtgtctgtgCTGAG-----ACTCCTGGTGGGCGCATTTAATAGA--------TAAG--------------------------------------CCAAAGCCTTCACCCACTGAACTGTCCTTTCATTGCTGTGAAACAATATAATGGTCACTGTGTTTTTTCCCTACTTTGGGTT---------TTTTAGGAGAAGATATTGTGGCATGGATTGCTTATCGATTCAAAGTAGATGCTCTGGGTAAG-----------------TCAAATACATTGTTTTTTTGTGTGTTTAGTAATGTAAGGATTATAAAAGAATTAATAAAAAAAAACTAAACATATTTTTCCACAAATGAGTCCACTTGTGGGTTGGGGATGCTTTCATTCAAAAGGATTAAAACAAATAACTTTAAATCATAAGGTTGTGCTACAAATAAGCTGTATACATTTT-GTAATACACATTATGTTATGTTTGACTTTATGCTTTATTTTTATCTGTTATGAAAATAACTTTAGACTTGTTTTTttaaaggaatagt 
s mm7.chr1      187504610 737 + 194923535 atgctttgtgtatgtgtgtgctctgtttgtgtattgtgtatgctatgtgctgagtgtattgtatatgcacactgtaagtatatgggtgtgGTGCATCTATAtgtgtgtgctgtgtgtgtatgtgccttgtgtgtgttgtgcatgtgtatatgcatgctgtgtgtgctatgtatgtgtgtgtgtgtgttatgttgtgtgtttgtgctgtgtgtgtTTCATTTGTTTACTAAGCAGACAGCTTCTGGGCTGAGGAAGCACTCCTGTTGTGGACATTTGACAGCCCTGTGTCTAAGGGGCGGATGAAGGATCCAGGAGTACTCGGTCATCTCTCCAGGAGTTTGCTCCTTCCTGTCTGTCCATGCTTCTGTCTGTCCATGCAGAGCAGGCACTAGAGTA---CCCTTCTTGAGGCTGAGCATCAGCCACAGAGGAGGAGTTTGTG--ATAGAGT--------ATTCCAAG--GATACCTTGAAAAATGTGTCTGCCTCATACTTTCATACACATTCAAATTCACTACACTTTCTTTTCCCAGG----CAAGAAAAATGAAAATAAAAAAGTAGAGATAAGTTTGCGTCAGTGAATCCTTTTGGGTGGTGGGGTCCCTTCTATTCAGGATGCATGGTAC--TTCAGATGCAATATTAACACAGTGCT-----TAGGGTATCTTCCCTCTAACTATGAATGTCTCGTTGTCTTTG-----------TATTTTCACCTTTTAATAAGCTCGCTTCTCTTTTTCCAGTTCAGAGGAGCAGT 

a score=2490
s danRer3.chr12 13558526 82 + 37038836 TTCTTTCCAGGAAGAGTACAACAATCTTTACAAGTGGATGAATCACAAGTGGGATTTTATTGTAATGCAGGCCAAAGAGCAG 
s mm7.chr17     24388080 82 + 93276925 TGCCCTGCAGGAACATTATGCCCTGCTGCACAAGAAGATCAACCATGCATGGGATCTGGTATTGATGCAGGCTCGAGAGCAG 

a score=3490
s danRer3.chr12 13558957 105 + 37038836 CTAATTGCTTGTTTTAGGGCAGGTAAGGAGCGGAAGAAACCAGACCGGGTGGTTTTTGACTGTCAGGAACGGGCCTACTGGGTTGTACATCGGCCACCAGTGAGT 
s mm7.chr17     24388330 105 + 93276925 CTGCCTATTCTTCCCAGGGCTGCTAAGCAGCGGCGGAAGGGAGACAGAATGGTCATTTCGTGTCAGGAGCAGACATACTGGCTGGTGAATAAGCCCCCTGTGAGT 

a score=2916
s danRer3.chr12 13564625 87 +  37038836 GTGTTTGCTTGCAGATCATGTTCACTCAGCAGTGCATCATGAGACCAAGGGTAAAGTCATCTGTGTCAATTGGAGCGTAAGTTACTG 
s mm7.chr11     12733492 87 - 122091587 GTCTCTCTTTCCAGATCATGTATTACCAACAGGCCTTAATGAGGTCCACAGTGAAGTCTTCGGTGTCTCTTGGAGGGTATGTCCCTG 

a score=1974
s danRer3.chr12 13564776 279 +  37038836 CATGAAATTATTGTAAAT---TATGTTGTATTTTGA-------CTTTATTTTGATATTTTGCAGAATTGTTAAGTACTCAACAACATACAAAGAGCACGACCCCTTTCTCCACCCGTGTCTTCCGAGTAGCCCCTGGTTAACTGATGATATTACATATTGGACTCTTAACATGCCAAAGTGAGCTGCAGTGTTTTAAAGCATTTCATTAGATTCCATGACTTTTTTGTTTTGTTATATGAGATTATGTTAAGTGAGAATGTAAAAAAGGGTTACA-GTATGTTTAAAGGA 
s mm7.chr11     12734305 277 - 122091587 CATGGAATTATCCGGGCTCTCTGGGTTGGATTTCTAGGAAGCCCTCTTTCTATCTGCTTTTCAGAATTGTCAAGTACAGCGAGCAGTTCTCGTCCAATGACGCCATCATGTCCGGCTGCCTTCCAAGCAATCCTTGGATAACAGACGACACCCAGTTCTGGGATTT--AAATGCCAAATTGTAT----GTATTTCAAA------CATTGAAATTT-TAACAAATCTGGTTTGTTTGATTTTATTTTGTCGAGTGTATGTGTGTGATGTGTTTGCACGTGTGTATGATTGA 

a score=4713
s danRer3.chr12 13566278 135 +  37038836 CTAACAGTGTTGAGACCCCTACTAAAATGAGGGTGGAGCGCTGGACTTTCAGCTTTGGAGAACTGCTGACTGACCAACGAGGAAGGGCTGA-TTTCCGACTCTTCCTTAAAAAGGAGTTTAGTGGTATGTGATATT 
s mm7.chr11     12735971 135 - 122091587 CTTGCAGGGTGGAGATCCCAACCAAGATGCGAGTGGAGAGATGGGCTTTCAACTTCAGCGAACTGATTCGAGACC-CCAAGGGTCGGCAGAGCTTCCAGTACTTTCTCAAGAAGGAATTTAGTGGTGAGTTCtctt 

a score=3364
s danRer3.chr12 13566769 96 +  37038836 CAGGTGAGAATCTTGCCTTCTGGGAGGCTTGTGAAGATCTGAAATGGGGTGCAGCAGAGACAATGAAAGAAAAGGCTCAGCAAATATACAAGTAAG 
s mm7.chr11     12741606 96 - 122091587 CAGGGGAGAACCTAGGATTCTGGGAAGCCTGTGAGGACCTGAAGTACGGCGATCAGTCCAAGGTCAAGGAGAAAGCAGAGGAGATCTACAAGTAAG 

a score=7902
s danRer3.chr12 13567470 145 +  37038836 TAGGACCTTTTTGGCTCGTGGAGCTCCTCGTTGGATTAACATTGATGGGAAAACAATGGAAATAACAGTGAAGGGTTTGGGACACCCTCATCGTTATGTACTGGATGCTGCCCAGACTCACATTTACATGCTCATGAAAAAGGTA 
s mm7.chr11     12742951 145 - 122091587 TAGGCTGTTCCTGGCCCCAGGTGCGAGGCGGTGGATCAACATAGACGGCAAAACCATGGACATCACCGTGAAGGGGCTCAGACACCCCCACCGCTATGTACTGGATGCAGCGCAGACCCACATTTACATGCTCATGAAGAAGGTA 

a score=1692
s danRer3.chr12 13569161 64 +  37038836 CCTGTCAAACTTTTTGTCCTGAAGCCCAATGACGCAGACCTACTTGAGCTTCCAGGCCTCTCTG 
s mm7.chr11     12743221 64 - 122091587 CCGGCCAGCTGTTTCTTCCTCTTATCCACCAGCCTAGACCTCCTTGAGCCCCACAGCTCCTCTG 

a score=4954
s danRer3.chr12 13581246 129 +  37038836 CGACCCAGTCTGAGTCCCATCATCCTTAGGCAGCAGGAGGAAGAACAGAAGGCCAAACTTGCAGCAAGTGGCCCAGTGGACATCACACAGGTCATGAGCAAACTGGAAAAGAAAAAGAAAACCTAAAAG 
s mm7.chr11     12746560 126 - 122091587 CGCTCCAGCCCAAGCCCTGTCATTCTGCGGCAGCTGGAAGAAGAAGAGAAAGCTCGA---GAAGCAGCCAACACCGTGGACATCACCCAGGTCATGAGCAAGCTGGACCGCAGGAGCCAACTCAAAAAG 

a score=5619
s danRer3.chr12 13586150 431 +  37038836 CCCACAGCTCTGCCGGTTCACAGCACCTGTGCCTCATCTGGCCGTATATACAGGCTTTTGTGAAGCAC---------------------------------------------AGTCCACTACCTCCCCAGGCC---TCATGACGCTGCCCAACAGTGCTGCCTGTCCTTCGCCCATCAGTGTGGCCATCGA--------CAGCACTCCAGCCTCAGAGCGGAG-------GTTTGACGGTAACGGAGGGCCTTCGTCCTCACATTTCCCTTCCATTGCAGAGGCATCTGTGTCTGAAGAAGAGAACCAGCC---GCCTGCACCCAAGTCTCGCATGGCTCTGTCTCTGAGCAGACTCCTCCGTAGAGGATGCAATGCTCCGTCTGTCTTTGCCAGTCTGTCCCCGAAATGTGGTGTAGCTTCAGGGGGAGGCAAAGTACAGCCCCTCGGAG---TGG---AGCCACTTACACAACCACAGCCCAGGAGAATTGCAAAGTTAG 
s mm7.chr11     12754935 491 - 122091587 CCCACAGCCAGGTCAGCACTTGGCTCCCAGTCCTCACCTGGCCGTGTATACAGGGACCTGCGTGCCTCCCTCTCCCTCCAGTCCCTTCTCACCATCCTGCCGCTCCCCCAGGAAGCCCTTTGCTTCCCCGAGTCGCTTCATCCGGCGGCCCAGCATTGCCATCTGCCCCTCGCCCAGCCGAGTGGCTTTGGAGGGTTCTTCGGGACTGGAGCCCAAGGGGGAAGCCAGCTGGTCTGGCGCCAACTCTGGGCCCTCAG---------TCACTGAGAACAGAGAGCCCTCTGCAGACCACTCAAGACCCCAGCCCAGGGCCCCTCCCAAGGCCCGTGCAGCTCTGTCCCTTGGCAGGTTCCTGAGACGGGGCTGTTTGGCATCACCAGTTTTTGCCAGGCTCTCACCCAAGTGCCCCTCTGTGTCACACGGG---AAGGTGCAGCCTCTGGGGGACATGGGCCAACAGCTGCCCAGGCTGAAACCCAAGAAAGTAGCCAAGTAAG 

a score=2849
s danRer3.chr12 13589087 155 +  37038836 AGCTTTTTTCAAATCAAAGTTGACATCCCACCTGAATGCCGCATCTACCCTATCGATTCCGAAGA-CGAGGAGGACGACAGTCC-----CAATACAGCAAGAGGAGGTGTGAAAGAAATCATTTGCCCATGGGAAACTGTCACGAAACAAGATG------GAGCAGG 
s mm7.chr11     12756768 158 - 122091587 AGCTTTTTCCAGATCAAAATGGAAATGCCTACAGACAGTGGGACCTGCCTGATGGACTCGGATGACCCCAGAGCAGGAGAGTCTGGTGACCAGACCACAGAA---------AAAGAAGTCATCTGCCCCTGGGAGAGCCTGGCGGAAGGGAAGGCGGGCTGAGCAGG 

a score=2971
s danRer3.chr12 13653798 209 +  37038836 ATCTGACTGAATCTGGTGATTGTAAGCTCTTTGCATTAGGTGGCAGTAGGTTGCTGCGCATCTTTTAGACCAAAATATCCGAAGAAGAAAGTTCGGAGGTCAGCGCTGCGTCG----ACGCTTGCTAGCTTGTTCTCTGCGCT------CACTCTTTTATAA---------TGGCAAAACATCACCCAGATTTGATCTTTTGCAGAAAACAGGCTGGAGTTGGTAAGT 
s mm7.chr15     21690970 214 - 103647385 ATCTAGCCGGTTTTGGTGCCC-----CCCCCCACCCCCCGAGGCTAAAGGCTGACGGACAGCTT---------AATGGCCAATCACGGAGGAACGGAAGTAAGCACGCCGTAGGTTAAAGGTCGGGCGGAAGTTCCCTAAGCTTCCGGCCGCCGGCTTGGAAAAAGAGTTATGGCTAAACATCATCCAGATTTGATTTTCTGCCGCAAGCAGGCTGGTGTGGGTGAGT 

a score=3272
s danRer3.chr12 13654766 77 +  37038836 TTTAACCTGATTTGACCTTTATTTCTTTTGCAGCCATTGGAAGACTGTGTGAAAAATGTAAGTTTTACTCATTTTCT 
s mm7.chr15     21691768 77 - 103647385 TTTAACGATGTTTTACTATCTTTGACCTTGCAGCTATCGGAAGACTGTGTGAAAAATGTAAGCCGAACACGCCCTCT 

a score=-286
s danRer3.chr12 13654923 358 +  37038836 ATTTGTTAATCTTTGTAACACAGCGAGTGATATCACAGAGTTTATCCGCTTCAttaaagggatagttcacccaaaaatgaaaatactgtcatcatttactcagcctttactcatttcaaaaagcaaattttgtttgaatttttttttttttcaaacatagtagatattttgaagaaacctgtaaccattgacttccatagtatttgtttttctacttttaaagtaaatagttacagttttcatctttctttaaaa----tatctcctttagtgttcaacagaagaaactaggcaagt----------aaatagtgagtaatttttcatttttagc----------------------tgaactattcctataaCAATGTAAAGAGATCAAAAAA 
s mm7.chr7      99184783 355 + 141766352 ATTCTCTGATTTTTG-----CCCTGGGAAATATTAGAAAAGATGTTTGTTTTATTACATGAAAAATATAGACTAAAG----------GTC----TTGGGTCATACTTGACTAAATT---AGGATAAATT-------AATTGATTTATCTTCTAAATATG-----CAGTCTCAATTAATTT-TAGTCATTGTATCACTTAGT-TCTGATGGCCAAATTGTGAT---AATTACCATGGCCTTTTTCTGTACTTAAGACTATTATGAGatttaataataaaaaatacatataatgcaaattcaatttttgaaaaactatataatttttacattttaaaaCTATCATAGTAACATTCCTTATGAAAAATAGATTTAACAATACTAAAATATTAAGAAC 

a score=11229
s danRer3.chr12 13655283 256 +  37038836 ATGACAGAATTATTGTTTTGAGGGGGTCATACTGTTATGATGTTATGCTCTTTAACACAAATGTGTATTTTCTTTTCCAGGTGATGGCAAATGCGTGATCTGCGACTCTTATGTCAGACCGTGTACACTGGTTCGTATTTGCGATGAATGCAACTATGGCTCTTACCAAGGACGCTGCGTGATCTGTGGAGGTCCTGGAGTGTCTGATGCCTATTACTGCAAAGAGTGCACCATACAGGAGAAAGACGTGAGTATA 
s mm7.chr15     21692425 243 - 103647385 AGGGCAGAGGAGAGATCTTAGGGGAGTAAT----------CGCTATTGGCTATAACTCA---GTTCTCCTCTCTCTACAGGTGACGGCAAGTGTGTGATCTGTGATTCCTACGTGCGTCCCTGCACCCTGGTCCGCATATGTGATGAGTGTAACTATGGATCTTACCAGGGCCGGTGTGTAATCTGTGGCGGCCCCGGAGTCTCCGATGCCTACTACTGTAAAGAGTGCACCATTCAGGAGAAGGATGTGAGTGTA 

a score=6391
s danRer3.chr12 13658860 138 +  37038836 CTTGTGTTACTGTCAGTTTCTGAAAGTCTCTTTTTCTTCGTCACACAGAGAGACGGCTGTCCCAAGATCGTAAATCTGGGCAGCTCAAAGACTGATCTGTTCTATGAGAGGAAAAAATACGGCTTCAAGAAGAGGTGA 
s mm7.chr15     21697053 135 - 103647385 CTTGAGACAGTTTCAAGGACTTAACAACTCTATTCTGTTTTT---CAGAGAGATGGTTGTCCAAAGATTGTCAATTTGGGGAGCTCTAAGACAGACCTGTTCTATGAACGCAAAAAATACGGCTTCAAGAAGAGGTGA 

a score=10501
s danRer3.chr12 13661892 219 +  37038836 TTACAGCGCTCCGTATTTGGCTTCATATCGTGCCACTGTGTTCTTGCAGCGCCCAAAGTCCTTGCGCAACTCTGCCACTTCCTGTCTGAGCGCTGAGTTTTCTCTCTCCAGAAATGCCGCTCGAACTGTGATCTGATTCTCTTTCAGGCGCCTGGCATCCCGTGATCGTTTGGCTGCAACATTGTTCTTCTTCCTCCGCTGCCAGTATTTATCATCCTG 
s mm7.chr15     21739309 219 - 103647385 TTACAAGGGCCCGTACTTGGTCTCGTACTTGGACACGATGGTCTTGCACTTGCCCACCTCCTTGCGAAGCTCGGCAACCTCCGTCCGCAGGGCTGTGTTCTCCTTCTCCAGGAACGCTGCCCGGATGGTGATCTGGTTCTCCTTCAGGCGCCTGGCATCCCGGGAGCGTTTAGCTGCCACATTGTTCTTCTTACGTCTTGTCCAATACTTTTCATCCTG 

a score=10291
s danRer3.chr12 13664069 248 +  37038836 TTACCTTCTGATCCTCAGGCACAAACACTTTCTTTGCCTTCTTGATCATAGGCTGCGGCTTCAGCTCCTCCTCGGAGAAGCGATGTTTGCGGGGATCGAACAGTTCGCCCCCAGGAATGCTGGAGAGCACGAGGTCTGTGGGATCTGGCTCGAAGTTCACGTCTACCTCGATTTCATCTGGATTAATGGGATCTGGTGTCATCCGGTTCTCTTCTGTGGAGAAAAGTGAATTAAGAAATGCCAACAAT 
s mm7.chr15     21741567 245 - 103647385 TTACCTTCTGTTCATCAGGGACAAAGACTTTCTTGGCTTTTTTGATCATGGGCTGGGGCTTCAGGTCCTCCTCTGCAAACCTGTGCTTCCGAGGGTTGAAGAGCTCCCCCCCTGGTACACTAGAGAGGACCAGGTCGGCAGGGTCAGGGTTGAAGTTCACATCGACCTCCACACAGCTGGGGTCGATGGGACTTGGGGTCTCCCTCTCCTTTTCCAAGGACGATTCTGA---AAGACAGGCAGACAAT 

a score=7877
s danRer3.chr12 13664696 371 +  37038836 GCAGCAATGCCGTTCTCCATCAGAAACTCCTCCAGATCCATGTACTCCAGGTGGAAGGTGTCTCCATCATAGGGGATGGTCTTTTCCCAGATGGCTGGCGTTAAGGCGGCTGAAGGTCCCATTTCACTGACCCCTCCAGACTCCACACTCTCAAACAGCTTCTCTTTATCATTTTC------------TGAAATATAAAAT-AAACACTAAATC--ATAATAATATGTACAGTATTTGACATCAAACAGAC-TGCTGCAAACCAAACACATACAG-----TGTTTGCATTCTAAACACCACATttaaaggcatagttcaccctaaaaaactatcatcgtttactcaccatgtccttgtt-ccaaacctgtttggtttctttgttctgttgtac 
s mm7.chr15     21747869 376 - 103647385 GCAGGGATGCCGTTCTCCAGCAGGAACTCATCCAGGTCCATGTACTCGAGGTGGAAGGACTCGCCATCGTAGGGGATGGTCTTGTCCCAGATGGGTGGCATGAGGGAGGCAGAGACGGCCATGGTACTGGCTGCTGCTGACTCGTCTTCCTC---CAGCTTTTCCTTCCCCTTTTCCTTATCTGCAAACAAAATCTATGATGAGACACTACACAAGAGAGTAACTTATCCCATG-ATGGCGTCAGTGAGCCTTGGAGAAGACCCATCTTCCTCAGAGGCCTGTTTCCA-TCCAAACCCTACATAT------ATGTTTC-----AAGAACACATCCT-GTCTTCTCACTGCACCCTGATGAACTAAGCAGGCTGGTCTCCTTGGGGAGTGGTAC 

a score=5045
s danRer3.chr12 13677459 418 +  37038836 CCCACCATTGACTCAGAACAGTCAGTTGGCATGGCGATCTGTTTTTCCTCTGGGGGCGGAGTCATAAGGTTGCTGTCTGCACGCCGGTGTTGATTGGTCAACGACAGCCACATCTCGTACATCTGCTGCATGTCTCTCACTGACAATGCACAGAGAAAT----------------ACACACCTTGTTTTAAAACACACAAATGGGTAATAGACACACAGCCATTTAGAAATGTGATCACAGGATCACACCCATAAAAACAA--AAACAAAACAAAATCTAGTTTAGTTGAATAGTTTAGC-------TGAATTAGGTGCA--------------------TTCTCACAGCTGTTGTTTTTCATGTAGGTCCACACATCCCTCTCCTCCAAACTGTGTGCAAAAGAACAGTTCCCAATATAGTGGCACTTCTTCTGTTTCATGACATGAACACACATCTGCAAG 
s mm7.chr15     21770072 463 - 103647385 CTTACCATGATGTCAGCATAGTCTGTGGGCATCTGGATCTGCTTCTCTCCTTCCCGAGAGCTGATGGGGGTCCCTTCTCCCGGCTTCCCTGGGTTGTGTTTCTTCAGCCACATGTCATAGGTCTGTTGCATATCCAGGACTGGGCAGGGACAGAGTGCTTGGTGAGGGATTCCCCATCCACTCTACCTATGATCCCTGATGGACTCGAGGGGCACAGAAACCTTAAGCTCTGCTACTGTATAGCTCGGCCCGAGGGACTAATCACGCACAGGGAGCCCAGAGTGTGTTCTAGAGATTAGCAACGTGGTGATACAGATACAGGAACACAGGACAAGCCTGCCACTCACTCTTGTTCTCCTTCATGAAGGTCCACATGTCCCTCTCCTCAGGGCTGTGTGCGAAGGAGCAGTTCCCCACATACTGGCATTTGCGGCCGTTCTGGGCATGAATACATAGCTGTGGG 

a score=4163
s danRer3.chr12 13681932 184 +  37038836 CTTACATCATATTGTTGTGGGTAGGTACGTGAAAAAGGCAGCGGTCGCACAACCACCCACTTTTTCTTCTCAAACGATTTCACTAGCAACACCCTGCGCTCCTTTGTCCAACTGAAAGAAAAAGACGACAAAAGAAACACTAAGAACTCTCATTGGAGACCTTAGTCAGGTTAGGCATCTTATT 
s mm7.chr15     21770650 178 - 103647385 CTCACGTCATATTGCTGTGGGAAGTTTCGAATGGATGGCAGCGGCCTCACGGACACCCATTTCCTCTTGGCCTTGGACATCACCAGAAGGACCCGCCTCTCCTTGGTCCAGCTGTAGGCCAGAAATG---GGAGTCATTACAGAGAGTCAGAGAGGAAGCCTTGG---GGTTATGAGGCTTTTT 

a score=5918
s danRer3.chr12 13682474 114 +  37038836 TGCAACCTGACCTGTGCCTGGCTTTGGCAGTGCAGTATTTCAGTGACTTGTCTGGCTCGTTGACCTGGCCCTCCCTCCAACACTGTCCACACACAAACTTCATCTTCAGATTAA 
s mm7.chr15     21770914 114 - 103647385 TGCCTGCTTACCAATGCCGGGCCTTGGCACTGCAGTACTTGAGGTCCTTGTCCGGCTCTACCACCTGCCCATTCCTCCAACACTGACCGCACACAAACTTCATCTGCAGGTCAA 

a score=3047
s danRer3.chr12 13684797 100 +  37038836 GTTTTGTCAAAGCCTCACCTTCTGTCTCTGCGCATTCTGTTCCAACCTGTGCCAGTGTCTTTTAGACTCCTGCACCATCTCCTCATGGGTAATACCTGAG 
s mm7.chr15     21777016  98 - 103647385 GCCTTACCAAGCCGCTGCTGGCCTTCCCTGCGTGGGCT--TCCATCTGTTGCCAGTATTTCTTGGATTCCTGAACGATGTCTTCATGGGTCATTCCTGGG 

a score=7278
s danRer3.chr12 13685141 187 +  37038836 ACCTGTGTCCTGCTGAAGCACCCAACACTTGAGTTCTATGACTGAATGTGCAAAAGAGCAACTGTCCTCCCGTTGGCAGCCGTATCGCACTTCATGACGACACACGTCAAACTGGCAGAGTGGGTGAAGAGGGCGTATTTTACTGTAGCGCACGTTTGCTGAGCGAACCACATGCACCAGGCACCTG 
s mm7.chr15     21779782 187 - 103647385 ACCTGAGTACTGCTGCAGCAACCAGACCTTGAGCTCAATGAAACTATGGGCGAAGTGGCAGCTGTCCTCGCGCAGGCAACCATAGCGCACCTCGTGGCGGCACACGTCAAACTGGAAGTGCTCCTGGAACTGACGGATCTTGGAGTACTTGAGAGAGGTGGAGCGGACGATGTGCACCAGGCACCTG 

a score=4408
s danRer3.chr12 13686057 122 +  37038836 GAATGACTCACTTGTTGTCATCAAAGGGATGTCGTGCAGTGAGATTGGAACACACAGCAAGATTTTCTTTGCTTCTCTTGCTAATTATTCGAGGTTTACTGTCAAAACATTCCTA--CAGGAAG 
s mm7.chr15     21780920 124 - 103647385 GCAGGACTCACTTGTTGTTGTAAAAGCTGTGCTTGGCAGCCAGGTTGGAGCAGACAGATGGAGAGTCCTTGGTCCCTTTGCTGATGATCCGGGGCTTGCTGTCGAAGCAGATCTGTTCAGGGAG 

a score=7620
s danRer3.chr12 13686250 218 +  37038836 TACCTCACAGAGGAACATAAACATGCCCATATGGAGCTGGAGGAGACGGGTGACACTGAGGGCCCGACGTTCATTTGTGCCCAGAGGGTCAAACAGTAGCTCGCGACTCAGAGCTCCCTTCCTCTCTTGGGTCCAGACGTCGATCTCCTCCTGGCAATAGGCAAAAGTGCAGTTCTCACCATACTGGCACTCCTGACGCTCTTGTACCTCTGCAAAAA 
s mm7.chr15     21782378 218 - 103647385 TACCTCACAGAGGAAGGTGAAGATGCCCTGGTGCTCCTTCAGGAGCTTGGCAATGGTGAGGCTGCCACGCTTGACACCCCCTAGAGGGTCAAAGAGCAGGTCCCGGTTGAGTGTGCCCTTCCGCTCCTCTGTCCACACATCGATCTCCTCCTGATGGTAGGCGAAGGTGCAGTTATCCCCGTACTTACAGTCTTGCTTGTTAATCATGTCTACAAAGA 

a score=3270
s danRer3.chr12 13689904 166 +  37038836 ACCTTTGCAGAGAACAAATGCCCCAAGGAAGTTATTACGAGCTGGACGAGGTCGCACCCTCTTCCAGATGGGGTCGTCTGCAGTTTTGAGGCGACAGAGCAGCACATCTCTCTTACAGCGGTGCGCTGCCTCAGGCTGATAATGGTAGTCCATAACTCTGGGGCCT 
s mm7.chr15     21783718 166 - 103647385 ACCTTTGCACAGGTAGTAGGAGCCCACAAAGCTGGTTTTGGTGGGCCGCGGCCGGATGCGCTTCCAGATCTGGTTCTCGGAACTCCGGAGGCGGCCGAGGAGGACGTCCCTTCTGCACTTGTGCTCGAGGCCCTCACGGTAGGTATAGTCGCCAGCCCTGGGGCCT 

a score=3396
s danRer3.chr12 13690168 105 +  37038836 TACAGCTGAGAGGTACAGTACCTATGCGACTGTAGCAAGCATTACAGGCCTGTCTGAACTCATGTGTGGCAGCCAGAGGGTTTCGTGACAGCAGAGAAAGGTTGG 
s mm7.chr15     21784264 101 - 103647385 TGCAGATGTGAAAT----TACCTGTTTTGGGGTAGCACAACTGGCAGGCCTGCTTGAACTCGTGGGTGGCAGCCAGAGGGTTCTTGATGAGCAGGGTGGTGTTGG 

a score=1823
s danRer3.chr12 13693161 165 +  37038836 AAGAGACTCCATTGTCTGGGAAGAGGCTTCGCTTTGACCCAATGCTGTAAAGGGCTCCAGTGGTGGAAGTGGACTGACAGCAGAGTTGAAAAATTGAGCTGCGAGCTGAGGTGTGGATCCTGGAAGACCCGGAG-----AGTATGGAGGCCTCAAACCCACAGCAGTGTT 
s mm7.chr15     21785894 156 - 103647385 AGGAGTCCGGCTTGTCCAGGGAG---CCTCGGGCTGACCCAAAGCTGTCAAGGGCACC-----------CAGCCGAGCCTCAGAGTATGGTAACAGATCCAGGGGGTCCAGCGTGGGCCCTGGAGAGTCAAGGGCATCCAGCACAGAAGCAGCCAGCTTCCTGGAGGGGT 

a score=2774
s danRer3.chr12 13695091 104 +  37038836 ACAAACCTGAGGGCTGACGTATGCTTTGCGGATTTTCAAACCAAGTTTGTTGGCTAGATCCTGAGCAAGCTCACTGACTTGCCTGTCCTGTGTAAAATAAACCA 
s mm7.chr15     21790476 104 - 103647385 ACCTACCTGGGGTCTCTTATAGGCTTTCCGTACCCGCAGTCCAAGCTTCTGAGCCAGCTCCTGGCCCAGCTGGGTGACATTTTCATCCTGTGGAAGGCAGGACA 

a score=5311
s danRer3.chr12 13704321 93 +  37038836 TTCAAAATGCCCCTCTTTGGCAATATTTTCAGTCCCAAGAAAACCCCACCTCGAAAGTCTGCATCGCTTTCCAATCTACATACAGTAAGTACA 
s mm7.chr15     79745572 93 + 103647385 TTAGGGATGCCTCTCTTTGGCAGCATATTCAGCCCAAAGAAGACCCCTCCTCGGAAGTCGGCCTCTCTCTCCAACCTACATTCTGTGAGTGCA 

a score=5409
s danRer3.chr12 13705053 129 +  37038836 TCTTTTGAAAGTTGGATCGGTCGACCCGTGAGATTGAATTGGGTCTGGAATATGGATCTCCTGTGATGAACATTGGTGGTCAGAGCCTCAAATTCGAAGACGGACAGTGGATTTCAGGT--ATGGCCTTGC 
s mm7.chr15     79749766 131 + 103647385 TCTTACCACAGTTAGATCGGTCAACGCGGGAACTGGAGCTGGGGCTCGACTATGGAACTCCTACCATGAACCTGGCGGGGCAGAGCCTGAAGTTTGAAAACGGCCAGTGGGTGGCAGGTGAGTGGCCCTTC 

a score=4830
s danRer3.chr12 13705258 119 +  37038836 GTGGAAATGTGTCAGGAAAAGAAGTTCAGCGACTGAAGAAGAGGAATCTACAGTTAGAGGAGGAGAATAATCTGCTCAGGCTGAAGATTGAAGTTCTTCTTGATATGGTGAGAGTTAAA 
s mm7.chr15     79749974 119 + 103647385 GTGGGGGTGTGGACCGGAGGGAAACTCAGCGCCTGCGCAAACGAAACCAACAGTTAGAAGAAGAAAACAATCTCCTGCGGCTGAAAGTGGACATTCTGCTGGACATGGTGAGGGAGAAA 

a score=2845
s danRer3.chr12 13705470 93 +  37038836 TTCTAGCTTTCAGAATCGACAGCAGAAACACATCTAGTACAGAAGGAGCTTGAAGATATGAAGAGCAGTTCTAGGAGAAAGAAATAAAGGGAG 
s mm7.chr15     79751113 93 + 103647385 TTCCAGCTTTCAGAAACCACTGCTGAGTCCCACCTAAAGGACAAAGAGCTGGATGAACTGAAGGTTACCAACCGCAGGAGGAAGTGAAGAGAG 

a score=10082
s danRer3.chr12  13709390 280 +  37038836 GTAATCTAAACTAATACTGAAGCGTTTTTGTGTCTCTTTTGGA-------AGTCTGAGCAGCTATGGGAGGTATTGTAGAAGATCGAGAGACGGCAGGT------GCCCCAGATGGCGGATGGGGCTGGGTTGTTCTTTTAGGAGGTTTTGTCATCACTGGCTTCTCATATGCCTTCCCAAAAGCTATAAGTGTTTATTTCAAAGAACTGATGCATGACTTTGGCTGTGGATATAAAGACACAGCCTGGATTTCATCAATAATATTGGCTATGCTCTACGGTTCAGGTAAGAT 
s mm7.chr11     121064233 288 + 122091587 GCAACCTGAGTCACTGCTA-----TTTTTTTTTTCCTCTCAGGTGAAAGCAGCCCTCCTGGCTATGGGAGGGGCTGTGGTGGACGAGGGTCCCACCGGCATCAAGGCCCCCGATGGGGGCTGGGGCTGGGCCGTCCTCTTTGGCTGTTTTATCATCACGGGTTTCTCCTACGCCTTCCCCAAGGCGGTCAGCGTCTTTTTCAAGGAGCTTATGCATGAGTTTGGGATTGGCTACAGCGACACGGCTTGGATCTCCTCCATCCTGCTGGCTATGCTCTATGGCACAGGTGAGGT 

a score=5052
s danRer3.chr12  13709744 154 +  37038836 ACTCAGGTCCCATTTCCAGCATCATGGTCAATAAATTTGGATGCCGTCCAGTCATGTTGGTTGGAGGATTATTGGCCTCACTTGGGATGATAAGTGCATCTTTTGCTACCAGCATTATCCATCTTTACATCACTGCGGGTGTCATCACAGGTAA 
s mm7.chr11     121064837 154 + 122091587 ACACAGGACCGCTCTGCAGTGTGTGTGTGAACCGCTTTGGCTGCCGGCCTGTCATGCTTGTGGGTGGCCTCTTTGCGTCCCTGGGAATGGTGGCTGCGTCCTTCTGCAGAAGCATTATCCAGATCTACCTCACCACGGGGGTCATCACTGGTGA 

a score=9842
s danRer3.chr12  13712687 310 +  37038836 ATAATGTGTCTCTTTAAAGGTCTTGGACTGGCATTGAACTTCCAACCATCACTGATTATGCTGGGGGCTTATTTTGACAAGCGCAGACCACTTGCCAATGGACTGGCGGCAGCTGGAAGCCCCGTATTTCTGTCAGCCCTGTCTCCGCTAGGACAATTACTGCTCGATCAGTATGGATGGAGAGGAGGCTTTCTCATTACCGGTGGTCTTCTGCTCAACTGCTGCACATGTGGTGCTGTTATGAGACCCCTGAAACTTAAAGAAAGGAAAGCCTGTAATCAAGAGCTGAAGGAAATGCTGCCTCCTGAGG 
s mm7.chr11     121065380 290 + 122091587 ATACTGTCCTCTCTTACAGGCTTGGGTCTGGCTCTCAACTTCCAGCCTTCCCTCATCATGCTCAATCGATACTTCAACAAGCGTCGCCCTATTGCCAATGGGTTGGCAGCGGCAGGCAGCCCAGTGTTCCTTTGTGCACTGTCTCCACTGGGGCAGCTGCTGCAGGATCACTATGGTTGGCGGGGTGGCTTCCTCATCCTGGGGGGCCTACTGCTCAACTGCTGTGTGTGTGCTGCGCTCATGAGGCCGCTGG--------------------TGGCACCGCAGGTAGGCGGAGGGACTGAGCCCCGCGG 

a score=16218
s danRer3.chr12  13713056 485 +  37038836 CTTCTGGACTTCAGCGTACTTCGTGACAAAGGGCTTATTATCTATATTATTGCAAAATTTATAGTTGTTCTTGGTTTATTTGTTCCGACTATTCTCTTAGTCAACTATGCTAAGGACCAAGGAGTGCCTGATAAGGAGGCTGCCTTTTTGTTGTCTATTATTGGATTTATTGACATCTTTGCTCGTCCTACTTGTGGCGTTGTGGCTGGTTTAAAATGGGTGCGACCCAAGATGTCATATTTCTTCAGCCTGGCCTTGCTCTTCAATGGCCTGACAGATGTGTGTTCAGCTACGAGCACAGACTACAAGGGGCTGATTATCTTTTGTGTGTTTTTCGGCCTGTCTTATGGCATGGTGGGAGCTCTACAATTTGAAGTGCTAATGGGTATTGTGGGAACAAGCAAGTTTTCTAGTGCACTAGGCCTAGTGCTCCTCTTTGAGGCAGTGGCTGTGCTGATTGGACCTCCCTCTGCTGGTGAGTCATG 
s mm7.chr11     121065692 485 + 122091587 CTGCTAGACCTGAGTGTCTTCCGAGACCGCGGCTTCCTCATCTATGCCGTGGCCGCCTCAATCATGGTGCTGGGACTCTTTGTGCCTCCGGTCTTTGTGGTGAGCTATGCTAAGGATATGGGTGTACCCGACACAAAGGCCGCCTTCCTTCTCACCATCCTGGGCTTCATCGACATCTTTGCCAGGCCCACGGCTGGTTTCATAACAGGCCTCAAGAAGGTGCGGCCCTACTCTGTCTACCTCTTCAGCTTTGCCATGTTCTTCAATGGCTTCACTGACCTGACAGGCTCCACAGCCACTGACTACGGTGGCCTGGTGGTCTTTTGCATCTTCTTTGGCATCTCATATGGCATGGTGGGCGCACTACAGTTTGAGGTGCTCATGGCTATCGTGGGCACTCAGAAGTTCTCCAGTGCCATTGGTCTCGTGCTGCTGCTGGAGGCCGTGGCTGTGCTCATCGGACCCCCGTCAGGAGGTGAGTGCTG 

a score=3315
s danRer3.chr12 13713620 115 +  37038836 TTTCCCCAACAGGCTATTTGGTGGATAAATACAAGAACTATGAACTGATTTTTTACATGGCTGGCGGAGAGCTGATCACTGCTGGAATATTTCTGGCCCTTGCTTCATTCTGCTG 
s mm7.chr15     24312944 112 - 103647385 TTTCCCTA---GGCCGCCTGGTGGATGCTCTGAAGAACTATGAAATCATCTTCTACCTTGCTGGCTCTGAAGTGGCCTTGGCAGGAGTCTTCATGGCAGTTACCACCTACTGCTG 

a score=4422
s danRer3.chr12 13713946 358 + 37038836 TGAGAACATATTTGATTATGGTTC--AACGAATAAAATGTCTAAGGTAATAAAATGAAAAGCAAGAGTGCCATGTTATTAGAAACGTTATTTTATATTTATGTTGCTTTGATATTCTGTATGTATGTAATGTAATATAAATACTTTAACATGGCCTA----ACAGTTAGGCCCTGTTAGATTATGTGTTGCTATGTATATATATATATtgtgggcggagtaatacacaaagggtaaagaggctgtaggagttctgatattgcaaaa-----------taCAGAACCAG--ACAGAACTGTT--GtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataCAAGAAAATAA 
s mm7.chr16     90056628 358 + 98481019 TTAGATTAAACTTCATCATGGTTCTCACAAAGTAAAAAGGCTGAAGAAGTAAAACTCTAATAAAGAGTGCCTCTATATTAGATGCATGTTAGCATATTTATGTTGTTTGCAT-TTATGTATATTTATATTAGTATAAATGTATATTACTACATCTTACTATGCAATCAAGCccaggta--------gtggggctgcacacccttaacct----------caacactcagaaggc--agaggtaggcggatcgctgtgagttcaaggctaccctggtctacataacaagttccaggacagccaaggctacacagagaaatcctctcaaaaaaaAatacatatatatatatttatatatatatatatatatCAGCACACAA 

a score=3120
s danRer3.chr12 13715701 110 +  37038836 TAAGGTATTGCTCACTTTGCTTATTCTTAGGTAAAAAGGG---CCACAAGGGCCGTGGAAAGCAGTTCAGCAACCCCGAGGAGATTGACCGTCAGATGAGAGCTCAAAAGGAG 
s mm7.chr5       8888522 105 - 153054177 TAAACTACTGATCTTTGTGC--------AGGTAGAAAGGGAGGCCACAAAGGCCGAGTGAGGCAGTATACGAGCCCGGAGGAGATCGATGCCCAGCTACAGGCTGAGAAGCAG 

a score=4743
s danRer3.chr12 13717626 186 +  37038836 ttttttatCTTTCTCTTTTGAAGCAACCTAAAAGGAAAGGTGTTGAAGGATTAATTGAAATTGAGAATCCCAATAGAGTTTCCCAGAAGAGCAAGAAGGTTGTGGAAATTGATGTCAATGCACCTAAAGAGCTATCGCGACGAGAAAGGTA-----TGCGAGATGGCATATACTTAACCTCAAAGCAATGA 
s mm7.chr5       8892531 188 - 153054177 TCTGTAACCGTCCTGTTCTGTCCTAGCAAAAGCGAAAAGGCGTGGAGGGGCTCATTGACATTGAGAACCCCAACCGCGTGGCACAGACAACTAAGAAGGTCACGCAACTGGATCTGGACGGGCCAAAGGAGCTTTCAAGGAGAGAAAGGTAACATCTGCTTGGTGG---ATCTGCAACCTTAGAACACAGA 

a score=8743
s danRer3.chr12 13717850 165 +  37038836 AGGGAGGAGATTGAAAAGCAGAAGGCTAAAGAACGATACATGAAGCTGCATCTCGAGGGGAAGACGGAGCAGGCCAGGGCAGACCTTGCCAGGCTGGCCATTATTAAAAAGCAGAGAGAGGATGCAGCGAAGAAGAGAGAAGAGCTGAGGAAAGGTGAG-CTGGGC 
s mm7.chr5       8894019 166 - 153054177 AGAGAAGAAATAGAGAAGCAAAAAGCAAAAGAACGCTACATGAAGATGCATTTGGCTGGGAAGACAGAGCAGGCCAAGGCTGATCTCGCCCGGCTGGCAATCATCCGGAAACAGCGGGAGGAGGCAGCAAGAAAGAAAGAGGAAGAAAGGAAAGGTAGGTCTGAGC 

a score=4344
s danRer3.chr12 13738508 86 +  37038836 CTTTTTCTCAGGATCAGTACTCTGCAGACCTCTATCATTTTGCCACTAAGGAGGATGACTATGCCAGTTACTTCACCCGTGTGAGT 
s mm7.chr15     78987210 86 + 103647385 CTGTCCCTAAGGACGAGTACCTGGCCGATCTCTACCACTTCTCCACCAAGGAGGATTCTTATGCCAACTACTTTATTCATGTGAGT 

a score=2786
s danRer3.chr12 13741069 102 +  37038836 TTCTGACAGCTTCTAGAACTACAAGCTGAATATCACAAGGCTTCATATGATTTCCTGGAGAGAAACATAACTGAGCTCAAGGAGAGTCACAGCCACACAGGT 
s mm7.chr15     78987406 102 + 103647385 TCCCCACAGCTCTTGGAGATTCAGGCTGACTACCACCGCAAGTCACTGACCTCACTCGACACGGCCCTAGCTGAGCTGAGGGACAACCACAGCCAAGCAGGT 

a score=1953
s danRer3.chr12 13741275 112 +  37038836 AAGGTATTTGGAGAGCCGCTGCTGTCTCACCTTCAGAGCTGCAGGAGGAAGATTGCTGTCCCCATTGAGGAGTGTGTGAACATGCTGTTACGTACAGGACTCAGGGAGGAGG 
s mm7.chr15     78988016 109 + 103647385 AGGGTATATGGGGTATCTTTGAGAACCCACCTACAAGACCTAGGCCGTGACATTGCCCTGCCCATCGAGGCCTGCGT---CCTGTTGCTGCTGTCAGAGGGCATGCAGGAGG 

a score=2958
s danRer3.chr12 13741518 136 +  37038836 TGTCTTTACACATGTCATCTAGGGGCTGTTCAGACTAGCAGCCGCAGCGTCTGTTATGAAAAAACTGAAAAGCAGTCTGGATTCAGGCACAGTCGACCACACTGAGTTTAGTTCTGACCCTCATGCTGTTGCAGGT 
s mm7.chr15     78988700 136 + 103647385 TGTGTTCTTTCCTGCACCCTAGGGCCTCTTCCGTCTGGCTGCTGGGGCCTCTGTGCTGAAGCGCCTTAAGCAGACCATGGCCTCAGATCCCCACAGCCTAGAGGAATTCTGCTCAGACCCCCATGCTGTAGCAGGT 

a score=4503
s danRer3.chr12 13744339 100 +  37038836 tGCTGTCTTGCAGGGGCTCTTAAATGTTACTTGCGAGAACTGCCTGAGCCGCTTATGACGTTTGAACTATACGATGACTGGTTTGAAGCTGCAGGGTGAG 
s mm7.chr15     78989194 100 + 103647385 TGCCTTGTTTCAGGTGCCCTCAAGTCCTATCTCCGGGAGCTGCCGGAGCCCCTGATGACCTCTGACCTCTACGATGACTGGATGAGAGCAGCCAGGTGAG 

a score=91
s danRer3.chr12 13744439 1 +  37038836 T 
s mm7.chr11     56978376 1 - 122091587 T 

a score=1598
s danRer3.chr12 13744529 81 +  37038836 AAGAAACGGATGAAAAACTAAAGCTGCTCCGGACAGCGTTGCAAAAACTTCCCACAGAAAATTATAACAATCTTAGGTACG 
s mm7.chr11     56983142 81 - 122091587 AGGAGCAAGACAAGAGACTTCAGGCTCTCTGGAATGCTTGTGAGAAGTTGCCCAAGGCCAACCATAACAACATCAAGTAAG 

a score=5572
s danRer3.chr12 13744684 125 +  37038836 ATGACTTTGTGTCTCCATCAGATACCTTATTCAGTTCCTGTCACAATTATCAGAGCATCAAGCAGTGAATAAGATGACACCCAGTAACATTGCCATTGTGCTCGGTCCTAATCTACTGTGGCCTC 
s mm7.chr15     78990144 125 + 103647385 ATGCTCTCCCACCCCACCCAGGTACCTGATGAAGTTCCTGGCTCTGCTGGCAGAGGAGCAGGATGTAAACAAGATGACACCCAGCAACATCGCCATTGTCCTAGGACCCAACCTGCTGTGGCCTC 

a score=3270
s danRer3.chr12 13745051 135 +  37038836 CTAAAACATCTCTTTGCCTTATATTTTTGCTTCAGAGAGACATCATTGCTGGACATGGCATCTGCTTCTTCAGTGCAAGTTGTGACTATCATAGAGCCGCTTATACAGCATTCCAAGAGCCTCTTCCCAGAAGGT 
s mm7.chr15     78990883 129 + 103647385 CTAAAACTCTTGCTTCTCTT------TTGTGCCAGGGACCAGGCCCAACTGGACGCTGCCTCTGTGTCCTCCATTCAGGTGGTGGGTGTTGTCGAGGCGCTGATACAGAACGCAGACACCCTCTTCCCTGGAGGT 

a score=1272
s danRer3.chr12 13756630 60 +  37038836 AGACATGAGGGA--AGGGCCCAGATCAAGAGTGAAGGAGTTCATGGAGTCGGAGGGACTGAT 
s mm7.chr15     24715067 62 - 103647385 AGGAGTGAGGGCCCAAGGTCAAGGTCAAAACGGAAGGACAAGAGAGAGTCAGAGCGTCGGAG 

a score=1868
s danRer3.chr12 13756789 63 +  37038836 CTCAGTGCGGGACAGTCTTGGCAATGTCACGAAGCCAGACTCCAAACCTGCAAAACAAAGAAA 
s mm7.chr15     24715222 59 - 103647385 TTCCACGCGTGGCAGGCGTGAGATGGTGCAGAAGCCAGACTCCAGGCCT----AGCAGAGAAA 

a score=10532
s danRer3.chr12 13759289 442 +  37038836 GTGGAGTTCTCTGGTGTTTTGGGTGAACTAGGGAAGAGCACTTTCACAGGACAGCCATTGGGTGAGTCCACGTCCAGCCGAGGGAGGGAAATGGCATTCTTTATGATTGGAGAAACGGCTGGAGGTGGGGGTGAAAG----GTCTTTGGAGCCACC-----ACGGGGCCTGTCGGGAGTCTTGCGGACATGGCGAAGCGTGCGGGTGAAGAATCCCTCATTCTTCTCTGAGGTGGAGGATTCTGCGTCTGCATTATTTCCTGCTCCACCATGGTTGCTCAGGAATGAGGTATCCCCAAACACATCCCCTCCACGGCCCACATGCATGGTGTGGCGGAAATCCCCCAAAGGGGGGCTGATCATTTCTGGGGTGAGGTCACCTTTAAAACGACGCTTTCCTGAGGAATGGGAAACCAGGCCCTTCAGGCCAGACAACTTGCCCAAATTCATGG 
s mm7.chr15     24716634 409 - 103647385 GTGGAGCTAGCCGGCGTGCTGTCAAAACTAAGCTTGCCCA---TCACCAGACTGTCATAGGTGG---CCTGGTTGAGCTGAGGCAGGGAGATGGCGTTCTTGATGATGGGCGAGATGGGAGGCGGAGCAGGTGATGGTGCAGCCGGGGAAGCCATCCTTCGAGGTGGCACCCCGA---CTCTGCGAACCTGTTGGAGCTTCCTGGCCAGGAAAC-----------TTCGGGGTG-AGCGGTGGGTGTTTCCAGAGCGGCCT------CCGTGGTTGCTGAGGAAGGACGTATCTCCGAAGACATCCCCACCACGGCCTACGTGCATGGTGTGGCGGAAGTCCCCAAGTGGGGGGCTGATCATGTCTGCTGTCAGG------------CGTCTCTTTCCATGGGAACTGGACACCCATCCC-ACAGG--AGACAGCTTGCCCAGGCTCATGG 

a score=8533
s danRer3.chr12 13799156 226 +  37038836 CCATCCGCTGCCACCCCGGCTGCTGGCACCCTCCCTC---------AGGGTGGGAACAATGCTAAGCGGCCGGCGGTGGCCAACGGACAGCCCTCCCCCAGCACACCGAATTCTCAGCGCTACATGCCCCGTGAAGTGCCCCCTCGATTCCGTTGCCAGCAGGACCATAAAGTGCTACTGAAGAGGGGCCAGCCA---CCACTGTCCTCCATGCTGCTGGGGGGAGGCAACAGCGGGG 
s mm7.chr15     80960829 222 + 103647385 CCAACGGCCGCCAGCCCAATTGGCAGCTCTCCATCGCCACCAGTCAATGGTGGCAACAATGCCAAAAGGGTGGCAGTGCCGAACGGACAACC------------GCCAAGCGCCGCCCGCTACATGCCTCGGGAGGTGCCACCGCGATTCCGTTGCCAGCAGGACCATAAAGTGTTACTAAAACGTGGGCAGCCCCCTCCACCGTCCTGCATGCTCCTCGGGGGTGG----GGCGGGG 

a score=3508
s danRer3.chr12 13799638 362 +  37038836 TCATCAATCGCTGCTTCTTCTTCTTCAAATTATGCAAATTCCATGTGGGG------GACCAGCTCTGGCAGCCATCCCCTCTC---------TCAGGGCAGGGAAAAGGTGATAGTGGACCGGTCAGACCTGGAGGAATGGCCCAGTATTGCTGCTGGGGATGGATCAAAGTCAGGGGAT-----GCAGCAGGTACAGGAGGTACAGACAGTGGTGCGATTCT--GAACTGCAATGCCTCGTGGGGTGAGAGGCATCTCCAGCAGCAAGCGAAAGTTGTGGGAGGAGGGAATGGAAGGAAAGGAGTCAATTCTGGCAGTTCCTCTCCGCCCACATCCTCTGGATCACCCAATGAATGTATGCAGTCTGGTAGTGTTTGGGCTTC 
s mm7.chr15     80963349 323 + 103647385 TCAACCCTTGGAGGTGCTGCTGCTTCAAATTATGCAAATTCCACTTGGGGCCCGGGAGCCTCCTCCAACAGCGGCGCCTCCCCCAACCCAATTCACATCTGGGACAAGGTGATTGTAGACGGGTCTGACATGGAAGAGTGGCCTTGTATTGCC-----------AGCAAAGACACTGAATCTTCTTCCGAAAACACCACCGATAACAACAGTGCCTCGAACCCTGGCTCTGAGAAGAGCAGTCTGCCAGGAAGCACCACTAGTAACAAAGGCAA-------------------------AGGGAGCCAATGC-------------CAGGCTGCAAGTTCTGG----------GAACGAATGTAATCT--TGGGGTCTGGAAATC 

a score=1115
s danRer3.chr12 13800126 295 +  37038836 CAATTTTACCCCTAATGCCAATCCCTCTGCTTGGCCAGCCCTAGTACAGGAAGGGGCT---------GGGACAGTTGCAACAGAGGGTGGCTCCTCTTCCCTCCAAAGCTCATCTTTGTCTGCCAGCAACCC--------------------------------------TCTTTCTGT--------GAATCAAGCCTCTCATC---------------------------AGCACCAACT--------------TCACCAAATGCAATCCAGAGACAGAGAGCCATCCTGTGGAGAATGGGGTGGCACAGCACTGGAACCAGGAGCAGGA--------CCAAAAAACACTGGGGTGACAGAGGGGGCTGATATGGACTCTGGAAGCACAGGTGGAGGA 
s mm7.chr15     80963789 391 + 103647385 CAACTTTAACCCAAATAGCAACCCATCTGCCTGGCCAGCATTGGTCCAAGAAGGGACTTCTAGAAAAGGGGCATTGGAAACAGAAAGTAGTAGTTC--CAGTGCACAAGTTAGCACAGTAGGTCAGGCATCCAGGGAACAGCAGTCAAAGATGGAAAATGCGGGTGTTAATTTTGTTGTCTCTGGCAGAGAACAGGCTCAAATTCATAACACTGATGGACCAAAAAATGGAAACACTAACTCCTTGAACTTAAGTTCACCAAACCCCATGGAAAATAAGGGA---ATGCCCTTTGGAATGGGCTTGGGGAACACCT---CCAGGAGCACTGATGCCCCTTCACAAAGCACTGGAGATCGAAAGACTGGGAGTGTTGGGTCTTGGGGTGCAGCTAGGGGG 

a score=2366
s danRer3.chr12 13800456 661 +  37038836 ATCATTGTGGAGAACTCAGCCTTTCCCTGCAAA----CTTC-------AAAACGGGTGCCTCAAGGACTGAATCTTGGGATGATGG-AGCAGGAGGGAGCTCCTTGTCTGCTGAAAGTGGGAAGGCATGGGGATATCCCGGCCAGGACGATCGAGGAGATTTGACGGGGGCAGGTGCCTGGGGAACAGGAAGTGGGGGTCAGACCCCCGGGGTATCTCAGGGAGCGTGGGGTGGGGACCATTTGTTGGGTGGGGAATGGGGGGCATCCAGTGGTGTTGGAGGTGTCAGTGATCAAGGTGGGAAAGACGGCTCAAGCAGTAACAGCAGCAGTAGTGGCGGTAGTGTCAGCATCCCGACGACAACCTCCTCC---ACACCTTCAACTATGACAAGA------GCTTGGGACAATCAGAAAGCAGTTGGGGATGTGGGAGCAGGAGATTTGAGTGAGTGGGGAGGCCAGGGTAGCAGAGGTGGGGAAGGTACCTCATCCTCCAGTGGTGGAGGAAACTCCAGAAGTGGCAATCAGCGCCATGGCCACCACCGCACTCATAAGCC------TCCTGACCCTGAAGTGGCCTTACAGGATCTGCTTAGCCGGTCGGATCTGGACCCCAGAGTGCTGTCCAATACTGGTTGGGGTCAGACACAAATCCGTCAGAATGTGGCATGGGATTTGGAA 
s mm7.chr15     80964231 570 + 103647385 AACAATGGAAAAGACAGAGAGGACTCCTGGAAAGGAGCTTCTGTTCCAAAACCAACTGGGTCAAAAAGTGACTCTTGGGACAACAATAACAGG-------------TCTACGG---GTGGG---TCCTGGAACTTTGGCCCTCAGGACAAT-AATGACAACAAATGGGGTGAAG-------GGAACAAAATG----------ACATCTGGGGTCTCTCAGGGAG-----AATGGAAACAGCCGACTGGGT-----------------CTGATGAGTTGAAAAT--TGGAGAATGGAGTGGTCCAAACCAACCAAATTCTAGCA-CTGGAGCATGGG----------ACAATCAAAAGGGCCACCCCCTCCCTGAAAACCAAGGCAATGCCCAGGCTCCCTGTTGGGGAAGATCTTCCAGCTCC-------------GCAGGA------AGTGAAGTTGGAGGTCAAAGCACT--------GGAAGCAACCACA----------AAGCAGGAA------GTAGTGACAGTCATAATTCTGGTCGTC---GGTCATATAGGCCCACGCATCCTGATTGCCAGGCTGTCTTGCAGACTCTTTTGAGCCGGACTGATTTGGACCCTAGGGTGCTCTCAAACACTGGCTGGGGCCAAACTCAAATTAAGCAGGACACAGTGTGGGATATTGAA 

a score=7013
s danRer3.chr12 13801421 901 +  37038836 GAGGTAGCTCAGCTGGTGGGCAG----GGCATGCCATCTGGGGGTTGGGGAGGGACTGCATCATCAGAAGGCCAAG----TAAAGGGCTGGG---------------AAAGCGA------GGGACATGAGTGGCGAGAACGGCGAGCAGGAGGTTCGTCAGGTGGGTGGGGAGATTTCCAAA-CACAGGGTACTCCATCAACAGGAGGAAG-----------TGGCTGGGGAGATAGTCAGGAGGAGAAAGGAACAAGATCA-AGTGGATGGAAAGAAATGGGGAGGGT-GGATGCAGGCAGCTGGGGACCGAG------AGGTACCAGCGACTGGGGAGAAAAAGAGTCTAAATCGTGTAGTGGGGGGTGGGATGGAAAGGGTGGTGGAGGTACTAGTGGAGA--------CTCAGAAGTGGGTACATGGGGTAATTGGGATGATGGAACTCCTGGAGGGACATGGGGA---GGGGTG--GGTGGAGACATGGGTGGAAAATCT--CACCAAGGTTGGGGTGGGAAGAT-GCA-------CCCTTCACAAATGCCAAACAGCCAATCAGCCTCAC-------AGAAAGGCCCGGCACAGCAGCAGCAGCAACCACAATCACAGCCTCAGCAGTGTCAGTCAGTGGACACAGGGGCCATGCAAGGGGGCTGGGGAAGACCAGCAGGTCCTTCAGTCCAGAGC------CAAAGTTCAGGGTGGAATTCAGGGCCTATACCCCAAATTTCCAATGGCCCTGGAGAGACTTCAGAGCCCAGCGGTTGGGAGGAGCCTTCTCCACAGTCCATCAGCAGGAAAATGGAAATTGATGATGGAACATCTGCTTGGGGTGACCCCAGCAACTACAACTACAAAAGTGTCAACTTGTGGGATAAAAACAATGCCCCATCTGGCCAGGCACAATCAGTGTCCCCTCAGCAGGGCCCCCCACCCCTGCAAC-----AGCCGCCACCAGGAAGAATGCCAAC 
s mm7.chr15     80964801 898 + 103647385 GAGGTGCCAAGGCCTGAGGGGAAATCTGACAAAGGAACTGAGGGGTGGGAGAGCGCTGCCACAC----AGACCAAGAACTCAGGGGGCTGGGGAGATGCACCCAGCCAAAGCAATCAAATGAAGTCTGGATGGGGGGAGCTCTCAGC------CTCGACAGA---GTGGAAAGACCCCAAGAGCACAGGAGGCTGGAATGACTATAAGAACAACAACTCTTCTAACTGGGGAGGAGGCCGAGCAGATGAAAAGACACCTTCCTCTTGGAATGAGAGTTCTTGTAAGGATCAGGGGTGGGGAGGTGGGCGCCAACCCAACCAAGGATGGACTTCTGGGAAGAA-----------------TGGTTGGGGCGAGGAGGTGGATCAAGTGAAAAATAATAATTGGGAAAGTTCTGCCAATAAGCCTGTGTCTGGG-----TGGGGTGAAGGAGGAC--AGAATGAAATTGGAACTTGGGGTAATGGTGGGAATAC-------AAACCTAGCATCAAAAGGTGGGTGGGAAGATTGCAAAAGATCCCCTGCATGGA-ATGAGACAGGCAGACAGCCCAATTCCTGGAATAAACAACACCAACAGCAGCAGCAGCCACCGCCACCACAGCCAGAGGCTTCTGGTTCA---------------------------TGGGGAGGCCCACC---CCCGCCACCTCAAGGCAATGTTCGACCTTCTAATTCCAACTGGAGCAGTGGACCCCAGCCTACAAC---CCCTAAGGATGAT---GAACCCAGTGGTTGGGAGGAGCCATCCCCACAGTCAATTAGTCGGAAAATGGACATTGATGATGGCACTTCAGCTTGGGGAGACCCTAACAGTTATAACTACAAGAATGTGAACCTTTGGGATAAG---AATTCTCAAGGGGGCCCAGCACCTCGAG--------AACCAAACCTGCCTACCCCAATGACCGGGAAATCAGCATCAGGTAG-GTACCAAC 

a score=2869
s danRer3.chr12 13802567 138 +  37038836 CCTTGTGTGGACAATGGTACTTCAGCCTGGGGTAAACCTACTGAAGCTCCCACTGGTTGGGATGACAGTGGCAAGG------------CCTCAAGTTGGGGGGATCC---------CTCATCCAATCCAGTGAAGTCTGGTGAGT---CTAGATTTTAAAAT 
s mm7.chr15     80967444 162 + 103647385 CCTGCTCCAGATAATGGGACTTCAGCCTGGGGTGAGCCAAATGAAAGCAGTCCTGGGTGGGGTGAAATGGATGATGCAGGAGCATCAACCACAGGCTGGGGAAACACACCTGCCAACGCTCCCAATGCCATGAAACCCAGTAAGTAGACTTGGTTTGCAAGT 

a score=6954
s danRer3.chr12 13802805 187 +  37038836 TTTTTACAGGTTCAAAGTCTATGCAAGAAGGTTGGGTAGAAGGAGAGGGTTCAGTCAGTGCTTCGCGTAACCCTAGCTGGGAGGAGGAGGATGAGAGTGGTGGTGTTTGGAATAGTGCTGGTTCCCAAGGCAGCAGCTCTTCATATAATTCTGGAGGCTGGGGAGCCAAAAAGGGCAACAAGGTATG 
s mm7.chr15     80968678 182 + 103647385 TCCTTAAAGATTCCAAATCTATGCAAGACGGCTGGGGGGAGAGTGACGGACCAGTCACAGGAGCTCGCCATCCTAGCTGGGAAGAGGAGGATGA---CGGAGGAGTCTGGAACACCGCCGGCTCTCAGGGAAGCACTTCCTCCCACAACTCAGCAAGCTGGGGA--CAAGGAGGAAAGAAACAAATG 

a score=3555
s danRer3.chr12 13803025 160 +  37038836 AATCTGGAAACTAATCAGGATCTTTATATCTG-GTTAATACATTACATTTTTTTCAGGGCTCCTTGAAGGGTGCAGGA---GATTCTTGGATGAACCCAATGTCAAGACAGTTTTCAAATATGGGAATTTTGGTAAGAACATTTAGTATTATATTGGTGTATAA 
s mm7.chr15     80971384 157 + 103647385 AGTTTGGGAGGTTGTGATGAGCTCTGTGACTGAGGTCATGTGTTTCATTCTGT--AGTGCTCACTAAAAGGAGGAAACAATGATTCATGGATGAATCCTCTTGCCAAACAGTTTTCAAATATGGGATTGCTGGTAAG----TTTCAT-TTTTCTTCATGTATAA 

a score=3040
s danRer3.chr12 13803443 144 +  37038836 AGGAGAGAAGCGTGGCATGGGCTTAAACGAGTACAATGGA-----GAGATGCGTAAAGGAGGTCGTGGAGGTGGGGCAGGAGCAGTCTTCCGTTCACCTGGTTCCAAAGAGGTGGGAGCTTGTGAACCTGGGCCTTACTATGACAAGGT 
s mm7.chr15     80973497 141 + 103647385 AGATAAGAAATTTGATGTGGAC----AAGAGAACAATGAATCTCGGGGATT--TTAATGATATCATGAGGAAGGATC--GACCTGGGTTCCGTCCACCTAATTCCAAAGACTTGGGAACCACAGACAGTGGGCCTTATTTTGAGAAGGT 

a score=1824
s danRer3.chr12  13804173 191 +  37038836 AATAAGAGACTTTTTATTCTGGACAATTGCTGTCACATTTATTAACTGTTTTCTAATCCTTTCCTTTAGGCAAGTGGTC---AGTTGTTTAGTAGCGGAGGAGGGATGGCACAGTCAAGG------CACCAACCAGGGGTGCCACCCATCAACCCATCAG---------TGCGAGCACAAGTGCCTCATCAGTTCCTGTCACCTCAGGT 
s mm7.chr7      119283151 194 + 141766352 AATGAGTGTCTTTCC---CTGAAGAATCACTTTGTTATTT------TGTTGTTTG------TTTTTTAGAATGGCAATCCCAATATGTTTGGTGTTGGAAACACAGCAGCACAACCCCGGGGCATGCAGCAGCCTCCAGCACAACCTCTCAGTTCATCTCAGCCTAATCTTCGTGCTCAAGTGCCTCCTCCATTACTCTCCCCTCAGGT 

a score=6260
s danRer3.chr12 13805618 138 +  37038836 CTTGTGTTACTGTCAGTTTCTGAAAGTCTCTTTTTCTTCGTCACACAGAGAGACGGCTGTCCCAAGATCGTAAATCTGGGCAGCTCAAAGACTGATCTGTTCTATGAGAGGAAAAAATATGGCTTCAAGAAGAGGTGA 
s mm7.chr15     21697053 135 - 103647385 CTTGAGACAGTTTCAAGGACTTAACAACTCTATTCTGTTTTT---CAGAGAGATGGTTGTCCAAAGATTGTCAATTTGGGGAGCTCTAAGACAGACCTGTTCTATGAACGCAAAAAATACGGCTTCAAGAAGAGGTGA 

a score=1768
s danRer3.chr12 13807416 127 +  37038836 AAAAAAAAAACAAATGAAAAAAGGACAAA------------CAGGCCTCACAATGAGTACTGAAACATTAGAC-TGCTAGCCTACTTCACAACAATA-CACAACATATAGTGAATCTTAAGAACTGACCCTTTATCTTCTT 
s mm7.chr11     90445555 133 + 122091587 AAAAAAAAAATACATGAAAAAAGGAAAAAAATTAGTTTATTAAACATTTAGAAGAACAAATGAAGTTTTGGACTTGACAGCATAAATACCAGCAATATCATGGTATACAATTA--------CACTAACCTCTTGTTAACTT 

a score=100
s danRer3.chr12 13808638 1 +  37038836 C 
s mm7.chr11     90449796 1 + 122091587 C 

a score=10501
s danRer3.chr12 13808639 219 +  37038836 TTACAGCGCTCCGTATTTGGCTTCATATCGTGCCACTGTGTTCTTGCAGCGCCCAAAGTCCTTGCGCAACTCTGCCACTTCCTGTCTGAGCGCTGAGTTTTCTCTCTCCAGAAATGCCGCTCGAACTGTGATCTGATTCTCTTTCAGGCGCCTGGCATCCCGTGATCGTTTGGCTGCAACATTGTTCTTCTTCCTCCGCTGCCAGTATTTATCATCCTG 
s mm7.chr15     21739309 219 - 103647385 TTACAAGGGCCCGTACTTGGTCTCGTACTTGGACACGATGGTCTTGCACTTGCCCACCTCCTTGCGAAGCTCGGCAACCTCCGTCCGCAGGGCTGTGTTCTCCTTCTCCAGGAACGCTGCCCGGATGGTGATCTGGTTCTCCTTCAGGCGCCTGGCATCCCGGGAGCGTTTAGCTGCCACATTGTTCTTCTTACGTCTTGTCCAATACTTTTCATCCTG 

a score=10233
s danRer3.chr12 13810668 259 +  37038836 GGACCGTGTAT-TTACCTTCTGATCCTCAGGCACAAACACTTTCTTTGCCTTCTTGATCATAGGCTGCGGCTTCAGCTCCTCCTCGGAGAAGCGATGTTTGCGGGGATCGAACAGTTCGCCCCCAGGAATGCTGGAGAGCACGAGGTCTGTGGGATCTGGCTCGAAGTTCACGTCTACCTCGATTTCATCTGGATTAATGGGATCTGGTGTCATCCGGTTCTCTTCTGTGGAGAAAAGTGAATTAAGAAATGCCAACAAT 
s mm7.chr15     21741555 257 - 103647385 GAACCCTGGGTGTTACCTTCTGTTCATCAGGGACAAAGACTTTCTTGGCTTTTTTGATCATGGGCTGGGGCTTCAGGTCCTCCTCTGCAAACCTGTGCTTCCGAGGGTTGAAGAGCTCCCCCCCTGGTACACTAGAGAGGACCAGGTCGGCAGGGTCAGGGTTGAAGTTCACATCGACCTCCACACAGCTGGGGTCGATGGGACTTGGGGTCTCCCTCTCCTTTTCCAAGGACGATTCTGA---AAGACAGGCAGACAAT 

a score=7877
s danRer3.chr12 13811306 371 +  37038836 GCAGCAATGCCGTTCTCCATCAGAAACTCCTCCAGATCCATGTACTCCAGGTGGAAGGTGTCTCCATCATAGGGGATGGTCTTTTCCCAGATGGCTGGCGTTAAGGCGGCTGAAGGTCCCATTTCACTGACCCCTCCAGACTCCACACTCTCAAACAGCTTCTCTTTATCATTTTC------------TGAAATATAAAAT-AAACACTAAATC--ATAATAATATGTACAGTATTTGACATCAAACAGAC-TGCTGCAAACCAAACACATACAG-----TGTTTGCATTCTAAACACCACATttaaaggcatagttcaccctaaaaaactatcatcgtttactcaccatgtccttgtt-ccaaacctgtttggtttctttgttctgttgtac 
s mm7.chr15     21747869 376 - 103647385 GCAGGGATGCCGTTCTCCAGCAGGAACTCATCCAGGTCCATGTACTCGAGGTGGAAGGACTCGCCATCGTAGGGGATGGTCTTGTCCCAGATGGGTGGCATGAGGGAGGCAGAGACGGCCATGGTACTGGCTGCTGCTGACTCGTCTTCCTC---CAGCTTTTCCTTCCCCTTTTCCTTATCTGCAAACAAAATCTATGATGAGACACTACACAAGAGAGTAACTTATCCCATG-ATGGCGTCAGTGAGCCTTGGAGAAGACCCATCTTCCTCAGAGGCCTGTTTCCA-TCCAAACCCTACATAT------ATGTTTC-----AAGAACACATCCT-GTCTTCTCACTGCACCCTGATGAACTAAGCAGGCTGGTCTCCTTGGGGAGTGGTAC 

a score=2879
s danRer3.chr12 13829041 159 +  37038836 CCCACCATTGACTCAGAACAGTCAGTTGGCATGGCGATCTGTTTTTCCTCTGGGGGCGGAGTCATAAGGTTGCTGTCTGCACGCCGGTGTTGATTGGTCAACGACAGCCACATCTCGTACATCTGCTGCATGTCTCTCACTGACAATGCACAGAGAAAT 
s mm7.chr15     21770072 159 - 103647385 CTTACCATGATGTCAGCATAGTCTGTGGGCATCTGGATCTGCTTCTCTCCTTCCCGAGAGCTGATGGGGGTCCCTTCTCCCGGCTTCCCTGGGTTGTGTTTCTTCAGCCACATGTCATAGGTCTGTTGCATATCCAGGACTGGGCAGGGACAGAGTGCT 

a score=5641
s danRer3.chr12 13829337 121 +  37038836 CTCACAGCTGTTGTTTTTCATGTAGGTCCACACATCCCTCTCCTCCAAACTGTGTGCAAAAGAACAGTTCCCAATATAGTGGCACTTCTTCTGTTTCATGACATGAACACACATCTGCAAG 
s mm7.chr15     21770414 121 - 103647385 CTCACTCTTGTTCTCCTTCATGAAGGTCCACATGTCCCTCTCCTCAGGGCTGTGTGCGAAGGAGCAGTTCCCCACATACTGGCATTTGCGGCCGTTCTGGGCATGAATACATAGCTGTGGG 

a score=4408
s danRer3.chr12 13835850 125 +  37038836 CTTACATCATATTGTTGTGGGTAGGTACGTGAAAAAGGCAGCGGTCGCACAACCACCCACTTTTTCTTCTCAAACGATTTCACTAGCAACACCCTGCGCTCCTTTGTCCAACTGAAAGAAAAAGA 
s mm7.chr15     21770650 125 - 103647385 CTCACGTCATATTGCTGTGGGAAGTTTCGAATGGATGGCAGCGGCCTCACGGACACCCATTTCCTCTTGGCCTTGGACATCACCAGAAGGACCCGCCTCTCCTTGGTCCAGCTGTAGGCCAGAAA 

a score=-2314
s danRer3.chr12 13835975 375 + 37038836 CAACAAAAGAAACACT------AAGAACTCTCATTAGAGACCGAAGTCAGGTTAGACTTCATATTGAATTTAACACGGATGAAAGCCAAGCTGTTTCAAATTCTTTAA------CATGGCATATATCTTCTTATAGGTCTTTTATTTATTTTCACAACTTTCAATAAATTTTTCAACAAAGTTTGTATGAGAAAGAAGTTTCATTAGCTAAACAGTCTGCACATTCTAAACCTAAAATAAACCCATCTAATAAACTGTAGTTTTGAGCCTTGTACTATTGTTAATGACAAAAATTAATTATGATGGTACGATAAAATGTATTGACCTCAGGGAAGGATGGAGATTACAGTGTTCAATTTTAATGAGCACGTG--CATGCTGGTGGTAAG 
s mm7.chr16     10824504 333 + 98481019 CAGAAAAAACAACACTCGGGCAAAAAACATTACATAAAAAGCGAGCACAGCATGTGC---------------ACCCAGAGGGCCAAAGAGTCTTCTCAACCCTTCTAAGAGATGCCTTGCGTGTCTACTGTCTCACCTCCTCTTGACACTTTT-CAGCATTCAGTACA------AACTAA---------ACAAAGAAAGTGGTAAAGCCAAACA------AAATGCTACTCAAGAAATA---TCAGCTACTAGA---TCCTCCAGAGCCTCTTGCTTTTCATTGTTACCACAGCTAGTTACTG----ACTCTTCAGTGTCCTGCTCTCCTCTAC---------TTGCGTGACTGGACCCTATGGAGCACAGGGACTTACAGGCGTCCAC 

a score=5722
s danRer3.chr12 13836350 130 +  37038836 ATGATGCCTG----CCTAAATAATGCAACCTGACCTGTGCCTGGCTTTGGCAGTGCAGTATTTCAGTGACTTGTCTGGCTCGTTGACCTGGCCCTCCCTCCAACACTGTCCACACACAAACTTCATCTTCAGAT 
s mm7.chr15     21770891 134 - 103647385 ATGCTGCCGGAGCACCCGCACTGTGCCTGCTTACCAATGCCGGGCCTTGGCACTGCAGTACTTGAGGTCCTTGTCCGGCTCTACCACCTGCCCATTCCTCCAACACTGACCGCACACAAACTTCATCTGCAGGT 

a score=3047
s danRer3.chr12 13843278 100 +  37038836 GTTTTGTCAAAGCCTCACCTTCTGTCTCTGCGCATTCTGTTCCAACCTGTGCCAGTGTCTTTTAGACTCCTGCACCATCTCCTCATGGGTAATACCTGAG 
s mm7.chr15     21777016  98 - 103647385 GCCTTACCAAGCCGCTGCTGGCCTTCCCTGCGTGGGCT--TCCATCTGTTGCCAGTATTTCTTGGATTCCTGAACGATGTCTTCATGGGTCATTCCTGGG 

a score=-367
s danRer3.chr12 13843378 115 + 37038836 CCAGTACACAAG-------CACAAATTAAATCTCATTAAGTGCTTTATTA------------CTACGAGTTCCTTTCAATCATCTATGCCAAAGACCACAATACAGAGCAAAGACGGCAATTCTCTGCACTGCA 
s mm7.chr16     10825649 133 + 98481019 GAAATGTACAAGTTTCTCTTAAAGAACACATCACAGTACCCACTCATCTGGTCTCAGTCGGCCTAAGAGAATTCTTCGCTC-TCCAGGTCTCAGGCCGCCTGACCCATCAGGGATGAATATACATTGCATCACA 

a score=157
s danRer3.chr12 13843620 12 + 37038836 CACATCCTCA-AT 
s mm7.chr16     10826455 13 + 98481019 CACACACACACAT 

a score=7178
s danRer3.chr12 13843632 186 +  37038836 ACCTGTGTCCTGCTGAAGCACCCAACACTTGAGTTCTATGACTGAATGTGCAAAAGAGCAACTGTCCTCCCGTTGGCAGCCGTATCGCACTTCATGACGACACACGTCAAACTGGCAGAGTGGGTGAAGAGGGCGTATTTTACTGTAGCGCACGTTTGCTGAGCGAACCACATGCACCAGGCACCT 
s mm7.chr15     21779782 186 - 103647385 ACCTGAGTACTGCTGCAGCAACCAGACCTTGAGCTCAATGAAACTATGGGCGAAGTGGCAGCTGTCCTCGCGCAGGCAACCATAGCGCACCTCGTGGCGGCACACGTCAAACTGGAAGTGCTCCTGGAACTGACGGATCTTGGAGTACTTGAGAGAGGTGGAGCGGACGATGTGCACCAGGCACCT 

a score=4636
s danRer3.chr12 13844566 120 +  37038836 ATGACTCACTTGTTGTCATCAAAGGGATGTCGTGCAGTGAGATTGGAACACACAGCAAGATTTTCTTTGCTTCTCTTGCTAATGATTCGAGGTTTACTGTCAAAACATTCCTA--CAGGAAG 
s mm7.chr15     21780922 122 - 103647385 AGGACTCACTTGTTGTTGTAAAAGCTGTGCTTGGCAGCCAGGTTGGAGCAGACAGATGGAGAGTCCTTGGTCCCTTTGCTGATGATCCGGGGCTTGCTGTCGAAGCAGATCTGTTCAGGGAG 

a score=7806
s danRer3.chr12 13844757 218 +  37038836 TACCTCACAGAGGAACATAAACATGCCCATATGGAGCTGGAGGAGACGGGTGACACTGAGGGCCCTACGTTCATTGGTGCCCAGAGGGTCAAACAGTAGCTCGCGACTCAGAGCTCCCTTCCTCTCTTGGGTCCAGACGTCGATCTCCTCCTGGCAATAGGCAAAAGTGCAGTTCTCACCATACTGGCACTCCTGACGCTCTTGTACCTCTGCAAAAA 
s mm7.chr15     21782378 218 - 103647385 TACCTCACAGAGGAAGGTGAAGATGCCCTGGTGCTCCTTCAGGAGCTTGGCAATGGTGAGGCTGCCACGCTTGACACCCCCTAGAGGGTCAAAGAGCAGGTCCCGGTTGAGTGTGCCCTTCCGCTCCTCTGTCCACACATCGATCTCCTCCTGATGGTAGGCGAAGGTGCAGTTATCCCCGTACTTACAGTCTTGCTTGTTAATCATGTCTACAAAGA 

a score=3270
s danRer3.chr12 13848370 166 +  37038836 ACCTTTGCAGAGAACAAATGCCCCAAGGAAGTTATTACGAGCTGGACGAGGTCGCACCCTCTTCCAGATGGGGTCGTCTGCAGTTTTGAGGCGACAGAGCAGCACATCTCTCTTACAGCGGTGCGCTGCCTCAGGCTGATAATGGTAGTCCATAACTCTGGGGCCT 
s mm7.chr15     21783718 166 - 103647385 ACCTTTGCACAGGTAGTAGGAGCCCACAAAGCTGGTTTTGGTGGGCCGCGGCCGGATGCGCTTCCAGATCTGGTTCTCGGAACTCCGGAGGCGGCCGAGGAGGACGTCCCTTCTGCACTTGTGCTCGAGGCCCTCACGGTAGGTATAGTCGCCAGCCCTGGGGCCT 

a score=3396
s danRer3.chr12 13848634 105 +  37038836 TACAGCTGAGAGGTACAGTACCTATGCGACTGTAGCAAGCATTACAGGCCTGTCTGAACTCATGTGTGGCAGCCAGAGGGTTTCGTGACAGCAGAGAAAGGTTGG 
s mm7.chr15     21784264 101 - 103647385 TGCAGATGTGAAAT----TACCTGTTTTGGGGTAGCACAACTGGCAGGCCTGCTTGAACTCGTGGGTGGCAGCCAGAGGGTTCTTGATGAGCAGGGTGGTGTTGG 

a score=1823
s danRer3.chr12 13851630 165 +  37038836 AAGAGACTCCATTGTCTGGGAAGAGGCTTCGCTTTGACCCAATGCTGTAAAGGGCTCCAGTGGTGGAAGTGGACTGACAGCAGAGTTGAAAAATTGAGCTGCGAGCTGAGGTGTGGATCCTGGAAGACCCGGAG-----AGTATGGAGGCCTCAAACCCACAGCAGTGTT 
s mm7.chr15     21785894 156 - 103647385 AGGAGTCCGGCTTGTCCAGGGAG---CCTCGGGCTGACCCAAAGCTGTCAAGGGCACC-----------CAGCCGAGCCTCAGAGTATGGTAACAGATCCAGGGGGTCCAGCGTGGGCCCTGGAGAGTCAAGGGCATCCAGCACAGAAGCAGCCAGCTTCCTGGAGGGGT 

a score=2478
s danRer3.chr12 13853542 208 + 37038836 GCTGAAATAAAA---AAAGGTGTTTTAGGAAGGGCAGAACTGTAAACAGCAATAATTTAAACTAATGACATTTTATCTAAAGGACAA---------ACCTGAGGGCTGACGTATGCTTTGCGGATTTTCAAACCAAGTTTGTTGGCTAGATCCTGAGCAAGCTCACTGACTTGCCTGTCCTGTTTAAA---------ATAAACCAATCTGTTAGTTAAATGAATACACA 
s mm7.chr16     10837793 221 + 98481019 GCTGAAATAAAATGAAAACACAATTTCAAAA---CAGAACCGACTCAGATTATAAACAAAATGAAAAGAATT----CTGAGAGATAAGTTTTGCTTACCTCAGCTCTAACATATGCTTTCCTTATTTTAAATCCCAATTTCTGAGCTAATTCTTGAGTTAATTTTATTACATGTTCATCCTGGAAAGAGCAACATTCATGAATGTATCTG-TAGTGAAGCAAGTAAGCA 

a score=5311
s danRer3.chr12 13863335 93 +  37038836 TTCAAAATGCCCCTCTTTGGCAATATTTTCAGTCCCAAGAAAACCCCACCTCGAAAGTCTGCATCGCTTTCCAATCTACATACAGTAAGTACA 
s mm7.chr15     79745572 93 + 103647385 TTAGGGATGCCTCTCTTTGGCAGCATATTCAGCCCAAAGAAGACCCCTCCTCGGAAGTCGGCCTCTCTCTCCAACCTACATTCTGTGAGTGCA 

a score=5409
s danRer3.chr12 13864062 129 +  37038836 TCTTTTGAAAGTTGGATCGGTCGACCCGTGAGATTGAATTGGGTCTGGAATATGGATCTCCTGTGATGAACATTGGTGGTCAGAGCCTCAAATTCGAAGACGGACAGTGGATTTCAGGT--ATGGCCTTGC 
s mm7.chr15     79749766 131 + 103647385 TCTTACCACAGTTAGATCGGTCAACGCGGGAACTGGAGCTGGGGCTCGACTATGGAACTCCTACCATGAACCTGGCGGGGCAGAGCCTGAAGTTTGAAAACGGCCAGTGGGTGGCAGGTGAGTGGCCCTTC 

a score=4626
s danRer3.chr12 13864267 151 +  37038836 GTGGAAATGTGTCAGGAAAAGAAGTTCAGCGACTAAAGAAGAGGAATCTACAGTTAGAGGAGGAGAATAATCTGCTCAGGCTGAAGATTGAAGTTCTTCTTGATATGGTGAGAGTTAA----------------AGGATTCTCATTTCGAAAGCTGCCACATCTTGA 
s mm7.chr15     79749974 165 + 103647385 GTGGGGGTGTGGACCGGAGGGAAACTCAGCGCCTGCGCAAACGAAACCAACAGTTAGAAGAAGAAAACAATCTCCTGCGGCTGAAAGTGGACATTCTGCTGGACATGGTGAGGGAGAAATCCCCAGGGATGCCTAGGTTTCTCCTTTAGGGAAGTCCTAC--CTTGA 

a score=2976
s danRer3.chr12 13864479 93 +  37038836 TTCCAGCTTTCAGAATCGACAGCAGAAACACATCTAGTACAGAAGGAGCTTGAAGATATGAAGAGCAGTTCTAGGAGAAAGAAATAAAGGGAG 
s mm7.chr15     79751113 93 + 103647385 TTCCAGCTTTCAGAAACCACTGCTGAGTCCCACCTAAAGGACAAAGAGCTGGATGAACTGAAGGTTACCAACCGCAGGAGGAAGTGAAGAGAG 

a score=9868
s danRer3.chr12  13868607 280 +  37038836 GTAATCTAAACTAATACTGAAGCGTTTTTGTGTCTCTTTTGGA-------AGTCTGAGCAGCAATGGGAGGTATTGTAGAAGATCGAGAGACGGCAGGT------GCCCCAGATGGCGGATGGGGCTGGGTTGTTCTTTTAGGAGGTTTTGTCATCACTGGCTTCTCATATGCCTTCCCAAAAGCTATAAGTGTTTATTTCAAAGAACTGATGCATGACTTTGGCTGTGGATATAAAGACACAGCCTGGATTTCATCAATAATATTGGCTATGCTCTACGGTTCAGGTAAGAT 
s mm7.chr11     121064233 288 + 122091587 GCAACCTGAGTCACTGCTA-----TTTTTTTTTTCCTCTCAGGTGAAAGCAGCCCTCCTGGCTATGGGAGGGGCTGTGGTGGACGAGGGTCCCACCGGCATCAAGGCCCCCGATGGGGGCTGGGGCTGGGCCGTCCTCTTTGGCTGTTTTATCATCACGGGTTTCTCCTACGCCTTCCCCAAGGCGGTCAGCGTCTTTTTCAAGGAGCTTATGCATGAGTTTGGGATTGGCTACAGCGACACGGCTTGGATCTCCTCCATCCTGCTGGCTATGCTCTATGGCACAGGTGAGGT 

a score=5041
s danRer3.chr12  13868971 154 +  37038836 ACTCAGGTCCCATTTCCAGCATCATGGTCAATAAGTTTGGATGCCGTCCAGTCATGTTGGTTGGAGGATTATTGGCCTCACTTGGGATGATAAGTGCATCTTTTGCTACCAGCATTATCCATCTTTACATCACTGCGGGTGTCATCACAGGTAA 
s mm7.chr11     121064837 154 + 122091587 ACACAGGACCGCTCTGCAGTGTGTGTGTGAACCGCTTTGGCTGCCGGCCTGTCATGCTTGTGGGTGGCCTCTTTGCGTCCCTGGGAATGGTGGCTGCGTCCTTCTGCAGAAGCATTATCCAGATCTACCTCACCACGGGGGTCATCACTGGTGA 

a score=9842
s danRer3.chr12  13871912 310 +  37038836 ATAATGTGTCTCTTTAAAGGTCTTGGACTGGCATTGAACTTCCAACCATCACTGATTATGCTGGGGGCTTATTTTGACAAGCGCAGACCACTTGCCAATGGACTGGCGGCAGCTGGAAGCCCCGTATTTCTGTCAGCCCTGTCTCCGCTAGGACAATTACTGCTCGATCAGTATGGATGGAGAGGAGGCTTTCTCATTACCGGTGGTCTTCTGCTCAACTGCTGCACATGTGGTGCTGTTATGAGACCCCTGAAACTTAAAGAAAGGAAAGCCTGTAATCAAGAGCTGAAGGAAATGCTGCCTCCTGAGG 
s mm7.chr11     121065380 290 + 122091587 ATACTGTCCTCTCTTACAGGCTTGGGTCTGGCTCTCAACTTCCAGCCTTCCCTCATCATGCTCAATCGATACTTCAACAAGCGTCGCCCTATTGCCAATGGGTTGGCAGCGGCAGGCAGCCCAGTGTTCCTTTGTGCACTGTCTCCACTGGGGCAGCTGCTGCAGGATCACTATGGTTGGCGGGGTGGCTTCCTCATCCTGGGGGGCCTACTGCTCAACTGCTGTGTGTGTGCTGCGCTCATGAGGCCGCTGG--------------------TGGCACCGCAGGTAGGCGGAGGGACTGAGCCCCGCGG 

a score=16318
s danRer3.chr12  13872281 485 +  37038836 CTTCTGGACTTCAGCGTACTTCGTGACAAAGGGCTTATTATCTATATTATTGCAAAATTTATAGTTGTTCTTGGTTTATTTGTTCCGACTATTCTCTTAGTCAACTATGCTAAGGACCAAGGAGTGCCTGACAAGGAGGCTGCCTTTTTGTTGTCTATTATTGGATTTATTGACATCTTTGCTCGTCCTACTTGTGGCGTTGTGGCAGGTTTAAAATGGGTCCGACCCAAGATGTCATATTTCTTCAGCCTGGCCTTGCTCTTCAATGGCCTGACAGATGTGTGTTCAGCTACGAGCACAGACTACAAGGGGCTGATTATCTTTTGTGTGTTTTTCGGCCTGTCTTATGGCATGGTGGGAGCTCTACAATTTGAAGTGCTGATGGGTATTGTGGGAACAAGCAAGTTTTCTAGTGCATTAGGCCTAGTGCTCCTCTTTGAGGCAGTGGCTGTGCTGATTGGACCTCCCTCTGCTGGTGAGTCATG 
s mm7.chr11     121065692 485 + 122091587 CTGCTAGACCTGAGTGTCTTCCGAGACCGCGGCTTCCTCATCTATGCCGTGGCCGCCTCAATCATGGTGCTGGGACTCTTTGTGCCTCCGGTCTTTGTGGTGAGCTATGCTAAGGATATGGGTGTACCCGACACAAAGGCCGCCTTCCTTCTCACCATCCTGGGCTTCATCGACATCTTTGCCAGGCCCACGGCTGGTTTCATAACAGGCCTCAAGAAGGTGCGGCCCTACTCTGTCTACCTCTTCAGCTTTGCCATGTTCTTCAATGGCTTCACTGACCTGACAGGCTCCACAGCCACTGACTACGGTGGCCTGGTGGTCTTTTGCATCTTCTTTGGCATCTCATATGGCATGGTGGGCGCACTACAGTTTGAGGTGCTCATGGCTATCGTGGGCACTCAGAAGTTCTCCAGTGCCATTGGTCTCGTGCTGCTGCTGGAGGCCGTGGCTGTGCTCATCGGACCCCCGTCAGGAGGTGAGTGCTG 

a score=3132
s danRer3.chr12 13872855 105 +  37038836 AGGTTATTTGGTGGATAAATACAAGAACTATGAACTGATTTTTTACATGGCTGGCGGAGAGCTGATCACTGCTGGAATATTTCTGGCCCTTGCTTCATTCTGCTG 
s mm7.chr15     24312951 105 - 103647385 AGGCCGCCTGGTGGATGCTCTGAAGAACTATGAAATCATCTTCTACCTTGCTGGCTCTGAAGTGGCCTTGGCAGGAGTCTTCATGGCAGTTACCACCTACTGCTG 

a score=3120
s danRer3.chr12 13875359 110 +  37038836 TAAGGTATTGCTCACTTTGCTTATTCTTAGGTAAAAAGGG---CCACAAGGGCCGTGGAAAGCAGTTCAGCAACCCCGAGGAGATTGACCGTCAGATGAGAGCTCAAAAGGAG 
s mm7.chr5       8888522 105 - 153054177 TAAACTACTGATCTTTGTGC--------AGGTAGAAAGGGAGGCCACAAAGGCCGAGTGAGGCAGTATACGAGCCCGGAGGAGATCGATGCCCAGCTACAGGCTGAGAAGCAG 

a score=4649
s danRer3.chr12 13877257 186 +  37038836 ttttttatCTTTCTCTTTTGAAGCAACCTAAAAGGAAAGGTGTCGAAGGATTAATTGAAATTGAGAATCCCAATAGAGTTTCCCAGAAGAGCAAGAAGGTTGTGGAAATTGATGTCAATGCACCTAAAGAGCTATCGCGACGAGAAAGGTA-----TGCGAGATGGCATATACTTAACCTCAAACCAATGA 
s mm7.chr5       8892531 188 - 153054177 TCTGTAACCGTCCTGTTCTGTCCTAGCAAAAGCGAAAAGGCGTGGAGGGGCTCATTGACATTGAGAACCCCAACCGCGTGGCACAGACAACTAAGAAGGTCACGCAACTGGATCTGGACGGGCCAAAGGAGCTTTCAAGGAGAGAAAGGTAACATCTGCTTGGTGG---ATCTGCAACCTTAGAACACAGA 

a score=8865
s danRer3.chr12 13877483 165 +  37038836 AGGGAAGAGATTGAAAAGCAGAAGGCTAAAGAACGATACATGAAGCTGCATCTCGAGGGGAAGACGGAGCAGGCCAGGGCAGACCTCGCCAGGCTAGCCATTATTAAAAAGCAGAGAGAGGATGCAGCGAAGAAGAGAGAAGAGCTGAGGAAAGGTGAG-CTGGGC 
s mm7.chr5       8894019 166 - 153054177 AGAGAAGAAATAGAGAAGCAAAAAGCAAAAGAACGCTACATGAAGATGCATTTGGCTGGGAAGACAGAGCAGGCCAAGGCTGATCTCGCCCGGCTGGCAATCATCCGGAAACAGCGGGAGGAGGCAGCAAGAAAGAAAGAGGAAGAAAGGAAAGGTAGGTCTGAGC 

a score=4344
s danRer3.chr12 13897723 86 +  37038836 CTTTTTCTCAGGATCAGTACTCTGCAGACCTCTATCATTTTGCCACTAAGGAGGATGACTATGCCAGTTACTTCACCCGTGTGAGT 
s mm7.chr15     78987210 86 + 103647385 CTGTCCCTAAGGACGAGTACCTGGCCGATCTCTACCACTTCTCCACCAAGGAGGATTCTTATGCCAACTACTTTATTCATGTGAGT 

a score=2786
s danRer3.chr12 13900538 102 +  37038836 TTCTGACAGCTTCTAGAACTACAAGCTGAATATCACAAGGCTTCATATGATTTCCTGGAGAGAAACATAACTGAGCTCAAGGAGAGTCACAGCCACACAGGT 
s mm7.chr15     78987406 102 + 103647385 TCCCCACAGCTCTTGGAGATTCAGGCTGACTACCACCGCAAGTCACTGACCTCACTCGACACGGCCCTAGCTGAGCTGAGGGACAACCACAGCCAAGCAGGT 

a score=1953
s danRer3.chr12 13900744 112 +  37038836 AAGGTATTTGGAGAGCCGCTGCTGTCTCACCTTCAGAGCTGCAGGAGGAAGATTGCTGTCCCCATTGAGGAGTGTGTGAACATGCTGTTACGTACAGGACTCAGGGAGGAGG 
s mm7.chr15     78988016 109 + 103647385 AGGGTATATGGGGTATCTTTGAGAACCCACCTACAAGACCTAGGCCGTGACATTGCCCTGCCCATCGAGGCCTGCGT---CCTGTTGCTGCTGTCAGAGGGCATGCAGGAGG 

a score=2958
s danRer3.chr12 13900987 136 +  37038836 TGTCTTTACACATGTCATCTAGGGGCTGTTCAGACTAGCAGCCGCAGCGTCTGTTATGAAAAAACTGAAAAGCAGTCTGGATTCAGGCACAGTCGACCACACTGAGTTTAGTTCTGACCCTCATGCTGTTGCAGGT 
s mm7.chr15     78988700 136 + 103647385 TGTGTTCTTTCCTGCACCCTAGGGCCTCTTCCGTCTGGCTGCTGGGGCCTCTGTGCTGAAGCGCCTTAAGCAGACCATGGCCTCAGATCCCCACAGCCTAGAGGAATTCTGCTCAGACCCCCATGCTGTAGCAGGT 

a score=4503
s danRer3.chr12 13903817 100 +  37038836 tGCTGTCTTGCAGGGGCTCTTAAATGTTACTTGCGAGAACTGCCTGAGCCGCTTATGACGTTTGAACTATACGATGACTGGTTTGAAGCTGCAGGGTGAG 
s mm7.chr15     78989194 100 + 103647385 TGCCTTGTTTCAGGTGCCCTCAAGTCCTATCTCCGGGAGCTGCCGGAGCCCCTGATGACCTCTGACCTCTACGATGACTGGATGAGAGCAGCCAGGTGAG 

a score=91
s danRer3.chr12 13903917 1 +  37038836 T 
s mm7.chr11     56978376 1 - 122091587 T 

a score=1598
s danRer3.chr12 13904007 81 +  37038836 AAGAAACGGATGAAAAACTAAAGCTGCTCCGGACAGCGTTGCAAAAACTTCCCACAGAAAATTATAACAATCTTAGGTACG 
s mm7.chr11     56983142 81 - 122091587 AGGAGCAAGACAAGAGACTTCAGGCTCTCTGGAATGCTTGTGAGAAGTTGCCCAAGGCCAACCATAACAACATCAAGTAAG 

a score=5572
s danRer3.chr12 13904162 125 +  37038836 ATGACTTTGTGTCTCCATCAGATACCTTATTCAGTTCCTGTCACAATTATCAGAGCATCAAGCAGTGAATAAGATGACACCCAGTAACATTGCCATTGTGCTCGGTCCTAATCTACTGTGGCCTC 
s mm7.chr15     78990144 125 + 103647385 ATGCTCTCCCACCCCACCCAGGTACCTGATGAAGTTCCTGGCTCTGCTGGCAGAGGAGCAGGATGTAAACAAGATGACACCCAGCAACATCGCCATTGTCCTAGGACCCAACCTGCTGTGGCCTC 

a score=3270
s danRer3.chr12 13904529 135 +  37038836 CTAAAACATCTCTTTGCCTTATATTTTTGCTTCAGAGAGACATCATTGCTGGACATGGCATCTGCTTCTTCAGTGCAAGTTGTGACTATCATAGAGCCGCTTATACAGCATTCCAAGAGCCTCTTCCCAGAAGGT 
s mm7.chr15     78990883 129 + 103647385 CTAAAACTCTTGCTTCTCTT------TTGTGCCAGGGACCAGGCCCAACTGGACGCTGCCTCTGTGTCCTCCATTCAGGTGGTGGGTGTTGTCGAGGCGCTGATACAGAACGCAGACACCCTCTTCCCTGGAGGT 

a score=1905
s danRer3.chr12 13915726 32 +  37038836 TTAGACCTTGATCTCCTCATCCTCATCAGGAT 
s mm7.chr15     24714502 32 - 103647385 TTACACCTTGACCTCGTCATCTTCCTCAGCAT 

a score=1033
s danRer3.chr12 13916125 222 +  37038836 AGACATGAGGGA--AGGGCCCAGATCAAGAGTGAAGGAGTTCATGGAGTCGGAGGGACTGA---TGGAGTCTGAACAAGGTAAGGATGGGATG----TTTGTGTCCGTCAGCGAGCCTCGGTGGATTTCAGGAGGGCAGGCTGATGGAGAACTACCCTGGGCTGGACGCTCAGTGCGGGACAGTCTTGGCAATGTCACGAAGCCAGACTCCAAACCTGCAAAACAAAGAAA 
s mm7.chr15     24715067 214 - 103647385 AGGAGTGAGGGCCCAAGGTCAAGGTCAAAACGGAAGGACAAGAGAGAGTCAGAGCGTCGGAGCTCAGGGTTAGGGGTAGGCTCAGAGGGGAAAGAACTTTGCTCTCGGTCTTGAGAATGGTCCG---------GGTCACGGTCACGGTCACGGTTGCTGTGCTT----TTCCACGCGTGGCAGGCGTGAGATGGTGCAGAAGCCAGACTCCAGGCCT----AGCAGAGAAA 

a score=10278
s danRer3.chr12 13918785 442 +  37038836 GTGGAGTTCTCTGGTGTTTTGGGTGAACTAGGGAAGAGCACTTTCACAGGACAGCCATTAGGTGAGTCCACATCCAGCCGAGGGAGGGAAATGGCATTCTTTATGATTGGAGAAACGGCTGGAGGTGGGGGTGAAAG----GTCTTTGGAGCCACC-----ACGGGGCCTGTCGGGAGTCTTGCGGACATGGCGAAGCGTGCGGGTGAAGAATCCCTCATTCTTCTCTGAGGTGGAGGATTCTGCGTCTGCATTATTTCCTGCTCCACCATGGTTGCTCAGGAATGAGGTATCCCCAAACACATCCCCTCCACGGCCCACATGCATGGTGTGGCGGAAATCCCCCAAAGGCGGGCTGATCATTTCTGGGGTGAGGTCACCTTTAAAACGACGCTTTCCTGAGGAATGGGAAACCAGGCCCTTCAGGCCAGACAACTTGCCCAAATTCATGG 
s mm7.chr15     24716634 409 - 103647385 GTGGAGCTAGCCGGCGTGCTGTCAAAACTAAGCTTGCCCA---TCACCAGACTGTCAT-AGGTGG--CCTGGTTGAGCTGAGGCAGGGAGATGGCGTTCTTGATGATGGGCGAGATGGGAGGCGGAGCAGGTGATGGTGCAGCCGGGGAAGCCATCCTTCGAGGTGGCACCCCGA---CTCTGCGAACCTGTTGGAGCTTCCTGGCCAGGAAAC-----------TTCGGGGTG-AGCGGTGGGTGTTTCCAGAGCGGCCT------CCGTGGTTGCTGAGGAAGGACGTATCTCCGAAGACATCCCCACCACGGCCTACGTGCATGGTGTGGCGGAAGTCCCCAAGTGGGGGGCTGATCATGTCTGCTGTCAGG------------CGTCTCTTTCCATGGGAACTGGACACCCATCCC-ACAGG--AGACAGCTTGCCCAGGCTCATGG 

a score=-683
s danRer3.chr12  13957810 225 +  37038836 TGTGTTTTTA-TGCTGTCAAGGAGGCATATTATGTAATGTCCACTTTGTTAACTT-GTGAATTTATTCTTTTCTTTTACCTATATGTAGCTTTTCTGCAGTTCTGCTCTCATTTGCTCCTAACTTTTCCACCACA--CAGTGCCAGAATTGACCAAGCCTCCATCTGCACAGTCTCCTGCCG---CCCCCAACTCAGCTTCCCCCAGCCCTGGCCCCGTCCCCTCTTCAACC 
s mm7.chr7      119265047 219 + 141766352 TGTTTTCTTAGTGCTTTTGAGTTTGAAGGTAAAGTACACTTCACTGGGTAATCTTTGTCCAACTCtgttttgttttg-------------ttttgttttgttttgttttgttttgttGGAATTAGTGCCAGAACAGATAAAGCCCAGTGTAAGCCAGCCTCAGCCTGCCAACTCTGATAACGGCACTTCCACAGCAACCAGCACTAATAATAATGCCAAGCGAGCTACAGCC 

a score=8533
s danRer3.chr12 13958035 226 +  37038836 CCATCCGCTGCCACCCCGGCTGCTGGCACCCTCCCTC---------AGGGTGGGAACAATGCTAAGCGGCCGGCGGTGGCCAACGGACAGCCCTCCCCCAGCACACCGAATTCTCAGCGCTACATGCCCCGTGAAGTGCCCCCTCGATTCCGTTGCCAGCAGGACCATAAAGTGCTACTGAAGAGGGGCCAGCCA---CCACTGTCCTCCATGCTGCTGGGGGGAGGCAACAGCGGGG 
s mm7.chr15     80960829 222 + 103647385 CCAACGGCCGCCAGCCCAATTGGCAGCTCTCCATCGCCACCAGTCAATGGTGGCAACAATGCCAAAAGGGTGGCAGTGCCGAACGGACAACC------------GCCAAGCGCCGCCCGCTACATGCCTCGGGAGGTGCCACCGCGATTCCGTTGCCAGCAGGACCATAAAGTGTTACTAAAACGTGGGCAGCCCCCTCCACCGTCCTGCATGCTCCTCGGGGGTGG----GGCGGGG 

a score=3508
s danRer3.chr12 13958517 362 +  37038836 TCATCAATCGCTGCTTCTTCTTCTTCAAATTATGCAAATTCCATGTGGGG------GACCAGCTCTGGCAGCCATCCCCTCTC---------TCAGGGCAGGGAAAAGGTGATAGTGGACCGGTCAGACCTGGAGGAATGGCCCAGTATTGCTGCTGGGGATGGATCAAAGTCAGGGGAT-----GCAGCAGGTACAGGAGGTACAGACAGTGGTGCGATTCT--GAACTGCAATGCCTCGTGGGGTGAGAGGCATCTCCAGCAGCAAGCGAAAGTTGTGGGAGGAGGGAACGGAAGGAAAGGAGTCAATTCTGGCAGTCCCTCTCCGCCCACATCCTCTGGATCACCCAATGAATGTATGCAGTCTGGTAGTGTTTGGGCTTC 
s mm7.chr15     80963349 323 + 103647385 TCAACCCTTGGAGGTGCTGCTGCTTCAAATTATGCAAATTCCACTTGGGGCCCGGGAGCCTCCTCCAACAGCGGCGCCTCCCCCAACCCAATTCACATCTGGGACAAGGTGATTGTAGACGGGTCTGACATGGAAGAGTGGCCTTGTATTGCC-----------AGCAAAGACACTGAATCTTCTTCCGAAAACACCACCGATAACAACAGTGCCTCGAACCCTGGCTCTGAGAAGAGCAGTCTGCCAGGAAGCACCACTAGTAACAAAGGCAA-------------------------AGGGAGCCAATGC-------------CAGGCTGCAAGTTCTGG----------GAACGAATGTAATCT--TGGGGTCTGGAAATC 

a score=1115
s danRer3.chr12 13959005 295 +  37038836 CAATTTTACCCCTAATGCCAATCCCTCTGCTTGGCCAGCCCTAGTACAGGAAGGGGCT---------GGGACAGTTGCAACAGAGGGTGGCTCCTCTTCCCTCCAAAGCTCATCTTTGTCTGCCAGCAACCC--------------------------------------TCTTTCTGT--------GAATCAAGCCTCTCATC---------------------------AGCACCAACT--------------TCACCAAATGCAATCCAGAGACAGAGAGCCATCCTGTGGAGAATGGGGTGGCACAGCACTGGAACCAGGAGCAGGA--------CCAAAAAACACTGGGGTGACAGAGGGGGCTGATATGGACTCTGGAAGCACAGGTGGAGGA 
s mm7.chr15     80963789 391 + 103647385 CAACTTTAACCCAAATAGCAACCCATCTGCCTGGCCAGCATTGGTCCAAGAAGGGACTTCTAGAAAAGGGGCATTGGAAACAGAAAGTAGTAGTTC--CAGTGCACAAGTTAGCACAGTAGGTCAGGCATCCAGGGAACAGCAGTCAAAGATGGAAAATGCGGGTGTTAATTTTGTTGTCTCTGGCAGAGAACAGGCTCAAATTCATAACACTGATGGACCAAAAAATGGAAACACTAACTCCTTGAACTTAAGTTCACCAAACCCCATGGAAAATAAGGGA---ATGCCCTTTGGAATGGGCTTGGGGAACACCT---CCAGGAGCACTGATGCCCCTTCACAAAGCACTGGAGATCGAAAGACTGGGAGTGTTGGGTCTTGGGGTGCAGCTAGGGGG 

a score=2439
s danRer3.chr12 13959335 661 +  37038836 ATCATTGTGGAGAACTCAGCCTTTCCCTGCAAA----CTTC-------AAAACGGGTGCCTCAAGGACTGAATCTTGGGATGATGG-AGCAGGAGGGAGCTCCTTGTCTGCTGAAGGTGGGAAGGCATGGGGATATCCCGGCCAGGACGATCGAGGAGATTTGACGGGGGCAGGTGCCTGGGGAACAGGAAGTGGGGGTCAGACCCCCGGGGTATCTCAGGGAGCGTGGGGTGGGGACCATTTGTTGGGTGGGGAATGGGGGGCATCCAGTGGTGTTGGAGGTGTCAGTGATCAAGGTGGGAAAGACGGCTCAAGCAGTAACA--GCAGCAGTAGTGGTGGTAGTGTCAGCATCCCGACGACAACCTCCTCCACACCTTCAACTATGACAAGA------GCTTGGGACAATCAGAAAGCAGTTGGGGATGTGGGAGCAGGAGATTTGAGTGAGTGGGGAGGCCAGGGTAGCAGAGGTGGGGAAGGTACCTCATCCTCCAGTGGTGGAGGAAACTCCAGAAGTGGCAATCAGCGCCATGGCCACCACCGCACTCATAAGCC------TCCTGACCCTGAAGTGGCCTTACAGGATCTGCTTAGCCGGTCGGATCTGGACCCCAGAGTGCTGTCCAATACTGGTTGGGGTCAGACACAAATCCGTCAGAATGTGGCATGGGATTTGGAA 
s mm7.chr15     80964231 570 + 103647385 AACAATGGAAAAGACAGAGAGGACTCCTGGAAAGGAGCTTCTGTTCCAAAACCAACTGGGTCAAAAAGTGACTCTTGGGACAACAATAACAGG----------------TCTACGGGTGGG---TCCTGGAACTTTGGCCCTCAGGACAAT-AATGACAACAAATGGGGTGAAG-------GGAACAAAATG----------ACATCTGGGGTCTCTCAGGGAG-----AATGGAAACAGCCGACTGGGT-----------------CTGATGAGTTGAAAAT--TGGAGAATGGAGTGGTCCAAACCAACCAAATTCTAGCACTGGAGCA-------TGGGACAATCAAAAG---GGCCACCCCCTCCCTGAAAACCAAGGCAATGCCCAGGCTCCCTGTTGGGGAAGATCTTCCAGCTCC-------------GCAGGA------AGTGAAGTTGGAGGTCAAAGCACT--------GGAAGCAACCACA----------AAGCAGGAA------GTAGTGACAGTCATAATTCTGGTCGTC---GGTCATATAGGCCCACGCATCCTGATTGCCAGGCTGTCTTGCAGACTCTTTTGAGCCGGACTGATTTGGACCCTAGGGTGCTCTCAAACACTGGCTGGGGCCAAACTCAAATTAAGCAGGACACAGTGTGGGATATTGAA 

a score=7013
s danRer3.chr12 13960300 901 +  37038836 GAGGTAGCTCAGCTGGTGGGCAG----GGCATGCCATCTGGGGGTTGGGGAGGGACTGCATCATCAGAAGGCCAAG----TAAAGGGCTGGG---------------AAAGCGA------GGGACATGAGTGGCGAGAACGGCGAGCAGGAGGTTCGTCAGGTGGGTGGGGAGATTTCCAAA-CACAGGGTACTCCATCAACAGGAGGAAG-----------TGGCTGGGGAGATAGTCAGGAGGAGAAAGGAACAAGATCA-AGTGGATGGAAAGAAATGGGGAGGGT-GGATGCAGGCAGCTGGGGACCGAG------AGGTACCAGCGACTGGGGAGAAAAAGAGTCTAAATCGTGTAGTGGGGGGTGGGATGGAAAGGGTGGTGGAGGTACTAGTGGAGA--------CTCAGAAGTGGGTACATGGGGTAATTGGGATGATGGAACTCCTGGAGGGACATGGGGA---GGGGTG--GGTGGAGACATGGGTGGAAAATCT--CACCAAGGTTGGGGTGGGAAGAT-GCA-------CCCTTCACAAATGCCAAACAGCCAATCAGCCTCAC-------AGAAAGGCCCGGCACAGCAGCAGCAGCAACCACAATCACAGCCTCAGCAGTGTCAGTCAGTGGACACAGGGGCCATGCAAGGGGGCTGGGGAAGACCAGCAGGTCCTTCAGTCCAGAGC------CAAAGTTCAGGGTGGAATTCAGGGCCTATACCCCAAATTTCCAATGGCCCTGGAGAGACTTCAGAGCCCAGCGGTTGGGAGGAGCCTTCTCCACAGTCCATCAGCAGGAAAATGGAAATTGATGATGGAACATCTGCTTGGGGTGACCCCAGCAACTACAACTACAAAAGTGTCAACTTGTGGGATAAAAACAATGCCCCATCTGGCCAGGCACAATCAGTGTCCCCTCAGCAGGGCCCCCCACCCCTGCAAC-----AGCCGCCACCAGGAAGAATGCCAAC 
s mm7.chr15     80964801 898 + 103647385 GAGGTGCCAAGGCCTGAGGGGAAATCTGACAAAGGAACTGAGGGGTGGGAGAGCGCTGCCACAC----AGACCAAGAACTCAGGGGGCTGGGGAGATGCACCCAGCCAAAGCAATCAAATGAAGTCTGGATGGGGGGAGCTCTCAGC------CTCGACAGA---GTGGAAAGACCCCAAGAGCACAGGAGGCTGGAATGACTATAAGAACAACAACTCTTCTAACTGGGGAGGAGGCCGAGCAGATGAAAAGACACCTTCCTCTTGGAATGAGAGTTCTTGTAAGGATCAGGGGTGGGGAGGTGGGCGCCAACCCAACCAAGGATGGACTTCTGGGAAGAA-----------------TGGTTGGGGCGAGGAGGTGGATCAAGTGAAAAATAATAATTGGGAAAGTTCTGCCAATAAGCCTGTGTCTGGG-----TGGGGTGAAGGAGGAC--AGAATGAAATTGGAACTTGGGGTAATGGTGGGAATAC-------AAACCTAGCATCAAAAGGTGGGTGGGAAGATTGCAAAAGATCCCCTGCATGGA-ATGAGACAGGCAGACAGCCCAATTCCTGGAATAAACAACACCAACAGCAGCAGCAGCCACCGCCACCACAGCCAGAGGCTTCTGGTTCA---------------------------TGGGGAGGCCCACC---CCCGCCACCTCAAGGCAATGTTCGACCTTCTAATTCCAACTGGAGCAGTGGACCCCAGCCTACAAC---CCCTAAGGATGAT---GAACCCAGTGGTTGGGAGGAGCCATCCCCACAGTCAATTAGTCGGAAAATGGACATTGATGATGGCACTTCAGCTTGGGGAGACCCTAACAGTTATAACTACAAGAATGTGAACCTTTGGGATAAG---AATTCTCAAGGGGGCCCAGCACCTCGAG--------AACCAAACCTGCCTACCCCAATGACCGGGAAATCAGCATCAGGTAG-GTACCAAC 

a score=2869
s danRer3.chr12 13961447 138 +  37038836 CCTTGTGTGGACAATGGTACTTCAGCCTGGGGTAAACCTACTGAAGCTCCCACTGGTTGGGATGACAGTGGCAAGG------------CCTCAAGTTGGGGGGATCC---------CTCATCCAATCCAGTGAAGTCTGGTGAGT---CTAGATTTTAAAAT 
s mm7.chr15     80967444 162 + 103647385 CCTGCTCCAGATAATGGGACTTCAGCCTGGGGTGAGCCAAATGAAAGCAGTCCTGGGTGGGGTGAAATGGATGATGCAGGAGCATCAACCACAGGCTGGGGAAACACACCTGCCAACGCTCCCAATGCCATGAAACCCAGTAAGTAGACTTGGTTTGCAAGT 

a score=6954
s danRer3.chr12 13961685 187 +  37038836 TTTTTACAGGTTCAAAGTCTATGCAAGAAGGTTGGGTAGAAGGAGAGGGTTCAGTCAGTGCTTCGCGTAACCCTAGCTGGGAGGAGGAGGATGAGAGTGGTGGTGTTTGGAATAGTGCTGGTTCCCAAGGCAGCAGCTCTTCATATAATTCTGGAGGCTGGGGAGCCAAAAAGGGCAACAAGGTATG 
s mm7.chr15     80968678 182 + 103647385 TCCTTAAAGATTCCAAATCTATGCAAGACGGCTGGGGGGAGAGTGACGGACCAGTCACAGGAGCTCGCCATCCTAGCTGGGAAGAGGAGGATGA---CGGAGGAGTCTGGAACACCGCCGGCTCTCAGGGAAGCACTTCCTCCCACAACTCAGCAAGCTGGGGA--CAAGGAGGAAAGAAACAAATG 

a score=3555
s danRer3.chr12 13961905 160 +  37038836 AATCTGGAAACTAATCAGGATCTTTATATCTG-GTTAATACATTACATTTTTTTCAGGGCTCCTTGAAGGGTGCAGGA---GATTCTTGGATGAACCCAATGTCAAGACAGTTTTCAAATATGGGAATTTTGGTAAGAACATTTAGTATTATATTGGTGTATAA 
s mm7.chr15     80971384 157 + 103647385 AGTTTGGGAGGTTGTGATGAGCTCTGTGACTGAGGTCATGTGTTTCATTCTGT--AGTGCTCACTAAAAGGAGGAAACAATGATTCATGGATGAATCCTCTTGCCAAACAGTTTTCAAATATGGGATTGCTGGTAAG----TTTCAT-TTTTCTTCATGTATAA 

a score=3040
s danRer3.chr12 13962323 144 +  37038836 AGGAGAGAAGCGTGGCATGGGCTTAAACGAGTACAATGGA-----GAGATGCGTAAAGGAGGTCGTGGAGGTGGGGCAGGAGCAGTCTTCCGTTCACCTGGTTCCAAAGAGGTGGGAGCTTGTGAACCTGGGCCTTACTATGACAAGGT 
s mm7.chr15     80973497 141 + 103647385 AGATAAGAAATTTGATGTGGAC----AAGAGAACAATGAATCTCGGGGATT--TTAATGATATCATGAGGAAGGATC--GACCTGGGTTCCGTCCACCTAATTCCAAAGACTTGGGAACCACAGACAGTGGGCCTTATTTTGAGAAGGT 

a score=1955
s danRer3.chr12  13963054 191 +  37038836 AATGAGAGACTTTTTATTCTGGACAATTGCTGTCACATTTATTAACTGTTTTCTAATCCTTTCCTTTAGGCAAGTGGTC---AGTTGTTTAGTAGCGGAGGAGGGATGGCACAGTCAAGG------CACCAACCAGGGGTGCCACCCATCAACCCATCAG---------TGCGAGCACAAGTGCCTCATCAGTTCCTGTCACCTCAGGT 
s mm7.chr7      119283151 194 + 141766352 AATGAGTGTCTTTCC---CTGAAGAATCACTTTGTTATTT------TGTTGTTTG------TTTTTTAGAATGGCAATCCCAATATGTTTGGTGTTGGAAACACAGCAGCACAACCCCGGGGCATGCAGCAGCCTCCAGCACAACCTCTCAGTTCATCTCAGCCTAATCTTCGTGCTCAAGTGCCTCCTCCATTACTCTCCCCTCAGGT 

a score=2252
s danRer3.chr12 13967734 190 +  37038836 TTCCGTTTATATGTAGGTCCCATTGCTGCTCCTCTTAAAATGAGAGGTGGTTCCCCGTATTCCCAGTACGAGATGCTAGGAGGTG-------GTGAGGGTTTAGGTGTTCCTCCACAGGGGCCATCAGATCACTGGCACAGAAGTCCTGGA--AACAAAATGGGCACCAAAACTGGCACATCAAGCTGGCCTCCAGGTA 
s mm7.chr15     81001148 196 + 103647385 TTCTTTCTTTTCTCAGGCGCTATAGTGGCCCCTGGTAAGACCCGAGGAGGTTCACCATACAACCAGTTTGATATAATCCCAGGTGACACACTGGGTGGCCATACGGGTCCTGCT---GGTGATAGCTGGTTACCTGCCAAATCTCCACCGACTAATAAAATCGGAAGTAAATCCAGCAATGCCAGTTGGCCTCCAGGTA 

a score=6105
s danRer3.chr12 13967927 207 +  37038836 AATGTTTTAATAAATTAAATAATGTCATAATTTTTGCT----CTTTCTGA---ATTTTGTGTGTTTTTGGTGCAGAGTTTCAACCTGGAGTGCCTTGGAAAGGACGTCCGAATGTGGACACTGACTCTGATCCCTACATGACCCCTGGAAGTATGTT---GGGTTCATCGATGTCAAGCCTCAATGACACTGAGCATCAACTGCTAAGAGACAACAC 
s mm7.chr15     81002356 217 + 103647385 AACATAATAATAAAATAGGAAATGTTTAAGTTGTTTTTAACACTCTCCTATCCCTATCATTTCTTCTTATCACAGAATTCCAACCAGGAGTGCCATGGAAAGGTATCCAAAATATTGACCCTGAATCTGACCCCTATGTCACCCCAGGAAGTGTGCTAGGGGGTACAACCACATCTCCCATTGTAGATACTGACCACCAACTGCTGCGGGATAACAC 

a score=6193
s danRer3.chr12 13970285 150 +  37038836 TTTTCATGTTCATGTAAATACTAACAAATAAGCTTTTGCCTCGCTTTTGCAT--------AGAATCAAATCCCTCCCTCAACACCTTGCTGCCTTCACCTGGTGCCTGGCCCTACAGTGCCTCAGAGAGCCCCCTAACCAATGCACA---CAATCCAGGTA 
s mm7.chr15     81002929 161 + 103647385 TTTCCCTGGTTATATTGACATTTGTCTCTAATATTTTCTTCCTCTTCCTCTTTTGTTATAAGGGTCTAATTCCTCCCTCAACACCTCGCTGCCTTCACCTGGTGCCTGGCCCTACAGTGCCTCTGACAACTCCTTTACCAACGTTCATAGCACTTCAGGTA 

a score=4457
s danRer3.chr12 13970487 270 +  37038836 aaaattataatttaaaagatttaataaCTCCGTTATTTGTTGTTTCGACATGGACGAATGCCAAT---GCTCTGAAT-GTCTCCTG----TTTTTTACAGCTAAGTACACAGACTACAAGCCCAGCTGGCCACCTGAGCCAATAGGGCACAAC------------------AAGCCTTGGAAGA---------CCAATCGCAACAACTCTCATCTGCCACGCCCACCTCCTGGACTGACCCATCAGAAGCAGCCTTCAGTTTCTCCCTGGACGAGTGGAGGCCCACGAGTGGGTAGAGGATGGGG 
s mm7.chr15     81007841 296 + 103647385 aaaatataaatatatatGTGTTTATAAACAGAATTTGTGTCTATTGG---TAGGCAGATGCCCATCTAACCCTGACTTATTTCCTACGTTTCTCTTACAGCAAAGTTCCCTGATTATAAATCCACGTGGTCCCCAGATCCCATAGGACACAACCCCACTCATCTCTCCAATAAGATGTGGAAAAATCACATCTCCTCCAGGAACACTACACCGCTGACCCGCCCACCTCCTGGCCTGACCAACCCCAAAC------CGGCATCTCCTTGGAGCAGCACAGCACCGCGATCGGTCAGGGGGTGGGG 

a score=2782
s danRer3.chr12 13970873 168 +  37038836 CTCAATCTGTGTAGGTTCTGCGTGGAGTGATGGAGGAGCCTCTAAGGGGAGCTGCTGGCTGGTTTTGAGTAATCTTACCCCTCAGGTA---------TCTTATG--TGTCTGGatttta--tttattttatattaagaaaaataC-AGTACAATGACAGTTGTTTTTCATTGTAATGACTTA 
s mm7.chr15     81008552 182 + 103647385 CCTATTGTCTACAGCCTCTACCTGGAGTGATGGTGGCTCTGTCCGTCCTAGTTACTGGCTGGTTCTCCACAATCTCACCCCACAGGTAACCATGCTTTCTTGTGGATTTCTAGATAAGAGTTTGATTTTATTTAAAGAGAGagctgagcatattggcacatacctttagtctctagcactta 

a score=8374
s danRer3.chr12 13971059 161 +  37038836 TTTCTT---TTTAAGATTGATGGCTCCACTTTGAGGACTATCTGTATGCAGCATGGACCGCTTTTGACCTTTCACCTCGGTTTGACCCAAGGTAGTGCTCTAATTCGCTACAGCTCTCGCCAAGAAGCAGCCAAAGCCCAGAGCGCACTTCACATGTAAGTGTT 
s mm7.chr15     81012065 164 + 103647385 TTTCTTACCTCTTAGATTGATGGGTCAACCCTGAGAACGATCTGCATGCAGCATGGCCCACTGCTGACATTCCATCTGAACCTAACCCAGGGCACTGCCCTGATCCGATACAGCACCAAACAAGAGGCAGCCAAGGCCCAGACTGCACTGCACATGTAAGTACT 

a score=4176
s danRer3.chr12 13973720 96 +  37038836 TCATTTCCTTTC---AGGTGTGTTTTAGGTAACACCACAATCCTGGCCGAGTTCGTAAGCGAAGAGGAGGTCGCTCGCTATTTTGCACATTCCCAGGCC 
s mm7.chr15     81013552 99 + 103647385 TCTTCTCCTTTCTGTAGGTGTGTGTTGGGAAACACTACCATCCTGGCCGAGTTTGCCACTGAGGATGAAGTCAGCCGCTTTCTGGCTCAAGCTCAGCCC 

a score=26
s danRer3.chr12  13973816 143 +  37038836 GGA----------GCAGCTGGAAG--CGGCAGCGGAGGGAGCGGGGCCGGCGGTGTGGCCGTCTCAGGGCCGGCAGGTGTGGCGGGATCATCAGGGGCTGGAGCCGTGGGTACAATCAGTGCTGCGAGTGGTGAC--CGAGAACGTGCCGCAGTAGG 
s mm7.chr11     117869617 151 + 122091587 CTCCCACCCACCTCCAGCTGGCAGTCCAGCAGCGGGGGCAGCCAGCCCAGA---CTGGGCACCTCGGG--CAGCACCCATGGCCTAGTGCGCAGCGACACTGCCCACTGGAACACCCCATGCC-TGAGTGGCAAAGGCAGCAGTGAGCTGCTGTGGG 

a score=5676
s danRer3.chr12 13973998 295 +  37038836 CGGCCCCTCAGGCTCTACGTGGCAGAGTTTGGATGGTACGGGCAGCTCGTCTGACCCAGCCTCAGCACAG-GGAGCAGGCCTGAGCATTTTCGCC------------------CAGTGGAGCAGCAACGGTGCTGGTGGCAGCAATGCAGCGGGCGTTGATCCCGGAAGAGCCGGGCTGTGGGGCGGCATGACTCCAGGCTACACAGGCAGCAGTCTGTGGGCTTCACCAGCCATGGAAGATCGGCATCAGATGAACAGTCCTGCCGCGCTGCTACCCGGAGACCTGCTAGGAGGAGGTGCAGACTCAATCTGA 
s mm7.chr15     81013661 296 + 103647385 CAGCCACCCCGAGTGCACCTGCCACAGGGTGGCAGTCCCTGGAGACCAGCCAGAACCAAGCAGACCCCGTTGGACCTGCGCTGAACCTTTTCGGTGGGTCCACCGGGCTCGGGCAGTGGAGCAGCAGCG---CTGGTGGCAGCAGTGGGGCCGATCTTG---CCGGCACTTCC---TTGTGGGGC------CCCCCAAACTATTCTTCTAGC---TTGTGGGGAGTCCCGACGGTGGAAGATCCCCATAGGATGGGCAGCCCTGCTCCTTTACTACCTGGTGACCTTCTGGGAGGAGGGTCGGATTCAATCTGA 

a score=1064
s danRer3.chr12 13975089 241 +  37038836 ACTGTAACTTCTCGTTGTCTTTTTTATTTTTGTTTTTTGGTTTGTTTTAAATGATGGTGAAATCCAGAATTTGTTTTTTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACGCTGACCTCGGT------TTTTTTTTTCTTTCTTCTTAATCGAGTATGTTCTCATAATGACGATCACTTG----GATGTTACTTAGCTGTACAAGGTGCCCTTTCTGCCTGTGCGTGCATGAGTGAAGTCCCAGGTGATGGAGGCGACG 
s mm7.chr15     81022031 215 + 103647385 AATTTAACTAGAGGTTGTTGGATTTGTTTTTATGTTTTGTTTTG------------------------------TTTTTTTTTAAAAAAAAAAAGTCTAAATGTGGTCATCCTTACTCTATTTTATATCCTGAATTTGTAACTATGCATTTTCTGAAAAGGGGGAAGGCAGGGAAAGAAGCCGATTTGCATCCTTATGTACTC---CAGTTTCTGTGTCCATG---GAATCCCCATGTCTGGGAAGGGAAG 

a score=4140
s danRer3.chr12 13980184 87 +  37038836 CATGGAGTTGCGTGTTGGAAGTAAATATCGCCTCGGGCGAAAGATCGGAAGTGGCTCCTTTGGTGATATTTACTTGGGTAAAACCTG 
s mm7.chr11       991531 87 - 122091587 CATGGAGCTGAGGGTCGGGAACAGGTACCGACTGGGCCGCAAGATCGGCAGCGGCTCCTTCGGAGACATCTATCTCGGTGAGGCCCG 

a score=6460
s danRer3.chr12 13980349 118 +  37038836 AGGTGCAAACATCACATCTGGAGAAGAGGTAGCCATTAAGTTGGAGAGCGTGAAGACTAAACATCCACAATTACATATTGAGAGCAAGTTTTATAAGATGATGCAGGGTGGAGGTGAG 
s mm7.chr11       999197 118 - 122091587 AGGTACGGACATTGCTGCGGGAGAAGAAGTTGCCATCAAGCTTGAATGTGTCAAAACCAAACATCCTCAGCTCCACATTGAGAGCAAGATCTACAAAATGATGCAGGGAGGAGGTAAG 

a score=11309
s danRer3.chr12 13980499 196 +  37038836 AGAATTGGTTTGAGAAATGTGTTTTTAATTTTCCCTAATTGCAGTGGGTATTCCCTCCATCAAATGGTGTGGTGCTGAAGGGGACTATAATGTCATGGTGATGGAGCTCCTGGGTCCGAGCTTGGAGGACCTGTTCAACTTCTGCTCAAGGAAATTTACACTTAAAACTGTCCTGCTGCTGGCAGACCAGATGGTA 
s mm7.chr11      1008535 190 - 122091587 AGCGTGGGTTGAAGTGCTGTGTTT---GGTTTCTCT---TCCAGTGGGCATCCCTACCATCAGATGGTGTGGGGCTGAGGGGGACTACAATGTCATGGTGATGGAGCTACTGGGACCCAGCCTGGAAGACCTGTTCAACTTCTGTTCAAGGAAGTTTAGTCTCAAAACTGTTCTGTTGCTTGCTGACCAAATGGTA 

a score=28
s danRer3.chr12 13982806 229 +  37038836 ttctgtgtgggcctaCTCATTAGTAGTTTCCAGCTAATTACTATTAACTTCTACCATTT--TTTTAACCTCTGCCACTT-GTTTAAATTATTTA-AACTCCTAG-ATTTGTCTAAAGGAATCACT--GATTAATGTTATAGACTAAT--------TGAAAAGATTGACA-----AGGCCTTTGAGTTTAAT--ACAGCAATTCAATCTAATTTTTATAGTGTA---GCTTTGTTTGGGGTTTTAGCATCAGAAT 
s mm7.chrX      48510227 249 + 164906252 ttctttctcagcctgtttatcctttgtgtacag--aaatgccattgacttgtttgagttaattttatatccagcgacttcattgaagctgtttatcaggcttagtagttctctggtggaatttttagggtcacttctatatactatcatatcatctacaaaaagtgatattttgacttcttcctttccaatttgtatccccttgatctc-cttttgttgtctaattgctctggctaggacttca--agtacaat 

a score=-16
s danRer3.chr12 13983035 117 + 37038836 CCTGAACAGATATGATGTGACACCTTGATAAAAGAAAAAGGTTCCTTTTTGGCTGCTCT-GTGCTTATTATAGGTCATCAAAATTCAGAGTTTTAGTCAGGAATTTGACATTTAGCTT 
s mm7.chr18     61958737 101 + 90918714 CCTGAATAGCCAGCAGG------CTTGAAATAATAAATGGGGGCTTTGTTGTTTGCCTTAGTGTTCTCGCGCTGTCATTACAG-----------ACTCAGTGATCTGGCCTGCTGGAG 

a score=491
s danRer3.chr12 13983152 51 +  37038836 AGAATGGGA--ACCCTGCTATTTGCTTT-----TGTTGCCTAATTTGTTTGATGGTTA 
s mm7.chr15     24137876 58 - 103647385 AGAACAGGGCCACGTGGCCATTTGCCGTCTCCGTGTTGCGTGACCTGCTGTGTGTCCT 

a score=14092
s danRer3.chr12 13983203 318 +  37038836 TTCATTCCAGATTAGCCGAATTGAGTACATCCACTCCAAGAACTTTATTCACAGAGACATTAAACCAGATAATTTCCTGATGGGGCTTGGCAAGAAGGGAAACCTAGTCTACATCATAGACTTCGGCTTGGCCAAAAAGTACCGTGACGCCCGCACACATCAGCACATTCCCTACCGTGAGAATAAGAACCTGACTGGCACTGCCCGCTACGCCTCCATTAACACTCATTTGGGCATTGGTAAGGTCACTCGAA------GGCCACTAAAATTCTTCCTTCTGGTAAAAAATTGACTCTTTATTTTGGGTTAGTCTAAATTTAC 
s mm7.chr11      1009338 323 - 122091587 TTCTCTGTAGATAAGTCGTATTGAGTACATTCATTCGAAGAATTTTATCCACCGAGATGTGAAGCCAGATAACTTCCTCATGGGGCTGGGAAAGAAAGGCAACCTGGTCTACATCATTGACTTTGGGCTGGCCAAGAAGTATCGGGATGCACGCACCCACCAGCATATCCCCTATCGAGAGAACAAGAACCTCACAGGGACAGCACGCTATGCCTCCATCAACACGCACCTTGGCATTGGTGAGCCCTGACGTAGAGACGGATCACTTGACTTCGTGTACCT-TTAGCATGTCCATCCCTTGGTTTAGGCAAAGTCCATTTTAC 

a score=11424
s danRer3.chr12 13983521 192 +  37038836 CTTGTGCTTCCACAGAGCAATCTCGACGGGATGATCTCGAATCCCTTGGCTATGTACTTATGTACTTCAACTTGGGTTCTCTTCCCTGGCAAGGCCTAAAAGCAGCCACTAAAAGACAGAAGTATGAGCGAATCAGTGAAAAAAAGATGTCAACCCCCATTGAGGTTCTTTGCAAGGGCTTTCCATGTAAGT 
s mm7.chr11      1009982 190 - 122091587 TTTTTTTTTCCA--GAACAATCTCGAAGGGATGACTTGGAGTCTCTGGGGTACGTGCTGATGTACTTCAACCTGGGCTCTCTCCCCTGGCAGGGGCTGAAGGCCGCCACCAAGAGGCAGAAGTATGAGAGGATCAGTGAGAAGAAGATGTCCACTCCCATTGAAGTGCTGTGCAAGGGCTATCCTTGTGAGT 

a score=10512
s danRer3.chr12 13983768 167 +  37038836 TTTCTATGTTTCTAGCGGAATTTTCAACCTACATGAACTTCTGCCGCTCACTCCGATTCGATGACAAGCCTGACTACTCCTACTTGAGACAGCTGTTCAGGAACCTTTTCCACAGACAGGGATTTTCCTACGACTATGTGTTTGACTGGAACATGCTGAAATTTGTA 
s mm7.chr11      1010812 167 - 122091587 TTCTTGTTTCTTTAGCTGAATTTGCCACATACCTGAATTTCTGCCGTTCCTTACGTTTTGATGACAAACCTGACTACTCCTACCTGAGACAGCTCTTCAGAAATCTGTTCCATCGCCAAGGCTTCTCCTACGACTATGTGTTCGACTGGAACATGCTCAAATTTGTA 

a score=3178
s danRer3.chr12 13984003 224 +  37038836 CTTTTTTGTATCTGTGTCAGGGCTCTAGCAGAACAGCTgaggagaaagagaaggagcagagaggagagggagaagagagggatgagaggactggagGTGGACCGCCGGGTTCTGCGGCTCGTGCTTTGCCCTCTGGCCCAAACCTCCCAG-----CTCCTAACAGGGTCCGCAATGGCCCAGACCCTCCCAGCTCCACACCTGCCTCCCGTGTACCTCAGTCTGGTGAG 
s mm7.chr15     24143406 215 - 103647385 CTCTCATGTTCCTGT---AGGGTGCAGCCCGGAATCCCGAGGATGTAGACCGGGA------AAGACGGGAGCACGAACGGGAAGAGAGGATGGGGCA---GTTGCGAGGGTCCGCGACCAGAGCCCTGCCCCCTGGCCCA--CCTACAGGGGCTACCGCCAACCGACTCCGAAGTGCAGCCGAGCCTGTGGCTTCCACTCCAGCCTCCCGCATCCAACAAACTGGTCAG 

a score=4325
s danRer3.chr12 13988986 253 +  37038836 TTCCTTATGAAAGCATATCCTCGTGACC-TTCTGTGCTGTTAGTATCTGAAATCT----GCACACACAGCCTACTTGTTGTTTTGTCTTTTAGGAAACGCATCGCCGAGAGCAGGCCGAGGAGCCGAGCGGGAAAGGAGAGTGTGTTTACGGCTGCACCGCGGCGCTCCTGCCAACGCCTCC---CCTGATCTCCCACTCCGTCATGATCAGATCCGCATCACTCCCCCACAGGTCTCCATTCA---CACAATGCTGCTTTGCT 
s mm7.chr11      1014315 264 - 122091587 tcctttctaaaagcaggtgcctgcggccattgagcgctctccaTCTAGTGGGTCCAAGGGTATTTAATAATTATGCTTTCTCTTCCTCTCCAGCCAACACCTCTCCGAGGCCTGTCTCTGGCATGGAACGAGAACGGAAAGTGAGTATGCGGCTGCACCGTGGGGCCCCAGTCAACGTCTCCTCATCTGATCTCACGGGCCGACAAGATACCTCTCGCATGTCCACCTCACAGGTATGCATGTAGAGCTCACTGAGGCCTAGCT 

a score=1544
s danRer3.chr12 13989386 80 +  37038836 CAAACCTCTCTCTGTCTCTCTCACACAGGTCAGCGTTCCATTCGAACACATGGGGAAATGAGCTCTGCAACATCTCTGTC 
s mm7.chr11      1017504 76 - 122091587 CCAACAGCTGTCTTTTCCCCCACCTCAGAATAGCATTCCTTTCGAACACCACGGCAAGTAGCTGCT----CGTCTCCATC 

a score=2374
s danRer3.chr12 13995804 190 +  37038836 TTCTGTTTATATGTAGGTCCCATTGCTGCTCCTCTTAAAATGAGAGGTGGTTCCCCGTATTCCCAGTACGAGATGCTAGGAGGTG-------GTGAGGGTTTAGGTGTTCCTCCACAGGGGCCATCAGATCACTGGCACAGAAGTCCTGGA--AACAAAATGGGCACCAAAACTGGCACATCAAGCTGGCCTCCAGGTA 
s mm7.chr15     81001148 196 + 103647385 TTCTTTCTTTTCTCAGGCGCTATAGTGGCCCCTGGTAAGACCCGAGGAGGTTCACCATACAACCAGTTTGATATAATCCCAGGTGACACACTGGGTGGCCATACGGGTCCTGCT---GGTGATAGCTGGTTACCTGCCAAATCTCCACCGACTAATAAAATCGGAAGTAAATCCAGCAATGCCAGTTGGCCTCCAGGTA 

a score=6105
s danRer3.chr12 13995997 207 +  37038836 AATGTTTTAATAAATTAAATAATGTCATAATTTTTGCT----CTTTCTGA---ATTTTGTGTGTTTTTGGTGCAGAGTTTCAACCTGGAGTGCCTTGGAAAGGACGTCCGAATGTGGACACTGACTCTGATCCCTACATGACCCCTGGAAGTATGTT---GGGTTCATCGATGTCAAGCCTCAATGACACTGAGCATCAACTGCTAAGAGACAACAC 
s mm7.chr15     81002356 217 + 103647385 AACATAATAATAAAATAGGAAATGTTTAAGTTGTTTTTAACACTCTCCTATCCCTATCATTTCTTCTTATCACAGAATTCCAACCAGGAGTGCCATGGAAAGGTATCCAAAATATTGACCCTGAATCTGACCCCTATGTCACCCCAGGAAGTGTGCTAGGGGGTACAACCACATCTCCCATTGTAGATACTGACCACCAACTGCTGCGGGATAACAC 

a score=6193
s danRer3.chr12 13998366 150 +  37038836 TTTTCATGTTCATGTAAATACTAACAAATAAGCTTTTGCCTCGCTTTTGCAT--------AGAATCAAATCCCTCCCTCAACACCTTGCTGCCTTCACCTGGTGCCTGGCCCTACAGTGCCTCAGAGAGCCCCCTAACCAATGCACA---CAATCCAGGTA 
s mm7.chr15     81002929 161 + 103647385 TTTCCCTGGTTATATTGACATTTGTCTCTAATATTTTCTTCCTCTTCCTCTTTTGTTATAAGGGTCTAATTCCTCCCTCAACACCTCGCTGCCTTCACCTGGTGCCTGGCCCTACAGTGCCTCTGACAACTCCTTTACCAACGTTCATAGCACTTCAGGTA 

a score=4274
s danRer3.chr12 13998566 272 +  37038836 taaaaattataattttaaagat-ttaataaCTCCGTTATTTGTTGTTTCAACATGGATGAATGCCAAT---GCTCTGAAT-GTCTCCTG----TTTTTTATAGCTAAGTACACAGACTACAAGCCCAGCTGGCCACCTGAGCCAATAGGGCACAAC------------------AAGCCTTGGAAGA---------CCAATCGCAACAACTCTCATCTGCCACGCCCACCTCCTGGACTGACCCATCAGAAGCAGCCTTCAGTTTCTCCCTGGACGAGTGGAGGCCCACGAGTGGGTAGAGGATGGGG 
s mm7.chr15     81007838 299 + 103647385 tataaaatataaatatatatGTGTTTATAAA--CAGAATTTGT-GTCTATTGGTAGGCAGATGCCCATCTAACCCTGACTTATTTCCTACGTTTCTCTTACAGCAAAGTTCCCTGATTATAAATCCACGTGGTCCCCAGATCCCATAGGACACAACCCCACTCATCTCTCCAATAAGATGTGGAAAAATCACATCTCCTCCAGGAACACTACACCGCTGACCCGCCCACCTCCTGGCCTGACCAACCCCAAAC------CGGCATCTCCTTGGAGCAGCACAGCACCGCGATCGGTCAGGGGGTGGGG 

a score=287
s danRer3.chr12  13998838 15 +  37038836 CGGCTCTGGAGGCAG 
s mm7.chr7      119292706 15 + 141766352 AAATTCTGATGCCAG 

a score=-659
s danRer3.chr12  13998853 101 +  37038836 CCAAGAAAACAGATTTGGGCCTGGTAATAAATACATGTGTTTAATTGAAACTGTTA---AGGCAACTCTGTTAACGTTTAGTAAATGAATAGAG-ACCAAATAGT 
s mm7.chr7      119294067  84 + 141766352 CCGAGGACTGAGATTAGCTGTCGTT--TGATTGGCTGTACTTGTCTTAAACAGTCATTCAGGCAGAGCTGT-------------------AGAGTGCTGACTGCT 

a score=2621
s danRer3.chr12 13998954 168 +  37038836 CTCAATCTGTGTAGGTTCTGCGTGGAGTGATGGAGGAGCCTCTAAGGGGAGCTGCTGGCTGGTTTTGAGTAATCTTACCCCTCAGGTA---------TCTTATG--TGTTTGGattttatttatattatattaagaaaaata---CAGTACAATGACAGTTGTTTTTCATTGTGATGACTTA 
s mm7.chr15     81008552 182 + 103647385 CCTATTGTCTACAGCCTCTACCTGGAGTGATGGTGGCTCTGTCCGTCCTAGTTACTGGCTGGTTCTCCACAATCTCACCCCACAGGTAACCATGCTTTCTTGTGGATTTCTAGATAAGAGTTTGATTTTATTTAAAGAGAGagctgagcatattggcacatacctttagtctctagcactta 

a score=8291
s danRer3.chr12 13999140 161 +  37038836 TTTCTT---TATAAGATTGATGGCTCCACTTTGAGGACTATCTGTATGCAGCATGGACCGCTTTTGACCTTTCACCTCGGTTTGACCCAAGGTAGTGCTCTAATTCGCTACAGCTCTCGCCAAGAAGCAGCCAAAGCCCAGAGCGCACTTCACATGTAAGTGTT 
s mm7.chr15     81012065 164 + 103647385 TTTCTTACCTCTTAGATTGATGGGTCAACCCTGAGAACGATCTGCATGCAGCATGGCCCACTGCTGACATTCCATCTGAACCTAACCCAGGGCACTGCCCTGATCCGATACAGCACCAAACAAGAGGCAGCCAAGGCCCAGACTGCACTGCACATGTAAGTACT 

a score=3942
s danRer3.chr12 14001811 96 +  37038836 TCATTTGCTTT---TAGGTGTGTTTTAGGTAACACCACAATCCTGGCCGAGTTCGTAAGCGAAGAGGAGGTCGCTCGCTATTTTGCACATTCCCAGGCC 
s mm7.chr15     81013552 99 + 103647385 TCTTCTCCTTTCTGTAGGTGTGTGTTGGGAAACACTACCATCCTGGCCGAGTTTGCCACTGAGGATGAAGTCAGCCGCTTTCTGGCTCAAGCTCAGCCC 

a score=26
s danRer3.chr12  14001907 143 +  37038836 GGA----------GCAGCTGGAAG--CGGCAGCGGAGGGAGCGGGGCCGGCGGTGTGGCCGTCTCAGGGCCGGCAGGTGTGGCGGGATCATCAGGGGCTGGAGCCGTGGGTACAATCAGTGCTGCGAGTGGTGAC--CGAGAACGTGCCGCAGTAGG 
s mm7.chr11     117869617 151 + 122091587 CTCCCACCCACCTCCAGCTGGCAGTCCAGCAGCGGGGGCAGCCAGCCCAGA---CTGGGCACCTCGGG--CAGCACCCATGGCCTAGTGCGCAGCGACACTGCCCACTGGAACACCCCATGCC-TGAGTGGCAAAGGCAGCAGTGAGCTGCTGTGGG 

a score=5676
s danRer3.chr12 14002089 295 +  37038836 CGGCCCCTCAGGCTCTACGTGGCAGAGTTTGGATGGTACGGGCAGCTCGTCTGACCCAGCCTCAGCACAG-GGAGCAGGCCTGAGCATTTTCGCC------------------CAGTGGAGCAGCAACGGTGCTGGTGGCAGCAATGCAGCGGGCGTTGATCCCGGAAGAGCCGGGCTGTGGGGCGGCATGACTCCAGGCTACACAGGCAGCAGTCTGTGGGCTTCACCAGCCATGGAAGATCGGCATCAGATGAACAGTCCTGCCGCGCTGCTACCCGGAGACCTGCTAGGAGGAGGTGCAGACTCAATCTGA 
s mm7.chr15     81013661 296 + 103647385 CAGCCACCCCGAGTGCACCTGCCACAGGGTGGCAGTCCCTGGAGACCAGCCAGAACCAAGCAGACCCCGTTGGACCTGCGCTGAACCTTTTCGGTGGGTCCACCGGGCTCGGGCAGTGGAGCAGCAGCG---CTGGTGGCAGCAGTGGGGCCGATCTTG---CCGGCACTTCC---TTGTGGGGC------CCCCCAAACTATTCTTCTAGC---TTGTGGGGAGTCCCGACGGTGGAAGATCCCCATAGGATGGGCAGCCCTGCTCCTTTACTACCTGGTGACCTTCTGGGAGGAGGGTCGGATTCAATCTGA 

a score=6088
s danRer3.chr12 14008234 84 +  37038836 AATCATGGAGTTGCGTGTTGGAAGTAAATATCGCCTCGGGCGAAAGATCGGAAGTGGCTCCTTTGGTGATATTTACTTGGGTAA 
s mm7.chr15     24125582 84 - 103647385 AAGCATGGAGTTGCGTGTGGGAAATAAGTATCGCCTGGGCCGAAAGATCGGCAGTGGCTCCTTTGGAGACATCTACCTGGGTAA 

a score=11886
s danRer3.chr12 14008400 347 +  37038836 GCAGGTGCAAACATCACATCTGGAGAAGAGGTAGCCATTAAGTTGGAGAGCGTGAAGACTAAACATCCACAATTACATATTGAGAGCAAGTTTTATAAGA----------------TGATGCAGGG-------------------------------------------TGGAGGTGAGAGAGGATCCCTCTGTTTTCCTTC----ACGATACTGAGAAT-----------------TGGTTTGAG------------AAATGTGTTTTGAATTTTCCCTAATTG---------------------CAGTGGGTATTCCCTCCATCAAATGGTGTGGTGCTGAAGGGGACTATAATGTCATGGTGATGGAGCTCCTGGGTCCGAGCTTGGAGGACCTGTTCAACTTCTGCTCAAGGAAATTCACACTTAAAACTGTCCTGCTGCTGGCAGACCAGATGGT 
s mm7.chr15     24134264 460 - 103647385 GCAGGTGCCAACATTGCCTCTGGTGAGGAAGTAGCCATCAAGCTCGAATGTGTGAAGACGAAACATCCCCAGCTCCACATCGAGAGCAAGTTCTACAAGATGATGCAGGGCGGAGGTGAGGCAGGGATGGTGCTGGGAGCgggggggggggggggggggggACAATGACTGAAGGACGGGAAGGAGCCCAAGGCTGGGGTGTGGGGATGGCACAAAAAATGGGGGGGGGGAGGCTGGTGGTCCGGGTGGAGAGCAGGAGAACATGCGTGGGAGTGACCACCGCTGACCGAGTCTCTCTCTCGGGCCCAGTGGGGATCCCGTCCATCAAGTGGTGCGGGGCTGAGGGAGACTATAACGTGATGGTCATGGAGCTGCTGGGGCCCAGCCTGGAGGACCTCTTCAACTTCTGTTCCCGGAAGTTCAGCCTCAAGACGGTGCTGTTGCTGGCCGACCAGATGGT 

a score=-16
s danRer3.chr12 14011084 117 + 37038836 CCTGAACAGATATGATGTGACACCTTGATAAAAGAAAAAGGTTCCTTTTTGGCTGCTCT-GTGCTTATTATAGGTCATCAAAATTCAGAGTTTTAGTCAGGAATTTGACATTTAGCTT 
s mm7.chr18     61958737 101 + 90918714 CCTGAATAGCCAGCAGG------CTTGAAATAATAAATGGGGGCTTTGTTGTTTGCCTTAGTGTTCTCGCGCTGTCATTACAG-----------ACTCAGTGATCTGGCCTGCTGGAG 

a score=16400
s danRer3.chr12 14011201 342 +  37038836 AGAATGGGA--ACCCTGCTATTTGCTTT-----TGTTGCCTAATTTGTTTGATGGTTATTCATTCC--AGATTAGCCGAATTGAGTACATCCACTCCAAGAACTTTATTCACAGAGACATTAAACCAGATAATTTCCTGATGGGGCTTGGCAAGAAGGGAAACCTAGTCTACATCATAGACTTCGGCTTGGCCAAAAAGTACCGTGATGCCCGCACACATCAGCACATTCCCTATCGTGAGAATAAGAACCTGACTGGTACTGCCCGCTACGCCTCCATTAACACTCATTTGGGCATTGGTAAGGTCACT----CGAAGGCCACTAAAACTCTTCCTTCTGGTAAAAATGGACTT 
s mm7.chr15     24137876 353 - 103647385 AGAACAGGGCCACGTGGCCATTTGCCGTCTCCGTGTTGCGTGACCTGCTGTGTGTCCTTCCCTCCCTCAGATCAGCCGCATCGAGTACATACACTCCAAGAACTTCATCCACCGGGATGTGAAGCCCGACAACTTCCTCATGGGCCTGGGGAAGAAAGGCAACCTGGTGTACATCATTGACTTCGGCCTGGCCAAGAAGTACCGCGATGCCCGCACACACCAGCATATTCCCTACCGGGAAAACAAGAACCTGACCGGCACTGCCCGCTATGCCTCTATCAACACCCACCTGGGCATTGGTGAGTGAACTGAGCCGGAG--CACGCATGCTGTGGCCACTGGCCAGGATGGGCCT 

a score=10822
s danRer3.chr12 14011564 197 +  37038836 TTTACCTTGTG-CTTCCACAGAGCAATCTCGACGGGATGATCTTGAATCCCTTGGCTATGTACTTATGTACTTCAACTTGGGTTCTCTTCCCTGGCAAGGCCTGAAAGCAGCCACTAAAAGACAGAAGTATGAGCGAATCAGTGAAAAAAAGATGTCAACCCCCATTGAGGTTCTTTGCAAGGGCTTTCCGTGTAAGT 
s mm7.chr15     24138742 198 - 103647385 TTGACCTCCTGACCTGTGCAGAGCAAAGCCGTCGAGATGACCTAGAGAGCTTGGGCTATGTGCTCATGTACTTCAACCTGGGCTCCCTGCCCTGGCAGGGCCTCAAAGCAGCCACCAAGCGTCAGAAGTACGAGCGGATTAGCGAGAAGAAGATGTCAACGCCAATCGAGGTCCTCTGCAAAGGCTACCCCTGTGAGT 

a score=10075
s danRer3.chr12 14011827 155 +  37038836 CTAGCGGAATTTTCAACCTACATGAACTTCTGCCGCTCACTCCGATTCGATGACAAGCCTGACTACTCCTACTTGAGACAGCTGTTCAGGAACCTTTTCCACAGACAGGGTTTTTCCTACGACTATGTGTTTGACTGGAACATGCTGAAATTTGT 
s mm7.chr15     24139441 155 - 103647385 CCAGCCGAGTTCTCAACATACCTCAACTTCTGCCGCTCCCTGCGGTTCGATGATAAGCCTGACTACTCCTACCTGCGCCAGCTCTTCCGAAATCTCTTTCACCGGCAGGGTTTCTCCTACGACTACGTCTTCGACTGGAACATGCTCAAATTCGT 

a score=3582
s danRer3.chr12 14012096 179 +  37038836 aagagaaagagcagagaggagagggagaagagagggatgagaggactggagGTGGACCGCCGGGTTCTGCGGCTCGTGCTTTGCCCTCTGGCCCAAACCTCCCAG-----CTCCCAACAGGGTCCGCAATGGCCCAGACCCTCCCAGCTCCACACCTGCCTCCCGTGTACCTCAGTCTGGTGAG 
s mm7.chr15     24143442 179 - 103647385 AGGATGTAGACCGGGAAAGACGGGAGCACGAACGGGAAGAGAGGATGGGGCA---GTTGCGAGGGTCCGCGACCAGAGCCCTGCCCCCTGGCCCA--CCTACAGGGGCTACCGCCAACCGACTCCGAAGTGCAGCCGAGCCTGTGGCTTCCACTCCAGCCTCCCGCATCCAACAAACTGGTCAG 

a score=-367
s danRer3.chr12 14017033 81 +  37038836 TTCCTTATGAAAGCATATCCTCGTGACC-TTCTGTGCTGTTAGTATCTGAAATCT----GCACACACAGCCTACTTGTTGTTTTGT 
s mm7.chr11      1014315 86 - 122091587 tcctttctaaaagcaggtgcctgcggccattgagcgctctccaTCTAGTGGGTCCAAGGGTATTTAATAATTATGCTTTCTCTTCC 

a score=3869
s danRer3.chr12 14017114 146 +  37038836 CTTTTAGGAAACGCATCGCCGAGAGCAGGCCGAGGAGCCGAGCGGGAAAGGAGAGTGTGTTTACGGCTGCACCGCGGCGCTCCTGCCAACG---CCTCCCCTGATCTCCCACTCCGTCATGATCAGATCCGCATCACTCCCCCACAGGT 
s mm7.chr15     24143703 149 - 103647385 CTTCCAGGCAATACTTCTCCCAGAGCGATCTCACGGGCCGACCGAGAGAGGAAGGTGAGCATGAGACTCCACAGAGGTGCCCCTGCCAATGTCTCCTCCTCAGACCTCACTGGGCGGCAAGAGGTCTCCCGGCTTGCAGCCTCACAGGT 

a score=2734
s danRer3.chr12 14017440 56 +  37038836 TCTCTCTGTCTCTCTCACACAGGTCAGCGTTCCATTCGAACACATGGGGAAATGAG 
s mm7.chr15     24144443 56 - 103647385 TTTCTCTGTCCCCCTCTTGAAGACAAGCGTGCCATTTGACCATCTTGGGAAATGAG 

a score=5565
s danRer3.chr12 14025192 190 +  37038836 CCACAATGGCTCCTGATGGGCCCAACATCTCCTGGCTCCCAGACGCCCCTCTGCTCACGCCAGAGCAGCCTATATTCCTGATGACGACCACAGCCCAGGCAGTGTCAGGCTTTTTTGTGTGGACGGCACTTCTACTCACCTGCCACCAGGTACCTAAAGTGTCAT---AAAACCCCC----TATCCCAACTGTGTTC 
s mm7.chr15     24185827 190 - 103647385 CCACAACAGCTTC------ACCTAGCGTCTCTGCCACCCCCGAGGGCAGCCCCACAGCCATGGAGCACCCTGTGTTCCTGATGACCACTGCCGCCCAGGCCATCTCCGGCTTCTTTGTGTGGACAGCTCTGCTCATCACTTGCCACCAGGTACCT-TGGTGTGATGGGGGAACATCCTTAGTGTCCCAAGTGGTTTC 

a score=11543
s danRer3.chr12 14028071 305 +  37038836 TTTTTCAGATCTACATGCATTTGCGTTATTACAGCTCTCCTAAGGAACAGAGGCATATAGTGCGAATCCTTTTCATCGTACCAATCTATGCCTTTGACTCTTGGCTCAGCCTTCTCTTCTTTACCAATGACCAGTACTATGTGTACTTCGACACAGTCAGGGATTGCTATGAGGGTAGGTTCTCCTTCTTTCTGCTGTCTTTGCA-------TGGGGAGCTGTAAACACGACACC-------TTTATAGCCCTTTTTC-TAGCTGAGACCTGCATGAGCAGGTCTCTGGATCTGCGGCCTGCTGGGAGTTTCAGAAGCGA 
s mm7.chr15     24187213 315 - 103647385 TCCCTCAGATCTACATGCATCTGCGCTGCTACAGCCGTCCCAATGAGCAGCGCCACATCGTGCGCATCCTCTTCATCGTGCCCATCTACGCCTTCGACTCCTGGCTCAGCCTCCTCTTCTTCACCAATGACCAGTACTACGTGTACTTCGGCACCGTCCGAGACTGCTATGAGGGTGAGCACACCTTGGAGCGG--GGCTTGGGAGGAAGGTTGGGGAGTGGGGGCCTTGGGGCCAGGGGGGTGCACATCCCTCGTTCATCTCTAGGACCTG---AGGCTGGCACGTCATTCCTCAGTCTCTCAGGAGCCTCTGGACCAA 

a score=7328
s danRer3.chr12 14034065 120 +  37038836 CACTTTTCTTAATTTTTGCAGCGTTTGTGATCTACAACTTCTTGAGCCTTTGTTATGAATACCTTGGAGGAGAGAGTGCTATAATGGCCGAAATCAGAGGAAAACCCATCGAGTGAGTGT 
s mm7.chr15     24194424 120 - 103647385 CGCTCTGCTGACTTTTCGCAGCCTTTGTCATCTATAACTTCCTGAGCTTGTGCTATGAGTACCTCGGGGGAGAGAGTGCCATCATGTCTGAGATCAGAGGGAAGGCCATTGAGTGAGTAT 

a score=5797
s danRer3.chr12 14034933 84 +  37038836 CAGGTCCAGCTGTATATACGGTACATGTTGTCTTTGGGGCAAGACTTACTCTATTGGCTTCCTGAGATTCTGCAAACAGGTTTG 
s mm7.chr15     24194685 84 - 103647385 CAGGTCCAGCTGTATGTACGGCACGTGCTGCCTCTGGGGAAAGACCTACTCCATCGGATTCCTGCGGTTCTGTAAACAGGTGTG 

a score=5850
s danRer3.chr12 14035541 99 +  37038836 ATAGGCCACTTTACAGTTCTGTGTGGTAAAACCCCTGATGGCCATAATTACAGTCATCCTGCAGGCTTTTGGCAAATATCGTGATGGAGACTTCAAGTA 
s mm7.chr15     24197751 99 - 103647385 ACAGGCCACCCTGCAGTTCTGTGTGGTGAAGCCACTCATGGCCGTCAGCACCGTTATACTCCAGGCCTTTGGCAAGTACCGGGACGGAGACTTTGAGTA 

a score=12954
s danRer3.chr12 14035714 183 +  37038836 CCCACAGTGTTGCCAGCGGTTACCTCTATGTGACCATCATTTACAACATCTCCGTCAGCTTGTCGCTCTACGCTCTCTTCCTGTTCTACTTCTCCACTCGAGACCTGCTCAGCCCCTACAGGCCCATGCTCAAGTTCTTCATGGTCAAATCCGTCATCTTTCTCTCCTTCTGGCAAGGTCAGC 
s mm7.chr15     24198470 183 - 103647385 CCCACAGTGTCACCAGTGGGTACCTCTACGTGACCATCATCTACAACATCTCCGTCAGCCTGGCCCTATATGCGCTCTTCCTCTTCTACTTTGCCACAAGGGAGCTGCTCAGCCCCTACAGCCCTGTCCTCAAGTTCTTCATGGTCAAGTCCGTCATATTCCTCTCCTTCTGGCAAGGTCGGC 

a score=10568
s danRer3.chr12 14036807 200 +  37038836 CAGGCATGCTTCTTGCCATCCTGGAGAAGTGTGGAGCGATTCCTCAGATCAGCTCTCCTGAGGTGTCTGTCGGCGAGGGAACTGTTGCAGCAGGCTACCAGAACTTCATCATTTGCATTGAAATGTTCTTCGCTGCTTTGGCTCTGCGACATGCGTTTACATACACAGTCTACATGGACAAACGCCTGGATTCCCTTGGT 
s mm7.chr15     24198951 200 - 103647385 CAGGCATGCTGCTGGCCATCTTAGAGAAGTGCGGGGCCATCCCCAAGATCAACTCAGCGCGAGTGTCAGTGGGTGAGGGCACCGTGGCTGCCGGCTACCAGGACTTCATCATCTGTGTGGAGATGTTCTTCGCGGCCTTGGCCCTGCGGCATGCCTTCACCTACAAGGTCTACGCTGACAAGAGACTGGACGCTCAAGGT 

a score=13539
s danRer3.chr12 14039818 249 +  37038836 CTCTGTTCTTCTC-AAGGTCGCTGTGCCCCCATGAAGAGCATTTCCAGCAGCTTGAAGGAGACCATGAACCCTGGAGACATGGTTCAAGATGCCATCCACAATTTCTCTCCAGCTTACCAACAGTACACCCAACAGTCCACGCTGGAGCAGGGGGTCAC--------------CGCACCACCCTTGTCCCGCAACCACAGCTGTCTGAACGCCCGCGACAATGAGAAAACCCTGCTGCTCAGCTCCGACGATGAGTTTTAACTG 
s mm7.chr15     24201531 262 - 103647385 CTCCGCCCTCCCCTCAGGCCGCTGCGCCCCCATGAAGAGCATCTCCAGCAGCCTCAAAGAGACCATGAACCCACACGATATTGTGCAGGACGCCATCCACAACTTCTCGCCAGCCTACCAGCAGTACACGCAGCAGTCCACTCTGGAGCCCGGGCCCACCTGGCGTGGCGGCACGCACAGCCTT--TCCCGCTCCCACAGCCTTAGTGGTGCACGCGACAATGAGAAGACTCTGCTGCTCAGCTCTGATGATGAGTTCTAAGTG 

a score=11034
s danRer3.chr12 14043668 403 +  37038836 CTTGACTATGGTGATGACGGAGGCTGTGTTCAGACGGGGTGTTGTTGCCAGTAAACTGCCACCTCCAGACTCCAGACCTCTGGCGAACCGCTGAAGGGCGGCGAGACGGGCTCCCAAGCCTTCCAGCTCACGCCGCATGCCGGCGTTCTCTGCCCCGAGCCGTTCTACCTCCTGCTGGAGCTCCTTCTTCTGCTGCTCCAGAGCCTCGCGCTGGGACACGCGCTTCACCCGGCAGCTGGCAGCGTAGCCGCGGTTCTTTAGCGTGCGCCGCCTCTGCTTCAGCTTCTGTACCTCCTCGCGAGACAAACCACGTAAGTGCATGTTGAGTTCACGTACTGACAGAGACATGAGCTCGCTGTCGCTCAGCACGGGGATGTTCTCTCCGCATTCCCTTTTCACCTGA 
s mm7.chr15     24206626 391 - 103647385 CTTGACGATGGTGATGACGCTGGCGG-GCGCCACCAGTgcggcgg-gcccgcgggcggcggccACGGAGCGC----------GCGAAGCCCTGCAGCGCTTCACACTTGCCGCGCAGCGCGTCGAGCTCCAGGCGCATGGCGGCGTTCTCGCGCGCCAGCTTGTCCACCTCGCGCTCCAGCTCGGACTTCTGCTTCTGCAGCTCCTCCTTCTGGCACACGCGCTTCACGCGGCAGCTGGCCGCGTAGCCGCGGTTCTTGAGTGTGCGGCGCCGCTGCTTCAGCCGCGTCACCTCCTCCGCCGACAGCCCGCGCAGGTTGCGGTTCAGCTCGCGCACCGACAGCCCCATCAGCGCTTCATCCGACAGGTGCGGCGTGTTCTCGCTCAACTCGCGCTTGACCTGA 

a score=-5135
s danRer3.chr12  14044260 1451 +  37038836 AGGACAATTTTAAAAAACATTTTTGATCCACTTACATAAAATAATACAAAATATTTAAAGGATGGTTGACCC----------------------AAAAATCTAAA---TTGACTGACTATTTACTCAAGCAGTTGTAACtagtgctgcacaatattggaaaaatctgatactgcaatattaaattttttctgcaataaataatgcgataataatacagtttcac-----aagatggattgaatagctctatttgacc-----atttactgg---------------ggagtctcatagt-acagaatcacaaagcaaaacaaaaactattttcttac------------tttattttgtcttgtttctagtccaaatatat--atttttaaaaatctttgttaaaatattactattaataaaccaagtaaaaatattaagaatccaagttaaaatac------tgtttagtgttcaccgccagaagaagtaagagaaaagtaagagttttgtgcttgttttaaggaaatg----atctgcctgcggggtaagtgaaataatcttgttttcactttgaaa-------tctagatatttggact------gaaaacaagact---aaaattctaagtaataaatgtttttgcacattttctatataaatacagtaattaaatacaattctctcctggtcatctgtaattcagcctggacattgcatctctttgcgatgcgagtttgtggatgtgcacattgcgattttgatgctgaaattatatattttgcagctctaGTTTCAACTATTTATTT---CATTTTTCTGTTAAACACAAATA-------AAGATATTTTAaaaaacaaatactatggaagacaatggttaccggttt---taaacatttttttaaaagatctgttcaaaagggggaaaaaaagctcaaataagtttgtgtcaagtgaagggtg-agtaaatgatgacaaaatttAATTTATGACTGCTTTGTAAAATTATTAAATTCAAATTTTCAACCCATTTTGACAAGTTTTCCTGAAAAATGTCAGC--TATGGCTGTCAG--------Caaaaatttatttaaaaaaat-----aaaaacattttaaaaGTTTTGGGAATTACTAGATGTGATATTTTAACTGTATAAATCATCAAATGATAAAAGGTTAATGCTTTTAACCTTCTAATCTACTGATAACAGTCATGATAATAAAGGTGGTCAAAGGGAAAGCTACAAGATGAATCGGTC-----AAACATACAATGACAACAT-----CATCAGCGTAACACACAGCACTAAAATAATGCAATAAATAACAACATGCATTAAATACAAAA-ATGCCCACGTACATTACTGGTAACAAAAATGAAA----GAAATTCACATGCAGTGTTTTCACTTTTGTTTTTACCACAAAGCTATATATATATTTGACAGCTCGTTTAAAGTAAATTAAGTGCAT------AAAACAATGCACATTATTCAGTTTTTGACTATTTGTGGTAAAAATGACATCTTTTAAAGTGGATATGAAAGTTCATAAA---AGCGAGTTCATTAAAATG 
s mm7.chrX      121543842 1475 + 164906252 AAGATTATATTCGAATGTATTTGTGAGAAAATTGAAAAAAATTCTACAAAAATTTGATAAATTGGAAGAATTCAATAGAAAAACTAGTGTTAGAAAAAATCAAAACCATAGAAAACATATTTTtcctattagaaa-aaatggagaggaacattttctgataaaatcgaga-tgttctcatacagcatttctgatattaataa--aaataataataaaaatttCCTGGAAAAGGTGGTTAAAATAGAGGAAATTGATAGAAAAACCAACTGGTAAAATGAAAACGTAGAAAACTCATGGTCACTATTTGAGAATGTAAAAATAATAC-ATTTTTTGATAAAATAAATGCTTTTCTTCAAATGTATTTATGACACAATTGACttaatttatagaaa--------aatatattaaaatgaaaaaattCATTGGAAACACTACAGGTAAAAAGGAAAACATATAAAACTTTTTTTGTTC--TATTAGGGGAAATGA-AGAAAAATA-------------TTTTCTGATAAAATTCCACATGTTCTCATACAGCATTTTTGATAATTTTTTTTTAAATTTCAAAATTGTGGTTTAAATTTAAGAAGTTAATGGGAAAAAAAGACTGGTAAAATTGAAAACAGGGAAAACT------CATGTTC---ACAACTTGAGAAAGTAGAGATCATTAT------------TGTAAGATGAAACAAAC---GAATTTATTTG-------AATGTATTGGTGGGAAAATTGAAAT---AATGCATAGAAAA-ATATGTTGAAA-------TTCAAGAATTTAATGGAAAAATACACTGGTAGAAAGAAAAACATAGAAAACATATTTTACCTATTAGAGACAATGGAGAGAAACATTTTCTAATACAACTCGAGATTTTCTTAT--TCTTTATTTCAGATGAAAATGAAAGA--------------TATCTCCTGAAAAATGTAGTAAAAATGAATGAAATTGATGGAAAGAGTGACTGGTAAAATTGAAAACTTAAAA----AACCCCATGTCAA------TTATTGGAGAAAGTAGGCATCATCATTGTAAGATGAAATACAATATTTTATTCGAATGTATTTGTGAGAAAAATGATAAATTTATCAAAATGTATTAAAATGGAAGAATTCGATAGGAAAAAAAACTACTGGTAGAAAGCAAAAATATAGAAAACATATATTTTCTATTGGACAAAATGAAAAAAAATTTGAAAAAAATCAACATGTTCTTATGCAGCATTTTTGATAAAAATGAAAAAACTATATTAAAACATGAGGTTAAAATTTAA---GAAATTAATGGAAAAAATGACTGCTAAAATTGAAAACAGAATAAAATCATGTTTGCCACT--TGACCAAGTAGAGATCATGATTGTAAAATGCA--------ACTTCTGGTCA-AATACAAA---AAGTAGAAACTCATAGTCACTATTTGAGAAGATAGATATCATCATTTTAAGATAAAATACAAGATTTTATTCTAATGTATTTGTGAGAAAATTGACACAATTTATAG------AAAAATGTAATAAATTGGAAGAATTCAATGAAAAA 

a score=1753
s danRer3.chr12 14045711 48 +  37038836 ATCTTTACCTTGAGGGCTTTACTAGCTCTGCCGTCTGAAGTCATTGTC 
s mm7.chr15     24207392 48 - 103647385 AGCCTCACCTTCAGGGCTTTGCTAGATAAGGGATCCACAGCCATTTTC 

a score=351
s danRer3.chr12  14049047 494 +  37038836 aagaaaatcataaagagtttgaacactatttgctaatagtgagtaaatagttaaaaatgttcatctttgggtgatctagtagtcctttaaGTTCAGCAACATTTATATTTAAAGTCTAAGAAAAGTTGATAATGTAGTTTTTTTTTTTTTTTTACTAAAACGAAG--AAATTATAACCAATCGATTAAGCCAGCGACCTTCTTGCTGGGCTTTCCAATGAGCTGCTCTCCAGTCCACTCATTTAAAACATTTG-TAAAATAAATGTTTTCATTGTCATTTTTGATATTAAGTGTTGTTGATAAATAAATATATTCACAATGAAAAAA--AGGATATTCTACATTGAAGATATATTTCAAAATGTTACAATT----------ATCT--TGATCAAATGCAGTCTTGTGAACTCTTTTAATGCCT-CTTTCAAAAGCATTACAAATATTGTAATATTTTCAAATTTTTAACTGGTGATGTGTTTGTATCTTAAACATATTTTATGCAAGTTATT 
s mm7.chrX      121548686 427 + 164906252 AAGGAAAACATACAAAATATA-----TTTGTCCTAGTAGCGA--AAATGGAGAAAAA----CATTTTCTGATAA------AATTCCCCATGTTC--------TTATATAGCattttttataaaaat-gaaaatata----------------tacaaaaatgtagttaaaatttaagaaattaataGAAAAAACGAC-----TGCTAAAATTGAAAACG----------TAGAAAACTCATGTTAACCATATGAGAAAGTAGAGATCATTATTGTAAGATAAAATACAAGATTTTATT------CGAATGTATTTG---TGAAAAAATTGAAATAATTTATAATAAA---CCATGTTGAAATGCAAGAATTCGATGGCAAAATCTACTGGTAGAAAGTAAAACAGAGAAAACAT---ATGCTTACTATTAGAGAAAATGGAGAGA----AATATTTTTCGATAA--AATTTGCGATG-------ATCTTATACAGAATTTCTGATAAATATT 

a score=1607
s danRer3.chr12  14049559 534 +  37038836 taaaatcatttaaaaaattttatttaaaat-----gtttaaaaaaCGCAT-TTCATTGATTTTGAAGAATGATATCTAAGCTATAAAAGAAAGCATATCTAAAACAATTGATTAAACTACAGCCTACaaataatattttaatattaatGAAAGACTTCTCTTC-TAAAGATATTGGTTATCTATTGATATTATTGTTTTTAGGAACCTTATAGATATTAAAAACGT-TTCTTAATAATGAATACAACTTCTTTTTTCACACAAAGAACACAATGTAAGAACAGGGCATTTAAAGGTTCTTTAGAAACCATGTATCTTCTATGGCATTACTGCAAACTCTACTTTAGAATATATTTATATTTGGAGTGTATCATGATTATAACACATATATCTACAGTGTT----ATGTAAAAAAGTAATAGCC----TATTACAATCTAGG---CCTTATCTTAATACATACACACTCTATGTATTACTTTTCCTTAAAAGTTAATTCGTAGCACAATTAGCTATATTTTTAAAAAAGAGACTTAAGATTGTAATAAATAACT 
s mm7.chrX      121549147 502 + 164906252 GAAATTGATGTAAAAAATGACTGCTAAAATTAAAAACGTAGAAAACTCATGTTCACTATTTGAGAAAGTAGAGATCATCATTTTGAGAGAAAATA-----AAAGATTTTTATTCAAATGTATTTGTAACATAATTGACGAAATTTAAAGAAAAATGTCTTAAAATGGAAATATTCATTGGAAA--AAAACTACTGGTCGAAAGG------TAGACATTCAAAACATATTTTTACTATTAGAGAAAATG-----------GAGAGAAACATTTTCTGATAAAAT----TTGAGATGTTCTT--------ATACAGCAGTTTTGACAAAAATAAAAAACATATACAAAAATGTGTTGAAAATGGAGGAAATTGATGGTGAAAACGACTGGA-----AGAATTGAAAACATAGAAAACTCATGTTCACTATTTAAGAATGTAGAGATCATCATTTTAACATAAA--------ATACAAGATTTTTATTCAAA--TGAATTTGTGACATAATTGACGAAATTTATAAAGAAAAGTCTTAAAATTGGAAAAAACAACT 

a score=2144
s danRer3.chr12 14050777 41 +  37038836 CCGAAGACGAGATTGAGGGAGACGATGAAGACGAGGAGGTA 
s mm7.chr15     79755105 41 + 103647385 CCGAGGAGGAGCTGGAAGAAGACGACGACGACGAGGTGCTA 

a score=4819
s danRer3.chr12 14052361 141 +  37038836 CTACATTTCTTTTTCTCCAGCTGGATGAAACTATGTTGGAGAGGTTGTGGGGACTCACAGAGATGTTTCCAGACTCAGTGCGATCGGCAGCTGAAGTTTCCGCACACTGTTCGCTGTCTGCAGCCAAAAAACTTTACAGGT 
s mm7.chr15     79755284 141 + 103647385 CCACGCCTCCTCCACCACAGCTAGACGAGACCCTGTCGGAGAGACTCTGGGGTCTGACGGAGATGTTTCCCGAGAGGGTCCGGTCAGCCGCCGGAGCCACCTTTGACCTCTCGCTCTTCGTGGCTCAGAAGATGTACAGGT 

a score=7506
s danRer3.chr12 14052592 132 +  37038836 TTTATAGTTTCTCCCGTGCAGCTCTATGGGTTGGTACTACTTCCTTTATGATTCTGGTTCTGCCGGTTGTCTTTGAAACTGAGAGGTTACAGCTGGAACAGCAGCAGATACAACAGCAGAGACAGGTGAGTA 
s mm7.chr15     79756021 132 + 103647385 TCTGCAGATTTTCCAGGGCAGCTTTGTGGATTGGGACCACTTCCTTCATGATCCTGGTTCTTCCCGTTGTCTTTGAGACAGAAAAGTTGCAGATGGAGCAACAGCAGCAACTGCAGCAACGGCAGGTGAGCA 

a score=-385
s danRer3.chr12 14052724 121 + 37038836 ACTatagacgaattgccaacctatgtcacagatgacgtcatgcgggttctcagttgcaaaaaaaagaccggatgcaacagtaaacatgttgtgttgtgcggttggatgcc-----aaattcggcca 
s mm7.chr17     71736394 120 + 93276925 ACTTTGAAGGCCTAACACAGGTCTGTCGGGAGGAATGCAAGGGGCATTTCCCACTTCCTGGAAAGATCCAGAGT-----GTTGACACGGT-TTTTGTCCTGATGGAAGCACTTTGAAATTCAGTTA 

a score=1320
s danRer3.chr12  14054094 196 +  37038836 caagctgttataata------tgctgatagcatcatgca---aataatatatataatatgtaatcaccaaaact--tgtAATGAAAGA---GTTATATGGAGTCTGAGCAAACTAATTTTCTTTATTTAAAAAAATTGACTTTTTAACACTTACTGACA----AACATTTTA----AAGGCACACATGTTGTGATCTCAGAAGTTGTTAATGTGTATG 
s mm7.chrX      121552315 212 + 164906252 CAAGATGTCCTTATACAGCATTGCTGATAAAA-AATGTACAGAAAAATGTGGTTAAAATGGAG-----GAAATTGATGGAAAATAAGACTGGTCAAATGAAAACTTAGAAAACTAATGCTCATTACTTGAGAAAATAGATATCATGATTATAAGATAAAATACAAGATTTTATTCGaatatatttatgataaaattgaaaaatttataaataaatGTG 

a score=4019
s danRer3.chr12 14055017 106 +  37038836 TCATTTCTTTTCTTTCTGCTTTTTCTAGATTTTGTTGGGTCCAAATGCTGGCATGTCTGGAGGAATGTCAGGAATGATGCCTCCTGCTCCAGGGAAGCTGTGATTT 
s mm7.chr15     79756320 106 + 103647385 TCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTCCAGATACTTTTAGGGCCTAACACAGGGCTGTCAGGAGGAATGCCAGGGGCTCTACCTCCACTTCCTGGAAAGATGTAGATT 

a score=2824
s danRer3.chr12 14058979 166 +  37038836 GGAGGAACAAACTTTGGAAGAGGAGTCGGGATACCAAGATGATGAGGTGATTT----ACATTCATTTTCAGGCAGCCA--CAGCCCATTCAATCGTCCAAAAACATGCTTTTTTATTTAACCGTGTTAGGTCTTGTGTTTATA---AAAAATATAACAT---CATAATGGTGCATAAA 
s mm7.chr15     23960807 173 - 103647385 GGAGGATCAAGTTGTGCAGGAAGAATCGGGATTCCAAGATGATGAGGTATTATTAGAATGTTGAAAGTTAGGTTGACATCCAGCCTTTCCA-----CAAAAATCAAGTTTCTTGTTTTTAAGCTACTGTTTTTAGCAACTAAAAGTAGAAATACAGCACACACATAAATGTGTAAAGA 

a score=2762
s danRer3.chr12 14059697 56 +  37038836 TTGCTATCAAATCTCTTCCAGGAATCCTTTTTTCAAGACATTGAGCTCTTGCAGAA 
s mm7.chr15     23961671 56 - 103647385 TTTCCGTTTCATTTCATTTAGGAATCTCTGTTTCAAGACATTGACCTGTTGCAGAA 

a score=7366
s danRer3.chr12 14059754 273 +  37038836 CATGGCATTGTAAGTAAAATGTTGTTATTATGAAGTTATGAAATGATCATGAAAGTGGCTCTCACCCATAATGATCTTTCTGAAGAACGTGGCCGACATAAAGAAACTGAAGTCTGTAGGGATTTGTACGGTGAAAGGCATCCAGATGACCACACGCCGTGCTCTCTGTAACATAAAGGGACTTTCTGAAGCTAAAGTGGATAAAATTAAAGAAGCCGCTGGAAAGTTGCTGGTAA-------------TTTGATGTGTTGGTTGACATGATTTATATATTTTTTG 
s mm7.chr15     23962992 270 - 103647385 CATGACATAGTAGAGAAGACTTTTAGGTTGGCATTTTATCAATCTGCTACG---------CTCATTC-------TTTTATTTCAGAACATGGCTGATATTAAGAAACTGAAGTCTGTAGGAATCTGTACCATTAAAGGGATACAAATGACAACAAGAAGAGCCCTCTGCAATGTCAAAGGCCTCTCAGAAGCCAAAGTGGAAAAGATTAAAGAGGCAGCCAACAAGCTTATTGTAAGCCAAGTTCATTCTTTTCTGTTTTAGTTTAGCAGAGTCATCTTTCTCATG 

a score=2899
s danRer3.chr12 14060069 207 +  37038836 TAATATGTTCTGTTCATTCATGCAGACATGCGGATTCCAGACAGCATCTGAATACTGCATCAAGAGAAAGCAAGTGTTTCACATCACAACTGGCAGTTTGGAGTTTGAGTAAGAAGCTTTATATGTCTTA---------CATTTTTAGACACCAAA-----TTTTATTTGTGGCTAGAATTTGTTTTTGTGTGGtgaactgaacaatttaagtataatcta 
s mm7.chr15     23966902 211 - 103647385 TAATCTCTCCATTGTCTTTCTTTAGGAACCAGGATTCCTAACTGCATTTCAGTACAGTGAAAGGAGGAAGATGGTATTCCATATCACTACTGGGAGCCAGGAATTTGAGTGTGTATTTGTTTTTATCACAACTAAGTACAACCTTTGGAGTCCATGTTTCtttttttttttttttaatatttatttatttattat----------atgtaagtacactgta 

a score=3765
s danRer3.chr12 14060478 107 +  37038836 TTCATATTTACTTT-AGCAAACTCCTTGGAGGAGGTGTGGAGAGTATGGCCATCACCGAGGCTTTTGGTGGTAGG-------GTGATGTTTTGATTTGAAACCATAATGATATGT 
s mm7.chr15     23970049 115 - 103647385 TTCATATCTGTTTTCAGTAAATTACTAGGAGGTGGCATTGAAAGTATGGCAATTACAGAAGCTTTTGGAGGTAGGTAGAACCTTAATAGTTTTCTGTGGAATGATATATGTATGT 

a score=3406
s danRer3.chr12 14060643 124 +  37038836 TTTCCCATGCCTCATTTAGAATTCAGAACTGGAAAGACTCAGCTCTCACATACTCTGTGTGGTAAGAATGAATCTTGTGTAAATGTTAAATGCGGAATTTAATTCTCATTTTTAGACCATTCAC 
s mm7.chr15     23971590 108 - 103647385 TTTTCTAAATTTCAC--AGAATTTCGTACTGGAAAAACTCAGCTGTCTCATACCCTCTGTGGTAAGAACACATCCTA---AAATCAGCAATACAG-----------CAGTGGTAGAGCATTCAC 

a score=4310
s danRer3.chr12 14060770 95 +  37038836 ATTTTGTTTTCTTTTTTTCCTTCAGTTACTGCTCAGCTTCCTGGGGAATATGGGTACACAGGAGGAAAGGTCATCTTCATTGATACCGAAAACAC 
s mm7.chr15     23974405 95 - 103647385 ATATTAATTTTTTATTGTTCCCTAGTGACAGCTCAACTTCCAGGAACAGGCGGCTACTCAGGTGGAAAGATTATCTTCATCGATACAGAAAATAC 

a score=5723
s danRer3.chr12 14060867 207 +  37038836 TGTATCATTTA-TGCATTTGCTTGCTGTGTGTGAGTGATTCATTTTACTAAATCCATTTCATATGGAGAAGTCATTCTGAACTTTTTACCTTAATAATTGTGAACATCAGTCGGCCTGAGAGGCTGAAGGACATCGCTGACAGATTCAATGTGGATCATGACGCTGTTCTGGACAATGTGCTTTATGCACGTGCGTATACCAGTAAGA 
s mm7.chr15     23977394 197 - 103647385 TGTCTCAGTTGCTTTACTTGCTCACAGTGC-----TACCTCTTGTAGCTATCTAAACTTTCTTTGGAATTGGTTTATTGCATCCTTAACCTTGACAC------ACTCCAGCCGTCCAGATCGCCTTCGGGACATTGCTGACCGCTTCAACGTAGACCATGAAGCAGTACTGGACAACGTGCTCTATGCACGTGCCTATACTAGTAAGA 

a score=5048
s danRer3.chr12 14061183 233 +  37038836 GTCTCTGTTTTTAATTTTTG---------------------AGGTGAGCATCAGATGGAACTGCTGGACTTTGTTGCAGCCAAGTTTCATGAAGAAGGTGGTGTCTTCAAGCTTTTGG--TGAGTCTGGTAGATGGAAGAATGTGTAAAGTTTCTGAGGTAACTTTTTAG-GTAGAGCCTTTACTTAAAGTTTATTAAACATTTATTATAGTTAAGTGTAAAAGAGCTGACAGAGCTGTTTTTGGATTAATGAAACT 
s mm7.chr15     23978039 229 - 103647385 GCCTCTGCTTCCAGCTTTTATGACATTTTCTCTTTCCCCTCAGGTGAGCATCAGATGGAGCTACTTGATTATGTCGCAGCCAAGTTTCATGAGGAAGCTGGCATTTTCAAACTATTGGTATGAGTTT------TTAAATAATGTTCA------CTGGTAGAGCTATTTAGCATA------TTATTCTATTCTGCTTAAATAGACATCTTCCTTCAATTTAAAAATG----------TGTATTTGGTTTTATGTTACT 

a score=5555
s danRer3.chr12 14062876 200 +  37038836 AGATAATAGACTCAATAATGGCTCTGTTCCGGGTGGACTTCTCTGGAAGAGGAGAATTGGCAGAGAGACAGCAGAAGCTTGCACAAATGCTCTCTAGACTGCAGAAGATTTCTGAAGGTTTGTAGAAATCATCATATTTGAGAATAGCACTACTAGTATAACATGATGGCAGTCAGTCTTCTCTCCGCTGAAGTAAGCTT 
s mm7.chr15     23978275 184 - 103647385 AGATCATTGACTCAATAATGGCACTTTTTCGAGTGGATTTCAGTGGCCGTGGGGAATTGGCTGAACGCCAGCAAAAATTGGCCCAGATGTTGTCACGACTCCAAAAAATCTCAGAAGGT------AGATCTTTAAAAT--AAAATGGCACTGTCA-CATAGCAT--CTGTAGAC-----TCTGTTTGCTATAGGATGCTT 

a score=4723
s danRer3.chr12 14063117 86 +  37038836 AACCTTTTTGTGGGATATAGAGTACAATGTTGCTGTGTTTGTCACAAACCAGATGACTGCAGACCCAGGAGCTGGAATGACGTAAG 
s mm7.chr15     23978854 86 - 103647385 AATTTTATTTTTTGATGCAGAATATAATGTTGCTGTTTTTGTGACCAATCAAATGACTGCAGATCCAGGAGCAACTATGACGTAAG 

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s danRer3.chr12 14063244 151 +  37038836 ATGAATGTTAAATAAAT-TATTATGATCTTAGATTTCAAGCAGATCCTAAAAAGCCTATTGGAGGACACATACTGGCACACGCCTCTACCACACGCATCAGCCTGAGGAAAGGCCGTGCTGAACTGAGAATTGCCAAGATATTTGACAGGTA 
s mm7.chr15     23994466 152 - 103647385 ATGAAACCTGAAGAAGTGTTTTATTGATTCAGCTTTCAGGCTGATCCCAAAAAACCCATTGGTGGACACATTCTGGCTCACGCTTCCACAACAAGAATAAGCTTGCGCAAGGGAAGAGGAGAACTGAGGATCGCCAAGATTTATGACAGGTA 

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s danRer3.chr12 14063694 279 +  37038836 TGTTTTCAAAC--AGAAGCGAACCTTATTAAAAATTGGAACCTTATTCACTTACAATAATACATTTTACTTTATTTCTGAATTAAAAAAAACATAATTCATAAGT------GAAACATTT--TTACATTTCTAGTTTAATTTATTTGTATATTTAGATTGATGTGATTATCATTCACTTTGAATGTTTGCATTAT------AAAGAAATCCTTT-----GCTT-------------TTCCACAGCCCACACATGCCAGAAAACGAAGCTACTTTTGCCATTACGGCTGGAGGAATAACAGACGCAAAAGACTA 
s mm7.chr15     24000432 308 - 103647385 TGTTTCCAAGTTTGGGAGTAATTTTTCTTGACATTCAAACCCTTATATAT-----AGAAGTTGTTTAACAATGTTTGCGAGGGTTGATAACTCTGCTAGGTAAGCTCGGTAGGCACATTTAGCTGCACCCGCACTGCAGCGTCTCTGGAGACTCAGACTGATGGGAACGTGATGAATGTGACATGTGCACAGTATTTTTAGAAACAGAGCTTTTTATAAACTTCTGTTCCCTTGTATTCTGTAGCCCCGAGATGCCTGAAAATGAAGCCACCTTCGCAATAACCGCTGGAGGGATCGGGGATGCCAAGGAGTA 

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a score=3836
s danRer3.chr12 14072004 370 + 37038836 TGTATAATGTGACAAAATGCATATTTGTTTTCCAT------------TAAGGTACCTAACTGGTATGGTGGAAAAACGCACGCTGGAGAAATATGAACGGGAGGCAAAAGAGAAGAACAGAGAGACTTGGTAAACAAAATGTCTTATTTATGCTTTCCTATTCATGCATTTTCTTAATGCAGTACACTACAAAGTTTGGGATTGTAAAGTCTCACTGTTAAAAAAACACTCCACTTTTTTTTTTTTTTTTTAGAAATTTCCATTTatgctaatggtctaatctaattcaatgatttatgctaagctaagcttaaaggggcacctatggtgagacatc-tactttacaagctgtttggacagacaagtgtaggtacaatgtata 
s mm7.chr16     87566323 330 - 98481019 TATTTACTGAGTAATTATCCATACTCTTTTTCTGTCTTTAACCATTTTCAGGTATTTGACTGGAATGGTCGACAAAAGGACACTTGAGAAGTATGAACGAGAAGCTAAAGAAAAAAACAGAGAAACTTGGTATAGTAAACT-----TTTATGA--CACTATCAGTTAATTTTAAGGAAATAGTACCCTAGTGTTCTTGTAAT------------CTGTTCAAA-----------------TATGTATTTCTAGCCA-------GTATGCCTATGGTCCCATTACTCTGGATGCTTGAGGCCAGG---AGTTTGAGG-------cctgcacaaacatcatgaccaagaagcaagttgggaaggaaagggtttattcagtttaca 

a score=10480
s danRer3.chr12 14073753 526 + 37038836 TCCCTGCAGGTATCTTTCCTGGGCTCTAGACACAAACCAAGAGGAAAGAGACAAGGGCAAAACAGTAGAAGTTGGAAGAGCATACTTTGAAACAGAGAAAAAGCACTTTACTATTCTTGACGCCCCGGGCCATAAAAGCTTTGTCCCCAACATGATTGGAGGAGCATCTCAAGCTGACTTGGCAGTGCTGGTGAGATCCTCTTCAAATGCCTTTTTTATGCCCTACAGCAGGACAAAT--TCTTGCTTATAACTTTGT---------AGCTTAGCTGTGCAGG-TCTGCAGGCCAAAGTGATAAGCAATGCTCGATTGGGTTGAAAATACAAAATCATAAAAT-------GAGGATGTGTTATCATTCCTTTGAGTTATCATTCATTTTTATACTTTGTAACATATAAATAATAGTATTTAAATTGATTCAAA---TTTAATGTAATATGATTTAGTTTGATAAGAAATTAATGTTGCAATAATTGTTTTTAGTTAATGCtttttttttactttttaaaactaattaaaaaatta-aaataaatCCATT 
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a score=15793
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s danRer3.chr12 14085104 198 + 37038836 TTTTAGGTAAGACAATCGCAATCGGCAAGGTGCTGAAGTTGGTACCTGAGAAGGACTAAAATGCGGATTGAAGGACTTTCCTGGTGCACTCTGGGATAGAGGAGGATGCAGTGTTGTG--------TGCCTGCCAGATGTT-CTCCAAACTGCTCTGTCGTCCCACTGTGGATCAGTCAATGAAAAATTACTTTGGGAAAAAGGACA 
s mm7.chr16     87580932 152 - 98481019 TTCTAGGTAAGACCATTGCAATTGGAAAAGTTCTGAAACTGGTTCCAGAGAAAGACT-------------AAGCATTTTCTTGATG-ACCCTG-------------CACAATACTGTGAGGAAAATTGACTGCAAAAGCCTACTTCACACCGCCTTCTC----------------------------TTACTTTCTGCCCATTGACA 

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s mm7.chr16     87581097 163 - 98481019 ACTTTGCAAAGAAAATTCACAGCAAAAGTCCA---CATTATGTCAGCTTTCTCATATTGAGAGCTCTGCTATGCCACTGTTG------AATTTT--CCCAAGATTTTGCCCCCCTTTCAAACTTCGCTTCC---TTGGACAGATTT---------GGCAATAGCTTTGTAAGT---------GATGTGGACATAA 

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s mm7.chr16     87584609 56 - 98481019 AAGTAGCCCAAAACAGTATTGCTTTCTCTCCCTTTTCACATATGCCACTGTGCCCT 

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s danRer3.chr12 14087256 176 + 37038836 TTTTTGGTTTTACAAACTGTGTTTTACCCCACAGTCCGTTATCTCATGGACTGAGGACAGAATCTGGAGACGTGTGTCTTTTCACCAGAGATGAACCCAACATGACTGCAGAACAGACAGAGAGATTCTACAAGAAGTTACTCACAGAGAGAGGGGTCAAAAATGTCACAGAGGTA 
s mm7.chr16     87600358 168 - 98481019 TTTCTGGCCTTTTTTGTCGTGTTTTGC-----AGACCTTTGCCTCATAGCATTCTCTCCGAATCCTCAGATGTATGTCTCTTCACAAAAGATGAATTCGATTCACCT---GAACAGACAGAAGGTTTCTATAAAAAGCTTTTGAAAAAACACGGAGTTAACACTATCTCTCAGGTA 

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s mm7.chr16     87602053 260 - 98481019 AGATGCTTAACATTTTATGGTTTTGGTCTTGT---TTCTGTATTCTAGATTATCCCTTTTAAAACTTTAAAAACAGAATATAAAGCCTATGAAGCCAAGCTCCGCCTCCTGGGTAGCTTTGAAGTCTTTATTACTGATGCGAGAATTCGACGGCATTTGCCCTCACACATAGGGAGGCATTTTTATCAGAGAAAGAAGTGAGTTTATTTGCAGTGACTGGACTTGACTGGTATGGGGTTTCTGTGTGTCTCCAATGTTCTGAT 

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s mm7.chr16     87605162 347 - 98481019 TTCAGCATGGTGGTGTTTTACCTCAGGGAGTGGA--GTTTTAAAATAAAAAAGTTAAAGATTAAAAACTATATTGCTTTATTAAATTCTAGTACGATCCGTATTGGTCACAC---TGGAATGGAGACTGAGCACATCGTTGACAACATCCTAGCTG--TCTCAGAAATGCTTTCAGAA--AAATTGCCA-GAGGTACA--------------GTATGGCAAGTGCA---TGTTTTCCATT-------------TTAAAAAAGCAGAGT------GTGTATAAAT--GACATTCT---------------TTCTTTGTTTCAGAAATGGCAGAGTGTGAAACTGTTGTTCCTGAAAACTGAGAAGTCGGTTTCCCTGCCCATCTTTTCTTC--ATTTGTCACATCTCAGGATG 

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s mm7.chr16_random  8652573 263 -  8975268 TTTTTTGACAGGTCTGAACTCCATACTCTTTGCAATTAACATTGACAATAAGGATTTGAATGGGCAGAGCAAATTTGCTCCCACTGTCTCTGACCTCTTAAAGGAGTCAACGCAGAATGTGACATCTTTGCTGAAGGAGTCCACACAGGGCATGAGCAGCCTTCTCAGGGAGATC---ACAGCATCCTCTGCTGTCTCCATTCTCATCAAGCCAGAGCAGGAGA-----CTGACCCTCTGCCTGTCATATCCAAGAACGTTCATGTTGGTA 

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s mm7.chr16_random  8654943 627 -  8975268 ccttttgttttgttctattctgattagttttatcttcttttattattatatgcctatttgctttttgagagaaaaagaaaggatgtgcatttgagtggggtgggg-------ggaatctgggatgagctagagacattataaccagggtatcttgtatggggaaaaaatctatttAGAAAAACCCTAAAACCCCCACAGAATCTGATTTAGTT----TTGGTTTATTCTTGGTGTGACAGTAGGCTTTGCTGCCCCGTGGGAGTGAGGCTCGGCCTTCCTCTGTCTCT-TACTGCAGCTGTTCTTTTGCCAGATACCCGATGTAAAAGGGAGCGGAGAAGGAGGAAGAAGGTGACCAACATTGTCTCTTTTGATGATGATGAGGAGGAGCAGGGTACTGGGGACACTTTAAAAAAGATGCCTGGGACTGCAGAAAGCTCGGAGGAGAACTCTGACCGATCCTCCGTCAACATCATGGCAGCCTTTGAAGGCACCTTTGGGCCAAATTCCAACGGGAGCCAGAGCAGCAGCTCATGGAAGATTGATTCTGCGTCTTTGAATGGGGAGCTGGGCTAC----------CAGAA---------GCTTGATGTGAAGAGCATTGATGACGACGTGGATGAGAACGAGGAGGATGCGTACAGGA 

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s mm7.chr16_random  8798830 135 -  8975268 CTTTGCTTTCCTTT--TCAGATGAACTGCGCCAAGCCATCGTGGCCATGATGAACAGAAAGGATGAATTGGAAGAAGAGAATGGGTACTGTGATATCACAGCTGTCATTCATTTCTGTTCCCAGGAGAGTATGAATG 

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s mm7.chr1      159084166 613 + 194923535 TCCCAAACCTCTAGAACCAGGCTGCTACAGAGCGCTGGCACCAGGATGTTTATCTAGAAGAAAAAGTAATAGAGACTGTATCATTAGAGTGGATAACTACAATAAAAA---------AAAAAAATCACAGGCCTGGAATGCCTGAACAATACCAATTTACCACAGGAGTCCAACACTGAAGGTCTTGTTTGCCAGACTTGGAATTCCTGAAAGGATTATCTCTGACAATGAGCCGCAGTGGTACTCAGAAGAATTTCCACGTTTTGCCAAAACATGGAATGTTTGAATCCTGTACCATCAGTCCACATTACCACAGAGCCAGACTCTAGTGACAGAGCAGTGGTAACAAGAAGAATGAAACTCTCAAATGC-ATCGGACTAAACAGAGACTAATGATAAAGGCCCCTGCCTCAGCTT--TAGACTATTTGGAGCAAGGAATGTATTGTGGGTAGCTCTCAGTTCTCTCCCCAGTTATTACAGCCTCAGCATCTCCCCTCAA-------TACTATCATCTATGCATGGAATGTGGAGGCTCATGACAGCAAGTCTCCCTCTCACACTAAGTCTGGAAATCTGAACAAAAACAGAAACAAGAAACTTACACTACCAGGCCCTGGCCTAACCCCT 

a score=396
s danRer3.chr12 14626492 1151 +  37038836 AAGTGTGTGCTGTTTGTGTACTTGCTGTTCTCTCATAATGAAAAACACCATAACATCAATTTAGTGTAATTATTGATATACCTCCTGTCTCATACCGTATGATAGGGCTGGATTGTGGTGAATTTTGGCTGTGTTTCGATCTGTGTTGCCGGTTGCTATGGTTAACAGATGCTCAGAGCCCACATCCAGTGGTTTGGGTTTAAATCTTGCAAGTAACAAAAATAGAATCCTTCTGTCTGTAAAGCCCT--------GCCTGAACCAACTGATGTACAAGCCAACTGATTTTCACAGACCAtttctttcttttttt--------ctttctttctttctttctttctttGAATATTT----------TCAAAGCTATATCAACTTATAATTACGGTAGCAACGGTGGAAAA-----------GAAAACTATGTACC--TGTACTTTATCTGAATATTTTTAT---TTTAAaggggtgatccagagtgc---atttttatggc--ttgattgtgtttataag-------------ataaaatg-tgtgctcatgtttcatttgtaaacaatcacgttatgtttttatatatcttactttgattaaatatggctatatggcta-atatgaaaacaacatattgacgtgactggtttcctagtggtttgacgtgacacgtcatatttcctagttcctccgaaatcccatcctcaggaggctctgattggtaatctaac-ataatgttctgtgatctgctgatcggctccacgtcaccaggaattccttggcacacgatatgcctctgctgtgtaaataatgtcagtcagtgtctgaattagacataaaataaatattataaagctgaacttcatgcctgctctcta-------aaataaaatctgataagtgtctttcatatatataaggg--ttataagcaagt-----------catttgaaatgttcgttatttaagatgt-agaatgcac-agaaagcagc-cgcattgcagcattggtgaagattgtgcgtgtttacagcaaattggtggataaatatgaatttgtac------------------------attgttttatagtgtgtgtgtgtgtgtg-tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtg-----tgtgtgtatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 
s mm7.chr10     95805548 1176 + 130066766 AACTGTGTCCCGTTCATGTACCTGATGTCCTCTCATATTGACAACCAC-----------TTTAGTG---CTAAGCCTATAACTGGT-CCCCAAAGCATACAAC----CATAACTGTTAAGCATCTCAGAAAGATTTTTTTTTGGCTTTTTTGTT--TGTTTTTTATTAATGCT--------ATTGTTGCTGTTTTGGTCGT---TTTTAAAAATTCTATTAGTATACTGTCCTTGTCTCTAGACCTCCAATATGGAGGCTGGGTGGAAAAACATTAAATACTAAAGAGGTTTGGTGCTTATTTCTATATTGTGTTGAAAACTAGCTCTTTTCTCTGATACTGCTTGTTAAAAGCTTGGGCCTAACTCTAAACTATTCAAGATTAGACTTTTTAAGGAACCTCCTAAAGACATTTTCTCATGCAAACCAATCTCCAATGGGCCTGACCTGTGAGCTTCTACACATGTCCAGTCATGCTCAGACATGTTTGATTCTTTTGGTAACAAATTCTGCTCAAATGCAAATTGGGACCTCTGAAATGCTATAATTATTCTTCTTTGGCAGTGTGATTTGCTATGGCCTTTTA-ATTTGACAGTGTTTCTATAT---TTTATACTTACACAGAAAAATCAAAGATCAGCCTACATTGATATGTACTTATTTCTTGTGTTATATAGTTTTT--------------AATTTAATTTTCAAACATTTCTGATTCAAAACTTATCTAAAATATCCAGAAAT------------------TTATAAAGAAAACATTG---------ATAATTTTTCCTTATCAATACAGTT-TTTACTCTTTTGAAAAAACA-AATGTTAATAATATTGTGCCCTTCTATGTTTCTGTTCTGCACGTTTATATACATAGACATAAATGTGTGCTCCATTTCTCGAAAGGTATTGTGAACATATGATGTCCATAGCATGGTACGTGTTTGTCTTTCACAATGTCAGAATTAATGAGAAACCAACTCACAATGTA-CATTAGT----------TTTGTTGGCAGTAATTTGTTAAATAGTTCT-ATTTTCTATGATAGCTGGATGAGGCAAACACGGGTTATTTTATTCTAATtgtgtgtgtgtactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatgcatacatgtatgtgtatgCATTTTGAGTCCATGGgtgcatgtgtgtgtaggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgcatgtgcatgcatatatgtatctgtatgcat 

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s danRer3.chr12 14654732 449 + 37038836 CTTAAACAGTCACTTCAGTCTTACTGTTGGTTACAAAGTAGGGTTGCGTGGGTAAGTAGTGATGACTGCGGG----CAGTGTGTAGCTCGTTGACCTG-CTCCACCATGCACATCTT---CCTGGGGTTGTAGGTTTTGCGTCGGCCTG--CAGTCTCTGCGGCCTCCCAGCTCCTCACCATGCCTGGATTTGCGATGGTATTGGAGCTGTAGGCCATCGCGGGATGGGAAACGTTGGCTTTTATGCTTTTGGGCTTCTGTCCGTTTTGTTTGATGCATGGGACCTCTGTGACGTAAGTCGCAGTGGGCTCCACGTGCTCCATTCGGATTGGATGAAGCGGCAGGTTACCTTTAGCCGCAAGTTCGACCAGGTGGCGATGCTGCTTGTTGAGGAAATCACCATTGGCTTTGGCGGCTGATAGAAAAATAGAGAAGAACAGTGAGATTAGTCGAATGAAA 
s mm7.chr16     86662989 408 - 98481019 CTCAGACAGTCACTTCTGTTTTGCTGTTAGTGATGAAATATGGCTGTGTGGGTGGGAAGTGCTGGGTGCGAGTCCCCAAGGGGTCACAAG--AGCCTGACTCAGCTATGCCAAGCTTGCCCTTGTTGCCATAAGCCTGCCGCCGGAGAGACTGGTCACTGGGG--TCCCAGGTCTTAA---------------AGTTGGCAGTAGAGTTGTAGGCCAGGGGATGTGGGGGCATCTTGT------TGGTGCGAGACTTCTGTCCATTCTGCTGTGCAGGCCCGTGCTCTG-GGCTGAAGGCGCGAGG-----CTCATCTTCCACTCTTACAGGGTGCAAAGGGAGATTTCCCTTGACAGCCAGCTCTGCCAGGTGCC--TTCT-TTTGGCGTAGAAGTCATCATTGACCTTGTCAGCTGCT-----------------CAGTGGGATGTGTTGATGGAGA 

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s danRer3.chr12 14727385 454 + 37038836 GCTGCTTACCGAGACATGCTCTCCCTATGAGGTCTGTGAGCCTTTTCTAGTCCAAGTTTGGTAAATATCCCAACCAGTGCCATGATTGCCACTACTCCACATATTATATACACAATCAAGTTTGTTTTATCCTTGGTTGGATCGTGTCTCGGGTCTAATGTTTTCTTATACGGTGTCTGTCC-TGTTAA-CCACACTGGTGTGTCGTAATTTTTACAAGTGCTCTGATCCAAACGAGAGTTTTTATAAGCGCAGCAAAATCTGAAGCCACAAGTGCCGCAACAGTATAAATAATTGCCTGTTTGGCAAACGAACGGCGGGTCCCATTGTCCCATGACATCATAGTAACCCCGACA----TTTGTCCTCGGTGT--------GTGGAGGTTCAGA------AACGCTCTCCTCATCC---------------CGGGACCCATTGGACCCAGAGAGCATTATAAAGCCCTCGAGCTGCTGCGCTTCCCCGT 
s mm7.chr16     86945641 487 - 98481019 GCAGCCCACCTGGACATGTGTTCCCTTTGGGGCCGGTGCGCTTTCTCCAGCCCCAGCTTGGTGAAGATGCCCACCAGCACCATGACAGCCACCACCCCGCAGATGATGTAGACGATAAGGTTGGTCTTGTCCTTGGTGGGGTCGTGCAAGGGGTC--ATCCTTACGCGCTGGGGGCTTGCCCGTGTTAAGCCAGAGTGGCGTGTCGTAGTTGGTACAGGTGCTCTGGTTCAGTCGCCGCTTCTTAAACGTGCAGCAGAACCGGAAGCCACAAGTCCCGCAGCAGAAGATGAAGTCGCCCGAGCTGCAGTTGAACGGCGGGTCCCACTGGCCCATGACATCGAAGTAGCCCCGACAGGAGTCTGGCGTGGGCGCTCGAGTCGGCGGTGCGTCCGAGCCCCCGACGCCCTCGCCGGCCTCTCCGGAGGCGGCTCCGGAGCGGTTGCCCCCTGTGAGCAGCAGTACGCCGCCCAGTTGCGCTAGCTGCCCGT 

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s mm7.chr16     86945878 250 - 98481019 TTCTTAAACGTGCAGCAGAACCGGAAGCCACAAGTCCCGCAGCAGAAGATG-AAGTCGCCCGAGCTGCAGTTGAACGGCGGGTCCCACTGGCCCATGACATCGAAGTAGCCCCGACAGGAGTCTGGCGTGGGCGCTCGAGTCGGCGGTGCGTCCGAGCCCCCGACGCCCTCGCCGGCCTCTCCGGAGGCGGCTCCGGAGCGGTTGCCCCCTGTGAGCAGCAGTACGCCGCCCAGTTGCGCTAGCTGCCCGT 

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s mm7.chr16     87042893 237 - 98481019 CCCTCCCTTAGAAAAGGAACGGGAATGGAAAGGTCCATTCTACTTCGTCCAAGGCGCAGACACTCAGTTTGGACTGATGAAGGCCTGGTCCACCGGGAACTGTGACGCTGGCGGTGACGAGTGGGGGCAGGAGATCCGTCTCACGGAGCAAGCTGTTGAGGCCATCAACAAGCTGAACCCTAAACCCAAATTCTTTGTTCTGTGTGGTGACCTCGTTCATGCCATGCCAGGTAAGCC 

a score=16641
s danRer3.chr12 14776997 437 + 37038836 CATTTTTCAGGAAGTCCGTTCAGAGAACAGCAGATAAAGGACCTGAAAGATGCCCTGCGAGGCACCGACCCGGACATTCCTCTTGTGTTCGTCAGCGGAAACCACGACCTCGGCAATGCTCCCACTCCAGACACTGTGGAGCAGTTCTGCCACGAATGGGGCGATGATTACTTCAGTTTTTGGGTGGGTGGCGTGCTGTGCCTGGTGTTGAACTCTCAGTTCTTTTTTGACTCATCAGGCTGTCCTGAGTTAATGGAGGCCCATGAGGTCTGGCTGGAGAACCGGTTACAGATGGCAGTTCAGACCCCGTCTCGACATGTGCTTGTCTTCCAGCACATTCCACTCTTCCTTCGCACCCCTGATGAAGAAGACGACTATTTCAACCTGCAGAGGGGGATCAGAGAGCTCTTGATCCAGAGATTCAAACGGGCAGGTGA 
s mm7.chr16     87102093 437 - 98481019 CACTCTGTAGGAACTCCATGGCGGCAAGAACAGACCAGGGACCTGCAGCGAGTACTGAAAGCCGTCGACCAGGACATCCCACTGGTGATGGTCAGCGGCAACCATGACTTGGGCAATGCCCCCACAGCCGAGACTGTGGAGGAGTTCTGCCAGACATGGGGAGACGACTACTTCAGCTTTTGGGTCGGGGGCGTCCTGTTCCTGGTGCTCAACTCCCAGTTCTTGTACGATGCCTCCAGGTGCCCCGCACTGAAGCAGGCCCAGGATCACTGGCTGGACCAACAGCTGAACATTGCAGAGCAGAAACAGTGCCAGCACGCCATTGTCTTCCAGCATATCCCGCTATTCCTGCAGAGTATTGATGAAGATGACGACTACTTCAACCTCACTAAGACCGTCCGTAAGGAACTGGCCGAAAAGCTCACCAGAGCAGGTAA 

a score=15902
s danRer3.chr12 14782245 537 + 37038836 CATTTTTCAGGAAGTCCGTTCAGAGAACAGCAGATAAAGGACCTGAAAGATGCCCTGCGAGGCACCGACCCGCACATTCCTCTTGTGTTCGTCAGCGGAAACCACGACCTCGGCAATGCTCCCACTCCAGACACTGTGGAGCAGTTCTGCCACGAATGGGGCGATGATTACTTCAGTTTTTGGGTGGGTGGCGTGCTGTGCCTGGTGTTGAACTCTCAGTTCTTTTTTGACTCATCAGGCTGTCCTGAGTTAATGGAGGCCCATGAGGTCTGGCTGGAGAACCGGTTACAGATGGCAGTTCAGACCCCGTCTCGACATGTGCTTGTCTTCCAGCACATTCCACTCTTCCTTCGCACCCCTGATGAAGAAGACGACTATTTCAACCTGCAGAGGGGGATCAGAGAGCACTTGATCCAGAGATTCAAACGGGCAGGTGA-----GAAGAAAGTACTTGAG--------CCTTTCACATCACACAAAGTGAAGCTGCAAGAGTTCATATGTTAGGGAGGGTTGAATAGTCT------GCAATCTAATTCTGAGCAGGCT 
s mm7.chr16     87102093 556 - 98481019 CACTCTGTAGGAACTCCATGGCGGCAAGAACAGACCAGGGACCTGCAGCGAGTACTGAAAGCCGTCGACCAGGACATCCCACTGGTGATGGTCAGCGGCAACCATGACTTGGGCAATGCCCCCACAGCCGAGACTGTGGAGGAGTTCTGCCAGACATGGGGAGACGACTACTTCAGCTTTTGGGTCGGGGGCGTCCTGTTCCTGGTGCTCAACTCCCAGTTCTTGTACGATGCCTCCAGGTGCCCCGCACTGAAGCAGGCCCAGGATCACTGGCTGGACCAACAGCTGAACATTGCAGAGCAGAAACAGTGCCAGCACGCCATTGTCTTCCAGCATATCCCGCTATTCCTGCAGAGTATTGATGAAGATGACGACTACTTCAACCTCACTAAGACCGTCCGTAAGGAACTGGCCGAAAAGCTCACCAGAGCAGGTAATGCCTGGGGTATGTGTATGTGTCAACCTCCTTCTGCCACCTGGCGAAGTGAAGAGGGgactaggcttggatgggacaggttctgatcttactcactagtaatatagctgtgggcaagct 

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s mm7.chr16     87125093 242 - 98481019 AATGTCTTTTTCCTTTCCCTG----CAGGTATCAGAGCTGTGTTCTCCGGGCACTACCACAGGAATGCCGGGGGAACCTACCAGAATCTTGACATGGTAGTTTCATCTGCTATCGGGTGCCAGCTGGGCAAAGACACCCACGGGCTCCGTGTGGTGGCCATCACTGCGGAGAAGATTGTTCATCGTTACTACAGTTTAGATGAGCTGAGCCAGGGTGGGGTCGAGGAGGACCTGAAGGAGCTGCTG 

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s danRer3.chr12 14835145 190 + 37038836 GAAGATGGCGAGTGCTCTGCTGGAGTATGAGACGGAGATGTTTCTGAGTGTGTTCAGCACAGACGGGCTGCTGATCACGGCTGAAGGACTCGGCATTGACCGCCTTCTGCTGCACTTCATGAAGGTGTATTCTGAGGAGGGCAGCTTGGTGCTCTTGCTGAACACCAGCACTCCTGAACAGGTGAAACCG 
s mm7.chr16     12662041 187 + 98481019 GAGTATGGCGC---CGCTGTTGGAGTACGAGAGGCAGCAGGTGCTGGAACTGCTCGACAGCGACGGGCTGGTGGTGTGTGCCCGCGGACTCGGCACCGACCGGCTCCTCTACCATTTCCTGCGGCTTCACTGCCACCCGGCCTGCCTGGTGCTGGTGCTCAACACGCAGCCGGCCGAGGAGGTGCGACTG 

a score=3590
s danRer3.chr12 14837596 540 + 37038836 attatgattaattatataataaataatcagatgggtatttggagctgaacctttacagacacattctggaggcaccaaagtcttatcttacatcttgtaaaagt-------------ggtaaaataggtgccttTTAAATAATAAAACGATCCCAAGTTGCTTCACTCTATAAAATATA--------TCTAACTTTATAAATGTTACTCTGA--TACATTTACTTTTCAGTCTCAGT----TAAAAAAATAAACAAAAACGCAAGTTTTTGAAGATGGATATTTTTAGAATTATACAAAAGGATGATCAGTCAAACTAC---------------AGAATGGATTGCAGTGAATCAGTACGGGTACTGAATGTGTTTGTGCGTGTTTCTGCTGAAGGAGTATTTGACGGAGCGGCTGCGAGCTGAAGGAGTCACTCATCTTCCTCAAACTGTGACCAGTGATGTGCAGAGTGCTGACAGATATAACGTGTACACTAAAGGAGGAGTGCTGTTTGTCACTAGCCGAATCCTAGTGGTGGATTTCCTGACTGACAGAATCCCTGCTCACCTAGTAACAGGTCAGA 
s mm7.chr16     12663444 551 + 98481019 attatggatggttgtg-----agccaccatgtggttgctgggatttgaact----caggatcttcggaagagtagaaaacttttaaccCAAAGTTTTAAAAGGTTCTGTGGCTTGGTGTTGAAATGG---------AAATAATGACTGGAGCACAA-TTATTTCTTAATATAAACTCCAAAGCACAACTTAACCTTACAAAACAAAACCTTAATTAAAGTGACCTGATTGACTGATGGGTATAAAAGAATAACTTAGTTTGCATGTTTGCTGTGATG----TTCATAAGCTCTGAGAATGGAGACATCATTTTAAATCCCTATAGCCTATTTTAAAACTTCCCTGCCCTGTACTAAGCAGCTTACT-AATGAGTTTAA-------TTTGATTTAGGAATATTTTATCAATCAGTTGAAGATAGAAGGAGTTGAACATCTCCCTCGACGAGTGACAAATGAAATCGCAAGTAACAGTCGCTATGAAGTCTACACGCAGGGTGGTATTATATTTGCAACAAGCCGAATACTCGTGGTTGATTTCTTGACAGGTAGAATACCTTCAGATTTAATAACTGGTAAGA 

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s mm7.chr16     12674068 204 + 98481019 AACAGGCATCCTCGTGTACAGGGCACACAGAATCATTGAGTCCTGCCAGGAAGCCTTCATCCTGCGCCTCTTCCGCCAGAAAAACAAGCGCGGGTTCATCAAAGCTTTCACCGACAACGCTGTTGCCTTTGACACTGGCTTTTGTCACGTGGAAAGAGTGATGCGGAACCTTTTTGTGAGGAAGCTCTACCTGTGGCCAAGGTA 

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s danRer3.chr12 14848581 264 + 37038836 TATTTGTGCACCCCCTATTGTAAATCAAGTTGTAAATGTGTTTTTAAATGCT--------AGATTCCAAGCATCAGTGAACGCAACGCTGGATAAACACAAGCCAGATGTGGTGGAGCTGCACGTGACTCTGACTCCAGCAATGAGAGCCATTCAGAGCTCCATTCTGGACATCATGAATGCCTGCCTGAAAGAGCTGAAGCGCTACAACCCCACACTGGAAGCAGAAGACCTTTCTTTGGAGAACAGCCTGGGCACTGCCTTTGAGAAAGT 
s mm7.chr16     12675349 272 + 98481019 TATCTGTTGTGCTTCTGTTTTGTTTGTAGCTGTTGAAGTTGATTTGGAAACTGTCTCCGTAGGTTCCATGTAGCAGTCAACTCATTCTTGGAACAACACAAGCCTGAAGTTGTAGAGATTCACGTGTCCATGACTCCCGCCATGCTTGCCATTCAGACGGCCATACTAGACATCTTAAATGCATGTCTGAAAGAACTGAAATGTCACAACCCGTCACTTGAAGTAGAAGATTTGTCACTAGAAAACGCTCTTGGGAAGCCATTCGACAAGGT 

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s mm7.chr16     12677093 418 + 98481019 TTATGCTTGAAAAATTAACACATTATTGGGAATTAGTGACCTGAAACTTTCTAGCTGCTTCCTTGGAAAAAAAAATTTAAGGACTCTAATTGTAGTAAAATGTGAATAACAAAACATTTAGCATCTTAACTATGTTTTTACATTTCCAGTGAATAACCCTTATGGAAAGTATGGCTGTGTAAAGAAAAGCCATATTGAGAATATCCTAACAACAGTAAATTGTATTCTTTTTCAGACAATCCGCCATTACTTGGACCCTTTGTGGCATCAGCTTGGAGCCAAGACTAAATCCTTGGTGCAGGATTTAAAGATACTAAGAACCTTACTGCAGTATCTCTCTCAGTATGATTGTGTTACATTTCTGAATCTTCTGGAATCTCTGAGAGCAACAGAGAAGGTGTTTGGTCAGAATTCAGGT 

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s mm7.chr16     12678406 224 + 98481019 TGTGCTCATTAAGAGTATTT------AAAACTGCCACT--AATTGAAGCCTTGTTTTAAAACCCATTCTATTAGGTTGGCTTTTCCTGGATGCTAGCACCTCCATGTTTGTGAATGCTCGTGCCCGAGTTTACCGAGTTCCAGA-TGTCAAACTGAACAAAAAGGCCAAAACATCAGAAAAGACGTCGAGTCCAGAAGTTCAAGGTCAGGCCTTACATGCATCTCCGTTCACA 

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a score=24826
s danRer3.chr12 14856518 669 + 37038836 ATCATCGTCGACATGAGAGAGTTTCGCAGTGAACTTCCTTCACTTCTGCATCGACGTGGTCTGGACATCGAGCCTGTCACCTTAGAGGTCGGCGACTACATACTGACGTCTGACATCTGCGTAGAGCGCAAAAGCGTCAGCGACCTCATTGGCTCCTTACAGAGCGGACGCCTTTACACACAGTGCCTCTCCATGACTCGATTCTACCGCCGTCCTGTGTTGCTCATCGAGTTTGACCCCGCTAAACCATTCTCCCTGGTGGCCCGCAGTGACTTTCGGCAGGAGATCTCAGCCAACGATGTCACCTCCAAACTGACCCTTCTCACCCTCCATTTCCCCCGCCTTAGGCTCCTCTGGTGCCCTTCGCCGTATGTGACGGCAGAGCTGTTTCAGGAGCTCAAGCATGGCCGTACCGAGCCGGACGCCAGCACAGCTCAGGCAGTTACAGCAGAATCAGAGACTGTGACCGAATCTGCAGATCTGTACAATCCTGGACCTTACGACTTCCTGCTGCGTATGCCTGGAGTCAATGTGAAGAACTTCAAGAGTCTGATAAAACATGTTTCCTGCCTCGCTGATCTTGTGACATTTAGCCAGGAGACGCTCAGTGAGATTTTGGGCAGCAGCAGCAATGCCAGGATGCTTTATGAATTCATACACAAT-CCTATG 
s mm7.chr16     12693298 667 + 98481019 ATCGTGGTGGACATGCGTGAGTTTCGGAGCGAGCTCCCATCTCTGATCCATCGGCGGGGTATTGACATAGAGCCAGTGACTCTGGAGGTGGGTGATTACATCCTGACACCTGAGCTGTGTGTGGAGCGCAAAAGTGTGAGCGACCTCATTGGCTCGCTGCACAGTGGCCGCCTGTACAGCCAGTGCCTAGCCATGTCTCGCTACTACCGGAGGCCTGTGCTGCTCATTGAGTTTGACCCGAGCAAGCCCTTCTCCCTGGCGCCACGAGGTGCCTTCTTCCAGGAGATGAGCAGCAGCGATGTGAGCTCCAAGCTTACGCTCCTCACCTTGCACTTCCCGCGTTTGCGGCTGCTCTGGTGCCCCTCACCCCACGCCACAGCCGAGCTGTTTGAGGAGCTGAAGCAGAACAAGCCACAGCCTGATGCGGCCACAGCCATGGCCATCACCGCAGACTCAGAGACACTGCCTGAGT---CGGACAGATATAACCCCGGCCCCCAAGACTTTGTGCTGAAGATGCCTGGGGTCAACGCCAAGAACTGTCGCTCCCTGATGAACCAAGTGAAGAACATCGCAGAGCTGGCCACCCTGTCCCTGGAACGACTCACAACCATCCTGGGGCACTCGGGAAATGCCAAGCAGCTGCACGACTTCCTGCACACTGCCTATG 

a score=5109
s danRer3.chr12 14876164 156 + 37038836 AGGAGACATGGAGGAACAGGGGGATGCTGCGATTGGGGGACTGTTGGCACCCAGCCCACAGAGTGAGGCTGTGACCCATGAGATGGGTGAACTGTCCCTGCACCCCAGCCAGAGGCTTCCTCCTCTCAATGAGCGCAAAAATGGTAAGTCTTGCTG 
s mm7.chr16     12872870 156 + 98481019 AGGAGCCATAGACACAGAGGAAGAGCTGGGGCCTCTAGCCCATCTTGCACCAAGTCCTCAAAGTGAGTCTGTGGCTCACGAATTCCAGGAACTGTCTCTACAGTCCAGCCAGCACTTACCCACTCTGAACGAACGGAAAAATGGTGAGTCCAGCTG 

a score=1806
s danRer3.chr12 14880431 103 + 37038836 AAGAAGCGCTGT----CCTCTTATGAAATGACTGAATCAGCTGGGTATCGATTGTGCATAAGTGTTGCTGTCTGTGTTGTTACAATTGTAATATTTATTAATATTAT 
s mm7.chr16     12878982 107 + 98481019 AAAAGGCACTATTTCACCTCTTTTTAAAAGCCCAAATGATCAGTGTCTTTTCTTGTCATGTATGTTCCTGTTTTCATTGAGAAAGTGCTAATATTTGTATTTACTAT 

a score=4298
s danRer3.chr12 14893110 101 + 37038836 TTCTGTCCACCAGTTCTCCAGCTGAGGCTCCAGCAGAGACGCACCCGGGAGCAGCTCGTTGAACAGGGCATCATGCCACGTGAGTAC-TGCTTCTGCCATCT 
s mm7.chr16     12925071 102 + 98481019 TTCCTTTCTACAGTGCTCCAGCTGAGGCTGCAACAAAGGAGGACAAGAGAACAACTAGTGGACCAGGGCATCATGCCACGTAAGAGCAAGTTGCTGTTGTCT 

a score=-254
s danRer3.chr12 14900515 96 +  37038836 GACTGAA---GGAGGCTGAAGTGTGTGCTGATGGCCTTGTGTCCGCACAAGGCTGATTT---TCTCTTTCTTGACTGATTTCTTGCTTTTTTGTGTGTGTGT 
s mm7.chr15     22536089 94 - 103647385 GACTGAGCCCAGGGGCTTGCCTGTGCCATGCAGGCACT---CCAGCACAGAGCTAGCCTCAGTCTCTAAATGTAATTCTTTTATGGTTCTTT-----TCTCA 

a score=3928
s danRer3.chr12 14900611 68 + 37038836 ACAGCCCTGAAGAGCCCTGCAGCTTTCCATGAACAGATTCGCAGCCTTGAGAGAGCCAGGGTAAGAGA 
s mm7.chr16     12926656 68 + 98481019 ACAGCTTTGAAGAGTCCAGCAGCATTCCATGAGCAGATAAAAAGCCTGGAGCGAGCCAGAGTGAGTGA 

a score=4937
s danRer3.chr12 14900898 96 + 37038836 TCCTTTCTCTCTGTAGACTGAAAATTTCCTAAAGCACAAAATACGCAGCCGCCCAGAAAGGGCTGAGTTGGTCCGCATGCACATCTTACAAGGTAA 
s mm7.chr16     12928334 96 + 98481019 TACTTTTCTTTTTAAGACTGAGAATTTTCTGAAGCACAAGATCCGGAGCCGCCCAGACCGCTCTGAGCTTGTCAGGATGCATATTTTAGAAGGTAA 

a score=9973
s danRer3.chr12 14902441 210 + 37038836 CAGAGACCTTGGCAGAGCCTTCACTGCAGGCCACCCAGTTGAGACTAAAGAGAGCTCGACTGGCTGATGACCTCAATGAGAAGATTGCACAGCGCCCCGGCCCAATGGAGCTGGTGGAAAAGAACATCCTGCCAGTGGACTCCAGCCTCAAGGAGGCCATAATTGGTGAACATTCACACTATTGTAGCTTAATTACATTGGCGTAAGGGA 
s mm7.chr16     12931013 201 + 98481019 CAGAAACGTTTGCAGAGCCATCTCTTCAGGCCACACAGATGAAGCTGAAGAGAGCTCGGCTGGCAGATGACCTGAACGAGAAGATTGCTCAAAGGCCTGGTCCCATGGAGCTGGTGGAGAAGAACATCCTTCCTGTGGATTCGAGTGTCAAGGAAGCGATTATAGGCAAGAGTTC---------TAGCCTCAGTCTTCTGGGAGAAAGGA 

a score=4206
s danRer3.chr12 14902688 244 + 37038836 GTTCTTTGTGTAGATGGTCAGATGCAG---TACCCTAGAACTCTAGAAGATCT---AATAGATGAAGACAGTGGAGATGCTTTTTCACCAGAGCAGCCAGCCAGTCAGGAGTCCCAGGGATCTGCAGCCTCACCTGCAGAGGTCAGGACTATGGAGGAGACCTCACCGCTGCCCAATAACTTGCTACAGGTAGTTC--------TAATTACTTCCTTTGACTTTTGACAGAACATTTAAGCCCAATGTATTCTTTAGG 
s mm7.chr16     12932415 246 + 98481019 GTTCTCTGTGCAGGTGTGGTGAAGGAGGACTATCCTCACACTCATGGCGAGTTCTCATTTGATGAAGATAGCAGTGATGCTTTGTCTCCAGACCAGCCAGCGAGCCAGGAGTCTCAGGGCTCAGCTGCATCCCCCAGTGAGCCAAAAGTCAGTG------CCTCGCCACCTCCTG-----TGACTGCAAGCACTCCAGCCCAGGTAAGACCTTCCTAACATTCTT-ACAGACTATGGTAAGACAGTATTTTCACTAGG 

a score=1821
s danRer3.chr12 14907908 41 + 37038836 CATGTCATAATATAATTCCTTCCAGAATTATCTCAAATGAC 
s mm7.chr16     12935470 41 + 98481019 CCTACCCTAATATAATTACTCCTACATTTACCTCAAGGGAC 

a score=1947
s danRer3.chr12 14909459 354 + 37038836 TATATTTGGTTGTTAGTGCTGGGGTTTTGAAAAATCTAATAATGTTTTTAAAACAGTTTTCTTTCCGGTTTTGAATTAAATTCTCAATGTGAAGACACTCTTTGAATT------TCTGTGCGGA--ATTTGGTT-TTTCAATTTTAGCAGAAAGTCTGAAATTCATTGTTTATTTTTTTACAGCACTTTCCTGCAGT------------CACCACTACTTCGACAGATTTCCTCAAGCCCTTTTCCACCGTTGAACAATC---CGTTAGCCCTCCAGCTCCCATACCACAACTAGTCACAGTAGCCCCTGTGAAGTCGGGGCCCACCCTTGTAAAGGTCAGTA--AAGATCTGCCTTCTGTGGCTTCAACAAAAATGTAT 
s mm7.chr16     12941454 372 + 98481019 tatatgtatatgtgtatgctggtgtgtacaaacataaaaccaacctgctgagtccatttctgttgtttctgtgagtgtagtt-----tgaggctgaccactttgtactggatagtcaGGAAGGAGTATTTGGTAATTCCAGTCCTCTTACAGTCACTGAT-CTCATGACCTTTTCTTTTTCTGCCTTTCCCAACAGTTTACCTCAGTGTCCCCAGCAGTTC--CTGAATTCTTGAAAACCCCTCTAACTGCAGACCAGCCTCCCACAAGGTCTACAGCTCCCGTGCTCCCTACAAACACTGTGTCCTCAGCGAAGTCTGGCCCAATGCTGGTGAAGGTGGGTACCCAGGACTCCACTCAGTGGCTCTGTCTCAAGCCTAT 

a score=12959
s danRer3.chr12 14909854 260 + 37038836 CAGCAGAGTCAGCCCAAGTTACCTGGAGACAAGAGCCGCAGCAAGAAGAGCAAGGAGTCCAAGCCACGTGTGAAAAAGTTGAAATATCATCAGTACATTCCCCCAGATCAGAAACAAGAACCCGACCAAGCCCCGATGGACTCCTCGTATGCTCGTTTACTACAACAACAGCAGCTATTTTTGCAGCTACAGATCCTGAGC------------CAACAGCAACAGCAGCACTACAACTACCAGACCATCCTTCCTGCACCTCTCAAGTAAGC 
s mm7.chr16     12945042 272 + 98481019 CAGCAAAGCCATCCCAAGAATCCAAACGACAAACACCGTAGCAAAAAATGCAAAGATCCGAAACCGCGAGTGAAGAAGCTTAAGTACCACCAGTACATTCCACCCAACCAGAAGGGGGAGAAGAGCGAGCCACAGATGGACTCCAACTATGCCCGCCTGCTCCAGCAGCAGCAGCTCTTCCTACAGCTGCAGATCCTGAGCcagcagcagcagcaacagcagcagcagcaCTACAACTACCAGACCATCCTACCTGCACCCATCAAGTAAGC 

a score=51
s danRer3.chr12 14910114 78 +  37038836 AAGAAGATCCGGATCTTGTGTTTAGAACTGCATTGCCAG------TTTGGTGGATGC-AAACCATTTGGCATTTGTCTTTCTTAA 
s mm7.chr15     22544699 85 - 103647385 ACAAGTCCCCGAGGCTCTTCACCTGGGCCCCACTGCCTGCAGAGCTTAGGAAGGTACTGAAGCCCTTTGTTTCTGTCTTGCCTCA 

a score=2317
s danRer3.chr12 14910689 43 +  37038836 CAAAGCTGGCATATTACCAGCCAACCTGGAGGAGATGAAGGTA 
s mm7.chr15     22544914 43 - 103647385 CAAACCAGGAGCCCTGCCAGCCAACCTGGATGACATGAAGGTA 

a score=-890
s danRer3.chr12 14913311 249 +  37038836 TTTAATCAATGAAATGCATCTTTGGTGTGTAAGttttcttttttttttttttttttttCAGAAAAA-AAATTGTTAATGTTAAATGTTTATCAGGTGTTGTTTAA--TGTTAAAAAATAGTGGTGTATAAAACTAAATAAACAAGGAAATAATATTACTCTA----AAATTAAGTAA--GCATCCTATTCA-TTAAGTTTGAGTGACATCAA---TTGTTAGTAATAGACCCAGAAATTACTTTATTTGTTAATTTTACTAA 
s mm7.chr11     56821932 254 - 122091587 TTCCACAAGTTAGGTGTTTTTCCTGTGTTTTTGAATTCATGATATTTTTACGTTATGATGGACTTATGAGGTGATAAAGTTT--TTTTTTTTAAGAGTTGTTAAAATTGTGTAAAATTGGTT-----TAAATCAAAGGCAGGAGAGAAATTACATAGAACTATTAAAAGAGAAGTAGATGCATATTGTTAAGTTCCATTAGTGTGTCTCAAAGCTCCCTAAATAACAGATATAAATACAGTGTCACA-GCTCACGGCACTAA 

a score=5387
s danRer3.chr12 14913560  866 + 37038836 TAATGTGTTTATTTTGGCAGGTGGCAGAGCTGAAAATGGAGTTGAAGTTGCGTGGTCTTCCAGTATCAGGAACAAAAACTGACCTTATTGAACGGCTCAAGCCTTTCCAAGAA------------AATCCTATCACT--------------ACTGCACCCAACAACTCCT------------CCACAGGACCTA-----------AAACACAGCCCTGCGGTACAC-----------CTATGGAAGTTTCCA-----------GCACC-ACTACAACCA-----------------------------TCTCCCCCATCCAACTCCCCTCTAATACTCTGAGT--TCCACTCC----ACCAGTGTCTCC-----------CAGTTCCTCAGAG-------------------CTTCTCAGCAGG-GAGGACATGTCC-------GTGGAAGGACAAGCAGAGACTCAAAACCG-------------CTGTTTAATT--AAAGCAAATGCTGTTCCTGAGGAACAAGATCGGAGACTGCACGAAAAGGAGCGACAGATTGAGGAATTGCTGCGTAAATTGGAGCAGGAGCAGAAACTGGTGGAAGAACTAAAGATGCAGCTAGAAGTGGAGAAACG-------------------------AAGTGGAGTTGTTC----CATCTGTGGAAAATAACAACGTTTCTGGCCCAAGCATCATGTTGGCATCTGTCAAAGCAGAAAACACTGTCCCTCCCAACTGCAAACTGAATTCACACACTACA-------ACAACTCTG--------------------------------------------------------GTTAAGCTTGAGGAGGCCCAT--CCCAACCAGGTGACAACAGCCCCGCTCCGTCAGTTCATTATCAGCCATCAGGGGGTTCCACAAGTC---ATCGGGCAGCCCCAAACACTTCTAACCACTCAACATGGGGGCACTCAGATCCTTCTTCCAATGCCCCT----GGCGAATAATACCACTACCATCCAGCTGCCTAATGCTAATGTCAAACTACAGGTATCCCAAAATTTAAGCTTTA-ACTGCTTTCTGTCAGTGTATACTTGTGTTAACGCT 
s mm7.chr16     12947454 1105 + 98481019 TGATCTGCTTTTGCCTCCAGGTGTCAGAGCTGAAGACAGAACTCAAACTGAGGGGTCTGCCAGTGTCAGGAACTAAACCAGACCTCATTGAACGCCTGAAACCCTACCAGGAAGTGACCAGTAGTAACCTTGCCACTGGCAGTATTGTGGCAGTGTCATCAGCAACCATTGTCACCAGTAACCCAGAGGTCACAGTGGCACTGCCAGTCACAACACTGCATAATGCTGTAACAAGCTCTGTGTCCACTTTCAAGGCAGACTTGGCACTTCCTGCAACCAGCAGTGTGCCCCATGTTGAAAATGCCCACTCTCCTCTGCCCATCTCCCC-ATCACCCTCTGAGCAGTCCAGTCTCAGTACCGATGACACAAACATGACAGACACCTTCACAGAGATCATGACTATGATGTCACCTTCCCAGTTGTTGTGTTCATCTCCCCTGAGGGTGGTGAGCCATGATGACAGCCTGAGCCCTTCCAGTAGCACCCTGTCTACTCTAGAACTGGATGCTGCT------GAGAAGGACCGCAAACTTCAGGAGAAGGAGAAACAGATTGAAGAACTGAAGAGGAAACTGGAACAAGAACAGAAGCTTGTGGAGGTCCTCAAGATGCAGCTTGAGGTGGAAAAACGTGGGCAGCAGCGACCACCAGACCCTCAGCCCAGTGATCCCCCACATCCCTTTAATACATCA--GATCCTAAACATGGCAGTGTTGGGTCCTCCATCAAGGATGAGGCCTCACTCCCTGACTGCTCCAGCCCCCAGCAGCCCATCACAGTGCCTGGCCACTCTGTAGGCCAGCCCATCTCCACGGGTAGCCAGACCCTTGTTGCCAAAAAGACTGTGGTCGTCAAGCAAGAGG-TCCCCATGGCCCAAGCAGAGCAGCAGAACGTTGTCTCG-CAGTTCTACCTTAGTTCCCAGGGACAGCCACCTGCCCTTGTTGCTCAGCCTCAGGCCTTACTGACCACACA------GACAACTCAGCTGCTGCTGCCAGTGTCCATCCAGGGCTCA-AATGTTACTTCAGTGCAACTCCCAGTAGGCAGCCTTCAACTCCAGGTAT-----GAAGTGTGCTTCACAGTGTTGCCTGATAGCAAATACTGCAGCTAGCTCT 

a score=4050
s danRer3.chr12 14924358 92 + 37038836 tatttTTGTGTGTTTTGGTCTGCAGTTTCCCACAGTGACGAGTCAACAGATGGATGATCTTTTTGACATTTTAATAGAAAGTGGAGGTGAGT 
s mm7.chr16     12956414 91 + 98481019 TAACTCTGTCCTCCTTGG-CTGCAGGTTTCCAGTGTGCACAGTCAGCAGATGGACGACCTCTTCGACATCCTCATAAAGAGTGGAGGTGGGT 

a score=11103
s danRer3.chr12 14928156 497 + 37038836 TTGTTTTCTGCAGAGATTACACCCTTTAGTCAACAGGACCCATCT---GTGCCTAAGATGATGCCAGTCACGGCCAGCATCACCACTCTACCTATTAGCACAGCCCTGTCCCGACCGCCCGCACAGGTGCAGATGGCACCCCCTCCAACCCTCATGGTGGAGCCCTTGCCCAGCCTGGCCTCCCTGGACTCCGACAACCAATTAGAGGCTCTGCTGGAGGGCACATT------AGTCGGGGACACAGAGCCAGAGCAGA------------------GGACGTTGTGCCTGCTAGAAGAGCTCCAAAACCA------------------GATGCTGGACCAACCAAACTCCCCAATGGACACGTCCGAG-----CTTGGTTTTAGCGACCCGCCCGCTCAGTCCTCATTCAGTCTGCAAGACACCGGCCTGGACAACATGGAGTGGCTGGACCTAACTATGCCAGGGCCCATTGGTGGACTCAACCCACTGGGCA------------------TCGCCTCTGAATTCCTGGACACTCATGACCTGCAGCTCCACTGGGACTGAGG 
s mm7.chr16     12958968 551 + 98481019 TTCTTCTGCACAGAGATTTCCTTCCCAATAAAAGAAGAGCCTTCTCCAATTTCCAAGATGAAACCAGTGACAGCCAGCATCACCACAATGCCAGTCAATACCGTGGTCTCTCGACCACCGCCCCAGGTCCAAATAGCACCACCTGTATCCT------TAGAACCTGTGAACAGTTTATCTGCC---AGCTTAGAGAACCAGCTAGAAGCCTTCTTGGATGGCACTTTGCCCTCGGCCACTGACACTGGCCCACTGCAGAACAGCAGTGAAGATAGAGAGTCTTTCTCTCTGATCGAGGATCTGCAGAACGACTTGCTGAGTCATTCCAGCATGCTGTACCAGTCTCACTCTCCCATGGAGACCTCTGAGGCCCAGTTGGTGTCAGGGACCC-CCTGTCTA----TCTCTTGACCTGTCAGACTCCAACCTGGACAACATGGAGTGGCTAGACATTACCATGCCCACCACATCCTCCGGGCTCACTCCACTGAGTACCACTGCGCCAAGCATGTTCTCTGCTGATTTTCTGGACCCACAGGACCTGCCGCTGCCATGGGACTAAGG 

a score=1445
s danRer3.chr12 14929157 226 + 37038836 GGAAGATGCATTTCTCAGAAGTCCTGTTTTCAGAGCTGACTGAAGTAACTGCAG---GTCTTAGTGGCCAATACAATACTGTTCAAAAGTTTGGGGGCAGTAAGGTTTTTA-AAAAGATATTAATGC-------TGTATTTTTAGAAAGGATATATTCAATTGGTAATTCAAAATGACAGTAAGAACATTTATAATGTTGTAGACTACTTCTTAGACCAGCCTAGTGATCATTCAAT 
s mm7.chr16     12968393 232 + 98481019 ggcatgtgcatcccacatacacctatcacacacaTCTAAAATCAGTAAATGTAATCTGTCCCAGGGAATGAGACACTAC-----AAAAATGTAGGGATAGTAAATATTATATGGCAAGCACTGACACACCCAATTTCATTTTTAAAAAACCTACTGAAAATAAGTGAAATAAAGTGAAAGCAAGAACATGTGTGGAACAGTAGTGGATATGCAAGACTTTCCTCTCAACAGATCAAT 

a score=9684
s danRer3.chr12 14980895 373 + 37038836 CCCTCGCTCCATGGGTCAGTGAAGGTGGGAAGGAGGACAGGTAGTCCAGGCCCTCATCTCTCGGCCTCCATTGCGGCACTGGCCTTCTGTTCAGATGCTGCTTGCTGGTTGACAGCTGAGGGCCAGCCTGGGGGTGGGTGGGTCTGTTGGGCGGACGGGCCCTGAGTCCATAAACTCTGCTG----------------------------------------GTTGGCCA--TGGGTGGGGCCATGCC-CCAGCTGACTGGGGG-----TGGAGGGGGTGAGGTGGCCATGCTGG------GACTGCTGCTGCTG---------TTGAAGCTTTCCGAGGCTTTAAGTCGCGAGAACATGGTGAGTGCGTCTGGGAAGTTTGGTGGCGTCGCTGGTGTGTTGGCAGGAGTACACATCT------GAAATTGAACAGATGGAA 
s mm7.chr16      4548682 425 + 98481019 CCCCCACCCCACGGGGTTCTGGCCTCCGGGAGGGGGGAGGGGCCTCC-----CTTATCTCTCTGCCTCCATGGCAGGGTGGGCCCTTGGTTCTGAGGTGGCCTGTTGAGGAGCCAGGGGAGGCCAGTCTGAAGTCGGG------------GAAGGGGGTGCCGGAGTCCACAGGGGCGGCTGCGGCTGGTGTTGCTGTGGGCCTCCTGGGGGTGAGGCTGCAGTTGGCCAGCTGGGTGTTGCAAAGCTGCCAGTGGCATGGGGGAAGTGCGGTGGGGGTGATGTGGCCGACGTGGCCATTGGGCTGCTGCTGCCGCCACCCCCGTGGAAGCTTTCAGAGGCCTTGAGACGGGAGAACATGGTGAGGGCATCAGGGAAGTTGGGGGGCGTGGCAGGGGTGTTGGCGGGAGTGCACATCTGTGGGGGAGAAAGCACAGATGGAA 

a score=4789
s danRer3.chr12 15002309 79 + 37038836 ACTCACCATTTGATGATGGTGACCATAAGGGATATTTGTCTCTTGAAAGAAGGCACTGAGGGCTGTCTGT-GAGTGAAAG 
s mm7.chr16      4549567 80 + 98481019 ACTTACCATCTGGTGGTGGTGGCTGTAGGGGATGTTGGTCTCCTGGAAAAAGGTGCTGAGGGCTGTCTGCAGAGAGAAAG 

a score=8355
s danRer3.chr12 15002901 286 + 37038836 TCCGCTGCGCTTACCTCAAACTGCCAATGTGCCGCTTGCAAAAGCTGTTTCGCCTGGTCTGCGGCACATCCAGCTGTCAGGACGAACTGGTTGATCATAACTTGATGTTTGAGTTCATCCATTTTGGCTGGTGCTTGTTTCCGAGCCACGAACACTGGTGTTTTCACCCGGGACAGGATTTTCGAGATTTAGCCTCTCTCCGCTTTTCTCTTTCAGTCGTCCACCATTA--CAGCCGG-TTGAGCAAACACAAATATTTACTGTAGGAGCGCTGGTGTGACGAGCGCCG 
s mm7.chr16      4552816 250 + 98481019 TCCCCTACGC--ACCTCGAACTGCCAGTGGGCCGCTTGTAGCAGTTGCTTCGCCTGATCGGCCGCACAGCCCGCCGTCAGCACGAACTGGTTGATCATGACCTGGTGTTTGAGCTCGTCCATGTT---------------------CACGGACA-TGGCGCCGCCGTGCAG-----------CCCGCTCCGGCCTCCCTGCGCGCTAGCC--TCACGCGTCCACCATTAGCGAGCCGGCCCCGGCTAATACAAATATTTACTGT--GCGCTCTGACTCACCGCGCCTCG 

a score=4296
s danRer3.chr12 15005282 95 + 37038836 AACATGGGTTCAATACTGAGCAGGAGGATTGCTGGAGTTGAAGACATCGATATTCAGGCCAATTCTGCGTACAGATATCCTCCAAAATCAGGTAA 
s mm7.chr16      4559634 95 + 98481019 ACCATGGGCTCCATCCTGAGTCGCCGCATCGCGGGCGTAGAGGACATCGACATACAGGCCAACTCGGCCTATCGCTACCCTCCGAAGTCCGGTGA 

a score=7627
s danRer3.chr12 15005632 176 + 37038836 CATATCCATTCTAGGTTATAATCTCTATTAATAATAACGTTACCATTGTT----GCAGGAAATTATTTCACTAGCCATTTCTTCATGGGAGGAGAAAAGTTTGACACACCCCATCCAGAGGGATATCTTTTTGGAGAAAACATGGACTTGAATTTCCTAGGAAACAGGCCTGTGCAGGTG 
s mm7.chr16      4580779 180 + 98481019 CAGAGCTGTGCTAAGCACTGTGTTCTACGAGTAAACATTTTATTTTTTTTTTAAGCAGGAAACTACTTTGCTTCGCATTTTTTCATGGGAGGAGAGAAATTTGACACTCCCCATCCTGAAGGTTACCTCTTTGGAGAGAACATGGACCTGAACTTCCTGGGCAGTCGTCCAGTCCAGGTG 

a score=5430
s danRer3.chr12 15006279 129 + 37038836 GTCATCCTTACTTAAATGCATTATCCTGTTTTC---CACAGTTTCCCTATGTAACTCCAGCAGCACATGAGCCTGTGAAGACCCTGAGGAGTTTGGTGAATATCAGGAAGGATTCCTTACGGCTTGTCAGGT 
s mm7.chr16      4584142 132 + 98481019 GTCATCAGTCCAAGAGTGCTCACTTGTATTTTCTCTCCTAGTTTCCCTATGTCACCCCTGCCCCCCATGAGCCAGTGAAGACACTGAGGAGCCTGGTGAACATTCGCAAAGACTCTCTCCGGCTTGTGAGGT 

a score=6782
s danRer3.chr12 15007928 203 + 37038836 CTTACTTTTTGTTTGCAGATATAAGGATGATTCTGACAGCACACCAGAAGACACAGGAGATCCCAGGGTGCTTTATAGTGTTGAATTCTGCTTTGATACTGATGCCAGAGTGGCAATTACATTATACTGTCAAGCCTTTGAGGAGTTTGCCAACGGAATGGCAATGTAAGTTTC----CACTGTGTGGAGTTTCTGCAGTTTATGAA 
s mm7.chr16      4584771 202 + 98481019 CTCACTTTTGGT----AGGTACAAAGAAGACGCAGACAGCCCCACGGAGGACGGTGAAAAGCCCCGCGTGCTCTACAGTCTGGAATTCACCTTTGATGCCGATGCCCGTGTGGCTATCACCATCTATTGTCAGGCGGTAGAGGAGCTGGTGAATGGCGTGGCAGTGTGAGTCCCTGGGCAGCACGTGGGG-TTCTGCAGGCTCTGCA 

a score=5988
s danRer3.chr12 15009268 134 + 37038836 TTTTCTTTTTAAAGATACAGTGCCAAGAGCCCTTCAATGGTGTCAGAGACGGTCCATTATAAGAGGGGGATAAATCAGCAATTTTCTCTGCCATCCTTCAAAATTGATTTCACCAAATGGAAGCCTGAAGAGGT 
s mm7.chr16      4587139 134 + 98481019 TTTGCTGCTCTCAGGTACAGCTGTAAGAACCCTTCTCTGCAATCTGAGACCGTCCACTACAAGAGAGGCGTTAGCCAGCAGTTCTCCCTGCCTTCTTTCAAGATTGACTTCTCCGAGTGGAAGGATGATGAGGT 

a score=3845
s danRer3.chr12 15009536 84 + 37038836 TTTTTGTAGCTGAACTTCGATCTGGACAAAGGAGTTTTTCCTTTGGTGGTCCAAGCAATAGTGGATGATGGAGATGGTCGGTGT 
s mm7.chr16      4589207 84 + 98481019 TTTCCTTAGCTGAACTTTGACCTGGACCGGGGTGTGTTTCCAGTAGTCATCCAGGCTGTGGTGGACGAAGGGGATGGTGAGCAT 

a score=4525
s danRer3.chr12 15010223 71 + 37038836 TACAGCATGTTGATGGCAGTTTCTCAGTGAAGCCTTTGAAACAGAAGCAAATTGTAAGTATTGTGGATCAT 
s mm7.chr16      4592324 71 + 98481019 TGCAGCATGTGGATGGCAGCTTCTCCGTGAAGCCATTAAAGCAGAAGCAAATTGTAAGTGCCAGACATCAT 

a score=5497
s danRer3.chr12 15011216 77 + 37038836 CTCCAGGTGGACCGTGTGAGTTATCTGCTGCAGGAGATTTACGGCATTGAAAACCGGAACAACCAGGAGACAAAGGT 
s mm7.chr16      4593770 77 + 98481019 CTTTAGGTGGACCGGGTCAGCTACCTGCTGCAGGAGATCTACGGCATCGAGAACAAGAACAACCAGGAGACTAAGGT 

a score=11754
s danRer3.chr12 15011391 177 + 37038836 TTCTCTCTGCAGTCCACAGAGGATGAGAACAGTGACAACAGCAGCGAGTGTGTGGTTTGTTTATCAGACCTGCGTGACACACTCATTCTTCCCTGCAGGCACCTGTGTCTGTGCAATGCCTGCGCCGACACACTGCGTTACCAGGCCAACAACTGCCCGATCTGTCGACTCCGTAAG 
s mm7.chr16      4596045 177 + 98481019 TTGTCTCCACAGCCTTCTGATGATGAGAACAGTGACAACAGCAGTGAGTGTGTGGTGTGCCTGTCAGACCTGCGGGACACACTGATCCTGCCCTGCCGACACCTGTGCCTCTGCACTTCCTGTGCTGACACACTGCGGTACCAGGCCAACAACTGCCCCATCTGCCGGCTGCGTGAG 

a score=6013
s danRer3.chr12 15015927 164 + 37038836 TGTGTCCCTTTTTTCCCTCAAATGACCTTTTCCT--CTCCCTGCTCCAGCATTCAGAGCCCTGCTCCAGATCCGAGCAGTGAGGAAGAAAACAGCCGCCACTCTCTCCCCGGTGTCCTTCAGTCCAGTGCTGTCCCAGAGCTCTGACCATACTGAGCATTCGGTAA 
s mm7.chr16      4597846 154 + 98481019 TGCGTCCTTCTTCAC---------ACCTTCTTCTTCCTTCCTGCTATAGCGTTCCGAGCCCTTCTGCAGATCCGGGCTGTGCGGAAGAAGCCAGGGGCC---CTGTCTCCCATCTCCTTCAGCCCTGTCTTGGCCCAAAGTGTGGACCACGATGAGCACTCTGTAA 

a score=6757
s danRer3.chr12 15018556 220 + 37038836 CAGAATGCAGACAACATTCCTCCTGGCTATGAGCCCATCTCCCTGCTGGAGGCCCTCAACGGTGTGCAACCCGTGTCTCCTTCAATCCCATCAGCCCCTCTATATGAGGAGATCCAGTTTTCGGGAGAGATGGGAGATCCTCTCAA------------CCTGACCGGCCGGCAACAGAATGGAGATCCTGGAGCTCTGAAGGGCAA---AGGTAGCAAGTCACCTGATGGGTAAG 
s mm7.chr16      4601135 235 + 98481019 CAGAGTTCTGACAGTATCCCACCTGGCTATGAGCCCATCTCCTTGCTTGAGGCACTCAATGGTCTACGAGCTGTCTCCCCGGCTATCCCATCAGCTCCCCTCTATGAGGAAATCACCTACTCAGGCATCTCGGACGGTCTTTCCCAGGCCAGTTGTCCCCTTGCTGGACTTGATCGAATCATGGAAAGTGGCCTACAGAAGGGCAAGACACAGAGCAAGTCTCCAGACAGGTGAG 

a score=2995
s danRer3.chr12 15018846 155 + 37038836 TGTATGTTTGTTGCTTCCAGGTCTGTACGTTCTCCCTCGTCCCCCATTCAGGAGGAGGAAGACGAGGAGAGGATGTCGGAGCTCTCTGATGCACAGCCGCAATC------TGT----TTTGCCCTGTAG--TCTCAGTCCCTCTGAGGTCAGTCACT-GTCACGTCAC 
s mm7.chr16      4604134 165 + 98481019 TGCTTCCTTCCTCTCCCCAGCACCCTGCGGTCTCCATCATTCCCCATCCATGAGGAG---GACGAGGAGAAGCTCTCAGAGGACTCGGATGCTCCTCTCCCACCGAGCGGTGTGGAGCTGGTACTGCGGGAGAGCAGCTCCCCTGAGGTGAGGCCCTGGCCACCTCAC 

a score=6422
s danRer3.chr12 15021213 545 +  37038836 TTTTTTCCTCCCACATCAT--TTTACCACT-------GTTTCCCGCCAA-------ATATTAACTCATTTTTATTGTTTTTCAACAGATTGCAGATCAGCCCAAGTGGCGGATATTGTGTTTATTGTGGACGAGTCAGGTAGTATCACCCGAAACAATTTTGAGCTGATCAAACGTTTTCTCCACCGTATTATCAGCGGCCTAGAGGTGAACTCTGACAGCGTGAGGGTGGGAATGGTGCTTTATAACGACAGACCCAGCGCCGAATTCTACCTGGACACGTTTGCTAACAAGAACGATATTATGAACTACATTAAAATCATTCCATACAGAGGTGGAGGAACAGCAACCGGTGCAGCCCTAAAGTTCGCCCAGAACAATCTGTTCACTCAGAAGAGGGGGAGCCGGAAAGCTCTGGGTGTTAAGCAGATTGCCATCGTCATGACTGATGGCGAGTCCGAGGATGATGTCACGACCACAGCTGCTGAACTGAGGCGCTCAGGAGTCACCGTGTATGCCCTCGGAGTGAAGAACGCTAGTGTGGAGGAGCTCAAAAAAATCG 
s mm7.chr9      18033197 561 - 123828236 TCTTTTTGTTCAGCACCATGCTTTACCGATTCTAGGCGTTGACAGCAAACCCTCTGAGACTCGCTCTGTTTACCTCCTTCTTTACAGCGTGCTCAGAAGCATCCCCGGCTGACATTGTGTTTTTGGTGGACAGTTCAACTAGCATCGGACTCCAGAACTTCCAGAAAGTGAAGCATTTCCTCCACTCTGTTGTCTCGGGGCTCGACGTCAGAAGCGATCAGGTGCAAGTGGGGCTGGTCCAGTACAGTGACAACATTTACCCAGCCTTTCCGCTGAAGCAGTCCTCTCTGAAGAGCGCCGTCCTGGATCGGATCCGGAATCTGCCCTACAGCATGGGGGGCACAAGTACCGGAAGCGCCCTGGAGTTCATCAGGGCCAACTCCTTGACTGAGATGAGTGGCAGCCGTGCCAAGGATGGGGTTCCTCAGATAGTTGTCCTGGTGACAGATGGGGAGTCCAGTGATGAGGTCCAGGATGTGGCTGACCAGCTGAAAAGAGACGGGGTCTTTGTGTTTGTGGTAGGGATCAATATTCAAGATGTCCAAGAGTTGCAGAAAATAG 

a score=-605
s danRer3.chr12 15021758 150 +  37038836 gatcctcgagagcttagccgtcgttctgcagcgtcgcgactgggaaaaccctgttatgttgatgtacaaaataaa-----cctgaattaacgtcca---caaaccaagtttgaagtgtct-tcttttgtaattgtactgacactatgcagctgtggtga 
s mm7.chr9      18326968 151 - 123828236 CATCCCACCCTGCGGAGCAGTTCACCTCCA-------AACTGGGCAACTTCTCTGAGCTGGCCACCCACAACCAGACGTTCCTGAAGAAACTGCGGAACCAAATCACACACACGGTCTCTGTCTTCTCAGAACGGACTGAGACCCT-CAAATCTGGTAA 

a score=1551
s danRer3.chr12 15036410 198 +  37038836 TCTGATTCACTAAAGAGGATTCGATTC--ATTATAGTTAATTAGATTAATA---ATAGTTAATCGTTTGGTAATGACAC--TTCTTATGTCACGCAGTTTATTTCTACATCACTATAATAAATCGATTCATGAGAGTGAATCGTTTGGTGATCGGACTGCCTTTGTCAGATTGTATATTTCTGTTTTGTCAAAACAAATCGATTC 
s mm7.chr4      99044289 196 + 155175443 TCTGACATGCTGCTGATAACTCCATGCTAATGTGAAATAATTAACATAATAGCCATAATTAAAAGCACGCTAACAATGCCATAAATTTATCACACAATTT--TACTAGCTTTCTGCCCCTAACTGCTCTCT-------CATCGTTAATTAAACGTGTTGCCTTTTACAGAATGGATGTTTATACATTTCCAATATAAATAAATTC 

a score=-653
s danRer3.chr12  15040119 681 +  37038836 ccagtgctgatatacagccatatcgcactgctactcgtgtgatattgcgtttatacaacagtttgactgcataattgtgtatataaaaacaaaatcaaacacggagagtttcaaaaaccctttggaatgtagaact-----------actttct--tccgccttggattcaaatcataagctgacatAACCTGCTTtttgctggttgtatgtgggcggagtaatacacaaagggtaaagaggctg-----taggagttctgata------ttgcagaatattgcacagctatcagccaatcagatttgagaaccagacagaactgttGTAAAAAAAAAAatatatatatat-----atatatatatatatatatatatatatatGcagggagaa-----catgcaaactcctcacagaaacggttactgacccagccgaggctggaaccagagactttcttgctgtgaggcgacagcactacctactgCCAGTATGGACTCATAGACTCT-CTCCCTGATAATTTGAATAATTGAACataatattaattatataaattaaaaatCAGAGCCTCAAGAGTTTGACCCTTTAGCTCTACCATATTTAATGTGCACTTGTACACAAAAATGTATGGATTTTGTGTAAACTACTCAAGATAATGTAGCATGTTTGTATTGACATGTATTGTGACACCATATCCCGTATAAATAATAAATG 
s mm7.chr4      118961529 639 + 155175443 ccagtttcaggataccctcttctggcttctgtatgcacctggtat-gcgtgcatgcgtgtggtgtacag-acatatgtgcagataaaat---actcgctcatagaaaatCTTACACACAAC----AATGTACAATTTTGTGTTTGATACTTACTGTTTCGCATTGCATCATAGTCATATTTTTGCATAATTAAAGTTCT--TAATTAAATGCC-----AAATATATATCATTATTGAATCTGCTGGGAGTTGAGTATTCTAATAACTTGTTTTCAGGTTGTTAC-----TATATGCTATGCCTAATAGAAAACCAGAAAGGTTTAACCTTGAAGTTCATTTAtatgtttactttaaatatatgtgtatgtataggtatgtgtatgtaggaataggttctcttagagact------agaacagggtgtaggatcccctgaaggtggacttacag-----ttggttgtgag---------ctgcctgatgtcggtctgagat-ataaactctgctcttctgcaggtgcagcaagcacacttaaccatcttt-------ccaggcccCGGAGCTT-----ATTTTGCAAGTTGGCTCTAT--TTGTAACTGTATACTAATTCATAGAAATATGTAGGTTTCATGTTTTGTTTTTAAAG--ATGGAGTCGGTTTTT-------------------TCATAGTCCACTGATCCAACAATGG 

a score=7138
s danRer3.chr12 15040800 565 +  37038836 TTTCTCCTAATTTTTCTTGGGTTTTTCAGAACTCAATCCGCCACAACTTGTCCCTGAACAAGTGCTTCATGAAAGTGCCCAGGCAGAAAGACGAGCCAGGAAAAGGAGGCTTTTGGCAAATCGACCCTCAGTACGCTGACATGTTTGTGAATGGCGTTTTCAAGAGACGGCGAATGCCTGCCACAAACTTCAATACCCAGAGACAAAGCAAAATGCTTTCCTCCCCGAGCTCCTCGTACACCTCCCAGTGCAACC---------------------AACAAATGGGCATGG--GCCACTTC-----------------------------------------------------CAAGGAAACAAACGCAAGCAAGTCTTCCCCAAACGCGGGAACAAGCTAGCCCGTATCTCCAAGAGCCCTCTGTTAACC----AGTGACATCAAAACCTCAGACGTCCTGAGAGGAGACTTTGACCTGGCGTCGGTTTTCGA---TGACGTCCTAAGTGGGAATGACAGCACGTTTGAGGATTTGGATATCAACACAGCTCTAAGCTC--GCTAGGATGCGAAATGGAGCCGTCTTCC-------------CAGATCCACAACCAGTCTGGTTATAGCAACGAGGATGAGCAGGCTTGTGCTTACCTGGA 
s mm7.chr11      5650038 641 - 122091587 TTTCTCTTGTTCTCTCTCTG--TATCCAGAATTCCATCCGCCACAACCTGTCCTTGAACAAGTGCTTCATCAAAGTGCCTCGGGAGAAGGATGAGCCCGGCAAGGGGGGTTTCTGGCGCATCGACCCCCAGTACGCAGAGCGCCTGCTCAGTGGGGCCTTCAAGAAGCGGAGGCTGCCCCCAGTCCACATC--CACCCTGC--------------CTTTGCCCGCCAGGCCTCCCAGGAACCTAGCGCTGCCCCCTGGGGTGGGCCTCTGACCGTGAACAGGGAGGCCCAGCAGCTGCTTCAGGAGTTTGAGGAGGCCACAGGGGAGGGGGGCTGGGGCACAGGAGAGGGCAGGCTGGGGCATAAGCGAAAGCAGCCGCTGCCCAAGAGGGTGGCCAAGGTCCTGCGGCCTCCCAGCACCTTACTGCTGACCCAGGAGGAGCAGGGTGAGCTGGAAC-CACTCAAAGGTAACTTTGACTGGGAGGCCATCTTTGAGGCTGGCGCACTGGGGGAGGAGCTGAGCTCACTGGAGGGTCTGGAGCTAAGCCCCCCGCTAAGCCCCAGCTCACATG-GAGATGTGG--ATCTTACAGTCCATGGCCGGCACATCAACTGCCCTGCTACCTGGGGACCTCCAGCGGAGCAGGCTGCTGACAGCCTGGA 

a score=23967
s danRer3.chr12 15120288 425 +  37038836 TCAGTGGAGGTGAGCATTGAGGTCGTATTTCTCACAAAACTTGTCCGTCAGCGGGATGCAGGTGAGAAACTCACACCACTCGCATTTAACTGGATAAACATAGAAGAGTACCACGAAGCTGGAGAAGATGCCCACAAAAAGGGTAAGTGCCACGAGGATCTGTAGACGTTTGCGGTACATGTCCATGCGGCCGAAGCTGATGTAGGGCAGGAAGGCGAAGGACAGGAAGAAGCCCGAGACGAAGCCACAGATGTGAGCGAAATTATCTATCCAGGGCAGCAGGCCAAAGGCGAAGAGGAACAGCACTACACATGAGAGCTTGGTGAAGGCCCTCCATGGCCGTGCCAAGATCTGCCAGCTCTGGAACAGCTCCACGAACAGACAGGCCAAGATGCCAAACTGAGAGCCAGCCGGACCCACCTGGC 
s mm7.chr11     32161813 425 + 122091587 TCAGTGGAGCTGAGCGTCCAGCTCGTACTTTTCACAGAACTTGTCCGTGAAAGGGATGCAGGTGAGGAACTCGCACCATTCACAGCGCACCGGGTAGAAGTAGAAGAGGACCACCAGGCCGGCCAGCAGGCCCAGGAAGACGACCTGGAAGATGATGATCTGGCAGCGCTTGCGGTACAGGTCGAACTTGCCAAAGCTGATGTAAGGCAGGAAGGCAAAGGAAAGGAAGAGGCCGCTGACAAAGCCCGAGATGTGGGCGAAGTTGTCGATCCAGGGCAGCAGCCCAAAGGCAAAGAGGAAGAGCACCACGGCCAGGAGCTTGAAGAAGGCACGCCAGGGTCGGGCCAGGATCTGCCAGCTCTGGAACAACTCCACAAAGAGGCAGGCCAGGATGCCAAACTGGGAGCCGGCCGGACCTACCTGAC 

a score=15511
s danRer3.chr12 15124544 406 +  37038836 TACCTCTGCTCTGTACGGTAAGAAGATGGCACTGGCGAGGTTGCCCGTAATCCCGCTGAGGATATAGATGATAGAGATTCTCAGCCAGCCTGCCAGCTTCTCCAAATCCCTTAGAATGGTCATCTGGAAGCACACAGACACCAGGCAGTGCAGGATCCTGCAGAGACACAGAGACTTTCTCTATCAATCAAACACG---GCTTTACCTTTGTCAGGACAGTAATCTGACACTGCATTTAATTTATTGGGAAATTCACAATAGGCCC--CCCTGTGACGGATCACGCTTCCTCCTACTCACCCGGCGTGAAGAAACAGAGATAGCCAGAGTCGATAGAACTGGTCTGGGATCTCTGGGTTCAGAAAAGGCAGGAGGCCACAAACATCATCCATGCAATGAACCTGAGAACAG 
s mm7.chr11     32162404 374 + 122091587 TACCTCTGCCCGGTATGGCAGGAAGATGGCACTGGCTAGATTGCCCGTGATACCACTCAGCAGGTAGATGATGGCTATGCGGTGCCAGCCTGCCAGCTTCTCCAGGTCCCGCAGGACCGTCATCTGGAAGCAGACGGACACCAAGCAGTGCAGGATCCTGTGGGCAGTGAGGGACACTC-------AGCAGAGAAGGGAGCTTCTCTTTTGCC---------------TCCAGCCCACCACTCCTGGGGAAGGAGACCACACGCCCAGCCCCAAG---------------TCCCACTTGCCCAGCGTGCAGGAAGAGGGACAGCCACAGGCGGTAGAACTGGTCAGGCACCTCAGGATTGAGGAAAGGCAGGAGGCCACAGACATCGTCCATGCAGTGCACCTGTGCAGAG 

a score=6073
s danRer3.chr12 15125659 108 +  37038836 ACCTGTGAACAGAGCGTGGCCTCCTCATGGAAGTATCCCTTCATGAAGTCACAGTACTCTCTCGATGTAATCTCACACCTGTGCAAATCACACTTAAATTTGAATGAT 
s mm7.chr11     32162834 107 + 122091587 ACCTGAGAGCAGAGTGTGGCCTCCTCATGGAAGTAGCCCCTCATGAAGTCACAGTACTCCCGGGAGGTGATCTCACACCTA-GAGGGTCACGCCAGGGTTTGGAGGGT 

a score=6213
s danRer3.chr12 15128203 122 +  37038836 ACCTTCCTTTCGTTCCGATGCAGCAGGGTCGACCAGTGATGACGCAGTCGATGTGAGGCAGGTTAGTGTGATTCCCTGTGCTGTACCTGGTGCATATCTGACAGAGACAAAACAAAAAAATG 
s mm7.chr11     32163118 122 + 122091587 ACCTGCCCTTGGTGCCGATGCAGCAAGGCCGGCCTGTTATGACACAATCCATGTGAGGGTGGTTAGTGTGGTTCCCCGCGCTGCTTTTGGTGCAGATCTGGGTAAGAAAGAAAAACAAGAGG 

a score=3541
s danRer3.chr12 15131318 77 +  37038836 TTCACACTCACCGGCCACTTGCTGATGTCATCAGGCCACACATGAGGAGAAACAGAGGCAGGCTCCAGACAAATCCT 
s mm7.chr11     32163580 77 + 122091587 TTCCAGCTCACCGGCCACTTGGTGATATCTTCTGGCCACTCGTGGGGATCCTCAGAGGAAGGCTCGTCACATACCCT 

a score=3383
s danRer3.chr12 15131403 161 +  37038836 TAATACACAAAATAAAT----AGTCATCCAATAGAAGATGAGGA-----TAGCTTAAAAAAAGAAAATAAA------GAGG---ATTATAAATGT--ACCTGGGGTCTTGATGGCACACGGAGCCGTACTGACGCACTTTATCCCCTAGAACTGGAGCACTTGGGTGCTGAGGCCACTTTA 
s mm7.chr11     32163830 181 + 122091587 tggtctacaaagtgagttccaggacagccaggactatacagagaaaccctgtctcgaaaaaacaaaaCCAAACACAAGAGGGCAATTAGGAATACTCACCTGGGGTCCTGGTGGCAGACAGAACCAAACTGTCTCTTGTTGCCTGCAAGGTCTGGGGCACTAGGATGAACGGGCCACTTCA 

a score=8023
s danRer3.chr12 15131565 287 +  37038836 CCATAATGCCAGAGTGCTCTGAGAAAATTACAAGGACGTTTGGTTAAATATAGCTGGAGTGGACATAATAAAGTGCATACGTGATGTGAAAGGAGGAACTGACTGAACACTCCTCCTGAGAGGTCTGAACGCAGCCGGACTGGTCATTGCGGACGCAGCAGGCCGAGTGTTTTTCGCTGGCCTTTTTCTGCTGGATGAGCTGGTGAACCTCTTCATCCTGTCGCATACAGGGGGAAAACTTCGCCCCCAAGTGAATCAGCGCCTCCTGC-AGGACACAAAAAACAACT 
s mm7.chr11     32164542 275 + 122091587 CCACACTGCCAGAAACCAGTAAGGAACTCTGTGAGACCCAAGTCTAAAGTTAA---GAGCGGAC---------TGCACAGACGGGGTGGGTTG-GACACCCACCGAGCACTCCTCCTTGGAAGTCTGCACACACCCAGACCGATCATTGCGTACACAGCAAGCCGAGTGCTTTTCACGCTCCCGGGCAGCCAGGATGAAGCTGTGCACCTGTGGGTCCTGACGCATGCAGGGTGAGAACTTGGCACCCAAGTGAATGAGGGCCTCCTGTGAAGAGAGAGACAGCAGCT 

a score=10070
s danRer3.chr12 15134043 281 +  37038836 TTACCGAGCTTGGCCCAACCCAGAAGTTTTCTTGCTGCATGAATCTGACATTCTCATAAACTCCTTTGTTTCGTAAGACCT--AAAATCAGATGACATACCAGGTTATATATG------------------AAGTTAAACACAAGCTT-----GGTTTGAAACAAAACCAAATGAACATAGTTTGGCTTACAGAATCAACAGTCTCATGTTGTGAAAAGCCCACTGGTGCAATGCCATAGATGGAAACCGCCAAGACGGTAATCAACAAATGAACAAAGGTGATCCAATATGTGAAGAAAGGCCTG 
s mm7.chr11     32164873 303 + 122091587 TCACCGAGCTGGGGCCAATCCAGAAGTTCTCCTGCTGGACGTATTTGACATTCTCATAGACACCCCGCTTCCGAAGTACCTGGAAAGTAGGAAGGAAGATCAGACCAAATGTGTAGGGCTCCATCCTCCCAGAGCCGGGCCACAGCGTCCACAGCCTAGACTCCAAGTTATCTGGGCGCAG---GGCTCACCGAGTCCACCGTCTCATGCTGCGAGAAGCCCACGGGCGCTATGCCATAGATGCACACAGCCAGAATGGTGACCAGTGAGTGCACAAAGGTGAGCCAGTAAGTGAAGAAGGGCCTG 

a score=12624
s danRer3.chr12 15134725 261 +  37038836 TACCTGTGGTCGTTCATGTCTTCAATCTGTTTCTTCACATAGCTGTCAATGCGTTTGCGATAGGTGCGGTTGGTCAGTTTCCCCACCATGCCAAGCCCATAAGGACGTTTTTCCTTAGCAAAGAGTTTTTTAACAGGCACAGTAATGCGCTGACCACGCCGCTGCCCAGTCACACTCACCACCTCTTGCCGTAAGCGCACTTTAGGCT---GAACCAGAG---CACCATCCTTTGCTTTACGCCAACCCCTCTCCAGAGGCCTGAGA 
s mm7.chr11     32165266 267 + 122091587 TACCTGTGATCATCCATGTCCTCGATCTGCCGCTTGACATAGCTGTCGATGCGTTTCCGGTACGTGCGGTTGGTGAGCCGTCCCACCATCCCCAGACCATAAGGCCGCTTTTCCCGAGCGAAGAGTTTGCGCACTGGCACAGCGATACGCTGACCCCTCCTGGGTCCCGCCGCACTGACCACCTCCTGGCGAAGCCGCACCTTGGGCTGCGGGGCTAGAGGGCCGCCTTCCTTCTGCTTTCTCCAGCCTCGTTCCAGGGGCCTGGAA 

a score=5990
s danRer3.chr12 15137300 181 +  37038836 ACTGACAGCATCAGATGGCTCCGCTCCAGCTCGGTCTTCTCCAGGGCACTCCCCGTCAGGTCCCGCTCATCTCCCGCTCGACTGGCATCTGTTTCTTTAATGGCAGCTTCAGAAGGTGATTCAAACACCTCGTCTGTGTATGTGGACAGCTCTTCATGGGTAACCCCATCCTAAATAGACA 
s mm7.chr11     32165955 175 + 122091587 ACTCACAACATCAAGTGGCTTCTCTCAAGCTCACTGCGGTCCAGGGCCCCACCCGTGAGGTCGGCCTGATCCGGGGCTT------TCTCCCAGTCCTTGAGCGCTGCCTCTGATGGGGACTCAAACACCTCATCTGGGTACGTGGACATCTCCTCGTGGAGGACACCTTCCTGAGCAAATA 

a score=5864
s danRer3.chr12 15138804 138 +  37038836 TCTCACCTTGGCGAAGAAAGAGGTGTCCAGTTCATCAGGGAAATCCACTGTGTCCTCATCCAGGAAACTAGCAGCGGCAAAACTGCGCCTCGGCAATCGGCGAACAGCCCCGTCCCGCAGAGAACGACCCTAAAACCA 
s mm7.chr11     32166185 138 + 122091587 TCTTACCCGAGCAAAGAAAGATGTATCCAACTCATCAGGGAAGTCCACCATGTCTTCCTCAAGAAAGCTGGCAGGGGTAAAGCTTCGGCGCTGTCCCCTTCGTAAAGTGCCATCCCTAATAGACCGACCCTGAGGACA 

a score=10921
s danRer3.chr12 15141995 214 +  37038836 TTACCTTGACCAGAGCAGCAGCAGCTCTGAAGCCCATCTTGGCGACAGACTCACGCTTGCGTCTGCGGGGAGGCCGGTTAAAGCCGGAGCGGGAGCTGGTGAAGGAGCACAGGGAAGCGGCGCAGGGGGTGATGGGGGTCTGAGGTACATTCACACCATCCACC---TCATCCACATTACGGAACGCTCGACCTCGAGCCAGCGGGTCTACGATCTG 
s mm7.chr11     32166398 217 + 122091587 TTACCTTCACCAATGCTGCAGCGGCCCGGAAGCTCATCTTGGCCACCGATTCACGTTTGCGACGCCGAGGGAGTCGGTTGAAACCTGAGCGGGAGCTGGAGAAAGAGCAGAGGGAGGCTGCACCTGGTGTGACGGGAGTGTGGGGGGCACTCAGGCCATCAGCAGTGTCATCAGCCATGCGAAAGGCCCGGCCTCGGGCCAGAGGGTCTATGATCTG 

a score=12397
s danRer3.chr12 15144055 225 +  37038836 CAGCTTACCCTCTGCATGCCATGATGTGGCGGTGGGACATATAGAGGAGGAGGGGTTTCGGTGCTGGTCATGGAGAGATTGTCTTGGCTGGGCAGGTCCATCTCTCGGATCACCTGAGGCTTTAGTTTGCCGTAGCGCTGGGTGCAGTGACGCAAACTCTTCCGCTGCCATTTCTGGGTGGCATCCAAATCATTGCTGACCCCAAACCAGTCTGCTGTGCCCCTG 
s mm7.chr11     32166911 225 + 122091587 CGGCACACCTTCTGCATGCCCAGCTGGCATGGCCCCACGTAGAGGGGAGGTGGTGTCTCGGTGCTGGTTAGGGACACATTGTCCTGGCTGGGCAGGTCCAGCTCCCGGATGACCTGCGGCTTTAGCTTCCCATACCGCTGGCTGCAGTGACGGATGCTCTTGCGCTGCCACTTCTGGGTGCTGTCACTGTCCTTGCTCACTCCAAACCAGTCTGCTGTCCCCCTG 

a score=4223
s danRer3.chr12 15223366 209 +  37038836 AGGATGTTCACAACGTTCCCCAAAACAAAGACATACTTCTCTCATCTAAATATCAGCGCTAATTCAGAGCATTTGCGCTCCCACGGAAAGAAAATCGTCGAGGCTCTGGCCGAGGGTGCGAAGAACATAAGCACACTTACTACAACGTTGGCACCACTTAGCAGGTTCCATGCCTACCAACTGCGAATACATCCTACAAACTTCAAGGT 
s mm7.chr11     32229576 209 + 122091587 AGGCTCTTCTGCAGCTACCCCCAGACGAAGACCTACTTCCCCCACTTCGACCTGCACCATGGGTCTCAGCAGTTGCGGGCCCACGGCTTCAAGATCATGACCGCCGTAGGGGATGCGGTTAAGAGCATCGACAACCTCTCTAGTGCTTTGACTAAGCTGAGCGAGCTGCATGCCTACATCCTGCGTGTGGATCCGGTCAACTTCAAGGT 

a score=2915
s danRer3.chr12 15223660 157 +  37038836 CATTGA-CGCTAGACTTTCTTT---TCTCCAGCTTTTTAATCATTGCATCCTTGTGACGTTAGCCTGCAGAATGGGTGACGACTTCACTCCAGTGGTGCACGCGGCGATAGACAAGTTTCTGTCGGCATTCTCAGCTGTTTTAGCCGAGAAGTTCCGATGA 
s mm7.chr11     32229857 161 + 122091587 CACTGAGCACTGAAATTCCCTTCCCTCCGCAGCTCCTGTCCCACTGTCTGCTGGTCACAATGGCCGCACGCTTTCCCGCCGACTTCACCCCTGAGGTCCACGAAGCCTGGGACAAGTTCATGTCTATCCTGTCTTCTATCCTGACTGAGAAGTACCGCTAA 

a score=1339
s danRer3.chr12 15225864 284 +  37038836 TAAATGTTTTTAAACAGAGACAACTCAGACAACGCAATTCATTTTAATCATTT--------------ATTTTTCATAATG---CATAAAACAATGGTACAATCACTTCTTTCGGTAAGCGAATCTAAAGATATTGCCTTCTGAGGGCTGACACAACAACAGACAGGAACTTCTGCCACGCAGCTTGGATATCCGGGGTGAACTCACTCCTCATGCGTGTGGCGATCAC---CACGGTCAGGCAGTCCGCTAACAGCTGGAAAACAAGAAGAAGAAAAGTGAAGCACAGTTCCAGCACAACAATA 
s mm7.chr7      99863353 297 + 141766352 TAAATATCATTTATTAGATAAAAGCTAGATGCCCAAAG--GTCTTCATCATTTCCCCACAATTGACAGTTTTTCTCTAGGGGACATATAACCTTTGTGCATAGACAATAGCAGAAAAGGGGCGTTAGTGGTACTTGTGAGCCAGGGCAGCAGCCACTCCAGCCACCACCTTCTGGAAGGCAGCCTGTGCAGCGGGGGTGAAATCCTTGCCCAGGTGGTGGCCCAGCACAATCACGATCATATTGCCCAGGAGCTGTGGGAAGAT----GGAAGAACCATCAA-CATAACTGTAGAGCAAAAATA 

a score=7980
s danRer3.chr12 15226277 265 +  37038836 ACTCACCCGGAAATTGCCTGGGTCGACTTGTAGTTTCTCTGAGTGAAGCTCGCTAAGAGAAGCAAAGGTGCTCTTGATATTGTCCATGTTGTTGAGAGCCTTTTCCAGTCCCTTGAGGACCACAACACCGTGCGCTTTGACTTTTGGGTTAGCCATGATTGCCTCTGTGTTGTATAGGTTTCCAAACCCACCAAAGTACCGCTGAGTCCACGGATAGACGACCAAGCATCTTGAAATAAGACAAATAATACAACGACAttaaaag 
s mm7.chr7      99864251 263 + 141766352 ACTCACCCTGAAGTTCTCAGGATCCACATGCAGCTTGTCACAGTGGAGCTCACTGAGGCTGGCAAAGGTGC-CTTGAGGCTGTCCAAGTGATTCAGGCCATCGTTAAAGGCAGTTATCACTTTCTTGCCATGGGCCTTCACTTTGGCATTACCCATGATAGCAGAGGCAGAGGATAGGTCTCCAAAGCTATCAAAGTACCGCTGGGTCCAAGGGTAGACAACC-AGCAGCCTAAAAAGGGAAACATAGACAGGGGACACTCAAAG 

a score=2512
s danRer3.chr12 15241823 171 +  37038836 CTTAATGATACTGTCTTTGCAGAGCAGAGACAACAACAGCGAGGAACTTCTGCCAGGCAGCCTGCATGTCGGCTGTGAAAGCGGCGCCCATGGTGGAGGCAATCACGATGGTCAGGCAGTCGGCCAGCAGCTGGAACAGAGGAAAACAAA----------CGGAACAGGTGAGTCTCAGCC 
s mm7.chr11     89861568 178 - 122091587 CTTAGCGGTACTTCTCAGTCAGGATAGAAGACAGGATAGACATGAACTTGTCCCAGGCTTCGTGGACCTCAGGGGTGAAGTCGGCGGGAAAGCGTGCGGCCATTGTGACCAGCAGACAGTGGGACAGGAGCTG---CGGAGGGAAGGGAATTTCAGTGCTCAGTGCAGCAGAGACCCCACC 

a score=-31
s danRer3.chr12 15242035 1 +  37038836 G 
s mm7.chr11     89861798 1 - 122091587 A 

a score=6756
s danRer3.chr12 15242036 444 +  37038836 CTCACCCTGAAGTTGTCAGGATCCACGTGCAGTTTCTCGGAGTGCAGCACGCTCAGCTCGGCGTAGGTGTTCTTGATGTCATCCATGTTCTTCATGGCTCTGTCCAGTCCGTGGAGCACGACGGTTCCGTGGGCTGCGACCTTTGGGTTGTTAATGATGGCCTCAGCATTGTACAGGTTTCCAAAACTTCCAAAGTATCTCTGAGTCCAGGGATACACAATCAAAGCCCTGTAAAATACAACAAATGCATA----ATTTAAAA-----------TGATAATAGGCCTAATGT--------------ATTTTTACTATATAAATTATGATATTGGGAATACATACCTCTGCAGTGCTTTGGGTCCAGCCTCCTCATAGTTGAGTTTGCTGAAGATGTCCTGGATGAAGGCACGTTCCTCGGCGGTCCACGCAACCATGTTGTTGATTTATGATTTTCTT-----------CTCTGTCAAGAACAA 
s mm7.chr7      99883421 481 + 141766352 CTCACCCTGAAGTTCTCAGGATCCACATGCAGCTTGTCACAGTGGAGCTCACTGAGGCTGGCAAAGGTGCCCTTGAGGCTGTCCAAGTGATTCAGGCCATCGTTAAAGGCAGTTATCACTTTCTTGCCATGGGCCTTCACTTTGGCATTACCCATGATAGCAGAGGCAGAGGATAGGTCTCCAAAGCTATCAAAGTACCGCTGGGTCCAAGGGTAGACAACCAGCAGCCTAAAAAGGGAAACATAGACAGGGGACACTCAAAGTTAGTGCCTGCTGGTAAGCAGACCTCTGTCTCCAAGCACCCAACTTCTTGTGAGCTGCCTTGTAACCT---GGATACCAACCTGCCCAGGGCCTCACCACCAACTTCATCGGCGTTCACCTTTCCCCACAGGCCAGAGACAGCAGCCTTCTCAGCATCAGTCAGGTGCACCATGATGTCTGTTTCTGGGGTTGTGAGTCAACACAACTATGTCAGAAGCAA 

a score=7926
s danRer3.chr12 15244820 444 +  37038836 tttttattttGCAGATTGCTTTTGGTGTACCCTCAGACCAAGACCTACTTCTCCCACTGGAACGATCTGGCCCCCGGCTCTCCCTCTGTGAAGAAGCAGGGAAAGAAGATCGTCGGTGGACTCGGTCTGGCTGTTGATAAAATCGACGACCTTTTCAACGGCCTGCTGAACCTCAGTGAATTGCACGCCTTTCAGCTGAGAGTCGACCCTGCTAACTTCAAGGTATACGCTACAA--------------------ACCACTTG---TTGTTTATTGCTAATTGAGTCCAA--CAGTTGCAGCTGTCGTACCTAAAA---------------TTGTGTGTTAATTTTGGCT-TGCAGCTCCTGTCTCACTGTCTGCTGGTGGTGTTCGCCATGCTCTTCCCTGATGACTTCACCGCTGAGGTCCATCTGGCCATCGACAAGTTCCTGGCAAGAGTGGCTTTGGCTCTGTCTGACAAATATCGTTAA 
s mm7.chr11     32235919 482 + 122091587 TCTCCTTCTCCCAGGATGTTTGCTAGCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCTCACTT---TGATGTAAGCCACGGCTCTGCCCAGGTCAAGGGTCACGGCAAGAAGGTCGCCGATGCTCTGGCCAATGCTGCAGGCCACCTCGATGACCTGCCCGGTGCCCTGTCTGCTCTGAGCGACCTGCATGCCCACAAGCTGCGTGTGGATCCCGTCAACTTCAAGGTATGCGCTGGGACCTGGCAGGCGGCATCTGGGACCCCTAGGAAGGGCTTGGGGGTCCTCGTGCCCAAGGCAGGGAACATAGTGGTCCCAGGAAGGGGAGCAGAGGCATCAGGGTGTCCACTTTGTCTCCGCAGCTCCTGAGCCACTGCCTGCTGGTGACCTTGGCTAGCCACCACCCTGCCGATTTCACCCCCGCGGTGCATGCCTCTCTGGACAAATTCCTTGCCTCTGTGAGCACCGTGCTGACCTCCAAGTACCGTTAA 

a score=4750
s danRer3.chr12 15251072 225 +  37038836 AGACTCACCCTGCTAGAATATTGACAATAACGGTGCAGCCCACCATGAAGGGCACCATTGGGCTTTTGCTTTTTCCGTTAACAGCTCCCATCAGGACCACCAGAGTCACCAGACACGTCATGGCCATTTCAGCAAACACCACCTTCCCCAGCTGCTCATCTGATTTCAGAACAGCAAATGCAGCTCCAGTAGCGTTCGCGTAGTTTTCATCTGAAGTCATAACCT 
s mm7.chr7      22198355 225 - 141766352 ATACTTACCCTGCCAGGATGTCCACAATGACAGAGAAGCCAATGGAGAATGGGGCTAAAGGGCCCATTGTCTTCTCATTGACAGCACCCATACACACAGCCAATACCAACAGCATTGTCAGAATGATCTCTATCCCCAGGGCTTCTGCCACCTGCTCCTGCTCCTGGACGATGGCAAAGGCTGCCCCAGATGCATTCCAGAATCTTTCCTCTGGACTCACCACCT 

a score=4794
s danRer3.chr12 15259104 124 +  37038836 GCCGGTAAGAGGTCCAACCCAATAAATCCAGTGGTGCGTCCAGTGGCCGGACACTACTGCTGGCCCAAAGGCTCGTGCAGGATTCATACATGCTCCTGATATTCCTCCCCTGTTTAACACACAT 
s mm7.chr7      22196993 120 - 141766352 GCCAGGAGGGGGCCCAGCC-AGTAGATCCAATGGAAGTCCCAGTAGCCAGCCATCACAGCAGGTCCAAAGGCACGAGCAGGGTTCATGCAGGCTCCAGAGATGCTACCACTGC---AGACACAT 

a score=4564
s danRer3.chr12 15262138 253 +  37038836 GCTACAGGATATTGTGTGCACTGTTT---GTTTCCTACCCAGCCAAGATATTTGCCGTCACAGTGAGTCCAATGCAGAAAGGAGCAAGTTGACTTTTGGTTCTTCCGTTCACAGCGCCCATGCTGACGACAATAGTCAAGAAAAGCGTCATGATCATCTCAGCCATAGTGGCAGCTCCAATGCCGTCAGACGACGGAATGGCATTAAACGCTGCTCCTGTTGCATTGCTGAATGCATCATTTGTAGTCACAGCCTG 
s mm7.chr7      22198325 256 - 141766352 GCCACGGGGCAGCCATCACACTTTTGAGGGATACTTACCCTGCCAGGATGTCCACAATGACAGAGAAGCCAATGGAGAATGGGGCTAAAGGGCCCATTGTCTTCTCATTGACAGCACCCATACACACAGCCAATACCAACAGCATTGTCAGAATGATCTCTATCCCCAGGGCTTCTGCCACCTGCTCCTGCTCCTGGACGATGGCAAAGGCTGCCCCAGATGCATTCCAGAATCTTTCCTCTGGACTCACCACCTG 

a score=3533
s danRer3.chr12 15268668 139 +  37038836 ACATACTTTGGCAAGGCTGGCAGCAATCACTCCACCTAACATCTGTGAGATGATGTATGGCACCAGGAGGATCACCTCCATTCCTCCAATGAGGTAAACACACACAGACACGGCTGGATTGAAGTGACCACCACTGGAA 
s mm7.chr7      22199365 139 - 141766352 ACTCACTTTAGCCAAGGCAGCCCCAATCAGCCCTCCAAATAGCTGGGAGATCCAATAGGGAATTAGCAGCATGGTCTTGAGGCCTCCGATCACTGTGACTGCCAGCGACACAGCAGGGTTGAAGTGTCCACCGCTACAA 

a score=4828
s danRer3.chr12 15269649 260 +  37038836 TTACCTGATTTCCCCAAAAATTGCTATTGCTATGGCCAGTGCTAGTCCGTGTGCCAGGGCGGGCTGGATGCTCCCGCTGATGCCCACGTTGCCCATGACGGACACGCAGCCCACAAACATGAAGAGGAAAGAGCCGACGACCTCTGCCAGACACGGCTGGATGTAGTGCTCGAAGAAGGGCA-GCTTCTTCGGCTGGTTCTGGTGGTTGTCTCCCCCATCGCCCGTGG--CCACAGTGAAGAGCTCAGACTTGGACTCTGCCG 
s mm7.chr7      22200864 255 - 141766352 TCACCTGATGTTCCCCAAGGTAGCAATGATGAGCCCCAAGGCCAGCCCATGAGCCAAGGCAGGCTGCAGGAGCCCAGTATTCGGACTATTCTCAATGACCGATAGACATCCGATGAAGATGAAGAGAGCGGAGCCCACAAGTTCCACTATACATGGTTGTACGTATTGCTCATACCAGAACACACGGCATCTGCCAGCCATGCTGGTCTTCACCTTGACCTCAGGTAGGTCCATACTACACA--------TTGGTGTCTGCCG 

a score=3041
s danRer3.chr12 15276877 174 +  37038836 TTACAACTATCCATCTAACATTAGAATGGAGTTATTTGGGTAAAACA-----GAAGTCTCACCTAGATTGAGCTTATCTTTCACAGCCCAGCAGATGCAGTAGTGTTGGAGAAGCTGTTGGAGAAGTTCCTTTTCATCTAAAAACTCTAGACGTTCAATTCTGTGATTGCGCAACAAAG 
s mm7.chr7      22235433 179 - 141766352 TTCCAGGTGTGCCTTTCCTCTTTGGAGAGGCCCAATCGAGAGAAACGCGATGGATCTCTTACCAAGCTCCTGGCCGCCGCGGGTGGCCCAGCACAGGCAGTAATGGCGCATGAGCTGCTCCAGGAGCTCCATCTCATCCAGGAACTCGAGGGATTCTATTCTGTGCAGGAATCACAGAG 

a score=3075
s danRer3.chr12 15277144 104 +  37038836 CTTGTGTACCTTGCTACATCTTCCTGAGGAAGCATGCTGTAGACCGTCATCATGTCCAGTGCGTTTACACTTTCCCAGCCTGAAGACAAAAAGCGGTCCTTCTG 
s mm7.chr7      22240879 104 - 141766352 CTCACATACCTGTTTACCTCTGCCCGAGGTAGCCCACTGTACAGCTCCATCATGTTCACTGCAGACGCTGTCTCCCACCCATTCAACAGCAGCCGTTCCTTCTG 

a score=5724
s danRer3.chr12 15280882 114 +  37038836 TCTTACTTGAGAGTCGAGGGACTGACAGAGGTCCACTCCAGCCAGATTGCACTGCCGTCTCTGCAGATTCTCAATCATGATGTGCCCAAAGCGATCGTTCATGTTCACCTGAAA 
s mm7.chr7      22242041 114 - 141766352 TCTGACCTGGGACTCCAGTGATTTGCAGGTTTCCACTCCTGCCAGGTCACAACTTCGCCTCCGGAGGTTTTCAATCATGATCTGCCCAAACCGGTCGTCCATGTTGACCTGAGA 

a score=5723
s danRer3.chr12 15285406 244 +  37038836 TAAAAGCCACTTAACATAATTAACTTACCTGTTCATAGTTAATGAACATGGCCGTGGGAAAGGTTTCTGCAATCCAGTGCACTAGTCTGGACGACTGTTCGGGGCTCATGTACACCAGCACACATTCAGACAGAAAGAGCGTGGGCAATCTGGGTGGAAAGAAGCAGGAATGCTGGGATAAAAAGAATGTTAATGGCATAATCCTTCAGCTCATATCAATGGTGGGGAAGTGTTCCTTTACAAC 
s mm7.chr7      22245323 228 - 141766352 TGGAAGCCGCCTCTCAGGA---ACTTACCTGCTCATAGTTTATGAACATGGCTGTCTCAAAACTGCTGGCTGCCCATTTCAGGAGGTTGGCTGACTGCTCTGGAGTCATGTAAACCAGCACACATTCAGTTATCAGGAGTGTTGGCAATCTTAAGGAAAAACAGAGGAGGT---------AAACGTGTTTTCAT----CAAGACATCAACTTATGCAAACATCACAGAGCTGGTGCGTCATAGC 

a score=6497
s danRer3.chr12 15287308 313 +  37038836 AACTATATGGAACATAAAAAAAATAAATGTCATCAACATTTTTGAATTATTTCTTCAGAATCATGACAAGATTAATGGTGAATTCATGGAAAT------TTCAATCATGCCATCACataaatt-----tattttattttttaatattttaatttgt-------aataatttttaGCAAAATTACTAT---------TACAGCCTAAATGAATTTGTGCATATTTTTGTTTTATGAAAAAAACTTGCCTACCACtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 
s mm7.chr6       8172283 320 - 149646834 AACTTTATGGCAAATAAATGGAATATATATTTTTCTCAAATGTGCTTTGTCTCCTAGAGTTCCTGGCATGGTGACTGGTGAGGTCATGGACCTAGTTGCTTCAGATAGAAAAGAACATGTACTTTGGCTACTTTTTTTTTGGCTGCTTTCACTCTTTTCTGTCTATCTCTTTCATTCatattattatttgaatatatattatttgaataaatatatgtatatatt---------------atttGCATA----TATACGtgtatatatacatacatacatacatat-tatatatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgt 

a score=5621
s danRer3.chr12  15300696 211 +  37038836 GATGACTGTTTTACAGCTGAAAAGTCGCAGAGGTCTGTGACATGGCGTTATAGAGGAACGTGTTGTTGAAAGGTACAAACTGGTGCGTGATGATTTTAATGGCCTCTTGAGCCGCTGATCCTGCAAAAACAAACAGACACTGGGCTTCATTACAACTGACATTATCATAAATGAATGAATTCAGGATATGAAGAAAGTCTTATATATAAAA 
s mm7.chr8      103110450 190 + 127874053 GGTGCTTATTCTACAACTGGAAAGTTGCAGAAGTTTGTGACATACCACTATAAATATAAGTATTATTAAAAATTACGAATTGTTTGGTGATTATTTTGATAACTTCTTGAGCAGCAGCTCCTGTTGGAAAAAGGAGAGAA-----------------GTAAATGTTTGAAAAGAATAAATTT----TAAGAGTTAAGTAATATATACCAGA 

a score=6472
s danRer3.chr12  15305932 349 +  37038836 AACACTGACCTCCCAGAAAAGCTGCGACTGTGTGTGGCTCAGCAGCTCCATATCGGCAGCTGGAAGACATGAAAATAACATTTACACTTGTTATTTGACTATAAACAGAAGGAGCAGCAGAATGAGGGCCTCTTTATCATCAGTATTACAAAACTAATTCCAGTGTAAATATTTAGCTAGTACAGATTTAGGCCAAACAGGCTTAACTGTGAGCTTAAACTTACAACTCATGGATGTAGTCATCTTTTACATTGACGTTAAGACTGTACTCCTGCAGGAGACTGTTTACACACAGCTTCAGCTTGTTAATGTCTTCCTCCACCTGATAATTGTAGACACCTGAGAAAAA 
s mm7.chr8      103112493 275 + 127874053 AAAACTCACCTCCCAGGAACGCAGCAATGGTGTGTGGCTCAGCAGCTCCGTACCGGCAACT-------------------------------------------ACAGAA--------AGGATGGGGG----TTTA----CAGTTTTATTAGTCTCATCACAGTCTCTCCCAGTGAGTATTATCTTTATATGCTCTAAAGAAT---------------ACTCACAATTCATGGACATAATCGTCTTTCACCATTACAGACAGCCCATATTCCTGAAGGAAGCCAGTAAGACAGGACTTCAACTTCCCTATATCTTCTTCAACTTGATAGTTAGATACTCCTAAAAAAAA 

a score=4714
s danRer3.chr12  15307645 171 +  37038836 TTCTGACCTGGGTAGCGGGAGTGTTGCTGATAGAAGCGGTCGACTGAGCGGAGCATAAGGTACAGAACCATCTCACTGTCTGGACTGTCCATACAGGATGCTATGGAGACACAAACAACAGCTTTAACACCACCCAAGCATGGATGTACACAA-CAATGAACCATCAGATTC 
s mm7.chr8      103115424 165 + 127874053 TTCTTACCTGGGTATCTGCCATGCTGTTTATGAAATCGATCAACAGCCCGCAACATCAGGTACAGGACTATCTCATTATCCGGATTGTCCATGCTAGAAACTGAAAGGAAAAAAAAAAAATCAGTAAAACTAGATA-------ACATACACAAGCAACAAAAGGCTGAATTC 

a score=4595
s danRer3.chr12  15307897 110 +  37038836 ACACGTACTGATTTCATCTTTATTAAAAGTGTCCACACTGTACTCGTCAGCCAGAGACCTGCAGCGCACCACTCGGAGGAAAGCCGCGTTCTTACCTGTGGGACAACAAA 
s mm7.chr8      103115942 109 + 127874053 ATACTTACTAATTTCATCTTTGTTGACTGTATCCAAGCCATACTCTTCAGCTAAAGATCGACATCTTACCACTCGAAGAAATGCAGAATTGCTGCCTG-GAAACAGTAAA 

a score=4017
s danRer3.chr12  15313150 526 +  37038836 attaatattttttatccatttctcagt-aaatataagcaaatat-aagcaaaatattgcaaaaaaaaaaatacaacctgcaaaattttaactaaatttttttcatttttttttttacttatatttaata--------tttttttataacatttaaatttgggtgtactggtttttggaccgctatcataaattattgttagataagctccaga---tttggctttggta--ctgactagtctaatgtacatgcacaaatataatactgtatagcttcctatcaaaaatatcaatttaaaagatagatttgtgaggggtctacgcatatatgctgagcattgt----aCTACTGAGAA--------TTTTCAAATAGTGATGAAAAAGCTG---------AATACATACACATTTTGTAACTTGATGAATTTGTCTGAATCTGCAATCATGTCTGGGATGCTTCCTCGAACCGGGAGGTTTCCGTTCCCCTCATTTTGAACAAAGTCCCGAACTCCATGTGCCATCACCCAAAAGGACGAGCTCTATGATAAGACAATCAAAA 
s mm7.chr8      103118475 524 + 127874053 ATTAATACTAGTCAT---TTTTACAGTCAAATATAACTAGATATTAAACAAAGTTTTTCATGACTTA---TACTATTGGGTAGGTTTGAAGTGTGTGGTTTTC-------CTTGGACTTAACTTCAAGAAGGTGAGTTGTTCATGTAACATTT----------------TTTTTAGGTCCTCTGTCAGAAACCAGGGTCTGAGTCCCTTTAGGAGGGCAGATTTAAGTAGCCTGTTACACATAGTTTAAAAACAGTGATAAggcatggtggcacattcctttaaccccactgaattcaaggctagccttgt-------ctacaaagctaattttaggacagccaaggctacacacaaaaaccctgttttgaaaaacaaacaaaaTAACCACAACTAAAAGACACTTACACATTCTGCAGTTTTATGTATTTGTTTGAATCTGCAATCATATCAGGAATTGTGCCTCGGACAGGTAAATTTCCTTGACCCTCCTTGGCCACAAATTCCTTTAAGGCACGAGCTAGAATCCAAAAAGTTGGTGTCTA--AAAAAATAAGAAAAA 

a score=2815
s danRer3.chr12  15314125 178 +  37038836 ATAAATGTATAAAGATAGAGCT-----TGAAAGTAGTTTTA-----CATATTCATACTAACCTGTGAGGTAATGTTTTCACACTGCTCAGCATTAAAAATGTCCTGCGTTCCACTGGAGATCT---ACATAAACGCAGGACAAGTCTCA-ATACAGAATGTAAAGAAC---TATAATAATTATTATTTCTTTAAA 
s mm7.chr8      103119005 195 + 127874053 ATAAAGGTGTGTATTCTGAGCTGGAGTTGAAGACAGCTTTATTTTCCCTTCTTGTTGTTACCTGTTTGGTGATATTTATGCATCGATCATCATTAAATATATCTTCAATACTGCTTGGGATCTAACAAAGGAACACAAGACATTACTTACATTAAGAATGCTGTCCACCTTTATTTTCAATGCTATTTCTTCAAA 

a score=5736
s danRer3.chr12  15314312 123 +  37038836 CTCCAGTACCTTAGTGGGGTTTAGAGCAGTGTTCACGTTCTTGATCGCCTCCTCAAAGTTCTCTTCATCTTCAAGTCCTCCATTCTCATTCTTAAGGATCCC---TGAGGAACGAAATAAATTACA 
s mm7.chr8      103121940 126 + 127874053 CTTTGATACCTGAGTTGTATTTAGTGCTGTGTTCACATTTTTGATGGCTTCTTCAAAATTCTCTTCGTCTTCTGGAGCTCCATTTTCATTCTTTAAAATCCCTATTAAAACAAGAAATAGCTAACA 

a score=2186
s danRer3.chr12  15314455 167 +  37038836 AATTCCTAAT-GTGATGTATTATATTACCTTCTCTGAGGAGTTGCCTGAATGCTTCTTTCTCCTTATAATTCTTGGGCAACTGGGAGTTGTTCTGGATCAGAAAACACACACTTTGAGAAGGTCTGACATTCTGAAGATGTCATGATCAGAAGGGTCTCAAGAGTATG 
s mm7.chr8      103122436 142 + 127874053 AATACTTAATTACAATGCAGAAAATTACCTTGTCTTATCAAATCTCTGAAGTCCTCTTTTTCTTTATAACTTTTAGGAATCCGTCCATTTGTCTAAATTGATTAAAATA---------------------TTTAAAGATCTAGTTATCAAAA----CTCAA-AATATG 

a score=3866
s danRer3.chr12  15314626 123 +  37038836 TACCTCATTGTACCACTTTTCCAAATATCTGGCAACCACAATGATCCACGGTGTGTGACTGTGATCCTACAACAGAGCAAAAACATATTGCATAACGAACTGCAATTGATTTAATTCACACTA 
s mm7.chr8      103122875 115 + 127874053 TACTTCATTATACCACTGTGCTAAATATTTAGCTATGATCACAATCCATGGAGTATGGCTATGGTCCTAAAATAG---AAACACAAATTGAAGAA--AATAGCAGT---ATTAGTTAATATTA 

a score=6569
s danRer3.chr12  15314793 147 +  37038836 CTTACCTTCTTCTCCATGTTGTCCAAGTCGTAAGACTCTACATGGCGTTTGAGCTCTGTGAATGGCTGGTCTAGTCTCAGATCCTCCAAAACATTATCTGGATGAGACTCCACCACTACAGTCAGGGACACAAATAATGCAATTCTT 
s mm7.chr8      103123632 144 + 127874053 cTAACCTTTTTTTCCATATGGTCCAAGTCATAAGACTGAAGATGTTCTCTCAGTTCAGGAAATGGCTTATCTAGTCGTAGATCCTCCAATGCATTATCTGGATGAGATTCTATTACT---GTCAAGCAATCCCAAAAGATAATTCTT 

a score=4117
s danRer3.chr12  15317123 212 +  37038836 AAATCAACCATCCTGTTCCACTACTACTCATGTATTCTCTCAAAAATAATTTGGCTTTTAAAATGGCAATTACCTGTGTGCTCCTTTACAATCAGCCTCATGTAGCCAATAAGTCCATATGTTCGACATACAAGAAATGGCACTCCAGCCTCCCATAACACTGCACCGAGCCTCAAACATGTGCTGTCAAAATAAAACAA---ACAAACATAAGC 
s mm7.chr8      103125513 210 + 127874053 AAATTAGCAAGTTTCTAAAATTACTGCTCAAGTAACCATTAGCAAGTCCCATATGCTTAACAATT----TTACCTGGGTGTTCTTTTATAATAATCCTCATATAACCAACTAGTCCATATGTCCTACAGATCAAAAGAGGGATCTGGGAATTCCAGAGAACATCTGCTAAACGCAGCAATGTACTG-AAAAAGAAGGCAAAGTAAGAACATAAGC 

a score=3462
s danRer3.chr12  15317413 185 +  37038836 ATGCATTTCAAACACACCCAC-AAAAATAATAAAGGAAAATATTTCCGGTTTGTGTTATAATACCTTTCTGGAAGCTGGACGGCAATTACCAGACTAAACCTGTGAAAAAACTCACAGTCGTTGTCCAATAGCTTATCAGGACTCT------GATAAGAAGAAAAAAATAATAATTGGATGAAGAGATAAAA 
s mm7.chr8      103126338 175 + 127874053 ATGTAAACCAAGCAAGACCATGAAAAATATTAACATCGAAAATTT-----------------ACCTTTCAAGAAGCTGAGTTGCAACCACAATAGTAAACCTACAGAAAAATGAAGGATCATTGTCTAGAAGGTTTTCTGGACTCTAAATAAGACAAGGGGAGGAAAAAATTCAACAGTTTCACATATTAAA 

a score=4466
s danRer3.chr12  15318235 278 +  37038836 CATGGCATTTTCTAAAACTACGAGCATTTTCATTTTAAGCTACAATCACCTAATAAGTCTTAAC--AATCTTAAAAAATCCAAAATGCATTGTTTTGATTTACCCGAGTTTACTTGAGTTTGTATTGTAATTAATTAAATAGAAAACTTTGCTGATAGAAATGTATAATATGTTTTGAAGACATGTAAACTGACCTCTTCCACAAAGTTTCCAGAAACATCACTGTTGAGCTCCTGGAGCAATTCCGTAGCCGCCTGTGCCCTGTTCTG---AAAAAAAAAGC 
s mm7.chr8      103126513 256 + 127874053 CATGGCAG-----AAACACATAAGCTATTTTAATATAAATTA-GTTGACAAATTAAATTCCAACTAAATATAAATGACACAAAAATTCAGAATTCTAAGTT-----------------TTAGGGTTTTGAATAATTTTTTAAAACACACTGTAGCAAAAAAATAATAATGTATAT---ATATATGTATTAT-ACCTCTTCCACAAAACTTCCAGAGACATCGCTATTTAGTTCTTGTAAGAATTCCATGGCAGCTTGAGCTCGGTTCTTTTCAAAGACAAAGC 

a score=2314
s danRer3.chr12  15318532 110 +  37038836 GCCACATTAGGGTTGGATAGTTGGAAGTTTTTATCGACACTATACTTACTCTA----TACTTACCTTTCCAATAGCACTGCTGCTGAGAAAAAAGCTGCAGAAAATATTAAAGA 
s mm7.chr8      103127426 113 + 127874053 GCCAAGGTATAGTGGCACTATTAGATGCTCACA-CACCACCATACTCAGTCACGGACTGCTTACCTTGCCAATACTGCTTTTTTGAAGGAAAAAGCTGAAGGGGATAGAAAAAA 

a score=2693
s danRer3.chr12  15318674 164 +  37038836 TTATATTTCCAAAAAAGATATACATCATCACGCCAACACATTTACTTGTTTCCAACATCCTCCCCTGAAACTTTGTGCCCGTCTACAATGGTAAAGGCTCCGATTCCTAAAAAAGGAGGAGTGAACATATAACATTAGCACAATAACCAATATGATTCACGTCT 
s mm7.chr8      103129334 125 + 127874053 TTATATTTTCAAAGA---------------------CAGACATACTTGTTTCCAGCATCTTCTCCGCTGACCAGATTTCCATCAATAATTGTAAATGATCCAATACCTA-------GGGAGACAA-----------AGTATAGTCACAGACATGTTTTAGGTTT 

a score=5244
s danRer3.chr12  15318873 237 +  37038836 ACAGTACCGGGCAGCACAAGGTTCTTGAGGATTTCAGTGCCAGATGCAGTGGCATTGATGAGACACACATGGGCATTTTCAAGTGCTTCCTGTCCATGATCTCCCCACAACCTGATACAAACACATCTCAATCACTCAATGACCAGTCAATAACCACATTgagataaagttggttttatattcaaactcacacactctccttaataatatcatttcacaaaagtaatctttgcaaac 
s mm7.chr8      103129688 217 + 127874053 ACCTTACCTGGCAGCACCAAGTTTTTAAGAATTTCAGTTCCTGTAGCCGTTGCATTTATTAAGCAAACATGAGCAGATTCCAAAGCTTCTTGTCCATGATCACCCCACAGCCT-ATA-AAACA------AAACAAAGATTGAACATTAAA-----AAGTTCACAAAGTATGACTTTCTTATTTGAATGGTGATA------TTTACAATATTCTTTCATAAAA-TAACATATACCAAC 

a score=1776
s danRer3.chr12 15328542 180 +  37038836 CTAGTTTTCAGCATCTTACAAATTAGGCTATATACCAGTGTTTAGAAAGAGTATTCTATTTTGGTAATGATCGTTTTGTTGATATTGACCAAGCCTGTGTTTCTAATTTTACTAGGCCTATACTTTTCCCTCTTTCTTCTACTATCCTCCTCCTCCTCCTCCTTTGTACTCATTTCATTG 
s mm7.chr3      14649732 163 + 159849039 CTAATGCTACTCACATCAAATATTAAAGTGT-TGACATTATTCTTCAAAACCATTTTCTTTATG-AATGTTAGTATTTTTATTGGGGGAAAAA-------TTCTAATTTAATTTGTTCTGTAGTAATCTCTCATTCTT--------TTCCTCCCTCCTTCCCTATGCCCTCATTTCCCTG 

a score=6639
s danRer3.chr12  15331557 211 +  37038836 TTTTTAGGTCCATCGGCATGGCACAAAGATTATCCCATAGCTGAGGGGAATCGCCAGTCACCGATTGATATAGTCCCTTCAGAAGCTGTGTTTGATGCCAAACTGTCTCCAATCTCACTGTCTTACAACAACTGCACCTCTCTCAGCATATCTAACAATGGCCATTCAGTGGTGGTGGAGTTTGTTGACACCGATGAGAGATCAGGTTAGT 
s mm7.chr8      103142705 211 + 127874053 TCTATAGGCCCTTCAAATTGGCACAAGCTGTATCCCATTGCCCAGGGAGACCGCCAGTCACCCATCAATATCATATCCAGCCAGGCTGTGTACTCGCCCAGCCTGCAGCCACTGGAACTTTTCTATGAGGCCTGCATGTCCCTCAGCATCACCAACAATGGCCACTCTGTCCAGGTGGACTTCAATGACAGTGATGACAGAACCGGTAAGT 

a score=4312
s danRer3.chr12  15334221 153 +  37038836 CCCTTTAAACTTTTTTTTTCTTGTGCAGTGATTACAGGAGGTCCTCTGGAAAATATGTACAGGCTTAAACAGTTTCACTTCCACTGGGGAAGCAAGGGTTGCTGTGGCTCCGAACATACAGTTGCTGGAAAAACCTTTGTTTCTGAGGTGAGG 
s mm7.chr8      103146961 153 + 127874053 CCATATGAACGGCTACTTCTACCCACAGTGGTGTCTGGGGGCCCCCTGGAAGGGCCCTATCGTCTCAAGCAGCTCCACTTCCACTGGGGCAAGAAGCGCGACATGGGCTCAGAGCACACAGTGGACGGCAAGTCCTTCCCCAGCGAGGTGAGG 

a score=6452
s danRer3.chr12  15334458 117 +  37038836 TTTATTTCCATCCAGCTTCACCTGGTTCACTGGAATGCCAATAAGTACAAGTCCTTTAGTGAGGCTGCAGCTGCCCCTGATGGCTTGGCGGTGCTTGGCATCTTTCTGGAAGTTAGT 
s mm7.chr8      103147473 117 + 127874053 TTCTTGCCTCTCCAGCTACATCTGGTTCACTGGAACGCCAAGAAGTACAGCACTTTTGGGGAGGCGGCTGCAGCCCCTGATGGCCTGGCTGTGGTTGGTGTCTTCCTGGAGGTGGGT 

a score=2937
s danRer3.chr12  15335508 71 +  37038836 CAGACCGGTGATGAGCACAGAGCTCTTCATCAAATAACAGATGCCTTGTATATGGTTAGATTCAAGGTAAG 
s mm7.chr8      103147684 71 + 127874053 CAGACAGGAGATGAGCACCCAAGCATGAACCGCCTGACAGACGCCCTCTACATGGTTCGATTTAAGGTGAG 

a score=6757
s danRer3.chr12  15336082 201 +  37038836 GTAGAGTACTTGCATGAATGCTTTTTTTCCTCTTGT----AGGGCAGCCTTGCTGAATTTAAGGGCTTTAACCCTAAGTGCCTCCTGCCAAACAGTCTTGAGTACTGGACATACCCGGGCTCTCTCACCACTCCTCCTCTGTATGAGAGCGTCACGTGGATTGTGCTGAAAGAGCCTATTTATGTGTCAGAGAAACAGGTGAGCC 
s mm7.chr8      103148197 205 + 127874053 GTAGGAGCTCTGTGCTAATTCCTGGGTTCCCATCCTTCCCAGGACACCAAGGCCCAGTTCAGCTGCTTCAACCCCAAGTGCCTGCTGCCCACCAGCCGACACTACTGGACCTATCCTGGCTCCCTGACCACACCCCCACTCAGTGAGAGTGTCACTTGGATTGTGCTTCGGGAGCCCATCAGGATCTCCGAGAGGCAGGTGAGTC 

a score=3825
s danRer3.chr12  15341319 133 +  37038836 ATGTTGTTTAATCTTAGATGGGAAAGTTTCGCACGCTTCTGTTTAACGGTGAGGAGGAAGAAGACCGAAATCGAATGGAGAACAACTACAGACCACCACAACCACTGAAAGGCAGGATGGTGCGAGCCTCTTT 
s mm7.chr8      103148842 130 + 127874053 ATCCTCTTTGTCTTAAGATGGAGAAATTCCGGAGCCTGCTTTTCACCTCAGAGGATGATGAGA---GGATCCATATGGTGGACAACTTCCGGCCACCACAGCCGCTGAAGGGCCGAGTGGTCAAAGCATCCTT 

a score=2026
s danRer3.chr12  15450974 109 +  37038836 GCAGCCGGCAGAAACGCA----GCAGCGGCAGCCTGGAGGGTTTACAGAA-AGATACTGACGGCATGCGCCAGGACCGCAAACACAAGGCCCTGGAGTTTAACAGAAGGGTGAG 
s mm7.chr5      142390946 106 + 153054177 GCCTCCCGCTGAGCCGCGAACTGCTGCGTTTGGCTGGTGG--TCCCAGACCAGATGCTG------TGCACAGAGAGCGCAGGCGCAAGGCCCAGGAGTTCAGCTGCCAGGTAAG 

a score=9577
s danRer3.chr12    15451224 605 + 37038836 ACATAGAAGTAGACATTTACaaaaaaata-tttaaaat-----agattatttatttatttaGTTGAAACTTTTAACATCTAAACAGCTTTTTACAGATCATTAATACACTTGTATAGATGAACTATATAAATTAATGATATAATTTAACACTTTGCTTACCAATATTCAAAATACAGTACCATGTTTTACAAGAA-AAAAAAATGTTTTACAGGTTTTAAATGACACAATGGTTTATGATGATAACGATTAAATGATGATATAaaaaagagaagccttcaaccctaagaacaccatcccgactgtcaaacatgttggtggaaccaaacatgttggtggaa-----------tgttttaggg-gtg-----------ttttgcagccggtggaccagggaaactaattgc------agtaaattgccccatcaaaaaggagccatacatcaaaattctcaacaacaacat--------cagccagTGGACATTTCATGTTGACAACAAAGACCCAAAACACA--GTAAAAGGGGTAAAGAAATGGTTAGCTGACACAAACGTTaacattttgcagtggcccagccatagtcctgacttcaatctaattgagaatttatggagggagctaaagatcagagagttggcaggaga 
s mm7.chrUn_random  3917542 602 - 12779112 ACAAACAAACACACAGTCATGCTGAAATAATCTAAAATGAAGCACATTGTATATT-ATTTAGGCATTATTTCTAGGAG------------TTATGGTACCGTGATTCATTTTCAAAAAATAATTCTGGAAA--------AAAATTGGAAACAT---------GCATGCATGATGTAGGTCATTATCATAGAAGTATAGACAGATACATCATGA----TAAATCACATA-----TTACTATGGTACATTTCAACCCAAAATACAAAACA---AAACTTACTTTCTTTATAATCTAGTTGGGAA----AAACATGGTAATCGTAGAAAAGATATTGGTAAAAATGGTAAAAAATGTGTTAAGATGTGGTAAAAAAAATTTTTataaataaatgaataaataaatgaatagataaataaataaataaataCACAAAAAAGAGGCTATACATTAAAATGATCAACAATATCATGGCCTTAGAAACCAGTGGACATTTCAGCATGACAAC---GACCCAAAACACACAGCAAAAGTGGTGAAGCAACGGTTAGCAGACAAAAACATTGATGTTTTGCAATGGCCCAGCCAGAGTCCAGACTTGAATCCAATTGAGAATCTGTGAAGGGAGCTCAAGATCAGGATGATACAAGGAGA 

a score=4850
s danRer3.chr12  15453890 256 +  37038836 CTCAGTTTCTTTAACTGATTAAGTAAATGTGTTCATTTGACAGCCCTAGTTTTTGTTGATGAA-------AGAGCTGC---GATATCACCCCG---CTTCTTCTTTCAGGTCGAGGAGATTTTGAGGAATGAACCGGAGGTGAAGGAGAAACTGTTTGCTGTGCTGAAGCAGTTTGCTGCAGAGAGGAAAGTGGACTGGCTCGCGTCGGTTCTTCCTGACATCCTGACAACCGAAGAGCAGCAACAGCTCATCTCCAACATCAGGTATC 
s mm7.chr5      142395545 267 + 153054177 CTCTGCCTCCAGGGCAGCTGAGAGAAGTGAGGTCAGGTGTCAGC--TGTCCTATGGCGGTAAACCAAGGTAAACCTGCCATGGTTTTACCTGGGACCCTGTCCTTGCAGGTAGATGACATCTTGGGGGATCGGCTGACAGCCAAGGAGCAGGTGTTTACTGCACTGAAGCAGTTCGCTGCCGAGCAACGGGTGGATGAGCTGGTGTGGACCCTCACTCTCGTGCTGCCCAGCGAGGCCCAGGGGCCAGTCCTGGACAACCTCAGGTACC 

a score=-80
s danRer3.chr12  15460315 363 +  37038836 TGTTGTGATCGAGCCTGA-GTCAGAGGAACTTTTGTGAATTCCTGATGCTCTGACCTTTAGAAAAGCTTTGTAAAGTTTTGTAGAAGC-----AGTACATCCACTGAGAGATTATTATTAGAATTTTTAGCATACTTGACATTTGATTCAACAACAGCATATATTTT---------------CTGTAATTGATGGGTAGACATGAGTTGACACAAAAGATATCCTTG-----AATAGATATAACGACGATAAAATACATACACTTTTTTTAAGTGGCTATTTCAGAATTGTTCAAAAGAACTAGACAAAAAACAATTAGTCAAGACAAATTTTGAGGTTAACTTGAGCAAAACAG----TTGAAACTTTTCCAAAGCTAAATAGAAAAATATC 
s mm7.chr5      142398489 360 + 153054177 TGCAGTGGCCCAATCAGAAGAGAGAGGAACTGCTGTGTGAGACTGATGCTCAGACCTC------------------TCCCACAGAAGCCATTGAGTACATGTGGTTATTTAATATGGTC-GAATTTTTCATACATGTGggtgatcacacaccaatagccccagcacttgggaggcaagacgactgcaactttgtgactaacctaggt---cacagagggaggccctgggttcaattctcaacaccacagaaaaccacggatggtggtgtatgcctgtaatctcagcatt-----agggagggggacctagaa-----ggcccaga-gaatttcaaggtcatcctaggcaacacagcaaatttaaggccagcctgggctacatgcaacactatc 

a score=5240
s danRer3.chr12  15468418 344 +  37038836 AAACTGAAAATCCTCTTCATTTTGT--ATGGGGAAATTGAGTGACTGAACTTAACTAGCCACCTTTCAAAAGTCTCTCAAAATGGCTCCTCGAAGCTGA--TTGAAATCTGTTTAAATCTGTTACCTTCCTGTGA-----------TCATGTTTGCCAGGATCTTCATCCCCAAGAAGCATCGGCAGCGCTTCGACGAGGCCGTTTCTCAGAGTCTCATCAACCGCATGTGCCGTAGCAAGAGTTTGGGTGAGCCCCAAAACAGACTGCGTCGGAGCCGAAGTCAAGACCACCATGAGCGTCCTCAAGGATCCAAAAGGGCCAGCTCTGTGCCCAGAGATACCGGTGATGAGCCTGCCC 
s mm7.chr5      142405941 345 + 153054177 AAGCTGGGAATGCAAGTCTGTTCACCGAAGGGGAGAATGAA------AATGTCCCTGGTCACCCCTAGGAA--TGCACAGAAGAGCCACTAGGAGGTGCCTTTGGAATGTAGTCAGGGACGGCGCCTGACTCAGAGGTTGGTCGATCCTTGCCTTGCAGGATCTTTATTCCCAAAAAGCATCGGGCGCGCTTCGACGAGGTGGTGTCGCAGGGTCTGCTGGGCAAGCTGTGCCGTGCTCGGAG--GGCGCAGGGCGCACAGC-GTTTGCGTCGGAGCCGCAGCGAGGAGCGCCCGGAGCGCCTCTTAGTGTCCACGCGCGCTAGCGCCGCTCCCCGCCGTCC---GGATGAGCCACCCC 

a score=5001
s danRer3.chr12  15472418 110 +  37038836 CGTCTCTCTTTTCCTCT-GCAGAACCATCCGTGTGTACAGGGGGAAGAAGAGTTTTGGCTTCACTCTGAGAGGTCATGCTCCTGTGTGGATCGACTCAGTAATGCCAGGTG 
s mm7.chr5      142406507 111 + 153054177 CGTTCCATTTTTCCTCCCACAGGACGGTTCGAGTTTATAAAGGCAACAAGAGTTTCGGCTTCACTCTGCGAGGCCATGGACCGGTCTGGATCGAATCTGTCCTGCCTGGTG 

a score=2962
s danRer3.chr12  15477472 124 +  37038836 TGAGTGTCTGAGGATTTATACTGTGTCTCAAACCATTGTTTTTCTACTACAGGGAGTCCAGCTGAAGCATGTGGCCTTAAAACAGGAGATCGCATATTGTTCCTTAACGGGCTCGATATGAGGT 
s mm7.chr5      142407459 111 + 153054177 TGGTCGGCTGACGGCTTACCCTGTCTTTC-------------TCTCTTCCAGGCAGCCCGGCTGAAAATGCCTCCCTCAAGTCAGGTGACCGGATCCTCTTCCTCAATGGATTGGACATGAGGT 

a score=5756
s danRer3.chr12  15484652 98 +  37038836 CAGGAACTGCTCCCATGAGAAGGTGGTGTCGATGCTGCAGGGCAGTGGTGCGATGCCCTCCCTGGTGGTGGAGGAGGGTCCTGTGGATTATCCTCAGT 
s mm7.chr5      142408347 97 + 153054177 CAGGAACTGCTCCCACGACAAGGTGGTGTCCATGTTGCAGGGCAGTGGCGCCATGCCCACGCTGGTGGTAGAGGAAGGACCGGTCCCTT-TCGCCAGT 

a score=8022
s danRer3.chr12  15484750 201 +  37038836 CCGATTCAGAACCAGAGGAAACCCCCAGCGCCCCCCGCTCACGCTCCCCAGCCCTCAGCTCTCTGCAGTGGGTGGCTGAGATCCTTCCTCCCAGCATTCGCGTTCACGGCCGTACCTTCAGCCAACAGCTGGAACACCTGCTCACCCTGCAGGAGAGATACACCATCTGCAAAGCTCTGGAGACCTTCTTCCAGCACAGGT 
s mm7.chr5      142408645 189 + 153054177 CAGATTCAGATTCTCTGGATTCCCCGA------------CCCGGGCGTCAGCTCTCACCTCGCTGCAGTGGGTGGCGGATATCCTGCCTTCCAGTATCCGAGTCCAGGGGAGGACCTTCAGCCAGCAGCTGGACCACCTCCTCACTCCTCCCGAGCGCTATGGAGTCTGCCGAGCTCTCGAGCGCTTCTTTCAGCACAGGT 

a score=8561
s danRer3.chr12  15489273 171 +  37038836 GCAGGAATGTGGACACTCTCATTGTGGATGTGTTTCCTGTGCTGGACACTCCAGCCAAACAGCTGATCTGGCAGTTCATTTACCAACTGCTGACCTACGAGGAGCAGGAGCACTGCAAGACCAAGATCGCCCGGTTCCTGGGCTTCAAGAGTGCAGGTTAGCCATGATGAG 
s mm7.chr5      142410583 160 + 153054177 GCAGGAACATCGATACCCTCATCGTGGATGTCTACCCCGTCCTGGACACACCCGCCAAGCAGGTACTCTGGCAGTTCCTCTACCAGCTGCTGACCTACGAGGAGCAGGAGCTGTGTCAGGAGAAGATCGCGTGCTTCCTCGGCTACA-----------CAGCCATGACGGG 

a score=2089
s danRer3.chr12  15494464 60 +  37038836 ACCCTATAGATGACAGGAGTTTACACAGAGCTCGGGAACGTGTATCCTGTGAAGAGCAGC 
s mm7.chr5      142413475 54 + 153054177 ACCCCCTAGATGTCAGCGGTCTATGCAGAGCTCGA------GTCTCGACTGAACAGCAGC 

a score=8833
s danRer3.chr12  15497496 288 +  37038836 GACTGATTCCTTTCCTGGGCCTCAGTTTGAGACTTACCAGCAGACTGTTGCTTCTCCAGACAGTGTGGACTCTAATCCCTATGTCAGTTTGGACAGC-------CCCCCTGCCTCTCCTCTGCCTTCTGAT-----------------------------GAACTCAGTCCTCTGCCCCAGCGCAGAAAGCTATTCACCTTCTCACGTCCACCTCGCAGCAGAGACACAGACAAGTTTCTGGATGCCCTGAGCGAGCAGCTGGGTCACCGAGTTAATATTGTGGATGACTTCAAGGGCGGAGAGAATGACTATGAGGAGGTGTG 
s mm7.chr5      142414720 322 + 153054177 GGCTCCTGCCTTCCCCGTGCTATGACCCGCTGTGTTCTGGGGGTCTG--GCCTCTCCCAGCAGCTCGGAATCCCACCCCTACGCCAGCTTGGACAGCAGCAGGGCGCCCTCCCCACAGCCAGGCCTTGGATCCATCCACGCCGACAGCCCCCCAAGCCCAGACCCCATCCGGCCGCCCAGTCGCCGGAAGCTCTTCGCCTTCTCACGCCCAGTCCGGAGCCGAGACACAGATCGCTTCCTGGATGCGCTGAGCGAGCAGCTGGGTCCCCGCCTCAGCATCGTGGATGACTTCCTGACACCCGAGAATGACTATGAAGAGGTGGG 

a score=4844
s danRer3.chr12  15503548 105 +  37038836 TTGTTTGTTAGCTTGGAGATGATCCGGACTATCATAAACTCAGTGACATGGTCAAGTACTTGGATCTGGATTTGTACTTTGGCACACAGAGGAATTCCAGTGAGT 
s mm7.chr5      142418737 104 + 153054177 TTGCTTGC-AGCTTGGGGAAGACTCTGACTATGACAAGCTGAGTGACATGGTGAAATACCTCGACCTGGAGCTCCACTTCGGCACCCAGAAACCTCCGAGTGAGT 

a score=4792
s danRer3.chr12  15504634 121 +  37038836 ATTAAAT-GTGTCAGTCTCTCTTCCAGAGCCCACCTTCCTGCCCGAGAACTTAAAAAAGAAAGACGTGGTTGAGATTCTCTCCCATAAAAAGGCCTACAATGCCTGTGAGTATGCGCAGAGT 
s mm7.chr5      142419434 122 + 153054177 ATTAAACAGTACTGTTTTCTCTTCCAGAGCCAGTGCCCGGCCCGGAGCCCTTCAGGAAGAAGGAAGTGGTGGAGATCTTGTCCCACAAGAAGGCCTACAATACCTGTGAGAAGCTTTAGGGT 

a score=9129
s danRer3.chr12  15506577 205 +  37038836 CAGCGATCCTCATAGCGCATCTGAAGCTGGCCCCGAAAGAGCTGCGGGACATCCTCATGACCATGAGCACTGAGCGTCTGGAGCCCGCACACATTAAACAACTGTTGCTCTACGCTCCCGATGACGAAGAGGTCAAACAGTTTCAGCATTACGACCAGGACCCTGCTAAACTCAGCGAACCCGACCAGTTCGTCCTACAGGTGCT 
s mm7.chr5      142420055 205 + 153054177 CAGCCATTCTCCTAGCGCACCTGAAGCTGACCCCTGGCGAGCTGCGGCAAGTGCTCATGAGCATGGAACCCCGGCGCCTGGAGCCTGCTCATCTGGCGCAGCTGCTGCTCTTCGCTCCTGACGCCGACGAGGAACAGCGATATCAGGCTTTCCGCGAGGCTCCGGGTCGCCTCAGTGAGCCGGACCAGTTCGTCCTGCAGGTGCT 

a score=7013
s danRer3.chr12  15509797 173 +  37038836 CTACAGATGCTACTAGTTCCTGAGTATAAAACCAGACTGAGGAGTCTTCTTTTTAAGACCACTGTGCAGGAGAAAACAGAAGAAATGAGAGCTGCGTATGAATGCATATACAAAGCCTCATTAGAGCTCAAAAACAGCAAGAGGTTGGCCAAGATCCTTGAGGTAAAATTATT 
s mm7.chr5      142420556 173 + 153054177 CTTCAGATGCTGTCGGTTCCCGAATACAAGACCCGCCTGCGCAGTCTACACTTCCAGGCTACCTTGCAGGAGAAGACAGAGGAGATACGAGGCAGCCTCGAGTGTCTGCGACAGGCATCTCTGGAGCTCAAAAACAGCCGGAAACTCGCCAAGATCCTGGAGGTCAAGCCATT 

a score=5830
s danRer3.chr12  15511365 95 +  37038836 CAGTTTGTTTTAGCAATGGGAAATTATCTGAATAATGGTCAGCCCAAGACCAATAAAACAACAGGATTCAAAATTAACTTCCTAACAGAGGTAAG 
s mm7.chr5      142420846 95 + 153054177 CAGTTTGTGTTGGCCATGGGTAACTATCTCAACGATGGACAGCCCAAGACCAACAAGACCACTGGCTTCAAGATCAACTTCCTGACCGAGGTGAG 

a score=8373
s danRer3.chr12  15511537 157 +  37038836 TTATGAACTAAA-ATTCCCTACAGCTAAACACAACTAAAACAGTTGATGGAAAGTCAACTTTCCTCCATATCCTTGCCAAATCACTCTGCCAACACTTCCCAGAACTCCTCGGCTTTTCCAGGGACCTCATAACAGTGCCATTAGCTGCCAAAGGTAG 
s mm7.chr5      142421365 158 + 153054177 TTATGGGCTGGGCATCCCTTGCAGCTAAACTCCACCAAGACAGTGGACGGGAAGTCCACCTTTCTGCACATCCTTGCCAAATCGCTAAGCCAGCACTTCCCTGAGCTCCTGGGCTTTGCCCAGGACCTGCCCACTGTGCCCCTGGCTGCCAAAGGTAG 

a score=3630
s danRer3.chr12  15514924 189 +  37038836 TGTTTGTCTGTTCACTGTAATTGCAGTCAATCAGAGGACCATTACTGCTGATCTCAGTGACGTTCACTCCACCATCCAGGACATAAGAACCGCCTGTGTGAAAATCCCAGCTACAGCAGAGGATCGATTCGCAGCCGTCATGAGTGTATCCTTAAACCCACAGCTTCTTCAGTGTAATcagggtttctg 
s mm7.chr5      142421581 186 + 153054177 TGCTTTGCTTCTTTCCTTACATGCAGTGAACCAGCGAGCCCTGACTGGTGACCTGGCTGACCTCCATGACACCGTCAGTGAGATTCAGGTGGCCTGCCAGAGCATGGCCCCTTCCAGTGAGGACAGGTTTGCTGTGGTCATGGCTGTATCCTCTAAT---CAGCCTGTCCAGCACAAGCCTGGACTCTG 

a score=6301
s danRer3.chr12  15518309 188 +  37038836 CCTTGACC--TTTCTATTAGAGCTTTCTGGAAAACTGTCATCCAGCGGTTCAATCCCTCGACTCCTTGCAGCAAAGAGCGATGGACGAGTTTCATAAAGTGGCCTCTTACTTTGGAGAGGACAGTAAGGTCACAACCACAGAGACCTTCTTCGGCATCTTCGCTGAGTTCATTTCCAAATTTGAGGTGAG 
s mm7.chr5      142423761 190 + 153054177 CCTTGACCAAGGTCTTGTAGTCCTTTCTGGAAACAGCGCAGCCAGCCCTGCGAGCGTTGGATGGTCTGCAGCGAGAGGCCATGGAGGAGCTAGGGAAGGCTCTGGCCTTCTTCGGAGAGGACTCCAAGGCCACTACCTCAGAGGCCTTCTTTGGCATCTTTTCAGAATTCATGAGCAAATTTGAGGTGAG 

a score=2420
s danRer3.chr12  15518576  93 +  37038836 AGAGAGCACTGAGTGAAACACAAGGAACAGAAAACCCCAAAAGCCCACGAATCGCCTCACCGCTGGCATGGTGAAAACCCTCGACA-------TCTGCAG 
s mm7.chr5      142424135 100 + 153054177 AGAGAGCCCTCAGCGACCTGCAGGCAGGGGATGGCCCACGCAGCTCAGGGATGGTGTCACCCCTGGCCTGGTGATAGCTGCCACCAAGCATCTTCTGCAG 

a score=3211
s danRer3.chr12  15553045 653 +  37038836 ATACTGTGTAAAAAGGTGtaaaatatatatatatttatatatGTTAT---CTCAGGATGTTTTAATTAAA---tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg-tgtgtgtgtgtgtg---tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtctgcagccatgcatgtgtgtgtgtgtgt------gtgtgtgtgtg------------------------------------tctgtgCTGAG-----ACTCCTGGTGGGGGCATTT--------------TAATAGATAAGCCAAAGCCTTCACCCACTGAACTGCCCTTTCATTGCTGTGAAACAATATAATGGTCACTGTGTTTTTTCCCTACTTTTGGTTTTTTAGGGGAAGATATTGTGGCAT--------GGATTGCTTATCGATT-CAAAGTAGATGCTCTGGGTAAGTCA-------AATACATTG-------TTTTTTTTTTGTGTGTTTAGTAATGTAAGGATT---------------------ATAAAAGAATTAATAAAAAAAAACTAAACATATTTTTCCACAAATGAGTCCACTTGTGGGTTGGGGATGCTTTCATTCAAAAGGATTAAAACAAATAACTTTAAATCATAAGGTTGTGCTACAAATAAGCTGTATACATTTT-GTAATACACATTATGTTATGTTTGACTTTATGCTTTATTTTTATCTGTTATGAAAATAACTTTAGACTTGTTTTTttaaaggaatagt 
s mm7.chr1      187504610 737 + 194923535 atgctttgtgtatgtgtgtgctctgtttgtgtatt-gtgtatgctatgtgctgagtgtattgtatatgcacactgtaagtatatgggtgtg-GTGCATCTATAtgtgtgtgctgtgtgtgtatgtgccttgtgtgtgt-tgtgcatgtgtatatgcatgc-tgtgtgt-gctatgtatgtgtgtgtgtgtgttatgttgtgtgtttgtgctgtgtgtgtTTCATTTGTTTACTAAGCAGACAGCTTCTGGGCTGAGGAAGCACTCCTGTTGTGGACATTTGACAGCCCTGTGTCTAAGGGGCGGATGAAGG-----ATCCA--GGAGTACTCGGTCAT--CTCTCCAGGAGTTTGCTCCTTCCTGTCTGTCCATGCTTCTGTCTGTCCATGCAGAGCAGGCACTAGAGTACCCTTCTTGAGGCTGAGCATCAGCCACAGAGGAGGAGTTTGTGATAGAGTATTCCAAGGATACCTTGAAAAATGTGTCTGCCTCATACTTTCATACACATTCAAATTCACTACACTTTCTTTTCCCAGGCAAGAAAAATGAAAATAAAAAAGTAGAGATAAGTTTGCGTCAGTGAATCCTTTTGGGTGGTGGGGTCCCTTCTATTCAGGATGCATGGTAC--TTCAGATGCAATATTAACACAGTGCT-----TAGGGTATCTTCCCTCTAACTATGAATGTCTCGTTGTCTTTG-----------TATTTTCACCTTTTAATAAGCTCGCTTCTCTTTTTCCAGTTCAGAGGAGCAGT 

a score=2490
s danRer3.chr12 15556170 82 + 37038836 TTCTTTCCAGGAAGAGTACAACAATCTTTACAAGTGGATGAATCACAAGTGGGATTTTATTGTAATGCAGGCCAAAGAGCAG 
s mm7.chr17     24388080 82 + 93276925 TGCCCTGCAGGAACATTATGCCCTGCTGCACAAGAAGATCAACCATGCATGGGATCTGGTATTGATGCAGGCTCGAGAGCAG 

a score=3276
s danRer3.chr12 15556601 105 + 37038836 CTAATTGCTTGTTTTAGGGCAGGTAAGGAGAGGAAGAAACCAGACCGGGTGGTTTTTGACTGTCAGGAACGGGCCTACTGGGTTGTACATCGGCCACCAGTGAGT 
s mm7.chr17     24388330 105 + 93276925 CTGCCTATTCTTCCCAGGGCTGCTAAGCAGCGGCGGAAGGGAGACAGAATGGTCATTTCGTGTCAGGAGCAGACATACTGGCTGGTGAATAAGCCCCCTGTGAGT 

a score=2916
s danRer3.chr12 15562248 87 +  37038836 GTGTTTGCTTGCAGATCATGTTCACTCAGCAGTGCATCATGAGACCAAGGGTAAAGTCATCTGTGTCAATTGGAGCGTAAGTTACTG 
s mm7.chr11     12733492 87 - 122091587 GTCTCTCTTTCCAGATCATGTATTACCAACAGGCCTTAATGAGGTCCACAGTGAAGTCTTCGGTGTCTCTTGGAGGGTATGTCCCTG 

a score=1989
s danRer3.chr12 15562399 265 +  37038836 CATGAAATTATTGTAAAT---TATGTTGTATTTTGA-------CTTTATTTTGATATTTTGCAGAATTGTTAAGTACTCAACAACATACAAAGAGCACGACCCCTTTCTCCACCCGTGTCTTCCGAGTAGCCCCTGGTTAACTGATGATATTACATATTGGACTCTTAACATGCCAAAGTGAGCTGCAGTGTTTTAAAGCATTTCATTAGATTCCATGACTTTTTTGTTTTGTTATATGAGATTATGTTAAGTGGGAATGTAAAAAAGGGTTACA 
s mm7.chr11     12734305 262 - 122091587 CATGGAATTATCCGGGCTCTCTGGGTTGGATTTCTAGGAAGCCCTCTTTCTATCTGCTTTTCAGAATTGTCAAGTACAGCGAGCAGTTCTCGTCCAATGACGCCATCATGTCCGGCTGCCTTCCAAGCAATCCTTGGATAACAGACGACACCCAGTTCTGGGATTT--AAATGCCAAATTGTAT----GTATTTCAAA------CATTGAAATTT-TAACAAATCTGGTTTGTTTGATTTTATTTTGTCGAGTGTATGTGTGTGATGTGTTTGCA 

a score=4158
s danRer3.chr12 15563901 126 + 37038836 CTAACAGTGTTGAGACCCCTACTAAAATGAGGGTGGAGCGCTGGACTTTCAGCTTTGGAGAACTGCTGACTGACCAACGAGGAAGGGCTGATTTCCGACTCTTCCTTAAAAAGGAGTTCAGTGGTA 
s mm7.chr17     24390991 126 + 93276925 CTCCCAGCGTGGCTGCCCCCACAAAACTCCGCGTTGAGCGATGGAGCTTCAGCTTCCGGGAGCTGCTGGATGACCCCGTGGGGCGTGCCCACTTCATGGACTTTCTCCAGAAGGAATTCAGTGGTA 

a score=35
s danRer3.chr12 15564380 12 + 37038836 CTGATTTGTGAA 
s mm7.chr17     24391216 12 + 93276925 CTGCCCTGTCCT 

a score=3364
s danRer3.chr12 15564392 96 +  37038836 CAGGTGAGAATCTTGCCTTCTGGGAGGCTTGTGAAGATCTGAAATGGGGTGCAGCAGAGACAATGAAAGAAAAGGCTCAGCAAATATACAAGTAAG 
s mm7.chr11     12741606 96 - 122091587 CAGGGGAGAACCTAGGATTCTGGGAAGCCTGTGAGGACCTGAAGTACGGCGATCAGTCCAAGGTCAAGGAGAAAGCAGAGGAGATCTACAAGTAAG 

a score=7902
s danRer3.chr12 15565090 145 +  37038836 TAGGACCTTTTTGGCTCGTGGAGCTCCTCGTTGGATTAACATTGATGGGAAAACAATGGAAATAACAGTGAAGGGTTTGGGACACCCTCATCGTTATGTACTGGATGCTGCCCAGACTCACATTTACATGCTCATGAAAAAGGTA 
s mm7.chr11     12742951 145 - 122091587 TAGGCTGTTCCTGGCCCCAGGTGCGAGGCGGTGGATCAACATAGACGGCAAAACCATGGACATCACCGTGAAGGGGCTCAGACACCCCCACCGCTATGTACTGGATGCAGCGCAGACCCACATTTACATGCTCATGAAGAAGGTA 

a score=1692
s danRer3.chr12 15566773 64 +  37038836 CCTGTCAAACTTTTTGTCCTGAAGCCCAATGACGCAGACCTACTTGAGCTTCCAGGCCTCTCTG 
s mm7.chr11     12743221 64 - 122091587 CCGGCCAGCTGTTTCTTCCTCTTATCCACCAGCCTAGACCTCCTTGAGCCCCACAGCTCCTCTG 

a score=4832
s danRer3.chr12 15571281 129 +  37038836 CGACCCAGTCTGAGTCCCATCATCCTTAGGCAGCAGGAGGAAGAACAGAAGGCCAAACTTGCAGCAAGTGGCCCAGTGGACATCACACAGGTCATGAGCAAACTGGAAAAGAAAAAGAAAACCTGAAAG 
s mm7.chr11     12746560 126 - 122091587 CGCTCCAGCCCAAGCCCTGTCATTCTGCGGCAGCTGGAAGAAGAAGAGAAAGCTCGA---GAAGCAGCCAACACCGTGGACATCACCCAGGTCATGAGCAAGCTGGACCGCAGGAGCCAACTCAAAAAG 

a score=5506
s danRer3.chr12 15576114 431 +  37038836 CCCACAGCTCTGCCGGTTCACAGCACCTGTGCCTCATCTGGCCGTATATACAGGCTTTTGTGAAGCAC---------------------------------------------AGTCCACTACCTCCCCAGGCC---TCATGACGCTGCCCAACAGTGCTGCCTGTCCTTCGCCCATCAGTGTGGCCATCGA--------CAGCACTCCAGCCTCAGAGCGGAG-------GTTTGACGGTAACGGAGGGCCTTCGTCCTCACATTTCCCTTCCATTGCAGAGGCACCTGTGTCTGAAGAAGAGAACCAGCC---GCCTGCACCCAAGTCTCGCATGGCTCTGTCTCTGAGCAGACTCCTCCGCAGAGGATGCAATGCTCCGTCTGTCTTTGCCAGTCTGTCCCCGAAATGTGGTGTAGCTTCAGGGGGAGGCAAAGTACAGCCCCTCGGAG---TGG---AGCCACTTACACAACCACAGCCCAGGAGAATTGCAAAGTTAG 
s mm7.chr11     12754935 491 - 122091587 CCCACAGCCAGGTCAGCACTTGGCTCCCAGTCCTCACCTGGCCGTGTATACAGGGACCTGCGTGCCTCCCTCTCCCTCCAGTCCCTTCTCACCATCCTGCCGCTCCCCCAGGAAGCCCTTTGCTTCCCCGAGTCGCTTCATCCGGCGGCCCAGCATTGCCATCTGCCCCTCGCCCAGCCGAGTGGCTTTGGAGGGTTCTTCGGGACTGGAGCCCAAGGGGGAAGCCAGCTGGTCTGGCGCCAACTCTGGGCCCTCAG---------TCACTGAGAACAGAGAGCCCTCTGCAGACCACTCAAGACCCCAGCCCAGGGCCCCTCCCAAGGCCCGTGCAGCTCTGTCCCTTGGCAGGTTCCTGAGACGGGGCTGTTTGGCATCACCAGTTTTTGCCAGGCTCTCACCCAAGTGCCCCTCTGTGTCACACGGG---AAGGTGCAGCCTCTGGGGGACATGGGCCAACAGCTGCCCAGGCTGAAACCCAAGAAAGTAGCCAAGTAAG 

a score=2877
s danRer3.chr12 15579346 141 +  37038836 AGCTTTTTTCAAATCAAAGTTGACATCCCACCTGAATGCCGCATCTACCCCATCGATTCCGAAGA-CGAGGAGGACGACAGTCC-----CAATACAGCAAGAGGAGGTGTGAAAGAAATCATTTGCCCATGGGAAACTGTCACGAAA 
s mm7.chr11     12756768 138 - 122091587 AGCTTTTTCCAGATCAAAATGGAAATGCCTACAGACAGTGGGACCTGCCTGATGGACTCGGATGACCCCAGAGCAGGAGAGTCTGGTGACCAGACCACAGAA---------AAAGAAGTCATCTGCCCCTGGGAGAGCCTGGCGGAA 

a score=19319
s danRer3.chr12  15702442 1046 +  37038836 GTGCTACTCTTCAGTACTTCTAATTACAATGACATTAAAAAGGAAGAATAAAAAGGTGGATGTGCTCATCCTCATCAATCTAATACTTCTGGTCAATGTTCTGAGGTTGTATTTTTGTCTTGCTCGGACACAGTAATTTGCTGAAGGCTCTTTTGAAGCTGCTGTGACACAGGGGATACAGGATTGGGTTGATGGACGAGTTGATCCACAGCAGCCAGAATGAGATCTCATAAAGGTAATGTTGGACACACTGACCATGACACGCAGCCCTAATGATCATCAACAGTGTGTAGGGCGCCCAACAGAGTCCAAACACACAAACTATCACCGCCAGAGACTTGGCCACCTTTTTATCTCTAGAAAGGCGGAAACGGTTGGCTAGACT---GGCCACCATGTCCGGACGGTGTCTGTGTGGTCCAGCTGAATGATCCACGTAATGAAACTGAGCCTCGC-----------TGGCCGCCAGAATCCGCTCTTCCACCTGCAGAGGAGGCAAGTCTGCGAGAGTGCTGTCTCTTCGTTTGGACTGTCTGCCATTGCCGAACTCTGCGGCGGACACTTTAGCGGTTGAAGCCAATCGGCAGCACCGTGACCT-------CGAGGCCAAGTCTGCGACCCTGC-TTTCCTCCACAGGCCTCACGAAAAACACTCGCTGGACATCGCCAGCACCAAGAGGCTTCATCTTGAAGCTCC------TGAGCCGAACGTAAGTGGGCTGTTCCTCCCTCATGGCGCACCTGTTGC-------------------GGATGTTGATGTAAATGCTGAGGTTGAAGTAAGTGACGCTTATGAACGGCGTGAAGAACTCCACAGTGGAGGCAGTCATCAGAAAATACCAGTTGAAGTAAAATTCGGCATAGCACTCTCCGTCTGGCACTACGCTTCCTCCTGTGATGTGTTCCCAGCTGATAATAGCGGGGCCATAAAGGAGGAACGCAGCCAGCCACACGCACAGCATCTTCAGAACAGCGTCCTTGGTGATCCCCTTCTGACAGCGGTAGCTCACCTGCAA-----TGCACACATTTGTAGCTGAATTCTTAGGCGGATTACACTTGAGGAT 
s mm7.chr2      180601352 1030 + 182548267 GGGCTCCCCCTCAGAAC----AGGTACAAGGGCCTGGCCGTAGAAGGGT-----GGGGCAGCTGCTCACTTCCAGCACT-----GCTCCAGG---GAGCCATGGGGCTGGACCTTGAGCTTCTGGGGGCAGAGGAGCTTGGTGAAGGCTCTACGGAAGCTGTAGTGGCACAGTGGGTAGAGGACGGGGTTGACGGCCGAGTTGGCCCACAGAAGCCAGAAGGACGTCTCGTACCAGTAGTCGGGGACGCAGTGGCCATGGCAAGCAGCCCGGATGATCATGAGGAGTGTGTACGGGGCCCAGCAGAGCCCAAAGATGCTCACGATGATAGCCAGCGACTTGGCTACCTTCTTGTCCCGCGACAGCCGAAAGCGCTGGGTGATGCTTTGGGATACCATCTTCATGCGCT-TCTCCAAGGAC--GCTGAAGACGC----TGATGGCTTGGAGCCCCTTTTGAGTGAGCGTGGCCTCTCAGTGCCCCTTGAGGAGCTGCCGGAGCTGGAGGTAGGCGAGGCAGCAGCGCCTCC------ACCG-CTGCCACCCCCGAGGCCAGCCTC--------------------CCCAGTCTCAACACCAGGGCCTGCCTCACCCACCCCATACCTGTGCAATGGCATGGCCTCCCCGTGCCCC----------TTTGGCCAGCAGCCCCAGCAGCTGGGGG---GAGCTGGAGGTGGCGAGGGTTGGGCATCAGGTGGGGGTTCTGGACCAGCCTCTCGGCCCCCATCCAGCCGAAGACGAGTGCGCCTCTGGATGTTCAGGTAGATGCTGAGGTTGAAGAAGGTAACGCTGAGGAAGGGTGTGAAGAACTCGAGGGTGGAGGCCGTGATGAGAAAGTACCAGTTGTAGAAGAACTCAGCATAGCAGTGGCCCTCGGGGATGGAGCTGCCACCGGACAGGTACTCCCAACTCAGGATGGCAGGCCCATACAGCAGGAAGGCCAGCACCCACACCAGTGCCATCTTCCGAACAGCCCGTCTTGTGTCCCCCTGCTGGGCCCGGTAGGAGACCTGCAGTGGTTTGTACAGATCAACAACAGG----TCAGCAGCATTGGACTGGAGGAT 

a score=8552
s danRer3.chr12  15705046 179 +  37038836 CAGGACTCACCGCTTTCGTGACGGACTGAAACCTGTCGAAACTGATGAGCACGATGTTGAAGACTGACGCGGTGCACAACATATAATCCACCACCAGCCACAGTTTGCACAGCCCTCTGCCCAGTCTCCACTCACCCGTCAGGACGTACGGAATATACACGGGGATGCAAAACCCGCCT 
s mm7.chr2      180603631 179 + 182548267 CAGAACTCACAGCTCGAGTGACTGACAGGAATCGGTCATAGCTGATCAGCACGATGTTGAAGACTGAGGAGGCACACAGTAGGTAGTCTACCACCAGCCACAGCTTGCAGAGGCCCCGGCCAAAGGTCCAACGGCCGGTCAGCACATAGGGTACATACAATGGGATGCAGAAGGCACCT 

a score=5813
s danRer3.chr12  15705304 197 +  37038836 TCACCGACAAGAAAGTCTGCTATAGCCAAATTCAAAAAGAAAAAGTTGCCTTGTGTGCGTAAACTTTTCTCCACCACAAAGGCTAAAATGACTAGCGCGTTCCCAAGGACGGTGGCGAACACCAGCAGTGTCATGAGCACCGTCAGGAATATGG---AGGTGGATGGAGAAAAC---TGGCCGTACTGCGCGCGCCGGTTCTC 
s mm7.chr2      180604810 202 + 182548267 TTACCCACGAGGAAGTCGGAGATGGCGAGGTTGAGCAGAAAGAAGTTGTTCTGGGTGCGGAGGCTCGAATCCGCCACGAAGGCGAGCATGACCAGCGCGTTGCCCAGCACTGTGGCCACGATGAGCAGCGCCATGAGCGCAGCCAGGACAGCGGTCCAGGCAGCC-GAGAAGCCGCGCGCCCCGCCTGCAGCCGCCGCCTCTC 

a score=4293
s danRer3.chr12 15732291 372 +  37038836 CCAGTGTAAAGCTATAAACATGTCTATTCAATGTAAATTACAGATTGTTATATTTTAAGTTTGATGCCTTCTTATATTCAAATTC-------AGGTTTTTGTGTTG-----TTACTTGTTGAGAATTATTGATTCT--TCATTTTAG---GTTTGTTCTTGAGT---TATTGGTTTGACCATTTTTATGTTTTTTTTTTTGTAGAACACAAGGTGATTATTGTGGGATTGGACAACGCTGGGAAAACAACTATACTTTATCAGTTGTAAGTAAAGTAATAT-TTTATTTACTTTAGGGATTGTTTGTTTAAAAACATTTTAAAATTACTGACATTGAACAAGTTTTATTATACTTTCAATTGCTT------TTCACTCttaattatttttctaaaaaaa 
s mm7.chr2      15017356 395 + 182548267 CCAATCTAAACAAGTTTACAGGAGGACTTCATAGAAAACACTGGATGGTTTAACTCAAGGCAAGT-CCTTACTACATAAAGATTCTCTCATAAAACTTCAGTGGTGGGTGCTTAGGCGATGAGTCTCGTGTATAATGATCACTGTGGAACGTCTGTGCTGTAGTGTGCAATAGTGTAACTGTTCATGACTCTTTTTTCCCGTAGAGCACAAAGTAATCATTGTGGGACTGGATAACGCGGGGAAAACCACCATTCTGTATCAGTTGTAAGTATCTGGGCCTGCTTACTGGCTCTTGAAAAC-TTGGCTTTTATAAGTTATAAGATGCC--ACACTTCCCAATTTTAATAATGCGGTGGTTAGACTTAAACATGCAGCTTTTTCTATATTTCCAAATAAA 

a score=645
s danRer3.chr12  15733967  83 +  37038836 AATAGTCAAGACACATC-----TATGGGCTTTTTT---TATTAAGCTGAATAAT-GTGC-AGCACAACAACA----CAATAT------ATTTAAATATTGTGT 
s mm7.chr2      130124568 103 - 182548267 AATATTCTAAAACCATTATTTATTTGAGCTCTTTTATATCTTTAGCTGAATCATTGTGTGAGCGCAAAAACAAGGGCAATTGGGTCTGAGTTAGAAGCCATGT 

a score=9153
s danRer3.chr12 15734050 236 +  37038836 GCACAGATATGTAAACAAGGTTTTTGTGTGGTAATTAATCAAAATCACTGCAGAATGTTTTATCTGAAGCTGTTTTGTTGTGCAGTTTAATGAATGAGGTGGTGCACACATCTCCTACGATTGGCAGCAATGTGGAAGAAATAGTGGTGAAGAAAACCCACTTCCTGATGTGGGATATTGGTGGTCAAGAGAGTCTCCGCTCTTCCTGGAACACATACTACTCCAACACTGAGGTA 
s mm7.chr2      15019165 226 + 182548267 GTAAAAACATAGCGATAAAGTATTCTTGGGGTTCTTAA---GATTTACAAAAGAGTTTTCAAT-----GATGTCTT--TCAACAGCTTAATGAATGAAGTAGTTCATACTTCTCCAACCATAGGAAGCAATGTTGAAGAAATCGTTGTGAAGAACACTCATTTCCTTATGTGGGATATCGGTGGTCAAGAATCTCTGAGGTCATCCTGGAACACCTATTACTCAAACACAGAGGTA 

a score=60
s danRer3.chr12  15734286 10 +  37038836 AAAGCACTGA 
s mm7.chr2      130124896 10 - 182548267 ACATTCCTAA 

a score=30
s danRer3.chr12  15735795 114 +  37038836 ATCATAGATACGTCAAGGGCATGAGC-------ACAGAGCAACAAACAACTCTGTGGTCTTGCTAAAGTTAGAAACCATCTCTGAATGCTAGTGCAGTAGTA--------GTATGCAGCCTGTAA----TCTG 
s mm7.chr2      130128622 133 - 182548267 ATTAGAAATGAGTCAGGTCCTTAAGCTTTATAGAAAGTATGATAAGCATTTCTGGTTCCCAATATACAGTAGATTTTATGTCTTAATAATAGTGTCATATAATTAAATACATAAGTAACTTATGAATTTTCAG 

a score=4710
s danRer3.chr12 15735909 202 +  37038836 ATGATAATTCTTTGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTCTCTGGCAGTTCATCATACTGGTAGTGGACAGTACGGACAGAGAGAGACTAGCCATTTCAAAAGAAGAGCTTTACAGAATGCTTGCGCACGAGGTAATGCTTTACATTTACACCACATGCATACAGTTTTGAAATATAAATATGAAACATATCTACAAACCCAT 
s mm7.chr2      15022503 182 + 182548267 ATGCTACTAATTTCTCCCTGTATTTTAATAT-TGCTTTCT-----AGTTCATCATTCTTGTTGTGGATAGCATTGACAGGGAACGCCTGGCTATTACGAAAGAAGAATTATACAGAATGTTGGCCCATGAGGTAAAGTTTGAAA--------------GTAAATCTTTAAAACGTGATGGAGTAAGTTATCTGTGAATTGAT 

a score=10959
s danRer3.chr12 15736166 166 +  37038836 CAGGATTTGCGCAAAGCTGCAGTGTTGATCTTTGCTAATAAGCAGGACATGAAAGGATGTATGTCAGCAGCAGAGATTTCCAAATACCTGACACTCAGCTCCATCAAGGATCATCCATGGCACATCCAGTCCTGCTGTGCGCTCACTGGAGAAGGGTAAGATCTGC 
s mm7.chr2      15024379 166 + 182548267 CAGGATTTAAGGAAAGCTGCAGTCCTTATCTTTGCAAATAAACAGGATATGAAAGGGTGCATGACAGCAGCTGAAATCTCCAAATACCTCACCCTAAGTTCAATCAAGGACCACCCGTGGCACATCCAGTCGTGCTGTGCGCTCACAGGAGAAGGGTAGGTGCTGC 

a score=3306
s danRer3.chr12 15738397 74 +  37038836 TTCAGGCTGTGTCAAGGTTTAGAATGGATGACCTCGAGGGCTGGACTCAGATAGCCTCTGCTTTTCTGGCTAGA 
s mm7.chr2      15025671 67 + 182548267 TTTAGGTTGTGCCAAGGTCTAGAGTGGATGACCTCCAGGATTGGTGTGAGATAA-------TTTTTTTGCTTGA 

a score=1505
s danRer3.chr12 15740583 295 +  37038836 TAATTCTTATAGTTTTATAATAAAAGCTTTTATTTTGA----AATCAGATTCGTCGT---------CTTGTT-----TTATTATTTTTAATGAAGGTTTATTTACTATAAAGCACTGCATACATTTTGTACATCTATGTGTTCCACAATAGGAATATGAATGTACGAGGCAAGATTGTTTATGACTTGT-GTGAATTTTGTTAAACCTTTTATTACTTATTTCT----ATTTCT-------ATGTAAAGGGGGAGTAAAAAGAACATGTTGGATTAGTCTAGTGCTTCCATTTGGAAATTGTCCAAACTTTAACTTTCTTTTATA 
s mm7.chr2      15027285 282 + 182548267 TAGTTCTTA-GGTTTTTTTTCAGTATTTTTCATTTAGATCAAAATAAGCTTCAGTGTTCATAAATACCTGCTCAAAATTGGTATTTTAATTTCAGGGTTTTTGTATGTAAGATGC--CTTAAATTTTACTCTCTTTTGGGTTGTAC----------------------------TCATTTGTTATATTTAGTTAATTTAGTTGAATTTGATACTACTTTTTTTTTAGTGTTTGTCCCCTTGATCTGAGAAAGTAGTTAGAGGGAAATTTT-------TCTGA-----ACTTTTGGGAATTGTTTAAACTTTGAATCTTTTTCTTA 

a score=3294
s danRer3.chr12 15782819 448 +  37038836 CTCAAATCTACCGCTTTAAATCATCAGTA-----GTTATGTGGTTGTCTTATCCCTACACACACTCGC---CAATCATCATCAGTTATGTGGTTG-----TCCCACCCCTACACACACACACTTGCCGATCCTAATAAGTTATGTGGTTGTCCCACCCCTATACACACAAACACACACTCACTGAGCTTCATCAGTTATGTGGTTACCCCACCCCTTCACACACAC-TTTCCAATCATCATAAATTATG-----TGGTTGTCCCACCCCTACACACACTC--ACCGATCATCCGTTATGTGGCTGTTACTCGCAAATTGTTAATTGTTACTCGCCATAAGTTATGTGGTTGTCCAACCCCTACACATACTCACCAATCATCATCAGTTCTGTGGTTGTTACTCGCCAATTGTTACTCGCCAA--------TTGTCATCAGTTATGTGGTTGTCCCGCCCCTACATACACAAACTCGC 
s mm7.chr9      20615407 450 - 123828236 CTCCACCCTACCCCAAATGGTTACCATTAAAGGTGTCACCTGTGCTTCTCACCCCTCcacacacacacacacacacacaGCCTGTCCTCTGACCTCTGCTTCTCACCCCTCCACACACACACACACACAGCCTGTCCTCTGACCTCTGCTTCTCACCCCTCCACACACACACACATACACACAGCCTGTCCTCTGACCTCTGCTT--CTCACCCCTCCACACACACACATACACACAGCCTGTCCTCTGACCTCTGCTTCTCACCCCTCCACACACACACATACACACAGCCTGTCCTCTGACCTCTGCTT-----------ATCACCCCTCcacaca--------------cacacacacacacacacacacaGCCTGTCCTCTGACCTCTGCTTCTCACCCCTCcacacacacacacacacacacaGCCTGTCCTCTGACCTCTGCTTCTCACCCCTCcacacacacacacacac 

a score=5843
s danRer3.chr12 16010360 248 +  37038836 AAAGCTTTGAGTTAATTTTCAA---TTATTACAG--TACCTCTTATAGTTAGTCGCAGGTCAGCGTTGTCTGGTCTGAGGGAGGTTCTAAACTCAGCTCTGCTTGTGAACATACGATATGGCTCTGTTACTCCATGACAAACCAGATCATCAATTAAAACTCCGATGTAGCTTTGTGTGCGTGACAAGGACAATGGAGACATGGAGAGAGATGTTCGACCTGCATTGACCCCAGCCCACAAGCCCTTAAAAGA 
s mm7.chr9      45291399 252 - 123828236 AAAGCAGTGAAATACATTACAAGACTCATTAAAAGTTACCTCGGAACGTGAGCCGGGTGTCAGCATTATCGGGGCGCAGTGACAATCGGAACTCTACTCTGCTAGTGAACATTCGGTATGGCTCACTGGTGCCCAGGGTAGTGAGGTCATCAATCAAGACTCCTATGTAGCCTTCTGTGCGACTCACAACAAAGGGTGGCTTTCGACTGACTCGTAGACTGGCATTGATTCCAG-CTATCACCCCCTAGAAGA 

a score=2224
s danRer3.chr12 16012247 651 +  37038836 ctagctgaaataaaacaagtaagactttttctatatgaaaaaaaaaataataggaaatactgtgaaa------aattacttgctctgtaaagcataattaaggaaatatttggaa-acaacattggaataattttgacttcaactgtatGTAGATGGCAAATACTT-TAACTTTCAAACACCATTTA--CTTAGACACAATT-TACATAGAATTTGTAAAATTTACTTAAAATCACTCTTTGAAAATGTGACTTATAATACGTACTCTTCTTTAATACTTTTAGTAGGGCTACTTTATACATATACTTTGAGTAGTATTTAGAAGAGATACTTTGTCATACT--TGTACTACATTTTTGGCAAGTAATTGTTCTTTTATTTCTGAATCAACTGGTACATAAGTC---GATAGTTTTG-GCAATCCTGTTTGTGGTAATGTAGAATTACAGGCTGAATTAAATATATGTCAAATACATTACCATCAATGAGAATGTTGTCTATATGGTGTACCTGGGCAGCTGCCTCCTCATAGCCAGTGGTCCCATTTATTTGCCCAGCCAAGAATAGACCCTGAGTGTTCTTTAACTGTAGCCATGGGAAAAGTTGTGTTGGACAG------ACAAAGTCATATTGTACTCCATAACCT----AAAGTAAAACATTACAAGACATGT 
s mm7.chr9      45293956 607 - 123828236 ctatctgaaaaaaaacaaacaaaaccaaaacca----aaaaaaaaaaccaaaaccaaaaccctaaaaccaaccaaccaatcaaacaaaaaaccaaaataaAAGATGagtttgggctactatatagcaagaccct--atttcaaa-------acaaaacaAGTATATACAACTATCT----CCACTTAGCCTGAAATACTGTTGTATCTAAGATCTGTATAGTTAACACAATAG-ACAATTAAGAAATG--------AACAC-TAATTTTCTTTG------TTTATAG---TACCATATGAATCTGAATCAACTCTTAGCTGGAA------CTGGGTgggcctgatggcttacacc-----------attaatcttagcacttgggaggcagaggcaggtagatctctgagagtttcaagtgggcctagtttacatagtg-agcttcatagccaagactgcataga-----gagacctgatcttaaacaaaacaa------aCAAATCTCACCTGAGCTGCAGCTTCCTCATAGCCAGTGGTTCCATTTATCTGTCCAGCAAAGAACAGCCGCTGAA------CCAAGTGTGTCTCGAGGGAAGGACTGATCTGACGGGGGTCTAAATAATCATACTGCACACCATAGCCTGACCAAAGAACAAGAGCACACGGTAAGT 

a score=6543
s danRer3.chr12 16052572 218 +  37038836 TACCTGGAGTTTGAATTTTGGCATGCTGCAGCCCAGGGATCTCCCTGATGAGTCGGAGCTGCATCTCCAGTGGCATAGTCATAGACAAACCCTGAGGGTACATGAGAGAGGAGGTCAAACCCTCTGGTTCCAGCCATACTTGATGCTGTCGCCCTGGAAACCGCAGCACCTTTGACTCAATGGAGGGGCAGTACCTAGGGGAAAATATGTAAGACTCA 
s mm7.chr9      45294840 218 - 123828236 TACCTGGGTGAACCATTTTGGCTTTCTCCAAGCCTCTGATGCATGTTATCATTTTCTCCTGTAACTCAGCTGGCAGTGTAACAGATAACCCTTGCGGGTAGATGAGGTCGGAATCCATTCCTTCAGGCTCCAACCAAACCTGATGCAGACGATTTGGAAAACGTAAAACCTTTGATTCAATAGAGGGACAGTATCTAGAACAAGACATTAAAACTTCA 

a score=3541
s danRer3.chr12 16053102 136 +  37038836 TACCTGGGTCCTTTAATGTCTTGCTGTATGTGTGAGTTGAGATGGCTGCTCTCTTTCACCACTTTTTCTACACCAGGAGTGGTGTATGTCAAAAAACATGGAAGTTGCTCTTTAGGCTACACAGAAAACCAACAAA 
s mm7.chr9      45295124 135 - 123828236 TACCGGGGCCCTTTTGTAGTTTCCTGAACGTGGCTATTCAGGTGAAGGTTCTCAAGGACAATCGCATCCACTCGGGGGTTGGTGTGAGTCAAGTAACATGGCAGTTGGTCTTCCGGCTAGA-AGACAGCAAGCAGA 

a score=4436
s danRer3.chr12 16053801 312 +  37038836 AAATTTCATACCGTGCAGTGTGTGTGTTTGTTAATGAAGCTGAATGGAGTAGGACTTGAGTCAGGCAAACAAACAGAGGTGAGGGAGAAGTCAATTGAATCCTTGACAATACGGGGAGGAGTACCAGTCCTTAGCCTACCAATCTTCAACCCCAAAACGTTTTTTAAGTTATGAGAAAGACCCGCACAGGAAGGTGGATCCCCCATTCGGCCCCCTGGAGTAGTGTTCTGGCCCATGAAGAGAGCACCTGACAGGAAGGTGCCAGTGGTCAGAACCACAGAGCTGGAATGGATTTCACCACCTCCATTAGCT 
s mm7.chr9      45299388 303 - 123828236 AACTGTCTTACCTTGATCCACACGCTGTCACTGAGAAAGCTGAATGGTATGGATGGATCATCTGGTGTGTGCTTGTTTAGAATGGAGAAATTAATGGACTCTTTAGCGAGTCGGGGTGGAGTTCCAGTCTTTAGTCTTCCTACCATAAATCCCAAC---TTCTCCAGAGTCTGAGCCAACCCTAT---GGAGGGCTGATCCCCCAAACGTCCTGCAGGATGCATCTCCAATCCAATTATGATCATCCCTCTCAGAAATGTCCCAGTAGTCAGAATTACACTCTCTGCATAAATTG---TACTTCCATCTGCT 

a score=1744
s danRer3.chr12 16054150 180 +  37038836 CTGTTATTAGGCAGTATT-TTAAGTACATGATATACCTCACCCAGGCATATTCCATAAACTTTATGTTTTCCTGGTTTCCCTGGATCAGCCTCAGTCAACAGAAGGTCCTGAACAGAACCCTCTAGGATGGTCACTAAGGGTGTAGATAAAAGCTCTGACTGAAAGACAAGAAATCAAGCT 
s mm7.chr9      45302587 170 - 123828236 CTGGTATTAG-CATTATTAGCCAGTACAT----------ACCCAGGACAACACCTCTGACCCTGGACTTCCCAGGGTACCCAGGCTCTGGTTCTGCAAGAACTAGATCTTCTACAGCTCCCTTCTGAACAGTGAGTAGGGGCGTGCTCAGGATTTCTTTCTGTCAACAGAGAATGCCAGTT 

a score=2744
s danRer3.chr12 16061515 95 +  37038836 ACCTGCATAAAGTCTTTATATCGCTGACGGTCCAGTTGGGCTCTGAGGCCCCAGACTGCTGGTCCCTTGCTGCGGTTGAGAATGGAAAAATGAAT 
s mm7.chr9      45302832 95 - 123828236 ACCTGCATGTTCTGTTTATAAAGTTTCCGGTCAATCTGTGCTCTCAGTCCCCACACAGCAGGGCCCTTACGCCGGTTTAGCACTTTGTAATGTAT 

a score=263
s danRer3.chr12 16062975 245 +  37038836 CTCAAAACTGTCACTTTTACAAAACAAAAACAGAACTGTATGCATTTAATTTCTCTGAAATGTGAAACATTAAAACATAAAAACACTCAAACCTGATGTTATAAATTAGACAAGGGTGATGTTCAGTTCTTAATTTACTTTTTCATCAGATCTCCCTGCGTCTCATTTCCT-------------TTCCAACATCCGAATACCAATGAAATACACTTGGAGAAGG--------CATGAGTGAACCAAG----ATATGCAAATTACACACAA 
s mm7.chr6      33375250 269 - 149646834 CTCACAGCTGTGACTGCCACAGAACAGTAACTAGTTTGTCTCCTCTTACACTCACCAGTAAGACAACAGTCAGTAGTTGCTACTTCAAAGCTCTGCTCTTTGCACTAAGACACGGAACGAGTCAACCCACTGCCCTTCTCGTCTGCAGCACCTCCCTGCTTGCCATTCCTTAATGATATGCCAGCTCTCACATCCCCACACC-CTGGGTTCCTCTGTTTGAAGACTTATCTTCGTGTTTACAGCAAGGCCCAGATGCAAATGTCACCCAA 

a score=10170
s danRer3.chr12 16064199 763 +  37038836 CCCCTTGTAGC-TCCTCCCCTTCATCATCAGCCCCTCCCTTTATCATCAGCTCCTACCCTTCTTCATCAATCAGCTCCTCCCCTTCATCATTAACTCCTCCTCTACACCAACAGCTCCTCCCTTTAACCACCAGCTCCTCCCCTTAATCAGCCCCTCCCCTACATCATCAGCTCCTTCCCTTAATACTCAGctactcctcttcatcatcagctccacctcttcatcaactgctcctccccttcaccaccagctcctccccttaatcagcagctcctcct-------------cttcatcatcagctcctcctctttatcatcagctcctccccttcatcatcagctcctttccatcagtagctcctcctcttcatcattagctcctcctcttcatcAACAGCTTCTCTCCTTAATCAACAGCTCCTCCCCTTAATCATTAGCTCCTCCTCTTCATCATCAGCTCCTCCCCTTAATCATCAGCTCCTCCTCTTCATCATCAGCTCCTCCCCTTAATCATCAGCACCTCCTCTTCATAATCAGCACCTCCCCCTTTAGGGATCAGctcctcctcttcatcaacagcttctactctttatcatcagctcctccccttcatcatcagctcctccccttaatcattagctcctccccttcaccatcagctcctccccttaatcatcagctcctcctcttcatcatcagctcctccccttaatcatcagctcctcctcttcatcatcagctcctccccttACAAGATTCAGCCT--TACAGTGGC 
s mm7.chr9      42133411 732 + 123828236 CCTCCTATAACAGTCTCCCCTCCTACAACAGCCTCCCCTCCTACAACAGCCTCC--CCCTCCTATAACAG------CCTCCCCCTCCTACAACAGCCTACCCCTCCTACAACAGCCTACCCCTCCTACAACAGTCTCCCCTCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTATAA-CAGCCTCTCTTCCTAAAA--CAGC--CTCCCTTCCTACAACAGCCTCCCCTCCTA--CAACAGTCTCCCCCCTACAACAGCCTACCCCTCCTATAACAGCCTACCCCTCCTACAACAGCCTACCCTCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTATAACAGCCTACCCTCCTACAACAGCCTCTCCCTCCTAAAACGGCCTCCCCCTCCT-ACAATGGCCTCCCCCTCCTA--CAATGGCCTCCCCCTCCTACAACGGCCTCCCCCTCCTA--CAACAG--CCTCCCCTCCTACAACAGCCTCTCTTCCTA--CAACAG--CCTCCCTTTATACAACAGCCTCCCCTCCTA--CAACAG--CCTCCCCCTCCTA--CAACAGCCTCCCCCTCCTACAACAG--cctaccctcctacaacagc--ctaccctcctacaacag--cctaccctcctacaacagcctaccctccta--caacag--cctaccctcctacaacagcctaccccctacaaca-----gcctaccctcctacaacagcctccccctcctataacagcctaccctCCTACAACAGCCTCTCCCTCCTAAAACGGCCTCCCCCTCCTACAATGGC 

a score=1652
s danRer3.chr12 16075222 64 +  37038836 ATTTGGTTTTATGTTCTCGCTTTCAGATTTTGGCGTTCAATAAAATGCAAAGCAGAATTTGCAT 
s mm7.chr8      35921044 64 + 127874053 ATTTTATTTTGCTCTTACATTTTTAGAATTTTGGACTTAACTAAAATAAAGGCAGAATACCCAT 

a score=21
s danRer3.chr12 16075319 140 +  37038836 TTAtgagcaatacagtctcgatattgttcaccgctgcttttaa---tttccggtctgaaatcacatgcaagacttctaaacaacat---taGATTATAAACAACTTATCCTTTCCTCCTGTTTTGCT--CTGAAGTGTGTAATGTAAA 
s mm7.chr8      35921576 136 + 127874053 ttacaagggacatagctggggcgtaaattatagtagctcttaaacctgtccaatctaggcttaca------gcttagaaataAAATACCTAGATTA------GCTCTTCATGTGCTCCCAACCTCCTAGCTGCAACCCTTGCCATAGC 

a score=4864
s danRer3.chr12 16075459  98 +  37038836 GTTCCTTCTTTATTCTCTCT---------CAGACTATGGCTGTTCCTCCCACATATGTGGATCTGGGCAAATCTGCCAGAGACATCTTCACCAAAGGATATGGTAAG 
s mm7.chr11     52331023 107 + 122091587 GTTCATTCTTTCTCGTGCTTTTGTTGTGGCAGAACATGGCCGTGCCTCCCACATACGCCGATCTTGGCAAGTCCGCCAGGGATGTCTTCACCAAGGGCTACGGTGAG 

a score=3060
s danRer3.chr12 16077468 331 +  37038836 CTGATGTTGGTCTCTCTGTCATGTGCAGGATTCGGTCTCATTAAACTGGACTTGAAAACGAGGTCAGAGAATGGACTGGTGAGTAGCCGCTGGATTTCCTCCCCTCATCATGAACACAGTCAGCTACACTGCCTCTCTGCTCAGCTTAATAGGACAGTTCACACAAGAAATTAACATTTCATCATTTATTCACGCTCAAGTGGTTCTGAACCTAAAggactgtcctgctttaatgattgcagcagacttttttttatgaaat--------------------gaact-------ctcttaaggacatttttagcaaattttttatcatgtattaacactaaaaatcctatttaattta 
s mm7.chr11     52331646 300 + 122091587 CTGATTTTGGCTGTTTTTCCTTCTTTAGGCTTTGGCTTAATAAAACTTGATTTGAAAACGAAGTCAGAGAATGGATTGGTAAGT-------------------CTCTCCACTTGCACGGGACGTTATATTGTCCCT-------------------------TACCAGGAGTGGGTACTGTG------------GCCCGGGTGG--CAGAGCCAAAAACAGTTGCCTGCTTGGATTGTGGCTGTTAGTGCTTGTCATCGAAGCGCTGTTCCATAGGTGGTCTGGGACTATAGTAGCTTTTAATGCTTTTTTTACCAGTTATTTTATGTTGTTTGAAATCAAAACTTCTGGCCTAATGTA 

a score=717
s danRer3.chr12  16077799 132 +  37038836 tgtattcctttgtttgtttattttttaaattgtattgaaatgttc-ctgccatgaaaatagccttaatagctgacatggcattaaataaaaattaattacatCTAAAAGTTAAttttttctgttga---acacaaa 
s mm7.chr8      106501448 118 - 127874053 TATAAACTTTCATGAATGTGT------ATGAGTACTGAAACCTTTACTTTCATTATAATGGTCTATACAA----------GttttataaaaataaattaattttaatatCT--TTTTCACTATTGATTTATACAAA 

a score=276
s danRer3.chr12  16079494 88 +  37038836 gcaGCAGAAAGTGTATATATATAGTATAGCgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTGCACTCATGTTTCTGATTGAGATCA 
s mm7.chr8      106504914 65 - 127874053 GAAGCAGAAGGTATGTTGTTGAAGGATAGAGTTGGTTTCTGTTTGG----------------TGAAGTCatttt-------aaaataa 

a score=9593
s danRer3.chr12 16079582 182 +  37038836 TCTGCTCCTTTATTTTACTGCAGGAGTTCAAGAGCTCCGGCTCGGCCAACACAGAGACCAGTAAAGTAGCAGGAACTCTGGAGACCAAGTACAAGTGGGCTGAACACGGCCTGACCTTCACTGAGAAGTGGAACACGGACAACACTCTGGGCACAGAGATCACCCTGGAGGACCAGGTCAGA 
s mm7.chr11     52333124 182 + 122091587 TCTCTATCTCTCTCTCCTTTAAGGAATTTACCAGCTCAGGCTCTGCCAACACGGAAACCACCAAAGTGAACGGCAGCCTGGAAACCAAGTACAGATGGACTGAGTATGGGCTGACGTTTACAGAGAAGTGGAACACAGACAACACCCTGGGCACTGAGATCACTGTGGAAGACCAGGTAAGA 

a score=3091
s danRer3.chr12 16080363 83 +  37038836 CACCGTTATCTGCTTTATCTTTCAGCTGACCAAAGGGCTGAAGCTTACATTCGACTCCTCCTTTTCTCCAAACACTGGGTACG 
s mm7.chr11     52333384 78 + 122091587 CACCTTTCTCTTATTTG-----CAGCTTGCTCGTGGACTGAAGCTCACCTTTGATTCGTCATTCTCGCCGAACACTGGGTAAG 

a score=292
s danRer3.chr12 16080500  91 +  37038836 TGATTAATTCAGCAGTCTTCAAC--TGTATTTATTA------AATTCACTTAA---TGTGTTAATATTGAGCATGCA------------------TGTCCTCTGACGCTCATGCTGGTGT 
s mm7.chr14     19496933 119 + 119226840 TAATTTATTTGGCTGTTTTTAACCCTGTAATTGTCACAGTGCAGTTTGTTTAAATCTGT-TTCATGCCAACCATGCAGTTATATGTATAAATCTTTGTCACCTGTTTCAAATAAGTGTCT 

a score=11349
s danRer3.chr12 16080591 257 +  37038836 CCCGCAGTAAGAAGAGTGGTAAGATCAAGAGCAGTTACCAGCGCGAGCACATTAACCTGGGCTGTGACGTGGACTACGACATCAACGGGACGGCGGTGCACGGAGCGCTGGTGCTGGGCCTGGACGGATGGCTCGCCGGGTACCAGATGACCTTCGAGGCCGGCAGGAACCGCATCACACAGAGCAACTTCGCTGTGGGATACAAGACCGACGAGTTCCAGCTCCACACCAATGTGTACGTATGAGGGACGGGCCAT 
s mm7.chr11     52340599 257 + 122091587 CCTTTAGGAAAAAAAATGCTAAAATCAAGACAGGGTACAAGAGGGAGCACATCAACCTCGGCTGTGACGTGGACTTTGACATCGCTGGGCCCTCGATCCGGGGCGCTCTGGTGCTTGGCTATGAGGGTTGGCTGGCTGGCTACCAGATGAATTTTGAGACCTCGAAGTCCCGAGTGACCCAGAGCAACTTCGCAGTTGGCTATAAGACGGATGAATTCCAGCTTCATACTAATGTGTAAGTGTATGTGGGGGGTtgt 

a score=10387
s danRer3.chr12 16084635 175 +  37038836 TGTTGTGTTTAATATCAGGAATGACGGCACAGAGTTCGGCGGCTCCATCTACCAGAAGGTGAACGATAATCTGGAGACGGCGGTGAATCTGGCCTGGACCGCCGGGAACAGCAACACTCGCTTCGGCATTGCAGCCAAATACCAAATCGACAGCGACGCGGCCTTCTCGGTGCGT 
s mm7.chr11     52342321 175 + 122091587 TGCTATGCTTACTCACAGGAATGACGGGACAGAGTTTGGTGGCTCCATTTACCAGAAGGTGAACAAGAAGTTGGAGACTGCTGTCAATCTCGCCTGGACTGCAGGAAACAGTAACACTCGCTTCGGAATAGCAGCCAAGTATCAGGTCGACCCTGATGCCTGCTTTTCGGTGGGT 

a score=-668
s danRer3.chr12  16084855 251 +  37038836 TTAGTTTGTCTAATCAACCATCATAATATTATATTAATAGCATAATATCAAGAGTCAAATCAAGAAATCTATTTTTATCACCATTTGTATTTTTTATT----CTACCATTATTATTTATTTCCATATTCATGCATACATGGAGTGCTCAGCATGAAGGAGTGCAATAGACAATATATT--------------------GTGCTGCatttatttatttatttatttatCAGCACA-CTGAAATGCTCATGAATAAGAG------------TGAGGTGTGTGTTTGGCTG 
s mm7.chr2      162445962 280 - 182548267 GTTGGATGGCAAGAATGCCAATGCAAGCTTGGTTTAGGACTGGAATTTCAAGTATAAA--TAAATATTGTACAATTGTTAATTTTTAAACTTTGTAACACAGCTACCTTCAAAATTTA-----GTGTACCTTTTTATGTTGTATGTTGGGGATGCGAGAGT-TGAGAAATAACACATTAGACCTCCAGGCTAAGGATGATTCAGCTTTAAGGTGTTTACCATTTCAGAGGTACAGCAGAAATCCTATTGCAGAAAAGATCCTTTTAGCTGTAGGTGTAGGTTGGGGTG 

a score=4755
s danRer3.chr12 16086046 143 +  37038836 ACGCTCTGGGGAAAGT---CATGATTGAAGGGAATCTACTATATTTGTATTCAACATCACTGTTTTTGTCTGTCTTACAGGCCAAAGTGAATAACTCGAGCCTTGTCGGGCTGGGATACACTCAAACTCTGAAGCCTGGTAAGTGT 
s mm7.chr11     52344097 141 + 122091587 ACACCTGTGGGACAGTTTTCATGGGTGAGGAACACTGTCTTCCCTTGGACTTAATCT-----TTTTTTTTTTTTTTCCAGGCCAAAGTGAACAACTCTAGCCTGATTGGCTTAGGGTACACTCAGACCCTAAAACCAGGTATGTGT 

a score=-1971
s danRer3.chr12  16086189 178 +  37038836 GTGTAGATATTATTAAACAGGGCTctgctgaaaaatccagcttaaaccagcctaggatggttgactggttttagctggtcaaccagcctggttttagaggggttttggccacttccaggctggtttccagccatttccagcctggttttagctggacaagctgggagatgaccagcta 
s mm7.chr8      106510702 119 - 127874053 AGGGAATTA--ATTAGTGGAGGGTCAGGACAGAAA--------------------------------GTTACAAAGAGATAA-----------TGAGAATAATCTTTGCAACCTCTAAAGTAAT-------------CATCATGGGTTGA-CTGACGCCATTGTGTAACGACTAGCTA 

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s danRer3.chr12  16086417 94 +  37038836 atgtccagct-taaaccaggatggtcaagctggttttgatggttttagctggtcactttctaggctggaaatcagcttagtcc-ctttattcatca 
s mm7.chr8      106510870 84 - 127874053 ATTTCTAGCTATACATT-------TCTAACTAGTTTAAA--ACTATGATTAATCACTAGCT---TTTGAATTTGGCTTATCCCTCATTATTCTTCA 

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s danRer3.chr12  16086538 178 +  37038836 aacttatccagaacatatttcacacagcggatgcccttccagctgcaacccagtactgggatactctctcatgcacacactcatacaccacgggcaattcagtt-gatcAATT-CCCCTACAGCACTGTGTTTTTTCAGGTCTAATATGATATCTGCAGTATAATACCTGCTG-GATTAAT 
s mm7.chr8      106510969 143 - 127874053 AGTTTTTCCTTCTCATGTATCAGTCAGC--------------CTAGACAACTGTGCCAGTGCAATGTAGCTTACGCCTACCTATACTCCATG--CTATTCACTTAGATCAGTTATTTCTAGAAAA---------TTTAGGTCTGA-------------GTATGATACTGGCTACAAGTAAT 

a score=5182
s danRer3.chr12 16086716 168 +  37038836 TCCCCAACGTCTCTCTT--CTGCTTTCAGGTATTAAGCTGACCCTTTCTGCTCTTCTGGATGGCAAGAACATTAACGCCGGAGGCCACAAGATGGGTTTGGGTCTGGAGTTTGAGGCATAAGAAGCTGTGGATTGCTCCGATCCTGACTTCATTTAATATTACACACTTT 
s mm7.chr11     52345159 157 + 122091587 TCCCACACCTCTGTCTCAACTCCCCACAGGTATCAAACTGACGTTGTCAGCCCTGCTCGATGGCAAGAACGTCAATGCGGGTGGCCACAAGCTTGGCCTAGGACTGGAATTTCAAGCATAAA----TGAATATTGTACAA---------TCGTTTAATTTTAAACTATTT 

a score=1987
s danRer3.chr12 16089721 48 +  37038836 TCATTGTGTTTGCAAGCATTT---GATGTTTTTTTTCTGAGGAAAATTTAA 
s mm7.chr11     52354217 51 + 122091587 TCATTTTCTCCCCAAGTCTTTATTGATTTTTTTTTTCAGATGAAAACTTAA 

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s danRer3.chr12 16091590 301 + 37038836 AGTTGGAAACCGAGTCCAAGCAGCCGAAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGAAACTGAGCCCAAGCAGTCGGAAACTGAGCCCAAGCAGTCGGAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGAAACTGAGCCCAAGCAGTCGGAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGAAACCGAGCCCAAGCAGTCGGA 
s mm7.chr17     90270677 299 - 93276925 AGTAGAGCACTGTGACCCCACAGTGGAGCACTGAGACAACACAGTGGAGCACTGTGACTACACAGTGGAGCACTGAGACAACACAGTGGAGCACTGTGACTACACAGTGGAACACTGTGACCCCACAGTGGAGCACTGAGACAACACAGTGGAACACTGTGACTACACAGTGGAGCACTGAGACAACACAGTGTAGCACTGAGACACCACAGTGCAGCTCTGTGACAGCACTGTCGAGCACTGTGATTCCACAATGGAGCACTGTGACACCACAGT--GGAACAATGTCAAATCAGAGGGA 

a score=2890
s danRer3.chr12 16092363 301 +  37038836 GACACAGGCAACGACGAAgatgatgatggcgacgatgatgatgatgaagttgttgatgagaatgatgTAAGCAATGATGTTGAAGTTAAGGGTGGAAGCTCGTGGGATGACATCAGCTCTCCTGAGGATAGCCAAGGAAAAAAAAATTACCCTCAGGG--TTACAAAACTCCTCCTGAGAGCTCAGAGATAAACATCTACAGCACCCAGGATGAAGACTCGC-ACTTCTTCTTCCATCTGGTTATCATCGCCTTCCTGGTGGCCATCATCTACATTACCTACCACAACAAGAGAAAGGTACGCT 
s mm7.chr11     52360053 268 + 122091587 GCCACAGGCAAGGACACCCTGGACAATGGCGACTACGGAGA-GCCGGACT-----------ACGACTGGACCACCAACCCTAGAGATGAGGA---------GCCTGAAGACATCAACATTGCC----ATCAGCAAGGAGAGCAGGCG---CTTCAGGGGCTTCCAGGACTCAGT---GGAGGTC---GTGAAGCTCCCGC--CCCCCAACAGGGAGGATAGCCATTTCTTTTTTCATCTCCTTATTTTTGCTTTCTGTGCAGCTGTTGTGTATGTTACCTATCACAACAAAAGGAAGGTAAGTT 

a score=6078
s danRer3.chr12 16095620 155 +  37038836 TCTCCTCTTGTTGTCTTCTTT-AGCTTATGTTGTTGGCCCAGAGCCGGCGCTGGAGGGATGGGTTCTGCTCACGGGGTGTGGAGTATCACCGGCTCGACCAGAACGTCCACGAGGCCATGCCTTCGCTCAAGATGACCAACGACTACATCTTCTGA 
s mm7.chr11     52363677 156 + 122091587 TCTAATTGTTTTGTTTTATTTCAGATTTTCCTCCTAGTTCAAAGCAGAAAGTGGCGTGATGGCTTGTGTTCCAAAACTGTGGAGTACCATCGTTTGGACCAGAACGTGAACGAGGCCATGCCTTCTCTGAAGATCACCAATGATTACATTTTCTAA 

a score=5755
s danRer3.chr12 16147738 291 +  37038836 gtgattggtctgattacccagtctgttgtgattggtctgattacccagtcTGTTGTGATTGGTCTGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATGACTCAGTGAGTTGTGACTGGTCTGAAGACCCAGCCTGTTGTGATTGGTCAGAGACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCCGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATTACCTAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATTACCCAGT 
s mm7.chr8      21470463 265 + 127874053 GTGGTCAGTCTGACTGTATAATGACCTGTGGTCAGTCTGACTGTACAGTGACCTGTGGTCAGTCTGACTATACAATGAGCTGTGGTCAGTCTGATTGTATAATGAGCTATAGTCACTCTGACTGTATAATGAGCCGTGGGAAGTCTGACTGTATAATGAGCCATGGGTGGTCTGA---------CTGT-----------------ATAATGAGCCGTGATCAGTCTGACTGTGTAATGAGCCGTGGTCAGTTTGATTGTATAATGCGCTGTGGGCAGTCTGACTGTACATT 

a score=5907
s danRer3.chr12 16148209 422 +  37038836 AACCCAGCCTGTTGTGATTGGTCAGAGACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCCGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATTACCTAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATGACTCAGTGAGTTGTGATTGGTCTGAAGACCCAGCCTGTTGTGATTGGTCAGAGACCCAGTCTGTTGTGATTAGTCTGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCTGATGACTCAGTCAGTTGTGGTTGGTCTGATAACCCAGCCTGTTGTGATTGGTCAGAGACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCAGAGACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCCGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCAGAGACCCAGTCTGTTGTGATTGGT 
s mm7.chr8       4270456 360 - 127874053 AACCCAGGCAACCACGCTTGGTGAGAAGCCCAAGCGGCCACGATTGGTGAGAA-------------------------------------------------------GCCCAGGCGGCCACGCTTGGTGAGAAG-CCCAGGCGGCCACGATTGGTGAGGAG-CCCAGGCGGCCACGCTTGGTGAGAAGCCCAGGCAACCACGATTGGTGAGAA-GCCCAGGCGGCCACGCTTGGTGAGAA-GCCCAGGCGGCCACGCTTGGTGAGAAG-CCCAGGCGGCCACGCTTGGTGAGA-AGCCCAGGCGGCCACGATTGGTGAGAAGCCCAGGCGGCCATGCTTGGTGAGAAGCCCAGGCAGCCACGATTGGTGAGG-AGCCCAGGCGGCCACGCTTGGTGAGAAGCCCAGGCGGCCACGCTTGGT 

a score=1349
s danRer3.chr12 16148631 80 +  37038836 CTGAAGACCCAGTCAGTTGTGATTGGTCTGATTACCCAGTCTGTTGTGATTGGTCAGATGACCCAGTCTGTTGTGATTGG 
s mm7.chr8       4270712 77 - 127874053 GAGAAG-CCCAGGCGGCCATGCTTGGTGAGA-AGCCCAGGCAGCCACGATTGGTGAGGAG-CCCAGGCGGCCACGCTTGG 

a score=-67
s danRer3.chr12 16158574 106 +  37038836 TGTGTTTGTTTAACTCACTAGTAGGGTTGAGTCCATTCACATCCCT-AAAGTTTGGCCCACTCTTGGCCCAGA-TGCGATGCTAGCAGGACCGGCCCGCGGTTCACCA 
s mm7.chr11     68947777 106 - 122091587 tttgtttttttgtattttttgtatttttgtttttgtttttgtCTGTGAAAATGTACAGCGCGCCTGGTTGGGGCTGCGGAGTCAGGATGA--GGGTGGTTCTTTACCA 

a score=9341
s danRer3.chr12 16158680 1022 +  37038836 CTCATACCTCACCCACCCAAACCGCTGTGTTGCCAAATTTAACATCGGACACCTCGCAGTGGAAAGCGCTCTGTTTACCGTCCAGAATGAACATCGAATCTGCTGATGATGTTAATAGGTAGCGTCCAAACACGCCGCTAGATATCACCATTCTGTTAGCGTCTCCCCAAGGCCAGCTGGAGGCAGGAACAGGATTTTTAACGTTCCCGATGGTTTTTATTCTTCCGGTTGCCAGATCCAGGAAAAGCACCTTTGAACCGCGAGCTGAAGAAACCACCGCTG-TGAACTCATTGGCATCAGTGAACGACGGCTGGAACTCAAGATCAGCTATTGACATCTTAGCATCCGCTTCGTAGTGAATCTGTAGCTCGCCGCTGATGGAGACGCTCTGGACTTGCAGTTTTCCTCTTTGTTTGTCCACAGACACCACGAAACGTCCATTTGGAGATATGAAAGGCTGACCGTGGATGTTGGGATTGCGTCCGATTATTGCATCGCTCACGGCATCGATGAGAAGCTGAAAAGTCGGACGCTTC-------TCAGACTGGCACTCGATGAAATAATATCCGCTTAAGTGTGTGTAGGCCATGCTGAGAGGGAAACAGCTGAAGTTCTGCAGACTGATGCTCTTGACCACTCGCAGCGTCTCCAGGTCCACTTTATGCACCGCAGGCTCTGATTTTAGGTAGACGAAACCAAACCTGAGAAGACAACAGACCTATACGGGTT---AATGATCTTGCTGATTTATTAAGTGATGAGCTTTTTTAACCCTCC---TGTTGACTCACGGGTCACAAAACATTTAAATCTTTAAAAGCTTTATTTACTTTAGTTTTAGGC----TTGTTTCTAGTTAAATGTTTCTAGTCTAC-------ATTTTTAGACAGCAatacata-----tatatatatatatataATCTTATGTCAAAAGAAAAaaaacaagattatctagctta-----tcccattggcagattatttttgcttttttttttaaaggaaaaaggcacttaatttttgcttat-tatctctgaaaataagact 
s mm7.chr3      83035385 1036 - 159849039 CTTAGGCATCGCCAACCCAAACAACTGTATTTCCTTTCTGAACCTCAGTGATCTCACAGTTTAATTTATTAAGGCGACCATCCAGGATGAAGAGAGAATCTTTGGAAGGTGTCATCAGGTACTGTCCAAACAGGCCACTGCCTTGGATGTGCCTGTTTTTCTGGCTCCAGGGCCAGTCTTCTGTCTTGAGAGGTTCTTTGAGGCTTTTGATCATCTTGACCTTCCCAGAGGAAAGCTCCACAAAGAGTACATCTG-TTTGTTGGCTTGAGCTGCCATAGATGTTGTACTGGTGGGCTTCTGTGAAGGATGGCTGGAAGGCCAGGTCAGATATATGTAGGTTGGTGTGGATGTCAAAAGCATCCAGAATCTCTCCTCGGATGGTGATATATTGGACTCTGACAAGACCTTTCACGTCATTAACACTGACAAGATAGTGTCCGTCTGGAGAGACATAAGGAGTGCCCGTCACATCGCTATTGAAGCCAATGATAGAGTCAGTCACACTGTCTACCACGAGCTGTGGTGGAGTA-GCTCCGGTGATGTCAGCCTTGCAGCTTATGAAGTAGTATCCTCCCAGATGGGTGTATGCCAAGGATAGAGGAATGCATCGTGAGTCCTTCAGGTTAATTGTTTTGATGTAGGACATGGTTTCGAGATCAATTTTGTGTAGTGCAGATTCATCTTTATGAAGAATAAACCCAAATCTGAAAAGATA--AAACCAA----GGTTAGAAAGGAAACTACAGAGTTATTCCACGAAGATGTGTGTTATTTCATCACATACAGAAACAAGGTCTGCCCCAAGTCAGGGTCTTGAGTGTTGTGATAAACATT--TTCTAGGTAACACTAATATTAAATTAATCTTTCTGGTGTCCTATTTCGATGCTTTCTCAAGGTTATTTAATCACTCTTTACATCCAAATAATTATAAATCCTAATGAAGAAAAGGAAATAATTTAAAGCAATGGCCCTAGTTAGTATAAACAACCAACTTTGCTTTTAACGTGAAA------------TTTTGCTTTTATATATCTAAATATGATACT 

a score=6532
s danRer3.chr12 16166185 171 +  37038836 TACCTCTCAGTCACTG-CTAATGAGTGATCAACTTTCCCAGCGTGAGTGTCGCGTGGGTAATTCGATGGCGCTCCATGTTCCCAAATGCCAAAGAGGAGCTTCATTAAAGAGAAGCCCTGTATAATCAAACAATTAGTGAACTGCCTGAGATGAATGCATTCCACTCATCAG 
s mm7.chr13     68863335 171 - 116696528 TACCACTCACTGACTGGCTAATGAATAATCAGATTTCACAGCGTGAGCGCTGGGGTGGTAATTTGGTTGCACGCCATGCTCTAAGCCCATGGAATAGTGCTTCATTAATGTGAAGACCTGTATAATCAAACAATTAGCAGTCTCTCTGCAACGAAAGC-CGCTTTTCATCAG 

a score=6195
s danRer3.chr12 16228797 130 +  37038836 GCGCACCTGTGAGA-AGGAATGAATAGAAGGGGTGTGTGAACTGTGT-GCTCCAGACTTTCTGGCGCCACCAAAAAAA--CAGGGAATGCTCGATCAACAACCCGAATCAAA---CCAGGTCAAACAACCAGCGCAG 
s mm7.chr13     68950752 137 - 116696528 GCACACCTGTGGAAGAGGAATGAATAGAGGGGGTGTGTGAACCTTCTCGCTGCAGACTAACTGGCGCCACCGACCAAACTCAAGACATGCATGATCAACAACCCAAAACAAACCGCCGGGTCAGGCAACACCCGCAG 

a score=11058
s danRer3.chr12 16230211 299 +  37038836 CTGCTTACCTGCTCTGTGTTGATTTGTGTGAGTGGAGTCCGTG-----------------------------TGGAA-------GCGGGTGGGCTCGTCTGTTTCAGGAGCGCAGGGTGCGTTTCCAACGCCAGCTGCAGGTCCAGAATATAGTCAATGACATGCTGGAGGATTTCCACTTTACTGACTTTCTTATCCTGCGGAATAGTGGGCACCAAGCGTTTGAGTCGGCTGTAGCAGTCGTTCATGTCGTACTGCAGACAGAAAAGATCCTCATCTTCCATTTTGCATCGGCTGCTCTCCGACAAATAACGCAAGGAGAGCTGACTGCAGCT 
s mm7.chr13     68951763 333 - 116696528 CTTCTCACCGGGTCAGTGTTGAGCGCGGTGAGTGGGGTCCGCGGCGGCGCGACCGGACAAGCCCCGGCCGGGTGGAGAGGTGGCGCGGGCGGTGGCGGCTGTCTCAGCAAAGCAGGGTGAGTCTCCAGCGCCAGCTGCAGGTCCAGGATGTAGTCGATAACGTGCTGCAGGATCTCCACTTTGCTGACTTTCTTGTTGGGCGGGATGGTAGGCACGAGCCTCCGCAGGCGACTGTAGCAGTCGTTCATATCGCACTGCAGGCACAGCGCCGGCTCATCGGCCG--CCGCCTCGGCCGCCTTGCAgcgcgcggccgccgcagcggcggcggcggcT 

a score=5411
s danRer3.chr12  16235647 347 +  37038836 GTCCTCATCTGCTCTCCATGTGTGTGATCTCAGTGGTCATGTTTCCAAG-TCAGCATCCTAGAACAATCCACGGCTCAAGTCAGCATCCTAGAAAAGTCCATGACTCAAGTCAGCATCCTAGAACAGTCCATGACTCAAGTCAGCATCCTAGAAAAGTCCATGAC------------------TCAAGTCAGCATCCTAGAAAAGTCC------------ATGACTCAAGTCAGCATCCTAGAAAAGTCCATGACTCAAGTCAGCATCCTAGAAAAGTCCATGACTCA----AGTCAGCATCCTAGAAAAGTCCATGACTCAAGTCAGCATCCTAGAAAAGTCCATGACTCAAGTCAGCATCCTAGCACAGTCCATGACTCA 
s mm7.chr1      161844626 372 + 194923535 GTCTACATTTGGTTTTTG-GTTTTTGTTTTTA-----CAGATTTCTAGGCTGAGAATTCTAAAATTAATC----CTCTAGGGAGGACCCAAGATCAACTGATGACTCTAGGGAGGACCAAGGATCAATCCATGACTCTAGGGAGGATCTAAGAACAACTGATGACTCTAAGGAGGATCCAAAATCAAGTGATGGTTCTAGAAAAGGTCCAAAATCAATAAATGGCTCTAGGGAGGATCCAGGATCAATTGATGACTCTAGGAAGGATCCAAGAACAACTGATAACTAACTCTAAGGAGGATCCAAAATCAATTGATGGCTCTAGGGAGGATCCAGGATCAATTGATGACTCTAGGAAGGATCCAAGAACAACTGATAACTAA 

a score=9845
s danRer3.chr12 16250273 214 +  37038836 TAATCGTCAAGGAATACATTTTGCCACCATTCTTTAGCACGAGCATGGACGAGACAAATTTACTAAACACAACCTCCAATCTCATAATTACATGTAATTTTACCAGCATAATTAACTAATTTAATTAGCGCTCCTCAGGAGCATCAATTATTGATATTAGGAACTGTTCAGACAG---------GCTGTGGTGACACTAGGTGCATCAGAGGACGTGAAACAC 
s mm7.chr13     47514505 214 + 116696528 TAATCATCAAGGAACAAAATTGGC-ACCACAATATGTAGCGAGTATGGGAAAGCCTAATTTACTAAACATACCCTGCAGTCACATAATTGCATGTAATTTTACCAGCATAATTAACTAATTTAATTACCACTTCTCAAGTGCATCAATTATTGACATTACAGAGTTTTCAGACAGCAGAATTACTGTGTGGTGCCAT--------CCAGAGAATGCGAAATGC 

a score=7418
s danRer3.chr12 16277433 366 + 37038836 ACACACAAAATG-TGTGTTTGCATTACACTAGACACAAATAAATGTTAA-ATGTAGTTGCAG----ACACATGGAATCTGAATAGTCATGCTGCGTT--TTTTACAGAACTGATCTGTATTTGCAAGCAAACATGATCCAAACAGCACAAGCTGATTCTGGATATCCAAACACACGAACCCTCACTGCTAGTCGTACATGATCCCCTCGACAGCAAACAATTTCTTCACAGAATGGTGACCTGAATGTAAGAAAAGAAAACAGAATTTTAGATGTCAGTCA--------------------ATAATTTGTTA--------AAATAGCAGGGTGCGTGTTTGGTAAA---ATAACACACAAAAATGACAA---------TTTTAAATGGCAATTTTAAAAAGAGGATACTGAAGA 
s mm7.chr18     68011431 405 + 90918714 ACATCCAAAAGGCTGATTTTAAATTAAGAAACCTACACACAGCTGCTCATATACAATTCTAATAAAACACA-GGAAT---AATTCTTAGGAAATGTTAGTCCTATAATACTGAGCGATATTTACAAGCAAACATGATCCAAACAGCACATGCAGACTCAGGGTAGGTAAACACTCGAACGCGAACTGCCAGTCGCACCTGGTCTCCACGACAACAGATTATTTCTTCACAAAAAGGAGACCTATAT-----AAAAAGAAAAAGTAGTTAAGGAGAAAGTCACTGTAGAAGCTCCCATGTATATAGGTTGTCACACCTAGCAATTATCAGATTAATTGCTTTCTAGATTCTTAATACAAAATATCTATAATTAACTAATTTTTAAATTGTGAATTAATAAAATCCTTACCGAAGA 

a score=8628
s danRer3.chr12 16278487 221 + 37038836 CAGGTAGCAAATGCCCTGCGTGCATTGCAGTGCAAGAAATTGATAGGAAAGGCTTTAAAAGTGTGTCCGTCAGGCACTGCTCTTCTTACTGCATCCTGAAACTCCTCATTTCCATATGACACACCTGCACAGCGCTCCAGTTCATATGCTGACAGTGCAGCCGATAGCAGGTATGACAGGTGATCATCCCAGACCGTTGCCAGACCTAGATCCTGCAGAAA 
s mm7.chr18     68011836 221 + 90918714 CAAGTGGCAAATGCACGCCTTGCATTTCTATACACAAAATGTATGGGGAAGCCTTTAAATGTGTGCCCGTCAGGTACAGCCCTCCTGATGGCATCCTGAAATTCTTCATTGCCTGCAGATATGCTTGTTGTTCGCTCAAACTCATACGAGGCCAGAGCTGGTGACAAAAGATAGGAGAGCTGGTCTTCCCAGACAGTGGTGAGGCCAAGGTCCTGTAGCAA 

a score=10467
s danRer3.chr12 16283128 348 + 37038836 TTACCTTTCTATGCTCTGATAATAAGTACCGCATTTCCAGCTCAAGTTGGTTGCTAGCCTCATTTGGAACTAAAGAAGAGGAGCAGAGAGGAGGAGTTGGAGGGAGAGAGGCGTTGAAGCCAGGGTCACATACAGATCTAACAGCCTCCTCACTCATGGCCTTCCAGCGGGAGCCGTCTGTAAAGTCAAATACACACCGCTCCACAGCATCTGACACCTGACAGTTTGCCAGAAATATCTTGTGGTTAAATACACAGCCAAGTGTCTGGTAAGGGTGCACAGGTTTTGGTTGGAGGATCATGGAAGGAGCATCTGGGTCTATTGGACGGTGAAGGTATCTACAACAGA 
s mm7.chr18     68015427 348 + 90918714 TTACCTTTCTGTGCTCCGACACCAGAAGCCTCAGCTGCATTTCGATTTCATTGCTGGTGACCGAGGCGTCAATCGTGGACGCACACAGAGGTGGGAAGGGAGGGAGGGAGGTAGTAGCACCTGGAGCACACACAGACTTAATTGCTTCTTCGCTCATGGGTTTCCACTTGGACTCATCATTCAAATCAAATATGCAGGTCTCTACTGCATCTGAGGGCTGACAGTTTCCCAGGAACATCTGATGATTGAAAACACAACCAATTGTTCGATATGGGTACAGTGGTTTGGGCTGCTCAGCAAGTGGAGGTCCGTCAGGATTGGTAGGCTTGTGGATGTACCTAAAAGAAA 

a score=8562
s danRer3.chr12 16290630 182 + 37038836 TTACCTGTGTGCAGTAAAACTTTCCCAAAAGGTGATGGAGCCATCTGTGCCACAGGTCATGACCCATGTGTGTGGAATATTTTTGACTTTGGTGCCAACACATACATAAGCATCCAATCCAAAGCCCAACAATAAACTACACAGTAGTGTAGCATGATCCTCACAGTCACCCTGAAAAAAAA 
s mm7.chr18     68017220 182 + 90918714 TGACCTGTGCCCTGTTAAACTCTCCCAAAACATGATGGTGCCATCAGTCCCACAGGTCATCACCCAGGCATGCGGCGCCCCCTTGGCCTTAGTCCCCACACAGACAAAGGCCTCCAGTCCATAGCCAAGAAGAAGGCTGCACAGCAGGTTAGCGTGGTCCTCACAATCACCCTACAAAGGGA 

a score=8262
s danRer3.chr12 16290922 264 + 37038836 ACATGATGTCCTTGCCTTGTTCCTACAAAGAAAGACCATCATGGAGGCCCACTGCTCCTGCCTAACTCCTCCTCCAACCACGGGTGCTCTCTCCTGAGCTAACAGACTAACGAAACGTGCCGCCTGCCGTGGACTTTCAAGCAATCTGCCAGCACGCAATACACGTACATATGAACACACAGGTCTGTTCACACCATTTTCATCCTGAAAAAAAAAATAGTAATG-----ACATCTGAAGTAAACACTGTTATTCACATAAATACTGCT 
s mm7.chr18     68018799 269 + 90918714 ACATGTTTTTGATACCTTGTTTCTACAGAGAAAAGCCAGCAGAGTGCACCACTGTTCCTGCTTGCCACCTCCTCCAATAACAGGGGCTCGTTCATAACCAAGGACATTAACAAATCGAGCCGCTTGCCTCGGAGTATCCAGAAGTCGTCCAGCTCGAAGTGGCTTAACGTAGGAACAGACTGGTCTATTTATCCCATTCTCATCCTGGAGGAAGAAGGGGAAAAGATTATACCAACAAGCTAATCACTGCAAGTACCATATCTATTATT 

a score=6856
s danRer3.chr12 16291608 160 + 37038836 aaatgtgaaaatggtccattTGTCCATGAAATT------ACCTGTGCAAAAATCTTCACGAGTTTGGATTTGTTTGACGGTCGAATGTCCAAGAACTCCTGCCACCACTGTTTCGCATATACCAAAAACAATCTCTCCTTCTCTGCTGTTTTTTGTCTTTCCAAGG 
s mm7.chr18     68022074 164 + 90918714 AAATATAGGGATGA--AACTTGTCTAAGATAATTTACAAACCTGGGCAAAAATCTTGACCAGCCTTGAGTTGTGAGAAGGTCGAATTTGCAAATACTCCCTCCACCACTGCTTAGCATAGACGAGAAATAATCGCTCTTTCTCTGCAGTTTTCTGACGTTCCAAGG 

a score=3132
s danRer3.chr12 16296617 231 + 37038836 TATTTTA-TGGAAAATTGTTCATCataaaaaaacatttatttaaaaaaaaataCA-GAATTAAAGCAAAAAGATATCACCTGCATGGTGACGACATCAGGGCTTAAGGTCTCAGTTAGGGGAGGGTACAGTTCCAATTTTAGATTCAGAACTCCAGCGGGTACTTTAGCTTCAGCACCTGTAAAACAAACGTGAACACAAAATACCCATAAACAAATCTTTAATTTATTTTAA 
s mm7.chr18     68025667 224 + 90918714 TATTTTAGTACAAATCTGAGCATC-TAGGTAAATACTGACTGCAATTGGAGCACATGTGAAAGAGGAAGTAAGATTTACCTGTGTGTTCACTACCTCCTGAGACAGCGTTTGGCTGAGCGGTGGGTACATTTCAAGTTTTATATTTAAAATTCCCACGGAAACTTTTGATTCTGTGCCtataaa--------taaaaataaatatttaCAACTCTACTTAAAGTCTATTTAAA 

a score=6985
s danRer3.chr12 16296991 459 + 37038836 AGTTTTTGTTCTTATTTCATTATATATTTGTCCACATATAAAA--ATATTTCATTTAAAACGGTACTTTAACAAATGTTCTTTCAAGTTCTACAGAAGCAGGTAAGTAAAATAGTGTTTTAT---------------------TATTGACAGA---AATGTCATTCTTGACTAGATTATATATTTAA--CAAGA-TGACTTTT----TCTTACCCACTCCTAGTAGTTCTGCGGAGACACTGATTTTCCCATTGGGAGCACTGAGAACTGTCCGCCAGTCAAGAAAATAAGAAGAAACCAGTGTTGTGTCCCCAGAGGTGTCTGTTTTAATTAATACCATATGTACTGGATCACATATGGACAACATGGTGGTAGCATCAGCCATCTTGCTAGCATCTCCTGTAGCACATCAAAACCACAAAGTTAAA---TATGACAGTTTTTTTTTAAATAAGAAGT-ATGTTATAGACTGTTAGTATAAATAAGGTTGAGTAA 
s mm7.chr18     68026841 488 + 90918714 AATTTCTATTCATTTTTCAGGAAAAAAAAATCCCTAGGCTAGATCAGACTGCCTTTGAAAGCCTACAGTGGCG-----TCTTCCAGACACCCCTAGGACAATTCAGTGAAACCGTGTTTTACAGCTTTCCCCCTGTAAAGCTATTCTGACAAAGTAAATGTATTTACACACATAAGTATTTATAAAAGCCAAGAGTGACTCTAATCATCATACCTACACCCATGAGCTCCACAGTCAGATTGGTCACTCCATTTTCTGAGCCCAAAACTGATCTCCATTCCAGGAAATAGGACGCAACTAAAGTGGTCTCACCAAATATGTCTGTTTTGATTAGTACCATGTGAATTGGATCACTTATTGATAACATTGTTGTTGAATCAGCCATTCTAGTTCCATCACC--TAGCA-ATACAAACCAAAGAAAAAAACTGTATTATGAATTACTTAGAAACAGAAAATAACTTTATAAGCTAAGGATGTAGTTAAGTGGTAGTAA 

a score=11309
s danRer3.chr12 16297453 258 + 37038836 ACCTGGGCCATCTCTGTGTATTTCCAGAAGAAAGCCTTCCTGTATGTCTGGTTCACAAGCACATGGGATTGGTTTGGAGCGGAAGCGCTGATTGCGGAAGTGAACGTGAAGTGTGAAAGTAGAGCACACCTGACCAGGTAAAGGTTCTGGCTCCTGCAACTGTTCCAGAAAAGCTTTACCACCCACAACTTGAAGGTAGAGTTGTCTCTTTAGTTGACCGATGTTAGCTGGGGAAAACATATAAGCATATAAAAGTAC 
s mm7.chr18     68029431 256 + 90918714 ACCTAAACTTTCTCTGTGAACTTCAAGCAAAAAGCCGTCATGGAAATCTGGCTCACAAGCGCAGGGTACAGGTTTGGAGCGAAATCGTTGGTTCCGATAGTGCAAACATAAAGTGAAAGTCGAGCAAATCTGTCCAGGCAAAGGCTCAGGTTCTTGCAGATGTTCCAAGAAAGCTTTTCCACCCAGAACCTGAAGGTAAAGATACCTCCGTGTTGGATCAACATTAGCT--GCAAAGTGTAGCAACATATGAGGAGAC 

a score=3943
s danRer3.chr12 16300859 166 + 37038836 CATATTTGTAAAGTGAAGATCCTTCATCACATCATTAACAATTCCCCTCCGCTGGAGTGCATGCATAAAGTCCTCCTCAGAGAGCAAGCATTGTTTAT--GGTGGCCA-TCACCTTGCACTGTTTCGGTTAAAACATCACGAATTTTACCATGGATATCCATCTGAAGA 
s mm7.chr18     68032299 166 + 90918714 CACAGTCACAAAATTAAGTTCTTTCATTACATCATCAATGATTCCTCGACGTCTTAGAGCTTTGATCAGATCTTCTGTTGA---TAAATGTTGTTGATCCGGTGCTAATTCTTCTCGTATAGTCTCTGCAAGAATTTCTCTTATTCTGCCATGGACATCCATCTATGGA 

a score=6245
s danRer3.chr12 16311679 175 + 37038836 TACCTGTAAAGTAGAGTCTCCCAGAATAAGCTTAGCTCCCTCCATGACTGCCATATATGAAAACCGAAGTTGATCCGGGGTTTGAATAAGGCCCATTCGATACTCTCTCATGTCTAACAAAACCTTTTGTATGTCCACAGCCAAAAAGTCATTTCTCTGGTCCATCTATAAATAA 
s mm7.chr18     68070001 166 + 90918714 TACCTGTATATTTGAATCTCCTTTTGTGTACTTTGCTCCTTCTATTATGGCCATGTAGGAGAATCTGAGTTGGTCCGGTGTCTGAATAAGTCCCATTCGATACTTTCTCATATTCAGTAATAATTGTTTCACATTAACATCC---------TCTCCTTTTTCCATCTGCAAGAAA 

a score=254
s danRer3.chr12 16311867 109 +  37038836 AAGTCAGTTCCACTGTTCACATCTGA------TAACGGGGAATTCTGACCTAGGGTTGCTGCCAAAGAAATAG--CATAAATATAATAAATGTAATAATTGTGTGTGGTAACTGGAA 
s mm7.chr2      14780889 115 - 182548267 AAGCCAGGGACACTGGGTCAACCAGAGGAAAGCCACAGAGGGGTATGTAGTAGAG--GGTCTCAAGGAAATGGTACAAAAATGCAGCAAACTTGGGACCGGTTGGGCCTGAGTGGAA 

a score=46
s danRer3.chr12 16311976 4 +  37038836 CCAT 
s mm7.chr2      14781335 4 - 182548267 CCTC 

a score=10468
s danRer3.chr12 16311980 258 + 37038836 CTTACCAAGACAAGGCAGGTGTCAACCAATGAGAAAGATCCAGATCGCCCTATTCCTGCACTGCAGTGGACCACCACAGGTCCATTCTCAGGCCCTAATGATCCAGACTCACGGACCTTGAAAAGAAAGTCAAGGAAGGATGCTGGGGACTCTGGTACACCAAAATCAGGCCATGCTGTGTAATGAAAATGGTAGATATCTCTGGTCTCTCCTGTCTAA-----ACAGATTAGACAGAAAATAATT---GCATTTATTTATTATGC 
s mm7.chr18     68073129 264 + 90918714 CTTACCAGAACAAGACAGGTATCTACAAGAGAGAAGGTGCCAGAGCGCCCGATGCCCGCACTGCAATGGATCACTGCAGGTCCATGGTCAGGGGTCAAACAACCAGATTCTCTAACTTTAAACAAGAAGTTTAGAAATGAAGCTGGTGACTCTGGAACCCCAAAATCTGGCCAGGTGGTATAATGGAAGTGAGATATGGTTCTGGTTTCACCAGTCTGAAATGTAAAAATCAAGGAGAAGTTAGTTCTAGCATT--TTTCTTATAC 

a score=2550
s danRer3.chr12 16312246 612 + 37038836 GAAACATTCAAAGCAATATAATCTAACATTACATTCACACCTTGCCATTTTGAAGTTCTAATAGTCTTATTGTGTAATTTGGTTTAACATCCTCACACACAAGAGTCACCATGAACCCAGTGTCACTGAAATTCATGTCTTGCTCCTCTTTTGACGGCCAGTACTGTGCACATTTCTCCTGTACAAAGCAAACAGAATAG-TAATACATTTATATCAACCTGTAACAA-AAATCTGTTATAACTAAAGATATTACTTT-----GTACTGtataaataaaattttattaaaaCATATTCAAAT---CATTTGATGTCACGTATCAGCAAATAAATGATCATCATACAGCATTTAAATATTGTGATTAATGCTAGGCATGTGCTTTAAATATAATAATGTTAACATACTATAGTCTACATATTATTACGGCTACCTATTAGCTAATTTATACTCATCAGTAAGAGGAAAGTATGGACACACAAATATGtaca----------gttgaagtcagaattattagcccccctgaattattagaattattgttatttttttAAATCAACATCAGTTTCCAAGTTTTTCAAACTGCATTACCAAAACAAATGATCTTTTAGTAAACATATTTTTACAAA 
s mm7.chr18     68073710 574 + 90918714 GAAACTTTGAAACAAGAAAAGCCTTACATT-------------GATATTTTCTAACTGTAGTAGATGTACTGTATAATATGATTTTACATCTTCAGATAAGAGCTTCACACTGAATCCCGTTTCCTTAAACACCATTTCTCTGTCATCCGTT---GGCCAGTACTGTGCACATTTAACCTAAATTTA------AGAATAGTTTAGACATAT-TATAAAACCATAAAAACAAATC--TCACACATACATACTATACTTCTCCAAGTACTG-AAACCTAAGAATATCTTAA---GTATTTTAATGAGAATATTCTGTAAAGTAGCTCCATA-AAATGTTTCCTTTC---CATTTAAA---------------AAGCCATAAACATAAAATAT----TCATTAAAATATGCTCTTCTTTAttttgagacagaatctctttatatagccttggctgtcctg---gaattcagtatgaacatcaagctggcttcagcccccacatgctggatttaaaggcatgtgttaccatgcccaacCCAAA--AGTGTGCTGTTCTTAAAGCATAATTACACTTTAACATATTCAGTTTGAGTTTCTAGAAGTATCAAGCTCTT-GCAAGAATGTTATTTCAGA 

a score=5483
s danRer3.chr12 16315162 156 + 37038836 aaGCAAAGCAAAGAAAATATAAAATGTGACTCACCGTGCCTTTCTCTATCACTCTGTTAAGCATAATAACTGCTTTGGAACCCTGTTCCCAAACCATTAGCCAGAAGTGACCGCAAGTGTTCTTCAAGGGACCCTGCAGATAGAGGAAAGTATATG 
s mm7.chr18     68081153 154 + 90918714 aagagaagagaagagaagagaagaAT--ACTCACCGATTCTTTTTCTACAGTTCGGTTTAGCATGACAACTGCTTTGGTCTTTTGCTGCCACACCATGAGCCAGAAATGGCAGCATGTGTTCGGAAGTGGGCCCTGTAACGACAGAAGACCACATG 

a score=724
s danRer3.chr12 16315318 82 +  37038836 CATAACTGAACATGCAAACAATTTCAATAAGATGATATAAGCAAAAGCAATGTTCATAAAATCCAGTCAAATAGCACCCCCA 
s mm7.chr2      14787912 76 - 182548267 CAACACTGGACACACAAGCACACCACACAGT------CAGTCAGTGACAATGTTCATAGGTGTAGGCAGAGTAGCCCACCAA 

a score=6207
s danRer3.chr12 16317048 243 + 37038836 TACCTGTGTCAATATGTACCTTCTTTGAGCCTCCTCCATGGTAATTAAGCTGGCATTTATGTAGTCGTTCTCAGAATTCTCTAATTTCACCCGACTGTGATCATCTAAATGCAGGTTTAAAAAGTAATTAAGAAAAATGTTAAAAACAATTTCTAAAA------------------------AAAGTAAAACAAACTGAAAACAACTTCTAAAAAATCTAAAATTAATATTA------AGCTTAAATA------AAATATTCTGTTTCCATTTTTAAAA 
s mm7.chr18     68087915 273 + 90918714 TGCCTGTGTTAAGATGTAACTTCTTTGTGCCTCTTCTATGTCAACTAAGCTGGCATTAATATAATCATTTTCAGTACTTTGCAGTTTAACACGACTGTGATCATCTGAAAGTAG------AGAATGATAAATCATAACTGTCATTTCAACTTTTCATACTTTTTATTTGATTTTAATATTTTAAGGTAGTTATAGATGATAGGAGAAATAAAGAAAACATAAATTAATACCAAAGGAGAGTTGAGACATGTCCTAAATTACCTATTTCTATTTTTAGAA 

a score=1831
s danRer3.chr12 16317824 43 + 37038836 ATGTAATTCCTAGAAAGAGGGTTACAAAAACATTTGATTAAAA 
s mm7.chr18     68091869 43 + 90918714 ATTTAATATCTAACAATACTGTAACTAAAACATTGGATTAAAA 

a score=7174
s danRer3.chr12 16350477 153 +  37038836 TGTTATTTTGTATGTTTTAGGTGCAGTTTGGCCATGCTGGAGCATGTGCCACGCAAGTGTTAGAGACAGCTGTTGCCAAAAATCAAGCACTGCGGGAAGCAGGTGCATTTGTGCCCAATAGCTTTGATGAATTGGGCGATGTCATCAAGTGAG 
s mm7.chr11     21497801 153 - 122091587 TGCTGTTCTTTGCTTTCCAGGTCCAGTTTGGCCATGCTGGAGCTTGTGCCAACCAGGCTTCTGAAACTGCAGTAGCCAAGAACCAGGCCTTGAAGGAAGCAGGAGTGTTTGTGCCCCGAAGCTTCGATGAGCTTGGAGAAATCATTCAGTAAG 

a score=4419
s danRer3.chr12 16351269 235 +  37038836 ATAATGCTTCATCTCATTTTTTCTGTTTCGTTGGGAAGGTTTGTTTATGATGACCTTGTCACAAATGGAATCATTGTTCCAGAACAGGAGGTTCCTCCTCCTACTGTTCCAATGGATTACTCCTGGGCAAGAGTAAGACCTGTACTATGTTTTTTGATGGAAATAGCCTCTTATAGGG----ATCTGTTTCTGTTGCTTAC---CATGCTGAAACATTGGAGTGggctttgttttgaaagca 
s mm7.chr11     21498715 232 - 122091587 ATAGTGTCTCCTGTCTCTCCTTCCCTCCC-------AGGTCTGTGTATGAAGATCTGGTGGCCAAAGGAGCCATTGTACCTGCCCAGGAAGTGCCACCTCCAACAGTGCCCATGGACTACTCTTGGGCCAGAGTAAG---TGTCATGGGTATCTGGAGGGTGAAGGTGGATTTGGGGGTTTCATTAGTTTGTCTTGAAAACATACTTTCTACAGTCCTAAAACTTGCTATGTATAAAATGCA 

a score=9853
s danRer3.chr12 16352241 270 +  37038836 TGTATTTATGCCTA--TAGGAGCTGGGGTTGATTCGAAAACCTGCGTCGTTCATGACTAGTATTTGTGATGAAAGAGGCCAGGAGGTCATATACGCCGGTATGCCCATCACAGAGGTGTTTAAAGAGGAAATGGGTGTCGGAGGAGTGCTGGGCCTGTTGTGGTTCCAGAGGAGGTTTGTCATTTAAAATTGGATCATTATGAAAATACAGAAC--AAGTAATATT--TTACAATATTATTACAAAGTAAATGTTTACCTT------TTTAAAAATGTTtta 
s mm7.chr11     21500230 278 - 122091587 TGTCCTCATGTCTGCTTAGGAGCTGGGTTTGATCCGAAAACCTGCCTCATTCATGACCAGCATCTGTGATGAGCGAGGGCAGGAGCTCATTTATGCGGGCATGCCCATCACCGAGGTCTTCAAGGAGGAGATGGGCATCGGTGGTGTCCTCGGCCTCCTCTGGTTCCAGAGAAGGTGAGACACATGGGCAGGGGTGAT----AGGGCACTGGGCTTAGGGcagattcactacaattttattttgagttagcttttgattgttgcacattcagaaacctttta 

a score=4013
s danRer3.chr12 16357971 520 +  37038836 TTGGAgcaatgttctgctgaaatg-ttctacaggcttacctctaggatggtaaggtgcaggtcttactttttgtattccagctatgctacacagttctttgattaatcttgactcaaagtcggccccctgatcactgagaattctttcaggaaacctgtaaaagataaaaaaaaagttgtgccacaagaatttggccacagtttaagctttctagtttttggtgagcactgcaacagcatacttggtgaaatga-ttagtaatgacaaaGATGTCTTT---AGTGTTGCTTCAAACAGGCTCCAGTGACAAGTAGCCTATGCAGACTAGTTCAAAGGGTCTGATGGTTGTGATGTTCACCAGGGGTGCAGCT-----TGCTCAGGAGGAGTCTTTCGTTTTACACCTCGCTCACAGGTCTTTACTTTCTCTTCCACAGTTTTTGCCTTTTTTGGCCAGTAAAAGTGGGCTCTAGCCAGGTCCAAGGTCCTTTCAATTACGAGATGCCCCATGTCATTGTGCAGATTTTTT 
s mm7.chr1      77957344 478 + 194923535 TTGGAG-AGTATGTTATTGGAACCCTTCTCAAGGCTTTTCCAAAAGG-----------AGCTCCAACCTTCTAGAATTCAATCCGCTTCTTTAGTTCTCTGATGAATTAAGGTTCAAAGCGTACCCTATGACCACT-CGAGGCCTTTAACAAGATCTGTAATGGCTTATAAAATGGTTCCGTAACATG---CCGGCCTC--------CTTCTTGGTTGTTG----------------------TGATGAGATGGCTTTGCCTTGTTAGGGAAGTGTTTCTGATTCTCGCTGAGGCTGAACTCCACAGGCCGAAAGTAAGCGCACAGCACTCTCCTGGAGCCCCCGGGCGCAGCCTTCACTAAATTGGCAGCTCCCTCTATTCTGGA------TTCTGCTTTATACACTTCTCACAGCTCGGACACCTCTGTTCAATATGTCTTGTCATTCTTGGCTAATAAAATTGGCTTTGTGCCAAGTCAACCTTTCTCTCAAATCCTGGGTGTCCCCTCTCATCATGCTTTCCTTTT 

a score=15250
s danRer3.chr12 16366345 528 +  37038836 AGGTTACCACGTTACGCATGTCAGTTCATCGAGATGTGTTTGATGGTGACTGCAGATCATGGGCCAGCTGTATCTGGTGCACATAACACCATTGTGTGTGCTCGTGCTGGTAAAGATCTGGTGTCCAGTTTGACCTCTGGACTTCTGACAATCGTAAGATCAGTTGCTCTACATGCAAGACTACTGCTTCATAAATTTATAAAGTTGAGCTACAGTTCTGTGTGACCAAGAGTTTAGTACACTCATGTTAACCTTGACATGCAAGCTAACATTAAATGGGTAAACTGGATCATGTTACAGTTAATTAGTATTAAGAAACCAAAAATAAATGGATGTTATTAATTGTTATTGATTGGTATTGGATGTATTCCTATCTGCAGGGAGACCGTTTTGGTGGTGCTCTGGATGCAGCTGCTAAACAGTTTAGTAAAGCATTTGACAGCGGCTTGCTGCCCATGGAGTTTGTCAACAAAATGAAGAAAGATGGTGTACTGATTATGGGCATTGGCCATAGAGTAAAATCAGTAA 
s mm7.chr11     21500699 477 - 122091587 AGGTTGCCCAAGTATTCCTGCCAGTTCATTGAGATGTGTCTGATGGTCACAGCTGATCACGGGCCAGCTGTCTCTGGAGCCCATAACACCATCATCTGTGCTCGGGCTGGGAAGGACCTGGTCTCCAGCCTCACCTCAGGGCTGCTCACCATTGTAAG----TCTGGCCTTCCTGGGAGGCAGCAGCTCTGGAA--TCATGCTGTCTAAATGCAG-----------CAGGATCCTAGGA-GCCCAGGGTAAAAACCCCAGGCCAGATTCTGCTCA--GGGCATCCTGGGATGGTCTGCAG-------GGCTGGGAAAGCCA------------TCCCCCTCAGCAGTGTTGCTTTGT------------CTCTCCTACAGGGAGACCGGTTTGGGGGTGCCTTGGATGCCGCAGCAAAGATGTTCAGTAAAGCCTTTGACAGCGGCATCATTCCCATGGAGTTCGTCAACAAGATGAAGAAGGAGGGGAAGCTGATCATGGGCATCGGCCATCGAGTAAAATCGGTAA 

a score=7299
s danRer3.chr12 16367325 138 +  37038836 TCTTTTTCTTTGTAACAGATCAATAACCCTGATATGCGGGTGCAGATCCTGAAGGACTTTGTGAAGCAGCATTTCCCTTCAACACAGTTACTGGATTATGCTCTTGAAGTCGAGAAGATCACCACCTCAAAAGTAATG 
s mm7.chr11     21503240 131 - 122091587 TCTTTTTTT-------AGATAAACAACCCAGACATGCGAGTGCAGATCCTCAAGGACTTCGTCAAACAGCACTTCCCCGCCACCCCGCTGCTCGACTATGCCCTGGAAGTGGAGAAGATTACCACCTCCAAGGTAAGG 

a score=4337
s danRer3.chr12 16367529 114 +  37038836 TTTTTCTTTT--CTTTTCAGAAGCCCAACCTTATTTTAAACATTGATGGTTTTATTGGTGTGGCTTTTGTCGACCTCTTAAGAACATGTGGAGGTTTTACACGGTAAGAGTGAAAG 
s mm7.chr11     21504118 116 - 122091587 TTTTTCCTTTGCCTTCTCAGAAGCCAAATCTTATCCTGAATGTGGACGGCTTCATCGGCGTTGCGTTTGTGGACATGCTCAGGAACTGTGGCTCCTTCACCCGGTGAGCGGCAGAG 

a score=5105
s danRer3.chr12 16369317 97 +  37038836 TGTTTATGGGTTGCAGAGATGAAGCAGATGAATTTGTTGATATCGGCACTCTCAATGGAATCTTCGTTTTGGGACGCAGCATTGGTTTTATCGGTAA 
s mm7.chr11     21504441 97 - 122091587 TGTTTGTGTGTTTCAGGGAGGAAGCTGATGAATATGTTGACATTGGAGCCCTCAATGGCATCTTTGTGCTAGGAAGGAGTATGGGCTTCATTGGTGA 

a score=5431
s danRer3.chr12 16370323 97 +  37038836 AGGTCACTATCTGGACCAGAAACGTCTGAAGCAGGGTCTCTACCGACATCCATGGGATGATATCTCCTACGTTCTTCCTGAGCACATGTCAACGTAA 
s mm7.chr11     21505208 97 - 122091587 AGGGCACTACCTTGACCAGAAGAGGCTGAAGCAAGGGCTGTATCGTCACCCCTGGGATGACATTTCCTATGTTCTTCCAGAACACATGAGCATGTAA 

a score=15376
s danRer3.chr12 16378731 475 +  37038836 GAGAGCGCGGACACCGAGATGGCCGCAGCCG---CTCCGAACCCGGAGGACGCCAGCCGAAACAGCAGCA-------------GTCCAAGTACGCCGAGTGCTCTA-----------ATGGGAGACGGAGAGTCCGAG----GAGGCCGAGGAGTTCGCCTCCGCTACTCACTGCTCGGAGCTCTCCCGGCGGCAGAATGAACAGCGGAAGCTCGGGCTCTTCTGTGATGTGACACTTGCGTTCAGCAGTGCTCCGGGAGCAGCAAACAACTTCGAATTCAACGCTCACCGCTCGGTCTTAGCAGCAGCCACAGATTACTTCACCCCTCTACTCGGGGGACAGTTTTCGGAGTCGGTGACGCGACGGGTGGAGATGAAGGAGTGGAGCAGCGAGGCAGGCCTCGATCAGGAGACGGTGGAGAGCGTCATACAGTTCATGTACACGGGCGAGATCCGAGTGAGCACCGCCAATGTTCACGAAGTGTTGGAGCTCGCGGACAGGTGAG 
s mm7.chr11     21509883 490 - 122091587 GAGATGGAGAGCATGGAGACTGCCGTCGCCGGTTCCGCGAGCCTGGCCGCTGAGGTCCGAGGCAGTGGCACGGTAGACTTCGTGACCGGG---GCCGGCATCTCTACCCTCGTCGACACGGGCGGGAGCGA-TCCGGGCCCAGAGGCCGAGGACTTCGAGTGCAGCACTCACTGCTCCGAGTTGTCCTGGCGGCAGAACGAGCAGCGGCGTCAAGGCCTGTTCTGCGACATCACCCTGTGCTTCGGCGGGGC--CGGAGGTCGC----------GAGTTCCGTGCCCACCGCTCGGTGCTGGCCGCTGCCACCGAGTACTTCACGCCCTTACTCTCGGGTCAGTTTTCGGAATCGCGCTCGGGCCGGGTGGAGATGCGCAAGTGGAGCTCAGAGCCCGGACCCGAACCTGACACGGTGGAAGCCGTTATCGAGTACATGTACACCGGCCGCATCCGAGTGAGCACCGGCAGCGTGCACGAGGTGCTGGAGCTGGCCGACAGGTGAG 

a score=65930
s danRer3.chr12 16381716 1805 +  37038836 TGTAATAATTGTGGTTAAATCTAACATTCTGCATTTTCTTTTCTATTCTCAGGTTCTTGCTTGTGCAGTTAAAAGATTTTTGTGGAGAATTTCTGAAGAGAAAACTCAGCTTGGGCAACTGTGTGGCCATCCATAGCCTTGCACACATGTACACTTTGGATCAGCTGGCCTTGCGTGCTGCTGACATGATTCGCCGCAACTTCCACAAAGTCATTCAAGATGAGGAATTTTATACTCTTCCATTTCACCTAGTCAGAGACTGGCTGTCTGATGCAGAGATTACTGTGGATTCTGAGGAGGTTCTCTTTGATGCTGTGGTCAAATGGGTTCAGAAGAACTCAGAAGAACGTGTTAAGTATTTTGAGGAGCTCTTTCGTCTCCTCAGGCTTCCACAGATAAAGCCAACCTATCTTACAAGAGTGGTAAAAAATGAGCCTTTGGTTGCACAGAACGCAGCCTGTCTACAGCTTGTGTCTGAGGCTGTGGAAGGTCACGCAATCCGCTTTGAGAACCTCAAATCTG-CAGAT-ACAGAATTCTGGGCCTCATATATGGCCACGTTCCAGCCTAGATTTGGACAGAATATGGATGTAATCATGGTAGTTGGTGGAGTCTCTGAAGGAGGCGACTATCTGAGTGAATGTGTAGGTTATTTTGTGTACGAGGACCGCTGGGTCAATTTGCCACACATCCATAACCATCTGGATGGTCATGCTATTGCAGCCACTGATACACATGTATATGTGGCCGGGTCTATGGAACCAGGATTTGCCAAGACAGTGGAACGCTACAATCCAAATCGGAACACCTGGGAACAAGTTAGCAACCTCACCACACGTAAACATTCCTTTGGCCTCACTTGCATCAAAAATATTCTCTATAGTATTGGCGGCCATGGCAACTTTAGCCCAGGCTTCAAGGATGTAAGTGTCTATGAACCCGATCAAGACAAGTGGCACAACCTAGAATCTGCTCCTAAGATTTTGAGAGATGTCAAGGCTATTAGTGTTGAAGACCGATACGTTTATGTCACAGCACGAACACCTGTAGATACCGACAGTGATGATGGGTTGAAGACAGTCACAACGCGATATGATACGGACAGTCGCCAGTGGCAAGAAGTTGACTCCTTGCCACTTATTGATAACTACTGCTTGTTCCAAATGGCAGTAGCTTCGACTAATTTCTACCATACAGCATCTTGCTGTCCCAAGAGTTACACCAATGTACGTGATGATGTAGCTCGCCAGAAGATTAGTGCTAGAATCTCTGATGATATTCTTGAGAGCCTTCCACCAGAGGTTACCAGTATTGAAGGTGCTGCTATCTGCTATCTTGGTGATGATGTGTTTGTGATTGGTGGCTGGAAGAACAGTGATGATGTGGATAAGCAGTATCGCAAGGAGGCATATCGTTATTGTGCTGAGCGCAAGCGCTGGATGCTTCTGCCACCTATGCCTCAACCCCGCTGCCGTGCCACAGCATGCCATGTGCGCATTCCATACCGATTTCTTTATGGGTGTCAACGCTACCCAATGCCACAGAATTTGGCACGTCAGAGGGACCGTATGCAGCAAATGCAGCAGTTGCATCGTCGCACATTAACTCTACGCAGACAATTACAATCACAGATTGAATGCTGAAAGCTCATTAG-----------AAAAACTGATAACACAGTCTCGTCGGCATTTCCATGATCCC---ATTCTTATTTAA------ATGTGCATTATTTGTTTAC--CTGAGACATTTCATCACTGGTAGAGTGAATGAAGTGGTTAAAGCTGGTAAAGAGTATTTTCAGTGTGACTGTTTGTATAATG 
s mm7.chr11     21518052 1813 - 122091587 TATAACATATATATTCCAAAATCAATCTTTTCTCTTTTTTCTTGATTCT-AGATTCTTATTAATTCGTTTAAAAGAATTCTGTGGAGAATTTCTCAAGAAAAAACTTCATCTCTCGAATTGTGTGGCCATTCATAGCTTAGCCCACATGTATACCCTGAGCCAGCTTGCTCTGAAAGCTGCAGATATGATACGGAGAAATTTCTATAAAGTCATTCAGGATGAGGAATTTTACACTTTACCTTTCCATCTCATTCGGGACTGGCTTTCGGACTTGGAAATCACTGTGGATTCTGAAGAGGTTCTTTTTGAAACAGTTTTGAAGTGGGTTCAGAGAAATGCAGAAGAGAGAGAGAGATACTTTGAAGAGCTTTTTAAATTGCTCAGATTGTCCCAGATGAAACCCACCTACCTTACACGGCATGTCAAACCAGAGCGGCTAGTGGCCAATAATGAAGTTTGTGTCAAGCTGGTGGCAGAAGCAGTGGAGAGGCATGCGCTCAGAGCAGAGAATATACAGTCTGGCACATTGCAGCAGCCCA--CTTCACA---AGTCTCACTGTTACCTCGCTATGGACAAAACATGGACGTAATCATGGTTATCGGAGGAGTGTCGGAAGGAGGAGACTACTTAAGTGAATGTGTGGGATATTTTGTTGATGAGGATAGGTGGGTCAATCTGCCCCACATTCATAACCACCTTGATGGACATGCCGTCGCAATTACAGAGTCCTACGTGTATGTTGCTGGCTCCATGGAACCAGGGTTTGCTAAAACTGTGGAAAGATACAACCCAAACCTGAATACATGGGAACATGTTTGTAGTCTGATGACCAGAAAGCACTCTTTTGGGCTAACAGAAGTCAAAGGGAAGCTGTATAGCATTGGAGGACACGGCAATTTTAGCCCTGGCTTTAAAGACGTGACTGTTTACAATCCCGAGCTTGATAAATGGCACAACTTAGAGTCAGCACCAAAGATTCTGCGAGATGTCAAAGCATTAGCCATTGAGGACCGGTTTGTGTACATTGCTGCCCGCACGCCCGTGGACCGGGACACTGAGGATGGACTGAAGGCTGTAATTACTTGCTATGATACAGAGACTCGACAGTGGCAAGATGTGGAATCTTTACCGCTTATTGACAATTACTGTTTTTTCCAGATGTCTGTGGTCAATTCAAACTTTTATCAGACAGCATCATGCTGTCCCAAGAGTTACTCCTTAGAAAATGAAGAAGCAGTAAG---AAAAATTGCCGGTCAGGTGTCTGATGAGATCCTTGAAAGCTTGCCTCCAGAAGTCCTAAGCATCGAAGGAGCAGCCATTTGCTATTACAGAGATGATGTCTTCATTATTGGAGGCTGGAAAAACAGTGATGATATTGACAAACAGTACAGGAAAGAGGCCTACCGATACTGTGCTGAGAGAAAGAGGTGGATGCTCCTTCCTCCAATGCCTCAGCCCCGCTGCAGGGCCACTGCTTGCCATGTCAGGATCCCTTACCGGTACTTACATGGCACACAGAGATACCCCATGCCTCAAAATTTAATGTGGCAGAAGGACCGCATCCGACAGATGCAAGAGATACATCGGCACGCCCTGAACATGCGGAGAGTGCCAAGTTCCCAGATTGAATGCTG--AGCTCACCAGCGTTTGCAGCTGAAAACTGTTCTCCCTGTTCTGTGAG----GCGGGGATGCCTGGACTGTTACTTGGAAAAGTATGTCAATGACTTATTTTCTACTTGGACTTATTACCCTATATACAAGAAGTATAGTTA-AAAAACAAATAGAAACTCAGTTCAATGTGGTAATTTTTGTTAGG 

a score=6912
s danRer3.chr12 16387947 195 +  37038836 TCAAAGTTCTTCATGGCGCGTTTTCTCTGAATCTTCATCCACTTTTAGTTTTAGCTCATCCGCTGTGATCAGGCCATCAGCATTTCTATCTTGGTTCTTGAACATGTCCCTTATGACACTATCTGGATCTCGAACTGGTTTAAGGCGACCTTTCCCTTCTGATACTTGCTGTTTGATGAACTGTGAAAACTGGAG 
s mm7.chr11     21558475 192 - 122091587 TCAGAGCTCCTCATGG---ACCCGCTCCTGGTCCTCATCTGACTTCAGCTTGAGCTCCTCAGCTGTGATCTTGCCATCCTGGTTCCGGTCCTGGTTCTGAAACATGTCACTGATGGTTTTGTCTGGGTCTTGCCCAGGCATGAGGCGTCCTTTGCCTTCATTCACTTGAGCCTTGATGAAGGAAGAGAACTGGGG 

a score=5134
s danRer3.chr12 16391263 192 +  37038836 ACTGACCTCATCTAATGGGACCTGATGGTCCTTGTTGATGTCTAGAGCCTCGAATGGCTGAACTGGACTATCTTGGAGCCAAATGAACAGGTATCCTTCAGGAACCCCCTTTTGCAGAGACAACAACTCCAGTTCAAAGCGCAGCACTGCACTTCCAGGAACAATACCAGCTAGAAAAAT--------AAGAAAATACAA 
s mm7.chr11     21558943 200 - 122091587 ACCCACCTCTTCTGGGGGCACCTCTCCATCTTTATTGAGATCCATGTCTTCAAAAAGGCTAGTGGAAGGATCCTGGTACCACACAAACAGGTAGCCTGTGGGCAGGCCATCCTCTCGGGATACCAGCTCCACCTCAAATAGCAGCACAGCACTGCCAGGGACACCCCGGGCTGGAGAGATGGAGGGCAAAGAGAACAGAA 

a score=6555
s danRer3.chr12 16399750 203 +  37038836 AGAAACTCACGATGAAAAGAGAAGCGTGCCATCTAACAATGAGCAATTGTAGTGGTACTGAATAAAGTCATTCACTTCGCTGCTTTCGTTACAAGCCTC---AGATCGATGCAAAACATCCACCTGTACAGGATCTTTGATGTTGTGGAAGTCTATCACGTGGATGTCAAACACCAACACAGCTGAACCTGGGATGTCCTTACCTG 
s mm7.chr11     21559720 206 - 122091587 AAGAACCCACGACGAGAAGAGCCTGGTGCCGTCCAGCAGAGAACAGTTGTAGTGGTAGCGAATGAAGTCCCCGATTTTGGATGTCTCATTGCAGTTCTCAGGAGGCCGGGACAGCGTCTTGATTTCCACAGGGTCCGAAGGGTTGTGGAAGTCGATGACGTGCACATCGAAGATGAGCACAGCCGAGCCAGGGATCTTGTCTCCTG 

a score=6219
s danRer3.chr12 16419589 201 +  37038836 ATCTAACCTGCCCCCTGCTGGCCATAGGCAAGGTGAGGCGGCAAGATGATTCTTCTCCACTCTCCTGCACAAACACCCTGCAAGCCTTTATCTATGCCGGCGATCATGTAGCCCATTCCGATGTAAGTGTTGTACGTCTGGTTTTGTTGATAACTGTGATTTTAAAAGTGATATACAGTAGAATTTAAAAGCAACACCAAC 
s mm7.chr11     21560452 201 - 122091587 ACCCTACCTGTCCCATTCTCCCCGTAGGCAAGGTGAGGGGGCACAGTAATCCTCCTTCGCTCCCCTATGCATGCGCCTTGCAGCCCCTGGTCCATCCCAGGGATGATGTAACCCTGCCCGACATAGGTATTGTAGGTGTGGTTTCGGGAGTAGCTGTAATACAGGGGAAAGGGTGGGGAGGGGGGTCAAAGGGGCCCCACC 

a score=6122
s danRer3.chr12 16419832 203 +  37038836 ACCTAGAGTCAAACATGATGCCATTGAGGAAGGAAGCATTGTAATGGTAACGAATGAAATCGCCTGCAACAGACTTGCGAGCACATGGTTCAGGCAATTTCAGGGTCTCCACAATGATGTCATCTTTAGGGTTGTGCAGGTCTTCCAGGAGAATGTGATATTCTACAGATGCATGAGGAGGAATGCCTGTACCTGAGGGAAAG 
s mm7.chr11     21560713 203 - 122091587 ACCTGGAATCAAAGAGGGTACCATCCATCAAAGAGCCATTGTAGTGGTAACGCATGAAGTCCCCCGCCACAGCTCGCCGGACACAGCCCTGGGGCAGCTCCAGCGTCTCCAGCTGGACCGTGTCCTTCGGGTTGTGGACATCCAGCAGCAGGACATAGAAGACCAGGGAGGCCTGCGGGGGTATCACAGTCCCTGGGGGAAGG 

a score=-589
s danRer3.chr12 16420035 313 +  37038836 AGACACAAGAGAAAGATGAATTAAAGATAAACAAATAAAGAAAACTGACTTAATCTTCTTGCTGGTTATGTGGTGCTGGTGG----------TTGAAGTATACAATATAAAAATTTGA-------------------GTATAAGTACAGATACCATACCCTAATTAAATACTATTCCAATCCTAATAAGGTTACTTCATCCAAGGTACAAAAAATGTTTTTTAATGTAGAAAAAGTTTTGATAAATGTTTAATTGCTTTGCAAGAAATTACTTTATTCCCAAAATGTGCAAATTAAAAAATAA--TGCAAACAAACAAGTTTAATTTACAAATTAAGTTTTTAC 
s mm7.chr6      92827238 317 - 149646834 TGAAATAGAAAAACAATTCATTCCAGACATAAAATTTAGGAAG--TGCTTTAAGCACCACTCATGCCATCT-CTGCTGGTGTTCCTCATTCCTTGAAGTTTTCAAGCCAAGGAAACAAACGCTCTGCTCTCCATGTTGTGTAACTACAG-TGTCTCACCCTAATGTCTAACTGTGGGCATC-----------GCATGATGCAAATTCCAAA-------CCTCTGTCTGGAAAA-----TCCTATACTTTCATGTTCTTTAAAACCAAGAGCCTCATTTTTTAAATGTTCTTTATCCGAAATGAGCTGTTAATAAACAGAAATTAGATAAAAATAAAAATGATAC 

a score=4424
s danRer3.chr12 16428019 156 +  37038836 CTTACCATATCCTTGTTCTCCAAACGCCAGAAATGGGGGGATGATGAAGTGTCGTATTTCACCCACACACATGCCAAGCAAGCCTTCATCCAAGCCTTTTATGAGCAAACCTTCTCCAACGACTGAATCCTGCGTCTGGGAACGCTTGTAGCTGCA 
s mm7.chr6      92831952 156 - 149646834 CTTACCATCTCCCTCCTCCCCGTAGGCCAGAAAAGGGGGGACTGTGATGATACGCTTCTCGCCGACACACATGCCCAGCAGCCCTTTGTCCATTCCAGGGATCAGCCATCCAATCCCCACGTACGTGTCATAGGTTTTCATGCGATTATGGCTGAA 

a score=4504
s danRer3.chr12 16430546 216 +  37038836 ACCTGGAGTCAAAAACAGTTCCATCCAGCAATGTCCCATTGAAGTGAAAACGCACAAAGTCTGTTCTCATAACAGAGCGCCTGCAGTCTTTAGGTGTACTGATAACTTTGGTCTGAACCTGGTCTGCCCTGTTAAAAATGTCCAGTAAAACCAGATCAAACACTAATGTTGTGTCTGGTGGCACTGTATCACCTAAAATGGAACAGAAGAAAAAGG 
s mm7.chr11     21561466 216 - 122091587 ACCTGTTGTCAAAGGCAGTGCCATCCAGCAGAGTGCCATTGTAGTGATAGCGCACAAAGTCACTGTTCTGCACCATTCGGGGGCAGTAGGGAGGGCGCAGGAGGATAGTTGACTGCACCGTGTCTGCTTTGTTCCACACGTCCAGCAGGACCACGTCAAAATAGAGGGTGGCATCAGGGGGGATGAGGCCCGCTGTGGGGAAGCAGCAGAGGTGGG 

a score=4037
s danRer3.chr12 16434296 152 +  37038836 TACCTGCTCCTTTGCTACCGTGGGCCAGATGAGGAGGCACCGTGATCTTTCTGCGTTCATTTATACACATACCCAGAATGCCCTTGTCCACACCAGCAATTTGCCATCTTTGACCCACCTGTCCAAAGAATGC------AGTACCTCTCTCATAGCTG 
s mm7.chr11     21562000 152 - 122091587 TACCCACACCGATGCTGCCGTAGCCCAGGTGGGGAGGCACAATGAGGCGGCGGCGCTCGTTGACACACATGCCCATGAGACCCCGGTCCATGCCGGTGATGAGGCGGCCTACGCCCA------CAACGATGGCCACCAGGGTGCTACGGTCATAGCTG 

a score=4942
s danRer3.chr12 16435997 146 +  37038836 TCTCACCTAGAGTCAAACCGCTTTCCATCAGTAAAAGTGCCGTTATAGTGATACCGGACAAAATCTCCAGATTTCACCTCTCTGACGCAGCGCTTAGGAACGAAGTATCGATCAATTAAAATATCGTC-------GATTGGCCCGGGGTTGCA 
s mm7.chr11     21566517 153 - 122091587 TCTTACCTGGAGTCAAACTTTTTCCCGTCTTCGAAAGTGCCATTGTAGTGGTAACGCACAAAATCCCCCATCTGCACTTCTCGGGGACAGGCCCGAGGGATGTGGTATCTCTCGATGACCACATCTTCCAAGGGGGCTCCGGCCGGGCTGGCA 

a score=-871
s danRer3.chr12    16484226 228 + 37038836 TCCCTGCAACAGTAGCCAGGTCTCCAGCTGATAGTCTGGCTTGCTATCCTCCAGTTGATTTACTCAGCTTATTAGACTAGTTGTACCTATAAGGAGCTGCAGTCTGCCAATTCATGGGAATTCACTGGCCCAA----------TTTCTAGTgctgtggtcacactacagtttaagca------ttagaaattctgttgtacagcgctttgaaaaggggAgtccaaagaggtcatgttttgatct 
s mm7.chr14_random  4869576 211 + 13832797 TCCCTGC--CAGTTGTTGGGGCAGTGTCTGCCAGCCTTGCAGGCCA-----CTGGTGAATTACC-----------ACTACCT-TCCCCATGA----TTTCACTGACCCAGTGAGTGGGAGGTCAAGCCCCCAAGGTTCTCTTGCGTCTAGTGCCAAG--CATTCTTCTGCTAGTGCAGGTAGGTGACCCATTCTGGGG-ACAGTGCCATGT---GGTGAGTTTGAATGGG----GTGGTAAACC 

a score=11964
s danRer3.chr12 16484454 186 +  37038836 tctaatggtTGTGCAGGTTTACTATGGTGAGCTCAGAGGGGAAAGAAACCTCCCGTGGAGCATAAGGGCAAAAGCTCGCTTGATCTTAATTTTCAGTATGAGTTTGGACCAACAAAACGGGGTCTCACAATTCTTCTGGCTTTTGAGGTTTTAAGCGGGATGTGTCATAAAGGTTACTACAGGGAC 
s mm7.chr12     76309589 186 + 117814103 TCAAAAGGTAATGCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCCCGTGGAGCAGAAGGGCAAAAGCTCGCTTGATCTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCTCACGATCCTTCCGACCTTTTGGGTTTTAAGCAGGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGAT 

a score=-355
s danRer3.chr12 16484775 403 +  37038836 tgaccgtggctTTACTGTTCGAAGTAATTTTTTCCAAATGTGTCGTTCTGATGCAGCATCTCTGTTCCCTCCTT--TAGGGAATGTTTTTCAAAAACTTTTTTCCAAAATGCTGATTCATCCACTTCTGAAACAAATGTTTACGAGTTATTCATGGAATCattaaaaaatgtattacatttttttttttttaattatGCA----ACAATTAACTTTTTTTCAGAACCTGTAGCAGGCACATATAGGTGTAAACa-----tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata-------------tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatCTGGCATT 
s mm7.chr12     76309857 416 + 117814103 TACCCACAGTTTTGTTAATTCTGAAAACTTACTACAGCTGTCTTGCTCTTGGTCATTTTTTAAAATTCTtttataatttggtttgatttgcatgagtgtttgt--------ttgcattgtacatgtatgtgccatatatatgtgtgctgttcatggaa--accagaagaggatgttggttcccttgttgctggagttgtagttggctatgggctattttgtgggatctggggctcaaacttgaattagcaaacaagtgctctACTTTTTTAAAAATCAATATAAGTAGGTAAACTGGTTTATTTATTTTTTTATTTGTATAACTAGTCATAAAGCCTTGCTCAAACTTTATTTCTGCCCATAACTACGTTTAAAAAAGATTATTTGTTTGTTTTTCTCT-TATAATTACATAtttttattggctatt 

a score=4147
s danRer3.chr12  16505918 95 +  37038836 CGCACTGCAGGTTCGGAGGGGTCCACGCACAGTCCAGAGTGAAACAAAGTATGTAGAATTACTAGTGGTCAACGATTATGACCTGGTAAGATCTT 
s mm7.chr11     102881485 95 + 122091587 CGCCCTCCAGGTCCGCAGGGGCCACCCCACAGTGCACAGCGAGACCAAGTATGTGGAGTTGATTGTAATCAATGACCACCAGCTGGTAAGTTCCC 

a score=3080
s danRer3.chr12  16506092 100 +  37038836 TTGTTTGATGTTTCTTTCTTTAGTTTGTACAGATGAGAAGATCATCACCTCAGACAAGAAATTTTGCCAAAGCTGTAGTGAACATGGCTGATGCTGTACG 
s mm7.chr11     102881629 100 + 122091587 TTACCCCACCTTTCTCTCGGCAGTTTGAGCAGATGCGGCAGTCAGTGGTCCTCACCAGCAACTTTGCAAAATCTGTTGTGAACCTGGCAGATGTGGTAAG 

a score=3943
s danRer3.chr12  16506222 236 +  37038836 GGGTACAGTGGACATTTT-------------------------------------TATAGTTAACAAA--------------------ATATTCTATTACATTTCAGATTTACAAGGAGCAGCTAAACACAAGAATAGTGCTTGTCGCTATGGAGACATGGTCAACTCAGAACATGGTTTCTGTCGGTGACGATCCTTTGGTGACCCTGCGTGACTTTATGAAATACAGGAAGGAGAATATCAAAGAGAAGAGTGACACAGCTCACCTCCTCTCGTATGT---TACACTTCCCTCT 
s mm7.chr11     102881768 296 + 122091587 GCATCCAGGAGTCATTGTCAGTCACTGACCCCCCCCTCCCCCCACTTCTTGGAAATATAGATTGCAGCCTCCCTCCAGCCCCTCCCCCATCTTCTCTCTGGGCCCAGATATACAAGGAACAGCTCAACACAAGAATTGTTCTGGTTGCCATGGAAACGTGGGCAGATGGGGACAAGATCCAGGTGCAGGATGACCTACTGGAGACCCTGGCCCGGCTTATGGTCTACCGGCGGGAGGGTCTGCCTGAGCCCAGTGATGCCACCCACCTCTTCTCGTGAGTCCCCACACTGTACCCT 

a score=4437
s danRer3.chr12  16507872 162 +  37038836 ATTCTGGGTATTATTTGACCCACAGGGGACGCACATTCCAGAGCAGTCGCAGTGGCACTGCCTACATTGAGGGGATCTGCTCACCAACAAGAGGAGGAGGAGTCAATGAGGTGAGATCTAAATGG---AAACAGCACAGA-GCTTGCCAAACTAAAGATACAGTGA 
s mm7.chr11     102882409 160 + 122091587 ATCCTGACCACTCTCTCCCTTCTAGGGGTAGAACCTTCCAGAGCACCAGCAGCGGGGCGGCCTACGTGGGAGGCATCTGTTCACTGTCCCGGGGTGGAGGTGTGAACGAGGTGAGCACCCAGAGGCCCAGCCAGGACAGAGGCTTGCT------AAGACCCAGTGA 

a score=-2274
s danRer3.chr12 16508034 573 +  37038836 GCCATC------ACCATTTCTCCCTTGAGCTAGCTGTTTTGCATTAACCTT---------------------TTTTTTACTGATACAT-----------TTTATACTGGTGTCACTGTACCTGATTTATTAGTGCATTTTATTCCAAGGGAAAAAAAATTCTCTTTGAAAGTGAATTCATA----TTTATGACTCAaatttagagcttcacggcaaaagctttgaatacttatgaacatgtgatttttcaAGGGTTTACATTTTTAATaaagtgaagcgctatgaataccttctggat--gcactgtaTCatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacacatacagtgcttaaatgtatatgagtatgtccattacaaatctctcatttaaattattata-----ttctataggaagctt-------tacatttgt----gcattttttatttgtgcgtatacatt----agtttagtcagtactgaatccaaatctggagctaatctaacaaaataacaagataacggtctaaaattagtacacctaaatttataggatagggaaaaTTTTGtaataattttttttaattttgtttaaaaaattattttgttaaaatttt 
s mm7.chr1      63787224 588 + 194923535 GGCCCCGTGTATAACTGTTCTCCCACAAG-----TCTTCAACAATGACTTTAGGGATGTAGTAATGTGAGTGGTTCAGATCAGTAAATGGAGCCCTGAGTTCATACTGACAGCTTTGTATACCA-CCATGGAAGTTTTGTACTCTAATGGTACAAACATTACC--TGAAAATTGGTTCAGAGATTTTTAGGTCTCTAGTTGAGATGTT-------AAGTGTTTATCAACTTATCAATCCTTTTTCCTGTGACTCtttttttttttaat------------ttttaatGCTTTCTTGTTTAGAATTAGCTCATTTAAATAAAAGT-TTTATAGAT-TATAT-----TTTGTCTTCCTATA-------TAAATTTTCATTTTTATGTCTTCTACTTAAGCTTGGTATGGATTAAAACAAATGTTTTTATAGAACCATTGTTTGGGTACCTTTATCACAAAAATTTTTAATTGAAAG-AAGCACTCCAAAGCCCAGCCA--ACTGTTTCAAAATCCTGGCAAGCACTGGGATAGGTCTTATTCGGCAGTCTCACTTCAGAATGC-----TTTTAGGTACTGGGAGATCTTTCTTTCtttctttcttttttttttttaggtattttcctcgtttacatttt 

a score=100
s danRer3.chr12 16509966 1 +  37038836 C 
s mm7.chr1      63788385 1 + 194923535 C 

a score=5904
s danRer3.chr12  16509967 242 +  37038836 AGTATGGAAATGTAGGGCCCATGGCTATCACTTTGTGTCAGAGTTTAGGACAGAACCTTGGAATGATGTGGAATAAAGACCGCGCTACTGCTGGTAAACAAACTTAAAACTTTTAAATCTTTTACTGTTTTACTAGAAAAAAAATGGGAGCAATTGT--------------------TTTAATAAGTTTGTATGTGTGTTC-AAGGAGACTGTAGATGTCCTGATCCATGGTTAGGGTGCATCATGGAGGATACTGGGTGAGT 
s mm7.chr11     102882615 258 + 122091587 AGTATGGCAACATGGGTGCCATGGCGGTGACCCTGGCCCAGACGCTAGGGCAGAACTTGGGCATGATGTGGAATAAGCACCGGAGCTCAGCAGGT--ACCAAC---AACCCTCCCAGACCCACACAGAGCCTCAAGAAATGAAGAAGGGGCCAGTGGGGGTGCTTCTCCACTCTATATCTCATGTGTTCTTAAATCTCCTCTTAGGGGACTGCAAGTGTCCAGACATTTGGCTGGGCTGCATCATGGAGGACACTGGGTGAGT 

a score=4542
s danRer3.chr12  16514305 236 +  37038836 TAAAGATAATTATTGCTTAAGTTTTAGAGCATACTAATTGCAATTCTACGCTTT---TGTAAAGTTTATTTAATCTGGATAAAAGCGGTTGGCAAGTGTAATTGAACAGTGTGAATGTTATCATGTAATCCTCACAGGTACTATCTACCCAGAAAGTTTTCGCGGTGCAGTATAGAGGAATACATTCAATTCCTTCAGCAAGGAGGGGGGAGCTGTCTCTTCAATAAACCAAACAAGGT 
s mm7.chr11     102883180 228 + 122091587 TAGACAGGAGTATGGGATTGATTGTCGTGCAACCTCAGGGCAGTCCTTCGGTCTCCTTGTAGTAGTAACCAAGTCTCTCGAGGAAGGGCTGTCCC-----------CAGCAACACAGTTCCCCTCTCGCCCGTCTAGGTTCTATTTGCCCCGCAAGTTCTCGCGCTGCAGCATCGACGAATACAACCAGTTTCTGCAGGAGGGAGGCGGGAGCTGCCTGTTCAACAAGCCCCTCAAGGT 

a score=869
s danRer3.chr12  16516915 321 +  37038836 TTAACACTGCATATTTTATAGAATTGGCAGTGACATGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTCAATACAGTTGTTGGATCCTCCTGAATGTGGCAATGGTTTTGTGGAACAGGGCGAAGAATGTGACTGTGGCTCTCAAGTGGTGAGAACAAGAAGACCAGAATTGACAAATT---------------TGCTCTCAACAT------------------CCAAAAGAAATAGAGTATTCATTAATTCATTGTTTTCACACTGTTTTCAAATGTGTTAGTTTAAGGGAACAGAAAGTTGTCTATTGCAATGCTGTGATTAAATTAATGCATT--GGTTTTTACCGGTTG-TGCTCTCTTGT 
s mm7.chr5      144881583 344 - 153054177 TTAACCCTGTGAGTTTT-TGATATTGATGATTCTGTACTTCAGTCCTGTT-TGGCTTCCTTCCCACAGCTTCTTGATCCTCCTGAGTGTGGAAACGGCTTCATTGAAACCGGAGAGGAGTGTGATTGTGGCACCCCTGCAGTAAGTCCCTGTCATTTTGAGGTTCCTTTTTAGGTCGCTAGCTCCATGCTCTCGAGATAGTATGGAGCATTACATCTTAGAAATTTTACAGGATTTGTGGATGCATGATTGTTATCGTGAATTCAAACAT-TCACTTTAA----AAAGGATCTTG------GTACTTTTGGGAAAATGACAATATTTTCTAGTGTTTAACACCTGCTTATATTCCTT 

a score=5395
s danRer3.chr12  16517236 102 +  37038836 AGGATTGCTCTCGGGCTGGGGGTGCATGCTGTAAAAAATGCACTTTAACTCATGATGCAATGTGTAGCAATGGATTGTGTTGTAACCGTTGCAAGGTAAGTA 
s mm7.chr11     102883670 102 + 122091587 AGGAGTGCAGCCGAGCAGGGGGCAACTGCTGCAAAAAATGCACCTTGACGCACGACGCCATGTGCAGCGATGGGCTCTGTTGTCGCCGCTGCAAGGTGAGGA 

a score=3615
s danRer3.chr12  16518778 97 +  37038836 tgcgtgtgtTGC--AGTATGAGCAGAGAGGAGTGATCTGCAGGGATGCAGTGAATGATTGCGATGTGCCGGAAACCTGCTCTGGAGATTCGAGTAAAGT 
s mm7.chr11     102884055 99 + 122091587 TGCATGCTTTTCCTAGTATGAGCCACGAGGTGTCTCCTGCCGAGAAGCGGTGAATGAGTGTGACATTGCAGAGACCTGCACCGGCGACTCAAGCCAGGT 

a score=2375
s danRer3.chr12  16518949 77 +  37038836 CGCTTTATTCTTTTCTCAAACAGTGTCCACATAATGTACACAAACTGGATGGATACATGTGCGATGCTGGACTGGTA 
s mm7.chr11     102884670 74 + 122091587 ctctctctctctctctc---CAGTGTCCCCCTAACCTTCACAAGCTGGACGGTTACTACTGTGATCATGAGCAGGTA 

a score=4382
s danRer3.chr12  16519362 102 +  37038836 CAATAATCTGATATTTCTTTTGGC---TTTCTCAGGGCCGCTGCTATGGGGGTCGCTGCAAGACCAGGGATGCCCAGTGTCAGGCGCTCTGGGGCCATAGTGAGT 
s mm7.chr11     102884798 105 + 122091587 CAGTGTCTTGATGCTTCCTCTCCCACGGCTCATAGGGTCGTTGCTATGGAGGCCGCTGTAAAACCCGGGACCGGCAGTGCCAAGCCCTATGGGGCCATGGTGAGT 

a score=5142
s danRer3.chr12  16522088 115 +  37038836 TAGATGCAGCAGATCGTATGTGTTATGAAAAGCTGAACATTGAGGGCACAGAGCGTGGCAACTGTGGTCAGGACAGCAGCTCACACAACTGGATTCAGTGCAATAAACAGTGAGT 
s mm7.chr11     102885103 109 + 122091587 TAGCGGCTGCGGATCGTTTCTGCTATGAGAAGCTGAACGTGGAGGGGACAGAGCGTGGAAACTGTGGAC------GCAAGGGATCTGGTTGGGTCCAGTGCAGTAAGCAGTAAGT 

a score=100
s danRer3.chr12  16522203 1 +  37038836 G 
s mm7.chr5      144889213 1 - 153054177 G 

a score=-359
s danRer3.chr12  16522337 139 +  37038836 CAAAATTGTTTTAGTTTTATTAGGTTTAACCTA----------ATATTTTTAGTCAATTTGA----TTAGCGTAAGTTGAGGCAGTAAGAGCTTTTACAGTGTGGAATATTCATTATTTTTCCTCCTCGTCTGTATAACACTGTTATTTCTGT 
s mm7.chr5      144895209 141 - 153054177 CAACATTGGCTTA-TTTTATTTTGCTTAGCATACACATGAGTAATGTCACTGATAGATGAGAAAGACTAACAAGAGAGAAGTCAGTA-----CTTCAAAGTGTGAACT-----TCATTTTGTCTTGGGGGAAGAA-ATCAAGTTGATAACTGG 

a score=4610
s danRer3.chr12  16522476 196 +  37038836 CTGTGTTTATTTACAGGGATGTACTGTGTGGTTTTTTATTGTGCACTAATATCACAGTGAAGCCGCGGTATGGAGACTTGCATGGAGAAAGCACAAGTCTCACCATCTACCATCAGAACAAGTACCTGGATTGTCGGTAAATGAATCAATTTGGTTTTGGGGTGGT----------ACTGAGGTAGGAA-TAGTTGACAAAAGGTGA 
s mm7.chr11     102885340 206 + 122091587 CCATGTGTCCCTACAGGGATGTGCTCTGTGGCTTCCTTCTGTGCGTCAACATCTCTGGAGCTCCGCGGCTAGGGGATCTGGGGGGCGACATCAGCAGTGTCACCTTCTACCACCAGGGCAAGGAGTTGGACTGCAGGT-GTTGTCTGGAACCGTGGATGGGGAGGTTGAAGGGACAACTGTGATGGGGACTAGAGGACAGGGGTTGA 

a score=-1851
s danRer3.chr12  16523681 362 +  37038836 tctgcaacaaatttaactattattaaattagaaaaccgataccttttttcatttgtgttttccatattccatactttccaattttttttcgattcagggttgAATATATATATATTTGAAGTCAGATATATATATATTTGAAGTCAGAATTATTAGAATTA---TTAGTTTtttcttttttcat--ttcttttttcatttgttttatttcg-------------------------gctagaataaaaacagttttt---tatttttaaAATAATAATAACTTGCTCAATTACCTAAACTTGCCTAGTTGTAAGTAGACAGGTCTTCAGGAATAGCAATGGGCATCCTGATCTAGAGGTTGTTTGCATTAAGATG---------TCACCGAG--CTGTTATTT-------------GTG 
s mm7.chr5      144898372 397 - 153054177 tttgtaaaaattctaaatattat--aattatCTCATAGAAGAATTAGATCATAAGTTTCTATTGCTTCCTATACTTAAAGATACTTct-------gggtgtggtgatatatgcctttgacaccag-catatgggagagggaggccagagcaaccaaagttagagccagttttgtttatagtaagaattcgatgctcatctgggctacttaacatcctatccccgtgaaacaaaagaaCAAGAATGTAAACGTCCTTTGGCTATTGTTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTT-TATATCAAATAATAAGCAGA--AGTCCAGAGAAGCGATATTG----TCTCCTTTTAG-----TTTTAAACTCAGATGAGAGTGAATTAACGGAGTCCTGTTTTCTCTCTGCACACAATGTG 

a score=6539
s danRer3.chr12  16524043 142 +  37038836 TCTTCAGTGGTGGTCATGCAGTGTTAGAGGATGGCACTGATCTTGGGTATGTGGAGGATGGCACACCTTGTGGTCCTAATATGATGTGCCTAGACCATCGCTGTTTGCCGGTCACCACCTTCAACCTGTCATCCTGTCCCGG 
s mm7.chr11     102885562 142 + 122091587 TCTCCAGGGGAGGCCACGTGCAGCTAGCTGATGGCTCGGACCTGAGCTATGTGGAGGACGGCACGGCCTGTGGGCCCAACATGTTGTGCCTAGATCACCGCTGCCTGCCAGCCTCTGCCTTCAACTTCAGCACCTGCCCTGG 

a score=4148
s danRer3.chr12  16525373 211 +  37038836 TTTCCCACTTATGTAGACATTCCCTTTCTGTCTCTTTTTTAGACTTGCAGTAATGAAGTAAAGTGTATCTGTGACTCAGACTACACCGGGAAGGATTGCAGTGTATATGACCCCATTCCAGACCCCCAGCCTCCAGATGGTCCTGAGAAGTACAAAGGT--TGATAACACATTTAGTCACTCCTTA-GTTGTACTTTTTCTTTCTTTGTTTATG 
s mm7.chr11     102885796 205 + 122091587 TTGCTTATCCATGCTGGCCTCGCCTACCTGT---------AGGTTTGCAGCAACGAGGGGAAGTGTATCTGTCAGCCAGACTGGACAGGCAAAGACTGCAGTATTCACAACCCACTGCCCACGTCCCCTCCCACTGGGGAGACTGAGAGATACAAAGGTGAGGCTGAAGTTGCCCAGCACTGTCTATGTTGCCCGTTTTCCATGCTTGTCCCTG 

a score=5593
s danRer3.chr12  16527724 104 +  37038836 TCAACAGGTCCAAGTGGTACAAACATCATCATTGGCTCTATAGCAGGAGCGATACTATTGGCAGCTATAGTACTTGGAGGAACAGGCTGGGGCTTCAAGTAAGA 
s mm7.chr11     102886021 104 + 122091587 TCCCCAGGTCCCAGCGGTACCAACATCATCATTGGCTCCATCGCCGGGGCTGTCCTGGTCGCAGCCATCGTCCTGGGCGGCACGGGCTGGGGATTTAAGTAAGA 

a score=2141
s danRer3.chr12  16529811 164 +  37038836 AAGTCTTATTCTCTGTCTGTTTTGTTTATTGAATAC-----------AGAAATATCAGAAGAGGAAGGTATGACTCTGCCCAACAAGACATGATGTGATGGCATAAACCATATTCATCTTCCACATATTACACCATTTTCTGTGTCTTTGTTT-GCCAGTTAGTTTCTGTTTTGTT 
s mm7.chr11     102886622 162 + 122091587 AATTTCTTTTTCCTATCTCTCTTGCCTGTCCTCTCCTTGGCTCCTGAAGAAACATCCGTCGTGGAAGGTACGACCCGACCCAGCAGGGGGCAGTGTGATGCCGGCCACGTCATCCCTC--------------CCGCTGTCCTTGTCTCCATTTCATCCGTCCCTTTGCATTCTGTT 

a score=3611
s danRer3.chr12 16556469 466 +  37038836 TTCTACATGAGTCCACAGCATGGCTCTTTTGTATTGGTTGTTTCCTCTTCTGGTGCTTTGAGCTTCAGCAGAGGTGGATCTCCACTAGCCTGGGTAAAGTACACAGC---ATTAGGAGCTACAACCTGTTGTACTGATTCGGAGGGCTCCAGCGTCCCTGGAGGCCCCTCAGGGACAGGCTCATCCTGTGTGCCTGCAGACAAGGGTAAAGGTGGTGCTGGATGCTTATTCAGTTTAGCTGCAGCTCTCTGTCGTTTGAGATCTGCGAGTGTGTGGTGAGATCTCTCTCTGCTCATGCTGTCCCCGCCAGCAGAAGCTGAACCTGGAGAGAGCTGATAGGAGGCGCTGCGATCCATGAGCCCCCCGCTCTGGAGTTCTCCTGAAAATGAACCTGTGCTACCGTTCCCTATAACTTGGGCTCCATTTTCCACCTC---GCCAACGTCTAATGG--------AGGAACAGCGATGGCATTAG 
s mm7.chr15     26870159 411 - 103647385 TTTCACATGAGCAAGCAACACGGCCTCTTCTCCACAGACGCCTCCTCCGAGGGAGCAGTGAGCTTGAGCAGGGGCGGGTCCCCAAT----TGTGCTGAAGCCACAGTCAGGCTGGGAGGTCCCAGC--ATCAACAGACAGGCCAGGCTCAAAAGTCTC---AGGCCCTTCAGGGGCAGGT-----------------------------------CGCTGA----------AGCTTTGCAGCCGCTCGCTGGCGTTTCAGTTCTGCCAGTGTGTGGTGGGCCTTGTCCCGG---ACGAGGGCATCAGGGGCACTGTTCTCCTCAGGACTCAGATGATAGGAGACACTCCGATCTAGACGCTTGGAGTACAGGTGTCTCCCGGGGGGGGCCCCTACTTGGCCATT--GTGTGGTCTGG----------CCACCTCAGGGCCATCGTCCTGTGAACAGAGCCAGGAACCCAGAAGCCATCAG 

a score=3861
s danRer3.chr12 16562802 228 +  37038836 TTCTCACCAGTGAAGCATGCAGGTTTAATTCTGCATCTGTTTGTCTGTCTTCATCATC-----ATCCAAGGCTTCTGTTTGTCTTCCTCTCTCCTGCCACACCTTGGCTTCCTTCTGATGCTCTCTACGGTAGAGACTGCTACGCTCATTCACACTGCTGCGCCTCACTACTTTTCTGCAAACAAAAAAGCACACAAAGAAGAGCTCATAT----ACCATTGCCAAAGAGTTTTGTT 
s mm7.chr15     26870796 232 - 103647385 TGCTCACCTCCGGGGGCTGCAGCCGGAGCTCAGCGTCTGTCTGCCTGTCCTCATCCTCTAGAGGTTCTGGACTGGTGGGTGGCG-----GCTGCTGCCACACAATGGCCTCTTGGGCATGCTCCTTGCGGTACAGGTTGGTGCGATGTGTCAGGCTCACTCGTCTCACCACCTTCCTGGGAGAGAGAAAGTTGAGACGTCATTACCCATCTTACAACCAATGCCCACAAATCCTACT 

a score=3754
s danRer3.chr12 16567635 208 +  37038836 ataccatcagaaacttataac-----ggccaacgtctaGTTGTTAAAATGCTTTATTTGACTGTCCTCTTGAGTACTCACCCTCTGCTGCCAGTGCTGGACACCCGTCTCTGCAATGTGTTCTTGTGTTTGTCCTGACCCTTCATAATGGCATCATGTTTATGTTTCAACTCCATCATTTTGGCCCGGACCTCCTCATCAGTGCACACATCTG 
s mm7.chr15     26871031 211 - 103647385 ATATCACCGCCAGCTGATGTCCCTAGGGGCAAAGCCTAGGTCTCAACAAGCGGACAGTGACCA--CAGCAGGAGGCTTACCCACGGCTGCCTGCACTAGAGGTACGGCGGCGCAGCAGGGAGCGCTGGCGGCCCTGGGCCCGCAGGAGTGCATCTTGCTTGTGCTTGAGCTCCAGCAGTTTGGCTCTCACCTCCTCATCACCACATACATCTG 

a score=3852
s danRer3.chr12 16567915 88 +  37038836 TTTACCCAGAGGTGTCTCATCCAACTCAGACTTGGCATTTAAACTTGCACCATGAGCCACCAGCAGCTCCACCATCTGGATCTACAGG 
s mm7.chr15     26871314 88 - 103647385 CTCACCGAGGGGTGTCTCGTCCACCAGAGATTTTCCATTCAGATCAGCCCCATGTGCCACAAGCAATTCTACCAGGTGTACCTGCAGG 

a score=4450
s danRer3.chr12 16568369 147 +  37038836 TCACCTGTCCCCAGCAGGCGGCAGCATGGAGTGGTGTCCAGCCATCAGCATCTCTCTCA-TCAGGAGACAACCTGTGCTCAAGCAACAGCTCCCCGACTGACATGTATCCATTAGCAGCTGCTACATGCAACTACAGAAACAAACCAC 
s mm7.chr15     26871477 145 - 103647385 TCACCTGGCCCCAGTAAGCCGCAGCATGCAGAGGCTCCCAGCCATCATGGTCCTTAGCGCTCAGGCTGGCGCCT-TGCTCCAGCAGCAGGGTAGCCACCTCACTGAACCCATTAGCAGCGGCGATGTGCAGCTGCAG--GCAGACCAC 

a score=3044
s danRer3.chr12 16570409 155 +  37038836 CATCCTGTCTGCCTGCACTTTATCTTACCATAGTTGCTCCCTGCTCATCCTTCACATTCAGATCAGCTCCATTTGTTACCATCTCTCGAAGGTCAGTGAGCATCACCCTCTCCTTGGCTCCACGGCATTCGTCAATTTTCTCCTGAGTAATCCCT 
s mm7.chr2      24056154 152 - 182548267 CACACTGCCTGGCCGGTCTC---CTCACCAGTGTGGCACCCTGGCCATCGATCCAGTCGAGATCCTGGCCCGCTGCTATCATGCAGTGGATGTCTGAAATCATCTTCTGCTCAGGGGCTGCTCGCATCTCGTTGATTTTCTCCTGTGTGATGCCT 

a score=91
s danRer3.chr12 16572372 1 +  37038836 T 
s mm7.chr2      24058097 1 - 182548267 T 

a score=4764
s danRer3.chr12 16572373 131 +  37038836 CATCCTTACCTTGCTCTGCCATGATCATCTCGATGAGCTCTAACGTAGCCTCATCCTCACACAGATCATATGGCATGTTTCCATCTGCATTCACCGCCAACAGATCTGCACCCCT-----GAACACATTTAAACCA 
s mm7.chr15     26871884 136 - 103647385 CACACTCACCCTGGTTGGCCATGGCAGTCTCAAGGCAATCCAGCGTCTGTGCGTCCTCACACAGGTCGTAGGGCATATTCCCATCGGAATTGACTGCAAGGAGATCTGCACCACTACAAGGCAAACAGATAAGCCA 

a score=5806
s danRer3.chr12 16573160 153 +  37038836 ATCAGCATCTGGACAAGGTCAGTATGTCCACAGGTGGCCGCTGCATGTAAAGGGGTCCACAGCTCACTGTCACACGCATTCACATTTGCACCTGCATCCAGAAGACAGCGTGCTACCTCCAAAAAATCATCTATGCAGCTCTGTAAAAACACA 
s mm7.chr15     26872839 153 - 103647385 ATAAGGAGTTCCACCAGATGCAGATGGCCACAGGTAGCTGCAGCATGCAGAGGTGTCCAGCACTCACTGTCTCGAGCATTGACATCAGCCCCAGCGTCCAGGAGCTGCTGTGCCATCTCTTGGAAGTCGTCAATGCAGCACTGCAAACAAGCA 

a score=203
s danRer3.chr12 16573313 12 +  37038836 AAAGTTTAATGA 
s mm7.chr2      24060874 12 - 182548267 GAGGCAGAGTGA 

a score=3455
s danRer3.chr12 16576306 95 +  37038836 TGAATGTGTACCTGATGTAGAGCAGTGAGCCCATCCTCGTTGAAAAGGTCTGGACTGACTCCATTATTCAGCAACTGTCTTACTGCCAAAAGACA 
s mm7.chr2      24066560 95 - 182548267 TGCCTGCTTACCTGGTGCAAGGCTGTAAGTCCATCCTCATTGCACAAATCAGGGCTAACCTTGTTCTTCAGGAAGTAGCGAACTGCAAGAGGAAA 

a score=6074
s danRer3.chr12 16577387 264 +  37038836 TAGTACTC---TATTCTTACCCTCCTCGATATCATTCCTGGCAGCAGCCTCCAACAGCATCACATTGGA--GTTAAAGGTCACCCTTCTGCTTTTCTTCACC--CCATCTCCCTT-GTGGTCG-GCCTTGTGACCACGGGCACTGT------CCTTCTCCATCTGAGCCCAGCCTTTGAGCTGCTGTGCCCGTCTCTTCTGCGCCTGCTTCAGGCGCTCTGTGGCTGAAAGACGCCCAATAGATGCCATTTCTGCTAGCAGCTCTCCATGCTCTGCCAT 
s mm7.chr15     26873661 279 - 103647385 TAGGACTCAAGCACACTCACCTTCCTCCAAGTCGTTTCGGGCAGCAGCCTCCAGAAGGGCAACGCTGGGAGGGAAGAGGACATGCTTCCGAGGCCTGAGGCCAGCCACCTCCTTCCATGGTCGCTCCCCATGGCCCTTCTTGCTGTGAGCCTCCTTCTCAGCCTGGGCCCACATCTTTACCTGCTGGGCACGTCGCTTCTGGGCATGCTTCAGGCGCTCCTGGGTACTCATCCTGCCTACCATGGGCATCTCTGCCAGCAGCTCCAGGTGCTCGGCCAT 

a score=1941
s danRer3.chr12 16615695 455 +  37038836 CGGGATTGACATGAAACTGTGAATTGTTTGCTGCTCAAATAGAGTTGACCTGGAGCCAGCAGTCTGAGGGGTTGAGGAGCGACCATACCTTCCACCTCCCCCCACTACATCAGCATGACAAAGCACTGGGGGGGTCCAGGCTTGTTGGCACCACCCGTGATCACCGTAGGAGAAGGAGCACAACGCGACCATCACCTTGACTGCAGAATCGGCTATTCCTCTTCCAAGCGCAGCTGTCATCGCTCCTCAAACCCTTTGCTGGAGCTCGGTGGCCGGCTGGATAAGTCCACAGGGATGGCGCAGGACTCTTGTTATAGAGCCAAAGCGACGAATCAAGGCCCATGGGAACTGCAG-GATGGAAACTCCAGTGGAG----------GAAAGAAGAAAAACTATCAGCGTTATCCCAAACCACCGTACTCTTACCTGGCAATGATCGCAATGGTCATCCAGAACTCGCC 
s mm7.chr15     26894836 368 - 103647385 CAAGATTAACTGAAACCTGCTAATTGTG-GCTGCCCACACA-CGTTCCCCT--CCCCCACAGCCT-------------------CTTTCTGTCACCCCTCCCCCTTTCATCAGAATGATAAAGAA------AGGGCCTGGCCTGCCTGTCCCAGC----ATGGCC-TCGGGCTGGGACCTGGCCTCAACTTACACTCCGACTAC-----------------------------------------CCCGAGCCCCCAGTT--AGCCCTGGCTCCGGCC-----------CAGGGCTACCTC------CCTTGTATGGGGCCTC-GCGACAACTCTCAGC---TGAGGCCTCCAGAGGCAGAGTCTCTTTCGAAGACCCCCAAGAGGAGGAAGAAGAGATACCTACGGCATGACAAGCCCCCCTACACCTACTTGGCCATGATCGCCTTGGTAATTCAGGCCGCACC 

a score=3463
s danRer3.chr12 16617627 115 +  37038836 CAGATTCTGAAGGAGATCAGCACTCTCTTTCCATTCTTTAAGGGGAATTACAAAGGCTGGAGGGACTCTGTCCGACACAACCTGTCTTCATATGACTGCTTTGTCAAGGTGTGTA 
s mm7.chr15     26895497 115 - 103647385 CAGATTATCCGTCAGGTCCAGGCAGTGTTCCCCTTCTTCAGGGACGACTATGAGGGCTGGAAGGACTCCATCCGCCACAACCTTTCCTCTAATCGGTGCTTCCATAAGGTGGGAT 

a score=2139
s danRer3.chr12 16617784 666 +  37038836 TTAGTGTAACA-TTATCTTGTTGCCCTTAACTATCTAGGTGCTTAAAGATCCTGGAAAACCTCAAGGTAAAGGTAACTTTTGGACTGTGGAAGTGAACCGAATTCCCTTGGAGCTGCTAAAGAGACAAAATACAGCAGTGTCCCGTC-AGGATGAAACC--------------ATCTTTGCTCAGGACCTGGCTCCGTACATCTTTCAAGGTTACAGTCAGCCGAACAAGTCCAAACCTCTTCCCCCTGAATCATCTTTACCCCCTGTTCCAACCCGTCACAGCCCACCTCCATCAGAGGACCCATATCGTCCCAAATTGGACTCTACGTTTGCTATAGATTCTCTCCTGCATAGCCTCAGGCCTGCCAGTTCAGCTGGGGAGGGGTTACGGGAGAGAGAAAGTTGGGGCGTCGGACCTC----CTCCACACACTCG-CTCTACCACTCCCCCACGCCCTTGTAATGCT-----TCATACAATGG--CAGTTCATCAGCCAGCTCTGTCAGTCCCGCATCCGATTTTTCTGATGAGG-------------------ACTGGAGAGGGGTGACAGTTGTTGGGAAAAGATCAGGAGACAGAGGAATAACATCAGATGCATACAGTGACTCCTGTCCTCC--ACCAAACAAAAGTTCCAAACGAGGCAACACCCC--GCCATGGGAGCTACCTACTTCCTATGCCAAGTACACCCCTCC 
s mm7.chr15     26895655 688 - 103647385 TGGGTAGAACAGCCACAGCCAAGCCAACCACTCTCTAGGTGCCCAAGGACCCTGCAAAGCCCCAGGCCAAGGGCAACTTCTGGGCGGTGGATGTGAGCCTGATTCCTGCTGAGGCGCTGCGCCTTCAGAACACTGCCCTGTGCCGTCGATGGCAGAACCGGGGCACCCACAGAGCTTTCGCCAAGGACCTGAGCCCCTACGTGCTCC------ACGGCCAGCCTTATCAGCC---ACCCAGTCCCCCACCACCACC--TAGGGAGGGTTTCA-------GCATCAAGTCCCTGCTAGGGGAC---------CCTGGGAAAGAATCCACATGGCCCCAGCATCCTGGGCTCCCTGGACAGAGCACTGCAGCTCAGGCAGGCACCTTGTCAAAGGGGGAAGAAGGGATGGGCACTGGACCCTCTAGCTCCTCTGAGACGCCTCTGTGGCCCCTCTGCTCCCTTCCTGGGCCCACAATCATAGAGGGGGAGAGTTCCCAAGGGGAGGTAATCAGGCCTTCTCCCGTCACCCCAGATCAAGGCTCCTGGCCCCTCCACTTACTTGAGGATTCCGCAGATTCCAGGGGAGTGCCCAGGAGGGGGAGCAGAGCCTCCTTGTGGGGACAGCTACCCACTTCTTACTTGCCCATCTATA-CGCCCAATGTAGTAATGCCCTTGGCCACACTACCGACC-ACCTCTTGTCCCCAGTGCCCATCTTC 

a score=2377
s danRer3.chr12 16624852 158 +  37038836 TCTTACCCCAGGATCCAGGCTGATGGTAGTCTTGGCCCCTAAATTTAAGACTCTGCCATCTGTTTTATGTAACAAATTCAGCCCAGGTGCTCCATTTTTACCTCCTAGAACAGTCAAAAATTATAGA---TGATGACTACTGTACACAGATGCAAGGAGAT 
s mm7.chr15     76379467 161 + 103647385 TCTTACCCCGGGATACACAGTCACGGATGTCTTGCCGCCCAGATTCACTGTGCGCCCATCTTTTCTGATCAGGAGGTTTAAGCCACGTGTACCAGGCTCTCCCCCTGTAGAAGGAGAAAGCAAGGAAGCTTGGGGGTCAAGAGAGGTAGGGGTAGGGAGAT 

a score=11092
s danRer3.chr12 16627534 427 +  37038836 ACCATGTAGGCCATAGGGTTTTGTAGAGCGTCTCTCCGTCAGCACTGACAGAACCACTGGACTACGAAATCTCAGTTTCCGGATCACACCATCCCCGCCACGGTACAGACCTGCCCCTCCAGAATCAGGTCGCAGAGAAAACTGCTCAAGAATCACTGGATACCTG-AAATGCCGATATCAAATTGACTTTAAGCATT---------------TCTTCTGCCTAGGAATGAATGTAATGTTTGTATAATTCTGTTAAACATTCAGACCTGCTCTCGAGGATCTCAGGGTCAGTGATGCGAGTGTTTGTCATATGAGTGTGAATCCCGCCACGTCCGTTCCAGCTTGGCCCCGCCCCTGCTCCACCAGCAACTGTCTCATAGTAACCGCTTTTCTCACAGCCGAATGACACATTGTTCATGCAACCCT--TAAAACATAATAAGAG 
s mm7.chr15     76379667 422 + 103647385 ACCGTGGAGGCCATAAGGCTGGAAGGCGCGGCGCTCCGTGAGGACAGACAGTAGCGCCTCTTCCCGAAAGACCAGCTCTCGGACTACGCCATCACCTCCCCGGAAGCGGCCTCGGCCTCCAGAGCCTGGCCTCAGCTCAAAGCGGCGCAGGATAACTGGATACCTGTGCAGGAGAAGGGCACAGCGCATCTGAGCACGGGCTCATCTCCCAGATCAACTGCCCAGCACTGAGTGCCCAGCTC-----------------------ACCGGCTCTCCAAAATCTCTGGGTCCGTAATGCGCGTGTTGGTCATGTGACTGTGTACACCACTGCGCCCATGCCAGCCAGGGCCTGCACCCGCACCACCAGCTACTGTCTCATAGTAGCCCATACGGGCATTGCCCAGGGTCACATTGTTCATGCAGCCCTGATAGAAGCAAATAACAG 

a score=6191
s danRer3.chr12 16629227 154 +  37038836 ACCTGTGAGGCAGCACACACTTGAAAGGCTTTGAAGATGACGTCCACCACTCTCTGTGAGGTCAGTACATTACCGCCCACTACTGCAGCGTTCTGAGATGGCTGGAGGATTGAGCCAGGGGGGATAATGACTTTAACGGGGGCAAGACAGCCCT 
s mm7.chr15     76380169 154 + 103647385 ACCTGGGAGGCTGCACAGGCCCCAAAAGCCCCCAGGATGACATCCACGACTCGCTGAGATGTGAGCACGTTGCCTCCGACCACTGCTGCCTCTGGGGATGGATCCAATATGGAGCCTTTGGGAATTATGACTTGCACAGGAGCCAGGCAACCCT 

a score=1941
s danRer3.chr12 16661931 455 +  37038836 CGGGATTGACATGAAACTGTGAATTGTTTGCTGCTCAAATAGAGTTGACCTGGAGCCAGCAGTCTGAGGGGTTGAGGAGCGACCATACCTTCCACCTCCCCCCACTACATCAGCATGACAAAGCACTGGGGGGGTCCAGGCTTGTTGGCACCACCCGTGATCACCGTAGGAGAAGGAGCACAACGCGACCATCACCTTGACTGCAGAATCGGCTATTCCTCTTCCAAGCGCAGCTGTCATCGCTCCTCAAACCCTTTGCTGGAGCTCGGTGGCCGGCTGGATAAGTCCACAGGGATGGCGCAGGACTCTTGTTATAGAGCCAAAGCGACGAATCAAGGCCCATGGGAACTGCAG-GATGGAAACTCCAGTGGAG----------GAAAGAAGAAAAACTATCAGCGTTATCCCAAACCACCGTACTCTTACCTGGCAATGATCGCAATGGTCATCCAGAACTCGCC 
s mm7.chr15     26894836 368 - 103647385 CAAGATTAACTGAAACCTGCTAATTGTG-GCTGCCCACACA-CGTTCCCCT--CCCCCACAGCCT-------------------CTTTCTGTCACCCCTCCCCCTTTCATCAGAATGATAAAGAA------AGGGCCTGGCCTGCCTGTCCCAGC----ATGGCC-TCGGGCTGGGACCTGGCCTCAACTTACACTCCGACTAC-----------------------------------------CCCGAGCCCCCAGTT--AGCCCTGGCTCCGGCC-----------CAGGGCTACCTC------CCTTGTATGGGGCCTC-GCGACAACTCTCAGC---TGAGGCCTCCAGAGGCAGAGTCTCTTTCGAAGACCCCCAAGAGGAGGAAGAAGAGATACCTACGGCATGACAAGCCCCCCTACACCTACTTGGCCATGATCGCCTTGGTAATTCAGGCCGCACC 

a score=3463
s danRer3.chr12 16663863 115 +  37038836 CAGATTCTGAAGGAGATCAGCACTCTCTTTCCATTCTTTAAGGGGAATTACAAAGGCTGGAGGGACTCTGTCCGACACAACCTGTCTTCATATGACTGCTTTGTCAAGGTGTGTA 
s mm7.chr15     26895497 115 - 103647385 CAGATTATCCGTCAGGTCCAGGCAGTGTTCCCCTTCTTCAGGGACGACTATGAGGGCTGGAAGGACTCCATCCGCCACAACCTTTCCTCTAATCGGTGCTTCCATAAGGTGGGAT 

a score=2139
s danRer3.chr12 16664020 666 +  37038836 TTAGTGTAACA-TTATCTTGTTGCCCTTAACTATCTAGGTGCTTAAAGATCCTGGAAAACCTCAAGGTAAAGGTAACTTTTGGACTGTGGAAGTGAACCGAATTCCCTTGGAGCTGCTAAAGAGACAAAATACAGCAGTGTCCCGTC-AGGATGAAACC--------------ATCTTTGCTCAGGACCTGGCTCCGTACATCTTTCAAGGTTACAGTCAGCCGAACAAGTCCAAACCTCTTCCCCCTGAATCATCTTTACCCCCTGTTCCAACCCGTCACAGCCCACCTCCATCAGAGGACCCATATCGTCCCAAATTGGACTCTACGTTTGCTATAGATTCTCTCCTGCATAGCCTCAGGCCTGCCAGTTCAGCTGGGGAGGGGTTACGGGAGAGAGAAAGTTGGGGCGTCGGACCTC----CTCCACACACTCG-CTCTACCACTCCCCCACGCCCTTGTAATGCT-----TCATACAATGG--CAGTTCATCAGCCAGCTCTGTCAGTCCCGCATCCGATTTTTCTGATGAGG-------------------ACTGGAGAGGGGTGACAGTTGTTGGGAAAAGATCAGGAGACAGAGGAATAACATCAGATGCATACAGTGACTCCTGTCCTCC--ACCAAACAAAAGTTCCAAACGAGGCAACACCCC--GCCATGGGAGCTACCTACTTCCTATGCCAAGTACACCCCTCC 
s mm7.chr15     26895655 688 - 103647385 TGGGTAGAACAGCCACAGCCAAGCCAACCACTCTCTAGGTGCCCAAGGACCCTGCAAAGCCCCAGGCCAAGGGCAACTTCTGGGCGGTGGATGTGAGCCTGATTCCTGCTGAGGCGCTGCGCCTTCAGAACACTGCCCTGTGCCGTCGATGGCAGAACCGGGGCACCCACAGAGCTTTCGCCAAGGACCTGAGCCCCTACGTGCTCC------ACGGCCAGCCTTATCAGCC---ACCCAGTCCCCCACCACCACC--TAGGGAGGGTTTCA-------GCATCAAGTCCCTGCTAGGGGAC---------CCTGGGAAAGAATCCACATGGCCCCAGCATCCTGGGCTCCCTGGACAGAGCACTGCAGCTCAGGCAGGCACCTTGTCAAAGGGGGAAGAAGGGATGGGCACTGGACCCTCTAGCTCCTCTGAGACGCCTCTGTGGCCCCTCTGCTCCCTTCCTGGGCCCACAATCATAGAGGGGGAGAGTTCCCAAGGGGAGGTAATCAGGCCTTCTCCCGTCACCCCAGATCAAGGCTCCTGGCCCCTCCACTTACTTGAGGATTCCGCAGATTCCAGGGGAGTGCCCAGGAGGGGGAGCAGAGCCTCCTTGTGGGGACAGCTACCCACTTCTTACTTGCCCATCTATA-CGCCCAATGTAGTAATGCCCTTGGCCACACTACCGACC-ACCTCTTGTCCCCAGTGCCCATCTTC 

a score=2377
s danRer3.chr12 16671088 158 +  37038836 TCTTACCCCAGGATCCAGGCTGATGGTAGTCTTGGCCCCTAAATTTAAGACTCTGCCATCTGTTTTATGTAACAAATTCAGCCCAGGTGCTCCATTTTTACCTCCTAGAACAGTCAAAAATTATAGA---TGATGACTACTGTACACAGATGCAAGGAGAT 
s mm7.chr15     76379467 161 + 103647385 TCTTACCCCGGGATACACAGTCACGGATGTCTTGCCGCCCAGATTCACTGTGCGCCCATCTTTTCTGATCAGGAGGTTTAAGCCACGTGTACCAGGCTCTCCCCCTGTAGAAGGAGAAAGCAAGGAAGCTTGGGGGTCAAGAGAGGTAGGGGTAGGGAGAT 

a score=11092
s danRer3.chr12 16673770 427 +  37038836 ACCATGTAGGCCATAGGGTTTTGTAGAGCGTCTCTCCGTCAGCACTGACAGAACCACTGGACTACGAAATCTCAGTTTCCGGATCACACCATCCCCGCCACGGTACAGACCTGCCCCTCCAGAATCAGGTCGCAGAGAAAACTGCTCAAGAATCACTGGATACCTG-AAATGCCGATATCAAATTGACTTTAAGCATT---------------TCTTCTGCCTAGGAATGAATGTAATGTTTGTATAATTCTGTTAAACATTCAGACCTGCTCTCGAGGATCTCAGGGTCAGTGATGCGAGTGTTTGTCATATGAGTGTGAATCCCGCCACGTCCGTTCCAGCTTGGCCCCGCCCCTGCTCCACCAGCAACTGTCTCATAGTAACCGCTTTTCTCACAGCCGAATGACACATTGTTCATGCAACCCT--TAAAACATAATAAGAG 
s mm7.chr15     76379667 422 + 103647385 ACCGTGGAGGCCATAAGGCTGGAAGGCGCGGCGCTCCGTGAGGACAGACAGTAGCGCCTCTTCCCGAAAGACCAGCTCTCGGACTACGCCATCACCTCCCCGGAAGCGGCCTCGGCCTCCAGAGCCTGGCCTCAGCTCAAAGCGGCGCAGGATAACTGGATACCTGTGCAGGAGAAGGGCACAGCGCATCTGAGCACGGGCTCATCTCCCAGATCAACTGCCCAGCACTGAGTGCCCAGCTC-----------------------ACCGGCTCTCCAAAATCTCTGGGTCCGTAATGCGCGTGTTGGTCATGTGACTGTGTACACCACTGCGCCCATGCCAGCCAGGGCCTGCACCCGCACCACCAGCTACTGTCTCATAGTAGCCCATACGGGCATTGCCCAGGGTCACATTGTTCATGCAGCCCTGATAGAAGCAAATAACAG 

a score=6191
s danRer3.chr12 16675463 154 +  37038836 ACCTGTGAGGCAGCACACACTTGAAAGGCTTTGAAGATGACGTCCACCACTCTCTGTGAGGTCAGTACATTACCGCCCACTACTGCAGCGTTCTGAGATGGCTGGAGGATTGAGCCAGGGGGGATAATGACTTTAACGGGGGCAAGACAGCCCT 
s mm7.chr15     76380169 154 + 103647385 ACCTGGGAGGCTGCACAGGCCCCAAAAGCCCCCAGGATGACATCCACGACTCGCTGAGATGTGAGCACGTTGCCTCCGACCACTGCTGCCTCTGGGGATGGATCCAATATGGAGCCTTTGGGAATTATGACTTGCACAGGAGCCAGGCAACCCT 

a score=7496
s danRer3.chr12 16678354 152 +  37038836 ACCTGGTTGAGGGGGATGTCCTGGCCCACCATGCATCTCAGACAGTATATTAGGGCAGAAAGTGTAATGGCACGAGGAGCATTACAATTGCCCCAAACTTCTGTCCCCGTACCGGTGAAATCAAACACAGCGCTGCCCTGTAGACAGACAAA 
s mm7.chr15     76380456 152 + 103647385 ACCTGGTTAAGTGGGATGTCACGGCCCACTAGACAGCGCAAGCAATAGATGAGAGCAGACAGTGTTATGGCTCGAGGGGCATTGAGATTGCCAAACACCTCAGACCCAGAACCACTGAAGTCAAATACAGCGCTGCCCTACCCAGAGAAAAA 

a score=3510
s danRer3.chr12 16682929 153 +  37038836 ACTTGCTCTTCATTGATCTGAACCTTCAGTCTGATCAGTGTTCCATCATCCATTTGATCTTCTGCTTCAACCTCAAGAGAGCCTGTTTTTTCTCGCTGCCGATGAG---CAAAATCTTTCAGCATGTCTCGAACTGCAAGCTCTGCATTACTCTAG 
s mm7.chr15     76380686 153 + 103647385 ACCTGATTCAGGTTGATCTGAACATGCAGGCAGATGGGAGAGCCATCGTCCATGTGATCCTTGGCAGACACCTCCAGGG-GCAGGCCCCTGGCC--TGGCGGGAAGTTCCAAAAGCACGAAGCATGTCTCGCACTGCTAGTTCAGCATTTGCCTAG 

a score=9244
s danRer3.chr12 16683559 211 +  37038836 CTTACCTGAATATGTCCCATATATGCCTGGACAACATCTAGGCCATAGCTGGTAATCAACTCCCCCACCAGCTGACAGCCTCTCTGATTGGCTGCTACCTGTGCCCGTAGATCTGACAGGTTGTCACGAAGATTCCGTGTCCCTGAGCATCCTG-GGTATTGTGCGGGTGCCATAAGAGCTTCGGTTACAGCT-GATGGACATAAGCATAAAC 
s mm7.chr15     76380934 212 + 103647385 CCCACCTGAATATGGCCCATATAGGCCTGCACCACATCTAAGCCATACTGTCCGATCAGCTCTCCCACCAGCTGGATGCCTTTCTGGTTAGCTGCCACCTGGGCACGGAGATCCGACAGGTTGTCATGCAGGTTCCTGGTCCCACTGCAGCCAGAGATCTTGCCTGGGGCCTGTAAG-GCCTCTGTCACCGCTGGATGGGTAGAGTCACAAAC 

a score=7875
s danRer3.chr12 16685636 293 +  37038836 ggcaaatttaaataattataaacaacataaaacagcaacatatttatgttctgat-agcgattgctatg-tagaaaaattacttc--ctgccctcca----tTCAGTATCAGTTGTTTC---------TAACCTTTCTCCTGAAAGATTCCACCAGTGACCAATTTGAAGGATGTGAAGACAGCACCCTCCTGCTGTAAAGAGGTGGAGTGAGGGGGCATGGAGCCTGGAGTGATGCCCCCTATATCAGCATGATGCCCCCTACTGGCCACAAAGAAGACAGGAGC--ACTAACGCCATCACGAAACACCTA 
s mm7.chr15     76383246 310 + 103647385 GGTAGGCCTGGACTGTTATTCTCAGGACATATCAGCTGTGTATCAAGATTCTGCCCAGCCTTATCTCTGGTAGCAGCCACACATCAGCTGTCTGCCAAATCCTCAGTGTGACCCTTCTCCCGGCTCACTCACCCTCTTCCTGGAAGACTCCTCCCTGGACCAGTTTGAAGGACAGAAAAACGGCACCCTCCTGCTGCAGTGTGGTAGAGTGAGGAGGCATAGAACCCGGGGTGATACCTCCAATGTCCGCGTGGTGCCCTCGGCTAGCCACGTAGAACACAGGCCTCGACTGACCTGGCCA--AAACACCTA 

a score=4167
s danRer3.chr12 16693282 98 +  37038836 CTTACAGGAGTGATGACAGTGAGGTCTGGTAGATGACTGCCACCCGCACACGGATGATTACTAAGGATCACATCTCCCTCCTTTAAACTGCCTCCTGC 
s mm7.chr15     76383640 98 + 103647385 CTCACCGGTGTGATGACAGTCAGGTCAGGAAGATGGCTGCCCCCTGCACTGGGATGGTTACTAAGCAACACATCACCAGGATGGAGGTCGGCTCCTAA 

a score=1507
s danRer3.chr12 16693850 81 +  37038836 GTTCTCAATAGAAGACCCAAACACAGAATGAGGTTGAGGAGTGGGCGTGAGGTTGTTATTGACAGACAGGGGTAAAACAAA 
s mm7.chr15     76383738 81 + 103647385 GTGCTGAATCTGAAACCAGGAGACACATACAGAGTGGGAAAGGGGAGTGAGGTCATGGGGCACGGGAGGGGGCAGAAGGAA 

a score=10401
s danRer3.chr12 16699288 172 +  37038836 CTGTACCTGAAACTGTACAGTCTCCTGCATTGCCCCTAGATGAACAGGAATGTGAGGGGCATTAGACACCAAGCCTCCATCAGGACCAAACACAGCACAGGAGAAATCCAAACGCTCCTTTATATTGGTGGAGATGGCGGTTCTCTGTAGCACACGGCCCATCTGCTCTGTG 
s mm7.chr15     76383833 172 + 103647385 CCACACCTGGAACTGTACAGTCTCTTGCATGGCACCCAGGTGCACAGGAATGTGGGGAGCATTGGAGACGAGGCCCCCATCTGGCCCAAAGAGGGCACAGGAGAAGTCGAGGCGTTCCTTGATGTTGGTAGAGATGGCTGTGCGCTGTAGGATGCGGCCCATCTGCTCTGGG 

a score=5855
s danRer3.chr12 16699538 176 +  37038836 ACCTGCAATGCTCATGAACCGATGGGAGAAGATAGACAACTGGATGGTGTTGAGTTCGGTTCCTAACACACACTGCGTTCCCATGCCAACAGCAATACACACATCACCATCCTCTGTCAGATGAGCCACACATGTTGGCTCCACAAGAATTGTGCTGAAA--AACAAACATAAATGAG 
s mm7.chr15     76384596 178 + 103647385 ACCAGCAATGCTCATGAAACGGTGTGAGAAAATAGACAACTGGATGGGGTCAAGCTTGGTGTCTATCATACTGGGAGCCTCGGCTCCCACAGAAATGCGGATGTCCCCTGTCTCAATCACCTCCGCTTGGCAACCTGGTTCTACAAGGATGGTGCTGGGGGCAGGAGACACAGAGGAG 

a score=3926
s danRer3.chr12 16702777 168 +  37038836 GACAAACCTGTTTTTATCAATAATGATGGCAGGTCCCTGAATACTGTGATCACAGGAAAGATCCTCCCACAGATACACACTGGTGTCCAGATAACGATCCTCAAAGTAACACTGTGTCATCTGATCAGAAAAAAAAAAGTTAA-TGAGC------AACATTTCTATATGATGCCT 
s mm7.chr15     76384927 172 + 103647385 GACTTACCTGTTGTTGTCAATGATCAGGCAGGGCCCTTGAAGCTGATGCCCGTAGCCTAGTTCTCCTAAAAGGTACACGGGAGTCTCCTGATAACCCCCTTCAAAGTAGCACTGGGTCACCTG--CAGAAGGTGTGGAATGAGCTGGGCTCCCAGAACATTTCT-CCTGAGGCCT 

a score=9440
s danRer3.chr12 16706448 601 +  37038836 CTTCTGACCTAATTCCAGACTTTCCAGAACCACGTACACGGATATCATCCACCATGATAGGCCTATCAGTGATAGTGAAGCCAAACTCTTTCAGATATCTG-----ATGTAGATAAAGAAAGAGTAAAAGTCAGATAAGCATACAAGTAGTCATTTTGGACAATTCAGAGTGGAAACTATAGTACCGTTTAGTGAATGCAGTGCGGAAATCTCCAGTGCGGCAGGAGCTGGCATTACTGGGGTGATCTGTAGCTGTTATCATGAGCGCACAATCTGTGCCTTCATAGCGAAGGTGCAGGAAAACTTCTATATTAATCTGAGATCTGCA-AAGACACAATCATGTTTTTATCTTGT---------------------TATTACTGCAAGCA------------TATGTTAATGCCTT-------------------TTTATTTGTATCTGTTTAAAGGCCAGATCAAAAAAAAACT-----------------TTGAGCATGACCTGCT----GAAGCCACGTTTACGCAGTATTTCATCACAGCGTTGAGACAGTTGCTCTATTCTACGGTCCAGCTCAGAGAATGAGCCTGCTTCATACTGTAGAGAACATGGTTCCTGAACCTCTTCAACCACATCAGCCAGAGCCAAACCATATGCTGATAGCACTCCGCTGTATCT 
s mm7.chr15     76385224 679 + 103647385 CCTCCAGCTGAAGTCCACTACGGCCAGTTCCCCTCACACGCACATCATCTACCACCACCGAGCGCTCAGGAATGATGAAGCCAAACTCTCTCATGTACCTGCACCCACCCATCAAAGGGAGCAATGAGGACCAAGCAACCAGACCAGCAGGCCACATGCTAAACTCACGGGAGAACACATA-TACCTCTCGACAAACGCTGCTCCAAAGTCACCAGCACGGGGTGAGCAGGTTGTGGCCGGATGCTGATTGGCAGACACCATTAGGGCACAGTCAGTGCCTTGGTAGCGAAGGTGCAGGAAGCTCTCGGTGCTGATCTGAGACCTGTAGGAAGCAGGCTGGGGTACTTACCCAGTACTATCTGAGGGAACCTTTCCTGCTTCCTCAGGCGCTGTGAGACCCTTGTCCTAAAGACTCAGGAACATCTGGGAAGTCATCCAGTGGCATCCAACCAAAGGGGAGGTGGAGACAAAGCCAGTGCTGTGCTCCTCGGTGGTCCATGACTTACCTAGAGAAGCCCTGGGCCTGCAGGGCATCCACACACTGCTCCTCCAGGCGGCTCAGTCTCTGGTCCAGTTGTGCAAAGGTTTCAGGTGTGTAAGACAGGGAACAGGGCTCCTGTGCTTCGTGAACCACATCGGCCAAGGCCAGTCCCAGTGCTGACAGCAGCCCGCTGTGCCT 

a score=5829
s danRer3.chr12 16707561 128 +  37038836 aGACATACTTGTGTATGAAAACCATCTTCATGCCTAAAGCTCTTGCAATGGCACAAGCATGTTGACCTCCAGCTCCTCCAAAACATGCCAGCACATGTTCAGATGTATCATGGCCTTTAGCCTGTTAA 
s mm7.chr15     76385980 128 + 103647385 AGACCCACCTGTGAATATGCACAGTGTCCATACCCAGGGCCCGGGCAATGGCACAAGCGTGTTGCCCACCGGCTCCTCCAAAGCAAGCCAGTACATGGGCTGAGGGGTCGTGGCCTCGTGCCTGGTGA 

a score=7466
s danRer3.chr12 16709322 319 +  37038836 ACCTGTGTCAGTGCTCTGATTGGCCTGCACATGGCCTCATTAGCCACATTGATGAAACCCATGGCAATGTCCTCTATACTCATTTTTGACAATTGTGCTCCTGAAGCACTATTAGATGTTTGGTTAGTAGAAAGGAAGTGGTTAATTTCTTGTGTG-AGTTTGGAGAAATGCTTCATGGTTTCTTCAGTTGACAAAGGCTCATTTTCTCCAGGGCCAAATATTTTTGGAAAGAAAGAAGGCAGCAGTCGGCCGAGGGCTAGATTAGCATCAGTGACTGTCAAAGGACCACCTGTAGAGAAACAA-TAAATATGTGCTATAG 
s mm7.chr15     76386637 299 + 103647385 ACCTGTGTGAGGGCACGGATAGGCCGGCACATGGCTTCGTTGGCAACACGCACAAACCCCATGGCCACCTCCTCCAGACTTAGCTGGGA-AGCTGGGC-----AGGGTCCACTGGCC--------------AAGAAACTGTTGACCTCCATGGCCACAGCCTCTAGAGC--CTTTCGGGAAGCCTCGGGAGACAATGGCTGGTCTTCTCCTGGCCCAAAAATGCAGGGGAAGGAGGCAGGCAGCAGGCGACCCAGAACCAGATTAGCATCTGTCACTGTCACAGGACCCCCTGGGAAGAAGGAACTGAGTGTGGGTTGGAG 

a score=4021
s danRer3.chr12 16713222 83 +  37038836 GATTTGCTATTACCTTTCCTATAGCAGGCTGGCCCAGGATGAGCACCAGCTGACTCTGGCCCCACAACAAACATTCCTGACCT 
s mm7.chr15     76387005 83 + 103647385 GGCTAGCCCTTACCTTTGCGGTAGCAGGCAGGACCTGGGTGGGCACCTGCTGACTCTGGACCAACCACAAAGAGGCCAGACCT 

a score=8141
s danRer3.chr12 16715879 147 +  37038836 AATTACCGGAAAAACAGGCGAGAGCCTCCACCAGCTGCTACAGTGTTGATGTCGAGCTGCGGCGCCTGCAGAGTAATGCCAGCAATTGTTGCTTCAAACACATGTTCATACTGTCCAGCGTATCGGCTCACATCTGTAGATGTACCT 
s mm7.chr15     76387180 147 + 103647385 ACTGACCTGAAGAAGAGGCGGGAACCCCCGCCAGCTGCCACCGTATTGATGTCCAGCTGTGGGGCCTGGAGGGTAACACCTGCCGTGCTAGCCTCAAAGACGTGCTCAAACTCTCCAGCATAGCGGCTCACATCTGTGGATGTGCCT 

a score=6999
s danRer3.chr12 16716675 214 +  37038836 CCTTTAAACCTTCAGTAAAGCATTTACTCACCTCCCATGTCAAAACCAATGACAGGCTTCTTTTCTGTAGATTTATAACATGTAACGGCATAGCCCACAACTCCTCCAGCAGGACCAGAGAGCACTGCCCGAGAGCCACAGAACTGTTCCATTGGTGTAAGTCCTCCATCTGACTGCATGAATAACACATCTACTCCCT---TATAGAAAGAGAGGA 
s mm7.chr15     76387416 215 + 103647385 CCCTCACCCACCCACTTCAGCCTTCAT--ACCTCCCATGTCAAAGCCAATGACAGGCTGACCACCTTCCAGCTGGTAGGTGGTAGTGGAGTAGCCAACCACACCACCAGCAGGGCCAGAGAGCACAGCCCGGGAGCCACTGAAGGCATCCATGGGTGCCAGGCCACCATCGGAGCGCATGAAGAGGACTTGCACATTCTATGAATGGGGAGAGCGGA 

a score=5085
s danRer3.chr12 16720478 213 +  37038836 ACAGACAT-ACCTTCAAGCCTCCTTTAAAGCCTGCAGTAAATTTAGTCAGGTACAGGTGTATTTTTGGTGTGAGGTAGGCATCGGCACAAACTGTATACCCACGGGGCACTGCTCGCACCATGGGCATCACCTCACTAGAAAGAGACACTTGAGCAAAACCAAGCCGTTTTGCCAAAGACCCCACAGCCTTCTCATGAGCAGCCCATCTGAAAC 
s mm7.chr15     76387681 214 + 103647385 ACAGGCCTCACCTTTAGCTGGCCCTGGAAGCCTCGGCGGAAGCCCTGCACATAGCGCTGGATGGTGGGAGTGAGGTAAGCATCTGCACAGGCCGTATGCCCCCGAGGAACAATCCGCACCATGGGCATGACTTCCGAGGACAAGGAGACGTGCGTGAAGCCCAGCTCCCGGGCCAGTGTGCCCACCTGCTGCTCGTGCTGGGCCCACCTACAAC 

a score=3061
s danRer3.chr12 16723446 162 +  37038836 ACACACGTGTAAGAATGCAGAAGTAGCACTGCAAGACTTCTGATGCCTTTGGATTGCACACGTCTCAAATCCTGCTCCACACGTTGA------AGATCCAATTCACGCCACACCTCCAGACTTTCACCAGTGCTACCTGAAAGAGGAACAGAGAATCTGTCATTCAAA 
s mm7.chr15     76387994 159 + 103647385 ACTCACGTGTACGAATGCATGAGTACCACTGCCAGGCTGTGAATGCCCCGAG---TCAAGAGCCCC---TCCAGCTTCCCACGCAGGGCTGCCAGATCCACAGGCTGCTGTATCTCTAGCAGGTCCCCTGTACAGCCTGAAACAAGCCCAAAG---CCCCCATTCAAA 

a score=3202
s danRer3.chr12 16729406 66 +  37038836 AGAATAACTCTCTCCTCCACTTCAATCACCTCCTCATACAGTACATCCGGCATACACACTTCCTAA 
s mm7.chr15     76388251 66 + 103647385 AGCAGCACTCGCTCGTCCACCTCCACGACCTCCTCATACAGTACCTCTGGCATGGGCACAGCCTGA 

a score=8186
s danRer3.chr12 16735184 214 +  37038836 AAAACTCACCAAATCAAAAAGGTTAGGCCGTGCTTGGGTTCCGATATGTAGCAAGTCCTTAAATCCACTTGTCACCAGTAGTGCTGTTCTTTCACCCTGTCGCTCCAGTAGCGCATTAGTCGCCACCGTAGTGCCCATTCGAATCCAGCCAATCTGAGAAGTGTCTACAGGCTGATCTCGTGGAAAGCTTTTTCCTGTTTCCTAATCATTGCAT 
s mm7.chr15     76388742 214 + 103647385 AGAGCTCACCAGGTCAAAGAGGTCTGGGCGGGCCTGAGTGCCAATATGCAGCAGGTCTCGGAAACCGCGAGTCACCAGCAGTGCCACCCGTTCTCCCTGCCGTTCCAACAGAGCATTGGTGGCCACGGTGGTACCCATGCGGATGCTGGCGATGTGACTGGTGTCTAGCGGCCGGCCTCGGGGCAGCAGCACACCCCTCTCCTGGGGACCACAT 

a score=6167
s danRer3.chr12 16736602 183 +  37038836 TTGCTCACCTCCTCAAGTACTCGCCGGATGCCCTCAGTAGGGGCATCTTTGTAGTTCTGGGGGTCGTGTGACAGCAGTTTTAAAACTTTCTCTCTACCATCAGGCAAACGGGCAAACACATCTGTAAAGGTTCCTCCACGATCAATTGCAAAATCAAACTTCCCTTTAGTTTCTGCCATGCTG 
s mm7.chr15     76389019 183 + 103647385 TGGCCCACCTGCTCTAGAATTCGGCGGATGCCCTCTGTGGGTGCGTCTGCATAGTTGGCAGGATCCTCTGAGAGCAGCTTCAGGACACGTACATGCCCTCCTGGGCACTGGGCAAAGACATCTGTAAAGGTGCCACCACGGTCGATGGCAAAATGGAAGCGCTCTTCTGGGCTGCCCATGATG 

a score=6371
s danRer3.chr12  16742030 198 +  37038836 ACCTCAAATATTTGGAGGATGCGGCAGTCCCTGAGGTAGCGCTCGTAGGGGTAGTTCTTAGTGAAACCCAGACCTCCTAAAACCTGCAGAGCTTCACTCACACAGATCCAGGTGCCCTCAGAACTAAAGACCTG---GAGAATCACA----GCGGAGCATCAGTAAAAGCA--CCACTGGGTTGTTACTCATTTATATTAAGAGAAC 
s mm7.chr3      123956262 207 - 159849039 ACCTCAAAGATTAGGAGAATGCGGGCATCACGCAGCATGCGCTCATAGGGGTAGTCCTTCATGTAGCCTGAGCCCCCAAGGATCTGCAGAGCCTCGCTCACACACTGCCAGGCAGCCTCAGAGCTAAACACCTGCCACAGACCCAGACAAGGTTAAACCCTGGTGGGAGCACTCCACAACCCTGTCACTCACTCCTAGGACAAGACC 

a score=6928
s danRer3.chr12  16742231 210 +  37038836 GAAATAATGATGTCTGTGGGTTGCTTCA-------------CCTTGACCATCGCAGCCTCCAGAGAGCAGTCTGGGAGTCCAGGGCGGTCCATCATTCCAGCAGTGAGGTGCGCCATACTTTCCATCACATACACATTCAGGGCCATAGTGGCAAACTTGTCCTG---TGTCAAAGCAAAACAAAACAAATGAGCAAACTAGTGCTGTCAATCAATTAAAACAAAT 
s mm7.chr3      123959536 223 - 159849039 GAAAGGATGATCTCCCTCCAGTGCTCCAGTTGCTGGGATTACCTTCACCATGGCTGCCTCGATAGAGCAGTCGGGAAATCCTGGTTGGTCTAGCATCCCTGAAGTGAGGTAAGCCATACTCTCCATTACGTATGCCTTCTGAGCCATGAGCGCAAACTTTTCCTGAAATGTT-TAGAAAAACAAAATCAAGAAGCGATCTG--CATGTGCATAGACTTAAATAAAT 

a score=3865
s danRer3.chr12  16742871 108 +  37038836 GTACCTGAATCATTCCAAACTCTGAAAGCCTTCTGTTGAATTGTTTTCTTGTGCCTGCATATTCTGCTGACAGCTCTGGAG------AGACATGGCATGAAAATCAATTACATT 
s mm7.chr3      123959921 114 - 159849039 GTACCTGGATCAACCCAAATTCACTGAGATTCCTGTTGAACTGTTTCCTCGTACAGGCATACTCAGCAGTCAGTTCTAAAGAAGAACAGAGTTGTCACGACAAACAAACAAACT 

a score=4663
s danRer3.chr12  16743030 86 +  37038836 ACCAATGAGTTTCTTGACCACCCCTGCACCTGCACCGCCCATGCTAAAGCGCCCATTATTAAGGATGTTCATGGCGACCTTAAGGA 
s mm7.chr3      123961508 86 - 159849039 ACCGATCAGCTTCTTCAGCATCCCGGCCACAGCACTGCCCATGCTGAATCGCCCACTGTTCAGGATGTTCATGGCTACCTGTAGGG 

a score=3877
s danRer3.chr12  16743116 145 +  37038836 AACTTGCCAAAATCAGCATCACGTCATCATATTAAA---------AGCATCA-------TATTTCAGGTTGTTTGTGACTCACCTTAAAACCATCACCAACTTCACCAATTACGTTCTCGATAGGCACTTTTGTGTCTTCAAATGTGATCTCAGTCGCTAA 
s mm7.chr3      123963212 161 - 159849039 AGCCTGCTAGGAAAAAGGTCAGGGCAGAACATGAGACTCTTGTGAAACAGCACAGCACTTACATGGGACTGCCTGCAACTTACCTTAAAGCCCCCTCCAACTTCTCCAAGGACATTTTCCACAGGCACTCTGGTATTTTCAAAATGGACCTCACATGCTAA 

a score=9821
s danRer3.chr12  16744410 198 +  37038836 CAAACTCACTGTTTGACCCTCTGATGCCCAGTTTGTCTTCAGGTTTTCCACTGGTGACTCCACCGAATGCTCTTTCCACAATGAACGCTGTGATCTTATCTTTCTTTTGACCATCTTTATCAACAACTTCAGTTCTGGCAAACACAGTCATTATGTCTGCCCATCCACCATTGGAAATCCAAAACTTGAAAGAAAACA 
s mm7.chr3      123964901 197 - 159849039 CACACTTACTGTTGGAGCCTCGAATGCCTAATTTATCTTCAGGTTTCCCATTAGTGATTCCGCCGAAGTCTCTTTCTACTATGAATGCGGTCATTTTGTCTGTTTTCGAACCATCAGAATCGACCACCTCGGTTTTTGCAAACACAGTAAAAATATTGGCCAGTCCTCCATTGGTGATCC-AAACCTGAAGAAAAACA 

a score=4536
s danRer3.chr12  16745124 120 +  37038836 ACCTTTGTGCCATTGAGCAGGTAGTGCTTCCCATCTTCTGTTAGCGTGGCTCTCAGCTGTATAGATGCAGCATCACTGCCACT---AAAACACATATATTTGATCAAATATAACCAAAGCTGA 
s mm7.chr3      123965750 123 - 159849039 ACCTTGGAGCCATTGAGTATGAAGTACTTCTTATCTTCACTTAACGTAGCTCTGGTCTGGATGGACGCAGCATCACTCCCACTGCAAAGATGGAAAGACAGGATTGAGGGAAAGCAATACTGA 

a score=3826
s danRer3.chr12  16745281 75 +  37038836 CATACCTTCCAGGTTCGGTGAGGCAGAAAGCTGCTATATGTTCTCCTGTTGCTAGTTTGGGCAGATATTTTGCTT 
s mm7.chr3      123966458 75 - 159849039 CAGACCTGGCTGGCTCTGTTAGGCAGAAGGCTGCGATGTGTTCCCCAGACGACAGTTTGGGCAGATACTTGGCCT 

a score=6190
s danRer3.chr12  16745357 257 +  37038836 CTGAGCATCCGTTCCAGCTATTAATATACCCTAAAATGTAAAA-AGCATTATGCAAATTTTCCTTAAAATAACAGTATTTTATGCAGCACCTAAAGTTGTTCACTCACCTTCAGGCCGATGGCCTGATGTGCTGCAAGTGTGACTGCAATAGACCCATCTAAAGACGTGATCTCTCCTAACCTGGCATACATGGTGTTTGAGAGTCCCAGACCGCCTGGAGGAGGAAACAGGCAAACATAAAGATGAAACTTTCTGAT 
s mm7.chr3      123967266 231 - 159849039 CTGGGCTTCTCTTCTAG----------ACCCTGAGCTATAAAGTCCCCTCATG----------TCACAGAAACAGTCCCCTGT----CTCCTACTTCTGACCACTGACCTTGAGGCCGATAGCCTGGTGTGCTGCCAGGGTCACCGTGATAGAGGCATCCAGGCTGATGATCTCCCCGAGCCGAGCATACATCGTGTTGGAGAGGCCCAGGCCACCTAagacag---acagacagacagtcagacagGGCTAGCTGCT 

a score=3613
s danRer3.chr12  16745635 233 +  37038836 GTATGAAGTCGGAGGTCAGCCTCACCATATTCTTCAGGTATCTGGATCCCAAACAGGCCCAGTTCTTTTAGTCCATCCAAAGTCTCAGGGGGAATATTGGCCTCCCTATCGATCTTCGCTGAGTCAACT----------AGAGGTGGTATTTGCACAAGTACAAGAAAATGAAAAACCTCTGTATTTTTATGAGGAAGATAAAAGAAA------TCGTA---CTAGCTAATATCA--GGTAAAAACAGTATACA 
s mm7.chr3      123968173 246 - 159849039 GTGAGTGGCCGCTGTTCTAACTTACCATATTCTTCTGGGACCTGTATGCCAAAAAGTCCCAGGCTCTTCAACTTCTCTAAGGTGTCAACTGGGATTTTTCCCTCCTGGTCAATTTTTCGAGAGTCCACTGCCAAAAACAAGTTATCTTGATTAAACAAGTAAAAACAAATCAGA--------TATGTTCATAAATAAAAGTATACAGAAGGGTTTTGTATAGCCTACTAGTATCACTGGCAGAAAATGTCTAAA 

a score=3072
s danRer3.chr12  16748823 396 +  37038836 AGAAACT----GTTACTAAATA------TTTAAAGCTACCTTTTTACTATACATTCTTCAGACAAACACGGTTCTACTTAGTATCGTAAACTAATACATTATATGAAAAGAAAGCTTGAATTAACAAAAACATACAAAATACCAACCACTTTCATTGAAAAACTTTTCCACAGGCTGAACAAACTGGTTTAACTCTTCTAATTCTTCATTGCTGATTTCTGGATAGGGAAACACTTCTTTCTAAAAGATTTGTAAGAAACATTTTCATTAAAACGACATTTTTTTCAAAAACTGTAATTATAAGGA--TACTCCTCCTCATCCCCATTGCAAGAACAATTCGATTTTTATTACA-GTTTTATTTAAACTAACGTTACGTAAAATAGTTACAACAATTATAGCAAACGAT 
s mm7.chr3      123971883 351 - 159849039 AGAAACTATGTGTAACTTAATAATGACACTAAGAGCTTTCTCTGT-CTATA-GTGCTTCCAATGTACGCAAT-CTAATTAATCTTTTAATTGAAGAGAGCA-ATGAAGAGAAAACC----------------------GTACATACCTTCTTCAGTGAAGAATTTTTCCAGCGGTCCCACGAACTGATTGATTTCACTAAGTTCATGTTGACTGACCTCTGGAAATGGGAAAACTCCTTTCTAAAA--------------------ATGAAAACCACGCAT-----GACAAATTTAATTTTCAGCAACTTCTCATTGTAATATTTATCAAAAGGGAAAGGGGGTGTGTGTTACATGCTTCATCTG-------GTCCCAGGAAGGAGGCAGAAAGATGACTTCATACAAT 

a score=1960
s danRer3.chr12  16749313 59 +  37038836 TACCTTGTTAACTTTGCCCAGGAACAGATCTTTTGCATAAGCTAAACTCCTCGAGCTGG 
s mm7.chr3      123975533 59 - 159849039 TACCTGCTCGATGTTGCCCAGGAAGAGCTCCTTGGCGAACGAGCAGCTCTGCAGGCTGG 

a score=15128
s danRer3.chr12 16755217 620 +  37038836 GGAAAGAGTTCGTGGAGTGGCTCAAACCACAGTGCTGATGCCGCTGTGTTTGGGCTTGGTGCTGCTGGCCGCGGGTGGAGGCGCTGGAGGCTGGCTGTGGTGGTGTGGTGCATGCTGGGAGTGGGACGGGTGGGATGAGTGGGACGGATGCGGACCGTGGCCGTGTTGGCTGTGTGAGTGGCTGTGAGAGGATGAGGG---GCCGGGTGG---AGggtggtactggtggggtgggtgttggatgtgcgctggagggtggtagtgatggtggtggtggtACGGAGGGGGATTCTGC---ATGTGGCAGAATTGAGCGTGGTGCGGGTGCATCTGGGCTTGGGTTTCGGTGACGGTGACGCCGTCGCGGGCCGTGTGGTGCAGGTTAGAAGGGTGAGGGGTGTGAGAGATGAGTGTTGGATGGGAAGGGTGGGACGACTGGGATGGCAGGGAGGGAGATTTGCCTCGTTTGGTGCCGAATAGAGAACCCAGCAGAGAGGAGGAATTGGGGATAGACTGCTGG---CGGGAGGGACAGTCGCGGCTGGAAGTGGCTCTTCGCCGTATGTGGGGGCTGCTAATGATGGACCCCTATAAGAGGA--TAAGAGAGAGAGAAAACAGTGAAGTT----AAACACA 
s mm7.chr6      90741118 572 + 149646834 GGAGGCAGCTGCCTGGGCTGTCTACACAACTGTGCTGATGCCGCTGGGCTTGGCCTTG---CTGCTGGTGGGGGGCGGTGGGGCAGGGGGCTGCCCATGATGATGCGCTGAGTGCCCTGCATGACCAGGGTGAGCTG---TGGGCAGAGGCGGG------------TGGCTGTGTGCATGGGCCCCATACGGGGGGTGCCCGCCGTGTGGGCCAtggtggtactggtgggt---gtgctgcaggtgggggggtgggtggtagtggtggtggtggtgatagGGCGGAGGATTCTGCTGTGCATGGCAGTACTGTGCATGATGTCCATGCAGTGGGCCTT-----------------------CTGAGGGCC----------------CAGGGTGATGGGCGTGAGGGG---GTGCTGG---GGGAGGGGCTGAGGGTGGGTGGGCCTGGGGAGGGGGCTTCCCTCTCCTGCTCCCAAACAAAGAACCCAGGAGAGAGGAGGAGTTAGGCACGGGCTGGGGGGGGCGAGATGGGCACTCTCGTGTTGAGGTCGCTCTCCGGCGCATGTGAGGACTGCTAATGATGGAGCCCTAAAAAGGAAATTCATAGAAACCAAAATTAAAAAAGATCTCAAAGCACA 

a score=6278
s danRer3.chr12 16758449 183 +  37038836 GGCAGACTAGAGAAAATAAATACAGCAAAGTCGCAAAACGT---TGTCACAGAATAGCGTCCTGTTGTGGGGTCCTGCGTCCTAAATCACAGTACTTACTTCCATATTGCTGTCTAGAGATCCTGCACTGCTGCGGCGCCCCCGCTTGCCTGAGCGAGACATGCAATATGATAGATTAGAGCACGC 
s mm7.chr6      90742621 171 + 149646834 GGGAGGGAAGAGCAAAAAAAGACAACATAGAAACCAAGGGTGGGTGACACAGGATGGCCAGCTGGACCGGG----TGCTTCCTA----------CTTACTTCCACATTGCTCTCTAGCGATCCCGCACTGCTGCGACGCCCTCGCTTCCCTGCCCAGAACATGCAATACCAGAGGTTAGA-CACGC 

a score=9484
s danRer3.chr12 16762267 192 +  37038836 CTCACCTGCATCTGAAAGGTCACGTAAGGAGCTGCTGAGGGCACTTCTCTTCAGGCCTTCCCCCATGGCATAGCTATCATCCAGACTGGTCCGACTCAAATTGCCGTTCCCCGTTTCTTTTTTCAACCCTGAGCTCTGTGAAATGCTAGGACGGACTACACCTTTCTGCTTCTCCAATTCAGCTGGAATAAA 
s mm7.chr6      90746579 192 + 149646834 CTTACCCGCTTCTGAGAGGTCTCTCAGTGAGCTGCTGAGGGCGCTGCGCTTGAGGCCCTCGCCACTGGCATAGCTGTCATCCAGGCAAGCCCTGCTCAGTGTCCCGTTGCCTGACTCCTTTTTGAGGCTGGAGCACTGTGACATGCTGGGCCGCACGACACCTTTCTGCTTCTCGAGCTCCGCTGCAACAGA 

a score=10532
s danRer3.chr12 16763530 196 +  37038836 GCCTTACACTCTATCCTGTATTTCTCCATCTCCTGCACCTCTGCGATGGACTCACGCAGGTCATCAGTGAACTTCTTACGGTCTTGCGGGTTTGGGGCATTGAAGTTAATGAGAACCTTGATGTCTGCGCCTGGAAGAGCTGAAGTGAGACGCACTCCATTGGGGTAATCTGGAAAAAAAAGCAGTGGGAGAGGAA 
s mm7.chr6      90747318 188 + 149646834 GACTTACACTCTATTCGGTGTTTCTCCATCTCTTGCACTTCAGCGACAGACTCCCGCAGGTCGTCAGTGAACTTCTTCCGGTCCTGAGGATTGGGAGCGTTGAAGTTTATTAGCACTTTGATGTCTGCTCCAGGGACAGCAGACGTCAGCCGGATGCCATTGGGATAGTCTGCAGGGGA--------GGAGAGGAA 

a score=8383
s danRer3.chr12 16807807 119 +  37038836 AGGCACTTACACTGGTTTTCAAACAGCAGCACCTGCATCCCGTAGAGAGAAAAGGACTGCCTGAAACTGTACGTCACCGAATTCTTCTTCTTCTGGAAAATCTTAGTGACCTGAAAAAA 
s mm7.chr6      90747960 119 + 149646834 AGGGACTCACACTGGTTCTCGAAGAGCAGGACCTGCATGCCGTAGAGGGAGAAGGACTGCCGGAAGCTGTATGTCACCGAGTTCTTCTTCTTCTGGAAGATCTTGGTGACCTAGGACAA 

a score=8848
s danRer3.chr12 16808193 134 +  37038836 TACCACTAGAAGGTCATTGAACAGGAAGATTTCTCTCTGGTGGAGACCCAGTTTTTGAGGTTTGTTGGGGTCCGGGACTTCAAACAGTCTACAGTAACAGACCAGTCTGCGATGTGGCAGAGACAAAACCTGTG 
s mm7.chr6      90749090 134 + 149646834 TACCACCAGGAGGTCATTAAACAGGAAGATCTCTCGCTGGTGTAGTCCCAGCTTCTGGGGTTTGTTGGGGTCAGGAACTTCAAAAAGCCGGCAGTAGCAGACTAGTCGTCGATGGGGAAGAGACAGCACCTGTG 

a score=3138
s danRer3.chr12 16809345 154 +  37038836 CTGAAGCTGCTTAATACTAACACTGAAAGGCCTAAAAACAGTGAGCATAATACTTACACATCCGAGGCCATGATGCAGAGAGCCGATCTGAAAGTGAAAAAAGAGACAGATGAGTGAGTATCATAGTGAATGAACTGAAGGGAGTCTTGAAGGT 
s mm7.chr6      90750242 122 + 149646834 CTGTAGCAGCCTGAGGC---------ATGGCAGAAGAACAG----CAGAGTACTCACACAGCCAAGACCATGATGCAGGGATCCAATCTATAAG---AAAAAACAACA-------------CACAAGAAGTGAACTGATG---TTCCCAAAGGT 

a score=847
s danRer3.chr12 16812444 92 +  37038836 TAGATCTACACAGA-AAAGAGAAAGCATGAGGAAAGAAACATGCTTAACCAACGATCGTGGATCATTTGACACCA-CTGGACCATGAC-----AGGAAT 
s mm7.chrX      17931731 99 - 164906252 TATCTTTACATAGATAAAAAGAAAATATTCATCCTgcaatatactaaatgcacttatataaataatctcctataatctgtaccatgattcctaaggaat 

a score=403
s danRer3.chr12 16812550 87 +  37038836 TTCTAGAATGAGGGTCAATGTAAGTTCAGAACATGATGGATAGAAATGGACTTGTCTTACAATGACTGCACTGCAAAATGCCTTGGA 
s mm7.chrX      17931848 80 - 164906252 ttttatagggaaggggaagctggaagctggggctgggggagggcagtg-acttaccACACAATGA------TGCCTCCTACCCTGAA 

a score=9790
s danRer3.chr12 16812643 162 +  37038836 AAAGCGACAATGGCACT---TACCGGCTTTTTGCCCACGATGAGTTTCTCCACCTTTTGCACTTGGGACACATGGTCTTCATTCGTCTTAAGCTCTCGTTTACGAATTCGCTCATAGATGCCCACTAACATCTCTCTCGGGATGTCCTCTCCATCATCCACTCCT 
s mm7.chr6      90750641 165 + 149646834 AAAGGACCAGGGCCACTGCGTACCGGCTTCTTGCCCACGATGAGCTTCTCAACCTTCTGCACCTGGGACACGTGGTCCTCGTTGGTCTTCAGTTCTCGCTTACGGATTCGCTCATAGATCCCAATTAGCGTCTCCCGGGGAATGTCTTCACCGTCATCCACACCT 

a score=12431
s danRer3.chr12 16814992 181 +  37038836 CTTACCGCGAAGGTTCTTCACAAAGTCCTCTAGTTTCATCTTCCTCTCTGGCTTCACATTCGGGCTGTACATATCTGTGTTGAGGAGTATAATGGCAAACGCCAGGATGAAGATGGTATCTGGGTTCCTAAACTGCCGTACCACCCCCGGGTTGCAGATGCAGTAGCGCTGACTGAATGGA 
s mm7.chr6      90755427 181 + 149646834 CTCACCTCGGAGGTTCTTGACAAAGTCCTCCAGCTTCATTTTGCGCTCTGGCTTGACATTGGGGCTGTACATGTCTGTGTTGAGCAGGATGATGGCGAAGGCCAGGATGAAGATGGTGTCTGGGTTCCGGAACTGTCGCACCACCCCTGGGTTGCAGACACAGTACCGCTGGCTGGGAGGA 

a score=8696
s danRer3.chr12 16816377 133 +  37038836 ACCTGAAGGCTTCAATTAGTCTCTCCACTTTCTGTGCCTCTCCCTGCACCCGGATATGTGCCTGGAATTTTCTCAAGGCTTCATCCAGCTCCATTGCAGAGAAATCCATCTCATCTACCACACAGCTGGAAAA 
s mm7.chr6      90756706 133 + 149646834 ACCTGAATGCCTCGATGAGCCGCTCCACTTTCTGAGCCTCCCCTTGGACTCGGATGTGTGCCTGGAACTTCCGGAGGGCTTCATCTAGCTCCATGGCAGAGAAGTCCATCTCGTCCACAACACAGCTGAAACA 

a score=10932
s danRer3.chr12 16819438 320 +  37038836 tggaggagacagttcagggaagttagctcagag-----gcaaacaagacaggcattgtatagtatacagtataatataTAAATATGCAACAAAACACATCTGTGATTTTCATGG--------ACTTCATCCAGTTAAAATGA------------CTGAACTTACTCAAGAACATCTCTGTTGAACTGTTTCTGCCTGTTGCCCAGGAACTCGCCAATCATCTGTCGACTCAACCCTTTTCTCTGTAACAGGAAATGGGCAACTCCCACAGGTGTGTCTGGGACAAATCCTCGCTCAATCAGATACTGGATGCCTTTTTCAGGTTTCCTAGAGACAATAAAGAAGA 
s mm7.chr6      90759020 336 + 149646834 TGCAGGACACATCCCAGGAAAGCAAACTTTATGTCCCAGCAAACAG--CATGCCTGACACTGTACACGA------GTAAATGTAGGTGATGTGGCATGTTGGGGATTC-CATGGCTGACAGCATTTTGTGCATGTGGAATGGGGCCCTGACCCCCCAGACTTACTCGAGCACATCACGGTTGAACTGCTTCTGCCGGTTTCCCAGGAACTCACCGATCATCTGGCGGCTGAGGCCCTTGCGCTGCAGCAGGAAGTGGGCCACTCCCACTGGCGTGTCGGGCACGAAGCCGCGCTCAATGAGATACTGGATGCCCTTCTCAGGCTTCCTGGGTGGGATGAACAAGA 

a score=117
s danRer3.chr12 16819758 46 +  37038836 TCAAACGTCT---------GAACAGTGCACGTACTGGTCCCAAT----GTGTGACTAAG 
s mm7.chrX      17936390 54 - 164906252 TGAGATAGTTGTTCCTCTAGAACTGTGC-----CTGGTCCTATTTCTAGTTTGATTCAG 

a score=2104
s danRer3.chr12 16824014  96 +  37038836 TTGGATAACCTGCTCTATAAGAGGGAAAAAATGTTTATTTATCACA-------------GGATCATTAGCATATGGTTCC------ACTTTTTTCTTCTCCTTTTTTTAAACAGC 
s mm7.chrX      17940758 113 - 164906252 TTAGATCAGCTACTGCTTGACATAGAAAAGATGCTTAATTATCACATGAATGGATGGATGGATGAT--GCAGATCTTCCCTTCATTACTTCTTTCCTTCCCTCCATTTTACTAGC 

a score=11671
s danRer3.chr12 16845564 306 +  37038836 CAAGTTTTCTTTTCTTTTCCCCTCTGCAGTGTGGAAGGTGAGGCTCCGGGCGGCGAGTCGGGCCCCTCTCTGGACAATAGTGGAGGTTACTTACGAGGACCGGTGAGCCGCAGTGCTATCATCAGTGGCGAGCACTTTGACGGCCCACCGTTGTACGCTCACGAGGT------------------ACGGCAGCGCCCACGGAGACCCAAACTCCAGCATTCTCAGTCCATTCTCCGCAAACAGGCTGAGGAGGAGGCCATCAAACGCTCCCGATCGCTGTCTGAGAGCTATGAGCTCTCCACCGACCTCCAAGACAAACAGGTA 
s mm7.chr6      58873270 324 - 149646834 CATGTGCCCCTTCTTTCTCTCCTCTGCAGTGTTGAGGGCGAGGCCCCCAGCAGCGAGACTGGCACATCGCTGGACAGCCCCTCAGCCTACCATCAGGGTCCCCTGGTACCTGGTTCCAGCCTGAGTCCAGACCACTACGAGCACACATCAGTGGGCGCCTATGGGCTGTACGCAGGGCCAGGACCACAACAGCGCACACGGAGGCCCCGGCTGCAGCACTCGACCTCAGTCCTGCGCAAGCAGGCTGAGGAGGAGGCCATCAAGCGCTCTCGGTCACTCTCTGAGAGCTATGAGCTCTCTTCAGATCTGCAAGACAAGCAGGTA 

a score=2178
s danRer3.chr12 16846410  98 +  37038836 CCTTTATAGGGAATGAAATGGTGAGTTTTATCAATCTTACCTGT--------CAAAATACCTTGGAGTACCATGTGTGGCTTTTATTTGGTCATAGTGTGTCATGG 
s mm7.chr6      58873806 106 - 149646834 CCTTTCTGGGGACTTATATAGAGCCCTCTTCAAATTTTGCCTTTGTAGGTCTCAATATCCCTCACTGCAGGATATGGGGCCTGTGTTGGGTAACTGAGTGTCATGG 

a score=61408
s danRer3.chr12 16846610 1283 +  37038836 TCCTTGTTTTCACAGGTGGAGATGCTTGAGCGGAAGTATGGAGGGCGTTTTATAACCCGACATGCTGCACGAACAATCCAGACTGCATTCCGCCAGTATCAGATGAACAAGAACTTTGAGCGCCTCCGGAGTTCTATGTCAGAAAACCGCATGTCCAGACGTATAGTTTTATCCAATATGAGAATGCAGTTTTCATTTGAAGGACCTGAAAAAGTCCACAGTTCATACTTTGAGGGCAAGCAGGTGTCACTTACGGATGATGGGTCTAAACTAGGAGCATTGGTACAATCTGAGCGCGGTGAGATGGTCCCCGCCAACATGAAGTCACCTGCGGTCCAGAGCGATTTCACAGACGCCATTACAGAACTGGAGGATGTTTTCTCTCGACAAGTGAAGTCATTGGCAGAATCGATAGACGATGCACTGAACTGTCGTAGCCTACACGGAGACGAGGGACAG---TCAGAAGCAACCAGAGGTCATCCAGACTTGGAGCAAGAGGTTACCTACCAGGTCAAGCCTTCCCACGGTAGCGAGCACCGAAAGCGAGATGAGATGACAGCCTCCTACAGCGATGTGACACTTTATATAGATGAGGAAGAGCTCTCGCCACCTCTTCCTTTATCACAATCAGTTGACAGACCCTCTAGCACTGAGTCAGACCTCCGTCTACGTTCTTTGAACTCTTCGCAGGACTACTGGTCTCTAGCTCATAAGGATGAAAAGGCCGACACGGACACTAGCTGCCGCAGCACCCCATCTCTAGAGTGTCAAGAGCAAAGATTGAGAATAGACCACCTTCCTCTGCTCACTATCGAACCTCCGAGTGATAGCTCTGTTGAGTTGAGTGACCGCTCTGACCGAAGCTCTCTCAAGAGACAGAACGCTTACGATCGAGGCATAGCCAGCCAGCAGGGCAGCCCTAAACACATCCCTTCCCATGCACTCCCACCAAGGGGGCCAGCAAGAGAGGATGAAGCTCCACGCCATCGGCCGC---GGCAGCTGGAAAGCCATCTGGCTATCAATGGCACCGCCAACCGGCAAAGCAAATCCGAGTCTGACTTCTCTGATGGTGATAATGACAGCATCAACAGCACTTCCAATTCCAATGATACGATCAACTGCAGTTCGGAGTCCTCTTCCAGGGACAGTCTTCGAGAGCAGACTCTCAGTAAGCAGACGTATCACAAGGAGACACGAAACAGTTGGGACTCGCCAGCATTTAGCAATGATATCATCCGCAAGAGGCACTATCGAATTGGCCTGAACCTTTTCAACAAGTAAGT 
s mm7.chr6      58877308 1268 - 149646834 TTCTTACCTCACTAGGTGGAAATGCTAGAACGCAAGTATGGGGGACGCCTCGTGACCCGCCATGCAGCCCGCACCATCCAGACGGCGTTCCGCCAATACCAGATGAACAAGAACTTTGAGCGCCTGCGCAGCTCCATGTCGGAGAACCGCATGTCACGTCGCATTGTGCTGTCCAACATGAGGATGCAGTTCTCCTTTGAGGGCCCCGAGAAGGTGCACAGCTCCTACTTTGAGGGAAAGCAGGTCTCTGTGACTAATGATGGCTCCCAGCTGGGGGCCCTGGTGCCATCAGAATGTGGAGACCTTAGTGACCCAGCCCTCAAGTCTCCAGCCCCCTCCAGTGACTTTGCAGATGCCATCACGGAACTGGAGGATGCCTTCTCCAGGCAGGTGAAATCCCTGGCTGAATCCATCGATGATGCCCTCAATTGCCGCAGCCTACACAGTGAGGAGGTACCAGCCTCAGACACGGCCCGGGCTCG---GGACACTGAGCCCAA--------ACCAGGTCTA-------CATGGCATGGACCACCGCAAACTGGATGAGATGACAGCCTCGTATAGTGATGTGACCCTCTACATTGATGAGGAAGAGCTGTCACCACCGCTTCCACTCTCACAGGCTGGCGATCGGCCCTCCAGCACAGAGTCGGACCTGCGGCTGAGGTCTGGGGGTGCAGCCCAGGACTACTGGGCCTTGGCCCACAAAGAGGACAAGGCTGACACGGACACAAGCTGCCGAAGCACACCATCACTGGAGCGGCCAGAGCCACGGCTGCGGGTGGAGCACCTGCCCCTGCTTACCATTGAGCCACCCAGTGATAGCTCCGTGGAACTCAGTGACCGCTCAGATCGCAGCTCACTCAAGAGGCAGAGTGCCTATGAGCGCAGCCTCGGTGGGCAGCAGGGCAGCCCCAAGCATGGCCC---CCACGGTGGCCCCCCCAAAGGCCTCCCCAGGGAGGAACCTGAATTGCGGCCTCGGCCCCCCAGACCTCTTGAGAGTCACCTAGCCATCAATGGTTCAGCCAACCGGCAGAGCAAATCTGAGTCTGACTACTCAGATGGGGACAATGACAGCATCAACAGCACCTCCAACTCCAATGACACCATAAACTGCAGCTCTGAGTCCTCATCACGGGACAGCCTGCGGGAACAGACACTCAGCAAGCAGACATACCACAAGGAGACCCGCAACAGCTGGGACTCTCCAGCTTTCAGCAACGATGTCATCCGTAAGAGGCATTACCGAATTGGCCTAAATCTCTTCAACAAGTGAGT 

a score=-17
s danRer3.chr12 16858556  99 + 37038836 AATGTTAAAATTAC-----ACATCAAATTTAAAAATGGGATTTAACACACCACACATAGTAAAACAAA----------------------------CTTACATCTGTGC---AAATGCTAATTATTTTACAAAAA 
s mm7.chr17     42233024 133 - 93276925 aataataaaaCtaataaaaataataattttaaaaGTGGGTTGTAGGCCTATGAGGGTTGAAAGACAAAAAGATAACATTGGTAACACTGTACCTGTCTTATGCCTGTATTAGAACATCTAGTT--TTTACATGAT 

a score=11777
s danRer3.chr12  16858683 208 +  37038836 TACCTCATTGACATCGATGCCATTATTCACAGACCAGGTGGTTTGGAAATATTCCAGCATTCGTTGTTTCAGCTGTTGTGGCAGCCGGTGAACCCGAATGAAGTCCTTTAGATCTTTCATGCGTGTATGATATAGTGAGCGACGTGAGTACATGCGCTGGATAATAGCTGTTACATTTCCAAACACCACAGCATGCATGAGAGCTGTA 
s mm7.chr11     100858644 208 + 122091587 TACCTCGTTGGCATCGATGCCGCTGTTGACTGCCCACGTCGTCTGGAAGTACTCGAGCATGCGCTGCTTGAGTGGGCGGGGCAGGCGATGCACTCGGATGAAGTCCTTGAGATCCTTCATGCGGCTGTGGTAGAGCGAGCGTCGGGAGTACATGCGCTGGATGATGGCTGTGACATTCCCAAACACCACTGCGTGCATCAGCGCTACA 

a score=11353
s danRer3.chr12  16860709 222 +  37038836 TTACCTCCAATAAGCATAGTACAAACAGAGAAGATCTTTTCAGCATCAGTGTTGGCACAAACGTTACCAAAGCCCACACTGGTCAGACTGCTCAAGGTAAAATACAGAGAGGCAATGTAGGCACTGCGAACTGAGGGACCACCAAATGTACTGTTCATATAGGGCTTGTCCAAACGCTTGCCCAATTCATGCAGCCAGCCTGGGA-----GAAAGAAAAAAAATAAT 
s mm7.chr11     100859266 227 + 122091587 TCACCGCCTATGAGCATCGTGCAGATGGAGAAGATCTTCTCAGCGTCTGTGTTGGCACACACGTTGCCGAAGCCTACACTGGTGAGGCTGCTCAGCGTGAAGTACAGCGCAGCGATGTAGGCACTGCGCCGAGATGGTCCACCTGCCGAGCCATTGACATAAGGCTCCTCCAACCGCTTGCCCAGCTCATGCAACCAACCTGTGATGAGGGCGAGGGAAGAAATCAT 

a score=12145
s danRer3.chr12  16863884 253 +  37038836 GCAACTCACCGATGTCCCAGGCTCCACTTGCATTGGTCTCCATCTCTTTTCGCCCAATGATGTACCAGATGCAGGCCATCCAGTGAGCCAGAAGAGCAAACATGGACATAAGCAGCGTCAGCACCATGGCGCTGTACTGTGAGTATCTATCCAACTTCTGCAGGAGTCTCAACAGACGCAACAATCGCACAGTTTTCAGCAGGTGCACTAGAGATGTCTTGAAGAAGAACAAAAATGTTTGATGTCAGTAGTC 
s mm7.chr11     100861274 253 + 122091587 GTGGCTCACCAATGTCCCAGAGCAGTGGATCATTGGCCTCCATCTCCCGGCGCCCGATGACATACCAGACGCAGGCCATCCAATGAGCAAGGAGGGCAAAGACGGACATGAGCAGCGTGAGCACCACTGCACTGCACTGTGAGTACCGCTCTAACTTCTgcagcagccgcagcagccgcaggagccgcaCGGTTTTCAGCAGATGTACCAGTGAGGTCTGCAGGAGGGCAGCGAGGGAAGGCTGTTAGCAGGC 

a score=8595
s danRer3.chr12  16864302 168 +  37038836 ACTTACAACAGTAATATTAAATGCATAGAGCAGGTCAAAGGGCAGGGCAGCCACCAGATCCACAAAGAACCATGTGGTAGCATAATGCAGACAGATGGAGCGAGGCTCGTACACCACTTGTCCTGATTGACTCACATAGGTGGTGCGAAAGTTAAGAATGATGTCTGA 
s mm7.chr11     100864166 168 + 122091587 ACTTACCACAGTGATGTTGAAGACATACAGCAGATCAAAGGGCAAAGCAGCAATGAGGTCTACAAAGAACCAGGTGGCCAGATAGTGGAGGCCAATGGACCGAGGAGCCGAAATCACCTGGCCAGACTGGGACACGTAGGTGGTGCGGAAGTTCAAGATGATGTCTGA 

a score=-108
s danRer3.chr12 16864470 69 +  37038836 AAGTAAA--AGGTAG---------GATAATGACTTTGCTGCACAAGTCTGCTCAAACAACATTTCTTGCTTTTATCAAAG 
s mm7.chr15      4433086 78 - 103647385 GTGGAAAATAGGCAGTCAGCAATCGGGGAAGAGATAGCTCCACA--CCTACCTGTCCAACACTTGATCCTACTACCGCAG 

a score=91
s danRer3.chr12 16873196 1 +  37038836 A 
s mm7.chr15      4433418 1 - 103647385 A 

a score=8858
s danRer3.chr12  16873197 297 +  37038836 CTCACCCAGAATAAAAAGCATCTCCACGGCAATGTCGCTAACTATCGTGCTCC------TGCCTGCAGTCTCCACATCACTGTACGCTGTGAAACACACGTTGTATGGCACTGTCACAGCAACATAGAAAGTGGCCAATAGAATCATCCAGTCCCACAATGCCTTGGACACACTGTAGTGCAGCAGGATGAATCGAGACTTCTGAACTGCTGCCACTTTATACTCAGGCAGAGACGGTTTT---TCAAACATGTCCTGAGGAGAAAGATTTGTTGTTTAAGGAACAAGAGTAAACAAAGTCATTGA 
s mm7.chr11     100864703 300 + 122091587 CTGACCCAGGATGAAGAGCATTTCCACAGCGATGTCACTGACAAGGGTGTGTCGGGAAGTGATGGGGGTGTCGTCATCAC------CCGCGAAGCAGACGTTGTAGGGGACAGTGACCGCGACGTAGAATGTGGCGAGGAGGATGAGACCATCCCAGACAGCCTTGGGGATGCTGTAGTGGAGGAGGAGGCAGCGGGAGCCCCCCACAGAGGCCACCTTGTACTCGGGCACTGATGGTTTTGGCTCAAACAGGTTCTAAAGGGAGAGGGGTAGTGGTTGGGGACACTTAGGGGAAAGAAACGTTGA 

a score=5083
s danRer3.chr12  16881208 156 +  37038836 ACATAGAGCAGTGGTGGAAATGATGACCGTACCATCGGTTTTGCTGCTGTGATGGCTCTTCTCGTGCGTTTCTGTGA--TGTCTTTGAAAGAAAAGAGAAAAAGCACCATCTCCCCCTTCTCATTCTTAATGGGTACAATGTCCAACAGACACCAGAA 
s mm7.chr11     100866099 157 + 122091587 ACCCAGACCTGTAGTTACCGTGATTATTGTCCCCATGGATTC-CTGGTGAGCCAAGTCCTGGGCCTCCACTCTGAGAGATGTCCTTGAAGGAAAATAGGAAAAGCACAACCTCCCCCATCTCATTCTTGATGGGCATCATGTCCAGAAGACACCAGAA 

a score=1271
s danRer3.chr12 16882287 190 +  37038836 ACAAAGCATTTTTTGTATTTTTTTACAGCTTTGAGAGACAAAAAA-------TTAGTAAA--AAGGTGATTT----------TGAAAGTCTACAT-------------------TTGTGGATAAAGAACTTACCat---------------ttaaaataataaaaattaac----aaaattgtataacaaataatt-------tatttgtttatttaaaattgatatttttttttatttaaaatgtatttgtta 
s mm7.chr2      63108925 253 + 182548267 ACAAAGCCTTTTAGATCTTTCTGCATAGCTTGCAGGGACAAGAAATCCAATGTTAACCAACCAAGGCCATTTTCAACTTTAGTGGAATTATACATTGCCTCTGGTACTCTGAGCTGATGGGTTAAGGACTCTCCTTAGCCACTTTCTATTCTCTAGCTATTGAAAAGCAGCACAAAGAATAGAAAGACAACTACGTGTAACACTGCTTGGTTG-GTAAAATTGAGACTATACTGTGTCTAGAATCTTAATGCTA 

a score=-3073
s danRer3.chr12 16885045 715 +  37038836 CCATATCAAACTTTGCATTTTTGTCCTAGAATATGACTATGGTATACAACTTTCTTCATGGTTCTG---TACTGTACATAGTTAAAGGAATGGAACACTCAACAAGCTAG-----AAACATTAATTACTGTACATGCCCATCTCGCTCACCTCATTTTTTCTGCATACTTTAcactataaaacatgttggattccacacaattccttcatgttttcccaac---------acaaattcatttaac------taaaacattttaacaatttaagtcaatttaatccaaaacaattaagctgccccccataacaaacaaaaaattgtgttgttttaacctaaataagtagtttgaacaagcagcaaaagttat-----------ttttCATCTTAGAACTATGCACATTTaa--------gagataattcaaccaaaaatgaaagttaaattttatttac----tcaccctA--------------AAATAGTGAGGTTTTAAACTTTTTTTTTTTTTTCAAAATACACTTTATTGTGTTCAACAAAAAAAGAAGAGAGTCAAATATAATTATTTTCATTTT--TCAGTTTAAACATT---------CTCTTCAATGGCATCCA---------TGCTCAAACAACCACTGATAAGGTGTATCA---GTTAAATAGATAATAGACAATTAATCAATCATCAATTAATTGTTTGCGTCCCTAAACCAAACAAAA----CAACAAACAAACTGTTAAAAACAGCCTTCTCTTAGCAGCTACTGTATAAAATGCTGCGCTAAACTACA 
s mm7.chr2      63111858 705 + 182548267 caatgtaaatgcatgcacattgtTCCCAGGGAAAGGCTATAAGAAAGTAGTGTGTCCTTGAGCTTGAAATACTAGTCTTAATTTTAATACTAATA-ACTTAACAACTTAACAAGTGAATATTAATAACTGCACATTCAGAGCTC-----------CTTTTCTGTATTTCTTACAA--------GTAATGTCTTCTACA----TCTCTTATTTTATAACAACTGCATGGAACCAAGTTTAGTCACTCAGTTGTAGAGGTTTTTATAAACTGTACCTAATCTTCTCTAAAAACAGT-------------TGAAAGACACAAAA-------GTACCAAC---AACCAACACTTTAAAAGCCAAGATACACTTATCACTGCACCAATGTTCATTTCAGA-TTACACTGTTTTAATGAAGACCGTGGTAATATATTCAA---TGTCAGGCAGATAGTATGTACCGACTCACACTATGCATGAAAAATGCAAACAGTGAGTTACTAA------------TTCTCACACCACTCCCTT------------------GAAAAGTGTCAGGGGTGACTTATGGCATTTTCGTCCTTGGTGACATTAAGTTACTGCACCTCTACAGAGTTCAAACAAGGTATGCTTACACAAAGA---AGAAGTTTTGTCACTGGTCAAATA------AGAACATTCAT-ACTTCTCAGATA-----CTGAGACTTTACATGTAAAAAAAAATTCCATCTACAATTAATTATGTGAGGTTTCGTCTGCATATGAACTTTTGGTAAT-CGGAATTTCACTACA 

a score=11047
s danRer3.chr12  16885760 278 +  37038836 ATGTACAGTATAACAAGAATA---TTATTACCATTCTTCTTGTAGAACTGGACCTCAGCCTGATACTCCTCCTTGCCCTCCATAGCTTTCTTCACACCCTGAACAACCTGCTCACTAGTGCCTGAGCCATAAAGAAAATGACAGCTGCAATTCTTCTGCATCACCTCTGTTCGTCCAAACCCTGTCAGCTCACAGAATCCATCAGAACAGTACACAATGGGATAGCCACGGTGACCCTGAGCATTCCCAAGTAGGAAATTGCTGTCTGTGGGACAGAAGAG 
s mm7.chr11     100866574 281 + 122091587 ATGTCAGGCAAAGCCAGATCAGGCTCTTTACCATCCTTTCGGTAAAAGCAGATTTCAGTTCGGTGTTCTTGGTGGCCCTCCAGGGCTTTTTGCAACCGTTGCAGGGCTGGTTCACTGGTCTCTGGGCCATAGAGGAACCGACAGCTACAGGTTTTCTGCATGACCTCGGTGCGGCCGTAGCCTGTGAGCTCACAGAAGCCGTCAGAGCAGTAGACGATGGGAAAACCCCGTGGGCCCTGTGCATTGGCCAGAAGGAAGTTGCTGTCTACAGGAGGGAGAAG 

a score=-710
s danRer3.chr12 16886038 214 +  37038836 AGAG-----------------------AAAGATTATCA-ATGTTGTATTACATTATTATCCATATTGAGAATTCATCAAT-------CTCCCCCTATGTGCAatatatatata---------------tatatatat-atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatcttatgt-----atatgtaGA--------GTTTAATTTATTTACTTAAGATTAACTTTTTTTGTTATTCACAAAATTCACAAAAAT 
s mm7.chr2      63112851 267 + 182548267 GTAGGACATCTCTTTTAAAATCTTCCCAAAGGTTCTCACAAACACTAAAGCCATTTGTTGCATAACGAGGG-TCAGAAATACAGTGGCTTCCCCCAAATGCCAATCATTTAGACCTTTCCAAGAGAATTACAAAAATcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacCCCTATACAAACTTGAGGTGTGAGATCTGTGGAAATACGTGATTTAATACAAGAAATTAAGACAA---TTTCTCTTCAATTGCAAGA---ACAGAAAT 

a score=6235
s danRer3.chr12  16892785 93 +  37038836 ACTTACGAGTGCCATCGAAGCGGGTGGCAATAGTGTCCAGGAAAGTGTTCTGGGGTGCCAGCAGCCCCTTCATTACTGGCATGATGCCAGGTA 
s mm7.chr11     100868562 93 + 122091587 ACTCACGCGTGCCGTCAAAGCGGGTGGCGATGGTGTCCAGAAAGGTGTTTTGCGGGGCCAGCAACCCCTTCATGACCGGCATGGCCCCGGGTA 

a score=6529
s danRer3.chr12 16908695 205 +  37038836 CTTTTCCTTCTCCACTTTCTGCTGTTCTATCCTTCATCACTATCTCTCTCCTGTCTCTCTCGCTCTCTTCTCATCTCCTTCAGTTCTTGACGGTACTTTCTTTCGATGAAGCGTTTCTGATGAGCCATCTGAGGAAAGTTATCTG-TAGAGGGTGAGGAAAAGATCAGGATATAGAAAAAGACTTTCATAAACTTTAGGACTATAA 
s mm7.chr15     90652290 203 - 103647385 CCTGCCCTCGTTTACTTCTTGATGTCTTCAGCCTCCTCCGGCTCTCTCTCCTGATGCTCTCTTTCCCACCTCATTTCCTTTAACTCTTGTCTGTATTTCCGCTCAATGAACCGCTTCTGATGGGCCATCTGGGGAAAGTTATCTGACACAAGG---AGATATGTTTAATACTTAATAAAGGATATCCATGGGTGCAGGGACGACAA 

a score=4722
s danRer3.chr12 16910847 60 +  37038836 CTTACATTTCTCCAGAGCATCCATGGCTGCCCCCATCTCAGCTTGCTGAATGCTGTTGGA 
s mm7.chr15     90657707 60 - 103647385 CTTACATTTCTCCAGTGCATCCATTGCTGCTCCCATCTCCGCCTGCTGAATGCTGTTGAA 

a score=4848
s danRer3.chr12 16912848 532 +  37038836 TGTTTATTAGTACCTTGGTCCTTTTCCACAGCCAATCCTTTCACCTTTAAAATACACTGCCACCGTGTAGGTCCTGGCATGTGAGGGTCCAACAGTTTGAAGTGTTCTATAGATAAAAGATAAAAGGAAAAAAATAATAACAAACTTGAATGGCACAATTATATGGAGCTAAAGATTTGTTATACTATCATTACATTAGATTAAAGAAATTAAAAAGACAAAAAAAGAAAAAAGATTAAATAAGATTTTAAAAAGCTGATGACCCAAAAATGTAAATTATACTTACATTATATACATACATTAACAGCTATCAATAAACGGTTAAATATATAACTTTggtaacactttag--tttgagttaacacattattcacacaa-----tgtataactggcttattacctgcctattattaatatattaactgtttattagtacttatgtacttaagatcctaaatccaactactacttaccaactattaataagcagataattagtagtttttga----gctaaaagttctatgttaatagtttgtta 
s mm7.chr15     90658455 487 - 103647385 TTTCTTCTCATACCTTGGTCCTTTCCCACAGCCTATCCTTTCTCCCTTGAAATAAACAGCCACAGTGTAGGTTCTAGCATGGGATGGCCCCACTGTCTGCAGAGTCCTGCA--------ATGAAAGAACAGTAATTATGATACAAT------GCTCAATTAT-------------TTTGCTATTATA---------TAAACTGACAAAAACAAAAAACAAACAACCCCAAAAACTTTATTCTTAATGCCAGAAAG----------AAGAACGTAAA----AGTAACAAGAAATATGGAA---AAAGAATGTGATTCAATTTTTGATTTGCTAAC-TTAATAAAATTTAGAGCTTTAAAATAGGAAATTAAAAATAAAAAAAAGTGCATTGTAGTTTTA-TATTTTTCTCACATAGGAATAGTACCTGAGGGTTCACAGTTAAGTACGTGATACTTTAAA-ACAACTTCTTAGTATGAGTATTCTAGAATCATGAAATTAACAAACTTTCACTAGGAGGAAGAATTGAGGGCTTTAGTTTGTTA 

a score=8151
s danRer3.chr12 16914065 146 +  37038836 CTTACTTGTATAAAGGAATATCTGGCTCTTTGCCTTCCGTCCGCAGGGTTAGACAGCACTGCTGCAGCTGTGATTTTGGATCGTTCCAATCCTGGTTCAAGATGAACTCCTGAAACAATAAATGAACAAATTAAACAGACGTGTTT 
s mm7.chr15     90661109 145 - 103647385 CTCACTTGTATAAGGGGATGTCAGGCTCTTTCCCTTCTGTCCTCAGGGTCAGACAACACTGCTGCAGCTGCGACTTGGGGTCGTTCCAATCCTGATTCAGAATGAACTCCTGCGGGAATCCCCCAAAGCATTGAGTAG-TGTGTTT 

a score=2529
s danRer3.chr12 16914609 53 + 37038836 GACTTATGAGAAGCAGGACATAAAAAAAAAAAACTTTGTTTAATTCCAATTTA 
s mm7.chr16     63397738 53 - 98481019 GATTCTTGAGATAATCGACTTAAAAAAAGAAAGCTTTGTTTGGTTCCAGTTTG 

a score=1015
s danRer3.chr12 16914743 69 + 37038836 TACTTACTAATAAT--TAAATCTGAAAAAAATAAATCTTTTGGTTTTAGACATACAGAAAGCGACTCTCGT 
s mm7.chr16     63397864 67 - 98481019 TACCTCCTGACACTGCCAGTTCTGGAAACACATAGGCTTTTGG----AGACATCCAGATACGAACTACCCT 

a score=4435
s danRer3.chr12 16914861 193 + 37038836 GCAAAAGCTGTTTTTGG----AGGAGACAAGCAGAAATTATCACTGTAATAGCCCTGGCTCAGT-CCAGCTTGTCACTAAAGTACAGTATGTAATACAGAAacacacacacagacact----gacagacactgacagacactgacagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 
s mm7.chr16     63397960 170 - 98481019 GCAAAAATGGGATGGGGGACCAGTGGGCAAGCAGAAACCAGAAAAGAATTAACACTTATCCAGTGCCTGCTGTTTATTG------------------------GCACACCCAGCTTCTCTAGGATGGGC-CGGGCAGG-------AGCcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaTA 

a score=6176
s danRer3.chr12 16915520 101 +  37038836 TACCTTGAGTCGTGGGAAGAAGCAAACGTTCATGAATGTGTGCACAAATTCCAGGTCTTTATCTATGTAAAGTGCTGCGATAAATGCT--GAAGTTAGAGAAA 
s mm7.chr15     90661347 103 - 103647385 TACCTTCAGCCGGGGAAAGAAGCAGACGTTCATGAAAGTGTGGACATATTCCAGGTCCTTGTCGATGTACAGCGCTGCGATAAATGCTGAGAAACAAGTGAAA 

a score=6296
s danRer3.chr12 16915621 353 +  37038836 AAAACAACAAATTAATCGAAATCCACACAATAAACATTAAGTATTTTAGATTAATATAAATGCTGTATCTGAAATAATAATACTGCTGtataaaatcatttataaataaataaataCTTACA---TTTCTGTAGGATTTTAGCTTGCAAAAAAGTTTTTATTGAAATAATTTAAA-TATAGTAATGTCACACTTACACTCCAACAAATCTGCTAAAGTCTTTGTCCGTAGGGCAACTGGTCGTTTGGTTTTGTCATTGGTAATGGCAAATTCCTGCATACCCAACTCTTCTGCAACCTTCGCTTGAGTCCGGTTATTTACCAATGAGCTGCGCAGGAGCTACAATAAAGCACACAAA 
s mm7.chr15     90663093 294 - 103647385 AAAACAGAAAAG--------------------------AGGTCCTTTAGCT----------------------ATAACAACAGCATCAT-CACCATCACCATAAAAAGAGTAAGTGCTAGTGGGTTTAATTTAAACATTGGACCTGCAAG----------TTAAAAAGCTTCACACTGTAG----GTAGGACTCACATTCCAAAAGGTCTGCCAAAGTCTTGGTTCTTAGGGCCACGGGTCTCTTGGTTTTGTCGTTGGTGATGGCATACTCCTGCATGCCCAGTTCCTCTGCTACCTTGGCTTGCGTTCTGTTGTTCACTAAGGAACTTCGTAACAACTGGTAAGAAGGAAATGGA 

a score=7778
s danRer3.chr12 16919346 254 +  37038836 AGAAATTATATAGACATCCTTACTGTCAAATGTCCTTCGTGATGGTCTGGGAAGTGGATGAAGAGATATTCGGTTGCCACAAGCTGCATGATAGAGTCTCCAAGAAACTCCATCCTCTGGTTGTGGCCTCTGCAGACAGGAACATCAGTTGCATGAAGAT--------CTATTTTTTAGATAACTACTTATACAATTACGGTGTTGCATTTCCAGACTAGAAAGGTGCATAAATATTATGGCTCAAACTTAAATCCTTAATT 
s mm7.chr15     90671956 246 - 103647385 AAGAACTAAGTGAGGATGCTTACCGTCAAGTGTCCTTCGTGATGGTCCGGGAAATGAATGAACAAGTACTCTGTGGCCACCAGCTGCATTATGGAGTCGCCCAGAAATTCCATCCTCTGATTGTGGCCTCTG-AAAAAGAAGTACCACT--AATAAAGATACCAGGAACTACTTGTGGATTGAAAAAAAAAACAAAAA-------------ACAAAAAAACAAGACACATAATTTTTAAGATTATAACCTAAAAATATAATT 

a score=2359
s danRer3.chr12 16919671 109 +  37038836 AAAATAAAACAAAAACACACATA--------CAAGAATGCCACAAGTATGCACAAATGTCACATATTTTTAATAT-----ATTCTGAAACAATGTAAAAGGAGCTACCACAACTCTAAATAA 
s mm7.chr9      48847162 122 - 123828236 AATATAAAACACAAAAAAGGACAAGATAAACTAACAGTGACACACACACACACAAATGTCACTGATTTTCAACAGTACTAATGCCAAAACATTAGAAGAAAAGCCCTACCAAGttaaaaaaa 

a score=8329
s danRer3.chr12 16922599 324 +  37038836 CTTACAGTGTGAGGTGGTTGAAGCCCACTGTCCGCAGAGTGAAGGCCCTCGCTAGGAGACGTACATGAGTAAACAGCACTCCGATAGCATCCTCAAAATTAGTGAGTTTCTGCAGAACCGGAGAGGATTCAATCAACTGCCTGTCAGTCAGGGGCTCCTGCACCTAGACGTATAGCAGAACATTTACACATTACATATGTATAACAATTT----CATTAGTACAATTA--AGTTTATACACATCTTTTATTATAAAATGGCACATA--AACAGCTGAAATTTCAGTAATGTATATAACAACATAAAACTGAAAATCCTGTCATTTACTCATC 
s mm7.chr15     90673362 311 - 103647385 CTCACAGGGTCAGGTGGTTAAAGCCCACGGTTCTCAGTGTGAACGCCCTCGCCAGAAGCCGGACGTGAGTGAAGATCACTCCAATTGCTTCTTCAAACTCCGTAAGTTTCTGTAGAACTGGGGAAGTTTCAATAAGTTGCCGATCCGTATTTGGCTCTTGTAGC------TTCAGAAAAAAA--TAGAAATAAATTAAAAATCACAGTTTTTGATACAAGAGTAATTATCAATTCTTGGACACTGTT--CTATAAAATTCCATCTCCTGTGGGCAGAAATTTCGGAAATG-------CCAAATAAAACCTGAAAGCCT----CTTTCTCATC 

a score=2871
s danRer3.chr12 16924422 64 +  37038836 ACACACCTGTAAAGGATGAGGTGGGTAGTTGAGCCAAACTTCTCTCATGTCCTGCAAGACAAAA 
s mm7.chr15     90674862 64 - 103647385 ACTCACTTGGAGTGGGTGGAGAGGATAATTGAGCCAGACTTCTCGAAGGTCCTGGAAAATGGAA 

a score=1326
s danRer3.chr12 16927095 472 +  37038836 GCCTTTTCAAGCAGTAAAAAT---GTATTTATAAAATTTTTATGAACATATAAAACACAA-----GAACATAAAGCTCACCTCAGTGTTAAACAGCAGTCTTCCAAAGAGATCCTTGGCTTCTTCTAAACCCCCTTCTAGGTAAACAGCCCCTAAAACGAACACAAATCAATTTTAAACAAA----TTCAGTACTTTTCAAAGG------------TTTATGAAAGG--------------------AGT--CGGCAAGAAGTTTGGCATTAG---GCAAAAAATAATAATAATAA-------TTGCAATTAGA-----TGGTGGGCCAAA---------GCATAATCAAAAGATAATAAAATAATAATTG-AGAAAAATGTAACTACAATTG---TCTTGGGCATAATATTGTATATTTTGTA----ATTAGAGGGTAT-TAAAAATGTAAACTATGGTATTAAAATGTCTGGGTTTTACAACAGACA----------AATAAAAGCAGAGTAGTGACACATACTGTACAGTTGAAGGCAAAGCCTGTGTGCCTTAATAA 
s mm7.chr15     90679959 540 - 103647385 GTCTTTCCAAGAAACAAAACTTCTGCACTGACA-------CATAGGCAAGGAAAAGAAGATGGCTGAACATAAA---TACCGGATCATTAAAGAGTAAGCGTCCAAATAACTGTTTGGCTTCCTCTAGGCTCCCCTCCAAGTAAACAGCTCCT-AGATGAAAGGAAGCGGGTGTCAAAAGCAAGGCTGCATTAATATTCAGAGAAAATTACACATCTCTATAAAAAGCAAAAAGGCAAGCTAAACCCAGTCACAGCAGAGAGCCTAGGAGCTGAGCGCAGACTGTTTTAAAGGGAACACTTCCCTGCCCTTAGCCATGTTTTTGTGCTAAAATTCAGACTGCA-AATATAAAGTTAATTCACTAAAATTTGTAAGCAGAAGAGGCTAGAAATGAACTCTCATGAAAGATATAGCATGTAACCTATTATACTAAAGAATACACTTCAATTCAGTTTCTGTTTTTACAGTGCATGG--TTTAAAACAAACATATATATGTTAACAACAACAAAATAGATACAA-------CCAGAATGAAGCACTGCAAATGCACATTAATCA 

a score=1963
s danRer3.chr12 16927632 123 +  37038836 AGAACAAATAAAAGCTCTCAAATTATCTTAAAATAAAACATTTCTGCAAAAAAAATGTTCTCATTCTTTTATTTTGAAGGCAAAATCACCAAATGATGAAGTGTTTATGAATAACCATTTCTG 
s mm7.chr15     90680543 121 - 103647385 AAAATAGAGTAGAAAAGTCATATTTTCTTAAAATCAAAATTTTCTGTCTTCAGAATGGCTACATTTCCACATAT--AAAGTTAAAATGCTAACCTAGAAGGCTTTGATCAGTAAGCATTACTG 

a score=8440
s danRer3.chr12 16928208 194 +  37038836 AGAGACAGACTTTAAGAGAAAGAACTAACCTATCAGGGCTTCAAAACAGTTTGCCATGGCATGCCGGAGATCTGACTCTCTGCACAGATCAGGGCCGTGGGCATATAGCATGAAACGATCCAGCTCCAGTTTCTG-GGGATCCAAAACAAT------TATGAATATAAATAAAAAAAATATCAAAACTCACAAACAAAAGA 
s mm7.chr15     90681696 198 - 103647385 AGAAACAGATTT---GAAAGGGAAATTACCTATCAAGGCTTCAAAACAATTGGCCATCGCATGGCGGAGATCTGATTCTCTACATAGGTCGGGCCCATGGGCATATAGCATAAATCGATCCAGTTCAAGTTTCTATAAAATCCAAAATGACAAAAGGTGAGAACACTTACCAAAACAGCCCCGTACATCACGGAGAAGGGA 

a score=6954
s danRer3.chr12 16929075 170 +  37038836 AACAGTCACCTTGGCAAGCATGGCAAGATGCTGGTTCTGAACGATTGCTGTGCGATATGTGGCAAGTCCTCCTTCCTCTAGGCTTGGAAATAGGTGGTAGAGGTGCACACTG--GAAAAGAAAAACAACACTAAGCGAATAAACAAACTAACAACAACAAAAACTGTCTGTA 
s mm7.chr15     90684731 164 - 103647385 AACGGT-ACCTTTGCAAGCATGGCGAGGTGCTGATTCTGAACAATGGCGGTCCGATAGGTCGCCAAGCCCCCTTCCTCCAAGCTAGGAAACAGGTAGTACAGGTGGACACTGCAGGAACAAAGAGCAGAAAAGAGCAGATAAATA-------CGCATCACGAACTCTCTGCA 

a score=4238
s danRer3.chr12 16929325 95 +  37038836 AAAGCAAAGGTAACAGGAGGTCAGAGGTCCCACCTAGTCAGAAACTCAACAACTGCATCTCCAAGAAACTCCAAGCGCTCATTATGATTGATCCT 
s mm7.chr15     90686228 95 - 103647385 AGAGCAGGGGCTAGATGGGGAAGACCTACTTACCTGGTCAGAAACTCAACAACAGCATCCCCCAGGAACTCCAACCTTTCGTTGTGATTAATCCT 

a score=4402
s danRer3.chr12 16930507 128 +  37038836 ACCTGGAAGGTGATGGGTCATCCTGGCCCAGTCGTGACATTATATTGATCAAGGTGTTAATTCCTTATGATAAAGAGACAAATCAGTCGGTAAAATACACAACTTACATTAAAAACATTTTCTAACAT 
s mm7.chr15     90696874 122 - 103647385 ACCTTGAAGGAGTTGGATCATCTTGGCCAAGGCGTGACATGATATTTATTAGGGTATTAATTCCTATTTAAAAAAAAACCA--CAAACATACAAATAAATAATTTA----AGAACTATTTTAGAAAAT 

a score=9666
s danRer3.chr12 16930657 159 +  37038836 ACCTTTTTTCCTCATGTACATATGATGCACTTTCCGGTCTCCATATTTTGGCTGGCGTATCCCACAGTTGGACAAAGAGTTGCGAGCATGGTCAGGATTCATCCCAAAATTAAGATGATGACTGGGGTGAGTCATTGCCAACTGAAGAAGTAA-GAAACA 
s mm7.chr15     90697249 160 - 103647385 ACCTTTTTTCCGCATGTGCATGTGATGAACTTTTCTGTCTCCATATTTGGGTTGTCGAATTCCACAGTTAGACAAAGAATTCCTGGCATGGTCAGGATTCATTCCAAAATTTAAATGGTGACTCGGATGAGTCATGGCAAGCTATAGTTGTAATGAAACA 

a score=6706
s danRer3.chr12 16931497 182 +  37038836 TTACCTGCAGCAAGCATCGTTCCTTAAACATGTAACCAATCAGCTTATCCAAATGCATCAGGCACTGGTGATAGCGGATGTGATGGGTGAGAACAGGAAGCATCATAGCGTGCTGCAAAAAAGATCAAATCCGCT--GCTTTACAGAAGATAAAATTGTGGTGAACCACTTGTGCTTTACAAAA 
s mm7.chr15     90697693 178 - 103647385 TTACCTGGAGCAGACAACGGTCTTGGAAAGTATATCCTATCAACTTGTCCAGGTGCATTAAGCATTGATGGTACCGGATGTGATGGGTCAGAACAGGCAGCATCATTGCATGCTGGGGGGAAAATTGAGTATGTTTAACTCTATA------AAAATTCATAGAAACAGCATTTATTCTACAACA 

a score=7668
s danRer3.chr12 16931789 116 +  37038836 ACCTGGCAGACGTCAGAACGAATGCCAGTCTTCCAGAAACCCTGACTGCTGAGTTCCACTGTGACCTCCCTTCTCATCGTATTCTTCTGCCTGATCTTCTGGAGAGCTTCCTGTAA 
s mm7.chr15     90702326 116 - 103647385 ACCTGACAGACATCAGAACGAATGCCAGTTTTCCAGAATCCTTGGCTACTCAGCTCCACGGTGACTTCTCGCCGCATCGTGTTCTTCTGCCGTATTTTCTGGAGCGCTTCCTGGAA 

a score=6113
s danRer3.chr12 16933160 186 +  37038836 ACACTTACTTCTCTTTGCATCAACTTCTGTTTGTCAATTTGTTTAACTTTTGGGCTGTTGGCCAGCAGGTGTCGCAACTTCACATAACTCTTCCACAACTTTTGATACCT---GCAATGAAAGCAGTGTTTTTACAATATACAGTATAAACAACTACAGACATATGCAAATAATCAATCATTTATTATA 
s mm7.chr15     90704150 182 - 103647385 ATACCGACCTCCCTCTGAGCCAGCTTCTGCTTGTCAGTTTGTTTGACTTTGGGACTGTTTGCTAGGAGGTGGCGAAGTTTCACATAGCTTTTCCATAATTTCTGATACCTAGGAAAAGGACAGAAAGTTATCTTAGACAAAGAGAAGGTAAATCTAC-----TGTGAAAATCA--AACCAATTATTCTA 

a score=6311
s danRer3.chr12 16936578 335 +  37038836 tGCAAATGAAATTAGTTT----AGACTCATATCCCTAATT----ATAAGAA------CCACTGCAGAAAACTCATTAGATGTTTCTTAAGCAAGCATACAAGAATAGAAATGGTAAATGCGGTCACA---------CTTACTGCGGGTCTCCAGCGTAGCTAAGCTGAGCAGGTCGGATACCAAAATGCACAATTATGGGGAAAGTAATGACACTGGAGTTGAACTGCTCACGGTCCAACTGGTCGATTCTCACAGAGCTGGGTTTCTGTGTAAATATAGGCACACACATATTTTGATGAC-ATGACAGCACTAGAACA-----GTGGGCATCCTCAAGGGAAAAATAGCCATTGCTTTCTCCA 
s mm7.chr15     90705540 359 - 103647385 TGTAAAAAAACTCACTCTTCACAAACTACAAAACCTAATTTGTAATGAGGAAGAAGCCCACTGAAGGTAGCCCCT-----GCTAATTCAGCTGTTAGTAGAAGGTGAAACTGGCCAAGACAAACACCGAGAGATATCTTACTGTGGGTCTCCTGCATAACTCAACTGTGCGGGGCGGATCCCAAAGTGAACGATAATCGGGAAAGTGATCACTTCGGGGTTGAACTGTTCACGATCCAGCTGATCAATGCGGACAGAGCTCGGTTTCTAGGGAGAAAAGAACAGCGGGATCATTCATTACCGACGGAAGGCCTGAGACACCCACTTTAACCTAAGAAAGGGATTAATGGCATTTCTTTTCTCTA 

a score=10625
s danRer3.chr12 16938647 441 +  37038836 CTTACCATGCCAGGGTTAGTGACGATCATGCCCTTGCACTCCTCAGCATATTTCTGCCACTCCAGCTCCTCCCACTGAAGCATATTTGCAATCTCCTCTTCGGGAACCAGAGGTTTGCTGCTGTGTAAGAGATACAGCAGCACCTGATGCATTGACAGCACCTCCTTTCCTCCATC-TGACAGCCAAGCCGACAGAAAACAACATTAATTATACTGCCAAATGCATAGAGCCAAAT------GTACAAACAATACTTAAAAGG-----AAATAACGTACATTATGACTCATCATCTTAGTTACAATTTGATTTGATT-------------TCATTCTGA----CATTTACCCTGTAACCAAA-----TTAAATGGCtaaaattgtatt-----tattacaaataatatttaaattaatGTTTAACTGATATCTTAAAATACGATA-----TCTTAGACCAAAAAAACGTAATTTAAGTCATCCTA 
s mm7.chr15     90708591 463 - 103647385 CTCACCGTCCCAGGGTTGGTAACGATCATGCCTTTGCACTCCTCTGCGTATTTCTGCCACTCGAGCTCCTCCCACTGGAGCATGTTGGCAATCTCCTCCTCGGGCACCAGAGCCTTGCTGCAGCGCAGCAGGTAGAGAAGGATCTGGTGCATGGATAACACTTCTTTGCCTCCATCTTGGGTGAGAATTTGGAGAAGAACAAAGTCACTCA----GTTAACAGCAAAGCATCAACTCACTTCGGGAAAACAAGAC---AACGGCTGTAGAAGAGCACACATAAAGAATCAT--------TTAAAATTTGCACTGCTCAGCCAGGTGCCGAACACTATGAACACCATTTGTCTGACTGACAAACGGTGCTCATTTACTAAAATGGGAACAACAGCATTATAAATGATA-------AAGGCTTTATTTGAGAGGTATGAATACAAAAAAGGGTGTTTGCCTAAATAAATTTAAAGTAACCCATCGTA 

a score=3763
s danRer3.chr12 16939637 100 +  37038836 AAAACGCACCTGGCAGGAACCGAACAAACCGAGGCATGAAATGAAACCTCTGACAGCCTAACGGAGAATTTTCTTCAGGATCTGTAAAACAAAGAATCTA 
s mm7.chr15     90719744  87 - 103647385 AAGATTTACCTGGAAGAAATCTTACAAAACGTGGCATGAAATGAAATCTCGGACAGC---AGGGAGGGCTGTCTTC----------AAACAAAGGACCTA 

a score=5314
s danRer3.chr12 16939796 178 +  37038836 TTACCTGTGAGATTCCAATCATACAACTCCAAGATGTCTTTAAATAGGTATGAGGAAAACAGTTCCAGGCCTTTAACACAGTAGTTCTGGAAAGCACAACAGATCACAATTGC---AGAGC-----ATAAGGGTTACTTCACCCACATTAGATTACCCAAAATGAACTATGTGCATAATCATAAAA 
s mm7.chr15     90720775 186 - 103647385 TTACCTTTAAGATTCCAGTCATATAATTCCAAAATATCTCTGAATAGGAACAATGAAAACAGTTCAAGTCCTTTCACACAAAAATTCTGAAAAATAAGTCAAAATCAAATTACTATAGATCTGCAAATACACATTAACTTGTCCTAGCCAAGTATCTCAAAACTCTTTGTGGACGCCATACTAAAA 

a score=4797
s danRer3.chr12 16941212 144 +  37038836 TATGAATTAGATCAAATGAAAACAGTGTGAAATATAATGACTAGT--ATTATCACAAACCTCAGGTGCCATCTCTTCTATGAAGTGGATGGTGTAATCAATGTTGAAGCGAATAACCCGACACAAAGGGATCTAAAAATACAAGGG 
s mm7.chr15     90722267 145 - 103647385 TAAGAGAAAAATCTTATGAAAGCAGAGT-AAATACAGGAAGTTGTTAAGCAGCTCTTACCTCAGGCATCATCTCTTCGATAAAATGAATCGTGTAGTCTATGTTGAATCGAATCACTTTACACAGTGGAATCTGCAAGAAGAAGAG 

a score=5603
s danRer3.chr12 16941700 164 +  37038836 AAGGGCGCTTGCTTACACTAGTAAGCGGAGTGTGTGAAAAGCAAGAAAAGCCCTCAAACAGGTACTCATGGTCATCATACTCAATAACCGTTGGCCTATCTGTCTGAAAGAGGAAGAGAGA-------GAGATCAAAATTCACATAATGAACATACAATATAAGAATACAC 
s mm7.chr15     90725643 168 - 103647385 AAGAGCCAATACTTACATTGGTCAGAGGAGCATGTGCAAACATAGAAAATCCTTCAAAAATATACTCGTGGTCATCATATTCTATGACTGTTGGCCTGTCAGTCTAAACGTGAACAAGAACACAAAATAGGACTTAAATTAATACCATTTGCAT---ATGCAGGAATTCAC 

a score=5456
s danRer3.chr12 16942316 87 +  37038836 TACCTGTTCACCAGGGTAAATACTGTGTCGAATTCCAGTTCTTCTGGCTTTGGCACTGCACTTGCATAATGGTCCGTCATTCATCTG 
s mm7.chr15     90735544 87 - 103647385 TACCTCTTCTCCGGGATAAATGCTGTGGCGGATTCCTGTGCGTCTGGCTTTTGCACTGCATTTGCAAAGCGGTCCATCGTTCATCTG 

a score=10136
s danRer3.chr12 16942825 212 +  37038836 ACCTGTCCAGGGTCATTGTACCACAGCTCGTCATGAAGGCGGTCAGGATGAGCTTTCTTCCTCTTGATCTCAGCGATGACATCAAACACCTCAGAGTCAGAGCTGCTGGAGCAGGTGCTACCACCTCCATCAGACTCACACTCAGATTCACTGGAACTCTCATCTGCAC--------ATAACAAAAAATAACTTTAGAGTTTTAAAAAAATATCTATGTA 
s mm7.chr15     90739214 217 - 103647385 ACCTGGCCTGGGTCGTTGTACCAGAGTTCATCATGAAGCCGGTCAGGGTGAGCCTTTTTGCGTTTAATCTCTGCAATGACATCGAACACCTCCGAGTCCGAGCTGCTCGAACAGGTGCTGTCG---TCGTCAGTCTCACATTCAGACTCACTGGAACTCTCTGGTGGACGGTGGGAGAGAACACAGAAGGAGTTCATGGACGTAACAAAACGGCTCTGCA 

a score=6845
s danRer3.chr12 16943556 182 +  37038836 ACCCTGATCCTGGTCCAGTTTGGTCTTGGGTGGTTCCCATTTAGGCCTGATGGATTTGGCACGCTCTTGTCTCTTACCAAGTTCTTCCTCAAAACGCTCGTACAGATCTCTCAACTTACTGGTTCCGACGACAGTAGAGTCGCCCTTTGGGTAAAAAAAAATACAGATGTAAGGTAAGAAAC 
s mm7.chr15     90741212 175 - 103647385 ACCTAAATCTTCATCCAGCTTTGTCTTCGGAGGCTCCCACGGAGGCCGGGCAGCTTTGGCCTTCTCTTGCCTATTCCCCAATTCTTCCTCAAATTTGTCATACAAATCACGGAGCCTGCTTGTCCCTACGACAGTCGAGTCTCCCTTTG-------CAAAGTAAAGGATCAGGGTGAGAAGC 

a score=5990
s danRer3.chr12 16945732 247 +  37038836 TACCACTTGGTCCATGGGATCATTAGAGTAGTAGTTCTCAGCATGTGTGCAGCGGATCCAAGCAGGTTTGTGTAGCTCCTCCT----GTCCTCTGTCCTCCTCATGGCGGTCGATGGTTATCTCCTCAGCCTCTCTGCTCCTGCTGGAGTTCACAGACCTTTCTCGACTGCTTGAAGATCCATCAGTTCTCCTCTCTTTATCCTCTTCCACACGGCGGCGCTTTCTCTCTCGGCTGCCTGAGCGATTGCGA 
s mm7.chr15     90744889 241 - 103647385 TACCACCTGATCCATTGGGTCACTGGAGTAATAGCTTTCCGAATGTGTACAGCGAATCCACACAGGCTTAAGGAGCTCTTCCTCCTCCTCCTCCGTCTTC----------TCTGGAGGCACCTCCTCTGCCTCTTTCTCTTTGATGGACGTGTAGTTCTTCTCTTTGCCAGAGCCCTGGCTGTCGCTCCATCTGTCTTTTTCCTCCTCCCAACGAGCTCTCTTCTTCTCCCTGCTTGGAGAACGACTTCAA 

a score=4221
s danRer3.chr12 16948640 790 +  37038836 TACCTGCTGCGGTGTCTCGATGACACACGTCCTCGGTCATAGTCGGATTTACACCGCCGAGGACTGTCTGAACGCCTCCGTTCTGAACTACACCCCCTGTCCCGCTTCTCTCCTCCAAACTCTCGGTTGTGTCTGCTTCCATATTCGCTATAACTGTGACCCCTGTGCCGGTGATCATCATGGTGCCGAAGTCTCTCAGGGGAACGAGAACAGGAATCCGTCTTGTAGTGAAGTGGTGGACGGGAACGTTCAGGCTTGAAGGAACCACTAGGCTGACCATAAGCTGGGTTGAAGCTG----------GGTGGAGGGGGAAGCTGGGGTTGTGGAGGGTAGCTCATAGGGTATGTTGGAGGGTAGGGCATAGTGGGTGGAACTGAGGGTGGCATAGGTGGCAGGGGTGGAGGG-GGGATAT--------TGGGCATCATGTAAGGATAAGAGTTCTGAATCGGCATTGGAGTCGAGCCATCTGAGCTGTGAGGAGGAGGT---------------GGTGGAAAAGGGGGTGGTTCTGTGAAG-------------ACTGGTGGACGTATGGGG----CACTGAGGCAGGGTGTTGGAAGCCTGTGA--------------TGGTGGAGGGAAGTGGAACGACATGAAGTCAGGATGAGGTGGCATGTAGCTGCTGCCGCCCTGGGGGTT---ATAGACAGGTCCGGGAGCAGCGGAAGGGTCGTAGTGATATCG-------------TGGGGAAGCAGGA-----------TGATATATTTGACCCGGAGCGGGTAGTCT------------------ACCCCTCGGGCATCCACGGCCAGCATGGAAAGACA---------TCTTTAAGAAAGCTATAGATGTAAAAAAATATATAGACATAAACAGAA 
s mm7.chr15     90752773 871 - 103647385 TAGCTGCGGTGGCGAGGCGGTGGCGTTCTCCCCCGATCATAGTCTGAGCGGTAGCG------GCTCTCAGGTCTTCTCCTTTCAGGGCTGCGGCCGCGCTCCC------------TGCGCTCCAGGGACCGATGCCTCTCGCCTCGCCCGTGACTGTGATCTCGGTGCCTGTGGTCGTCGTAGTGCTTGAGCCTTTCTGGGGACCGCCTCTCATTCTGAGCCTTTGGGAGTGAGTATGGTGGGAGGTGTCGAAAATGAGGAGTGCTGCTGCTGTTAGCACTGGGTGGGAAAGAGCTGGAGTTGTTCTGGTAACTGTTGAAGCCGG----GCGGTGGGAAGCTGTGCGAGTACCCAGGGGGGTA----CTGGTAATT--AACCTGCTGCGGCATGACGGGCGGGGGCGGAGGGTGGGGCATGGAAGGAGGGGGCACCATGAAGGGGAAAGTGCCTTGTCCGGGAGGTGCTCCGGAGGCAGGCGGGTTATTGGGACAAGGCATCGGAGGGGGCATGGGTGGAAAACAGGGAGGCACCGGGAAAGGGTGTCTCATCTGGTGGTTGGGGTAAGGCGGCCTCACTG-GGCAGGGAGGGAGAGGCCCTTGGGCAGACGGCGCCGCTGGGGGAGGGTAAGGG------ACAAAGTCTGGCCGTGGGGGCATAAAGCTGGG---GGCCTGAGAGTTCGAGTAGGAGGAAGAGGGGGCGCTCGGAGGCTCATATTGATACTGCGCAGGCGGCTGCTGGGGATGAAGAAGTCGCAGGTTTTGGGGTCTGAAAGCTGGTGCTGAAGGTCTGGCTCCGTGTCCTCCTCGGCCCCGGGGACACCCTCGTCCTGGGTGGTACGACATTCTATGACTTTTTAGAGAAGAGAAAAGGAGAAATCAAAACATGGGCCTCACCAAGA 

a score=2193
s danRer3.chr12 16961341 69 +  37038836 TTATTCAGGTCTGTTATCAAAATGGCGGCAATCACAGCAACGAATCCTTCGCAGCTTTTACCACTCGGT 
s mm7.chr6      92978775 69 - 149646834 TTAGCCACTTCCGGCGTGGCCATGGCGGCTAACGCGACCACGAACCCGTCCCAACTCCTGCCACTAGGT 

a score=6693
s danRer3.chr12 16962167 108 +  37038836 CAGAGCTGGTGGATAAGTGCATTGGCTCTCGGATTCACATCGTTATGAAGAACGATAAAGAGATTGTGGGAACTCTGCTTGGGTTTGACGACTTTGTCAGTATCCTTT 
s mm7.chr6      92980052 108 - 149646834 CAGAGCTTGTGGACAAATGTATAGGGTCAAGAATTCACATTGTGATGAAGAGTGATAAAGAAATTGTCGGGACACTTCTAGGATTTGATGACTTTGTCAGTATCCTTT 

a score=2344
s danRer3.chr12 16963260 298 +  37038836 aaaaaattataaaaaaatgtattagcatttaaagatgtatttaatttatgtattcatttgttttt-------------gttttttaat-----tgtatatttattattga-aatgttcttgccatgaaaatagccttgcatt----gctgacatggcattaaataaaaaaatacaatacactacatcacATGTTGTCAACAGAGAAATGTAAATGTCTATGTAATGTTATCTTTGCGATGTTGTACATTTCCTTGATGCTTTACATCAGACATGGTCCTAGAGGATGTCACAGAATTGTAAGTA-TATTTCCTAAACAAAAA 
s mm7.chr6      92980206 278 - 149646834 AAAGAACTATAGACAACCGAA---GAATTTCTGGTTAT---TACATTAAGAATAATTTTGTTTTCCAGGAACTTGGTAGTATTTTAAGAGGTGTGTTTGCTGACAGTTGATAGGGCTCTTGCCAACAACAAACCTTTTGAATTTGCACTATCATAGTGTTGAACA-----------TATTTTAAACCA---------AACAAAAACATATACCTGAATA---AACCTTATTT--------------ATTTTCTTAACA-TTAAATTCAGATATGGTGTTGGAAGATGTCACAGAATTGTGAGTAGtatttaaaaaattaaaa 

a score=5983
s danRer3.chr12 16964194 117 +  37038836 AGTGAAATCACACCAGAGGGAAGAAGAATCACAAAACTGGATCAGATTCTCCTTAATGGCAATAACATCACAATGGTATGACA--AATAAGTTCATCTGCAAGTAATCTCATGCATGCA 
s mm7.chr6      92981294 119 - 149646834 AGTGAAATTACACCAGAAGGAAGAAGAATTACAAAATTAGATCAAATTCTACTAAATGGAAATAATATAACAATGGTAAGACATTAAAACTTTTCTCTGGAAATTATTTTACTTTTGTA 

a score=1764
s danRer3.chr12 16966310 300 +  37038836 ACAAAAAACACATGAGATTGCTTCATTTTAAATATAATATAACCAATTGTTTATTGTTTTCCA-----GCTGATTCCAGGAGGAGAAGGACCAGAAGTTTGAAAAATGTGTAGCGAC----TTTTCAAA--------------AATATACATTTTAAGTTCTCGTTCTCTGAAA-------GAAACGTCATGTCAGGTTTTC--------------------------AAGCATATGTTTGTTT--TCCACATTAGTTCTTTTATTACTTAACCCATCTGAAACATTTTTG--TAAACATTGTT-------CTATGTTACAATA-------AAACAAATACAATGAATTAGTGTTTGAATTAATTTTAAGTTCT 
s mm7.chr6      92982106 374 - 149646834 ACGAGGGACACGAAGGGTTTTTTAGGTGGTGTGGTAGTGTTATTAATAAATTCTTTTTCTCCAATGCAGCTGGTTCCCGGAGGAGAAGGGCCTGAAGTATGAATGGATTTCCTCGACGTTGTTTTCAAACCTTTAACATTTAGAGTCTATAAATGAAGTTTCCGTTAAAGGGAAACTCTTTGAAGATATACATCCATTTTTCTAAGCTAATCATGGTTATTTTGGGAAAAGAAGAGTTTTGTTTTGTCTTCTTTTTTTTTTTAAAGACTAAAAAAAATAAAGATGTTTTTGGTTAACTGTGATTTGATTTATTATGTCGAAGTAGCTCGTGAAGCAAATATAGTTTTTTGATACTTAGTTTCATATTGATTTCT 

a score=-563
s danRer3.chr12 16966610 268 + 37038836 AACAAAATTTGGTATGATATATTCCGAAAGTGTGGATAAAGAAACAGGATATTTTGTGAAA----CTGTTGCTTTTATTGT---GGTTGTTTGCTTTAATAACATGTCCTGTTTGTAAATTTGTTGGTCAGT-TCTGCTGATTTACTTT-------------TTGTATATGCTGAAATAAATGCAAATGGAG------CTGTACATCATCTTATCATATGTACCACAACACACT-GTATGATTGACTGATTTAACTTCA---GTAATGTATC-----TCTAGAAAGTCTGAAAACAGGTCTAAG 
s mm7.chr17     34374951 282 + 93276925 AACACCATTTAGT--------------TGTCGTCAATAAGaaatttatttatttttttaaaaatCCAAATGCTGGTATTGTCCAGAAGATTT-------TAACAGGT-TTATTTATAATTGTGTTGAAATGTGTTCACTGAAACATTTTGCTTGCATTAATGCTTTACATCTTGCATTTAATGAACGTGGAGAAACGCCAATACCTGATTCTGTCCTTTGTTTCTACTCGCAATCTTATCTTAGGTACCTTTGACCCCATGGAAAAAATATCTAACATTCAGAACTACTGATAACAGGAAGAAG 

a score=5323
s danRer3.chr12 16981602 207 +  37038836 ATGGGCGAGGTGGAGCTATCCTGTTTGGCTTATGCCAAGATGTATCTTCATGCCAGTCAGTTTCCACGCTGCAGTGTGAACGGCCTGCTGTTGTCGTCCAGTACAG---CAGGGGGAGCCTTATGCATCACAGACTGTGTTCCGCTGCTCCACTCACACCTGTCTCTGGCTCCAATCACACAGCTAGCGCTTACACAGGTAACTATACTG 
s mm7.chr14     68774383 210 - 119226840 ATGGGGGAGGTGGAGATCTCCGCCCGAGCCTACGGGAAGATGTGTCTGCACGCCTCTCGGTACCCACACGCTGCTGTCAACGGGTTGTTGCTGGCTCCCGCGACGGGGTCCGGAGAATGCCTCTGCCTCACCGACTGTGTGCCCCTCTTCCACAGCCATCTGGCCTTGTCCGTCATGCTGGAGGTCGCGCTCAACCAGGTTGCGACATTG 

a score=2356
s danRer3.chr12 16985659 533 +  37038836 CTCCTCATTTCACTTTCTCTTACTGCCTTTTC-CAGCCCTACACCATGTGCTTTGAAAATTGCAGAGAAGATCTTCGAGCAGTGCAACAATGCTGTATTACTCATGGTAA---------TTTAG----GAAATATCACCAGGGTGCCAACATTTCTTGGGAAAAGCCATTTTGTAATTGGAAAATGTTTATGTCTTAGATTGATGGAGAAAAGATGTTTCCAGGCTGCCGCGTTCCTCCAATCGTCATGTATGAACGCAAAGACACCCGCTGGGCTCTCAAAGACAAACACACGTAAGGA----------------------------AACGTCAAACAATGCGTTGATGATAATGCTACAGT----------GCAGTTTTTAAATGA-----------CATT------------TCTTTTCAAT---AGAATAATGCTTCGACAGTGGGAGGAAACCTGCTCTATAGTTAATCAGTTGTT--CAGCTCTGGCGATCAGGCATTATTGGTGGATTTCGACAGCCATTTGGATGACATCACAAAAGATTGGACCAATCAGAAACTCAATGCCAAGATC-----ATGGAGCTGGTCTCCCCAGCTAATGGAAATGTTTAA 
s mm7.chr14     68777380 595 - 119226840 CTGCTCATTCC----TCTGATCTTCCCTCTACACAGCCCCGGGCCTCTGGCCTTGAAAATCGCTGGGCGAATTGCAGAATTCTTCCCCAGGGCAGTGCTTATTATGGTGAGACTGGGGCTTTAGAGTGGGGAGGTGGGGAGGGAG----------TGGGGGAGGGTC--CTTAAGACTCTCACCCTTTGTTCACCCAGCTGGATAATAAGAAATTGGTGACTCGGCCTCGTGTACCTCCAGTCATTGTCCTGGAGAACCAGGGTCTTCAGTGGGTGCCCAAGGACAAGAACTTGTGAGTGCTCCCTTCCCTCTGTCTCTTGGACACTCAACACTTGAGGCTTCTTTTGTCCCTGCCCTACGGCTTCTCCAGACACAGTCCTTAAGTCAGTGTCTAGCCCCATTGTTTCACATCCGTGTTTTCAATTTCAGAGTGATGTGGAGAGATTGGGAGGAGTCACGACAGATGGTGGGTGCGCTGTTGGAGGGCCGGGCTCACCAGCATC--TTGTGGACTTTGACTGCCATCTTGATGACATTCGGCAGGACTGGACCAACCAGCGGCTTAACACTCAAATCACTCAATGGAG-TGGT-TCCACAG---ATGGAAATGCCTAA 

a score=7281
s danRer3.chr12 17010245 212 +  37038836 TTCTGGTGGTACAAGGCGATACACCTTGTAGGGTTCTGAAATATCCAGCTGTGACCTTTCT--GTGACCTCACTAAATTCTGGACTTTTGTTGAGGGCACATCGAAGGCGTGTTTTCCAGGACGCAGGGT---CCGAATTTCCATTTTCCATGAGCTTCCCTTTAAACGCCGCCCAAGCCT--------ATGATTGGAAAAGTTTAAATTATTATTTAGTTCAAA 
s mm7.chr14     68753598 220 - 119226840 TCCTGCTGGCAGTATTCGATATACTTTGTAGGGTTCAGCAACATCCA--TACGACCTCTCTCGGGAACCTCCTCAAATTCGGAACTCTTGTTGAGGGCACAGCGTAGGCGAGTCTTCCAGACAGCGGGGTGTCCTATGTCCCCATCTT---TGTGCTTTTCCTTAAACAGTGCCCAAGCCTAATAAGAGATGTCATGAAGAAAAGAAAGTATTATATAACCCAGA 

a score=261
s danRer3.chr12 17013359 79 +  37038836 AGAATTAACTGTTGTCTAACATGAATTCCATAAAGAC----AGAAACAAAGATAAACGAGAAATGA--AAATAAAAACACA-----TTGT 
s mm7.chr8       8498996 90 - 127874053 ATAGTGGGCTGTTTAGTCATAGGATATCCCTAAATACCTCCAGAGCCAGAGGGAAACCAAAAACCACTGAGTGGGTACGCAGGAGGCTTT 

a score=5445
s danRer3.chr12 17013438 129 +  37038836 ACCTTGAAAATAGCTGCATCTTCCTCACTGCGAAAGTCTTGTTTTCCTGCATGTTTCCATGGGATGCGAAACATGGTTTTCTCTGGGTTGTCCCAAACCAGGCCGAGATACTTCCCACTATTCACCTAC 
s mm7.chr14     68754258 129 - 119226840 ACCTTGAATATGGCAGCATCCTGGTCCTCTCGGAAGTCTTGCTTGCCTGCATGCTTCCAGGGAATCCGGAACATGGTCTTGGCTGCATCGTCCCAGCACACCCCTGGGAAATGGCCACTCTCCACCTGC 

a score=9111
s danRer3.chr12  17039638 354 +  37038836 CTTACCATCCACATAGTTGCGGGCAAGGAACTTCAACATCTCGTCAATGAGGATTACAGGGAAAGAAAGTTTGAGTACTACAAACCACTGCTCTGTGTTCAAGTGAGTCAACCTGAAAATCATCTGTAAA-------------------------------------AGAAGAAAAGTTGTGGCCAGCTTAG----AGATATAGTCAGTTGTAAA--------GAACACA--------------------GTGACATAAAGGTGAGAGACGTACAGGCATGGGGTCCACATAGATGATCATGAAGTGGAGGGACATGGAGAGGGTCATGGCAGACAGCAGCCAGCCATTGCTCCATGGAGGCATACGCACAAGAGACTGATTCTCAGACAAGCT-----------------AAGTAGAAAGACAGAAACACAGAGAGGGA 
s mm7.chr7      122543423 437 + 141766352 CTTACCCTCCAGATAGTTCCGAGCAATGAACTTGAGAAGCTCATCCAGCCCGATGACTGGCAGTGAGATCTTGAGGACCATGAGCCACTGGGTAAAGTCCAGGGCCCGGAGCTTGAAGATCATCTGGGAAGAGGACAGCAGGCATCAGGAATGACAAGTGCTTCCTCAGAAGGAAAG--GGGGCCAGGGTGGCATAAAATACCACGCCCTGTGAGCACCCTGTGGACACATGCTCTGCATGGGCTCCCCCGGGGCAGAGAGGTGACAG-CTCACCGGCAGGGGGTCGACATAGAGGATGAGGAAGTGGAGGGACATGGACAGGCAGATGGAACCCAGCAGCCAGATGTTCACCCAGGGTGGCATCCGCAGTAGGGACTGGTTCTCAGACAGGCTAGAACAAAAGGCCAGGCAGATGGAGAGACAGGGATACAGAGAAAGA 

a score=7405
s danRer3.chr12  17040626 168 +  37038836 ACCTGTTGAGGGCGTTGCACATCTCAATTGTGACCAGGACAGACAGGGCCATGGTCATGGGAGGACAAGCCTCAAACACCTCACATTCAATGCCGGTAAAGTCCTCATTCTCCTCATGGCACTGCATGAAGTGAGACTACAGAAAGAAGATAAATTGAAGGCTTGAAC 
s mm7.chr7      122543938 164 + 141766352 ACCTGTTGAGAGCATTGCACATCTCGATGGTCACCAACACAGACAAGGCCATGGTCATGGGCTCGGGGGCCTCAAAGACCTCACAGTCCAGGCCATCGAATTCAGGGTTGTGCTCAGTGCACTGCATGAAATGAGTCTAT-GAAGGAAGAGACA---GAAGCCTGAGC 

a score=40307
s danRer3.chr12  17041559 1303 +  37038836 TTCTCACCAGCTGGTAGTAGGTGACCTGAGGACCCTCCTCATCATAGATGAACCAGTAGGCAGCAGCGGCCACAGTGGCAGCACCCACATAGGCTG-----------------------------AGGGAAATCAGTTTA-------------TTCAAACCTCCAAAGAGAA-------------------------------TGTTACTAAAGATA-------TTCCACAAAAAATAACAAGTA--------------CACCTACCACCAACGGTCATGTATCTGAAGAACAACCAGCCAGAAATCAGGGGTTCTTTGGGGGAGCGGGGAGGTTTGCCCATGATCTCAAGATCAGGGGGGTTAAAGCCCAGGGCAGTGGCGGGCAGACCATCTGTCACCAAGTTCACCCACAGCAGTTGGACTGGGATCAGAGCCTCAGGCAGACCAAGAGCAGCAGTCAGGAAAATACTATCAGAGGAGAACAGACATGACAAATGGACAAGCATGAATTAGAACTATAAATAACTAAAATCATTAATAACAACAGTCAAGATGTGTCAGAACAATGATTAAATAGACAAGTTTATATCAGTGATTCTCAAACAAGCCTTTCTTGTTTCCAAGATTCTTACCAGACGACTTCTCCAATGTTGGAAGAAATCAGGTAACGAATGAACTGCTTCATGTTGTTGTAAATAGCTCTGCCTTCCTCAACAGCAGCCACAATAGAAGAAAAGTTGTCATCGGCCAGGACCATCTCAGAGGCTGACTTGGCAACGGCAGTGCCAGAGCCCATGGCAATGCCAATTTCTGCCTTTTTCAAGGCAGGGGCATCATTGACACCATCACCAGTCTAGAGGATGGAAAGGACAGCGTGTACTTACA------------------------------------CAGACAGGTTTTCATGTCATATG----------------------GCTTAAAGTGTAAA---GTGTGATTGTTTGTG-TATCTCACCATAGCAGTAATCTCATCATAACCCTGAAGGAACTCAACAATCTTAGACTTGTGGGAGGGCTCGACACGGGCAAAGCAGCAGGCTCTACGGACAGCCTCACTCTGTTCAGAATGGGGCAGGTCATCAAACTCACGGCCAGTGTAAGCCTTGCCAGTCACATCCTCATCCTCACTAAAGATGCCAATACGACGGCAAATGGCCACAGCTGTACCCTTGTTGTCACCTGAAGGTTTGACATTTTTTAGTCATTTGGTTGACAGGTCAGGCCTTGAAACAAAAAATTAAAAGAAACCACTCATCAAAGGATGGATAAAAAGCATACCAGTGATCATGATAACACGGATACCAGCAGCCCTGCAGAGTTCAATAGAGCCAGTAACCTCCTTACGGGGGGGATCCAGCATACCAACACAGCCAACGAAGGTCAAGTCAGTCTGACAAAGACATTGA 
s mm7.chr7      122544152 1293 + 141766352 TTCCTACCAGCTGATGGTAGCTGACATGAGGCCCGTCCTCTGCATACAAAAACCACCAGGCAGCTGCTCCTACAGTGGCTGCACCCACATAGCCTGTGGTGGGGAGAAGAGAGGAGCTGGGGTCAGGGCTGATGAGTTAAGTATCAGGAAGACCTCACACAGCTGGAGACAGCTGGCTTTGGGCAGCTTGAATTGGGAAAAGCTGGTATCAGGGACGAGGTTGGTCCCAAAGGCTGGGAAAGGTGGTTGAGTCCCTTCTTGCTTACCCCCAATTGCCATGTAGCGGAAAAAGAGCCAGCCACTGATAAGAGGCTCCTTGGGACTCCTGGGGGGGCGGTCCATGATGTCCAGGTCAGGTGGGTTGAATCCCAGGGCAGTAGCCGGGAGCCCATCAGTCACCAAGTTCACCCAGAGCAGCTGCACAGGGATCAGAGCCTCAGGCAGCCCCAAGGCTGCTGTCAAGAAGATACTGGCAGAGGAAGAAAGTCATG-------------CATTCATTTG--TTTCAAGTCCC----ATGATCAACCCCCTCAGCCCTGGGTTGTTGG-----------------------------------------------TTTTTTTTTCTTCTGGCTGCTCACCAGACCACCTCGCCCACATTGGAGGAGATGAGGTAGCGGATGAACTGCTTCATGTTGTTGTAGATGGCGCGGCCTTCCTCCACGGCAGCCACGATGGTGGAGAAGTTATCATCGGCCAGTACCATTTCAGAGGCCGTCTTAGCCACAGCAGTACCAGATCCCATGGCAATGCCAATCTCGGCCTTCTTCAGAGCAGGGGCATCATTGACACCATCCCCTGTCTGAAGACGGAAGGAGAGAGTGAGAAACTCCAGGTTCCAGATGCCTTCTATTTCCCCTCCTCAGACTCCATGCAGAGTCTCCCCCCACACACACACCCAGCATGCGTGGGGACACTCAGAGCCTTGACCCGGGCAGCCCTCTGCGACTTCTCACCATGGCTGTGATCTCATCGTAGGACTGCAGGTACTCCACAATCTTGGACTTGTGTGAGGGCTCCACACGAGCAAAGCAGCAGGCGCGTCTGCAGGCCTCCCGCTGCTCGGCCAGGGGCAGATCGTCAAACTCACGGCCAGTGTAGGCACGGTCTGTCACTTCCTCATTCTCCGAAAAGATGCCAATTCGTCGGCAGATGGCAATGGCTGTACCCTTGTTGTCCC---------------------------------------------------------------------------------------------------CAGTGATCATGATCACTCGGATCCCAGCATCACGACACAGCTGGATAGAGCCTGTGACCTCCTTGCGGGGTGGATCCAACATGCCCACAACACCAACAAACGTCAGGTCCATCTGG-AAAGATGGTGA 

a score=14715
s danRer3.chr12  17043990 484 +  37038836 GTTCACCTCGTAGTCAGCAAATTTAGTAGAATCCTCAAGGTTCATTTCCTCGACCTTCAGTGGAGAGTCACGGGTGGCCAGTGCCAGGCAACGCAGAGTGTCACGGCCTGTACCCCACTCCTTGATGACATTCATAATCTTATCCTTTACAGCACCAGTCAGGGGCACGCGAGTTGAGCCAACACGTACATAGGTACACCTGTCAATCACACCCTCTGGAGCACCCTATGTTAACCAAATGAAAAGCAAGGAAATACTTTCATTATTAAGGGAACTTCAACATTTTGTAAAAAATTACCATATTTATAAATTATGGAATTCGGAGATCACTAGAAATTACAGGATGATTTAATGAAAACAAT-ACCTTCACAAACATTTTGCTGCCTGCATCGCC---------CTTGACAGGGGTGCAATACACGGACATGGATTTCCTGTCACGGGAGAACTCCAGAGTAAAGTTCTTCTTCATAAGCTGCTTCACAACCTG 
s mm7.chr7      122546656 455 + 141766352 GCTCACCTCATACTCCATGAACTTGGCTGAATCATCCAGAACCATCTCCTCGCGTTTGGGGGGCGTGTCGCGGGTGGCCAGCGCCAGGCACCGCAGTGTGTCCCGACCAGTGCCCCACTCCTTGATCACAGACATGATCTTCTCCTTCACGGGGCCTGTCAATGGCACACGGGTCGTGCCAACACGCACATAGTTACAGCGGTCGATGACCCCCTCGGGGGCACCCTA------------GAAAACCAG------------------AACAGAATTCCGAGATCC---------CTGCCTGCCTTCCAGGGTTCAGAAGGCCGCCATAGGAAAGGGCCCCAGCGTAAGAGAGAGAAGATCCTGACCTTGACAAACATCTTGTTGCCCACGGCAGCCCGTGAGGACTTAGCTGGTGAACAGTAGACAGACATAGACTTCCTGTCTCGGGAAAATTCCAGGGTGAATTCCTTCTTCATGAGTTGGCGGATCACCTG 

a score=5972
s danRer3.chr12  17044549 159 +  37038836 CACTACTTACACTGCAGCAGGCATTTGCTCTCTCAACCTTTGACAGGTTGCCGACATTGGACTTGAAAACATTCATCTTCTCAACCAAGCAGCACAAAGCAGTTTCAGTGGCCTCACCGACCTTCTCATAGATCTTCTTGGTCTGCAGCAGTGGACAAA 
s mm7.chr7      122549202 156 + 141766352 CCCGACTCACCGAATTGCAGGCGTTGGCCCGCTCCACTTTAGAGAGGCTTCTCACTTCCGTGTTGAATACGTTCATCTTCTCCACCAAGGTGGTGAGAGCAGTCTCCGTGGCCTCGCCCACCTTCTCATAGACACCTTTGGTCT---GAAATGGACAGA 

a score=4520
s danRer3.chr12  17044726 126 +  37038836 AGACATATATGGATAAAAGCTTTCGATAGAAGTTTGAA-----AGAACATCTCTCACCTCATTGTAGTCAAGGGAGGAATCATTGCACAGGGCGCAGATGGTGGCCAACTCAACTAAACCGTCATATTGAC 
s mm7.chr7      122549527 127 + 141766352 AGAAATGGAAGGGTCAAGGCTTCAGGTGGGTGGAGGGGGAGGTAGAAGATT----ACCTCATTAAAGTCCAAGGAGGAATCATTGCAGAGGGCACAGATGGTAGCGAGCTCCACCAGCCCATCATACTGCC 

a score=-628
s danRer3.chr12  17044852  91 +  37038836 TGCAGTCAACTTTGGCAC-CCAACTTTGTGCTGAAGAAATGATATGA-------CAGATTACA------------TTTATGACTTGAACATGCTGCTAGCCTGATAATTAA 
s mm7.chr5      121701123 109 + 153054177 GGCACTTCAC--TGGCTTATCATCCTTTTGCCTATAAAAAGAGAAAAACATTTCTAGATCACAGCTTTACTCAACTTTAGTTTTAaaacaaacaaacaaacaaacaaacaa 

a score=3841
s danRer3.chr12  17044943 141 +  37038836 ACAAAGCATTTTAGAGGAAGTTTAACTGTGTACTTACACCTCACCCTCAGGTGTGTACTTGGAGCCAGAGATATCAAAGCTATCAAGTTCAACGTGATCACCATCAATTCTGTCAATAACGAACATCTGTAACGATACAGA 
s mm7.chr7      122549886 137 + 141766352 ACACAGCACT---AAGGAGATTCCTACATG-ACTTACACCTCTCCCTCAGGAGCATAAGTAGAGCCAGTGATGGAGAACTCGTTCAGTGAGCAGACATCCCCATCCACCTTGTCAATGATGAACATCTGCAGGGAGAAGGA 

a score=331
s danRer3.chr12  17045084 77 +  37038836 ATTTCATCTTAGTCTGTGAGTTTCAGCATGAAAGCATACATGAGAGAACAGTATCCATGTTTAAAGAGGAAATTCCT 
s mm7.chr5      121702032 60 + 153054177 AAACAAAAGTTTTATGTAAGAT-------------ATACACAAAAGAAT----TCCTTGTCTACAGTGAAAAATCCT 

a score=27047
s danRer3.chr12  17046477 711 +  37038836 TGCAACACCTACTTTGGTCACACACATCTGGTTGGTGGTCAAGGTGCCAGTTTTGTCGGAGCAGATGACAGAGGTACAGCCCAGGGTCTCCACAGAGGGCAGGGAACGGACAATGGCATTTTTCTTGGCCATACGTCTGGTACCAAGTGCCAGGCAGGTAGTGATGACAGCGGGCAAACCTGACAGGTGGAGAGGAGTTTATGGAATGATTAATGT-----------------CTGTTGATAACATTTATAATATCACAAGAT---TCAAGTATATTTGCA----ATCCATTATGTGAATTGTAGAATTAAGGTAAACCTTTTAGTGCAGTTGTGAACATAAGGTTTAAAATGTTTTCAGTTTCAAAGTAAATGTTGCATGTTTTATCAGGCTCACCCTCAGGGATAGCAGCCACAGCCAGAGCGACAGCGATCTTAAAGTAGTAGACAGCACCACGGATCCAGGATCCACCATGAACGGGGTCATTGAAGTGACCAATGTTGATCATCCAGACAGCGACACAGATGAGAGAGATAACCTTGGAGAGCTGTTCACCAAACTCATCCAGTTTCTGCTGCAGAGGGGTCTTCTCCTGCTCTGTGGCGGCCATCTGATCACGGATCTTACCGATCTCAGTGGCCACACCAGTAGCGACAGCAACTCCAACAGCCTTGCCAGCAGCAATATTTGTGCCCTGTGGGTGGAA---GTAGAAATTAGTTTTTTTACTAATTCTTC 
s mm7.chr7      122552922 697 + 141766352 TGCTTCCCTGACCTTGCAAACTGACATCTGGTTGGTGGTGAGGGTCCCTGTTTTGTCAGAACAGATGACAGAGGTACAGCCCAGGGTCTCCACAGAGGGCAGACTCCTCACGATGGCGTTCTTCTTTGCCATCCGGCGGGTACCCAAAGCCAAGCAGGTGGTGATGACAGCAGGAAGCCCTG---TGGGGACAGAGATATCATGAGTGAACAAAGCAGGGGGAACAAGGCCTACTGTGGCTGCTACCTAACA-GTCACCAGAGCTATCAGGTCCTTCTCCAGGGGACCCATCATAGTTATTTTATC-TGGAGTTACTCCTTGCTGTGAGATAGC--ACATGAAT---------------------AAGAGACGACTGC-------------CTTACCTTCTGGGATGGCCGCCACAGCCAAGGCCACAGCAATCTTGAAGTAGTAAATGGCACCCCGGAACCAGGAGCCCCCATGGACAGGATCGTTGAAGTGGCCAATGTTGATAAGCCAGACAGCCACACAGATGAGAGAGATGACCTTGGACAGCTGCTCCCCAAACTCGTCAAGCTTCTGCTGCAGTGGAGTCTTGTCCTGCTCGGTGGCAGCCATCTGGTCTCGGATCTTGCCAATCTCAGTACTCACACCAGTGGTGGCCACGATGCCTACAGCCTTGCCGGCTGCGATGTTGGTACCCTGGGAAGGTAAGGGGTAGGGTCAGGCCTCTTCTCTTCTTCCTC 

a score=6479
s danRer3.chr12  17048257 112 +  37038836 GTATAAAAACTCACAGAGAAAAGCATGTTCTTTTTGTCCTGGTTCACGGCTCTAGGGTCGGGGACAGGCTCGGTGTGCTTGATCACACTGACAGACTCACCTATGCAAAGAG 
s mm7.chr7      122553657 112 + 141766352 GTATGACCGCTTACTGAGAAGAGCATGTTCTTCTTGTCCTGGTTGACAGCTCGGGGGTCAGGGACAGGGTCTGTGTGCTTGATGACAGACACAGACTCTCCTGTGGAGAAAG 

a score=4485
s danRer3.chr12  17048979 143 +  37038836 TCATAAGTGTACACTGTTAAAGATACTAACCAGTCAGAATGGACTGGTCAACGCGAAGGGTGGTAGAACGGATATGAGTAATCCTGATGTCAGCAGGAACCTTGTCACCAACTAGAGA-AGATGAAAGAG-------------AGAGTTTTCATTAT 
s mm7.chr7      122554435 157 + 141766352 TCATATGCCCTCCCACCTGAGTCCACCTACCTGTCAGGATGGACTGGTCGACCCGGAGGGTGGTGGATTTGATGGAGAGGATGCGGATGTCTGCAGGGACTTTGTCCCCAACTGCAGAGAGAGGGGTGAGTTCAGCTAGGAGCAGAGTTTACATTCT 

a score=302
s danRer3.chr12  17049122 68 +  37038836 GGCAAAATACTGATAATTGGTAAATATTAATACATCAA-ATAAATGCTTCTATATATGTATATATGCTT 
s mm7.chr5      121707549 55 + 153054177 AGTGAGCAACTTTTA--TGGT---------TACCTAAAGATGAATGATTCCATAT---CAAACATGCTT 

a score=-179
s danRer3.chr12  17049726 77 +  37038836 AATAAATAATTTCAAAAAGTATTCAAAATATAAT--------------AAGAACGCCT--TTCCAAATCAAAGACTGAAGGACA-TAAAGGAGT 
s mm7.chr5      121723364 90 + 153054177 AATATCTAAACACAAAGAGTT----AAATATAATCTGAACCTTGAGAAAAGAACGTTAAATACATAATCTAGGAATAAATAAAACTGAATTCAA 

a score=8527
s danRer3.chr12  17049803 155 +  37038836 CTTACCAGACACCTCCACAATGTCACCAGGCACAATCTCTCTGGCCTTGATCATCTGGACACTCTTCCTGTCAGAGCGGTACACCTTTCCCATCTCAGGTTCATACTCCTTCAGAGCCTCAATGGCGCTCTCTGCATTACGCTCCTGTGTTGCAG 
s mm7.chr7      122556131 155 + 141766352 CTTACCGGCCACCTCCACGATGTCCCCAGGAACGATGTCCCGAGCCTTGATCCTTTGCACTGACTTTCGGTCAGCCCGATAGACCTTTCCCATCTCGGGTTCATATTCTTTCAGCGCTTCGATAGCGTTCTCTGCATTCCGTTCCTGAGGAGGAG 

a score=-46
s danRer3.chr12  17050190 81 +  37038836 acttaaattcaacaaatgaaccatcaaaataaagtgcaaccTCTGTTTCTGTGATAAATTATTGGTGTGTGTTTTTGCGTT 
s mm7.chr5      121725835 65 + 153054177 acttacatgaaataaat---ctttaaaaaagaaaagaaGACTGTGTC---------GGCTGCAGGAGTGT---TCTGC-TT 

a score=6920
s danRer3.chr12  17050271 115 +  37038836 ACCTGCCACACACCAACGACAGCATTGGCGATGAGAATAAGCAAGATGACAAAAGGCTCAACAAAGGCAGTGATCGTCTCTTCACCCTCCTCAAACCAGGCCAGAACCTACAAAA 
s mm7.chr7      122557252 115 + 141766352 ACCTGCCAAACCCCCACAATGGCGTTGGCAATGAGGATCAAGAGAATGACAAAAGGTTCCACAAAGGCAGTGACGGTTTCTTCGCCTTCCTCAAACCAGGCCAGCACCTGAGAGA 

a score=-49
s danRer3.chr12  17050389 254 +  37038836 AAAAAGAAAGACATTTAAAGCCATTATTAATACTTATTTATTTTGATTCACTTTCAAATTACAATATTTGACAATTTGTTCAAATGATATTGATAAAGAAT-----------------------TAATGCATAATGGCATTTAAAAACCAATTCATTCATCACTTTTAATCAGCTAAATCTCAAGTCTTTTTCATTTAGTAATGAATGACTTAGTTCTTCATTCATTACCACACCATTATATGTGCTTGAGTTATGGATGGAT-TAATGCACTGTGTA 
s mm7.chr5      121726014 274 + 153054177 GAAAAATTGCACATGTTGGAC--TTGCTTATGTGCTTTTACACTTAGCTACTTTCATAATAAAAGGATAAAACATTATGTAAGTTATTATAGAAAAAAAATCCCTTGTCCTTACATCCTAAATATAAGACAAAATATAATAACAGAAGCAATTGGTTTATATCCTTTTCTTACCTTAGTTAAGATTACTCAACAACTCTTATTAA--GAGTTAGGTTTTTTTTTTTCCCTTTACGTTTGTTTGTTTTGGTGGAAAGAAAGAATCTCATTCACTTCATA 

a score=2926
s danRer3.chr12  17069301 209 +  37038836 GACTGGTTTAGAAAAGTAAGAAAAGCTGAGTGCAATATGTTGACTCACTCCATGTTGTTTTTTAGTTGGTGCACAGTCCGCTTGTCCAGATATCGACAGAAGAGTGTTAGCAGGTTGGAAGGCAAAAGCAGTGGCTCAACGAGTGATGT---------CTGGGACAGCTGCCTGGCCACATGGAAAACCGTGTCCGTCCTTGATGGTTAGCATAGAAA 
s mm7.chr2      121861968 212 + 182548267 GACTGGGCTTGACAAG---GTGAGACTTTGTTTA-TATAAGCACTTACTCCATTCTGGCTTCCAGCTGCTGAACTAATTGCTTGTCCATGTGATGGCAGAACAG-GGAAGCAGATTCCTGGGGAAGGCTAGAGGCTCCGCCAAGGATGCTGCAGGCAACTGAGCTATCTCCCAGGCAATCAGAATCACCAAGTCTGTCC-TAAGGGACAGAAAAGAGA 

a score=2599
s danRer3.chr12  17069689 113 +  37038836 TACCATGTCTCAAAATCTCCAATACTAGGTTCCATGGGTAGATCAGAAGATAAAAGCCTTTCTCCCTGTGAGAGTAGAGCATACAGCAACGACAGACCAAACTGCAAACACAA 
s mm7.chr2      121862633 110 + 182548267 TACCAGGTTGCACAGTC---ACTGCTGGATCGGAGGGAAGGATCCAGGGATACCAGCTGCTCTCCATGACTCAGCAAGGCATATAGCAGAGATATCCCAAACTGTGAGCGAAA 

a score=2421
s danRer3.chr12  17070175 166 +  37038836 TCATCTGTATCTCTGCTCATCAGAACTGGAAGGTGTTTGGTTACTGTGCTCAGAATATGCAGGGCTGAATCATGTGACAGGAAGGGAAGGAGTCTGGCCACCAATCTCTTTCCTTTTGATACAAGTAGGCAGGAAAGAAATTCCTCTCCAGAGTCCCTGTAGAGAA 
s mm7.chr2      121865192 166 + 182548267 TCAGCCATGTCCCTCTGGATCAGGAGGGGCAGATGGTAGGTGATGTACAGGAGGAGGCTAACAGCTTGATCCGGGGGCAGGAAGGGGAGCAGCCGAGCCACCAAAACTTTCCCTTTCCTCACAGACAGCACTTGCAGGAGGTTATCTGCTGCCTCCCTGGAAGGGA 

a score=4275
s danRer3.chr12  17073984 276 +  37038836 ACAGCATCAATCGCTCGTCTAGGAGAAAAACAAGTTGACACTGCAACCTGCCCGAGTGAACCTTCAATGTGGACTACTGTAATATAAGAATTACCAACTATTCATACTGTAGGTTTATAAAAGGTGTCTTATATTTGTTTATTTT-----------------------GACAGACCTGGGATGTACGAGACATTTTTGCTAACATAAGGGGTTGTAAGTTTAGGTGGTTCCTTCTTCGTCCGGTCACCCACATACTCTTCTTCAGCCAGTTTGGTTTCCATTCTCTGATAGTATTCCTG 
s mm7.chr2      121865956 290 + 182548267 ACAGCGTCAATAGCTCGGCGAGGGCTAAAACATGTTGATACAGCTACCTGGCCCAGGGAACCCTCAATCCGCACCACTGTATAAAGAGAGCCAGAAGGCA--CATGCT------TTCCCATAGGTGCCCC-TACCCATCCAGATTATCCAGCTCAAGCCAGCAGCCTGGCCATACCTGACTCATAAACTTCAGGCTTCTGGATGTAAGGCGTGACCAACTTGAGAGACTCAGCCCTGGTCTTTTGTCCAAGCAGCTCTTTGTCTGCCTGTCTCTTCTCCAGCTTCTGATAGTATTTCTG 

a score=5596
s danRer3.chr12  17074413 124 +  37038836 ACCTGGTAATAGTAGTCATCCAAATGTGGGTTCTCACTCTGTAGCTGGATCATTTGCAGCCTGATTATCCACTCCTTCTCCTTGTCAGACATGATTTGGGAATAAGGGTCCCAGCTCAATGGCT 
s mm7.chr2      121866569 124 + 182548267 ACCTGGTAGTAGTAATCATCCAGGCGGGGGTTCTCACTCTGCAGTTGAACCATCTGCACTCTTATCACCCAGTCCTTCTCTTTTCGGGTCATGAGGTTAGCATAGGCATCTGAGGCAGCTGGCT 

a score=2462
s danRer3.chr12  17074611 84 +  37038836 CTTATGTGGTCTTGGCTGTCGCTGACTCAAAAGCCGCTTATGCTGGGGGTGGAACTGGACAACAGGACCTGGCGCACTAAAATG 
s mm7.chr2      121866973 81 + 182548267 CCTACGCCACCGTTGCTGCTGCTG---CAGGATCTGCTGGTGCTGAGGGTGGAGCTGGGTCAGATGACTGGGAAGGCTAAAAGG 

a score=5306
s danRer3.chr12 17160616 220 +  37038836 tacaAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTGTAAT----TGCTAAATTGAGATCTACTGT---TATAATGGATGGGT-CCTAGCTGCAATTCTGACTGTCTTTTCACATTTTATTTTATAAGGACATTCTCAACAAGCTTGAGAATGTGGAGTCATGTGACCTGGAAGATGATGACCTCATGTTGGATTTGGACTTGTCTGTAGACGCATCATTTCACAGTGGTTAGTGGTG 
s mm7.chr14     84872245 216 - 119226840 TGCAGTACAGAAGATAAATCTAAGTTATTATGTGATGATACTTTCAAAATAAATGCCTATATAAGTTATAGGTATCCAGATGAGGTCATG---GTACTCTTACTCCTTGTGTTCACAGGATATTCTGAATAACCTTGAG---------TCGTGTGACCTTGAGGATGATGACCTTATGTTGGATGTGGATTTGCCGGAGGACGCACCTCTTGAAAATGGTAAGTGATG 

a score=4536
s danRer3.chr12 17207207 130 +  37038836 TTGCATTTTTTTTTGTGTCCTGCAGTTAGCAACATGGGATTCGGTCCATGGTCTCAATGGAAGTCTAAAGGAGAGTCGCATTGAAAACGGCATGCAAGGGGTGACCGTGAAAGTGGTGACGTTGCTGGTA 
s mm7.chr14     32872473 130 + 119226840 TTACTCTTCTGTTTTTCCTTCACAGCTGGCCACCTGGGACTCGGAGAAGGGCTTGAATGGCAGTCTACAGGAGAGGCCCATGGGCAGCCGCCTCCAAGGACTGACTCTCAAAGTGGTGACTGTCTTGGTA 

a score=10974
s danRer3.chr12 17208748 217 +  37038836 ATGCTTCTCTTTAAAGGAGGATCCGTTTGTGATGGTGGCAGAGAACATCCTCGGGCAGCCAAAACGATACAAAGGATTCTCCATTGATGTCCTTGAGGCCTTGGCCAAGATCCTAGGGTTCAAGTATGATATCTACCAGGTGGCAGACAGCAAATATGGTTCTCAGCTGTCCAACGGCTCTTGGAATGGAATGATTGGGGAATTAATAAATAAGGTA 
s mm7.chr14     32874124 217 + 119226840 ATTCTGTTTTCTGCAGGAAGAGCCTTTTGTGATGGTAGCTGAGAATATCCTTGGACAACCCAAGCGTTACAAAGGGTTCTCCATAGATGTGCTGGATGCACTGGCTAAGGCTCTAGGATTCAAATATGAGATATACCAGGCCCCTGATGGCAGGTATGGTCACCAGCTCCATAACACCTCCTGGAATGGGATGATCGGGGAGCTCATTAGCAAGGTA 

a score=16923
s danRer3.chr12 17211908 381 +  37038836 AATTTGTTTGTCTTTACAGAGAGCTGATTTAGCAGTGTCTGCCATAACAATAACACCAGAGCGAGAGAATGTTGTGGACTTCAGCAAGCGCTACATGGATTACTCCGTTGGGATCCTACATCGCAAGCCTGAGGAAAAGATCAACATTTTCTCCTTGTTTGCTCCATTTGATTTGGCCGTGTGGGCCTGTATCGCAGCTGCCATTCCTGTGGTGGGCGTTCTGATCTTCTTGCTGACACGGATGCAGATGCTCCGCTCCCAGAATCCTCCAGGAGCCCATCACGCTTCATCCATGTCTAACTCGTTGCATAGTGCTATATGGATTGTCTACGGCGCCTTCGTACAACAAGGTACTT---CAATAAATTCTCCTCCGACAAGTCC 
s mm7.chr14     32878338 377 + 119226840 AACTTCTTTGTCTTT-CAGAGAGCAGACTTGGCCATCTCTGCTATTACCATCACCCCAGAGAGAGAGAGCGTTGTGGACTTCAGCAAGCGCTACATGGACTACTCAGTGGGGATCCTCATCAAGAAGCCTGAGGAGAAGATCAGCATCTTTTCCCTTTTCGCCCCCTTTGACTTTGCGGTGTGGGCCTGCATTGCCGCAGCCATTCCTGTGGTGGGCGTGCTCATATTCGTGTTGAATCGGATACAGGCTGTAAGATCTCAGAGTGCCAC-----CCAGCCACGACCC-TCGGCTTCTGCCACCCTGCACAGTGCCATTTGGATTGTCTATGGAGCCTTTGTCCAGCAAGGTACATTCCCAGTTTTCTGTTGTCTGACTAGACC 

a score=7550
s danRer3.chr12 17217727 163 +  37038836 TAATCTTGTTTTCTGTTACAGGTGGAGACTCAGTGGTGGGGTCTGTGGCACTAAGGATAGTCATGGGGAGTTGGTGGTTATTCACACTAATTGTGTGTTCATCTTACACTGCAAACCTGGCTGCATTCCTGACTGTGTCCCGCATGGACAATACCATAAGGTA 
s mm7.chr14     32880524 163 + 119226840 TAATCCCTCTGCATTCTGCAGGTGGTGAGTCTTCGGTGAACTCTGTGGCCATGCGCATCGTGATGGGCAGCTGGTGGCTCTTCACCCTCATTGTGTGTTCCTCCTACACAGCCAACCTGGCCGCTTTCCTCACAGTGTCTAGGATGGACAACCCCATAAGGTA 

a score=4421
s danRer3.chr12 17223696 275 +  37038836 TCGGGAAGCTCAGGCGGCGGCGACTCTGGCAGCAGCGTCGGCTCAAGCAGTGGCCTCGGCTCTGGCAGCGGCTTCGGCTTTGGCAGCGGCCTCCGCTCTggcagcggcgtcgactctggcag----------cggcgtcg-----actctggct------gaggcgctggctgcggcgtcgactctggctgaggcgctggctgcggcgtcgactctggctgaggcgctggctgcggcgtcgactctggctggggc--gctggctgcggcatcgattgtggctgaggcgctggctgcgg 
s mm7.chr3      67035117 290 - 159849039 TCTGGGGGCTGCTGTGGCTCCAGCTCTGGTGGCTGCTGTAGCTCTGGTGGCTGCTGCAGCTCTGGTAGCTGCTGCAGCTCTGGGGGTGGAGGCTGCTGCTTGAGCCACCACAGACCCCGCAGATCTCTTCGTCGCCATCGCCACAGCTCTGGATgctgtagcagtggtggcagcagtggctgctgtggcagcagtggtggcagcagtggctgctgtggcagcagtggtggcagcagtggctgctgtggcagtagccagcagTCTGGG-----GACTGCTGCTGA---GCTGGGTGAGG 

a score=9371
s danRer3.chr12 17232303 224 +  37038836 CCTCTCTATCTTTCTCAACAGAACATTTCAGGATCTTGCAAGGCAGATGGACTTTGCTTATGGCACTGTTAGAGACTCCGCCGTGTACGATTACTTTAAAGCCAAAGGCACAAACCCACTGGAGCAAGACAGCACATATGCAGAGCTGTGGAGGACAATCAGCAAAAATAACGGACAGGACTTCTCAGTTTCTAGCCCTTCTGAAGGCATACGCAAGGTATGAA 
s mm7.chr14     32948957 219 + 119226840 CCTTTCTGCCTTTC-----AGGACATTTCAGGACCTGTCCAAGCAACTGGAGATGTCTTATGGCACTGTCCGGGACTCTGCTGTCTATGAGTACTTCAGAGCCAAGGGGACCAATCCCCTGGAGCAGGATAGCACTTTTGCTGAGCTCTGGCGGACCATAAGCAAGAATGGAGGGGCTGACAACTGTGTGTCCAATCCTTCAGAAGGTATCAGGAAGGTAGGCA 

a score=-1354
s danRer3.chr12 17232527 498 +  37038836 C-ATTCATTAATACTCATTAGCGTATATGAATTTAAACTATTGGCATTGAAGTGGTGCACAAATTTGAATTT-TGGCTCCCTTCACATGTGTTGTCAGAATAACTGGATATTTTTGATAAATACCTGCAGAAACATAAATGCAATACCTGCAAAAACACATTTTAGTTTAGAATATGCAAAACATTTGAAAAGAGAACACTGTTTATGTCCCATGTGATCAAGAGAAACGAAAAGTCACTTCCA---GGGAAACTAAA--------------TTGTCCCTTTTTCCATAATAAATCTtcaccttagaattata----------aggttttttctgacattttgtcaaaattga-----gttattcacatattcttaataaatgataacttatttacattatgggatttttttttata---------agtttataagtaa--attttaagacttaaaaaaaacaaatgttacacacatactgtttttctatgg-------------------aatgcaaaaactttaaagctcattatct---caaaatcat--tctaaacgcagata 
s mm7.chr6      64403739 525 + 149646834 CTCTTCATCAATAGTCTTCATC-------AGTTT----TCTCTTCAATGTGGTCATGGCTAAGTTGAGATTTATTTCCTCCTTCTTTATTGTACTCAGA--CATTGAATTTTTCAGTTAAATTAC------------ATTTTTATTCTTTTAAGAAAGGTCTCT------GAACA-ACTCAGCATTCTCATAAAGGAAAC--TCCAGGTCCCTTGTGAT------GTCTCACCAATCACTTTCCCTTGGAAATCCAAAACTAAAATCTGGTGCTGTTCTTTTGTTCAAAAAGGATTAAGAACTTATAAACATGAAAACTAAGTAAGTTTTCCCAAATCCCATTCCAAATATCATTCATGTTATCCAATTCATTTAAATAACTCAGGGA--GCTTTCTATACAGCATTTGTTTTTATACTAAACTTTATCTTACTTGTGATTATCTAAAGCTATTAGGAAAACTAATCTTGTCAACAAATAAGGTTCCTGTGAATGACTGTCTCTGTTTTCCAAAGTGAAAAGTCTTTATCTGATTATTTTTCTACAATCACCATTTAGAAGTAGATA 

a score=9388
s danRer3.chr12 17236311 179 +  37038836 TGCAGGCCAAAAAAGGACCTTACGCATTTCTGTGGGACATGGCTGTGGTGGAATATGCAGCACTCACAGATGATGATTGTACCATCACTGTATCAGGCAACAGCATGAGCAGCAAAGGCTACGGCATCGCCATGCAGCATGGGAGTCCTTACCGAGACCTCATATCACAAAAGTACGTA 
s mm7.chr14     32990774 179 + 119226840 TTCAGGCAAAGAAGGGGAACTACGCCTTTCTATGGGATGTGGCCGTGGTGGAGTATGCAGCCCTGACAGATGACGACTGCTCAGTGACTGTCATCGGCAACAGCATCAGCAGCAAGGGCTACGGGATTGCCCTGCAACATGGCAGCCCCTACAGGGACCTTTTCTCCCAGAGGTAGGCA 

a score=13753
s danRer3.chr12 17240076 264 +  37038836 CTGTATTATCTTCCCTCGCAGGATTCTGGAGCTGCAGGAAAAAGGAGACCTGGATGTTTTGAAACAGAAGTGGTGGCCTCGGACAGGACGCTGTGACCTCAACAGCCACAGTAACGCCCAACCGGATGGTCGCTCGCTCAAGCTGCATAGCTTCGCCGGCGTCTTCTGCATCCTAGCAGCAGGACTCCTGCTGGCCTGTCTGGTGGCCGCTCTGGAAATGTGGTGGAACAGCAATCGCTGCCGGCAAGAGCAGCCCAAAGAGGT 
s mm7.chr14     32997764 261 + 119226840 CTGTGTTGTAT---CTTGCAGGATCCTGGAGCTGCAAGACACAGGGGACCTGGATGTGCTCAAGCAGAAGTGGTGGCCACACACAGGTCGATGTGACCTCACCAGCCATTCCAGTACCCAGACTGAAGGCAAATCCCTTAAGCTGCACAGCTTCGCTGGGGTCTTCTGCATTTTGGCCATTGGCCTCCTTCTTGCCTGCCTCGTGGCTGCTCTAGAGTTATGGTGGAACAGCAACCGGTGCCACCAGGAGACCCCCAAAGAGGT 

a score=25030
s danRer3.chr12 17392255 870 +  37038836 TTCGGCACTTAGAAAACAATCACAATGAATTTGAGTCTTTACCCATAGAGAACAAAATTCACAAAGCCATTCAAACAGTCGTTTGGAATTATTTTTATAAGTCCTTTTTTTGTTCATTTGTTTTTGTAACTCAACTTCAAAAATTGAGAATATTCAAAATACACTTTTACTT-ACTTTGCTCTTTCAGTATTTACAAATATGTACAAGAAAAACAATGATTTCCATGTTTTTATTTTTTTGATTTCATAATAAAAATCACTACGTATTTTTTTTTACTCTTCTTTTCCTTTTAACTCTTTTTACACCGCCACAGTTTT-CCAGTTTCTCAAGCTCAAACCGCACCTCAGCTTTCTTTGAAAAGCAAGTATGAGGCAACCCATGGTGAC----GATGGCATTAGATGGATGTGCTATG------TTCAATAGCTTCTGGGATGGGTCCTCCTGGTACTGATTGGTAGGACATTGGCATGGGTGTCTTGCCGGGACTCTGTCGGAACAGGCCCCCGTTGGGAGCCCTGTGTTTGCATTGGATGGAGGGGATGGTGG---AGCTGCTGAGAGGAAGGGGCAGGGTGCTGCCAGGACCCTGGATCAGTGTCCGACCCACCCCATGA--GCT-TGCTCCGGGAGGAAGGTGCTCACAGACAGGCCCGTGCCCGGGTAGTCTCGCACAGCCTCCCGCTGCTGGCTGGGCGGCATGCTGCCGATGTCCAGGGCAGAGATCTCGATAGATGGTGCGGGGATCTGCTTGTGTGCCATGTCCTCGTCCATAAGGCTGTTCAAACGCCGATGCACCTGTTCCAGGTTCACCTCCTTGTCCTAGAGAGGGTGAGAGAAGAAAGG---AGGAACA-------GATAGGCTGAGATCTGCTGCTTCCAGGAT 
s mm7.chr14     86217422 823 - 119226840 TTTGGCACTTC-AGAATGATCACAAGTAATTTGCCTTTTTATTCATATAGAACAAAATTTACAAAGTCATTCATACAGTTTTTG--------------------TTGTTTTGTT---TTGTTTTTTTA--CTGACTTCGAAAATTGGGAATATTCAAAATACACTTTTACCCCACTCCATTCTGTCATTATTTACACGTATGTACAAGAAAAATGAAAGAGTCtgtgtgtgtgtgtgtgtg-------------------tgtgtgtgtgtgtgtg---------------------tgtgtgtgtgGTGACTGTGTTGTCATTTTCTTGTATTAAAA---------AGCTCTGCTggtcgggtgggtgggtgggcgggcaggagggcaggcgACACGGTCAGATGGAGGTGCCATGAGAGGTGTCCAGAGCCTCTGGAAGGACGCCTCCAGGCACGGGCTGGAAGGACATAGGGATGGGGGTCTTCACCGGGCTCTGTCGAAACAGTCCCCCATTGGGCGACCTGTGTTTGCACTGAATTGAGGGCATAGTGGCTGAGCTGCTCAGTGGCAGTGGCAGGTTGCTGCTGGGCCCTGACGACAGTGTCCGGCTGGTGCCATGGCTGCTCTGCTCCGGCAGAAAGGTGCTGACTGAGAGCTGGGTGTTCTGGTACTCCCTCGTGGGCTCCAAAGCTTGGCTTGGAGCCAGGCCCCCCATCTCTAGGGCAGAAAGCTCAATGGACGCTGGGGAAATTTGCTTGTGAGCAATGTCTTCATCCATGAGGCTGTTGATGCGCCGGTGTACCTGCTCCAGATTCACTTCTTTGTCCTGGAGAGAGAAAGTACAGGGAGGTCAAAGGACATCCTAAGAGTGTGTTGAGGACAGCTGGCTGCAAAAT 

a score=9219
s danRer3.chr12 17528603 234 +  37038836 ATAATGCATTAATAGCAGCA----------CAAACCTGATGGATGAAGACCTGGGCTCCACGAGGACTCAAAAGCAGGATAGCTCTTCTGAGAGTGTCCCTGTAGCGGTTCAGCTCCTCTGTGCGCATCGAGGTAAACAAACTGGAAAACACGCCGCTAATGTTCCTGTCCACTCGTTGCAAAGACACATCCAAACCTTGTCTTGATGTCTGGTCTAGAAACACCTGCAGTCCGCGGATATCTG 
s mm7.chr14     86771655 244 - 119226840 ATCAGGCATGAATGGCCTCAGATCCCATGACCTACCTCATTGATGAAGGAGTGCGCCCCCTGTGGGCTGAGCAGTAGAATGGCACGGCGCAGTGTGTCCCGGTAGCGATTCAGCTCCTCGGTCTTCATGGTGGTGAAAAGGCTAGTGAACACGTGACTGATGTTCTTGTCCACCTTTTGTAAAGAGACATCCAGACCCAGCCTTGAGGCCTGATCCAGGAAGCTTTGGAGCCCACGGATATCTG 

a score=-504
s danRer3.chr12 17528837 142 +  37038836 CAA--GACATAGTAAGGTAGCAATTAAGGTTTTGTTCGAGAATGTCAAAATAGGTTATGTTTCA--AGACTTAGTTCACCCAGAAAATGaagattattttattaattatttaacctcatgtacccccaatcctccaaaacttaaac 
s mm7.chr6      85741109 120 - 149646834 GGATTATTACAACACAGAAGAAA--AAAGTCCTTTT-----ACTTTTTAGCAGTTTATTGTTCAACAGACATTATTTTCTCAGA-------------TTCATTTATGATCTGGCTTAAT------TAAATCCTTTATATGTAAAAC 

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s danRer3.chr12 17613407 551 + 37038836 taaacataatagt---tttaataactcatttctaataactgattGCATGtaaaaaaaaaatatataataataataataaaaaaaCATCAGATTGCATGTAAAA--ATGAACAGGTA--ATTGACTCTTATCATTAATGATTTGACCATTTTGAATCTAATAGAGAAGGAAATATCAATTTGATCCTTTAACATATATAcattaatgagtacacactctt----ttaaagccaatatttttattcattttt-cagtgagta-tagacaatattttggtgcatttaaagggttttagtaa-atgattatatt-------caatgaaa----------------aaaaagagtgtgcttacctaacatctttaggaacagaaggataattaattattttcagatgagataaaaaaagaaaaaatacaagctattaaatttaatcaaTTCATTTT---TATTAATGTTGTCTTAATTTTTCCTCTTTAATAAAATTGCATTTA---ACATTTTCAACAAATTAATTGTAGTGCACCATGACAT-ATTTGAATATGTATCTTAAAAATGCACTGTTTTGGAAACAAAAGCTTTTGTCAAA 
s mm7.chr18     42446659 558 - 90918714 TAAATATAATTATGTCTCTACTAACTCTTTAT---------ATAGCAAACAATAAAGCAATATATTACCTAAATAATGAAATGTGAGGAAATCACAGGAAAATTTATTAAAAGACAGTATTAATTTATGCAATGAGAGGGGAAAA------AAATCTAATGAACAAAACAATGAAGGTGTAA-CTTTTAAAACATAC---TTACTAAATGTACATTATGCATGttaaattatatatgtctattaatatgtacattatataatatacatatttataatatattaaattgatatttttaaCATGTTTATATTAGTATTCCAATGAAATGCTATGTATCCCAAAAAAGAAATTATATTTCCATTCAAATTCTAATATTCAGAAAATATTTAATTTTTTGCACTTGACCATAATACTGAATA---------TATTAAATGTACTTCATAAATATAAAATATTCCCGTTATCTCA---------CTTGACCAAAATTGTGAGTAGATATGTCTTGTATATCTCAAGTGTAGTCAATAGATACATTATTTGAATATGTATATAAAAAAGTAACAGAAATGGAAATAAAACATTTTGTCAAA 

a score=17201
s danRer3.chr12 17629844 314 +  37038836 ACTCACCATAGTCGCTGTCATAGAAGACGATGAACTTTTGCCATCGCAGCTCACCAACTAGCGTCAACATGACATCACCTAGACGGACAGGCGGTCGTGCGGCAAGGGTGTATCGTTCTCCGTCAGGACTTGGATTGAGCTGGCAAGCTGTACGGGGTGATCCTTCAGCATTTCGCTGGACGTAAAGGTGTGGTATGTGCATGGCATCTGTCAGGGACTGTAGAGCACTGGCTGAAGCACAGCCTGTAGACGTGACCAAAGCCAGGATACCTTGCGTCATCAGTTCGCATGCTGCAAAACAACAGAAAAGACAG 
s mm7.chr14     86852359 314 - 119226840 ACTCACCATACTCGCTGTCATAGAACATGACGAACTTCTGCCAGCGCAGTTCTGTCACCAGCCTGAGCATGACATCATTGAGACGGACAGGTGGTCTCGAAGCCAGTGTGTAGGCCTCGCCGTCAGGGCTAGGGTTCAGGTGGCAGGCAGTACGTGGTGAACCCCCGGGGTTGCGCTGGACAAAGAGGTGTGGGATGTGCATGGCGTCTGTGAGGGACTGCAGGGCATTGGCGGATGCACAGCCCGTGGATGTGACCAAGGCCAAAATTCCCTGGGTCATGAGGTCACAGGCTGGAAAGGAAGGAAAAAGACAG 

a score=-490
s danRer3.chr12 17630158 158 +  37038836 ATCTGATAAGCT---TAAAAGTTTAGAAATCTTA-AGCCAAAACTTGACTAATTAGCTGTGTGTAATTGACACATCTTTGCCTCACTTGTTTCAAATTAAAGATTGCTACATAGTAATACTAAAAATAAAAA--------TAATGAATAATACAATATTAGTGCAATTAT 
s mm7.chr6      85763172 144 - 149646834 GATAAGTGAGTTTTGTATGATTTCACCTTTCTGAGAAGCAATGGTTTACAAAGT-----CATGTAATGCACATATTTTT--------------------AAAATGCATAAATATGCTGAATGAAAAAAAAAACCCTTAATTAAGAAGTAATAGAATGTT-GTTCAATAAT 

a score=4958
s danRer3.chr12 17643753 574 +  37038836 AGAATGTAGATTGTTGAATTGCAATATTCAAATAAAGTTTGCCAACATTACCTTCATGGCTGGAGTTGGATTTATAACCTAGTTACCTTTTTATAGGTGCAAAAAATAATTAGG--TGATAAAATGATAACGGTTAGGAACATGTCAATCCAAACATGTCTAAATGTATGCTTTTATTCTGAAGTAAAATAGGACACTTTATTTTTGAAATTTCAGTAGTTTGCTTTGattttttatttactatttttatttttttGTAGAATGATTCAATTTCTGTTATCTTCATGGATGTTACAGTGGACAATGTAGCCTCTAATGAGAGTTTATTTCTTTCCTCAGTTTTGTCGACGACTATCAATGTGAATATTCTGTCATGAATGGAACGTGGAAGCCAGAGCAAAAGCTACAGTAGTTCACCTTAGCCAAATATCAACTTTGTAATATTAATTGTATTTATTGTTTCATTTATCTTAATCTtacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat--------ctatatatatatatatatatat 
s mm7.chr1      45786581 495 + 194923535 AAAATGTAAATTGTGTGGTTGGATAATCTTGACAAACTATGAATATACTGCCGC-------AGACCACTAATTTTAGCCTCAAAAATCTTTCACATGTCAAAGACACCATTTGAACTTTCAAAGAAATAAAGGTTCC-AATGTTTCAAGACAAACATGCTTAAATGTATTATTTCATACTGATGTTAAGCAGAATTGATCACCTTGAAAGTTTAATGAGAGAAC-----------ATTTGCATGAGTAAACTGTATATAGA----------------TGTGCACATGTATGTCTTCGT-----ACTTCCCCTCTATCCAGATTTTATTTT--------------------ACAGTGAAAATGATTTTGCAAAATTGTATATAGCGTAAATATAGATATAAAAAGG-------------------AAACATTTATTTTGCA----------TCTTTGTGGTAATGTATATGTGTGTGTtatatatgtatatacatacatatatatgtatgtatatatatgtatatatatatatatatatCCCTATGTTAATGTATTAGCCATACTATACTTATAGATGCATATAT 

a score=10054
s danRer3.chr12 17810120 205 +  37038836 CTCTTTTATAGGACATGACGGATAACAGTAACGCTCAGTTAGTGGTTAAAGCTCGCTTCAACTTCCAGCAGACCAATGAGGATGAGCTTACTTTCAGCAAAGGCGACCTCATCAGTGTCACTCGCACAGAAGAAGGGGGTTGGTGGGAAGGAATCCTCAACGGCAAGACGGGCTGGTTTCCGAGCAATTATGTCAAAGAGGTCAA 
s mm7.chr8      11753712 205 + 127874053 CTGTCTTCTAGGACATGACTGATAACACCAACAGCCAACTGGTAGTACGAGCCAAGTTTAACTTCCAGCAGACCAATGAAGATGAACTCTCCTTCTCAAAGGGTGATGTCATCCATGTCACACGAGTGGAGGAAGGAGGCTGGTGGGAGGGCACACACAATGGCAGGACCGGCTGGTTCCCCAGCAACTACGTTCGAGAGATCAA 

a score=-15
s danRer3.chr12  17810325 91 +  37038836 AGGGTCAGGT----------ACGTGTCAGTTATAAAACAGATAAACAGTCTTTACATTTGATCCTTTTATTAAATCTCTCCATTTCCTAAAACTCTCCACA 
s mm7.chrX      112126081 91 - 164906252 AGTGGTAAGTAAAGCTTTTAACGTCTTAAGTGTGAGAC---------TTGTTCCTTTTTGGTATTCTTATTGAAAATGTTT-TATTTTAAATTGCTTAACA 

a score=4768
s danRer3.chr12 17810416 99 +  37038836 CAGACAAACAGGTGTCCCCAAAATCTGGAAATCTTAAAAGCCCTCCCAAAGGTTTTGATACCGCATCCATCAGTAAAACCTACTACAACCTGGTAAGCA 
s mm7.chr8      11759463 99 + 127874053 CAGAGAAGCCCGTGTCACCCAAATCAGGGACCTTGAAGAGCCCTCCCAAAGGGTTCGATACGACTGCCATCAACAAGAGCTATTACAACGTGGTGAGTA 

a score=6063
s danRer3.chr12 17970390 305 + 37038836 TAACTAATCTAACCTGCACTGTCT--AAACACCAGTGTGCGTGTTAGAGAAGTGAGCAGTACGCCCCGCAG------CCTCCTTGACTACTTTCAGAGAGTTCAGACAGGGCAACTCCTCTTGACTTATGCATACTCTCCCACAAGCCTGGAGTCTGCAGGATTTTCTCCACCAGCTCCTCAAAGGCACACTGGACACCATCCCTTGTTTTAGCACTGGACTCTGGGTGAAATAGAGAGAGAAAGAGAGATGAGtacactacctgact----aaagtcttgt-cgtctatccaagttttaggaacaacagatactaac 
s mm7.chr18     83926130 304 - 90918714 TATCTGATCAAATATGCAAGAGATGGAATTCCCAGAGT-----TTATAGCACAGAGCAGTAACCGCCGCAGGCGCCTCCTCCGCGGCTCTCTTCCCTGTGT---GACAGCTTGACTCCTTTGTTCTGGTTCTCACTTTCCCACAGGCCAGGTGTCTGAATGATCTTCTCAACAAGCTCCTCAAAGGCACACTGTACACCATCACAGGTTTTTGCACTTGCCTCT------AAAAGTCAAGGAAAAGGATCATAGTATATTTTTTTATTGCACATAATCTCATGTGTTTCTACTGATTACGGCATAAATAGAAACCTAC 

a score=678
s danRer3.chr12 17972906 671 + 37038836 TAGGAAACACT-ACATTTGAGAAAGAAAAAAAAAAACCATTGGCCTCCAGCACACGGGCTCTAGCCATATTGTCCATCTGCAGAGTTCATTTGGTGTGAGGGCTTCAC----GGCTAATTCAAACAGATTACTGCTTACATCCCCACTCATGAGGTGCGTCACATGACTTGCAAACCAAACCCACAGCGCAGAAGAATGCAGGACGTCACCCGCAAACACATATACAGCACTGCTACCATCATACAAGA--AATAACTCAAGAGCATTGTGAAGTCTGACTTGAATTTGCTGTC----ATAATAAATGAACGACAACTCATACAAACAATCCATCC---------TCTCAATTAAATAACAT-----------------AATCTTTGTTTTTAGTGAATGGGCCCGAGTGTTTAAAAATAGCAGCATGTGTGTAGTAC----AGCAGTTGAATAAACTAGCTGACGTCAAAAGTCGGATTTTTCCATGTGTTAAAGTAATGAATCTTGAAATGAAATATGGG----AAAGTAAAAGGGCAATGTA-TGACTATTTAAAGCCTGCGGTTTAGTGAATAATGAGGGCTCGGGTTATTCATCAAAGTACATCCTACAGATGACTTACCTATGAAAAGCATGGAGTGTTTTCTTGCGAACTTCAGGCCCTCCTCTCGCTCAATCTCACGATCATCCT-GCAGAGAAAATCA--GCATTTCAAGA 
s mm7.chr18     83929259 655 - 90918714 TAAGAAACATTTGCTCTTGTGGCAGCAGAGAAAAAAGTTCAAACCTGATTC-----GGATACAGTCAGGTCGCTCTTCTAGAaag-------ggtgacaaacttctacaaaaggctag-------agagtacttttggctttgtgagccatatggtttg--aagagaactaccaaacactcgcatagcacagaagca-gccaaacgtagtaagtatattaataagcatgtctgtACTTAATATATGGGGGGAATGGCCCA------TGTTTTAGTTTGCC---AACCTTCTGCCTCCAATTTTTAATGCACAGGAACT-ATACAAAGATATCATTAAACTTTAGGTTCCAATTAAAACACTGGAGCGGAGCCAGGGGTGAAGCATTTCTATTAGTGTGAGAGTCCCAGACGGTGCTGATACCC-----TGTGTACTAGTGGGAACAG--GAGAAAAGGAATCGCATTCTACTGTTAGATCTTGTATCATAAGACAACACTGAA-CTACATATAGCTTATGGTTCTTAAGGAAATAATTCAACGAAATCACTATTTAAAAATTATCCCTTAA-----------GACTAGAAATGTTCA-----------CTTACACA---CTTACCTATGAACAACATAGAATGCTTGCGTGCAAATTTCAAGCCTTCATTTCTATCGACTTCACGGTTTTCCTAAAAGACAAAGGCAGTGCGTTTTAAAA 

a score=7374
s danRer3.chr12 17974283 206 + 37038836 TCACCTTATCGATTTTGTTTCCCACTAGCATCTTGACAAGATCATTTCTTGTACAGTACGTCTCCAGCTCACTCAACCAATTATCCAGCTTAGCAAATGTCTCTCGCCTAGAGACATCATACACTACAAGACACAATGTGAACAGAAAATTACAACATCGGATTATTCAACAATTGGAATTGATATTTTAATGCTAATCATTACTA 
s mm7.chr18     83930131 196 - 90918714 TTACCTTATCAATTTTATTTCCAACTAGCATGTTTACTATGTCATTTCTTGTACAGTATGTTTCCAATTCATTTAACCAGTTATCCAGTTTAACAAAGGTGTCTCTTCTTGTGACATCATAGACTGAAA---------TAAAAGCAAAACCACTAATTTAAAGT-CACATAAAATAAGATCAATGACTTACTTTTCATAGTCACTA 

a score=4861
s danRer3.chr12 17974489 183 + 37038836 TAACAGTGAACAGTTACCCAGAATGACACCCTGAGCTCCTCTGTAGTAACTGGGTGTTAAAGTCCGAAAACGTTCTTGACCTGCTGTATCCTGTAAACACACAACAAATCAGCCTTTAAGAGAAATGGTGTTAAAAAGAAGTAACAATGGT-TATTTGAATTATTATTACATATATTTAAAAAA 
s mm7.chr18     83931614 171 - 90918714 TAAAGTAAAATACTTACCTAATATAACTCCCTGTGCACCTCTATAATAGCTGGGAGTTAATGTTCTGAACCTCTCTTGACCAGCTGTATCCTGAAAATG-ATAATCAATTA-CCACTAAG-----------TAAAGCAAAGTATAAACAGCATATCTTCAATGCTACTGAACATATTTAAGCAA 

a score=4428
s danRer3.chr12 17976761 166 + 37038836 CACATGTATAAGACAGGAGGAA-----ATAAAACACTTGCT-----TTCTTACCCAGATTGCTAGTTTTGCTCGGTTTCCATCTACAGCCAGCGTTTTCACCTTGAAATCCACACCTGAATGAAAAACAAATCACGTTTAGTGAGtttacttgtattcttactttttcttttttta 
s mm7.chr18     83936214 172 - 90918714 CATACatataaaataaaaataatttttataaagtacattttaaaaattCTTACCCATATTGCAAGTTTAGCCTTATTTCCATCCACTGAAATCGTTTTCACCTTAAAGTCAACACCTTGAAGAAATGAAAAT----TCTGGTGAATCATCATTAAATATGATTTCTATATTCATTA 

a score=9543
s danRer3.chr12  17986813 450 +  37038836 GCACAGGTGAGGCTTTCTGTTGTGTCTGGCGGCGCAGCAGAGAC--GCACTGTTGACCGGCAGAGAGCAGGTCTCCGTGT----CACTGGTGTT----------ACAGCTGGAAATGGGCGAGTTGTCCACCGTTCGCCTCA----------------TTAATACTGGAGACTAAAGACAGATGAGACACATTTGATACTTACTTTGCTTTAA---CGGAACATAAAACAAGCCTAGAGTTAGTATTA--------------CATCATGTCTATGT-----TTGAGTAAT------GACTGCGGCTTT----TCCAGACCTGTGGGCTGGAGCTGCCTGTTTTGGGTTCAATGGTCAGGCCCAGGGTGACACCACCATTCAGAGCTTTCTTCAGACTCTCCTTGACCTCCGTCAACTCCAGCTCCAGACTGACTCGCTCTTCCTCTTTCAGTTTGCACTCATCCTCCACTTTCTTAAGCCTCTCTGTCAAAGATGCCTGGGAACGCTTAGCTGA 
s mm7.chr5      117995324 507 - 153054177 GTACAGATTA----TTATGTTGCAGTCTGCAGCTTC-CAGACACCGGCAGCGCTGTCAGGGTGAGAGCAAGTTCCTGCCTGACAAACTGGTGTCGAGTCAGACCAGACCAAAAGGTAAGAGAGTTGGCCTTTGT-CACCTGACCATGCAGAGGAGGTCTCAGTACTGGCCTTTAAATAC-TCTGACAAACACATGAGACATCAGTGCCTCCAAATACTCAACATAGTGGAAACATTAGGCTGATACCATGCACAGTGGTGAACATGCTGTCTGAGAGAGCATGGAGCACTTCTGTGGGCTGTGCCTTCAGGACACTCACCTGTGGACTGGATGTCCCTGACCTGGGCTCGATGGCCAGTCCTAGGGTGACGCCACCCGCCAAGGCCTTCTTCAGGCTCTCCTTGACCTCGGTCAGCTCCAGCTCCAGGCTGACACGCTCCGCCTCCCTCTGCTTGCACTCTTCCTCCAGCCTCTTCAACTTGTCCTCCAGAGCTGCCTGGGTCTTCCTGCCTGA 

a score=7485
s danRer3.chr12  17990371 225 +  37038836 CCTCACCTGTGTTGTTCTCTAAAGCAGTGCGGAGGTCCTTTCTGTCTTTTTTCAGCTGGGTCAGGCGGTTTCGGATTTCCTGTTTCTTCCTCATCAGCTCCTCCTCTTTGGCTTGGAGTTTCTTGGCATCTGCCTCCACTCTGTTTTTCCCGTACTTATACTGATCTACACCTGTGAAGGTTAATGATGCATTAG---AATCAAAAGAAACCATTAGAAAATCTCTGT 
s mm7.chr5      117998072 228 - 153054177 CCATACCTGCATTCACTTCGATGGCGGCCCTCAGGTCCTTCCTCTCTTTCCGCAGCTGTGCCAGCCTGTTCCGTAGGGCCTCTTTCCTCTTCAGCAGCTCTTCCTCTTTGGACTGTAACCGCTTGGCATCTGCTTCTACCCGGTTCTTCCCATATTTGTACTGCTCAGCATCTGAGCAAGGGAGCACAGGGTTAGCTCAACCAGAGGAGTCCGGGTGCCGATGCCTGT 

a score=2565
s danRer3.chr12  17994236 192 +  37038836 GTATTAGCAGCAGAGGAAGAAGACAGAGATTTGGTGGAGTTTGGTGTGCTGTAATGCCCCGAGGA-AGATGATGTGCGGGTGGACTTG-----------------GGAGAGTAGCGAGCTGCTAGTTTGGGGGAGGGCATGTTTTCATAAAGATCTGTATTTTCATAATGAGATTCGTCTTTCCAGCGGCGGCCCCCTGAAGCTGGGGAG 
s mm7.chr5      118004502 210 - 153054177 GTGTTAGTGACAGATGGGGAGCAGGGTGGGCTGCAGGAGGTGGGGGATTTGTAGTGGTTAGAGGACAGCCTGTCAGTGGGTGGCCGAGATGCCCTCCGGTCAGCAGGAGAGGAGCGAGCAAAGATTGTCGGCGATGGCAAGTTATCGTAGAGGCCCGCGTTATCATAAAGCACCTCTTCCACTGGGCCTCTGCTCACACAGCCAGGAAAG 

a score=5877
s danRer3.chr12  17994591 126 +  37038836 ACCGTTCCATTGATGCAGGGCACATCGTCATAATGCAGAGCGACCCCAGTGGGACAGGCATAACCATTGACCGGATTATCCAGGTATGGGTTAGGAGAAACTGCACGCTTACTGGTGAAACTGAGA 
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a score=7704
s danRer3.chr12  17996407 208 +  37038836 TCTCACCAAAATGACTGCTTTGCCAGCTGAATGACGTTAGCAGTGGTCTCTACGTCAATGTAATCGTAGTGGAGTGCAGCGGGATCTGTTGTGGAGCCCGTCTCAGCCAGCAAGACCCCCAACCACCTTCCCATACTCTCAGAGGAGGAGGCCTGAT---GGGAAAAGGCAATGA-ATGAGTGTCAATGAAATACGAGACACATAAAGCTCC 
s mm7.chr5      118015140 212 - 153054177 TCTTACCAGAAGGTCTGTTTCGCCGTCTGGATGACATTTGCTGACATCTCCACATCGATGTAGTCGTAGTGCAGCGCTCCTGGGTCCGTGGAGGACCCCGTCTCAGCCAGCAAGATGCCAATCCACCTGCCCATGTCTTCAGACGATGATGCCTGTCACGGGGAAGAGAGACAGAGATGCGTGACGGGAAGGGAAAGAGAACACAGAGTACC 

a score=12706
s danRer3.chr12  17996764 234 +  37038836 GCCCGTACCTCCAGAACAGCCACCTCCTGTCCATTGCGCAGTAGACGGAAGGCGAAGGGATGTTTGGAGTCCAGGCCTGGAATGACCTCACAGCCCCGCAGCGGCAGAGAGGCCATGTGCGTCTTCAGATCGGCTCGATCTTTGTGCAGAAACAGCTGGTTGTCTTTTAGCTGGCACCAGCGCTCTCTCCAGCGGTTGTTGGACAGCACGTTAAGATAGCCTGTTAATGGAGGA 
s mm7.chr5      118017176 234 - 153054177 GCCCATACCTCTAGAACAGCCACCTCCTGTCCGTTTCGAAGCAGCCGGAAGGTCAACGGGTGCTTAGAATCCAGGCCCGGGATCACCTCGCAGCCACGGAGGGGGATGGAGACGAGGTGGGTCTTCAGGTCAGCCCTGTCCTTGTGGAGAATGAGTTTGCTGTCCTTCACTCTGCACCAGCGCTCCCGCCAGCGGCTGTTAGAGAGCACATTCAGGTAGCCTGCAAGGAGAGGA 

a score=8221
s danRer3.chr12  17999448 180 +  37038836 ATTGCAACCGCTCACCACATGTTGGGACATCTTCCTCCGCTGATGAGGTCTGTTCATCTGTTGATGGTTTCTTCTTGCCTAGGCTGATGATTTTTGTGATTTTCTTTCCAGTCACACGTCCCACAGTGCCTTTCTGCTCTGATTTAGAGTTCTTCTTGCCTTTAGCTGCAAAAAAAGAGG 
s mm7.chr5      118023049 180 - 153054177 ATGGCAGGGTCTTACCACAAGTGGGCACATCCTCCTCTGCTGATGATGTCTGCTCATCTGTGGATGGCTTCTTCTTTCCCAGACCGATGATCTTGGTAATTTTCTTCCCAGTGACCTTGGACACAGTCCCCTTGGCCTCTGACTTGGAAGGTTTCTTCCTCTTTGCTGTCAACACAAAAG 

a score=2524
s danRer3.chr12  18006629 90 +  37038836 TGAGGACTCACCTGGATCTTTGCCATC------TGAGATGCCGTTTTCATGGCAGGGCTCTCCATCTGAACTGGGCCGATCGCAGGACAGCTTCTG 
s mm7.chr5      118029486 96 - 153054177 TAGAGTCTCACCTTGTTCTTTTCCATTACACGTGGTGACTCCGTTTTCCACACCACCTTCTCCATCAGAGCTGGGCCTCTCTGAAGACAATTTCTA 

a score=325
s danRer3.chr12  18007123 392 +  37038836 TAAAAAGATAAG-ATCACATTTCCCGTCACACCTACAGTATTTA-----ACCTGGCACACATCCGTGGCACGATGGAATTTGGTATATGCATATGCAGCTTTTATAGCCCTCCATGCCCTGGCAGAGCCACTGTACAGGAGTACAGAGAGGAGGCGC----------------CGGTATTGA--------------------GGAGTGGTG---AAGCTGGCAAGCATGCAAACCGCC--------ACACAAACCTGCATGTAGGTAGACCTGCGTATCGTCTGGAGGCATGGTAAATACACACA-----------CACACACAGAAAGTATTATC----------CATAAATATAATTATGAAATTGC-------ACCTTTTCCAGCTCTGCCTTGTGAACAGTGGATCCAGAGCCAGCT---------CCGTCGCAATCCACCACTCCATTTCCATTCGAGCAGACTTCTTTCATCACCT 
s mm7.chr5      118029582 458 - 153054177 TAAGGACATAAGGATCACATT-------ATTCCCACAGTGGTCATGCAGACCTGGT--------GAGGTACAGTGGAAAGCGAAATGT-TATCTCCAAAGTTAAAGG------GTGCATGGGCTGAGAGAGTGCTCAACACTCCGCAGAAGAAGTGCTACGGCTCTCACAGAACGTTATTAAACTGGCAATTCCAGATGAAAGGATTGAGGTCTGAGGTGGCAGGCATGAGGGACACCCTGGCTAGACAATAAACTGAACACATGCACTGAAATGTCTCAAC--AATTCCCCATAAATACATATAGTTCATCTGTATGCACAGGGGAGGAGACACCATGAAGGAGACAAAGAGCTGAGTGAGAACTGGCGTCCCTCACCTTCTCCAGTTCTGCCTTGTTCACGGGGGCGCTGGTGCTGGGTGGTGGAGAACATTCCGGATCCACGGGCCCGCTACAGCCACTGTAGGCTTCTTTGATTACCT 

a score=1783
s danRer3.chr12  18014059 47 +  37038836 AATACCGTATTTTTAAAAGTTTGTTCAAAGTATTTTTTTTCAATGTA 
s mm7.chr5      118039467 47 - 153054177 AATATTGTTGCTGTAAGAATTATTTCAATGTATTTTCTTTCCAAATA 

a score=10500
s danRer3.chr12  18016290 200 +  37038836 CTTACCTTTAGCCATTGTTCGGCCTGTTCTTTGCTCTGTACAGCAAGCACTAGAGCATCAGCTCCCTGATGAACGATCTTCAGTTCATGCTTCTTTTTCTTGCCATCTTTGGGGATGTGTGTGATACTGCAGCCGGACAGAAGGAGCTCCATCTGTGGAGTCTGGTCTTTAGAGGACTTGTAGCACTAAAGGAAATAAAA 
s mm7.chr5      118040744 200 - 153054177 CCTACCTTCAACCACTGCTCAGCCTGTTCCTTGCTCTGAACAGCTAGAACCAGAGGGTCTGTGCCTTGCTGGGTGATTTTCAGCTCGTGTTTCTTCTTCTTGCTGTCTCTCGGGATGTATGTGATACTGCAGCCCTGCAGCGGCAGCTCCATCTGAGGCTGCTGGTCCTTGGAACTTTTATAGCACTGCGGGGAACACAA 

a score=14779
s danRer3.chr12  18017625 224 +  37038836 CTCACCAACAGTTTGTTGTCCTTTATGACACATAGAAGTTTGGTCCACTGACCAAAGCGTTTCTTTCGCAACAGGAATGCGCAGATACGTGCATCTTTTACCAAATCCATGGAGGCCTCCTCAGATGGCCACTGGTGACGCATCTTCTGACCCTTCCCATCCTCCTCTTCCTCATCATATGACTCATACGAACTGCTCATGGCGTCCGAGTCATAATCTGAGAA 
s mm7.chr5      118043532 224 - 153054177 CTCACCAGCAGCTTGGTGTCTTTGATGACGCAGAGCAGCTTGGTCCACTGGCCAAAGCGTTTCTTGCGCAGCAGGAAGGCACAGATCTTGGCGTCTTTCACCAGGTCCATAGAGGCCTCCTCTGACGGCCACTGATGCCGAGTTTTCTTCCCCTTCCCGTCCTCTTCCTCTTCATCATATGACTCATAGGAACTGCTCATGGCATCAGAGTCATAATCTGTGGA 

a score=8024
s danRer3.chr12  18017971 171 +  37038836 TAATGTGGAAAAACGGTTCGTACTAGAGGTGATGTACTCTGGTGCTTTCCCAGGACCCAGTGGAACCGCTTCCTCATAATAACCCTCAGGAAGAGAGGAGCTCGGTAAAGGAGGAGGCCCATTGTCTGGAGGCTTTAGAAAGAGAGATGGAGAGAGAAATTGGTCAGCTTG 
s mm7.chr5      118046464 168 - 153054177 TGATGTGGGCAGCTGCCACTCACTTGAGGTGATGTACTCTGGAGCTTTCCCAGGGCTCAGCGGCACGGCTTCCTCATAGTAACCCTCTGGGAGAGAGGACGTTGGTAAAGGCGGAGGCCCGCTGTCAGGAGGCT---GAAGGCGAAAGGAAAACCGTGCTAGATTAGAGTG 

a score=1724
s danRer3.chr12  18018983 65 +  37038836 CATATTTAATGACACCATTACCCTAAAATATAATATTTTTTTGGTAATGCA---GCCTATAAATATGT 
s mm7.chr5      118049653 68 - 153054177 CATTTTTAATACTACCACTTTTAAAAAAAAAAATTGTTTTTTGATAGTGTGAGCGCATGCGCATATGT 

a score=6800
s danRer3.chr12  18087370 139 +  37038836 TTAAAACAGGCGGGCTTTCTTCTTCAGTTCATTTTTTTTCCACAAGGCCAAACGGTCAAACTGTTCAATGGTCATCCTAAACACATTGTAGAAGTCCTCTGGTGACAGGTGCCTCTGAAATGATAGGATTATTAAAAAA 
s mm7.chr5      118108364 137 - 153054177 TCAGAACAGCAAGGCTTTCTTCTTGAGGTCATTCCTCTTCCACAGGGCCAGGCGGTCAAACTCCTCGATGCTCATCCCAAACACTTCTTGGAACTCCTCAGGTGATAGGTGTCTCTTCA--GATAAGGAAAAAAAAAAA 

a score=3339
s danRer3.chr12  18092091 93 +  37038836 GCATTACCTCCAGTCTGGTGCGGTCCACATCACGTGGTAGTTTTACTCGGACTCTGTGGGACACAGCTAGCATGTCATATGGGTACACCTGTA 
s mm7.chr5      118116863 93 - 153054177 GCCTTACCTCCAGCCGTGTCCGGTCCACGTCTTTGGGCAGTTTCACACGAATTCGGTTTGTTACGATGAGGGAATCATAGGGATATATCTGCA 

a score=5568
s danRer3.chr12  18104370 203 +  37038836 GAAGCTGAAATGGAAACCAGCAGACAGAAAGGAGGGTCAAAGGTTACAGTCCCATGCATAACGGCATGCAAAGAA-ACATGGCTGTACGG------AGACTGAACTGTACCATGCTGTTTGTAGATAGGGGGCTTTCTATAGATATTATCTTTGACTTTAGTCTCTGTGA---ATGAAAGACAAAGAGAGCAAGAGCATAAGAAAGAAGATGA 
s mm7.chr5      118142122 195 - 153054177 GACACAGCAAAAGGAGCAAGCATTCAGAA------GCAAGAGGGTACAATA-----------GACATGCAGGCAACACACAGCAGCGGAGTCCATCAGACCGA-CCATACCGTGCTGTTTGTAGATAGGGGGTTTCCTATAGATGTTATCTTTTACGCCAGTGTCTGggaaagaagaaggaaagagaaggaaagaaCGTGAGGAGGAGGAGGA 

a score=5627
s danRer3.chr12  18105325 199 +  37038836 GGGCTTACCTGGGATATGGAAATGCCGTGGGGCTGCCACATATGTAGACGATGGAGATTTGCCATCAGAGTAGGTGGAGAGACTGGGGGTACTGCGCCCACTTTCACTACCTCGGGGGATAAAGGTCATGCCAG---ACGTGGAGAAGAAAGGAAAAGAGAACAAAAAAAGATGTCTTATATCTGACATTGTATTGAGTCTT 
s mm7.chr5      118142870 192 - 153054177 GAACCTACCTGGGACGTGGAAGTGTCTCGGAGCCTGCTGGTAGGTAGAGGAAGGAGGTCTGCTGTCGGAGTGCACTGAGAGACTCGGGGTGCTACGGCCACTTTCGCTGCCTCCAGATGGAAGAGCAGAGACAGCATATGAGGAGCAGAAAGG---------CACAGCAGAAGGTTTCAGAGCTGAT-CTGCAGTGAACCCT 

a score=3605
s danRer3.chr12  18113389 152 +  37038836 TGTGGAGGGATACCTGGTCTGCTGTAGGTCTGTGGTGAGCGGGAAG---GCGTATAGCGACCATAGCCTCCTAAAGAGCTGTTGGAGCTGGGGCTCGAGGGCCTCCTCTGACGGGGAGACTTTTCCCCATCTCCCTACAAGCAAACAGACAATAT 
s mm7.chr5      118150369 152 - 153054177 TGGGGGTGAATACCTGGACGACTGTAGTGCTGGGGTGACCGTGAGGTTGGGGTGTAGTGTCCGAGGCTGACT---GAGCCGGCAGAGCTGGGGCTGGAGGTCCTGCACTGCTTGTAGGACCGATCATCCTGATCCCCCTGGTAGGAAGACAGTGT 

a score=2429
s danRer3.chr12  18114171 54 +  37038836 TACCTCAGTTGGAGTAGGCGTTAGTTGCTGGGGTGACTGTAAACA-AAGAAAGCA 
s mm7.chr5      118151958 55 - 153054177 TACCTCAGTCGGCGTTGGTGAGAGCAACTGAGGTGACTGTGGACACAACAGAGCA 

a score=8383
s danRer3.chr12  18116087 210 +  37038836 CAACATCAAATACTGGGGA---TATACAGTATATGTTACTTCCATGTGTGTTTGTACCTCTCCAAAAGTC---CTGTCCTCCACAG---GATAGCTCACATAGGGCGAGTATGAAAGCATGTCAGGCCTGTCAATGTTGTAGATGGCTTTGATTTTAGGAAGAGCAGCCAGATCCTTATAATCCAGAAGTTCATCACCCAGTTTTGCCTAAAGAAAGAG 
s mm7.chr5      118154637 211 - 153054177 CAAGAGCCAGCACTGGGGAAAGCATGCGACATGTG--------GTGAAGAGCCATACCTCGCCATAGCTCTGCCTGTCCCCCACGGCCGAGTGGCTAATGTAGGGCGAATAGGAGATCATGTCGGGGCGGTCGATGTTGTAGATCGCTTTGTTTTTGGGAAGAGCAGCCAAGTCCCTGTAGTCCAGGATCTCATCGCCAAGCTTTGCCTGAGGAAGGAG 

a score=4406
s danRer3.chr12  18116392 106 +  37038836 CTTACATAGATAACTCTGCTAGGGGAGCCTGAGGCGCTGGAGGCTGGAGCAGAAGTGATGCTCTCAGAGGAGGTTCGCGTCACCTGCAATAAATAAAACAAGGTGA 
s mm7.chr5      118158648 106 - 153054177 CTTACGTAGATCACACGGCTCGGGGACCCTGACGTGCTGGAGGCAGGCACGGAGACAATGCTCTCCGAAGAAGTCCTGGTTTCCTAGAAGAGAGATGTCCAGGTGA 

a score=3653
s danRer3.chr12  18118257 72 +  37038836 ACCTTGCTCTTCTCCTCCATACGCGCTGCCTGTCTGCAAGGAGGATGCCAGATGGTAGAACCTGTAAAAAAA 
s mm7.chr5      118163599 72 - 153054177 ACCTTGCTCTTGTCTTCAGTCCTGGCTGCCTGTCGACATGCCGGATGCCAGATGGAGGAGCCTGTAGACAGA 

a score=5639
s danRer3.chr12 18121405 137 + 37038836 GAATTTCGTTTAGCTACCTTGCAGGTACATCTCCTCCCCTTCCCCAAACATCTGGTCACAGCGAGCACATCTGGCACATGTGGGATGGTAGTGTTTTTCTCCAGCCTGCAAACAATA-AACAAAGAGAGCTCGCATCA 
s mm7.chr18     62229111 138 + 90918714 GAGTCAGATTTGCTTACCTGTGAGATACATCTCCTCCCCCTCAGTGAACATCTGGTGGCAGCGTACACATCTGGCACAGGTAGGGTGGTAGTGTTTCCCTCCTGCCTGTGGAAACCAGGACATGAAGTAGAAGCATCA 

a score=5088
s danRer3.chr12  18127496 108 +  37038836 ATTTCAAACCTCAAGTACTTTTCCGGTGATGTATTTCTTGCAGGTTTCACACTGGATGCCGAACATGGCGTGGTAATCTGCCTCACAGTAGGGGATCCCATCCCTGCA 
s mm7.chr5      118179555 108 - 153054177 ACCTCTCACCTCTAGCACCCGGCCCGTGATGTACTTCTCACAGCCGTCGCAGCGGATGCCAAACTTGCTGTGATAATCAGCCTCGCAGTAGGGCAGCCCGTCCCTGAA 

a score=6871
s danRer3.chr12  18127802 136 +  37038836 ACTAACTTGCTGATATATTCGGCATTAAGCACTTTATTGCACACTTTGCACTTGAAGCAGCCAAGGTGCCAGTGCTTGTCCAGCGCCACCAGAGACTGCTCATTTTTAAACTCCTTTCCACATCCACAGCAATCTG 
s mm7.chr5      118182468 136 - 153054177 ACTCACTTGCTGATGTACTCTGCATTGAGGAGTTTCCCACAAGTCTTGCACTTGAAGCATCCCAGGTGCCAGTGCTTGTCCAAAGCCACCAGGGCCTGGCCATTCTTGATTTCTAAGCCACAGCCCCCACAACCTG 

a score=4184
s danRer3.chr12  18128061 149 +  37038836 ACTCACTGTGCACAGCCTGTGGGGGAGCCGTGCTGTTGACTGGCA---CAGGCTGAGTACATTTCTCACAAATGCACTCCTTCCCATTAAACGTCACGCGGTCGCCAGCTGGAAACGGCTGCCTGCCAGAAATACAGTCACCTTATCATTCA 
s mm7.chr5      118184623 152 - 153054177 ACTTACTCCGGAGGCCCTGGGCCACGTGAGCACTGTTGCCCAGCAATGTGGGTGGGGAACACTTCTGGCACATACACTCCTTCCCGTTGAAGGTCACACGGTCCCCAGGAGGAAAGGGCAGCCTGAAATGAGAGTGGACATCCTGTCAACCA 

a score=11030
s danRer3.chr12  18133789 207 +  37038836 CTTACTTGCAGGTGGCACAAACAAAGCAGCGTGGATGGTAAGTCTTGCCCAGGGCAGACACAACCTCTCCTTCAATGAACTCCTCACAGCTGAAGCAGCGGGTGCCATAGAGTCGCTGGTAATCCACAGTGCAGATATACTCGCCTTGACGCACAAAAAACCCTCCTTGAGCCAAGTCACATCCACAAACTGCAGAAAAAAACACAG 
s mm7.chr5      118189235 207 - 153054177 CTTACCTGCAGACAGCACACACGAAGCAGTCAGGGTGGTAGGTCTTCCCAAGCGCCGACACCACTTCGCCTTCAATGAAGCGGTCACAGCTGAAGCAGCGAGTGCCATAGAGCCGCTGGTAGTCACGTGTGCAAATGTGCTCACCCTGCCTCACGAAGAAGCCACCCTCAGCCAGGTCACAGCCACACGCTGTGGAGAAGATCAAAG 

a score=10899
s danRer3.chr12 18163686 207 +  37038836 CTGTGTTTTTTTCTGCAGTTTGTGAATGTGACTTGGCTCAAGGAGGGTTTTTTGTGCGTCAAGGCGAGTATATCTGCACTGTGGATTACCAGCGACTCTATGGCACCCGCTGCTTCAGCTGTGAGGAGTTCATTGAAGGAGAGGTTGTGTCTGCCCTGGGCAAGACTTACCATCCACGCTGCTTTGTTTGTGCCACCTGCAAGTAAG 
s mm7.chr5      34864735 207 + 153054177 CTTTGATCTTCTCCACAGCGTGTGGCTGTGACCTGGCTGAGGGTGGCTTCTTCGTGAGGCAGGGTGAGCACATTTGCACACGTGACTACCAGCGGCTCTATGGCACTCGCTGCTTCAGCTGTGACCGCTTCATTGAAGGCGAAGTGGTGTCGGCGCTTGGGAAGACCTACCACCCTGACTGCTTCGTGTGTGCTGTCTGCAGGTAAG 

a score=4195
s danRer3.chr12 18169637 149 +  37038836 TGAATGATAAGGTGACTGTATTTCTGGCAGGCAGCCGTTTCCAGCTGGCGACCGCGTGACGTTTAATGGGAAGGAGTGCATTTGTGAGAAATGTACTCAGCCTG---TGCCAGTCAACAGCACGGCTCCCTCACAGGCTGTGCACAGTGAGT 
s mm7.chr5      34869402 152 + 153054177 TGGTTGACAGGATGTCCACTCTCATTTCAGGCTGCCCTTTCCTCCTGGGGACCGTGTGACCTTCAACGGGAAGGAGTGTATGTGCCAGAAGTGTTCCCCACCCACATTGCTGGGCAACAGTGCTCACGTGGCCCAGGGCCTCCGGAGTAAGT 

a score=6749
s danRer3.chr12 18169909 136 +  37038836 CAGATTGCTGTGGATGTGGAAAGGAGTTTAAAAGTGAGCAGTCTCTGGTGGCGCTGGACAAGCACTGGCACCTTGGCTGCTTCAAGTGCAAAGTGTGCAATAAAGTGCTTAATGCCGAATATATCAGCAAGTTAGT 
s mm7.chr5      34871573 136 + 153054177 CAGGTTGTGGGGGCTGTGGCTTAGAAATCAAGAATGGCCAGGCCCTGGTGGCTTTGGACAAGCACTGGCACCTGGGATGCTTCAAGTGCAAGACTTGTGGGAAACTCCTCAATGCAGAGTACATCAGCAAGTGAGT 

a score=5088
s danRer3.chr12 18170243 108 +  37038836 TGCAGGGATGGGATCCCCTACTGTGAGGCAGATTACCACGCCATGTTCGGCATCCAGTGTGAAACCTGCAAGAAATACATCACCGGAAAAGTACTTGAGGTTTGAAAT 
s mm7.chr5      34874514 108 + 153054177 TTCAGGGACGGGCTGCCCTACTGCGAGGCTGATTATCACAGCAAGTTTGGCATCCGCTGCGACGGCTGTGAGAAGTACATCACGGGCCGGGTGCTAGAGGTGAGAGGT 

a score=5508
s danRer3.chr12 18175927 137 + 37038836 TGATGCGAGCTCTCTTTGTT-TATTGTTTGCAGGCTGGAGAAAAACACTACCATCCCACATGTGCCAGATGTGCTCGCTGTGACCAGATGTTTGGGGAAGGGGAAGAGATGTACCTGCAAGGTAGCTAAACGAAATTC 
s mm7.chr18     28689465 138 - 90918714 TGATGCTTCTACTTCATGTCCTGGTTTCCACAGGCAGGAGGGAAACACTACCACCCTACCTGTGCCAGATGTGTACGCTGCCACCAGATGTTCACTGAGGGGGAGGAGATGTATCTCACAGGTAAGCAAATCTGACTC 

a score=3867
s danRer3.chr12 18179126 72 +  37038836 TTTTTTTACAGGTTCTTCCATCTGGCATCCTCCTTGCAGACAGGCAGCGCGTATGGAGGAGAAGAGCAAGGT 
s mm7.chr5      34890506 72 + 153054177 TCTGTCTACAGGCTCCTCCATCTGGCATCCGGCATGTCGACAGGCAGCCAGGACTGAAGACAAGAGCAAGGT 

a score=4276
s danRer3.chr12 18180959 105 +  37038836 TCACCTTGTT-TTTTTTTTGCAGGTGACACGAACCTCCTCTGAGAGCATCACTTCTGCTCCAGCCTCCAGCGCCTCAGGCTCCCCTAGCAGAGTTATCTATGTAAG 
s mm7.chr5      34895423 106 + 153054177 TCACCTGGACATCTCTCTTCTAGGAAACCAGGACTTCTTCGGAGAGCATTGTCTCCGTGCCTGCCTCCAGCACGTCAGGGTCCCCGAGCCGTGTGATCTACGTAAG 

a score=8383
s danRer3.chr12 18181159 210 +  37038836 CTCTTTCTTTAGGCAAAACTGGGTGATGAACTTCTGGATTATAAGGATCTGGCTGCTCTTCCTAAAATCAAAGCCATCTACAACATTGACAGGCCTGACATGCTTTCATACTCGCCCTATGTGAGCTATC---CTGTGGAGGACAG---GACTTTTGGAGAGGTACAAACACACATGGAAGTAACATATACTGTATA---TCCCCAGTATTTGATGTTG 
s mm7.chr5      34899329 211 + 153054177 CTCCTTCCTCAGGCAAAGCTTGGCGATGAGATCCTGGACTACAGGGACTTGGCTGCTCTTCCCAAAAACAAAGCGATCTACAACATCGACCGCCCCGACATGATCTCCTATTCGCCCTACATTAGCCACTCGGCCGTGGGGGACAGGCAGAGCTATGGCGAGGTATGGCTCTTCAC--------CACATGTCGCATGCTTTCCCCAGTGCTGGCTCTTG 

a score=2643
s danRer3.chr12 18183290 54 +  37038836 TGCTTTCTT-TGTTTACAGTCACCCCAGCAACTCACGCCTACTCCAACTGAGGTA 
s mm7.chr5      34902164 55 + 153054177 TGCTCTGTTGTGTCCACAGTCACCTCAGTTGCTCTCACCAACGCCGACTGAGGTA 

a score=3644
s danRer3.chr12 18183985 141 +  37038836 TTGCTTGTAGGGAGATGGGGAAAA---GTCTCCCCGTCAGAGGAGGCCCTCGAGCCCCAGCTCCAACAGCTCTTTAGGAGGCTATGGTCGCTATACGC---CTTCCCGCTCACCACAGACCTACAGCAGACCAGGTATCCCTCCACA 
s mm7.chr5      34903664 144 + 153054177 TTCCTACCAGGGGGATCAGGATGATCGGTCCTACAAGCAGTGCAGGACCTCCAGCCCCAGCTCTGCCGGCTC---AGTCAGCCTCGGACACTACACCCCAACCTCACGGTCACCCCAGCACTACAGTCGTCCAGGTATTCACCCCCA 

a score=5741
s danRer3.chr12 18191991 155 +  37038836 CTTTTCCTTTCTTCTCCACGT---CTGGCATGACCTTTATCCCCCGAGGTAGTGAAAGTGGGCGCAGTACCCCCAGTCTCTCCACCTACTCTGATGGCAAATCTCCATCGTCTACATATGTGGCAGCCCCACGGCATTTCCATATCCCAGGTAAGCCC 
s mm7.chr5      34911149 158 + 153054177 CTGTGCCTTTCTGCTCCTCATATGCTGTCTCTGCTCTTCCATCTGGAGGCAGCGAAAGTGGCCGTAGCACCCCGAGTCTCTCAGTGCACTCCGACAGCAGACCTCCTTCCTCTACCTACCAGCAGGCTCCGAGACACTTCCACGTCCCAGGTAGGTTC 

a score=5568
s danRer3.chr12 18192897 203 +  37038836 TCATCTTCTTTCTTATGCTCTTGCTCTCTTTGTCTTTCAT---TCACAGAGACTAAAGTCAAAGATAATATCTATAGAAAGCCCCCTATCTACAAACAGCATGGTACAGTTCAGTCT------CCGTACAGCCATGT-TTCTTTGCATGCCGTTATGCATGGGACTGTAACCTTTGACCCTCCTTTCTGTCTGCTGGTTTCCATTTCAGCTTC 
s mm7.chr5      34911860 195 + 153054177 TCCTCCTCCTCCTCACGttctttccttctctttccttcttctttccCAGACACTGGCGTAAAAGATAACATCTATAGGAAACCCCCTATCTACAAACAGCACGGTATGG-TCGGTCTGATGGACTCCGCTGCTGTGTGTTGCCTGCATGTC-----------TATTGTACCCTCTTGC------TTCTGAATGCTTGCTCCTTTTGCTGTGTC 

a score=3339
s danRer3.chr12 18205974 93 +  37038836 TACAGGTGTACCCATATGACATGCTAGCTGTGTCCCACAGAGTCCGAGTAAAACTACCACGTGATGTGGACCGCACCAGACTGGAGGTAATGC 
s mm7.chr5      34937221 93 + 153054177 TGCAGATATATCCCTATGATTCCCTCATCGTAACAAACCGAATTCGTGTGAAACTGCCCAAAGACGTGGACCGGACACGGCTGGAGGTAAGGC 

a score=6800
s danRer3.chr12 18210593 139 +  37038836 TTTTTTAATAATCCTATCATTTCAGAGGCACCTGTCACCAGAGGACTTCTACAATGTGTTTAGGATGACCATTGAACAGTTTGACCGTTTGGCCTTGTGGAAAAAAAATGAACTGAAGAAGAAAGCCCGCCTGTTTTAA 
s mm7.chr5      34945676 137 + 153054177 TTTTTTTTTTTCCTTATC--TGAAGAGACACCTATCACCTGAGGAGTTCCAAGAAGTGTTTGGGATGAGCATCGAGGAGTTTGACCGCCTGGCCCTGTGGAAGAGGAATGACCTCAAGAAGAAAGCCTTGCTGTTCTGA 

a score=8024
s danRer3.chr12 18279621 171 +  37038836 CAAGCTGACCAATTTCTCTCTCCATCTCTCTTTCTAAAGCCTCCAGACAATGGGCCTCCTCCTTTACCGAGCTCCTCTCTTCCTGAGGGTTATTATGAGGAAGCGGTTCCACTGGGTCCTGGGAAAGCACCAGAGTACATCACCTCTAGTACGAACCGTTTTTCCACATTA 
s mm7.chr5      35007545 168 + 153054177 CACTCTAATCTAGCACGGTTTTCCTTTCGCCTTC---AGCCTCCTGACAGCGGGCCTCCGCCTTTACCAACGTCCTCTCTCCCAGAGGGTTACTATGAGGAAGCCGTGCCGCTGAGCCCTGGGAAAGCTCCAGAGTACATCACCTCAAGTGAGTGGCAGCTGCCCACATCA 

a score=14910
s danRer3.chr12 18279914 224 +  37038836 TTCTCAGATTATGACTCGGACGCCATGAGCAGTTCGTATGAGTCATATGATGAGGAAGAGGAGGATGGGAAGGGTCAGAAGATGCGTCACCAGTGGCCATCTGAGGAGGCCTCCATGGACTTGGTAAAAGATGCACGTATCTGCGCATTCCTGTTGCGAAAGAAACGCTTTGGTCAGTGGACCAAACTTCTATGTGTCATAAAGGACAACAAACTGTTGGTGAG 
s mm7.chr5      35010421 224 + 153054177 TCCACAGATTATGACTCTGATGCCATGAGCAGTTCCTATGAGTCATATGATGAAGAGGAAGAGGACGGGAAGGGGAAGAAAACTCGGCATCAGTGGCCGTCAGAGGAGGCCTCTATGGACCTGGTGAAAGACGCCAAGATCTGTGCCTTCCTGCTGCGCAAGAAACGCTTTGGCCAGTGGACCAAGCTGCTCTGCGTCATCAAAGACACCAAGCTGCTGGTGAG 

a score=10762
s danRer3.chr12 18281082 200 +  37038836 TTTTATTTCCTTTAGTGCTACAAGTCCTCTAAAGACCAGACTCCACAGATGGAGCTCCTTCTGTCCGGCTGCAGTATCACACACATCCCCAAAGATGGCAAGAAGAAGAAGCATGAACTGAAGATCGTCCATCAGGGAGCTGATGCTCTAGTGCTTGCTGTACAGAGCAAAGAACAGGCCGAACAATGGCTAAAGGTAAG 
s mm7.chr5      35013233 200 + 153054177 TTGTGTTCCCCGCAGTGCTATAAAAGTTCCAAGGACCAGCAGCCTCAGATGGAGCTGCCGCTGCAGGGCTGCAGTATCACATACATCCCGAGAGACAGCAAGAAGAAGAAACACGAGCTGAAAATCACCCAGCAAGGCACAGACCCTCTGGTTCTAGCTGTTCAGAGCAAGGAACAGGCTGAGCAGTGGTTGAAGGTAGG 

a score=1783
s danRer3.chr12 18283468 47 +  37038836 TACATTGAAAAAAAATACTTTGAACAAACTTTTAAAAATACGGTATT 
s mm7.chr5      35014663 47 + 153054177 TATTTGGAAAGAAAATACATTGAAATAATTCTTACAGCAACAATATT 

a score=1783
s danRer3.chr12  18308702 47 +  37038836 AATACCGTATTTTTAAAAGTTTGTTCAAAGTATTTTTTTTCAATGTA 
s mm7.chr5      118039467 47 - 153054177 AATATTGTTGCTGTAAGAATTATTTCAATGTATTTTCTTTCCAAATA 

a score=10500
s danRer3.chr12  18310936 200 +  37038836 CTTACCTTTAGCCATTGTTCGGCCTGTTCTTTGCTCTGTACAGCAAGCACTAGAGCATCAGCTCCCTGATGAACGATCTTCAGTTCATGCTTCTTTTTCTTGCCATCTTTGGGGATGTGTGTGATACTGCAGCCGGACAGAAGGAGCTCCATCTGTGGAGTCTGGTCTTTAGAGGACTTGTAGCACTAAAGGAAATAAAA 
s mm7.chr5      118040744 200 - 153054177 CCTACCTTCAACCACTGCTCAGCCTGTTCCTTGCTCTGAACAGCTAGAACCAGAGGGTCTGTGCCTTGCTGGGTGATTTTCAGCTCGTGTTTCTTCTTCTTGCTGTCTCTCGGGATGTATGTGATACTGCAGCCCTGCAGCGGCAGCTCCATCTGAGGCTGCTGGTCCTTGGAACTTTTATAGCACTGCGGGGAACACAA 

a score=14779
s danRer3.chr12  18312080 224 +  37038836 CTCACCAACAGTTTGTTGTCCTTTATGACACATAGAAGTTTGGTCCACTGACCAAAGCGTTTCTTTCGCAACAGGAATGCGCAGATACGTGCATCTTTTACCAAATCCATGGAGGCCTCCTCAGATGGCCACTGGTGACGCATCTTCTGACCCTTCCCATCCTCCTCTTCCTCATCATATGACTCATACGAACTGCTCATGGCGTCCGAGTCATAATCTGAGAA 
s mm7.chr5      118043532 224 - 153054177 CTCACCAGCAGCTTGGTGTCTTTGATGACGCAGAGCAGCTTGGTCCACTGGCCAAAGCGTTTCTTGCGCAGCAGGAAGGCACAGATCTTGGCGTCTTTCACCAGGTCCATAGAGGCCTCCTCTGACGGCCACTGATGCCGAGTTTTCTTCCCCTTCCCGTCCTCTTCCTCTTCATCATATGACTCATAGGAACTGCTCATGGCATCAGAGTCATAATCTGTGGA 

a score=8024
s danRer3.chr12  18312426 171 +  37038836 TAATGTGGAAAAACGGTTCGTACTAGAGGTGATGTACTCTGGTGCTTTCCCAGGACCCAGTGGAACCGCTTCCTCATAATAACCCTCAGGAAGAGAGGAGCTCGGTAAAGGAGGAGGCCCATTGTCTGGAGGCTTTAGAAAGAGAGATGGAGAGAGAAATTGGTCAGCTTG 
s mm7.chr5      118046464 168 - 153054177 TGATGTGGGCAGCTGCCACTCACTTGAGGTGATGTACTCTGGAGCTTTCCCAGGGCTCAGCGGCACGGCTTCCTCATAGTAACCCTCTGGGAGAGAGGACGTTGGTAAAGGCGGAGGCCCGCTGTCAGGAGGCT---GAAGGCGAAAGGAAAACCGTGCTAGATTAGAGTG 

a score=6800
s danRer3.chr12  18381480 139 +  37038836 TTAAAACAGGCGGGCTTTCTTCTTCAGTTCATTTTTTTTCCACAAGGCCAAACGGTCAAACTGTTCAATGGTCATCCTAAACACATTGTAGAAGTCCTCTGGTGACAGGTGCCTCTGAAATGATAGGATTATTAAAAAA 
s mm7.chr5      118108364 137 - 153054177 TCAGAACAGCAAGGCTTTCTTCTTGAGGTCATTCCTCTTCCACAGGGCCAGGCGGTCAAACTCCTCGATGCTCATCCCAAACACTTCTTGGAACTCCTCAGGTGATAGGTGTCTCTTCA--GATAAGGAAAAAAAAAAA 

a score=3339
s danRer3.chr12  18386201 93 +  37038836 GCATTACCTCCAGTCTGGTGCGGTCCACATCACGTGGTAGTTTTACTCGGACTCTGTGGGACACAGCTAGCATGTCATATGGGTACACCTGTA 
s mm7.chr5      118116863 93 - 153054177 GCCTTACCTCCAGCCGTGTCCGGTCCACGTCTTTGGGCAGTTTCACACGAATTCGGTTTGTTACGATGAGGGAATCATAGGGATATATCTGCA 

a score=5568
s danRer3.chr12  18398480 203 +  37038836 GAAGCTGAAATGGAAACCAGCAGACAGAAAGGAGGGTCAAAGGTTACAGTCCCATGCATAACGGCATGCAAAGAA-ACATGGCTGTACGG------AGACTGAACTGTACCATGCTGTTTGTAGATAGGGGGCTTTCTATAGATATTATCTTTGACTTTAGTCTCTGTGA---ATGAAAGACAAAGAGAGCAAGAGCATAAGAAAGAAGATGA 
s mm7.chr5      118142122 195 - 153054177 GACACAGCAAAAGGAGCAAGCATTCAGAA------GCAAGAGGGTACAATA-----------GACATGCAGGCAACACACAGCAGCGGAGTCCATCAGACCGA-CCATACCGTGCTGTTTGTAGATAGGGGGTTTCCTATAGATGTTATCTTTTACGCCAGTGTCTGggaaagaagaaggaaagagaaggaaagaaCGTGAGGAGGAGGAGGA 

a score=5741
s danRer3.chr12  18399435 155 +  37038836 GGGCTTACCTGGGATATGGAAATGCCGTGGGGCTGCCACATATGTAGACGATGGAGATTTGCCATCAGAGTAGGTGGAGAGACTGGGGGTACTGCGCCCACTTTCACTACCTCGGGGGATAAAGGTCATGCCAG---ACGTGGAGAAGAAAGGAAAAG 
s mm7.chr5      118142870 158 - 153054177 GAACCTACCTGGGACGTGGAAGTGTCTCGGAGCCTGCTGGTAGGTAGAGGAAGGAGGTCTGCTGTCGGAGTGCACTGAGAGACTCGGGGTGCTACGGCCACTTTCGCTGCCTCCAGATGGAAGAGCAGAGACAGCATATGAGGAGCAGAAAGGCACAG 

a score=3605
s danRer3.chr12  18407520 152 +  37038836 TGTGGAGGGATACCTGGTCTGCTGTAGGTCTGTGGTGAGCGGGAAG---GCGTATAGCGACCATAGCCTCCTAAAGAGCTGTTGGAGCTGGGGCTCGAGGGCCTCCTCTGACGGGGAGACTTTTCCCCATCTCCCTACAAGCAAACAGACAATAT 
s mm7.chr5      118150369 152 - 153054177 TGGGGGTGAATACCTGGACGACTGTAGTGCTGGGGTGACCGTGAGGTTGGGGTGTAGTGTCCGAGGCTGACT---GAGCCGGCAGAGCTGGGGCTGGAGGTCCTGCACTGCTTGTAGGACCGATCATCCTGATCCCCCTGGTAGGAAGACAGTGT 

a score=2429
s danRer3.chr12  18408302 54 +  37038836 TACCTCAGTTGGAGTAGGCGTTAGTTGCTGGGGTGACTGTAAACA-AAGAAAGCA 
s mm7.chr5      118151958 55 - 153054177 TACCTCAGTCGGCGTTGGTGAGAGCAACTGAGGTGACTGTGGACACAACAGAGCA 

a score=8383
s danRer3.chr12  18410218 210 +  37038836 CAACATCAAATACTGGGGA---TATACAGTATATGTTACTTCCATGTGTGTTTGTACCTCTCCAAAAGTC---CTGTCCTCCACAG---GATAGCTCACATAGGGCGAGTATGAAAGCATGTCAGGCCTGTCAATGTTGTAGATGGCTTTGATTTTAGGAAGAGCAGCCAGATCCTTATAATCCAGAAGTTCATCACCCAGTTTTGCCTAAAGAAAGAG 
s mm7.chr5      118154637 211 - 153054177 CAAGAGCCAGCACTGGGGAAAGCATGCGACATGTG--------GTGAAGAGCCATACCTCGCCATAGCTCTGCCTGTCCCCCACGGCCGAGTGGCTAATGTAGGGCGAATAGGAGATCATGTCGGGGCGGTCGATGTTGTAGATCGCTTTGTTTTTGGGAAGAGCAGCCAAGTCCCTGTAGTCCAGGATCTCATCGCCAAGCTTTGCCTGAGGAAGGAG 

a score=4406
s danRer3.chr12  18410523 106 +  37038836 CTTACATAGATAACTCTGCTAGGGGAGCCTGAGGCGCTGGAGGCTGGAGCAGAAGTGATGCTCTCAGAGGAGGTTCGCGTCACCTGCAATAAATAAAACAAGGTGA 
s mm7.chr5      118158648 106 - 153054177 CTTACGTAGATCACACGGCTCGGGGACCCTGACGTGCTGGAGGCAGGCACGGAGACAATGCTCTCCGAAGAAGTCCTGGTTTCCTAGAAGAGAGATGTCCAGGTGA 

a score=3867
s danRer3.chr12  18412391 72 +  37038836 ACCTTGCTCTTCTCCTCCATACGCGCTGCCTGTCTGCAAGGAGGATGCCAGATGGAAGAACCTGTAAAAAAA 
s mm7.chr5      118163599 72 - 153054177 ACCTTGCTCTTGTCTTCAGTCCTGGCTGCCTGTCGACATGCCGGATGCCAGATGGAGGAGCCTGTAGACAGA 

a score=5639
s danRer3.chr12 18415506 137 + 37038836 GAATTTCGTTTAGCTACCTTGCAGGTACATCTCCTCCCCTTCCCCAAACATCTGGTCACAGCGAGCACATCTGGCACATGTGGGATGGTAGTGTTTTTCTCCAGCCTGCAAACAATA-AACAAAGAGAGCTCGCATCA 
s mm7.chr18     62229111 138 + 90918714 GAGTCAGATTTGCTTACCTGTGAGATACATCTCCTCCCCCTCAGTGAACATCTGGTGGCAGCGTACACATCTGGCACAGGTAGGGTGGTAGTGTTTCCCTCCTGCCTGTGGAAACCAGGACATGAAGTAGAAGCATCA 

a score=5088
s danRer3.chr12  18421589 108 +  37038836 ATTTCAAACCTCAAGTACTTTTCCGGTGATGTATTTCTTGCAGGTTTCACACTGGATGCCGAACATGGCGTGGTAATCTGCCTCACAGTAGGGGATCCCATCCCTGCA 
s mm7.chr5      118179555 108 - 153054177 ACCTCTCACCTCTAGCACCCGGCCCGTGATGTACTTCTCACAGCCGTCGCAGCGGATGCCAAACTTGCTGTGATAATCAGCCTCGCAGTAGGGCAGCCCGTCCCTGAA 

a score=6871
s danRer3.chr12  18421895 136 +  37038836 ACTAACTTGCTGATATATTCGGCATTAAGCACTTTATTGCACACTTTGCACTTGAAGCAGCCAAGGTGCCAGTGCTTGTCCAGCGCCACCAGAGACTGCTCATTTTTAAACTCCTTTCCACATCCACAGCAATCTG 
s mm7.chr5      118182468 136 - 153054177 ACTCACTTGCTGATGTACTCTGCATTGAGGAGTTTCCCACAAGTCTTGCACTTGAAGCATCCCAGGTGCCAGTGCTTGTCCAAAGCCACCAGGGCCTGGCCATTCTTGATTTCTAAGCCACAGCCCCCACAACCTG 

a score=4184
s danRer3.chr12  18422154 149 +  37038836 ACTCACTGTGCACAGCCTGTGGGGGAGCCGTGCTGTTGACTGGCA---CAGGCTGAGTACATTTCTCACAAATGCACTCCTTCCCATTAAACGTCACGCGGTCGCCAGCTGGAAACGGCTGCCTGCCAGAAATACAGTCACCTTATCATTCA 
s mm7.chr5      118184623 152 - 153054177 ACTTACTCCGGAGGCCCTGGGCCACGTGAGCACTGTTGCCCAGCAATGTGGGTGGGGAACACTTCTGGCACATACACTCCTTCCCGTTGAAGGTCACACGGTCCCCAGGAGGAAAGGGCAGCCTGAAATGAGAGTGGACATCCTGTCAACCA 

a score=11030
s danRer3.chr12  18427882 207 +  37038836 CTTACTTGCAGGTGGCACAAACAAAGCAGCGTGGATGGTAAGTCTTGCCCAGGGCAGACACAACCTCTCCTTCAATGAACTCCTCACAGCTGAAGCAGCGGGTGCCATAGAGTCGCTGGTAATCCACAGTGCAGATATACTCGCCTTGACGCACAAAAAACCCTCCTTGAGCCAAGTCACATCCACAAACTGCAGAAAAAAACACAG 
s mm7.chr5      118189235 207 - 153054177 CTTACCTGCAGACAGCACACACGAAGCAGTCAGGGTGGTAGGTCTTCCCAAGCGCCGACACCACTTCGCCTTCAATGAAGCGGTCACAGCTGAAGCAGCGAGTGCCATAGAGCCGCTGGTAGTCACGTGTGCAAATGTGCTCACCCTGCCTCACGAAGAAGCCACCCTCAGCCAGGTCACAGCCACACGCTGTGGAGAAGATCAAAG 

a score=10899
s danRer3.chr12  18435849 207 +  37038836 CTTACTTGCAGGTGGCACAAACAAAGCAGCGTGGATGGTAAGTCTTGCCCAGGGCAGACACAACCTCTCCTTCAATGAACTCCTCACAGCTGAAGCAGCGGGTGCCATAGAGTCGCTGGTAATCCACAGTGCAGATATACTCGCCTTGACGCACAAAAAACCCTCCTTGAGCCAAGTCACATTCACAAACTGCAGAAAAAAACACAG 
s mm7.chr5      118189235 207 - 153054177 CTTACCTGCAGACAGCACACACGAAGCAGTCAGGGTGGTAGGTCTTCCCAAGCGCCGACACCACTTCGCCTTCAATGAAGCGGTCACAGCTGAAGCAGCGAGTGCCATAGAGCCGCTGGTAGTCACGTGTGCAAATGTGCTCACCCTGCCTCACGAAGAAGCCACCCTCAGCCAGGTCACAGCCACACGCTGTGGAGAAGATCAAAG 

a score=5423
s danRer3.chr12 18463987 565 +  37038836 TCATTACAGCATTAACAAA---AATTGTGAATCCTAAAACCTTCATGTCTTTCTCTTAAACAGCTGATGTAAGTCTTGATCCCATGACCAACAACCCTTGGCTTTATGTTTCTGAAGACCACAAGAAGATTCAGGAGGGTCTAATAGAGGCCAATC-TGCCTTACAGCTCTCAGCGCTTTGATAGTTTGCCCTGCGTGCTAGGTTGGGAAGGCTACATGAGCGGCCGCCATTACTGGGAAGTGGAGTTTGCAAATAATGGTTATTGGAGAGTAGGAGTGACT------ACTGCCTCCTCAAAGAGGCACGGCCGCTTCCCGATGAACCCATCAAGTGGTTATTGGGTCCTGTGGCGGAGCACAAGACAGTTCTTCGCCTGCACCAATCCTGAAACCCCCCTGCCACAGGAGCTGGTGCCCCGGAGAATGGGAATATACATTGACTATGAGGAGGGACAGATCTCTTTCTACAATGCCGACAACAAATCACACATTTACACTTTCACTG-GACACT-TTCGC-GAAAAGCTGTACCCTTTCTTTTCTCTCATGGATGGCAG---GACCCTTATGACCTTATG 
s mm7.chr11     59071673 563 + 122091587 TCGCTAGAGCAGTAGGGGACTAACTTGGGAGTCTGGTTGACCTCAGG-----CTTTTATACAGGGGACATAACCCTGGACCCAGACACCGCCAACCCTGAGCTGGTCTTATCTGAGGACCGGAGGAGTGTGCAGCGTGGT-GAACAGCGGCAGGCCCTGCCTGACAACCCAGAGCGGTTCGACCCCGGCCCTTGCGTGCTGGGCCAGGAGCGCATTACCTCTGGCCGCCACTACTGGGAGGTGGAAGTCGGGGACCAGACCAGCTGGGCACTCGGCGTGTGTAAAGAAACTGCCAACAGGAAGGAGAAGGGGGAGCTGTCGGCTGGC------AATGGGTTCTGGATCCTGGTGT---TCCTGGGGAGTTTCTATAATTCCAATGAGCCGGCCTTCTCCCCACTGCGGGACC---CTCCCAAGCGTGTGGGGATTTTTCTGGACTATGAAGCTGGCCATCTCTCATTCTACAGTGCCACGGATGGGTCGCTGCTGTTTATCTTCCCCGAGACCCTGTTCTCAGGGACACTCCGGCCCCTCTTCTCACCTCTGTCAAGCAGCCCGACCCCTATGACTATCTG 

a score=-381
s danRer3.chr12  18464582 153 +  37038836 GCATGGCAGGTTTAAA-------AGTTTATCTTTCA------------CTCTGCACTTTCACT-CATTTGAACATTTACACCTTAATAAATGATTCATTGGAATCA--------------ATTTAATCCAAAAGAAATAATAGCAGCCTTTCCATTTAGAGGATTGAACACCATTGTGGGCTGGACC 
s mm7.chr5      134338919 187 + 153054177 CTGGGACAGGTATAGGCTGTCCTGGTCTGTCTTGCAAGACAAAGGGATTTGAGGGCTTCCGCTGGGTCTCAGTGTTTGGACTGCTTGAAAAGATTCTTCACACCCGCGTGTCCCCAGAACATTTATATCAGGGGATATAGCCTCTTCCTCACCACCTAGGGGTATGCGTGCCACCTTGCACCTTACC 

a score=1666
s danRer3.chr12 18465284 99 +  37038836 ATACACTTTTATTTTCTGAATATATTATTGACAATTTACCCTTGAGTCTTTAAAAACAATTCACAAGCAAAATAATTGATTCATAAAACTTAAAACTTA 
s mm7.chr11     59073175 90 + 122091587 ATAAATCCCTCTCTTAAACATACACTACTAAAAAAT---------GTATTTAAAAGAAACTCACAGAAGAAGCAAGAGATTCACAGGCCACCAGACCTA 

a score=6121
s danRer3.chr12 18466698 145 +  37038836 TACCTTTCCAAACAAAGATTTTTCCGTTGGCCCCATTGTCCAGGATAAAGCAGTCATCACGCACCAGCAAGTCCTTGGCAAATGGACTTTTCTCTGACACCTTGGTCAACTTCATTGACCCTGTGGCATCTGAAACCTAGAAAAG 
s mm7.chr6      77070029 145 - 149646834 TACCCTTCCAGATGTAGATTTTGCCACACAGCCCGTTGTCCAGAACAAAGCAGTCATCTGGAATTAGCAGTTCAGAGGCAAAAGGGCTGGAGTCAGCCACCTTGGTCAGATTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGACCTGGAGAGG 

a score=-2734
s danRer3.chr12 18466843 389 +  37038836 TTGATGAAAAATGAATATGATTCC-TAATTCAATGGATCATTCCACATCTAATGTTATAAACAAAGTTTCCACAGtttatattaatatttatatgttatattttatgtttata----ttttaCAGTTTATATcg----------tcaccttggaattataagattctatctgacatttttgtcaaaattgagttactgacatatccttattaattgacaacgtattttcattagggaatgttttttataagttgtttacattttaagactttttat----ttacaaaaaacaaatgttacacacatactgtt---------------tgctatggaatgtaaaaactttgaagctcaatatctcaaaatca-----ttcagaacgcagatagaaccttatgattccaaggtgatgACATGCATAAAAC 
s mm7.chr12     37915124 396 + 117814103 AAGACTTGAACT--CCATGATTTCATTTTGGGAAGAATCACTCTAAAATT-GCGTTACAGTGTTAGTT---ACACACTCTGCAGATGTAGGGAGACTATGCTTCGAGAACATGAGCCTCACAGAGTTTATATAGCAGAGCTGATTCAAGACAGAGGCAAAGCATCC-----------CTGGGCCCAATTGCACCCCAAGCACTT---------TTGTAGAAAGATCTTTAAAGGCAGAAAACTGCTAATGGAAGGTTAAACTTTGACACTGTCTGTAATACATCAGAAAATCATGGTTATAATCGTACTGTGTAAGGGCTATCACAATGCTACTGTTTACTAAATTCTTTGAGTTCTTTATTCCATAATCATTTATTTTAAAATTTAGAGCAAACT------TTTCAAGCAGGTGACAATCCTACACT 

a score=2416
s danRer3.chr12 18467247 93 +  37038836 TACCTTGTAAAGAG----AGGCTGAA--TTTGATGCATCTGCTTTGCTGTCCTCCTCTGGAGTGCTTTCTTTCAGCTCTGGCACTGGACCAAGAACCTG 
s mm7.chr6      77070643 99 - 149646834 TACCTTATACAGGGCTGCAGCCTGGGCGTTGGTCTGGTCAGCTGTAATGTCTTCCTCGGGGTTACCCTCCTTCAGAGCAGGCTTGGGGCCCAGAACCTG 

a score=3404
s danRer3.chr12 18469428 185 +  37038836 ACCTTCAGCATTTCCTGTGTCTCCTCTCCCTCATTAACATTGGTGATCTGAGCTTTGCCGTGTCTGTCTGTATCTCTGATGAGAGAGGCGATCTCTCTCACCTTCTGCTTCTCGAAGATGTTTGCCTGAGATCCAATCCATGACACAATCGTCTGGAGAATAAAAAAAGTTTCAGGCTTTTTATA 
s mm7.chr6      77071041 181 - 149646834 ACCTGAATCATCTCGGCTGGCTCCTCTCCATCAGTGATGATTTCCACCTGGGCCTTGCCCTGCCGCTCGCTGTCCCTGATGGCCAGGGCCAGGTCCCTCGCCTTGTTGCGCTCAAGGATGTTGGACTTTCCACCACACCAGGCAAAGATGTTCTGCAGAGAAGCCAGA----CAGGCTCATCACA 

a score=5391
s danRer3.chr12 18469729 176 +  37038836 CACACAGACCTCGCCCAGATCAAGTATGAAGCAGTCGCCCTTGTTAAAACTCTGCCAGCTCAAATCTACTTCCTTTGCCCTGATGTTGCGTTTCCCTTTGATTTGGTATAACCTCTGAACAGGTCCAGG--------TCCAGACTGCGCTCTTCTGAAGC-CAGACTCCACTCCTCCCTCCTGCA 
s mm7.chr6      77072642 182 - 149646834 CACACCAACCTGACCCAGGTCCAGGATGAAGCAGTCCCCAGTGTTGAAGCTGTCCCAACTCAGAGCCCTCTCGGTCGCACGGATGTTCTTCTTCCCCTTAACCTGGTAGAGCTTCCTGATGGCTGCTGGGGTGGCGCCCGAGGTTG---TCTTGTGAAATGCCGACTCTACACCACCTTCCTGCA 

a score=5492
s danRer3.chr12 18483381 179 +  37038836 TCTCACCTTATAACTGACTCCTCGAGGGAAGAGTTTCATGAATTCTGGAGACTCGTAACCCTGAACCTGCCTGTGCTGGACTGGATCTCCACCCAGGAAATTATCCAGTTGTGTGGCCAACATGGCGCAAGCCACCTGCTCGTCACGCGACGATTTCTCTCCTGA----AAGAGGAAGACAGA 
s mm7.chr6      77072992 183 - 149646834 TCTCACCCGGTACTTGAGGCCTCGTGGGAAGTAGCTCATGAAGAGGTCAGACTCATTGCCTTGAACCTCACGGTGCTGCACTGGCCGCTCCCCCAGCAGGGTGTTGAGATGCACAGCCAGCACTGCACAGGCCCCCTGCTCATCCCGGGAGGACTGCTGGCCTAAGGTGAACAGGAGGCGAGA 

a score=3100
s danRer3.chr12 18491665 222 +  37038836 TCACCGATCCACATGTGTAGGTCTGCTCCCTGATCTCCCCTGTTATCCAGCACCAGGTATGAGTCTCCGTTGAAGAAAGCCCCCACTTCAGCTTGATTCAGAGGAACAGCCTTCATCTTCTCCACTCTCCAGCAATAAAGTCCTGGCTGACGAACCTCATCGCCAAACTGTCCTGGA--GCCGCCTGAAATGGTTGCATTCTGGAGGAACAAAGATGAGATGGT 
s mm7.chr6      77073250 194 - 149646834 TTACCTATCCACAGGTGCAGATGGGAAGCCTCCTCTGGGCCATTGTGAAGCACTAGGTAGGAGTCCCCAGAGAAAAAGATGCCATGGCTCTCTCGTGCTATGGGCACCGGCTTCAGCTTCTCCACACGCCATATGTGTAGGCCTGG-----------------------GTCTTGGACTGAGGCCGGGAATGGAGAGCCACTGGGGGAA-------GAGATGGT 

a score=980
s danRer3.chr12 18509936 82 +  37038836 AACCACTGAAGCCTGTTTAGTGAGGCTAATTAAGAACAGTTCAAGAAGTCCAAAAGAGAAACCAAGAGGATGGGAGCCCAGG 
s mm7.chr11     69815769 82 + 122091587 AAACCCTGCAGCTGGGTCAGTGAGTCCAAGACAGCATGAGTAGAGGACAAGACAAAAAAGCCTATCAAAAATGGGGTCCAGA 

a score=524
s danRer3.chr12 18510063 53 +  37038836 GTCTTTATCCTAGGGTCAAACTGCCCATCAGG-----GAAGTCAGACAAAGCCCGGCG 
s mm7.chr11     69815889 56 + 122091587 GGACCCAGGGTAGGGTCACA--GCCTGTGAGGTGAGGGAAGTGACACACAGGCCACCG 

a score=58534
s danRer3.chr12 18510132 1404 +  37038836 ATTTTCTTCATCACTGTCATCTGGGCTGATGGCAGGGCTG---------TAGGTTGGAGAGGTGGGGCTGTAGCCAGGAGAAGTGGGGCTGTAAGTGGAGCCCTTGGGACTAGTGGGAGAGTAAGTGGGGGAAGTGGGAGAGTATTTCGGTGAAGTTGGAGAGTAAGTTGGAGAGGTAGGGGAGTATTTGGGACTGGTTGGGGTGTAGGTAGGAGAGGTTGGAGAATAAGTTGGGGAAGTGGGGCTGTACTTGGGCGTAGTTGGGGAGTAGGTTGGAGAGGTGGGACTGTATTTGGGCGATGTAGGAGAGTACTTTGGAGAAGTAGGGGAATATTTGGGGGATGTTGGAGTATACTCTGGAGAACTGGGACTGTAGGAGGGAGAGGTGGGTGTGTATTTTGGAGATGTAGGGGAATAGGATGGAGAGCTCGGGCTGTAGGAAGGTGAGCTTGGGGTGTAGGTGGGAGACTGTGGGGTGTAGCGAGGACTGGATGGAGAGTAGGATGGAGAAGTGGGAGAGTATGAAGGAGAAGTGGGGGAATAGTTGGGGCTGGTGGGTGTGTAATTGGGAGAGGTGGGGGAGTAGGAAGGTGAGGTAGGGCTGTAAGATGGAGAGGTTGGGGAATAACTGGGGGAGGTGGGTGTGTAGTTGGGTGAAGTGGGACTGTAGCTTGGAGATGTTGGGGAATAGGAAGGGGAGGTTGGAGAGTAGCTTGGGGAGGTGGGAGAGTAAGATGGGGAGGTTGGGGAATAAGATGGAGAGGTAGGAGAATAAGATGGAGATGTGGGGCTGTAACTTGGTGAGGTTGGGCTGTAGCTGGGGGATGTGGGGCTGTAACTAGGAGATGTTGGTGAATAGGATGGTGAAGTTGGCGAATAGGATGGTGAAGTCGGAGAATAAGAAGGTGAAGTCGGAGAGTAGCTTGGAGATGTTGGAGAATAAGACGGCGATGTAGGAGAATAGGAAGGTGATGTAGGAGAGTAGGACGGAGATGTTGGGCTGTAGTTCGGGCTGGTGGGAGAATAAGATGGTGAAGTTGGAGAGTAAGATGGAGAAGTCGGAGAATAACCAGGGCTCTGTGGGGTGTATCCACCACCAGGAGAACGAGGCTCATAAGCAGGAGAGGTTGGAGAGTAGTTGGGAGACAAGGCTCCTGC-AGAAGAAATAAAAAAGGGCATTAGAGACCTGTCAGTTTGCAGTTTACACAAATAATGCCCATTAATCTTAAATCGAGACCAAAATGAAGAGTGATATAACCTGGTGATGGAATATATGGGCTAGCTGGTCCAGGCGATCCTGGAGAGCCAGGAGTAGGGGACCAGGCAGGAGAATATCCAGGTGAGAAGCCGCTGGCATCAGATGCAGCACTTGGAGAAAAGCCTGCAGCTCCAGGTGTCATTCCACTTCCTGCA 
s mm7.chr11     69815986 1392 + 122091587 GTTCTCCTCATCGCTGTCATCtgggctgatggctgggctggtgaggctgtaggtggggctagtgggtgagtagccaggagaagtgggagagtaggtggagcccttgggagaggtgggtgagtaggtgggactggtgggcgagtacttgggagaagtgggcgagtaggtagggctggttgggGAGTACTTGGGAGAGGTCGGGGTATAGACTGGAGAGGTTGGTGAGTATGTCGGGGAGGTTGGAGAATATTTTGGGGTGGTAGGTGAGTAAGTGGGGCTGGTAGGAGAATACTTGGGAGAAGTGGGTGAATATTTAGGGCTTGTAGGTGAGTATTTGGGAGAAGCTGGGGTGTACTCTGGTGAGCTGGGACTGTAGGAAGGACTAGTTGGGGTGTACTTGGGTGAAGTGGGGCTGTAGCTTGGTGAGCTGGGACTGTAGCTTGGTGAGCTTGGTGTGTAGGTTGGAGACTGTGGTGTATATCGTGGGCTGGAGGGGGAGTAGCTTGGTGAGGTGGGGGAATAACTGGGTGAGGTTGGGGAATAGCTTGGAGAGGTTGGGCTGTAATTAGGGCTGGTGGGTGTATAGTTGGGACTTGTAGGTGAGTAACTGGGTGAGGTTGGGCTGTAGCTGGGTGATGTCGGGGTATAGTTGGGACTAGTTGGAGAATAGTTAgggctggtgggtgagtagcttggagaagttggtgagtagcttggagaagttggtgagtagctgggagatgtcggtgagtagctgggggaggtgggagaatagcttggtgaagttggtgagtagctgggagaagttggggagtagctaggagatgtcggtgagtagctgggAGAAGTTGGAGAATAGCTAGGTGATGTTGGAGAATAGCTTGGAGAGGTTGGGGAGTAGCTAGGAGAGGTTGGGGAATAGCTTGGAGAGGTGGGGGAGTAGGAAGGAGAGGTTGGCGAGTAGCTAGGGGAGGTGGGCGAGTAGCTAGGAGAGGTAGGGCTGTAGTTGGGACTGGTTGGAGAGTAAGATGGAGAGGTTGGGGAGTAGGAAGGTGAAGTAGGGGAGTAGGAGGGGCTCTGGGGTGTATA---GCCCCCAGGGGAGCGTGGCTCATAGGCTGGTGATGTCGGTGAGTAGCTGGGAGACATAGCACCACCTATAGGAAAAGACAAAGGGAAATAG-----TGGTGAAGAGCCCGGCATACAAACA--------------TGGAGGAAGGAGGAAATGGTGTAGCAGCTCACCTGGTGAGGGGATGTATGGGCTTGAGGGTCCAGGGGAGCCCGGAGAGCCTGGTGTGGGAGACCATGCAGGGGAGTAACCTGGGCTGAAGCCACTGGCATCAGATGCAGCACTGGGAGAGAAGCCGGCCGCTCCTGGGGTCATCCCGCTCCCTGAA 

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s danRer3.chr12 18512695 183 +  37038836 GCACT-GCCAAACGGACTGTCGG--GTATTAGACAGCATAGAAGCCAAACTGCCAAAAGAGGTATACCTTGCTGATCTGCTCAATGCCTTGCAGGGTCATGTCTGTCAGCATGTTGGATTCAATGCATCGAAGGAAGACATCATCGTCCATCTTATCTACAACCTCCTCATCCTGGTGACAAGATT 
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s mm7.chr11     69820998 109 + 122091587 ACCTCTTGCATCTTGTTTTCATCACTGTTCATGATGCGGATTCGAAGGACCAGCTTCTCTGCATTATCATCGTTGAAGATACAATTCAAATCATCGCCAAAACCTGGTA 

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s mm7.chr11     69821442 256 + 122091587 TCAGCCTTACCTGCATTGATTTTCTCAGCAATCTGTTCCATGGTAAGCTTCCGGTCAGTCATGTGCTTTCGGTCGAGCTCCACACGCAGCAGCCAGGGAGATATCCGGGCCACGTCAAAGTCGGGCATCTCATAGTACACATTCACCCACTCCTGATCTTCTGCCACCACTGTGCTCTGGGGGTTAGGGTCATAGTAGATGGCTGTATTGGCAGTCACCTTCCTCAATGTTGTATGTTCCAAGCGGCAAAGAATGT 

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s danRer3.chr12 18513374 277 +  37038836 CTTTGGCCCTCTCTGCATCACGGGCTGCTTGGCCCAGTAGAAAGACAGTCAGGGAGGGGGTCTTGGGTCGCTTGGAGATGTTGATAAGCTCTTTGAGACGAGGCACACCGAGAGTGACGTTTTTGGCGGACACACCGGCGTAGTGGAATGTGTTCAGGGTCATCTGAGTAGCAGGCTCTCCCAGGGACTGGGCAGCCAGAGCACCTACCATCTCACCTGGGTGAGCCTG-AGGTAAAC-GGAAAAGAAAAATGTACAGC--GTCAGTCAATGAAGGCACTT 
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s mm7.chr11     69822565 215 + 122091587 CACTCACAATGGCTTGGTTGAACTTGGACTCTATCTCCCCAAGCAGCCAGTCAAAGGCCTCTCCACTCAGCCGAAACTCCTCAGCCATGCGGCGAGAGCAGAGTGTGGATCTTAGGTGGATGTTGAAGAGCAATGTGGCATTCTCCTGTGCCTGCCGACTTAGTGGGTCATCTCCATTCACAATTACCAACTTCTTGCTCAATTCTTTGACTCCT 

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s danRer3.chr12 18514890 585 +  37038836 CTCACTTCTTTTCAAAGGCTTTGTGCGATGGCTTAAGAGTGGCCATATTTTGAAACTCCACAGCCTCTCCTGCAAGCCCATCCTCTCCATACCTCAGCTGGACAACCTGGTTAATGGAGTTTCTGACTGTTGCATCGTACTTCACCATAACAGACTCCATAGACTTGATCAGACGACGCTGAATATAACCTGACAT------TCAGTAGAAAAAT------TAAAATCATGGAGACAAACCTGATGACATTTTGACAGTTTCATATAATATAAATTTAAAACTGGAA-----ATTTGTGTTACAGAAAAAGGTTTAAGCTTAGACCCCATTACCTGTCTCAGCAGTTTTGACAGCTGTATCAATCAGACCTTCTCTGCCTCCCATGGCGTGAAAGAAAAACTCAGTTGGTGTGAGACCGGCCAGATAAGAGTTCTCCACAAAGCCTCTACTCTCAGGACCGTAGTCGTCTTTGATGAAGTGAGGGAGTGTGCGATGTTTGAAACCAAAGGGAATTCGCTTACCCTCAACGTTCTGCTGACCCACCACAGCAATAACCTAAACGGGTGAACAGAAAA---------------AGCATAAAAGACCAAAATTTATGATA 
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a score=5669
s danRer3.chr12 18520960 219 +  37038836 CCTACAAGTTCATCTGGGCTGAGGACGCCGAATTGCACTCTCTTGATGAGGCGCAATGGGCATGCGCTGTCGCTGGAAGGCGGTCCGTGCATCCTGTCTATTCAAAGAGACGCGTCCTCCCCCGGCACGCCGCTTTGTAAGAAGGAACACCAGTCTGAAACGCCACCAAGACTCTCCTGGCACCCAATGGTGACCGGAACCTGTCCGATGGCGGTTTCC 
s mm7.chr11     69839699 191 + 122091587 CTTACCAATTCATCCGGACTCAGGACTCCGAACTGCACTCTCTTGATGGTGCGCAGCGGGCATGCGCTGTCCCCGGAGGGGGGGCCAC---CCCCGTGCATGGCGAGGCAGGCGCGCTGCGCAGGCGCAAACCTCGCTACAAAA-------AGCCTG---CGCCACC-----------GCCGCCTAA--GTGCTCAGAACCCGTCCG--GGCGGCCACC 

a score=1675
s danRer3.chr12 18538985 79 +  37038836 ACCCCTTGAAAGAAAAGAATCAGAGAAAAGTGTGAGAAAAGTGACAAAGTTCCACCAAGTCGG---AGAGATCATAAGAAAA 
s mm7.chr11     69855373 82 + 122091587 ATCATCTTAAAGAAGAGAATCACACTAAGTGGTGAGGGAAAAGATGAAATGACACAAATGCAGTGCTGAGGCCATCATAGAA 

a score=9903
s danRer3.chr12 18544757 629 +  37038836 CTAACTTCCTCCCCCTTGACTCACCCCACAGCATCTTTCCATGACTCCTTTAGGGCAGTGCCGAAGCCAGAACTACTGTGTGGGGTGTGTCACCGTCTGTTCAGCACTGCATCGTCCCTCACTGTCCACATGCGTCTCCATCGGGGGGGACGAGTACTCAGCTGCCGACACTGTGGCAAAGCCTTCATCCATAATAAAAGACTGCAATCCCACGAGGCCACCTGCAGGCAAGGACTGCCAGCTTTTCCAGTGCCACCCAAAGAAGAGCCCCTGGAGGAGGGTGAAGTGGAGGGGGAGAGAACAGATGAGGCTGCAGAGCCAGAACAGCTTGGACAAGAAACAAGGCCTGGCCAACCCACAAAGAAAGTGCGAGACCTTACAGCCCGTCATGCTGAAGCACTGACATGCGGGGATACCCTGGGGGATGACGATCACTTTGTTAAAGTGGTGGATGGACATATTATTTACTTTTGCTCAGTGTGTGAGCGCTCTTACATGACATTGTCCAGCCTGAAGCGACACTCCAATGTGCATTCCTGGCGCCGGAAGTACCCCTGTCACTTCTGTGACAAGGTTTTTGCTCTGGCTGAATATCGTACTAAACATGAGGTGTGGCACACTGGTGAGCG 
s mm7.chr11     69857939 521 + 122091587 CCACCTGCCCCAACTTCCATGGTCACCTCAGATCCTACTGAGGATGGTTTGGGGGCAGGGCCTAGAACAGA-------TGGAGAGTGGGT--------GGGTGACAAAGCTGAGGCCCTGACT-----CCTGACTCCCAGCCCCGGCGGCCCTTTCCT----TGCCCTCGATGTGGAAAAAGCTTCATCCATCCCAAGCGACTACAGACCCACGAGGCT----------------------------CAGTGTC-------------------GACGAGGGTCCAACACTCGGGG-------------GTCTGCAGGGCTGGG---GCCTGGA---GTCTCTGGCTCTGGGGGTCCTGCAGG---AGTGGATGCCTCTGC--CCTGCCAC----AACCAGTGGGCTTCAGAGATGGCCCTGAGCATG---------TGGTGAAGGTTGTGGGCGGCCACGTGCTCTATGTGTGTGCGGCCTGTGAGCGTTCCTACGTGACCCTGTCCAGCCTGAAGCGGCACAGCAATGTACACTCGTGGCGGAGGAAGTACCCCTGCCGCTACTGTGAGAAGGTGTTTGCCCTGGCTGAGTACCGCACCAAGCACGAGGTGTGGCACACTGGGGAGCG 

a score=10062
s danRer3.chr12 18545390 230 +  37038836 TACCAATGCATCTTTTGCTGGGAGGCATTTCCTACCTACTACAACCTTAAAACACACCAAAAGGCTTTCCATGGCATAAATCCAGGCTTGATCTCAAGTGAAAAAACAGCTAATGGTGGCTACAAGCAGAAGGTCAATGCCCTTAAACTTTACCGCCTGCTGCCCATGCGATCCCTAAAACGACCTTACAAAACCTATAGTCAGCCAATGGCTGATGGACTACTAACTTC 
s mm7.chr11     69859046 230 + 122091587 TACCAGTGCATCTTCTGCTGGGACACCTTTGTCACCTATTATAACCTGAAGACCCACCAGCGAGCCTTCCATGGCATTAGCCCTGGCCTCCTAGCCAGTGAGAAGACACCCAATGGAGGCTACAAACCCAGGCTTAATACCCTCAAGCTGTACCGCCTGCTCCCTATGCGGGCGGCCAAGCGGCCCTACAAGACCTACAGTCAGGGAGCCCCTGAGGCCCCTCTTTCTCC 

a score=-4821
s danRer3.chr12 18545628 616 +  37038836 CTGATAACCTGCATTTGTCTGTAGATGGCAGCCTTCCACAACCCTTGGACACAAAGAAATTGGAGTCTTTCCTGAAAGATCTTCAAAACCAAGACATCAAG-------GCTGAGGCTGAGGGA----TTCCCCATCAGGATGGAC---------ATAGAGCAGGGTACAGAAATAGCATCTCCACAAACAGATATGGCACTAGAAGCAGGACAGGTAGAGGATTCAGATTT-------GTGGC-----CATCAGGTAATAACAACGACAAAGGCCAAACTCCAA--AGTGCCCAGAAAGAGCTGTGTCTTCAGTCATAGCATTTGCACGCAGTAAACCCTCAGTCATCATGCACAGC-ACTGCAGTTTCTT--CCTCTGTCATTGTTCACAGAAATAAGACAGACTCTGAAGAGAGAAAAAGAAGT-----------CCAGAAAAGCATCAACTGGCAAAGACAGATCAAAAAACAATAAAAAAGCATAGCCAGAAAGAGCACA------CAGAGGCATACAGGGAGTGGAATGCTGTCGGTTCAGACCCAGAGATCTCAAAAA---------------TCAGACATCCAACGGAGAAACTTCACAAGGGACGAAA-----AGTTCACCATAAAACAGACTCAAGTAAAACAATAC---CTTTAG----CGGTGGGATCAGAAGTC-----------------------------------AAAGGGAGTGG 
s mm7.chr9      27499356 697 - 123828236 CTGAT-ACGTTCATCGTTCCGAA-----------TCTGCAAAGCTCTGAAATGCCCACACTGGA--CTTCCAAGATGG-----CAGAAACACGTTGCCCAGCAGCCCTGCCGTGCCAGTGGAAACACCTTCACGGCAGGGCGCACCCACTTCTGCCAGAGTAAAAAATGCAGAAGGCATC-AAATGGAGGAAGCAGGCAGTGAAAACCAATCTCGTCGATAACTTCGATTCAACTGAGGTGTCAGTTTCTTCCACTGGAAACACCGTCAGC-GCCACCCTACAGACAGAGCCC-GCATGTGTTTCATCTGTGGGCAAAG---------GCAGTGAGCACTCGGCCTCTGTGATCAGCTACAGCGGCTCGGTGCCCTCCGTCATTGTGCACAGCAGCCAGTTCTCGTCGGTGATCAAGCACAGCAACACCATCGCTAGCCTGACCAACAGCAACCA--CAAGTCCCCTTCACAACCGGTGGTCAGCCCGTCCCTGATCAAGGACAGCAAGCCCGAGACAGATAAAGCCAGTAAACCTGCAAG--CAGACCCAAAAGCATTAAGGAGAAAAAGAAAACTGCTCCGAGTAACAGGGGAGAAATAACAGAGGAGGCAAAATATATTGCTGATCACGGAGGGTCTTCAGGCAAAACCACAAACGCTGAAGAAACCAGTAAGATTGAAACTTATATCGCAAAACCTGCTCTGCCCGGTACCTCCACAAATAGCAATGT 

a score=4409
s danRer3.chr12 18546244 375 +  37038836 TCCACTTTGTCAGATAACTGTGCGCATAGGGGAGGAGGCAATTGTCAAAAGGAGCATTTCAGAAACAGATCTAAGAAGAGACAAAAGCCCTACACGAAGCAAACCTAAAAAAAGTAACCTCTTACAAGACAAACAGAGAGAGCAAAGACACACCCATCATCACCAACGTAAACATCGCAACTCCAATCAGGAAGGAAAGGAGAGGGAGCCCAAAAGGAAAAGCTCTAAAGTGAAAACCAAAGTGAGGAAATACTTCTTCCGGCAGGAAGTCAGGGAAGACAGAAATGACCATGATGTAGAGGACAACCTTTGGAGGCCTTATTATTCTTACAAACCTAAGCGAAAGGCTCTTCATATACAAGGAGCTAAAGCCTG 
s mm7.chr11     69859747 243 + 122091587 TCCACTGTGTCAGATCACTGTGCGAATTGGGGAAGAGGCCATTGTCAAGCGCCGCATCTCAGAAACTGACCTGCG-------------------------------------------TCCTGGAGAGCTGAGTGGAg--------------------------------------------------aggaagtagaggagagcgag--gaagaggaggag---------gaagaggaggaggagga----------ccaggaggaa--caagaggaATCGAAGG----CTGGAGGGGAAGATCAGCTTTGGAGACCCTACTATTCATACAAGCCTAAGCGCAAGGCT------------GGAGCTACTGCCGG 

a score=-1743
s danRer3.chr12 18546619 777 +  37038836 GAAACGCAA-----------AATGCACTACAAACGATCCCTGAGGCCTATGAGGA---------GAGCTGAAAGACTCA----TGAAAAATCATCTGAATAAAGATGCTGAGGATGAAGATGCAGATGAGAGAGAGGAAAAAAGGCAGAAAGAAAAGACAGAACAGAAG---GAGGTTAGTGATCCAGTAAAAACTGAAGTCAAAGAAATGCCACACTCTTTCCCTGTCTCTTTAAGAACAGAACAGAAGGAAAAAGAAAAGGGAACAAATGGAAAGCCTAATCTCCCTCTCCCTTCAACTGT-----TCCTCAGGCTACACCTAATCCAACACACACAGCATCCTCTATCATCAAGCAAC------GATGGT---CAGAAGATCAAGCCTCTGAGTGTGGAACATGTGGGCGCTGGTTCTCTAGCCCAAGGAAACGAGACAAACATGAAATGACACATCTGTTT------GAGTTTGTATGCATGCATTGCAGAGCTCCATTCCCCTCACAGTTTAAGCTAGAGGAACATCAGAGAAGTCAGCATCCCAAAAACAAGCCCTTGTCTGCCCCCACTTTCTACACTTCACAGTCATCAAAAGGTGAGGTGGAAATGAAAGTGGCTGATGATGATGGAGTGAATGGACGGTCCATTGAGAAAGGCAGCCCAGTTCGCTTGGGCAGGAGACCTTTAATTAGATACACATGCTCAAAATGTGATAAGGTCTGCAAAACCTCTGCTGCACTTAACTGCCACCTCAAGCGACATGAGTTAGGGAGTTTAACAGAGGTTGAAGATGCACATGAAAAGCAAGACATGCCAAG 
s mm7.chr9      27500359 704 - 123828236 GAAAGTCAAATGGAGGAAGGAACGCAGGAGCAGAAGCCCCGTCGGCCGGTGCAGATACCCAGCCGAACTGGATCGTGCAGAGGTGAAACTGCCCCCAGATAAGGCCTTCgaagaagaaga------------agaagaagaagaGAATAAAGAGATGCCCAAGCTGCAGTGTGAGCTCTGTGAT--------GGCTG-------------------------CCCTG------------------ATGGGGCAGCAGGGGCGGGAGCCGAAGGCAAGCCCCACCAGCATCTCACTTCGAAGCCTTACATCTGCGAGCTCTGTGCAAAGCAGTTC-CAGAGC-TCCTCCACACTCAAGATGCACATGAGATGCCACACTGGAGAAAAGCCGTATCAGTGCAAGACCTGTGGGCGGTGCTTCTCGGTGCAGGGGAACCTACAGAAGCACGAGCGCATACACCTGGGCGTGAAGGAGTTCATCTGTCAGTATTGTAACAAGGCATTCACACTCAACGAGACGCTCAAGATCCACGAGAGAATC---CACACTGGGGAGAAGC--------GCTACCACTGTCAGTTCTGCTT------------------------TCAGGGTTTCTTGTATCTCTCCACCAAACGGAA---CCACGAGCGGAGGCACATCCGGGAGCATGATGGGAAAGGCTTTGCT----------TGCTTCCAGTGCCCCAAAATATGCAAAACAGCTGCTGCCCTCAGAATGCACCAAAAGAAACACTTATACAAGACCTTACCTAAGCAAGAGGA-------AACAGGCGACACGTGCCACG 

a score=3496
s danRer3.chr12 18548562 264 +  37038836 CCACTAAACTGCCCTTTTACCCCGACCCTTATCACCTACTGTATGGCCCACAGC----TACTGCCATACCCTTATAACCTT---------GCTGCCCTTCCAATGGCTCTAAATATGATGGCATCAGGGGACAAA------GAGCCCTTGCCCTTCTTGCC---TTTTTTTAATTATGCCG------CCGCAGCTGCCCCTTTAACAGGCACATTGCCCCATCCTTTAGTGATGAACCCCAGCCTATACAACAGTGGCGGCAGCAGTAGCACAAAGCAGGACAACCCATAAG 
s mm7.chr11     69860679 281 + 122091587 CTGCCAAAGTCACCTTCTACCCTGAGCCCTACCCACTTGTCTATGGCCCCCAGCTCCTTGCTGCC-TACCCTTACAACTTCAGCAACTTGGCTGCTCTCCCAGTTGCTCTCAACATGGTCCTACCTGACGAAAAAGGTGGTGGGGCCCTTCCCTTCCTACCAGGGGTCTTTGGCTACGCAGTGAATCCTCAAGCGGCGCCACCCACTCCCCCTCCCCCTCTCCCTCTGCCAGTTTCCCCTA----AGGGAATAGGGGGAATGACAGGGGTAGAGAG------AACCCAGAAG 

a score=7947
s danRer3.chr12 18572240 288 +  37038836 CGAAGATGGCGGCTGAGCTGCATCCGCGCAGCGGAAAACTGATCGGTTTGTCGAACTCCAACCGAACCGCTCAACGGAATCAGCCGGTACAGGAATTCAATCACGGCCTGGTCCTCAGTCGGGAGCCGCTGAGGGACCGCGATGTCTTCACTGTCCGCATCGACAAGAAGGTAAACAAGCATGTCCCACCAgagaga-----gggagggagagagggagaaatggagaaaagggtgggagT-CTGTCAGATCGTCTGCAGTGGTTCATTACTGAGGCACGAGGCTCTGACAGAG 
s mm7.chr11     69983590 288 + 122091587 cggcggtggcgg-ggAGCTGCACCCGCGCACCGGGCGCTTGGTCAGCCTGTCGGCCTGCGGGCGCACGGCGCGGCGGCAGCAGCCGGGCCAAGAGTTTAACCACGGGCTGGTGCTGAGCCGAGAACCCTTGCGCGATGGACGCGTCTTCACCGTCCGCATCGACCGCAAGGTGCA-AAGCCGGGGCAGCTGAAACGAGGTGTGGAGGGGAGTGGGAGGGGACGGGAGGGAGAAGCGGTAGGACTGCCAGAAGGTCTGCA----TCTCCAACCGAGCCTCCAGGTACCGATAGCG 

a score=16952
s danRer3.chr12 18591123 376 +  37038836 AAAAAAATACTGACTGACATTTTTGTCCTTAGGTGAACTCTTGGAGCGGCTCTATAGAAATCGGTGTGACGGCGCTGGACCCAGCCGGTCTGGAATTTCCCAGCAGCGCCACAGGGCTGAAAGGTGGCTCGTGGATTGTGTCTGGCTGCTCGGTGCTGAAGGACGGCCGTTCGGTCCTGGAGGAGTACGGTCGGGATCTTGACCAGCTTGGGGAAGGAGACCGTGTGGGCATCCAGCGGAATGGGAAAGGAGAGCTACACCTGTGGGTGAATGGGCAGGACTGCGGCGCTGCTGCTAGTGGACTTCCATCTCGACTGTGGGCTGTGGTGGACCTCTATGGGAAGTGCACACAAGTGACTGTGGTGTCCTGTGAACC 
s mm7.chr11     69984551 374 + 122091587 ACAGAAACTCTGTCCACCACCCTC--TCATAGGTCAACTCCTGGAGTGGCTCCATTGAGATTGGAGTGACAGCACTGGATCCCAGTGTGTTGGACTTCCCGAGCAGTGCCACCGGGCTGAAGGGAGGCTCCTGGGTAGTGTCAGGCTGCTCAGTGCTGCGGGACGGGCGCTCTGTGTTGGAGGAATATGGCCAGGACCTGGACCAGCTTGTCGAAGGGGACCGTGTGGGTGTGGAACGCACAGCCACTGGGGAGCTCCGGCTCTGGGTAAACGGGCGGGATTGTGGTGTGGCAGCCACAGGCCTGCCTGCTCGTGTCTGGGCTGTTGTGGACCTTTATGGCAAGTGCACCCAGATCACTGTGCTGCCCTCCGAGCC 

a score=2050
s danRer3.chr12 18593308 89 +  37038836 TTTTCCCCCTTTTCTCATTAGTGCCTGA-------AGTGTCAAGGACGCACAGTCGGCCGGACAAATTTCCAAATAACTTTGAGCCTGATAGTGGT 
s mm7.chr11     69985199 96 + 122091587 TTCCCCTCCCATCCTACCTGGTCCCTAGCCTTCATGGTGTCCCCAGCGCAGGCACGGCCGGAGACGTTTCCTAACAGCCTTGATTCGCATAATGGT 

a score=10660
s danRer3.chr12 18593771 161 +  37038836 ACGACCAATGATGCACTGCTGTTTCATGAGAAATGTGGGACGCTGATCAAACTGAGCAACAATAATAAGACAGCAGAAAGAAGGAGACCGCTGGATGAGTTCAATAATGGAGTCGTCATGACCAATCGACCACTCAGGCACAACGAAATGTTTGAGGTATG 
s mm7.chr11     69985581 161 + 122091587 ACTTCCAACGATGCCCTGCTCTTCCATGAGAAGTGTGGGACCCTCATCAAACTCAGCAACAACAATAAGACAGCAGAGCGCCGGAGGCCCCTGGATGAATTCAACAATGGAGTTGTCATGACCAACCGCCCACTTCGGGATAATGAAATGTTTGAGGTATG 

a score=7277
s danRer3.chr12 18596374 119 +  37038836 CAGATTCGCATTGACAAACTGGTGGATAAATGGTCTGGTTCCATTGAGATTGGAGTGACAACCCACAACCCAAATAATCTTGATTACCCCGCAACAATGACCAATTTGCGCTCAGGTAC 
s mm7.chr11     69985903 119 + 122091587 CAGATCCGGATCGACAAGCTTGTAGACAAGTGGTCTGGTTCCATCGAGATTGGTGTCACCACCCACAACCCCAATAGCCTGGAGTACCCAGCCACCATGACCAACCTGCAGTCAGGTAC 

a score=6672
s danRer3.chr12 18597128 109 +  37038836 TTTTTGTCTTTA--AGGCACAATAATGATGAGTGGCTGTGGGATTTTAACCAATGGGAAAGGGACTCGTCGGGAATACTGCGAATTCAGCCTGGATGAACTACAGGTAATT 
s mm7.chr11     69986091 111 + 122091587 TGTCCATCTTTACCAGGCACCATCATGATGAGTGGCTGTGGGATCCTGACCAACGGCAAAGGCACTCGGCGGGAGTACTGCGAGTTCAGTCTGGACGAGCTGCAGGTGAGT 

a score=10311
s danRer3.chr12 18600194 281 +  37038836 TATAGGGGTTGCAGCCAACCAGACACCTGGCGTAGTGTATGGAGTGGTGGATCTCTATGGCATGGCGGTTAAAGTCACCATTGTGCACAACCATAACCACAGTGATCGGTTGCGCCGCAATAACGCCATCATGAGGGCACTGTCACCTGACGTGGGTCGACCCCGGCCTGCACTCTCATTAACCCCTGAGCCTGATATCCCAGACCGCTTGCTCTTCCATCCAAATTGTGGGCAGAAGGCTGCAATCATCAGCGATGGACGGACTGCTTTACGACCTCAGT 
s mm7.chr11     69987289 272 + 122091587 TACAGGCGTAGCTACTCCATTGACACCACCAGTTGTATATGGTGTAGTAGACTTGTATGGAATGGCAGTGAAAGTGACCATCGTCCATAATAACAACCACAGTGACCGTCTCCGCCGGAACAACGCTATCCTGAGGGCTCTGTCCCCCGA---GGGTGCTCTTCGTCGTGCTGCCCCTGCAGCCC---AGGCAGA---ACCTGAACGCTTGCTCTTCCATCCTAACTGTGGCCAGAAGGCAGCTATCACCCACGAAGGACGCACTGCCCTGAGGCCCCAGT 

a score=17515
s danRer3.chr12 18600550 411 +  37038836 CAGTGCGACGGATGACTTCAACCATGGTGTTGTGCTTAGCAATCGTCCATTGCACTCCAATGAGGTTTTCCAGGTGCGCATTGACAAAATGGTGGACAAATGGGCTGGCTCCATAGAGATTGGTGTGACGACTCATAACCCTGCCTATCTTCAGTTACCATCAACTATGACCAACCTGCGCTCGGGTAAGATGCCTAAA---CAGTTACGCAAAAGGTCACAAATGAAAGAACAGCTGACTGATTAGTGTCTGTGATTTCAAGGCCACGTCAAATGTAAAATGTATGAGTATTAGCTAATCTTTTGCT-TTGCTATCTCCACAGGAACCTGGATGATGACTGGAAATGGGGTCATGCACAATGGAACTACAATTCTGGATGAATATGGGCACAATTTGGACCGTCTAAAAGTGAG 
s mm7.chr11     69987796 386 + 122091587 CAGTGCCACTGATGACTTCAATCATGGCGTGGTACTGAGCAGCAGAGCCCTCCGGGATGGAGAGGTGTTCCAGGTGCGCATTGACAAGATGGTGGACAAATGGGCTGGCTCCATTGAGATTGGTGTCACCACCCATAACCCTGCCTACCTCCAGCTACCCTCTACTATGACCAACTTACGCTCTGGTGAGCCCCACGAAGGGCAGGGTCGATGCAGGGTGCCAGAGAAGCAGCAGCTCCAGGGTTACAGTTTGTTCCTT-----------------------------GTTCCTCATTATCTGCTGCCACTGCTGTTCCTACAGGGACCTGGATGATGACTGGGAATGGGGTCATGCACAATGGGACAACCATCCTAGATGAATATGGGCACAACCTGGACCGCCTCAAGGTGAG 

a score=9145
s danRer3.chr12 18605920 227 +  37038836 AGGCTGGAGATACGGTGGGAGTTGTCCGAAAGGAAGATGGGAGTTTGCATTTCTTTGTGAATGGAGTGCCTCAAGGTCCTGCTGCCTGGAATGTTCCGCCCAACGTGTATGCAGTAGTGGATCTGTATGGACAGGCTGCTCAGGCCACCATCATGGATGATATGGGTGAGAG--CAATAAAGATGGCATAGAAATTAATGGATGG---TAGACACCTTGAAATAAGGCTGAA 
s mm7.chr11     69988297 231 + 122091587 AGGCAGGGGACACCGTGGGTGTGGTGCGGCGGGAGGATGGAACGCTCCACTTCTTCGTCAATGGGATGACTCAGGGCCCTGCTGCCTGGAATGTCCCCCCGGGGGTCTATGCTGTTGTTGATCTCTACGGCCAGGCTGCCCAGGCTACTATTGTGGATGACGTGGGTGAGGGCCCGACAGGGCTGGGGTAGAGGATTA-GGGTGGCCTTGGGAATCCTTAAAGAAACCTAGA 

a score=11693
s danRer3.chr12 18607542 411 +  37038836 TCTCTATTTTTCAGCTGATCTCCCTCCTTTGCCTGACGACAGCTCAGAGGGTCCCACTGCCATGTCTCCTGGTAGCCCGTGTTCAATTTCAGGAGCCACAGCTGCAAATGACCTGCGCTTTCATCAGCTGCATGGCACTAACGCAGTCATCACCAACGGTGGCCGAACAGCACTTAGGCAGAACTGCCGCAGCGAGTTTAATGATGCCATCGTCATTTCAAACAGGTTACTTTTGATTTAGCATGAAACCTTAAGGACTGTTAGATCCTGCTGCTTGATCTTAATAGATAAGGCATTAATATTTTATGCTTGTGTGTCTGTTTTAATAGGTGCCTTCGAGAAGGAGAGCTCTTTGAAATTGTGATTCAGAAAATGGTGGATCGCTGGTCGGGGTCTATAGAAGCAGGTCAG 
s mm7.chr11     69988542 377 + 122091587 TATCTACTATT--GCAGAGGTGCCTCCAGTCTCTGAGCCACTCCCTGAAGGAAACAACCAGATGTCTCCCAGTTCTCCATCCTCAGCAGCTGGGGGCTC---------TGACCTTCGCTTCCACCAGCTGCACGGCAGTAATGCAGTCATCACCAATGGTGGCCGCACTGCTCTCCGCCACAACTGCCGCAGCGAGTTCAACGATGCCATTGTCATTTCCAACCGGTCAGTCT----------CTAGATTTTCGTGTCTCTACTGTCCCACTGCCTACT-----TACGTAGGGCCTTAGTGATCCCCACT--------CTCCCTGACAGAGCCCTGCGGGATGGAGAACTGTTTGAAATTGTCATTCAGAAGATGGTAGATCGTTGGTCAGGCTCCATCGAAGCTGGTGAG 

a score=5154
s danRer3.chr12 18610119 121 +  37038836 CTTGGTTTTCAACACCGTTTCAT-----GTATCCATGCACAGGAGTGACAGCGATCAGACCCGAAGAACTGGAGTTTCCAAATACGATGACTGACATTGACTATGACACATGGATGCTGAGGTGAG 
s mm7.chr11     69988955 126 + 122091587 CTGGGTCCTCGGGATCACTTCTTACCTTGTGTTTTCTCCTAGGAGTTACTGCTATTCGGCCGGAAGACCTAGAATTTCCCAACACCATGACAGACATTGACTATGATACGTGGATGCTGAGGTTAG 

a score=8202
s danRer3.chr12 18610953 196 +  37038836 CTTCACTCTATCTTATCTGTAGCGGCACAGCAATCATGCAGGATGGCAATACCATGAGAAATAACTATGGCTGTGACTTAGACTCTCTGACTACTGCCTCCAGGATTGGGATGATGCGAACAGCAACTGGAGACCTGCATTACTTCATCAACGGCCTCGACCAGGGTGTAGCTTGTACTGGGCTGCCATCAGGTAA 
s mm7.chr11     69989391 193 + 122091587 CCTCCTCCTGTCTTCTC---AGTGGTACAGCTATCATGCAAGATGGCAATACGATGCGCAACAACTATGGGTGTGATCTGGACGCGCTGGGCACAGGTGCACGAATTGGCATGATGCGAACTGCCAAGGGTGATCTGCACTATTTCATTAATGGACAGGACCAAGGCGCTGCCTGCTCAGGCTTGCCTCCGGGTAA 

a score=6266
s danRer3.chr12 18611201 193 +  37038836 AATGTATTTTGTCCTCCTGATT-TGATTTCTTGTGTATGTGTGTGTTTTGTTTTTTTAGAAGTGTATGCTGTGGTCGATCTTTATGGTCAGTGTGTGCAAGTGTCCATTACAAGCTCATCCGGTCCACTGGACAACAGTCTGTGTACCAGTAACA---TCACAGAAAAGAGCTTCCCCATACACTCCCCGGGTATTG 
s mm7.chr11     69989624 183 + 122091587 GATGGATCAGGCCCTCAGGCTTCTGATGCCT--------------TCTTTCCTACACAGAGGTGTATGCAGTTGTGGATCTCTATGGCCAGTGTGTCCAAGTGTCTATCACCAATGCTACCGGCCCCATGGACAACAGCCTGGCCACCAGCAATACTGCCACTGAGAAGTCATTCCCCTTGCATTCCCCAGGTATTG 

a score=9237
s danRer3.chr12 18612941 468 +  37038836 TTTCTCTCTAGTGGCAGGAGTAGCTCATCGCCTGCACAGTAAACATGGTAAAAACGTGGTGTTATTAGGAGATGGATGCCAAGCGCTGAGGGTCGGAGGTTATGCCCATGGAATTGTCTTTAGTGCAAAAGAGCTCAAAACAGATGAAGTGTTTGAGGTAAGATACAGGACA--------TGCTTTAATTCACAACTATACATTCTGAAATCAGATAATAATGTTGTTTTTATATATGGGACTGGTGTTTTTCAGGTGAAAATTAACAAGGTGGATGAGAGGTGGTCTGGTTCTCTTCATGTGGGGCTGACCACCCTGCAGCCCCCTGACCTGCCATCATGCCCTCTCAGCGGC------CTCTCGCCTTCACTCACTCAGCTCAGGACAAAGGTCACCTGGGTGCTGGCCGGCTCTGAGGTCAGACGCAACGGAGTACTGCAGAGACAGAACTATGGCTGCTCTCTGGATCGCCTCACGGT 
s mm7.chr11     69990021 457 + 122091587 TCTCTCCACAGTGGCGGGTGTGGCTCACCGATTCCATAGCATGTGTGGCAAGAATGTCACTCTGGAGGAGGATGGCACACGGGCAGTCCGTGTGGCTGGCTACGCACATGGCCTCGTTTTCAGCACCAAAGAGCTCAAGGCTGAAGAAGTTTTTGAGGTGGGCTGCAGAGAAGTAGAAGGGGCTTT--------ACCAGCCCGTCAGACAGGACCACCCAATGTT-----------------TGCTTTCTCACAGGTGAAAGTGGAAGAGCTAGACGAGAAGTGGGCAGGCTCCCTCCGGCTGGGGCTGACCACACTTGCACCAGAGGACATGGGGCCTGGAGCGGGCAGTGGTCCAGGGCTGCCTCCTTCCTTGCCTGAACTCCGGACAAAGACCACCTGGATGGTGTCCAGCTGTGAAGTGAGGCGTGATGGGCACCTCCAAAGGATGAACTATGGCCGGAACCTCGAGAGACTAGGGGT 

a score=6769
s danRer3.chr12 18616823 328 +  37038836 TGGTTATAGGTTGGAAATCGTGTCGGGGTGAAGAGATGCAGTGACGACACCATGCACATTCTCATTGATGGAGAAGATATGGGACCAGCAGCCACTGCAGTAGCAAAGGTACCTCTATCA--------------------------------------TTCTATACTTATGTA-ATATGTTTCATTTTTCAGTCGTACAGTCCACTCAACCACGTTTTTACCACTTGTTCCAGAACGTGTATGCTGTATTGGACCTGTATGGAAAGGTGACGGCTGTGTCCATCGTCAGTTCAACACTAGTTGAGGATTCTGAGAGTGTGAAAGCTCCCTCGCTCTCGTCCGACAGCTGCAGTGAAGGAGAAGAGGA 
s mm7.chr11     69990558 366 + 122091587 TGGATCTAGGTGGGAAGCCGTGTGGGCATTCGTCGGTGTGCAGATGACACAATGCACATCTTGGTAGATGGAGAAGATATGGGGCCTGCTGCCGCTGGCATTGCCAAGGTAGATCTAAGAGCTTCTTTGAATTTGGGGAGGTACTAGTTGGTTGGAGTTCTTGTGCTGATTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTCTTGTGCTGATTTCTGACTTGCTTCCTTGGT-CTGTTCCCAGAATGTGTGGGCTGTGTTGGATCTGTATGGGCCAGTACGCAGTGTGGCCATTGTCAGCTCCACAAGGCTGGAGGAACCAGAAGGCACCCAGCCGCCTTCTCCCAGCTCAGACACTGGCAGTGAGGTCGAGGAAGA 

a score=5666
s danRer3.chr12 18618509 278 +  37038836 AAGCTTATAATTAGCTGTTTTTCCCCTTATAATTCAACGAACATAAACATTTTGTCAAGGCTTTCGTCTAAGGTTTAATCTGAATTTGTTTATTTCTCCTCAGTGTGAGAATGAGCCTCCATTGGTGCCCACAGTCATGACGTTTTTGGAGAATCATGGGAAGAATATCCAGCTGTCCAATCAAAATCTGACCGCCGCTCGGGTGTCCAGCTACAACCAGGGGCTTCTGGTCACAGCCCAAGCTCTGCCTCGCCAGCAGCTCTTCCAGGTTTGTTTCT 
s mm7.chr11     69991029 267 + 122091587 AAGTTCATAGTTGAACTCTGTGTGCACTCTAGTGTAGTGGGTAAAACC----TGCTATTGATATCCTGTTTAGCTCACTCTGTATTT-------CCACTCCAGGGCCAGAATCAAGTGGGGATTGTGCCCACAGCCCTTGAATTCCTGGAGAACCATGGGAAGAATATCCTCTTATCCAACGGGAACCGCACAGCCACTCGGGTGGCCAGCTATAACCAGGGCATCGTTGTCATCAGTCAGCCCCTGGTGCCCCATATGCTTGTTCAGGTGTGCCTTT 

a score=5032
s danRer3.chr12 18618839 184 +  37038836 GTCTCCTTTTGTTCCTCAGTTTCAGATTGACCGCTTGAATCCCTCATGGACGTCGTCTCTCTCCCTCGGTGTGATTGGTCATTCACCAGACCGACTCAACTTTCCTTCCACAGCCTGCTGCCTTAAACGCTCAGTCTGGCTACTGCAACGAGACTCTGTTTTCCACAACTCGCTAAAGGTGATG 
s mm7.chr11     69991818 181 + 122091587 GTCCCTTCTCGTGC---AGGTGCGAATAGACTTCCTGAACCGACAGTGGACATCTTCTCTTGTTCTGGGAGTTATCACCTGCCCACCTGAGAGGCTTAACTTCCCTGCCTCTGCTTGTGCCCTTAAACGGGCAGCCTGGCTCCTGCGGGGCCGGGGTGTCTTCCACAATGGTCTGAAGGTGAGG 

a score=7358
s danRer3.chr12 18619135 196 +  37038836 TTCATTCTCAGATTTGTGAGAACTATGGTCCAAACCTGGACACCTGTCCAGAGGGGACAGTTTTGGGGCTGTTGGTGGATAGCAGTGGTTGTCTCCATTTGTTTGTGAATGGCATGGATCAGGGTGTAGCGGCACAGGACATCCCGAGCCCCTGTTACGCCCTCATTGACCTTTACGGCCAGTGTGAACAGGTCAG 
s mm7.chr11     69992297 196 + 122091587 TTTCCTCTCAGATCTGTGAGAAGTTTGGGCCAAATCTTGACACCTGCCCTGAAGGCACCATCCTGGGACTGCGGCTAGACTCCTCTGGAGGGCTTCATCTCCACATCAATGGGGTGGACCAAGGGGTAGCTGTACCAGATGTGCCCCAGCCATGCCATGCACTGGTGGACCTCTATGGACAGTGTGAGCAGGTTAG 

a score=4366
s danRer3.chr12 18620550 79 +  37038836 TAGTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg 
s mm7.chr12     25747831 79 - 117814103 TAGTTTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtAGAGTGATATCAGTGTATGTCTATGTAGGGG 

a score=4522
s danRer3.chr12 18620723 183 +  37038836 tgtatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTA-------------ATATGTAATGTAATCTTATTGGAAAATTCCTTGTCAGAAAATATTTCATTAAACATGTTCTTGTTGTTATTATTAATACAGTAATAGATATATT------------------AACACTGTATTATATTGTGTTATTATACAGATGTTTTT 
s mm7.chr12     25748013 207 - 117814103 CgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtTACATGTGAGACACAGTGTATAGTGTATTTCTGATGCATA-----TGACTATTGAATATT--ATCCAATGCACTGTGTGTGTTTTGATGCATACTATATGATATGTAATGTGCATGAGGCTGTTTATAACACTGGATGATATTGTGTTTGTTTACATATGCATTC 

a score=7524
s danRer3.chr12 18620906 329 +  37038836 CTTTCAGAGTTTAGCTGATTGTCTTGTTGTTGTATTGTCAGGTGACTATCGTGGCGAATCATGTGCCGGTGGTTGGCGGTGAGCGAGGAGACCTGCGCTGTCAAGGGGACATGGAGAAGGCTGATATGGTGGACGGTGCGTCA--------------CATTCTGACCTTAATT---------CACACAATGTAGT------TAATGTAGCTCT---GCTTCACACTTTTGCTCTCTATGCTGCAGGTATAAAAGAGAGTGTCTGCTGGACTCCTCCTCCCGAGGTCAACCCTAATAAGACCTGCGAGTATCAGGCGCTGTGCTCCAGATTCAAAGACCTGCTCACACTGCCTGGTACAACC 
s mm7.chr11     69992565 342 + 122091587 CTGTCAGTCGGTGGCTGACTACTTTGCTCTG-------CAGGTGACAATTGTG---AGCCCTGACCCAGGGACTGCCAGTGGG--AAGATTGCTG-GAACTCAAGGGGACATGGAAAAAGCTGATATGGTAGACGGTGCGCTAGCCCAAAGGGATGGTATCTTGCCCTTGTCTGCTCATCAATGCCCCATCCAGTACTTCCTAGCCCAGCTCTTATGACTTCCTCCCCTGCCCT------TCCAGGTATCAAGGAGAGTGTGTGCTGGGGTCCACCGCCTGCTGCTAGCCCTTTAAAGAGCTGCGAGTACCATGCCCTTTGCTCCCGCTTCCAAGAACTGCTGTTGCTTCCTGGTGCGTCC 

a score=5520
s danRer3.chr12 18624260 377 +  37038836 TTTTCTTCCAGATGGTTACTTTAATGAGGATGCC-------AAGTATAACCTGTGTTACTGTGAGTCCTGTCATAAATTAAGGGGTGATGAGGCCTATTACAAGCGAGGAGAGCCCCCCAGAGACTATGCTCTACCGTTCGGCTGGTGCCGCTTTGCACT----------------CCAGTCAGTTACTTTT-------AAGTTGCTTCTG--------------------TATTTAAGCTGTTAGAA-------TGTGAAGATGATTT------ATTAGTGGTATTTAATGCCTTATCAAGTGGTCTTGTCTTTATTTAATCAGGATCAAGACCCACTGTGAAGTCTCCAATGCCTTCAAGAAGTGGCACATTGCGTATCACGGCACAAGTGTCGGTTCTCTTAGACGCACCCTGGACCACAACCAACTGTTATCAGGT 
s mm7.chr11     69993006 424 + 122091587 TTGTCCCATAGAAGATTATTTCA-------TGCCTCCACCGAAGCGTAGCTTATGCTACTGTGAATCTTGCCGGAAGTTGCGAGGAGATGAGGCCCACAGGCGCCGAGGAGAGCCTCCCCGGGAGTACGCCCTGCCTTTCGGATGGTGCAGGTTCAACCTTAGGTACATACAGGCCTCAGGCATGTATTTTCCTCTGGGCAGTTTTCCCTGAGAAAGGAAGAGTCCCAAGAGGGGCAAGATGACAGCATTCCTTGTGTGGGGGTGACCTTGAGGAACCAGTGACCTTTGACTC-------GGTGGTCTTATCTGTCCTT--TTAGGGTGAATCCCCATCTGGAAGCTGGCACACTAACAAAGAAGTGGCACATGGCATATCATGGAAGCAGTGTAGCTGTTGTGCGGAGAGTGCTGGACCGAGGGGAGTTGGGAGCAGGT 

a score=-1544
s danRer3.chr12 18625130 1062 +  37038836 aatatttttcataaataagtgaaatatatataatatatacataatattcagttgaattc-------agaattattagtgccccttagaaatcttaatttttaaaaaaatatttcctaaattatgtttaa-cagagcaaggaaattttcacagt--------atgtctgataatattttttctacggagaaagtctt-ttttgttttat-ttctactagaataaaag--ccgttttta--attttttaaacaccattttagacaaaattattagcccccttaagctaattattttttcgatagtctaattaacctagttaagcctttaaatgtcactttaagctgcatagaagtgtcttgaaaaatatgtagtcagat----------attatttactgt-catcatg---gaaaagatcaaataaatcagttattaga----------aatgagtt------------attaaaactattatg----tttagaaatgtgttgaaaaaaatctctccgttaaacagaaattggggaaaaaataaacgggacta-ataattcagaggggtcaataattctgacttcaactgtatataattatatattatataaaataatatatatataaaaatatgtacttttatataaaatagtataatataatGATT----AAATATTTATTGTGTTTAATTGTATGTAAATGAATAAATTTACTTTGATCAAAGTATTTATAGTCTGTAATATTTATCTATACTAGCTGtaaataaaaaaaaaatatataaa-------tatCCTTATTCTACTGTAAAT-----------AATTAATGATTTTtatat------atatatatatatatttatatacagttgaagtctgaat-tattagcccccctgaattattagaccgcttgtctatttatctccaatttctgtttaacggaaagaagatttttttcaacacttttctaaaca-atagttttaataactcatttctaataactgatttatttgatcttttccatgatgacagtaaataatatctgactacatatttttcaagacacttctat----acagcttaaagtgacatttaaaggcttatcttggttaattaaggtaactaggcaagttaTTGTATGGATATTTTTTATTG 
s mm7.chr12     25753997 1067 - 117814103 AATAGCTTATATAATTAATTAAACTTAATC--ATAAAAGCA-GACACACAGAGGAATTCTCAAGAAAGAATGATTTGTG-------------TTAATGTCTATGGA--CATTACTATAACTAGATACAATCAAAAAGTGGCAATTTTGGAACTTTTTTCTAATGGCTTCTCACAGAATTTATTTGGAGATTGCCTGGTTTTGATTCATATTCTGTTTCAAGACGTGTCCCGATTTTATCACTGTCCTAACAGTTTTCTGAATCCCATAATTATTCAGCT-AACCTGGAGATTTTTTTCA-AGTAAATGTTTGTATGTTATGATTCTTAAT---AAATCGATATTTACAGCCGTGTGTTAAAAATTGTCAGCTCAAATTTTTCATATAATGATGCACTGTATATCATACATGTAAATATGTGGTGAATTTGTTTTTAGACTGTTTCAGCAATGATTTTGTTATACTCAAATTCATATTATAGTGAATATTGACAGCCATATTCAAAATGGGCTTTTGATTTAA-ATATATTAGGTACAACACAAAAGACAATGTATAACATATAGTTTT-----GTACCCaatataaatatatttattcagatagttaaaatatttttatattaGCTACTCTGGGAAAATAAATTTGATATATTTCAAAGCAATAATTTCCTATACAGTTATTGTTTTTAATTGTTTTTTAATATATACATTC--------------------------TGAAATTTATTTTTGCATAATGAAAACACTCCACAAAAGTATGAAATGTTGCTATCATTCTAGTTCTGTGGATAAAGTTGATAAAATTAATGTTTTGGATGTTTTGAAATTACCATGTCTAATTTTATTTAATGGTGAATTGAATCTGTAGGCAAGACTGTAATGTAGAAGATTTTACCTA------------------TGAACTATAAAAGACATTATTTAAAC-----CCTAGACATGCAGAATAAATA--TTAGTTGGTCCAATCCATATAATTAATCTTTCTAATGAAAACATTTTGTGAT---TAAATATGTATTATTAACAACTAGACTATGACAACAGCTATAAAC--------AAGGCCTGGCTAGGTTCATCAAAAT-ATTAATTCACTAATACAACTTATATTTATTAATG 

a score=2922
s danRer3.chr12 18626530 139 +  37038836 TGAAGACGGAGGGTCATGGCAGCTACGGAGAGCCGGAGGAGAACAGCGC----TCCAGAGAGAGACATTCCCAG--AGTGCAGCTCTCACCAACCATGCGATATTCCGGCCTCGAGGTCTTCGCTCCGAAAGTGCAGTAAGTCCA 
s mm7.chr11     69993532 145 + 122091587 TGAAGGGAGAGCCTGGGGTGGGATTTGAGGAGCCTGGTGAGAACTGTGCACCTCCCCGGGAAGAGCAGCCCCCTCCAGTGCTGCTCTCCCCCTCCCTTCAGTATGCCGGGGCAGAGATGCTGGCCTCCAAAGTGCAGTGAGTACA 

a score=8731
s danRer3.chr12 18629303 233 +  37038836 CGTTCCACTTTTCCCTGCAGATTTCGAGACCCGCGTTCGCTCCGCTGTCACCAGGCTCAGGTGGGCTTCCAGGTGTGTGTCCGGCCAGGCTCCTATAAAGTAGGTCCGTCGTCTTTAGGAATCAGCGAGCCGCTAGACCCGCGATTCAGCAATGCAGAAATCGAATGGATCACCAAGGAGAAAGGAGGCACGCTTCTATATGGCCTGCTCATACGAGTTGAGTAAAAACAGAC 
s mm7.chr11     69994680 233 + 122091587 CGTTTCTGCTTGGCTAACAGATTCCGGGACCCAAAATCCCAGCGGACACACCAGGCTCAGGTGGCCTTTCAGGTGTGTGTGCGCCCTGGCTCCTATACTCCTGGCCCTCCCTCTGCGGCCCTCAGAGAACTTCCTGACCAGCACTTCAGCCCATCGGAACTTGAGTGGGTCACTAAGGAGAAGGGAGCCACACTCCTCTATGCCCTGCTGGTACGAGTGGAATAAGGGGTGAC 

a score=2652
s danRer3.chr12 18636918 105 +  37038836 TCCATCTGTTTAGCACTTCTTGGGTCCCCACGCTGACGTTTGTTTCGGTGTTATTCCAGATCCAAACGTTGGGAACTCTTCAGCACTGCTCACGTCTGGTGCCTG 
s mm7.chr1      93315969 102 + 194923535 TCTTTTTGATCATTATCGTTTGGGGCCCCAAGGGAGGGTCT---TGGGGGCCACTTGAGCCCCAAAGCTGGGAAATTCTTCAGAGCTGCTCATATCAGGAGCCTG 

a score=2842
s danRer3.chr12 18637239 181 +  37038836 TGACCTTGT---TGCCTTGTGCGTTCCAGGGGGCGTCCCGTACGACGAAGCCTTTAGCCAGGGCTCTGTTGTCCTCGTCATTTCCTCCAGTCCCCATCGTCTTTGAAGGAGGCTTCATATAAGCTGCCATAGTCTCTGTTTCTGTGACGCTCAGCATCTAAGAGGCAAGATGGGAGAATGAGTG 
s mm7.chr1      93316173 157 + 194923535 TGACCTTCTCACTGCTGTTGGAGGTCCAGGGAGCATCTCGCACCACAAAGCCTTTGGATGGTGCCC---TGGACTCTTCATGTGCT---------------------GGGGGCTTCATGTAAACTTGCAGTGCCTCACTGTCCACCACATCTGCCAGCTAA---ACATCATAGGGGAGGTGGTG 

a score=5579
s danRer3.chr12 18637470 214 +  37038836 GAACTCACGTATTCTTCTTCCAGGTTGAGCAGATGGTCAATGGTGTTGTCAACATTCTCCGGCAGTCCTGTGACAGTCACCTTGTTTGGGTCCTCAGAACCCGGCTGAGGAAACCGTATATCAACCTGGAATAAAGAAAATAACTCAAAAGGCGCCTCTAAAGCAAATACTCTATGTAtacagttgaagtcagaattattagccccccctgttt 
s mm7.chr1      93316489 199 + 194923535 GAACTCACATATTCCTCTTCTAGGTTGAGGATATGGTCGATAGCTTCCTCCACATTCTCTGGGAGTCCTGTCACAGTGACGCAATTGGGGTCTGGCGCTCCACTCTGTGGGAAGCGAATGTCCACCTGGAA-----GCAGCAGTGTCAAGGGCA---TTAAAGGGCAGACTCTAGACC-----TTAGAGCC--AAGTACTCACCCTCCCAGCTT 

a score=7311
s danRer3.chr12 18642041 214 +  37038836 TGTTTCGGTAAATGTT-----CTTACTTTGAACTCCTCCATGATTTTGCGGATGGCTTTTCCACGTGCCCCGATGATGCGTGCGTGAACCCGCCGGTCCAGCCGGACGTCCTCGCTCACCATCTCCTGCAGCGCGGCCACCAGCTGCTCGATGGCCGACTTAGCATCGTTAGCATTCCTCTCATACCCCGAGATCACGATCACATCCTACAGCCAGAGA 
s mm7.chr1      93316733 219 + 194923535 TGTTTCAGTTGGCTTTGGGGACTCACCTTGAATTCATCCATTATTTTCCGGATGGCTTTGCCCCGGGCACCAATGATTCGAGCGTGCACACGGTGATCCAGTGGAACATCCTCAGAAACCATCTGCTCAAGCTCACCCACAATTTTCAGGATAGCATCACGGGCAGCTTCAGTGTTCTTCTCATACCCTGTGATGGTGATTTGGTCCTGGGGCTAAAGA 

a score=7408
s danRer3.chr12 18642335 166 +  37038836 CATACCTGCTGCTCATCACCCTTGTCCGGGAACTGAACGTTTACATCGTACTCTTTGCGGATTTGGGAGATGACGGCTCCTTTGCGACCGATGATTTTGGGGTGATATTTGGGGTCCACCGAGAGCGTTACTTTATAGCTCCGCAAGGCCTGTAAAAGAACAGTAA 
s mm7.chr1      93320166 166 + 194923535 CGTACCTGGTTCCCATCATCCTTATCAGGAAATTGGATGTTCACTTCATGTTCCAAGCGGATCTGGGTGATCACTGCTCCTTTTCTCCCGATAATTTTGGGATGGTATTTGGGGTCTACAGTGACACTCAGCTTAAAACTCCTTAAAGCCTACAATAAAATGAGAA 

a score=6664
s danRer3.chr12 18644149 150 +  37038836 ACCCGATCTTCCTGCTCGGCCTGCAGCTCTTTGACTCTGTCCAGCAGCCCGTGTTTGGCTCGCTCCACACTGGCCACCTGTCCTGTGATCTTTATGATGTCTGACTGCTGCTCAGGTTGAGGAACCCAAATGTTCACCTGT-ACAACACAT 
s mm7.chr1      93321297 151 + 194923535 ACCCGATCTTCCTGCTCAGCCTGCAGCTCCTTTACTCGATCCAGTAGCCCCGCCTTAGCCCTGTCCAAATTTGCTGCAAGGCCAGTGATGGCGATGGTGTCTGACTGCAGCTCGGGGGCTGGTACATGGATGTTCACCTGTCATAACAGAT 

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s danRer3.chr12 18645899 136 +  37038836 TCTACCTCATAATCCTCCATCATCTTCCTTATTCCACTTCCTTTTTGTCCTATGATATAACGATGAAGGTCGTAGGAAACCTCAACATCGATGGTCACAGGAACTAAAGCCTTGAGTGAAAAAAAGCAGGATGAGG 
s mm7.chr1      93321630 136 + 194923535 TCTACCTCAAACTCATCCATCATCTTGCGGATTCCACTTCCTTTTTGCCCAATGATGTAGCGGTGAAGATCAAAGGGTACCTCTACCTCGATGGTGACTGGAACCAGTGCCTACAAGGACAATGGTAGAGATAAGG 

a score=5470
s danRer3.chr12 18646301 144 +  37038836 ACCTGCAGACTCGTCTCTGTCTGGAAACTTGATCTGGACTTCATGTTCACGTGTGATCTGTTGTATTCGGCAGCCTTTGGGGCCCATGATGGCTCTGTGGTACCGCTGAGGAATCAACACCTCCATGCTCACCTGCGACTCCTG 
s mm7.chr1      93324307 144 + 194923535 ACCTGGATTTTCCTCTCTATCTGGGAACTTGATTTGAACATTGTAGTCCCGAGTGATCTGCTGGATTCTTGAACCTTTGGGACCCATGACCGATCGGTGAAACTTCTGGGGTATAGCACATTCCACTGTCACTTGAGCTTCCTG 

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s danRer3.chr12 18647754 121 +  37038836 ctaataattcgaacttcaactgtaTATATATATAAATAATGGTGAAATGTATGACatttttatta--ataataaaaaatacaaaaaaa---agtaaaaaacaaaaattaGTAAACACTAAATTTGA 
s mm7.chrX      43083290 116 - 164906252 CTGGAAATTTGA-TTTCAACTTTATA-ATCCCTAGCAATTTGTTGGATTCTCGAACTTATTGGTCCCATGATAAAAGGTTGGAAAGAGTGGGGTAGAACATACCGAGTTGTAA--------TTTGG 

a score=11116
s danRer3.chr12 18647877 229 +  37038836 AAACTCACCAGATCGCAAACAATCTCCTGAATGCGTTTCTTGGCAGCGTCCACACACTCTCTGGGTCCTTTGAGGGTGATGCTGTCGCTGTGTGTGCCTGTGCGAGGAAAGCTCACAGCAACTCCACCGTATTCTTCCGCCAGTTCCCTCAAAACCTGCCCTCTCCGACAGACGAAATGACGATGGTGCCGCGGCTCCACTATCATACTGTCCTCTATCACATCATCCT 
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a score=9259
s danRer3.chr12 18649894 239 +  37038836 CCTACCAGATTTTTGATGAGTGTTTCCAGCTCTCTCTGGGCGAGTATCACCGCTTCTTCTTTACCCATGATGGTAATGTGCTCCTGTTCCTGATCGTCTGCCGATGGGAAGATGATCCGTGCTCCAGTTCGATCTCTGACACGACGGATATTAGCTCCTCCTCGGCCAATCAGGTACTTGTGGTACTCCGGCTTGGCTTGAAGCTCAACTGAGAAGTTGTTGACTTGCTGGTGGGACAA 
s mm7.chr1      93325271 239 + 194923535 CCTACCAGGTTCTGGATCAATGCTTCCAGCTCCTTTTGGGCCTCACGGACAGCATCCTCCTTTCCTATGATTGTGATCAGGTCCTGGTCCTTATCTTCAGCAGCCGGAAATATGATGCGGGCTCCAGTACTGTCACGCACCTTTCGGATTTTACCTCCCCCTTTGCCAATGAGGAATTTGTGGTATTCTGGCTTGGCTCGGATGTCCACAGTAAAACTCTTGGTTTGCTGCAGAAACAA 

a score=11892
s danRer3.chr12 18651541 284 +  37038836 TCACCTTCTCCTCCGCCAGCTGCAGCAGTTGTTTTCTGGCTCTCTCCACTTCCTCTGCAGGACCTCTGATGGTGACCCTGTCCAGCCCTGATCCCTCCGCAGGGAAGTGGATGTGAACACCTCCACAATCCTCCATTATGGAGCGCACCAGGCTGCCTTTGGATCCAATCAGAGAGTTATGCAGCTTGGCTGGGATGGAAACCTCCACCTCTTTCATGCTGGCCTG-GGTCAAACAG-ATAAAGTGACAATATGAGA-----AGGTGGAAAGAAAAACTAaa---aaagactgt 
s mm7.chr1      93327873 294 + 194923535 TCACCTTCTCCTCAGCCAGGTGCAGGAGCTGCTTCTTGGCCTTCTCTACATCTGAGGAAGGACCCCTGATGACAACAGTGTCGCTTCCAGAACCTTCCACAGGAAAGTGAATATGGACGCCACCACATTCCTCCATGATGGAGCGGATCAGACGGCCCTTTGTGCCAATGAGAGAGTTGTGTAGTTTGGCAGGAATTGAGACCTCCACTTCAGCTATGTTGGCCTGAAATCAAATAGAACATGGAGAGGAAATTACACTGTTATGTGGTAAGAAAGGCCTAAAGGAAAGAATGT 

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s danRer3.chr12 18652113 146 +  37038836 TTTTCTCTCACCAGCTCTTTTTCAATGGCGAGGATTCGTTCTCGTGCAGCTTCACAGTTGCTCTTTTTGCCTGTTATTACAATCACTTCAGAGTTGCTGTTTTCCGTTGGGAGATCAATCTTGGTGTTGGTTTCCTCTCGTATCTA 
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a score=-556
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s mm7.chrX      121674282 584 + 164906252 AGCTCAGATATTAATtatatatatata---tatatatatatatatatatatatatatatatatGTGCTGTATACCAATTCAAAATC-ATAGGTTGAAAAA---TGTGTACACAGAAAGTAAGTAAAAAGTATTTTGTAATAAAATATATGCAGAATATAGAAATAAAGAAATAAGCTTCTAGGTTTGATAACAGAAATTAAAAGATATGAAAATGCATTCTACAGCCAAACTGTAAAAAAAAAAAGAAGAAATAAAACTACAAAAATGAAGATTAAAATGAAGCATTGTCATCTGTTATGATAGAATAAGGAAAAGGTAAGGAAACGGTATTTGTAAAACCTTTCATAATAGTCAAGGACTAAGTGTAAAGCAAGAAAGCCACATGAGTTCATAAATTCTTATAAAACAGTGACAATTCCTTCTGATGAA----------ATATCTTATGGGTATAAGCTAAATCTAAAGCCT-------TGAGT-CTAACAAGATTGGTAGGAC-AACTGAAGATTGTGAGGAATCCG-ACTGTACAGTATAGTAATATACAATTATA---TAGTACTAAGATTGACC-----TAGATTAATACTGGGTGTGTACACAAACTCGAGAA 

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s danRer3.chr12 18654168 308 +  37038836 TCTACACAATCCCAATATGGTT----------GTTATGGTGTGCTCACCTTCTTAATGTTGGCACCTCCTTTGCCAATAATGTTTTTGTGGAACTGCTTATGAATGGGTACAGAAATTGAGAAGCTGCTCTCAACCTGATAACATGAAAAGCACATAATTAGACACT-AAACCTCAATGCCATTCATAGAGAACACAATATCTCAACTGTAAACAACC-ACAGA--------------TTTTCCTTCAAAACAGGAAATAGAAGAAAAAACGAA------TGTGTCATCTGATCATTT---CACAGCTGCCTGAACACAAACTCTTAATAGCTGCTCTGTGAA 
s mm7.chr1      93329103 341 + 194923535 TCTATGTAATCCACAAAGGCTTTAGGGCTGGGGCAATGACCCAATCACCTTTTTAATGTTTGCGCCTCCTTTCCCGATGATATTCTTGTGAAACTGTTTGAAGATTGGTACAGAAATTGAATAGCTATTTTCCACCTTA-AAGACAAGAGGATTCAGGTCAGAGGGTCAAGTGTCTCCTTTACCCACCAAAGCTATATGAACTTACGTGCATACCACCAACAGACAGACTTAGCCTACTTTACTCCCCGCCTACTTATTATGAGGAAAAATGAAACGAGTTACATCATCTAATTAACTTGGCATAACGACTTATAGA-AAACCCCTATAGAAAGTTCTATGGA 

a score=6730
s danRer3.chr12 18654549 193 +  37038836 TACCAGCTCAGCGATGAGTTTCTGCAGAAACTTTGCACATTTCTCCACCTCATTTTTGGGGCCCCGCAGCTGCACTATGTCACTTTTCTGTTGCTGGTCTGGAAAAATGATGATAACCTGCGGAAAAGAAATCAAAGGCATCTGTATGAAATCAAATCATCATttaaaggcatagtttcccctaaaaaagaca 
s mm7.chr1      93331069 182 + 194923535 TACCAGGTCTGCGACCATCTTCTGCATATACTTAGTGCACTTCTCCACCTCATTCTTGGGGCCTCTGAGTTGTACAATATCACTTTTTTGTGCTGGGTCTGGAAAGTTGATGATAACCT----AAAACAAATCATCAGAA-------GACAGTGCACAATTATTCTAAGACTAAGTTTTGGGAAAgcaagata 

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s danRer3.chr12 18657214 160 +  37038836 aTAAAAAAAAAAACATGTTACAAAAAAAAAT--GTGTTTTACAAAATAAATCACCTCAGGAAACTTGTCGCGCACTTCTTTGATCTTCTCTCCTTTCTGCCCAATGATGGTGCGGTGAAACTTCTGCTCTATGATCAGGTCCTTTGTGCGTTCATTTTCCTA 
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a score=3955
s danRer3.chr12 18660546 212 +  37038836 TTTTCCTCTCAATAATGAGTCAGGTGTGATTCA--------TTTTCGGTAAAGTACATTAGCATGTCTCACCATCCGCTGGGCCATGTCCATCAGTTCTTTGCGAGCAAGCTGCACTCCCTGAGGATCACCTTCAATGCGAACCAAACCACAGCGCTCCGAGTCCTGAGGAATCCTCACCGATACCTTGTACTGCTCCTTTATCCGGTTTACTGGGAAAA 
s mm7.chr1      93333004 220 + 194923535 TTTTCCTCAGGAGCAGCCGACAGGCTTGAGCCGGCAAACCCTCTCGGGCAAGGCCTGGGCGTTTGGCTTACCATGCGAGAAGCAAGCTCCAGCAGCTCCCGCTTGGCCTGCTGAACACCCTGTGGGTCTCCCTCAATTCGGATCAGGTTACTCTTTTCACTGTCAGGGGGGATGCGCACAGACACTTTGTACTGGTCTTTGATTCTGTTGACTTAGGACA 

a score=5548
s danRer3.chr12 18661068 164 +  37038836 ACTTACTGTTGGCTCCGTTTTTGCCTATGAGGTGTCTGTGGAAACGCTGATCAATGTTAATCTCTGTATAGTCCATTCTCACCATCTGAAAAAAGGGAATAA-----AGCACCCGAACGCTAC--ACCTAAACA---GTCTGTTTATGTTTCAAAATCTCAAACTAGACCTGAA 
s mm7.chr1      93335360 171 + 194923535 ACTCACTGTTGGCTCCGCTCTTTCCAATGAGGTGTCTGTGGAATTTATGGTCAATGTTGATCTCTACATAGTCCATCCTATTAATCTACAAAGGAAGAACAAACATCAACAGATGAATGCTTCTAGTTCCAACATGTGTCTGGCCA---TTTAAAAACTCAGAAGACACTGGGA 

a score=3317
s danRer3.chr12 18662912 426 +  37038836 AAACACCCTGAATAGGAAATGCAGTAGTTCTCTGACCAGGTCTTTGATGATCTCCTGTATCTGAATCTGGGCTTGTTCCACCTCCTCTGTCGGTCCCTCTAGACAAATGCGCTCCTCTCCATCAGTGAACTCTATATGAACCTGAT-GACCAACAACAGACACAGAAT---------CTCATTACACATTTATGAGTTACAAATAAGAGTTCTAATGTTACTACTTTTTTGTAACACAAATGGATGAACTATTCTAGGATTTAATGTGGAGATCAAAATTAGACAACCACCTACAATTTCCTAAA--------TGTTGAGGTCACTGCTTAGT--GCTATTTGAA-GTTAACAGTAGTACTGTAAAAG-----AGCCGTTTTT---------AAGCA-----TGTTTTCATGATAAAAAATAGAAAAAAAGAAAAACTCTTTAAGATTTCTCCTAGTCAATGGGGT 
s mm7.chr1      93335930 449 + 194923535 AAATGTCCTGATTAGAAGGTAC----------TTACCAGGTCTTTGACCATTCCTTCAATCTGTTCTTGGGCTACATTCACATCCTCTGTGGGGCCCTCCAGGGTGATCTTGTCCTCACCTTCTGTGAACTCAATGTGAACCTACCAGACCAAAATGAGGGAAGGAATGGCCAAGGCCACATACCACAGCTGCTATGTAACCATACAGGTAATGAGAGTCTCATCTACCAACAATACAAGGAGCTGAAGGG---AAGGGTTGAAGGAGGGCACTAAAC----ATCACCGTCTGAGGTTTGATACAGCTCTTTTTGCTGAGAACAGGAGTTGGGAAGCCCTTCGAGTGCAGACAGCACCACTGCTCATGTTCTCAACTGTCTTCCCTTTTGGAAGGCAGACTTCACTTTCATTGTTAAGAGTAAGACAGATGAAACAGACAATATCTCTTTTCTTTTTCATTTGTGT 

a score=5145
s danRer3.chr12 18665126 148 +  37038836 ACTTTTCTATACCTTAGGCAGCTGCTGTGTAATGCGACTGATGTTTTGTCCTTTCTTGCCAATGATGAATCGATGAAGCCAAGCCGGAGCAATCACTTCTGCCACTATAACACTTTTAGCCT---GCAAAAAATACCAAATGTCAAGGAAA 
s mm7.chr1      93337174 145 + 194923535 ACATTTCCCTACCTTTGGCATTTGCTGAGTGATTTTGGCCAGGTTCTGCCCTTTCTTACCAATGATGAAACGATGAAGCCAGGAAGGGGCAGAGACTGAGGAGACTGTAAAACTGTTGGCCTAGGGGGGAAAAAACC------CAGGGAAA 

a score=9221
s danRer3.chr12 18665316 239 +  37038836 ACCTTGGCGTAGACCTGTGTAAGAGCAGGACCTAGTTTATCTGGCTCTCCTCGGAGGATGATGGTCTCGGATGCGGAGTCCAAAGGAGGCATTTCCACAGACACCCCTGTGTTCTCCAAGATCTCCTGCAGGGTGTTTCCTTTTGGGCCAACAATGTACTTGTGTTGGGACTTTTTCACCTCCACCGAGATTGTGGTAGTTTTTCGTTTCTGCTCG-TCAAAATAAAGAAATCAGTAAAA 
s mm7.chr1      93337904 240 + 194923535 ACCTTGGCATAGACTTCAGTCAACGCCTGTCCCAACTTTTCAGGTTCGCCTCTAAGTATCACAGTCTCAGAGATGCTGTCGGAGGGTGGGATCTCAACAGAAACTCCAGTTCTTTCCAGGATTTCTTGCAGTGAATTGCCCTTTGGCCCAATAACATACTTGTGCTGAGACTTCTTCACCTCTACCGCAATGGTTGTAGTCTTCTTCTTCTGTAAGAGCAGTATAAGGCAGTCAGCAGGA 

a score=16319
s danRer3.chr12 18668420 745 +  37038836 gacagcatgttatagcctcccccctaaaatataacactgtatatggaaagcatcgtcaatgcaccg-----tgatgcagggagatatcgaattgaaccgaatcgatggcatgataatcgtaaccgaaccgAACCGTGAGACCAGTATAGGTTCACACCTCTATAAGAAAGTACTC-TCTTACTCTTGCTTTTTTAACACTTGAACAGTATTGTAATCACCTTCTCTTCATAGGTGGCCCGGATGCGTGCGATGGCCATCGCCACCGCCTCTTTCTCTCCAGTAATGACGATCTCATCTTTGGGAATGCTGGGTGGTGGGATGCTAATACGAGCTCCGGTCTCCTGACTCAGCTCTTGAACGAGTCGATTATAAGCACCGGCGATGAATGGATGAAAAGCTTTCTCAAAACACAAACGTTCCACAGCACGCTTGTCCTGAA----------------GCAGACAGCGGGAGCATAGTGAGATTG---AGAGAATTCA--AGTGTTTAACTTCTTGTCATC-----TAGCTGTAATG------------------------------------ATCACCTGCTCTGCGGAGATTAGTTGAATTTCATGGCGAGCTTTCTCAATGCCTTCCTTGGTGCCAGTGATGCGGATGTTGGCGTTGGGATCGTCAGAGCGAGGAATGGCGATCTTGGTCGCTGTTTTTAACTCCAGTTCCTGCAACTTTTCCCCATTCTTTCCGATCACAAATCGATGATGTTCTTTTGGGATAAGCACAGTTGCAGAGGCCT------GAGGAAATCAGCAAAGATAAACATTTTA 
s mm7.chr1      93338561 802 + 194923535 GACAGCACTCTATAGTGTACCCAGTAGACCAGAAGG-GAAATGTGGCCACCAACCACTAAACATTGACACTTAAGGTAGACACATACCAAACTTTGTC-------TCCAAGGACAAAAGGGTGCAGGGTGAACTGTGGAATTAGC-CAAATTCCCACACTCAAATCCCATTAACCGTTTTGCTCATG-GGCTCTGCCACCTCCACACTGT-------ACCTTTTCCTCATAAATCTTCTTAATGCGAGCCACAGCCTGAGCCAGCTGCTCCTTCTCTCCAGTGAAGACGATTTCTGTACGGTTAACACTGGGTGGAGGGATGTTGATTCGCGTCCCTGTCTCCTGCATGATTTCACCCACAAGTCTGTTGTACGGCCCAGCGATGAAGGGGTGGAAAGCCTTCTCCACTTCTAGCCTCTCTACAGCACGCTTGTCCTGGAAGGACAGTGACCTGATGAGAACACCTGGAGCAGAGAAGCCTTGCCCAAGTCATTCATTGGCAGTCAAGGTCTCCCCAACACACGCTGCTTCAGTGTGGGGCAGGTGGCAGGGCCACAGGCCACTCAGAGGTCTCACCTGCTCAGCAGAGATTAGGAGGACTTCATGGCGAGCTTTCTCGATGCCTTCTTTGGTGCCAGTGATCTTGATCTGATTACTGGGGTCATCTGGGCGTGGGATCTGGATTTTGGTTGCAGTTTTTAGTTCTAAGTCTTGCAGTTTCTCTCCGTTTTTGCCAATAACAAAGCGATGGTGCTCTTTAGGAATGGGAACAGTTGCTGAGGCCTGTAACAGGAGAGACCACCAACAAAAAACCTCCTA 

a score=12144
s danRer3.chr12 18671093 222 +  37038836 CACCTGAGTCTGCAGTCGAGCCACAATCTCCTTCCTTGCTTTCATGACCGAGTCCAGTTTTCCGGTCACCATGATGGAGAGGCCTTGGTCCTTGGCAAGAGACAGTTCGATGTGCGCTCCGGTTTTCTGCATGATGTCCAGGCACACTTTCGCCTCTTCACCCTCACCGAACTGACTGTTGTCTTTATACCGCCGCTCCTCCAGAGGGACATGAAACACCTG 
s mm7.chr1      93344899 222 + 194923535 CACCTGTGTCTGTAGTCTAGCAACAATGTCTTTGCGGGCTTTCATGACGGCATCCAGCTTCCCTGAGACCATGATGGAGAGACCTTGATCTTTAGCCAGAGAGAGTTCCAGGTGAGCACCAGTCCTCTGCATGATCTCAAGGCAGATTTTTGCTTGTTCACCCTCTCCAAACTGGTTCATGTCCTTATATTTTCTCTCTTCCAGGGGTACATGAAACACCTG 

a score=5223
s danRer3.chr12 18671836 223 +  37038836 AAAACCATCAAGATCACCACACATTCAGGGTGCTTTAAGTTGTTCAATACCTA-GACAACACAGAGTGGAT--------AAACCGTGTTT--ACCTGAGTGATGACAGAGGCTTTGATGGGTCTGATTTTG---CTCCAGGCACCTGCTGGTTCACCCGACTTCTCACCTGGAGAGC--CCTTTTCCGGTAAAGGAGGAAAGGCCTCCAGATAGGTGGGTATATAGGCCTCATCCTCTG 
s mm7.chr1      93345941 236 + 194923535 AAAGCGCTCATCAACACTGCATATTCAGAAACCTATCAGAT-CTAACTACTTCCGACAAGGAACAGTTAATGCAAAAAGAAATGGTGCTTCTACCTGAGTGATGACAGAGGCCTTGATGGGCCGGATCTTGTTACTCCAGGCTCCGGCAGGTT--CTTGGGCACTCTCCAAGCAAGCTGCTTTCTCAGGAAGTGGAGGGAAGGCATCCTTGTAGGTTGGAGGGTCATTTTCCTCTTCTG 

a score=3510
s danRer3.chr12 18673406 140 +  37038836 CAAGCCACTGCGGTGCTCGGCAAAACTCTCCTGAGTCAACACTGCCACAGAGCTCATG-----TTTCAAGACCGGATCCGCTATCCTGCAGACAC-----CCAGAGGACAAAATACAG-----AAAAAGCTCAATA--AAACAGCAGTGAAGATCTA 
s mm7.chr1      93348507 157 + 194923535 CAGCCCACTTCGATGTTCAGCAAAACTCTCTTGGGTCAAAACTGCAACGGAGCTCATGGTTGATCTCACGTCCACACACGATCCTAGTAAGACACTGTATCAAGAGAAGGGTAATCAGGGAGCAGAAAGCCCAACGGCAGCTAATTGTAATGATCTA 

a score=1245
s danRer3.chr12 18673890 106 +  37038836 ATACAGTTAGAATTTACCATTTGAATTTTTATAACACACAATTTATATGGTAAAAAATTATTAGTATATAAAGGTCCAAAAAGCTGTATTCAAATCTGTAACAATG 
s mm7.chr1      93349711 103 + 194923535 ATAAAATAAGACCT---CATATCAATTAAAAAAAATTAAACTCAGTATTTTAAAAGAATATTAATACTCAAATCCTGAAAAAGCATAATTCACATGTAAGAAAAGG 

a score=2150
s danRer3.chr12 18674979 80 +  37038836 AGCCAGGAATGTTTTACCCACCTGCAAAG-GGTCAAAAACCAGAAAGTCCGTCCAGGTGGCTGCTACCGAGAGCTCTTCAG 
s mm7.chr1      93349973 80 + 194923535 AGAAAGGGAGCTCAAACTTACCAGCAAAATGGTCAGTAGCCAGAAAGTCCGTCCTGA-GGTTGCCTCTGTCAGCCTGCCAG 

a score=2403
s danRer3.chr12  18706309 187 +  37038836 TCTTTTTTCTATGTGTGCAGAGCATGTTTGAGGTGATTACATCAGAGATGTCATATTTGCGATCTCTGCGTGTGCTAACAGAGCATTTTGTGGAGTCAAGTGAACTGAACGAGACGCTCATTATCATGGACAAAAAAACTCTCTTCTCAAACATTATTCGCATCCAAGAAGTCAGTGAAAGGTGAGC 
s mm7.chr1      107532866 187 - 194923535 TCTCCTCTGTGTCTCCGCAGGCCATGTTTGAGTTGGTTACCTCTGAGGCCTCCTACTATAAGAGCCTGAACCTGCTGGTGTCGCACTTCATGGAGAACGAGCGTCTGAAGAAGATCCTGCATCCATCTGAGGCCCACATCCTCTTTTCCAATGTCCTGGATGTCATGGCTGTCAGTGAGCGGTAAGC 

a score=6058
s danRer3.chr12  18707946 164 +  37038836 TTGCAGGTTTCTGAAGGACCTGGAGGAGCGTTTAGATGAGAATATAATCATTTCTGACATCTGTGACATCATTCATTATCACGCTCAACATCATTTCCCGGCATACATCGACTATGTTCGCAACCAGATTTATCAGGAAAAGACCTACAGTAATCTAATGTAAG 
s mm7.chr1      107534673 164 - 194923535 TCGCAGGTTTTTGCTGGAGCTAGAGCACCGCATGGAGGAGAACATTGTTATCTCGGATGTGTGCGACATCGTGTACCGTTACGCAGCTGATCACTTCTCGGTCTATATCACTTACGTCAGTAACCAGACCTACCAGGAAAGGACATACAAGCAGCTCCTGTGAG 

a score=-2855
s danRer3.chr12  18708110 220 +  37038836 AAAAAATACAT------CAGCACTCAAAAACAAAGACTCAGATGCTTTCTTAAAATAATTTTAGCATTTTTTGTATGTATACTGTAGACAACCTTTGAAGTGAATCAAAAAACCTTTCAAAATTGTCCTTGGACAAGAATGGATGC---TGAAATGGATGATACAGTAAAAGGTGTTGATCCACTTCAAATGTTGACTACTGTATTAAACTCACTGACCAACATCTGTC 
s mm7.chr4      140627825 178 + 155175443 AGGGGCTCTACGGAGGGGGGCTTGGGGAGACATAGGCGCAGAGGACTGGGTGAGGCAGGATCAG-----TCTGTG----------AGGC--------AAGGGCTTCTAGGAA------GAAGTTATACATTCCGAATAAGGGAGACCCGTCACATGG--------GGCAGGAGTGTTGAGAGAC--CCACTAGTGACGGC--------ACACCCTGTCCA----CTGTC 

a score=3384
s danRer3.chr12  18708331 136 +  37038836 CAGGCAAACAAACACTCAGTTTGCGACAGTGATCACCCGACTGCAGGAATCCCCCAAGTGTCAACGACTGCCCTTCATGTCTTTCCTGCTGCTTCCCTTCCAGAGAATCACGCGCATTAAAATGCTCATCGAGGTG 
s mm7.chr1      107536342 136 - 194923535 CAGACAGGAGAAGGCCGCTTTCCGGGAACTGATCGCACAGTTGGAGCTGGACCCCAAATGCAAGGGCCTGCCTTTCTCCTCCTTCCTCATCTTGCCTTTCCAGAGGATCACGAGACTCAAGCTGCTGGTCCAGGTG 

a score=2138
s danRer3.chr12  18711336 81 +  37038836 ACAGATTTTCCTCTTTCTTCCAGAACATCCTGAAGAGAACGGCTGTTGGGACGGATAAGGAACAAACCGCGTCTAAAGCTC 
s mm7.chr1      107537934 81 - 194923535 ACGCAGCTCCATCTTGCCTTCAGAATATCCTGAAGAGAGTGGAGGAGAGGTCTGAACGTGAAGGCACCGCCTTGGATGCCC 

a score=-47
s danRer3.chr12  18711417 36 +  37038836 TGGACTCTGTCTCCAAGGTAAACATCCCAAGGTCAA 
s mm7.chr4      140629061 35 + 155175443 TCAGCGCTCTAAAGGAGGTGAGC-TCAGAGGGTTAG 

a score=1133
s danRer3.chr12  18711833 210 +  37038836 AGCTGTGAATTATTTATGACTGATTTGTTGTCACA-TAGGATTTTAAATAACTTGTCACACCTGTCCTGACAGATTATTGAAGAATGTAATACTCAGGTTGGAAAAATGAAGCAGATGGAGGAACTGATTCAGATTAATGGTATGCTGGAATTCGA---CAAACTAAAGGTGAG-----CTGCTGATTCATTGCATTTAATGGCATATATTGTTGGTGC 
s mm7.chr4      140629096 215 + 155175443 AGCTGTGGGC-ATCTGAGAGCCATGTCTTCCCATAGCGGGGACCCAAATAAACGGCCCCCATCCCGCTCCCAGCTGGTGCAGGAGTGCAACGCGAGCGTGCAGTCCATGAAGCGGACGGAGGAACTAATTCACCTAAGCAAGAAGATCCATTTTGAGGGCAAGGTAAGAGACGGCAATCCTCCTGCCTCGGGGCGT---AGGGCGTATGTAGTCACTGC 

a score=2409
s danRer3.chr12  18714143 203 +  37038836 CAGGCAGTGCCAATTATATCTCAAACACGTTATTTGGAGAAACAAGGAGAGGTGCTGGAAGTAAATAAAGGAGGAACGTTCTTGGGCAACCTGCGCCCCAAA------TTTACCCCCGTCTACCTCTTTCTTTTCAATGACCTACTTGTCAT-TGCCATCAAGAAAAGGTAAAATGCTGGAAAAACCTGTCTGTGTTATGCTTCACTTTG 
s mm7.chr1      107541348 197 - 194923535 CAGTCGGTACCCATCATCTCACACTCCCGGTGGCTGCTGAAGCAGGGTGAGCTGCAGCAGATGTCC---GGCCCCAAGACCTCCCGCACCCTGCGGACCAAGAAGCTCTTCAGAGAAATTTACCTCTTCCTCTTCAATGACCTGCTGGTGATCTGCC----------GGCAGATCCCTGGGTGAGCCTGGCACTGACGGGCCTAAGTGTG 

a score=1710
s danRer3.chr12  18715310 190 +  37038836 CTCTGTTTCTGTGTGCTGCAGTGCTGAGCGGTATGTGGTGCTGGATCATGCCCATCGTTCGCTGGTCCAGGTGCAGTCATATGAGAACTCAGCTGTGCCCAACATAGAGCACTGC-TTCTGTCTGACGCTGCTGGAGAATCACCAGGGACGACAGATGGAGAGAATCATGAAGGCTCCCTCACAGTGCGTG 
s mm7.chr1      107541867 184 - 194923535 CCCTGCCTCCCTGTTCCCCAGAGACAAG---TACCAGGTGTTTGATTCGGCCCCAAGGGGCCTGCTTCGAGTGGAGGAGCTGGAGGAC----CAGGGTCAAACACTGGCTAATGTGTTCATCCTGCGGCTGCTGGAAAATGCAGATGACCGAGAGGCCACCTATATGCTGAAGGCATCCTCCCAGTGAGTG 

a score=4278
s danRer3.chr12  18717283 111 +  37038836 CAGATTGTCCTCAGGTGCAGTGTGTGGAGCAGTATGTGGCAAAACAATCGGATGAATTAAATCTGGAGCGCACAGAGATCATCAATGTTATACGCAAAACCAATGAAGGTG 
s mm7.chr1      107543420 111 - 194923535 CAGACTGTCCCCAGGTCCAGTGTGTGCACCCGTATGTGGCCCAGCAGCCTGATGAACTGACGCTGGAACTGGCAGATATCCTGAACATCCTGGAGAAGACAGAGGATGGTG 

a score=1004
s danRer3.chr12 18728221 184 +  37038836 ATTTTCCATTTAAAATGTTGGGTTTTACAAATGTTTGGTTGTCTTTTTGCCTTATTTTTTGGACCAGTGTTAGTTCTAGTTATGA--------TTTGAATTTAGTAATTAGCATT-------AGAATTGTTTTATTTATTATTTCTCACACCTTTTGCTCTTTTTT------------TCTGCCAAGTTTCTTATCtaaaaaaaaatcttt 
s mm7.chr11     18046773 211 - 122091587 ATTTCATGTTTAAAAGGCTATATGCCTGTAGTGTTTGGCTTGTATTTTTTTTTTTCCCTAGAGGCAAAGTCAGTTTTAGAAAAAAAAAAAAAGTATGGAATTTTTCCTTGGCATTTCTATGGTAAATAGACAACTTGACTATTTATAGGGACTTACACTTTGTTTTAAAATGAGATACCCTGCCTGGCTTACCACCAAAACACAGATGCTT 

a score=5857
s danRer3.chr12 18729084 106 +  37038836 TTTTTTCAGCAAATGCAAGCAGCGAGATGCCCAACAGATGAACTGTCTCTCACAAACTGTGTGGTTGCAAGTGAGAAAGACTTCAAATCTGGGCAGTGAGTATTTG 
s mm7.chr11     18051722 106 - 122091587 TTCTTTCAGACTATGCAAGCTGCGAGATGCCCTACTGATGAATTATCTTTAAGCAACTGTGCGGTTGTGAACGAAAAAGATTTCCAGTCTGGCCAGTGAGTAGCTG 

a score=4064
s danRer3.chr12 18729291 116 +  37038836 CTCACTTTTATAGGCATTTGACTATTAAAACCACTCCAACTCAGAAATTTGTTTTCACTGTGAGAACTCATCCAAGCGTGGTGCCAGGAACCATTGCCTTCAGTCTACCTCAGGTA 
s mm7.chr11     18053690 116 - 122091587 CTCTGTGTTTTAGGCATGTGATGGTGAGGACGTCCCCCAATCACAAGTACATATTTACGCTGAGGACCCATCCGTCAGTGGTTCCAGGATGCATCGCGTTCAGCTTGCCTCAGGTA 

a score=3158
s danRer3.chr12 18730916 78 +  37038836 CTCTCTGTGTCACAGAGAAAATGGGCTGGACTCTCTCTAAACCAAGATGTGGAAGGTACGTGTGTAGTTTATTATTTT 
s mm7.chr11     18056344 78 - 122091587 CTTTTTATTTTATAGCGAAAATGGGCTGGACTTTCTATTGGACAGGACATAGAAGGTAGGTATTATTATTATTATTGT 

a score=7004
s danRer3.chr12 18741592 189 + 37038836 ATGTGGAAGCTGTGTGTGCGGTGTGTA------------TTACCGAGAAGGCTTTGGATGAGGTCTTATCGTCTTTGCCTGAGATGACTTTTGCGTTCCTCCTGGTCTCTCTTAAACGCTCGATGCATGGAGGCTTCACAAACACCACGTAGGGCTTAAACTCGGCCGTACGAAGATGCTTTAATGTCTGATGGAGAGAAA 
s mm7.chr18      7557001 201 + 90918714 ATCTAGATGCTATTTGCATGGTGGCTAAGATCATGACACCCACCGTGAAGGGCTTTGCAGTCCCTTGGTCATCTCTGCTTGAAATAATCTTTGCATTTTTTCTTGTCTCTCTCAAACGCTCTATGGATGGAGGTTTTATAAATATCACATAGGGTTTGAACTCCAGTGTCCTTAAATGCTTCACTGTCTGCAAGGAAGAAA 

a score=5865
s danRer3.chr12 18745030 220 + 37038836 GGAGATAAATCTGGAAAGAGACTGAAGTAGTGATGCAGAGGGAGGCAAAATGGAGAGATATAATGTATATCTGAGGGAAAAGAGAGACTCACATGTGGCTGTACGTCTAGAAGGCACACCTTGTTCTTGGACAGGACTGAACGTACGGAGTCGAAGCTTGTCCCATAGTAGTTTCCCTTATACTCTCCGTGTTCAATAAACCTAAGGCAAAGAAGAGGAC 
s mm7.chr18      7558834 202 + 90918714 GGAGCTCATGCTG---AGATGCTGGAGGAAGTTCATAGGGAACTGCACAATGGAAGCACA---------------GACAACGGCTTACTTACATGAGGCTGGACATCCAACAGACAAACCTTGTTCTTAGCTAGGACAGAGCGAACCGAGTCTATACTTGTACCATAATAGTTGTTTTTATATTCACCATACTCAATGAACCTGTAGAAAATTAAAAGAC 

a score=5081
s danRer3.chr12 18751144 186 + 37038836 AATAGTTTATACACA----------TAAGAACAGTATGTGAGGCAAGAGGATAGTGTTAGAAGGCG-----ACTTACTTGTTGTTCTGAATGTCAGCCTCAAAAAGGTTTTTGGAGATGAAATGATACTCCACTCCTTCGCTTTCCTGGTGTCTCTTTGACCGAGAGGTGTCTGTGA-AAGATAAAGGTAAAGTGAAGAAAA 
s mm7.chr18      7559961 196 + 90918714 AAGAGTAGATATACAGGCACCAGTTTAAGAACAACAGG------AAGAGAAAAAAATTCAACAACATTTTCACATACTTGTTATTTTGTACATCTGTCTCAAACAAATGTTTGGAAATAAAAATATATTCCACACCATCACTCTCTTGGCTTCTTCTTGCTCTAGTGGTGTCTGTAATTTGATAGAAAAAGAGTTGAAAAAA 

a score=4858
s danRer3.chr12 18758462 323 + 37038836 AAAGGACTTACGTGGGATGGTGACACTAAAATGTTGTGTATCAGAAATCAACAACTTCCTTTTGAGCTCATTCAATCCAACACCAGTAGGACCTG---CAGAAGAAAACAGACAAACAAGAAGAAAGTGTAA---ATTAATATCTTGCAAAAGGTTTATTAACAATTAAATTTACTCTTT---AGTTCTAGTTATTTAACTTTGACTATTATGATTTTTATTTACGTTACATTCTTTTTCAGCCGATAGCaaatatattaattattttgttaatatagtttcactttattaaaaaaaaa------aaaatcttaattaaaaaaac--aaaaattatttCA 
s mm7.chr18      7583868 334 + 90918714 AGAGAACTCACGGGGCACTATCACACCATAGTGCTGTGCATCACTCATCAATAGCTTTCGCTTCAGCTCATTTAGCCCGACTCCGACAGGACCTGAAACAGAAAACAATAGAGACTGAAAATGCAAGTCTAATCCATCGAT-TCTAGCAGGAAGACTAGTAA-----AGCTCTATACATGAGAAGGATTGGTTTTTATAGAGTTGCTTTAAAAAAGTTTATACACTTACTTTTTTTTTTCAGGAAACTTAAAACATACTAAATAATGGCTGAATATATTACCAATTAATTTATATACAAGTACCTAAGATTGTACTGAACAATCCTGAATGATCACTTCA 

a score=10827
s danRer3.chr12 18776437 277 + 37038836 TGTTCAAGATTTTATGGCCATCAGGTTGAGG---TAAAATAG----CACTTTTCAGCTAATTTTTTGT--------CACTTACCAACTAACACGACAAGCCTATGTCTGTCGCCGTGTTTCCTGCGGTAGGTTGTCACCTCTTCATAAGTGGGCACATCAGCTGTGTCATACTGCTCACTTTTCTTACATTCATACATGGATTTATTGGTCTTCTTATCTCTTCTGCTGAGACGAAAACTCCTCCGCAGGCCCGCTGGAAAGGAAAGGAGAAACAAATAAGACAAAAGAACA 
s mm7.chr18      7606993 292 + 90918714 TGTTCAGGATGAAGGGAATTTTAGCTTGAAAGCTTCAACTAGGATATACTTTAAATCTAAATCCTTACAAAGCAAACACTTACCAACCAGGACAATGAGTCTGTATTTGTCATGGATCTGCCGCCGGTAGGGTGTCACCTCCTCATATGTGGGCACATCTGCCGTGTCATACTGCTCACTCTTTTTGCATTCATACATGGACTTATTTATTTTCTTATTTTTTCTGCTAAGACGGAAACTTCTTCTAAAACCAGCTACAAATAAAAAAATATACATTTTTTAAAAGAAAACA 

a score=11636
s danRer3.chr12 18807066 238 + 37038836 TGGCTAACCTTTCCTGAAAGTGTTTGGAAGGGATGAGGCCAGCGCGCAGGTTGCCATCGCCCTCCAGTTTGGCCTGCCACCATGTGGCATCATCCTGACTCATAACCTGGAGGATATCGCCCTTCTTGAACCCCAAGCCTGCCTCCTTGCAAGGGATCGCCTTATCCTCAGCTGGATTGTAGTCAAAAAGCGCCTTTATAAACATCTA----AAAAGCAAGAGAGAGAGAGAAAAGAGCTTC 
s mm7.chr18      7643965 242 + 90918714 TAGCTCACCGTTCCTGGAAGTGCTTGGAGGGAATCAGGCCCGCTCTGGGGTTGGCATCTCCTTCATGCTTAGCCTGCCACCATGTCACATCATCTTGGCTCATAATCTGAAGAATGTCCCCCTTCCTGAAAGACAGCCCTGCCTCTTTACACGGGATTGCCTTGTCTTCCTTAGGATCGTAGTCAAAGAGGGCTTTGATAAATATCTGGGACAGAAGGAAAAATGGGAGAGGCAAATGTGTC 

a score=2837
s danRer3.chr12 18810355 100 + 37038836 ACCTTGGGCTCCTTGCTTTGTGCCTCATCTTTGATGCCTGGGACCACTTTAAATGTGATGGCACCTTGTGACTGGGACTGTAAACAAAAACAAAATGAAA 
s mm7.chr18      7644320 100 + 90918714 ACCTTGCCTTCTTTCGAAGGTGTCTCCTCTTTGGTGCTGGGTATTATCTTAAATGTAATTGCTCCCTTGGACTGACTCTGGTATCAGGGATCAAAGAAAA 

a score=3640
s danRer3.chr12 18810706 214 + 37038836 TCACAGACACACACACACATACCAGAATGCGAATAATTTCCTCAGGTTTTTTGTCATCTACAGGGATACCGTTGACCTCTTTTAGCTCATCCCCGACATGTATCAGCCCTGAATGCAACAAAGATTAATGGATGGCAATAGTGGAAAAAGCACA----GATTATTCAGTATAATAAACAATATCGAACTTCCAACTAAACATTTGAGTGTTGTCAGGG 
s mm7.chr18      7645421 214 + 90918714 TTACAAAAAGGTAACAGCTTACCAAAATCTTTATTATTTCCTCAGGCCTCTTATCTTCCACTGGGATTCCATTCACTTCCCTCAGCTCATCACCCACGTGAATAAGACCTGACAAATACAAA-CCCAGTAAGTGAGCAGAGCCACAAAACAACACTGTGACTGTTGACTGTTTC---CAACATTCAACTGGCCGCCATTCCTCAAAGTGACTTCAGTG 

a score=5054
s danRer3.chr12 18810933 103 + 37038836 AGAGCTCACCACTTCTGTCTGCTGCGCCACCCCTTAAGATACGCGCCACTAAGATTGCTCCAGTGTGTTCATCTTTCTTTATGGTGGCACCCTGTAacacaca 
s mm7.chr18      7646674 103 + 90918714 AGCCCTTACCACTTCTATCTGCAGCTCCTCCCCGCATGATTCGGGCCACAGTGATTGCTCCGGTCTGCTCATCTTTTTTAATGGTAGCACCCTTTCAAATAAA 

a score=4286
s danRer3.chr12 18918515 115 +  37038836 CGAGGAGAATAAAGACAACAAAACAGAGTCTTCAGAGACAGGCCGGGCTGCGGTTGTGTTTTCCCTGAAAAATGAAGTCGGTGGGCTAGTCAAGGCTTTAAAGCTTTTCCAGGTA 
s mm7.chr7      98924864 115 - 141766352 CAAGGAGAACAAAGAGAACAAAGACCATTCCTCCGAAAGAGGGAGAGTGACTCTCATCTTCTCCTTGGAGAATGAAGTCGGAGGACTCATAAAAGTGCTGAAAATCTTCCAGGTA 

a score=8183
s danRer3.chr12 18918745 206 +  37038836 CCATTGTTTATAGGAAAACCATGTAAACCTTGTACACATTGAGTCCCGGAAATCTAAAAGGCGCAACTCAGAGTTTGAAATCTTTGTGGACTGCGACAGCAACCGTGAACAACTGCACGAGATCATTCAGCTGCTGAGGAAACATGTTAACGTGGTGGAGATGGACGCGCCTGACAACCGCCTGCCTGAGGAAAGCGGTATGAATG 
s mm7.chr7      98927948 206 - 141766352 CTGCTTTCTACAGGAGAATCATGTGAGCCTGTTACACATCGAGTCCCGGAAATCAAAGCAAAGAAATTCAGAATTTGAGATATTTGTTGACTGCGACATCAGCCGAGAACAGTTGAATGACATCTTCCCCCTGCTGAAGTCGCACGCCACCGTCCTCTCGGTGGACTCGCCCGATCAGCTCACTGCGAAGGAAGACGGTACGTGTG 

a score=5887
s danRer3.chr12 18919922 158 +  37038836 TTTTTTTTGTAGAGATGGAGAATGTGCCGTGGTTCCCGAAGAAGATTTCAGATCTGGATAAATGTGCGAACCGCGTGCTGATGTATGGATCAGATCTAGATGCAGATCATCCTGTAAGTGGGATAACTTTACCGTTACAAAATCAGTGTGACGTAATT 
s mm7.chr7      98929623 155 - 141766352 TTTATTTTACAGTTATGGAGACTGTCCCTTGGTTTCCAAAGAAGATTTCTGACCTGGACTTCTGCGCCAACAGAGTGCTGTTGTATGGATCCGAACTTGACGCCGACCACCCTGTAAATATGTTTAC---AAAGTCACGCAGTGCGAATAACTTAAGT 

a score=14224
s danRer3.chr12 18920107 484 +  37038836 AGGGATTCAAGGACAATGTCTATCGCAAAAGAAGAAAGTACTTTGCAGACTTGGCTATGAGCTACAAACAGTGAGTTTG--AAAAATATACTATTAAGAGTTTATAATTAACCCAAAAATCACCTCataatttatcaaataaatttttagttat-tatattaGGCTACATAATTAGTTTTTAGATATAGCTACTGTATCATTTGAAATACCATGAGCAAATGTGGAGTTTTCTTAAAACTCTGAACTCATGAACTGAGCCCTAACTAGGCTTTTCTCCTCTGTTAGTGGAGATCCCATCCCTCGCATTGAGTTCACAGAGGAGGAGGTGAAGACGTGGGGTGTCGTGTTCAGAGAGCTGAATAAACTCTATCCCTCACACGCCTGCCGAGAGTACCTGAAGAACCTGCCGCTGCTCATCAAACACTGCGACTCCCGTGAAGACAACATCCCTCAGCTGGAGGACGTCTCACGCTTTCTCAAAGGTCA 
s mm7.chr7      98932874 422 - 141766352 AGGGCTTCAAAGACAATGTCTATCGTAGAAGACGAAAGTATTTTGCAGAGTTGGCTATGAACTACAAACAGTAAGTATGTTACAAGCCAACACATCAAACTTTGAGATAA---CAAAAAGAACAAAATAA--------ATGGAATATAAGCTATGTTTATTAGG-TATATAGAAAGTC----------------ATATAACCCTAACTACC------------------TGACTACAGTGCAGAACTC-----------CCTGTCT----CCATCTCCTC----AGTGGGGACCCCATTCCCAAGATTGAATTCACGGAAGAAGAGATTAAGACCTGGGGGACCATCTTCCGAGAGCTAAACAAACTCTACCCGACCCACGCCTGCAGGGAGTACCTCAGAAACCTCCCTTTGCTCTCAAAATACTGTGGCTATCGGGAAGACAACATCCCGCAACTGGAGGATGTCTCCAACTTTTTAAAAGGTAA 

a score=280
s danRer3.chr12 18923479 92 +  37038836 ATTGTTGAACATGATTAGCTTTGGTTCATTCAATATGTAAGTTTACCAAACTG-------------GAAATGCAACCCATAATGTGAAATGCAATAGTATTAGTA 
s mm7.chr10     87128282 99 + 130066766 attcttatgaatcataacatttgatttatttgatatgcaggatatctaaggtgccaccccCTTGGGGAGTCATACCTCACAGGTTGTAA------ACCACTTATA 

a score=7909
s danRer3.chr12 18923571 201 +  37038836 GACAAATATGAATAATGTGGTTTATTGTCTGTTTCAGAGAGAACAGGCTTCACCATCAGGCCTGTGGCAGGATATTTGTCTCCTCGAGACTTTCTGGCAGGATTGGCTTTCCGTGTGTTTCACTGCACTCAGTATGTCAGGCACAGTTCAGACCCGCTCTACACACCTGAGCCGTGAGTATATGATCATGATTATTAAACA 
s mm7.chr7      98936238 200 - 141766352 GAGAGAAATGTTTTCTGTCTTCTCCTTTGCTTTGCAGAACGCACTGGGTTTTCCATCCGTCCTGTGGCTGGTTACCTCTCACCGAGAGATTTTCTGTCGGGGTTAGCCTTTCGAGTCTTTCACTGCACTCAGTATGTGAGACACAGTTCAGATCCCCTCTACACTCCAGAGCCGTAAGTAC-TGATGCTATtcattcatca 

a score=3091
s danRer3.chr12 18924984 181 +  37038836 CAGAGACACATGTCATGAGCTGCTCGGACACGTTCCTCTTCTGGCGGAGCCCAGTTTTGCTCAGTTCAGTCAGGAGATTGGTCTGGCTTCACTGGGAGCATCAGACGACTCCATACAAAAACTCGCCACTGTAAGTTATCATTTTGATCATAATATACAACAATTTCATATTTGGGAGTGC 
s mm7.chr7       2443911 152 - 141766352 CAGAGACTGCTGCCACGAGCTGCTGGGACACGTACCCATGTTGGCTGACCGCACATTTGCCCAGTTCTCCCAGG-------------TATGTTTAGGGC---------CTCAACGCAGAAACCAG-------AGGTTATTTGGTTGAGCCAGAGATTCAAAAGTTTTACTTGTTGGGGTAC 

a score=7801
s danRer3.chr12 18927435 170 +  37038836 TCGATTCTAATGGTGAATTAAACACATCTGTCTGTTTCAGAGACACATGTCATGAGCTGCTCGGACACGTTCCTCTTCTGGCGGAGCCCAGTTTTGCTCAGTTCAGTCAGGAGATTGGTCTGGCTTCACTGGGAGCATCAGACGACTCCATACAAAAACTCGCCACAGTA 
s mm7.chr7      98937128 169 - 141766352 tCAATTGTCACAGTGTGATACAC-TGTGTCTGTGTTGCAGAGACACCTGCCATGAACTCCTAGGCCACGTTCCTCTCTTGGCTGAACCCAGTTTTGCTCAATTCTCCCAAGAAATTGGCCTGGCTTCCCTTGGAGCTTCAGAGGAGACAGTTCAAAAACTGGCAACGGTA 

a score=5457
s danRer3.chr12 18929467 110 +  37038836 TTATATTTCAGTGTTATTTCTTCAC-GTGGAGTTCGGGCTCTGTAAGCAGGAAGGGAAACTGAGAGCTTATGGAGCAGGTCTGCTGTCCTCTATCAGCGAGCTGAAGGTAA 
s mm7.chr7      98939154 111 - 141766352 TCGTTTTGCAGTGCTACTTTTTCACTGTGGAGTTTGGGCTGTGCAAACAAGATGGACAGCTGAGAGTCTTTGGGGCCGGCTTGCTTTCTTCCATCAGTGAACTCAAAGTAA 

a score=7113
s danRer3.chr12 18929645 183 +  37038836 TTCCTTTTCTCTAGCACGCACTGTCAGGAAATGCCAGGATCTTGCCTTTTGACCCCAATGTGACTTGCAAACAGGAGTGCATCATCACCACGTTTCAGGACGTTTACTTCATGTCAGACTCCTTTGAGGAAGCGAAAGTCAAAATGAGGTGCGCAATCCAAAAGTTATAAGAAAAAAAAAGCA 
s mm7.chr7      98940057 174 - 141766352 TTCTTTGTCTCCAGCATGCACTTTCTGGACATGCCAAAGTCAAGCCCTTTGATCCCAAGATTGCCTGTAAACAGGAATGTCTCATCACGAGCTTCCAGGATGTCTACTTTGTATCTGAGAGCTTTGAAGATGCAAAGGAGAAGATGAGGT---------AAAaaacaaacaaacaaacaaaca 

a score=3614
s danRer3.chr12 18932128 565 +  37038836 tatttaGCTCTTTTTATTGTTTTGTCTC-ATTTAATGGGGaaatttttctttttttaaaatatattatttattgatttaatcaataaatGAAACCTGTGCATCTTTATCTTTC-----AGGGAGTTTGCAAAGACCATCAAGCGGCCATTTTCAGTGCGTTATAACCCGTACACGCAGAGTGTGGACGTTTTGAAAGACACGACCAGCATCAACAATGTGGTGGAAGAACTGAGACATGAGCTGGACATCATTGGAGATGCATTAAGCAGGCTAAACAAACAACTAGGAGTCTGAAAAACTACATTTTCCAACAAA-ATCCCCCAGTCCCAAGTTCATTTGTTTTGTCACA---CTACTTCAATGTATGGCATCAAAGATGTGCT--------GTATGTATCTACCAAAGTCAAATCCTATATTTTTCCTATATTTATATT--ATTAGTTTGGCTTTTGTTTGATTAAATATGTGATTCAGCAAAAGGAACTTCTTGTATTTTATGTGTGATTTCTATTCGAGAAGCTG--------------GTTATTATGCAAGGTGATAACAACGA-ATATGGTTAAAATCAGGCAATTGATCATAA 
s mm7.chr7      98942437 570 - 141766352 tgtgtgtctctgtgtgtgtctgtgtctctgtgtgACTAGGTCTTCTGTCCTGTGTTTAGTTTTGTCACCCACT------ATCACAGAAATTAACACTCCCTTCCTTGTTTTCTTAAATAGAGAATTTGCCAAGACCGTGAAGCGCCCGTTTGGACTGAAGTACAACCCGTACACACAGAGTGTTCAGGTTCTCAGAGACACCAAGAGCATAACTAGTGCCATGAATGAGTTGCGGTATGACCTTGATGTCATCAGTGATGCCCTCGCTAGGGTCACCAGGTGGCCCAGTGTGTG-------ATGGTTTCCAGTGCATATCCAAAAAGCCTTTGAGCATCAGTCTAGAGCCAGGGCTAGTTC--TTGCTTCCCCTGAAGACCTGCTTGGGGAGGGACAGCAGCTCCC--AGCTTAGCAATGTCTCTCGCCTCTCTCCATATTCAATCACTCACTCTCT-------CTGAAAATGC------ACACCTGGAACTGCTTATCTTCTACTTCTGTTTTGTCTTCTGGAACCTGCTGAGGGAAATATAGTTCACGTGCCACGTGATGCCCAGGACACACATTTAAAATAttttatttcattaaaa 

a score=1574
s danRer3.chr12 18934227 281 +  37038836 TTGAATTTGTGTCACAGGGAGCCAACAGTTATGGTCAGCTCGGGCAGGGAAACGCAGAAGATCAAGCCGAGCCGAGGCGTGTAGAAAGCGGACTGCAGGAGGAGCAGATCCGCGCTGTCACCGGAGGAGGCGGACATTCGGCTCTCATTTCTGGTTAC------------ATGGC------CTATTTTGCTATAAAATATGTTTTTTAAAAGTT---TGAACAGCAATATGTAAGATTACGTTGTTTAGAATTAGTAAAATTGTACTTTAAATCTTTGTATGTTTGTTTACCTTTTATTTGT 
s mm7.chr7      98954578 298 - 141766352 TTGTATTTTATCCGTAGGGTGCAAACAGCTATGGGCAACTTGGCCTTGGCCATAAGGAAGATGTGTTTCTGCCCCAGCAACTGAGTGACTTCTGTCAAGCTGGGTGTATCAAGAGTGTCACAGGAGGAGGAGGGCATTCTGCAGTTGTCACAGGTAATTCTCACAAAGGAATAGCCACTCACTTTCGTGTCGAGATATTTGCCCCTTGGATGATACCTTGCCATTCATTTGT-CTTTGACATTTCTCAGAG--AGCAGTAtt-tgttttttgtttttgtttttttttttgttttttgttttt 

a score=5331
s danRer3.chr12 18936292 197 +  37038836 CAGATTCAGGCGAGCTGCTGGTGTGTGGACAGAACCACAAGGGTCAGCTAGGGCTCGGTCACACCTTAGAGATTATGACCTTTCAGACCTGC---CCTTTACCTGGGTTTGGAAGAGTTCAGCAGGTGTCCTGTGGGTGGGACTTCACCATTATCCTGACAGGTGAGTG----TTTGGGTCATTAAATTCATATGTGGTGTGAT 
s mm7.chr7      98956238 201 - 141766352 CAGATGGAGGAGATCTTTTTGTTTGTGGCCTGAATAAAGATGGGCAGTTGGGGCTTGGTCACACAGAGGAAGTTCTGCGTTTTACCATCTGCAAGCCTCTCCGTGGTTGTCCCA---TCCGACAGGTGGCCTGTGGCTGGGACTTCACCATCATGCTTACAGGTAAGTTCACCCTTGGGTAAATATCTCCAAGGCTTGGGTGAT 

a score=2819
s danRer3.chr12 18938934 133 +  37038836 GGAGCCTGCAGAATAGACTGTGTGTGAATCAAGAATGTAATTAAATAAAATCACGTGTTCTGCTTGCAGAGCTTCCATGAGCCAGTTACTAGTGTGGCTGCAGGACTCAGACATGCTTTAGCAAGCACAGGTA 
s mm7.chr7      98963818 128 - 141766352 GGAGTC-ACAGAATAGTTTGTAGACGAAT-GATTCTGAGACTAAGTTTGCTC---TTTTCTTTGGACAGTGCCTGAGAGAGAAGGTTGTTTGTGTCGCTGCTGGACTGAGGCATGCCTTAGCCACTACAGGTA 

a score=412
s danRer3.chr12  18981931 372 +  37038836 tggaaGTATAGGAAGATGAGAGACCATGTGGAAAAGAGGAAGTAGTAGAGGGGTAAGAACAGGTAAGCATGGGTGATGAAGAAGAAGAAGCAAGGATTAGAGTAGGAAGAGAATAGAATAGATGAGAATGGAGAAGGAAAAGGGGACATTGGTGAAAGGAGAGTCAGGAAAACATAGATAGAGGTAAA---------------------ACAGAAAAGAAAGAAAGCAGAAACAGGAGTGGAGC----CAAGAGGAATGGGATGATGGGATAGGGAAGAGGTAGGAAAAACAGCAAAAGTGATGAGGGACAGGAAATGGAAGAGGAAATAGAAATAGGGA---GGGAGTTGGTGGACAAAATTGGAAGAGTAATAAGAGAATAA----GAGGAATGAGATGGGT 
s mm7.chr6      126752866 400 + 149646834 TGAATGAACAGGGAGATGCAGG--CATATAGACAGGAGCAGATACTGATCTCACAGATGCAGGTGCAGCTGTG-GGTGTAGATGCAAACACAGACACAGGTGCAGATACTGGTGAAGATCGATACAGACAGAGATGCAGTATCTGATGCAGACAGACGCAGAGGCATACAGATACAAACAGAGGTAAAGTGGCAGATGCACATGAAGATGCAGATATAGATGCAGATAGATGCAGAGGTGCAGCAATGCAGACAGACCCAGATGCAGACATAGATGA-AGACAGATACAAATGGAGATGCAAGTGCAGAGTGCAGTCGCAAATGCagacagagatgaagacacaagtgcagatatgcatgacagacagatggagatgaaaacacatgtgcagatgcagatggat 

a score=1635
s danRer3.chr12  18982303 47 +  37038836 TGAAAAAGAGAGCAGGAAGAGAAGAGGAGAGTTTCAAATGAAAGAGA 
s mm7.chr6      126755231 47 + 149646834 ACAGAGAGAGAGCAGAGAGACCAGAGGAGCCACTCAGAGTAAAGAAA 

a score=271
s danRer3.chr12  18982374 64 +  37038836 CAGTGTGAGCAGGCATCTCAGCGC-AGCACTGCGGAG---CGAGGGCCT----------CTGATTGGTTAGTTTTGTT 
s mm7.chr3      107261544 78 + 159849039 CAGTTTAGATGTGCATCCCCGTGTTAGAACTGAGGAAGGCCGTGGGTGTGGCTAAGGACCTGAGTGGCCAGGTGGGGG 

a score=2645
s danRer3.chr12  18982438 131 +  37038836 GTCCATGCTACAGGATGGATGGGATGGGAGAGTGGACCTGCTGCAT----------GAGACAGGGCGGGCTGCAGGGCAGGGCTGACACTGAGGCCACGCCTCCAGAC-----ATGCTGCTGTGGCTCCATGGCTTTTCATAACCT 
s mm7.chr7      100989818 146 - 141766352 GGCTGCGCTAGAGGATGGAGGGCAGGGTCGGGGGAGCTCGGCGCGTGGCCCGGGGAGAGCCAGGGGGGGTGGCGAGGGGCGCGAGGCGCAGGGACACCCCGCTCAGGCCCACAATGCTGCTCAGGCTGCGGGACTTCTCGTAACCT 

a score=743
s danRer3.chr12  18982573 65 +  37038836 TTGAAGAGAAAAAGGGCTTTCAGTAAAA-----------CCTCAC----AGAGCAGCCTTCAACTCCAGACAAAGACTCT 
s mm7.chr3      107261766 77 + 159849039 TTGGTGAAGAAAAGGCACATGGGTCAAATAGGAGCTTCTCCTCATCAAGGGAGCGCCATGCTACTTCAG---GAGACTCT 

a score=192
s danRer3.chr12 18983910 99 +  37038836 AGTGACAGTCGGTCGATTTGCATCGAAAGAGCATCTTTGATTGACAGCTGCTCCATTTTCAGACACAGCACTGGCAGTGCTCAGATGGCTAGCAGTGAT 
s mm7.chr10     18101746 63 - 130066766 AATGACGACTGAGCGTTTTGCATC--------ACTCTTACTTAACAGCTAAGTCACCT--------------------ACTAAGATT--------TGAT 

a score=437
s danRer3.chr12  18984009 8 +  37038836 TGGATGGT 
s mm7.chr7      100993240 8 - 141766352 TGGAGGGC 

a score=5933
s danRer3.chr12 18984017 241 +  37038836 TACGTACCCTTCCTGACTCTTCCCCCAGTGTGGTTGGCTCGTTCTCCTCCCGTAAGCAGGAAGCAGGGTC------TCTCGCGGTCCACCGGACTG---------AAGACTTCCTCGGGTGACACCGCTTGGTCGATGTGAGGACAGTCCTCATTGGCCAGGGCAGCTTTGGATGGCTCCCCGTTCACTTTAAAATCTCCAGTC--ACAGGCAAAGAGAGATGACTTATTACAGAC-------TGATGCAAGGTGACATGCAGGA 
s mm7.chr7      99154798 265 - 141766352 TACATACCCTTTCTCATTCCTCCACCAGGTGGGCACGCGTACTCCCCGGTTGATAAGAGGAAGCAGGGTCCGTATCTCTCGCGGGTGCCCGAGCGGGTAAAGGGCAGGCCCTCATCGGGAGTGAGGGCCTGGTCTATGTGGGGGCAGTCTTCGTTCGCCAGCGCGGCCTTCGCCACCTCCCCATTCAGTTTGGAATCTTCAAACATATAAGCAGAAGCTATTGAGACACCGAAAACTGTTTAGTGAGAGGGGGTGACAGGCCGAA 

a score=48514
s danRer3.chr12 18986382 998 +  37038836 TTCCTACCTGGGTATCTGATCTCTGAAACCTCCTCCTGAGCCAGGGGACATGTGTCGCTGTGTGTGCTGGGTCGTGGAGAGTTAACAGCTGACCTGCAGTAGTTGGGAGACCCCAGTAGAGGCGGTCGTCGGATATGTTTGTTCTTTTTCTTTGGTAGTTTTTGCTTCGCCATGGCTAGGGAGTAGTACATGCCGAAGTTGTTCACAATTACAGGAACAGGCATAGCAATGGTCAGCACACCCGCCAGGGCGCACAGCGCACCCACTAGCATTCCAGATGTTGTCTGAGGGTACATGTCGCCATAGCCAAGGGTTGTCATGGTTACCACAGCCCACCAAAAGCCAATAGGGATGTTCTTGAAGTGCGTGTCGCTACTAGCATCAGGATCATTAGGGTTTCTTCCGATACGTTCGGCATAGTAGATCATAGTGGCAAAGATTAAGACTCCGAGTGCAAGGAAAATGATCAGGAGGATGAATTCATTGGTACTGGCACGGAGTGTGTGCCCTAGTACCCGCAAGCCCACAAAGTGTCGCGTTAGCTTAAAGATACGAAGAATTCTGACGAATCGAACCACACGAAGAAAACCCAACACGTCTTTCGCAGCTTTGGAGGATAGTCCACTCAATCCCACCTCAAGGTAGAAGGGGAGGATGGCCACAAAGTCGATGATGTTAAGGGTGTTTCTCAAAAACTTTAATTTGTCTGGACAGGTAGTCACTCGTATTATAAACTCAAAAGTAAACCACACAACGCAGACTCCCTCAATGTAGGTTAACTGCACCATAGTTTCCGTCTCAGGGAAGATACGCTCCACAGTTTCATTGCCCTCCATATAGGTCTCTGTACGGTTGATGATGGGATTGAAGGCCTCATGAGTCTCCAAACAGAATGTGGTAATGGACACCAAAATGAAGAACAAAGATGCAAATGCTACCCACTGAAAGGAAAAGAGAGAGACAGAGGTTACATTCGTGTTCCACCAAAGCAAAGGCTT 
s mm7.chr7      99161865 979 - 141766352 TTCCTACCTGCTCTGTTAATTTCTAAAATTTCTTCCTGGGCCAGCGGGCATGTGTCACTCTGAGTACTGTGGTGTGGAGAGTTTACGACAGATTTACAATAATTGGGAGATCCCAGCTGTGGTGGCCGCGGAATATGCTTCTTTTTTTTCTTTGGTAGTTTCTGCTTAGCCATGGCTAAAGAGTAGTACATCCCAAAATTGTTCACGATGACAGGCACCGGCATGGCAATGGTCAGCACACCAGCCAGAGCACACAAGGCTCCCACCAGCATTCCAGACCACGTCTGGGGATACATGTCTCCATAGCCCAGTGTCGTCATGGTGACCACAGCCCACCAGAAGCCGATGGGGATGTTTTTAAAGTGTGTGTGTTCGCTGGCGCTGGGGTCATTGGGCTGTGCCCCTATCCTCTCGGCGTAGTAGATCATGGTGGCAAAGATGAGCACTCCCAGGGCCAGGAAGATGATAAGCAGCAGGAACTCGTTGGTGCTGGCACGGAGCGTGTGGCCCAGGACCCTCAGGCCCACGAAGTGGCGGGTCAGCTTGAAGATGCGCAGGATGCGCACGAAGCGGACGACGCGCAGGAAGCCCAGAACGTCCTTGGCGGCTTTTGAGGACAGGCCGCTTAGGCCCACCTCCAGGTAGAAGGGGAGAATGGCCACAAAGTCAATGATATTGAGGGAGTTCTTGATGAATTCCACCTTGTTGGGGCAGAAGACGACACGCATGAGGAACTCGAAGGTGAACCAGACCACGCAGACGCCCTCGATGTAGGTGAGGAAGGCCTCCGTCTCTGCTTCCCGGTAGTACCGCACTTGGGTGCCGTTTCGAACGTTCTCGATTTCGGTCTTGTTCACGATGGGGTTGAAGCGCTCGTGAGTCTCCAGACAGAAGGTTGTGATGGAGACCAGGATGAAGAAGAGGGAGGCAAAGGCCACATACTGTGGGT----GAGAAACATAGGGGGT---------------CAGAGTAAAGGCTT 

a score=29695
s danRer3.chr12 19017486 592 +  37038836 ACTCACCCGTGCGTATTTAGAGGAGTATGGGTCCTCAAAGAGCGCCCAGGCCTTCTTCTGCCATCTGCTCCAT---CGCCCAGATCGGTTATCCGGGGAGTCTCCTTGCGCCAGTCTCCGGGTCATCTCGACCCCCTCATCCCCCTCAGCCGCCTCGACGACCCCTTCAGGCTCCGGGTCGTCATGACCGAGGTCGAGAGCGCCCCCGGTAAAACTGTCCAAAGCCTCCTCCGCCTCCCTGTGCTGCCGGTAGGTCATCCAGCAGCACGGCTCCACGTCCGTCTCATCAATCCCCCAAAACGCAAGTTCCTCCTCATACAGCGGTCCACACACATCCGCCGGGCAATGCAGCTTCCCCGTGCGGTAGTAGTTGAGGATGTGCGCGAAAACGCTCGGGTGGCGGTCGAAAAAAAACTCCCCGATGTTCGCATCATAGTCGAAGTTGTTCGGCGCGTCGGGCTCCGCCAGCCAGGAGAGCCGGGTGCCGGGCAGCGTGCGCAGGGTGCTGCGGTAAGTCTGGTGCTTGATTCCTCCGACGTTGATCACGATGCGATCCTTGTCGTCCCCTTGGCCCATCGC-GTACCTCTCTAGTCAT 
s mm7.chr7      99191898 596 - 141766352 ACTTACCCGCGCGTAGCGGGATGAGTAGGGGTCCTCGAACAGCGCCCAGATGCGCGGTTGCCAGCGGCGCCAGAAGCCGCCAGGCCGGCCATCTGGGGAGTCACTGAGTGCCAATCTCTTGGTCATCTCCAGCtcgtcctcgccgtcgcccgagtcgccggggccgtcggcgtccgcgtcgtcggcgctgttgtcCAAGGGCGCACCGCCAAAGCTGTCCAGCGCCTCCTCAGCGTCTCGGTGCTGGCGATAGGTCATCCAGCAGCAGGGCTCCACGTCCGTCTCGTCGATGCCCCAGAAGGCCAGCTCCTCCTCGTAGAGCGGCCCGCACACGTCGGCCGGGCAGTGAAGCTTGCCGGTGCGGTAATAGTTCAGGATGTGAGCGAAGACGCCCGGGTGGCGGTCGAAGAAGAACTCGTCGGCACGCGGGTCATAGTCGAAGTGGCTGTGGGCGTCCGGCTCTGCCAGCCAGGCAAGCCGCGTGCCGGGCAGCGTGCGCAGCGTCGAGCGGTACGTCTGGTGGCGCGTGCCGCCCACGTTGATCACGATGCGCTCGCTCTCGTCCCCTTGGCCCATCGCGGCGCCCCCTTAGGCAT 

a score=3368
s danRer3.chr12  19026711 159 +  37038836 GATCACGGACTGGCGAGACTGGTGGAGGCCTATCGAGCACATGGACACAAAGTAGCTAAAATTAACCCCTTACTACCACAAAGTCCCGTGCTGGAGAGTGTACCGGAGATAAGCCTGCTGAATGGAGCTGTTCGTGGAGTCCTCAACACTACCGGTTAG 
s mm7.chr2      176698454 159 - 182548267 GACCATGGCCTTGCCAGGCTGGTGACAGTGTATTGTGAGCATGGCCACAAAGCTGCCCAGATCAACCCTCTCTTCCCTGGACAAGCCCTCCTGGATACTGTGCCTGAAATCCAAGCTCTTGTCCGGACACTCCAGGGACCCTTCACTACCACAGGTAAG 

a score=7353
s danRer3.chr12  19028134 245 +  37038836 TGTGTTTGTCATTATTTCAGGGTTGCGGCACTTTGGTAAAGCTGAGGCGACTGCAGAAGAGGTTGTGGCGTATCTGGAAAGCACATACTGTGGGGGAATCTCAGTGGAAACCTCTCAGCTGCAGACCTTACAGGAACGAGAGTGGTTTGCTGACCGCTTTGAGGAGCTCAAAAAAGAGGCGTTTTCTCCAGAGGAAAGGAGAATGCTGGCTAAACTGATGCTCGAGTCACAGGTAAGACAAACAT 
s mm7.chr2      176699990 243 - 182548267 TTTGGTTGTCTTT--CACAGGACTGTTAAACCTGGGCAAAGAAGCAGCTTCTCTTGAGGAAGTATTGGCCTATCTGAACCATATCTACTGTGGCCCAATTTCTATCGAAACCGCCCAGCTTCAGAGCCAGGAAGAGAGAGACTGGTTTGCCAGAAGGTTTGAGGAACTGAAAAAGGAGACGTTCACCACAGAAGAACGAAAATACCTGTCCAAACTATTGCTAGAGTCTCAGGTATAAACAGTAT 

a score=10277
s danRer3.chr12  19031351 201 +  37038836 AGGAATTTGACCACTTTTTAGCCACTAAGTTTGCAACTGTGAAGCGGTATGGAGGCGAGGGAGCAGAGAGCATGATGGGATTTTTCTACGAGCTGTTTCGCTCTTCAGTATACAGTGGAGTGACGGATGTGGTTATGGGAATGCCTCATCGCGGACGCCTTAATCTGCTCACCGGCCTTCTTCAGTTTCCTCCTGAGGTAA 
s mm7.chr2      176701160 201 - 182548267 AGGAGTTTGACCACTTTTTGGCCACCAAGTTTGCCACGGTGAAGAGATACGGCGGTGAAGGGGCAGAGAGCATGATGGGCTTTTTTCATGAGTTGCTGAAATTGTCAGCCTATGGCGGTATAACCGACATCATTATCGGGATGCCCCATAGAGGGAGGTTGAATTTGTTGACAGGCCTTCTGCAGTTACCTCCGGAGGTAA 

a score=12218
s danRer3.chr12  19033375 497 +  37038836 acccacttccatagct--tgaaaaaaaaagatactatgaaaatcaatgcgagccatcaaatagcattcttcaaaaatacttatgttgtgttcagcagaagaaagaaacccaagtaggttttaaacacatggagag--ggaatagtagtggctgatttt---------ttatttttggttgaattgtccctttaaGCACT---GACAAAACTTATCT---ATCTTTTGTTGTTGTTTGTTGCAGCTCATGTTTCGTAAGATGAGGGGTCTCAGTGAGTTTCCGGAGCACTCTCCCTCTATCGGAGACGTCTTGTCCCATTTAACGTCTACAGTGGAGCTTGACTTCGGGGCAGGACACCCTCTCCATGTCACAATGCTGCCCAATCCTTCCCACCTGGAGGCCATCAACCCTGTGACACAGGGAAAAACACGAGGCCGACAGCAGGTCAAACAGGACGGTGACTACTCCACTGACCCTCATTCACGACCGGGAGACAAAGTCATCTGCCTGCAGGTA 
s mm7.chr2      176706623 506 - 182548267 ACACATATATATAGGTAATTAACAATAAAAATA-TGTAAAAAATGTTGACTGTCATTTGAT------TCTGAGGAACTCCAATGCTGAGTGACCCAGCAGTTAGAGGTCTGTGTTTGTCTTTAAATAATGCGTGTTTGCAATAACTATAAAAGAATTTACATCATGCTTATATTTCTTTAAGCT--CACTTTAGACCCCTGAAATAAGACTTGTTTCATATCTTGTATTTTTGCCC-TAATAGCTGATGTTCCGTAAAATGCGAGGCTTAAGCGAGTTTCCAGAGAATGTTGCCACCATTGGTGATGTCCTGTCCCACCTGACCTCCTCAGTGGACCTAGACTTCGGTGCCCATCAACCCCTCCATGTGACAATGCTGCCCAACCCCTCACATCTGGAAGCTGTTAACCCCGTGGCTGTAGGGAAAACTCGTGGCAGGCAGCAGTCTCGGGAAGATGGGGACTACTCCCCGAATGGTTCTGCTCAGCCTGGGGACAAAGTCATATGCCTGCAGGTA 

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s mm7.chr2      176709153 187 - 182548267 TCCAGGTCCACGGTGACGCTTCCTTCTGCGGTCAGGGGATTGTCCTTGAGACGTTCACACTCTCTAATCTTCCACACTTCAGAATTGGTGGGAGCATCCATCTAATTGTCAATAACCAGCTGGGCTACACCACTCCTGCAGAGAGAGGAAGGTCGTCCTTATACAGCTCTGATATCGGTACGTCGCT 

a score=9895
s danRer3.chr12  19035647 272 +  37038836 CCCTAACAACACTTCTTGCTATT--------CTGAATCTTGTGTCATTCAGGTAAAATGGTGGGATGTGCAATAATCCATGTGAACGGCGATGATGCTGAAGAAGTCCTCAGAGCGACCCGGCTGGCGGTGGAGTACCAGCGACGCTTCAGAAAAGACGTCATTGTCGATCTGCTTTGTTACCGGCAGTGGGGCCACAATGAGCTGGACGAACCCTTTTTCACAAACCCTGCAATGTATAAAATAATACGGTATGTGCAGCTCACAACTTTCA---AAAACCC 
s mm7.chr2      176711305 279 - 182548267 CCATGGCAACTGCCCTTGCTCTTTTTTTAATCTTTGTCCTCTCTTCTTTAGGAAAGCTCGTAGGCTGTGCCATCATCCATGTCAATGGAGACAGCCCAGAGGAAGTGGTCCGAGCGACACGCCTGGCTTTTGAATATCAGCGCCAGTTCCGCAAGGATGTGATTGTTGATTTGTTATGCTATAGGCAGTGGGGTCATAACGAGCTAGACGAGCCTTTCTTCACCAACCCAGTCATGTACAAAATCATCAGGTA----CAGCCAGAAGCTTTCCTTTAAAACCC 

a score=9787
s danRer3.chr12  19035994 545 +  37038836 AAAATTGTGCGTACG---CCTACTAGTGTA-ATTTTCCTCCTATCA--------AGGTCAAGAAAAAGCATCCCAGATTCCTATGCTGACCAGCTGATCTCTGAGGGTCTGATGACAGACGAGGAGCGCAGTCAGATCAAGACCAGCTACTACGCTACGCTCAACAACCAGCTGACTAACATGACCCTCTACAGCCCTCCACCCACAAACCTGCAGGGCCGCTGGGGAGACCTGGTGGAGCCCCAGAATAGAGTCTCGTGCTGGGACACTGGCGTTGCACAGCCCCTGCTGCAGTTTGTTGGAGCCAAATCAGTGGACATACCTGAGGAGATCATTCTGCACAGTCACCTGAGGAAGACACACGTGCAGGTAAAAATCCATCCTGGACCTCATTTTGGGCTCTTGTTGACAATTTTAAGATCCTGTAGTAAGGCAGTAGTTGGTGACTGAAACCAAACATTTCTGAATTCTCTGGACAGAGTCTAAATATCATAAGTCAGTGTGCACACTGTTTTCTCCTTTTTGATTCACCAACATTCTGCACGATTGCGACAAAT 
s mm7.chr2      176712953 521 - 182548267 AGAATTGTGCGTATTAGCTCAACCCGTCTCTATTTTCCACCACTCATTTCTAACAGAGCCCGCAAGAGCATTCCTGATACCTACGCAGAGCACCTCATTGCCAGTGGACTCATGACCCAGGAGGAGGTTTCCGACATAAAAACCTCCTACTATACCAAGTTAAATGACCACTTGGCCAATGTGGCCCACTACAGCCCCCCGGCCACTAACCTGCAGGCCCGCTGGCAGGGCCTGGTGCAGCCAGAAGCATGTGTCACCACCTGGGACACAGGGGTGCCTCTAGAGCTGCTGCGGTTTATTGGTGTGAAGTCCGTGGAGGTTCCAGAGGAACTGCAGGTGCACAGCCACCTTCTAAAGATGTATGTTCAGGTAGGA----AGCCTTGACGTCAC------CCCTCGCGAAGAAACTGATGTTCTAAT---------GTTTTCAGTTGCTAAG---AAATAttttttttttatttagattta-tttatttatcatatgtaagt----acactgtagctatctt---------cagacattccagaagagggcatcagat 

a score=6911
s danRer3.chr12  19039087 278 +  37038836 ctaGTGTGGACATACCTGACGATAAAGCTCTTTCTGATTTCTGATTCTATTGACCGTGTACATTCATAAATTAACATCAGTGTTC---TGTATATATTTATTACAGGGTTTAATATCCGTATCAGTGGTCAGGATGTGGGTCGGGGAACGTTCAGTCAGCGCCACGCTATGGTTGTGTGTCAGGAGACCAACGACATGTTCATCCCACTCAATCACATCAGCTCTGAACAGAAGGGCCACTTGGAGGTAAACCGGTCATGGACAAATGCT-CATATTTGCAT 
s mm7.chr2      176717253 266 - 182548267 CTAGTGTGCACAG---TGTTGGTAGATCTTGTCTTGTTTTTATGTT-----------GTTCATTCACAG--CAATCTTTTTGTTCGCCCCCACTTGCTTGCTTCAGGTTTCAATGTTCGTCTGAGCGGCCAAGATGTTGGCCGTGGGACTTTTAGTCAAAGGCATGCCATGGTGGTTTGCCAGGACACTGATGATGCCTACATCCCGCTGAACCACATGGACCCCAACCAGAAGGGTTTTCTGGAGGTAAGATGTTTATGTATAAAATCTACGTATCCACGT 

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s danRer3.chr12 19045179 277 + 37038836 aaaaaaGGAATTTGAAGAGCAGGTATACTGTAGTTGGCATCATCTATATAACAGGCTATAAAACACCACTTCAGCCACAGTCCAGAGAGCACACAGATAGTCTTTGCACCGTATATAAACATGTAATAAGATACTTTACGTGCATGGAGTTTTTCCTCA-------ATCTATTCC-------------------------------GAATGGCCCCGGTATTCCTCTTTTT-----------CGTCATCAGCGTCGTCTGTCATTGTTTTGACGCATACAAACAGAAGAAAA---TCCAACAACCTTTACACTTGGTTTGATTTTTAAG 
s mm7.chr17     88343638 313 + 93276925 AAAAATGG---CTGAAGAGCAGAGATA---TATTTTGCATTTTCTATACAACAGGCTATAAAACGTCACTT--ATCACAGTCCAGAAAGCACACAGAGA----TGGGTTTATATAAACATATGTAATAACATAGTAAGCGTGCAT-GAAAATTTCCCAATGATTGCATCTATGCCCTCTCATTTTTGTTTTGTAATTTTAGTGTGAACATGTGCCTTATATTTCACATTTTGAAAAATAAGGCCTCCATAATATTTTTTTTAATTGTTACT-CTCTCACAAACAGAAAGGGGCTTTTTAAAAACGCTTTC--CTGCATTAGTCTTCaaa 

a score=202
s danRer3.chr12 19045513 394 + 37038836 GATCCTTCAGGAAGAGCTGTCCTTTCTCGTCCAAACATCCGCGCAATACTGCCATCGGAAAAGGGAGTCAAATACTTTGGCTGATTTAACAATCATAGGTAGCATCTCAAGTTCC------TTTTCCATCCGTTCCCATTGGTG---------AATGTTCGTTTGGATTGC---TGCAGATGGTTTTTCTGGCTGTAGAGGGGAAAAAGTGTTCCGGCAACACATATACAGGCAACATAATATGAAATACACTTAATTCTAACCAGC-------GGCCTTGTCTCTCAGCGATCCACAACTGGTTGACTGTGTGGAGTCTTCTTGTGCTGTTCTGTTTCGTTTTGTACACACTTGCCAGCTTT-----AGTAAAGTTCTGGTGTGCTTGGTTATAAAGTATGTTTTCTTGTTGTTAGTAAGAGT 
s mm7.chr17     88344069 392 + 93276925 GGTCCCATAAGAAGACTTCTTCTCTGGC------ACGCCCACTGACTGGCTCCTCAGGAAAGCG----CTAGCACTTTGGCTGAATCCAGGATCATAGGTAGCTTCTTTGTGTGTGTTGTGTTTTGTGTTGGTTTTGTGTTGTGCCTCGATGTAATACTCCTTTGCTTTATGAATGCGTGCGGTCCTCACCGTCTTTTAG-------AACGTCCCAGCAACATAAAGACAAGCAGAGTAAATGAAAACACTGCGGATGTTAGGGAATTTTATTGGCCCCTGTTTTT----GTTTTAGTAttttttccttcctttcttctctctttctttcttttttttttttgtgtatgttttttttttcttttGAGAAACAAGAGCATGAGATACTTGTTTGT-----------TTTTTTTTTTAAAAAGAGT 

a score=14882
s danRer3.chr12 19045987 408 + 37038836 CCCTCCCCCTTCATGTGTGAGTTCGGAGCACAGGATCTGTGGGTGGGTTGTAAGAAGGGGGGAGAAAGTCTGTGAGATCAGACGTAGTACTCCTTGTCCTTGTTCTTTTTATCTTTTTT---ATTTTTGGGCACGCCGATGGGCTTTTCTTTGACGGCAGCTCCATTGGGCTGCGTGGCAGAATTACTAATGTAGTTACGACTCTCGTCCACGTGGTAAGACCCTTCGTCGCGGTTTCTGTATTTGTACATGGCGTAGAGCAGGATTAGGATGCAGAGTGCAGCGGCTGCAACGATGCCTACGACCATGCCCGTGGTGCTGCTGGACTCCCGAATCACCT---CTGGGCTCGGGTAACCCTTGGCCTCGGGAAGTGGTGGGTGAGCTGTAGACAGGAAGGGAGAAAGAGAGAGC 
s mm7.chr19     54795933 386 - 61223509 CCCTCCTCCCTCCTGGGAGG-----------AGCAGCTGGCAGTGGGGTGCCTGGA-------------CTGGGTGCTCAGACGTAATACTCTTTGTCTTTGTTCTTCTTGGCCTTGCTTGGCGTCTTGGGGGCAGCAGGGGCCTTCTCCTTCACCACCGCCCCATTGCTCTG---GGCCGAGTTACTGATGTAATTCCGGCTCTGGTCCACCTGGTAGGAGCCCTCGTCGCGGTTGCGGTACTTGTACATGGCGTAGAGGAGAATGAGGATGCAGAGCGCCGCCGCCGCCACGATGCCCACCACCATGCCCGTGGTGCTGCTGGATTCGCGGATCACCTCCACTGCACCTGGCGGGCCGCGCTCCCCCGGACCCGTGGGGTTGGCTGTGGGCA-GACGGGGGAAACCGGGGGC 

a score=460
s danRer3.chr12 19046395 26 + 37038836 GTTTATTCAAGCCACAGAGATGATGG 
s mm7.chr17     88344924 25 + 93276925 GATTATT-GAGTTTCATGGACGCTGG 

a score=6896
s danRer3.chr12 19051903 170 + 37038836 AACATAGAACACACATGGACAGTAATAATATAAAAGAAAGA-------TGACTAACCTAACCCACCTGAACTTGGGTCGCAAGGGTCAATGTCCTCATCATCGCTGGGGCATTCTGCAGACGCTACGAGAAGATCGTCC-TGTACCAGAGAGACAGAAGAGATGAAGGGTTAGTCAAA 
s mm7.chr17     88366932 178 + 93276925 AACATGCAACAAAGATTAACAGTAAAGTCAAGGAAGTAAGAAAAAAATTGACTAACCTAACCCACCTGAGCTCGGCTCACAGGGGTCAATGTCCTCATCGTCACTGGGACACTCTGCCGAGGCCACAAGGATGTCATCTGTGGTCTGCAAGGGAATAACAGTCAGCAGGTTAATTAAA 

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s danRer3.chr12 19058655 84 + 37038836 TAGGCAATGCTTTAATACAGGTGTAAATAGAGACTCTTTACTCTTGTCCATTTTTAAATCACTTCTAGAGGCAAGGATTTTACT 
s mm7.chr17     88368329 82 + 93276925 TAAGCAGCATTTGGATATTGGCTCA--TTTTGGCTTTTTGATCTTAATTCTTCTTAAAGTGTTTCTAGATTCATGTATTTTCCT 

a score=10275
s danRer3.chr12 19073554 369 + 37038836 TAGATCAAACACCCAGCTTCAGCCTTCGTAGAATAAAGGTGTCGCTGACCTGTGGAGT------------TGTGGTTTGCTTGCCCTGGCG------GTTGGACGCCGTTGTAGTGGTGATGTCAGTGATGGAGGGTGACGTTTCTGAACGATTTCCTGCAG--CAGAGACGCTGGACTGTGGCGTGATAGAAGAGGAGGGCATGTCTCCTACCAGCCGGGCACTACCCTCCACACGCACATTAGGGTCACCCTCAGCGGCCATGTTGAGTACTTTTAGCCCATTGTAGTAAAGCCCTGAGAGCTGACCCTGGAAGGGCCGGCTGCCCTTCTCCCAGCCTCCAATCTTTATGGTGGTCTGACTGTTGAAGATGGTGAGCTGCCGACCTG 
s mm7.chr19     54810839 376 - 61223509 TAACCCCAACACCC--CTTGGACCTTCCCAGACCCAGGAGGGGTCTCACCTGGGTGGTGCTGTCCCTCATTGTGGGGGAACGGCCCCGGCGAgtagtggtggtggccatggtggtggtggtctccatgatggtggtggCCATGTCGG--------CCAGCAGAGTGGTGGCAGTGGTCTCAGCACTGAGCAGCACGGACGGCCCCTCCCCTACTAGCCGTAGGTGGCCTTCGGTCCGCACATTGGGGTCGCTCTCGGCGGCCAGCGCCAGTACCTTGAGCCCATTGTAGTAGAGGCCGGACACCTGGCCCTGGAAGG---GGCGGCCCTGATCCCGGCCCCCTATCTTGATGGCAGCCTGGCTGTTGAAGATGGTCAGCTGGCGTCCTG 

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s danRer3.chr12 19073923 35 + 37038836 CCAAGGGAGAACGTTACAGAAAATACAAGAGTGTT 
s mm7.chr17     88469943 32 + 93276925 TAAAA--ATAATATTACATACA-TGCAAAAATGTT 

a score=-205
s danRer3.chr12 19073958 110 +  37038836 CAGA------GGCCCACTCCCCCACGCCATCCAGAAGcacacatacacatgcacacgctaac---aaacatggacgcaaacacacgcacacCAGAAAACAGAACTGATGGAAGTCCTGA 
s mm7.chr12     30129393 117 - 117814103 TATACATTTCTGCTCCTTCCCTTAC-CTATTTTGTATGGAGCAAGCACCTAAACAGGCTTCCTTGAACAATAGAGGTAGAT-CAAATGTATAAGAAAAATTCACTACTGGAATTGGTGA 

a score=-1835
s danRer3.chr12 19074074 1083 + 37038836 AAACACACAACAACCGTAACCTTATTTTCCCTGGGGATCATGAAGCAATAAATTACACTAATGCTAACAGCAACACTGGT--AATTTATCGACTGTAA-------TTTAATGGCTGCTGTTG-------GCACAAAG------------------------TAAAT------AAATGAAGGGGATGAGAAAGCTG----------------TGTCCCaaaaaaataacaaaaaaaaaaaaaaaagaaaaaaagaaTG---------GGACTTTGCTAAAAGGAC------AATCGTATAAATACTGGAATGAGAGAGAAAATTATTCTTTA------------TCTTAAAAAGAAAAATTCCCCTTTTACGTGAAAAAAATTACTGTTAATC--ttaaaaaaaaattaaaaaaaaGCTTTAA--------TGCAAATGACAAAGCCTGTATACACAGGTCTGGTAACGTTTATTGAGATTGCCTTTCAGCAAG---GGCAATGACAATTAAAATTAATTAGACTGAAATAAGGTTTATGTG-AGAATGGCTTTATAGCTACATGACACATTACAAATGATTCATCATGTTTATAATTCCATTGAAAAGAGAAAGCAAGAACACAAGCAAACT----TGAAAACAATCAACTTGGAAGGATTCAATCTGTTACATACATTTGAGCATGCATTCAAGTCT--------TTTCCCTTCAGGTGTGTTT---------------AACTTGCT--TGTTAAAGGGACTTCATATCTGATGCCAATAATCATTGAA-GCTATTTAAGAGACATTTGCTTTGGGTTTTTAACTGTGCACTTTAGCAGTTTCCAAAAGAAATGTTTAGCATGGC-------AAGATATGCAAGATATACATACATTAAATAGAGTGTGTACATCATTATGAATTCACATAATTCCCACTGTTATAAACATGTACTTTATTAATTATTCATTTAGATTATTACAGAACATTATTTAAATTAAACAGTATTTTAATGATGTAAACATATTTTGTTAATGATTGAACTAACTTCAGTTATCAGTATATTACCAGTCCCTTTAACCTCTGACAGGTTTACAAGTACAGTATAACAACACATTATTGAACTGTACAGTGCAATATATTACATTTACTACATTTG-----TTTAA----TTTTTAAACTTGGTTATACAGGGGATTTATGTTTTAGATGGTTTATTTGCTGTGCAA 
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a score=411
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s danRer3.chr12 19086507 872 + 37038836 ACTATAAATGGTTTTATTTTATCAATGGCTAGAAGCATAAAAATATGTTTTCAGAATACAGGCAAATTAAAAAAACAATAAATATCTCCAGAATAAAAAACTTTCAGAATAGAGAAGTAAAAGAGATAAATAAAAAAAACTTGTCAACAACCTTCCTTTTGTGAAAACTGTCTTTAAAGatactgtataagtcagaattattagtc---cccctttgattttttctttttaaaatatttcccaagtgatgtttaacagagcaa------------------------ggaaattttcacatta--------tgtctgatatttttttttcttcaggagaaa-------gtctt-----atttgctttatttttgctagaataaaagcagtttttatttttttaaacac---------------catttta---aggacaaaattattagcccctttaagctatacatttttccgatagtctacaaaacaaaccatcgttataca---ataacttgcctaattaccctaacctgcttagttaacttaattaacctagttaagcctttaaatgtcact----ttaagctgtatagaagtgtcttgaaaaatatctagtcaaatattatgtgctgtcatcatagcaaagatttagttattaaaacttatgtttagaaatgtgttgaataaatcagggaaaaataaacagggggactaataatttagggggct------------aataattctgac-----ttcaaccttatGCATGGTATTAAAATCTTG-----GCTACAAATACAGTAGATATGTTGCTGGTCCAGCGTTTGGAAGCATTATGATTTCCTAGTGTTTTTGAAAGTAGTCTTTTCTGCTCACTAATGCATAAA-TACAATAAAGAAAATCATTATTATTAAATATTATATCAGCCCAAAAAATCTATATCAAAACATTTTAAAACACA 
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s danRer3.chr12 19102619 226 + 37038836 CTCACAATCTGAAGCTGAAGGTAGTCTCCCAGGCCAGAAGAGCTGTCCACCCTAACCAGCACTGCATCCTTCTGCTGGGTACTAAAACCGACAGCCAGTCGGTCAGCTCGTGTGCTCGGTCTGTCGTTGGGTGGCCATGTGTACACAATAAGCCCTCCATCACGTCCGAATATGTATGTGGTTCCCGCTGCAAAAGGAGAAAGAGAGAGAAGCAGAATATTAAGTA 
s mm7.chr19     54823073 226 - 61223509 CTTACAATGTGCAGCTGCAAGTAGTCCCCGAGGCCGGAGGCACTGTCCACTCGCACCAGCACAGCGCTCCGCTGGTGTGTGCTGAAGCCTACGGCCAGGCGGTCCATCCGTGTACTGGGCCGGTCATTGGGAGGCCATGTATAGGTGATGAGCGCTCCCCCCTTCCCGAAGATGTATGTGGTCCCAGCTGCAGAGAGAAGAAAACGGAGAGGAAGAAATGTCAGTA 

a score=1890
s danRer3.chr12 19108602 42 + 37038836 ACGCATGCACGCAAACACACATGCACCCCACTGCTATGAAAA 
s mm7.chr19     54826385 42 - 61223509 ACACATGCATGCACACACACACACATCCCTACATTCTAGAAA 

a score=7950
s danRer3.chr12 19121100 137 + 37038836 GGTGATAGACTCACGGTCATTGCAGAGTGGCCCTCCATATGATGTCATGCTGCAGTCGCAACTAAACCCCTCCCACTGCTGCAGACACACGCCCTGATTGGAGCAGGAGTCCTCCTGACAGGTAGTGCTGGGGCCTG 
s mm7.chr17     88869490 137 + 93276925 GGAGAGTTACTCACGGTCATTGCAGAGTGGGCCACTGAAGGAAGTCATGCTACAGTCACAGCTGAAGCCATCCCATTGCTGCAAGCAAACGCCTTGATTTGAACATGAATCCTCTTGGCAGGTTGTGCTGGGCCCTG 

a score=4296
s danRer3.chr12 19127716 380 + 37038836 ATGAAAAGAGAAGTGACAGGAAAGTGAGGG-AAAACTATGACACAGGACACT---CGGAGACATTTTAAGACCAGGAGGTTGTAAATACAAGGTGTGT----GGACGGTGCTTGT------ATTTACGGTGATGGAATTACTAGACCAGCTGCTGGGCAA--------AAACGTTATCTACGACAT--------CAGACGCTCACAGTCAGGGGAAGAGGGGCATCGGTTAAG----ACACACATATGACTATCTACCTTGCAAGTCAGCTTTCAGCAATGCAACTTTTGTCAGCAAAACGAAAAAGAAACAACAAAACAAAAAAATATAAGATGTTAGTA---------------GAGGCACTGGAATGTTTGTGATTATAACAAATCAAGTGGTTCAAAATGTAAGGAAATACAGAAAGCAGACAGA 
s mm7.chr17     88870314 416 + 93276925 ATTGAAAAACAAGGAGCAGAGAAGTGCGCTCAGAGCACTGAAAGCAGGAACTGTACGAACACATCC-AAGACTGAAAGCCTGTA--TGCCAGCTGTGCTACAAGATGGGGCTTCTTGTACAATGTCCAAGAAGGAGAAAGTTAAATCTGAACCCAAATAACAGTTACTAAAAAATATCAAAAACATGTTATTTTAGGGTTCCCACTGT---GTATGGTGGGGTTTCAGTCTTGTTTTATACACACAGGGCTATCTACCTTGCAAGTCAGCTTTCATCAATGCAAC-TTTGTCAGCAAAATTAAAAAAAA-----AAAAGCAAAATATATTTAATGTTAGTAAGCAATATGGAAATGGAGCAAACAGAATGTTTA-GATTCAAAAATGCATGCTGCTATAAAGGGAAAAATGCTATGTATAGCAAACAAA 

a score=9379
s danRer3.chr12 19133543 190 + 37038836 ACCTTCGCAGCCTCTCTCCACCTGGCCGGCGGTGGACAGTGCGTCTGACTGCAGGTCTGGCAAGC-GCCGTTCAGGTCCACAGATGCCAGGCAGCCCTGGAAGCCCTCTTTTGAATGCACCAGCTTTGGCAAGTCCTTATACATATCTTTAGCCACACCTCCAACATACAGATCACCTGTAAAGGCAGCAA 
s mm7.chr17     88874066 191 + 93276925 ACCTTCGCATCCTCTCTCAATTTGCCCATTGCAGAAGAGAGCATCCGAGATGAGATCTGGAAGTCTGCCATTCAAGTCCACAGATGCCAGGCAACCTTGAAAGCCTTCTTTGGCATGGACCAGTTTTGGCAGGGATTTATATGTTTCTTTAGCCACTCCTCCAATATACAAGTCACCTGTGGAAAAATCAA 

a score=11166
s danRer3.chr12 19135538 232 + 37038836 AAACCACATTTACCTTTCAGATCCAGGTTCTTGGCTCCCATGGTAGTCTGTGTGGTGATTTTGGTGTCTATTTTGACAGTATGGAGGTTGTTTGTATCTCGCGAGATCATCACGTTGTGCCAGTGATTGTCATTTAGCGGTGTGTTGGAATTGCCTTTGATGAGATGAGCTCCATTTCCCAGATCTGACACGTAATGGAGATATCTGCAAACG------AACAGCGACAAAAACAATT 
s mm7.chr17     88897422 238 + 93276925 AGACAGTACTTACTCTTGAGGTCTAGATTTCTGGCTCCCGCAGTGATTTGTGTTGTGATTTTTGTGTCGATCTTTACTGTGTGGAGATTGCTGGTGTCCCGTGAAATCATCACATTGTGCCACTGATTGTCGTTGAGTGGTTTGTTTGAGCTCCCTTTGATGAGGTTAGCACCGTTTCCCAAGTCAAACACATAATGTAAGTACCTAGAGAGGAAATGAAATGGAGAAAAAAGCCATT 

a score=19647
s danRer3.chr12 19135821 493 + 37038836 CTCACCCTTTAACCAGCTCTACCACTATAAAGTCATTGCCATCTCCTCGGTTGTACAGGATGAGCCCATCTGGAGAAGTAGTCTTAAACTGGAAGAAGAGGTGCATCGAATAGTAGGCCTGCAGGGTGGGCAAAGTCACATAGCTGGAGCGAGACTTGAAGGTCACTGGGTCTGCCACGATGCTCCTGTAGCCGATCATGGCGTTCAGTTCGCAGTAGTCGATATCGCCGTTCTTGCACAAGTCAATGTAGGACATGCCATTGAAGGACAAACCCTGCAGGTGTCCGATGAAGTTGGAGGGCACAGCGGGCATGTAGCGCTTCTCGGTAACGATGCCCGTTTCCACATTGTGGAACTCCAGCTGCGTGTGGTCCCCAGTGATTTGACCTTACC-AGAATGAATAATCGAAAACAGATTTAATGCAGGAAAGGGGAGGCGTCAAAACAGAGACCTT-------GTCCTAAATGTCAACATAAGACAACACAGGGATCTCACT 
s mm7.chr17     88898607 497 + 93276925 CTTACCCTTTAACTAATTCAACCACAATAAAGTCATTTCCATCCCCACTGTTATACAGAATTAGTCCATCTAGAGATGTTGTCTTGAATTGGAAAAATAGATGCATAGAGGTGTAGGCTTGCAATGTAGCTAAGGCAACATAGCTCGATTTGGTCTTGAAGGTGACAGGATCTGCGATGATGTTCCTGAATCCAAACCTGGCATTGAGTTCACAGTAATCTATATCACCATTTTTGCACAAGTCTATGTATGCCATTCCATTAAATGTCAGGCTTTGCAGGTGCCCAATGAAATTGGAGGGGACAGAAGAAAGGTAGCGTCGTTCGGTGATGATGCCTGTCTCTATGTTATGAAACTCCAGCCTTGTATGATCACCTGCCATTTGGCCTAAAAGAAAATGAAAAGACATTGCTATATTGTGCATATGAAA---GACACTTCCAACTGCAGATTTTCACAGTAATAGTATATTTCAAAACATAA-AAGGCAGGTAACCTACT 

a score=91
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s mm7.chr19     54837731 1 - 61223509 A 

a score=5565
s danRer3.chr12 19141151 145 + 37038836 CAAGTCGTCCACCATCAGCTTTAGACTTTTGCCTCTTCTGACGACACGAACTGTGTGCCATTCGTTGTCATTCAAGTTCTGGCCCGAAAATATGGTCTCTGGACCTTTACCTATAACATGTCCCACACAGCGGTTAACAGAGTGC 
s mm7.chr19     54837958 142 - 61223509 CACGTTGTCCACGGACAGCTGCAGGCTCTTGCCACGCCGGACCACCCTCACCGTGTGCCATTCATTGTCATTCAGCTTGTGCCCCGCAAACAGTGTCTCGGGGCCTTTACCTGCAGCA---CCAAGGGGGGAGTGAGCATAGCGC 

a score=471
s danRer3.chr12 19155792 9 + 37038836 AAGAGAGGG 
s mm7.chr19     54839301 9 - 61223509 AAAAGAAGA 

a score=6812
s danRer3.chr12 19155801 150 + 37038836 GAAGAGTCACTTACTGGTAGTACAGTTTATCCTGATACAGTCTAGATGGGGGAGAACAGAC--AAGATGTAAATTCAGCCTTCAAGGTTATGACTGCAGACATCCATTACAACACATCGCCCA-CAGACTGGGGACGAACAC--GCAAACCGAGC 
s mm7.chr17     88929468 154 + 93276925 GAATAGGCACTTACTGGAATTACAGTTAATCCTGATACAATCTAGATGGGGAAGAATAGATGAAAAATGAATATTTATCCTTCAAGGTAATAGCTGCAGACATCCAATAAAAT-TACAGTCCACCCTTCTGGGGACAGACACATGCAAATTTGGC 

a score=1699
s danRer3.chr12 19162230 52 + 37038836 AGTGCTCATCTGGGAGTGAGCGCTTGGCCGCAGACTCTGGCCGTTGAAGGTT 
s mm7.chr17     88931478 52 + 93276925 ATTGTTCTCATGGCTGTTTGCTGAGGGCCGCAGACTTTGGGCATTGAAGGGT 

a score=11006
s danRer3.chr12 19163700 455 + 37038836 ACCATACAATAGATATAAAATCACATTTGAGaaaaaatataataataattaaaaa------------caaaaaatt-CCATGCTGTGTTAACATGTTAT---------GCTTCACGTCTACTGTGTGGTGGTAACCATCAATA----------CGAGCGCTCTTATTGGCAGA--------TGTACCTAGATTGACAGTGAGTCGGACCCGCCCTCCGTCCAGCTCCAGCCTCAGAGTATCAGCAGAGTTTTGCGATGTGGTCGCCATTAGAACACCGTAGGCCCGTTGAGAACGAAAGCGCAGGGACACGTCCTCCGCTTCTGTGTGCATCACCACCGGCAGCTGGATCTTCATGAACTTACTACCATCGTAACTGAGGATCGTGGCATCTGAGAGACAGCAAGAAAGGAAGGAGACCAAAAAGAATTTAGCAAACATTA-------------------AAGGAGGAGAATTGTGGCCAGTGACTGTGA--TCATAAACTCCAGTGTTGAAATCA 
s mm7.chr17     88931851 501 + 93276925 ACTAAATTATGAGtataaaaaaaaattaaaaaaaaaaaCCCATAACATAAAAAAAAGTGATGCCCACCAAAGCATTGCTCAGTTGTTTTAACTTTCCATAGCAAACAGGCTAGTCGATAAACATTTGCAGGCAAAACTGAACAAAAAGTGAGACGTGTTAGCTGAATTGCGGAAGGCCTGTTTTACCTAGATTGACCGTGAGTTTCACACGTCCTGCATCTAGCTCCAATCGAAGGGTGTCTGCAGAGTCTCTAGAAGTGGTCGCCATCAGGATACCATATGCACGCTGGGATCGGAACCGCAAGGACACGTCCTCAGCCTCAGTGTGCATCACCACCGGAAGCTGGATTTTCATGAACATGCTCCCGTCGTAGCTCAAAACCGTTGCCTCT---------------ACGGAGGGAACCGGACACAGTTCAGTTTGCATTAGTGTAGTGCGCGCACATGTGGGAGGGAGAGAGGAGGCTGCTGAGTTTTCTTTCCGGGACATCAGTGGTAAAATCA 

a score=954
s danRer3.chr12 19175404 108 + 37038836 TAGACCACGCCTCCATCTCACATCAACCTGTCAAAGAGCATCTGCTGCTAGACTACGCCTGC-ATTTCACATCAAGCTGTCAGAGAGCCTCTGCTGCTAGACCACGCCT 
s mm7.chr17     10034717 101 - 93276925 TAAACCGGGCCCCAGGCTT--------CTGTCACAGGGATTATACAGCCCATACATGGCTGCCACAGTACACCAGTCTGTCACAGGGATTATACAGCCCATACATGACT 

a score=4425
s danRer3.chr12 19175560 241 + 37038836 CCATTTCACATCAACCTGTCACAGAGCTTCTGCTGTTAGACCACGCCC-CCATCTCACATCAACCTATTAGAGAGCATCTGCTTTTAGACCACGCCTCTATTCTCACATCAGCCTGTCAGAGAGTATCTGCTGCTAGACCACGCCTTTAATTTCAAATCAACCTATCAGAGAGCATCTGCTGCTAGACCACGCCT-CTATCTCACATCAACTTGTCAGAGAGAATCTGT--------------TGCCAGATCACACC 
s mm7.chr17     10034819 257 - 93276925 CCACATCACACCAGTCTGTCACAGGGATTATACAGTCCATACATGACTGCCACATCACACCAGTCTGTCACAGGGATTATACAGTCCATACATGACTGCCACATCACACCAGTCTGTCACAGGGATTATACAGCCCATACATGACTGCTATATCACACCAGTCTGTCACAGGGATTATACAGTCCATACATGACTGCCACATCACACCAGTCTGTCACAGGGATTATATAGTCCATACATGACTGCCACATCACACC 

a score=18463
s danRer3.chr12 19187222 1555 + 37038836 ATTAATATTTTT---------GGCTTGTAGCTATTATTATATTTAATGATTTTGTTTCAGTGTTTGTCTTTGGTAAATCATAGTATAAA----------TGAATGATGGTGATTATTATTTGGGAAAATTTTT----------------------------TATTTATATCGTTTTTATGCT--TCTAAACACATTTTTGTCCATTGGCAACAAG-------------------------tatttattactta-----ttaataattaattatttGTTGTGAATTACATAACACAAATTAATTAC-TAACTACAGGCATTAATAGAAGTTTTAAAACAATTTAGCCTAAAACAATAAATGTATCCATTGTAAGCGTGTCAGATGCTCAAATATGTTACAATATTTTTGT----GTGCCACTATTTTCCAAAGCTGTATATTAA--ACCAATGAGATTTCACTGACTACCCAAAGTGACAAATCAGAAACAGCTTACATCA----AATCTGCTGACAGTCCAATTTATCACGAAAGATGATAAAGTGACACAACAGCGAACTCTACATGCCAAAACTCAGTG-TCTCACCTCTCTCACAGGAGCGTCCCAGATATCCCGTCCCGGAGCAGTCGCACACATAGCGGTTCCAGCCCTCTCTGCAGGTGCCGCTGTTCAGACAGGGGTTGCTCAGACACTGTTTGGGGGGTTCTTTAGAGCAAGACGGCTTCACCCCGACCGCTCTCTGAGCCTCTGCTATCCGCCGAATGTCCTTGCTCTGGCCATCCATGAACAGATCCCGCACACAGCCCACATAGCCGTAATTTAGGAGAGCGGTCCACACCTCCGTGGGGAAGATCAGACCGGCCCGGTCCTCTGGCAGGCCGCCCAGGTACAGTTTATCGTCCAGGTCCAGTATCTCACTCTCACCAGGAGCGTTGTAGGGAGTGCGAATCGAGTTGACGGAAATGGTGCCTGTCACACAAAACACAAGGCGCAAGATTTATTTGATTAACGCAAAATACTGCAGGCGAAAACATTTCCATGCACCTGTCTGTTTTGAGATTTTGTGCTTTTTGGCTTCTTTTTTTTTTTTTGGTCTGATGTAACGGAAACAACCAAAGTACCCTTTTAAGTGTTCCTTTTGGTGCACTTTATCAATTTGTGTCTGCAGATTTCAATTACGATACATGTTTTTAAAGGCCTTTTTCTTAAAATGAGTTTTTTTCTCTAGCACTGAGCCTTAAATCTCTGCTTCAGCTGCTCTTTCATACACCAGACTTCACAGTTTTGATCATATGTATATTTTGATGATTTTTACACAGCGGTTTCTA----CATCTCTGATTATACTACTATCTGATTATATTCAACATTTCATTCAACCAATAACTGAAAATTCCCCAAATTCTCTGTGTAACCAATGACTCTTATAATGTCAAAAAT--------ATGTAG----ATTtga-------------agagtttagatgcaaaagcttcaaagtattttctttaaaaatgaaaaaaaaatttcatatttgtaggtttagtactttgagatttatggcaaatatacgc----ttattttagttgtctttaaagtgaaataactgaacttaaacatataga-------gcctggaaaaaatgccaattttaaaagcaaaaaatcagatgaaactt 
s mm7.chr17     88937970 1489 + 93276925 ATCGATATTTTTTTCCATATTGATTTTTAGTT-TTATTATAGAAAATAA----GTGACAATGAGTGTAGTCACTAAACCATTGATTTAAAGTCATGGGTTGATTGATGGCTATGCTTGCTAGCCTTTGTTTTTCTGTGAGCAGGGGTCTTTACAGACTGGCTGTTTACATAATCCTCATTCTGTTTTCAACACTCATCCCTCTCCTGGCAAAAAGAGAGGACGAGAAAATCAGGTACCTTTATATTTTTCTGAGGGGTTTGACTATACATAGTCTGCAGAGAA---------AAAAATTAGATATGTAGGTACAACCGTGAGCAG----TTGAAAACCA----------GACAGAAGAAGCATCCACTGTGAG------------TCAGACATCTCATCACACTTTCAGAGCAGTGGACACACTTAACCAAGCCATTTGAAAATTATTAAAGGTGCTTCACTTATGGCCGGTCTTGGGATGTGGACTACAGGTTACTTCGCGAGAAGCTGCT---------ATGTTTCT-----GTTAGTAAATGTTTCTTGCAGGGGACT--AGTTGCTAGAATTTGGAAAGCCTACCTCTCTCACAGGACCTGCCGAGATAGCCTGTTCCGGAGCAATCGCAGACGTATCTGTTCCAGCCATCTCTGCACATGCCATTGTTTTTGCAAGGATTGCTAAGGCACGGTTTTGCTGTCTCTTTTGAGCAGGATGGCTTCACTCCAGCAGTGCTCTGAATTTCCGCCATCTGCCGGATGTCTTTGCTCTGGCCATCAATAAATAGGTCCCGGATGCAGCCCACGTAGCCGTAGTTGAGCAGAGCAGTCCACACCTCGGTAGGGAAGACTAGGCCAGCCTTATTTTCTGGCAAGCCACCCAGGTACAACTCATCATCTAGGTCCAGGATCTCACTCTCACCGGGAGCTGTGTAGGGAGTGCGTAGTGTGTTGACAGAAATGGTACCTGTTACA-AAGACAAGAG----AATATGAAGTTGTTTAG-----------GCATGCAA--------------------------TGAGCTCTGGTTCT------CTCCTTTCCCTCTCTTCAGT--------------------AGAGTGTCTTAAGACACATTTCTATTTTTATACTtttttattat-----------tttaaattaaaatataattacataatttcccctttgtt--------ttccctccctcaaaacccaaccatatacttctccttgccctg-----------------tttcaaaatcatggctttttaaaatatttaattatttctacatacagatatgtaTAGTCATTTCTTTTTTTAT---------------TTCAATGTTTAATACTTCCAA----GTAAAATG----AAGTCATCTATGGGATTATATATCTTTAGAAATAAACAAATTACAATTAATGTGGTCCTATTTGATTCCATAAAAACCACAGTATATACACAA----CTAATAGTAGTGTCATCTTTAAACAATAAAAAAGTGGACATTTTCTACAATGaaatatatatatatataaaatatGTGTGCGTGAGTATTTGTATGAATTTGTGAGCCAAGGAAAGATTCTTTGACTGATTGATTACTCTGCTTGATTGAAAT----ATTTCCAAAGT------CCAAATGAAACTT 

a score=-654
s danRer3.chr12 19188822 371 + 37038836 gcgtatgcattactcatagccatgcatttatacttctgccagctgtttgtgttgctctgcaataacacttctg---------------aaacactagctggcaataggttgtgttatatttctctgtatagagtttcttttcggatgttttgttttatctgaa-------tactactctaatgcacaagt------------acactgtaaaaaaaaaatcctggtagccttaaatttttaagctgaatcaaattaaccttataagtctattaaacttatatt-----atgttaaactgactcagaac------agctcgtgtaatttataaaattaagtgagaacatgaatagctt-----agtttaacagatcatacagTATAATCTTTTACAGGgtagctaaaactcactcattcaga 
s mm7.chr17     88939493 397 + 93276925 GCTTTGGGCTTCCTTATAGCTATGCATATATA---ATAGAAGTCTCTCCTGTGTGTTTAAGAAAACACATCAGACTCTGGATTTTATCAAACAACAACAGG-AATGTTCAGCCTTACACT----TGGTGAAAGATTCAAGAAAAATCACTTGCTTCCTTTTAAACCAAACCACTTATCAAAATCAATAGTTTCCTTTTCCTCACAAGCTGAAAAAAAAGTCTTTTGATTTATAATTATCCA---TGATTCCA---AGGCTCAAGTGTTAAATGAACAGATATTCATTCATATGGAAATAATTGAGAATTATAGAAAAATATGGAATCATTAAAAATGACTGAAAGCAC--ATTTCTTTAAAAATTTAAACATGTCAGACCATAAAAATTCCTACTAGTAACTTA--------TCATTCAGA 

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s danRer3.chr12 19210509 506 + 37038836 atttgaaTATCTTTAAGAAATAAATTCATATTCTACCTGATCTTCCATCTCTCTGGAAGTCCACGTGGTACCATTCTCCGTCATTGACTTTCTTGTTGACAGCTCTAGTTTTGGTGGTGCCTGAGCCCATGTCGAGAAGAAGGTAGAGGTGGCCGTCCAGCATCTCAAT-GCAAAGAAATCCACCTTCAATGTTTTAGGGCTCTTGGGGTCTTTCTGTTGCTGGGGTTTGGGTTTTCCATGGCTGAAGAGGAGCAGGCCGTTGGGTTCAGTGGTGCGGAAGTCGAAAGAGATGGAGCCGGCTTTTTTGGCAGACCACTTGTCAAGGGTAATGAATGACTCAGGCGTCTCAAAAGTCACAGGGTCGAGAGTAGCCACATTCTCACATTTGAAGGCCACCACACCGCTCACCTTCATCTTTGGGTCGCCCAGCTTGGCCAGTCGAGACAGCTCAAGTCTTACATCGTTGTTTTTGTAAACAACCTTTAAGAAAAAGACAAGAAAAAAAA 
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s danRer3.chr12 19211015 192 +  37038836 CGATTT---TCAGT-GAGTTAACAGCAGAAAATTTTCACAGATATGGCTACTGACAATACGCGAGTGAATTAAAGTGATCTCACATGATACTGCAGTACTGCACGGCACAGCACAACATGGTCTAATACAAGAAATAGGTAGC-CAGCAGGAGGCAGTTACAGTATGTA-----ACATAGTGAACTAATATACTGTAGCAGC 
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s danRer3.chr12 19213184  99 +  37038836 CCCCTTCCTCTTCCTCGCTTCATA------AACTCACACTGGGGGAAAAACACAAGCCATCTGTGATAAAACACTGCA------CAACATGGCTGACGCAGGATGATAATA 
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s danRer3.chr12 19216371 52 + 37038836 AATTTTGAATTAACGAAGGAAATAATTAAATTTAAATTACACTTTTTGACTT 
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s danRer3.chr12 19226619 675 + 37038836 TTACCTCTTTCAAGCAGCCCATAAAGTTGTTGCTGACAGGTGATCCAGGAAGATCGGCAGTGCTGGGACTACCGCCGACATAGAAAAAGTCATCCGAGCCTAGCATGGTGTAGTCCTCTTGCGTATATCCAGTGGTGGTCAGAATCCCATCCACGGATATTGTAACCTAGACAACAAAGCACAGGGAAAGGACACGCTATACTCACATATA---ACTTCAATACTGTTACAGGGCTTTGGTCCCCCTCGTAAGGATTTGAATGCTTGGATTTGTTTAGATTTCTTTTTCCTTTTGTTCTTATTTATTTATTTGCTTTTCTCTTTTTATTGATTTCAAATGTGAACCCATTTTCATGTCTGTTTCAGAAAATCTTACTTGTTACTGGTTTAACTTTCTAGATTGATGTGTTTAACTTCTAGTAAAGTCATCTGAGGAAGTCTGCGGCACATTAGCCCAGGCTCAAAGTTAGCGGTGCCACTTAAATCGAGCACACAAAAGTGAATCAGCAGACACAAAAATGGTGTTAGTAGTATGTGTGTTATTGAGAGTTAGTATCGCTTGAATCCAGTGCGTGTGAGTAGTTTTCAGCAGTTTTCAATGTTGTTTGTATGAGGAAAAACAAAGGACACAGCGTGCTAAGAGGTTAGAAATGAAAGCACAAGCAAATATATCTCACA 
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a score=16885
s danRer3.chr12 19227330 1046 + 37038836 CCTCTCGGCATGCAAAACAATGCTTGGTTAGAGAGAACAAATCGTCTCAGAGGTTAGATGAGTGTTagagaaagagagagagagagagaaggggagggagaAGTACACAAACACCACGGACAGACGGACGCAGCTCATGAGAAGACCAATCACAGTAGAGGTGCCGCATGCAGAAGCGTGTTTACATGAGAAAGAAAGCAGAC-GGGATGACCGGCCACCCATGCCAGCCTCAAATGTTACTGATGGAGCAGAGGTGTTAGTACACGGGGTGGCCAGGATGCACA----------CCATGCTGAACAACGGG---GCCTCAAAGCTAGCTGGACCAATGAAAAGGCTCAGAGCCAGCCAGCCGAGAC-CATTCGGTGGTGAGCAAAACCTTATGCAAAAGAACCCAGGAAACCAAAAAGATGCAAGATAACCTaacaaaa-gtcaaagg-------aaaggacaaaaaaaaaaaacgatggacgggacaaaaagagctgaggaaacccaactaatgaaaagaaaagaaaggaaaagGGGAATTTGGGCAGGGCAGGGGAAGTAAGCGTAAAGAGTACCAACCGCATTTTCCCCCTTTTTTTGTTTAGTATTGATGTCTACGATTCAAAAAAAGGAAAATAGACACACGGCAAACCCAAACTAAGAAACAATTAGAATGATATCTACCGAACAATGTAGTTTGTTTACCATAGCGTGTCCAATGCCTGAGTGCTTTGTGGAAAAGGGGGGAGAAAGGAAATTAAAAAACTGTGAACAGAAC----ACCGTTCCTCAATCAAAAAA---GATGGTCTCTTGCCAAAGGTTAGTACATCAGCGTTGCACGTTAGTAAGAGGTAACAGGTTAGTA-AATGACACATTCCATGGATGAAAGGTTAGTTTCTTTCCCCAAAAGCAGGTTAGTAAACATTTAAAAAGGGCAAAAGAA------GAGAAGGAAAGGAGAAGCAGACGAGATCTGCACCGTGGAGTTCCTCTGGGACGAATCTAGTCTA-CTCTAGTCTCT--------TCCTATTCCTGGCACTCTGC---TAACTTTACTGATGACAGAACGCACCACTGAG 
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a score=19606
s danRer3.chr12 19228792 390 + 37038836 CTGCGCGGTTACCTGACGAAGGTTCCTGGTAACCTTCACATCATGCCAGGCATTGTCATTAAATTTCCCATTGACGGGCTCCACCAGGGCCTCGAAGGCCCCAGAGCCCAGGTTGATGACCAGCGAGACGGCTCCGTTCTTCAGTGCCAGGTTGACGTAGTCTGCAGACTTTCCGGTGTGAAGCATCAGTCCATTGCGCTGCAGGGTCTTGAAGGAGAGCGTAATCTCATCGCTACTGCTCTGGATGGGGTTCGGGGACAGATCGTAACAGAAATACTCCGAACCCTTGAATGTGGCCATATATTCTTCTCTCTCT--------GCAAATACATAAAGAAAAAACAAAGTACGTAAGCTGAGGGTGATCAATGATTTAAAATTTCATTCTACAACAAC 
s mm7.chr17     89012672 389 + 93276925 CTGCGTTGTTACCTGACGCAGATTCCTGGTGACTTTCACATCATGCCAGGCATTATCATTAAACTTTCCATTCACAGGCTCCACTAGTGCTTCAAAGGCCCCTGATCCCAAATTAATGACCAGAGAGACAGCTCCATTTTTCAATGCAAGATTGACATAATCAGCTGATTTCCCTGTGTGAAGCATCAGTCCGTTCCTTTGAAGAGTTTTAAAGGACAGAGTTATTTCATCACTGCTGCTTTGAATGGGGTTTTGAGATAAGTCGTAGCAGAAGTATTCAGATCCCTTGAACGTGGCAATATACTCTTCTTTTCCTAGAAGAAAACAGATATATGCATGCATAAGTCAGCAAGTATACTACTCAAGATAGTAGATACAAA---------TACAACAAC 

a score=1987
s danRer3.chr12 19315480 368 + 37038836 AAAGAAGCATTATA-TACCTTTTCTTTTCCCTATGATATTGATATAATGGTTCCATGAAGAGAAAGTCCAGAGAGATACAGGAAAATACAAAGGAGAGGAAAGAGGCAACAGTCAGAAACATGACCGCGTGT---------------TAGATTCAGA---GACAGAAAAAAATGAAAGGTTACGTTTAGAAGAGAC------------TCCATGCATT--GCGGACCCAAAATTAAATAAAGAAATAAACTAACAAGAGAGGGCAGGCA-------GTGGAAATGGAAGCTTCC---TGTCGCAAAAATAAAA--AACCATGCCAGAACATG--ACTATGAGAGAGATGAGGGAGAATGCATGAATATCGAACAGATGGCTA-ATGCTTTCCAGTTTTCAGAGCTGGAGAATACAG 
s mm7.chr17     89299967 395 + 93276925 AACAAAATAATGTAGTACCTTTACTTTTACCTATGCATTTGATGAAATGGGTCCATGAAGAAAGGATT--------TCCAGACAAAGAGAATAAAGAAGAGAAAAACAACAAGAAGAATTATGAATATATGTAAACGCACTGCTCTCTAAAATTAAACAAGACAAGAAAGAACGAACAAT---GTTTTGAAGACAAATAGAAAGGCAGTGCATACATTCTGAGAATTCTGCCTGGTTTACAGGAAGGTACATGCAAGGGATTGGAAGCCCATGCTCATGTGAAAGAAGGTTCCCAAAGGCCACAGGGAGAAAAGTATCAATTGCATGAAATGCTACAATCAGCACTCTGAAAAACAAAG----------GCAAAGCTGGCTGCATGTTTCCAAACTGCCATGCATGGATGAAAAAT 

a score=4291
s danRer3.chr12 19315892 482 + 37038836 CTGTAACTCACTTCATCCACTGGGTT---------GAAAGTTTTTTTTCCCCCTCTATATGAAAATGAAGTTGGCAAGCAGCAATGGAATAGCGGGGCTGTTGAGAGGAAAAAAAACTCAAGCGCAAAAGAAGCGGCAACATGAG-----CTgaaggaaagagagagcgagcgagaaagagggagacagaa------aagagggtgggggaaaaaaaTGGAAAAGACCAAACCATCCATTGAC-------TCAGCGCCAAGCCAGAAAGAAAGCAGCCCCAGTAAATCCCTACCAGCGGTGAAGGGGAATGAGGAGGATTCAGCACAAGGCAGTGAGAGAGAAA-AAGGCAGAGAGGATGGAGAAGGCTGATGGAGGCAAAAAGGTGAGTAAGAAATTAAACCCATACCTTGGTCGCCCATCATCAGGTGCGCAAGACCTTAAGGGAAGACAAGAGCACAGTCAGCACAAAGAACGGGATCATGGGAAGGTTTTTTTTGTCACATTGACA 
s mm7.chr17     89300401 433 + 93276925 CTTTAGCTCCTAACTGCTCTTGGCTTTCCTTTACTGCACACACTCTTTCTATGTGTTCTTATAAGTGAAGATTCCAGTCA-CAGTTGTCTGTCTGATTTATTTGCAG------ATGTTATAGTGCAAGGGATGGAGGAAAACAAGTGTCACAGGAGCAAACTAATATCCAATCAACAAAAAGCAGACAAAACCATGAAAGAATGTGAACAAAAGCCATGGAT------------TTCATTTGCAGCCACATCACTTCCAAGC---------ATCCGCCC------ATACTTTGCAGCGATGGTTTGAAA--------------------GCAGCTACAGAGCAATAAAACACTGAGAGCAGAG--------TGGAG--------------AAGGAGCAGAGCCCATACCTTGGTCGCCCATCATCAGGTGTGCCAGACCTTGAAGGGAAACAAGAGCACAGTCAGCAATAAACAAGGGAGCATGGGAAGG-CAGGGTTGTCACGGTGACA 

a score=3956
s danRer3.chr12 19318045 165 + 37038836 TGAAAT--ATGAAGACAGAGAGAAGTACATGAGTAGGGAAAGGGGTTGGATGAAAAGAATAAAAAATAAAAACCATGTACCCACCTCCTACATAGGCCTCTTCTGGAGGGGCGGCCGAGGCGTGAAGAGAGAGAAGGAGACATTGATTAAGAAGCATGCAGACTGGA 
s mm7.chr17     89304012 150 + 93276925 TGAAATCTATTAATACTGAGAAAA-----TAAAAACAAACAGGAATTGGAAAATAAGGTAGAAA------------GCACCCACCTTCCACATTGTTGTCTTCTGAAAGCACATGACAAGGAAGGAGAGAAAAGGAAAAACATTCATTAAGCAGCATGCAGACTGGA 

a score=19392
s danRer3.chr12 19326399 679 + 37038836 CAGGCCTCTTACCTTCACTGCAGTCTTTTCCCTGGAATCCCGTTTCAGAGCAGTCGCAAATGGGCTCATCGTTGACAATGCTGCAGACTCCTCCATTCAGGCAAATG---------------TGGTCGGCTTCGCAAATGT---------CGCTGTTG---------------------ACTCCATCGCTACCGATAAGCACCGGCTCCGAGCCGTTCACTCTCAGGTTGGTTATCCATCCTTTGTAGGGAACCTCATCTTTTATGGCTGAAGATGTGAGGCGTAATGCTACAGATCGCAGTTCAGGAGGTATCCCCCCTAAGAATAAATGGCTGAAGACCGTCATGTCCCTCCGTTTCGACTTTACCTCCACCCACTTGATTTCTTCG---TCCACAACTAAAGTAGTGTTTTTGAAATTCCTGCGCAAGGTCACGGCGTGCCAGCGGCTGTCATTGACGGCTGTGTCTGAGAACACGGTCGCTGGCTCGGCGCAGAAGATGGAGAA------CCGCAAACTGAGTCTACCATTGTGGATGAGCAGTTCCAAGAAGTCACAGAATCCCTCGTCGTCAAAGTACACTAAAAGTCCATGAGCGCTTTTGGTCTTCATGTTGAAACTCATTTCGCTTTCGCAGCAGGCGTTCCACATGGGAAACCTTGCCCACTGGCCTTCTGCACCAGTGAACTCCATGCTGGCCCCCATGTCGACAAGGCAACAAACCAGTAG 
s mm7.chr17     89396563 728 + 93276925 CAGGCCT--TACCTTGGCTGCAGTCCTTGCCACGGAAGCCGGTCCTCGAGCAGTCGCATACGGCCTGGTCGTCGACCACGGAGCACACGCCCCCGTTGAGGCACACGCCGCCCTCGCCTTCTTCGCCCGCCTCGCATGGGCTCCCGCCACCGCTGTTGGGAGGCTCGTCGTCCAGCTTGACCTCGCCGCCGTCCACCGGCAGGGCCTGTGACGAGTTGACCCGGACGTCACGGATCCAGCCCTTGAAGGGCTCGCGCTCGCGCACCGAGGCCAGCGTGAGCTTGAGGGCCGCGGCGCGCAGTTCGGGTGGCAGGCCGCCCACGAAGAGCCCGCTGAACACCGTCATGTCCCTGCGCTTGGACTTGACCTCCACCCACTTGGCCTCGGCGCGGTCGATGTAGAGCGTGGTGTTGCGGAACTGGCGGCGGATGCGCACGCTGTGCCAGGCGCCGTCGTTGACCGGCGTGTCGGCCAACAGCGTGGCGGGCTCGGCGCAGAAGATGGAGAAGCTGAGCTGCAGGCGGCCGCCGCGCGTCAGGATGAGC---TCGAGGAAGTCGCAGAAGCCCTCGTCGTCGAAGTAGAGCACGAGGCCGCGGGCACTGCGCGTCTTCAGCTGGAAGCTCATCTCGCTCTCGCAGCACGCGTTCCACTTGGGGAAGCGCGTCCACTGGCCCTCGGCGCCCGGGAACTCCAGCCCGCTGCCCAGCTCTGCCCAGCAGCCCAGCAGCAG 

a score=5343
s danRer3.chr12 19601640 237 +  37038836 GCCATCTCCAAAGGGCAGCTGTAGCCAAACTGCGGACAGCTCTGGGCATCTGGACTGTAGCCTTTCTGTAGCAAGGCCCGAAGGCTGTCTGCGTGTCCACCAAGTACTGCCAAATAAACCGGACTGACCTTTCCTTCACCCCGGTCACATTCTCGCTTTGTTACTGGAATCAGCTTCTCTAAAATACTAGAGA-ACGACAAGAAAAGAGCA--------GCCAGATAAATGCTAAATTTACTTCAT 
s mm7.chr11     91078007 246 - 122091587 GCCATGCACAGAGGGGAACTGAATCCAAATACCAAGCACATTTGTGCATCTGGGCTATAGCCATTCTGCAGTAACATTTCCAGGCACTCTTCCCGTCCTCCAAACACTGCAGAATAAACAGGGCTCACTTTGTCTGGTCCAGTGTCACAAGCCCGGTTAGTACGTGGTATTAACAAGTCCAAGGTCCTTCAAATACACAAATGGAAGAATATTTAATATTCCAGGTGCATGCAACATCTTTCCCAT 

a score=6975
s danRer3.chr12 19601987 172 +  37038836 TGAGCCGCGGCGAGAATGGGGAGCTGCCAGCAGTACTCATTGCAGTACAGGTTCGGGTCAGCTCCATGGGCCAGTAAACACTCCACACACTGTTCGTGGCCCTCCTGAGCAGCAATGAGCAGAGGTGTGGCCAGATCGTTTGCCTGGCAGTTCACATTTGCCCCTGTGGCAA 
s mm7.chr11     91080597 172 - 122091587 TGTGCAGCAGCATGAATAGGTAATTGCCAATTGTCTTCATTACAATAAAGGTCAGGATCCGCCCCACTGGACAGCAAAAGTTCCACACATTTTGTATGACCCTCTTGTGCAGCAATAAACAAAGGAGTAGCTTTATCCAAGGCTTGGCAATTGACATTTGCACCTAACACAA 

a score=2482
s danRer3.chr12 19604963 195 +  37038836 AATCATTAAAAAAAAAAG-----TCTCCTTACCAGCATTTGCAAGAATATCCAAGCATTGGTGATGTCCATATTGTGCAGCAACGAATAATGGTGTGATCCCATAGTCATC--------CACAGCCTCCAGAGTGCACAAGCTCACCAGGTACCGCACAATCTCAATATGGCCCTGCATATGATATTTGCACACTTATTTCATTGAAT 
s mm7.chr11     91083312 199 - 122091587 AAGCATGAGAGCACAAAGGTTATCCTTCTTACCAGATGAAATAAGTATGCTCATGCTCTCTAGCTTCCCATACTGAGCAGCCACAAACAGAGGTGTGATTCCAAAGTCATCTTGGCATTCTCTGTCTGCTCCTTGTTTAAG-----AAGCAATCTTATAGTCTCAGCATTTCCCTAAA----ACACAGACACATATTTTTAAGTGAGT 

a score=1365
s danRer3.chr12 19608070 627 +  37038836 aaagagtatccatcatag----ttcgtgtgcatcttttcctatcgaataaaaagtttatcctgctgttatgcgcatatgtctttatgcacattttcaaaattgatgcgcatc-------ttggcgtttccatctaccatatccaaagtgagca---taaaaataggtggatagaaaacatagctattgGCA----AACCTCTGATAATTACTTCAAGCAGA---GACTAAAACTGAACTTTTCAAAGCATTTCACAGGACCTTTAAAAGAGGAAATAA------------GGCCTGGGGCTTCAACTTTTTGATGTTTAATTAAACTTTTTGAGGTATAAAACATTGATAGAGG---TATACGTGCAAA--GAAAGGGGATAATAAAAAGTAATCTGATTGTTGTCTTTTATAATAATTAACTGATCAGACCTTACATATAAAAGTAAG-AAAAAACACAAAATTATTAAGCAAGCAGTGC---TTCTGCAAAAGTTCCTAAAGCTTCATAAATCAGGAGTTTAGGTAGTAACCTTGTAAACAGCTTGATGGAGGCAAGACCAGCCTGACAAAGAGTAAGTCCCATTGACTTCTGCTCCATTTCTCACCAACAGCTCAATCACATCTTTATGTCCACCATCTACAGCTTGGA-ACAAAAAGCAAAGCAAT 
s mm7.chr11     91083511 637 - 122091587 AAAAACTCTTTCTCATTGAGTTTTACTTTTCTTATTTTCTCAGTAAAGAAAAACTTCAAAAAAATGTAATGT-CCTGTTACTTTAGA------TGAAAAATATATG-ACATCAAATTACTCTATACTTCTACACAACTTATTAAATGTAAACAAATTAAATACTGGCTTTTAGCAACTATAATCATTAGTCCTGCAAAGTCAGTTTGCTAACTCAAGCAGAAGGGGCTA----TCATATTCTCTAAACATAT------ACTTACAATAAAATAAACCATTTCACCTTATCAGTTTGTATCCCACATATTCTGATAGTTACTTATATAATCCCTATAATCCAAAACTGCTCCAGCCACTATAACAGCTGACTTATTTAGAATAATCATTAGCATTTAGCCTGCC-TTTTCTATACTGCACTTGCCATTATAAATCAGATAAAACAGAAAGCAAAAAACGGTATAGAAAAGGGTAAGAAATACAATTTACACAGAAATG-------------AAATAATAAATTCAGAGACTA-CCTGGAAAGAAGCCTGGTGCAAGGAATTCCATCCACTCATAGAATGGGATCCATTGACATTTGCTCCATGTTGAAGCAACAGCTTTAATACATCTATCCGTCCACTTTCAACAGCTGCAATACAACAGTCAGAGAAAT 

a score=7265
s danRer3.chr12 19612686 143 +  37038836 AAACATGTGGGTTTTCGGCTACGGCTCTTTGATTTGGAAAGTTGACTTTCCGTACGAGGACAAACGAGTGGGCTTCGTCAAAGGCTTCAGTCGCCGGTTCTGGCAGGGAAGTACGGATCATCGAGGAGTTCCTGGAAAGGTAA 
s mm7.chr11     91153331 143 - 122091587 AAAGATGTGGGTGTTTGGTTATGGGTCCCTCATCTGGAAGGTGGACTTCCCCTACCAGGACAAGCTGGTTGGTTACATCACAAACTACAGTCGGCGCTTCTGGCAAGGTAGCACGGACCACCGCGGGGTCCCAGGCAAGGTAA 

a score=742
s danRer3.chr12 19612859 344 +  37038836 ACAGTCCGCAGGTGTTCAGTCAT--AGCGACCTTTCAGGGTGACAGAGCACTTAACAGAGTCCGATTAACACTTTTATGTCTTATTGATTGTATTTCAGCCTGGCCGAGTGGTGACATTAATAGAGGATCCTGAGGTAATGA----------CTGTCAACCT-------ACTAAAT--ACTGCTCGATTTATACGGCTAAAGCCAATACAATGGTGATATTTAT-----GTATACTGTATAGCACGAACTCGTGGGATATTAAATAAGATGTAAACCAATATATTACGCTAAATTTACCTTTCATATACATCTATCATAAAT-TATATCATAAACTATATGATCATATATCATAAACAAAATTTACCTTTC 
s mm7.chr11     91159896 347 - 122091587 ACAAGTTGCTAATGTTTAGTTATTTAATGAACTTTAATTTAGAAAAAACAA--AACAAA---------ACACTTTT---TTCTACCTTTTTCAAAACAGCCTGGAAGAGTTGTGACCCTTGTTGAAGATCCTGGGGT-ATGATATACTTTTTTTTTTAACATAGTTCTAATTAAATAAAATGTTAGCTCTGTATTTTAATAATCAGTGAAATTTTGTTAGTCATCACAGAAAATCTGAATTAAACAAAGTCTGGAACTCTTTTCTAGATTG---------GTTTTGGGGTTGTTTGTTTTtatatatatatatataatatatgtatatatgtatatatatattaatattatatCCAGACCAGTtcccctcc 

a score=10242
s danRer3.chr12 19615240 1217 +  37038836 CTCTCTACTTACCTGTAGGGCTGTGTGTGGGGCGTTGCTTACAAGTTGCCATCAGGCCAAGAACAGGAAGTGAAAGAGTATCTAGACTACCGTGAAAAAGGAGGCTACGGCGTGATCACGGTTACATTCCATCCCAAAGATG----AACAACAGCAGCCAATGCAAGACACATTGCTCTACATCGGCTCCTGCGACAACCCAAATTACCTTGGCCCTGCGCCACTGGAGACAATTGCTCAGCAGATAGTCAAGTCTGTAGGGCCCAGTGGCAAGAATACAGATTACCTGTTTGAGCTGGCAGATGCCCTCCGACAACTAGTACCTGAAGATCTAGATGATCACCTGTTCTCTCTGGAGCGTCTGGTGAAGCAGCTGCAGGAGCAGGAGGACATGGACTGATCTAC-----------CAAGCGTCTTCTGAAGAGCTCAGGAATCTGTTTACTGAAAAAGATCAGCTGGAAAAGCATTGGATGAGCAGGAGATACGCTAC----AAAATAGT--TGTTTAATAT----ACAGTAGTCTC-------TTTACTGAGTATTTg-------------------------gtctctc--------------tttatatt----aagtgg--ccctagttattatgtagtt--acatttg--aattaataatttgg--tacaatgcacttattg--------------------------tgtatttgtatttaaaaga--ggtagcggagtgtaataacattaacaattacactgttgactttaaa---cctttatctataccctcagacttacctatact-----acaaaacatcctttaccttact-------tatataatcacctcaaattcatcatacatgt--------tttGTACTATGTAGTTATGTCACTTTTAGGGACACTTGATATGAAATGGGACCAAACATTCTAATAAGCACTTGATTTGATGTTTTCAGTTTATTTGT-CTTGTTAAATAATGAGACGCTAAAACAGA---------TTTCAGTATATACCACATGAAAGTTGTGGGTACGTCCATGAACATGTAAATAATAGAATTTTTAATATTCTGAGGTCGGTTTTATTTTGCTCCGGATACTTGAATATGCTACAAAGCCATTTTCAGTTTATTTATGAAGTTCCATACTTTAAAATAAGTCATGCGAGGTGAATCGCTGGAACATAAACATGGTTAGGTCACATTTTATCCACCAAAAACACATGCAATAAATAAATAATTAACTGAATAGACAAAATAAACAGAGaatttttttattttttatt---attGAGTACAAATTTAA--TATTTTCCCATCCAATCCACTTTTTCCTCTTTTT 
s mm7.chr11     91161817 1275 - 122091587 CTTTTCATTTTTCAACAGGGCAGTGTATGGGGTGTTGCTTACAAACTACCAGTAGGAAAAGAAGAGGAAGTAAAAACATACCTTGACTTCAGAGAGAAAGGAGGCTACAGAACTACGACAGTCATTTTTTATCCAAAAGATTCCACAACAAAACCATTCAGTGTT-------TTGCTCTACATTGGAACATGTGATAATCCTAACTATCTTGGCCCTGCACCTCTGGAAGATATTGCTGAACAAATTTTTAATGCAGCTGGTCCAAGTGGAAGAAATACAGAATATCTTTTTGAACTTGCAGATTCTGTTAGGAAACTTGTACCAGAAGATGCAGACGAGCATCTCTTCTCTTTGGAAAAATTAGTAAAGGAACGCTTAGA--AGGAAAATAGAAACTGATTTGCATACAGAGTCACCAACG-CACCCAAAGAGGCAAGAGTTTTAGTCTTCAGAAAATAACATCAGTACAGAACATCAGTATGTTTTAGACATTCTTCCTTGAAGATCTTACTATTTAATATTGTAATTGGAATATCATCTAGATTTACGATGTCTTTGCAAGTGTCCTGAAACATATCCAACAGATTCTCACAATGGGAAAGAGTTCACGTTGTAAAAGTGATTTCCTAGTTATACTACATTTCAACATTTGTTCATTAGAAATGCAGGTCTCAATTAACTTCCTGTTTCTATTAGAATAACCATGGTTTGTTGTACGTAAGTTTAAAATAATGTTATTAGAAATATAGAAGAGGTAAGGTTACAGCACTGATTGTTAATATCCTTGTTATTTGGAATTAAATGAACCTAAAATTTAGACCAAAAGAAATTGTACTTTTCTTTTAATGTAAATTATCCCTTTGGGATTATAATATGCTTTCTATTCCTTTGGGTTAAGAAGGTATTTTATAACCAAGAAAACT-------ACATAGAGCTATCCATATATAAAACCAC----TATGATAATCATATTTACTTTGTATTTATTTCATAATGAAACTTTAAAATAAAAGATAGGTTTTCTGGTGGAAACATAATAAAAATTGTGTTTA-----------AAACAGATTTTACAATTATAATTTCTCTAA-----GTGTCATTT------------CTGATTAT------AGTCTATATTTTTCTTATTTAT--------ATATTGTCACATAAATAA-----------------AAGCATCAAC-TGTTTATGTGGCTACATAATCAGGAA----------GCTAATTCTCCAATTATTTAATTTCATAAAATTATCCTTGATTTTTGTCTTTTTTCTTTTAAATTGGttatttatttactttacatccccattgcagcttcccttccctcgcctt 

a score=8763
s danRer3.chr12 19626309 243 +  37038836 AAAATCTTTTGAATATGTTTTTGAGTGTGTATAAGGAACATTAAACAATCCATGTCATGACACATTCAAAAAAAAGTGTCTTTTTTAACGTACCTGTCTATGCATAGTAGCAGGGAGACACCAGAAGGTCTGTGAGCACCACGAGCTGGTCGTCCGTGAACTGCTGTTTGTGCTCCAGCCAGTTGTCGTGATGAGTGCGGCGGAAATTAGACAGAGTCTTTTTCACGGTCATCTAAATCAGAC 
s mm7.chr11     91260995 219 - 122091587 AAAATCTTGTAGGTATTTCCTTGGCTACTGGTAGG---------------------ACGACACATGCTGGGAAA---GACCCATGTAACTCACCCCTCTATGCATAATAGCATGGTGACACAAGGAGGTCAGTGAGGACAAGCAGCTGGTCATCAGTGAACTGCTGCTTGTGTTCTTGCCAGTTGTCATGATGTGTCCTTCGGAAATTGGATAAGGTCTTCTTTACAGTCATCTGTAATTGAC 

a score=7709
s danRer3.chr12 19626652 220 +  37038836 TGTACCTCAATGGGCTGCGTGTCATTGAGGTGTGCGCTGAGGTCCATGAGGAGCTGAGGCATCCAGGTTGGGACATCATACGGACTGGATAAGATGCAAGCGCTGAGACCCAGCACTCCTGCGTGACGCCGTACTAGATCTGAAGACAGAGA----AGCATGttttttttattgttattattattattt--------------tttcaatatatCTATCTCAACATCC-CTATAGATCT 
s mm7.chr11     91262697 238 - 122091587 TGTACCTCAATAGGCTGAGGATCATTCAAATGTGCACTGAGGTTCATAAGGAGCTGGGGCATCCAGGTAGGAACATCATAAGGGCTAGAAAGAACACATGCACCAAGTCCAAGCACACCAGCATGACGTTTGACCAACTCTGCA-ACAGAAATAACAACATATCATTTACAGTGAAATAAATTTTCATTCATGCTAGATGTACTTTTAATGTGCATATTTCCCCATTTAATATAAATTT 

a score=7739
s danRer3.chr12 19628634 244 +  37038836 TACCAACAGAAGGAATGGTGTCCATCACAGAACCCACATCTCTTTTCCTCTTTTTGGGCAATCTGGTTTTGCATAGAGCCTCAAAGTGGGTCTGCATGGAGGAATCCATTGCCAAAAAATTGCACTGCAGGAAGCCGCTAAGTGTGGTGGCAGCCATTTCTCTCACCTACAGCAGAGACACGCAC-------AGAGATGAAGCTTTAA---TGA------AAAGGGTGCATGAAAGCGAATAAATAAATGATTGTGGCCC 
s mm7.chr11     91265298 256 - 122091587 TACCTGCAGAAGGAATGGTATCTCCCACAGAACCAGGGTCTCGTTTTCTTTTCTTGGGTAGTTTTGTTTTGCAAAGTTGCTCAAAATGAATCTGCATAGCACTGTCCATGGTAAGGAAGTTACACTGTAACAGACCACTTAAGGTGGTAGCAGCCATTTCTCGAACCT---GGAGGAATAATCACTTCTATTAGAACTGAGATCCTAAGTCTGAGGTGATAAAGGGTCCCAGAGAG-GTATGGAAAGCTGAGTGGGGACC 

a score=7992
s danRer3.chr12 19628881 259 +  37038836 TGTACCTCCAGCTGCTCGTCCTCCAGGAGCCTGATGACCAGAGCTCTGACGCCTTGAACACACTGCTCGCTGCTCAGGATGGTGAACAGATTATAAAACACCATTGTCTGGAGATACGTTAACACTGAGTATCTGGCATGCCAAGAGCTGCTACCGGCAATCTGTAAATGTAGAAAAAGAAGCTTATGGTTTCACAACTGTAGAAATAAGGACAAGGTGATACGTGTTGGTTGGTAATAAATA-AGACAATTAATTATTT 
s mm7.chr11     91273987 248 - 122091587 TTTACCTCTAACTGTTCATCCTCCAAAAGGCATATAATCAGCCATCTGATGTCTTTAACTGCATCTTCATTGTTTAGGAAAATAAAGAGGTTATAAAATACCATGGTCTGGAGGTAGGTCAGCACTGTATATCTTGCATGCCAAGAACTGCTTCTTGCTGTCTGTGAATG-AGAAAATAGTATATATGATGATAGAACTG-ACAAGTAA--ATGAGATGACAA--------TGACATTACATACAAGCAATACAATATTT 

a score=6782
s danRer3.chr12 19630958 181 +  37038836 TCAGAGGTTAAGTCTGGCGTGGCTGAATCCTCACCTCATGTAGCACAGCGAGTACCATCGGGATCTGCTCAGGATACAGAAGCCCCTGAGACATAAGAGATAGACATGTCTTGGCGTCTCTCTTCAGCTCATCATAGCTGTCATCATTTTCAACAGGCGCGATCTGCAGACAGAGAGAAAA 
s mm7.chr11     91278071 181 - 122091587 TCAGGTGTTGTATACACTGTAGCCATGTACTTACCTGGCTTAGCACCTGAAGTATCAAAGGCACTTGTTGAGGGTACAGCAACCCCTGAGACATTAGTGACAAACAGAGCTTTGCATCTCTTTTCAGTTCATCATAACTATTGTCATTTTCCACTGGAGCGATCTATAAAACAAAACTAAA 

a score=4724
s danRer3.chr12 19631208 89 +  37038836 ACCTTAAAGAGCAGCGGCAGCAGCTGGAGTTGCTGAGGGACTGGAGTGGAGAACGAGCGTCCCGCACTGGCCATCAGCCACTTCAACAC 
s mm7.chr11     91283464 89 - 122091587 ACCTTAAAGAACAAAGGCAGAAGCTGAAGTTGCTCTTTGACTGCTGTAGAAAAAGATCTTCCTGCACTTGCCATAAGCCATTTCAATAC 

a score=6826
s danRer3.chr12 19631298 460 +  37038836 GTTTTCAGCAGTTTGATGGCCTGGGTCCTTTCGTCCTGCTCACCAACTCCATTCTCCTCCACCACGTGGTTTTGGATCTCCTCGTCACCTTCGATCAGGGGTTTCAGCTGAGACAGGATCCGCTCGGTGAACTCGGCGATGTGTGGGGATTTAGTGGGCAGAGTGTAGGGCAGAGCCACATCAATCATGAAGATGTATGTCAATACGCTGAAAGGAATTAATCACGACA-AGAGGATGAAAGCGAGTGCTGGTGTATTTTTGGATTATAGTAGCCACGTTTAAACTGTTTGTCCAATCCAATGTTTCC------TATGCCCCCATGATGCTTTGCGTGAACTATTAGAGTAACAATGTGTTAAACAATT----AGTACAGCTTTTTTATTTTACTTTATTCTGGGTACAATGA--AGTGGCTTTATTTTCATAACAGTCCATCCACTGAATATTTAAAGACAACTTATTAGAA 
s mm7.chr11     91286198 444 - 122091587 GTTTTTAAGAGTTTAATGCCCTGAGTTCGTTCATCTTCTTCACCAATGCCATTTTCTTCCATAACATGGTTCTGAATTTCTTCATCCACATCTGTGAGTGGTTTCAGTTTTTCTAGGACGCGAGCAGTAAACTCAGGGATACAAGGAGATGTTGTTGGAGCAGTATTTGGCAAAGAAACATCTATCATAAATATGTAGGTCAGCACACTG-------TTAAATAAAACACAGAAGAGTAGGGGGTTTGACA---------TGAAAATTAAAACTGAGGTTCAAAAGTTACAGCTCAGCCAAACTTTTCAAAAGATAATTCCCAGGGAGGGTCTCTGAACACTCCCAGTGTAA-GATATGCCATACAATTTTGAGGGGCAACCCTGTAG--------TATGATGGCTGCTCTCATTGGTGGC----TTCTGAGTACAGTGCTCCCAATTCATATTCGAAGTCTTGTTTTTCAAA 

a score=8092
s danRer3.chr12 19634043 158 +  37038836 ACCCACCTGCCGATACGCTCTCTCACATTCTTATAAACCTGAGTGAGCTTGGGCTCCAGGTAGCTCAGCAATCTGTGCAACAGCTCTGGGACCCTCCACTCCTGTTGTGCCAAACCACCCTGAAGTACATACAGGTGACTAAAGAGAAA-GATAGAGAC 
s mm7.chr11     91286771 159 - 122091587 ACATACCTTCCTATTCTTTCTCTGACATTTTTGTAAACCTGGGTGAGTTTTGGTTCCAAGTACTTCAGAAGTCTGTGCAATAGTTCAGGGACTCTCCACTCTTGCTGGGCAAGGCCACCTTGTAGCACATAGAGTCGGCTACAATGAAAGGACAGAGAC 

a score=5853
s danRer3.chr12 19634263 111 +  37038836 ACTTACCAGGCATCTACAAATGATCCTCCTTCCCCGCTGAGAGGACACTCCATCAGCATTTCTAGAAGCCAGTGGAGCTTTCGTGGATCTCGGCTCTCC-----TGAAAATACAAA 
s mm7.chr11     91288341 116 - 122091587 ACTTACCATGCATCTACAAAGGACCCCCCTTCACCACTCAATGGTGACTCCAAGAGCAGCTCAAAAAGCCAGTGAAGCTTCCGGGGATCTCTGCTTTCCTGTGTTGAAGATATAAA 

a score=5250
s danRer3.chr12 19635752 172 +  37038836 AAATTGACGTACACAAGCAGTTGCCACGCAGGTACCCCAGTCAGCGTAGGTCTCCACAGTAATATTAGACAGCGCTGTTCGCATCAGAGGAATGAGGAATGCCCATAACGCTTCCACCTATGT-GTGAGAAAGACATGAATGACAATAAACATTTCAGTGGCTCCCATCCCTC 
s mm7.chr11     91288862 161 - 122091587 AAATGTGCTTACACAGGAAGTGGCTATACAGGTCCCCCAGTCATTGTATGTCTCCACTGTCATGTTGGACAGTGCCGTTCTCAGCAGCGGGCACAGGAGCTCCCAAAGCTTCTCCACCTTTGCAAAGTCAAACGCAGGAACG------------TTAGTGGTGCACATCATTC 

a score=6942
s danRer3.chr12 19635940 219 +  37038836 TCACCTTTCCAAAGCTCCAGTGTTTGCTGCCTCTAATCAGGCCTGCGATGATCTCAGCCACACAGCGCTGGGTGCTCTCATGAGAGTCGTTTGCCAGCCGCTCCATATGAGGCTTTAAAACTGGCAGGAAGGCATCACTGTAGTTCCGGAAAAGTCCCTGTGGGCGATGAACGAGAAAAGCAAGCCATCTGTATTTTGTAATATATTTGTACAGCAGGT 
s mm7.chr11     91291378 207 - 122091587 TCACCTTCTCAAACGTCCAATGCTTAGAACCTCTGATTAAACCAGCTATAATTTCTGCAACACATCTCTGGGTACTTTCATGAGAATCTGCAACCAAACGTTCTAAATGGGGCTTCAGAACAGGCAGAAAAGCATCATCAAAATTTCTAAATATACCCT-------ATAAAAAGAAAGAAAAAGTTA-----ATTCAGTATTATCTTTCTAAAaaagat 

a score=3677
s danRer3.chr12 19637525 532 +  37038836 TTATTCTATCTACTTTGTATATTAGGCTTTCTGGAAATG---GTCATATTTATATATAGTTTATGTATTACTTATACAATCTATTTTGGCTAATTCTGCTGTGCTCATTTGAAATTCTATTTAAAGTGTCTGCCAAATTATTAAATGTAAATAGCTATTCAACTTGACAAGATTGTCT---CAGTTTCAGCAC-AGTTTAATCTCTGTTTTGCT-TATTTCATTCCGAACCTACTCACAAACAGCACATTA------------AAATCCGACAATGAGTAACGTCTCATGCTGTTTGTACCTTAAAGAGACAAAAGCGACGAGGATTGAACTTGTCTTTGCCCTTTCGGTCCTCAAGGGACAGGAACTTGATGAGCTGGTTGATGAACGTGGGGTCTGTGAAATGGTCATTGATGATAGCTTCCCTCTGAAACAAATAAATAAATACTAAATTA--GTTCA---TTAAAAACATGTTTGTCTG-ACGTCACTTTTCACAGTTTCTTTGTTCAAAACACTATCAGATGCCAAATGCAAACAACAAATGGTACTAAAATG 
s mm7.chr11     91291779 536 - 122091587 TTATTCTCTCCA--TTAGAATTTAACTTCTTTAACAGTGTCAGTTACAATAGTAAGAATATTGCAAATTGATATTAAAATACACTTTT-TTGTTTCTG--GTGCTTA------ATACCATC--AATAATTTAAAAGGTTACCATAAACAAAAAGTAAGCCA---TGGCAATATGAACTATGTAATTTCAGTACCACTTTAGATTAAGGCAGACAATAGGTAAATTCAAATTTACTTACAA---GCCCATAACTGGTAATCACTAAATTTTATGAAAAG-AATATTTCAAGC-ATAATTACCTTAAAGAGGCAGAAACGCCGGGGACTAAACTTATCTCTTCCTTTTCTGTCTTCTAAAGATAGAAATGTGATTAACTGCTCAACAAACTTAGGATCAGAAAAACGATCATATATAATCTGTTCTGCCTATAAAGATGAAAAAAAAAAAAGAACAATGTTCAAAGTTTAAAACCTACTTAAGAGCACAAGACTTATAGTGATAGTTTTGTTCTGGAGAATTTTCAATATC-CATAGAAACTATAGTACTTTCTAGAATG 

a score=4764
s danRer3.chr12 19638506 273 +  37038836 AACAAAAGAGTGTGTTCTAAAATCTGCTGGCACAGAGTTAAATTGAATAGTACAGTGATCAAAGGCGTAGAGTG-TTTACTTTGGCCAAGAGTAGTAGCCCCAGTGGGTTTTTTCTACAAAGCAGAAAGCATCCCAGTCCTGCTGGGAGTTCGGCAGGCTTTCACTGTGGTACTGCAGCCAGTCGTTCCCTGGCCGGTCTCCTGCCTCCAGCTCCTCCGGCTCAGTTACCCCACCTGCACCGCATCACAAGTGTAATTAGCTTCTGAAACTTTA 
s mm7.chr11     91294176 259 - 122091587 AACAAAATAAAGTTTACCAAAAA-----AGAAAAAAGAAATGTTTAATGATAAAGTGG---GAGGTGAACCGTGACTTACTTTGGCCAGTTGTAGTATCCCCAGTGAGTTTTTTCAACAAAGCAACTTGACTCCCATTCTTTTTTTGTTCTTGGTATATTTTTACTATCATAATGCAACCAATGGTTATCAGGTCTATCACCAGCAAGAATTTTGGTAGGTTTAGGACATCCACCTAAA-------GAAAAGGTATTCAGATTCAATAACTTGA 

a score=3893
s danRer3.chr12 19638795 188 +  37038836 TGGATGTGAGGAGTAAT----TGAATGGTCTCCACATTTAATAGTATTTATTTGAATGCAAAGTAATGTTTACTCACTTATATCACAGGGATTAACTGGTATTTTCTTGCGTGGTCTCTTCAGCTGTTTCAGTATGCCTGCAACTGCAGCTATCGCCATCTATATATTCGTGAGCA----------------TTGGGAAAAAAAGCAT 
s mm7.chr11     91295926 198 - 122091587 TGAATACTCAGAGAAATGTTCTAAGTGTTATTGAAAAGCACTGTTATTTACTTGAG------GTA----CTACTTACTGATTTCATAAGGGTTGATAGTCAGCTTTTTGTGAGTTCTCTTTAGCTGCTTGAGAATACCAGCAACAGCTGAGATAGCCATCTACAAACAGGTTAACACACACATATCAACATTTTGGAAAAAAAAACCT 

a score=6350
s danRer3.chr12 19641783 231 +  37038836 ACCTTGCGAACAACAAGTGCATCGTGGTTTAGGCTTTGTACAAAGAAGAATACAGCAGGAGCTGGGAGCGGATAGTCATCTCTCAGCAGTAGAGACAGGAAACCGATAGCAATGTGCTCAAATTTCCAAGGTCTGATGAC-------ACAAATCAGAATAATCACAAATGAGTGATGCTTTCAAAAGTTCAGTTTTAGTGAAAACAATCAGTGTGACACTTACAGGTCCCTGTCATCT 
s mm7.chr11     91297459 236 - 122091587 ACCTTTCGAACAACAATTGCATCATGGTTGAGATTTTCAACAAAAAAACGTATGGCACGAAGAGGCAACACTCTGTCATCCCTTAGGAGTAGAGACAGAAGCCCGATTCCTATATGCTCAAATTTCCAAGGCCTGGGGATTGGGAGAATGAGAGAAGGTGCTTACAAATCA--GATTTCTCTTAAAACTCACTTAAAGCAAGAATCTGTTTTGAAACTCTTTCTTTGCTTTGTAGTCT 

a score=10935
s danRer3.chr12 19645021 275 +  37038836 GGCACTATTCCCAAGTTAAAATACAAA---ACTGGTGAAT--CTGCTCACAGTAAAATCGATGCCGATGGTCTCGTACTGACGGTGAACTTTGTCTGCAAGGTCGTCGAAGAGTCTGACAATGGAGGGCTTCTCTAGGGACATGGCAGAGCTGAGGCCTGAGCGTACAATGGCCGGCCACGTCTGAGCAATGCAGTCCCAGTCATGCAGGTTAGCAAGGCACACTCCACAATGGTTTCCAAGCAAGCAATACAGCGCCCCCTAAAGCACAACAGAATAAA 
s mm7.chr11     91302042 271 - 122091587 GACAGAATTTCCA--CTAAAGTATGAATAAACAAATAAATGGTTGCTTACTGTAAAATCCAAGCCAATTGTTTCATATTGTCTATGAATCTTTTCAGCAAGGTCATCAAATAGTCTCACTATTGATGGCTTTTCCAGTGACATTGCTTGGCTAAGCCCTGAAGAAACAAGTGCTGGCCAGGTCTGCACAATACAGTCCCAATCATGAAGGTTTGCCAGGCACACACCACTGTGATTTCCAAGTAGACAATATAAGGCGCCCTATA-------AGAACAAA 

a score=5796
s danRer3.chr12 19645296 206 +  37038836 AACTATTACTAAGTCAAATAAAT-----------ACAATAGGATCTATTGATAAAACATGAAGAAATTTCTAGATTACAGACCTTAAACTGTTGCTGTGTGACATCAGTGCGTGTGGGCTCCAAAAACTCCAGTACACGTGGAGTAATATCTCTGCAGCAGAAGTTATAGGTCCCCAAAGCTGTAAATAAAACATTTTGGGCTTTGCTGCGAACCTG 
s mm7.chr11     91304038 211 - 122091587 AAATATAACAAAATACTATAAATGAAGACCTTCAATGACAGGGTGTTTACAGCAAAAGTTAAAA------CAGAAACTATACCTTGAACTGCTGCTGTGTGACATCCTTTCTATCAGGCCGTAGGAATTCCAAAACCAAGGGGATAATATCTCTGCAACAGAAGTTATATGCCCCCAAAGCAGCAAAAAATGTTTGCTGAGCTTTGTTTCTGACCTG 

a score=3154
s danRer3.chr12 19645502 278 +  37038836 TGAGGGCCAAAAAAAGTCTTTCAGAAATATTCATAAAATCAATGGGATAACTTTA--------------ATAAACAAATTGTTGGATGTAGAATCAGACCTGGCTGTAAGTGCTGGTAGAAAGACGCAAAAGATCCCTCAAAAGGTCCTGATGAACAGTCTTGTATTCACACCCCTCGACCAACAACTTTCTCATCTAAAAAAATGATGGAACCTTTTTGTTAGGTTGCAGTATGAACCACACTGGCTGGCAAAATGCAGCAGATTTGCTG-ATCAACAGAAAGTTCTTTTAA 
s mm7.chr11     91305123 242 - 122091587 TGAGGG--------ATTGCTTAAGCTATACTGTTAAAAACAA--GGATATTTAGATTGCATATAACAAGATAAAAATATGGGAGAGTGTAGAACCTCACCTGACTGTATGAGCTTGTTGATAATCGAAGAAGATCTCTGATCATATCTTGATGTATTTTTTTGTACTCACAACCCTCAACAGTTAGTGTTCGCAACTTTAAAAAGAA--------------------ATAATATAAATCA---------------------AGTCTTGAAGTATTTACTAAAAGTCCATTTAA 

a score=4229
s danRer3.chr12 19645871 146 +  37038836 AGGTATTTGAATTGGCTTCTACCTCATGCTGAAGAAGAACTCTGTCAATCAGAAGAGCTCGGATGTGCTGTTTCTTCCCATGAAGCTGGAAA--GAATAACAAGGTTCATGAAACAATTACAAAAATAAAATGCCACAGGAGATTTCT 
s mm7.chr11     91305423 134 - 122091587 AGATACTTG------------CCTCATGCTGCAGCATCACTCTGTCAATTAGTAATGCTCTGATATGTTGCTTTTTTCCATGGAGCTGGAAAACAAATAGCAAACACCTC--AATAATTTTACTAAGTGACTTCAACAGTGGATTCCT 

a score=6277
s danRer3.chr12 19646017 126 +  37038836 CAAGT-CCAACTACCCACCCTATTTTCCATCGACTTCTTCACTAGAGTAAAACTCTTCCAGCGAGAGTCAAACTCATGTTTGTGGGAACCTTTGAAATGCATCAAGTCACTGATGATCTGAGAAAGA 
s mm7.chr11     91306933 127 - 122091587 CAGGTGAAAAATACTGACCCGATTTTCCATTGATTTCTTTACTAAGTTAAAGCTTTTCCATCGAGAGTCAAATTCATGTTTATGAGATCCTTGGAAGTGCAGAAGGTCTCCAATGATCTGTGTTAGA 

a score=2861
s danRer3.chr12 19647652 229 +  37038836 ACATTTACCTTGATAATGGCAAATAGGGATTTGGTGTCATCCTCTGAGTGCTCCAGAATATAATCT---ACAGAAAAGAA-------------------------------------------------TTAAAAGATGCATTGGGGTG-----------ACTGTAT---------AAAGAATGAAAGTGTG---------TGAAGTTAGATGCAAT----------------------AAATGAGGAGC------ACTTACGAAGCAACTGTCTCATCACTTTGCAGACAGCCTCACGGTAGTTTTCTCTGGACTGATCTGTGGAAAAATCAGCAAT 
s mm7.chr11     91307129 338 - 122091587 ACTTTTACCTTTATGATGAGAAACAGTGATTTGGTATCATCTTCTGAATTATCAAGTATGTGGCCTAAAATAGAAGAAAAAGAGTTTAGCTAAAATCTAAAAATTACTATATAAACCCCAACCTGCTGTTTAAAGGGGGCTGGGAGGTGGTGTGTTATTCACCCTATTTTAATGAAAAAAAAAAAAAGTTTTTTTGTACCCTGTAGCAGGGTACAATTTTAAACTGTAGGAATACAGGGAAGTTACAGGCATATATACTTACTAAGAAGTTTCCTTATGACACTAGCAATTACTTCTCGGTAGTTTTCTCTGGATAGGTCTATTTAAATAAAAATAAT 

a score=2059
s danRer3.chr12 19647995 481 +  37038836 ACTTTTTCAGTTG----TGGCTTACCATAGTCAACACCGATGTACAGCTTTGTTTCCTCCAAATTAACCATGCTGGGCACACTGCACAGAAGAGAATTAAGAAGAAAATAAACTTTCATACTGAAGCACCATTTAT-CAAAAGTTTAAAGGTCAGTTTTATTTGATCAAACTGCAT--TTAATTGATCAAAAATACAGTAAAAACACTATTAAATGATAAATGTACTGTTTCCGACTGATGATTATTGAAATCAATTTAAGGACATGTTCAAACTTCT--AATTTGATGCTCTCGGTTCAGT--------------TGGCttttaaaaaattatatatttaGTCCTGAGCGTTTAACACTGGCATTTAA----CAACAAACCTACACGCATGAAGAGAAACTTGACTTGTCAGTTTA----TTACATTTATTTTGAAACAGAACTTA-TTAAGCATTTAAACAATTGACTATTTAAAGAGGTCAAATCAATCAAAGATTTTCTTTGAGGAGAC 
s mm7.chr11     91309151 459 - 122091587 ACTACTTCAGTTAGTATTCACATACCATGTTCCAGTCCGGTATACAATTTTGTTTCCTCTAAGGAGACCATACTTGGTACCCTGTATAAA--------AACAAGAGAGTTTGCATTTAT----TAATAATATCAATACAAAAGGCCAAAGG------------AAAAAAATCTCATTGTTACAATGTTTAAATTAAAACAAAGATAATACCCTGTAACAAATTTCTAGTCTCT--------AGTACT----TCAATTT---------CTTATACTTCTGAAGATTAATGCTGCTGTATCAGTAAGAACATATTAACTGACTTAAAGAAAATGTTA-ATTTAGTACCTCAAGGGGAAAAAAATCATCTCAATATCGATAACTGAATATTCAAGTGGAAAAGCTTAAATTCATTGATTAGCATTTATATATCTGCAAAAAGAAAACTCAGCtttataattatataat--aatactttaa------aaCTCAGTCAACTTTTATTGCTGAAGTAAC 

a score=4389
s danRer3.chr12 19648601 467 +  37038836 AAAACAGCATTTGTTTTAAACA-----AAATGTTGTTAACATCATTGTCTTTACTGTCTTTTCTGATCAATTTAATGTGGCTTTGCTAAAAATAAAAGCTG-------TAATGGTTTTAGGACTTACAGGC----CAGTGACTGTAGACC-----------------CATCAAG--------------AGGTGGAAGCATACT-----TCCAGCACCCAGTAGACAGTGTTGGACA--ATACACAGACTCTGAAGAACATCATCTCTGTTTAAAATGCAGAGTGATATC-------AGCTTTAGAAAAACAACACTGGTAAAACAATCACCAAA-AACA-----------------TGAAGTTTAAAAATTCA---------------GACCTGCTCATTTCTTGCTCTCCCTGTGCATATCTTTGCAGGCGCTGTAGCTCTGGCTGCAGCAGAAGGTCCAGAACGTAGAACACAAAAGCGGTCTCCTCTGTGCTGGGTACGTGCCACTGAATCTCCAGATTCCAAAGGTCCCCTGGACGGCCCCAATCCTGCGAAACAAA 
s mm7.chr11     91318134 544 - 122091587 AAAACAAGAGTTG----AAACATTCACGAATTTTGTTA----CATAGTGTTCAATGTTTTTCTCAGTACATTTAATGCACATTT--TAAAAACAAACACTGATTATGTTTATGTATCATGGGGCTACAGATggctcagttcccagaaaccacacggcggctcacaaccaccaagtccacgttccaaggaacccaaagccttctgtgatttctgcagccagtaggca----cgcacatggtataaatatgcaggggaagcactcatgcacataaaat-caaaGAAACCTTCAAAAGAAGATTTAAAAAAAAAGAG--GAAAATACATACATCAGATAACAAAGTTTGGGGCAGGCACTGAGGTTTGACAAATAATAATAGAAGAAAACTAACCTAGACATTTCAAGTTCTCCATCTCCACAACACTGGAGTTTGATAAGCTCAGGCTGAAGAAAGGAGTCTAACAAATAGAAGGCAAAAGAGACTTCTTCTGAAGAAGGAACATGCCACTGGATCCCCAGATTCCACAAATCTCCAGGCTTACCCCAGTCCTAGAAAAGAGA 

a score=8701
s danRer3.chr12 19649518 722 +  37038836 ATCTAATGAATATTCAACTACCATGAAGTGGTT---GAAAGTGGACAAGCTT--AAATTGTTAAGACCTTGTTTATATTATTTGTGATTAGATTGA----CAAAAACACATTTTAAT----AACAGGTAAAAATGAGACCAAAGAAAAGTCGCAGTACCTTAATGGGCAAGTACTCTTGCAGGGGCCTGCTGAAGCCACCAGGGACACTGCAGTAGTCTGTGGGGTAGATGAGTGCTGTGGAACGCAGGACATGATGTAGTAGGTTGCAGGCCAGACTGTAGCCTTGCTTACAACGCAAGCGCAGGGTCAGCTGTAAAATCTGCACCAGCTGTGTGCGGTACGGGAGCAGCTTTTCCCCATCCACGCGAGTCACCTGAAGATTAGCGAGAGGCGTTGGCAGTGTGAGACACAGTAATGAGTGTTAGTGTCTAACAGATGGCTTGTAAGGTGACTGATTTGAACCTGTTTGGAGGTAGTGACTCCATTAATGCTTCTACAGGAATAAATACACTATAGAATAAAAACTGTATAAACGTATAAAGTCCATCCAAATTTTATACCATGATTTTCTCATTATCACTCC--ATGGTGCTT------GTTTTTTTTCTTCTGCAAAATTTAAaatgtaatataatgtaatataatataatataatataatataatataatataatataatata-atataatataatataatataatataatataatataaAAgctgcactatattggaaa 
s mm7.chr11     91319306 658 - 122091587 acttaataaataaacaaCAACAACAAAATTTTTCTAAAGACTGGACATTTCTCTACACAGCAAGGA--------GAAACATCTCTGATTAACTTAAGAACCCAATAGAGTCTTTAATTCTAAATGGCTGAAAATGCT------------------TGCCTTGACAGGGAAGTATTCAGAAGGCGGCTTGTTAAAGCCCCCCGGAACACTGCAGTACTCTGTAGGGTAGATTAGTGTGGTAGAACGAAGAAGATGATGCAGAAGGTTGCAAGACAGCGTGTAGCCCTGCTTACAGGTCAGGTGTAAGGTTCGCTGGAGAATCTTTACAAGCTGCTCCCTATACAGAAGTAACTTCTTCCCGTCTACACGAGTAATCTGAAAA---------------GACAGGGAAAAATAC-------------------------------TTGAAGGCATTTGGTTTGAATCT--------AGAATAACCAATTCAAGGTTCATTCATACTTGACACTGCAGTAGCTTAAAAACAATGTTTCTGTAAATGGCTCTAACTCATTTTAAA--ATCATTTTAGAAGTGTCATTTTTAACTATACTTTAGTAATGTTTTTTTTTTAACCAAAACACATATTCTAACTTTATGC--TTTCATATGCCAAAGTAACATCCCTTTCAAAAGAAT-CAATATATCTTTAAAGGAACAAAATAT-ATGTATTTAAATTTCTAAACTATCTCATAAAGAAAA 

a score=1497
s danRer3.chr12 19651681 28 +  37038836 AGTGGTCTTTTCACCTCAGACAGAAGCT 
s mm7.chr11     91320496 28 - 122091587 AATGCTTCTAATACCTCAGACAGAAGCT 

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s danRer3.chr12 19651709 226 +  37038836 GTAGGTTCCAGAGCAGTTCTTTATCCAGTTCTTCCTCATTTGAAACATCTTCATCTAAAAAAACAAAAAACACA-----ACCAAAAAAACTCAAG----TGAGGATGCTGACA-TGCTCTCAGTATGGCACAGAATGT----------------GGTTTTATTTTCTTGTACGCACTGGCAGTTAGATGAGTAATGGCGTTACAGCAGTGCGGTACAAACAGCCTGAGAGACTCAGCAGGGTGACACTGAAA 
s mm7.chr11     91321250 249 - 122091587 gtgagttccaggatagcca---aggctatcctctctcaaaaaTAATCTCATAAATTAAACAAACAAACAAAATATAAATGCTACACAGACTAAAGGATCTATTGATATTATCAGTATTCTAAGAACAAAGAAAAATGTATTTGAAAATTACACAGGTTTTACTTGTAGCGACTTACTCATTGTAAGCTGAGTTATAACACCATAGCAGTGGGGAACAAACAGCTTCAGGGATTCTTCTGGGCAACACTGAAA 

a score=4284
s danRer3.chr12 19651996 210 +  37038836 AAAAGACACTACCTTAGAAGCCGCTCTGCACATGTCTGCCACCATTCTGCCTGCGACACGAGTCTCAAAGATGTTGGTGGTGGCGAAGTTGAAGACTTTTTCGAGAGCCACCTATAGGTA-----------ATAACACCTCATATGAGTCACCCACACACACACACCTTACTGAGAGAAGATCCTACAGAAATACATCTAATATAATCCTTAAGAAATGAA 
s mm7.chr11     91321740 219 - 122091587 AACAAAACTTACCTTCACAGCAGCTCGGCACATGTCTGCCACCATGCGACCTGCAACTCTTGTTTCAAATATATGTGAAACAGAAAAGTTAAAGACCTTCTGAAGGGCCACCTGTTGATACAGAAAAAATGAAAACACTCAATCAGTGTAATTCTTTAGAAATTAACCATCTCTTGGAACAT--TAAAAAAATACTATTCTAACAGTAACTAAGAAGTAAA 

a score=8231
s danRer3.chr12 19654011 655 +  37038836 tcatttttgagagaactatccctttTATAGAGAGTGCAGCAAAATTATCTACTGAAAGTCAAAACAACTTGAAACATGGTGACTACACACAAATACTATCATTCT-----GTGCAACACGCTGTCAAATTTGATGGGCAAAAAAAAAAACATTTATGATTGCATTTCAAAATGTATGAGGAAAGAAAACGAGCCCAATTATTAGGTTACAAG--AACTAGCAGTATTTCAACTAAACAAAGCATTAAAATGCTATTAAAACCTTGAATATCTCCATGGAGCACTGTGTCAGAATGGTGCTGAAGGTAGAAGAAAGGCCCAGCTCTACCAGACTTTCTAAATGAGTCATTTTCTCTGTCTCTGTCTCTTCGCGCGTCTGCTCCAGTGTACTGCTGTCAATCAATGCAAAACACCTACAGG---CATACAAAACAGGGCATAAGCCACAAAAATA----------------AAGCTTATACTTTTTTTA-----AAAAAacacacacaaaca-------cacacacacacacacacacaccaca---------------------------------------cacaccac-----------------------acacaccacacacaccacacacac----acacaccacacacaAAAT--------------GACTCACCTGTCCATAAACTGCAAAACAAAGTCTTCAAACTCTGCAGAAGCTGAACACAACTCTCTCTCCATCTACAAGA---------AGAAAAAAAAGTTTATAAACA 
s mm7.chr11     91323628 764 - 122091587 TCACTTTAAAGAACATTGTGTCTAT-ACATAATCTGTAGAAAAGGGAT-------ACGTGACAATTAATAGACTCTTTTTACCCCTTTACACATACAATGATTTCTGCAAATGTTATCTGCAGACACATTTCAATG--AGGATGAACAACGTTT--TATTAAACCTTCAGTTG-AGCATAAAGGATAACGATACTCAATGCAAAAACATCAATTAAATAAAAAGATTGTAGTTACATTTTGTAGTCGTGTTCTCTTA---CCATAAATATGTCTTTGGAACATTGTGTGAGGATTGTACTAAACGTAGAAGATAAGCCTAATTCAACCAAACTCTCCAAATGAGTCATTTTCTCTGTTTCTGTCTCTTCCCTTGTTTGCTCCAATGTACTACTTTCTATTAGTCCAAAGCATCTGAACAATCCAAACAAAGCAAAGTTTAGG-AACAAAAAAACTAGTGACAGCCAGGTAAACCTCTATTCTTATTACTACTCAAAGACACATCTATTCAAGTTTTTCATA-ACTCATAAATAGACTTCACAGTACCAACCTTAGCTTTGGGTAAAATCTAAATAAAAAGTTACAGCACTGAAAGAAACCAGTTTCAAGGTAACATGTAACGCCCCCCCCACCCCCTTTAATCTATCTGAGAAAAGATAGAACTGAGTTATCAACTTACCTGTCCATAAATTGTAACACAAAATCCTCAAATTCAGCTGTTGCCGAACAAAGTTCTTTTTCAATCTATAACATTGTAATATGGGGGGGAAAAGTTACAAATA 

a score=11110
s danRer3.chr12 19658002 311 +  37038836 GGCACTATTCCCAAGTTAAAATACAAA---ACTGGTGAAT--CTGCTCACAGTAAAATCGATGCCGATGGTCTCGTACTGACGGTGAACTTTGTCTGCAAGGTCGTCGAAGAGTCTGACAATGGAGGGCTTCTCTAGGGACATGGCAGAGCTGAGGCCTGAGCGTACAATGGCCGGCCACGTCTGAGCAATGCAGTCCCAGTCATGCAGGTTAGCAAGGCACACTCCACAATGGTTTCCAAGCAAGCAATACAGCGCCCCCTAAAGCACAACAGAATAAAAACTATTACTAAGTCAAATAATTACAATAGGATCTA 
s mm7.chr11     91302042 305 - 122091587 GACAGAATTTCCA--CTAAAGTATGAATAAACAAATAAATGGTTGCTTACTGTAAAATCCAAGCCAATTGTTTCATATTGTCTATGAATCTTTTCAGCAAGGTCATCAAATAGTCTCACTATTGATGGCTTTTCCAGTGACATTGCTTGGCTAAGCCCTGAAGAAACAAGTGCTGGCCAGGTCTGCACAATACAGTCCCAATCATGAAGGTTTGCCAGGCACACACCACTGTGATTTCCAAGTAGACAATATAAGGCGCCCTATA-------AGAACAAATACATTTACAAGG--AAAGAGTCATGGTTGAGTTCA 

a score=5856
s danRer3.chr12 19658313 170 +  37038836 TTGATAAAACATGTAGAAATTTCTAGATTACAGACCTTAAACTGTTGCTGTGTGACATCAGTGCGTGTGGGCTCCAAAAACTCCAGTACACGTGGAGTAATATCTCTGCAGCAGAAGTTATAGGTCCCCAAAGCTGTAAATAAAACATTTTGGGCTTTGCTGCGAACCTG 
s mm7.chr11     91304083 166 - 122091587 TTTACAGCAAAAGTTAAAAC----AGAAACTATACCTTGAACTGCTGCTGTGTGACATCCTTTCTATCAGGCCGTAGGAATTCCAAAACCAAGGGGATAATATCTCTGCAACAGAAGTTATATGCCCCCAAAGCAGCAAAAAATGTTTGCTGAGCTTTGTTTCTGACCTG 

a score=4921
s danRer3.chr12 19658483 515 +  37038836 TGAGGGCCAAAAAAAGTCTTTCAGAAATATTCATAAAATCAATGGGATAATTTTA--------------ATAAACAAATTTTTGGATGTAGAATCAGACCTGGCTGTAAGTGCTGGTAGAAAGACGCAAAAGATCTCTCAAAAGGTCCTGATGAACAGTCTTGTATTCACACCCCTCGACCAACAACTTTCTCATCTAAAAAAATGATGGAACCTTTTTGTTAGGTTGCTGTATGCATCACACTGGGTGACAAAACGCAGGAGATTTGCTG-ATCAACAGAAAGTTCTTTTAACACACTTTTGTACTATTTTGGCTACAAACTTCTCC-TACCATCTCCCTATTATGGCATATCTATTTTGTGCGATCACAAAAGATTTTGTGCTAGGTATTTGAATTGGCTTCTACCTCATGCTGAAGAAGAACTCTGTCAATCAGAAGAGCTCGGATGTGCTGTTTCTTCCCATGAAGCTGGAAA--GAATAACAAGGTTCATGAAACAATTACAAAAATAAAATGCCACAGGAGATTTCT 
s mm7.chr11     91305123 434 - 122091587 TGAGGG--------ATTGCTTAAGCTATACTGTTAAAAACAA--GGATATTTAGATTGCATATAACAAGATAAAAATATGGGAGAGTGTAGAACCTCACCTGACTGTATGAGCTTGTTGATAATCGAAGAAGATCTCTGATCATATCTTGATGTATTTTTTTGTACTCACAACCCTCAACAGTTAGTGTTCGCAACTTTAAAAAGAAATAA--------------------TATAAATCA---------------------AGTCTTGAAGTATTTACTAAAAGTCCATTTAA------------------TTGTGAAAAATATCACAGTAATTATTCCTTAGAATGGAGCATCGAGAGGTGACTATTA----------------AGATACTTG------------CCTCATGCTGCAGCATCACTCTGTCAATTAGTAATGCTCTGATATGTTGCTTTTTTCCATGGAGCTGGAAAACAAATAGCAAACACCTC--AATAATTTTACTAAGTGACTTCAACAGTGGATTCCT 

a score=6277
s danRer3.chr12 19658998 126 +  37038836 CAAGT-CCAACTACCCACCCTATTTTCCATCGACTTCTTCACTAGAGTAAAACTCTTCCAGCGAGAGTCAAACTCATGTTTGTGGGAACCTTTGAAATGCATCAAGTCACTGATGATCTGAGAAAGA 
s mm7.chr11     91306933 127 - 122091587 CAGGTGAAAAATACTGACCCGATTTTCCATTGATTTCTTTACTAAGTTAAAGCTTTTCCATCGAGAGTCAAATTCATGTTTATGAGATCCTTGGAAGTGCAGAAGGTCTCCAATGATCTGTGTTAGA 

a score=2959
s danRer3.chr12 19660982 318 +  37038836 TTAGTTGTGGCTTACCATAGTCAACACCGATGTACAGCTTTGTTTCCTCCAAATTAACCATGCTGGGCACACTGCACAGAAGAGAATTAAGAAGAAAATAAACTTTCATACTGAAGCACCATTTAT-CAAAAGTTTAAAGGTCAGTTTTATTTGATCAAACTGCAT--TTACTTGATCAAAAATACAGTAAAAACACTATTAAATGATAAATGTTCCGTTTCCGACTGATGATTATTGAAATCAATTTAAGGACATGTTCAAACTTCT--AATTTGATGCTCTCGGTTCAGT--------------TGGCTTTTAAAAAAAAATAGATATTTAGTCC 
s mm7.chr11     91309161 289 - 122091587 TTAGTATTCACATACCATGTTCCAGTCCGGTATACAATTTTGTTTCCTCTAAGGAGACCATACTTGGTACCCTGTATAAA--------AACAAGAGAGTTTGCATTTAT----TAATAATATCAATACAAAAGGCCAAAGG------------AAAAAAATCTCATTGTTACAATGTTTAAATTAAAACAAAGATAATACCCTGTAACAAATTTCTAGTCTCT--------AGTACT----TCAATTT---------CTTATACTTCTGAAGATTAATGCTGCTGTATCAGTAAGAACATATTAACTGACTT---AAAGAAAATGTTAATTTAGTAC 

a score=6350
s danRer3.chr12 19663195 231 +  37038836 ACCTTGCGAACAACAAGTGCATCGTGGTTTAGGCTTTGTACAAAGAAGAATACAGCAGGAGCTGGGAGCGGATAGTCATCTCTCAGCAGTAGAGACAGGAAACCGATAGCAATGTGCTCAAATTTCCAAGGTCTGATGAC-------ACAAATCAGAATAATCACAAATGAGTGATGCTTTCAAAAGTTCAGTTTTAGTGAAAACAATCAGTGTGACACTTACAGGTCCCTGTCATCT 
s mm7.chr11     91297459 236 - 122091587 ACCTTTCGAACAACAATTGCATCATGGTTGAGATTTTCAACAAAAAAACGTATGGCACGAAGAGGCAACACTCTGTCATCCCTTAGGAGTAGAGACAGAAGCCCGATTCCTATATGCTCAAATTTCCAAGGCCTGGGGATTGGGAGAATGAGAGAAGGTGCTTACAAATCA--GATTTCTCTTAAAACTCACTTAAAGCAAGAATCTGTTTTGAAACTCTTTCTTTGCTTTGTAGTCT 

a score=10935
s danRer3.chr12 19666433 275 +  37038836 GGCACTATTCCCAAGTTAAAATACAAA---ACTGGTGAAT--CTGCTCACAGTAAAATCGATGCCGATGGTCTCGTACTGACGGTGAACTTTGTCTGCAAGGTCGTCGAAGAGTCTGACAATGGAGGGCTTCTCTAGGGACATGGCAGAGCTGAGGCCTGAGCGTACAATGGCCGGCCACGTCTGAGCAATGCAGTCCCAGTCATGCAGGTTAGCAAGGCACACTCCACAATGGTTTCCAAGCAAGCAATACAGCGCCCCCTAAAGCACAACAGAATAAA 
s mm7.chr11     91302042 271 - 122091587 GACAGAATTTCCA--CTAAAGTATGAATAAACAAATAAATGGTTGCTTACTGTAAAATCCAAGCCAATTGTTTCATATTGTCTATGAATCTTTTCAGCAAGGTCATCAAATAGTCTCACTATTGATGGCTTTTCCAGTGACATTGCTTGGCTAAGCCCTGAAGAAACAAGTGCTGGCCAGGTCTGCACAATACAGTCCCAATCATGAAGGTTTGCCAGGCACACACCACTGTGATTTCCAAGTAGACAATATAAGGCGCCCTATA-------AGAACAAA 

a score=5796
s danRer3.chr12 19666708 206 +  37038836 AACTATTACTAAGTCAAATAAAT-----------ACAATAGGATCTATTGATAAAACATGAAGAAATTTCTAGATTACAGACCTTAAACTGTTGCTGTGTGACATCAGTGCGTGTGGGCTCCAAAAACTCCAGTACACGTGGAGTAATATCTCTGCAGCAGAAGTTATAGGTCCCCAAAGCTGTAAATAAAACATTTTGGGCTTTGCTGCGAACCTG 
s mm7.chr11     91304038 211 - 122091587 AAATATAACAAAATACTATAAATGAAGACCTTCAATGACAGGGTGTTTACAGCAAAAGTTAAAA------CAGAAACTATACCTTGAACTGCTGCTGTGTGACATCCTTTCTATCAGGCCGTAGGAATTCCAAAACCAAGGGGATAATATCTCTGCAACAGAAGTTATATGCCCCCAAAGCAGCAAAAAATGTTTGCTGAGCTTTGTTTCTGACCTG 

a score=3154
s danRer3.chr12 19666914 278 +  37038836 TGAGGGCCAAAAAAAGTCTTTCAGAAATATTCATAAAATCAATGGGATAACTTTA--------------ATAAACAAATTGTTGGATGTAGAATCAGACCTGGCTGTAAGTGCTGGTAGAAAGACGCAAAAGATCCCTCAAAAGGTCCTGATGAACAGTCTTGTATTCACACCCCTCGACCAACAACTTTCTCATCTAAAAAAATGATGGAACCTTTTTGTTAGGTTGCAGTATGAACCACACTGGCTGGCAAAATGCAGCAGATTTGCTG-ATCAACAGAAAGTTCTTTTAA 
s mm7.chr11     91305123 242 - 122091587 TGAGGG--------ATTGCTTAAGCTATACTGTTAAAAACAA--GGATATTTAGATTGCATATAACAAGATAAAAATATGGGAGAGTGTAGAACCTCACCTGACTGTATGAGCTTGTTGATAATCGAAGAAGATCTCTGATCATATCTTGATGTATTTTTTTGTACTCACAACCCTCAACAGTTAGTGTTCGCAACTTTAAAAAGAA--------------------ATAATATAAATCA---------------------AGTCTTGAAGTATTTACTAAAAGTCCATTTAA 

a score=4229
s danRer3.chr12 19667283 146 +  37038836 AGGTATTTGAATTGGCTTCTACCTCATGCTGAAGAAGAACTCTGTCAATCAGAAGAGCTCGGATGTGCTGTTTCTTCCCATGAAGCTGGAAA--GAATAACAAGGTTCATGAAACAATTACAAAAATAAAATGCCACAGGAGATTTCT 
s mm7.chr11     91305423 134 - 122091587 AGATACTTG------------CCTCATGCTGCAGCATCACTCTGTCAATTAGTAATGCTCTGATATGTTGCTTTTTTCCATGGAGCTGGAAAACAAATAGCAAACACCTC--AATAATTTTACTAAGTGACTTCAACAGTGGATTCCT 

a score=6277
s danRer3.chr12 19667429 126 +  37038836 CAAGT-CCAACTACCCACCCTATTTTCCATCGACTTCTTCACTAGAGTAAAACTCTTCCAGCGAGAGTCAAACTCATGTTTGTGGGAACCTTTGAAATGCATCAAGTCACTGATGATCTGAGAAAGA 
s mm7.chr11     91306933 127 - 122091587 CAGGTGAAAAATACTGACCCGATTTTCCATTGATTTCTTTACTAAGTTAAAGCTTTTCCATCGAGAGTCAAATTCATGTTTATGAGATCCTTGGAAGTGCAGAAGGTCTCCAATGATCTGTGTTAGA 

a score=758
s danRer3.chr12 19667896 232 +  37038836 ATCTGTC--ATTAAATTGTGGGTGGTGAATACCTATGTGTGTATGTGTGTGAGAGAGAAAGAATGTAAATGAATGCAAGCCGGTGCAAGCGTAGGCTGTGTGGATTTTGCGCACACACACACACGACAGTATTCACCATGTGCGAGTAAAAGCAAAAGTCACGTTTAACTATTGGCCCTCAACAATATTTTCAGCCAATCTGCTTTCTTGTGTTC---AGAATCACTTTCATTATTG 
s mm7.chr11     91311987 226 - 122091587 ATCTGTCCCATTAGATAGCAACTGCCTTACACTTAGGTA-----------GAATTAGAAAAAATATCACTGGTGGCAAATAGAGGATGCTAAAAAAAATGAAGAAATGACAAAAACATAAAGGCAAAAATATAAGTCAGATGTGTACAAGGACTGGATCAATTGTCACCAAACAGGCACAAACAATATTATACATAAGTCTTCTACCTTGCTTTCCCAAGAACCCTTCCCAATCCTG 

a score=3876
s danRer3.chr12 19670015 467 +  37038836 AAAACAGCATTTGTTTTAAACA-----AAATGTTGTTAACATCATTGTCTTTACTGTCTTTTCTGATCAATTTATTGTGGCTTTGCTAAAAATAAAAGCTG-------TAATGGTTTTAGGACTTACAGGC----CAGTGACTGTAGACC-----------------CATCAAG---AGGTGGCAGCATAC----------------TTCCAGCACCCAGCAGACAGTGTTGGACA--ATACACAGACTCTGAAGAACATCATCTCTGTTTAAAATGCAGAGTGATATC-------AGCTTTAGAAAAACAACACTGGTAAAACAATCACCAAA-AACA-----------------TGAAGTTTAAAAATTCA---------------GACCTGCTCATTTCTTGCTCTCCCTGTGCATATCTTTGCAGGCGCTGTAGCTCTGGCTGCAGCAGTAGGTCCAGAACGTAGAACACAAAAGCGGTCTCCTCTGTGCTGGGTACGTGCCACTGAATCTCCAGATTCCAAAGGTCCCCTGGACGGCCCCAATCCTGCGAAACAAA 
s mm7.chr11     91318134 544 - 122091587 AAAACAAGAGTTG----AAACATTCACGAATTTTGTTA----CATAGTGTTCAATGTTTTTCTCAGTACATTTAATGCACATTT--TAAAAACAAACACTGATTATGTTTATGTATCATGGGGCTACAGATggctcagttcccagaaaccacacggcggctcacaaccaccaagtccacgttccaaggaacccaaagccttctgtgatttctgcagccagtaggca----cgcacatggtataaatatgcaggggaagcactcatgcacataaaat-caaaGAAACCTTCAAAAGAAGATTTAAAAAAAAAGAG--GAAAATACATACATCAGATAACAAAGTTTGGGGCAGGCACTGAGGTTTGACAAATAATAATAGAAGAAAACTAACCTAGACATTTCAAGTTCTCCATCTCCACAACACTGGAGTTTGATAAGCTCAGGCTGAAGAAAGGAGTCTAACAAATAGAAGGCAAAAGAGACTTCTTCTGAAGAAGGAACATGCCACTGGATCCCCAGATTCCACAAATCTCCAGGCTTACCCCAGTCCTAGAAAAGAGA 

a score=8701
s danRer3.chr12 19670932 722 +  37038836 ATCTAATGAATATTCAACTACCATGAAGTGGTT---GAAAGTGGACAAGCTT--AAATTGTTAAGACCTTGTTTATATTATTTGTGATTAGATTGA----CAAAAACACATTTTAAT----AACAGGTAAAAATGAGACCAAAGAAAAGTCGCAGTACCTTAATGGGCAAGTACTCTTGCAGGGGCCTGCTGAAGCCACCAGGGACACTGCAGTAGTCTGTGGGGTAGATGAGTGCTGTGGAACGCAGGACATGATGTAGTAGGTTGCAGGCCAGACTGTAGCCTTGCTTACAACGCAAGCGCAGGGTCAGCTGTAAAATCTGCACCAGCTGTGTGCGGTACGGGAGCAGCTTTTCCCCATCCACGCGAGTCACCTGAAGATTAGCGAGAGGCGTTGGCAGTGTGAGACACAGTAATGAGTGTTAGTGTCTAACAGATGGCTTGTAAGGTGACTGATTTGAACCTGTTTGGAGGTAGTGACTCCATTAATGCTTCTACAGGAATAAATACACTATAGAATAAAAACTGTATAAACGTATAAAGTCCATCCAAATTTTATACCATGATTTTCTCATTATCACTCC--ATGGTGCTT------GTTTTTTTTCTTCTGCAAAATTTAAaatgtaatataatgtaatataatataatataatataatataatataatataatataatata-atataatataatataatataatataatataatataaAAgctgcactatattggaaa 
s mm7.chr11     91319306 658 - 122091587 acttaataaataaacaaCAACAACAAAATTTTTCTAAAGACTGGACATTTCTCTACACAGCAAGGA--------GAAACATCTCTGATTAACTTAAGAACCCAATAGAGTCTTTAATTCTAAATGGCTGAAAATGCT------------------TGCCTTGACAGGGAAGTATTCAGAAGGCGGCTTGTTAAAGCCCCCCGGAACACTGCAGTACTCTGTAGGGTAGATTAGTGTGGTAGAACGAAGAAGATGATGCAGAAGGTTGCAAGACAGCGTGTAGCCCTGCTTACAGGTCAGGTGTAAGGTTCGCTGGAGAATCTTTACAAGCTGCTCCCTATACAGAAGTAACTTCTTCCCGTCTACACGAGTAATCTGAAAA---------------GACAGGGAAAAATAC-------------------------------TTGAAGGCATTTGGTTTGAATCT--------AGAATAACCAATTCAAGGTTCATTCATACTTGACACTGCAGTAGCTTAAAAACAATGTTTCTGTAAATGGCTCTAACTCATTTTAAA--ATCATTTTAGAAGTGTCATTTTTAACTATACTTTAGTAATGTTTTTTTTTTAACCAAAACACATATTCTAACTTTATGC--TTTCATATGCCAAAGTAACATCCCTTTCAAAAGAAT-CAATATATCTTTAAAGGAACAAAATAT-ATGTATTTAAATTTCTAAACTATCTCATAAAGAAAA 

a score=4949
s danRer3.chr12 19673095 88 +  37038836 AGTGGTCTTTTCACCTCAGACAGAAGCTGTAGGTTCCAGAGCAGTTCTTTATCCAGTTCTTCCTCATTTGAAACATCTTCATCTAAAA 
s mm7.chr11     91320496 88 - 122091587 AATGCTTCTAATACCTCAGACAGAAGCTGAAGGTTCCACAGCAACTCCTTGTCTAGCTCTTCTTCATTCAATACATCATCATCTACAA 

a score=3207
s danRer3.chr12 19673183 166 +  37038836 AAACAAAAAACACA-----ACCAAAAAAACTCAAG----TGAGGATGCTGACA-TGCTCTCAGTATGGCACAGAATGT----------------GGTTTTATTTTCTTGTACGCACTGGCAGTTAGATGAGTAATGGCGTTACAGCAGTGCGGTACAAACAGCCTGAGAGACTCAGCAGGGTGACACTGAAA 
s mm7.chr11     91321307 192 - 122091587 AAACAAACAAAATATAAATGCTACACAGACTAAAGGATCTATTGATATTATCAGTATTCTAAGAACAAAGAAAAATGTATTTGAAAATTACACAGGTTTTACTTGTAGCGACTTACTCATTGTAAGCTGAGTTATAACACCATAGCAGTGGGGAACAAACAGCTTCAGGGATTCTTCTGGGCAACACTGAAA 

a score=4284
s danRer3.chr12 19673410 210 +  37038836 AAAAGACACTACCTTAGAAGCCGCTCTGCACATGTCTGCCACCATTCTGCCTGCGACACGAGTCTCAAAGATGTTGGTGGTGGCGAAGTTGAAGACTTTTTCGAGAGCCACCTATAGGTA-----------ATAACACCTCATATGAGTCACCCACACACACACACCTTACTGAGAGAAGATCCTACAGAAATACATCTAATATAATCCTTAAGAAATGAA 
s mm7.chr11     91321740 219 - 122091587 AACAAAACTTACCTTCACAGCAGCTCGGCACATGTCTGCCACCATGCGACCTGCAACTCTTGTTTCAAATATATGTGAAACAGAAAAGTTAAAGACCTTCTGAAGGGCCACCTGTTGATACAGAAAAAATGAAAACACTCAATCAGTGTAATTCTTTAGAAATTAACCATCTCTTGGAACAT--TAAAAAAATACTATTCTAACAGTAACTAAGAAGTAAA 

a score=8979
s danRer3.chr12 19675515 567 +  37038836 ACAAATACAATCATTCT-----GTGCAACACGCTGTCAAATTTGATGGGCAAAAAAAAAAACATTTATGATTGCATTTCAAAATGTATGAGGAAAGAAAACGAGCCCAATTATTAGGTTACAAG--AACTAGCAGTATTTCAACTAAACAAAGCATTAAAATGCTATTAAAACCTTGAATATCTCCATGGAGCACTGTGTCAGAATGGTGCTGAAGGTAGAAGAAAGGCCCAGCTCTACCAGACTTTCTAAATGAGTCATTTTCTCTGTCTCTGTCTCTTCGCGCGTCTGCTCCAGTGTACTGCTGTCAATCAATGCAAAACACCTACAGG---CATACAAAACAGGGCATAAGCCACAAAAATA----------------AAGCTTATACTTTTTTTA-----AAAAAacacacacaaaca-------cacacacacacacacacacaccaca---------------------------------------cacaccac-----------------------acacaccacacacaccacacacac----acacaccacacacaAAAT--------------GACTCACCTGTCCATAAACTGCAAAACAAAGTCTTCAAACTCTGCAGAAGCTGAACACAACTCTCTCTCCATCTACAAGA---------AGAAAAAAAAGTTTATAAACA 
s mm7.chr11     91323708 684 - 122091587 ACACATACAATGATTTCTGCAAATGTTATCTGCAGACACATTTCAATG--AGGATGAACAACGTTT--TATTAAACCTTCAGTTG-AGCATAAAGGATAACGATACTCAATGCAAAAACATCAATTAAATAAAAAGATTGTAGTTACATTTTGTAGTCGTGTTCTCTTA---CCATAAATATGTCTTTGGAACATTGTGTGAGGATTGTACTAAACGTAGAAGATAAGCCTAATTCAACCAAACTCTCCAAATGAGTCATTTTCTCTGTTTCTGTCTCTTCCCTTGTTTGCTCCAATGTACTACTTTCTATTAGTCCAAAGCATCTGAACAATCCAAACAAAGCAAAGTTTAGG-AACAAAAAAACTAGTGACAGCCAGGTAAACCTCTATTCTTATTACTACTCAAAGACACATCTATTCAAGTTTTTCATA-ACTCATAAATAGACTTCACAGTACCAACCTTAGCTTTGGGTAAAATCTAAATAAAAAGTTACAGCACTGAAAGAAACCAGTTTCAAGGTAACATGTAACGCCCCCCCCACCCCCTTTAATCTATCTGAGAAAAGATAGAACTGAGTTATCAACTTACCTGTCCATAAATTGTAACACAAAATCCTCAAATTCAGCTGTTGCCGAACAAAGTTCTTTTTCAATCTATAACATTGTAATATGGGGGGGAAAAGTTACAAATA 

a score=5535
s danRer3.chr12 19678638 131 +  37038836 ATGTACATATACATCAACATATCATTTCAG------------------------GTTTTTACCTCTGTCAAGTCATTCTTGTCGTGGAGGGCTGATGAACAGTCCACTAAAGGCACTAAAGTAGTGAAAGTAGCAATGAACTGGAACGTGATCTA 
s mm7.chr11     91325767 155 - 122091587 ATGTGCATATAAGGAAATATCACATTTCAGTTAAGCCTTTTATAGCCAGAAAGTATCCTTACTTCTGTGAGGTCATTTCTTTCTTGCAGTACAGATGAACAGTCTACTAAAGGCACCAGAGTAGAAAATGTTCCTATAAATTGGAATGTGATCTA 

a score=9725
s danRer3.chr12 19678905 211 +  37038836 CCCACCATGCATTTGCTGAAGTCATTAGGGTCGACTCCAGGCAGTGCTCTCATAAGCAGAGGCAGGACGTGCGCAGGGCCTTCAGGATAATGTCGGCCGCCGCTGAGAAGACTGCGAGCCATGCCAATCATGCAGCTGAGAGTGGCAGTAAGCTGGTGTGGCTCTGTCAGTGTCTCCATAGCAGGATACGTCCTGCAGGGGGAAGCAGAGT 
s mm7.chr11     91327412 211 - 122091587 CTTACCATGCACTTACTAAAGTCGTTTGGATCTACCCCAGGCAATGCTCTCATCAACAGAGGTAGCATGTGTGTTGGCCCTTCGGGAAACCATTTGCTGCCTGATACCAAACTTCGGGCTACTCCAATTACACAATTTAAAGTAGCTGTGAGCTGGTGAGGTTCTGTTAATGTCTCTAAAGCAGGGTATGTTCTATAGTTTAAAACAGAGT 

a score=13041
s danRer3.chr12 19683173 293 +  37038836 CTTACTTCTCTAGCACAGGTGGGATGACCAGCTCTGGTCTCATGAGTGCCAGGTTCTGCAGGGCCTGAGCTGCATCCATGCTGCCCGTCTTGCTGAACATGGCCATCAGCACCGGCTGCTTCATGCTCTCCACAAAGTCGGTCACGTCCTGGTCTGTGAGTTTGTGAGTGCTGGGAACAGGGGTGATCCAGCAGGGTTTCTTATAACGCTCCCGATGCAGTCGTCGAACTATACTGGCAGGAAGACGCTGAAGGAGCTTCATCAGTTTCATCTGTGACAAAATAGAAGCAATA 
s mm7.chr11     91328528 291 - 122091587 CTTACCTTTCAAGCACAGGGGGTATTACTAACTCAGGTCTCATAAGTGCAAGGTTCTGCAGAGCCTGGGCTGCTTCTAGACTACCAGTTTTGCTAAACATAGCCAAGAGGACAGGCTGAATAATGCATTGTACAAAGTCTGTAACATCTTCATCAGTAAGCTTATGGCTTTCAGGCACAGGAGTTAACCAGGAGGGCTTCTTGAATCTTTCACGATGTAATCTCCTAACAACACTGTTTGGCAACCGCTGAAGGAGTTTCATTAACTTGTTCTGGG--AACATAGAAACAATA 

a score=1402
s danRer3.chr12 19686097 146 +  37038836 ATTAGTTATGCTTTCTTTTGATATCAATGATCCCAAATAAGTTTGTTTTAAAGAAAAAAATGCAGAGTTAAATAATTAACTTTAAAAACCATCCGAATTGTAG-------TTTATGGCACTTAGTATCATTAGAGTGTGAAAATTATGCATGT 
s mm7.chr11     91329299 146 - 122091587 ATTTTCCATTATTTCTTTTTTTTTAAAAGATACTTAATCAGTCAATT----AAAAGACAAAACAAAGCTAAAATATCGACAAAATAAAACTGGCGTGATGTGGCTATGCTTTTGTGGCATTATTTATTATT---TTGTCAGTAATAGCCATGT 

a score=3527
s danRer3.chr12 19686346 208 +  37038836 AAGCTCAGATGACAACACAGCGCAGGTAGGCAGCTCTAGAACGTGGGAGGACGAGATTTCCTTTTGCATCATATTGTTCTTGTTGTTTAGCCTAAAATAGA----GAACAT-CTTACCAGCCAGCGTCCGTTGTTTGAGGGGTGATAGAAGGATGCTATACTACTGAAGAGCCCATTAAGCTGCTTTTGGGACTGGTTCTGAGGGCCACCCTG 
s mm7.chr11     91329550 199 - 122091587 AAGCTTACATGACAGATAAGAAATATTA--CCGTTCTAAGATAAACAATAGCTAAATT------------ATATCTTTATTTCTTCAAATACTATAACAGAAACTGAACATACTTACCAGCCAACGCCCATTATTTGAAGGATGATAAAATGATGTGATGCTGTTAAACAAACCAGCTAAATGTTTTTGTACTAATTTACTTGGTCCACCCTG 

a score=5352
s danRer3.chr12 19686558 244 +  37038836 AAGCCATAAGCAACACTATAAAAATGATCTGTGAA--------TAAACAAACCTTTTATTAATTAGCCTTTTTATAGATATGTGACTCATGAAACTTACCAGCATGGAGGAAATCCAAAGTACCACATGACCAATGTCGTAGGAGTTAGTCAAGTATCTAGGAACTACCATCTGGCTGGTGCCAACTGGCAGATTAAAGCTACGCAGGATTCTGGTGAAGATC---TGAAGCAAGACAGA--AAATATCAGAATAAA 
s mm7.chr11     91331665 249 - 122091587 AAGTGACCAACCAAGCTATTAACATGAGCTTGGACCAAAAGGTTAAAGAAAACTTAGGT------GTATTTTATGAAACACATAATTAACTACAA--ACCATCATTGCGGTGATCCATATTACAGCATGTCCTATATCATAAGCATTTGTTAAAAATCTTGGGACTAAAACTTGACTGCTTCCCACTGGGAGGTTCAGGCTTCTCAGAATTCTTGTAAATATCTTTTAAGGCAAAACAAAATAAATATAGGAATAAA 

a score=3640
s danRer3.chr12 19688005 326 +  37038836 caATCATAAGTAATTTGATAC----------CTGAAAGAAATTAATCCATAAT----TTATTAATAAAAAGAATAAATGCAGAACGATTACGGTTAAAATATTCACAGAATAGAAGGCCTTTTTTATCATTTCAAAATAATTGAAAAA---GTAAT--GAGTTTAAACATAAT-----------AAGAATGCAAAAGTATACAGAGATTGAATGCATTCAGAGGGTCAAAACTCTCACAGCAGCAGGACAGTACCTTGGGAATATATGGATCCCAGTTCACATAACCAATGTTGTCATTAGCCAGGCGTGCAAAGAGATTCACTAGATTCTGCAAGATCAAACGAGAGCACAGAAA 
s mm7.chr11     91333035 317 - 122091587 CAATCA-----AATTTAATACAGACAACTCTTTGAAAGGAATGAACTCATGATAGTCCTAATGATTTATTTACTACTTTCTAAATTATT----------TACTCTCAAAATTATACTTCATGTTCTTCAATGCAAGACATGTATAACATCTGACATTAGAGTTTAAAAAAAATCCCCTTTACCAAATAATGCTA--GTTATCAGGACTATGATACACACAAATGTTCTAA--------------------TTACCTTCGGTACATATGGATCCCAATCTATGTATCCTATATTATCTGTAGCCAATCGAGCAAAGAGATTTACTAATTGCTGAAAG--TAAACAAAAACAAAATAA 

a score=1357
s danRer3.chr12 19688350 401 +  37038836 ATTTAGCACTTAACAAATGAACTGACAAATGAGATGTACTTACACCCTCCCAAGCAGGCAGGTTTTGCACTGAGACCCAGAGATTCATCATTTCATCAAACCATAACCTAAAACACACATA-------------------------------------CAAATCC----------------------TCTATTAACCCGACTCACACTTGTTGCTTGCACttaaagtgatagttcacccaaaaatgaaaattctgtcatcatttactcaccctttacttgattcaaacctctcta---tattctgttaaacacaaaagaatatatt---------tgaaagatgttg--------aaaacctgtaactattgacttcc--atggtatttgt--------ttttcctacaatggaagtcagtggttttcagctttcttcaaaatatcttctttagtgttcaacaaaaaaat--atgaaacttataaaaggagc 
s mm7.chr11     91334517 477 - 122091587 ATTTAAAATTAAAGAAGGGAA---AAAAATAGAAT--ACTTACCCCCTCCCACTGTGGGAGATTTTGCACTGAAACCCAAAGGCCAATTAATTCATCAAACCAAAGTCTGAAGAAGAAAAATGCTGTTATGAATAGCAAGTGATTACAGAAAGCGGTTCAAAGCCAGGTAGTTTTTGTACTTCTAAATCTATTAGTCTTACTGATA---ACTACACAACCTAGAAGAAATAAT--ACTAAAAGTTCAAACTTATTGGAACAAAGGACTACTTTTTGTTTGAGTGTTCCCTTTCTTATTTGTGCTATTAAATGTAATCTCATTTACTGTTCTTAATTGTTACATATTGTCACTCTTAACAACTGTAACAACTTGCTCCCTTATATCCTTTGCCTTTCTCCTTTTCTGACATTTTCCGTTA-TGGTTGTTCTATTTCTTT----TCTCTTCTGATATCTTAAAACTATCATTTCATTGGGCTTGTCATATAAGC 

a score=5900
s danRer3.chr12 19688780 242 +  37038836 ttttagttttggag--tgaactatcctt----tAATCACTATCGAGCCATTTCTCATTT---------GAGTGCAACACTTATTTCAC---------TGCTAGTTGTACA----TACTTGAAGCCTTTGTCGTGCTGTTCAGGGGGCATAATGGTGGGCAAGAAGAGCTCAAAGTAGCCAATGGCCTTCTGCATAGTGACATCAAACGGACATAGTAATGGTCGCCACTCATCCAGCATCTCCTGTGTGGCCGATTCAGGAAAATATCTA 
s mm7.chr11     91335025 270 - 122091587 TTTTAGCTTTCACACTTGAACTATAATAAAAAGAATCAATGTGTGCCCATTTTTAGTTTCTTGCTAGTTattggtattcttgctgtatcctagagcatgtcaaatatgcacacttacttaaaacctttATGATGCAGTTCTGGAGGAAGGGAGGTAGGAAGAAATATTTCAAAATAACTGATGGCCTTTTGCATTGTTACATCAAAAGGACACATTAAAGGCCGCCATTCTTCTAACATTTCTGCTGTTGAATCTGCTGGAAAGTATCTA 

a score=2902
s danRer3.chr12 19689343 130 +  37038836 ACTTACACTCTGCAGCTTTTGACTAGCGTCTTCAACACGTTCTCCACGGAGCTGAAGGGGAGAGAGACAGA--GAAAAATCATGTGTGTTAATGTGAA-AGCGCAGGCGCATCT-CAGGCTGAAGCAAAAAGAT 
s mm7.chr11     91336717 134 - 122091587 ACTTACGGTCGGCAGCTTTTCACCAGTGTTTTGAGAACATTTTCTATAGAACTAGAGGAGAAAAAAGCCAGTTGATAAATTACATTGGTGTATTTAAAGAACACAGTTAATTCTATAACCTGTACCTCAAAGAT 

a score=3017
s danRer3.chr12 19690772 96 +  37038836 TTCACATTAACACACATGATTTTTC--TCTGTCTCTCTCCCCTTCAGCTCCGTGGAGAACGTGTTGAAGACGCTAGTCAAAAGCTGCAGAGTGTAAGT 
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a score=6736
s danRer3.chr12 19691299 159 +  37038836 TAGATATTTTCCTGAATCGGCCACACAGGAGATGCTGGATGAGTGGCGACCATTACTATGTCCGTTTGATGTCACTATGCAGAAGGCCATTGGCTACTTTGAGCTCTTCTTGCCCACCATTATGCCCCCTGAACAGCACGACAAAGGCTTCAAGTATGT 
s mm7.chr11     30756292 159 + 122091587 TAGATACTTTCCAGCAGATTCAACAGCAGAAATGTTAGAAGAATGGCGGCCTTTAATGTGTCCTTTTGATGTAACAATGCAAAAGGCCATCAGTTATTTTGAAATATTTCTTCCTACCTCCCTTCCTCCAGAACTGCATCATaaaggttttaagtaagt 

a score=5900
s danRer3.chr12 19703525 1420 +  37038836 GACCTTGCCT--AACAATAAGCTATCATGCTATAAAAAACGTATACAGAAACATTAGGCAACAGTAAAACATTATGCTTG---------TTGTTGCCC--TGGCTCACAATATACTAGACTCGGTGAATAAAATGTAAATAGAAAAA----GAGGCCTACTTTGGGAACCAGTTAAGACCAAGATGCTCGGTTTTGGAGTACAGGATACTCTCATAGAGATCGTATAAAGGTCTCCAAGGCAACTCCAAGTCATCCCGGGACAGCAGTTCCTTTTTCCTGCAAATAAAAAAAGTGtattatataaaagttaaaaaatgttaaaacaaaaaaataaattctaattttat-tataaaaaCAACAAT--AGCTCAGTGTTTTCTCCCTTGAATCGTTTTTTTTCTGTTGTTGGCAAAGGAAGTGTTTTAAATAATGCATGAAGCATAGCAAGGCGCTAATATAAGCTGATCGATCTGCGttttttttttttttttttttACTATTCAGGGTTAGGACACAAGCCATCGACAACACAGGTGGGATTCGTAGGTGCGAGTTTTTTGGGCATCGGCTT-GGTGTAAACCAGCCTTGAAAGTTT------------AAGAAGTGCTCACAGCTTAGATTTTT-----TAGAAGAATGCTGGCATTTTCACCTGAACAAAAACACTTTGGTGGAAATGTGCCCTAACAATAAAAAT---AATGTATTATTCAATCATTAAAAAATGACTTTACCTCGTTCAATtgtaaagcatttattaatcatagttgaacattacctactcattattaaaatccaaagtcgagcttgttaacaggagttaatgcactgtgagttaacatgaactaacgttatttaa---cctaacattaactaaagtt-aacaaacatgaataaatac----cataataaatgtatcactttgttcaagttattaaatacatgatctaaaattaactaatggaccattattttaaagtgttacACAAGTAAATAATATAAATAAAAACTGTAAATGACCGACAACAAATCAGCTGTGCCGTTCTCAAATATTTGACAGTGGTCTGGTGATTGTTGATGTCAGACTTTTGCTTACTTCAGCAAGTTGACGAGGAGTCGTGCAAAGCTCTGCATCATGCTGATCTCCAGCTTGGGGATGGTGACCAGCTCGTACAGCAGCTTGATAAAGAGCACATGGTCCTCCTTGCTGAACTTCCTCCCGTACAGCCGAAGGTACCTTTAAAGGTGAAAAATATCACAGCAATTAGAGAGAAACATGACAAACAG---------------TTTACAGATCATCTAA-TAAATGTTGCA---------AAATGG---ATTTTACATACACAGA---------AGACATTAAAGGCAAAGTTTATTTCAATCACTCAAATAGTTTTTGCAAAA-AAGATAAATAATGCTCTGGAAATTTAG-----------TGTAATGGTCCATACTTAAATTTGACCATTT--CAGTTTTAATAGT 
s mm7.chr11     91347398 1356 - 122091587 gagcttgtctcagacaaTAA-----------ATAAATAAATAATAAACAAACA--AAACAAGGGCAAAGCATT-TGCTTACTTAACCCATTATTTCCCCATTGTATTCACTCTCCTAAAGCACAGGGGCCAGGCCTCAA-AGAAGCACTTTAATACTTACTTAGGAAATGAATTTAATCTCAGGTGCTCTGTCTTGGAATATAATATTCTTTCTACCAAGTCATAAAGTGGTCTCCAAGGTAACTCTAAATCATCTCTTGAAAGAAGTTCCTTTTTTCT--AATTAAAAAAAGA-----AAAGAAATATATGCAAACATTTATACAGATGCATGGTTACCGAGTATATACACAAAGAGGACAGGTAATCACAGTGTGG-------------GTGTTTTGCCTGTCACTGGTAGAATGAGCACT--AAGGAAAAACTTGTGCTTCTCAA--CACCAAGCACAATTAATTTA-----------------------------AAAAAGCATTTAAACTTGTGCCACCATTACTGGAGAGGAATTTCATACTTTTACATTTTTTGAGGAtttatttctgtgtgtgagagttttgcctgtgtgtgtgtgtatgtacacactatgcacacctggtactctcaacaatcaaagaaggcaagggat--agcctagacatggaattatggat--aactgtgatctggcatgtggattctgggTCCTTTGCTAGAGCACTAAATGTTATCTCTCTGGCGCTCAAGTTTCCTGTTTTGGTACACCATA--TGTGTAGTTTCTACCCTTTGCTGGGTACAAGAAT----------------AGTTTATACCCCATGG---AGCAAACAATAAGCATATATAAAAACCTAAC--CACCTATAATTGAACATGTACAACTAAAAGCTTCACAGAGAAAAT--------------AAATTTTTAAAT-CAAAACATACAGTTAAACTATGGGAAACTATTCT---------CAAAACTGATTCTCATTCACTAACACT-TAAAAAAAAAACAAAATCTC----------TCCAGGAATAACAGAAAATAG---------------------------ACTTACTTTAACAAGTTGATCAAGAGACGGGCAAATCCCTGCATCATGCTGATTTCTAGTTTTGGAATTGATACCAGCTCATACAGTAACTTAATAAAAAGAACATGATCTTCTTTGCTAAATTTTCTCCCATAAAGTCGGATATAACTGCAAAAGGAAAA-----CAAAGCTGTTAAAAATTAATCTATTCAATCGTGTTCCTTACTATGTTGTCCATACTAACTAAGCTGATGTTCCATGGTATAATAAATGGGAAAacacacacacacacacacacacacacacacacacGATAAAATCCATCCATTGTGCTCAGCCtattttaaaaaaatcaaataaataag--tgtaaaaatttataaaGAAAATCCTGTAATGTGCTATATATAACATGGACAACCTgccagacatggtagt 

a score=1689
s danRer3.chr12 19708009 134 +  37038836 CTTCATATTTATACATGTTATAAAATTATGAATCATAAAACACAGTACATATAAAAGATATCTTAAAATAAACTAGCCACAAATAAAGCCCACAATGCAAGTGTCTGTTATTCAATATGACTGACTAGTACCAT 
s mm7.chr11     91359257 128 - 122091587 CTTCAAACTAACA------ATAAAATTGGGTCACATTAAACAAACTGGTTCTAAAAGACAGCTTCCAATATACTACTCAGCAAAATTGGCCTTAATACTACTATTCTTTTCTAGTTAGTTCTCTCTTGAACTAT 

a score=9331
s danRer3.chr12 19708606 173 +  37038836 ACTTACGTGGAGAGTTTCCGTGTCCAAAATAAAACTCCGGGCCATAACTCACGGAGCTGGACAGCCCGACCCAAGTTGCCTTTAATCTGGGCCAAAATGTCATTGGATTCGCGGTCTAGTTGATCTGCGTACGGGAGAAGTTTGTTGTAGACGATCTCTTTCTGGGGGACAAA 
s mm7.chr11     91367351 173 - 122091587 ACTTACGTGGAGAGTTTCCGCGTCCAGAAGAGGCCCCCGGGCCACAGCTCTTGGAGCTGCACGGCCCGGCCCAGGTTGCTCTTGATCTGTGCCAGCTGCAAGTCGGACTCGGCGTCCAGCCGCTCGGCATAGGGCAGAAGCTTGTTGTACACGATCTCCTTCTGCGGGACGAA 

a score=9331
s danRer3.chr12 19713517 173 +  37038836 ACTTACGTGGAGAGTTTCCGTGTCCAAAATAAAACTCCGGGCCATAACTCACGGAGCTGGACAGCCCGACCCAAGTTGCCTTTAATCTGGGCCAAAATGTCATTGGATTCGCGGTCTAGTTGATCTGCGTACGGGAGAAGTTTGTTGTAGACGATCTCTTTCTGGGGGACAAA 
s mm7.chr11     91367351 173 - 122091587 ACTTACGTGGAGAGTTTCCGCGTCCAGAAGAGGCCCCCGGGCCACAGCTCTTGGAGCTGCACGGCCCGGCCCAGGTTGCTCTTGATCTGTGCCAGCTGCAAGTCGGACTCGGCGTCCAGCCGCTCGGCATAGGGCAGAAGCTTGTTGTACACGATCTCCTTCTGCGGGACGAA 

a score=5455
s danRer3.chr12 19722122 171 +  37038836 tacagCAACACAAATGCTCTTGTGCGCAGGAAGAAGTTCCTCAGACAGGAAGTGGAGAGCAGTACTTTTGGAAGCCCTGCTGCTGCTGCTGAGTTTGTGGAGCACCTGCAGTCCAGATACTGGATCTCTACTCACCTGCAC-TCAA---CTCAACACTGATGCAGCACCAGGTGG 
s mm7.chr9      99223189 172 + 123828236 TATGGCAATAAGAAGCAGCTTCTTAAGACCAAATCTTTTTTCCGCCAAGAAGTGGAAAACAGCACCCTGGGGAGCCCCGCTGCCTCGG---AGCTGCTGGAGCACCTACAGCCTGCGTACTGGTTCTCCGCGCACCTGCATGTCAAGTTCGCAGCCCTGATGCAGCATCAGGTAG 

a score=5331
s danRer3.chr12 19727136 226 +  37038836 tacacatattaaggttttagttatgatactcccaaaatagttGAAAATAGAATTCTACAGCAACACAAATGCTCTTGTGCGCAGGAAGAAGTTCCTCAGACAGGAAGTGGAGAGCAGTACTTTTGGAAGCCCTGCTGCTGCTGCTGAGTTTGTGGAGCACCTGCAGTCCAGATACTGGATCTCTACTCACCTGCAC-TCAA---CTCAACACTGATGCAGCACCAGGTGG 
s mm7.chr9      99223145 216 + 123828236 TACATATATTCTTGTCTCA----TGATTGGCCAAGAA-------ATATATATCATTATGGCAATAAGAAGCAGCTTCTTAAGACCAAATCTTTTTTCCGCCAAGAAGTGGAAAACAGCACCCTGGGGAGCCCCGCTGCCTCGG---AGCTGCTGGAGCACCTACAGCCTGCGTACTGGTTCTCCGCGCACCTGCATGTCAAGTTCGCAGCCCTGATGCAGCATCAGGTAG 

a score=2323
s danRer3.chr12 19730125 600 +  37038836 TTCTCACTGGAAGAGCGGCGCTTTGGGGAACAGCTGTG-TGGGAGAAGAAACTCCCATGTTGTTCAACATTTAAAGCCTTTTCGGAGGAACTGAAAAAGGTTTTTGATCGAGCCGCGGCGGGCAGAGAGGCGGCC---CGGATGCTCACGGAGTTGCAGCAGGGGCAACGGAGTGTTGCTGACTACTCTATTGAGTTCCGCACCCTGGCGGCGGAGAGTGAGTGGAACGCTCAGGCACAGTGGGACGTCTTTCTCCACGGGCTAG---CAGACTGTATAAAAGACGAGATCTTTGCTTTGGATCTTCCCAAAACCCTGGATGGACTCATTGATTTAGCCATCCGCGTGGATTCTCGTCTTCGGCTTCGTGAGAGACACACGCGACACACACACGCCTTGGAGAACTCCCCTCTTCCGGCTGCTACTGTTTTTCCGGGTCC-AGTGGACACGCCCCTCTcggaacctgaacccatgcagatgggccgctctaggctgtcgctggaggagaagcacagacgccgcagcgagggactgtgtttgtactgcgctggtgcaaatcacatcgtggctcattgtcccgtaaaagcc----agagcccgtcagtaggtaa 
s mm7.chr6       4707641 577 + 149646834 TGCTGATCGGCCGTGCCGCCCGCTGGGCTACTGCCAAGCTGCAAAGATGTACTTACCTGATGCACAAC-TACACTGCCTTTATGATGGAGCTGAAGCATGTCTTTGA---AGACCCTCAGAGACGTGAAGCTGCCAAACGCAAGATCAGACGTCTGCGCCAGGGCCCTGGGCCTGTTGTGGACTACTCCAATGCATTCCAGATGATTGCCCAGGACCTGGATTGGACTGAGCCTGCCCTGATGGATCAGTTCCAGGAAGGTCTCAACCCAGAC---ATTCGCGCAGAGCTGTCTCGCCAGGAGGCCCCCAAGACCCTGGCTGCTCTGATTA----------CTGCCTGTATTCACATC-------------GAGAGAAGGCTGGCTCGTG-ACGCTGCTGCAAAGCCCGATCCTTCACCCAGAGCCTTGGTGATGCCTCCAAACAGCCAGACCGATCCCA----CCGAGCCTGTGGGAGGTGCCCGCATGCGCCTGTCCAAGGAAGAAAAGGAGAGACGCCGCAAAATGAATTTGTGTCTCTACTGTGGCAATGGAGGCCATTTCGCCGACACGTGTCCAGCGAAAGCCTCCAAGAATTCGCCGCCGGGAAA 

a score=-278
s danRer3.chr12 19782748 424 + 37038836 CACAAGACAAAAATACTAATATCTACATT-----------ATTCAG---TGTTTATTTGCACCAATATTTAT--------TATTATCACAAATATGTCTTCAAAATGCAGACTTGCATCTGTCTTTATATAAACTGTACATGAAGGCAAGGCACTATACAATGCAGAAAAGAAGGAGATTTTCTCTTTTTCCACAGTTTCATTCAATCCTGTTCGAAGAGACTCACGCGCCGTATATATTCACAAACACTCTCTCACGTACACACACGCATAGGGTTCAAGTTCAAGCATCTAGCTGGAAGGTTAAAATAATCTTTAGGCCATTCATGAG----------------AGCAGGTTTGAACATACTTACATAAAGTGCTCCGTTGAGCTTTCTT--------------ACATTCACATAATCACTAAAAGGCATT--TTTATTGGAGTTAT------TTCATGGGTGTTAATATCAAGATGGCCAG 
s mm7.chr18     85633534 458 - 90918714 CACAAAATGACATGTGTAATGTTTACAATGGGTATGAGAAATTGAGATGTTTTTATTTCTACTGAGAATAAAGCTGTAGATAATATTCCAAACCAGCATCAAAAAAGCAGA-GCAAACTTTTCTGTATATAAACTGTACATAAA--CAAGGCACTATACATTTCTG----GGGGGAGATATTAA---GGTAGAAAGGTTGATTCAAATAGATTCTTCAGAGTTCACACTAAGAATACA-----AAGTCTTTGTTTGCTTTAGCACCGGAAGCAGAACTTAGCACAAGC---CAGACCTAAGGCTGAAGGA--------GGCACTCCTGAGCACGGGACAGACTGGTGGTAGGCTTAACTCAACAGAAGCAACACAGTCCTCTAATATTGTTTTGACACCAAAGAAAACAGTTGCAAGTGAATGAATACATATTGCTTTGTTAAATACATACTTGATTtatatgtgtttatataaatatatatat 

a score=691
s danRer3.chr12 19783203 408 + 37038836 ACGGTGATACAGTATGTGGAGAAACGCAGATCTATGAAAATGG-------GAGCAAAACAAGCTGGGGAGCACTCAAAACATTCAGAAAACAAATCTCTAATTCACTGATCAACAAACAAACAAAAAAAT--------------ACAAAAAAGGAAGAAGAAAACAAGACAGAAATGTGCT-----ACA---AGAGGCTGGTAAACCCCTGC-CAATCTGTGTTCTTTT-----TTCTTCCTCCAGCTTCTTTTCAGCTCCCCGTGTGATTTGACACAGGTTGATATT--TTTACTTGCGTTTGTCTGTTCTGGTTCAAAAGGAATGAGAGCATTTTCTCTTTCAGATTCCTGGAGTTCCTTTAAAACAATCCTTTGGCTTTCTTCACATTCACTTGCTTCCATCCAGGCAGTGCCTCATATTCACTTCTCGTCATCTCCAAAGC 
s mm7.chr18     85634017 421 - 90918714 AAAATAACACTTTATAAAGAGAATTGC-----TTTAAAAAAGGCAGTGCTGAGCCAGACCAGAAGGGTAGGGCTGCAG-----CGGCCACTGAGGCAGCACTTGGCTGA--GGGGAACGGAAAAGACACTTTTCTTTTCAGTTCACCTGAACTGTGGAAAAGAACAAT-CAGAAGAGTTCTCTTATACATTTACAGAATGCTCAACTCTAGAACAAGCTGTAGGTTTTGAAAAACTCTGATTCAAAAATACTTTC-----------TTCTTTGACAGAAAAAACTACTAGTCCAAATATGTATCTCCATTCATTTTCGGGTCTAGCGGCAGCGACTTCTCTGTGGCCCTGTCATCTCACCCTCAGAATAGGCCCTTTGACTTCTTCAGGTTCACTTGCTTCCAGGTGGGCAGTGCATTGAATTCATCTCTGGACATGTCGAGTGC 

a score=7261
s danRer3.chr12 19790311 220 + 37038836 CTCACCTCAAAGTCCTCATCTGATAAGTAGGTTTCAAGACGTAGAGGGTCGACACCTTCCGGTAAGGGACGTGCTTTTAGTTCAGCCAGTGGGTAAGTGGTCTTGCAGAGTCGGCTCAAGACATCTTCAACAAGAATGATCTGATGACATACTTCGGCCTCCTGTAAAGTCAGACAAAAAAGATTTCAGAAAAGAGAATTAGTGTCTAGCTTGAGGACAC 
s mm7.chr18     85634526 215 - 90918714 CTCACCTCAAAGTCTTCATCTGTGAGATAAATCTCAAGCTTTAGAGGGTCGACCCCCTCTGGGAGTGGCCTGGCAAGCAGATCTGCCAGTGGATAGATGGTTTTACAGAGCTTGGCTAATACATCTTCCACCAAGGTGATCTGGTTGGAAACTTCAGTATCCTGGAGACGGAG-CAGAGTACATTT--GAGCAGACAAGTGCTATC--GCTGGAGCACAC 

a score=8332
s danRer3.chr12 19790615 129 + 37038836 CTCACCTTCTCTGTGATTTCAGCGATGTCCTCTCTGTGTTCCCAGCTGGGAAACATGTTGGTGAATGTAAGAGGCTCCAGTCCTGCATGGATCAGGTAGGATTT---TGGTGTCTTTTTCTCATTTTTTTCT 
s mm7.chr18     85635684 132 - 90918714 CTCACCATTTCTGTGATTTCAGCAATGTCTTCTCTGTGTTCCCAGCTGGGAAACATGTTGGTGAATGTCAGGGGCTCTAGCCCAGCATGAATAAGGTAAGACTTGGGGGGTGGCCTTTTGAGATTCTTTCCT 

a score=7975
s danRer3.chr12 19792939 141 + 37038836 TCACCCTGCAGCATGCAGTCGTACGCTTTTCGATCTCTTTTGCCCAAAGCCTCCCAGAAGCCCTGTGGTTCAGCTCCCTCATCACACTCCTGGATGGACACTTTACTGCTGCTGTGAAGCCCTGCCTCCAGAGGACATCTG 
s mm7.chr18     85644074 141 - 90918714 TTACCTTGAAGCATGCAGTCATAGGCCTTTCTGTCCCTCCTCCCCAGAGCGTCCCAGAATCCCAGGGGCTCGGATCCTTCGTCACACTCATGTATTGTCACGTTGCTGCTGCTGTGCAAACCTGCTTCCAGGGGACATCTG 

a score=9834
s danRer3.chr12 19793156 217 + 37038836 ACTCACTGCTCTTTGATTTTGTTTGCAGTGGTACGGCCCACGTCACGTGTGTGCACTTGTGCCTTGCAGCCATGCCACAGGTATAGGCTGGCTTTGGGGATGTTCAGGAGGATCATAGAGGTCCGGGATCGCAAGCTGCTGCAGTGACACACTGCCTCCAGCAGATGGCCCTCTATGGGTTTCTCTCCTCTCACACAGTACAATCGCCAGTCGTCTG 
s mm7.chr18     85645909 217 - 90918714 ACTCACTCTTCCTTGATCTTATTTGCTGCAGTCCTTCCAACCTCCTTCGTATGACCTTGAGCTTTGCATCCATGCCACAAGTAGATGAGGGCCTTGTTTATATTCAGAACGACCATGGAAGTCCTGGACCTCAGACTGCTGCAATGACAGGCCACTTCTAGCAAGTTCCCTTCCATGGGCACCTCTCCTCGCACACAATACAGTCTCCATTCACCTG 

a score=6169
s danRer3.chr12 19793480 148 + 37038836 aaaaGTGAAAAATGTAGG-TTATGTCAGTA-AAAGTGATT-ACTTTGTGTATTGTCTTCCTCCTCTTCTCTTTTTCCAGCATGAACAATCATTCCTCCATTGAAGCACTGTAGGAAACAAGGAGGCTCCTTTCCTTGCTGTACCTGGACCT 
s mm7.chr18     85646872 151 - 90918714 AAAAGAGACAAACAGGGACTTGTAGCACTAGAAAGTCACTCACTTTGCACATTTTCTTCTTCCTCTTCCCTCCGTCCGGAGTGCACCACCATACCCCCTTGGAAACACTGAAGGAAGCAGGGTGGCTCCTTTCCCTGCAGGACCTGGACCT 

a score=7160
s danRer3.chr12 19794440 207 + 37038836 GTTTTAAGTTTAAAACAAATCAATAAAGC--ACCTGAGCTCCTCTTTCCTCATCCAGCTCAACAGTCATCAGTGCTGACGTTCCCTTTTCATTCACCGTAGAGTTACGACCCTGCCAGAAGAAATAACAACATTTCTCCTTCCCTGGACCGATGATTCTTTCTGAATGCAGTCTC--TTGCCAACTACACAC-----ACACAAAAGCAGAGAATAA 
s mm7.chr18     85649027 210 - 90918714 GGTTGGGGTCTGCAATGGCTCCCCAGAGCTTACCTGGGCCCCCCTCTCTTCATCCAGTTCTACTGTCATGAGAGCTGACGTTCCCTTCTCACTCACGGTCGAGTGCCGGCCTTGCCAGAAGAAATAGACACACTTCTCTTT------GCCAGCCACTCTCACCAGGTGCTCTCCCTTTTGTCGGCTTCCCACTGCAGACACAATGGCAGAGGGTGA 

a score=9722
s danRer3.chr12 19796201 386 + 37038836 CAACTCACCTGCTCTGCTGATCATGTACTTCCATTTGACCACGTATGTGTCACCTTCATGAAACTGACCAATGCTCTGTTTGGGTAGTCGACTAGAACAAGCAAAGAGGAGACAGTGTTTGTATATAAATCGGCATTTATGTAAGAGTTTCACAAAGTAACTGACCCACCCTACCTGTAGTCAAACTCTAAAATATGCCAGACATCCACAGACAATGTGCTGATCTCAAAATTACGTCCCTCTTCACCTTCCACTAATCCATATCCTCGTCCAATGTTCACCCCATCCAGAACGGTCCTGACTGGCGCCCGTAATGCAGATAGCATCAGAGACGCATCATAGGGCCGACATTCACCACTCCGAAGCTCCTACAGAATTTAATAAAG 
s mm7.chr18     85653068 300 - 90918714 CCACTGACCTGCTGTACTTGCCATGTACTTCCACTTGACCACATAGGCGTCCCCCTCGTGGAACTGCCCGATGCTCTGCCTGGGGAGCCTGCT-----------------------------------------------------------------------------------GTAGTCAAATTCCAGAATGTGCCACACATCCACAGAGACAGTGGCAATCTCAAACTGTCTTCTGTCATCTCCTTCCACCAGGCCATAGCCACGGCCAACGTTCACCCCATCTAAGATGGTGCCAGCTGTAATCTGGGGCGTCGCCACCATCCGTGTCACATCATAAGGCTTGACGTCGGCCCTCGGGTCATCCTACAGAG---AATAGAG 

a score=5560
s danRer3.chr12 19797153 147 + 37038836 TACCTTGTTTTCAACATGCAAGTCACCATTCTTCT---TAGAATTCTTGGAATCACTCCAGTCCAAAAACTTCTCTTTAAAAAGAGTAGTTTCATTGTGCTGAGTTAACCTGCCAAACACAGCCCAGTCTGGTCGTCCCTGGCCTTTCCT 
s mm7.chr18     85653731 150 - 90918714 TACCTTCTGCTGGACAACTTCTCCAGAATTCTTCTCTGTGGGTCTCTTCAGCTCTGTCCAGTCAAGGAATTTCTCTTTGAACAGAATAGTCTCATTGTGCTCCGTAACTCTTCCAAATATTGCCCAGTCAGGCCGTCCTTGTCCTTTCCT 

a score=12235
s danRer3.chr12 19799960 215 + 37038836 GTACCTGGGTATGAGAGCATTGCACTCTCCAGGGTCCAGAGGATTAATGTCACAGTTGGTGTAGTCAAAGGTGCCATTCCACAAGTGCTTCGCCAGCTGAAATGCCACTTTTCTCTGTGCCAACGTCACCTCCTTGCCATGCCATACATAGACCTCACTACCAAAATCAAATACCAGCACCTAGATGTCAGACAAGGAGGAAAAGAGGATTTAAA 
s mm7.chr18     85655180 215 - 90918714 GCACCTGGGAATGAGCGGGTTGCACTCTCCGGGGTCCAGGGGGTTGATGTCACAGTTCTCATAGTCAAAGGTTCCGTTCCATAAGTGCTTAGCCAGCTGGAATGCTATTTTCCGTTGTGCTAACGTGACTTCCTTCCCATGCCACACGTAAACTTCACTACCAAAGTCAAACACCAGGACCTGGAAACAGCACAAAAATGACGCATGAACTTCAA 

a score=5575
s danRer3.chr12 19802336 335 + 37038836 tatttaaatCATACAAAAAAAGTCAAAACACTTGAAAAT--ATTATATATACAAAGTGCTATCT-AGCTTTAAACATGGAAAATTGTAGACTGTAGCTTGCC-CATTAAACAT---TTTGTTAGTCAAAATTGTATCAGACAATCCTAATAATACCCAAGTAGTATTTTATAGT--------------------ACCTCTTTAGGGTTCAGCATGGAGCAGCGAGGGACTCGACCCCAGTAGTCATCATGGGGAACAAGTTTATCCTCCATGAGTCTGTATATGCAGTTGGTTTCCACAACAGCACTCTCATAAAACTCATCTTGTTCAGGAGTGCCAGCGGCTGTAGGGTACAGCATGTCT 
s mm7.chr18     85657016 355 - 90918714 tatttatattttatgtaaaatataaaGTCCTTCAATAATCCATGCCACTTATGAAGAATAATCTGAACTTTGTATGGTATAGATAGTGGA--GTGGTTTGAAACAGTAAATAAGTATCCTTTAGCAAGTGCTGTGCTTGATAGCATGGAT-----CCAGTTAGAACTCTGCAGTTCTAGATCCTTGAAGCTGATACCTCTTTGGACTGCAGAAGGGAACACTTGGGAATCTTCCCCCAGTAGTCATCATCAGGAACGAGTTTGTCATCTGTCAGGCGGTAGACACAGTTCGTCTCTATGATGGCTGTCTCGTACAGCTCATCTTCCTTTGGGTCTCCGGCAGCTTTGGGGTAAGGCAGGACA 

a score=7999
s danRer3.chr12 19802761 167 + 37038836 CTTACACTGATAACTGGTTTGGCCACCGAGAATCTTCCAAAAGTCTTTGGCAGCGTGTGTGTGAGTGTTTGCACCCTCCTCAATTGTCTGAACATACGAGGCTCTGCATCCCAGGTCATGCTTGGTCTGAACGAACGTGGCCAACTCTGCAGCCTGCAAGACAAAAG 
s mm7.chr18     85657462 167 - 90918714 CTTACACTGGTAACTGGTCTGGCCACCCAAGAGCTTCCAGAAGTCTTTGGCTGCGTGAGTATGTGTGTTAATTCCTTCTTCGATGGTCTGGATGTATGTAGCTCTACAACCAAGCTCCCTCTTTGTCTGAATTAACGTTGCAAGTTCAGATGCCTGGAAAAGAATAG 

a score=7481
s danRer3.chr12 19805364 169 + 37038836 GGAGTAGATTCATGAGATTCACACACTCACTTTGGCCTTCTCAATAACATTAGCGAATTCTCCAATCCAGATGAAGCAATGATGTGGTGTGATCAGGAGGAAGCAGTCGCCACTGTTCAAGGAGGAAGCTCTGGGCTCAACCAGTCTGGTCTGAACGTGCCTGCGACCT 
s mm7.chr18     85658082 169 - 90918714 GTAGAAGCATCTTGTCATTTAGACACTGACCTTTGCTTTCTCGATGACATTGGAGAACTCTCCCACCCACAGGAAGCAGTACTGAGGAGACAGCAGAAGGAAGCAGTCCCCACTGTTGAGTGATGAGGCTCGGGGCTCCACCAGCCTTGTCTGCACATGTCTTCTTCCT 

a score=7338
s danRer3.chr12 19806228 200 + 37038836 ACCTTTGACCTGAATGAGCATGAGTTTTTTATAGGGCATGGCACTGTTGTTGGAGCTTTGTTCAGAGGCATTCACACTTCGCAGACTCACACTGCTGAAGTTCTCCTTACTGGCCAATCCGGCGAGAGCAACCTCAGAGAAACCGCTGTTCTTATTCACTGTGGAATagagagagagagaaaaagaaaacagagagatag 
s mm7.chr18     85659784 199 - 90918714 ACCTTTAATCTGCAACAGCATGAGCTTCTTGTAGGGCATCGCGCTGTTGTTGGAGTTTTGCTCCATCAGATTGACACTCCTCAGGTTGATGTTGCTGAAGTTCTCCCTACTGGCCAGGCCTGCCAGAGTCACTTCTGAGAAGTTGGAGTTGGATGACACTGT-GAAGGGAGGTCAGGAGGGATGCACAGTTGAAAGCCAG 

a score=5455
s danRer3.chr12 19811706 171 +  37038836 tacagCAACACAAATGCTCTTGTGCGCAGGAAGAAGTTCCTCAGACAGGAAGTGGAGAGCAGTACTTTTGGAAGCCCTGCTGCTGCTGCTGAGTTTGTGGAGCACCTGCAGTCCAGATACTGGATCTCTACTCACCTGCAC-TCAA---CTCAACACTGATGCAGCACCAGGTGG 
s mm7.chr9      99223189 172 + 123828236 TATGGCAATAAGAAGCAGCTTCTTAAGACCAAATCTTTTTTCCGCCAAGAAGTGGAAAACAGCACCCTGGGGAGCCCCGCTGCCTCGG---AGCTGCTGGAGCACCTACAGCCTGCGTACTGGTTCTCCGCGCACCTGCATGTCAAGTTCGCAGCCCTGATGCAGCATCAGGTAG 

a score=6242
s danRer3.chr12 19813665 226 + 37038836 CACCCACTCTTTTCCTGTTTCATCCTCTTGCTCTCCAGAAGGCCGATGTTCAGTCTTTGTTCCGTGTACTCATGTCTGATGTCCTCCCGAACAGCCAGCATTTTCAGCGGGTTTTTAGATGACTGAACATTTCTGGTAGGCCGAACTGCCCGCTTGTGCTGCACCATTTCCGAAGTCAACCTAAAAGAAAAAAATGTAAATGTCAGAGACCTCAATCTCAATCTCT 
s mm7.chr18     85661820 224 - 90918714 CACTCACTCTTTTCCACTTTCATCCGCTTGGACTCCATGAAGGCCACATTTAGCCTTTGCTCTGTGTATTCCTGAAGGAGGTCGTCTCTTGCTGCCAGCAGCTTGAGAGGGTTCTTGGAAGCCTGGACCCGGCGCTTGGGCCTGACCTGGCGCTTATGCTCTGCCACAGAAGATGTCAACCTGCAGG--CAAAGTAGAAGTGGCCCAGGATGTCACCTTACTTTCT 

a score=4814
s danRer3.chr12 19815302 109 + 37038836 CACTCACCTTTACTATTCAAACGACCAAGGAATGTTTCCAACTTTTCTAACTTCATATCTGACTCCAGCTTCATGTTCTGTTTGACTTCAATCTCTACAGAAGAAAAGA 
s mm7.chr18     85665983 109 - 90918714 CACATACCCTTGTTATTTAGCCTCCTTAGGAAGGTTTCCAGTCTGTCCAACTTCAGGTCTGATTCCAGCTGCATATCTGGTCTGGCTTCAATATCTAAACAAGTAGAAA 

a score=5861
s danRer3.chr12 19816422 174 + 37038836 ATATAAATCTGTATGTGTGCACCATCATTTACCTTTTTTGACCATACGTCCAGCCACTGTAAACTGAGTGGAGTCGTTGGCTGCTCCGTAACCTTTGGCTTTCCAGGCCTCCTCTTGTGAAGTGATGAGCTGCTTGCGTTCCTGAATAGACATCTCTACTCGCTCAAGCTGTTG 
s mm7.chr18     85669825 172 - 90918714 ATGCACAGATGTATGCACACACAGGC-CTGACCTTTCTTCACCATTCTTCCTGCCACGGTGAACTGTGTGGAGTCATTGGCAGCGCCTCTGCCCTTCGTCTTCCACGCTTCCTCGCGCACAGTGATGAGGTGCTTCCTCTCTTCAATCGTCATCT-GGCTCTCTCGACTTTCTG 

a score=2364
s danRer3.chr12 19819708 79 + 37038836 CTTACCCAGAGTTGATCAGACACAGCAAAGTCATCTATCATCATCCCATCATCCTAGAAAAAGGGGTAAAATGAACAGG 
s mm7.chr18     85675363 74 - 90918714 CTTACCCAAAGCACATTAGAAATGGCATTATCATCTGTAAGTCCTCCTTCTTCCTACA-----GGTTAAAATAAATAGG 

a score=5421
s danRer3.chr12 19822614 167 + 37038836 AGTGAGACAGTT-CAAGGTTCAGAGGTTACCTTCTTCTTGAAGCTCTGCTCCACCTCCCATAGCTGGGCATGTCTTTCAGACACAGCAACCTTCACCACATCCTGTTTTTTA-TTATCCTGTTCCTCCAGTCTTCCTCTCCACTCTTCTTCAGCAGAGCCAGCCTGGAA 
s mm7.chr18     85678752 160 - 90918714 AGTGAGGCATTCGTGAGGTGGACACAGTACCTTTTTCTTCAGGGACTGCTCCACCTCCTGCG--TGTGCAGGCCGC-------CAGTGGCTTTGCCATATTCCTGCTTCCGAATCAGCCTGTTCTTCCAGTCTTCCTCGCCACTCTTCTTTAACAGTGCCAGCCTGGAA 

a score=980
s danRer3.chr12 19838333 557 + 37038836 Cttcttcaaaatt--tcttctttagttagtttttttactaaagaagcaaaacatttggaa----ccacttttgggtgagtaatgactagtaaattctcattttaggtgaccggcccctttaaTATAAACACTACTAATCAAAGGGTTGAGAAAACTCAATCAAGCAGGTGAAATAGTGAGCGCACATTTTTCTTGAATTAAGATATATTTACATGTGAACACGCAATACATGCTCAGT-GACAGACATTAGTATT-GATAAGAGTGATCATGCCTGTATTTCACACATATGTGCTCA----TGTGAGTGTTTATGTTTGTCCTGGGTACCTGTGTTTGGTCACAGAGGTGCTGACTAGAGTGGGACTAGGAACGCGCGTTATAGAGGTTTGTAAAGTCACGGACTGTGACAAATGGCCAGGGGCACTTTAAA-----------------------CCACACAGAGGAGGAGGCAAAGAAACA------GAGACAAAGGGAAAAAACTGAAGAA--AACAG-----------ATCAAAACTACATACAGTACACCATATGAAGGAAAAGGAAG---AGAAAGACAATTAAGAGGAACACAGCATTAAAGGATTAG 
s mm7.chr18     85691865 593 - 90918714 CCCTTTTAAAATTAGTCTTTGCCTGTTAGTGTTTTAGATGAAAAATAAAGTCTTTGAGAAATGACCATTTTTATGTTAAAAAAGA----TATATACGTGAGTTAGTGCAAC--CTTAGTTAGTGCCAACACAGGAAGCAGGCAGACGGATGTATCTTTCTCACACAG------TCATGAAGTTAATGTTACCTTGCACTATGACAAA---ACAT-CAAGCACCCCAGGCACACTCACTAGACTGACTTGTTTGTCAGACAAATGAATTCAAGGCTTCCCGGTGCACCGTGGCACTGGGCGCTACGTGCAGCTATGTGTGTCC--AGTACCTGGCAGGCTGCACACTGCTTCTAGCTACAGTGGGGCTAGGAAGTCTCGCCGTTACAGGGTGGGTGACCCCAGAACACGAAGCAGGGATAGGTTCACTTTAAAAGCAATGGCCAAAGGAGGAGCATTCATGAGGAGAGAGAAGAAAAGAAGCATTAAAGAAGGCAGAGCTGTAAATCTGGAGAGGCAAAAGTCAAATATTTTACCAAAAATATTTGCTAAACAC--TTTGAGGGGAAATGAATCACAAAAGAACGTTGGAAAGCGACACAG-ATGGAAGGAATGG 

a score=4634
s danRer3.chr12 19840993 170 + 37038836 AAACTTACGTAGCAGCAATAACTACTTCCTCTGTGGTGACTGGCTGAGTGCGGGATCGATCTTGACCTCTCCTCAATCTCCGCTCAACAGCAGGATTACGACTCCATGTCTTTAAAACGG---AACCATCTGAAGTCTTTTCAAGCTCC------TAAGAAACAGTAAAACATCATATG 
s mm7.chr18     85693409 179 - 90918714 AGACGCACGTAGCTGCAATGACCACTTCCTCCGTGGTGATGGGCTGTGTGTGTGAACGGTCCTGCAGGCGACGCAGCCTCTGCTCCACAGCTGCATTTCTCGAATGTCTCTTTGGGACAGTGTGTTCATCAAAGGATTTCTCCATTTCCTGCAGTTAGAAAACATTGTGAGATCAGATG 

a score=4039
s danRer3.chr12 19841928 86 + 37038836 GCAGCACATACCCTGAAGAGGGAACGCTTGGCAGCTACGCTCAGCTTTGCTCTCTCATCTAGTTTCTCTTCATCCACTGGAAAAAC 
s mm7.chr18     85694001 83 - 90918714 GCACAGCTTACCCTGAAAAGCAGCCTCTTGGCAGCCACGCTCAGCTTGGCCCGCTCATCCACCTTTTCTTCAT---CTGTAAAAGC 

a score=4757
s danRer3.chr12 19845234 237 + 37038836 AGGCCTACCGGTCCGACTGCTCACGCTCGGTTGATGTGATTGGCTGTGTTCTAAACCTCTCAGATGTCTTTCTACTTTCAGTGGGACATATATATCGCAAAGGGCGACGAGATGACCGATCTCTGACTC-----GCATGC----TTCTCCAGGGTACATCTGTAACTGCAGGCAGCTCTTCTGCCCTATTATGCCACAAAGTAC--------GACTGAGCGAGGAAGAATGGCAAGTAGGCATGAAAGAAAAAG 
s mm7.chr18     85695339 249 - 90918714 ATGCCTACCTATCCGACTCCTTTCGCTCTGCTGAGGTTATAGGTTGAGTTCTAAATCGCTCAGAAGTTTTTCTACTTTCACCAGGAGAAAGATAGCGTCTTGGTTTCCGAGAC--CCTCTCTCTCGTTCCATGGGCAAGCCAATTCCTTCAGCTGACCTCTCAACCCGGGATTGGCTTTTAAGACC--ACAAGGCATCGAGTGCAATACaaggaaagggagggggagaataa-aaggaggaatgggagagagag 

a score=-437
s danRer3.chr12 19845764 627 + 37038836 TTTCTCTTTCGTTTCACTCTCCAAACAGCTATTAGATGAGTATTTGATTAACTGCA---------TGTTAATCGTCATGTTA--GACAGGTTAGTAGTCTAT-----GGATGATGATAATGTACCACCACCTACAGTTCGGCTTTCCGG--GGACTTGCAACACTTTGCAGGTATGTGTGGCGGAGATGGGCTACTGAAACCCTGGCATCATGGGACAGGTGATCACCATTTGGCACTTTT-TCTTGTTGGACAGCCTCTCTGATCGGCTCCTGGATGGGGAGAACAGTTTTTTGTGTATTTCCAGTATCCATGGGTTTAGATGAATTTGTATTTGGTCTTGCACTGGAGGTCTGGATTGGGGCGCAGCAGCTAGCATCAGGCCTTCTATGAGCTTCTCGAGCTCTTGCCTGCAAAGACTCTGCAGCCTGAAGTCGAGACACGTGCTCTGTATAAACTTCCCGTCTTGCCCAACTTCCATGCCACCCTCTGGG---------GTC--ATTTGCAGCACCCTCGCTGCTCCTGTGCCCAGCAATAGCTGAGCTTACCTCCCTGTT---GTCACCACTTCCAGAGCATGAATCGTCTGTGTTCCGTTCCTTCCTTCGAATCTCAGAAGGTAAAACTGCCTTTCTGCTCCGCAGAAGACCTTC 
s mm7.chr18     85695809 610 - 90918714 TTTCCTGTTCACTCTGCCCTGCACACACTTGTGAGCTAAGCCTACAGGACACACCAAGGTGGAGATGTGAATTGTC-TGCCAAGGGCGTGCAAGTGACATATCAAAAGGACGCTGGGAA-----CATCACCTACAGTTCAGGTTTCTTGCTGGCTCGGGTTGACTCCATAAATATGTTT--CGGAGCTGGGCGACGGAGACTCTGGTGTCCAGCACGCTGGCTTCTGCACCAGGCCCTTCTGCCCTGGAACTCTGCAGCTC----CAGCTCCTGGCTTGGG------GCTTCATCCTTGTGTCTGGGGACCTGGAGCTGAGGGGGACCTGTGT----------------AATCTGACAGAGAGCGGGCCAG--AACCTTGCGCTTCTTTGGAGATGCCT---CCTTTGTGTGACTGGTCAATGTGGCAT---CTTGGGACACAGGACCACTCTGAACATACAGGAGCATTTCAC-TCCGGCCAGTTCTCTGAGTGGGCAGGTGTTGAACTTGCCGCTCCCTCTCAGATTCTA----CATCGATGGAGCAAATGATGGCCTTGTCCAAGTCTTTATTACCAGAG---GGATCTTTGTGGCCTCTCACGAGCCTGTCATCTTCTGAGGTCAAAAGTGACTTGGGGCTCCTCTCCAGAGGTTC 

a score=1872
s danRer3.chr12 19846624 63 + 37038836 GACCCCTGTGAAATGGCTCATCGCGGGCCAGTCGCTCTCTAACTCTGATTCTTCAGAAGGAGA 
s mm7.chr18     85696757 63 - 90918714 GGCTGCTGCGAGCACTCTCCTCTTTCACCAATTTTTCTCTAACTTTAACTCTTAAGAAAGAAA 

a score=3657
s danRer3.chr12 19849728 108 + 37038836 AAAGTGAAGGGTGTCAATCACACCCAGTAATCCCAAACGTATGGTACCTGGAAGGCCAGTTGATTGGAGAGACGGTGTCTCCTTCTGAATCGGTCTGAAGGGACCATT 
s mm7.chr18     85698646 103 - 90918714 AGGGGGAGGAGCATCAGCCACACACGTCCAACCTGGATGTA-----CCTGGAAGGCCAGTTGATAAGTGAAGGTGTATCGCCTTCAGAATCTCTCTGCAGAAACCACT 

a score=3422
s danRer3.chr12 19850705 359 + 37038836 CCACCTCCATGTAATCGGTCACGCTCCTGTGCCCTCCTCTGGTTCTCCAGATTCATCATTCTTTCACGTTCTGAGATGGAGTCTGTGCGCTCGCGGCTGTACTCTGGACTGGAGTGATAGTCTGAGCTGCTCTTA--TCCACATGATGGCTGGTGGTGTAAGCATTTTGCTCCACTCCATCTCTCCCTTCTGATTTTGACCTGT--AGTGTCTGTCTAAACCATCAAGCTCTCTGGAGGGTCTGGAGAAGCGAGTTGTATAGTCTGTTTCCATCTCCTGATCTAGAGAGATGCCATAGCGCTCTGCTAACTGACGGCGGCGTTCAGCCTTGTAGCGTGCAATCCTTTCTGCTTTAGAGTCCAG 
s mm7.chr18     85703436 350 - 90918714 CCATCTTCTCCTAGTGGGG---GATCTTGGACTCTTCTCTGGTTCTCCACATTGAGCAGCTGCTCCTGGTCAGACATATTGCTT-------CCCAGCGGGGTACAGTCCTGGGACGCCA--CCAAGCTGGTCCTGGGCCCTGACTCTGTCCTGGAGTGCCGGGAATTGGCATCCTTGC-TCTGTTCTTCTTGCTTGTCACTTTTTCCTCGTCTCTCAGTCACATCTGGGTCCTTCCGAGACTTGGCATATCGAGACAAGTATTCAGAGTCAGCTTCTGGGTCCAAGGTCAGCCCGTACTTTTCGGCCAGCTGCCGCCTCCTCTCTGCTTTGTATCTTGCGATCCTTTCCGCTTTGGACTCCAG 

a score=5435
s danRer3.chr12 19854599 192 + 37038836 CCCACCTGTACAGGGGTCACAGGTGTCTGCTGCACGGGTATATCTTGGAGTGTCCTCCTCCAGCAGTCGATTAGAAACTAGACCACCACAAC-------CTGGAAGACTTTGGAGAACATCATTATCGATTCCTTCCAGGCGCCGTGCAATTCGCTCCTTCCTATAAACAGAAGCGGTCAAAGAAATACA-AGTCAGGAT 
s mm7.chr18     85705866 192 - 90918714 CTCACCAATATGAGGGCTTGCAGGGTCTGTGGCACGCATGTATCTGGGTGTGTCTTCTTCTAGCAGCCGATGAGTCACTAGCCCTGTGCAGCTCTGCAACAGGATGGGCTGGGAG----TCATTTTCTATTCCTTCTAAGCGCCTAGCAATTCTTTCTTTTCTGC--ACAGTAGAG--CAAAGAAAAGCACAGTGAGGGT 

a score=6212
s danRer3.chr12 19859889 227 + 37038836 CACCCACTCTTTTCCTGTTTCATCCTCTTGCTCTCCAGAAGGCCGATGTTCAGTCTTTGTTCCGTGTACTCATGTCTGATGTCCTCCCGAACAGCCAGCATTTTCAGCGGGTTTTTAGATGACTGAACATTTCTGGTAGGCCGAACTGCCCGCTTGTGCTGCACCATTTCCGAAGTCAACCTAAAAGAAAAAAAATGTAAATGTCAGAGACCTCAATCTCAATCTCT 
s mm7.chr18     85661820 224 - 90918714 CACTCACTCTTTTCCACTTTCATCCGCTTGGACTCCATGAAGGCCACATTTAGCCTTTGCTCTGTGTATTCCTGAAGGAGGTCGTCTCTTGCTGCCAGCAGCTTGAGAGGGTTCTTGGAAGCCTGGACCCGGCGCTTGGGCCTGACCTGGCGCTTATGCTCTGCCACAGAAGATGTCAACCTGCAGG---CAAAGTAGAAGTGGCCCAGGATGTCACCTTACTTTCT 

a score=1921
s danRer3.chr12 19860846 36 + 37038836 TTGTGCTGTTTTGTTTTTCTTGTTTGATTTATTTAT 
s mm7.chr18     85706464 36 - 90918714 TTGTGTTTGTTTGTTTTTCTTGTTATGTTTACTGAT 

a score=2756
s danRer3.chr12 19861180  95 + 37038836 CTTACCCTT-GGGTGTATTCCCCAGCAGACTAACATCTA-------CTTCTTGTTGGCTCCCTCACCTTTCTCCTCAAACGAGAACTCTTTCTGAAAACTGCA 
s mm7.chr18     85712542 102 - 90918714 CTTACCTTTAGGGAGCACAGCTAAGCA-CTTGACATCAAGGCCTCTCCTGTGGTTGGCAGGCTCTTCTTTATCATCAAAAGAAAACTCTTTCTGAAAGCTGAA 

a score=1621
s danRer3.chr12 19861739 79 + 37038836 ATTTTTTAATGCTAC------TGGAACTAACTAGGCTTGGTAGTTATTGTTGCACTTTTGTTAGAATTTTATTTATTATATTGTT 
s mm7.chr18     85665275 85 - 90918714 ATTTTCTCATATTGCCTTTTGTGTCACCAATTATTATAATAGTTTATTGCATCATTTTTACTAGAGTTTTATTTTAGAAATTATT 

a score=1716
s danRer3.chr12 20002966 868 + 37038836 TCCTGTATCTCTTTGTTAAAAGATTCCAGCTCCCCAATAGCATCCCATTTTCTTCTGTTGACTGGTTTTAGCAAAAACTGTCCAAAAAGCTCTTGACTTTCTGAT--GATTGTT-TAGACTTTCTCAACAAAGGTTGATGATCTGGGGATGATGGAAGTGATACGGACCGAGGAAAATGT---GGGCTCCTT---ACACTAATTCC--ATTCAC---------AGTTCTGGAGAATGCACTGTTGCTGGAGTGGTTAAGATCCTTTTGGCCTATCATGGGGTATCCA---------TAGTTTGCACTACAGTTGGTTTCACCTTCATTATTGGTGATTGTGAAAGGGGAGGGAT--GGTCAT------------------TTGCTGAT-------------------------GAATGGGTATTTCTTGAAACTTCTGGGGAGCCTGTCTGAGTTTCCTGGTTTCGGTATTGATCTCCAGGCCAGGATCCTGCATAAAAAACTTCACTGTCTTGGCTTGGATCTAGTGACCTGGTATCTGTGATTT------------------------CTTTCTTCAAAGGGGGATTTCTAAAGGAGGGGGAAC---TGTTGGACTGTATATGTGTCTCTTTGCTTGATGCTTTTAACATGTTTTGGTT------------ATCTTGCTGCACCCCTGTGTTTTCTTGTGAACTAATCACTTT---TTGATTGTTATTTGGGTCAG-AGACACTTCTGTTTGCTTGCATACTGATAGGGACAGACACCAGGCAAAACATTGTCtctttgagctttttctttgagtttttcttGTTCTCGGCCACAGTCTTAGCCTCAAATTTCTTTACTT-GTGTCACTGTCTCAATCAAACCCAGGCTTGAATTCTGTTGTGTTGTCATTTGAAGAGCAACTATATTGCCATGAGTAACTGGATGCCTGTTGCAGTTTTGATCA---------------GGTACTGTGTTTGAACATT 
s mm7.chr18     86078034 965 - 90918714 TCCTGAAGTTCCTTGTTAAAACTTTCTAACTGACTTATCAAATCCCAGGGCCGCCGGCTAACTGGTTTCAAGAGAAACTGACCGAAGAGTTGTGTGCTATTGCACTGGCCTGTTGTGGACTCCCCC--------TTCACCACCTCTGGCTTGGGAACAGGGTTGGCACCAGGGAGCTGGTCAGAGGTCCCTTTGGACATAGATGCCTGGTTTATGGCTGAGGAAGTCCTTGAGAAAGCACTGTTTCGAGACGGGCTAAGGGACGTTTGTCCTTGGAGGTGAGGTACACTGGGCTTCTGATTTTGATCACTGAATGCTAAGGCTGTATGGAGGCATACTTCGGAGGCAGTGGTATCTGGGCATGTTGGGGTCGGAGCTACATTGCTGGCCTCTCCTGGCTTTGTGGCAGGGAGGAGCTGTGAGCTTTTGGAGTCTTCATGGAAACTGGTTTGGGTCTGTTGATCTCTGTATTGGTGTCCTGGCCAAGGGCTGGAAGCCTGAAGTTCTTTGGGTTTGATGAGATGGAGGATTCTGGGGTCATCAATTTGGCCATCTTCTGACTCCCTCAGACCTTGCCTTGGAGATGTTCTTCTCCAAGCCATGCTTCCCATGAGGGCTTGCAGCTCCAGGTCAGTGGAAGACATACTCAGCAGACTCTGCTCCTGCAGGGCTGAACCCTGGCACAGCCCTCGGGT--CTTATCAGC-AACCAGCTTAAAGTCATTGTTGTTTGTATCCGTAGCTAGCACAAGTGACTCAGAT-TTAACTGGGATGGAGACCAAACAAAATATAGTTGCGTTACTTTTCTTCTTTGAACTTTTCTTGCTCTGAACCCCAGTTTCA-----AACTTTCTGAGCTTAGTGTAGGTTTTGCAGGTACCCTCA--------CTCTGTGGCTGTGG----TGAAGAG-----GCATGGCCTTC--TGCCTTGATGTCTGTCACATTAGTTGTTAATCCGCCCATGACATGATGCTCTGTTTGGCCATG 

a score=-2922
s danRer3.chr12 20003901 1293 + 37038836 TGGATCTGTGCGGTCAAAGGGTTTCTCTGT---GAAAGG----CAAGGCACTGTCATT---------AGATTTCTCAGGTATGAGGTTGACTGGAATCTCATTTCTGATGTTTCTGATTTTG-TCTGCATCTGTCAGAGAGTTCCCATCTATCCCTGCTCCTGAAATGTGTCTGACACGAGGATCGTCAAAGGGAATGTACTGAACATTACCCATCCGTTCTTCGCTGTAGCCTGGATATGCCTGT--------CTCCTGCAGGGCA--------TACTTCTTC------TTCCATCTCTGTAA------------------------TGGTCTGGCCAAGCCATTCCGGT-CTGCCTGATAAACC--ATTCCTGCACTTCTGTCATGG--CAGAACTCTGCATATATGGGTCTCCTCTATACTGATGGTTAGCCATTGAGATAGGATAAGTTCTGTGCCCTCCTTTAATGACAGGCTGCCTTCTGTAGGATGGAGGGGGGATGTAACCAGGGGGCTCTGCGCCAGAGCC------GCCTAGTTCTTGTACAAAGTATTCTTGCCTTGAGAAGGGGAGCGGAGTTCTGTCTCTCGCACGTGGGGCGAGCTCCCCTGTGAGCATCTCTGCACTCCCACGCATCTGCTG--------GTGTGCTTCGTAAGAAGGAGGTCTGAGTGGTCTGCTGAATCTGGGTTTTGATAATGGTGCAGACTGGGCACCTGATCGGTCAGTCCAACGTTGCCTGTTCTCTCCATCAATATGTCG----TCCATGAGGGTCTCTTATGTGGTGGCCATTTAACTTAAAACCCC-----CATAAGAATCTTGCCCAGCAGTTGGTATGCTGAAGTATTGGAGGCTTTC---AGATTGCATTCTGGGCAGTGACTGCGACTTGTTTTTGGTTCTAGGTGGAACAGCTCCTTCTGCAGTTCTTGGCCTG---CGTTGATCATGTGCCACCTCGTTTTCAGATGGCTGGCGGCTCATGCTGGTCATTGGACGCCACTCCTCTGTTCCCAAACTTTGGTACTTCCTTTCAGCAGCGATTCTCCACTGGTGTAGGGCCATCTCTCTCTCTCTGGCACGTGCGCTCTCAGCCCGCCGT------TGTCTTTCACGGTTATGCTCCTCTGTGCTTAAGGCAGATTC-----GGGTCTCCGCTGCATACCCTCTGGTTTGTTTGCAACCC----CTCCTCCTCCACTTCCACGTGGGTCCCTGAAGTCTGCATAATCCAAAAGCACACTAAAGTCCTGACCTCTTCTCCGCCAGTAGGACACATCCTGCTCAGATCTAGGCTGAGAGTGTATTCCTCTGTGGGCTTCA---AAAAACCTGCATCAAACACATATAGATGGAAGTTAATAAATATAGGTCAATGCTTATAT 
s mm7.chr18     86079081 1240 - 90918714 TTGACTGGTGAAGGCGTTGGGCCCCGTGGTACCGAAGGGGCATCATCGTACTGTCTTTTCCCAATGGCTGGCTCTTGGGTAGTGAGTAAACCAGGGT----TATAGGATGTATC--ATCAAGCTTTGCCTCT-TCATAGAATTCTGGG--GGCTGAGCTAGTTTGATATGTCGGATCCGTGGATCATCAAATGGAATGTACTGAATAGAACCC--CCATGGGTGGCAATA----GGATAGGGTTGTGGAGGAAGACCTTGCGGAGGAGAGCCAGGCATTGCATCATAGAGATCCCTAGCTGCAAGAGAGCCAGAAGGAAGTGGACAGCTGGTCT---CAGGTTTCTCAGGTACTTGCTGCTGACTCTGGTTGCTGCTCACATGCCTGGGCACAGGATCTTCAAGGTATGGGTTTGGAATGTGCTGAGGG--------------------------------------GGTGAC----------CTATATGAAGGTGGAGGCACATACACTGGGGGCTCCAAGCCAGGATCCAGCATACCCAACTCATGGCT--GGGATCCTTACTTCTTGTTGGGTAGGAGC-------------CACGTGGGTC-----CCTGTGCTGGTGGTCCTGAAATCCACCTTCTCCCCTGGGCTGTGAGTGAGAGCTATAACACGGAGTCTTAAGGGGTTTCCCAAACTTAGGCCTGGGAAAAGG----GCCTGAGGAGCT----AGCCTTCTCAAGGTTCCTCATGGGTTCCG--AAGGGGATGGGAAGCTAGGAGG-------ATATGGTGGCACTT----TTGGGACACCTGTTATGTGACCATCATGTAGTGGAACAGGAATTTCTGTGAAATTCAGGCTCTTAGGAGAAAGAGCTCGGGGCAATGACTGGGATTTTTTTCTGTTCTGAGACGTG--TGCTCCCCATGAACAAATGGGTACAGACCCTCGAACTTTTCCTGGGGCCTTTTCC-----------GTCCATCC---CCATCGGATGCCTGCC------TCCCTAACTCCCTTGGCTTCTTCCAGC------TTTCC--------AAGCTCATGTCC--------------TGCATTCTCAGCTCTTCTTCCCAGATGGCATTCTTCATCACA-TGCTCTGTCCTTCCTGCAACTTCCCACAGATTCTCTCTCACATGGAC---GGGCAGACTGTAAGCCTGAGCCATTCCTCTGCTTTCCAGT---TCTTTCCAGTCCCTGGGACACAGGGAGCCACTGCCCTCCTGTCTTCCTCTGCTCCAGTAGATGTCGTCTCTACCACTTTGGGGCTGAGAGGACCATGCTAAGGAGGGTTGATTTAAAAACCTGC----AAAACAGAGAGGCAGATGTTATGTAAGACAAATGCACCCTCATCT 

a score=5930
s danRer3.chr12 20117409 385 + 37038836 TCTTTGCAACAGTTTCACCACCTTTAATCTTCAGAGAGTCTAACAGGTTCTTTATTCGTGAGCTAGCAGGTTCTGTTTTTTTCTTCC----------TGCGACTCTTCACCCCGGTTCCTGAGGCGACTGAAGGGGCGAGAAGAGCAGCGAACCCCCACGGCGAGACAGACCCATTCGACTGGGTAGAACCTGGCTCAAGATTTTCCTTCTGCTGGAATAGCCAAGCACTTTCTTGACAAAGCTTCACAAAACGTTCTAACTGCGCTGCATTAACGTTCTTGCTAACGTTTAGAGTGGCTTCAAATGGATTCTGTATGTGCAAAGCTGCTGCCTCCGGTTTGGACTGCTCCTTTCCCTGGTGA----AAGAGATAAAAGCAGAATATTTCATATTTTAG 
s mm7.chr18     86356356 369 - 90918714 TCTGTGGAAC--TGTCAGGGCTGTTACTTTTTATGGATGCTAACAAGCCTTTGACTTTTTCACTCATCGGCTTTTTCTTCTTCTTCCGGGAGAGAGATGTGTGGCCTGACCCCGGT------GGCAGC----------AGGAGGGCAGCCAGTCCCCAGGGTTG------CCTACTCGA------AGAAAAAGGCTGATTCTTATCTTCCTGTTCCAAAATCCAGGCACTGTCTCTTGCCAGTTCCACAAATTTTTGTAGCTGGCTCTGACTGACATTTTTGCTTATGTTGAGAGATGTTTCAAAAGGATTCTGGATGTATAGAGGAGAGGAATCAGGCTTGTTTTGTTCCCTTCCCTGCAGACCACAACAGAGAAGACACACATATGTAAGTACTTAG 

a score=4420
s danRer3.chr12 20118259 336 + 37038836 TCACCTTCCTAATATTGATCGATGCCTTGTTGAAGGGGAAATTGCCATAAAACTCGAAGAATTCCTGCAACAGTTTTTCTGTGCAAGACAAAAATAAAATCACCAAAAATACCAAAGGAAAAATAAACAGCATTGCTATTACCAATCAGTAAAATAAACACATTTATAAAAGCATCCTTCCAAGGGTGAAAACAGAAAGCCTTTCATTATGTTTGTGCAAATAATAAAAACAATCCATGTGCCCCACTTACCTAACGTGTCTGTGTTCTTCTGCAGTGCAATCTTGCTAAGGTCACTGACAATAGTGCAGTCATTGCCCTCAATGACACACTTATC 
s mm7.chr18     86357553 252 - 90918714 TTACCTGTCGAATGTTTATGGAATTTTTATTGAAAGCGAAATTGCCAAAATACTCAAAAAATTCCTTTATTAGTAATTCTG--------aaaaaaaaaa---------------------------------------------------aagataaagaaaattagaagaaaatctgtcagaacccaaaaaaggaa--------------------caagaaaaaaaaaaaG-----GAGACAGACTTACCTAATGTTTCTGTGTTTCCAGAAGGTTGAATTTTATTCACATCCTGGACGAATGTACAATTGTTCCCCTCTAGAATACATCTATC 

a score=7803
s danRer3.chr12 20120152 693 + 37038836 gcctagttcagctaattaagctagttaagc-ctttaaatgtcacgttaagct-gtagagaagtgtcttaaaaaacatctcgtaaaataatgtttactgtcatcatga-----aaaatataaaagtagtcagttattagagatgagttattaaaactattatgtttagaaatgtgttgaaaaaaatctctgttaaacaaaaaattgaaaaaataaaataaataacgggggctaataattctgactacaattgtaTATCTATTCTTCAGTTTTGGATTGATTTCTGATTGTTTATCTTTTAATTCTCAAATTTCAGCTTCTCTGAATCTGACCAGTCACTGCTATAAAAGTACAACTGTATTATACCTGCTAGTTCTTTCAGACGGTCCAGTGTGGGCAGCATGGCAGGACTCCTCTGCTGTAGAAAGAACACTACCATGACTGTTAACGAGAAGTTGGTTATCCATGCTCCAGGTATACTGCTTGTGATGCTATGAGCCCGAGCCCAGCACCGCACACTAAAAACCAGATGCCGAACACGAGGGTCCAGATGCCCATATAGAAAAAGCAGCTCTGAACTTTTCATCGCCACCCTGCATATGAGAGAAACAAAACCCAATATAATTAGTCCAAAACCCCCATCCCACCATTACAGTTTCACAGAGGTTATTCACGGAGAAATTATTATAATCTTTTTAGTGT 
s mm7.chr18     86365321 615 - 90918714 GACTAGGTCAACTAAGTGAGATGATCCAGCTCTTGGAAGGCTATGATAAACAAGTTGCCAATAGACACAAATAAGGCCTAGCTTGACAGCACCAGTTTTAATGCTGATGGTGAAAACATACACACAG-CACTTAC----AATTTGGAATCAGAATTAAAATTTCTATCCATGT----------ATCT---TTAGATTTAAAAATAAAGACATAAATGAGATGAC------------------TTACAA----ATATATATGCTTTGACTCTACAGGG-----TAAATGTCTATCC----AGTGTCAAA--------------AAGAGAGAAAGTCACTTCTA---------------GTCTTACCTGCTATGGACTTTAGGGAATCTAGAGTTGGAAGAATGGGAGGTGATCTTCTCTGGAGGAAAAAGATGACCATCACTGTTAAGGAGAAGTTTGTAATCCAAGCACCAGGAATACTGCTTGTTAATGAATGTGCCCGAGCCCAGCATCGCACACTGAACACCAAAGCTCTTACTCTCGAATCCAGGGAGCCATATATATAAAGGAGTTCGGAACTTTTCAAAGCAATACTTTAAAAGAGA-----AAAGTTAAAAATAAGAACTGCAAACCCCAAGTTAAGACACAAGGGTCAAATAAAAG--ACACATTGGGGAACAGATCTAAACATCTCACTGT 

a score=7820
s danRer3.chr12 20123221 288 + 37038836 TACTTGTTGTTGGCTGTAAGATCGCACTGAAAGCCAGAAGGCTGATGAGCAAAGCGGACAATAGGACATCGTGCTTGGAGAATGTTCTGGACTCCCACACATCCAGGGCCAAACTGGTCCACACATTTTCCAACGACTGAGAGGATACTCTGTGTCACAGCCCGCTCTGATGGCCCTGTCTTCACCTGGTACTCCA-GAGACAGTCCCGAGCCCTGTTTTAAACATGGCTGAACAATTAAT--------GGACTTGGGGAAAAAAA--GGTTAAAAAAATTTAAATCAAACGCAATCTA 
s mm7.chr18     86366401 296 - 90918714 TACCTATTGTTAGCAGTCAGATCACACTGGAATCCAGAGCCCTGATGGGAGAATCTCACCAGTGGACATCGAGCATTGAGTATCTTCTGAACACCCACACAGCCAGGGCCAAAATTGTCAAGGCACTCTCCTATTACAGATAGGATCTTCTGGGTTGCAATTCTTTCTGAAGGAACGTTTTTCACTTGAAATTCCATAAAAAAATTCC---CTGTATTCTGAATATGAAAACACTGATAATTATGAGGAGATTTTTGGGAAGAGAATTTTTTTTTAAACTTTAAAGAAAGAATGATTTA 

a score=3621
s danRer3.chr12 20150190 146 + 37038836 ACTAGCCATATTCGCTTGACGGAGGTCCTCTAACCAGATTGTAGTATCCTGCAAAGGCGCCCAGATCTATGTAGAGGGAACCTTTCTTCTTAGAGTGCCCAGAATCCTCAG-------TGTACAACGAAGAGTCTGAAAACACAAGAGGAAAA 
s mm7.chr18      4498232 152 + 90918714 ATCAGCCGTATTCCAGGGTTGGTGGCCCACGAACAATATTGAAGTAGCCAGCCAGAGCTCCGAGGTCAATGTAGAGGGAACGCTGTCTCCTGAGCACTTCAGACTCTTCGGTGCTGCCTGTGC-ATGATGAATCTGCAGAGGCAACATGGAAA 

a score=6866
s danRer3.chr12 20152264 271 + 37038836 CCTCCTCC--------AGTGCAGAATCCAAACTCCAGCAGCGTGGCTGGTCTTCTCGAGATGGATGGAGGGCTTCTTCATTCAGTAACTCTGTGGCAGAACTCCGTTGTGAGGGCACCCTTTCGAGAGCATGCTCCAGGAGCCTGCGCATCGCCGGGCTGCAGCTTTGAGGTATGTCCTCTAGTGGAGGGGCCTGTTTGTGGATCTGCAAACAG-------TGGAAATCATTATTGGCGCAGGTGCAT-TCGCAAGCAGCCACATGCTTGGAAGAGACACAGTGCTT 
s mm7.chr18      4499788 287 + 90918714 CCTCTTCCGTTCAAAGAGGGCAGAGTCCAGACTCTGACATCGTGGCTGGTCCTCTCTTGGGGGATTCAGGGCTTCATGTTTCAGTAGGTCTGCTGCTTTGGGGCGGTGGTTGGGGTTCCTCTCCAGGGCAGCTTCTATCAGCTCCCTCATGCCTGGACTGCAGTCACCAGCGATGTCTTCCAGGGGAGGTGCCTGCTTGTGGATCTGCCAACAAACCAGCTCTGTAAGCATGGATGGAGTAGAGGTATATCTTCTGCAGGAAAGGCTAGGGGAGAGACCTATTGCCT 

a score=8639
s danRer3.chr12 20153296 176 + 37038836 ACTCACTATATATAGGTATGATGGGTAGGCTGTTCTGGGATATCTTCTAACCCACGGAGGGCTGCCACTCATCATGTGTATGATTGTGGTCCCCAAACTGTAGATGTCAGTTTTTGTGTTGTGGCCCCGACACAAAACCAACTCTGGACTCATGTACATCTGTACAGAAGGAAAAA 
s mm7.chr18      4500538 176 + 90918714 ACTTACAATGTATAGGTAGGAGGGATAGGCTGATCGAGGGTAGCGCTTCACCCAGGGTGGGGTGCCTGTCTGCATGTGGATGAGTGTGGCTCCAAGGCTGTAGATGTCGGCTTTTGTGGAATGGCCCCGACATAGGATCACCTCTGGGCTCATGTATATCTGAAAAAGATGAGGAA 

a score=5752
s danRer3.chr12 20153988 144 + 37038836 ATATCGACACAAGTGCA--CAAACACTCACCTCAGTGCCACGTAGGTCTCGAGGAACATAAACATCGTCCTTCATCTGTACTGTAAGCCCAAAGTCTACCAGCACTGCTTTGGCAGACATCAGCACAATATTGCTGGCTGCAGAGA 
s mm7.chr18      4505394 146 + 90918714 AGACCATCACCAATACAATCAATCAATTACCTCTGTTCCCCGGAGGTCCTTGGGAAGATAGACATCTTCAGTCATCTTAACACTCAGGCCAAAATCTACCAAAACAGCTTTTGTAGACATGAATACAATGTTGCTAGCTGCAACGA 

a score=13622
s danRer3.chr12 20157001 302 + 37038836 AATGATGCAAGCCAGAGCTCTTACGTTTGATGTCGTGGTGGATAATGTTGTGAGAGTGCAAGTACTCCAAGCCTCGCAGAACCTGCTGAGAGACCCAAATGATCTCGAACTCTCTCATTGGACCACAGCTCTCCAGCTTCTCTAACACCGAGCCTCCTTCGCCAGCTTCCATGAACAAATGCACCGTCTGCTCCCACAGCAAGGCCCCATATAGCTCTGCTATGTTCTCGTGCCGGAACCGGGCTTGGATTTCAACATCTGCAGGCTTGAAATGCTCCACAGGAATCTGGAGAGAAAGTACA 
s mm7.chr18      4506450 302 + 90918714 AATAAGGCAGACCCCACTACTCACGTTTAATATCATGGTGGATCACTTTCTTGGAGTGCAGAAAATCAAGTCCCTTGAGAATGTGCTTCGTCACCCAAATAATTTCAAATTCTCTCATGGGCCCACAACTCTCCAGTTTCTCCAGAACAGACCCTCCCTCGCCGGCTTCCATAAAGAGATGGACAGTATCGCCCCATAGGACGGCACCATATAACTCAGCAATGTTCTCATGCCGGAAACAGGCCTGGATTTCCACATCCGATGGCTTAAACTGATCTATAGGGATCTAGCAACACAAAACA 

a score=5856
s danRer3.chr12 20159507 279 + 37038836 GGAAACAAACATACTTTGCATTCCCTTACTTACTAATTTGCATGCCATTCGCTTCCGAGTTTTGGTGTCCTGAGCCAGATGGACCTTCCCAAATGAGCCTTTGGGAACGTGTCCAGGGCCCTGAGGCTTGTAGGTCAGTTTCCACGGAAAGAGAAGGACGTCCAAGTCGATGCGATAATGCCCCTCTT---TAATGATCATGTCTGTCTGTAGGGACAAA----GCAGGGTGTTTATGACACCAAAGGCTATCTTGCTAAACAAGTATAAACACTCCTTTACACGG 
s mm7.chr18      4508918 271 + 90918714 GGAGTCAGACACACAGTG--TGGCTGCACACACCAGTTTGCACGCCATTCTTTTCTTTGTCTTCATGTCTTGGGCTAAGTATACTTTTCCAAAGGCCCCCCGAGGAACGAAACCAGAGCCGATGTTCCTGTATGTCAGCTTCCAAGGAACAAGGAGAACATCCGAATCGATTTGGTAGCGGCCATTCTGGGGACTGAT--TACCTGTTAGGAAATACAGATGCTGAGGTGAGGCTCACTCAATAGAGGCTATTT-----------TAGAAACAATCTTATACACAG 

a score=5574
s danRer3.chr12 20165481 341 + 37038836 GTTTTTATCTCA-------AAAGTGAAGAAGAGT--------AAAACATTTCAAGCAATCCAAGAGGAGCGACGAGAACAAGCTGAAAGATCTGTTTTAATCAGCTGTCCTGCTAAATTCAGCGAAAAGAAGTTTTTAGATTTCTTCTCCAAGCATGGGACAGTCAACAAGCATTTCTTCTACAACAGTTTTGTAAGTGTGGCAGAGCTATTGCAAGTCATTTTATCTCAATTCAGCTGAGTGATGTTGTGAA------CTGTTGTTTTTA-----ATCTGCTTTGTTTTTTAGGGTGCGTATGCGGTAGTTGAATTCTCCAATAAAGAGAGCATAGCCTCGTTGAAGGAGAGCACAG------GTATACCAG 
s mm7.chr18      4545477 352 + 90918714 GTTTTTGTCTCATTTGTAGGCATTGAAGACAAGACCCTCCAAAAGAAATTCTCTGAGGTGCAGAAAGAGAGAAGAGAACAGGCCCAGCGGACTGTTTTGATACATTGTCCAAATAATATCAATGAGAAAAAATTTCTCAAGTATTTATCCCAGCATGGACCAGTCAATAATCATTTCTTCTACGAGAGCTTTGTA--TGTATCTAAAC------------TTTTACCTTACCTGG---GGGTGATGCTGTGGAAGTAGTTTGCTGCGTTTGAGTGTATGAGCCACATCTCTTGGCAT-TGCACCCGTTCCTTCATTTCTT---TAAGGAGGGTTTCCTCCCCTTGGGTGTGAGAAAAGAAACTCGTATAGCAG 

a score=7686
s danRer3.chr12 20166147 417 + 37038836 TAAAAGTTTCAGTATT--GCTGAGAGTAATCGTCTTCTCATTTATTTCC-------------ACAGGTAGATGAGCAGCTTCGATGTTTGACAGAGACTTTACAGCTTACAGAGGAAAACATAAGTCTGCGCTTCCTTGTCTGTTCTCTGCTTGGAGACATAGCTGGAGCATACTTCCCAGAATGCATCATTAGGCCTTTTGGTTCTACTGTAAACAGCTTCGGCAAACTTGGCTGTGATGTTGACATGATTCTGGATCTAGACGGCAT-----------ATATGCACGAAGCCAGAAAAAGGTCAGTGCAGTGAATGGGTAGAATAATCTAAACCTGTATAttcaatcaaaatgaaaaattctgtcattattgattgcatgtcatttttttaacctgtttgaatttctttcttccgtggaacacTATATACATACtagggat 
s mm7.chr18      4549050 415 + 90918714 TGAAAATTACATTATTTTACAGAACCTAACCGTCTGTGTATTCTGTCCCTGTCTTTGGCCAGCTAGATAGAGGAGCAGCTGAACACTCTCCTGAAGGCCTTCCAGCTCACAGAAGAGAATATCAGGCTCCGCCATCTCACCTGCTCTCTGATTGAGGACATTGCTGCTGCATATTTTCCCAGCTGTGTCATCCGGCCCTTTGGCTCCTCAGTGAACACATTTGGCAAATTAGGATGTGATTTGGACATGTTTTTAGATCTAGATGAAACTGGAAAACTTGATGTTCACAAGGTAATAAATATCTC-----------------------TTTGAACCACTATAAAAAGTTAGAAGAGAAGTCTTTGGACCTAATACAGTTATAGCTGTTTTTTAATTTTAGTGAACATGATT-----AAAGAATGCAATTTATCTGCTAGTGAT 

a score=8054
s danRer3.chr12 20172473 289 + 37038836 TAGATTGCGTTTGATTTAAATTTTTTAAACC--TTTTTTTCCCCAAGTCC--------ATTAATTGTTCAGCCATGTTTAAAA-ACAGGGCTCGGGACTGTCTCTGGAGTACCAGGTGAAGACAGGGCCATCAGAGCGGGCTGTGACACAGAGTATCCTCTCAGTCGTTGGAAAATGTGTGGACCAGTTTGGCCCTGGATGTGTGGGAGTCCAGAACATTCTCCAAGCACGATGTCCTATTGTCCGCTTTGCTCATCAGCCTTCTGGCTTTCAGTGCGATCTTACAGCCAACAACAAGTA 
s mm7.chr18      4552017 296 + 90918714 TAAATCATTCTTTCTTTAAAGTTTAAAAAAAAATTCTCTTCCCAAAAATCTCCTCATAATTATCAGTGTTTTCATATTCAGAATACAGGG----AATTTTTTTATGGAATTTCAAGTGAAAAACGTTCCTTCAGAAAGAATTGCAACCCAGAAGATCCTATCTGTAATAGGAGAGTGCCTTGACAATTTTGGCCCTGGCTGTGTGGGTGTTCAGAAGATACTCAATGCTCGATGTCCACTGGTGAGATTCTCCCATCAGGGCTCTGGATTCCAGTGTGATCTGACTGCTAACAATAGGTA 

a score=8001
s danRer3.chr12 20175131 684 + 37038836 ACACTAAAAAGATTATAATAATTTCTCCGTGAATAACCTCTGTGAAACTGTAATGGTGGGATGGGGGTTTTGGACTAATTATATTGGGTTTTGTTTCTCTCATATGCAGGGTGGCGATGAAAAGTTCAGAGCTGCTTTTTCTATATGGGCATCTGGACCCTCGTGTTCGGCATCTGGTTTTTAGTGTGCGGTGCTGGGCTCGGGCTCATAGCATCACAAGCAGTATACCTGGAGCATGGATAACCAACTTCTCGTTAACAGTCATGGTAGTGTTCTTTCTACAGCAGAGGAGTCCTGCCATGCTGCCCACACTGGACCGTCTGAAAGAACTAGCAGGTATAATACAATTGTACTTTTATAGCAGTGACTGGTCAGATTCAGAGAAGCTGAAATTTGAGAATTAAAAGATAAACAATCAGAAATCAATCCAAAACTGAAGAATAGATAtacaattgtagtcagaattattagcccccgttattttttttttaaattttttgtttaacagagatttttttcaacacatttctaaacataatagttttaataactcatctctaataactgcttttatatttt-----tcatgatgacagtaaatattattttacgagatgttttttaagacacttctctac-agcttaacgtgacatttaaag-gcttaactagcttaattagctgaactaggc 
s mm7.chr18      4552778 615 + 90918714 ACAGTGAGATGTTTAGATCTGTTCCCCAATGTGT--CTTTTATTTGACCCTTGTGTCTTAACTTGGGGTTTGCAGTTCTTATTTTTAACTTT-----TCTCTTTTAAAGTATTGCTTTGAAAAGTTCCGAACTCCTTTATATATATGGCTCCCTGGATTCGAGAGTAAGAGCTTTGGTGTTCAGTGTGCGATGCTGGGCTCGGGCACATTCATTAACAAGCAGTATTCCTGGTGCTTGGATTACAAACTTCTCCTTAACAGTGATGGTCATCTTTTTCCTCCAGAGAAGATCACCTCCCATTCTTCCAACTCTAGATTCCCTAAAGTCCATAGCAGGTAAGAC---------------TAGAAGTGACTTTCTCTCTT--------------TTTGACACT----GGATAGACATTTA-----CCCTGTAGAGTCAAAGCATATATAT----------------TTGTAAGTCATC-TCATTTATGTCTTTATTTTTAAATCTAA---AGAT----------ACATGGATAGAAATTTTAATTCTGATTCCAAAT-TGTAAGTGCTGTGTGTATGTTTTCACCATCAGCATTAAAACTGGTGCTGTCAAGCTAGGCCTTATTTGTGTCTATTGGCAACTTGTTTATCATAGCCTTCCAAGAGCTGGATCATCTCACTTAGTTGACCTAGTC 

a score=4420
s danRer3.chr12 20177695 336 + 37038836 GATAAGTGTGTCATTGAGGGCAATGACTGCACTATTGTCAGTGACCTTAGCAAGATTGCACTGCAGAAGAACACAGACACGTTAGGTAAGTGGGGCACATGGATTGTTTTTATTATTTGCACAAACATAATGAAAGGCTTTCTGTTTTCACCCTTGGAAGGATGCTTTTATAAATGTGTTTATTTTACTGATTGGTAATAGCAATGCTGTTTATTTTTCCTTTGGTATTTTTGGTGATTTTATTTTTGTCTTGCACAGAAAAACTGTTGCAGGAATTCTTCGAGTTTTATGGCAATTTCCCCTTCAACAAGGCATCGATCAATATTAGGAAGGTGA 
s mm7.chr18      4560909 252 + 90918714 GATAGATGTATTCTAGAGGGGAACAATTGTACATTCGTCCAGGATGTGAATAAAATTCAACCTTCTGGAAACACAGAAACATTAGGTAAGTCTGTCTC-----Ctttttttttttcttg--------------------ttccttttttgggttctgacagattttcttctaattttctttatctt---------------------------------------------------tttttttttt--------CAGAATTACTAATAAAGGAATTTTTTGAGTATTTTGGCAATTTCGCTTTCAATAAAAATTCCATAAACATTCGACAGGTAA 

a score=5930
s danRer3.chr12 20178496 385 + 37038836 CTAAAATATGAAATATTCTGCTTTTATCTCTT----TCACCAGGGAAAGGAGCAGTCCAAACCGGAGGCAGCAGCTTTGCACATACAGAATCCATTTGAAGCCACTCTAAACGTTAGCAAGAACGTTAATGCAGCGCAGTTAGAACGTTTTGTGAAGCTTTGTCAAGAAAGTGCTTGGCTATTCCAGCAGAAGGAAAATCTTGAGCCAGGTTCTACCCAGTCGAATGGGTCTGTCTCGCCGTGGGGGTTCGCTGCTCTTCTCGCCCCTTCAGTCGCCTCAGGAACCGGGGTGAAGAGTCGCA----------GGAAGAAAAAAACAGAACCTGCTAGCTCACGAATAAAGAACCTGTTAGACTCTCTGAAGATTAAAGGTGGTGAAACTGTTGCAAAGA 
s mm7.chr18      4561989 369 + 90918714 CTAAGTACTTACATATGTGTGTCTTCTCTGTTGTGGTCTGCAGGGAAGGGAACAAAACAAGCCTGATTCCTCTCCTCTATACATCCAGAATCCTTTTGAAACATCTCTCAACATAAGCAAAAATGTCAGTCAGAGCCAGCTACAAAAATTTGTGGAACTGGCAAGAGACAGTGCCTGGATTTTGGAACAGGAAGATAAGAATCAGCCTTTTTCT------TCGAGTAGG------CAACCCTGGGGACTGGCTGCCCTCCT----------GCTGCC------ACCGGGGTCAGGCCACACATCTCTCTCCCGGAAGAAGAAGAAAAAGCCGATGAGTGAAAAAGTCAAAGGCTTGTTAGCATCCATAAAAAGTAACAGCCCTGACA--GTTCCACAGA 

a score=-3197
s danRer3.chr12 20289972 1302 + 37038836 CGTTATCAAATATAAGCATTGACCTATATTTATTAACTTCCATCTATATGTGTTTGATGCAGGTTTTT---TGAAGCCCACAGAGGAATACACTCTCAGCCTAGATCTGAGCAGGATGTGTCCTACTGGCGGAGAAGAGGTCAGGACTTTAGTGTGCTTTTGGATTATGCAGACTTCAGGGACCCACGTGGAAGTGGAGGAGGAG----GGGTTGCAAACAAACCAGAGGGTATGCAGCGGAGACCC-----GAATCTGCCTTAAGCACAGAGGAGCATAACCGTGAAAGACA------ACGGCGGGCTGAGAGCGCACGTGCCAGAGAGAGAGAGATGGCCCTACACCAGTGGAGAATCGCTGCTGAAAGGAAGTACCAAAGTTTGGGAACAGAGGAGTGGCGTCCAATGACCAGCATGAGCCGCCAGCCATCTGAAAACGAGGTGGCACATGATCAACG---CAGGCCAAGAACTGCAGAAGGAGCTGTTCCACCTAGAACCAAAAACAAGTCGCAGTCACTGCCCAGAATGCAATCT---GAAAGCCTCCAATACTTCAGCATACCAACTGCTGGGCAAGATTCTTATG-----GGGGTTTTAAGTTAAATGGCCACCACATAAGAGACCCTCATGGA----CGACATATTGATGGAGAGAACAGGCAACGTTGGACTGACCGATCAGGTGCCCAGTCTGCACCATTATCAAAACCCAGATTCAGCAGACCACTCAGACCTCCTTCTTACGAAGCACAC--------CAGCAGATGCGTGGGAGTGCAGAGATGCTCACAGGGGAGCTCGCCCCACGTGCGAGAGACAGAACTCCGCTCCCCTTCTCAAGGCAAGAATACTTTGTACAAGAACTAGGC------GGCTCTGGCGCAGAGCCCCCTGGTTACATCCCCCCTCCATCCTACAGAAGGCAGCCTGTCATTAAAGGAGGGCACAGAACTTATCCTATCTCAATGGCTAACCATCAGTATAGAGGAGACCCATATATGCAGAGTTCTG--CCATGACAGAAGTGCAGGAAT--GGTTTATCAGGCAG-ACCGGAATGGCTTGGCCAGACCA------------------------TTACAGAGATGGAA------GAAGAAGTA--------TGCCCTGCAGGAG--------ACAGGCATATCCAGGCTACAGCGAAGAACGGATGGGGAATGTTCAGTACATTCCCTTTGACGATCCTCGTGTCAGACACATTTCAGGAGCAGGGATAGATGGGAACTCTCTGACAGATGCAGA-CAAAATCAGAAACATCAGAAATGAGATTCCAGTCAACCTCATACCTGAGAAATCT---------AATGACAGTGCCTTG----CCTTTC---ACAGAGAAACCCTTTGACCGCACAGATCCA 
s mm7.chr18      4838384 1249 + 90918714 CACTGTAGCAGATGAGGGTGCATTTGTCTTACATAACATCTGCCTCTCTGTTTT----GCAGGTTTTTAAATCAACCCTCCTTAGCATGGTCCTCTCAGCCCCAAAGTGGTAGAGACGACATCTACTGGAGCAGAGGAAGACAGGAGGGCAGTGGCTCCCTGTGTCCCAGGGACTGGAAAGA---ACTGGAAAGCAGAGGAATGGCTCAGGCTTACAGTCTGCCC---GTCCATGTGAGAGAGAATCTGTGGGAAGTTGCAGGAAGGACAGAGCA-TGTGATGAAGAATGCCATCTGGGAAGAAGAGCTGAGAATGCA--------------GGACATGAGCTT--------GGAAA------GCTGGAAGAAGCCAAGGGAGTTAGGGA------GGCAGGCATCCGATGG---GGATGGAC-----------GGAAAAGGCCCCAGGAAAAGTTCGAGGGTCTGTACCCATTTGTTCATGGGGAGCA--CACGTCTCAGAACAGAAAAAAATCCCAGTCATTGCCCCGAGCTCTTTCTCCTAAGAGCCTGAATTTCACAGAAATTCCTGTTCCACTACATGATGGTCACATAACAGGTGTCCCAA----AAGTGCCACCATAT-------CCTCCTAGCTTCCCATCCCCTT--CGGAACCCATGAGGAACCTTGAGAAGGCT----AGCTCCTCAGGC----CCTTTTCCCAGGCCTAAGTTTGGGAAACCCCTTAAGACTCCGTGTTATAGCTCTCACTCACAGCCCAGGGGAGAAGGTGGATTTCAGGACCACCAGCACAGG-----GACCCACGTG-------------GCTCCTACCCAACAAGAAGTAAGGATCCC--AGCCATGAGTTGGGTATGCTGGATCCTGGCTTGGAGCCCCCAGTGTATGTGCCTCCACCTTCATATAG----------GTCACC--------------------------------------CCCTCAGCACATTCCAAACCCATACCTTGAAGATCCTGTGCCCAGGCATGTGAGCAGCAACCAGAGTCAGCAGCAAGTACCTGAGAAACCTG---AGACCAGCTGTCCACTTCCTTCTGGCTCTCTTGCAGCTAGGGATCTCTATGATGCAATGCCTGGCTCTCCTCCGCAAGGTCTTCCTCCACAACCCTATCC----TATTGCCACCCATGG--GGGTTCTATTCAGTACATTCCATTTGATGATCCACGGATCCGACATATCAAACTAGCTCAGCCC--CCAGAATTCTATGA-AGAGGCAAAGCTTGAT--GATACATCCTATA----ACCCTGGTTTACTCACTACCCAAGAGCCAGCCATTGGGAAAAGACAGTACGATGATGCCCCTTCGGTACCACGGGGCCCAACGCCTTCACCAGTCAA 

a score=2439
s danRer3.chr12 20291342 307 + 37038836 ATGTTCAAACACAGTACC---------------TGATCAAAACTGCAACAGGCATCCAGTTACTCATGGCAATATAGTTGCTCTTCAAATGACAACACAACAGAATTCAAGCCTGGGTTTGATTGAGACAGTGACAC-AAGTAAAGAAATTTGAGGCTAAGACTGTGGCCGAGAACAAGAAAAACTCAAAGAAAAAGCTCAAAGAGACAATGTTTTGCCTGGTTTCTGTCCCTATCAGTATGCAAGCAAACAGAAGTGTCT-CTGACCCAAATAACAATCAA---AAAGTGATTAGTTCACAAGATAACACAGGGGTGCAGCAAGAT 
s mm7.chr18      4839716 299 + 90918714 ATGGCCAAACAGAGCATCATGTCATGGGCGGATTAACAACTAATGTGACAGACATCAAGGCAG--AAGGCCATGC-----CTCTTCAC----CACAGCCACAGAGT--------GAGGGTACCTGCAAAACCTACACTAAGCTCAGAAAGTT-----TGAAACTGGGGTTCAGAGCAAGAAAAGTTCAAAGAAGAAAAGTAACGCAACTATATTTTGTTTGGTCTCCATCCCAGTTAA-ATCTGAGTCACTTGTGCTAGCTACGGATACAAACAACAATGACTTTAAGCTGGTT-GCTGATAAGAC--CCGAGGGCTGTGCCAGGGT 

a score=2235
s danRer3.chr12 20291726 483 + 37038836 TTTGAAGAAAG--AAATCACAGATACCAGGTCACTAGATCCAAGCCAAGACAGTGAAGTTTTTTATGCAGGATCCTGGCCTGGAGATCAATACCGAAACCAGGAAACTCAGACAGGCTCCCCAGAAGTTTCAAGAAATACCCATTC-------------------------ATCAGCAA------------------ATGACC--ATCCCTCCCCTTTCACAATCACCAATAATGAAGGTGAAACCAACTGTAGTGCAAACTA---------TGGATACCCCATGATAGGCCAAAAGGATCTTAACCACTCCAGCAACAGTGCATTCTCCAGAACT---------GTGAAT--GGAATTAGTGT---AAGGAGCCC---ACATTTTCCTCGGTCCGTATCACTTCCATCATCCCCAGATCATCAACCTTTGTTGAGAAAGTCTA-AACAATC--ATCAGAAAGTCAAGAGCTTTTTGGACAGTTTTTGCTAAAACCAGTCAACAGAAGAAAATGGGATGCTATTGGGGAGCTGGAATCTTTTAACAAAGAGATACAGGA 
s mm7.chr18      4840129 551 + 90918714 TCAGAAGATGGCCAAATTGATGACCCCAGAATCCTCCATCTCATCAAACCCAAAGAACTTCAGGCTTCCAGCCCTTGGCCAGGACACCAATACAGAGATCAACAGACCCAAACCAGTTTCCATGAAGACTCCAAAAGCTCACAGCTCCTCCCTGCCACAAAGCCAGGAGAGGCCAGCAATGTAGCTCCGACCCCAACATGCCCAGATACCACTGCCTCCGAAGTATGCCTCCATACAGCCTTAGCATTCAGTGATCAAAATCAGAAGCCCAGTGTACCTCACCTCCAAGGACAAACGTCCCTTAGCCCGTCTCGAAACAGTGCTTTCTCAAGGACTTCCTCAGCCATAAACCAGGCATCTATGTCCAAAGGGACCTCTGACCAGCTCCCTGGTGCCAACCCTGTTCCCAAGCCAGAGGTGGTGAA--------GGGGGAGTCCACAACAGGCCAGTGCAATAGCACACAACTCTTCGGTCAGTTTCTCTTGAAACCAGTTAGCCGGCGGCCCTGGGATTTGATAAGTCAGTTAGAAAGTTTTAACAAGGAACTTCAGGA 

a score=5529
s danRer3.chr12 20354479 192 + 37038836 ATCCTGACT-TGTATTTCTTTGACCGCTTCTGTTTATAGGAAGGAGCGAATTGCACGGCGCCTGGAAGGAATCGATAATGATGTTCTCCAAAGTCTTCCAG-------GTTGTGGTGGTCTAGTTTCTAATCGACTGCTGGAGGAGGACACTCCAAGATATACCCGTGCAGCAGACACCTTTGACCCCTGTACAGGTGGG 
s mm7.chr18      5212656 192 + 90918714 ACCCTCACTGTGCTTTTCTTTG--CTCTACTGT--GCAGAAAAGAAAGAATTGCTAGGCGCTTAGAAGGAATAGAAAATGA----CTCCCAGCCCATCCTGTTGCAGAGCTGCACAGGGCTAGTGACTCATCGGCTGCTAGAAGAAGACACACCCAGATACATGCGTGCCACAGACCCTGCAAGCCCTCATATTGGTGAG 

a score=3422
s danRer3.chr12 20358207 359 + 37038836 CTGGACTCTAAAGCAGAAAGGATTGCACGCTACAAGGCTGAACGCCGCCGTCAGTTAGCAGAGCGCTATGGCATCTCTCTAGATCAGGAGATGGAAACAGACTATACAACTCGCTTCTCCAGACCCTCCAGAGAGCTTGATGGTTTAGACAGACACT--ACAGGTCAAAATCAGAAGGGAGAGATGGAGTGGAGCAAAATGCTTACACCACCAGCCATCATGTGGA--TAAGAGCAGCTCAGACTATCACTCCAGTCCAGAGTACAGCCGCGAGCGCACAGACTCCATCTCAGAACGTGAAAGAATGATGAATCTGGAGAACCAGAGGAGGGCACAGGAGCGTGACCGATTACATGGAGGTGG 
s mm7.chr18      5214928 350 + 90918714 CTGGAGTCCAAAGCGGAAAGGATCGCAAGATACAAAGCAGAGAGGAGGCGGCAGCTGGCCGAAAAGTACGGGCTGACCTTGGACCCAGAAGCTGACTCTGAATACTTGTCTCGATATGCCAAGTCTCGGAAGGACCCAGATGTGACTGAGAGACGAGGAAAAAGTGACAAGCAAGAAGAACAGA-GCAAGGATGCCAATTCCCGGCACTCCAGGACAGAGTCAGGGCCCAGGACCAGCTTGG--TGGCGTCCCAGGACTGTACCCCGCTGGG-------AAGCAATATGTCTGACCAGGAGCAGCTGCTCAATGTGGAGAACCAGAGAAGAGTCCAAGATC---CCCCACTAGGAGAAGATGG 

a score=3657
s danRer3.chr12 20359436 108 + 37038836 AATGGTCCCTTCAGACAGATTCAGACGGAGACACCGTCTCTCCAATCAACTGGCCTTCCAGGTACCATACGTTTGGGATTACTGGGTGTGATTGACACCCTTCACTTT 
s mm7.chr18      5219965 103 + 90918714 AGTGGTTTCTGCAGAGAGATTCTGAAGGCGATACACCTTCACTTATCAACTGGCCTTCCAGG-----TACATCCAGGTTGGACGTGTGTGGCTGATGCTCCTCCCCCT 

a score=1785
s danRer3.chr12 20362525 110 + 37038836 CCGGTGACTATTGAACTCCATTTAATTCTAAGTAACCAACCCTTTTCTCTCCTTCTGAAGAATCAGAGTTAGAGAGCGACTGGCCCGCGATGAGCCATTTCACAGGGGTC 
s mm7.chr18      5221860  97 + 90918714 CCAGTGATTACTG---------CAACTCGCAACATAAATCCCATTTCT----TTCTTAAGAGTTAAAGTTAGAGAAAAATTGGTGAAAGAGGAGAGTGCTCGCAGCAGCC 

a score=-437
s danRer3.chr12 20362868 627 + 37038836 GAAGGTCTTCTGCGGAGCAGAAAGGCAGTTTTACCTTCTGAGATTCGAAGGAAGGAACGGAACACAGACGATTCATGCTCTGGAAGTGGTGAC---AACAGGGAGGTAAGCTCAGCTATTGCTGGGCACAGGAGCAGCGAGGGTGCTGCAAAT--GAC---------CCCAGAGGGTGGCATGGAAGTTGGGCAAGACGGGAAGTTTATACAGAGCACGTGTCTCGACTTCAGGCTGCAGAGTCTTTGCAGGCAAGAGCTCGAGAAGCTCATAGAAGGCCTGATGCTAGCTGCTGCGCCCCAATCCAGACCTCCAGTGCAAGACCAAATACAAATTCATCTAAACCCATGGATACTGGAAATACACAAAAAACTGTTCTCCCCATCCAGGAGCCGATCAGAGAGGCTGTCCAACAAGA-AAAAGTGCCAAATGGTGATCACCTGTCCCATGATGCCAGGGTTTCAGTAGCCCATCTCCGCCACACATACCTGCAAAGTGTTGCAAGTCC--CCGGAAAGCCGAACTGTAGGTGGTGGTACATTATCATCATCC-----ATAGACTACTAACCTGTC--TAACATGACGATTAACA---------TGCAGTTAATCAAATACTCATCTAATAGCTGTTTGGAGAGTGAAACGAAAGAGAAA 
s mm7.chr18      5222295 610 + 90918714 GAACCTCTGGAGAGGAGCCCCAAGTCACTTTTGACCTCAGAAGATGACAGGCTCGTGAGAGGCCACAAAGATCC---CTCTGGTAATAAAGACTTGGACAAGGCCATCATTTGCTCCATCGATG----TAGAATCTGAGAGGGAGCGGCAAGTTCAACACCTGCCCACTCAGAGAACTGGCCGGA-GTGAAATGCTCCTGTATGTTCAGAGTGGTCCTGTGTCCCAAG---ATGCCACATTGACCAGTCACACAAAGG---AGGCATCTCCAAAGAAGCGCAAGGTT--CTGGCCCGCTCTCTGTCAGATT----------------ACACAGGTCCCCCTCAGCTCCAGGTCCCCAGACACAAGGATGAAGC------CCCAAGCCAGGAGCTG----GAGCTGCAGAGTTCCAGGGCAGAAGGGCCTGGTGCAGAAGCCAGCGTGCTGGACACCAGAGTCTCCGTCGCCCAGCTCCG--AAACATATTTATGGAGTCAACCCGAGCCAGCAAGAAACCTGAACTGTAGGTGATG-----TTCCCAGCGTCCTTTTGATATGTCACTTGCACGCCCTTGGCA-GACAATTCACATCTCCACCTTGGTGTGTCCTGTAGGCTTAGCTCACAAGTGTGTGCAGGGCAGAGTGAACAGGAAA 

a score=4757
s danRer3.chr12 20363788 237 + 37038836 CTTTTTCTTTCATGCCTACTTGCCATTCTTCCTCGCTCAGTC--------GTACTTTGTGGCATAATAGGGCAGAAGAGCTGCCTGCAGTTACAGATGTACCCTGGAGAA----GCATGC-----GAGTCAGAGATCGGTCATCTCGTCGCCCTTTGCGATATATATGTCCCACTGAAAGTAGAAAGACATCTGAGAGGTTTAGAACACAGCCAATCACATCAACCGAGCGTGAGCAGTCGGACCGGTAGGCCT 
s mm7.chr18      5223126 249 + 90918714 ctctctctcccattcctcctt-ttattctccccctccctttccttGTATTGCACTCGATGCCTTGT--GGTCTTAAAAGCCAATCCCGGGTTGAGAGGTCAGCTGAAGGAATTGGCTTGCCCATGGAACGAGAGAGAGG--GTCTCGGAAACCAAGACGCTATCTTTCTCCTGGTGAAAGTAGAAAAACTTCTGAGCGATTTAGAACTCAACCTATAACCTCAGCAGAGCGAAAGGAGTCGGATAGGTAGGCAT 

a score=1472
s danRer3.chr12 20366878 453 + 37038836 GCTGCCTTTATCTTTTAATAAAAAGTGACTTTTTATTCATATTCTGCAAAGTTTAAACTATATCCTTGATATTTTTGCGTAAATCCTTAA--TTGTTTTGTGAGCAAATGGTTTAGCTTAAATTA-TAAGACTTTATGCACC-ATCATTCATGCTAAATGTGTAAAACACACACCGTGCAATATGCAACAATGGATTTTGCACTATTGTGGCTTTTAT--------AAGTTAAACCTGAATCATAGCATAGAAGCAAAAATCTGCTTG---CATAATCTTTCTGCTATGTGTTTAGCATTGTGCTGTCCTCTGAAAGTCATGGAGT-TTCAAAAAATATATGAAAAGGCTTC------TGACTCATTCTTTTTCTTCTATTCT--TTTTGT------GTTTTTCCAGTGGATGAAGAGAAACTAGATGAGAGAGCAAAGCTGAGCGTAGCTGCCAAGCGTTCCCTCTTCAGGGTATGTGCTGC 
s mm7.chr18      5224253 460 + 90918714 GCTGCCCTTAGCTTTGATTAAAATTAAGAGGTTTGTTCA-----------GTGAACAACATGGAACAGCTGTTTTGACTTAAAAAAAAAAAAGTGTTTTACGGGTGACCACTGCGCCATTCTTCAGCAAGGCGGTCTGCTCCTAGGACCCATTCTTAAATTCTCTTATACGGACTATTCAGTAAACATCACTG---TCTGGACAGTT-TGGTTTGAATTGCAATGGGAATTAGTACT-AGTCACTGAAGAGAAGGCATGGGCTCCTGGAGGTGAGACATCCCAATTATGATGTCAGT----TCCTCTCCTCCTGGATTCAAGGGATGTCCAGGTTAGTCTTGAAAATCCTTTCAGAGATGAGCAGTGCTTTCCATTGGAGTTCAGTTTTATCTCATGGCTTTTACAG---ATGAAGAAAAGGTGGATGAGCGGGCCAAGCTGAGCGTGGCTGCCAAGAGGCTGCTTTTCAGGGTAAGCTGTGC 

a score=4512
s danRer3.chr12 20368096 170 + 37038836 CATATGACGTTTTACTGTTTCTTA------GGAGCTTGAAAAGACTTCAGATGGTT---CCGTTTTAAAGACATGGAGTCGTAATCCTGCTGTTGAGCGGAGATTGAGGAGAGGTCAAGATCGATCCCGCACTCAGCCAGTCACCACAGAGGAAGTAGTTATTGCTGCTACGTAAGTTT 
s mm7.chr18      5225126 179 + 90918714 CATCTGATCTCACAATGTTTTCTAACTGCAGGAAATGGAGAAATCCTTTGATGAACACACTGTCCCAAAGAGACATTCGAGAAATGCAGCTGTGGAGCAGAGGCTGCGTCGCCTGCAGGACCGTTCACACACACAGCCCATCACCACGGAGGAAGTGGTCATTGCAGCTACGTGCGTCT 

a score=2362
s danRer3.chr12 20370361 258 + 37038836 CTAATCCTTTAATGCTGTGTTCCTCCTAATTGTCTTTCT---CTTCCTTTTCCTTCATATGGTGTACTGTATGTAGTTTTGAT-----------CTGTT--TTCTTCAGTTTTTTCCCTTTGTCTC------TGTTTCTTTGCCTCCTCCTCTGTGTGG-----------------------TTTAAAGTGCCCCTGGCCATTTGTCACAGTCCGTGACTTTACAAACCTCTATAACGCGCGTTCCTAGTCCCACTCTAGTCAGCACCTCTGTGACCAAACACAGGTACCCAGGACAAACATA 
s mm7.chr18      5226256 298 + 90918714 CCATTCCTTCCAT-CTGTGTCGCTTTCCAACGTTCTTTTGTGATTCATTTCCCCTCAAA--GTGTTTAGCAAATATTTTTGGTAAAATATTTGACTTTTGCCTCTCCAGATTTACAGCTCTGCCTTCTTTAATGCTTCTTTTCTTCTCTCTCCTCATGAATGCTCCTCCTTTGGCCATTGCTTTTAAAGTGAACCTATCCCTGCTTCGTGTTCTGGGGTCACCCACCCTGTAACGGCGAGACTTCCTAGCCCCACTGTAGCTAGAAGCAGTGTGCAGCCTGCCAGGTACT--GGACACACATA 

a score=3745
s danRer3.chr12 20373162 466 + 37038836 TCCTACAAGTGATTTTGTGTGTGTGTCCTACAGCTTGCAGGCTTCGTCTCAGCAAAGCTCCATGGTGAGAGAGCAGGCCAGAGAGGTTCGTCTGGCTCAGGAGGCAACGGAGACAGATCGAGCTCGCCACGCTTCTCCGGGGGAAGGCGGACACGAGGAGCCAGACCTTTCCACACTCACTCTAGCAGAAAAGATGGCACTTTTTAACCGCCTTGCCCAGCCGTCC-----AGCCATGGCT-CTAGGGCCAGAGGAGACACACGTGCACGGAGGAGTAACGCACGCTATCAGACTCAACCAATCACACTAGGAGAAGTCGAACAGGTACACATCATATCTTTAACTTTTTTTAACCATATTTAATTATGCA----------ATAGTG---------------------ATAATTGTATTTGTTTAGTAAATTTTTTGAAGTCTTGAAT-----TATTATCAGTCAAGCACATGAGTGTGTAGGGTTTGAGTGT-GTGCATACTTTTGGT 
s mm7.chr18      5228056 460 + 90918714 TCGTATGGTTGATTTCTCCTTCCTTGCTTCTAGGTTACAAGCATCTGCTCACCAAAAGGCTTTAGCCAGGGACCAGGCAAATGAGG--------------------------GCAGA--GAGTCTGCC--------------------GAACCAGGCGAACCTGATTCCTCCACTCTGAGCTTAGCAGAGAAATTGGCCTTGTTTAACAAATTGTCCCAGCCAGTCTCCAAAGCCATTTCCACCCGAAACAGAATAGATGTGCGGCAGAGGAGGATGAACGCAAGGTACCAGACGCAGCCGGTCACTCTTGGAGAAGTGGAGCAGgtgagtgt-gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtagggtatgtgtgtagtgtgtgagtgtggtatgtgttgtatatgtgtgtttgctttgtgtgtatgctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtagttatgtgtgtgtgtgtgtagggtatgtgtgtagtgtgtgagtgtggt 

a score=5728
s danRer3.chr12 20384486 168 + 37038836 TTCCAGGCTGGCTCTGCTGAAGAAGAGTGGAGAGGAAGACTGGAGGAACAGGATAAATAAAAAACAGGATGTGGTGAAGGTTGCTGTGTCTGAAAGACATGCCCAGCTATGGGAGGTGGAGCAGAGCTTCAAGAAGAAGGTAACCTCTGAACCTTG-AACTGTCTCACT 
s mm7.chr18      5239802 160 + 90918714 TTCCAGGCTGGCACTGTTAAAGAAGAGTGGCGAGGAAGACTGGAAGAACAGGCTGATTCGGAAGCAGGAATATGGCAAAGCCACTG-------GCGGCCTGCACA--CGCAGGAGGTGGAGCAGTCCCTGAAGAAAAAGGTACTGTGTCCACCTCACGAATGCCTCACT 

a score=2364
s danRer3.chr12 20387478 79 + 37038836 CCTGTTCATTTTACCCCTTTTTCTAGGATGATGGGATGATGATAGATGACTTTGCTGTGTCTGATCAACTCTGGGTAAG 
s mm7.chr18      5243277 74 + 90918714 CCTATTTATTTTAACC-----TGTAGGAAGAAGGAGGACTTACAGATGATAATGCCATTTCTAATGTGCTTTGGGTAAG 

a score=5861
s danRer3.chr12 20390707 174 + 37038836 CAACAGCTTGAGCGAGTAGAGATGTCTATTCAGGAACGCAAGCAGCTCATCACTTCACAAGAGGAGGCCTGGAAAGCCAAAGGTTACGGAGCAGCCAACGACTCCACTCAGTTTACAGTGGCTGGACGTATGGTCAAAAAAGGTAAATGATGGTGCACACATACAGATTTATAT 
s mm7.chr18      5248717 172 + 90918714 CAGAAAGTCGAGAGAGCC-AGATGACGATTGAAGAGAGGAAGCACCTCATCACTGTGCGCGAGGAAGCGTGGAAGACGAAGGGCAGAGGCGCTGCCAATGACTCCACACAGTTCACCGTGGCAGGAAGAATGGTGAAGAAAGGTCAG-GCCTGTGTGTGCATACATCTGTGCAT 

a score=4814
s danRer3.chr12 20392003 109 + 37038836 TCTTTTCTTCTGTAGAGATTGAAGTCAAACAGAACATGAAGCTGGAGTCAGATATGAAGTTAGAAAAGTTGGAAACATTCCTTGGTCGTTTGAATAGTAAAGGTGAGTG 
s mm7.chr18      5252622 109 + 90918714 TTTCTACTTGTTTAGATATTGAAGCCAGACCAGATATGCAGCTGGAATCAGACCTGAAGTTGGACAGACTGGAAACCTTCCTAAGGAGGCTAAATAACAAGGGTATGTG 

a score=6242
s danRer3.chr12 20393523 226 + 37038836 AGAGATTGAGATTGAGGTCTCTGACATTTACATTTTTTTCTTTTAGGTTGACTTCGGAAATGGTGCAGCACAAGCGGGCAGTTCGGCCTACCAGAAATGTTCAGTCATCTAAAAACCCGCTGAAAATGCTGGCTGTTCGGGAGGACATCAGACATGAGTACACGGAACAAAGACTGAACATCGGCCTTCTGGAGAGCAAGAGGATGAAACAGGAAAAGAGTGGGTG 
s mm7.chr18      5256670 224 + 90918714 AGAAAGTAAGGTGACATCCTGGGCCACTTCTACTTTG--CCTGCAGGTTGACATCTTCTGTGGCAGAGCATAAGCGCCAGGTCAGGCCCAAGCGCCGGGTCCAGGCTTCCAAGAACCCTCTCAAGCTGCTGGCAGCAAGAGACGACCTCCTTCAGGAATACACAGAGCAAAGGCTAAATGTGGCCTTCATGGAGTCCAAGCGGATGAAAGTGGAAAAGAGTGAGTG 

a score=7560
s danRer3.chr12 20395874 182 + 37038836 tctctctctctctctctTCCACAGTGAATAAGAACAGCGGTTTCTCTGAGGTTGCTCTCGCCGGATTGGCCAGTAAGGAGAACTTCAGCAGTGTGAGTCTGCGAAGTGTGAACGCCTCTGAACAAAGCTCCAACAACAGTGCCATGCCCTATAAAAAACTCATGCTCATTCAGGTCAAAGGT 
s mm7.chr18      5258749 181 + 90918714 TCCCTCCTGACCTCCCTTC-ACAGTGTCATCCAACTCCAACTTCTCAGAAGTGACTCTGGCAGGCCTGGCCAGTAGGGAGAACTTCAGCAACATCAACCTGAGGAGTGTCAATCTGATGGAGCAAAACTCCAACAACAGCGCGATGCCCTACAAGAAGCTCATGCTGTTGCAGATTAAAGGT 

a score=7481
s danRer3.chr12 20396751 169 + 37038836 AGGTCGCAGGCACGTTCAGACCAGACTGGTTGAGCCCAGAGCTTCCTCCTTGAACAGTGGCGACTGCTTCCTCCTGATCACACCACATCATTGCTTCATCTGGATTGGAGAATTCGCTAATGTTATTGAGAAGGCCAAAGTGAGTGTGTGAATCTCATGAATCTACTCC 
s mm7.chr18      5260463 169 + 90918714 AGGAAGAAGACATGTGCAGACAAGGCTGGTGGAGCCCCGAGCCTCATCACTCAACAGTGGGGACTGCTTCCTTCTGCTGTCTCCTCAGTACTGCTTCCTGTGGGTGGGAGAGTTCTCCAATGTCATCGAGAAAGCAAAGGTCAGTGTCTAAATGACAAGATGCTTCTAC 

a score=7999
s danRer3.chr12 20399357 167 + 37038836 CTTTTGTCTTGCAGGCTGCAGAGTTGGCCACGTTCGTTCAGACCAAGCATGACCTGGGATGCAGAGCCTCGTATGTTCAGACAATTGAGGAGGGTGCAAACACTCACACACACGCTGCCAAAGACTTTTGGAAGATTCTCGGTGGCCAAACCAGTTATCAGTGTAAG 
s mm7.chr18      5261085 167 + 90918714 CTATTCTTTTCCAGGCATCTGAACTTGCAACGTTAATTCAGACAAAGAGGGAGCTTGGTTGTAGAGCTACATACATCCAGACCATCGAAGAAGGAATTAACACACATACTCACGCAGCCAAAGACTTCTGGAAGCTCTTGGGTGGCCAGACCAGTTACCAGTGTAAG 

a score=5575
s danRer3.chr12 20399614 335 + 37038836 AGACATGCTGTACCCTACAGCCGCTGGCACTCCTGAACAAGATGAGTTTTATGAGAGTGCTGTTGTGGAAACCAACTGCATATACAGACTCATGGAGGATAAACTTGTTCCCCATGATGACTACTGGGGTCGAGTCCCTCGCTGCTCCATGCTGAACCCTAAAGAGGT--------------------ACTATAAAATACTACTTGGGTATTATTAGGATTGTCTGATACAATTTTGACTAACAAA---ATGTTTAATG-GGCAAGCTACAGTCTACAATTTTCCATGTTTAAAGCT-AGATAGCACTTTGTATATATAAT--ATTTTCAAGTGTTTTGACTTTTTTTGTATGATTTAAATA 
s mm7.chr18      5261343 355 + 90918714 TGTCCTGCCTTACCCCAAAGCTGCCGGAGACCCAAAGGAAGATGAGCTGTACGAGACAGCCATCATAGAGACGAACTGTGTCTACCGCCTGACAGATGACAAACTCGTTCCTGATGATGACTACTGGGGGAAGATTCCCAAGTGTTCCCTTCTGCAGTCCAAAGAGGTATCAGCTTCAAGGATCTAGAACTGCAGAGTTCTAACTGG-----ATCCATGCTATCAAGCACAGCACTTGCTAAAGGATACTTATTTACTGTTTCAAACCAC--TCCACTATCTATACCATACAAAGTTCAGATTATTCTTCATAAGTGGCATGGATTATTGAAGGACtttatattttacataaaatataaata 

a score=12377
s danRer3.chr12 20400832 215 + 37038836 TTTAAATCCTCTTTTCCTCCTTGTCTGACATCTAGGTGCTGGTATTTGATTTTGGTAGTGAGGTCTACGTATGGCATGGCAAGGAGGTAACGTTGGCACAGAGAAAAGTGGCATTTCAGCTGGCGAAGCACTTGTGGAATGGCACCTTTGACTACACCAACTGTGACATTAATCCTCTGGACCCTGGAGAGTGCAATGCTCTCATACCCAGGTAC 
s mm7.chr18      5263319 215 + 90918714 TTGAAGTTCATGCGTCATTTTTGTGCTGTTTCCAGGTCCTGGTGTTTGACTTTGGTAGTGAAGTTTACGTGTGGCATGGGAAGGAAGTCACGTTAGCACAACGGAAAATAGCATTCCAGCTGGCTAAGCACTTATGGAACGGAACCTTTGACTATGAGAACTGTGACATCAACCCCCTGGACCCCGGAGAGTGCAACCCGCTCATTCCCAGGTGC 

a score=5569
s danRer3.chr12 20403695 147 + 37038836 AGGAAAGGCCAGGGACGACCAGACTGGGCTGTGTTTGGCAGGTTAACTCAGCACAATGAAACTACTCTTTTTAAAGAGAAGTTTTTGGACTGGAGTGATTCCAAGAATTCTA---AGAAGAATGGTGACTCGCATGTTGAAAACAAGGTA 
s mm7.chr18      5264833 150 + 90918714 AGGAAAGGACAAGGACGGCCTGACTGGGCAATATTTGGAAGAGTTACGGAGCACAATGAGACTATTCTGTTCAAAGAGAAATTCCTTGACTGGACAGAGCTGAAGAGACCCACAGAGAAGAATTCTGGAGAAGTTGTCCAGCAGAAGGTA 

a score=10067
s danRer3.chr12 20404407 386 + 37038836 CTTTATTAAATTTTGTAGGAGCTTCGGAGTGGTGAATGTCGGCCCTATGATGCGTCTCTGATGCTATCGGCAGTACGGGCGCCAGTCAGGACCGTTCTGGATGGGGTGAACATTGGACGAGGATATGGATTAGTGGAAGGTGAAGAGGGACGTAATTTTGAGATCAGCACATTGTCTGTGGATGTCTGGCACATTTTAGAGTTTGACTACAGGTAGGGTGGGTCAGTTACTTAGTGAAGCTCCTACATAAATGGCGATTTATATACAAACACTGTCTCCTCTTTGCTTGTTCTAGTCGACTACCCAAACAGAGCATTGGTCAGTTTCATGAAGGTGACACATACGTGGTCAAATGGAAGTACATGATCAGCACAGCAGGTGAGTTG 
s mm7.chr18      5265346 300 + 90918714 CTCTATT---CTCTGTAGGATGACCCGAGGGCCGACGTCAAGCCTTATGATGTGACACGGATGGTGGCGACGCCCCAGATTACAGCTGGCACCATCTTAGATGGGGTGAACGTTGGCCGTGGCTATGGCCTGGTGGAAGGAGATGACAGAAGACAGTTTGAGATTGCCACTGTCTCTGTGGATGTGTGGCACATTCTGGAATTTGACTAC-----------------------------------------------------------------------------------AGCAGGCTCCCCAGGCAGAGCATCGGGCAGTTCCACGAGGGGGACGCCTATGTGGTCAAGTGGAAGTACATGGCAAGTACAGCAGGTCAGTGG 

a score=7077
s danRer3.chr12 20406319 207 + 37038836 TTACTCTCTGCTTTTTTGT-----GTGTGTAGTTGGCAA--GAGACTGCATTCAGAAAGAATCATCGGTCCAGGGAAGGAGAAATGTTGTTATTTCTTCTGGCAGGGTCGTAACTCTACGGTGAATGAAAAGGGAACGTCAGCACTGATGACTGTTGAGCTGGATGAGGAAAGAGGAGCTCAGGT--GCTTTATTGATTTGTTTTAAACTTAAAAC 
s mm7.chr18      5269477 210 + 90918714 TCACCCTCTGCCATTGTGTCTGCAGTGGGAAGCCGACAAAAGGGAGAGCACCTGGTGAGAGTGGCTGGC------AAAGAGAAGTGTGTCTATTTCTTCTGGCAAGGCCGGCACTCGACCGTGAGTGAGAAGGGAACGTCAGCTCTCATGACAGTAGAACTGGATGAAGAGAGGGGGGCCCAGGTAAGCTCTGGGGAGCCATTGCAGACCCCAACC 

a score=5729
s danRer3.chr12 20407340 150 + 37038836 AGGTCCAGGTACAGCAAGGAAAGGAGCCTCCTTGTTTCCTACAATGCTTCAATGGAGGAATGATTGTTCATGCTGGAAAAAGAGAAGAGGAGGAAGACAATACACAAAGT-AATCACTTTTACTGACTTTACCTACATTTCTCACTTTTTT 
s mm7.chr18      5271691 151 + 90918714 AGGTCCAGGTCCTGCAGGGAAAGGAGCCACCCTGCTTCCTTCAGTGTTTCCAAGGGGGTATGGTGGTGCACTCCGGACGGAGGGAAGAGGAAGAAGAAAATGTGCAAAGTGAGTGACTTTCTAGTGCTACAAGTCCCTGTTTGTCTCTTTT 

a score=9834
s danRer3.chr12 20407597 217 + 37038836 CAGACGACTGGCGATTGTACTGTGTGAGAGGAGAGAAACCCATAGAGGGCCATCTGCTGGAGGCAGTGTGTCACTGCAGCAGCTTGCGATCCCGGACCTCTATGATCCTCCTGAACATCCCCAAAGCCAGCCTATACCTGTGGCATGGCTGCAAGGCACAAGTGCACACACGTGACGTGGGCCGTACCACTGCAAACAAAATCAAAGAGCAGTGAGT 
s mm7.chr18      5272588 217 + 90918714 CAGGTGAATGGAGACTGTATTGTGTGCGAGGAGAGGTGCCCATGGAAGGGAACTTGCTAGAAGTGGCCTGTCATTGCAGCAGTCTGAGGTCCAGGACTTCCATGGTCGTTCTGAATATAAACAAGGCCCTCATCTACTTGTGGCATGGATGCAAAGCTCAAGGTCATACGAAGGAGGTTGGAAGGACTGCAGCAAATAAGATCAAGGAAGAGTGAGT 

a score=7853
s danRer3.chr12 20407890 141 + 37038836 CAGGTGTCCTCTGGAGGCAGGGCTTCACAGCAGCAGTAAAGTGTCCATCCAGGAGTGTGATGAGGGAGCTGAACCACAGGGCTTCTGGGAGGCTTTGGGCAAAAGAGATCGAAAAGCGTACGACTGCATGCTGCAGGGTGA 
s mm7.chr18      5274499 141 + 90918714 CAGATGTCCCCTGGAAGCAGGTTTGCACAGCAGCAGCAACGTGACAATACATGAGTGTGACGAAGGATCCGAGCCCCTGGGATTCTGGGACGCTCTGGGGAGGAGGGACAGAAAGGCCTATGACTGCATGCTTCAAGGTAA 

a score=6006
s danRer3.chr12 20411756 231 + 37038836 TTTTGTGAATAGTCTAAAGTCTTCTGTTTCAGTCTA-----AAATCCCTACAT------TCATGAGTTTTGTC-----TTGTGTATCAGATCCAGGAAAGTTCAACTTCACTCCTCGGCTTTTCCAGTTAAGCAGTGCCTCGGGAGAGTTTGCAGCAGTGGAGTTTGTATATCCATCCAGAGAACCAAATTTGGTTAACTCGATGCCTTTCCTCCAGGAGGATTTGTATACAGCTACTCAGCCAGGT 
s mm7.chr18      5280370 246 + 90918714 TTCTTTGAGTTGTTTCATGTTTTAC-CTTCAGTCCATCTGGAAGTTGGTCCATATGGTGTCCTTAGCTTTGTTCTCTTTTCTTTGGAAGATCCTGGAAGTTTTAACTTCGCGCCCCGCCTGTTCATCCTCAGCAGCTCCTCCGGAGACTTCTCTGCGACAGAGTTTGTGTACCCCGCACAAGCGCCCTCTGCCGTCAGCTCCATGCCTTTCCTGCAGGAGGACCTGTACAGCGCGCCGCAGCCAGGT 

a score=6822
s danRer3.chr12 20412185 174 + 37038836 CTTCTTCTGTTTGATTTGTCTTTTAGCCCTGTTTTTGGTGGATAATCATCATGAAGTTTACCTGTGGCAGGGCTGGTGGCCTCAGGACAGTGAAAGCACAGGCTCAGCTCGCATACGGTGGGACTCTGACAGGAAGTGTGCAATGGAAACTGTGCTCCAATATAGCAAAGGTGA 
s mm7.chr18      5281882 171 + 90918714 CTCATTCTGCTC---TTACCTCACAGCTCTCTTCCTTGTTGACAACCATCACGAGGTGTACCTCTGGCAAGGCTGGTGGCCCACTGAAAACAAGATAACCGGCTCTGCCCGCATTCGCTGGGCCTCAGACCGGAAGAGTGCCATGGAGACGGTCCTGCAGTACTGCCGAGGTAA 

a score=8535
s danRer3.chr12 20413901 141 + 37038836 CTTTGTTTTTTTAGAAAAAAATGAGAAAAAGACACCA---AAATCCTACCTGATCCATGCAGGACTGGAGCCTCTTACATTCACCAACATGTTTCCCAGCTGGGAACACAGAGAGGACATCGCTGAAATCACAGAGAAGGTGAG 
s mm7.chr18      5282886 144 + 90918714 CTGTGTTCCCACAGGAAAGAATCTCAAAAGGCCACCCCCCAAGTCTTACCTTATTCATGCTGGGCTAGAGCCCCTGACATTCACCAACATGTTTCCCAGCTGGGAACACAGAGAAGACATTGCTGAAATCACAGAAATGGTGAG 

a score=7130
s danRer3.chr12 20414126 220 + 37038836 GTGTCCTCAAGTTAGACACTAATTCTCTTTTCTGAAATCTTTTTTGTCTGACTTTACAGGAGGCCGAAGTATGTCATCAGATCATTCTTGTTGAAGATGTCTTGAGCCGACTCTGCAAGACCACTTACCCACTGGCTGAACTAAAAGCACGTCCCTTACCGGAAGGTGTCGACCCTCTACGTCTTGAAACCTACTTATCAGATGAGGACTTTGAGGTGAG 
s mm7.chr18      5283973 215 + 90918714 GTGTGCTCCAGC--GATAGCACTTGTCTGCTC--AAATGTACTCTG-CTCCGTCTCCAGGATACTGAAGTTTCCAACCAGATCACCTTGGTGGAAGATGTATTAGCCAAGCTCTGTAAAACCATCTATCCACTGGCAGATCTGCTTGCCAGGCCACTCCCAGAGGGGGTCGACCCTCTAAAGCTTGAGATTTATCTCACAGATGAAGACTTTGAGGTGAG 

a score=800
s danRer3.chr12 20421034 408 + 37038836 GCTTTGGAGATGACGAGAAGTGAATATGAGGCACTGCCTGGATGGAAGCAAGTGAATGTGAAGAAAGCCAAAGGATTGTTTTAAAGGAACTCCAGGAATCTGAAAGAGAAAATGCTCTCATTCCTTTTGAACCAGAACAGACAAACGCAAGTAAA--AATATCAACCTGTGTCAAATCACACGGGGAGCTGAAAAGAAGCTGGAGGAAGAA-----AAAAGAACACAGATTG-GCAGGGGTTTACCAGCCTCT---TGT-----AGCACATTTCTGTCTTGTTTTCTTCTTCCTTTTTTGT--------------ATTTTTTTGTTTGTTTGTTGATCAGTGAATTAGAGATTTGTTTTCTGAATG--TGTTG-AGTGCTCCCCAGCTTGTTTTGCTC-------CCATTTTCATAGATCTGCGTTTCTCCACATACTGTATCACCGT 
s mm7.chr18      5284276 421 + 90918714 GCACTCGACATGTCCAGAGATGAATTCAATGCACTGCCCACCTGGAAGCAAGTGAACCTGAAGAAGTCAAAGGGCCTATTCTGAGGGTGAGATGACAGGGCCACAGAGAAGTCGCTGCCGCTAGACCCGAAAATGAATGGAGATACATATTTGGACTAGTAGTTTTTTCTGTCAAAGAA-----------GAAAGTATTTTTGAATCAGAGTTTTTCAAAACCTACAGCTTGTTCTAGAGTTGAGCATTCTGTAAATGTATAAGAGAACTCTTCTG-ATTGTTCTTTTCCACAGTTCAGGTGAACTGAAAAGAAAAGTGTCTTTTCCGTTCCCC----------TCAGCCAAGTGCTGCCTCAGTGGCCGCTGCAGCCCTACCCTTCTGGTCTGGCTCAGCACTGCCTTTTTTAAA-----GCAATTCTCTTTATAAAGTGTTATTTT 

a score=-278
s danRer3.chr12 20421473 424 + 37038836 CTGGCCATCTTGATATTAACACCCATGAA------ATAACTCCAATAAA--AATGCCTTTTAGTGATTATGTGAATGT--------------AAGAAAGCTCAACGGAGCACTTTATGTAAGTATGTTCAAACCTGCT----------------CTCATGAATGGCCTAAAGATTATTTTAACCTTCCAGCTAGATGCTTGAACTTGAACCCTATGCGTGTGTGTACGTGAGAGAGTGTTTGTGAATATATACGGCGCGTGAGTCTCTTCGAACAGGATTGAATGAAACTGTGGAAAAAGAGAAAATCTCCTTCTTTTCTGCATTGTATAGTGCCTTGCCTTCATGTACAGTTTATATAAAGACAGATGCAAGTCTGCATTTTGAAGACATATTTGTGATAATA--------ATAAATATTGGTGCAAATAAACA---CTGAAT-----------AATGTAGATATTAGTATTTTTGTCTTGTG 
s mm7.chr18      5284722 458 + 90918714 atatatatatttatataaacacatataAATCAAGTATGTATTTAACAAAGCAATATGTATTCATTCACTTGCAACTGTTTTCTTTGGTGTCAAAACAATATTAGAGGACTGTGTTGCTTCTGTTGAGTTAAGCCTACCACCAGTCTGTCCCGTGCTCAGGAGTGCC--------TCCTTCAGCCTTAGGTCTG---GCTTGTGCTAAGTTCTGCTTCCGGTGCTAAAGCAAACAAAGACTT-----TGTATTCTTAGTGTGAACTCTGAAGAATCTATTTGAATCAACCTTTCTACC---TTAATATCTCCCCC----CAGAAATGTATAGTGCCTTG--TTTATGTACAGTTTATATACAGAAAAGTTTGC-TCTGCTTTTTTGATGCTGGTTTGGAATATTATCTACAGCTTTATTCTCAGTAGAAATAAAAACATCTCAATTTCTCATACCCATTGTAAACATTACACATGTCATTTTGTG 

a score=5455
s danRer3.chr12 20439398 171 +  37038836 CCACCTGGTGCTGCATCAGTGTTGAG---TTGA-GTGCAGGTGAGTAGAGATCCAGTATCTGGACTGCAGGTGCTCCACAAACTCAGCAGCAGCAGCAGGGCTTCCAAAAGTACTGCTCTCCACTTCCTGTCTGAGGAACTTCTTCCTGCGCACAAGAGCATTTGTGTTGctgta 
s mm7.chr9      24604875 172 - 123828236 CTACCTGATGCTGCATCAGGGCTGCGAACTTGACATGCAGGTGCGCGGAGAACCAGTACGCAGGCTGTAGGTGCTCCAGCAGCT---CCGAGGCAGCGGGGCTCCCCAGGGTGCTGTTTTCCACTTCTTGGCGGAAAAAAGATTTGGTCTTAAGAAGCTGCTTCTTATTGCCATA 

a score=5331
s danRer3.chr12 20455366 226 +  37038836 CCACCTGGTGCTGCATCAGTGTTGAG---TTGA-GTGCAGGTGAGTAGAGATCCAGTATCTGGACTGCAGGTGCTCCACAAACTCAGCAGCAGCAGCAGGGCTTCCAAAAGTACTGCTCTCCACTTCCTGTCTGAGGAACTTCTTCCTGCGCACAAGAGCATTTGTGTTGCTGTAGAATTCTATTTTCaactattttgggagtatcataactaaaaccttaatatgtgta 
s mm7.chr9      24604875 216 - 123828236 CTACCTGATGCTGCATCAGGGCTGCGAACTTGACATGCAGGTGCGCGGAGAACCAGTACGCAGGCTGTAGGTGCTCCAGCAGCT---CCGAGGCAGCGGGGCTCCCCAGGGTGCTGTTTTCCACTTCTTGGCGGAAAAAAGATTTGGTCTTAAGAAGCTGCTTCTTATTGCCATAATGATATATAT-------TTCTTGGCCAATCA----TGAGACAAGAATATATGTA 

a score=5455
s danRer3.chr12 20471352 171 +  37038836 CCACCTGGTGCTGCATCAGTGTTGAG---TTGA-GTGCAGGTGAGTAGAGATCCAGTATCTGGACTGCAGGTGCTCCACAAACTCAGCAGCAGCAGCAGGGCTTCCAAAAGTACTGCTCTCCACTTCCTGTCTGAGGAACTTCTTCCTGCGCACAAGAGCATTTGTGTTGctgta 
s mm7.chr9      24604875 172 - 123828236 CTACCTGATGCTGCATCAGGGCTGCGAACTTGACATGCAGGTGCGCGGAGAACCAGTACGCAGGCTGTAGGTGCTCCAGCAGCT---CCGAGGCAGCGGGGCTCCCCAGGGTGCTGTTTTCCACTTCTTGGCGGAAAAAAGATTTGGTCTTAAGAAGCTGCTTCTTATTGCCATA 

a score=2567
s danRer3.chr12  20490342 600 +  37038836 ttacctactgacgggctct----ggcttttacgggacaatgagccacgatgtgatttgcactagcgcagtacaaacacagtccctcgctgcggcgtctgtgcttctcctccagcgacagcctagagcggcccatctgcatgggttcaggttccgAGAGGGGCGTGTCCACT-GGACCCGGAAAAACAGTAGTAGCCGGAAGAGGGGAGTTCTCCAAGGCGTGTGTGTGTCGCGTGTGTCTCTCACGAAGCCGAAGACGAGAATCCACGCGGATGGCTAAATCAATGAGTCCATCCAGGGTTTTGGGAAGATCCAAAGCAAAGATCTCGTCTTTTATACAGTCTG---CTAGCCCGTGGAGAAAGACGTCCCACTGTGCCTGAGCGTTCCACTCACTCTCCGCCGCCAGGGTGCGGAACTCAATAGAGTAGTCAGCAACACTCCGTTGCCCCTGCTGCAACTCCGTGAGCATCCG---GGCCGCCTCTCTGCCCGCCGCGGCTCGATCAAAAACCTTTTTCAGTTCCTCCGAAAAGGCTTTAAATGTTGAACAACATGGGAGTTTCTTCTCCCA-CACAGCTGTTCCCCAAAGCGCCGCTCTTCCAGTGAGAA 
s mm7.chr6      144938616 577 - 149646834 TTTCCCGGCGGCGAATTCTTGGAGGCTTTCGCTGGACACGTGTCGGCGAAATGGCCTCCATTGCCACAGTAGAGACACAAATTCATTTTGCGGCGTCTCTCCTTTTCTTCCTTGGACAGGCGCATGCGGGCACCTCCCACAGGCTCGG----TGGGATCGGTCTGGCTGTTTGGAGGCATCACCAAGGCTCTGGGTGAAGGATCGGGCTTTGCAGCAGCGT-CACGAGCCAGCCTTCTCTC-------------GATGTGAATACAGGCAG----------TAATCAGAGCAGCCAGGGTCTTGGGGGCCTCCTGGCGAGACAGCTCTGCGCGAAT---GTCTGGGTTGAGACCTTCCTGGAACTGATCCATCAGGGCAGGCTCAGTCCAATCCAGGTCCTGGGCAATCATCTGGAATGCATTGGAGTAGTCCACAACAGGCCCAGGGCCCTGGCGCAGACGTCTGATCTTGCGTTTGGCAGCTTCACGTCTCTGAGGGTCT---TCAAAGACATGCTTCAGCTCCATCATAAAGGCAGTGTA-GTTGTGCATCAGGTAAGTACATCTTTGCAGCTTGGCAGTAGCCCAGCGGGCGGCACGGCCGATCAGCA 

a score=5331
s danRer3.chr12 20493705 226 +  37038836 CCACCTGGTGCTGCATCAGTGTTGAG---TTGA-GTGCAGGTGAGTAGAGATCCAGTATCTGGACTGCAGGTGCTCCACAAACTCAGCAGCAGCAGCAGGGCTTCCAAAAGTACTGCTCTCCACTTCCTGTCTGAGGAACTTCTTCCTGCGCACAAGAGCATTTGTGTTGCTGTAGAATTCTATTTTCaactattttgggagtatcataactaaaaccttaatatgtgta 
s mm7.chr9      24604875 216 - 123828236 CTACCTGATGCTGCATCAGGGCTGCGAACTTGACATGCAGGTGCGCGGAGAACCAGTACGCAGGCTGTAGGTGCTCCAGCAGCT---CCGAGGCAGCGGGGCTCCCCAGGGTGCTGTTTTCCACTTCTTGGCGGAAAAAAGATTTGGTCTTAAGAAGCTGCTTCTTATTGCCATAATGATATATAT-------TTCTTGGCCAATCA----TGAGACAAGAATATATGTA 

a score=9331
s danRer3.chr12 20502329 173 +  37038836 TTTGTCCCCCAGAAAGAGATCGTCTACAACAAACTTCTCCCGTACGCAGATCAACTAGACCGCGAATCCAATGACATTTTGGCCCAGATTAAAGGCAACTTGGGTCGGGCTGTCCAGCTCCGTGAGTTATGGCCCGGAGTTTTATTTTGGACACGGAAACTCTCCACGTAAGT 
s mm7.chr11     30724063 173 + 122091587 TTCGTCCCGCAGAAGGAGATCGTGTACAACAAGCTTCTGCCCTATGCCGAGCGGCTGGACGCCGAGTCCGACTTGCAGCTGGCACAGATCAAGAGCAACCTGGGCCGGGCCGTGCAGCTCCAAGAGCTGTGGCCCGGGGGCCTCTTCTGGACGCGGAAACTCTCCACGTAAGT 

a score=1689
s danRer3.chr12 20502961 134 +  37038836 ATGGTACTAGTCAGTCATATTGAATAACAGACACTTGCATTGTGGGCTTTATTTGTGGCTAGTTTATTTTAAGATATCTTTTATATGTACTGTGTTTTATGATTCATAATTTTATAACATGTATAAATATGAAG 
s mm7.chr11     30732202 128 + 122091587 ATAGTTCAAGAGAGAACTAACTAGAAAAGAATAGTAGTATTAAGGCCAATTTTGCTGAGTAGTATATTGGAAGCTGTCTTTTAGAACCAGTTTGTTTAATGTGACCCAATTTTAT------TGTTAGTTTGAAG 

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s mm7.chr11     30739310 146 + 122091587 GGTCTTTCTGGAAGTTAGAAAATTTGAGAAGTAGGCATAAGTTTAATTCTATTTTAG---------GCCTTGGGAGTAATAATtctctctctctctctctttctctctctctctctctct--------ctctctctTTT-------AATGTAAGTATTTTAAGTCTACCA 

a score=6103
s danRer3.chr12 20508387 1292 +  37038836 ACTATTAAAACTG--AAATGGTCAAATTTAAGTCTGGACCATTACA-----------CTAAATTTCCAGAGCATTATTTATCTT-TTTTGCAAAAACTATTTGAGTGATTGAAATAAACTTTGCCTTTAATGTCT---------TCTGTGTATGTAAAAT---CCATTT---------TGCAACATTTA-TTAGATGATCTGTAAA---------------CTGTTTGTCATGTTTCTCTCTAATTGCTGTGATATTTTTCACCTTTAAAGGTACCTTCGGCTGTACGGGAGGAAGTTCAGCAAGGAGGACCATGTGCTCTTTATCAAGCTGCTGTACGAGCTGGTCACCATCCCCAAGCTGGAGATCAGCATGATGCAGAGCTTTGCACGACTCCTCGTCAACTTGCTGAAGTAAGCAAAAGTCTGACATCAACAATCACCAGACCACTGTCAAATATTTGAGAACGGCACAGCTGATTTGTTGTCGGTCATTTACAGTTTTTATTTATATTATTTACTTGTgtaacactttaaaataatggtccattagttaattttagatcatgtatttaataacttgaacaaagtgatacatttattatg----gtatttattcatgtttgtt-aactttagttaatgttagg---ttaaataacgttagttcatgttaactcacagtgtattaacttatgttaacaagctcaactttggattttaataatgagtaggtaatgttcaactatgattaataaatgctttacaATTGAACGAGGTAAAGTCATTTTTTAATGATTGAATAATACATT---ATTTTTATTGTTAGGGCACATTTCCACCAAAGTGTTTTTGTTCAGGTGAAAATGCCAGCATTCTTCTA-----AAAAATCTAAGCTGTGAGCACTTCTT------------AAACTTTCAAGGCTGGTTTACACCAAGCT-GATGCCCAAAAAACTCGCACCTACGAATCCCACCTGTGTTGTCGATGGCTTGTGTCCTAACCCTGAATAGtaaaaataaaataaataaaaaaaaaaCGCAGATCGATCAGCTTATATTAGCGCCTTGCTATGCTTCATGCCATATTTAAAACACTTCCTTTGCCAACAACAGAAAAAAAAAACGATTCAAGGGAGAAAACACTGAGCT--------ATTGTTGtttttata----ataaaattagatttttttaaattttttttttacgttttttaacttttatataatacacttttttttatttaCAGGAAAAAGGAACTGCTGTCCCGGGATGACTTGGAGTTGCCTTGGAGACCTTTATACGATCTCTATGAGAGTATCCTGTACTCCAAAACCGAGCATCTTGGTCTTAACTGGTTCCCAAAGTAGG 
s mm7.chr11     30742833 1216 + 122091587 actaccatgtctggcAGGTTGTCCATGTTATATATAGCACATTACAGGATTTTCtttataaatttttaca--cttatttatttgatttttttaaaataGGCTGAGCACAATGGATGGATTTTATCgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTTCCCATTTATTATACCATGGAACATCAGCTTAGTTAGTATGGACAACATAGTAAGGAACACGATTGAATAGATTAATTTTTAACAGCTTTG-----TTTTCCTTTTGCAGTTATATCCGACTTTATGGGAGAAAATTTAGCAAAGAAGATCATGTTCTTTTTATTAAGTTACTGTATGAGCTGGTATCAATTCCAAAACTAGAAATCAGCATGATGCAGGGATTTGCCCGTCTCTTGATCAACTTGTTAAAGTAAGT---------------------------CTATTTTCTGTTATTCCTGGA----------GAGATTTTGTTTTTTTTTTA-AGTGTTAGTGAATGAGAATCAGTTTTG---------AGAATAGTTTCCCATAGTTTAACTGTATGTTTTG-ATTTAAAAATTT--------------ATTTTCTCTGTGAAGCTTTTAGTTGTACATGTTCAATTATAGGTG--GTTAGGTTTTTATATATGCTTATTGTTTGCT---CCATGGGGTATAAACT----------------ATTCTTGTACCCAGCAAAGGGTAGAAACTACACA--TATGGTGTACCAAAACAGGAAACTTGAGCGCCAGAGAGATAACATTTAGTGCTCTAGCAAAGGAcccagaatccacatgccagatcacagtt--atccataattccatgtctaggct--atcccttgccttctttgattgttgagagtaccaggtgtgcatagtgtgtacatacacacacacacaggcaaaactctcacacacagaaataaaTCCTCAAAAAATGTAAAAGTATGAAATTCCTCTCCAGTAATGGTGGCACAAGTTTAAATGCTTTTT--------TAAATTAATTG----------------TGCTTGGTGTTGAGAAGCACAAGTTTTTCCTTAGTG--------------CTCATTCTACCAGTGACAGGCAAAACACCC---------------ACACTGTGATTACCTGTCCTCTTTGTGTATATACTCGGTAACCATGCATCTGTATAAATGT-------------------TTGCATATATTTCTTTTCTTTTTTTAATTAGAAAAAAGGAACTTCTTTCAAGAGATGATTTAGAGTTACCTTGGAGACCACTTTATGACTTGGTAGAAAGAATATTATATTCCAAGACAGAGCACCTGAGATTAAATTCATTTCCTAAGTAAG 

a score=2902
s danRer3.chr12 20517538 130 +  37038836 ATCTTTTTGCTTCAGCCTG-AGATGCGCCTGCGCT-TTCACATTAACACACATGATTTTTC--TCTGTCTCTCTCCCCTTCAGCTCCGTGGAGAACGTGTTGAAGACGCTAGTCAAAAGCTGCAGAGTGTAAGT 
s mm7.chr11     30754736 134 + 122091587 ATCTTTGAGGTACAGGTTATAGAATTAACTGTGTTCTTTAAATACACCAATGTAATTTATCAACTGGCTTTTTTCTCCTCTAGTTCTATAGAAAATGTTCTCAAAACACTGGTGAAAAGCTGCCGACCGTAAGT 

a score=5900
s danRer3.chr12 20517989 242 +  37038836 TAGATATTTTCCTGAATCGGCCACACAGGAGATGCTGGATGAGTGGCGACCATTACTATGTCCGTTTGATGTCACTATGCAGAAGGCCATTGGCTACTTTGAGCTCTTCTTGCCCACCATTATGCCCCCTGAACAGCACGACAAAGGCTTCAAGTA----TGTACAACTAGCA---------GTGAAATAAGTGTTGCACTC---------AAATGAGAAATGGCTCGATAGTGATTa----aaggatagttca--ctccaaaactaaaa 
s mm7.chr11     30756292 270 + 122091587 TAGATACTTTCCAGCAGATTCAACAGCAGAAATGTTAGAAGAATGGCGGCCTTTAATGTGTCCTTTTGATGTAACAATGCAAAAGGCCATCAGTTATTTTGAAATATTTCTTCCTACCTCCCTTCCTCCAGAACTGCATCATaaaggttttaagtaagtgtgcatatttgacatgctctaggatacagcaagaataccaatAACTAGCAAGAAACTAAAAATGGGCACACATTGATTCTTTTTATTATAGTTCAAGTGTGAAAGCTAAAA 

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s danRer3.chr12 20518260 401 +  37038836 gctccttttataagtttcat--atttttttgttgaacactaaagaagatattttgaagaaagctgaaaaccactgacttccattgtaggaaaa--------acaaataccat--ggaagtcaatagttacaggtttt--------caacatctttca---------aatatattcttttgtgtttaacagaata---tagagaggtttgaatcaagtaaagggtgagtaaatgatgacagaattttcatttttgggtgaactatcactttaaGTGCAAGCAACAAGTGTGAGTCGGGTTAATAGA----------------------GGATTTG-------------------------------------TATGTGTGTTTTAGGTTATGGTTTGATGAAATGATGAATCTCTGGGTCTCAGTGCAAAACCTGCCTGCTTGGGAGGGTGTAAGTACATCTCATTTGTCAGTTCATTTGTTAAGTGCTAAAT 
s mm7.chr11     30756593 477 + 122091587 GCTTATATGACAAGCCCAATGAAATGATAGTTTTAAGATATCAGAAGAGA----AAAGAAATAGAACAACCA-TAACGGAAAATGTCAGAAAAGGAGAAAGGCAAAGGATATAAGGGAGCAAGTTGTTACAGTTGTTAAGAGTGACAATATGTAACAATTAAGAACAGTAAATGAGATTACATTTAATAGCACAAATAAGAAAGGGAACACTCAAACAAAAAGTAGTCCTTTGTTCCAATAAGTTTGAACTTTTAGT--ATTATTTCTTCTAGGTTGTGTAGT---TATCAGTAAGACTAATAGATTTAGAAGTACAAAAACTACCTGGCTTTGAACCGCTTTCTGTAATCACTTGCTATTCATAACAGCATTTTTCTTCTTCAGACTTTGGTTTGATGAATTAATTGGCCTTTGGGTTTCAGTGCAAAATCTCCCACAGTGGGAGGGGGTAAGT--ATTCTATTTTT---TTCCCTTCTTTAATTTTAAAT 

a score=3640
s danRer3.chr12 20518679 326 +  37038836 TTTCTGTGCTCTCGTTTGATCTTGCAGAATCTAGTGAATCTCTTTGCACGCCTGGCTAATGACAACATTGGTTATGTGAACTGGGATCCATATATTCCCAAGGTACTGTCCTGCTGCTGTGAGAGTTTTGACCCTCTGAATGCATTCAATCTCTGTATACTTTTGCATTCTT-----------ATTATGTTTAAACTC--ATTAC---TTTTTCAATTATTTTGAAATGATAAAAAAGGCCTTCTATTCTGTGAATATTTTAACCGTAATCGTTCTGCATTTATTCTTTTTATTAATAA----ATTATGGATTAATTTCTTTCAG----------GTATCAAATTACTTATGATtg 
s mm7.chr11     30758235 317 + 122091587 TTATTTTGTTTTTGTTTA--CTTTCAGCAATTAGTAAATCTCTTTGCTCGATTGGCTACAGATAATATAGGATACATAGATTGGGATCCATATGTACCGAAGGTAA--------------------TTAGAACATTTGTGTGTATCATAGTCCTGATAAC--TAGCATTATTTGGTAAAGGGGATTTTTTTTAAACTCTAATGTCAGATGTTATACATGTCTTGCATTGAAGAACATGAAGTATAATTTTGAGAGTA----------AATAATTTAGAAAGTAGTAAATAAATCATTAGGACTATCATGAGTTCATTCCTTTCAAAGAGTTGTCTGTATTAAATT-----TGATTG 

a score=5147
s danRer3.chr12 20520207 244 +  37038836 TTGATTCTGATATTT--TCTGTCTTGCTTCA---GATCTTCACCAGAATCCTGCGTAGCTTTAATCTGCCAGTTGGCACCAGCCAGATGGTAGTTCCTAGATACTTGACTAACTCCTACGACATTGGTCATGTGGTACTTTGGATTTCCTCCATGCTGGTAAGTTTCATGAGTCACATATCTATAAAAAGGCTAATTAATAAAAGGTTTGTTTA--------TTCACAGATCATTTTTATAGTGTTGCTTATGGCTT 
s mm7.chr11     30759673 249 + 122091587 TTTATTCCTATATTTATTTTGTTTTGCCTTAAAAGATATTTACAAGAATTCTGAGAAGCCTGAACCTCCCAGTGGGAAGCAGTCAAGTTTTAGTCCCAAGATTTTTAACAAATGCTTATGATATAGGACATGCTGTAATATGGATCACCGCAATGATGGT--TTGTAGTTAATTATGTGTTTCATAAAATAC------ACCTAAGTTTTCTTTAACCTTTTGGTCCAAGCTCATGTTAATAGCTTGGTTGGTCACTT 

a score=3527
s danRer3.chr12 20520455 208 +  37038836 CAGGGTGGCCCTCAGAACCAGTCCCAAAAGCAGCTTAATGGGCTCTTCAGTAGTATAGCATCCTTCTATCACCCCTCAAACAACGGACGCTGGCTGGTAAG-ATGTTC----TCTATTTTAGGCTAAACAACAAGAACAATATGATGCAAAAGGAAATCTCGTCCTCCCACGTTCTAGAGCTGCCTACCTGCGCTGTGTTGTCATCTGAGCTT 
s mm7.chr11     30761838 199 + 122091587 CAGGGTGGACCAAGTAAATTAGTACAAAAACATTTAGCTGGTTTGTTTAACAGCATCACATCATTTTATCATCCTTCAAATAATGGGCGTTGGCTGGTAAGTATGTTCAGTTTCTGTTATAGTATTTGAAGAAATAAAGATAT------------AATTTAGCTATTGTTTATCTTAGAACGG--TAATATTTCTTATCTGTCATGTAAGCTT 

a score=1402
s danRer3.chr12 20520766 146 +  37038836 ACATGCATAATTTTCACACTCTAATGATACTAAGTGCCATAAA-------CTACAATTCGGATGGTTTTTAAAGTTAATTATTTAACTCTGCATTTTTTTCTTTAAAACAAACTTATTTGGGATCATTGATATCAAAAGAAAGCATAACTAAT 
s mm7.chr11     30762142 146 + 122091587 ACATGGCTATTACTGACAA---AATAATAAATAATGCCACAAAAGCATAGCCACATCACGCCAGTTTTATTTTGTCGATATTTTAGCTTTGTTTTGTCTTTT----AATTGACTGATTAAGTATCTTTTAAAAAAAAAGAAATAATGGAAAAT 

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s danRer3.chr12 20523536 293 +  37038836 TATTGCTTCTATTTTGTCACAGATGAAACTGATGAAGCTCCTTCAGCGTCTTCCTGCCAGTATAGTTCGACGACTGCATCGGGAGCGTTATAAGAAACCCTGCTGGATCACCCCTGTTCCCAGCACTCACAAACTCACAGACCAGGACGTGACCGACTTTGTGGAGAGCATGAAGCAGCCGGTGCTGATGGCCATGTTCAGCAAGACGGGCAGCATGGATGCAGCTCAGGCCCTGCAGAACCTGGCACTCATGAGACCAGAGCTGGTCATCCCACCTGTGCTAGAGAAGTAAG 
s mm7.chr11     30762768 291 + 122091587 TATTGTTTCTATGTT--CCCAGAACAAGTTAATGAAACTCCTTCAGCGGTTGCCAAACAGTGTTGTTAGGAGATTACATCGTGAAAGATTCAAGAAGCCCTCCTGGTTAACTCCTGTGCCTGAAAGCCATAAGCTTACTGATGAAGATGTTACAGACTTTGTACAATGCATTATTCAGCCTGTCCTCTTGGCTATGTTTAGCAAAACTGGTAGTCTAGAAGCAGCCCAGGCTCTGCAGAACCTTGCACTTATGAGACCTGAGTTAGTAATACCCCCTGTGCTTGAAAGGTAAG 

a score=9725
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s mm7.chr11     30763964 211 + 122091587 ACTCTGTTTTAAACTATAGAACATACCCTGCTTTAGAGACATTAACAGAACCTCACCAGCTCACAGCTACTTTAAATTGTGTAATTGGAGTAGCCCGAAGTTTGGTATCAGGCAGCAAATGGTTTCCCGAAGGGCCAACACACATGCTACCTCTGTTGATGAGAGCATTGCCTGGGGTAGATCCAAACGACTTTAGTAAGTGCATGGTAAG 

a score=5535
s danRer3.chr12 20528227 131 +  37038836 TAGATCACGTTCCAGTTCATTGCTACTTTCACTACTTTAGTGCCTTTAGTGGACTGTTCATCAGCCCTCCACGACAAGAATGACTTGACAGAGGTAAAAAC------------------------CTGAAATGATATGTTGATGTATATGTACAT 
s mm7.chr11     30765665 155 + 122091587 TAGATCACATTCCAATTTATAGGAACATTTTCTACTCTGGTGCCTTTAGTAGACTGTTCATCTGTACTGCAAGAAAGAAATGACCTCACAGAAGTAAGGATACTTTCTGGCTATAAAAGGCTTAACTGAAATGTGATATTTCCTTATATGCACAT 

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s danRer3.chr12 20530797 100 +  37038836 TGTTTATAAACTTTTTTTTCT---------TCTTGTAGATGGAGAGAGAGTTGTGTTCAGCTTCTGCAGAGTTTGAAGACTTTGTTTTGCAGTTTATGGACAGGTGAGT 
s mm7.chr11     30767195 109 + 122091587 TATTTGTAACTTTTCCCCCCCATATTACAATGTTATAGATTGAAAAAGAACTTTGTTCGGCAACAGCTGAATTTGAGGATTTTGTGTTACAATTTATGGACAGGTAAGT 

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s danRer3.chr12 20530975 362 +  37038836 TAAGCTTTATTTTTGTGGCTTATGCCCTGTTTTGTATGCCTGTAGGTGTTTTGCATTGATTGACAGCAGTACACTGGAGCAGACGCGCGAAGAGACAGAGACAGAGAAAATGACTCATTTAGAAAGTCTGGTGGAGCTGGGCCTTTCTTCTACCTTCAGCACCATTCTGACACAGTGCTCCATGGAGATATTCAAGGTTTTAATAGCATTTTAATGCTTTGTTTAGTTGAAATACTGCTAGTT--CTTGTAACCTAATAATTGGGCTCGTTTTCTTTCCTCATACATTTTGAAATGCAATCATAAATGTTTTTTTTTTTGCCCATCAAATTTGACAGCGTGTTGCAC-----AGAATGATTGTATTTGT 
s mm7.chr11     30767520 359 + 122091587 TAGTTTTTTTGTTCCTAAACTTTGCTTTGTTTGGATTG--TTCAGATGCTTTGGACTAATAGAAAGTAGTACATTGGAGCAAACAAGGGAAGAGACAGAAACAGAGAAAATGACTCATTTGGAGAGTTTGGTTGAATTAGGCTTATCTTCTACGTTTAGTACAATCCTCACACAATGTTCCAAAGACATATTTATGG---TAAGAGAACACGACTACAAAATGTAACTACAATCTTTTTATTTAATTGATGTTTTTGCATTGAGTATCGTTATCCTTTATGCT-CAACTGAAGGTTTAATA--AAACGTTGTTCATCCT--CATTGAAATGTGTCTGCAGATAACATTTGCAGAAATCATTGTATGTGT 

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s danRer3.chr12 20533211 120 +  37038836 TACCTATAGGTGGCTCTCGAAAAAGTCTTCAACTTCGCCACCACCAACATCTTTGAGACTCGTGTCGCAGGCAGAATGGTGGCAGACATGTGCAGAGCGGCTTCTAAGGTAGTGTCTTTT 
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s danRer3.chr12 20533392 166 +  37038836 TTTCAGTGTCACCCTGCTGAGTCTCTCAGGCTGTTTGTACCGCACTGCTGTAACGCCATTACTCATCTAACTGCCAGTGCGTACAAGAAAATAAAACC----------------ACATTCTGTGCCATACTGAGAGCA-TGTCAGCATCCTTA----CTTGAGTGTTTTTGGT-----TGTGTTTTTTGTTT 
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s danRer3.chr12 20533558 88 +  37038836 TTTTAGATGAAGATGTTTCAAATGAGGAAGAACTGGATAAAGAACTGCTCTGGAACCTACAGCTTCTGTCTGAGGTGAAAAGACCACT 
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a score=3876
s danRer3.chr12 20536252 467 +  37038836 TTTGTTTCGCAGGATTGGGGCCGTCCAGGGGACCTTTGGAATCTGGAGATTCAGTGGCACGTACCCAGCACAGAGGAGACCGCTTTTGTGTTCTACGTTCTGGACCTACTGCTGCAGCCAGAGCTACAGCGCCTGCAAAGATATGCACAGGGAGAGCAAGAAATGAGCAGGTC---------------TGAATTTTTAAACTTCA-----------------TGTT-TTTGGTGATTGTTTTACCAGTGTTGTTTTTCTAAAGCT-------GATATCACTCTGCATTTTAAACAGAGATGATGTTCTTCAGAGTCTGTGTAT--TGTCCAACACTGTCTGCTGGGTGCTGGAA----------------GTATGCTGCCACCT---CTTGATG-----------------GGTCTACAGTCACTG----GCCTGTAAGTCCTAAAACCATTA-------CAGCTTTTATTTTTAGCAAAGCCACAATAAATTGATCAGAAAAGACAGTAAAGACAATGATGTTAACAACATTT-----TGTTTAAAACAAATGCTGTTTT 
s mm7.chr11     30772909 544 + 122091587 TCTCTTTTCTAGGACTGGGGTAAGCCTGGAGATTTGTGGAATCTGGGGATCCAGTGGCATGTTCCTTCTTCAGAAGAAGTCTCTTTTGCCTTCTATTTGTTAGACTCCTTTCTTCAGCCTGAGCTTATCAAACTCCAGTGTTGTGGAGATGGAGAACTTGAAATGTCTAGGTTAGTTTTCTTCTATTATTATTTGTCAAACCTCAGTGCCTGCCCCAAACTTTGTTATCTGATGTATGTATTTTC--CTCTTTTTTTTTAAATCTTCTTTTGAAGGTTTCtttg-attttatgtgcatgagtgcttcccctgcatatttataccatgtgcg----tgcctactggctgcagaaatcacagaaggctttgggttccttggaacgtggacttggtggttgtgagccgccgtgtggtttctgggaactgagccATCTGTAGCCCCATGATACATAAACATAATCAGTGTTTGTTTTTA--AAATGTGCATTAAATGTACTGAGAAAAACATTGAACACTATG----TAACAAAATTCGTGAATGTTT----CAACTCTTGTTTT 

a score=2654
s danRer3.chr12 20536844 477 +  37038836 GTCTCCTCAGAGAAAATCTTTGATTGATTTGACCTCTTTAAATAGTCAATTGTTTAAATGCTTAG-TAAGTTCTGTTTCAAAATAAATGTAA----TAAACTGACAAGTCAAGTTTCTCTTCATGCGTGTAGGTTTGTTG----TTAAATGCCAGTGTTAAACGCTCAGGACTAAATATCTATTTTTTTTTAAAAGCCA--------------ACTGAACCGAGAGCATCAAATT--AGAAGTTTGAACATGTCCTTAAATTGATTTCAATAATCATCAGTCGGAAACGGAACATTTATCATTTAATAGTGTTTTTACTGTATTTTTGATCAAGTAA--ATGCAGTTTGATCAAATAAAACTGACCTTTAAACTTTTG-ATAAATGGTGCTTCAGTATGAAAGTTTATTTTCTTCTTAATTCTCTTCTGTGCAGTGTGCCCAGCATGGTTAATTTGGAGGAAACAAAGCTGTACATCGGTGTTGACTATGGTAAGCCACAACTAA 
s mm7.chr11     30781977 449 + 122091587 GTTACTTCAGCAATAAAAGTTGACTGAGtt------ttaaagtatt--attatataattataaaGCTGAGTTTTCTTTTTGCAGATATATAAATGCTAATCAATGAATTTAAGCTTTTCCACTTGAATATTCAGTTATCGATATTGAGATGATTTTTTTCCCCTTGAGGTACTAAATTAACATTTTCTTT---AAGTCAGTTAATATGTTCTTACTGATACAGCAGCATTAATCTTCAGAAGTATAAG---------AAATTGA----AGTACT--------AGAGACTAGAAATTTGTTACAGGGTATTATCTTTGTTTTAATTTAAACATTGTAACAATGAGATTTTTTT------------CCTTTGGCCTTTTGTATTGATATTATTA----ATAAATGCAAACTCTCTTGTT--------TTTATACAGGGTACCAAGTATGGTCTCCTTAGAGGAAACAAAATTGTATACCGGACTGGAACATGGTATGTGAATACTAA 

a score=2868
s danRer3.chr12 20537441 229 +  37038836 ATTGCTGATTTTTCCACAGATCAGTCCAGAGAAAACTACCGTGAGGCTGTCTGCAAAGTGATGAGACAGTTGCTTCGTAAGTG----------------CTCCTCATTTATAGCATCTAACTTCACAC---------------------ACTTTCATTCTTT---------ATACAGT-----------CACCCCAATGCATCTTTTAA-------------------------------------------------TTCTTTTCTGT---AGATTATATTCTGGAACACTCAGAGGATGACACCAAATCCCTATTTGCCATTATCAAGGTAAATGT 
s mm7.chr11     30784120 338 + 122091587 ATTATTTTTATTTAAATAGACCTATCCAGAGAAAACTACCGAGAAGTAATTGCTAGTGTCATAAGGAAACTTCTTAGTAAGTATATATGCCTGTAACTTCCCTGTATTCCTACAGTTTAAAATTGTACCCTGCTACAGGGTACAAAAAAACTTTTTTTTTTTTTCATTAAAATAGGGTGAATAACACACCACCTCCCAGCCCCCTTTAAACAGCAGGTTGGGGTTTATATAGTAATTTTTAGATTTTAGCTAAACTCTTTTTCTTCTATTTTAGGCCACATACTTGATAATTCAGAAGATGATACCAAATCACTGTTTCTCATCATAAAGGTAAAAGT 

a score=6277
s danRer3.chr12 20539179 126 +  37038836 TCTTTCTCAGATCATCAGTGACTTGATGCATTTCAAAGGTTCCCACAAACATGAGTTTGACTCTCGCTGGAAGAGTTTTACTCTAGTGAAGAAGTCGATGGAAAATAGGGTGGGTAGTTGG-ACTTG 
s mm7.chr11     30784527 127 + 122091587 TCTAACACAGATCATTGGAGACCTTCTGCACTTCCAAGGATCTCATAAACATGAATTTGACTCTCGATGGAAAAGCTTTAACTTAGTAAAGAAATCAATGGAAAATCGGGTCAGTATTTTTCACCTG 

a score=4921
s danRer3.chr12 20539305 515 +  37038836 AGAAATCTCCTGTGGCATTTTATTTTTGTAATTGTTTCATGAACCTTGTTATTC--TTTCCAGCTTCATGGGAAGAAACAGCACATCCGAGCTCTTCTGATTGACAGAGTTCTTCTTCAGCATGAGGTAGAAGCCAATTCAAATACCTAGCACAAAATCTTTTGTGATCGCACAAAATAGATATGCCATAATAGGGAGATGGTA-GGAGAAGTTTGTAGCCAAAATAGTACAAAAGTGTGTTAAAAGAACTTTCTGTTGAT-CAGCAAATCTCCTGCGTTTTGTCACCCAGTGTGATGCATACAGCAACCTAACAAAAAGGTTCCATCATTTTTTTAGATGAGAAAGTTGTTGGTCGAGGGGTGTGAATACAAGACTGTTCATCAGGACCTTTTGAGAGATCTTTTGCGTCTTTCTACCAGCACTTACAGCCAGGTCTGATTCTACATCCAAAAATTTGTTTAT--------------TAAAATTATCCCATTGATTTTATGAATATTTCTGAAAGACTTTTTTTGGCCCTCA 
s mm7.chr11     30786030 434 + 122091587 AGGAATCCACTGTTGAAGTCACTTAGTAAAATTATT--GAGGTGTTTGCTATTTGTTTTCCAGCTCCATGGAAAAAAGCAACATATCAGAGCATTACTAATTGACAGAGTGATGCTGCAGCATGAGG------------CAAGTATCT----------------TAATAGTCACCTCTCGATGCTCCATTCTAAGGAATAATTACTGTGATATTTTTCACAA------------------TTAAATGGACTTTTAGTAAATACTTCAAGACT---------------------TGATTTATA--------------------TTATTTCTTTTTAAAGTTGCGAACACTAACTGTTGAGGGTTGTGAGTACAAAAAAATACATCAAGATATGATCAGAGATCTTCTTCGATTATCAACAAGCTCATACAGTCAGGTGAGGTTCTACACTCTCCCATATTTTTATCTTGTTATATGCAATCTAAATATCC--TTGTTTTTAACAGTATAGCTTAAGCAAT--------CCCTCA 

a score=5856
s danRer3.chr12 20539820 170 +  37038836 CAGGTTCGCAGCAAAGCCCAAAATGTTTTATTTACAGCTTTGGGGACCTATAACTTCTGCTGCAGAGATATTACTCCACGTGTACTGGAGTTTTTGGAGCCCACACGCACTGATGTCACACAGCAACAGTTTAAGGTCTGTAATCTAGAAATTTCTACATGTTTTATCAA 
s mm7.chr11     30787338 166 + 122091587 CAGGTCAGAAACAAAGCTCAGCAAACATTTTTTGCTGCTTTGGGGGCATATAACTTCTGTTGCAGAGATATTATCCCCTTGGTTTTGGAATTCCTACGGCCTGATAGAAAGGATGTCACACAGCAGCAGTTCAAGGTATAGTTTCT----GTTTTAACTTTTGCTGTAAA 

a score=11110
s danRer3.chr12 20539990 311 +  37038836 TAGATCCTATTGTAATTATTTGACTTAGTAATAGTTTTTATTCTGTTGTGCTTTAGGGGGCGCTGTATTGCTTGCTTGGAAACCATTGTGGAGTGTGCCTTGCTAACCTGCATGACTGGGACTGCATTGCTCAGACGTGGCCGGCCATTGTACGCTCAGGCCTCAGCTCTGCCATGTCCCTAGAGAAGCCCTCCATTGTCAGACTCTTCGACGACCTTGCAGACAAAGTTCACCGTCAGTACGAGACCATCGGCATCGATTTTACTGTGAGCAG--ATTCACCAGT---TTTGTATTTTAACTTGGGAATAGTGCC 
s mm7.chr11     30789240 305 + 122091587 TGAACTCAACCATGACTCTTT--CCTTGTAAATGTATTTGTTCT-------TATAGGGCGCCTTATATTGTCTACTTGGAAATCACAGTGGTGTGTGCCTGGCAAACCTTCATGATTGGGACTGTATTGTGCAGACCTGGCCAGCACTTGTTTCTTCAGGGCTTAGCCAAGCAATGTCACTGGAAAAGCCATCAATAGTGAGACTATTTGATGACCTTGCTGAAAAGATTCATAGACAATATGAAACAATTGGCTTGGATTTTACAGTAAGCAACCATTTATTTGTTTATTCATACTTTAG--TGGAAATTCTGTC 

a score=6228
s danRer3.chr12 20543247 231 +  37038836 AGATGACAGGGACCTGTAAGTGTCACACTGATTGTTTTCACTAAAACTGAACTTTTGAAAGCATCACTCATTTGTGATTATTCTGATTTGT-------GTCATCAGACCTTGGAAATTTGAGCACATTGCTATCGGTTTCCTGTCTCTACTGCTGAGAGATGACTATCCGCTCCCAGCTCCTGCTGTATTCTTCTTTGTACAGAGCCTAAACCACGATGCACTTGTTGTTCGCAAGGT 
s mm7.chr11     30793892 236 + 122091587 AGACTACAAAGCAAAGAAAGAGTTTCAAAACAGATTCTTGCTTTAAGTGAGTTTTAAGAGAAATC--TGATTTGTAAGCACCTTCTCTCATTCTCCCAATCCCCAGGCCTTGGAAATTTGAGCATATAGGAATCGGGCTTCTGTCTCTACTCCTAAGGGATGACAGAGTGTTGCCTCTTCGTGCCATACGTTTTTTTGTTGAAAATCTCAACCATGATGCAATTGTTGTTCGAAAGGT 

a score=3893
s danRer3.chr12 20546368 188 +  37038836 ATGCTTTTTTTCCCAA----------------TGCTCACGAATATATAGATGGCGATAGCTGCAGTTGCAGGCATACTGAAACAGCTGAAGAGACCACGCAAGAAAATACCAGTTAATCCCTGTGATATAAGTGAGTAAACATTACTTTGCATTCAAATAAATACTATTAAATGTGGAGACCATTCA----ATTACTCCTCACATCCA 
s mm7.chr11     30795463 198 + 122091587 AGGTTTTTTTTTCCAAAATGTTGATATGTGTGTGTTAACCTGTTTGTAGATGGCTATCTCAGCTGTTGCTGGTATTCTCAAGCAGCTAAAGAGAACTCACAAAAAGCTGACTATCAACCCTTATGAAATCAGTAAGTAG----TAC------CTCAAGTAAATAACAGTGCTTTTCAATAACACTTAGAACATTTCTCTGAGTATTCA 

a score=4764
s danRer3.chr12 20546572 273 +  37038836 TAAAGTTTCAGAAGCTAATTACACTTGTGATGCGGTGCAGGTGGGGTAACTGAGCCGGAGGAGCTGGAGGCAGGAGACCGGCCAGGGAACGACTGGCTGCAGTACCACAGTGAAAGCCTGCCGAACTCCCAGCAGGACTGGGATGCTTTCTGCTTTGTAGAAAAAACCCACTGGGGCTACTACTCTTGGCCAAAGTAAA-CACTCTACGCCTTTGATCACTGTACTATTCAATTTAACTCTGTGCCAGCAGATTTTAGAACACACTCTTTTGTT 
s mm7.chr11     30797152 259 + 122091587 TCAAGTTATTGAATCTGAATACCTTTTC-------TTTAGGTGGATGTCCTAAACCTACCAAAATTCTTGCTGGTGATAGACCTGATAACCATTGGTTGCATTATGATAGTAAAAATATACCAAGAACAAAAAAAGAATGGGAGTCAAGTTGCTTTGTTGAAAAAACTCACTGGGGATACTACAACTGGCCAAAGTAAGTCACGGTTCACCTC---CCACTTTATCATTAAACATTTCTTTTTTCT-----TTTTTGGTAAACTTTATTTTGTT 

a score=3658
s danRer3.chr12 20547296 529 +  37038836 TTTAGTACCATTTGTTGTTTGCATTT-----------------------GGCATCTGATAGTGTTTTGAACAAAGAAACTGTGAAAAGTGACGT-CAGACAAACATGTTTTTAA---TGAAC--TAATTTAGTATTTATTTATTTGTTTCAGAGGGAAGCTATCATCAATGACCATTTCACAGACCCCATGTTCATCAACCAGCTCATCAAGTTCCTGTCCCTTGAGGACCGAAAGGGCAAAGACAAGTTCAATCCTCGTCGCTTTTGTCTCTTTAAGGTACAAACAGCATGAGACGTTACTCATTGTCGGATTT------------TAATGTGCTGTTTGTGAGTAGGTTCGGAATGAAATAAGCAAAACAGAGATTAAACTGTGCTGAAACTGAGACAATCTTGTCAAGTTGAATAGCTat---ttacatttaatcatttggcagacactttaaatagaatttcaaatgagcacaGCAGAATTAGCCAAAATAGATTGTATAAGTAATACATAAACTATATATAAATATGAC---CATTTCCAGAAAGCCTAATATACAAAGTAGATAGAATAA 
s mm7.chr11     30799251 557 + 122091587 TCTAATTTCATTTACTATTTTCATTCTAGAAAGTACTATAGTTTCTATGGATATTGAAAATTCTCCAGAACAAAACTATCACTATAAGTCTTGTGCTCTTAAGTAGGTTTTAAACTTTGAACATTGTTCTTTTTTTTTTTTCATCTTTATAGGCAGAACAGATTATATATGATCGTTTTTCTGATCCTAAGTTTGTTGAGCAGTTAATCACATTTCTATCTTTAGAAGACAGAAAAGGAAGAGATAAGTTTAGTCCCCGGCGTTTCTGCCTCTTTAAGGTAATTAT-GCTTGAAATATT-CTTTTCATAAAATTTAGTGATTACCAGTTATGGGC---TTGTAAGTAAATTTGAATT----TACCTATTGTCTGCCTTAATCTAAAGTGGTACTGAAATTACATAGT----TCATATTGCCATGGCTTACTTTTTGTT-TATGGTAACCTTTTAAATTATTGATGGTATTAAGCAC--CAGAAACAA-AAAAGTGTATTTTAATATCAATTTGCAATATTCTTACTATTGTAACTGACACTGTTAAAGAAGTTAAATTCTAA--TGGAGAGAATAA 

a score=6942
s danRer3.chr12 20549190 219 +  37038836 ACCTGCTGTACAAATATATTACAAAATACAGATGGCTTGCTTTTCTCGTTCATCGCCCACAGGGACTTTTCCGGAACTACAGTGATGCCTTCCTGCCAGTTTTAAAGCCTCATATGGAGCGGCTGGCAAACGACTCTCATGAGAGCACCCAGCGCTGTGTGGCTGAGATCATCGCAGGCCTGATTAGAGGCAGCAAACACTGGAGCTTTGGAAAGGTGA 
s mm7.chr11     30800002 207 + 122091587 atctttTTTAGAAAGATAATACTGAAT-----TAACTTTTTCTTTCTTTTTAT-------AGGGTATATTTAGAAATTTTGATGATGCTTTTCTGCCTGTTCTGAAGCCCCATTTAGAACGTTTGGTTGCAGATTCTCATGAAAGTACCCAGAGATGTGTTGCAGAAATTATAGCTGGTTTAATCAGAGGTTCTAAGCATTGGACGTTTGAGAAGGTGA 

a score=5128
s danRer3.chr12 20549425 172 +  37038836 GAGGGATGGGAGCCACTGAAATGTTTATTGTCATTCATGTCTTTCTCAC-ACATAGGTGGAAGCGTTATGGGCATTCCTCATTCCTCTGATGCGAACAGCGCTGTCTAATATTACTGTGGAGACCTACGCCGACTGGGGTACCTGCGTGGCAACTGCTTGTGTACGTCAATTT 
s mm7.chr11     30802564 161 + 122091587 GAATGATGTGCACCACTAA------------CGTTCCTGCGTTTGACTTTGCAAAGGTGGAGAAGCTTTGGGAGCTCCTGTGCCCGCTGCTGAGAACGGCACTGTCCAACATGACAGTGGAGACATACAATGACTGGGGGACCTGTATAGCCACTTCCTGTGTAAGCACATTT 

a score=5180
s danRer3.chr12 20550949 171 +  37038836 TTTGTATTTTCA-----GGAGAGCCGAGATCCACGAAAGCTCCACTGGCTTCTCGAAATGCTGATGGAGTGTCCTCTCAGCGGGGAAGGAGGATCATTTGTAGATGCCTGGTAAGTGTATATTAGGTTTTGTTTTATGGACAGATTCTGACACCCTACTTT---CGATGCATACACTGA 
s mm7.chr11     30803130 175 + 122091587 TTTATATCTTCAACACAGGAAAGCAGAGATCCCCGGAAGCTTCACTGGCTTTTTGAGCTGCTCTTGGAGTCACCATTGAGTGGTGAAGGGGGGTCCTTTGTAGATGCATGGTAAGTAAAAAGAAAAC----CTGTATGGTTAACATTAAAGATTTTATGTTACCTAATGAATAAATGGA 

a score=8315
s danRer3.chr12 20551122 158 +  37038836 GTCTCTATC-TTTCTCTGTAGTCACCTGTATGTACTTCAGGGTGGTTTGGCACAGCAGGAGTGGAGGGTCCCAGAGCTGCTGCACAGATTGCTGAGCTACCTGGAGCCCAAGCTCACTCAGGTTTATAAGAATGTGAGAGAGCGTATCGGCAGGTGGGT 
s mm7.chr11     30804657 159 + 122091587 GTCTCTGTCCTTTCATTGTAGCCGACTCTATGTGCTACAAGGTGGCCTTGCCCAGCAAGAGTGGAGAGTCCCTGAACTATTGCACAGACTTCTGAAGTACTTGGAACCAAAACTCACCCAGGTTTACAAAAATGTCAGAGAAAGAATAGGAAGGTATGT 

a score=6806
s danRer3.chr12 20553575 460 +  37038836 TTCTAATAAGTTGTCTTTAAATATTCAGTGGATGGACTGTTATGAAAATAAAGCCACT--TCATTGTACCCAGAATAAAGTAAAATAAAAAAGCTGTACT----AATTGTTTAACACATTGTTACTCTAATAGTTCACGCAAAGCATCATGGGGGCATA------GGAAACATTGGATGGGACAAACAGTTTAAACGTGGCTACTATAATCCAAAAATACACCAGCACTCGCTTTCATCCTCT-TGTCGTGATTAATTCCTTTCAGCGTATTGACGTACATCTTCATGATTGATGTGGCTCTGCCCTACACTCTGCCCACTAAATCCCCACACATCGCCGAGTTCACCGAGCGGATCCTTACTCAGCTGAAACCCCTGATCGAAGGTGACGAGGAGATCCAAAACCACGTGGTGGAGGAGAATGGAGTAGGTGAGCAGGACGAAAGGACCCAGGCCATCAAACTGCTGAAAAC 
s mm7.chr11     30804945 444 + 122091587 TTTGAAAAACAAGACTTCGAATATGAATTGGGAGCACTGTACTCAGAA----GCCACCAATGAGAGCAGCCATCATA--------CTACAGGGTTGCCCCTCAAAATTGTATGGCATATC-TTACACTGGGAGTGTTCAGAGACCCTCCCTGGGAATTATCTTTTGAAAAGTTTGGCTGAGCTGTAACTTTTGAACCTCAGTTTTAATTTTCA---------TGTCAAACCCCCTACTCTTCTGTGTTTTATTTAA-------CAGTGTGCTGACCTACATATTTATGATAGATGTTTCTTTGCCAAATACTGCTCCAACAACATCTCCTTGTATCCCTGAGTTTACTGCTCGCGTCCTAGAAAAACTGAAACCACTCACAGATGTGGATGAAGAAATTCAGAACCATGTTATGGAAGAAAATGGCATTGGTGAAGAAGATGAACGAACTCAGGGCATTAAACTCTTAAAAAC 

a score=4724
s danRer3.chr12 20554036 89 +  37038836 GTGTTGAAGTGGCTGATGGCCAGTGCGGGACGCTCGTTCTCCACTCCAGTCCCTCAGCAACTCCAGCTGCTGCCGCTGCTCTTTAAGGT 
s mm7.chr11     30808034 89 + 122091587 GTATTGAAATGGCTTATGGCAAGTGCAGGAAGATCTTTTTCTACAGCAGTCAAAGAGCAACTTCAGCTTCTGCCTTTGTTCTTTAAGGT 

a score=4751
s danRer3.chr12 20554194 488 +  37038836 TTTTCTCTCTGTCTGCAGATCGCGCCTGTTGAAAACGATGACAGCTATGATGAGCTGAAGAGAGACGCCAAGACATGTCTATCTCTTATGTCTCAGGGGCTTCTGTATCCTGAGCAGATCCCGATGGTACTCGCTGTGCTACATGAGGTGAGGATTCAGCCACGCCGGACTTAACCTCTGAAGGCTAAATTTGACCTTGGTTCATTTATTATTTAATCAATCTTATTGCTTTTGTAAGATGCTATCGGTGGGAGAGAA------AGGTAAACAAAAATAGTTTTTGAAATAAAGTAAAATC---------------------TGttaaaa--atatatatattataataaataaaatatCAAACAGAAATGATAAATACTGAATAAAATCTGTGCTAAGATAT-TTTTGGT------GTAACTAAATGtacaccacctgacaaaagtcttg---ttgcctattcaagatttaggaacaaca------aacaataacttaacttctagtcaatcatttggtatcagaagtggct 
s mm7.chr11     30813335 516 + 122091587 TTTAGTTTTGTTTTATAGATCGCTCCAGTGGAAAATGACAATAGTTATGATGAACTGAAAAGAGATGCAAAGCTCTGTTTGTCACTAATGTCTCAGGGGTTGCTGTACCCTCAACAAGTGCCTTTGATACTTCAGGTGCTAAGCCAGGTAAGTACATGGCTACAGTGTATACAACACCTGATT------TTTGTGCCTGTtttttttcttttgagataaa---------gtcagtatgtagccctgactggcccagaagtcaccaggtagagcaggctggcctgtaactcaaa--aacatccaccagcttctgcctcccaagtgctaggatcaaacatgtgGTATCAAACATATGATATTGTACTGGGCCTCTGAACTTTGTTCAAATTTTCTTTTAATATATATGTTGATCGAAAAACAACAACAACCAAAACAAAAAACAAAAACCAGGCCTTTATTTATACCTGGTTCAGCTGCCAAATTCtataaaagtaacttgtattcacctgatataattggcatttcagatggtt 

a score=7944
s danRer3.chr12 20556186 258 +  37038836 AAATAATTAATTGTCT-TATTTATTACCAACCAACACGTATCACCTTGTCCTTATTTCTACAGTTGTGAAACCATAAGCTTTTTTTCTACATTTACAGATTGCCGGTAGCAGCTCTTGGCATGCCAGATACTCAGTGTTAACGTATCTCCAGACGATGGTGTTTTATAATCTGTTCACCATCCTGAGCAGCGAGCAGTGTGTTCAGGGCGTCAGAGCTCTGGTCATCAGGCTCCTGGAGGACGAGCAGCTGGAGGTACA 
s mm7.chr11     30817352 248 + 122091587 AAATATTGTATTGCTTGTATGTAATGTCA--------TTGTCATCTCAT--TTACTTGT-CAGTTCTATCATCATATATACTATTTTCTCATTCACAGACAGCAAGAAGCAGTTCTTGGCATGCAAGATATACAGTGCTGACCTACCTCCAGACCATGGTATTTTATAACCTCTTTATTTTCCTAAACAATGAAGATGCAGTTAAAGACATCAGATGGCTGATTATATGCCTTTTGGAGGATGAACAGTTAGAGGTAAA 

a score=7739
s danRer3.chr12 20556447 244 +  37038836 GGGCCACAATCATTTATTTATTCGCTTTCATGCACCCTTT------TCA---TTAAAGCTTCATCTCT-------GTGCGTGTCTCTGCTGTAGGTGAGAGAAATGGCTGCCACCACACTTAGCGGCTTCCTGCAGTGCAATTTTTTGGCAATGGATTCCTCCATGCAGACCCACTTTGAGGCTCTATGCAAAACCAGATTGCCCAAAAAGAGGAAAAGAGATGTGGGTTCTGTGATGGACACCATTCCTTCTGTTGGTA 
s mm7.chr11     30826033 256 + 122091587 GGTCCCCACTCAGCTTTCCATAC-CTCTCTGGGACCCTTTATCACCTCAGACTTAGGATCTCAGTTCTAATAGAAGTGATTATTCCTCC---AGGTTCGAGAAATGGCTGCTACCACCTTAAGTGGTCTGTTACAGTGTAACTTCCTTACCATGGACAGTGCTATGCAGATTCATTTTGAGCAACTTTGCAAAACAAAACTACCCAAGAAAAGAAAACGAGACCCTGGTTCTGTGGGAGATACCATTCCTTCTGCAGGTA 

a score=7688
s danRer3.chr12 20558486 220 +  37038836 AGATCTATAG-GGATGTTGAGATAGatatattgaaa--------------aaataataataataacaataaaaaaaaCATGCT----TCTCTGTCTTCAGATCTAGTACGGCGTCACGCAGGAGTGCTGGGTCTCAGCGCGTGCATCTTATCCAGTCCGTACGATGTCCCGACCTGGATGCCTCAGCTCCTCATGGACCTCAGCGCACACCTCAATGACACGCAGCCCATTGAGGTACA 
s mm7.chr11     30828652 238 + 122091587 AAATTTATATTAAATGGGGAAATATGCACATTAAAAGTACATCTAGCATGAATGAAAATTTATTTCACTGTAAATGATATGTTGTTATTTCTGT-TGCAGAGTTGGTCAAACGTCATGCTGGTGTGCTTGGACTTGGTGCATGTGTTCTTTCTAGCCCTTATGATGTTCCTACCTGGATGCCCCAGCTCCTTATGAACCTCAGTGCACATTTGAATGATCCTCAGCCTATTGAGGTACA 

a score=8968
s danRer3.chr12 20558806 242 +  37038836 GTCTGATTTAGATGACCGTGAAAAAGACTCTGTCTAATTTCCGCCGCACTCATCACGACAACTGGCTGGAGCACAAACAGCAGTTCACGGACGACCAGCTCGTGGTGCTCACAGACCTTCTGGTGTCTCCCTGCTACTATGCATAGACAGGTACGTTACAAAGACACTTTTTTTTGAATGTGTCATGACATGGATTGTTTAATGATCCTTATACACACTCAAAAACATATTCAAAAGATTTT 
s mm7.chr11     30830373 219 + 122091587 GTCAATTACAGATGACTGTAAAGAAGACCTTATCCAATTTCCGAAGGACACATCATGACAACTGGCAAGAACACAAGCAGCAGTTCACTGATGACCAGCTGCTTGTCCTCACTGACCTCCTTGTGTCACCATGCTATTATGCATAGAGGGGTGAGTTACATGG--GTCTTTCCCAGCATGTGTCGT---------------------CCTACCAGTAGCCAAGGAAATACCTACAAGATTTT 

a score=19392
s danRer3.chr12 20764306 679 + 37038836 CTACTGGTTTGTTGCCTTGTCGACATGGGGGCCAGCATGGAGTTCACTGGTGCAGAAGGCCAGTGGGCAAGGTTTCCCATGTGGAACGCCTGCTGCGAAAGCGAAATGAGTTTCAACATGAAGACCAAAAGCGCTCATGGACTTTTAGTGTACTTTGACGACGAGGGATTCTGTGACTTCTTGGAACTGCTCATCCACAATGGTAGACTCAGTTTGCGG------TTCTCCATCTTCTGCGCCGAGCCAGCGACCGTGTTCTCAGACACAGCCGTCAATGACAGCCGCTGGCACGCCGTGACCTTGCGCAGGAATTTCAAAAACACTACTTTAGTTGTGGA---CGAAGAAATCAAGTGGGTGGAGGTAAAGTCGAAACGGAGGGACATGACGGTCTTCAGCCATTTATTCTTAGGGGGGATACCTCCTGAACTGCGATCTGTAGCATTACGCCTCACATCTTCAGCCATAAAAGATGAGGTTCCCTACAAAGGATGGATAACCAACCTGAGAGTGAACGGCTCGGAGCCGGTGCTTATCGGTAGCGATGGAGT---------------------CAACAGCG---------ACATTTGCGAAGCCGACCA---------------CATTTGCCTGAATGGAGGAGTCTGCAGCATTGTCAACGATGAGCCCATTTGCGACTGCTCTGAAACGGGATTCCAGGGAAAAGACTGCAGTGAAGGTAAGAGGCCTG 
s mm7.chr17      3879634 728 - 93276925 CTGCTGCTGGGCTGCTGGGCAGAGCTGGGCAGCGGGCTGGAGTTCCCGGGCGCCGAGGGCCAGTGGACGCGCTTCCCCAAGTGGAACGCGTGCTGCGAGAGCGAGATGAGCTTCCAGCTGAAGACGCGCAGTGCCCGCGGCCTCGTGCTCTACTTCGACGACGAGGGCTTCTGCGACTTCCTCGA---GCTCATCCTGACGCGCGGCGGCCGCCTGCAGCTCAGCTTCTCCATCTTCTGCGCCGAGCCCGCCACGCTGTTGGCCGACACGCCGGTCAACGACGGCGCCTGGCACAGCGTGCGCATCCGCCGCCAGTTCCGCAACACCACGCTCTACATCGACCGCGCCGAGGCCAAGTGGGTGGAGGTCAAGTCCAAGCGCAGGGACATGACGGTGTTCAGCGGGCTCTTCGTGGGCGGCCTGCCACCCGAACTGCGCGCCGCGGCCCTCAAGCTCACGCTGGCCTCGGTGCGCGAGCGCGAGCCCTTCAAGGGCTGGATCCGTGACGTCCGGGTCAACTCGTCACAGGCCCTGCCGGTGGACGGCGGCGAGGTCAAGCTGGACGACGAGCCTCCCAACAGCGGTGGCGGGAGCCCATGCGAGGCGGGCGAAGAAGGCGAGGGCGGCGTGTGCCTCAACGGGGGCGTGTGCTCCGTGGTCGACGACCAGGCCGTATGCGACTGCTCGAGGACCGGCTTCCGTGGCAAGGACTGCAGCCAAGGTA--AGGCCTG 

a score=1670
s danRer3.chr12 20772135 75 + 37038836 GCTTTTTTTTTTCGTTAACGATTTTTTTCTCCTTTGTTTTGTTT---ATTCATATCTTCATCAGCATTTTTTTTTGTT 
s mm7.chr17      3970705 78 - 93276925 GCATTTTGCTTTCTATTTCTTTTCTTTTCTGTTTTGTTTTGTTTGGGGTGTGTGTGTGTGTCAATGTTAGTTGTTATT 

a score=4115
s danRer3.chr12 20773198 165 + 37038836 TCCAGTCTGCATGCTTCTTAATCAATGTCTCCTTCTCTCTCTTCACGCCTCGGCCGCCCCTCCAGAAGAGGCCTATGTAGGAGGTGGGTACATGGTTTTTATTTTCTATTCTTTTCATCCAACCCCTTTCCCTACTCATGTACTTCTCTCTGTCTTCAT--ATTTCA 
s mm7.chr17      3972763 150 - 93276925 TCCAGTCTGCATGCTGCTTAATGAATGTTTTTCCTTTTCTCTCCTTCCTTGTCATGTGCTTTCAGAAGACAACAATGTGGAAGGTGGGTGC-----------TTTCTA-CCTTATTTTCCAATTCCTGTTTGTTTTTA-----TTTTCTCAGTATTAATAGATTTCA 

a score=4374
s danRer3.chr12 20775048 482 + 37038836 TGTCAATGTGACAAAAAAAACCTTCCCATGATCCCGTTCTTTGTGCTGACTGTGCTCTTGTCTTCCCTTAAGGTCTTGCGCACCTGATGATGGGCGACCAAGGTATGGGTTTAATTTCTTACTCACCTTTTTGCCTCCATCAGCCTTCTCCATCCTCTCTGCCTT-TTTCTCTCTCACTGCCTTGTGCTGAATCCTCCTCATTCCCCTTCACCGCTGGTAGGGATTTACTGGGGCTGCTTTCTTTCTGGCTTGGCGCTGA-------GTCAATGGATGGTTTGGTCTTTTCCAtttttttcccccaccctctt------ttctgtctccctctttctcgctcgctctctctttccttcAG-----CTCATCTTGCCGCTTCTTTTGCGCTTGAGTTTTTTTTCCTCTCAACAGCCCCGCTATTCCATTGCTGCTTGCCAACTTCATTTTCATATAGAGGGGGAAAAAAAACTTTC---------AACCCAGTGGATGAAGTGAGTTACAG 
s mm7.chr17      3976091 433 - 93276925 TGTCACCGTGACAACCCTG-CCTTCCCATGCTCCCTTGTTTATTGCTGACTGTGCTCTTGTTTCCCTTCAAGGTCTGGCACACCTGATGATGGGCGACCAAGGTATGGGCTCTGCTCCTT--------------CTCCA--------CTCTGCTCTCAGTGTTTTATTGCTCTGTAGCTGC--------------------TTTCAAACCATCGCTGCAAAGTAT------GGGCGGAT---------GCTTGGAAGTGATGTGGCTGCAAATGAA------------ATCCATGGCTTTTGTTCACATTCTTTCATGGTTTTGTCTGCTTTTTGTTGATTGGATATTAGTTTGCTCCTGTGACACTTGTTTTCCTCCATCCCTTGCACTATAACAT------CTGCAAATAAATCAGACAGACAACTG-TGACTGGAATCTTCACTTATAAGAACACATAGAAAGAGTGTGTGCAGTAAAGGAAAGCCAAGAGCAGTTAGGAGCTAAAG 

a score=1987
s danRer3.chr12 20775574 368 + 37038836 CTGTATTCTCCAGCTCTGAAAACTGGAAAGCAT-TAGCCATCTGTTCGATATTCATGCATTCTCCCTCATCTCTCTCATAGT--CATGTTCTGGCATGGTT--TTTTATTTTTGCGACA---GGAAGCTTCCATTTCCAC-------TGCCTGCCCTCTCTTGTTAGTTTATTTCTTTATTTAATTTTGGGTCCGC--AATGCATGGA------------GTCTCTTCTAAACGTAACCTTTCATTTTTTTCTGTC---TCTGAATCTA---------------ACACGCGGTCATGTTTCTGACTGTTGCCTCTTTCCTCTCCTTTGTATTTTCCTGTATCTCTCTGGACTTTCTCTTCATGGAACCATTATATCAATATCATAGGGAAAAGAAAAGGTA-TATAATGCTTCTTT 
s mm7.chr17      3976563 395 - 93276925 ATTTTTCATCCATGCATGGCAGTTTGGAAACATGCAGCCAGCTTTGC----------CTTTGTTTTTCAGAGTGCTGATTGTAGCATTTCATGCAATTGATACTTTTCTCCCTGTGGCCTTTGGGAACCTTCTTTCACATGAGCATGGGCTTCCAATCCCTTGCATGTACCTTCCTGTAAACCAGGCAGAATTCTCAGAATGTATGCACTGCCTTTCTATTTGTCTTCAAAAC---ATTGTTCGTTCTTTCTTGTCTTGTTTAATTTTAGAGAGCAGTGCGTTTACATATATTCATAATTCTTCTTGTTGTTTTTCTCTTCTTTATTCTCTTTGTCTGGA--------AATCCTTTCTTCATGGACCCATTTCATCAAATGCATAGGTAAAAGTAAAGGTACTACATTATTTTGTT 

a score=-742
s danRer3.chr12 20802009 1413 +  37038836 TACTGGAGCATTAGCACACATCACTATACTGGACCAGTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGGGAAT-TAGGACACATCAC---TATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTGGGACACATCACTATACTGGAGCATTGGGACACATCACTATACTGGAGCAATAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTA-GGACACATCACTATACTGGAGTATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGC----ACACATCACTATACTG--GAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGTATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACACATCACTATACTG-GAGCATTAGGACAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACT-----ATACTGGAGTATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACT--------GGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACAT-----CACTAT------ACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGA-GCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTA-TACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTA---------GGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCAT-TAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGA---CACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGTATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACT----------ATACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGTATTAGGACACATCACTATACTGGAGCAATAGGACACATCACTATACTGGAGCATTAGGACACATCACTA---TACTGGAGCATTAGGACACATCACTATACTGGAGCATTA---GGACACATCACTATACTGGAGTATTAGGACACATCACTATA 
s mm7.chr4      70038041 1411 + 155175443 TACCAGTACATTAGAATACAGGGATGTCCATGAACAGCAGGGCACATGAGTATACTTGAAAAGCAGCACACTT---GGGAAAGAAGTAATAGAACACA-CATTGAATTCTGTATTACAGGAGTAATCATTTATGTTCTTGCAAAGCAGCACATGTAGCTATATACAGATATT-----ATAGAAACACTCAGAGGTAATGCTACTCATGGATGTACT---GCATTAGCATGCATGGAAGTACTAGA-CAGGAGCACCCAAGAATATACTAAGACACCAAGGCATGTATTTGTATTAATAGACCATGGGTCTATTATTAAAGCAATACAAAATGGCATCTTTGAAAAAAAAAGGATGTGCCACAACTGATTTGTAAACTAATGTGCATTTAAA-ATAAAGGTGTTCTTGAGTGGCAGTGCATACTGCTGAACTGGAAAAGCAGTGAACACCTGCAGGTGCAGAGTAGATTCAGAGTAGTTGCA--ACTGAATTGGA-----AGTACACAGTGCTTATGGATA-TAAAGCA-CAGGAAGAATGGTTGTATTCTAGAA-TACAATACAGAGAAGTATTAAAATAGCAGAGATCATAGAATTACTTGAAAGCCATG-CCCATGAGTATATTATTGTGAT-GTAGACGTGAAATTATTAATGCAGGAGTACAGATATGCAAATTGATGAGCTAGTACAGGTTTCCATATTTACATACAAGTACAGCAATACATATGGGGATCTGTGAACATCAGTGTGCATGGATGTACTCTAACCACAGCACA-GTTGATGTACTATGACATCTATTCATATAGATGTACCATTACAAAAGTGTACATGCATGCACTGTTAAAGGACAGAAGCAAGAGCACACACAGATACACTACTGCAGCCATGCACTTGAATGTACTGGTACAAAAGCAAACATCAGTGTGCTAACTACTACAGTATGTGTTAATGTACTGTGATAAGAGTGATCATGACTGCTGCTAAAGCAACAG-------------AGTTGAACATAGTTACACCTTCATATACTTTAAAAAAATAGATGAACGAATGCAGAAGTGGAGTGCTGCACACTGATGTCCTAGTATTGTATTGCCTATTATATGCATCTCTGT----GAAAACCAAAGCAAAACA-GATATTCAAACAGTTGTATAGTATATGAAAATGCTG--GCATCAGTGCTCATGGATATAGT----------AATACAGCACTGTACCCAGGTGTCTTGGTAAATCA--------GTTCATATGGATACATTATTAATGCAGTGCACATGTAAGCACTTGTACACATTGCTTTACTGACACACT---ACAGACAAATATACCTTTGCAATACTGTACATGGATGTATT-CAATAGCAGCACAGACAGATATATTACTGAGTCATGTAGTAATATATACATAAAGAAAGATGAACTGTACAGATGAAGACATGAATGTAGTACGGCAAAGCAGTACA 

a score=5474
s danRer3.chr12 20814582 247 +  37038836 TGGatatatatatatatatatataCTCtgtgtaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtAAAGCCCTTTTAATTGCTGTGTGTGTGATGTTGTGATCTCTCTTGGGCTGGGCCTAATCACTTCATCACTGTGTGTGTGTGTGAGACAGAAAGAGATAGACTGTGTGTGTGTGTTTAAAGTGCGTCTGAATGTTTATTTTGCTAATTGTAAAGGGTTTTAACCTGTGGAACTT 
s mm7.chr14     37061270 189 - 119226840 TAGCtatatatatatatatatata-------tatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatacata--------------tgtatatat------------------------------atatatacatatatatatatatatat-atatataAAAAGAGAGTGTGTGTGTGTGTGTTTAAAGTCCCTCTGAGTATAAGTCCT--TGGTGGTA----GTCTTAATTTAGTAAACTT 

a score=-33
s danRer3.chr12 20816863 394 +  37038836 TTTCCAAAACATATTACT------TTATGTTAGTTTATTTAGTCTAAGAAACACTTCAAAATAATATTTAGACGTATTTTCACATTTCAATGTTTTTA-------------TTTAGAAATTTTCTGATAACAGAA---AAAAACATTTAATTGTAAAT-------------AGCAGCTTTTCATTCAAACAAACCTAAAAC-----ATTAAAGTGCTACATATAATCTATATCAAATTGTAAATAATAGTAGTGTAACAAATATCTATTTATAGTATTTACAGTGCA-----------------GAAGAAC-------------ACTCAAGACAGTCACTGATGA-------------------GGTTTATTTTCTAAT--------------------CATCTGGAATCCAAACTGTAGCACATGTAATAAATATAC----------------------------GCATATATTTATCAAATAGTGTTTCAAGTGTATTTTTAAGTTGT------CTTTTATAAATGTTTTTTTAT 
s mm7.chr12     29998101 530 - 117814103 TTTTTAAAAGTAATTATTAAGTAATTATCTGAGATAATA-ATTATAAAAAAGAACTTCATATAATTTGGCATCATTGTACCAGATTTCAACCCATTCACAAGAAAGTCAACTGTAGAACTATGCCACTAACAAAACCTGAAGGCACATAATGGTATATTTTAGAACTGGTTAGAGGATAGTTATTTAGTTGAATATAAAATTGGGGATCATGGTGCAAAATGGGGTGCAACCTCATTGGCAAATGAAATGTGTGTCGAAAGT-TCCATTGCTA-TGAGAACAGTACAAGCCAAACTGAGTAGATGAAGAACCTGATAGGTGGAAACTCTAGAAAGAAACTAGTAAAACTTAGAATCTCATTCAAGTTTTATTTTATAATTCAATGAAGCTTTGTATTTTCTTCTGTACTCTGAAGGGAAGCTTA-GCAAAAAGGATACCCAAAGCTTTCTGTTTATGGGTATGTCTGAATATAATTACTAAATAGTGCTCAAAGTG---TTTTGACTTGTAGAAAACACTTACCAAAGAGTTTTGAT 

a score=124
s danRer3.chr12 20824525 6 +  37038836 GGGGCC 
s mm7.chr12     30001450 6 - 117814103 GGTGTT 

a score=29859
s danRer3.chr12 20824531 969 + 37038836 GTGCTCAGACGTAATACTCCTTGTCTTTGTTTTTCTTGCTCTTGGTGCCCGTCTTGGCAGCGCCGGGCTGTTTCTCCTTCACTAGGGCGCCATTGCTTTGCGTGGCTGAATTGCTAATGTAATTGCGGCTCTGGTCCACCTGGTAGGAGCCTTCGTCGCGGTTGCGGTACTTGTACATGGCGTACAGCAGGATGAGGATGCAGAGGGCAGCCGCTGCCACGATGCCCACCACCATACCCGTGGTACTGCTGGACTCTCGGATCACCTCCACGGCTCCAGGCGGCCCTCGGTCCGGCGA---TGAGGGGTCTGTAGTGGGCACATGGGGGAAATTAGGGGGATATGTTATACCTGGGATGTGTCGATGCCGCCCGCTGTGATCAGTGTC--------------GCCCGAGGGCTGAG----CAGGCGGCAGCAGCACCTGATCTCGAGTGTTCATTTTACCCGCGGGGATGTTGGGCGCATTGATGCCCGGTTTGAGCCGGGACACTGGGGGTGCTGTGGGGGTCAGGGGGAGCGGTGGCCGGTGGGAATTGGGTAAACGTGCAAAGGGCCGGTCACCTCGAGGGTTCCCGGCCCCAGGCGGAGGTGGGAGTACGGTCCGGTCAGTGACAAGGGGTGAGTTTTTATAGTAATCCTCATCATC---------------AGACTCCGTCATCTCGCCCGAACCATAGGCCGAGACCTCCATGGGCTCCTCGCAGTCCTCCTGGTCGAG------CGGACAGGGGTGCCGCCCGGGGAGGGG--------GACAGAC------------TCTTTGGTTGTCTCAAGCAAGGTGAGGAAGGGGCGATAGGTTGGGGGCGGGGGGATAACGGGGTAACGTGTTGCAATCGATGGGGGCTCAAGGGAATCCACAGTTATAATTGGCAACACTAGTTCACCTCCTAGGACGAAAGAGAGAAGGGC------ACGGTGTTAGTGAGACACCAAACA-----AACCGGCGCACAAGAGAGAGAGAAGAACCATCATTAGACTTCATGAGGTT 
s mm7.chr19     54795982 987 - 61223509 GTGCTCAGACGTAATACTCTTTGTCTTTGTTCTTCTTGGCCTTGCTTGGCGTCTTGGGGGCAGCAGGGGCCTTCTCCTTCACCACCGCCCCATTGCTCTG---GGCCGAGTTACTGATGTAATTCCGGCTCTGGTCCACCTGGTAGGAGCCCTCGTCGCGGTTGCGGTACTTGTACATGGCGTAGAGGAGAATGAGGATGCAGAGCGCCGCCGCCGCCACGATGCCCACCACCATGCCCGTGGTGCTGCTGGATTCGCGGATCACCTCCACTGCACCTGGCGGGCCGCGCTCCCCCGGACCCGTGGGGTTGGCTGTGGGCAGACGGGGGAAACCGGGGGCTGAGGTCACGCCGGGGCGCAGGGGAGGCGGCCGCCGCGGCTCGAAGGCCGTGGGGACCCCAGGCCCCAGGGGTGGGTTCTCCAGCAGCGGCTGCAGTGGGTCTCGGTGGTTCATTTTGCCCGCGGGCAGGTTGGGGGCTGGGGCGGAGGGCGCAAA-TAGCACCCCGGGGGCGC------------------CCGTGGCC------------CCATCTGTCCTGAGGTTGGGTC------GGGGCTTGCGG--------GGCGACAGGAGGGTGGTGCGGTCCGTGACCAAGGGGAAAGTAGTGTAAAAGTCCTCGTCGTCCGTGGGGGGGAGGCTGGAGTCAAAGACCTCCCCGGAGGCGAAGCCCGAGGCTTCCACGGGCTCCTCGCAGTCGCTGTCGTCGCGCTCGGCCTGACAcgg--gccccccgaggacgggcggcgcgcggcgggcggAGGCAGGGTGTCTTGGGTGGCACCCACGCCCGTGAGAAAGGGGTAGAAGGTGGGGGGTGGGGGCACGAAGGGGGATCGGGTGGCCACGGGAGGAGGGTCTAAGGAGTCCTCCGTGATAATGGGCAATATTAACTCTCCTCCTAGGAAAAGAAAGAGAAGAGAGAAGAGAGGGCGTCAGCGAGGGCCAGGGCGCGGGCGGCCGGCAC-----AGAGAGAGAAACAACAGCCTCACACCCAAATCGGTT 

a score=6069
s danRer3.chr12 20825727 109 + 37038836 AATAAGAGAGCAAAACCACGTAGTACAGGTCACTTACATCAACAAATTGGCCGCGTGATTTTTGCATGAAAAAAAAAATTACAAAAAGAAAGCTGTGTAAGATTGTTCT 
s mm7.chr19     54797302 106 - 61223509 AAGAAGATAGCATA-CCACGGAATTCAGGCAACTTACATCAACAAATAGGCCGTGTGATTTTAGCATGAAGAAAAAAATTACAAACAG--AGCTGTGTAAGCGGGTTCT 

a score=1408
s danRer3.chr12 20837318 88 +  37038836 ATGAGTCGTCCTGGATGT---AGTGCTTGAACTGTTGTG-TGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGA----CTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGA 
s mm7.chrX         20697 96 - 164906252 ATCAGCTGCTCTGTGTGTGTCAGTGCCTCAAATCTTCTGCTGTGTGTGTGTCAGAGACTCACAACCTCTGCTGTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACA 

a score=9005
s danRer3.chr12 20837406 1015 +  37038836 CTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTG--GGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTATCGCTCAG--ACTGTTGTGTGTTTG--GGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTG----GGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGA----CTGTTGTGTGTTTGGGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTG--GGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCA--GACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTATCGCTCAGACTGT------TGTGTGTTTGGGTGT-ATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGT----TGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTG--GGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGG--GTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTG--GGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACG--CTCAGA-CTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACG--CTCAGA----CTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACG--CTCAGA----CTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCA--------GACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTG--GGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGA----CTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGA 
s mm7.chrX         20979 1056 - 164906252 CTGGTGTGTGTTTCAGGGCCTCACATCCTCTGCTGTGGGTGTGTCAGGGCCTCACTTCCTCTGCTGTGTGTGTCAGGGCCTC---CAATCTACCGTGTGTGTCAGGGCCTCACTTCCTCTGCTGTGTGTGTGTCAGGGCCTTTCATCCGCTGCTGTGTGTGTGTCAGCGCCTCACTTTTTCTGCTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACATCCT--CTGCTGTGTGTGTGTCAGTACCTCACAtccgcttctgtatgtgtgtcaggacctcacatcagctggtgtgtgttTCAGGGCCTCACATCCTCTGCTGTGGGTGTGTCAaggccacacatactctgctgtgtgtgtgtcaggacctcacatcagctggtgtgtgttTCAGGGCCTCACATCCTCTGCTGTGTGTATGTCATGACCTCACATCCTATGCTTTGTGTGTGTCAGGGCCTCATATCCTCTGCTGTGTTGTGTCAGGGACTCACATCCT--CTGCTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACATCCTCTGCTGTGTGTGTTCGGGCCTCACATCCT--CTGCTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACATCCTCTGCTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACATCCTCTGCTGTGTGTGTTCGGGCCTCACATCCTCTGCTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACGTCCTCTGCTGTGTGTGTGTGGGCCTCAAATATGTTGCTGTGTGT----GTGTCAGGGCCTCAAATCTGCTGTGTGT----GTGTCAGGGCCTCAAATCTTCTGCTGTGTGTGTGTCAGAGACTCACAACCTCTGCTGTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACATCCTCTGCTGTGTGTGTCAGGGC--CTCACATGCTGTGATGTGTGTGTGTCAGGACCTCACATCCGCTGCCTTGTGTGTGTCAGGGCCTCACA-TCAG-CTGCTGTGTGTGTGTCAGCGCCTCACATTTTCTACTGTGTGTGTGACAGGGCCTCACATCCTCTGCTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACAAAATCTGCTGTGTGTGTCAGAGC--CTCACATCCTCTGCTGTGTATGTGTCAGGCCCTCACA 

a score=2211
s danRer3.chr12 20838421 130 +  37038836 CTGT-TGTGTGTTTGGGTGTAACGCTCAGACTGTTGTGTGTTTG--GGTGTATCGCTCAGACTGTTGTGTGTTTGGGTGTATCGCTCAGACTGT----TGTGTGTTTGGG--TGTATATCCCAGACTGTTGTGTGTTTG 
s mm7.chrX         22251 134 - 164906252 CTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACATCC--TCTGCTGTGTGTGTGTCAGGGCCTCACATCCACTGCTGTGTGTGTGTCAGTGCCTCACATCTTGTGCTGTGTGTGTTCAGGACCTCACATCC---GCTGTTGTGTGCGTG 

a score=6548
s danRer3.chr12 20841477 154 + 37038836 AGATGGTAAACTGACTCACCGTTTCCAGGCTCACACTCCTCGAGATCTTCATCATCACTCGGACATTCAGCAGATGCTACTAACAGATCGTCAGTATTCTGCagagcgagagaga-----gagagagagagagagagagagag----agtgagTGAATACACT 
s mm7.chr19     54808788 163 - 61223509 AGGGGGGAAAGGCACTCACCAGTACTAGGCTCACACTCCTCTAGGTCCTCATCATCACTTGGACACTCAGCCGAGGCCACCAGGAGGTCATCTGTGTTCTGGGGAGTGTGGGAGGATGGTAAGAGGAGTAAGGAAAGAGAGGGTTCCGGTGGGTGAACAGATT 

a score=17659
s danRer3.chr12 20848391 340 + 37038836 gtgCTCTGACCTGCGTGACGCTGTCCCTCATGGTGGGCGAGCGCTGCTTGCGggtggtggtggtggccatggtggtggtggtCTCCATGATAGTGGTGGACATGTCTGCGAGCGGGGTGGTGCTGGTGGTGTCGG---TGGTCATGACAGAGGGTGTGTCTCCCACCAGACGCAGGTTCCCCTGGATCTGCACATTGGGGTCGGCCTCCGCCGCCAGCTTCAGCACCTGTAGCCCGTTATAATACAGACCCGAGATCTGGCCCTGGAAGTTACGGCCCTTCTCTCCGCCGCCGACCTTAATGAAGGCCTGACTGTTGAAGATGGTGAGCTGCCGACCTGCGGG 
s mm7.chr19     54810876 343 - 61223509 GGGGTCTCACCTGGGTGGTGCTGTCCCTCATTGTGGGGGAACGGCCCCGGCGAgtagtggtggtggccatggtggtggtggtctccatgatggtggtggCCATGTCGGCCAGCAGAGTGGTGGCAGTGGTCTCAGCACTGAGCAGCACGGACGGCCCCTCCCCTACTAGCCGTAGGTGGCCTTCGGTCCGCACATTGGGGTCGCTCTCGGCGGCCAGCGCCAGTACCTTGAGCCCATTGTAGTAGAGGCCGGACACCTGGCCCTGGAAGGGGCGGCCCTGATCCCGGCCCCCTATCTTGATGGCAGCCTGGCTGTTGAAGATGGTCAGCTGGCGTCCTGAGGG 

a score=1387
s danRer3.chr12 20857123 213 + 37038836 CATATACTCTCAGACATC-CAGATGTTAAAGGGACCTTATTCTCTCCGCAGACGATCCAAAACAACTCCTTCAATG--GGTTTGATTCGCTCAGCAGAATCTCCAGGCAC-------------------AGAATCGAGC-----CTCTGCGATTGGTTGGAGCGTGGGTTAGTTCGGCGCT----GTTTAATGGTTAATGCGCAGTATTGGTCTGATCTGGG----TTCAGTTATGTGCATTTAGAAA 
s mm7.chr19     54811912 236 - 61223509 CGTGCAAGCCCAGATATGGAAAATGTTAAAGGGACCTTGCTTCGCTCACTGAC-AGCCAAAATCACTGCTCCAGCTCCAGTCTGGCTCTGCGTGTGGCAGTGTTAGACACCTCTGATGACCCCCATGTGAGGCTCGGCTGCTTGCTTTGGTTTTAGTCGACCTGGGGGTCAGTTTAACCCTCTGAgtttgttggtt-----------ttggtttgttttttgtttttttgtttttgtttttttAGAAA 

a score=639
s danRer3.chr12 20858021 45 + 37038836 GTGGCTAACATGAAGTGAATAAGCACCAAAT---------AGGAAGTGAAATAG 
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a score=8279
s danRer3.chr12 20858102 311 + 37038836 TAAACTAGT-GGCTAACAAGAAATTAACTAGCAG-CTAATAGGAAGTGAACTAGTGG-CTAACGGGAAATAAAGTAGCAG-CTAACAGGAAGTGAACTAGTGG-CTAACAGGAATTAGCAGCTATTAGGAAGTGAACAAGTGGATAATAAGAAGTGAATTAGCAG-CTAATAGGAAGTAAACTAGTGGAT-AACAGGAAATGGATTAGCAG-CTAATAGGAAGTGAACTGATGGCTAACAGGAAGTAAATTAGCAACTAATAGGAAGTAAACTAGTGGCT-AACAGAAAATGGATTAGCAGCTAATAG-GAAGTGAACTAG 
s mm7.chr17     82084879 305 - 93276925 TAAACTGGTTGACCAACAGGAAATTAGCTGACAGACCAATAGGAAGTTAGCTTGTAGACCAACAGGAAATTTGCTGACAGACCAATAGGAGGTTAACTGATAGACCAACAGGAA---------ATTAGCTGGCAAAT-------CAATAGGAAATTAGCTGGTAGACCAACAGGAAATTAGCTGATAAACCAACAGGAAATGAGCTGACAGACCAACAGGAAGTTAGCTGATAGACAATAGGAAGTTAGCTGGTAGAGAACAGGAAATTAGCTCATAGATCAACAGGAAATTAGCCCGGGGCTGACAATGAAGGGAGCCAG 

a score=5374
s danRer3.chr12 20858413 258 + 37038836 TGG-CTAACGGGAAATAAAGTAGCAG-CTATTAGGATGTGAACTAGCAG-CTAACACGAAGTGCATTAGCAGCT-AATAGGAAGTGAACAAGTGG--CTACAGGAAATGAA-TAAGCAGCTAATGGGAAGTAAACTAGTGGATAATAGCAATTAGCAGCTAATAGGAAGTGAACTAGTGGATAATAGGAAGTGAATTAGCAGCTAATAGGAAGTGAACTAGTGGCT-AACAGGAAGTAAATTAGCAGCTAATAG-GAAGTGAACTAG 
s mm7.chr17     82084933 251 - 93276925 TAGACCAACAGGAAATTTGCTGACAGACCAATAGGAGGTTAACTGATAGACCAACAGGAAATTAGCTGGCAAATCAATAGGAAATTAGCTGGTAGACCAACAGGAAATTAGCTGATAAACCAACAGGAAATGAGCTGACAGA----------------CCAACAGGAAGTTAGCTGATAGACAATAGGAAGTTAGCTGGTAGAGAACAGGAAATTAGCTCATAGATCAACAGGAAATTAGCCCGGGGCTGACAATGAAGGGAGCCAG 

a score=853
s danRer3.chr12 20858676 13 + 37038836 GACAGGAAATGAA 
s mm7.chr17     82085184 13 - 93276925 GACAAGGAATGGA 

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s danRer3.chr12 20861516 351 + 37038836 caaaatgcatatattaattttaattatattgcatatgttattttaatatactgcatttattaaattattttaataattttactgcatatactattttaataaactgcatatattatTTTAATAAACTGCACATAT--GTCATTTTAATGATTTGATCTTCAAGTGTATGTATTGAATCTGTATATGTTGTATTTGT-----TGTCTATCAGTCATCAGA--ATGAGGCCATATATGTCCACATAAATGTATCTATATGAGCTCAAACTGAGCAGGGTTGAATGTAGCGGG---TTTAGTTTCTGCGTCT-TTGGGCCTGCACTATCTCCAGAGCGCTGTTATGTTAGCGTCATTAGACAGAGCG 
s mm7.chr17     88470931 334 + 93276925 CAAACTACATATATTTTAGTTAATAATTTAGAGGCTGGACCATGGATATAATCTAT------AAATGATTTATCATTTTTGGTTAATGC-TTGCTCTGAGTACCTTCATAGATTGAGTTAGTGGATTATATTTAACAGTCCCTTTAACCTTAAGTTAACTGGGTAAGATTATTAAACCGTTG------GTACTTCTAACAATGTATAGAAATTATTATACAAGGTATGCAAATATTACTATCTACATTTTACTGTTTTA----AACTTGTTTTTAATTTAGTTTTACGGAAAATTTATTTTTTATGTTTATTAGTGTTACAATG------AAGTACTACTTGGTTA-------TGTTCAAATTA 

a score=8221
s danRer3.chr12 20861867 159 + 37038836 TAGTTCATTAGTGCTGTTTAATTACCTTTGTCGAGTAGCCATTCGTCAACTACCCGACCGAGTCGATACGGGATTCTTTGCCTAGCAATAGCCAGCCGCTCACTATCAAAGTTCCCTTGAAGAA---CAAACAGATTCAACAGGTTACAATCAGGAAGGTCA 
s mm7.chr19     54814304 158 - 61223509 taattaattaattCTGGTTAATTACCTTTGTCGAGCAGCCACTCATCTACTACTCGACCAAGCCGGTAGGGGATTCTCTGTCTAGCAATCGCCAGGCGCTCGTTATCAAAGTTTCCTTGGAAAAGTTTAGAAAGA--CAGTAGGTTTC--TCAGGCAGCGCA 

a score=7977
s danRer3.chr12 20868149 201 + 37038836 tgtgtgtgtgtgtC-CTCACCCGCCGGGAAGCGCTCGATCACGGGCAGATTGTCCACCTGTAGTGTTGCGTTTCCACCGCTGCGTGTGAATCTGACCACATGATATTTCCCATCGCTGACCATCACGCCGCTCTCCTCGATCACGATGTCGTCCGTTCCCACGTTAAAGATCACGCCGACCCTCCCGCGCTCCTGACGGACA 
s mm7.chr19     54818165 201 - 61223509 TGTGGACCTGTGTCACCTACCTGCCGGGTACCTCTCGTTGACTGGCCAGCTGTCCACTTGCAAGGTGGCATTGCCACCACTTCGAGTAAAGCGCACCACGTGATATTTGCCGTCGCTCACGATGGCGTTGGGCTCATCAATTGTAATGTCGTCCGTGCCCACATTAAAAATCACCCCAACAGTGCCCTGGTCCTGG-GGACA 

a score=6111
s danRer3.chr12  20877372 563 +  37038836 TGTAAGCCCCTCCCCCAAACACAGACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCCCAAACACAGACCAGTCACTGTAAGCTCCTCCCTCAAACACAGACCAATCACTCTAAGCCCCTCCCCAAAAAACAGACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCTCAAACACAGACCAATCACTGTAAGCCCCTCCCTCAAACACAGACCAGTCACTGTAAGCTCCTCCCTCAAACATACACCAGTGACTATAACCTCCTTCCTCAAATATACACCCAACACTGTAAGCCCCTCCCACAAACACACAGCAATCACTGTAAGCCCCT--------------------------------------------------------CCCTCAAACATACACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCACAAACACACTAGTCACTGTAAGCCCCTCCCTCAAACATACACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCACAAACACACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCTCAAACATACACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCGCAAACACACACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCTCAAACATACACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCACAAACATACACCAGTCACTGTAAG 
s mm7.chrX      164852704 588 + 164906252 TGTGAGGCCCTGACACA--CACAGAGCAGAAAATGTGAGGCGCTGACGCACACACAG--CAGTGGATGTGAGGCCCTGAAACAAACACAG--CAGCTGATTTCAGGCACTGACACACAAACAG--CAGAAGATGTGAGGCACTCACACACACAAAGA--AGCTGATGTAGGCCCTGAC---ACACACACAGCAGAGGATGTGAAG--CTCTGACACACACACAGCAGCGGATGTGAGGCCCTGAC--ACACACACAGCAGAATTTGTGAGGCCCTGACACA--CACACAGCTGAAAATGTAAGGCGCTGACAACACACAGCAAAAATGTGAGGCCCTGACACACACACGGCAGAGGATGTGAGGCCCTGACACACACAGCAGAGAATGTGAGGCCCTGACACACACAAAGCAGAGAATGTGAGGCCCTGACACAAAC--ACAGCAGAGGTTGTGAGGCCCTGACACACACACAGCAAAGGATGTGAG----GAACTGACACACACAGCAGAAAATGTGAGGCGCTGACAC--ACACACAGCAGCGGATGTGAGGGCCTGA--CACACACACAGCAGAAAATGTGAGGCGCTGACAC--ACACACAGCTGTGGGTGTGAG 

a score=1131
s danRer3.chr12  20877945 451 +  37038836 AAACACACATCTGTCACTGTAAGCCCCTTCCTCAAACATACACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCTCAAACATACACCAGTCACTATAAGCCCCTCCCTCAAACACACACCAGTC---ACTATAAGCTCCTCCCTCAAACATACACTAGTCACTGTAAGCTCCTCCCTCAAACATACACTAGTCACTGTAAGCCCCTCCCTCAAACATACACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCTCAAACATACACCAGTCACTGTAAGCCCCTCCCTCAAACACACATCTGTCACTGTATGGTCCTCCCTCCTCCA------------------GTCCCACACCCCTTTCATTC----ATGCCTTCAAACATACATAAGTCAATAAGCACCACCCTTAAACAAAGATCACTGA----GTAATTCCCTG-----CCCCCAGCCCCTGGATTGCTCTTAAGACATCCATCTCCACGTAGTTCCCGAGCCCCTCCCACA 
s mm7.chrX      164854860 462 + 164906252 AAACACACAGCAGAAAATGTGAGGCGCTGA--CACACACACAGCAGAGGATGTGTGGCACTCA--CACACACACAGCAGCGGATGTGAGGCCCTGACACAAACACAGAGGAATTGAGGCCATGA----------CACACACACAGCAGATTTTGTGAGGCCCTGA--CACACACACAGCAGAGGATGTGTGGCC--TAGACACACACACAGCAGATTTTGTGAGGCCCTGA--CACACACACAGCAGAGGATGTGAGGCCCTGA--CACACACATTGCAGAGGATGTGAGGCCCTGACACACACACAGAGGAAGTGAGGCCATGACACACACACAGCAGATTTTGTGAGGCCCTGACACACACACAGCTGAAAATGTAAGGTCCTGACACACACACAGCTGAAAATGTGAGACGCTGACACACACACAGCAGAGGAAGTGAGGCCCTGACACACA-CACAGCAGATTTTGTGAGGCCCTGACACA 

a score=11714
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s mm7.chr19     54823058 228 - 61223509 CCCTGAGCTCCA----------GTCCTTACAATGTGCAGCTGCAAGTAGTCCCCGAGGCCGGAGGCACTGTCCACTCGCACCAGCACAGCGCTCCGCTGGTGTGTGCTGAAGCCTACGGCCAGGCGGTCCATCCGTGTACTGGGCCGGTCATTGGGAGGCCATGTATAGGTGATGAGCGCTCCCCCCTTCCCGAAGATGTATGTGGTCCCAGCTG---------CAGAGAGAAGAAAACGGAGAGGA 

a score=-720
s danRer3.chr12  20878649 303 +  37038836 CATTA-GTGCGGGTCTG-TACACACACA------------------CACACTTAGGAAACAGTGACTGTA--------------GCAGCGCtgagtgtgtgtgtgtttgtgactgtctatatgtgtctgtgtgcgtgATGAGCTGAAGGTCACGGC-----ATCTGTGCTCCTGTAATG------AGGTGACGCTGAGCACACACACACACACACCTCCATCTGCAGTGCGGACGCTCAGAGCACTCTCCTAACACTGGGCTCTGCAGGCTGTATACACACAGGTGTGTGGACAGTGGAGTAAATG----TCTGAGATGAGCTGAACTGATGAAGGGTCCGTGTGTCTTTCA 
s mm7.chrX      164855575 327 + 164906252 GAGGATGTGAGGCTCTGACACACACACAGCAGAGATTATAGGCTCTCACACACACACAGCAGCGGATGTGAGGCCCTGACACACACACAGCAGAGGATGTGAGGCCCTGACAC-----ATACACAGCAGAGGATGTGAGGCTCTGACACACACAGCTGATTTTGTGAGGCCCTGTCACACACAGCAGAGGATGTTAGGCCCTGACACACACAGCAGAAAATGTGAGGCGCTGACACACA---------CACAGCAGCGGA-TTTGAGGCCCTGACACACAC----------ACAGCAGAGGAGGTGAGGCCCTGACACACACACAGCAGAGGATGTGTGGCCGTGCCACTCA 

a score=2304
s danRer3.chr12 20879077 157 +  37038836 AAACAGAAAAGCACAATTCAAAAATGATTT-GATTTTCAAGTTTTATTTCCAATGAAAAAAATAAAATCAGCAGAACACAAAACC--------GAAGAAAAGCTTGAGTTGTTCCATTAAAAATGCTGCTATGTAACAACaaaaataaa--ataataataatatatta 
s mm7.chr9      32023171 168 + 123828236 AAATAAAAATGCCCTAAATAAGACTAATCAAGACCTTTAAGACCTATTTAAAATGACAACAAAATCAACAACATAACACAAGACCTTACTGAAGAACATAAAAGTGAGGAAAATAATTAAGAATACACTTTGCTCAGAATAAAAGTATATTATAATATAAAGGTGTTA 

a score=5325
s danRer3.chr12 20881441 257 +  37038836 CCACACCCCCACCATTACAGAAGCCGCACCTCCACTACAGAAG-----CCACATCTCCACCACTACAGAAGCCACACCTCCACCACTACAGAAGCCACACCTCCACCGTTACAAAAACCACGCCTCCTCCATTACAGATACCACACCTCCTCTATTAGAAAAGCCCACCTCCACCATTACAAGAACCACACCTTCTCTATTTTAAAACACCACGACAGTACCCACGCCTCCACTATTAGAAAAGCCACGCCTCCTCCATTAG 
s mm7.chr3      53660471 244 + 159849039 CCACACCTCCAGCATCA-GGACCTCACACCTCC--TGCATCAGGACCCCCACACCTCCAGCATCAGGACCCCCACACCTCCAGCATCA-GGACCTCACACCTCCTGCATCAGGACCCCCACACCTCCTGCATCAGGACCCCCACACCTCCAGCATCAGAACCCTACACCTCCTGCATCAGGA-CCCCACACCTCC----------AGCATCAGGAC---CCCCGCACCTCTAGCGTCAGGACCCCCACACCTCCAGCATCAG 

a score=1844
s danRer3.chr12 20881867 193 + 37038836 GAAAACATGACACAAACACCAGAGGAAGAGGAGGAGG--------AAGACTACACTAGTGAGGAGAGGGAAacacacacacacacacacacactcacTCCAGCTGCAGAAAAAAAGAGTGAGTGTAAAATGGCTGCCGG-GAATGAAGAGAAGACATGTCGAGTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCAACTAATTTCCTCTCCTC 
s mm7.chr19     54823809 190 - 61223509 GAAAGGAGGCGGCAAACACGGGAGGGGGGTGGGGGGACATGGGGAAAGTTGACAGCCagaggaggaaggaggcagagagacagatggacaga------------gaaggacagagagggatgtaggtaagggaagcgggagagtgggagCCTGAGATGTAGGCTCCCTCTCCCAGCCCTCCCCCACCCCACCCTCTCTCCTC 

a score=4104
s danRer3.chr12 20882209 1672 + 37038836 GAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATAGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGAC-TGCAGCAGTTGTGATGGAGGTGTAGAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGG--AGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTA-GAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGA-GGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGAGAC-AGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAAAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAG---GTGTAGAGAGACTGCAGCAGCTAGTGATGGAGGT-----GTAGAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAG-----------AGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCA--------GTAGTGATGGAGGTGT-------AGAG-TGATGGAG-------GTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGA-------GAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACAGCAGC--AGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGT-AGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGAT-------------GGAGATGGTGTAAAGAGACTG-CAGCAGTATTGATGGAGGTGTAGAGTGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGATGGTGTAAAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGT-GTAGAGTGACTGCAGC-----AGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGC------AGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACAGCAGCAGTAGTG-----ATGGAGGTG-TAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAAAGAGACTGCAGCAGTAG-TGATGGAGGTGTAG-AGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAAACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTG----TAGAGAGACAGC----------AGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAG---AGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTA 
s mm7.chr19     54827856 1636 - 61223509 GAGTATCTGAGGAG-AGCCAGAAGAGAACAGCAAGGAGGCAGGGGTAAGGGAAGGGCATGAGAGACCCTGAAGAGGCAGAG------------CTGGGGTGAGGATGTGGGAAAGGAGAAGTGGAGAGTGCTGCCTGTGGTAGGGATGGTAG----------CTGAGATGGCAGAGAGGGAA---CAGAGGGACCTGAAGAGACTGCTCCTGGGGAATGGAGGAAACAAAGTAGTGGCATATGGGGGGCAGGGAGGGACAGGGACAGAAAGACCGGA----TATGACATGGGGTGTGGAGATCAGGGGGCTTCTTGCAGACACAG-AACAGTCATGGGAAAACCAAGAGTG-TGGAAATG------------GGAGGCACTGAGGGGAATGGACGGGACACAATAGCA-------TGGTTGTAGACAGTGATGGAGGAA-----------CAGCAATGGGGCTGAGCAGGGAAGGTGAGGGACGGTCTGAAATGA------------GGATGGCAAGGCACTGAGATGGCAG-GGAGGAGATGAAAGCCCTGAGAGGGGAGAATGGAGAGAGCTGAGGAGCA-CAGTGCTC-AGACAGCAAGGGATGGAGGGCTCAGAGATGGAGA-----GGAGAGCCCAGCGGTGGGCAGGGAGCCTGGGCCGGGAGGTGATGAGGGCTGGAGATGGGGGCCGGCAGAAGAGGAGCACGAATGGGGGTGGTAGGGGCTTAACTGAAGGACACGGTGAGGGAGATGAAGCTGGGGTGCAGGACGGAGCGGGAAGTGATAAATAAATTAAACCCAGAGCTGATGGGGTCTCCGGATGGGAGGTGGCTGAAGCCCTGAGATGGCACGTGAAGGAGGGCCTGAGACAAAAGCAACAGTCGCCAAGATGGGCAGGTGTGTCAGGAAACGGGGCACCCGGCA-TAGATGTTGTGGGGTACAGTAATGGAA---------------------AGTGACAGGCTCCTAGAGTCTGAGGGACATAGACAG---GAGGTGACAGGTACAGAGCTGGGAAGAGATGGCTTCCTGAGAATCCTGGGGGTG-GGGGAGTCTCAGATATGGAGGAATGAAGGCCTGAGGTCTAGAGGGGAAGTGAGTCTGAAGTATAAAGTGGCAGGGCCTGTTCAAGAAGGAAGGGCAGGGGCTTGGAGACAGAGGGTATGAAGGACTGGGCTGGCAGTGAATGGAGTGATTGGGGCTGACACAGGAGAGGTGACGAGGAGCCTGGAAGCAGAGAGACTGGGCTCAGGGGGTGACA----------TGGGGAGGGTCACAACTGGAAGCAG-AGCAGAGATGGGGATGGAAGGTGA-----GTAG--GTACCAAAGATG--------AGAGTACAATCGTA-CAATCGGGGTGCAGA-TGATGGGGCCCGCAGACTGAGTGAATTGTTTGAGGGATGGTGGAAGGCCAGGA--ATGGAAAAGAAAAGGGAAGGTTGCCAGGTAGGCAGAGGTGGAAG-GTAGCACACCAGCCGCGGAAGGGGATGGATGGAGGTGATAGGGA----AGAGGGATTCAAGGAGGGACAGACAGGGTGAAAGGACAGGCGATAGGGCTCTGGGAGAGACAGAGGC--TAACAAAGCACTTGGGGAAGAGCAGGTGCAGGTGAGACTAGGAAGCACTTATGGAGACAGGGATGAGGGTGAGCAGGAGGAATGGAGAGATGGAGGTGAGGGTGGGGCTGGCATGATGGGAGCTGGAGATGGGAGGTGAAGGGGCTCCGCCGCCGCA 

a score=6851
s danRer3.chr12 20884002 641 +  37038836 TAGAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGG-TGTAGAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGAAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGAGAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGG-TGTAGAGAGACAGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGAGACTGGAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGG-TGTAGAGAGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGACTGCAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGG-TGTAGAGAGACTGGAGCAGTAGTGATGGAGGTGTAGAGTGATGGAGGTG--TAGAGAGACTGCAGCAGTA 
s mm7.chr9      32032362 624 + 123828236 TAGTGATACAGGAG-ACCAGTGAGGGATTCTATAGTGATACAGGAG-ACTGGTGTAGGATGC-TATAGTGATACAGGAGACCAGTGAGGGATGCTATAGTGATACAGGAGACCAGTGTGGGATGCTATAGTGATACAGGAGGCCAGTGAGGGAT--------------GCTATAGTGATACAGGAGACCAGTGAGGAATGCTGTAGTGATATAGGAG-ACCAGTGCAGGATGC-TATAGTGATACAGGAGACCAGTGAGGGATGGAATAGTGATACAGGATACCAGTGAGGAATGCTGTAGTGATATAGGAGACCAGTGCAGGATGCTATAGTGATACAGGAGACCAGTGAGGGATGCTATAGTGATACAGGAGACCAGTGAGGGATGCTATAGTGATACAGGAGACCAGTGAGGGATTCTATAGTGATACAGGAGACCAGTGTAGGATGCTATAGTGACACAGGAG-ACCAGTGAGGGATGC-TATAATGATACAGGAGACCAGTGAGGGATGGAATAGTGATACAGGAGACCAGTGAGGGATGGAATAGTGATACAGGAGACCAGTGAGggatgctgtagtgatacaggag-accagtgagggatgc-tatagtgatacaggagaccagtgagggtgctacacta 

a score=-264
s danRer3.chr12 20884715 155 +  37038836 CAGCACAGCGTATAAACAATCCTCAGCACACTCTAATGACTGATCACACTCATCTGCAGAAGTTCTTCATGCCTCAGTGCATGCTGGGAGCTCAAGCATCAGTGTTCAGTTCTGAATGAA----TGAACTAATGGAAGAGTCA-CATCCACAGAGGCTGA 
s mm7.chr1      21221743 148 - 194923535 TGTCAAAAGCCACAAGCAGAGCCCAGAGTACTCAAATT--------CATCCAGAAAGAGAATCCATTTGTGTCCAGGCTCAT-CGTGCTCCTTCATCAACAGTGTCCAGAAATAAGTGCACCACTCAGTTGACACAAGGGGCAGCATCC---GGTACTGG 

a score=6568
s danRer3.chr12  20884870 818 +  37038836 AGGACACA----CCTAGCAACCAGAAACAAACTGCCTAGATACCAAACTGAGCATCCCAATGATGACAGAAACTG---CAGAGAGCATCTCAGAACACAGGGCC-----AAACACACACGGCAACCTTACAAC----------------------------------------------------------------------TCTACCTAGCAACCACACAAAGCAGCCTAGCAACCATAAAAGTCACCCTAGAAACCACACACAGCAGCCTGGTAACAACACA----------------------ACTTACCTTAGCAACCACACACAGTAACCTGGTAACCACACAACCCACCCTAGCAACCACACAAAGCTACCTGGCAACCGCACAATTTACCTTAGTAACCACACACAGCAGCCTGGTAACTTCACAACTCACCCTAGCAACCACACACAGCAAATTAGTAACAACA--CAACTCACCCTAACAACCACACAGCAGCAGAGTAACAACACAAATCACCCTAACTACCACACACAGCAGCCTGGTAACAACACATCTCACCGTAGTAACCACAAACAGCAGCCTGGTAACAACACATCTCACCCTAGCAAC--CACACATCAgcctggtaacaacacatctcgccttagtaaccacacagcctggtaacaacacattttaccttagtaaccacacacagcaacctggtaacaacacaccttaccctagcaaccacacacagcagccttgtaacaacacatctcacaatttactttagtaacaacacagaagtctagcaac--cacacaactcatcctaaaaaccacacaggagcctggcaaccacacaactcaccctagcaactgcctaacacaccctgacaaccGTTTGCCTCCACCGCGCAGTACTGAAAGCAGACCGTTT 
s mm7.chr9      119838524 886 + 123828236 AGCACACAGTGTCCCTGTGACAGCACACAGTTTCCTGTGACAGCACAC--AGTGTCCCTGTGACAGCACACAGTGTCCCTGTGA------CAGCACACAGTGTCCCTGTGACAGCACACAGTTTCCCTATGACAGCACAAGCTTCCCTGTGACAGTAGGCAGCATCCCTGTGACAGCACACAGTGTTCCTGTGACAGCACACAGCTTCCCTGTGACAGCACACAGTGTCCCTGTGACAGCATGCAGTTTCCCTGTGACAGCACACAGCTTCCCTGTGACAGCACACAGTGTCCCTGTGACAGCATGCAGTTTCCCT-GTGACAACACACAGTGTCCCTGTGACAGCATGCAGTGTCCCTGTGACAGCACACAGCTTCCCTGTGACAGCACAGTTTCCC--AATGATAGCACACAGCTTCCCTGTGACAGCACACAGCTTCCCTGTGACAGCACACAGTGTCCCTGTGACAGCATGCAGTTTCCCTGTGACAGCACACAGCTTCCCTGTGACAGCATGCAGTTTCCCTGTGACAGCACGCAGTGTCCCTGTGACAGCATGCAGTTTCCCTGTGACAGCACACAGTGTCCCTGTGACAGCATGCAGTGTCCCTGTGACAGCACACAGCTTCCCTGTGACAGCACAGTTTCCCAATGATAGCACACAGCTT------------------CCCTGTGACAGCACACAGCTTCCCTGTGACAGCACACAGTGTCCCTGTGACAGCACACAGTTTCCCTGTGACAGCA-----CACAGTTTTCCTT--TGACAGCACAGTGTCCCTGTGACAGCACACAGCTTCTCCCTGACAGCACACAGTGTCCCTGTGACAGCACACAGTTTCCCTGTGACAGCACACAGTTTCCTTGTGACAGCACGCAGCGTCCCTG------TGACAGCACACAGTGT 

a score=10704
s danRer3.chr12 20887518 1229 +  37038836 AGATAGAGAATCATGATTGGATGCTCCAGACAGAGAAACATGACTCACTCCACAGCAAGACTGGTCGCTCCAGATATTGAAGTGTGATTGTTCAGCTTAGATGGAGAAGTGTGATTGGTCACATCAAACGGAGAATCATGATTGGCCGCTTCACACCGAGAATTGTGACTGGTTGCTCCAGATATTGATGTGTGACTGGTCGCTCCAGATACTGAA----GTGTGATTGGTCAGGTTACATGGAGAAGCGTGATTGACCAGCCCAGATAGAGAAGCGGGATTGAT--CTCTCAACAGAGAAGTGTGATTGGTTGCTCCAGATGGGGAATTGTGATTGGTCACTTTACACTGAGAAGCATGATTGGTCTCTCAGCAAAGAGAAGTGAGATTGGTCGCTCCACACAGAGAAGTGTGACTGGTCACTCCAGAAATTAAAGTGGGATTGTCAGCTTAGATGGAGAACCGTGATTGACCAGCCCACATAGAGAAGGATGATTGGTCGCTCCACACTAAGAAACATGATTGGTTGCTCCAGATGGGGAATTGTGATTGGTCGCTTCACATAGAGAA----GGATGATTGGTCGCACCACA--CCAAGAATT--GTGATTGGTCACTCCAGATATTGAAGTTTGTATGATCGCTCAACACAAAGAAGAGTGATTGGTCGCTCCCGATAGAGAAGAGTGATTGGTCACTCCACACAGAGAAGCATGATTGGTCACTCCAGATAGTAAAGTGTGATTGGTCAGCTTAGATAGTAAAGCATGTTTGACCAGCCCAGATAAAGAAGCTTGATTGGTTGCTCCATATGGGGAATTGTGATTGGTCACTTTTCACAGAGCAGCTTGATTGATCTCTCAACAAAGAGAAGCAAGATTAGTTGCTCCACATGAAGAAGCGTGAATGGTCGTTCCACACAGAGAAGCATGACTGATCGCACCGCAGCCAGAATTGAGACTGGTTACTCCAGATATTGAAGTGTGAATGGTCGCTCAATACAAAGAACCATGATTGGTCGCTCCAGATAGTAAAGTGTGATTGATT---CGCTCCAGATAGAGATGCATGATTGGTCACTCCGCACAGAGAAGCATGATTGGTCGCTCCAGATATTGAGGTGCGATTGTCAGCTTAGATGGAGAACCGTGATTGACCAGCCCACATAGAGAAGGATGATTGGTCGCTCCACACTAAGAAACATGATTGGTTGCTCCAGATGGGGAATTGTGATTGGTTGCTTC 
s mm7.chr9      23965451 1038 - 123828236 AGGTATACAGACAACAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAAAAGTGG-------------------------------------------------------------------GTGAGTGCTCCTGCTA-------------------------------GAGAACAGTAAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTACA----GAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGGGTGAGTGCTCCTGCTACAGAACAGTGA-------------------GAGAGTGAGTGATCCTTC--TAGAGAACAGTGAG--TGAGTCCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGC--------------------------TAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTACAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGGGTGAGTGCTCCTGCTACAGAACAGTGAGTAAGTGAGTGATCCTTCTAGA-------------------------------GAACAGTGAGTGAGTCCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGGGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGGGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGGGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTACAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTACAGAACAGTGAGTGAGTGAGTGATCCTTCTAGAGAACAGTGAGTGAGTCCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTA--------------------------GAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTACAGAACAGTGAGTGAGTGCTCCTGCTAGAGAACAGTGAGTGAGTGCTCC 

a score=2297
s danRer3.chr12 20888747 212 + 37038836 ACATAGAGAAGAATGA-TTGGTCACTC-CGCACAGAGAAGCATGATTGGTTGCTCTAGACAAAGAGACATAATTGGTCTCTTAACAAAGAGAAGCAGGATTGGTTTCAGGACTCTCCACACGGAGAAGAGTGATTAACCAGCCCAGACAGAGGTGCGTGATTGGTCACTCCACATGGAAAAGTGTGATTGGTCGCTCCACACGCAGAAGTGTGA 
s mm7.chr18     53684874 209 + 90918714 ACACACAGCAGCAGGAGGTGATGATCCACACACAGAGCAACAGGAGGTGATGCTCCACACAGAGCAACAGGAGGTGATGCTCCACACACAGCAGCAAGAGGTGAT-----GCTCCACACACACAGCAGCAGGAGGTGATGCTCCACACACAGCAGCAGGAGGTGATGCTCCACACACAGCAGCAGGAGGTGATGCTCCACACACAGCAGCAGGA 

a score=-1157
s danRer3.chr12 20890297 257 +  37038836 GAGCAACTGTACACACACACCGAGACACACACACACGTCCTTCAGGAATGTGTATGTGCTGATGCTGTGATGATGTCTTTAAGGTGCATTTCACATTCACATCTGCTTCCAGCTTTATTTGAAATCAAACTCTTTAA--TGAGAGCAATTTATTCATCTAATTAAAAGACACAAA---CAGCCTCGCTCACAGCAGCCACTGCAATT---------------------AAACACTCATTACACCTGGTGCGATGCGCAGATGCTCTTCATCAGACTGAGGGCA 
s mm7.chr13     75160005 219 - 116696528 gggcatctgcacacctatacacatatccacaaac-cggcatgta--aatacacatgta----------------------------------------------------------gtttaaaatgaaaTCCTTAAAGCTGCAAAATATAAAGGCATTTAATCCAGCTACAGGAAATGCAGTTTTTCTAATAATGAAAACCACAATTTTTTTCAAAGATGTGGTAACGAGATCTTTACTTCACCCCTCGAGGT---CAAGTTCTAAGCCCAGGTCTTAGGGCA 

a score=2669
s danRer3.chr12 20890554 226 +  37038836 TCTCAGAGTCACCTGACGGTTACCATGACTACTGAC---AACAACATCACAATATTGAGaacaacatcacaacactgacaacaacatcacaatactgacaacatcatcacaatactgacaacaacatcacaacactgacaacaacatcacaacactgacaacaacatcacaacactgacaacaacatcacaacactgacaacatcatcacagcactgacaacaacaTCA 
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a score=7650
s danRer3.chr12  20934985  981 +  37038836 ACTAGTGAAATTCAGACA-------------------------------------------------------------------------------GCGGTCACACTCTGACTACAGT-----------TACACTCAAACTACAGCCACACTCTGA------CTACAACTAAACTTTGACTACAGTCAAACTCTGACT--AGTTACACTCAGACTACAGTCAAACTCTGACTAGTTAAACTCA--GACTACAGTCAAA------CTCTACTTACACTCAGACTACAGTCACACTCCGACTATAACCAAACATTGTTGTCGGAGTCAAACTCTGACTAAT-TACACTCAGACTACAGTCTAACTCTGACTACATTCAAACTCAGACTAGT-------------------TACACTCAGACTACAGT--CAATCTCTGACTAGTTACACTCAGACTACAGT-----------------CAAACTCAGACTACAGT-----------------CAAACTCAGACTA--GTAACACTCAGACTACAGTCACACTTAGATTAAAGC-------------------CACACTCAGACTACAGTCACACTCTGACTACATTCATACTTAGACTACAGTCATACTCAGACTAAAGCCACACTCAGACTACATTCATACTCAGACTACAGTCATACTCAGACTACAGT-----------------CACACTCAGACTACAGTCATACTCAGACTACAGTCACACTCAGACTACAGT-----------------------------------------------------CACACTGACTACATTAATACTCAGACTACAGTCATACTCAGACTAAAGCCACACTCAGACTACATTCATACTCAGACTACAGTCATACTCAGACTACATTCATACTCAGACTA-------------------GTCACACTCAGACTACAGT-----------------CACACTCAGACTACAGTCACACTGA--CTACATTAATACTCAGACTACAGTCATACTCAGACTATAGTCACACTCAGACTACAGTCACACTCTTACTACATTAATACTCAGACTACAGTAATACTCAGACTAAAGCCACACTCAGACTACATTCATACTCTGACTACATTTATACTCAGACTACAGCCACACTCTGACTACAACCAAACTTTGACTACAGTCAAACTCTGACT------------------------------------AGTTACACTCAGACTACAGTCAGACTCAGACTACAGTCAAACTCAGACTA 
s mm7.chr13     103598156 1308 - 116696528 actagtggggcttggatacaagtcaggagctgtgcttctagagGTTACAGTGTAAGTACTTCTGCACACACACCTAGATTATAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTATAGTGTAGGTACTTCTGCACACACACCAGGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAGGTACTTCTGCACACACACATAGATTACAGTATAAGTACTTCTGCACATACACCTAGATTACAGTATAAGTACTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTTAAGTACTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGTGCTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGCACTTCTGTACACACACCTAGATTACAGTGTAAATTCTTCTGTACACACACCTAGATTACAGTGTAGGTACTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGGAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAATGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTATAGTGTAGGTACTTCTGCACACACACCAGGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAGGTACTTCTGAACACACACATAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCACACACACCAGGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGTGCTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTATAGTGTAGGTACTTCTGCACACACACCAGGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTA 

a score=2026
s danRer3.chr12  20935966 339 +  37038836 GTAACACTCAGACTACAGTCAAACTCAGACTACAGTCAAACTCAGACTACAGTCAAA----CTCTGACTAGTTACACTCAGACTACAGCCAAACTCTAACTAGGCAAACTCT--GACTACACTTAAAATCAGCCCAGTCAAACTTTAACAAGTAACACTTGACTACA--GTCAATACGACTACAGTTTCAATCTGAATACAGT----AAACCTCTGAATACA-------GCCACACTTCAA------CAACATCCACACTCTGACT--AGTCAAACTTTTACTACAGCCAGATTCCCACAATAGCCAAACTCTGACTACACCCACACTCTAATAACAATCAA---ACATCAACAACCACACTCTAACTA 
s mm7.chr13     103599721 355 - 116696528 ATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTATAAGTACTTCTG--TACACACACCTAGATTACAGTGTAAGCACTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGC------------ACTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCAATCACACCTAGATTACAGTGTAAGTACTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGTGCTTCTGCACACACACCTCGATTACAGTGTAAGTGCTTCTGCACACACACCTCGATTACAGTGTAAGTGCTTCTGCACACACACCTAGATTACAGTGTAAGCACTTCTGCACACACACCTAGATTA 

a score=1263
s danRer3.chr12  20937541 218 +  37038836 ACTATACTTTTAACTTCACAGTCACAACTTACAGACTCATTTGAGCTCTGTGTTCATAGCTGATCTGGAATCAGCAGGTGT---GTGCAGCATCTGTGTTCTCCTCATCTGTGGATGTGTTGATCAG-----TAACAGAGGGAATGCGGAGGCT---GCTAGTGTTGCTCTGCAGCTGATCTGGGATCAGCAGTG--AAGAACAGACTGGTCTTTCATCAGTCCTGCTGCA 
s mm7.chr7      117870431 219 + 141766352 ACTATACCCTTCAACTCACTGTCACAACACACAGCTTCA---------GGTGCCCATCACCAG---AGAGTCACTCAGTGTTGGGGATGTCAGCTATAATCTTTTCCTCCATAGGCTCAGCCATCAGTTTACTCAAAGCAAAGACACTGAGACTCAGGGGAACAGTGGCCAGCACACAATCCTGCCTCCTCGGTGCCAGAAGCAGGCTGGGCCCAGGACACTCCAACTCCA 

a score=5391
s danRer3.chr12  20945915 205 +  37038836 TCTCTCTCTATGTCTGTGTGTGTGTGTAAAATCTATAGTGTGCACTCTGAAACTCTTGTGGGAGTGATATGTCGATCTCTGATCTGCTACCGCTTTCTGTCATACGAAACTCCTGACCCTTAATGGACCTGCAGGACAGAAGATCCACATTcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacCCATA 
s mm7.chr1      109208413 158 - 194923535 TCTCTCTCTGTCTCTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGACTCCCCTCTGAGACACAT---------ACACATTACCTCTTTGTCT-CTCTCTCTCTCTCTcacac-------------------------------------acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagacacacacacacacacacaca 

a score=7173
s danRer3.chr12 20958560 163 + 37038836 GCAGCACTAAC-GCACAGGAATGAAGGCGTGTTAAACTCACGGTCGCTGCAGTACGAGCCCCCGTAGGACGTCATGGTGCAGTCGCAGGAGAAGCCCTCCCACTGCTGCAGACACACTCCCTGATGCAGACACGAGTCCTCGCTGCAGGTGCTGCTGGGTCCTG 
s mm7.chr19     54834645 157 - 61223509 GCAGCACCCACAGCCCAGCCCTGCTGGC-------ACTCACGGTCATTGCAGACAGGGCCTCCATAGGAAGTCATAGTACAGTCACAGGTAAAACCATCCCACTGCTGCAGACAGACGCCCTGGTTGGCACAAGACTCTTCGGTGCAGGTGGTGCTAGGGCCTG 

a score=934
s danRer3.chr12 20967802 174 +  37038836 AGATCATTAAATGGCACTAATAAAACACAATTTCCTTATATTTCACACTCAAATATGACGAGTCAATAC--TCAAATAAAAACTCAAA----TAAAATATCTCACATA-----------ATCAGCCACACGCAGCATAAAGCGGAGACTTCT-------CTCAAAATATCATCGTTAATGAGTTCATCAAGTGATTAT 
s mm7.chr12     30816281 191 - 117814103 AGATCATTCTTAGTTACTAAATAAATTAA-------TAATTTGAGAACCAAAGAATGTCAAATTTACACATTTTAAAATAATTTCTAACTCTTATAATTTCTTACATATGTTCTTGGAGGTCAGGTAAAGGGAAAAAAGTACATTTACTCCTTTAGGATCTTAAAATATCAATGCCAGTGACTTTGGCAAGAAATTAT 

a score=9289
s danRer3.chr12 20971863 184 + 37038836 ACTGACCATCGCAGCCTCTGTCCACCTGTCCCACTTTGTGCAGTGCGTCTGCCAGCAGGTCTGGTAATCTGCCGTTCAGGTCTATGGAGGCGAGGCAGCCCTGATAACCGTCCCGCGACGCGATCAGCTTCGGCAGGCTGTTGTACATGCTCTTCGCCACTCCACCGATATACAGCTCTCCTGC 
s mm7.chr19     54835119 184 - 61223509 ACTCACCATCACAGCCCCTCTCCACCTGCCCGATGCGGTGCAGGGCGTCAGCGATGAGGTCTGGGAGGCGTCCGTTGAGGTCCACAGAAGCCAAGCAGCCTTGAAAGCCATCCCGAGAGGCCACCAGCTTGGGCAGGTTGCTGAACATATTCTTGCTCAGGCCACCGATATACAACTCCCCTGC 

a score=-961
s danRer3.chr12 20972047 233 + 37038836 GCGAAacacacacacacacacacacaAttg-ctcatcatt-accttgttgtcagaaacttgtttg---------------agtgtctttcttctgctaaacacaatagaagat-------------------attttgaaaaatgctgaaaaccggtacccattgacttccacagtatttgt----tttttctactgtggaagtcatgggctacag-gttttctacattctttaaaatatcttct---------attgtgttcaacaaaataaagacactcga 
s mm7.chr17     88874246 277 + 93276925 GGAAAAATCAATTTAATAGTCACAAAAGTATCTCAGCATCAACATTGACCACAGAGTATGATAAGGATAACAAGAGACATGGTGTTTATTTTATATTAAATTAACAAGGTAATTGTATGCCCTACTTTTTACTTTCTGAAAAGTACAAAATAAT-GTAACATTTGAATAACGTATTAGCACTGACATTTTTCTA-----GATGCTATTAGGAAAAGCATTGTATGGATTCACTAGGGTGTCACCTAAGGAAAAGAGTGTACACAAGCAGATAAAGATACCCGA 

a score=9340
s danRer3.chr12 20976140 807 + 37038836 tgttgtgtgtgtttttagtgttttgagtgtgttgtgtgtgttttgagtgtggtttgagtgtgttgtgtgtgttttaagtgttttgattgtgtgttgtgactgttgtgtgtgttttgagtgtgatgtgtgctatattatttgattgtgtgttgtgtgtgttttgattgtgtgttgtgtgt-----gtgttttcagaattttgatcatgtgtt--gtgtgttttgaaggtgttgtgtgtgttttggttgtttttagattttaattgtgtgtctgtttaggctggtttgtgttttgtgtgtgttttaagtgttttgattgtgtgttgtgtgtgtgttttgagtgtgttgtgtgtgttttaagtgttttgattgtgtgttgtttgtgctttaattgtgttgtgtgttttaagtgtgttttgtgtgttttaagtgttttcgttgtgtgttgtgtgtgttttgagtgtgttaagtgtgttttgagtgtgttgttgtgtgtgttttatgtgttttgattgtgtgttgggtgtgtgttttgagtgtgttgtgtgtgtttaatgtgttttgattgtgtgttgtgtgtgctttaagtgt--tttgtgtgttttaagtgtgtttCGTGTGCTGTAAGTGTTTTGATCTGTGTGTTCTGTGTGTTTCGAGTGTGTT-GCTGTGCGTTTTATGTCTCTGAATGTGTGTTGGGTCTCTGTTTTGAGCTCTCTTGTGTGTGTTTTATGTGTTTTGATTGTGTGTTGTGTGCCTTTTGAGTGTGTTGCGTCTGTTTTCAGTGTGTTCTGTGTGTCTTCAGTGTTCTCGTTGTG 
s mm7.chr19      6822131 765 - 61223509 TGCTCAGTGTGCTCACAGTGTACTCAGTGTGCTCACAGTATGCTCAGTGTGCTCACAGTATGCTCAGTGTGCTCACAGTGTACTCAGTGTGCTCACAGTATGCTCAGTGTGCTCACAGTGTGCTCAGTGCG-------CTTACAGTGTACTCAGTGTGCTCACAGTATGCTCAGTGTGCTCACAGTGTACTCAGTGTGCTCACAGTATGCTCAGTGTGCTCACAGTGTGCTCAGTGTGCTCACAGTATGCTCAG------------TGTGCTCACAGTGTGCTCAGTGTGCTCACAGTATGCTCAGTGTGCTCACAGTGTACTCAGTGTGC--TCACAGTGTGCTCAGTGTACTCACAGTGTGCTCAGTGTGTTCACAGTGTACTCAGGGTGCTCAGAGTGTACTCAGTGTGCTCACAGTATACTCAGTGTGTTCACAGTGTACGCAGTGTGCTCACAGTGTGCTCAGTGTGCTCACAGTGTGCTCA---GAGTACTCAGTGTGTTCAG----TGTGCTCAGTGTGT--TCACAGTATGCTCAGTGTGTTCACAGTGTACGCA-----------GTGTACTTACAGTGTACTTAGTGTGCTCACAGTGTGCTCAGTGTGCTCACAATGTATT---CAGTGTGCTCACAGTGTGCTCAGTGTGCTCACAGTGTGCTCAGAGTACTCA---GTGTGTTCAGTGTGCTCAGTGTGTTCACA---GTATGCTCAGTGTGTTCACAGTGTACGCAGTGTG--TTCACAGTGTATTCAGTGTGCTCACAGTGTGTTCAGTGTGCTCACAGTGTACTCAGTGTG 

a score=-302
s danRer3.chr12 20978048 85 + 37038836 CATGTTCAGAACCAGAATTTTCACACACACACACACACAGCAGCATTACACCACTGTGATCAAACACGCTAAATAAGCCGGACGG 
s mm7.chr17     88898536 74 + 93276925 CATGT--AGAATTTGAATATTAACATTCACTTTTATACAGTGTTGTTTTCTC-TTTTCATTGAGC-TGATATATA-------CTT 

a score=22740
s danRer3.chr12 20978133 430 + 37038836 ACCCCTTGACGAGCTCCACCACGATGAAGTCGCTGCCGTCTCCGCTGTTGAAGAGCATCAGGCCGTCGCTGCCGGTGGTCTTGAACTGGAAGAACAGGTGCATGGAGGCGTAGGCCTGCAGCGTGGCCAGCGCCAGGTAACTGCCTTTACTCCTGAAGGTGATGGGGTCGGCGATGATGTGGCGCAGGCCGAAGCGTGCGTTCAGCTCGCAGTAGGAGATGTCCCCGTTCTTACACTGGTCCAGGTAGGGGACGCCGTTGAGCAGCAGCCCCTGCAGGTGCCCGATGAAGTTTGAGGGCACGACGGAGATGAACCTGCGCTCCGTCATGATGCCCGTCTCGATGCTGTGGAACTCCAGACGCGTGTGGTCACCCGTCATCTGGCCTG-------CAGACGCACACGATGAGGAGAAGAAACACTTTACTGACCCCAG 
s mm7.chr19     54837217 437 - 61223509 ACCCCTTGACCAACTCGATGACGATGAAGTCGTTGCCGTTGCCTGAGTTGAACAGCAGAAGTCCATCTGGGGCCGTGGTCTTGAACTGGAAGAAGAGATGCATGGAAGCATAGGCTTGCAGCGTGGCTAACGCCAGGTAGCTGCTGCGACTCTTGAACGTGACAGGATCAGCCACGATGGCACGCAGGCCAAAGCGGGCATTAAGCTCACAATAGGTGATGTCTCCATCTTTGCATTGGTCCATGTAGGGTTGACCATTGAACACCAGCCCACTCAGGTGCCCGATGAAGTTGGAGGGCACCACAGAGATAAACCGCCGCTCTGTCATAATGCCCGTCTCAATGTTGTGGAACTCCAGCCGAGTGTGGGCTCCTGCCATCTGTCCTGCTCGGGACAGAAAACCAACGTCAGGGAAGGAAATAGTGCACAAAACACGG 

a score=5944
s danRer3.chr12 20978983 96 + 37038836 CTTGCCTTCCACAGTGACGTTGTCCACGGAGAGCTGCAGGTTTCTGCCCCGCCGCACCACCTTGACTGAGTGCCACTCGTTATCATTGAGTTTCTG 
s mm7.chr19     54837943 96 - 61223509 CCTACCCTCCACAGTCACGTTGTCCACGGACAGCTGCAGGCTCTTGCCACGCCGGACCACCCTCACCGTGTGCCATTCATTGTCATTCAGCTTGTG 

a score=13852
s danRer3.chr12 20983358 1470 +  37038836 TGATCATCAGGAGGCAGCATAATCACTTCG-TCAGTAGCCCCTCTCCTTCACCAGTAGCTCCTCCCCTTCATTATCAGCTCCTACCCATCACCGGAAGCTCATCCCCTTTATTAGTAGCCACTCCCCCTGATCAGTAGCCCCATCCCATTAATTAGTAGTCCCTCCCCCTCAT-CATCAGCCTCTGCCCTTCAAAAGTAGCTCCTCCCCTCATTAGAAGTGCCTCACCTTTATCAGCAGCCCTTCCCCTTCATAATCAGCTCCACCCCTTCACCAGTAGCTTCTCCACCTCATAAGTAGCCCCTCCTCTTATCCAAATAGCCCCTCCCATTTATCGCCAGCTCCTCCTCTTCCTTTTCATAACTAGCTCCTCCCCATCTAAATAGCCCCTCCCCACCATCAGCAGCCCTTGCCTTTTATCATTGGCTTCTTATCATCAGAAGTTCCTCGACCTTATCAGCAGCTCCTCCCCTATCTAAATAGCCCCCCATCATCGGCAGCTCCTCCCCTCATTAGCAGCTCCTCCTCTTTATCATCAGCCCTTGCCCTTAATCATTAGCTCCTCCCCATCATCAGAAGTTCTTCGCTTTCATCATCAGCTCCTCCTCCGA-AGTAGCTCCTCCCATTAACCAAATAGCCCCTCCCCTATGTCAGCAGCTCCTGCCCATCATTATAAGCCCCTGCCCTTTATCTGCTCCTCACCCTAACTAAATATCCCCTCCCCTTCATCATCAGCCCCTCCCCTTCATCAACAGCTCCAGTCTATCATTATAAGCCCCTGCTCTT-TATCAGCTCCTCCCTCTCATAAGGAGGTCCTCCTCCTAACTAAATAGCCCCTCCCCCTCGTCATCAGCCCCTTCTTTCATAAGTAGCGACTCCCTCACACCAAATAGTCCCTCCCCTTCATCATCAGCCCCTCCCATTCATCAACAATTTCTGCCCATCATCATAAGCTCCTGCTCTTCATCAGCTCCTCCCTTTCATATCTAGCATCTCCCCCTTGGCAAATAGCCCCTCCCCTTTATCATCAGCTCCTCCCTTTCATATCTAGCATCTCCCCCTTGGCAAATAGCCTCTACCCTTTATCGACAGCTCCACGCCCTCATATGTAGCTCCTCCCCATCACCAGAAGATCCTCCCCCATCACAAGTAGCCCCTCCCTCAATCAAAATAGCCCCTCCACTTCATCAGCAGCTCCTCCCTATTAT--CAGCCTCTGCCTATCATCAGCTCCACCCACTCATGAGTAGTTCTTCCCCTAACTAAATAGCCCCTGTCCCTCATCAGCAGCTCCTCCCCTTCATCATCAGCCTTTGCCCTTAACATTAGCTCCTCTTCATCACGTGTGGCTCCTCCCCATCATCATAAGTTCCTCCCCTCATAAGTTGCTCGTCCTCTAACTGAATAGTTCCTTTCCATTCTCAGCAGCTCCCCTTTAAATCATCAGCCCCTGTCCTTAATCATTAGCTTCTCCC 
s mm7.chr9      42133095 1331 + 123828236 TGCTCAGCAGGGGG-AGTGAAGCCACTCAGATTCTCAGTCTGACTCCTACAACAGC--CTCCCTTCCTACAACAGCCTCCCCT-CCTATAACAG-------CCTCTCTTCCTACACAGCCTCCCTTCCTA--CAACAGCCTCCCCTCCTACAACAG-----CCTCCCCCTCCTATAACAGCCTCC-CCCTCCTATAACAGT--CTCCCCTC-CTACAACAGCCTCCCCTCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTATAACAGCCTCC--CCCTCCTATAACAGTCTCCCCTCCTAC--AACAGCCTCCCCTCCTAC---AACAGCCTCCCCCTCCTATAACAGCCTCCCCCTCCT-------ATAACAGTCTCCCCTCCTAC--AACAGCC--TCCCCTCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTATAACAGCCTCCCCCTCCTACAACAGCCTACCCCTCCTACAACAGCCTACCCCTCCTACAACAGTCTCCCCTCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTATAACAGCCTCTCTTCCTAA--AACAGCC------------------------------------------TCCCTTCCTACAACAGCCTCCCCTCCTACAACAGTCTCCCCCCTACAACAGCCTACCCCT--CCTATAACAG-----CCTACCCCTC-CTACAACAGCCTACCCTCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTATA-ACAGCCTACCCTCCTACAACAGCCTCTCCCTCCTA-AAACGGCCTCCCCCTCCTACAATGGCCTCCCCCTCCTACAATGGCCTCCCCCTCCTACAACGGCCTCCCCCTCCTA---CAACAGCCTCCCCTCCTA--CAACAGCCTCTCTTCCTACAA----CAGCCTCCCTTTATACAACAG--CCTCCCCTCCTACAACAGCCTCCCCC-TCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTACAACAGcctaccctcctacaacag--cctaccctcc---tacaacagcctaccctcctacaacag--cctaccctcctacaacagc-ctaccctcctacaac-agcctaccccctacaacag------cctaccctcctacaacagcctccccctcctataacagcctaccctCCTACAACAG-----CCTCTCCCTCCTAAAACGGCCTCCCCCTC--CTACAATGGCCTCCCC-CTCCTACAATGGCCTCCCCCTCCTACAACGGCCTCCCCCTCCTACAACAGCCTCCCCTCCTACAACAGCCTCTCTTCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTACAACAG-----CCTCCCTTCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTACAACAGCCTCTCTTCCT-ACAACAGCCTCCCTTCCTACAACAGCCTCCCCCTCCTACAACGGCCTCCCCTCCTACAACAG-------CCTCCCCTCCTACAACAGCTTCTCTTCCTA-CAACAGCCTCCCCTCCTA--CAACAGCCTCCCCC 

a score=3929
s danRer3.chr12 20984828 286 +  37038836 CATCATCAGTAGCCCCTCCCCTTCATCAACCTCTAAACGTAACTAAATAGCCCCTCCCCTTCATCATTAGCCCCTCCCCATAATCATAGGCCCTTGCCTTTCATCAGCTCCTCCCCCTCATAATGAGCTTCTCCCCTGACAAAATAGCTCCTCCCCCTCATTATCAGCTCCTCCCCTTCATATGTGGCCCCACCCCTTAGACAAATAGCTCCTTCCCTTCATCGGCAGGTCCTCCCCTTCAGAAGTAGCTCCTCTGTATCACCAAGTAGCCCCTCCTCTTCATCAT 
s mm7.chr13     24529168 248 - 116696528 catc-ccagcagcattcccacctcagcagcacctccat----cccggcagcacccccacctcagcatcacccccactccagcagca---accct----cctcagcagcacccccaccccagcagcaccctcatccc---------agcagcacccccacctcagcagcacccctacctcagcagcacccccacct----------tagcagcacccccacatcagcagcacccccacctcAGCAGCACCCCCTC-------CTCAGCAGCACCCCCACATCAGCAG 

a score=391
s danRer3.chr12 20985114 372 + 37038836 CACCCCCCTCCTTCATCAACAGCTCCTGCCCATCATCATAAGCCCATGCCCTTCATCAGCCCCTCCC------------------CCTCATAAAG------------AGCTTCTCCCCCTAA---CTAAATAGCCCCACCCATCATCAGCTCCTTCACTTCATAAGTAGCAA------------CTCCCTCACACCAAATAGCCCCTCCTCCTCATCATCAGCTCCTCCC--ATTCA----TATTTAGCCCCTCCCCATAACCAGAAGCCCCTCCCCTAACTAAATAACTCCTCCCCTTCATCATCATAAGCCCCTGCCCTTTATCAGCTCTACCCCTTCGTAACGAGCTCCTCTCTCTAACTAAATAGCCCCTCCCCCTCATCATCAGCCCCTCCCCCTTGACCAAAAATCCCTGTCCTTCA 
s mm7.chr19     54838908 375 - 61223509 CACCCCCACCCTTCCTACCCAAATCGTCCTT-----------CCCATGTACTTCGCCTGCCCCCTTGTGGCCACTGGTGGAGATGCATCATTAAGTCTACAGATTTTATGTTCTCGCACCAGGTGCTGCCTAGCTCCAGATTTCTTCCTCCTGTTACTGACTTGGGCAACAAGGTGCCCTGGCTCTCCCTTTCCCAGAATCCATAACCATCCTTACCAACTACTTCTTCCTGGTTCTGCTTTGTTTTGTCCATCCTGCCCTCCACAATTCCCCATCCCACCCCCATACCTGTTCCCCTCC-----------CCACAACCCCTTGCAAGC--------------------------CAATAATGAAACTGTCTTTCCCCCTCCCTCCATCCCTTTCTCCCTAAACCCCAATGTCCAGCCTCCCA 

a score=1158
s danRer3.chr12 20985486 94 +  37038836 TCGGCAGCTCCTCCCCCTCATAAGTAGCTCGTACAGTGCACTTATTCTGTTTAAAATGCTACTGAATAGTGCATTACTGTGTGATCTGGGACGC 
s mm7.chr13     24529765 94 - 116696528 tcagcagcacccccacctcagcagcaccccatcccagcagcattcccacctcagcagcacccccaccccagcATTACTGTTCCATCTGAGACAC 

a score=3400
s danRer3.chr12 20985763 118 + 37038836 ACCGGTCTCATGGCTGTTTGCTGAGGGCCGCAGACAGACACACATTGAAGGGGCTGAAGGTTGAGgacagatggacggacagacagatgacagaca--------gagagagagagagaTGGAGGGC 
s mm7.chr17     88931478 116 + 93276925 ATTGTTCTCATGGCTGTTTGCTGAGGGCCGCAGAC-TTTGGGCATTGAAG--------GGTTGTGGATTGCTGAGT-GACAGCAAGATATCCCACACATTACTTAAGAACAGAAGAGATGGAGGAC 

a score=629
s danRer3.chr12 20994492 41 +  37038836 AGGAGAGAacacacacacacacacacacacacaga------cacGCG 
s mm7.chr12     30984799 47 - 117814103 AGAAGGGAAGACAAGCCCAAACAGAATGACAGAGGGTCCTTCATACG 

a score=-23
s danRer3.chr12 20994533 2 + 37038836 TG 
s mm7.chr17     88932032 2 + 93276925 TT 

a score=13349
s danRer3.chr12 20994535 211 + 37038836 TACCGAGGTTGACGGTGAGCTTGACGCGTCCTCCGTCCAGCTCCAGGCGCAGGGTGTCTGCAGACTCTTTGGATGTGGTGGCCATGAGGAGGCCGTACGCCCGCTGGGACATGAAGCGCAGAGACACGTCCTCCGCCTCCGTGTGCAGAGTGCTGGGCAGGAGGATCTTCAGGTACATGCTGCCGTCATAGCTCAACACCGTCGCCTCTGC 
s mm7.chr19     54846256 211 - 61223509 TACCGAGGTTGACGGTGAGCCTCATCTGCCCCCCGTCCAGCTCGAGACGCAGAGTGTCAGCCGACTCCCTGGAGGTGGTGGCCATCATGAGTCCATATGCCCTCTGAGACATGAAGCGTAAGGACACATCCTCTGCTTCCGTGTGCATCGCAGTGGGCAGCATGATCTTCATGTACATGGAGCCGTCATAGCTTAAGACCGTGGCCTCTGC 

a score=8711
s danRer3.chr12 20997792 640 + 37038836 cacacacacgcacactcacTGTATACTGGCCTCAGTGATtgtttgtatatttgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatgcatgct-tctGTTATtatgtgtgtttgtttttgtgtgtgtttgtgtgcttcagtgttttctcttgtggtttctgtatgtgtgtgagttgtttgtgttttctgctgtgtgtgcctgagcagtgt-----gtgtgtgtgagcatatgtgtgagcatatgATTATGTTCTGAGTGTTTTCCACCATGTGTGTGTTGTTTATGTTTTCCAGCATGTGTGATCgtgcatgtttgtgtgtg---tgtgtgtgtgtgtgtga---gtgtgagcatatgtgtgtatgtTTTGAGTGTTTTCCACCgtgtgtgttacgtgtatgtgtgtgaacatatgtgtgtgtgtTCTCCTTGAGCCTGTGATCGCAGCAGCTTCAGCTCCAGCTGgtgtgtgagtgtgtg-tgtgtgtgtg-tgtgtgtgtgtgtatgtgta-tgtgtgtga-gtgtgtgtgtTCTGCCACAGATGG-TTGTGTCTTCATGAATCAGGCTGAGACATTGAG-------------------CTGCGCTGCGGACACTGAGC----AGCACATGAAGCCTCCCtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtg 
s mm7.chr17     60622399 616 - 93276925 CACTTTCACTCTCTCTTCCTATGTCCTTGTCTTTGTG-----CTGTACCTCGCTGTGCTCCTGAGTCGCTGTGTGTGTATGATCGTGTCCTGTTtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtatgtgtgtgtatgagtatgtgagtgttcgtgtggt----gtgtgtgcatatgatgtgtgtgtggtatggtgtgtgtgtacatatgatgtatgtggtgtgtgtgag-----gtgtgtatgtatgtgtgtgtggtgtgtg-----agctgtgtatgtgtggtatgtg------agtgtgtgtg-----gtatgtgtatgtgtgaaatgtgtg-gtatgtgtgatgtgtatgggtgtgtgtgcatttgatgtgtgtgtatgagtaggtgtgtggtttgtgtgtttgtgtgagtatgtgtgtgt---------------------------------tatgtgtggtgtgtgtatgactgtgtggtatgtgtgtggtgtgagggtgtgtgtgtgtagtgtgtgtggtgtgtgtgtatgctgacatgcatgggccataggcacacaagtagaggtcagactttgcagagtccgttcttgccatccatgtcccctggattctgagttccgagcgcaggttgtcagTTTACGATTGCTTGCTTTTACCTGCTTGCTTATTTATTCATC 

a score=-1627
s danRer3.chr12 20998522 281 + 37038836 CTCCGGGTTAAAGCTAAACACTGCATCAAA--CCATTCT-----TGTTTTGAGAGTAAAAGCAACCCAGTACTGGGAAacacccatacacacacacacacacacactcatacactatggccagtgtagttgatcagttcccctatagcgcatgtgtttggactgtgggggaaaccggagcacccagaggaaacacacgccaacacagggagaacatgcaaact-----ccacacagaaacaccaactgacccagccgggactcgaaacagcaaccttcatgctgtgaggccat 
s mm7.chr17     60623092 258 - 93276925 CTCCTAGCTCTCCCTGGCCAGTGCACAGAAGGCCGTTCTCATTCTGTTTTAGTCATCCTGACCACCTAACACCCGCCAGGGGCCTCCTCCCCACCTGCA-GTGGGCTCACACACCCT--------------CCCAGTTCTTT-----CTCTTGTCTCCTGACCT---GTGAAACCAGGACGGCAGAGGCAGAAGAATGCTC---CGGGGAGATCAAGGCAGCTGGCTCCCACGGGGCAGGGGTCACTCAGACATTCGT---------CCACTTCTTTCTCACAGTGTGGCCCT 

a score=191
s danRer3.chr12 20998855 2 + 37038836 GT 
s mm7.chr17     60623393 2 - 93276925 GT 

a score=15539
s danRer3.chr12 20998860 406 + 37038836 CTCACCGATCTCGCAGTTGCTGCCCATGTACCCGGTGCCGGTGCAGTCGCAGATGTAGCGGTTCCAGCCCTCTTTGCACTGTCCTCCATTGGCACAGGGGGCGCTGCTGCACCTCTTCTGGAGCTCGCGGGTGCAGAAGCTGCTGACGCCCGGAGCGCTCTGAATCTCCGCCAGTCGCCGCACGTCTCGGCTCTTCCCATCGATGAACAGGTCGCGGACACAGCCCACGTAACCGTAGTTGAGCAGCGCCGTCCACACCTCGGGTGGGAGCACCAGGCCC---TGCCGCATCTCCGGGAGTCCACCCAGATACATGTCACTGTCCAGATCCAGGATCTCGCTGCCCTCATTAGTGCTGAAGGGCATGGAGCGGCTGTTCACCGAGATCGAGCCTGCG---CAACACACAGCA 
s mm7.chr19     54846633 412 - 61223509 CTCACCTCTCTCGCAGACCCGACCCAGAAAGCCGGTCCCGATGCAGTCACAGACGAACCGGTTCCAGCCCTCTCGACAGATGCCCCCGTTTCGACAAGGGGCCGACGCACACTGCTTCAGGGTCTCCCGGGAGCAGAAAGGAGCAACGCCCACAGCCCCCTGGGCCTCAGCCAGGCCCCGGAGATCTCGACTCCGTCCATCGATGAAGAGGTCTCTCACACAGCCCACGTAGCCAGCCCGGAGAGCAGCTGTCCACACCTCAGGGGGCAGTGGCAGGTCCACTCGTCCCCCCTCGGGGAGACCGCCCAGGTACAGCTCACTCTCCAGGTCCAGGACCTCGCTCTCTCCTGTGGCCAAGAATGGCGTGCTGCGGCTGTTCACAGAGATGGAGCCTGGGGACCAAGGCAGAGCA 

a score=22496
s danRer3.chr12 21000236 475 + 37038836 CAGTGCTAGGGATG---CAGTGTTTCCCTCACCTCTCCTTCCTTCCCTCTGGAAGTCCACGTGACACCATTCCCCATCGTTGACCTTCTTGTTGCTGGCCTTGATTTTGATGCTGCCGGATCCCATGTCCATCAGCAGGTACAGGAACCCGTCCAGCAGCTCCATGGCGAAGTAGTCACTCTTGGTCTCCCGACCAGGCCGTGTCTCCTTGCT---GCCCTG--CGGTCGACCGTGGCTGAAGAGCAGCAGTCCGCTGGGTTCACTGGTGCGGAAGTCAAAGGAGATGGAGCTGGTCTTCTTGGTGTCCCAGCGGGGCAGGGAAATGAAGGAGTCTGGCGTCTCGAAGGTCACAGGGTCCAGCGCCGCCACGTCCTCACAGCGGAACACCAGCTCCCCGTGCAGGCTGATCTTTGGGTCCCTCTCGATGGCCAGGCGAGACAGCTCCAGTTTAAAGTCATTGTTCTTGTAGACCACCTGCAGG 
s mm7.chr19     54854346 478 - 61223509 CAGGGGAAGGGAAGGTCCAGAGGCCTCCTGACCTTTGCGCCCGTCCCTCTGGAAGTCCACGTGGCACCATTCACCATCATTGACCTTGCGGCTAGACGCCCGCAGCTTGATGCCCCCGGAGCCCATGTCCAGCAGAAGGTAGAGGTAGCCATCCAACAGCTCCATGGCAAAGTAGTCGGCC-----CTCTGGGTAGAACTGTGACTGCCTACCCCGGCCCCAGCCCGCCGGCCCTGGCTGAAGAGCAACAACCCATTGGGCTCAGTGGTTCTGAAGTCCAGGGAGATGGAACCAGTGCGCTTGGCGCTCCAGCGGGGCAGTGCGACAAAGGCCTCAGGACTCTCAAAGGTCACAGGGTCCAAGGCAGCCACATCCTCACAACGGAAAGACAAATCCCCCTGCAGCTTCATCTTCGGGTCCCCTTCCTTAGCCAGTCGGGACAGCTCCAGCTTGAAGTCATTATTCTTGTAGACCACCTGTATG 

a score=13748
s danRer3.chr12 21003044 274 + 37038836 ACTCACATCCTTCAAGCAGCCCATGAAGTTGTTGCTGACCGGTGATCCAGGCAGATCGGCTGTGTTCGGGCTTCCTCCGATATAGAAGAAATCATCAGAGCCCAGCATGGTGTAATCCTCCTGTGTGTAGCCTGTGGTGGTCAGAATACCATCCACTGAGATAGTGACCTGC--------GGgagaaagagagaga-gagac------------------ggagagagaga---gagagagagagagagagagagagagaaagagagagagaTTCCCCCA------------------------GAGGAACAG------AGAGAGGAGAGAGAG 
s mm7.chr19     54855709 334 - 61223509 ACTCACGTCCTTGAGGCAGCCCATGAAGTTGTTGCTGACAGGTGAGCCAGGCAGGTCGGCTGTGTTGGGGCTGCCCCCAATGTAGAAGAAGTCATCAGAGCCCAGCATGGTGTAATCCTCCTGCGTGTAGCCTGTGGTGGTCAGGATCCCGTCCACCGAGATGGTCACCTGCCCAGCCCGAGGAGGGGGAGAGACAGGAGACAACCGACATCAACACCCAGGGAAGAGCCACAGGCGGGCAAGGGAGGGACCAGGGGGCAGTGGGGGAGGGGGACCCCCATTTTTATGTCTGCTTGTCTTGGAGGCGGAACAGTGGGGTGGAGAGGAGGAAGAG 

a score=4657
s danRer3.chr12 21005699 318 + 37038836 ACTTACCCCCCCCTCCCCCCCCACACACACACACATGTGTTTACCTGACTTGCTTTTAAATGCTCGGCCAGGATCATTGAGATGTCGAATAATAATGATGTTTTGCCCTTTCTGA---------CTGAACGTGTCCAATTAAACGCAGCGCT---GATAAAGGCTGAAGCAGAGCCGACGACTCTA-----TCTGCCA--AATTATTATTTTATTCAGTGACAATCAAACACGGAGGCGGAATGAGTTTCAGTCACCTCCGCACAACACCACCTCATTAAacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaacacacacacacacacaca 
s mm7.chr16     58147257 316 - 98481019 ATTAAACATCTCCGCCTCCCCCCCACACACACACATGCCTTTGCAGTAATTGCCTATGATTGCT--GGCATGATTACTATGAGGAAGTCT-GTATTTTCCCTTCACCTATTTTGAGCACCCAGTATGTAAGCTTGCAGTCCATGGTGCCTCTACGAATATTATCTGAA--AATATCGAAAAATGTAAACACTTAGTCAACAGTGATTACTCTCTCTATT--CAGGTAGTCATGAAGGC---ATAATTTTGACACAGTTTTTGAGAAGCc-----------acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 

a score=1666
s danRer3.chr12  21007178 144 +  37038836 CTCTGATATTAACAGCTCATGA--TTATTCAGTGTTGACTTATGCTAATTAGACAGCGCTCTGGAATACTGCAATCTGATTGGTCAGTCAGGACATTCCGAGGCGTGTTACCTGCTGATAACCACTGATGA--TTAATTACTGGCTGA 
s mm7.chr6      114754940 143 + 149646834 CTCTGCTAGCCCCTGCCCATGCCCTTTTGCAGCCATCTGTTACACTTGT-AGACTCTGCCTTGGTTTGGGTCTGTCTAATGTGCCCTCCTG----CTTGGAGGCATGTGAACTGTTGATCACCACTGATGATGTTCATTTCTGCCTAA 

a score=2318
s danRer3.chr12  21007365 476 +  37038836 TGCTGGCCGAAACTACCCATCACATCACACAATGCGGCACATCAGAGCATCTGATTGGACATATTGTCTAAATGTCATTTTGCTCAGTATAAACACTGATCAGATGTG-TATCCTGTGCGTGTGTGAGAGTGTGTGTGCAGTCACTGGCTGGTGTGTGTGTGTGGTCAAAGCGCTGGCATTATGTCAGTGTGATCAGCGCAGGTTTCTGGCCTAGACTCCAGTGATATTACAGTAAATAAACGATGATGGTG------AGAGTCGAGCAGCTGTCAGacacacacacacacacacacacTGA-GTCCAA-----CAC-------------------TGAGAGAGAGAGAGAAACGGCTGAAGCAGAAGCAAAGACACACTCCTGcacacaatcacacacacacacatgcacatttctgaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 
s mm7.chr6      114755131 470 + 149646834 TGCTAGTC-------CCTGCTACTTCAGAAAATGGTActggggagaggtcttgagtcattaaagtact----tgccatg----caagtgtgaaggccga--aattgggatgcccagcatctgtacaaaaggccaagtg-------tgggtgatatgcatctgtgaccccagtgctgagggt------gtagggcaaggacagctt-------cagattcaattgaagatcctgtcacaaaagtaaggtggagtgtgatagaggaagacagcccctagccac-cacatgcatacacacaTTTATGTCCAGGTTTCCACAGACCCgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatgtatatatatatatatatatataCACAGATAGACACACAGtctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacacgcacacgcgcaTGTGCA 

a score=7755
s danRer3.chr12 21029606 162 + 37038836 AGAATTGAAATAGGAAACGAAATCCAGGGCAAACCAAAGTAGAAGACAATTAGAATGATATCTACCATATAATGCAGTTTGTTTACCATAGCGTGTCCAATGCCTGAGTGCTTTA--GGAAAAAACAAGGGAGGGG-----AAAGAAAAATATATAGAATAATGACAAA 
s mm7.chr19     54864203 167 - 61223509 AGAATCGAACAGTTAAA--AAACCCACGGCAAACCAAACGGTAAGACAATTAGAGTGATATCTACCAGATAATGCAGTTTGTTTACCATAGCGTGTCCAATCCCTGCGTGCTTCACCGGAGAGGGGGAGGGAAGGGGTGTCaaaaaaaaagaaagaaagaaagaaaaaa 

a score=1781
s danRer3.chr12 21029879 102 + 37038836 TTTGTCAACCAAAAGAAAAACATGACAACAGTATTGTTATTATGGTTAGTAGGTCAGTTAATTCAGAAAACAACAGATGGCCCACATTCCGTGAATGACACA 
s mm7.chr19     54864634  97 - 61223509 TTGGTTAGTAAGAAGAAAACAACAACAACAACAGAAAAAAAA-----AACTGGACCGAGAAAGCGGAGACTTAAAGATGGCCAACATTCCGCAGATGAGACA 

a score=1094
s danRer3.chr12 21030090 140 + 37038836 CACATGAAGAGGGAAACATGgagagagagagagagagagaTTGGGGGAGGGGTTTGTTTGAGGGGGAGGGAAAAGCAGTATTAGTGATCTTTCTGATTGGCTAGTCCTGCGAGTG-GGTGT---GGCCTAAACTGTGAATGGGG 
s mm7.chr19     54864819 133 - 61223509 CACACAGAGTTGGCAACGGGGGTAGGGGGTTTCCAACAGAATGGGGGAGG-----------GAGGCAGGGTTAAGAAGCAGACCCAGTATGCAGGATTAGTAGGTCCTACAGCTGAGGTGTTAGGGACTTAAGGGAGGGAGGGG 

a score=-30
s danRer3.chr12 21031127  93 +  37038836 TAAATCCTGAACACTACACACA--------------------------------CTCAATGCTGGACAGGAGGAGCCAT--CGGGCACTA-AGCTGAAGGGGTGGAGCAACTGGGAGTTA--ACTGTGTT 
s mm7.chr12     96999593 128 + 117814103 taagtcctgagtgctacagttacagctgtgctgtgtgctacAGGTACAGCTGTGCTCTGTGCT--ACAGGTACAGCTGTGCCGGGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCT 

a score=9640
s danRer3.chr12 21031220 465 +  37038836 TATAGGTATAG----------------------AGCTGTGTTAAGAGTGATGTGTATAATGGTGTT------------TATAGCTGTTCACAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAGCTGTTCACAGACCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCTTTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTC------------TGAGAGCTGTGTT------------TATAAATGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAGCTGTTCACAGACCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCTTTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAAATGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTG 
s mm7.chr12     97000140 523 + 117814103 TACAGGTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTCTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTCTGTGCTACAGGTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTCTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCCGTGTGCTACAGGTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTCTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCCGTGTGCTACAGGTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCCGTGTGCTACAGTTACATCTGTGCTCTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTG 

a score=1384
s danRer3.chr12 21031685 48 +  37038836 AGAGCTGTTTTTATAACTGTTCTCAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTG 
s mm7.chr12     97000882 48 + 117814103 TGTGCTACAGGTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTG 

a score=5345
s danRer3.chr12 21031733 216 +  37038836 AGTGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCACAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTG 
s mm7.chr12     97002764 216 + 117814103 TGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTAGAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGTTACATCTGTGCTCTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTG 

a score=4706
s danRer3.chr12 21031949 149 +  37038836 AGTGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCAGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGATCTGAGAGC 
s mm7.chr12     97003146 149 + 117814103 TGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTTTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGTTACAGCTGTTCTGTGTGC 

a score=13550
s danRer3.chr12 21032098 597 +  37038836 ACTGTTCTGAGAGCTGTATTTATAACTGTTCTAAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGTTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGTTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCTGTGTTTATTACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGTTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCAGTGTTTAT-----------------------AACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTTAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCACAGAGCTGTGTTTGTAACTGTTCTGAGTGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTTTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGTGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTGTTTATAACTGTTCTGAGAGCTGTATGTATATCTGAGTGTCTCTG-GCTCCTGG 
s mm7.chr12     97003497 618 + 117814103 GCTGTGCCGTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTAGAGCTGTGCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTAGAGCTGTGCTGTGTGCTACAGTTACATCTGTGCTCTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTCTGTGCTACAGGTAAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTCCTCTGTGCTACATTACAGCTGTGCCGTGTGCTACAGGTACAGTTGTGCTCTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCCGTGTGCTACAGGTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTCCTCTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTTTGTGCTACAGTTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTACAGTTGTGCTCTGTGCTTCAGGTACATCTGTG---CTCTGTGCTACAGG 

a score=728
s danRer3.chr12 21032695 74 +  37038836 CGGATGCAGAGCACAGATTACGGATGCCGAGAGTGTTTCCCGTGTGGCTCTG--ATGTGCTCCAGCCTCAGCAGCG 
s mm7.chr12     97004246 71 + 117814103 CGTGTGC----TACAG-TTACAGCTGTGCTGTGTGCTACAGGTAGAGCTGTGCTCTGTGCTACAGTTAcagctgtg 

a score=22434
s danRer3.chr12 21040966 311 + 37038836 CTCTTACCTGGCGCAGGTTTCGCGTGACCTTGACGTCGTGCCAGGCGTTGTCGTTGAACTTGCCGTTGACGGGCTCCACGAGGGCCTCGAAGGCTCCGGAGCCCAGGTTGATGACGAGCCACACGGCGCCGCTCTTCAGGGACAGGTTGACGTAGTCTGCAGATTTGCCGGTGTGCAGCATCAGGCCGTTGCGCTGCAGCGTGCGGAAGGACAGCGTGATCTCGTCAGTGCTGCTCTGGATGGGGTCA-GAGACAGGTCATAGCAGAAGAACTCGTTCCCCTTGAAGGTGGCCACCGACTCCTCTTTACCTG 
s mm7.chr19     54872847 312 - 61223509 CCCCTACCTGGCGCAGGTTTCGGGTAACCCGGACGTCGTGCCAGGCGTTGTCGTTGAACTTGCCATTGACGGGTTCCACGAGGGCCTCGAAGGCACCTGAGCCTAGGTTGATGACCAGCCAGACAGCCCCAGACTTGAGGGACAGGTTGACGTAGTCAGCCGACTTCCCCGTGTGCAGCATCAGCCCGTTGCGCTGCAGGGTGCGGAAGGCCAGTGTGATCTCGTCAGTGCTGCTCTGGATCGGGTTGTGGGACAGGTCGTAGCAGAAGAACTCATTGCCCTTGAAGGTTGCCACAAATTCCTCCTTGCCTG 

a score=-18
s danRer3.chr12 21041288 89 +  37038836 GAGGAACATCTGAGTTCACTGGATTT-----------ATTTACATCGtacagctgaagtcagaatcactcgccttactgagaatattccccaaatgatgt 
s mm7.chr12     31157785 94 - 117814103 TGGTTATGCCTTGATGAACAAGAATCTACTCTAGGCAACTCCTATTTAACTGATGAAAACAGAAGAGCTCAC--TACAGAGAA----ACCCAAACTGTGT 

a score=7835
s danRer3.chr12 21049758 415 +  37038836 ggaaGTGTTGGTAGTGTGTTCATGTTAAtgtgtgtattgtgtgtttgtgtgtgtgcgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgctcat-tgtgtgtttgtagtgtgctcaagtatgtgtgtgtgtgtaacatgtttgttcat-tgcgtgtgctttcagtgtgtttctttcagtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgCTCAGTGTATATGTCTGTGAGT-TGTCTTTCTAGTGAGTTTTTATATGTTCAGTGTGTGTGTGTGTGTGCTGA---------------------ATCTCCATTAGCTCCAGCTCTTCgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTGCTGCTCTCTGA------------------------TGTAGAGTTTAATTGCGTGTTGCCGCAGTAACGCAGTGCTGAGCTCCGCCCCCTCA 
s mm7.chr14     68164178 445 + 119226840 gtatgtgtgtgttatgtgtgtgtgtgtatgtgtat---gtgtgtgtgtatgtgtgtatgtgtatgtgtgtgtatgtgtatgtgtgtgtgtatgtatgtgtgtgttatgtgtgtgtgtatgtgtgtgtatgtg---tgtgtgtatatgtgtatgtg-tgtatgtgtgtatgtgtatgtgtgtgtttgtgtatgtatgtgtatgtgtgtgtgtgtg-tgtgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgtat-gtatgtatgcgtatgt---gtgtgtgtctgtgtatgtaggtGAAAGGACAACCTCAGTGTTATTCCCATCATTCACCTGtctctctttttttatttctcttctcttctctctctctctctctttctctctctctTGAAATgtcccccactgactgaaacttgtcaagtaggattg---attgggccaggagttcagttgt---ctctgcctcccca 

a score=1884
s danRer3.chr12 21050338 151 +  37038836 tgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg-------------------tgtgtgtTTCTCACTGACTGATCTT----CACCTGTTTCAGGAATGCTGTCAT--------TATGTTCTAGTGTTGAACATCTCTTACACATCACTTCTGCTGGATTCTGATTGGCTGCTGGTCACTCT 
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a score=4618
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s mm7.chr17      4266967 600 - 93276925 TGCTGGAAATA---GCTTGCGCCTTTTCTGTTAACAAGGT-GCACGTTGTGATTAGTG--------------AATAACA-----GACGACTAAACTTTACTAATATGTACA-----CCAGCAAAACTAACC-----TAGGAGGCATTTTACTAACACCATTTTTGTGTCTGCTAAATAACTTTTGAGTT----------GCAGCAGGGATGATGCTGACACTAGTTCAATGATCAGTTAACTCTCTAA-----CTAGATTAGAATCTCT-CAGGGCTAGCTGAATAG--AATCCAAGAATAAAC--------CTCAAACAGACATGAAAATGGGTTCCGCCACAGGGCTAAAACTGaaaaccaaacaaacataaaaaaaaaaaaaaagcaaaacaaaaactataataaagcaaaaca--caaa-----------------acaGGCATATCCCAGGATTACAGCATGTAGGTCTGAGTATAGCGTGTCCTTTCCCTGTGCTTTGTCATCTAGGTGACAATATCAGTGGATGGAATTCTTACCACAACGGGCTACACGCAAGAAGATTACACCATGCTGGGGTCTGATGACTTTTTCTATGTTGGAGGCAGCCCCAGCACAGCCGACCTTCCAGGGTCACCAGTCAGTAACAACTTTATGGGCTGTCTCAAAGAGGTAA 

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s danRer3.chr12 21196434 455 + 37038836 TGATTTCAACACTGGAGTTTATGA--TCACAGTCACTGGCCACAATTCTCCTCCTT-------------------TAATGTTTGCTAAATTCTTTTTGGTCTCCTTCCTTTCTTGCTGTCTCTCAGATGCCACGATCCTCAGTTACGATGGTAGTAAGTTCATGAAGATCCAGCTGCCGGTGGTGATGCACACAGAAGCGGAGGACGTGTCCCTGCGCTTTCGTTCTCAACGGGCCTACGGTGTTCTAATGGCGACCACATCGCAAAACTCTGCTGATACTCTGAGGCTGGAGCTGGACGGAGGGCGGGTCCGACTCACTGTCAATCTAGGTACA--------TCTGCCAATAAGAGCGCTCG----------TATTGATGGTTACCACCACACAGTAGACGTGAAGC---------ATAACATGTTAACACAGCATGG-aattttttg------------tttttaattattattatattttttCTCAAATGTGATTTTATATCTATTGTATGGT 
s mm7.chr17      4344573 501 - 93276925 TGATTTTACCACTGATGTCCCGGAAAGAAAACTCAGCAGCCTCCTCTCTCCCTCCCACATGTGCGCGCACTACACTAATGCAAACTGAACTGTGTCCGGTTCCCTCCGT---------------AGAGGCAACGGTTTTGAGCTACGACGGGAGCATGTTCATGAAAATCCAGCTTCCGGTGGTGATGCACACTGAGGCTGAGGACGTGTCCTTGCGGTTCCGATCCCAGCGTGCATATGGTATCCTGATGGCGACCACTTCTAGAGACTCTGCAGACACCCTTCGATTGGAGCTAGATGCAGGACGTGTGAAACTCACGGTCAATCTAGGTAAAACAGGCCTTCCGCAATTCAGCTAACACGTCTCACTTTTTGTTCAGTTTTGCCTGCAAATGTTTATCGACTAGCCTGTTTGCTATGGAAAGTTAAAACAACTGAGCAATGCTTTGGTGGGCATCACTTTTTTTTATGTTATGGGtttttttttttaatttttttttataCTCATAATTTAGT 

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s danRer3.chr12  21197468 350 +  37038836 TGTTAGTTTTTATTACTAAATT-ATCAAAACTGACATTAACATGAGAGTTTAAAGGCATTTTTTAGGAATTGAAGATATTTTAAAAATGACAAAAATAGTATAGATTATTGTAACTTTTTAACAT-TAAAAAACACCAAAATATTATAATAGATTGTTTTCTAAAACAGCAATTATAGGAATAAATTACAGTTTGTACTGTAT----TTTTTGTT-----------------------------AAAAGA--GAAGTATAATA-ATATTTTAC------ACTATTATAGTACAAT---TAACATAAATTAATGATAACTTTTGATAAATGATCTTTTTTTGCAGTTTGACCAAATAAATAGAGCTTTGTTGTAAATAAGAGACTTTTTAAAAAATAG 
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a score=2810
s danRer3.chr12  21197911 225 +  37038836 atattatattTACTAATAATATATCTTTTTACAATCATTACTAGATGTCTCTAGACTTGCTCGGTTTTGGAACAAATTAATCTCCAAAGTATAGTGTTAACTCTATGctctttctctctttcgctatttctctctctctctctctctctct-ctctctctcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaATACATTCGAAAATCTCTGTGT 
s mm7.chrX      141210487 180 + 164906252 AGGTCATTTTTAAGAATCTTAAATGTTTTT----------TTAAATGTAT--------------------------------TTCAAATTatattattacatcatttctttttctctttcttccctccaatccctcccacaatatccccttgctatcattcaaataatca---acacacacacacatacacacagacacacatact-cactcatctatctctaagt 

a score=1699
s danRer3.chr12 21198153 52 + 37038836 AACCTTCAACGGCCAGAGTCTGCGGCCAAGCGCTCACTCCCAGATGAGCACT 
s mm7.chr17      4345395 52 - 93276925 ACCCTTCAATGCCCAAAGTCTGCGGCCCTCAGCAAACAGCCATGAGAACAAT 

a score=6812
s danRer3.chr12 21204466 150 + 37038836 GCTCGGTTTGC--GTGTTCGTCCCCAGTCTG-TGGGCGATGTGTTGTAATGGATGTCTGCAGTCATAACCTTGAAGGCTGAATTTACATCTT--GTCTGTTCTCCCCCATCTAGACTGTATCAGGATAAACTGTACTACCAGTAAGTGACTCTTC 
s mm7.chr17      4347303 154 - 93276925 GCCAAATTTGCATGTGTCTGTCCCCAGAAGGGTGGACTGTA-ATTTTATTGGATGTCTGCAGCTATTACCTTGAAGGATAAATATTCATTTTTCATCTATTCTTCCCCATCTAGATTGTATCAGGATTAACTGTAATTCCAGTAAGTGCCTATTC 

a score=471
s danRer3.chr12 21204616 9 + 37038836 CCCTCTCTT 
s mm7.chr19      6384199 9 + 61223509 TCTTCTTTT 

a score=5565
s danRer3.chr12 21218336 145 + 37038836 GCACTCTGTTAACCGCTGTGTGGGACATGTTATAGGTAAAGGTCCAGAGACCATATTTTCGGGCCAGAACTTGAATGACAACGAATGGCACACAGTTCGTGTCGTCAGAAGAGGCAAAAGTCTAAAGCTGATGGTGGACGACTTG 
s mm7.chr19      6385409 142 + 61223509 GCGCTATGCTCACTCCCCCCTTGG---TGCTGCAGGTAAAGGCCCCGAGACACTGTTTGCGGGGCACAAGCTGAATGACAATGAATGGCACACGGTGAGGGTGGTCCGGCGTGGCAAGAGCCTGCAGCTGTCCGTGGACAACGTG 

a score=91
s danRer3.chr12 21223268 1 + 37038836 T 
s mm7.chr19      6385777 1 + 61223509 T 

a score=19647
s danRer3.chr12 21223269 493 + 37038836 AGTGAGATCCCTGTGTTGTCTTATGTTGACATTTAGGAC-------AAGGTCTCTGTTTTGACGCCTCCCCTTTCCTGCATTAAATCTGTTTTCGATTATTCATTCT-GGTAAGGTCAAATCACTGGGGACCACACGCAGCTGGAGTTCCACAATGTGGAAACGGGCATCGTTACCGAGAAGCGCTACATGCCCGCTGTGCCCTCCAACTTCATCGGACACCTGCAGGGTTTGTCCTTCAATGGCATGTCCTACATTGACTTGTGCAAGAACGGCGATATCGACTACTGCGAACTGAACGCCATGATCGGCTACAGGAGCATCGTGGCAGACCCAGTGACCTTCAAGTCTCGCTCCAGCTATGTGACTTTGCCCACCCTGCAGGCCTACTATTCGATGCACCTCTTCTTCCAGTTTAAGACTACTTCTCCAGATGGGCTCATCCTGTACAACCGAGGAGATGGCAATGACTTTATAGTGGTAGAGCTGGTTAAAGGGTGAG 
s mm7.chr17      4377821 497 - 93276925 AGTAGGTTACCTGCCTT-TTATGTTTTGAAATATACTATTACTGTGAAAATCTGCAGTTGGAAGTGTC---TTTCATATGCACAATATAGCAATGTCTTTTCATTTTCTTTTAGGCCAAATGGCAGGTGATCATACAAGGCTGGAGTTTCATAACATAGAGACAGGCATCATCACCGAACGACGCTACCTTTCTTCTGTCCCCTCCAATTTCATTGGGCACCTGCAAAGCCTGACATTTAATGGAATGGCATACATAGACTTGTGCAAAAATGGTGATATAGATTACTGTGAACTCAATGCCAGGTTTGGATTCAGGAACATCATCGCAGATCCTGTCACCTTCAAGACCAAATCGAGCTATGTTGCCTTAGCTACATTGCAAGCCTACACCTCTATGCATCTATTTTTCCAATTCAAGACAACATCTCTAGATGGACTAATTCTGTATAACAGTGGGGATGGAAATGACTTTATTGTGGTTGAATTAGTTAAAGGGTAAG 

a score=11166
s danRer3.chr12 21223813 232 + 37038836 AATTGTTTTTGTCGCTGTT------CGTTTGCAGATATCTCCATTACGTGTCAGATCTGGGAAATGGAGCTCATCTCATCAAAGGCAATTCCAACACACCGCTAAATGACAATCACTGGCACAACGTGATGATCTCGCGAGATACAAACAACCTCCATACTGTCAAAATAGACACCAAAATCACCACACAGACTACCATGGGAGCCAAGAACCTGGATCTGAAAGGTAAATGTGGTTT 
s mm7.chr17      4379265 238 - 93276925 AATGGCTTTTTTCTCCATTTCATTTCCTCTCTAGGTACTTACATTATGTGTTTGACTTGGGAAACGGTGCTAACCTCATCAAAGGGAGCTCAAACAAACCACTCAACGACAATCAGTGGCACAATGTGATGATTTCACGGGACACCAGCAATCTCCACACAGTAAAGATCGACACAAAAATCACAACACAAATCACTGCGGGAGCCAGAAATCTAGACCTCAAGAGTAAGTACTGTCT 

a score=9695
s danRer3.chr12 21225646 191 + 37038836 TTGCTGCCTTTACAGGTGATCTGTATGTTGGAGGTGTGGCTAAAGATATGTATAAGGACTTGCCAAAGCTGGTGCATTCAAAAGAGGGCTTCCAGGGCTGCCTGGCATCTGTGGACCTGAACGGCCGCTTGCCAGACCTGCAGTCAGACGCACTGTCCACCGCCGGCCAGGTGGAGAGAGGCTGCGAAGGT 
s mm7.chr17      4402668 191 - 93276925 TTGATTTTTCCACAGGTGACTTGTATATTGGAGGAGTGGCTAAAGAAACATATAAATCCCTGCCAAAACTGGTCCATGCCAAAGAAGGCTTTCAAGGTTGCCTGGCATCTGTGGACTTGAATGGCAGACTTCCAGATCTCATCTCGGATGCTCTCTTCTGCAATGGGCAAATTGAGAGAGGATGCGAAGGT 

a score=4296
s danRer3.chr12 21230593 380 + 37038836 TCTGTCTGCTTTCTGTATTTCCTTACATTTTGAACCACTTGATTTGTTATAATCACAAACATTCCAGTGCCTC---------------TACTAACATCTTATATTTTTTTGTTTTGTTGTTTCTTTTTCGTTTTGCTGACAAAAGTTGCATTGCTGAAAGCTGACTTGCAAGGTAGATAGTCATATGTGTGT----CTTAACCGATGCCCCTCTTCCCCTGACTGTGAGCGTCTG--------ATGTCGTAGATAACGTTT--------TTGCCCAGCAGCTGGTCTAGTAATTCCATCACCGTAAAT------ACAAGCACCGTCC----ACACACCTTGTATTTACAACCTCCTGGTCTTAAAATGTCTCCG---AGTGTCCTGTGTCATAGTTTT-CCCTCACTTTCCTGTCACTTCTCTTTTCAT 
s mm7.chr17      4406195 416 - 93276925 TTTGTTTGCTATACATAGCATTTTTCCCTTTATAGCAGCATGCATTTTTGAATC-TAAACATTCTGTTTGCTCCATTTCCATATTGCTTACTAACATTAAATATATTTTGCTTTT-----TTTTTTTTAATTTTGCTGACAAA-GTTGCATTGATGAAAGCTGACTTGCAAGGTAGATAGCCCTGTGTGTATAAAACAAGACTGAAACCCCACCATAC---ACAGTGGGAACCCTAAAATAACATGTTTTTGATATTTTTTAGTAACTGTTATTTGGGTTCAGATTTAACTTTCTCCTTCTTGGACATTGTACAAGAAGCCCCATCTTGTAGCACAGCTGGCA--TACAGGCTTTCAGTCTT-GGATGTGTTCGTACAGTTCCTGCTTTCAGTGCTCTGAGCGCACTTCTCTGCTCCTTGTTTTTCAAT 

a score=7950
s danRer3.chr12 21237436 137 + 37038836 CAGGCCCCAGCACTACCTGTCAGGAGGACTCCTGCTCCAATCAGGGCGTGTGTCTGCAGCAGTGGGAGGGGTTTAGTTGCGACTGCAGCATGACATCATATGGAGGGCCACTCTGCAATGACCGTGAGTCTATCACC 
s mm7.chr17      4407298 137 - 93276925 CAGGGCCCAGCACAACCTGCCAAGAGGATTCATGTTCAAATCAAGGCGTTTGCTTGCAGCAATGGGATGGCTTCAGCTGTGACTGTAGCATGACTTCCTTCAGTGGCCCACTCTGCAATGACCGTGAGTAACTCTCC 

a score=1890
s danRer3.chr12 21260107 42 + 37038836 TTTTCATAGCAGTGGGGTGCATGTGTGTTTGCGTGCATGCGT 
s mm7.chr19      6397082 42 + 61223509 TTTCTAGAATGTAGGGATGTGTGTGTGTGTGCATGCATGTGT 

a score=10468
s danRer3.chr12 21265976 226 + 37038836 TACTTAATATTCTGCTTCTCTCTCTTTCTCCTTTTGCAGCGGGAACCACATACATATTCGGACGTGATGGAGGGCTTATTGTGTACACATGGCCACCCAACGACAGACCGAGCACACGAGCTGACCGACTGGCTGTCGGTTTTAGTACCCAGCAGAAGGATGCAGTGCTGGTTAGGGTGGACAGCTCTTCTGGCCTGGGAGACTACCTTCAGCTTCAGATTGTGAG 
s mm7.chr19      6400210 226 + 61223509 TACTGACATTTCTTCCTCTCCGTTTTCTTCTCTCTGCAGCTGGGACCACATACATCTTCGGGAAGGGGGGAGCGCTCATCACCTATACATGGCCTCCCAATGACCGGCCCAGTACACGGATGGACCGCCTGGCCGTAGGCTTCAGCACACACCAGCGGAGCGCTGTGCTGGTGCGAGTGGACAGTGCCTCCGGCCTCGGGGACTACTTGCAGCTGCACATTGTAAG 

a score=-792
s danRer3.chr12 21266202 271 + 37038836 TCTTACACAAACAAACACACTTTTACAGTTTTGTTGAGAAATCTGAGCCCAAATGCATGTATTAAGAGTTGATTTAGCATTTAGTGCCAACTTTTGGTTTGATGCAATCCTTTTTGTTTTGTTTTGGAGCAAGTGTCTTCATCTCTTAAAGTTTgaatgaatcatttgtcacacttattgtgtaaagttgatacatgcatttacagtgtatttgtggttaaaatatatgttcataat--tactgctgttatttt----------tctggaaacatgtttagtt 
s mm7.chr17      4605166 221 - 93276925 TAATTTTCAATAGGCTAAGCATTTGCatatatgt----atatgtgtatatatatgcacata-tatgtgtaaat---acatataaaaatatatTTTTCTTGGAT-------------TATTCCTCAAGAGCAATT-----------------------TGAATC--------------TGGGATAGAGCTAATAAAC---TGTAGTGTTTATATGTTGTTAACATATAC-TTCATAATAGGAATAAAGTTATTTTTAATTTTGAATCTGAAATCACGTCAATTT 

a score=-2611
s danRer3.chr12 21281463 872 + 37038836 TGTGTTTTAAAATGTTTTGATATAGATTTTTTGGGCTGATATAATATTTAATAATAATGATTTTCTTTATTGTA-TTTATGCATTAGTGAGCAGAAAAGACTACTTTCAAAAACACTAGGAAATCATAATGCTTCCAAACGCTGGACCAGCAACATATCTACTGTATTTGTAGC-----CAAGATTTTAATACCATGCataaggttgaa-----gtcagaattatt------------agccccctaaattattagtccccctgtttatttttccctgatttattcaacacatttctaaacataagttttaataactaaatctttgctatgatgacagcacataatatttgactagatatttttcaagacacttctatacagcttaa----agtgacatttaaaggcttaactaggttaattaagttaactaagcaggttagggtaattaggcaagttat---tgtataacgatggtttgttttgtagactatcggaaaaatgtatagcttaaaggggctaataattttgtcct---taaaatg---------------gtgtttaaaaaaataaaaactgcttttattctagcaaaaataaagcaaat-----aagac-------tttctcctgaagaaaaaaaaatatcagaca--------taatgtgaaaatttcc------------------------ttgctctgttaaacatcacttgggaaatattttaaaaagaaaaaatcaaagggg---gactaataattctgacttatacagtatCTTTAAAGACAGTTTTCACAAAAGGAAGGTTGTTGACAAGTTTTTTTTATTTATCTCTTTTACTTCTCTATTCTGAAAGTTTTTTATTCTGGAGATATTTATTGTTTTTTTAATTTGCCTGTATTCTGAAAACATATTTTTATGCTTCTAGCCATTGATAAAATAAAACCATTTATAGT 
s mm7.chr17      4755695 886 - 93276925 TGTGCTTTAGGATCTTATGGAGCATATTTT--------ATGCTATATATAATA----CAATTTTTGCACGTGTACTTTGTATTTTATCTAGT--------TTGTATGCAGATAGATTAGAATATAA---------------CCGAATGAGCAACATACATATCTTATTTGAAGTATGCTCTAGATATTGAGAATATCATTAAATCTCAATCTTGGTCGAAACATTTTCAATTGACTATAATTTTATAAAGAATTAGACAGTGTGATCACACGTTTTAGAACCTTCAAGTACGTATCCAG-TATCATATTTCATGA-----TGTTTCCTTT--TAACATGGCTTAATATTATAATCCTTATTCATAAATGAGCTTTTGTGAAAAAAAACAATAATTACCTTT---GTCTCTATTTATTTAATGAATCCACGAAAG-----------ACTTCATTAAATTATAAATGCCTCATTACTGATGTTCTTAGAACAGATTTTCAAAAT-TATGGCATAAGACAGTTACTCATTACAAGCAAGATACAATACAGAGAGATCAGCACATGTCCACAGAAATGACTACTGGTTTTCCTAATGCAATATTCATGAGAATTTACCAAGACAATCACGTTTAATCCAGAGGAGTAAGGATTTGAAATGAATTCTTTTAAATTGTAATTATCCATTGGCAAGGAAGTTCAGCAAGttttatttttttatatataattGAAACAACTTTCTATCCTGACAATATGAGCTGGGTTTGAAGCATATTTATAGCTTTTAGGAGG-----AAAGACATATT-----------AGATTTAGAAAATATTCTTCATAGTAGTATTTGATATTTCACTATATTAAATGTTTCCCCCCATGGAGATA---GATGTTTCTTTGGCTATCATTTATATTGAAATTGATTTTCCAAGGTCTTGGA----AATAGAATACAGTGAGTTGTGGT 

a score=411
s danRer3.chr12 21285985 7 + 37038836 CCTTTTT 
s mm7.chr17      4760899 7 - 93276925 CCCTTTC 

a score=8091
s danRer3.chr12 21285992 206 + 37038836 CCCTCTCTATCTTTACAGGAAAGAGGCAATATCAAAGTGGTGTTCAATGTGGGCACCGATGACATAAACATTGAAGAAACTTCAAAGTTTGTAAATGATGGAAAGTACCACATAGTTCGCTTTACGAGAAGTGGTGGTAACGCCACCTTGCAGGTGGATGATCTGCCAGTCATTGAGCGCTACCCATCAGGTAAGAGCCCCAAGCC 
s mm7.chr19      6405134 206 + 61223509 CCATCTCCCTGTCCCCAGGACCAGGGCACTGTTGGGGTGATTTTTAATGTGGGCACGGACGACATTACAATTGATGAGCCCAACGCCATCGTGAGCGACGGCAAATATCACGTGGTGCGCTTTACTCGAAGTGGTGGCAATGCCACCTTGCAAGTGGACAGCTGGCCAGTCAACGAGAGGTACCCGGCAGGTAGGTGACACAGGTC 

a score=2698
s danRer3.chr12 21292869 627 + 37038836 ACGGACGGACATCTCTGAGGTCGAAGCTTTTGTCAGGGCGGTTTCACATTCACATGAACTGATTTTGCATGCTTTACTGATGAACTGATAATCTTCCTGTTGCTTTAATCCTTTGAGTGTTTTTTCTGCTACTTTGATGT-TTTTTAAATGTATTG------------TGATCTGATAATGTGAAATTGATCATATAAAAATACCTTAGATTAGATAGCAAATGTG---AAGCTAAAATCAAACTGGTTG--CAAAAACG------CTGGACTATGTACTGTAATGACAATATTTCGATTAAAATGAGCTAGTTGT-------CATGTTTAACTAGATGA-AAAATCTGCTAAAAAGATTTAA----------AAGATTCCTATTTTGTAAATGTCTTATGTAAAG---TGATATGATGTTTAAACGTGATTGAGTTTGGTTGATTTCTCTTAACAGTAAGAGTAGGTGCATATTTAACGTAGCAAAGTGCT-----TCTATTAAAATAGGGTTAATTT-GTTGGCTTAAATTTTAAGAATTAATTGATGTATG-CAACCTTGGTGTTCCGAATAAAAAAAAATGTAAGCA---------AGAAGAGGAAAAAGAAAAAAAACAGACAGTTAAGGCATATGTTTCACTGTAGGT-------TTTAATCTTTGACCTTTCAGATTTTTAACAATGA 
s mm7.chr17      4804864 651 - 93276925 ACTGAAGGATGCTCATATAAACGTCACTTTTGTCAAAGCCTTTCCTAACTCAGATGTACT---TTCTTATAATGTACAAGTGA-CTGACAAACCGACT-TTGGTGGAATGCACAAGAACTGTTTG----GACTTTGTGGTATTCTTAAATGAAACGAGTAAGCAAATATGTTGTCTTAATAGGAAATAAAGTATGCTAGG----CCTATTTCAGATGCTTAATGTGTCAAAGATGGTGTTAAATTTGGTGTTCATAAATTACTAATCTGGAATAAGAGGTTGAATG----TATTTTGAA-AACTTAAACCTGTTGTAGCTGAACATGTTTAACTAGTTAATAAGAAACATCAAAAAGACAAAACCCTGAGGTCAAGGGTCATTTTTT--------TTTTTGTAAAGCTATTATATGCTGTTTAAAT-TGGTTG--TTCGG---GTCTGTCTATAACATAAGTATAATAACCTAGCTCAAAT-GCAGATTTCTAATTTTCAATTAACATAGGAATAATTTTGTTTGCTAAAAT----AAAATAAATGAATGAATGACAAGTCTGA-------AACATGAAATGCTCTAGGTAGAACTTTTTAAAATTCCAAATTTCAAAAAATCATGTGGCAATTGTATAGCTCAAGCTTTAAGTATTAACTTTTAACCTTTGACCTTACAGATTTTAACCAATGA 

a score=7936
s danRer3.chr12 21293496 171 + 37038836 AATGTCTCTTTAAACTTT--AAAGGCAACATTGATAACGAACGCCTGGCGATTGCTAGACAGCGAATCCCATATCGGCTTGGTCGAGTAGTTGACGATTGGCTACTCGACAAAGGTAA-AAACACTGATTAAAACTTTAAATAAAAGATAATTTGATCATAAGCAAGTGATATT 
s mm7.chr19      6409066 174 + 61223509 ACTGTCTTTCTAAACTTTTCCAAGGAAACTTTGATAACGAGCGCCTGGCGATTGCTAGACAGAGAATCCCCTACCGGCTTGGTCGAGTAGTAGATGAGTGGCTGCTCGACAAAGGTAATTAACCAGaattaattaattaattaactaactaactaaCTTTAAAAACACGATCTT 

a score=-1667
s danRer3.chr12 21293667 1080 + 37038836 TTGCACAGCAAATAAACCATCTAAAACATAAATCCCCTGTATAACCAAGTTTAAAAA----TTAAA-----CAAATGTAGTAAATGTAATATATTGCACTGTACAGTTCAATAATGTGTTGTTATACTGTACTTGTAAACCTGTCAGAGGTTAAAGGGACTGGTAATATACTGATAACTGAAGTTAGTTCAATCATTAACAAAATATGTTTACATCATTAAAATACTGTTTAATTTAAATAATGTTCTGTAATAATCTAAATGAATAATTAATAAAGTACATGTTTATAACAGTGGGAATTATGTGAATTCATAATGATGTACACACTCTATTTAATGTATGTATATCTTGCATATCTT-------GCCATGCTAAACATTTCTTTTGGAAACTGCTAAAGTGCACAGTTAAAAACCCAAAGCAAATGTCTCTTAAATAGC-TTCAATGATTATTGGCATCAGATATGAAGTCCCTTTAACA--AGCAAGTT---------------AAACACACCTGAAGGGAAA--------AGACTTGAATGCATGCTCAAATGTATGTAACAGATTGAATCCTTCCAAGTTGATTGTTTTCA----AGTTTGCTTGTGTTCTTGCTTTCTCTTTTCAATGGAATTATAAACATGATGAATCATTTGTAATGTGTCATGTAGCTATAAAGCCATTCT-CACATAAACCTTATTTCAGTCTAATTAATTTTAATTGTCATTGCC---CTTGCTGAAAGGCAATCTCAATAAACGTTACCAGACCTGTGTATACAGGCTTTGTCATTTGCATTA-AAGCTGTTTTTTTTTTTTT--TAAGATT----AACAGTAATTTTTTTCACGTAAAAGGGGAATTTTTCTTTTTAAGA------------TAAAGAATAATTTTCTCTCTCATTCCAGTATTTATACGATT------GTCCTTTTAGCAAAGTCC---------CAttctttttttcttttttttttttttttgttatttttttGGGACA----------------CAGCTTTCTCATCCCCTTCATTT------ATTTA------------------------CTTTGTGC-------CAACAGCAGCCATTAAA-------TTACAGTCGATAAATT--ACCAGTGTTGCTGTTAGCATTAGTGTAATTTATTGCTTCATGATCCCCAGGGAAAATAAGGTTACGGTTGTTGTGTGTTT 
s mm7.chr17      4805689 1135 - 93276925 TTGTAACACTAATAAAC---ATAAAAAATAAATTTTCCGTAAAACTAAATTAAAAACAAGTTTAAAACAGTAAAATGTAG--ATAGTAATAT-TTGCA-TACCTTGTATAATAA----TTTCTATAC---ATTGTTAGAAGTACCAACGGTTTAATAATCT-----TACCCAGTTAACTTAAG---GTTAAAGGGACTGTTAAATATAAT----CCACTAACTCAATCTATGAAGGTACTCAGAGCAAGCATTAACCAAA---AATGATAAATCATTTATA-GATTATATCCATGG------TCCAGCCTCTAAATTAT----------TAACTAAAATATATGTAGTTTGGATATCTTTATCATGGTCCTGAAAAAAAATCTTTGTTTAAACT--------------CTAGGAA---------------TCTTAAATAGTGGGCAATATGGATTGCCAATCAAAATGAAGTCCCTTTAACGTTTGCAAGCTTCTGAGAACATTTGGGAACAAACCCTAATTAAAACTGAACTTAAAGTTGTGTGCATGCCT-----TATGAGCAGAGGTAACTCTGTCCATGCTGG-AGTCTCCATCTGATGATAATGGTACTGTTGCTAGGACTGTTTGATGGAAATGT-GCCATGATTTCTCCATTGGTTTGTGTTTCATTCCTGAAGCGGCTTTTTACATTTGAGGCTATTTTTTTTTCATTTTATTTTATTCTGTTTTGATAGACTTGCTGAAAGCCAATCAGAAAAAATATTTTTGAAACTTTTTTT--TGTCTCTGACAAGCTCAGTGTAAACCATTCGTTTTCTTTCAGTGTGATTGCTGAAAAATAGAATAATTGAAGCAACAATGGATTATTGCCTTCCAAAATATAAACATCTCTAAAGAATAGCATGTAGAGTTATATGGGCA-TTATGTGAATTATGAAATCTTTGCCATAAAATTTAAAATTAGACATTAGTTCCTATTTGTTAGTTTATTTCAGAGGTTATTTTAGGATAACAAATATTGAAATGTTAGAAATGTCATACTTTTTAAATTTAGCAATTTAAATTTAAGAGACCAATAATAAGTTCTTTAGGCAAAGGAAAAATAGGATCCACTAAAAACTGATTTGCAGTATATATGTTTGATTGGT----CTTTTAGCA--AAAGCACTACATTATAATATGTTGACAATTTATAAGTATTTGCCAGTAATTATGCATTT 

a score=375
s danRer3.chr12 21294863 35 + 37038836 AACACTCTTGTATTTTCTGTAACGTTCTCCCTTGG 
s mm7.chr17      4806950 32 - 93276925 AACATTTTTGCA-TGTATGTAATATTAT--TTTTA 

a score=10146
s danRer3.chr12 21294898 368 + 37038836 CAGGTCGGCAGCTCACCATCTTCAACAGTCAGACCACCATAAAGATTGGAGGCTGGGAGAAGGGCAGCCGGCCCTTCCAGGGTCAGCTCTCAGGGCTTTACTACAATGGGCTAAAAGTACTCAACATGGCCGCTGAGGGTGACCCTAATGTGCGTGTGGAGGGTAGTGCCCGGCTGGTAGGAGACATGCCCTCCTCTTCTATCACGCCACAGTCCAGCGTCTCTGCTGCGGGAAATCGTTCAGAAACGTCACCCTCCATCACTGACATCACCACTACAACGGCGTCCAAC------CGCCAGGGCAAGCAGACCACA------------ACTCCACAGGTCAG-CGACACCTTTATCTACGAAGGCTGAAGCTGGGTGTTTGATCTA 
s mm7.chr19      6412294 376 + 61223509 CAGGACGCCAGCTGACCATCTTCAACAGCCAGGCTGCCATCAAGATAGGGGGCCGGGATCAGGGCCGCC---CCTTCCAGGGCCAGGTGTCCGGCCTCTACTACAATGGGCTCAAGGTACTGGCGCTGGCCGCCGAGAGCGACCCCAATGTGCGGACCGAAGGCCACCTACGGCTAGTAGGGGAGGGGCCGTCCGTGCTGCTCAGTGCTGAGACCACTGCCACCACTCTG------CTGGCCGACATGGccaccaccatcatggagaccaccaccaccatggccaccaccactacTCGCCGGGGCCGTTCCCCCACAATGAGGGACAGCACCACCCAGGTGAGACCCCTCCTGGGTCTGGGAAGGTCCAAG--GGGTGTTGGGGTTA 

a score=1349
s danRer3.chr12 21303359 177 +  37038836 CTGATTCCAGCAGATGCAAAATAGGTCACTTTTTTTTTTTTTCTCCAT-----TGGTTA------------------------AAATGTTCACTGA----AAATTACTGTAATGT---------GTTTA-----------CAGTGTGTGTGGTCCTGGTGTCATTACAAATCAGTTCTTTCACACTGGGAAAATAT--ATGGAAATTGTGTGAGAAAAATGTGTGTGAATTT 
s mm7.chr12     87686680 228 + 117814103 CTAACTCTGTGGGAAACAGAAGAGCAAATGTTTTTTTTTTTTCTCCATAGGAATGGTTGATTCTGCTTGTCTGTTTTAGAACCAAATTTTCACTGACCACAAGTGGATTTAATGCTACACAGGGATTTGGGGAATTGCCTCAGTTTGTGGTAATTTTCTGTCTTT----GGTTGTTCCTTCTCACAGCAAATATATAAATGGAGGTGCAGTGGGGGCAGATTGTTTGAGTTT 

a score=6896
s danRer3.chr12 21316814 170 + 37038836 TTTGACTAACCCTTCATCTCTTCTGTCTCTCTGGTACA-GGACGATCTTCTCGTAGCGTCTGCAGAATGCCCCAGCGATGATGAGGACATTGACCCTTGCGACCCAAGTTCAGGTGGGTTAGGTTAGTCA-------TCTTTCTTTTATATTATTACTGTCCATGTGTGTTCTATGTT 
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a score=30498
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s mm7.chr17     87049246 1313 + 93276925 GAGGTGTAGGTTGTTGACAGTGCACTATGGATAACTTCAGGGCAGCCTGGGAAGGCTTACTTGATCTTGGA---------AAGCCGTTTTTGG---AGTTGAAGGTACATGCAGAAAATTCCTTCCTTCTGTAAAGTTCAGCCCGGTGCTTACAGCAACCAAATCTGCTCAGCAAGAGAAAGAAATCTCTCTGAAATGCCTTCGTGAACACTGCGTACAGAAATGGGTTGGCACAAGAATTGACAGGATAAAAAAGGACCAGCAGAACTTTTGAGTTGGTGACAGTGATAAGGGGTACTTTGAAGGCAGCTGAGATGGCAAAGAATGAGATGGGTGCCATGCATGTGAAGTCTGTGAAGATGAGGATGGCCATCTTCTTAGCAATTTTTGTGTCCTTGTTAGGAGCCGTCAGCTCTGGATTTTGAACTGCAAAGTATATCCTAACGTAGCAAGCACAGATGACGACAAAGGCCACTGCATTGAGGAGCAAGATGGATAATATGTAGACTTGTGACAGAGTGGATTCCACATCCATGGGGAGGCAGATGCTGACTTTCATGTAACTGCTGACACCCACAAGGGGCAATGTGGCCATCAGGGTAGAAAAAATCCATCCTCCGAGCATAATTGGGATGGCATGTCTCAGCCTCAGCTTTTGGTCCAGCTGAACAGCATAGGTGATGGTGTGCCACCTTTCCAGAGTGATGACTGTAAGGGTATAGACAGAAAGTTCACTGGCGAACACAGTAAAGAAGCCAGCTGCACTGCAGCCACTCCCTGTCTGCCAGTCTATGGCATGGTTATAGTACTGGCCTTTTGTTTGGGAGTCTACTGAGGCAATGAGCAGCAGGTAGAGCCCCATGCAAAAGTCTGCAAAGGAGAGATTACACATGAGGAAGCGGGGCACCGTCAGTTTATAACGACTGGTCAGGAGAACAAAGAGGACTGTCAAGTTGCCAAAGATGGCTAGTATATTAATTAGCCAAATCAACACCCTAAGGAAGGCATAGCCCATAATATCTTCACAGGGATTGAAAGCATCTGGTTCTGGAGTACATTGGAGTGTCTTGG----GTGAACAGAAGTC---------ATAATCGTAATCCCAGCCACTGAGTTCATTCTCCTCAAA-GATGGCAGAATAACTGCAAGACAAACATTGGCTTGAGGGAAACA---GAAACGGTTCCCGTGATTCTGAGTATTAAAAGAAATTCAAGAATCTTTAGTGGGCTTTTAAAGCTCAAGaaacaaaacaaaacaaaacaaaGCCATC----ATGGTCT--TAGCCTTACATCTATTTGTTAAATTATCTCATTTGATGGAATTCTTTCAAAAGA 

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s mm7.chr2      128519637 642 + 182548267 TATTTCCCCCAACCACAGTATAAGTTGGGCAA----GTGTG-------TTACTCTGAACAAAATGTTCCATATACATCTGCTTATGCTTACTGAAGAAAGCACACGGCTGCTTCTCTCTCACATCGTTACTCCTCTCATAGTGCAGAGCCTGGGAGTGAGCGAGGAGCTGCAGAATAAGCTGGAAGATGTTGTGATTGACAGAAACCTTCTGGTTCTCGGCAAAGTTCTGGGTGAAGGTAAGCCGCTTCAGAGTGATTCTTTAACATTCTAAAAGACAAAGAGCAGTGGAGGACTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTAATGTATACTTGTTGAATAAAATATCAATTTTATGACTTGGAGTTATAATGCAAATAATTCTT----TCTTTGGAGCTTAAAATGAAATAGGA---GAATTTTGAAACTCAGATCTGACATA-TGTAAGAGGCATCTGCAGTCCCTGGAACAGAGTAAGCTTCAGAAGTAT-----AAATTCC--CTTCCCTTACTGCAAAGCATG-TGATTTGTTGATTACTATTTATTACTGTTCTCTATTTATTGATTGGTATTCTACTTCCTTTAAGGTATTGATCTACTTGAGTTGATGAAAGTATATACTTAAATTTTAAATTTGTTTTAGCATG----AATGGTAGTGTTATTAAATTTG 

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s mm7.chr2      128571678 549 + 182548267 CCaaagatttatttattattataagttcactgtagctgtcttcaga-cacaccaaaagagagcatcagatctcattatgggtggttgtgagccacc------acttggttgctgggatttgaacttagtacctttggaagagcagttggtgctcttacccagtgaaccatctcaccagcccAAAACATATCTTCAAGGATAGATTTGTTAGTTATACATTTATTTTGAA------GTCCTAAAACTTAA---------------------TGGTTATCTTAAT-----------ACTAATACACTTTTTAAATAGATATGGA--GAGATGAGCTTATGTTTAAAAATGTTACTAAAAACTTGATTATTAATTAACTCTTGGATTTCTTCCTCCCCATTCCCCTTTGCTGCTGTCACTAGTTTCTCTTTCTATGGTGGGTCCTCATGGGTACATCTCTGCATCAGACTGGCCTCTCATGATTGTGAGTATTTCGCCTCCTCATTTCC-------AAATTAATTTTTAAGAATTTTAAGAGTT-CAGTAGTAACAATT--------GCTTTGACATGTCCTCTATTTCTGCTTTCAGAGAGACTAAGAAATGAA 

a score=10203
s danRer3.chr12  21465016 275 +  37038836 agggatAAAACACTTCTGTCGTTTCTCTTC----AGTTCTACATGGTGATGTGTATGGTGTACATCCTTTACGCTGTGCTCTGGTTTGTCTGGTCGTCCTGCTACTGGAAAGATCTGCTGAGGATCCAGTTCTGGATTGCAGGAGTCATTTTCCTGGGCATGATCGAGAAGGCTGTCTTCTGTGCTGAATATCAGAACACCAACACCGTGGGATCAGCAAGTTAGTCCAAACATATTCATTATTATTCATAACTGTTGTTGCATGAGATTAGTGTAAAC 
s mm7.chr2      128572266 275 + 182548267 AAGGGTCAGAGGCTCACACTGTTTCTCTCCCTGCAGTTTTATATGGTGATGTGTATCGTTTACATATTATATGGTGTCCTCTGGCTGCTGTGGTCTGCCTGTTACTGGAAAGATATATTAAGAATTCAGTTCTGGATTGCAGCTGTTATTTTCCTAGGAATGCTTGAAAAGGCAGTTTTTTATAGTGAATACCAAAACATCAACAGCACTGGACTGTCAAGTAAGTTTTGACTGTTTC--TATGAGTTGTATATAGTGTATTTT--AGCTAGTGTAAGC 

a score=6454
s danRer3.chr12  21468645 209 +  37038836 CAATTTTTTTTAATAGATCTGTAAGGTTACTCTTGTCTAACTATTAATATCTTTGTGTTTTCTCCAGCTCAGGGTCTGCTGATCTTCGCTGAGCTCGTCTCTGCTCTGAAAAGGACTTTGGCTCGTTTGCTCGTCATCATCGTCAGTCTGGGCTACGGCATTGTCAAGTGCGTGATGAAAGCATTGATTGGCAGCATCTATGCAATTTT 
s mm7.chr2      128574903 201 + 182548267 CAATGTCACTGTACAGGTCTTCAAGAGTACACACAACCAGTTGTTT---TCTTTTCTTGTTCCTCAGCTCAAGGTTTACTGATATTTGCAGAGCTGATATCTGCAGTTAAGAGGACATTGGCTCGCCTGCTTGTGATCATTGTGAGCTTGGGTTATGGCATTGTGAAGTAAGTATT----GCTGTGATGAACAGC-TCTCGACAACTCT 

a score=5786
s danRer3.chr12  21468884 194 +  37038836 TTTCTGTGTCCTCTCAGACCTCGTCTAGGCACTGTCATGCACAGAGTGGTTGGTCTCGGTGTGCTTTACTTTGCATTCGCTGCCATTGAGGGCGTTCTGAGGATCACTGGGGTAAA------GTTGACAAACTAGCattttt----------aaatattatatacatatttatatatatatattttttttttttGCTGGGCAAAGATAAA 
s mm7.chr2      128578138 201 + 182548267 TTCTTGCTTACTC-CAGGCCTCGCTTAGGAACAGTGATGCACCGGGTGATTGGACTGGGACTGCTTTACTTGATCTTTGCAGCCATTGAAGGCGTCATGAGAGTCATCGGGGTAAAAACCACATTAACTCACTCACCCCTTTTGTTGCTGTGGAATACTAT---CATACTT-TGTCTCTTCATTTTTCTTTGTTTTT----AAAGATAAA 

a score=2436
s danRer3.chr12  21474405 289 +  37038836 CTGTTATTATGCATTTGAGTGTTTCATGATGCTTTATATGGACATTATACTGTAGTTATGATTGTGTTTTTGTTGTGAATAATGTGTGTGACTGCTATATTTTGATCTATAAGGGTCGAGATAACGGACCAGCCCTCATCACTTATGTTATATTAGCGGTGTTTGACTCCTCTGCCATCTGGTTCATATCCTTCAAACAGAGCTTCAAACCTCTTAGATTGTGAC-----------------TTCAGTTGAAAACAGTACTATACAATAAGGTTTATTTGTGAACGTTTTATGCTGTTTCTGATAT 
s mm7.chr2      128579919 268 + 182548267 CTGTTTTTCTTCATCAGA--------TGATACTTT----------TATACTGCAGTGAAACTTGTGT--------------AAACTTAGGCTCTCCATACTTTTATCTTTCAGGGTTCTAAACATTTAGCTGTTGTTTTGACTGACATTGTTTTAGCAGTTATTGACTCCATTTTTGTGTGGTTCATATCCTTTACCATGTCCTTCCAAAATAGTTGGTGGTATCATTAAAATCAGATTACTTTTAATTCATAATAATA--GTGGAATAAAATATAGTTGT--ACG--TTATGGTTTTCTCAATGT 

a score=4383
s danRer3.chr12  21474834 137 +  37038836 TCCTACTGTTTGCTCTTCCTCAATTTTCCCGCTT-----CTGTGCAT-CTGTGTTTCT-CAGGCTAAAGACTCTGACCTGGCCCTGCTAGCCAACATTCCCCTGGCTCTGCTTGACTCCTCTCTGTGTTGGTGGATATCCTTTT 
s mm7.chr2      128581522 144 + 182548267 TCCCCATGTCCCCGCCCCACCCCCTTTCCTGCTTGGTTATTGTTTTTGCTGTTTTGCTGCAGGCGAATGACTCTGATCTTGTTCTTCTGGCCAGCCTGCCTCTCTCTCTCCTTGACTCGGGCTTGTGCTGGTGGATATCCTTTT 

a score=1423
s danRer3.chr12 21474977 115 +  37038836 CAGTGTTTGTCTCTCTGCCCCTGCATTATCTGTCT-----GCTGGGCTCTAAT--GTGTTCCTGCATGATGCCTTATTTGT-GGGGAATTGGGTTATTTTCTTATTTAACAGACCTGAAGACT 
s mm7.chr2      62433518 121 - 182548267 CATTGGCTTGTTTGGTGGCCATTCATTTTCTCCCCTTGGAGATGGGCTTCCATTAATCTTTCTGT-TGATTTCTCCTTGGTCTGGGAAATGGTTTATTTTA-TATGTGAATGACCTGAGGGCT 

a score=8521
s danRer3.chr12  21478223 574 +  37038836 CAGTGTGCATGCGTTTTGGATATATATTCTATCTAGTGTATTAAGGATACTTGCTAATTTAATATGGTCTGTGATCACTAATAA------CATGTCA---CAGGTTATGCACACTAATTAGCTTAACAATAAC--TCTATCCTTTTGTTT--CTGTAAGTCAATGTATGAGACATTT--CCTTGAC-GATATCTCACATATTTGTCAGTTTGGCACAAACCATTAAGACTCTAAAGCTCAGAAAAAACCCAGTGAAGTTGTCTTTGTACAGACACTTCACCAACACACTCATCTTCGCTGTTCTGGGTGAGTTTGAGGCATGAAATATCAATAAACAGAGCTCAATAAAGAGACCTGGTC-ATGATGAGTTATATGTGCTGTTTTTCAGCTTCAATCATTTTCATGGTTTGGACAACAAAGAAGTTTCGTTTGGCACACTGTCAGGGGGTGAGTA---TCTGAAAAAGCAGAACATTTGACTCttaaaaggatagttcagccaa--aaaggag------aatttcctac-----taatttactta--cacacaggtcatccacgatgtagactttttttc-----ttcagtagaacattaaagaTTTTAAGCTG 
s mm7.chr2      128581914 584 + 182548267 CAGTGTGTTTGCATTTT-----TGTAGGCTCTC----------ACAGTAGGTCCTAATT--AGCTGGATTGTGTTACTTTAGAAGCTAGTCTTGCCAGGCCTGGTGATGCACAC-------CTTAATCCCAACATCCTACGTTTTCTTTTAACTATACTTTGCCGTTTGCCATGTTTTTCCTTAACTGGTTTTTCACATTTTTATAAGTTTGGCACAGACTATGAAGACTCTAAGGCTAAGAAAGAACACAGTGAAATTTTCATTGTATAGGCATTTTACAAATACACTCATCTTTGCAGTGCTGGGTAAGCC--ATCTATACCTTTTTCAGAAATAGCCCATTTTAGAATTGTATGTTCTCTCATGGGTGACTTTCTCTGTCTTTCAGCTTCTATAGTGTTTATGGTGTGGACAACAAAGACCTTCAGGATCGCAAAATGCCAATCAGTAAGTAAAGTCTTAAATGTCTTAAGATttaatt----aaattattgattagataattaaagtggttaattaaattattacagaattaaagcatttaattaaattaattatttaaGCAGTTGTTTTTATTTATACTGTTTTGTGGAATTTCAATGAGTTTAGTTTG 

a score=6733
s danRer3.chr12  21479930 110 +  37038836 AGGACTGGATGGAGCTGTGGGTGGACGATGCTTTCTGGAGGTTCCTCTTCTCTATTATTCTGCTGGTCATCATGTTTCTGTGGAGGCCGTCTGCTAATAACCAAAGGCAA 
s mm7.chr2      128583446 110 + 182548267 AGGACTGGATGGAGCTGTGGGTTGACGATGCGTTTTGGAGCTTCCTCTTTTCAGTCATCCTTATTGTGATAATGTTCTTATGGAGGCCGTCAGCAAATAATCAGAGGTAA 

a score=4007
s danRer3.chr12  21480118 182 +  37038836 TGTGTTTGTGTAGGTATGCCTTCACACCGCTCATTGATGACTCCGATGATGAGGAGATCGATGAATTCCTGGT---GTCTGCAAATATTGGTCAGTCTTGTATCAAATatacagaagtcagaattattagcccttttccttttcaaatatttcccaaatgatgtttaacaaagcaaggaattctt 
s mm7.chr2      128586300 169 + 182548267 TGTTTTTATTTAGGTATGCCTTCATGCCCTTGATAGATGACTCTGATGATGAAG---TCGAGGAATTCATGGTAACATCTGAAAATTTAAGTGCGT---------GATATGTGGTTTTTGG--TTTTTGGTGGTTTTTTTTTTTTAATGACTATTGTACATATTTTAACAGA--AAGAAATTTTT 

a score=3123
s danRer3.chr12  21481729 181 +  37038836 tttaaaacatattcaaggggctaataattctgacctcaactgtGTGTGTGtatatatatagttatttaaaatgttttt--tttttttCATTTTCAGCTGATGGGATAAAGTTGAGAGCAGCTAAAACAGAAACCAATGGAACAGTGAAGCCTCCACCAACTAATCCGGTCAGTGATAGTATGT 
s mm7.chr2      128587490 178 + 182548267 TTTAAAAAATAATCA---TTTTTCTTATTGGGGTATTAAGTGTGAAGTTATAATTTTCTAATCTTTTATA-TGTCTCTGATGTTTCTCATTGT-AGCTGAGGGAATAAAACTAAGAGCCTCAAAAACGGTTTCAAACGGAACAGCTAAACCTACGTCTGATAATTTTGTGAGTATCTGTATTT 

a score=4412
s danRer3.chr12  21482465 172 +  37038836 TATCAATGTTCTGtaaatattttatttattacgcataat-----aaattatat--------aaaatGAGTCAATAAC---------ATATTTGATTGTTTCAGGATGAGGATTTGAAGTGGGTGGAGGAGAATATTCCTACCTCTCTGACTGATGTGTAAGTCTGTTTGACACAAGCATACAAACTACCCTCTG 
s mm7.chr2      128589755 193 + 182548267 TATGCATCTGATGTAAGTACTTAAACTTACAGACATGATGCCAGAAACTACATTCTCAGCTAAGATGTAGCAAAAACTAAATATAAATATTT-ATTTCTCCAGGATGAAGATTTGAAGTGGGTGGAAGAAAACATTCCCTCTTCGTTCACAGATGTGTAAATATCCTCTGTTCAAATCTAGAATTCAGGCTCTG 

a score=2343
s danRer3.chr12  21482667 72 +  37038836 CTTGTAATGTATATCAATTCACATCTCTCATTT-TTTCAGAGCTCTGCCTGTTCTTCTCGACTCAGATGAGGT 
s mm7.chr2      128591117 72 + 182548267 CTTGTA-TGAGTGACACTGTCCTTGTCTCTTTTGTTTCAGAGCTCTCCCAGTGTTAGTGGACTCAGATGAGGT 

a score=4285
s danRer3.chr12 21547493 884 + 37038836 tagagctgtaggattggactact----acaggagtctgggaagggtgggagaggtggagactcctgtaggTGGTG-GGCTGAGCAGGACTCCGGGGGAGTCAGAACGTGGGAAGACTCCTTGGGAGTCAGATTGGTGAGTGATGTTTTTGAAATATAGAAAGAGTAGCGGAGGAACTCAATGCCGAAAATAGTAAAGTAGCGGAGAAACTCAACGCTGAAGAAAGAAAGTAGCGGAGAAACTCAATGCTGAAAGGGGGATTGGGAGTTAAGGGTGGGGAGAGGAGAGAAGTTGTAAGAGGGGGGAGAGGAAA-GAGCGGAAGCATTCGACGCTGGAAGGAAGAGAAAGAGATGCGGAGGAACTCAACGCTAGGGAATATAGGACAGGAGATGCGGAGGAACTCAACGCTAGA-AGGTAGGAAAGATGCGTATTTGGCCGGGGCGAGAGAGAGAGGGGGGActctgtgggagtcttagctcttggggtaactccgtgggagttagagctgaaagattaggctcctacaggagtctaaatggggagggggtgg-----tggagactcctataggaggtg-ggctgggCAGGACTCCGGGGGAGTCTAAGCTAAGACTGGAAAGGTAAGAGTAGCGGAATACTCAACGCTAGAAGGAAGTGATAGTAGCGGAGCAACTCGACGC-TGAAAAGAGAAAAGTAGCGGAGAAACTCGACGC---TGGAAAGGGGTAGGGAGTAAAAGATGTTG-----------AGGTGGTGGGGGAGAGTGGGAGGGGATGGAGG--AAAGAGCGGAAGCATTTGACGCTTGAAGGAAGGAAAGGAGGTGCGGAGGAACTCAACGCTAGAAAGGAGAAGAAGGAGGTGCGGAGAAACTCGACGCAGGAAGGAAGTGAAGAC-TGAAAAGA 
s mm7.chr18     54542407 828 - 90918714 TAGAAATGCAGGGATGAATTGTTCAGAATGAAAGCATGGAGAAGCAGGAAGCATGGGAAA-----ATAGGAAATGAGGAGAAGCAGGATGCATGGGGAAACAGGAAGTGAGGAGA---------AGCAGGAAGCATGGG----------AAAATAGGAAATGAGGAGAAGCAGGAGGCATGG--GGAAACAGGAAGT--GAGGAGAAGCAGGAAGCATGGGAAAATAGGAAATGAGGAGAAGCAG-GATGCATGGGAAAACAGGAA------GTGAGGAGAAGCAGGAAGC-----ATGGGAAAATAGGAAATGAGGAGAAGCAG--GATGCATGGGGAAACAGGAAG---TGAGGAGAAGCAGGAAGCATGGGAAAATAGGAAATGAGGAGAAGCAGGATGCATGGGGAAACAGGAAGTGAGGAGAAGCAGGAAGCATGGGAAAATAGGAAATGAGGA---------GAAGCAGGATGCATGGGGAAACAGGAAGTGAGGAGAAGCAGGAAGCATGGG-------AAAATAGGAAATGAGGAGAAGCAGGATGCATGGGGAA----ACAGGAAGTGAGGAGAAGCAGGAAGCATGGG-----------AAAATAGGAAATG-AGGAGAAGCAGGATGCATGGGGA-AACAGGAAGTAA-------GGAGAAGCAGGAAGCATGGGAAAATAGGAAATGAGGAGAAGCAGGAGGCATGGGGAAACAGGAAGCGAGGAGAAACAGGAAGCATGGGTAACAGGAAGTGTGGAGAAGCAGGAGGCATGGGAAATCAAACAGCAGGAAGACATA--GGTGGGATGGGGAAAAGAAAGTATGAGAAAGCAGGAAGCTTGGAGAAAGAAGAGGCAAGTGAGGAGAAGCAGGAAACATGGAGAAGCAGCAAACTTGAAAAGA 

a score=6623
s danRer3.chr12  21552878 293 +  37038836 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt------------------------gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt------------gtgtg-----tgtgtgtgCTATCCCTTT---------AAGAGAAAATTAAACATTTGGA--TTCAAGCAGTTGCTCCGGTAAGATATTCTGTTTGATTT----------------CACTCTGCACTTG--ACTGGTACTTATAATAGTTGGGAGTTTT-GCCAGGTCTGT--------------CAAATAAC-TGCTTCACCATTCGTGTTATCTGT-TGAGTCCACA 
s mm7.chr7      133220215 380 + 141766352 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtctgtgtgtgtctgtgtctgtgtgtgtctgtgtctgtgtgtgtgtgtgtctgtctgtctgtctgtgtctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttagcctgtatatatgtggacaatatgtgtgcaaaggccctgggagccagaagagcgtgttgggtctctggagctgtagtcagagactgttgtgagctgctatgttggctctggaagcgaaactccagtcctttgcaagggcagcaggagcgcctaacctctgggtgttctctccagctccATAGGTATCGTCTTAGTAAATAGCACATTTTCCCTTTGAAATTAACTTTATTGGTACACA 

a score=2291
s danRer3.chr12  21553380 119 +  37038836 GATGGTCTTCACCTACCATCACAAAATAAATTGGGCTTCCTATC---------------AGCTGTAACCTTTAACGTGTGTATTTACCAACGTTTATGTGTGTTTCCATGAAAACCTCCAACAAATAAACATCC 
s mm7.chr7      133220772 124 + 141766352 AATGGTTTT--------ATCATAAGGTAGGT--GACAGCCTGTTGTGAGGACAGTCAAAAGCTGTACGTTTTGCCTCATCTGTGTCCTGACATTTTTGTATCTCTTCATGTAATCCTCTAACAAATACATATTC 

a score=1984
s danRer3.chr12 21614687 175 + 37038836 AGTATGTTTCCA--AGCCCATTTTTTTAACTGATCTCACCTAATGTGCTCTTGCAGGAGATTAACGAAGAACGGGATTCGTGAGATAGACAGCCATGCATTCAATGGTACCAAAATTGGAAAACTGTGAGTGGTTACATCTTTTATATATTTATAAATCACATAAAACCTCTAATCT 
s mm7.chr17      6211225 177 - 93276925 AGTGTGTTTCTGTCAGCTCCTTCCCATCCCTCAGCCCTCTCCCCTCCTTCCTCCAGGAAACTGTATGGAAATGGGTTTGAAGAAGTACAAAGCCATGCATTCAATGGGACGACGCTAATCTCGCTGTAAGTATATGCTTGTTTCCCTGGCTCATGAATAAAAATGAAGCATCACTCT 

a score=2391
s danRer3.chr12 21614881 135 + 37038836 TCTCTTTCTCACAGCTTTCTCATGGGAAACCAGCAGCTGAATCACATCCACAGTTACGCCTTTAAAGGAGCCGAAGGCCCCGTCGTTCTGTAAGCAT----GAACAGCTCTGACTTTCAACAACAATACAAACTCACCA 
s mm7.chr17      6214053 138 - 93276925 TTTTTCCCTCACAGGGAGTTAAAAGAAAACATCTACCTGGAGAAGATGCACAGTGGCACCTTCCAGGGGGCCACGGGGCCCAGCATCCTGTGAGTACTGTGGTACAGCCTCCTCTCCCCACAA-AGTGCACCCTAACAA 

a score=6101
s danRer3.chr12 21617905 254 + 37038836 CTGCTGTCATTACAGGGATATCTCCAGAACTGCTGTTCACACTCTGCCGGAAAGCATGCTGAAGACTCTTAAGCTTCTGATGGCCGTTTCAGTCTACTCTCTGAGGAAGCTTCCCAGCCTGGAGCTGTTTACTGAGCTCACGCAGGCTAACCTGACCTACCCCAGCCACTGCTGCGCCTTCAAAAACTTCAAGAAGCACAAGTCAGTCACACATCTCTCATGTCTCATTCCCAACCAGCTGGGCTTCCAAAAAG 
s mm7.chr17      5981289 247 - 93276925 CTTTTCTCCTTATAGAGACATCTCAAGGACAAAGGTCTATTCCCTGCCCAACCATGGCTTAGAAAATCTGAAGAAGTTGAGGGCCAGGTCAACATACCGCTTGAAAAAGCTCCCTAGTCTAGACAAGTTTGTCATGCTCATTGAGGCCAGCCTTACCTACCCCAGTCACTGCTGTGCCTTTGCAAACTGGAGGCGGCAAACGTGAG-------TATTCTATGTCCATCTCCATGTGTCTTGGGCCTTCACACAG 

a score=37751
s danRer3.chr12 21619912 1103 + 37038836 CTTCTTCTTTTTTTCTGAAATTTGATTGTACACCAAGATATTACTTGTGTTCACACAGGTCTGTGAAGAATCAAATGTGCAACGTGACTG--GAGCTCA-------CGAGGAACCTGATTTTTTCAAT------TTTTTCAACGACCACTGTAAGGACGTAATAGAAGTGACCTGCTACCCCACCCCAGACGCATTCAACCCTTGCGAGGACATCATGGGCTTCACATTCCTGCGTGTTCTGATCTGGTTCATCAGCGTACTAGCCATAGTAGGCAATACCGTGGTCCTTCTGGTGCTCCTCACCAGCCGCTACAAACTTACCGTTCCCAGGTTTCTAATGTGCCACTTGGCTTTCGCCGACCTTTGCATGGGAATCTACCTGTTGCTCATCGCTGCAGTAGACATTCACACACAGTCGCGCTACTATAACTATGGCATTGACTGGCAAACAGGAGCAGGCTGCCATGTGGCAGGATTCTTCACCGTCTTCTCAAGCGAGCTCTCCGTCTATACTCTGACCGCCATTACCCTGGAGCGCTGGCACACCATCACTTATGCCATGCAGCTCGAGCGCCAAATGCGTCTACGCCATGCTTGCCTAGTGATGGCAACAGGCTGGCTTTTCTCCCTTCTCACTGCTTTGATGCCCATGTTTGGAGTGAGCAGCTACAGCAAGACCAGCATCTGCCTGCCAATGGATGTAGAAACGTTGCTTTCACAAGGTTATGTGGTGCTGTTGCTTCTACTCAACGCTGCTGCTTTTTTGGTTGTGTGCGTTTGCTACACACTCATCTACTTGACCGTCCGTAATCCCG--CTTTTGTTCCTGCCAATGCAGACATGCGTATCGCCAAGCGCATGGCAGTGCTCATCTTCACCGACTTCTTGTGCATGGCGCCCATCTCATTTTTCGCCATTTCTGCAGCATTTAAACTACCACTGATAACCGTTTCACACGCCAAAGTTCTACTGGTGTTATTTTACCCCATCAATTCCTGCTCAAACCCATTCCTCTATGCCTTCTTCACTAAAACCTTCAAAAGGGATTTTTTCATTCTGACTAGCCGATTTGGATGCTTTAAAAGGCGTGCGCATATCTACCGCACTGAGATTTCTTCT 
s mm7.chr17      5983529 1116 - 93276925 CTTCATCCAATTTGCAACAAGTCTATTTCAAGGCAAGATATTGATGATATG-ACTCAG-CCTGGGGATCAGAGAGTCTCTCTCGTAGATGATGAACCCAGTTATGGAAAAGGATCTGACATGTTGTATAGTGAATTTGACTATGACTTATGCAATGAATTTGTTGATGTGACCTGCTCGCCAAAGCCAGATGCATTTAATCCATGTGAAGACATCATGGGGTACAACATCCTCAGAGTCTTGATATGGTTTATCAGCATCCTGGCCATCACTGGGAACACCACAGTGCTGGTGGTCCTGACCACAAGCCAATACAAACTCACTGTGCCCCGGTTCCTTATGTGTAACCTCGCCTTTGCTGATCTTTGCATTGGGATCTACTTGCTACTTATAGCCTCAGTTGATATCCATACTAAGAGCCAGTACCACAATTACGCCATTGACTGGCAAACAGGAGCAGGCTGCGATGCCGCTGGCTTTTTCACTGTCTTTGCCAGTGAACTGTCAGTCTACACATTGGCAGCCATAACCCTAGAAAGATGGCATACCATCACACATGCCATGCAACTGGAATGCAAGGTACAGCTCTGCCATGCTGCCAGCATCATGGTGCTGGGCTGGGCCTTTGCCTTTGCGGCTGCTCTCTTCCCCATCTTTGGCATCAGTAGCTACATGAAAGTGAGCATCTGCCTGCCCATGGATATCGACAGCCCTTTGTCGCAGCTGTATGTTATGGCCCTCCTCGTACTCAACGCCCTGGCCTTTGTGGTCATCTGTGGTTGCTACACCCACATCTACCTCACAGTGAGGAATCCTAACATTGTGTCCTCGTCAAG--AGACACCAAGATTGCCAAGCGCATGGCCACACTCATCTTCACGGACTTTCTCTGCATGGCCCCAATTTTATTCTTTGCCATTTCCGCCTCCCTCAAGGTGCCCCTCATCACTGTGTCCAAGGCCAAGATCCTCCTAGTTCTGTTCTACCCCATCAATTCTTGTGCCAATCCTTTCCTCTATGCCATTTTCACCAAGAACTTCCGCAGGGACTTCTTCGTCCTGATGAGCAAGTTTGGCTGTTATGAGGTGCAAGCCCAGATTTACAAGACAGAAACCTCATCT 

a score=14668
s danRer3.chr12 21662455 915 + 37038836 aaaAACGGCAAAATCAAATGGGGGTTTTAATCACATAATGAGACCAATT-----ACTTCTTTATCAGCATTTTAGAATAAGCTAATCAC--TACACTTGATCAAATAACAACATCACTCGCTTTTGAATGAATATTAAGTAATCTGTTGTTTTTGTTTTTTTTTGTATCACAT------GGCCAACATTAA---CCATTACACACACAGC-ATATGAAAAGGCTCTTACCTTTCCTATGCTTCTCTCTACTTTGCGGAAGCACTTGTTAAGAGACAGGTTGTGGCGCACTGAGTTCTTCCAGCCAGTAGGGGCGCTGGAGAAATATGGAAAATGCTTGAGGATCCAGCCGTAGATGTCCTTCACTGGGAGAGATTTGCTAGGTGACTGCTCGATGGCCATGTATATCAATAAGGAGAAAGAGAAGGGAGGCTTAGAC-TTGTAAGGATCTCTTTCGCTTCCTGTCGAAACAGAGGAGGCGGATGAATTGGTGTTGCTATGTGGTGACCCGATGCCACCCTCAATGTCAAACAGTGGGCTGTTGATGGGTTGTGCCTCGGGCCCTCCAAGAGAGAAGTTCTGTAGCAAGT------TCTCATGAAGCCAGTTCAGGTTTGTGAGCTCGTCGTCTTCAGACTCGCCTGCCACAACACTGACAGATCGACCAATTTGATCTAGACTGGTGGCCATTGGACTGGAAGCACTCTCTGCTTCAGGGAGA-------------------GTCCCAGCTCCACACGCTCCCTGTGCTCCAGGAGATTCGGCTTTCTTATCTGGAGACATGCCGATTATCGGACCCATCAAACCAGGAGGGTCTGCGGAAGAAAAGAAG--ATTGGTGAAAACAGGTTT----TTATAGTGATCAATGGTGAATAAATGGTGCTGTGAGAGTTTACAAATAAAAAAGGTAAATGCAATTAAAGCCTTGGTCAGATCACACAAT 
s mm7.chr17      6507501 883 - 93276925 AGAAACGTCAAAGAATAATCTAGGTGCCAAAAGCAAACTGAATGTAATTTTAGTAAGTTTCTTTCAACACTA-AGAAATCTTAAAACACCATATATTAAAGCACATGAAGACTATAATTAACTTCGAGCTAACCTGACAT--------GCCTTTATTTCTCTTGGTCTTGAATTTTACAGGACTCTATTAATTCCCTCACCACACAGAACGATGTTTATGAACACTCACCTTGCCATGACTTCTTTCCACTTTCTGAAAACATTTATTCAGGGATAGATTATGCCGAACAGAATTCTTCCAGCCTGTAGGTGCAGTGGCAAAGTATGGGAAGCGATCCAGAATCCAGCTGTAAATTTCTTTGACAGGCAAACATTTATTTGGCGAGTGTTCAATAGCCATATAAATGAGAAGACTAAAGGAGTACGGGGGCTTTGAAGTTGCTGATTTTTTTTCTGGGTTCTGGTAGCACGATGG-------------------TCCAAAGGATGGCATCTCATCTCCCTCTATGTCATACAGCGGACTGACCATGGGAAGGCCTTCA---CTTCCAAGTCTGAGGTTTGTTAGAAGGTTACTGCTCTCATGAAGCCAGTTCAAGTTTGTTAGCTCGTCATCTGCTGACTCACTGCCCACAAGA------------------------------GTGGCCTTTGGCCTGGCAGCATCCCCAGCTTCAGGCAAACTTCCCATTTTGTAAATCTGACTCAGTCCTGCAACCTTCTCA-GCTCCCGGGGTCTCAGCTCTCTTATCTGGAGTCATTCCAATTACTGGACCCATTTACTCGTATATTTCTGCAATAAAAAACAAATTACCAATGAATGCAAATCTAAAACTCTAG-----AAGAGCAAATAAAC------------ATTCACATATATGCAAGTTAAGAAAACTTGCAAC--TGACTATGCCATACAGT 

a score=11279
s danRer3.chr12 21693093 301 + 37038836 ACCAAATGTTGATCTAATAAAGTTTATTTTCTTAAAAATGACCAGTTT--CTGTTCTTTTCTAGGAAATTAAACCCTTTTTAAATTCATA-CTAGCATCTACATAATGGTTATTGAAGACTTCACAATATATTAAGTCTAGATGTTATGGTACACATGCATAAAA-TTCAGGCTGCATGAGAAGCCACAGTCACCACATTACACATAGATGGAGTTTGAGGGGCAAAAAAAAACAAAAAACAATGGGGCTGTAAAGATACTCGTCTCAGCTGCAAAGAGGCCGGAAGCCTCTGATATAACCAACT 
s mm7.chr17     86293294 285 + 93276925 ACAACATTATGATCTAATAAACTTTATTTT-TAAAAAATGACCATTTTTCCATTTTCTTTCTAGGAAATTAAACCCTTTT--AATTCTTATCTACCTTCTACATAATGGTTATTGAATACTCCACAATATATTAAGTCTAGATGTTATGGT--ACATGCATACACTTTCAGGCTGTTT--ATACCCACTGTCACCAA--TACACATAAATGGGG--GGAGGGGCGCTATGAAACTG-----TATAGAGCTGTATATATACTGGTCTCAGCTT----AATGCAGGAAATTGCTGTAATTTCCAGCT 

a score=1964
s danRer3.chr12 21693427 641 + 37038836 AAACAG-GCACAAGTCAGGCCATGGGCCCAAAAGAATGCAATAAAAATGCTTTAAAAGTCATTGATGCCGTGACCACGTGGGACAAAAATGTTTACCGAGATCATTTTAATAGAAATATTGTATGTGATTAACAGTTGTTAAATGTTTCAGAATTCTTTGGGCCCCTGCTTAACAC-TTCAAACCGCTTGGAGATGAAAAGAACTTGAGGATGAGAAAGTGAA--ATACAATAGGGGAAAAGAACCCTTATTCAAATAATGGCAGTAACAAAGGTGATGCAAACATTTCTGCACAACCGCAAGTTCCACACACCAATCACTCACGTAAAAGAAGTCAACTTAAAACAAGTCCAAAAATAAAACTGCTGGAGCACAATTTAGTGTTCGTTTTCCCATCTTTTCTTTGTTATTCCTCTTTCACAGAAAGAACTTATATGCTGAGACGCAAGTATGATTACAGCGAGCCTAATGTGTGCtaacaaaaatattaataacaataacaataataataatatataataaaataaAAGACATTCAAATACAGTAAGATTCTTTTCGCCTGAAAATACAA---AACTACATGAG---AAAGCATTAAAATCATATTTGTAGATCAGAATAACATATT-AACATATTTAAAAAAGCAAGTGC 
s mm7.chr17     86293610 456 + 93276925 GAACAGAGTTCAAATACAGGACTGTTTTGAAGAGACTTTCTAAAGTGTACTTTAAAA--CATAGTAGTTTTTACC---TTTCACAAA-------ACTGAGAT-------ACAAGAATACT---TTTGTTTTACAGT------GCATCCC----TTCCTAGGAAGTCTCATTAAAACACTCACTTTTTCTAGGGGTGATTTTGAATGCTGCACAGGAAAGGGAAGGAGATAATAGTCTTAA-----CTTTTCTTAAAGGATACCAG---------------AAACATTGCTGGATA----------------------------------------TAACTTAAGG--------------------------------TTAGTGT-----------TTTTCTCTTT-------------CATAGAAAGAAGGTACATACTGGGACATGAGTACAGTTACAGCAAGTCTAG-GTGTGCTAAC----------------------------------------AAAACAGGGCACATTCAAGTACAATAAGA-----TTTGCTTGAAATTAAAAACGAACTACATGAGATTAAAGCATTAAAATCATATTC-TCAATCTGAAT-ACATGTTAAACAAAAAAAAAAAAATCAATGC 

a score=-4427
s danRer3.chr12 21694068 631 +  37038836 TAA-TCACATAGTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTAATTTTTTTATATCATACATATATTTCAGCACATCGGCTGTCAAAAAAAAACAACAAAAACAAACTAAATAAAAC----AGTCGCCAGG--GAAGCCATAATTT---CTACGGCTCTTCCTTTGAATGGATGGAACCGTAAAC------GGCAGCTC------CTAGTGGCTCTGTTTGCGGTCAGATC---------------------TGTACATAAA--CTGCAGCCGAACTGGTCTTGAATCTCCACGTAGCACTGAAAGTTGCGTAGGGCAGGATGCACAGCGTAAGACCGT----GCGATTGGAAG--GACCAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTACTTC------------CCTCCAAAACTCAACACCACCGTGGTCCT-----CCCCACCTTCGTAATCCTGAGTCAACATATTGCTTCACAATATTTCCCTCTTCCAAAATCATCTCTCCTTGCATCTTCTCAGTCAGCGATATACAGGAGAGTCTGAGGCAGCTTTACACCGAGTTCTGCGTTCCTCCATTTCGCTTTAAAAAGATTCATTC-GAAGTCTTGACAGTTTTGTTGTCCACACACACTTTTTGCAGGCCAGGTGTCTGTGGTGCTCTGGATTGGTGGGCAGGTGAGATTCAGACCGGGTGTTGTGTTGGAGGATGAGCT 
s mm7.chr7       3119508 605 + 141766352 TAGCTCACAt---tttttaaaagatttattttatttatgtgagtacaccatagctgtcttcagacacaccag--------aagagggcaccagatctcattagggatgattgtgagtcaccatgtggttgctggaatttgaactcaggacctttggaagagcagtcagtgctcttaaccactgagccatctctccagcccGCTAGCTCACATTTTTACCATATTACCAAAAGCAATTGGTACCCATGTCCATAAAGGCAGCAACAAAGCAGCTTGTCTATTGAAGATTACTACTGCAAATCAGACTGCATTTAATGCTCATTGTAAAGACACCAACGTTTTCAGAAGTTGGTATCTGTACAAAAGTGTGGCTTATTTCTTCACTTCTGTCCCTTCAAAACTTTTTAC-GCAGTAATGCTAAAATCCCGAGCTCTGAAATCCTGAGTCAATATAGTGCCAC-------------------------TTCCTTTTGGTAGCTT---------------------GAGTTT----CATAGTGACAACTGACCTTGTGT--ATCCATTTTTCTCAGTCGAGTCTCATTCTGTAGCACAGGCAAGTATTTTATCTTCCCAAAGATGTTTTAAGTTATGT-----------------TTGAATAGCAGG--------------ACTTTTTCTTTAGGGAAGGAATT 

a score=8707
s danRer3.chr12 21694704 169 + 37038836 TCAGTTGTGCTGTAATGTGTTGGACTCTATGGGAGGTGCAGAGTCATACAGAGTGTCCGTGTCGTGGGTTGGCTCTCCGGCCAGTGTGCAAGGATTAGACAATGTACCCGCGCCGCAGTCACAAAAAAACCTGCAGAAAAAGAGATTATATAAGGGATTAGAGAAGAGA 
s mm7.chr17     86294487 167 + 93276925 TCAGTTGTGCTGCAACGTATTAGATTCTATAGGTGGGGCAGAGTCATAGAGTGTGTCTGTGTCGTGTGTAGGCTCGCCAGCTAAGGTACAAGGATTAGACAGCGTTCCAGCACCACAGTCACAGAAAAACCTAAAGCAAAATGAA--AATCCAAGAATTAGCAAAGTGA 

a score=7122
s danRer3.chr12 21698641 111 + 37038836 ACTGACCTATCATGCCGTATAAACTCCACATCATGCCCTTGGTGGCACTTCTTAATACAATTCACACAAATTGCGTTCCGGTCTGTCGTGTTACAGGTGTGACACCTAAGA 
s mm7.chr17     86294693 111 + 93276925 ACATACCTATCATGTCTAATGAACTCTACATCATGTCCCTGATGGCACTTCTTAATGCAGTTCACACATATGGCATTTCGATCTGTGGTGTTACAAGTATGACATCTAAAA 

a score=7859
s danRer3.chr12 21698836 189 + 37038836 AGTTTACCTGTAGAAATCGTGCATGGGGTAGCTGGTGTAACTGGAAATCTTGTACAGGCACTGACCTCTGCTCACCGCCTTCTCTATGGCATCCTGATTGTTCATGATTTTATTATCTAGAAAGGTATGGGAAAAAATGTATATTAACAGAC----------ATTTAAAGTAAAAATAACTGTCTGGTAATGAGTTTTC 
s mm7.chr17     86295253 194 + 93276925 AATGTACCTGTAGAAGTCATGCATGGGGTAGCTGGTATAACTTGATATTTTATATAGACATTGTCCTCTACTAACAGCCTTTTCTATGGCATCTTGATTGTTCATTATTTTGTTATCTGTAAAAAC-----AAAAAGTTTTCAATAGCTAGCCAAGGATACAATTTTATATATATATATAAGAATAGAAATAAGATTTT 

a score=8208
s danRer3.chr12 21699031 115 + 37038836 TACCTTTCATTGTAACGTTGACACCAGAGGCTAGAAATAAACCTCCGAATCTGTTGTTGAAAATCTGATTGCCTTCGAGAGTCGCTGTGGCATGATTTGTGATTTCAATGCCTAA 
s mm7.chr17     86295585 115 + 93276925 TACCTTTCATTGTCACATTAACACCAGATGCTAAAAATAAGCCTCCAAATCGGTTGTTAAAGATCTGATTGCCTTCGAGTGTTGCAGTTGCATGATTTGTAATTTCAATACCTGA 

a score=2734
s danRer3.chr12 21699282 524 + 37038836 aCCATAATTTACAAATAAACACCATTTAATCCCACTGTGTTTTTTGTTCCTGTAACTGGAAGTTAAAAAAGTTTTGTTGGTGGCCAACAAATTCAACTTTTAAATGAAAATATGACACGAATTGTTTACATTGTTTCTGCTTGCACATATAGAACATCTAAATAGTG---------TAACACGTTGGTAGAACACATTGCAATTTGATTGT-----------------TTTCAACTGAGACAATGTAGATGTGA-------CTATGCTGTTTTC------------------------------CACTGATTACTACTGTGACCTAATAATAAA------GTGAATTTCACAAGTATAATATTCAAAGGAGTACAATGCACTTGAACTTCAGAAGTAAAGGGGGATTAAACGAGTTAT----TAATATAGCAAAAC----------------AACTGTTA----CATAAGATGT---ATGCACTTCTGACCTAGACCTTTAACTGACCTGCAGCAAATCCGTCAAATATCCGGTTCTTCCGCAGCACCGGGTGGCTGTTCGTGCTGATGAGAACACCAGCCTGTGCATTCCTGAAGATGTCGTTCTCTTCCAACAACCCT 
s mm7.chr17     86295700 591 + 93276925 GGTGAGATTTACAAACAAGCAGATGTGCGTCACTTTGAG---------------ACTCCAAGCTGGGAAAGGGTAAACTGTTGCCTTTACCCTTGTTTGCTAAGTAGCTAAAGGACA--AACTGCTGACA-----ACTACACAGTCAGACAGGACAAGTAAACTAAGGGGATTCCTTAAAACCTTACCAGAAAGTGCAACAGATGGAAGGTAAGTATAAAGGGGACACTATATGCTGAAATAGTACAATTCTGAAAGTCACCAATTCTTTTTTCCTTTTAATATCTAGAAGTGGTCAGAGGATTCATTTATCTCTATTTCCATCTGACCACAAACTTACTGTAGAGTTCATG---TTCAAACATAAAAGAGTAC--TTCCTTAAAAAGTTGGCATAGAATAGATTTCAAATAGGTTCTCTCCTAATAACAAAAAACGTACATCTTCAAGAAGAACCTTTATAATTACAGGTTGTAAAACAAGCCACAGATAAAGAAAAT--ACAAACCTGCAGCAAATCCATCAAATATTCTGTTTTTCCTTAATACTGGATGACTGTTAGTGCTGATGAGGACACCTGCTTGAGCGTTCCTGAAAATATCATTTTCTTCAAGGAGACCT 

a score=9071
s danRer3.chr12 21700026 217 + 37038836 TACCCCTCCCACCATTGAATATGCAAATGCCCCCATCCCGTCCATCATGGATCTTATTCCTGCGTAGCGTAGGGTTGCTGTCCGTCTTAATCCACACCCCCGCCATGGCATTATCAAAGATTTCATTGTCCTCAATGAAACCCAGCCCTAAAAA--TAGATTTCAAACACAACAAACAGAA-TTATCTT-------TTTATGAATGTGAATTTAATAAAAACACTGG 
s mm7.chr17     86298474 223 + 93276925 TACCTCGACCCCCATTAAATATACAGATGCCACCATCTCTTCCATCATGGATTTTATTTCTTCTTAGCGTAGGATTACTATCTGTTTTAATCCAGACTCCAGCCATCGCGTTGTCAAATATTTCATTGTCTTCTATACAGCCTAGACCTATAAATGTAAAATTTAGGTACATTATTTAGAAGGCATATTCCTAAAGTTTATTAATGTAG----AAAAAAAATGATGG 

a score=6375
s danRer3.chr12 21700972 160 + 37038836 CAACTTACCGGAATTGTAAACAAGAATGCCTCCATTTTGTCCACCCCAAATTTTGTTTCTTCTGATTTTTGGATTGCTTCCAGTTCTTTGTTTAAAAAATAACAAAGAGAGAGAGAGAAAAAAAAAACATCAAT-CCTGTACAGTGTTTTCGATGTGCAAA 
s mm7.chr17     86298700 140 + 93276925 TAACATACCAGAATTATAAACTAGAATTCCACCATTCTGTCCTCCCCAAATTTTGTTGCGTCTAATTTTGGGGTTGCTTCCAGTTCTGT---------------------GGGTGAGGAAAAAAAAAAATCAATACCATTTCAGTCATTCCCGTATGTAGA 

a score=13341
s danRer3.chr12 21701223 443 + 37038836 TTACCTGATCTGGACTCCCGAGTACATGTGATTGTAGATATCATTATCTTCCAGTACTCCATGTCCATTGTCATAAAAATACACTCCAACCT---TTTCAG---AAAAATAACAA-TATTAGAAGGCATG-----------AATGAAGAAGCTCTGATCATAAACTAAATTCTGAAGT--TCAAACCTGTTTTCCACTGTGTATCCTGTTCCTCCGAAGTACTGGCGTGCTTCCTGTGGTCACCCAGACTCCAGCAAGAGTGTTGCTGTACACCTCATTCTCCTCTATTACACCTTGACCCTTTTCATGCTACAGAAAGAAACACAACAGATACAGT-TAGGCTATGACAA--------ATTCAAAGCGTGT-----ATACATATTTTCCTGTCAGCAACCTGTAATGTATAGGAGTCAGAAGGGATGCACCAAAAATATGGGGTTGAAATAGCTTCTTTTTTATTTTGAAGGACTG 
s mm7.chr17     86299768 469 + 93276925 TTACCTTATCTGAACCCCTGAATACATGTGATTGTAGATGTCGTTATCTTCTAGAACACCATGTCCATTGTCATAGAAATAAACACCAACCTAAATTTGAGGGGAAAAAGAACAACTCTTTCATGTCATACTTTTTTTTAAAATGAAGCATTATTGATCCAAAGAAGAGCAAGTAAGCACTCTTGCCTGCTTGCCACTGTGTATCCGGTTTCTTCTTAGAACTGGTGTGCTGCCAGTTGTCACCCAGACGCCAGCCAGAGTGTTGCTGTAAACTTCATTCTCTTCTATTACTCCTTGCCCCTTTTCATGCTGTAATACAAGTTAAACTGGTTACTGTACATGTTGTCACAGCAAACAGTCTTTTAAGTGTATTCCTCACTCAAACAGTTCTGGCAACAG-TTGTACTGTTTAGGTTTT-------TTTCCTTAGCTAGGTAAGGAAATGATGACAGCTTTCTTTTTTTCTAGGATTG 

a score=6383
s danRer3.chr12 21702459 146 + 37038836 GTTTCGGCCCAGAATTTTTATGTAATTGGTCAATTTACTAATCTCATGTGCTCACCACATAGATTCCTCCATGCTGGCCATCATGGATTTTGTTGTGCCTTACTATCGGACAGCTGTTCGTTCTGATCTGAATGCCAGCCAGGGCG 
s mm7.chr17     86301919 146 + 93276925 GCTGTGGGCCTTGATTTTCATGCACGAGCTTAAGTAACTGCATTCATTCACTTACCACATAAATCCCACCATGCTGTCCATCATGAATTTTGTTATGTCGAACAATAGGACAACTGTTTGTCCTGATCTGAATTCCTGCTAACGCA 

a score=6305
s danRer3.chr12 21702605 173 + 37038836 TTTCCATAAATATCATTTCCCTCAATGAGGCCCCTCCCATCGCCAAATATGTAAACGCCTCCTTGGTTTCCATTGAAGATGGCATTTCCCCTAGATTAAGAGAAGACAGCTCATTTACTGCTGATCAACAAAATGGAACAATCAATTTTACAGCATGTGGGTATTTAGAAAGC 
s mm7.chr17     86303209 167 + 93276925 TTACCATAAATGTCATTTCCTTCTATAAGGCCTCGTCCGTCACCAAAGATGTAAACTCCTCCTTGATTTCCATTAAATATAGAATTCCCCCTATAATGTGAAATGAT------TTTTAAGATAATCATATACTTAATAAAACTTATTTTACAATCTGTGGTAATGTGAAAATC 

a score=12965
s danRer3.chr12 21703725 272 + 37038836 ACCTTATTGTCGGGTCACTGTTGGAGGTGATCCACACACCAGCAAAATTATTGGCATATATTTTGTTTTCTATAAATTGGCCGCGGCCTTTTTCATGAACATAGATGCCCCCTGTTTGGCCATGATGGATCTCGCAGCGAACAACAGTTGGGTTAGCGTATGCTTTCACCTCAAACCCTGCAATCCGGTTTCTGTGGATATTACAGCTCTCAAAATAGCCCTGCAGAGGG---AGACAGAGAGGCGAACATCAGTTGCTGCACTAAAATGATAAA 
s mm7.chr17     86305191 275 + 93276925 ACCTTATTGTTGGGTCACTATTTGAGGTAATCCACACGCCTGCGAAATTGTTTGCATAGATCTTGTTCTCTATGAACTGTCCTCTTCCTTTCTCGTGGACGTATATTCCTCCAGTCTGCCCGTGGTGAATCTCACATCGAACCACTGTGGGATTGGCATAGGCTTTTACCTCAAAGCCTGCTATCCTGTTTCTGTGTATGTTGCAACTTTCAAAGTAGCCCTGAAAAAAGTTAAGATCTGTATGTAAAGGCTACTTTCTAAATAGAAACAAAAAA 

a score=8133
s danRer3.chr12 21704029 147 + 37038836 TTACCATGCCGTGGTCAAAGGTAAAAACTCCTACGTCTCTGCCATGGTGGATATGATTACGTCTGATGATAGGATTGCCATGGTTTTTTACCCAAATACCCGCAAGCGCGTTGTTTGAGATTTCGTTATCTTCATAAATACCCTGTA 
s mm7.chr17     86311031 147 + 93276925 TTACCATGCCATGATCAAATGTGAACACACCAACATCACGTCCATGATGAATGTGATTCCGTCTAATAATTGGATTTCCATGATTTTTAACCCAAATCCCAGCTAACGCATTATTAGAAATTTCATTATCTTCATATATTCCCTACA 

a score=6351
s danRer3.chr12 21705787 289 + 37038836 GATAAAAGAAATAATGACCATTTCAGTTTTAAACAGTTCCCTTAATGCACT--TTAAAATAGAGAATGGGGATTTCTACCTGTGCGTGATCAGTGATGTACAGTCCAACGTTTTCACAATCGCTGATGTTGCAGTGTTTTATAGTAGGTCCAGCACCCTGACCACTTACACACACCGCTGATCCCACTACACACACAGAGAGAATCAAGTAAGCATCACCCAGATAATGATTTCTTAATTTAATGAAATATGGTTCTATTCCCAAAGAACGCATATATAGAGAAAACGTAT 
s mm7.chr17     86311178 271 + 93276925 AAAATGAGAAATAAACATTACTGCAGTTTCAAATATATTAATGAAAAAAATAGTTAAAACAAAAGTCCAAATTAAGTACCTGTGCATGATCTGTTATATAAAGTCCGACGTTTTCACAGTCACTGATGTTACAATGCTTGATAGTGGGACACGCCCCCTGGCCACTGACACACACTGCAGAACCAACTGCA---AGAGAAATATTCATTAAAGAGCCTACTA-----------------CTAAGGAATAACACTTGTGGGTCCACGCTACACAGACACAGAGCAAGCACCG 

a score=13812
s danRer3.chr12 21708337 375 + 37038836 ACCTGTGCAGGTGCTGCGGATAACGCAGTGGTCGATATTGGGGCTGCAGTTAACCGTGATCTCCAAACAGTGATGAGCGTTATGATGCTGTGCTGACTTATCATCAGGGTTGAACTGTGTGCGAAACAGCAATACAACACACATGCAAAAACATGATTTGTTGCAACTTTTAACATCATGATTAAAATAATAAAAACTGATGTTTGCAATAAAATAATGCGCTAAATGTAAATAACTTAAAAAATAAAAATACTGTTGGTCTTACCCTGATAGTCATGTAGCCCACATATGCATCTTCAGATCCCTCCATAAAAACAAACGTTGAATCTCTAGTGTTTTCAATGACGACCTTATCAGCTACCTTCCCTGAGGCTG 
s mm7.chr17     86311449 306 + 93276925 ACCTGTGCATGTGCTGCGGATTATACAGTGGTCAATAATAGGGCTGCAGTTGACTGTGATCTCTAAGCAGTGGTGTGCGTTGTGATGCTGAGCAGATTTGTCATCAGGGTTGAACTG-----------------------------AAAAGTAGAAATTG------------------TATTTGAAATAACAACTACTAAATTACCCAAT----------TCAAAACGTA------TTTCAAAATGAAAA------TGTTCTCACTCTTATCGTCATGTATCCAACATAAGCATCTTCAGAGCCTTCCATGAACACGAAGGTCGAATCTCTAGTGTTCTCAATGATGACCTTGTCTGCAACCTTGCCAGGTGCTG 

a score=13326
s danRer3.chr12 21709099 348 + 37038836 TACCTGCGCCAATCATTGTGATGGGGGATTCAATGTAGATCCACTCATCGGTGTAAATGCCAGAATGCACAAATATCAGGCCATCAAAGTGGGCCTCTTGCACTCCTCCTAGTGCATCTTCAATGGTGTCATAATACTAAAAACAAAAAAAAA----------------------------------ACAACAACCTTACAATGAAGT----TGAAAACACCTGTGCATTTGCTGAACGTTCTT-------TAAAAAAAAAATTCAAC----------------------------------CACTGAAGTCAAATGTC------------------------------------CATACCAACATATTTTCTCTGCCTTTGTATCTGGCTGGATTACTATAAAAGTGTTCTGCAAAACCAGGCTTTACGTGTGCTCCCTTATACTGTAGAAAGAGAAACAAA 
s mm7.chr17     86313374 463 + 93276925 TACCTGCACCAATCATAGTAATTGGAGATTCAATATATATCCATTCATCAGTATATATTCCAGAATGAACAAAGATAAGCCCATCAAAATGTGCTTCTTGTACTCCTCCAAGGGCATCTTCAATAGTATCATAATACTAGAAAAAAATAAAAATAGAAATGTCAGTGTGGAACAGTTACTATGACACAGAACAAAATTACTATGTAGTTTCATAAAAATACAGATGACAAGGCTAGACGTGTTCACAGAAGTACAGAACAAATGTCACATAGCAATGACAAGGGAAACAAGGAAGGAGAGGTCATCAAAGACACATTTTATTTGAAAACAGTGCAACAAAACCCAATATGCCAAACATACCAACATGTTTTCTCTTCCTTTGTATCTTGCAGGATTACTATAGAAATGTTCCGCAAATCCTGGCTTTACATGCGCACCTTTATACTAAGATGTCAGaaacaaa 

a score=9492
s danRer3.chr12 21709697 166 + 37038836 TCTCATACCAACTGCTGAAAGCTCTCTTTCCATGGGTTTGGTTGCTCATACTCTTCCGGGTTGATCTGGTAGAACTTCCCTGGTTCTGGATGCATCATGGGTCGCGTGTACTCAAACACTTCCATGTATAGTCTCTTCCTATGAAACAAACAAATAAACACAAACA 
s mm7.chr17     86314990 166 + 93276925 TTTCATACCAACTGTTGAAAACTTTCTTTCCATGGATTTGGATGTTCATATTCTTCTGGATTAATCTGGTAGAATTTACCAGGTTCAGGATGCATCATCGGCCGGGTATATTCAAATACTTCCATATATAATCGTTTCCTGAGGGGGAAAAAGGGAATTAAAGATA 

a score=9074
s danRer3.chr12 21748980 204 + 37038836 CTCACCAGAGAATAGGGTCGTTTGCAAGCTCACTGAATCGCTTGCATACGCAGGCAGCCTGGCACAGGTCCTGCTCGAGCAGGTAGGAGAAAATCTTCAGAACAACTTCATCTGGAAGCTTCTCTTGGAGATACTGCTCTGCTGGAGCAGCTAAAACAGA--AACA-ACAGGAGAAAGTTTCTAAACCAATCTGTTTGCAGACCAAA 
s mm7.chr17     86316842 207 + 93276925 CTCACCACAAAATTGGATCATTAGCAAGCTCACTGAAGCGTTTACACACGCAAGCAGCTCTACAAAGGTCTTGTTCCAGCAAATAAGAAAATATTTTTAAAACTACTTCATCTGGCAGCTTCTCCTGAAGATACTGTTCAGCGGGTGCTGCTAACAGAGATTAACAGACAGGACAGGGTCATTTAACAGGGTGACTTCCTCACTAAA 

a score=5537
s danRer3.chr12 21749184 177 + 37038836 GCCTTTGACA---AAATGCTAAACTATTAATATA----GCAACCACAACTGAGC--AAACCGAAACCAC-AAGTCTTCACTC------------ACCCGGTAGGTCCTGGGATTTTCCAGACACTCTTGCACGTTTAGCTCTGTGACCGAAGTTTTCTGTGGCTGAAGTGGAGGCTCCCTGCATCACATAAATCAGACA 
s mm7.chr17     86317746 191 + 93276925 gcctctgactcctaaatgctagg--attaaaatcatgtgtcactacacctaggctCAAATATAAACTTTTAAAACTTCACTTCCCATTCAAAATACCTGAAAGATCTTGTGACTTTCCAGACACTCTTGCACGCTTTGCTCGATGACCAAAGTTTTCTGTAGTCGAAGTAGAGGCACCCTTCA------AAACCAAGAA 

a score=8462
s danRer3.chr12 21753891 241 + 37038836 AAAAAATAAACAATTACACATTGCAATAGGGCTTCAGAACTC----AAAGTGCAAACCAAATATGTTAGTATGACTCTCATGAGATTAAAATCTTTACCTCCATGCTGTTTTTTGTGGGGCACACGGTTCTTTTAGGCAACAGGGACTTTCTACGGAGTTGGTATGGACTGTTTTGAGCTCCTGGACCAGATTCTTCTGCAACCATATCTGCAGGGATGTCCTCATCTACAAGAGCAAAGAAAAA 
s mm7.chr17     86317937 238 + 93276925 GAAAACTTATCAATGAAGTATTCCTACTG---TATATAATTCTCTAAAAACGTGACCCATTTTTTTCATTACAAAAACAATTACAATGAA---CTAACCTCCATACTGCTCTTTGTAGGACACGCTGTTCTTTTTGGCAAAAGAGTTTTTCTGCGAAGTTGGTATGGACTATTTTGTGCACCAGGACCTGATTCTTCTGCAACCATATCTGCAGGAACATCATC-TGTAAAACAGAAAAGAAAAA 

a score=4876
s danRer3.chr12 21757722 155 + 37038836 CGTGACACTATCTCATTGACGAAGCTATTGTTTTGGCTGATGACCTCTGCCTTGAGTTTGCGCAGCTCCTCTTTGACAGCCTTGTCAGACATCCCATCAACAGGCATTGATTTAACCTTAGCCAGAAAAGCCTCAATGATCTTCTCTCCCTCCTG 
s mm7.chr17      7251001 155 - 93276925 CGTGAAATGATCTCGTTTACGAAGCTGTTGTTCTTTGCGACCACCTCGGCTTTCAGTTGCTTCAGCTTCGCGGAGATGCTCTCCTCCGACATGGCAGTAAAGGGCACCTGCTTGACCTTCGACAGGAACTCCAGAATAATTTTCTCACCTTGCTG 

a score=8050
s danRer3.chr12 21757965 175 + 37038836 ACCTGTTTCTCCATGCAGCGTTTCTTGGCTTTGGGTCCTGCTTCCTC----CCCAACACTGG--AGATGTCTTGAAATTCTTCAAGCTCCAAAGCCTTCTCCCGCGCATTTGCAATTACATGTTTGGGGAAGCTAGCAAGCTCCGCCACATGAATCCCAAAGCTCTGGTCACACACACCTA 
s mm7.chr17      7253423 181 - 93276925 ACCTCTCTTTCCAGGCAGCGTCTCTTTGCAGCCGGCTCGGCTTCGTCACATCCCAGCGAGGTTCCAATGTTCTGAAATTCTTCAAGCTCTAGAGCCTTCTGCTTGGCGCACGCTATCACGTGCCTCGGGAAGTTAGCGAGCTCAGCCACGTGAATCCCGAAACTCTGATCACAGACACCTA 

a score=10901
s danRer3.chr12 21761363 406 + 37038836 ACCCTTTTTGACCTTGTAGAGCATGGTAAGAGTGCTGTCTGTGGTCAGCGCGGTGACATGGAGGTTGCGGACAGTGGGCACCTGCTGTGCCAGCGCCGTCAGCTCATGGAAGTGAGTTGCGAACAGGCAGAAGGACTTGAGGCGGGTGGCGATATACTCTGAGATCGCCCAGGCCAGACCAAAGCCATCATATGTGGATGTGCCTCTGCCCAATTCATCAATAATAATGAGAGAATCCTCACTGGCTGACCTAAAAAGTTAAAATATAAAACATTAAATGCACTCACAGGGAGTTCTGCAGCCGTTATCAAGACAAATTAAAAAGTTAATTTAAAG-GGAACAGAATGTCAATGTTTTGTAAGTGTAAATTGTTAAGATGCACACAAGGAATTCAAAATACTTAAAA 
s mm7.chr17      7254946 388 - 93276925 ACCTTTTTTCACTTGGTAAAGCATAGTTAGGGTCTCCTCAGTAGTGAGCGCTGTGACATGTAGATTATTAACAGTTGGTATTTGGTTGGCCAAAGCAGTAAGTTCATGAAAATGGGTGGCAAACATGCAAAAGGCACCAATCTTCGTTGCAATGTAATCTGATATAGCCCATGCTAACCCAAATCCATCATAGGTAGAGGTTCCTCTTCCCAGCTCATCAATGATTATTAAGGAGTCTTTGGTTGCTGACCTGAAACGCATAATTACATGATAAAAAATGCAGTC-CAGGGC------------TCATCATGGCAGAGGGGACAGAAAGACGAAAGAGGCAGAGGTAGTGGATACCTGTAGTACAGTATTTGTTAA-----ACACAAGGCA-ACAGAATACATAAAA 

a score=11260
s danRer3.chr12 21761789 210 + 37038836 ACCGAAGAATAGCTGCTGTCTCCAGCATCTCAGCCATAAAAGTGGACACTCCTTTAATCTGGCTGTCACCCGCACCTACTCGAGCAAGAACACAGTCCACCACGCTCAGCTCTGCCTCATCACATGGCACAAAACAGCCTATCTGTGCCATCAGCACAATCACACCCACTTGACGGATGTAGGTAGATTTACCACCCATATTTGGACCTA 
s mm7.chr17      7255676 210 - 93276925 ACCTGAGGATGGAAGCAGTCTCCAGCATTTCAGCCATGAATGTGGAGACGCCTTTCAGTTGACTGTCACCAGCCCCGACTCGAGCAAGGATGCAATCCACAATGGACACTTCTGCCGACTCACAGGGCACAAAACACCCGATTTGGGCCATGAGTACAATCACCCCGGTCTGACGAATGTATGTTGATTTACCTCCCATATTGGGACCTA 

a score=10210
s danRer3.chr12 21764732 334 + 37038836 TATTGATCAATTAAAAGTGTACAAGCTGACATCCCAAAAAAACAAATCCTTCAATAAAAAAAGAG--------------CTCACCTGTGATGATATGAAACATCTTCTCTCCTCTTATGAAGGTGACATCATTGGGAATGAAAGCCACTTCATCCTGGGCTTCAACACAGGGATGTCTTGCTGCCTTCAGAACGAGTCTGCCTGAACCCTTCTCTAGTATTTTTGGTCTTATGAAAGGCACTGGGGCAGCATGTGACACCACAGCGAAGCTTACCACTGCATCCAGCTGAGCGATCACCTCATTCAGAGTCTGTACTGGATCCACATAACCTACGGTACAAACACAAG 
s mm7.chr17      7256714 330 - 93276925 TCTTCATTAATTGAAA----ACACATTTCCATTCTA-----------TCATCATTAGGAAGAGAGAAAAAAAATTGTTTTTTACCAGTAATGATGTGGAACATCTGTTTATCTTTTTCAAAGTGCACGTCATTTGGAATAAATGCAACTTCATCTTGAACTTCAACACAAGCATGCCTGGAGGCTTTCAATATAATTCTCCCTTTTCCTTTCTCCAAGATGACTGGTCGTACATAAGGAACGGGTGCTGCGTTTGACACATGAGCGAAGCTAACAATGGCGTCTAAGTGAGCCAGCACATCGTTGAGCGTCTGCATTGGCTCTACGTAGCCT---GTAAAAACATAAG 

a score=5406
s danRer3.chr12 21768020 275 + 37038836 AAGCTCACCTGCAGCAATGCTGATGATTTCCTTGACGATGGCATTCTGAGCCTCTTCATACTCTTCTCTGCTTTTTGTGTATTCTTCATTCAACGAGCTAAGCTTACTACAAAACAGACACAGGTCCATCATTTATAAAGCTAGTCACTGGTTGAATCAATATGTAACCTTACATCACAATGG--------------TGTGATTAATATGTTCAGAACACACGTCATCAACTG--CTGAAGTCAAAATTTCTCACTCGTGCTGAGACATGGAAAGAGAAGCATGGTGCTTG 
s mm7.chr17      7261749 280 - 93276925 AAGTTTACCTGAGGAAATATTGACAATTTCTTTAACAATGGCATCCTGGGCCTCTTCATACTCGCCTTTGTTCTTAGTATATTCTTCATTTAAAGAGGACAATTCACTGCAAATCAAA-------ACATTATTAAGAGTATCAA--AATGCCTGCATTTATATCCAGATTCGTCTTACGAGGGAAGTATCTGAACAATGAAAATTACAGGTTAAAATGAAAGGTGCTTTAGAGGATTGAAAGGAGAGTTAGCCAAAAGTGCT--GACATCAAAGAAAAGGGATGGCCCTGG 

a score=6861
s danRer3.chr12 21769280 236 + 37038836 TCTCTTACCTATTAGTGAACCGTACTCCATTCTTCTGAACGTCTAAAGTAGTGAATTTCTTGTTGTTGCGAAGACTCTTTTCTTCTTTGCACGTAACTCGGAAAAAATAACCAATTTGTGCATTGGATTCAAGCTTCACAGTCTTGGCTGCTTCCAACCCT---AAGGCACAGATCAACAAATGAAAAAAAAGAAAGATGCAAGAAGATTAATATCGAAATGCTTAAACAGGAATCTAA 
s mm7.chr17      7265873 239 - 93276925 TCTCTGACCTGTTGGTAAACTTCACGCCATTCTTCTGGATGTCCACTGTGCTGAAGTTCTTGTTGTTGCGAAGCACTTTCTCTTCCTTGCAGGTTACACGGAAATAATATCCAAACTGTGCACTGGAGTCCAATTTAATCTGTTTGCCAGGATCCAATCCTTTACGATTAGAAAGAAAAAACTTAAAGTCATAAATTATACAGCCACTTTTTGGTCTAAATGGTCAAAACCACATCTGA 

a score=6598
s danRer3.chr12 21769527 171 + 37038836 TTACCAAGCTCCCGAGCTGCGCTGCTCAAGGCAGCCTGCATGGCTTTCTCCAAACGATCCATGTTTTCCCTGAGATCACTCAAAGTTGGATCAAAGGAAGGTTTCACCAGAAACTCGTGATGCTCAACCTGG-ACAATAACACAACAGTATTAGAAAGATTAGAC-AACAGAT 
s mm7.chr17      7267174 169 - 93276925 TTACCGAGCCCCCGGGCTGCATTTATTAAGGTGGACTGCATCTTCTTCTCCAGGCCATCCATGACTTCTCTTAGTTCACTCAGGTTAGGATCAAATGAAGGTTTTACAAGGAACTCGTGGTTTTCCACCTATCGCAGGAGCA----AGGACTAGGTAAGTCATACAAACAGAT 

a score=4259
s danRer3.chr12 21770099 276 + 37038836 TAGAAGACAAGAGCAGACCTGGTTCATGTCCAGTGTGGTTTCAATCATCTCCTGAAATTTGGAGAAGTCTGAGATGAGGTCGTTTAGTGGAGAGATGAATGCTGCATGCAGGAGGACCTGATGTTTTCCTGTTAACACAGAGTGGTGGAAAGAGTACTGAAAA--------ATCACTCAAGTAA----------------AAGTAACATAACTTGCCCAAAAATGT-AGCGCAAGTAAATTATCTGTTTTAAATTATACCGCAAGTATGAGTAAAACGTAACCATTTTAAAAGTACTCAAG 
s mm7.chr17      7277861 298 - 93276925 TAAATGTGAATTGCATACCTGATCCATATCTAAAGTTGTTTCTATCATTTCTTGAAATTTTGAAAAATCAGAACGAAGATCAATAAGAGGAGTCACAAAAACTGCCAACAACAGTGCCTGGTGTCTTCC---TAAAACAAAGCAGAGACAGAAGTAAAAACAACAGATCATAATATTAAAATAATGAAATCCTTTGAACCAGAAAGCACAAATTGTCCAGGTCTCTAAACTCAATTCTCTTTTATGCTTTAACTCAAAGGGTATCATCTATAGACAGGGGACCACTGTGGTAGTGCCCAAG 

a score=8806
s danRer3.chr12 21771139 242 + 37038836 ATAAAGTTGTTGTTTTGCTTACCAC----------TGTATCTCTCCAGTGCCAGCACCACATTGGGCAGTTGCCCCACAGATTGATAGACCCGGTAACAGTCCTGTAAATTGGAGCTCTGACGCTGGAACTTCTTTGCCATCCGATTTAAGTCAGGAAAGCGACGAAGTAGATCCTCTTGACAACTTTTCCTTAGCTCCGAGTCCTCCACAAATGTCTCCACAAGGTCCAGTCT-----AAGCATGTACAAGCAAAG 
s mm7.chr17      7285310 257 - 93276925 ACAAAGCTGCTGGCTGGCTGACCGCACGATACCTTCGTATTTCTCCAGAGCCTGGATGACGCTGGGGAGCTGGTTAATACCCTGATACAGTCGGTAACAGTCTTGTAAATTCGCTGCTTGTCTCTGGAATTTCTTGGCAAGCCGGTTAAGGTCTGGAAACCGGCGAAGCAAATCCTCCTGTAAACTCTGCCTCAGTTCTGAATCCTCGACAAAAGCTTCCACTAAATTTAACCTGGAAAAAAAATAAATAAGTAACG 

a score=7767
s danRer3.chr12 21772073 149 + 37038836 AAGTCTCACCTTTCTTCTATCTTGTTTTTGTCAATGAGAGGCTGTTTGATCCATTGGTTGACCAGTCGCTGTCCTTGTGGAGTCCGACATTTGTTCAAAAGTCCAGCCAGAGAGTGAGTGCCTGTAGCATCATCAGAGGAACCCTGAAA 
s mm7.chr17      7288045 149 - 93276925 AGGCCGTACCTCTCCTCTATCCTGTTCCTATCCATGAGCGGCTGCTTGATCCACTGGTTAACCAATCTTTGTCCTTGAGCAGTTTTGCATTTATTCAATAATGCGGCCAGAGACTGAGAGCCAGTGGTGTCTTCAACAGAACCCTAGAA 

a score=5613
s danRer3.chr12 21772222 264 + 37038836 AATAACAGAAACAAAGAATAGATTGTAGCCTTAGCTGAAGAAATGGCCTATTTCTC----------GTTTTTAAATGAG-------CACTAACCTGAAAGAGATTGAGAGCCTGTACAGCAGCATTATCCAGGCGCATGTACTGGTTGAGGTCAAAGGTGGTCATCTTGAAAGACCCAAAATTGGCCTCATCTGCGAGAAGCTCCAGGTATTTGATGACTGCTTCTAAGCAAGACATTGCAATCTGAAAAGGTGATATT--ATGATTAAATCTCCAGGCAAAA 
s mm7.chr17      7288813 274 - 93276925 AATCCCTTAAACAAAGCATTACTCGCAA---------AAGGaattttttttttttttaattattCAGTTTTTAACCCATGTTGTCTCTTTTACCTGGAAAAGGTTGAGGGCTCTAACTGCTGCCATGTCCAACTTCATGTACTGGCTGAAGTCAAAAGTGGCCAGTTCAAACTGCCCAAAATTTGAATCGTCTGATAAGAGTTCTAAAAACTTGATTACTGCAGATAGTGATGAAACTGCAACCtaaaaataaaaatttaaataaCTCATTCTTCAATCATAA 

a score=6230
s danRer3.chr12 21772988 232 + 37038836 CAAAAAAGAAATCTTTTCATTCAATTGTTTTGA--AGCTTTGAAAAGCATAGTTTC-----TCCTATCACTAGTGGCAGATCCCCAAACCTTTTTCTCCATCTCAGGCAGGGCAGCGCTGGACACAGTCTCTCCTTTACGGGCCTTCAGTAGCCGATTCAGATCCTGCACAATGTCTTTAGTTGTGAACTCTGACTTCTTCCTGTCTGTGAGGAGAATGCCACCACGCTGCACCACCTG 
s mm7.chr17      7291717 239 - 93276925 CAATAAATAAATGCAATTTTTAAAGTGACTGAATTAGCCTTTACAAACATCACTGTAGTGATTTAAGCACATGTTTGTAACCCACAGACCTGATTCTCCATCTCTGGTAGGGCAGCACTATTTATCTGTTCTCCTTTTTTGCCTTTCAGTAACCGGTTGAGATCCTGATAAATGTCTTTAGTGGAAAAGTCGGCTCTCTTTCTTTCTGTGATCAGAATCCCTCCTCTCTGGATAACCTG 

a score=10927
s danRer3.chr12 21774008 366 + 37038836 TCACCTGTTTAAGTTTGCCCAGGTCTCCTCCTGAATCTCCTGCAGGAAGCACACACTCTTTGGGGCCGATTTGCACAAGTAGAGCCTCCAGGTTGGAGAACTGATCGTTATCAGGGAACTCGCACACACCAAGTTTCCTGAGGGTACTGTCCACATAACCAACACCGACAACACGCTGGCCATCAGTGCCAGTGCCAAGACGAACACCCACCACACCGACAGCACCCTCAGCAGGCCCTCCGCCACTGCCAAACAGAATCTCCTCAAACTGAGTAAGGTTTCCTGGAGATGCCTAAATACAAAACAAACAC----------------------CAGGTAAATGCAGGAAAAGTTCATTTAGCCCTCATAATGATTAAAGTTAGTTTTG 
s mm7.chr17      7294401 370 - 93276925 TTACCTGCCTCAGTTTCCCCATGTCTCCAGTAGTCTCTCCTCCTGGTAAAACGCATTCCTTTGGTCCAATCTGAATCAGAAGAGCCTCGAGATTGGAGAACTGATCATTCTCGGGGAACTCACACAAGCCTAGCTTCCTCTGGGTGGAATCCACATACCCAACTCCAACATGTCTTTGACCATCA--ACCACGGCC-ATTTTAATACCCATAACGCCAACGG------AAGCTGACATGTCATTGTTACCAAACAGGATGTCTTCAAACTGAGAAAGATTGCCGGGAGAAGCCTGAGCA-AAAACAAAAACAGTTTTTAAGGAATATTGAACACAGTTAAATTTTGCAAGTGAATAATTATCC--------AATTAATTTTGGttttg 

a score=5911
s danRer3.chr12 21779025 530 + 37038836 acacatttagacttttccctttataatataacttcagaaaagcattctttgcaaactctaaatagtgaaatcatattagcagccactggctatcaaattacagcatcaatcacagtcagttaaatagcgctaacgttgtgctgaagtcattcttacatggg-----------atttcagagccattattta-cagtggc----------------ctgtcacaagtt-----gtcactgtaccaaaatgaactaatttaccaatataatcacaactttaactcAATTTTATAAAAGAATGGTT--AATGAAAGAGGACATTTGATACTGTACCTTGAAAGCGATTTGCCAGTCATGCTCTTTGCTGCTCTTACTGGCG------TTCTTGTAAACCTCCACCCGGTATTGTCTAACCAGCAGCAAATCCCTCACAAATGACTCAAAGTTCATCTTACTGAGGACCACACTTTCCAACCTCCTGTTCCCTGAATTAATAATAATAAAAACAACACTTATATAACATACA------------ATAACGTAAATTACGATACTTCACAAAAACACATAAATCTGCA 
s mm7.chr17      7295819 552 - 93276925 acacataaGtaatttt---ttaattaaaaaaataaataaaactaatctttttaaaattataaCATTTATGTC-------------CAGGTTATCATCTAATGTTGTATTTCAGGAACAGTGAGACAAGGTT--TGGCGTGTTCAAAACATT-TTATATAGATAGACTACTGAATTTCTAAACTGTGATTAAACTGTAACTTTTAGAAACCCAACACTATCAAAATTTCTCAAGGCATTTTGCTATCACAACCTAGTTAATATAGTAAAACATGCACTGAATTTAATTTTCTAAGACAAACATCCAAAAGGAAAATAACA-----------ACCTTAAATGCCAGATACCACTCATTCTCCTTAGACGCCTTATTTCCAGCTTTATTCTTATAAACTTCAACTCGATACTGGCGAACCAGAAGAAGATCTTTCACGAAAGACTCAAAGTTCATCTTGCTAAGCACAACACTCTGCAGGGTCTTACTCCCTGAAATAAACAACAAATAAACAA-ATTTAAATGTTAAAGATGAGGCTGTGAGGTAATACATGTTTGAGAACTTCACAAATTAGCCTAAACTTGCA 

a score=5912
s danRer3.chr12 21779632 245 + 37038836 CTGAACCCAGATTTTTGATGACTCCATTAGTCTTGAAAACCTCTTTAGCTGCAAAAATCGCATCTTTCCCGTGCACAGTATAGTAATCGTTTCTATCAAACACTCGCACCGTGGTGTCTGGTTTGTCGGACATCGAAAAGTAAAAATTGAGGAATCCATGTTCAGACGCGCTGTCCATAGACAGATTCTGTTTAGGTTGCACCGCCATGCTGGAATCTCCC----GCCACAGCACAGGCGCGCCGGGAG 
s mm7.chr17      7301680 249 - 93276925 CCGGCCCCATGTACTTGATCACGCCCTGGGTCTTGAACACCTCGCGGGCCGCCAGCAGCGCGTCCTCTCCGTGCGCCGTGTAAAAGTCGCCGCGGTCGAAGAGGCGCACCGTGGTGCTCGGCTTCTCCGGCATGCCCTCAAAGAAGCGCACGAAGCCCGCCTCGGCCGCGCCTTCCAACTGCAGCGTCTCCTTAGGCTGCACCGCCATTTCCGAGCCGCTCCACACCAACACCACTAGAGCACAGAGCG 

a score=33136
s danRer3.chr12 21813409 633 + 37038836 CGTTAAGAGTGGATAAGATACGCACAGGACATCGTTGCACTTAGCA------ATGTCTATGCCACCAACTTTTGGATTTACCCAAGAGCAGGTTGCCTGCGTGTGCGAGGTCCTTCAGCAAGGTGGAAGTATCGAACGTCTTGGACGATTTTTGTGGTCTTTACCAGCTTGTGAGCACCTTCACAAAAACGAGAGCGTATTGAAAGCGAAAGCAGTAGTAGCTTTCCACCGAGGCAACTTCAGGGAGCTCTACAAAGTATTAGAGAGCCACCAGTTTTCTCCGCACAACCACCCTAAACTTCAACAGCTGTGGCTGAAAGCTCACTATATTGAAGCGGAGAAATTGCGCGGTCGTCCTTTGGGCGCAGTGGGAAAATACCGCGTGCGCAGAAAATTCCCACTGCCTCGCAGCATTTGGGATGGAGAGGAGACCAGCTACTGTTTTAAGGAGAAGAGCCGGTGTGTGCTTAAAGAGTGGTACACCCACAA-CCCATACCCTTCCCCGAGAGAGAAGAGAGAACTGGCCGAGGCCACGGGTCTCACCACGACTCAGGTCAGCAACTGGTTCAAGAACAGAAGGCAGAGGGATCGTGCCGCTGAAGCCAAAGAAAGGTAGGAGAACTTATTGAGGCTTTTCGC 
s mm7.chr17      9292528 636 - 93276925 cgcgaagcgcggtgagggcgcgcgcgggcgggcgg-gcgcgcAGCCGCCACCATGTCCATGCTGCCCACCTTCGGCTTCACGCAGGAGCAAGTGGCGTGCGTGTGCGAGGTGCTGCAGCAGGGCGGCAACATCGAGCGGCTGGGTCGCTTCCTGTGGTCGCTGCCCGCCTGCGAGCACCTCCACAAGAATGAAAGCGTGCTCAAGGCCAAGGCCGTGGTGGCCTTCCACCGGGGCAACTTCCGCGAGCTCTACAAAATCCTGGAGAGCCACCAGTTCTCGCCGCACAACCACGCCAAGCTGCAGCAGTTGTGGCTCAAGGCGCACTACATCGAGGCGGAGAAGCTGCGCGGCCGGCCGCTGGGCGCCGTGGGCAAGTACCGCGTGCGGCGCAAGTTCCCGCTGCCCCGCTCCATCTGGGACGGCGAGGAGACCAGCTACTGCTTCAAGGAGAAGAGCCGCAGCGTGCTGCGCGAGTGGTACGCTCACAACCCCCTACCCGTCGCCACGAGAGAAGCGCGAGCTGGCCGAGGCCACCGGCCTCACCACCACGCAAGTCAGCAACTGGTTCAAGAACCGGCGGCAGCGCGACAGGGCGGCCGAGGCCAAGGAAAGGTACGAG---TAAGTGAGCATCTGCGC 

a score=6140
s danRer3.chr12 21814822 311 + 37038836 TACTCCAACAGGGAAAAC---GAGGGTGCAAATCCAAACGGTCACAACCCCCTGACCTCTCACGTGAACGAAAA---CAAATCTCTATGTGAAAGTTCAGATGATGACAAATCCCCCGCGGGAACCCCGGATCATACTAACATGAGTCCAGC------GATCCTCATGCCCTCCAGTTCAGGTCTGCCACCCCTGCACAGCTTCGCTCCTCC-----GCCCGGGCCCAGCGCCTCCATCAGCGAC-----------ACTCAGAGCCACCACCACTTCTCTA-----TGCACGACGGCCTTCTCAACCCCATGACGGCCAGCCTGGTGGAACTTGGATCATAAGG 
s mm7.chr17      9295008 344 - 93276925 TGCGCTTGCAGGGAGAACAGCGAGAACTCCAATTCCAGCAGCCACAACCCGCTGGCTTCCTCGCTCAATGGCAGTGGCAAGTCGGTGCTAGGCAGTTCCGAGGATGAGAAGACGCCGTCGGGGACTCCAGACCACTCGTCGTCCAGTCCCGCTCTGTTGCTCAGCCCGCCGCCGCCCCCTGGGCTGCCTTCCCTGCACAGCCTGGGCCACCCTCCGGGCCCGAGCGCAGTACCCGTACCAGTGCCCGGTGGAGGCGGCGCGGACCCACTGCAGCATCACCACAGCCTGCAGGACTCCATACTCAACCCCATGTCGGCCAACCTTGTGGACCTGGGCTCCTAGAG 

a score=3584
s danRer3.chr12 21822820 106 + 37038836 GCCGCGCACGGGGATTCTGCC-GAGCTGTGCGGTGTGCAGCCCGATTCTGACATGGAGCGCAGACTGCTTTGGCCCAGTCCGTGATGCTGAAGCCTAAAAGCAAGAA 
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a score=2009
s danRer3.chr12 21823169 87 +  37038836 ATATATAATTTTTTTTGTTATTTGAGAACAAAACATTTACACACTTTAAAACGTTTAATTTCATATATATATTAACATTACTTTTAA 
s mm7.chr12     46921382 79 - 117814103 ATATATGTTTTGTTTTGTTTTTTAAAAAAGAAACCTTCAAA----GCAAAAGTTATA----CATATATATAACAGCGTCCTTTCGAA 

a score=38691
s danRer3.chr12 21823803 617 + 37038836 ACTAACCTGTTTTTGGCAGCTGCCGCCCTGTCCCTCTGTCTTCGATTTTTAAACCAATTGCCCACTTGAGTGGGAGTCAGTCCAGTGGCTTGTGCCAGTTCCCTTTTCTTGCTCGGATTGGGGTAAGGGTCCTGTAGGTACCACTCCCTCAACAAACCGCGAGTTCGTTCCTTGAAACAGTGCGTCTTCTGTTCGCCATCCCAGATGGTCCGTGGCAAAGGAAACTTCTTGCGGACCCGGTATTTATCAACGGGTCCAAGGGGACGGCCGCGCAGCTTCTCTGCTTCTTGGTAGTGCGCTTCCAGCCACATCGCTTGCAGCTTTCCATGAGAGTCTTTGGTGAACTTGTGGGTTTCCAGGATGTGGTATAATTCACGGAAGCTTCCCGTGTGATACGCGACCACCGCTCGGGCTCGCTGGATGGACTCGTGCTTGTTGATGGCATCGCAGGCTCCGGGTGCTACGGGCAACGACCAAAGGAAACGTCCGAGCCTCTCGATGTCCCCGGTTTCCTCCAGCGTCTCGCACACGCTGGCCACCTGTTCCGCCGAGAAGTTTAGGGTGGGCAGCTGAAACATCGGTAAGTCCTCCGGGGACCTCGCTCTGGGAATGCTGCC 
s mm7.chr17      9356895 614 - 93276925 ACTGACCTGTTCTTGGCCGCCGCTGCGCGGTCGCGCTGTCGCCGGTTCTTAAACCAGTTGCCTACTTGTGTGGGGGTGAGGCCGGTGGCCTGCGCCAGTTCGCGTTTCTTGCTGGGGTTGGGGTAGGGATCCTGCAGGTACCACTCCCGCAGCAGGCTCCGAGTCCGCTCCTTGAAGCAATGGGTCTTCTGCTCGCCATCCCAGATGGTGCGCGGCAGAGGGAACTTCTTGCGCACGCGGTACTTGTCCACCGGGCCGAGCGGGCGGCCGCGCAGCTTCTCGGCCTCCTGGTAGTGCGCCTCGAGCCACATGGCTTGCAGCTTGCCGTGAGACTCCTTAGTGAACTTGTGGTTCTCCAGGATGTGGTACAGGTCGCGGAAGTTGCCGGTGTGGAAGGCGACGACAGCGCGCGCGCGCAGGATCGACTCGTGTTTGTTGATGGCCTCGCACGCCCCGGGGGCCACGGGCAGCGACCAGAGGAAGCGGCCCAGCCGCTCGATGTCGCCCGTCTCCTCCAGCGTCTCGCAGACGCTGGCCACCTGCTCCGGCGAGAAGTTGAGGGTGGGCAACTGGAACATGGACAACTCTTCCGGGGG---GGCCCTGGAgccgccgcc 

a score=4189
s danRer3.chr12 21824421 122 + 37038836 GCCAGAAGCAGAGGGCG---------ATCCGCGAAATTGGGCAGGAAAAGATGTGAGGGATAAAGCTCTAAAGGAGACCTGAAAACCATGGAGTCGCCGGA---CAGAGACAAAACGACGGGGAAAGACGGAAA 
s mm7.chr17      9357621 134 - 93276925 GCCAGAAGTAGGGAGCAGTGGTGAGAATCGGCGAAGTTTGGCAACAAGAAGTGGGAGGAATAGAGATCTAGGGGGGAGCGGAATACCATGGACTGACCTGAGAGGAGAGGAAAAAATTCagggagaggaagaga 

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s danRer3.chr12 21831426 43 + 37038836 aTAATTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTACGGGACA 
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s danRer3.chr12 21849230 458 + 37038836 TTTGTTTGTACGCCACTAATAATGGGAGCATCTGCTCATGGTGCATTTCAACCTTGGTCTTTATCTCCTGCCAACAGCAGACGGAGTGAACCCGCTCGGTCTACTCACTGC-CTACATTCTATTGATTCTCCTAAAACCCTCAACAATGGTATTTGTATGCCGGTTTATTCTGTAGTAATGCAGATATGCCAGGCGGAATTAAAGTG-GGCCAAACAAACGCGGCGGGCACTGGCTAATTGTGCTCTGAGATtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgAGAGAGAAACAAATGAG---AGGTTCAATTTGATATAACCCGCAGCTTTTCC-GTCAGGCATCTTGCTAAGTACTTTCAAGTCTTTGTGAGGAAATAATTGATTTGTGGATGTGGCTCGGGGgtgtgtgtatgcgtgtgtgtgtgtgtgAAAAACGTATTATGATATTTGTTGAATAATAGCAAATAA 
s mm7.chr17      9450005 382 - 93276925 TTTATTCGGGTGTCACTTATGATGTTGCCTGCTCCCTTCGTT--AATTCAAACACACACATTATCTCCCATCCACAGCAGCGTGACTGACAGTGGCCACCAAACACACAGCACTATATCCTATTGATT-TCGGCAAATCCCGAACAATACCATTTGCATGCTTGTTT---CTGTAATAATAAAGATATGCCATTCAGAATTAAAGCCCGGCCA---------GGCTAGTGGCAACTAATTGTG--------TTGTATGT----------------------------AATGAGTGCAATTTCAGTTTGATATCACCCTCAGCTTTTCTTGCCACAC---TCGCTAAGTACTTTCAAGTCTTTGTGGGGAAATAATTGATTTTTTTGTGC--------------------------TGTGGGCACAAGAAAATTATTATGATCTT--TTGAATAATGCCAAAGAA 

a score=11763
s danRer3.chr12 21852472 573 + 37038836 GCTCATTTCTGGAGTCATACCTACAGTAATGATGTCGGGTCTAATCTGAACAGGGAGACGGCAGAGAGGATATTGAACAGTGGAAAGGTTAATCACCACTGCCTGGTTAGCCAGGGAAAGACAAGCTAATTCCTCCGAAAGGCAAATGGCACACAGCTCTATCGG-AGTGCAGATAAGCAGTGTTAATACACAGA-CAGAATGGGGGACTCAAGGGCTGAGGCTCTGTTATCGGGCGGCCCTGAGACGGGGCGACCTGGAAACAGCCCAGCCCCTGCCCTCAGcacacacacacacacacacacacacacacacaAAAACCTAAGACAACCTCTCAAGCAGAACTATCAGGACACCCTGACCCCCCAAAAAAACCATCCCCCAGATCCGTCCAGACTCACTGAAAACAAACCAACCCCCAGTTTTTTCCCACCCAAGCGCAGACCCCCAAAACTAGCCTATTAGGTGGCATGGCTAATTGGAAGATCAGGCAAAGGCATTAAAAGATAAGATACTCTGGCAGCTGGCCTGAAGTGTGGATCAGCACACCAATGGGAAACTGTCAGCTTTTGTGAC 
s mm7.chr17      9451306 462 - 93276925 GTTAATTTAGTTGGTCATAACTAAA---------TAGTTTCTAATCTGGAGCAGGAGGCTGCTGGGA--ATATTGGACAGTTTAAAGGTTAATCACCATCGCCTGGTTACACAAGTGAGGCAGAACTAATTCCTCC-AAAGGCAAATGGCTTGCAGTTTTATCAGCAGCGCAGATTAGAAGTGTTAATATACAGAACAGAATGGACGCTTAAGGGCCGGTTTTCCCCTTATCGGCAAACTTTGCAACAGA---ACTCAGTTTCTGCACAACCTCTGCACTTC-------------------------TATAATAAGGCCCCTTATTTTGCCTCTCGAGCAGAACTATCA----------------------AACAATCCT--------GTCCAAAC-CACTG-----------------------------------------CCACCAAAATCAGGGTATTACAGACCACGGCTAATTGGAAGATCACTATAATGAAGGAAAAGATAAAATACTTTGGCTGTTGGCCTAAAATGTGGATCAGCACAAC-ATAGGAAGCTATCTTGCTATGTCAC 

a score=5071
s danRer3.chr12 21856405 559 + 37038836 GAGTATTTTAGATTTTTACCAGAAGCACTGGCATATACCCATCATGTCCATCTCAATGCTGACTTGACAGTGCCCTCCTAAACAGCCTCAGTCAG-----------TTCTC--TCCTTAATTAGGGGAAGTAACTCTGG--------TCTGTCACCGGCAGAGCCGTGTCAGTGTGAGGGAGGGAGGCGTGGGACATTATGCACAATCGCAGGGTCAATGAAGTTGTACTTCTCCCCTCTGAGCACCGCTAATTTGCTGGAGGAAGTGCTGACAGGACCTTTCTGTGCAGTGTTTTCCTTTCACAGCTCCACCTCTCTTTTTCTAGCAGACCTCCCGTTACAGATCTGGAGTGCTGGGAATCCAAAGGGGCCAGAGCCCAGGGAGGGAAGGCCATTGGTAATGATCCACTTCACATGGGCGTTTATGAGCCGGGGAAAAGGGGAGAGAGAGAGAGATGGAGGGAAAGGCGGGGGGAGCTGATTTTGGGACCCTGAGAAAGACTGGTTTGACAAAGCCTGCCGGTGGAGAGCCGCATTTAAGGGCATTCT-------------------CCTGCAGCGGGCCACTTAACACAAGAGCGCC 
s mm7.chr17      9489902 506 - 93276925 GAGCACTTGTGTTTTTTA------ACACTGGTCTTTGAGAAGGATGCTCAAGTTAAAGCATTGTGGCCACTG------TAAATAGATGCACTCAGCAGAATAGAGCTTCTCCATTCTTAATTAGGG-AAGTAACTCTAGAAAGACAGGACGTCACTTGCTAGGCTGTGC--GTATTGTTGAG-----TTTGTGCTGGCCTCCACAAT-GTGAGGTAATTGGAGTTGTACCTTTTA-----GAAAGCTGCTAATTTCACATAGGAAGTGCTAACAAGACCTTTCTGGGCTATGTTTTCCTT------------CTTCCTTTTTAAGGAA--------GTTACAGACCTTCAGTAGTGGGAAT--GGCTGAGCCCTGGCCCGGCGCAGAAA---CAGCAGTAATGAACCACTTCAGCCCACAGTT------------------------AGAAAAAGAAGGC-----------------CTCATTTTGGAGTCCTGAGAATAGTAGGCACAACAAAAGGTTCTGTTTAAGCTTGTTATCC-AGGACATTCTTACAGGCTACACAGCTCTCCCTGCAATGACCCTCTTCAAACAAGTGTATC 

a score=4566
s danRer3.chr12 21859667 135 + 37038836 CCACCATTCTGACCCAAGAGGCCCCTGTCTCTATTGAGTGGCACTCTAAGC-CCCCGAAAAGTTACCCCAATTTCCGCTTTGCTTTTGTGCTGTGTTTGGTCAGACTGAAAAGCTCAGTTAGGGCATTGTTGCAGA 
s mm7.chr17      9491631 126 - 93276925 CCGCCATTATGG----AGCTGCCGCT-----TATTGACGGGAGCTCCAAGGGCCTCCAAAAGTTACTCCAATTTCCGTCGAGCTTTTGTGCATCCCTTGTCCTGTCTGAAAGGCTCAGTTA-GGTATTGTTGCAAA 

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s danRer3.chr12 21865819 803 +  37038836 CTGATTTTAATCTAAGCGCAAACTAAATGTAAACATGTTTTAATTTATGTTTAACATTCAATAAAGCtaaaaaata---tataaataaaaattattCTTGACA--GTTATTCAGTTTACAAAAGGAACAATTCCGCTTCAATGCAGGAGTATGC-ATTTAGCATTTCATTGTACTTAAAAAACAATGTAGACGGTTCTGCTTTTATCTGCAGTGTGTGCTAGATTTGAGGAAAGAGCTCATATAGATGAAAGTGTGATATTGGAGCGCTGTTGTTTCACAGCAGAGATACAGACAGATAGAAAGCGACAGTTTTAAATTACAAAAATAGATTGTGATGACAGAGCAAAGAACCAATTCAGAAAAGCAGTCAATTCATCTAAAATTTATTTTTTCTTGTTtttttaataataataattttattatgattattattttgtataattaataactgcgttattatatatcaattactac-tattcattatatttattagtaAAGTATTAGTTATAGTAGTATTTTTTATTCTTGTCGTATTTGTTGTATTTCAACTGCTAATAACTATTATATTAATTGTTGTTAAAATCTTTACTAACTAattattattattttatataaaattattactactcctaataataatgtattgttgttattattatatttgtcattattttattactattattgatataatattgattatgattatcattTTGTATAATTAATAATTGCGTTACCATATATCATttactactactaattatatatattttttagtattagtaaag-----tagtagtgatagtagtattt 
s mm7.chr4      13800530 713 + 155175443 CTGAGTCATAGATAGACACCAAATAATTTTATCTAGTTATTTTTTGAAGAACAAGAA-CAACAAAAATAAAAACCAGGTTTTAGATAAAAAGGCATTTCGCCATTGTTACTTACTTTACAAAATGAACAATTCCATAACAACTCATGGGTATACTGCTTATTATTATCATATAATTAGTTATTAGTGTTAA------------------TAATGTGTATTATGTATTATTTAAGAACTTATTAA-------------------------GTAGTTGCAAGATTGTAATGAAAACTTTTTAAAAGAAATCGTTTATACTTGAAATAATA-CTGGAAGAAACATTGCAAAGATGTAACT-----GAGGTTTTGATATATCCTTCACCAAATTACCCTAGGCTT-----TAAGAATTACCTAGGGAAAATTAGTGTTCTGGGTCACTGATAGTCTATGTACCATGCAAAGATTTGCATATATTTAAAACATTCATATCTAATGACTGAGCTAAAGTGACTGTCATTTTTCTTCTC-------------------------TAGC---TATATAAACTATAG---GAAACTAGACAA---AATTTTTCTTGTCTTAAACAAAACtatt----------ataataatgtatttttttttaaaaaGGACAGTTTGTTCTTTGATAGTTCTTGTGTATATACAGATGA-CACAATTTCAGCTGAAATTTATCACTCATT-CATTATTGTAGCTTAAAAAGCCTAACTGATTAT-TCTCTTTCTCAGTCCTTCTAAAGTCTGATAGTGGATGTAGTAGTGCTT 

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s mm7.chr17      9584471 318 - 93276925 ACAATCTTCAATCTTTTTTCATT--TTATGTCTGCATTATTTT-----------AATCATTCAATCAAATCAGTCAATACTTTTATCAT-TCCATTTGCGGGAGCCTCTATCTTGCTATCATTCTGTTCGGTAATTGCATTGTGACAGCGGATGATGGTATTCTGAGAGGCTTTCATTTGCGGGCTTCTGTTTATCTAGTAGAGCCATCATACAAGGCTGTCACTCTGCCTTTCAGCTTGCTTCTGTCTGGCTGCCTGATGCCCTTCATATAACTTTGCATTGCAGGCAGATGGCTTTGTGAGGGTAATTTTTTTGTGAGCTTTGACATGCT 

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s mm7.chr17      9976043 83 - 93276925 GTCTGGACGCTATGCAGGGGCAGCTACAGCTCACCCTTCCTAGGGCCAGCAGAGGAAGGAAGGAGACCAGGA--GTGGAGTCCAG 

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s danRer3.chr12 21948481 70 + 37038836 CATCAAAGAGATCACGGCAAA--------TAGAGCTA----CGCTGCATCTAAATATTTGCAGGCATTAAACATTAGAAGCA 
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s danRer3.chr12 21948577 120 + 37038836 AAGTGA--CATTTGCTTTTATCGCTCATATGAT----CAAACCAATAGAAAACA--------CTCACCCCATCTTCTTCTCTGTGTGGGTTTAGCCTGTTGTAAACGGCCTCAATTACACTACGTCTGAAAAAA 
s mm7.chr17      9976444 134 - 93276925 ATGTGAATTATTAGTATCTAGTACTTATAAATTACTTTAAATATTTAGGAAATAAATGTAAACTTACCCCATCATTGTCTTTGTGTGGATTAAGTCTACTATAAACAGCTTCAATAACATGGCGCCTAAAAAGA 

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s mm7.chr17      9977040 167 - 93276925 TCTGGTCTACTTACTTGCCAGCGAGACCTCCCCCGGGAGGTAAATTCGGGATATTTTCTGCAGACAAAATGCGCATCACATGGGCAAGATCAGGCATTCCTTCCTCCCCAGACTTCTGCATGATTTCTGTTGGTTTAGGAACAAGACATAAAAAGTCATT-CACATGT 

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s mm7.chr17      9978689 149 - 93276925 CTTACCTTCAACCCGTGATTCCAAGTGCTTATCCAACTCTGAATCTCTCTTCACGGCTTCCTCTGAGACCTTGGGGGCATTTGAAAAGCAAACTAATACAACACTCATGTTATCTCGACTTCCCTGCATATTAAAGAAAAGAAAAAGGA 

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s mm7.chr12     47076903 269 - 117814103 CAAGAAAGTATTTGATTT--------TCCTTCT----------ATTTTTTTAAAACCTTGATTATTT-TTATAACTTGCCAATCATAACTACTTTGTTTATTTGTAAGGAGAATAGGCAGGTATGTGGGAGGTCAGGTGCCTCCATTTA---------ACTATCACCAGCACCCCAGAGGAATCCGTTCCAGGTTACATCCAATGTGGAGGTATTCTTTGGTGGCCACTTGTGCTACCTACCCACATGCGTATCATACAGCCACACACGCCATGAAACAGGACAGAGACCGAAAGTG 

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s danRer3.chr12 21956748 1092 + 37038836 atatgtttaagaatgttggtaataggtatttattgatttgcataataagga---attaacactatgaaa---gtcaatg-ccttgatcaaaatatcaatgttttttttttttttttgctttcaaaagaagaaaaactcgagtaaatctaaaaaaaaaagagaaaagggtgagtaattaatcaaagccttaactttttttactgaa--atattctttAAGACATGTGATGCGCTTTCCTCACCTTATGTAAACAGGTGTCAACCACAGAGTTGCAGACTTTCTCCAAGTCATCCCACACCTCCAGGCGAGAGCGCACAAAATCACACAGCTCCTCGTTGCTCATCACGTCCCAGATGCCATCGCAGGCGAGCACCACAAACTCATCCTCGTCTGAAACGCGTGGGACTTCGAACACCTCCGGTTCCGGAGATACCAGCTGCTCAGTTGGGCCCTTTCCGTCCACACACTTGTAGTCATAATCCCCTAAAGCGCGCGACACAGCCAGAGAACCATTCACCCTTTGGATCATCACAGAACCGCCTGCGTTCTGAATGCGCTCTTTTTCACGTGGGTTGCACGGTTTGTGGTCTTGTGTGGAGAACCGCACTTGTCCTGCGCGGCTCAGCACAGCACGGGAGTCACCGCAGTTGATGAAATAGAGGTGCTCGGGAGACACCAGCACACCGACTGCTGTGGAACCACTACGGTCCATACCGTTACGTAGGTCTGAGAAGTTGCGCATGTACTCATCGATCTTCAAAAAGCCTGAGCGAATGCCGATTTTAACGCCTTCCACCGA---------GTCAGGGCCTGAG------------CGGAAGTCCTCACTGCTGGTAATAATGTGCTCCAGTAAGTGTTTGGAACAATAGTTGGCCACACGAGAACCTGCGTGACCGTCGTACACCGCGAAGAAAGACCAGTCATCCAGGCCATGCGGCAGACCAACCACAGCTGTATGTGCGTCCTCCATTTCGACCCGCCATCCCTGCATGCTACTTAGGCCGAAGTTGAGACCATTGCCTGCCCCGTGTGCATTATGTTTCTCCGTTTTCGGTTTGTCCAAGAAGGCCCCCATGGCTCAGGACACCGTCTGCAAGAAAAAGA 
s mm7.chr17      9987312 1100 - 93276925 ATACGTTTAAGATATTTGTTATCACTTAATTTTCAAATTAGAAGGTTGGGGCAGATTAAGTTAGTAAAAAGGGTTAACGTCCATGAAGAAGATATCTGAGAATACAGAGTTTT----CTCCAGAAAACAGTAAAAATTATAAAATTCTAAGTTTGCTTTAGAAAAA----AGTACTTA-------CCATGTCTTTTGAAAATCAATAGTGTTAGTTCAAACAACAACAAGAGCGTACATACCTTATGTAAACAAGTGTCCACTACCCAATTGCACACATTCTCCAGGTCGTCCGACACCTCAAGCCTAGACTTAACAAACTCACAGAGCTCCTCATTGCTCATCACATCCCAGATCCCATCACAGGCCAAGACGACAAACTCATCCTCTTCTG---CTCTCACAATCTCATAAACCTCAGGCTCTGGAGAAACAAGCTGCTCTGTAGGGCCCTTGCCATCCACACACTTGTAGTCATAGTCCCCCAGAGCCCGAGACACTGCTAGTGAGCCGTTCACACGCTGGATCATCACACTGCCTCCTGCGTTTTGGATGCGCTCCTTCTCCACTGGATTACAAGGTTTGTGATCCTGGGTAGAAAAGCAGACCTGTCCGTTCCTACACAGAACAGCTCGAGAGTCACCACAGTTGATGAAGTACATGTGTGTAGGGGAGACCATCACGCCCACTGCAGTCGAGCCGCTCCTGTCCATCCCGTTCCTCAGGTCTGAGAAGTTACGCATATATTCATCAATTTTCAAAAAGCCAGTCCTGATACCAGTCTTCACACTTTCTACTGAAGGCTCGAGAGCAGAGCCTGATTTGTCAGCTGCCCTGAAGTCTTCATTGGTGG---TGATGTGTTCTAATAGATGTGTTGAACAGTAATTTGCCACTCGGGATCCAGCATGACCGTCATAAACTGCAAAAAACGACCAGTTGTCCAAGCCGTGAGGAATACCCACAACAGCTGTGTGTGCATCTTCCATTTCTACTCTCCATCCTTGCATACTGCTCAGGCCATAACGCAGACCATTCCCAGCACCGTGAGCATTGTGCTTTTCAGTTTTGGGTTTATCCAAAAATGCACCCAT-GTTTAGTAATGAATCTGAAAGAGAAAAA 

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s mm7.chr4      141374200 713 - 155175443 AAGCACTACTACATCCACTATCAGACTTTAGAAGGACTGAGAAAGAGA-ATAATCAGTTAGGCTTTTTAAGCTACAATAATG-AATGAGTGATAAATTTCAGCTGAAATTGTG-TCATCTGTATATACACAAGAACTATCAAAGAACAAACTGTCCtttttaaaaaaaaatacattattat----------aataGTTTTGTTTAAGACAAGAAAAATT---TTGTCTAGTTTC---CTATAGTTTATATA---GCTA-------------------------GAGAAGAAAAATGACAGTCACTTTAGCTCAGTCATTAGATATGAATGTTTTAAATATATGCAAATCTTTGCATGGTACATAGACTATCAGTGACCCAGAACACTAATTTTCCCTAGGTAATTCTTA-----AAGCCTAGGGTAATTTGGTGAAGGATATATCAAAACCTC-----AGTTACATCTTTGCAATGTTTCTTCCA-GTATTATTTCAAGTATAAACGATTTCTTTTAAAAAGTTTTCATTACAATCTTGCAACTAC-------------------------TTAATAAGTTCTTAAATAATACATAATACACATTATTAACACTA--ATAACTAATTATATGATAATAATAAGCA----------------GTATACCCATGAGTTGTTATGGAATTGTTCATTTTGTAAAGTAAGTAACAATGGCGAAATGCCTTTTTATCTAAAACCTGGTTTTTATTTTTGTTG-TTCTTGTTCTTCAAAAAATAACTAGATAAAATTATTTGGTGTCTATCTATGACTCAG 

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s mm7.chr17     83983761 636 + 93276925 GCGCAGATGCTCACTTA---CTCGTACCTTTCCTTGGCCTCGGCCGCCCTGTCGCGCTGCCGCCGGTTCTTGAACCAGTTGCTGACTTGCGTGGTGGTGAGGCCGGTGGCCTCGGCCAGCTCGCGCTTCTCTCGTGGCGACGGGTAGGGGGTTGTGAGCGTACCACTCGCGCAGCACGCTGCGGCTCTTCTCCTTGAAGCAGTAGCTGGTCTCCTCGCCGTCCCAGATGGAGCGGGGCAGCGGGAACTTGCGCCGCACGCGGTACTTGCCCACGGCGCCCAGCGGCCGGCCGCGCAGCTTCTCCGCCTCGATGTAGTGCGCCTTGAGCCACAACTGCTGCAGCTTGGCGTGGTTGTGCGGCGAGAACTGGTGGCTCTCCAGGATTTTGTAGAGCTCGCGGAAGTTGCCCCGGTGGAAGGCCACCACGGCCTTGGCCTTGAGCACGCTTTCATTCTTGTGGAGGTGCTCGCAGGCGGGCAGCGACCACAGGAAGCGACCCAGCCGCTCGATGTTGCCGCCCTGCTGCAGCACCTCGCACACGCACGCCACTTGCTCCTGCGTGAAGCCGAAGGTGGGCAGCATGGACATGGTGGCGGCTgcgcgc-ccgcccgcccgcgcgcgccctcaccgcgcttcgcg 

a score=2168
s danRer3.chr12 22077031 101 +  37038836 GCAGCGTTCGTCTTTCCCGGAGGCCCGTTGCTGACCAGGCAGTGGCCTAAGCCT----------TTTTCTTTATTCAAATCAAGGCAGTTGTGTTGGGGGCCACCGTCACG 
s mm7.chr12     46926334 111 - 117814103 GCAGCCCTCATCCTACCTGCAAGCACTTTGCTTGCCAGGCAAAAAGCTACACCTTTCAGCTGACTTTTCTTAATTAAAAAAAAAAGTGTTTAAAAGGGGGGGGGCGTTATG 

a score=2000
s danRer3.chr12 22084730 121 + 37038836 CTGACGTGTTTTGCGCATTTCCTGAACTGG-------------CGCTCGAGCGCagggagggagagagagaga-----gacggagagggtgaacagggaggaaggCTGCAGCGCAAAAGACTACATGAGCGTGTAGCTC 
s mm7.chr17     84464474 137 + 93276925 cTGACGTCTTTTGCGCATTTCCTGCATTAGAGGGAGGGAGAATCGCTC--GCACAGCGATCGAGGGAAGCAGATCgcgggctgagcgctctggcgggcggcgagccggcggcagccgagagcgcggacgcggggagcgc 

a score=18565
s danRer3.chr12 22085417 367 + 37038836 ATCATGGTGGTTTTTAATGGAGTGTTGAAGATCAAGGTTTGTGAAGCTCTGGATCTGAAACCCACCGCATGGTCTCTCCGGCACGCTGTGGGTCCGAAGACCCAGACCTTCCTCCTGGACACGTATATCGCCCTCAATGTGGATGATTCCCGAGTGGGACAAACTTCTACCAAGCAGAAGACTAACAGTCCGGCTTGGAATGATGAGTTCGTAACAGAGGTTTATGATGGGAAGAAAATCGAACTTTCTGTCTTTCACGATGCACCCATCGGTTATGATGACTTTGTGGCCAACTGCACTATACAGTTTGAAGACCTGCTGCAGAATGGTAGTAGGCACTTTGAAGATTGGGTATGTTTATCTCACA 
s mm7.chr17     84465466 367 + 93276925 ACCATGGTAGTGTTCAATGGCCTTCTTAAGATCAAAATCTGCGAGGCGGTGAGCTTGAAGCCCACAGCCTGGTCGCTGCGCCATGCGGTGGGACCCCGGCCACAGACGTTCCTTTTGGACCCCTACATTGCCCTTAACGTGGACGACTCGCGCATCGGCCAAACAGCCACCAAGCAAAAGACCAACAGCCCGGCCTGGCACGATGAGTTCGTCACCGATGTGTGCAATGGGCGCAAGATCGAGCTGGCTGTCTTTCACGACGCTCCTATCGGCTACGACGACTTCGTGGCCAACTGCACCATCCAGTTCGAGGAGCTGCTGCAGAATGGGAGCCGTCACTTCGAGGACTGGGTGAGTCGGTCCTCCA 

a score=11192
s danRer3.chr12 22172041 176 + 37038836 GCATCATCCAATGAAAATGAGGAGAGGGTGTTTCGTGAGCGGATGCGTCCCCGAAAGCGCCAGGGGGCCGTCAGGAGGAGAGTCCATCAGGTCAACGGGCACAAGTTCATGGCCACCTACCTGAGACAACCTACCTACTGCTCCCACTGCAGAGATTTCATCTGGTAAGACCCTTG 
s mm7.chr17     84771202 176 + 93276925 GCAGCCCCTAAAGACAATGAAGAACGAGTGTTCAGGGAGCGTATGCGGCCAAGGAAGCGGCAAGGGGCTGTCAGGCGCAGGGTCCACCAGGTCAATGGCCACAAGTTCATGGCCACCTACTTGCGGCAACCCACCTACTGCTCCCACTGCAGAGATTTCATCTGGTAAGTCCCTGG 

a score=2566
s danRer3.chr12 22174700 195 + 37038836 TTTCTAACACTTAATATTTTG-CTGTGTTTTTGCAGGGGTGTGTTGGGGAAACAGGGGTATCAGTGTCAGGGTAAGAT-----------ACTTTCCTTTGTACATTAAATGAAATTATAAGTTTCTAAG--CTAGAGAAATTTCCACAAAAAAACAAAAACAAAAAAAAATTACAGATTTCATCTACAGTTCTTAAATTTTCCACCCTC 
s mm7.chr17     84772368 197 + 93276925 TTTCGACCTAGTAAAATTCCGTCTTCTTCCTTTCAGGGGTGTCATAGGAAAACAGGGATATCAATGTCAAGGTAAGAGGTCTTTTATGAACTTAGCTTTCGGAACCCATGGTTGGTTTAAGGTTATAATCCCTTCTGGAAGGTGCACAATAGATCGGAAAC---------CTTTAGAGCCTTTGTATACTTCT---ATTGTTCACCCTC 

a score=5374
s danRer3.chr12 22174901 140 + 37038836 TTAACTTTCTTGCCTATTCCTTTAAT----TTGTCAGTTTGTACCTGTGTGGTCCATAAGAGATGCCATGAACTCATAATAACAAAATGTGCTGGCATGAAGAAACAAGAAGACACTCCTGAAGAGGTCAGT-tctacatggttg 
s mm7.chr17     84773658 142 + 93276925 TCATCATTCAAGCTTCTTCTGTTTTTGTCCTTGACAGTTTGCACTTGCGTTGTCCACAAGCGATGTCATGAGCTCATTATTACAAAGTGCGCTGGGCTGAAGAAACAGGAA---ACCCCTGACGAGGTAAATATTTACAGTGATG 

a score=7106
s danRer3.chr12 22177272 155 +  37038836 TTTTGTTTTTACAGGTCGGCTCTCAGCGCTTCAGTGTAAACATTCCACACATGTTCAGCATTCACAATTACAAAGTCCCAACCTTCTGCGACCACTGCGGCTCTTTACTATGGGGTCTGATGAGGCAAGGCCTGCAGTGCAAAGGCAAGAGTTGC 
s mm7.chr12     71650083 155 + 117814103 TCCTCTTCCCCCAGATTGCAGAACAGCGGTTTGGCATCAACATCCCACACAAGTTCAACGTTCACAATTACAAGGTGCCCACGTTCTGTGACCACTGTGGCTCCCTGCTCTGGGGGATAATGCGACAAGGACTTCAGTGTAAAAGTAAGGAGTGC 

a score=9287
s danRer3.chr12 22177480 186 + 37038836 TCTGTCTCCCTGCATGTTTTCAGCCTGTAAAATGAATGTCCATCGGCGTTGTGAAAGTAATGTAGCTCCTAGCTGTGGTGTCGATGCCCGAAAAATCGCTAAAGTGCTTTCTGATCTCGGGGTGACGCCAGATAAAATCTCCAACAGTACCCAACGCAGGAAAAAGGTGAG-----TGCTGTGCAGTATCC 
s mm7.chr17     84785033 184 + 93276925 TATGTCTCCCT-------TACAGTCTGCAAAATGAATGTTCACCGGCGATGTGAGACCAATGTGGCTCCCAACTGTGGGGTAGACGCCAGAGGAATTGCCAAAGTGCTGGCTGACCTTGGTGTTACTCCAGACAAAATCACCAACAGTGGCCAAAGGAGGAAAAAGGTAAGGAAGCCACCGTGGATTATCC 

a score=8339
s danRer3.chr12 22183876 149 + 37038836 TTTTGTTTTTACAGGTCGGCTCTCAGCGCTTCAGTGTAAACATTCCACACATGTTCAGCATTCACAATTACAAAGTCCCAACCTTCTGCGACCACTGCGGCTCTTTACTATGGGGTCTGATGAGGCAAGGCCTGCAGTGCAAAGGCAAG 
s mm7.chr17     84778995 149 + 93276925 TCCTGTTCCTGCAGGTGGGCTCCCAACGGTTCAGCGTCAACATGCCCCACAAGTTCGGGATCCACAACTACAAGGTCCCCACGTTCTGTGACCACTGTGGGTCCCTGCTCTGGGGCCTCTTGCGGCAGGGCTTGCAGTGTAAAGGTGAG 

a score=7450
s danRer3.chr12 22184084 482 + 37038836 TCTGTCTCCCTGCATGTTTTCAGCCTGTAAAATGAATGTCCATCGGCGTTGTGAAAGTAATGTAGCTCCTAGCTGTGGTGTCGATGCCCGAAAAATCGCTAAAGTGCTTTCTGATCTCGGGGTGACGCCAGATAAAATCTCCAACAGTACCCAACGCAGGAAAAAGGTGAGTGCTGTGCAGTATCCTTAAGATAACAGTAACTTTCAGAAAACAAGTGCATACGTTTATTGGCATCCTTGGTAAATATGAGCAAAAAACTTTGTTT---------GTTTTGCTCAAAATAGTAACAACAAACTGTGCTCTCTTTGACAACAAAC--AATTGCAAGCAAAACTCATCTAAAACTAATATCTAAATACAGTTGAAGAAAAA-------TTGTTAGCTCTCCTGTGAAATAAAAA--ATATTTTTCGTATATGTTTCTTCTTCTGAAGAAAATCTTATTTCTATAGTTAGAAATAAAAATAAATCATGTAAAAAATTTATTGGgg 
s mm7.chr17     84785033 465 + 93276925 TATGTCTCCCT-------TACAGTCTGCAAAATGAATGTTCACCGGCGATGTGAGACCAATGTGGCTCCCAACTGTGGGGTAGACGCCAGAGGAATTGCCAAAGTGCTGGCTGACCTTGGTGTTACTCCAGACAAAATCACCAACAGTGGCCAAAGGAGGAAAAAGGTAAG------GAAGCCACCGTGGATTATCCGGAGCTCTCTCCAG------GCCTGCTTCTGAGGGCATCCCTAGGTGAGGGTGGGGGATTCCTGGGTTTAGGATCGGCACCTTACTCAAAATAGCA------------GGTGTTTGTAGAAAGAGGCCAGATAACACGAAAGGCTCATTACACCTCAAAAATCGGAGGAAGCAGATGGCAAAGCGAGCCTTAGGAGCTAT-GTGTGGGTTAGGGGTCTTAGTGCTAGAGTCTTTTCCTTCGTGTCCATAAAACCCGAGTTCAGTTTTCAGGAACACAACAGAA-----TAAAAAGCTCACCTGAG 

a score=3375
s danRer3.chr12 22187195 114 + 37038836 TTCTGTCTTCAGTTGACTCCAGGGCAGGACCCTCAGCAATCCACAACAGAAGCCCCTTCATCAGAAGAGTCTGACCGGTGCAAATCAGCTCCAACCTCACCTTGCGACCAGGGT 
s mm7.chr17     84787628 111 + 93276925 TGCTCTCTTTAGCTCGCTGCTGGTGCTGAGTCCCCACAGCCGGCTTCTGGAAACTCCCCATCTGAAGA---CGACCGATCCAAGTCAGCGCCCACCTCCCCTTGTGACCAGGGT 

a score=2479
s danRer3.chr12 22188945 219 +  37038836 AGCACAAGTCTTCCTCCTCTTCCTCGTGCAG----TGGTGTTCAGAGCACAGAAATTGAG--GGCCGGGAGAATGGAGACCTAAAAA------------CCGTCCAGACT-----AAGAGGATGAGCCTCACTGACTTCTCATTCATCAAAGTGTTGGGCAAAGGCAGCTTCGGGAAGGTCAGT---GTCTTT-----ACTGATTTTTATTAATCAGC---------ATTTGTACTGTTGGTTTTAGTTCAGTTCGGGG 
s mm7.chr12     71654587 256 + 117814103 AGCGTCATTTCTACTTTCCTCCTCCTTGCAGAAACTCATTTCCAGGTC---GACACTAAGACGGCAGGGAAAGGAGGGCTCCAAAGAAGGAAATGGGATCGGTGTTAACTCTTCCAGCAGATTCGGCATCGACAACTTTGAGTTCATCCGGGTGTTGGGGAAGGGGAGCTTCGGGAAGGTGAGTCTGGGCTTTGGCCGGCTGGATTGAAGTAACAAGCATGCTGTGTATGTGTGCTGTTGGCGTACATGTATGTGGGGG 

a score=11099
s danRer3.chr12 22189553 364 + 37038836 TGAATTGACTTTTTTTTTAATGAATAC------AAAGTTCTAAAGAATAGAACT-------GAAATTAATCTGAAATTGTATGTAGAATATTA----CATATTTACTGTCACTTTTAATAAATGTAATGAATTCCAGTTGAATAAAAGTAGTTTTACACCTTTTGAATGACATCTTTACCTTTGAGTGCT---------TCTTGATA----TTGTAGGTGATGCTGGCTGAGCTGAAAGGCACAGATGAAGTTTACGCTGTGAAAGTTTTGAAGAAAGATGTCATCCTTCAAGACGATGATGTTGACTGCACTTTGACTGAGAAACGCATTCTGGCCCTGGCTAGAAAGCATCCCTATCTAACCCAACTTTTCTGCTGCTTCCAGACAAAGGTA 
s mm7.chr17     84792552 382 + 93276925 TGCATTAAACTTCTCTTACCTGAGCACTGTGCCAGAGATTTAAAAAAAAAAAACCCCTTAGGTAGTTTCCCTAAA----CGTTTAAAATGTTAGCTTCCTAAACATCTTCATTAAAAATGAAAGAAAGAAA---CAATTGACACTTAGATATTTGACATCATTTGGTT-----CTGTGGGTGTGAAGACTGACCAGATGTGTTAAAACTGGTTGCAGGTCATGTTGGCGGAACTCAAAGGCAAAGATGAAGTCTACGCTGTGAAGGTCTTGAAGAAGGACGTTATCCTACAAGACGATGATGTGGACTGCACAATGACAGAGAAGAGGATTTTGGCTCTGGCTCGGAAACACCCTTATCTAACCCAACTCTATTGCTGCTTCCAGACCAAGGTA 

a score=10080
s danRer3.chr12 22206194 218 + 37038836 TCTTTTTAATTCTCTCTAGGATCGCTTGTTCTTTGTTATGGAGTATGTGAACGGAGGAGACCTGATGTTTCAGATCCAGCGCTCACGGAAGTTCGATGAAGCTCGCTCTCGTTTTTATGCAGCTGAGGTCACTTCAGCACTGATGTTTCTGCATCAGCACGGCGTCATATACAGGTAAAACTTCATCACATTCTGCTCTT---------ACAAAAGGTGTGACTTAT 
s mm7.chr17     84859771 223 + 93276925 TTTTCTTTTCTCCTTCCAGGACCGCCTCTTCTTCGTCATGGAATATGTAAATGGTGGAGACCTCATGTTCCAGATTCAGCGGTCCCGAAAATTTGATGAGCCTCGTTCTCGGTTCTATGCCGCAGAGGTCACATCAGCCCTCATGTTTCTCCACCAGCACGGAGTGATCTACAGGTA----TTCTCTTCTTTTTCCCCTTTGGCTAGACACAGAAGCAACGACTTCT 

a score=8940
s danRer3.chr12 22234373 148 + 37038836 TTTCAGAGATCTAAAGCTAGATAACATTCTGTTGGATGCTGAAGGACATTGTAAACTGGCCGACTTTGGCATGTGCAAGGAGGGTATTTTGAACGGGGTCACGACCACCACCTTCTGCGGGACACCGGATTACATCGCTCCTGAGGTA 
s mm7.chr17     84922314 148 + 93276925 TTGCAGGGATTTGAAACTGGACAACATCCTTCTAGATGCAGAAGGCCACTGCAAGCTGGCTGACTTTGGGATGTGCAAGGAAGGGATTATGAATGGTGTGACAACTACCACCTTCTGTGGGACTCCTGACTACATAGCTCCAGAGGTA 

a score=15192
s danRer3.chr12 22239368 228 + 37038836 TGTCCCTCCTTCTTGCATCTTTATGTCCAGATCTTGCAGGAGTTGGAGTACGGCCCTTCAGTGGACTGGTGGGCTCTGGGTGTTCTGATGTACGAGATGATGGCCGGTCAGCCTCCGTTTGAAGCCGACAATGAGGATGATCTGTTCGAGTCCATCCTCCACGATGACGTCCTTTATCCCGTGTGGCTGAGTAAAGAAGCTGTCAGCATCCTGAAAGCTGTAAGCGGC 
s mm7.chr17     84927726 225 + 93276925 TGACACTCCGTCT---GTTTCCCCGCACAGATCCTACAGGAGTTGGAGTACGGCCCCTCAGTGGACTGGTGGGCCCTGGGGGTGCTGATGTACGAGATGATGGCTGGGCAGCCCCCCTTTGAAGCTGACAACGAGGACGACTTGTTCGAATCCATCCTTCATGATGATGTTCTCTATCCTGTCTGGCTTAGCAAGGAAGCTGTCAGCATCCTGAAAGCTGTAAGTGAC 

a score=8873
s danRer3.chr12 22242473 176 + 37038836 GTATTCTCTCTCCTCAGTTCATGACGAAGAATCCCAGTAAGCGTCTGGGCTGTGTAGTGACCCAGGGGCTGGAAGAGGCCATTAAAGTCCACCCATTCTTCAGAGAGATCGACTGGGTCCAGCTGGAACAGAGGAGGATCAAGCCCCCCTTTAAACCTCGCATTGTAAGCAAAACT 
s mm7.chr17     84932485 176 + 93276925 GTGTCTTCCTCCCACAGTTCATGACCAAGAACCCGCACAAGCGCCTGGGCTGTGTGGCAGCGCAGAACGGGGAGGACGCCATCAAGCAACATCCATTCTTCAAGGAGATTGACTGGGTACTGCTGGAGCAGAAGAAAATCAAGCCCCCCTTCAAGCCGAGAATTGTAAGTGGGGCT 

a score=1422
s danRer3.chr12 22245035 118 + 37038836 CAAGAAGGCGTTAT-AGTCA---AAACTGTGATGCGCCAGCACCCTTACC-----ATTCCTCTCACATTAAAG-ATGATATCTGTTAGACAGAGCATGAAAGGAATTTATTAGCAGTACATATCAGTC 
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a score=8605
s danRer3.chr12 22249676 155 + 37038836 CTATCTCTCTTTTTGCTTTAGAAAACCAAGCGCGACGTGAATAACTTCGACCAGGACTTCACTCGCGAGGATCCTGTTCTCACACCAGTAGACGACGCCATCATCAAACAGATCAACCAGGAGGAATTCAAGGGCTTCTCGTACTTCGGAGAGGA 
s mm7.chr17     84956961 155 + 93276925 CCATCTCTTTTCTCTCCACAGAAAACCAAAAGAGATGTCAATAACTTTGACCAAGACTTTACGCGGGAAGAGCCAATACTTACACTTGTGGATGAAGCAATCATTAAGCAGATCAACCAGGAAGAATTCAAAGGCTTCTCCTACTTTGGTGAAGA 

a score=2134
s danRer3.chr12 22252493 65 + 37038836 TCTGGAATGTGATGACTTTTG-CTTTAGCGAT----TTGAGGATTTCTTTTTGTCTTACTTTTTTTTTTT 
s mm7.chr17     84959066 70 + 93276925 TCTGGCTGGTCACAGCCTTTGTCTCTAATGACGACCTTCAGTTTTCCTCTTTGTTTTGCTTTTTTTTTTT 

a score=3377
s danRer3.chr12 22252708 405 + 37038836 CAGCTTTAT-TTTCTCCGTCGTTTCCTCTTTTTTTTTTAACTGTAAA--------GGAATGAACTTGATATATACTGTAGGACGCATCCATGGTCTGTCTTCAAAGTCAAAACAGAGTAAATAAACTAAGAA-------TTACCTCTTAAATGAAGTGCAAAGATTTCTCTTGCTGAATATTGAATATTTGCGCATACAGTATTAAAATACATAAATGTTTC------ATATGTATGATAGTGCTGTATTATATACATCTGGTATTGGACTTTAGT-------TTCTGTGTGGTGAAGCTTCATGTGCA----CAGAGGTATTTCTTTTTTCTGGATA-CACTAAGCGTTATCTCATTGTAAGCATTTTACTATGTGCCAAATGTACTGTCATCTACAGGATGTGAATGTT--TTGTTT---AACCTATTAAACCCTAAGATGT 
s mm7.chr17     84959924 428 + 93276925 CAGGTCTATATTTTTCCAACTCTCACTTTCTTTATCTTAAAGGAAAAAAGTGGGGGGGAAAAAGCCAAAAAATACTACATGAAGGATAGTAATTCCTCCCTGCCTCTCATTATGGACTTCTTGAAGTAGAAACATTTTTTTTCCTCCAAAGGTGAAAACACCATTCATTCTTGCT-----TTAAAAAT----AAAAGAAGGCTTAAAAAAATTACCTCTTTTTAAATTATGTGCAAAGTAATTCTGGTTAATAGAAAT---GTATTCAATTTTAGGGGTTTTATTTTGTATTGTGAAGCTTTCTTTTCCTTTCCGGATGTGATTTTAATCCCTTGCCATCTATCAGTGTGATTTCATTGTAAACATTAT----TGTGCCAAATGTACTGTACTCAAAAGGATGTGAATGTGTATTGTTCCAGAACGTAATAAATATGATGATGT 

a score=-775
s danRer3.chr12 22267547 399 +  37038836 atttgttacttattt---atttattttatttatgtatttgtttaATTTTTTGTAACATTTTGTTTGTTTGGTTACTGTGTGAGTAAGGCTTTGTTTTTGTTAATGGAAAATACACTTTTTAGCTCATGGAACTTCTACAAAATGAAAACa---------aaaataattatttaaattat---tattttta--tGCTTTGCTTTGTTTTTGTTAATAGAAAATACAAGCTTTAGGTTATGAAACTTCCATAAAATGAAAACaaaattatttgttttaattattatttttataCTTTGTTTTTGTTAGTAGAAAATACACTTTTAACTTATGAAACTTCCATAAATTGAAAAAAAAAATTATTACTTTGCTTCTAACAATAAAATGCATTCCAAATATAACAAA---ATATGCATATTCA-G 
s mm7.chr12     71878898 363 + 117814103 ATGTATTACCTATTCTCAAATTATTATATACTTTAGTTTCTTCAAATTTATTTAGGGTTTTTCTA-------TACTGAG------ATACTTTGGAATGATTGTGAGACATTAGATACATAAGCTACTGTAAATTTGG--GGATGAAAACATCTGCTTTGGAAATGTTAAATAAAAGCTTGGACATTTTAAAAGAATTTATTATGTTTTCAGTGATCTAAAAT--------TTGTATATAAAAGCTATCTTATATAAAACT----TTGTTCATGTTCCATACAAGTCCTATATAATAATTTT-----------ACATGGTTTCTTCT-----AATCTTTATACAGTAAACAGGGAAATGC--------------AAAATTAATTTTATTCGAGTTAAGACAAACTAACATGTACATTCTTG 

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s danRer3.chr12 22267946 233 + 37038836 CCTCTTCTGTTT-TGCAGGCACCCTTCAGAAAGGCGTAAGGAGAAGTCTCGTGATGCGGCGCGCTGCAGGCGCAGTAAAGAGACAGAGGTGTTTTATGAGCTGGCCCATCAGCTACCATTACCCCACAGCATCAGCTCACACCTGGACAAAGCCTCTATCATGAGACTGGCTATCAGCTTCCTGCGCACACGCAAGCTCTTCAGCTCAGGTACACCATTGCACAACACGCTTCA 
s mm7.chr17     85099539 234 + 93276925 CCTCGTTTCTTCATGTAGGAGCAGCTCAGAGCTGAGGAAGGAGAAATCCCGTGATGCCGCGAGGTGCCGGCGCAGCAAGGAGACGGAGGTCTTCTATGAGTTGGCTCATGAGTTGCCCCTGCCTCACAGTGTGAGCTCCCACCTGGACAAAGCCTCCATCATGCGCCTGGCCATCAGCTTCCTTCGGACACATAAGCTCCTGTCCTCAGGTAAGGCTTGACAGGTCCTGCCCCA 

a score=5905
s danRer3.chr12 22276813 190 + 37038836 CAGATGGACAATCTGTATCTGAAGTCTCTGGAAGGCTTTGTGATTGTGGTCACTTCAGATGGGGACATGATATTCCTTTCAGAAAATGTCAGTAAATTTATGGGCCTAACGCAGGTAAGCCTCACCTCATTTCTCTCACTCTTTCAGAAAAGTGACAACCATAGAAACTCTCATCATTT----ATAGCTACTAA 
s mm7.chr17     85107672 174 + 93276925 CAAATGGATAACTTGTACCTGAAAGCCTTGGAGGGTTTCATTGCTGTGGTGACCCAAGACGGTGACATGATCTTTCTGTCGGAAAACATCAGCAAGTTCATGGGACTTACTCAGGTGA----CACC------CTCTGCCTCGTTCAGTAG---GAAAAACATG-------TCTTTATTTGGGGATAGACACTAA 

a score=5465
s danRer3.chr12 22277003 138 + 37038836 ACTCTTGACTTGCCCTAAAAACTGTTATCAGGTGGAACTGACAGGCCACAGCATCTTCGACTTCACACATCCTTGCGATCATGAAGAAATCCGAGAAAATCTCAGCATCAAATCAGGTGAG--------CTTCATCCCCATTTCTC 
s mm7.chr17     85108174 139 + 93276925 CATCTGGCCTTGCTTTTGAAAC-------AGGTAGAACTAACAGGACACAGCATCTTTGACTTCACTCATCCTTGCGACCATGAGGAGATCCGTGAGAACCTGACTCTCAAAAACGGTAAAGTGTTCTTCTTTGTTTGCATTCTTC 

a score=12425
s danRer3.chr12 22280384 431 + 37038836 AGGGCCTGTGTATAGCAGAAAAGGGAAAGAAATGAGTACGAGCAGAGATTTTTTCATGAGAATGAAATGCACAGTCACTAACAGAGGACGCACTGTCAACCTCAAATCAGCCAGCTGGAAGGTAGTATT-------GCATAAGAACAAACCATAACT---TCATTCATCATACATCTGCATGTGCTTTTAAGTAAAATGTTTtctgtctgtctttctgtctgtctgtctgtcAGGTTTTGCATTGCACTGGGCATTTGCAAGTGTGCAGCAGTCGTCCTCCTCA---GATCCTGTGGGGTTTTCA-GAGCCGCCACTCACATGCATCACTATGCTTTGTGCACCGATTCCACATCCATCTAATGTCGACACACCTCTTGACAGCAAGACGTTCATGAGCAGACATAGTATGGATATGAAGTTCATTTACTGTGATGAGAGGCAAG 
s mm7.chr17     85111797 439 + 93276925 AGGCTCTGGTTTTGGGAAGAAGAGCAAAGACGTGTCCACCGAGCGTGACTTCTTCATGAGGATGAAGTGCACGGTCACCAACAGAGGCCGGACTGTCAACCTCAAGTCGGCCACCTGGAAGGTAGGATTCGTGGAGTCTCAAGAAAGAGCCAGGAGCAGGAGGTGCCTGAGGCCTCTCCCT---CTTCTCGGCCGTCTCGGCCTTGTCT-TACTTCTGTGCTTTGACC--CCAGGTCCTGCACTGCACCGGGCAAGTGAGAGTCTACAACAACTGCCCCCCTCACAGTAGCCTCTGTGGCTCCAAGGAGCCCCTGCTGTCCTGCCTTATCATCATGTGTGAGCCAATCCAGCACCCATCCCACATGGACATCCCCCTGGACAGCAAGACTTTCCTGAGCCGCCACAGCATGGACATGAAGTTCACCTACTGTGACGACAGGTGGG 

a score=7075
s danRer3.chr12 22288228 192 + 37038836 TCTTGAGTGCTCTAATTCAATCACGCTTTGTTTTGACTGTTCCATTAGTTTTATTCTTGAGCCG--TCTTTTGTGTTTCAGAGTCAGCAGTCTGATCGGTTACAGACCCGAGGAACTTCTTGGCCGTTCGGTTTATGAGTTCTGCCACGCTTTGGATTCGGAGAACATGACAAAGAGCCATCAAAATCGTGAGT 
s mm7.chr17     85120718 191 + 93276925 TCCTGAAGTCTCTGATC---GCATGCTGTGCCAAGGCTGTTTGGTCTTTTGTCCTCACCTGCTGCTTCCTTTTTAATTCAGAATCTTGGAACTGATTGGTTACCACCCCGAGGAGCTACTTGGACGCTCTGCCTATGAGTTCTACCATGCCCTGGATTCGGAGAACATGACCAAAAGTCACCAGAACTGTGAGT 

a score=-1422
s danRer3.chr12 22288420 321 +  37038836 ATGGTTTATTATTAAAAAAGATTGCAATCTTGGTTCAAATGACCACCCAATCTTATTTCTAAGCAATCACAATTTGAGTATTTTAAAAATGGATTTGTCAGTGAATGATTCAAGAGGTTC----TTCAAA-----------AAATGCTGATTT------ATCTAGTACTAAAACGTGAAG---TCTTCTAGAGTACATGCAAATTACTGAATAATTCTTTTA-----AACTGaaataaaaaaatatatattcattttaattacataatattaatagtaatacaataaaataaatattaaaataaataaGAAAGTAATATTTTGTCAG------AACCTCTAGTATTTT-TTTAATTT 
s mm7.chr12     71889035 298 + 117814103 A--------CAATAGAAGAACTCAAGGAGggggctggagagatggctcag---tggttaagagcactgactgctc---------------------------------ttccagaggttctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggcttacaaccatccatagtggagatctgacaccctcttctggtgtgtctgaagatagctacagtgtactcacatacataattaaaataaataaata-aaactttttttaa--aaattaaattta------------aaaataaaaaaaGAACTCAAGAAGATAGTCTCACTGCTTAAGTCCTGCAGTCTCTACTGTTCTATCTAACTT 

a score=9066
s danRer3.chr12 22294267 166 + 37038836 CTGTTTTCTTCTTCAGTTTGCAATAAGGGCCAGGTGGTAAGTGGCCAGTACAGAATGCTTGCCAAAAATGGAGGCTACGTTTGGGTGGAGACTCAAGCAACTGTCATCTACAACAACCGCAACTCCCAACCGCAGTGCATCATCTGCATCAACTACATCCTGAGGT 
s mm7.chr17     85126105 166 + 93276925 CTCCTTTCTTCACTAGTGTGCACCAAGGGGCAGGTGGTATCTGGCCAGTACCGGATGCTAGCCAAACACGGAGGATATGTGTGGCTGGAGACCCAGGGGACGGTCATCTACAACCCCCGCAACCTGCAGCCTCAGTGTATCATGTGTGTCAACTATGTGCTGAGGT 

a score=5585
s danRer3.chr12 22294482 284 + 37038836 CACTGTCCTTGTGTTTCAGCTCTGTGGAGGAGCAGTCCGTCATCTTCTCCCTAGACCAGACGGAGGCCTTGTTCAAACCCTACCACACCTACGACATGGGCGAAATATTCAGCCA-------AACACATCCATTTCCGAACCTCAGAACAATCTCTTCACTACACTTAAGGAGGAGCCTGAGGAGTTAGCGCAGTTAGCGCCTATGCCAGGAGACGCCATCATTGCCTTGGACTTTGGTCAGAATGCCACCTTTCGGCACTTCTTCAACCATTCCCCATACAACACCTTCA 
s mm7.chr17     85126829 275 + 93276925 CGCTCTCTCTTCCCATCAGTGAGATCGAGAAGAACGACGTGGTGTTCTCCATGGACCAGACCGAATCCCTGTTCAAGCCACACCTGATG---GCCATGAACAGCATCTTTGACAGCAGTGACGATGTGGCTGTAACTGAGAAGAGCAACTACCTGTTCACCAAACTGAAGGAGGAGCCCGAGGAACTGGCCCAGTTGGCCCCCACCCCAGGAGATGCCATTATTTCTCTCGATTTCGGTGCG-----TACTTCCTAGCCCTGGTTGAACC--------CACAGAACCCTCA 

a score=2751
s danRer3.chr12 22297653 235 + 37038836 TTGCGTTTGCAGAAAGGGCAGAGTTTGAAGAGGCGACATTCTTCTCCAAGTCCTCCAAGCTCCCTGCGGTGGGCCCGTCCTGGGTTGTGGACACACCTCCTGACGG----CAGTCCTGAGAGAAACCTGTCCAGCCTGCCGTCCTCCTTCACTGTACCCCAGGTGCCTCCAGCAGGCAAATGCACACCCTGTACGACACCCTGCTTGAGCAGTTGCAGCAGCTGTTCTACAGTACGTCC 
s mm7.chr17     85128009 211 + 93276925 TTGTCTTTACAGGAAGCCAGAACTTCGATGAACCCTCAGCCTATGGCAAGGCCATCCTTCCCCC------GGGCCAGCCATGGGTCTCGGGG-------CTGAGGAGCCACAGTGCCCAGAGCGA---GTCCGGGAGCCTGCCAGCCTTCACTGTGCCCCAGGCAGACACCCCAGGGAACACTACACCCAGTGCTTCA------------AGCAGCAGTAGCTGCTCCACGGTGAGCCC 

a score=2623
s danRer3.chr12 22300636 124 + 37038836 GTCTGCAGCCTAACAGTCCAGTGGATTGCTGT--GGCAGTGGAGAGTGGGATCTGAAGGTGGAGCTGACAGAGAAGCTCTTTGCCCCTGAATCTGGAGCAACCAATCCAACAGACTCCCAGGTGAG 
s mm7.chr17     85128938 124 + 93276925 GTCTCCAGCCCAGCAGCCCTGAGGACTACTATTCATCCTTGGAGAATC--CCTTGAAGATCGAAGTGATTGAGAAGCTTTTCGCCATGGACACGGAGCCGAGGGACCCGGGCAGTACCCAGGTGGG 

a score=6467
s danRer3.chr12 22303023 397 + 37038836 ATATTTGCTTGACTGTGTG------CAGTTGAACCTGAGTGATCTGGACCTGGAGACTCTCGCTCCATACATCCCAATGGACGGCGAGGACTTCCAGCTGCACCCTATATGTCTGGAGGAGCCGGTGCCTGATGCAGGTCCAGGCCTGAGCGCAGCCGTCCAGCACAGCTTCAGCAGCGTGGCCGACCTCTTCCAGCC---------------------------------CCTAGGTCAATATCCACCTTACATCAAAAACAGA----------------CCTAGCACATGTCCAGACTCAACTCACATACAA--------------------CCCTACCAAACCACGCCAAACATTCCGCTCTCTTCAGAAAAGCAAAGACAGAGTCTTCATTGGCCCCCTGATCAACTTTCACAGTATGAAAACACAAATGTTGGCTGCATGGATGACAGAAACACAGGAGGTCCAGGA 
s mm7.chr17     85129905 463 + 93276925 ATGTACCCTTTGCTCTGTGTCTCCTCAGACGGACTTCAGTGAACTGGATTTGGAGACCTTGGCACCCTACATCCCTATGGACGGCGAGGACTTCCAGCTGAGCCCCATCTGCCCAGAGGAGCCG----CTCATGCCAG-AGAGCCCCCAGCCCA-CCCCCCAGCACTGCTTCAGTACCATGACCAGCATCTTCCAGCCGCTCACCCCGGGGGCCACCCACGGCCCCTTCTTCCTCGATAAGTACCCGCAGCAGTTGGAAAGCAGGAAGACAGAGTCTGAGCACTGGCCCATGTCTTCCATCTTCTTTGATGCTGGGAGCAAAGGGTCCCTGTCTCCATGCTGTGGCCAGGCCAGCACCCCTCTCTCTTCTATGGGAGGCAGATCCAACACGCAGTGGCCCCCGGATCCACCATTACATTTCGGCCCTACTAA-GTGGCCTG--TGGGTGATCAGAGTGCTGAATCCCTGGGA 

a score=6796
s danRer3.chr12 22308758 178 + 37038836 ACAGTTCTCTTTTATTGTTGACAGGCATGATAAGTCAACTGCTGGCTCCGTCCTTTGACTCATACTGTCTGCCAGAGCTGACGCGATATGACTGTGAGGTAAACATGCCTCTACAAGGAAACCTGCATCTGCTTCAAGGCAGTGACCTGCTGAGAGCCCTAGACCAGTCCACATAAGC 
s mm7.chr17     85133368 178 + 93276925 ACACCCTCCTCTCCCTCCTCTCAGGCGTGGCCAGTCGACTGCTGGGGCCATCGTTCGAGCCTTACCTGTTGCCGGAACTGACCAGATATGACTGTGAGGTGAACGTGCCCGTGCCTGGAAGCTCCACACTCCTGCAGGGGAGAGACCTTCTCAGAGCTCTGGACCAGGCCACCTGAGC 

a score=19517
s danRer3.chr12 22328365 413 +  37038836 CCCTTGTCGCCATGTACCGGTATTTCGGGGA------GCTGCTGACTCGCGGAGCGGGAAGCGCTCTGGCCTCGGGATGCGTCGAGTC---CGCTCTGCCGG------------------CTTCCTCGTCTCTGC------------TGCGGGT------GCGCCACTACAGCGA---TGCCGCTGACAAGGAGGACGACCCCAACTTCTTCAGGATGGTGGAGGGCTTCTTTGACCGCGGCGCTACTATTGTCGAAAACAAACTGGTGGAGGACCTGAAGACCCGGGAGACGCCGGAGCAGAAGAGGAGCCGTGTGCGGGGAATCCTCAAGATCATCAAGCCCTGCAACCACGTCCTGAGCGTGTCCTTTCCCATCAAGAGAGACAACGGAGAATGGGAGGTTATCGAGGGTTACCGGGCACAACACAGCCAGCACAGAACACCCTGCAAGGGGGGTAAG 
s mm7.chr14     31745103 461 + 119226840 CCGCCGCCGCCATGTACCGCCGTCTGGGCGAAGCGCTGCTGCTGTCCCGCGCCGGGCCCGCTGCCCTGGGCTCTGCGGCTGCAGACTCAGCCGCGCTGCTGGGCTGGGCCCGCGGACAGCCCTCCGCCGCCCCGCAACCCGGGCTCACGCCGGTCGCCCGGCGCCACTACAGCGAAGCGGCCGCCGACCGCGAAGACGACCCCAACTTCTTCAAGATGGTGGAGGGCTTCTTCGACCGCGGCGCCAGCATCGTAGAGGACAAGCTGGTGGAAGACCTGAAGACCCGGGAGAGCGAGGAGCAGAAGCGGAACCGGGTGCGCGGCATCCTGAGGATCATCAAGCCCTGCAACCATGTGTTGAGCCTCTCCTTCCCCATCCGGCGCGACGACGGCTCCTGGGAGGTCATCGAAGGCTACCGGGCCCAGCACAGCCAGCACCGCACGCCCTGCAAGGGAGGTGAG 

a score=5726
s danRer3.chr12 22338694 121 +  37038836 AGTTTCATGAGTGCTTTTGCCTTTCTTTTTTT---------------CAGGTATCCGATACAGCATGGATGTGTCTGTGGATGAGGTTAAAGCTTTGGCTTCCTTGATGACTTACAAGTGTGCTGTTGTAGGTAAG 
s mm7.chr14     31754357 136 + 119226840 AGTTGTGGATGTAATTCTGTCTTCCCTCCTTTTCTAAATGAATCTCCCAGGTATCCGTTACAGCACTGACGTGAGTGTGGATGAAGTAAAAGCACTGGCTTCCTTAATGACATACAAGTGCGCTGTGGTCGGTGAG 

a score=4517
s danRer3.chr12 22338887 114 +  37038836 TTCATTCTCCACAGACTCATAGATTTCACATTATTTTTCTTCTAGATGTGCCATTTGGTGGAGCTAAAGCTGGAGTCAAAATCAACCCCAGGAATTACTCTGTAAGTGTCCAAC 
s mm7.chr14     31756254 111 + 119226840 TTAAGCTTTTATGGAACAATATCTTTCACTAT---TCTCTCTCAGATGTACCGTTTGGAGGTGCTAAAGCAGGCGTTAAGATCAACCCCAAGAACTATACAGTAAGTATCCAGC 

a score=5388
s danRer3.chr12 22341692 142 +  37038836 AAACCACTTTTGATTTATGCTTTAAAT--------------TCATTTTGACTCTTTTTTTTGCTCTTCAGGATAATGAGTTGGAGAAGATCACAAGAAGGTTCACAATTGAACTGGCCAAAAAGGGATTCATTGGTGAGTATACTGCATTATTTAT 
s mm7.chr14     31759971 154 + 119226840 AATCCTCTTTCCATTTGATCTTTATATCAAAAATGTGTTTCTCTGTGTGTTTGTTTGTTTCTCTCTGTAGGATAATGAATTAGAAAAAATTACACGGAGGTTCACTATGGAGCTGGCCAAGAAGGGTTTTATTGGTATGTAT--TGCCCTATGTAT 

a score=6911
s danRer3.chr12 22343425 197 +  37038836 ACTGCCATCATCTACATTTGTAACACAATTACATCTGACAAGCTGTAAACAGTCTTTTTCTGCAACCCCCTCCCCCTGTTTTTTTTTTTCATCAGGACCTGGCATTGATGTACCAGCCCCTGACATGAGCACTGGTGAGAGGGAGATGTCCTGGATTGCTGACACCTATGCTAACACTATTGCCCATACAGTAAGCA 
s mm7.chr14     31763744 175 + 119226840 ATTGCAAGCATCTTTATGTTTGGGATAAGTTTATCTTAAAAACTAGCA--------------CACTGCCCTTTCCCTGTGCTCC--------CAGGTCCTGGCATTGATGTGCCTGCCCCAGACATGAGCACGGGTGAGCGGGAGATGTCCTGGATCGCTGACACCTATGCCAGCACCATAGGGCACTATGTGAGTA 

a score=7911
s danRer3.chr12 22355379 150 +  37038836 TCAGGGCTTTGGTAATGTGGGTCTGCATTCCATGCGTTATCTTCACCGTTATGGAGCCAAGTGTGTAGGAATTGCTGAAATCGATGGCAGCATCTGGAACCCCAACGGCATGGACCCCAAAGAGCTGGAAGACTACAAACTGGTCTGTTA 
s mm7.chr14     31769826 150 + 119226840 TCAGGGATTTGGTAATGTGGGCCTGCACTCTATGAGATATTTACATCGTTTTGGTGCTAAATGTGTTGGTGTTGGAGAGTCTGATGGGAGTATATGGAATCCGGATGGGATTGACCCAAAAGAACTGGAAGACTTCAAGTTGGTATGTTA 

a score=7361
s danRer3.chr12 22355587 164 +  37038836 CCTTTATTTATGCTTTCT------TTTTAGCAACATGGCACCATTGTGGGCTTCCCCAACTCTCAGCCATATGAAGGAAACATTCTGGAAGCTCAGTGTGATATTCTCATCCCTGCAGCTGGAGAGAAACAGCTGACCAGGAAAAATGCACACAATATCAAAGCTAAGGT 
s mm7.chr14     31770591 170 + 119226840 CCATTAATTCTGATTCCCAATCAATTACAGCAACATGGATCAATTCTGGGCTTCCCCAAAGCCAAGGTCTATGAAGGAAGCATCTTGGAGGCTGACTGTGACATTCTGATTCCTGCCGCCAGCGAGAAGCAGTTGACCAAATCCAATGCACCCAGAGTCAAAGCCAAGGT 

a score=5661
s danRer3.chr12 22355836 149 +  37038836 TGTAGATTATTGCTGAAGGTGCTAATGGTCCCACAACACCCGATGCTGACAAAATCTTCATTGAGAGGAACGTCATGGTCATTCCAGTAAGTCCATTTAAGT------GGTACTCTCTTGTTTGGGCTTCAGGA-----------AGAAACTAATTGGAGTATTAA 
s mm7.chr14     31771019 165 + 119226840 TGCAGATCATTGCTGAAGGTGCCAATGGGCCAACCACTCCAGAGGCTGATAAGATTTTCCTGGAAAGAAACATCATGGTTATTCCCGTAAGT-CACCTATGTTCTTCAGGTTTTATATGTTCTGGGATTCATAATTTATTTTGCTAGAAACTGGCAGGAAAATGAA 

a score=9203
s danRer3.chr12 22355988 177 +  37038836 ACATTTTAATGTGTAGGACATGTACCTGAATGCCGGAGGTGTCACAGTCTCTTACTTTGAGTGGCTGAAGAACCTGAACCACGTCAGCTATGGTCGCCTGACCTTCAAGTATGAGAGGGACTCCAACTACCACCTGCTGAGTATGTTTTACA--------CTTCCTCCAACTA-----CCTTGTGTCAAA 
s mm7.chr14     31773273 189 + 119226840 ACATTTTT-TGTATAGGATCTCTACTTAAATGCTGGAGGAGTAACAGTGTCTTACTTTGAGTGGCTAAAGAATCTAAATCATGTCAGCTACGGCCGATTGACCTTCAAATATGAAAGGGACTCTAACTACCACTTGCTCAGTGAGTTTGTAAAGTCTTGTCTATCTCCAAACATTGTCCTTTGGGTCAAA 

a score=5360
s danRer3.chr12 22361671 196 +  37038836 TTAAAACATTTTCCAAGTTTATGCTTTCTTAATGATAGTGAAAATTGCCACCCTGAT-TATTTATTTAATCATTTTTTTCCTTTTTCTGTTTTC-CAGTGTCTGTGCAAGAAAGTCTTGAAAGGAAGTTTGGAAAGCAGGGTGGCCCCATCCCTATTGTACCCACTGCTGATTTCCAGGCTCGTGTAGCTGTGAGTAT 
s mm7.chr14     31774373 182 + 119226840 TTAGAGAAACTTTTAAGTTCTCCCTTT----------------ATTTCTTCCCTGTTCTATTAACAGTATCTTACCTTGATTTCTTGGCTTTTCACAGTGTCTGTTCAAGAGAGTTTAGAGAGAAAGTTTGGAAAGCATGGTGGAACTATTCCTGTGGTCCCCACAGCAGAGTTCCAGGACAGGATATCGGTGAGTGT 

a score=4878
s danRer3.chr12 22362042 211 +  37038836 TTTAACACACAGGGAGCTTCTGAGAAGGACATTGTTCACTCTGGTCTTGCTTACACCATGGAGAGGTCGGCCAGGGTAAGTTTCCCTAATATTACTGTAAACTTTTGAAGTCCATCAAATGCACTAAGGCAGACGCCCATAGAGTCATTCAGTCACACCATCTACACAACAGCAGGTGAAGCAGAAACCAGCTTACAGTACTGTGTTGTTG 
s mm7.chr14     31776423 182 + 119226840 TTTTCCTCACAGGGTGCATCTGAGAAAGACATTGTGCACTCTGGCTTGGCCTACACAATGGAGAGATCTGCCAGGGTATGTGTACAGATGGTAGCTG----CCTTTG-----TGTTAATAGCATGAAA---------CACAGA------TAACCGTGTTATCTTGATAGGAGCAG-----GCAGATTGCATTTTGTAGTACTGTGTCACTG 

a score=9499
s danRer3.chr12 22363823 135 +  37038836 TTTCTCTTTTG---CAGCAAATTATGCGCACGGCCAACAAGTACAACCTGGGCTTGGATCTGAGAACAGCGGCTTACGTCAACGCCATTGAGAAAGTCTTCAAGGTGTACAACGAGGCTGGTCTGACCTTTACATAAA 
s mm7.chr14     31778066 138 + 119226840 TTTCCCCTTTGTTCCAGCAAATTATGCGCACAGCCATGAAGTATAACCTGGGATTGGACCTGAGAACAGCTGCCTATGTCAATGCTATCGAGAAAGTCTTCAAGGTGTACAATGAAGCTGGTGTGACCTTCACATAGA 

a score=-2143
s danRer3.chr12 22371920 1310 +  37038836 TTACTTTGACTATA--ATGTTCATTATTT----AAATGTGTCATTGGAAGTACTTTCATAAT------AATTCAACACATTTTATTTTGGGCCATCTGCAATTTATT-TGTCATTTTATTATGAACACCGCTGTATGCACTA--------GCTAATATTTTTTTT---AAAGTTTGGATATCTAGGAGCTC--TGTTTGTCTAGCTAAAAACTTTTTCAGAACAAATTTTTT----AATGGACAATAACA--GCCATCTTTTCGCCTGTCAAATTATCTAAAATCTAAAATGCAACTGAAATATTTCACTTCATGTTTTGGAGTAATAATTTGATCTCCTACTTTTATCTCTGACCCGACACATTTTCTT------AGTTTTGCAGCTTAACCAAATAAAATAAATTTAGTTTTACCCAAAATTGTAAGGACAATTTATTAAGGCAAAACCATTT-----AGAGACTTCTTCAATTTGTTTACTTATTTCATTTTCAATAAATTCCCTATGAATGAgatcctcgagagcttagccgtcgttctgcagcgtcgcgactgggaaaacccgaatattatttttgaatgttttttgtaatatatgaaaagtattattttgataggtgtattttatgatgtttttgtaagcatatttttaaaatcatttattgttttcaatttgcttcatacttgtattactattattttaatagtattgatattttaacttattgtaataagtgaagatacagataaagacagtatttggatttggatcttaatcattttattgctggaaaatgtgtaaaactgtaaaaatgctattgaataaact---caatgaaacagaaacag-----tttttttttatttggttaaacataacaatatcaattttacaataattgaacttaaataactacattgattaaagctaa-attataaatgttacgttgattgaactaaacaacattacattacctttatgtaactaacttaagttcactaaaattaatattctttcttaaaggtaacttaactcggttacgtggaacgagtggacaaaaaaagttaattaacgccaacat---atcatttttttgagtgtaAGTGAAATATTTATAATAGTACAATACTATTATGGCAAAAACC------------------CAATAACACTTGCT---------------------GGACAAGAAGTCTAATCATTTTGGATGGATTTTATTGATTCTGTTTTGGTTTGTGGTTCCACTTATTTTAAGACATGACATGTTTAACAAAATTACAGAGATCATTAAAAATGTACAGGACAAAAATCAAGAATGAATTTAAACCTGTAAACTTGATTCAATTTCTGCCTGCTCTTTAATTGTAATTTAATTTATTTTAAC 
s mm7.chr3      49627485 1314 + 159849039 TTTCTTTTCCTATGCCATGCTCCATATTTTAAAAGATGCTTCAT---AAATATTTTCACACTTTCTGCATTTTACAATATTTTATGTCAGGT--GCAGCTGTTCATTGTGCCTATTCATTATGACTTCAGCAATGAGGTTTAATCTCAAGGATTAAACTTTTTTTGTAAAAGAATAAATGT---GGTATTCAATATTTTCTGAAATAGTAATTCTTTGTGGAGGAATTCTACTCAAAGTTGACTGTAATATAATTAATTCAGCACTTGTGAAG------AAATTGTCCAATGTCACTGG------TCATTCCCAACCTTATAGTGTTAGCTT----------TTCTCTCAGTGACACACATCATTTTCATTAGGGGATTGTTGCCTTTTGGACAGATAAAGGTATGT--GTTTTGATTGTTGATGATGGAAAACATTATTCAGTACTAATTGCTTTTTGTGGGGCCCTTGGTGGTCTCTTCAAATGCATCCTTATTCTGAGATTCATTATGATCAATTTCT----GATTTAAAAAACCCACCTGTACCACCTACAACAATAAGAACAGCAAATAACTATAAACAGCATATTGTTGTATTTTCAA--TGCCATGTTGATTTGCTTGGTCTTTAGAATTTGTTTCAGTATAATTTTAAAGATACTCA--ACTTTTGCTTTAATT--------TAATAAACTTATTTTAA--ATAGAAATGTACTAGAATAAAGCAAACCTTAAGTGTTAAGACAAAAA---------------GACATTGATAATCATAAGGT--GAATACAAATGAAACATGAATAAGTCTAATGAAGGAAGCATACTATACAACAGAAGAAAGGAGCTGTCTACCTATTGGAGGAAATAGAAGAATGTTAAATT-------GTTAAAGTCACATGCTGTGGATAATGAAACTTAGCATTACAGAGCTGCCAACTCTGGCTCAGAACAGCTATTCATATACTACATTTAA-----TATAGTGCACAACAGTTTCCAAAGTCCACAAAAGCCAAAAGAAAT--ATTAGAAAAGAAGAAAAATAAAGAAATCTTCATATACACAGAAGTGGTAACATTTATATAATTCTAACAAATAAATT---AAAAGTAAGACACTGTCGATGCAAGAACTGTATTCAAATAAGAACATTAATAGCACATGTTCTAAGAACATTACCTCCACTGAAACAAAAGTGATTTTCATTATAAATACCTCCAACAGATTTCTCTTCTATTTAAGAATAGCTTTATTAGTAG-TATTCCATTTT-----AAAACACAGATAATGTAAATACTGTGTTTGAATAACATTAAAGATGAGTATTTTCTTAAATACTCGTTACACTTTCTTCCTCGTCTTTGATTCTTTTTTCTTCTATTTTAGC 

a score=39
s danRer3.chr12 22403659 66 +  37038836 gtcgcgactgggaaaacccgTGAT----AGGAAacacatgcacacacaca---cacacaaatatat--------acatcag 
s mm7.chr6      60795921 80 + 149646834 GTCACTCTTCTGAGAAGCTGTGATGCACACGAATCAGACAC-CACACACCAGCCACCCCAATTCATTAGTCACAGTGTCAC 

a score=6089
s danRer3.chr12 22403725 288 +  37038836 cacttacccacatacaTGACCCCTTCCTTGGTCTTGAGCGCTGCCTCTTCAACCCCAGCTTTAGTCTTCTCAGCGGCCGCCACCACTCCTTCTTTGGCCATGGAGAATCCCTTCATTAGAACATCCAT-------------------CCTGGACGCTGAGTG-TGTCGATGGAGGGTCTGCAGGATCTG-TGTAGGTGCTGAAA----GTTTCAATGACAGAGAGAGGGATATGGAGAGATTGTGTGCGGGACAGACGGATGAACAGACACTCTGGACGGAGGATGAGgagtgagggagggagggagagagag 
s mm7.chr14     31808196 304 + 119226840 CACTCACCCACATACATAACCCCCTCCTTGGTCTTCTCAGCTGCCTCCGTTACTCCCTGCTTGGTCTTTTCTACAGCACCCACAACACCTTCCTTGGCAATGGAGAAGCCTTTCTTGAAGACGTCCATGGTGTTTGCAAGGATGGAACCTGGCTGCTGCAAGCTATGGACTGGAGTGCTGCCGCAGCCGCTGTCTCTGCTGCTACTGCCTCTTATTGACGCAGAT-GAAATATTGATGCTGTGGCTGCTGGCTGGA-----GCCCAGCCAGCCCGGGCCAGGGTGGGGGC---AGGGAGGGCGGGCCAGAGAG 

a score=1793
s danRer3.chr12 22435315 53 +  37038836 TCGCAAAGCCGACAGAAAGAGCTCAGTCTTCCAGATCTTTTACAGACAATTCA 
s mm7.chr14     31838567 53 + 119226840 TTACAAAGCCTCAACATCGAGTTCAAGCCACATGTTTTTTTACAGACAGTTCA 

a score=5442
s danRer3.chr12 22437049 456 +  37038836 CATGCCTAATTTCAAATGACCACATCTAATGAATTATTTAGTCAAGAA----------AAAAACATAATTG---TGTACTAAAATAAGGTAATTTTACTTAAAAATTTATACATTGGACTAATTCTGTGTACAGAACAGATT--TTCCTGGTAAAC---ATAAGGCACCTCTCTTAAAACCAGATGTTGTGCACAATACA----------------AAAAAAAATC-ATATTATTCAGGCCATTTTACAGATGTTCTTACATATTAAA-----------CAACTCTGACAAAAACAT-TGTGTAGTCTTTTACCTAGACAAATGAGCTTAATTCAATTTCAAGAGGGATTTTACAGTA-----TTCCTGGTAGGATTGCAATGGACAGAATGAG---CATGAAACAG-GCATATAACTGCAGCCTGAACAATGAGAAAAGATGCACAAGCAAAGAG---------ATGTATCTCTTTTTCAGGAAGTAAAACAAACAAACTGTGGCTTAAaggggtggtcc 
s mm7.chr14     31844337 486 + 119226840 CGTACAAAATCTCAACAGTTGACGTCTGATACACAATAAATCCAAGAACAGCATCACAAAACACATCACTGAAGTATACTAAAATAAGGTTATTT-ACTGAAAAATG-ATACATTGGACATAATCTGTATATAGAACAAAGCAATTAATGGTAAACTTCATAAGGCACCTTTC---AAATCAGATGCTGTACAAAATACACTTAGTGTTACATATCAAGATGAATCTATATTTTT---GGTGTTTTACAACTG------CATAATAAAAATGCTTTTTTTAAACCTGTCAATGCCTTATGTACAG---TTTCCCTAAGCTATTAA---TATTTCCATTTTA----------TACAATATATGCTACATTTTAGTTTTTAAGTGGGAAAAACAAAGGCCACTAAAGAGCTTAAATAATTCCA--CTGAAAGGAAAGAACAGA-GCACAACCTAAAAGGACAGTATTATGTCTAATTTTTTGCCAAAGCCATACTCACAGGCTTT--CTTTATGGGATGACCC 

a score=1998
s danRer3.chr12 22439880 26 +  37038836 TTTCATGGCTTTCACAGAAAGCACCA 
s mm7.chr14     31847502 26 + 119226840 TCTTAAGGCTTTCACAGAAAGCACCA 

a score=442
s danRer3.chr12 22440111 131 +  37038836 CCAGAAGGGG--AGGTAAAAGTTCTGCTCAGCAGTGCCCCCA-TAGGTCTGGTTAGGAACTGA----AGCAGTAATTCACAA---AGTGAGCACATGTATCTCCTTGATTTCTTT---CAGACTGGCAGCGGAGCGAGTACT-GC 
s mm7.chr15      2518485 142 - 103647385 CCAGACGGAGGCAGATCGAATTTCAGCTCAGCTGTATTTTTGGCTGGATGGGCTGGGAGCCAAGCTGAGCAGGCACACACAGGGCAGCGTGCACAC---TCTCTTCACTCCCTCTACCCAGACAGGCTATGTCTTCTGCCCCAGC 

a score=6831
s danRer3.chr12 22440242 158 +  37038836 TCATATTTTGATGTCTTGTGATTCAACCATTTTGGCGAGTGATTTCTTGACACGAAGAGCTGTGAGGCGTGAGGCTGGATTGTGGGCCCAGCATTCAGACATAAGTTTTAGCATGACTCGTAAGCACTGCATTGAGATGGAGACAAGAGAGCAGTGGT 
s mm7.chr14     31847889 158 + 119226840 TCAAATCTTTACATCCTGGGATTCAACCATTTTTGCAAGTGTCTTCTTGATTCTCAAAGCTGTGAGTCTGGAGGCTGGATTATGGGCCCAACATTCTGACATTAGCTTCAAAACTGCTCGAAGACACTAAAGAGAAATAAATGCAAACAGAGTGTGGT 

a score=8669
s danRer3.chr12 22441439 159 +  37038836 GCTAGATCTTACCTCGTCACTGTTCCAGCGATTAGACACCACTGGCCGCATGCTTTTAACACATACCACTTCCCTCATGTCCTCATAGGATGGTTCTGAGGGTACCATGTCCCAGTATGGCAACTGATACTCCTCAACAATACCTACACAGAAAGAAAA 
s mm7.chr14     31848093 159 + 119226840 GCTCCAACTTACTTCATCGCTGTTCCAGCGGTTAGACACGATTGGCCGCAAGCGTTTCACACACACAACCTCACGCATGTCCTCATAGGATGGGTCACTGGGCACCATGTTGTAATATGGTAATTGATATTCCTCCACGATTCCTGCAGGGAGTGAGAA 

a score=11074
s danRer3.chr12 22441622 243 +  37038836 TAATCATGCTTTGAAAGGTGCCAACGTTGTCACAACCTAAAATACACTATAACATAAAACATACCTCCTGTGACGCATCGACGGGCCATTTCCCAAACAATGAGACCATAGCTGTAAATATCAGCCATTATGTATGCTTGGAATTGGTTCTTATTTAGGGTTTCATCCAGGACCTCTGGTGCCATGTATCGCCGCGTGCCCATCCTTGTACTTAAAGGGACATCCACCTCATTGGTATCACTA 
s mm7.chr14     31848996 235 + 119226840 TAATTATTTTTTAAA---TGACAA-GTAAATACAATCAGAAACACTTTTCAAATT----CCTACCTCCTGTAATACAACGACGAGCCATTTCCCAAATGATCAAACCAAAGCTATAGATGTCAGCCATGATGTAGGGCTGGAAATGGTTTTTATTCAGGCTTTCATCCAGCACTTCTGGAGCCATGTACCGCTTGGTGCCCACCCTGGTATTCAAGGGTATGTCAACTTCATTTGTATCACTA 

a score=-101
s danRer3.chr12  22441865 49 +  37038836 TAAAAACAAAGCATGG----TGTCAGTACATTACAC-ATGGAACTGCATTCTAG 
s mm7.chr3      141739097 54 + 159849039 AGGGAAAGAAGACGAGCCATTGTCAGCACTGGAGACGATGGTGTGGCTCTCTGG 

a score=19
s danRer3.chr12  22441948 19 +  37038836 GTTTGTATTTACAGTCATT 
s mm7.chr3      141750166 19 + 159849039 GTGTCTGTTGACTCATATA 

a score=18039
s danRer3.chr12 22441967 305 +  37038836 TTCACCTGTTGTATTTGACAGCCAGGCCCAGATCAGCGATGCAACATGTGCCGTTCTTTTTAATGAGGATGTTTTTGCTCTTCAAGTCTCTGTGAGCGATGGCAGGTTTGCCCTGTGTGCCATAGATCTCTGTGTGGAGGTGGCACAGACCGCAGGCGGCAGAGTATGCTAGTCTCAGCAGAGCCTGTGTGTCCAGGGTAGTGTATTTCAGATAGTCACAGAGGGATCCATTCTCATGGTAGTCTGTGATGAGGAAAAGCTGAGTGAACGTTCCTGTGCCTTTAATATCTGCAGCTATGAAGCCT 
s mm7.chr14     31855903 305 + 119226840 TTTACCTGTTGAATTTAACAGCTAGGCCCAGGTCAGCAATACAGCAACTTCCATTTTTCTTAATAAGGATGTTTTTGCTCTTCAGGTCTCGATGAGCAATTGCAGGCTTCCCTTGGGTACCATAAATTTCTGTGTGGAGGTGGCACAGACCACAAGCAGCAGAATAAGCTAACTTGAGTAGGGCTCTGGTGTCTAGTGTGGCACATTTCAGGAAGTCATAGAGAGATCCATTTTCATGGTAATCAGTAATCAAATACAGCTGAGTCCAGGAACCAGTGCCTTTAATGTCTGCAGCTATAAAACCT 

a score=11793
s danRer3.chr12 22442499 300 +  37038836 TAATGAACCTACCGAGTATATTCTCATGCCTCATGAGCACGGTTTGGTAAATCTCAGTCTCTCTGAACCAGCTGGCCTCTTCACGAGTAAAGAACACTTTCACCGCCACATTTTCTCCTCTCCAGCGCCCAAGCCACACTTCTCCATAACGACCCTTTCCGATTTGACGTACCATCTGAATATGTTTAGCGATGGTGCGCTGAACCTGT----GAAACAAAAGAAGTGGACAAAGACATTTTAACTCAAAACATTTTATCGA-------TATT----GCCTGATAAAAACAAATAATTTGTACCTCAAAGATTTA 
s mm7.chr14     31858282 306 + 119226840 TAAGAAACTCACCAAGTATATTTTCATGACGCATTAACACCGTCTGGTAGATTTCTGTTTCTCTAAACCAGCTAGCTTCTTCAGTGGTAAAAAACACTTTGACAGCCACTTTTTCACCACGCCATTTACCCATCCATACTTCTCCATAGCGGCCTTTACCAACCTGCCGAACCATCTGAATCTGTTTGGCAATAGTTCGCTGAACCTATACAGAAAACAAAGTATATGGGTTTGAGCTCTTTA--TGAAAAGAATCTATTAAAGCCATCCATTAAAAGCCTGGCATAACCAAATAG-------CTCCAAGGTTTA 

a score=2935
s danRer3.chr12  22444362 205 +  37038836 CTCACCAGCAGGGGGAGCCCTGACCCAGAGCCAGTGCT---GGACTGACTAATAAGATCTTTGAGAGACTCTCCTGCAGGGATAAAGGCCTCAATCGGCCCCAGATCCCTCTGATAATGTCTCCGTCCCGTCTGCAGCTTAAACCTGATCAAACGACCACACACAGCATATCATTACGTTCTATACAATGTTACATCACAGAAGCTGC 
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a score=2636
s danRer3.chr12  22444777 260 +  37038836 CTCACCTGTAGTAGCACACTATAGTAATGGCAACCAAAGTGAAGCAACACACTGTCACAGAGATCAGAAAAGCCAGCAAGTGGGCGTTCCAAAATGGAGGCTCTGGATTAAAAAGAAAATCAC--AGCAGCATA---------TTAGAATGATTTaaatcagtatattagaatgatttctgaaagaccatgtgccatttaagactggagcaacgatggcaaaaatgttgctgtcatcacagaaatatattagatttaaaaCGTACATATTT 
s mm7.chr3      141758317 245 + 159849039 CTTACCTGAAGTAACAGAATAAAATAATGAGGACCAAGAGTAAACTACAGACAGTCACAGAGATAAGCAAGGCTTTGTGGTGTATGGGCCCATCAACAAAATCTG----AAAAAGAAAGCCACAAAACAACTTATAGTTTTACTTAAAAGGGATAAACTC--TTTTTCCAAACGTTTAATAAAA----ATGTATCAAATAGGG--GAATGTAAAATGGGGAAAA-------------ACTATAATGTGTTGCA-TTAAAAAGCACATATGT 

a score=5799
s danRer3.chr12 22446819 137 +  37038836 AATTACCTTGCACTGGAAGTGGGATCCCTCGTACTTCATGCAGCCTGAGGTCAGCATCGCCTCGCCGTGCTCATCCTCCTCTATGATAGCAAAACAATGGCCGTTTGTCCT-----GGGCAAACACACAAAGGTAGTTTAAT 
s mm7.chr14     31874441 142 + 119226840 ACTCACCTTGCATTGAAAATCAGAGCCTTCATACTTCATACACCCAGAAGTTAATGTGGTTTCTCCCTGATCATCTTCTTCTATAATGGCAAAGCAATGGCCATTAGTTCTATAAGAGAGAAAAACAAAAATACAATTTCAT 

a score=5685
s danRer3.chr12 22446968 438 +  37038836 CATTTAATTGAGAAGAAGTGAGATGAGGATAGTGTACTCACTCGCAGGTGTTGTTTGTGGCATCTTCTGGGCAGTGGCCTGAACAGTAGCAGCTAAGGAAGCGGGCAGCATCCTCTGGGGCCACGGTGGACCCGTCTCCTGCCTGAGCTCGCCTTGGATCTGATCCAGGCTTGACTCCAGTGCCATGAAGCATGTAGTCTGGGTTCTGTCCCCCTAAGGTTAAAATAGAGGAAATCAGATTTTTTTTTAGATATCCCAGAATGTAACTGTGCATAGT----ATTTTCATCA-------TTACTCGTCTATATTTATGCAATCGTGATGAATCAAATCTTGCTAGAGAAATCATTGTGTCAAAGCATTTCAAACCAATAAAACCAAAATGTACGATTAGTATTGCTGTTCATTTCACTCAGTGATCTTGATATCATAAAGttaaaggttt 
s mm7.chr14     31877133 407 + 119226840 CATCTAACTCTTAAGGACTG-------GACCAAATACTTACATGCATGTGTTATTAATAGCATCATCTGGGCAGTGTCCTGAGCAATAGCACTTTAAGAAAGGCAAGGTATCCTCTGGTGCTAAAGTCACTCCATTTTCTGGCT------TCTTCTGGTCCAAGTCTGATTTCATACCAGTGCCATGGAGCATACTATCTAGATTCTGCCCT----GTATTAAAAAAAATGAAA---------TTTGTAGACAATCATGCTTGGAAATTTGTTTAGTTACAATCTTCAATAAAGAATGTTAAGTTTCCTTTATCATAGTATC-TGCTGA--TATACCTTA--AAAGTAAACTTCATATAATATCAATTTA-------TAAAGTATTATATAC----AGAACTACTGTACCAGATACTGAGATATATGGAGACTATCCAGTTACAGTTTT 

a score=4935
s danRer3.chr12 22512874 121 +  37038836 TTTTACCCCTGGATGTTTAGGATCTGTGCAGACAGGCCGTGGTGCCAGTTTTTCAGTTTGGCAAATCTTGGGCCTTTTACTTCAGATTCAAACTTCTCCCTATGAAACC-AGAAAGGTACAT 
s mm7.chr14     31995175 122 + 119226840 TTTTAGCTTTTAACATTAAGGATTTGGGCTGAAAGGCCGTGGTGCCAGTTGCGCAATTTGGCAAAACGTGGGCTGTTACGTTCCGTTTCAAACCTTTCCCTGTGGCACAGAGACAGAGACGT 

a score=3585
s danRer3.chr12 22514654 55 +  37038836 TACCTTGATTTTCTAAGAGCCTCCTCATCTGGATCTTGCACTGTGAGAAAAAAAA 
s mm7.chr14     32000246 55 + 119226840 TACCTTGACCTTCGCAGAGCCTCTTCATCAGGGTCTTGCACTGCGGGAGAAGAAA 

a score=7575
s danRer3.chr12 22514836 178 +  37038836 AATGCCTGTACTTACAATATTCAGTTCCTGTGATATGAGCAAGGATGCGGAAGGATTTGGATTGCAGGTTGGCGGCACGACGGGCCCATTCAGA-----CATCTCCAGGCCCTTATCATCAGGCTTGATCACGGCCTGGTAGACTGGAGAAGCACTGTCCACGAGAGGGTCTTTAATAGGAAG 
s mm7.chr14     32000775 181 + 119226840 AATGCTTTCACTCACTGTATTCTGTCCCGGTCATCTGGGCCAGGATGCGGAAGGAGCGAGACTGCAGGTTGGAGGACCGGCGGGCCCACTCATCAGCCTCATCTTCCGG--CTTGCTTTGGGTTTTGATCACAGCCTGGTACACAGGAGAGGCGCTGTCCACCGCCAAGTCTTTCACAGGGAG 

a score=11242
s danRer3.chr12 22520369 313 +  37038836 TCGTTTCCTCTAGCTTGAGCCTGACCAGCAATGGCATCCATAATGGCATCTTGAGAGTACATACTAATAGGAGTGTTGTATTGGGCATGGATGATAGTAGCCTTCCCACCAGGACCCTTCACCTCAATAGGCTTGTGAGTGGACAAGGCTGAGTCCTTCAGTGCGATGGGGTTGAAACTGGGAACATACTCTTGGCTGTCAGTTTTCAGGTGACAACATGGGGGTGTAGGAGTGCCAAGGGTGCAATAGTATCAAAGAGGATGGGTAATGGTGA----GGAGCCAGAAATATGAGTGAAAACAGAGAGAGAGAGAGA 
s mm7.chr14     32005119 303 + 119226840 TCACTGCCCTGGGCCTGGGCCTGCCCCGCGATGGCGTCCATGATAGCATCCTGTGAGTACATGCTGATCGGGGTGTTGTACTGAGCGTGGATGATAGTGGCCTTGCCTCCCAAGCCCTTCACTTCAATGGGCTTGTGGGTGGACAGGGCTGAGTCCTTCAGGACGCTGGGGTTGAAGC---------GTTCCTGGTAGTCAGCACTGAGGAGGGTAGGCAGG-----AAAAGGGGGAAGGGGAAGAGGGGAGAGAGGACAGTAGGTGACAGTTACATGGGAAGTCGAGGCCAGGGTGCAAGTGGGTGTGGAGAGAGA 

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s danRer3.chr12 22527490 87 +  37038836 AGACTGTCTTGTTGCAT---GACCATTTCCCTTAAAGTTTCTGCTGAATACAGGCCTATAGGAGAATTATACTGTCCCCTCTGGTTTGGG 
s mm7.chr14     32010414 90 + 119226840 AGGCTCATCTGATACATCTGAGCCATCTCCCTCAGGGTCTCTGCTGAGTACAGGCCAATGGGGTTGTTATATTGCCTCGGTTGGCTGGGG 

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s danRer3.chr12 22529313 83 +  37038836 TACCTTCTGGTGAGGGATGACTGGCATGGGGGAGTCCATTCTTGGAGTGGCTGTGGGTACTGGAGCGGGACGTCTCGACCTGG 
s mm7.chr14     32011984 83 + 119226840 TACCTTCTGGTGGGGGATCACTGGCAGCGGGGACTGGATGGGAGGCGCTGTCGTGGAGATGGGAATAGGCCGCTTGGACCTAG 

a score=7782
s danRer3.chr12 22532453 158 +  37038836 TACCTCTGCATGGTGAGGCTAAGTTTGGTGGTGGCTGCCTTTATCTTGTTCTGGGCCTCCAGATGGGTCATGCCTTCAGTGCTGACCCCATCGATTGCTGTAATGATGTCTCCCTGATTGAGGTTTCCACTCGCTGCCTTGCTGCCTGGTGTGATCTG 
s mm7.chr14     32012565 158 + 119226840 TACTTCTGTAGAGTGAGGCTCAGGTTGTAGCTGGCCGACTTGATCTTGTTCTGGGCCTCCAGGTGGGTCATGGTGTCTGTGTTGACGCCATCAATGGCCACCACCAGGTCTCCTTGGCTGAGCTGGGACTGGGCTGCCTTGCTGCCTGGAGTGATCTG 

a score=-2449
s danRer3.chr12 22532611 441 +  37038836 T-GGACACACAGCAATTAATTAATTGAACAATTACAAATTGCACCA-CAGGCTGAATTTGCAAAAACATCAATGTAAAATCCTTGTTTGTTTGCAATCATTTCAAATTAATTTTCACACTACGCTTGC-----ACACATTTGCATGGTACATCGGTCACATTTAATTACTAACTTGTCACTTTCTGAGCAGATGAATGCATGGTAAGCATTGACACTTT-TCTTTATAAACAATTGTTAAAGTGACGATGAAATCATATGTA----TTTTTCTGTTGTATGGATTATTGCAGGATTTATAATAAACTATCTATCTGTGCACATCCTTGCTTTCTTTCACTCCCTCAATAAGATCACAGCAATAGCAAATGAAAACCATAAAATCATCTAATCAAACATTTAACTGAAGTCCTGTGCTCTGCTTTTTTCCTGTTTGCAAAGCTGTTTCATGAAT 
s mm7.chr8      83199452 375 - 127874053 GAAGAAACCAAGACACCACTTAA------AATCCAACATCCCAGCAGTTTCCTGAGTTT---------------TATACTTAGCAGTTGTATGTTATCCTGGCAAAGT--TTTCAGTGTTACACTTGTGGCCAAATCATAAGCATAAAAGA------ACTCTCAGTTGCTCAATTGT----------------------------ATCAGTGATATTTTATCATGTTAAATAATTTTCATACTAGCCAT---ATTTTATGCAACATTTTCTCTCTTGT---TGTTTTAAAAATATTTCCTATAA---CTACAGCTGTGAATATTTTCTCTGTCGAAAAC-----AAATAATTTTAAAGCTTTTTTTTTTGTTAGCTAGAAATTTCTATTTTGAGATA-------GAGGTTTTGTTTTGTTTTTTTGACATTTTGGCAACTTTGGTACTTGACT 

a score=1795
s danRer3.chr12 22582224 198 +  37038836 CCGGTTGGTGCTCGGGTCGGCTAGACTCTGGGCTGATGTCCTGTCGAAGATTCCAGAGTCTCTGCTTTTGACCTTCAGCCTCAGAGAGCTGCTGTGCTTGATATCGCATAGATCTTTGCGGATTTCCGATGAGACCTGGCGACTAGCAGGCCGTG-AACTTGCGGTGGAGAGATCTGCCTCTGTGTCTGTCCAGCCCTG 
s mm7.chr14     32026281 184 + 119226840 CCTGTCCTTTCATAGGGCGGC-AGGTACTGGGTCCAGGCACCTTGGGAG--TCTTAGATCTCTGT-----ACCTGGGGGCTGGAAGAGGCCTTGAGTTCTCCATCTTCTAGGTTCT----GACTGCAGA--AGGACTGTCCACTTGCTTGCTGGGCAGCTCCCCATGCAGCGGT-TGTTTCTGTGTCTGTCCAGCCCTG 

a score=5560
s danRer3.chr12 22584572 201 +  37038836 CTTACTGATTCGCTGTCAGATACAGAGGACAAGCGTGCCTTTCCGGCTCGATGCA-AGTTGCTGCTGGTCTCAGAGGACTGGCTGGTCAATGTGGAGCGTCGTGTGGATATAAAGCTACTGCTGCTGAAGCGGTCTCTACGAGGA------ACACAGAGCAGCACTCCAAGACAAGGGATGTACTTGGCAATGGCAGACCTGCCAGAG 
s mm7.chr14     32027217 195 + 119226840 CTTACCACTTCACTCTCAGAACCCAGGGAC-------TCTTGACGCTTCCGTCCAGAGATCCAGCTGAGGTCTGAGGACTGGCTGCTCAATGTGGAGCG----GTGGGTAGAGCGGTA--GCTGAGGGAGGGGTGGCTGCGCTGGCCTGATACACCGAGAAGCACCCCAAGGCAAGGCAGGTGCTGGGCAATGGCCACCCTGCAGGAG 

a score=7892
s danRer3.chr12 22588721 221 +  37038836 AGGCTCAGGCTCAGCATC----------ATCAAACCTGTATTTGGGATGAGTGATGGCATAGATGATGGGGTTGTGGATGGCAGATGCTTTGGCAATAACAGCGGGCACAGAGTTCATGTAGGGTGTCAGCATGTCTGCGTATCTGTGAAAAGAATAAGAGGACACGGCATTACACATCATTCCATATGCTTTCA----TTTTATTCAACCCACATAACATCCAAACACAGCCAA 
s mm7.chr14     32028124 229 + 119226840 AGGCCCAGGCCCTCCATGCCCCTAGGTGGCCACACCTGTACTTGGGGTGAGTGATGGCGTAGATAATGGGATTGTGGATGGCAGAAGCCTTGGCGATGACGGCTGGCACCGAGCTCATGTAGGGCGTCAGGATGTGCGAGTATCTAGGATAGAGAC---AGTACACCCCAGTCACCTCTATGGCAGACCCTGCCAAGACCCAAACTAAACCAATGTAA---ACCAACACAGCCAA 

a score=1890
s danRer3.chr12  22590807 838 +  37038836 tcaagggtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttttttttttttttatttatatata--------tatCTCTCTCTCACACAGAGAGAAAGAGATtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgCCTATTTTTTTTTTTTATANNNNNNNNNNAGTGATTTGAATATTATTAGAATTTGTAAGCTTTTTGTCttattat--atttataatttatatGTACATACATTTGAATGTAATATGTTCAAAGATTTAAATATTTATTCAAGTCTTACTTGTTAAATTATCATATTGTGTAGACAATTATTTACTTTAGTGCCAGAGAAATGAAACAGCA---------------ATGTCTGTACTTTAAAGAAGAAATTCTTCTTGGCTACACTCATGAAATACTTTGAAAAAATGTCTGCTTCTCACTTGAGAAAACTGCACTATATGCTGACTCACATAAATGGataatatttattatattttatttaaaaCCTTTTCTGCTCT--------TGTTAACATATCTTTCTGCTTTGAGTCTTTGCACTGTCTGAACAAAC-----AACTAAAGTCAAGTGTTTTTTATTTTATTTTTGTGCTAGCAGTGAATGTCG-----TGTAAAAATATAGTGACATTGGCAGCTGAAGTTCATC-CATCAAATATTAAGCTATTTTGGT-TGCCTCCAGTAGCTAT-------AAATGAATAAAAAGCTATAAGAAAAAAAATAACATTATCCAGCAGATTGTAATAAAAATGTAGCTCTGTATTTTACAGTTCTGTTTCTCaaataatattatatatttataGTCATTGCATAGACTGAGTAATAACAATATACTGggtgacgtgggggt 
s mm7.chr1      125781397 783 - 194923535 TCAACAATATCTTT-TGTCTATATACATATTTGTTTCTATATGT-CATATATTTCTATCTATTATCTAAGTCTCTACTATATATATATAAACAGTATTACTTATCTACTAta-----------------tgtatatatatgtgtgtgtatgtatctatatatctatCTAACA---------------CTTAACTACTTTC----TGTGTTGGCCTGTGTTCCTAGAACTCAATTATCTTTTATCTTTTTTGATAGCTGAA----------------ACAAGAATAAATATGGCAGATTCACTTGAATACATATCAGTGGGTCCA---AGTTAATTACTTTAAG--TGAAGGTATGAACTATTTtatgtatgtgtatatatgtgtgtgtgtgcattatgtatttatttttg--taCACT--TTACTTAACATGCAAGGATAT---------AATAGAAAATAAT---CTATA------ATTATATCAATATTTAA-GTCAATTATGATTTATTT--------TTGTGATCTGAAATGTATTTTATCATGTCCTGGTA-TTTGCTTCATTGCATATCTTAATCAAATCAACAAACTAGAATAGAATATTTTGCATTCTAATTTTGTTATAGTAGTGAATGTTGAAAAATGTAAAAAAAAA---AAATTTGTTGCTTAATATCAACTCATGATACCTTTCCTTACCTGAGTCTATATCTGATCATTGTACCATGAAGACGAATGATTTGCCAATGAAATATAGATAGTGTGATC---AAAATTACAAAGAAGATGAAGTTTT---TTGCACTGTATTATTTT----ATATAATTATACGCTATTATTGTTAGCATA---TTAGAAATATAATTACTGTTAGTGGAGTAAAAGT 

a score=1713
s danRer3.chr12  22592218 116 +  37038836 gtagtgttagatcatggtttgttaatactgtgaattgtgacctgaactaaaACGATTGTTT---------AAAAATTTTTACAATGTTATTAAAATATGCAAATGAGGAACTATCTCAATAAATA 
s mm7.chr1      125783605 119 - 194923535 GTGTTGTCAGCTCATAGATTG--AAAACTA-GAATTCTGG---AAATCAGCAAGAGTAGGTTGGGGCAAAGAAAATAACTTTAAGGGCCTTAATATGTGCAAAGGAGGAACTACCTTGAAAGACA 

a score=5150
s danRer3.chr12 22593466 117 +  37038836 TTCTCACCCAGCAAAAGCAGTGAGAGCCACACAGGAGTATGGAGACCAGGAGATGACATACAACAGGATCACTATGAGCGCTATCTTTGCCATCTTCCATTCGTTTTTCATCCGGTG 
s mm7.chr14     32029105 117 + 119226840 TGCTCACCCAGCAAAGGCCACCAGAGCCACAGTGGAGTAGGGAGCCCAGGACAGCACGAAGAGAAGAATGACAATCAGTGCGACCTTGGCCATCTTCCACTCACTCTGCAGCCGCTG 

a score=10084
s danRer3.chr12 22593842 215 +  37038836 TTTTTTTCTCCAGTATGACGTACTTAACCAGTTTACCTGTTGGTTTCACGGATGGCCTTGAAGATAAAGAAGTAGCAATAAATGATGACGAAGAGGGGAATGAAGAATACAAAAGTGAAGAGCAGCATTGTGTAGGCTCGAACAGAAGGACTGAAGGTCATGTAGTCCCACGAACAGGACGTCAGCAGACCTTCAGGAACATATGCACCTGACAG 
s mm7.chr14     32029589 214 + 119226840 TTCTCTGGTTCAGCTCTACACACC-AGCGCACTTACCGGCCTGTCTCTCGGATGGCCCTgaagatgaagatgtagcagaagatgatgatgagcagggggaggaagaagacaaagcagaagaGCAGCATGGTGTAGGCACGCACCTGGGGTGTGAAGGTCATGTAGTCCCAGGAGCAGGATGTCAGCAGCCCCTCGGGCACGTAGGCACCTAGGAG 

a score=8631
s danRer3.chr12 22595454 224 +  37038836 ACTTACTCCATCCAAAAAAGGGGGGCAGGCTCCAGCCCATAGAGTAAGCCCAGGCAGCAGAGAGGATCAGCAAGGCTCGCTTGCGTGACATAACGCCAATAGAGGCCAAAGGACGAGTGATCACGAAGTATCGATCTACTGCAATAATCATGAGTGTGATCATCGAGCAGATACCAAACAGAGCACCGCAGAATGCATATAACTCACAGCCTGTGAACAGACAC 
s mm7.chr14     32030388 224 + 119226840 ACTTACTCCAACCAAAGAAAGGTGGCAGACTCCAGGCCAGGGCATAAAGCCAGACGCCTAGCAGGACGAGTGCCGTTCGTCTTTTGGATCCCCTGCCGATGGTGGCCAGTGGACGTGTGATCACCAGATAGCGGTCCATGGCTATGGCTGTCAGGGTGATCATGGAAGTGATGCCAAAGACAGCCCCGCAGAAGGCATAGAACTCGCAACCTGTGGATAAACCC 

a score=5723
s danRer3.chr12  22627449 171 +  37038836 CCTAACAGATGCTCTTCTCGCGGATTTGGAGTCCACAACCTCCCACATTTCCAAACAAGGTGTTTTTCTGCCAGAAGAGACGCCATATTCCTGCCCCAGAGGAAGCGACTCTTATCAGGACGTGTCGTCTCCGCCTCGAGTAATCTCCCCTCCTGC---TGAAACTCTGAATGG 
s mm7.chr5      114765108 174 + 153054177 CTTTGCAGATGCCCTGCTGGCAGACTTGGAATCTACCACCTCCCACATCTCCAAACGGCCAGTGTTCTTGTCAGAGGAGCCCCCCTACTCCTACCCAACTGGAAACCACACATACCAGGAGATTGCGGTGCCACCTCCGGTCCCACCACCACCGTCCAGCGAGGCCCTCAATGG 

a score=8295
s danRer3.chr12  22629367 176 +  37038836 AGTTTCCCCAACAAACAGAAGTCGATTGAGTCTCCCACCGCCGTCATGAACTCCTCTCTGGGCAGCAACCTGTCAGAACTGGACCGTCTGCTGCTGGAGCTCAACGCTGTGCAGCACAGCACTCCCTCTTTCCCTGCTGAAGGTCAGTTTGTAAAGCACCAAATCATCACATGTGC 
s mm7.chr5      114766296 170 + 153054177 AGCTTCCCCAACAAGCAGAAGTCGGCAGAGCCCTCACCTACCGTCATGAGCTCCTCCCTGGGCAGCAACCTCTCTGAACTTGACCGGCTGTTACTGGAGCTGAACGCAGTGCAGCACAGCCCGCCTGGCTTCCCTGC--AGGTACAGCTGG----GCATCCAGGCCACCCATGAGC 

a score=4807
s danRer3.chr12  22630328 256 +  37038836 GATGTGCACACACTGATGTCTTTCTTTCCATTTCTATTTTCT---------GTTTCATAGAGACCTACCCACCCAAACCAGCCAGCAACACCCAACGATATGTCCCTGAAAACGGCGTCTCATCAGTAGTGAAAGCGGCTCCTCCGAAGATAGAGAAGCCCAAGCGCAATATACCTGCAAAGGTGATCGAAGAGGTCAGGCCCAGTGTGGAAAGCCTGTTAAATCAGTTGGAGAGCTCCGTCCCAGCTGCTGTGTAAGCTTACAC 
s mm7.chr5      114766490 254 + 153054177 GATGAGCAACCA------TCTTGGTTTCCTTTTTTTTTTCCCCAAGATGAAGCCGAATCGAGCCCCCCCTTGCCTGG--AGCCCTGAGCCCCCTTTATGGCATCCCAGAAAATAACACTCCCTTGGGGGGCAAAGCGGGGCCCCTGGTGAAAGAGAAGCCAAAGCGAAATGGA---GGCCGGGGGCTGGAGGATGTGCGGCCCAGCGTGGAGAGCCTCTTGGATGAACTGGAGAGTTCCGTGCCCAGCCCTGTGTGAGTATTCAC 

a score=5692
s danRer3.chr12  22630929 116 +  37038836 AGAGTTGAGAGGAGTTCAGGAAGAGACTCCTGCCCAGCAGCAGGCCCGAATCTCAGCTTCTTCAGCCACACGAGAACTCGACGAACTCATGGCTTCACTGTCCGACTTCAAGGTTC 
s mm7.chr5      114767763 116 + 153054177 AGAGATGAGCAGTCCGCAGCGAGTCACCTCCAGCCAGCAGCAGACCCGGATCTCGGCCTCCTCTGCCACCAGGGAGCTGGACGAGCTCATGGCGTCACTGTCAGATTTCAAGGTGC 

a score=5509
s danRer3.chr12  22648086 171 +  37038836 CCTAACAGATGCTCTTCTCGCGGATTTGGAGTCCACAACCTCCCACATTTCCAAACAAGGTGTTTTTCTGCCAGAAGAGACGCCATATTCCTGCCCCAGAGTAAGCGACTCTTATCAGGACGTGTCGTCTCCGCCTCGAGTAATCTCCCCTCCTGC---TGAAACTCTGAATGG 
s mm7.chr5      114765108 174 + 153054177 CTTTGCAGATGCCCTGCTGGCAGACTTGGAATCTACCACCTCCCACATCTCCAAACGGCCAGTGTTCTTGTCAGAGGAGCCCCCCTACTCCTACCCAACTGGAAACCACACATACCAGGAGATTGCGGTGCCACCTCCGGTCCCACCACCACCGTCCAGCGAGGCCCTCAATGG 

a score=8536
s danRer3.chr12 22667240 166 +  37038836 ATTCATGGATACTGTACCTTTTCACTGCTTTCTGTGCCAGCATACGGTTCCCAGCCAAGAATGTCAGGCTGCCTATGATAGCCAGATACTTAAGGGTCTGAAACATGTTCAAGTGAGTCCAGTATACATACATCAGGCCCAACATCGCTGCAAGTGAATAAAAATA 
s mm7.chr2      25485488 166 - 182548267 ATTCATCCCAGCCTCACCTCTTAACTGCATGCTGGGCCAGCATTCGGTTGCCAGCCAGAAACGTCACAGTGCCCAGGACAGCCAGGTACTTGAGGGTCTGGAACATGTTGAGCTGAGTCCAGTAGATATACATGAGGCCCAGCATCGCTACAGGAGTGTCATAACA 

a score=4707
s danRer3.chr12 22680485 128 +  37038836 ACTTACTTGCATGGCCTATGTGAAAAAGAATAGTGCTGGGTGACAGTGTGAAGTTTGAGATGTTTGCTCCTAGTTTAAACCACTGAAC-----AGAAAATTGAAAATCAGCATGACAGATGAAACAACACATT 
s mm7.chr2      25487175 133 - 182548267 ACTTACCAGCATGTCCCAGGTGGAAGATAACTGTGCTAGGAGCAAATGTGAAGTTGGAGACATTGGCTCCAATCCGGATCCACTGAGTGACCGAGAAAAATGAAGATTAGAATGTGAAAGTGTGCAACACATT 

a score=6056
s danRer3.chr12 22680684 119 +  37038836 CTTACCAGTATAAGGAGCAGAAGAAACGGAGAAAGGACCAGGGCAGTAAAAGTGTTAGATACAACTGTGGGTGGCTTCTTTTCTGGTTCTCTAAACAGATGCTGTAGAAACAAAAGAAG 
s mm7.chr2      25489330 114 - 182548267 CTTACCAGTGCAAAGAGCAGGAGCAAGGGCGAGAGGATGAGGGCCGTGAATGTATTGGACACCACTGTGGGGGGCCTCTTCTCAGGCTCTCGGAACAGGTGCTG-----ACAAGAGAGG 

a score=7945
s danRer3.chr12  22693406 181 +  37038836 TTTTTGTGTTATTAGATTATGGCTCAGGGCAAGA---------GTTCCCCCACCAGTG---TCCCGAAGCAGGGGAATAAACTGGACAATATGCTGGGAAGTCTGCAGTCAGACCTCAACCGACTGGGTGTCCAGACTGTTGCCAAAGGCGTTTGTGGAGCTTGCAAAAAACCAATCGCTGGCCAGGTGAGAA 
s mm7.chr5      114772687 193 + 153054177 TCTCTGTGTCCACAGTTCATGGCCCAGGGGAAAACTGGGAGCAGCTCACCCCCTGGGGGACTCTCCAAGCCCGGGAGCCAGCTGGACAGCATGTTGGGGAGTCTGCAGTCCGACCTGAACAAGCTAGGGGTCGCCACCGTTGCCAAAGGGGTCTGTGGAGCCTGCAAGAAGCCCATCGCCGGGCAGGTAAGCA 

a score=12209
s danRer3.chr12  22701114 232 +  37038836 TTTCAGGTGGTGACAGCAATGGGTCGGACGTGGCATCCGGAGCATTTTGTGTGCACTCAGTGTCAGGAGGAAATCGGCTCCAGAAATTTCTTTGAGCGGGACGGTCAGCCATACTGTGAAAAGGACTATCACAGCCTCTTCTCTCCTCGCTGTTACTACTGCAGCGGACCCATTCTGGACGTAAGCGTTACACTTTCCATCAGCACCTCCAGCGCTCTCAGGCctgtctgtc 
s mm7.chr5      114772949 231 + 153054177 TGTAAGGTCGTGACCGCCATGGGGAAGACATGGCACCCCGAGCACTTTGTGTGCACCCACTGCCAGGAGGAGATTGGATCCCGAAACTTTTTTGAGCGGGACGGACAGCCCTACTGTGAGAAGGACTACCACAGCCTCTTCTCCCCACGCTGCTACTACTGCAACGGACCCATCCTGGATGTGAGGCTCCTGGGCCCTGTCTGCTCCTTTCAT-CTCCTGGGGTTGGCAGTC 

a score=-517
s danRer3.chr12 22701346 132 + 37038836 tgtctgtcca--------------------------------ttcgtctgtctttctgtctATGTTGT-----GAATGTGTGAGAGAGAGAGAGCGAGAGAG-------AGTGCAtttctctctctctcagtttaaatcaataattgcttta-ctggcgtgacaaatgtactgccaa 
s mm7.chr19     12505112 177 + 61223509 CGTGTATGCAGAGCCCTGGGCATGCTTTACAACTCTAAAGTCTTCTAATACCTCTCTGTGTTTCCTGTTCTCAGAAAGTGCTGACAGCAATGAACAAGACATGGCACCCAGAGCACTTCTTCTGCTCTCACTGTGGAGAGGTATTTGGTGCAGAAGGTAGGAGAGGGCTACAGCCAA 

a score=5910
s danRer3.chr12  22708133 108 +  37038836 CTCTCTTCTTTGGTCCTGCAGAAAGTGGTGACCGCATTAGACAAAACTTGGCACCCGGAGCATTTCTTCTGCGCCCAGTGCGGGTCATTCTTCGGGCCTGAGGGTAAG 
s mm7.chr5      114773594 108 + 153054177 CCTTTTTTTTTGCTTTCACAGAAAGTGGTGACAGCGCTGGACCGCACATGGCACCCGGAACACTTCTTCTGTGCCCAGTGTGGAGCCTTCTTTGGTCCAGAAGGTAGG 

a score=-2492
s danRer3.chr12  22708241  86 +  37038836 AGC-----------------------ATCTTTCTCAGCCTC-----TTCTCTCCAGATGC-TGTTTCCTTTTTTTCTG--------------------------------------CTTTATTCCTTTAAAAGGATTT----------------------CAGCCATTGGCAACC 
s mm7.chr7      124349122 175 + 141766352 AGCTGAAACTTAAAAGCTACAGGTCCACTTTTCTCCTCCCCATAAGTTTTCTTCAATTCCATCTGGCCTTTCCATCCGTGGGTCCCAACTCCCGCCTCTATCCCCACCCACCGCGCCCCTTTCCCTGTCCTAGACCCTATCCTTCCCTCCCTGTTCTGCATACCCACTGCCACGC 

a score=10585
s danRer3.chr12  22708327 186 +  37038836 ATTTGTCTCTTTGTTCTTCTTTTTCCCGG----CAGGTTTTCATGAGAAGGAGGGAAAGGCGTACTGTAGAAAGGATTACTTTGACATGTTCGCCCCTAAATGTGGCGGCTGTGCTCGTGCCATCCTGGAAAACTACATCTCTGCCCTCAACTCTCTCTGGCATCCTGAGTGTTTTGTCTGCAGGGTGAG 
s mm7.chr5      114773793 190 + 153054177 GTCTACCTCTGAATGCCACCGGCTTCCGATCCTCAGGCTTCCACGAGAAGGACGGCAAAGCGTACTGTCGTAAAGATTACTTCGACATGTTTGCTCCCAAGTGCGGCGGCTGCGCCCGTGCCATCCTGGAGAACTACATTTCAGCCCTCAACACCCTCTGGCACCCCGAATGCTTTGTGTGCAGGGTAAG 

a score=21373
s danRer3.chr12  22710876 342 +  37038836 TCTCTCTCTTCTGCT--CCACAGGAGTGTTTCACTCCATTTGTCAACGGCAGTTTCTTCGAGCATGAAGGGCAGCCGTACTGCGAGGCTCATTATCACGAGAGACGCGGCTCGCTCTGCTCCGGCTGTCAGAAACCCATCACCGGCCGCTGCATCACCGCCATGGGCAAGAAGTTCCACCCCGAGCATTTCGTCTGCGCCTTCTGCCTTAAACAGCTCAACAAGGGCACATTCAAAGAGCAGAACGACAAGCCCTACTGCCAAAGCTGCTTCGTCAAGCTCTTCAGCTAGAGTGCTGATGTGTGTTTAAACACACCCCATACGAGAGAGAGCAAATAGCGTCAC 
s mm7.chr5      114774697 337 + 153054177 TCTCGCTCCTCTTCTGCCCGCAGGAGTGCTTCACACCCTTCGTCAACGGCAGCTTCTTTGAGCACGACGGGCAGCCGTACTGTGAGGTCCACTACCACGAGCGGCGCGGCTCGCTGTGCTCCGGCTGCCAGAAGCCCATCACGGGCCGCTGCATCACCGCCATGGCCAAGAAGTTCCACCCCGAGCATTTCGTGTGCGCCTTTTGCCTGAAGCAGCTCAACAAGGGCACCTTCAAGGAGCAGAACGACAAACCCTACTGCCAGAGCTGCTTCGTGAAGCTCTTCTGCTAGGCCG-------GTGCCTGCCCTCCCCGCCTTCCCCAGCCAGCCAGTGCCGCCAC 

a score=1457
s danRer3.chr12  22711721 124 +  37038836 TTTGCTGGGTGGTTTATGTTTGTTCTGTCTTCATAAGAGTTTGACC--------------GTCACTTCTG--CTGTTTTCATACATGTTTTATTCTTACAAAAAGC--------CTTCTTGGAGATGCCGGTCTTCCTCATGTGGCGC 
s mm7.chr5      114781536 148 + 153054177 TTTGCTGGGTATTTTTTGTTTGTTTTCCTCTCAATGTAGTTTTTCCTGGCTTCCTTCATAGCAACTTTTGGATGATTATCCAAAATGCTTCATTGTGGGAGCAGACAACGTGGGCTCCAAGCAGATGCAGCAGATCCGCATGTCGCTC 

a score=2329
s danRer3.chr12 22722990 163 + 37038836 TTAGTCGGAGTCTTCATCATCGAGATACTCCTCGGCGTTACTGTGGGTGCGCAGAATGACTGGAGACGGGACAGAAGGACGGTTAAATGGGTGACTACAGGAAGTGACATGTGATTGA-----------------GGTACTGTAACTGAAAGGAGACGCCTTATGACTCACCTCCTCCCA 
s mm7.chr19     18282197 172 + 61223509 TCAGTCTGAGTCTTCGTCATCGAGGTAGTCCTCGGCGTTGCTTAACGTTCGAGCCCCATCTAAGGAGAAGACAGGAAGGAAG--AAAATTACAAACAAAGG-ATTTACACACGGTTGAGACTGTTGTGCACCATCGGTGCTTTTGGTGATTGAAAACAC-----GATCCTCTTCTCTCCA 

a score=5402
s danRer3.chr12 22723153 92 + 37038836 GCTTCCTCTTCAGCAGAGAGGCGCACTGTGCGTTGGTGGCCATATCCAGAGCCGTCTTCTTCTCATTGTTTACCACATCTGTCCTTGCATCT 
s mm7.chr19     18285581 92 + 61223509 GCTTCTTCTTCAGGAGCGATGCACAGGCAGCGTTGGTGGCCATGTCCAAGGCCAGCTTCTTCTCATTGTTTCTCAAGTCTGTCCTCGCACCT 

a score=3862
s danRer3.chr12 22723938 318 + 37038836 AGTAATGCAAATGCTTTAGGAAACTTTAGGAAAAATGCtaaatattttaattaatttattGTATATGGTTATTA-CACCACAAATAAAAGTAAG--------------------CCATCTTGTTAGTTTGAGATGAAAATGCAGTTGTTTAGGACATCTTACCCCAACCTAGTATCACATACTGTAGATAAAACT-TTTATAAAGCtaaaaataaatcaataaataaaaaaaaatGAATAATGCACTCACTTTTATTGAGCAACATCTCAACTATATCTGAATAACCCTTCCAGGCAGCTGCATGTAGAGGCGTATCTCCCAATTTATTCTGTTGTGGAA 
s mm7.chr19     18287244 320 + 61223509 AGTCCTGCAGATATGCACAGGAAGTTCTTTCTAAACGCAGTACATTTTTACGATTTT---TTAAAAGTTTATCAACATCTTAACTCAAAGTAAAAAAGAATCATAAATGTGCCTCCAATTAGTTCGTTTTA-ATGGAGGGAGACTT--------CGTATTCCTGCTATTTCAAATGGCCTGCTTCATTAGGAGCTAGTTTTCAAGCCAAGCAAAGACCAG--------GAAAATTCAGTAAAAACTTTACCTTTTGCCAGTAGCAACTGGACAATGTCTGCATAACCCTTCCAGGCAGCCGCGTGCAGAGCTGTGTCTCCCAGCTTATTCTACCGTGAAA 

a score=2898
s danRer3.chr12 22724392 84 + 37038836 CGCACTGACCTGCTGATTGAGCTCACAGTTCGGCTGACTCAGCAAAATCTCCACCACATCTAAGAAAACAGGGTAGTTTAAACA 
s mm7.chr19     18290623 73 + 61223509 CGGCCTCACCTGCTGGTTCAGCTCCACATTCGGCTGAGTAAACAGAACCTCCACTATGTCT-----------GCAATTCAAACA 

a score=6484
s danRer3.chr12 22729474 134 + 37038836 TACCTTTATGTCCTCCATGGCAAGCCCAGTAGAGAGAGGTGTTCCCTGCTTTGTCCAGTCCGTTGATGCCAACTTTATTATCCAAGCACTCTCTGAGCCAGCTCAGATTTCCTGCA-----TTCCCACACAAAACAGAC 
s mm7.chr19     18291325 139 + 61223509 TACCTTTATGGCCACCGTGGCAGGCCCAGTACAGGGCTGTGCTTCCAGCTTTGTCCAGGCCGTTCACACCCACCCGGTTGTCCAAGCACTCCCTCAACCAGCTCAGGTTGCCTGAAAGAATTTTACACTTATAAAAAAC 

a score=4001
s danRer3.chr12 22729663 91 + 37038836 TACCTCGTTTGGCTGCTTCATGCATGGGGTTATCTATGGACTCTGCCTGTTCAGCCACTGAGAAATGATCAAGATGAGAATAAAAAAAAAA 
s mm7.chr19     18293507 80 + 61223509 TACCTCTTTTTGCAGCTTCATGCAATGGATTGTCAATGGATTCTGCCTGCTCAGCCACT-----------AGATTGAAAACAAAGATAAAA 

a score=4150
s danRer3.chr12 22731104 101 + 37038836 CTTACCGTAATTGCTAGGAATAAGACCAGTCCTTCCCCGGCATGTCCCTTTCCACCAGTTACTGTCACTCTAAACAAAATAAACCCAGCAGTCAATACAAA 
s mm7.chr19     18294778  99 + 61223509 CTTACCATAGTTGCTCGGGATCAGTCCTGTTCTGCCCTTGCATGTCCCTTTCCACCAGCTGGTATCACTCT--GCCAAGAGGACAAGGGAGTCAGCATGGA 

a score=3753
s danRer3.chr12 22731308 88 + 37038836 AAACTTACCGTATCTGAGATATACAGAATATCACCTTCCTCAAAGTACAGTTCATCCGGCT-GAAAAAGAGGAAAACAAATCACAAATC 
s mm7.chr19     18297270 89 + 61223509 AGGCTTACCATGTCAGTGATGTAGATAATGTCTCCTTCTTCAAAGTATAATTCATCTGGCTAGAAGGAATAAAAAACGAACAATGACTC 

a score=3426
s danRer3.chr12 22802821 144 + 37038836 TTATTTATTTATTTTTTTGCAGGTGTGCAGTCATGCTGTCCAGACTGAGCACGAGTGTGAGGCCGTGTGTGAGCATGTGCAGATGGGTTCACACTAAAGAGAAGGGAAAACCGCTCATGCTTAACCCGCGCACTAACAAGGTTA 
s mm7.chr18     16719187 144 - 90918714 TTACCATTGTGTTGTCTTCCAGGGGAGAGAAGATGTTTTCCCGGCTAAGAGCTGTTACCACTCCTTGTACCTTGACCTGCCGCCGAGTGCACCTGAAAGAGAAGGGCAAGCCACTCATGTTGAATCCAAGAACAAACAAGGTTA 

a score=6285
s danRer3.chr12 22811021 162 + 37038836 TAATTGTGTATTTGTGTATGCGC--AGGGCATGGCATTCACTCTGAAGGAGCGGCAGATGTTGGGGATTCATGGTCTTTTACCATCAAAGATCGAGACCCAGGACACCCAAGCCATGCGCTTCCAGAAGAACCTGAAGAAGATGTCTGATCCACTGCAGAAGTA 
s mm7.chr18     16722489 164 - 90918714 TAATTCTTTAATTCTTTCTGTTTTTAGGGAATGGCGTTTACGTTACAAGAGCGACAAATGCTTGGTCTTCAAGGACTTTTACCTCCTAAAATAGAGACACAGGATATTCAAGCCTTACGATTCCATAGAAACTTGAAAAAAATGACTAGCCCTTTGGAAAAGTA 

a score=7464
s danRer3.chr12 22811565 268 + 37038836 CAGGTATATCTACCTGATGGGGATTCAGGAGAGGAACGAGCGCCTCTTCTACCGTGTGCTCATGGAGGACATTGAAGCCCTCATGCCCATCGTCTACACTCCGACTGTGGGTCTCGCTTGCACACAGTATGGACACATCTTCAGGAGACCCAAGTGAGCTACAGTTCAAAACACTCATCCTGAAATCAAAATGAAACACCTTTTAGTTCTTGTTGATTATTATAAAATATTTAATCCATTTATGTGTTAttaaaggggacctattatg 
s mm7.chr18     16726397 238 - 90918714 CAGATACATTTATATAATGGGCATCCAAGAAAGAAATGAGAAACTGTTCTATAGAATCCTGCAGGATGATATTGAAAGTCTGATGCCGATTGTGTACACGCCAACAGTTGGTCTTGCCTGCTGTCAATATGGGCACATCTTTAGGAGACCTAAGTAAG--------------ACTTATTTTTAAATACAAATATA---------------TATTGATTATTGTGTAATAAAAGAATCATTC-TGTGACATCTAATTAGATTTCTTGTG 

a score=1039
s danRer3.chr12 22811884 116 + 37038836 ctagcttttaatagtaaaaattaataatgcaatttttaataatcacacttgataaaatcagtctgcagaaacactttgattgacattctcctt-ttgttcatgtcatcagaagggga 
s mm7.chr18     16726677 109 - 90918714 CTAATTTGTATTAAAAGATATTAATAA--AAAGTCAACATGTTCACATCTT------TGTTTTTGTAGAAACAGCTCACTTAACCAGCTCCTGATCGTTACTGCCATTGTTGGAGGA 

a score=3428
s danRer3.chr12 22813135 148 + 37038836 GGGATTTAATTCTGTATTTATTTTTTTCACAGAGGTCTCTTTATTTCCATTAAGGACCAAGGACATATTCGTTCCATATTGGATAATTGGCCAGATACCTCTGTCAAGGTATTGAATTTCAACATTTATGCTTGGAAATTATCACCTT 
s mm7.chr18     16727958 145 - 90918714 GAAATGCAAAGGTGTTTTTGTTCTGTT-GCAGGGGATTGTTTATTTCAATCTCAGACAGAGGTCATGTTAGATCAATTGTGGATAACTGGCCAGAAAATCATGTTAAGGTACTAAGAGC--ACACCCTCCCTTGCACAATGTCTCCTT 

a score=10105
s danRer3.chr12 22818083 233 + 37038836 TCTGTTTGTGTGTGTTTGC-----AGGCTGTGGTGGTGACGGACGGTGAGCGGATCCTGGGTTTGGGGGATCTGGGAGTGTACGGGATGGGTATTCCTGTAGGAAAGCTGTGTCTTTATACGGCCTGTGCTGGAATCCGACCTGAGAGTTGCCTGCCTGTCTGCATTGATGTGGGCACAGATAATGAGGTCAGTAAACATGCATTTTCTAAACAATTCATCCGTGAT--CAGATTTTCTG 
s mm7.chr18     16729410 238 - 90918714 TTTGTTTTACTTTGTTTGTGATAAAGGCTGTTGTGGTGACTGATGGAGAGAGGATCCTGGGCCTTGGCGATCTGGGTGTCTATGGAATGGGGATTCCAGTAGGGAAGCTGTGCCTGTATACAGCCTGTGCAGGGATACAGCCCGAGAAGTGCCTGCCCGTGTGCATCGACGTGGGCACTGATAACATGGTGAGT--GCATCTCTCCCCTTCCCCACCCACCCCTGTTTGCAGATGATTTG 

a score=6332
s danRer3.chr12 22818971 172 + 37038836 TGTTTTATGAAAATAGCTGCTATATTCCATAAGTGTAATTTGTGCTGTTTTGTGTGTTTATGCAGAAGTTACTGAGAGATCCGTTCTACATGGGTCTGTACCAGCGGCGGGACCGTTCACAGCGATACGACGATCTTATAGATGAGTTCATGGAGGCGGTGGTGGACAAGTA 
s mm7.chr18     16729770 166 - 90918714 TGTTTAATGTAAATAAATGGAACA----AAAGACTTTATTTTTGCA--TTTGGCTTTTTATATAGGCACTATTAAAAGATCCGTTTTATATGGGCTTGTATCAGAAGCGAGATCGTTCCCAGCTCTATGATGATCTGATGGACGAGTTTATGAAGGCGATTACTGACAGGTA 

a score=7084
s danRer3.chr12 22819143 125 + 37038836 CGGACAGGACACGCTCATTCAATTTGAGGACTTCGGGAATCACAACGCTTTCCGATTCCTGAAGAAATACCGCGAGAAATACTGCACCTTCAATGACGACATCCAAGGTAAGTAAAGAACAAGAG 
s mm7.chr18     16732471 125 - 90918714 CGGCCGGAACACACTCATTCAGTTTGAAGACTTTGGAAATCATAATGCATTCAGGTTCTTAAGAAAATATCAACAAAAATACTGTACCTTCAATGATGACATTCAAGGTAAAGCTAAAATAAAAG 

a score=2537
s danRer3.chr12    22823045 98 + 37038836 CACTGCATCT-GTAGCTCTGGCAGGTTTACTGGCAGCTCAGCG---TGCCGTGGGAAAGCCATTAACTGAACATAAAGTTCTGTTTCTGGGTGCTGGAGAGG 
s mm7.chr13_random 10732931 99 - 12278716 AACAGCGTCTCGTTGCGGTTGCGGGTCTCCTTGCAGCTCTTCGAATTACCAAGAACAAGCTCT---CTGATCAGACAGTGCTGTTCCAGGGAGCTGGAGAGG 

a score=7561
s danRer3.chr12 22828106 257 + 37038836 TGGATTGATGCATGTGATTTACAGTATGCA-----TGTGTACATCAACTGTATGTGTGCAATTCGTTGTTGTGTATGTG-TGTATATTTTAGTGTATGTTTTTTTCCTCTGTCAA---CAGGTGTGTCAGGGGCCGGTCGGCTCTTCACTCATGATGTCATCAAAGCAATGGGAAACTTGAATGAGCGTCCGATTATTTTCGCCTTAAGCAACCCGACGGCCAAGGCTGAGTGCACAGCTGAAGATGCGTACAGCCTCACACAGGT 
s mm7.chr18     16738420 266 - 90918714 TGTACCGATACCCGTGGTTTCCTCGTGGTAAATGTTTTGTAGAAACACTGTTCGTGAGAACCGGTTTGTTATATCTGTGCTGAAGTTGTTTGGTTTTTTTTTTTTCCTTTCTTTATTGCAGGAGTGGCAGGTGCCGGCCCGCTTTTTACTCACGGTGTAATCAAAGCCATGGCCTCTATCAACGAGAGACCTATAATATTTGCTCTAAGTAATCCTACAGCACAGGCCGAGTGCACAGCCGAGGACGCGTACACGCTCACAGAGGT 

a score=4799
s danRer3.chr12 22828496 218 + 37038836 TTCATGTTGCCATGTA---TATTGATTCAATTT-------GCATTGTTGAACATG-GTTATATGAATTGAAGTGAATATGCGTCTGTTTCAGGGACGGTGTTTGTTCGCGAGCGGTAGTCCGTTTGCTCCAGTGTCACTAGAAGATGGCAGAATACTGACTCCTGGACAGGGAAACAACGCTTATATATTCCCTGGTATGAACATACACTAAATA---TAGAGATAGATCAT 
s mm7.chr18     16743142 232 - 90918714 TTCTTGTTTCCAGGTAATGTAGTTGTCTAATGTTTTATGAATTTTCCTGAATAAGTGCCGGAAAAAATTAGATTATTTTATGTCACTAACAGGGCAGGTGTCTGTTTGCCAGTGGCAGCCCATTTGAGCCAGTGAAACTCCAGGATGGACGAGTCTTCACCCCAGGCCAAGGAAACAATGCATATATTTTCCCAGGTAAATGCCTTCATTACAGATGTTATAGATCCATCAT 

a score=5715
s danRer3.chr12 22828766 104 + 37038836 TGATCTGTGGATTGTGTTTGTGTTTTCAGGTGTAGCTCTGGCTGTTATTCTCAGTGGAGTCCGACACATCAGTGACACGGTCTTCCTTGAGGCCGCAAAGGTAA 
s mm7.chr18     16748905  99 - 90918714 TGAACTGTGTAACATGTAT-----TCTAGGTGTGGCTTTAGCTGTTATTCTCTGTGAAGCCCGACACATCAGTGACACCGTTTTCTTAGAAGCTGCAAAGGTAA 

a score=7649
s danRer3.chr12 22846349 292 + 37038836 TGCAAGATGTCGATGGATGTGACGTTCCTCGGGACCGGCTCCGCGTACCCGTCTCCTCACCGCGGCGCGTCCGCTCTCGTGTTGAGGACTGAAGGGGAAAACTGGCTCTTCGACTGCGGGGAGGGAACGCAGATCCAGCTGATGAAGAGCACACTCAGAGCCGGTCA----GACTCTCACTCACTGCCGCTGCTGTTCTCTGACACGGGTCTCTGTGTTGTGGCAGGTTTCTACTGTTGAGTTGTCAGTCAGAAAAAAAGGTCTTC--TTTAGGGCTAATGATGTTACATTTTTGCAA 
s mm7.chr18     16777049 272 - 90918714 TGGAAGATGTCTATGGATGTGACCTTTCTTGGGACAGGAGCAGCATATCCATCACCGACCCGTGGCGCCTCTGCGGTGGTTCTTCGGTGCGAGGGCGAGTGCTGGCTCTTTGACTGTGGGGAGGGAACACAGACCCAGCTTATGAAAAGCCAGCTTAAAGCAGGTTAGTGTGCATCCAGCTTACT---------------TGGGACTGTCCTCTGTTGTGTCCCATGCTC-----------TTGGCTGTCAGGAACCCTGTTCTTCAGTACAGGCCTAAAGCTGTATCCACTTCACAA 

a score=11210
s danRer3.chr12 22850065 505 + 37038836 ATGTTTCCCATGTTCTGTCTTCAGGTAAAATCAGCAAGGTGTTCATCTCGCACCTTCATGGAGACCATCTGTTTGGTCTTCCCGGTTTGCTGTGCACCATCAGTCTGAATTTGAACCCT----CAGCCAGATCAGCCTCCGCCCTGTGTGGACATTTACGGCCCGCGAGGACTGAGACTCTTCATCCGTGTGGCGTTGCAGTTGTCTGGCTCGCAGTTGCTTTTTCCGTATGCTGTGCATGAACTGCAGCCGTCCGATGAGCAGTGTCCTGAAGAGGGGCATCTCAGTCCTGCTCTGACCACCGCCAGTGAAACCCTTCACCCGCAGGAGCGTCCTGGCAGAACTGTACATCCAGACCCCGACACGGACTGTTACCACCTCATTGATGACAAACAGTTTGTGGTTAAAGCGTTCAAGCTCTTCCACAGAGTCCCCTCATTCGGCTTCTCGGTGGAGGAGAGAGAACGTCCGGGACGGCTGAACACAGACCTGCTGAAAGAACTAGGTAA 
s mm7.chr18     16781554 492 - 90918714 ATATTCCCCAT-CTCAACCAAAAGGGAGAATTACCAAGATCTTCATCACACATCTCCATGGCGACCACTTCTTTGGCCTTCCAGGCCTCCTCTGTACCATCAGCCTGCAGAGTGGCTCTGTGGTCGCCAGG-CAGCCT---------ATTGAGATCTACGGCCCCGTCGGGCTTCGGGACTTTATCTGGAGAACCATGGAGCTCTCTCACACGGAGTTGGTGTTTCCTTACGTGGTTCACGAGCTAGTTCCTACAGCTGACCAGTGTCCTGTAGAAGAACTGAGAGAATTTGCACACATGGATG--AAACAGACAGCTCTCCCAAAGGA----CAAGGACGAACTATCTTGCTAGATGCAGAAGAAAACTCATACTGTCTGGTTGATGACGAGCAGTTTGTGGTAAAAGCATTTCGCCTCTTTCATAGAATTCCATCCTTTGGCTTTTCAGTTGTGGAAAAGAAGCGTGCAGGTAAACTCAACGCACAGAAGCTGAGAGATCTCGGTAA 

a score=9198
s danRer3.chr12 22857091 491 + 37038836 AACTGTGTTTTTGTCAAACATATAACATTTGCTCACGTATTTCCAGGTTTGAAACCAGGCCCTCTATACGGGCGTCTGAAGAACGGACAGTCGGTGACTCTAGATAGTGGCCGTGTGTTGACAGCTGGTGAGGTGCTGGAGCCGCCGCTGAAGGGCCGGAAGGTGTGTGTTTTCGGGGACTGCAGTGCTCCACTGGGCGAGGGATTTAAACGGGCGTGTTACGGTGCTGATGTTCTGGTGCATGAGGCCACGCTGGAGAACGGGCAGCAGGAGAAGGCTGTTGAACATGGACACAGCACTCCTGGCATGGCTGCGGCGGTGGCGCTCACATGTGAGGCGAAAACACTGGTGCTCCACCACTTCAGTCAACGATACAAACCTGAAAATCTCCGGCGAGATGATGATGAAGACGATGTTTCAGAGCTGAAGAGACAAGCTGAGCTGGTGCTGCAGGGTTCCAGGACGGACGTCATTCTGGCTGAAGACTTTCT 
s mm7.chr18     16785032 485 - 90918714 AGTTGTCTCTTTGCTAATCATAATTCCATATCCATTGTATCATCAGGTGTGCCACCAGGTCCTGCCTATGGGAAGCTGAAAAACGGAATTTCTGTTGTTTTGGATAATGGAGTTACAATTTCTCCCCAAGACGTCTTAAAAAAGCCTATGGTTGGAAGAAAAGTTTGCATCCTGGGTGACTGTTCTGGGGTTGTGGGTGACGGGGGCGTGAAGCTGTGCTTTGAGGCCGACCTGCTGATCCACGAGGCCACTCTGGATGATTCCCAGATGGACAAAGCGAGAGAGCACGGCCACAGCACGCCGCAGATGGCAGCGGCGTTTGCAAAGCTGTGCCGTGCCAAGAGGCTAGTTCTGACCCACTTCAGTCAGAGGTACAAACCAACCGCCTTGGCGAGAGAAGGGGAGGCAGACGGCATCGCAGAGCTGAGGAAGCAAGCAGAGGCCGTGTT--AGAGCTCCA----AGAAGTGACTCTAGCAGAAGATTTTAT 

a score=13952
s danRer3.chr12 22868734 252 + 37038836 CAGCATGTCCGTCTCCAGCACACCCACCAGTAATGATGCCTGCCTGAGCATCGTCCACAGCCTCATGTGCCATCGGCAGGGTGGAGAGAGCGAGTCCTTCTCCAAACGAGCCATAGAGAGCTTGGTGAAGAAGCTGAAAGAGAAGAAAGATGAGCTGGACTCTTTGATCACTGCCATCACCACAAACGGAGCTCATCCCAGTAAATGCGTGACTATACAGCGCACGCTGGACGGTAGACTGCAGGTCTGTCT 
s mm7.chr18     16846472 252 - 90918714 CAATATGTCTATAACAAATACACCAACAAGTAACGATGCCTGTCTGAGCATTGTACATAGTTTGATGTGTCATAGACAAGGTGGGGAAAGTGAAACCTTTGCAAAAAGAGCAATTGAGAGTTTGGTAAAGAAGCTGAAAGAGAAAAAAGATGAATTGGATTCTTTAATAACAGCTATAACTACAAATGGAGCTCATCCTAGCAAGTGTGTCACCATACAGAGAACATTGGATGGACGACTTCAGGTTAGTCT 

a score=3337
s danRer3.chr12 22881772 172 + 37038836 TTTACAAAGATAACCTGTTTGATTTGTGTTTTCCTCTTCTAGATGCTCCCAGCTCGTGGCCCAGAGGAAGCAGCTTTCCTCCCAGCATTCCT------------CATCAGAACGGTCATCTTCAGCACCACCCTCCT---CTTCCTCACACAGGACAGTACTGTGAGTCTCTTTTGCCACCGCTAGC 
s mm7.chr18     16865653 183 - 90918714 TTTATAAAAGCAAATTAATGCATATGGGCCTTAATTTT-TAGACAGCACTACCACCTGGACT---GGAAGTAGGACTGCACCATACACACCTAATTTGCCTCACCACCAAAACGGCCATCTTCAGCACCACCCGCCTATGCCGCCCCATCCTGGACATTACTGTAAGCTCTCGTTTTCATTGTAAGC 

a score=3424
s danRer3.chr12 22881992 143 + 37038836 TTTTCTCTGTGTCTCAGGGTCAGTCCATAATGAGCTGGCCTTCCAGCCACCGATATCCACACATCCAGGTGAGGAATTCTTCAAGATTTCTTTCTTCCCATCAGCCATCA----GACTTCTAAACAGATAACCAACGCACATAACAG 
s mm7.chr18     16867116 145 - 90918714 TTATGTTTTCTTCTTAGGGCCAGTTCACAATGAGCTTGCATTCCAGCCTCCCATTTCCAATCATCCTGGTAAGT-ATATTTCAATATTGATTTTCTGTATATATTTATTATGATAATTGATATGCATAT-GCCAGTGCATATTACAG 

a score=6597
s danRer3.chr12 22886333 762 + 37038836 CAATCGCATACTTTGAGATGGACATTCAAGTAGGCGAGACTTTTAAGGTGCCCTCCAACTGTCCTGTGGTGACGGTGGATGGTTATGTGGACCCGTCTGGTGGAGATCGCTTTTGTCTGGGCCAGCTGAGTAACGTTCATCGCACTGAGGCCATCGAGAGAGCCAGGTACCGCTTCACATCCATCACTTACTGATCAATGCAT------------CACACTACTGACATTGCAATTAATATACAGTTTAAGTCCTGTAAAATTTGCAttcttttaaaaatatttcacaagtgatgtttaacacaccaagg---acattttcac----agtatttcttatatatttattttcttctggagaaagtcttatttttttagcttgaataaaagagttttaattatgagttcaatattattagaagtttatttcaattgtcttcagaacaaaccgctgttgtcca---gtgacttgccta-attCAtacttgtcaaccctcccgtttt--------tcccaggattcacctgtatttt--acagttctatcccgctatcatcccttaaaggtattttgcagtatttctcccgtattttcagtctttctctaaagagccgagccttcctatacgca-acccataccgccgaaccaccaggggtcgcccctgtgagtctattctgtgctttcact---ttgtttagg---aataaaagcaTGCAAACACTTAggctgcgtccgaaaccgcctactactcagtaggtactgcatttgaatttaaacgtactactcgaccgttagaaaagt 
s mm7.chr18     16874487 719 - 90918714 CCATTGCTTACTTTGAAATGGACGTTCAGGTAGGAGAGACGTTTAAGGTCCCTTCAAGCTGCCCTGTTGTGACTGTGGATGGCTATGTGGATCCTTCGGGAGGAGATCGCTTTTGCTTGGGTCAACTCTCCAATGTCCACAGGACAGAAGCGATTGAGAGAGCGAGGTATGTTTCGAGAGTAAAGAA--ATTGAATAGTACATTAACTTTTATTCCAGACTATTG-TTTTTCTATGTATATG-AGCTTAAATATCG-AGGAATTAAGTCATTTTCAATATTTTT-----------TTTAGAACTTGTAAGCTTCCATTTTAATTGTAGGTACTTGGTAAATATAGAGT------TAAAAAATAACAAGTTTTCTTTGTTTTA------------TAACTatgatttctgt---------------ctgctattccattcagta------gctgttaatcatatgtggcttttgaacacttaaaatattgaacacttaaaatattgactgaatagctgaatttacatatattttaaatagctttat---gttttcagtggctattgat-ttgggcagcgtagCATATA-AGACTCAGTATTCTTGTAAAAAATAGA-CCAacacacacacacacacacacacacacacaAATAAAAATGAAATCTTAAAGTATAGAATTTA-TCTCACTGAGTTATTTGGGTGAAATAAATTTGTGTGAGTACTT-------------------CTGATATATAGTAAGTACTGTGTTT--ATAAAAAATTAATATTCATTTGTTATAAAAGT 

a score=9768
s danRer3.chr12 22890995 306 + 37038836 TGGTCACTTGACTGG----TAACTGTTGTGTTGTGTTGACTAAACCTAAATATCATTTCACTTCTGATATTTAATGTTCACACTTCTCTCTTCATAACTGCACAGAAGTGAATCTGTGTGTCTCTGTGTGTTTTCAGGCTTCACATTGGTAAAGGTGTCCAGTTGGAGTGTAAAGGTGAAGGAGATGTGTGGGTTCGCTGTCTCAGTGATCACGCTGTGTTTGTCCAGAGTTATTATCTGGACCGAGAGGCTGGACGAGCTCCGGGTGACGCCGTCCACAAAATATACCCCAGCGCCTACATCAAGGTAA 
s mm7.chr18     16875206 292 - 90918714 TGTTAACAAGGCTGTGTTTTAGCTTTTGTTTTATATTCTTTATTCTTTATTATTGCTATGCACCTGAACTGAAA-------------CCTGTTATAACAAGAT-GAAATGTAGTTCTGTCTTTCCTT----CCTGAGGTTGCACATAGGCAAAGGAGTGCAGTTGGAATGTAAAGGTGAAGGTGACGTTTGGGTCAGGTGCCTTAGTGACCACGCGGTCTTTGTACAGAGTTACTACCTGGACAGAGAAGCTGGCCGAGCACCTGGCGACGCTGTTCATAAGATCTACCCAAGCGCGTATATAAAGGTCA 

a score=9211
s danRer3.chr12 22894518 169 + 37038836 ACAGGTGTTTGATCTGCGTCAGTGTCATCGGCAGATGCAGCAGCAGGCAGCGACGGCTCAGGCTGCAGCGGCTGCACAAGCGGATGCAGTGGCTGGAAACATCCCAGGCCCGGGGTCTGTGGGCGGCATCGCTCCGGCTATCAGTGAGCCTTACTAACATTCACCTTTA 
s mm7.chr18     16882453 169 - 90918714 AAAGGTCTTTGATCTGCGGCAGTGTCACCGGCAGATGCAGCAACAGGCGGCCACTGCGCAAGCTGCAGCTGCTGCTCAGGCGGCGGCCGTGGCAGGGAACATCCCTGGCCCTGGGTCCGTGGGTGGAATAGCTCCAGCCATCAGTACGTACCTTTGACTTTTCTGTTCA 

a score=14486
s danRer3.chr12 22895059 249 + 37038836 CACAGTTTTGCTGTCCATCTATCC-TCAGGTCTGTCTGCGGCGGCAGGCATCGGTGTGGACGACCTGCGGCGGCTCTGCATTCTGCGCATGAGTTTCGTGAAAGGCTGGGGTCCCGATTACCCTCGCCAGAGCATCAAGGAGACCCCATGCTGGATCGAAATTCACCTGCACCGGGCCCTTCAGCTCCTGGACGAGGTTCTGCACACCATGCCTATATCTGACCCACAACCTCTGGACTGACGACCACAC 
s mm7.chr18     16883885 244 - 90918714 CACACTTGTGCT-----TCTTTCCGTTAGGTCTGTCTGCTGCTGCTGGCATCGGTGTGGATGACCTCCGGCGATTGTGCATTCTCAGGATGAGCTTTGTGAAGGGCTGGGGCCCAGACTACCCCAGGCAGAGCATCAAGGAAACCCCGTGCTGGATTGAGATTCACCTTCACCGAGCTCTGCAGCTCTTGGATGAAGTCCTGCACACCATGCCCATTGCGGACCCACAGCCTTTAGACTGA-GATCTCAC 

a score=2198
s danRer3.chr12 22907301 56 +  37038836 AAAATGTAAACACAGAGTCGATACCTTGAATTTAAACTGAGAAACAAAACAAAACA 
s mm7.chr10     80169504 56 + 130066766 AAAACAACAAAAAAGAACCGCAACACTGAGTCTTAATTTAAAAACAAAACAAAACA 

a score=25439
s danRer3.chr12 22907564 1145 + 37038836 TCGCTTTGCA-GGATGGAGTTGGAACACTCCAAACAGATGCGGTTTTGCCCTCCCAAAACAAGCGCCG---GCACTTTTTCTCCACAGCGTACGCACGCAGGAATTTGACTATGTTTGGTGTAGTTGTGCACATCCGGCGGAGAACTAGAGCCTGTGCTGTCTGCGCTTGATGG------------------AGAAAAGGCAGGACCAAACGCCGGAAGGC------------------TCTGGGAATTCTCCTGCACCAGCCGAACCAGCGGATGATCCAGTGCCTCGGGAAAAGACGGCGACAGACGGGATGGAGA--------------------AAGCCTCGGTGTAGTTGGCAAACTCGCACCTCCGCGCTCAAAAGTGCTCCACAATGCTGGCT------GCGCATTAGTAGACGGAGCGGTCATCATCAACCCGTC------------GTATCCCAAAGAATCTTCAGATCCCAACGGCAGCTGGGTATCACCAAACCAGAA------TGTACCACCGGTGCTTCCAGGACTGAGATCCGCCACCCCGCTGCCCTTCCCACTAAAGTAGGACTCACTGGAGTTGCTTCCGAGTGAGCTGGAGCTATCGTTTCGATA-TCCTGCAGCATTGCTATTGAAGCTCCCGTTGGCGAATTTGGAAATGCCTCCAGAGAAAAGCCA---AGCGCCACTGCTTCCCGACTCAAATCCGACGTCGGTGCCGTTATAGTGGAAGTCGTCATCATCTACATTGGTTTCCACGCTCCCGGCGGTGCGCATGGCAATATGAGCTTCGATTTCCTCCCGAGCTCGATCCACATTCTCCGGCATCCCGGTCACCTCGAACACAGGCTCTTTATCACGGCTCGGCGTCACGATGTAGGTGTGGGTTTGCTGCTGGATCCTTTTGATAGTCGCTCCTTTGGGTCCAACCACAAGGCCGACCATTCGATACGGCACCCGGACCTGGATGGTGGTCTGTCCTGGATGGCAGGGAACGCTGTTGTGGCCCACATTTGGCG----CTGCTTTGTTTCGAGTCGCCCGGATGAGGGAAAAGTGCTCAGCCGCTGACAGAATCTCACGCTTGGCCATGACTACGTCCTCCTTACGGCCGGTCACCACGAACACCGGTTCTTCTCCTCTCACGGGTGTTTTAATGTAAGTGTTGGTCTTGGCTCTTAGAGCCTT-ATTTTGCAACCTGACGAGAGTAGAAATACAAACACAAGT 
s mm7.chr18     16933642 1195 - 90918714 TCTCTTTTCACAGATCTTGTTGGCACATTCCATGCAGAAGAGGTTGTGGCCACATGGAACTAGGGCAGCAATAACTTCATTCTCAAAGCAAAT-CACACAGTCGTGCT-TTCTTCTTGAT-------------TCTGGAGGTGAGCTAGAGGTGGAACCACCATTGGAAGAGGAGTAACTATTGGTACCATTAGAAAAAGCAGGGATGTATATTGGAAGGCCAACATGGTTGCCTGTACTAGGTGGGTCACTCCTCACCCTTCGAGCAAGTGGGTGTTCTATGCTCTCAGGAAATGTAGGAGACAGACGAGGAGTTGATGGCTGACTTCCTCTACGCTGAGTCTTCATGTTACCAGAAGGATCACTCC-CAAAGCCAGAGAGTGGGTTA----ACTGGTTCAAATGGAGTCCAGATAGTTTGAGCAGATGTTGGTAAAGAGTCAAAGGCAGGAGAGTCTACTGTAAGATCTTCTGAGCCTACAGATGGTAGTGTATCTCCAAACCAAAAGTTCCCTGTGCTAAATGGGCTTGTTGGACTAAAGTCAGCTAGCCTATTGCTC------CCAAAATAGGAATCAGTGGAGCCACTTCCTAGAGAGCTAGAACTATCATTGCGATAGTTAGACATCATTCTT------GCTCGGCTTGGAGGAACTGGA-------TTGGAAGAGAGCCATGCAGAGCCAAGAGTGCCACCTTCAAAGCTCACATCGGTACCGTTATAATGGAAATC---ATTTTCTTCATTGAGCTCTATGTAGTTTCCGGTACGCATGGCGATATGCATTTCTATCTCTTCTCGTGCTCGATCAACATTTTCGGGCATCCCTGTGACTTCAAAGACTGGCTCCTTATCTCTGCTCGGAGTAACTATGTACGTGTGGGTCTGTTGCTGAATTCTCTTAATTGTTGCTCCTTTTGGTCCAACCACTAGCCCTACCACACGATAGGGGACCCTGACTTGGACTGTGGTTTGACCAGGCAGATTAGGACTAC-ACGATAACCCTCCTAGTGCAGGACCATTTTTGTTTCGAGATGCACGAATCATAGAAAAGTGCTCTGCAGCCGAGAGGATTTCTCTTTTGGCCATGGCAACATCTTCTTTCCGTCCAGTGACAACAAAAATGGGTTCTTCACCACGAACAGGTGTCTTGATATACGTGTTTGTCTTGGCTCTCAGTGCTTTAATTTTACAACCTGTTAAAAGAAAACATTTCAGAATCAGT 

a score=10388
s danRer3.chr12 22918520 282 + 37038836 tataaaA-----TACCTAAAATATCGTTTCACTTCTGATATTTAATGTTCACACTTCTCTCTTCGTAACTGCACATAAGT--GAATCTGT--------------GTGTGTCTCTCTCTGTGTGTTTTCAGGCTTCACATTGGTAAAGGTGTCCAGTTGGAGTGTAAAGGTGAAGGAGATGTGTGGGTTCGCTGTCTCAGTGATCACGCTGTGTTTGTCCAGAGTTATTATCTGGACCGAGAGGCTGGACGAGCTCCGGGTGACGCCGTCCACAAAATATACCCCAGCGCCTACATCAAGGTAa 
s mm7.chr18     16875197 301 - 90918714 TATAAAAGTTGTTAACAAGGCTGTGTTTTAGCTTTTGTTTTATATTCTTTATTCTTTATTATTGCTA--TGCACCTGAACTGAAACCTGTTATAACAAGATGAAATGTAGTTCTGTCTTTCCTTCCTGAGGTTGCACATAGGCAAAGGAGTGCAGTTGGAATGTAAAGGTGAAGGTGACGTTTGGGTCAGGTGCCTTAGTGACCACGCGGTCTTTGTACAGAGTTACTACCTGGACAGAGAAGCTGGCCGAGCACCTGGCGACGCTGTTCATAAGATCTACCCAAGCGCGTATATAAAGGTCA 

a score=9211
s danRer3.chr12 22921846 169 + 37038836 ACAGGTGTTTGATCTGCGTCAGTGTCATCGGCAGATGCAGCAGCAGGCAGCGACGGCTCAGGCTGCAGCGGCTGCACAAGCGGATGCAGTGGCTGGAAACATCCCAGGCCCGGGGTCTGTGGGCGGCATCGCTCCGGCTATCAGTGAGCCTTACTAACATTCACCTTTA 
s mm7.chr18     16882453 169 - 90918714 AAAGGTCTTTGATCTGCGGCAGTGTCACCGGCAGATGCAGCAACAGGCGGCCACTGCGCAAGCTGCAGCTGCTGCTCAGGCGGCGGCCGTGGCAGGGAACATCCCTGGCCCTGGGTCCGTGGGTGGAATAGCTCCAGCCATCAGTACGTACCTTTGACTTTTCTGTTCA 

a score=14483
s danRer3.chr12 22922405 249 + 37038836 CACAGTTTTGCTGTCCATCTATCC-TCAGGTCTGTCTGCGGCGGCAGGCATCGGTGTGGACGACCTGCGGCGGCTCTGCATTCTGCGCATGAGTTTCGTGAAAGGCTGGGGTCCCGATTACCCTCGCCAGAGCATCAAGGAGACCCCATGCTGGATCGAAATTCACCTGCACCGGGCCCTTCAGCTCCTGGACGAGGTTCTGCACACCATGCCTATATCTGACCCACAACCTCTGGACTGACAAC-CACAC 
s mm7.chr18     16883885 246 - 90918714 CACACTTGTGCT-----TCTTTCCGTTAGGTCTGTCTGCTGCTGCTGGCATCGGTGTGGATGACCTCCGGCGATTGTGCATTCTCAGGATGAGCTTTGTGAAGGGCTGGGGCCCAGACTACCCCAGGCAGAGCATCAAGGAAACCCCGTGCTGGATTGAGATTCACCTTCACCGAGCTCTGCAGCTCTTGGATGAAGTCCTGCACACCATGCCCATTGCGGACCCACAGCCTTTAGACTGAGATCTCACAC 

a score=8347
s danRer3.chr12 22934632 568 + 37038836 TTAAATGAAACAA---TTTATTAAGGAACTTTTAATATCAGAAAAATAAAAATCTTAATTCTTTTTTTACAGCAAATATATAATATCAGTGCTTTGGCCACAGGACAGT-AAGGCCATTTATCATAAAATATA---TTTGAAACTTT-TAAGAATACAACTTATCTGCCTTC--ATGTCCCTGCATATATGTATATACATAATAAAAGA--AGAGTCAAATTATCAAAGACAGAAACATCGTTGCAGTGTGATGCTAAAAATCCCTCCGATAAACAAAACTCCTAGGACTTTTATTTTGTTCATAGCGTAGTATTTATGCAGACGTAATGCAGCGTAAATATATTGGATCCTTGGCTTTTTTTGTCTGTTGCGTTTTAGGAATCGTTAGATAATAAAACATGCA---GGTGTGCTCTTTCCTGCTCTATAGTACCTAACGGCAATACTCTACAAGCTAATACTTACATCTGACTATCGCCAGATTATCTTATATATAATCATtatata----------------tatatatatatatatatTTGAATATGAAATATAAACTACAGAAATACTACAAAATT-----------GTAAAAAAAAAAAAAAAAA 
s mm7.chr18     16931809 552 - 90918714 TTAATGGAAACAAGTCTTTATTAAGTAACTTTTAATATCAGAAAAATAAAACTCTTATAATTCTCTTTACAGCAAATATATAATATCAGTGCTTTGGCCATCTTAAGTTAAAGGCCCTTTATCATAAAATATATGGTTTTAAACTTTACTCAAATTGAATTTATAATCCCTATGACTTCCCTAC--------ATATACATAACAAAAGAGTGTAGTAAAATTAGCAAATACTAAACTATATT--------------------------GATAA-----------------TTTATCATTCTTAGTTTGTGGTTTTTAGAAACAGTACACGCACCTAATATATGTCGATTCCTTGGCTTATT-----AGTTGCAGTGTACGATGCAACAAAATAGGAAACACATGCTTGGTGGCATTCGTCCATATCTACAAGAC--GGCAGCTAGAGATTAGGATTCAATACTGACAATCAACTATCCTACAAGCAGTTAGCATTACATCATAATATGCCATCAAGGCAACTTTTTTATACTGAAAAAAATCAAAATAAAAACCGTTATTTGTAAACTTTATACGAAATGTAACTCTTCAAGTGGAAATAAAAAATAAAA 

a score=1312
s danRer3.chr12 22940966 185 +  37038836 AGTTTTCTCTATCAATTCCAAACCGTTCAAATAATTATTTTACAGGATAAATTCTGTGTAAAATTTTAAATG-ATACCTGTCT---------TACTTTATTACTTATAAAAAATGTATTTGTTAGTAACCAAACTTTTTTTTTA---------------------CTCAATGTTTCCAAATTTTGATGACCAGAA---GACTGTTGATGATGGTATTTG 
s mm7.chr6      26711353 216 + 149646834 AGTTGATTTTATGACATTCAAAGCTT---AAGGGCTTCTGATCAGTTTAACTGTCCTGTGTAATTTAATATACGTTCCTCCCTACAAGTCAGTACTTTATTATTTTTGTAGAGTTCATTTCTTAAGAGATAAAATTTATTTATAAGGTTCTTGGAAGAAAAATAGCTGACAATCTCCATAAAAAAATAACCAGAAAAGAATTATTGAAGGGAGTATTTG 

a score=3994
s danRer3.chr12 22970392 349 + 37038836 CCATTTTCATATTGGAGTTAATTTTGGGGTTGCCTGGAAATGTGTTTGCTCTGTGGATTTTATTTTTCAAGTCTC----CATGGAAAGCCTGCAATGTGTATTTCTTCAGCCTGGTAATAGCTGACCTCCTACTCCTCACTGGGATGCCTTTCCGCATCGATTATTTTTTTCGATGGTGAAGACTGGATATTTGGCGAATCCATTTGCCGCCTTGTTTTATATGTCATATCAGTA---AACTCCTCAGCAAGCGTGGCTTTCATGACAATTTTAGCTGTGGACCGCT-TCTTCAGg------atcctcg----agagcttagccgtcgttctgcagcgtcgcgactgggaaaacccCTATATCCCCt 
s mm7.chr17     11709877 360 + 93276925 CCATGCTGACACTGGAGTGTGTGCTGGGCCTTATGGGCAATGCTGTGGCCCTCTGGACCTTCTTTTACC-GTCTCAAAGTATGGAAGCCTTATGCTGTCTACCTGTTCAACCTGGTGGTGGCTGACCTGCTATTGGCCACCAGTCTGCCATTCTTTGCTGCCT-TCTATCTGAAGGGCAAGACCTGGAAACTTGG---ACACATGCCCTGCCAAGTCCTGCTCTTCTTGCTGGCATTCAGCCGTGGTGTGGGAGTAGCCTTCCTGACGACAGTGGCTTTAGACCGGTATCTGCGTGTGGTCCATCCTCGGCTCAGAGTTAACTTGCTGTCTCTGAGGGCAGC--TTGGGGCATCTCCAGCCTCATCT 

a score=4502
s danRer3.chr12 22982632 818 +  37038836 TTTTAAAGCCCATTTTCATATTGGAGTTCATTTTGGGGTTGCCTGGAAATGTGTTTGCTGTGTGGATTTTATTTTTC------AAGTCTCCATGGAAAGCCTGCAATGTGTATTTCTTCAGCCTGGTAATAGCTGACCTCCTACTCCTCACTGGGATGCCTTTCCGCATCGATTATTTTTTTCGTGGTGAAGACTGGATATTTGGCGAATCCATTTGCCGCCTTGTTTTATATGTCATATCAGTAAACTCCTCAGCAAGCGTGGCTTTCATGACAATT-TAGCTGTGGACCGCTTCTTCAGGATCCTTTACCCACACCACCGTATTTGTCGAATGAATGTGAAACAAGGATTAATGTTGTCTAGCATGACTTGGGTGATTGTTCTTCTCCTTCGTCTTCCATCT-GCCCTCAGCCCGGTC-----CTTACATCACACAAAAACTCT--TCAAAGCTCACATGCCACAGTTTCCTCTCATGGACCTCACCATCAGTTCAGA--TGAGAATATATAATTCAGTACAGCTAATAGAAGTCCTGGTGGCTTTCACCTTGGTGGTTTTTTGCTTGGTGCGTGTTTTCTCTAACACCAACATTCGGCAGTCTAAGGGACCG-CACCGCAGGGTGAAGAGGGCTGTGAGATTGCTTTTCAT-TTTTTGATCATCTTTGTTCTCTGTTTTCTACCTA------CGGTCATCTTTGGCAACTTC--------CTTCAAGTGT----TTCCTTGCTCTGA-----ATCCCTCATTG----TGTGTCTCCATGCC-TCTTTAGCTTTATCCTACATGAACAGTGCACTGGATCCAGTCATCTACTGCCACATTAACGCTTGGTTTCGTGACACCCT 
s mm7.chr5      29942971 829 - 153054177 TCTTGCCACCGGTGTTGGGGCTGGAATTTGTGTTCGGACTCCTGGGCAATGGCCTTGCCTTGTGGATTTTCTGTTTCCACCTCAAGTCC---TGGAAATCCAGCCGGATTTTCTTGTTCAACTTGGCCGTGGCTGACTTTCTCCTGATCATCTGCCTGCCGTTCCTGACGGACAACTATGTCCATAACTGGGACTGGAGGTTCGGAGGCATCCCCTGCCGTGTGATGCTCTTCATGTTGGCTATGAACCGACAGGGCAGCATCATCTTCCTCACCGTGGTGGCTGTGGACCGCTACTTCCGGGTGGTCCATCCACACCACT----------------TCTTGAACAAGA--------TCTCCAACCGGACGGCGGCCATCATT-TCTTGCTTCTTGTGGGGTCTCACCATCGGCCTGACTGTCCACCTCCTCTATACAAACATGATGACCAAAAATGGCGAGGCATATCTGTGTAGCA---GCTTCAGCATCTGTTACAACTTCAGGTGGCACGATGCTATGTTCCTCTTGGAATTCTTCTTGCCCCTGGCCATCATCTTGTTCTGCTCAGGCAGGATCATCTGGAGCCTGAGGCAGAGACAG----ATGGACAGACATGCCAAGATCAAGAGGGCCATCAACTTCATCATGGTGGTGGCTATTGTATTCATCATTTGCTTCCTACCCAGTGTGGCTGTGCGCATCCGCATCTTCTGGCTTCTCTACAAATATAACGTACGCAACTGTGACATCTACTCCTCGGTGGACCTGGCTTTCTTTACCACCCTTAGCTTTA-CCTACATGAACAGCATGCTGGACCCTGTGGTCTACTATTTCTCCAGCCCATCTTTCCCCAACTTCTT 

a score=7727
s danRer3.chr12 23009616 421 + 37038836 ACAAAAAACaaaataaaa----tataatagcaataattataataataaaaaCAGTACAAGACAGGAAGATGGAGGGAGGGGGGGGATGACAGCGAGATGTGGACAGGTGTGGTCGGGGAACAGAGCGGGTGGGACAATGTGGGATGTGTGTGTGTTTGTACGCGACGCTGAAG-TTAGGAATTTAAAGAGCTCTTACACTCCGCCTTTATGGCACCACAGTTAATGGGCACAAAggggcggcgcgcggcccggcgcAGCCTGATGAGATCGCGGCACATGTGACGCGCCAGCTTGGTGAGGCGCGTTGCCTGCAGGAGGAACGCCTGCTTGGTCTTCATGGAGGATTTTGGGCTACCACTGTTCCGGATGGGGACCATGTGGGAAGACTGACGGGCACAGTGGCCACGAGAACGTGATTCCTGTGA 
s mm7.chr17     11189581 362 - 93276925 AAAAAAAAAAAAACAAAGGCTGTACACAAGAACTTATGTTTATTGCAAACAAACAAACAAAAAGAGAGAGCGAGGGAGAGAGAGGATGGCAAGGAG----------------------------------------------------------------CGGAACGCGGAAGGTTAAGAATTGAAAAGCGTCTTACATTCTGCCCTAATGGCAGCATAATTAATAGCAACAAACGGCCGTCTCGCTGCCTGCCGCAGCCGCAGGGTGCTTTTGCAGACCTGACGAGCAATTTTTGTGAAATACGTAGTACGAAGGAAGAAAGCTTGGCGGGTCTTCACTGCAGACTTGGGGCTTCCGGTGTTCCGGACCGGCATGCCCTGCAAGGCCTGCCGGGACATGTGGCTTCTTGCGCGCGGGTCCTGTAA 

a score=6794
s danRer3.chr12 23013740 175 + 37038836 ACTTACGTTAGGTGCAGGGCTTGGAGGTGTTTTTTCCTCTGCCCCCTCAGCTCTGCTTGGCATCTTCAAGCCACCGTACTTCTTCCAGTACATCCAACAGGAAACACACAGGCGACACTGCATATTAGGAGGACCCCAGGAGTACCACTGAGCAGACTGTACAGCTGTCAACAAA 
s mm7.chr17     11190671 166 - 93276925 ACATACCTCTGCAGTCGGGCTGGGAGACTTCTCTTCGTCTGACT---------GGGTAGGCATTTTCAGACCTCCATACTTTTTCCAATACAGCCAACAGGTCGCGCAGAGTCTACACTGCATGTTAGGTGGGCCCCAGGAATACCACTGATGAGACTGTGTGGCTAAAGACAGA 

a score=20714
s danRer3.chr12 23019409 569 + 37038836 GCTGTATCCCAGTCCGGCAGAGTGCTCGCACAGAGAATGACCATAGACATAATGACAAAAACCACTGACACTGATGCCAGGATCTGCGCAGCGATGGAAGAGGCTGGCTCCTCAAAAGTCCTCCGCATCCTCTCCAGCCACCGC-------GCGCTTCCTCTG-TCGGGTGCGAACCTGCTGACCTGCTCCTCCTCACCTCTAGACTCCACTTCTGCCTTCATGTCGTCCTCAGAAAAGTAAGTGTATGTGTCAGACATCCTATCCTCCAGTCGTCGCTGGCAGCAAAACTCCAAATGTGAGCTCTCCAGACCCCAGTAAATCATCTCGTTGTAAAAAGACAGCTCGCACATTTGCGGGACAAACCTGAGCTTTCCCGAAC---GAACGTAAAGCATGATGAAAACAAACGCCTCCGAGTGCCTGTCGAAGAAAAACTCGTTCCTTTCTCGGTCATAATCATCACAAACCTCCAAAACCTCCTTTTCTGAAGAACAGCTGTGGAGTCTGCTCACTCTTCGCAGAGGAAAATCCTTGATAACTTCTCTTGTGAACGCGTACTTGGTGCCACCGACGTTTAG 
s mm7.chr17     81925478 551 + 93276925 GCCGCACGCCAGTCGGGCAGCGTGCTGGCGCACAGCACCACCATGGACACGATCACGAACACCACGGACACGCTGGCCAGGATCTGCGCGGCCAGCGACGACGTGGGCTCCTCGAAGGTCCGCCGCATGCGCTCCAGCCAGCGCCGGGAGGGGGCCGCCTCGGGTCCGGCGGGACGAGGCTG----------------CTCGCGGCCCAGCTC----------GTCTGCCGCGTGAAAG---GTGTGGGTGTCGGACATGCGGTCGTCTAGGCGGCGCTGGCAGCAGTACTCCAGGTGCGCACCCTCCAGGCCCCAGTAGATCATCTCGTTGTAGAAGGAGAGCTCGCACATCCGCGGCGCGAAGCGCAGCTTCCCGTGGCCGCGCACGTACAGCAGGATGAAGCCGAAGGCCTCCGAGTGTCGGTCGAAGAAGTACTCGTTGCGCTCCCGGTCGTAGTCGTCGCACACTTCGAGCACGTCGCGCTCCGAGCGGCAGCCGTGCAGCCGGCTCACGCGGCGCAGCGGGAAGTCCTTGAGCAGCTCCCGGGACAGCGAGTACCGGGCGCCGCCCACGTTCAG 

a score=300
s danRer3.chr12 23026922 3 + 37038836 CGG 
s mm7.chr17     82000691 3 + 93276925 CGG 

a score=4742
s danRer3.chr12  23030338 85 +  37038836 TTTCTTCTTCTGCAGATTATGTCTTCTTTGAGAATTCTTCAAGCAACCCCTATCTGATCAGGCGAATAGAGGAACTGAATAAGGT 
s mm7.chr12     110637075 85 + 117814103 TTTCTCTGTTTGCAGACTATGTCTACTTTGAGAACTCCTCCAGCAACCCGTACCTGATCCGCAGGATTGAAGAGCTTAACAAGGT 

a score=827
s danRer3.chr12 23033267  96 + 37038836 ttttgccatatcATCCAGC---Ccttaattgatt---catgttggaaaaacatgaaggaattgtgtggaactcagcattttttttac-agtgAAAAAATGTCt 
s mm7.chr19      8623636 101 + 61223509 TTTTGAGAACTCCTCCAGCAATCCTTACCTGGTTAGACGGATTG--AGGAGCTCAATAAGGTGAGTGGAGTTGGTTTtttttttttttaatgatacagggtct 

a score=-1959
s danRer3.chr12 23033415 308 + 37038836 TCTTAAACAAACATAAATCTTTTGTATTTTGCGTG---------TTAGATATTCCATCTTTTCTGCTTTGTTTTATTAAA----CTACTT-GAGTCCAAATTTAATTTTGTTTTTAACTGT--------------------------CGTACACAGTCACAGTGTTGTTTTTTTATTCTAGTGTTTTTCAATTAACCCTCAAGA-------GTGCAGACGCAGCGGGTGTTGATAAATTCATC------ACCGCGCTGCTGATTAAACATAATAGACTGCAACCTCAGGTTCAAGCTTTTTCGGTATTGATTAACGGAGGTGTTAAATTCAACATCCCAAGATACAGCATGA-------------AGTTTCTCA 
s mm7.chr19      8623788 362 + 61223509 tcttaaactcatggagacccttttCATTGGTTCTGAAATTATCTTTGAGTATTAAGTCTTTACTGCTAAGTTTTTCTAGCTCTTCTACTTAGACCCTTAAGGAGATATTGCTTTTGACTCTGCGCACTTCCACTCCCCCACCTCCCCCCAGCACCTCCACTTTCTTTTGTTGTTGTTGTTGttttgttttgttttgagacagggtttctctgtgtagccctggc---tgtcctggaactcattttgtagaccaggctggccttgaactcagaaatccgtctgcctctgcctcccgagtactggg-----attaa---aggcgtgcaccaccaca-cccggcATGCATCTCCACTTTCAAATGGCCAATTTTCCT 

a score=6763
s danRer3.chr12  23033723 159 +  37038836 AGGTGACTTTGTGTC-TTCTTTCAGACTGCAAGCGGAAATGTGGAGGCAAAGGTGGTTTGTTTCTACAGGAGACGGGACATCTCTCAGAGCCTCATCCAGCTGGCAGACAAACACGCAAGTGAGTGAACACGAGGCTTTTCTATGCCAATGTCAATGCAT 
s mm7.chr12     110641907 155 + 117814103 AGATAACTCTCTCTTGCTGTTACAGACAGCCAACGGGAATGTGGAGGCCAAAGTGGTGTGTTTCTACAGAAGGCGGGACATTTCCAGCAGCCTCATCGCGCTGGCGGACAAGCATGCAAGTGAGT-----CTCAGCCTTTCTCCTGGGATGATAATGCCT 

a score=5638
s danRer3.chr12  23035826 132 +  37038836 AGAGGACCTGGAAGAAGAGAAGGAAAGCCCCCCAGAGTCCGACCTCACTGAAAAACAGAAACATCAGCTCCGCCACAGAGAGCTTTTCCTCTCCCGCCAGTACGAATCCCTCCCTGCCACGCACATCAGGTA 
s mm7.chr12     110645769 132 + 117814103 AGGGGAAGTGGAGGAGGAGGTAGAAAACCCAGAGATGGTGGACCTGCCTGAGAAACTTAAGCATCAGCTGCGGCATCGAGAACTGTTCCTGTCTCGGCAGTTGGAGTCTCTGCCTGCCACCCACATCAGGTA 

a score=2655
s danRer3.chr12  23042673 98 +  37038836 CACTTATTATCTTTTTTTTCTGTTGGAAATAGGGGGAAGTGCAGCGTGGCCCTCCTTAACGAGACAGAAGTTGTGCTCTCCTACCTAGAGAAAGAGGT 
s mm7.chr12     110645944 89 + 117814103 CACCTACCCACTCTCTCTTCC---------AGGGGCAAGTGCAGTGTTACCCTGCTCAATGAGACGGAGTCACTCAAGTCCTACTTGGAGCGTGAGGT 

a score=5781
s danRer3.chr12  23042836 137 +  37038836 TTCTCAGGACACATTTTTTTACTCATTGGTGTACGACCCAACACAGAAGACGCTATTGGCGGACAAGGGGGAGATTCGCGTTGGTCCACGTTTTCAGGCTGATGTCCCTGAAATGCTACAGGAAGGTTAGTGTtagg 
s mm7.chr12     110648054 137 + 117814103 TTTTCAGGATTTCTTCTTCTACTCTCTAGTCTACGACCCACAGCAGAAGACCCTCCTGGCTGATAAAGGGGAAATTCGTGTAGGAAACCGGTACCAGGCTGACATCACTGACTTGCTGAAAGAAGGTGAGGTTCAGG 

a score=4369
s danRer3.chr12  23054456 213 +  37038836 GGGAACAAGTTGC-CTAGGTTGTCTTGACCGAAATGTGGAGAATGGCAGATTTTACTCACTGGTTTTTACAAAGCCAGCTCTGATAAACTTAAATGTTTCTTTAGGAGAAGCTGATGACAGAGACCAGTCCAAACTAGAGATGAAGATGTGGGATCCAGAGTGTCCGCTGACCAACAAACAGATCGACCAGTTTCTTGTGGTTGCCCGGTATGT 
s mm7.chr12     110651617 211 + 117814103 GGGGAGAAGTGGCACCATGGGACCATGGGCAGACTTTTGGTTACGCTGGACTGTTCTCCACAGCCTTTGCTGTTCTCCCTGAGCCACATTTG---TTCCCTGTAGGTGAGGAGGACGGCCGCGATCAGTCAAAACTGGAGACCAAGGTGTGGGAAGCCCACAATCCACTTGTGGATAAGCAGATTGACCAGTTTCTGGTGGTGGCCCGGTAAGT 

a score=6475
s danRer3.chr12  23057544 166 +  37038836 CAGAGCGGTTGGTACGTTTGCCCGGGCGTTGGACTGCAGCAGCTCCGTCAGACAGCCCAGCTTACACATGAGCGCCGCGGCAGCCTCACGAGACATCACACTGGTACCCGTCCCATCAGCACCATCTGTCTCTCACTCTCTCTATATCCACCAGAGATGTGAAAAC 
s mm7.chr12     110652556 164 + 117814103 CAGCTCTGTGGGTACCTTTGCACGGGCCCTGGATTGCAGCAGCTCCGTGCGGCAGCCTAGCCTGCACATGAGTGCCGCAGCGGCCTCCCGAGACATCACCCTGGTGAGTGGGCCACTTG--CCACCTCTCCTGTTTTCTTCTGGGGTCCAGCACCGACCTAGACAC 

a score=11024
s danRer3.chr12  23057731 209 +  37038836 CTGGCTTTCTGAAGTTTCACGCTATGGACACACTGCATCGGCACGGCTATGACCTGTCCAGTGCTCTCAGCGTTCTTGTTCCTCAAGGTGGGCCAGTCCTGTGCCGGGATGAGATGGAGGAGTGGAGCTCGTCAGAGGCCAATCTGTTTGAAGAGGCCCTGGAGAAATACGGCAAAGACTTCAACGATATACGGCAAGATTTTGTGAGT 
s mm7.chr12     110652962 209 + 117814103 CTGCTGTCTTGCAGTTCCATGCTATGGACACGCTGCACAAGAACATCTACGACATCTCCAAGGCCATCTCGGCCCTCGTGCCCCAGGGTGGGCCAGTGCTCTGCCGCGATGAGATGGAGGAGTGGTCCGCATCAGAAGCCAACCTTTTTGAGGAAGCTCTGGAAAAATATGGGAAAGATTTCACCGACATTCAACAAGATTTTGTAAGT 

a score=6488
s danRer3.chr12  23062127 84 +  37038836 CAGCTTCCCTGGAAGTCGCTGACCAGCATCATTGAGTATTATTACATGTGGAAAACCACAGACAGATACGTTCAGCAGGTGAGC 
s mm7.chr12     110655061 84 + 117814103 CAGCTCCCATGGAAGTCGCTCACCAGCATCATTGAGTATTACTACATGTGGAAGACCACCGACAGATACGTCCAGCAGGTAGAC 

a score=144
s danRer3.chr12 23062230 100 + 37038836 AGAAGTTAT-TGTTTTTTTTTTTGAAGCAACCTTAATT--ATCTGGAATTGTATTTCTTTGTTCTGACCGTCCTTCATCTTGCTTAGTGCTGAATGTTTATCA 
s mm7.chr19      8627792  87 + 61223509 AGAGGCTATCTGCTTACCTCTCTGCTGTTTCTTTTGTTTGATTTCAATTTGTACTGAGATGCTCTGAATTTCTTTC----------------TGTTTTTCTCC 

a score=4320
s danRer3.chr12  23062330 75 +  37038836 TTATGTACAGAAACGACTGAAGGCAGCTGAAGCAGAGAGCAAACTGAAGCAAGTCTACATCCCTACATAGTGAGT 
s mm7.chr12     110655468 75 + 117814103 TTGTTTAAAGAAACGCTTGAAAGCAGCTGAAGCTGAGAGCAAGTTAAAGCAGGTTTATATTCCCAACTAGTAAGT 

a score=4570
s danRer3.chr12  23065074 155 +  37038836 TGTAATTTGCTTTTTGCCTCA--CAGCAATAAACCCAACCCAAACCAGATCTCTGTCAGCAATGGCAAGATGGCAACAGTGAACGGTGCAGCAGCAGGCACAGGCAGTTTCCACACAGCTGGAGGGGGCCGCGCATGCGAGAGCTGTTTTGGTGAGT 
s mm7.chr12     110655803 148 + 117814103 TGTGACTGATCCCTCTCCTCCATCAGTAACAAGCCCAACCCAAACCAGATCAGCGCCAGCAGTGTCAAGGCCACTGTAGTGAATGGCACAGGGACA---CCAGG------CCAGAGCCCCGGGGCCGGTCGGGCCTGCGAGAGCTGTTACAGTAAGT 

a score=7846
s danRer3.chr12  23065672 145 +  37038836 TTGTTGTTTGTGACAGCTGTACAGTCTGCTCAGTGGTACTCCTGGGGTCCTCCTAATATGCAGTGTCGCCTGTGTGTTTCCTGTTGGATGTACTGGAAGAAGTACGGTGGCTTGAAGATGCCAAGCAGAGCTGAGGGGGCAGAGG 
s mm7.chr12     110656247 141 + 117814103 TTGTTGTCCGT---AGCCACACAGTCTTACCAGTGGTATTCTTGGGGTCCCCCTAACATGCAGTGTCGCCTCTGCGCATCTTGTTGGACATATTGGAAGAAATATGGTGGCTTGAAAATGCCAACCCGGTTAGATGGAG-AGAGG 

a score=10919
s danRer3.chr12 23138883 326 + 37038836 TACAACGAGATGATTTACTGGGGTCTGGAGAGCTCACATTTGGAGTTTTGCTGCCAGCGACGACTGGAGGATAGGATGTCTGACACATACACTTACTTTTCTGAGGACGACATGAAGGCAGAAGTGGAGTCTAGAGGTGAGGAGGAGCAGGTCAGCAGGTTCGCACCCGACA-GAGGAAGCGC-------GCGGTGGCTGGAGAGGATGCGGAGGACTTTTGAGGAGCCAGCCTCTTCCATCGCTGCGCAGATCTTGGCATCAGTGTCAGTGGTTTTTGTCATTATGTCTATGGTCATTCTCTGTGCGAGCACTCTGCCGGACTGGGATACAGC 
s mm7.chr17     11351142 305 - 93276925 TACAACGAGATGATCTACTGGGGCCTGGAGGGTGCGCACCTGGAGTACTGCTGCCAGCGCCGCCTAGACGACCGCATGTCCGACACCCACAC---CTTTCACGCGGCAGACG----------AGCTGGGCCGCGAG----------------CAGCCTCGTCCCGCCGGACCCGAGGCGGCCCCCTCCCGGCGCTGGCTGGAGCGCATGCGGCGGACCTTCGAGGAGCCCACGTCGTCGCTGGCCGCGCAGATCCTGGCCAGCGTGTCCGTGGTGTTCGTGATCGTGTCCATGGTGGTGCTGTGCGCCAGCACGCTGCCCGACTGGCGTGCGGC 

a score=-1074
s danRer3.chr12 23142283 396 +  37038836 TATGAGGGTGCTTGGAAATGTAGTCAATAGCCTTTTGTGCAAACTCTTTGTGATA---------TTTTCTAAATGCCAATAACAAAAA---------TGATCCCTA-----AATTACAGAGTTTCTATTTACTGATGTTATTTGAATAAAAATGTAAACTAGTAATAAAATCTTGACaattttttttta----------tttttacatcttaaataatcaataa--------caataaatgata----aaggaaaaatatatatatataa---------ttaGAAATGTCACACTAAACTCTGCCCATGCAGTAGTTAATAT-------AACAAATGCTTGCAAAAACGTGTGCCTTGGTTATCAGCAATGTGCCACAAATGCTGTCAGTTGATCTTAATTAGTACTGAACTCTAAGATTACCTTG-----TTCTAATTCACTCTTTTATTTTTCTTCCCAT 
s mm7.chr15     58488786 438 - 103647385 TCTAAAGTTGCCTGCTAATGTA--TAAAACCTATTTGCATAAATTTCTAGTAAGAAAAAAGTGTCTTTTTAAAAGTCATAAGTAGGAAATCTGTCAGGGACCACCATGGACAAATAT-GAATATATATTCCTATATTTTGCACATATGAAAGTGTGACCTCTCTGTCAAATTT----AATTCTCTTGTACGTCTGTGttttttttttttttaattaatCACAAAGTTGTCTTCTTTGAAAGATACTTCAGAAGAAAGGAGCTGAGTGAAACTCTTGACTTTAAGAAGGACACA------GATGACCAGGAA--AGTCAACATGAGAGTGAACAGGACTTCTCAAAA----GGACCTTGTCC-----CACTGTCCGACAAAAGCTCTGGGATATTCTGGAGAAACCTGGATCTTCCACAGCAGCCCGGATCTTTGGAGTAATCTCCATCATTTTTGTGGCAGT 

a score=33716
s danRer3.chr12 23142679 769 + 37038836 ATCCCCCTCTCTCTCTCTTCTCCTCATTTCCCGCAGGATCATCGAGGCAGTTTGCATTGGCTGGTTCACCGCCGAATGCATAGTGCGTTTCATCGTCTCGCGGGACAAATGTGAGTTTGTGCGCCGCCCCCTTAACATTATTGACCTGCTGGCAATCACCCCTTACTACGTGTCTGTGGCAATGACAGCGCTGACTGGAGAAAACCCTCAGCTACAGCGAGCAGGAGTCACCCTGCGCGTGCTGCGAATGATGCGCATCTTTTGGCTGATCAAGCTAGCGCGTCACTTTCTGGGATTGCAGACGCTAGGACTGACGCTGCGCAGGTGCTACCGTGAGATGGTCATGCTGTTGGTGTTCGTCTGCGTGGCCATGGCCATATTCAGCGCTCTTGCACAGCTGCTGGAGCACGGCCTTGACCTGGAGACTAGCAACGAGGACTACGCCAGCATCCCGGCATCCTGCTGGTGGGTTATTATCTCCATGACGACCGTCGGCTATGGAGACATGTATCCCATCACCATTCCGGGACGCGTGCTGGGTGGTGTGTGCGTTGTGAGTGGCATTGTGCTGCTGGCTCTGCCCATTACCTTCATCTACCACAGCTTCGTGCAGTGCTACCACGAACTCAAATTCCGCTCAGCACGCTGTGTGCGAAGTCTCTCCTCTGAGTTTCTCAACTGAC-CGTAGCAGAGTCCGTCCTGAGATCCTCCGAACCCGCTGGTCTTCAGCTGGGCAA--CGTCACCTGCTCTTCTGTGCCTTTATTTTTTT 
s mm7.chr17     11394070 750 - 93276925 ATCAATCCTCCTCTTTGTTCTCTTGA-------CAGGATAATTGAAGCTATCTGCATAGGGTGGTTCACCGCGGAGTGCATCGTGCGGTTCATCGTCTCCAAAAACAAGTGTGAGTTTGTCAAGAGACCCCTGAACATCATTGACTTACTGGCAATCACGCCCTATTACATCTCTGTGCTAATGACAGTGTTTACAGGCGAGAACTCTCAACTCCAGAGGGCTGGGGTCACCTTGAGGGTCCTCCGAATGATGCGGATCTTCTGGGTGATCAAGCTTGCCCGGCACTTCATTGGTCTGCAGACACTGGGCTTGACTCTCAAGCGATGCTACCGAGAGATGGCTATGTTACTTGTCTTCATCTGTGTTGCCATGGCAATCTTTAGTGCACTCTCTCAGCTCCTTGAACATGGGCTGGACCTGGAAACATCCAACAAGGATTTCGCCAGCATCCCCGCTGCCTGCTGGTGGGTGATTATCTCTATGACTACAGTTGGCTATGGAGATATGTATCCTATCACGGTGCCTGGAAGAATTCTTGGAGGAGTTTGTGTTGTCAGTGGGATTGTTCTGTTGGCATTACCCATCACTTTCATCTACCATAGCTTTGTGCAGTGCTACCACGAGCTCAAGTTTAGATCGGCTAGATATAGTAGGAGCCTCTCAGCTGAGTTCCTGAATTAACGTGTTGCA-AACCAGTCCT-------TGTGCACA-------CTTCATCTGGTCGAGTTGACACTAGTTCTTCTTCGCGTGTTTCTCCCT 

a score=-503
s danRer3.chr12 23143448 343 +  37038836 ACTAAGATCTAAAGTGAAAATGGGGGAAAAATCAGCATTTAGA----------------ATTTCCGTGCGAACCTTTTCAATCCAAATAATAACATAAGTACCTCTATACTCAAGGACACATTGTTGAATCTGGAACAATTTGAGACAAAAGGCCCCGATATACAAAGGGAGTGACTATCT-------TTTTCATCTTCTGCATGAAATCTaaatttactatgtctattt------tgctggtgcacatatttagtcttaaggtgaacagttaattcacaca---aactaatccacttaaaagtttgttttggtaatcttaaaacacaattttacACTTTttattattattattattattatCACATATGCTAAA 
s mm7.chr15     58493393 352 - 103647385 GGAGATGCTTCGATTAAAGGGCAGGGAGAGAGCAAGTACTAGAAGCAGTGGTGGAGATGATTTCTGGTTTTAAGTTTACCTTCAACTTATTTACAAA---ACCTCTGTATATTTAGCTGGATTGATGAAGC--------CTTGCTGCTATGGATATCTGTATATTGATG--ATGACTTTCTTGAGCACTTCTCATCTTCTTTCTGGTGTATTGATATCCTA-GAATATTTAACATCTCCTATAGCAACTACTGATTATTTTGACACACATCT--TTAACATAGCCAATTAATACAACCAAAA--TCAATTGGGAAA---GGAAACACATATTTGAATTTTCAAATATCA--ATTAATATAATTTCATACATCAAA 

a score=1678
s danRer3.chr12 23144060 106 + 37038836 TTGCCTAATAATCTCAAAAGATTTAACATAAGCAACAGATTCTTATCTATATCTTTTTTTTGTCT-------ACTTAAAAAATAGCACCTCTTTTCTTTGTATTAATTCTTTG 
s mm7.chr17     11396347 112 - 93276925 TTTCCTAGTACCTTCACTGGTATAGTTTTACACACTAGATTGTTATTTATATATACTTTTTGTTTCATTTTAACTGAACATATGGC-CTGGTGTTATTTATTTTTAAGCTTTG 

a score=284
s danRer3.chr12  23144776 407 +  37038836 actggaataaatgattcaattaaattataaactacttttgaacagttattttatagtgcaataacgtt----ttacaatttgcactgtatttttga--ttaaatacatg------cagccttggagaaaaagagaa------gattatttact-gacattaaaaaattctact---gaccccaaacttttgac-ccgtagtgtATGTTGGAACAAGAATAGCGCGTATATGAACATGTAAATATGTACTAAATGCTTTGCTCTTGATAGCTAAATTAAAAAAAGAAAATACATTCTAAAATGTTTGTACAATCTAAGCAATTTGGCACCCACTTCAGGTCATGTTTCTTTCATTTACATAACATGTCATTTTAACATCAAGCAGCTTTACAGTATTAAATGTAAAAAGAGTGTCAAGTCTCTTTCAGTTT 
s mm7.chr2      107153416 392 + 182548267 ACTGAAAAAAATCTTTC--TTAAGCTTTGGGTTGGATTTT----GTGTCTTAAACCTGCAATGACATTAGGATTACCCTCTGAGGAGGTCTGTGGGGTCTAGACACATGGCATGTCAGTCTTAGGAAAAAAAATAAAAGCTTGGTTTTTTATGAGACATTTAAAATGTTTATTTTTGTGCACATCCTTTCCATTCCATAAAAGATGTATATGGAAGGAAAG---------GAAC-TGTGGATCTACCTAGAATTTTCTAGAATTAGT--CTTACCTAAAA------------CTATTATCCGTCTGTGCTGTTTCTTCTGTCTGTGGCTT-------GACATATCTCCTCAATTGTCTCAGC-TTTAATTATAGCATTAAAAAGCTTTATATTATTGTTTCTGGAACATGTCCCAAACCTCTCATAGTCT 

a score=1409
s danRer3.chr12  23150237 174 +  37038836 GGGGATACATAAAA----CATTAATT-TGTTCTAATGTTGTGTGACCTGAATACAAATTA----TACATATTCATTGTACAGCTAGTTACACAAATGTTACAAAGTATAAAAAAACAACCAATACATGAAAGAAAAACAAATATTTAAGTAA---------------------ACAAAATAAAAAGAATGAAACATAAATATCT 
s mm7.chr3      106926999 190 + 159849039 GGATATACATGCAAGTTACATAAGTGATGCTTTGTTATTGTTT---CTGCACACAAGCTCAGCTTATATACACAGTGCAC-----------CAAACTATGCTAGGTACACCAAAACAAAAAACAAAAACAAAAAAAATAAATAAACAAACAGTACCCATGCCCATGAATCCACACAAAATGTAGGCATTGAATCATCATTGACT 

a score=815
s danRer3.chr12 23150533 199 +  37038836 TTTCTTATTTAACGAAAGATTTATAAAGTG--ATAAGTCAGTA---CAAAATGTTCTAAAATTAGGCAAAGACTCAATAACTCTACATTTGTGAAGA----TGGAAACA------CATTGTCTACTTCCTTACATTCTGACTCCCAAATCA-AAAACTATAGATTAATTGTAATA----AAATCAAAAAGGTTTTCGAGAAAACAAGCCAAAATATTTC 
s mm7.chr1      15899279 219 + 194923535 TTTCTTATCAAAATAGCTAATAATAATCTGTCACAAGTAACTAAAGCAAAATTTAATACTAGTAAGAAAGGACTAAAAATTTTTACATTTATGAATAAATTTTAAAACAGCATTTTAGTGCTTTTCTTCCTGCAGTCTCTTGGCAACATTACAAGAATATATACCTCACTCAACCCTCTAAATTCTTAACATTTAGAAGTCAACATTCAAAAGTCTCTT 

a score=-218
s danRer3.chr12 23150759 493 +  37038836 TTCTAAAAATAAATG--TGCTATTGTTTTCAGATTGGA------TTACAGAATGTGCA-TTGTAAAGAATTGTTTATATTAAATTTAGATAGTAAAAAATTACAGGAGTAATAAATATGAAGAATTTAAAAATAAAGTTCTTACATCTTATTAG---------GTACTAAAAACATATTGA------TACCAGGCCA-----AATTTAAATGGTGG--ACAAAAACGG----GTAATTTAATTTCCA--------------CTTATAAAATGCTTTAGGGTAGAAGCTTAACTTATTGACAAAAAATGTATGATTAAAATTATGATGAAAAATGTATCTATTAATCTTCTAATGTATCAATGATTACATTTAATTTC----------AGTAATTTCCAC------ACCTCCAA------TGGCT---AATT----TAGGCATTTCACATTTTAAGTC--TGTAAAGCATAGGTTCTAGTCAAATATAATAGTTTTAGA-GAAATAGATTTTATAACCCAATCATACTCTGGGTGAAATATCCCTTTTGTAAATTGCAGAAAACTCAAAGTAAAA 
s mm7.chr1      15900405 544 + 194923535 TTTTAAATGTAAGTAATTGGTATTCTTATTTGGTGTGTATACCTTTATAAATGTTGTACTTATAAAAATATACATGTATAAAATTTAGATACTTAGAGGATACGTGAAGAATAAA-ATCAGAAGTT---------AGTTCTTACCACCAAACAGTTCTAGATTGTTCTGTTGACATATAACAAAGCTTTCCTGAGCACCTATAGTTTGCTTGAAGGTAACACATACAGTCACTTAGTCCAGCTTACAGCCTAGCAAACATTTTTTTAAAATGATTATGTTCCCATGTGAAATCCATTTTCACAGA--GTAGGCTAGAAATAGCGTGACAAGATGTCTATGTCTGTTGTCTAAGATCTCCAAAGTTCTTTTCCATTTCCTTAGATGCAAGGAAATTCCACCACATAATTTCTAAACATTCTAGCTTAAAATTACAATAAATATTGGACATTTAGTGACAGTGTGAAG-ATATTTTCAACTTCAAAATGAGAAAGATGAATGAAAAATATATTATAGCC-----------------AAAAATCATGTCTATTCATTAAAAATGACTTAAAAACAAA 

a score=3236
s danRer3.chr12 23151766 77 +  37038836 CGAAATGTATTACAAATTTAGTGGTTTTACACAAAGACTGACGGGAGCCGCGTCATCCACCGCCTACAGCCCTCAGG 
s mm7.chr12     95338590 77 - 117814103 CAACATGTACTACAAGTTTAGCAGTTTCACGCAGAAGTTGGCTGGAGCTTGGGCTTCGGAAGCCTACACCCCGCAGG 

a score=6382
s danRer3.chr12 23155379 153 +  37038836 TTCTTCCAGGCCTCAGATAATATTCCTGTCCATCTAAAGCGAGGTGTTCCAGACAGACTTTTGTACAGGTCCACCATGGCACTGACAGTCGGAGGAGTACTTTACTGTCTCGTGGCTCTTTATTTAGCAGCACAGCCCAAAAAGAAGTGAACT 
s mm7.chr12     95338786 153 - 117814103 TTTTTCCAGAAGGCTGATGGTGTGCCCATCCACCTGAAACGAGGCCTTCCAGACCAAATGCTTTACCGGACCACCATGGCTCTGACACTGGGAGGGACCATCTACTGCCTGATCGCTCTCTACATGGCCTCGCAGCCCAGAAACAAATGAGCT 

a score=8189
s danRer3.chr12 23201771 259 + 37038836 GAGCGCTGCACTGCTGCTGCTGCCGCTGGTGACGCCTGGAGGGAGCTTTAATAAAGCGGGATATACCTGTGTCTAGCAGCTGAAGATGCTGAATTCAAGTGTTTTATTCTC-----------------GTCATGGCAAACGGAACCGGCAGCATCATGTTGAAATGCGTGGTCGTCGGTGACGGCGCCGTTGGAAAAACTTGTCTGTTGATGAGCTATGCCAACGACGCCTTTCCAGAGGAATATGTGCCCACCGTCTTTGATCACTATGCAGGTA 
s mm7.chr17     85265926 266 + 93276925 GAGGGCGGCCCTGCTGCGCCGAGCGGCGGCGACGGC-----GGACCCCCCA---AGCgggctggggctgagcccggggcc--agggcgggggctCCGGGGGGACCATGCCCCGAGGCCGGCCGGCCGCAGCATGGCTCACGGGCCCGGCGCGCTGATGCTGAAGTGCGTGGTGGTCGGCGACGGGGCGGTGGGCAAGACGTGCCTGCTCATGAGCTATGCCAACGACGCCTTCCCCGAGGAGTACGTGCCCACTGTCTTCGACCACTACGCAGGTA 

a score=3751
s danRer3.chr12 23202558 84 + 37038836 ACTTATGGTTTTGTTTTCAGTGAGTGTGACGGTCGGGGGGAAACAGTACCTGCTGGGGCTCTATGACACTGCGGGTCAGGTAGG 
s mm7.chr17     85266725 80 + 93276925 ACTTCTGTCCTTG----CAGTCAGCGTCACCGTGGGGGGCAAGCAGTACCTCTTGGGACTCTATGACACAGCTGGACAGGTGAG 

a score=9876
s danRer3.chr12 23228416 295 + 37038836 CACTGCAAAACAGAAACCTTCAACGTATTTCTGACAGCACTTGGCTGCATTCCTGAT-TCGGTTTTGACCTTATGAACAGTAAAAAGGGCTCTGTACTTGTTTTAACCCAGTGTCCTCTGCTCTGACAGGAGGACTATGATCGCCTGCGACCCCTGTCCTATCCTATGACGGATGTCTTCCTCATTTGCTTCTCCGTGGTCAATCCGGCCAGCTTCCAGAATGTAAGAGAGGAATGGGTCCCTGAGCTGCAGGAATATGCACCAAACATCCCTTACCTGCTCATTGGCACTCAGGT 
s mm7.chr17     85296876 291 + 93276925 CACAGAGAGACAGATACATTCCTGGTTGTTCTTTTGACCCTGTAATCTAACATAGTTATCGCTATTAATCTGTGGACCGGTAAGTATAAATAATGACTTTCCCTCCCCC-----CCCCCCCCCCCACAGGAAGACTATGATCGTCTGAGGCCTTTATCTTACCCCATGACTGACGTCTTCCTCATATGCTTCTCCGTGGTAAATCCAGCCTCGTTTCAAAATGTAAAGGAAGAGTGGGTACCAGAGCTAAAGGAATATGCGCCAAACGTCCCCTTCTTGTTAATAGGAACTCAGGT 

a score=5447
s danRer3.chr12 23238259 186 + 37038836 TGTGTTTTTGTGGTTAACTTCTCATGTTGAGCT----------------GGCTTAAGTGGGACTTTATCTCTCTGTCTCTCTT------TTTGTTTTGGGGT------------------TTAGATTGACCTGCGGGATGACCCCAAGACTATCGCCAAGCTCAACGACGTGAAGGAGAAGCCCATTGTGACGGAACAAGGCCAAAAGCTAGCAAAGGAGGTGAGG 
s mm7.chr17     85297321 226 + 93276925 TGTATTTGTATCTTTAAAATCTTATTTTGTGTATTTTTTTAATATGTGAAGACTAAATGGGACTATATGCATTGGTTTCTTTTAAAATACATATTATAGGACATTATTGATCTTTCTTAATTAGATTGATCTCCGAGATGACCCCAAAACTTTAGCAAGACTGAATGACATGAAAGAAAAACCTGTCTGTGTGGAACAAGGACAGAAACTAGCAAAAGAGGTAATG 

a score=9553
s danRer3.chr12 23242224 212 + 37038836 TAACATACAGTTA-----TTGTAAAGTAGATGTCTGAAAATGT---TTTCTCTGTCTTTTCCAGATTGGTGCCTGCTGCTATGTTGAATGCTCAGCACTAACACAGAAGGGCCTGAAGACTGTGTTTGATGAGGCCATTATAGCCATTCTGGCTCCTAAGAAAGGCGCACTGAAGCGAAGACTAGGCCCGCGCTGCATTAACTGCTGCCTCATCACATGA 
s mm7.chr17     85299282 220 + 93276925 TAACGTGTTGTTACTGAGTTGTATAAAACCTTGATGTAACTGTGGCTTTTTCCCTCCTTCCCAGATAGGTGCATGCTGCTATGTGGAGTGTTCAGCTTTAACCCAGAAGGGTTTGAAGACTGTGTTTGATGAGGCTATCATAGCCATTTTAACTCCAAAGAAACACACAGTAAAAAAAAGAATAGGATCAAGATGTATAAACTGTTGTTTGATTACGTGA 

a score=5359
s danRer3.chr12 23243074 241 + 37038836 CTGTACTTCTTTTACTCACTTAAGCTTGTATGTGAGTTGTTTGCGATGCCAATGGATCCAGACGGGGGCGGCGAGGAGGCCGGTCAGAAATCCAATGGTTGCCCCAAGGGTACAAGAAATGGGCCAAACCTGGACAAAAACAAAGAGAACTGTTTGCAGGAGCACAAGCAACTGACTGCAAATTCTAC---AGCATCACTGTGGTGTTTTACCAACC---AAATTTTGTATCCAAGACTGCTTTCTT 
s mm7.chr17     85299880 233 + 93276925 CTCTCCTTTCTCCTCTTAATTGTTCTTGTATGTAAGCTGCTTTCTATTCCAGTAGATCCAGAGTGGCGAGATAACCAGGCCAGCCACGTAGCCAAAGGTCGCTCCGAGTGTACAGGAGATGGGCCACACCTGAGGAA--------AGAATTG------AGATCTAAACCAACCGATGCTTTATTATACTTGAGCACAAATGAAGTGTAACACAAACCTTTCTATAGTGAAGCTTAGTGTGCTTTCTT 

a score=5465
s danRer3.chr12 23250267 233 + 37038836 TTGTAACAGAATTGTGACACTGACCTGCCAGGGTCTGTCCCAGTCAAGAGGAATAGGGAAAGCTCCTAGCCAGGCCCCAATAACACTACAGCCGGTGGTGATCTGAAGAGAGGTGTCCCACACTGACATCGCCCTAATAATCATAATAATACACAACACTGACAAATGA------AAACAAATAAAAGCACATGCAATGCTCTTGAATGGAAAAAGACTAAGCAAAAA-----CATTTATATAA 
s mm7.chr17     85311221 240 + 93276925 TTGTTAAAGTCTT-TGAAACCAACCTGCCACGGTCTTTCCCAATCCAGTGGAATAGGAAATGCTCCAAGCCACGCTCCTGTGAAACTAGAAATTGTAGTGATCTGAAGACTATTCTCCCAAATAGATGTAACTCTGCAAGACACAAC-ACATACGTCATTGGCAGATTATGTCGTTAAGAGCTAGAAAC-CACACAA-GCACTTGAACAAATTGATGCTACACATATAATTTTCATTCATTTAA 

a score=2043
s danRer3.chr12 23256902 31 + 37038836 CATTTCAAGATGGTTTGCGAAAAGTGTAAGT 
s mm7.chr17     85328092 31 + 93276925 CATGTAAGGATGGTGTGTGAAAAGTGTAAGT 

a score=3683
s danRer3.chr12 23257000 260 + 37038836 TCGTTA---ACTTATAGCATTGTAATTTCGTATGTAATTTAGTAAGGTTAGCTTAGAGTCGCTAGCAAAGATAACAGTAACCAGCGGCTTTTGTTGTTT-ATCCCGGCTATGAAAATAATGCTTAATGAGTGACATAAGGTTAGAAAGAAATATGCGGACTTTATGTGTTATGTATGTTTTGTTTGCGCAGGCGAGAAGAAACTGGGGCGAGTCATCACGCCTGATACATGGAAAGATGGAGCTAGAAACACAACAGGTAATTT 
s mm7.chr17     85329993 220 + 93276925 TCGTTATGTACTTTAGGCGATACaatat-atttatcattttaaattattattGTAAAGT---TAGCAAAGA-----------AATGGGTTTTGTTATTTTATTTCCAC-----ACAGTTTGCTTATTAGATGACA-------------------GCTGTTCTCTTTTGCTGT-----CTTGGCGACCACAGGTGAAAAGAAACTCGGCAGAGTTATCACTCCAGACACATGGAAAGATGGTGCCCGGAACACCACAGGTACTGT 

a score=3407
s danRer3.chr12 23257276 208 + 37038836 AAGATAAAAATAAAATGTTATGTTTT-TGTTCCATGTATACATTTGTGTTCATGTCAAGGCTGA-ATATTAATTTTTAAAAACTGTTATATTACAGAGAGTGGTGGTCGCAAGCTGAATGAAAACAAAATGCTGACATCTAAAAAAGCAAGGTGGGTG--------TTGCTTATTGGCTACTGTTAGATAATAGTCTGATAAAGCAGTTAAATGTTGA 
s mm7.chr17     85333361 209 + 93276925 AAGAGTGAACTTGGGTGTTACATGTTATGTTAAATGCACAAAAGTAAATT--------GGCTGATATGTATGTACTTTTTCCTTTTTAATATATAGAGAGTGGTGGGAGGAAGCTGAACGAAAATAAAGCTTTGACTTCGAAAAAAGCAAGGTGAGTGAGAGTATCTTATCTACTTGTTAAT-TTACCTACAAATCAAAGGCACCAAGGAAATgtgga 

a score=5742
s danRer3.chr12 23257534 349 + 37038836 TTTTTCACTC---AGGTTTGATCCGTATGGGAAATCAGGATTTGCCACTTGCAGAATATGCAAAAGCTCAGTCCATCAGTCCGGTTCACACTACTGCCAGGGATGTGCTTACAAAAAAGGTATGATGAATAGTGAGTCGATGCTTCAGTTTTCTTCTGTAATTTAAAGCTTGTGTAATTCGGTTAGGTCACTTGGTTCTAACCAAAAAAAAAAGGAAGAA-----AATAATATATTTA------ACTCAGGTTCACCAAACCTAAATATGCACGCAAAAGAAACTACTTATCATAAAACAATTGTTACAACTTACT--------------GCGCATAAACACACTTGTTG-----TATGTGTGTATCAGTTTAGAACTCATG 
s mm7.chr17     85336682 357 + 93276925 TTTTTAATTCTCTAGGTTTGATCCATATGGAAAAAATAAGTTCTCCACTTGCAGAATTTGTAAAAGTTCTGTACACCAGCCAGGTTCTCATTACTGTCAAGGCTGCGCCTACAAAAAAGGTA----------TGCGTTTTTAACTTAATTTTTTTACTTATATCAAATC-TGTCTCATTTGCT---ATTGCTT---------TAAATAACAAAGGAATAACCTTTCATAAATTGTTAGTCAAATGCTCCTTTTTACTAAGataaaata-gaatttaaaataaatttataGTCAAAAGGATATTCCTTTTTCTTTCTTATGATGTTTTGACGTTCTTAAAGACTCTGACTGTCCTTTATCTGTGTGTCTGTCT-GAGTGCATG 

a score=4305
s danRer3.chr12 23259319 134 + 37038836 TTCTGCTTTTTCAGGAATTTGTGCCATGTGTGGGAAGAAGGTTATTGACACCAAGAACTACAAACAGACCTCAGTTTGAATGGTGATACGTTGGAGATGTTTGTGAATGACTGCGTTGACTCTTCCTGTGTTGA 
s mm7.chr17     85337405 128 + 93276925 TTCTTGTGTTTCAGGCATCTGTGCGATGTGTGGCAAAAAGGTTTTGGATACCAAAAACTACAAGCAGACTTCCGTGTA------GATATATTGATGAAGATCCTGACTCTCTAGGATTGTACTTTGTGCTTCAA 

a score=7529
s danRer3.chr12 23262815 138 +  37038836 GCTTTTGGCCAGGGCCAGGAACTCCTCTCGGGCCTTTGGATCCTCTCTGAACACACCCAGCATCGCACTGGTCACGGTACGGCTGTTCATCTTCTGCACTCCACGCATGACCATGCACATGTGACTACA--AAAACAAAC 
s mm7.chr14     42476909 140 + 119226840 GCTCCTGATTAGTGTGAGGAACTCCTCCCGAGTCTTGGGGTCTTCCCGGAACACGCCCAGCATGGTGCTAGTGACAGTCTTGCTGTTCATTTTCTGCACGCCTCGCATTACCATGCACATGTGTCTATAAGAAAACAAGC 

a score=6129
s danRer3.chr12 23263299 127 +  37038836 TTTAGACTTACGCTGCTTCAATGACAACTGCCACACCAACAGGCTGCAGGGCTTCAGAGATTGCCATCGCTATTTGCTTTGTTAGACGCTCTTGAACTG---------CAAAAAAGCAAAAGTGAGAGTAAAACAC 
s mm7.chr14     42478506 136 + 119226840 TTTGGACTTACGTCGCTTCAATCACTACTCCAACGCCAGCAGGCTGCAAGGCTTCTGTGATGGCCACCGCAATCTGTTTGGTGAGGCGCTCTTGAACTGAGGGTGTGACAAAGAGGTAGGTTTAAAGGCCAGACAC 

a score=2610
s danRer3.chr12 23265521 103 +  37038836 CATTCATTTAAAATGTAAATCATGATATGTACGTAATAAAAATATAAGATAGTTACCTTGAAGTCTGCGACTGTAGATTTCAACAATCCTACAGAGGAACAAA 
s mm7.chr14     42479915 103 + 119226840 CATTTACTACATTTGTAATAGGGGAAATGTTTTCTGTTGATAAAGCTTATACCTACCTTGTAGTCGTCTACTGTAGATTTCTACAATCCTAGAAAAGAAGAAA 

a score=3903
s danRer3.chr12 23266147 120 +  37038836 ATACTCACCTTGCAAGCTTACTGAGGCCAACAACCTTTTTGCTTGGCAGATATCCTATGTGAACCTACAAGTGAATTGGGAGACAATATTTATTTAGTTTATTTATCAGCTTACTGAAAA 
s mm7.chr14     42487576 102 + 119226840 ATACTTACCTGGCAAGTTTACTGAGACCAAGGACTTGCTTGTTAGGAAGATAGCCAATATGGACCTTCAGG-GAAGAGAGAGAGA-----------------TTACCAGCTAAATGAAGA 

a score=6139
s danRer3.chr12 23266956 254 +  37038836 ACATACCTTGCCAAAGAATGGTACTAGATGATGTTCACAAAGTGAAAACATGTCAATGTCTTTCACAATGACTAGCTCTTCATGGTCTTCATCAAATATGGCATCGTTAAGGATATCTG-----AGGAAAAAAC-----------ATTGATGAAAGTTAGTTGCTTTTTATGGTGTCACATGTAATGTTCATTGTTGAGGGCAATTATTCATTTTGCAGATACT-----TTTTCCATAGTTGTTTACAAA---TTAGGACAATAGAAGCACTTTAAAT 
s mm7.chr14     42490315 269 + 119226840 ACTTACCCTTCCTACAAATGGAACAAGGTGATGCTCACACATGGAGAACATATCTATGTCCTTCACAATCACCATCTCGTCATGATCTTCATCAAATATAGCATCATTCAGGACATCTGGAACCGGGAAAACACAAAATTGGTTAAATACTGAAGGATAGtaaatatttttaaaataaaaatGGAAATTAGTT---------AACTTTCCCTTCTAAGCAAGCTGTCTCTCTTCCTTAATTGATCGAAAACATTCAGGAGAAATGCAGACTTCCAAAT 

a score=5772
s danRer3.chr12 23268240 178 +  37038836 GCGCTTACCGTAGATGGTCTCGTGGTATCCCTTAGTCAGAAACTGCATGGCTTTGGCAGCACGGAGAGGGGTTTTGAGGAGACCCTGTCGGTCGGTGTTTTCCCCCAGTCCACGCAGTATAGTGGTGTATGCCGCCTCCAGAGCAGGTAACCGCGACTCATCCTCCTCCTCTTTCCGG 
s mm7.chr14     42510053 178 + 119226840 GCACGGACCTGAGATGGTCTCCTGGTATCCCTTGGTGAAGTACTGCATGGCGGTGGCCGCCCTCCAGGGCGTCTTGAGCAGCCCCTGCCGCTGGGGGTCCTCGCCCAGCGAGAGCAGAATGGACGAGTAAGCGGCCGCCAGTTTGGGGAGGTTCACCTGGTTTTCCTCCTCGCTGCGG 

a score=44526
s danRer3.chr12 23311153 1633 + 37038836 TAACTAAATTCTGTTTTCTTTTTTCTAGTTCCA-GGTGCCCCCACCTCATGGAGAAGGTTGGCAAGGTGTGGAGCAACCTGAAGAGAGGGTGTCAGTCTCTGCTTCACACAGATGGGGGTTCTCGTGTTGAAACATCACCACAGCATCAACCACAAACAGACA-CGGTATGCCACAGTGT---GGACGAAGCCCAGGGCGACATCACCCTAG-ATGCCAACAGTCCCTCTAGC---AGTGTAGCAGCACTTCCTCTAGTGGCATGGAGGACCAGTGGGAGTGTGACACGGCGGGGCCATAACTGTGTAGCAGATGTACCCCAGATACTGGAGATCACTGTCGAGCAGGATGCTGATGATGCTCGTGCTCCACTGGGA---------GCCCGCAGAGACTCTTATTCACGTCATGCACCTTGGAGCGGAAAAAAGAGACACTCGTGTTCTACTAAGGCTCAGAGTTCTCTAGAAACCACCGATCGACGATCAGGCCGGTCTCGACGCAGACAT--GGGACTAGTAACAGCCCTGAGGAGTTGG---------AGTCAGGGACAACA-----------------------CGTTCAATTCGCCAGCAAATCCATGATACGGTGGGACTATGCCTCCCACTACGCTCATCTTCTCGAAATACTCACCTACCACCACCC---------AAACGCAAGATACAAATA-CGGAGCTGATGCTGGAGACATGTCCATTTGCACCAGGATCAGACCTTGCCAGAAAATGGCACCTTATTAAACAACACACTGCACCTATCAACGTGATTCCATTGGATTCATCCCCGGATGCATGTGGTGCTACCTGTGCATCCCCGGAAGATGAAGAGGAGCGTTTGCGAGAAAGAAGGCGACTTAGCATTGAGGAGGGCGTGGACCCACCTCCAGATGCTCAGATCCACACAGTGGAGGCCATCACAGCCCCTTTAGCTTCTCTTTATAAGCTAGGACCGAAGCTTGCCCCTGGAATGGGTGAGGCCGTAGGCGATAGCCGAGGTGCAGCAGCAGCTAACTGTGACTCTGAGGACGATGAAACCACCACACTTTGCTTGCAAGCTCGCAAGCCCAAGCAGTGGCAAGCTTCAGGAGAGGGCCATCCAAGCAGCAAGCAACCGGGTCCTTGGAAAGTGCACACCCAGATCGACTATATCCATTGCTTGGTTCCAGATCTGCTGCAGATCACAGCCCTTCCCTGTTACTGGGGTGTGATGGACCGTTACGAGGCTGAAGCACTGCTAGATGGTCGACCAGAGGGAACTTTTTTGCTGCGTGACTCTGCTCAGGAAGACTACCTATTTTCTGTTAGCTTCCGTCGATATGGTCGTTCACTGCATGCACGCATTGAGCAGTGGAATCACAACTTCAGCTTTGATGCACACGACCCCTGCGTGTTCCATGCAGCCACTGTCACCGCACTCTTGGAGCACTACAAGGACCCTAGCGCTTGCATGTTCTTTGAGCCATTGCTCACTGTGCCTCTGCACCGGACCTTCCCATTTGGTCTGCAAAGCCTGGCTCGAGCCGCAATTTGCCATGGGATCACCTACGATGGCATCGGGGCACTACCACTGCCCCCTGCTTTGCAGGACTACCTCAGGGAGTATCACTATAAGCAGAGGGTGCGTGTACGCTGGCTTGAGCGGGAGCCGGTCAAGGCCAAGTGA 
s mm7.chr17     85436027 1659 + 93276925 TAGTTAAATTTTTTTCTGTTTTTTTTTTTTCTTTAGCTCTTCTAATCAATGGATAAAGTGGGGAAAATGTGGAACAACTTAAAATACAGATGCCAGAATCTCTTCAGCCACGAGGGAGGAAGCCGTAATGAGA----ACGTGGAGATGAACCCCAA-CAGATGTCCGTCTGTCAAAGAGAAAAGCATCAGTCTGGGAGAGGCAGCTCCCCAGCAAGAGAGCAGTCCCTTAAGAGAAAATGTTGCCTTACAGC------TGGGACTGAGCCCTTCCAAGACCTTTTCCAGGCGGAACCAAAACTGTGCCGCAGAGATCCCTCAAGTGGTTGAAATCAGCATCGAGAAAGACA---GTGACTCGGGTGCCACCCCAGGAACGAGGCTTGCACGGAGAGACTCCTACTCGCGGCACGCCCCGTGGGGAGGAAAGAAGAAACATTCCTGTTCCACAAAGACCCAGAGTTCATTGGA---TACCGAGAAAAAGTTTGGTAGAACTCGAAGCGGCCTTCAGAGGCGAG-AGCGGCGCTATGGAGTCAGCTCCATGCAGGACATGGACAGCGTTTCTAGCCGCGCGGTCGGGAGCCGCTCCCTGAGGCAGAGGCTCCAGGACACGGTGGGTTTGTGTTTTCCCATGAGAAC------TTACAGCAAGCAGTCAAAGCCACTCTTTTCCAATAAAAGAAAAATACATCTTTCTGAATTAATGCTGGAGAAATGCCCTTTTCCTGCTGGCTCGGATTTAGCACAAAAGTGGCATTTGATTAAACAGCATACCGCCCCT------GTGAGCCCACACTCAACATTTTTTGATACATTTGATCCATCACTGGTGTCTACAGAAGATGAAGAAGATAGGCTTCGCGAGAGAAGACGGCTTAGTATCGAAGAAGGGGTGGATCCCCCTCCCAACGCACAAATACACACCTTTGAAGCTACTGCA---CAGGTCAACCCATTGTATAAGCTGGGACCAAAGTTAGCTCCTGGGATGACAGAGATAAGTGGAGATGGTTCTGCAATTCCACAAACGAATTGTGACTCAGAAGAGGATTCAACCACC---CTATGTCTGCAGTCACGGAGGCAGAAGCAGCGCCAGGTGTCCGGGGACAGCCACGCGCACGTTAGCAGACAGGGAGCTTGGAAAGTTCATACGCAGATCGATTACATACACTGCCTCGTGCCAGATTTGCTTCAGATCACAGGGAATCCCTGTTACTGGGGCGTGATGGACCGATACGAGGCCGAAGCCCTTCTAGAAGGGAAACCGGAAGGCACGTTCTTGCTCAGGGACTCTGCACAGGAGGACTACCTCTTCTCTGTGAGCTTCCGCCGCTACAACAGGTCTCTGCACGCCCGGATCGAGCAGTGGAACCACAACTTCAGCTTCGATGCCCATGACCCCTGCGTGTTTCACTCCTCCACTGTCACGGGGCTTCTCGAACACTATAAAGACCCCAGCTCTTGCATGTTTTTTGAACCGTTGCTAACGATATCACTGAATAGAACTTTCCCTTTCAGCCTGCAGTATATCTGCCGCGCAGTGATCTGCAGATGCACTACGTATGATGGGATTGACGGGCTCCCGCTACCGTCGATGTTACAGGATTTTTTAAAAGAGTATCATTATAAACAAAAAGTTAGGGTTCGCTGGTTAGAACGAGAACCAGTCAAAGCAAAGTAA 

a score=-393
s danRer3.chr12 23312786 171 +  37038836 GGAAGGCCAGATACTGTACTTCTCATCTCTGCATCAAGAGTAATTCATTCACCACTTTGCAGAGGTGAAAGAATTACACACTTTTTGGGAAGGGGTCAGATGTTTGGGGTTGGAAGAAAGGAGGGACCTAAAACTGAACACTAAGTTTCTATC--------ATTATTTTTTTTTGTTAT 
s mm7.chr14     42618478 138 + 119226840 GAATGTCGACCTGC-ATACATATTTTCATTTAATATTTTATTTTTCTTATGCCTCTTTG--------------------AATTTTTGTACAAAGGC-----------AGTTGAATCAAA---------TAAAACTGTGCCCTAAGTTTTAATTCCAGATCAATTTATTTTTTTTATGAT 

a score=-14
s danRer3.chr12  23404789 388 +  37038836 ATGGTGTAAAAGTGTCTTTACCCAGGGTTAAAAGCAGTGTTTAGAATGACTCTAACCTGGGGTTAGGCATAGTGTGGAAAGCCCTAAGTACTTGTGCATGTCTGGATACGGCTTTTTAAAATTGTGTTTTTGTAG----TTTGTATAAAAATATCGGCCTGTTTTAAAATTCTGAAAAATAATGCTGTAATA-GTGTAACTGTCCTAAAT-GTGTTGTTATTTGTTGTAAAATTGAGAGCTGTAGTCACAGATCTTTGG---AATTGTAAAATATACAGTTGAAATGATAAGAAATAAAATGGATTTTAGAATTCCCTTTGTGAAAATCA--AATGTAAATT--ATTAGCATTATTATTATTTTACCAGCCACAATTT--ACAAGAAATATGAGCAATTCTGA 
s mm7.chr6      133152406 352 + 149646834 ATGGTTTAAAAGTGACTAAATCATGAGTTAAAAAAAATGTTTTAAGT---------------------------TAGAAAAC---AAATCCAATTATATGGAAGAACATTTATGTTTATAACTACATTAAAGAGGAAACTCTCTATAAAGA-------------AAACATTGAGAAATATAATCATATACTATATGTAAATACCTGAAAGAGTATTTACATTTATAAAAGTCTGAATAACTATAGTTTATAATCCTATGTTCAACTACCTGTTACACTTTTTTAAAAACA--AAATCAAATGG-TTGAACTATATGTGTTGGGGAAGTTGTTATTGTATATCTACATAGAATGCATATTATTATAAAAT-----GTTTGGACAGGTAACATGGTCAATGTTGA 

a score=-370
s danRer3.chr12 23411023 192 +  37038836 TTGAAGCAGAGCGATGGTCAAACTAACACACATCCAAACAGAAATTGCACAGGTTTTCCATTATAAAGTTGTATGTAAGCTCAATATTAGACAAAACATCTTGACTAAT-----CAAATCAGTG----TCTAATTAAAAGTAAATACAC-TGAAATAATCAAGGTAAATGGATCCAATCAGAGTAACAGTTGTAGATGTCTA 
s mm7.chr4      91173749 194 + 155175443 TTTAACTATAGCAATAGTAACCCTAAC-CAAGTCATCAAGGAAATCAC-CATTCTAGCCACTCT-----TCTATTTTGGCTTAGTGTAGGAATAAGCAT-GTGTCTAGTTTCCACCAAGCAGCAGAGATCTCATCCTGAATTAACATACATTGTCTAAGCAACTTTCCTGCTTTCCTTTCTACAATCACTTCTAGCTTTCTA 

a score=10500
s danRer3.chr12 23411253 767 + 37038836 AGCAGTTATTGGGTAAATTGTTAATTTT---ATTGGAAAACAAATATACAACTTGGAATGGATTCTGAGGCATGGCTGTGCCTTAAGCAGTTACAAAAGAAAAGTGACTAA-------TTAAAAAGCATAGTAAGAACAGAACAAA----------TACAAAAAGATTAGAGTGAATGAATA---------TATCTGGCGATAA-ACCCGTTAGTTGAATGATGTTGCAATAGTGCAA-TGCTGAGGACGTTTCCCATTTCTTTTTCAACTCAGTCCATTGTCCATGCAGAGTTGCACCTCCACATAAAACCAAAAGAGTGGAAAAAAGAATCATGCCAAAACTGTTGAAATGACGCCACACTGTCAGTCAGCTGGACCCTTGATG--------TCATCGATCGTCAGGTGGGCAGGCAGACAGAGCAACAGAAGGGGAAGAAGATGTCTGTGCGTAGTCAGTATCTATCTGTGCCTAAATGTTATCACCTGGTCCCAGAATTGCTCCTTCGAATAGACCGTTTA----CAATGGTTAAGAGTTGGGGGAAGGCA----TGAGCACTCAAATCTTA--TAGTATACATGCAGATCCTTTGGACAGCAGGAGAGGATGAGGGGGGAAATTAAAATGAAACATTTTACAGA--AATTAAAAACAA-GAAAAGGCAAATTA----TTTTATACAAGAAATT---------CTGTACAAGGCTTTCACTTTGCTGTCATCATCTGTACAAATTCTGTGGGTAAAGAGAAACAGGATATTAAATAAACACCACTTTGAGTCTTAAACCGACACATGCTATGTGA------ATTGCAGCACTGC 
s mm7.chr17     85735845 730 + 93276925 AGCAACAATTGGGTAAATTGTAATTTTTTTTATTGGAAAACAAATATACAACTTGGAATGGATT-TGAGGCA-AGTTGTGCCATGAGCAGGTTTTCTTTAA--GTGGCTAAACAAAGTTTAAAAAGCA-AGTAACAATAAAAGAAAATGTTCCTGGTACAATACCAGCAGTACAAAAAAATAGTGTCCGAGTACCTGGATAAAACACCCGTT------------TTGCAATAGTGCAACTTTTAAGTACATAT----------TGTTGACT--GTCCACAGTCCACGCAGAGTTACAGCTCCACACTTCAACAACAACATGCTGACAGTTCCTA----AAAGCTACTTTAAAAAAGGCATA-----ACCCAGATGTTCCCTCATTGGACCAACTCCATCTAAGTTTAGATGTGCAGACGGGCTTAGATATAGCCAGAGTA----------------AGCCACATGCAACATGTTACT-----TCATCAATT-----------------TTCTAAAATAAGGTTTAAGGACAATGACAGTAAGATAAGGGAAGAAAACATGGAGGAATGAAGTCCTAATTACTATACATGCATATTTTTTG-ACAGTAGGGGGGG--------------------GGAACCTTTTACAGATAAGTTACAAACAAAGAAAAGGCAAATAAACAATTTTGTACAAGAAATTTAACACATTCTGTACAATGTCTTCACTTCGCTGTCATCATTTGTACAAACTCT-----------GGAAAAAAAAATGAGAAACACAGAAACGTGAGTCATCCATAGGACAAGCCAGCGTGACCACACACTGCACCTCTGT 

a score=10514
s danRer3.chr12 23412020 160 + 37038836 ACTCACCTTCATAATTGACCTGACCGTCTCCATCAATGTCTGCTTCCCTAATCATTTCGTCCACCTCCTCGTCTGTTAATTTCTCCCCCAAGTTTGTCATTACATGACGCAGTTCAGCCGCACTAATGTAGCCATTGCCGTCCTGACAAGCAAAGGGGAG 
s mm7.chr17     85737511 159 + 93276925 ACTCACCTTCGTAGTTTACCTGACCGTCCCCGTCAATGTCTGCTTCCCTGATCATCTCATCGACCTCTTCATCTGTTAACTTCTCGCCAAGGTTTGTCATCACATGGCGAAGCTCTGCTGCACTAATATAGCCATTGCCATCCT-ACAACAAAGTGGGAG 

a score=7762
s danRer3.chr12 23412246 185 + 37038836 AGCATTACCTTATCAAAGACACGGAAAGCTTCTCTGATCTCCTCCTCACTGTCGGTATCTTTCATTTTTCTTGCCATCATCGTCAAGAACTCGGGAAAATCTATTGTTCCATTCCCTAATTAAAGAG-CAAAGTACACAGTCAGATAAGTGGCACAACAATTTATGTGATATAATCCTTCAAACAA 
s mm7.chr17     85738037 180 + 93276925 AGCCTTACCTTATCAAACACACGGAATGCTTCTCTAATCTCTTCTTCACTGTCTGTGTCTTTCATTTTTCTTGCCATCATTGTCAGAAATTCAGGGAAATCAATTGTGCCATTACCTGA--AAATAGTTTGTGTAAACATACAACAAAATG---CAGACGCCTCTGTGACA-AACCCTCCAGCCCC 

a score=8006
s danRer3.chr12 23412740 588 + 37038836 AAACTGTGTCCTCACCGTCTGCGTCCACCTCATTAATCATATCCTGCAGCTCCGCTTCTGTAGGGTTCTGGCCCAGGGAGCGCATGACAGTGCCCAGTTCTTTCGTGGTGATTGTCCCATCTCCATCTTTGTCAAATAGCGAAAACGCCTCTTTGAACTCTGTGTAGAGAAAAATCAGGGTTTGAGTCACA--TAAGCATATTTCTCATA-GCATTCATATGT-----CCCTTCGAGCA---ATAAACAAAATGAACTTCTACTCCACCTCAGGCTTTT--TGAATTAGTCATTATTTGTTTGCAATGTGATTCCACGTGGTTTAAGACATTTTGTAGATCCTATACTATGTACTACACATTACAAATTTTCAAATGAGTTCTCAAAAC------AAATAGTATGTACTAAGACTAGTAACCACAAACGCCTTCTTAGATAAATGTCTAGGATGA---------CAGATGAACACAAATTCCCTAGAGACAT-------------------------------GGCAACAACTGACCACTAGTACTAGTGTTAAGGCCTTGAAGCTAAACCAGATCCGCTGAG---CAACAT----GCAAACAAAATCGCTTTGCATAGACGCCTCAAGTAGCATCTAGATTCCGTTTCAGAAG 
s mm7.chr17     85738217 636 + 93276925 AAATTAAACACTCACCATCCGCATCTACTTCATTGATCATGTCCTGCAGTTCTGCTTCTGTGGGGTTCTGCCCCAGGGACCTCATCACTGTCCCCAGCTCCTTTGTTGTTATTGTCCCATCCCCGTCCTTGTCAAATAGTGAGAAAGCTTCTTTGAACTCTGC-CAGAGAGAACACACGTCCAAACATACAGGTTAGCACCGCCGCCCTACGCAGTAAAATGTACTAACTCTCCAAGAAGGCAAAGATAGACAGCACTTCAAGTGGAACTCGGACTCCTAATAAATTAGGTGGGAATACCTTG---TGAGAATT-------TGTCAAAATCTTTGGCTAACCAAGCCACTATGCTGGTTCATACTGAGCTACCAGGAAGGACTAAAAGCTCAGGAAAATCCAATATAC--AGACAGATGTTTAGAGGGACCTTCAAAGGT-TATGTCTACAATTAATAAAATACTAAATCAAAGCAAGAACTTCAGAAAAATATTAAAAGGACTAGTTTTCTAACATCAAGAAAGAAACCATCAAATACTGATATTAGTAATTGAGCC---AAGCT-ATCAATGTCCACTTAGATCTAACATTATAGAGAAAAAGACAATTTTGAATAGAAAACTTTTTAAGCTTTAAAACTTTATTACAAAAG 

a score=2675
s danRer3.chr12 23414916 57 + 37038836 TCTTACCAGCTATTTGCTCTTCTGTGAGTTGATCGGCCTGGGGATGGTAAAAAAAAG 
s mm7.chr17     85745131 57 + 93276925 TCTTACCTGCAATCTGCTCTTCAGTCAGTTGGTCAGCCTACAAAGAGTTCAAAAAGG 

a score=844
s danRer3.chr12 23416320 325 +  37038836 ATTCTGATTGGTTCGTTTGTACCTGCAATGCGTCACTCCCTGGTCACACACTGTAGAATTTGCCCGGTCATAAATG--CCATGTAACT---TGGAACT----GAAATAGGGAATC---------ACCTGAGTGGCTGT----GAATTCCACACGTAG------GGGGGCAAAATTAGGGTATTAATGTGTTGGT----TAAATGTAAGGATTTTTT----------TTCAATGACATGAAACAAAACTTGATTTTAAATCGAATAGTGTAGGGCAAATATTTATAATGCATCTTCATACAGGTGCAAAAACTTAAATCTTTAAAGCTGGGCTG----------GGCTCCACTTTTCAGTCATATTTTTTGTCAGAAT 
s mm7.chr7      14687957 363 + 141766352 ACTCCGATTGGTCCGGCCTTCCCTGCAATGCGTCAAACTGGGGCGAGCCACCGCGCGGTGTGCGGGGGGCAGCACGACCTGTGTGGCTCTGTGGAGCCGCGAGGAATAGAGGGGCTAAGACGGAAACAGGGTGGATGTTGGAGAAGCAAATACGTTGTCTCTATGGCTCGGAAATAAA-----AATGGGTTGGGGGAAGAAGCAGAAGGACTTTCTTCTCTCTCCCTTTGAGCAGATACAAGATGGTTTAATCCAAAATCGTGGGGTCTAGGAGCCTGGCCTGAACCGGCTCTTCACAGTGG---------TTGGCTCTTCAAGGTTCCGCTGGTCTCCTGAAGGTTCCACCCTCTACGCGTACAATTTGCTgggat 

a score=5923
s danRer3.chr12  23438064 111 +  37038836 ttctgatttttctgatttttctTCAGGCGAGACACACCACCTATGGCATTCGCAAGTGCTTCCTCTTCCTCNTGCAGTGTCAGCTGACACTGGTCATCATTCAGGTGAATC 
s mm7.chr11     115905084 111 + 122091587 TCCTAACCTGTCCCCTTGATCCTCAGGCTCGGCACGCTACCTACGGCATCCGAAAGTGCTTCCTCTTCCTGTTGCAGTGCCAGCTGACCCTCGTGGTCATTCAGGTAAGCC 

a score=5716
s danRer3.chr12 23443105 205 + 37038836 GCGGTGCAACCTAAACAGAATCTGTCTATGGACAGCGCGTCTGAACATGGATTCCTCAATTTTTACTTTTCGATGTCCGACAAACCAGACACCACGGTGCGAGTGTTTGATAGAAACGATTACTATACTGTGCACGGGAAAGATGCGATTTTTGCAGCTAAAGAGGTTTTCAAGACTAATGGAGTCATCAAAAATCTGGGTTCAG 
s mm7.chr17     85975040 205 + 93276925 GCGGTGCAGCCTAAGGAGACGCTGCAGTTGGAAGGCGCGGCCGAGGCGGGCTTCGTGCGCTTCTTTGAGGGCATGCCGGAGAAGCCGAGCACCACGGTGCGCCTCTTCGACCGCGGCGACTTTTACACGGCGCACGGAGAGGACGCGCTGCTGGCGGCCCGCGAGGTGTTCAAGACCCAGGGCGTGATCAAGTACATGGGGCCGG 

a score=5911
s danRer3.chr12 23443387 530 + 37038836 TGCAGATTTATGTGTTTTTGTGAAGTATCGTAATTTACGTTAT------------TGTATGTTATATAAGTGTTGTTTTTATTATTATTAATTCAGGGAACAGGAGGTTGGAAAGTGTGGTCCTCAGTAAGATGAACTTTGAGTCATTTGTGAGGGATTTGCTGCTGGTTAGACAATACCGGGTGGAGGTTTACAAGAA------CGCCAGTAAGAGCAGCAAAGAGCATGACTGGCAAATCGCTTTCAAGGTACAGTATCAAATGTCCTCTTTCATT--AACCATTCTTTTATAAAATTgagttaaagttgtgattatattggtaaattagttcattttggtacagtgac-----aacttgtgacag----------------gccactg-taaataatggctctgaaat-----------cccatgtaagaatgacttcagcacaacgttagcgctatttaactgactgtgattgatgctgtaatttgatagccagtggctgctaatatgatttcactatttagagtttgcaaagaatgcttttctgaagttatattataaagggaaaagtctaaatgtgt 
s mm7.chr17     85980554 552 + 93276925 TGCAAGTTTAGGCTAATTTGTGAAGTTCTCAAACATGTATTACCTCACAGCCTCATCTTTAACATTTAAAT-TTGTTTATTTGTTGTTTATTTCAGGGAGTAAGACCCTGCAGAGTGTTGTGCTTAGCAAGATGAACTTTGAGTCTTTCGTGAAAGATCTTCTTCTGGTTCGCCAGTATCGAGTTGAAGTTTATAAGAATAAAGCTGGAAATAAGGCGTCTAAGGAGAATGAGTGGTATCTGGCATTTAAGGT-----------TGTTATTTTCCTTTTGGATGTTTGTCTTAGAAAATTAAATTCAGTGCATGTTTTACTATATTAACTAGGTTGTGATAGCAAAATGCCTTGAGAAATTTTGATAGTGTTGGGTTTCTAAAAGTTACAGTTTAATCACAGTTTAGAAATTCAGTAGTCTATCTATATAA-AATGTTTTGAACACGCCA--AACCTTGTCTCACTGTTCCTGAAATACAACATTAGATGATAACCTG-------------GACATAAATGttataattttaaaaagattagttttatttatttttttaattaa---aaaattaCttatgtgt 

a score=9113
s danRer3.chr12 23456166 159 +  37038836 TTTACACGACAGGAAAAACTCTGATGAAGCTGATCTGGTACCAGCCAAGGAGGCGAATGTAAAGTGTCCACAAGTGGTCATCTCGTTTTATGAGGAACGCCTCACCTGGCATTCATACCCGACTGAAGAGGAAGAAAAAAAGGACGACAAAAACTAGAC 
s mm7.chr11     96915642 159 + 122091587 TTTGTTCTACAGGAAAAACTCTGATGAGGCTGACCTGGTCCCTGCCAAGGAAGCCAATGTCAAGTGCCCACAGGTTGTCATATCCTTCTATGAGGAAAGGCTAACGTGGCATTCCTACCCCTCAGAGGATGATGACAAAAAAGACGACAAGAATTAGCC 

a score=-1458
s danRer3.chr12  23456339 441 +  37038836 AGACATAAGGGACAGTCGTTGTGTGTTTGTCTTTTTATTTTAAAGAGCTGGC--------------------------AAATGATATTTGTCAGGAACAACTTTGTAAAAATCAGCTGTAATC--TACATTTTAGTGTTTTAGTTTGGGTGTAGATGAAGCGGATC--GTGACTTTGCACCTGTAATGTACTCTTCAAGCTTTTTATTGATCAACATTCGA----GTCATGAAGTTCATACATGTGGAAAAACAAGTGTTCTTTATATGTTCCCTACCCTGTGGAGATCATAC-----TGAGTTGGTTTCATTCAATTCTGTAGCTGTCTCTGGAAAAAGTGTTCCACCATCCTTAATTCTATGTAT---ATATAT-AAATATATAAC-------TACCGATAAAATGTTACTGCCTTAACAGATTAATAAGAAAATGACAATTTTATACA--TCTGTCAATGCAGGTGATCAT-----TGAATGCATGACTGTATAA 
s mm7.chr7      102843664 484 + 141766352 ATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACTGAATCTTTAGTGTTGAATTACTAGTGTGAAAAATAGAATTTTGTTTTAAAAAAATAGAATTTGATAGGCTTAATTTTGAAAGTATTGACAGTAGCTGGGATATTTTTGGGTTTTGTTCTGCATCAAAAGGAACTGATTCATATGAGCAAGTAAGAGCTATCTGTAGTTGCTTCTTTTAACAATAGAATATTTGATACTATGTTGTATTTCCTCAGCTTTGAAGAACAGCTTTTC-TTAGATG---------CTGGGGAGATTTTACACTCATTGCTCAGTCAGAACTTATTTTAAATGGGAATATAGAAGGACCATTCTGGGATGGTTGTTTGTATGCAGTGAATGCATGAAACACATAACTTGTTTGTTTTATCTTGGTTTTACTACCAAAAAGAACTGAAGATGAAAACACAAGTTGATGAGACTCCGTCATT----GTGAACATTTTCCTGAAACCATAACCTTTCAA 

a score=1941
s danRer3.chr12 23461477  96 +  37038836 AATCAAAAGAAAAAAAAAAGTTCACATTAACTATTAAGAGTACATT----------ACTATGAAATACAAACATTTTTATTTTGAATTGGTTTTATTTAGCCATTC 
s mm7.chr4      18578678 102 - 155175443 AATCTGAAAAAAAAAAAAAGCACACACACACAACTTAAAATACTTTTGACTCATTGGCTTCGTGAAACTGATTTTTTTTTTT----TTTTTTTTttttggtctttc 

a score=-701
s danRer3.chr12 23464007 235 +  37038836 TATAAATCAGTAA-GAAGTCTTTA-ATACATAAAGCACGTCTGCTTTAATGCCGCTTTGAGGAGAAAACTTTGGAACCGAAAAGGAACAAA---------GAAAACCCAATGCA--GGAAGAGTAATCAATGATGCAATTTACTTCTCCTCGCTACAATCGCTTCAAAG------AAAAAGGCTTCCTTCGCCTTTCAAAATACTTTTATGGAAAGTGCCTTTGCGAAAACTAAAAGGGCAGCAGTTCGA-----GCTC 
s mm7.chr2      75519417 246 + 182548267 TATAAATAAGTTCTGTAGTATTTACACTTAAACAGAAACTCT-CCCAAATGGTGCCT-AAGAAATTAACTTGAGAGTTAAAATGAAACTGATTCAACATTGAGACTTTAATGCTTTGTAAAGTTTCATATTATTGCTAT--ACTAGCTTTGGCTATAATT-CTGCATAGTTACTTATAAAGTGTTTCT--GCATTTCACATCACA---GTAGGAAGT---TTTAGCAGTACAAAACAAACACTAGCTCAGAAAAGGCTC 

a score=44235
s danRer3.chr12 23464242 1376 +  37038836 CTCACTTCTTTTTGTCCTTCTGCTTTTTGTCAGGCTTGTTGCT-------TTGTTCTGTGCTCATGTTACGAGGCATGAGGACAACGCCGTCCGGCCCGAACTGTAGACTGTACTCGTTGGCCGAGTAGGGTCGGCCTTCTTCGTTGCGCAGTTGTGCGAACAATTCCTGGGAAAGACTCTGAACCTTCTGCTTTGTCTGTCTGATGCATTTCATGTACTCGATCTTCTCCTTCAGTAGTTGAGACTTCTCACGTTGCAGGTCTTGCACTCCTTGCTCAAGGTTCAGGATAGTATCTAGCTTGCGTTTACGGCAGTTCTGTGCCGCCATCTTGTTCTTTCCACGGCGGCGGATGTCCCGTATGAGGGAAAGCTGGTCCTCATTAAGATGGTGCTTGGCAAGAAGCTCGTTGAACTCCTCAACAGGGAGGTTGATGATTTTTTCATTAGAGAATGGGATGTCCATGGCCCTTGCCCTACGCTCATCGCGGCTCGACTGCCTGTCAATGCAGTCTTGTGGGGGCTGGAGTTTCGTCTGCTGCATTTGCTTGTCTCTGCCTTTCTTGC---TGCTGGATGTGGACAGCTGAGAACGCTCTGAGAAGGACGATGCCAGCGGTAGATTGTAGGTGTGATTGTGATTGACGCTTTCCAACTGTGGTACGCCATGAAATTGAGAAGGGTCTTGGTAGCTCATGCGGCATAGTTTGCTATACTCTGGCTGGTATCCTCCGACGGCTCCTTCCTCCGTTTCTGCTGTGGCT---GCTTCAGAATCGGTGCTGTAGCCCACGGCTCCTTCTTCAGAAAATGTAGCAGAGGTGGATGAAGATGATGCAGCTGATGAGCAGGA------------------CGTCTCCGAGTTGCTGGGAGATGCTGGACTATGGCTGGAATCCAAAGAAAGACCTGAGTCTGAATCAAGCTCATCCTCGAGCTGAGAAGCCTGGGCTTGGCTGAAACCCTCTTCCATCGCAAGGTCTAGCAAGCTAATTTCATCAAGCATCGACTCTTCCAGCAGGCTAGAGAATGGATCTGGCAGCACCGGAGTAGTGGTTACGTTGGTTGTACTGTTTAGAGGTGGTGGGAAAAAGATTCCTGTCAAGTTAGTTGCTCCAAATGTTGAATTGATGTTGGAGGAGTTGCTGGAAGAGAGCCTGACTAAGGTAG-GCTGCTGTCCGC-----------CCAACTCTGGGTTAAAGAGTGTGGGAAAGTCCTGGCCACAGCTGGGAAGTAATGCCTGCTGGAGACTAACATCCTGGTTAATGAGAGTGGATCGTGGGAGCCCAAAATTTCCTACTGTTGCTGATTCTGTAGTGCTGGCATTGTTGTTATTGGGGTCATTATTTATGGTGGCATTTACTGCCGTATTGTTCACCTCCATGTCCTAAAAAAGA 
s mm7.chr11     96928213 1352 + 122091587 CTCACTTCCTCCGGTCCTTTGGCTTTCTCTC----CTGTCGCCGAGCCTGCTGGTCAGCCATCGTGCGAGGAATGAGGAGGACACTGCCATCCCCAGCATACTGAAGGGCATACTGACTGGGTGAGTAGGGCCTCCCATGCTCATCCCGCAGCCGCCCAAACACCTCCTGGTATAAGCTTTGGACCTTCTGCTTCATCTGTCGCAGAGACCGAAGGAACTCTACCTTTTCTCGAAGCAATCGGGCCTTATCTCGCTGCAAGTCCTCCACATCACGTTCTAGGTTTAGGATGGTGTCCAACTTGCGCTTGCGGCAGTTCTGTGCAGCCATCTTGTTTTTGCCCCGGCGCCGGATATCCCGGATGAGGCTGAGCTGGGCCTCGCTCAGCTGGTATTTGGACAGCAGCTCATTGAATTCTTCTACAGGCAGGTTGATGATCTTGTCATTGGTGAATGGGATCTTCATGGCTCGGGCTCTGTGCTCATCTCGGCTCATCTGCTTGTCCAGGAAGTC------------------AGCCTGCT---TTTCCTTG---CTACCTTTCTTGAGGGTGCTGGGTGGTGGTAGATCAGCAGAGTC----AAGGGCACTG--GGTGCCATATTGTATGTATGATTGTGGCCCACATGCTCTAAGTAGGGAAGGCAAGAGAGCTGAGAAGGATCCTGATAGCTCATGCGGCAGAACTTGGAGTATTCCGGCTGGTAGCCC------ACTGCACCCTCAGCCTCTTCTAGGTCTAGGGTCTCAGAGTCAGAGCTGTAACCAACAGCACCCTCCTCAgagaaggaagaagaggcagaggaggaagcagaagaggaagaggaggaggaggaagaagaagagCTCCCTTCAGAGCTGCTCAGAGAGGAAGGGCTATGGCTGGAGTCCAAGGAGAGGCCTGAGTCAGAGTCAAACTCCTCTTCGAGCTGGGAAGCCTGCACCGGGTTGAAGCCCTCCTCAATGGCCAGGTCCATCAGGCTGATCTCATCCAGCATAGCTTCGTCTAACAGGCCCCCAAGGGGGTCAGGTAGCTCAGGGCCTGATGTGTCATTGGCTGTGCCATTGAGCTGGGATGGAAAGAAAAGCCCTGCTAGGTTGGTAGAGCCAAAGGTGGAGTTGAGACTGGTGGAGTTGCTGGGGACGAGTGGAAGCAGTGTGGAGCTGCTAGCCACAGGCAGGCTCTCCACCTCGGGGCTGAAGAG---GGAGAAGTCCTGACTGCAGCCCCCCAGGGACGCCTGATGCAGGCTGACATTCTGATTGATGGGAGTGTTGGGTGCAAG-------------GCTGTAGTTG--------GTGCTAAGAGGGTCTCCAGGAGGGGCATTGTACAGAATCTCACTTGCTGATGTA---TTTACTTCCATAGCCTAGAAGAGA 

a score=3265
s danRer3.chr12 23467220 233 +  37038836 ACCTGCAGTTCCATTATGGACATAATGTCCTGCCACTGCTGCTCCAGATCTAGTGGTGTATCGGTCTGCGACAGTGTGGGTTGTAGAGGAATCCCTTGTGACGTTGAAGGCGTTTCTTCAGTTGTAGCTCTCAGCTGTGAGGTGGGAGCAGTGGCCTGGAACTATAAAAGACAATGCAAAATGACAATCAAATAATAATAAAAAAAACTGTTTTAATGTGCCACATAACAACA 
s mm7.chr11     96930287 224 + 122091587 ACCTGCATTTCCATGATGGACATGAGATCTTGCCACTGCTGTTCCAAATCAAATGGTGATTCTGTCCCCGTCAGAAGAGGAGATAGAAGGCTGTTCTGAAGGGCGGGGGACTCACTCTCACTAGGCACTGCTTCTGGGATGCTGGAAACGTCAGCTGGGAAC--TAAGGCACAACACAGAGTTG-AATGTGAGGGTACT------AACTACCTTGGGCTTTCTCCTAGTGACT 

a score=2252
s danRer3.chr12 23467453 85 +  37038836 TTTAATCAACTCTACCTCTGGCTCTTCTCCAAATGGAAAAGTTGCCTCCAGAAGCCTCAGACATTCCTGCAGGGATAATGAAGTC 
s mm7.chr11     96930619 84 + 122091587 TCTGGTCCTCCTCACCTCAGTATTCTCTCTAAA-GGGCTGGTGACCTCCAGCAGCCTAAGACACTTTTCCAATGACAAGGCTGTC 

a score=6216
s danRer3.chr12 23467721 237 +  37038836 TACCTCCTCAGGTATGCTCTCTCCTGTCTCTCCATCAACATGAGTTAGGCTATGCACTGCTCGGAGAT----CAAGTCCATTTCTCCAGCTTTCCTCTCTTCCACCTGCCTCTTCGTTCTCTTCATTAGGTTTATCAGCCTCACTGTCCTTCTGCCGACTGCTATAGTTAAATACTTCTCGGCCAGCACCAAGGTCAATATCCTGTCTCCAAAGAATGTCTATGAGGTCAATGTCCTAGAA 
s mm7.chr11     96931139 225 + 122091587 TACCTGTGCAGGGAAGCTCTCCCCAGTCTCTCCATCTACT-------AGCAGGTCTCGGGCCAGAGCTTCCGCACCCTCGCCTGACCAGGTGTCCTCTCGTTCTCGTCCATCTTGCAGTTCCT---------TATCCACATCCTGCTCCTTCTGGCGATGACTGTAGTCAAAAACCTCACGCCCAGCCCCCAGATCAATATCCTGTCGCCAAAGGATGTCAATCAGATCTATATCCTGAAA 

a score=-273
s danRer3.chr12 23467958 88 +  37038836 ATATATTCATCAGAGGGAGGATCATTAAAGGGCTAAGATTACAAAACATCATTAGATAATTACATCCAATGAGGGACTTGATGCAGAA 
s mm7.chr2      75523151 81 + 182548267 TTA-AAACAGAAAAGGAAGGAGAAGC-CATGGTTAAGATGGTCCACACGGGTTAGTTCACTACATGTTATCA-----CTGATGGGGAA 

a score=1654
s danRer3.chr12 23470992  86 +  37038836 CTACAAAAAGGTCTAAAAAAAGAGAAAACTTCTTTCTCAA------------CAAAATGAAACACTACATATCCTGT--------GAGATCCTGACAACCATATGA 
s mm7.chr2      75525172 106 + 182548267 CTATAAAGCGTGCAAAAGAAAAAGAAAACTGCTTTTTAAAACCTAGCTGGTGAAAGGTTCAGCAGTGAAGACCATGCACTGCCCGGAGGAcctggcacccacgtga 

a score=19510
s danRer3.chr12 23471415 604 +  37038836 CAGGCTAAGCTAAAAACACACAGCTACTGTACCTCTTTGGAGAGGTCGTCGCTGCTCTCTCTCTCCCCTTGCTCCTGACTGTCCTCAGGGGCCACGGCTCCCAGACTGTCC---TCTCCACTGAGGCTGTAAGTGGTCTCAGAAGTACCGCCAGCCCCTCTCATGGCCGAGGCTTCGGAGTTGTTCACGTCCTCCAGGCTGCCCCCATTGTCCAGGGCAATGCTGGGGCCGGACTGACTGGTTGCCGAAACCACAGTCTCAGGGTCACGATGCACCAGCCAGGCACTCAGCTCCGTGCTAGGCACACGCAGATGATCCAGCGAACGCACCTGGTTCAATAGCCGACGAGTGGCAAAAAAATGGTCCAGATCCACACTTTTAGGATGGATGCCATAGCCGTCCAGGGTGTTGCGGAGATTGTGGAACTGCGTCTGGGTGTAGGCCGAGCTGGGGCCCAGGATGATCTCACGGAGCGGGGGGAGCTGATTGTTTAAGTAAGTGTCCAAGTCCACTCGTACCCCAATCAGACTCAGGAGGATAGTGAACTGAATAAGACCCTCTGTGAAGTACTTTTTCAAGTAAAGCATTTCTTTGCaaaggaacaaaa 
s mm7.chr11     96936205 557 + 122091587 CAGGCCCGCCCACCGCCATAGGGCCACTA-ACCTCTTTGGTTAAGTCTCC---------------------------ACTGACAGGAGGGGCTACAGCCCCCAGGTCCTCCAAATCTTCACCGAATCCCTGCTCCGTTTCGC------------TTTCTCTCA---CCCCGTTGTCTGGGCCTGTCACATCTTGGAGGCCACTGGAACTCTCGAGGGCGAGGCCTGAGTTGGGCTGGCTGC---CAGAGACAGACCCCTCCGGGTCTCGGTGGACCAGCCAAGCATTGACCTCAGTGGTAGGCACCTGGAACCTATCCAGGGCCCTCACCTGACTAAGGAGCCGCCGGGCAGTGAAGTAATTGTCCAGGTCTATGCTCTTGGGGTGGATCCCATAGCCATCCAAGGTATTCCTCAGGTTGTGGAACTGGGTCTGGGTATAGGCAGAGCTGGGCCCCAGGATGATCTCCCGGAGAGGGGGGAGCTGTGAGGTCAGGTAAGTATCCACGTCCACCCGAACCCCAATCAGACTCAGCAGGATGGTGAACTGGAGAAGTCCTTCCGTTAAATATTTCTTCAGAGAAAGCATTGCT----GAAGGACCAGAA 

a score=4382
s danRer3.chr12 23492638 122 +  37038836 GTCACACATGAACTCCCATGAGGTTGACAGGACGGTTGTTGTATCTTTTTGAAATGTCAGCTTCAATCTGTGTGTTagagagagagagagagagagaTAGTTAGATAAAGAGGAGGGTTTTT 
s mm7.chr11     97017094 119 + 122091587 GTCACAGAGAGGTCCCCATCAGGTTCACAGGACGGCCACTGTATCTCTTGGAGATGTCGGCTTCAATCTGAGAGAAAGAGAGCGGAGTGGGCAGGGA---GCAGACAGGCCGGCAGGTTTCT 

a score=5398
s danRer3.chr12 23492958 180 +  37038836 ACCAGTTTCTGGAGCTCCTTGGTGCGAGCAGCCAGCAGATCAATTCGTGGCTCCAGCTTGGCCTGTTCTTCCAGTGCCTCCTGTCGTTTTTCAGCCAGTGTGCCACGTTTTAATACCATGATATCAGCCTGCTTGAGTTTCTGCCGCAGCAGCTCAGAAACACGCTCCACATAGCTGAGC 
s mm7.chr11     97017266 180 + 122091587 ACCAGTTTCTGCAGCTCTCTGGTCTTCTCCAGCAGCAGGTCCAGCTTGGGCTCCAGAGCTGCCTGCTCCTGAAGCGCCTCCTGCTGCTTCTCCACCATCAGCTCCTTCTTCAAAGCCAACAGCTGCGACTGCTTCAGCTTCTGCTGGAGGAACTCTGTCACTCGGTCCACATACCTGTGC 

a score=6033
s danRer3.chr12 23497199 272 +  37038836 aacaacacacaagggTAAAAGTACATTCTCAGTGTGTGAGATATTTGAGAGTGTGTAA---TTACCGTGGTGATGCCTGGATCATGAAGAGGTGCTGCATTCGCACTGAAGTGAGCCCGTTCAGCAGCTCACGCACATCTGCCAGCATGACCTGCACACGTTGAGGTGTCTGGGCCTGGATCACTGAGGGAGCGAGCTGGAACTGACTCATGGCCACCAAGTCGCCTTCTTCACGCATCTCACTGAGCCGCTGACACAGGAACATTTCCAACTAA 
s mm7.chr11     97017690 272 + 122091587 AAGAAGACAAGGGGAGGAAGCTCCATTCGAGATG---GAGAAACACGGAATCATGGAAAGCCAACCTTGGCGAGGCCAGAATCATAAACAGGTGCTGCATCCGCAGACTGGTGAGCCGGCCGATCAGCTGCTGCAGCGTGGACACCAGGCTGAGCATCTTCTCTTTGGTCTGGCCCTGGAGGATGGCAGGAGCCAGCTGGAACTGGCTCACGGACAGGATGTCGGCCTCCTCGCTCATCTCTACTGCTCTCTGAGACAAGAAGATCTCAAGCTGA 

a score=4943
s danRer3.chr12 23497540 116 +  37038836 AAAAAACAGTACCTCCTTTAGTTCATTGATGAACTGGCTACGTGTTTGTGAGTTTTCCAGAAGAGAAAGGGCATCTTCACCTCTGGCTACACCATCAGGACCTTCAAGAGGCAAAG 
s mm7.chr11     97018967 116 + 122091587 AGAAGGCAGTACCTCCATGAGCTCATCAATGAACTGATTCCGAGTTTCAGGGTATTCCAGAAGAGTCAGAGCGTCTGAGCCCCGAGCTACACCCTCCGGAGCTGTCAGAAAGAGAG 

a score=2052
s danRer3.chr12 23499289 100 +  37038836 CAGGAAACTTACAGTCTGTGCCCACATCCACAACTTCAATTTCCAATGGGGCAGATTCAGAGTCTCCCCAGTCAATACCACCACCACTTGTTTCCTAAAG 
s mm7.chr11     97019683 100 + 122091587 CAGGGCACCTACCCTCAGTTCCTGTCTCCAGCACGGTGATCTCTGAAGCAGCAGCAGCATCGTCACCCCAGTCTATCTTGTCAGCCCCAGCATCCTGAGG 

a score=2758
s danRer3.chr12 23499453 185 +  37038836 AAGGTGCTTACCTCAGTACCAGACTCAAGACCAATACCCCAATCCACACC---ATCCTCAACTGAAATCCCAAAATTTACCTCTTCACTACCAGTACCAGCACCGCTGCCAAGATCACCCCAGTCAATCTGCAAGAACCAAGAAAAA---CAGTGAGATTCTG-------GAGGGAGAGAAAATACTGATCCTTTGTT 
s mm7.chr11     97020107 182 + 122091587 AAAGCTCTAACCTTGGCCTCTGACTCCAGGGAGATACCCCAGTCTATTCCAGGAGTCTCAGCAACGATGCCAGAGT---------------CGGAAACAGCTTCCACCCCAAAGTCACCCCAGTCGATCTA-AAGAGCAAAAAAATAAGTCAGTGCAAACAAGGTGGGCAGAGAGAGGGAGAGGAGTTTGCCTTTCTT 

a score=3453
s danRer3.chr12 23499671 379 +  37038836 TGACTTACCGTCTCCTCTGTAACAACATCTGGTGGTGCTTCCTCCATTACAGGTCTCTCTACAACTTTAGGCACATTTCCAGTCTTTCTCTCATATACAGTTGTGTTTCCTTTCTTCTGGACAAACCTCAGTAAGGGCAGTACTTCCTCTG--------------------------------ACCTGAAAAAGCAAGTA-------AACTATGACAAACATTTCACAA--TATCAATTAAAA----GAATCAGGTGCAACATTAGAAATGAA-----------------------------------------------AGTAACACTTGCCAGTCGCTGACAAACTTAGTGAATGCTGTGTAAAACTCTATGGCATCTTTCAGACAGGCAGCTTTTTTTCCAGTTTCTTCTAAAACCACAGGCAGATCTTTAACCTGTGCTTGCAACTCCCTTGCCACGTTTTCCCCCT 
s mm7.chr11     97020582 468 + 122091587 TGTCTTACCTCATCCTCTTGCACCTGCTCAGGAGGC---TCCTCCAGCTGTGGTCGCTCCACCACAGAGGGCTCTGTCCCCGTCCTCCACTCATACACCGTCGAGTTTCCCTTCTTCTGCACATACCGCAGCATGGGCAGCACTTGCTCTGTGGGGCTTCAACAGAGCATGGTCACGGAGCCTCTCTTGGGAAGCCGGCACAGGCTCCACCCTAATCACTGGTCCACGAGTTACCAACACAGGTGGCGTGCCATGTGGGATAATCCGAGTGGAGAGGAGCCAGAAAGACCCGGGAAGGCACCCCTTGCTCAGGGTGGAGAAGTTCTCCTTACCTGTCACACACAAACTCCACACAGGCCTGGTACAGGTCAATGGCCTCCCCCAGGGACTGAGCCCCTGCCCCTATCTCAGCCAGCTGACTTGGCAGGTCCTTCACCAGGGCCAGAAGTTCTCTTCGGACATTGTCTCCCT 

a score=5437
s danRer3.chr12 23500083 221 +  37038836 AAAGCCATTATGTTACAATAAATGACCATCATAGCTCACTTTTATGCCGTACTGTTTACAGGCAGCATAATAGCGTTCTCTCAAGTCGGCAGAACCGCTCTGACACTCCAGCTCACGTCGGCTCAGCTCCTGCTGCAGCTGTTGAGCTTTAGACACCTGCTTCCTTAAAGCTGGCCCTTCATAACTCACATTACGAACCAAAATACTGGCCATTTCAGCTG 
s mm7.chr11     97021222 215 + 122091587 AAGACTGTCTGGCTGCAATGAAGTGCT------GCTCACCGTGATGCCATACTGTTTGCAGGAGTGGTAGAATTGCTCTCGCATCTCAGCGGCCCCAGCCTGGCCCTCCTCCTCCTTGCGGCTGTATTCTTGCTGCAGTTGCTGGCACTTGGCAATCTGCTTCTTCAGCGAGGGGATCTCATAGCTGACATTCCGAACCAGGAGGCTACAGAGTTCCACTG 

a score=3433
s danRer3.chr12 23500389 56 +  37038836 TTACCCAAATAGACATTGTCTTTTTCATACATGGATACTATCTCTTGCCAGTCCTG 
s mm7.chr11     97022040 56 + 122091587 TTACCTAAATAGGTGTTGTCCTTCTCATACAGGCTTACGATCTCCTGCCAATCCTG 

a score=6179
s danRer3.chr12 23501003 140 +  37038836 CACCTTCATCCTTTGTGATGAATATCTGCCAAAAATATTTTTGGTGGACGCTTCCGTTCCTTTTAATACTTCGATTATTTGTAAGCAATGGAAATGGTGAATATCTGCAACAATAATTCAGTATGAGTAGATCCAAAATT 
s mm7.chr11     97022417 135 + 122091587 CACTTTCATCCGTTGTGAAGAGTACCGGCCAAAAATATTTTTGGTGGACGCCTCGGTGCCTTTAAGAAGGTCCACTATTCTTAGGCAGTGGAAGTAATGAATGTCT-----AGAAAGTAAGAATGAGGACTCTCAGAATT 

a score=8104
s danRer3.chr12 23501181 138 +  37038836 TTACATGAGCCGGAGAGCAGCTGTTTGATCTCTTCGTTTTCTGGCATATCCTGAATGGCAGCGTTAATTTTCTCTCTGATGGTCATAACTGCACTTTGCCATTTCAGTGTGCAGTGTCTTCGGTCCACCAACCAGTCT 
s mm7.chr11     97022699 138 + 122091587 TCACAGGATCCAGAGAGCAGCTGGGCAATCTCCTGGCTCTCTGGCATGTCCTGGATGGCAGTGTTGATTTTTTCCCGGATGGTCAGCACCAGGCTCTGCCATTTTAGGTTACAGTGTCTTCTGTCCACCAGCCAGTCT 

a score=2325
s danRer3.chr12 23501491 57 +  37038836 TCTCACCCAAGAGTTTACTGGTTTGGATGTCAATAGGAAGATTCTGGATGTTCTGTT 
s mm7.chr11     97025183 57 + 122091587 TCCTACCGAGCAGCTTGCTGGTCTGGATGTCGATGGGCACGTGCTGATGGTCCTGGT 

a score=8753
s danRer3.chr12 23517892 311 +  37038836 TTCAGACCTGTCATGGCTGACCCTGCATGGTGGAAGCTCACCTTCCTAAAGAAAAAGAAGTCAGAGGCGAAAGTCCTGTACGAAATACCGCCAGACTTCAGCACCAACA-ATGCAAATAAAGA---CCTGGACCATGATGCGGCAGAC------AGCAATTTAGATGCCAGACTGGAAAAAATAGTGGCCACCAAATCTGCCACCAAAGGCCGTCACGTCAAAGTCTCTCATTCAGGCCGGTTCAAGGAGAAGAAGAAGATCCGTGCAACTCTGGTGGAAAACCCAAGCCTTTTCCCTGAATCTGCTCAGACAGAGAAGAG 
s mm7.chr11     97043572 307 + 122091587 TTAGGGACCGCCATGACTGAAGTTGGTTGGTGGAAGCTGACCTTCCTCCGGAAAAAAAAATCCACTCCCAAAGTGCTCTACGAAATCCCGG-ACACCTACGCCCAAACAGAGGGAGGTGCAGAGCCCCCAGGACCTGACGCAGGAGACCCTCACAGCGACTTTAACAGCCGTCTGGAAAAGATTGTGGATAAGAA------CACTAAAGGCAAGCATGTCAAGGTCTCCAACTCAGGCCGCTTCAAAGAGAAGAAAAAAGTTCGGGCCATGTTGGCAGAGAACCCCAACCTCTTTGATGA-------CAGAGAGAACAAAG 

a score=4841
s danRer3.chr12 23521805 362 +  37038836 GTTGACTTCACAGCAT------GTGGACTATCAAGGGGACAAGCGCTGGTAAATCCAGCCTCCCTCTGCTTGATGCTGCATGTCCCCCAGCTCGGTCTCTCCCCCTTTTGG---CCGCAAAAAGACTATCCGATCATGTAATCTGTTAGTCTGACCCTGCCAAAACTCAATCAGGGAGGGTTTCACAATGTATCCACCCCTGGAGAGAAAAAAAAAAGTAAGTATAATGCT------TCTGGTTAAATATAAACACATTTG----------------------------------------------CTATTATT----------------------------------------AAGCTTA--TTTTACACACCAGTAATCTGGCATTGGTACATCTGTGTCCTTGAACTTCTCTTCAAGCTCTGCATTCTTGTCTCTTAGGTACT-TTAAGGGAAGCACATAGA 
s mm7.chr11     97047923 462 + 122091587 GGTGATTCCCCAACATTCTTGGGTCCAGTGTTAAGGTGCAAGTCTCTCATACACCCAGTCTTCCTCCCCGTGGTGGGTCATGGGTCCCAAAGGGGAGTCTCCTGTTGCCAGGCCTCGGCGGAAGACAATACGGTCATGGAGGCGGTTGGTTTGGCCTTGCCAAAACTCCATCACTTGGGGGTACAGGATGTAGCCACCCCTGCGGGAAGAAGCAG----AGGTTTACTGCTCCCACCTCTCTCTCATCCCAAGCTCTTTTGCAAGACGTTCCTGGGATGCAGCTGAGGGCTTCTCAGAGAAGGCTATCCATGATTTCACAGACAGGGCCCCAGGGTCCCTTTCTGAATGGCCTGCAAGCATAGGTATCGCTTACCAGTATTCTGGCTTGGGTACCTCTTGGTCCTGGTAGAGCTGCCCCAGTTCCTCATTTTTCTTTCTCAGGTACTATTTAAAGAAGAAGACAGA 

a score=4307
s danRer3.chr12 23525372 392 +  37038836 AGATGATACTCACTTGTCGGCTGGGTATTACTGTACTCTGCCTGCTCACAACAGCACCGATCTGACTGCTTTTGGGCCTCGAGTGGAAGTATTCACGTGACTTCTCGTATGGGATTCTCTCTACAGTGCCTTCAATGCGAATCTGTTTGAGCAGAAAACATTAAAGCTG---------------AAAGTTTTTTTTTAGC--------------------------------------------------------AATTAAAACCTTGAAACAAGACAAATATT----AAACTTAAGTGAAACATTCTTTCGATCTGATTATCAAAGAATTTTCTGTAGAATATTCCGAAATACATGTCCAATAAAAAG-----------------ACTTACCTGCCTGTTTAACGGTTCCCAGTAAAAGACAAGACAGGCGTGAGGATTGCTCTCCTATATTATCACAAAAAGGGCATTTAGAAGACGTAAA 
s mm7.chr11     97048673 472 + 122091587 AGGTCCTACTTACCTCCCGGTCAGGGATCACAGAACTCTGGCGACTGACCACAGCCCCAATCTGGCTGCTCTTGGGGCGGGAATGGAAGTAGTTCTCGGCCTCCTTCTCTGGGAGTTTCTTCACAGGGCCTTCCACACGCACCTGTTGGTGGATGAACCTGGCTAGGTGATGCTTGACACTACTAAACCTTTCTGCTAGCCCAGGCCCAGTTTTTCCCTGTTCCATCAGCTGCCCCAACACTCCCAGGCCCATCTAGACTGAGAGCTGGGTGTGAAAGGCAGAGTGGCCAGGCCCAGGCAGAACATGATTCCTACAT--TCATTTATAAATT----------CACCCCTGCTCACCCAGCCCACCAGAAGTGGTTGTGGGGACGACCACTCACCTGACGGTTCAGGGGCTCCCAGTAGAAGACAAGAGAGGCAAAGGGATTAGAATCCTGGAAAGAAGAGAAAAGGTACTATCGAAACAGGAAA 

a score=5286
s danRer3.chr12 23525806 130 +  37038836 CCTCACCAGCTCTGAACCTTTCCGACTCTCATAGTTGGAAAAGAAGCAAAATCCCTCCTCGCTGTAGCCTTTTAGAAGGACCATGCGTGCAGAGGGGTGACCGTCCCTTCAGAAGAGACAAGACGAATCA 
s mm7.chr11     97049888 128 + 122091587 CCTCACCAGCTCTTTTCCCTTCCGGCTCTCGTAGTTAGTGAAGAAGCGGAAGCCGTCTTTGCCAAAGCCCTTCAGCAGCAGCATCCGGGCAGAGGGTTTTCCGTCTCT--AGGGGGCACACAGCAGAGCA 

a score=5598
s danRer3.chr12 23526344 147 +  37038836 TACTTAGTCGCTGTTGCAAGACACATTGCATTGGCTTCTCCCACTTCAGGGCACTTGGTGGCCTGATCAAACCAGCTGCCGAATTGCTTAATAGGATCTAAAGATGCAAGTTGATTCTCCTCAAAACACTGTAGGATGAAATTGATG 
s mm7.chr11     97051445 147 + 122091587 TACCTGGTGCAGGTAGCCACACACATAGCATTGGCTTCTCCTATGTCCGGACACTGAACAGCCTCGTCAAACCAGGAAGCAAACTGCTTCATGGGATCCAGAGAGGTCAGATGAGTCTCCTCGAATGCCTAGAAAGAGAGGTTGATG 

a score=2661
s danRer3.chr12 23545386 75 +  37038836 TCCACAAACTCTCCATATCTTCCAACTCCTCGGACGACTCCTTCCGCACTGTGGAACAAAGGAAGGTGTGTCTCT 
s mm7.chr11     97165597 75 + 122091587 TCCACTCACTCTCCATCTCCTCAGACACCACGGCAGACTCCTTCAGTTCCCTGAACCCGGAGGAGGTGAGGATCT 

a score=744
s danRer3.chr12 23545670 179 +  37038836 CCATCGATTGCTGATTCGGTGGCGGAGTATTTTGACGCGTGTGATGAGCTGAAGTGTGCTAGCTCCTCTGAAATGTCTGATGAGTCTGGTCTGAGTGATGGATCCAGTAATTCAGAGCCCTATGA---GGCTCA------TGGTTAGTGGAAATTCATTTAACTACACCTTAAGCATGAATGATTGAA 
s mm7.chr6      99358037 162 - 149646834 CTGTCTATCACCGACTCCCTTTCTGAGTTCTTCGATGCCCAGGAAGTTCTGCTGTCTCCTAGCTCTTCAGAAA------ACGA----GGTAGGAGCACTGTGTTCAGTCATCTC---CTTCATGAATTGGCTTGACAAACAGAGTAGTAAAGATTTGTC-------------AACAAAAATGCTGGAC 

a score=1133
s danRer3.chr12 23546014 380 +  37038836 TTGTGATGTTTTGAACA-----TTTATTCAT--TAATTAATCTTGTAC----TAAA---TTACTAGCTAACAGTTTC---------CATTAAAATATTGAGCAGTTTTTTTAAT--ATCAATAATA-------------GAAAAAGGCTTTGAAGCataatatgatataatataatataatataatataatataatataatataatataatataatataatataatacattgcaatgcaatgcaatgtaatataatgtaatgtaatgcaatgtaatataatataatgta---atgcaatataatataatataatgtaatTATTATGCATTATCAAAAGTTATATCAGTTTATCTAATTGTAAATGTTTTTTTAAAAATGTTAATGTGA-ATAAaaataataaattaaataaataaataaata 
s mm7.chr6      99358367 384 - 149646834 TGCTTATATTCTGTGCAGGTTTTTTAATCATTCTAATTTATGTTATACATTGTATACTGTTACTGTCTGATATGTTTGTTATACTACTTTAAACTTATAAACATTGTTTTAAATGGATGCATAAAATACCTTACTTTCTGGAATAGGC---AAACCCCACAGTTATCCTCTAT-ATTTAATGTAACCCATTA-AATATAGAGGaatataatataatataatataatataTTTATATATGGTG--------TATGATTTATAAAAAT---------TATGGTTTTGTTTATGTATTTATTCCCAAGGAAGAGTATGTTTTGACAATGAGT--TCAAAGGT--------------TAGCTGTCCACCCTTTTACTAAAATATTAGCATGCTATGGAAATAAGAATTTTTATGACGACAGCAATA 

a score=6496
s danRer3.chr12 23547501 208 +  37038836 CGACTCTGCCTGCGGTTTGTC------CTGACAACAGCCATGTGGGTCTGATGACGATTCTTTACAACAACATCGGGAAGGATCTGTCCCGGGTCTCCATGCCAGCAGCTCTGAATGAGCCTGTGTGTTTGCTGCAGAGACTCTGTGAGGAGCTGGAATATTCAGACCTGCTGGACACTGCCAATCACACTGATGACCCCTTCCAGAGGATGGT 
s mm7.chr11     97169119 212 + 122091587 CGCCGCTGCCTGCCAGCTGCCAGTGGGCCTGGGACAG--ACGTGAGCCTGTGGAATATCCTCCGCAACAACATCGGCAAAGACCTGTCCAAGGTGTCGATGCCTGTGCAGCTCAACGAACCGCTCAACACACTGCAGAGGCTCTGCGAGGAGTTGGAATATAGCAGCCTCCTGGACCAGGCCAGCCGCATGGCCGACCCCTGCGAGCGCATGGT 

a score=5037
s danRer3.chr12 23549159 157 +  37038836 TTTGTCTCTGTAAAGGTTTATATTGCTGCTTTTGCTATATCTGGCTATGCCACGGCTCAGTTCCGCAACCGTTACAAACCATTTAACCCAGTGCTGGGAGAGACTTTTGAGTGTATCAGAGAAGACAGAGGATTCTGGTATATTAGCGAACAGGTAT 
s mm7.chr11     97169474 157 + 122091587 TTGGCCTTCCCACAGGTGTACATCGCAGCCTTTGCTGTCTCTGCCTACTCCTCCACGTACCACCGGGCGGGATGCAAGCCCTTCAACCCGGTCCTGGGAGAGACCTACGAGTGTGAGCGGCCTGACCGGGGTTTCCGTTTTATCAGCGAGCAGGTGT 

a score=5977
s danRer3.chr12 23549395 246 +  37038836 AGGTTTCCCATCACCCACCTATATCTGCATGCCATGCAGACTCTGACAATTTCAGCTTCTGGCAGGGTATGT--TTTACAGCCGGTGTGATCATTATGTGTTGCATG-----------------------------TCTGAAT---TTAAATCTCATTCCTTTAACTTTTTCTTTCTTTATTTCCTGAA-TGCAGACCAGAGATGGAAGAACAAATTTTGGGGCAAATCTTTGGAGATCATGCCAACCGGGATGGTGAACGTGACTCTAAAAAAGCAAGTA 
s mm7.chr11     97174625 280 + 122091587 AGGTCTCCCACCATCCTCCGATCTCCGCGTGTCACGCAGAATCTGAGAACTTCATCTTCTGGCAAGGTGAGGAATGTGGGGCTGAAG-GACCATGAAGGTCTGGGAGAGCAGGGGAGGGGGTGGCGGCTGGAACATTCTGGATCACTCTGGCCTTATCTCTGCTGCTCCCTGTCCCTCCCCCAACTGCGCTCCAGACATGAAATGGAAGAACAAGTTCTGGGGCAAATCCCTGGAGATCGTGCCTGTGGGGACAGTCAATGTCAGTCTGCCCAGGTGAGTA 

a score=7382
s danRer3.chr12 23549722 157 +  37038836 CTTTTAGATATGGGGATCACTATGAGTGGAACAAAGTGGTGACGTGCATTCACAATGTCCTGAGTCAGCAGCGATACCTCGAGCATTATGGGGAAGTCATTATTCAAAAC---CTAAACAGCTCCGTCTGCACCTGTAAGATCACATTTGTCAAGGTGAG 
s mm7.chr11     97175964 157 + 122091587 CTCTCAGGTTTGGGGACCACTTTGAGTGGAACAAGGTGACGTCCTGTATTCACAACATCCTGAGTGGCCAGCGCTGGATCGAGCACTATGGGGAAGTGCTTATCCGAAACACACAAGATAGCTC---CTGCCACTGCAAAATCACCTTTTGCAAGGTAGG 

a score=3026
s danRer3.chr12 23550202 174 +  37038836 TCCTCTCTCAGTCACGTTATTGGGGTGCAGATGCAGCCAGAAATCAAGTGCAGGGTCAAGTTCTTGACCAGACTGGGAATGTTATTCATCGGTTTGGTGGCTTTTGGCATGAAGGAATCTTCTGTGAGACACTACCCGTTCCACAGTGCATCTGGAAGCCAAGTAAGTACGCTG 
s mm7.chr11     97176233 167 + 122091587 TCCACCCTAGGCCAAGT-ACTGGAGTTCCAA------CATCCATGAGGTACAAGGTGCGGTGCTTAGTAGGAGTGGCCGCGTCCTCCACCGCCTCTTCGGGAAGTGGCATGAGGGGCTGTACCGAGGCCCCCCACCGGGTGGGCAGTGCATTTGGAAACCCAGTAAGTAGGGTG 

a score=-1766
s danRer3.chr12 23551896 348 +  37038836 TGTTGATGTTGAAAAATAAGTTTTAGAAAGCAATGATTCGTCAGGTCCAAACTCTTCTTTTAAAGCCACCATGAACTGCTGTTTCAACCCAATTATCTTTAATACAAATAATTTCGAATTAGAACAGGACCTTCAAAAAATGTATCATTCTACAAATAAATGGAATTCTATTTTCGAATAAAAGCTTTTGT------TAAAACAAAATTATTAGATTTTTGGTTAACGCTATGCAAAAACTCACCACAAGATCAGGAT-ATAAAGACAAA----GTCTTTTTTTCTGTGGTTATTTTGTCAAACAGATATAGATACCTAAGAT--ATCTCTTTTTGTTTGCGGATGTTGTTAGAATATCTG 
s mm7.chr2      76436729 313 + 182548267 TGTTTCTGGTGAAATATTAATGTTT-------ATAGTTAACCAG---CATGGTCTT--TGTAAAGTTACCGAGTTCAGTGAATGTAGGCTA--TGACTATAATATAAGG---TTTTATTTAAAGGCTGGGCTTTATAAAATATGCTAGTCT---------TTCAGTGCTAGCCACCAACATAAACCATTTCACCCAGCAAAACAGAATC----------CGTTTAATG--ACTCAAAAGGAAAGCACGGTGTTATGTTCATAAGGACAGACCTGGGCCCTCTTTCAGAGCTCTTCCTGACGATGTTGGCTCAGTCCCTCACTCTCAGCCTTTCCTTCTCACAGCTGTT----------CTC 

a score=4295
s danRer3.chr12 23552244 142 +  37038836 TTTTTCCTTACAGATCCACAGCCAAAGAACTACTTGCTCTACTATGGCTTCTCAAGCTTTGCAATGGAAATGAATGAGCTGGTGCCTGAACTCAAGCCCCTGCTGCCCCCTACAGACACACGCCTGCGCCCTGACCAAAGGT 
s mm7.chr11     97176459 142 + 122091587 TTGCTTCCCCCAGATTCGATGCCTCCAGACCATGAGCGAAACTTCGGGTTCACTCAGTTTGCCCTGGAACTGAATGAGCTGACGTCAGAGCTGAAGCGGACCCTGCCTTCCACTGACACACGGCTCCGACCTGACCAGAGGT 

a score=1005
s danRer3.chr12 23552982 322 +  37038836 TTGTTAGGTTACTCgaagaggggaaagtagaggagactgataaaaagaaggatgaggtggaggaaaagcaaagagaaaggaggaaaataatggctaagagaggagaggagCACATCC--CTCGCTTCTTCAGGTGAGTTAATAACAA------------------------------CATCTCTAACTGATGAATTGAGTGCTATAA----GAGCTGAAAGGCTAAA--------------------ATTCACCCTCCTCATTTTA-----------------CAGGAAATCTTTGGATGCTGCTGGAAGGGAAGTTTGGCTGACTAATGGGACATACTGGAAGATTAGAGAGAATCCTGGATTTGCCAATGTTAATAATCTGGAGTTATGGTGA 
s mm7.chr11     97176696 393 + 122091587 TCATCAGGTACCTGGAGGAGGGGAACATACAGGCTGCTGAGGCCCAGAAGAGAAGGATAGAGCAGCTCCAGCGAGACCGGAGAAGGGTGATGG--AAGAAAATAACATAGTCCACCAGGCGCGCTTCTTCAGGTGCTTCGGCCCTACAGCTCTGGATCCCTCTGCTGCCCGGCTCCTCATTGCTCCCTTATGCTTTGAGTAGGGTGATCATGGGAGGCAGTGCCAGGGACCTAGCCTGCACTCAGCTATTCCCTACCCACACCTAATGATGCTTTCTGCCCCCCAGGCGACAGACAGACAGCAGCGGCAAGGAGTGGTGGGTGACCAACCATACTTACTGGAGGCTTCGAGCTGAGCCAGGCTATGGGAACCTGGATGGGGCCGTGCTCTGGTAA 

a score=2367
s danRer3.chr12  23557165 586 +  37038836 ACCTCCACATGACCCC-CAAACATCTAACACGGGGAACACAAAACACAGAGAGGGGCCGCCTGACGCTGTGGCTACTATCACAGAGAGCTTGATCCCTGGGTCTCGGGTCGTGTAGACAGACGGTGGGTGGAAGACGAGCAGGAGCGCAGACT--CAGTGGGTGTAGAAGCCATAGTAGCC---CGCGTCACTGCAATTGTCCTTTTCGCAA-------GTTTCAGCACTGCGGT--TGGGTGGGGA---ATTTTCTGTGCTGGACGTGTAAG---GTGACACACGCCTCTTCTTGCTCTCACCTCCCTCAAACAAACCAGAGTCGGCAGAGTCCACCGATTTAACCGAGG---GCGCTTCAATCCAGGTGTCCTCCGTGGACTCTTTGGACTTG---TCCTGGAGA---------AGTGGCTGACGTTGTGGCTCTAGGAGCGACGGCGAGGCGTGAAAGCGTGAGTTTGTG---GCTGTGGGAGAGGAAGATGCAGCGGGGGATGGGACTGCTCGGAACCAGCTGAGACTGGATGTGGGTTTGCTGTGGTGTGGGTGGTTG----------------AGGTATTGGGGCGAGGGCCGTCCTGAGGCTGTCCATGC--TCCTGGATTTGCACTGGAAACCGC 
s mm7.chr2      120805144 617 - 182548267 ACCTGCACTTATCCCCGCAGACGGTCATCGAGGGTCAAGTGAAAGAGCGAGTGCGCTAGAACGGGCCTGGG---------AAGGAGGACGTGGGGCCGAGCTGGGGGGCCGGGGGCAcgggcgg------gcgggcgagcgggctggcggCCTAGCTGTGCGAGTAGAAGCCATAGTAGCCGCCTATGTCCTTGGCGCAGTTCTTCTCGCAGTCCCGCTGGGCCAGCACCTCGCTCTTGAGCGGGGACGAGCTCTCAGACACCGGCGTGTCAGCCGGCGAGATCCGCCTCCGCTTGGCCTG------CTCGTAAATCCCCGAGTCGCTGGAGTCGATGGATTTGATGGAGGAGGGCGTCTCGATCCAGCTGGAGTCGGACAGGTCCTTGGGCTTGGCGTCCTCGGCGGCGGGCGCCAGCGGCGAGCGCTCGGCCGCCAGGCCCTCGGCCTCCTCGCCCAGATAGGGGTTGGCGCCGGCCATGCGCGCGGCGGCCGCGGCGCTGT-TGGGCCAGCAGGGGAGCA--CGGAGCCCGACTTGGCGCCGCAGTACTGCGGGGGGCTGCGCGCGCCCCAGCCCGAAGGGTCGGCGTAGTAGCCGAGC--GGGCGGCCCGTGCAGCCCGCGGCCTGCAAGGGCAGCGCC 

a score=1856
s danRer3.chr12 23557751 105 +  37038836 CCCGGAGGTGAAGGGATTCTCGGAGTAGTAGCTCAAAGGGTGATGAGGGGATGACTGAAGTGGGAAGGGCTT------------GTAGAGGCTGTTGGAAGTGTATTCGGTCTCGTA 
s mm7.chr9       5664905 111 - 123828236 CATAGCAGGGAAGGTCGGGTCAGGGTAATACCCCAGGGCATG------GGATGTCTGCAGGGGCAAGGACTTAATACCATATGGGAGCAAGGTACTGGAAGTATATTCAGATTCATA 

a score=2135
s danRer3.chr12  23557856 274 +  37038836 AGCGCTGAAGTCAAGGCG-GTTTGGTGGCACCGCTTGTTGGCTGGACAGGTACCAGCGGCTGTGAGGACTTGAAGTGGGGTCTTTGGGGCAAGGTTGGGTCATGCTGACTGGCTCTCGGCTGTAGAAGCGACTTTGAGGAAGGGGGCTCATGTATTGATCAGAGAGGTATG-GTTGGTGAGGG--TAACAGCTGCCTGAAAGAAGCTGCTGGCTC------TCGGTTGGGGAAGGTGTGAGGCGGTCCGGGTCAGGAGGTGCGTACAGCCTAGAAGAGGAAAGA 
s mm7.chr2      120805876 275 - 182548267 AGCGCTGCGGCGACGGCGCGCCCGGGTCCTCGGCCTGCTGCGGGGACAGCAGCCCGTTGGTGTGCGG-CACGCTGCGG----TCCGTgcccggcccgggacccgc--gccggcgcccgg--gTGGAAGCGGGCCTTGGCGTAGTTGCTCACGAACTGGTCTTGCAGGAAAGAGCCGGCCATGGCGTAGCGGGCGCCGGGCACGATCTGCGAGCGCGGAGAGTCGTTGGGCGACGGGGTCAAGCGGTCCATGTCGCAGCCCGTGTAGATCCTGGGGGGAGGGAGA 

a score=-951
s danRer3.chr12 23560269 543 +  37038836 tgggcagatatagaaggtcgga-tggaCACAAATATGCATACag--atggatggatagattgacatatagatggatgggtgaataaactgacagacagataacagatggat----------------------taTCgacaaatagtctgatgaagaaacaaacagacagatagatagaaatattga------cagatgaacagTTTTA-AATCAGAAGCAGTGGCC---------CACAGAGACCCATTTTCTGCATTTCATTTACTCCAGGCTTACTTACGTGTCATAATTGTCCCGGAAACCTTTAGCAAAAGGGTT--ATGATCTATTTTCAGCTGAGTGAT--------CTGTGAAATGGCAGAGGAAGGGGTTGgagaaagggcagagagagagagggagagagaagggggttagagaaagGCCAATTGGGCACAGGGAGACTGATAGATCACTGTCATTATAAAATAATTCATGAACTACACTCCAACTCCTTCCTACAGTCAGTTAACATCTCCAGCACACAAACAACATCACGTCTCGAAGCACACACATAA----------CACAACTCTCACTTTTCTAGATCATCCCACACT 
s mm7.chr11     97208274 555 + 122091587 TGGGCTGGCCTGGAAGGTCGGGGTAGAAACGGCTGGGAACAGGATACTGGTTGGATAGA-------AGAGGTGAGAAGGGGTCT---CCCCCAAGCAGTTGACAGTTGGGTCCAGGTGGCGAGGGGACACTCGTATCAACAGATGCGTACATGCtaaaaaataaataaaaataaaaaCAATGAATGAGggggctagagagatggctcagcagttaagagcactggctgcttgctcttccagaggtcctgagttcaattcccaacaaccacatggtggctcac-------------------agccgtctgtaatgagatccaatgccctcttctggtgtgtctgaagacagctactgtgtactcgtataaa-------taaaataaataCagagagacagagacagagaga-----gacagagagagacagag-------agagagaaagagagaTCAAGGCTAT-ATTAGGCTTCTAATATGATGGTCCCCAGACCCCTGAAGCAGAGACAGGGCATGTTGAGCACTGAACCACAGTCCCATCTCAGAAAGACCAAAGGGGATTTGAACTCAGAACACTTACGACTCAAAGTTCTCCCGGAAT 

a score=8150
s danRer3.chr12 23560886 200 +  37038836 ACCCACAGTATGATGCATGTAAATGCTGTGTCTTACGTCTGCATTCTGGTAGGCCGTGACGGCAATGAATTGAGTCTCAGGGAAGACAAACGTCTGCGTTTTAGAGGTCAGGAAAGGATCCTCTGTTCCATCCTCCTTCACCTCCACGATGTGAAGACGTGGTTGGTATTTATGGAGCGACTGCAACACGATCATCTGTA 
s mm7.chr11     97208929 200 + 122091587 ACCCTCCCTCTGGCAGATGCCCGTCCCCGGGCTCACCTCTGCGTTCTGGTAGGCAGTCACTGCAATGAACTGGGTCTCTTGGAAAGTAAAGACGTGTGTGTTAGAAGCACTGCAGGCAGCCTCTGGCTCTCCATCATTCACCTCCACGATGTGCAGCCGGGGCTGGTACTTGTGGAGAGACTGCAGGACGATCATCTGGA 

a score=7597
s danRer3.chr12 23561173 138 +  37038836 ATTTTACCTGTGCTACGTTGTTGGAGCTGCCTTTGTTATTTGTAAGCTTCAGTTTGCCAAAGGAAACTTCCTGTCTCATCCAGTGAGTGCCAGTGTTGGGAGAGTCTGGGTGCATATACATTCGGTTTCCTGCaaaaa 
s mm7.chr11     97210510 138 + 122091587 ATCCTACCTGGGTCACATTGTTGGAAGCCCCCTTGTTGTTGGTGAGCTTTAGCTTCCCAAATGAAACTTCCTGGCGCATCCAGTGGGCTCCGGTGTTGGGGGAGTCTGGGTGGACATATAAGCGGTTCCCTGTGGACA 

a score=242
s danRer3.chr12  23561311 4 +  37038836 aaaa 
s mm7.chr2      120811096 4 - 182548267 GAAA 

a score=-462
s danRer3.chr12 23561315 149 +  37038836 aaaaaaaaaaa-aaaCAATTGCATTAATAT-GTATGTACTAAATGCAGTTGAAATATATATGTCTT---TATTCCACGTTCTGTTGAAATTCTTGATTCTGATTAGCTGGATGGT--GTGCAATAAAATCATTTAATGCATGCGTAGTTCCAATCA 
s mm7.chr9       5668321 149 - 123828236 GAAAGGAAACATAAGCAAATGAAAGGAGACAGCCTTCACCCAGGCAGGTTGGAGAGGATGTCTGTTAGCTAGGCTTGGGTTTGCTGTAGCAACCTCCTC-------CTGGGAGGTCAGTCGACTGAAATCAGTGGATCCCAGCGGGACTCCAGTCA 

a score=-415
s danRer3.chr12  23565544 81 +  37038836 TTAAGATGTTGTTTGCTCT-GCTCACAAAAA----CAGTTATACTCTGAAACCAAAACAC------AGAGAATATAAATGCAGATAGTGGTC 
s mm7.chr2      120811496 92 - 182548267 TTAAAAAGTCGCTCGAGCCAGTCCACAAAAGGCTTTAATTAATCATTCTCACCTAAATAAGTGTCAAGAAAACGTGTTAATTGGAAGGACTT 

a score=7990
s danRer3.chr12 23565625 169 +  37038836 ACCTGGCATGTTGCCTTCCGCTTTGCCGCATTGGACCCATTTTCCTCCCTGGTACCTCCAGTGATGCTGGTCGGCCAGAACCACATCCACGTATATGTTATAATGAGCCGAGGGATCCAGAGAGGTGATGTTAAAGCTGAGGAAAGGAAACATCCTCCTGTTGACAAAA 
s mm7.chr11     97210980 169 + 122091587 ACCTGGCATGCTGCCTTCTGCCTTTCCACACTGCACCCACTTGCCGCTCTGGTACCGCCAGTGGTGCTGGTCCACCAAGACCACATCCACAAACATCCTGTAATGGCTTGTGGGCTCCAGCCCGGCCACGGTGAAGGACAGGAATGGGAACATTCGCCTGTGGGGAACA 

a score=5211
s danRer3.chr12 23577957 292 +  37038836 CTTACCGTCCTTGTTTCGTTATAATCATCTCTGTTTGATACTTGTGAAACTTTGCCCACAGCGGGTAGTTGTTGAGGAGCACTTGTGTCTTCCCGGACACCTGTAGAC---CAGGTAAAGAGTACATGGGTGCTCGCGGGAACC--------------CGTGCTGAAAAGACGCCGTGTAGCCGTCTGCGCTGCTCGGGTA-CACGTCTTTCCCGTTGGC--CGAAGAATACGCATCGGCTCCGGCTGGAACGTAAGTATGTCCCGTCCCGCTCCGGCTGGTGAAGT------GACAGCTGCCGAGCGGAGCCGGTGC 
s mm7.chr11     97223683 307 + 122091587 CTCACCGTCCTTGCTTAGTGATGATCATCTCTGTCTGGTGCTGGTTGAACTTGGACCACAACAGGTGGTTGCTGAGCGCGACTCTCAGCTTCCCAGACACCTCCAACCCCGCGGGCAATGCGTA-----GTCCTCGCGCGGCCCTGGGTAGAGCCCCGCGCGCGGGTCAGGGGCAGGGTAGCCATCCAC---GGGCGGGTAGCCCTCCGCACCCGCGGGCGGCGGGAAGAACTCGCCAGGCCCG---GGAAAGCCAGCCACCTGAGCCCGGGGCGGGTAGGCGAAGGATCCAAGGAAGCGACCCGGCGCGGCAGGCAC 

a score=9565
s danRer3.chr12  23628073 178 +  37038836 TTTTGCAGGAGGAGATGGACATGAAGGTCATTCAGTTCAAAAACAAGAAGCTCTGCGAACGTCTTGAACAGAGGCAGGCTTTGGAGGATGAGTTGAGAGAGAAGATTGAGAAGCTGGAAAAAAGGCAGGCCACCGATGACACAACTCTGCTTATCGTCAACCGCTGCTGGACTCAGGT 
s mm7.chr7      123686061 178 + 141766352 TCTGGTAGGAGGAGATGGATTCCAAGGTACTGCAGTTCAAGAACAAGAAGCTGGCGGAGCGGTTGGAGCAGCGGCAAGCCTGCGAGGATGAGCTCCGGGAGAGAATTGAGAAATTGGAGAAGAGGCAGGCCACTGATGATGCCACACTCCTCATCGTCAACCGCTACTGGGCCCAGGT 

a score=662
s danRer3.chr12 23628251 39 +  37038836 TTGCTGCTTATTCTTTATTCCACTGCTGTTCTTATTTGC 
s mm7.chr4      49651888 36 + 155175443 TAGCTACTTTGTCT---CTTCACCCCTATTCAGATCAGC 

a score=244
s danRer3.chr12 23629692 114 +  37038836 TAGCCTCTAACTTTACCATTCACTTCAAATTCTTTA--------TTTCACTTGAAATGAACCATTTCATTAAATTCTAATTTATTTGTTTGATCTTTTTTCTT---GTAGCCCCTTCGCCTCTTC 
s mm7.chr4      49652309 119 + 155175443 TATTCTGTAACTGTATTAGTTACT--AGATTTTTGAAGTTGAACTTTGCTTTGAGGCTTTCCATTTGAGGGAA----AATTTGCTATTTCCAGATTTATAATTTGGGGGGGCTTTTTTTCTCCCC 

a score=5142
s danRer3.chr12  23629806 142 +  37038836 CACCTCTCAGTGAGAGCGCAAAGGCTTTTCTGGCCATTCTGGATAACAGCAGTGAAGAGGAGCTCACACTGCAGCTGCAGGACAGGATGCAGTTCAGCAAGGGTGCTGTGGCCTGCATGGTCTGCATCTTTGACCGTCTGCA 
s mm7.chr7      123687088 142 + 141766352 CCCCTCTCAGTGAGCCGGCCTTGGCTTTTGTGGTGGCACTGGGCGCCAGCAGCTGTGAGGAAGTGGAGCTGCAGCTGCAGGGTCGGATGGAATTCTCCAAGGCTGCCGTGTCTCGGGTGGTCGAGGCCTCGGACCGCCTGCA 

a score=2334
s danRer3.chr12  23630170 75 +  37038836 CTAGAGGAAAATAATCGT---CTGTATGACCTTGCATCCTCTCTTCAAGGGAAACACCACAAAATGTCATTAGAGGTA 
s mm7.chr7      123687919 78 + 141766352 CTAGGCAGAGAGAACCGTAGGCTACAGGACTTGGCCACTCAGCTGCAAGAGAAACACCACCGCATCTCGTTGGAGGTA 

a score=487
s danRer3.chr12 23630267 184 +  37038836 ACTGTGTTTTGTTTCATTGTCAGAAATACAATACTATTGAAAAGTTTTAG-----GCGAGCAGAGGTTTATTTAATTGTCTAGAAGACTTTTTACAGTTAAGTGGTTTATAATAAATGCTGCCCTTTTAAATTTTGT-TAATCTAAAACTGTATTTTAAAAGTATGTAGTG----------TCCTTAAGATATGTCTTTG 
s mm7.chr4      49658098 177 + 155175443 ATTGAGTCTTAACTGATTGTC------------CTTGTGAAAGTTCTTAGCAATTGCCTGTAGCAGTCTAAGAACTTTTCT--------TTTTACATTTGGGTGTTG---AATACATTTTTTTATATATAATGGTATGTGAGCAAGGACTAATTTTATGGAATTTGGAATGCTTGACTCAGTCCTTTTGTTATGTTTCTG 

a score=8555
s danRer3.chr12  23630451 161 +  37038836 TGTCCGTAGTATAATGAACTGGTTGATAAAGTTACGAGTTCTGAGACTAAAGTGTCTGAGATGGAAACTGCGGTGGAGGATCTGCAGTGGGACATCGAGAAACTCCGTAAGCGAGAGCAGAAGCTGAATAAACACCTAGCAGAAGCTCTGGAGCAGGTAAG 
s mm7.chr7      123688081 161 + 141766352 TGCCCCTAGTACTCTGAGCTCCAAGATAAAGTGACATCGACAGAGACCAAGGTCCTAGAGATGGAGACCACAGTGGAGGACCTGCAGTGGGACATTGAGAAGCTGCGCAAGCGAGAACAGAAGCTCAATAAGCACTTGGCAGAGGCCTTGGAGCAGGTACG 

a score=1998
s danRer3.chr12  23630858 413 +  37038836 GGTTATTTTCCTGTATGTTT-TTTTTTCCCTTTCCTCCAAATCAGCTTAATACTGGTTACCATGCTACTGGCAGTTCTGGTGGATTACCGGGTGGGCAAATCACACTCAGCATACAGAAGGTAA--AGTGTTATTTTAGTATTTATCATGTATGTCTACAGCACTTATTA--------ATCTTTGTTTGAAGAAATTAAATTGTTCATGTTAGTTGACCACACATTAGTTTTACA------AATACAAATGTGAGTTTTAATAAATAATTATTGAATCTAATATTCACAAAAATTAATAAG--TGATGTATAAAAGGGGGTTCGCGGGGTCTtaaagtcttaaaatgtcttaaatctcaagagcaaaattttaaaccttaaaaagtcttaaatctactgaaatgttgtgtt---gtaggtcttaaatctttttgt 
s mm7.chr7      123688278 410 + 141766352 GGTTTCTGCCCTTTGCATCCACTGTGTCTTCTTTCTCTG---CAGCTCAACTCCGGCTACTATGTGTCTGGGAGCTCCACAGGCTTTCAGGGAGGCCAGATTACACTCAGCATGCAGAAGGTAAGCAGCCTCCTCCCCCTCCCCTCCAGGTCTGCCTCGGACTTTCCTGAGGGCAGGCATCTTCATCAGAGTCCGT-------TTCCTGGCA--TTGCTGCACATTTTTTTTTCATTCCTTTCTACACTTG-----TTTATTAAATAATTGCAGAACTTA--ACTGCTAGGAGCTAGGCGGGCTGAAGAGGACGAATGGGAGCGGGAGCTTACGTTGTCTTGAGAAGCCCAGGCCCGTGGGCGCTGCCCTTC---CCTGAGCATCTCTT---TCTGCCTTGATGCTGTATTTCAATGTGTGTGAAATCCCTTTGT 

a score=10398
s danRer3.chr12  23631680 547 +  37038836 GTTTTGTTTAATGAGTATTTCTCTGCCCTGCAGTTTGAGTCTCTGAATGCCGAACTGGAGCAGAATCAGGAACTTGCCAACAGCCGCATGGCAGAGCTAGAAAAATTGCAGCAAGAGCTACAGGAAGCTGTTCGGGAGGGCGAGAAACTAAAGGT-GGCCAAAGTTC--ACTAAAAGCCTTTGCATTGCCCGATGACAATAGTTTTCTTTCATGTCTCAACTTGTTTC--CTGTTGAAGCAGGAAGCTGGGTGGGGGCATATCAAAAGGATTTCATTTTTCCTGGTGTATTACTGACCTCTGTATCCGTTTGTAGATGGATCTGAGGAATATCCCAGAGGAAGTGTTGAAGGAGACGCCAGAGTACAAGTGCCTCCAGTCTCAGTTCTCTCTGCTGTATAATGAGTCTCTGAGTGTGAAGACGCAGCTGGATGAAGCCAGAGCTCTGCTGCTTACAGCCAAAAATGCTCATCTACGACAGATTGAGCACATGGAGGT---------GAGGAGGATTGTAGTTTAAAAGTTATTGCTGGTACAAGATTTTCAGggccgacac 
s mm7.chr7      123689113 473 + 141766352 GTCTTGCCTACCACAGCCCCTTCCACTTCCTAGTTTGAGATGTTGAATGCAGAGCTGGAAGAAAATCAGGAATTGGCCAATAGCCGAATGGCAGAGCTGGAGAAGCTGCAGGCGGAGCTTCAGGGAGCCGTTCGGACCAATGAGCGTCTCAAGGTCGGCTGTGGTTAGGACTGGAAGGGCTAGGACTAACC-------------------------TCAGATCGATCCTGCTGCTAACACA---------------------------------ACCCTTCTGGACATTTCACCGCC----------------AGGTGGCCCTGCGTAGCCTTCCTGAGGAGGTCGTTCGTGAGACAGGGGAGTACCGCATGCTGCAGGCACAGTTCTCCCTGCTCTACAATGAGTCTTTGCAAGTGAAGACCCAGCTCGATGAGGCCCGGGGGTTGCTGCTGGCCTCCAAGAACTCCCACTTGAGACACATTGAACATATGGAGGTATGGTCTTGGAGGAGGGCTGGA--------------AATGAGACTAGATCTTTAGACTTGAGAC 

a score=8494
s danRer3.chr12  23637650 279 +  37038836 TGTATTTCTGTTGTACT---------AGAGCGATGAGTTGTCCCTCCAGAAGAAGTTACGCACTGAGGTCATTCAGCTAGAGGACACACTAGCCCAGGTCCGCAAGGAGTATGAAATGTTACGGATTGAATTTGAACAGAATCTTGCAGCCAATGAGCAAGCAGGTAACGTCATTTCATTTTATTCTTTATGGTTGACA------TGCTCGGCAGGTTCA--------GTTCAGTGGGATAC-ATTAGTGGAGTCTTTCCCAAAGCCCATTTGTTTTACAGTAACCAAGGCTGCAGCAAGGAA 
s mm7.chr7      123691136 291 + 141766352 TGTGTGTCTTTCATACCCAACCCTGCAGAGTGATGAATTGGGGCTGCAGAAGAAGCTGCGCACAGAAGTTATCCAGCTGGAAGACACCCTGGCCCAGGTACGCAAGGAGTACGAGATGCTGCGCATCGAGTTTGAACAGAACCTTGCGGCCAACGAGCAGGCTGGT-ACGTCGTGGGATTTGGATAGAAGTGGGCCTCAGAGGGGTACTGGACCAACTCACCCATGGCGCTTAGCTAGATGCAATAAGTTGAGCTCTT-----------TTCTTTTCTCAGAGCCTCAGGCTGCCACAGGAGA 

a score=-1508
s danRer3.chr12 23637929 117 +  37038836 GTCCGTGGGGGCGGTGTATCCTGTCATCGTTTC----------CCTGATTGTTCG---------------------TGGTTTT---------GGCTGGGG--TTTACTTTATGCTTAGCGTCA--------TAAAGATGCCTG---------------TCTGTCATTGTATTTGACTGACTA 
s mm7.chr4      49663325 179 + 155175443 GTACCTGGGATGGA---ATCCTGTAATTGATTTTGAGCCACAGCCTGGGTGTTGGTTTTAACTCATTCAAGCAGTTTGATTTTCATCCTCTGAGCAGGAGCATTTCTTTTAGTAGTACCCTCACTTCTATTCAGAAGTTCCTGATGTGCTCTGAGCTTTCTCTCCTTGACCCTTACCCCTTT 

a score=6699
s danRer3.chr12  23638046 154 +  37038836 TCAGCATCACCATCTCCTT-CTTTCTTTCAGGCCCAATAAACAGAGAAATGAGACACTTAATCAGCAGTCTGCAGAACCATAATCATCAGCTGAAAGGAGATGTGCAGAGATATAAGAGGAAATTACGTGAAACACAGATGGAAATAAACAAGGT 
s mm7.chr7      123692372 155 + 141766352 TCAGCACACTCACTTGCTGACCTTTCCCCAGGGCCTATCAACCGGGAAATGCGCCACCTGATTAGCAGCCTCCAGAACCACAATCACCAGCTAAAAGGAGATGCCCAGCGATACAAGCGGAAACTTCGAGAAGTACAGGCTGAGATTGGTAAAGT 

a score=21397
s danRer3.chr12  23640489 869 +  37038836 GAGGAGCTGAAGAGGAAGGACTCAGACACTCTCAAGATGCTCAGGGCAGAGCTCAAGTATGTGTCATTTTCTGCCTACGTCTGCTCTATTTTAGGCAACTATAATATCACATATTATGTAGCATTTAATGAACTTTGGATCTGAGTCACCCACACATCATTTGTGTCATGCCAACAGAAAAGCTCAGGAGTCTCAGAAGGAAATGAAACTTCTGCTAGACATGTACAAATCGGCACCAAAGGAGCAGCGAGATAAAGTGCAACTCATGGCTGCTGAAAAGAAGTCTAAAGCAGAGGTAAATGGGCTTGGCT------GTCTTTCT---GTGTGGCAAAACCATTAACATGCAAT-TCACTTGGGGGTGGTCTTTCCCT------TAATGCTAATGTCAACATTGCCTGG----TAGGTGGAAGAGTTGAGGCAGCGAGTACGGGAATTAGAGGAGAGGGAAAAGAAAGAAAGCAAAAAGCTGGCAGACGAAGACGCTCTACGCAAGATTCGTGTGGCCGAAGAGACCATCGAACACTTGCAGAAAAAGCTGGCTGCTACTAAACAGGTGAAGTTAGTTGTTGT----------------GTTAGAATCTTTTTAG------------------AACAACGTCTGTAATTTTGAAGCAAATGCATGCAAGGTTATCTCACCGTACCCATGCGCAC------------------------------------------CTTTCAGGAGGAAGAGGCTCTGCTGAGCGAGATGGATGTGACTGGACAGGCGTTTGAAGACATGCAGGAGCAGAACAGCAGGCTCATGCAGCAGCTGCGAGAAAAAGACGATGCCAACTTTAAACTAATGAGTGAGAGAATCAAATCCAACCAGATTTACAAGCTTCTGCGGGAGGAGAAAGAGGAGCTGGCAGACCAAGTGCTCACTTTCAAAACCCAGGTGCGCAAG 
s mm7.chr7      123692984 924 + 141766352 GAAGAAGCCAAAAGGAAGGAATCGGAACTGCTCAAAGGTCTCCGAGCAGAGCTCAAGTGAG-----------GCC--CTACTACTATCTCATAGCCC-------TGTCAGGTAGTGTCCGGCTCCTCCTG----------CTAAGACCCCTCC--------TGTACCTTTCCC-CAGGAAGGCTCAGGAAAGCCAGAAGGAGATGAAGCTGCTCCTGGACATGTACAAGTCAGCACCCAAGGAGCAGCGGGACAAGGTGCAGCTCATGGCAGCTGAGCGCAAGGCCAAGGCTGAGGTAGGGGCGGCTAGAGCCGAGAGTCCTTCCCAGGCACTTCCGAGCCTTGAGCCAACAAGGTCACTTGTTTTTATTCTCACTGTATGGACCAACGTTGAGGGCTTCCTTCCCGTGGATGCAGGTGGATGAGCTTCGGAGCCGCATCCGAGAGCTGGAAGAACGAGACCGAAGAGAAAGCAAGAAGATTGCGGATGAAGATGCCCTGCGGCGGATCCGGCAGGCAGAAGAGCAGATTGAACACTTGCAACGCAAATTGGGTGCCACCAAGCAGGTGAAAAGCCCTGTGGTCTCCTTGCTTCTGAATGCGGGGATTCCCTTAGCCCTCCCTGTTAAGTGCCATCAGCGTGTGGCGTTTTGGTCTGAGTG--TGCACTGTTTCTTTGGAGTTCCCCGGCACCCATCTTGTTGAGCTGTGTTTTCCCTTTCCATCCTCCCTCCCCACTTGCAGGAGGAGGAGGCGTTGCTGTCGGAGATGGATGTAACAGGTCAGGCTTTTGAAGACATGCAGGAGCAAAACGGGCGGCTACTTCAGCAGTTACGGGAAAAGGATGACGCCAACTTCAAGCTCATGTCGGAGCGGATCAAGGCCAACCAGATTCACAAGCTGCTCCGAGAGGAGAAGGATGAGTTGGGCGAGCAGGTTCTTGGCCTTAAGTCCCAGGTACGGCAG 

a score=191
s danRer3.chr12 23641358 2 +  37038836 AG 
s mm7.chr4      49667100 2 + 155175443 AG 

a score=-242
s danRer3.chr12 23643311 71 +  37038836 AGCCTGCACATAAAAGCAGTAAACAACTTCTGTTTTCACAATACTGCTGTGATTGCATCATCTCCTTTTTA 
s mm7.chr4      49667924 67 + 155175443 AGGATGTATAGGTAAATGGAACATAACTGATTTTATTTTCCTACCTCC----TTACATTAAAATCTGATTT 

a score=7520
s danRer3.chr12  23643382 149 +  37038836 CTGCCCTTCCCAGGTGGACGCTCAGCTGCTGGTCGTACAGAAACTGGAAGAGAAGGAGGGCGTCCTGCAGAGCACGCTGGCCACGCTGGAGAAAGAGCTGGCGCTGCGCACTCAAGCATTGGAGCTCAACAAGCGCAAGGTAAATCCGG 
s mm7.chr7      123693961 149 + 141766352 CTTCCCTCCTCAGGTGGATGCCCAGCTGCTGACCGTACAGAAGCTTGAGGAGAAGGAGCGGGCTCTGCAGGGCAGCCTCGGGGGTGTGGAAAAGGAGTTGACTCTGCGCAGCCAGGCTCTGGAGCTTAATAAGAGAAAGGTAAGGCTGG 

a score=-1076
s danRer3.chr12 23643531 121 +  37038836 AAAGATCACAGACGCCCACCTCTGTTCTCATGTCCATGACAACCATGA------CTCAGCTTAACCAACCATTAGTGCACATTTCC---------AGATGTGTGTGTGTGTGTGTTTAATGCTTGTCTTTCTGCAT 
s mm7.chr4      49668145 113 + 155175443 TAACAACATGGTTGGGCAGCC-----------TCCAGAACCTGCCTGGAGTCTTTCCAGTTCACCTAATCTTAGGCTATCATTCCCCTCCTTAGAAGAATCAGGTCTGTTTCTGT------------GTTCTACAT 

a score=12334
s danRer3.chr12  23643657 340 +  37038836 CTCAGGCTGTGGAGGCGGCCCAGTTGGCCGAAGACCTTAAAGTACAGCTGGAACACACTCAGACCAAGCTGAGGGAGATCCAGGCCTCGGTACTAGACAACCGCACCGCCCGTGAGAGGGAGAGTGTCAACCTCAAGAAAGCACAGGTACATGGGCATGCGTG------TTGTAGATGTGTTTGGGATACAGATGAGTGGGAAGAATGTGTAAAACATTGGTGTTCTGTTGCTTATTTCAGGAGGACTTATCCAGACTAAGGCGCAAGCTGGAGAAGCAGAAGAAGGTTGAGGTGTACACGGATGCTGATGAGATTCTGCAAGAAGAAATTAATCAGTATAAGGTG 
s mm7.chr7      123696858 329 + 141766352 CTCAGGCTGTAGAAGCAGCCCAGTTGGCTGAGGACCTGAAGGTGCAGTTGGAGCATGTGCAGACTCGACTTCGAGAGATCCAGCCCTGCCTGGCAGAGAGCCGGGCTGCCCGGGAGAAGGAGAGCTTCAACCTCAAGAGGGCTCAGGTGCGTCCTCGGGTGGGGAGGGCTGGTTGGCCGGTATGGGAGACA-----------------TGCAGGTCCTTAGCCTGGCTTCTGCTGTCCTAGGAGGACATTTCCCGGCTTCGGCGAAAACTAGAGAAACAGCGGAAAGTGGAGGTTTATGCAGATGCTGACGAGATCCTGCAGGAGGAGATCAAGGAGTACAAGGTG 

a score=10154
s danRer3.chr12  23645666 255 +  37038836 ATTTGTGCCTAACCTGACTTTTCTATCTTTTCTAGGCTAAATTGCGTTGCCCCTGTTGTAATACTCGTGATAAGGAGACGGTCCTCACCAAGTGTTTCCACGTCTTCTGCTATGAATGCTTGAAGACTCGCTATGACACTCGCCAGAGGAAGTGCCCCAAATGCAACGCTGCATTCGGAGCAAATGACTTCCACCGTATCTACATCACTTAATTCACTCTGAACCTTTCTGGTGGACTTTTTAACATTAGATGGG 
s mm7.chr7      123698989 247 + 141766352 ACTTGCTCCAGACTTACTGTGTCCGTTTGGTCTAGGCCCGGTTGACCTGCCCCTGCTGTAACACCCGCAAGAAGGATGCCGTGCTTACCAAGTGCTTCCACGTTTTCTGCTTTGAATGTGTGCGGGGCCGCTATGAGGCCCGCCAGAGGAAATGTCCCAAGTGCAACGCAGCCTTTGGTGCCCACGACTTCCACCGTGTGTACATC----AGCTGAACCTGAAACT---CAGGGGAC-TTTGAACACCCGAGGGG 

a score=5070
s danRer3.chr12 23661653 693 +  37038836 TTCTGATGCATCTTTTGATGGTGCCGGAGGTTGGACTTGCTAGAGAAACGCTTGTCGCAAAGGAGACAGGAGAAGGGCTTCTCTTTGG---TGTGGATACGCCTGTGGCAGATAAGCTGGGTGGAGACCCGGAAGGCCTTGCCACACTCCAGGCACTGATAGCGTTTAGGTTCAGTGTGAATGCGCCGATGATTCTTCAGTGCCATGAGATTGGTGAACTCCTTTTGGCAGACGGAGCAGAAGAAGGAACCCATTTTGTGACTGTTTTTGTGGTTGAGCAGTGAACCAGCGTGGCGGTAAGTGCGCCCGCAGTGCTC---GCACACATGACTCTTCTCCTCCCTATC-----------AAATCCCTCG-------------------CTACTTTCCTGCTGGTCTTGCGGCTCAGGGAATCC--ATGGACCCTGCTGAAGGCTGAATCGATCTTAGGAAGG-----CTCTG-AACTCCAATCTGCTGA--TCCAGTC--CTGCGTCCCAATCTAAACCCTGCTGCATCGCCATACCTTGCTCTTGGTGTGACTGCCCTTGCAAGTTGCCATGGAGCTC----------CTGGTGCTGCTGAAAACTAACC-------------AGGTTCGGGAAATTCTGTTGACACACACTGCA----------GTAATAGGGGAGTCCCTTACTGTGCACCTCC---------ATGTGGCTTTGCAGGTGCGCAAACTCACAGAAGGTTTTCCCACAATCGGGGCAGCAGTGGCGAGCCATTTGAGAGTGA 
s mm7.chr7      17785899 771 - 141766352 TCCTGGTGCTGCTGCTGGTGTCGCAGAAAGCTGATTCGGTGGCGGAAGCGGCGAGGACAATGAGAACAGGTGAATGGTCCCTCCTGGGGTGCATGGACCCGTCCATGGCCCTGAAGCCGGGCAGCGGTTCTGAAAGCCTTGCCACAGATGTTGCAGCTGTAGCGCTTGGGGTCCGTGTGGGTCCGACTGTGGTTCTTGAGAGACAGCAGGTTAGGCAGAAGTTTGGGACACAGGGAACAGGGGTAGAGTCCAATGGTGTGGGCCTTCTGGTGGTTCAGCAGGCTACCGGCATGGCGGTATGAACGCCCACACTGAGCACAGCAAAAGGGACGCTCCTTGTCTTCAGCTGCTGGGAAATGTATTCCTTGTCCTCCGTTAGCTGGCACCCCATTCTCCTCTGGGTCT------CCAGGAAGTTCTGATGGGGCCTCCTGAGCTTTCCCTGGACC--AGGAGGACCCACCTCTGCCATCCCAGCCTGTGGACCTCTGGTCTTCTCCATCTGACCTGACATCTGACTGTGCTCAACAGCATGAGTCTTCATGTGTGTGGC----CAGTTCACTGTGGGACTCACACACTTTGCTACAATTACTACAAGCAAAGCGCTGGGCAGTAGTGTGGTTGTGGATCTCAGTGGTCACAGGATTCAAGAACTCTTTGGAACAGAGCAGACAAATGTGACAGTCTTTCCCATTAATGCTGGGGTTCAAGAGGCCATCAGGTTGGCAGTAGGCCTTGCCACACTGGCTGCAGCAGTGGCTTTCTGGTTGGAGTTGA 

a score=-1086
s danRer3.chr12 23662346 132 +  37038836 CTCT------------CTAATTCCCTAGGGTCTGTAAATGTTTTGAGGCAGAGAGTGCAATTCAGGAGGTCAGCAGAATGAGTTTTCTTGTGGTTGAGAAGGGACCCAGCGTGTCTGTATGAGCGTCCGCACTGATCACACCTG 
s mm7.chr7      17790387 130 - 141766352 CTCTGGCGGTGGTTGGTGAGGCTCCCGGCATGCTTATAGGTCTTCCCGCACTCACTGCACCT--GTACTTTCGC----------TCCCCCTCAGTAGGAAGAGGCTCAGTGGGCT--CCTGGGCCTCTGTGAAGTTCACTACTG 

a score=-182
s danRer3.chr12 23662573 133 +  37038836 GCATTTATCAGAGCTGTCTTGATTT-----------------ACATCA--GACTTTG-----------------GATTGCCATTTCTGT---------AACAACGATGTCTCTTTAGCCCAGACTTTCCCTGG---AAGCTTTTGCCACACGTTTGGCAGCTGTAATGAGAT-ACTCCCCGT 
s mm7.chr7      17790637 181 - 141766352 GCATTTCTAAGCCTTGTCTTTGTTTGGTAGGTGGATCTTCCCACGTCCCTGACGCTGCCCTGGGGTCAGCTCCAGATTCCCAGTCATGTGTCTCTCGTACCAACTTCGTCTGATTTTCCCAGCCTTCCCCAGATCCAAGCCTCTGAC-CCCAGGAGTCAGTAGCCATGGTCTCACTCCCAAG 

a score=5205
s danRer3.chr12 23662706 239 +  37038836 GCATGGATTTTTTGATGGTTGTACAGGATACTGGAGAGACGGAAAGCTTTACCGCAAGTAGGACAGACATACTTTTTCTTTTGTGTGTGAATGCGTGTATGGTTTCGTAAAGCCATGGGATTGGAAAAAGGCTTGGCACAAAATGAGCAGGTGAAGAGGCCAGTTTTGTGAGTGTTCTTATGGTTCAACAAGCTACCGGCATGACGGTAACTGCGACCGCAGATGTTACACTTGAATGG 
s mm7.chr7      17787399 239 - 141766352 GCATGGACTCGCTGGTGGTTGGCCAGCTGCTTTCGCAGGCGAAAGGCTTTCCCACACTCACTGCAGCGGAACTGTCGAGGGTCTGCATGGATGCGCCGGTGGTTCTTGAGTGACATGAGGTTTGAGAAACCCTTGGAGCAGGCCTGGCAGCCAAAGTGGCCAGTCTGGTGGCTCTGCCGGTGATTGATAAGGCTGCCAGCATGCTTGTAGGTGCGGCCACACACTTCACAGCTAAAGGG 

a score=1263
s danRer3.chr12 23662945 642 +  37038836 TCTTTCCTCTTTTTGTACGGCAGCTCTGTGGTTGTCACT-------------CCCTTGGGGGCCTAAATCAGG----CACAGGCACTTCGCTACAGCTGTGTCCTTGAAGTAGTTCATGATCAGGAAACACAAGACGGC-------AATGCTTGCATTTTAAATCCTTTTCTT-GTTTACGACCCCTGACCTTTCCTTTTGGTGCTGCATTCCTCTTCTTGGTCGAACAAGTGTGGTTGAGTAACTGTTTGTTTCCTCTGAAGGCCTTTCCACAGTCTTGGCAGCGATGTCTTTTGACAGCAAAGTGTATTCGTAAATGGTTCTTCATTGCTAGCTGGTTTGAGTAAGTGTTGTTGCACAAAGCACAGTAATATTCACCTGTCTTGTGAGAGTTTTTGTGGTTGACCAAGCTTCCTGCATGCCGGTAGCTTCGCCCACATTGATCGCAGACAAAAGGACGAGGGTCC---CTGGGATCTCGTTTCTGGGCCTCTTT-------TTCTTGGCT-------------------AGACTGATCACTGG----------TAGAGGTTTGCCGTTGTTTATGACGTCTGCTCATTCTCTTTCTGCTGGGATTATTAAGTGACTGCATTCCACTCACTGAGGCATTCCCGCT-----CATCTGCATCAGTGTCTGA-ATTTGTTTGTTGAGTTCTTCAATCTTTGCCTTGTTTTCCTG 
s mm7.chr7      17789352 658 - 141766352 TCTGTCCTGCTTTTTT-CTCCTTCCCTGTGGGTCACGCTATGATGTTCGAGACTTTTGAGATCTTCAAACAACATTCCACAAATGCTAC---ACACCTGTGGCACTGTCCTATCTGCCATTGAGGGGTTACTGGTGGCCTCTTCTTCACGTTTGCATGCATGTTCCTCATCTCCGTGGAATGCTGCTTCCATTCCCACTGGATCATGTTGTTCT-TTCTTGACAG---------GGCTGGGTGAACCTTCAGTCCCT----GGATCTGTAC------TTCGGCGTGTAGCCTT------GCAA--TGTACCCGCACATGGTTGCGCAGAGCCATAAGGTTGGGGTATTTTCGAGGACAAAGTGAACACTGGTACTCTCCTGTCCGGTGGCTGTGGCGGTGGTTCACCAGGCTCCCTCTGTGGCGGTAAGCCCGACCACACTCATTACACTTATAGGGACGATGGTCCAGGCTGGCAGTGGGGACCTCGTCCACTTTTGGAGTATTCTCGGCTGACGTAAGAGCAGTTGAGGACACTGATGACTGACCACCTTCCCCAGCTCCTTGCCGGGGTCTATGATGAGCACGAAT----------ATGGTTTTTCAGAGCAGCTGCATT------------GAATAGCTGCTTGGAACAAATGGAACAGGGGTAGATACCTGTTTGGTGGCTTTTTCGATGGTTGATGAGACTACCTG 

a score=2715
s danRer3.chr12 23663788 121 +  37038836 GTGTGTCCTCTGGTGATTCTTGAGGGCCAGCAAATTATAAAAACGCTTTTGACAAACAAAGCAGCGGAACACTCCAGTATTATGTGACTTCTTATGATTGAGCAAAGATCCGGCATGTCTG 
s mm7.chr7      17790875 121 - 141766352 ATGAGTCCTCATATGGCTCTGGAGGGCCAAGCGATTAGAAAAATCCTTGCCACAGGTGGTACAGGGGAAAAAAAGAGTCTCATGGTTCCTCTGATGGTTGGCCAAGTTCTCCGGGTGACTG 

a score=1418
s danRer3.chr12 23663909 38 +  37038836 TATGAACGACCACATTGGTCACACTTGTATTGTCGCTC 
s mm7.chr7      17786196 38 - 141766352 TATGAACGCCCACACTGAGCACAGCAAAAGGGACGCTC 

a score=7177
s danRer3.chr12 23666074 244 +  37038836 ATGGACCTTTTGATGGGTGGCTAGCTGAGTTGCTAGACGAAAAGCCTTTCCACATTCAGTGCAAGCATATTTCTTTCTGGACGTATGAATGCGCAGGTGGCTTTTGAGAGCCAATGCATTGGAGAGGTTCCTGGAGCATATAGGACACTGAAAAGAGCCCACCTCGTGTGTTTTTTTGTGGTTAGCCAAGCTGCCAGCATGCCTGTAGTCTCGCCCACATTCCTCACACTTAAATTTGCGTTCC 
s mm7.chr7      17787401 244 - 141766352 ATGGACTCGCTGGTGGTTGGCCAGCTGCTTTCGCAGGCGAAAGGCTTTCCCACACTCACTGCAGCGGAACTGTCGAGGGTCTGCATGGATGCGCCGGTGGTTCTTGAGTGACATGAGGTTTGAGAAACCCTTGGAGCAGGCCTGGCAGCCAAAGTGGCCAGTCTGGTGGCTCTGCCGGTGATTGATAAGGCTGCCAGCATGCTTGTAGGTGCGGCCACACACTTCACAGCTAAAGGGCCGCTCC 

a score=1183
s danRer3.chr12  23668649 218 +  37038836 AGCCAAGCCGCTAGC-TTCACAAGCTCAATCTTCTACACAATATATTCATCAATCGTTTAAATACGCCTTTAGTCGTGCTCCAAATTAGTATAGTAGATAATATAAGTGTTCTTTTCTCAAGATGAGGAGAATAACGTGTATTTTTTGGGAGAGGCAGTAGCATCCCATTCCAATGCGAGCTAGTTAGCATTTGGCGGCTAGAAACTGTGGCTAACAGT 
s mm7.chr9      103605238 178 - 123828236 AGCCAAGTTGCTAACATTTAACAGCTTTATTTTTAACATG----------------------------TTTAATATGAAAACAAATTAAAATGAAATATGTTATTAATGTTTCTATTTCAATGTGGAAGCACTGACCTGTTTTTT-----------ATTGTTATTCAACTTCAGACTGGGCTA--TACAACTTAACCCCAGAGGACAATGTTTAGCGGT 

a score=-796
s danRer3.chr12  23671172 316 +  37038836 CATGAAACATTAGGCCATGAAAATTTACTTGAAA-GTCTTGGGAAAATT-------ATGGAAAAGTCATGGAATT----------TTAGTAGTAAAA-----ATGTGTATGAATCCTCt-tattaagaagaaggtcata-atgtgtatataaaaaaacaactttacctcAACGGTTTAGGTAGGAAATTGCTGTATTGCATTTTACAATAAGATTCCATTTGTTATCATTAGTAGACCATGAAGAAGTGTTAATAATCTTAACATTATTAACAATAGCAAACAACTTTTGAGTTGGGTATTAATTTAGGAAACAAGAACTAACAAACGTGTATGCTAGCTA 
s mm7.chr2      177162015 323 + 182548267 catagtatatctgagctcaatgatatacttgtaatatcattgctaaatttagtgagatggacagttcataagattcaaaaatggtttggtggaaaaaccttaatcgctatactacatctctatgaggaaaaaagtcacgtgtgtgaatgtaatatggaacctttacacttgttattctcttttaatatggttgtcatacgtt----actatggatacagcccttgtgagcataggggtattgaaagatgccacatacctttcactttttcagaacaacaagaggatatgcagtataacat-actttgagtgaca-----ttctaaatgtg--------ctg 

a score=-1773
s danRer3.chr12 23671488 690 +  37038836 TATGTTTACAGCAGCTATGTTTATTACCTAACCTTTACAAAAAAAAAATAG---CACTGTTACCA---GTGTATTATTCATTGTTAGTT---------TAATATGTTTTGATAATATTGGTCAATAATTTTGTTAGAATAAAAA---ATAGAGTTGGCCTTTGATGCTAAATTGCTTTTTAAAATATTTTATGTGATGTACAGTGTGATCAACCTTGTTCTTT----------TGAGGAAATA----------------------AACTAATCA-----------ATGACATGTAAAGATCAAAGAATATACCTGAAAA-ATAAATAAATACATTTGTCACCTG--AACATTTGAACCTTTTCTC--------------TAAATTAAAGTAAAAAAT-TAACACA--CTGTGCTTTTTTTATCCTCAGCATCCTCAGTATGGCTTCACCCCAACCAGGTATCCCATCAACAACAGAGC-------AGTATACACCA------CCACCATATGAGTCTGAGCCTAGTAAA----GAAC------TAGACAATGTGCCAGAACAAGC-TACAAG-----AAAGAGAGGCAAAGGGA-----------------------GACCACCAAAATCTTTACA----------CACTTTTAAGTGCTCGAGCTGTCAGGAGGTCTTTACCAGCCCTTCG-GCCTTACAGAGCCACAAGCTGTCAGTACATGGTA-AAGACA---AACAGCAGCAATACACCTGTGGTAAATGCACTAAGATGTTCTCTACCCGAGCACAGCTTTCTAAGCATCAGCGCTCCCATTCACCTCAGCGTCCGTTCCAG 
s mm7.chr13     51657551 793 - 116696528 tgtacttaca-----tataataaatacagaaatcttaaaaaaaaaaagaaTTTCCATTGTTATGAATGGTGCAGCTTTCTTTGCTACTTAACTGTTAGTAATATTTCATTATTACTTTGATCT-TCCTCTTATTTCAGTGGAAATTTAGAATGTTTCCATTTAATGC-------ATTTTCAAATTACTCCATAGTGAATATAG-GTGTGGAAACTTGTAATTTCTCATTTATCTGTGAAAATATGAGTAGTGGTCTGAATATTAAAGATAAGCATTATAAATTTTATGACATTACAAAAGCAATATAAATATGTATAAATATAAAGAATTTTATTGACTATTTATTCATATCTCAATTTTTACTCACCAGATATAAAACCATATAAATGTAAAGAATGTGGCAAAGCCTGTGATTGGAACTCACTC----------------CTTCTCGAACACCAGAGAACCAATCCAGGAGAGAATGCCTACAAGTGTGAAGAATGTGGTCAGGCTTCTGGCTCTTA-CTCAGTAATTCCTGAACACCATATAAACGATACGGAAGAGAAAGCCTGCAAGTGTGAAGAATGTGGTAAAGTCATTTGTACTTGCTCAGAAAATTCTAGCTACCAGAGAATTTGCATTGGAGAAAACCCCTACAAGTGTGAAGAATGTGGAAAAGCCTTTTCTTCTCATTCATGTCTTGC--------------TCAACATGAGGTAGAACACACTGGACAGCAATTTTATAACTGTGAAGAATGTGGGAAACTGTTTTATTGTCCTTCTCACCTTACAGAACATCAAAAAATTCATTCTCAAGAGAATCTCTTTAAG 

a score=13918
s danRer3.chr12 23672178 389 +  37038836 TGCCTGCAGTGCCATAAGGCTTATAAGACTCCAACGGAATTACGCAACCACAGTCGCTCACACACAGGGGAGAAACCATTTGTTTGTTTGGACTGTGGCAAGGCATTCATGCAGGCCATTTGCCTGCGTATCCACATGACACAGCACAGTGGCGAAAGGCCTCACTCGTGTCCTCTCTGCTCCAAGAGTTATCCCACACTTTCCAAACTCAAAGTGCACCAACGATCCCACACCGGTGAAAAGCCTTACTTTTGTGTTGAGTGTGGGAAGAGTTTTGCAGACCCTTCAGTTTACCGCAAGCATCGGCGTAATCACCTAGGCCACCGGCCGTATTCCTGTGCGCAGTGTGGTAAAACTTACACAGAGCTGAAGGACTTGAAAAATCATGA 
s mm7.chr7      17801647 389 - 141766352 TGCCCACTGTGCCCCAAGGCCTACAAGACAGCTCCTGAGCTACGCAGCCATGGGCGCAGCCACACTGGTGAGAAACCCTTCCCGTGCCCAGAGTGTGGCCGCCGCTTCATGCAGCCAGTGTGCCTGCGTGTGCACCTGGCCTCACATGCCGGTGAGCTGCCCTTCCGATGCACACACTGCCCCAAGGCTTATGGTACACTCTCTAAACTAAAGATCCACCAGCGTGGGCACACAGGTGAGCGGCCCTATGCCTGTCCTGACTGCGGCAAGAGCTTTGCTGATCCTTCAGTGTTCCGCAAGCATCGGCGCACCCATGCCGGCCTTCGACCCTACAGCTGCGAGCGCTGCGGCAAGGCCTATGCTGAGCTCAAGGACTTACGCAACCATGA 

a score=4106
s danRer3.chr12 23672567 93 +  37038836 GCGTTCACACACAGGTGAGAAGCCTTTCCTGTGCTCAGACTGCGGCAAAGCCTTCTCCCGATCCTCATCATTGGCGTGCCACTTGCGAATTCA 
s mm7.chr7      17802429 92 - 141766352 AGGTCC-CACACGGGTGAGCGCCCCTTCCTCTGCTCGGAGTGTGGTAAAAGCTTCTCTCGATCCTCTTCCCTCACATGCCACCAGCGTATCCA 

a score=814
s danRer3.chr12 23672660 67 +  37038836 CTCCAAAAGCAAGCCATATCAGTGTGAGCAGTGTGGAAAAG-------------GTTTTACCCAACTGTCCTCATACCAG 
s mm7.chr13     51662279 80 - 116696528 ttctcaagagaatccttacaagtgtgaaatatgtggcaaagccttttatactcactcctaccttactcagcacaaattag 

a score=2134
s danRer3.chr12 23672826 132 +  37038836 CATCAAGGATTCAAGCCATACCCTTGCGACAAGTGCACTAAGAGGTTTCGGCAACCCGCAGATCTTGCTGTGCATCAACGTGTGCACTCTGGCCAGCGACCCTATAAATGCCAACGTTGTGATAAAGCTTTT 
s mm7.chr13     51662445 132 - 116696528 cattctggaaagaaaccgtacaggtgtgaagaatgtggcaaggacttttgtactcgctcaggacgttccagacaccagagaatccatactggagagaaaccctacaagtgtgagcaatgtgGAAAGGCCTTC 

a score=6093
s danRer3.chr12 23672958 252 +  37038836 GTAGCTTCTTGGGATCTTCGGCGCCACATGCTAGTGCATTCCGGACTGCGTCCTTTCGCTTGCACTGAGTGTGGCAAGTCTTTTACGGAGCGTTCCAGCCTGAACAAACACAGAAGGGTGCATTCAGGAGAGCGTCCATACAAATGCCAGCTTTGCTTCAAGTCGTTTGTTGTGTCTTCGAGTTTGCGCAAGCATGAGAGGACACACTTATCCGAGAGGCCGATACAGGTTCATGTCACTCCAGAATCAGCT 
s mm7.chr7      17802819 248 - 141766352 GTGGCTTCCTGGGACCTCAAGCGGCATGCGTTGGTGCACTCAGGACAGCGGCCATTCCGCTGTGAGGAGTGTGGGCGAGCATTTGCTGAGCGAGCTAGCCTCACGAAGCACAGCCGCATGCACTCTGGGGAGCGTCCTTTCCACTGTAATGCCTGTGGGAAATCCTTTGTGGTGTTATCCAGCCTCAGGAAGCATGAGCGTACCCACAGAAGCAACGAGACTACAGGAGCT----GCCCCCCAGCAGGAGTT 

a score=-775
s danRer3.chr12 23673337 405 +  37038836 TGGCTGTACC-TGTCAGCCCACATGTATG-----------TGTGACTTGCCA---------------GGAAGAGTTTGTTAATCTGGCTGATCTTCA------GGCACACGAGAAACTGCATCCCAAGCCTCGACCCCACATTTGTGACCAGTGTGGAAAAGGTT--TTCTGAATAAAGCTGGTCTTCGTAAACACCAGCGTATCCACTCAAGTAATCGGCCACATAGTTGCAATGTTTGCGGGAAGGCTTTTCTTTTTGCTGCTTATCTACGCAAGCACTTACGCACCCACCGTGACACAGAGTCCTTACCGTCTCTGCCTCAGACAGACATGGCACACACCC--------AGCCCTTGCCATCCCCACCAAGTGCTGCGTCACCTTCGGG---ATCAGAACCCACCGCTATTTCCCTTACTGTTCCTGTAACCTTTCAGACAATACCAG 
s mm7.chr7      17803192 435 - 141766352 TGGCCACACAGTGGCAAGTGGTGGGTATGACTGTGGAACATGTGGAGTGCCAGGATGCTGGCGTTGGGGAAGCGCCTAGTACCCTGGGAGATGCAGGAGAGGTGGGGGGTGAGGAGACTGATGAGAAGCCCCCACAGTTTGTGTGTCGCGAGTGCAAAGAAACTTTCTCCACACTGACACTG--CTACGCAGGCACGAGCGCTCACACCCGGAGCTCCGGCCCTTTCCCTGCACTCAGTGTGGTAAGAGCTTCTCAGACAGGGCTGGGCTTCGAAAGCATAGCCGCACCCAC----------AGCTCTGTCCGCCCCTACTCCTGTTCCCAATGTCCTAAAGCTTTCCTGAGTGCCAGTGACCTGCGCAAGCATGAACGCACCCACCCCGTGCCCATCGGGACCC----CCATACCCCTGGAACCTCTTGTGGCTTTGCTAGGAATGCCAG 

a score=445
s danRer3.chr12 23676739 259 + 37038836 GTTTTTATTTAGTATTATTGGATGTGTCATCTGAAATGTATCTTTGCAATAAACTACACTAAAATATTAATATTTCTTATGTTTGCTAGTCATTTTTTTTGACTTCTTTATATACACAGATTTTTAAATCAACATACATTTATTTGAG--------AAACAACAGAAAACTGAGCAGACTTGCTTTCTGGAAGATGAATAAAAATTAAG-------------CAAGTTTATGCttaaaattattaataaataaaatGGTTACTCCCATTTCTTTATTTTT 
s mm7.chr17     31385210 270 + 93276925 GTTTTTCATTAGTTGTATTTGATGTGAAATTAAAAATGTATCAGtgttag----ttttttgttgtgttgtggtttgtt-tgtttgtttgttagtttgtttTAATGCAAGgtatccctggctatcctagtacatgctccttttaccaggctgtgctcaaactcaagagatctgcctgcctctgcctcccaagtgctgtatcacaggcacgcgctaccacaatccagtgtgatgcgTATTTTTCCAAATAAAAAAATTGGGGGT-----TTTCTTAATTtgt 

a score=2710
s danRer3.chr12 23699264 668 + 37038836 TacagacagacagacagacagacagacagacagacaCagatagatagatagata----------------------------gatagatagaaagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatTGTAACTGTAACCTTGCTGACTGCCTGATTATTTCTGTCTGATCTCTCTCTTTCTCTCCCTCTCTGGTCTCATCAGCACCAGTAATTATGAGAAATGAACAAATGGACATAATACTAATAGAGTTTCATTATGTTAATATGCCGTGTGTCGCTGGGTGTATAAAAGCGAGTTTGTCCCTCATTCAGACACACACCTGCAGCAAACCTGTTATTTGAAGGTTACAGGCGGACTCTTTTTTCAGGAATCC------AGGGTTCATATTCATATTTATAAACATCGACTCTTCTCATAGGGTAAGTTTTATTA------ATCTCATATTGAAGCACTTAGTTTTATTCAAGATTGTTTCTTTTT---------------TTAAATATATTTTTTCAGAAGGTAAAACATCAAAGACGC--------AACTGATTGGAATGGCTAATAATGTCTATAATCTTTAGTTATAATATTTTACAGAGTTATGATTAAAAGTTTTTTGTTATTTAAGAGAAGAAAAA 
s mm7.chr16     25970299 661 - 98481019 TAAagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaagggggggagggagggagggaggggggagggagggagggagggagagagagagcaagagagagagagagagagagagagagagagagagggagggagggagggagggagggagggagggagggagggagggagagagagagggggggggagagagagCGCCAAAATAGCACTTTGATA-----CCAAAGCTATTTATACGAGCAATCTCCTTC-----------------------------AATTAT-------------ATATTTAGAATAATTTGTAGGCTTAGGTATATT-----------TGAAGAATAGTGTTTTAATGAGAATCT-TCTTTCATCCA---AGACAATTACACTATATATTTTGTC---ATTCTCCAAAAATGATATTTTTTCTTGGATCTTTTGAAAATCTTGTAATTAGTAGATATAAACCTTATGTTCTGCAAAGCATTAGGTTGTAGTATCCCTTATTACGTATGTGGGTAGTGAATGAATTTTAAG--TGTCTCTGTCTCAACAGAGAATAAGATTAAAATAATCTGTTTATGAGG---AATATAAGAGATACTCTGGAAAAGCTGAATGAGGTGTTTTATAATATTTTGAATTTTTAGTTATATCACACTTCAGCTTTCAATTCAAAAGCTTTTATTTCTATAAAAGACTAAAAA 

a score=1956
s danRer3.chr12  23709450 233 +  37038836 CTTTCCTCGCCTGTCTGATGTTCATAGTGACCTCACTCTCTATCACGGAGAACTTCACCGTTATGCTCGTGACGTATAGGTTCAAACAGTTAAGGAAGCCGCTGAATTACATCATTGTTAATTTATCCGTTGCTGACTTTCTAGTTTCGATGACAGGAGGCACGATAAGTTTTTTAACCAACGCACGAGGCTTCTTCTTCCTGGGCGTCTGGGCGTGTGTGCTGGAGGGGTTC 
s mm7.chr6      120334382 221 - 149646834 CCTTCATGGGATTTGTCTTCTTTGTGGGGACCCCACTC------------AATGCCATAGTGCTGGTGGCCACACTGCATTACAAAAAGTTGCGACAGCCCCTCAACTATATTCTGGTCAATGTATCCCTCGGGGGCTTCCTCTTCTGCATCTTCTCTGTCTTCACAGTCTTCATCGCCAGCTGTCACGGATACTTCCTCTTTGGTCGCCATGTTTGTGCTCTGGAGGCCTTC 

a score=-1351
s danRer3.chr12 23709855 1296 +  37038836 TGTCACTTGTTGC---TGGCTTCCAAT----AGGGTTTTA-GTCAttaaagggatagt-------------tcacccaaaaataaaaatttactcaccatttaaactccaagtggttccaaac-----------ctttatgagtttctatattttgttgaacactaaa---gaagatatttcgaagaaagctgagaaGGtaaaggtgtgaaacaggg-----tgaagagtgagtaa---atgatgagaaacttttaa-----ttttgggcaaactacccctttTA-------------AACACTGTTATTTTCTATT---TACTGCATACCAATAACTTTCA-----------------------CAGCAGTTTTATGTGCAATTTGTT------GGAGTTGGATATA----AAACACCTG-----TTTTTGACTTTCAAA--AATATCCTGATTATT------TCATTAACTTTCCTTGTCTTCTTTCTCCAATATTCAGAGTTATTTATAGAATT--GTTTCTATTCACTACTTAAATGTCCCTGTAGTTTTACTAGTAACGTGCAATTTGTACTTGTACAAGTGCATTTTTAAGATACATTAAGTAAACGATTATATTTAAGTAACAATTAGA-ATATTGCAACTACGCTAA-CTGTGTTTA-----------------------CTACTATGTAAAGAATAAGCAACTAGTTACCACTGCCCTTATGAAAATTACCCATTGGTTTATTTACAGTGTTATTTTAGCAATGTATTTTGGTGCAA-TATTTAACTTTTTATAACAAACACCAAGATTAAACCTTGAGTGTAAGGCTAAAAAGTAAAG---CAATTGTGGCTACT--GTGGCT-TTACAGTAAGTAGTGTGTACATTATG---ATTATTGCAGTAATGTCATAGTGAATTGTTATCCAGTCTATACTTCCAGTTTCCAAACCACGTGTCCTAGGATATTTGAGTTAATTGTAGTATCTCATGCTGTATAGGAAGGGAAACACCCTGGACTAATGGCCAATGGTAAATGTTAAGTGTAGTAAATTAAAGTGAGTATTGAGTAATCTTAGTCTAAACACAACATAAAACAGAATGTAAAAGCCTGATTTTATGTATATTATTGTCCTTGTTTTACATATCAGTCCGTTAAATAAGGACAATCAGACATGCTTTTG-----TTAAATG--TTAAATTATAAAGACATTAATGAACATAATTGCAACATACAGAGTTGAAATTCTGACACTGTGACATTATAATTATGACATTATAATTATCAACTCATGCAATTTCACCTCATTTTTCATTCAATGTAACATTTTATGTCATAACTGTG---ATGATTATTATTACCAAATGATTA-----------TTATTATCTTATGTGGCAGAAATG-GTCTTTAGTAGTTACCCTAAACACTACTCCGTCCTAAACTTTCATC 
s mm7.chr12     45023534 1370 + 117814103 TGTCACTTATTATAAGTGGCACTCAAGTGTAAGGATATTAAGTTATGGAAAATATGGTCATAAAATAACCTTGATCCAGAAA--AAAATTCTTTTGTCTAGAACACTTCAAATAGTTTCAAATATAACTTGACACCACAAAATTTTTTACAGTATACGTTATAATAAACTTGTGTCCTTTCTGAGTTTGGTTGGTAAGCTTATGAAGTGAAAAGAAAATATTTGAATATTCATTAATGTAAAAT-AGAAACCTTTAAGCTATCTTTGTTTACATTTCTTCAATTATTATTTGAATAGTAATACAAATGTTTGCAATTGCATTCTGTCTCTGAAATATTTTCAAATTCCACTTTTTTATACAGAGGCAGCAATTTTTAATACCATTTATTTTTGGCAGAGAAGGATATATGTTAGTGACTTGGTGGATTTTTGATAGTAAGATACATATTGTGAGTATTCTGGTTTGGATTATTTGCTCTGTCATTTTCCTGGTTTATATAGCATTACATATGGACTCTGGTTTTTGTTCAATGATTAAATATCATTTTAGTTTTAATATTGGTGAGCAATGAATGACTCTACAAGTGTAGCTTTTTTGCATATTCATAAATCTCTTCCAAACAAGAGATAAAAAAATTTAATGAAACAAAACAAATCTTTGTTAAAATCCAAATATTAGTTAAAATACATATTATCTACATGGTGAGTTATTGAAATACA-TATTATTATAAAAGTTA---ATTCACTTATAAATAACATTAGTT----GATTTTTTTTCATATAAGTATACTACTTTTAATAGT--------TGCATAAAACTGAAAAATATGAACAAAAAATAAAGTTTCAGATATGAATTTTTAGAGACTAATAAATGCAGAAGATTCTAGAATATGCAAATCATTTCAGTGAAAGCATAAAAA--------CTAATCTGAAAGACAAATTT-TGGTCCACATAACTAAAGA-----GTGGCTACTTTAGAATATCTAGCCAT-TGGACAAAGAAATGCCTCA---CAAAGACCATT--TGATTGTT-----CTGCAAGTAGAAATTCATATTTATAAAAC-------AAAAGTGCTGTCAAAGAGA----TGAATCTTTAGTGGATGTTGCTAATCATCCTGGGGTGGGGTA--------------AAGGAAAGAAATACAACCATTTGGAATTTAAAATGATTTGAATTATAAAGACTTTAAT------------CCCTTCTTAAATTTGATTTTTGATCCTTGGATTATGTAA-AATGACACTAT-ATCTTCAA---ATGAAACTTCTTATTAAAAGTCATTCAAC----TATTTGAAAGTATATCGAGATATATTATCCTTATTGTTTATTGAACAGGAAAGTGCATTTAATTTTTAATGAGTTAAATATATGCCTTTTAAAGTTTCAATGAATATTCC-----CTTACACTTATATC 

a score=2604
s danRer3.chr12  23712503 173 +  37038836 AGGAATTGTGGCTTTGTGGTCTTTAGCAATCTTGGCATTCGAGCGCTTTTTTGTCATCTGCCGTCCTCTGAAAAATGTCAGGCTGGGAGGCAAGCATGCAGCCATGGGTCTTATTTTTGTGTGGACCTTCTCCTTCATCTGGACAATTCCGCCAGTCCTGGGCTGGAACAGTT 
s mm7.chr6      120334799 173 - 149646834 AGGTCTAGTGACAGGATGGTCATTGGCTTTCCTGGCTTTTGAACGCTACGTTGTCATCTGTAAACCCTTCGGCAGCATCCGCTTCAACTCCAAGCATGCACTGATGGTGGTCCTGGCTACTTGGATTATTGGTATCGGGGTGTCCATCCCACCCTTTTTTGGCTGGAGCAGGT 

a score=-1128
s danRer3.chr12 23712676 335 +  37038836 ATACTGTCAGTAAAATT-----GGCACCACCTGTGAACCCAACTG-GTGAGCTCAAAATACTATTTCACAGAATCTC-CCTCTGTTTATCTGGTATTTGT---TCTTT-------------------AAAGTCCCTCTCACGGTCACAGTCTTTCAATCTCG-GTGTGTGTCTCTCTGTCAAAGAAAACCATCTGTCTAGAAAAACATCCACAGTAATACTATAGGCTATTCATGAATACTAATGTGCCTTG-----AAGATGTTCATGAAAGTGGCATTACTTGAAATCTGTAAGGTGTTCAAGTCAGGGCCTCTTACTGTGTGTTAGATTATGACAGAAAACAAAAGAAACCACTTAAAATCCAAGGC 
s mm7.chrX      69525238 332 + 164906252 AAGGGTGTAATGATACTCGAAAGGTAGCCCCTGTAGGACCAAGTGTGGAAGGTCAGACTGTGATCTTTGAGGAAATCACTTCTGATTTCTGGGTCTGTGTGGCTCCTTGCTTACAAGAAGAAAGGAAGAAACTCTCCTCAGGGTCTCAGTGAGGCACGCACATGAATGTATGTATTTGCCTATGACA----------TCAAAAGAGGCCCTGAGGCTCACTCC---CTAGACATGAAAAT--GTTTATCTTGAGTATAAGAAGCCCACAAGAA------GACTAGGAATATTCAAAATGCCCATCCTAGGGC--------------TATAGTGTAAGTGAACACTGGGTA---CATTTAAATTTCAGGGC 

a score=1684
s danRer3.chr12  23715003 104 +  37038836 ACCACACCTACATCATCACCTTTTTTGTTACATGCTTTATCCTTCCTCTTGGTGTGATCATTATCTCCTATGGTAAACTCATGCAGAAGCTCAGAAAGGTTAGT 
s mm7.chr6      120335274  98 - 149646834 ACTACACCTGGTTCCTCTTCATCTTC------TGTTTCATCATTCCTCTTTCCCTCATCTGCTTCTCCTACTCCCAGTTGCTGAGGACTCTCAGAGCTGTGAGT 

a score=4498
s danRer3.chr12  23715201 354 +  37038836 GGACTTTAA----TATGCTTAAT---AGGTATCGAACACTCATGGACGGCTGGGTAACGCACGGAAGCCTGACCGAGAGGTGGCGAGGATGGTCGTTGTAATGATAGTTGCGTTCATGGTTGGATGGACGCCTTATGCAGCATTCTCTAT---TACTGTCA-CAGCCTGTCCCACAATCTATATTGATCCTCGTCTGGGCTCAATACCGGCCTTCTTCTCAAAGACTGCAGCTGTGTACAATCCCATCATCTATGTCTTCATGAATAAACAGGTACGTCTCTGCCATTTATCATTCTTATCTGGCATTTTCAGATCACCTACAC----ATTTTGCTAGAAATAATGTTTTTGAGTTTAAGGCTTCTAGC 
s mm7.chr6      120335690 359 - 149646834 GGGCTTTGACCCTTGTGCTCAATTCCAGGTGGCAGCTCAGCAGCAAGAGTCTGCTACGACACAAAAGGCTGAACGGGAGGTGAGTCATATGGTGGTGGTGATGGTGGGATCCTTCTGTCTCTGCTACGTGCCCTATGCTGCCCTGGCCATGTACATGGTCAACAATCGGAACCACGGGCTGGACTTA----CGGCTTGTCACCATCCCCGCCTTCTTTTCCAAGAGCTCCTGTGTCTACAACCCCATCATCTACTGCTTCATGAATAAGCAGGTAAAGCGGT-CTATCTA-CATTCCCACGAGG----TTCTGGTCCATTAGACCCTGGTTCTTCCGCTATTGATGTCTTTGTGACTCAGCACCCTGGC 

a score=6033
s danRer3.chr12 23781432 557 +  37038836 GAACTCTGGAGATGGCACCAGTCGTGCGGGGAACTCTGAAGACATCACCAGCCTTGTGGGAAACTCTGGAGACGGTACCGACCATGCGGGAAACTCAAGAAATAGCACCGGCCGTGCGGGGATCTCTGGAGACGGCACCGGCCGTGTGGGGAACTCTGGAGACGGCACTAGCCGTGCAGGGAACTCTGGAGTCGGCATCGAACGTGCGGTGAACTATGGAGACGCCACTGGTCATACAAGGAACTCTGGAGACAGCACTGGCAGTGCGGGGAACTCTGGAGACGGCACCGGCCTTGCGTGGAACTCTGGAGACGGCATCGGCCGTGCAGGCAACTATGGAGACACCACTGCCCGTTCGGGAAACTCTGGAGATGGCACCGGCTGTTCAGAGAACTCTGAAGAGTGTAAGAGGGCACAGACTGTGTGGGGAACTCTAGAGACAGCACGGGCCATCTGGGGAACTCTGGAGATGGCACCGACCGTGCGGTGAACTCTGGAGATGGCTCCGGCTGTGCATGGAACTCTGGAGACGGCACTGGCCATT--TAGGGAACTCTGG 
s mm7.chrX      32315439 551 + 164906252 GGGCACCATAGGTGGCACAGGCTGTACATGGGTCACAATAGGTGGCATAGGCTGCCCATGGGGCACCATAGGCGGCATATGCTGTACATGGGTCACCATACGTGGCATAGACTGCCCACGGGGCACCATAGGTGGCATAGGCTGTCCATGGGTCACCATACGTGGCATAGGCTGCCCACGGGGCACCATAGGTGGCATAGGCTGTATATGGGTCACCATATGTGGCATAAGCTGTCCATGGGGCACCACAGGTGGCATCAGCTGTACATGAGGCACCATAGGTAGCATAGCCTGTCCGTGGGGCACCACAGGTGGCATAGGCTGTACAGAAGGCACCATAAGTGGTACAGCCTGTCCACGGGGTACCATAGGGGGCATAGGCTGTACAGAGGGCAC--------AAAAGGTGGCATAAGTTGTACAGAGGTCTCAATAGGTGGCATAGCCTGTACATGGGTCACGATACATGGCACAGGCTGTCCACGGGGCACCATAGGTGGCATAGGCTGTACATGGGTCACCATATGTGGCATAGGCTGCCCATGGGGAACCATAG 

a score=3769
s danRer3.chr12 23795353 131 +  37038836 GTGTTGTTGCTTTATAGTAAATGGAGCGTGTGTTGCTTTGTATTTTGTTTTTCTCTTCAGATGGCCCTGTTACTGTGGGAATGAGTCTGGATATCGCCAGCATAGACACAATATCAGAAATCAACATGGTA 
s mm7.chr11     88571392 122 - 122091587 GTGTTTGTGTTTCTATGTAA---------GTCTTTCTGTTTTTTTTTTCTTCCTTCTCAGGTGACCCAGTTCGGATAGCACTGACTCTGGACATCGCCAGCATCTCTAGCATCTCAGAGAGTAACATGGTA 

a score=-754
s danRer3.chr12 23798852 175 +  37038836 CTTTTTCCTTATACGAACTGCATTTGAGTGTAGGTTTTTAATCTCAGTAGATCAAGACAAAAATGAGTGTCAGATCACTGGCCCATATTTCAAAGGGCCTCTTTGATCTTTGGTCAGAGTTGTATAAGAGCTGAGTGCATGATGTAAATGTAAGCTTGTGTCGCTGCTGAAACAC 
s mm7.chr4        797254 161 - 155175443 CCTCTTTCTTACAGGTGCT-CCTGTGAATGTGGCGCTTG-----CCCTAGAGGTGGCCAGCATTGA---CCATATCTCAGAGGCAAACATGGTAGGTGCCAGTCAATCGGCTCTCTGGGTTGTGTGCCATCGGGGGGGAG-----CAAGGGACAATGGTGCCAGTGCTTACCCTC 

a score=11054
s danRer3.chr12 23799030 242 +  37038836 TCTCTCTTCAGGATTACACTGCTACCATCTTCCTTCGTCAGCGCTGGACTGACGAACGCTTGTGTTTCGATGGCAATAAGAGCTTGAGTCTGGATGGGAGGCTGGTTGAGCTCCTCTGGGTCCCCGATACGTTCATTGTGGATTCCAAGAAATCCTTCCTGCACGACATCACTGTCGAAAACAGACTGATCCGGATATTCCCCAATGGGACCGTCCTGTATGCCCTCAGGTAGTGAGATGTC 
s mm7.chr11     88572136 242 - 122091587 TTTCCCCCTAGGACTACACAGCCACTATATACCTCCGGCAGCGTTGGACAGACCCACGGCTAGTGTTCGAAGGCAACAAGAGCTTTACTCTAGATGCCCGCCTTGTGGAGTTCCTCTGGGTGCCAGACACTTACATTGTAGAGTCCAAGAAGTCCTTCCTCCATGAAGTCACAGTGGGAAACAGGCTCATCCGCCTCTTCTCCAACGGCACAGTCCTGTACGCACTTAGGTGAGCAGGCATC 

a score=5717
s danRer3.chr12 23802979 129 +  37038836 TCATGTATGTCACTGTGTTTTATTCTCTCCTTTTCCAGAATTACCACCACAGTGGCCTGCAGTATGGACCTCACCAAATATCCCATGGACAGACAGACCTGCATGCTGCAACTTGAAAGCTGTAGGTCT 
s mm7.chr11     88575591 129 - 122091587 tctttttttttctttttttcttttctttttctttttAGAATCACAACAACAGTTACATGTAACATGGATCTGTCTAAATACCCCATGGACACACAGACCTGCAAGCTGCAGCTAGAAAGTTGTGAGTAT 

a score=3075
s danRer3.chr12 23810961 144 +  37038836 CAGGGGGATATAACGTGAAAGATGTTGTTTTCTATTGGACACGGGGAAACCAATCGGTTAGCGGCCTGGATCATTTACAGCTGGCACAGTACACCCTTGAGGATCATTACACCTCTGAATCTGAAGCTGTTTATGAGACTGGTA 
s mm7.chr11     88582507 144 - 122091587 CAGGGGGATACGATGGCAATGATGTGGAGTTCTCCTGGCTGAGAGGGAATGACTCGGTGCGTGGACTTGAAAACCTGCGCCTTGCTCAGTACACAATCCAACAGTATTTCACCCTGGTCACCGTATCCCAGCAGGAGACAGGTA 

a score=7234
s danRer3.chr12 23811182 175 +  37038836 AGGTAACTACCCGAAGTTGATCTTCCACTTCAAACTCAAGCGAAGCATCCTGTATTTTATTCTGGAGACGTACGTTCCCTCCAGTGCTCTGGTGGTCTTGTCCTGGGTCTCCTTCTGGATCAGTCAGTCCTCAGTACCTGCTCGCATCTGCATAGGTAGGAACGCAATGCAATCA 
s mm7.chr11     88584455 175 - 122091587 AGGAAACTATACGAGATTGGTTTTGCAATTTGAGCTTCGGAGGAACGTCCTGTATTTCATTCTGGAAACCTATGTCCCTTCCACCTTCCTGGTGGTGTTATCCTGGGTCTCCTTTTGGATCTCCCTCGATTCAGTTCCTGCGAGAACCTGCATTGGTAAGCAGTTCCTGCAGGCA 

a score=10230
s danRer3.chr12 23815198 216 +  37038836 CAGGAGTGACGACAGTTTTGACTATGACCACCCTGATGATGGGCGCCCGCACCTCCCTACCCAATGCCAACTGCTTCATCAAAGCTATTGATGTGTATCTGGGCATTTGCTTCAGCTTCATCTTTGGTGCACTGATTGAATACGCAGTCGCCCATTTCTGCACGTTACACCAGCCCAATGCTGCCAACGCATATATGGTGAGAACCTTTATGTTGT 
s mm7.chr11     88585093 210 - 122091587 CAGGAGTGACAACGGTGTTATCCATGACAACGCTGATGATCGGCTCCCGCACATCCCTACCCAACACCAACTGCTTCATAAAGGCCATCGATGTGTACCTAGGCATCTGCTTCAGCTTCGTGTTTGGGGCCTTACTGGAGTATGCAGTTGCTCACTACAGCTCCTTACAGCAG---ATGGCAGTCAAAG---ATAGGGTAAGGATTTTGAGGGCGT 

a score=7150
s danRer3.chr12  23905514 144 +  37038836 TTTTTCTTGACAGGATTTGAAGAGGGTGCTGTCCTTTCCTCCATATCCAGGGGATTATCTGCACCCAGTGGTGTACGCCTGCACTGCAGTGATGCTGCTCTGCCTGCTAATTTCTATCATGACATACATTGTGCACCACAGGTA 
s mm7.chr7      136259358 144 + 141766352 TCTTCCTTTCCAGGATTTGAAGACTGTCCTCTCCCTGCCCCAGTACCCAGGGGAGTTCCTGCATCCTGTGGTGTATGCCTGCACCGCGGTCATGCTCCTGTGTCTCCTTGCCTCTGTCATCACCTACATCTTGCATCAGAGGTA 

a score=-279
s danRer3.chr12  23910424 175 +  37038836 AGGGACAGTGCCAAATTTAGTGAGCCGCTCCAGTTCGAGACACTTTGCAGACGGGGTCAGAA-AGATTTTTTTAGTCATAGCGTTGCGCTTCAAAGGCAGATACTTGTTCCCTTCTGTAT--------------------TACTCATGGAGCGGCTGTCTCTTCGACTGATAGA-----AGTGTGTGTGTGTGTGTTTGCC 
s mm7.chr5      103709507 195 - 153054177 AGAAACAATGTTAGCTTAAATGGACTGTCAAATTGTGTG----TGTGTGGGAGGGTGCAGTGTATGTTAAGTTAGTAAGATTTTTAAACTT--AAAGCATATTAATGTGACCTTTTGTGCAGCTGGAGTTAACCCGGAGCTGCTCCCGGAGGGAGCCCCGCTGCCGGTGTTCCATCCTGAATGTGCATGTTCCTCTTTTCC 

a score=6118
s danRer3.chr12  23910599 148 +  37038836 CCTTCAGCATAATCCGAATCAGCAGGAAAGGATGGCACATGCTCCTCAACTTCCTCTTCCACACTGCCATGACGTTTGGGGTGTTTGCAGGAGGCATCAACCAGATCAAGTACCCTGTGATCTGTCAAGTGGTAAGTCTCCCAGTTCT 
s mm7.chr7      136261438 148 + 141766352 CCCACAGTGCCATCCGGATAAGCCGGAAAGGCCGGCACGCACTCCTCAACTTCTGCTTCCACGCCGCTCTGACCTTCACCGTGTTTGCTGGTGGCATCAATCGCACCCAACACCCCATCCTGTGCCAAGCAGTGAGTGTTGCCTTCCT 

a score=4138
s danRer3.chr12  23917624 208 +  37038836 GTGTCTGCTGAAGGAGCCTTTAAT-GTTTAATGTTTCATCTTGTTTGTTGACAGGTTGGCATTATCTTGCACTACTCCTCCCTCTCCAGCATGCTGTGGCTGCTCTTCACTGCCAGGAACGTCTGCAAGGAGGTGTCCAAG--GCTCCGCCCATACCTCAGGACAGGGACCCTCCCACTCAACCACGCCCGAAAGCCACCATTTTTAGGTA 
s mm7.chr7      136266244 203 + 141766352 gtggctggaggaggtggctggaggaggtggctggTTGACATTCTCTCCTCCCAGGTGGGCATTGCTCTGCACTATTCCACGCTTTCTACCATGCTGTGGATCGGTGTGACTGCTAGGAACATCTACAAACAGGTGACCAAGAAGGCCCTGCCATGTCCTGGAGCA--GACCAGCC------ACCGTACCCTAAGCAGCCCTTGCTCAGGTA 

a score=3947
s danRer3.chr12  23919798 124 +  37038836 TCATTTCTCTT-CCTTTGGCAGGTTTTATCTGGTCAGTGGTGGGGTCCCGCTAATCATAGTCGGCGTTACAGCTGCTGTTAACTTGGATAACTACGGTAGCAGAGAT---GACGCCCCTTAGTAAGTA 
s mm7.chr7      136287723 128 + 141766352 TCATCCTTCTGATCTCTGACAGGTTCTACCTCATCAGCGGAGGGGTCCCTTTCATCATCTGTGGGGTCACAGCTGCCACAAACATCAGAAATTATGGCACCGAGGATGAGGACGTGGCATAGTGAGTA 

a score=22640
s danRer3.chr12  23920037 531 +  37038836 TGACTACACTGTCACTTTAATCACTGTCTCTGTCTGTGCTGCAGCTGTTGGATGGCCTGGGAGCCCAGTCTGGGGGGTTTCTACGGACCAACTGCCTTCTTGGTCTTGGTAATGTGCATCTACTTTCTGTGCACATACGTACAGCTAAAGCGGCATCCAGAGCGCAAGTACGAGCTCAAGGCTATGACAGAAGAACAGCAGCGTCTGGCTGTGGCTGAAATTGGCCACTGTCACGCTGTCAGCGGAGAGCCAGGTGAGCACGGCGATCACACTGGCTGCACGGCCATCACAGCCTCAATGCTGGCCAACGAGCACTCGTTTAAAGCTCAGCTTAGGGCCACCGCCTTCACGCTCTTCCTCTTCCTGGCCACCTGGGTTTTCGGAGCACTCGCTGTATCACAGGGCCATTTTCTAGACATGATCTTCAGCTGCCTGTATGGAGCCTTTTCGGTCACATTGGGGCTTTTTTTGCTCATTCAGCACTGTGCAAAACGTGACGATGTGTGGCATCGCTGGTGGGCTTGTTGTCCT 
s mm7.chr7      136288716 509 + 141766352 TAGCCACACCCCCACACTTACCTGCTTCTCC-------CTGCAGCTGCTGGATGGCCTGGGAACCCAGCCTGGGTGCGTTCTATGGGCCGGCTGCCTTCATTGCCCTGGTCACCTGCGTGTACTTCCTCTGCACCTACGTGCAGCTGCGGCGTCACCCGGAGCGCAGGTATGAGCTCAGAGAGCGCACGGAGGAGCAGCAGCGACTGGCTGTGCCAGAGAGCGGCCATCGCCACGGAGTCCGT---------------CCCGGGACCCCACCCACCTGTGATGCCCTGGCTGCCTCGCAGCTGCAGAACGAGCATTCCTTCAAGGCTCAGCTTCGTGCCGCTGCCTTCACACTGTTCCTGTTCACAGCTACATGGACCTTTGGGGCCCTGGCTGTGTCTCAGGGCCACTTCCTGGACATGATCTTCAGCTGTCTGTACGGCGCCTTCTGCGTGACACTGGGACTCTTTGTACTTATCCATCACTGCGCCAAGCGGGAGGACGTGTGGCAGTGCTGGTGGTCCTGCTGCCCT 

a score=3099
s danRer3.chr12  23920609 722 +  37038836 TGCCATTCCAACTACACAAAGTC-ACAGCCATACGCCATCTCACGGGCAGAATCAAATCCACTGCCAGGTTGACTCATCCTGTTTGGGGAAACCTCTGCTCTCCCCACACCTCTCACC---CCACTGCAAGTTGGGTAGCCTCCCCTCTACCCAGAACCACACAAG------------------CACCTGCTGTGCCACTCTACACAGTCCTTCTTCTCTAATCGGGAGCTCGACTCGCCCCC---------------AGTCCCTCCCGGATGAACTGCCCCGGCCAACCCTTCCCCTTCAGAGCTGCCTGAAGGACAGATCTAAGACTCGCTCCTTCAACCGACCTCGGCC--CTGCCTC----AGGGACTACTCCTACCACATGACCTCCACCAGCATGGACGGAAGCGTCCACAGCTCCCACCTGGACAGCCCCCACAGCGTGCACCTGGACAACCCTCTGACCTGCCACACATCACACCTGGACACCCAGCTGTCATGTCATAGCCCTCATCCGGACAACCAGCTGCGCTGCCCGAGTCCCATTCCTCACCTCGAGACTCTGGCCTCGCACGGTCTCCACGACAGCCTCTCCTGCC-ATAGCGCACACTTGGACAGTCAGCTCTCCTGCCACAGACACATGTGCTGTGCCAAAGCAGACCCGTTCTCGAGCATATGCTGCCC-----TAATGCT------GACCCATTTGTCAGCCCTTGCCAGGCAGAGG--ATCCAGACA------TGGGATCGTTGATGTACAGTTGCGCCAAAATGG 
s mm7.chr7      136289257 733 + 141766352 CGCCCATCCTAC-ACTCGATGCCAACGGGGATGCGCT------------GGGGCATACGGCCTGCCTGCAGGACTCACCATGCCCTGGGAAACTCAGAGGTTTTGGCCATCCACCAGCCAGCCACTGCAAGATGACCAACCTGCAGGCTGCCCAGGGCCATGTCAGCTGTCTGTCACCTGCCACCCCGTGCTGTGCCAAGATGCACTGTGAGCAGTTAATGGAGGAGGAGGCGGCCCACATCCACATGGCTGAGGAGGACGTCTACCCACACGATCCCCACCTGCATGACCCTCACCTGCACAGGTGCCTCAAGGGCAGAACTAAGTCCCACTACTTCAGCCGGCACCAGGCAGCTGCGGCTGAGAGGGAGTATGCTTACCACAT---CCCCTCCAGCCTGGATGGCAGTCCCCACAGTTCACGTTCGGAGAGCCCCACCAGC---TCTCTGGAGGGCCCAATGGGGATGCACACATTGGCCTGCTGTGCCCAG----------GCTGACCCCTTCCCCATGGTCAGC----CAGCCTGAGG------------GTGGAGACACAAGCCC----TGGGCTCTATGGCTGCCCCCCACACCTATCCCCAGGCCCTGCCCACTTGGAGATGCTACGAAGGACACAGTCCCTGCCTTTTGGGGGCCCCAGCC---AGAATGGGCTGCTCCAGGGTGATGTTCGAGAAGGCCTGCCATTTGGCACTGATGGGACAGGGAACATCCGAACAGGACCCTGGAAAAATGAAACTACAGTGTAGCCAGGTTGG 

a score=3320
s danRer3.chr12  23921441 90 +  37038836 AACAGTAGTCAACATGAGGATTACGCAATTACGTCTGACTCCACAGGTAACATTAGGACTGGGCCTTGGAAAAACGAGACAACCGTGTAG 
s mm7.chr5      103720161 90 - 153054177 AAAAGCAATGGGCAGGAAGGACCCTTGCTAGCTACCGACGTCACTGGTAATGTTAGGACTGGGTTATGGAAACACGAAACAACTGTGTAG 

a score=1352
s danRer3.chr12  23925520 119 +  37038836 GTTTCAAGGCTCTGGCAGCATTAATCTTTTCATTGAAATTGCTGATGAGTGTTTTTGTTATTAATGGTGTTTTTT----------------GCCAATGATAACGATTTTCTAAAATG--GAAGTTTGTAAGTGTTTA 
s mm7.chr5      103720945 136 - 153054177 GTTTAAAAGATCTCACAGAATGATTTTTTTAAATGGAAATACCATTGGAACCTGTTG-TGTAAATTGCATATTTTTGCCACATCACTTTGATCCAATTGATGCTATTTTCCATAATTTCGTGGTTTTCAGTTGTTTA 

a score=7141
s danRer3.chr12 23937951 1010 + 37038836 TTAACTATGGTCCAGT--GATGTAGGT----ATGACATATGTATCGAACTTAAACCGTACTTAAATGATACATAATGTTTAAATCTACAATCAAACAAAGCTTCAGAATTAAAAGACAACTCTTTATAAACTGGACAGTTCA-CTCATTCAAAGAATGTGAAATTACCTGAGAAATTGATTCAATTGTCTGCATTAAAAGAGGTCTATAAGAGACAGCACCATCTTTATACCAGTGATCTTTCTGCTTGCACCATAAACATACAGTGTGTCCAGTTTTC--ACAGTTCCGTTCTATACATACTCAAGGGTTTCTGATTTAAATATACAAGG---GTGAAAATTATATACATACAAAA----------------TTTTTTCAGGTACCAAACTCTTCTCTATTACACTATACCCTTTAAAAGCTTCAGGAGAACAAAACAAATCTATGGAAAAATAAGACAAGTTAACTGTATCTGTACTATTAAAAAAGGATTACA----AAAAATCTGTTTTCTACAATGAAGGATGGCGTTTGGCCTGTAGTTGCA-----TTAGTACAGCTTGCTCCAGCCTCTCGTTGCCTCCATTAGATGGCGTTGACCATGACCAATCCAGTCCTCTTGGTTTTTGAAAACTCTGCCACAAAACCAGCAGCAAAACTTCCTCTGCTGATCTAAACCTGAAGTTGAGGATCTCACCACCTCATACTTATTTCTGGAGGTCTTTTTTAACTTTAGTTTCAGAATGAATCTCTCTCGAAC---ATTGCCTCCTACTGGCCTGGATTTCTTGGTGTCACTGCCACTGGAAGCATTCTGCTTTGAAAGTGTACTTGGAGACTCG----GAGAGGGCTTTAACTGTACTTTCGGACAGTGCCACCTTGAGAACTTCGCCTTTGTATTTGTTCACGGATCTCATAATGCTAGCAACTTCAGGAATGTCTGCATCTGGGTGGTTAAGCACAACCACAGGCTGGTTTCGACGGGGATATTTGATTTCTTGGAGTGGACTAAAGGGACAGAGCCTCAGCAATCTCACGACATCTTTCG 
s mm7.chr19     20413110  986 - 61223509 TTAACTACAGTCCAGCAAGATGTAGCTTCAAAGAAAATTAATACC---TTTCAAATGAACTATAACAGAAAGTAACTTT---ATCTAAGCTCAGTCCA-TCTTTATATGTAGCAGGGAACCATTTGTGA----GAAGGTTCTTCACCTCCAGAGAAACT-------CTTGTCAGGTCGGTAAGGCTGGTGGGAG-AAGAAAGGGCTGTC-----CACCATTATCTTCTACTCAGT---CTCTAAATTCAAATGGGAAAACTCTTTTGTCAAAAATTTCCTTACCCTTCTGTCCCACATATGC---ATCTTTACACAACTAAAT---CAAGGTCTGTGCTAATTACTTTCTTTCAAAACATACGTTAACTGTGGTATTTCCAAGTACCACACATAAAGCTTTTGTTCT---------------TCCACAGAAATATAACCAACTCTTAGAAATGTTCAA------AACTATACCAATG----TAGAAAATGCCTGAATTATACCAACCCATTTTTTTCCTTCTGAGATATCTTTTCCTTGGTAATCACAGTATATTATTCTAACATATTCCAATCCCGAGTAGCTTCCACTAAATGTCTCTGTCCATGGCCAGCCCACACATCTTGATTGTCAAAAACTCTACCACAGAACCAGCAGTTAAACTGAGATTTCAAG---ACATCTTCGGAGGTAGTTTTTACAATCTGGTAATTATTTTTGCTTGTTTTTTTGAGTGTTAGTTTTAGCACAAATCTTTCTTTCACAGAATTAACAGGTTTAAGCATTTTTTGTCTCTTGGAAAAGTCATTGTAAG----TTGTTTCAGAAGTG---TTAGAAACTGGCTTCAGTAAAGCATTAATAGTTGTTTGTGACAATGAAACCTTCAGTACATGCCCATTAAACTTTGCGATAGTTTTCATTACACGTTCTACTTCTGGGGTATCTGCATCAGGATGGTTCAAGACCACAACTGGTTGGTTTCTCCTAGGACATTTCACAAGCTGTTTGGAACTAAAAGGGAAAAGTCTCAAAGTTCTACTAGAATCCTTTG 

a score=-97
s danRer3.chr12 23939989 377 + 37038836 TCTGTAGTCTGAAGGAACATCTGCTGCTTTCCTTCAGGTGTTTGCAA--GATCCGAAGTGTGGTTTTGGTGGGTCTTACAGTTTCTTGTACTGGAGCTGAAGACATCATCCTTTCTTTCTCAAGTTGCTGGCTGATAATGGCGTCTGAGTGCTTTTCAAGTATCTTACCCAGAACAGCTGCATTATTCAAGCTTGGCGCTGTATTTTCATTTGCAACAGCAGGACCTTCCGGTTTCTTTTCTGTTGATAAACTAGTCGCTTCTCCTCCTTT---TTCTGGAAGCACAGGAATGAGTGAATCATCAACAGTAGCTATGCACTCATCAACCTCGATATCAC----TATCTGACACTCGCTCTAATGTTTTCTCTCCACTTTCAGAGAC 
s mm7.chr19     20415250 348 - 61223509 TTTGGAGTTTGAACAAAAACAGGATTTTTCTGCTCTGAGGTTAGAAATGGATTCTGAACATA--------------TACAGGACCTGAATTTTGTGTTGTGGTTCGGAGTTTGTCTTTTACAAGTTGTTGTGTTATTATTGCATCTGATTGAGTCTTAAGTAATGTGATGA------------TATT------------TGGAATTTTAGTGGTCACCTCTGAATCTCTCACATCTTGTAATACTGACAATCCTTGTTTTTCTTGTCCATTACATTTTGAATTCAGATCATTTGCAGGCACATTAACACCTACACTGGCAGAAGGAACTGGGATGTCGTCTTGCATTTGGAAGTCTTTTGAAGATTTTATCACTACTTCTTCAGAC 

a score=1714
s danRer3.chr12 23940480 109 + 37038836 TTCTTGTGAGTCTTCTTCAGGCTGCATTGACTCAGGGGAGCTCCCAGAGGTAT-----------------CTTTAGAATAATTATGGAAACTAAAGACCTCTTGGCTTGGGGAATTTAGAAAGTTG 
s mm7.chr19     20416039 126 - 61223509 TTATTTGGAGATTCCTTCTGAAGGTTTTCACACAGTGTTGCTCTTGAAAACCTACGGCGTTTATTATTTACCTTTGAATAATTATGAAAAGGTAATGATCCTTGGTTAGAGAACTCAAAAGAGTTG 

a score=3629
s danRer3.chr12 23941566 129 + 37038836 CTCTTGTTTTGTTGGTATGACCTTTAGAACTAAATGCTTTTTGCCATCTACCATCTTAAAGCCCATGACTTGCGTGGTGCAGTTTGGTGGAATAGAAATTTTATTTTTT---ACCATAAGAACAGTCAGTCC 
s mm7.chr19     20416653 132 - 61223509 CTGTTTATTGGCAGGCAACAATTTTATTACGATATGCTGTCTCCCATCTACCATCTTGAAGCCCATAAACTTAGCACTGTAGTTAGCAGGAATTGTTATCTTATTATTTCTCACCAGTAACACCGTAGGTCC 

a score=1693
s danRer3.chr12 23942095 1659 + 37038836 TTGTGATTGAGTTCATTGTGATGATGGATGTGCTGAACAAAGGTTCCTGCATCTCGGGTGGAGAACTCACATTTTTTACAGCTAAACTGTCCATTACGGCTGTGGCAGCTTGTAAAGTGCCTGGTAAGCAAAAGAAGTGAATACTGCACCCCATCATTGCAAATCTCACACGTGACTAATGTGTTTCGATGCCCAATGCGATGTCGCTGAAGAGATGAGAATTCATTGGTGACAAATAAGCATAAATCACAAGGATAAGTTGGAGGAGTCCCCTTGTGTACTCCTTGAAAATGTTTCAACAAGTCGTTAGGGCTGTAAGTGGTGTCGTCTTTGCACTCAGAGCAACAAAAACTCAGTATTTTTCCAGAGAAGATTGCACCCTGCTGCATCTTACATGGAGTCTTTCCAGAAGCTTTGCCGTCTGTCTGAAGATTATCAGTGGCTGAGTCCTCAGGGGCCGTTTCATCTTGGTCACAATG------CTCATTGCAAGAGGCTGTTTCTGGAAGCTGATGCGCCAATTCAACAGGCAAAGTGTGGTCCAG--TGAGGAGTCCTCATGCTGGCTCTGGTCATGGTTTTCAGGCGGATCATCTGATGTTGTCAGGTCAACCTCCATGCTTTAGAATAAAAGCTCCTGTAGTTTTTGAAAAACAAACAAACAAACAAAACGTTATTTGACAAATGTATTAGGGAAACAACTGT-------GCGGTTAATGTTTTATAGCATTTAAGATAACCATCCCTATTAAAAACACACTTAGTTACCTAcactgttaaacccaacagtcaactttattaaat---gaaataagtgtagttaactcaaaattgactgaaaattaatttgacttatttgaaaagagttttgaaTGATatgaatgatacatacataaacacatataaacgtttatacattaaaaaaaaaaaaaaacaatctaaattttaaaaactttaaagaatttaagatgcagatgaccgtaaaatgcaccatactagttttgagaaaa----ggatccatAAAGGAGTTATTACAAAAAAAAAATCAACTTCTAAGAGCAATCTACATAACTAGGATTTGCTTACAAT-TACAGGCTACGTCTTTCCTTGTATGCTTCTTCTCTTTGAGTTCATCAAGAATACAGAACAAAAACATTTCAATACCATTCAACTGTAATTCCTAACATACATTTTTTCAC---------ACACCA----AAGCC--ATTAACAGCAAAGTTACATATAGAAATACTACAAAAATAAAACATG--GAAAAAACATTTAGAGGCTCTTAACAAGG---GTCT-------AATTATTTTAATTTTAGTTTTTTGTTGTTGATCTGGACAAGGGTGGACAAAAGACATTGAT---TAAAACACCACATGTAAACAAAAATGTTTCTCCTT---GTCAAATTAAGATTCAATTAACCAT------------TTAAGTAATGAATGCTTATATAAAA--------------TGCTAC---------------TATAAAAT-------ACTGCATTAAAAATGTATTAAAATTTAATTAGGAGCCCGAAAGCAATCAGTGCCAAATTTCAAAACTGTGAAAATACTACTTTTGTGAAACTAGCTAAATTCTACAACTTACTTCACAGAATTTTAACAACAATAAACATTTTTTTAAAATCAACAATTCATGCAATCATACTACACATCTCATACTGCTAGAGTTTAACATGTATACTGCACACAGTATGCAGA 
s mm7.chr19     20417332 1573 - 61223509 TTATAGTGCACTTCTTTATGTCTATGAATGTGCTGAACAAATGTGCCGACATCCTGGGTAAAGAATCTACACTCTTCGCACTGAAAATTACCATTAACACAATGTTTAGATGTGAAGTGTTTTGTCAAGTCCAATAAAGTATATGAACGCTCACTGTTGCAAATATCACATTTTACAAAAGTGTTCCTATGGGTTTTTCGGTGTTGTTTAAATATCTGGAAGTCACTTGCTGAAAAACTACACATTTCACAAGGAAATGAAGGTAACTCACCATGATGCCACATTTCAAAGTGTTTCTGCAAATCATTTGGACTATACTGAGTACTGTCTTGGCATTTTGAACAACTAAAGTTGAGTATTTTTGCAGACATATTTACAGTCT----CATCTT-----------------CAGCTCGCTCAGATTTACAAAG-----CAGT-ACACACTCCTCAGCA--CAGCTTACTGTTTTTACACTGATAGACTTCCTTGCAGTCTGTGGTT------------TACTCTGAAATAATAGTC--TGTATTTTTCAACTTCATGTTTCATTAAGATTTCATTTGGAATATTTATC--TTGGGTAAACAGATGTTCACATCTTTTAGTACATACT---GAAAACTAGTTTCTGAAATTTTTG----ATGTAGATACTGATCTGATAGTATCTGCTATCTCATTTCTTGTATCAAGTTTTTTCAAAATAGTTGGTTTTTCATCAC----AAAATAGCTGTGTCTGTTCAAATGGCattttttta--------attaaaaaaaaaatCCAGTTTCTTTTGTTCTGAAAACTTGTGAAGTTATTTGTGATTTAAACACAAAATAAT---ACTGAGCTGCAACAACTTCAAAATAACCAGGATTTTCCTCAAATCAATTCACCTAAA---------ATTAAACAAAG--------AATTGAAATTTTTAACAC-----AGAATTAAAA------------GTAAATTTTA------TATTTTTAAGTTCATTCTGAATCAACAAAGCAGAAATGCTAATCAAACA--CATATTCTAAAGAC-----ACAAAGACATGATCTGTTAAGAACACTCAGG--------TTTAAAGGAGGCTTCATCT-------------AACAACAT-GAACAGTAGCATC-------------ACTTTAGCTTCTGGTAT-CTTTCTTTCACTTAGGTTAGGCACCATGAGATGCCAAATGACTGTTCAAGTTACAAGTTAACATCCTTCAAGATACAGACTTAATGAAAGAACATATCACCCTCCTAAAGCAGGACAGTCTCGACCCAAATTTTCTTAAGTGTGATTTCCTACAGT----------------------AAGACACAGTTTTATGAAGGGCCATACCTGAACAG----GTCACTCATGGGAGCCAGCATAAAACACCATCAAGCATGAACTGATATTAGTGACGACTGGATGCTTCCCTAGAAGAAAATCAGAGCATTGTTACCAAATGGTAGGAATGTACAAAATAAATGCAAAAGCAACATAAATATATAAGATTTTATTT---GTTCTTGTATAAAGTATTACCA-----CAAGACTTTCACAATTTGACTTTTTTTA---CAGTTGTATTATA-GACTTCTTTCTAGGAACACCATCATAAATACCTAGATTCCCCCTTCCAATGGCT-ACGGAA-CATTTCACATTCCTACTGCTGGTGGAACTTTACCTCAACTCTTTTGCTACTATACAGA 

a score=5433
s danRer3.chr12 23953766 192 +  37038836 AGATGGAGAAGATGGAGAGGAAAGAGCAGAAGCGCCACCAGCACAAGCACAGCGGACCCAAAGCCCAGAAGAAGAACAGAAAGAAGGAGCAGGGCACCGAACCAG------AGCAGGATGAGCGCAAGAGGAACCCACGAGCGTTTAGTGTCCAGTCAGCTGTGCGCATGGCAAAAACCTTCCATCGGTTAGTGTTCA 
s mm7.chr6      31202776 196 - 149646834 AAATAGCCACCATGGAGACCAAGGACCACAAGAAACATAGGAAGAAGCACAGTGGGCCTAAAGCTGAGAAGAAAAAGAAACGGCACCTGCAAGACCTACAGCTTGGAGATGAAGAGGATGCCCGGAAGAGAAACCCCAAAGCTTTCGCAGTGCAGTCAGCTGTGCGGATGGCGAGGTCCTTTCACAGGT--GTGTTTA 

a score=9445
s danRer3.chr12 23953990 303 +  37038836 ATCCAGTGTATCAGCAGATTTCTATGTCAATAAGTGCATAGCTTTTACTTTTATCACTAAAGGAGAATGATTTTTCATTCATTTTAATGGCTCTTAATGTTGTTTTGT--------------AGGGCACAGGATATTAAAACAAAGAAACATCACATTCCCCTTGTTGACCGGACGCCTCTGGAGCCTCCGCCTGTTGTTATAGTGGTGATGGGACCTCCTAAAGTGGGCAAAAGCACTCTGATTCGATGCTTGATCAAAAACTTCACACGCCAGAAGCTTTCTGACATCTGTGGACCTGTGACTATAGTATCTGGT 
s mm7.chr6      31203694 292 - 149646834 ATCCA-TGTATTATCTGGTCTCTATACCA------------TCTGGACTTTTA------------AAAGATCTTTTGTGTTTTGGAAGTAAACTTTGTTTTGTTTTATTTTTGTAAACACATAGGACTCAGGACTTAAAGACGAAAAAGCATCACATTCCAGTGGTTGACAGAACTCCACTGGAGCCCCCACCAATAGTGGTAGTGGTGATGGGACCTCCAAAAGTTGGAAAGAGCACTTTGATACGATGCCTGATTCGGAATTTTACCAGACAGAAATTGAGTGAGATCAGAGGCCCTGTGACAATTGTGTCAGGT 

a score=2593
s danRer3.chr12 23955185 383 +  37038836 gattgtgatctgtatggatcaacgtgatctgttacacgtctaATTTAAACATGCTAGTAACATACTCTATACTGTGTCACTTTTTTGTAAGAGTATAACTGATAGTTATTTTGCTTTCAAAGCGTTCTGACTAATTTTTTAAA--TAAGATATAATGTGAGTTAATTTTTTTTGCAAATGT-------------------TTGTAGGAAAGAAACGCCGCTTGACCTTCATTGAGTGCAACAATGACATCAACAGCATGATTGATTTGGCAAAGGTTGCTGATTTGGTGAGTGCA------GACCTCTGTCAACTATCTGTAAAACTGCTTTGAGATAAATTAATGCTTAAATTTTTATTAACAGGACATTACttaaaatatatataaaaaaatttaaatGCAAATGTTT 
s mm7.chr6      31204640 386 - 149646834 GATTTTGATGGAGATAAAGAGA-GTGGCCTGTAGCTCAGCAGGATCATGGGCATTAGTTATAAACTGTCTAGAGTTGTACT-----GTAAAGGTATGT------GGTATTTTACAGTTAAAAAC-----AAGAACATTATAAAGTTAATGGATAGGGTATTCTCAAGTTTTTTTAAAATGTAAAAGTTTCATCCTTGTACTTACAGGTAAAAAGCGCAGACTTACAATTATTGAGTGTGGGTGTGACATCAATGTAATGATTGATCTAGCTAAAGTAGCAGATCTGGTAAGTCAATAGGGTGACCTGGGTTCCCAATGGAGAGTGTGACAATGTGATGGGTTA---TTTA---TCTCATTTGCAAGGAAATACTTGTGAT-TATTCAGGAAAGATAGGATAGAAGTGGTT 

a score=11382
s danRer3.chr12 23956950 236 +  37038836 TGTTATGTTTTCTTTTAAGACTGTTCTGTTATTTGACTTATTAGGTTCTGATGTTGATTGATGCAAGTTTTGGCTTTGAAATGGAGACCTTTGAGTTTCTGAATATTTGCCAAGTTCATGGCTTCCCTCGGATCATGGGGGTCCTCACACATTTGGACTCCTTTAAGAACAACAAGACACTCAGAAAAACAAAGAAACGCCTTAAAGACCGGTTCTGGACTGAAGTTTTCCAGGTA 
s mm7.chr6      31207414 230 - 149646834 TTTCATGGCTTCATTGAGAAATTGTGTTCTGTTT------TTAGGTGCTAATGCTTATAGATGCCAGCTTTGGGTTTGAGATGGAGACATTTGAGTTTCTAAACATCTGTCAAGTACATGGCTTTCCTAAAATTATGGGAGTTCTCACCCATTTGGACTCCTTCAAGCATAACAAGCAACTTAAGAAGACAAAGAAGCGTTTAAAGCACAGATTCTGGACAGAAGTCTACCCGGTA 

a score=8200
s danRer3.chr12 23957257 149 +  37038836 AGGGCGCCAAACTCTTTTACCTGTCTGGAATGGTGTACGGAGAGTATCAGATACAGGAAGTGAAGAATCTTGGCCGTTTCATCTCGGTCATGAAGTTCAGGCCTCTTGTCTGGCAAACATCTCACCCCTATGTTCTGGCTGACCGGTGA 
s mm7.chr6      31208148 149 - 149646834 AGGGCGCCAAGCTATTCTACCTTTCTGGAATGGTGCATGGAGAGTATCAGAACCAAGAGATTCACAACCTGGGCCGGTTTATTACAGTTATGAAGTTTAGGCCTCTCACATGGCAGACTTCTCATCCTTACATCTTGGCAGACAGGTAA 

a score=5422
s danRer3.chr12 23958583 139 +  37038836 TTTTGTTCCATACAGTATGGAGGATCTTACTGATCCCGAGGCTATTCGATTAAATCCCAAATGTGACAGAACTGTCTCTCTGTACGGATACCTGCGAGGGACATTCATGAAGAACAAATCTCAGGTCCACATTCCTGGT 
s mm7.chr6      31209282 137 - 149646834 TTTTATTTCCTA--GGATGGAAGACTTGACAAATCCTGAGGCTATCCGCACAAACGTCAAGTGTGACCGAAAGGTGTCTCTTTATGGTTATTTACGAGGGGCCTACCTGAAAAATAACAGCCAGATCCACATGCCAGGT 

a score=6060
s danRer3.chr12 23959270 215 +  37038836 TTCTGTAACTCTGTCT-ACAGGTGTAGGAGACTTCACCGTCTCGGATGTTGGCTTCCTCCCGGACCCCTGTCCTTTACCAGAGGTGATCAAGAAGAGAGCACTGAATGTAAAGGAGCGGTTATTATACGCCCCTATGGCTGGCGTAGGGGGATTGGTCTATGATAAGGATGCCGTCTACATCGATATGCCCTCCGGACATG----CCAAGAAGCAGCAGG 
s mm7.chr6      31209675 220 - 149646834 TTCCTGGGTTCTGTCTTCCAGGCGTGGGGGATTTTGTCGCCAGTGATGTCAGTTTTCTCCCAGACCCCTGCGCTCTTCCGGAACAGCAGAAGAAGCGCTGTTTGAATGAGAAGGAGAAACTGGTTTACGCGCCTCTCTCTGGGGTTGGGGGTGTGCTGTACGACAAAGATGCTGTCTATGTCGACCTAGGTGGCAGCCATGGCTTCCAGGCAGCGGTAAG 

a score=4106
s danRer3.chr12 23964044 392 +  37038836 TGATCTTCTCTAAATGAATCTTCAGGAAGCAGAACCCTACAGAAAGCCGTGAATGGGATGAAAACACACAGAGAGAGAGGAGAAGAGCTGTCTTTGCTGATGAAGGGGAGgatgatggtgatgaagatgatgatgatgatgatgacg---------------------------------atgaGGAGGAGGTAGAGGATGAAGATGAGGAAAATGAAGAGGG----AGAGACAAC-ACTGGAAAAGCAAGATAAGACTGCAACGGGTCCTCCTGTGAAGAAACAGAAAGTGGAGGATCCTGCAGAGATGCCTGCATTTGCTGATAGTgaagatgaactggaaaagag---tgaaggagaggaaagtgaagaggatgaaagtgaagaagaggatgaggaggagatggaagaagGGAAGTCTGCTAAGAAAAGC 
s mm7.chr6      31216006 428 - 149646834 TGGTTTTTATTTACTTGAAATACAGGCTGTGGATGCCGAAAGAGGAAAAGCAGGTGGATGTGGAAACGGGCCGAGTGCGTCGGAAAGCCATTTTTGGAGATACAGAAGATGAGTCTGGAGATGAAGAGAGTGAAGATGAAGAAGACATGTCTGAAGCTGACGGGATGGAACCTGGCTCTAGTGATGATGAGGCGGAAGAGGCAGAGGAAGAAGGTGCTGAGAGCAGCAGCGGTAACTACATGATGGGTAGGGGACGCAAACGACCAAAGCTT-----GAGGAGCAGGAGGAAGACAGTGAGGCAGACTCGCCAGCGTTTGCTGATAGCGATGATGACCTTGAGAGGAGCTCTGGGGGCGAGGAGGAGGCCGAGGAGGCGGATGAAAGCAGTGCTGACGGTGCCTCCACAGGGGAGAGGGACGCTGGGGAATGC 

a score=1931
s danRer3.chr12 23964444 30 +  37038836 AGACTCTGGACTCTGTTCAGAAGAAGAAGA 
s mm7.chr6      31216598 30 - 149646834 GGACTCTGAGCTCAGTGCAGAGGAAGAAGA 

a score=5010
s danRer3.chr12 23967724 123 +  37038836 TGTTTTTGTTAAAGGAGCTTTACGGTGGAAGGAAGGTTTGGCTGAGAAAGCAACAGAGGCATATTTAAGACAACAGCGTGCTGCTCCAAACCTGCGCAAGCTAGTGTACGGCACAGGTGAGGA 
s mm7.chr6      31217000 123 - 149646834 TGTTGGTTTCTCAGGTGCTCTGAAGTGGAAGGAAGACCTTTCCAGAAAAGCAGCAGAGGCCTTTCTCAGGCAGCAGCAAGCAGCTCCGAATCTTCGAAAGCTGATTTATGGGACAGGTAAAGA 

a score=4417
s danRer3.chr12 23968095 170 +  37038836 TTTTTGTTCAGTGGCGGAGGAG---GAAGAGGAGGGTTCTGATGATGATGAAGAGCTGGGCGGTTTATTTAAAGTCAGTCGACCAGAGAAGAGTAAGAAAGTACGA-GCTGATATGATGGACTGCTCTCGGTTTCAGCCTGACAGCAGCCATGACTGGGATCAGGAGGAGGTGA 
s mm7.chr6      31218114 173 - 149646834 TTTTTCTTTAGTGACAGAGGATAATGAAGATGAAGATGGAGACCCCGCAGAAGAGCTTGGAGGGCTGTTTCATGTCAGCCAGCCAGAT-AGAGGGTGCAAGCACAAGGCTGACTCTCTGGACTGCTCCAGATTCCCTGTGGAGGCTCCTCACGACTGGGATTTAGAGGAGGTAA 

a score=2742
s danRer3.chr12 23968334 255 +  37038836 CTTTGCTTTTTCTGAAGAATGATGTGTTTTCAGATGCTAGCCTCCATCAGGGACTGTTTTGTGACAGGAAAATGGGAGGAGGATAAAGATGCTGCAACCTTGCTTAAGGAAGATGGTAAGCAAAGCAAATGTACCTATCGCTAATTATCCTGCTCTGTT----------GTGTTCTTGGGGTCTTATAGCACAGATCTAAATTTAATG------------CTCACCAAGTGCGTACAAATTTGCTTTGGGGATGTGTATGAAATTCTTAATGTGACC 
s mm7.chr6      31223196 251 - 149646834 CTCTGATTTTTCTG-------------TGTAAGGTTATGAACAGTATCAGAGACTGCTTTGTGACTGGGAAATGGGAAGATGATAAAGATGCAGCCAAGATCTTAGCAGAGGAAGGTAAGGACGTAAGGGCTGCATATT--------TCCTTGTATGTTTGAGGTGCACGTGCCTCTGGAGGC--AAGGGACAGAGTTCATTGTCATTTCTCAGGCGGTCCTCAGACATTGCCTTCCCATTTGTTTTGG---TTTTTATttatttttagacctgatc 

a score=3925
s danRer3.chr12 23971429 91 +  37038836 TTTTTAGATGAACTCTATGGTGATTTTGAAGATTTGGAAACAGGAGAAGTTCACAAAGCAAA-----GACTGGGAATAAAGACAAAGCTGAGGTAT 
s mm7.chr6      31224528 96 - 149646834 TTTTCAGAGGAGCTCTATGGTGACTTTGAAGACCTAGAAACGGGGGACGTGCACAAAGGAAAACCAGGCCCGGATACTCAGGTATGGCTGTGATGT 

a score=7332
s danRer3.chr12 23971624 200 +  37038836 tgatgacgatgatgatgaGGAGGAGGAGGAGGCTCCCCAAATGAAATTAGATGACGATGAAGTTCAGAAGAACAAGCGTTTGGAGAAAAAGAGGCGACTGAAGGAGAGATTTGACGCGCAGTATGATGATGGAGACGCCACATACTTTGATGACCTAAAGGAGGAGATGCAGAAACAGGCTGAGGTCAGAGGTCAATCAT 
s mm7.chr6      31225067 194 - 149646834 TGAAGACATAGAGGAAGAAGAAGTGAAGGAAG------AAACTGACCCAAGTGAGGAGGAAAGTGCTAGGAAAAAGCATCTGGATAAGAAGAGAAAGCTGAAGGAGCTGTTTGATGCAGAGTATGATGAAGGAGAAAGCACCTACTTTGATGATCTTAAGGGGGAAATGCAGAGACAAGCGCAGGTAAGCAAGCAGTCCT 

a score=14712
s danRer3.chr12 23972119 619 +  37038836 AAAGTGTCATAATAGAGTAAAAATCATGACAAACTGTTCAT------------TTTTGAGTCATTTAATTCAGAATTTGACTTACACCAGC-------TCTCTTTATAT----TATAGCTGAACAGACAAGAGTTTGAAGATGTGGATGATGAAATCCGGGTTCAGTATGAGGGTTTCAGGCCAGGCATGTATGTGCGTGTGGAGATCCCTGCGGTGCCTTGTGAGTTTGTCACCAACTTTGACCCTCACTATCCCACAATCCTTGGTGGTTTGGGAGCAAGTGAGGGCAATGTTGGCTACTTGCAGGTTAGTGTGTTTAGAGACTATTTTTTAG-TGGCTTATCCAGACATAGTCGATAACCTTGTGAATAAAGTGAAGGGCACTTGATGAAACTTAAAGCCAAATGTCATTACAAATCAGGAATTTCCTGGTCTTTTCTTTATCTCCTCAAAACAGATGCGTCTCAAGAAACACCGCTGGCACAATCGTATCTTAAAGACCCGTGACCCGCTTATCCTGTCTTTGGGCTGGAGGCGCTTTCAGACCATCCCTTTGTACTACATTGAGGACCATAACGGACGTCACCGCCTGCTCAAATACACACCTGAACACATGCACTGCGGTGCCACCATATGGGGTGA 
s mm7.chr6      31228267 565 - 149646834 AACTTATTACAATAAAACCTAAATTGTTA-----TGTCCATGGTTCCTTTGTATTTTTAAAAAGTTAATCTTGATGTTGATTGAGACTCCTGGTGTTGTCTCCTTGTCTCCTCTGTAGCTTAACCAGGCTGAATTTGAAGATCAAGAAGATGAAACCAGAGTTCAGTATGAGGGGTTTCGACCTGGAATGTATGTTCGAATTGAGATCGAAAACATCCCTTGTGAATTTGTGCAGAACTTTGACCCACACTACCCAATTATTCTGGGTGGTTTGGGCAATAGCGAGGGCACTGTGGGGTATGTGCAGGTAGGTGCCCTTTGCTGCAAGATTGGAGATGGGTCATTTGGATGTACACTCTGTTTTATTGAATG------------------------------------------------------------------TTTATGTCTCC-------AGATGCGCATCAAGAAACATCGTTGGTATAAGAAAATCCTCAAGTCTCGAGACCCCATTATTTTTTCTGTAGGATGGAGGAGATTTCAGACCATCCCATTGTATTACATTGAAGACCACAATGGAAGACAAAGGCTTCTAAAATACACCCCACAACACATGCATTGTGGAGCAACTTTTTGGGGTAA 

a score=5881
s danRer3.chr12 23973762 336 +  37038836 ATGAAAGGCTTCCCTTTTCTCTTGGACTCATCCT---ATCTTAT-TTCCCCTCAGGCCAATTTCCGCATCGCTGCCACAGGAGTGGTTCTGGACTTGGACAAATCAGTTTCCATTGTGAAAAAGCTCAAACTGATTGGATACCCTTATAAAATCTTTAAGAACACCTGCTTTATCCAGGTAGGGAGTCCTGCAGAGTCAGGAGTTTCTGCGCACAGCACATCAGGGAACTGTATAAATTGTCTCCCTCTCTGAATAATTGGAGGCTCTCATCTTTGGTTATCCAAGTTTTTTTCACATTTGACCACTAGTTTTCATATTATGGGTTGCACTTCTGGTTTT 
s mm7.chr6      31230036 298 - 149646834 ATTAAAATTTTTCTTCCCCTGTTAGTCATATTTTTCAATCTTGGGTTCCTTTTAGCCTGAGTTTCGGATTGCTGCCACTGGAGTTGTCCTTGACCTGGATAAATCCATAAAAATTGTGAAGAAATTAAAACTAACTGGTTTTCCTTTTAAAATATTCAAGAATACTTCATTTATTAAGGT--------CTGTATATCCATGTATT-------------CATGTTACAAATGTATACATTGT---------TAAAGAGTAGCAGACTCTTAC------TTATCTGAAGTGTTTGCA------GCCAGCAGCACTTCCTGTGTGGATCCTCTTTTTGGGTTT 

a score=6857
s danRer3.chr12 23975493 253 +  37038836 TAAGAAAATAAGAAAATAAAGGGGTAACGTGAAGGTTGTTTTGTTTGTTTTTAAGGGAATGTTTAACACCATCCTGGAGGTTGCAAAGTTCGAGGGTGCGTCCATCCGCACAGTCAGTGGCATTAAAGGGCAGATAAAGAAAGCTTTGCGTACCCCGCCGGGTGCCTTCAGAGCCACGTTTGAGGACAGACTGCTGATGAGCGGTGA----------------GTCCA----ACTCTTTTATCTATTCATAAATATGTCTA-CTGTCTCTGCTT 
s mm7.chr6      31231931 272 - 149646834 TAAGCAAAGCTATAAGTAAAGCATGTCTGTGAGTTTTTATTTTGTTGCCTGTA-GGGAATGTTTAATTCTGCATTGGAAGTAGCCAAATTTGAAGGTGCTGTCATTCGAACTGTCAGTGGAATAAGGGGACAGATCAAGAAAGCACTCCGGGCTCCCGAAGGAGCCTTCCGCGCTAGCTTTGAGGACAAGTTGCTAATGAGTGGTAAGGATCTTTTGTGGTTTGTTCAGGATACTGTTTTA-CCATTCATTATTGAGTCTAGCTGCTGCTGATT 

a score=6615
s danRer3.chr12 23977466 185 +  37038836 TTTAGATATTGTGTTCCTGCGCTCCTGGTATCCGGTCTCGGTTCCTCGGCTGTATAACCCAGTGACGTCTCTGCTGATGCCGGTTGGACAAAAGCACACATGGTCAGGAATGAGGACACTCGGACAGCTTAAACATGACCTGGGTATCCACAATAAACCAAAACAGGACTCGCTGTACAAGGTAA 
s mm7.chr6      31232435 185 - 149646834 TCTAGATATTGTTTTCATGCGAACTTGGTACCCTGTCTCCATTCCGGCCTTCTACAATCCAGTAACATCTTTGTTGAAACCAGTGGGTGAGAAGGATACCTGGTCAGGGATGCGGACAACACATCAGCTGAGGCTTGCCCATGGAATCAAGTTAAAGGCAAACAAGGATTCCTTGTATAAGGTAA 

a score=6543
s danRer3.chr12 23979660 404 +  37038836 TTAAAAATCATTGCAAGTTT-----gtcagctctccgcatcctt---ctttgctgatgcccagggag-ccgtcaaacttcattac------agTGTCAACTATCGGCTATCAGCCAAAAGAAGTTTGGCTGAATTTC-----------------------GGCTTATTGTATATC-----AGCAAGAAATCCATTCTGGTGCATCCCTAATTTGTTGTTTTCCTCCCATCTTTAAATCTCCACAGCCAATTGAGAGGCAAGTTCGACACTTCAACCCACTCCGCATTCCCAAAGAGCTGCAGAAGGCGCTTCCTTTCAAGAGCAAACCCAAGTATATGCAGTCCAA---AGGCAAAACCCCACGGGACCTGCAGAGACCGGCTGTCATACGAGAGCCGCACGAGAAAAAGGTA-GGTGCTTTCTGACATGCCCAGCTCTTTCTTTTTTTGT 
s mm7.chr6      31236726 448 - 149646834 TTCAGAAGCCCTGCAAATGTAATGTGTGAGCTCTTTGTTTTGCTTATCTGTGTAGATGCCCACTGAGGCTGTCCACATTGGATGGTGATTGAATCCCCATTTCTGGCCGTCAGTAGATGCTAGTGTGACTGAGTTTGTAGAAAAGTCAATCCGTGAGAAGGGTTTTTTTTTTTTTTTTATAGTTTTAAGTACATACAGGTTATTCTTTAAATATGTCATGTCTGTTTAAATTTTTTCCTTTTCAGCCAATCCTGAGACAAAAGAAACATTTTAATTCACTGCACATTCCCAAAGCCTTGCAGAAGGCTCTGCCATTTAAGAACAAACCCAAG---ACTCAAGCAAAGGCAGGCAAAGTGCCGAGGGACAGGCAGAGACCGGCCGTCATACGTGAACCTCATGAGAGGAAGGTACTGTCCACAGTGACTTACTTGTCTTTGCATTTAGTTAT 

a score=4653
s danRer3.chr12 23982337 237 +  37038836 CAGGTGGCAGCATTGCTCGATGCTCTGACCACAGTCTACTCATACAAGACTAAGAAGGCGATTGCAGAACAACGCACCAAACACAAAGAATTCCTGAAGCAGAAAGAGAAACAGGAAGCGGAGAGACAGCAGAGACTCAAAGTGGAGAAAAAGAAGACCTACCGCGCAATGGGACAAAAGGAGAAGAAGAAGCTCAAATCCAGCCTGAAGGGAACATCCAAGGACAATTGAGTCTAG 
s mm7.chr6      31237493 234 - 149646834 CAGGTCCTGGCTCTGCTAGATGCTCTGAGCACAATACACAGTCAGAAAATGAAAAAGGCCAAAGAGCAGAGACGCCTGCACAACAAGGAGCATGTGAAGATGAAGCAGAAGGAGGAAGAGGACAAGCTGAGGCGGCAGAAGGACCTGAGGAAGAAGCTCTTCCGGATGCAGGGTCAGAAGGAAAAACGAAGTCAGAAGTCTAGTCTGAGAGGAG---CTGAGGATACCTGAATGGAG 

a score=3668
s danRer3.chr12 24003017 160 +  37038836 AGAGAAAACATCACAGAAACAGTCCTCCGTGGTCTGCTGCGGAGCTTCTGGGCCTGCAGGGGTCCTGGAGTAGTTCTCCTCCAGACGTGGTGATCACTTCCTCCTGGTGGAAAAGGAGACCATCAGCCAACAAAATCAACATCAGTCCTGGGACAGCCAT 
s mm7.chr14     38240270 154 + 119226840 AGGGGAAAAATCATTCAAACAACAGGTGATAGTCTGGTGGGCTATCCCTCTGTCCACAGGGTTCCTGTAGCAACTCTCCCCCTGAAACAGTGATGATCTCCTCCTAAAGGGAAAAGAGAAGA------AAAGAAATCCAATTCAGATCAAGAAGAGATAT 

a score=9733
s danRer3.chr12 24005222 268 +  37038836 CTCAAGGTGCCCGATAGGAAAGTTTACCTTGTGGAAGTTGATGAGGTCAGCTAAGGTGGCGTGGCGGTTCTGGTCAACACCTAGGAAGTTGTAATGATCACCCGAGGCGTCAATGAGGAAGTGCTTAAAGCCTGAGGGGTTGCGGTAGGACAGCGTGTAGCCCCAGATTCGCTCACTCACTCTGACCAAGAAAGAGCCTTCTACCGCATTCGTCAGCAAAGCCTCTGATTCCTGCCGGGATATTATTCCTG---CGGAGgaaggagatggg 
s mm7.chr14     38245000 271 + 119226840 CCCAACTAACCCTTCAAAGAGAGTTACCTTGTGGAAATCAATGAGATCTGTTAGGGTGGCATGGCGATTAGGGTCCACTCCCAGAAAGCTGTAGAAGTCCCCAGAAGCATCCACAAGGAAGTGTTTGAAGCCTCTCTGCAGGCGGTAGGACAGGGTATAACCCCAGATCTTCTCACTGACCCGGACCAGAAATGCTCCCTCGGTCATATTCTCCAGAAGGTCTTCTGCACTCTCTCGGCTAATAATTCCTAATTCAAAAGAAGAAAATGAG 

a score=4713
s danRer3.chr12 24007928 230 +  37038836 CCTCTCATTGCATCTGCTTTTCTGTAT-------AGAGGTCACAGTGCTGCATGGTGCCATGAGGTGAGAATAGGCCTCAAGATTCTCTTTACCGTGAAACCAGGGTGCGATGGTGTTGCTGCTTCGTTCATAACCTGCTCGTTTCGGCCTCTGCTCCTTCTTAAACCAGCGGATGATGGATTCACGCGAGTTCGGTCTGGTTGGACGAATCCAG-----ACAGGACTGAAAAGCAATGAAG 
s mm7.chr14     38264545 241 + 119226840 CCTCTAATTACAGCTACCCTCCAAGACTTCTTTCATGTGTCAAAGAGTTGGACATTAGCATCATCTGC-AGTGGGGCCCAGAAACTACACTACCATGAAACCAAGGGGCGATGGACTTGGTGTTCCTCTCAAAGCCTGCTCGGCGAGGCAGCTGTTCCTCCTTGAACCAGCGCACGATGACTTCTCTGGAGAGTGGACGCAGAGGTCGCTCCCAGGTCCTGCAaggaagaaagagagtgagg 

a score=4751
s danRer3.chr12 24008430 155 +  37038836 TTCAGGTGTGTCTTATGGAACAGACCACTGAGTCCAGCCACCAGACCCTTCTCAGCGGCCCGCAGAGACTGCCGCTTGTATTCATCTCTAGCCCTTCGTGCCTTGCATTTCATCTCCTCATCTGCCGCCTTGGAGCGCCGCACTGT---GGGAAGCAG 
s mm7.chr14     38266861 158 + 119226840 TTCTGGCCAAGCTCTTGGAACATGGTGCTTAGGCCAGCAACAGTGCCCTTCTGGATGGCTCGGAGTGAATGGCGCCGGTACTCATCCCGGGCTCGCTGAGCACGACGGCTCCTCTCTTCATCAGCAGCCTTGGATCTCCGCACTGGAAAGGAAAACAG 

a score=6948
s danRer3.chr12 24013782 198 +  37038836 AAACGCACTCCAGCCAAACCCACCTTCAGTTCCTCTCTAATGCGATCTTCCTCTTCTTCCTGCTTGGCTGCCTTTCTGTCATCCGTCTCCTCCTTCCATTTTTCTGCCGCAAAGCGAGCCTTTTCCTTCGCCATGGCATCTCGAAACTTCTTTTCAATCTCTGCCTCCTTCACACGCCT--CAGGAAATT--CAGCAGGGGT 
s mm7.chr14     38296919 196 + 119226840 AGGTGCCCCTCATACACACCCACCTTGAATTCCTCGTGTATACGTTCCTCCAAAATTT------TAGCAGCCTTGCGGTCCTCCATCTCCACTTTCCACTTCTCTGCCAGAATCCGAGCTTTCTCATTGGCCAAGGCATCCCGGAACTTCTTGGTGATCTCTGCTTCCTTCTGTCTCCTTCCAAGAGAGCAGCAGCAGGGGT 

a score=6602
s danRer3.chr12 24014040 334 +  37038836 CTCAATTTTTAACTGAGTCACATCTGCCAATCCTCACCCACCCCTAATGT-----CTCGTTGCTC----------------CCATTCCTTGACCCTGTCCTATAGTT-------------CTCTCACCTGAGTTCCTGCGCCTCTCGCTGGGCCTGTTTCCTGGCTCTCTCCTCCATCAGCTCTTCCACAATGTCTTCAAAGGGCTTGTCCCCCAGGGCATCCCCCATTACCCAAACCCACACCTCTCCATCTGAGCCCAGAAGCCACTGAATGCCTCTGCGGTTGCCTGGAAAGAGACACCACA-TGGCAAACAGCGAAATGATAGCATGGGCAACATCTTTCCTCCACTTTCCAGAGCCATCAGACC 
s mm7.chr14     38298366 359 + 119226840 CTTGATCTTTACAGAACTCAACACAGCCAA-CCTCATCAGCACCTCATTTTTCCACTCATGGCTTAGATCTCCCCAAGACTCCAGGCTCAGGCCCTACCCAGCACCCTCCCAGCCAGCACCTCTCACCAGAGCTCTTCAGCCTCTTTCTGTGCTTGCAGCCGGGCCCTCTCTGCAATCAGTTCTTCAGATATCTCTTCGTAGGGCTTGTCTCCAGGGCCTTCGCCCATGACCCACACCCAGACCTCACCATCTGCTCCCAGAAGCCACTGGAGATGCTTGTTGCTCGCTG--------CCTCACAGTGGGAGGAGGAAGAGAGAGAAAAGAAGAAACACATAGTTTCCA-GTTAAAGAGCAAGCAAGCC 

a score=7251
s danRer3.chr12 24018106 132 +  37038836 TCCCTCTCATTCCAGCGTCGCACCTGCTCCTGCCGAATCTTGTAGAAGAGGATCTGCTTCTGCTCTTCACTAAGTTCAGCCAACAGGTCAGGCTCTATATACATTTCTTGAAGAATCTGCTGCATCATCCTG 
s mm7.chr14     38317250 132 + 119226840 TCCCGTTCCCTCCATCGCCGCAGCTGCTCCTCTCGCATCTTATAGAAGAGGATGTGCTTCTGCACATCGCTGAGCTCGGCCAACAGCTCCGGGTCGATGTACATGTCCTGCAGGATCTGCTGCAGCATGATG 

a score=2761
s danRer3.chr12 24086459 761 +  37038836 tatatatatatatatttatagtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataGTTTGATATATGTACAGTAGGGGATTTACAAAATATGTTCATAGAACAtctgctcaggaagtttggcca-gaggagaaatgctcgtgcccaactgagcctggtcactctcaaggttttttttctcttcacttttttgt------gaattggtcgcattttgttccttgcatttgttgccactagcttgcttggttttgggacttgtggtgctgtgcattgatggatttgttcttcagtgtttggactttcagcagcaaaaatttt-----accactgaaattaactaaactaaacttcaactctgaaaactggactgacacagtttcacttttctagtgcttctatgttaagctgctttgacacaatctacattgtaaaaacgctatagaaataaagatgaattgaattggaatgaaACATTATCTTTACTGCTAATGACTTTTGCCATTAATGAAAA-----------ATCTATGTTTTATACAATCTATTGGCTATTGTCAAAAATGTCACCTTTTTAAAAATGACTTCAGCCAGTGGTCACATTTTTGAGCTAGAAATTTAGCACATAATTATTAAAATAACAGCTCATTTGCATATTTAAACATGGAATTTTAGAAGACTTCAT-AAAGTGATCAATCAACTGTGGATTATTTACTTGTTCCATAATAGTTT 
s mm7.chr5      21571329 625 + 153054177 TCTAAATAAAACAGTTAATTATGCATGTatgtatgtatgtatgtatgtgtgtgtatatatatatatatacacatatacatatatgtgtat-tatatatgtatatatatatgctGTTAAAAGTATACTA-----TTAATAAA-------CACATAAGACCTGCTCA-----TTTAGTAACTATGAGAATTGC---------------------------------------TCCCTTCACAGTTGTAAAATGCAGAAATAGAAGCATTTTATT---TGAGACTGACAGCAACAGTTGA--TGATATTTCAATCTAACATTCTGTAGCTTAACA-------TTTTGAATA---AAAATCTTAACAAGGATTATTTGCTCAAACAATTGAAACTTAC----CTATGCTATAGTCAGGGAAATATAAGACAAATGGCTCAAAGCATCCAGTATTTGGACG--AAATTTTTCCCAAATAATCT-CACTG----------------AGAAAGAT-----------------AACAGTCACATTTCTGTCAGT--------CTATAAATAAACAGGAAGAAAAGTAACTTAGTATTTAACAATCCCAGGGCAGTAATT-----------CCCTTTGGATTTATCTTCAACTA----------------------AATTCAGCAAAGCTTAATATATGTAACAAATTATTTGCATATTAATAAACTGTA-TTTAGAAAACCTAATCAGAGAGCTCAACCATTTGTAAATT------TTCATACATAATTGCTT 

a score=5682
s danRer3.chr12 24163771 170 +  37038836 GACTCACCTGCAGTGTCTGTGCACCCCTGCCACAGTTTCAATGATGAAGCACTCGCCCTCATTCAAACAGAAGGCCATCTCCTGACTGTCCTGGCAGGGCTTGAAGAACTCCGAACGCACCGTGGAGGTTGTGGGAGCAACTGTGTGTGAAAGAGACAGGAGGAGGGTGC 
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a score=7251
s danRer3.chr12 24245611 132 +  37038836 CAGGATGATGCAGCAGATTCTTCAAGAAATGTATATAGAGCCTGACCTGTTGGCTGAACTTAGTGAAGAGCAGAAGCAGATCCTCTTCTACAAGATTCGGCAGGAGCAGGTGCGACGCTGGAATGAGAGGGA 
s mm7.chr14     80909458 132 - 119226840 CATCATGCTGCAGCAGATCCTGCAGGACATGTACATCGACCCGGAGCTGTTGGCCGAGCTCAGCGATGTGCAGAAGCACATCCTCTTCTATAAGATGCGAGAGGAGCAGCTGCGGCGATGGAGGGAACGGGA 

a score=6602
s danRer3.chr12 24249473 334 +  37038836 GGTCTGATGGCTCTGGAAAGTGGAGGAAAGATGTTGCCCATGCTATCATTTCGCTGTTTGCCA-TGTGGTGTCTCTTTCCAGGCAACCGCAGAGGCATTCAGTGGCTTCTGGGCTCAGATGGAGAGGTGTGGGTTTGGGTAATGGGGGATGCCCTGGGGGACAAGCCCTTTGAAGACATTGTGGAAGAGCTGATGGAGGAGAGAGCCAGGAAACAGGCCCAGCGAGAGGCGCAGGAACTCAGGTGAGAG-------------AACTATAGGACAGGGTCAAGGAATGG----------------GAGCAACGAG-----ACATTAGGGGTGGGTGAGGATTGGCAGATGTGACTCAGTTAAAAATTGAG 
s mm7.chr14     80928115 359 - 119226840 GGCTTGCTTGCTCTTTAAC-TGGAAACTATGTGTTTCTTCTTTTCTCTCTCTTCCTCCTCCCACTGTGAGG--------CAGCGAGCAACAAGCATCTCCAGTGGCTTCTGGGAGCAGATGGTGAGGTCTGGGTGTGGGTCATGGGCGAAGGCCCTGGAGACAAGCCCTACGAAGAGATATCTGAAGAACTGATTGCAGAGAGGGCCCGGCTGCAAGCACAGAAAGAGGCTGAAGAGCTCTGGTGAGAGGTGCTGGCTGGGAGGGTGCTGGGTAGGGCCTGAGCCTGGAGTCTTGGGGAGATCTAAGCCATGAGTGGAAAAATGAGGTGCTGATGAGG-TTGGCTGTGTTGAGTTCTGTAAAGATCAAG 

a score=6948
s danRer3.chr12 24249867 198 +  37038836 ACCCCTGCTG--AATTTCCTG--AGGCGTGTGAAGGAGGCAGAGATTGAAAAGAAGTTTCGAGATGCCATGGCGAAGGAAAAGGCTCGCTTTGCGGCAGAAAAATGGAAGGAGGAGACGGATGACAGAAAGGCAGCCAAGCAGGAAGAAGAGGAAGATCGCATTAGAGAGGAACTGAAGGTGGGTTTGGCTGGAGTGCGTTT 
s mm7.chr14     80929725 196 - 119226840 ACCCCTGCTGCTGCTCTCTTGGAAGGAGACAGAAGGAAGCAGAGATCACCAAGAAGTTCCGGGATGCCTTGGCCAATGAGAAAGCTCGGATTCTGGCAGAGAAGTGGAAAGTGGAGATGGAGGACCGCAAGGCTGCTA------AAATTTTGGAGGAACGTATACACGAGGAATTCAAGGTGGGTGTGTATGAGGGGCACCT 

a score=4751
s danRer3.chr12 24255262 155 +  37038836 CTGCTTCCC---ACAGTGCGGCGCTCCAAGGCGGCAGATGAGGAGATGAAATGCAAGGCACGAAGGGCTAGAGATGAATACAAGCGGCAGTCTCTGCGGGCCGCTGAGAAGGGTCTGGTGGCTGGACTCAGTGGTCTGTTCCATAAGACACACCTGAA 
s mm7.chr14     80959821 158 - 119226840 CTGTTTTCCTTTCCAGTGCGGAGATCCAAGGCTGCTGATGAAGAGAGGAGCCGTCGTGCTCAGCGAGCCCGGGATGAGTACCGGCGCCATTCACTCCGAGCCATCCAGAAGGGCACTGTTGCTGGCCTAAGCACCATGTTCCAAGAGCTTGGCCAGAA 

a score=4713
s danRer3.chr12 24255689 230 +  37038836 CTTCATTGCTTTTCAGTCCTGT-----CTGGATTCGTCCAACCAGACCGAACTCGCGTGAATCCATCATCCGCTGGTTTAAGAAGGAGCAGAGGCCGAAACGAGCAGGTTATGAACGAAGCAGCAACACCATCGCACCCTGGTTTCACGGTAAAGAGAATCTTGAGGCCTATTCTCACCTCATGGCACCATGCAGCACTGTGACCTCT-------ATACAGAAAAGCAGATGCAATGAGAGG 
s mm7.chr14     80962054 241 - 119226840 cctcactctctttcttcctTGCAGGACCTGGGAGCGACCTCTGCGTCCACTCTCCAGAGAAGTCATCGTGCGCTGGTTCAAGGAGGAACAGCTGCCTCGCCGAGCAGGCTTTGAGAGGAACACCAAGTCCATCGCCCCTTGGTTTCATGGTAGTGTAGTTTCTGGGCCCCACT-GCAGATGATGCTAATGTCCAACTCTTTGACACATGAAAGAAGTCTTGGAGGGTAGCTGTAATTAGAGG 

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s danRer3.chr12 24258357 268 +  37038836 cccatctccttcCTCCG---CAGGAATAATATCCCGGCAGGAATCAGAGGCTTTGCTGACGAATGCGGTAGAAGGCTCTTTCTTGGTCAGAGTGAGTGAGCGAATCTGGGGCTACACGCTGTCCTACCGCAACCCCTCAGGCTTTAAGCACTTCCTCATTGACGCCTCGGGTGATCATTACAACTTCCTAGGTGTTGACCAGAACCGCCACGCCACCTTAGCTGACCTCATCAACTTCCACAAGGTAAACTTTCCTATCGGGCACCTTGAG 
s mm7.chr14     80981569 271 - 119226840 CTCATTTTCTTCTTTTGAATTAGGAATTATTAGCCGAGAGAGTGCAGAAGACCTTCTGGAGAATATGACCGAGGGAGCATTTCTGGTCCGGGTCAGTGAGAAGATCTGGGGTTATACCCTGTCCTACCGCCTGCAGAGAGGCTTCAAACACTTCCTTGTGGATGCTTCTGGGGACTTCTACAGCTTTCTGGGAGTGGACCCTAATCGCCATGCCACCCTAACAGATCTCATTGATTTCCACAAGGTAACTCTCTTTGAAGGGTTAGTTGGG 

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s danRer3.chr12 24260675 160 +  37038836 ATGGCTGTCCCAGGACTGATGTTGATTTTGTTGGCTGATGGTCTCCTTTTCCACCAGGAGGAAGTGATCACCACGTCTGGAGGAGAACTACTCCAGGACCCCTGCAGGCCCAGAAGCTCCGCAGCAGACCACGGAGGACTGTTTCTGTGATGTTTTCTCT 
s mm7.chr14     80986416 154 - 119226840 ATATCTCTTCTTGATCTGAATTGGATTTCTTT------TCTTCTCTTTTCCCTTTAGGAGGAGATCATCACTGTTTCAGGGGGAGAGTTGCTACAGGAACCCTGTGGACAGAGGGATAGCCCACCAGACTATCACCTGTTGTTTGAATGATTTTTCCCCT 

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s danRer3.chr12 24274947 761 +  37038836 tatatatatatatatttatagtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataGTTTGATATATGTACAGTAGGGGATTTACAAAATATGTTCATAGAACAtctgctcaggaagtttggcca-gaggagaaatgctcgtgcccaactgagcctggtcactctcaaggttttttttctcttcacttttttgt------gaattggtcgcattttgttccttgcatttgttgccactagcttgcttggttttgggacttgtggtgctgtgcattgatggatttgttcttcagtgtttggactttcagcagcaaaaatttt-----accactgaaattaactaaactaaacttcaactctgaaaactggactgacacagtttcacttttctagtgcttctatgttaagctgctttgacacaatctacattgtaaaaacgctatagaaataaagatgaattgaattggaatgaaACATTATCTTTACTGCTAATGACTTTTGCCATTAATGAAAA-----------ATCTATGTTTTATACAATCTATTGGCTATTGTCAAAAATGTCACCTTTTTAAAAATGACTTCAGCCAGTGGTCACATTTTTGAGCTAGAAATTTAGCACATAATTATTAAAATAACAGCTCATTTGCATATTTAAACATGGAATTTTAGAAGACTTCAT-AAAGTGATCAATCAACTGTGGATTATTTACTTGTTCCATAATAGTTT 
s mm7.chr5      21571329 625 + 153054177 TCTAAATAAAACAGTTAATTATGCATGTatgtatgtatgtatgtatgtgtgtgtatatatatatatatacacatatacatatatgtgtat-tatatatgtatatatatatgctGTTAAAAGTATACTA-----TTAATAAA-------CACATAAGACCTGCTCA-----TTTAGTAACTATGAGAATTGC---------------------------------------TCCCTTCACAGTTGTAAAATGCAGAAATAGAAGCATTTTATT---TGAGACTGACAGCAACAGTTGA--TGATATTTCAATCTAACATTCTGTAGCTTAACA-------TTTTGAATA---AAAATCTTAACAAGGATTATTTGCTCAAACAATTGAAACTTAC----CTATGCTATAGTCAGGGAAATATAAGACAAATGGCTCAAAGCATCCAGTATTTGGACG--AAATTTTTCCCAAATAATCT-CACTG----------------AGAAAGAT-----------------AACAGTCACATTTCTGTCAGT--------CTATAAATAAACAGGAAGAAAAGTAACTTAGTATTTAACAATCCCAGGGCAGTAATT-----------CCCTTTGGATTTATCTTCAACTA----------------------AATTCAGCAAAGCTTAATATATGTAACAAATTATTTGCATATTAATAAACTGTA-TTTAGAAAACCTAATCAGAGAGCTCAACCATTTGTAAATT------TTCATACATAATTGCTT 

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s mm7.chr10     113709639 442 - 130066766 AGCTCTGCCTGCCAAAGAGCCCTGTTTGAATTCTCATTCGGTTCAATGTGATATATACTTAGAGTCACTGGGAAAATTTGGCTGC-------------------------------TTTGAGTAGGAGAATCAGAATGTAAATT-----------------TGATTTTTTGTTTTTTTTTAA------TTTTGTGATTATAATATTTGTCACTTTCCTTTATTCTTCCTCCTAATTTTCTCAATTACCTCTCAAAATCATGA------------------CCTCTTTTTTA----TTGTTATtatatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatttatgtatgtgtgtgtgtgtgcatgtttgtgtatgtgTGTGTATTCCtaaatataatctgctcaatctgcctaatgttactcatatgtatattttcaggaatgaaaatttgatattggataaccaactgatTATTTTTTAAAGGCAATAACATTTTTCACTCAA---TAGAGTTCCTTTCAGTTTT 

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s mm7.chr14     36435064 165 + 119226840 GGCTTACCGACAGTGCTTATGGGATCCTGTCAGGGTCTCAATCACAAAGCATTCACCATCATTGAGACAATACGCCAGGTCCT---TGTCTCGACAGGGTTTGAAGTGCTCAGATCGTTCAGTGGAGTATGTTGTAGTATCTGAAGAGG--AGAGAAAAGAGGGAGATGC 

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s danRer3.chr12 24416054 447 +  37038836 GCTATCTTTACAGTTTAAAATGCCATCTTTACTATTTAAAACACTATCTTTACCATTTAAAAATCCATTTTTACAATTTAAAATGCCATCTTTATAATTTAAAACACCCTCTTTAAAATTTAAAACAGCATCTTTACTATTTAAAACGCCATATTTACAATTTAAAATGCCATCTTTACTATTTAAAATGCCATCCTTACAATTTAAAACGCCATCTTTACAATTTAAAATGCCATCTATACTATTTAAAATGCTATCTTTACAATTTAAAACACCATCTTCACTATTTAAAATACCATCTTTACTATTTAAAATGCCATCTTTACAATTTAAAACGCCATCTTTACTATTTAAAATGCCATCCTTACAATTTAAAACGGCATCTTTACAATTTAAAATGCCATCTTTACTATTTAAAATGCTATCTTTACAATTTAAAACACCAtc 
s mm7.chr6       3786470 447 - 149646834 GCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAATATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTACGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTACGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTAGGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTATGCCAGCCTTGTGAGGTAGTAGGCCAGCCTTGTGAGGTAGTAGGCCAGCCTTGTGAGGTAGTAGGCCAGCCTTGTGAGGTAGTAGGCCAGCCTTGTGAGGTAGTAGGCCAGCCTTGTGAGGTAGTAGGCCAGC 

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s danRer3.chr12  24426115 530 +  37038836 atgaataaagagacttaagccgaaggaaaattaataaatcaatgtaacatttatcaTAAAACACATTCAAACCTATAGTACAGGATATTAAGC-CTTTCTTTATAACCTGATCCCTGATCCAATCATCAGCGGAATTCTCTATTTCTAAAAACATCTGAAATCTTG---TTTATTTAAACATTTTACAGTAACAGTATCAAACTTAT--ATCTATAATAAAGTGAAATGTACTATAGGTTTCTATTCATTATTATATTCTGacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaA------------AACAATTCATCTTCATTTATTCATGTTACTAAGGCAACTGAAGGATTTTTGTGTATTTTGTTCTTAATAAGATTTTTAAAAATAAAGTTACTGATTATTCACAGAAATGAATCATTTCTCTATGCAAAGTGTCACA----AAAACCGACACGAGCTCATAGACAGCTA---GTAAATGAGACATG------CTGT--CTACCTAGA----------TCCAGTTATGGAAATAAAAGTCCCGAAATGCA 
s mm7.chr1      149825021 540 + 194923535 ACAACTAAATTTCCATGATGCAAATGATGATAAAGAATTCAAAG----ACCTA--ATGGAATAGCTTTAAATGT------CAAAGTATTAACCACTATGTTCACTATTCAA--ACTGTTCAAATGACCTGATAACTACTCTCACAAGAAAAACTTCCTTTCTTTTGCACTCTAATTAAAC--TCTATATACACCATACTGACCTTACTGATATTTATCTCAATGAATGGT------GATTTCT---TATTATTATACATGTacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacCTCCTTCCACTTCCTATTACTAATCCAATACCATCTCTACCTCAGAAGACGATAACTGAGAGAATGCCCTGTATCGTATTCCTTATATGACTTGTACAAATAAAACGGCTGATACATCATAG--------TTTTTTTCAATAATAATTGTAAAATGAGTGAATGAAAAGAAGTTAAAAGGTATCCACAGGAAAGTCAGGCATGAATCTCTTGTTACTGCATAGAACACATGTCCTCCAGAGAAGGAAAAGGACCCATGGAAATGCA 

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s mm7.chr15      2258598 311 - 103647385 TTGCTTTTAATTATAAAAGCAT---TTGATACATAGGGTCATTGTTTAGAGAAagagagg----------gagagaa----------------ggaggaggaagagagaaggggagagagggagggagaggggaagg----gagggagcagggaaaga------------ggaaaacagggagagggagatagagggggcaggcagagaaagagaaaggatgagagggagagagaggatagagagaggaaaggagggagaaa---------gggagagggagagagaTGGGCATGGAGAGAAAGACAGACAGACAGATgagacagaaaaagagacagagagatacagagacagagaTTCAAAAAT 

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s danRer3.chr12 24519907 204 +  37038836 A---------CGTTTTCTGCTCTATTAAATCCAGCAGCAGTGGTTCTAG------------AGAAATTGCAGCCCATGTAAAGTAGTT---------CAAATCCCCCATAGACGCCCGTCT--------CACAGACACACCCCCTGTGTTCCTCTGGGACAGCGAGAGGAGAGGC--TTCTGAAGACAGATTGGGACGTTCAGTCTTGGTGCCAAGTTGGGGTGA--CTTGGTTTTGAAGACTTAA 
s mm7.chr5      28992092 245 + 153054177 ATGcctactccgttctcagctcttccgaggcattcggcagtgtctgtggtgcccaagagctagaacttgctgtccctggtctccAGCTTCTCACTGCCAGATGCCCGCCCAGCGGCTGTGTGGGGTCTGTACAGTCAGACTTCCTGTGTCCCTCTGGGCCAGATGGGGGAGACCCCATTTTTAACCCACACTGTACCATCAAATC-TGGTCTCAGACTAAAATGGACCATAGTTTTGGAAGTTCAA 

a score=3988
s danRer3.chr12 24529323 743 +  37038836 agatagatagatagatagatagatagatagata------gatagatagatagata------gatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataaaagcagtttataaatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatggatagatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatagatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataga--tagatagatagaAATATGTACTGTAAATTATATACTGCACAACAAACAGCACAGTGTTAAAAAGAACAACATA---------GGATGATTAGACAGCCAAACAAACAAAA-AGTTGTTGTTGTTTACCTGAACAAGCATAA-CTCGGTCCCAAGTGACTTATTGACATGCAGCTGACCCGTCTTTTTGGGCCAT--AGTTCTGAGGATGGATCCTCCCTGGAGAACACGTTCAT-TGGGCCATTAATCCCTCTTAGACTGAAAGGTAGCTCTATCGCTATCGCCAAGTTGAGAAAGTCTATTTGTCTTTTCCATCCCTCCCTTCCTCTGCCCTCCCTTTAGCTTTCATTCTATCCTTCGTC---TTCTCTTTCTGTCATTCTCTCTCCACCCTGATTTTCATTT 
s mm7.chr3      34845266 715 + 159849039 AGTTGGAGAAATAAACATATAATTATTTCTTTAACCTGTGTTGGCAAAATGAATATCAAACAacacacagacatacacacacatgcatagacacagagagagagagagagagagagagacagatacacaca---catacacgcacagatc--caaacacacagaaactcacacagacacacacacaaattcaaacacacagagacacacacatagactcacacacaaaaagattcatacac--------------acagacacacagactctcacacagagacatacacacatacacagactctcacacagagacatacacacatacacagacacacacagactctcacacacagacagacacacagacttacacagacacattcacacacagagacttacacacagagacacaacagagacagacacacaggaactcacatatacacacacagactctcgcagactcacacacacatacTGGGTTTCATGGTGTCTTTGCATATGCATGGTCACTGTCC--------TTGCTCACATTCACCTCTCTCCTTCTCACCACCCCTTCCTTTCCACAAATGTCCCCTCTCTG-------CTTTCATGTTAGATTTTGA---CTCTGTGTCTGAAA--------------------CAAAGTATGGAAGTCT--TTGTCTTTTGTCTCCCTCACTTTCTCCTCCCCTCCCTTGGGTTACTCTCCCCTCTTCATCTTGTTCCTCTTCTATCCCCCCCTCTCTCTGTTAAATATCATTT 

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s mm7.chr5      137500031 225 - 153054177 TCGGTTTTAGTTATTAGACTTATTTTAAATACTAAAACATTTAAGATATCTCAAGTAAAAAACACCTAATTTAAAATAAAGAGTGAAGACATGATTTTGGCATAGTGGTATTGGGAAATCCCTTAGTGT---TTTACAGTTATTTAATCCAAAATGTCTGCTAATATTATAATAAATTTTACGTGAAATTAAGTATGATTTAGGTTTTCCATATGTGTCCATACATTA 

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s mm7.chr19      3567188 436 - 61223509 ATACTTACAATAGCATGTCCCCCTAAGTGGATTACCAACATAGCGATTTTCAGAGTCACATCTGTAAAAACatttaaaaaaactttttaaat--------------attaaataatgt-atatatgttaaagctatatcataaaataattctttttaaaaatGTAAACTTCCAAAAT-AACTGACTGCAGAAACCCAACAATAAATAAGCATGAGTAAACAGAAAATATTTGTGAAAAAATGTGAAAAGGCCGTATCCAGGACAGAGCCTGAGAAAAGTTTTTCTCTAAATCAATAGATGCAAACAAAGTAGAGTAATAAGATCTAAAACCAAAAGCTCAAACTCCTGACCTTTCACTAGATTATTAAAAATAAATACATTTGAAGACTCAAACACTA-AGTTAAATATTTCATAAATGTAATTACCTATAACAGCA----GAGAAATGTATTAATT 

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s mm7.chrX      49921486 696 - 164906252 TTTTTGAATATTTCAATGTATTCAAATTTCTTCTTTACTTTGGATATATAATTTTTGTTGATTATTATATTCTTCAATAGCAGAATTCTTAGTAT--TATATATGTCAATCATTTATTTCTTCCATCCTCATGTTTTTATGTACTACTAATTTTCATCTTAATTTATGGTCTAATATTTATGTGTAATTTAACTCTTCCTACTTCTAAATTTTATGCACCACTTTGGAAATCATCCCTTGAAAATAGAATTTC-TATGAAGCAGAATATTTTAATGTATTCTA-TTTATATTAATGATATTTTGATGTTATAGAATGTTAGCTCTCAATAAATATGGAAGGTTTTAATCATTATAGCTTCAGATATCTTTATGTGTTATATCCTGATTTTTTGGAGGTTTTCATTT------------TTTCCACATATATTCTAACTTCCTAAC----TTTTCTTTGTTCTTTATCTCTGTCCTCTGATCAGAT--------------AATCTCACTTGAAATGTTTTCTAATGTCTGTCCA----------CATGGATGTTTAAAGATTTTGA----------TGATTAAATGTCTATTATTACACTTTTTAAATTGAAATTTTCTGTTTCATATA---------------GTGTGTCATAGT--TTATATTCTCAGTATTTTCATTGTTATTTAT-TTGATGAAAT-ATtagaatcaaagtcaccatat-------atcaaattgaacaatagatacagaaa-atgtgatttatttacacaatg 

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s mm7.chr19      3574064 247 - 61223509 tgggcgaatggagggacagcgtgaggggagagacgactggggttggcggacatttgGTGAGAGCAg----cgggaacaggtgtgcctctgactctcctgcctgctctctggactacgctccttgtattgggttgccttgtccagtcctgactgagggcttttgccttgttttattgGAG--------------------------ACCTGCTGTTTTTTTAAGGGAAACAGAGGGGAAGTAGGGGGTGGGGGCTGTGAGGAGTGGAGAGAGGGAAAA 

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s danRer3.chr12 24845957 265 +  37038836 AGGTGA--------GAATGGTTTAAATGGTGGATGAGAAATGT-ATAAAGATGAACAATAATTAAC-----------------TGAAGAGA----AAAGTATGAGA----ACTGAACAAGACATCTTATT-----AACAGCAGTTTGTATATAATATAATAACAGAAACTGTGCATTCTGCAACTTAAGCTTGAAAGTACAGAATTGACTCATTTTTTAATCTCCTGTTGAAACAGAGCAATTCTGGGACACTTCTATGA------CTCCATATAGCACTACACTTAAGACAAAATTTACAAACACTATT 
s mm7.chr2      51813309 299 - 182548267 GGAAGACAGGTCACAACTGGCTTGACAGATTACCATAGACTGTGATTAAGACAAA-ATCATTTAGCCTGAAATGGGTTTGTAGTAAAGACAGCCTAAAGCAAGAGAAATCACTGCGTATGACTCATTATTTTTCAGCTTGTAATTTATTTCTAATAATATAGAGGCAACATTAAATT-----AACTACCATTCAAGGAGAAAAAAAGGCT-ATCTTCTGCTGTCCCCTGAAGCAACGGCTATTTT----CATCTCTGTGACAGACTCAGCATTTTGTTCCTTTGTTCAGTAAATATTTAAGAGCATTAGT 

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s danRer3.chr12 24848465 349 + 37038836 TATTTTCTCTATTAAGTTGAATGGAGTATAAAAATGCGTTGTTAAAAGCAGAGGCAAATATTCTCACCTTGGCACTTTCCACCATTGGTAGGGTCTCCATAGTATCCAGGCAAGCATGTTTCACAATGAAGGCCGGTGGTGAGGTTACGGCACTGCTCACACATGCTAACGTTCACACATGTGCTGTGGCCATTGCACTGGCATGCT--AGGAAATA------AAGGTTGCAAA------AATGATGATTATTATTGTTA------TTTTTAAACAAACAGCTATTTTATAAAACTGAGTC------------AAGaatattttatatttattaaaaaaatta-aaGCTCAAGGGTATTCAAACTCCCTTGCAAGGGACCAC 
s mm7.chr19      3592648 372 - 61223509 TAATTCATTTTTTCATTTGATTAGCACATGCACATT--------GAAGTAGGTGAAAGCGTTT--ACCTGTGCACTGCCCACCGTTGGTTGGGTCTCCATAGTACCCTGGCATGCATTCCTGACACTGTCGCCCAGTGGTGAGATTCTTACACTGCTCACAGACGTTGTTGTTGATGCACGTGCTGTGTCCATTACACTGGCAAGCTGAAGGAAACAGCAAACAGTGTCACAAAGAACCCAGTATCAGCTACGAGTGTGCAGAAGTTACTTAAAGCTGAAGTTACTTTTAAAATCAGATTCTAGGGAGGGGCAAAGAACATTCCCCAATTTTTAAATACGTAATGCGTGCAGCTGTAAGCAGCCATACTTGACAGTGACTAC 

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s danRer3.chr12 24858615 228 + 37038836 ACTTACACAAACAGTCTGCTGTCTGCCACTCCAGACACTGGCCGTAAGGGAAGGAGATGACGTAGGCATTGGAGTCCACGCAGCGTTTGGTGCTTCCACACCACATGCACTCCATGGCCTGGCTGGTGCAGTTATCACAGGTGGTGCGAAGGGAGCATGGGGTCTTACATGGCCGGGCATTCTGATTTGGGCTCACTGCAAGTGAGGAAACATG----------TATGACGTTACTTT 
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s danRer3.chr12 24858896 360 + 37038836 AAAGTAAAGGGAATAGGAGACTAACCGACTGGTTTCTCACAGATGAGGCCGTCTGTGTTGGCGGTGCATGGATTAGCCCGGAGGCCAGAGACCTGAGCTCTTTCCAGGTAAGCACAGAAACCTGAATCATTGGGCTCTCCGGGCAGCCACTGCAGAGAGGTGTTTGTGAATGGAGACTCGTCCTCCCAGCCCCAGTATGACACGTTGAACTTCCTCAGGCCCACCCACGGGGACAGTTTCT------GCAGGACAAACGCAGTGAATCACAGGAACACAGAACAAAAATAGGAGTGAATAAATCATGAT-TATGCTAATAATAAAGCTATCTCCATTAAAC-CTTTAATCAACAGGACACATTAAACT 
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s danRer3.chr12 24860904 284 + 37038836 TAAGTCATTCTTTCCGAAAATG--TCATTAAAGA-ACCCATAGTTTACATTTGTGAAAACACAGACCTTCCCCTTCTGCTGGTGCTTCTGCAGTTCCTCTAGCACAAAGTCCACCTGTTTGGCTGTGGTAAGCGAGGCGATCTTTCCTTCCAGGTTCTTGCAGTAGTGCTGAGCATTGTCAAAACTCTCCCTGCTGGAGTTGATCTGAAGACAGACCTCCCCGACATTGCTCCAGCCGTCTCCACAAAGCTGAGCTGCAAAGAAGGTCACGAAAAGGAGAGGAATTA 
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a score=7426
s danRer3.chr12 25085358 201 +  37038836 TGTCAGCTCACTCGAACCTCACTATTGGCCCCCCTCCATAAacacacacacacacac-acacacacacacacacacacacacgcaca--cacacacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaAGCCTCTATAATACTGTCCTGCACTCCCACACACACACACTCTCTGCCA 
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s danRer3.chr12 25085798 481 +  37038836 CTGGCATGACAAGGGCTACTGCAGTGTGTACATGAGCACAGATTTATCATGAGTAAAAACACATATGAAACCCATTCT-TTCCCAGCATATGATGTTGCTGATGTTTAGCTTTTAAACCTAGAACTTTCAGTCTCTTACTTTCTTTAAAGTGATTGTGTGTCTTTTGAAAACTTAAACCACTCGCTTTTTTCATAGTTTATCTTATTTTTTTATCAAATGTTTCATCTTTATGTAATTTATACCTGCATGACTTTCTTTCTT-CTGTGAAACAATATATTttctacagatgaaagtcat--------acaggtttagaaaaaacataagggtgaataaatgatgacagaagttGGTGTGAACTACTGTACAATAT---GTCCACGC--CACTGTATCTCAGCAAAACAGATCTGATCTAATTTTTATTGTGTATATATCAGACCCCCTTA-------------GTTTTTCATGAtttttgtctgttttttttttttttttttttttttt 
s mm7.chr13     36160213 458 - 116696528 CTGGCTTTACTTAGCC------AATCTGCACATTCAAAACAATACTTCTTTATCAAAAAAACA---ATAGTCTGTTTTATTCACAGCACATG-------TAGAATTTGGAACATTGACC---AAATTCCACTTTCTTCTCTT----------GTAGTGTGTCTGT----AACC--AGCTAATGAGCTGCAACAGAGCCTGGCCTTCATTTTCAGCAAATTA-------------AGTTCATCCCCAAAGGAATTGTGGTCTGGCTGTGGCACCA-GTCCTAGGTATGGGTGGGATTTGTTTCTTCTACCAGTTGTAGGTTAGCCACATGGGTACGTG--CTGTCGCACCACACAACAGAATCTTCTCTATAATAGCCAGTCTAAGTAGCCCTCTACCCCACAAAAGCAGATCCCATTTAATTTACTTTGTGTTTACAGCACTCCCTCTTAAACCGCATCATTGGCATGGCCTGATGTTTATACAACTTTTTATTTTAAACTATTTATTT 

a score=6195
s danRer3.chr12 25108164 357 +  37038836 AGTTGCCTGGCACCGAGAGAATGTATCCCGATCGGCTTTTGGTGAAGTCTGGCTGTGATTGGCTGATCTTGGTTTCCACGACCACAGTGCACTTCCTTCCATTCATACTGCAGTGAATGGGGCTCACAGTGTTCACCTGTAGCTTCCTCTTCTCACTagatagagagagagagagagagagagagagagagaAAATCATTGACATATTCCATA-TGTTGTTGTTTTGG---TTTGCAGCGCTCTGTCTGTGTGCTTGTCTCATCT-GGTTGAATGTTTCTGGGTGGATGGGCATTTTTTACGCCAGACTGTTTTGCTGAAGGGATCAATGAGGCTCTAGAGTAATTCACAGAAAAAGAGAGG 
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a score=-49
s danRer3.chr12 25129551 1104 +  37038836 gtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaatgagtgtgtatggatgtttcccagtgatgggttgtggctgcaagggcgtccgctgcataaaacatatgct----ggataagttggcggttcattccgctgtggtgaccccaaattaataaagagactattcaaacatgaaaataaatgaataaatgaaaacaatattcttcaaACATA---TTAAATACTGGCCTTTTTATAAAATG---CAGGCATAACAATTTATGACAACATTTCAGGTGATTCAGAGGAGAGTATCAAATTTCTAAATAAAATAGAAATTGTTTTAAATACATCAAAAACATTTAGAAATGAAATTATATAAAAAGAAACAAAAGAAGACTATACAGAAAGCAGCTATTACTAATAAATTTTATGTAAAAACTAA-------ATTTAGACCTCAGAAAAAAGTACAAAATAAAAAG-------AAAGTTAATATTAAAGTTTCCTTTTA---AACCTGTATTTTTACATAATTACATAAATGATTGGTTATAGTGTAATCGTTAAGTTG-AGCTAGTGTTCAAGGACAGCACTTTGTCTTCACTCTTAGTAATGTGACAGAAGACCTTG--TCAGTCTTTATCACACATAAAGC----AAGTCAACTCAGATATAATGACCTGATTTGCCTTCTCCACAAAAATGTACTGGAAGGA-----GAAAATTTATTCAGATGTTCAGCACAGTATATGGATTCATTTGCACCTGT-AGTTTGTT--------TTTACACCCCTAAATAACG---GTTCCAAAAGACGATTTTCACAGTGACTATTTTGAGT--------------TTGACCACAG----ATCTTTCACTAACATTATAACTATAAAGGCAGCCATTTTGA----------CCATTTCTTAATTTTTGTAATT--TAATACCTCTGTTAAAATT-TAATTTATAAAACTACCTTCTAAATGTGTGTATACTTCATTTAAACATTGTCAATTTATTAAAATTACAAAACACAAATATACATTCTGAGTATTTTTAGCATGGCTATAACGGGCAAATTTAATTTCACATTCGGAGACGGT----------TTAGTTACTTATACACAAGTATAAGCTACTGTGCATTACAAAAGATAATATAAT----GACTTTAATCCAATGACTGTCTGTGATA 
s mm7.chr3      96288288 1079 - 159849039 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgCGCACGTGCACATGTACATGGGGCAggaggccagggcacaactttcaggaatcagttttc---tccttcagtcctggagctggcacttggattgacaggct-tgctggcaagaacctttacccatgagttat-------ctTTTCAACCATAGATTTTTAAATCAGACAGTTTATACAATGACTTAGAAAAAACAG-------CAATAACTGATATGTT------GACTATATCAACTTTCCA-------------CTGATTTGGAC----CAAAGA-------AAATGACCTTGTGGAAAGTAAAACAACA-AAGATTTTAT---------------TTAAAAAATCCTGTCTGAAAAACACTTTGTTTATTTTGACCC----AGAAAATAAAAATTAAAATGGTGATGCAAATCTCCTTTGGATTATTTGTTTTATGTAGTTTGTGTCTTTCTTCCATGGCCTTCGTCTTTACTAGCAGAGTGTGGATTCTGCTGCATACAGCCTTGAAGCACATGG--------------TTGATAAGGATACAGTA---CTTAATTCAGAACCCATCAAAT-TAAAGTTTCTCATTCAACCTAAAGAT--TTTTTTAAATTACATTTTATGTAATTATATTGTACATGCACgtatgtaggtgggtgcgcatgtaccaca----acatgcatgtggaggtacctgtcaatttgagggaatcagttctctccttcaaactatgtgggttccaaagatcaa-----actgggcttactaggagtggcagcaagagggtctgcccactaggccatctttc-ctaccccTAAAAATTCTGGAAAAACTGGTTTGAATCCAGGACTTCATTACTTTACTTTTAAAGTTGTTTCTACAGTAATAAAAATTAGAATCTGTAAGCTTACATTTT---------TATAATTGTTCTCAA--GTATCA---TATTAAAAATCATTGATACAGATACACATTCTGAGTACTTCTAGTATAATTCAACTCGTTTATTTTAGCATCATAGTTGGCAGCTGTGAAGGTCTAACTAGTTTCTTAAATA-----ATGAACAATTGTTC-TTTCATGAGTTCATGTGATGCCAGGCTTTAACC---TTGCTGTTCTTGTTA 

a score=3352
s danRer3.chr12 25135731 148 +  37038836 TGACTAACCATGAAACTTTTTGTCTAGGATCATTTGTGACAGTTTCCTCTCAACATCATTCTGTGAATAACAGCAAATAAAAGTCCAT-TTAAAAAATGTTACATAGCATCATATATAGATTG---TAATATAATAATTGAAGTTTTATATA 
s mm7.chr11     41539327 141 - 122091587 TTACTCACCATGAAACTTCTTGTCAAGAATCATCTGTGATAATTTTCTTTCCACGTCGGCCTA-----------AAATTGAAGTACATAATTAAAGACACCAATAGTCACTGATCAGAGATCAGCCTAACATGAAAGTTAAAGACTCTTATA 

a score=2146
s danRer3.chr12 25136454 137 +  37038836 AACAGTGAAGAGAACAGTCCGTACCTTTGAGAGCTTGATGAGACCTGCTATATGTGTTATCTAATAAAAAGACAAGGTACATGGGTTATTAGCCTTCGTTCTTTTGAAATTACATTTCTCaaaaaaagaaaagaaaa 
s mm7.chr11     41539575 122 - 122091587 AACAGGCCTGAGAAC-----TTACCTTGGAGAGTTTGATGAGGCTAGATATGTGTTCAATCTAAAAGGAAAAGCAGACAGCAACACTGAAAG----------TTTGAATTTACTGCCAATATAAGAAGGACAGAGAA 

a score=8743
s danRer3.chr12 25136638 133 +  37038836 ACCTGTACTCTGGAAAAGGGCTCAATGACCCGAATGAGGTTCTGTTCCAGCAAATTGTCGTAAAGCTTGGCCAAATGTGTGTTAATGATGGGGTCGTCCCTCAGCTCTTTAGTGTACTCTGTCAGGGCCTTCA 
s mm7.chr11     41540083 133 - 122091587 ACCTGGACTCGGGAAAAAGGCTCGATGACCCGGATCAGATTCTGTTCCAGTAAGTTATCGTACAGCTTGGCCAAATGTGTGCTGATGATTGGGTCATCCCGGAGCTCTGCCCTGTAGTCTGTCAGGGCCTGCA 

a score=4622
s danRer3.chr12 25136840 276 +  37038836 CAGTCTCAATCTTACCTTTTCAAAATCTGCTAATGATCTGTTCTTGCTGGCTTGTGCTATACATTTCAGTGCATCAGTCTGAAGGGGGAAATAAAGGGCAGAGCTATAAATGA---------------GCACTTTCTCAGTTATAAATACACATACATGCAGTggggaaaataagtattgaacatattgaaagta---------tatcaccatttttctcagaaaacatatttcaaaaggtgctgctgacttgaaatttttaccagatgttgataagcaaagaattgatatatgaaaaga 
s mm7.chr11     41544921 289 - 122091587 CAATACCATGCTCACCTTTTCAAAATCTGCCAGTGATCTGTTCTTGCTAGCTTGAGCCACACATTTCAATGCTTCTGTCTGA-----GAATTAAAaaacaaacaaacaaacaaataaataaaTGTCATGAACATAATCTGTTCTGCATGTGTACATATACCCAAGGTCTCATAAGCACCT--TCTGTTATAAACAGCCTGTCCTCACCATCACTTTTTTAAGGGGACTGGGTAGAAAAG--CCAGCAGTATTGAA--TATCACTGTATGCCAACCAGTTTCCCTTTGAAATGTGAAATGA 

a score=3667
s danRer3.chr12 25137882 177 +  37038836 CTTACCTGTCTCCCTGCATATCGCAGACCAAGTTTGCCGCTGATCAAAGCTTGTACCTCTTCTGGTCTG--AAAGAGATGAACACTTTAAAATTTTAATTCGCAAACGACATTACTAAATGTTGTCAATAAAATCCATGTCAAACAAATGTTTTTTAGAACTTCTATTCATTAAAATTC 
s mm7.chr11     41547336 170 - 122091587 CCTACCTGCCTCCCTGCATACCGAAGTGCAAGCTTTCCGCTCACCAAAGCCTGGACATCTTCTGGGCTGCaaaacaaaacaacacaaacaaaataaaaaacaaaaaaagaaccaataac-----TTAATCAACTGC-TCCAGAACAGGGG---TTTAGGTTAACTATTAACCAGAATTC 

a score=1527
s danRer3.chr12 25138095 124 +  37038836 AAAGTGAAGTCCTATAAATTCTTGGAAACAATTATTGATTCAAAGTAGAGTTTGTAAGCAAACTGTGAAGTCATATGCAAAAA-----------------AAAGACATCG-------ACATTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGGAA 
s mm7.chr11     80509688 148 + 122091587 AATGTGAATCTCAAGAACTATTTAGATTGAATGATTGGGTCAAAGATGACTTTCAATCCACAATGTGAAGCTCTGTCCGATGATGGAATGGCTATTTGTGAAAGACAGTGTTCTTTTACATTGGCGATTTCTTCCGTCCTGGAAGGGA 

a score=10313
s danRer3.chr12 25139097 185 +  37038836 TCACTTACAAGCTGAGCATGATCTTACAGAGCAGCATGTATTTCAGTGCAGTGACGGCCCTGGGGCTATCGATGGAGTCGTAGCCCTCAAAAGCCTCAAAGAAGTAAGAATAGGCAGTTTTCCAATCTTTCTCCTCAGCTGCATGGGTGATACCTG--TAGTTAGAGAATTAAACAGTAGTGCATCT 
s mm7.chr11     41549264 187 - 122091587 TCACTTACGTGTTGAGCATGATTTTGCACAGCAACATGTACTTCAGAGATGTGATGGCCTTGGGGCTATCAATGGAGTCGTAGCCTTCGAATGCCTCATAGAAGTATGAGTATGCAGTTTTCCAGTCCTTCTCCTCTGCTGCATGAATAATGCCTGGCCAGTGAAAAGAAAGAACAAAGGACCATAT 

a score=5383
s danRer3.chr12  25141357 131 +  37038836 GTGGGCAGAGAGATTTTTGAATAGGGAAGATGGCAGCCGCGGCAGTGGTGGAGTTTCAGAGAGCTCAGTCTCTCATCAGCACAGACAGAAACGCTTCTATTGACATTTTTCATTCGATAGGTAAAGCTGCC 
s mm7.chr2      130621689 131 + 182548267 GCAGCCGGGGACGGTGTGAGAGTGGTAAGATGGCGGCCGCAGCGGTGGTGGAGTTCCAGAGAGTCCAGTCTCTACTTAGCACCGACCGGGAGGCCTCCATCGACATCCTCCACTCCATCGTGAAACATGAC 

a score=390
s danRer3.chr12 25141490 108 +  37038836 TAAATCCATTTCTAAAACTTTGCTTTTCGTTCTGCATGACTACTTTAATGCTTCAGTTTG-TATAGTGCTGAGGAGCCATG--AGCCGG-TGCTGCGGTGCTGACTCACTGT 
s mm7.chr11     80510340 102 + 122091587 TGGCGCCGTCCCCGCGGCTCCGCCGTCC---CGGCGCGGCC-------TGTGTGGGTCGGAGGCGGCGGAGAGGGGCCGGGCTAGCCGGCTATGGTGCTGCTGACTCACTGT 

a score=12562
s danRer3.chr12 25142261 221 +  37038836 TTGCCTGACTGCATATCAAGAGCTGCCTGGAGCTTTGGGGGACAGTAAATGGCATTGGCGGTGGTCCTGGCTGAGGTGAGGGCAGCCCTGGCTTTGGGAAGGTTACTGAGAGCATGGTAGGTTTTACTCTCCAGCAGCTGGACTTCCACCAGCAGAGCTTTATCATCCATCTTCTTCAGCTCCTGCAGCAGCTGAGACTCTG-AGGAGAAAAAAACAGAGAT 
s mm7.chr11     41553574 222 - 122091587 TTACCTGACTGCATGTCCAGGGTGGCCTGCAATTTAGGGGGGCAGTAGATGGCATTTGCTGTGGTTCGAGCAGAGGTTAAGGCAGCTCGGGCTTTCGGCAGATTACTCAGAGCATGGTAAGTTTTGCTTTCTAAAAGCTGTACTTCCACCAAAAGGGCTTTATCATCCATCTTTTTCAACTCCCGAAGCAGCTGAGAACCTGCAAAAGAAATATGCACATAT 

a score=4028
s danRer3.chr12 25142483 292 +  37038836 ATAATCCTAAAAAAATGCCTT-CCTTCAAGAATAAAACAATACAGTGGGTTTAGAAGTCACAAAAGATTAGTTAGAAATTCaatatatatatatatattttattattaataCAACTCAATTACTATGAAACCAATAACCGTATTTGGCTTAAACT--TTTGGATCCCACTTTATAGGCATTTCTTT----TCCAC-ATTATTCTTACCTAGCTGAAGGGCTTCCTGATATCTCTTGGTGTCAAAATAGAGTGAAATGAGCCGAGCCTGACAAAAAACAGAGAGGTATTAATCATAAACAA 
s mm7.chr11     41563850 282 - 122091587 ACGAATCTAAAGCAGGACTTTACCGTGACAAATTTTATAAATTTGTAAATTTATGAATTGTAAACTACTTGAAATACTTCTTAGACACAAGTAAA-ATATAATTATTAA-------CAATCAGTAAGAA-----TAACCAGGTTTGGAATCCACTCATTTGG---CTAGTTTAGAGGTCTTACTTTGATTTCTACCAGTTTACTTACCCAAATGCAATGCTTCCTGGTACCTCTTGGTATCAAAATACAAAGACACCAGCCTTGCCTAGGAAAGA--GAAAAGGCATTGATTACAAGGAA 

a score=7767
s danRer3.chr12 25145101 169 +  37038836 CTCTGCTTTAGCCCATTCGATGCATTCCA--GACACAGCTCGACCTCCTGGCCCGTGGCGGCTTCCATGTCCAGAAATAGATCCAGCAGTGAACGAACCAACCGTGCTGCCTTGGCCTTACTTATGGAGATCAAGAAAGGTCTCACAAACTTCAGCAGGCCTCCAAGCTCT 
s mm7.chr11     41571594 170 - 122091587 CTTCTTTCTACACCATCTGTTTCCTGCCATTAATATAACTT-ACCTCCTGCCCTGTGGCTGCTTCCATATCTAGAAACAGATCAAGAAGAGACCGGACCAGACGAGCTGCTTTAGCTTTACTGATGGAATTCAAGAAAGGCCGTACATACTTCAGGAGTCCTCCAAGCTCT 

a score=7205
s danRer3.chr12 25145330 169 +  37038836 GCAATTCTCACCTGCAGCTTGTCCCGTCTTGGCCAAGAGACTGCCCAGCTCCAGGATACTCTGCTCCTTGACACGCACCGCCTCTTCATCATCTTCCTGGACATCTCGTCTCACTAACAAACAAAAAATACGCCTTGTAAAAGAAATGTTACTTAATTGAAGAGATGAA 
s mm7.chr11     41578195 159 - 122091587 GTAAGACTTACCAGCAGCTTGTCCAGTCTTCGCCAGGAGAGAACCCAGTTCAAGGATGCTCTGCTCTTTGACCTGGACTGCCTCCTCATCATTTTCTTGAATGTCACGTTTCACTAAGAAAAGAAAATGAACTCtt--------aaaatta--tgattaaaaaaatgaa 

a score=3206
s danRer3.chr12 25148142 52 +  37038836 ACGATCAGTGCATTTTATTTT-CCATCACAGTACAAAAATAAATCAAAATAAG 
s mm7.chr11     41528834 53 - 122091587 ATGGTCAGTGCATTTTATTGAATCAGCACAGTACAAAAATAAATAAAAATAAG 

a score=47686
s danRer3.chr12 25151711 922 +  37038836 CTCACCGGTCCAGGCCGATAAGCAGACGACTCCGTTCCTCCTCCTTCTGGCTCTCGTTTTTAAGGTCCGCAAAGACCTGGGTGAAATAGTGAGGATCCGAGTTGATCTGCAGCATCTTGGCGCTCATCAAATTTATGATGGACAGACAGCGGTCCCAGAATGTCTCCTTGGAGGTCTCCACAAGGAATGGCTTGAGAGGGTACGAGATCTCATTGCCCATGTATGAGTAAGACAGGTAGAGGCAGGTCAGTAGGACGGCCTGCAGCTCGTGCTCTGTGGCCACCTCAGAGGAGACCACGTCTCGGCAGAGCATGTAGACGAAAACTACATTGGCCGGGGTGATGAATCCCTGGTCCTGCCAGCCCTGCAGGAGCAAAGAACGGTCCACGCTGCGGAGCCACAATACCGGGTCTGTAGGGGACAGATGCTTGAGCCGATAGCACCTCCGGCAGAGGAACTCCCCAAGACAACGCAGAAGCTCGCTGGTGGAGGCCTGAACGATCACCCTCTTGGGTGTCCCAGGGACAGCGTTGGAGTTGGAAAGAGGTGCTTTCTTGACAG-------------------------AGGAAGCTGTGTTGTTGGAGTTTTTGGAGCCTTGGTTTGACGGACTTGTCTGGTCCTGCGTAAAGGAGGCGAGATTTGCACATGACTGGGACTTCTTGAGGTTCTCATTGTTAAGGTGAGAAACATTGTTCTGGTAGGTGGTGTTTGGCTGCACCTTCTTAGACCCCTTTTTCTTGGCTGAAACGGCTACTATTCGCTTCCATGGCAGTACGTTGATGAGTGGGTGCCGTTTTAGGTTCTTGTCTTTGGCGTTCTTGCTGTTCTGAACCGCCGTGTAGTGGCCCACTGTGGCGGGGCCATCTTCGAACAGGGCAGCCTTCCGGTAGCTGGGTGAAAGTGATAGCACGGTTCCCATGATGCC 
s mm7.chr11     41531579 931 - 122091587 CTCACCGATCCAGCCCCAGGAGGAGTCGCTTC---TTGTCCTCCTGACCGCTCTCATTCTTCAAGTCAGAGAACACTTGTGTGAAATAGTGTGGGTCGGCATTGATCTGCAGCATCTTGGAGCTCATGAGGTTGATAACTGAGAGGCAACGGTCCCAAAAGGCTTCCTTACAGCTCTCTACCAGGAAGGGCTTGAGCGGGTAGGAGATCTCATTGCCCATGTAGGAATAGGAGAGGTACAGACAGGTCAGCAGGACAGCCTGGAGCTCATGGTCGGAGCCCACCTCAGAGGAGATGACATCCCTGCAGAGCATGTAGAGGAAGACCACATTGGCCGGTGTGATGAAACCCTGGTCCTGCCAGCCCTGCAGAAGCAGGGAGCGGTCCACGCTGCGCAGCCAGAGCACGGGGTCCGTTGGGGACAAGTGCTTCAGGCGGTAGCACCGGCGGCAGAGAAACTCACCCAGGCAGCGCAGCAGCTCACTAGTGGACGCCTGGACGATGACCCGTTTGGGTGTCCCTG---CAGAGGTGATGGCAGGGTGCGGGGCCTTCTTGACAGAAGAGGAGACCCCAGTCTGGGAGCCAGAAAGCTGGCTGGCTGGGGGTGCGGGCGGCT----------GAGCCGGCGGGGGCTGGGCGAATGTGGACAGGTTGGCACAGGACAGCGACTTCTTCAGGTTCTCATTGTTGAGATGCGCGATGTTGCTCTGGTAGCTGCTGTTGGGCTGCGCCTTCTTGGAGTTCTTCTTCTTCGCTGACACCGCCACGATCCTCTTCCAAGGCAGCACCGAGATGATGGAGTGCCGCTTCAGGTTCTTGTCCTTGGCGTTCTTGCTGTTCTGCACGGCCGTGTAGTGGCCCACGGTGGCCGCGCCATCCTCAAACAGTGTGGCCTTCCGATAGCTGGGGGATAGGGACAGCACCGTGCCCATGGTGCC 

a score=11641
s danRer3.chr12 25157578 190 +  37038836 TGCTGCAGGAGCTGAAGAAGATGGATGATAAAGCTCTGCTGGTGGAAGTCCAGCTGCTGGAGAGTAAAACCTACCATGCTCTCAGTAACCTTCCCAAAGCCAGGGCTGCCCTCACCTCAGCCAGGACCACCGCCAATGCCATTTACTGTCCCCCAAAGCTCCAGGCAGCTCTTGATATGCAGTCAGGCAA 
s mm7.chr11     80537823 190 + 122091587 TGCTTCGGGAGTTGAAAAAGATGGATGATAAAGCCCTTTTGGTGGAAGTACAGCTTTTAGAAAGCAAAACTTACCATGCTCTGAGTAATCTGCCGAAAGCCCGAGCTGCCTTAACCTCTGCTCGAACCACAGCAAATGCCATCTACTGCCCCCCTAAATTGCAGGCCACCCTGGACATGCAGTCAGGTAA 

a score=10002
s danRer3.chr12 25158266 252 +  37038836 TTCTTTTAAAGTCAGAGAAAAAAACTCTTTATATCCATGTTGTCTATGTTTGATCAAATTTGCTAAAAGATGCTCTACTGTTTAATTCTTTAACTA--CAGGTATAATCCATGCAGCTGAGGAAAAAGATTGGAAAACTGCCTATTCTTACTTCTTTGAGGCTTTTGAGGGCTACGACTCCATCGACAGCCCCAGGGCCGTCACTGCACTGAAATACATGCTGCTCTGTAAGATCATGCTCAGCTTGTAAGTGA 
s mm7.chr11     80542079 244 + 122091587 tgctgttggggtcaatttctaaggctttttagagc----tttcttatggttctgttattTT------ATATGGTCCTTTGTTCTTTCTTTTCACTGGCCAGGCATTATTCATGCAGCAGAGGAGAAGGACTGGAAAACTGCATACTCATACTTCTATGAGGCATTCGAAGGCTACGACTCCATTGATAGCCCCAAGGCCATCACATCTCTGAAGTACATGTTGCTGTGCAAAATCATGCTCAACACGTAAGTGA 

a score=4527
s danRer3.chr12 25159670 74 +  37038836 TTTTTCAGACCAGAAGAGGTACAGGCTTTGATCAGCGGCAAACTTGGTCTGCGATATGCAGGGAGACAGGTAAG 
s mm7.chr11     80544177 74 + 122091587 ttttGCAGCCCAGAAGATGTCCAGGCTTTGGTGAGCGGAAAGCTTGCACTTCGGTATGCAGGGAGGCAGGTAGG 

a score=4250
s danRer3.chr12 25160449 317 +  37038836 ttatttcacataacttcatttgttaactaattagactagttttcttttcatatatcaattctttgcttatcaacatctggtaaaaatttcaagtcaa---cagcacctttagaaatatgttttctgagaaaaatggtgatatatttcaatacgttcaatacttattttccccACTGCATGTATGTGTATATATAACTGAGAAAGTGCTCATTTATAGCTCTGCCCTTTATTTCCCCCTTCAGACTGATGCACTGAAATGTATAGCACAAGCCAGCAAGAACAGATCATTAGCAGATTTTGAAAAGGTAAGATTGAGACTG 
s mm7.chr11     80546377 289 + 122091587 TCATTTCACAT---TTCAAAGGGAAACTGGTTGGCATACAGTGATATTCA-ATACTGCTGGCTTTTCTACCCAGTCCCCTTAAAAAAGTGATGGTGAGGACAGGCTGTTTATAACAGAAGGTGCTTATGAGACCTTGGGTATATGT--ACACATGCAGAACAGATTATGTTCATGACAtttatttat--------------------ttgtttgtttgtttgtttTTTAATTC-----TCAGACAGAAGCATTGAAATGTGTGGCTCAAGCTAGCAAGAACAGATCACTGGCAGATTTTGAAAAGGTGAGCATGGTATTG 

a score=8743
s danRer3.chr12 25160835 133 +  37038836 TGAAGGCCCTGACAGAGTACACTAAAGAGCTGAGGGACGACCCCATCATTAACACACATTTGGCCAAGCTTTACGACAATTTGCTGGAACAGAACCTCATTCGGGTCATTGAGCCCTTTTCCAGAGTACAGGT 
s mm7.chr11     80551371 133 + 122091587 TGCAGGCCCTGACAGACTACAGGGCAGAGCTCCGGGATGACCCAATCATCAGCACACATTTGGCCAAGCTGTACGATAACTTACTGGAACAGAATCTGATCCGGGTCATCGAGCCTTTTTCCCGAGTCCAGGT 

a score=2403
s danRer3.chr12 25161051 79 +  37038836 TACCTTGTCTTTTTATTAGATAACACATATAGCAGGTCTCATCAAGCTCTCAAAGGTACGGACTGTTCTCTTCACTGTT 
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a score=3883
s danRer3.chr12 25161706 148 +  37038836 TATATAAAACTTCaattattatatta---caatctatatatgatgatatttaatattttttaaattGACTTTTATTTGCTGTTATTCACAGAATGATGTTGAGAGGAAACTGTCACAAATGATCCTCGACAAAAAGTTTCATGGTTAGTCA 
s mm7.chr11     80552119 141 + 122091587 TATAAGAGTCTTTAACTTTCATGTTAGGCTGATCTCTGATCAGTGACTATTGGTGTCTTTAA---------TTATGTACTTCAATTT-TAGGCCGACGTGGAAAGAAAATTATCACAGATGATTCTTGACAAGAAGTTTCATGGTGAGTAA 

a score=9241
s danRer3.chr12 25162562 184 +  37038836 CTCTGTATAACTAAATAATCAAATTCACTCTTTCAGGCATCCTCGACCAAGGTGAAGACGTGCTCATCATATTCGAGGAGCCCCCTGTGGACAAAACTTACGAGGCAGCTCTAGAAACCATACAGAACATGAGCAAAGTTGTGGATTCACTGTACAACAAGGCTAAGAAGTTAACATAGGTGAG 
s mm7.chr11     80552990 184 + 122091587 CTCCTTCCACCTGGTTTGTCACTGTGTTTCTTTCAGGGATTTTGGACCAGGGGGAGGGTGTCCTGATCATTTTCGATGAACCCCCAGTAGATAAAACTTATGAAGCTGCTCTGGAAACTATTCAGAACATGAGTAAAGTAGTGGACTCCCTCTACAGCAAAGCCAAGAAGCTGACATAGGTGAG 

a score=5713
s danRer3.chr12 25180854 233 +  37038836 tatatatatatatatatataccatgaagctaataattcaggagtgctaataatt--ttgccttcaactataTATACAATTGTCTAAGATGTCCCTTTCT------TTCAACAGGAGACTTACGGATCCTTTGACTACACATCTTTGCTTTACTTGTCTGATTATGGGTTGGATTTTGGTGGCGGACGGTTTGTGTTCATGGACCCCAACAGCAATAGAACGGTGGAGCCACGTGCTGGTAA 
s mm7.chr11       798896 240 - 122091587 tatatggacacaaacacatactcataag-taataataTAGTTTTTTAAAAAAAGAGCCGTATTCCCTTAAGAATTGAGAAGTCTAACCTGCTCCCTCATGCTCCACCCCACAGGTGACCTACGGCTCTTTTGACTACACTTCGCTGCTTTACCTATCGGATTACTTAGAGGACTTCGGTGGAGGGCGCTTTGTGTTCATGGAAGAAGGGTCCAACAAGACAGTGGAGCCCAGAGCTGGTAA 

a score=6194
s danRer3.chr12 25203541 205 +  37038836 TTTTTCAGCAC----------ATCACTTCACCCCTTCT-CTCGTTTCTCTCGCTCAGCACCTCTTCTTTTATCTGCTGCAGGTCGGGTCTCCTTCTTCTCATCCGGTTCTGAGAACCTCCATCATGTGGAGAAGGTTGCTTGGGGCACACGATATGCCATCACGGTGTCCTTCACATGTGACCCTGATTTTGCCATTGATAACCCCTCATTGCCGT 
s mm7.chr11       804525 214 - 122091587 TTGTCCAGCACTGCTGTGTTTATTGCTGTGTCCCTCCTGCCAGTGTGACCTAGAGATCACCTCT-CTTCTCTCT-CTCCAGGTCGAGTCTCATTCTTTACCTCAGGCTCTGAGAACCTGCACCGAGTGGAGAAAGTCCTCTGGGGCACCCGCTACGCCATCACCATCGCTTTCACCTGCAACCCGGACCACGGCATCGAGGACCCAGTACTCACGT 

a score=15668
s danRer3.chr12  25215619 581 +  37038836 agctctcgaggatcCCTTTCGTGGTTTGTACGTACTTTCTAAAGGACTGGTACTTCGGGGACGTGGGCTGCAGGATACTGTTGAGCCTGGACCTATTAACTATGCACGCGAGTATCTTTACTCTGACGGTGATGTGCATGGAGCGCTACCTGGCAGTGACTAAACCGCTGGATACTGTTAAACGCTCCAAAAGCTACCGAAAAGCCATGGCGTGGGGCGTCTGGATTTTGTCCCTCGTTTTAACTCTGCCCATGATGATTATGGTTAATCAGACTACTAAAACAACAGCAGACGGAGGGG--TGAAGAGGATGTGCGCGCCCACCTGGGCACCTCAGGCGTATAAATTGTACCTGACTGTCCTGTTCTGCACGAGCATAATGGCGCCAGGGCTTGTCATTGGTTACTTGTACACCAGACTGGCCAGGACGTACCTTGAGTCCCAAAAGACACCAGCTGTTAAAGGCAGCA-AGCGCTCGCCGAAACAGAAAGTTTTGATAATGATTTTCACCATCGTGCTTGTGTTTTGGGCGTGCTTTTTGCCCTTTTGGATATGGCAACTTGTGCCTCTGTACCACAAGCCC 
s mm7.chr11     121269651 563 + 122091587 ATCTGCTGAGCATTCCCTTCATCGTAGCCACCTACGTCACTAAGGACTGGCACTTCGGGGACGTGGGCTGCCGAGTTCTCTTTAGCCTGGACTTCCTGACAATGCATGCCAGCATCTTCACCCTGACCATAATGAGCAGTGAACGCTATGCAGCAGTACTGAGGCCCCTGGACACCGTCCAGCGCTCCAAGGGTTACCGTAAGCTGTTGGCGCTGGGCACCTGGTTGCTGGCACTGCTGCTGACCTTACCCATGATGCTTG----CCATCCGGCTGGT-------------CCGTAGGGGCTCTAAGAGCCTCTGCCTGCCAGCCTGGGGCCCTCGTGCCCACCGTACCTACCTGACGCTGCTCTTTGGGACCAGCATTGTGGGGCCTGGCCTGGTCATTGGGCTGCTCTATATCCGTCTGGCCAGGGCCTATTGGCTATCCCAGCAAGCTTCC----TTCAAGCAGACACGGCGGCTGCCCAACCCCAGGGTTCTCTACCTCATCCTTGGTATCGTCCTTCTCTTCTGGGCATGCTTTCTGCCCTTCTGGCTATGGCAGCTGCTGGCCCAGTACCACCAGGCC 

a score=24626
s danRer3.chr12 25218292 922 +  37038836 TGGCGGTTTTTAAGATACTCCCGATAATTCTTAGTGAGGAGCGTGTACAGAAACGGGTTGATGCAGCTGTTGCTGTAGGTCAGACTCGCCACAAGGTAATTGATGCTCGTGTGTGT-GTGTGAGGCGAGACTG--AAGGGCTTGTGGTACAGAGGCACAAGTTGCCATATCCAAAAGGGCAAAAAGCACGCCCAAAACACAAGCACGATGGTGAAAATCATTATCAAAACTTTCTGTTTCGGCGAGCGCT-TGCTGCCTTTAACAGCTGGTGTCTTTTGGGACTCAAGGTACGTCCTGGCCAGTCTGGTGTACAAGTAACCAATGACAAGCCCTGGCGCCATTATGCTCGTGCAGAACAGGACAGTCAGGTACAATTTATACGCCTGAGGTGCCCAGGTGGGCGCGCACATCCTCTTCA--CCCCTCCGTCTGCTGTTGTTTTAGTAGTCTGATTAACCATAATCATCATGGGCAGAGTTAAAACGAGGGACAAAATCCAAACGCCCCACGCCATGGCTTTTCGGTAGCTTTTGGAGCGTTTAACAGTATCCAGCGGTTTAGTCACTGCCAGGTAGCGCTCCATGCACATCACCGTCAGAGTAAAGATACTCGCGTGCATAGTTAATAGGTCCAGGCTCAACAGTATCCTGCAGCCCACGTCCCCGAAGTACCAGTCCTTTAGAAAGTACGTACAAACCACGAAAGGGATCGTGGAGAGGTAAAGGAGATCCGCGAGCGCCAGGTTGATGATGGATATGTACATGGAAGTGGCGAAGCGGATGGAGTGGCACATGACTACCAGCGTGTAGACGTTTCCCGACACTCCAACGATGTAAACCACCGACAGCAGCGTCCCGAAAGTCGATGTGATCACGAGCTCGTCCACCGAACCAGAGTTGCTGCTGGACGGACCGCTAGACTTGTTGT 
s mm7.chr11       821239 901 - 122091587 TGGCGGCCACGCAGGTACTCACGGTAGTTCTTGGTGAGCAGAGTGTAGAGGAAGGGATTGATGCAGCTGTTGCCGTAAGTGAGGCAGGCAGTCAGGTAGTTGATG---ATGCGTGCAGTCTCGGGTGTCAGTGGCATGGCCTGGTGGTACTGGGCCAGCAGCTGCCATAGCCAGAAGGGCAGAAAGCATGCCCAGAAGAGAAGGACGATACCAAGGATGAGGTAGAGAACCCTGGGGTTGGGCAGCCGCCGTGTCTGCTTGAA----GGAAGCTTGCTGGGATAGCCAATAGGCCCTGGCCAGACGGATATAGAGCAGCCCAATGACCAGGCCAGGCCCCACAATGCTGGTCCCAAAGAGCAGCGTCAGGTAGGTACGGTGGGCACGAGGGCCCCAGGCTGGCAGGCAGAGGCTCTTAGAGCCCCTACGG-------------ACCAGCCGGATGG----CAAGCATCATGGGTAAGGTCAGCAGCAGTGCCAGCAACCAGGTGCCCAGCGCCAACAGCTTACGGTAACCCTTGGAGCGCTGGACGGTGTCCAGGGGCCTCAGTACTGCTGCATAGCGTTCACTGCTCATTATGGTCAGGGTGAAGATGCTGGCATGCATTGTCAGGAAGTCCAGGCTAAAGAGAACTCGGCAGCCCACGTCCCCGAAGTGCCAGTCCTTAGTGACGTAGGTGGCTACGATGAAGGGAATGCTCAGCAGATACAGCAGGTCAGCCAGGGCCAGGTTGACCACATAGACGTACATGGAGGCCGAGGCACGCAGAAATCGGCACATGACCACCAGAGTGTACACATTGCCCACCACGCCCACCACACCCATGGTTGAGAGCACTGCCCCGATGACACCGGTGGCCACAAGGTCTTGCAGGGAGCTGGGAT--CTGTTGGGCCAGTC-CAGGAACTGTTGT 

a score=6621
s danRer3.chr12 25251826 132 + 37038836 GTCTTTTTATTTATAGGGAAACGCAATCAAGACCTACAAATACAATGTGTTAACCTTCCTGCCGCTGAATCTGTATGAGCAGTTCAAGAGAGCTGCTAACCTCTACTTTCTGTGTCTGCTGGTCCTGCAGGT 
s mm7.chr18     25951079 132 - 90918714 GTTTGTTTTCCAACAGAGTAATGCAATTAAAACATACAAGTACAATGGATTTACCTTTCTACCCATGAATTTGTTTGAGCAGTTTAAGAGGGCAGCCAACTTCTATTTCCTCATCCTCCTGATCCTGCAGGT 

a score=7788
s danRer3.chr12 25253917 259 + 37038836 TCAGATTATTCCTCAAATCTCCACTCTACCGTGGTACACGACTCTGGTTCCGCTGGTGCTGGTTTTGGGCATCACTGCTATTAAAGACCTGGTGGACGATCTGGTGAGTATGT-GCGTGTATGTGTGTACACGTGTTTCTG-CTGTACCCACACATGCTCCTGCTTTCTGT-------CAGCTGACACCGGT--------------CTCTGTTTAAAGGCACGACACCGGATGGATAAAGAAATCAACAATAGAAAGTGTGACGTGCTGCTGAACGGCAGGT 
s mm7.chr18     25952611 282 - 90918714 TCAGGCAATTCCTCAAATCTCCACCCTGGCATGGTATACCACACTTGTACCTCTGCTTTTGGTGCTGGGCATCACGGCCATCAAAGACCTGGTAGATGATGTGGTAAGGATTTCTCAAGCCACTTTCTTCTTACCCTTCTGACCTTGCTGACACATGTCATTGATGTCTTTAAATATCAAGACGATCCCAATAATACTCCCTCATCTTCCTTCCAAAGGCTCGTCATAAAATGGACAAGGAAATCAACAATAGGACGTGTGAAGTCATTAAGGATGGCAGGT 

a score=3013
s danRer3.chr12 25254317 98 + 37038836 tcTCTCTGTCTGTCAGGTTTGTGGAGACCAGATGGATGAACCTGCAGGTTGGAGACGTGGTCAGACTACACAAAAATGACTTCATCCCGGTATGAGGA 
s mm7.chr18     25956726 98 - 90918714 TATTTTTGATTCTTAGGTTCAAAATCATCAAGTGGAAAGATATCCAGGTTGGAGATGTCATCCGCCTGAAGAAGAATGATTTTATTCCAGTAAGGGAA 

a score=2811
s danRer3.chr12 25255099 348 +  37038836 CTTTTTTAAAttccttccttttc----attcctttttctcttctt---------tcatttcttctttccttccttttcattcattcattcattacgtttttcattgattcattcctttctttttccttcctttttctcccttcTattcattcatacatttattcattcattcactcattcctacattctagtcttctt--ccttccttccttccttccttc---cttccttcctgtttagtcattcattcttcacttttttgtttctttttttccccttctttcattcattcattcattcattca---------ttcattcattcattcatacatATTTGGTAATATTTTATAGAATACATTCCTTGTTTTTTAT 
s mm7.chr2      56379408 327 - 182548267 CTTTTCTAAAG--CGTCATTTTCCAGAGCACCCTCTGCGCTCTTTGAGTGGGCCCCACTTTCTCTTGTCTCTCTCGTGTTTTACTC----------TTTCCCATTGCTGTGTGGGCCCCGCTTTCTCTCGTGTTTTACTCTTCCAT---------CGCTTCCTCATCTCTTCGC-CTTGCGTCCATGTTGCTCTTGTTTACTTTCATTTCTTCTTTTCTTTGGTTTTCCTTCTGTTTTATCCGCGCGTTCT-CACCCTCTTGACTCCTTT-----CCTGCTTTAAGCGGCTCAGACACCAGCACACAAGGAGGGTTAATTCGCTCATTTAT--------------------TGGAAAATGATCTCTGTTTTTCAT 

a score=-732
s danRer3.chr12 25255477 101 +  37038836 ATTTAAACATTAGATTGTTAAATATTGTACCTTGGATATTCATTTGATGTCATGTTT-----ATGCCTGTTTGTCCTTTAATTATACTATTGTA-----------AATGTGTCTTTA 
s mm7.chr2      56379763 115 - 182548267 ATTCATATAT--GACTTTCGAAACTGGCAACCCAGATCACTAGTAGTTTGCACGTTGCCAGGAGACCTGCTCATACCCTGATGGTCCCAAAGCATGGGCACACAGAGTGGGAGGTGG 

a score=4827
s danRer3.chr12 25255578 149 + 37038836 TCCCTCCAGTCTCTTCATTCATTCATTTTGTAAGTTTATTTCTCATGTCTGCCTGTGTTTTGACCTCATGTAGGCCGATATTATGTTGTTGTCCACTTCAAACCCCAACAGTCTGTGTTATGTTGAAACTGCGGAGCTCGACGGGTGAG 
s mm7.chr18     25956926 142 - 90918714 TCCCCACACCATGTTCCTTCCACCCTGGGGACGCTGTGTGTCTCAGGTGTCTTTTGTTTTTGAC-------AGGCTGACATCCTGCTGTTGTCCAGTTCAGAGCCTAACAGCCTCTGCTATGTAGAAACGGCTGAGCTCGACGGGTGAG 

a score=31951
s danRer3.chr12 25431686 1095 +  37038836 AGGAGCCTACCTCAGAGGCTGCTGTTGTTGGTGCGAGAGGTATGTGCGAGCACAAAGCTCTCTGTGCACTGCTGACTGCTGGATGACAAGGAGCGACGAGGTGACCGCTGAAAACGATTCCGCCGGTTAAGATAGCTGCCAGCCGTCC------------------------AAGTCCTCTGTCTCTTGCGAAGGTATTCCTTGTAGTTCTTGGTGAGCAAAGTGTAGAGGAACGGGTTGATGCAGCTGTTGCTGTAGGTTAGGCATGTGGTTAGATAGTTGATGTTGCGCTTGGCCTTGGTGGAGAGATCCAATGTGGGCTGGAACTGATTCAGAAGCTGCCAGATCCAAAAAGGTAAGAAGCAGGCCCAGAACAGGAGCACAATGGTAAAGATCAGATACAGGACCTTCTGGTTTGGAAGCTTCTTAGTCTGCTTGAAAGTCTCAGTTTGGGAGATCCAGTAGGTTCTTGCCAGGCGTATATACAAGTACCCGATAATCACCCCTGGAGCTACAATGCTTGTGCCAAAGAGAAAGGAGATGTAGATTTTGTAAGAGAGAGGACTCAGAGTGGGGTTGCACATTTGCTTGGAGTTCATTGTCATGAGCTGGACGCTGATGATCATGGGTAATGTGAGGATCAATGAGGCAGTCCACACCAGCAGTGCGATTGCTTTTCTGTAGCTTTTTGAGCGTTTGACTGTATCCAGAGGCTTGAGTACGGCGAAGTAACGTTCTGTGCTCATGACAGTCAGTGTGAAAATGCTGGCATGCATTGTAAGGAAGTCCATGCTGATAAGGATCCGACATCCTATGTCCCCAAAGTACCATCCTTTCAGGAAATGTGTACACACTACAAATGGGATTGTGAGCAAGTAGAGCAGATCAGCCATTGCCAGGTTGATGATGTAGATGTACATTGAAGCAGCTGAGCGCATGGAGTGGCACATGACAACCAGCGTGTAGATATTTCCGGACACACCCACCAGACACATTAGGGACAGGATGGTGCCAATGGTGAACGTGGCAGCCATGTCTTCTGGGGAACTT---TCTACTGGACTCTCAGTGACATTGGAAATCTTTT-----CCACCATCGCCACTATGGGCTCCACAGACACAGTG 
s mm7.chr11       821066 1112 - 122091587 AGCACTCTCACACAAAGGCCCCATTAGGGGGAACTGGAGACA-------GCACGAGGGTCTCTGTGGCCTGTTGGCTGTTGGAGGACAGTGAGCGGCCCGAGTCCTGCTGGAGGTGGACACGGCTGGACAGGAAGCTGCCAGCACTCCCTGGGCCACGGCAACTGCTACCCAGTGACCGCTGGCGGCCACGCAGGTACTCACGGTAGTTCTTGGTGAGCAGAGTGTAGAGGAAGGGATTGATGCAGCTGTTGCCGTAAGTGAGGCAGGCAGTCAGGTAGTTGATGATGCGTGCAGTCTCGGGTGTCAGTGGCATGGCCTGGTGGTACTGGGCCAGCAGCTGCCATAGCCAGAAGGGCAGAAAGCATGCCCAGAAGAGAAGGACGATACCAAGGATGAGGTAGAGAACCCTGGGGTTGGGCAGCCGCCGTGTCTGCTTGAAGGAAGCTTGCTGGGATAGCCAATAGGCCCTGGCCAGACGGATATAGAGCAGCCCAATGACCAGGCCAGGCCCCACAATGCTGGTCCCAAAGAGCAGCGTCAGGTAGGTACGGTGGGCACGAGGGCCCCAGGCTGGCAGGCAGAGGCTCTTAGAGCCCCTACGGACCAGCCGGATGGCAAGCATCATGGGTAAGGTCAGCAGCAGTGCCAGCAACCAGGTGCCCAGCGCCAACAGCTTACGGTAACCCTTGGAGCGCTGGACGGTGTCCAGGGGCCTCAGTACTGCTGCATAGCGTTCACTGCTCATTATGGTCAGGGTGAAGATGCTGGCATGCATTGTCAGGAAGTCCAGGCTAAAGAGAACTCGGCAGCCCACGTCCCCGAAGTGCCAGTCCTTAGTGACGTAGGTGGCTACGATGAAGGGAATGCTCAGCAGATACAGCAGGTCAGCCAGGGCCAGGTTGACCACATAGACGTACATGGAGGCCGAGGCACGCAGAAATCGGCACATGACCACCAGAGTGTACACATTGCCCACCACGCCCACCACACCCATGGTTGAGAGCACTGCCCCGATGACACCGGTGGCCACAAGGTCTTGCAGGGAGCTGGGATCTGTTGGGC---CAGT---CCAGGAACTGTTGTGGGACACATTAAAGCCACCA--GGAAGCTCAGACGCAGTG 

a score=2129
s danRer3.chr12 25484332 178 +  37038836 CTCACCTGTCTGCGGAGTG-----TGCGTGAGAGAGTGTGTGCCCGCCGAGGTGGGGGAATTCGAGGGATGCTCTCTGAGTCTGATAAACTGTGAGGACTGATGGGTCTGAACAGATCGCTGGGCACCGTCAAGTGCTGGCTGGCTTCTTCTGTTTGAGACTGAACAGAAGCTGTAGACCCTG 
s mm7.chr11     94520064 178 + 122091587 CTTACCTGGCGCCTGAGAGGCCTCTGAGCCAGAGGG-----GAGCGGCCAGGTGGGGGTAGTTTAGGGATGGCGCCCCAGGTGGGAGCCCCATGAGGCTGGAGCAGATAGTGTGCATCTTTGGGAAGCTGTAGGATGCAGCTGGTGTCTGCTGGTTGGGAGTGAACAGACAAGATGGAGCCTG 

a score=7874
s danRer3.chr12 25490795 193 +  37038836 TACATTGCACTCCTGACTGGTTAGTAAGAGGGGGTTAAAATCATCTGGGACAGAGTCATCCGTCAGAGCTAAGGACCAGGATT------------TCTCCGATGCCAGAGATAGAGCCTCCATCTCGGCTAGAGGAATCTAAAGAAGA-AGAGATGAGCCAAGAGTGAGAAGGGCAACCAGCACATGCATAGTTAGAAGACACGCA 
s mm7.chr11     94522125 198 + 122091587 TACATTGCTCTCCAGGGCACTAAGTAAGAGTGTGTGAGTGTCATCAGGCAAAGAGTCATCCGTCAGAGCTAGAGAGCAGGACGGTTCAGACACAATCTCTGACGTCAGAGACAGAGCCTCCATCTCAGCTAGAGGGATCTAGACAGGAGAGAGATGAG-CAGGCGTGAGA-----AACCAGGACA--CACACTGGGCACACTCGCA 

a score=5198
s danRer3.chr12 25493907 251 +  37038836 ACAGGGAAGACATTGACCTGTTTCTCAGTGCAGTGTTTGTTGGGAAGGGGGGGCAGAGCGTAGTAGTGGCAGATGGAGCCAGACAGGTTGTCCATGAGGCTGAGCTCTCCTTCCAGCGAGCCCTGGATCACCAGGGAAACTGAGTCAAACATAGGCCTCCGCTAAAAGCGCCAG----GTACGGCAGACAGGATGAATgacggagagagagaaagaaagcagacagaga-------cagaggcagagGA--GATGGGAACGGGT 
s mm7.chr11     94523954 262 + 122091587 ACAGGG--TACAATAACCTGTGGGTCGGAGTCGCCCGGGCTGGGGGCGGAAGGGAAGGCAGAGGGCTGGCCCCCTGGGCCTGCCAGCTCGTCCATCAGCTTCAGCTCCCCCTCCAGGGAGCCCTGGATCAGCAGGGAGATGGTGTCAAACAGCTGTCTGTCCTGGGAGGACCAGCCCAAAAGGGGAGCCGGGAGAGTCAAGGGAGCAGGGATCAGAGGGGTAACAATGAGAAGTATCAGGGCCAGGGGATTGTTGGAAAGGGGT 

a score=11841
s danRer3.chr12 25498116 212 +  37038836 GCTTCCATCTCCTGCTCCAGCTCCAGCTCGGCCTCTGCTTCAGCCTCCTTGGCCTCTTTGTTGCTTTCCTCTAGGTGCTTCATGAGCACAGCGATCACCACATTGACCAGCACAAACTGAGCTGTCAGCACAAAGGACACAAAGTAAATGGGGGACACCACCGTGTTGTAGCATATACCGGTGTCTTGGGAGCAGTCTCTGAGCGTATCCTG 
s mm7.chr11     94524935 206 + 122091587 GTCTTCATCTCTAGCTCCAGCTCCGCCTCCAACTCCGCCTC---CTCCTTGGCCTCTTTGTTGCTCTCTTCCAGGTGCTTCATCAGCACGGCTATGACCACGTTGACCAGCACAAACTGGGCCGTCAGCACGAAGGACACGAAGTAGATGGGTGAGATGACGGTGTTGTAGCAGGT---GGACTCCTGGTCACAGTCCCGGAGGGTGTCCTG 

a score=7702
s danRer3.chr12 25498442 155 +  37038836 CAATGAGCTGACTGTGTCCTACCTTCATGATGCCATTCCAGTTGTCCCCGGTGGATACACGGAACAGCAGGAGGAAAGCCATGCCAAAATTTTTGAACGTGGCATAACGGCCAAGACCTTCACAGGGGTGTAGCTCATCACATACTGGCGAAAAA 
s mm7.chr11     94525422 155 + 122091587 CAAGGGGTTCCCAGGTTCTCACCTTCATAATACCATTCCAGTTGTCACCAGTGGAGACTCGGAAGAGGGTCAGAAAGGCCATACCAAAGTTCCTAAAGGTGGCATGCCGGCCCAAGCCCTCACAAGGGTGTGTCTCATCACACTCTGGGGGGAAA 

a score=6190
s danRer3.chr12 25501439 110 +  37038836 CTTTGCTTACTCAGGTCACCAAACAGCTCTACTCCCAGAGCAGCAAAGATGAAGAAAAGCAACATGAAGAGAAGACCCAGATTCCCCACCTGTTGAGAAATAGAGAAAGC 
s mm7.chr11     94525654 110 + 122091587 CTCAACTCACCCAGGTCTCCAAAGAGCTCCACGCCCAGAGCTGCAAAGATGAAAAATAATAGCATGAAGAGAAGTCCCAGGTTCCCCACCTGGAGAAGAGGAAAAGAAAC 

a score=779
s danRer3.chr12 25501549 103 +  37038836 CAGGAG----------AGTTTGTCATGGAGGCAAAGAGAAGTGACAGGGCAGACCTAGAAATA--------CCACCTGTGAAAAGCCAATAAAAGAGAGCCCTGAAGTGAGAAGATGACAG 
s mm7.chr15     23175164 121 - 103647385 TGGGGGCTGGAGGCCTGGGGTGTGCAAGAGGAGAAGGGGAAGGCCTGGGGAGAGTCAGGAATAGGAGTTCCAGAACTGGAAGAGGGCAGGGAAAGGAATTCCTGGGGCAGAAGGATAGAAG 

a score=349
s danRer3.chr12 25504631 72 +  37038836 TGGAGCTCTCTCTCTCCATAAAGTAAATG----AGTGGAGTTCAGGACTTAGAAAAAGACACCTACTGACGTTTTT 
s mm7.chr15     23180790 68 - 103647385 TGAAGCTCACATCCCCCACACAATGAACCCTACATTTTAAGGCAGGGCTCTGGAAGGG--------TGTAGCTCTT 

a score=5819
s danRer3.chr12 25504708 100 +  37038836 TACCTGAGGAAGGGCCTGCATCACAGTGTCTAGTAGAGCTCGCATTCCCACCGCCATCTTCAGTAGCTTTAGAACT---GAAAAGGACAGGACAACAAGCTTG 
s mm7.chr11     94525876 103 + 122091587 TACCTGGGGCAGGGCCTGCATCACCGTGTCCAGCAGTGCCCGCATGCCCACAGCCATCTTCAACAGCTTCAGAACTGCAGAACAGGACAGTGTCATGAGCTGG 

a score=9574
s danRer3.chr12 25508219 180 +  37038836 CTGAGGCGAGCAGGGAAAAAAAATTGATGCAGAGAAGACAAACCTCGAGTGATGCGCAACACCCTCATGATGCGAATGATTGTAGGGTTGATGGGAAGGGAAGCATTGACCTCGATTTCCTCCAGTGTTATGCCCATGATAGACAACAAAACAATGGCCAGATCCAACTGGTTCCATCTG 
s mm7.chr11     94526161 169 + 122091587 CTGGGGAAGGCAGGTACAAGCGCT-----------GGACCTACCTCGAGCAATGCGGAGCACCCTCATGATACGGATGATGGTGGGGTTGATGGGCAGTGAAGCATTGACCTCAATCTCTTCCAGCGTGATGCCCATGATGGACAGAAGCACAATAGCCAGGTCCAGCTGGTTCCACCTG 

a score=6906
s danRer3.chr12 25512428 122 +  37038836 CTACTACCTGTCCTTGAAGAAGCGGCGAAATCCAAAAGCAACAAGTTTGAAGATGGACTCCAGCACAAATATGACTGTGAAGATGTAGTTACAGATCTTTAGGGAATCACTCAAAACCTGTT 
s mm7.chr11     94527062 122 + 122091587 CTGTTACCTGTCCTGGAAGAACCGGCGGAAGCCGAAGGCCACAAGTTTGAATACTGACTCCAAGACAAAGATGACGGTAAAGATGTAGTTGCAGATCTTCAGAGCCTCGTCCAGGATCTGGT 

a score=7308
s danRer3.chr12 25516591 232 +  37038836 ACCTTTGGTTGGTGGTAGTGCTCCATAGACATGGTGATGACATTGAGGGCGATGACGATGGTGATGAACAGGTCCAGATACTGGCTCTTGCACATGTTGTAGATGAGACGTCGTGTTGGGCAGTAATCGGAGTAAAAGGGTTTACTCTGGGCTTCTGAAGAATCATGGGAACATGGAGGAAGCATGAAAGAACCATACTGAAACAAACATTTCGTACACACTCATCCTCACA 
s mm7.chr11     94527855 210 + 122091587 ACCTGGGGCTGCTGGTAATGTTCCATGGCCATCGTGACCACATTCAGCCCGATGACACCAGTGATGAAGAGGTCCAGGTAGTGGCTGGTACACAGGTGGTGGACGAGGAGCCGGAAGCGCGAGTAGTCAGAGTAGTAGGGTTTGCACTGGGCTTC------------------TGGTGGGGGCAGGAAAGAG----AGTAGAGTAGACATCAGGCACAACCCTCCCCCCACA 

a score=2239
s danRer3.chr12 25530862 69 +  37038836 ATGGTGCTATTAAAATAAATGGAA-------TTAAATATTTACAAAGGAATAAGTAAGAAGAAGCTACTCTTTATT 
s mm7.chr11     94529658 75 + 122091587 ATTATGCTAA-AATATGAATGGAGAATTAACTAAAATGTTTGAATACAATTAGGTTAGAAGAAGCTGCTCCTTATT 

a score=15486
s danRer3.chr12 25539156 488 +  37038836 GGTGTGTAGATGTCTGGGACCTGGGT--CCGCCACACACCCTGCTCTCTCATTAAAGCGGATCACCATGCAAGC--CATGGGACATGCTCTAAAGACGATCCCAGGCAAAAGAGGGGGCAAGCTGGGGGGAGCGGGGGCAGATTCCTAGCGAATTACAGGCCTGAGCATCTCATTCCTCATACGCCAGAAACTATTTAGCATTAGCATCTAATTTAGCACGCTGTCAAATCAAAACGATCAAGCAGGACTCAGAAAGGTGTGGAAAGGCTACCGACCAGCTAGCTCCTTCTCCTTACTCCTTCGTTTTTTATCACGTCGTTTCTGGCGCTTCGCTTCTCGCCGTTTGGCTTCTTCCTCCTCCTGGTTTCTCCTGCACTTGTGAAAGTTCTCGACGACCACGCCGACAAACATGTTGAGCACGAAGAAAGCCACGATCAGCAAGAAGGAGATAAAATAGAGCAGCATCCATGGGTTGTAATTCATGACGGGCT 
s mm7.chr11     94534572 446 + 122091587 GGGGAGTATGAGGTCGAGACCTAGGGAGCCTCCTGGGGGGCAGCTCCTTCCCCACGGGGGCTAACCTGGTCTGCTTCATG---CAGGCTCTAAAGGCGG--ACATGCTATTGAGGAAAGGAGATGGGGGGAGGGCAGGAGCACTTCTCCCAGCCCCCGGGCCCCAGCTCCTAACCCCCTGCAGTCGCAAGGCCAT-----------------------------------------GGTCAAGCACGACCCAGAGAGAGGTGGAAAGACTACCGACCGGCCATCTGCTTCTCCTTACTCCTTCTCTTTTTCTCCAGCCTCTTTAGTCGCTTCTCCTCCCGCCGCCGCGCCTCCTCCTCCTCCTGGTGCTGCCTGCACTTATGGAAGTTCTCCACCACCACGCCCACAAACATGTTCAGGACGAAGAAGGCCACGATGAGGAGGAAGGAGATGAAGTAGAGCAGCATCCAAGGGTTGTGGTTCATGATGGGCT 

a score=7351
s danRer3.chr12 25542365 139 +  37038836 TACCTGCTGGTCCACACCGACAGCATCCAGTCCATCGTACATGATATCCACCCAACCGTCTTTGGAAGCCAGAACAAAAAGGGACATGAGGGCCTGAG---GGAGGTGAGAGATGATAAAAAAGGTTAAGCGAAATCTTTGA 
s mm7.chr11     94535452 142 + 122091587 TACCTGCTGGTCCACTCCCACAGCATCCAGTCCATCATACATGATGTCAACCCAGCCATCCTTGGAGGCCAGCACAAACAGGGACATCAGAGCCTAGGGGTGGGGGTGGGGTAGGAGACGAGAGGAGATAACAGATGTTTGA 

a score=7980
s danRer3.chr12 25542651 147 +  37038836 CTTACCTGTCCAAGGTTATCAAAGTTGTACTTGTGTCTGACCCATTTGTAGTTTGCCAGGAGGCAATCTGACTTGTTGGTGATGTTTCTCGTATCATCCCCATGACACACAAAGAACTTTCCCTTGAAAAGCTGGGGAAAAACAAGT 
s mm7.chr11     94536414 147 + 122091587 CTCACCTGGCCCAGGTTGTCAAAGTTGTACTTGTGCCGGACCCACCGGTAACTGGCCTCAGCACAGTCGGACTTGTTAGTGATGTTCCTGGTGTCCTCACCCTGACACACGAAGAACTTCCCTTTGAAGAGCTGAGCACACACATGT 

a score=5490
s danRer3.chr12 25549916 120 + 37038836 ACTCACTGGGAACTCGGTTGATAGCCCGAAGAGGTCGAAGTACTCTGACTGTTCGGACCGCAGAGAAACTAACATTCTGCAGGTTGAGAGAATATTCCAGCATCCTGTAAACACACaaat 
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a score=10910
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s mm7.chrY_random 14761554  940 - 30114534 AAATGATCTAGAAGAAAT-CTGTAAAACAG------TAAAAGGATAATTGAAAAGACTCATATGGAAAAAAACAGCAACACGGAATGCCTCAGG-AGACAATCTTTG------------------------TTTTCAGAG-----------CTTGGCAAGTCAAAATTCAAATGACCAGTAGTGCCTGAGGAGACTC---GGTGAAT---ACATCAGGGAGGGGAAGGGAAGGAGTAAGTGGGGAGGGGGAATGAGAGGAAAAAGAAGGAgga-------------------------------gaacaagaacaagaaaga-----gaaggagaagatggaagggagaggagaagaaggaagggaagaggaaggggtaggag-----------------aaggaggaggaagaagaacaaaagaagagaa----agaggaagggga------aaaagaagg-----atgaatagggg-aaaaaggagaaggagaaaaggagaaggagcagaagg------------------------------aggagagaaggagagaagcaaaga--------aggacaggagagaaggagagaaggagaga----aagagaggaagaggaga----aagaggggagggagagggagagggagaaggagaag------------gagaaggaagaaagagaagaaggaggagagaaggagagaaggaaagaaggagagaagaaagagagaaggagagaattagagg-aagagaaggagaaggaagaagaaatagaagaag-------gaggagagaaggagagaaaaaggagagaag-----------------gagagaaagagagaaggagagaaagagaggagaaggagaaga-----------aaaaaagaaagagaaggaggagaagaaatgagagaagagaggcataaatagagagacagagacagacaaagaaacacagacatacagagagagaCATACACATAAACATTTACACAGAGACACACAAGTAGTCACATGGACCGAAAAAATATACATAGAGAGACATGCACAGAGACATTCAAAGAGAC-ACACATTCACACAACTTAATTAAGGAGAATTTACAGAAATGTATCTATGAAAT--TATGAGAATA 

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s danRer3.chr12 25565945 164 + 37038836 GTGATTTCAGAACTTACCCAGCCAACACAATGAAGAAGTCTAGCCGATTCCAGGTGTCTCCAAGGTAACACTTTTTCCCAAAGATACCCAGTGCAACCATCTTGATTACCATCTCCACGGCAAAAAAAGCAAAGATGAAATCATCAAAGTCCTAAGGGGGGAAG 
s mm7.chr17     23580594 162 + 93276925 GGGATTCCCAAGCATACCCAGCCATGACAATGAAGAAGTCCAGCCTGTTCCAGGTGTCACCCAGGTAGCATTTCTGGCCGAACAGTCCCAAAGCCACCATCTTGATAACCATCTCCACAGCAAAGAAGGCAAAGATGAAGTCATCAAAGGCCT--GGAGGAAAG 

a score=521
s danRer3.chr12 25566109 22 +  37038836 ACAGAAATAACCAAAAGGTTAG 
s mm7.chr11     94575011 22 + 122091587 GCTGAAGAAACTGAGGGACTGG 

a score=6686
s danRer3.chr12 25585896 143 +  37038836 ACCCTTACCTCCAGTATCTTGCATCGCTCTGAGTCACAGTGGCTGTCCTCGCACGGGTGAAACATCCCCAGAGTAACACAGTTCAGCAGGATCACCAGCATACTGGCCCTCTCGAACCACGTGGGAAGAAGCAGTCAAGGAAA 
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a score=4920
s danRer3.chr12 25719945 318 +  37038836 AAGGATATGGATTGCAAACCATTTTCAGGCACCAACTCCTTGGACGCGTGGTCTGCTTCAGATAGAAAAACACAACCGGTGCCAAGGAAGGATAGGGCAAAGCTTCACCGTCGCTAGCGGACGTCTCCTCTGCCGCTCCTCCGGCTGCGCTCTCCCGCCTTTCACCTCCATCAGACTCGAGCTCACTGCGCACACCGCCACCGGACAGGTCATTAAGTGGTATAAAAGTCCTTGGAAGCGAGGAGCTTCCCTCTGCTTCGTTCAGCTGATTGTCCTCGGAGATAATTCCTCCATCTTCAGCCATCATTCACCCCCTTG 
s mm7.chr11     94582406 257 + 122091587 AAGGATATGGGTTACAGACCGTGCGGAGACACCAGCTCCGCGGGCGGCTGTCCTGGCTCAAGTAGAAGAAAACCACCGGGGCCAGCGCCGGGTAGGGCAG------------------------CCCCTCCG-----CCTCGGAGTCCGCGCTGCCCGGGTCCTTTTCCGTC-GACCCCGGCCCCTGCCGGCCCCCGGCCCCAGACAGGTCGTTGAGCTGCGTGAAGCTCCGGGG-----------------CTGTCCCGAC----------TCCTCGGCGCCCGCTCCATCCTCTT----CCTCATCCATCCTCTGG 

a score=5499
s danRer3.chr12 25748966 155 +  37038836 CACACATATGAGTGTTCTCTGATCCAACACTGACTCACCCGTCACTTTCCCTGCTTGTCTGCTTCTCTCCACAGGAACGCATCTTCTTGACGTTGTCCAACTACATATTTACTGCCATCTTTGTGACCGAAATGACAATAAAGGTAGGTGACGGG 
s mm7.chr11     27551962 153 - 122091587 CATGCAAATAGGCCTCCTTCCCACCAtctctctctctctc-tctctctctctctctctctctctctctct-cAGGAACGCATCTTCCTGACCCTCTCCAACTACATCTTCACGGCAGTCTTCCTGGCTGAAATGACAGTGAAGGTAAAGGGCAGG 

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s danRer3.chr12 25755346 207 +  37038836 TTTGTTGTCGTTTTGAAGGTGGTTGCTTTGGGCTTTTGTTTTGGAGAGAAGACCTACCTGAAGAGCAGCTGGAACATTCTGGATGGCATGCTGGTGATGATCTCTGTGATTGACATCCTCGTGTCCCTGATCTCCAACAGTGGCACCAAGATCCTGGGCATGTTACGTGTGCTGCGGTTACTGAGGACACTCAGGCCACTCAGGTAA 
s mm7.chr11     27552251 207 - 122091587 TGTGGTGGTGGTCCCCAGGTGGTGGCACTGGGCTGGTGCTTTGGGGAGCAGGCCTACCTGCGCAGCAGCTGGAACGTGCTGGACGGCTTGCTGGTGCTCATCTCTGTCATCGACATCCTGGTGTCCATGGTCTCTGACAGCGGCACCAAGATTCTCGGCATGCTGAGGGTGCTGCGGCTGCTGCGGACCCTACGTCCACTCAGGTGA 

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s danRer3.chr12 25775764 140 +  37038836 TTTTTAGAGTGATCAGCAGAGCTCCTGGACTGAAACTGGTTGTTGAGACATTGATGTCGTCTCTTAAGCCTATCGGAAACATTGTGGTCATCTGCTGTGCCTTCTTCATTATTTTTGGGATCTTGGGAGTTCAGGTGAGT 
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a score=7980
s danRer3.chr12 25779323 147 +  37038836 ACTTGTTTTTCCCCAGCTTTTCAAGGGAAAGTTCTTTGTGTGTCATGGGGATGATACGAGAAACATCACCAACAAGTCAGATTGCCTCCTGGCAAACTACAAATGGGTCAGACACAAGTACAACTTTGATAACCTTGGACAGGTAAG 
s mm7.chr11     27555026 147 - 122091587 ACATGTGTGTGCTCAGCTCTTCAAAGGGAAGTTCTTCGTGTGTCAGGGTGAGGACACCAGGAACATCACTAACAAGTCCGACTGTGCTGAGGCCAGTTACCGGTGGGTCCGGCACAAGTACAACTTTGACAACCTGGGCCAGGTGAG 

a score=7351
s danRer3.chr12 25779617 139 +  37038836 TCAAAGATTTCGCTTAACCTTTTTTATCATCTCTCACCTCC---CTCAGGCCCTCATGTCCCTTTTTGTTCTGGCTTCCAAAGACGGTTGGGTGGATATCATGTACGATGGACTGGATGCTGTCGGTGTGGACCAGCAGGTA 
s mm7.chr11     27555993 142 - 122091587 TCAAACATCTGTTATCTCCTCTCGTCTCCTACCCCACCCCCACCCCTAGGCTCTGATGTCCCTGTTTGTGCTGGCCTCCAAGGATGGCTGGGTTGACATCATGTATGATGGACTGGATGCTGTGGGAGTGGACCAGCAGGTA 

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s danRer3.chr12 25782471 488 +  37038836 AGCCCGTCATGAATTACAACCCATGGATGCTGCTCTATTTTATCTCCTTCTTGCTGATCGTGGCTTTCTTCGTGCTCAACATGTTTGTCGGCGTGGTCGTCGAGAACTTTCACAAGTGCAGGAGAAACCAGGAGGAGGAAGAAGCCAAACGGCGAGAAGCGAAGCGCCAGAAACGACGTGATAAAAAACGAAGGAGTAAGGAGAAGGAGCTAGCTGGTCGGTAGCCTTTCCACACCTTTCTGAGTCCTGCTTGATCGTTTTGATTTGACAGCGTGCTAAATTAGATGCTAATGCTAAATAGTTTCTGGCGTATGAGGAATGAGATGCTCAGGCCTGTAATTCGCTAGGAATCTGCCCCCGCTCCCCCCAGCTTGCCCCCTCTTTTGCCTGGGATCGTCTTTAGAGCATGTCCCATG--GCTTGCATGGTGATCCGCTTTAATGAGAGAGCAGGGTGTGTGGCGG--ACCCAGGTCCCAGACATCTACACACC 
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s danRer3.chr12 25791163 69 +  37038836 AATAAAGAGTAGCTTCTTCTTACTTATTCCTTTGTAAATATTTAA-------TTCCATTTATTTTAATAGCACCAT 
s mm7.chr11     27561854 75 - 122091587 AATAAGGAGCAGCTTCTTCTAACCTAATTGTATTCAAACATTTTAGTTAATTCTCCATTCATATT-TTAGCATAAT 

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s danRer3.chr12 25805236 232 +  37038836 TGTGAGGATGAGTGTGTACGAAATGTTTGTTTCAGTATGGTTCTTTCATGCTTCCTCCATGTTCCCATGATTCTTCAGAAGCCCAGAGTAAACCCTTTTACTCCGATTACTGCCCAACACGACGTCTCATCTACAACATGTGCAAGAGCCAGTATCTGGACCTGTTCATCACCATCGTCATCGCCCTCAATGTCATCACCATGTCTATGGAGCACTACCACCAACCAAAGGT 
s mm7.chr11     27563522 210 - 122091587 TGTGGGGGGAGGGTTGTGCCTGATGTCTACTCTACT----CTCTTTCCTGCCCCCACCA------------------GAAGCCCAGTGCAAACCCTACTACTCTGACTACTCGCGCTTCCGGCTCCTCGTCCACCACCTGTGTACCAGCCACTACCTGGACCTCTTCATCACTGGTGTCATCGGGCTGAATGTGGTCACGATGGCCATGGAACATTACCAGCAGCCCCAGGT 

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s danRer3.chr12 25809490 122 +  37038836 AACAGGTTTTGAGCGATTCCCTAAAGATCTGTAACTACATCTTCACAGTCATATTTGTGCTGGAGTCCATCTTCAAACTTGTTGCTTTTGGATTTCGCCGCTTCTTCAAGGACAGGTAGTAG 
s mm7.chr11     27564403 122 - 122091587 ACCAGATCCTGGACGAGGCTCTGAAGATCTGCAACTACATCTTTACCGTCATCTTTGTCTTGGAGTCAGTATTCAAACTTGTGGCCTTCGGCTTCCGCCGGTTCTTCCAGGACAGGTAACAG 

a score=11543
s danRer3.chr12 25828922 202 +  37038836 TTACCTGAGTGGCCTGAGTGTCCTCAGTAACCGCAGCACACGTAACATGCCCAGGATCTTGGTGCCACTGTTGGAGATCAGGGACACGAGGATGTCAATCACAGAGATCATCACCAGCATGCCATCCAGAATGTTCCAGCTGCTCTTCAGGTAGGTCTTCTCTCCAAAACAAAAGCCCAAAGCAACCACCTAGCAACAAACA 
s mm7.chr11     94539129 202 + 122091587 TCACCTGAGTGGACGTAGGGTCCGCAGCAGCCGCAGCACCCTCAGCATGCCGAGAATCTTGGTGCCGCTGTCAGAGACCATGGACACCAGGATGTCGATGACAGAGATGAGCACCAGCAAGCCGTCCAGCACGTTCCAGCTGCTGCGCAGGTAGGCCTGCTCCCCAAAGCACCAGCCCAGTGCCACCACCTGGGGACCACCA 

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s danRer3.chr12 25836003 155 +  37038836 CCCGTCACCTACCTTTATTGTCATTTCGGTCACAAAGATGGCAGTAAATATGTAGTTGGACAACGTCAAGAAGATGCGTTCCTGTGGAGAGAAGCAGACAAGCAGGGAAAGTGACGGGTGAGTCAGTGTTGGATCAGAGAACATTCATATGTGTG 
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s danRer3.chr12 25853068 161 +  37038836 gtgtttgtatgtgtatgAGGTTACATCACTCACAGCGCTAGAGGGGTCGATTCTGGGCCTCTCCATGGCGATGGTGATGCAGTTGAGAAAGATGATGACAAGAACCACATGGTCAAACATCTTGTGGGTGATGATTTTATTGCATGTCACGCGAAACCTGC 
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s danRer3.chr12 25864485 61 +  37038836 ACCGTGACTCTGGAGGAAAGAGGTAAAGGGACCAGGTGACCCTCTGCCGACACCATTCGGG 
s mm7.chr11     94541730 61 + 122091587 ACCTTGACTGGGGAGGGAAGATATAGGCAGACCAGGAATCTCGCTCTCGGCAACAGGCAGG 

a score=1359
s danRer3.chr12 25864546 66 + 37038836 CTGCTTGTGCTCCAGCCATCTGTACAGACGAGCCCTGCGACTCT-GAAAGACGGATGACCACATGAG 
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a score=155
s danRer3.chr12 25864732 42 + 37038836 GAGAAGCAGAGAAATAGCAGTAATAAATCAAGTGTAG---ATTTC 
s mm7.chr17     23568596 35 + 93276925 GAGAGGGCCAGGAATGGCCGT----------GTATAGTCCATGCC 

a score=9831
s danRer3.chr12 25864774 512 +  37038836 CTCACCAGGTTTCCTTCCTCGTCTGCGTTGTCGTCTTCACTGTGGTGTTCATCCAAAGAGAGCTGTGTGGTGGCTGCAGA---TGGAGAAGTCTTGCCGTTGCTGA--GGAAGTTGGGTGGCCGTGCGCTGTGTATGCTGCCGGAGCGGTGGGGGTACGGCACCTGCAGGGTGTCTGGATGGAGATCAAATGAGCTGCGCGTCTCCAGGGACTCCATGCGCCTATGTCGAGGCCTCTGGCCCAGCGAGTCCGTCCTGGCGAGGGAGGCATCATCACCCTCAGACATGCCCCCCATGCTCTCTCCTGCA---TCCCCCTCATCAGAACTGGACTGGCCATCACCAGACAGCAAGGAGCGCCTTTCACCAGACTGGTGTTTCTGCCTCTTGAGGCTGGGGGCTCGGCCTAGACTGTTCCAGCTGGAGCGTCTGCTGTTCCAGCTACTGGCGGAGCTCAAGGGGGCATTAGGGGAGCTCCGTGCACTGGACTGCAGAGAGATGGACGGGAAGGGAGAGATGGT 
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a score=4670
s danRer3.chr12 25867066 169 +  37038836 AGGCTCCATGGAGACACTGCTGCCTCTGCGG---GACTCTTGGCTCAGTGCTGAATCTCCTCCT---CCTGATATCTTGGGGATGGGCATTGGTGTGGCAGCTGTGTGGGTGATCAGAGGCGGTGTCAGGCTGCTCTTCAGATCCACATGGCCATTGATGGGCACAACTGTGTGA 
s mm7.chr11     94546897 175 + 122091587 AGGCTCAGCGGACCCACTGCTACTGGTGCGGCGAGAGCCAGAGCCCAGTGCTTCCCCCACACCTGTGCTGGAGCTCTTGGGCAGTGACATCGGTGTAGCAGCTGTGTGGATGATGAGAGGTGGCAAAAGGCTCTTTCGTAGTTCCGAGTGTTCTCCCAAGGCCACCACTGCAAGA 

a score=4174
s danRer3.chr12 25874897  97 +  37038836 TACATACCCCT---GAGTCTATAGGCAGCTGAATACAGCTCAGCTGGCCATGCAAATCGTCCCGCTTGGTAATTTCCTAAAGGTTGGGCATGTGTTAGGG 
s mm7.chr11     94548740 100 + 122091587 TACCTACCCCCTGGGAGTTGACAGGCAGCTGAATACAGCTTAACTGTCCACTCGTATCTTCCCGTTTGCCGATTTCCTACAGGGAGAGGGGGAGGCAGGG 

a score=10205
s danRer3.chr12 25880828 275 +  37038836 GTGGAGGGAAAAAAGGGTGAAAATGC----AGAGGATATGTTGGA----GACTGGCTTTACCTCTGTTTGGAATCCCTCCACTAAGATAGCAACTAAGAGGTTAAACAAGACATAATTCCCAAAGGTCATGAGGGCGATGAAGTACAGAGCAGCCACAGGAGAGGTGGAGGCCATCCCGTTGTACAGCACTTTATTCCAGTCCTCCTGAGTCAGGATCTGGTATGCAGTGACATAGTAGACAAACATCAGAAACAAATATTCAACTACC---ATTTGCACTTGCAC 
s mm7.chr11     94551707 282 + 122091587 GTGGAGGGAAGAAGAAGCAGGCATCCCTCAGTAGGGTGAGATAGACAGGGCAGGGGGTTACCTCTGCCTGGAAACCCTCCACGAGAATGGCGACAAGCAGGTTAAAGAGCACGTAGTTGCCAAAAGTCATGAGGGCGATGAAGTAAAGAGCAGCCCAAGATGACGTGGAGGCCATGCCGTTGTAAAGGACTTTATTCCAGTCTTCCTGAGTCAGAATCT-GCAGGCAGGGG-ACAGGAGTCAGGACTC--GACTGGACACCCAACTTCCCCGACTCACCCCTGCCC 

a score=6691
s danRer3.chr12 25882432 142 +  37038836 CCTGAAAAACTGTAACAATGGCCCACAGTAAAGAATCAAAGTTCTTTCGGTCGGGAAGTGTGTCTCCATCTCTCTCAGAGCCAAATTTACACCCAAACAAGTGCATGCCTAGAATGCTGAAAAACAAAATGATGAAATACAA 
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a score=12068
s danRer3.chr12 25882586 241 +  37038836 GAACTGAATGCACAGCACATTCAAACATCAGAAAATCAATTCTCATCTTGCCTGAAAATGAATATGAAAAGCATCAGAAGCATGCAGAAGGTGGCAACATTGTCCATGGTCTTCATGAGGACCACCAACTGCCTCTGCAAGGCGGGCATAAAGCGGACCAACTTCAACACCCGCATCAGCCTGAAGGTCCTCAGCACCGATAAACCTCCTCCCTGCTGGCCAACAATCTCCCAAACACTGT 
s mm7.chr11     94552162 241 + 122091587 GATCCTGCCCCTTGCCCCACCCCACCCCTGGCCAGCCTTGTGCTCGCTCACCTGAAGATGAAGATGAAGAGCATGAGCAGCATGCAGAAGGTGGCCACGTTGTCCATGGTCTTCATGAGCACCACGAGCTGCCGCTGCAGTGCCGGCAGGAAGCGAACTAGCTTCAGCACCCGCATCAGGCGGAAGGTCCGCAGCACCGACAGGCCACCTCCCTGCTGGCCCACAATCTCCCACACGCTGT 

a score=9726
s danRer3.chr12 25883350 316 +  37038836 AGGAGCACACGTACCTGATTACAACAATAATGCCGTCAAAGATGTTGTACGGGTTCTTGATGTACCCAAAAGGCCCATAGACTAGCAGTTTCAGAAGCATCTCCAGCACAAACAAACTGGTGAAGACGATGTTGCTTATTTCCAGAGCATTTGTCAACTCATCAGGCTGGAAAAGAATAAACAAAGAACCAAAACTATCATAGAGTTGCTATTGTGTGCCACAT--CAGTACTTTTGAGAAAGTCACAGAAAGCTGTATAAATGAATAAAAAAAAATTTCAAAGATTGGGTAATTAAAAAAGTGCTCTAAAAAAGGCA 
s mm7.chr11     94553051 310 + 122091587 AGGGGCAGTCATACCTGATGACCACAATGACGCCATCAAAGATGTTGTAGGGATTCTTAATGTAGCCGAAGGGACCGTAGACGAGCAGCTTCAGCAGCATCTCCAAGGCGAAGAGGCTGGTGAAGACGATGTTGCTGATTTCCAGGGCGTTGGTGAGCTCCTCGGGCT---AAAGGGTAATCAGGTATGTAACA-----GCAGACTCACCCCCAAGCCCCACATCCCAGACATCCTGAACATGGGGCCCCAGGGAGAGGAGGTGCAGAAATGGCAACCTTAGGGAGTATCTAGGAAGAAAGGCATTCAAATACAGCCA 

a score=2049
s danRer3.chr12 25974873 92 +  37038836 CACTTACTTTATGGGGCAGAAACAGCGAGTTGACACAAGAAATCAAACTTGCAGTGTCCTCTGCATCAGGGAGGCCACAGATAACAATCTAG 
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a score=6794
s danRer3.chr12 25980031 215 +  37038836 TACCTGTTTAAGAGTGTAATGGTGGGCCATGACACCGCGGACCATGTCTGGCAGGGCGATTGGCACCTTAAGCAGTCGATCTGAAAAGGCGGTCAGTAACTGCTCCGAGCGCTGGATCCAGTCCTGCCGGCCTGTGAAGTGTGAAAGCCGGAGCAAATTCATGACTGACACTGAGTTTGCACTAGGCTCAGCACCGTCCTGATCTGAAAAAAATA 
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a score=7034
s danRer3.chr12 25986574 224 +  37038836 CTCACCCTGTTTGAGAGCCAGCAGGAGCGTCGGATCCGAG----GGGTCGCTGCAGAAATATCCACTGCCCTGGGAATCCCAGAAGAGCTGATCCTGCCTCAGCTGGAGTTCTTCGGCCCACTGCAGCCAGCGAAACTTTTGCGTGGCCTCAAACAGGTCCAGCAGCCCACACACCACAAAGGCGTAGTCATCCAGGAAGCC---------TGCGATGGGAGATGCACTGGAGAGAA 
s mm7.chr11     94590656 236 + 122091587 CTAACCATCCTTCAGA-CGAAGAGGCAGGTCTGCCCCCAGCTCAGCCTCACTGCAGAAGTAGCCACCACCTCGGGGGTCCCAGAAGAGCTTGTCCTGTGTGTCCTGCAGGCGCAGAGCCCACTCAAGCCATGAGCTCTCCTGTGAGGCCTCGTACAGGTCCAGGAGGCCCCGTACCACAAAGGCATAGTCCTCCAGGAAACCCCAGCATGGTGGGTTGCTAAAAGTACAGGAGAGAA 

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s mm7.chrX      109949034 530 + 164906252 ctgtaagatggtgtctcctagtaatatca---------------gaaattccacctataa--agtcttaacaacataactactcaaatgtttgctcaaaaa--ggacatcataga-acaggccaaagtgggagggaaatgcccaagaggcctcaatcttgcacaaagtactacag--gtgactga------ataaagttagtggtgggagaggtgaaca--tctctagggaagggcacaccagttggttgtccagtgccaaaactgtgaatcttgaaaacatacacaaagtaacattaatggattcaacaggttatatgaaggaatatatatatatctatctctatctctatctctatctatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatcta----------------------------tatctatatctatatc-tatatctatatc-------------tata-------------------tctatat----------------------------------ctatatctatat----ctatatct---------atatctatatctatatctatatcta-atctatCtatatatacatatatatatatacaaatacatatatatttcaata 

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s danRer3.chr12 26000182 573 +  37038836 tatatatatatatatatatatatatatatatatatataatgtatctatataatgtatcgatataatctatatatataATGTATCTGTAAAAGAATAATAAGGGCACTTTAAACATCATATCATTATTCTCAAATTCTCCCTTTTATAATTTGATGGAAGCCTGCTAACAAAACAACCCACAACTATTGTTTTTTTGTCAGCCTCAGTGCTATTGCAGGCTGGATGCATCATATTT------TTTTAAGACAGCGAGAATTGTTTCTTACACTTGCTCCACCTCCATGTTATTTCCACGGTAACAGGAATGGAGAATCCTCTGTCCGTCTTCGTCCCACAGGTGATCTTGGAGAAAACAAGCTGCTCGCTCAGCTCTTTCCAGCAGAGCTTTGTCACCCAGAACAGCTCCGACTCGAGCAAACCCAGACAACATCAGCCCTGACCAACCAAAAGAAAAGATAATGGACACAGATTATATGCATTGAAAAACCTAACCGTGTTCAATTTAGAAAACAAGTTTCTGCCTGTGGTTTCTCCAGCAAAAATATGCGAGCAAACAAACTCCCAGGACAACTTCTA 
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s mm7.chr11     94589451 215 + 122091587 TACCTGCTTCAGAGTCTGCTGTTGAGCTGAGAGGGTACGGACCATCTCAGGCAAGGCCACTGGGACGCGGCGCATGCGCTCAGAGAAGGCTGTCAGCAGGCACACACACTTGTCCATCCAATCCTTGTGGCCAGTGAAGCTGTGCAACCGAAGGAGGTTGTGGGCCGACACAGAGTTAGCACTGGGCTCTGCGCCATCCTGGTCTGCAAGGGACA 

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s mm7.chr11     94590656 236 + 122091587 CTAACCATCCTTCAGA-CGAAGAGGCAGGTCTGCCCCCAGCTCAGCCTCACTGCAGAAGTAGCCACCACCTCGGGGGTCCCAGAAGAGCTTGTCCTGTGTGTCCTGCAGGCGCAGAGCCCACTCAAGCCATGAGCTCTCCTGTGAGGCCTCGTACAGGTCCAGGAGGCCCCGTACCACAAAGGCATAGTCCTCCAGGAAACCCCAGCATGGTGGGTTGCTAAAAGTACAGGAGAGAA 

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s mm7.chr5      70406162 538 + 153054177 TGAGTAGAAAAatatgtatatgtttgtatatatatatatacacacacacacatacacacatatacatacacatatgtgtgtatgtatatatatatgtgtg-tgtgtgtgcattacatat-------atgtatatatatgagagagagagagaaagagaaaaagataa----agagTTTATATAAACATTCTAGAGCTAT----------GTTCCACAGAACC------AGAAACACATCCTCAACTTTT-------------------TGCTGATGT-GGCTAGAAATGTCTTATATGCAGAATTCTATGACTTTAAAAATATTGACTTA-ATATAAATTACCTCTAT-TTCTCAATAGGTTAAGAAACATATTTAAT---------------------------ATCTTTTAAAAGTAAACTTAC---CATATCTGTATCTGAGACAG-------GGCCAAAACTGGTCACGTAAATGTTAGTGAAGACTTCAGTAATACTGTCTAAGAGGAAGAAAAGAAAGTGGACATAGATTGTATATAGTGAAA-------------TATGTACAGAAAAATAGTTGA-GTCTATGGTATAAT--GCAGAAGTAAGTGATAAGGCAGTATCGAGATACACTTTCCA 

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s mm7.chr11     94591535 212 + 122091587 ACCCCACCGTTCCAGGCAGCGAGCATCTTGTTGTCTAGGTGTGCTTTCGGCCGATGTTTCCGGGCCTGGAAGAGCTTCTCCAGCCCTGTGTTGAGCAAG--GCCCTCACAGCC--TCCACCTCCAGGCCATAGCGGGCTGCAGTCAGCTCTAGTGAGTAACGCACCATCAGGACATTCTGGCCGTGCAGTTCCCCGTTGGGATCCTGAGGAAAACA 

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s mm7.chr11     94591811 224 + 122091587 CCTCACCTGAGAGGAGTTGATATTGCCTACTTCACTGAGTCCATAGTGCTTCATTAGGA-GCTGGCCTGAGGTCAGCGGCTCGCTGGCGCCTACCACGGGCTCTGGGAGTAGCTGTTGGACCTCTTTGACTGTCCACACATAGTAAGCACCCTCTTGGGGCTTCATGCCTCTCTCCGGGGG---GGAGTCAGCATCCTCTGCACTGTAAAAGCCTCCAGACTGTGGAG 

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s mm7.chr11     94592415 166 + 122091587 TCACCTGGAAGGCCTGGGTATAGACCACCGAGAGTTGGGCCTGGTCATACAGCATTTTCTCAAAGTGAGGGATGTGCCACTGTCGGTCCGTGGAGTAGCGGTGAAAGCCCTGTGGTCAAGGCAGA-----------GTGTTAGGCCAGACTGATCTCAGCCTCTGTCCCTAGGCCTG 

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s mm7.chr11     94592615 167 + 122091587 CCTCACCTGCCCCACATGATCCTGGATGCCTCCGTTGGCCATCATCTTCAGGGTGTGCAACGCCATCTGCTGAGCTCGGGAGCCATCCTGGGTGAGCCGGTGACTGAGCCAATAGGAGAACAGGAAGTTCAGGATCACTGTGGAGCAGGAAGGAGAGG------------------------GTGAGAGGT 

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s danRer3.chr12 26053540 213 +  37038836 TCTTCTAACTAATGGACATATTTAATGAAGATCT--GTTCAAGCTCACACTCTGCATCCCA---------------ATATACATGCTTGCAA-ATACTGTACAAGCTTTAATGATAAATCCTTTCAATTCATCATAGT----GTTTGTTTACCTGGTGAAGGGAATTTCGGTGCCTCTCGAAAACCCCCATATTCTTCCTCATAAGAGTGTGCCAGCTGTTGGTAACATCTGTTG 
s mm7.chr11     94592841 229 + 122091587 CCATCCACTTAGAGGACACAGGCCATTGGCCTCTGAGTCAGAGGTCAGAATAT-CAGCCCACAGGGGACCGGAAAGCTACACAGCCGCACAAGAGAGGCCAAAGGCACCGATGCTCA-----TTATATAGGTCAGGGTCAGAGGTCACTGACCAGGTGTGGGAAACTTGGGGGCCTCGGCGAAGCCGCCGTATTCCTCATCATAGCCCTCATCCAGCTGCTGGAAGCAACGGCTG 

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s danRer3.chr12 26055072 536 +  37038836 CTTACTTGCTCTATTATCCGTAACAGCACAGTTTTCAGTCCAGGTCTTCTTCCACTGTCTCTGGGTGGGAAGTATGTGCCACCTATGAATGGTTTAAGATCTGGTGTGAGCCACACACTCATTGGCCAGCCTCCTCCACCACTGGTTGCCTGGGCAGAATTTATTCACT-TCATTTAAATAATGCTTGCCACTTTTAAAGCT--ACAGCACTGACCACAGTGAATTCAACTAGCTCGTACCTGCACAAATGTCATATAAACTTTGTCCACGTCAGGTCTCTCTTCTCTGTCCACCTTTATACATACAAAGTTGTCGCTGAGTATTTTTCCAATCTCTTCATCCTCAAAGGATTCCCTCTCCATTACGTGACACCAGTGACAGGTGGAATAACCCACTATAAGC----AGTAATAAAACTGTGGGATAAAAC---------AGTCAATGTA----------------------CATTTGATACATTTTCAAGTATAATATTACGTTACCTGAAAGAAAAATAGGCTTGTCTTCACATTTTGCTTTATCAAAGGCTTCTTGGCCCCATGGATACCT 
s mm7.chr11     94593301 558 + 122091587 CCCACCTGATCACAGATTCTCATCAACACTGTTCGGAAGCCAACTCGAGTCAAACCATCCTCTGGCGGGAAGTAGGTGCCCCCAACGAATGGCTGGAGGCCGGGGGTCAGCCACACATTCATTGGCCAGCCTCCTCCACTACTGGTGGCCTGGAAGAGGGAGGGCCAGGGTCAGGGGAGT------TGCCGCGTTGTAGGTGTGACTAGACTG-CCACAGAGA-------TGGCTC--ACCTGCACAAAAGTCATGTATACTTTGTCCACATCTGGCCGCTCCTCTCGGTCCACCATGACACAGATGAAGTTCTCATTGAGCAGGCGCCCTATCTCTTCATTCTGGAAGGATTCCTCCTCCATCATGTGGCACCAGTGACAGGTAGAGTACCCCACTAGGAGAGAAGAGGGACAGGATGGCAGGAGGAGGTCCCCGGGGGACCCAAGGGACCACCCCCAACCCTCTGCCTGTCACTGAACCTCATTCTGGGAACAGTGGGTGTATACCTGAGAGAAAAATCGGCTTGTTTTCTTTTTTGGCCTTGTCGAAGGCTTCCTGTCCCCAGGGGTACCT 

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s danRer3.chr12  26066260 121 +  37038836 TTTTTCTGGTTTGTCTGTCAGATGAGGACTTAGAGATTGAGCTGGTGGAAGAGGAACCTCCATTTCTAAGGGGACATACCAAACAGAGCATGGACATGAGTCCTGTCAAGATTGTCAAGGT 
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s danRer3.chr12 26068266 122 +  37038836 CTGAGGTCTGCTATCGAGGCAGATGGTGA---------CTGGCTTGCACATAACAACACT--ATCTCTGCTTCTCATATGCCCTCTGGCCTTATATGAGCTCAAGTCTATTA--------CTGTCTTTGTTCGTCCATAAC 
s mm7.chr8      19716664 138 - 127874053 CTGATGTCTGCTCCCTATGCAGCTGTTTGATCAGGGCTCTGGACTGTGTATTATGGAGGTGGAGTCTTGTGTGATATCTGCTCCTTAGGCCCAT-TTAGATACAGTCTTGGATGCCCAGGCTGCTTTGG--AGTCCAGGAG 

a score=12340
s danRer3.chr12  26068388 263 +  37038836 AAATGCTTTTTCTTGTCTTCACACAGTTGACGGCAGGCAGATTGCTGCCAACATGAGGGGCATAGGTATGATGCCCAATGATATCCCTGAATGGAAGAAACATGCTTTTGGTGGCAACAAGGCCTCCTATGGAAAAAAGACGCAACTTTCTATTCTGGAGCAGAGAGAGAGTCTTCCCATCTACAAGCTGAAAGAGCAGCTCATTCAGGTGGGACTCAAT---------AGTGATGGGG---ATATT--TGTGCCAGATTTCAGTTTAGTTCTGTCC 
s mm7.chr11     101858904 270 + 122091587 AAATTTGTTTTCCTTTC-------AGCGGAAGGCAGGCAGATCGCTGCCAACATGAGGGGGATTGGGATGATGCCCAACGACATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTTTGGGGGCAACAAAGCTTCTTATGGGAAGAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGAGAGAGCCTGCCCATCTACAAACTGAAGGAGCAGCTGGTGCAGGTAAGAGGCCATTTTGGGGTGAGGGATGGGGTGTATATTGGGGTGCTGGAGCTCAAATCTGATCAAGCA 

a score=13317
s danRer3.chr12  26068651 279 +  37038836 ATATATTCAACCATTGTGTGT-TTACAGGCTGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTTATTGGTGAGACAGGCTCAGGGAAGACCACTCAGATCACACAATACCTGGCAGAAGCAGGATACACCACACGAGGGAAGATTGGGTGCACACAGCCCAGAAGAGTGGCTGCTATGTCTGTGGCTAAAAGAGTGTCTGAAGAGTACGGTTGTTGTTTAGGGCAAGAGGTAGGTCATTACTAGGAATGGT-------------GAAAAATAGTTTTTGTTAAATAGTTTTTTCAATTA 
s mm7.chr11     101859890 291 + 122091587 ATACATTTA--CATTACGCTTCTTTCAGGCTGTGCATGACAATCAGATCCTAATTGTAATTGGAGAGACAGGGTCTGGGAAGACAACACAGATCACCCAGTACCTGGCAGAGGCAGGCTATACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCAGCCCAGAAGAGTGGCAGCTATGTCTGTGGCCAAAAGAGTCTCAGAAGAGTTTGGTTGTTGCCTTGGTCAAGAGGTGAGTGGTCGGAGAAGCTGCTGTGTGAACCAGAAGAAAAATAGTCCCAGATAATTTATCTATAAAATGA 

a score=24573
s danRer3.chr12  26072120 610 +  37038836 GCATTCATTTTTGTGCCTGCACAGGTTGGCTACACCATCCGTTTTGAGGACTGCACTAGTCCTGAGACAGTCATTAAATACATGACGGACGGTATGCTGTTAAGAGAGTGTCTTATTGACCCTGATCTGGGCCAGTATGCCATCATTATGCTGGATGAGGCCCATGAGAGGACCATCCACACAGACGTGCTCTTCGGCCTTCTCAAGAAGGTACAATTCACATTTTAGACTTTGTTAGTCAGTCTCTATACTGTTCAGAATTCTAAATGTTGGAGtattgtttaaaatattgtttaaaataCCAACTATTGTTAGTGTTTTTTTAAGGAAATTACTCTTTTACT-TTCTTTTATTTTACACTGTCTTGTTTTTCTTTCCTTTTTTGATTATTTAGACTGTACAGAAACGAACTGACATGAAGCTCATTGTGACATCTGCCACACTGGATGCCGTGAAATTCTCACAGTACTTTTATGAAGCACCTATTTTTACAATCCCTGGTCGTACATACCCGGTAGAGGTTTTGTATACAAAAGAACCTGAAACTGACTATCTGGATGCCAGTCTGATCACAGTCATGCAGATTCACCTCACTGAACCTCCAGGTAAG 
s mm7.chr11     101861025 514 + 122091587 GCGTTTCCTTCTGTCCTGCTGTAGGTGGGCTACACCATTCGATTTGAGGATTGCACCAGCCCAGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGCATGCTGCTAAGAGAGTGCCTGATTGACCCCGATCTCACTCAGTATGCCATCATTATGTTGGATGAAGCACACGAGAGGACCATTCACACAGATGTGCTCTTTGGATTGTTGAAAAAGGTA-----------------------ACTAAGT---------------------AAACGCTGGACTAGGATTTGAA-----------------------------TGTGCTGTGA----------TATTTTGCTGTTCTTTTTTAGTAAGCTGTCTTACATTTCCCT--------------TTAGACAGTTCAAAAACGACAAGACATGAAGCTGATTGTCACCTCAGCCACGCTGGATGCGGTGAAGTTTTCTCAGTACTTCTATGAAGCACCCATCTTCACAATCCCAGGTCGAACCTATCCAGTGGAAATTCTGTACACAAAGGAGCCGGAAACAGACTATTTGGACGCTAGCCTGATCACGGTCATGCAGATCCATCTGACAGAGCCGCCAGGTGAG 

a score=12188
s danRer3.chr12  26072734 361 +  37038836 CAAACACAATTCTACAAAACAAAATTATTAAATTTGAAAAACAGTTCCAATTAATAAAAATTATTCATTGTGCAGGTGATATCTTGGTGTTCCTGACGGGTCAGGAGGAGATTGACACGGCTTGTGAGATCCTTTATGAAAGAATGAAATCTCTCGGTCCTGATGTTCCAGAGCTGATCATTCTCCCAGTCTACTCTGCCCTGCCCAGTGAAATGCAGACCAGGATCTTTGACCCAGCACCACCTGGAAGTAGAAAGGTACCAT------------CTGTTGTTTCTCCT-TTCTTTGGTCACCTCAAACATTAATCTAGAATTCC------CAGAAAAT-TTTAATTACATGATTTTAATTCACATTAACAAACCATTCT 
s mm7.chr11     101862126 359 + 122091587 cacacacacacacacacaACAGAGCCAGAGACAGTGAATGACGTTTC---------------ACTCTCTTCCTAGGTGACATCTTGGTTTTCTTGACTGGTCAGGAAGAGATCGACACTGCTTGTGAGATCCTGTATGAAAGAATGAAGTCCCTGGGACCTGATGTCCCAGAGTTGATCATCCTCCCAGTGTACTCTGCCCTTCCGAGTGAGATGCAGACCCGAATCTTTGATCCAGCTCCCCCTGGTAGCAGAAAGGTAACATGGGGCTGAAATGAAGTGGTTCCACATATCCTTAAGTCAAGTGGGGTACACAGccagggctccacttgtcacagcctccccagtgataggatt-------acgtacacacgccactct 

a score=9715
s danRer3.chr12  26073095 167 +  37038836 GCTTTTTCTGTGCTGTTCTTAGGTGGTCATTGCTACCAACATTGCTGAGACCTCTTTGACAATTGATGGGATCTACTATGTGGTGGATCCAGGTTTTGTCAAGCAGAAGGTGTATAACTCTAAAACTGGCATTGATCAGCTAGTGGTGACCCCCATCTCACAGGTAT 
s mm7.chr11     101863748 167 + 122091587 GCTCTGTCTTTCTCATCTGTAGGTGGTGATTGCCACCAACATTGCAGAAACATCTCTGACCATCGACGGCATCTACTATGTGGTTGACCCTGGATTTGTGAAGCAGAAAGTGTACAATTCTAAAACAGGGATCGATCAGCTTGTGGTGACACCTATTTCTCAGGTAT 

a score=10996
s danRer3.chr12  26073341 162 +  37038836 TAGGCTCAAGCTAAGCAGCGAGCAGGTAGAGCTGGAAGAACAGGCCCTGGGAAGTGTTACAGACTCTACACAGAACGTGCCTACAGGGATGAGATGCTCACAACCAATGTACCTGAGATTCAGAGAACCAACTTGGCCAGCACTGTACTTTCTCTCAAGGTA 
s mm7.chr11     101866628 162 + 122091587 TAGGCTCAAGCAAAGCAGAGAGCTGGCCGGGCTGGGAGAACTGGCCCAGGAAAGTGTTACAGACTGTACACGGAGCGTGCCTACCGCGATGAAATGCTGACCACCAATGTACCGGAAATCCAGAGAACCAACCTGGCCAGCACAGTGCTGTCCCTCAAGGTA 

a score=10226
s danRer3.chr12  26074943 167 +  37038836 TTTTTCTCTGTCCTCTAATCAGGCTATGGGCATCAATGACCTGTTGTCATTTGACTTTATGGATGCTCCACCTATGGAGACACTCATCACGGCCATGGAGCAGCTGTACACTCTGGGCGCTCTGGATGATGAAGGTCTACTCACACGCCTTGGTCGTAGAGTAAGTG 
s mm7.chr11     101871229 163 + 122091587 TGTTGCTCTGTTTTCTA----GGCCATGGGTATTAATGACCTGCTGTCCTTTGACTTCATGGATGCCCCACCGATGGAAACTCTGATCACGGCCATGGAGCAGCTGTATACACTGGGGGCCCTGGACGACGAGGGCCTGCTCACTCGCCTGGGCCGCAGGGTGAGGG 

a score=9304
s danRer3.chr12  26075169 216 +  37038836 GCTCAATCTGCAGA-ATACAGTATTAAGTT--TCTTATCACTGTTCCCATCAGATGGCTGAGTTTCCTCTGGAGCCCATGCTTTGTAAGATGTTGATCATGTCTGTCCATCTTGGCTGCAGTGAAGAGATGCTGACCATTGTGTCAATGCTTTCAGTACAGAATGTCTTCTACAGACCAAAGGTACTATTTTAGCTCACACACAGTTCTAGGTGTAGTG 
s mm7.chr11     101872889 208 + 122091587 GCATGGTCTGTAGGGAAACAGTTGTAATTTCTTCTTATTCCTGT-------AGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCCAATGCTGTGCAAAATGCTCATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGCGAAGAGATGCTAACTATCGTGTCCATGCTGTCTGTGCAGAACGTCTTCTACCGACCCAAGGTAAGGT----GCTCAACCCCATGTTCTGATGCACTG 

a score=-3061
s danRer3.chr12 26075385 271 +  37038836 CGC---TAAGCACAGTTatgctggcttcat---accaaatgtgaattcataccaaacgtgtatgc------atgagtagattacatacaaagtcaatgcaaacacgggattagaagtgaatttctgcagagcagtgcagat----GAGACCAATTTTGCAATGCGTTTGCTGCGATCTCGCATAAATTTGCCTTAATCATGTCTTCTCTGCCATTTAAAAAAAAACATTTAAATTAGTGAGGTGAAAAACATCCCGCAACTGACCTAGAGTAATTGATGTGATTCGA 
s mm7.chr8      19720881 219 - 127874053 GGCGGGGAAGTGGGGCTGTCCT-GTGTCATGGGGTGGGATGGAGATTC--------TGTCTGTGCTGTCTTGTAGGCTGGTTA-----AAGGGAGGTCGGAAGGCTGGGTCAGTGG----TCCTTGTAGTGTTTTGGAAATTTGAAAGACC-ATCTTCAATCTCGTAGTCTACTGTTTAGCTTATTTTGTTATAAATGATTTTTATTCTGT-----------------------------GTTGTTAGGCAT--------------------ATTGATGTGAGCAGG 

a score=-287
s danRer3.chr12 26075725 24 +  37038836 CTGATCCTAAAATGATTTCAATCT 
s mm7.chr8      19721160 18 - 127874053 CTGTTCCT------TTTCCTAGGG 

a score=12971
s danRer3.chr12  26075749 234 +  37038836 CAGGACAAACAAGCTCTGGCAGACCAGAAGAAGGCCAAGTTTCACCAGCCTGAGGGAGACCACCTGACTTTGTTGGCTGTCTATAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTTTCTAACCCCTGGTGTTACGAGAACTTCATTCAAGCCCGATCTCTTCGACGTGCACAGGATATCCGCAAACAGATGCTGGGCATCATGGACAGGTGAG--GGGATTGGAACTTTATACAGGCTTGGTTG 
s mm7.chr11     101873180 236 + 122091587 CAGGATAAACAGGCCCTTGCAGATCAGAAGAAAGCCAAATTCCACCAGACAGAAGGGGACCACCTCACCCTGCTGGCCGTATACAACTCCTGGAAGAACAACAAATTCTCCAACCCGTGGTGCTATGAGAATTTTATTCAGGCTCGTTCCCTACGCCGTGCCCAGGACATTCGGAAGCAGATGTTAGGCATAATGGACAGGTCAGTCAGGAGTGTGGTGATATTAGTGTTTGGGTG 

a score=11867
s danRer3.chr12  26077225 188 +  37038836 AGGCACAAACTGGATGTGGTATCGTGCGGTAAGGCTACTGTGCGTGTACAGAAAGCCATCTGCAGTGGTTTCTTCCGGAATGCAGCCAAAAAGGATCCTCAAGAAGGTTACAGGACCCTCATAGACCAGCAGGTGGTCTACATCCACCCCTCCAGCGCATTGTTCAACCGCCAACCAGAATGGTACGT 
s mm7.chr11     101873814 188 + 122091587 AGGCACAAGCTGGACGTGGTCTCCTGTGGCAAATCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGGTTCTTCCGGAACGCTGCCAAGAAGGACCCACAGGAAGGCTACCGGACTCTGATAGACCAGCAGGTGGTGTATATCCACCCCTCCAGTGCTCTCTTCAACAGACAGCCCGAATGGTAGGT 

a score=14771
s danRer3.chr12  26077493 221 +  37038836 CAGGGTGGTGTACCATGAGCTTGTGCTAACCACTAAAGAATACATGAGGGAAGTGACCACCATCGATCCAAGATGGCTTGTAGAATTCGCTCCAGCTTTCTTCAAAGTGTCTGATCCCACACGCCTCAGCAAACAGAAGAAGCAGCAGCGCTTGGAGCCTCTCTACAACCGCTACGAGGAACCAAACGCCTGGAGAATCTCCAGAGCCTTCAGACGACGCT 
s mm7.chr11     101875675 221 + 122091587 CAGGGTGGTATACCACGAACTTGTGCTGACCACAAAGGAATACATGCGTGAGGTCACCACCATCGACCCCCGGTGGCTTGTGGAGTTTGCTCCGGCTTTCTTCAAAGTTTCTGACCCAACCAAGCTAAGCAAGCAGAAGAAACAGCAGCGCCTGGAGCCTCTGTACAATCGGTATGAGGAGCCGAACGCCTGGAGAATCTCCCGAGCCTTCCGCCGGCGCT 

a score=745
s danRer3.chr12 26082901 137 +  37038836 CAAAACAAAAACATAAAACATAGCCTTATATACAAGAGGATGGGGTGGGCATGTGCAATAGGTGCAGCGGGTGGTAAACTGGGATGGGAAACAAAGGAGAATG--TCGGTGGCATTAGTACATGTAGCCTTTGGAGTAG 
s mm7.chr13     16199292 130 - 116696528 CAAACAACAGAAATAAAACAAA------CATTGAAGAGAATTCGGTGATTCTCTGCATCTTGAAAAAAAAGAGGCAAA---GCACGGGGTGCCTTGCTTGACGGGTTACTCATCTTAGTACACGTATCCTTCGTTGTAG 

a score=9441
s danRer3.chr12  26083038 225 +  37038836 GGCTGAGGGCCCATGTTGGTGGCAGCTGGTTCGGGAGGGTAAGAAACTCCCTCATCGAGGTGGGACAGTGGCACAGTGTCCTCCTCGTTGACGTAGCGCTCAAATTCCGCCTTCAGACTTGGCCGCTGATTGTCGGGAAAAGCCAAGGTTATCAAAGCTTCTGGCTCACACACAAATTTGTAAACATAACGCTCACCAGCCACCTGCAAAAATAATAATGGCAAG 
s mm7.chr11     101879427 224 + 122091587 GGCCGAAGGGCGGAGCGGG-GCCAGTGAGTTCTGGGAGGTAGGCAGGACTCTCATCCAAGTGGGACAAAGGGACTGTGTCCTCCTCACTGACTGGCCGGTCAAACTCAGCCTTCAGAGCTGGACGTTGATTATCTGGGAAGGCCAGAGAGAACAGGGCCTCCGGCTCGCACACAAACTTGTACACGTAGCGTTCGCCAGCCACCTGTGGAGAGAGGGTTGTCAGG 

a score=7505
s danRer3.chr12  26084801 129 +  37038836 AGCAATACCTTTTGCATAATTCCCTTCTCATAATAGTAACGCAAAGAGCGACTCAGTTTGTCATAGTTCATGGCTGGGCGGTTCTTCTGCATCCCCCAGAGTCTTGCCACCTAAAGTATGAAAAAAAGA 
s mm7.chr11     101879999 129 + 122091587 AGCCCAACCTTCTGCATGATGCCTTTCTCATAATAGTATCGCAGCGAGCGGCTCAGCTTGTCATAATTCATGGCTGGCCGGTTCTTCTGGATACCCCAGAGCCTGGCAACCTGGGGGACAAGAGACAAA 

a score=8780
s danRer3.chr12  26085813 203 +  37038836 TAATGTTTACCTCCTCTGGCTCAATGAGTTTGAATTCCATGCCACGGCCCGTCCATGCGATGAAGTGGGCATTGCTGGGGTCATCAAGAAGGGCAACCAAGAACTGCCATAGTTGAAGTGAGCCACGACGCTGATAGGGGGCACCTTCACGAAACACACTGCCCCCTTCTTGTTTCACCTCACCTAAGCACAGCAAAAGAGAT 
s mm7.chr11     101880356 203 + 122091587 TAAGACCTACCTCTTCAGGTTCAATTAGTTTAAACTCCATTCCCCGGCCTGTCCAAGCAATGAAATGAGCATTTGTTGGGTCATCCAGCAGGGCCACCAGAAACTGCCACAGTTGTAAGGCACCCCGGCGCTGGTAGGGTGGCCCCTCCCGGAAAGCTCCAATCCCTTCCTGCTTGATGTCTCCTGGGAAAGTGGAAATAGGT 

a score=2167
s danRer3.chr12  26087404 40 +  37038836 CTTACCTTCAAATTTCTCTGGCACAACACGGGAATCATTT 
s mm7.chr11     101880722 40 + 122091587 CTGACCTTCAAATTTTTCAGGGACAATGCAGACATCATCT 

a score=2390
s danRer3.chr12  26088062 91 +  37038836 GGGTTGGAGTAGCCTTCATTGTGATGGTACATGGATGGGCAGCCAGGCACATCTGCTGGA------CAAACATAAAAACATGACCGTCTGTGATGAA 
s mm7.chr11     101880942 97 + 122091587 GGTCCAGAGAAGCCCTCTGGGTGGAGGTACATTGATGCACATCCAGGGACATCTGGGGGAGGGAAGAAAAGGTGACATTGTAAGTGGCTGAGGTGAA 

a score=4941
s danRer3.chr12  26091659 366 +  37038836 AATATCAAGACACCACTTCAAAGCAAAGTCATTCACTGTGCCTCATCGGATGACTCACATACCAGGTTCGTAAGTGTAGTCGGTGGGCTCCTGTTTGACCATCATATGGGCAGGAGGAAACCT-------CTGAGGCTGTGGTCCGTTAATGTGGGCCG-----CTCGGTCATACAGAGGGTCCATGTACTCCTGCTTAAAGGTCTGCTGAGGAGGATAAGGCAAGCAGGGGTCAGAGTGTTGCCGATGGTAGCCGCCTCCTCCGCCTCCGCTGGCATGGGCAGGATGCATGCGCTGCAGGGCCTGGCCTTGGGAA---GCGAATGGTGGGCACATCTCTGCCGA--GCCGGAAGG-GAACCTGGA--------ACTGGGAGGGAAAATAAG 
s mm7.chr11     101882589 358 + 122091587 AATCCCAGAAAAACCCTTCCGAGCCCAA-CACCCCCAG---CCCAGCCCAAGAGTCTCTTACCTGAGTCGTAGGCGAAGTCTGTGCGCTCCTGTTTGATCACCACCCCCGCCCCTGGGTACCTGTGCCCACTGACCCCACCCTGGCTTGAAGCGGGCTGGCCAGCCTGTTCGTACAGGGGGTCATGGTACTCCTGCTTGAAGTTCTGCT---GGGGGTAGGGTGGGCAGGGCTCCGACAGTTGGTGTTGATAGGGG--------------GCTGGGAGAG-------------GTTCCCGGCCCCCTCCCTGAGGAGATGTGAAGGAGTGGCACATGTCCACGGGCTGCTGGAAGACGGAGCTGGAGGTCATGGATGAGGAAGGAAGAAAAG 

a score=-277
s danRer3.chr12 26092025 205 + 37038836 GCATTGATTATCACATAGATTTAAAAAGGCTGTTATGATGCAAGA--------------------ATGCTTTCTTAAAAATACAGTATTTAGTAGTGGGAAATATAGTTTTCTTAAaggggtggtccagagtgttttttaaggcttggttgtgttaatgaggtgta-aagcaatgtgtgc---tcatgctccatttataaaaa---aagaatatttttttgtatatatatcc 
s mm7.chr16     22051946 219 + 98481019 ATATTGTTTAATACC---ATATGAACACTC-ACTATGATTCAACATTTGGGATTAGCCACCACATCTGGTTTTTAAAAGATAAATTAATTTCTAAATGAAA--AAAGTTCTCACTAATG-------TAAAATGTTGTTTACTATCAATGTGTGTGCGCCATGTTTATTATCAATGTGTGTGCGCCATGGCTCACGTGTGACAGTCTGAGAATAACGCTGTGGATTCACTTCC 

a score=1442
s danRer3.chr12  26092786 160 +  37038836 ATTTTTATTGTTACCTGGGGTTCATGGGGTAACTGTGGCTGTGGCAGGCGTGGGATTGGCTGGATGAGGGTGGATTCATATACCCTGATTCCTGCCGAGTTCCCACTGTTGGTTTG--GGGGAATAATGCTGCATAG-----------GGGACATGGGCGTCGCTGGACATGA 
s mm7.chr11     101883105 150 + 122091587 ATCTGTCTCCTTACCTGTGCTCACCAAGGTACCCGTGGCCAGGGTGGGACTGGGAAGAGCTGGAGG-----------------------CTCTCAGGAGGCTCTGCTGCTGTTCTGCCCTGGAAAAGGGCTGCAGGGGCGACTGTCCAGGGGCACCGGGGGCGGGGGACTTGA 

a score=6832
s danRer3.chr12  26093681 155 +  37038836 GACTGACCTGGCGTAAAGGCACTGCTCTCCATTGGGGTAGCTGAAGCTTTGCTTGTGGCTGCAGGACTGGCTGGGATCTGATCCGGGACTCTGCGGCTCTTTCTTAATCTTCACAGGCGGGCTGTGGAATGCCACTGCTGCGATACACAGAGAAA 
s mm7.chr11     101884349 155 + 122091587 GGCTCACCTGGAGTAAAGGCACTGCTCTCCATGGTGGTAGGGGAGTGGTGGCTTCCTGCTGCAGGACAGGGCGGGGTCTGTGCGGGGACTCTGGGGTTCCTTCTTGATCCTGGTGGTGGGGCTATGGAAAGCTACTGTGGGGTAGGACAGAGCAA 

a score=7148
s danRer3.chr12 26192546 215 +  37038836 TACCTGTTTAAGAGTGTAATGGTGGGCCATGACACCGCGGACCATGTCTGGCAGGGCGATTGGCACCTTAAGCAGTCGATCGGAAAAGGCGGTCAGCAACTGCTCCGAGCGCTGGATCCAGTCCTGCCGGCCTGTGAAGTGTGAAAGCCGGAGCAAATTCATGGCTGACACTGAGTTTGCACTAGGCTCAGCACCGTCCTGATCTGAAAAAAATA 
s mm7.chr11     94589451 215 + 122091587 TACCTGCTTCAGAGTCTGCTGTTGAGCTGAGAGGGTACGGACCATCTCAGGCAAGGCCACTGGGACGCGGCGCATGCGCTCAGAGAAGGCTGTCAGCAGGCACACACACTTGTCCATCCAATCCTTGTGGCCAGTGAAGCTGTGCAACCGAAGGAGGTTGTGGGCCGACACAGAGTTAGCACTGGGCTCTGCGCCATCCTGGTCTGCAAGGGACA 

a score=7128
s danRer3.chr12 26199121 224 +  37038836 CTCACCCTGTTTGAGAGCCAGCAGGAGCGTCGGATCCGAG----GGGTCGCTGCAGAAATATCCACTGCCCTGGGAATCCCAGAAGAGCTGATCCTGCCTCAGCTGGAGTTCTTCGGCCCACTGCAGCCAGCGAAACTTTTGCGTGGCCTCAAACAGGTCCAGCAGCCCACACACCACAAAGGCGTAGTCATCCAGGAAGCC----TGTGATGGG-----AGATGCACTGGAGAGAA 
s mm7.chr11     94590656 236 + 122091587 CTAACCATCCTTCAGA-CGAAGAGGCAGGTCTGCCCCCAGCTCAGCCTCACTGCAGAAGTAGCCACCACCTCGGGGGTCCCAGAAGAGCTTGTCCTGTGTGTCCTGCAGGCGCAGAGCCCACTCAAGCCATGAGCTCTCCTGTGAGGCCTCGTACAGGTCCAGGAGGCCCCGTACCACAAAGGCATAGTCCTCCAGGAAACCCCAGCATGGTGGGTTGCTAAAAGTACAGGAGAGAA 

a score=-69
s danRer3.chr12  26211721 352 +  37038836 TCAAAAAACTTTACATTTCAGATATTACACAACCCAGCATTAACTCTTTTCTCA---CAATATCTACAATTCTAGTCTTCAGCTAACACTATTGTTTGTACACATGCCACAAACCTGACATTATGTAGATTTGATACAACCCTACTCAAGGCCGGCTCACACTGTGAGTTTTTTTTATAATCCTGAACGATTGTAGTATGTCAgagtttggcatcatttacctttgacactttcactatcatgcgttctaaaatga---ttcctcgcagaaaacataaacaatctgtagcggcaattttaaacacagcatgcctcaataataaaaccaggaa--gaaaaaaacagttttgacattttccc 
s mm7.chrX      109948664 283 + 164906252 TCAAAAAACAAAACAATAACAAAAAAAAATTGCCAA--ATTAAGTTTTCTCCGGGTTCTATTCTGAAAATTCGAGTTCTTAGGTAACACAACTATTTGAATAAATTCCATAAACTTCTCAATATATA-----------------------------------------------TCATCATCT----------AAGTATACAAGAGAT--ATATCA--------AGAGAATATAACTG--AAACAATATAAAATGAATGTGATGAGCCCATAAGAAAAGAaacagatggagagaacttcacaga------gccacaccaatcaaactaagaattgtaaaactcagtcctaatggttacac 

a score=5615
s danRer3.chr12  26212153 448 +  37038836 ctgcaggaaagcatcttctaacactgccaaaacttaattggagggaaaatctgatcacaacgagcattaagcggctgcctgtgtacatgtctaaccaatgatcaaagaccacagattctagccaaggatttcaggaatcgtttaggatttcccaagtttgtctcagataacaaaatcgtggctgaaatcttataatctcagt----------gtgaacagggctttaGATA-----CCACCATTGGATCTTAGA-----AACTTTGCACACCTTTTACATTCATACACAGCTATAT-------TTCAAAATAAAatataaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatgtatctatataatgtatcgatata---atctatatatata-ATGTATCTGTA 
s mm7.chrX      109949034 445 + 164906252 ctgtaagatggtgtctcctagtaatatca---------------gaaattccacctataa--agtcttaacaacataactactcaaatgtttgctcaaaaa--ggacatcataga-acaggccaaagtgggagggaaatgcccaagaggcctcaatcttgcacaaagtactacag--gtgactga------ataaagttagtggtgggagaggtgaaca--tctctagggaagggcacaccagttggttgtccagtgccaaaactgtgaatcttgaaaacatacacaaagtaacattaatggattcaacaggttatatgaaggaatatatatatatctatctctatctctatctctatctatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatctatatcta---tatctatat-ctatatctatatctatatctatatctatatctatatctata 

a score=-1073
s danRer3.chr12 26212601 485 +  37038836 AAAGAATAATAAGGGCACTTTAAACATCATATCATTATTCTCAAATTCTCCCTTTTATAATTTGATGGAAGCCTGCTAACAAAACAACCCACAACTATTGTTTTTTTGTCAGCCTCAGTGCTATTGCAGGCTGGATGCATCATATTT------TTTTAAGACAGCGAGAATTGTTTCTTACACTTGCTCCACCTCCATGTTATTTCCACGGTAACAGGAATGGAGAATCCTCTGTCCGTCTTCGTCCCACAGGTGATCTTGGAGAAAACAAGCTGCTCGCTCAGCTCTTTCCAGCAGAGCTTTGTCACCCAGAACAGCTCCGACTCGAGCAAACCCAGACAACATCAGCCCTGACCAACCAAAAGAAAAGATAATGGACACAGATTATATGCATTGAAAAACCTAACCGTGTTCAATTTAGAAAACAAGTTTCTGCCTGTGGTTTCTCCAGCAAAAATATGCGAGCAAACAAACTCCCAGGACAACTTCTA 
s mm7.chr5      70406304 396 + 153054177 gaaagagaaaaagataa----agagTTTATATAAACATTCTAGAGCTAT----------GTTCCACAGAACC------AGAAACACATCCTCAACTTTT-------------------TGCTGATGT-GGCTAGAAATGTCTTATATGCAGAATTCTATGACTTTAAAAATATTGACTTA-ATATAAATTACCTCTAT-TTCTCAATAGGTTAAGAAACATATTTAAT---------------------------ATCTTTTAAAAGTAAACTTACCATATCTG-TATCTGAGACAGGGC---------CAAAACTGGTCACGTAAATGTTAGTGAAGACTTCAGTAATACTGTCTAAGAGGAAGAAAAGAAAGTGGACATAGATTGTATATAGTGAAATATGTA-------------CAGAAAAATAGTTGA-GTCTATGGTATAAT--GCAGAAGTAAGTGATAAGGCAGTATCGAGATACACTTTCCA 

a score=5188
s danRer3.chr12 26214056 101 +  37038836 TTCACACTGATGCCAAAGTGAGCAGCGGTGAGCTCCACTGAGTAACGCACAATCAGCACATTTTGACCCTGCAGCTCTCCGTGGGGGTCCTACAAAAAACA 
s mm7.chr11     94591646 101 + 122091587 TCCACCTCCAGGCCATAGCGGGCTGCAGTCAGCTCTAGTGAGTAACGCACCATCAGGACATTCTGGCCGTGCAGTTCCCCGTTGGGATCCTGAGGAAAACA 

a score=6327
s danRer3.chr12 26216032 227 +  37038836 CCAAACCTGAGCGGGATCCACGTTGCCTTGCTCTTTCACACCATAATGATGCATGAAGATATCCGCCTGTGTTGCACCTCCTG-TGGCGCCTTCCACGATATCAGGAAGCAGCTCTCTGATCTCTCCTGCTGTCCACACACAAAACGCTCCCTCTCTCTTCTCTGTGGACTCCACTGTGGGAAAGGAATCTGCATCCTCAGCGCTATAGAAGCCGCCAGACTGCAGAG 
s mm7.chr11     94591811 224 + 122091587 CCTCACCTGAGAGGAGTTGATATTGCCTACTTCACTGAGTCCATAGTGCTTCATTAGGA-GCTGGCCTGAGGTCAGCGGCTCGCTGGCGCCTACCACGGGCTCTGGGAGTAGCTGTTGGACCTCTTTGACTGTCCACACATAGTAAGCACCCTCTTGGGGCTTCATGCCTCTCTCCGGGGG---GGAGTCAGCATCCTCTGCACTGTAAAAGCCTCCAGACTGTGGAG 

a score=7866
s danRer3.chr12 26219036 357 +  37038836 TCACCTGGTAAGCAGTGATATATGCCACAGCAAGTTGGCCTTGATCGTATAACATCTTTTCAAAGTGAGGAACATGCCAGGAGGAGTCTGTGGAGTATCTGTGGAAGCCCTG-----AAAGCAGAAAAACCATTGTGTGTTTGGTTATGTAACTCTTAACTCCATTTGATAA-------ATTCAAGCCAGGTTCTAAATACAAATTCCGCATCTCACTTGTGCCACATGGTCATGAATGCCCCCTAGTGCCATCATTCGGAGAGTGTGAAGAGCCATTTGCAGCGCTTCTGCTCCCTCAGAACTAGAACGGTTTACTGCCCAAAATGACATCAGGAACTTCAGGTTCACTGTAGAAAGAGCGAAAAAGG 
s mm7.chr11     94592415 358 + 122091587 TCACCTGGAAGGCCTGGGTATAGACCACCGAGAGTTGGGCCTGGTCATACAGCATTTTCTCAAAGTGAGGGATGTGCCACTGTCGGTCCGTGGAGTAGCGGTGAAAGCCCTGTGGTCAAGGCAGA-----------GTGTTAGGCCAGACTGATCTCAGCCTCTGTCCCTAGGCCTGCTGCCCCGGCCGGCCGGCACGGAACCTGGCCTGCCCTCACCTGCCCCACATGATCCTGGATGCCTCCGTTGGCCATCATCTTCAGGGTGTGCAACGCCATCTGCTGAGCTCGGGAGCCATCCTGGGTGAGCCGGTGACTGAGCCAATAGGAGAACAGGAAGTTCAGGATCACTGTGGAGCAGGAAGGAGAGG 

a score=4713
s danRer3.chr12 26221018 169 +  37038836 CTTACTTGCTCTATTATCCGTAAAAGCACAGTTTTCAGTCCAGGTCTTCTTCCGCTGTCTCTGGGTGGGAAGTATGTTCCACCTATGAACGGTTTAAGATCTGGTGTGAGCCACACACTCATTGGCCAGCCTCCTCCACCACTGGTTGCCTGGGCAGAATTTATTCACT 
s mm7.chr11     94593301 169 + 122091587 CCCACCTGATCACAGATTCTCATCAACACTGTTCGGAAGCCAACTCGAGTCAAACCATCCTCTGGCGGGAAGTAGGTGCCCCCAACGAATGGCTGGAGGCCGGGGGTCAGCCACACATTCATTGGCCAGCCTCCTCCACTACTGGTGGCCTGGAAGAGGGAGGGCCAGG 

a score=11237
s danRer3.chr12 26221203 351 +  37038836 TGCCACTTTTTAAGCT--ACAGCACTGACCACAGTGAATTCAACTAGCTCGTACCTGCACAAATGTCATATAAACTTTGTCCACATCAGGTCTCTCTTCTCTGTCCACCTTTATACATACAAAGTTGTCGCTGAGTATTTTTCCAATCTCTTCATCCTCAAAGGATTCCCTCTCCATTACGTGACACCAGTGACAGGTGGAATAACCCACTATAAGC----AGTAATAAAACTGTGGGATAAAAC---------AGTCAATGTA----------------------CATTTGATACATTTTCAAGTATAATATTACGTTACCTGAAAGAAAAATAGGCTTGTCTTCACATTTTGCTTTATCAAAGGCTTCTTGGCCCCATGGATACCT 
s mm7.chr11     94593481 378 + 122091587 TGCCGCGTTGTAGGTGTGACTAGACTG-CCACAGAGA-------TGGCTC--ACCTGCACAAAAGTCATGTATACTTTGTCCACATCTGGCCGCTCCTCTCGGTCCACCATGACACAGATGAAGTTCTCATTGAGCAGGCGCCCTATCTCTTCATTCTGGAAGGATTCCTCCTCCATCATGTGGCACCAGTGACAGGTAGAGTACCCCACTAGGAGAGAAGAGGGACAGGATGGCAGGAGGAGGTCCCCGGGGGACCCAAGGGACCACCCCCAACCCTCTGCCTGTCACTGAACCTCATTCTGGGAACAGTGGGTGTATACCTGAGAGAAAAATCGGCTTGTTTTCTTTTTTGGCCTTGTCGAAGGCTTCCTGTCCCCAGGGGTACCT 

a score=4276
s danRer3.chr12 26223678 107 +  37038836 GACCCTCACCAGTCCACAGGGTTGTGTGCATGTTGTAAAAGATAGGAGGACTTCTCTTGACTCAGGCGGTTGGTATACTTTG--------------GGGTCTTTAGTCTGTCCGGACTGTC 
s mm7.chr11     94593946 121 + 122091587 GGCTCTCACCAATCCACCGGGTTGTAGGCATGCTGTAAGAGGTATGGAGACTTCTCATTGATCAGGCGATTGACGGTCTTCGGCGGTGCAGGTGGAGGACAGTTAGTCCGGCTTGACTTTC 

a score=5087
s danRer3.chr12  26226668 112 +  37038836 CAGAGATCGG---AGAAGACGAGCTCAAAAAGCTCGAATATTTGTCTCTGGTGTCTAAAGTTTGTACTGAACTTGACAACCATTTGGGAATAAATGATAAGGACCTTGGTAAGTT 
s mm7.chr11     101842119 115 + 122091587 CGGAGCCCGGCCCGGCGGAAGAACTCGCTAAACTTGAGTACCTGTCTTTGGTGTCGAAGGTTTGCACGGAGCTGGACAATCACTTGGGCATCAACGACAAGGATCTGGGTGAGCT 

a score=3724
s danRer3.chr12  26227729 497 +  37038836 atttacttgataaatttaACAAACCACTAAAGAAGTCTGTGTTAACAGTTCGTTGCTTTTTATGTCTTCCAGCTGAGTTTGTAATCAGTCTTGCTGAGAAAAACACAGCCTTTGATGGATTTAAGTCAGCACTGGTTAAGAATGGAGCAGATTTCACGGtaaataatataaattaatcattaaataatatCATTGTACTAGGTTTCATAATCTTTGTTGCAGTTGTGGGACTAATTAAGCCAA--TTTGACCTGTCT------TTTTTAGGATTCACTCATCGGCAATTTGCTTCGTCTCATTCAAACAATGCGCCCTCC----TGCAAAAGCATCTACCAGTAAAGGTAAGTGCATTTTGGATCAGTTTACAGAATAGCAGCTCATATTGATTTCACCAACATTTTTAAGCGAGTCAGGCTTTTTGCATTTTTCTTGCCATATTG--TGatattaaattattattgt---tttttttaattGTCATGTTTTATGTGATTTTATGTTTTATGTA 
s mm7.chr11     101843131 475 + 122091587 agttcTTTTATAATTT-----AATTATTATCTGAGTCCATTT--ATAATTCCTT--TTTTTTTTTTTAACAGCTGAATTTGTCATCAGTCTTGCTGAGAAAAATACTACCTTTGATACTTTTAAGGCTTCTCTGGTCAAAAATGGTGCAGAATTCACAGTATGTA--------------------TATCTGAAGATTCTTTGTTTC---CTTTTTGTTTCTTTGGTGTTGCTACTGAATTTAAATTTTGATCGCACTAAAGGATTTTTAAG---TAGGAAGGAGCGATTTG-TGCATATCAAGTAAATAA---GCCATCAAATGTGTAAAGTTGCGTTGCTGGCCAGGGAGCCAGATTCCTTCCCCACTGTCCTAGGAGAATGCCGCAGGACTTCCGGCAGTAAGTCTGAGGATGCTGACATTCTTTTGTTGTTGTTGTTGGTTTGTTTGTTTTTAATTTTTTATTAGATATTTTCTTCACTTACAttttttaaagatttatttatcttattta 

a score=4093
s danRer3.chr12  26228230 95 +  37038836 CTCTTTTCCTGCGGCTAAGCCAAAAAATGAAAAAGACAAGCTGAAAGAGCTTTTCCCAGCTCTCTGCAGACCTGATAATCCTACTACCAGGGTAC 
s mm7.chr11     101844842 95 + 122091587 CTCAGATCCGGTTGTTAAACCCAAAACCGAAAAAGAAAAGCTGAGGGAACTCTTCCCCGTCCTCTGCCAGCCGGACAACCCTTCAGCTCGGGTAC 

a score=4560
s danRer3.chr12  26229638 121 +  37038836 TCTTCTGGC----TAGAATATGCTGGATGAGGATGATGTGAAAGTTGCTGCAGATGCTATGAAAGAGTTGGAGATGTTTATGCCCAGTGT--TAGTGGAACAGAACCTAGCAG-CAGTAAACACAGGT 
s mm7.chr11     101846679 128 + 122091587 TCCTCTGACCCTATAGACCATGTTGGATGAGGAAGATGTGAAAGTCGCTGTGGACGTCTTGAAAGAGCTGGAAGCTTTAATGCCCAGCGCAGCAGGCCAAGAGAAACAAAGAGACCCTGAGCACAGGT 

a score=12424
s danRer3.chr12  26229887 330 +  37038836 CAGAAGCCGGAGcagagatagagatcgggatcgagacagagatcgggagagggacagagatagagacCGAAGGAGACGCCATCGCTCTCGCTCCCGTTCTAGATCTCGTTCTAATGAGAGGGACAGGAGAAAGCGCAGGAGCCGCTGGCACTCTCGCAGCAGATCCAGGAGTCC------AGCTCGCACAGACAGAGACAAA------------GGCTCAGACCGCTGGAAGGACAAACATGTGGACCGCCCTCCACCAGAGGAGCCGTCTGTGGCTGATATCTACAATGGCAAAGTCACCAGTATCATGCAGTTTGGCTGCTTTGTGCAGTTGGAAGGACTTAGGTA 
s mm7.chr11     101847267 336 + 122091587 caaggaccgagaacgagatagagatcgagaacgagacagagagcgagatagagagagagacCATAAGCGGAGACACCGATCACGCTCTCGGTCACATTCTAGAACCCGG------GAGAGGACTAAGGGGAAATCTAGATACAGAT------CTAGGAGCAGAAGTCAGAGTCCCTTCAAAGATCGGAAAGACCGAGAAAAGTATGGGGAGAGGAACTTGGACAGATGGCGGGATAAGCATGTGGACCGCCCTCCCCCGGAAGAGCCTGCCATTGGAGATATTTACAATGGCAAAGTGACCAGTATCATGCAGTTCGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGCCTAAGGTA 

a score=10114
s danRer3.chr12  26230266 207 +  37038836 TATTTAGTCTTATTTTTTTCTTCTGTGTTCCATCTGTACAGGAAACGCTGGGAAGGTTTGGTCCATATTTCTGAGCTTAGGAGAGAGGGTCGTGTGGCAAATGTGGCTGATGTGGTCAGCAAAGGTCAAAGAGTCAAAGTCAAGGTGTTGTCCTTCACTGGATCCAAAACAAGTCTGAGCATGAAGGTGAGTGAGCTCTATCTTTAT 
s mm7.chr11     101848702 206 + 122091587 TGTTTAGGCTTATTTCAGAGGTGTCTTCACTTTCTCT-CAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCACATCTCTGAGCTCCGACGGGAAGGTCGAGTGGCCAATGTGGCTGATGTTGTGAGTAAAGGCCAGAGAGTCAAGGTCAAAGTTCTGTCCTTCACTGGAACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGTGGGTGATGTGTCTGTCTGT 

a score=10740
s danRer3.chr12  26231742 234 +  37038836 TCATGTTGTGTTTTGTCTTCATTTACAAGGATGTTGACCAGGACACTGGTGAAGATCTGAACCCCAACAGGAGGAGAAATGTGGGTGGAGAAGGTCAGGAAGAGTCCGCTATGAGAAATCCTGACAGACCCACCAATCTTAACCTTGGCCATGCTCCTGAGGTTGAGGACGACACGCTAGAACGCAAACGACTAACCAAGATATCTGATCCAGAGAAATGGGAAATCAAACAGG 
s mm7.chr11     101849685 221 + 122091587 TCTCGTTGTGCTTT-------------AGGATGTGGACCAAGAGACAGGAGAAGACCTAAACCCAAACAGACGGAGAAATCTGGTTGGCGAGACCAATGAAGAGACGTCAATGCGGAACCCAGACAGACCCACTCACCTCTCCCTTGTCAGCGCTCCTGAAGTAGAGGATGACTCGCTGGAGCGCAAGCGGCTCACCCGAATCTCTGACCCAGAGAAGTGGGAGATCAAACAGG 

a score=6376
s danRer3.chr12  26231976 184 +  37038836 TGCATGACAATCTTTAATGTGAAAAATAATTCAAAACTTTTTTTTTCTTCTTGGCATTCGTTTAAACATGCATGTTG-----GTCTGTCTACTTTTAGATGATTGCTGCTAATGTGTTGTCTAAAGAAGAATTCCCAGACTTCGATGAAGAGACAGGAATTTTGCCTAAGGTAGATGATGAGGAAGGTA 
s mm7.chr11     101850442 188 + 122091587 TGTGTGACA-TCTCTGGAATTAACACTGAGGAAAAAAGGAGTTTTGATTGTAGCTATAGGTCTTAGTTCCAGTGCTGCCTCCTTCTGCCCTTTGCTAGATGATTGCTGCCAATGTGCTTTCCAAAGAAGAGTTTCCAGACTTCGACGAAGAGACTGGCATTCTCCCCAAGGTGGATGATGAAGAAGGTA 

a score=7225
s danRer3.chr12  26232253 121 +  37038836 TTTTTCTGGTTTGTCTGTCAGATGAGGACTTAGAGATTGAGCTGGTGGAAGAGGAACCTCCATTTCTAAGGGGACATACCAAACAGAGCATGGACATGAGTCCTGTCAAGATTGTCAAGGT 
s mm7.chr11     101852093 121 + 122091587 TTCTTTTTGATGAACTTTTAGATGAGGATCTTGAAATTGAACTGGTTGAAGAGGAGCCTCCGTTCCTGAGAGGGCATACCAAGCAGAGCATGGATATGAGCCCCATCAAAATCGTTAAGGT 

a score=10094
s danRer3.chr12  26232400 230 +  37038836 AGCTGCATTATATGAAGCAAAAACACTTCACATTTCTGACTTCACACATGGATATATTATTTTTTTTCCTGG-------CAGAACCCCGATGGATCTCTCTCCCAAGCAGCTATGATGCAGAGTGCCCTGGCCAAAGAGCGAAGAGAAGTAAAACAGGCCCAACGGGAGGCTGAAATGGACTCCATCCCCATGGGCCTTAATAAACACTGGGTGGACCCACTGCCTGACGGTAAGAC 
s mm7.chr11     101854067 232 + 122091587 aacagcattgtgcccaggctgaccaccaccttttcctagctac-----tGAGTGCTTGCTGCTTTTTCCTGTGTTGTTTTAGAACCCAGATGGCTCACTCTCCCAAGCAGCCATGATGCAGAGTGCCCTGGCCAAGGAAAGACGGGAGCTGAAGCAGGCCCAGCGGGAAGCAGAGATGGATTCTATACCCATGGGGCTCAACAAACACTGGGTTGATCCCTTGCCCGATGGTAAGCC 

a score=-61
s danRer3.chr12 26234263 122 +  37038836 CTGAGGTCTGCTATCGAGGCAGATGGTGA---------CTGGCTTGCACATAACAACACT-------------ATCTCTGCTTCTCATATGCCC-------TCTGGCCTTGTATGAGCTCAAGTCTATTACTGTCTTTGTTCGTCCATAAC 
s mm7.chr8      19716664 138 - 127874053 CTGATGTCTGCTCCCTATGCAGCTGTTTGATCAGGGCTCTGGACTGTGTATTATGGAGGTGGAGTCTTGTGTGATATCTGCTCCT--TAGGCCCATTTAGATACAGTCTTGGATG--CCCAGG-------CTGCTTTGG--AGTCCAGGAG 

a score=12340
s danRer3.chr12  26234385 263 +  37038836 AAATGCTTTTTCTTGTCTTCACACAGTTGACGGCAGGCAGATTGCTGCCAACATGAGGGGCATAGGTATGATGCCCAATGATATCCCTGAATGGAAGAAACATGCTTTTGGTGGCAACAAGGCCTCCTATGGAAAAAAGACGCAACTTTCTATTCTGGAGCAGAGAGAGAGTCTTCCCATCTACAAGCTGAAAGAGCAGCTCATTCAGGTGGGACTCAAT---------AGTGATGGGG---ATATT--TGTGCCAGATTTCAGTTTAGTTCTGTCC 
s mm7.chr11     101858904 270 + 122091587 AAATTTGTTTTCCTTTC-------AGCGGAAGGCAGGCAGATCGCTGCCAACATGAGGGGGATTGGGATGATGCCCAACGACATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTTTGGGGGCAACAAAGCTTCTTATGGGAAGAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGAGAGAGCCTGCCCATCTACAAACTGAAGGAGCAGCTGGTGCAGGTAAGAGGCCATTTTGGGGTGAGGGATGGGGTGTATATTGGGGTGCTGGAGCTCAAATCTGATCAAGCA 

a score=13596
s danRer3.chr12  26234648 279 +  37038836 ATATATTCAACCATTGTGTTT-TTACAGGCTGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTTATTGGTGAGACAGGCTCAGGGAAGACCACTCAGATCACACAATACCTGGCAGAAGCAGGATACACCACACGAGGGAAGATTGGGTGCACACAACCCAGAAGAGTGGCTGCTATGTCTGTGGCTAAAAGAGTGTCTGAAGAGTACGGTTGTTGTTTAGGTCAAGAGGTAGGTCATTACTAGGAATGGT-------------GAAAAATAGTTTTTGTTAAATAGTTTTTTCAATTA 
s mm7.chr11     101859890 291 + 122091587 ATACATTTA--CATTACGCTTCTTTCAGGCTGTGCATGACAATCAGATCCTAATTGTAATTGGAGAGACAGGGTCTGGGAAGACAACACAGATCACCCAGTACCTGGCAGAGGCAGGCTATACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCAGCCCAGAAGAGTGGCAGCTATGTCTGTGGCCAAAAGAGTCTCAGAAGAGTTTGGTTGTTGCCTTGGTCAAGAGGTGAGTGGTCGGAGAAGCTGCTGTGTGAACCAGAAGAAAAATAGTCCCAGATAATTTATCTATAAAATGA 

a score=24451
s danRer3.chr12  26238176 610 +  37038836 GCATTCATTTTTGTGCCTGCACAGGTTGGCTACACCATCCGTTTTGAGGACTGCACTAGTCCTGAGACAGTCATTAAATACATGACGGACGGTATGCTGTTAAGAGAGTGTCTTATTGACCCTGATCTGGGCCAGTATGCCATCATTATGCTGGATGAGGCCCATGAGAGGACCATCCACACAGACGTGCTCTTCGGCCTTCTCAAGAAGGTACAATTCACATTTTAGACTTTGTTAGTCAGTCTCTATACTGTTCAGAATTCTGAATGTTGGAGtattgtttaaaatattgtttaaaataCCAACTATTGTTAGTGTTTTTTTAAGGAAATTACTCTTTTACT-TTCTTTTATTTTACACTGTCTTGTTTTTCTTTCCTTTTTTGATTATTTAGACTGTACAGAAACGAACTGACATGAAGCTCATTGTGACATCTGCCACACTGGATGCCGTGAAATTCTCACAGTACTTTTATGAAGCACCTATTTTTACAATCCCTGGTCGTACATACCCGGTAGAGGTTTTGTATACAAAAGAACCTGAAACTGACTATCTGGATGCCAGTCTGATCACAGTCATGCAGATTCACCTCACTGAACCTCCAGGTAAG 
s mm7.chr11     101861025 514 + 122091587 GCGTTTCCTTCTGTCCTGCTGTAGGTGGGCTACACCATTCGATTTGAGGATTGCACCAGCCCAGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGCATGCTGCTAAGAGAGTGCCTGATTGACCCCGATCTCACTCAGTATGCCATCATTATGTTGGATGAAGCACACGAGAGGACCATTCACACAGATGTGCTCTTTGGATTGTTGAAAAAGGTA-----------------------ACTAAGT---------------------AAACGCTGGACTAGGATTTGAA-----------------------------TGTGCTGTGA----------TATTTTGCTGTTCTTTTTTAGTAAGCTGTCTTACATTTCCCT--------------TTAGACAGTTCAAAAACGACAAGACATGAAGCTGATTGTCACCTCAGCCACGCTGGATGCGGTGAAGTTTTCTCAGTACTTCTATGAAGCACCCATCTTCACAATCCCAGGTCGAACCTATCCAGTGGAAATTCTGTACACAAAGGAGCCGGAAACAGACTATTTGGACGCTAGCCTGATCACGGTCATGCAGATCCATCTGACAGAGCCGCCAGGTGAG 

a score=12188
s danRer3.chr12  26238790 361 +  37038836 CAAACACAATTCTACAAAACAAAATTATTAAATTTGAAAAACAGTTCCaattaataaaaattattaattGTGCAGGTGATATCTTGGTGTTCCTGACGGGTCAGGAGGAGATTGACACGGCTTGTGAGATCCTTTATGAAAGAATGAAATCTCTCGGTCCTGATGTTCCAGAGCTGATCATTCTCCCAGTCTACTCTGCCCTGCCCAGTGAAATGCAGACCAGGATCTTTGACCCAGCACCACCTGGAAGTAGAAAGGTACCAT------------CTGTTGTTTCTC-CATTCTTTGGTCACCTCAAACATTAATCTAGAATTCC------CAGAAAATTTCTA-TTACATGATTTTAATTCACATTAACAAACCATTCT 
s mm7.chr11     101862126 359 + 122091587 cacacacacacacacacaACAGAGCCAGAGACAGTGAATGACGTTTC---------------ACTCTCTTCCTAGGTGACATCTTGGTTTTCTTGACTGGTCAGGAAGAGATCGACACTGCTTGTGAGATCCTGTATGAAAGAATGAAGTCCCTGGGACCTGATGTCCCAGAGTTGATCATCCTCCCAGTGTACTCTGCCCTTCCGAGTGAGATGCAGACCCGAATCTTTGATCCAGCTCCCCCTGGTAGCAGAAAGGTAACATGGGGCTGAAATGAAGTGGTTCCACATATCCTTAAGTCAAGTGGGGTACACAGccagggctccacttgtcacagcctccccagtgataggatt-------acgtacacacgccactct 

a score=9501
s danRer3.chr12  26239151 167 +  37038836 GCTTTTTCTGTGCTGTTCTTAGGTGGTCATTGCTACAAACATTGCTGAGACCTCTTTGACAATTGATGGGATCTACTATGTGGTGGATCCAGGTTTTGTCAAGCAGAAGGTGTATAACTCTAAAACTGGCATTGATCAGCTAGTGGTGACCCCCATCTCACAGGTAT 
s mm7.chr11     101863748 167 + 122091587 GCTCTGTCTTTCTCATCTGTAGGTGGTGATTGCCACCAACATTGCAGAAACATCTCTGACCATCGACGGCATCTACTATGTGGTTGACCCTGGATTTGTGAAGCAGAAAGTGTACAATTCTAAAACAGGGATCGATCAGCTTGTGGTGACACCTATTTCTCAGGTAT 

a score=10865
s danRer3.chr12  26239397 162 +  37038836 TAGGCTCAAGCTAAGCAGCGAGCAGGTAGAGCTGGAAGAACAGGCCCTGGGAAGTGTTACAGACTCTACACAGAACGTGCCTACAGGGATGAGATGCTCACAACCAATGTACCTGAGATTCAAAGAACCAACTTGGCCAGCACTGTACTTTCTCTCAAGGTA 
s mm7.chr11     101866628 162 + 122091587 TAGGCTCAAGCAAAGCAGAGAGCTGGCCGGGCTGGGAGAACTGGCCCAGGAAAGTGTTACAGACTGTACACGGAGCGTGCCTACCGCGATGAAATGCTGACCACCAATGTACCGGAAATCCAGAGAACCAACCTGGCCAGCACAGTGCTGTCCCTCAAGGTA 

a score=10249
s danRer3.chr12  26240977 165 +  37038836 TTTCTCTGTCCTCTAATCAGGCTATGGGCATCAATGACCTGTTGTCATTTGACTTTATGGATGCTCCACCTATGGAGACACTCATCACGGCCATGGAGCAGCTGTACACTCTGGGCGCTCTGGATGATGAAGGTCTACTCACACGCCTTGGTCGTAGAGTAAGTG 
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s danRer3.chr12  26241201 240 +  37038836 GCTTAATCTGCAGA-ATACAGTATTAAGTT--TCTTATCACTGTTCCCATCAGATGGCTGAGTTTCCTCTGGAGCCCATGCTTTGTAAGATGTTGATCATGTCTGTCCATCTTGGCTGCAGTGAAGAGATGCTGACCATTGTGTCAATGCTTTCAGTACAGAATGTCTTCTACAGACCAAAGGTACTATTTTAGCTCACACACATTTCTATGTGTAGTGCACTAAGCACAGTTATGCTGGCTt 
s mm7.chr11     101872889 226 + 122091587 GCATGGTCTGTAGGGAAACAGTTGTAATTTCTTCTTATTCCTGT-------AGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCCAATGCTGTGCAAAATGCTCATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGCGAAGAGATGCTAACTATCGTGTCCATGCTGTCTGTGCAGAACGTCTTCTACCGACCCAAGGTAAGGT----GCTCAACCCCATGT-----TCTGATGCACT-GGTGCAGTGACATCAGCCT 

a score=13259
s danRer3.chr12  26241781 205 +  37038836 CAGGACAAACAAGCTCTGGCAGACCAGAAGAAGGCCAAGTTTCACCAGCCTGAGGGAGACCACCTGACTTTGTTGGCTGTCTATAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTTTCCAACCCCTGGTGTTACGAGAACTTCATTCAAGCCCGATCTCTCCGACGTGCACAGGATATCCGCAAACAGATGCTGGGCATCATGGACAGGTGAG 
s mm7.chr11     101873180 205 + 122091587 CAGGATAAACAGGCCCTTGCAGATCAGAAGAAAGCCAAATTCCACCAGACAGAAGGGGACCACCTCACCCTGCTGGCCGTATACAACTCCTGGAAGAACAACAAATTCTCCAACCCGTGGTGCTATGAGAATTTTATTCAGGCTCGTTCCCTACGCCGTGCCCAGGACATTCGGAAGCAGATGTTAGGCATAATGGACAGGTCAG 

a score=1590
s danRer3.chr12 26242306 226 +  37038836 CATTACCAAAAATAAAACTAATAAGAAAACGCATTTAATAAGTTTAATTTAAAAACAATATCAAGAGAAGTGATATTAAACTTTACAGAAACCCATGGCCCA-AAATAATAAAATGAGATCAGTCTAGAAAACCAATGAATTTAATTAAACATTAATGAAATCATTTTTTAAAAAAATGAAGGAAATTTTTTTTTCGCTTAACCTC----ACTATTCTTTACAAAAACAGA 
s mm7.chr12     81107238 201 - 117814103 CCTAACTAAAACCATGACTAAGAAAAA----------------------TGAAAACATTTTGAAAATGAGTGGTTATACACTACTCTGAATATTATTGACAGTGGATGCTAGGATGTTATCA--------AGCAAGTAGATTTAGCCATGAATGCAACATACCAAATTTTCACAAAGTATGGAAAATTTTGCTTAAATTTAAGTTTGAAAACTATTTTTAAAACAAAGAAA 

a score=11998
s danRer3.chr12  26243258 188 +  37038836 AGGCACAAACTGGATGTGGTATCGTGCGGTAAGGCTACTGTGCGTGTACAGAAAGCCATCTGCAGTGGTTTCTTCCGGAACGCAGCCAAAAAGGATCCTCAAGAAGGTTACAGGACCCTCATAGACCAGCAGGTGGTCTACATCCACCCCTCCAGCGCATTGTTCAACCGCCAACCAGAATGGTACGT 
s mm7.chr11     101873814 188 + 122091587 AGGCACAAGCTGGACGTGGTCTCCTGTGGCAAATCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGGTTCTTCCGGAACGCTGCCAAGAAGGACCCACAGGAAGGCTACCGGACTCTGATAGACCAGCAGGTGGTGTATATCCACCCCTCCAGTGCTCTCTTCAACAGACAGCCCGAATGGTAGGT 

a score=14342
s danRer3.chr12  26243526 276 +  37038836 CAGGGTGGTGTACCATGAGCTTGTGCTAACCACTAAAGAATACATGAGGGAAGTGACCACCATCGATCCAAGATGGCTTGTAGAATTCGCTCCAGCTTTCTTCAAAGTGTCTGATCCCACACGCCTCAGCAAACAGAAGAAGCAGCAGCGCTTGGAGCCTCTCTACAACCGCTACGAGGAACCAAACGCCTGGAGAATCTCCAGAGCCTTCAGGCGACGCT----AGCATCTTCTCAGAAGGTCTTCATGAACTGCAAATGTCTGATACTGATGCTGAAC 
s mm7.chr11     101875675 280 + 122091587 CAGGGTGGTATACCACGAACTTGTGCTGACCACAAAGGAATACATGCGTGAGGTCACCACCATCGACCCCCGGTGGCTTGTGGAGTTTGCTCCGGCTTTCTTCAAAGTTTCTGACCCAACCAAGCTAAGCAAGCAGAAGAAACAGCAGCGCCTGGAGCCTCTGTACAATCGGTATGAGGAGCCGAACGCCTGGAGAATCTCCCGAGCCTTCCGCCGGCGCTGAAAGACAGCTGACTACTTGCCTCTCCTGTATCATGGCTTCCTGTGACTGATGACAAGC 

a score=800
s danRer3.chr12 26246337 190 +  37038836 GATAGGCCTCAGAAGTGAGAGGAATGCAGAGTCCCTAATGAGATTA--ATTTAAT---CAAAACAAAAACATAAAACATAGC-CTTATATACAAGAGGATGGGGTGGGCATGTGCA-------------ATAGGTGCAGCGGGTGGTAAACTG--GGATGGGAAACAAAGGAGAATGTCGGTGGCATTAGTACATGTAGCCTTTGGAGTAG 
s mm7.chr12     81113115 196 - 117814103 GGCAGACCATAGAATAATGCAACAGGAAAAGCCCCCTTTTGTATTATCATTTAAAAAATAAAGTACAAACAACAGAAATAAAACAAACATCGAAGAGAATTCGGTGATTCTCTGCATCTTGAAAAAAAAAGAGGCGAAGCACGGGGTGCCTTGCTTGACGGGTTAC---------------TCATGTTAGTACACGTATCCTTCGTTGTAG 

a score=9655
s danRer3.chr12  26246527 225 +  37038836 GGCTGAGGGCCCATGTTGGTGGCAGCTGGTTCGGGAGGGTAAGAAACTCCCTCATCGAGGTGGGACAGTGGCACAGTGTCCTCCTCGTTGACGTAGCGCTCAAATTCCGCCTTCAGACTTGGCCGCTGATTGTCGGGAAAAGCCAAGGATATCAAAGCTTCTGGCTCACACACAAATTTGTAAACATAACGCTCACCAGCCACCTGCAAAAATAATAATGGCAAG 
s mm7.chr11     101879427 224 + 122091587 GGCCGAAGGGCGGAGCGGG-GCCAGTGAGTTCTGGGAGGTAGGCAGGACTCTCATCCAAGTGGGACAAAGGGACTGTGTCCTCCTCACTGACTGGCCGGTCAAACTCAGCCTTCAGAGCTGGACGTTGATTATCTGGGAAGGCCAGAGAGAACAGGGCCTCCGGCTCGCACACAAACTTGTACACGTAGCGTTCGCCAGCCACCTGTGGAGAGAGGGTTGTCAGG 

a score=7421
s danRer3.chr12  26248227 152 +  37038836 AGCAATACCTTTTGCATAATTCCCTTCTCATAATAGTAACGCAAAGAGCGACTCAGTTTGTCATAGTTCATGGCTGGACGGTTCTTCTGCATCCCCCAGAGTCTTGCCACCTAAAGTATGAAAAAAAGACAGTTCAAAGCATAAGAGCAAGC 
s mm7.chr11     101879999 152 + 122091587 AGCCCAACCTTCTGCATGATGCCTTTCTCATAATAGTATCGCAGCGAGCGGCTCAGCTTGTCATAATTCATGGCTGGCCGGTTCTTCTGGATACCCCAGAGCCTGGCAACCTGGGGGACAAGAGACAAAAGGATTTGGGTGGAGATGCAATC 

a score=8780
s danRer3.chr12  26249239 203 +  37038836 TAATGTTTACCTCCTCTGGCTCAATGAGTTTGAATTCCATGCCACGGCCCGTCCATGCGATGAAGTGGGCATTGCTGGGGTCATCAAGAAGGGCAACCAAGAACTGCCATAGTTGAAGTGAGCCACGACGCTGATAGGGGGCACCTTCACGAAACACACTGCCCCCTTCTTGTTTCACCTCACCTAAGCACAGCAAAAGAGAT 
s mm7.chr11     101880356 203 + 122091587 TAAGACCTACCTCTTCAGGTTCAATTAGTTTAAACTCCATTCCCCGGCCTGTCCAAGCAATGAAATGAGCATTTGTTGGGTCATCCAGCAGGGCCACCAGAAACTGCCACAGTTGTAAGGCACCCCGGCGCTGGTAGGGTGGCCCCTCCCGGAAAGCTCCAATCCCTTCCTGCTTGATGTCTCCTGGGAAAGTGGAAATAGGT 

a score=2167
s danRer3.chr12  26250829 40 +  37038836 CTTACCTTCAAATTTCTCTGGCACAACACGGGAATCATTT 
s mm7.chr11     101880722 40 + 122091587 CTGACCTTCAAATTTTTCAGGGACAATGCAGACATCATCT 

a score=2399
s danRer3.chr12  26251487 91 +  37038836 GGGTTGGAGTAGCCTTCGTTGTGATGGTACATGGATGGGCAGCCAGGCACATCTGCTGGA------CAAACATAAAAACATGACCGTCTGTGATGAA 
s mm7.chr11     101880942 97 + 122091587 GGTCCAGAGAAGCCCTCTGGGTGGAGGTACATTGATGCACATCCAGGGACATCTGGGGGAGGGAAGAAAAGGTGACATTGTAAGTGGCTGAGGTGAA 

a score=4885
s danRer3.chr12  26255067 369 +  37038836 GGGAATATCAAGACACCACTTCAAAGCAAAGTCATTCACTGTGCCTCATCGGATGACTCACATACCAGGTTCGTAAGTGTAGTCGGTGGGCTCCTGTTTGACCATCATATGGGCAGGAGGAAACCT-------CTGAGGCTGTGGTCCGTTAATGTGGGCCG-----CTCGGTCATACAGAGGGTCCATGTACTCCTGCTTAAAGGTCTGCTGAGGAGGATAAGGCAAGCAGGGGTCAGAGTGTTGCCGATGGTAACCGCCTCCTCCGCCTCCGCTGGCATGGGCAGGATGCATGCGCTGCAGGGCCTGGCCTTGGGAA---GCGAATGGTGGGCACATCTCTGCCGA--GCCGGAAGG-GAACCTGGA--------ACTGGGAGGGAAAATAAG 
s mm7.chr11     101882586 361 + 122091587 GGCAATCCCAGAAAAACCCTTCCGAGCCCAA-CACCCCCAG---CCCAGCCCAAGAGTCTCTTACCTGAGTCGTAGGCGAAGTCTGTGCGCTCCTGTTTGATCACCACCCCCGCCCCTGGGTACCTGTGCCCACTGACCCCACCCTGGCTTGAAGCGGGCTGGCCAGCCTGTTCGTACAGGGGGTCATGGTACTCCTGCTTGAAGTTCTGCT---GGGGGTAGGGTGGGCAGGGCTCCGACAGTTGGTGTTGATAGGGG--------------GCTGGGAGAG-------------GTTCCCGGCCCCCTCCCTGAGGAGATGTGAAGGAGTGGCACATGTCCACGGGCTGCTGGAAGACGGAGCTGGAGGTCATGGATGAGGAAGGAAGAAAAG 

a score=-104
s danRer3.chr12 26255436 146 +  37038836 GCATTGATTATCACATAGATTTAAAAAGGCTGTTATAA--------TGCAAGAATGCTTTCTTAAAAATACAGTATTTA-----GTAGTGGG----AAATATAGTTTTCTTAAaggggttgt-ccagagtgttttttaaggcttggttgtgttaatgaggtgta 
s mm7.chr12     81144176 143 - 117814103 G--------------TTGTCTTTAAAGGACTTACATAATTCCTAGCTGCTAGTGTGCACTTTAAACGTCTCAATGTCAATAGCTTTAGTGAGCCTCAGATTTCTCTTTCTTAGAAGAGTAGTGCTATGATTTGTTTTAAATCACA-------TGATGACGTGTA 

a score=1760
s danRer3.chr12  26256195 63 +  37038836 ATTTTTATTGTTACCTGGGGTTCATGGGGTAACTGTGGCTGTGGCAGGCGTGGGATTGGCTGG 
s mm7.chr11     101883105 63 + 122091587 ATCTGTCTCCTTACCTGTGCTCACCAAGGTACCCGTGGCCAGGGTGGGACTGGGAAGAGCTGG 

a score=-174
s danRer3.chr12 26256914 165 +  37038836 TGAAGGGATTTGGGTGTTCACTTTTGTATGG--AATGCACTTTCATGA-------GAATCAATTATCTGTGATTTTTTTTTTTTATTATTCATAGAACCAAAAGTGTGTAGCTGAAGATGCACTTCCATTAAAGAAATGATGT--------GAGATGCATCTATCTACAGGGTCCAG--TTATT 
s mm7.chr12     81151110 184 - 117814103 TAAAACGATTCTAAAGTGTGTGATTGTATGGCAAATGGGTCTTTAGAGTTCTGCTGAATACATTACCTAATTAGCTTATTATGTAATGAAGATGTAACCCATAACATTGACTTGAGATTTTATTATCATTCTACACTTTCTGTTTCCAAAAGGGATGCTGCTCTCTACGAGCACAAGGCTTCTT 

a score=6963
s danRer3.chr12  26257079 155 +  37038836 GACTGACCTGGCGTAAAGGCACTGCTCTCCATTGGGGTAGCTGAAGCTTTGCTTGTGGCTGCAGGACTGGCTGGGGTCTGATCCGGGACTCTGCGGCTCTTTCTTAATCTTCACAGGCGGGCTGTGGAATGCCACTGCTGCGATACACAGAGAAA 
s mm7.chr11     101884349 155 + 122091587 GGCTCACCTGGAGTAAAGGCACTGCTCTCCATGGTGGTAGGGGAGTGGTGGCTTCCTGCTGCAGGACAGGGCGGGGTCTGTGCGGGGACTCTGGGGTTCCTTCTTGATCCTGGTGGTGGGGCTATGGAAAGCTACTGTGGGGTAGGACAGAGCAA 

a score=4571
s danRer3.chr12 26266594 694 +  37038836 AAGCAAAGGAGAATGAATAGCCAAAAGAAAACAGAGAAAGAGAAAAAAGTTAAAGAAAAAGTACTATTTGTgaaagaaagatagaaagaaagaaataa--agaaagagatataaaaaagaaagaaagaaaaaaagaaggaaagaaagaTAAATGAGGTAGAAAACAACATCTCTGTAAAGGCTGCATTAAGCACAGCTCTCAGTCAGTCCAAATCATGAATGGAGATTCCGTTTTCTGTTAATGTGCTGCCTCAGCCAGTCCCTCACAACCAGCCCATTCATAAAAAATGTGGGGCTTAAAATGTGGGGTCGACAGGACAGTACGGTCCAGTGATATATA--------TCAGACACGTTGAGAGAGCTTTCTGAAG--GGCAACAAAATACAAACA---ATCTTGAGATTGTAAATCCCATTGCACATCTCTTGACTTTTTCTGTTTTCCCTCCTGTAAACTTCTGTTTTCTGGAATTGGATTTATAGCCACAACTTCCTATATAATTACTACAAGGCACAAAAACAATGGCTCTCGCAACACCGCATTTGCAGGATTAACTCACATCTTGGAACACTCA-GTGTTGAGACAGAGAGAACGGGAGAGAAAAAGCTGCCTAAATTATCACATTTCAGTACAGTTGCAGGGGAAACAGGATGGGGGTGGGGTTAAAACCTCCATTCAGAAAAAGGAACCATGAGGGTGGAGT 
s mm7.chr7      49664296 550 + 141766352 aaggaaggaaggaaggaaagaaggaaagaaagaaagaaagagaaagaagagaaagaaagaa----agaagagaaagaaagaaagaaagaaagaaaaaagaagaagaagaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaga-aagaaagaaaaga---------------------------------taagaaagaCAAAGTCTTGTGAGGTAATTCA----------------------CACCTGTAATCTCACAAC------------------TGTGACGATGTGAATTTAAG----ACCACACTGTGCTGTTTAATGAGTTATAGACTATAATGAGCTATAGAGTGAGAAGTTTCAGAAACCACCAACAAATTACAATCATGAAACCAGAAATTAAAAAAAGAGATGAATACTGAGTAAACATTCCTGTAATATTTC---TAAA------------------GAAATTACA-----AAATTACTATATAATT--TACA--GTATAATAA---------TTTCTACACC----------------TTTACAT----GAATACTGATGTGTACA---------AATGGCAGCTCA---TCTGGACAGATTATGCCAGATAAGTACAGTTCCATGGGAAAGAGGATTATTGTGGGGGGAAAA-------GGAAAAACAGGGGCAATGAAGACAAAGT 

a score=5728
s danRer3.chr12  26317953 211 +  37038836 GTCGCCGGTTGGTCATTCTCCTGAGGCTCTGCTCTCATATGTGGAAAAGT---GCTTGACGCTCTTCCTCGCTCAGAGCGCAGTGGCCGAAGTGGAGCCAACCCAGAAGAACACAAACAGAGGTGCTGCGTGAGCCACAAATCCCTGCTTCCTCTGAAACTTCCAGCCTGCTTTTTTCCTGTCCAAATTCCACAGCCATTAAACTTTTCCTGGC 
s mm7.chr11     101939230 203 + 122091587 GCTGCCTGGGGATCAAGCTC--AAGGTTCTGG----AGAGATGGAAAAACCTGGCCTGCCGCTTTTCCTCCGCGGCCCCTCAGCTGCT-AACAGGAGCCAGCTGAGC-GAACACAAACAGAGGCGCTGTGACCGGCCCAGATCCCAGCTTCCTCTGAAATTTCCAGCCT-CCTTTTTCCTGT-CGGATTCCAGACAGATGAAAC-TTTCCTGGC 

a score=13168
s danRer3.chr12 26365439 1678 + 37038836 TTTTCTTCAATTACAAATTCAAAGGCATTGTCT-TATCTTGTTTTGACAGGTGATGCACGAACCCACTCC---------------------------CAAATGAAGGGTCTCCAGTTTCGCAGCATTGCCCCCAAAGCCCCAGCAGTGGTTCCATCATCTGCTGTTTTGTCCTGCCAACCACCCTCAGCCCTT--CCAGAAGCATCCACGGCTGTCAGCCCCAAATCCATCTTGGTCCCTGCCCAGAACTATGCACTCATGCAGGTGGCTGGACAAGAGGGGACCTTCTCATTGGTGGCCTTACCTCA-GACACAACAGCAACAGCCAATCCAGAAG---------------------AACCTTAAGCTGCCTATTCCTAGGTACCAACCAGTGAGAAGCAAAAGCGCTCCAGAAAAAGGCGGTAACAAGATTCAGAGTCCAACAAAGGTTTCTGCAACCACACACGCTCAATCA-----------------TCTATTTTAAAAACAGAACAGAGT-----TCAGAGCCACTGTCTG-AGCAGCTAGTTTTGCCTGACACTCCTGCTTCATCTGATATTAGCATTGC-------ACCCCTGCTGCCAGCTTC--ACATGTGGATCAAAAAGTGGAACAAAAG----AGCGATGTCG-GCCCACTCAGAAACCAGCCTTACCCTTCAGGAACCTCCCTTGTTGCTTCCATCAAGAAAATCTCACCAGTTAAAACACAAATAGAGTGT------------------------CCAGCCTCTGCTGGCAGTGCCATCA-----CAGTCCTCTCTCCCAC----TATCTTTAGCAAAGCTGTTCAGATCATTCCATCTCCACCCAAGGGCAAGCTGCCCATCCTACCCTATGCCAAGGTGAAGAACTCCCT-----------------TCTGGCACCAAC----CAGCCTTGCCAGCACCCCATTTTCAGACAAGC---------AGACTGTA------AGTTGGGCCAAAAGCAGCCCGAAAAA------------------CCCTACTGAAAACAAAGTCAAGTTCATAAATAA-------CAAAGTTAAAACCGAA---AGCCTTAGCCAAGATCTCAATAACACCCAGTTTAAGAAACCTTCAGGCAAAAAACCAGGGAGGAAGAGAAAGACCATGGAGGACATTTTAGCCTTCGAGGCCAGAAAGAAAAGAT-CCTTGTCGTTTTTCAGGAGGAGGGTACC-------TGAGAAACCTCCACCTGGTGTGCAGAATTCTGCCTCTCAGCAGAAGTTCCTGGACATATCTAAAAAGTATCGAAGTATTCGTCCCAAGCCTGTTCTAGTAATGGAAGCAACTATTCCACAACTTGTACCCCTTCCATCAATGTCCGCATCAGATAACCCTGATCAGGATCTCTTAGCAGGACAG---CAGATATCAGGGAAAACATTGAGCGAACCACA-GTCTTCAC--------AAGCTACTGATCGGCAGCCTGTGCTTAATTGTAAAGTTAACAGTGGAGTCATTTACACATCAAGTCGTCTGCTGCACCGATGTCCTACCTGCAACAGGTGTTTCCAGTTCAAACATCACTTGCAGAGCCACATGAACAGCCACAGTAACCTCCGGCCCTATGTCTGCCCAGTGTGCAGGAAGGCCTACGCTCACTCAGGCAGTCTCAGCACTCATATGAAACTCCACCATGCGGAAAGCAAACCCCGGAAGAGCCTTTGCTGTGAATTCTGTGAGAAATCTTTTGGCTATGTTGGTGTCTACTTCAGCCATTTGAGAGAGGTGCACCGGGTAATACTTACCGTTGAGCCGTCCATCAGTCAACATGAAGAAAGCATTTCAGTTGAAGAGTAAGAATAAA 
s mm7.chr18     85537817 1813 - 90918714 TTTCAGTCCAGAACAGATACATTGTAGTAATCTATGTATTGTCATTGCAGGTGAATCAAACATCCGTTCTGGAACAACACAGAGTGGGAAAACATTACAGAGTAAGAGTC---AGTTTAGGACCATTGCACCAAAAGTTGTACCTAAGGTCCTAACATCCAGAGTGCTTCCCTGCC---CTTCCTCAATTTCTGACCAAGGGAGTCT--GACTCTAATGCCCAAGCCTCTGGGCATGCCCACCCAGAACTATGCTCTGATGCAGGTGGCTGGCCAAGAGGGGACGTTTTCTCTTGTTGCTTTCCCAAATGTTGCCTCAGCC-CAGCCAGTTCAGAAGCCCAGAATGTCCACACATGAAAACCTTAAACTGCCTATTCCTCGATACCAACCACTAAGTAGCCAAGGA--TTAAGAAAGAAACAGGACCTGAGCTC---TCCCAAGAGTGGCTCCAGTGACCCTCCTGGCCCATCCCAGCTATGTCATTTGACCTCTTCCCCACAAGCCTATCCTGATCCTCATCACAAACCTAGCCTGTGGAAGCAAATGCCAACTTTAAACCCTTCTCCCACCAACATCAACACAGCTACACTGACCAGTGGTGTTGGCCAAGGAGATTTGAGTCCTCTAGTG-ACCAACAGCTGTGGCGATCTTGAGCTTTCTGCCATGCCAGT-GTACACTACAGAGGACTC------TTCTTCCCAACAGAGCCTCCCAGCAAGTATGCAGAAGGCAGGTTGTGCCAGGAAGGAGGCACCCACTACACCTGCTATTGCTAGTGAAGAACTCAAAGAACAGTTAGCTTCTGCACAGACTGTCTTGAGCAGTGCAGTTCAGTTGCTCTCTGTAGTACCCAAGGGTAAACTGCCCATCCTGCCCT-TACCAAGAGTGAAAACTACAGAGGTGGGCAAAGTGGAATCAGATGCTGATAATGCAGAATTGTCTTTATCTGGATGCAGAGCAAACTGTGATGAGAGACTGTCCATCACAGAAGGGTTTGATGCAGCCACAGAAATAGCCAGCAAGATAGCTGCTTTGCATGGGTCTAAGCAGAGTGCATGTGAAAGTGCCTTCTGTCCTGTCACCAAATTGGATCTCAGCCACAA----GGCAAAACCCAGCAGTGGAA--------TAAAGAGAAGAGGAAGAAAATGGAAAGTGCCAGATGAGATTTTAGCATTGCAGGGCAAAAGGAGGAAATGCATTATTGGTATGTGTGGAGATGGCATAGAAAGAGCAAGAAACAGTCCCCAAGAAGCCAGAG-----------ACCAGAAGCCCAGGGTTGCTTCAAGGAAGTATCGTAACATCATGCCCAAGCCTGTCCTTGTCCTGT---CTGCTTTGGCACCCCTGGCGTCTCATACGGCTGTG-CTGTCTCAGG----------------CTCCCAGCAGCCTAGGTCAAGATGTTCTGAATAATGCCCTGCCTTCAAAATGTCTTGGCTCCAAGCAAAGTGACAGCTCTACC-CCTAAGCCCAGCTCTGTACTCCGAAATGGATTCTCTGGCATTAAAAAGC-CCTG--GCACATGTGTCCAGTCTGCAACTACCACTTTCAATTCAAACACCACCTTCTAGACCACATGAATACACACACCAACAGACGGCCTTATAGTTGCGGGATCTGTCGCAAGACCTATGTGCGCCCCGGCAGCCTGAGTGCACATATGAAACTTCACCATGGTGACAACCACCCCAAGAAACTAGTGTGCTGTGAATTTTGTGCAAAAGTATTTGGTCATGTCCGAGTCTATTTCGGCCATCTGAAGGAGGTGCACAGGGTTGTGATCAGCACAGAGCCCTCCCCCAGTGAAC-TGCAGCCAGGAGACACACCAAAAAACAAGAACAGA 

a score=5075
s danRer3.chr12 26369460 488 + 37038836 AGTGGAGCTACAAATTAAGTGTGGGCGCTGCCAGGCCATCACACCTACCTTTGCTGACATGAAGCTGCATTTATTGTACGTCCACGGGGAGGAGGTCCAGGTGCGACT--AAGGGACGGGGCCATGCACGGGGGCCGGGAAGCTGA--GGATGAACTGGTCAAGCATGCAGCGCATTACTGGAGGCAGCTCAATGAGAAACGCAATCTTGTTCACTGCGGCACCTGCAACGAGGAGTTCTTTTCCTTTTCCA-AGTTTAAACACCACCTCCATTCTAACCATCAAGAGAGTCCAgaagagg-------aggaggaggaggaggagaaagaagaAAAGATGGTGATAGGTAAGGGTCTAAGTAAAGATATATCCCTGAGGGTGGGATCTCA------CTTTAACTGCATCCTTTGCAGTAAGGTGTTTAATAAGAAACAAGAGGTTATTGAGCATTGGAGCGCAC-AGCACAACTGTGAAAATCCCACCCTACTTTGGGATGTTCTGG 
s mm7.chr18     85541639 455 - 90918714 AGTCAAATTGCAAATCAGATGTGGCCGTTGTCAGATCACTGCTCAGTCTTTTGCTGAAATAAAGTTTCATTTGCTTCATGTTCACGGAGAGGAAATTCAAGGTCGGCTGCAAGAGATGATCCTA----------CCAGGCAGCAGATCGGAT------------------GCTCCCCACCAGAAGCAGTACACAGAGAGGAGGAAGCAAATGAAGCCCTATGCCTCTCTGGAGGACTCTCCAGCATTCCCTAGAGTGAAAAGACTGCCAGC-------CCCTCATCAGAACAGAGAGGAAGCCCTGGTAGGAAGTGAAGGTGGCCAGTGGGGAATGGCTGGCTCCCAGCA-----CCCCGCCAAGCT---TCTCT--------GGTCCCACACAGGCTTTAACTGCCTGCTCTGTGCTCAGATGCTTGGGCGGAAGGAGGACCTGCTTCTTCACTGG-GTACACAAGCACAACTGCGAGGACCCCAGCAGACTCTGGGCTCTCCTGG 

a score=7046
s danRer3.chr12 26429381 172 +  37038836 GAGGGTAAAAGGACCAATATGAAGAAGATC---------AGTGGCA----------ATCCTCATGCACAAGCCACTTGCCTTAAACAACTGCTGTTGCTTCAACTGGACTTGATCGAGCAACAACAGCAACAGCTGCAGTCTAAGGACAAGGAAATAGATGAACTCAAATCAGACAGAGACACGGTATGTG 
s mm7.chr11     98905460 190 + 122091587 GAGGGCAGATGGAAGAGTATAAGGAAGAGCCCTCTCGGGGGTGGCGGCGGCTCGGGAGCCTCCAGT-CAGGCCGCCTGCCTCAAACAGATCCTTCTGCTGCAATTGGACCTCATCGAACAGCAGCAGCAGCAGTTGCAGGCCAAGGAGAAGGAGATAGAGGAGCTGAAGTCCGAGAGAGATACGGTACGGG 

a score=4716
s danRer3.chr12 26430291 282 +  37038836 CAAAGGTCAAGAGGCAAGTCCTCAAGGACAACTCCCCAAAAATCAGACACAAGAGGGCCATCGCCA--------TGTCAGCGTGAGCTGCGGAGCAAGGAGACCCCAGAGAAGGCAAG-----CACTGGGAAATCGTCCAG---------------AAAGACAGACCAGCATGCAGAGGAAGGAAGCAGC-------AAAGAAGCAGATGAACTTCCTTACATGACAACCACTGAAATGTACTTATGCTGCTGGGA---GCCTCC------AGATTCATCATTACAGGAAGATTGTCCTAAGAAAGAAGAGGATGTTGCAAGTAAG 
s mm7.chr11     98909100 326 + 122091587 CAAAAGTCAAAACAAAAACTCCTAAGCACTCTCCCATTAAAGAGGAACCCTGTGGTTCCATATCAGAAACTGTTTGTAAACGTGAATTGAGGAGCCAAGAAACCCCAGAAAAGCCCCGGTCTTCAGTGGATACCCCACCAAGACTCTCGACTCCCCAAAAGGGACCCAGCACCCACCCCAAGGAGAAAGCCTTCTCAAGTGAGATGGAAGATTTGCCGTACCTTTCCACCACAGAAATGTATTTGTGTCGTTGGCACCAGCCTCCCCCATCACCGTTACCATTACGGGAATCCTCTCCAAAGAAGGAGGAGACTGTAGCAAGTAAG 

a score=2259
s danRer3.chr12 26430635 81 +  37038836 TATTTTCCCAGTACCATCGTGGAGGGAAAACATTATGGAACCCCTAAAGGAGGAGGATGCAGCTGATCTCCCTGAAGTAAG 
s mm7.chr11     98911809 81 + 122091587 TATTTTTTCAGTTCCTTCTTGGAGGGACCACTCAGTAGAGCCTCTAAGGGACCCAAATCCTTCAGACATTTTGGAGGTGAG 

a score=4779
s danRer3.chr12 26430762 501 +  37038836 TCATTAATCGTTTTT---TTTTTTTTTTTTTGTAGAGTCTTGATGACAGCGTTTTCCTGAAAAGACATGCCAAGTTAGAGCTTGATGAGAAGAGGCGAAAAAGGTGAGAtc---ttcagtgtcacagaaac-----catcttaatacgctgatt----------------------tagtgctcaagacatttatttttattgtttgtttaaataaa---gtttgctattttcag------ttttttaatgagcagataattcaaaagaacagcattcaCAG--------TGATATCCCAGAATAA-AATAACTCCTCTTCTGATGATGAAAGAAATT-------------AATAGGTATT--CTTTGATGCAAGTGCCTGAAGGAACAAATAATCATTTTTCTTTATTGTCTTGCATCTTTTCTCCTCCTTAGATGGGACATTCAGAGAATTCGTGAACAGCGTATGCTTCAAAGACTGCAGCAGCGCATGGAGAAGAAGAAACCGAATGTTGTTCAGGAGAGCGAGCCAGAGGTGTCCTCGTTTCATCCCGATTTGGAAAATGGT 
s mm7.chr11     98912906 561 + 122091587 TCATAGGTTGCTTGTCCCTATTGTTCCTCTTCCAGAACCTGGATGACAGTGTATTTTCAAAGAGGCATGCAAAACTGGAGCTAGACGAGAAGAGGAGAAAACGGTAAGACCAAGACCCCCATCCCAGGAGCATGTGAGCCTTAGGACTGTGACTGGGAGAGTCCTGGGCCAGGCACTAGTGTCACAGTTAGCCAGGGCGGTTGTCCTTACAGGCACACATGTTGGCCTTTTTGTGGATGCCCTCCCTCAGTACTACTTTCTTTGGAACACCAGCATATAATGCAGAGTGCTGCTTCCTCAGCCTGGTAGTCAGTTCCCTTTACCCGGTCAAGGACCTTCTAGACTCTGGAGAGTGGGAACTGCCTTTGTAGGACAGCTTTTAGGTGAGTAGTAATGCTTGGTTTGTTTGTTTGTGTTTGTCTGGTTTTTCCCAGATGGGATATTCAGAGGATCAGGGAACAAAGAATTTTACAGCGACTGCAGCTCAGAATGTATAAAAAGAAA------GGAATTCAGGAATCTGAGCCTGAGGTTACCTCATTTTTCCCTGAGCCAGATGATGGT 

a score=4080
s danRer3.chr12 26431304 175 +  37038836 CTTTCATTACAACTTCTCAT---ATTTTCTTTTATTTTTGTACAGTGGAAGCCATCATGGTGACACCCTTTCTGCCCGTAGTGGCATTTGGACGGCCTTTGCCCAATTTGACACCACAGTA--------AGAGCTTTTTTTCTTTTTGACATGTTTTGCA-----TTTTCA-----CATAAAAGTTGAAGTACAAT 
s mm7.chr11     98913848 188 + 122091587 CTTTGCTAACAAGGCTCCATGTGATTTTCTTCCAT--------AGTTGAAAGTTTGCTGATTACCCCCTTCTTGCCTGTTGTAGCATTTGGACGGCCATTGCCAAAATTAGCTCCACAGTAAGTAAAATAGATTGTTCCTCTCTTTTCAGGTAGTTTGTACCTCCTTTTCAGGCTCCATGGAAGCCTAGATAGAAT 

a score=4473
s danRer3.chr12 26431504 145 +  37038836 CTCTTTTATCTTCTGTCAGGAACTTTGAGTTGCCCTGGCTCGATGAAAAAAGTAAAGGTCGTGTCGAAAGCCAGAAGAAACAAACTCCACACAGGACCTGTCGGAAATGAGTCGCAGAGATTCTGGCCACATGTCTGGCTTGAGA 
s mm7.chr11     98914361 137 + 122091587 CTGTCTTTCTTTTTGCCAGGAACTTTGAACTACCCTGGTTGGATGAGCGAAGCCGTTGCAGGTTGGAGATCCAGAAGAAGCACACACCTCACCGGACCTGTAGGAA-------GTAGCTGTGCTGGCGGTA-GCCTGTCTTCAGA 

a score=1964
s danRer3.chr12 26432629 294 +  37038836 TGTTGCTGTTATTTTTTTATTTAATGTCAGAAATGTTGTATGTTCAGCATAGATATTAAAATGATAGGATTATTTACAAAATAAGAACTTTTGTTTTTCAAAAAAATAAAAACAACACGCTACAGTGATTCAACAATTGATGCTTGTTTTTTTTTTAAAGTTATATACTTGAAGTGGATCAAAGCCTTTTATTTATTACAGCTATTCTTGttaatttatttattttttatttCCCAAATCACTGGATTTGAAATAGATGGCAAA-ATTATGAGAACAGCACATTCAATCTAATAA 
s mm7.chr13     42736878 245 - 116696528 TGTTTTTGTTTGTTTGTTGTTT----TCTTGACTGCTGTTTGTTTTTAATTAAAAAAAAACTTTTCTGAGTAGGTA--AAACAAAAAATATAGCTCTTCATAAATATAAAAACAACAA------------CAACAACAAAAAC---TTCCTCCAACAAAGCAAAACA--TGACATAAAGCAGAAA--------GGTAACAGC-----------ATTTTTTTTTTTTTTGTTCTTCAA---ACTGGGGCTGAAA-----GTCAAATGTTGTGCTATTAACAATTTCAATCAGATAA 

a score=-703
s danRer3.chr12 26433733 165 +  37038836 TAACATTTAAACAGCACATGTCATAAAGAGAGACAGAAA----ACCAAAGAGACGCATTCAAGCGTCTCAT-GTCAGAAAAAAACAACAGCATTCAACCCC-------CCCTTCTTTGCAT-CATCAGTCTACATTT---TAGTGAAGCGAACTCTTGACCGAAACCTGAAAGTCT-----TTTCC 
s mm7.chr13     42746849 181 - 116696528 TGGCTTCAAAAGGGCTCATATTATGAAGGGATCTAGTAGTGCTCCTAGTCATGTGTCTCTCAGTCTCTGATTGTGGGTTAGAAATATCACTTTTCAAGCCAGATGAGACTTTTCTTTGTGTGTATGTGTCCAAATTTCTTTATTAAAGGGGG-----GACAGGATGCTTTGAGTCCAGGTGGGGCG 

a score=8568
s danRer3.chr12 26433898 299 +  37038836 TTCTCAGTCTCTTCTGAGATTATTCAGTCTCTCTTCCAAGTCAGCATCAGCATCGGCCAGCGT--AGGCTGCGGC-TCAGCTTTCTTCCCAGCAGCAACCG-ACAGACTT--CCTCCAGTAGCAGGCAGGTCTGTTCAATTGAACAGAGAAGTCAATATAATCACAAGCCAATGCATTATTTTAAAGAGCAGT------------AACTGCTGTAATTTTTTACACTTACTTGAAAGTTCATCAGACAGAGTCAGACCCAGCTCATCAAGAACTTGAGAAACAACAGCATCACTGCATATAAGCAAAAAGAGTGCAT 
s mm7.chr7      11618652 301 + 141766352 TTTTCAGTCCCTGCGAAGGTTCTTGAGCCTCTCTTCCAGGTCTGCATCAGCATCAGCCAGGGCTGAGGCTGTGGCCTCTGCTTTCTTCCCACCAGCTGCCACACTGAGTGAGCCTCCAGTGGAGGGAAGGTCTGC--------AGAGAGAGTTGAGGGTCA----AGGGCTGTGCTTTGTGTTGTGGCTGAGCTTTGGGTGGGAAAATAGGTG-GATTTGGAACACTCACTTGACAGCTCATCTGTGAGGCTCAGTCCCAGCTCATCCAGGACCTGGGACACAACAGCATCACTA---GGAAAGAAAAAGAACTCAT 

a score=3508
s danRer3.chr12  26434585 416 +  37038836 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata----tatataatctttt-----gtagaaggtcttatttgttttatttcagataaaataaaatgagttAAtgaaaaatatctagtaaaatattatgtactttcatcatggcaaagataaa-ataaatgttttattaaaactagaaaaataagaaatcagtt---attaaaactattacacaaacctttccgttaaacaaaaattgggagagaaaaaatatacagggggcta-------------ataattctgacttc-----aactgta---------TATTCAGACACGGGttttaattaaataatattttaCTTGATTTCAAGTAT-------TGATTTTACTACATTACAAGAATAAT----GCAAAAAGTGTTGGTGT 
s mm7.chr10     122026867 447 - 130066766 atatacatgtatctatatatacatagatatgtgtatacatacatatgtatgtgtatatatatatgcacacatatatacatatataGCATTATATAAACTTCTCATACATAAAACATGTGACATGGGCTCACT--GATAAGCAGAGGTCAGTGAAT--------CTCAGTCCAAAGTCCTGAAAAACTTTGGTAGTAATCTTAAATACAGGGAGCTCACTAAAACTGAAACAACAAGGTAAGAGATTAAAGTAAATATATTACATGA----------CAAGCCCGGACAAGAATAAGACAGATAGAAAGATGGCTATACTTTCAAAATAGTAATGTGCACATCTGTGAAACTGTAACCCATCAGCATACATCACTGAAACTTTTGTGGGTGTTTTTTTTTCCTTTTTTGAATATGCATTTCTACTTTGAATATATTTCATAGCAAATCATGGCAAAATCTAGTTGTGC 

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s mm7.chr7      11618963 462 + 141766352 AATGGGTAAGGGTCCTGGTAAATATCCCTGCCTTCCTGTCAAAGTCTCACACCTCTCCTCTTCATCTTCCTCATCACCCATGGCATCATCAATTGCGTCATTCATCATTTCTTCCTTCATGTCCATGATCTCTGCCTGCCGTTCAAACTCCATCATGATCTTCTGGATCTGGGGTAATTTCAGCTGGAAGAAGGCAGGGAGGGTAAGTGACCTGCTTGAAGGTCAATGGGGATGGGAAAGTGGATTG----------------------GGAGGGACAA-ACCTGTCTGTTCATAGTGCCCATGGCCTTAGTAACACCCTTCATGGCTTGTGCCATTGAGTTGTTGGATTTTAGAGTCTGTATCTTGAGGGACACAGCTTGGATGTTGGCCCGCATCAACACAAACTTGCGTACATATCTCCGGGTACGCACCAGGTCTTTTGCCATGATTCGAACAGCATCCTGCCGAGTGGGCAAGAGAAGGA 

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s mm7.chr7      11620391 186 + 141766352 ATATCACTTGACAC----TTACCATCTGGCCTTGCTTTGCCATCTTTTTGATGTCCGCAATGATTTTCTTTTCCTGGGTTTCTAGTTTCTGTCGTTCCCTGTCCAGTTCTCTCATGGCTCGGTTCAGGGCCCTCTGGTTTTGCCGAAGTAGTTCCTCTGGCGTCTTCCGGCGCCCAAACAACAGGTCCAT 

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s mm7.chr5      21275651 331 - 153054177 CATGGATGGCCCGACGCGGGGACATGGACTCCGGAAAAAGCGGAGGTCTCGATCACAGCGAGACCGGGAGAGACGCTCCCGGGCCGGGTTAGGAACCGGTGCGGCGGGTGGTATAGGAGCCGGCCGGACCCGGGCTCCCTCGCTGGCTTCATCGTCGGGCTCCGACAAGGAA-------------------------------------GACAATGGAAAGCCCCCATCCTCCGCCCCGTCCCGGCCCAGACCCCCGCGGAGGAAGCGCAGAGAGTCCACCTCAGCCGAAGAGGACATCATTGATGGATTTGCCATGACCAGCTTTGTTACTTTTGAAGCGCTGGAGGTAAGGGGGGACCCCCTTTTC 

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s mm7.chr7      123577512 68 + 141766352 CTATCCCCTGATGTCTTTCTCTTTATCTTCTCAGTGTGACGCAGAAAGTGATCTGGATGAGAGGGTGA 

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s mm7.chr7      123579522 167 + 141766352 CTGTCTGTGGTCCCTAAAGTGTCGGGCCTGGAGCGGAGCCAAGAGCAGCCCCCGGGGCCCGACCCGCTGCTAGTGCCTTTCCCCCCAAAGGATCCACCACCTCCACCAGCCCCTCGGCCTCCTGTCTCATCCC---CTACACCCTTACCAGCTACCCCCAGTCTGCCACC 

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s mm7.chr7      123581571 394 + 141766352 TCTTCCCCTCCCCTCC----CCTCCCACAGAGCAGGACCTGATC-GGCCAGGACC---TGAACTCACGCTACCTGAATGCCCA---GGGTGGCCCTGAGGTGGTGGGA------GCAGG-------GGGCTCGG---CCCGGCCCC----TGGCCTTCCAGTTccaccagcacaaccaccagcaccagcacacccaccagcacacccaccagcacTTCACTCCCTACCCCCCGGGCCTGCTGCCTCCCCACGGCCACATGGTGAGCTCCTCCTTGGGCTGCTGCTGAGGCCTAAGGGAAAGTGTCTCCTACAGGGAAAGG--AAGACCCTGGCCCCCTGGCTGCCAGCTTACTCTTCCCTTTTCTTCCCTAGTTTGAGAAATACCCAGGAAAGATGGAAGGCCTTTTCCGACATAATGTGAGTGTGT 

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s mm7.chr7      123583772 124 + 141766352 TGAGTGAACATTTTTCCTTCCCTTTCCCTTTGGTCATCCTGGGGCGACAGAAACCAGGAAAATGGTGTGCCATGCACGTTCGTGTGGCTTACATGATCCTGAGACACCAGGAAAAGATGAAGGT 

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s mm7.chr7      123585711 220 + 141766352 TTTCTTCCCACAGATCCCTTTGGGCGTCCCACAAGCTTTGCCTCCTTGGCTGCTCTCTCCAACGGGGCCTTTGGAGGCCTGGGCAGCCCCACATTCAGTGAGTGCTGGGTAGAATGGGAAATGAGGGATGGAAGCTG--CAACCGAGGGGCTATAGGCTCAAGCTGGGCTTGTGATGCTCTCTGTAGAGCATCCTCCTCTCGGCCCCTGTCACTTTCTACTC 

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s mm7.chr7      123586003 216 + 141766352 CCCACCAGACCCATGGGGCCGCCTGCACCGCAGTCCTCTTGCCTTTCCTGCTTGGGTCCGTCCCCCTGAAACTGCCCGGACACCAGGCTC------------AGATAAGGAGCGACCTATGGAGCGAAGAGAGCCCTCTGTCACCAAGGAGGAGAAGGACAGGTATGTCCTCTACACAAC----TGCCACCTAACCCACTCCAGTGCTGTCAGCCACAGAAGTTCCTCCATT 

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s mm7.chr7      123612503 236 + 141766352 TCCAGAGGCTGGTGAACCTGAGCGGAGGCTGGGACGCCCTGGTGGGCCCCGGGCCCTGGAAGGCAGGTCCCGGTGGC-------TGGTGGCCCAGAATGAGGCCAG---CTCCCAGCATGCCCTGCAGCCGGACAC--CAGCCACTCGGCCTGCAGCAACGGTGATAACCCAGTCATT--CTTCAGGCATCCAGCAAGGAGCCTGGGAGTGGGACCATGCAGAGCAGCCCCTCCACTGCTCATCCTCAGC 

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s danRer3.chr12  26474433 311 +  37038836 GTCTTTCACTTTTAACAGGAAGCAGAAATAGAACATCGGACTCTTGCACTAAAACGTGAAGGTTTTTGGTCTCTGAAACGTCTGTCTCGTATAACGGAACCAGTACGGCCTAAAGATCACTGGGATTACCTCTGTGAGGAAATGCAGTGGCTCTCCGCAGACTTTGCACAAGAAAGGCGATGGAAAAGAGGAGTTGCACGAAAGGTACGTGTTTAATTCAAGGCTGGCTATATTTCAAATATG---TCATTTGAATTTGGAAATGTTGGGGTAATTAAATAGTTGTGAGTTTACCTTGTGAGTTTAAACACAGG 
s mm7.chr7      123618015 305 + 141766352 GTCATTACCCTGTATTAGGAAGCTGAAATTGAAACTCGGATTGCTGAACTTCGGAAGGAGGGATTCTGGTCATTGAAAAGGCTACCTAAAGTGCCAGAGCCTCCCCGCCCTAAAGGACACTGGGACTATCTGTGTGAAGAGATGCAGTGGCTCTCTGCTGACTTTGCTCAGGAACGCAGATGGAAACGAGGTGTGGCCCGGAAGGTATGTCCT---------GTTTGCTGTAACATCTGTATGTTTTCAGGTGTATTTGAAACCTTAATGATTATctgggaggtgatggtacatacctttaattccagcattgg 

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s danRer3.chr12  26477341 184 +  37038836 TTTCAGGACTCTCGAAATGAAAATCTCAACATGTTTTCAGGTAGTCCGAATGGTCATGCGACACCATGAGGAGTTGAGGCAGAAGGAAGAGAGAGCAAAACGTGAGGAGCAAGCCAAACTGAGAAGAGTTGCTTCTTCTATTGCCAAGGAGGTCCGTGCCTTCTGGAGCAGCGTTGAAAAGGTG 
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s danRer3.chr12  26477622 524 +  37038836 AGGTGGTCCAATATAAACAACAGTCCAGACTGGAGGAGAAGCGGAAGAAGGCTCTAGATCTTCAGCTGGATTTCATTGTGGGTCAGACAGAGCGTTACTCAGACTTGTTAAGTCAGTCCCT--------------------GCAGGGC--GCCCCTGTACAGAGTTCAGACATT--GCAGCTGCCTCCAAACAGTCACAGCCTAATCCTG---TTGATGAGGATGGTGAGGATTGGCATTTGGTTTATTGTCAGTGTTCAGATAAAGTTACTGTAATAAAATTGAACTGAAAATCTGAACTAGAAATGGTGTGTTTTTGATCACATTAAACAAGTCTTGTTCTTACTGAGCTTATATTGTGGCTTT-TTGTCCTGC---AGATAGAGACTTTGAGCCCCCTTGTGAGGAAGAGGA---TGACGAAGAGACTATAGAAGTTGAGGAGCAACAAGAGGGGAATGATGCAGAAACACAGAAGCGAGAGATTGAGTTACTGAGGGAGGAGAGCACACTGCCTCTTGACCAGCTACTCAGTACTTTAACTCTTCCCCAGGTAT 
s mm7.chr7      123621848 514 + 141766352 AGGTGGTACAATTCAAACAACAGTCTCGGCTTGAAGAAAAACGTAAGAAAGCCTTGGACCTGCACCTGGACTTCATTGTAGGGCAAACTGAGAAGTACTCAGACCTTCTGTCTCAGAGCCTTAACCAGCCACCGGCCTCCAGCAAAGCTGGCTCCTCCCCTTGCCTTGGTTCTTCCTCAGCAGCATCCAGTCCTCCACCCCCGGTTTCTCGACTGGATGATGAAGGTGTGTGTGCTCTTTGGTCCTGTTACTCTTCCCCAAGTGCCCTTTCCA----------GAGCTGAAAAACCCACCC--------TGTGGCTT------------GCAGGGCCCGT-------GGACTT----TGTGACCTTGTTCTCCTGCTATAGATGGGGACTTTCAACCCCAAGAGGAAGAAGAGGAAGATGATGAGGAGACCATTGAGGTTGAAGAACAACAGGAAGGCAATGATGCAGAGACCCAGAGGCGTGAGATTGAACTTCTTCGACATGAGGGAGAACTGCCACTGGAAGAGCTGCTCCGTTCCCT---CCCTCCTCAGTTAT 

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s mm7.chr7      123625005 66 + 141766352 CAGATGAAGATGATGA---AGAGTTTACTGCTAATGAAGATGAAGGTCAGACCTCTCCTGTCACTTTTA 

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s danRer3.chr12  26478459 108 +  37038836 TTGCTTCTCTTCAGCGGAAGATGAAGAAGAAACCATTGAAGCCCAGGAAGTTATTGAAGGCGAGGGAGACCATACAGAGGAACTGGATGACCTTGCTAGAGAGGGTAA 
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a score=4056
s danRer3.chr12  26483399 271 +  37038836 AATATCTGTTTAGAAAATTTCCAAGGTTATATTGTTTTCTTTTT-------TTTTATTGGGCGCTCACTCTTGTTTACTGTAAAATAATGTTTCTTTTAAAAGCGCTGTGACTTGTCCATGTTTGACCTGGTTGGCCTGGAGCACCGTGTGTCAAGATACCAGGCAGATGTTTTCCTGCCCCAGAGGAAAGTGACGCATCAACTTATTCAGGAAATCATGGAGTCCCCTGATCCTCCTCCCAGACCTAAGCCCGTTCGCATGAAGGTCAACAGGTATA 
s mm7.chr7      123634459 274 + 141766352 aatgtccactttgtcaatctctttcgttac----ttttacttttagtgtaattttctaaaaTGGTTCCATTGATACCATGCTTTATGTTTCTTCTTGTGGCAGCGAATTGACATGGGTCGGTTTGATCTTATTGGTCTGGAGGGCCGAGTCTCTCGATATGAGGCTGACACATTTCTGCCCCGCCACCGTCTTTCCCACCGCATACTGTTAGAGATAGCAACTGCACCTGATCCTCCACCTCGTCCCAAGCCAGTCAAGATGAAGGTCAACAGGTACA 

a score=2448
s danRer3.chr12  26484007 217 +  37038836 CCTGTCACTGCATTAAGAGCCCCCCTGGCTCC---TAGTACCATCCCTTCTGCACCTGCAG-----TCAGGCCACC---AGCCCCCCAGTCAGTGACTGTACGCCCCTCTGCACCATCCACCATCACAGCTGCT-CCTCCTCCTCAACCTCAGCCTCCTCAACCA----AGCAGCATCA-------------TGACTCAGAGGGTCCTGCTCAGCCCAGATATGCAGGCTCGTTTGCCATGTAAGT 
s mm7.chr7      123635561 239 + 141766352 CCTGTCACTGAAGCCAG--CCCCACCTGCCCCAGTTCGGCTGAGCCCAGCTCCACCTCCAGGTTCCTCCAGCCTCTTGAAGCCCCTCA--CAGTGCCACCAGGCTACACT---TTATCTCCTGTTGCTGCTACCACCACCTCCTCCACCATAGCAACTGTCACCACTACAGCAGTGCCAGCTCCGAATTCTACACCACAACGCCTCATCTTATCTCCTGAAATGCAGGCTCGTTTGCCTTGTAAGT 

a score=5912
s danRer3.chr12  26487067 197 +  37038836 TTCTCTTACATGTGCAGCTGGTGAAGTGGTGAGTATTGCCCAGCTGGCCTCCCTGGCTGGCCGACCGGTATCATCCTCTCAAGGCAGTAAACCAGTCACCTTTCAGCTACAGGGCAACAAGCTCACACTCTCTGGGACGCCGCTGCACCAGGTTCCTGTCCCTCAGCCACGGCCCATTCAAGGTATCCACGTTCCAC 
s mm7.chr7      123636300 194 + 141766352 TTCTCT---GTTTGTAGCTGGAGAAGTGGTCAGCATTGGACAGTTGGCTTCCTTGGCACAACGTCCAGTGACTAGTGCTGGGGGAAGCAAACCTCTCACCTTCCAAATCCAGGGCAACAAACTGACTTTGACTGGTGCCCAGGTGCGCCAGCTTGCTGTGGGGCAGCCCCGCCCGCTGCAAAGTAGGTAAAACCCAC 

a score=2961
s danRer3.chr12  26487298 303 +  37038836 CCACTGCCTGCTG-----TAAGGATAGGTTTCGCTTTTCC-TGCACGCCT-------TCAGTCTTTCTCTGAGCGTTTGGTGTAGTCTCTGGGCTAACACTTTCTTCTGTGGTTGTGCCTTT----TAGGAAATGTAATGCATCTGGTTTCCAGTAGTGGGCAGCACCACCTTATTAGTCAGCCAGCTCAGGTGGCAGTTCTTCACACAGTTAGTCAGTCAGTTAGC---------AGCTCAGCAAATCCCCACCCAGCCAGCACAACCCCAACCTGCTCTGGACTAGCAGTACCTTTCACCACTGCTCAAGGTACTGGTGCTGTCCTT 
s mm7.chr7      123636679 329 + 141766352 CCTCTGCCTTCAGGCTGATAGGTACTTGTTTCTCTCCCCCCTCCCCACCTACctctctctttctctctctttttctcttctcttctctcttctctctccccccctcccctctctcCTCCCTTAACCCAGGGAATGTGGTGCACCTGGTGTCAGCAGGGGGTCAGCACCACCTCATCAGCCAGCCTGCCCATGTGGCCCTCGTCCAGGCCGTGGCCCCGACCCCTGGCCCCACCCCTGTCTCTGTGCTGCCTTCGACCCCCAGCACCACCCCTGCCCCTACTGGCCTCAGCCTTCCGCTTGCTGCTAACCAGGGTGAGGCTCTTGGCCTT 

a score=1879
s danRer3.chr12  26489109 65 +  37038836 TTTTACTTCTAGTCGCAACATCCATGGTAGGTGGACCTGGAATTGTAAAGATTGTTGTACGCCAG 
s mm7.chr7      123637201 65 + 141766352 TTCCTCTTGCAGTGCCACCATCCATGGTGAACAATACAGGCGTGGTGAAGATTGTAGTGAGACAG 

a score=1258
s danRer3.chr12  26489174 133 +  37038836 GCACCAAGTAAAGAAGGCGGGTCAATCCCTACCCTGGCTGTGCCTCCTTCTCCTCGTCCTGCTCC---TCCTCAATCGGTCACACTTCATCCACATGGCTCTCCAAGCCCTGTTCTTAGAGCGCCCACTGCTTCAC 
s mm7.chr7      123638806 133 + 141766352 GCACCAGGAGGACCAGTAGGTCCAACTCAAACATTGTCTCTGGCTCCAGTACCCCCTCTGCCTCCAAGTTCTCCAGTGGGCCCAGC---TCCAGGTCACACACTGACTTTGGCTCCAGCAGCATCATCTGCTTCAC 

a score=2013
s danRer3.chr12  26489836 168 +  37038836 TACTTTTCAGTAACAAAGGCAAATACCCCATGTG------AGGACAGTAATGAAGTGATTACTTTGCGAATGAGCACTCCTAAACCTACATCCTCATCACAGAGCAGTAGTTCAGCATCTCACCGTCCCCGCATTCAGCCGCCAGCTCCACCACGTTCCCCCTTCTACATGGTA 
s mm7.chr7      123639100 168 + 141766352 TCCTTGCCTGTCACCATGGTAAACCGGCTACCTGTTCCCAAGGATGAGCCTGAGACACTGACTCTGCGCTCTGGTCCTCCCAGCCCT-----CTTCCCACTGCTACCTCGTTCAGTGGGCC-CCGGCCTCGACGCCAACCCCCGCCACCACCTCGTTCCCCTTTCTATCTGGTA 

a score=6007
s danRer3.chr12  26490099 633 +  37038836 ACTTGTTATTTTGTTTCCGACAGTCCTGGCTTGCAGACACCCGGAAGGCTCAACGAGATGACCGAATTTCTCAAATCATGCGCATCAATGAGCTGCACTGCACTGCTAAGCCTGTGTATGGCCGTGAGGTGCTGGACTTTTTAACCTTCCTCCCA------------------GGCCCTTGTCCATCT----CCAGCACGTCCGGTTGTAAACAACTGGAGTTACTCTGGTTATAGCT-CCTGTCTGATTGCTCAGTCACAACATACCAGCAACATTCTAGAAAGGA----ATACATTTTTGAG-----GGAAGAGATTCATAACTCAGAGGAGAGGCTTCGG---CTTCTCTCTGATGTCATAGACAGGTATGTGTTAGttaatttataaaaattaaaatttaaaaaattatGTGCATAT-TAACACCATGGTAAAAATGTGCCACTTTTCCACAGGTTCGTTTTTGTTATTCCTCCAGTGGAGGCAAGACCTGTCACCATGCACAGCTGCCACCCACCACCCTCCCTCAGACACCAGCAAGCTGTTTTCTCCTCTGATCTATCCTCTTATGTCTCTCCACTTACACACACACTCCATCGAATCCAGAGCAACATGAGGACATACTTCCCTGACTTGAGGCTTATTCAGTATGACTCTGGTATGTACT 
s mm7.chr7      123645674 628 + 141766352 ATTTCTTTTTTTTTCTTCTTTAGGACTCTCTGGAAGAAAAGCGGAAGCAGCAGCGATCTGAGCGCCTGGATCGGATTTTCCAACTTAGTGAGGCTCATGGGGCTCTGGCACCCGTGTATGGGACTGAAGTCCTGGATTTCTGTACCTTGCCCCAACCTGTTGCCAGCCCCATTGGTCCTCGTTCTCCTGGCCCCAGCCACCCCATCTTT-------TGGACTTACACTGA----GGCTGCCCGTCGGGCTGTACTGTTTCC-----CCAGCAGCGA-CTAGAGCAGCTGTCAGAAATCATTGAGAGGTTGGCAGGGCTAAGTGCTGTTGGGGAGTGGGTTTGGGGGCTTAGTTCTTAGGTCTAATGAAGGT--------GCTAATTTCTA------------TGGTATTTCAGGGTCATATCTTTTACAATGTTTA----TTTTCTTCTTTTCACAGGTTCATCTTTGTCATGCCTCCTGTGGAGGCACCTCCCCCTTCCCTGCATGCCTGCCACCCACCTCCTTGGCTGGCCCCTCATCAGGCAGCCTTCCAGGAGCAATTGGCCTGTGAGCTCTGGCCTCGAGCCCGTCCTTTGCACCGTATTGTATGTAATATGCGTACTCAGTTCCCTGACTTGAGACTCATCCAGTATGATTGTGGTGAGTTCT 

a score=25493
s danRer3.chr12  26490779  926 +  37038836 TTTTATAACTGTTTAGGTAAGCTGCAGACACTCCACCTCCTGCTTAGAAGGTTGAAAGCAGAAGGGCACAGAGTCCTCATATTTACTCAGATGACACGTATGCTAGATGTACTTGAGCAGTTCTTGAACTACCATGGACACATCTATCTGAGGTTGGATGGAAGTACACGAGTGGAACAGAGACAGGTGAAATACTAGTTCTAGT--------------------ACTTTGGTAGTGTTTGCGATTGAACCC-ATTTTTCACAACATCTCTTGATTTAAGCAATCGGAACAAAGTATGTTTGACTTTATTTGAACGTTTGTCTAACTTTCAGGCTCTGATGGACCGCTTCAATGCAGACCGTCGAATTTTTTGCTTCATCCTTTCCACCCGCAGTGGAGGTGTAGGTGTTAACCTGACTGGGGCAGATACTGTTGTGTTCTATGACAGTGATTGGAACCCAACCATGGATGCCCAAGCTCAGGACCGGTGCCACAGAATTGGACAGACGAGAGATGTCCACATCTATAGGTAAAGACTAA------------ACCTTTATATAAAAATAAATGATTAACATGGCACATATTATTGCAGCACATTTAACATCTAACATTT--TTATTTAGACTGATCAGCGAACGCACAGTGGAAGAAAATATTCTTAAAAAAGCCAATCAAAAGAGGATGCTGGGAGATATGGCTATTGAAGGCGGAAACTTTACCACTGCCTTTTTCAAGCAGGTATGA----------TTCAATTTAAA------------------------------------------------------------------ATATTTTTTTACAG----------------------------AGAAATCATAGCCTTGATTAAAATTTAGATGAATTGATGATTCAACTCT-TTCTTTCCCACAGCAAACTATTAGAGAGTTGTTTGATGTGACAGAGGGAGAAAAGAAAGAAGCTGAACAGAGTGTG-CCTCAGTC-----AGATGATGAGGAGTCCATCAATAAACAAAAAACCACCATTTTGGAACAGGTAA 
s mm7.chr7      123648800 1056 + 141766352 tttttttttCTTTCAGGAAAGTTGCAGACATTGGCTGTGCTGTTACGGCAGCTCAAGGCGGAGGGCCACCGGGTGCTCATTTTTACCCAGATGACCCGAATGCTGGATGTATTAGAGCAATTTCTCACCTACCATGGCCATCTGTATTTGCGTCTAGATGGGTCTACTAGAGTGGAGCAGAGACAGGTAACTTGAGAATTCTTAGCCCTCCAGAGACTCACCTCAGCTTTTGTTTCTTTTACGAAGGGACCTTAAAAATTAAAAAGTCTTTTGTTT---GTTTTAGGAATAAATCTCCAAATACCATCTTTT----TTCCCTTTCCTTCTAGGCCTTGATGGAACGGTTCAATGCGGACAAACGCATATTCTGCTTCATCCTTTCAACTCGAAGTGGGGGTGTGGGTGTGAACCTGACAGGAGCAGACACTGTTGTTTTTTATGACAGCGACTGGAATCCCACCATGGATGCTCAGGCCCAGGATCGCTGTCACCGAATTGGTCAAACTCGGGATGTCCACATCTATAGGTGGTGCCTAATGTTCCTCCCCTCCCTTCCCCTTCCTCTATGTGTAGGGCATGCTTGGTATATTTGTAG---GTTTCACACCTCACTTCTCATTTCCTAGGCTTATCAGTGAACGGACAGTAGAAGAGAACATTCTAAAAAAGGCCAATCAGAAGAGAATGTTGGGAGATATGGCCATTGAAGGAGGCAACTTCACTACAGCCTATTTTAAACAGGTACCAAATAAAATCCTTCTATCTAAACAGAAAAGAACTTTTGTTGTTAAAAGAGTTCCCTATTTGCTAGACAGCTGCTGCCTTTACTTCCACAGATTTTTCTGCATTGGTAGTTCCTCTCATACTTCAACCCTCAAAGTTTCTGGCCTTGAAGTAATATTCCATTGGTTGACCTCTCCCCTCTGTTATATCTAATAGCAGACCATCAGGGAACTGTTTGATATGCCTCTGG------AGGAGCCACCTGGCTCATCTGTGTCTTCTGTTCCTGAAGATGAAGAGGAGGCTGTGGCCAGCAAACAAACTCATATTTTGGAGCAGGTAA 

a score=12261
s danRer3.chr12  26491714 641 +  37038836 ATCTATTTGGGGTATTGAATTTGTTTTTCTTGCAAGATGTTTATAACAAATGAGATGAGATTTTATGTTTTATTTTTATTCC-----------AGGCCCTGTGTCGTGCTGAAGATGAAGAGGACATAGTGGCTGCATCTCAAGCAAAGGCAGAGCAGGTGGCTGAGCTTGCAGAGTTTAACGAGAATA------TACCTCTAGATGACGGTGACAGTAGAGACCAA-------------------GAAGAGGAAGAGCTTTCCAAGGCGGAGCAGGAAATTGCTGCCCTAGTTGAACAGGTAGGTATTTAATACATATTTACTCTTTTTAATTTTAGAAAGTAGTATTATTTACAGTGGATTTATGATTTTTTT------------------------------ATTGTCC-------------------------------ATCCTTTTTTTAACAGCTCACTCCCATTGAGCGTTATGCCATGAATTTTCTTGAGGCTTCCCTCGAAGATATTTGCAAAGAGGAGTTGAAGCAGGCAGAGGTAAA--AGCTTAAATAAAACAGTAACCAAGCTTTGATCTTTTTTTGGGGGGTTTATTAAATTTTTTTTTACCCATTTATACCCACATCATTTCTT-----------------TGTACTTAACAGGAGCAGGTTGAGGCTGCAAGGAAAGGTTTGGACCAGGCAAAAGAAGAAGGTTTGAAATTGCATCAATCATCTGACAGTGATGAAGAGGA 
s mm7.chr7      123653878 724 + 141766352 acCCTTTTGGGTTTTTTTGTTT--TTTTCTTCCATGTTCTT------AAATTTCTTATTTGTATATGCTTTGTTTTTCTTCTGAATACCTTGAAGGCATTATGTCGGGCAGAAGATGAAGAAGATATCCGTGCAGCCACTCAGGCCAAAGCTGAACAAGTGGCTGAGCTTGCAGAATTTAATGAGAATGATGGGTTTCCTGCTGGTGAGGGAGA----GGAGGCCAATCGCCCCGGGCCTGGGGCTGAGGATGAGGAGATGTCCAGGGCTGAACAGGAAATTGCTGCCCTAGTAGAACAGGTTCGTGTTGGATCCACTACCACTTCTCTTCATTT--GTCATCACTTATGTATGCCAGGACTCCTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCATCTTTCCTGGTGATATGGTAATAGTCCCTGAGTTCTAGGTCCTTATGTTTATCAACTTATATTCTTCCCTACAGCTGACTCCCATTGAGCGCTATGCCATGAAGTTCCTAGAAGCTTCATTGGAGGAAGTGAGCCGAGAGGAGCTCAAACAGGCAGAAGTAAGTCTTCTTATGTAGGA-AGTAAGGGGAATAAGATAGT------GGGAAGCTGTTCATTTCCATCATGCCTTGCTCTGCTCGCTCTTCCTCTTGCTGACACTATTGGCCACGTTGTTGGTAGGAACAAGTGGAAGCTGCCCGAAAAGACCTGGACCAAGCCAAGGAGGAGGTGTTCCGACTACCCCA------------CGAGGAAGAGGA 

a score=2694
s danRer3.chr12  26492955 377 +  37038836 ACATCACTCTGAACAGGAGTGTCAGCTCTCTCTTTCTCCCACTCTAGCATCACCTAACT-CTCGCTCACCACGAAAGCGGCAGTCTGCTGAATGGGAAATTC----TCAAGGGACTTCCAGAA--GATTCTCCCTCAG---CCAAGGTCCTTCGAAAGCTTCCAGGTCGTCTGGTCACTGTGGTGGAGGAGAAAGAGCCAAAGCGGAGACGGAGAGGTGTGAGTGGGAGTGGAGGATTGCATGAAGGTTCATCAGAGGAGCCTGAAAAGACTGAGCCAGTTCAAGACACAGTCCCTCATTCATCTGATGGATCAACTCAAACTTTTAAAGTCTCTCCTCCCA---------------AATCTGTTCTCACATCCTTACAATCTTCCCCACCACCAACACCAC 
s mm7.chr7      123655743 374 + 141766352 ACAGCCCCATCAACCTCATCTTCAGCCACCTC-----CTCTCCTGAGGGTCCTTTGCCTGCCCGTCCTCCACGGCGTCGAACCAGTGCTGATGTAGAAATCAGGGGTCAGGGGTCTGGCCGGACAGGACAGCTCCCAGGTCCCAAAGTGCTTCGAAAGCTGCCAGGAAGGCTAGTAACTGTGGTGGAGGAAAAAGAACTTGTAAAGCGACGGCGACAT-----------CGGGCACCTGCCAGCACCCTAGTACCTGGGGTATCTGAAGTTAGCGCCAGTCCAAGA---AGCCCATCGATCCACAG-TATGTCAGGGCCA------GAATCCTCACCTCCTAGCAGTGGGCCCTGTGAAGCTGCTCCTACATCTTCACTGTCTACCCCA--ACCCAATCCAC 

a score=2177
s danRer3.chr12  26495820 128 +  37038836 AGCAGAGAGTGG--CAAGCAACCCCTCGGTCAGTCAACTGA-ATCACCACAGTCCTCTTCTTCTGC------TCGATCAACTCGGCAGCGACCAGGCAGCCTGGTCCCCCCCTTGGAAGTGGAAAGGGT-----AAAAAAGG 
s mm7.chr7      123656924 133 + 141766352 AGCAGATAGTGGGCCAAG-------TGGGTTAG--AACTGACACCACCTGTGGTCTCATTAACTCCCAAATTTCGCTCAACCCGCCTGCGTCCAGGGTCTCTAGTCCCCCCACTAGAAACTGAGAAAATGCCTCGAAAAAGG 

a score=3298
s danRer3.chr12 26508194 88 +  37038836 GTCTGTCCCTTTGTCCTCTCCCTGTTTTTCAGATGACTGTGGATAAATCTCACCAACTGCAAATATGAGAGTGGTGAGTTTCTGTTTT 
s mm7.chr11     96243875 87 + 122091587 GTCTTGCTGTCTGCCCTTTTC-TCTTTTCCAGATGATTGGTGATCAATCTATCTAACTGCCGGTATGACAGCGGTAAGTATCTCTGTT 

a score=13765
s danRer3.chr12 26508369 353 +  37038836 TTTTTTTCAGTGCGTCGTGCTGCTCGCAGATATGGGATACGAGAGGCAGCAGAGGGAGAAGACTGGACTCTATACTGGACCGACTGTTCAGTCTCATTAGACAGAGTCATGGATATGAAGCGTTACCAGGTGTTTACTGTCA---------AACATCAGTCTACT------CTTATTCATCATCCTGATTCTCC---ACTTGCTTAAAA----------AAATGCTTA-------CATGTCCCTCACACAGAAAATCAACCATTTTCCTGGTATGAATGAAATCTGCAGGAAGGACTTGCTAGCACGGAATATGAACCGCATGCTAAAACTCTTCCCAAAGGAGTACAACATTTTTCCTCGCACATGGTGCCTTCCTGCCGAGTGAGT 
s mm7.chr11     96244513 387 + 122091587 TCCTTCACAGTGCGCAGGGCCGCCCAGCAATATGGCCTTCGAGAGGCGGGTGACAATGATGACTGGACTCTCTATTGGACCGACTACTCAGTGTCACTGGAGCGAGTGATGGAAATGAAGAGCTACCAGGTACGTCCCTCCCTGGACCTGTGGCATCTGGCCAGTGGCAGCCCCGTTTGTCTCGCTGGCTCCCCTAGCCCTGCTTTGAATCTCAGCCGGAATCGCTTATGAATTCCGTCTCCCTT-TGCAGAAAATCAATCATTTTCCTGGGATGAGTGAGATCTGCCGCAAGGACTTGCTGGCCCGGAATATGAGCCGCATGCTAAAGCTGTTTCCTAAGGATTTCCACTTCTTCCCCAGGACTTGGTGTCTTCCTGCCGAGTGAGT 

a score=6039
s danRer3.chr12 26508732 224 +  37038836 TCAATAAACAGTTGTTTTCACAAGTTTAATTCTTTAGC----------ATTTTCTCTTTTTCAATGTCCTTTAGTTATAGTGACTTCCAAGCCTACACCAGAGCCAAAAAGCACAAAACATTTATCTGCAAGCCAGACTCAGGTTGCCAAGGTCGTGGTATTTATCTTACCAAGTCTAACAAGGATATTCGGCCAGGAGAACACATGATTTGCCAGGTGTACATGTCCAAGGTA 
s mm7.chr11     96247691 234 + 122091587 taaaTAAAGATTAGTTTTCCTTGTCCTAGTTCCCAAGCTAAAAGGTGTGTCTTGTCCCCTCCCTGCTGTGATAGCTGGGGAGATTTGCAGACTTACAGCAGGACAAGAAAAAATAAGACTTACATTTGTAAGCCGGACTCGGGCTGCCAAGGGAGAGGCATATTCATTACCCGGTCGGTGAAAGAAATCAAGCCAGGGGAGGATATGATCTGCCAGCTTTATATCTCAAAGGTA 

a score=77
s danRer3.chr12 26508956 3 +  37038836 ACG 
s mm7.chr7      76121874 3 + 141766352 AAG 

a score=-284
s danRer3.chr12 26509129 178 +  37038836 atttaaaactttttgaattcccgaa------agctatggaaataaac---------------aatgtataacaggaaataaattaggaccattgttattgtttacatctctcaaaaaggtctataTGC-AGATGTTAGATTGAAAAAAGGTAAACATAATAAAACAGGTGAACTTACACTT------TTTTTTTGTTTTGTTTCTA 
s mm7.chr7      76122034 201 + 141766352 actcaaagctttcccatttcccggacatatgatcttgggcagttacctggctctgtttcctcactgt-taaatgaaagtaa--taacacaattattactattatgactactgtgaggattcaatgtgttatgtattagaagcaccagtaataaccata-tattgcatgt-aataagcacttcgtaagttcattagtattCCCTCTG 

a score=7321
s danRer3.chr12 26509307 238 +  37038836 CAGCCGTTCATCATTGATGGGTTCAAGTTTGACCTGCGCATTTATGTGCTGGTGACCAGCTGTGACCCCTTCCGTGTCTTCATGTATGATGAGGGACTCGTCCGTTTTTGCACCACACATTATACTGAGCCCACTGTCAGCAACTTGGTAAGACACTATTAA--------CCATTGC------AACCGATTAATATGCTTTAGTGTTAATCAACTGAAATGCAGTTTCAGTTACAAACTGTCTGAAGTGTAG 
s mm7.chr11     96248665 248 + 122091587 CAGCCCTTCATCATCGACGGGTTCAAGTTTGACCTTCGGGTTTATGTGCTGGTGACCTCCTGTGACCCTCTCAGGGTTTTTGTGTACAATGAAGGACTGGCTCGCTTTGCCACCACCTCTTACTCCCACCCTAACCTAGACAACCTGGTGAGTTGATGGGAGTACCCCCCCCACTTCCTCCTTAGCATGATAACATCCTCAGATTCTGGGGAACTG----GCAAGCTCAGATAAGTACTGACTGTAGTCTAG 

a score=3994
s danRer3.chr12 26511684 142 +  37038836 ATACAGACTGTACATAAGATATAATCTTAATCTTTT-TCTTTAAAATCTACAGGAGGATGTTTGCATGCACTTAACTAACTATGCCATCAACAAGCATAGTGAAAACTTTGTACGCGATGAAGATACTGGCAGCAAACGGTAA 
s mm7.chr11     96249420 140 + 122091587 AGAAAGCCCGCGCCTCAGCCTGACCCTCAGTCTTGTGTCTCTC---TCCCCAGGATGAGATCTGTATGCACCTGACTAATTATTCTATCAATAAGCACAGTTCCAACTTCGTTCAAGACGCTTTTTCTGGCAGCAAGAGGTAA 

a score=-3100
s danRer3.chr12 26511826 237 +  37038836 TC-----------------TGCAGcagtgtctctcaa------------------ccatg---------------------------ttcctgaaggtccaccacctctg----catattttccatgtct-----------tcttaaccaaacacgcctaattcaagtcaaca----ttagcagagactgaaagacctatgatgggtgtgaaagacaaaggagacatccagaacatgcagtgttggtggtcctccag-----agagaaacactGATCTAGTATGTTCTTAAAGATTACGTTTTTTCATTAAAACAGTATTGGA 
s mm7.chr7      76122845 291 + 141766352 CCCCTATTCTGTTTTCCCTTGCTTCCTCTGCCCTTAATCCCATAGACTCAGGAGCCCATGAAACCCATTTGACTCTTGGGAAGCTGATTTCCCAGGAATCCCTGCTTTTGAAGACACTTCTCCTGTGTCTGAGCTCAGTAACCATAACCTAACAA--CCAATCCCAGCTCCCAGCTGCTAGCAGCGCTTTGAAGCCCA-----GGGTCCCAGAAATGAAAGTGGGGTTAAG-----------TCAGGGAGCCTCCAGCCTGCAGCCAGGCCCTG--CTGGCATG------GAGACTGGCCTTCCTCTG------AGCACTGGG 

a score=11569
s danRer3.chr12 26512080 241 +  37038836 TGTGTCCTTATAGGAAACTCTCCAGCTTCAAGAAGCACATGGAAGACATGAGTTATGACACTGAAAAGTTGTGGACGGATATTGAGGACGTGATCATTAAAACACTAATATCAGCGCACCCCATTCTCAAACACAACTACCAAACCTGCTTTCCCAATCACGCATCTGGCAGCGCTTGCTTTGAGATCCTGGGATTTGATGTCTTACTGGATCGTCGACTGAAACCTTGGCTTCTTGAGGT 
s mm7.chr11     96254423 241 + 122091587 TGTCACCCTTCAGGAAACTCTCCACCTTCAACTCGTACATGAAGACCCACGGCTACGACGTGGAGCAGATCTGGAGGGGCATCGAGGACGTCATCATCAAGACGCTCATATCCGCTCACCCGGTCATCAAACACAATTACCATACCTGCTTCCCCAGCCACACGCTCAACAGTGCCTGCTTTGAAATCCTGGGCTTTGACATCTTGTTGGACCGGAAACTCAAACCCTGGCTGCTGGAGGT 

a score=7626
s danRer3.chr12 26512424 204 +  37038836 AGGTCAACCATTCCCCCAGCTTCACCACAGACTCCCGCTTAGACCGGGAGGTGAAGGACAGCCTGCTGTATGACACTTTGGTGCTGATTAATCTGGGAGCCTGTGACCGCAGGAAGATCACAGAGGAGGAGAAGCGCCGTGTAAAAGAGAGACTACAGCAGAACCGCTCGA---GAGAGGCCAGGTACCACAGAGACCACAGCTGCA 
s mm7.chr11     96256441 201 + 122091587 AGGTCAACCATTCTCCAAGCTTCTCCACTGACTCCAAGTTGGATAAAGAGGTGAAAGACAGCCTGCTCTATGATGCATTGGTCCTCATCAACCTGGGGAACTGTGACAAAAAGAAAGTCTTGGAGGAGGAGAGACAGCG------GGGACGATTCTTGCAGCAGTGTCCAAATCGGGAGATCAGGTAGAGCAGAGCCGCTGGCTCCA 

a score=5738
s danRer3.chr12 26515463 196 +  37038836 AAAAGAAATGAGGAGCTTCGTCAGTCTCAAGCTGCAAGTATGGAGCAGATGCAGAAATATGAAGCAAAACACATGGGTGGTTTCCGGCGAATTTTCCCTCGTGACGGAGGAGAGAAATATGAAAAGTATTTCCAACACAGCAGCTCTCTTTTCCAGGAAACTGCAGCCTCTAAAGCCAGAGAGGAGTGTGCCAGGT 
s mm7.chr11     96260924 188 + 122091587 AGAGGAAGTCAAGGGTTTC--------CAGGCCATGAGGTTACAGAAAACAGAGGAATATGAGAAGAAAAACTGTGGGGGCTTCCGGCTCATCTACCCTGGTCTGAATTTGGAGAAGTATGACAAGTTTTTCCAGGACAACAGCTCCCTCTTCCAGAACACCGTTGCTTCCAGAGCCCGGGAGCTGTATGCACGGT 

a score=2818
s danRer3.chr12 26515790 130 +  37038836 TCTATCTGTAGGCAGCAGCTGCAGGAGTTGCGTCTGAAGCAAGAGCAGAAAGAGCGAGATAAGAAAGGATCACGTAAACAGGATCTTCAGGGTGAATCTGCAGGAGAAAAAGTAAAACCAAGAAAAAGTC 
s mm7.chr11     96262091 123 + 122091587 TCACTCAGCAGGCAGCTGATCCAGGAGCTGAGGCAGAAACAGGAAAAAAAAG-TCTTCCTAAAAAAAG--CGAGGAAGGAAGAGACGCAGGGCGAGTCTGCGGGTGAGCAGGCAA----GAGACAAAGTC 

a score=12797
s danRer3.chr12 26523554 432 +  37038836 AATGAGTTCCTACTTCGTCAATTCCCTCTTCACTAAATTTAAAGGAGGCGATTCTCTGCGCTCCAACTACTATGACTGCCCAAGCTACACGCCGGATCTTGGAGGCAGACCATCTGTGCTGTACGGTCACAACACAGGATCTGCGTTTCAGCACGCGGCTCAGTTCCCGGATTTCTACCACCACGGTACATCATCATTCCCCCACGCGTCTTACCAGCAGACCCCGTGCGCAGTTGCGTACCCTGGAGATGCCACGGGAAACATCTTGGGCCAGGACGGTTTACAGAAACAGTCGTTCTTTGGCGCGCCAGATTCGGATTTTACGCAGTTTGGGGATTGTAATTTAAAG---GTCAGCGGTATCAGGGATGATCTGGAGAGTGCAGAACCGTGCACAGCG------CAACTCTTCCCATGGATGAGACCACAAGGTGAGAT 
s mm7.chr11     96392000 432 + 122091587 AATGAGCTCTTATTTCGTCAACTCACTGTTCTCCAAATACAAAACCGGGGAGTCCCTGCGCCCCAATTATTATGACTGC---GGCTTCGCCCAGGACCTGGGCGGCCGACCCACCGTGGTGTACGGTCCCAGCAGCGGCGGCAGCTTCCAGCACCCTTCGCAAATCCAGGAGTTCT---ACCACGGGCCATCGTCGCTGTCCACAGCTCCCTACCAGCAGAACCCGTGCGCCGTGGCGTGCCACGGCGACCCC---GGCAACTTCTACGGCTACGACCCTCTGCAGCGCCAGAGCCTGTTCGGTGCGCAGGATCCAGACCTGGTGCAGTACGCAGACTGCAAGCTCGCGGCAGCCAGCGGCCTGGGCGAGGAGGCCGAGGGGTCTGAGCAGAGCCCGTCGCCCACACAGCTCTTTCCCTGGATGCGCCCTCAAGGTGAGCT 

a score=16090
s danRer3.chr12 26525430 274 +  37038836 TGACGCTTCTATTTCCCCCTT-------AGCTACCGGACGGAGGAGGGGCAGGCAGACCTACAGCCGCTACCAGACGTTGGAGCTGGAGAAGGAGTTCCTATTCAATCCTTACCTGACCCGTAAGCGGCGCATCGAAGTGTCTCACGCACTGGCCCTCACTGAGAGGCAGGTAAAGATCTGGTTCCAGAACAGGCGTATGAAGTGGAAAAAAGAACACAACAAAGACAAGTTTCCCAGCAGCAAAGCAGAACAAGAAGAAATTGAGAGAGAGAGGCAAGAG 
s mm7.chr11     96393174 281 + 122091587 TGTCTCGCCCTTTTCCCCCATTCCCAGCAGCCGCCGGACGCAGGCGAGGCCGCCAGACCTACAGTCGCTACCAGACCCTGGAGCTGGAGAAGGAGTTCCTATTTAATCCCTATCTGACTCGCAAGCGGAGGATCGAGGTATCGCACGCGCTGGGACTGACAGAGAGACAGGTCAAAATCTGGTTCCAGAATCGGAGAATGAAGTGGAAAAAGGAGAACAACAAAGACAAGTTTCCCAGCAGTAAATGCGAGCAGGAGGAGCTGGAGAAAGAGAAGCTGGAG 

a score=88
s danRer3.chr12 26525704 128 +  37038836 GGGAGCCAGGTGTCAGAAAAACACACATCTGGAGAA---------GAGGACTCGGAGGCATCTAGCAATTCTAAATAGTCTTTTGACTATAAAAACATCACAATCGATCAACTTCAATTAAATAAAAGTCTGAAGTT 
s mm7.chr11     96398677 131 + 122091587 gaaagccaagagg-aggaaagcgaagagagggagaaCCCAATTATGGGAACT--GAAGCAT---GAAACTCAAATAAAGGGGCAAACTATTTAAATGAAGAGGTCTAAAAATAATAAGGAAAGAGAAGGGTGAAATT 

a score=10449
s danRer3.chr12 26529798 254 +  37038836 AACGAATAAAGATGGCGGCG----ACCGAGTTACTGGTGAAGCA-----------AAGCAATAAACTCACAGCTGTTT-ATGAAAATTTACAACTTTGTGATAGAACTTTATGTGTGGTTCTGCCAGTGGATTGGCTGACGGAGGTCACGTGAGCAGCTCTCTGTGAACATGAACTTTTTATGATTTCCCAAGTGGCTATAATGCAGCATTCTTTTGGTCAGGGCGC--AGTCAGTAGCACCTCTGTCCTTTATGTTTTTTACGTTTTGTTA 
s mm7.chr11     96401315 272 + 122091587 AAGAAAAGAAGATGGCGACGGAGAAAAGGGTTGCTGGTGGAGCAGCCATGAAGAAATGCAATAAATTCCTTGTTGTTTTATGAAAATTTACAACTTTGTGATAGAAGTTTATGAGTGGTTGAATCCAGCGATTGGCCGGCGCCGGTCATGTGGCCGGGCGATCGTGAACATGAACTTTTTATCATTTCCCTGGTGGTTATAATGCAGCATTCTTTTGGACACCACACCTAGGTCGGAGCACTACCGTCCTTCAGGGCTCCAGCCTCTTGATA 

a score=14225
s danRer3.chr12 26532757 592 +  37038836 ATTGGTCAGGCACTGATCAGCTGGTCCGTTTCCCCGCGGTCTCAGATTGGAACCTCGCCACCCCCCCTTCGGCTAAAACCAAATCTCAGATAAAGTAATGGCAAATAC--CACTTGGACTATAAAACACAACAAATCATAACACACGGACAATAACACTGGCCAC--------------CCCATGAGTTCCTATTTCGTCAACTCAACTTTTCCCGTGTCTCTACCCGGAGGACAGGAGTCTTTCTTGGGTCAGATACCGCTATATTCCTCTGGATATACAGATTCTTTAAGACATTATCCAAGCGCTACGTTCGGAGCTACCAATGTCCAAGACAAGG--TTTAC-ACCTCCTCGTATTATCAGCAAGCTGGGGGTGTTTTTGGGAGAAGCGGATCCACCAGTGCTTGTGACTACTCAACACCCAATATTTACCGATCCGCTGA--CCGCTCGTGCGCTATTGGAAGTCTGGAAGACTCGCTGGTCCTAACCCAGGACCAGTGCAAGACGGACT--GCACAGAACAGG-----GCACAGAGAGATATTTTAGCACTGAAGATAAACCATGTACCCCGGTTTACCCGTGGATGCAGAGGATGAACTCATGTAATGGTAAG 
s mm7.chr11     96408034 601 + 122091587 ATTGGTCAGTGTTGGATCAGATGGTTGTATTTCCTTCTGGCCCTCACTGGCACCTCGCCATCCCCCCT-CAGCTAAAACCCAATCTCGGCTATACTACTAATAGGCGCGGCGCTCGGACTATAAAACACAACAAATCATAAACCCGGCGGAGCAGCAGCGGCCTCGCGCGCCTCCCCTCCCGATGAGTTCCTATTTCGTGAACTCCACCTTCCCCGTCACTCTGGCCAGCGGGCAGGAGTCCTTCCTGGGCCAGCTGCCGCTCTACTCGTCTGGCTATGCGGACCCGCTGCGGCACTACCC---CGCGCCTTATGGGCCGGGACCCGGCCAGGACAAGGGCTTTGCGGCGTCCTCCTATTACCCACCAGCCGGCGGCGGCTACGGCCG-GGCGGCGC--CCTGTGATTATG---GGCCGGCGCCTGCCTTCTACCGGGAGAAGGACGCGGCCTGCGCTCTCTCCGGCGCCGACGAGCCGCCCCCGTTCCACCCC--GAGCCGCGCAAGTCCGACTGCGCACAGGACAAGAGCGTGTTCGGAGAGAC-------CGAGGAGCAGAAGTGCTCCACGCCCGTCTACCCGTGGATGCAGCGCATGAATTCGTGCAACAGTGAG 

a score=10008
s danRer3.chr12 26533760 277 +  37038836 TCTTTCACTTTTCCTGACAGGAATGCCT---GGCAGCACTGGCCGCAGGGGTCGTCAAACCTACACTCGGTTTCAGACTCTTGAACTGGAAAAGGAGTTCCACTTTAACAGATATTTGACAAGAAGGCGAAGAATTGAAATATCGCACGCTCTGTGTTTGACGGAACGACAGATCAAGATATGGTTCCAAAACCGCAGAATGAAATGGAAAAAGGAGAATAAAGCAGTGAACTCGGCAAAGGTCAGCGATGAGGAAGATGGTGGAAAGGCTGGATAAATG 
s mm7.chr11     96409687 279 + 122091587 TTCTCCTCTCTGCGTAACAGGTTCCTCTTTTGGGCCCAGCGGTCGGCGAGGCCGCCAGACCTACACACGCTACCAGACCCTGGAGCTGGAGAAGGAATTTCACTATAATCGCTACCTGACCCGCCGGCGGCGCATAGAGATCGCGCACGCCCTGTGCCTGACCGAGCGGCAGATCAAGATTTGGTTTCAGAACCGGCGCATGAAGTGGAAAAAGGAGAGCAAACTGCTCAGTGCGTCTCAGCTCAGTGCGGAGGAGGA-GGAGGAAAAGCCAGCCGAGTG 

a score=-353
s danRer3.chr12 26534037 140 +  37038836 CTAAAAAA------CAGCTTATGACGAAGCCCT-AGAAACACTG-------TACATAACATGTAGAATGTAGTTTTAATTAATACATACATGTTCTTTCCAACAAGAAAAAAAACTACCTAATAAGTGTTATGTCGACTCCAAAATGCTTCAAG 
s mm7.chr6      97520240 143 - 149646834 CGAGGAAGAGAAGTCACTCTTTGAGCAAGCCCTCAGTGTCTCCGGGGCCCTTCTGGAGAGGGAAGGGTACACTTTTCAGCA--AAATGCGCTCTCTCAACAGCAGG---------CTCCCAATGGACACAATGGCGACTCCCAAACTTTCCCAG 

a score=36574
s danRer3.chr12 26535229 876 +  37038836 GGAGGCAC-CATTGAGTTGAACCAAACGATCATCATTTCGTCATCATTTGTAACCATAGAGCATGAATTACCTCTTGAAGTCATCAGAGAGAATTTACGACTGGTCAACAAAGGCACGTGATGCCCTAACGCTCTCCCAT---------------------ATTTGGCCGCATACATGGCAAAAACGAAGTACAGTGCATTGCTATAATTCATTATTACATCATAAATTGTGCGGCGCTGGATTTTAACGACCAAGATCTACAAATCAAGACATTTTAAAACATCCAAATGAGCTCTTATTTTCTAAACTCGTTCTCAGGGCGCTATCCGAATGGGTCTGACTATCAGTTACTAAATTATGGTACTAACGGCGCTATGAACGCTTCTTACAGGGACTCCACCAGCATGCATTCCGGGTCTTTCGGTTACAACTACAATGGAATAGACCTCAGTGTAAACCGTC------CCAACAATGGCCATTTCGGGGCAGTTGGAGATAATTCTCGCGCTTTCCAAAATCCGAGTCAGGAGACCCGGTACAGACAGTCG------AGCTGCTCTCTCTCGTCTCCAGATCCTCTGTCTTGTGCCACCAGCGATACTCTGGAATTGAAGGGTTCCTCTCCTCCATCTGATCAGAGCACACCAACCGGCAACAGCAGACTTACCAACAGCAACAATCTTACCAGCAGCAATAGCACACATTTTGCGGACACAGATGAAACCAATGTCTCGTCCGAGACCGAGGAAGGAGCA---CAGACCACCACCACCAGTCGTACGCAGA---AGCAAGAATCTGTGGCGACCTCGACTACAACACCTAACGACGGTCAAACTCCACAGATATTCCCCTGGATGAGGAAGCTGCACATTAGCCATGGTATAAACATCTCTGTATTTTTTTTAT 
s mm7.chr11     96412365 872 + 122091587 GGAGGCTCGCATTGAATCGGCCCTAACGATTCTCCGATCGTCATTATTTGTAACCATAGAGCATGAATTACCTCTTGAGGTCATCAGTGAGAATTTACGACTGGTCAACAAAAGCACGTGATTCCCTAACGCCCCCCCATCCCCCTTCTAACCCCCCCCATATTTGGCCGCATACATAGCAAAA-CGAAGTACAGTGCATCGCTATAATTCATTAATACATCATAAATCGTGAAGCACAGGGTTATAACGACCACGATCCACAAATCAAGCCCTCCAAAATCACCCAAATGAGCTCGTACTTTGTAAACTCCTTCTCGGGGCGTTATCCAAATGGCCCGGACTATCAGTTGCTAAATTATGGCAGTGGCAGCTCTCTGAGCGGCTCTTACAGGGATCCCGCTGCCATGCACACCGGCTCTTACGGCTACAATTACAATGGGATGGATCTCAGCGTCAACCGCTCCTCGGCCTCCTCCAGCCACTTTGGGGCGGTGGGCGAGAGCTCGCGCGCCTTCCCCGCGTCCGCCCAGGAACCCCGCTTCAGGCAGGCGACGTCCAGCTGCTCCCTGTCCTCGCCCGAGTCCCTGCCCTGCACTAACGGCGACAGCCACGGCGCCAAG---CCCTCTGCTTCGTCCCCTT----CCGACCAGGCGACCCCAGC-----------------------------CAGCTCCAGCGCCAATTTCACCGAAATAGACGAGGCCAGCGCGTCCTCTGAGCCCGAGGAAGCGGCGAGCCAGCTAAGCAGCCCCAGCTTGGCTCGAGCACAGCCAGAGCCCATGGCCACCTCTACGGCCGCGCC---CGAGGGGCAGACTCCACAGATATTCCCCTGGATGAGGAAGCTTCACATCAGCCACGGT----AATTCTCCATCTCTTTTTTGT 

a score=15157
s danRer3.chr12 26536513 271 +  37038836 CCCTTGCTTATGCCAGATATGACTGGACCTGATGGAAAACGGGCTCGAACAGCTTACACTCGCTACCAGACGCTCGAGCTGGAGAAAGAGTTCCATTTCAATAGATATCTGACGCGCAGGAGGAGAATAGAGATAGCTCACGCTCTCTGCCTCTCAGAGAGGCAAATCAAAATCTGGTTCCAAAATCGCAGGATGAAATGGAAGAAGGACAATAAACTGAAAAGTATGAGTCTCGCTACAGCGGGGAGCGCGTTTCAAAATTGATCAAATC 
s mm7.chr11     96413912 271 + 122091587 CCTCTAACTGCTCTAGATATGACTGGGCCAGACGGAAAAAGGGCCCGGACCGCCTATACTCGCTACCAGACCCTGGAGCTGGAAAAGGAATTCCACTTCAATCGCTACCTGACCCGGCGGCGACGTATCGAGATCGCCCACGCGCTTTGCCTGTCCGAGCGTCAGATCAAAATCTGGTTCCAGAACCGTCGCATGAAGTGGAAGAAAGACAACAAACTGAAAAGTATGAGTCTGGCTACAGCCGGCAGCGCCTTCCAACCTTGAGCCCATC 

a score=-3031
s danRer3.chr12 26536784 464 +  37038836 ACATCACATCAATTGGAAAATTCGACTACTGTTACAGCGCTGCACCTTCAGCTTGTTCTCACCTGACGACGTGTGATTCTCCCGTGCAA-----CTCAAAAT------TGTCAGCTGTTGAATGTTATCATATGCT-AAACTAG---TTACAATTGC--CATAAAATGAGTGTGAATGTCAAGTGTGTCAAGTT----------TATACATTCGTGGAGGAAAGCATGTTCCATGTGAGCTATTCGTGCAACGTATTAGATCTACAAAAATTATGTACAGTACAACTCGCACTACCTAACTATCTTAAGTGATAGTGTAAAAAGAGAATCTTTTGTTGTATCCTTGAACTTGTATTGAAACGTCATGTATTATTCA--------AGCAACATGCTATATTCTTGTTATGTGCTGGGCTTTTTTGATTTCTCGTCTGATACCTGCATCGCGAGGAAATGA--ATCTTTTCGCACTTACATTTGTGTACTTAGGCTGCAGCAC 
s mm7.chr6      97459257 475 - 149646834 AGA----------AAGAAAAAGAAAGGACTGTC------CGTCTCCCTCTGTCTCCTCTCCCCCAA--ACCCAGCCTCCACCCGCACAAAGGGGCTCTAAATCCCAGGCCTCATCTCCCCACTGGCAGTCCGTGCTCAGGCTGGCTCTTAGGCCTGCGGCTTTGATGGAGGAGGTATTGTAAGCTTTCCATTTTATAGAAGGCACACACACACACAAGGGAGGGCATTAGCGCTATTGGCTGTATGTGCTAGCTTGtatatatatatata-tatttaaaaaaaatCTACCTGCTTCTGACT---TTAAGCAAAAG-GAAAGAAAACTACCTTTTTATATAATGCACAACTGTTGATGACTGGCTGTATAGTTTTTAGTCTCTGTAGCTA-ATTTAATTTGCTCTTCGTGTGGCAGATCATTCTGCCAAAATACTTGAACACTGTGTTTTATTGTGGTAATTATGTTTTGTGACTCAAACTTCTGTGCT--GGGTGAAGTAC 

a score=6119
s danRer3.chr12 26537870 156 +  37038836 TTTTCTTCTGAAGTTCAGTCCATAACACCA------------ACATGTAGCACTTGGTAGCTCTAAAAAAGTCACGTGAGGTCCATAAAGTTAGTTTTATGGTTTTAGGGGGGTTGAAAATGCGCTACATAATTCACATTCTT--GAATG-TAACTGACTGTTTAACTGCT 
s mm7.chr11     96415971 169 + 122091587 TTTTATCTCGAAGTTAGATCGTAAAAATCGCCGAGAAGTCAGACAGATACCCCTCACTGGCTC-GAGAAAGTCACGTGAGGTCCATAAAGTTAGTTTTATGGTTTT-GGGGAGTTGACACCGCGCGGTATATTTCACATTCTCCAGAATGTTAAGTGACACTTTAACTGCT 

a score=4841
s danRer3.chr12 26538779 130 +  37038836 CGATTCATAACTATTAAAGTCCCATTTTGCCTCTATAATGCGTTTTGCATATTGATAGGGT-AATCTGGGCGCTGTTCTCATCAATTATTCATTGGG-AAGGGATCACTCGGAGGTCAGTAGACGAAAGTGG 
s mm7.chr11     96419672 132 + 122091587 CTATTCTCAACGATTAAATCGCCATTTTAACAATATAATGGAGTTTGCATCCTGAAAGGGGAAATCAACGCTCATATCTCATCAATAATTCATAGAGTCCGGGATCACGCAGAGGTCAGCAGACGGGGGTGG 

a score=882
s danRer3.chr12 26539372 180 +  37038836 AAACAAAATCTCTTTCGTGTCTTTTTTTCTTTTGGTGTCTAAACGAGGTCAAAGCAATATTGGTAAAATATGACAAT---------TACTACAAGAAA-TAATCATAATAGCTATTGGACTTACTGAGAA--AAAACGATTAACTATATAATTATTAA---------------TGGTGAAAATTCAAATATCAGCGCTTTTGAATAT 
s mm7.chr2      74573512 207 + 182548267 AAAGGGATTTCCCTTGAAGTCTTTTTTTTTTTTTGAAGAGACATTAATTAGAAGCAGAAATTGTAAGCTCTGAAAGTTTTCAGGCCTACTTCAATACCTTGAAGATAGTAACTTCAATCTCAAACAAGAAGGAAGATGttttaatatacttttttaaatttttattCCATGCCTGGGAAAAGCTCAAATCTCATTTTCTTAAAAAAT 

a score=6576
s danRer3.chr12 26540608 133 +  37038836 TGTCTGTCATCTATATATACCCTGTAGATCCGAATTTGTGTGAATA----TACAGTCGCAAATTCGTGTCTTGGGGAATATGTAGTTGACATAAACACAACGC-AATACAGTGGAATTGTGGACATATTGATTATTTT 
s mm7.chr11     96426207 138 + 122091587 TGTCTGTCTTCTGTATATACCCTGTAGATCCGAATTTGTGTAAGGAATTTTGTGGTCACAAATTCGTATCTAGGGGAATATGTAGTTGACATAAACACTCCGCTCATATTCTTTCCCAGAAGAAAAATAGATTATTTT 

a score=778
s danRer3.chr12 26547882  93 +  37038836 ATTAAAATACAGTTTCTAAGTCGTGTTTTTATTCAATGCTAATTTTC-----------AGTTAAAGTCGCCGAATACGGAATCCATGGCCAGCAGAACATAATA 
s mm7.chr6      97526430 104 - 149646834 ATCTGGATAAAGGTTTAAGATTTTTTTTTTAATCTTTTCTCTCTTCCTCCCCTACCCTAGGGAAAGTTGGAGAGTACGGCTACGTGGGTCAACCCAACGCAGTG 

a score=5777
s danRer3.chr12 26547975 171 +  37038836 CGCACCAATTTCACCACCAAGCAGCTCACGGAACTTGAGAAGGAGTTTCACTTCAACAAATACTTGACCAGAGCGCGCAGAGTGGAGGTGGCCGCCACACTCGAACTGAACGAAACGCAGGTTAAAATCTGGTTTCAGAATCGCAGAATGAAGCAGAAGAAGCGCGAGAAG 
s mm7.chr11     96429106 171 + 122091587 CGGACCGCCTACACTCGCCAGCAGGTCCTGGAGTTGGAGAAGGAGTTTCACTACAATCGCTACCTGACGCGCCGCCGGAGGGTGGAGATCGCCCACGCGCTCTGCCTGTCCGAGCGCCAGATCAAGATCTGGTTCCAGAATCGGCGCATGAAGTGGAAAAAAGACCACAAG 

a score=1453
s danRer3.chr12 26567939 159 +  37038836 CAATAAAGATAATGACCAGCAAGGGCAAGTGCAGTTCAGGGTTCATGTTTAGTTCACCA--------------GTTGGAAATCTCACATCAAGCCCTACAGGAG--------GACATTTGAGCATCTCACAGC--------------------ATATAAAATTAGAGACA----GGAATATAATCATGAAGATTAAGGTTTGAAT 
s mm7.chr11     96687695 205 + 122091587 CCATGATATTAACGACCTCTGAGGGCATCTAGAGTTCAGAGTTCACCCTCTATTTACAACATACTCTGAGGCTGCTCCACCTCCTACGCCTCGCTTTAAAGGGGAGGGGGGCGATTATTTAGGACATCATGACAGTCGGCCTGGCTAATTTTTATACAAAAACAGAGACAGTGGGAAATATAACAGTCAAGTATTAGGAATGGAT 

a score=4790
s danRer3.chr12 26568393 305 +  37038836 CGAGGTAGCAGTTGACTTGTCGATGGGTGGAGTC-AGTGTTATTTCATTTA--GCCAGCGCTGCCTCCCTGTCTCCAGAGGGAGGTTTGACACTAGATTTGTTATAGCTGACAGGAACAGATGGGCGCTCTATTGTCAGGGCCCCTGTCTGTATGGTAATGTGAACTGAGTTTCACCCGCAGACCGCACGGTTGACCCCTCCGTGCCTGCAGCCTCGTCTGGATGACAGCAGCCCTGCAGCCTAGGATGGGAAGCCCAGGGCAGGAGGAGC-----TTCACAGTGGGGTGGAAATGTTGCCAGGTCAAGTTTA 
s mm7.chr11     96688009 295 + 122091587 CAAGTCAGCAGTT-CCATATCCGTAACCTGAGCCGAGTGTTCCTCCACCTAATGGCCACGCTGCTGTC--GTTTGCAGCGAGTTGGGTGACAATCGATTTGTACTCCGAGACGGGAACAGATGGGCTTTC-ATTGT--GAGACTCCGCCTGTATGCAAATGTGAACGGAGTTTCACCCG--ATCCAGGGGTCTGACCTGACCGTGCACATG----CATTTACTCAAC-GTGGCT---CAGCCTGGGGGGGGGGG--CAGCGAAGGGGGAATAAAAAATGGCAATCGGATAGTACCAGCGGCAGGTCAAGTTTA 

a score=2891
s danRer3.chr12 26569392 220 +  37038836 TCACGTGACCTCACTTTTGAGTCATCGTCAGCTGGTATTCGTCCACATAACCT--CTTAACTCTATACAATTTGCAGTGAGTGCTC-------ACACTTTGAGTGTTTCTTCCTCCCTACAGTAAACTTTTGACCCCTGGGTCTTGTTCTGGTCATTCCGTGACCTGTCTGAACTCTGTCTAGGGCAACTGAGTCTACATTATTGACCCCAGTTGCTATAGAAACAGTG 
s mm7.chr11     96691650 222 + 122091587 TCAGGCAACATCAGATTTGAATGGAATTTATCTAAATTTTATATGCATGGCTTGATGTAAATTGAAATAAATTGTACAGCATACTCTGCGTGGACATATTG---GTTTTTCCATCGCGGCC-TGAACTTTTGACCCCAGGGCCTGGGCC-GGTCACACGTTGACCTGTCTGAACTCTG-CTGGTAGATCCAAGTATGGAAGGCCGGCCTT-GCAGCCATGGCAACCGTG 

a score=5923
s danRer3.chr12 26570292 258 +  37038836 TTGCAGCCTGTCAGTATGGCAGACAAATGGCAAAACGATTCAATGCTGCGGGTTCAGCTAGAGGTTAGCCTTCCCAGGTACCTCCAGctctctctctctctctctctctctctcCTTACCCATCTTG-CAAATGAGAATTTGATTTTTCTCTCCACTGGATTCCATTTCTTGAGATTGATGAAGTTTCGATGCAAGGCCCAGGTGGCCTGATGCTTTCATTGGGAAACAAATGAAAGCGTGTGTAGGTGTGTTCGCCTG 
s mm7.chr11     96705147 214 + 122091587 TTGCTGTCTGT---TTCCTCAGACTAATAGCAGAGCGATCTGAGTCTCAGAGTTCAAATAGAGGTTATCTTTCCCAGGTA---------------------------------------GCATCTCGTCCAACGAGAATTTGATTTTTTTCTATA--GGACTTTACTCCATTAGATTAATGAAATTTCAATGAGAGCCTGGCGCCCCCTGAAGCTTTGTTAAGAAAACAAATGGTGAT-TCTGTAGGTGTGACAGCTTG 

a score=5413
s danRer3.chr12 26613174 97 +  37038836 GGTCTTAGTACAGGGCGTCAGTATTGCTGCTTCTCGGCCTCTTGATCTTCTCGATGTTCTTCAGGATCATGTCATGTAATGTTACCTGCAGGACAAG 
s mm7.chr11     20660672 95 - 122091587 GGCCTCAGTACAGTGTCTCTGCATTGCTGCTCCGGGGCCGTTTGATCTTCTCAATGTTTTTCAGGATCATGTCATGGAGAGTGACCT--AGGACAGG 

a score=6112
s danRer3.chr12 26614953 115 +  37038836 TAGCAGTACTTACGTATTGATTTCGCAGTTCTGACACTATAATCTTGAGGCTGATGTATTCCTTCTCATCAATCTCTGTCACTGTGCGGCGATAATCCTCCTAAACATCCAATAA 
s mm7.chr11     20661722 115 - 122091587 TGGCTTTACTCACATACTGATTCCTCAGCTCTGAGATGATGAGCCGGAGGCTGATGTATTCTTTCTCATCAATCTCTGTGACAGTGCGGCGATAGTCCTCCTGTATGGGAAGTAG 

a score=13291
s danRer3.chr12 26615141 600 +  37038836 ACTTACAACATGAGGGTATTTTGCTATTTTGGAAACCAGCTTTGCCCTTGTGATATAGTACCTGGAAAAAAAGATAAGGATTTTTTTTTTAATA-----TGAATAAAATTCAAAAGCGAGCCGTTGTCTGCCATTAATATGGATTTAGTGTGAAGCACCTGGATATCTGGTCTAAGAAAGATGCTGCTTCCCCTTCCACTGTTCTGAGTTCAGCAACCGTCTCCTCCTGTGGACAGTAACGACAATCACAATTGCAGGTTAGTGGCTAGCAACTTCTGCATTTGACTTT--CACTGATAAGTCCAAAGGTCACAGACAGTGGAA-------------AATATTTTATGTGGCAGCA-TACCTGAATTGAGACACCAAAATTGTTGCCATCTTCTATTCTAGGGATTAACAACTGAACCCACATCTTGACCTAGAAGAGCACGGGAAAA----------------------------TTATTTAATCATT----TACCTAACACGCTTGAGTGGAAGATGGC------ACAAGACTATCAA----------------------------------------------------------------------CGTACTGTGTTGCATTTTTCCATAAGAGTTCTGATTTCAGGCTTGACTTTTTCAATCAGCTCCACCAGCTTGCCATTGCTTTTCATCATTCCACCAGGCATGACAAAGACCTTGGTCCC 
s mm7.chr11     20661927 711 - 122091587 ACTTACCACATGGGGATATTTAGCTATTTTAGAAACCAATTTGGCTCTTGTAATATAATATCTGGAAGAAAAAAAAAAAAAAAGCAGCTGAAAAGACCCTGAACAAGCCTCCCATGTCACCAGCCCAAGTTCCTGGATCCGGCCCAAGC-TGCCCTACCTAGAAATCTGGTCCAGGTAAGATGCGGCTTCACTCTCCACAGTTCTTAGTTCAGCAACTGTTTCCTCCTG-GGGTGGTAA--------------ACAGG--AGAGTCAAGTTACTTCCCCATCAGCCTACAGCAGCAGCACAGACCGAGGGCAGAGACAAAGCAGGGAAGGAGCTCCCAGTTTGCAGTGTGGGCACACTACCTGAATTGATACCCCGAAGTTGTTCCCATCTTCTATTCTGGGAATCAACAGCTGAACCCACATTTTGACCTGGAGTATGAGAAGACAAAATATATGTAGAAGGACCTTGGTCTTTCCTACTTAAGCTTTGAAGTACATGATTCTTGCTGGTGGGGACTGATGCCAAGACAAAGGAATCAAGGGCCTTAGCCTGCCAACCCTCCCATCATTCCATAGTTCTAGTGCCACTCTTTGGGTAGTGAACCCCTGCCTCACCGTGTTACATTTCTCGATCAGCAGCCGAATCTCGGGTTTTACTTTCTCAATAATGTCCACAAGCTGCTGGTTGCTTTTCAACATCCCATTGGGCATCACAAACACCTTGGTTCC 

a score=3722
s danRer3.chr12 26616642 145 +  37038836 AAGAAGACACTTGACGAAAATG----ACTTTTACCCCCTCAATCCCATCGTGGATGTCTGTAAGCAGAATTGGGTCTGGCACTGTCAGATTGATCTCTGAATGAATTTCCTGCAGCTCCGTGATATTAATTGTGGGATCCTACAAGTGA 
s mm7.chr11     20664790 146 - 122091587 AAGAACACA---AACATAAATGCAAGACACTCACACCATCCAGTCCATCGTGGCTATTGGTGAGGAGAATGGGGTCAGGGACTGGGAGGTTCATGTCTGAGTGGATCTGAGTTAGGTCATGGATATTTAGAATTGGTTCCTGAAAGAGA 

a score=4830
s danRer3.chr12 26617611 106 +  37038836 CTTACCTTCAAAAACTGGTCCAGTTCTAACAATTTCTTCGGGAAAAAGTTTGCAACCAAGTCTTCAGCCTATAAGTCAACAATA------AAACAATAAGTGTCAAATAGTC 
s mm7.chr11     20665152 112 - 122091587 CTCACCTTCAAAAAACTATCAAGTTCTAGTAACTTCTTTGGGAAAAAATTTGCCACCAAGTCTTCTGCCTAGACAGAGAGAATACACCTGAATTAATAAACGTGGGACAGTC 

a score=1814
s danRer3.chr12 26617749 122 +  37038836 TAATTTATACATGTAATCTCCGTTA----ATTTACCTCTGATGTAATTCGTTCTCTAAAAGCATCAACCT------GACAAGACAAAAACATTAATATGTAATTTTAGAAACACAACTAAGGCAATTCCCAA 
s mm7.chr11     20665300 132 - 122091587 TAACCATCACCACTTTTCTCCTTTACAACACTCACCTCACTTGTGATCCGCTCTCTGAAAGAATCAACCTACAATGAACAGAGAGAGCAACTTAACACCTAGTGATACAAGGGCATGGATGGGGAACCCCAA 

a score=2023
s danRer3.chr12 26618413 45 +  37038836 TACCTTTGTTTTGATTTCATTGTCCACCTTCAGGAGCGAAGACAT 
s mm7.chr11     20666057 45 - 122091587 TACCTTGAGCTTCACTTCCTGATCCACCTTCAGCAACGAGGCCAT 

a score=2729
s danRer3.chr12  26620045 108 +  37038836 TAACTTTTAGATTAAAACTACTTTCGGCTTGAGCCATTTTCAAGTGAAATATTTTGACGAGGACAACGAAGAGGTAAATAAT---AACAGTTTAATTACGGGTTTATATCA 
s mm7.chr11     101668547 111 + 122091587 TCATTTGCAGGTAAAAGTTTCATTTGATCTGAATACTATCCAGATAAAATACCTGGATGAGGAGAACGAGGAGGTAAAGTGTCTGAACGCCATTGTTAGAGATTTACAACA 

a score=2524
s danRer3.chr12  26620213 55 +  37038836 CTATTGTTTTATTTTTCATTACAGGTGTGCATAAACAGTCAAGGTATGTATATGA 
s mm7.chr11     101669447 55 + 122091587 CTGTTGCTTTTTTTCTCTTCATAGATATCCATCAATAGTCAAGGTAAGTTCCTGA 

a score=1774
s danRer3.chr12 26620809 277 +  37038836 TTATACAGTTCTGTACAAACTTTTACTAACCCTTTG---CAGAATATCTAAATGTAATTTTAACAAAAT-AGGAAACCCTTTTTATTGGATATTTTATATTACTATATTGTTATTACTTATATGAATTAGAGATTTTATATATTAAATGTTGAAACATACTCTTTATGACTAAATAATACATTCATCTAAAAAAAAAAAATGACACTATCGAAAAGTTTACATACCCTAAAATCTTAATACTATTTGCC---------------ATTATATGTGTGATGTTATTTTTTTATTGTTC 
s mm7.chrX      47177180 257 - 164906252 ttctctaattccatatatgatttta--aattcttcataccaAAATATACACAACTAGTATTTACAGAATGAAGAAACGCTCTGTGAG---------ATAATACTAAAAAATGCCTTCTTAGCCAAATGAGAG--------TATGGAGT--------------TCTCTGACTAAATAATATTCTAAATTACAATAAGAAGAATAAAGGAAAATCAATGTTACATTCCCAAATAGCTAACTATATTATGTCAAAGAGAATACAATGATTATTTGTATCA------TTTTTTATTGTTC 

a score=2141
s danRer3.chr12  26622225 282 +  37038836 TGTTCTTT-TTGTAGTTCAAAGACCAAGTGGTAAGGGAGGTGGTGGACAGGATGTGCAGTGAGTTTTCTGGCCAGTGTTGCACACACAGAGCCTC-----AGATCCTCCTGCAGAGGAA-CCAAGCACCTCTGGCACACAGAAACCAGTCAGCTCCACCACACTGAGGGCC--TCTAGCTCAACTCCAAATTGCAGTAGTTGCAAAGGACCAGCCACTGGGGGAGGATATCAGTGCAGGTGAGAATGTCCTAAAGCTTTGAGAATATTGACTAATATTCTGTGCTGGATAG 
s mm7.chr11     101675219 283 + 122091587 TGTTCTGCATTGTAGTTCCGAGAACAAGTGGTTAAGGAAACGGTGGAGA-AACTTGAACAGAGGTTGCAGGAGAAGCTTGTCCTCCAGAAGCCACTCCTGAGTTCCTCACCCACAGAAGTCTCAATGCCTATTTCAGAGGAAACCCTGTTTTTGCCA-------GAGAACCAGTTCAGCTGGCATATTGCTTGTAGCCACTGCCAGAAGAGGATCGTTGGAGTGCGCTACCAGTGTAGGTAAGCAGTTCCTGGGCAGGGGCAGCCACCAACTAGCATTCTGGGAAGTTTAG 

a score=1902
s danRer3.chr12  26624728 189 +  37038836 ACAGGACGGTGAGAAAGGCGGAGAGGCAGCGTCTAAAAGCAGAGCGGAGG---------------------CAGCTGAAGGCTGAGGTGAAGGAGATCAAGAAGAAGCTGAGGCTGGAGAAGAGAGGTCTGCTGTGGAGTGGA-------GCCTCCAACGGGACCAGC-------------Acctcaggccttgcccccgctcccgccccgtctctaggtgcaggaccag 
s mm7.chr11     101677433 230 + 122091587 ACAGGCTCCAAAAACAGGTGGACAAGAACTTTGTGAAAGCAGAAAAGCAAAGGTTGCGGGCTGAGAAGAAACAGCGGAAGGCAGAGGTCAAAGAGCTTAAAAAGCAGCTTAAACTCCACAGGAAGATTCATTTATGGAATTCAATCCATGGACTTCAGAGTCCCAAGTCCCCTTTGGGCCGACCTGAGAGCTTGCTGCAGTCTAACACCCTGATGTAAGTGCAAGGCCAG 

a score=13379
s danRer3.chr12  26625203 459 +  37038836 CTCAAACCAGGGGTCCCAAGGTCTCCGGCTCCACCTTGGTGCCCACAATGACTGCCTTGTTTCTGGATGAGAATCTACCAGATGGCACTTGTCTGGAGCCAGGCACCAAGTTCATCAAGTACTGGAAGATGAGGAACACTGGCAACATCAGCTGGACTTCCGACACTAAGGTACTTTCTGAAACCCTCACTGTGATGTTTTGATGCATCTTTGT---------GGCCTCCGTTTGCAAGTTTGCTTGTGTCTGTCTTTTTAGTTGAAGTTCATGTGGGGCAACCTGACCCTGGGATCACGAGAGCATAAAGAGGTCGCAGTGCCCTTTCTGCAGCCGGGGCAGGTTGGCGTGGTGAGTGTGGCGTTTGTGGCACCCCTGCTGGAGGGCACCTACACGTCTCACTGGCGCCTGGCACATTGTGGTGTGCAGTTTGGGCCCAGAGTGTGGTGTAGCATTGTGGTGGTGCC 
s mm7.chr11     101678284 458 + 122091587 CTCTGTCCAGGCTTCCTTTGCAGCCCTGTGCCCCAGTTATGCCAACACTCAGTGCAGCATTTGTGGATGAGAATTTGCCTGATGGGACTCATCTTCAGCCAGGAACCAAGTTTATTAAACACTGGAGGATGAAAAACACGGGGAATGTGAAGTGGAACACAGACACAAAGGTACGTTTT------CCCTCTGAGG-GTTAAGACGCGGATGTGCAATAGCAAAGGGCGCACCTGACAAGCATCCTCCTGT---TCCTTTCAGCTCAAGTTCATGTGGGGAAACTTGACTCTGGCTTCTACAGAGAAGAAAGATGTTTTGGTTCCCTGCTTGAAGGCTGGCCACGTTGGGGTCGTGTCTGTGGAGTTCATCGCTCCAACCTTGGAGGGGACATACACTTCGCACTGGCGTCTCTCTCACAAAGGCCAGCAGTTTGGGCCTCGGGTTTGGTGCAGTATCATAGTGGATCC 

a score=5652
s danRer3.chr12  26626236 114 +  37038836 GTCTTGTTGTTGTCCAGGATCTGCTGTCCTTTGAGTTACTGGATATAAACATTGTGCAAGAATTGGAGAAAGTCCCAGCCAATGCTCCATCTGGTAAGGCT-TCATTCTGGTCAT 
s mm7.chr11     101680923 115 + 122091587 GCCATCTCTTTTTCTAGGACCTGCTGTCCTTTGAGCTGCTGGATATAAACATTGTCCAAGAATTGGAGAGAGTGCCACACAACACCCCTGTGGGTAAGATTGTCACTTCACTCAT 

a score=2156
s danRer3.chr12  26626435 126 +  37038836 TTCTCAGATATGACCTCCTGTGTATCTCCAACTCTTCACCATGGAGCTTTGTTTGGGAAGCACGGAACAGGACAAAGCAAAGTCGAAGTTGGACGTTCATGCAGGAAGAAAATTCAAGGTTGGAAT 
s mm7.chr11     101681493 103 + 122091587 TCTCCAGATATGACTCCCTGCATGTCTCCTCTGCCACATGACAGTCCTTTAATAGAGAAGCCAGGCTTGGGGCAG-----------------------ATACAGGAAGAGAGTGAAGGGGCGGGAT 

a score=3908
s danRer3.chr12  26626928 280 +  37038836 TATGTACTGACACGACTTAT-----TCTCTGTTAGTCCTGCAGCCTCAGAGACAAAA--CGAGCTTCTGGATGTTCCAGGCAATGAGGAAGGAGACGAAGACATCAGTGGCACTCAGTTTGTGTGTGAGACTGTGATTCGCTCTCTGACTCTTGAGGAGGAACCAGAACGCAAACCTC----AACGCAGAGCACGGCCCAGC----------------------CTGAGGAGGCATGA----------TGGTGAGCTTC------TGCTGGAATTCTGCTCACAAAAAAACAGATATTTGACTGG---CCTTATTTTGTTTTTGTTCATTTT 
s mm7.chr11     101681815 323 + 122091587 TAAGTACAGGCAGGCTTTGTATGTCTTTCAGATTCCACTGTATCAGCAAAGAGGAAAGCTGAGACCCC---TGCTTCGGTC---GAAGAAACAGAAGAAGACCTGAGTGGGACCCAATTTGTATGTGAGACTGTAATTCGATCCCTTACCTTGGATGCTGCTCCAGACCACAACCCTCCTTGCAGGCAGAGGTCCCCACAGAGTGAGTGTCCCTAGATTCCTTGCTGAGGAGGGAGGAAGGTTAATCTTGGTGGGCTTTTGACGATGCTGGCA---CGCTTACTAGAGCACCGAGAACAAAGAAGCCACCCTAACTCGTTTCTGTCCTCTCT 

a score=5593
s danRer3.chr12  26629435 207 +  37038836 CTGCACaggaggagaatgaagaggaagcggaacaaaagggacgtgaaaatgagcaagaaaaag---aggaagaagcaggagaGTGGGATGAGGTGAGCAGCCAGGTGTCCTCTGCCTCATCTGAGGACTACATTGTCATCCTGCCTGACTGCTTCGATACTTCCAGGCCCCTGGGAGAATCGATGTATAGCTCTGCAATGTCCCAGGCTG 
s mm7.chr11     101684052 210 + 122091587 CTGAAGAAGGACCGCGTGGAGATGAGAGGGAGGAGATTGTCCACATTGTTGAGGAAGAAGTCGTTGAGGAAGAGGAGGAAGTCCAAGATGAAGAAGTCCAAAGTCAGTCTTCTGCTTCCTCTGAAGATTATATCATCATCCTTCCTGAGTGCTTTGATACCAGCCGCCCCCTGGGGGACTCCATGTACAGCTCTGCGCTCTCCCAGCCAG 

a score=1430
s danRer3.chr12  26629658 278 +  37038836 TGGGCCAGAGGCACCGCAAAACCCAAGCACGGCTGAAGGAGAGAAT---GAAGAGCCAAGCCCTGTCGCAGTTCTTCAGAACAGCCTGAACCGGATGCTGTCCACCTCTCAGATACTGGACACTCCTCCTCTGATTCCAGAGATGGTTCCTGTGCCTGTCGCTCTG------------TCACCACCCCCGTCTCTCCGAACACACAGGTTAAAAACATTCAAAGAATCTTCAGGGT--AAAGGGTTAG-TTCACTTCCACAATTCACATTTCCTGATAATTCAGATATGAGTTAAT 
s mm7.chr11     101684290 262 + 122091587 TGGGATCGAGTCTGGGCTGGAACCAACTGAGGCT-AGAGAGAGACTCCCAGAGAGGGAGAGCCAGCCACAGG-----AGCAGAGCATCAGCGACATCCTCACAACCTCACAGCCTCTGGACACGGTGCCTCTAGTCCCCGAGGTGGCAGGACTTCCAGCAGCATTGTCCAGGTACTGCTCAGCACCTCAGCCCCCCTG---------------------------TTCTCCAGAGCTGGAATGACCAGCTTCATCTCCAAACCTTTCTTTTTCT-ATAATCTAAACTTAGGTGAAT 

a score=5539
s danRer3.chr12 26630445 379 +  37038836 CTTCATGCTTGTTTTGCAGATTAGTGAGATCTCATGATGTTGAGTCAGAACCAGGGGATGAGAACACCTCATGCCAACCCG-----AGGATGACTCAAGCGGTGAGATTTCTTGTCTTCTAGACTCAGTCCTGGAAAAATAACATCATCTTTTTGCAATATAATGTATTATAGTTGTTTTAGTGCTATCATGAAATTTAAATAATTCA-AGTtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaaacttgtgtgtgtgtatatacatatatatatatatatatatatatatatatata---------tatatatatatagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga 
s mm7.chrX      47182925 369 - 164906252 CTTTATGGTTGTTTTGCAGTCTGGCAAATCCTCTTGTTGTATATTTTAAAATAGGGTATTAAAAAACCTGAAAGCAGTAAGTAAAAATAATAAATACCATGGTGA--------------TATACTTATTCCT-----AATGACTTC-TTTCATTGTTATCAGCCATTGAATCTTTCTCTTGGGGTCATTATATCCATGAAACATCTAatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagatataga-----tagatagatagatagatagatagatagatagatagataTAAACAGATAAGGTTCAATTTTAATTATTTAGAATAAACTAGAACTGGGAAGAAATAGATAAAGAGTAATGGAGACAAA 

a score=3954
s danRer3.chr12  26632765 281 +  37038836 CTTTAAAGTAGCACACGAACTGC--CTATTGAATCATG-CATGTTCACTT---GCAGCTG-----TTCTTCCTCTTAGCTTTGCTTCATGACTGATTC----TTAACAGTAATTTTCTCTTGTCC--TCTTGTTTTGTTGGCACGAGACTGTTGGGGCATGACCTTGTGTTCCTGTTTTTGATGTTCTGCAGGGCACGTAATGG---TGGTCTGACGGAGGGGCTGGTGAAGGGAGCTCTGTCTGTAGCTGCTTCTGCTTATAAAGCACTGTTCACAGGCCAGAGCACACCTGCACAGGTC 
s mm7.chr11     101686802 277 + 122091587 CCCTGCAGCAAACCAAGATCTGTAGCTATGAAAACATTTCATTCTCTCTTTTTACATCTGATTTTTTTTTTCTTTTAAGGATACCTTATTTTTCTTTCGAGATTATCACCCACATTATCTTGTAAGGTCATGTTTTATTAG------------GGGAGATAATTTGGTTTTCCT------------CTGTAGGCACCACAATGGGAGCAGCATTGCTGGAGGACTGGTGAAGGGGGCTTTGTCTGTTGCTGCCTCTGCGTACAAGGCCCTGTTTTCTGGGCCACCAGTCACTGCACAGGTC 

a score=3892
s danRer3.chr12  26634355 200 +  37038836 GCCTGGTTGTCTTTCAGCGGCCTGAAGTGGACCCAGCCTGTGAAGA------CGCCTCATTAATGGCTGTATTACAGGAGATGGGCTTCAGCAACCAGCCGCTCAACCAGAGGCTGCTGAGAAAGCATCACTACAACTTACTTGATGTGGTCAACGAGCTGGTGCAGTTGACCGACAGCGAATGGCACATCTCAAGACATTAGGAA 
s mm7.chr11     101689603 197 + 122091587 GTCTCCTTGTCTCTGCACAGCC---------CATCGTTTCTGAAGATCAGACCACAGCCCTGATGGCCCATCTCTTTGAAATGGGATTCTGCGACAGGCAGCTGAACCTAAGGCTGCTGAGAAAACACAATTACAATATCCTGCAGGTTGTGACAGAGCTCCTTCAAGTGAATAACAACGACTGGTACAGCCACCGCTATTGAGGA 

a score=2188
s danRer3.chr12  26638022 45 +  37038836 CGTGTCCTACCTGCCAGGGCACAGGACGCATCCCGAGAGGTAAGT 
s mm7.chr11     101692784 45 + 122091587 CTTGTCCTACCTGCCAAGGCAATGGGGAGATCCCCCAAGGTGAGT 

a score=3918
s danRer3.chr12  26638140 110 +  37038836 CTTTTATTCTGTCTGTCT-TATCTTGACATCCTCAGGTCAGGAGAACCAACTTGTGGCCGTCATTCCTTGCAGTGATCAAAGGCTGAAACCTCATCACACGTCAGTATCAT 
s mm7.chr11     101693448 111 + 122091587 ctctctttctctctctctctctctctccctctGCAGAGCAAGAGAAGCAGCTGGTTGCTCTCATCCCTTATGGAGACCAAAGGCTGAAGCCCAGACGCACGTGAGCTTCAT 

a score=25647
s danRer3.chr12  26650065 829 +  37038836 AAAGTTGTAAATAACTTCCATATCTTTGATGATAATCTGCCTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCTTCTTTAATTAGGTTCCACACGGTGCCTCCGGTC-TTACAGCGCCTCCGTCTGTCTGCAGTACCTTTGAAGTAGGTGCAAATGCCCAACACTTCAAATCTGC--TTCTCCTTACAAGAGGGTGAGAAAAGCAAGTTGCCATGGGAAACCAGTTAACAGAGATTGCCCCCAACACACCGTTC---CTGCCCAACTTCCAGTCTCTTCACGTTGTGGTGATTGGTTTGGATTCATCAGGCAAAACCTCGCTTCTCTACAGGCTGAAGCTGAAGGAATTTGTTGAAACCATCCCGACTAAGGGATTTAACACTGAGAAGATTAAAGTTCCGGTTGGAAATGGCCGGGCTATTACCTTCCAGGCGTGGGATGTAGGTGGTCAGGAGAAGCTCCGGCCATTGTGGAAGTCCTACACGAGGCGCACGGATGGCATGGTGTTTGTGGTGGACTCTACAGAGGTGGAGCGCATGGAGGAGGCTAAGGTGGAGTTGCACAAGATCACGCGTACGTCAGAGAACCAAGGAGTGCCGGTGCTTGTGTTGGCGAACAAACAGGACCTTCCAGTTGCACTGCCGGTTTCTGACGTAGAAAAGGTTTTGGCTGTACACGAACTGAGCGCCTCCACCCTACACCATGTGCAAGGGTGCAGTGCGGTCGATGGGCAGGGGTTGCAGCTGGGCTTGGAAAAACTCTATGATATGATCCTCAAACGAAAGAAAATGGTGCGGCTCAGCAAGAAAAAAAGATGAGCTGGA--TGGGTTTATTCCACTTGTGAAG 
s mm7.chr11     101775529 795 + 122091587 AAAGTTGCAAAT----------TCGTTTATTCTAA---ACCTTTCTCGTTTCTTTTTTGGCCTTGTTTAGACA--CCCCAGCTTGTGCTACCTGCCGTTTTAAGGTCTCC-----TCTTCTTGGCCTCTGCTGGAGTCCCAGA---CCTACTCCTGAGGTCCACCCTGCACCCTA-------------------GCTCACCATGGGGAACCACTTGACTGAAATGGCCCCTACAGCCTCGTCCTTTCTGCCGCACTTCCAGGCCCTGCATGTCGTCGTCATTGGGTTGGATTCCGCGGGGAAGACTTCCCTTCTTTACCGTCTCAAGTTCAAGGAGTTTGTCCAGAGCGTCCCCACCAAGGGCTTTAATACTGAGAAGATCCGCGTGCCCCTGGGGGGTTCCCGTGGGATCACTTTCCAAGTGTGGGATGTTGGGGGTCAGGAGAAGCTTCGGCCACTGTGGCGCTCCTACACCCGCCGGACAGATGGACTGGTGTTTGTGGTGGACTCTGCAGAGACTGAGAGGTTAGAGGAAGCCAGAATGGAGTTACACCGGATCAGCAAGGCTTCCGACAACCAGGGGGTGCCAGTGCTGGTGCTGGCCAACAAGCAGGACCAACCGGGGGCACTGAGTGCAGCCGAGGTGGAGAAGAGGCTGGCGGTCCGAGAGCTGGCAGCTGCCACGCTCACCCATGTGCAGGGCTGCAGTGCTGTGGACGGGCTGGGCCTGCAGCCAGGCCTGGAACATTTGTATGAAATGATCCTGAAGAGGAAGAAGGCACCTCGGTCGAGCAAGAAGAGACGGTGACCCGAAGCTGCCCCTACCCTACCTGCTAGG 

a score=5586
s danRer3.chr12 26691813 109 +  37038836 CTGTACAACAACTCAACAAGCTGCTGTCGGACGGCAGCGGTTTCTACAGCCTCCCTGCACAACATTTCAACGAGGTCTTTCCCAGGATTTACATCGGCAATGCGTAAGT 
s mm7.chr11     19997834 109 - 122091587 CGGTGCAAGATCTCAACGACCTGCTCTCGGATGGCAGCGGCTGCTACAGCCTGCCGAGCCAGCCCTGCAACGAGGTCGTCCCGAGGGTCTACGTGGGCAACGCGTGAGT 

a score=5413
s danRer3.chr12 26721597 97 +  37038836 GGTCTTAGTACAGGGCGTCAGTATTGCTGCTTCTCGGCCTCTTGATCTTCTCGATGTTCTTCAGGATCATGTCATGTAATGTTACCTGCAGGACAAG 
s mm7.chr11     20660672 95 - 122091587 GGCCTCAGTACAGTGTCTCTGCATTGCTGCTCCGGGGCCGTTTGATCTTCTCAATGTTTTTCAGGATCATGTCATGGAGAGTGACCT--AGGACAGG 

a score=6112
s danRer3.chr12 26723377 115 +  37038836 TAGCAGTACTTACGTATTGATTTCGCAGTTCTGACACTATAATCTTGAGGCTGATGTATTCCTTCTCATCAATCTCTGTCACTGTGCGGCGATAATCCTCCTAAACATCCAATAA 
s mm7.chr11     20661722 115 - 122091587 TGGCTTTACTCACATACTGATTCCTCAGCTCTGAGATGATGAGCCGGAGGCTGATGTATTCTTTCTCATCAATCTCTGTGACAGTGCGGCGATAGTCCTCCTGTATGGGAAGTAG 

a score=13328
s danRer3.chr12 26723565 602 +  37038836 ACTTACAACATGAGGGTATTTTGCTATTTTGGAAACCAGCTTTGCCCTTGTGATATAGTACCTGGAAAAAAAAGATAAGGATTTTTTTTTTTAATA---TGAATAAAATTCAAAAGCGAGCCGTTGTCTGCCATTAATATGGATTTAGTGTGAAGCACCTGGATATCTGGTCTAAGAAAGATGCTGCTTCCCCTTCCACTGTTCTGAGTTCAGCAACCGTCTCCTCCTGTGGACAGTAACGACAATCACAATTGCAGGTTAGTGGCTAGCAACTTCTGCATTTGACTTT--CACTGATAAGTCCAAAGGTCACAGACAGTGGAA-------------AATATTTTATGTGGCAGCA-TACCTGAATTGAGACACCAAAATTGTTGCCATCTTCTATTCTAGGGATTAACAACTGAACCCACATCTTGACCTAGAAGAGCACGGGAAAA----------------------------TTATTTAATCATT----TACCTAACACGCTTGAGTGGAAGATGGC------ACAAGACTATCAA----------------------------------------------------------------------CGTACTGTGTTGCATTTTTCCATAAGAGTTCTGATTTCAGGCTTGACTTTTTCAATCAGCTCCACCAGCTTGCCATTGCTTTTCATCATTCCACCAGGCATGACAAAGACCTTGGTCCC 
s mm7.chr11     20661927 711 - 122091587 ACTTACCACATGGGGATATTTAGCTATTTTAGAAACCAATTTGGCTCTTGTAATATAATATCTGGAAGAAAAAAAAAAAAAAAGCAGCTGAAAAGACCCTGAACAAGCCTCCCATGTCACCAGCCCAAGTTCCTGGATCCGGCCCAAGC-TGCCCTACCTAGAAATCTGGTCCAGGTAAGATGCGGCTTCACTCTCCACAGTTCTTAGTTCAGCAACTGTTTCCTCCTG-GGGTGGTAA--------------ACAGG--AGAGTCAAGTTACTTCCCCATCAGCCTACAGCAGCAGCACAGACCGAGGGCAGAGACAAAGCAGGGAAGGAGCTCCCAGTTTGCAGTGTGGGCACACTACCTGAATTGATACCCCGAAGTTGTTCCCATCTTCTATTCTGGGAATCAACAGCTGAACCCACATTTTGACCTGGAGTATGAGAAGACAAAATATATGTAGAAGGACCTTGGTCTTTCCTACTTAAGCTTTGAAGTACATGATTCTTGCTGGTGGGGACTGATGCCAAGACAAAGGAATCAAGGGCCTTAGCCTGCCAACCCTCCCATCATTCCATAGTTCTAGTGCCACTCTTTGGGTAGTGAACCCCTGCCTCACCGTGTTACATTTCTCGATCAGCAGCCGAATCTCGGGTTTTACTTTCTCAATAATGTCCACAAGCTGCTGGTTGCTTTTCAACATCCCATTGGGCATCACAAACACCTTGGTTCC 

a score=3722
s danRer3.chr12 26725068 145 +  37038836 AAGAAGACACTTGACGAAAATG----ACTTTTACCCCCTCAATCCCATCGTGGATGTCTGTAAGCAGAATTGGGTCTGGCACTGTCAGATTGATCTCTGAATGAATTTCCTGCAGCTCCGTGATATTAATTGTGGGATCCTACAAGTGA 
s mm7.chr11     20664790 146 - 122091587 AAGAACACA---AACATAAATGCAAGACACTCACACCATCCAGTCCATCGTGGCTATTGGTGAGGAGAATGGGGTCAGGGACTGGGAGGTTCATGTCTGAGTGGATCTGAGTTAGGTCATGGATATTTAGAATTGGTTCCTGAAAGAGA 

a score=4830
s danRer3.chr12 26726037 106 +  37038836 CTTACCTTCAAAAACTGGTCCAGTTCTAACAATTTCTTCGGGAAAAAGTTTGCAACCAAGTCTTCAGCCTATAAGTCAACAATA------AAACAATAAGTGTCAAATAGTC 
s mm7.chr11     20665152 112 - 122091587 CTCACCTTCAAAAAACTATCAAGTTCTAGTAACTTCTTTGGGAAAAAATTTGCCACCAAGTCTTCTGCCTAGACAGAGAGAATACACCTGAATTAATAAACGTGGGACAGTC 

a score=1814
s danRer3.chr12 26726175 122 +  37038836 TAATTTATACATGTAATCTCCGTTA----ATTTACCTCTGATGTAATTCGTTCTCTAAAAGCATCAACCT------GACAAGACAAAAACATTAATATGTAATTTTAGAAACACAACTAAGGCAATTCCCAA 
s mm7.chr11     20665300 132 - 122091587 TAACCATCACCACTTTTCTCCTTTACAACACTCACCTCACTTGTGATCCGCTCTCTGAAAGAATCAACCTACAATGAACAGAGAGAGCAACTTAACACCTAGTGATACAAGGGCATGGATGGGGAACCCCAA 

a score=2023
s danRer3.chr12 26726839 45 +  37038836 TACCTTTGTTTTGATTTCATTGTCCACCTTCAGGAGCGAAGACAT 
s mm7.chr11     20666057 45 - 122091587 TACCTTGAGCTTCACTTCCTGATCCACCTTCAGCAACGAGGCCAT 

a score=2729
s danRer3.chr12  26728471 108 +  37038836 TAACTTTTAGATTAAAACTACTTTCGGCTTGAGCCATTTTCAAGTGAAATATTTTGACGAGGACAACGAAGAGGTAAATAAT---AACAGTTTAATTACGGGTTTATATCA 
s mm7.chr11     101668547 111 + 122091587 TCATTTGCAGGTAAAAGTTTCATTTGATCTGAATACTATCCAGATAAAATACCTGGATGAGGAGAACGAGGAGGTAAAGTGTCTGAACGCCATTGTTAGAGATTTACAACA 

a score=2524
s danRer3.chr12  26728639 55 +  37038836 CTATTGTTTTATTTTTCATTACAGGTGTGCATAAACAGTCAAGGTATGTATATGA 
s mm7.chr11     101669447 55 + 122091587 CTGTTGCTTTTTTTCTCTTCATAGATATCCATCAATAGTCAAGGTAAGTTCCTGA 

a score=1774
s danRer3.chr12 26729241 277 +  37038836 TTATACAGTTCTGTACAAACTTTTACTAACCCTTTG---CAGAATATCTAAATGTAATTTTAACAAAAT-AGGAAACCCTTTTTATTGGATATTTTATATTACTATATTGTTATTACTTATATGAATTAGAGATTTTATATATTAAATGTTGAAACATACTCTTTATGACTAAATAATACATTCATCTAAAAAAAAAAAATGACACTATCGAAAAGTTTACATACCCTAAAATCTTAATACTATTTGCC---------------ATTATATGTGTGATGTTATTTTTTTATTGTTC 
s mm7.chrX      47177180 257 - 164906252 ttctctaattccatatatgatttta--aattcttcataccaAAATATACACAACTAGTATTTACAGAATGAAGAAACGCTCTGTGAG---------ATAATACTAAAAAATGCCTTCTTAGCCAAATGAGAG--------TATGGAGT--------------TCTCTGACTAAATAATATTCTAAATTACAATAAGAAGAATAAAGGAAAATCAATGTTACATTCCCAAATAGCTAACTATATTATGTCAAAGAGAATACAATGATTATTTGTATCA------TTTTTTATTGTTC 

a score=2141
s danRer3.chr12  26730657 282 +  37038836 TGTTCTTT-TTGTAGTTCAAAGACCAAGTGGTAAGGGAGGTGGTGGACAGGATGTGCAGTGAGTTTTCTGGCCAGTGTTGCACACACAGAGCCTC-----AGATCCTCCTGCAGAGGAA-CCAAGCACCTCTGGCACACAGAAACCAGTCAGCTCCACCACACTGAGGGCC--TCTAGCTCAACTCCAAATTGCAGTAGTTGCAAAGGACCAGCCACTGGGGGAGGATATCAGTGCAGGTGAGAATGTCCTAAAGCTTTGAGAATATTGACTAATATTCTGTGCTGGATAG 
s mm7.chr11     101675219 283 + 122091587 TGTTCTGCATTGTAGTTCCGAGAACAAGTGGTTAAGGAAACGGTGGAGA-AACTTGAACAGAGGTTGCAGGAGAAGCTTGTCCTCCAGAAGCCACTCCTGAGTTCCTCACCCACAGAAGTCTCAATGCCTATTTCAGAGGAAACCCTGTTTTTGCCA-------GAGAACCAGTTCAGCTGGCATATTGCTTGTAGCCACTGCCAGAAGAGGATCGTTGGAGTGCGCTACCAGTGTAGGTAAGCAGTTCCTGGGCAGGGGCAGCCACCAACTAGCATTCTGGGAAGTTTAG 

a score=1902
s danRer3.chr12  26733165 189 +  37038836 ACAGGACGGTGAGAAAGGCGGAGAGGCAGCGTCTAAAAGCAGAGCGGAGG---------------------CAGCTGAAGGCTGAGGTGAAGGAGATCAAGAAGAAGCTGAGGCTGGAGAAGAGAGGTCTGCTGTGGAGTGGA-------GCCTCCAACGGGACCAGC-------------Acctcaggccttgcccccgctcccgccccgtctctaggtgcaggaccag 
s mm7.chr11     101677433 230 + 122091587 ACAGGCTCCAAAAACAGGTGGACAAGAACTTTGTGAAAGCAGAAAAGCAAAGGTTGCGGGCTGAGAAGAAACAGCGGAAGGCAGAGGTCAAAGAGCTTAAAAAGCAGCTTAAACTCCACAGGAAGATTCATTTATGGAATTCAATCCATGGACTTCAGAGTCCCAAGTCCCCTTTGGGCCGACCTGAGAGCTTGCTGCAGTCTAACACCCTGATGTAAGTGCAAGGCCAG 

a score=13379
s danRer3.chr12  26733640 459 +  37038836 CTCAAACCAGGGGTCCCAAGGTCTCCGGCTCCACCTTGGTGCCCACAATGACTGCCTTGTTTCTGGATGAGAATCTACCAGATGGCACTTGTCTGGAGCCAGGCACCAAGTTCATCAAGTACTGGAAGATGAGGAACACTGGCAACATCAGCTGGACTTCCGACACTAAGGTACTTTCTGAAACCCTCACTGTGATGTTTTGATGCATCTTTGT---------GGCCTCCGTTTGCAAGTTTGCTTGTGTCTGTCTTTTTAGTTGAAGTTCATGTGGGGCAACCTGACCCTGGGATCACGAGAGCATAAAGAGGTCGCAGTGCCCTTTCTGCAGCCGGGGCAGGTTGGCGTGGTGAGTGTGGCGTTTGTGGCACCCCTGCTGGAGGGCACCTACACGTCTCACTGGCGCCTGGCACATTGTGGTGTGCAGTTTGGGCCCAGAGTGTGGTGTAGCATTGTGGTGGTGCC 
s mm7.chr11     101678284 458 + 122091587 CTCTGTCCAGGCTTCCTTTGCAGCCCTGTGCCCCAGTTATGCCAACACTCAGTGCAGCATTTGTGGATGAGAATTTGCCTGATGGGACTCATCTTCAGCCAGGAACCAAGTTTATTAAACACTGGAGGATGAAAAACACGGGGAATGTGAAGTGGAACACAGACACAAAGGTACGTTTT------CCCTCTGAGG-GTTAAGACGCGGATGTGCAATAGCAAAGGGCGCACCTGACAAGCATCCTCCTGT---TCCTTTCAGCTCAAGTTCATGTGGGGAAACTTGACTCTGGCTTCTACAGAGAAGAAAGATGTTTTGGTTCCCTGCTTGAAGGCTGGCCACGTTGGGGTCGTGTCTGTGGAGTTCATCGCTCCAACCTTGGAGGGGACATACACTTCGCACTGGCGTCTCTCTCACAAAGGCCAGCAGTTTGGGCCTCGGGTTTGGTGCAGTATCATAGTGGATCC 

a score=5652
s danRer3.chr12  26734674 114 +  37038836 GTCTTGTTGTTGTCCAGGATCTGCTGTCCTTTGAGTTACTGGATATAAACATTGTGCAAGAATTGGAGAAAGTCCCAGCCAATGCTCCATCTGGTAAGGCT-TCATTCTGGTCAT 
s mm7.chr11     101680923 115 + 122091587 GCCATCTCTTTTTCTAGGACCTGCTGTCCTTTGAGCTGCTGGATATAAACATTGTCCAAGAATTGGAGAGAGTGCCACACAACACCCCTGTGGGTAAGATTGTCACTTCACTCAT 

a score=2156
s danRer3.chr12  26734873 126 +  37038836 TTCTCAGATATGACCTCCTGTGTATCTCCAACTCTTCACCATGGAGCTTTGTTTGGGAAGCACGGAACAGGACAAAGCAAAGTCGAAGTTGGACGTTCATGCAGGAAGAAAATTCAAGGTTGGAAT 
s mm7.chr11     101681493 103 + 122091587 TCTCCAGATATGACTCCCTGCATGTCTCCTCTGCCACATGACAGTCCTTTAATAGAGAAGCCAGGCTTGGGGCAG-----------------------ATACAGGAAGAGAGTGAAGGGGCGGGAT 

a score=3908
s danRer3.chr12  26735366 280 +  37038836 TATGTACTGACACGACTTAT-----TCTCTGTTAGTCCTGCAGCCTCAGAGACAAAA--CGAGCTTCTGGATGTTCCAGGCAATGAGGAAGGAGACGAAGACATCAGTGGCACTCAGTTTGTGTGTGAGACTGTGATTCGCTCTCTGACTCTTGAGGAGGAACCAGAACGCAAACCTC----AACGCAGAGCACGGCCCAGC----------------------CTGAGGAGGCATGA----------TGGTGAGCTTC------TGCTGGAATTCTGCTCACAAAAAAACAGATATTTGACTGG---CCTTATTTTGTTTTTGTTCATTTT 
s mm7.chr11     101681815 323 + 122091587 TAAGTACAGGCAGGCTTTGTATGTCTTTCAGATTCCACTGTATCAGCAAAGAGGAAAGCTGAGACCCC---TGCTTCGGTC---GAAGAAACAGAAGAAGACCTGAGTGGGACCCAATTTGTATGTGAGACTGTAATTCGATCCCTTACCTTGGATGCTGCTCCAGACCACAACCCTCCTTGCAGGCAGAGGTCCCCACAGAGTGAGTGTCCCTAGATTCCTTGCTGAGGAGGGAGGAAGGTTAATCTTGGTGGGCTTTTGACGATGCTGGCA---CGCTTACTAGAGCACCGAGAACAAAGAAGCCACCCTAACTCGTTTCTGTCCTCTCT 

a score=5593
s danRer3.chr12  26737884 207 +  37038836 CTGCACaggaggagaatgaagaggaagcggaacaaaagggacgtgaaaatgagcaagaaaaag---aggaagaagcaggagaGTGGGATGAGGTGAGCAGCCAGGTGTCCTCTGCCTCATCTGAGGACTACATTGTCATCCTGCCTGACTGCTTCGATACTTCCAGGCCCCTGGGAGAATCGATGTATAGCTCTGCAATGTCCCAGGCTG 
s mm7.chr11     101684052 210 + 122091587 CTGAAGAAGGACCGCGTGGAGATGAGAGGGAGGAGATTGTCCACATTGTTGAGGAAGAAGTCGTTGAGGAAGAGGAGGAAGTCCAAGATGAAGAAGTCCAAAGTCAGTCTTCTGCTTCCTCTGAAGATTATATCATCATCCTTCCTGAGTGCTTTGATACCAGCCGCCCCCTGGGGGACTCCATGTACAGCTCTGCGCTCTCCCAGCCAG 

a score=645
s danRer3.chr12  26738107 432 +  37038836 TGGGCCAGAGGCACCGCAAAACCCAAGCACGGCTGAAGGAGAGAAT---GAAGAGCCAAGCCCTGTCGCAGTTCTTCAGAACAGCCTGAACCGGATGCTGTCCACCTCTCAGATACTGGACACTCCTCCTCTGATTCCAGAGATGGTTCCTGTGCCTGTCGCTCTG------------TCACCACCCCCGTCTCTCCGAACACACAGGTTAAAAACATTCAAAGAATCTTCAGGGT--AAAGGGTTAG-TTCACTTCCACAATTCACATTTCCTGATAATTCAGATATGAGTTAAT----GTCATTGTCAACCCTTGttttttttccctgttttttttttttttttttttGAGAAAA---CCATTCCAGAATGTTTATCTCTATGTAGCTGCAACTTCAAAGACCCCCTGCTG-------TGGAAAATGTCCTTGCCTAGCAAAATGTTTGGTCGTTTTCTTCA 
s mm7.chr11     101684290 411 + 122091587 TGGGATCGAGTCTGGGCTGGAACCAACTGAGGCT-AGAGAGAGACTCCCAGAGAGGGAGAGCCAGCCACAGG-----AGCAGAGCATCAGCGACATCCTCACAACCTCACAGCCTCTGGACACGGTGCCTCTAGTCCCCGAGGTGGCAGGACTTCCAGCAGCATTGTCCAGGTACTGCTCAGCACCTCAGCCCCCCTG---------------------------TTCTCCAGAGCTGGAATGACCAGCTTCATCTCCAAACCTTTCTTTTTCT-ATAATCTAAACTTAGGTGAATAAAAATTATACTCAGA----------TTTCTCAGCACTTGTAAATTTGAGATTTAAACAAATGTTTGTTTTAG-----TTACCCTTACTTCCCTGAA----CATAGACTGTCTACTGACTTTTTTATAAAAAATCTTTAAATACAAACATCTCTGGATGATCCCTTTA 

a score=5539
s danRer3.chr12 26738893 379 +  37038836 CTTCATGCTTGTTTTGCAGATTAGTGAGATCTCATGATGTTGAGTCAGAACCAGGGGATGAGAACACCTCATGCCAACCCG-----AGGATGACTCAAGCGGTGAGATTTCTTGTCTTCTAGACTCAGTCCTGGAAAAATAACATCATCTTTTTGCAATATAATGTATTATAGTTGTTTTAGTGCTATCATGAAATTTAAATAATTCA-AGTtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaaacttgtgtgtgtgtatatacatatatatatatatatatatatatatatatata---------tatatatatatagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga 
s mm7.chrX      47182925 369 - 164906252 CTTTATGGTTGTTTTGCAGTCTGGCAAATCCTCTTGTTGTATATTTTAAAATAGGGTATTAAAAAACCTGAAAGCAGTAAGTAAAAATAATAAATACCATGGTGA--------------TATACTTATTCCT-----AATGACTTC-TTTCATTGTTATCAGCCATTGAATCTTTCTCTTGGGGTCATTATATCCATGAAACATCTAatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagatatagatataga-----tagatagatagatagatagatagatagatagatagataTAAACAGATAAGGTTCAATTTTAATTATTTAGAATAAACTAGAACTGGGAAGAAATAGATAAAGAGTAATGGAGACAAA 

a score=3954
s danRer3.chr12  26741214 281 +  37038836 CTTTAAAGTAGCACACGAACTGC--CTATTGAATCATG-CATGTTCACTT---GCAGCTG-----TTCTTCCTCTTAGCTTTGCTTCATGACTGATTC----TTAACAGTAATTTTCTCTTGTCC--TCTTGTTTTGTTGGCACGAGACTGTTGGGGCATGACCTTGTGTTCCTGTTTTTGATGTTCTGCAGGGCACGTAATGG---TGGTCTGACGGAGGGGCTGGTGAAGGGAGCTCTGTCTGTAGCTGCTTCTGCTTATAAAGCACTGTTCACAGGCCAGAGCACACCTGCACAGGTC 
s mm7.chr11     101686802 277 + 122091587 CCCTGCAGCAAACCAAGATCTGTAGCTATGAAAACATTTCATTCTCTCTTTTTACATCTGATTTTTTTTTTCTTTTAAGGATACCTTATTTTTCTTTCGAGATTATCACCCACATTATCTTGTAAGGTCATGTTTTATTAG------------GGGAGATAATTTGGTTTTCCT------------CTGTAGGCACCACAATGGGAGCAGCATTGCTGGAGGACTGGTGAAGGGGGCTTTGTCTGTTGCTGCCTCTGCGTACAAGGCCCTGTTTTCTGGGCCACCAGTCACTGCACAGGTC 

a score=3892
s danRer3.chr12  26742813 200 +  37038836 GCCTGGTTGTCTTTCAGCGGCCTGAAGTGGACCCAGCCTGTGAAGA------CGCCTCATTAATGGCTGTATTACAGGAGATGGGCTTCAGCAACCAGCCGCTCAACCAGAGGCTGCTGAGAAAGCATCACTACAACTTACTTGATGTGGTCAACGAGCTGGTGCAGTTGACCGACAGCGAATGGCACATCTCAAGACATTAGGAA 
s mm7.chr11     101689603 197 + 122091587 GTCTCCTTGTCTCTGCACAGCC---------CATCGTTTCTGAAGATCAGACCACAGCCCTGATGGCCCATCTCTTTGAAATGGGATTCTGCGACAGGCAGCTGAACCTAAGGCTGCTGAGAAAACACAATTACAATATCCTGCAGGTTGTGACAGAGCTCCTTCAAGTGAATAACAACGACTGGTACAGCCACCGCTATTGAGGA 

a score=2188
s danRer3.chr12  26746478 45 +  37038836 CGTGTCCTACCTGCCAGGGCACAGGACGCATCCCGAGAGGTAAGT 
s mm7.chr11     101692784 45 + 122091587 CTTGTCCTACCTGCCAAGGCAATGGGGAGATCCCCCAAGGTGAGT 

a score=3918
s danRer3.chr12  26746596 110 +  37038836 CTTTTATTCTGTCTGTCT-TATCTTGACATCCTCAGGTCAGGAGAACCAACTTGTGGCCGTCATTCCTTGCAGTGATCAAAGGCTGAAACCTCATCACACGTCAGTATCAT 
s mm7.chr11     101693448 111 + 122091587 ctctctttctctctctctctctctctccctctGCAGAGCAAGAGAAGCAGCTGGTTGCTCTCATCCCTTATGGAGACCAAAGGCTGAAGCCCAGACGCACGTGAGCTTCAT 

a score=25647
s danRer3.chr12  26758547 829 +  37038836 AAAGTTGTAAATAACTTCCATATCTTTGATGATAATCTGCCTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCTTCTTTAATTAGGTTCCACACGGTGCCTCCGGTC-TTACAGCGCCTCCGTCTGTCTGCAGTACCTTTGAAGTAGGTGCAAATGCCCAACACTTCAAATCTGC--TTCTCCTTACAAGAGGGTGAGAAAAGCAAGTTGCCATGGGAAACCAGTTAACAGAGATTGCCCCCAACACACCGTTC---CTGCCCAACTTCCAGTCTCTTCACGTTGTGGTGATTGGTTTGGATTCATCAGGCAAAACCTCGCTTCTCTACAGGCTGAAGCTGAAGGAATTTGTTGAAACCATCCCGACTAAGGGATTTAACACTGAGAAGATTAAAGTTCCGGTTGGAAATGGCCGGGCTATTACCTTCCAGGCGTGGGATGTAGGTGGTCAGGAGAAGCTCCGGCCATTGTGGAAGTCCTACACGAGGCGCACGGATGGCATGGTGTTTGTGGTGGACTCTACAGAGGTGGAGCGCATGGAGGAGGCTAAGGTGGAGTTGCACAAGATCACGCGTACGTCAGAGAACCAAGGAGTGCCGGTGCTTGTGTTGGCGAACAAACAGGACCTTCCAGTTGCACTGCCGGTTTCTGACGTAGAAAAGGTTTTGGCTGTACACGAACTGAGCGCCTCCACCCTACACCATGTGCAAGGGTGCAGTGCGGTCGATGGGCAGGGGTTGCAGCTGGGCTTGGAAAAACTCTATGATATGATCCTCAAACGAAAGAAAATGGTGCGGCTCAGCAAGAAAAAAAGATGAGCTGGA--TGGGTTTATTCCACTTGTGAAG 
s mm7.chr11     101775529 795 + 122091587 AAAGTTGCAAAT----------TCGTTTATTCTAA---ACCTTTCTCGTTTCTTTTTTGGCCTTGTTTAGACA--CCCCAGCTTGTGCTACCTGCCGTTTTAAGGTCTCC-----TCTTCTTGGCCTCTGCTGGAGTCCCAGA---CCTACTCCTGAGGTCCACCCTGCACCCTA-------------------GCTCACCATGGGGAACCACTTGACTGAAATGGCCCCTACAGCCTCGTCCTTTCTGCCGCACTTCCAGGCCCTGCATGTCGTCGTCATTGGGTTGGATTCCGCGGGGAAGACTTCCCTTCTTTACCGTCTCAAGTTCAAGGAGTTTGTCCAGAGCGTCCCCACCAAGGGCTTTAATACTGAGAAGATCCGCGTGCCCCTGGGGGGTTCCCGTGGGATCACTTTCCAAGTGTGGGATGTTGGGGGTCAGGAGAAGCTTCGGCCACTGTGGCGCTCCTACACCCGCCGGACAGATGGACTGGTGTTTGTGGTGGACTCTGCAGAGACTGAGAGGTTAGAGGAAGCCAGAATGGAGTTACACCGGATCAGCAAGGCTTCCGACAACCAGGGGGTGCCAGTGCTGGTGCTGGCCAACAAGCAGGACCAACCGGGGGCACTGAGTGCAGCCGAGGTGGAGAAGAGGCTGGCGGTCCGAGAGCTGGCAGCTGCCACGCTCACCCATGTGCAGGGCTGCAGTGCTGTGGACGGGCTGGGCCTGCAGCCAGGCCTGGAACATTTGTATGAAATGATCCTGAAGAGGAAGAAGGCACCTCGGTCGAGCAAGAAGAGACGGTGACCCGAAGCTGCCCCTACCCTACCTGCTAGG 

a score=5586
s danRer3.chr12 26800330 109 +  37038836 CTGTACAACAACTCAACAAGCTGCTGTCGGACGGCAGCGGTTTCTACAGCCTCCCTGCACAACATTTCAACGAGGTCTTTCCCAGGATTTACATCGGCAATGCGTAAGT 
s mm7.chr11     19997834 109 - 122091587 CGGTGCAAGATCTCAACGACCTGCTCTCGGATGGCAGCGGCTGCTACAGCCTGCCGAGCCAGCCCTGCAACGAGGTCGTCCCGAGGGTCTACGTGGGCAACGCGTGAGT 

a score=-1136
s danRer3.chr12 26810931 256 +  37038836 tctaaaaaccacagcgctttcattgaatttcatctttgtcttctgagatgcaagtaattc---attatagaagagaatactggcttctcctactgcagcaa--ataccatttttCATATCTTTGGATGGAACC-ATAGCTACTGA-------CTCACTCAAGAGTCTTCTGGGCTCCCGCTTGACTCTAATGAGCTGGTCTTGAC---AGCAACATTGCCTTAAGCTATTACAAAATTACTTAGCTTGGTCCAGGTGAGTCTAACAAGTGCT 
s mm7.chr14     99820254 258 - 119226840 TCTCAGGACTGAAGCAATCTC------TTCCTTCTTTCCTTTGCTGGGGGCAGGCTGCCTGAGACAACAAAAGAGGTCAAAAATGTCCCTTGCAGCACCAACTATACCAACAGAACTCCCTGAGGCTGGGACGGAGAGCTTTGCAGACTCCGCTCAGTAATGATGGTTTCTAGCTCCGCCTTTACCCTTATGGTTTCACCCTTCCCAAAGCAGAGTCAAACAAGCCTCCTTCAGGACCCAGAGACTCAGCCCAAAT--------CCAGCCCC 

a score=10998
s danRer3.chr12 26811187 246 +  37038836 CTGCTTCTGCTCCCCAGGTTTGTGGCCCAGAATGTGATGCGTCTGCAGCGACTGGGTGTGACACACATACTGAATGTCGCAGAGGGAAACTCTTTCATGCACGTGAATACCAACGCAGAGTTCTACGCAGGAACTGGGATCACGTACCATGGCATACAGGCCAATGACACTGAGCAGTTCAACATCAGTGCCTTCTTTGAGGAAGCAGCAGACTTCATAGACAAGGCACTGGCACATGGGAAAGGT 
s mm7.chr11     20000690 244 - 122091587 CTGCCTC--CCATCCAGGTCTGTGGCTCAGGACATCACCCAGCTGCAGAAACTGGGCATCACCCACGTCCTGAATGCTGCCGAGGGCAGGTCCTTCATGCACGTCAACACCAGTGCTAGCTTCTACGAGGATTCTGGCATCACCTACTTGGGCATCAAGGCCAATGATACGCAGGAGTTCAACCTCAGTGCTTACTTTGAAAGGGCCACAGATTTCATTGACCAGGCGCTGGCCCATAAAAATGGT 

a score=10408
s danRer3.chr12 26817464 220 +  37038836 TCTTCCCTATTTCTCTTCTAGGAAAGGTGTACGTTCACTGCCGTGAGGGCTACAGCCGCTCGCCCACTATTGTCATCGCTTACCTCATGCTCCGTCACAAGATGGATGTACGAGTTGCCACTGCTACAGTAAGACACAAGCGAGAGATCGGCCCAAATGGTGGATTCCTGTGCCAGCTATGCCAACTCAATGAAAAGCTGGCAAAGGAGGGCAAGTTGAA 
s mm7.chr11     20007590 218 - 122091587 TCTCCCCTGTTTCT--TGCAGGCCGGGTGCTTGTCCATTGCCGCGAGGGCTACAGCCGCTCCCCAACGCTAGTTATCGCCTACCTCATGATGCGGCAGAAGATGGACGTCAAGTCTGCTCTGAGTACTGTGAGGCAGAATCGTGAGATCGGCCCCAACGATGGCTTCCTGGCCCAACTCTGCCAGCTCAATGACAGACTAGCCAAGGAGGGCAAGGTGAA 

a score=-1573
s danRer3.chr12 26844526 727 +  37038836 TGTAATCTGCACATCTGAAAGTAGAAATCACTGATGCT---TTGGAGCAAAACTACAGTATCTCATTTTACATCCAGAGACACTTATAATATATCCA----------TTAGCAGGCTTTGTGAAATGTTATTATGACATTCCTAATAGATTATC-GCCTGAGCTGTTTGATGACTTAAATTCGGTGTAAAAAAGTTTTGGATTATCACAGGCTCAAATTTCACAGTTTGTGACATATGTAAGAAATTGTAAATAAATGTAAATTGCGCTGTAAATAAAAGCCAAACATATGTCATTTAGATACTGGAGACACAAGTTACAATCTTTACAAGAGCTACAGTATACTGTAT--GTACATAGATTTTAGCAAACTTTAGTGGCGCT-GTTAAGTAAACTGCAGCCAGCAACTTATACTCAGGCTTGCACTAGTGCTCATG--TACTGCACAACATTTTTAATTATTATTCTTTGATTAGAAGTAAAGCAGTTGTAAATACCTTTACAGGGATATTCTGGACAT-CCAGATGCAGTCCACTTTTTTCAACAAGGTTTTCTATTAAAAACAAAATAAACACACACAAAAATGACAAAATTAATGAGAAAACAGCA------------------------GTTAAGTAAACATCTCATAACAGGGGTGTTTCACTTTTCTGAAAT-TTCATAATTATATGTTAATATAATGTTTGTTTTCTGGCATTATGTTGACAGATACGGTAACAAAAATTGCCATTT--AATTAcatggtttctac 
s mm7.chr12     34155413 660 + 117814103 TTTAGTCTATGAGCCTTAAAGTAGATGTTCAGGGTACAGAATTGGAGCAAAACTTC--TGACCCACTGTCCACTTTGAGATAATTCTCAGGCATCAGAAGAACAATTTCAACAGGTTTTATTAGTTTTGGCTTGGACACACC---------ATCTGCCTATGTTGTT------------------------AAGCCTTGCCCTCTC-----------TTTCTTGGTT-----------------------AATAAGCCTTGATTTCTTTTCAAGTGTGTCAAAAACAGTTCTCATTTAGATAACAAAGGATTTAGTTATCAAAGTAACAAGAAAGAAAGTTTGAAGTATTGTGAGATGAATTTT-----ATTTTAATTACACTAGGCACGTGACCAGAAACAGCCAATTAGAGAACATGCTTAT-CAAATCCAAATAACTAAAACACAAAGTTTTCCATGCCTGATATTCA---GGAAATGAA--CACCGTGGTTCCTTGTACAGTTGTAAATCAGACATGTTAGGTAT---------------------TTTTCTGCTGTA--------AAATTCATGGAAATGTAGCCAAGTTGTTATGGCAACCATACGTTCCTAATTTAGGGGCTTTTGTATTCTTTAAATATTGAATTGTGGTGGCATTTTGCATTTCAAACATGTTGCTGCTTATATTTT----TAAAGCACAGCTTGTGAATTTATGTTTAGA-ATATAGTTATTAAGTTTGATATGCAAAATGTCATTGGCTCTAC 

a score=9087
s danRer3.chr12 26852222 493 +  37038836 AGTAGCTGTGTTTTATTAAAGATGTACCGCTTAAAACATTTCTGCTTTCTTTCC-CAGGAGCCTCAGAACTCAGCTGTCGGGAGTTGCGTTCGACCCGATATGTGACCGATGGATCTTGCCGCAGTGTCAAACCCGTGAAGGAACTTGTGTGTTCTGGTCAGTGCCTTCCAGCTCACCTGATGCCAAACTCAATTCTACGGGGGAAATGGTGGAGAAGCAGCTCCTCCGATTACCGTTGCATCCCTGCTCACTCCCGCACCCAGCGGATACAGCTCCAGTGTCC---AAACGGACCAAACCGGACATACAAAATACGAGTTGTCACATCTTGCAAGTGCAAACACTACACTCGACAACACAACCAATCGGATGTCAAAGA-GTCGTCCAAGAAACCACGGCGCAATAAGAAGCACCGCAGCAAAGTGCCGTCCATCAACAG------CAATTCATACTGAGGGGAAAAGATGCAGAACTGATACAGAAAACACTCTCTTGCACA 
s mm7.chr11     20018228 495 - 122091587 AGCAGACCAGTCTGGCCTAGGCTGCAGCCCCTCACGCATCCCT-----CTCTCCGCAGATGTGTCCGAGTACAGCTGCCGCGAGCTGCACTACACCCGCTTCCTGACAGACGGCCCATGCCGCAGCGCCAAGCCGGTCACCGAGTTGGTGTGCTCCGGCCAGTGCGGCCCCGCGCGGCTGCTGCCCAACGCCATCGGGCGCGTGAAGTGGTGGCGCCCGAACGGACCGGATTTCCGCTGCATCCCGGATCGCTACCGCGCGCAGCGGGTGCAGCTGCTGTgccccgggggcgcggcgccgcgcTCGCGCAAGGTGCGTCTGGTGGCCTCGTGCAAGTGCAAGCGCCTCACCGGCTTCCACAACCAGTCGGAGCTCAAGGACTTCGGGCCGGAGACCGCGCGGCCGCAGAAGG----GTCGCAAgccgcggcccggcgcccggggAGCCAAAGCCAACCAGGCGGAGCTGGAGAACGCCTACTAGAGCGAGCCCGCGCCTATGCA 

a score=1875
s danRer3.chr12 26853858 62 +  37038836 CTGGAAGGGATTTCTTATAATGT-AAGCAGACTTGTCGTGAATAGTAACTTGTACATAGTATA 
s mm7.chr11     20025737 63 - 122091587 CTGGGTTGTATCACTGTCAATGGGAAACAGACTTGCCTGGATGGATAACTTGTACATTGCATA 

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s mm7.chr1       6584136 348 - 194923535 ACATGGACATTACTTCTCTCACACACGGACATCGCTTCTCTCACACACGGACATCATTTCTCTCACACATGGACATCACTTCTCTCACACACAGACATTACTTCTCTCACACATGGACATCACTTCTCTCACACATGGACATCATTTCTCTCACACACGGACATCACTTCTCTCACACACGGACATCGCTTCTCTCACACACGGACATTACTTCTCTCATACATGGACATCACTTCTCTCACACACACGGACATCGCTTCTCTCACACACAGAATCACTTCTCTGACACCTTTGGATCAGACAT---TTAAACACAACCTTGGATCTTTGACTGTCACTTTTTTTTTCCTC 

a score=5514
s danRer3.chr12 26986112 195 +  37038836 ACAGACAATGTTCCTTTAAAAAGCCAGCACCTGGAAATCCCATTAGATGTGCATATAAAATCCCCCATGATTAATAGTATATGAGGCAGGGCTGGGTTTTG---GGGGGCACCAACATGTGGAACCCAGGACTCCT-CCTCTGCAAGCTCACGTTACACTCCATAAACTTGCTACTCT-TTCCCACCTAAGCGTTTAAAA 
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a score=4732
s danRer3.chr12 26986547 472 +  37038836 ATGGAACAGTCAGCCAGCAGTTGCATGCGGAGCCCTCATACGGGTGGCGCTTTATGGGGATGCGTCAGGAGTCCTCATTCGGGTGGCTCCGGAGCC---GGGATTCAGCCTTACCAGCAGGCCCCGTTTGCTCTGCACCAGAAGCATGACTTCC---------TGGCCTACACAGACTTCTCCAGCTCCTGCCTGGTGCCAGCGCCACATGCGTACCCTCGGGAGGACAGACTCTATCCGGAGACGCACAGCGGGTAC---CAGAGGACAGAGTGGCAGTTCTCTCCATGCGAGCCCAGAGGCAGAGGGCAAGAGCCCTGCCAGGGGGCGGCTGAGGCAGT--GGGAGCTGAAATGGACAGTGCAGGGGGAGACAGGCTGGCTGGAGCAGTCACTGGGTGTCTCGAGGGAGACTATTCACCTCAAAGTGTGCCTGCAGTCGACACTGAAAAAAAAAGCTCCAAGCGGAAAAGAGAAGTCACAGGTGAGT 
s mm7.chr11     20088543 469 - 122091587 ATGGATCCAGTGGCCAACAGCTGTGTGAGGAACCCCCAGCCCCCAGCCCCTGTCTGGGGCTGCCTTCGAAACCCCCACTCAGAAGATAGCAGCGCCTCAGGGCTGTCCCATTATCCCCCAACCCCGTTTTCCTTCCACCAAAAATCAGACTTCCCAGCGACAGCAGCATACCCCGACTTCTCTGCTTCCTGCCTGGCAGCCACCCCACACAGCCTGCCCCGGACTGAGCGAATCTTCAACGAGCAGCATCCTGCCTTCCCACAGACCCCTGACTGGCACTTCCCT-------ATCTCAGAAGC--CGGGCAGAGGCTCAACCTAGGCCCAGCTGGGAGCGCCAGGGAGATGGGA--------GCCGGCAGCCCCGGCCTGG-TGGAT--GGCACAGCAGGATTGGGGGAGGATTGCATGGTACTTGGGACGATCGCCAATGAGACGGAGAAGAAATCATCCAGAAGGAAAAAAGAGAGGTCAGGTAGGT 

a score=-1069
s danRer3.chr12 26990430 191 +  37038836 GTCATGTCATTCCAAATCTGCATGTCTTCATATTTATTTGATTTTTTTTTTTTGAGTGGAGAAGAAAATATATTTTGAATAAACTGTTTTTGTCAGTTCAGGTACAGTAAGTAT--ATGGTTTTAAGCAACACTGATTCCCATTGGCTGTACACTTTTAAATAATATTATT--GTCGTTGTTTTCCACAAAATTT 
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a score=8001
s danRer3.chr12 26990621 250 +  37038836 GATTTAGCCATATCATAAAACTAATGTTAATATGACTCTTTCCTTTGCA--TCCTCT------AGATATTCAGGA---CTCGAGCTTCAAGGCAGACTCGAACTGCAAGGCTAGAAAGGAACGAACGGCTTTTACCAAAGAGCAACTCCGAGAGCTGGAAGCCGAGTTCACCCACCACAACTACTTGACTCGTCTTCGCCGCTACGAGATCGCAGTCAACCTTGACCTCACTGAGAGACAGGTACAA--TAGATGCTTCCACT 
s mm7.chr11     20103048 262 - 122091587 GAATGAGCCCTCTCATGTCA-TGAGCTCACTATGTCTCCCCCATGTGGGGGTCTTCTTTTCACAGACAACCAGGAGAACGGAGGAGGGAAGCCAGAAGGCAGCAGCAAAGCCCGGAAGGAGAGGACAGCCTTCACCAAGGAGCAGCTACGGGAGCTGGAGGCAGAGTTTGCCCACCACAACTACCTGACCCGGCTCCGGAGATATGAGATTGCAGTCAACCTGGACCTTTCTGAGCGGCAGGTGGGGCCTGGGTGCTTGCGCT 

a score=-777
s danRer3.chr12 26990871 136 +  37038836 CATTCAAGTGGTATTTTAGTCTGAAAACTGCCAAGAAAACAATCATCCGTCAAGTCTAAATGAGTCTGTGTGAAATATGATTGACAATACCAATGCAGAGCCATCATCCCATCAATCCTTGA--CTTCGCCCTTCAGA 
s mm7.chr12     35002791 127 + 117814103 GCCCGGACTTTTATTTTGTTATATAGCTC--------AGCAATCTTCATTTAA---CATTTGAATTGTCCAGACCTATGGTTTGCAATTACCAATTAGAAATCTCCACTATTCAATGATTAAACCTTTGTTTATCAAA 

a score=5516
s danRer3.chr12 26991440 162 +  37038836 CCAGACAGTTTTAATGCACCATCTTTTTCATTCACAGGTGAAAGTGTGGTTTCAAAACAGACGGATGAAGTGGAAGAGAGTGAAAGGAGGACAGCCCGCATCTCCTCACGACCTTGAAGCAGATGAGCTGGACTCGGCCGCTTCGCCTAGCTCTGAGTGAAA 
s mm7.chr11     20103784 160 - 122091587 CTGGAGAGACCTGATCCTTTTGCTTCCTCTTTCA--GGTCAAAGTCTGGTTCCAGAACCGGAGGATGAAGTGGAAACGTGTGAAGGGGGGTCAGCCTGTGTCCCCACAGGAGCAGGACCGAGAGGATGGGGACTCTGCAGCTTCTCCAAGTTCAGAGTGAGA 

a score=5728
s danRer3.chr12 27017752 211 +  37038836 GCCAGGAAAAGTTTAATGGCTGTGGAATTTGGACAGGAAAAAAGCAGGCTGGAAGTTTCAGAGGAAGCAGGGATTTGTGGCTCACGCAGCACCTCTGTTTGTGTTCTTCTGGGTTGGCTCCACTTCGGCCACTGCGCTCTGAGCGAGGAAGAGCGTCAAGC---ACTTTTCCACATATGAGAGCAGAGCCTCAGGAGAATGACCAACCGGCGAC 
s mm7.chr11     20152154 203 - 122091587 GCCAGGAAA-GTTTCATCTGTCTGGAATCCG-ACAGGAAAAAGG-AGGCTGGAAATTTCAGAGGAAGCTGGGATCTGGGCCGGTCACAGCGCCTCTGTTTGTGTTC-GCTCAGCTGGCTCCTGTT-AGCAGCTGAGGGGCCGCGGAGGAAAAGCGGCAGGCCAGGTTTTTCCATCTCT----CCAGAACCTT--GAGCTTGATCCCCAGGCAGC 

a score=4172
s danRer3.chr12 27071442 693 +  37038836 ACTCCACCCTCATGGTTCCTTTTTCTGAATGGAGGTTTTAACCCCACCCCCATCCTGTTTCCCCTGCAACTGTACTGAAATGTGATAATTTAGGCAGCTTTTTCTCTCCCGTTCTCTCTGTCTCAACAC-TGAGTGTTCCAAGATGTGAGTTAATCCTGCAAATGCGGTGTTGCGAGAGCCATTGTTTTTGTGCCTTGTAGTAATTATATAGGAAGTTGTGGCTATAAATCCAATTCCAGAAAACAGAAGTTTACAGGAGGGAAAACAGAAAAAGTCAAGAGATGTGCAATGGGATTTACAATCTCAAGAT---TGTTTGTATTTTGTTGCC--CTTCAGAAAGCTCTCTCAACGTGTCTGA--------TATATATCACTGGACCGTACTGTCCTGTCGACCCCACATTTTAAGCCCCACATTTTTTATGAATGGGCTGGTTGTGAGGGACTGGCTGAGGCAGCACATTAACAGAAAACGGAATCTCCATTCATGATTTGGACTGACTGAGAGCTGTGCTTAATGCAGCCTTTACAGAGATGTTGTTTTCTACCTCATTTAtctttctttccttcttt-tttctttctttcttttttatatctctttct--ttatttctttctttctatctttctttcACAAATAGTACTTTTTCTTTAACTTTTTTCTCTTTCTCTGTTTTCTTTTGGCTATTCATTCTCCTTTGCTT 
s mm7.chr7      92101506 550 - 141766352 ACTTTGTCTTCATTGCCCCTGTTTTTCC-------TTTTCCCCCCACAATAATCCTCTTTCCCATGGAACTGTACTTATCTGGCATAATCTGTCCAGA---TGAGCTGCCATT---------TGTACACATCAGTATTC----ATGTAAA----------------GGTGTAGAAA---------TTATTATAC--TGTA--AATTATATAGTAATTT-----TGTAATTTC------------------TTTA---GAAATATTACAGGAATGTTTACTCAGTATTCATCTCTTTTTTTAATTTCTGGTTTCATGATTGTAATTTGTTGGTGGTTTCTGAAACTTCTCACTCTATAGCTCATTATAGTCTATAACTCATTAAACAGCACAGTGTGGT----CTTAAATTCACATCGTCACA------------------GTTGTGAGATTACAGGTG----------------------TGAATTACCTCACAAGACTTTGtctttctta---------------------------------tcttttctttctt-tctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcttcttcttcttcttttttctttctttctttctttctttctcttct----ttctttctttctcttctttctctttctttctttctttccttctttccttccttccttcctt 

a score=6832
s danRer3.chr12 27081493 155 +  37038836 TTTCTCTGTGTATCGCAGCAGTGGCATTCCACAGCCCGCCTGTGAAGATTAAGAAAGAGCCGCAGAGTCCCGGATCAGATCCCAGCCAGTCCTGCAGCCACAAGCAAAGCTTCAGCTACCCCAATGGAGAGCAGTGCCTTTACGCCAGGTCAGTC 
s mm7.chr11     20207083 155 - 122091587 TTGCTCTGTCCTACCCCACAGTAGCTTTCCATAGCCCCACCACCAGGATCAAGAAGGAACCCCAGAGTCCCCGCACAGACCCCGCCCTGTCCTGCAGCAGGAAGCCACCACTCCCCTACCACCATGGAGAGCAGTGCCTTTACTCCAGGTGAGCC 

a score=1442
s danRer3.chr12 27082383 160 +  37038836 TCATGTCCAGCGACGCCCATGTCCC-----------CTATGCAGCATTATTCCCC--CAAACCAACAGTGGGAACTCGGCAGGAATCAGGGTATATGAATCCACCCTCATCCAGCCAATCCCACGCCTGCCACAGCCACAGTTACCCCATGAACCCCAGGTAACAATAAAAAT 
s mm7.chr11     20208332 150 - 122091587 TCAAGTCCCCCGCCCCCGGTGCCCCTGGACAGTCGCCCCTGCAGCCCTTTTCCAGGGCAGAACAGCAGCAGAGCCTCCTGAGAG-----------------------CCTCCAGCTCTTCCCAGTCCCACCCTGGCCACGGGTACCTTGGTGAGCACAGGTAAGGAGACAGAT 

a score=4941
s danRer3.chr12 27083304 366 +  37038836 CTTATTTTCCCTCCCAGT--------TCCAGGTTC-CCTTCCGGC--TCGGCAGAGATGTGCCCACCATTCGC---TTCCCAAGGCCAGGCCCTGCAGCGCATGCATCCTGCCCATGCCAGCGGAGGCGGAGGAGGCGGCTACCATCGGCAACACTCTGACCCCTGCTTGCCTTATCCTCCTCAGCAGACCTTTAAGCAGGAGTACATGGACCCTCTGTATGACCGAG-----CGGCCCACATTAACGGACCACAGCCTCAG-------AGGTTTCCTCCTGCCCATATGATGGTCAAACAGGAGCCCACCGACTACACTTACGAACCTGGTATGTGAGTCATCCGATGAGGCACAGTGAATGACTTTGCTTTGAAGTGGTGTCTTGATATT 
s mm7.chr11     20208640 358 - 122091587 CTTTTCTTCCTTCCTCATCCATGACCTCCAGCTCCGTCTTCCAGCAGCCCGTGGACATGTGCCACTCCTTCACATCTCCTCAGGGAGGGGGCCGGGAAC-------------CTCTCCCAGC--------------CCCCTATCAACACCAACTGTCGGAGCCCTGCCCACCCTACCCCC---AGCAGAACTTCAAGCAGGAGTACCATGACCCCCTGTACGAACAGGCTGGCCAGCCCGCTTCAAGCCAGGGTGGGGTCAGTGGGCACAGGTACCCAGGGGCGGGGGTGGTGATCAAACAGGAGCGCACAGACTTCGCCTACGACTCAGGTAAGAGACTCTTGGGCTGGG---CTGGGGGTG-TTGGGCTCGGAAGGGTTTTTCTGGGATT 

a score=4129
s danRer3.chr12 27088395 329 +  37038836 ACGAACCTGTTT-CTCTGTGTATCGCAGCAGTGGCATTCCACAGCCCGCCTGTGAAGATTAAGAAAGAGCCGCAGAGTCCCGGATCAGACCCCAGCCAGTCCTGCAGCCACAAGCAAAGCTTCAGCTACCCCAATGGAGAGCAGTGCCTTTACGCCAGGTCAGTCAATAA--CTGGACCCTGTAGATAGATGCATCTC--------ACATCATTTCTTTAATGGAAGTGCATCTTCAGCTACACACTTTTGGTTCTATGAATAATAAAAAAAAAAAATCACAGATAATTGATTC-------TCATGAAAGTGCATT--CCATACAAAAGTGAACACCCAAATCCCTTCA 
s mm7.chr12     36662652 341 + 117814103 ACGGATATGTTTGTTCTGTTTTT------AGTGGCTTTTCATGGCCTCCCACTGAAAATCAAGAAAGAACCCCACAGCCCATGTTCAGAACTCGGGTCTGCTTGCAGTCAAGAGCAGCCCTTTAAATTCAGCTATGGAGAAAAGTGCCTGTACA--ATGTCAGGTAAGAAGCCTTGTGCTCGTAGAGAGCAGCATCCCTTTTGGAAACAGAAAGTGTAGAATGATAATAAAATCTCAAGTCAATGTTATGGGTTACATCTTCATTACATAATAAGCTAATTAGGTAATGTATTCAGCAGAACTCTAAAGACCCATTTGCCATACAATCACACACTTTAGAATCGTTTTA 

a score=3273
s danRer3.chr12 27090056 469 +  37038836 tacacctcattaacacaaccaagccttaaaaaacactctgg-acaacccctTTAAGAAAACTATATTT----CCCACTAC-----TAAATACTGTATTTTTAAGAAAGCATTCTTGCA--------TTATAACAGCCTTTTTAAATCTATGTGATAATCAATGCCTTATTTTCCCTCCCAGTTCCAGGTTCCCTTCCGGCTCGGCAGAGATGTGCCCACCATTCGCTTCCCAAGGCCAGGCCCTGCAGCGCATGCATCCTGCCCATGCCAGCGGAGGCGGAGGAGGCG-------GTTACCATCGGCAACACTCTGACCCCTGCTTGCCTTATCCTCCTCAGCAGACCTTTAAGCAGGAGTACATGGACCCTCTGTATGACCGAGCGGCCCACATTAACGGACCACAGCC--TCAGAGGTTTCCTCCTGCCCATATGATGGTCAAACAGGAGCCCACCGACTACACTTACGAACCTGGTATGTGAGTCATCCGATG 
s mm7.chr12     36669784 451 + 117814103 TACACGTCATCA-------TGTGATTTAAAACAAATCATAGCACTACTCTTCTAAGAAAGAGAAATCTGAGGCTCACTAAAGCTATTGACATTGAGACGTTTAAAGTGCACACTAGCAGCTAGGAATTATGTAAGTCCTTTAAAGACAA--------------CTTTGTGTTACCATTTCATCTGAAACACGCTCTCTTCTCC----AGATTTCGCCGCCA---GCTTTCTGAA------CCCTGTAATTCTT---TTCCTCCTTTGCCGACAATGCCAAGGGAAGGGCGTCCTATGTACCAACGCCAGATGTCTGAGCCAAACATCCCCTTCCCACC---ACAAGGCTTTAAGCAGGAGTACCACGACCCAGTCTATGAACATACCACCATGGTTGGCGG--TGCAGCCAGCCAAAGCTTCCCCCCT---CCTTTGATGATCAAACAGGAACCCAGAGATTTTGCATATGACTCAGGTATGCCCATCCTCTTATG 

a score=2399
s danRer3.chr12 27094059 91 +  37038836 TTCATCACAGACGGTCATGTTTTTATGTTTG------TCCAGCAGATGTGCCTGGCTGCCCATCCATGTACCATCACAACGAAGGCTACTCCAACCC 
s mm7.chr11     20210548 97 - 122091587 TTCACCTCAGCCACTTACAATGTCACCTTTTCTTCCCTCCCCCAGATGTCCCTGGATGTGCATCAATGTACCTCCACCCAGAGGGCTTCTCTGGACC 

a score=2167
s danRer3.chr12 27094768 40 +  37038836 AAATGATTCCCGTGTTGTGCCAGAGAAATTTGAAGGTAAG 
s mm7.chr11     20210825 40 - 122091587 AGATGATGTCTGCATTGTCCCTGAAAAATTTGAAGGTCAG 

a score=8780
s danRer3.chr12 27096196 203 +  37038836 ATCTCTTTTGCTGTGCTTAGGTGAGGTGAAACAAGAAGGGGGCAGTGTGTTTCGTGAAGGTGCCCCCTATCAGCGTCGTGGCTCACTTCAACTATGGCAGTTCTTGGTTGCCCTTCTTGATGACCCCAGCAATGCCCACTTCATCGCATGGACGGGCCGTGGCATGGAATTCAAACTCATTGAGCCAGAGGAGGTAAACATTA 
s mm7.chr11     20211028 203 - 122091587 ACCTATTTCCACTTTCCCAGGAGACATCAAGCAGGAAGGGATTGGAGCTTTCCGGGAGGGGCCACCCTACCAGCGCCGGGGTGCCTTACAACTGTGGCAGTTTCTGGTGGCCCTGCTGGATGACCCAACAAATGCTCATTTCATTGCTTGGACAGGCCGGGGAATGGAGTTTAAACTAATTGAACCTGAAGAGGTAGGTCTTA 

a score=7421
s danRer3.chr12 27097259 152 +  37038836 GCTTGCTCTTATGCTTTGAACTGTCTTTTTTTCATACTTTAGGTGGCAAGACTCTGGGGGATGCAGAAGAACCGTCCAGCCATGAACTATGACAAACTGAGTCGCTCTTTGCGTTACTATTATGAGAAGGGAATTATGCAAAAGGTATTGCT 
s mm7.chr11     20211436 152 - 122091587 GATTGCATCTCCACCCAAATCCTTTTGTCTCTTGTCCCCCAGGTTGCCAGGCTCTGGGGTATCCAGAAGAACCGGCCAGCCATGAATTATGACAAGCTGAGCCGCTCGCTGCGATACTATTATGAGAAAGGCATCATGCAGAAGGTTGGGCT 

a score=9655
s danRer3.chr12 27098886 225 +  37038836 CTTGCCATTATTATTTTTGCAGGTGGCTGGTGAGCGTTATGTTTACAAATTTGTGTGTGAGCCAGAAGCTTTGATATCCTTGGCTTTTCCCGACAATCAGCGGCCAAGTCTGAAGGCGGAATTTGAGCGCTACGTCAACGAGGAGGACACTGTGCCACTGTCCCACCTCGATGAGGGAGTTTCTTACCCTCCCGAACCAGCTGCCACCAACATGGGCCCTCAGCC 
s mm7.chr11     20211936 224 - 122091587 CCTGACAACCCTCTCTCCACAGGTGGCTGGCGAACGCTACGTGTACAAGTTTGTGTGCGAGCCGGAGGCCCTGTTCTCTCTGGCCTTCCCAGATAATCAACGTCCAGCTCTGAAGGCTGAGTTTGACCGGCCAGTCAGTGAGGAGGACACAGTCCCTTTGTCCCACTTGGATGAGAGTCCTGCCTACCTCCCAGAACTCACTGGC-CCCGCTCCGCCCTTCGGCC 

a score=800
s danRer3.chr12 27099111 190 +  37038836 CTACTCCAAAGGCTACATGTACTAATGCCACCGACATTCTCCTTTGTTTCCCATCC--CAGTTTACCACCCGCTGCACCTAT-------------TGCACATGCCCACCCCATCCTCTTGTATATAAG-GCTATGTTTTATGTTTTTGTTTTG---ATTAAAT--TAATCTCATTAGGGACTCTGCATTCCTCTCACTTCTGAGGCCTATC 
s mm7.chr12     36700792 196 + 117814103 CTACAACGAAGGATACGTGTACTAACATGA---------------GTAACCCGTCAAGCAAGGCACCCCGTGCTTCGCCTCTTTTTTTTTCAAGATGCAGAGAATCACCGAATTCTCTTCGATGTTTGTTTTATTTCTGTTGTTTGTACTTTATTTTTTAAATGATAATACAAAAGGGGGCTTTTCCTGTTGCATTATTCTATGGTCTGCC 

a score=14771
s danRer3.chr12 27102426 221 +  37038836 AGCGTCGTCTGAAGGCTCTGGAGATTCTCCAGGCGTTTGGTTCCTCGTAGCGGTTGTAGAGAGGCTCCAAGCGCTGCTGCTTCTTCTGTTTGCTGAGGCGTGTGGGATCAGACACTTTGAAGAAAGCTGGAGCGAATTCTACAAGCCATCTTGGATCGATGGTGGTCACTTCCCTCATGTATTCTTTAGTGGTTAGCACAAGCTCATGGTACACCACCCTG 
s mm7.chr11     20215691 221 - 122091587 AGCGCCGGCGGAAGGCTCGGGAGATTCTCCAGGCGTTCGGCTCCTCATACCGATTGTACAGAGGCTCCAGGCGCTGCTGTTTCTTCTGCTTGCTTAGCTTGGTTGGGTCAGAAACTTTGAAGAAAGCCGGAGCAAACTCCACAAGCCACCGGGGGTCGATGGTGGTGACCTCACGCATGTATTCCTTTGTGGTCAGCACAAGTTCGTGGTATACCACCCTG 

a score=11867
s danRer3.chr12 27102727 188 +  37038836 ACGTACCATTCTGGTTGGCGGTTGAACAATGCGCTGGAGGGGTGGATGTAGACCACCTGCTGGTCTATGAGGGTCCTGTAACCTTCTTGAGGATCCTTTTTGGCTGCATTCCGGAAGAAACCACTGCAGATGGCTTTCTGTACACGCACAGTAGCCTTACCGCACGATACCACATCCAGTTTGTGCCT 
s mm7.chr11     20217585 188 - 122091587 ACCTACCATTCGGGCTGTCTGTTGAAGAGAGCACTGGAGGGGTGGATATACACCACCTGCTGGTCTATCAGAGTCCGGTAGCCTTCCTGTGGGTCCTTCTTGGCAGCGTTCCGGAAGAACCCACTGCAGATGGCCTTCTGCACTCGGACTGTGGATTTGCCACAGGAGACCACGTCCAGCTTGTGCCT 

a score=12971
s danRer3.chr12 27104157 234 +  37038836 CAACCAAGCCTGTATAAAGTTCCAATCCC--CTCACCTGTCCATGATGCCCAGCATCTGTTTGCGGATATCCTGTGCACGTCGAAGAGATCGGGCTTGAATGAAGTTCTCGTAACACCAGGGGTTAGAAAACTTGTTGTTCTTCCAGGAGTTATAGACAGCCAACAAAGTCAGGTGGTCTCCCTCAGGCTGGTGAAACTTGGCCTTCTTCTGGTCTGCCAGAGCTTGTTTGTCCTG 
s mm7.chr11     20218171 236 - 122091587 CACCCAAACACTAATATCACCACACTCCTGACTGACCTGTCCATTATGCCTAACATCTGCTTCCGAATGTCCTGGGCACGGCGTAGGGAACGAGCCTGAATAAAATTCTCATAGCACCACGGGTTGGAGAATTTGTTGTTCTTCCAGGAGTTGTATACGGCCAGCAGGGTGAGGTGGTCCCCTTCTGTCTGGTGGAATTTGGCTTTCTTCTGATCTGCAAGGGCCTGTTTATCCTG 

a score=-287
s danRer3.chr12  27104391 24 +  37038836 AGATTGAAATCATTTTAGGATCAG 
s mm7.chr8      108152875 18 + 127874053 CCCTAGGAAA------AGGAACAG 

a score=-3061
s danRer3.chr12  27104484 271 +  37038836 TCGAATCACATCAATTACTCTAGGTCAGTTGCGGGATGTTTTTCACCTCACTAATTTAAATGTTTTTTTTTAAATGGCAGAGAAGACATGATTAAGGCAAATTTATGCGAGATCGCAGCAAACGCATTGCAAAATTGGTCTC----atctgcactgctctgcagaaattcacttctaatcccgtgtttgcattgactttgtatgtaatctactcat------gcatacacgtttggtatgaattcacatttggt---atgaagccagcatAACTGTGCTTA---GCG 
s mm7.chr8      108152953 219 + 127874053 CCTGCTCACATCAAT--------------------ATGCCTAACAAC-----------------------------ACAGAATAAAAATCATTTATAACAAAATAAGCTAAACAGTAGACTACGAGATTGAAGAT-GGTCTTTCAAATTTCCAAAACACTACAAGGA----CCACTGACCCAGCCTTCCGACCTCCCTT-----TAACCAGCCTACAAGACAGCACAGACA--------GAATCTCCATCCCACCCCATGACAC-AGGACAGCCCCACTTCCCCGCC 

a score=9304
s danRer3.chr12 27104755 216 +  37038836 CACTACACCTAGAACTGTGTGTGAGCTAAAATAGTACCTTTGGTCTGTAGAAGACATTCTGTACTGAAAGCATTGACACAATGGTCAGCATCTCTTCACTGCAGCCAAGATGGACAGACATGATCAACATCTTACAAAGCATGGGCTCCAGAGGAAACTCAGCCATCTGATGGGAACAGTGATAAGA--AACTTAATACTGTAT-TCTGCAGATTGAGC 
s mm7.chr11     20218490 208 - 122091587 CAGTGCATCAGAACATGGGGTTGAGC----ACCTTACCTTGGGTCGGTAGAAGACGTTCTGCACAGACAGCATGGACACGATAGTTAGCATCTCTTCGCTGCAGCCCAGATGCACAGACATGATGAGCATTTTGCACAGCATTGGCTCCAGAGGGAACTCTGCCATCT-------ACAGGAATAAGAAGAAATTACAACTGTTTCCCTACAGACCATGC 

a score=10226
s danRer3.chr12 27105030 167 +  37038836 CACTTACTCTACGACCAAGGCGTGTGAGTAGACCTTCATCATCCAGAGCGCCCAGAGTGTACAGCTGCTCCATGGCCGTGATGAGTGTCTCCATAGGTGGAGCATCCATAAAGTCAAATGACAACAGGTCATTGATGCCCATAGCCTGATTAGAGGACAGAGAAAAA 
s mm7.chr11     20220195 163 - 122091587 CCCTCACCCTGCGGCCCAGGCGAGTGAGCAGGCCCTCGTCGTCCAGGGCCCCCAGTGTATACAGCTGCTCCATGGCCGTGATCAGAGTTTCCATCGGTGGGGCATCCATGAAGTCAAAGGACAGCAGGTCATTAATACCCATGGCC----TAGAAAACAGAGCAACA 

a score=10996
s danRer3.chr12 27106637 162 +  37038836 TACCTTGAGAGAAAGTACAGTGCTGGCCAAGTTGGTTCTCTGAATCTCAGGTACATTGGTTGTGAGCATCTCATCCCTGTAGGCACGTTCTGTGTAGAGTCTGTAACACTTCCCAGGGCCTGTTCTTCCAGCTCTACCTGCTCGCTGCTTAGCTTGAGCCTA 
s mm7.chr11     20224797 162 - 122091587 TACCTTGAGGGACAGCACTGTGCTGGCCAGGTTGGTTCTCTGGATTTCCGGTACATTGGTGGTCAGCATTTCATCGCGGTAGGCACGCTCCGTGTACAGTCTGTAACACTTTCCTGGGCCAGTTCTCCCAGCCCGGCCAGCTCTCTGCTTTGCTTGAGCCTA 

a score=7400
s danRer3.chr12 27150412 190 + 37038836 CGCGGAGAGA----TTTTTATCCTTAAAAACAGGAGGTT---CGCCCACACGCTCACCTGGGATCTCTTTTGGCCAGTGTAAGGAAGCCAGGAGGTTATGGGAGCCTGGGAATGTTTAGTATGAAGAAAGTGATCCGAAAGGAGCTAGAGCTGGGGGAATTGGACAGGAAACATGGAAAGTAACCCTTTCCTGTCTT 
s mm7.chr18      5465064 194 + 90918714 CACAGAGAAAGCATTTGCTACTCTTCAAA-CAGGAGGTTGTTCGCCTACACAATCACCTGGGA-CAAACTTGGCCAGTGCAAGCAGGCCAGAAGGTTAAAGGAGCCTGGGAACATTTAATATTGTGAAGG-AATTACAGCTTAGGAAGATCAGAGGGAGCTGCACAGGAAATGTGAACAGTAACCCTTTCATGTCTT 

a score=11335
s danRer3.chr12 27211430 275 + 37038836 CCAGAGACGGGGGTCTGAGCGCCAGAGAGAGAGGTA-TAGGAGCCAG-AAGGTAATGTCGTAAAGCC--GAGTGTCGTAAACCAGGTGCAg------ggaggggaggtggag--------tagaagggag----ggaggggaggtgtgggggcgagaggagGTGACTCTCCAGCAGCATTTAGACACA-GCGAAAGGATCATGGCGGATGGCCCCAGGTGTAAGCGCAGAAAGCAGGCGAACCCGAGGAGGACAAACGGTGAGT-----AAAAACCCTTCGCTTTGATTGGCGACGGCTGATT 
s mm7.chr18      5757643 297 + 90918714 CTAGCAACAAGGTTCCGGCCGT-AGAGCGAGCGCCGCTAGGTGTTAGGAAGGTGATGTCGTAAAGCCTCGAGTGTCGTAAACCAGGTGCGGTGGGGAGGgggaggggtggaggccgcgggtgggggggggaaggggagggagggagggagggagggaggAGGTGACTCG-----AGCATTTAGACACAAGCGAGAGGATCATGGCGGATGGCCCCAGGTGTAAGCGCAGAAAGCAGGCGAACCCGCGGCGCAATAACGGTGAGTggcggaggggcccggtgcggcggcgggcagcgggcggcc 

a score=1327
s danRer3.chr12 27211721 161 + 37038836 TCCGGGCCGCTGGCAGAACTTCTCGAGCCCTTCAAAGTGCTGGAAAGTAGCGCTGTGTTATAGCCCCTAT-CTGGTG-TACCGTTATACCTGCCGCGCTCGCGA---------------------------CTCTCTCTCCGCCTAGCGGTACAGAGCGCGAGCGCGGACCGTTATTCGCAGCCAGTCCC 
s mm7.chr18      5757966 180 + 90918714 ccgggggcggcggcggggc----cgggccgagtagagtg--ggAAAGTAAAGTAGTGC----GCCccgctgccgctgccgccgccgctgccgccgccgccgcggctgcTGGACTGGACCGTTATGTCTTACCTGCCTCTGCGCCTAGCGGCTCCGGCGGCCGCCGGGGACCGTTAGCTGCGCCGCATCCC 

a score=2928
s danRer3.chr12 27213109 138 + 37038836 TTTAAGATGCTTAAGCAGACGCTAGTGAAGAAAGAGACTTTTCCTCAGGCTGACGCCATGCGCGCGCCATGTAGCGGTTCTCTCAGCACGCGCGTGTGTGAGCGAC--CTGTAAATATGTGTCTACCTGATCGGACAGGA 
s mm7.chr18      5759888 121 + 90918714 TTTAAAATGTT-----AATCGCCAG---AGAAAGGGGCTTTTCTTATTGCTGACGACATGTGTGTGACATGTGAG-----TCTGAACCACCCAGTGTCTGTGCAGCTGCTGTAAACATGT--TTACCTGA----ACAGGA 

a score=2815
s danRer3.chr12 27213320 236 + 37038836 CTGACAAGGAAGGAGTCGTTGTTTTTCACTCTGTGAGATACATTGTCTCGTTTTGAAA---GCAGACGGGAGGCGTTTCTCGTGCGTTGCAGCAAATGTCAACTTGTGCAGGTATACCAACGATGTCTGTGTAGTGTTTTTCGCATGCCT-TCTCACTCTCAGCTGTTGTCGTTTGTTTTTAACTGTTGAACGGATGGAT-----------GCCTGTTATCATTCGGCTTTCTATAGCGCTTGCTCCTAAA 
s mm7.chr18      5760081 220 + 90918714 TTAACGGGGGAAGGCTC-----------TTCTGAAAGGTGC-----------TTGAAATCAACAGGAAAAAGGAGATTCTTGATCGCTGCAGCAAATGGCAACTTGTGCAGGTAGAAATAAGATGG-TGTTTAGTTTTTTTCCTGCGTCTATGTCAGCCTCC-TTTTTGCTGCCTTCCTT------TTCAAGGGAGGGATTTATTTACCAGGCTTGCTGTCAGT-GTTTTTCCTTTGTGTTTAATATTAGA 

a score=4776
s danRer3.chr12 27288491 265 + 37038836 TCTGAATCTTGAGG---------GTTTCATCAACCCTTCTGTGGTTTTCAAGCTCCATATGTTAGCATTCTCCTTAAGTG---TTGTGTTTTCTCTGTC-------------TGCAGTGAGTAACTACAGTCATGTGCTGGAGGGCCAGTCAGACTCCGATGATGAAGATAAGCTTCACATTGTGGAGGAGGAAGGGAGTCTCCTGGACGGGGCTGACTGTGACAGCGTGGCCCCTGACGATGACC--CCAACGGGACCG-----CTGACCCTGA-----CGGCAGATGGGACGATGGTAAG 
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a score=-263
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s mm7.chr18      5871965 457 + 90918714 TACAAATATAATGAATTATTAGCTCCAAGCTCATGGCCATACAGTTAGCCCTGGTTGATCTCAGTGGCCACAGAATAGAATGAATAGACAGAAATGTGAAAGAGGAATTTG--TGGGCATGA-GGGAAGATTAATAGGAATGTTAGAGAATTGG--GGTCCAGTAGTGTATGTATGTATTGCATACATGTACAAAATTATCTAAAATCAAATTTAGAAAATGTAATATGTTAAAAACAATA-----TAATTTCCAAAATTATAATAAAGTGGTAAGAACCCAAAATGAATTTAACAGCAAGTTTAACAGAGTTAAAGAATAAAT---AAGGTAGAGAAAATTACACACAATGTGAAATTTAAACAGACATATATAGAACAGGTTAGGAGACACTGTAGTCTGAT----ATATTTATGAATTCCAGGGAATTAGAGAATATACAACAGTAACATCTGAAGCAGGAAAATCCAAGA 

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s mm7.chr18      5952435 193 + 90918714 TGTGTTTCTCTCAGTGAAAGACAACGAGTGTGACTCAGATGCAGAAAATGAGCAAAACCATGATCCGAATGTGGAAGAATTTCTGCAGCAACAAGACACCGCCGTCATTTATCCTGAGGCGCCCGAGGAAGACCAGCGGCAGGGCACACCAGAAGCCAGCAGTCATGATGAAAACGGTGAGTACAGCTTAGCA 

a score=-858
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a score=12432
s danRer3.chr12 27302238 223 + 37038836 ATTTCTCTCTCTCTCAGGCACGCCAGACTCATTTTCTCAGCTCCTCACCTGTCCGTACTGCTCTCGTGGCTACAAACGTTACACCTCACTGAAGGAGCACATTAAATACAGACACGAGAAGAGCGAGGACAACTTCAGCTGCTCTCTCTGCAGCTACACCTTTGCCTACAGAACACAGCTGGACAGACACATGACCGCACACAAAGCTGGCCGAGAACAGGTA 
s mm7.chr18      5962703 223 + 90918714 ATCTCTTCCTTCCACAGGAACACCAGATGCATTTTCCCAGTTGCTCACCTGCCCGTATTGTGATAGAGGCTACAAGCGCTTTACCTCTTTGAAAGAACACATTAAGTACCGCCATGAGAAGAACGAGGACAACTTCAGCTGCTCCCTGTGCAGTTACACCTTTGCATACAGAACCCAGCTTGAACGTCATATGACATCACATAAGTCAGGAAGAGAGCAAGTA 

a score=7496
s danRer3.chr12 27302836 127 + 37038836 TTTTTTTTAGCGGCATGTTACTCAGTCAGGTGGAGGAGGGAATCGAAAGTTTAAATGCACTGAATGTGGCAAAGCCTTCAAGTACAAACACCACCTGAAAGAACACCTGCGCATCCACAGTGGTGAG 
s mm7.chr18      5965073 121 + 90918714 TTTCTTGCAGAGACATGTGACACAGTCTGGGGGA------AACCGCAAGTTCAAGTGCACTGAATGCGGGAAGGCCTTCAAGTACAAACACCACCTGAAAGAGCACTTACGGATTCACAGTGGTGAG 

a score=115
s danRer3.chr12  27303180 181 +  37038836 CTTCAAAGAACTTCAAGTACTTACTGTCAAAGGCTTCTTAAGAGTTTTTCATCTAAATACTGCACACTTTTATGGGTTTTACTTATTGGAAGGAAAAAAAATGC-----------------TTTTTCTGTGTCGTA-GTTTCT----TCTGAGGACTGCCTA--TTATATTTCTACATTTATTTGATT--ATTAAAAAAACTGTTAT 
s mm7.chr2      137542692 202 - 182548267 CCTGACAAGATTTGGGATTCTAACTGAAAAAGGCGTAGAGAGCCTTTACCTTCCACAGCTTACA-----TCTTGAATTATGTCCACTGGGGGTAGATAAAATCCAGAGATAGTTATGGTCATATAACTCTGACGTAAGCATCTAGAATGTAGAGTCCACCTACATTCGACACCTAGATTAATTTCATTTGGTTTCACAGATTCTTAT 

a score=295
s danRer3.chr12  27303400 10 +  37038836 AATACATCAA 
s mm7.chr2      137542926 10 - 182548267 AAGAAATCTA 

a score=33386
s danRer3.chr12 27303410 1681 + 37038836 GTGTTGGTTCATC--TGTTCATTTTGTGTTGTGCAGGAGAAAAGCCTTATGAATGCTCCAACTGCAAGAAGCGTTTCTCTCATTCCGGTTCCTACAGTTCCCACATAAGCAGTAAGAAGTGCATTGGTCTCATCTCAGTAAATGGACGACCACGACCTTCTCCTGCTACAGGGGCTGCCAAGACCCCGCAGTGCTCTTCCCCGTCCCTGCCAACCTCCTC---CCCTACAGCACGAGTCCAAGTAAGAGACAAACTGGATAACAGCAAACCCCTTCAAGAGCAGCTTCCCTTGACACAGATCAAGTCTGAGCCGCTGGACTATGAGTACAAGCCTGTGGTAGTGGCCCCAT-------CTGCTAGAGGCGT-----AAATGGCATGTTTCAGGGTGG------------GGCAGCAGCCCCTCTCCAGGGTGCCGTACAGGCTGTTGTGCTTCCAACTGTGGGACTGGTGTCCCCAATCAGCATCAATCTGGGGGACTTACAAAACGTGCTAAAGGTGGCAGTGGATGGGAATGTCATTAGGCAAGTGCTGGAAAGCACACAAGCTAAGGGGCAACAAGCAGGGACGGGGATTGTAGGAGCAGGAGG----GATTGCCCAAGCTACCCAGCAAGTTATCCA------------AGCCATTAGTCTTCCTATCTTGGATCAGGATGGCAATGCTAAAATCTTCATCAACTATAGTCTGGACCCATCC---CAAGCCCAAGCAGTCCTTCAAAGTCCAAAAAAGGAACCATTGGGGTCGAACACTGAGGTCTGCAAGGGTCAGAAGCTGCCTGAGGACCTTACAGTAAAGACAAATAGGGACAAA------------------------ACCACCCTCACTGTGGATGAGAAGAGCATGTTACACAATGACATATT------ACTTAAGCACTGTGGTAAAGATGAACATA----------------------------GGATTAACGGGAAAAATCTTGAGGAGAAGATGGACTTGGAAGGACTGTGTCCTGGTCAGCCTCCTCTGAAGAACCTTCTCTCCTTGCTCAAGGCTTACTTTGCCTTAAACAATGAACCCACTAAGGAGGAGCTGGCAAAGATATCGGAGTCTGTCAGTCTTCCAGCAGAGGTGGTGAAAAAGTGGTTTGAGAAGATGCAGCTGGGACAGATCTCCATA---------GACCCTTCTTCACCTCAGCATGAGGAGGAGCAAACCACTCCTGTGGATTTGGATGGTACTAAAGGTGCATCACCCAAACCAGACTTAGATGAGCAAATTAACTCAGAGA---AGCAAGAGGAGAGGGAGTGCTGT----------AGCCCAGCGGAGGGCATTG------CAGCCAGTGTGAATGGAATCGAGAGTGTCCCTGCATCCCCTTCACCACTAAACCTAT------------------CGGCTGATGGTCCTGTCCCAGCCAGGACTCTTGAGGAAGGC---GAGGGACCTCTCGATCTGTCGCTACCAAAATC--------CGCTACTACAG----CCTCTGTGGCTAGCGGTCATGCTAACACTGTTTACTCGGCTCAAGAGGAGCCGCTGAATTTGACTTGCACAAAGAAGGAACTGC---------TCAGTAATGCAAGCACCAATGCTGCCATATATGCCAGCCAACCAAGTGCCAATCCCATAAACATC------------ATGACCACTCAACTGCCCACCCTAGTGGCTATCACTGACCAGGGACAGGCGCAATGTCTACGTGCACTTACCACCACTAAACAGACCATCCTGATCCCGCAGCTGACTTACAGTTATACCACTACATC--CTCCAGCCCGGCAGGGACCGACA 
s mm7.chr18      5969940 1811 + 90918714 GTACTGATTCAGTGATGCTGTTTTGTTGTTGTTTAGGAGAGAAGCCATACGAATGCCCGAACTGCAAGAAACGGTTTTCCCATTCTGGCTCCTATAGCTCACATATAAGCAGTAAGAAGTGTATTAGCTTGATGCCTGTGAATGGCAGGCCTAGATC-------------AGGACT--CAAGACATCTCAGTGTTCCTCGCCATCTCTTTCGACATCACCAGGCAGTCCCACACGCCCACAGATACGACAGAAGATAGAGAA---TAAACCCCTTCAAGAACCGCTTTCTGTAAACCAAATCAAAACTGAACCTGTGGATTATGAGTTCAAACCCATAGTGGTTGCTTCAGGAATCAACTGTTCAACCCCTTTACAAAATGGGGTTTTTAGCAGTGGTGGCCAATTGCAGGCAACCAGTTCTCCTCAGGGTGTGGTGCAAGCCGTTGTTCTGCCAACAGTTGGTTTGGTATCTCCCATAAGTATCAACTTAAGTGACATTCAGAATGTACTTAAAGTGGCTGTAGATGGTAACGTAATACGACAAGTCTTGGAGACTAATCAAGCCA----------------GTCTTGCATCCAAAGAGCAAGAAGCAGTGAGTGCTTCGCCCATCCAGCAGGGTGGCCATTCTGTCATTTCTGCCATCAGTCTTCCTTTAGTTGATCAGGATGGAACAACCAAAATCATCATCAACTACAGTCTTGAGCAGCCCAGTCAACTTCAGGTTGTTCCCCAGAATTTAAAGAAAGAAATCCCAGCCCC---TACAAACAGCTGCAAAAGTGAGAAGTTACCAGAAGACCTTACTGTCAAATCAGAAACGGACAAAAGCTTTGAGGGGGCCAGGGATGATAGCACTTGCCTTCTGTGTGAGGACTGCCCAGGGGACCTCAATGCACTTCCAGAACTAAAGCACTATGACCCAGAGTGCCCTGCTCAGCCTCCACCCCCTGCCCCAGCCACCGAGAAGCCAGAGTCCTCTGCTTCATCAGCTGGAAACGG-AGATTTGTCTCCCAGTCAGCCACCTTTAAAGAACCTTCTGTCACTCTTGAAAGCCTACTATGCTCTGAACGCGCAGCCAAGCACAGAAGAGCTCTCAAAGATCGCCGATTCTGTGAACCTACCGCTGGATGGAGTTAAAAAGTGGTTTGAAAAGATGCAAGCTGGACAGATTCCAGGACAGTCTCCTGACCCCCCTTCTCCT--GGAACCGGGTCAGTAAA-CATACCTACAAAAACCGATG-------AGCAGCCTCAACCTG--CGGATGGAAATGAGC-------CCCAGGAAGACAGCACACGCGGACAGAGTCCTGTCAAGATAAGGAGCTCTCCGGTTTTACCTGTAGGATCAGCCA---TGAACGGTTCCAGAAGCTGCACATCATCCCCATCCCCTCTAAACCTTTGCTCAGCCAGGAACCCGCAGGGTTACTCTTGTGTGGCAGAGGGTGCCCAGGAGGAGCCCCAAGTAGAACCTCTTGATCTCTCACTACCAAAGCAACAGGGAGAGTTACTGGAAAGGTCGACAGTCAGTAGCGTTTACCAGAACAGTGTTTATTCTGTCCAGGAAGAACCCTTGAACTTGTCTTGTGCAAAAAAGGAACCACAAAAGGACAGCTGTGTTACAGACTCAGAACCAGTTGTAAATGTAGTCCCACCAAGTGCCAACCCCATAAACATTGCTATTCCTACAGTCACTGCCCAGTTACCCACAATCGTGGCCATTGCTGACCAGAACAGTGTTCCATGTTTAAGAGCACTGGCCGCCAACAAGCAGACTATTCTGATTCCCCAAGTGGCATATACATATTCAGCTACTGTGAGCCCTGCCGTGCAGGAGCCGCCA 

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s mm7.chr18      5974105 220 + 90918714 TTTCTTTGACATT-TAATCTTCTTTTTCC----ACTTAGGATGAAAGACAAGACACTAGCTCAGAAGGAGTCTCCACTGTGGAGGACCAGAATGACTCTGACTCCACGCCACCCAAAAAGAAAACTCGGAAGACAGAGAATGGAATGTATGCATGTGACCTGTGTGACAAGATATTTCAGAAGAGCAGCTCACTGTTGAGACACAAATATGAGCACACAGGTGTG 

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s danRer3.chr12 27308219 111 +  37038836 ATAGGGTTAGATTATAGAGAGAAATAACAGATTAAGACTGCAGTCAGATCATGAAGCAAATCAATGTTGATCTTTCTTTCAAGGTGTCAGTGGAGAAATGAACAAAACAAT 
s mm7.chr11     24112415 108 + 122091587 ATATTATTATATTTTACACATCAATAAATCAATGTAGCCCTAATTTTGCCACGCAGGAAATCAATTCTGGTCTTTCT---AAACCATCAAAGATGTTATGAACAAAGTAAT 

a score=14481
s danRer3.chr12 27310304 1026 + 37038836 TGCAATTTGATCTTCTGCAGGAAAGAGGCCTCATGAATGCGGGATCTGCAGCAAGGCCTTCAAACACAAGCACCACCTAATAGAGCACCTGCGCTTGCACTCTGGAGAAAAGCCCTATCAGTGTGACAAGTGCGGGAAACGCTTCTCCCACTCTGGTTCCTACTCACAACACATGAATCATAGATATTCCTACTGTAAGAAAGAGGCTCAAGGCCAAGGGCTAGGCCAAGGAGT-GGAAGAAGAGG-----ACAATCCTGGTGAGGAGCAGCCTCAGACGGGCAGTACAGCGACC--TCGCCTCCATCCCACCTGGACTCAGATGAGCGGGGGAGCAGTACAAGG---GACGATGAAAGCGAGGAGGAGGACGAGATGGGCTCAGGGAGCTTAGTTGACGAGGATGAAATTCAGGTAGTCAAGATTGGAGAGGAGGGAGATGAAGACGATCAGGGAGCAGATGAAGACCAGGAGAGGATGGAGGAAGATGGTGATGAGGAAGGTGAGGGTGAGACGCTGAAAGTCGTGGTGATGCAAGATGAATGTGAAGAGGATGAAAACGAAGAGGATG-AGCAAAC--GTCGGAGGATGCCATGGACACCAGTG----ACCACACGGAGGAAATGACAGAAAGAAAGACCCCAGGGGACAATAAGAACATTGGTGAACATGAAGGAAACACAGCCGCTATGAATGGAGATGTGAAATGAAGATTCCTTACGACGGTGTTTTACAAAGTTACTAATTTGAAGGAACCAACAAAAAGACGTTTTCTTT--CAGCAGATGTTTCTCTCTCTTCCTGAGAACTGACTGTGTTAAGAGGAGAATGAGACGAGGAAGAGTGCGTGACGCTCTTGCGCTGC-ATTTAAACCCACTACTGTGT-------------------ATAAACCCCCAGGTGTGCCTGAAAAATACAAAAGAGTTACTCTTTTTCCACATAAAGACAATTTTCTGTGTTTGAGTATGGTTTGTACAAATGCAAAGTTTAACACAAAAAAAC---AAAAACAAAAATGACGCATATATGAACTGAAAGCTATACACGTTT 
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s danRer3.chr12 27346690 399 + 37038836 TGCAGCTTCTTACCTTTTTAGATGCTTGAATAACACTTTCATTGTTTCCTGATTGGGTTTTGGCAACTGTTTGATCAAGTCTTTTATGGATTGGACTCGCTGCTTGTAGTCTGAGTTTTCTGTTTTTAAGTGAAAAAGAGAGGAAAAAGCATGATCAGGATGCTGTTAAATGCTGCAG-ATGAGCTGCAA----------GAAAAGCTAACCCCTGGTCA--CACTGCTCCCTCTTGTGGTTGA----AGGCTTGCTAATGTTATA------AATGTAAGAAGATTAAATCAATGTAC-ACTAAAGatattttattaaaagaaataaaaatgtaaaaaaaaaaaCTAAAAGAGATAAAACAATCTGTATTTTGTCATATTACTGTTTCAGAGTAAAATAATAATAACTGATAACAGCAGTAAC 
s mm7.chr18      6231452 393 + 90918714 TGCAAGTTCTTACCTTTTGAGATGTCTAAACAGAATCTGCATTGTATCTTGATTTGGCTTTGGCAACTGTCTGATTAGGTCCTTAACTGCAGTGACACGCT-------GTCTCGGTTCT-TGTTCT--------AAAAAAAGTAATAAGCA-GAT-AGTTTGCAACAAATTCTTACAGAATAAAAGGCAATGGCATAGTTTGGAAGCTGGTGTCTGGTAATGCGCAGTGACATCTGGTGGTTGCATTTAAAATCTCTAGAGTTACACAATCTAATGAAAAAAAATTGTTTAAAAATAAGACTGGAAACCCTGTCTCaa-------aaaaataaataaaataaaataaGACTGAATAATGCAATAGTTAATCTGTAAAATG--CTTTTCAATAT---GTAGAAAAAACTGAGCAGAGCAGCAGA 

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s mm7.chr2      138297531 181 - 182548267 ATTTTGGTTTTAAAGCTCAAATAATATTGCAGGGTGA---GAATAAAACAAACCACCCAAAATGACAAAACCTAAGGCTACAGATACGAGCAC---GGGGCACATATTCTG-----TTCTCTGTGGTCACG------ATCGGTATTGATCTCACTATTGTAAATAATTTCACCACACCCGGCTTCTTTATGGGGTATA 

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s danRer3.chr12 27349390 93 + 37038836 CTTACCGTGATTGACTGCAAAGCGCAGTTTCTGTATGACAGCCAGGTTTCCACTGACTCTGTATAAGCCATCAACGTTCAAGCCTGAGAAAGA 
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a score=6161
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s mm7.chr18      6237028 137 + 90918714 TACCTTTGATATAACCTTTCTCACGAACAGCTTGCAAAGTGGGGCGCCGGGTAAGAAACTTCTTTAAGTTTTTCTTAGTTTTCTTCTGCTCTGAAGAATCCATGCTGGATCCTTTCATTGCTTAAGACAAACAGATA 

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s danRer3.chr12 27352258 142 + 37038836 TTCTTTGAG-TCTCTGGGGTCTTTCTCTTTGTCGTGTTTCTCGCTTCCAGGAGACTCAGGCATGTCCTCTTCAATAGCCTCATCGGACTCCCAAGCCTAC---------AAAACGTGTAT------TAGAATTACATTGATGTTTGTTGCATATTTTT 
s mm7.chr18      6238347 157 + 90918714 TTTTTTAAGCTCCTTCTGGTCCTTTTCTTTATCATGCTTTTCTACCCCTGGTGAATCTGGTGTTTCCTCTTCAGCTGCTTCATCGGCCTCTGCTACCTGTTGGTGTCGGAAAACACATATTACTTCTAGAATTGCTGTAGC-TGAATGGCATATTTTT 

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s danRer3.chr12 27352400 227 + 37038836 TGCAC---ACTGTGTTGTGTATGTTT--TACTCACATGTGTGTTGATGGTCTCAGAAAGTGCTCTGAACCAGTCATTAATAACGCTGTCGATCTCAGACTGGATCAGCAGCTCTGTGCCAACTCGTGTCTTTAGCTGCCAGGGTCAAAGTTCAAATCAGGTCAGTGGAAGCAGATTTGGTGTCCAGACAGATTCAG---TTACAATAAAACA--TTAAAATATAcactaaccggccc 
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a score=1846
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s mm7.chr10      3239462 63 - 130066766 TCTCACCTGAGTTTGCGCCCTCCTTGAGCAATCTTGGTCATGTTGAGCAGGCCTGACCTTTCT 

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s mm7.chr11     63640867 423 + 122091587 CATGCATTTCAAGATTTTGCCTCATTTCATTGAAGAAAGTTATGAAAAAGT----TCAATATCCAGGACCACTGCAGTAAATCTTTTCTTTATAAAATCAAAGTGAAAAATTCTGTGTCTGATAAAAAATCTGGGCAAATTAAACACAAAGAAATACAGTGTTCTCCTAAGGGTAATGGAGTTAAAGAAAACAGGTTATGGGGAGAAATACTGTGTCCACACATAGTAAATGCTGCTGCAGCTCCTTTTATATGTAAGAGAAATAGACAGAGGGTCAGAAATCC------------AAAGACTTTAAAAATATACTTCCAAAGTTTATTTTTTTTGAAAAAGAAATCACTTGGAAAAATTCATTTCATGTAACATATGGAATAACATTAAAGACTCAATTACAGGAAACT-TGATGTAAAATAACTGTTGGTGTGCATTA 

a score=3480
s danRer3.chr12 27390715 531 +  37038836 AAAATGATAAAGAAGTCATTTGTAACATTATAAGTCTCTTTTCCAACGAAATGCATCCTTGCTTAATAAAGTATCTTCTATTAAAAGTATTTTCTATCAAAAAAATTTAAAACATTTTAGTTTCTGAAA--------------CATCAAAAAGTAATTTAATCTCTTTAATTAGCAAAAGTGATTTGAAAACATTACAACACTATTTAAGTATCACAGTGCAGCCCCAAAATACtaaatattagtaatattattagta-------atattattattaaGGTGTAA--CTTTAAATCTTTATATTATTCTTCAAACTGCTAGTTTTTACCCATTTGTCAGAAAAAATA-TTTAAATTACTTG---------AATTTTATCATTAACATGTATTCT--------------ATATACTTCTGTAATTCAAAAT---AAGTTTTATTTCATTTTTATACATATGCATCAGCT------GAATAATAATAGAATTAGTTATTTTGCTCAATTATATTTAGATTTTTTTCTTTAAAACACTACTTTGTTGTTAATTGAAACAACAAATTAGACATTTTACTTCGCATTTAATA 
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a score=546
s danRer3.chr12  27393401 366 +  37038836 aaaaaaaaataatagct--taaatgggctaataattttgtcccaaaaatggttttaaaaaaattaataactgcttttattctagctgaaataaaacaaata-agcctctccagaagaaaaaatattatcagacatactgtgaaaatttccttgctctgttaaaaatcatttgggaaatattaaaaaaaaaaaaaaaat------------------caaaagggggctaataattctgacttcaactgtatATGAGCTGACATTATTAAGCATTATTGttttttttaaatatatatttataaGAGTGCCATTTTCCTAAATATAAGGATTC----AATGTAATGATGAA-GTTATTTAAACAAAAACAAACAAAAAGCAAATTGAGTAACAA 
s mm7.chr3      151858051 344 - 159849039 aaataaagaaaacagccaataaaaatgaaaaTAATAT--------AAATCTTTTAAAAGAAAAAAATAA------------------AAACAACATAAAAATAGTATCTTCCAAATTTG---TATTCTCCAAGACA-TGTGATCTTTTCTTTA-TGTCTTGAGAGTCTTAGAGGAAATGTTTGAATTTAGAGGAAAATGTCATTTAGTACTATCCCAGAATGAAGGCTCTACACAATGCCTT-----GTAATTAAAAGGACATAA------ACCATTCTTTACTTCA------TACTGGAAAAAGCTCAAGGAGCTTATAGCTATGAGTTCCTGAGATCAAAGGAAGGACATTATTTAACCAATACAACACAGGAAGCAACTTGAGCCAGAA 

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s mm7.chr5      98572836 1287 - 153054177 taatccaaataa-aacctttcatttccaaACATATAACATTT---TTTGGAAAGAGTTTCAGTGCTG------TGTGCTGAAGGACTTTCTATTTCTCTCTTCCTTTCTTCCTCCCACCCACATGTTCctctctctctctctctttgtctctctctctctTTGTGTGTATGTGCATACACACACACATACCTTCTCGTGTGCGCGCGcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacGTTAGtgagcattgaacagaggatcttgctcatgctcagtaattactccaccattgcattatatctccagtccAGGCTTTACTTTATCATTTTGAAGTAAGATCTTAGTAAAATGCCTGGGCTGGCTTTAAATACATTTGAGTAGTCAAGGTAGGCATCAAATATATCA------TTAACATAC--------CTTAACTCTCTTAGTAGCTGAGGTTAAGGACCTATTCTACCAAGCCCATGTTTAAAACATTG----ATTATATATTTTATGTCATTCA--AGTGAATCattaaaa----attaaatgtagaaaatttaaaaagaaaatcttatattactataatttttaaaaGTTCTC---CAACATAGTTAGCAAGTATTAAAATTATTTCTGCAGCAATGCTAAAATTGCACCACATGGTTCCAAAATATTGAGT----CAAATGCTCTTAGGTAA-----TTAATTTTAGTCATA-----TTCTGAAATATCAAAATTTCAACAATTTAAAAACCATTTGTTGGCATGGAAAC-ATCAACTTAA--------TTAAAACTGGATTAAACCAATTAACCTAAAACATATTGT--ACTACTGAGTGTTTGATTTAGAATACTTTGGAAGGAAGAGAACATTATTCATAATCATTTT----AGTTCTTTTATCT------------------AATGGATGTGTTTATGCTTCATAATGGACCTACACAGGCACTAATGTCCCTGATGA----------CTACTTTCATAGGACCAGAGTGGTTGCAAATAAGCTTTCCattaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCTGCCAACTTTTTCAGGGGAGTGCTGAAAGTAGAATGTTTTATGTATATTGCTTATTGCCTTTGC---TTAACCACACTATCTAGAATTTTTAAGA----CAAAAATATTTCCAGCCTCAGAATTTATTGTCATTGACGACTACACTGCCATAGAATGA---AAAGAGACAAAATATACAACTTATGTACAATTATGAACTTCAAAATATACAACAAGGACTGAAGTAGAATAACAAAAATTGTTTTAATATTTCTGATTATTGTATTTTTAATTTTATTTGATCTTTTATTTTTACAAttctttttttttacac 

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s mm7.chr7      11177077 575 - 141766352 TAGATGCAGCAAATCTAAGACTCATTAAGCTC-TAAAAAAGATATTAGGGGCGTTCTTGGAGAAAGGATGTTAGGGAACACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAGTACTCTGGAATGGAGCAAGGATGTTAGGAAGTACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAACACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAGTACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAACACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTT-AGGGAGTACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAGTACTCTGGGATGGATCAAGGATGTTAGGGAGTACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAACACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAGTACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAGTACTCTGGGATGGATCAAGGATGTTAGGGAGTACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAACACTCTGGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAGTACTCTAGGATGGAGCAAGGATGTTAGGGAGTACTCTGAGATGGAGCAAGGATGTTAAGGAGTA 

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a score=4961
s danRer3.chr12  27458245 426 +  37038836 TTAGATGCTATTTTACCTGCTGCTTGAGTTGAGGAATTTCTGTGCATTTCAGTTGAATCCAAAATTGCTTCACAGA-----TTGATTAATTGT-CTTTTCTTCCAGGATGAGACAGGAGCATATTTGATTGACAGAGATCCCACATATTTCGGGCCCATCCTGAACTACTTGAGGCATGGAAAGTTGATCATCAACAAGAACCTCGCCGAGGAGGGTGAGATGATGTGGGCATGCTGCCCTCAAAAACTTTATAATGGAAGAGTAACGACCTACTTTCATTTAGAAACATCTTtttgtgtgtgtgtgtgcgcgtgtgcgcgtgcgtgcgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcctgcctgcgtgcgtgtgtgtgtaaagggaccagtgtgTACTCGTGTAAGAGATAATTT 
s mm7.chr11     115530937 389 + 122091587 TTAGCTGACATAGTGACTGTTGCCTGAGT----------------GCCCCGGCGGATTAGGGAAATGCTATTTAGAAAATGTTGCTTGGCTGTGCTCGGTTGACAGGACGAGACTGGAGCGTATCTGATTGACAGAGACCCTACCTACTTTGGTCCTATCCTAAACTACCTCCGCCATGGGAAACTCATCATTACCAAGGAGTTGGCAGAAGAAGGTAAGGCCACCTG-----TCTGGTTTCAGA---CTTGTGGTTGATTAG---------AGCTGCTTCGAGGACTTCCGGTTTG---GTTTGGGATCGCCCCTGAGCTTGCGCAGGTGGGAGAGTTAGTGAAAGTAAGCGGGTAGCCTCCAGCTCCCGGGCTTG--TGCAAACGCCTG-----GAAGGAGGCTGTGCGGAGCTGGGTCAGCTGTAGTGT 

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s mm7.chr11     115533516 107 + 122091587 TCCTTCTTCTAGGTGTGCTGGAAGAAGCAGAGTTTTACAATATCGCATCTCTCGTGCGGCTGGTTAAGGAAAGGATACGAGACAATGAGAACAGAACTTCACAAGTA 

a score=-521
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a score=7530
s danRer3.chr12  27465733 108 +  37038836 TTTTTGCAGGGCCCAGTGAAGCATGTGTATCGTGTTTTACAATGTCAAGAAGAGGAGCTCACGCAGATGGTTTCCACCATGTCAGACGGATGGAAGTTTGAACAGGTA 
s mm7.chr11     115536468 108 + 122091587 TTGTTGCAGGGCCCCGTGAAGCACGTGTACAGGGTCCTGCAGTGTCAAGAGGAAGAGCTCACGCAGATGGTCTCCACTATGTCTGATGGCTGGAAATTTGAACAGGTA 

a score=870
s danRer3.chr12 27465841 176 + 37038836 GCTTTTCTTAATATCCTCATAAAATGTGGATCTGATGGCTGTTTTC-AGTACAGATTCTTATTCTGGACATGCCATATTTTAT-TTTAGCA---TCTTTTTAACT--CAGATAATATGTAGATcaggggtcaccaacatggtgcccgcgggcaccaggtagcccgcgaggatcacatgtgttg 
s mm7.chr17     71038289 173 - 93276925 CCATTACCTAGTCCCTTCCT----TTCCAACTCTGTGGTGGTTTTCTAATGCCAACTCTTCCACTGAGGATGCTGTGTGTCATGTCCAGCACTGTGTGTGGAGCTTCCAGTCTACACACACATCAGGTGCTGCCA------TGTCTCTGTCCTCCTGGGGGCCTGGGCGGGTCTTATGGGCTG 

a score=8319
s danRer3.chr12  27466298 226 +  37038836 TGTTTGAGACTTGCATCATCCACTGTTCTTGTTACTTATCTCT-TTGCTGTGGAACAAACCTGACTCGACTTGTCTGTCTTCAGCTCATAAGCATCGGCTCCTCCTATAACTATGGCAACGAGGACCAGGCTGAATTCCTGTGCGTTGTTTCCCGGGAGCTCAACAACTCCACCAATGGAATTGTTATTGAGCCTACTGAGAAGGCTAAGGTATTAAACGTCttttt 
s mm7.chr11     115538242 225 + 122091587 tgtttgtttgtttTGCCCTTGAGTGTTCTTAGGTCCTGTCTGTATGGTTGCAGAGTCATCC--ACCATCTTTGTGTTTTGTCAGTTAATCAGCATTGGCTCTTCCTATAACTATGGAAATGAAGACCAGGCAGAATTCCTCTGTGTTGTCTCCAGAGAACTAAATAATTCTACCAATGGCATCGTCATAGAGCCGAGCGAAAAGGCCAAGGTAGGACACTGCTTCTT 

a score=2338
s danRer3.chr12  27468980 45 +  37038836 CTCAGATCCTTCAAGAGAGAGGGTCCAGGATGTGAGGAGCCTGTC 
s mm7.chr11     115539352 45 + 122091587 CTTAGATTCTTCAGGAGAGAGGCTCTCGAATGTAAGCGGACAGTC 

a score=1184
s danRer3.chr12 27469025 134 +  37038836 GCCTGAGCCCACACAGATCTCCCATCCCTCACCTCCTTTCCTTCAGATCCTCCATCAGCCCTCCACCCCTCACCTCACCCTGCCC-TCCTCCCTCGTGCCTTTCCACTGTGGGGCGTCGGTCCCCCTCCTCCCTG 
s mm7.chr15     78520318 129 + 103647385 TCCCGCGCCCTC-----TCCCCAAGCCCCCTCGCCCTGCATCCCCAAGCATCCTGCCTGCCGCC-TCCTTCGCCCCTTCCAGCCCCTCCTGCCTCCTGGCCTGGGGAGGAGGGGCGTGGCCGCATCTGCTCTTTG 

a score=1790
s danRer3.chr12 27469758 57 +  37038836 GACTTTTTGTCATCCTGGATTTTGGTTTTGTTTTGCCTCGTCTCTGTGGATATTACA 
s mm7.chr14     46819174 57 + 119226840 GATTTTAGGGTGTTTTAGATTTTGGTTTTTATTTGGTTTTTTCTTTTAGACTTTACA 

a score=1526
s danRer3.chr12 27469960 155 +  37038836 TTTTTTTGAGTGTGTGTGTGTGAGCTTGTTTATCGAGATTTGA---------TTTGGGGG-----GAGGTTCTAAATCGAACCTTGAAGATCTTTT-------------TTTTCTTTCTTTAAAGCCTGGTTGCCAACATGTGAAATGGTTTGTTTTACCTTTGAACTCTTTGTCGATGACT 
s mm7.chr14     46819661 182 + 119226840 TTCTTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTTGTTTTTTAGGATTTTAGGGTTTTTTTTTAAGCATTTTTAAGGTTTTTAAAAGAGTGTTTTAGATTGTTTTGGTTTTCAGGGATTTAGTTTATGTATAGCACATTTTTAAAGATTTTAGAGTGGCCTTTTTGGCTTTAGGGTTTTTCTTTAGGGTT 

a score=10146
s danRer3.chr12 27478724 905 +  37038836 AAAAACGCATATTTGTTCACAAAAATACCCTTACAAACACAAATTCATTCACAAAAAACTCAAAAATACATATTCATTCATAAAAAACCCAAAAACACATTCATTTACAAAAGAAAACTAAAAACACACAATCATTTACAAAAAACCTTTAAAAACACATTAATTCACAAA-AGAAACCCGAAAACACATATTCATTCACAAAAAACCCTCAAAAACACATTC----ATTCACAAAAGAAATGCAAAAGCACATCTTTATTCACAAAAAAACCTCAAAAACACATCCATTCACATAAGAAACCCAAAAGCACATATTTATTCACAAAAAAACCCTCAAAAACAAATATTCAT-----TCACAAAAAAACTTTAAAAACACATTCATTGCCAAACCCCCCCAAAAACACATTCATTCATAAAAGAACCCCAAAACACATATTCATTTACAAAAAACCTTTAAAAACACATATTCTTTCACAAGAGAACCCCAAAAGC-----ACATCTTCATTCACAAAAAACCCAAAAACAAATCCATTCACAAAAGAAACCCAAAAACAC------------------------ACATTCATTCACAAAAAAACCCAAAACACATATTCATTTACAAAAAACCTTTAAAAACACATTAATTCAC---AAAAGAAACCCAAAAA---CACACATTCATTCACAAAAAAACCCAAAACACATATTCATTTACAAAAAACCTTTAAAAACACATTAATTCACAAAAGAAACCCAAAAACGCATATTCATCCACAAAGAAACCCTCAAAAA---CACATTCATTTACAAAAG-----AAACGCAAAAGCACATCTTTATTCACAAAAAAACCTCAAAAACACATCCATTCACATAAGAAACCCAAAAGCACATATTTATTCACAAAAAACCCTCAAAAACAAAAATTCATTTACAAAAGAAAC---CCAAAGAC 
s mm7.chr14     46820737 854 + 119226840 AAAAAAGCCCTAAAATCCTAAAAAAAACCCCTACAATTCTAAAA-----AAAAAAAATCCCTAAAGTACCT---------TGAAAACCCTAAAAATACATCAAAACCCAGAAACAAATTAAAAACACCCTAAAACTGTCAAAAAACCCTACAAAACAC-TAAATCCCTAAATAAAAACCTGAAACCCTAAAAAGAACCCTAAA----CCTCTAAAAAAAAGCCTAAAATTCTAAAAAAAACTACAAAACCACA---ATaaccctaaaaagaccctaaaaaccc-------------taaaaccctaaaaaacGT--------------AAAGCCTTAAAAACACACACACATAAAACCCCCAAAAAAATCCTAAAAAAATTTTAAAACCCTAAAAGACCCTAAAATACCTT----------AAAATTCTAAAAGAAAT---------CAAGAACCTTCAAAAAACAC---------TAAAAATAAACCTCAAAAACCCCTAACACCCTAAAACACAATAAACCCCTAAAATGTTAAAACCATAAAAAACACCCTAAAACCCTAAGTAAAACTCTAAGGCCATCAAAAATCCCCCCCCCAAAAAAACCTAAAAAC-------TGTAAAAAAAGAAAACTAGAATCCATGAATAAACACAACAAGAGACCCAAAAAGCTAAAAAAATAAAAAACAAAAAAACCCTAAA---ATACTTA---ATAAACACTTTTTAAAAACACCTAAAATTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAG---AGCTCTAAAAAGACCCTAAAATAATTCTAAAACCCTAATAAAAGCCCTAAAATTCTACAAAACTTCAAGAGCCCTAAAAAGTCCCTAAAAAC-CATAAAGCCATACacaaaaacaaaaagaaa---------cacaaaaa----caaaaaacaaaaaAATATGGACTTAAAAAATCAGCCAAggac 

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s danRer3.chr12 27479654 589 +  37038836 AAAAACAGATATTAATTCACAAAAAAACCCTCAAAAACACATATTCATTTACAAAAAACCTTTAAAAACACATTAATTCACAAAAGAAACCCAAAAACGCATATTCATCCACAAAGAAACCCTCAAAAACACATTCATTTACAAAAGAAACGCAAAAGCACATCTTTATTCACAAAAAAACCTCAAAAACACATCCATTCACATAAGAAACCCAAAAGCACATATTTATTCACAAAAAACCCTCAAAAACAAAAATTCATTTACAAAAGA-------AACCCAAAGACAAATGTTCATTCACAAAAGAAACCCAAAAACAGATATTAATTCACAAAAAAACCCTCAAAAACACATATTCATTTACAAAAAACCTTTAAAAACACATTAATTCACAAAAGAAACCCAAAAACCCATATTCTTTCACGAAAAAACCCCTCAAAAACACA----TTAATTTACAAAAGAAACGCAAAAGCACATCTTTATTCACAAAAAAACCTCAAAAACACATCCATTCACATAAGAAACCCAAAAGCACATATTTATTCACAAAAAACCCTCAAAAACAAAAATTCATTTACAAAAGAAACCCAAAGACA 
s mm7.chr14     46828092 523 + 119226840 AAAAAAAAAAAAAAATCAGCCAAAACTCTGACAAAATGCTAAAATCATTTTTTAAA----TTAAAGAACACTTGAA------AAAAAAACCCTAAAATCCTTAATAA-AAACTTAAAAACCttttaaaaaaaataaaattctaaaaaaaaaCCAAAA----------------------ACCTCAAGAACTCAGAATTTTTTTTAAAAAACCAAAAAGC-------------CATAAAACAACCtaaaataataa------taaaaaaaatCTCTAGAACCCTAAAATGACACTGAAAGCCCCTAAGACCCTTAAAAAACTCCGTAATTCTAAAAAGAACCCTTCTAGAACGC---TAAAAATCCATAAAACTATAAAAAACA-ATAAA---GCAAAAAAATGCCaaaaatataaa-------aaaaataaaattcttaaaaaCATAAACCCTAAATTACTAAATCACCCTAAAAATCCATTTTT-------AAAAAACCTAAAAAAAAAACCCTATTGC-TGAAAAACTCAAGAACTCAAAATAATCCCT--AAAACCATAAAAAACCTAAAATC-TTTAAAAAAAAAACCTAAAAATA 

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s danRer3.chr12 27480243 372 +  37038836 AATGTTCATTCACAAAAGAAACCCAAAAAC----AAATATTAATTCACAAAAAAACCCTCAAAAACACATATTCATTTACAAAAAACCTTTAAAAACACATTAATTCACAAAAGAAACCCAAAAACCCATATTCTTTCACGAAAAAACCCCTCAAAAACACATTAATTT-------ACAAAAGAAACGCAAAAGCACATCTTTATTCACAAAAAACCTCAAAAACAAATATTCATTCACAAAAGAAACCCAAAGACAAATATTCATTCACAAAAGAAACCCAAAGACAAATATTCATTCACAAA---------AGAAACCCAAAAACACATATTAATTCACAAAAGAAACCCAAAAGTGCATATTTATTCACAAAAAAACCTTACATTTTCA 
s mm7.chr14     46830097 371 + 119226840 AATCCTAGCCCTCCCAAGAAACCCTAAAATTCTaaaaaaacaacaaacaaaaaaaacaaaaaaaaaaCATTTAGAACTCTAAAAAGACCCAGAAAACCCG-AAAACCATTAAAAAAAAAAAAAAACCTAAAATCATTT----AAAAACCCTAAAAGGACCCTAAAACTTAAACAAAACAaaacaaacaaacaaacaaacaaaaaaacCTAAAACCTTTCAAAACCCTAAAATCCTT----AAACAAACCCTAAACGAGat---------taaaaaaaacttaaaaaattaaaatacttaataaatatatttttaaaaaCCCTAAAATTCTAAAGAAAAAAAAAAACAAAACAAAAC---CACAAGAACTCTAAAAAAATTCTAAAACCCTAA 

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s danRer3.chr12 27480615 129 +  37038836 TCCAATGTTTTACATACCTTTTTTACTTATAAACATTTTAAATGTCTT--GTTTATAATAACATTACTCTTTTTTCTTTTTGTATAGGAGTATATGATATA-TAGATGATTCAGAATATGCCGGAATGTTTT 
s mm7.chrX      45492730 132 - 164906252 tctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttttttctttcttttttctttctttttttttttGGGGGGCGGGTTGAagactggatttctctgtgtattcctggctgtcct 

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s danRer3.chr12  27480967 189 +  37038836 CAGATGGAGGCTGGGGATGGGTGGTTCTGCTGGCCACCATCATTGTTTTAGCTCTGACTCTGGCCTTTCCCTCCTGCATAATCATCTTCTACTTGGACCTGCAGAAAGAATTTGAGGCTACTAACAGTCAGACATCTTGGGTGCCGTCAATAATGACAGCTGTTCTGCACGCTGGAGGTGAGGAAATTG 
s mm7.chr11     115571675 189 + 122091587 CAGATGGCAGATGGGCCTGGGTGGTCCTCCTATCCTCCCTGGTGACGCAGGCCCTCACCCTGGGCTTCCCCACCTGCATCGGTGTCTTCTTCACTGATCTGCAGCGCGACTTTCAGGCCAGCAACAGTGAGACCTCGTGGTTTCCTTCCATCCTGGGAGCCATGGTCCACGGTGGGGGTGAGTAGCTTG 

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s danRer3.chr12  27487659 291 +  37038836 CCTTCAGGTCCTCTGTGCAGTGTGCTGGTGGACCGTTTCGGCTGTCGGGCGACAGTGATGTTTGGAGGAGTGCTGAGTGGCTTTGGGATGGCGGTCAGCTCTTTCTCTCATTCCATAGTTGACTTATACATCACCGCCGGGGTCATCACAGGTCAGTACGTCCCTAGAGGAAGT----GGTTATTGCATCCGCTATTTGTAGACAGAAGA--------------GCAGAACAGCAGAGATTGCATAAACA----TTGTGGTGATTATGCAAGGGGT--TATCACTAAGTATTTTACCAGCTGACATGACTTGAAT 
s mm7.chr11     115573951 315 + 122091587 CCTACAGGACCCCTGTGCAGCATCTTGGTCAAACATTTCGGCTGCCGAGTGACCATGATGCTGGGGGGTGTGCTGGCCAGCCTGGGCATGGTAGTCAGCACCTTCTCTGGCTCGCTCACCCACCTCTTCCTCACCGCAGGAGTGATCACAGGTAACCATGACTCTCTCGAAAGTGCCGGGTGGGTGGAACTGCTTATAGTCTAGAGGAGAAGTCAGGTGTGGGGGCTGGGTACATAAGAATGTTTAGATACgggctggagagatggctcagcggttaggagcactgactgctcttccagaggtcctgagttcaat 

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s danRer3.chr12  27490464 855 +  37038836 ATCTAAATCCCCCTTTATTTGCTTCACAGGTCTGGGTTTCTGTTTCAGTTTTCAGCCTGCTGTCACCATTCTTGGCCACTACTTTGTGCGTCGTCGCCCTTTTGCCAACGCGATGTCCTCCACCGGCACTGCTCTGGGTCTCTCCACTTTGCCTTTTTTA---TGTGATTTTCTGAAGATTGAGCTTGGCTGGAGAGGAAGCTTTTTGGTCCTGGGCGCTGTGCTGCTAAACTGCTGTGTTTGCGGAGCCGTCATGAGACCAATCAGACCTCGCAAGCCCAGAAAGACCAATGA-GATCAACAACAGCCCCAAAACCTCAGACAAAAAGGGTTGCATGCTGGGGATCTGTCAAAGTTTAGCGTCATCCCTCAGACAACAAATGGCCTTTGACCTCTTCTGTAGCAACACAAGATTTCGGGTGTTTTCATTGGGCATCACTTGGATGATGCTGGGTTTTGTGGTGCCACTGATTTACCTCGTCCCGTATGCATCGGCTGATGATATGGATCCAAGCCGGGCTGCCTTGCTCCTCTCCATTCTGGGATTTGTTAACATCTTTGTTCGGCCTCCTGTCGGAGTCCTCTTTAGCCTTC--------CCTGGTTCAAAGGTCGCCACATTTACGTTTTTTCAGCCGCGCTCCTAATAAACGGACTCAGTAATAGCATTTGCTGCATTTCTGCAAGTTTTCCTGTGCTGTTAGTTTACGTGTTGACCTACGGACTGTCCATGAGTGTGGTTGGCTCGCTGATGTTCACCGTTTTGATGGACACAGTGGAAATGAGTCGATTTCCTTCTGCTCTCGGCCTGCTGTCTATCATGGAGAGCGTCACATTGCTGATTGGACCTCCACTCGCAGGTAA 
s mm7.chr11     115578354 843 + 122091587 AGCTGATGTCCCCTCT---CGCACTGCAGGCCTGGGCATGTGTTTCAGCTTCCAGTCGAGCATCACGGTAGTGGGCTTGTATTTTGTCCGCCGGCGGCCGCTAGCCAATGCACTGGCCTCCATGGGACTCTCCATGGGCGTCACCCTCTGGCCACTGCTGGCCCGATATCTTCTGGAAACC---CTGGGCTGGAGGGGCGCCTTCCTCATCTTCGGTGGCATCTTACTCCACTGTTGTGTATGTGGAGCCTTGCTGAGGCCTGTTGCCACCAACGAGGTCCCCGAGCCCAAAGAGGATC--------CCCTTCTACCTC---CCAAGATACCTACACGCAGCTG-CCTGGCAACATGTGTC-TCAACCATTCGGTACCACCTGGCCTTTGACATCCTTCGGCACAATATGGGCTTCTGCATATACGTCACGGGCGTGACGTGGATGAACCTGGGTTTTGCACTGCCACATATCTTCCTAGTGCCGTACGCTATGCATCATGGGGTGGACGACTATTGGGCAGCCATGCTCATGTCCATTGTTGGCTTCTGCAACATCTTCTTACGGCC-AATGGCAGGGCTGCTGCTGGCAGGCAGGAAGAGCTTGGCT----GCCTACCGGAAGTACCTGTTTGCTGTGGCGATCCTCATCAACGGGCTCACCAATCTAATATGCACGGTGTCAGCCGACTTCCGGGTGCTCCTGGGCTATTGCCTGGTGTACAGCCTGTCCATGTGTGGAGTTGGGATCCTCGTCTTCCAGGTTCTAATGGACATTGTCCCGATGGATCGGTTCCCCAGCGCCCTGGGCCTCTTCACCATCCTGTGTGGCGTGACTTCTCTCATCTCTCCACCATTGGCTGGTGA 

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s danRer3.chr12 27505690 122 + 37038836 GAAACCAGAAGAAAGA------TGAAGAGGCCAGAGCACTTTTAATGAGGGTCATTCGCTACTCCAGGCTTGATTATCTTTATCTAGGAGCTGCTTTTATCTTCCTCAGCTTGGCGGCACTGTGTGAG 
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a score=3389
s danRer3.chr12 27507498 136 + 37038836 TTTTATAGTTGAGACGTTCATCCCATACTGTACTGGAAAGGTTATTGACATATTGAGTGGAAAATACCAGCACAGCAACTTCACTTGGGCCATTTTACTCTTGGCACTGTGCTCACTTGGAAGGTTAGAGATTCTT 
s mm7.chr17     32285766 136 + 93276925 TCTTTCAGGGGAGACATTAATCCCTCGCTATTCGGGTCGTGTAATTGACATCCTGGGAGGTGATTTCGACCCCGACGCCTTTGCAAGCGCCATCTTTTTCATGTGCCTGTTCTCTGTTGGGAGGTGAGAGATGATT 

a score=2778
s danRer3.chr12 27509777 238 + 37038836 TTTAGGAATAATTTCATTCTCTCT------TACAGGTAATCTGGCATCCCGTTTGATCTCCGACACTGATAAAATGGGACGTGCTGTGGCCATGAATGTGAATGTGTTACTGCGGAGCATGGTGAAGACTTGCGGCATGCTA-TACTTCATGCTGGGTGTCTCTTGGCAATTAACTCTCCTCACCTGCATCGAAATGCCACTTCTTGCTTTCCTTCAGAATTCATACAACAGCCTCTCCCAGGTA 
s mm7.chr17     32288959 244 + 93276925 TTTTGGGTTCCCATCATCCTTTCTGCCCTCCCCAGGGGAGCTGAACTCGAGGCTGAGCTCTGACACCTCTCTGATGAGCCGCTGGCTCCCTTTCAATGCCAATATCCTGCTGCGGAGCCTGGTGAAGG-TGGTGGGGCTCTACTTCTTCATGCTCCAGGTATCGCCCCGACTCACCTTCCTCTCCCTGCTGGACCTGCCCCTCACGATAGCAGCTGAGAAGGTGTACAACCCCCGCCATCAGGTA 

a score=1506
s danRer3.chr12 27510081 232 + 37038836 ATTCATAATGTCTCTCCTCTTCC---TGATCAGAAAACCTCCAAAGAGCTTCAAGACTGTAATGCAGAGACTGGAGAGTTGGCGTCTTCTGTCATTGGCTCGATAAAGACTGTTCGCAGTTTTAAAGCAGAGTGTCAAGAACAGCAGCGATATGAACAGACTATCAACAGGAAGCTCCAGGTTTTGAGGCGTAAAGGCTTTTACAGTGCCGTTTATCTCTTAATACGCAGGGTAA 
s mm7.chr17     32291741 235 + 93276925 ATTCACCGGTTTTATCCGCTGCCCTGTTTTCAGGCGGTGCTAAAGGAGATCCAGGATGCAGTGGCCAAGGCGGGGCAGGTGGTGCGCGAGGCGGTAGGAGGGCTGCAGACTGTGCGAAGCTTTGGGGCCGAGGAGCAGGAAGTCAGCCACTACAAGGAGGCCCTGGAGCGATGTAGACAGCTGTGGTGGCGCCGAGACCTGGAAAAAGACGTGTATCTAGTCATACGGAGGGTGA 

a score=2533
s danRer3.chr12 27511989 138 +  37038836 TGCAGTTTATTACAGTGGGCTTGAAGGTAGCAATGCTGTGCCAAGGCCGAAATCTCATCTCCTCTGGGCAGCTTAGCAGCGGCAGCCTACTGGCCTTTGTGTTTTACCAGAAGGACATGGTGACCAGTATGAAGGTAA 
s mm7.chr5      29729414 138 - 153054177 TGCAGCTCACACTCCTGGTGGTCCAGGTCAGTATTCTCTACTACGGGGGCCACCTAGTCATCTCGGGGCAGATGAGCAGCGGCAACCTCATCGCCTTCATCATCTACGAATTTGTCCTGGGAGACTGCATGGAGGTGA 

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s danRer3.chr12 27512203 291 + 37038836 ATTCACAGCACCTTGTATATATCTATGGAGACATGCTGAGTACAGTGGGTTCATCAGTGAAAGTGTTCCAGCTGCTCGACAGGAAGCCACAAATGAGAGAAGCTGGCGATCTGGCACCAGAAAAGCTTAAAGGAAGAATAACTTTTGAAAAGGTCACCTTTTCCTACCTTTCCCGCCCTGATGACACAGCACTAAAGGTATGGTTGGGTTTATACAGTGGAGAAAACCTAAATTTTTTTTTACATTTTTTAGGT--------CACTGCTTGTGCATAGTCATCTTT--GAAGTTATTCTAA 
s mm7.chr17     32293911 296 + 93276925 ATTTCCAGAACCTGGTTTACATGTACGGGGATATGCTGAGCAACGTGGGCGCTGCTGAAAAGGTGTTTTCCTACCTGGACCGAAAGCCGAATCTGCCCCAGCCTGGGATCCTGGCCCCTCCCTGGCTGGAGGGGCGCGTGGAATTCCAAGACGTCTCCTTTTCGTATCCCAGGCGCCCCGAGAAGCCTGTGCTCCAGGTGT-CTGAGGGAGACCCCGTGG----GATCGGAACCTTTCTCTCTGCTGCGGAGGTCGGGCTCCCGCAGCCTGAACATCATTTTCTCTAGGAAGCTGCTCTGA 

a score=5083
s danRer3.chr12 27513525 189 + 37038836 TTCATGCAGTCTGTAACACTGGAACTGAGTCCAGGGAAGTTGACGGCATTGGTCGGACCCTCAGGAGGAGGGAAGAGCTCTTGCGTCAGCTTGCTGCAGAGGTTTTATGAGCCTAAGGAGGGTGAAATGTTCCTGGATGGAGAACCTCTTTACCACTATCAACACCAGTATTTGCATAAAAAGGCAAGA 
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s danRer3.chr12 27513755 206 + 37038836 GTGCAAAACATGACACATT-GTTCTT-----CTATTTACTTGGCTTAGGTGGCCGTGGTATCTCAGGATCCTGTGCTTTTCTCTGGCTCTGTGAGATATAATATTGAATACGGCTTGCAGGACTGCACACTCGAAAGAATAGAAGAAGCTGCTCGAAAAGCCAATGCACACAACTTCATATGCAATCTGGAACAGGGATATGATACAGGTAC 
s mm7.chr17     32294502 212 + 93276925 GAACAAAGAAGGAGGTACTAGTTCTTTGCTCCTTTCCGCTCTGTACAGGTGGTTCTGGTGGGGCAGGAGCCTGTGCTGTTCTCGGGTTCTGTCAAGGACAATATTGCCTATGGCCTGAGGGACTGTGAGGACGCTCAAGTGATGGCAGCTGCCCAGGCGGCCTGTGCAGACGACTTCATAGGGGAAATGACTAATGGAATAAACACAGGTAC 

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s danRer3.chr12 27515175 404 +  37038836 atcaacctctagcaaatggttgatttgtcaggttgtggaaaagtatcag--aatttatacat------------------atactatgaaaaaaaagaagtgtaagaccatttaaaaaaactacaacaaaaaaaaaaaacaatctaaataaaacattttttaaatactaaatcatcgttatttttgaagtatgccaaaaattatatttcagattctt-------atttaatgtttccttttttctttttttacaataaatccaagatcaagtgtagtagtgcaacagg-attatatttgttagattttttttgtaaaccaacaatgctgtgtatagtgtgaaccattatttaaaacagt--ctaaatatggg--caaccatt----------------tggtaaagcaggcaattaaagggttTTTAAACAGTAGGTTGAATGTGGATG-CTT 
s mm7.chr5       8995540 406 + 153054177 ATTAACATTTAAGTAGATATTGATTGCTAAGCTATTAAAAGAGAATAAACTAGTTTTTACATGGATCAAATAGCTACTTCAAACTGTAaaaaaaaaaaa---------------caaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaa---aacaaaaacCCTTTGTGAGT-CTAAGCTGTGATTCCACGGAAATCAGATTAAATGCTAT---TCATGTTAATGGCAGGAATTTAAAATAGCTCAATTTCTTGTAACAGAATACCACTGAAATCTA--------------CAGGCACTGTATTT--TAGTTCAGTCTTA-AAGGCAAATATTCTATGGAACTGAAAATACATTACTGAAAACAATATCTTATTATAGAAACATCTATTGATTTTCATTTTTTTCTTGTAAAG---ACAACT-----GTCTTAAAACTGTATTACCTTTATTGATGACTA 

a score=5611
s danRer3.chr12 27515579 163 + 37038836 TCTCCACAGATGTTGGCGAGTGTGGTGGCCAGCTATCTGCTGGCCAGAAGCAGTGCATTGCCATAGCCAGAGCTCTGATAAGAAACCCTCAGATTCTGATCTTGGACGAGGCCACCAGTCACATGGACTCCAGCACCCAACAAGCAGTGAGAATCCTGATAGA 
s mm7.chr17     32295229 163 + 93276925 TTTCCTCAGAAATCGGGGAAAAAGGGGGCCAGTTAGCTGTGGGACAGAAGCAACGTCTGGCCATTGCCCGGGCCCTTGTGCGGAACCCACGGGTCCTCATCCTGGATGAGGCTACCAGCGCCCTGGACGCCCAGTGTGAACAGGCCGTGAGTACCAGCATGGA 

a score=2304
s danRer3.chr12 27515836 125 + 37038836 GGATCAGACGGTTCTGGTGATAGCTCATCGTTTGGAGACTATAGAGAAAGCAGACCACATT---ATCTTCATGGAAGGAGGTGAAGTCAAGGAGCAGGGAACACACCAGCAGCTCATGGACAAGCAAG 
s mm7.chr17     32295841 116 + 93276925 GGACAGGACGATGCTGGTGATTGCCCACAGGCTGCACACGGTTCAGAATGCTGACCAAGTTCTGGTGCTCAAGCAGGGACGTCTGGT---GGAGCATG---------ACCAGCTCAGGGACGGCCAGG 

a score=2941
s danRer3.chr12 27527865 156 +  37038836 AGCTATGTCCATGGCCTCTCT---TCCCATCCACTGCAGTCCAGTACTGTGGACCAGTGTCTTCAAGCTACAGTTGAGCGTTACCCAGACCGTGAAGCCATGGTTTTTGTGCAGGATGGAATACGCAAGACCTTTGCTGAGTTTTACCAAGACGTGAGT 
s mm7.chr11     27409366 156 - 122091587 AGCTACATTCAGGGCCACACCGACTCCCATCTTGTGAA---CACAACTGTGGGCGAGTGCCTTGACGCCACGGCGCAGAGGTTCCCCGACAGAGAGGCTTTGGTTATCCTCCATGAAAACATCAGGCTGAACTTTGCGCAGCTCAAGGAGGAGGTAGGT 

a score=5947
s danRer3.chr12 27530481 137 +  37038836 CAGGTGGAAAAGGCTGCTGCGGGTCTGCTGGCGGCTGGGCTGAAGCGGGGAGATCGATTAGGGATGTGGGGACCAAATATCTATGAATGGGTACTGATGCAGTTTGCCACAGCTAAAGCAGGGATCATTTTGGTGAG 
s mm7.chr11     27409895 137 - 122091587 CAGGTGGACAAAGCTGCTTCTGGTCTTCTGAGCATTGGCCTCCGCAAGGGTGACCGGCTGGGCATGTGGGGACCCAACTCCTATGCCTGGGTACTTATTCAGCTGGCTACTGCCCAGGCAGGCATCATCCTGGTGAG 

a score=2954
s danRer3.chr12 27530689 60 +  37038836 CAGGTTGCGGTGAACCCGGCTTATCAATTGCAAGAGGTAGAATTTGCTCTCAGAAAGGTA 
s mm7.chr11     27410266 60 - 122091587 CAGGTGTCTGTGAACCCAGCCTACCAGTCCTCAGAACTGGAATATGTCCTCAGAAAGGTA 

a score=6013
s danRer3.chr12 27532812 387 +  37038836 TCTTTTAGGTGCAGTGCAATGCAGTTGTCTGCCCAACTAAATTCAAATCCCAGCATTACTGTGACATGTTAAAGCAGCTTTGTCCAGAGATGGAGACTGCTTCACCTGGAGGAATTAAGAGTTCAAGGTACCAGTG---------------ATATAATAAGACAG---ATATACATAATCAATATTAAGGACTAGAGGATG----ATTGAGCTGCCATTTTGTTGTTTTTG------TTTTCT---TATCAGACTTCCAGACTTGCATACTGTGATCGTGACTGACAGTCAGCAGCCAGGATCTTTCCTTTTGAAAGATCTGATGCAGGCAGGAAGCAGCCAACACTATCAA---CAACTTCAAGACCTACAGAAGAAACTTGTTTGCGATGATCCCATAAACATTCAGTTTACTTCGGTA 
s mm7.chr11     27410860 421 - 122091587 TCCCACAGGTAGGCTGCAAAGGTATTGTGTTTCCCAAACAATTCAAGACCCAGCAGTACTACGACATCCTGAAGCAGGTCTGTCCTGAGCTGGAAAAGGCTCAGCCAGGGGCCTTGAAGAGTGAGAGGTGGGTATGTCTTGGTTTTAGGGAATATCATGTGACATTTCAGACTCTTACCTCCTACAAAGGTGGAGCTGATATCTTCCTGGGCTGTCTTTTAGCCATTTGTCACTATCTTTTCTGTATCTTAGACTCCCAGACCTGACTACAGTCATCTCAGTGGATGCCCCTCTGCCGGGGACCCTGCTCCTGGATGATATTGTGGCAGCCGGTGGCAAGGAACAGAACCTAGCCCAGCTGCGGTACAACCAGCGGTTCTTGTCCTGCTACGACCCCATCAACATCCAGTTCACCTCGGTA 

a score=4504
s danRer3.chr12 27533880 119 +  37038836 TTCTTAGGGAACTACTGGAAAGCCCAAAGGAGCCACTCTATCTCATCACAACATCGTGAACAATGCTTATTTCACTGGCATGCGCAT-----TGGCTACAACTG------GAGGGTGGGTGCTTGTGACC 
s mm7.chr11     27411832 130 - 122091587 TTCTTAGGGGACAACTGGAAACCCCAAGGGGGCCACTCTTTCCCACCACAACATCGTAAACAACTCCATGCTGATAGGCCAGCGTCTGAAGATGCCCACAAAGGTGAGGTTGGGATGGGCCCTGGTGACC 

a score=1528
s danRer3.chr12 27534752 219 +  37038836 TACAGAAAAATGTGAGGATATGCTTGCCGGTGCCCCTGTATCACTGTTTTGGCTCAGTGGGTGGTGGTGTAATCATGGCTTTGTATGGCACCACAGTGATTTTTCCATCAACCGGTTATGATGGACGTGCCAACCTTCG-GGCAATAGAGAAAGAGAAGTAAGCTATTATGAAAG------TATGTGTATATAAAAATATacacacacacacacacacacacacac 
s mm7.chr11     27412090 224 - 122091587 TGCAGAGGAGT-TGCGCTTGGTCCTGCCCAGTCCCCTGTACCACTGCCTGGGCTCCGTGGGGGGCACAATGGTGTCTATGATGCATGGTGCCACTCTCCTCCTGTCTTCTCCAAGCTTCAATGG-CAAGAAGGCATTGGAAGCCATCAGCAGAGAGAAGTGGGCATTGGTGACAAGCCGCCCATGGGCTGATAGGACCCTCCAGACCCTCACTCCTGAACCCACCC 

a score=3155
s danRer3.chr12 27536505 106 +  37038836 TTTAACCAGGTGTACATTTGTCTACGGTACCCCCACTATGTATATCGACATGCTCGGACAGCCAGACCTGGCCAAGTTTGATTTGTCATCAGTTCGGGGTGGTGAG 
s mm7.chr11     27412507 106 - 122091587 TTTGTGCAGAGGCACCCTCCTGTATGGCACACCCACGATGTTTGTGGATATTCTGAATCAGCCAGACTTCTCCAGTTATGATTTCACAAGCATTCGTGGAGGTGAG 

a score=2668
s danRer3.chr12 27536741 93 +  37038836 CAGGTATTGCGGCTGGATCTCCTTGTCCTCCTGAGGTCATGCGTAAAATCCTAAATGTCATGGGTATTAAGGAAATGGTGGTAAGTAGTTATT 
s mm7.chr11     27413159 93 - 122091587 CAGGTGTGATTGCTGGGTCCCCAGCACCCCCGGAATTGATTCGAGCCATCATCAACAAGATGAACATGAAGGAGCTGGTGGTGAGTGGCTATT 

a score=2801
s danRer3.chr12 27543247 169 +  37038836 CTCACCATCTCAAAGTCGTGTCCCCTTCCTGGCCCTCTTTGTTTTTCCCTTGCAGCGGGTGAAAGCAGTGCTGTCTCTTATTTGCTTTCCTTTCTGGTTGGCAGGTGAAGCGCAAACTGCATCTGGGCGATTACGAGTAGTGTCCATCCATCTGCAATTCCAAGCATTT 
s mm7.chr11     27414189 169 - 122091587 CCCACCTGTTTAATGGCGGCCAGCTTTCTTGGACCTCTTGGTCGGGGATTTGCAGCTGCGAAGGGCATCTGTGTCACGAATCCGCTGACCCTTGAACTTGGCTGGCGAGGAGCAGGTAGCATCCGGTCGAGAAGCCTTGGCTTCCAACCACCTACAGAGACAAAGAGTT 

a score=4423
s danRer3.chr12 27545894 188 +  37038836 TTCTTACTTTCTGAGGTTTGTTAATGGGCAGGTGCAGCTCCAGGGATTGTTAAACAGAGTGATGTTTTGGATGGTGCTGAACTCAAGGCTGTTTGGTAGTGACCTCAGCTTGTTGTTCTCCAGATGCAGAGATTTGAGAGCCGTCACTCCCTCAAAGGCAGCATTGGAAAACTAGATAGGGGGAAAGG 
s mm7.chr11     27414580 188 - 122091587 TTCTCACCGCCGAAGGCCACGGAGCTGGCAGGTGCATTTCCATGGGTTGTTGGTGAGAGTGAGGGTCTCCAGGTTGTCAAAGGGGAAGGAGGAAGGCAGTTGGTTCAGGCGGTTGTTGTCCAGATGGACGTGTTTCAGTGTGGTCACACCCGAGAAGGCAGCATCTGAGAACTGTGAGGTGAGGGAGG 

a score=26908
s danRer3.chr12 27549874 750 +  37038836 ACTTACCTTCTCCAGGCTCATGTCATTTAGATGGAGCTTCTCCATGTAGCGTCCGAAGCTTCGGAATGCATGGTCAGGGATGAGGCTGAGAGGGTTTTTGGAGAGGTTGAGTTCCTCCACAACACGCAGCTTGCTCATAGCCGGGAGAGGGTATGTGGACAGGTTGTTCTGGTCCAGGGTTAGAATGGCCAAGTTCTCCACTTCATCAAGAGAACCAGGCTGTATGGAGCTCAGCTCGTTGCCGCTCATATAAAGCCAGCGGAGATCCTTAGCACCTTTGAAAGTACCAGGCTGCAGCTCTCGAAGCTTGTTGTTGTTGAGCTGCAGGATGAACAGGTTGATCATGGGGGAAAAGATGCCCTTCGGAAGGCTTGTGATTTGGTTGCCGTCCAAGTAGAGATAGGTGAGTTCTGTTAGATCCTCAAAAGCACCGGGTTTAATGGTGCTGATCTCATTATCAGACAGGTAGAGGTAGATGAGCTTGTTGAGCCCTTTGAAAGCCTGGCCGGAGAGCTCTCGGATCTGGCAATGCTGCAGGTGCAGAGAAATGAGCCCTTTCATCTCACTGAAGCCCCCAGTTGGTAGATTCCCC----AAGTTGTTGCGTTGCAGGTTGAGGAGACGCGTGGCTTCAGATATGCGAGGGATCTTCTTTAGCCCAACATTGTCACAAATAACATGCTGCAGGTCCCCATGGCAGTGGCACTGGCTTGGGCACTGAGTTGGAGCTGCAAAAGCAGTGTGAGCACAAAA 
s mm7.chr11     27416674 745 - 122091587 ACTTACCTTCTCCAGGTTGGTGTTATCCAGCCAGAGGGTCTCCAGATATCTACCGAAGGACTGGAAGGCATTGTCTGGGATGCTCTTCAGAGGGTTGTGAGACAGCTTCAGCTCCTCCACCACCCGAAGTTTGCTCAGGGCGGCTGAGGGGTAGCTAGACAGCTGGTTCTTGTCCAGGTGGAACTTGGCTAGGTTCTCCACATCATCCAGGGAACCAGGCTGCAGGGAACTGAGGGCATTTTCTGACAGGTAGAGCCAGCGCAGGTCCTTGGCCCCCTGGAAAGCTCCAGCACGCAGCTCTCGGATTTTGTTGTTGTTGAGTTGCAAGATGAAGAGGTTGACCAGAGGAGAGAGCAACCCCCGGGGCAGTTCCGACACTTTGTTGTGGTCTAGATAGAGGTAAGTGAGTTCAGTCAGGTCGTCGAAGGCTCCAGCTCGCAATACCCGGATGTCGTTGTGGGACAGGTACAGGTAGATAAGCTGCTTCAGGCCTCGGAAGGCACCAGCCGCCACCTCGCGGATGTTGCAGTGTTGCAGGTGCAGGGAGACCAGGTTCGGCATGGTCCGAAA----CGAGTTGGCAGCCAGCACCGGGAAGTTGTTGCGCTGGAGATTGAGCAGTTTGGTTGTCTCTGATACCTTGGGGATCTTCTGCAGCCCCACCTTGTCGCAGATGACATGCTGCAGATCTCCATGGCAGTGGCAGTTTTGGGGGCAGGCGGCTAGCGC-----AGGCAGGAGGATGGCAAGA 

a score=2656
s danRer3.chr12 27560608 322 +  37038836 ACAGCCCTGTG-ACATTCTGTGGCTTTCCTGTGGACAGTGCAGAGAGAAAGATAGAGACTGTTGGATGTATTTCCCCACACACCGAGGTGCACTTTCAAACACCACTTTATTAAGGTGCTCTTT-----AGGCATCAGTTCTAG-----CACACTGAATTATTGTTTCTCCATTAGGCTAAAGTCGTGGACCCTACAACAGGAGAGATCGTGCCTCTGGGGGCTCAGGGGGAGCTGATGATCAGAGGGTATTGTGTGATGCTGGAGTACTGGCAGGATGAGGAGAAGACCCGTGAGTGCATCACGAAAGACCGCTGGTACAAAACTGGGTAAG 
s mm7.chr11     27420990 324 - 122091587 ACTGCCATGAGTAGAGCCAGCAGCTTCATTTCTGAGAGGGTGAAGGAGAAAGAAAAGCCCCCTG--TTcccacccccacacccccacccccaccc-----cacccctatctccaAGGACCCTATCCCCAAGGCAAGAGAGCTGGAGGCTCAAGCTGAAAACTCTCCCGTCC--CAGGCCCAGATTGTGAATGTGGAGACGGGTGAGCTGACCAACCTGAACGTGCCTGGGGAGCTGTATATCCGAGGGTACTGCGTCATGCAGGGCTACTGGGGTGAGCCACAGAAGACCTTCGAGACGGTCGGACAAGACAAGTGGTATCGGACAGGGTGAG 

a score=4541
s danRer3.chr12 27560989 168 +  37038836 GTCTCTGCTGTGTGGTTCAT--ACAGTGATATTGCCAGTTTGGACCAGTTTGCATACTGCAAAATAGAGGGGCGCATCAAAGATTTGATCATCCGAGGAGGAGAAAACATCTATCCTGCTGAAATTGAGCAGTTTCTGCACACACATCCCAAAATTCTAGAAGCACAGGT 
s mm7.chr11     27422918 170 - 122091587 GTCACTCCTGGGTTTCTCGTTTACAGAGACATTGCTTTGATGGATGAACAGGGCTTCTGCAAGATCGTCGGCCGATCGAAGGATATGATCATCCGTGGCGGTGAGAACATCTACCCTGCAGAGCTGGAGGACTTCTTCCTCAAGCACCCACAGGTGCAGGAAGCGCAGGT 

a score=6149
s danRer3.chr12 27562269 224 +  37038836 TTTAGTCCAGGCTTTTTTAACTGTGCTATCTGGTTTTCATTAACTGTTAGCCACCATTTTATAGTTAGCAAGGTTGTTTGAGCATTTTTAATGTCTGTTTTTTTCACACAGGTGGTTGGTGTGAAGGATGAGAGGATGGGAGAGGAAGTATGTGCTTGTATTCGACTTAAGGAGGGTCAGGAATGCACTGTAGAAGAGATTAAGGCTTACTGCAAAGGAAAGGT 
s mm7.chr11     27423477 209 - 122091587 tctgttccagatgactctagcctgtgtgttgagttgacattaaagactagccCC------------GGCCAGGTTTGATGTGTGGTATCTGTCTCTGACCTTGGC---TAGGTGGTTGGGGTGAAGGACGAGCGGATGGGGGAGGAAATCTGTGCTTGCATTCGGCTGAAGAGCGGAGAGACCACCACGGCGGAGGAGATCAAAGCTTTCTGCAAAGGGAAGGT 

a score=3924
s danRer3.chr12 27565024 84 +  37038836 TTTGCAGATTGCCCATTACAAGGTGCCGCGCTATATATTGTTTGTTCAGGATTATCCTCTGACAATTACAGGCAAGGTAAGTGA 
s mm7.chr11     27423833 84 - 122091587 TCTGCAGATTTCCCACTTTAAGATTCCCCGATACATCGTGTTTGTTGAAGGCTATCCTCTCACCATCTCAGGAAAGGTGTGTGA 

a score=3512
s danRer3.chr12 27565444 90 +  37038836 ATAGCACTACAGC---------TGTTCTTTTCTTCATCTCTCTCTCAGATCCAGAAGCACAAACTGCGCGAGCGGACCGAAAAACAGCTCGGACTGTGA 
s mm7.chr11     27424143 99 - 122091587 ataGCACCGCAGTACAGACTCTCACTCTTACTCTTATCTTTCTTCTAGATCCAGAAATTCAAACTCCGAGAGCAGATGGAACAGCATCTAAAACTGTGA 

a score=8999
s danRer3.chr12 27569266 369 +  37038836 TGTGTCTTCAGTCTTTTGGCAGTGGAATTCCGACTGCTGATTGGCTCTGTCCCTGCAGTGCGTGTCTGGCTGTGTCCACCTGTTTTTGTGTGCAGTGCTCCTGTAAGAAAACACAGGCCAGGTTCCGGAGGCGTGGGTTCTGTGTGTGGGAGAAGCGCAGCATACACTGCACCACAGCACTGTCTGTGATCTC------AGAGCGAGAGGACGCTGTGATGAGGTTCATCAGTGTTGTGATGGCGGACAGAACCGTCTCGTCTCTGCTGCTGGACAGGCAAGAGATCACCAACGGCACACCACCGCTCTGCAGAATCTGATCTCGAGACTCCAGCTCCATACTGAGGTTACATAAACCACCTGCAGGGTTTCAAA 
s mm7.chr11      6493480 365 - 122091587 TGGGGCCTCAGTCTTT-GGCAGTGGGATCCCCAGGGCAGAATGGGCCTG--CTGGCTGTGGGCCTCAG-------CCACCTGGCTCGGCGAGCAGAAGTCCTCTAGGAATATCTGGGCCAGGTTCCGGAGCCGTGTGCTGGCAGAGATGGAGAAGCGCAGCATGCACTGGACCACGGGCAGGGAGGTCAGCTCGGGATGGGAGCGGGAGCCTGGCGAGCTCAGGTACATGAGAGTGGTGACAGCAGACAGCACCGTCTCCTCGTCAGGACTGGACAGGCAGCCGATGATGAGCGGGAGGCCCCCCGCCTGCAGGACGTGCTCCTTGTTGGCCTTGTCCGCGCACAGGTTGCAGAGCCCCCCTGGAGAGAGGCAAA 

a score=5547
s danRer3.chr12 27570240 152 +  37038836 CTAACCAATTCCAAACTCCACAAAGTTTTCGTTCTCTTCTGTCAGCATGTCCAGGAAGAGCTCAGTGACCTGCAGTGTTCGCAGAGCCTCCATGTTGGATGGATCGTAAGCAAAATTGGCCAGATTAGCCAGCACTTGCTCTTTAGCCTCTG 
s mm7.chr11      6506272 152 - 122091587 CTTACCAATAGCAAACTTGATTAGGGTTTCATTCTCTTCCGACAGAGAATCAAGGAATAAGTCCAGGACTTGTAGTTGCCGTAGGTACTGGTAGTTGCCCGGGTCATAAGCGAAGTTGGCGAGGTTGGCGAGGACTTGCTCCTTGGCATCTG 

a score=2672
s danRer3.chr12 27571187 60 +  37038836 TCATACCATCACTGTCAGTGTCCTGAAACTCTGTGACGAGACCCTGCAGATACTCAAACC 
s mm7.chr11      6506509 60 - 122091587 TCTTACCTTGGCTCTCGGTTTCCTGGAACTCTGTGACCAGCGCCTGCAAGTAGCCTAGCC 

a score=2078
s danRer3.chr12 27581536 64 +  37038836 ATTTACCCAAGAGTAACGCAGGGAAAATGACCCTCTCTCTTCTGCTGAGGAGAGAAACACATAA 
s mm7.chr11     68907737 64 + 122091587 AGTTACCCATGAACAACGTGGGAAATATGACTTTTTCTTGCCTAATAAAAAAAAGGAAAAATCA 

a score=4602
s danRer3.chr12 27582961 183 +  37038836 TGAACTAAATGGGCAACTCACGCTTTGTCGAAGTAGGATGTGTGGAGCGAATGAGAGTAATTTGAAATGTCGCCATTAATCAGATTGCCGTTGACGTT---GGTAACATAGTTCTTTCTGGCTGCCTGGTCCTTTGCAAAATTTCGACAAGCTGCGAGCTTAGACTCCAAAGCCTAGGAAACAAAA 
s mm7.chr11     68911467 186 + 122091587 taaataaaGTCAAGGACTTACCCTTTATGGAAGAAAGTTGCTCGCCCTGACCTTGGGCACTCTGGGCCATTGCTGTTCATTACCCCACAGTTAACGCTCCCTGGAACATAAGATTTGCGGGATGCTTGGTCTTTTGCAAAGTTCCTGCAAGCGGCTAACTTGGATTCTAAAGCCTACAAAGAAAGA 

a score=4318
s danRer3.chr12 27584611 119 +  37038836 CTCACCCCAACTTTGCGCAGTAAATCGCCCACAATATTGAGCGCTGATATTCTAGCAGATGGTGTGAGGGCTGCGTTAGTGGAGCCGTTGGCCAGAACTG-AAAAAGAGAGA-----AGAAATAA 
s mm7.chr11     68914922 125 + 122091587 CTTACCCCTACTTTCCGCAAGAGATCTCCCACGATGTTTAGTGCTGATATCCTAGCAGAAGGAGTTAGTGGACTGGTTCCAAAGCCGTTTGGTATAGCTACAGAAAGAGAAACGCAGAGGAATAA 

a score=6807
s danRer3.chr12 27584732 235 +  37038836 CAGTTGATGTTGAACAAGTGTGACATTGTGTACATCTCAGAGACAGAAATCAACCTGTCTGACTGGTGAAAGCATTGTCCAGATTCTTGCTAAGAGGTGTAGCAGGCAGAGAAAGGGATGCCTGGACCGCAGAGTCTGTTTTGTCGTTATCCGGAGTCGGAGAGCTGGGAGCTGACATTCTCGTCACCTCTGACCTGGTG----TCTCGCACTGCAAGCTCTTGCCGCAAGTCTACAAA 
s mm7.chr11     68917676 228 + 122091587 CATTTGAAACTGATCA--TCTAACATGGCCTTCA----AGAGA-AAATACAAACCTTTTGGTGAAGGAAAACTGTTTTCTGTGCCTTTCCCAACAGGCGTTGCAGGCAAGGAGAGTGAAGCCTGGACCGCAGAATCCATCTTCTCACAGTCCAGAGTTGGAGAGCTGGGGGCAGACTTGCGGGTCACTT----CCTGTTGTCGTTCCCGAACTGCTAGTTCTTGCCTTAAATCTGCAAA 

a score=7553
s danRer3.chr12 27585186 216 +  37038836 TACCTCTGGCTTCATCTTTTAGTCTCTGCACAGACACAAGGAGAGATTCTTTCTCATCCAGTTCACTCTCCAGAAAAGCGTTCCTCTCGATGGCCTGGTTCAGCCTCTGCTCAAAGTCCTCCAGAGATGTTATGGTGGCTCTGTGGTTACAGACAGAATAATATACAGTAGCAGAATAAACTGTCAGTTATAGTAGAACCGTAGGAAACAATGCAA 
s mm7.chr11     68921441 211 + 122091587 TACCTCTGGCTTCATCCTTTAACCTCTGTACTGAGACCAACAAAGATTCCTTTTCATCGAGCTCACTTTCTAAGAATGCATTTCGTTCAATGGCCTGATTTAGCCTTTGTTCAAAGTCTTCCAGTGAAACTATTGTTGCCCTTTA-----AAAAAAAATTATTTGAAGCCCATGAATTAAACAGCATGTTCAAACAGCTAGTACAAAAGAAAGCAA 

a score=9968
s danRer3.chr12 27586844 178 +  37038836 CTCTGACCTCTTAGCTCTCTCCAGGTCGTCATTGGCCTGTTCTAACTCTCGGACATATTTATGCAGCTGTTCCTTGATGCCTCGAGTCTGGCTGAGGTCGTCCTCCAGCACAGAGATCTGTTTATAGCTCTGAGCATACTGATATTCCAGCTTCTCCTACAGGACAGAATACGTAAAA 
s mm7.chr11     68923586 178 + 122091587 CCTTTACCTTTTTGCTCGCTCCAGGTCATCATTGGCCTGCTCCAGCTCTCTCACATACTTATGCAGTTGCTCCTTAATGGCCCGGGTCTGACTTAAATCATCTTCTAACACTGAGACCTGCTTGTAGCTCTGTGCATACTGATGCTCTAGTTTCTCCTGAAAGAAGAGGTACAGAGAA 

a score=7414
s danRer3.chr12 27587098 211 +  37038836 GTCACCTTGAGCGAGTCGAGCTCATGCTGCAGTCTCTGATTGTCTGCCTGCAAGTCTCTGATTCGATGCTCCGCTTGGCCCAGTTGTGTCTCCAGCTCGGTTTCCAGCTCTCTGCTGCCCTCTTGAAACTCCAGCAACTCCTCCTGTGCCTCCTTATAACTGAACACACATACAT-------ATCAGGATA-TAGTTGAACACCCTTGAACTAATAAAT 
s mm7.chr11     68925389 219 + 122091587 GTTACCTTTAACGCCTCCACTTCATACTTCAGTCTTTGGTTATCAGCCTGCAGGTCTCTATTTCTTTGTTCAGCCTGTACTAACTGTGCCTCCAACTCTGCTTCTAACTCTCTGCTTCCTTCCTGGAACTCAACTAGCTCATCCCGAGCTTCCTGGAAGCTAAACAGAAGCAAAGTGAGAAAAACAAGTTAGTAGTTGAGTCCTCTCACATAATTACAT 

a score=3559
s danRer3.chr12 27591493 120 +  37038836 TTACCTTTTTTTGTACTTGAGTGAAAGAGCCTTCCAGAAGTCAATTTCCTCCTCTTTAGTGGTGAATTTTGGTATCATATTTGCATCCATGA-CAGATAAACCTGGTAAAATAGCACCAAA 
s mm7.chr11     68926896 121 + 122091587 TTACCTTTGCTTATACTTCAAGGAAAGTTCCTTCCAATAAGCAGTTTCTTCCTTTAAACTTGAAAAATCCGGTATATCTTCACCATCCATGATCAAGAAAGCCTGTGAAAGTAAAGACAAA 

a score=1563
s danRer3.chr12 27596623 328 +  37038836 CGGCATTAATAGAATAA-TACTGAAATAGGCAAACTTCAATGTCTTTTTCTTTTGTTAGTGTTTAAGACTCAAACAAGTAGACCCCCTAATTGTTATTAGTATTTGCAAATAATATGTTTTCTTAATTTTCAACTCTATACCTAAACTTTTATCGTAATTATTAGGCTACCAGTGTTTCTCCAATAAA--GATATGTGGTTAAAAAAAAGATCAGTCCATCAGGTGGTGCTGTAGTTCATAGACTAAATGTTCAAAACATCTCCAAACTAACATCCCCTAAACAATTACATTAAACAGCAGGACATGAACTGTAACTACTGTAGTGGCCGA 
s mm7.chr2      60549102 267 + 182548267 cagcagtaaaacgctaactaagacaATAGGCAAAGATTAAATCCTATTTTTTCCTTAGACCCTTAGCACTTATGAAGGTAGATACCATAACTGTTTTTACTGTGTGCATATGACTTGAC-------------------------ACCATTCATGGTATACAGCAAATGCTTAATACTTGTCAGGTAAATGAGCATGTGTCTGAGGAAAAG----------------------------AAGGAATAGAT-------ACACCTCAAAACTAGCATCGAC--ATCAAGTAGATGATGCTG--GTTCCCAAACTGGAACAACTTTAATTGTTAA 

a score=679
s danRer3.chr12 27601534 318 +  37038836 CTAGTTTTTAATGAATAAA--TACTAGAA-ACTTTTTAATAGCTATTAATAGTGTCCATTTAATAAGTAGTAGTATCTAATAAATAAGAACTAGAAT---ATAATACATAATGAATAAGATAAAAAATACTAATATCAAAAACTGGGTATTGCATGAAAATAAATATTAGAACAGTTTATAGATTAAATGTTAAAACGGCTTGCCACATGAAGATGCCATATTTGACTTTACATATGTACAGCAACAAAATATCTACAACTCTTTCATGTTTGCATAATTC--TTTAAGAAAGTTTTAACGTTTAAACTTTTAAAAAGAACACTGT 
s mm7.chr8        535339 292 - 127874053 CTGTTTTCAAATATATTAGGCTACTAAACTACTATTTAACTGTCTTTAAGTTAAAGCATTTAACAAAATCTAGTATTTACTGCTTAAGAATAATAAGGGAACAAAACATAAAGCAAAATATAAAAGGAGAGAAGTTCAGGA---------TTTATTATCATGGAGTCTAAAGC-------AGAATTTATATGGAAAACACTTACCTTTGGA------TAAGTTTGGTTTGCCATACATAC-------TAACATTTATA-----TTCACTATGTCAAAGTACAATCAAACAAAAATTTAACATGCAAGTTAGAGATAAACTCACTAT 

a score=3177
s danRer3.chr12 27601894 71 +  37038836 CCTCGATATGTGATGTTTGTGAATGTCGACGTGGCGCCTTTATAAAGGGGATTGTGACCCTACAACAGGAA 
s mm7.chr11     17315408 71 - 122091587 CCCCGGTAGGTGATATTGGTGAAGGTGGAGGTGGCCTCTTTATACAGCGGGTTGTTTGCCTGCAGAGGGAA 

a score=10089
s danRer3.chr12 27602669 203 +  37038836 CACTGACCGTTTCCCACTTAGCTCGTGCCCGCTCCTCCTCAAACTTCGCAAATTCACGCCGATCATGAATGGTTATTAATAGTTTCCAGATAAGCAAGGCGGCAAGACCCAAGAATAAGATGGCACCAGCTACTGACAGCAGCACCACCAAGATATCGGGGCCTTTAGGGCAATCTAGTGGACATGAAAGAGAAAACGAGGGT 
s mm7.chr11     17316907 202 - 122091587 CACTCACTGTGTCCCACTTGGCTCTGGCTCGTTCTTCCTCAAATTTAGCAAATTCCTTCCGGTCATGGATAGTGATGAGTAGCTTCCAGATGAGCAGAGTAGCAAGGCCAATGAGCAGGATGGCCCCCATCACTGACAGCAGGACCACCAGGATATCAGGACCCTTGGGACACTCTGGGAGGCA-GAGACGGAGAGCAGGAAT 

a score=5870
s danRer3.chr12 27604086 116 +  37038836 TACCTGGCTCTTTGACCAGAGACAAGATGGATTTGCCACTGTTGTCCTCGTAGTACTGAAACCTTTGCACACAGTCGTCCTCATCCTTATAGGTGCAATTCACTGCATTCTTATCA 
s mm7.chr11     17320095 116 - 122091587 TACCAGGCTCTTCCACCACATAGAGGACTGCCCTCCCACTGGTGTCTTCGTAGTACTGGAATCTGACGACACAGTCATCCTCGTTCTTGTAGGTACAATTCACGGCGTTTTTGCCA 

a score=4552
s danRer3.chr12 27604387 112 +  37038836 TACCAAGATCATCCACTAGTCTGATTTCATCTCTGCAGATGCGAGTGCAGGAATCATCATCGAAGAGTTTCCCTCTCTTGAAGTGCTTACACTCTACACACTCCCTAGAAAA 
s mm7.chr11     17322407 112 - 122091587 TACTCAGCTCTTTCACCTGCTCGATGTCATCCCGGCAGTAGCGGCTGCAGGTGTTTTCTTCATGGAGCGTTCCCCGGTTGAACTTCTTACACTCCACACACTCCCTAGAGGA 

a score=11426
s danRer3.chr12 27605501 232 +  37038836 CACTCACTTCTTCAGTGTGCAGGCGTCAGGGCAGGTGGGACATTTGTCGCAGGTAGATCCATAAGCACCTGGTTGAGTACATTCACAGCTGCCACACACACACTGACCCCGACCGCTGCACAGCAGACCCAAGCTGGACATACAGGTGTCTGTTCGAGTGGAACAGTTGCAGTTTTCCCCTTTCCAGTCCGGATCACACTGACAAAACCCACAGTAACAAGTGCCATGACCT 
s mm7.chr11     17323594 232 - 122091587 CACTCACTTCTTAAAGGAGCAGGCATCTGGGCAGGTGGGGCACTTCTCACAGGTGTCTCCATAGGAGCCTGGCTGGACGCACACACAGCTGCCGCACTCGCAGTTGCCCCGGCCGCTGCACAGCAGCCCATTGGTGGACATGCAGGTGTCAGTGCGTGTAGTACAGTTGCAGTAGTAGCCAGTCCAGTCCGAGTCACACACGCAGTCCCCACAGTTACATTGCCCATGGCCT 

a score=14263
s danRer3.chr12 27613835 477 +  37038836 ACTCATCACACTAAACAAAGTAAATATGT-------CTTACCTGAGCAGAGCTCTCCTTTATAGCGCAGGCAGCTGAAATCATCACACTCGCATCTCTTCCCCCATACTTTGCCGAAGTCATTATTGTGACAGACGCACTGTCCGCACACACAGTCTCCCCGGCCGCTGCAGATCACCTTGTCTGGCCC--------ACTGCAGGCGTCCTGTTCTGTTGGGCTGTAGTCGCCCTCTGCACATTCGCAGCGGGGACCCAGCCGCCCCGGGTGACACAGGCAGATGCCACACTCATAGGTGCCATTGCCGTGGTGGCAGACGGGACTCTCAAGCTCAGCCTTTGCTTGGCATTTACACTCACATTCAAAGTTGACTGTGATCTGCAAGGTGTCTTTGAAGCCCACTGGTTTTATAGTGAAGGTTTTGCGCTTCTCCTTCGGACAGCCTCTGGCTCGGGCTTCAACACTGAAGGACACC----TGGAAAGATGATTTT 
s mm7.chr11     17338500 491 - 122091587 ACACATGGCTCTTGAGCAAGCAGATAGACGCCTGAACTCACCGGAACACATCTCCCCTTTGTAGCGGACGCAGGAGAAGTCATCGCACTCACAGTACTTGCCAGTGATCTTGCCGAAGTCGCTGCTATGGCAGACACACTGGCCACAGAGGCACTCTCCCCGCTGGCTGCAGAT-----GGGCTGGCCCTCCTTGGGGCTGCACTCTTCCTGCTGAGAGGGTCGGTAATCCTCCTCAGAGCACTCACACATGGACCCCAGCCAGCCCTGGTCACAGCGGCACACCCCACACTCAAAAGTCCCGTTCCCATTGTTGCAGCGTGGGCTGGAAGGCTGGGCAAAGGCCTGGCAGGCACAGTCACAGTCGAAGGTCACCTGGACGGTGAGGCTGTCCTTAAAGCCCACAGGCTTGATAGTGAAAGACTGCTCCTTCTCCTGGGGGCAGCCACGCACCTTGGCCTCGATACTAAAGCTCACCTGAATGGAAAGATGACATT 

a score=5488
s danRer3.chr12 27618066 219 +  37038836 CTAACGGTATCTCCTCTTTTGAGGCCTGAGCAGGATCTCAGCCCAGGAATGACCTCTCCGTTGAGACATGTGGCATTAAATGTTAGACTGAGCTCTTCCGGGACGTTCAAGAGCTCCAGCTCTACCTTAGAGCGCAGTTTCTGTTGTAGAAACAAAATAGAAAACAATAGTTTAGACAATAGATGGAGAAGGAAAGTTCCATGATCAACCCAAGTACAA 
s mm7.chr11     17340223 207 - 122091587 CTCACCGTGTCTCCAATCTTGAGGCCCACACAAGACTTGAGGCCCGGGATAACCTCGTTGTTGAGGCAGGTGGCATTGAAGGACAGTGACAGTTCTTCCGGCAGGTCACGTACTTCCAGCTCCACTTTAGAGCGGATTTTCTG-----AGCAGAAGAGGGTAAAGGAAGGTTAGGGCACTGAC---AAAAGCCAAGTCC----ATCCACACAAAGCCAA 

a score=4853
s danRer3.chr12 27620320 139 +  37038836 TTACAGCATACGCATCCTGGATCAGCTGGATGACGTTATGAGAGTCCTCGGACAGCGTACCCACTGCAGTGCCAGGGATCAACTCACTGTAGTTCTACAAAGCAAAAAGAGGAGGAGAAATCTTTCAGAGTGTTCTAGA 
s mm7.chr11     17341452 131 - 122091587 TTACCCCGTAAGCATCAACAATGAGCTGGAGGACGTTGCTTGAGTCATCAGACAGGACTCCCACTGTGGTCCCAGGAATGAGCTCACTATAATTCTAGAAAGGAAGACAAAGATG--------TCCACAGCGTCCTGAA 

a score=4941
s danRer3.chr12 27620502 114 +  37038836 GCTCTTCTTACCTTATAGAGTGATTCCACATGGCTAGTTACAGCAAAGATCAGATTTATATTGTTCTCAGACATTTTCTCTGTGATTAGTGCCAGGGATGGGTAGTCCTGAAAA 
s mm7.chr11     17342148 114 - 122091587 GCCCTAATTACCTGGTAAAGGCTGACGACATTTTCAGTCACTGCAAAGATCAAGTTAATGTTTTTCTGGGATAGTTTCTCAGTCATCAGCCCCAGAGATGGGTAGTCCTGAAAA 

a score=8573
s danRer3.chr12 27620675 234 +  37038836 ACCATAGTTGTGGACATATTGTAGATGTTGTCCCTGCCCACATAGCATTGGCCATCATTGGGTCGCACAATTCCTGCCATACGCCCATCCAGTGCCACATGTGTTTTGGCATCTGTAGTGAAAACCAGCAAGTGGGATGCACCTGGCCTCCAACCAATTTTGTCCTG------------GAATAAAGACA--AAATCATTAAATAAGAGACGTAAAAATGGCAGC-AAGTCA--AATATAAACATTAAATC 
s mm7.chr11     17344560 251 - 122091587 ACCATGGTAGTGGAGGCAGAGTAGTGGTTGTCGGTGCCAATGTGACAGTGCCCATCATTGGGCAGGACAATGCCTGCCAGCCTTCCATCCAGGGCAATATGGGTCTTGGCATCCGTGGTAAACACTAGCAAATGGGATGCGTCATTCCTCCAGCCAATTTTTTCCTGTTTAaaataagtaaataaataaaataaataaataaataaaAAACACCACAACTTCAGCTATGTCGTCAATACAAAACTAAGACC 

a score=8114
s danRer3.chr12 27620912 179 +  37038836 TTGTTTAGAGAGCTCAACCTTGCACACGGCTGCTTGTATGATGGCGTCAAAGCCTCCCTCTGGCGCGTCCCTGTTTCGGGACACCTTCTGTTTCTTCACTTCTTCTGTAAAGCGGTTCACCTCCTCCGTCAGAGACAGAACGTGTCTGTAGCCAAACTGAGGCTGGCA-------TTTGTACGGGA 
s mm7.chr11     17345315 185 - 122091587 TTGCCTTTCGAACTCA-CATCACATACTGTAGCCTGCATGATGGCGTCAAAGCCGCCCTCTGGGGCATCTCGATTACGGGACACGCTCTGTTTCTTCACTTCTTCATTGAAGCGGGACACCTGGTCGGTTAGCGTCAGCACGTGTTTGTAGCCAAACATGGGCAAGCAGGCATTCTTCATACTGGA 

a score=11118
s danRer3.chr12 27623344 275 +  37038836 CTCACGAGTAGCAGGGATTTAACACGGCTTCCTCAGGGGAGATGTACATGTACGGGGACACAGGTTTATCCACAAAAGCCCCAAAGCCCATGCGCAGATTACTAGTGGTTTTGCTCATCTCTTCAGCCAGGCCTCGCCCCAGCCGTCTCAAC-TGAGACAAGTCGTCATTCATGGAGTAGGACAGGTCCATCAGATAGTACAAATCCACAGGGTAGTCCTCTACCTGTCGGACTTTCAGCTTGAAAACCTGCGAATCATCTGTGGGATGACAGAGT 
s mm7.chr11     17348891 275 - 122091587 CTTACTTGTAACAGGGGTTTTTGATTGCCTGTGGTGGGGAGATGTACATGTACGGCGATACAGGCTTGTCCACGAAGGCCCCAAAGCCAATCCGAAGGTTGCTAGTAAGCTTGCGCATCTGAGAGGCCA-ACTTGGTACCCAGGGTCTGGATGCTGGACAGATCATCCTTCATGGAGAAAGACAGGTCCATCAAGTAGTAGATGTCCACGGGGTAATCCTCCACCTGCCGCACTTGAAGTGAGAAGATCTTCGAATCATCTGGAAGGCAGAAGGGT 

a score=3781
s danRer3.chr12 27623677 193 +  37038836 CTCACCGGGTCTCAGAGAGATGTGTATGCTTTGAGGTTGGATCTGGGTGACGTCAGTGGTGGATCCTGAGGCCTTGTCACTGAGATCTTCATTCTCTTTTACGTGCATTTTGCTGGTTGGATACTCCAGAGCTCCCTTGTTGCATCCTGCTTCTACAAGGTTCCTTTTCAGGTCACATCGGGAAGAGCCAGGA 
s mm7.chr11     17350172 193 - 122091587 CTCACCTGGCCGTAGTCGAAGGGCAATCCTCTGAGGGCTGACTTGAGTGATCTGGGCGCTGCTTCCAGAGCCCTTGCTGCTGAGTGGCCTAGCCTCCAGGATCTGGGCCTCACTGACTGGGAACTCAATAGACTCTGGAGCACAATTGTCCTTCAGCAGGTTCTCCTTCAGGTTACATCGGGGTGAGCCCTGA 

a score=4512
s danRer3.chr12 27626009 111 +  37038836 CGCCACACCTCTTGAAAGCACCAGGCACAGGTTGGATGCACAGCCAGGCACTGCTGACATGTACTGGCTCCTCGAGAAGTACAGACGTTAGAACCTAGAAAAGACAGGGAA 
s mm7.chr11     17359042 111 - 122091587 CTCCTTACCTCATCTGAGCACCAGGCACACACAGGACTCACAGCCAGACACTGCTGGCAGGAGTTCACGCCTCGTGTGGTACAGATGTTGGACTCTGCAACAAAGAGGCAA 

a score=3963
s danRer3.chr12  27639799 185 +  37038836 TTACCCTTCTCTCACTGAAACTCTCCAAGAGAAAGTTTGTGCTGACTCTGTCTCCCCCTGCTGTTAAAGGTGAGGAAGCGCAGTAAGGCCTGCAGGGCTGGACTCAGAGAGACAGATGAGCTGCTGTCCATCAATGATGTGTCTTGTGGAAGTCTGTCTCACGCTGAGGCCATGAATCTGATCGA 
s mm7.chr14     100903427 173 - 119226840 TTACTCCATCCCTACTGGAGTTCTCCATGA---------TCCTCAATCTCTCCTTCAACACCTC---AGATCCGAAGACGGAGCCAGGCTGGCAGAGCAGGACTCCGGGAGAGGGACCAGCTCTTAGCGATCAACGGGGTTTCTTGCACCAACTTCTCCCATGCCAGTGCCATGACCCTCATCGA 

a score=3446
s danRer3.chr12  27640168 660 +  37038836 CCTTGAGAGCC-------CTGTCGCCTCCACTTTCCTCGAAACCATCCGGTGTCAACAGAGCATCGCTCATGTCCCCCACTGGCCTGGAGTGGCTCACA---------TCTCCTCCAGACAGCGAAGCTTACTATGGAGAGACAGACAGCGACGCAGATG---TGGCAGCTCAAGAGAGGCAGCGCAGGCAGAAGCGCCGAAGCCCCAGTACTTCTCCTGCCAAGATCCCTGGCCAAACCTCACC--CCAGGAGGAGGAGACTTCGGGATTGAGTGGCTATGAGAGCACACAGGACGTCATGTACCCTCAAACTCAGAGCTGGCCTGTACCTGATGTAGAGGGAATGGGTACTCTGCAGAAGCAGGTTATGCATGGGGTGGCCCGCAGAGAGGTGGTCTTCCAGCCCCAGCAGAACGAATGGTCACAACAGGGGGAAAATTCTTCCGAGAATTCTGACCAAAGTCCATCTGGAGCTGCGGAAGTGGACAGTGGCTTCCAGGAGCCCCCCACTGTCCCACCTCCACTTGTGTCTCCTGAGCGGGCTAAAGAAGCTCTCATGCTGGCATCCCACAGACAGATGGTGCCCATGGTAGGCCCTGTGGACAACCCAGTGGACGAAGAACTCACTGTTACATACATGGACAAGGCCCGGCAAGCCAGTGAGTACCAGTCATCCTTTT 
s mm7.chr14     100904059 501 - 119226840 CCCGGAGAGCTACAGGTGCTATCACCCTTATCTCCACTGAG----TCCTGAGCCCCCAGG----TGCTCCTGTTTCCCAGGCTCTT----CAGCCCACAAGCCTTCGTTCACCCCCTGACAGCGAAGCTTACTATGGAGAGACAGATAGTGATGTTGATGGCCCTGCCACACAAGAGAAGCCAC------------GCCGAACCCGC-----------CGCAGAGGTCCT--GCAAGGCCTTCCCTTCCAGGAGC-------------------------------CCCACCTGATGAGGTGTACC---------------------TGTCTGACA--------------GCCCTGCAGAACCAGC--------------ACCTGTTAAAACTGGCTCTCCCAGCC------------AGGGCGACAGCCGTGTAAG-----CTCC------------------CCATCTTGGG----AGGAAGGGGCAGC--CCTTCAG----CCCCCACCAGCAGA--GGCACTTCTGTTACCCCATGG-------------TCCACTCCGGCCTGGCCCT--CATCTCATCCCTATGGTGGGCCCTGTCCCCCACCCAGTGGCAGAAGATCTCACTACCACCTACACCCAGAAGGCCAAGCAAGCCAGTGAGTGCCTG-AATCCATTT 

a score=-5589
s danRer3.chr12 27648451 1122 +  37038836 TTATGTTGAAGTTATTTAAAATTGTAGATAATTTTTAATGTGAAAGGTGGCCAAGTTGATGTATAGAGAGATGTTATTTACATAGTTCATAAGGTTAGTTTTGACTTTTGTGGTTCTTGCTAAGCTTGTTTTACTTATCAGCTCAATTATTTCTTATGAAGC-CTAATTTTATGTCACATGTATTGATGCCAAGAAATGTGTAATGATTAACCTGTGTTTGGTCATTTCTAATGTAGGAGTACTGGACAGGAGTATTCttttataattgaaagtatatatttttaagataatttattattGCTTGCTTTTAATGAGCCAGAGTTTTTAAAATAATTGATTGGGGGTGTTTA---------AATTTAGTATTTA-ATTGTAATGAGTGTGTTTTCTTCT-----TTTCATCTTTCTATGTATTTGTTTGTAAAGCACTTTGGGCAGCCGTGGTTGTATAAATGTGCTTTGAAAATA----AACTCATGT-----TTATGTCTTCATATGGACTTTTTCAATGAGAATTTCTTGACTTTAATGCTGTGTTCCATTGTTAAAACCCT-CCATATTAGAAAGAGAATTTCATTGCAAAAATACTGTCCTCTTTAGAGCTTTTCTGCTTTATGGT---------TATAGACATTTTTTACC------CTGTGTTTTAAAAAAGATCTTGGATCCCCAGGGGTTACTTGCTCAACCTGTTAGAATGTGATTGGCTATTTGT------AGAGAAGGATGAGCTCAGTAGTTTAC--------CATGAGGATTTTGAAGCCAAACATTTCAGCATTTAACCAACCTAGTGTCTAATATCAGAGCTAATCTGATTCACCTGGAAAATGTGTT-----------------TTAATTTACTGCAATGCCAACTTAGT------------------------TGAATAAAATTGTGACTTTATGTGTGATG----------------TCTTTGTATGTGTGACTTTGTTTGATGTTGCCAATTCATCGGAGGCACTGTTATATAAACGTATAGACTCAT-CCAGACAAGGCCTGCTAAAAGGCCTATAAAGCCATACTTCAA----AACAGAATGGAGAATGGAATATATGTAATGTG--------------------------------GTGCCTAAATTAGAGAA------ATTTAATTATAAAACTATAAA-----------ATTAGAGTCATTAATTATAATTACACTGTATTTCTTACTTGTTGG-----------TCTACattattt-------------atttatt----tttatattCTT 
s mm7.chr3      36894595 1182 - 159849039 TCATATTTAAGATTGCCCAGATTTTGGACTATTTTGTCTGCATAA--------ATTTGATCACCAGATAAAT---ATCTGTATGGTTTCTCTTATTTCATTTTA-TTTTGTTGTTGTTG------TTGTTAAATTAACCAAGTCTGACTTTTAACAAGAAGAACTAATTTCA----------------ATCGTGAAATATCTAATT-------------------TTTCTGAT---------------------ATCTTCCTTTAACTCGGGATATG-------ATAAAAATTTATTTTGGATCATACTCATTCA-----AGTGGTTGAATTAGTTGATTCTATAAACTAACTTGACATTAATTTGCTTTTTATAATAAAATGAAAATATAAACTTCTGCCATTTTAAGACTGCCAAGT-TCTATTTTTAAGGCACAATTG-CTACCTCAGTT---TCAATGCTAGTTTAAAAGACCTCAATTCATGTAATTTTTAAATTTTCCCAAGG---TTCCCATTTATTCTTTCTGAAACTTAA-GCAGGATTATATTTGCAAGAGCCTGTTAATTTACAAAG---------TTGTGTAGATAGTGTCCAATCTAGACTGTCACAATGTTCTAGTACTCTGAAATACAACTAATTATTAACTCAGTACTGTCAATTATCCAGTATTATGAGTTCATA----TTAATTCAGTAGCTCAGTGGAAAGATTTCAGGTGGTTGTCAAAGTAAAAAAGAAGAAACTTAAAAATGTAAATGCATTGCATTGGAATATTCAATTTTAACATTTCA-CATTTAC--------ATATGGCAGGACAGAGTACATCTTGTTTTC----AAAATGTATTAGGTTCCTAAAGTATTTTCACTTTAATGCGATCATAACCTATTAACTGGCAGTTCCAAGCCTATTTTTTATTAAAGCTTATAATCTAGAGGTGGGGGGGGGGGGTGATCTGTTTTCTATGTAAGTCAGCACATCTAACGCTGT--GTTCATGGGAGTAAATGGGACAGGA---TATCGTCCTGTGCTAGACA--------TCATTGTTTTATAAGTGCAAATTTGAAGTGAAGTAAAACGCAGTGTAGTCCCTAGGTCATGTGCACTCCCAGAACACACAGGGGTGCGGGGCAGGATGAATGAATGAAAAAATAAATAAATGAGTTAGATCTCTCCAAATTTCGTACCCAATTATAGTATGTCTTTATATATTCATTATTCATTTTCCCCATTGGGAATCAATTTCTGTGCATGATTCCTTGCAGTCATCAATTCAGTACAATTTGTGTGCTT 

a score=10177
s danRer3.chr12  27649573 906 +  37038836 TCTCCCCAGAGCTTCACAGAGGTGAGAGTTTACAAGACAAGCAGGTGAAGGAGGCCCGATCCAAGTGTCGAACCATTGCTTCTCTCTTGACAGATGCTCCTAACCCCCACTCTAAAGGTGTGCTTATGTTCAAGAAGCGACGGCAACGGGCCAAGAAGTACACTCTCACCTGCTTTGGAAGTGTAGACGGAGAAAGCAACAGTAACACAGAAGGAGAAACCGAAGACGAAAGCCTGTTTCCTGGGAGTGAATCTGAGCTTGATGAGGATGGTTTTTCTGCTGCCCCAGACCCTAC------------CTGGGATAGCGGATACCTGGATGTTTTAGACAAGAGGACTTCAGCGTGTATTGTGCCTGATAGAGAAGCAGAGATCAGCCCAGG-------CTTAAATGCCACTTCAGGAAAAGGAGCCCAGCTTTTTGAACAACAGCGAAA--------------------AAGAGCTGAAGAACATGTGTCAAATCTGAATACATTTTCAATGCCACAGCATCAGGGAGACTCAACTCTGACATATACCCCAGTTGCTCCATACACACCCCAAAGTACCAGTTCTCTTAGTACAAGTATGGTGAATGGGGAACCTTTGGTAGTGAGCAGGAC-------------AAGTGTAGTGTTATCTTCTCCAGGCCAAACACCTATGCCA-----------TCACTGACTGGAGCATTACCAGAGCAAATAGACTCATCAGCTGCAAGCTCCGTGCACAACAGAACTGCCAGGCCTTTTGCCCCT----GGATGTGTGAGCAACCGAGCAGCAACTGCTCCA-GTTGTCTTCAGGCCCAGCCCTGCCAAAAAGGC---------------------------TGGATCACAGTCTCAGGCTGTGTCTGTGGCAACTCTCCCAGCTGCCTTCTCTCCTGTTGTCTCAGAGGGGAAGAAAGCCATCTCTACATCATCACTGTATATCCCTG--CCAGACCAGCCACATACA 
s mm7.chr14     100907809 923 - 119226840 TCTCCGCAGAACTGCAACGCGCAGAAAGCCTCCAGGAGAAAAGCGTAAAGGAGGCAAGAACCAAATGCCGGACCATTGCATCCCTGCTAACAGCAGCCCCCAACCCTCACTCCAAGGGGGTGCTTATGTTTAAGAAGCGGCGGCAGAGAGCCAAGAAGTACACCCTAGTGAGTTTTGGGGCCGCAGCTGG-------GACAGGAACAGAGGAGGAG-----------GACGGCATCCCCCCAACGAGTGAGTCGGAGCTGGACGAGGAGACCTTCTCAGACGCCCGCAGCCTTACTAATCAATCCGACTGGGACAGCCCCTATCTAGACATG------GAGCTGGCTAGGGC-TGGCTTAGGCACAGCAGAGAGTCAGAACTCTGGACTGGGAGGGCAGCTAAGTGAGGTCTCTGGGCGAGGGGTCCAGCTCTTTGAACAGCAGCGCCAGCGGGTAGCCTCCAGCTCCCAGGAGCTGGCTCAGGTGGGCCCA----GCAGCTATGCTTAATG-GGCAGAGTCTGCAGTCCCCACCTCGAGCACAGA------GTGCTCC-------CCCAGAGGCAGCTGTGCTCCCACTCAGCCCTTTGTCGGT------CCCT--GCAGTCAGCCCTACCCCCTTCTTCCCGGATGGTGGAGCCCCCATCCCTGCACCAAGTATCTTTAACAGGTCAGCGAGGCCTTTTACCCCAGGTTTACAAGGGCAAAG------GTCAGGTACCACCTCAGTG---------ATTTTCCGGCCCTTGGCCCCTAAGAAGGTGAATGAAGGCTTGGGGAGCACTAGCCCCGCCCCGTCCCCCTTCGCAGCCCCTCCACAGGGGCCCACCCCTCTGCCCAGCTTCACCACAGTGGTTCCCAGCCACACGCCG-GTCTCTGGGGCTTCTAGCAGCACCCAACGCTCCTCTGGTCCT-------------GTGACCGCTACCAGTTCCTTGTACATCCCAGCCCCAAGCCGGCCTGTTACA 

a score=13707
s danRer3.chr12  27650721 1196 +  37038836 CCAGTCAATGTCCCAGCACAGCCTTTTTCTTC-ATCATTTATGAATGCCCCAGGTTTTCCAAATGTTCCTGTTCATCCTCCTACATCACTAAATATGCAACCTTCCCCATCCCACAAAGTATCCTTCAACCCATATATCTCTGTTGCATCCACTACACCAGAAACACCAAATGCACCAATTGCCCAACAGTATCCTCTCTCCAACTCCACTGATGGGATCTCTTCTCGAGAGCAACGGCTCTCAGTCCCTGCCGGACGCACTGGCATTCTGCAAGAGGCTTGTCGTCGATCCACTAAGAAACCAATGTTCAGTGCTCAAGAGGAGAAGAAGGCTCCATCTTTCAACCCTGAACTACTGTCTCTAGTGCAAAACTTTGATGACAGGTCCCGTTCGGGTGTAGAGGCTGGGTTTGAGTCTGGCCCTGAGGAAGATTTCCTCAATCTTGGTGCAGAGGCTTGCAACTTCATGCA---------------------------------------AGCACAGAAAAAC------------------------------------------AGGCTGCCACCACCAGTGGCTCCTAAACCAGG----------------------------------TCATCC-----------AGCTCCTGAGATGCCACAGATGCGAGGTAAAGGTGCAGAGCTGTTTGCACGTAGACAGAGTCGCATGGATCGCTATGTGGTAG-----ATAAACAGCCCAAATCTCCAGCACAGCCTC-------GTGACCCTTCACCTACGCCCTCTCTCCCAGGTAACTGGAAATACTCACCCAACATCCGAGCCCCACCACCCATTAATTATAATCCACTGCTGTCACCTTCTTGCCCTCTAGTGGCTCAGCGTAGCACCAAGGCTAATGATGCTACTAAAGTTGGAGTTAAAACAATGCATGGACACAACAAACAGGGGATAAAGGCTCTAGACTTTGTGAGCAAGCAACCATACCAGCTTAACCCCTCTTTGTTTAGTTATGGAGCAAATCCTCAAAACAATACCACTTGTCAACAACAGCAGCAGAATGGTGTTGGCATAACAGGTCAATTCCTTAACCCACCAAAGCAGGTCCCCATTAAAGCAGGCCGTGTGTATGAAATCAAACGTTTCTCCACACCTACTCCCATGTCTGCACCTACTTCCCTGACCCCTACTGTAATTGCTCCTCGCTCTGCCACAACCCTAGGTGAGCCAATGTGGCGCAGTGATGTCACTTCCCCACCT--------CCCGTAGCTCCAAGACCT--------GCTGCACCATTCTCCCCACCTCCTCCTGCTCCAACAGCAGCCCTGCC 
s mm7.chr14     100908732 1184 - 119226840 CCAGGAGGCGCCCCAGAACCGCCCACTCCTCCTAGCGCTGCTG------CCATGACCTCCA---------------CCGCTTCCATCTT------------CTTGTCCACTCCACTAAGAAACTCTgcgcgc-------------------------ccggaggcgccgg-----------gccccgcggT-------CCCCGAGCCTGCCAGCG---------TTCGGGAGCAGCGCATCTCTGTGCCGGCTGCCCGCACCGGCATCCTGCAGGAGGCTAGGCGCCGGGGCACCCGCAAGCAGATGTTCCGGCCTGGGAAGGAAGAGACGAAGAACTCGCCCAACCCGGAGCTGCTGTCACTAGTGCAGAACCTGGATGAAAAACCTCGGGCGGGCGGTGCG---------GAATCTGGTCCGGAGGAGGACGCTTTAAGCCTCGGGGCTGAAGCCTGTAACTTCATGCAGCCACTAGGGGGCAGGAGTTACAAGACCTTGCCTCAAGTATCACCGAAAACCCCGCCTCCAATGGCTCCCAAAACTCCACCCCCTACAACGCCTAAGACTCCACCTCCCGTGGCTCCTAAACCTGGGTCGCGAGGGCTCCTTGATGGGCTAGTGAATGGATCGACCCCGATGGTGGGAATCCCTGAGCCGCCAAGGCTGCAAGGGAGGGGCGGGGAGCTATTTGCCAAACGGCAGAGCCGTGCCGATAGGTACGTGGTGGAAGCTACATCTGGCTCTAGCCTTAATCCAGGCCTTCGCCCTAGAAGTCCTTCTCCCACACCCTCACTGCCCCCATCCTGGAAATACTCACCCAACATCCGTGCCCCACCTCCTATTGCTTACAACCCACTTCTCTCACCCTTTTTTCCCCAAGCTGCCCGAACTCTCCCCAA---------------TAAGGCTCAATCCCAGGGGCCTCGGGTGACCCCTAAGCAGGGTATCAAGGCCCTGGATTTCATGCGACATCAGCCATACCAACTTAAAACGGCCATGTTTTGTTTTGATGAGGGTTCT-----------------------------------------------------TCAACTCCTGGCCCCACTTCAGGGCCTCCC----AAAACTGCCCGAGTTCAGGAGATCCGCAGATTTTCCACTCCTGCACCCCAGCCCACTGCAGAGCCCTTGGCTCCCACTGTGCTTGTCCCCAGAGCGGCTACCACCTTGGACGAACCCATTTGGAGGGCAGAGCTGGCCTCAACCCCTGTCCCTAACCCAGACCATCAAGAGTCTCTCAGGAGCTTTGCTGCCGCTCCCAGTTCCTGTGGTTTCCA-AGTAGCCAGGCC 

a score=-52
s danRer3.chr12 27651917 180 +  37038836 TGCTCTCCCCAAAATATCGTCTGCAGCAAATTCTGGGCCTATCACACAACCAAATCAAGGGCAAGCCTATACCCCATTCCAG--------ACAGCCAAGCAGTTCAAGAGTGCCCCTG-------AGCTGAGTCCCCTGTCTGCTGGTGTTCGGTCTTCAGGGTCCGCAAGTGGTCTGAACCTAAGGGTACCCAG 
s mm7.chr3      36897908 176 - 159849039 CGACCTCCACATCCTATTTTGTGGCTCCAAGGCCGAAGTTCTCAGCCAAGAAAAGTGGGGTCA-----------CAGTTCAGGTGTGGAAACCGTC-AGTTGTGGAAGAGTAATCTTGTAGCTGAAGTTGGGTGTCCACTTTGCTTGAAATGAATC------GTTTGC-AGTGTTGAGTCCCCAAGGATACTTAG 

a score=1723
s danRer3.chr12  27652100 70 +  37038836 CCGCTTCTGTACATCAAGCATGGGTCTGCAACCAAATGTGTGGAGGCCTGGCTCCATACATTACTGAGAA 
s mm7.chr14     100909916 70 - 119226840 CCGGTTCTCAGCCACCAGAACAGGGTTGCAGGCCCATGTCTGGAGGCCTGGGGCAGGGCACCAGTGAGCA 

a score=5864
s danRer3.chr12  27673136 523 +  37038836 cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGCTGAAGCTTTGGCCAGGGATCTGATTTACAGGGTAATGCAAGTATTGCTCAGCACAGCATCCTTCTTGTTGGTGTCGGATATGGCTTGATTCCAGGTTTAATGGCTGATATTAAAGTTAAGGAGTATAATTAAACTAAAAAAGTGCAGCGCTATTGC------------------CCTTTATAATGGATAGGACCCGTATTTTGAAAGTAAACATATTTGTTTTCATGCT---------------------------TCCTTTAGAGAAATATTTC------TACACACGAC--------ATTTTGTAATGGCTCAAACTAGGTGATCATTC--TGAAGAAAATTTCCCTTTTATCTAATCTTCAGC----------------------AGACCAGGAAG-----------------------------------------ATGAGAATGCTG--AAGCCTCTGAACTGGATTTGGGAACCAAAATCAAGACTCCTAAAGATGTGATGCTGGAGGAGCTGTCTCTCATGAAGAACAAAGGCTCCAAAATGTTCAAGATGAGACAGCAAAGAGTGGAGAAATTCATC 
s mm7.chr14     100916014 607 - 119226840 caaaTacacactcacttacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac-TCTGAAGAGAtggtgaga----tgactcagtggttaa---------------gaaca--------cttgctgctcttgcagagga------tccaggttcagtccccagcac---atacaaggtggctcgcaaccaccagtaactccagtgccagggcatctgaaccgtcttctcacctctatgggcactagg-catgtattt----ggtacacatatatacatgcaggcaaaacagtcataatataaaacataaatagaTTTTTGAAAAATCTTTTAAAAGACACACAAGACTAACAAAAACTTGTAAACCATACAGACCCGGTCAGCATCCGCTCCCTAAATGGTCTCTTTTAGAATATACTCAGCTGTGGGGGATGCTTCCCTTCCCAGTCCAGAAAGCCCTCATTTCCTCTTTCTATTGATTCTTCTCTACCTCCTGGATAAGGTGGCCGGGAGAGCTCAGGCCTGAACCTGGGCAAGAAGATCAGTGTCCCAAGGGATGTGATGTTGGAGGAGCTGTCCCTTCTTACCAACCGAGGCTCCAAGATGTTCAAGCTACGGCAGATGCGGGTGGAGAAATTTATC 

a score=4647
s danRer3.chr12  27677458 269 +  37038836 TTCTCCAAAAGAATGGCTCTTCCTTTTGGAGGATTTGAGAAGGCCTCTCGTCTTGTGACTTTTGAGCCTCCTGAGATCAA--GAAAACCAACGAGGAGCCGCAGCCAGTGTCTCTATCACAGTATAATATTTGCTGTAGGCCTTCTTTCAACCGTACTCCAATCGGCTGGACGTGCAATGAAGAGCACGGCCACATCCACATGGAGATGGAAAACATCCCCTTTGATGGAGAGACTGACGACCTCTAAGAAACTAGCCCACCTGATGTGAA 
s mm7.chr14     100920663 266 - 119226840 TCCCCCATCAGGACAGCAATGCCCTACGGTGGATATGAGAAGGCCTCCAAACGCATGACCTTCCAGATGCCCAAGTTTGACCTGGGGCCTCTGCTGAGTGAACCCCTGGTCCTCTACAAC--CAGAACCTCTCCAACAGGCCTTCTTTCAATCGAACCCCTATTCCCTGGTTGAGCTCTGGGGAGCATGTAGACTACAACGTGGATGTTG---GTATCCCCTTGGATGGAGAGACAGAGGAGCTGTGAAGTGCCTCCTCCTGTCATGTGCA 

a score=5864
s danRer3.chr12  27720702 523 +  37038836 cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGCTGAAGCTTTGGCCAGGGATCTGATTTACAGGGTAATGCAAGTATTGCTCAGCACAGCATCCTTCTTGTTGGTGTCGGATATGGCTTGATTCCAGGTTTAATGGCTGATATTAAAGTTAAGGAGTATAATTAAACTAAAAAAGTGCAGCGCTATTGC------------------CCTTTATAATGGATAGGACCCGTATTTTGAAAGTAAACATATTTGTTTTCATGCT---------------------------TCCTTTAGAGAAATATTTC------TACACACGAC--------ATTTTGTAATGGCTCAAACTAGGTGATCATTC--TGAAGAAAATTTCCCTTTTATCTAATCTTCAGC----------------------AGACCAGGAAG-----------------------------------------ATGAGAATGCTG--AAGCCTCTGAACTGGATTTGGGAACCAAAATCAAGACTCCTAAAGATGTGATGCTGGAGGAGCTGTCTCTCATGAAGAACAAAGGCTCCAAAATGTTCAAGATGAGACAGCAAAGAGTGGAGAAATTCATC 
s mm7.chr14     100916014 607 - 119226840 caaaTacacactcacttacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac-TCTGAAGAGAtggtgaga----tgactcagtggttaa---------------gaaca--------cttgctgctcttgcagagga------tccaggttcagtccccagcac---atacaaggtggctcgcaaccaccagtaactccagtgccagggcatctgaaccgtcttctcacctctatgggcactagg-catgtattt----ggtacacatatatacatgcaggcaaaacagtcataatataaaacataaatagaTTTTTGAAAAATCTTTTAAAAGACACACAAGACTAACAAAAACTTGTAAACCATACAGACCCGGTCAGCATCCGCTCCCTAAATGGTCTCTTTTAGAATATACTCAGCTGTGGGGGATGCTTCCCTTCCCAGTCCAGAAAGCCCTCATTTCCTCTTTCTATTGATTCTTCTCTACCTCCTGGATAAGGTGGCCGGGAGAGCTCAGGCCTGAACCTGGGCAAGAAGATCAGTGTCCCAAGGGATGTGATGTTGGAGGAGCTGTCCCTTCTTACCAACCGAGGCTCCAAGATGTTCAAGCTACGGCAGATGCGGGTGGAGAAATTTATC 

a score=4647
s danRer3.chr12  27725024 269 +  37038836 TTCTCCAAAAGAATGGCTCTTCCTTTTGGAGGATTTGAGAAGGCCTCTCGTCTTGTGACTTTTGAGCCTCCTGAGATCAA--GAAAACCAACGAGGAGCCGCAGCCAGTGTCTCTATCACAGTATAATATTTGCTGTAGGCCTTCTTTCAACCGTACTCCAATCGGCTGGACGTGCAATGAAGAGCACGGCCACATCCACATGGAGATGGAAAACATCCCCTTTGATGGAGAGACTGACGACCTCTAAGAAACTAGCCCACCTGATGTGAA 
s mm7.chr14     100920663 266 - 119226840 TCCCCCATCAGGACAGCAATGCCCTACGGTGGATATGAGAAGGCCTCCAAACGCATGACCTTCCAGATGCCCAAGTTTGACCTGGGGCCTCTGCTGAGTGAACCCCTGGTCCTCTACAAC--CAGAACCTCTCCAACAGGCCTTCTTTCAATCGAACCCCTATTCCCTGGTTGAGCTCTGGGGAGCATGTAGACTACAACGTGGATGTTG---GTATCCCCTTGGATGGAGAGACAGAGGAGCTGTGAAGTGCCTCCTCCTGTCATGTGCA 

a score=7817
s danRer3.chr12  27792437 332 +  37038836 ATGTCGTGGAAGAGGAACTACTTTGCGTCAGGCAGCGGCGGCGGCAGCCTGCAGGGGATGTTCACCCCACGCAACATGACCTCCATCGCTCCCAGCAAAGGCCTGAGCAATGAGCCGGGCCAGAACAGCTGCTTTCTGAACAGCGCGCTACAGGTAAGCGGGACAGTTGTCTTTATATAG-------TAATTGTGGATTTGTGTGGGATGCTGTATTCAGTGGATGCTGTGCAAACAAGGGTTTAGATTTAGTGTTTTTGAATGGTT---AGCAAAGCT------------GAGGGCTCGTAATATTATTAT--GAACTGCAACACTATGATAATAACATGCATTATGTGTTTGTT 
s mm7.chr14     100963055 338 - 119226840 ATGTCTTGGAAAAGAAATTACTTTTC------TGGAAGCCGAGGTAGTGTTCAAGGGATGTTCGCACCTCGGAGCTCAATGTCCATTGCCCCCAGCAAAGGCCTCAGCAATGAGCCAGGGCAAAACAGCTGCTTCCTCAACAGTGCCCTGCAGGTAAGC-CCACCTCCTTCTTTGTGTTGGTAGTGTTGTTTGCAGATTT---TCAGATGTGATACTTGATGGCTCC--------CAAGATCATATATTGTGTTtatctgggtgattttaggcaaagctttttatcttttcaaatgtcagttacctaatttgtagaattggacattaataATGATAAAAAGCATTGTTAATCTGTT 

a score=4374
s danRer3.chr12  27803453 271 +  37038836 cagatcctccaGCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAACCAGAGTCGACTCCGCCTCCTGAGCTTCctgaatggccgccgcctcctgagcttcctgaatggccgccgcctcctgagcttcctgaatggccgccgcctcctgGGCTT---Cctgaatggccgccgcctcctgagcttcctgaatggcc 
s mm7.chr12     106499958 263 + 117814103 CAAACTTTGCCCCGCAGCCAGGGGTCACTCAGCAGCCAGGGGTCACTCAGCAGTCAGGGGTCACTCAGCAGCCAGGGGTCACTCAGCAGCCAGGGATAACTCAGCAGCCAGGGATAACTCAGTAGCCAGGGATAACTCAGTAGCCAG--------GGATAACCCATG-CTGCTGGGCAGCTGGCTTGCTGTTTCCCCCCTGTGGTTTCTCTAGAGT--CCTCCTCTctggcctggcctggcctggcctgCTCCGCCACAGCCGTCAGGAAGCCC 

a score=5796
s danRer3.chr12  27834777 225 +  37038836 AAACACAATATTGTCTTTTCAACATGACTTTTTGGTGCTT-------TCTTTGGAAATTTGGGTAGTTTTTGAC-----------AGGTT--TTGCAGACTAATTTGACTTAACCCTTCTGTTCTTTTGCCCTCAGGTCCTTTGGCATCTTGACATCTTCCGCAGAAGCTTCCGGCAACTGAACACTCACAAGTGCATGGAGGATTCGTGTATCTTCTGTGCTCTGAAGGTGAGTGTTACCAAGT 
s mm7.chr14     100966016 232 - 119226840 AAAAATGATCTTTTGTTCTGAGAATAAATTTTTTTTTCTGCAGTCAATCCCTGTTTGCTTG---AATTCTTGACTTTAAAGTTAAAGGCTGTTTGTAGGATAAT--GAGTTTCCCCCTTTTTTGG--------AAGGTTTTGTGGCACTTGGACATCTTCCGCCGTAGCTTTCGGCAGCTTACAACTCACAAGTGCATGGGTGATTCCTGCATCTTCTGTGCTCTCAAGGTAAGCGCCATAACGT 

a score=8354
s danRer3.chr12  27851779 248 +  37038836 TATTCTCTTCACAGCTAGCAGCAGGCTGACGAAAGCTGTTGTGCAGTGTCTGGGTTGCATCAGGATCTCCATCTTACTTTGGGCTGCTGTTTCCTTTTGTGTTTTCAGAGCATCTTCGCTCAGTTCCAGTTCAGCAGTGAGAAGGTGCTCCCATCGGATGCTCTGCGCAGCGCTCTGGCCAAAACCTTCCAAGACGAGCAGCGCTTTCAGCTGGGCATCATGGATGACGCGGCCGAGTGTTTCGTAAG 
s mm7.chr14     100978572 238 - 119226840 TGTTTCCATGACTGTCATCATAAGGATGACAGACTAGGGTGGACAGAAGCTTAATAACAGCA---------TTGTGCTTTTC-CTCTTGTTTAACTTCTTCCCTACAGGGCATCTTTAACCAGTTTCAGTGTAGTAGTGAAAAAGTGCTTCCTTCCGACACTCTCCGCAGTGCTCTGGCAAAGACTTTCCAAGATGAACAACGCTTCCAGCTGGGGATTATGGATGATGCTGCAGAATGCTTTGTAGG 

a score=3766
s danRer3.chr12 27860769 644 +  37038836 TCTTTTTGCTTATTTTCTCCAGGAGAACCTCCTGATGCGGATCCACTTCCACATCTCAGACGAGAGCAAGGAGGACATCTGTACGGCCAAACACTGCATCCCACATCAGAAGTTTGCTATGACACTTTTCGAACAGGTT-GGTGCGGGATGCTGTCTGCGT------TGTATTATTATGTTGTATATATTAAGTCTGACATTTGTATGTGTTTTTTCTCTCTTCCAGTGTGTTTGTAATAATTGTGGAGCCACATCAGATCCTCTCCCCTTCATTCAGATGGTGCACTATATCTCCACCACCTCTCTCTGGTAAGTGGAAGACCATGTTTTTACACCAACAAAACTTTTCAA------TATGGACATTTTTGCACTTGGAAAGTAATTAGATCTCTTTCTAATCCTACTTAGATGACTTTCTGAGTATTCTTTTTATACATAGCTGTTTTCTAAGTAGATATAGTGAAAAATTGTTCAAGAAATCAATTCTGAAATTTAAAAATGAAAAGTTATTCTCTCTGGAATTGATTCCGTGTTtagtttttaccaacagatggggctttagggtagcttttaCCCATACACTCAAACGcaacataggttg-attttga-aaacatagccctatatatg-------tttcagcagatcacgaatttgtagcc 
s mm7.chr3      37048956 609 - 159849039 tttttttAAATTTTTTAATTAGGAAAATATATTGGCAAGAATTCATTTTCACCTGGTGCCAAACAGGGACGCAGACATGTGCACCTCTAAGTCTTGTGTGACTCATCAGAAGTTTGCCATGACTCTGTATGAGCAGGTGAGGTGCCTGG-GTTGTCTGTGTAGACACTGGACTGCTGTCTCGGGAGCGATGGACTCAGCAGCT---TGTGTTCTTCCG------CAGTGTGTGTGCCGGAGCTGTGGCGCTTCCTCAGACCCTCTGCCCTTTACCGAACTCGTGAGGTACATTTCTACAACAGCCCTGTGGTAAG---------------CTTCTCAAAGAATAGTTAGCAAAGAGGCTAGGAGCACACTTACACACATTAGGCATTTA-------TTCTGA--AAAATTAGAACATAGTATAGATTTTCCTTTCTGACA------TTATCGAATGTGCTTTAATAAGAGA--GCCCAGGAAGTAGCTTTCTCGGCTGAAGGCTTAGAATTTAG----CTTAATATAGGTTACCTG--AAGTGCTTGGCTAAAG-------TTTCAGATTGCGGTTTGGAATACATATAA--GTAATATAGTATGTGTTTTGAGGAAGCTAAGGCTATATATGGAATTCATTTGTTTATATAACGTATATATAACC 

a score=-117
s danRer3.chr12 27869053 30 +  37038836 TGTTGTTAATAC-----TGGTGCTTGAGGACACGT 
s mm7.chr3      37051213 35 - 159849039 TGTTGTAAGTTCATAGGCGAGGCTAGATTAAGATT 

a score=6126
s danRer3.chr12  27869083 228 +  37038836 CTGTCTCTTATTCTCTCTGCTGCAGTAACCAAGCGGTGCGAATGCTGGAGTGTAAAGAGAAGCCCACCCCTGACATGTTTGGAGAGCTTCTCCGCAACGCCAGCACCATGGGTGACCTGCGCAACTGCCCGGTGAGTTGTCTGTTGTCTTTGCTCAGCAACTCAATATAATCTTTATAACTCTATTTTTTAGTTTCACTGTGTTTGGTATAAAGCATGTGAGTGGGTC 
s mm7.chr14     100981821 214 - 119226840 CTTCCTCCT-TTCCCCATCTTGAAGTAACCAGGCTATTTGTATGCTGGAAAAGCGAGAGAAACCCTCACCAAGTATGTTTGGTGAGCTGCTTCAGAATGCCAGCACCATGGGGGACCTGCGGAACTGTCCGGTGAGTTA----------ATGCTATGGAATTTAGGATAAGGAGGAGAACCCTGGCTTTGGCTTGTAGCA---TTGTTGCAGAGCAGGTAGGAATGTC 

a score=8287
s danRer3.chr12  27875425 157 +  37038836 ATTTCAGAGTAACTGTGGTGAGATGCTGCGGATTCGGCGAGTTCTAATGAACTGCCCGGAGATCATCAGCATCGGTCTTGTTTGGGATTCAGATCACTCTGATCTGGCTGAAGATGTCATTCACAGCCTGGGCACATGCCTACGCTTGGGTGATGTA 
s mm7.chr14     100982055 157 - 119226840 ATTTCAGAGCAACTGTGGGGAGAGAATCCGGATCCGCCGTGTCTTGATGAATGCACCACAGATTATCACGATTGGTCTGGTTTGGGACTCAGAGCATTCAGACTTGGCAGAGGACGTCATCCACAGCCTGGGCACCTGCCTTAAGCTGGGTGATGTA 

a score=9389
s danRer3.chr12  27878303 243 +  37038836 CTGAAACATATTGCAA-ATAGCAGACTGTAAATGTGCCCGCTCTTGCTTTATCTGC--CTGTCCTCCAGCTCTTCTACCGTGTGACGGATGAACGAGCTAAGCAGTCTGAGCTCTATCTTGTGGGCATGGTTTGCTACTACGGCAAGCATTACTCCACCTTCTTCTTCCAGACCAAGATACGCAAATGGATGTACTTTGATGACGCACATGTGAAGGAGGTAATGACACGTCTG---CTTCTAGTGTTT 
s mm7.chr14     100984069 245 - 119226840 CTGAAGGATTATGTGAGATGGTCGACCGT----GTGATGGATTTTCCCTTCTCTTTTTCCTTCCCAAAGCTGTTTTTCAGAGTGACAGATGACCGGGCCAAGCAGTCTGAACTATACTTAGTAGGAATGATCTGTTACTATGGCAAGCATTATTCTACATTCTTTTTTCAAACAAAGATCCGCAAATGGATGTATTTTGATGATGCTCATGTCAAGGAGGTATGAATATGCAAGGATCTTGAAGTATTT 

a score=7456
s danRer3.chr12  27878596 179 +  37038836 AGATTGGTCCCAAGTGGAAGGACGTGGTGTCGAGATGTATAAAAGGCCACTACCAACCTCTATTGCTGCTGTATGCTGACCCGCGTGGCACACCCGTGTCTTCGCAAGATATGCTGGC---AGCACAGCTGGACCTGCACCACAGCAGCAAGGCCGGCTACGACAGCGAAGACTCCGGTGAG 
s mm7.chr14     100986791 176 - 119226840 AGATTGGTCCGAAGTGGAAGGATGTGGTCACCAAATGCATTAAAGGGCACTATCAACCCTTGCTGCTGCTCTATGCAGACCCCCAGGGTACTCCAGTGTCTGCCCAGGACCTGCCTCCCCACGCTCAGTT---CCTGCCATA---CACCAAGACATGCTACGATAGTGAAGACTCAGGTGAG 

a score=4775
s danRer3.chr12 27878867 218 +  37038836 TCGTCTTTCCTAGAGATGTGGAAAA--GTATTGatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaatatataGGTAGAATTTTAATCAGATTAAATGATCTACAAAGtaaataat 
s mm7.chr10     43458939 200 - 130066766 TTATCTAACTTAGAGCTGTAGTATATAGCAATGCCATTTATA-------ATAGCCATATAT-CATACATATA-ATAAAGTTATATGGGatatatatatatacatatatacatatatatatacataAA-----------ACACAGAGATATGTATTCATGCATGTGTATGAGGATAAAGGTAATGTATAACAAAGCATAGGTGCACTATAAAAAAAGCCAC 

a score=2379
s danRer3.chr12 27879177 49 +  37038836 TCTCAACTGTCATTTCACCTAATCTAGAGAGACAGAGATGATATTTGGT 
s mm7.chr10     43459225 49 - 130066766 TCCCAACTGCACTCCCACACAATCTAGAGAGACAGAGAGTGCATTCGTT 

a score=7817
s danRer3.chr12  27918842 332 +  37038836 ATGTCGTGGAAGAGGAACTACTTTGCGTCAGGCAGCGGCGGCGGCAGCCTGCAGGGGATGTTCACCCCACGCAACATGACCTCCATCGCTCCCAGCAAAGGCCTGAGCAATGAGCCGGGCCAGAACAGCTGCTTTCTGAACAGCGCGCTACAGGTAAGCGGGACAGTTGTCTTTATATAG-------TAATTGTGGATTTGTGTGGGATGCTGTATTCAGTGGATGCTGTGCAAACAAGGGTTTAGATTTAGTGTTTTTGAATGGTT---AGCAAAGCT------------GAGGGCTCGTAATATTATTAT--GAACTGCAACACTATGATAATAACATGCATTATGTGTTTGTT 
s mm7.chr14     100963055 338 - 119226840 ATGTCTTGGAAAAGAAATTACTTTTC------TGGAAGCCGAGGTAGTGTTCAAGGGATGTTCGCACCTCGGAGCTCAATGTCCATTGCCCCCAGCAAAGGCCTCAGCAATGAGCCAGGGCAAAACAGCTGCTTCCTCAACAGTGCCCTGCAGGTAAGC-CCACCTCCTTCTTTGTGTTGGTAGTGTTGTTTGCAGATTT---TCAGATGTGATACTTGATGGCTCC--------CAAGATCATATATTGTGTTtatctgggtgattttaggcaaagctttttatcttttcaaatgtcagttacctaatttgtagaattggacattaataATGATAAAAAGCATTGTTAATCTGTT 

a score=4374
s danRer3.chr12  27929858 271 +  37038836 cagatcctccaGCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAGCCAGAGTCTACGCCGCAACCAGAGTCGACTCCGCCTCCTGAGCTTCctgaatggccgccgcctcctgagcttcctgaatggccgccgcctcctgagcttcctgaatggccgccgcctcctgGGCTT---Cctgaatggccgccgcctcctgagcttcctgaatggcc 
s mm7.chr12     106499958 263 + 117814103 CAAACTTTGCCCCGCAGCCAGGGGTCACTCAGCAGCCAGGGGTCACTCAGCAGTCAGGGGTCACTCAGCAGCCAGGGGTCACTCAGCAGCCAGGGATAACTCAGCAGCCAGGGATAACTCAGTAGCCAGGGATAACTCAGTAGCCAG--------GGATAACCCATG-CTGCTGGGCAGCTGGCTTGCTGTTTCCCCCCTGTGGTTTCTCTAGAGT--CCTCCTCTctggcctggcctggcctggcctgCTCCGCCACAGCCGTCAGGAAGCCC 

a score=5796
s danRer3.chr12  27961120 225 +  37038836 AAACACAATATTGTCTTTTCAACATGACTTTTTGGTGCTT-------TCTTTGGAAATTTGGGTAGTTTTTGAC-----------AGGTT--TTGCAGACTAATTTGACTTAACCCTTCTGTTCTTTTGCCCTCAGGTCCTTTGGCATCTTGACATCTTCCGCAGAAGCTTCCGGCAACTGAACACTCACAAGTGCATGGAGGATTCGTGTATCTTCTGTGCTCTGAAGGTGAGTGTTACCAAGT 
s mm7.chr14     100966016 232 - 119226840 AAAAATGATCTTTTGTTCTGAGAATAAATTTTTTTTTCTGCAGTCAATCCCTGTTTGCTTG---AATTCTTGACTTTAAAGTTAAAGGCTGTTTGTAGGATAAT--GAGTTTCCCCCTTTTTTGG--------AAGGTTTTGTGGCACTTGGACATCTTCCGCCGTAGCTTTCGGCAGCTTACAACTCACAAGTGCATGGGTGATTCCTGCATCTTCTGTGCTCTCAAGGTAAGCGCCATAACGT 

a score=12
s danRer3.chr12  27978122 77 +  37038836 TATTCTCTTCACAGCTAGCAGCAGGCTGACGAAAGCTGTTGTGCAGTGTCTGGGTTGCATCAGGATCTCCATCTTAC 
s mm7.chr14     100978572 68 - 119226840 TGTTTCCATGACTGTCATCATAAGGATGACAGACTAGGGTGGACAGAAGCTTAATAACAGCA---------TTGTGC 

a score=6344
s danRer3.chr12 27978199 171 +  37038836 TTTGGGCTGCTGTTTCCTTTTGTGTTTTCAGAGCATCTTCGCTCAGTTCCAGTTCAGCAGTGAGAAGGTGCTCCCATCGGATGCTCTGCGCAGCGCTCTGGCCAAAACCTTCCAAGACGAGCAGCGCTTTCAGCTGGGCATCATGGATGACGCGGCCGAGTGTTTCGTAAG 
s mm7.chr3      37047361 171 - 159849039 TTCGACCTACTGATATACTTTTGATTTCTAGACAATATTTGCACAATTTCAACACAGTCGAGAAAAAGCACTTCCCTCAGATAACATAAGGCATGCTCTTGCAGAAAGCTTCAAAGATGAGCAGAGATTTCAGCTTGGCCTCATGGATGATGCTGCCGAGTGCTTTGTACG 

a score=151
s danRer3.chr12 27987112 3 +  37038836 TCT 
s mm7.chr3      37048956 3 - 159849039 ttt 

a score=11589
s danRer3.chr12  27987115 322 +  37038836 TTTTGCTTATTTTCTCCAGGAGAACCTCCTGATGCGGATCCACTTCCACATCTCAGACGAGAGCAAGGAGGACATCTGTACGGCCAAACACTGCATCCCACATCAGAAGTTTGCTATGACACTTTTCGAACAGGTTGGTGCGGGATGCTGTCTGCGTTGTATTATTATGTTGTAT------ATATTAAGTCTGACATTTGTATGTG------------------TTTTTTCTCTCTTCCAGTGTGTTTGTAATAATTGTGGAGCCACATCAGATCCTCTCCCCTTCATTCAGATGGTGCACTATATCTCCACCACCTCTCTCTGGTAAGTGGAAGACCATGTTTTT 
s mm7.chr14     100980777 345 - 119226840 TTTTGTGTTTTCCTGTCAGGAAAACCTCCTGATGAGAATTCACTTCCATATTGCTGATGAAACCAAAGAGGATATATGTACTGCTCAACACTGCATATCCCACCAGAAATTTGCAATGACATTGTTTGAGCAGGTAAAT-CTATACCTTGGACTTTTTCTTTAAGAATATTTTATCTGAGGATGTAAAGTTTCAAAACAGTTCATGACTGGCTGCTTAGTGTCCCTTTCCCTCTGGCCCAGTGTGTGTGCAGCAGCTGTGGCGCCACGTCCGACCCGCTGCCCTTTATCCAGATGGTGCACTACATCTCCACCACTGCCCTCTGGTGAGTTCTAGGCAGGTTTTTT 

a score=-1228
s danRer3.chr12 27987437 319 +  37038836 ACACCAACAAAACTTTTCAA------TATGGACATTTTTGCACTTGGAAAGTAATTAGATCTCTTTCTAATCCTACTTAGATGACTTTCTGAGTATTCTTTTTATACATAGCTGTTTTCTAAGTAGATATAGTGAAAAATTGTTCAAGAAATCAATTCTGAAATTTAAAAATGAAAAGTTATTCTCTCTGGAATTGATTCCGTGTTtagtttttaccaacagatggggctttagggtagcttttaCCCATACACTCAAACGcaacataggttg-attttga-aaacatagccctatatatg-------tttcagcagatcacgaatttgtagcc 
s mm7.chr3      37049263 302 - 159849039 TCTCAAAGAATAGTTAGCAAAGAGGCTAGGAGCACACTTACACACATTAGGCATTTA-------TTCTGA--AAAATTAGAACATAGTATAGATTTTCCTTTCTGACA------TTATCGAATGTGCTTTAATAAGAGA--GCCCAGGAAGTAGCTTTCTCGGCTGAAGGCTTAGAATTTAG----CTTAATATAGGTTACCTG--AAGTGCTTGGCTAAAG-------TTTCAGATTGCGGTTTGGAATACATATAA--GTAATATAGTATGTGTTTTGAGGAAGCTAAGGCTATATATGGAATTCATTTGTTTATATAACGTATATATAACC 

a score=-117
s danRer3.chr12 27995397 30 +  37038836 TGTTGTTAATAC-----TGGTGCTTGAGGACACGT 
s mm7.chr3      37051213 35 - 159849039 TGTTGTAAGTTCATAGGCGAGGCTAGATTAAGATT 

a score=6126
s danRer3.chr12  27995427 228 +  37038836 CTGTCTCTTATTCTCTCTGCTGCAGTAACCAAGCGGTGCGAATGCTGGAGTGTAAAGAGAAGCCCACCCCTGACATGTTTGGAGAGCTTCTCCGCAACGCCAGCACCATGGGTGACCTGCGCAACTGCCCGGTGAGTTGTCTGTTGTCTTTGCTCAGCAACTCAATATAATCTTTATAACTCTATTTTTTAGTTTCACTGTGTTTGGTATAAAGCATGTGAGTGGGTC 
s mm7.chr14     100981821 214 - 119226840 CTTCCTCCT-TTCCCCATCTTGAAGTAACCAGGCTATTTGTATGCTGGAAAAGCGAGAGAAACCCTCACCAAGTATGTTTGGTGAGCTGCTTCAGAATGCCAGCACCATGGGGGACCTGCGGAACTGTCCGGTGAGTTA----------ATGCTATGGAATTTAGGATAAGGAGGAGAACCCTGGCTTTGGCTTGTAGCA---TTGTTGCAGAGCAGGTAGGAATGTC 

a score=8287
s danRer3.chr12  28001769 157 +  37038836 ATTTCAGAGTAACTGTGGTGAGATGCTGCGGATTCGGCGAGTTCTAATGAACTGCCCGGAGATCATCAGCATCGGTCTTGTTTGGGATTCAGATCACTCTGATCTGGCTGAAGATGTCATTCACAGCCTGGGCACATGCCTACGCTTGGGTGATGTA 
s mm7.chr14     100982055 157 - 119226840 ATTTCAGAGCAACTGTGGGGAGAGAATCCGGATCCGCCGTGTCTTGATGAATGCACCACAGATTATCACGATTGGTCTGGTTTGGGACTCAGAGCATTCAGACTTGGCAGAGGACGTCATCCACAGCCTGGGCACCTGCCTTAAGCTGGGTGATGTA 

a score=9389
s danRer3.chr12  28004647 243 +  37038836 CTGAAACATATTGCAA-ATAGCAGACTGTAAATGTGCCCGCTCTTGCTTTATCTGC--CTGTCCTCCAGCTCTTCTACCGTGTGACGGATGAACGAGCTAAGCAGTCTGAGCTCTATCTTGTGGGCATGGTTTGCTACTACGGCAAGCATTACTCCACCTTCTTCTTCCAGACCAAGATACGCAAATGGATGTACTTTGATGACGCACATGTGAAGGAGGTAATGACACGTCTG---CTTCTAGTGTTT 
s mm7.chr14     100984069 245 - 119226840 CTGAAGGATTATGTGAGATGGTCGACCGT----GTGATGGATTTTCCCTTCTCTTTTTCCTTCCCAAAGCTGTTTTTCAGAGTGACAGATGACCGGGCCAAGCAGTCTGAACTATACTTAGTAGGAATGATCTGTTACTATGGCAAGCATTATTCTACATTCTTTTTTCAAACAAAGATCCGCAAATGGATGTATTTTGATGATGCTCATGTCAAGGAGGTATGAATATGCAAGGATCTTGAAGTATTT 

a score=7456
s danRer3.chr12  28004940 179 +  37038836 AGATTGGTCCCAAGTGGAAGGACGTGGTGTCGAGATGTATAAAAGGCCACTACCAACCTCTATTGCTGCTGTATGCTGACCCGCGTGGCACACCCGTGTCTTCGCAAGATATGCTGGC---AGCACAGCTGGACCTGCACCACAGCAGCAAGGCCGGCTACGACAGCGAAGACTCCGGTGAG 
s mm7.chr14     100986791 176 - 119226840 AGATTGGTCCGAAGTGGAAGGATGTGGTCACCAAATGCATTAAAGGGCACTATCAACCCTTGCTGCTGCTCTATGCAGACCCCCAGGGTACTCCAGTGTCTGCCCAGGACCTGCCTCCCCACGCTCAGTT---CCTGCCATA---CACCAAGACATGCTACGATAGTGAAGACTCAGGTGAG 

a score=7385
s danRer3.chr12  28009689 341 +  37038836 GGCTATTTCTAAAGCTAACTTTCTCGGTTTTAAATGCCCTTATGTGTTTATTTTGTT-TTCAGGACGGGAGCCCTCAATTTCAAGTGACACTCGCACAGACTCTTCCACAGACAGCTACAGCTACAAGCACTCTCGATCACACCATGAGTCCATGGCCTCCCATTTCTCTTCTGACTCTCAGGGAACTGTGGTGTGTAATCAGGACAGCAG---CGGTTCCCAGAACAGCATGGACAC-TGCAGG----TACACATG------CGCTCTTTAATATAAATGCCACCAGCCACAGCGTCACGCTACATCAAACAAAGAAGCCACGTGCCCTGATAAATTTACATGCAACTTTCAGAA 
s mm7.chr14     100988599 336 - 119226840 GGCTGTTGCTGTTCTCAATTTTCTTACTTTTGCAT------ATGTATCTCCTCCTTCCTTCAGGGAGGGAGCCTTCCATCTCAAGTGACACTCGAACAGATTCCTCAACGGAGAGCTATCCCTACAAACATTTT------CACCTTGAGTCTGTGGTCAGTCACTTCTCTTCAGATTCTCAGGGGACAGTCATCTATAATGTGGAGAATGATTCCGTGTCTCAGAGCAGTCGGGACACAGGTAGGGACTTACACATAGAACCCTGCTGGTCTGATTCAATTCCTACATAGAAAGTCTCCCA-------AGAAAAAGAAACCAGGGCGAGTAGTAAA-TGACATGCAAAGTACAGAA 

a score=6338
s danRer3.chr12  28010032 350 +  37038836 ATATATCTGTTTCTGACTTTATTTTTTAGGGGAGGTTCT---AGACCAGGCCACTCCTATTTGCACGCCAAGACCCTCTTCTACTGGCCATCTGCAGGACTATAAAGAGACTGTGA---ACATGATCCACAGCAGACCTCTCTCATCGTCCT---CTAGCTCAGG---------CGTGGGGGGTTCGGAAGCT----------------------GGAGC--------GCGAGCGAGAGACTGGGAGGACGAGAGCACCAGCAGCGAGTCCAAATCCAGCTCCAGCGGAGGCCGCTATCGCCCCACTTGGAGACCCAGAAGAGAGGCCCTGAACATCGACAGCATCTTCAGCCGGGAAAGACATCGGCCTGTGGGATACACCACGCTT-GGACCTTCCC 
s mm7.chr14     100992943 395 - 119226840 ATTTCTTTTATTCTCTCTTGATTTTT-AGGAGAAACACTGAAAGAGAAGCAGGCTCCTAGGAATGCCTCTAAATCCAGCAGCAGCAGCAGGCTAAAGGATTTCAAAGAGACAGTCAGCAACATGATCCACAGCAGGCCTTCCCTGGCTTCTCAGACCAGTGCAGGATCTCCCTGTGTAGGTAGGGCAGGAGACCAGCTAGACAAGATACCACCAAGGAACTTCCCTTTACAGGCTCGGGGCTGGGAAACGGAGAGTACCAGTAGTGAGGCAAAATCCAGTTCTTCCAG---CAAGTACCGCCCAACATGGAGACCTAAACGAGAATCTCTAAATATTGACAGCATTTTTAGTAAGGACAGAAGGAAGCATTGTGGCTACACCCAGCTTAGGACCTTTCC 

a score=5671
s danRer3.chr12  28010548 129 +  37038836 TGTAGAACAGCAGCCTCGGCTGATCCAGAGGATGGAGAGTGGCTACGAAAGTAGTGAGAGGAACAGCAACAGCCCGATCAGCATGGACATGCCCCTCAGCGACAACCCAAACTCGAGTGCTCACAGGTA 
s mm7.chr14     100993691 123 - 119226840 TTTAGAGCAGCATCCTCGCCTAATCCAGCGGATGGAATCTGGCTATGAGAGCAGTGAGAGGAACAGCAGCAGCCCTGTCAGTTTGGATGCTGCCCCGCCTGAC------AGCGTGAATGTCTACAGGTA 

a score=2606
s danRer3.chr12  28014664 244 +  37038836 GTTTGTTAATTGTATTTTGCCTACAGTACAGAAAATGCCCAAATATCCATTTATGGTTGTATCATATATTAAACCT--GTACTGTATTTGTAACTAACGCTCATGGTATTTAAGTTCTCAATCGTTTG-CTCTCTTCCACTTGCAGGGACTTTGGAAATAAGAGGCCTGTAACGTCTGGACCATCTTGGCGCACTGTGCCCAAGTCCAAAAGTAGCAGTGCCATCCTGCAG---GACCTCAAATCACCCA 
s mm7.chr14     100996242 241 - 119226840 GTATATGCATTATGTTTTGA-TCCATGACCCTTGGTTCCCAAGCTTTTATA-ATGTTTGTTTTCTGTTTTGAATTTTAGTCTTAGAAATGTTGTTAGAAGCCACTGTTTAAAACTTTTTATACTTTGGATTCTCTT----TTGAAGGGATCAAAGCACAAAGAGGCCTGTTGGGTTTGTCCCTTCTTGGCGTCATATTCCAAAGTCTCACAGCAGTAG---CATCCTGGAGGTAGACTGTACAGCACCCA 

a score=6152
s danRer3.chr12  28015041 543 +  37038836 TCTTTGTTTTATATTTGTAGGGGAAGAGC-------GTAGTGAGCTGGATGAATTGCAGGAGGAAGTTGCTCGCAGGGCTAGGCAACAGGAGCTGCAGAGGAAGAAGGAGAAGGAGAGAGAAGCGGCGCAGGGCTTTAATCCCAGACCCAGCAAATTCATGGACCTGGATGAACTTCAGCACCAGGGTAAATGCCACACAGTGCCAAAAAATGCTCCAACCAACTGTGAGAGGAGCTAGAAAATAAGCTTAAATCAGCCTAAAGTGGTTAGCTGGTCACCCACCATGGCTATGTAAGACTGTAATGGTAGTCTACTG--GTAATGTTTGTTGAGTTTTGATTTACATTTATTCATTCTTATAACTAGACTGTTAAGGCTTGTCTGTTCAGATTGACCACAAATTAAATGACTATTCAGCTAAACCAAATTCCAAAAACCAGCATT----GCAATATATTAGGAGACCAGCAAACCTATTGAAAGCAGCTATAACAAACAAACTTTAGTCTGGTTTCTAGAATAGCCTAATATATTGGAACACAACGTTTTAGATTT 
s mm7.chr14     100999850 477 - 119226840 TCTTTGCTTCTATCTCAGATGGGGAGGTCACCTCTAGAAGTGAATTGGATGAACTACAGGAAGAAGTGGTCAGGCGAGCCCAGGAACAGGAGCTGCGGAAGAAACGGGAGAAGGAATTAGAGGCTGCTAAAGGCTTTAACCCTCATCCCAGCCGCTACATGGATTTGGATGAACTGCAGAATCAGGGTAATTGTGA---------GAATTAGGCTGTAGGTAATGGGGACAG-----AGAGAAAAGGCAAAACATAG-------------------GATCCACACTTGCAATATTTGATTTTATCTCAGTTCAACTACTGTAATGAGAGTTAAGTTTTGAATTGA----------------------------GAAGCTTAT-TGATTAGAGATATCACTACTTCTATGAACATCCACTAAAAGC-----CTGAAGGTCAGTggttagagagatgtcttagtagttaagagcactcactg--atcttctaga------ggacctgggtttgatttccagca----cccatatggtgcctcacaaccatctgcattt 

a score=4533
s danRer3.chr12  28017222 159 +  37038836 TTGCAGGGAAGGGGGGCAGTTTTGAGCACTGCCTGGCGGAGGCTGACTCTCTCATAGAGCAGTCGATGCGCCTGGAGCAGGCTGGGGACACAGCTACAGCCCTGGCGCTCTCCCACCACGCCGTGTGTAAGTAATTCTCACCTGCCTTTGCTTGCTATG 
s mm7.chr14     101004215 154 - 119226840 TTTCAGGGAGGAGTGACGGCTTTGAAAGGTCCTTGCAAGAGGCAAATTCAATATTTGAAGAGTCGCTGCATCTGGAACAAAAGGGAGACTGTGCTGCAGCTCTGGCTCTGTGTAACGAAGCTATCTGTAAGTAA--CTCAACTGC---TACTGGCTATG 

a score=7110
s danRer3.chr12  28027828 238 +  37038836 tctttctttttcttttctgcattttctttccttctgctcttcttttctttccctttttgtt-------gttcttttttGCATTATAGCTAAACTAAGATTTTCCATGCATGAGGGCAGTGCTAACACTCATAGCAGGACAATGGCTGCTGACGCCAAGCTGCAAAAATGCATGAGGAGAGCGCGGGGCCTTCAGCAGCGCATGCAGCAACAGCAAGAACAGCCGCAGGAGCCCA-GCCGCCCACAG 
s mm7.chr14     101005133 240 - 119226840 tctttgcttagttttagtttagtttttgttcttttatttttgtttgtattttgtgttgtttctgctatattttcttttgcattttaGCTAAACTAAGACTTACCCTGCATGATGCCAGCTCTAGCACGCACAGCAGAGCCCTAGTCGATAA---GAAGTTGCAAATCAGTATTCGAAAAGCACGAAGCCTTCAGGATCGCATGCAGCAA---CAAGCATCATCGCAGCAGCCGGTGCAGCCCTCAG 

a score=2993
s danRer3.chr12  28032605 200 +  37038836 TTACTCTCTCCCTCTTCTTCCCTCTTCAGTGAACAGCCTGGCCCGGTCCAAGTATTGTTGACAGACAATCAGGAAGAGGTCTGGGAGACCAATCCGGATTCAGTGCTT-GGCCCACCCTCTCCTCAACACATGAATTCACCCTCCTCTTGTACAAACTCCCCATCTCAGCTCTCTAACCGCCCATCGCTCAATCCAGGATC 
s mm7.chr14     101008019 166 - 119226840 TGATTCTCTCCATTTGTTTC-------AGTGAACAGCCTATCACGCTCCAAGTATTGTTA------AACCAGGAGGCACAGCTGGAACCTTGCAAGGATACAGAGCTTGGGGCCACTTCCTCTTT----CTTCCACTCACCTGCTTCCTGCCCTGAGTT------------------ACACTCATCACTCATCCCAGAGTC 

a score=3621
s danRer3.chr12  28033412 65 +  37038836 CCCACTGAGGCTGAG-----GACCAGGAGCTCTCTGAACTGGACTCACTCTACCAGGCCAGTCTCCAGGC 
s mm7.chr14     101009300 70 - 119226840 CACACTGGGACCAAGACACAGAGCAGGAGACCTCTGAACTGGAGTCTCTCTACCAAGCCAGCCTTCAGGC 

a score=14103
s danRer3.chr12 28096743 604 +  37038836 CAGGCGGACGGTTCCACCTTTCTTCAAATGGGAGCTTCTATAGATCAGCAGATAAATGCAATGTTCAAAGTGATGGAGGAGTACAACTGGGGCAACTTTGTGGTGATCACAAGCCTGTATCCCGGCTATGAGACCTTTGTGGACTACATTCGCTCATTCACGGACACAAGCTACTTCCTGTGGGAGCTGCAAGATGTGCTGAGTTTCGAGATG----TCGGTGGG-CGCAAATGACATCCGCACACGTCGACTTCTACAACAAGTGGACTCTCAGGTGTATCTAGTGTACTGTTCCCACGAAGAAGCACAGTATTTGTTTAGGATGGCCTCTGATGTGGGGCTTTTGGGGCCTGGATACATCTGGATCGTCCCTAGTCTGGCTGTGGGCAACCCTGAAGCGGCCCCTCCAGCCAGCTTCCCAGTGGGCGTCATCAGTATTATCACAGACCGCTGGAGGAAAACACTGCGCCAGAGGGTTCGCGAAGGAGTGGCAATCATAGTGAAAGGGGTGCACAGTTTTCACAAGCACAGAGGATTCATTCCCGAGGGTCACAGTGACTGCAGTAGT---------CCTGTCAAATCATATGCCAACAATTCTCTCTTCAGGTAAG 
s mm7.chr11      6724168 607 - 122091587 CAGGAGCCAGGCTCCGCCTTTCTACAGCTGGGCGTGTCCCTGGAGCAGCAGCTGCAGGTGCTGTTCAAGGTGCTGGAGGAATACGACTGGAGCGCGTTCGCTGTCATCACCAGCCTGCACCCGGGCCACGCGCTCTTCCTCGAGGGCGTGCGCGCCGTCGCCGACGCCAGCTACCTGAGCTGGCGGCTGCTGGACGTGCTCACGCTGGAGCTGGGCCCCGGTGGGCCGCGAGCG-----CGCACTCAGCGCTTACTGCGCCAGGTCGACGCCCCGGTGCTGGTGGCCTACTGCTCCCGTGAAGAGGCGGAGGTGCTCTTCGCGGAGGCTGCACAGGCTGGCTTGGTGGGACCCGGTCACGTGTGGTTAGTACCTAATCTGGCGCTGGGAAGCACCGACGCTCCCCCTGCAGC---CTTCCCAGTGGGCCTCATCAGTGTGGTCACCGAGAGTTGGCGCCTTAGCCTACGCCAGAAAGTCCGCGACGGTGTAGCCATTCTGGCCCTCGGTGCCCACAGCTACCGACGCCAGTACGGTACCCTTCCAGCCCCGGCTGGAGACTGCCGAAGCCACCCAGGACCCGTCAGCCC---TGCCAGGGAGGCTTTCTACAGGTGAG 

a score=3895
s danRer3.chr12 28103894 127 +  37038836 TCTACAGGCATATGCTGAATGTGTCATGGGAGCATAAGGATCTGTCCTTCAACTCCGATGGCTATCTCACTAATCCTTCCATGGTGATCATTGCTCTGGATCGAGAGAACCACTGGGACAAGGTAAG 
s mm7.chr11      6725084 127 - 122091587 TCCCCAGGCATCTGCTGAATGTCACCTGGGAAGGCCGAGACTTCTCTTTTAGCCCTGGTGGGTACCTGGTCCAGCCCACAATGGTTGTGATCGCTCTCAACCGGCATCGCCTCTGGGAGATGGTGAG 

a score=10402
s danRer3.chr12 28118223 223 +  37038836 CATCCACAGGTGGGAAGCTACGAGGGAGGAATTTTGCAGATGCGTTATCCTGTATGGCCTCGTTATGGCAGCTTCTTGGAGCCCGTGTCAGACAACCGGCATCTGACCGTGGCCACGCTGGAGGAACGGCCTTTCGTCATCGTAGAGAGTGTTGATCCTGCCACCGGCACTTGTGTGCGCAATACTGTGCCCTGCCGTCGACAGTCCAACAGGACTGAAAGGT 
s mm7.chr11      6726279 223 - 122091587 CCTCTGCAGGTGGGACGGTGGGATCATGGGGTCCTGTACATGAAGTATCCAGTATGGCCTCGCTACAGCACTTCTCTGCAGCCTGTGGTGGACAGCCGGCACCTGACAGTGGCCACACTGGAAGAAAGGCCTTTTGTCATTGTGGAGAGCCCTGACCCTGGCACAGGTGGCTGTGTTCCCAACACTGTGCCCTGCCGTAGACAGAGCAACCACACCTTCAGGT 

a score=8577
s danRer3.chr12 28129560 183 +  37038836 TGTTTGCAGTATAATCGGTCACACTGAGCCTTACACCAAACTCTGCTGCAAAGGCTTCTGCATAGACATCCTAAAGAAGCTCTCACGCACCATTAAGTTTTCATACGACCTTTATCTGGTCACCAATGGGAAACATGGCAAGATGGTCCGTGGCGTCTGGAATGGGATGATTGGAGAGGTATG 
s mm7.chr11      6726679 183 - 122091587 TGGTGGCTGCAGCAGCGGGGATATAACCCCCTACACCAAGCTCTGTTGTAAGGGCTTCTGCATCGACATCCTCAAGAAGCTGGCCAAGGTGGTCAAGTTCTCCTACGACTTGTACCTGGTGACCAACGGCAAGCACGGCAAGAGGGTTCGTGGTGTGTGGAATGGTATGATCGGTGAGGTAGG 

a score=-1106
s danRer3.chr12 28133427 519 + 37038836 ataaatacatttggatcatttatttgaatcattgctattggaatgtggagagactttcaaccagcaaaaaaaaaaatgcttctgaagacaatcacctactgcacctAGAATAAACCATTAGagacttttaataaaataaagtactaattcactgcttaatagtcagaaagcgagtatctgagtctaggcattaggtagaa---tgaataggatcatactttacaagtactaataaacagacagtatcttgataataagcaggtaataagccaaaaggtaatattgagaattggtaaactaaaatgttaccCTTAAAAGTGATACGTCCAAATGTGCCTACTTCCCAATGATGTGTGATAT-GTGAATGCATTACTATAAGTTTGTACATGAATAAATACATAAATATCTATAAGTTTGTA--------CATGAATGTAAA-----TTGTA-ATGTTCATCCACAGCTGGCCAAATG--TGTGGTCCACATGGGCCTT--CATTATTTCAGGATACCACAGATTTCCACATACTTTCATTCA 
s mm7.chr18     67455962 501 - 90918714 ATGAGAGCACTTTGAAAGTAGAGCGGAGTGGATGCTGTTGGAGCTACAACAACTTTTCAACCATTAGGTAATT---TGTGCATGAAGCAAATG------TGGTCCCACTCTAAGCTGATAAAGTATATTCTTATCATGAATGA--GAAGAACTTGAAAGTATCCAGAGAT--ACTGTGGTAGTTGGAGGAGAAAGTAGACAATTGAAGGTGATCATACTTT----GTGC--ATAAATAAATGGAATTCT---------CAAAGaataa-----aagattataataaaaatttaaaaGTGGAAAAGTGTGTCTATATAGATATAGAAGATATGATGTATGATTCAGAGAAATACTTAATATCATGTACATGTCATTACAG------AAAAAAAAAAACATATGTAATTATATCAGACTGGAGTCAATGTCATATACCTAAAAACACTGGTAGACATGAATCCACA-CCAGCAGAGTTCCTGTTATCTTACTCTATTTTAACATTATTTCAAACAACCACAGATAACTGCTGATTTCTTTTCA 

a score=10314
s danRer3.chr12 28133949 173 +  37038836 TCTCCT-TGTTCAAGGTCTTCTACAAACGTGCAGATATGGCTATTGGCTCTCTAACCATCAACGAGGAGCGCTCAGAGATTGTTGACTTTTCAGTGCCATTCGTGGAGACTGGGATCAGTGTTATGGTGGCCAGAAGCAATGGAACAGTCTCACCTTCTGCCTTCCTGGGTAAG 
s mm7.chr11      6727101 174 - 122091587 TCTCCTGCCTCCTAGGTATACTACAAGCGGGCAGACATGGCCATCGGCTCCCTCACCATCAATGAAGAGCGCTCAGAGATTATAGACTTCTCTGTGCCTTTTGTGGAGACCGGCATCAGTGTGATGGTGGCAAGGAGCAACGGCACCGTCTCCCCCTCGGCTTTTCTGGGTGAG 

a score=8215
s danRer3.chr12 28134640 152 +  37038836 CATCTGTCTTTGTCTTTCAGAGCCTTACAGTCCAGCCGTGTGGGTTATGATGTTCGTAATGTGCCTGACTGTTGTGGCAGTCACCGTGTTCGTCTTTGAGTACTTCAGCCCTGTTGGCTACAACCGGAGCCTTGTCAGTGCCAAAGGTCAGC 
s mm7.chr11      6728344 152 - 122091587 CCTCTTGCTTTGGTCCCCAGAGCCCTACAGCCCTGCCGTGTGGGTGATGATGTTTGTAATGTGCCTCACGGTGGTTGCCATCACTGTCTTCATGTTCGAGTATTTCAGCCCTGTCAGCTACAACCAGAATCTCACCAAGGGCAAGAGTAAGC 

a score=15176
s danRer3.chr12 28136299 244 +  37038836 TCTCTTCTATAGCCCCTGGGGGTCCAACCTTTACCATTGGGAAGTCTGTTTGGCTCCTGTGGGGAATCGTCTTCAACAACTCTGTTCCTATTGAAAACCCCAAAGGAACAACCAGCAAAATTATGGTCCTAGTCTGGGCGTTCTTTGCTGTAATCTTCCTCGCCAGCTATACAGCCAATTTAGCGGCCTTCATGATCCAAGAGCAGTACATTGACACCGTGTCTGGGCTTAGTGACAAGAAGGT 
s mm7.chr11      6728603 244 - 122091587 TCTCACCCCCAGAGTCAGGTGGACCATCCTTCACCATTGGCAAGTCCGTGTGGTTGCTGTGGGCACTGGTCTTCAACAACTCTGTTCCCATCGAGAACCCCCGGGGCACCACCAGCAAGATCATGGTCCTGGTGTGGGCCTTCTTCGCTGTCATCTTCCTCGCTAGCTACACGGCCAATCTGGCAGCCTTCATGATCCAGGAACAATACATCGACACTGTGTCGGGCCTTAGTGACAAGAAGGT 

a score=9877
s danRer3.chr12 28138491 235 +  37038836 TAAGGTTATGCTGTTTCGGGCCTCAGCTAAATGATTGAAATGCCATTTA-TTACTTTTTGTTT-CAGTTTCAAAAACCCCAGGAACATTATCCTCCCTTTCGCTTCGGAACGGTCCCAAATGGCAGCACAGAGAGGAACATTCGAAGCAATTACCCTGACATGCACACCCACATGATCAAATACAACCAGAAGGGAGTGGAAGAAGCTCTCAACAGCCTTAAGACAGGGTGGGCTTC 
s mm7.chr11      6729108 236 - 122091587 TGGGGCTCTGGTACTTGGGGG-TGGGCTAGATGAAGAGGGTGGGAGTGGCTTGCTCTCTGCCTATAGTTTCAGCGGCCTCAAGACCAATACCCACCCTTCCGTTTTGGCACGGTACCTAATGGCAGCACAGAGAGGAACATTCGTAGCAACTATCGTGACATGCACACTCACATGGTCAAGTTCAACCAGCGCTCGGTGGAGGATGCTCTCACAAGCCTGAAGATGGGGTGGGTCTC 

a score=12650
s danRer3.chr12 28140502 386 +  37038836 GCCATTTGCCTTGGGCTCATTTCTGTCCTCTGTGTAGGAAGTTGGATGCCTTCATATATGATGCAGCAGTTCTTAATTATATGGCTGGCAAGGATGAGGGCTGCAAGCTGGTCACCATTGGTAGCGGGAAGGTGTTTGCTACCACAGGCTACGGCATTGCTCTGCAGAAAGACTCCCGCTGGAAGCGCCCCATAGACCTGGCTCTTCTCCAGTTCCTGGGAGACGGTAAATTGCA-------------CTAGGGGGGACCGGAACTGGTCCACACTTAATATCCTCTGCCCCAGCATGAAAGCTATCACATTCTCCTCTTAGTGTAAAAAACTCAATGTGCTGAGAATTGAGAGGTTATGAAAGGCATTTCAGTGCAAACAGCAGGTAAGAGAAAACCT 
s mm7.chr11      6729739 389 - 122091587 GTCCTTGGTCCTGAGGGCAC----GGCATGTCTCTAGGAAGCTGGACGCCTTCATCTATGATGCCGCCGTCCTCAACTACATGGCGGGCAAGGACGAAGGCTGCAAGCTGGTCACCATTGGGTCTGGCAAAGTCTTTGCCACCACTGGCTATGGCATTGCCATGCAGAAAGACTCCCACTGGAAGCGGGCCATAGACCTGGCGCTCCTGCAGTTCCTGGGGGATGGTGAGTTCCATCAGTTCTAGGTTCCAGGGTGGACC---ACAGCTCTGTGGTCATTAGCATTTCTACTATCATTTCTGTGTGCACA-GAGCCTCTGCGGGGAAAGATCTCTGAG-AATGAGGATGGGGAAGTTGAGGTGCAAGTGTGAGGAAAAAC-TCAAGGGAGGGATGACCT 

a score=13552
s danRer3.chr12 28141199 333 +  37038836 GATTCTTATGTATCCTCTTGTTTCTGTCATAGTTGAGTAGTCTTTGCCTGCCGCTGTTTCTGGCATTGTTCCTGACCCT---GTTTCCTTTCATGCAGGGGACACACAGAGACTGGAGACAGTATGGCTGTCTGGAATATGCCAGAATGAGAAAAACGAGGTCATGAGCTCTAAACTAGACATAGACAACATGGCAGGTGTTTTCTACATGTTGCTTGTGGCCATGGGTCTCAGCCTGCTGGTCTTTGCTTGGGAACATCTACTTTACTGGAAACTGAGGCACTCTGTTCACAAATCTGATCGTTTAGACTTTCTGCTGGCCATTAGCAGGGTAAG 
s mm7.chr11      6731215 324 - 122091587 GATGCCTAACTGTCCTCTA--TCCAGGCATGTGTTGGTAGGGT----------CTGTTGAAGGAGGCATTCCTGAGACTTGTATGTCCTCTCTGCCAGGGGAGACACAGAAGTTGGAGACAGTGTGGCTCTCAGGGATCTGCCATAACGAGAAGAACGAGGTGATGAGCAGCAAGCTGGACATTGACAACATGGCGGGCGTCTTCTACATGCTGTTGGTGGCCATGGGGCTGGCCCTTCTGGTCTTTGCCTGGGAGCACCTGGTCTACTGGAAACTTCGACACTCAGTGCCCAGCTCATCCCAGCTGGACTTCCTGCTGGCTTTCAGCAGGGTAGG 

a score=6968
s danRer3.chr12 28143913 218 +  37038836 CACTCTCATTACTCACTTTATGTTTTAGGGCATATACAGCTGCTTCAATGGAGTCGAAGACATTGGCAGATCTACTGGCATACAGAATCCAGATATCACCGCCAATTACGCCCAGGCCAACATGCTGAAAATGCTTCAGACAGCCAAGGACATCGTCTCCTCTGCCAAAGTTGAGAACTCTTTGGATAACGCCACCAAGACCATTGAGAACTGGAGCA 
s mm7.chr11      6731807 218 - 122091587 CACGCCCTGTCTTCCCTTTATTGACTAGGGCATCTACAGCTGCTTCAACGGGGTACAGAGCCTTCCGAGCCCTGCGCGGCCGCCCAGCCCGGACCTTACAGCAGGCTCAGCCCAGGCCAATGTGCTGAAGATGCTGCAGGCGGCTCGAGACATGGTGAGCACAGCGGACGTGAGCGGCTCTTTGGACCGCGCCACTCGTACCATCGAGAACTGGGGCA 

a score=63
s danRer3.chr12 28144934 650 +  37038836 GATCACACCTACCTT----CATGCCTTC-----CGGCGAAACTCCAGGAAAAGTCAGAAGCTGAGACATAGCCAGTCCACCAGGCTGCCTTCCTACAAGGAGGCGATTTTCCACAATGTGGCAGCAGTCAGGAGGGCATCCAGCTTGGTGCATAGAC--------------CCTACTCCTACCCAGAGCTGCCAGTCTACCAGAG-----CCCACTGTCATATGGACCAGCTGAATTATGCAACATCTTCCCGTGTATGGGACAT-------CCCAGTGACAGTGTATATGGAGGGTATAGGGCACCCGCACAG-CTACAGGATGGCCATCTAGTGCCTGTTCCAGGCAGCAGGGTTGTTCATAGCAGCCCTATTGTGCCCATG-------ACATGGGGCAGAATTTCAAGTCTGGAATCAGAGGTGTGAA------------CTTGTCCTTCC-----------ATGTGCCAATTATGAACTA--TTTGGACCACAAGCTTCTACTGACTTAAATGACTTTGCCTTTAAAGACCAATTCACACTGCACCGACAGACAGCGACCAGCGGCAACAGACACGTTCATCTGGTTACCTC-----CATTGGCTTTGGTCAGTGCTTTTATTTAGTT-------------------ATTGGATGTGGTAAAGCTGCATT----------TGTCAGCAATGTCTAAAGTGAAGTGACTGTTAACAATGGTTGGAATCAC----TTGGA---GGAGTGTGAATTGG 
s mm7.chr11      6732564 729 - 122091587 GGTCACGCCTGCGCTTGCCCATGTCCCCAAAGCCGGCCATCCTGCCGGCAC-----GTGGCTCAAACACAGTCGTTGC----GGCTGCCATCCTACCGGGAGGCCTGTGTGGAGGGCGTGCCAGCAG---GGGTGGCCGCCACCTGGCAGCCCAGACAGCATGTCTGCCTGCACACCCATACCCAC--CTGCCGTTCTGCTGGGGGACTGTCTGCCGTCACCCT--CCACCCTGTTCCAGCCACAGTCCCTGGCTCATTGGAACTTGGGAGCCTCCATCACA---CAGAGGCAGGACCCTGGGGCTAGGTACAGGCTACAGG--GACAGTGGGGTGCTAGAAGAGGTCAGCAGGGAAGCTTGTGGGA-CACAAGGGTTTCCAAGGTCCTGCACCTGGAGGCGGATCTCCAGCCTGGAATCAGAAGTGTGAGGTACCGGCAGCTCTGGTTCCTGCTGGACTGGATTCTGTGGCTGGTCTTGGCCAAGTTTGGGGGACAGACAAGCTTTGACTCCTCTGCCTTCTTCTTTGAAATTCTGGCCATGAGACCCCAGTGAAAAG--------GATATCTTCCATGGCCAGCTTATGACCTTAGCAGCTTAGGTCTTGGTGTGGGCTGGGATCTTGCTCATCACGTGAAGTCTTGCAGTCCCAGGGAGTAAAAATGTGTCCCTGTCCTGGCGTCAGCCATTTCCTAGTTGTGGTTGCTGTGGCCTTGGGTTGGGGACACAAAATTGGAAACGGAGGTTGAGTGGG 

a score=1471
s danRer3.chr12 28191381 201 +  37038836 AATCAATTTGCAATTTAACTGAATAAACAGCTCA-ATGTTCT-TTACAGTATATAATGTTCTCTAGCCTATAGTGTTGTCAAAATATATTTTAGAAGCATCAGGTCTGTGTAAGTCTGTGCATTTCACAAAAAGATAGCTTCATAC---ATACTTA---------TGTGATAATAGTTTTGAAAATATGAC---TTCAAGTATGCAAGGTTCTCATGT 
s mm7.chr15     91813905 205 + 103647385 AATTAGAATGTAATAGAAAAGAGTATATGGCAAATATACACTATTACTGTATATAGTA------AAGTTATTCTTCAAGGAAAAATTATTTTAAAAGCATCAGGTCTGTATAAGG------AGCTTGAGAAAGGTTATGTTTATGCTGGATAATTACTGATTTCGTTTGAT-TTATTTTTAGACACAGGATCTGTCCTAGCGAGGAAAGTGCTCCGGT 

a score=-574
s danRer3.chr12 28191617 152 +  37038836 TCTTAGTCAACTGGCAGGAAATC--------AGGCTCTTTTAAAATT-----------CATTTATACTCGACATTTCCACACGCATC----------------CTCATAAAGGTGGTTACAGTGTTTA---CAGAGCATCAGATCTGCTGT-GCACACTGCTATATGAAAACACAAAAAGCAAAACCGCGA 
s mm7.chr15     91814143 186 + 103647385 CCTCAGGCAG-TGACGGCAAGTTTTCTGAAGACGCGCTGGCGAAATTTGGAGAATGGACCTTTATTCCCGACTCTTCTATGGACAGTGTGTTTGGCCAGAGCGATGATCTGGATAGCGAAGGTATCTATTTCAAA----CAGATCCACTGTGGCTCATAGCTACACGCTGGCCTTGAATGCTGTAGCTCAA 

a score=5490
s danRer3.chr12 28191898 245 +  37038836 AAGTTAAATAAGTGAGTACTACTTTAATTTCAAGGACGAACATACCAAATC----TGTTTAAAGCAATAGATCAGTATTTGAtttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttc---------tttctttctttctttctttctttctttcttGATGTTACTGTGT 
s mm7.chr15     91814466 254 + 103647385 AACCTTTATAAGTGAATGATGCCAGCCTTTCAGGGTTATAGGTAGAAAATCAAGAAATTCTAAGGAAAGAGTCTGGACTACACTTGGAAAGTTATTTC-TtctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcgttccttttctctctttctTTTCTttttggtttttccagacaggatttctctgtgtagctttggctgtc---ctggaactcactctgt 

a score=3828
s danRer3.chr12 28259772 92 +  37038836 AGGCTGCTTATAATGAGGATAAATGAAGATACGCTACTGGAGGGGGAGAAGGTTGTTTTGGTTCCTTACAACGCAGAACATGTTCCCAGGTA 
s mm7.chr11      6795706 91 - 122091587 AGGCAGCT-ACAATGAAGCTGAATCAGAACACCATGCTAGTGGGCAAGAAGGTGGTCCTGGTACCCTACACCTCCGAGCATGTGCCCAGGTA 

a score=5930
s danRer3.chr12 28259922 128 +  37038836 CTCCTCTTTTCAGGTATCATCAGTGGATGTGCTCTCCTGACCTGCAGAAGCTGACCGCATCAGAGCCGCTGACTCTGGAGCAGGAGTATGACATGCAGACGAGCTGGAGAGAAGATGATGACAGTGAG 
s mm7.chr11      6797413 128 - 122091587 CCCACCCCTGCAGATACCACGAGTGGATGAAGTCAGAAGAACTGCGGCATCTGACAGCCTCAGAGCAGCTGACCCTACAGCAGGAGTATGAGATGCAGTGTAGCTGGTGTGAAGATGAAGACAGTGAG 

a score=1350
s danRer3.chr12 28261571 650 +  37038836 aaaactgtttgtttaaatgcaccaaaaattcttgtctat------gttcacagagaaattgaaatattgatACAGAGAAA------TTGAA-ATATTGAGatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataATTTTCAAAA-ATATAAGTTTGATTCATAATAAAAATGTTAAC----------------------GGAC---------ATCTTTGCaat--atttttaaatatattttgaaga-tttaacatt---ttatatatGTGAAATCCAAATATGAACTTGTACGTCATATATGTAAATTGCATATATTTCTAAGTGGCAGATTTCTATATGGGTTGTGCTCTAATATCTAACAAGTTATCA-------TCCAATCAAGCTAACCCGGTCATATT-------------------ATAATAAACAAACGTATCAAATTTAACAAACAATTTTTAAAATGCATTTATCTATGCTAAATGATTTGAAAAGA-ATACGGTTTATTTTTGTGATTGCTTAGATATAAAAAAAAAATCATTTAAATTTGTATTTTGTTTTTGGTGTACAT---------TACAGGACTGTATTAG------AACAACAGCTCACTTTACCTCCTGTTTTTGGCA-TTCGAACAGTATTTACACTAATCTGTTTCT-AGTGTATTAATATTTGA--TTGTTTTTCT 
s mm7.chr1      26410600 730 + 194923535 AAAACAATTTGCTTTGTTGATC--AAAATTTATGGGTACTGAGAAGTACTGAGAGTCAGTGGTGTGTAGATAGAGAAGAAACATTTTTGAACACATACAAatatatatatatataaacaaatatatttgtatatattaacatatatatatatgtatatatatatatatatatatatatTTCTACTTCTCAAATTGAAAAAACTTAGTTCTAGAAAAAAGTCATGACTTCCTGTTGTACTGATTTATAGGGACCAGAAAAAAATAACTGCATTCAATATCTAGGTTCACATAAAAGAATGTAGAATTGattaatatattttaattaaaaGTAAGAGATATGATTTCATAC-TTCATGTTACAAACTTTTGATTTAGTAAAATTTCAGCATTTGTTG--CTCAAACA-ATATTAAATTGTTAATTTTATCTTAAATATTCCTACTTTGTGATATGTCATTTACATCTTAAAGTAAAAATAAAGGGAAATACCCATTTTAAGATATAAACTT----ACGTTTTTATGTTGGAAAACTGCTAGCAACATTTATCCTAAAAATATTTTTAGAGCATTAAAAATACTGACAAAAT-ATTTGCATACAAAAGTTATTTCTGGGAATCATGTCTGATAATACAGAGCCATATGGAGTTGCTATAGATATCTCAGTT------ATAAATTGGACACTTCAAATGTCATTTCCACAAGGGTAAAAATGAGGGTAAAACTACTGAGAGTTGTGCACAT 

a score=6136
s danRer3.chr12 28262221 151 +  37038836 CCCACAGAGTGCACTTTCATCATCTTGGATAAACAGAAATGG---GCAGATGCGAGTGTCCCGGAGCAGGAGTGCATGGTGGGAGATGTTAACATTTTCCTGACGGACCCCAGCGATCCTTCCCTGGCTGAACTGGAGATTATGATTGCAGGTT 
s mm7.chr11      6797909 154 - 122091587 CCCTCAGAGTGCACCTTCATTGTGCTGGATGCAGAGAAATGGCAGGCCCAGCCTCGGCCCCCTGAAGAGAGCTGCATGGTGGGAGATGTGAACCTCTTCCTCACAGACCTTGAAGACCCCACCTTGGGGGAGATCGAGGTCATGATTGCAGGTT 

a score=2229
s danRer3.chr12 28262396 131 +  37038836 TCATGTATATTAACTGGAGTCTG----------TCAGTAACGGTTATTAATTGCTTT-----AGTGCCCTGCTACAGAGGAAAGGGAATTGGCAAAGAAGTAACACGCATGATGATGTGCTATGGTAGGATGAGGCTAATTATTAA 
s mm7.chr11      6798794 146 - 122091587 TCAGGTATGCACACCAGAGCCTGGTGTCCAGTACCAGGCACAGTGAGTGTGCTCTTTCTCCTAGAGCCTAGCTACAGGCGGCAGGGACTTGGCACTGAGGCGTCTCTCCTGATCATGTCCTACGGTAAGACAGACAGAACTGACCA 

a score=2217
s danRer3.chr12 28262575 136 +  37038836 TAGATGTACAG----TGTATTTTGTGATTTTCCTTAACAGGCATCCATAAACTTGGAATTCGG------------------AAATTTGAAGTTAAGATTGGTTTGGATAACAAAATCAGCATCGCCATGTTTAAGAAATTCCACTTCAAAGAGGTGAG 
s mm7.chr11      6799035 158 - 122091587 TAGAAGAGTAGAGCTTTTACTGTGTTCTTCTCCCCTCCCCGCCCCCCTGTAACTGGAGGTGTGACGAAGTTAGGTCTGACCAAGTTTGAGGCCAAAATCGGGCAAGAAAATGAACCTAGCATCCGGATGTTCCAGAAACTTCACTTTAAGCAGGTCAG 

a score=930
s danRer3.chr12 28276867 212 +  37038836 agaaatgtagatgacaacagaattttcctttttggtgaaccaATATTGCTGAAATAATTTGAGTCATTATTTATAAGGTTAAAAA-AGGTACATAATGTTGGTTTGACAACTAGTTGTTGTGTTTGGTTCAACACACTGTGTAGAATCTTGCACTGGGACAATACATTCCAGAAAGAATTAAGATGCATTCTAAAAATATGAAAATTGCTGAT 
s mm7.chr8       3256112 181 - 127874053 AGAAATCAAGAAGAAAAAAAAAATATCTCTTATCTTGGCTTAA-------GAAGTACAGGGA-----TATCTGTTAGCCTACACATATGTACAGAATAT--------AAACATATTTATATGTTTTAT---GTACACAGTGGATGGT---------GGCCTATTCATTATAAATAGAGTTAATTTAGACTCTACAAAAATAATCATTTTGGAT 

a score=6077
s danRer3.chr12 28277117 556 +  37038836 ACATTTCTGTGAATGCTT---TTGTTCCAATCTAAATTAGTTAAAT-----TGGTTCGCTG-----AATATGCTTG-------------------TCACTCTCATAAA--------------CTACTGAATTTAGCTATAGTGAGTATGTGGCCATTGTGTTTTATACAA----------------ATGTTTTGCAATAAATTACCT--------------TTAGTCTGTATTTCAAGTATTCATATCTATAGTAGATTTTAGTTAAC------TTGACAGCAGAGTACACTAACAATA-CATTATGCTCTTAA-TGGAAATGTTTTTGAAAAGTTAATGAATATAAGGG-----------------AAGACTCATCGCTCCAGTGATCCAT-----TAGAGGTAGCAGTAGGTGAGCCGGACACAATATCATCAGGAAACAGTTCAGTCTTATCCTCTCTGAATGAGGCTGCCTGGTCGGACACAGAGGCAAAAGAGAGGTGATCGTGATCTACGATGTTTAGCTGGTCCTCCGTTTTTTGTTTCCTCAGGTAGAACATTTTCCTGAGCTTCTTCAGCTGCTGAAGCTCACAGAAGGTTTCCAGAACCACCAACATAGCGATCAAGCCCAATATCAGGTAGACTGTAAATGAGAGAGACAG 
s mm7.chr8       3256334 642 - 127874053 ACATCTCTATAGATTTTTGTTTTGTTTCGTTTATAAATA--TAAATGTTGCTGCTTAGCTGTCGGCAAAATGATTGGAATGCAAACCCAGAGTCCCCAGTTACATATAAAATCTGCCTCCGCCTACTGCAGTACACTGTTTCAAGTATTCGTCCCCAGTGTATGGCACCAGGTGATCACATCTCCTATGAGTTACAGGTGCATACCTCATTTGCCCAGGGATTAAAACCCACCCCAAGAATCCAAAGTTCCATT---TTTTTTTTAAAATGTTGTTAACAGTAGATATTTCTTAAAATAACATCAT---CTTAGCTTTGACTTTCTTTTAAAAATGGATGCAGTCAAGGCTCTGCCTCTTGTCCGCCCACACTCAGTGGTCTGCAGAGCCATCCTCATAGGGTGGGGACTGGG-----AGGCCACAAAAGGCTCA------CTTTGCTTCTGCTCCTCCTTCAGGCCAGCCACCTGCTCAGTGACGGAGGAGAAGGACAGCTGGTCGTGCTCCATGATGTGAACCAGGTCTTCGTCCTTGTCTTTCTTCACGTAGAACATCTTCCTGAACTTCTTCAGCTCGTGGAGTTCACAGAAGGTCTCCAGGACAACCAGCATGGCGATGAGTCCGAGGAGCAGGTAACCTGTGAAGCAGA-AGACAG 

a score=20661
s danRer3.chr12 28280190 421 +  37038836 TGTATACTTACAAGTAATGCCCAGTTTATAAAGTTCTCGGAACCTCTGATGGTAACCCTCTCCTGGCACATAGTCCCCTAAGCCAATGGTACTAAGAGAGATAAAGCAGAAATAGAAGGACTCCAGGAAGTTCCACTCCTCCTCCAGCACAGAGAAGATGATGGCAGGTATGAGGAAGAAGCAGGAGACAGTTATAATGGCCAGTAGTGTGGCGTGCATGGCAGCCAGCAGAGGTTTGGAGGTGCCCCATCGCCGGTGCAGGAACTCTATGGGCCTGCGAGTGCTGAACTCCATGATCCTCTGGACCACCGCCGTCAGGAACAGCAGGGTGAACGGTATTCCCACCACTGAGTAAATGATGCAGAAGGCCTTACCTCCATCTGATAGAGGGACAGTGTGCCCATATCCTGGAAAATAAAAA 
s mm7.chr8       3261031 421 - 127874053 TGGGTACTCACACGTGATTCCGATCTTGTACAGCTCTCGGAACTTCTGGTTGTAGCCTTCCCCTGGAACATAGTCCCCCAGGCCGATGGTGCTCAGGGAGATGAAACAGAAGTAAAAAGACTCGAGGAAGTTCCAGTCATCCTCCAGCACAGAGAACACGGCGGCTGGGATGAAGAAGAAGCAGGAAACGGTGACAAATCCCAGCAGAACGGCATGGACAATGGCCACCACCTGCTTGGAGAAGCCCCAGCGTATGTGGAAGTAGAGGACTGGTCTGCGGGTGACATGCACGGTGACACGCTGGACCACGGCCGTCAGGAAGAGGAGGGTGAACGGGATGCCGATGACAGAGTAGATGATGCAGAAGGCTTTGCCCCCATCTGACAGGGGCACCGTGTGGCCATAGCCTGTAAGGAGGAAA 

a score=14601
s danRer3.chr12 28282746 369 +  37038836 CTTACCTGTCGTGGAAAGCACAGTGCTGGCGAAGAACAACGCTGAAGTGAAATCCCAGTTCCAGTTACTGGAGGCATTATTAAGAACCGACACACCGTAATTACTCGCTTCTAACGCTTTGATCAGAAACTCTTCCAGTCTGTCATTGGACAGACATTCATTGTCCTCCAGAAATTGCTGTTTCACTGTCCGAAGCTCTTGTCGAAGCTGCTCTTCATACGGCAGCTCCACCGCGGAAAACACCAAAGCCCCGAAGATAAGATATAAAACATACGCCAGCACCAGAACTAAGAAATACCACGTAGACTTGTAACCGTCAATGACACGCATACACGAACTTCCCGACAGACACTGAAGCATTGTCTCTGC 
s mm7.chr8       3290630 369 - 127874053 CCTACCTGTGGTGGAGAGCACGGTGCTGGCGAAGAAGAGCGCCGAGGTGAAGTCCCAATTCCAATTTCCCGAGGCGTTGCTGAGCACCGACACTCCATAATTGCTGGCCTCCAGCACGCGGCCCAGGAACTGCTCCAGCTGCGGCTCCGACAGGCACTCGTGCTCCTCCAGGAAGCGCCGCTTCAGCTTGCGCAGCTCCTGGCGCAGCAGGTCCTCATAAGGCAGCTCCACGGACGAGAAGACCACGGCGCCGAACACCAGGTAGAGCAGGTAGCCCAGCACCAGGAAGCCGAAGCACCAGGCCGAACGGTGCCGCTCCACCAGGCGCACGCACGAGCTGCCGGCCAGGGACTGCAGCATCTTCCCGGC 

a score=2395
s danRer3.chr12 28304576 177 + 37038836 TAAACAAATAAATAAGTATTTACAATTCGGCAGCAAGAGATACAATACAAAGAAATGCTAAC-----TAATAATC------------AGAAAAATAGACAAATAAGTTACAGTAGACAATAGAAAAGGTCTGAATATAAT-ACATCTCCCCTAAACGCTTG----------CGACAAACATAAAAAGCAACAAAAATGTTCTCCA 
s mm7.chr17     12948160 202 + 93276925 TGAACAAATAAATAAATATTTACAA-TCTTTGGCAAAAAAAAAAAAACAATGTTTCATTAACGTATATGAGAAGCTTCTGTTTTTAAAAAAAACTACATAAATAATTTACAA-AAATAATATGGTACAT-TGAATGTATTCACATCGCTCCCACCACCTTGTACCATTGAACCAAATGCCCAAGTGAGAGCCTAAATGTTCTTCA 

a score=7319
s danRer3.chr12 28307750 300 + 37038836 TTTTTGCTGTGTAAAGAAGTCTACCTCTGCATTCATATTTGAGGTCAGAGAAGAAAACGGCCTCCTGGGAGAAAACAAATAACCCGAGTCGTCCACCTGCAAACGTCTTGTCATAAACAGGACCTGAGTCTGCCATGATCTGCTTGCCTTCATACACAACAACTCTGGGGGAAA-ACGGATTTGTTTGATAAATGACatttatatgatttttatatatttatttatcttttatttGTGTTTTTATACAGTTTTAAATGCAAGATTATTGTATTGCTTGAAGAAAATGTGAGCTAATTGTTT 
s mm7.chr17     12951264 285 + 93276925 TCCCTGATGGGAACACATACTCACCTCTGCACTCATACTTGAGGTCCGAGAAATAGACCATCTCTTGGGAGAAGACAAACAGGCCCAGCCGTCCACCAGCGTAGGTTTGGTCATAAATTGGTCCTGAGTCAGCCATGACTTGCTTTCCTTCATGCACTAAGACTCTAAAACAGGCAAGGAAGTAAAAGACAAAAGAGAACTTGA----ACTCAGAAGCACATTCACCAGCGGTCTGTCGTT------GGTTTTAAATGCCAGC------TGTTGGCTAAGAGGAATCTAGTCTCCCTGTTT 

a score=6737
s danRer3.chr12 28309012 110 + 37038836 TACCTTATGAAGCCAGTCTTGGGTCTGTGGATAAGATGCCAGCGGTACGCAGTGAAGTCTTTCCAGCCAATATTCTTCGGGTCATGCCATAGAGTGCGCACCTAAACAAT 
s mm7.chr17     12952532 110 + 93276925 TACCTCATGTAGCCTGTCTTAGGCCTGTGAATCAGGTGCCACCTGTAGGCAGTGTAGTCTTTCCAGCCAATGTTTTTGGGGTCATGCCATAGAGTCCGGACCTGTGGAAT 

a score=13786
s danRer3.chr12 28309262 305 + 37038836 TCACCTGATGCTTAGTGTTGCCTGTGTGCCATAAAGCATTGCGTAGAATTTCCCCCGTGCCTGTGGTGGAGTTGACCACCTTCAGAGAAACGCCAGAAATGCCAAACGCCTTCGACGGCTTTTCTTCCCAGTACGTCTGTGTGATCTGTTTCCACATGACTACATAAAAACGCCGGCTAGACTGGTATCCAAACACAAAACCAGCATAGTCATCATCCCTGTCTGTGTTCACGTAGAAGGTCCCGCTGAAATCCACGGCACTGAACTCATCAAATCC----TGTAGAGAAAAACATGATCATGATCTAG 
s mm7.chr17     12953153 306 + 93276925 TCACCTGGCCTTCTGTGTTTCCCGTGTGCCACAGGGCATTCCTCAGGTGCTCGCCAGTACCAGTCGTGGAGTTTACCACTTTGAGTGACACACCAGAGTAGCCGTAAGCCCGACTGGGCTTGTCTTCCCAGTAGGTCTGGGTCACCTGCTTCCACATCACCACATAGAAGCGGCTGCTTGACTGATAGCCAAAGACAAAGCCAGCGTAGTCATCATCCCGGTCAGTGTTGACATAGAAAGTGCCACTGAAGTCCACAGACCCAAACTCGTCGAAACCTGAGTGCAGAG-AAAACATGG--ATGGTCTGG 

a score=13919
s danRer3.chr12 28309603 266 + 37038836 CATTGGATCTCA--CTCACCCACTGCAATGCCAGGGTCGGAGTTGGCCGTCTGCACAAGCTCTTTGCCCTGGTTTCGGACCACCCAGTTGGGATCGATCTGCGTGGTTCCTTTGGGGTCGAGGTGAACCATCTGAAACTTCCGGAAGTCTGTGACACTGATGCCGCTGTTTTCTGGACAGGCGTCAAAGATATCTGGCACATTGTCATTGTCGAAATCATTCTCGCAGGCCTCACCTCGACCATCACCTGCAAGAAAACACAGGAATG 
s mm7.chr17     12953817 267 + 93276925 CACAGGATCTCAGGCTCACCTACAGCGATGCCAGGGTCTGAGTTTGCTGTCTGCACCAGCTCTTTGCCTTGGTGACGAATTACCCAGTTGGGATCAATTTGTGTGGTCCCCTTGGGATCCAGAGGGACCATCTGGAAGTTTCTGAAGTCTGTCTCAGTGATGGCATTGTTCTCAGGGCACACATCATCAATATCTGGGACATTATCATTGTCAAAGTCATCTTTACAAATGTCACCTCGGCCGTCACCTAT-GGATAAGGAAGAAATG 

a score=13042
s danRer3.chr12 28313529 285 + 37038836 ACCATCAGAGTCCTCTTGGTCTTTGTTTGGAACTAGTCTGCAGTTATCTCGGTCATCAGGAATGCCGTCATTATCATCATCAAAATCACAAGCATCTCCTTTCCCATCTCCGTCGTGGTCAGCTTGGTTAGCGTTGGGTATGTATGGGCAGTTATCCATGTTATTTTGATGTCCATCTTCATCTATGTCCTGATTGTTATCACACTGGTCTCCTACTAGATCGTTATCTGAATCCGTCTGCAAAA-AGAACAATTGGTAACTTTCTTAAAACATGAATTAAGAAGC 
s mm7.chr17     12955705 286 + 93276925 ACCGTCCGAGTCTTCCTGGTCTGGGTTGAACACAAGCCGACAGTTGTCCCTGTCATCTGGAACACCATCATTGTCATCATCAGAGTCGCAGGCATCGCCCTTGCCGTCGTTGTCATGGTCAGCCTGGTTGGAGTTGGAGATGTATGGGCAGTTGTCTTGGTTGTTCTGGTGGCCGTCATCATCTATGTCCTCATTGTTGTCACACTGGTCTCCAACGAGATCATTGTCCTGATCGATCTGGGGGACAGAGCAGCAAGTGAGCACCATGAATACTCCCTGAGGAAGC 

a score=6843
s danRer3.chr12 28313829 143 + 37038836 CTCCAGACCTGTTGTGGGTTGTGGACTAATGGGCAGTTGTCACACTGGTCTCCAACGCCATCTAAATCTGTGTCTTTCTGGTCAGTGTTATAAATGAGAGGGCAGTTGTCTCGCTCATTCAGAATTTCTAAGAGTAAAAGAGA 
s mm7.chr17     12956601 143 + 93276925 CTCATCACCTGATCTGGGTTGTGCATCAGAGGACAATTGTCACAGTGGTCACCCACGCCATCACCATCCGTATCTCTCTGGTCAGTGTTGTAGACATATGGACAATTGTCTCGCTCATTGAAAACATCTGTTGGTGAAAGAAA 

a score=9846
s danRer3.chr12 28316324 164 + 37038836 ACCATCTCCATCCATATCAACAGAGCAGGCGTCTCCTTCTCCATTGTTGTCTGTGTCTGTCTGAGCGGGGTTGTGTTCATACGGGCAGTTATCACAGCGGTCTCCAACATCATCCTTATCATAGTCATATTGTCTGGGGTTGTACATCAAGGGACAGTTGTCCT 
s mm7.chr17     12958768 164 + 93276925 ACCGTCTCCGTCAATGTCCACAGAGCAGGCATCCCCCTCGCCATTGTTGTCTGTGTCGATCTGTGCTGGGTTGTGCACATAGGGGCAGTTGTCACAGCGGTCTCCAACCTCATCCTTGTCATAGTCTAATTGACGGGGATTGAAGAGAAGCTGGCAATTGTCCT 

a score=5924
s danRer3.chr12 28316563 144 + 37038836 CAGTTTATAAATGCCAGAAATCTGC------CTTACCCTTTCATCCACAATTTCATCGTTATCATCGTCTTTATCACAAGCATCTCCTTGTCCATCATTGTCAAAGTCCTCCTGGCCTGAGTTGGGTAAAGTCGGGCAGTTGTCCTGCAA 
s mm7.chr17     12959513 150 + 93276925 CAACTTCTCGGTGCTTGAGAACAGCGCTCATCCTACCTTCTCATCGCTCACACCGTCATTGTCATCGTCCTCGTCACAAGCATCTCCGATTCCATCCTTATCAAAATCCTCCTGCCCGGAATTTGGCAGTTTGGGGCAGTTGTCCTGTGA 

a score=12626
s danRer3.chr12 28318708 251 + 37038836 ACCTTTTTGCAATGATAGGTGGCATTTGCTCCACACACAAGATCCTGGTTGGGCCATCCATCCAGATCAAAATCCTCACCACAGATGATGCCGTCTCCAGCATAACCAATCCGGCACTCACACTTGTACATGGGGTCAGTGAAGTGACTGAGGAAGATGCATTCAGCAAACTTGTGACAGCTGTGGCTGTTGTCTTTGCAGGGGTTGTAGGGTTCACAAACCTAT----TCATGAGTAAAAAAAAAAAACAGATA 
s mm7.chr17     12961247 254 + 93276925 ACCTTGATGCAGTGGTAGGTGGCATTAGTAGCACACACCAGGTTGTTGTTGGGCCAGCCATCCAGGTCTGAGTCCTCCCCGCAGATGAGCCCATCACCTGCGTAGCCAATCTGGCACTCACACTTGTACATGGGGTCACTAAAGTGGCCCAGGTAGATGCACTCTGCATTCTTGTGGCAGCTGTGAGTCTTGTCCTTACATGGATTCTCTGGCTCACACACCTAGAATATCAAGAG-AAATATGAAATACAGACA 

a score=5064
s danRer3.chr12 28319030 178 + 37038836 AGGTGATGTGTGTGGTACTGACCTGTTTGTTGGTTTTAGCTGACTCCACTCCCATGCCGTAGGGCTGAGTCCCTTTGTAGCGAGGGGGGCAGGGGAGACAGTGGAATCCGGGGTCTGTGTTCACACACTGCTGTAGGCCACCCACTTTATGA--CATAGATCTGACACCATATTACACTG 
s mm7.chr17     12962223 178 + 93276925 AGGCAAGGTCAGAACCACTTACTTGTTTTTCTGTCCTAGCATCCTCCAGGCCAACACCGAAGGGTTGGTTCCCCTTGTAGCGTGGTGGACAAGGCAGGCAGTGGAAGCCCGGGTTGGTGTTGACACA--GCGGGGAGCTTTGTTAGTTGAGAAGCAAATATCTGTGACCACAGCACACTG 

a score=6537
s danRer3.chr12 28321079 140 + 37038836 TGCTCACCTCGTTGACATCTTCACAGGAAGTTCCATTGCCCCGATAACCATTTGGGCAGGGTCCACATTCCCAGGATCCATCAGAAGCTGTGTTACACTCGACTCCAGAGAAGCATGGGTTGGAAAGGCAGCCATCTGTA 
s mm7.chr17     12962467 140 + 93276925 TACCAACCTCATCCAGGTCCTCACAGTGGGTACCATTGCCCAGAAAGCCCACTGGGCAGGAGCCACAGGACCAGGACCCATCAGGGAAGCTGTTGCACTTGGCTCCAGGAAAACACGGGTTGGATAAGCACCCATCTGCA 

a score=6938
s danRer3.chr12 28321688 195 + 37038836 CTTACCAATAGGACACTCCAGTCGGTTGCATACTTCATTTTCAATGGAGTCTCCAAGACACTTCCTTCCTCCATGCTGCGGTTCAGGGCTGTTACACTCTCTGACACG---ACTCTTCAGGCCCCCTC---CACATGTAGCTGAACATGCTGCCCACGGAGACCATGGGCCCCAGCCACCATCAACTAAATGGACAAACAG 
s mm7.chr17     12962851 195 + 93276925 ctcacCAATAGGGCAGCTTCTCTTGTTGCACATTTGGTGTTCTGTCACATCCCCGACACAGTCCTTCCCTCCATACTGGGGCTCAGGGCTGTTGCA------AACACGTGAGCGCTCACGGATCCCTCCAGCACAGGTAACTGTGCAGGCTGACCAAGGGGACCAGGGGCTCCAGCGGCCATCAACTATAGAGAGAAGCAG 

a score=-664
s danRer3.chr12 28321893 268 +  37038836 GCGTTAGATATCCTAGCCCAAATTTTTGGTTCATAAATCTTTTCAAAATAACTCTGTTTTGTGACCTTATGAAATAAACATCTGTATTACTGCATAATGTAGAATTTACTTGACTGTGACAAAATTCACCTGCTTGTTATTTAGTTTTGTTTTGCATTAAA-----------------------CTGGTTGTTATTTACTTTTATA-----TTTGCCGTTGTTCTACTTACGCAATTTTAAT--AGAAAACAAAGCAGT-----GGTAGAGCTGACTTCAAAGAACTAATACTGAAGTCATGA 
s mm7.chr2      64688783 288 - 182548267 GAGTCACATGTAAAAATTCAGTTTTCGGGTGCCTTATCTGTCCCAGAAT---CCTGTCCTGAGCCGGTTTCAAAT-GCCCTCTAACCTGGCCCATGA-GAAGAATCTTTGGGAATTAGGGAGGTTGAAATGGTTTGCT------TTCTGTTTTTCATTAAAAGAAGCTGCTGAGCAGGCAGGACTTGGTTTCTGTTTGTTTCTCTAGAGAGTGAGCTCCCATGCTCCATGGTCTACTTAGCTGCAGAGAGCAGGCCACCAGCTGGGTAGAGCTGCCTCCCATG----TATCCCCAGGTCAGGC 

a score=7372
s danRer3.chr12 28324232 213 + 37038836 TGGCTAGCAA----TACTCACTGGGACAGGGATCTGTGTGGCAGCTCTGTGTCTCTCGTCCTTCACCTTCACAGTCTTTGCCACCTCTTTGTGGAACAGGAGCATTGCAGTGACGGATACGTGTGATCAGTCCTTCCCCACATGTTACTGAGCAGGATGACCAGGGAGACCACAAGCTCCAGCCACCATCCTGACGAACTGCAAATGTAAAACGCAA 
s mm7.chr17     12963781 216 + 93276925 TTGCCAGCAGCACCTACTCACTTGGGCACGGATCACGCTGACAGGGTTTGGTTTCCCGGCCGCTGCCCTTGCAGTTCTTGCCACCCATCTGGGGCACTGGTGAGTTGCAGAGACGTATGCGGGTGACATTGCCAACTCCACAAGTCACGGAGCATGAAGACCAGGGTGACCAGTGACTCCAGCCTCCATTCTGACGGACTG-GCACAGGAAACACAA 

a score=7960
s danRer3.chr12 28324445 253 + 37038836 AGTTACTGTAAGAGTGCTACAATAACTGACAGCCAGCCTTCACACACAAAAAGTGTGTATGTACCTCTGCGGTCACACTTTCCCAAACTGCACTTGCGTGTCTGAATCGATGGGCCAGAACATGTGTTGCTTGTGTCGTCACAAGAGCGCCCCCTTTGTTGAGTCCCACTTCCACATGTGACTGTGCATTGAGTCCATTCTGACCAAGGAGACCAGCCGTCCTCACTGTCCATTGCTA--CATGGAGATGTATAA 
s mm7.chr17     12964173 246 + 93276925 AGCTGCTGTTGGCATACCCACATGAGGAACCACCCACCCT---ACCCGGGA------CACTCACTTCTCGTATCACATTTGCCCAGGCTGCATGTCCTTGTCTGAATGGAGGGGCCCAGGCAGGTGTTGCTGGTGACATCACAAGACCGGCCTCTCTGCTGGGTCCCAGAGCCACAGGTGACAGAACACTCGGTCCACTCTGCCCACGGAGACCAGCCCTCATCACTGTCTGCAGCTAGCCAAGAAGGTAGACAA 

a score=3764
s danRer3.chr12 28326311 147 + 37038836 CAAAACATAGT-TCAGA----AAAAAACAAAACAAAAGCATTTGCATGCACTTACGAAG---ACAAACTGGACAGCATTCGCCATCGATGAAGGATGGATTGGCACATGCCACTGGAGGACAAGTGATCTGTCGACAAACAACTTTTCCTTCTTG 
s mm7.chr17     12965797 155 + 93276925 CAAAACAAATTATCAGATACTAAGACTCACAACATGCTCACCACAGGGGACTTACAGTGTGAACAGGATGGACAGCACTCGCCTTCCACAAAAGATGGGTTGGCACAAGTTGCAGGTGAGCAGGTGATCTGATGGCAGACTGTTTTAAATTTCTG 

a score=3609
s danRer3.chr12 28326458 72 + 37038836 GCAGGTACATTTAGTACAGCTATCCACAATCCAGTCCTCCTTGTCCTCAAACATACGACCATCTTGCCAACA 
s mm7.chr17     12966638 72 + 93276925 GCAGGTGCATGTGGTACAACTATCCACAACCCAGGTTTCATTTTCTGCAAAGATTCGGCCCTCCTGCACACA 

a score=2742
s danRer3.chr12 28326969 259 + 37038836 CCACAAGAGGACTCACCACTTTCTGCAGGCCATCTATGAGGTTGCTGACGACAACTCTGAGACCCTTGAGCTCCTGGAAAAGGTTGGCCAGTTCTTCACAAGAGCGTTCACACATCAGTTCTGATGAGCTGGTTGCTGGAACGTCTGTATTCTGTCCAATTACATTGGTGGCGATTGAAGAAGGAACCTCCACAAACTCTGCGCTCTCACTGACTTTATTCGCCTCCACT-AGGGAAAGACAGCAGAAATGTGAAGCAAA 
s mm7.chr17     12968294 244 + 93276925 CCACCAG-GTACCCACCACTCTCTCCAGGTTCTTGCTCAGCTGGTTCACCATGACGTGCAGTCCAGAGAGCTCATTCATCATGTTGCTCAACTCCTCGCAGGAGTGCGTACACACC--TCCTG-------------TGCCTTCTCCACACCCTGGACCACGAGATCTGTGGTGATGTGAGGGCTCAGATGGAGAGTCTCTGTATGTTCACTGATGGTGTTGACTTCAGCTAAAGGAAAGAGAGAATTATAGCGGAGCACA 

a score=2260
s danRer3.chr12 28333611 129 + 37038836 CCTCCTACCTGGGTTTCCAAGATCACATCCCCTGCTCTCCAGAATGTCCTCAAGCTGGGTGTCAAAGATAAAACGTACATTCTGCAGCAAGCCCT-------GAAAGAAACAACAGCTGCTGTTAGG--CTAACCTTG 
s mm7.chr17     12970365 133 + 93276925 CCACCTCCCTGGCTGT----GTTGACAGCCTTTCTTGCTTAAGATATCTTCCACAGAATCTGCAAACACGAGATGGACATTCTGCAGCAAGCCCTAGAGGGAGAGAGGAACAG-GGCTGCAGGTGAACCCTAAGCTTG 

a score=11883
s danRer3.chr12 28333918 593 + 37038836 CTTTAAAATCCACTGCATGAACTTTTCCGAATAATGTGACATCAA--ACCTACCCTAAAATGGCTTTCTCTTGTGGACCCTTTGGCCACGAACATACTGGCGCCAGTTGCACTAAGGTGTTCATAGAAAGGTTCATCAAGAATGAAGCTATCAATGAGTCCACAACCAATGTACAAAGTTGCTGTCTCCCCGTGCACATAGAGTGTTATATTTTTCCATTGTGAATCCGAGAGGTCTACTTCCTCAAACGAAATCACGTTGCGAGAGCCATCGGCCCACCAATACACCAAATCTAGAGTGTTGGTTCTGCCATCTGAAACAATCTCAAGCTGCCT---GCGCTCTCCTGGGCCTTCCAGTGCAAGAATGGTGCCACGAGATGTACGGTCCTGGCGCAATGTGGCTGTCAGAATGAAGCCTTCATTGTTTTGTATTTGCAGAAGAAGTTGTTGTAGCGCTGTGGAGCTGACAGAGGGCAGCTGGTCAAAACGGATGAAGCGATATGCTGGAGCATCGCTGTCCAGACCCTTAAAAAGCTTCACTCCGATGGTCTTGCGTGTGATCCCACTGGATTCAAATAAGTCAAATATGGTCTCAT 
s mm7.chr17     12972238 594 + 93276925 CTGTAAGCTCC-CTACAAGGCTCTATCCCATGACTGCCACGCTATGTACGCACCCTGAAGTGACTCTCTCGAGATGCACCTTTGGCCACGTACATCCTGCTCCTGTCTACTTCTAGCTGCTCATAGAATGGTTCTTCCAGGGTGACACTGTCGATAAGATCGCAGCCCACATACAGGCTATAGGTGTCACTGGCCACCTGCACAGTCACATTCTTCCACTGGGAGTCAGCCAGGCCCACATCCTCCAGGAAGTTGGTATGCTGATTGCCTTCTACCCAGTAGT---TGAGGTCCAAAGTGTCCCCTGGGCCATTGGACACAATCTCAAACTGCCTCTGGGAGGTGCCGGGGCCTTCCAACACCAGGAGCGTTCCCCGAGACTTGCGGTCCTGCTTCAGTTGGGCTGTGAGGAAGAAGCCCTCCTTTCTCCTTGCAAGCTTGACAATCCTGTTGAGATCATCTGTGTTCACTGGGGGGATGTAGTCAAACCGTACAAAACGGTAGGCGGGCACCCCGGGGTCAGGCCCTCGGAACTGCTTGGCACCGATGGTCTTCCGGTTAATGTTGCTGATGCTGAAAAGGTCAAATGAAGTGTCCT 

a score=10521
s danRer3.chr12 28340683 363 + 37038836 TTCTTTTTTTTCCCCCTCAGTTCCGCTATAAGGAGGCATTTGTCAAAGACAAGGGCCATCAGGTGGGCCTCCTCAGTGTTGAGGACGACCCCAAGATGAGACACTCGCTGGCTGTAGGGAAGCTCCAGAGCAACAATGAGTACAAGAAGCAGTTCAAGGAGACGCGCTCTCAGTTTAAGATCAATGCTGACCTGCCTGAGTTCCAGCACGCTAAGAAGAGCCAAGCTCAGCTAAGCAACATCAACTACCGCCAGCAACTTCATGACTACACCTGCGATCCTAACCAGCTCAATGTCAAACATGCTAAACAAGCCTACCAGCTGCAGAGCGACGTGAGACTGAGCTTTAGATTTATTCTGTTAC 
s mm7.chr19      4986480 361 - 61223509 TTTGCTTCTCTGATTCGCAGTTCCGGTACAAAGAGGCATTTCTGAGGGACCGGGGCCTACAGATTGGGTACCGTAGCATCAGTGACGACCCGAGGACGACGCACTTCCTCCGAGTCGGCAGGCTCCAGAGTGACAACGAGTACAGGAAGGCCTTTGCCAAAGGTCGCTCCCAGTTCCACAGTCGCGCTGACCAACCAGGCTTCCTCCAGGCCAAGAGGAGCCAGCAGCTGGCCAGCGATGTCCTCTATAGGCAGCCACTGCCTCAGCACACCAGCGACCCAGAACAGCTGGGCCTGAAGCATGCCCGGAAAGCCCATCAGCTGCAGAGTGATGTGAG-CTGC-CTCCACTTATGCCCTGTTAC 

a score=-1881
s danRer3.chr12  28341046 107 +  37038836 GCAGATTC----TGTTAA-----ATATGTGGAACTTAATTGACAAAATTTAAAAAAAATACATCT-----------------TGTTTGGGAAT----TTTCC---TCATAAAGCAGGG-----------TTTATTGACTATCTCTG----GTTGC 
s mm7.chr2      130277100 155 - 182548267 AATCACTCCACATATTAATAGCCATTTATGTGAGGTAAAAAACAGATTGGAAAGAGAAATTACCTCGACCCCCTCAAACACCTGTCTGTAACTAGCATCTCCTAGTCATGGTGAAGGGGAAGATGGGTTTTTGATGGCTTGTTTTGTCCTTTCCT 

a score=5730
s danRer3.chr12 28341153 99 + 37038836 AGGTGAACTACAAATCAGATCTGAACTGGATTAAAGGTGTGGGCTGGACCCCACCAGGCTCTCTGAAGGTAGAAATGGCCCGCCGAGCTGCAGAACTGG 
s mm7.chr19      4987516 99 - 61223509 AGGTCAAGTACAAATCTGACTTGAACCTGACTCGAGGTGTTGGCTGGACCCCTCCTGGCTCCTACAAAGTGGAAATGGCTCGACGGGCTGCAGAACTGG 

a score=2643
s danRer3.chr12 28343770 134 + 37038836 CCAGAGACAGCAGGAGTTCCAGGATCAACATGACTCCACCACAGAGCAGACGGAGACCACAATGGAGACCCAACAGCCGGGAGTCAATCCTGATGCTATGGAGATCCTCCATGTCAAAAGAAAGAAGACTATTC 
s mm7.chr19      4988238  94 - 61223509 CCAGAGGCAGCAGCGGCGCTAGGAG-ATCAT----------CAGAGCAG-----------------------------GGGGGTGAACCCGGATGCCTCGGAGATCCTGCATATCCACAAGAAGAAGACTCTGC 

a score=1862
s danRer3.chr12 28350552 35 + 37038836 ATGAAGCAGGTAAGCTATCTAGGAAGCCATATAAC 
s mm7.chr19      4993354 35 - 61223509 AGGAAGGAGCTATGCAGTCTAGGAAGCCATGTGAC 

a score=8974
s danRer3.chr12 28354349 287 +  37038836 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatatatatatatatatat--------------atatatatatatatatatacatgtatgtgtgtgtgtgt---------------------------------------------------------------------gtgtg---------------------------tgtgtgtgtgtgtgtA-----ACCCGTGCAGTTGTTGTAGTCATTGCTACATTTTAGATGTATGTGAATGTTAACACTGTACATAAAAATAATTTTCTCCCATTATCTGTTCATTT 
s mm7.chr7      79160424 400 - 141766352 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatacacacacacatatatatgtgtgtgtgcatgtatgtacgtacgtatgtatgcatgtatatacgtgtatgtatgtacacgtgtatgtatgtacgtatgcacatgtgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatTATACGGGTTGATCTCTTCACATTGCCTCCATTGGCTACACTGGGGAATTTTGGGGGAGTCTAAGGCTGGTGTGGGGTAGTGCAGGCATCCTCTTGCCACATGTCTGCCCATTTGTAGTAGCACCTCTGCAATGGCTTTGGGAAAACTTACATCAGAAATCTGTGTGTGTGTTAGGACTGTGTATAAAAACA--TCTCTCTCCTGGTCTGTCACTTT 

a score=5426
s danRer3.chr12  28382512 187 +  37038836 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataGGCCTATTACATTTGGAAGAAATGTCAGTAGCGTAATGAATA-------AAACGGTTGTGTTACAAAACTTTAGACCTGAAATT-----------GAAAATCCAGAGAGACAGAGAATTGAGAATTCTCAATTGGACTTTTCATTTTCTTCCAT 
s mm7.chr1      136904593 203 + 194923535 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataATGAAATATTAAATTCTGATTTGTGGTCCAAAACGT--TGACTCCCATGCTACATGCCTGTCTTCAGACACTGCGGACTCAGTCTTCTATTTTCTTCTATAATACAGTTAGCTAGAGGATTGGCAATACCTTACTGGACTTCTTATTCTTTTCCAT 

a score=7991
s danRer3.chr12   28383315 217 + 37038836 GCGTCTTTTCAACTTCAGGGGAATGAGAAAGCCATCGGACATGAGTCCGCGCCGCCTGTCAGATATCAGTCCTCAGATCAGACAGCTGAAGTCCCTCGTCCTTGATGAAGATCTGAATGAAGAGTTAAAGTCGTCGAGATCCGTCGAGTACATCCAAAATG---------------CCTCCATAGAAGAGCGGATACTGAGGATCACTGGCTACTATGGCTATGAGCCTTGG 
s mm7.chr8_random  1288998 232 + 10509031 GCCTTCCCGCGGCCTCAGTGGCATGAGGAGGTCACCGGACGTCAGCCCGCGGAGACTGTCCGACATCAGTCCTCAGCTCCGGCAGCTCAAGTACTTGGTGGTGGATGAGGCGATCAAGGAGGATCTGAAATGGTCTCGCTCTGTGGAGGATCTCACCAGTGGACCGGTGGGACTCACATCCATCGAGGAGCGGATCCTGCGCATCACAGGCTACTATGGCTACCAGCCCTGG 

a score=2139
s danRer3.chr12 28397138 285 +  37038836 CGGTACATCTACG---CGGAGCACTGTGGGGTGTCGCTATGGTCATCT-----GCATCTGCATGTCTTGGTCAGGAAGCACTCAGTTGGCCAAAATAACTGTTAGACGCTTGAATATCCCATTCACCCTCACTTGGTTCTCCACCTCCTGGAACTGTGCCATCTTCCCCATCTACTACCTGGGTCACCTGTGCTGGAGCAAGGACAGACAGACCCCCAGACAGCGCTTTAGGTGAGATGGGTTGTGTTCATACAAGGAGATATATTTTTTTTCGGATTCTATACTGAAATTCA 
s mm7.chr14     74575245 287 - 119226840 CTGCACATCCATGGTTCTGAAGACCATCTGGGGACTCT-TGATCATCTTGTCAGTGTCATCAT--CTTGGGTTGGAACCACACAAATTGTAAAAATCACTTACAAGAATTTTTATTGTCCCTTTTTCATGACATGGTTTTCAACAAACTGGAACATTATGTTTTTCCCAGTCTATTATTCCGGCCATCTAGCCACAGCTCAAGAAAAGCAGTCGCCAATAAAAAAATTCAGGTAGGTT---CCATGTTCAATGATTTATAGATGTTTCAAAACAAGTTTTATGCAAATGTGCA 

a score=8788
s danRer3.chr12  28398718 234 +  37038836 TCACAACAGAGAGTGTTGTCAGTTTCTGGGAGATGACGGCTTGTCTCTGAAGATGCTGCTCTCTCGCGTGGCTCCCTTTGGAGTCTTGTGGACTCTCACCAGCTACTTATACCTGCAAGGCCTTCGCAGAATCCCTGCCACTGATGCCTGTGCGCTGTTCTGCTGCAGTCGTGCCTTTGTCTTCCTCATATCCTGGATTGTCCTGCGGGATCGCTTCATGGGAGTAAGGGTGAG 
s mm7.chr8      124969709 234 + 127874053 tcATTTTAGGGAATGCTGTCGGTTCTTTGGAGACAATGGCTTGACTCTGAAAGTGTTCTTTACCAAGGCAGCACCTTTTGGTGTTCTTTGGACTCTCACAAACTACCTGTACTTACACGCAATAAAGAAGATAAACGCCACAGACGTCTCCGTCCTGTTCTGCTGCAACAAATCATTTGTTTTCTTGCTGTCGTGGATTGTTCTCAGGGACAGATTCATGGGAGTGAGGGTAAG 

a score=7235
s danRer3.chr12  28399286 172 +  37038836 TTTTATCATTTCATCCATTGATTATCTG-------TATTCTATCTC----AGATTGTGGCGGCCGTTTTAGCCATCGGTGGGATTGTTATGATGACATATGCCGACGGTTTCCACAGTTACTCTGTGATCGGCATCTCACTTGTCGTTGGGTCTGCATCTACAGCAGCTATTTACAAAGTAAG 
s mm7.chr8      124974380 183 + 127874053 TTATAATGTCTCCTCCCTCCATGACCTGACAATGTTTTTCTCCCTCTCATAGATCGTGGCCGCCATCCTTGCCATCGCTGGCATTGTCATGATGACCTATGCCGATGGCTTCCACAGTCACTCAGTCATTGGCATAGCCCTGGTGGTGGGCTCTGCTTCCATGTCAGCCCTTTACAAGGTAGG 

a score=5013
s danRer3.chr12  28399544 206 +  37038836 TTCTTCAGGTTCTTTTCAAGCTTGTTTTGGGTAGTGCGAAGCTGGGTGAAGCGGCGGTGTATCTTACCATTCTCGGCGGAGCTAATTTGATCTTCATTAGCGCTGTACCTCTCATACTGCTGCTCACTGGGGCAGAGGACTTCATTTCACCTAGAGATTTACCCTGGTCAAGCATATGTGGCATGTCTGCTTTACTACTGGGTAAG 
s mm7.chr8      124976678 206 + 127874053 tctctcAGGTTCTGTTCAAGCTGCTGCTGGGCAGCGCCAAGTTCGGAGAAGCGGCCTTATTCCTGTCCATCTTGGGTGTGTTCAACATCCTCTTCATCACCTGCATCCCCGTCATCCTCTATTTCACCAGGGTGGAGTACTGGAACTCCTTCGACGACATTCCATGGGGAAACCTCTGTGGGTTTTCCATTCTCTTATTGAGTAAG 

a score=4088
s danRer3.chr12  28399815 126 +  37038836 TAATAACATTCTTCTTTGGTTGCACTCCTAGTGTTCAACTTCCTGTTGAATTGTGGTGTTTTGATAACACTTCCTACTCTGATTTCTCTGGGTGTTGTCCTCAGTGTGCCGGTCAATGCTGGTAAG 
s mm7.chr8      124978616 126 + 127874053 TAACTCCAGTCTTCAAAATTCTCTATTTCAGCATTCAATATTGTATTAAATTTTGGAATTGCTGTCACGTATCCCACGCTGATGTCTCTTGGAATTGTCCTCAGTGTACCTGTAAATGCAGGTAAG 

a score=3128
s danRer3.chr12  28402638 181 +  37038836 TCCTCTAGTCATAGATCGCTACATGTATGACATCCAGCTCAACAGCGTGCGCGTCATTGCGGTATCCATCATCTGTCTGGGCTTTCTTTTGCTCCTGCTGCCCGAGGACTGGGACCAGTGCCTGCCGCAATTGCGATCAATCCTGCA----------CAGCCGAAGACAACCACAAGAGAGCGCCAGAGAC 
s mm7.chr8      124982027 187 + 127874053 TCCCACAGTGGTCGATCACTACACCAGTCAGATAGTCTTCAACGGGGTCCGGGTCATCGCCATCATCATTATCGGCCTGGGCTTCCTCCTCCTGCTCCTTCCAGAAGAGTGGGATGTCTGGTTGATCAAGTTGCTCACCCGCCTCAAAGTGAGGAAGAAGGAGGAGACAGC----AGAGAGCAGCGGGGAC 

a score=5417
s danRer3.chr12 28407299 188 + 37038836 ATAAATGTA---GGCCATAATGATGAGGACGAGTATCAAAAGTGAGAAGAGGATCATAAATGTGACGTATCCTCCATGAGGCATCAGTGGCTTGTCTGGATCTTCAGCCGGAATCATGTTGGTCAGGTTAAGCATGTAACCTAAAGTCCAGCCTGCATCACTGTCTCCAATCTGC--ACAAAAAGAGCAAGTC 
s mm7.chr19     20590490 193 - 61223509 ATAGATGAACAGGCCTGTGATGGCCACAGCAACCAAGAGCAGGGAGAAGAGAACCATGAGGCCGATGTAGGTGGAGTGAGGGAGAGGCGGGGACAACGGCTGTTCAGCTGGGATCATGTTGGTCAAGTTCAGCATGTAGCCCAAAGTCCACCCCGCGTTGCTGTCTTTGATCTGTTAACAGAAGGGAAAAATC 

a score=4117
s danRer3.chr12 28409184 188 + 37038836 CAAGTCAGCATTGCTTTTATTTCCATCACGCTCA----------------CCTTCTTGATAAACTTGATGTCGTTCCAGTTGTCTGAGGTGAAATTGTATCCATGTTCCAGGAGAGTGAGAATGTATGTTGCTGAGAAGCAGTATTCAGAAAGGTACTTCTCTTTTACTTTTGGGTGATCTTGTACAATCTGAAAAAAGCCAAA 
s mm7.chr19     20592548 201 - 61223509 CAAGACTGCTTTGTTACCAACTCCCACACCCCCAATAGATCCCCAAGTTACCTTGCCCATAAAATGAATCTGTTCCCAGGAGCTGTCTGTGAAGTTATAGCCTTG---CAGGAGAGAGAGGATGTAGGCGCCCGAGAAGCAGTACTCACTCAGGTACTTCTCCTTTACTGAAGGATAAGATGTCTTTGTCTAAAAGAAAAAAAA 

a score=2425
s danRer3.chr12 28409374 171 + 37038836 TGTTCACATTTACATCCCAACCAAGATACCAGCATTTTACACAGAAGTAACT---CAATT---------------TCACCTTTTGCCATGGGGTAGAGCAGTACATTGCCAGCCTCTGCTTTGTTTTGTCCAATGA------ATCGTTTTTCA------GATTTAAAAAGTCCATTACAAAAAAGAAAGCAGAAAAAGCCT 
s mm7.chr19     20595624 195 - 61223509 TGTGCCAATTCACATCTT--CCATGACACCGAGG----ATATGGAACCAATTTCACAATTGTGGTTTCTGGTCACTTACCTCTTCCCAAGATTTTGAGCAAAAATTTTTTGTTATCTCGGTCATTTTCTCCTGAGAGATGACACTGTTTTTCGCTACCTTCTTAAAAAAATCCATCACAAAGTAGAAAGCAGAAAACGCCT 

a score=4147
s danRer3.chr12 28409573 321 + 37038836 CAGATTGTGACTTAAAAC---TTAACCAATTCATACAAACAATCTTCATTGTTTCCTACCCCAAATTTTCCTTCAACAGTAGGTTGGAAAACACCATTGAATGAGCAGCCTGAATAAGGACAATGGCTAGTATTAAAAACCTTTCTGATTGATTCTTGGCACTGAGACCAATTTCCAA-GCCCCACATGGGAGAACTGCTCCTTTGGCATTTTC------AGTGGTTTCATACATGGTGT------------ATTGACACTTTCAAGCGTCTTGGTGGTGTTATATCCAGGATGAAAACAAGGATCCCTTAACAAAATGGCATCTGTCTTTCGAAGGAAAGAA 
s mm7.chr19     20601880 329 - 61223509 CAACTTGTAACACCAAACACTCTAACCAATGTATCTCACCATTTCACAAA----CTTACCCCAAAACTCCCATGGAGAGGTGGCAGGAAGACGCCATTGAAGGCACACTGGGAGTAAGGGCAGTGGCTGTTGTTGAAGAGCTCAAGGATGCTCTGGTGGCACTGTTCGTAGTCTCCAGTGCCCTGGATTCGA-AACTGATCAAATGGTAGCTTCTTTTCGAATCTTTTGGTGCAGGGAGTGCCATAGAGCTCACTTACATTCACAACCTTCTCG---------TATCCTGGGTTAAAGCATGGGTCCTTAAGGACGCCACCACTTGAAACCTGAATGGAAGAA 

a score=6798
s danRer3.chr12 28412994 224 + 37038836 CAGTGACGAGCATGGCATACCTTG--TCAGGTG---TTGAGCGCAATTTCTCAGCCATAGCAAGCTTGAGAGCTTGGTCCTTCCCATAACAGAGAAAGCTGTGGGTGTATAGATGATAATCATTTCCATACAGTCTGAAGTCAATCGAATTGTCAGATGATTCAATAA---TCTGCTGAGGTACGAAGGTTATTTGAGTAGAGGCTCCACCAAGGTCCAGAGCTCCAAGAGT 
s mm7.chr19     20603185 232 - 61223509 CAGATGTGAGGAGAGCACAACTGAATTCAGTTGCACTTGCCTGAATGTCCTTGGCCAGTTTCTGCCAGAGAGCCTGATCCTTCCCATAGCACAGGAAGCTGTGTGTGTACACAGTATAGTCCTCGCCATAGAGACGGAATTGCAGAGAGTTTTCTGGGGACTCTATAGTGCTGTTTTGGGGCACGAAGGTGATCTGTGTGGAGGCTCCGCCGAGATCCAAAGCGCCAAAGGT 

a score=4140
s danRer3.chr12 28413331 203 + 37038836 CTGTACCTTTCTCAAGTTTTCACTAAGGTAGTTGACTGTAATCCACCCAAAAGCTCCCTCCTCTTGGCCTGAAAGGATACGAGCTCCCTGATAGGAGAAGGGGTACGTCTTCAGTGAATGTGCAACGGAGGTAAGCACTTTTTCTGAGGCCATTTCATCCTCCATCCTTGAGAAAATAAATAGTTTTGGAATTTACCTTTTGA 
s mm7.chr19     20604393 199 - 61223509 CTTTACCTGAGTGAATCTGCCCAGCAGATAGTTAATAGTAATCCACCCATAGGCACCTTCCTCTTGTCCAGTGATGATCTTGGCACCCTGGAAGTCAAAGGGGTAGCTCTTAAGGCTTGTTGACACTGCAGCCAGGACCTCGTCTGCCGATTGTTCGCTTTCCATTCTACACAAAAGAAGAGGT----GATGTTATCTTTTGA 

a score=5093
s danRer3.chr12 28415248 170 + 37038836 TACTTGAGCAGTCTCATGCCAGCCGTGGCTCCCAGGTAGACAGGGGTTTCGCTGTGTCTGTGAGCAGGTATTTTCTCCTTGGCCTCCTTCATGCACTCCTCCAGAGATGCACCAGCCCCATGTGGTTTATCGAAGTAACTGGAGATGCCTTTGCCTACAGGGCACAAACA 
s mm7.chr19     20606243 169 - 61223509 TACCTAAGCAAGCGCATGCCTGCTGTGGCTCCCAGGTAGACAGGAGTCTGGTGATGCTTGGATGTTGGTATCAGTTCGGTGGACAGTTCCATGCATTCGGCCAGGTACGCACCGATTTCATCTGTTTTCTGAGCATATTTTGAGATTCCAGGACCTG-AGGGAAGATACA 

a score=5893
s danRer3.chr12 28418505 126 + 37038836 CTCACCTTTAACATTGCACGTGTGATGCTGCTGTACCATGCCTGTGTTGTTCTCTTTCTCTGCTGGCCATTTATAGATAAACACAGAGGTGTGAGAGGAGCCGGCATCCAGGACTATTCCATACTG 
s mm7.chr19     20608904 126 - 61223509 CTTACCTTTCACTTGGCATTCCTCTAACTGCTGCACCACCCCTGTGTCATTCTCCTTCTCGGCCGGCCACTTGTAGATGTACAGGTTGGTGTGAGATGACCCCGCATCCAACACAATCCCATACTG 

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s danRer3.chr12 28457049 389 + 37038836 TCACTGATGATTGCAAGTACAATCAGTGGACATTAACACACTCCATCAATGCACTCATGGCTTTCCTGCATGGCATGGCTCCTCACTGGGTCCTTTTCCTGGCTCTCTCTCCCATGCAGATCCCTCTTCCTCCCCA--TTTCACACAGTCCATGCTGTGCGTCAGTGGAGTAACGTGCCTTTTTTTACAGTGCCGCTGGCACGGGCGCATGGTAAGTCATTCGCTCACCGGAGCGAGCTGCGCCAGGCCAAGAGAATCGTCGTCAAGTTGGGAAGTGCTGTCGTAACCCGAGGTGATGAGTGTGGCCTCGCTTTGGGCCGACTCGCTTCAATCGTAGAGCAGGTAAAGATTAGCGGAGGGCAAGAATTTGCAAA---AGAAAAGTCTTGATGCT 
s mm7.chr19     20749530 379 - 61223509 TTACTGTTGTGTATGAATCTTTTCATTGTAAAGTTACATTGTATCTCTCTGGTTTTTTG----TCTTGTATAGTATTTTAATTTTTGGGTTTTTTTGCCTGTGACTTTGGGACATACAGATCGTGTCCAGCCCTCAGCTATTAGACA--------TGTTCGTTCTTGGAGCAACATCCCCTTTATCACGGTACCCCTCAGTCGTGCCCACGGCAAGCCCTTTGCCCACCGAAGTGAGCTGAAGCACGCCAAGAGAATTGTAGTGAAACTCGGCAGTGCCGTGGTGACCAGAGGAGATGAGTGTGGCCTGGCACTGGGACGCCTGGCATCTATTGTTGAACAGGTAACTGCCAGGGCAG---AAAAATCTGCTAAACTAAAACAGTCTCCAAGTT 

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s danRer3.chr12 28457506 191 + 37038836 AGGTGGCCATGCTTCAGAATCAGGGTAGGGAAATGATGATCGTGACCAGTGGCGCTGTGGCATTTGGAAAACAAAGGCTGAGGCATGAAATACTTCTCTCACAGAGTGTCAGACAAGCCCTGCATTCAGGCCAGAATCAGCTCAAAGACATGGTGAGACCTACTGTACAAACCCGTTAACAGAATTTTTGG 
s mm7.chr19     20751798 191 - 61223509 AGGTCTCGGTGCTGCAGAATCAGGGCCGAGAGATGATGCTGGTGACCAGTGGAGCCGTCGCCTTCGGCAAACAGCGCCTGCGCCATGAGATCCTTCTGTCTCAGAGCGTGCGGCAAGCCCTGCACTCAGGACAGAACCATCTGAAGGAGATGGTGGGTGCTGCTTCCCCAGCTCTGTCGTGGAGTCCTCGG 

a score=6728
s danRer3.chr12 28458640 139 + 37038836 GCTGATGCTGGATGTTTCTTTTG--GCAGTCATTGCCGGTTCTAGAGGCGAGAGCTTGTGCCGCTGCAGGACAGAGTGGCCTTATGGCTCTGTATGAGGCAATGTTCACTCAGTACAGCACTTGCACGGCCCAGGTAAGCG 
s mm7.chr19     20752010 141 - 61223509 GCCCACGGTGTCTGTTTGGTGTATTGCAGGCAATTCCGGTCTTAGAGGCCCGAGCCTGTGCAGCTGCTGGACAGAGTGGACTGATGGCCTTGTACGAGGCCATGTTTACACAGTACAGCATCTGTGCTGCCCAGGTGAGAG 

a score=10667
s danRer3.chr12 28460456 313 + 37038836 TTTTGTTTATTTGCATCAGATCCTGGTAACAAACCTAGACTTCCACGACGAACAGAAAAGACGAAACTTGAATAGCACTCTGTACGAGCTGCTGCGAATGAACATCGTTCCCATCATCAACACCAACGATGCCGTGGTGCCTCCCCCAGAACCCAACAGCGACCTACAGGGGGTAAATGTGGGTACAG-AGCACAATGAATGGGGAG----AGAGAATCTGCCCAGCAGCCTTGCCACCATCTTCTTCCTTCTGGAACTGCATG-CTGGGAGGGGCCTTTACTGATGCATGCTGGGAGACAGAGAAATACAGAGGCTTG 
s mm7.chr19     20755333 313 - 61223509 TTCTATTTAATCTCTTTAGATCTTGGTGACCAACCTGGATTTCCACGACGAGCAGAAGCGCAGAAATCTCAACGGTACCCTCCACGAGCTGCTCCGCATGAACATCGTCCCCATCGTCAACACAAACGATGCCGTCGTCCCTCCAGCCGAGCCCAACAGTGATCTTCAGGGGGTAAATGTGGGTAAAGTATTCCTAAGAGTTGAGCATGCTGGAGACACTAACTACCA--CATGCCGCTGTGCTGCATGTACTAACACTGGATGTCTGGCATGAGC----AAGAGGAGAGGCTGAGAGACCCCAAATTCCAGAGCCTCG 

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s danRer3.chr12 28461047 198 + 37038836 ATGTCCTGCTTTGGGGGTGTCAGAAGACAAGGG--TAACTGTCTGTAGCTTG----CTCTTTTGAGACTGCGTTCATG-CTCTGTATTTCTTTTTTTTTTTTATACCGTAGGTTATCAGCATTAAGGATAATGACAGTCTTGCTGCAAGGCTTGCTGTGGAAATGAGGGCAGATCTCCTTATTGCTCTCTCTGATGTAGAGGGTA 
s mm7.chr19     20755749 205 - 61223509 ATGCTTTGTATCATTGGTTTCTGCCTGCCAGAGCCTAGCTGGGTGCTGCTGAGAATTTTTTTTTGGACTGTGTAACTAACTCACTCACTCACTACTCTCCCCGAATTGTAGGTGATTAGTGTTAAGGATAATGATAGCCTGGCTGCCCGGCTGGCCGTGGAGATGAAAACCGACCTCTTGATTGTCCTCTCGGACGTAGAAGGTA 

a score=7052
s danRer3.chr12 28462193 238 + 37038836 GATCCTCTCTCCAGGCCTTTATGACAGTCCACCAGGGTCAGATGATGCCAAGCTTTTGGACACATTTTACCCTGGAGACCAGCAATCAATAACCTATGGCACAAAGTCTAGGGTCGGCATCGGAGGAATGGAAGCCAAGGTATTATTAACGGCTAACTGAGTCACTCATCATACTTCTTCCTATAGCTAATaattcaattcatatttatttctatagagcttttacaatgttgattgt 
s mm7.chr19     20759115 232 - 61223509 GGTTCACTTTTTAGGCCTCTTTGACAGCCCCCCAGGCTCAGATGATGCAAAGCTCATTGATATATTCTATCCGGGAGATCAGCAGTCTGTGACATTTGGAACCAAGTCTAGAGTGGGCCTAGGGGGCATGGAAGCCAAGGTA-AGCTGATACTGAACTATTCCAGTCATCAAGC-----CCAAATGGTATTTATCttttttttttttccttttttcttttttttttACTTTTAACTTT 

a score=8576
s danRer3.chr12 28462485 211 + 37038836 tcagagttgaagttcagttTCAACA-----AAGTGAAACTAACAGTCTG----TGTAACTAACCTTTAGGTAAAAGCTGCTCTCTGGGCTCTCCAAGGAGGAACGTCTGTGGTCATTGCTAACGGTACACACCCCAAAGTCACAGGTCATGTGATCACTGATATTGTTGAGGGCAAGAAAGTGGGAACCTTCTTCTCAGAGGTCAAGCCAGCAGGTGAGT 
s mm7.chr19     20760475 220 - 61223509 TCCCAGTGCACGTTCAGAATAAGCGTGTCTAGGTGTGACTCTCATCCTAGATCTGACCCGACCCCGTAGGTGAAAGCCGCCCTCTGGGCTTTGCAAGGCGGGACTTCTGTCGTCATTGCCAACGGGACCCACCCAAAGGTGTCTGGGCACGTCATCACAGACATCGTGGAGGGAAAGAAAGTTGGCACCTTCTTTTCAGAAGTGAAGCCTGCTGGTGAGT 

a score=4028
s danRer3.chr12 28462758 164 + 37038836 ACTTTTCTTCATGC----ACAGGCCCCACGGTGGAGCAGCAGACAGAAATGGCTCGCTCTGCTGGCAGGACTCTTGCTTCCCTTGAACCAGAGCAGGTTAGCTATAATATTAAACATTCATT------TTTAATGACTCGTACTGAATCATACTGTGTGTAATCGTATAAAGGG 
s mm7.chr19     20761304 163 - 61223509 ATTCTTGCCCATGCTCTTGCAGGTCCTACAGTGGAGCAGCAGGGGGAGATGGCTCGATCTGGTGGGAGAATGCTGGCTACCTTAGAGCCTGAACAGGTGAG-----------GACATCCACTGACAGCTTGGACTTTTCAGAGCAAAACATGCTGTACATTCTGGTGTTACCGG 

a score=4258
s danRer3.chr12 28463999 112 + 37038836 TCTAATCATTCTGTTGTCT-ACAGAGAAGTGACATCATCTGTGCATTGGCTGACCTTCTCACAGAGAGGAAAGAAGAAATCCTGTCTGCCAACAAGAAGGACATGGAGAACGC 
s mm7.chr19     20763032 113 - 61223509 TTTAATGGTTTGATTTTCTTACAGAGAGCTGAAATTATCAATCATCTGGCTGACCTGCTGACGGACCAGCGGGAAGAGATCCTGTTAGCCAACAAAAAAGATTTGGAGGAGGC 

a score=11204
s danRer3.chr12 28464202 247 + 37038836 TATCCTTTTTGTGTGATGTTACAGG-----TCGCCTGTCTCCAGCTATGCTGAAGCGGCTTAGTTTGTCATCGTCTAAGCTGAACAGTCTGTCCATCGGTCTGCGTCAGATCGCGGTGTCCTCTCAGGACAGTGTTGGCAGGGTTTTGCGCAGGACTCGTGTTGCAAACAACCTGGAGCTGGAGCAGATCACTGTGCCCATAGGAGTACTGCTGGTCATCTTTGAGTCACGGCCAGACTGCCTGCCTCAGGT 
s mm7.chr19     20764641 247 - 61223509 TATCTTGTCCCACTGCCGTTTTAGGAAGACTTGCCAGCCCCC-----TGCTGAAGCGCCTTAGCCTCTCCACGTCCAAACTGAACAGCCTGGCCATCGGGCTGCGGCAGATCGCAGCCTCCTCACAAGAGAGCGTAGGCCGCGTCCTGCGCCGGACTCGGATTGCCAAAAACCTGGAGTTAGAACAAGTGACTGTCCCAATAGGTGTTTTACTGGTGATCTTTGAGTCTCGCCCTGACTGTCTACCCCAGGT 

a score=7272
s danRer3.chr12 28464995 178 + 37038836 ACCTTTTTGTTGACC------TCAACAGGTTTCTGCTTTAGCCATTGCCAGTGGAAATGCTCTTTTGCTGAAAGGTGGCAAAGAGGCGGCCAACACCAATCGCATCCTGCATGAGCTTGCACAGGAAGCCCTGTCTATACATGGAGTCAAAGATGCCATCCAACTGGTAAAT-----GAAACGCGTCTG 
s mm7.chr19     20766654 189 - 61223509 ACCGTCTTGTCTTCCCTTTGGTCCGCAGGTGGCAGCCTTGGCTATTGCCAGTGGCAATGGCTTGTTGCTCAAAGGTGGGAAGGAGGCCGCACACAGCAACCGCATTCTTCACCTCCTGACCCAGGAGGCCCTCTCCATCCACGGAGTCAAGGAGGCCATACAGCTGGTAGGTGGCTGGGAACGAGGCTG 

a score=11274
s danRer3.chr12 28467162 204 + 37038836 CAGGTGAGCACTCGTGAAGAGGTGGAGGATCTGTGTCGTCTGGAGAAGATGATTGATCTGATCATTCCCCGTGGCTCCTCGCAGCTGGTCAGAGATATTCAGCGAGCAGCTAAAGGCATCCCTGTGCTTGGCCACAGTGAGGGGATCTGCCATGTCTATGTTGACCACGAGGCCAGTATTGACAAAGCCATCAAAATCAGTAAG 
s mm7.chr19     20771872 204 - 61223509 CAGGTAAACACCAGAGAAGAAGTTGAGGATCTCTGCCGCCTTGACAAAATAATAGATCTGATCATTCCCCGAGGCTCCTCCCAGCTGGTCAGAGACATCCAGAAAGCTGCCAAAGGGATCCCAGTGATGGGCCACAGCGAAGGCATCTGCCACATGTACGTGGATTCCGAAGCCAGCGTGGACAAGGTCACCCGACTCGGTGAG 

a score=7395
s danRer3.chr12 28467582 175 + 37038836 ATTATGACAACAGCAGTTCTCATTTCATGATGGTTGTTTTCTCTCTCTAGTCCGAGACTCTAAATGTGACTACCCTGCTGCCTGCAACGCAATGGAAACTCTGTTGGTGCATCGAGATCTTCTCAGAACTCCAGTATTTGATCAAATCATTGATATGCTGAGAACAGAACAAGTA 
s mm7.chr19     20772139 167 - 61223509 ATCATGTGCACAGCA---CTCACTCTTTA-----TTCTTCTTCCCTCCAGTCAGAGACTCTAAATGTGAATACCCAGCCGCCTGTAATGCCCTGGAGACGTTGCTTATCCACCGAGATCTGCTGAGAACACCCTTATTTGACCAGATCATTGACATGCTCCGAGTGGAACAGGTA 

a score=12113
s danRer3.chr12 28469301 311 + 37038836 TCCCAAAACAGGCTTTTATTTGCTTATTGCAAAATGATATTCTACACTTGTATTTATGATTTTTAAAATCATTGTTAATTTTAAATCTTCTAGGTCAAGATTCACGCTGGCCCTAAGTTTGCATCCTATCTAACCTTTAGTCCATCAGAAGTGAAGTCTTTGCGTACAGAGTATGGAGATCTGGAGTGCTGTATCGAGGTGGTGGACAGCATGCAGGAGGCTATAGATCACATCCATAAATATGGCAGCTCACACACTGATGTTATCGTCACTGAGAACGGTAAAGCTCAACGAGATCGTTGCATGTCATG 
s mm7.chr19     20774867 294 - 61223509 TCCTCGCACAGGCTGTTA----CTCAGGCCCAACTGCTG------ACTCATTCTTGTGGGTTTTG----TATTG--GATTTCCTCTCTGACAGGTAAAAATTCACGCAGGCCCCAAGTTTGCCTCCTACCTGACCTTCAGCCCCTCAGAAGTGAAGTCACTCCGGACGGAGTACGGGGACCTGGAAGTGTGCATTGAAGTGGTGGACAGCGTCCAGGAAGCCATTGATCACATCCATAAGTACGGCAGCTCTCACACAGATGTCATCGTCACAGAGAACGGT-CAGTTTGCAGTGATTCGGGCATGTGGTG 

a score=6908
s danRer3.chr12 28470666 118 + 37038836 TTTCTCCATACTCTGTAGAGAACACAGCTGAGCAGTTCCTCCAGCAGTTGGACAGTGCCTGTGTCTTCTGGAATGCCAGCTCACGGTTTGCTGATGGATATCGGTTTGGCCTAGGTAA 
s mm7.chr19     20776084 118 - 61223509 TTTCTCTTTTCCCTGTAGAGAAAACAGCGGAGTTCTTCCTCCAGCACGTGGACAGCGCCTGTGTCTTCTGGAACGCCAGTACTCGCTTCTCTGATGGTTACCGCTTTGGACTGGGTAA 

a score=7423
s danRer3.chr12 28470863 177 + 37038836 TGTTCCATAGGTGCGGAGGTTGGCATCAGCACTGCCCGTATTCATGCCCGTGGTCCTGTGGGGCTGGAAGGGCTTCTCACGACTAAGTGGGTGTTGCGGGGTGAAGGCCACACAGTGGCAGATTTCTCGGAGCATGGCAGCATGACGTATCTGCATGAAAATCTACCGGTGGCACAG 
s mm7.chr19     20778382 177 - 61223509 tttttAATAGGAGCTGAAGTTGGAATCAGCACATCTCGAATCCACGCCCGGGGACCAGTAGGACTTGAGGGATTGCTAACTACAAAGTGGTTGCTTCGAGGGCAAGACCACGTGGTCTCGGACTTCTCCGAGCATGGAAGCCTCAAGTATCTTCACGAGAATCTCCCTGTTCCCCAG 

a score=8017
s danRer3.chr12 28493753 293 +  37038836 TTCATTTGGGGTCAGTAACACGTCGCAGGGAGCCGATGGTGGGACTTTGACTTCCCCACTCGATGTACCTCCTGTATTCGCCGGGACGCAGGAAGAACTGGCGACCAGTGTAGTTGGGGTGCTCGTGGAGGATCCAGTAGCCCTCCATCACATTAGCTGAAGAGATGTCGCCATTGTGGAAACGCTGGCGCAGGTCAGGACAATCTTCATTCAGCTCCATTGCCTGACCGCCAAAATCGGCGCGCTCAAAGATCTTCATCCTGTAGTTTCCGGTGTACTGTGGGTGAAAAAAA 
s mm7.chr1      65291052 290 + 194923535 TTCAATAGAAATCCATGATTCTCCTCAGAGAGCCCACCCTGGCATTCATGGCGCCCCAGTCGTGGTAGCGCCTGTACTCCCCAGGCCTGAGCAGGTACTGCCGCCCCCGGTAGTTGGGCATCTCGTAGAGGACCCAGTAGCCCTCCATCACGTGGAAGGAGTGGAAGTCACTGAAGTGGAAGCGGTCCTGCAGGTGGGAGCAGTCGTCTGTGATCTCCACCATTTGGCCTCTGTAGTCCTCTCGCTCGTAGATCTTGATCCTGTGAGAACTGG---ACTGTGTGTCCAGAGAA 

a score=11946
s danRer3.chr12 28496252 262 +  37038836 ACTCACAGCAGGAACCACGCGGCAGGAGCGAATGCAGTCGTTGAATCCAGCCCAGTGCTGGAAATCAGGGTATTCACCCTTGAACAGCATGTACTGGTATCCAGAAAAGTTGGGCTTCTCATAAGCCACCCAGCTACCACTGTCTACTCGGATGGAGTTGCAGCGATTAAAGTGGGACTGCATGTCAGCGCAGTCTCCAGTGCAATCATAGTGACGGCCCTGGAAGTTCTTCTCTTCATAGAAAGTAATCTGTTGGTCAATG 
s mm7.chr1      65293193 262 + 194923535 ACTCACGTGGGGGATGAGGCGGCAGGAGCGGACAGAGTCACTGAAACCCATCCACTGCTGGTAGTCAGGGTAGTCCCCGCGACGCAGGAAGTACTGGCAGCCTGCGAAGTTGGGCTGCTCATAGAGCATCCAGCAGCCACTGTCCACGCGCACAGAGTTGCAGCGGCTGAAGTAGGGCTGCAGGTTGGAGTGGTCGGTGCTGCACTCATAGTGGCGGCCCTGGAAGCCGCGGTCCTCATAGAAGGTGATCTGTAAGGCAAGG 

a score=817
s danRer3.chr12 28496515 76 +  37038836 GAATGAAAGAACAACGCAGGATTACAGGTATGCTTTCAAGGTTAATCACACTCTGACAGACAGTAATGGACACATT 
s mm7.chr1      65345461 76 + 194923535 AAAGGAAGAAACGGTGTAACATCACATGGTCAACTCGAAGGCGCATCCCCCACCCAGAGGGGGCACTCAACAGACT 

a score=8292
s danRer3.chr12 28497950 381 +  37038836 AAACAACTGGCAAGCTGA-ACAAACTCTGTTTTCTTCGCTACCGAGTGTAATGAAGAAAAGGCAGTATGCGAAACCCATTTTAATTAGTCTTTAATGGCAAAACAGCGTTTACATGAAACTGCTCCTCATTCTCCTGAAGGAGCCAATCATGGGATTCATGCAACCCCAGTCGCTGCAGGCTCTGTATTCTCCGGGTCTCAGGAAATACTGACGGCCTCTATAGTTGGGGTGCTCATAGAAGGTCCAGAAGCCCTCCATACAGTTGCAGGAGTAGATGCCGTGGTAGCCAAAGCGATCGTAGACATTAGGGCAGTCGTCGGTGAACTCCATCATGTG---TCCGTACATCTCGGGCCTGTTGTAGATCCTCATACGGTAGGCTCC 
s mm7.chr1      65304054 345 + 194923535 AAATAAGTGCCAGGAACACACAGAAAATATTTTATTAGCGTCCAA-----ATGGAGAAAGGGTAGAGTAAAAAAACCAATTCAGTA-----------------------------GAAATC---CATGACTCTCCTCAGAGAGCCCACCCTGGCATTCATGGCGCCCCAGTCGTGGTAGCGCCTGTACTCCCCGGGTCTGAGCAAGTACTGCCTTCCCCGGTAGTTGGTCATGTCGTAGAGGACCCAGCAGCCCTCTAGCACATTGAGGGAGTAGATCTCATTGAAGTGGAATCGGTCCTGGAGAGAGGGGCAGTCCTCCGTGAACTCTATCATCTGGCCTCTGTACTCTTC---CCTCTCGTACAGTCTGATCCTGTGAGAGCC 

a score=36
s danRer3.chr12 28498331 19 +  37038836 TCTGTACTGTTGAGTGGAG 
s mm7.chr1      65322758 19 + 194923535 AGAGTGCTGGGGGGAAGGG 

a score=-371
s danRer3.chr12 28498666 136 +  37038836 AAATCTCCTGGCGGACCTGTGAACCTGTTTTTTTCCCCCCTCTGCATATATGAAATACTTCAAAGGACTGATTGATTGACGTTGCTTTTTTTGTGTGAAGGTGTTTAACTGTGTGAAATGAAACCCATCAGTTTGA 
s mm7.chr1      65323980 118 + 194923535 AGGTATCCTACTGGATACACATACTAGGTATTACACCCACTCTT------TGCTCTAGTTGAAACGACT---TGCTTTAAGATGATCTTTTAG---------GATAATTTGTGTTCCCAGAGATCAATAATAAAGA 

a score=11628
s danRer3.chr12 28498802 279 +  37038836 TTGACTTACTGGGGGGAACATCTGACAAGATCTGATGCAGTTGTTGAAGCCCATCCAGTGGTGATAGTCAGGGTACTCCCCACGGCCCAGGACGTACTGATAGCCCATGAAGTTGGGCTTCTCGTAACCCACCCAGTGACCTCCCATGACACGGATGGAGTTACAGCAGTTGAAGTAGTTGTAGGTGTCGGAGCAGTCAGAGGAGCACTCGTAAGAGCGGCCCTGGAAGTTGCGGCCTTCGTAGAAGACAATCTG---ACCACAGAAAGATGGTGATTAGAG 
s mm7.chr1      65305269 282 + 194923535 TGGACTCACGTGGGGGATGAGGCGGCAGGAGCGGACAGAGTCACTGAAACCCATCCACTGCTGGTAGTCAGGGTAGTCCCCGCGACGCAGGAAGTACTGGCAGCCCGTGAAGTTGGGCTGCTCATAGAGCATCCAGCAGCCACTGTCCACGCGCACAGAGTTGCAGCGGCTGAAGTAGGGCTGCAGGTTGGAGTGGTCGGTGCTGCACTCATAGTGGCGGCCCTGGAAGCCGCGGTCCTCATAGAAGGTGATCTGTAAGGCAAGGCAAGGCAGGGCTCAGAG 

a score=7688
s danRer3.chr12 28512182 399 + 37038836 TTTTTTGCTTCTTCAAATTTGGCATCAAAGCAAATGTGTTCTGACATCAGTAAGTGACAAGGGC-TCAAAAGCAAAAGAGGAAAGTCGGCCGCACCGCACCGTATCAATTATTGATCGCGCGCCTCTCGACCTgagagagagagagaaagagagagagCATTGTCATAATGAAATGTGTGATTTAAAAAAAAATAGATAA-AGGTCGTTGCCA------TTGTTCTGAAGACTTATGGGTTTGATTGACAGCCTGCAAATTCTCTTCGTTCAGTTGTAAAGGAGATCAAAAGAAGGCTCTTCTCTTTGCCCAAGGCCACTTGCAATTTATTTAGGAGTTCTGCGCTTGTGTCCCAGCAGGTATCACTG-CGAACCAGGCCACTCAGGATAATCAAAACTTTAAGATGT 
s mm7.chr19      5073579 373 - 61223509 TTTCTTGACTCTACACCTT---------AGTAAATTCCTCCTGACAATAGTTAGTGACAAGCGTGTCAGAAACAACA----AACTCCGTCATCTATACAGCTTATCAATAATTTA------GTCTCTTCCCCT---------CGTGAGAGCCTGTGTGTTTTACAATAATGaaatatatgattttaaaaa---taaataataGGCTGTTGTCAACCCGATAGTAGCTGCAAGTTATGAATGTGATTGATTGATTGAACATTTGACTTCATCCGTTCCAGCAG-GATCAAAGCAAGGCTCTTCCATCCGCCTAAGGCCACTAGCAATTTATTTAGAGA--CTGTGTTCGTATCCCAGCAGGTAGCAATATTGGACTGAGGTACACAGAA-AATCAGCTCTTTGAGGTTT 

a score=5832
s danRer3.chr12 28563227 470 + 37038836 GGGGGAAAAGCAGAGCCGGCAAACGAGCTAATCATCGCT-------TAGCACGAAC----------ACCTCCTGACT---GGCTGACAAATGTCAGGGTGACTCGTACAGGatttaaaaaaataaataaataaGAAATGAATTAATTGCACTGGTTAATTAGGTCCCTGAGGCCTGAGCGCTAATTGCAAGCCACAGAGCTGGCGAGCCTCGAAAGCCCAAACAAAAGAGGAAGCGTTCAAACAAA--------CAGGCGAGCTCAAGAGCAGACATAGCACAGATACACAC-GCACACACACACAGA---CGACTCGCATGGGCTTTTTTCCCCCGCTTTCGCAA--GCCTCCCCTCTGCTTGTGTAACTCTGTGACCTGCCAAATGTTCTCGGTGTCTTGATGTACGCCGCGACGAGAGGCATTCAGTCACAG-------------AAATCTGCCGC---ATTCCACAAAG--CATCTGTCTCGGTACCACCCGCATTCATTAAGTTTGTATCAATTAGC 
s mm7.chr19      5118015 457 - 61223509 GGAGAAAGAGTAAATC--ACAAATGAGCTAATCACCATTAATGTGGTGGCTGAAACTGCCAGTCTGACATCCCTACTAATGGCTGACAAATGTCAGGGTGGCTTGTGTGCTTTTC-----------------------TTGTTAATTGAATTGGTTAATTAGGTCCCAGAGGCCCAGCTGCTAATTATGAGCTACAG--------------------CCAAATATGAGGGGaagaaaagaaaaaaaaaaagatgcaagtgaa-tgaagacaaaagaaaaCACACATGTGCTCTGCACACAAGCAGGCACCCCAACTCTTCTGTGTGCTTCCCCGTCTCTACTGCGACTGCCTCTCCGTTCC-------------TGACTTCCCACATGCTACTGTCTTCTTGAT-----CTGTTCAAAAAGGATTTTTTTTAAAGCTAGAAAAACTCCAATTCTGCCCCTTTTTTCCACCAGGAACATCTGCTTGGACAGCGCCT-CGTTCATTAGTTTTCTGCCAATTAGC 

a score=5474
s danRer3.chr12 28567779 163 + 37038836 CCGCCAGTCCCAATCCCCCCATGACTAGGCCCTATCGATCCTGCTGTTATTGACATGACACCTGCAGAGGGGGCTTTAGCTATTGATAACCGATGGTATTTCTGCCGCAGATCAAAAGCCAACTGCCGGCTTTCATGTTTGTAAACAGTATCGATTTGCATAA 
s mm7.chr19      5120065 157 - 61223509 CAGCTAGGCCCAGATCTTCCA-GAGTGGAA--TATTGA-CCTGGTGCTATCGACATGCCACCTGCTGAGACTCCTGTCCTTATTGATAACCAATGGCGGTGC--CTAAAGTTCAAACACTGCTGGGCAGCTTTCATGTTTGTAAACAGTATCGATGTGCATAA 

a score=3710
s danRer3.chr12  28589204 430 +  37038836 TTGCAGTTGAAA-TAAAAAAGGAACGAACAAAAGTACAGCATAAATAAAAAATGTCACTGCACAAAAAAAAAGAGCGAGACAAAGGCCATTAT------CAACTCTGGATAATAAAAG--TCTTTAATGCTTCaatattatatatattttttttaGGTCTAGTGTGTATTATTTCTAATCATAAAA--ACCTAATCAAAACAAAAGTTCAAACGTAGAAATAAAACTTTCATAACTAA-------TAAAATAAATTGTAAGTACAAAAGCTTTTTTTGTATTTACAACTTGCAAAATGCAAGCTATTTTTAAAAGCTTTAATAAAAAATAGCAAGAATTACAATTGTTATGTAAATAAGGCATACATTTTGTTTTGTAAAGTTAAATTTTGACATTTGTATTTACAATTTGTACTAAAAAAACTGTATTCACTTAAAAATGCAGTTTA 
s mm7.chr1      181741525 404 - 194923535 ttggaggggaaactaggaaaggggataacattag--aaatgtaaataaagaaaatttcta-ataaaaaaagaaaTTTATTTAAAAGCCCTTATAGCATACCACCTGACACAGTGAGAGAGTATTCAAAAC----ACATTATATATAT----------------GCGTACATTGTCTAATAATCAGTTTACTTAAAGAAGATATCAGTGTTTCTAGGAGAGAAAATATTTTATCAGTAAGTATATTTAAAAAAATTTCAAAATAGCAAAACCTTTTTGAAGTTAAACATTAAGAAAATGCATGCTAATTTCAAGCACAGTGAGGAAAATTATCAATAATAAATATTTCCATGATG------------------TTTGTAGTACATGATTTTAATATTTTTA---ACTGTTAATATTCAACAAACAGTAATTATTTTACAATATACTtta 

a score=43202
s danRer3.chr12 28642957 2471 + 37038836 TTCACATACTAACTCGCTTTTATTAATACAGAACTGCA----TGCTACAGAGACTGTACAGCATTAACATTTA-TTCATTACAAAAACATGGTTTTTGGGAACCATTTAAAATAATGGaaaacaaaacgaaaaaaaaaaacaaacaaaacaaaacaaaataaaaaacaaaacgaaataaaaacaaatcaaaataaaaTATAAGAGCATAAAAGAGAACAGGAACATCACAGCCGTTAAGGAAACATTCAAACTATTCATCA-----------------------------TTAGCATCTTAATAAACCAGAGAAG-TTATCGACGGGTT-ACAGTTGCGTCATGTCAACTACAATGGCACCGAATGAATGATTCTCTTGTAGCTTTTTTACAGCTTCTTGCAACATCAACATGCCTATTTTTTCT-----------------ATCTACCTATATGTAGTA-GTGTACTTAAAAGTGGCAGTTTGTGTTTTTTTTGTAGTATTTAATAGTTT--TTTATGAACCTCCTAATATACATAATTT-----GGCCCTTGAGGGTTTATACAGTATGACGTCCGTCTTTTATTAAGTTTAAATTTAATTATTTGACAATCTGCTACCAAACACATTT-GTTATAG-CAACATTTATACTACATACATAGCAATCTATGTAACGTCACAGCAAATTATGGTTGAAAGAAAATAAAAAAACAAACATCAGACAACGAAAGAACCTACAGCGTCATAAGAGGTGGAGAGG----AAATTATCACAAATTTTGGCACGGGAAAAAATCTGTACACGATTCTACAGTCCGGCGGAGATGAG-ACTGTGCAATAGAAAAGAAGGGCTTGAGACGAAATTCTATACTGAAGACATGGAACCCACCGTCCGCGTTTCAAGTTTCCTTTTCACCTATTGTAAAATGGCTTATAGATATGTTTCTAGAAATTAAGTTGTGCATACGTCTGttcgttgttgtttttgttctgttttttgtttgtttgttttttttagctttttttgtagctttttttgA----------GAATCTACACTGTAGTTTAGGTGAATCCTGGTTTTCA-------ACAAAATAGCAAAAAAATAAAAATC-----AAATAAAATTCATGTCAAAACAATAAAACATTTG--------------AAACTTCAAAACCTCCTTGTAAAAATGGATCatttatatatatatttatataaGTTGCTTACGTTAAGAAAAAGAATATTTTTACAATGTATTAAGAAAAC----AAAAAGATTTCAAAAAGGGACAACATACAAGATACAACAAGCAATCTCTAAAGCAATAAATACTACTGGTCCTAGCATTGTGACAGTTTGTATTGAATATCCCAAACCCCCCCACCCCGTCCCACCCCACGCAAAACACCCCTCCAATTGAGTCCACCCACCCCAACCCGAGTCAACCTCCCTCCCCCTGGTAAACAACGACAAAAAATAAAAATAAAACGAACAACGCAATGGAACAATGCATATTAATACACAGTAACCCCCCGTATTTCTGTACATTTAAACAAGAACAAGTAACATCACAATTAAAGTTGTTCCTCAGTCGGAG--------------------------------AGGTGTCTCCGCGGTCCTCGTGCCCTCTGAGTTT---TGGACAGCTGTAAAATGATTGGTTCACAAGCTCGTATTTAATACAAATAATGAAGGAGAACCAATTCTTTGAGAAAAGGGCTC----ACTGAATCCTCACCTACTTTGTATATCTGTCTTT-AAACATGTCTATGTAAA-------------ACTACATAACTGTTATGCATTTTCTGTTGTACAGCTGAAAAATAAAACGCAAAAATGAGGAAAAACGAACCCCCCAGAAAAAAAAAATCATAAAAAATTTGGCAGATTCACAAAGCTATACTCTGCAACTTAGTGtatttaattatcaatatttaatcataataatttcttttttttaGATAATGACAGGTCAAATATTGACCAATGAACTTTGATAAAGAATTAACAAAATTTTCAAAGCCATATCG-CACAAAA--ACAGAACACAAAATGGAAA-----------AAGACGCGCgacagacatacagacagacaacagacagaGAAAGC-GGGTTTTAAAAGAAGACAA--CAAAGCTAGTCTATTGACTTGGTTACGAGCGAAAGGGGTTGCGTCGGGGCGGAGCTGGGCAGCAGAGAGTGGGAATGACACGCAGA----TATGGGCCTG-----GAGGAGGCGGAGCCTGTGGATCGGGACGACGACACGTCTGAGGGGTCCAAAGAACCGTTGTGTGCCGAGCCGGACGTTTTGCCCGCCCCGGAGTTGTCCAACAGTGCTAAGGGTGGAGGTGGAGCCATGGAGAGGTGTTGGTGTTGGGATGACGATAACAGGGGAGGAGGTTTCATAGTCAGTGAGAGAGGTTGCATTTGTTCAGTCTGTGGTTTGGACTCTTTCGAAGACGGGGAGGGAGAAATCATGGAGG--GGGAGGATGGGGGGGACTCTAGTAAGCTTCCGTCCGAAGAGGGAGGACTGGCACAGCTGCCTTCACCTTGAATGTAGCGAATGCACTTCTTTTTTCTCCTAAAAAAACAAAGAGAAAG 
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s mm7.chr19      5384582 112 - 61223509 CGCTCACCGTTGGTTTCCCCCGGCTGCTTGTCTCTTTTTCTCTTCTTCTTCTTCCCCTG----------GATGGACAGAAGAAAT--GCAGGAG--------ATTAGGCCAAGAAATAGACAAGGAGATAGA 

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a score=-198
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s mm7.chr6      72648863 61 + 149646834 CGCCTCTGCATC--CTGAAGATGCTGCTCCCAAGGTCTGAGTTCCTgcacgcacgcacgcacg 

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a score=41553
s danRer3.chr12 28676642 888 + 37038836 TCTGCAAGACGAGCAAGGGGAAAATTAAGCATGGCCAACTGATGGCTTGAAGTGAGGTAGCCCACTCTTAAAGCCG-TGATCCGACCATACACCAAACCACCGCTGTGAGCCTTTAAACCATAGCAGAAAAAAATCACTATTGATCTTCAAATGGCGATAATTGAAAAGATCAAAAAGATTAAACAAAACGGAGAATGTGCTGACTTACCATGTTATGCTCCTCTTTCTGTTGCAACTTTTTGTTTTTTaaaaaaaaaaaaaaagaagaggaaaaagaaaaaaTATTTGCTCAAAGATGCAGCATCGGAGGTGTCAAATTTGTGTGGCACCCTCTTGATCGTATTACTTCTGCAGTCCTGGCTTCCAATGCGTCTGAACTTTTTTCCTTTTCTCTTTTATTTTGTTTGTGGTACCTAGCCCCCTTTTTTCGCTTAAGACTTTAAAGCTCTTCAGCTCAGTAAACCAGCACAAATTATCTTGCCACCTTGCGCAGCTCTGATGCTTTGGCCGCTAACTTTGGAAAGCCCTTTACTACCGCATCAAAATTAGCATTGTCAAAGCAGTTAATGAATATTAATATTGTATTTGTCATTGGAGCTGGCCCGTTGCTGAACTCCAAGTCATCCATCAGGGACGAGATTAAGCACACAATTATTTCTGACTGACAGGGACCAAATCTTCAAGATTTTTTTTTCCCCAACAATTT---AAAAAATAAGACACAAT---ATCATCTTAAGGTGCCTCCC-AGGGACAAGAGGCTAGATTAAGGCACTTTTAATGAAGCAAGATTTCCTGCGCATGCAATCAGCAAAAAAAAAAAAATAGATGGAGAGATTCATAATTTAAAATTTTTTTAACAACAACAAGAAGC---AATTAAACAGAAACAAATTC 
s mm7.chr19      5413603 822 - 61223509 TTTAAAAGAGAAAGGAAAAAAAAAAAAAACACTCCCAA----------AACTTGGGGATGTGTTTCTTTAAAGCAAATTGTCCTAACACATATTAAACCACGGCTGCGCATCTTCTAAGCATAGTAGGAAAAAATGACTATTGATCTTCAAATAGCGATAATTGAAAAGATCAAAAAGATTAAACAAAATCAAGAATGCGCTGACTTACCATGCTACGCTT---TTTTTGTTGCAACTTTGT-------------------------------------AGAAATTTCACTCAAAGAAACTGCATCAGAGGTGTCAAATTTTT-TAGCGGACT-GTGATCGTATTATTTCCGCGGCCCTGCCTTCCAATGCTTCAGAACTTTCTCCCTTT-CTCTTTT---TTGTTTGTGGTACCTAGC------TTTTTGCTATAGACTTTAAAAGCCTTCAGCTCAGCAAACCAGCACAAATTATCTTGCCACCTTGCGCAGCTCTGATGCTTTGGCCGCTAACTTTGGAAGGCCCTTTACTACTGCATCAAAATTAGCATTGTCAAAGCAGTTAATGAATATTAATACTGTATTTGTCATTGGAGCTGGTCCGTTGCTGAACTCCAAGTCACCCATCAGGGACAAGATTAAGAACACAATTATTTCTGACTGACAGGGACCAAATCTGCTAGAATTTTTTTTTTTTAACAATTCGGGGGGAAAAAACCCACAATATCATCATCTTAAGGTGTCTCCCAAGAGACTGGGAACCAGATTAATACGCTTTTAATGAAGTAGAGATCATTATGTATG----AAGGGAAAAAAAGAGAAAAGATG----------TACTATTCAAGCTATTTAGTTATGGT-GGAAGCTAAAGTTAAAAAAAAAAAAATGC 

a score=5627
s danRer3.chr12 28678242 167 + 37038836 GATGAGAGCTGTAAAATGACAGATGCGAGCGTACAAATTCTGCCGGGCCAGTGATTCAGTGTGGGTTCGGGTCAAGCCGTGGTG--CGGTGGGCTA------------CCGCTGACCATCG-GTCAGTCCTCTAATACCATTAGCAACCCTTAGATGAACATTTTAAATTGGGCTTTTGTTC 
s mm7.chr19      5415276 174 - 61223509 GGTAAAAGGGATAAAATGACAGATGTGATGGTTAA---TCTACC----CAATGAATC-GCGGGGGTCTAGGTAAAGCCACCCTGGCCACTGAGCTAATCCTTCAACACCCACTGACCACCCCACCAGCCTTCTAATGCCATTATCAACCCTTAGATGAACATTCTAAATTAGAGTTTTGTTC 

a score=11578
s danRer3.chr12 28679270 198 + 37038836 CCCAGCACGATCACATCAGCACTGGTATCAAATTAACTCTCAGACTTTGAAACTTATTGATCTGCTATTAAGACACTGGTGAACTTGATGAAGTGAGTGCTGTAGGTGACGCGGTGGCTTCAAAGTCTCGCAGAAGCCACATAAAACAACCTGCTTTGATCAAAGCAAGAGTGCGAGCTTCAGAGG----AACCCCCGGTTC 
s mm7.chr19      5416556 196 - 61223509 CCCAGCACGACCGCATCAGCACTAGTATCAAATTAACTCTCCGACTTTGAAACTTATTGATCTGCTATTAAGACACCAGTGAACTTGATGAAATGAGTGCTGTAGGTGCAGTCATGACTTCAAAGTCTAGCA-CAGCCACATAAAGCAAGCGCCTTTGATCCTAAC-----TCCGATCTACTGAGGGTTTAAGGCCCAGTTC 

a score=11658
s danRer3.chr12 28680859 223 + 37038836 AAAAAAGAGCCCTGTGCCACAAGCATATATAAGAGAACTTTCACCAATTAGTGAGGAGAAACAGGAGAGGGAGCTGCCGCAGAGATGGTGCTCAAAGAGCCAGGCCTTGCGGCGAAGCTGTCATGTCGGCTGGATTGATCAACAGGCCTGCTATTTCTAATGGCATGTTGTCATGAAGCTGCAGCCATGGGGAGCCACCTGCCTCACTCCTTGTAGACAGCAA 
s mm7.chr19      5418119 217 - 61223509 AAAAGACTTTCCTCTGCCACTAGCACA-GTAAAAAAACTTTCACCAATTAGTGCAGGAAAAAAGGAGGGAAAGC-----CAGAGTGCTGGCTCAAAGAGCCAGGCCTCGCGGCAAACCTGTCATGTCGAGAGGATTGATCAACGGGACGGCAATTTCTAATGGCATGTTGTCATGAAAAGTCAGCCACAGGGAGCCACCTGCTTTGCTCCTCACAGTCAGCCA 

a score=24094
s danRer3.chr12 28681705 511 + 37038836 AAAAGTCAAATAAAAGTTACAGAACTTTCGAGTTCAAGGTAGCGCTAGCCATTTTGAGTGTATGTCACGTACAGGTAACCTTTTTATCGGGTCCGCCTCTGGTCTCATCAGTCGATGAAATTCTCTGCCCGCGGCGGTGGCTTAGCCAAGGGACACCAACCAATAGAAAAATATTTCATTGTGTTAGCATTTCAAATGCCGAGTGGAGCGCGGGGGGCGAGGAGGGCTGGGAGAAGCGCTAACCGATCATTGCCAGCGGAATTAATTGGCTATTCCGAGAATAATGTCCCTTACTGTGGGTCCTTGGAGGGCTGAACACTAGCAGAGTCTACGATTTTTTTTTTTTTTGTTCGGTGTCTTCAAAAAAGGACCGCTTGGGGGTACTGGCCGCATTAGGGTTTTAGCTCATTCCCCTAAAGGGCGGGAAAAAAATAATCAGAGCCAGTGAACCGAACTCGGCTAATCCGCACCCTAATTAAAAACACAGAACCCCATTACACCTAGCCATATT 
s mm7.chr19      5419434 471 - 61223509 AAAAGTCAAATAAAAGTTAAAGAACTTTTAAGTTCATGAAACCAAACCCCACTTGGCATGCAAATCACGTAC-TGTAACCTTTT-ATTGGCGGAGCCTCTGGTCTCATCAGTCGATGAAATTCTCAGCCCGCGGCAACAGCTTAGCCGAGGGACACAGACCAATGAGAAAATATT-CATTGTGTTAGCATTTCAAATG------------------GCGAGAAAGGA-GAAAGAAGCGCTAACTGATCACTGCCCGTGGAATTAATTGGATATTCCAAGAATAATGTCTCTCACTGAAGATCCTTAGAGG-CCGAGCGCTGGTCGAGACCACA-----------TTTTGTGCGGCGCCTTCAAAAAGAGACCGCTTGGGGGTACTGGACATATTAGGGTTTTAGCGCATTTCCCTGAAGGCCAG----AAGATAATCAGATGCACTGAACCAAACTCAACTAATCCAATCCATAATTATACGTACAG--CTCCAATAAACTTTGTCACTTT 

a score=27825
s danRer3.chr12 28682242 930 + 37038836 AACACTAAAACTGAAATTACAAGTACTTGCCGTGCACAGACGAAATTCCACTGATAAACAAAAAATGGTGGAAACGTGCACGCAAATGTTGCGAACAATGGATTTAATTCGGCTTGCGGCCAGCGTTCGATAAATGGCTAAAGATGGAGTGACCGTGGTGGTGCTTCAATCCTTTTATTCAAGGG--GATTTGAATTTAAGCTCTT-TTCCACATCGGCCAAGCATATGCGTTGACCCTAACTGATATCAGTG----CATCTCTAAGACATATCTTTATCTAACCTTTTTTAAAGCCCTATGCCTTTTCAAACTCAAAACAGCATTAAGAATAAGTATTGTCTGGAGTGGGAGGGTATCCCTGGGAGACGGTTGCTTCGAATTGTTGGGCCTGGTTCGAGGCTGGAGGATACACAGCTGCTTATGCACACCAGTCAGATGCTCTCTGAGA-----GCAGAGAGATAAACAGAACCAACCGCAAAAGAAGAAAACATCATGGAGAAAGAAT---------AGCCGTCCCGGATGTTCTATCTTTCCACACCGGGCTTTGGC--------GGGTGTCGATTTCACCCCATCCGAAGATGTATGGGCGAGGCAGCAA-GGCCCTATTATACGCTTTTCCTTTGCTCATTGTGAATTCCGTCAACGAAGTCAATCTTATTAACTTCCGCGCTGGTTCACACATGACATTTTCTTCAATTTTCTCGCCGACATCAAAAACATCAATTAGCAGCTCGAAAATAGGAAGGAGCGAATGACAGAGTACGATAACACAGACTTATTTGAAGCTAAGAGTAAATCTATTCTCCAGTTTCTGAATGTGTTCATTACA-----ATTTTCAAAGAAGACCTCCAAATAGCAAAG-AAATTAAATTTATCTTCCAGAAACGTCCAGATTTTTTTGTTGTAATCCTGTGTCTG-CTTTCCGTC-----GGGCAACACAAAAGCATAA 
s mm7.chr19      5419944 881 - 61223509 AATAATAAAATTAAAATCTTAAGGG-GCACCATGGCCAAAATGATCCCCTCTCCCCCCCAAGA----GCAGAGACATGTG-------GCTCAGAACCTTATTCTTTTTCTGCCTTCTGTT--GTGTTCAA---------------GGACTGATCTTACTGCCAACAGGGTCTCTTTATTCAGGGGAGGATTTTCGTTTGGGCTTTTCTTGCACATAACCCGAGCATCTACAATGACCCTGACCGATATTAGTATGTCCTTCCCTAAGACATATCTTAATCTAACCTTTCTAAGACTCCTTTGC--TTTCAAACTCAAAACAGCATAAAAAATAAGCATTGTTGGGGG-----------CACCAGGAGCCTGA-----CGAA-----GGGCCTAA--CGTGGTCGGCAGCAACA--------------------------GCCCCCTGGAAAAGCAGCTGCGAGAGAAACTAAAT-AACCATCGGAGACCAAAAGGTAAGGGGGGAAAAATGAGATTAGGAACTTTCCCAAATGTCCCATCTCTCC-TATCGACCACTGGCCTAGCGTGAGGTGTCAATTTTGAC---TCCAAAGA-GAGCACACGAATTCGCAGTGGTCCCATTATGCGGTCT--CTGCTCTCATTGTAAATTCTGTCAACGAAGTCAATCTTATTAACTTCCGCACTGGTTCACACATGACATTTTCTTCAATTTTCTTGCTGACATCAAAAACATCAATTAGCAGCCCGAAAATAGGAAGGAAGGAATGACGGCGCCTGATAACGTCGAC-TATTTGAAGCCAAGGGTAAATCTATTCTCCAG-TTCTGAATGCGTTCATTACAATTGCATTTTCAAAGAAGACCTCCAAATAGCAAAGAAAATTAAATTTATCATCTAGAAATGCCTAGAAATTGTTTTTTTAATCCTATGTCTATCTCTCCATCCCAGAGCGTAATAC-AAAGTATAA 

a score=7912
s danRer3.chr12 28684907 351 + 37038836 TGTTACATCTCCAAGGGGGTGAACACAAGCAACTTCAGCGGC---CCTGGAAAAACACTCTGCTGGAGTGCATGTGAGAGGAGAAGCGG--------------------GATCACATTCCTCCGGCCCATTGA-TTTCTGATCTTTTGACATTATTTAGCTGCTTCCTATTTTCTCGGCTGTCTGTTTTTTCCACGACGTGAAAGACAGCGATGTCCAAACAAGCGACGGTTGGGTTATCTACTATCTGTCAAAGGACTGGGCTCTTCCCGGCACTGCAACAGTGGAGAGCACTGACAC-------AGTACCGAGAATCGGCGGGATGAAA----ATATCACTCTT-----TATAATGGGGCCTAATCAGATTTCGGATGCCATTTGCCTT 
s mm7.chr19      5421683 378 - 61223509 TGTAGCATCTCCCAGGGAGGGAACTGCCTGGACTTAGGTGGCTGCCCCGGACGCCGCCTCAGACAGACT-CGTGGCAGAGGAGAAAGAGCAGCTACGCCCTGGTAAACAGATCGCATTCCTGCGGCCCATTGAGTTTTTGATCTTTTGACATTTTTTAGTTGTTTC-TATTCCCTTCCTTGTTT-CTCCTTCAGTGTCACAAAAGACAAAAATGTCTGAACAATCCAGGGCAGAGCTATCTATTAGCTGTCACAGCAACG---TTTTCCCGGCATTG-----ACTAAGCGCGTTTGTACCACAAAGAATGCCGAGCACTGGTAAGATGAAAAATTATATCATTTTTTTCCCTGAAATAGGG-ATAATCATATTTC-AATACCCTTGCCCTT 

a score=8410
s danRer3.chr12 28735514 268 + 37038836 GTTACTTACAACGATGTGTGCTGGAGAAGGTGACCTGGCATCTTTAAGTGCTTGTCTACTCTGAAGACTTCCTGCTTGAACATCTAGCAGGGGCCATTTCATCTGTAGATACTGGATGGCAGAAAGAAAAGAATGGAGAAAAACAAAAGAAAAACATGTTAATAATGCAGAAAACAAAGGGAAACACAACATAAGAGCTAAAATATCCCAAATAAAAAGTGACTGTG--------ACAT-GAAAAGAAAAAGTAAACAAAAATAAATTATGTCAAAA 
s mm7.chr19      5490659 237 - 61223509 GTTACTTACAACGATGTGTGCTGGCGACGGCGAACGAGCATCCTTGAGGGTTTGTCTGCTCTGGAGGCTTCCTGCTTGGACATCAAGCAGTGGCCATTTCATCTGAAGATACT--------------------------AAAAGAAAAGAAACA------ATTAATTCAGGGAAGGAGGAG------GGCCTACAAACTAACCCA-CCTAAGGAATAAGC-ATTATGCATTATTTACATCGGAAAGTAAAAGCAAACaaacaaaaacaaaaacaaaa 

a score=1141
s danRer3.chr12 28742532 245 + 37038836 CCTTGCTTGATGAGGCAGTAAAACAAACAAACCTTCTCTC--TAGAATACAGTTATTGGACAGAGCGACAGGTTCCTCTATAGATTCCATGATT----GCTGACACAGCATTTGGTGCTTGCACAACAGAGGAACACAGTGTATATCCATTCAAATTTCAATTAAGGAAAACCAAGTTTATGTGTGT-TTTGAACAACCTTTTGTTACACC---------CAAGGGACATAAAAATTATCTGAAAAATAGAAGACAAACTG 
s mm7.chr19      5498607 217 - 61223509 CCTCCCATGAAGAGCCAG-ACCAGACTCCAGTCTCCTCTAGGCAGAAAACATTTA-------------CAGTCTCTCCTTTAAAATCAACCAGTTGTAGCCACCACAATTTTTATTACTTATAAAAAAAGG------------------------------CCAAGAACAGTCAAGTTAATTGGAATGTCTGAGTTACCACCTGTGTCTCCACAACATGCCAAGGGAGACGCAGGCCATCTGCAGACCAGAAAACAAACCG 

a score=11541
s danRer3.chr12 28745623 264 + 37038836 AAAAAGCCCTCAGCCAAGCCATCAAGTTGAACATTGAACTTCACAGTAGTAGCTGCCTTTCTATGCCTCTCCTTTTGATGTTACCTCCAAAGCAAGGGATCAAAGGCTTGGAGTGTGGCGTGGGGAAGTCCCAGGCTCTTAGCCTGGCAGCCCGTGATATATGCAAAAGTCTATGCCAAAAagagagagagagagagagagagaga------gagagagggagGGTGGGAATGCAAGCTAGAGACAGCAGGCTTGTATGGAATGTGGCTA 
s mm7.chr19      5515699 267 - 61223509 ACACAACCTCCAGTCAAGCTATTAACTTGAACGTTGAACTTCACAGCC-TGGCTGTCTTCCTCAGCCT-TCCTTTTGATGTTACCTCCAAAGCAAAAGATCAAAGGCTTTGAGTGTGGTGAGGGGAAGTCCCAAGCTCTTAGCCTAGCAGCCTCTGATATATGTTAAAATCCTGGCC-AAAAGAGAGCAGGCAGGAGAGGGAACCAGCTCCTGAGAGGCCTGGGGTGGGCAGGCTGCTCACAGAATAAGGCCAGGGAAGGAATGAGGTCA 

a score=8493
s danRer3.chr12 28758787 268 + 37038836 GTTACTTACAACGATGTGTGCTGGAGATGGTGACCTGGCATCTTTAAGTGCTTGTCTACTCTGAAGACTTCCTGCTTGAACATCTAGCAGGGGCCATTTCATCTGTAGATACTGGATGGCAGAAAGAAAAGAATGGAGAAAAACAAAAGAAAAACATGTTAATAATGCAGAAAACAAAGGGAAACACAACATAAGAGCTAAAATATCCCAAATAAAAAGTGACTGTG--------ACAT-GAAAAGAAAAAGTAAACAAAAATAAATTATGTCAAAA 
s mm7.chr19      5490659 237 - 61223509 GTTACTTACAACGATGTGTGCTGGCGACGGCGAACGAGCATCCTTGAGGGTTTGTCTGCTCTGGAGGCTTCCTGCTTGGACATCAAGCAGTGGCCATTTCATCTGAAGATACT--------------------------AAAAGAAAAGAAACA------ATTAATTCAGGGAAGGAGGAG------GGCCTACAAACTAACCCA-CCTAAGGAATAAGC-ATTATGCATTATTTACATCGGAAAGTAAAAGCAAACaaacaaaaacaaaaacaaaa 

a score=1729
s danRer3.chr12 28762320 184 + 37038836 AATGAATGACTCAATTGTCTCTGATGAAGTGAAAGACAAGGGAGCCCTCTAAATCCTCCCAAAGGGATGAACTCTCCCTCTGTCCCTCTACTGCCTGGAGACTTCCgggagaaagagacagagtcagaaagacagagagagagaaaACACCAGAGACCTTTATTTAATCTGGTTTTCTGGCTAA 
s mm7.chr19      5513472 149 - 61223509 AAGGAAAAACTCAAGTGATTCTGATGTTCTGAAAATTGAGGGAACCCT---GATTCTAACTCATGGAAGG------------------------CCAGAGGTGTCCATAAGTTACAGCCACTGCCACAAAGAACTACAGAGA--------CAATGAGCTTTCTCACATCTGTTCTTACAGGTAA 

a score=1141
s danRer3.chr12 28765811 245 + 37038836 CCTTGCTTGATGAGGCAGTAAAACAAACAAACCTTCTCTC--TAGAATACAGTTATTGGACAGAGCGACAGGTTCCTCTATAGATTCCATGATT----GCTGACACAGCATTTGGTGCTTGCACAACAGAGGAACACAGTGTATATCCATTCAAATTTCAATTAAGGAAAACCAAGTTTATGTGTGT-TTTGAACAACCTTTTGTTACACC---------CAAGGGACATAAAAATTATCTGAAAAATAGAAGACAAACTG 
s mm7.chr19      5498607 217 - 61223509 CCTCCCATGAAGAGCCAG-ACCAGACTCCAGTCTCCTCTAGGCAGAAAACATTTA-------------CAGTCTCTCCTTTAAAATCAACCAGTTGTAGCCACCACAATTTTTATTACTTATAAAAAAAGG------------------------------CCAAGAACAGTCAAGTTAATTGGAATGTCTGAGTTACCACCTGTGTCTCCACAACATGCCAAGGGAGACGCAGGCCATCTGCAGACCAGAAAACAAACCG 

a score=11421
s danRer3.chr12 28769947 256 + 37038836 AAAAAGCCCTCAGCCAAGCCATCAAGTTGAACATTGAACTTCACAGTAGTAGCTGCCTTTCTATGCCTCTCCTTTTGATGTTACCTCCAAAGCAAGGGATCAAAGGCTTGGAGTGTGGCGTGGGGAAGTCCCAGGCTCTTAGCCTGGCAGCCCGTGATATATGCAAAAGTCTATGCCAAAA-agagagagagagagagaga----------gagagg--gagGGTGGGAATGCAAGCTAGAGACAGCAGGCTTGTATGGAATGTGGCTA 
s mm7.chr19      5515699 267 - 61223509 ACACAACCTCCAGTCAAGCTATTAACTTGAACGTTGAACTTCACAGCC-TGGCTGTCTTCCTCAGCCT-TCCTTTTGATGTTACCTCCAAAGCAAAAGATCAAAGGCTTTGAGTGTGGTGAGGGGAAGTCCCAAGCTCTTAGCCTAGCAGCCTCTGATATATGTTAAAATCCTGGCCAAAAGAGAGCAGGCAGGAGAGGGAACCAGCTCCTGAGAGGCCTGGGGTGGGCAGGCTGCTCACAGAATAAGGCCAGGGAAGGAATGAGGTCA 

a score=1831
s danRer3.chr12 28770766 41 + 37038836 CTCAGCACCACACACATGCAGAATCAAACACCACAATACAA 
s mm7.chr19      5518934 41 - 61223509 CGCAGCCACACATGCATGCAGGAACACACACAAGAAGACAA 

a score=15989
s danRer3.chr12 28774311 464 + 37038836 GCCAGGTTCCCAAGATGAGAC-----------------GAGGAGAATAGAGGGCTGGTGGAAGACAGGCAAGGAATGAGAACGCGGgagagagcgagagagagagagggggagagaAAACTC--ACAATGATGACACGTAAGTGCAAAGAGCGATTAAGGATTTACTTTCAAAAGGGCCTCCATTGATCTTTTTTGATAGACCTGCAATAAATCAAACCAGATTGACTCACATGAGAACGAAGCCTAATCCTTTAGTCAGATCCAGAAGAACTCAAACCAAACCAGCTGTTAATTTAGGCTTTACAAGATAAAGCAGGCGAAAGCCAACCTGATGTACCCTAGGGCAGGGGCTTACATCATCTCTGTAAAGCAATCAACTTATTGCCAGTTTGGAGAGGTAATCA----------GAGT-------------GCACACTTGGAGGAGAGAG----AAAGACACAATGGCAGAGAAGGAGAAAGTAAGGAAAGGTCCA-----------AATTGCAGAAATG 
s mm7.chr19      5533527 515 - 61223509 GCAAAGTTCTCAAAATGACACTTCCTCAAAACCTTCCAGGGGAGTATAGAGGCCAGAAGGAAGGGGGGGGGGGTACATCATCTTAAGACACAGCCTGAGCAGTTTTTTTCAACCGAGTGCTACAACAGCAGTGACTTATAAGTGTGCAGGCCGATTATAGCTTTACTTTCAAAAGAGCTTTGATTGATCTTTTTTGATAGACCTGAAATAAATTAAACTAGATTGACTCACTTGAGAATGGACTCTAATCCCTTAGTCAGATCCCGGAGAACTCAAACCAAACCAGCTGTTAATTTAGGCTTTATAAGATAAAGCATGAGAAATCCAAGTTGATGTACCCCAGAGCA-AAGCTGACATCATTTCTGT-GAGCGATTGGTCCTCTGC---TTTCAGGAACTAATCAGTTCTTGGGTGAGTGGGTGCCAAGCCAGCGCTCTCAAATGAAAGCAGCTCAGAGAAAGAAGGG-AGGAAAGGAGAGAGGAAGGCAGAGCCTACTCCCAGGAGCAATTGCAGATCTG 

a score=2599
s danRer3.chr12 28776389 283 + 37038836 AATGTTCTGTTTACTACACACAACAAGATCAA-ATCTGAAATCCAATTCCAGGCCTGACCAGGGCCTTTCACTTTAGTTCTGAGGGTGCCTTGAAAAAAGCCAGGCTTGTAGTCTCTGGAAAGTGTCCAAGGGAAACTGAGGCTCAAGAGTCCAAACAAAACCCCAGGTGAAATCAGAGTAA-AAGCAGGAGCCCGCTTCCCCACCTCCCTTTGACACACTGCCTGCACACAGGGATCAC-----TAAGACTTTGGGTGTCTGCTCTACCCAACTAAAT-----TGAAGTTAAAT 
s mm7.chr19      5534692 272 - 61223509 AACACTCTGTTTACTGACTATAAGGGGATCAAGAATTGAAATCCAATTTAAGGAATTATGGTGCCTTCAGACT---GTTTTCCCTCAACGATGAAACAAGACAGGCATGTTGTTCCTGGAATTTAGCCAGAAGAAACTGATCCTCG-------------------TAGTAATACAAGAGAAAGAAGAAAGAGATCGATGTATGTGTTTACACATACATACTGGCTCCA-ACGGGAGTTAAATTCGTAGTAATAAGTGAATTTGCTTCATTCAATAGAATGAGTCTGAAGTTTAAT 

a score=1987
s danRer3.chr12 28779708 124 + 37038836 TGACAGGAGGAGGAAGAGGAGGGGGTTGATGGGAAAAGGGAGGGGCTTGGGGGGGGAGTCAGTCACAAGGAGACAGCACCCACAATCCCCCTGGTTGAGAGAAACACACATACACAAATCCACA 
s mm7.chr19      5539898 100 - 61223509 tGAGACGGGGGGGGGGAGGAGGGGTT-----------GGGGGGAGTCCAGGGTGGGAGT-------AGGGAGGCAGTTC-----ATCCCCCAAGGAAGGAGACCACCTCAT-CACAGAGCCTCA 

a score=18101
s danRer3.chr12 28779842 305 + 37038836 CTCCTTGACTAATGTGCCACGACACTCGTACATCACCCGCAAATTGG-CCAAATGAATTAACCACGGCCCCTGGTTAGCATTTCAGGCTTTAAATGGATTTTCCCTCTCCTGGCCTAGCCAATAATTGCATTTATCCATCTTGTTGAAGCACGGTTTACACACTTGCTAACATCATGCCAATCCAGCCTACATTTTCTGCTCCAATGGCAGGAGAGGAGGAGATTTGTCATAGGATCATAACAGGTAATTCAAACAACAATTAGTTCAATGACTCCCCCGTATGTCAATGTCTGGCTTCCCCGCAG 
s mm7.chr19      5542528 300 - 61223509 CCCTTTGACGAATGTTCACCAACACTCATACATCATTCCCAAATTGGTCCAAATGAATTAAACACAGCTC-TGCTTAACATTACGAGATTTAAATGGATTTTCTCTCTACAGGTCTGCCCCATAATTGGGTTTATCCATCTTGTTGAAGTCCAGTTTACAC--TTGCTAACATCACGCCAATTCAAGCTACATTTTCTGCTCCAGTGACAGGAGCAAGGCAGATTTGTCATCGGATCATAACAGGTAATTCAAACAACAATTAGTTTGATGACG-GCCCGTATGTCAATGTCTG--CTCCCCGCAG 

a score=16914
s danRer3.chr12 28787366 467 + 37038836 TGCCAAAATCATCAACGTAAGACAATTGAGCACAGCAAGTCAAGAAAAAAAAACACATCTCAGTAAATATTTACAGCACAAATCTTTTCCATTCATTTACCAAGCACTAACAAAACCGTACTGTACTCTTTCACGGCCCACCCCCTCCGATCTCCCCCCCACCCACATCTGCGATTCATTGACTTTACAATTTACCACATGTCGAGATGGGAGAGGTCGGGACTCTATCTGAATCACGACACAAATATGCGAGTGATTTATTGTTTTAAAAACCATGGGCCGATTTAGCGCAACTCCACTCTTCCTGAGCATTACTCCTATTGGCAGACCATGAACAATTACAGTTTGGACTAATTAAGCCCTGAGAATGTGCTGTGCGCCGCTAATGTCTCACAGGCCCCGCTTTCAGTTTAATGGTGCCAAACTTTGCTCCCCAAC--TTAACTTGCACAAATCCAAAACAGATTGC 
s mm7.chr19      5558483 430 - 61223509 TACTAATATATTTAGTGCATCATAATTG-GCCCAGCACGG-GGGAACCTAGTTATCTTCTCAGTAAATATTTATAGCATCACTCTTTCCCATTCATTG-----------------------TGCATTTTCTTAGAG------------GATCTCACTGTAGCCTACATCTGCAATTCATTGACTTTACAATTTACCACATGTTGGGATGGGAGAGGTCTGAGCTCCATTTGAATCACTACACAAATATGCAAGTGATTTATCGGTTT-TAAACTGGAGACTGCAAGAGAGGGACTCCGCT-TTCCTGACTATTACTTCTTCTGGCAGACCATGAACAATTACAGTTCGTACTAATTAAGCTCTGTAAATGTGCCGGGCCCTGCTAATGCCTAGCAGGCTTCACATTTATTTTCATGATGCCAAACTTTGGCAGGCCACTGTTAACTCCTTCAGAGCTGATATTTATTAC 

a score=4582
s danRer3.chr12 28788442 288 + 37038836 ttatatttGTTCCTTTTTTAAACTACGCATAATTATACGTTGAAACCTGAAACCTCTGCCAAAAGTCTGCAGGCCTAAGGAATTATGGGGCCAGGGGTGGCGTCAAATATCTTAACATTCATAAGTCAGGGAGGCAGTAAATAAACCCAGTGGATTTACGGGCATAAAGCCCCCTGCCAGAACTCAGCCGGCCAGACCTCTGCTCTACCTCGCTTTCCCCTCCACACAGACCTGTTGAGGTGTGATTTTAGCCTACAGCCACCCAGTTAACCCAGCACCTTTCCAACC 
s mm7.chr19      5560333 262 - 61223509 TCACACCTCCCCCCCCATCTCATTGCTTATAATTAGTGAGAGAAATCTGAG-CCACTGCCAAT-GTCTGTGGACCTTGAATATCATAAGGGTAACG-TGGCGTCAAATATCTTAACATTCATAAGTGTTTTGGGCTGCAAATAAAGCCCGTGGATTTA------------TTACTCCGGGAGCTTGCCAG--CAAAAGACTGGGGCACATTTCTTTC-------AGCAGGCCTGTTGAGGTGTAAGTTT-GTCTTTGGTTGTAAAATTAA-CCATTTCCTTCACAAAC 

a score=1718
s danRer3.chr12 28790048 67 + 37038836 ACAGCAGGATATTTCAACTCACTTCAGGTTGCACATCACGTCACTGTCATAAAGCGCATCTTTACGT 
s mm7.chr19      5560923 67 - 61223509 ACAGGAGAAAGCATCTGCTCAATTCAGGTTGTCCCATACTTAACTGCCAATAAACCAACTTCCACAT 

a score=9441
s danRer3.chr12 28791508 166 + 37038836 CACTTACTGTGCGCGCGGTCGGAGAAAGCGATCCGTTCGGGAGGTACGGGCTCGTGAGGTCGGGAATCATTATAAATGGATAGCCCGGGTACGGTGGGCTCTTGAACAGCCCTCCATCTTGCCTTTTTGCAGCTAACATGGCGGGGGGGAAAAGAGGA-----------------------------------AAACTTTT 
s mm7.chr19      5565329 201 - 61223509 CACTTACGGTTCGGGCGGTGGGCGAGAGCGATCCGTTGGGGAGGTAGGGGCTCGTCAGGTCGGGGATCATGATGAAGGGGTAGCCGGGATACGGTGGCCCCTTAAAGAGCCCTCCATCTTGCCTCTTGGCCGCTAACATggcggggcggcggaggggacggcggcggccgcgcggcgcgggAGAGAGCGGGAGAAACTTTT 

a score=4610
s danRer3.chr12 28791787 200 + 37038836 AAAAGAAGCACTCACCCTCCTCTAAACTTTCTCTTGTTTTGTCTCTGAAACTTTCAGATCTAGGCGGAGGCCGTCTTTCCGCCTT----GAAATGCAACGAAACACAGGGAATGCATTGAATAATCACAGCGAGGAGATCGTTACGTTAGCTAGTTAGCAGCGTGTTTAAGCAGGAAAAAGTGCATGTAAACTTGTGGACAAGT 
s mm7.chr19      5565676 190 - 61223509 GCGGGGCGCACTCACCTTCTTCCAAACTTTCCCGGGATTTATCTCGGAAACTTTCGGAGCGAGGCGGAGGCCGTCTTTCCGCCTTCCCGGAGGGGCGAGG-----TGGGGAGGGCGAGGGGCGATAGCCGCGCCGAGGGGGTGCGGGAAG---------GGAGGGTCGGCGGAGAAAGGGGTGCAGAAAAACACGGTTACAAGT 

a score=14860
s danRer3.chr12 28792010 241 + 37038836 CTTACCTCGGAATCCGAAGAGCTGTTTTGATTCGTTTCCGACTCGTTTACGAGAGAAGACTTGACATCTGCTAAATCCCTTTCTGCTGAGGAGTTCTCCGAAATCTTTTCCTCCTGCTCGCCTTCGTCTTTGAAGGAAATCATTTCATCGTTCGCACCCAGATCGTCCCCTCCACCGCCGTTCAGCTGCGGCATTTTT----CCCGAGGAGCGCTAATTTTG---------CGGGGGGCCAAAAACACCCAAAA 
s mm7.chr19      5565998 254 - 61223509 CCTACCTCGGAATCGGAGGAGCTGTTTTGATTCGTCTCTGATTCATTGACCAGCGAGGACTTGACATCGGCTAAATCCCTTTCCGCCGAGGAGTTTTCCGAGTTCTTCTCCTCCTGCTCGCCTTCGTCTTTGAAGGAGATCAGCTCGTCGTTAGCGCCTAGGTCATCTCCTCCACCGCCGTTCAGCTGCGGCATTTTTCACCCACCAGCAGCAGCAATTTTGGAAGAAAAATGAAGGAGGaaaaaaagcaaaaa 

a score=7640
s danRer3.chr12 28792345 303 + 37038836 CAAAAAGAAG---------AGGGCAATCTTGGCAGAAACAGAAGCCGGAGACGGAGCT-GAGGCGCTCGGATT-GAGGGAGTTGAAGTTGGTCGGAGTGGTTTTCAGTTCAAAGGCGGCGCTGATTGACAGATAG----AGAGGGATGGAAATAGAGAG---------AGTCTGGATTCGG-GATTATTGACAGG----GAGAAACACACAAGAAAAAAAATCTAATGAGATTCAAACAGGGAGGGACT-TGAAGTGACGTTTTCATAAATAGAGAG--GGGCAGGAAAAAGTACTGGAGGGGGAAAAGGG---CTTGAACg-agagagagagagtgag 
s mm7.chr19      5566526 330 - 61223509 caagaagaaGTCAGATATAAGAGCAAAGGGGGGGGAAGCCGAAGACACCGAAGGATCTCGTGCCGCTCGGATTTGAGTGAGTTGAAGTTAGACTGAGC--TTTTCAGTTCAAAGGCGGCGCTGATTGACAGATAGAAAAAGGGGGATCGAAATCCGGAGGAACGGAGTAGTCTGGGAGCGGAGATTATTGACAGGGCGAGAGGAACACACTCG-------CCTTAATGAGATGCCAGGGGGCGGGGCCTCCCCGGTGACGTGTGCATAAATAAACAGCCGGGGTGGGCGGGGCGGGGGCGGCCAACAATGATCCTTTGGGCGCCGGGAGAGGGAgcggg 

a score=1321
s danRer3.chr12 28793082 575 + 37038836 AACTGATATTGGCCAGAAATGTATTTTATCACTGACTTTTATTTTACACAATAAAAATTTGTGTATGTACAAAAA-----------------TACA---ATTACATATTTATAATTATTGAAATTATAACTCAAAAATACGATTACACATAAAAACAA-AAGATTGT------------ATATGCATtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgcacatacatacatacatacatTATAAAAGGGTTGGTTTCGAGACAGACGGAGGAGGAGTGCGACTGGCTAATTGAGGCCACATAA--------CCTGTATTCATTATGAATAAAGACAGTGG--GGTTTGGGGTTGAAT---------------ATCCATTTTCTCATGTTTCTTTTC------TCAAAAGTATTTG-------------------------------TATTTCTTTACACTTCTATTGTGTTGCTTTTGGTTTTCAACAAAAATGCAGTACAAAAATGGTATCCAGCTCCCCACAATTGAATATATTTCAAAGGCATCCCTGCGTGTTTGTCATTACTTCCTATATCAGCCTGCTGTCTCACA------GCATTCCCTCATTCTACATATTTGGTTACAAAA 
s mm7.chr16     18543149 642 - 98481019 aactgctattGAATGAGTA---ATTTTATTTC--ATTTTTATTTCAACTTCTAAAGATTAGAGTCCATGAAAAATGGACTTTCTGGATTTGTTACATTTATTACATAAGTGTAAT-AGTGTCATCTTTACTAGATCATCATTTTACCTTGAACAACAATAAGAGAATCAGGTGTTGACAATAAGCAAGACATTTAAGATTTTGTATTTACa---acatgtttatgtatgcacatgtgtgtatacatgcatgtatgtgtctatgatcatgtatgcatat-----ttatgtAAGGGTAAGTCTAAATGTATGTGTTTAATGGGAATAA--AGTTAAATCAGAC-ACATATTTCTCTTTCTAATATTCTTATTTAATGTAGATCTTGGAGGGTTCATAGACATATCAGACTACATAATTGATTAATTCTCTCATATACTATGTCACTAGTGCTAAAATATTTTAACATGCACAGAACTACATGCATCATGCATTCATTTTTTTTTACTGTCGGTATGTTGCATTTATTTTTAAACAAAAATGTAATTCAAAACAAGT---------TGCATTGTTAGTGGACTTTCATAAAGGTGACtatttttttttaatt-----ttatttaaCCTTAtttttttacactccagattttaccccatcct---tatctaccctctgat 

a score=1212
s danRer3.chr12 28793657 175 + 37038836 TTTTATTTAAATAAAGCATTTCCTTACATTTTTTTAAACATAATGACAAAGTGAATACAAAGCTTTGTTTAATTTTTTCCTAACTGAATTACATTGGTGGAATTATAAAGAAACATCATTTCAAGGAAGATTTCA-ATAAAGTATGTATAATTCAATCCACCGAAGAAAAAAATAA 
s mm7.chr19      5567368 166 - 61223509 TTTTATCCAAGAAAACAAATTGTCTGGGGTATTAAAAATATCCT--TAAGGAAAATGTAAAGGTTTTTTTTTTATTTTTTTAACTGA-------CGTTGGAAGTAGGAAGTGATGTAGGATCCAAGTCCTTTGGAGGTGAAATGTTTGGGCGTTAA-CAGCTGCAGGGAAAAATAA 

a score=8506
s danRer3.chr12 28805075 412 + 37038836 TCATTAACCATCTCCAAAATGCATCATAAGCACAGAGATCACATCACAGTA-ATTTTTTATCAATATTAATAAGGATAGGAAAACTCTACTGGTTATTAAGAG------ACTCCCCAGGCTTTGATTTAGACCATTACTAACGCCTCTGC-ATCTTTAGATTAAAAAACCGACCTCTTTTATTTAATAACATTAAATCCTGGCATGTATCTTCTAAAA-GCTTTAATAAGACAAAGATAAGATTTGCATCCCCATACAAGTGTCT-TTTTCAATTGATTATGAAGCCGCCATTGATGTGTGAGAAATTGATGTTTTCCTCTGTTCTTAAGGGGCTCTAATAGAAAGGGCGGGATTTGAGGAGGAGACTTTGCCACTTTGATCTTCAATCAGTAAAAATTCCCACTTCTTCTTTGT-CAGACTA 
s mm7.chr19      5613321 402 - 61223509 TTGTTAATTATCTTCCACATACATTCCTCCTTAACAGATCTT----CAGTATACTGTGTATCAATATTAATAAGATTAT-AAAACACTATTGATAATTAGGAACAGAAAGAGCCCCAGCCTTTGATTCTGGCTGTTACAAATGCCCCCGCTCTCCCCAGATTAGAAAGC-GGCCACTTTCATTTAATAATATCAGATCAGAACGTCTGTGTCCTAAAGTGGGTTATTAGGAGACAGCTAAGACT--CATCCGTGTGCAAGAGGCTGCTTGAAAATGAACGTGGCGGCCTCCCTGATGGGGGAAAACTCTGCCTTT---CCTGTCCACAGGAGGC-CTAATGGGGTGGGTGAGGCTTAAGGGGGAGCCGAGCTCACTTTG-------ATCAGCCAAATTCTTCA--TTTTCTTTGTCCAGACTA 

a score=3764
s danRer3.chr12 28819131 608 +  37038836 ACTTTGTCATTGGAACACAATAGTTTAGAACTAGAATTCCAACATTGTCAATAAAACACAATAGTTTAGCACAAAAACACCAAATTTGTCATCGGAACGCAATAGTTCAACTGAGA-ACTCTGACTTTCTCATTGGAATGCAATAGCTTAGAACAAGAACTCCACCTTTGTCATTGAAGCACAATAGTATAGCACAAGAACACCAACTTTCTCATTGAAAAGCAATAGTTTAGCACAAGAACACCAACTTTCTCATTGGAACACAATAGTTTAGCACAAGAACACCAACTTTCTCATTGAAAAGCAATAATTTAGAATGAGAACAGCAACTTTCTCATTGGAACACAATAGTTTAGCACAAGAACACCAACTTTCTCATTGAAAAGCAATAATTTAGAATGAGAACAGCAACTTTCTCATTGGAACACAATAGTTTAGCACAAGAACACCAACTTTCTCATTGGAACGCAATAGTTTAGCATAAGAACACCAAATTTGTGATTGGAACACAATAATTAAGAATGAGAACACCGACTTTCTCATTGGAATGCAATAGTTtagcacagtggtcaccaaacttgttcctggagggccggtgtacagcagatt 
s mm7.chr4      97430325 608 + 155175443 ACCCTGTCATAGGAGTGCGGGGACTAAGCATACATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCGGGGACTAAGCATACATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCGGGGACTAAGCATACATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCAGGGACTAAGCATGCATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCAGGGACTAAGCATGCATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCAGGGACTAAGCATACATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCAGGGACTAAGCATACATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCGGGGACTAAGCATGCATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGTGGGGACTAAGCATACATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCAGGGACTAAGCATGCATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGTGGGGACTAAGCATACATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCAGGGACTAAGCATGCTTAGCTCCACCCTGTCATAGGAGTGCAGGGACTAAGCATACATGCCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCGGGGACTAAGCATGCTTGGC-TTTACCCTGTCATAGGAGTGCAGGGACTAAGCATGCT 

a score=-431
s danRer3.chr12 28819739 196 +  37038836 ttagctccaaccctattcaaacacacctgaacaagctaatcaagtacttgc-------taggaatacttgaaacatccaggcaggtgtg--ttgaggcaagtt---ggagctaaaccctgcagggacactggccctccaggacaaggattggtgaaccctggtttagcacaagaacaccaaattTGTCATTGGAACACAATCATTTAG 
s mm7.chr4      97431178 201 + 155175443 TTGGCTTTACCCTGTCACAGGAGTGCAGGGACTAAGCATGCTTGGCTTTACCCTGTCATAGGAGTGCGGGGA----CTAAGCATGTTTGGCTTTATGTAGGTTTGGGGGGGTTTTGGATGCAGAACCTCATG-CTTCTTTGGCAGTACTT--TGACCACTGGCCTTTCCCAAAAGCTCATATTTTGCTGTTTTTAAAAAATCACTTAG 

a score=4543
s danRer3.chr12 28821640 1246 +  37038836 TGAGTTGGCTTGTATGATCTAGTTTGCATGATTTTGTTAGTGTGATCTCATTTGTAGGAGTT------TGTTTGTACAATCTAATCATGCATGATT-------TTATTTGTATAATCTAGTTTGCAtgattttgtttatgcaatctaatttgcatgattttatttgtgtgatctaatttgtatga-----attttttgtataatctaatttgcatgactttgtttgtataatgtaatttg--catgact--ttgtgcgatctaatttgcatgattttatttgtgcgatttaatttATATGAGTTTGTACAATCTA---AATTTGCTTCCATTTGTTTGTGCAATCTAATTCACATGACTTTGTACGATCTAAAATTGTATGAGT----TTGTTTGTTTCATCTAATTTGCAAGAATTTGTTTGTACAATTTTATTTGCATGACTTTGTTTTGTATGATTAAATTTGAATGGGTTAGGTTATG--ATCTAATTTACATAATTTTGTTTGTACAATCTAATTTGCATGATTTTGTTTGTGTGATTTAACTTGTATGACTTTGTTTGTACGATATAAATTTGTATGAGT----TTGTTTGTACAATCTAATTTGCATGATTTTGTTTGTGCAATCTAG---GAGT----TTGTTTGTATGATCTAATGTGCATGAGATTGTTTGTTCGATCTAATTTGCATGAATTTGTTTGTACAATCTAATTTGCATGATTTTGTTTGTAAAATCTAATTTGTATGA----GTTTGTACGATCAAAATTTGCTTCCATTTGTTTGTACAATCTAATTTGCATGACTTTGTTTGTACGGTCAAAATTTGAATGAGTTAGGTTGTAAGATCTAATTTACATAAGTTGTTTTGTACAATCTAGTTTGCATGATTTTGTTTGTGCAATCGAAGTTGTATGAGTTTGTTTGTATGATCTAATTTGCATAAGTGTGTCCGTACGATCTA---AATTTACATAAATTGGATTAAG--ATCTAATTTACATAAGTTTGTTTGTACAATCTAATTTGCATGATTTTGTTTGTGTAACTTAATTTGTACGACTTTGTTTGTAAAATCTTAATTTGTATGAGTTTGTTTGTATGATCTAATATG--------TCATCTAATTGTATTAGTTTGTTTGTATAATATAAATTTGT-GTAAGTTTGTTTTTACAATGTTATTTGCAAGATT-----TTGTTTGTGCGATctaatttgtataaggttgtacgatctaaatttgtatgagttagtacgactAAATTTGCTTGAGGTTGTGAGATCTAAATTTGTACAA 
s mm7.chr3      32067001 1285 + 159849039 TGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTCTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTCTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTCTCCA----GTGTGAGCACCACTGTTTGATCTATCCAGTGTGAGCGCCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGTGCCACTGTTTGAACTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTCTCCAGTGTGAGTGCCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGTGCCACTGTTTGAGCTATC-CAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGTGCCACTGTTT-GAACTATCCAGTGTGAGTACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCA-----GTGTGAGTGCCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCGCCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGTGCCACTGTTTGAACTATCCAGTGTGAGTGCCACTGTTTGAACTATCCAGTGTGAGTACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCA-CTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGTGCCACTGTTTGAGCTATC-CAGTGTGAGCGCCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCGCCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCA----GTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGTGCCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATCCAGTTTGAGTGCCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGCACCACTGTTTGAGCTATC-CAGTGTGAGTGCCACTGTTTGAGCTATCCAGTGTGAGTGCCACTCTTTGAGCTAT-CCAGAGTGAGTGTTTGctaatcacatgtagctactgagatcttgaaatgtaagtggccaaactgagaattgagtgtgaaatgttatttaattttgtgttttaaattaaaatatctatgttgtagttagtc----tttgct--actttgtgggttc-aactttatccca 

a score=11652
s danRer3.chr12 28840255 359 + 37038836 CCTGCCCCCTTCACTCATTTAAATTTC-TACCCCGGCCTTTGGGGATCCAGCCATTTGACCATATTTTATTTATCCATTTTTGTAAAAGCTAATATTCAGCAGCTGTGATCTATAGCTGAATTACAATTTTCAGGGTCAAGAAGGGATCCTGAAACAGGGGGGAATGAGTGCAATTGCTGTTAGGAAAAGAAAAAAAATTGCAGAAAGGAAAAAAAGAAAATAGTAAAGGTAGCACACGAGTCGTCTTTAAAAATAAATGAGAAAATCGGTAATCCCAGAGTCACTGCATGGAAAAAAGAAAATCAATA-CTTCTCTCAATTCACCTGGGCCATCCAGAATCCTTGAAA--CGAACAAAAGTT 
s mm7.chr19      5669299 306 - 61223509 CCTTAGCCCCTGGATCGTTAGGATTGCAGACCACGGCTGT--GGGATCTAGTGAGTTGGACATATTTTATTTAACCAGCTTAGTAAAAGGTAATATTCAGCAGCTGTGATCTATAGCAGAATTACAATTTTCA-GGTCAAGGAGGGATTTTGATATTAGGAGG-TTGGGCAGAATCGCTATGAA-----------------------------------------------ATCTCATGAGCTGTCTTTAAAAATAAATGAGAAAATAGGTTATCCAAGAGTCATTGTAAGG-----GGAAAATCAATAGGCGGTGTCTATTCACTTGGGCTAT-CAAAATCCTTGAAATTTGAACAAAAGTT 

a score=12950
s danRer3.chr12 28847773 259 + 37038836 TCTCTTTCTCACTAAAG----GCCTAGTAGGCAAAGTCACTTAGCAGGGTTAACGTCAGGCATAATGAAATATTAAAGTCTGTCTGTAACTGCCACTATTGTTGCCCCTCGGAATAAGATATAACCCGTTTTTGACAAGTTTTCATCCTCCTCAGATAGAAGACACTACACGCAAACCAAATCAGCTACAGAGAAGAGGGTAATGAATAATCTATTTCATATTCCAAAGGCACCCGCTGCTTagagagaaagagatggagaga 
s mm7.chr19      5680878 260 - 61223509 TCTCTTCCGCATTTGAATGTAACTTAG-AGCTGAAGTCATTGAAGGGGGTTAACATCAACCTTAATTAAATATTAAAGTGTGCCTGTACCTGCTGGTATTGTTGCCCCTTCGAATAAGATATAACCTATTTTTGACAAGTTTTCATCTTTCTCTG-TGGAAGACACTACATG-AAACCAAATCAGTGGCAAAGAGGAGAGTAATGAATAATCTATTTCATATTCCAACAGTACCCAGGGCTCGGAGTGGAAAAAATATTCAGT 

a score=18989
s danRer3.chr12 28848155 383 + 37038836 CAGATGATACTGCCAGCTTGC--AGTTGTCACGTGACCCACCTAATGTTTAAATAATAA-----AAAAGCGGATATAAACAAATCATTAGCCCCCCCATTGGTTGTTTAATGCAATTTCTTAATGAACATAATAGCCACAACTAATAATGAAAGAAAATAAAAACATCTAAATGGGCCCCAACTTATCGTCAGCGCTCAATTATTTCCTTGTCAAGTTGTTATGATTTAATGAGCCCCAGTGGGACTGACGGCTGTCAGTCAGCTCTGACTTTTTGACACCATTACAACTTCAAATAGAGCCGCAGCCACGCTGCTTTTCCACCAGCCACACACTGCTGAGAGGATCTGACAGGCCCGAGTAGA--------GAAAGAGAGAGAGCGAGAGACAGATA 
s mm7.chr19      5681138 394 - 61223509 CAGATGATGGCAAGAGGCTGCTGGGGTACCACATGACACAGCTAATGtttaaataataataataaaaaaaaGCGATAAACAAATCATTAGCCCTT--AACAGTTGTTTAATGCAATTTGTTAATGAACGTAATGGCGGGGACTGATAATGAAAGACAATAAAACCGTCTAAACAGGCGCCAAGTCGCTGGCCGTGCGCAATTATTTCCTTGTCAAGTTTTTATGATTTAATGAGCCCCTCTGGGACTGACGGCTGTCAGTCAGTCGTGACTTTTTGACACCATTACAACTTCAAATACAGCAGCAGGCAGGCTGTTTTCC--TCGGATTTGAAATACTGAAATGATCTGACAGTTTTAAAGAAAAGATGTGCAAAagagagagagacagagagagaga 

a score=14085
s danRer3.chr12 28848725 303 + 37038836 CTTAAACGCATTCGCTCTTTCTCTTCGCCGTTTGATGC--GAAACCCAATCACAGAGGTCATTATCTGATGAGGTTTGTTAAACTGGCGGGATCCAGCTCCCCCCCGCTCTTTCTCTTCCTTCCTCAACTTAATGATAACTCTCAATAGGTTGGCCCCACATGGGACATGCGGAGACGCACTATTTTGTTGGCCATTAATTTGGTGCTTTGAAGCTGT-AGCTGTGAAGCAGAGGCTGAGAAAACCCCCCACCAGGCTGCTTCCAAAATAAGACAATCCACCCGGCCTGAAACAGAATATCAAATG 
s mm7.chr19      5681593 293 - 61223509 CTTCCACGAGTTGGTAATCTCTGGATGCTGTTTGGTAATGAAAACCCAATCACGGAGGTCATTATCTGATGAGGTTTTTGGAGCAGGCAGG------CTTTTCCCC-------CTCTTTATTTCTTTACTTAATGATAACCCTCAATGGGCTCGCCCCGCATGGGACGGCCAGAGCCGCACAATTTTGTTCGCCATTAATTTCAGCCTTTGAAGCTCCGGGCTCAGAAGCAGTAGCAAAGCAAACCCCCCACCAAGCTGGTTCCAAAATAAGACAATCCAGCCAGCCTGAAAGAGAATCGCAAATG 

a score=5701
s danRer3.chr12 28854777 351 + 37038836 AGTAATGGAGGCAGCATAAATGTAAGGGGAGAGAGGGAAGGTGCGGTCCCCGTCCCGCTCTGCTCCGCTCGACAGCAGCAA-------ACAGAGGCCCCCTGTCACTGCCCACCAG-------GAATGATTCATGTGAACAATTTGTCCTAATTACTC----CAGCCCAACACTTTTGTCACTATTAATCTTacacacacacgctcatacacactcacacatgcacgcacaGGGCCAGTCAGTGGAGATCAGTGCCCTCGCAAATTAAAATAGATGGCCAAGACGATGGTGAGGAGGATGATGGCGCCCAGGATGAAGACCAGGATGCGGTTCTGAATGATCCTGTAAGTGAGGAGACAGAAAGAGAGG 
s mm7.chr19      5684427 312 - 61223509 AGAAAGGAAACCAACCCACATGCAGACAGGAATAGA-AAGATGCTTTTACA--CTCTCTGCACTCAGCTCAACAGTGCTAAGGGAGAGACAGAGGGTCACT--CGGGGCCTGTCAGCACGAAAGAATGATTCATGTGACCATTTTGTCTTAATTACTCGGAACAAGCCAAGA------TCACTGTTTATC----------------------------------------AAGGGGGACCAGATGC-ATCAGTGTCCTTTGACGAAAAACGCGATGGCCGTCAGGATGGCGATGACCACGATGATCCCCAAGATGACGAGCAGGATACGGTTCTGGATGATTCTGT-----GGGAGACAGGAGAAAAGG 

a score=2787
s danRer3.chr12 28881044 84 + 37038836 ACACGCTCATGTATTTTTTATTGGCCAGCTAACAATCTGACTAGAATCCTAGACTGGGATTTTCAGACCCCTA-CAGGAGAGATG 
s mm7.chr19      5700588 83 - 61223509 ACACTGTCATAAATTTTTTATTTGGCAGCTAACATTCTCACTAGTTTTCTTGGCAGCAATTG--GGACCTTTAGCAAGAAAGGTG 

a score=7627
s danRer3.chr12 28884702 211 + 37038836 ATAAATTACTTTCACACAATTTGGGCGCGCTGCTAAGATTTCCGACACAAAAAGTGGCTGCATTCCTCAAGGGAAGCAGCTGGGGATTGTATTACCAGGCTTGTTGAAAGGGTGTAACACTAGCCATGGAACCATGGGCCTCCAAAACTATGATGCACATAAATTTTTATTGTTTGTTCAGTATTGAAATCTCATTACAACTCATAAATCA 
s mm7.chr19      5710496 192 - 61223509 ATCAAATCATTTCTCACAATTCCAATTCGTCCCCTGAATTTCCCTTAC--------------TTCC-----AGAGCCAGCTGGATATTATATTACCAGAGCTGTTGAAAAGGTGGAACACTAGCCATGAAGCCAAAGGCCGTGGCAACTATGCAAAGCATCAATTTTTATTGTTTGCTCAGTACTGAAATCTCATTAGGGTCCATAACTCA 

a score=7335
s danRer3.chr12 28889894 347 + 37038836 GCTCGGCGAGAGGGGGTTTCTGAGTGACACTAATTCACTCATGATGACTT---GCCGCTCTCCCCTCCTTGCACTACTGATTGAAGCGCAGGCCATCGGTTTGGTGCAATAACAGCGCTATTGACTTGTTGCACCGGCTCCATTTGGTTATTGCCCTGGAGGCTCCGATCAATAGACTCAGCACTAAATCTGACTAATCAGGCCCTGCAGCCTCCAAGGGTCAGGCTGAGGAAAACTCCAGAAAATCTATGCCACGAAAGAGGAAAAAAAGGTAGAGAGAGAGAAAACACAGGAGGGGTTGAGAGAGTCCTCTAAGCTCACTGACAGCTGTGTGAATTAATTGACGAGGA 
s mm7.chr19      5714928 309 - 61223509 GCGCAGCCAGCGCGTGTT---GAGC-ACACTGATCTGCCCATGATTCCCCTCGGCTGCTGTAAAACAATCTCACTCCCCCGGCGAGTGCGGGC--------TGCGGCAACAATGCGGTTATTGACTTGTTGCTCTGGCTCTAGTTAGTTATTACCCTTGGGGCCACAATCAATAGACTTTGCACCAAGTCTGCCTTATAAATCCCAGGCTCTCACTGGAGGCTTGCCAAGGAATGGCAAGAAAAATCTATGGCA--------GGGAAACACTTAGAGAGC-------------AGAGACTGAGAGAGCCA--------CACTGACAGCTGTATAAATTAATTAACAAGGA 

a score=1753
s danRer3.chr12 28931708 72 + 37038836 TCAAAGTGAAAAAGAAGTTCGAAAGAGATACAGAGAATAAGAGAGAGAGAGAGTAAACTAGAAAAGAGAAAG 
s mm7.chr19      5802769 71 - 61223509 TTAACATATAAAAGAGGCGGGAAAGAGGTACAGGGAAGGAGTG-GGGTGGGGGCTTCCTCCATGAGAGAGAG 

a score=10560
s danRer3.chr12 28931804 481 + 37038836 ACAGGGGGTGCGGCGGGCCTTCATGCAGAAA----GGCTGAAGAGAGACGGGACGTGTGGAAAAAAGCTCATAAATCCTGATTTGAGTCGGCCTCGCTGCAG-------------------CACTGCATTGCTTAAATGCTACGTCTGATTTAGTCTTCCCATTAGGTGACAGCTGAACTTTAACATTAATATGATAATATTGAAATAAGTGCGTGTTATTTACTTAGTGGCGGGGCGGGATGGAATAAGAGAGGGAGAGACGGAGGAGAAGAGGATGATGAATGATTTCTGGACAGCTTCTGTGACACCGGGGGCGTCCGCGGACCCTCTAATGAGACTTGACAAAATGGAGACATATGCAGAAATATTGGTTACAGTCTTGCTCTC---------------------------CTCCTTCCCCTCTCGTCCTGATTGTCTACGACCACTGAAGCATCTATTTCAATTGGCACTTCCTTCCCGGCCCGGGGTTTTAAATTTAGCTGGTGTCATTTACATATTACTCTTAA 
s mm7.chr19      5808506 470 - 61223509 ACCAAGGGTGAGGTA---CATCAAGCAGAAACATGGGCAGAAGC--------ACATGGGTTTAGAAAGCCATAAATCCTTATTTGAATCTGCCAACCTGAAAGCCACGAAGAGCCAGAATAAACTATTTTTCCTAAATGCTACATCTGATTAAGCCATACCATGAAGTGACAGCTGAACTTTAACATTAATATGATATTATTTAAATAACCACATGATTTTTTTTT---------------TACACTAAAA------------------------ATGATGAATGATTTCTGGACAGCTCAATCGACA----GAAAGCAGGAGGACTCTTTAATGAGATTTGACAAAATGGAGACATATGCAGAAG-GCTCGTTACAGCTCATATCGCAGGGGCCTCCAAGGGAAGCAGGAGGCACAGCTTTCTTTC---TTTTTATTGTCTCTAGGCACTGATGCAT-TCCTTCAGTTGCTAGTGCTCTTCT--CTTTGGACTCTTAGTCTTTCTTAGGTCACTTATGCACTGCTCTTAA 

a score=5357
s danRer3.chr12 28934741 177 + 37038836 CAGGGCCGCTGTCAAACACATCCATAAAGAG---GTATCAGA--AACGGTCCCTACCTTCCTCTTACCTTCTCAGCATGCCGGTCAGGATCCGAGAGCTCTTGCCCAGGTTAGCGTCCGTCTCTCTCAGCTGT----GGACAAGAGGAGAAAGAAAAAGACAAGAGAACGTACACGTTACACAGGC 
s mm7.chr19      5809905 186 - 61223509 CAGGGAAGGAAGAAAACACAGTTAAGAAGAGAGGGAAACAGACGATCGCTCCCTACCTGGCTCTTACCTTCGCAGCATCCCCGTCAGAATCCGAGAGCTCTTCCCCAGGTTTGCATCTGCGTCCCGGAGCTGCGTGAGGGCAGCATGGTGGAAGCAGAGGAAAATGGAGTTAGATGATTCTCAGGC 

a score=4083
s danRer3.chr12 28944163 101 + 37038836 GGTGTAAACTCACCCGATCACGGGATCTCTGAATCTTCTCACGGTCGCTGTGCAGGTTGGCGAGGATCTCCTGTCCAACTTGCTC--TGAAAAAGAAGAAACA 
s mm7.chr19      5810682 103 - 61223509 GATGTATACTCACTCGGTCACGTGCCCGCTGTATCTTTTCTCTGTCATGACTCAGGTTTTCCAACATCTCTTGGCCGATTTGCTCTATGGAAAAGAAGAGAAA 

a score=6568
s danRer3.chr12 28960055 202 + 37038836 TCTGTGCAAGAGCAAGCGCTGGGTAATCAGGCCCCATTTCATTGGCCTTTT---------TTCACTCCGCTGGGCTCTGTTTTATTCATTGGCTCAGCCCTGACCCTGCCGCGCTTCTGCTATGACAAATCACTTCTGATTAAGACAAATCTTTATTAGCCGGCCACTCAACTTTCCCTATTAATCATTCTCTTCTCTCCCAGTCTCTCTC 
s mm7.chr19      5827765 208 - 61223509 TTTGAATACGAATTAGCAGTGGGTAATGGCAGCATATTTATGAGGCCTCTTGCCGGGCCCTTTCCTCCTGTGAATGCTGTATAATTCATTGCATGCGCCCTGACCCCAGTGCGCTCCTGTTCTGACAAATCATACTTGATTAAGACAAATCTTTATTAGTTAGCTAGTCAAC-TTCCCCATTTATCA--CTGGCAAATCCCATTCTCTTTC 

a score=12174
s danRer3.chr12 28963342 474 + 37038836 AAACTTCACACCCTGCCAGACTCGCAAGCTCCAATGTGTCGGACTGGAAGAAAAT----------TCTGACGTTCTTTTAAACAGTTTAGGAACGTTAACGATCCCATTACTGTTGATTAAAGCCTGTAACGCCTCTAATCAAAAAGTTGACAGGCAGATCAAACAGCCAAACACAAATGTTGCCTTTTAATTATCTGTAAAACACAACACCTCAGGG-TGTTCATCCCTGCCTATCTCTGACAAAAACCTCAGTCGAAACGATGCCAAGATCTAACACTTCCTAACAGTTCATTATCCAATAAGAAAAAAAAAAAAAAGCAAACAAAAACCCAACGAGCATTCAGATCTTAAAAGCAATCTTCACAATTAGCAGAGCGCTTGGGGAGCCCTGCAGTCCTGTGTATCGCAGGACTCCAAATTGAAACACCTTAATTATATTTGTCAAA-----------ACAATGTGCCGTCACCCTCATTTGCATGTTCTGACAG 
s mm7.chr19      5831750 445 - 61223509 AAACTTAATTCTGCTGCAAATTTTCAG-----AATGTGTTAAAATTGATGTCAATGTCTCAGTAATTTCGCAGTTTAAAAAACAGTT--AGAATGT-AATGACTACACTCCACTTGATTAAAGCATTTA-CAGCTCTAATCAAAAA-CTGACAGCAAGATCAAAGATGTTAACTTAAATCTCTCCTCT-AATTATGTTTAAAATGCCACACCTCAGGCCTGTCTCTCCTCTTCTTTTTCAAACCAAATTCTGCTTAAGAA--------AGATCTAACACTTCTTAACAGTTCATTATCCAATAAAAC--------------------------------TATTCAAAGCTTAAAAGCAATCTACACAATTAGTCAGGACCTCGGGGAGTCCACCGGTAGTCTTTATTACAGGACTTCATATTAAAACACCTTAATTATATTTGTCAAATGGATTTCATTAAAACCCATCGTCACTTTAATTTTCATATTTTGACAG 

a score=-720
s danRer3.chr12 28968490 622 + 37038836 atatttataattttttttttgtgatttaaaatataa-aactgtgtatggaaagcatcatcaatgtaccatga-tacaccgagatatctaattgaaccgaatccatagcatgataatcacaacctaaccgAATCGTGAGAC-CAGTGTAGGTTCACACTTCTACTC--------TCTCTACAGACCACATTTTAGTTTAGTGGCTAGGTGGCTACAAGTCACAGATCCGCACATTCATCAGTTTTGCTCAGAAAGAAATGATTTAAGAATGAACATATTTCTGTGAATGAGTCGTTTAATTATTCACTCAACCTATTTGTTTGTAAAATATTGATTCACTTATTTAGCAATGAAGTAATTGGCTTTTAAGAGTGAGTTACTGCACCCTTTTAACCAGT--TAATACAAAAAAGAAACACTGAATCATTTTAAGAATACCAATACTGCTGCAATT---TATTTATTGATGTACCAGAG----------CATACAATAAGTTTAGTGGAACTAACTTACATTGCTAACAGATAAAGTCTCCTGTTTCCATTTTAAAATATCTTGGTGTCCACCAGAATTTGCTGGTGATGAACATCTAGAATGTCATTGTCATTTTATTCATTT------ATTTTTTTTGTACTTTTTTTTTATCCT 
s mm7.chr19      5838715 586 - 61223509 ATGTTAATATTTTTGGTCCCATTGTCCAATTTGCACCAACTGTTTCTAGAAGACAGAA---ATCTGTCATGACTACAGCCTGTTATTTACTTTACTAAACTGTTTAAAATAGGAAAACCCACGTGATCTACTCTTAGGCTGAAGGAGAAGTTAATATTTTTATTTAGATTGTTGTTGGAGAAAATGGATTTTCTTTCTACATCTGGGTG-CTGTAGCTTAGCGCCCTG-ACACGAGGAGATTTTCCT--------AGTGATTCGGAGA-------------GAGAAAAGGCTTGTAAACTGGGAGCTCAACCCATCTAATAATCAAGTAATGTTTCTCTCATGTAGCACTAGA-----TGGTTTTTGGGGAT-----------CTTATATAACAAATTATATTTCAATAAAAATAAGATAGGTC--TTTGGTACTCTCGATTCTCTCCTCATTCAGCATTTAGTATGTTGCAAGAGTGTTGCTATCTGTCGGGTAAGTTTGGGG----------ATGCCGTTAAGAGATAAAGTCACACATTCCC---------TACTTTAGT-----TCGGAATTTCCCCCTGTACCACAACAGGACCCACCTCTCTTTTTCGAGCGTCTCAGCACATTTGTTCGGCATTATTTTTTCATTCT 

a score=5357
s danRer3.chr12 28978673 177 + 37038836 CAGGGCCGCTGTCAAACACATCCATAAAGAG---GTATCAGA--AACGGTCCCTACCTTCCTCTTACCTTCTCAGCATGCCGGTCAGGATCCGAGAGCTCTTGCCCAGGTTAGCGTCCGTCTCTCTCAGCTGT----GGACAAGAGGAGAAAGAAAAAGACAAGAGAACGTACACGTTACACAGGC 
s mm7.chr19      5809905 186 - 61223509 CAGGGAAGGAAGAAAACACAGTTAAGAAGAGAGGGAAACAGACGATCGCTCCCTACCTGGCTCTTACCTTCGCAGCATCCCCGTCAGAATCCGAGAGCTCTTCCCCAGGTTTGCATCTGCGTCCCGGAGCTGCGTGAGGGCAGCATGGTGGAAGCAGAGGAAAATGGAGTTAGATGATTCTCAGGC 

a score=4083
s danRer3.chr12 28988156 101 + 37038836 GGTGTAAACTCACCCGATCACGGGATCTCTGAATCTTCTCACGGTCGCTGTGCAGGTTGGCGAGGATCTCCTGTCCAACTTGCTC--TGAAAAAGAAGAAACA 
s mm7.chr19      5810682 103 - 61223509 GATGTATACTCACTCGGTCACGTGCCCGCTGTATCTTTTCTCTGTCATGACTCAGGTTTTCCAACATCTCTTGGCCGATTTGCTCTATGGAAAAGAAGAGAAA 

a score=6782
s danRer3.chr12 29006159 202 + 37038836 TCTGTGCAAGAGCAAGCGCTGGGTAATCAGGCCCCATTTCATTGGCCTTTT---------TTCACTCCGCTGGGCTCTGTTTTATTCATTGGCTCAGCCCTGACCCTGCCGCGCTTCTGCTCTGACAAATCACTTCTGATTAAGACAAATCTTTATTAGCCGGCCACTCAACTTTCCCTATTAATCATTCTCTTCTCTCCCAGTCTCTCTC 
s mm7.chr19      5827765 208 - 61223509 TTTGAATACGAATTAGCAGTGGGTAATGGCAGCATATTTATGAGGCCTCTTGCCGGGCCCTTTCCTCCTGTGAATGCTGTATAATTCATTGCATGCGCCCTGACCCCAGTGCGCTCCTGTTCTGACAAATCATACTTGATTAAGACAAATCTTTATTAGTTAGCTAGTCAAC-TTCCCCATTTATCA--CTGGCAAATCCCATTCTCTTTC 

a score=12174
s danRer3.chr12 29009527 474 + 37038836 AAACTTCACACCCTGCCAGACTCGCAAGCTCCAATGTGTCGGACTGGAAGAAAAT----------TCTGACGTTCTTTTAAACAGTTTAGGAACGTTAACGATCCCATTACTGTTGATTAAAGCCTGTAACGCCTCTAATCAAAAAGTTGACAGGCAGATCAAACAGCCAAACACAAATGTTGCCTTTTAATTATCTGTAAAACACAACACCTCAGGG-TGTTCATCCCTGCCTATCTCTGACAAAAACCTCAGTCGAAACGATGCCAAGATCTAACACTTCCTAACAGTTCATTATCCAATAAGAAAAAAAAAAAAAAGCAAACAAAAACCCAACGAGCATTCAGATCTTAAAAGCAATCTTCACAATTAGCAGAGCGCTTGGGGAGCCCTGCAGTCCTGTGTATCGCAGGACTCCAAATTGAAACACCTTAATTATATTTGTCAAA-----------ACAATGTGCCGTCACCCTCATTTGCATGTTCTGACAG 
s mm7.chr19      5831750 445 - 61223509 AAACTTAATTCTGCTGCAAATTTTCAG-----AATGTGTTAAAATTGATGTCAATGTCTCAGTAATTTCGCAGTTTAAAAAACAGTT--AGAATGT-AATGACTACACTCCACTTGATTAAAGCATTTA-CAGCTCTAATCAAAAA-CTGACAGCAAGATCAAAGATGTTAACTTAAATCTCTCCTCT-AATTATGTTTAAAATGCCACACCTCAGGCCTGTCTCTCCTCTTCTTTTTCAAACCAAATTCTGCTTAAGAA--------AGATCTAACACTTCTTAACAGTTCATTATCCAATAAAAC--------------------------------TATTCAAAGCTTAAAAGCAATCTACACAATTAGTCAGGACCTCGGGGAGTCCACCGGTAGTCTTTATTACAGGACTTCATATTAAAACACCTTAATTATATTTGTCAAATGGATTTCATTAAAACCCATCGTCACTTTAATTTTCATATTTTGACAG 

a score=639
s danRer3.chr12 29014971 310 + 37038836 CTCAACCTATTTGTTTGTAAAATATTGATTCACTTATTTAGCAATGAAGTAATTGGCTTTTAAGAGTGAGTTACTGCACCCTTTTAACCAGT--TAATACAAAAAAGAAACACTGAATCATTTTAAGAATACCAATACTGCTACAATT---TATTTATTGATGTACCAGAG----------CATACAATAAGTTTAGTGGAACTAACTTACATTGCTAACAGATAAAGTCTCCTGTTTCC------ATTTTAAAATATCTTGGTGT---CCACCAGAATTTGCTGGTGATGAACATCTAGAATGTCATTGTCATTTTATTCATTTATTTTTTTT 
s mm7.chr19      5838994 301 - 61223509 CTCAACCCATCTAATAATCAAGTAATGTTTCTCTCATGTAGCACTAGA-----TGGTTTTTGGGGAT-----------CTTATATAACAAATTATATTTCAATAAAAATAAGATAGGTC--TTTGGTACTCTCGATTCTCTCCTCATTCAGCATTTAGTATGTTGCAAGAGTGTTGCTATCTGTCGGGTAAGTTTGGGG----------ATGCCGTTAAGAGATAAAGTCACACATTCCCTACTTTAGTTCGGAATTTCCCCCTGTACCACAACAGGACCCACCTCTCTT-----TTTCGAGCGTCTCAGCACATTTGTTCGGCATTATTTTTT 

a score=568
s danRer3.chr12 29015290 70 + 37038836 TTTTTATCCTAACCAGG--CTGAGTGTCTATTTTTGCCAGAACACTACCACATTATAGGGCCAAACACCAGT 
s mm7.chr19      5839301 62 - 61223509 CTTTTATCCC--CCGGGCTCTCAATGTTTAAAT-----AGCTCCCTCCCAC---GTAAAGCTTCGCACCAGT 

a score=488
s danRer3.chr12 29058789 330 + 37038836 AGAAGGTCTCTTTTTTTTAACGGTGGCTCAAGGGCGCAGCCTATCTGCC-------------------AATCTGTAGACTGCAGGAGTCT----CTCTACATTTAATACAAGGTAGATTCATTTATGGGAGTCAAAACTGCCATGGCCAAGC--AAAAAGTAAAAGAA----------GTTGCATTTTGAGGTGCAA----TATAATTAC---AAATATTTGAAAACATAAAAT-----------AATAAATACGTTTGTTTGTAAGTAATGTTGTACATTAGATCCGAGTGCAATACATTT------ACTTAAGA---AAATACACAAAATTAT-TAGAAACTTACATATAAA---------ATACATATTGTATAGGCTAGTAAATACTCTTTAAAACCT 
s mm7.chr19      5894987 391 - 61223509 AGGAGGAACACTTTGCTGAGTGGTGGCTCAATGGCGCAGCCTACGTGTTGAGAAGTGTAACAACGAGGAAGAAGCAGACTGCAGCAGGCTTGGCTCCCAAGTTCTAAATGAGG---------GCTTGAAAGCAGAATGTGGCTTTGGAAAACCTCACAGGCATAGGAACCGTCTGTGCGCTGTAACTTGCACTGCCATTCTTATAACTATTTAAAGTAAGTGAAAGCAAAGATTAATAAGGCAGAAATAAAAACGATTATCTTTCATTTTTGAATGGCTTCTGAATAAATGAACATTCTTTTCCCTCCACTTAAAacacaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacGTACGGAGGCATACTGTTT--TCTGGCTAATATTCTTTAATAGCT 

a score=6767
s danRer3.chr12 29065086 254 + 37038836 TTTTGAAGTCCAGATGAAAAAAGCGGCGCTTGGCGTTTGTGGCGGCGCTAGATACGGCGAGGCCGGGTCCGGCGTGATTGGGGG-GGAGCGACACAAACTCGGACTCTGGGCTCTTCGATAGTATCGGTGTCATTTTCCTCTCCACGATAAGACGCCT-CGCTGACAAGGCCCGATTAGGAGAGAAAAAAAAAATCATTATTACATCGCCTTTCATCCGCCGGGGGGTTTCACGATAAACAGCTCGCCCGTAGGTA 
s mm7.chr19      5897706 237 - 61223509 TTTTGATGTTCTTAGGAAAAAAGCCCGGCTTGGTGTTTGTGGAGAAGGTAGATACGGCGG---CTGAAGAGCTGTGATTGGGAACATGGTGACATCGATGCTG--------CTTTCCGATAGGATCGGTGTCATTTTCCTCTCAGCGATAAGACACCTCCACTGACAGTGGCTGATTAGGGG-------AAATTTTATTATAAAATTCACTTTTATCGAATGAGGAA-AGAGTGATAAATGGTTCAGCCTCAGGGA 

a score=14084
s danRer3.chr12 29067136 657 + 37038836 GTCTGTTACTGGGACACTCCGACACCCATGGACTGACACAGCATGTCTTAAAGCTGTGCTCACTCTTAAAAGAAGCTGTTTCTTCATGTTGACAAAACGCATTTATTTATTTCTGCGTCCGATCATTTATTTCCTTATTTATATGTATCAGGGGCAAACTCGGCTCCTCCGAAAAACCAACAAACGACAATGACGGCGCTCCCCCTTTGGATGCTCTTTTAATACCACAGCAGAAAGAGAAAAAAAATCAAACCGCTCTCAAACAAATTGATGTACTCTTTAATACAGTCGTCACATCATCACAGGGTCCTCGCGTCGTCTGCCTTGGTGACAACTGCAGGGCTGCTTAGCTTAGCCATGGCTACTGCTTTGTTGGTCGCTTCAATGATTTATCACaaaaaagagagaaaaaaggaaggagagagggagagagagaaagaaaagaagGGCCTCTCGATTGAGTCATTGGCACCTTTGATTGACAAGGCCTAATCAGCTTATCTGGGTGCTAATAAAGATGATGGCCTGTGGAGACACTCTCTACCTGGCTCTGCGTGAACTTTGGGCCCTGGTGAGGGCCCCGGGGGCCAGGCCCCGACCCACTCTGCTTATCTAAACACTGCTGAAATCAATCCCTAATGAGCTGGTTTCATTTGG 
s mm7.chr19      5901078 516 - 61223509 GCCAGTTACAGGAGTACTTAGGCGCCCAT----TGGCACAGCAAGATTCAAAGCCCTGGT-AGGCTTCAAAGAAACACTTTTTT---------------------------------------------TTTCCCTCCTTCTA------------GAACTCTTTGCTTTCTAGTAA------AGCTGCAACCACAATGTTCTC-----------TCTCTTAATGCCACC----------ATAAAAAATCAAAACACTTTAAAACAAATTGATGTACTCTTTAATACAGTCATCGCATCATCACAGGACCCTTGCACC--CTGCA-TGGCGACAACCGTAGGA-TGCAGACC----ACACATCTCTTTCTTTGTTGCCTGCTTCAATGCTT-------------AAAGAAAAATTGAGAGAGTGTGTGTG----------------------TCTCAATCGAGATA-TGGCACCTTTGAGTGACAAGACCTAATCAGCTTATCTCGACACTAATAAAGTTGG-GGCCTGTGGTGCCGGTCTATGGCCAGCACCAAGTGAACTTT---TACTCGCCAGAGCCTCACAGGTCAGGCCTCAGC---CTCTGCTTCTCTAAGC-TGGTTGAAATCAATTCTTAATGGGATATTTTCATCTTG 

a score=8702
s danRer3.chr12 29071887 250 + 37038836 CTCTCTCCGTTGCTTCTCTTTGATGTGCTCCTGAAAATGTCACCAGTCGTCAAGGCGTTTTTTTTTATTTTtctctctctctctctctctctTAGCGCGCATACGAGCTAGACAATTTACTGTCGCTCACCCCCCCCGCTACCCAGAATGCCTACCGGTTTCCACTGCTATCTGGTAGCCAGCTTCCAGCCTCCGAGATGACCTTTCCAGCCTCTCTGTGTTGTCCAACAGATGTGCTCTCTGAAACGCA 
s mm7.chr19      5917309 193 - 61223509 CTGTCTCCGCTGCTCCT--TTGAAGTTCTGCTGAAA-TGTCATGTGTTGTGAAGAC------------------------------------TGCTGTGCATA--AGCAAGACAATTT------GCTCACTTTC----------AGAATTCTTACCAGTCTCCACTGCTATCTGGTACCCAGCCTCTAGTCTCCGAGACGACCTTTCCAGCCTCTCCGTGTTATCCAGCAGATGTGCCCTCTGAAAGGAA 

a score=2217
s danRer3.chr12 29074804 152 + 37038836 TCAAAGTTTGACAATCACAGAGAAGGGAAAGAGGGAGAGAGAGAGAGAAAAAACTGTATGTCTGAACTTTTTTTTTCTTCTCTTCCTCTCAGTTGACAGATGTCATTTAAAATAGCTGAAATACTTT----TAATAGTTTAAGGGAGGGGGTGTTA 
s mm7.chr19      5918502 119 - 61223509 TCAATGTTGG----TCAAAGAGAAAGGAAGCATGCAAATA----------CAACTCTAC-----AACTTTGTGTT----------------GTTGACAGATGTCACTTAAAATTGAAGCAATGCTTTCCGATGATAA--TAAAAAAGGAGGTGCCA 

a score=12428
s danRer3.chr12 29075037 322 + 37038836 GAGTGCGTATGGGGAAAAGGGAGCCATCTCTGCCTAATGAGCCCCTCTGGATCAGCTGAGATGGAGGGGACGTATTGACATGCACCGCTTAAACTAATACACCTAGACCAGGGATGTGCCTGTGTGCCTGGAAGCACAAGGCAGCCGGGGATACTGACAGAGTAGCTCGCTCCCCCGTCTTCAAAGAGCTCAAGTGATTAGTATGTTATCATTACCATTCGAAACGTGATTTTCCTATTCCCTCTCGGCAAAGGTGACACGTCTCGGGGAGACGGCCAGCAGACTCGCGCGCCGG--AAAGCCACTTCAAAGCTTTTTCTTGAA 
s mm7.chr19      5918633 297 - 61223509 GAGTGGCTGCCGAGTGAAATGATCTACCTTGCTCTAATGAGCCCCCACGGATC-TTGGAGATGCAAG--CTGTATTGACATGCAC-ACTTAAGCTAATACACCTAGACCAG-------------TGCCTGCGAGCTCC--GCAGCCAGGGAGGCTGGCAGAATACCTCGCTTCC--ATCTTCAAAGAAAGGAAGTGATTAGGATGTTATCATTATCATTCAAAACGTGATTTCCTTATTCCCTCCCGGCATAGGTGACACATCT--GAGATGCGGC---CAGACGTTAGAGGCAGCTAAAGCCACATCAAAGC-TTTCCTTGAA 

a score=1820
s danRer3.chr12 29080221 54 + 37038836 TCATTACGCCATCATTATATATATACAAATATATATATCTTTGCATTAGAAAAA 
s mm7.chr19      5920895 54 - 61223509 TAATTACACTCATTTAGTATACACATATATACATATACTTTTGGAAAAGAAAAA 

a score=15087
s danRer3.chr12 29081231 413 + 37038836 AGGATCGGCAGGA--AAAAGAGGGGACTGAAATGGGAAGGAAGAGCAGCACTTACCTCTTCACGCAACTTTATCAACTGCCACATGAAGGCACAAAATagagggagggagggagaaaaaaaaagagagggagggagaaaaagagagtgagagaaagatagataaaaagCCGAGACATGGCAGGAAG--CAGATCAGTCATGCGGCTGGGTACAGAATTAACCTTGACGATTTATCTGTTTGCATGTTTAGCATTTAGAAATCACAGACAAACACATTAAAAGAAGCTAAACACGAGACTCATGCCGACTTTTTTGAACAAACAAAGATCAAGTTCTTGCGCTGTCACATTAAACAAAGAGACTGGGAATGGATTTCTCAACTCACG-ACGTCTAAACTATCATCATCAAGGAAGAGGG 
s mm7.chr19      5922011 364 - 61223509 AGAAATAGCAGAACTAAGGAAGAAAAAAAAAAAAAGCAAGGCAAGAAATACTCACCTCTTCACGTAATTTTATCAACTGCACCATGAATGCACACAC-------------------ACAAAAAGA---------------------------------AGATAAAAAGGGGAGAAATGGCAGGAGAGAAAGATCAGTTGTGTGACAGGATACAGAATTAACATTGACAATTCATCTGTTTACATGTTTAGCATTTAAAAATCACAGACAAACACATTAAAAGAAGCTAAGCATAGACTACATGCAGAGGTTTTTGAACAAATAAAGATCACTTTCTCACACTGTCACATTAAACAAAGAGAATAGT-GTGAAATTCTCTTTTAAAGTACATCTAAGA-ACCATCATGAAATAAAGGGG 

a score=1746
s danRer3.chr12 29086105 100 + 37038836 TATTTTTGTTGAAGCTAGCTTCCCTACGTTGCCTGCATTATTTAAAAGGCCAAAGTTTGTGAATACACTATAGAAGTGG---CTATTTAGGTTTG--------CTGTGAGC 
s mm7.chr19      5923773 111 - 61223509 TCTTTTCTTTCTGGGCACCATTCTTCAGTTGACTATGATACTTAAAGGGCCAAAGTTTAAAACTACTTGTCAGCAATGGAGTCCATTGGGGCATGACACCCTACCGTAAGC 

a score=2103
s danRer3.chr12 29086216 163 + 37038836 AAACACAACCCTGCAGACCGTCTCAATGAACACCAAACAAACCT--TGTTCTATCATATTTGTGCTGCTTGGACGATTGCGAGCCCT-TGCAGA----GGATTTACCAAGAGAATCGGCAAGACTTTAAGCTCGCTGTTGTTCTTTTTTCTGCCACGTTTCTCCTCTTTA 
s mm7.chr19      5923896 169 - 61223509 AAATGCTACCCATTTG-CTTTTTCAATGGGTTCCAAACAAAAAAAACGTTCTATCTTGTTTGTGCTGCATGGCTGCATTCAAGCCCCACGCCGGATCCGGAGCTAAGCTAGGTAACGGGAGGTTTCTAATCTTCAtctttttttccccttaactttctttctcttctctc 

a score=5282
s danRer3.chr12 29086439 347 + 37038836 AAGAAAAACAACGAGAAAAAACAAACACAAAATTGTTTAATT-----------ACATTGTGATGAGTTCATTC------GTGTTTT-----TCCCATGCAGTTGTTATTT------------------GAATTTGCACCGCTGCAATTTTTTCTGTTATGATAATCAGCGGATTTTC--AAACAAAGATTTTTTTT--------TTCCC--AATACGCGACTCGATACAAGTGGTAATCTGCTTTCCTTTGTAGTCCGCGAAA----TCTGGTCGACGGCGGCTCAAACCTGCCCAATCTCTCGTGGCCATGCCTTCTGCTACGTCTGAAA-TCGAAACTATTCCGTAGAGTATTCGCAAATGAAAAAAAAAATGTGTGTGCGTG-----CTCACAAAACACGTGTGTG 
s mm7.chr19      5924103 393 - 61223509 AGGCAAAGAGTTAAGAATTGAAGTAAATAAAGATGGTTGCTTTTTAGAAATTAACAATGCTTAGACTCCACTAAAAGTAGTGATTTGAACATCTTATCCAGTTGCTAGCTCCATCATAGGCGCCATGAAAGTGTGCAAAACCATCATGTTGGCT--TATGATAATCCGCATCTTTTTTGAAACAAAGATTTCTCCCCACAACCCTACCCGGAATGCAGAATTTGATACAAGAGGTAATCTG--TTCCTTTGTGGGCTGAAAAAAAAATCTGGTTTACGCTGGTTTGAACCAGTGGAATCTCTTGTGGTTAAGCCTTCTGCTGTGACTAAAAATCAAAACTGCACTGTGGAGCAC------------GGGAGGGTGGGTGTGCATGAGCGCCTCTCTGTGTATGTGTGTG 

a score=15326
s danRer3.chr12 29086887 341 + 37038836 CGATAGCGCCAATTCGGTCTCTGTCCGCATACAGATAACAAATAAATGCCGAACTCTATTAAATCGTCCTTTAGCTATTATCGCTGGGCCAACACGCTATTTTCAGAACTTATGACGGCTCCCTATTTACTTAGCTATAAATCCCAGGCATGTAACGAAGAGATTTGTGACTGGTAATGATCTGCTCAGCCAGGGCTATATGAAATGATCCTGACCTCTTTTAGATCGTCAGGAATTAAATTGACCGACTCACCCCAGTCGAACCCCCAGCTCCGCTCTATCACTCCTGTCGCGCTCGATAAAACACCCTGAAGTTCCAACCACTCCACTCACAGCAAGAC 
s mm7.chr19      5924544 299 - 61223509 TGATAACGCCACTGCCGTCTCTGTCCGCATACAGATAACGAATAAATGCTGAACTCTATTAAA-CGCCCTTTACACATTATCGTGGGTCGAACACACAATTTTCTGAACTTATGATGACAGTCTATTTATTTTGCTAGAAACCCCCAGCACG-AACGAGCAGATTTGTGCCTGGTAATGATCTGCTCTGCCGGGGCTATATGAAATGATACCGACCTTCTTCAGATCTTGCGGAATTAAATTGACCGACTTCACCCCCTGG------------------------CCTGTAG----------------CTGAAGTTTGACACACTTTACGCACAGCAAGCC 

a score=7875
s danRer3.chr12 29096525 266 + 37038836 ATTCTGTCACTTACTTCTGCCTCCTCAGGACAGGGGGGACCAAATAACGCGGACACATTTTGCTCCATTACTTGCTCGATGAAACCCCTCAGTGAGGTTTTGGCGTTACAGTCTGTGTCCATGTAGACGAAGTCAAAGGTGAAGTTTCCACTGAGAGCTGGATTTGAGTTGATCTTGTCCATGGCTATTTGCATCGCTGACCCCAGCCTGAGCAAACTGAAAGGGTAAGAAATGTTCCGAGGAGCCTGAAGGCCCACCGTTAGCTT 
s mm7.chr19     55155072 266 + 61223509 ACTCCGTACTCTACCTCTGCTGCTTCTGGGCATGCTGGTCCAAACAGAGCAGAAATGTGTTCTTTCTGGACCTGGTCGATGAAAACCGCAAGGGACTCCTTGGCACTGCATGTTGAATTGGTGTAAGTGAACTCCCAGCTCACGTTCCCAAGACCCACTGGCTCTGAGTTGAGCTTGTCCACAACAGTCTGGAGTCCTGCCCCCAACCTTTGAACACTAAATGGATGAGAGATGTTCCAGGGGGCATGGAACCCCACGGTGAGCTT 

a score=802
s danRer3.chr12 29104713 305 +  37038836 ctacttgtctttctcgtg---ataaata------gttggcaaaatctgatatgtagtagggggaaaaaatgagttcatcagacgctg---tatttgaacc--gagttcatgctggaatgtgtcaaaaaatgatgacgtgtttttcgagctTGTGTTT-TTTTGACCAATTTAT-TAATGTGGTCATTTGTATTTACAG-GGTGGAGCTAGAAAATCAGCGCTTTTGAAATCTGACAACTTGATCTCATACATGTACGAAGATGGCAAAACGCTCTATGAAGTTTTTCAAAGAGGACTACGTGTCTCAGGTAAGAGGTCATGT 
s mm7.chr11     54279808 318 + 122091587 CTACTTATGTTGAGTGTGGGCACAAACAAACTGGGTGTGAATACTCTGGTGTG-AACAGGCCATGAATGTGAGCACTTCTGAGCCTCAACTATGTGAACCTAGAGTGCATCC---AAGCTGTGTACACTCCAGGACCCATTCCTGATGATCCTGCCTACCTCAACTAACCTCTCTGGTGTGTTTGTTTTCTAGGACGGTGGTGGAGCCCGGCGATCTGTGATTGGGGGTTGCACTCAATTGCTTACCCATTACTATGACGATGCCCGGACCATGTACCAGGTGTTCCGCCGTGGGCTTAGCATCTCAGGTAAGGAGAAGTGT 

a score=2703
s danRer3.chr12 29105261 132 + 37038836 TTTCCCTGGTGTATTTAATCTTACTTGGAATATGAGCTAAACAATATTTAATCCATTCATGCAGGAAATGGACCGTGTTTGGGATTCAGGAAGAAAGGGCAACCTTATCAGTGGCTTAAATACAAACAGGTA 
s mm7.chr19     55192082 126 + 61223509 TTTCTCTGATCCAAATGAT-TTGCATAGAATTGATTGCTTCCGATGTTTTATGCTTT-----AGACAATGGGCCTTGCTTGGGATACAGAAAGCCAAACCAGCCCTACAAATGGATCTCCTACAAACAGGTA 

a score=4318
s danRer3.chr12 29105659 214 + 37038836 CCTTGCATCTGATTGTCTC----AGGTTTCTGACAGAGCTGAGTTTTTGGGCTCCGGACTGATCCACCGCGGACAAAAACCTTCACAAGATACATTTATTGGCATCTTTGCCCAGAACCGACCAGAGGTGAAATAAGATGTCTAAATATCATTCAAAATGTTCTATATATCAAAACA----TCTGATTTTTTATGTAAAATTAATGTAAAATATTAAGAGAT 
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a score=5093
s danRer3.chr12 29106182 125 + 37038836 TAACCTTTCTGTCCTGTTTGCAGTGGATTATCGCAGAACTGGCCTGCTATACCTATTCCATGGTGGCAGTGCCTCTTTACGACACCTTGGGACCTGAGGCTCTTGTGTTCATCATTAATAGAGGT 
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a score=1365
s danRer3.chr12 29107628 128 + 37038836 AAGCttttttaatttttttaattttattttatttttgcaaaaatacttatatttttttttGGAAAACTTCATTCTCTTGGTTTATGTTGATTGTGATTATATCTCATTTTAAATTTTTCATTGCTTTT 
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a score=-132
s danRer3.chr12 29107944 830 + 37038836 atcactggaaaacacccataaactcccattcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactttggacaatttagcttacccaattcacctat--actgcatgtctttgg--acttgtgggagaaactgaaccagcggccttcttgctgtgaggcgac-----agtgctactcactgcaccCCTAATTCAATTAATTATTTACTAATTAAAGTATGATTTTGCTGATTATTATTATTTTTACCTATTGTGCTTTTTTGTGTGATCTTTTTTTTATATTCTGCATCAATGAATAATGGAAATTGCAAAACTGTCATGA--TTTCAGAGTTCAAAAGAATAGTATTTATTTTC---TATCAATGTAAATATTTATTTTCATCAAATAAATGCTTCTTTGCCCTCTAGAATTCCATTTTTAATAAACT-GTTTTATTTCTTTTAAACTAACAAATCGAATAAATCAAGTAATCAATCGAATAATCAGTTTTGAATGGTTATGTCATCATTAAGTTTATAATTACCACATAAATTCCTCGGTTACCATATTGGACCTTTCACA----------------------AAAAACAGTTTAATGCCATAGTGATTTTGTGCTACCTCTGCTTACACTCTTAAGTACTCCATGTCTCTCCACAGCAAACATATCCACAGTGATATGCGATAAGAAGGATAAAGCAGAAACACTTCTGGATAACTCTGAGAAAAAACTCACCCCCCTGTTGAAAACCATCATCCTCATGGACTCCTATGACAGCGCATTGACCGAAAGAGGCTCTAAGATTGGGTTGGACGTCCTGTCTCTAAAAGATGTAGAGGTA 
s mm7.chr19     55194080 776 + 61223509 ATAGCTTGAAAGCTT------AATTCAGTCTATATAAACA-----------------ATACGCACCAACATGCATGTAAGTCCATAGAACCGTTAGACAAAAGAG---ACCAAGTTCAACTGGCAACAGCATCCTTTCAGTCATCTAAGGGAGCATCTTTGTCTCTGCTTTGCTGGCTGCGGAGCTTTGTTTGAGTAATACACACTACAGAAATGATGGCGTTGAGAATCA------CAAACTATCTGCCTTCTAAAGAGT-CCATTTGCACTCACCTTCCGCATTTGTCCCCTGCTCTGCAAAGCAGCAGCAGGAATATACCCAGGAGA---CAGGATTGGAATGAGTTTTCTTAAATCAAAGGGTT--TACATAGTTCTAGACACTAAAGTGTGCCAGCAACATTAGAAAATAAAAG---------------GACTGGTATTTCAGCTAAACTCATTGTTTTTCTTTTTCCTTATTA----------------TAGTCTATAGAGTATTTCAGCTTGAAC---TATGTAAATCTCA--TTTATAGATGCAATCTCATTCAGGAACCTACTGTTTTTGACATTTAACATGTATCCCATTTTTTTTTTCAAAAAGTCATGTATTTAACAGAATACTATGGTG--ACTTCTG---------------GCTTGATTTCTGCTTTTAGCTGATATCCCTGTGGTCATCTGTGATACACCCCAAAAGGCAACAATGCTAGTAGAAAATGTGGAAAAGGGCCTCACACCAGGCCTGAAGACGATCATCCTCATGGACCCTTTTGATGACGACCTGATGAAAAGAGGAGAAAAGTGTGGAGTTGAGATGTTATCCCTGCATGATGCGGAGGTA 

a score=967
s danRer3.chr12 29108887 71 + 37038836 TTAGGCCCTGGGAAAGAACAACCATCACAGACCTGTTGTGAGTAATGAGTTAATTATGAACT-GTGTTTTTA 
s mm7.chr19     55195565 67 + 61223509 TTAGAATATAGGCAAAGAGAACTTCAAAAAACCAGTGGTAAGT-----GTTCTTCCTGAGTTTGAGTTTTTA 

a score=3785
s danRer3.chr12 29109003 116 + 37038836 ATATTTTTTTTTCAGCCCCCAAAGCCAGAAGACCTAAGTATTATTTGCTTTACCAGTGGAACCACGGGTAGGTTTGATGCAGTCTTCTTCATGACCTCAAAGAAACCACATTTAAG 
s mm7.chr19     55195668 116 + 61223509 GTGTTCCTCCTCCAGCCTCCGAAGCCAGAGGATCTGAGCGTCATCTGTTTCACCAGTGGAACTACAGGTCAGTGCCTGTGACTCCTTGACAGAGCTCCCAGGGAGCCAGAAACAAG 

a score=3669
s danRer3.chr12 29109175 126 + 37038836 TTCTGCTT-----CAGGGGATCCAAAGGGAGCCATGCTGACCCATGAAAACGTGGTTGCAGATGCAGCTGGTGTGGTTAGAACCTTTGAGGT--GCTGTATGT--------------------CAATGTGA--TGGCTACATGATTTTTACAAAG 
s mm7.chr19     55196690 155 + 61223509 TTCTGCTTTCCTACAGGTGACCCCAAAGGAGCTATGCTAACCCATGAAAATGTTGTTTCAAACATGGCTGCTTTCCTCAAATTTCTGGAGGTCAGTGGTCAGTGAAAGGAGAGGCCCTTGCTAAAATGTGACTTGGCTATAAGATTTTTAGGAGG 

a score=3079
s danRer3.chr12 29109301 142 +  37038836 CCT--CTGTTGGGGTGTAGATTTTTAATGTTGGATGCCAAACCCATATTTCTTCAGAGCGTCTTTGTGCCCGTTCCATCCGACGTGTCCATCTCGTTTTTGCCGCTGGCACACATGTTCGAGAGGGTTGTACAGGTAAGCCGCC 
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a score=5695
s danRer3.chr12 29109519 224 + 37038836 CGAATCTTTTATAAATCACATAGGTG----GATTTCTTTCA------CAGAACACTGGAGTCATGCTTGCCTGTTCTTATTTATGTGTATCAGACAGTGCTGTACGGTGTGGGGGGAAGAGTTGGCTTTTTCCAAGGTGATATCAGACTTTTACCAGATGACATGAAAGCCCTGCAGCCGACAGTATTCCCAGTGGTTCCACGTCTTCTGAATCGTGTTTATGACAAGGTATGA 
s mm7.chr19     55198554 223 + 61223509 CGATTTCTTTCTCACTTCCATCAGAGATAGGACTGTCTTCAGTGATCCAGGGCACTG-AGCCTCATCTTCCA--TCTTGTTCCAGGGTATCTTATTTTCCTGT--------GGAGGCAAAATTGGGTTCTTCCAAGGAGATATCCGGTTGCTACCTGATGACATGAAGGCTTTGAAACCCACAGTGTTTCCTACAGTGCCTCGACTCCTTAACAGGGTCTATGATAAGGTATGA 

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s danRer3.chr12 29112349 158 + 37038836 CAGGTCCAAAGTGGGGCCAAGACTCCATTTAAGAAGTGGCTACTGAACTTTGCCATTGAGAAGAAATGTGCGGAAGTCAAGCAGGGCATTATCAGGAACGACAGCATGTGGGACAAACTCATCTTTCACAAAGTGCAGGTATCCACAACTGAACAGAT 
s mm7.chr19     55202058 153 + 61223509 CAGGTACAAAATGAAGCCAAGACACCTTTGAAGAAGTTCTTGTTGAACTTGGCTATCATCAGTAAATTCAATGAAGTGAAAAATGGCATCATTCGGCGGGACAGTTTGTGGGACAAGCTCGTGTTTTCAAAGATTCAAGTA-----AGTTGAATAGAT 

a score=2161
s danRer3.chr12 29112578 105 + 37038836 CAGGAGTCTCTCGGAGGCCGTGTGAGAGTGATGGTGACTGGAGCTGCTCCTATTTCTCCATCTGTGCTCACTTTTCTCCGGGCATGTCTTGGGTGCCAGGTGAGA 
s mm7.chr19     55203035 105 + 61223509 CAGGGAAGCCTGGGGGGGAAGGTTCGCCTCATGATCACTGGAGCCGCCCCCATCTCCACTCCAGTCTTGACATTCTTCAGGGCTGCAATGGGATGTTGGGTAAGA 

a score=3835
s danRer3.chr12 29113675 132 + 37038836 CCAGTGTCACAGTAACTCAACACTGACCTCTTTATCACTGCTCTG--TTTCCAGATATTTGAGGCATATGGCCAGACAGAGTGCACTGCGGCCTGCTCTTTCACCATACCAGGAGACTGGAAAACTGGTGGGTT 
s mm7.chr19     55205331 128 + 61223509 CCAGTCATACTTTATCTTAAGTCTCAAAGCT------CTTCTTTGGTTTCCCAGGTGTTTGAAGCTTATGGCCAAACAGAATGCACAGGTGGATGTTCAATTACATCACCTGGGGACTGGACAGCAGGTGGGTT 

a score=-100
s danRer3.chr12 29113807 138 +  37038836 ACTGTGACTGAAAAAAAGTAATGATTAATTGAAAACTCCCAGATTCTTTGGATTTATTGGGGCTATTAGGTGTGGTTTTCAGTAAAATAATGGTTTATTACTGTAAAGGTCTAATAACGttattttaaaataaaatat 
s mm7.chr8      45306529 106 + 127874053 G--------GCAGGAGAGCCAT--------------TTCCAGACTCT-----TTCATTGGAGTT-TGAGGTTGGGATGACTGGAAACTGATTGGTTATTGATT---AGGTC-ATTAACCTCCTTGCATAGCAATGTGT 

a score=177
s danRer3.chr12 29115287 16 +  37038836 TGATTTTCATTTTCTG 
s mm7.chr8      45308233 15 + 127874053 TGATTCTCCCGTT-TA 

a score=3523
s danRer3.chr12 29115303 100 + 37038836 ACTTTAGGGCATGTTGGAGCTCCTATTCCATGTAACACTATCAAACTTGTTGATGTTGAGGAAATGGACTACTTTGCATCCAATGGTGAAGGAGAGGTAA 
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s danRer3.chr12 29115448 161 + 37038836 TCTTATAGCTTTGTTTTTTCATTT------CAGATTTGCGTCAAAGGGACAAATGTTTTCCGTGGGTATCTCGGTGATCCAGAAAAAACAGCAGAGGCTTTGGACAAAGATGGGTGGCTTCACACTGGCGATATTGGCAAATGGCTTCCTGTGAG-ATTTCAATTTAA 
s mm7.chr19     55205973 168 + 61223509 TTCTATATCTTCCTTTTCCTGTCTGGCATACAGATCTGCATCAAAGGTAACAATGTGTTCAAAGGCTACCTAAAGGACCCAGAGAAAACACAGGAAGTACTGGACAAGGATGGATGGCTTCACACTGGGGACATTGGTCGCTGGCTTCCAGTGGGTATTTCTCCTTAA 

a score=8152
s danRer3.chr12 29116067 183 + 37038836 ATTAGTATTTTTTTGTGATTTAT-CAGAGTGGGGTGCTGAAGATCATTGACAGGAAGAAGAATATCTTCAAACTGGCCCAGGGTGAATACATTGCACCGGAAAAGATTGAAAATGTTTACATTCGCAGCGCTCCAGTTGCCCAGGTGTTTGTACATGGTGAAAGTTTACAGGTGAGCTACTATT 
s mm7.chr19     55207793 184 + 61223509 ACTGATGCCTTTATCTGCTTCATACAGAATGGAACTCTGAAAATTGTTGACCGGAAGAAGAATATTTTCAAGTTGGCACAAGGAGAATACATTGCCCCAGAGAAGATTGAAAATGTTTATTCCAGGAGCAGACCAGTATTGCAAGTTTTTGTCCATGGGGAGAGCTTACGGGTAATACACCAGT 

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s danRer3.chr12 29116333 106 +  37038836 AGTCCTCTTTGGTGGCCATAGTGGTGCCAGATCCTGAAGTATTGCCAGGTTTCGCAGAGAAACTGGGATTGAAAGGTTCACTAGAAGAGCTATGTAGAAATCAGGT 
s mm7.chr11     54308776 106 + 122091587 AGGCCTTTTTGGTTGGCATTGTCGTGCCTGACCCTGAAGTCATGCCTTCCTGGGCTCAGAAGAAAGGAATCGAAGGGACCTATCAGGAACTCTGCATGAAAAAGGT 

a score=2398
s danRer3.chr12 29116499 136 +  37038836 ATTTGAAGTTTTTTAACATTCACTCCACAAAGTAAGAGCTCAATCTTCATCCTTTTGTAGGAACTCAAAAAAGCAATCATCTCTGACCTCAACAAGCTGGGTCGTGAAGCAGGGCTGAAGTCTTTTGAACAAGTAA 
s mm7.chr11     54309705 118 + 122091587 ATTTGAAATGTGTTATTGTTTCACTTACATGGT------TCAATTC------------AGGAATTGAAGAAAGCCATTCTGGATGACATGGTGATGCTGGGGAAAGAAAGCGGACTGCATTCTTTTGAACAGGTAA 

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s danRer3.chr12 29118089 303 + 37038836 TAAAGAGGAACAATTACTTAATAAGATAACTGCTT-----CGAATCGCTGCTAAAGATTTTGTTCTTTTCTTTCAGGTAAAAGACCTGTACCTGCATCCCGACATGTTCACTATAGAAAATGGCCTCCTCACTCCAACACTCAAAGCCAAACGGGCAGATCTCACCAAATACTTCAGAGTTCAGATCGAGAGTCTTTACGCCAACATGTAGTGCACTAAAAAAAAAGTTTCACATATTTATGAGTGCTGTTTGTATTGTGTTTTTTCTATATTTGCTAAAA--GATAACATATTTTGTCAGCACTGCACT 
s mm7.chr19     55209532 301 + 61223509 TAAAGTGAAATAA--ACTTTGCAGTTTATCACCTTACAGATGAAGTGCCAATCAGCAGCATGTGCTCACCTTCTAGGTCAAAAGTATCTTTGTGCATCCAGAGCCCTTCACTATTGAAAACGGACTTCTGACACCGACACTGAAAGCCAAACGAGTAGAGCTTGCCAAGTTCTTCCAGACACAAATCAAGAGCCTCTATGAGAGCATCGAG-------GAGTAGTAGCTTAAGGTACTTACTGATGAGGGCTCCGAGGCCTTGCAGAAGTATGGCCTAAAATCTATCCCATGTTTTGTCTTTTCTTCATT 

a score=2583
s danRer3.chr12 29120057 111 + 37038836 TGTTCTTTCTTTTCTTCACTCGTCGAGTTATTGGCTGAGTCAT------AGAGACATTTCTCCACACATCGGCGAGGAAACCATCCTCTGATACGAACTCCAGCTGAAGGAAGAAAT 
s mm7.chr19     55213019 117 + 61223509 TATCTGTTCTTCTTCTCCCCCTCTGGGGCTGGATCTGAGTCACCATCACAGGGACACTTTTCCACACAGTTTCTAGGAAACCACCCTCTTACTCTTGAAGTACCTGAGGGAGAAAGT 

a score=1646
s danRer3.chr12 29120253 111 + 37038836 TCATTCAAAACTTTGTCTCCGTACATCCACCACCTGTTAATTCATAAAAATCTTGTTTATGACCCCAAAATTAAGTAAAATTAAAATCTTTGATTTATTCAATAGTGAAAA 
s mm7.chr19     55216805  96 + 61223509 TCATCAAGAATTTTGTCTCCATACAACCAGTATCTG-AAATATTTAAAAGGTT--------------AAATTAAATATGTTTGAAGTTAATGCCAGTTTTCCTATTGAACA 

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s danRer3.chr12 29122101 144 + 37038836 CCTCTAGTAGCAAAGATGGTCTCCCCCTTCGTCAGTTTGATCCTGGGCTCCTCCGTACAAGGTGTCCTAAAGAAAGTGTTAAGTCCTTTTCCCAATGGACAACAGGCTCCATTATATTCCTCCACCACTCTGTACTCCACCTGC 
s mm7.chr19     55216930 144 + 61223509 CCTCTCGTTGCTAAGATGAACTCTCCTTTCTGCAGCCGGATCCGAGGCTCCTCAGTGCAGGGGCTCGTAAAGAAGGTTCTCACTCCTCTATTCAAAGGGCAGCAGGCACCATTGTAATCTTCTATGACTTTATAGCGAACCTGC 

a score=2572
s danRer3.chr12 29122315 70 + 37038836 TACTCACACTCCTCTGACGCTTGTCATGTTTTTGCTTCAGCTGCTCTATCT-------AAATAAAGAAACAAAAAGA 
s mm7.chr19     55217923 77 + 61223509 TACTTACACTTCTGACTCTCTTGTCTGCCTTTTGCTTCAACTGTTCTATCTGTTTGGAAGACACAGAGGGAGAAAGA 

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s danRer3.chr12 29122434 182 + 37038836 TACGTACAGTTAAAGTGTACTGGTCACACTTTTCATGCACAGGCCATTCAATTCCATCTCCCATTGGAGCACCAGACCAAGTGAACACCTGCTTAAAGTTTTCCCATCGGCTGCCCAGGTCATAAGGGAAGATGAAGTCTTCTCCTGTTTGGTAGTATTGGATTCTATCTTTGGCCTATGTA 
s mm7.chr19     55218636 182 + 61223509 TACTCACTGTGAGGCTGTACTGGTCACAGCCCTCTCGTATTGGCCACTCAAGTCCATCTCCTTCAGGAACTCCCGACCATGTAAACACCTGTTTAAAGTTCTTCCACTTACTTCCCATATCATAAGGAAAAATGAAGACTTCATCCAGTTGGTAATACTGAATGCGATCTTTAGCCTGTGGA 

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s danRer3.chr12 29153719 122 + 37038836 ACTCACAAAATCTTTCTCAAGTTTCTCCATCTCTTGCTTGTAGCTCTTCAGACGGCTGTTGTACATGGCTCGGCTCTGAATAGGGATCTCTCGAACCTCCAGGTCCATCTGCTCCATCTAGA 
s mm7.chr19      5980813 122 - 61223509 ACTCACAAAATCCGTTTCCAGTTTCCCCATTTCTTGCTTGTAGCTTCTCATCCTGTTGCTATACATTCCTCGACTTTGGGGTGGAATTTCTCGAACTTCCAAATCCATCTGTTCAAGCTAAA 

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s danRer3.chr12 29154359 97 + 37038836 AGACGTACCAACTCTCTGACTTCTTCAAGCTGTTTGTCGACATTTAGAACCAGCTGTGTCTTCTCCTCTGAAAGAGAAAAAGAGGAAAACATATTGA 
s mm7.chr19      5987270 89 - 61223509 ATACGCACCAGTTCTCTGGCCTCTTCAAGCTGTTTCTCCACATTGGCAACCATTTGCTTCTTCTCATCT--------AAAACAAGCAATCATATCAA 

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s danRer3.chr12 29161857 101 + 37038836 ACTTACCACCGGCTAATTTGGGTATTCGTCCGATTTTGTTGGTTATTTCAGCGGTGAGGGTCCCAAAGTCCTGTTCGTACGCTTCAAAATCTGAAGACATG 
s mm7.chr19      5992725 101 - 61223509 ACTCACCGGGAGGGAGCCGAGGGACCCTTGCAATCTTGCTGGTGATCTCAGCAGTGAGCACTGCGAAGTCCTGCTCGTACCCTTCGAAGTCGGAAGACATG 

a score=12749
s danRer3.chr12 29164970 324 + 37038836 CATACATCGTAACAATGAATATACTGTCTGCTATAATCGTGTTTGAGAACCTCCATGAGGTCAAGAGGCTTTTTCACTGGGGTCCGATCAT-GCTCTGACAGTCATCGGCGTTTGTTCCTCCATGGCCATTCTGGACTCCATTATCTGGTACTGGCCACTGGACACCACTGGAGGAAGCATCAACTTCATCATGCTCATTAACTGGACCGTCCTCATTCTTTACAACTACTTTAATGCCATGTTTGTGGGCCCTGGTTACATTCCCCTAGAGTGGAAACCGGTAAGTA----GTTTTTTTGAGGACGTTAACATTTGAAAAAGATTTTT 
s mm7.chr19      5994694 326 - 61223509 CATTCTTCACCAAGATGGGCATATTCTGCTCAGTAATCAAGTTTGAAAATCTTCAAGACTTAAGGAGACTGTGTCATTGGGGTCCCATCATAGCCCTGGGTGTTATAGCAATATGTTCCACAATGGCCATGATCGACTCTGTCTTGTGGTATTGGCCCTTACATACAACTGGAGGAAGTGTGAACTTCATCATGTTGATAAATTGGACCGTCATGATTCTTTATAATTACTTCAATGCCATGTTTGCTGGTCCTGGCTTCGTCCCTCGGGGGTGGAAACCGGTAAGAAAAAGATCCATTT---GACAATGACCTTTGCATAATTTTTTT 

a score=4040
s danRer3.chr12 29165743 169 + 37038836 TTTCTAACA-GGAGAAACAACAAGATATAATGTACTTACAGTTCTGTAGATTGTGCCAAGGCTATAAAGCACCAAGGTCACATCACTGTCGCAAGTGTAACAGGTA---GATTTGTCCAAAAAATAAAC---ATATATTTACATATGTTTATATCTGTTTTA--TCCTAGTTTAACAG 
s mm7.chr19      5995984 178 - 61223509 TTTCTATCAAGGAAAAGTCTCAGGATAGCATGTATCTCCAGTATTGTAAAGTCTGCCAAGCATACAAGGCGCCACGTTCACACCATTGCAGAAAGTGTAACAGGTGAGTGACTTTTCTGTTTACTGGACCTGATCCACTTGGTTTCTCCTCTTTTTGTTGTATTTCCTGTTGTGACAG 

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s danRer3.chr12 29167462 86 + 37038836 ATAGTAAACAAGCTTACTTTCTCCTCAATCCATGCTTCTATTGAGGTTCTGTTTCGAAGAATCACCTTCATCTACAAGAAAAAGGA 
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s danRer3.chr12 29167569 252 + 37038836 TCCATACAAGCAAATTGTGTATTATATAGACCTTAGGTTGAAAGAAAACAAACATATAATGTTGTACCTGAATAAAAAACAGCATCCCCACAGCAATAGTAGTACCCAGTGCGAGTCCAAGTGCAAAAAGCGTGGCTGCAAATGCTGCAATGCTGAAAGGCATGATGGGATGGTGGATGT-GCCGAGCCGCACTCATGTCAATCTTAACCGAGCTCCAACCAAATGAGATCTCGAAAGAAGAAAACAGGCAAG 
s mm7.chr19     55223916 244 + 61223509 TCTTTGCAATCAGGTCCAATAGCATGGCAACTTTCAGACGGAGGTGGGTAAGAAC-------TTTACCTGTATGAAAAACAACATCCCAACAGCTATGGTTGTTCCCAAAGCCAATCCCAAGGCAAACAAGGTGGCGGCAAACGCAGCCAATCCGAAGGGAACAATTGGA-GGTGGATCTCTCCTGGCTGCACTCATGTCAATCTTGACTGTGTTCCACCCAAAGGAGAGCT-GCAAGCAGTAACAATGCACG 

a score=10337
s danRer3.chr12 29169614 257 + 37038836 ATCTGCTGTATGTTTTGAACAGAAGAAC-AACTTAAATCA----CTGTGTTTTATGTCCTAATTGTACCATTATCATTAATATGGTTTTGCTCAGGTGTGTGATGAAGATGGATCATCATTGTCCCTGGATCAACAATTGTTGTGGTCACTTGAATCATGCATACTTCACCAGCTTCCTCCTGCTTGCTCCACTGGGCTGCATTCACGCTGCACTGATATTTATCATGACCATGTACACTCAACTTTATGACCGGGTAAGTG 
s mm7.chr19      5997411 247 - 61223509 ATTTGCTTGATCTTTTGAAAACTAGAGCCAAAGTGGACCAGATTTTCTGCTTTCTGCC---------------TCATCCACATATTTCTTAATAGATGTGTAATGAAGATGGACCACCACTGCCCCTGGATCAACAACTGCTGTGGTCACCAGAACCACGCCTCGTTCACGCTCTTCCTCCTGTTGGCCCCTCTGGGCTGCACTCATGCTGCTTTCATCTTCGTGATGACAATGTACACACAGCTTTATAATCGGGTGAGTG 

a score=5084
s danRer3.chr12 29197154 192 + 37038836 TAATACTCACTTGAACCTTCCTTGGCAGTGCTGACACTGGTCACCAACCCATCCACGGTCACAGACACAAGATCCGTTCACACACCTGCCTGACAGACAG------TTCTTCTCGCAGGGTTTAGAGGGAGAGCAGTCTGATATCAGCACCAAGGAGAACATCACAAAGAGCCATAAATATCTCTGCATGCCTTGCAG 
s mm7.chr19      3695775 198 - 61223509 TAGCACTTACTTGAACCTGCCCTGGCAGTGCTGGCACTGGTCCCCAACCCAGCCCGGGTCGCACAGGCAGGTGGAGTTGACACAGCGACCGGAGAAGCAGGAGCCAGTCCTCTCGCAGGGCTTGGACTGGGACACCTGAGCATAGAGCGCCAGGTAGAGGAAGCCATAGCACAGCAGCCAGCTGTTCCCGTCCAGCAG 

a score=3303
s danRer3.chr12 29199856 458 + 37038836 TGATtatatataaatatatatatatatatatat-atatat--------atatatatatat--------atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgaaatatatgtaatat-atgtaatataaattataagtaaaatgttat-tgcacattaaaaataactgctcaaaagtagtttataatttaatttaataattaattcc-----agtggttttaaag--atgcattttcagctttactccagtct------tcagagtcacaagatcattcagaaatcactctactatt--atttatttttggtattaatggtaattgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcaataatgactggagtcataat--ttaatt-----tgaaactatagaataagaa---agcagttcctttaatttttaataaatatttaacaatttacattttttacatttagtaaatgccaccttgataaac---agaataattttc 
s mm7.chr16      1205532 496 - 98481019 TTAGTACACACAGATGCACACACACATGTATATCATATATCATACTTAATAATCATACATCCTAGATCAtatatatatatgtatgtgtgtatatatgtgtatat-tatatgtGATATATTGCATATTATGTAATATA--TTATATGttgtatgttatatgctatatagatgtgtatatacacatcatccatatatatttgtgcaaaagttaatacctactgagtccatttagagttactcatatgtacatgtgcttagagctaaccacttgggattggataacctaccaggagATATCCAGTTATTTTATTGAATTCTATAATTCATTTTTATTATGAATATTGAAAAGACATAAAAATGAAAATAAGCAAATATATAGCCATTAACTGCTGCTTACATTCTGTAGTCAGTGTTTGCTATTTGCTTTA---TCTATCAAATATTCATTTATCGATCCTCTACTCATTTATCTCATGTC---TTGATACATTTTGAAATAATTTGC 

a score=-1206
s danRer3.chr12 29200339 600 + 37038836 GAAGTTTGGAAAAACGTGTATGAAAATAAGGAAAAATAATGAGAAAAAAAATAGATTTTTAGGTAAACTG--TGCCTTTAAGACAATAAGCATTGCTTTATTT----------ATGTAATAACACATGAAATGATTAACATGCTGCTA-ATCTTCATCTTA---------------------ATTCTTATAATAAATTTACAAGC-TGACTATAAATGATTTATG-ACACAAAATCTCA-ACCCATTCTCAAGCCTCTCAAATATGAACTTTGTTCTTCTCTTAAGTGTTAAG----AGTCTGAGTAAATGATACACTTTTTGCTTTGCGCACTTCATAAGTAACCAGAGTACAGTATGATGTAGCTACAAGCTGCTGGTCTTCGGGTTCTTTTTAATGTGACACCTT----CATGCACAACAAATGAAGAT----GTTCCCAATAAAATATAAACAAAATGCTAAATCATATTAGCCATGTATTAACATGCTAGAAAAAGAGGCTAACTAATAAATTTATTCATTCTTTCTTA---CTCTTTCCTGCTGTCTCCTTAATTTTTTTGAATACAAAGTGATTTCAAACATTCCACCAAGGCTTTCAACAAAGTTGTCCCAACAAAACTCACTGTCTAGCTGGCACGTTTTATT 
s mm7.chr16      1206052 587 - 98481019 GAAATTGGGATAGA---GTTTCATACTAGTTGTCAgggctggaaaaatggctcagcagttaagcacactggctgctcttg---cagagtgccctggtttgattcctagcaaccatgcgacatctcacaactctctatagatcctgatctatctccatcttctggactccatggacatcagatatgaatatgatacatctacatacatgcaggcaaaacactcatacacataaaataTTATGTATGTTTCTAATTTTCCCA----------TTAATTTTCCCCAAAATTTTCAGCTAGACTTGCAGTGAACATTGATGTTTCCCATTTGAACGTATAGTCTGTAGTCATAACTGAGTGAGAGTTAGT--CAGGCTAAAACATTTCTGGGGATATTTTAT---ACATCTTGTACTATTGTCACAAGTTGAAGGTTATTGTTGAAAATATGAGATCTATGTAATTTTGAG-------------------ACCTGCG------------TAATTTTGAGACCTGTGTAATTTTGATTGGCTTTGTTTTCTGCATTTTCCTTAGTTCTTTTGAACATAAAATATTTTTAAATCTTCCA--AAG---TCCAAGAAA--------AATAAATCTAATTATATAGATAACAATTTTTGCT 

a score=2578
s danRer3.chr12 29203587 533 + 37038836 ATGGCTTTGATATCCTAATGTCGTTGCACT-----GTAGTAAAATCAGTCAACTTAAAAAAAATCAAGAAAAAT--------------CAATTTCAAGCACCATATATGGCCATGAAGATGTATGCACATAGATGGTAACAGAGGCTCAAACAAATCAGAGCAGACCAGGCAGTTTCCTACAATT---CTTCTAATGGAAGCATGACATATGTATCAAATGGGGCCATTTCATCACCTTTAATCACTG-----TTTTGATCTCCAGCTCCACCCTTAGATTCAGATGTGGTAGTATTATGTTTTGATTTAGCTTTTTTGGCATT--CTTCTCCGAGTCTGCTGGTACTGGGCATGGCTGGAGAGCCTGTGAAATGTCAGTCAATGTCCAGCGATCTTCCTTCAATGCGTGCTCTTCTAATGTGAACTGACCCTGCTTGGTCCGGGTCAGTTCCTTGATATGAGCACAGGATGACAGAGCTGC--------AAAGGAGAAAATCGGATTATTACAATAGAAGATAGCAATCCAAAATCT-----ACAATCATGCTGCTACTGACCCAGAGAGACAG 
s mm7.chr19      3818958 559 - 61223509 AGGATTCTGTCATTAGAATATTGTTTAACTTTTTCATAGGAAAAAGACTAAGGGAAGATCAAATTCAGAAAACTTATTTATCTGAATCCAATCAGATCCATCATTCAGAGACATTAAGACATCT-TGCAAAGAACTCAAGAGGTGTATGGGCATTCCTGGTCGGGACAGACACCAACCAGGAAATGATCCTCCCAGGCCGGCCTCACA-GTGTCTTAACTGCG-TCATCTTCTCTCTTTGTGTCCCTGAGAGTTATATATCCACAGCTTATAACCTGGTCACTGGAGTTGTCAGATT----------TTAGTTTTTTAAATGTCAGCTCCTCCGG--CAGAAGAGAC-GTGCAGCGCTCGAGGGACTGTTCGATGTCATCGATGGTCCACCTGTCTTCGGGGAGGGCGTGCTGTGCAAGTGTGAAGGGCCCCTGTTTGGTGCGGGTCAGCTCCAGCACGCTGGCACAGGAAGAGAGCTCTACGGTACCCAAAAGGAAAAACGCAAGATGAGCCGCGTGGCGTTCACAATCCACAGTCTTCCAGTCAACAGAACTTCTGACCTCCCAGGGTGCCAG 

a score=2519
s danRer3.chr12 29204207 219 + 37038836 TACCTTTTCCAAGATCATCAATCAGGCTTCGAACATAGAACCCGCCTCCACACTCAACATCTGTGAAATAGAAATAGTCAATTAAATTGAAATGCATAGAACCATGCATAGTCTGTTGAGAATGACaattt---tttaaacaaaatatattagaatttataaaaatatatataataaaattGAAGAATTGTTTTATTCCTTAGttaaattatattttattta 
s mm7.chr19      3820104 205 - 61223509 TACCTTTGCCGATGTCACTGACCAGGCTCCGGATGTAAAAGCCTCCTCCGCATTCAACATCTGGAAGGT--CAGCAGT--GCTGTGGTGAGAGGC-------------TGGCCTCCGGAGAGCTCCACTTTACATAGAAACCACGCTCTTCAACACATGTAAAAATGGCTATGCAAACAATTGAGCCATAAAATATTTATATGCTGAGCCATAAATTATTCA 

a score=4525
s danRer3.chr12 29205849 174 + 37038836 AAAAGTCTAACCTATGGTGAAAAGTGGTGGGCTGAAATCTTCTAAAGACAGATTGTACACTGTGACTGGACGAGCAGGTTTAGCCTCGACCTCTTGGCCTTGCTTGAGCAGTACAGACATACGCTTGCCATCTTTCTTCAGTGCTGAATATCTTGAAATACAAATAATAGAATG 
s mm7.chr19      3822205 173 - 61223509 AAACCTCTTACCCAGCGTGAAGAACGGAGGCTGGAACTTCAGGAGGGAGATACTGTGGACAGTCACGGGCCGGGCCGGTCTGGCCTCCACCACCTTGCCTTTCTTCATTAGCGTTGAGAGTCTCTGCCCATCCTTCTTCAGCGCAGAATAGCTTGTGCGATAAG-GAGAGAATG 

a score=2706
s danRer3.chr12 29206064 112 + 37038836 ATAGTGTTATATATCAAGCAGAATAAATTGACATACAGGGGTGGAACCTGCATAATTTCGCCTGTAAACTGCTTCATCTTCTCCTCAAAAGCCTCTTTTGTGATGTGGTCTG 
s mm7.chr19      3823740 111 - 61223509 ATAAAATTAAACAT-AAATTCAATAACTGAACTTACAGCGGGGGTACTTGCATTATATTCCCAGTAAACTTCTGCAGAATGCCTTCGATATCTTCTCGTGTTATTTTATCTG 

a score=5871
s danRer3.chr12 29288242 194 +  37038836 TGCAGCTTTTTTTCCATATGCTG-----TACTAACTT--ACATGACTTTGTTC-CCTGACAGTGGCTCATCCTCAGGATCCACACCATCCTCCAGGAAAGCTGGTCA---------TCCAGTGCTATAAATGTGGGGAGCCATGCAAAGGAGAGGTTCTCCGGGTACAGTCCAAGCACTTCCATATAAAATGTTTCACATGCAAAGGTAAG 
s mm7.chr5      34860784 211 + 153054177 TTCTGTTTGCTCTCCCTGTGCTGAGTGCCCCTCACTTTAACCTGACTCCTTTCTCCCCACAGTGTCGCAGCCCCAGGCTGCTCATGCCCCACTGGAGAAGCCGGCCAGCACTGCGATCCTGTGTAATACCTGTGGGAATGTGTGCAAGGGAGAGGTGCTGCGTGTGCAGAACAAGTACTTCCACATCAGGTGCTTTGTGTGCAAAGGTGAG 

a score=10609
s danRer3.chr12 29312037 195 +  37038836 AGTGTGCGGTTGTGACCTGGCCCAGGGTGGTTTCTTCATGAAGAATGGAGAGTATTTATGCACGTTGGACTACCAGAGGCTTCATGGCACTCGCTGTAACGGCTGTGGAGACTTTGTTGAAGGAGAGGTGGTCACCGCTCTTGGGAAGACCTACCACCCTACATGTTTCGTCTGTACTGTTTGCAAGTAAGAGTT 
s mm7.chr5      34864751 195 + 153054177 AGCGTGTGGCTGTGACCTGGCTGAGGGTGGCTTCTTCGTGAGGCAGGGTGAGCACATTTGCACACGTGACTACCAGCGGCTCTATGGCACTCGCTGCTTCAGCTGTGACCGCTTCATTGAAGGCGAAGTGGTGTCGGCGCTTGGGAAGACCTACCACCCTGACTGCTTCGTGTGTGCTGTCTGCAGGTAAGTGGT 

a score=5825
s danRer3.chr12 29314846 162 + 37038836 TCTTTCTTTTTTTGCCAGACGGCCGTTTCCCGCTGGTGATAGAGTCACGTTTAATGGAAAAGACTGTCTCTGCCAGCGCTGCGTCCAGCCAACTTCGCCAACTTCCAAAGACGTCAGCGCCTCTAGTAGTAAGTTC--------ACATTCACACACACACTTTAGTGCTT 
s mm7.chr19      4155125 167 - 61223509 TCTTTCTGTTT---CCAGGCGCCCATTTCCACCCGGAGACCGAGTCACATTCAACGGGAGAGACTGTCTTTGTCAGCTCTGTGCACAGCCGATGTCTTCCAGCCCTAAAGAAGCCTCCTGCTCCAGCAGTAAGTGTCCCTGCAGACACTGACAGAAACACCTTTGTAATT 

a score=7980
s danRer3.chr12 29321127 158 +  37038836 GTGTGTCTTTTTGTGTTGTGTTGCAGACTGTGCTGGATGTGGCAGGGATATAAAGAACGGTCAGGCTCTTCTGGCCTTGGACAGTCAGTGGCACCTCGGCTGCTTCAAGTGCAAAGCCTGTGGCAAAGTGCTGAGCGGAGAGTACATCAGCAAGTGAG 
s mm7.chr5      34871550 158 + 153054177 GTATCTGTGTTTGTTCTCTGTTCCAGGTTGTGGGGGCTGTGGCTTAGAAATCAAGAATGGCCAGGCCCTGGTGGCTTTGGACAAGCACTGGCACCTGGGATGCTTCAAGTGCAAGACTTGTGGGAAACTCCTCAATGCAGAGTACATCAGCAAGTGAG 

a score=76
s danRer3.chr12 29321367 60 + 37038836 TTCTGCTCTTATCCCG--------GTTTCACTGAGGTGAAATAGA-ATAGAATAAAAGCATAAATCTCT 
s mm7.chr19      4174485 69 - 61223509 TTCTACTCTTGTTCTGTGGGAAGGGCTTCAGCAAAGTGGCTTTGGTGTCTTCCCAAGGCCTGAATGTAG 

a score=4395
s danRer3.chr12 29321427 118 +  37038836 CTTGCCTCTCTCCTTTAAGGGATGGTTCTCCGTACTGCGAAAAAGACTACCAGATCCATTTCGGCGTGCAGTGTGAGGCCTGTCACCAGTTTATTACAGGGAAAGTGCTGGAGGTGAG 
s mm7.chr5      34874500 118 + 153054177 CTTGCCTGTCTCATTTCAGGGACGGGCTGCCCTACTGCGAGGCTGATTATCACAGCAAGTTTGGCATCCGCTGCGACGGCTGTGAGAAGTACATCACGGGCCGGGTGCTAGAGGTGAG 

a score=7040
s danRer3.chr12 29337715 123 + 37038836 TGACCTTTTCCCTCACAGGCAGGAGACAAGCACTATCATCCAAGCTGTGCAAGATGCAGCAGGTGCAATCAGATGTTCACGGAGGGAGAGGAGATGTACCTACAGGGTGAGCTACATTTACGA 
s mm7.chr19      4223901 123 - 61223509 TGTTTTTGTCTTTTGTAGGCAGGCGACAAGCATTATCATCCCAGCTGCGCACGATGCAGCAGATGCAATCAGATGTTCACAGAAGGGGAAGAAATGTATCTGCAAGGTAAGACGGACTGAAGA 

a score=7040
s danRer3.chr12 29341617 123 + 37038836 TGACCTTTTCCCTCACAGGCAGGAGACAAGCACTATCATCCAAGCTGTGCAAGATGCAGCAGGTGCAATCAGATGTTCACGGAGGGAGAGGAGATGTACCTACAGGGTGAGCTACATTTACGA 
s mm7.chr19      4223901 123 - 61223509 TGTTTTTGTCTTTTGTAGGCAGGCGACAAGCATTATCATCCCAGCTGCGCACGATGCAGCAGATGCAATCAGATGTTCACAGAAGGGGAAGAAATGTATCTGCAAGGTAAGACGGACTGAAGA 

a score=11792
s danRer3.chr12 29349363 202 + 37038836 TGTTTATGTTTAGTGTGCGGTTGTGACCTGGCCCAGGGTGGTTTCTTCATGAAGAATGGAGAGTATTTATGCACGTTGGACTACCAGAGGCTTCATGGCACTCGCTGTAACGGCTGTGGAGACTTTGTTGAAGGAGAGGTGGTCACCGCTCTTGGGAAGACCTACCACCCTACATGTTTCGTCTGTACTGTTTGCAAGTAAG 
s mm7.chr19      4152174 202 - 61223509 TGTCTTTCTACAGTGTGCGGCTGCGACCTGGCCCAGGGGGGCTTCTTCATAAAGAACGGGGACTATCTGTGTACCCTGGACTACCAGAGGATGTATGGGACACGGTGCCACGGCTGTGGGGAGTTCGTGGAGGGCGAGGTGGTAACTGCCCTGGGCAAGACCTACCACCCCAACTGCTTCGCCTGTACAATCTGCAAGTAAG 

a score=5520
s danRer3.chr12 29352183 148 + 37038836 TCTTTCTTTTTTTGCCAGACGGCCGTTTCCCGCTGGTGATAGAGTCACGTTTAATGGAAAAGACTGTCTCTGCCAGCGCTGCGTCCAGCCAACTTCGCCAACTTCCAAAGACATCAGCGCCTCTAGTAGTGAGTTCACATTCACACAC 
s mm7.chr19      4155125 145 - 61223509 TCTTTCTGTTT---CCAGGCGCCCATTTCCACCCGGAGACCGAGTCACATTCAACGGGAGAGACTGTCTTTGTCAGCTCTGTGCACAGCCGATGTCTTCCAGCCCTAAAGAAGCCTCCTGCTCCAGCAGTAAGTGTCCCTGCAGACAC 

a score=8576
s danRer3.chr12 29358434 145 + 37038836 TGTTGTGTTGCAGACTGTGCTGGATGTGGCAGGGATATAAAGAACGGTCAGGCTCTTCTGGCCTTGGACAGTCAGTGGCACCTCGGCTGCTTCAAGTGCAAAGCCTGTGGCAAAGTGCTGAGCGGAGAGTACATCAGCAAGTGAG 
s mm7.chr19      4172801 145 - 61223509 TGCTCTCTTCCAGACTGCGCCGGCTGTGGAAGGGACATTAAGAACGGACAGGCGCTGCTAGCTCTGGACAAGCAGTGGCATTTGGGCTGCTTCAAGTGCAAGTCCTGTGGGAAGGTCCTCACCGGCGAGTACATCAGCAAGTAAG 

a score=6922
s danRer3.chr12 29358661 184 + 37038836 TTCTGCTCTTATCCCG--------GTTTCACTGAGGTGAAATAGA-ATAGAATAAAAGCATAAATCTCTCTTGCCTCTCTCCTTTAAGGGATGGTTCTCCGTACTGCGAAAAAGACTACCAGATCCATTTCGGCGTGCAGTGTGAGGCCTGTCACCAGTTTATTACAGGGAAAGTGCTGGAGGTGAGTACTGA 
s mm7.chr19      4174485 187 - 61223509 TTCTACTCTTGTTCTGTGGGAAGGGCTTCAGCAAAGTGGCTTTGGTGTCTTCCCAAGGCCTGAATGTAGCTT------TGTCTTTCAGGGATGGCTCCCCATACTGTGAGAAAGACTACCAGGGGCTCTTTGGGGTGAAGTGTGAAGCCTGTCACCAGTTTATCACAGGAAAAGTCCTGGAGGTAAGTGCAGA 

a score=7040
s danRer3.chr12 29374971 123 + 37038836 TGACCTTTTCCCTCACAGGCAGGAGACAAGCACTATCATCCAAGCTGTGCAAGATGCAGCAGGTGCAATCAGATGTTCACGGAGGGAGAGGAGATGTACCTACAGGGTGAGCTACATTTACGA 
s mm7.chr19      4223901 123 - 61223509 TGTTTTTGTCTTTTGTAGGCAGGCGACAAGCATTATCATCCCAGCTGCGCACGATGCAGCAGATGCAATCAGATGTTCACAGAAGGGGAAGAAATGTATCTGCAAGGTAAGACGGACTGAAGA 

a score=3105
s danRer3.chr12 29377253 87 + 37038836 TTCTCTCTCTCTTTCTCTCAGGTTCAACAGTATGGCATCCAGACTGTAAGAACAACAGTAGAGTGGAAGAGAAGTACAGAGTGAGTA 
s mm7.chr19      4227633 84 - 61223509 TTCATTCTGTCTTTC---CAGGTTCTACCGTGTGGCATCCCGACTGTAAGCAGTCCACTAAGACAGAGGAGAAGCTGCGGGTAAGGA 

a score=5852
s danRer3.chr12 29385461 103 + 37038836 CTTGTTCTCCCGCAGCCCACGAGGTCTTCGTCTGAGAGCATCTGTTCGAGACCTGGTTCCAGCATCCCTGGATCTCCAGGTCACACCATCTATGTGAGTCCCA 
s mm7.chr19      4238570 103 - 61223509 CTGTTTATTTTGCAGCCCACCAGGACCTCCTCTGAAAGTATCTATTCTAGACCAGGCTCCAGCATCCCTGGTTCACCAGGCCATACTATCTATGTAAGTATCA 

a score=8744
s danRer3.chr12 29388209 167 + 37038836 CCAGGCAAAAGTAGACAATGAGATTATTGATTACAAGGACCTAGCAGCCATTCCCAGAGTCAAGGCCATTTATGACATAGAGCGTCCAGACATGATATCCTATGAGTCTCTCCATTCCACCTCCTCCACCCTGGAAAGACAAGGAAGGCACAGCCCTGGAGAGGTAA 
s mm7.chr19      4239272 164 - 61223509 CCAGGCAAAAGTAGACAATGAAATCCTGGATTACAAGGATTTAGCAGCCATCCCCAAGGTCAAGGCGATCTATGACATCGAGCGTCCAGATCTCATTACCTATGAGCCTTTCTA---CACATCAGGCTATGAGGACAAGCAGGAGAGACAGAGCCTTGGAGAGGTAA 

a score=3452
s danRer3.chr12 29394221 117 + 37038836 TTAATGATTGTACTTACATAGAGCTCTTGTTTCTGTTCTGTTTTAGTCTCCAAGGACACTGTCTCCCACCCCATCTGCTGAGGTTAGAAGCTGTTTATAATGTTTGGTTATTTTTAT 
s mm7.chr19      4243681 101 - 61223509 TTAACCGATGCACTGACTTAAAATTCTCTTCT------TCTTCCAGTCTCCAAGGACTTTGTCTCCAACTCCATCTGCAGAAGTAAG----------TATTGTTTGGCTGGATTCAT 

a score=6045
s danRer3.chr12 29396398 242 + 37038836 CAGGGTTGCTATGACATGAGGGAGCGAATAATACAAAGATCCACCAGCCAGGGCTCCATTGGCTCTCCAGTCTATCACCGCCATAACTACATACCACCTCTATCCAAGTCACCCCAGCACTTCCACAGACCAGGTGAGTCCAATACAGTACAATTATTTAAATCTTTCCCTCATAGGATTCCAGCAGAGAATGAGCGAGATCTCCTCGTTTCATGCACTTGGCCTCGCATTG-----CCTTTCCGTT 
s mm7.chr19      4246137 233 - 61223509 CAGGGTTATCAAGATGTCCGGGATCGGATGATCCACAGGTCCACCAGCCAGGGCTCCATCAACTCCCCTGTGTATAGCCGGCACAGTTACACTCCAACTACGTCTCGCTCGCCCCAGCACTTCCACCGACCTGGTAAGG-------ATCGCTCTCCCCTGGAGCTGTACCACATAAGAGTATGTATCTGTATGA-------TTTTTCTTTTCACGCCACTGGCAGAATATTGAAAACCCTGGCCGTT 

a score=4131
s danRer3.chr12 29396641 197 + 37038836 CCTCCTGAGCTTGTTTCCTCCCTCTTCTGCTCATATGTGCTCCTTCTTCCATCCTCTGTTTTCCTCTGTCGCCCTCCT-----------------CTCCTCTGAGCG---GCCGGCAGGAATGCTGAAGCTCTGCTCCTCTTTGCGCTCCAGCA---------------ACAGTGACACGCGCCCTACCTCCCCCTTTCGACATCACTTCCTTCCCCATAACAAAGGTAAGG 
s mm7.chr19      4248217 227 - 61223509 CCTCCCCACCTTGGGCACCTGCCCTGCTCCCCTGTTAATTTCTTTCTTC--TTTTCTGTTTCCACCTCGCCCCGCCCTGGTTGGTTGGTTCCCTGCCGCACAGAGCTCTTGTCTCCTGGTGTGCACAGG---TGGTCTCCCCTGCGCACCAGCAGCTTCAGCTCCACCCACAGCGACTCCCGTCCCAACCCCCCCTTCCGACACCACTTCCTCCCCCATGTCAAAGGTAAGG 

a score=7491
s danRer3.chr12 29400082 293 + 37038836 TTTATTCCGTCATTAttctctctttctttccttcttttgttttttctttctattttg-----------------ttttctttctttctCCTGCTTATTCTGCTCTTCTTGTT--------TGGAGGCACTGAGCCATCCAGTGGCCGGAGTTCTCCCCTTTCCTCTCGGCCGGCC------------ACCCCGACCCTCTCTCTGACCCCTAAACATTTCCACATCCCAGGTAGGAGCTGGAGCATCATCT-------GCCTGTTGTTCTCTATAGTGT--CTTTCTCCATTCTTTAATTTCCATCTTTCTTTGGCTTTCACCATAATGCATCTATGCA 
s mm7.chr19      4256165 337 - 61223509 TTTGTTTC--CATTGTTTTGCCTTCCTGACATTCCTTCCCTGCAGCTCGCTGTGTTGAGTTTTGATGCGCTGGCTTTCCTTTACTGCCCTCTCTCATTCTGTTTTCTCCATTCTTCTCATTGGAGGCAATGAGCCGTCCAGCGGCCGGAACTCCCCTCTCCCCTACCGGCCCGACAGCCGCCCTCTAACTCCAACTTACGCTCAGGCCCCTAAACATTTCCATGTTCCAGGTAGGAGCTGACACAGTGTGTCTTGGTGTCCTGTCGCCGTGTAGAATGTAGCTTTGTGACCTCGTCTGTCTCCATTTCTCATTTTTCTTCATCAAGATACACATAGTCA 

a score=4501
s danRer3.chr12 29400551 104 + 37038836 ATAGATCTTTATTCTCTAATTC-GCAGACCAAGGCATTAACATGTATAGAAAACCACCAATCTACAAACAGCATGGTATGGATGCTTCAAGTTTTATGCTTTTAa 
s mm7.chr19      4257986 104 - 61223509 ACACATCTTTGCTTTTCATTTCCACAGATCAAGGGATCAACATTTACCGAAAACCACCCATCTACAAACAGCATGGTAAACTTGCTCTCCTCTTTA-GCTTTTAA 

a score=2675
s danRer3.chr12 29401995 268 + 37038836 tctatctTCATAAAACATTTTAATTTACACACCCAAAAAAAGTTTTTTGGTGACTATCATGGTGTGTGTGCAAGCATGACTCCTGACtattttttttattttttatttattCATGTGTGTTGACTCCATCCATCCATTAATTTGTGATTATGATGCTATGATCACAACCCATGTTGACATGTAAGTACCATTTGACATAAGCTTTTCTCATTTGAGAATCTTTCTTTTTTTATCGTTTTCTCACGATTGATTCGC--CAACAACAAACTA 
s mm7.chr19      4259005 215 - 61223509 TCTTTTTTATTTCAAGATTTTACATCCCACGCTTGCA-----TTTTAAGTTTATTAACAttgtttttgtt-------------------tttgttttgtttttTATGGTTTAATGTCT-----TCCCACACACTCATTAACATGTGAATGTCTAACTACTGACTTCACCAATTTTAATGAGTAAGTACTGTTTGA---------------------AATCATGCTTTTT-----GTTTTGTTGTGTTTGTTTTGCTTCAACAGTAAAATA 

a score=8351
s danRer3.chr12 29403004 185 + 37038836 ACTCATAGTCTAGTTCCTCCATAATACCGATTCAGATTCAGCTGCCCTGGCAGCCCAAAGCAAGTCCGCTGATGACATCATCAAATCCTCCAAGTTCCCTGCCGCTCATGCTCCTCGACCAGAAGAAACCGCAAAGATCGAGACAGACTACTGGCCGTGCCCTCCGTCCCTCGCTGCTTTAGGTA 
s mm7.chr19      4260418 183 - 61223509 ACCCATAGCTAAG--CATCCCTGGTTCCCATCTAGATGCAGCTGCCTTGGCAGCCCAGAGCAAGGCTTCAGAAGATATCATCAAGTTTTCCAAGTTCCCAGCAGCCCAGGCGCCAGATCCCAACGAGATACCAAAGATTGAGACGGACCACTGGCCGGGTCCCCCCTCACTTGCCGCCGTAGGTA 

a score=2863
s danRer3.chr12 29403642 106 + 37038836 TTTTTTTATTCTA-ATCAGGTTCAGATGGAAGGAGTCGATCACG------GGATGAAGAGGAGGAAGAGCAACTGAAACGCAGACACCTTCAGGAAGAACACCTCAGCAAGGT 
s mm7.chr19      4262531 113 - 61223509 TGTCTTTACTGTGGATTAGGAACTGACCCGAGGCGCAGATCAAGTGGCAGAGAGGAAGATGAAGAGGAGCTTTTGAGACGCCGGCAGCTTCAAGAAGAACAGTTGATGAAGGT 

a score=3354
s danRer3.chr12 29404566 105 + 37038836 AGATCCAGTCTGGACTTGGGAAGCTTATTCTGAAAGAGGAGATGGAAAAGGAGATGAACAGAGAGAGATATGTACGAAGTGTGGCTGCCCAG-CGATTTGATTCCC 
s mm7.chr19      4263622  93 - 61223509 AGCTCAACTCAGGCCTGGGGCAGCTGATCCTGAAGGAAGAGATGGAGAAGGA---GAGCAGAGAAAG----------AGCATCGCTGGCCAGTCGCTATGACTCTC 

a score=3240
s danRer3.chr12 29404741 163 + 37038836 TATTGTT--AatttatttattatatatttatttatttaattaCTGTTTTTACTCTGGTATAAGTACATGAGTATATAAAAGTATTCTGTCCTTT----------GCTATAGACTCTCAAACCGTTAAAACTTCATCTCTGCCTGGGTATGGACGCAATGGCCTCCATCGGGTAAG 
s mm7.chr19      4264364 167 - 61223509 TATCGTTTGAATTCTTTTTCCTGACTTTTAATTATATGAG-ATCACTAGCAGTCTCGCTAGAGCAC-------TAAAAAAATACTCTTCCTTTCTTCTCACTCAGCTTCCCATGCTCCATCATCTAAAACTTCATCTCTCCCTGGTTATGGAAAGAATGGCCTTCACCGGGTAAG 

a score=2099
s danRer3.chr12 29406757 233 + 37038836 taaatttaataacataaaatGTTCA-----AACAACAAAACTGTGCCCAATGAAAACACTTTGATAAAGTAACTTTGGAACTTTGAACAAAAATGTTCATGTCAATTCTTGATAATAGttatta--aaaaatgttttttttttatatttttCA---------TGTCTTTGCTTCTAGCCCCAATCTACAGAACTCTCTCAATACAACAGTTATGGGGACGTTTGTGGAGGACAAAGAGGTAAATTCCAG 
s mm7.chr19      4265375 244 - 61223509 TAAATAAGATAAATAAGAGTATCCAGAAAAAAAAAAAAAAGAGTATCCAG-GATTTTAGCCTGGGAAGGATTTTTGGGGTCTT---ATAAGTCTGTTC-TCCCCCCCCCCAATCCCAGCTCTTATAAAAAATGACCACCATTGAGATTTTCCAATGATGAAATTCTCCTCATTGCAGCCAGTTTCCACAGACTTCGCTCAGTACAACAGCTACGGAGACATCAGTGGCGGAGTTCGAGGTAAGGTTCCG 

a score=3836
s danRer3.chr12 29407452 96 + 37038836 TTCTGTTCTGTAGCCCACCCAAGATGCCCAAGATTCCATTACAAGAATGGACAGGGGAATGTCTATGCCTAATATGTTGGAATATAAAGCAAGTAT 
s mm7.chr19      4266950 94 - 61223509 TTCTGTC--GCAGACCCTCCCAGATGGCCACATGCCTGCAGTGAGAATGGACAGAGGAGTATCCATGCCCAACATGTTGGAACCAAAGGCAAGTGT 

a score=4712
s danRer3.chr12 29410128 144 + 37038836 ACACAATCCCTCCTTTTGTAAAGGTGTACCCATATGAAATGCTCACTGTCGCCAACAGAGGGCGTACTAAGCTCCCGAAGGATGTGGACAGGACGAGACTGGAGGTAAATAACACCTAACAGCTTTACTGTATGGAACTCTATG 
s mm7.chr19      4268015 141 - 61223509 ACACTGTCTGTCTTTCT---CAGATATTTCCATATGAGATGCTCATGGTGACCAACAGAGGGCGCAACAAAATCCTGAGAGATGTGGATAGAACCCGGCTAGAGGTAAGCAAGGCAAAAATGTGACATCAAATGAAGATCCTTG 

a score=7237
s danRer3.chr12 29411516 135 + 37038836 TCTCCCTTCGTTTATTTCCAGCGCCACTTGGCTCCCGACACGTTCTTTGACATTTTTGGGATGGAGATCCACGAATTTGACAGACTTCCTCTTTGGAAGCGCAACGACATGAAGAAGAAAGCCAAGCTCTTCTAA 
s mm7.chr19      4270165 134 - 61223509 TCTTGCTTC-TCTCTTCCCAGCGCCACTTAGCCCCAGAAGTATTTTGGGAGATCTTTGGGATGTCCATACAGGAATTTGACAAGTTACCTCTTTGGAGACGCAACGACATGAAGAAAAAAGCTAAACTCTTCTAA 

a score=-100
s danRer3.chr12 29449330 1069 +  37038836 AATGAATGCTGCTTAAAAAATAGATCGGTTTTCAGAAAACCTTGAAGCTGGAAAAATTAttt-----gaagattgg---taattcaaagaatcattg-----------------------ttattgacagcaaattatc----------------------atattagagttatttctaaagaa--------ttatgacac-----tggaaatatggagactggaaatttagctttaaaaccacaggaataaaatg-------ttttagcaatcaatatgaaaacagttttacaggtt----ttgctttgttcaatca-agtgcatcctt---attgagca----gaaaaagcttcttctaaaaa------tcatactaattccaacctttg----atcggaagtgtTTTGAATCGTAACG-TACTGCCCTTCTCCTGTTTATTTGCGCGCTAGTCTG---------TCTACCGTGTCACTG-----TCAGACCCA---------AGTTT---CATTACTCTGAGGAA--------GTGTAAGCAGTTGTAGCTCTTTCAGGGACACATCATGCTCGCTCTCACCGTTTGCGATGTTTATTGGGATCATG---GCCAAACTGTAACCAGCGGAAACTCGG----------GCCCTTGTTGGACTGAAGTCAGCTGACTCCACATTCCCATGGTCCTTCCAGAGAAGGGCATCGAAGTCAATCT------CTGAAAACACACGACAGAGAAAATGTTTGGACAACAGCTCAGCTGAGC-ATCATGGGAAGAGAACCGA-------TGACAGTTttaaagggacagttcaccgcaaaattacaattctgccattatttactcaacttca-tgtcatgcttgactttatcacttta--------ttacatg-------------gagaatcaaagaggatatttttaaATGGTTATGTCCTTAGTGACATTTTTGttctttctttcttt--gtttctttctttgtttgtttgtttctttccttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcttgctttctttcAGATCTTTTGTTTAATAAATTTGGCTGTGGT---AATGCAAACAACATAAATAAAAAAATGCCAAAAAGT-------CTTTTTAATTATTAATTCAATAT-TGTTTGTTGTTGTTATTTTTTATTTCCTTTTCTATTTCTTTTATTTTACTTTCGCTTTGTTAATAAAAACAGTTTCACTACATGAGA 
s mm7.chr2      59100909 1230 - 182548267 AGTGAATGCTCATGAAAAAATAAATGGAATTTTAAAAAAACTTAAAGTAAGAAAAATTGCATTAAAATAAAATTGGATACAGTTCAAAAGGAACTTGAAATAGTTTGGTTTATATTTTGTTTGTTGATATTGAAGAATCTTCCTTGCTTCttatattttatttattatatttatttCATTAGTATAGCTTGTTCATTACCCTTTTGTGGAAAAACCTGTATGGCATATATATCACAGAAATTAGAGAAATAAAATGCAGAAGTTAAAAGCAATAAA-ATAAAACTAATTTCTTAAATTAACATTATTGTTCTTATACATATTTCAACCTTTTGATTGTGGATTTTTAAATAAAATATTTGGATAATTTTGTTTATACCAACTCTGCCATTTGTTATATTTTATGGTTttgttattgtttcattattattattatcattgttattattattTTAAGATGGGAACTTATGCAACCAAGTTCATGAGCATTCAGCCCTAGCCTTAGATAGTTTTTATATTCTCCTTTGAAATTTCATTCTTATAAAAAATTTTCCCATTTTTAAATAtttattttatgtgcataaacatttttgcctgcatgtgtgtacaacaagtgcttaaatgttgctagtgaagacttggaagatcatcaaatcctcttgaactgaa--------attccaaatagtcatgagctgcaccctgtgtgccat--aagcaaatctgggtccttcaaaagagcagacagtgc-----tcttaactgccgccgagccatcCTACCTTTTAAAG---ACTTATTTGTTCTAATATTTTTA-----ATTATTCAACAACTTCACACAGTTATACCATTAACCAGACATTTTCATTATCCTTCCCTTCTTTATCCCcctagaagttctttggatgtaaccccctgccagaacagccatgttgctggattaaaattactctataTACAGTAACAtctcttttcttcctttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttttctcttctcttcttttcttttctttttctttttcttttttttACACATGATATAAATCTACCCtttatagctgaaaatgcttcattaggtatacatactttattctcattatttgactatctatccatggatacctaagattattccctaatttgattatt---attaacactactTTTTTTAAGAAGCAGAA----AATATATGAGA 

a score=22363
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s mm7.chr9      65419962 1158 + 123828236 GGCAGCCGCAGAAGAAAGGTCTGTAAAGAGCCAGGCCGAGGAAAGCCAGCCTTTTCCCTGAGCAGCCGCCAGGTGCCATCTTCAATGGCATAGACCAACGTGGATACACGGTTGACAGTATAAACGGTGTCCCCACGCACTACAGACGTGAAGAGTGCTCCCTTGCTGTTGACAAATTGGCCAGGTAGCGATGTCCACTGGCCTGTGACCAGGTTGAGGCAATCGATGGCACAGTGCAGGAAATCATCGGAAGGTCCATTTCGTACTACATAGAGACTATCGCGATGGGCCACCATAAAGTGACCGTAGCTCTGTGAACGACACAGTTCAGCCACTGGCAGCCACTTGTCCATTTGCACCACATACTCGACAACGGCAGTGATGTCTGCCGGCCTCCACAGGCACACGAAGAGGCGGCCACGTGCCTGGGCACAGGGAACCCCTGTAGCCGGCTGTGGCAAGTCCGCCACGAAGCTCCAGCAACCTGTGGCGGGATCATAGCACTCCACGGAGCTCATGGGTGTCCTCTGGAATTCGCCACCAATGGCATAGAGGCGGCCTTCGAAGCCAGCCAGCGCCATATCATAGCGCGGTTGGTGAGGGCTGGGGAATTCGCACCAGGTGCCACCCTCTGGGTCGTAACAGAAGCCTAGCTCCACTACTTCCTTGCTGGCACCACACACGCCACCCACGATGTAGAGCTTGTTGCCCAGGGTGGCCACACCCGCCAGCAGTGTGCTGGCCTCCAGGGGCAGCGCGGCCAGCGTGCGCCATGCGTCCTCTTCCTCGTCCAGGAAGCACATGGTGCGCGACGCATCCTCTAGGAAGCCCGGTGTGGGCGTGTGCGTGCTCACCGCCACGTA-GGTGCTGGGTCGCAGCGCCGCCACGTAG--GCTCGGGCCTC----GGGCAGCTCCAGTTGTGCCACCAGCTCGTGCGACCCGTCGCGGATGAAGAGCGCAGCGCTGTGGAGCACGTCGCGCAGGCCGAAGGCGGCGGCCGCGTCGCACAAAAGCGAGCAGTTGTCCGACGTGACGCTGTGCTCCAGGAAGCGCGCGAGCGCGGGCGCCTGCAGGAACGCGGCGCACTCCACCGCCTGCAGCAACTCGTCCTCGGCCGCCAGCGCCGGCCGCTCTCCGCGCAGCACCCGCAGCGCCGTGCGG 

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s mm7.chr19      4374005 91 - 61223509 ACACCCCTGCAAGTCAGCGATCCATGCTAAGGAAACTCAACACAGGGGCTGTCATCCTTCCTGAGGCTAAATACAACATTAATATATTTGC 

a score=10682
s danRer3.chr12 29486954 221 + 37038836 TTCCAGAAGACACAGAGCAGTTGAGCAGCTCATATGAGTCCTATGATGAGGAGGAGGTGACGAAGGGTAAGTCCACAGCGCAGCACCAGTGGCCTTCGCCTGAAGCCTCCATCGAGCTGATGAAGGACGCGCGGATCTGTGCTTTCCTCTGGAGGAAGAAGTGGCTCGGCCAGTGGGCCAAACAGCTGTGTGTTGTCCGGGAACACAGGCTCCTGGTGGGT 
s mm7.chr19      4377256 218 - 61223509 TTGCAGAGGATGGAGAGGCTGTGAGCAGCTCCTACGAGTCCTACGATGAGGACGAGAACAGCAAAGGCAAGGCT---GCCCCCTACCAGTGGCCCTCGCCCGAGGCCAGCATTGAGCTGATGCGTGATGCCCGCATCTGTGCCTTCCTGTGGCGCAAGAAGTGGCTAGGCCAGTGGGCCAAGCAGCTCTGTGTGATCAGGGACACCAGGCTCTTGGTCAGT 

a score=-99
s danRer3.chr12 29487175 74 +  37038836 GACATCATCACTTATTTCAGTGACATAATGGCTTGTCAGCGACA-CCCACATTTCAAACCCACAGCTGATCTATG 
s mm7.chr5      35010646 60 + 153054177 AGC-------------CCAGTGGGGCTGTGCC--GCCATTGGCAGTCCGAAGTACAGGACCACAACTGGTACATG 

a score=380
s danRer3.chr12 29487727 8 +  37038836 CTACTGTA 
s mm7.chr5      35013230 8 + 153054177 CTGTTGTG 

a score=8641
s danRer3.chr12 29487735 187 + 37038836 TTTAGTGCTACAAAAGCTCAAAGGATCAGACTCCACTGCTGGATATCAGTCTGCTGGGCTGCAGTGTGGTGTACAAAGAGAAACAAACAAAGAGAAAAGAGCACAAGTTGAAAATAAGTCCACTGGGAGCTGAAGCCATCGTCCTGGGACTGCAGAGCAAGGAGCAGGCTGAACAATGGCTCAAGGT 
s mm7.chr19      4379090 187 - 61223509 TCCAGTGCTACAAATCGTCCAAAGACCACAGTCCTCAGCTGGACGTGAACCTGCGGGGCAGCAGCGTCGTGCACAAGGAGAAGCAAGTGCGGAAGAAAGGACACAAGCTCAAGATCACACCGATGAACGCTGACGTTATCGTGCTGGGCCTGCAGAGCAAGGACCAAGCTGAGCAGTGGCTTCGGGT 

a score=8418
s danRer3.chr12 29491888 227 + 37038836 TTTCCTCTTGCAGGCTACCTTAACGTCCTGGTGAACACCCAGTGGAGAAGCCGATGGTGTTCGGTGAAGGACAGGCAGCTATGGATCTACAGTGACAAAAGCAAGGGCAAAGTGGCCCAGCAGCCACTGTCTCTAGAGGGGTGTATGGTCCTGCCAGACCCCAGTCCTGAACACCTCTACTCTTTCCGCATACAAATGGATGGAGAGGAGCTCGCAATCCTAGAAGT 
s mm7.chr19      4386922 227 - 61223509 TGTCCTTCTGCAGGCTACCTGAATGTGCTGGTGAACAGTCAATGGAAGTCACGCTGGTGCTTCGTTAGAGACAGCCACCTGCACTTCTACCAGGACCGGAACCGGAGCAAGGTGGCCCAGCAGCCCCTCAGCCTGGTGGGCTGTGACGTGCTTCCAGATCCTAGCCCCGACCACCTGTATTCCTTCCGTATTCTCCACAACGGCGAGGAGCTAGCCAAGCTTGAGGT 

a score=7311
s danRer3.chr12 29494742 193 + 37038836 TTTTCCTGTCAGGCTAAATCCTCAGCTGATATGGGCCACTGGCTCGGGCTTATACTGTCACAGACTGGGACCAAAACAGATCCAGAAGATCTCAGCTATGACTATGTGAACTCTGAGAGGATATCCAGTATTGTTAATGCTGCCAAGACATCCATGTAGTAAGTCACTTAATG--TTAATCTGTGTGCTTTGCAA 
s mm7.chr19      4389384 195 - 61223509 TCCTTCTCCTAGGCCAAGTCTTCAGAGGAGATGGGCCACTGGCTAGGCCTCCTGCTCTCAGAGTCGGGCTCCAAGACTGACCCGGAAGAGCTCACCTACGACTATGTGGATGCTGAAAGGGTTTCCTGTATTGTGAGTGCGGCCAAAACCTCTCTCTTGTGAGTAAGAAGAGGCCTTTCCTTGTGTGTCTTTTAA 

a score=3679
s danRer3.chr12 29496222 141 + 37038836 TTTGGGGAGGTTTCTTATGTGTGGGAGCCTG------------ATTTGTGTGTATTTGTCAGTCTGATGCAGAGGAGGTACTCAGAGCCCAACACATACACAGACAGCCCACCGTCAGACCCTCAAACCTGTGATGACATATATGATGATGTG 
s mm7.chr19      4390224 150 - 61223509 TTTGAAGTGGCTGGGGTTCTATGGGGACCTGGATGCATTTTTCACCCACATATGTCTTATAGACTGATGCAGAGAAAGTTCTCAGAGCCCAACACATACATCGATGGCCTGCC--CAG-CCGGGATTGCCAGGACGATCTGTATGATGATGTG 

a score=3049
s danRer3.chr12 29496721 135 + 37038836 GTAAATGCTGAGGAAGAGAATGGGAAAGACCGAGTTTATCTGGATCTGATCCCGCTTCGCTCTTTCCTGCACACTA--------GCTCAG--GCAGGGTGTCACCACAGACGTCCAGCACCACACAGACAGAGATCAGTCCCTCA 
s mm7.chr19      4390981 145 - 61223509 GTCGATGCTAACAGTGGTAGTGAGCCAGACAGAGTCTACCTGGATCTCACACCGGTCAAGTCCTTCCTGCACAGTAGCAGTGAGGCTCAGGCGCAGGCCTCTCTCCCAGCAGTGCCACATCAGGACGATGTAGCTGAGACCCTCA 

a score=4609
s danRer3.chr12 29500479 194 + 37038836 CGCACTTACTTTACAACTCAACACATTCCCTTCTGTTTAGCAGGTCCGGGGTCAGTTGAGGTGAAATTAGGGAAGAACAGGACAGAGGCCGACGTGCGGCGCTACACTGACGACAGGGACCGGCTGGAGCGAGAAAGAGAGGAGGTTAAAAACACTCTGGCCACCCTGAGGAAAGACAGACGAGAGGTGAAAGA 
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a score=7060
s danRer3.chr12 29501751 167 + 37038836 GGCCTCTCTGGAGGCTCGTCTGAAGCAGATGGAAGAGACGTGTCGTGAGGCAGAGCGTAGGCGAGTGGAGGTGGAGCTCAGCCTGATGGAGGTGAAGGAGAATTTGAGGAAAGTGGAATCTGGACCCTTTACACTGGGCACCACTGTGGACAGCAGTCTACTGGACA 
s mm7.chr19      4392973 167 - 61223509 GGCCAAGCTGGAGCAGACACTGAAGAAAATAGACGAGGAATGCCGGATGGAGGAGAGCAGGCGTGTGGACCTTGAGCTCAGCATCATGGAGGTGAAGGACAACCTGAAGAAGGCAGAGGCTGGGCCCGTGACCCTGGGCACCACTGTGGATACCACGCACCTGGACA 

a score=4788
s danRer3.chr12 29502675 202 + 37038836 TTGATATATATTCTAGCCCAAGCCAGCCGCTGTGTCTAGCCCTGCTCCAAATACACCCAACAACACCAACATTAACACCCCCGCCTGCACCAACAACGAAGATTCACCTGTCAACTCAGCCACAGCCCTGAAGAACAGACCCCCGTCCGTCATGGCAGCCAGCAAAGGAAATGTTCTACAGAAAGCCAAGGTTAGTCCACTC 
s mm7.chr19      4393225 186 - 61223509 TTTATATACATAGTAATTTGACCCAGTCCTTGT-TCTCCTTCTCAGCCACA---GCCCAAAGCTGCCACCCCCAACCCCCCACCAGACTCCA------------CGCCAGTCAACTCTGCATCTGTGCTCAAGAACAGGCCTCTTTCCGTCATGGTCACAGGCAAAGGCACTGTCCTGCAGAAAGCCAAGGTGAGTGGCCTC 

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s danRer3.chr12 29510137 136 + 37038836 ACTGACGTGTTTCGCAGTGTGGACCCTTCCAGCCAC---GGCATTCGCAGCGGTAACTCCCATTCAGCATCACACAGATGCCATCATTCATACAGGGGTTTGGACTGCAAAGGTTTACAGGCTTCTTCACATCTGTAAA 
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a score=11176
s danRer3.chr12 29510324 583 + 37038836 TCCTGATTTACCTGAACACACCATCTGTACCAGCACATCCTCTGAGTATTTTAGGTCATCGTATGAAGGCACGGTGATCATGTGATCCTCAGAGCCAGAGATGCGGAGAAGAAGCTCCTGCTGGATGTCCCCAACTCCAATTAAGAATATGGACACTCCGCTATCACGGATCTTCTGTGCAGGCACCGCAGCGTCCTCCACACCCGTCCCATCAGTCAGCACCACCACAGCCTTGTTGACTCCAGGACGTGCTCCCTTCCCCACCGTCAGGCTTTGGGAGAGCACATGGAGCAGGGCTGAACCTACAGAAGCCTTCCCACCCAGAAAAGCGGCGTCCCCCACAGCCCTCAGCACAGCGGAGCCCGAATTGTACT--TGTCCAAGTCAAAGACCGTGACTGGACGCCTCCCATAAACCACCAATCCCACCTGAGCCACATCTCGATTAATGTCAAACTGCACTGAAGTGCTCCGAACAAAATCCTGAAAGTGAATGAAATTCTCCTTGCCGACACCACTGGAGGCATCCAGAACAAACACAAGGTCCAGAGCCTGACCCAGACAACCTAACAG---AAACAAAAGGGGT 
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s danRer3.chr12 29512692 582 + 37038836 CCTGGTTGTCGACG-CTGCAGATTTTGGCTCTTAGTTCTGGGATCTTGCTGCTCAATCTATCCGGTGACTGGTACATGATGGTGCGCTGAGGGTTCCCTGTGATGTTGTTTATCTCAGCCCTCATGCCTTCTGGCGCTACACCGATGATGAAGATCTCCCTGTCCCGTGCGTACTTCGCTGGCTCCACCACATGATCTGCTGAGGGCGTCCCGGTGAGCAGAACTACCACCCGCGGCAGGTCGTCCTGAACG--TCAGCGAACACAGGCGTGCTCTGGAAGCCGTGGCGTGTGATGTAGCGAAGGGCATTTCCGGTTTTCGTCTGCCCACCACGATACTGAAGTCCCTCAACAGCCTGGATCAGCTTCACCGGGTCTCTGTGCTCCCCAATTCTGGCCTCGATCTTCACGTCGCTGCCATACTGGGCCAACCCCATTTTTACAGGAGTGTCAGAGCTCAATACGGCCTGCATGAAACGCTTCAGGAAGGACTTGAATCGCAAGAAACCCTCCAGAGTAAGAGCAGAGGAGCCCTCCAGCAGGAAGAGCACATCCACGGAGCAGTCAAAACTCAGAATGGGAGCTG 
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a score=5116
s danRer3.chr12 29515087 163 + 37038836 GTGAACTTACCACAATTGGGGTCATTGGCGTAACCAGCAGGACACTCGCACCGGTATTTATCCAGTCCTTCAGAAACACACGTCCCCCCATTCTGACAGGGCTGAGAGTCACAGGGGTCTG-AAGAGAGATGCTCATTCATATTCATCTGATGATGAGCAATGA 
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a score=2913
s danRer3.chr12 29515285 70 + 37038836 TACCTGGACAAATAGTTCTGTGACAGACAGCAGGGTGTTGCCTGTAAACTTTGTTATACCTGTAAGACAA 
s mm7.chr19      4403998 70 - 61223509 TACCTGGACAGATGGTTCTGTAGCAGTTGGCAGGGTGTGTCTGGAACACTCTCTTCCAGCTACAATTCAA 

a score=4260
s danRer3.chr12 29517528 146 + 37038836 ACCTGTAATGAGGGCACAGGGACGTGTATGCCGAGTATCT-----CTTGGACCCTTTCCAGCAGACAAAGTTTCCCTGAAGCTGTTTGACCGTCTCCAGGGTTTTCTGCACACATGGGTATGACTCCACCTTACAGCCTG---CAGGATTCACA 
s mm7.chr19      4405153 152 - 61223509 ACCTGTA--GAAGGGACAGGGCAGAGCCAGCACAGTGTCTGCTTGCCTTGATCCTCTCCAGCACAAGGCATTGCCAGCGAGCTCCCTGACGGTCTCCAGCGTCCTCCGCTCACAGGGATGAGGTTCCACCCTGCAGTCTGTGTCAGAAGacaca 

a score=4037
s danRer3.chr12 29521978 158 + 37038836 TACCTGGGGTAGCGAATCCCCACAGCAAACAGAAGCACTCCAGACAGCTTGAGCTCAGAGGCAGGCAGCTGCACGGCCCCCTGGGACTTTCCGTCAGATAACAGGACGACGACTCGCGGCACAGAGGAATTACGTCCACCGGAAAACCCCTTCCTCAA 
s mm7.chr19      4409455 158 - 61223509 TACCTGGGAAAACGGACTCCTACGGCAAACACGACGATGCCCCTTTCTCTCAGCTGCTTAGCCGGGAGAGCCACGGGCCCCTGGGACTTGCCATCCGTGACGATGATAAGAATCTGGGGCACAGAGCCATTTCTGCCTCCGGGGAACCCTCTGCTCAG 

a score=2435
s danRer3.chr12 29544535 247 + 37038836 TTACAGGGCACAGTAATTGACCTGAGAAACCCTGGGATGTTCTCCATCCACTGGCAGTGCGAGGAGATGATAGAATCCCTGAAGAAGATTACCCAACAGCTTCAGA-AGACCTAT-----TGCTCTTCATTCGCACAAGAGTATAAGCCTGAAGTTGGTGAGCTCTGTGCTGTCAAATTTTCTATTGATCAGGTAAGGCTAATAATTTTAAATCTAATAAGAGTTTTGTGAAATGCATTGTTTTAAATCACTG 
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a score=5182
s danRer3.chr12 29547142 192 + 37038836 CTCTTTATGCATTACAGAGGACAACCAGTGGTACAGAGCTAAAGTTCTGGCATATTCCTCTGAGGATCGTGTGTGTGTCGGATACATAGACTTTGGAAACTCTGAGGAGGTTGAGCTAAATCGCTTAAGGCCGATCAGCAAGGAGCTGTTGGCTTTGGCAACACAAGCAATCCCCTGTTCTCTAGCAGGTAT 
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a score=-17
s danRer3.chr12 29547359 654 + 37038836 TTGGTTCAGAATTGCTTGCATGAAGTCAGAATTCAGCAAGGGTTTTGATTGTGTTCTTGCTGAACATGTTAATGTTTCTCCAGGTATAAAGTCTCTAACAGACACCTGGTCTGATGAGGCAGTTCTGATGTTGAAACATCTGGTGTGCAACCGCTTCATTCGGGTTGAGATTCTGGGTAAAAAGGACGGTAGGGCTCTGGTGTCCATGATCGATGAGTCCAGTGATCCTCAGGCCAGTGTCACAGAGCTGTTGGTTAACATGGGTTTTGCTGCTATTGAAAGTGTGGAAA-CCAAGAAAAATGAACCAGATCCAGCTACCTCCACTGAAATTCCCCGTAAGTGAAGTATTCCTTGATTTTTAGGTGTTTTTTTTTTTTAATGTTTTTTAAAAGACAATATATGTAAAGATTCTTTAATTGCGTTATAGCCCTAAGTCAACCTGTTGTTGAGAAATTGGAGTGGACTGGTGCTGAACTTCCCTTTGATGGCCAGAAGGTGGAGCTGGTGATTGGTACACTGAAGAGCCTTGATGAATTCTACTGTTACAACTACAGTAAAACAGGTGCCTTGATTGTCTATCAGTGTTGCCTTTCCTGCAGTGTGACGTATGTTTGTAATTAAGTGTTTTATTTTTGTGTCTGGCAGACGAACACA 
s mm7.chr19     56767561 537 + 61223509 TGGGCCCAAGAGTGCATGCATGG-GCCAGACTTCAGGGGAGCTGGTGTTTGGGTGCCTCTTTACCTTGCTAAC-----------TGAACAGTCACATAAATACACCTA----------------CCATTATATAAACATC-GGTGTG-----------------TTGAAAGTTTGATTAGTCAGAAATGTGTGACACT-----------CAAATGAGC------AGCTTAAGTGCAAT---CCTGAATTTTAGGCTCACTT---------TCCTATAAAGACAGCAGAAAGTCAGTGGGAATTGAGCTGTCCTAGGT-CCTCCACAG-----CCCTGCCAGTGA--CAGCCCTCCCTCACAAACTGTCTCCTCCTGTGAG--------AAACATTGTTATTTTCACAGTTCCCTTGGC--CATTGAAGGTCCA------------GCAGAGGCGTTGGAGTGGACGTGGGTGGAGTTCACTGTTGACG---AGACCGTGGATGTGGTGGTCTGCATGATGTACAGTCCCGGGGAGTTCTACTG---CCACTTTCTTAAAGATGATGGTAAGCTGGCTCGT--GAGTTGTTGGTTCTGGAG-----CGTGTGTTAGTTACCGTGTGACATGAGCTCTTTGCAAGCAGCCAGGCACA 

a score=4091
s danRer3.chr12 29548674 240 + 37038836 AAACTTTTAATTTGTAAGTTACAGAA-TATCAGTG----TGACTTGTTTTCCTTTCTGCTATGCAGGAGACGCCCGCTGGTACAGAGCCATGGTGTTAGAGGTGTGTGGAGAGGGTAAAGCTAGAGTTTGTTTTGTGGATTATGGGAACTCCTGTGAGGTTGATGCAGCACACCTCAAGGCCATCACACAGAGCCTGCTAAAACTGCCCTTCCAGGCAATACGCTGCTGGCTTGCAGGTTTGTTT 
s mm7.chr19     56771902 232 + 61223509 AAATATTGAATGTGAAGGAAAAAGAAATGTCAGAGACTCTGAACTGCTTCC-------------AGGTGACGGCAACTGGTACCGGGCTCTAGTCAAGGAGATCTTACCAAGTGGGAATGTTAAAGTCCACTTTGTGGATTACGGAAATGTTGAAGAAGTTACCACAGACCAACTCCAGGCGATATTACCACAGTTCTTACTACTTCCATTTCAGGGGATGCAGTGCTGGCTAGTAGGTAGGTGT 

a score=1221
s danRer3.chr12 29548930 196 + 37038836 CATTGCTGTGAAATATTAGTAAAAATAGTGAATGTGTTG--TGTTTATGACTGTAATTGCTTTTATATGCAGGAGTGGAACCAATGGAGGGCCAGTGGAAAAAAGAAGCTATGCTTAGGTTTCAGGC--TCTTTGTGCCGGCCAGCCTTTGAGTGGCAAAGTACTTTCCATCACTAAGAAGGGTTATGGGATGGAGCTGG 
s mm7.chr19     56774318 198 + 61223509 CAGTCCTGCCAACCATCAACAAGCTCACCGCATGCATAGACTTTTCTTTAATGTTTTTTCCTTACTTCTCAGATATACAGCCCCCAAACAAGCATTGGACAAAAGAGGCCACAGCAAGATTTCAAGCATGTGTTGTGGGGCTCAAACTCCAAGC--CAGAGTTGTGGAAATCACCGCGAACGGCGTGGGCGTGGAGCTCA 

a score=1270
s danRer3.chr12 29549138 36 + 37038836 AAACTGTTGCTTCTGTGCTCATCTCTGAGCACCTGG 
s mm7.chr19     56774540 36 + 61223509 AAATCATTAGTGATGTGCTCATCAGAGAGCAGTTGG 

a score=5852
s danRer3.chr12 29559082 103 + 37038836 CTTGTTCTCCCGCAGCCCACGAGGTCTTCGTCTGAGAGCATCTGTTCGAGACCTGGTTCCAGCATCCCTGGATCTCCAGGTCACACCATCTATGTGAGTCCCA 
s mm7.chr19      4238570 103 - 61223509 CTGTTTATTTTGCAGCCCACCAGGACCTCCTCTGAAAGTATCTATTCTAGACCAGGCTCCAGCATCCCTGGTTCACCAGGCCATACTATCTATGTAAGTATCA 

a score=1728
s danRer3.chr12 29561764 61 + 37038836 CTTTTCTCCCTGTGTTTCTCCTCTTATGTGTCCCCTGCCCCTCGTCCCCTCATCCTCTCCT 
s mm7.chr18     28707183 60 - 90918714 CTGTttcctctctctttc-cctcttatctttcttcttctctcctgtccctttccctcttcc 

a score=8744
s danRer3.chr12 29561829 167 + 37038836 CCAGGCAAAAGTAGACAATGAGATTATTGATTACAAGGACCTAGCAGCCATTCCCAGAGTCAAGGCCATTTATGACATAGAGCGTCCAGACATGATATCCTATGAGTCTCTCCATTCCACCTCCTCCACCCTGGAAAGACAAGGAAGGCACAGCCCTGGAGAGGTAA 
s mm7.chr19      4239272 164 - 61223509 CCAGGCAAAAGTAGACAATGAAATCCTGGATTACAAGGATTTAGCAGCCATCCCCAAGGTCAAGGCGATCTATGACATCGAGCGTCCAGATCTCATTACCTATGAGCCTTTCTA---CACATCAGGCTATGAGGACAAGCAGGAGAGACAGAGCCTTGGAGAGGTAA 

a score=3452
s danRer3.chr12 29567839 117 + 37038836 TTAATGATTGTACTTACATAGAGCTCTTGTTTCTGTTCTGTTTTAGTCTCCAAGGACACTGTCTCCCACCCCATCTGCTGAGGTTAGAAGCTGTTTATAATGTTTGGTTATTTTTAT 
s mm7.chr19      4243681 101 - 61223509 TTAACCGATGCACTGACTTAAAATTCTCTTCT------TCTTCCAGTCTCCAAGGACTTTGTCTCCAACTCCATCTGCAGAAGTAAG----------TATTGTTTGGCTGGATTCAT 

a score=6036
s danRer3.chr12 29570015 242 + 37038836 CAGGGTTGCTATGACATGAGGGAGCGAATAATACAAAGATCCACCAGCCAGGGCTCCATTGGTTCTCCAGTCTATCACCGCCATAACTACATACCACCTCTATCCAAGTCACCCCAGCACTTCCACAGACCAGGTGAGTCCAATACAGTACAATTATTTAAATCTTTCCCTCATAGGATTCCAGCAGAGAATGAGCGAGATCTTCTCGTTTCATGCACTTGGCCTCGCATTG-----CCTTTCCGTT 
s mm7.chr19      4246137 233 - 61223509 CAGGGTTATCAAGATGTCCGGGATCGGATGATCCACAGGTCCACCAGCCAGGGCTCCATCAACTCCCCTGTGTATAGCCGGCACAGTTACACTCCAACTACGTCTCGCTCGCCCCAGCACTTCCACCGACCTGGTAAGG-------ATCGCTCTCCCCTGGAGCTGTACCACATAAGAGTATGTATCTGTATGA-------TTTTTCTTTTCACGCCACTGGCAGAATATTGAAAACCCTGGCCGTT 

a score=4131
s danRer3.chr12 29570258 197 + 37038836 CCTCCTGAGCTTGTTTCCTCCCTCTTCTGCTCATATGTGCTCCTTCTTCCATCCTCTGTTTTCCTCTGTCGCCCTCCT-----------------CTCCTCTGAGCG---GCCGGCAGGAATGCTGAAGCTCTGCTCCTCTTTGCGCTCCAGCA---------------ACAGTGACACGCGCCCTACCTCCCCCTTTCGACATCACTTCCTTCCCCATAACAAAGGTAAGG 
s mm7.chr19      4248217 227 - 61223509 CCTCCCCACCTTGGGCACCTGCCCTGCTCCCCTGTTAATTTCTTTCTTC--TTTTCTGTTTCCACCTCGCCCCGCCCTGGTTGGTTGGTTCCCTGCCGCACAGAGCTCTTGTCTCCTGGTGTGCACAGG---TGGTCTCCCCTGCGCACCAGCAGCTTCAGCTCCACCCACAGCGACTCCCGTCCCAACCCCCCCTTCCGACACCACTTCCTCCCCCATGTCAAAGGTAAGG 

a score=7491
s danRer3.chr12 29573699 293 + 37038836 TTTATTCCGTCATTAttctctctttctttccttcttttgttttttctttctattttg-----------------ttttctttctttctCCTGCTTATTCTGCTCTTCTTGTT--------TGGAGGCACTGAGCCATCCAGTGGCCGGAGTTCTCCCCTTTCCTCTCGGCCGGCC------------ACCCCGACCCTCTCTCTGACCCCTAAACATTTCCACATCCCAGGTAGGAGCTGGAGCATCATCT-------GCCTGTTGTTCTCTATAGTGT--CTTTCTCCATTCTTTAATTTCCATCTTTCTTTGGCTTTCACCATAATGCATCTATGCA 
s mm7.chr19      4256165 337 - 61223509 TTTGTTTC--CATTGTTTTGCCTTCCTGACATTCCTTCCCTGCAGCTCGCTGTGTTGAGTTTTGATGCGCTGGCTTTCCTTTACTGCCCTCTCTCATTCTGTTTTCTCCATTCTTCTCATTGGAGGCAATGAGCCGTCCAGCGGCCGGAACTCCCCTCTCCCCTACCGGCCCGACAGCCGCCCTCTAACTCCAACTTACGCTCAGGCCCCTAAACATTTCCATGTTCCAGGTAGGAGCTGACACAGTGTGTCTTGGTGTCCTGTCGCCGTGTAGAATGTAGCTTTGTGACCTCGTCTGTCTCCATTTCTCATTTTTCTTCATCAAGATACACATAGTCA 

a score=4501
s danRer3.chr12 29574167 104 + 37038836 ATAGATCTTTATTCTCTAATTC-GCAGACCAAGGCATTAACATGTATAGAAAACCACCAATCTACAAACAGCATGGTATGGATGCTTCAAGTTTTATGCTTTTAa 
s mm7.chr19      4257986 104 - 61223509 ACACATCTTTGCTTTTCATTTCCACAGATCAAGGGATCAACATTTACCGAAAACCACCCATCTACAAACAGCATGGTAAACTTGCTCTCCTCTTTA-GCTTTTAA 

a score=2162
s danRer3.chr12 29575709 214 + 37038836 tctatctTCATAAAACATTTTAATTTACACACCCAAAAAAAGTTTTTTGGTGACTATCATGGTGTGTGTGCAAGCATGACTCCTGACtattatttttttttattatttattCATGTGTGTTGACTCCATCCATCCATTAATTTGTGATTATGATGCTATGATCACAACCCATGTTGACATGTAAGTACCATTTGACATAAGCTTTTCTCATTTG 
s mm7.chr19      4259005 185 - 61223509 TCTTTTTTATTTCAAGATTTTACATCCCACGCTTGCA-----TTTTAAGTTTATTAACAttgtttttgt-----------------------ttttgttttgtttttTATGGTTTAATGTCTTC-CCACACACTCATTAACATGTGAATGTCTAACTACTGACTTCACCAATTTTAATGAGTAAGTACTGTTTGAAATCATGCTTTTTGTTTTG 

a score=8351
s danRer3.chr12 29576718 185 + 37038836 ACTCATAGTCTAGTTCCTCCATAATACCGATTCAGATTCAGCTGCCCTGGCAGCCCAAAGCAAGTCCGCTGATGACATCATCAAATCCTCCAAGTTCCCTGCCGCTCATGCTCCTCGACCAGAAGAAACCGCAAAGATCGAGACAGACTACTGGCCGTGCCCTCCGTCCCTCGCTGCTTTAGGTA 
s mm7.chr19      4260418 183 - 61223509 ACCCATAGCTAAG--CATCCCTGGTTCCCATCTAGATGCAGCTGCCTTGGCAGCCCAGAGCAAGGCTTCAGAAGATATCATCAAGTTTTCCAAGTTCCCAGCAGCCCAGGCGCCAGATCCCAACGAGATACCAAAGATTGAGACGGACCACTGGCCGGGTCCCCCCTCACTTGCCGCCGTAGGTA 

a score=2863
s danRer3.chr12 29577356 106 + 37038836 TTTTTTTATTCTA-ATCAGGTTCAGATGGAAGGAGTCGATCACG------GGATGAAGAGGAGGAAGAGCAACTGAAACGCAGACACCTTCAGGAAGAACACCTCAGCAAGGT 
s mm7.chr19      4262531 113 - 61223509 TGTCTTTACTGTGGATTAGGAACTGACCCGAGGCGCAGATCAAGTGGCAGAGAGGAAGATGAAGAGGAGCTTTTGAGACGCCGGCAGCTTCAAGAAGAACAGTTGATGAAGGT 

a score=3253
s danRer3.chr12 29578280 104 + 37038836 AGATCCAGTCTGGACTTGGGAAGCTTATTCTGAAAGAGGAGATGGAAAAGGAGATGAACAGAGAAGATATGTACGAAGTGTGGCTGCCCAG-CGATTTGATTCCC 
s mm7.chr19      4263622  93 - 61223509 AGCTCAACTCAGGCCTGGGGCAGCTGATCCTGAAGGAAGAGATGGAGAAGGA---GAGCAGAGAA---------AGAGCATCGCTGGCCAGTCGCTATGACTCTC 

a score=3240
s danRer3.chr12 29578454 163 + 37038836 TATTGTT--AatttatttattatatatttatttatttaattaCTGTTTTTACTCTGGTATAAGTACATGAGTATATAAAAGTATTCTGTCCTTT----------GCTATAGACTCTCAAACCGTTAAAACTTCATCTCTGCCTGGGTATGGACGCAATGGCCTCCATCGGGTAAG 
s mm7.chr19      4264364 167 - 61223509 TATCGTTTGAATTCTTTTTCCTGACTTTTAATTATATGAG-ATCACTAGCAGTCTCGCTAGAGCAC-------TAAAAAAATACTCTTCCTTTCTTCTCACTCAGCTTCCCATGCTCCATCATCTAAAACTTCATCTCTCCCTGGTTATGGAAAGAATGGCCTTCACCGGGTAAG 

a score=2099
s danRer3.chr12 29580470 233 + 37038836 taaatttaataacataaaatGTTCA-----AACAACAAAACTGTGCCCAATGAAAACACTTTGATAAAGTAACTTTGGAACTTTGAACAAAAATGTTCATGTCAATTCTTGATAATAGttatta--aaaaatgttttttttttatatttttCA---------TGTCTTTGCTTCTAGCCCCAATCTACAGAACTCTCTCAATACAACAGTTATGGGGACGTTTGTGGAGGACAAAGAGGTAAATTCCAG 
s mm7.chr19      4265375 244 - 61223509 TAAATAAGATAAATAAGAGTATCCAGAAAAAAAAAAAAAAGAGTATCCAG-GATTTTAGCCTGGGAAGGATTTTTGGGGTCTT---ATAAGTCTGTTC-TCCCCCCCCCCAATCCCAGCTCTTATAAAAAATGACCACCATTGAGATTTTCCAATGATGAAATTCTCCTCATTGCAGCCAGTTTCCACAGACTTCGCTCAGTACAACAGCTACGGAGACATCAGTGGCGGAGTTCGAGGTAAGGTTCCG 

a score=3734
s danRer3.chr12 29581166 95 + 37038836 TTCTGTTCTGTAGCCCACCCAAGATGCCCAAGATTCCATTACAAGAATGGACAGGGGAATGTCTATGCCTAATATGTTGGAATTAAA-GCAAGTAT 
s mm7.chr19      4266950 94 - 61223509 TTCTGTC--GCAGACCCTCCCAGATGGCCACATGCCTGCAGTGAGAATGGACAGAGGAGTATCCATGCCCAACATGTTGGAACCAAAGGCAAGTGT 

a score=4712
s danRer3.chr12 29583840 144 + 37038836 ACACAATCCCTCCTTTTGTAAAGGTGTACCCATATGAAATGCTCACTGTCGCCAACAGAGGGCGTACTAAGCTCCCGAAGGATGTGGACAGGACGAGACTGGAGGTAAATAACACCTAACAGCTTTACTGTATGGAACTCTATG 
s mm7.chr19      4268015 141 - 61223509 ACACTGTCTGTCTTTCT---CAGATATTTCCATATGAGATGCTCATGGTGACCAACAGAGGGCGCAACAAAATCCTGAGAGATGTGGATAGAACCCGGCTAGAGGTAAGCAAGGCAAAAATGTGACATCAAATGAAGATCCTTG 

a score=7237
s danRer3.chr12 29585228 135 + 37038836 TCTCCCTTCGTTTATTTCCAGCGCCACTTGGCTCCCGACACGTTCTTTGACATTTTTGGGATGGAGATCCACGAATTTGACAGACTTCCTCTTTGGAAGCGCAACGACATGAAGAAGAAAGCCAAGCTCTTCTAA 
s mm7.chr19      4270165 134 - 61223509 TCTTGCTTC-TCTCTTCCCAGCGCCACTTAGCCCCAGAAGTATTTTGGGAGATCTTTGGGATGTCCATACAGGAATTTGACAAGTTACCTCTTTGGAGACGCAACGACATGAAGAAAAAAGCTAAACTCTTCTAA 

a score=-100
s danRer3.chr12 29623093 1069 +  37038836 AATGAATGCTGCTTAAAAAATAGATCGGTTTTCAGAAAACCTTGAAGCTGGAAAAATTAttt-----gaagattgg---taattcaaagaatcattg-----------------------ttattgacagcaaattatc----------------------atattagagttatttctaaagaa--------ttatgacac-----tggaaatatggagactggaaatttagctttaaaaccacaggaataaaatg-------ttttagcaatcaatatgaaaacagttttacaggtt----ttgctttgttcaatca-agtgcatcctt---attgagca----gaaaaagcttcttctaaaaa------tcatactaattccaacctttg----atcggaagtgtTTTGAATCGTAACG-TACTGCCCTTCTCCTGTTTATTTGCGCGCTAGTCTG---------TCTACCGTGTCACTG-----TCAGACCCA---------AGTTT---CATTACTCTGAGGAA--------GTGTAAGCAGTTGTAGCTCTTTCAGGGACACATCATGCTCGCTCTCACCGTTTGCGATGTTTATTGGGATCATG---GCCAAACTGTAACCAGCGGAAACTCGG----------GCCCTTGTTGGACTGAAGTCAGCTGACTCCACATTCCCATGGTCCTTCCAGAGAAGGGCATCGAAGTCAATCT------CTGAAAACACACGACAGAGAAAATGTTTGGACAACAGCTCAGCTGAGC-ATCATGGGAAGAGAACCGA-------TGACAGTTttaaagggacagttcaccgcaaaattacaattctgccattatttactcaacttca-tgtcatgcttgactttatcacttta--------ttacatg-------------gagaatcaaagaggatatttttaaATGGTTATGTCCTTAGTGACATTTTTGttctttctttcttt--gtttctttctttgtttgtttgtttctttccttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcttgctttctttcAGATCTTTTGTTTAATAAATTTGGCTGTGGT---AATGCAAACAACATAAATAAAAAAATGCCAAAAAGT-------CTTTTTAATTATTAATTCAATAT-TGTTTGTTGTTGTTATTTTTTATTTCCTTTTCTATTTCTTTTATTTTACTTTCGCTTTGTTAATAAAAACAGTTTCACTACATGAGA 
s mm7.chr2      59100909 1230 - 182548267 AGTGAATGCTCATGAAAAAATAAATGGAATTTTAAAAAAACTTAAAGTAAGAAAAATTGCATTAAAATAAAATTGGATACAGTTCAAAAGGAACTTGAAATAGTTTGGTTTATATTTTGTTTGTTGATATTGAAGAATCTTCCTTGCTTCttatattttatttattatatttatttCATTAGTATAGCTTGTTCATTACCCTTTTGTGGAAAAACCTGTATGGCATATATATCACAGAAATTAGAGAAATAAAATGCAGAAGTTAAAAGCAATAAA-ATAAAACTAATTTCTTAAATTAACATTATTGTTCTTATACATATTTCAACCTTTTGATTGTGGATTTTTAAATAAAATATTTGGATAATTTTGTTTATACCAACTCTGCCATTTGTTATATTTTATGGTTttgttattgtttcattattattattatcattgttattattattTTAAGATGGGAACTTATGCAACCAAGTTCATGAGCATTCAGCCCTAGCCTTAGATAGTTTTTATATTCTCCTTTGAAATTTCATTCTTATAAAAAATTTTCCCATTTTTAAATAtttattttatgtgcataaacatttttgcctgcatgtgtgtacaacaagtgcttaaatgttgctagtgaagacttggaagatcatcaaatcctcttgaactgaa--------attccaaatagtcatgagctgcaccctgtgtgccat--aagcaaatctgggtccttcaaaagagcagacagtgc-----tcttaactgccgccgagccatcCTACCTTTTAAAG---ACTTATTTGTTCTAATATTTTTA-----ATTATTCAACAACTTCACACAGTTATACCATTAACCAGACATTTTCATTATCCTTCCCTTCTTTATCCCcctagaagttctttggatgtaaccccctgccagaacagccatgttgctggattaaaattactctataTACAGTAACAtctcttttcttcctttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttcttttttctcttctcttcttttcttttctttttctttttcttttttttACACATGATATAAATCTACCCtttatagctgaaaatgcttcattaggtatacatactttattctcattatttgactatctatccatggatacctaagattattccctaatttgattatt---attaacactactTTTTTTAAGAAGCAGAA----AATATATGAGA 

a score=22363
s danRer3.chr12 29652426 1164 +  37038836 GGTAGTCTAAGCAAGCAGGTCCAAAGTGAGCCACTTTTTGGAAAACCTGTCATCTGTCTGCGAGGTTTCCACTTGTCACCACAAATGACATATTCCAGGGTCAAATTGCGGTTGACGGTGAATGCAGAGCTCCCTCTCACCATAGCCGTGAAGAGAGCGCCTCTACTATTGACGTAGTGTCCGGGCATGGCCGTCCACTGACCTGTAGTGATGTTGTAGCAGTCCATGAGACAGCGCAGGAAGTCATCACAAGGGCCGTTCCTCATGACATACAAGTTGTCGCCATGAGCCACCATGCAGTGTCCGTAACTCTGAGGCTTGACCATAGTGGTAATCAGTGTCCAATCATCATTTTTTGGTGCATATTCATAGACATCTGTAGTATCCGGAGGCTTCCAGAAACACACAAATATCCTACGCCTCGCAACAGCACTAGCCGCCGCAGCCACCGAACGAGGCGCATGCTTGCAAAACCTCCATGCGCCTGTGGAAACATCACACACTTCTACCGAGGACATGATTCTTTTGTCAAATTCTCCTCCAATGGCATACAAGTGTCCATCGTGACCCACCAGGGTAAAGTCATACCTGGACTGCTGAGGACCATCAAACACACTCCAAGTGTTAGTTTCTGTGTTGTAACAGAAGCTCAAGTCCACTGTCTCCTTGCTAACTCCCCGCACTCCTCCAATGATATACAACCGATTGTCCACGACGGCTACCCCGGCCATAGAGGTGCTTGCTTCTGTTGGTAGATCAGTCAGGTATTTCCAAACACCTGGTTTCTCATCGAGATAAAACACAGTCCTGTAGCAGTCCTGCAGGATCTTCATGGATGGGGAATGAGTGCCTAGGGCGACAAACGATGCT-GGTGTAAGGGACTCCACATAGCTGATCAGCTCTTCTGGGAGTGTCTCGATAGCATCCTGCAGGTCGGTATAAGCATCACAAATATACACCGCAGCACTGTGAAACAACCTCCACAAGCCGTACACCGCTGATGTGTGGTATAAAAGAATGCAGTTGTCGGTATCAAGAATGTCTATCAAGTGCTGGACTAGAACGTCCACTTGAAGGAAGGCCGCACATTCGGCAGCCTCCAAAATTTCATCGGGGTCTCGAATAACTGGGCTCTCACCTCGAGAAACCGCCATGGCTATGAGG 
s mm7.chr9      65419962 1158 + 123828236 GGCAGCCGCAGAAGAAAGGTCTGTAAAGAGCCAGGCCGAGGAAAGCCAGCCTTTTCCCTGAGCAGCCGCCAGGTGCCATCTTCAATGGCATAGACCAACGTGGATACACGGTTGACAGTATAAACGGTGTCCCCACGCACTACAGACGTGAAGAGTGCTCCCTTGCTGTTGACAAATTGGCCAGGTAGCGATGTCCACTGGCCTGTGACCAGGTTGAGGCAATCGATGGCACAGTGCAGGAAATCATCGGAAGGTCCATTTCGTACTACATAGAGACTATCGCGATGGGCCACCATAAAGTGACCGTAGCTCTGTGAACGACACAGTTCAGCCACTGGCAGCCACTTGTCCATTTGCACCACATACTCGACAACGGCAGTGATGTCTGCCGGCCTCCACAGGCACACGAAGAGGCGGCCACGTGCCTGGGCACAGGGAACCCCTGTAGCCGGCTGTGGCAAGTCCGCCACGAAGCTCCAGCAACCTGTGGCGGGATCATAGCACTCCACGGAGCTCATGGGTGTCCTCTGGAATTCGCCACCAATGGCATAGAGGCGGCCTTCGAAGCCAGCCAGCGCCATATCATAGCGCGGTTGGTGAGGGCTGGGGAATTCGCACCAGGTGCCACCCTCTGGGTCGTAACAGAAGCCTAGCTCCACTACTTCCTTGCTGGCACCACACACGCCACCCACGATGTAGAGCTTGTTGCCCAGGGTGGCCACACCCGCCAGCAGTGTGCTGGCCTCCAGGGGCAGCGCGGCCAGCGTGCGCCATGCGTCCTCTTCCTCGTCCAGGAAGCACATGGTGCGCGACGCATCCTCTAGGAAGCCCGGTGTGGGCGTGTGCGTGCTCACCGCCACGTA-GGTGCTGGGTCGCAGCGCCGCCACGTAG--GCTCGGGCCTC----GGGCAGCTCCAGTTGTGCCACCAGCTCGTGCGACCCGTCGCGGATGAAGAGCGCAGCGCTGTGGAGCACGTCGCGCAGGCCGAAGGCGGCGGCCGCGTCGCACAAAAGCGAGCAGTTGTCCGACGTGACGCTGTGCTCCAGGAAGCGCGCGAGCGCGGGCGCCTGCAGGAACGCGGCGCACTCCACCGCCTGCAGCAACTCGTCCTCGGCCGCCAGCGCCGGCCGCTCTCCGCGCAGCACCCGCAGCGCCGTGCGG 

a score=1329
s danRer3.chr12 29653590 91 + 37038836 AAACCCCTCGCTTTCAGACCTCCCTGCAGGTGGAACTCATTCAACTGGCTGTCCTTCATCCCAGATCGGAAGAGGGCACGAAAGTACTCGC 
s mm7.chr19      4374005 91 - 61223509 ACACCCCTGCAAGTCAGCGATCCATGCTAAGGAAACTCAACACAGGGGCTGTCATCCTTCCTGAGGCTAAATACAACATTAATATATTTGC 

a score=10682
s danRer3.chr12 29660726 221 + 37038836 TTCCAGAAGACACAGAGCAGTTGAGCAGCTCATATGAGTCCTATGATGAGGAGGAGGTGACGAAGGGTAAGTCCACAGCGCAGCACCAGTGGCCTTCGCCTGAAGCCTCCATCGAGCTGATGAAGGACGCGCGGATCTGTGCTTTCCTCTGGAGGAAGAAGTGGCTCGGCCAGTGGGCCAAACAGCTGTGTGTTGTCCGGGAACACAGGCTCCTGGTGGGT 
s mm7.chr19      4377256 218 - 61223509 TTGCAGAGGATGGAGAGGCTGTGAGCAGCTCCTACGAGTCCTACGATGAGGACGAGAACAGCAAAGGCAAGGCT---GCCCCCTACCAGTGGCCCTCGCCCGAGGCCAGCATTGAGCTGATGCGTGATGCCCGCATCTGTGCCTTCCTGTGGCGCAAGAAGTGGCTAGGCCAGTGGGCCAAGCAGCTCTGTGTGATCAGGGACACCAGGCTCTTGGTCAGT 

a score=-99
s danRer3.chr12 29660947 74 +  37038836 GACATCATCACTTATTTCAGTGACATAATGGCTTGTCAGCGACA-CCCACATTTCAAACCCACAGCTGATCTATG 
s mm7.chr5      35010646 60 + 153054177 AGC-------------CCAGTGGGGCTGTGCC--GCCATTGGCAGTCCGAAGTACAGGACCACAACTGGTACATG 

a score=380
s danRer3.chr12 29661499 8 +  37038836 CTACTGTA 
s mm7.chr5      35013230 8 + 153054177 CTGTTGTG 

a score=8641
s danRer3.chr12 29661507 187 + 37038836 TTTAGTGCTACAAAAGCTCAAAGGATCAGACTCCACTGCTGGATATCAGTCTGCTGGGCTGCAGTGTGGTGTACAAAGAGAAACAAACAAAGAGAAAAGAGCACAAGTTGAAAATAAGTCCACTGGGAGCTGAAGCCATCGTCCTGGGACTGCAGAGCAAGGAGCAGGCTGAACAATGGCTCAAGGT 
s mm7.chr19      4379090 187 - 61223509 TCCAGTGCTACAAATCGTCCAAAGACCACAGTCCTCAGCTGGACGTGAACCTGCGGGGCAGCAGCGTCGTGCACAAGGAGAAGCAAGTGCGGAAGAAAGGACACAAGCTCAAGATCACACCGATGAACGCTGACGTTATCGTGCTGGGCCTGCAGAGCAAGGACCAAGCTGAGCAGTGGCTTCGGGT 

a score=8418
s danRer3.chr12 29665674 227 + 37038836 TTTCCTCTTGCAGGCTACCTTAACGTCCTGGTGAACACCCAGTGGAGAAGCCGATGGTGTTCGGTGAAGGACAGGCAGCTATGGATCTACAGTGACAAAAGCAAGGGCAAAGTGGCCCAGCAGCCACTGTCTCTAGAGGGGTGTATGGTCCTGCCAGACCCCAGTCCTGAACACCTCTACTCTTTCCGCATACAAATGGATGGAGAGGAGCTCGCAATCCTAGAAGT 
s mm7.chr19      4386922 227 - 61223509 TGTCCTTCTGCAGGCTACCTGAATGTGCTGGTGAACAGTCAATGGAAGTCACGCTGGTGCTTCGTTAGAGACAGCCACCTGCACTTCTACCAGGACCGGAACCGGAGCAAGGTGGCCCAGCAGCCCCTCAGCCTGGTGGGCTGTGACGTGCTTCCAGATCCTAGCCCCGACCACCTGTATTCCTTCCGTATTCTCCACAACGGCGAGGAGCTAGCCAAGCTTGAGGT 

a score=7311
s danRer3.chr12 29668528 193 + 37038836 TTTTCCTGTCAGGCTAAATCCTCAGCTGATATGGGCCACTGGCTCGGGCTTATACTGTCACAGACTGGGACCAAAACAGATCCAGAAGATCTCAGCTATGACTATGTGAACTCTGAGAGGATATCCAGTATTGTTAATGCTGCCAAGACATCCATGTAGTAAGTCACTTAATG--TTAATCTGTGTGCTTTGCAA 
s mm7.chr19      4389384 195 - 61223509 TCCTTCTCCTAGGCCAAGTCTTCAGAGGAGATGGGCCACTGGCTAGGCCTCCTGCTCTCAGAGTCGGGCTCCAAGACTGACCCGGAAGAGCTCACCTACGACTATGTGGATGCTGAAAGGGTTTCCTGTATTGTGAGTGCGGCCAAAACCTCTCTCTTGTGAGTAAGAAGAGGCCTTTCCTTGTGTGTCTTTTAA 

a score=3679
s danRer3.chr12 29670008 141 + 37038836 TTTGGGGAGGTTTCTTATGTGTGGGAGCCTG------------ATTTGTGTGTATTTGTCAGTCTGATGCAGAGGAGGTACTCAGAGCCCAACACATACACAGACAGCCCACCGTCAGACCCTCAAACCTGTGATGACATATATGATGATGTG 
s mm7.chr19      4390224 150 - 61223509 TTTGAAGTGGCTGGGGTTCTATGGGGACCTGGATGCATTTTTCACCCACATATGTCTTATAGACTGATGCAGAGAAAGTTCTCAGAGCCCAACACATACATCGATGGCCTGCC--CAG-CCGGGATTGCCAGGACGATCTGTATGATGATGTG 

a score=3049
s danRer3.chr12 29670507 135 + 37038836 GTAAATGCTGAGGAAGAGAATGGGAAAGACCGAGTTTATCTGGATCTGATCCCGCTTCGCTCTTTCCTGCACACTA--------GCTCAG--GCAGGGTGTCACCACAGACGTCCAGCACCACACAGACAGAGATCAGTCCCTCA 
s mm7.chr19      4390981 145 - 61223509 GTCGATGCTAACAGTGGTAGTGAGCCAGACAGAGTCTACCTGGATCTCACACCGGTCAAGTCCTTCCTGCACAGTAGCAGTGAGGCTCAGGCGCAGGCCTCTCTCCCAGCAGTGCCACATCAGGACGATGTAGCTGAGACCCTCA 

a score=4609
s danRer3.chr12 29674286 194 + 37038836 CGCACTTACTTTACAACTCAACACATTCCCTTCTGTTTAGCAGGTCCGGGGTCAGTTGAGGTGAAATTAGGGAAGAACAGGACAGAGGCCGACGTGCGGCGCTACACTGACGACAGGGACCGGCTGGAGCGAGAAAGAGAGGAGGTTAAAAACACTCTGGCCACCCTGAGGAAAGACAGACGAGAGGTGAAAGA 
s mm7.chr19      4391651 181 - 61223509 CACCCATCCCTGCTGACACAAGCCGGTTCCTTCTCT-------------GGTCTGTAGAGATCAAACTTGGGAAGAATCGGACAGAGGCGGAAGTAAAGCGGTACACGGAGGAGAAGGAGAGGCTGGAGAGGAGCAAGGAGGAGATCCGAGGGCACCTGGCTCAGCTCCGCAGAGAGAAGCGGGAGCTCAAAGA 

a score=7060
s danRer3.chr12 29675558 167 + 37038836 GGCCTCTCTGGAGGCTCGTCTGAAGCAGATGGAAGAGACGTGTCGTGAGGCAGAGCGTAGGCGAGTGGAGGTGGAGCTCAGCCTGATGGAGGTGAAGGAGAATTTGAGGAAAGTGGAATCTGGACCCTTTACACTGGGCACCACTGTGGACAGCAGTCTACTGGACA 
s mm7.chr19      4392973 167 - 61223509 GGCCAAGCTGGAGCAGACACTGAAGAAAATAGACGAGGAATGCCGGATGGAGGAGAGCAGGCGTGTGGACCTTGAGCTCAGCATCATGGAGGTGAAGGACAACCTGAAGAAGGCAGAGGCTGGGCCCGTGACCCTGGGCACCACTGTGGATACCACGCACCTGGACA 

a score=4788
s danRer3.chr12 29676482 202 + 37038836 TTGATATATATTCTAGCCCAAGCCAGCCGCTGTGTCTAGCCCTGCTCCAAATACACCCAACAACACCAACATTAACACCCCCGCCTGCACCAACAACGAAGATTCACCTGTCAACTCAGCCACAGCCCTGAAGAACAGACCCCCGTCCGTCATGGCAGCCAGCAAAGGAAATGTTCTACAGAAAGCCAAGGTTAGTCCACTC 
s mm7.chr19      4393225 186 - 61223509 TTTATATACATAGTAATTTGACCCAGTCCTTGT-TCTCCTTCTCAGCCACA---GCCCAAAGCTGCCACCCCCAACCCCCCACCAGACTCCA------------CGCCAGTCAACTCTGCATCTGTGCTCAAGAACAGGCCTCTTTCCGTCATGGTCACAGGCAAAGGCACTGTCCTGCAGAAAGCCAAGGTGAGTGGCCTC 

a score=6332
s danRer3.chr12 29683946 136 + 37038836 ACTGACGTGTTTCGCAGTGTGGACCCTTCCAGCCAC---GGCATTCGCAGCGGTAACTCCCATTCAGCATCACACAGATGCCATCATTCATACAGGGGTTTGGACTGCAAAGGTTTACAGGCTTCTTCACATCTGTAAA 
s mm7.chr19      4397702 139 - 61223509 ACTCACGGTTCTCACAGTGGGGGCCTTCCCAGCCACCCCGGCACTCGCATCGGTAACTGCCGTTCTTCAGGACACAGGTGCCTTCATTCATGCATGGGCTCGGCTTGCAGAGGTTGACTGGCAGCCTGGCTTCTACAAA 

a score=11176
s danRer3.chr12 29684133 583 + 37038836 TCCTGATTTACCTGAACACACCATCTGTACCAGCACATCCTCTGAGTATTTTAGGTCATCGTATGAAGGCACGGTGATCATGTGATCCTCAGAGCCAGAGATGCGGAGAAGAAGCTCCTGCTGGATGTCCCCAACTCCAATTAAGAATATGGACACTCCGCTATCACGGATCTTCTGTGCAGGCACCGCAGCGTCCTCCACACCCGTCCCATCAGTCAGCACCACCACAGCCTTGTTGACTCCAGGACGTGCTCCCTTCCCCACCGTCAGGCTTTGGGAGAGCACATGGAGCAGGGCTGAACCTACAGAAGCCTTCCCACCCAGAAAAGCGGCGTCCCCCACAGCCCTCAGCACAGCGGAGCCCGAATTGTACT--TGTCCAAGTCAAAGACCGTGACTGGACGCCTCCCATAAACCACCAATCCCACCTGAGCCACATCTCGATTAATGTCAAACTGCACTGAAGTGCTCCGAACAAAATCCTGAAAGTGAATGAAATTCTCCTTGCCGACACCACTGGAGGCATCCAGAACAAACACAAGGTCCAGAGCCTGACCCAGACAACCTAACAG---AAACAAAAGGGGT 
s mm7.chr19      4398129 586 - 61223509 TCCCCACTCACCTCTACATAGCCACTCGATGAGCATGTCCTGATGGTACGGAAGGTCTGTGTAAGCTGCCACATGGATCAGGGAGTCGCGTGGACCGGCAAGCCTCCGTACTGCCTCCCTGAGGACGGCTCCCACGCTCATAACCAAGACTGAGATGCCATTGCCTCTCAGCTTCTGGGCAGGGACAGCTGCATCTTCTGCCCCACTCCCGCCTGTGAGCATCACCACGGCCTTGGGGACACCGGGGCGGGCACCCCTCTGGACCGTCATCACCTTGTCCTCAATGTGCAGCAAGGCTGTACCAGCAGAACCCACACCCCCTAGGTAGGGAGCCTGGCTCATGGCCCGCAACACGGC--AGCCCGGGTGGGATGGGTGTCTAGCCCGAAGGCAGTCTGCACCCGGCTGCCATATACCACCAGGCCAACCTGTGTCACATCAGGATTCACATCAAACCGGAGGGTGCATTTCCTGATGAAGCTCTGCATTTGGGCAAAGTTCTCACGTCCCACAGAGGCAGAGGCATCCAACAGGAAGACCAGGTCCAGTGACTGTGCCTGGCAGCCTGGAGGAGCAAGCAAAATAGGT 

a score=10551
s danRer3.chr12 29686501 582 + 37038836 CCTGGTTGTCGACG-CTGCAGATTTTGGCTCTTAGTTCTGGGATCTTGCTGCTCAATCTATCCGGTGACTGGTACATGATGGTGCGCTGAGGGTTCCCTGTGATGTTGTTTATCTCAGCCCTCATGCCTTCTGGCGCTACACCGATGATGAAGATCTCCCTGTCCCGTGCGTACTTCGCTGGCTCCACCACATGATCTGCTGAGGGCGTCCCGGTGAGCAGAACTACCACCCGCGGCAGGTCGTCCTGAACG--TCAGCGAACACAGGCGTGCTCTGGAAGCCGTGGCGTGTGATGTAGCGAAGGGCATTTCCGGTTTTCGTCTGCCCACCACGATACTGAAGTCCCTCAACAGCCTGGATCAGCTTCACCGGGTCTCTGTGCTCCCCAATTCTGGCCTCGATCTTCACGTCGCTGCCATACTGGGCCAACCCCATTTTTACAGGAGTGTCAGAGCTCAATACGGCCTGCATGAAACGCTTCAGGAAGGACTTGAATCGCAAGAAACCCTCCAGAGTAAGAGCAGAGGAGCCCTCCAGCAGGAAGAGCACATCCACGGAGCAGTCAAAACTCAGAATGGGAGCTG 
s mm7.chr19      4400560 577 - 61223509 CCTGGCCGTGGCTGGCTGCATAGCCTCCTCTGCAGCTCTGGGATTTGGCTGAACAGGTCCTGAGGGTCTGTGTGGACCATCACATGCTTCGGGCTACCGGTGATCTTCACCAGCTCCGCCTGCAGGATCTCACTGCCCACGCCCAGGAGGAGTAGCTCCCGAGCCCTTGCGTGAGCTGCTGGCCCAGACACCTCATCCTGGGAGCGTGATTCAGTGAGCAGAACTACTACTCTGCGTGGCCTGTCCTGACCAGTCCTGCTGGCAC--------TCCCAAAGCCGTGCTCTGCCACCTGGAGCAAGGCACTCCCGGTTAGGGTCGGGCCACCGCTGAAGGGAATGCTGTCAAGGCTCCTGATCAGGTCCGGCACATGCTGGTACTCCCCGACGGGCACCGCCACCATTAGATTCCTGCCATAACTGGCTATCCCAACGCGGGCTCGGGAGTCCTCCCTCAGCACGGCCTGCACAAAGCGCTTGACAAAGGCCTTGGCCCTCCGGAAGCCCCCCAATGTGGTGCCTGCAGAACTGTCCAGCAGGAAGAGGACATCGATTCTGCATTCCAGGCTCAGCTTCGGGGCTG 

a score=5116
s danRer3.chr12 29688896 163 + 37038836 GTGAACTTACCACAATTGGGGTCATTGGCGTAACCAGCAGGACACTCGCACCGGTATTTATCCAGTCCTTCAGAAACACACGTCCCCCCATTCTGACAGGGCTGAGAGTCACAGGGGTCTG-AAGAGAGATGCTCATTCATATTCATCTGATGATGAGCAATGA 
s mm7.chr19      4401927 162 - 61223509 GTATACATACCACAGTTGACTTCCCCTCCGAATGCCAGTGGGCAGAGACAGTGGTACCTATCCACACCTTCTGGAATGCACGTGCCTCCATTTTGGCAGGGCTGGGAGTCACAGGGGCCTACCAGAGAGATACCCGTTAAAAGCCA--AGATGACAGGCAGAGA 

a score=2913
s danRer3.chr12 29689094 70 + 37038836 TACCTGGACAAATAGTTCTGTGACAGACAGCAGGGTGTTGCCTGTAAACTTTGTTATACCTGTAAGACAA 
s mm7.chr19      4403998 70 - 61223509 TACCTGGACAGATGGTTCTGTAGCAGTTGGCAGGGTGTGTCTGGAACACTCTCTTCCAGCTACAATTCAA 

a score=4260
s danRer3.chr12 29691337 146 + 37038836 ACCTGTAATGAGGGCACAGGGACGTGTATGCCGAGTATCT-----CTTGGACCCTTTCCAGCAGACAAAGTTTCCCTGAAGCTGTTTGACCGTCTCCAGGGTTTTCTGCACACATGGGTATGACTCCACCTTACAGCCTG---CAGGATTCACA 
s mm7.chr19      4405153 152 - 61223509 ACCTGTA--GAAGGGACAGGGCAGAGCCAGCACAGTGTCTGCTTGCCTTGATCCTCTCCAGCACAAGGCATTGCCAGCGAGCTCCCTGACGGTCTCCAGCGTCCTCCGCTCACAGGGATGAGGTTCCACCCTGCAGTCTGTGTCAGAAGacaca 

a score=5781
s danRer3.chr12 29695787 220 + 37038836 TACCTGGGGTAGCGAATCCCCACAGCAAACAGAAGCACTCCAGACAGCTTGAGCTCAGAGGCAGGCAGCTGCACGGCCCCCTGGGACTTTCCGTCAGATAACAGGACGACGACTCGCGGCACAGAGGAATTACGTCCACCGGAAAACCCCTTCCTCAAAACAAACTTCAGAGCCAGACCTGTCTGTGTGCTTCCACCTCTAAAG-CAGGAGAACACACACG 
s mm7.chr19      4409455 218 - 61223509 TACCTGGGAAAACGGACTCCTACGGCAAACACGACGATGCCCCTTTCTCTCAGCTGCTTAGCCGGGAGAGCCACGGGCCCCTGGGACTTGCCATCCGTGACGATGATAAGAATCTGGGGCACAGAGCCATTTCTGCCTCCGGGGAACCCTCTGCTCAG---GCGTTTCAGGGCTAGGCCCGTCTCGGTGCGCCCACCTCTGAGGACAGGGGGAGAAACAAG 

a score=1270
s danRer3.chr12 29721167 36 + 37038836 CCAGGTGCTCAGAGATGAGCACAGAAGCAACAGTTT 
s mm7.chr19      4448933 36 - 61223509 CCAACTGCTCTCTGATGAGCACATCACTAATGATTT 

a score=1472
s danRer3.chr12 29721215 196 + 37038836 CCAGCTCCATCCCATAACCCTTCTCAGTGATGGAAAGCACTTTGCCACTCAAAGGCTGGCCGGCACAAAGA--GCCTGAAACCTAAGCATAGCTTCTTTTTTCCACTGGCCCTCCACTGGTTCCACTCCTGCATATAAAAGCAATTACAGTCATAAACA--CAATACATTCACTATTTTTACTAATATTTCACAGCAATG 
s mm7.chr19      4448993 198 - 61223509 TGAGCTCCACGCCCACGCCGTTCGCGGTGATTTCCACAACTCTG--GCTTGGAGTTTGAGCCCCACAACACATGCTTGAAATCTTGCTGTGGCCTCTTTTGTCCAATGCTTGTTTGGGGGCTGTATATCTGAGAAGTAAGGAAAAAACATTAAAGAAAAGTCTATGCATGCGGTGAGCTTGTTGATGGTTGGCAGGACTG 

a score=4091
s danRer3.chr12 29721427 240 + 37038836 AAACAAACCTGCAAGCCAGCAGCGTATTGCCTGGAAGGGCAGTTTTAGCAGGCTCTGTGTGATGGCCTTGAGGTGTGCTGCATCAACCTCACAGGAGTTCCCATAATCCACAAAACAAACTCTAGCTTTACCCTCTCCACACACCTCTAACACCATGGCTCTGTACCAGCGGGCGTCTCCTGCATAGCAGAAAGGAAAACAAGTCA----CACTGATA-TTCTGTAACTTACAAATTAAAAGTTT 
s mm7.chr19      4451375 232 - 61223509 ACACCTACCTACTAGCCAGCACTGCATCCCCTGAAATGGAAGTAGTAAGAACTGTGGTAATATCGCCTGGAGTTGGTCTGTGGTAACTTCTTCAACATTTCCGTAATCCACAAAGTGGACTTTAACATTCCCACTTGGTAAGATCTCCTTGACTAGAGCCCGGTACCAGTTGCCGTCACCT-------------GGAAGCAGTTCAGAGTCTCTGACATTTCTTTTTCCTTCACATTCAATATTT 

a score=-308
s danRer3.chr12 29722321 654 + 37038836 TGTGTTCGTCTGCCAGACACAAAAATAAAACACTTAATTACAAACATACGTCACACTGCAGGAAAGGCAACACTGATAGACAATCAAGGCACCTGTTTTACTGTAGTTGTAACAGTAGAATTCATCAAGGCTCTTCAGTGTACTAATCACCAGCTCCACTTCTGGCCATCAAAGGGAAGTTCAGCACCAGTCCACTCCAATTTCTCAACAACAGGTTGACTTAGGGCTATAACGCAATTAAAAAATCTTTACATATATTGTCTTTTCAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAACACCTAAAAATCAAGGAATACTTCACTTACGGGGAATTTCAGTGGAGGTAGCTGGATCTGGTTCATTCTTCTTGG-TTTCCACACTTTCTATAGCAGCAAAACCCATGTTAACCAACAGCTCTGTGACACTGGCCTGAGGATCACTGGACTCATCGATCATGGACACCAGAGCCCTACCGTCCTTTTTACCCAGAATCTCAACCCGAATGAAGCGGTTGCACACCAGATGTTTTAACATCAGAACTGCCTCATCAGACCAGGTGTCTGTTAGAGACTTTATACCTGGAGAAACATTAACATGTTCAGCAAGAACACAATCAAAACCCTTGCTGAATTCTGACTTCATGCAAGCAATTCTGAACCAA 
s mm7.chr19      4455411 537 - 61223509 TGTGCCTGGCTGCTTGCAAAGAGCTCATGTCACACGGTAACTAACACACG-----CTCCAGAACCAACAACTC--ACGAGCCAGCTTACCATCATCTTTAAGAAAGTGG---CAGTAGAACTCCCCGGGACTGTACATCATGCAGACCACCACATCCACGGTC--TCGTCAACAGTGAACTCCACCCACGTCCACTCCAACGCCTCTGCTGGACCTTCAAT--GGCCAAGGGAACTGTGAAAATA---------ACAATGTTTCTC------------ACAGGAGGAGACAGTTTGTGAGGGAGGGCTG--TCACTGGCAGGG-----CTGTGGAGG-ACCTAGGACAGCTCAATTCCCACTGACTTTCTGCTGTCTTTATAGGA---------AAGTGAGCCTAAAATTCAGG---ATTGCACTTAAGCT------GCTCATTTG-----------AGTGTCACACATTTCTGACTAATCAAACTTTCAA-----------------CACACC-GATGTTTATATAATGG----------------TAGGTGTATTTATGTGACTGTTCA-----------GTTAGCAAGGTAAAGAGGCACCCAAACACCAGCTCCCCTGAAGTCTGGC-CCATGCATGCACTCTTGGGCCCA 

a score=5304
s danRer3.chr12 29723000 192 + 37038836 ATACCTGCTAGAGAACAGGGGATTGCTTGTGTTGCCAAAGCCAACAGCTCCTTGCTGATCGGCCTTAAGCGATTTAGCTCAACCTCCTCAGAGTTTCCAAAGTCTATGTATCCAACACACACACGATCCTCAGAGGAATATGCCAGAACTTTAGCTCTGTACCACTGGTTGTCCTCTGTAATGCATAAAGAG 
s mm7.chr19      4457450 192 - 61223509 ATACCTGCCAGCACACAATTTAGAGCTTGCATCGGCAAATCCAACAACTTTGGAATTATGGGACAAAGTCTTTTCAGACTGAGAATCTCAAAGTTCCCATAATCGACATATCCAACCAGGACAGATTCTTCAGAAGCGTAGGCCAGAACCGAGGCGCGGTACCACTGATCATCCTCTGCAACAAGGAGAAAG 

a score=1781
s danRer3.chr12 29724901 167 + 37038836 AACAAGAGAATCCACAGCAAGCAGATCGCCATCGTTCATGATGTCCAAGACTGTGAAAGTGAGGCTCTTTCCAGCAATTAACTGCCTAACA---GCAATACAGCATTCACCAGTCCAACTTCCTGTCAGAGGTTTTACACCAGCAATACAACACTGCAAAGCCTAAGGAA 
s mm7.chr19      4463653 167 - 61223509 AACAAGGTCAACGGCACAGGTGAGTACCTCCTCCTCTAAGATGTCCATGACCTTGACAGAGCAGAACTGCTCAAACAGAAGGGCCTTGACAGCTGCAACACAGCCTTCAC---TCCACTCGCCCGCAGTGGGAATGACGCCTGACACACAGCACTTTATGGCCTGAAAGA 

a score=3247
s danRer3.chr12 29725334 173 + 37038836 ACTAAAATATATACAGGTGTAACTCACAAATGGTGGCACAGCATCAATGTTTTCAGAAAGGGGTCGTATGTGGTCAAGTGCAACATTCTCTTCATTCCCAAAGTCAATGTAAAACACACCAGCAGTCTTGCGGGCCACATCAACTGCCTGAATCTCAGCTCGATACCAGTTCT 
s mm7.chr19      4464259 173 - 61223509 ACAGGAGTTCACAAAGAAAGGACTCACAGAAGGAGGAAACAAGTCAAGGCCTCTGCTCAGCGGGTGAACGCTGTCTATCGGGATCATCTCCTCGTTCCCATAGTCAATGTACAGGACGTGGGCCTTCCTCTGCAGCACATCCACGGCTTGTACTATGGCTCTGTTCCAGGTCT 

a score=2221
s danRer3.chr12 29725556 247 + 37038836 CAGTGATTTAAAACAATGCATTTCACAAAACTCTTATTAGATTTAAAATTATTAGCCTTACCTGATCAATAGAAAATTTGACAGCACAGAGCTCACCAACTTCAGGCTTATACTCTTGTGCGAATGAAGAGCA-----ATAGGTCT-TCTGAAGCTGTTGGGTAATCTTCTTCAGGGATTCTATCATCTCCTCGCACTGACAGTGGATGGAGAACATCCCAGGGTTTCTCAGGTCAATTACTGTGCCCTGTAA 
s mm7.chr19      4464798 245 - 61223509 CAGTGAGGTAAGTTGAAGCATTCTATTAAACAATTCATCAGT---GAGTGGTTAG--TTACCTGATCAACTGTGTATTTGGCAACACAAACTTCCCCCTTAACAGGAAGATAACCATCTTC--AGGCACCACATTTGCATATGTCTCTTTCAAGCTTGTAGAGAGT-TGGTTCATGTTTTCTAGAACCTCTGAAGAATACAACTGGATATAAAAGTTACTCGGGTGCTTGAATTCAGTAACTGTACCCTTTCA 

a score=2798
s danRer3.chr12 29731259 323 +  37038836 TGtatatttttatttattttatttc--tttaatctttatttttttaattatattGTAATGTGTTA--ATGTGCTTGTGTATCAACATAAATATTATCAAAATTCACACATAATGCTGTCATAAAAGTGTGACTTTAAA-----GTTATATGCCTTTTTTAAAATTCTGTATTGATTG---------TCATTTAGGTTTCAATCTACAAGCAT--CTAT-TAAACAATGAGGCGACCATCACTGAAGA-----------------ATAAAACTCCTATCAGCATAATAAAAAATCTAGATGCCTTTCCTAAAGTTCCCGAAAGTTATGTTGCAACATCAGCTTTCGGAGGCACAGGTGAGAT 
s mm7.chr6       1361641 349 - 149646834 tgtatatgtatatacacacacatTCAACTTAATTTTAACTCTTGAACTAAAAATGTGACAGTTTCCCACTTCATTGCGTGTTTGCATATTGCCTTTCATTATTAA----------TTTTGTAAGAGTGGGAATGGAGAAAGGAGTAAAATGTGCAGTGTTAATTTCTGAGAAAATTGGTCATATATTTATTTATCTGTTTGTTTCTTAGTATGACTATATGAAGGAGAAGGAAGGTTTTTCTGAAGATGAGGCGTCTGAATCGGAGAAAAACCTTA--AGTTTGGTGAAAGAGTTAGATGCCTTTCCCAAGGTTCCTGACAGCTATGTGGAGACGTCAGCCAGTGGGGGAACAGGTGAGCT 

a score=4878
s danRer3.chr12 29732536 230 +  37038836 TTTTTAAATTATTCTTTTTCCCAGTGACACTGACCGTCTTCATCCTCATGGCACTTCTGACCATCTCAGAGTTCTTTGTGTACCAGGACACATGGATGAAATATGAATATGAAGTAGACCGAGATTTTACCAGGTGTGTATATTTGCTA----TGTCATTTCAAAATATAC---CTCAAATATATCACATCTT-CATATTTTATTTATTTTATTTCGTCTTTGACAGTAAACTGAAGA 
s mm7.chr6       1363607 238 - 149646834 TTTTGTTGTTGTCGTATTTCTCAGTTTCTCTAATAGCATTTACCACTATGGCTTTATTAACAATAATGGAATTCTCAGTCTATCAAGATACATGGATGAAGTACGAATATGAAGTAGACAAGGATTTTTCTAGGTAACTAACTTTTTTCTTCTTGATACCTTTAGATTCACAGTTTCTAAAACAACATCTTTTAAAAATGTCCATTGTTTTATTTTGGGTTTATCTTAATTTTGAAGA 

a score=1438
s danRer3.chr12 29732788 181 +  37038836 AATGAAATGCGAAAGTAAGTGCATTTATTTTACTGAGGAACTGTTTATCTTTCATTCATACT---TAACACATCTTGTTCAA----AAGGTTTTAAGCTGTTATTCTTTTCCAGGGTTGGGTGCAGATGTGCTGGATATTGCTGGAGCTGTCGTTGCGT---CAAAGGAAATTAAATATGATTCTGTGAGT 
s mm7.chr6       1366921 185 - 149646834 AATGAAA-GTCACATTACGTATTTTGAGTTTTCTT-----TTCATCATCTCTGTTTTATAGCCGATGATAGTTTTGATTCGAGTGCAAAGTGTAAAAACTTTGTTTTAATGCAGATGTTGGAGCAGATGTACTGGATTTAGCAGAGACCATGGTTGCTTCTGCAGATGGTCTGGCTTATGAACCAGTAAGT 

a score=3695
s danRer3.chr12 29733440 167 +  37038836 CTTCACAGTGTTGATCCTACACCTGAATCTCAGAATGCATGCCGGATACATGGAAAAATCTATGTCAATAAAGTTGCAGGGAATTTCCA-ATCACATTAGGCAAGTAAGTGTACATTTTTAGTGACAGAATTGCAT--------ATTGTAGGT--GTTATAACCACACCTCTTATTGA 
s mm7.chr6       1373217 175 - 149646834 CTTTATAGGGAAGATGATTCATCACTGACTCCAGATGCGTGCAGAATCCATGGTCATCTCTATGTCAATAAAGTAGCAGGGAATTTTCACATAACTGTGGGCAAGTATGT---TCTTTTCACTTCCTGAAGTTCTTTAGAATGGGTTGGAGTTTGATTAAAATTACATCCTTTCCTGA 

a score=5687
s danRer3.chr12 29734956 238 +  37038836 atgttacaagttgttactgaatgaatgtgcaaatataaaaccaactttacctcAATAAAGATATGGTGT----TTCTTTCTAATATAGACCTT----AATTAATGTAATTCACAAGTCTCC--------------CTGTTCTTTTCTGCAGTTTATAACTTCTCACATCGAATAGATCATTTGTCTTTTGGAAACGATGTTCCTGGACACATCAATCCCCTTGATGGCATGGAAAAAACTACATTAGAGCGTAGGTCTTT 
s mm7.chr6       1378789 251 - 149646834 ATGTTTTAAGT-----ATTATTAAACTTGCAAATTGCAGATAATTTTGAC----AGAAAGTTAGAATGTAAAATCATTTCTAGCATGTCACTTTGAAGAGTAATGTAATTTCTTTGTccccacccccacccccacccTTTTTTTATCTTAGCTTACAACTTTTCTCACAGAATAGATCATTTGTCTTTTGGAGAGCTTGTTCCGGGAATTATTAATCCTTTGGATGGAACTGAAAAGATTGCTGTAGATCGTAAGTATTT 

a score=5476
s danRer3.chr12 29735255 193 +  37038836 TGCAAATGAATGCAAATCAAACTATTGAATTTCTGTTTT--------TAAACCCAGCACTTGGATTGTAAGACTCTGTTCTTAATG-------------------TGTGCTTTCA-----GAAAACACTCTGTTTCAGTATTTTATCACGGTTGTGCCCACCAAGCTGCACACATCTAATGTTTCGGTGGACATGCACCAGTTTTCTGTTACAGAAAGGGTGGGT 
s mm7.chr6       1380267 222 - 149646834 TGCATATTAAGTCAAATGATAGTATTAAATTTCAGGTTTATCATATTTAA---TAGAATAGGTTTGGTAGTACTTTATTGCTACTGGATTGATGAGAAGGCATATTTTGTTTTTATTATAGACAACCAGATGTTCCAATATTTCATTACAGTTGTGCCAACAAAGCTACACACATACAAGATCTCAGCAGATACCCATCAGTTCTCTGTGACAGAAAGGGTAAGT 

a score=7230
s danRer3.chr12 29735508 196 +  37038836 CATGTTG--TTACTCTGTCATACAGGAGCGGGTCGTAAGCAATGAGAAAGGCAATCAGGGTGTATCAGGGATCTTTTTTAAATATAAACTGAGTCCATTGATGGTGAGGGTGAGCGAGGAGCATATGCCTCTCGCTGCATTTCTTGTGAGACTGTGTGGCATCGTTGGAGGAATCTTTTCAACTTCAGG-TAACTTTCA 
s mm7.chr6       1385282 199 - 149646834 CATGTTTCTTTTCCCTTCCTCTCAGGAACGCATCATCAACCATGCTGCAGGCAGCCACGGCGTCTCTGGAATATTTATGAAATATGATCTCAGTTCTCTCATGGTGACAGTCACTGAGGAACACATGCCTTTCTGGCAGTTTTTTGTAAGACTCTGTGGTATAATTGGAGGAATCTTTTCAACAACAGGTTAACATTCA 

a score=2037
s danRer3.chr12 29735790 96 +  37038836 ACTTAAGAATGATTTTTCTTTTGCTTCTTAACACAGACCTGCTTCACAGGTTGATTGGATCTTTTGTGGACATTATCTGCTTTCGCTTTAGACTTG 
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a score=3049
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s danRer3.chr12 29754457 272 + 37038836 tttgtgtgcatataccACATTGTTTACAAATG----TATTTTCATTCCA-GGCCAATAAAAAATGTGAGGAGGCTCGTCAGGAGAAGGAAACGATGGTCATGAAGTACGTTCGAGGTGAAAAGGAAGCGCTAGATCTGCGGAGGGAGAAGGAACAGCTGGAGAAAAAGCTACGGGAAGCCACAGCAGAAGTAGACAAACAGGCCCGGCGGGGAAACACGCTGGCCCAGGAGAAAGGACGCCTGCAGCAGCTCTATGACGCCAAGGTCAGACATTCGC 
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s danRer3.chr12 29754807 466 + 37038836 TTTCTGTAGGAGAATGAGGTGACAAGACTTATGCGCGAGCTGGAGAAAGTCANGGAGGAAATTAATTCTCACGTCATCAAAGTAAAGTGGGCTCAGAACAAACTAAAGAGTGAAACGGACTCTCACAAGGTAAACCCGA-------GTGAATGCTAGTTCACAGCA-----AAGGCGATAGATAGTTTCTATGAGAATTGGAAAGTCCAATTTGCAGATACTGATATAGAGGAAGTCTATTAATGGTTTCAGAATTATTTCTCCAGATGATGAATGATGAAAAACACTAGCAGCTAGCCAGAATCACTCCAAGCATACGAGGCCTTGAACATATAAAGCAAAGGCAAACATTTGC----TTATAATAGAAAGAATGTTATCAACTGTTAGTATGGCCACTGGTACAGTTAACATTATATTTATAGCAatatatatatatatatatatatatatatatacatatatatatTTTTTTTTTGAAA 
s mm7.chr19      4500482 437 - 61223509 TCTTTTTAGGAAGGTGAAACAACTAGACTCATCAGAGAAATAGAGAAATTAAAGGAGGAGATGAATTCTCAAGTCATTAAAGTAAAGTGGGCGCAAAACAAGTTAAAAGCTGAAATGGACTCACACAAGGTGAGTGCGGCCATGCTGTGGGTAGTGGTGAGTACTAAGAGCAAGTCGGCTGGCAGCCTGTGCAGGACTCCTGCAGCTTAGTTTGC----GTCATCATAGAAAAA--CTGTTGGTGTGGCTTAAAATGTTCCATTTTATAATTCATAGTTTATTGTTTTAATA-------------------------------CTCAAAAGTTGGAGGGAAGGGAAAATACTTAATATGTGTTATTAGAATTAAAGTGAAAAAAAATTAAAGTGTCAACTATGTTGATTCCCATAAC--------TAAAAATTAATTGTTTGTATTTAAATATTAATACAAATAGCTTATCTATTTTTATAA 

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s danRer3.chr12 29756989 123 + 37038836 CAGATGCACAAAGCAAAGATTAAGGAGTTGGAGGATCTGAAGAGGACTTTTAAAGAAGGCATGGATGAACTGACCACCCTGCGGACCAAGGTGGAAA----CTCATTTCTGATGATTATGCTATGAA 
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s danRer3.chr12 29786155 341 + 37038836 tatcccaggttattatactgtcaga-----atcttatatcggtccatgcctaGCTGCTTGTGCTT-------TTATGTGAACACATTTGAACGGACTCTGCAATTA---AAACTATGTGTGTGTTTTTTGCAGGATTATCCAAAGTTATGTGCTCAGAGAAGAGTCTGGAGCTCTGTCTTCAGAAGCCTCCGATTTTAACAAAGCCCACCTGAGCCGGAGGGGAGGCATTATGGCCTCGCTGTACACCTCCCACCCTGCTGACAGCGGCCTTACTCTCGACCTCTCACTGGAAATCAACCGCAAACTCCAGGCTGTGCTAGAGGACACCCTGCTCAAAAACATCACACTAAAGGTA 
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s danRer3.chr12 29806042 1051 + 37038836 CTGCTGTCTGCGCCGTTACAGTCCGACCACGTCCCGAGCATACTCTGCTCCATCGAGTTCCCAAAGCCTCCGGTGCAGCGGGACAGATCGCACGAACTCACGTGCAGCCTGCGGTCCGCCTGTCTCGGGCAGCACAACAGCCTCTTAAAGGCTTTTCTGAAGTCGGGACTCCGACAGTATATGATGGGATTAAATGCGGAGTTAACGTACCCCAGCCAGTTCAAAAAGACGAAGAGCTCCTTATCCACCACTTGTGCGCAAAACACCCGCACCACGTTCACGATGAAGAACGGCAGCCAACACAGAGTGAACGTTCCCATGATTATTCCCAGCGTTTTCAGAGCCTTCTGCTCTTTTAAAGCCAGGAT---------------CTTGGTGG----TCCGTTTTCGGGTTGGTTTGCAGTTTGT-------------ACCGTGA----------------------------TTGTTGTAGAACCTTCCCTCACATTTGTTGATCTTGTTCAGCTGCTGTTTGGCTTCTCTGTACACTCTAGCATAGACAAATATCATGACTATCAAAGGGATGTAAAACGATATAATGGACGAGGAGATGGCATATGCGCGGTTGGTGACAAAGTCACAGCACTCGGGATTTTCATAGCACGATGTCTCCTCGCTGTCCTGGG------ACCAGTGCATTAGGATGGGGGGAAACGACACCAGGGCTGAAATAGCCCACACCGCACACACCACCACCTTGGCTCGTGCTTTTGTTAAAAGGCTTTGATAGCGAAATGGAGAGATGATGGCGATATACCTGTCTATTGCAATTACGCACAGGGTCTCGATGCTCGCCGTGACGCAAAGTACATCAAGAGATATCCAGAATTCACAGAAGAACGATCCATACATCCAGGCTCCTCTGACCTCAAGGGCTGCGCCAAATGGCACCACCAGTAACCCCATGATTAGGTCTGCGCACGCCAGAGATACGATGAAAACATTGGTGAGCGTCTGGAGCCTCTGATTCCGCGCTATGGCGACTATAACCAGTATATTTCCCACTACAATGACAAACACTATCAGACCCATGAGGATTCCCATGCCCACGAGCCACTGTTCTGAAA 
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a score=9880
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s danRer3.chr12 29854108 485 + 37038836 GCATGAAGAGGCCTTACCTCCTACAGTGTGCAGCACCTGCCCAGTATTGGAGACCACCAGTACCCTGTGGTGTCCTGTGTCTGCAATAGCCAACTGCTTGCCGCTGGGGTCTATGGCTATTTTTCCAGGAAAAGAAAGGATGGAGGGAGGTAGCGAGTCCCTGTACAGTTTGATTCCCACATTATGGTCCTTGAGGAGCCCTTGTTCCCTATAGTGTTTCAGAGCCGCAGCAGTGAAAAGGAAGAGATGTTCTCTATGCCCTTCACCAACCAGGGAGAAAAGCAAGTTTCCTCTGGGTCCCAGCAGCAGCAGTGTGGGCCAGCAGGACACCTCCAGCTCCTGCCACAGACGGGCATCGCTGTCGTTCACTACAGGATGGTTGATGTCGTATCTCAACACCGCACTCTGTACGTTCTGGAGGACTTTCTCATTGGGGAATTTTGCTGAGTGAACACCCACGACAATCAGACCATCTGCAGAAATGA 
s mm7.chr19      4736717 485 - 61223509 GCAGGAGCAAACCTTACCTCCAATGCTGCTCTGAATGCGCCCATTCTTCTGGATGACCAAGATCCTATGGTGCCCTGTGTCTGCCACCACAAGTCGACCAGTAGCATGGTCCACTGCTACTTTGCCAGGGAACAGCAATGGTGAAGGTGGCAGAGACTCTTTGAAGAGTTTTATTCCAATTTTTCCATCTCTGATCTGTCCCCTGTCTTTGTAATACTTTAAAGCAATAGACGTATATGAAAATAGTTTATCTCTGTGTCCCTCTCCAATCAAAGAAAACAGCAGGTTTCCACGGGGTCCCAGTATGACCAGTGTTGGCCAGCAAGAGACTTCAAGCTCCTGCCAAAGGCTGGCATCTGCATCGTTAACCACAGGGTGGGTGATGTTGTATCTGAGGACAGCACTCTTGATGTTGTCCAGGACCTTCTCATTGGGAAACTTAGCCGAGTGAACACCGACAATCAGAAGGCCATCTGAAAAGGGGA 

a score=2445
s danRer3.chr12 29866337 148 + 37038836 CACTTGCCTTCTTCAAAATCCGGTACAATCAAATCCT---CCCTCTCGTCTATTTTGAGCAAATATTCATGTACGAGTTTTTCCTTCTCTTCTTGACTCGTCGTTTCCTCTAAATCACAGTCTAGCTGGCCCTGAATGAGGAAAAGATCTG 
s mm7.chr19      4758738 151 - 61223509 CCCTCACCTTCCGGAAACTCGGGCACCGCTAGGTCCTGCTCCCAGCCGTCCACCTTCTGCAGATACTGGTAGACCAACTCATCCTTCTCTTGCTGGGTGACGGCGTCCAGCAGGGCGTACTCGAGCGAGGTCTGCGCGGGCAGCAGGCCCG 

a score=2
s danRer3.chr12 29866997 476 + 37038836 AACCTCTTAAGAAAAACAAAAAACGAAGCTGTAAATCACAGGGA--TCAAGAGAACATGTGACAAAG-------AGGAAGAAGGAGAGCACAGTGCA------AAAAACAGTCA---AAAGTGCTGAAAAACACA--CTGATTTAGACCACCAGAT-CGGGAGTAATGCTCCTAATAACACAGTGAACTCAGGATCCGAGGATGTGAATCATGGGACAGTTTCTCGGGA---------TGTCCCTAATGCAGACTCTCAGTCAGGAAGAGGCTTCTGTCCTGTCTGTCAAATGCCATTTTCCATCCTGGTTGTCCAGTCTCAACAATGGCATGTTGCAGAATGCTTAGATACAGCTGCTGACAACTGTAAAGGTAATGGTATTAATAGTTAATACATTTATT-TTGTCTCCTAAATGTCCTCCTCACATTGTACATTTTGGACATC----TCAATTTCATAACGCAGGGGTTTCAAACCGGGATTTGGGGACACTAATGGGGCCAAAGCAG 
s mm7.chr19      4760609 493 - 61223509 AATCTGTTGAAAAATCAACAGATGGAAAACACCAGTCAAAAGGAAATGAAAAAAGGACTTCAGAAAATCCAGGCAAGACGAAGGACCACAAAGTGTGCCTTGCAGAAACAGACAGTCAGATTTCTGCAGGTTCCAGTCAGAGTTCGAGCTGTAGAGATGAGAGTCAGCAGTCTCAAAACAAAGAGACAACA----CCGAAAAAGCAA--CATAGAAC----TCGCAGAGGGAAGCAAGTGACCCCGAAGGTGCGCCCTGTTTATGATG--GATACTGCCCAAGCTGCCAGATGCCCTTCTCCTCATTGCTGGGTCAGACGCCCCAGTGGCATGTGTTTGAGTGTTTGGATTCTCCACCTATCTCTGACACAGGTAA-GGAAAGACCCATcaaggctcctgccagtgtcccctcagt-ccccccagggactataggcgcttgcaaccatgactgacttgtttacgtacaggtttgtaataggaacccgggtcc----ttgtggacacagcag 

a score=4452
s danRer3.chr12 29869596 161 + 37038836 ATAACTTAACACTCTTTCTGCCTTCTGATG--TTACAGAATGCCCAGATGGTCTTCAGTGTATGTCCACCATTCCCAATCATTATAAAAGATACAACCACTCTCTGCTGGCTCAGAGTCGAG--CGCAAAATGACTCCGTCCAAGCCATCTCAGACTTCAGCTTG 
s mm7.chr19      4761921 165 - 61223509 ATAAAGTGGTCATTTTTTTCCTTTTTAACTATTTTCAGAATGTCCCGAGGGTTTGCTATGTACTTCCACAATTCCTTCCCATTATAAGAAATACACTCACATCCTGCTCGCTCAAAGTCGAGATAGCAAGGAGCCTCTGGGCAGCCCCTCGGATGCATTGGCTGG 

a score=94
s danRer3.chr12 29870621 394 + 37038836 GGATTGAAACAAACAGACATTGGGGTGTTTTTTGGCCT------------------GAAGCCGCTGCATGAAA-------AAAAGGCTGGGAAGGAAGTAAAGCCATTGGTC-------AGAGAGGCC---GATCTGCAAAAG---------------TCTAGAAGAGTGAGGGTTT-----CAGAAGCTCAAGGGGAAGACGGTA-----------------------------AGCGTCAGGGTAGATGGCGTGGGAAGAGCAAAGCACCATCTGAAGGGTCCGGT--------GTC---TCGCCTGCTGTAGAAGATAGTGTGG------------CTCTGCCCACGCAAA----CAGAAGGAAAGAGAGGAGGGAGGGCAGAGGGGCGGAAAAGATGGAACAGAGGAAAAGCGACAGATGGAGATCCCAAGGAGCCCAAACGCTGTCCATTCTACAAGAAAATTCCTGGTTTGT--GAATGCTTTTTTTGACCTACTTAGAAA 
s mm7.chr19      4763125 501 - 61223509 GTAATGAAGCAAATGGATATAGGCGTGTTTTTTGGACTACCACCCAAAAGACAAGAGACGTCACTGAGGGAAAGCGCATCAGAAGGGCCCAATGTCAGTCCAGTTGTGAGTCCCAACCAAAAGAGGCCCCGGTTGTGCAAGAGGAAAGCCCAGAGCTCTCTGAGTGACTTAGAGTTTGATGCAAAGAATTTAAATGAGAGTCAGCACTCTGTGGGACTGTCTGGAGAGAAGCGGCAACATCGAAGAAAGAGACATAAAACGTCAAATTCACCACGGGAAGGACCATGCCAGAGAAGGTCAGGTCACCTCATGAACAACCCAGAGTTGGGACCAGTCATCCTCAGCAAAGGCAAAGCCTTCGTGAGACGGACTCGTGGCAGGACGCAGAGAGGGAACA---TGAACATTTCAGAGTCCTCTGGTGCAGGG---GAAGTGAGAAGAACATGTCCGTTCTATAAGAGAATCCCCGGTAAGTTGGAATACCAACTTCAGCTTATCAAGGAA 

a score=5154
s danRer3.chr12 29872731 453 + 37038836 TTTGTTTCACCATTACTTTTGCTCTGTCGTTTTTATATATGCTTGTAATTTCTTAGTGTTTATGCAGATGCACTGCATAGAAGAAGGCTTGATTACCCCAGTCGATCTAATTAATg---aaatctttccaaacaga-gctatatgaatcatctgatgaaattatgatcatattgcagcaaaacaaaatatcgcaatgtcagattttt--tcagtatc------------gtccagccctaGTTCAT---AATATGTTA---------TTTGTCTGTACAGGAACGGGCTTTGCTGTGGATGCTTTTCAGTATGGCGTTGTTGAGGGTGTCACAGCCTACTTTCTCACTCACTTCCACTCTGATCACTATGGAGGCTTGAAGAAAGACTCTGCTGTCCCTATCTACTGTAACAAAGTATGTCTTCCTGTCTCATTGCACTTGTCTCAGTCTTCTGATTTTCA-----CTATAAGCTGGAAACTaaggga 
s mm7.chr19      4764577 467 - 61223509 TTtttttaattatttttttttaatttttatctttttatttatttttatttatttattttGTGAGACTATTCTC----------AAGCCTC---TTCCCTGGAATATTTAGCAGATGCAGAAATCATTCTTACCTTTTGATACATGTATGCTTTTAAGAAACT-----CATAGTGATGAGAGGTGCAGAGTGGGGAAGCCTGGCTGTTAGCCGGGACCCCATGTGTGAGCGCCTGGCTCCTGCTCACCCCAATGTGTGGGGGGGGGGCCCTTTCATTGCAGGGACTGGCTTCACTGTGGATGCTTTTCAGTACGGTGAGATCGAAGGCTGCACCGCCTACTTCCTCACACATTTCCATTCTGATCATTACGCCGGGTTGTCCAAGGACTTCACAAGGCCAGTCTATTGCAGCGAGGTAAG--TTTCAGTC-CTCTGAACTCTGTGGAATGTCGTGACTTTGAGAAACTTGGATACTGAAAACTAAAAGA 

a score=4952
s danRer3.chr12 29873854 172 + 37038836 CAGGTAACCAGTAACCTGGTGAAGAGCAAGCTGAAGGTGGATGAGCAGTATATTCATGTTCTTCCAATGAACACAGAATGCATAGTTCAAGGAGTGAAGGTCACTCTCCTGGATGCCAACCAGTGAGTGTGTCTTTTAACCAATGTACAATTAAGACCCATTTAGTTCTTCA 
s mm7.chr19      4765979 163 - 61223509 CAGATAACAGGCAATCTGTTGAAGAAGAAGCTTCGAGTGCAAGAGCAATACATCCGTCAGTTGCCGATGGACACCGAGTGTGTCGTGGACAGCGTCAAGGTGGTTTTGCTGGATGCCAATCAGTAAGTATGAAGGCTACCTCA---------GTGACCCACTTACCACTTCA 

a score=4569
s danRer3.chr12 29874121 160 + 37038836 TTTCCCCCCAGCTGTCCTGGGGCAGTCATGTTGCTTTTTGTGCTGCCAGATGGCCAGACGGTGCTCCACACAGGTGACTTCCGGGCTGATCCGTCCATGGAGCGCTACCCAGAGCTGCAGGGTCTCAGGATACAGACCCTCTATCTGGACACAACGTGAG 
s mm7.chr19      4767272 157 - 61223509 TTTGTGTCCAGCTGTCCAGGTGCTACCATGATCCTTTTCCAGCTTCCCAACGGTGCTGTCATACTGCACACCGGAGACTTCCGAGCGGACCCCAGCATGGAACGCTCTC---GCCTGGCGGGCCGCAAAGTCCACACACTGTTCCTGGATACCACGTGAG 

a score=8261
s danRer3.chr12 29876700 173 + 37038836 aattactattattTATCCATAGGTACTGCAGTCCAGAGTACACATTTCCAACTCAACAGGAAGTCGTCACTTTTGCCGTAAACACAGCTTTTGAACGGGTGACTCTAAACCCTCGTACACTTGTGGTGTGTGGCACGTACTCCGTTGGGAAAGAGAAGGTCTTTCTAGGTGAG 
s mm7.chr19      4769142 172 - 61223509 AACCACGTTTCCTTGTC-ACAGATACTGCAGCCCAGAATATACCTTCCCGTCACAGCAGGAGGTTATCCAGTTTGCCATCAACACTGCCTTTGAGGCTGTAACTCTAAACCCACGTGCCCTTGTTGTCTGTGGCACTTACTGCATCGGAAAGGAGAAAGTCTTCCTAGGTGGG 

a score=2638
s danRer3.chr12 29877173 374 + 37038836 TTTACAACTAATGTGTGATTTCTGTTGGCTG--------TCTTACTGAGTTGCAACTTCTTTCCAAATCCCAGTTACCAATTTTCATTCATTTTTTGTGACTATAGAGATGTACTCATTTTATTTTATTTTTTTACTCTCTCACCTGTTTTTCTAGCTGTATCAGAAGTGTTGAGCTCTAAAGTATGTTTGTCCAAGGATAAGTATAACACCATGTGCTGCCTGGAGTCTGAGGATATTGGCCAGCGCATCACTACGAATTGGCAGTCTGCCCAAGTGCATGTGCTTCCTATGATGCAGATCAATTTCAAAGTGAGT------------------------TAAACCGCACATAAAACTTCTGTGACTATAATTCTGCTCTAAATTA---CGAAATGCAGTTTTCCCCC 
s mm7.chr19      4770182 392 - 61223509 TTTGCGGTTAAAATGAGAATTTTATTTTGTGAATTTGTTTTTTATTTGGTACATTCTTACTTTAAAAT----GTGAGTAAGTTATAACCTTGTTTGTTTAACA-AGCTATGGTTTTACTGTTTTTTATCTTTTGCTTTGCCTAC----------AGCCATTGCCGATGTTTTAGGTTCAAAGGTGGGCATGTCCCAAGAAAAGTATAAAACTTTGCAGTGCCTCAATATACCAGAAGTCAGTTCCCTCATAACCACAGACATGTGCGACTCTTTGGTTCACCTCCTCCCAATGATGCAAATTAATTTTAAGGTAAGCAATCAAGATGTGTATCTTTTAAGATAAGCTAGGAAGGGTATTTATCTGAATATAACCCTA--TGAAATTCTGTCAGAATGAAAGTTTCCCCC 

a score=3719
s danRer3.chr12 29879170 248 + 37038836 ACTTTTTTTGCTGTACAGAATCTTCAAACACACTTAAAGAAGTTCTCCAAGAAGTATGACCAGCTAGTGGCCTTCAAACCCACAGGCTGGAC---CTTTAATCAGACCGTGGGAGTGGACGACATTCTACCACAGACTCAGGGGAACATCAGCATTTATGGTGAGTGTCAATCAGTAT-----TTATCAGTACATTTATTTACTTGATTTATGTCAATGTCTGAAAAGATCTCGCACTTGTGTCTTAGATATAGGG 
s mm7.chr19      4776229 250 - 61223509 ACTGTTTTTACCTCACAGGGTTTGCAGAGCCATTTGAAGAAGTGTGGTGGGAAATACGATCAGATTTTGGCGTTCCGACCCACAGGATGGACACACTCTAACAACATAACTAGCACAGCGGATATTATTCCCCAGACAAGAGGAAATATATCGATATATGGTAAA-GTTATTCAAGTTTCCCATTTTCAGTAATTTCTCCTTTTTATTACATCTCTTTATTCGTGTGCATATAACATGTG-----TAGAtgtggag 

a score=7252
s danRer3.chr12 29881274 166 + 37038836 TATTTCAGGTATTCCTTACAGCGAGCACAGCAGTTTTCTGGAGCTGAAACGATTTGTTCAGTGGCTACGGCCGAAAAAGATCATCCCCACGGTGAATGTGGGCAGCTGGAGGAGCAGGAAAGCCATGGAGGGCTTCTTCCATGAGTGGATGACTGAACCCAGAAAC 
s mm7.chr19      4777935 166 - 61223509 TGTTACAGGGATTCCCTACAGTGAACACAGCAGCTACTTAGAAATGAAGCGTTTTGTCCAGTGGCTGAAGCCACAGAAAATCATCCCCACTGTCAATGTCGGCAGCTTTCGGTCTAGGAACACGATGGAGAAATACTTTAAGGAGTGGAGACTGGAAGCCGGATAC 

a score=5243
s danRer3.chr12 29946216 678 + 37038836 TTGAGCCAGGCTCTCTGAAAACTTTCACAATTTGATGGGAAAACAATGGCTGATTATGATAAAAGACGACAGCACTGGCCAACTAAA--AACAGGCC-TAGTTCTTTGAA----TACAGATTATTTAAGTGATAGAAAAAGTCTCTTATGCATTT------CTTTTCTGTAAAATAGATTTATATTGTGaattattattat----ttaaaataataataataaaaGTGTGTGTGTGTGTGCGCATATATATATATATAgggttttcccagtcgcgacgctgcagaacgacggctaagctctcgaggatcNNNNNNNNNNtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatTTTTTTTTTTTTCTATTTCTTtaatttattcctgtgattataaagcagtattttctgctacatt---catttttgactaaattattgtagtc----tttaatgtttagaaaacattcta--------------------ataggc-----------tgacttggtgttATTATAGTACTATACTGATATA-GTATATATTTTTTATTAACCAATAAGTAAATAAGTTGCCTTCTCCattattattattattattactattattattattatt 
s mm7.chr17     58538205 671 + 93276925 TTTAGCTAATTTCT----AGACTTTGTCAGCTAGA-AATACTAGAAAAGCTTGTTTTAAAGAAACCCATCAg-actggtgaaataggtcaacagttaatagtattttctactcttgcagatgattagagt--------atggttctcaagtatccagtcaacatgtctataaca---atctataactccaAATGTCTTCATATGTGTacacacacacacacacacacGTGTGTGTGTGTGCACATATATATATATATGCAAATGTAT----------------GTAAATTAGCTAATTTTTGTA----------------atatatatgtatgtata-atatacatatatat-tatatatgtgtatatatatatatatatatgtatatataaatacatatatatatat-tatatg-atatataca-atata-----ATAGTTAGAAAAATCAATTTTAATATTCTTTCTTTGATATTTTAAATTACTAGAATACAAGAGTTAGAAGAGAG-ATTCTCTTTTAACTTTTCTAATTATCATTACATTTTTATATTCCAATTCCTCCATCCAGTGTACATTTTACCTTCTGTGTATCTTTACCTGCAGGTCTTCAAATCCATGGCCTCTTTTTATTGTTATTACATTCTCATATGTGTATGTATATACTATAA---AATAtttttattaattattttatttacttacattctaaatattgccctccttcttagtact 

a score=1210
s danRer3.chr12 29947711 132 +  37038836 GCCTTCAATGAGATTACAATGCAAATTATATACAAAACAGTACAAAA----TCTGTTATT--------ATGTGTGTAAAACATTGTTAATTACAGTCGGCTAGATTTTCCACAACCTACATATTACATAAAAATAAACAATAGC 
s mm7.chr14     13067964 144 - 119226840 GTTTTCCCTTAGATTAGGACCCAGAGCTAAACGGCAACACTATCAGACTGATTTGTCATTTAAACTTGAGATTTATAATCTAATTTTAAGCAAAATTACATAGATTTTGCAAACATCAGACTTTGCATAACCATGAACAATGAC 

a score=7438
s danRer3.chr12  29975677 329 +  37038836 AATTGCACCACCAGTCATTTTCATTAACAACCTCGTTTTAATTAAACATTGATTACCTGCTAATTAGTCTAATGATCGTCCCCAGATGAGGGAGACCAGGT------ACAGAAAGTGACAGAGGAGAAAAATGAAGGATCTGAAGC--AAATGAAAATTGTATTTGAG-ATCCCCGAGGGCTCACTGTTTTGTGATTATTTTTGCTTTTATAAATGAGGCCTTCACCATGCATTTCTCTAATTTATGTTCGTCTGATGGC-TCCCATATGACTGATGCATAGAAGATTGAGTATGTGCACATTTTCATCAAATTTGGGAAATTTCCTGCCACTGGAAAG 
s mm7.chr11     119056544 333 + 122091587 AGTTGCCACAGCACTTCCTGTAATTGATGGCTAGGTTTTAATTAAACATTGATTAGCCACTAATTAGTCTAATGATCGGTCTTGG--GGAGGAGGTAAGGTTATCAAACATGGGGTGGGGGTGGGGGATCCCTAAAGA-CTGCAGCTTAGGTGAAAATGGGATTTCAGCCTCCCTCCAGGCCAAATGTTTTCT-ATGATCCGGGCCATTATTCTCCAGGCTTTCAATGGGAATTTTCCTAATCGGTTTGCGTCTGATGGAGTCCCAGGTGACGGATGCAGGGAAGATTGAATCCGTCGCC--TCTCATCAGGTCCCAGGCTCTTACCGCAGCTAAAGAG 

a score=2556
s danRer3.chr12  30007622 113 +  37038836 ctcgaggatcaaTCTGACAGTGCCAGACCCAATTCTGCTTACAGACATCCACGATGGGATTGAGGGGGTAAAAGTCATTTTCTTCAAGTGTCTTCTTCATTAGTCAGTCATAT 
s mm7.chr11     101426699 110 + 122091587 CTCAGACATGAACCTCCCAGTCCCTGACCCCATTCTCCTCACCAATAGCCACGATGGACTGGATGGTGTGAGTGTCTTGCATTT---ATGTTTGTGTTCTTAGTATTTTATGT 

a score=13274
s danRer3.chr12  30008666 602 +  37038836 GGGACCAAGGTCTTTGTCATGCCTGGTGGAATGATGAAAAGCAATGGCAAGCTGGTGGAGCTGATTGAAAAAGTCAAGCCTGAAATCAGAACTCTTATGGAAAAATGCAACA----------------CAGTAC-------------------------------------GTTGATAGTCTTGTGCCATCTTTCACTCAAGCGTG-----------------------TTAGGTA----AATGATTAAATAA----------------------------TTTTCCCGTGCTCTTCTAGGTCAAGATGTGGGTTCAGTTGTTAATCCCTAGAATAGAAGATGGCAACAATTTTGGTGTCTCAATTCAGGTA-TGCTGCCACATTAAATATT-------------TTCCACTGTCTGTGACCTTTGGACTTATCAGTG--AAAGTCAAATGCAGAAGTTGCTAGCCACTGACCTGCAATTGTGATTGTCGTTACTGTCCACAGGAGGAGACGGTTGCTGAACTCAGAACAGTGGAAGGGGAAGCAGCATCTTTCTTAGACCAGATATCCAGGT------GCTTCACTCTAAATCCATATTAATGGCAGACAAC------GGCTTGCTTTTGaattttattcatattaaaaaaaaaaatccttatattttttttCCAGGTACTATATCACAAGGGCAAAGCTGGTTTNCAAAATAGCAAAATACCCTCATGTTGTAAGT 
s mm7.chr11     101428949 711 + 122091587 GGAACCAAGGTGTTTGTGATGCCCAATGGGATGTTGAAAAGCAACCAGCAGCTTGTGGACATTATTGAGAAAGTAAAACCCGAGATTCGGCTGCTGATCGAGAAATGTAACACGGTGAGGCAGGGGTTCACTACCCAAAGAGTGGCACTAGAACTATGGAATGATGGGAGGGTTGGCAGGCTAAGGCCCTTGATTCCTTTGTCTTGGCATCAGTCCCCACCAGCAAGAATCATGTACTTCAAAGCTTAAGTAGGAAAGACCAAGGTCCTTCTACATATATTTTGTCTTCTCATACTCCAGGTCAAAATGTGGGTTCAGCTGTTGATTCCCAGAATAGAAGATGGGAACAACTTCGGGGTATCAATTCAGGTAGTGTGCCCACACTGCAAACTGGGAGCTCCTTCCCTGCTTTGTCTCTGCCCTCGGTCTGTGCTGCTGCTGTAGGCTGATGGGGAAGTAACTTGACTCT--CCTGT--------------TTACCACCC-CAGGAGGAAACAGTTGCTGAACTAAGAACTGTGGAGAGTGAAGCCGCATCTTACCTGGACCAGATTTCTAGGTAGGGCAGCTTGGGCCGGATCCAGGAACTTGGGCTGGTGACATGGGAGGCTTGTTCAGGGTCTTTTCAGCTGCT----------TTTTTTTTTTTTTTCTTCCAGATATTATATTACAAGAGCCAAATTGGTTTCTAAAATAGCTAAATATCCCCATGTGGTAAGT 

a score=6443
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s mm7.chr11     89514521 226 + 122091587 TTACCACTCACTGCCTTTCTTCTGTGCATCTCTGGCGATGGGGATGTTGACGGAAGACAGTCTATGTGTGATGACGTAGAACTGATCTTCTTTAGATTCTGCTCACTGGAGGAGTCTATCAGCTTAGTGATGGGCAAGCCAGAGACTGGTTGCTTGTACCGGGCATACTGTAGAGCATCCATGATCCATCTCATCTCACGCCAGACTTCATCAATTTGCTTTGGAA 

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s danRer3.chr12 30019041 239 +  37038836 AGAGAAAAATGTCAAATGGAATCATCCTTCACGGAGAGCTTCATCAT-ACCTGAATGTAGTCCAGAATGTGCTGGTGCCTCTGTTTGGCAGTGGACACCTCTGAGTCAGTGATGGCCTCTCTAAAAGCCTGCTGGGTAATCAGAGCATCCAGATCCAGCACTGAGGACAGCCGGCAGTAAAGACTGATGAATTTCTCCTTATACGAGCAGAAATGAACTGCACCAGG---AGACAAAACAAAA 
s mm7.chr11     89520978 243 + 122091587 AGCCACAAGTGAACATTAAGAGCATTACCCTCGGGGAACGGCAGCTTTACCTGAATAAAGTCCAGCACTTGCTGGTGCCGTTGTTTGGCAGCTGCGACCTCGCTGTCTGAGATTGCCTCCCTCAGGGACTGTTGGGTATTCAGAGAGTCCAGCTCCACAACAGCAGAAAGGCGGCAATACAGACTAATAAATTTCTCTCTGTAGCTGCAAAAATGAACTGGAAAATGGACAAGCAAAATAAAA 

a score=14049
s danRer3.chr12 30019792 300 +  37038836 TGATTTACTAGAGGTCCTAAGGGAGTGTGACTGGGGGCAGAGAGGGGAGGAATC----TGTGGATTT-TTATAAGGCCAACTGAGCTAATATTGTAGGGGTTGAAACAGAAGCCAGTGTACCGAGCTCAAACATTTGAAGAGGGAGGTTGAGGAACCCCGAGTGTGGTGTGTAGGGGTTGGTCTGTCCCGGGGCAGAGCAGACGTCGTCTGAGGCGGGCAGCAGCAGAAGAAAGGACACATTGTGACCCAGCTCCAGCACCTCGTGTGTGTAGAGACGGAAGTGCTTGGCCTGT-GAGGGACACAC 
s mm7.chr11     89530043 289 + 122091587 TGATTTACTGACCCTCC------------ACTGGGACAAGGGGGAACAGATATCACTTTGTGATTTTATTATAAGGA-GGCTGGGTTAATATTTCTAGG--TGAAACA--AGCTACTATACCGAGTTCAAACATCTGAAGAGGGAGGTTAAGAAACCCTGAGTGCGGGGTGTAAGGATTATTCTGTCCTGGGGCTGTACAGACGTCGTCTGAGGCAGGGAGCAAGAGAAGAAAGGACACATTGTGACCAATTTCCAACACCTCCTGTGTGTAGAGGCGGAAGTTCCTTGCCTGCAGAGGGACACGC 

a score=5667
s danRer3.chr12 30022209 177 +  37038836 taaCACGAAGTTAGTCCTGTGGACTGCAGTACCTGGTGGAGAGGTAGATTAATCTGGTGCAGCAGACTTTTAATGGCTGTCTGGAGCTCAGAGAAAAG---------GAGGCAGCCTGTAGCCTGATCTGCTCTTTCCACCTCCACAGGGCCAGACAGTGACTGCAGCCATTCCCACTCATCCCTG 
s mm7.chr11     89531775 186 + 122091587 TAAAAAGGAGATAAAATGGTAAAGCCCAGTACCTGGTGTCGAGGTATATTGATCTGCTTCAGGAGAGCCGCCACTGCCATCTGGAGCTCGTAGAAGAACAATTGCATGGGGCAGTCAGCATTATGATCCACACTTTCCATAGACTCAGAGCCAGAAAGCTTTTGGATCCACTCCCACTCCTCTCTG 

a score=8140
s danRer3.chr12 30024419 175 +  37038836 CTGACCTTGACACGTTCCAGTTGTCTCGTATCTTGGTGTGGCAAAGCATGTTGGGCATCCGCTGAGGAACCAGAACCTTGATCTGATCCACAGAGCTGCTGAGTTTCAGGTAACCCAGATAAAGGCCAGAGGACAGCCGGTGCTGACTCCGTCTCTGATACGCCAGAATGTCCTG 
s mm7.chr11     89534561 175 + 122091587 CTTACTTGGAAATGTTGTGGTTTTCACGGATCTTCACGTGGCAGAGAATGTTGGGTAGCTTTTGGGTTACGAGCACTTTGATCTGATCCACAGAGCTACACAGCTTTAGGTAACCTAGATACAGTCCAGGTGAGAGCCGCTGATGGCTCCTCTTGTGGTAGGACAGAATATCCTG 

a score=11681
s danRer3.chr12 30028692 313 +  37038836 CAAATAATAGTAAAAGAGTCGAGATGTTTTTAATAATTGTGTTCACCTGTATGGTGATGAGTAGGATGTCGAGGGCATATGGTTCCTCAGGTGTAGACAGGGACTTCCTCTGACTCTGCAGTTTGGAGACTTGCATCCACTTCCCGTTGAAGAAGGAGTAAAGACTGTCCATTTCCCTCACCGTCACAAGCAGCACATTTCCATGACGATCTTTAATGGGCTCATAATGGACTCGACCCAGGTTGTGAGTGCCCAGAAGATTCTGTTTGGAGATTGAAAGCAATAGACAAGATGTGAGAAGGACGATTGCACA 
s mm7.chr11     89543625 293 + 122091587 CAAATATCAGGAAA----TCGAAAA------AAAAATCCTACATACCTGGATGGTTATTAGTAAAATATCTAAGGCTGTTGGCTCTTCGGGTGTTGACAGAGACTTCCTCTGGCTTTGCAGTTTTGAGATTTGCATCCATTTGCCATTAAAAAAGGAATAAAGCATCTCCACTTCTCTGATGGTAACTATGAGAATGTTGCCATGGCGATCTTTAATGGGCTCATAGTAAAGTCTTCCCAAGTTGTGTGTTCCAAGTAAATTCTAC----------AAAGCAACAGATTACAGGTAACTCAGTTGATATCACA 

a score=5597
s danRer3.chr12 30029700 147 +  37038836 AGGCTCATCATGGCTGGCAAACCTGCAGTTGTCCCGCGGCCGCCAGCATCTTCTGTCTGGACTGCAGAGTGGAAGAGGATGAGGTGGAGACTGCCAGGCTTTGTCTGAGCCACCGGACGTCCTCCCACATACAAGAAAGCTGAAaca 
s mm7.chr11     89549744 146 + 122091587 AGCTCCAGCCTGGC-GCCTTACCTGTAGCTGAGCTGTGGCAGCAAGCATCTTTTGCCGAGTTTGCAGCACAGTGGACGAGGACATGGATATGGGCACGCTTTGCCTCAGCCACCTGATGTCTTCCCACATACAAGACAGCTGCAAAA 

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s danRer3.chr12 30033469 496 +  37038836 TACCTTGGTGAACCACAGAAAGTCCTGCATGAGGGAGCTGCTGTATGAATCGTCCACCTCCACTATGGGGATCTGATCCTCATTAGTCACTAGCAGACTGTCCTTATGGTAAAATACTGACGCTATATAAACTCCCCTGAAAAAACAGCAGAGAGAAGCTATTCAGAACAAAAAACTAAATAGCATATTCAGCTATAATGTGAATCCTAGAAGGTCTGGCACTTTTCAAGAATAGTAAATCTATTTTTAGCAAGACTTTTAGACTTTTAAAGCTCAACT-TTAGGCAATCTTTCAGCATTTTTATATTGGTGTTTTTCTGTACATATGTTTTGCTTATGTACACTTGGAGAAGCTGTTTTTAAAGCAACTTtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaagt-------tatatatatatatTGTTAGa-ataaatataaatat---attaataaatgttatatatttataaatagaaaacataattgaaaat 
s mm7.chr11     89550365 393 + 122091587 TACCTTCATGAACCACAGAAAGTCTTGTGTAATAGAACTGGTGTGAGAGTCATCTATTTCAACAATTGGTATTTGGTCTTCATTGGTGACTAACATATTGTCTTTATAATAAAATATAGTGGCTATGTAAAGTCCTCTGCAAAGA-AAAAGAGAAAGG-------GAAAAAAAAG-----------------------------------------------TCTTCAA-----------CTGTTT--------GCTTTTA------CAAAACTCAAGTCTTAGGAAAT-------tatatatatatatatatatatatacacatacatat---atatatgcaatagaaaa-------------------ttatatatctatatatatgcatataggtatatgcgtatataATTAATTCTATTATATGTACATACATAGCTAAATATATGTTTACATGTAAAATTAGTGAGTTTTAGACAT------ATTGCAAGCTGAATTGAAAAT 

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s danRer3.chr12 30034473 304 +  37038836 AAAGTCAAGACCTCA----------GAGGTACAATTTTAGTGATGAGGA--TAAGCATTTGATTTGCTCACAATTACTTTCATGCAGATTTCTGCCTGTGTTGCAGTAATAAAACTAAAACGACACCATTGGGTAACCTGTTTGTAGAAAGTACCACCTATTTTTTCCTGTAATTTCA------------CACATAT--------CACCTTTTAAGACTCTTGACAAATTTCGTAGAGGAGTGAAAAAGGTGCTTCAGGCTCCGGGACACAGACTGTTTACGACTTGGATTCTGCAACTTTGATGTGTCTGgaa--gaggaagaagaagaagaagaaa 
s mm7.chr11     89550758 324 + 122091587 AAACCTAGGAACATATTTTTGCTATGTATCACAAATTCACTGGTTAGAACTTAGAGATTGGTATCTTGCCCAA--ATTCTCAGGAGAATCCATTCCTTC--------AATAAAAATACAAAATTTCCACTCGGCTTCCACTTCG----ACCTCCAGCCAGTCCACTCCTGAGACGTTAAGACTTCCTAGGCAAGTGTTTAGGACCCACCGTTTCAAGGTCTTCACGAACTTGTTTGAGGAATGAAATAGGTGCTTCAGGCTCCTGGACACCGACTGCTTGCGGCCTGTGGTTTGCAGTTTTGAGCTTTCTGGAACGGAGAAAGAAGATGCAGTGCAAA 

a score=5748
s danRer3.chr12 30054013 134 +  37038836 TACCTCCACAGCAGTAGTGCTGGTGTGTGGCTCGAACCTGCTGTAAGAGCCTCTCCATGGCCTCGATGTGACCTCTCCTCCTGCTTTCTCTCCCATCACAGTCCTTCCAGTCTGACAAAAAAAAAAAAAAAACA 
s mm7.chr11     89556592 134 + 122091587 TACCCCGGCAGCTGTAATGCTGATGAAGGGCTCGGACTTGCTGCAGTAGGCTCTCCAGAACCTCACTCTGTCCCTTGTGTCTGGGCTCTCTGTCGTCATAGTCTTTCCAGTCTATTGAACAAAAGAAACAAACA 

a score=4548
s danRer3.chr12 30056040 107 +  37038836 ACTTACTGGAGGGAACAGCTGAAGGAGGCTGAGAAAGTTGTGCTGGACCCCAACCCTTCATATTGTAAGCAGAGACTTGAACATAGTACTGCCTACCCTGTAAAAAA 
s mm7.chr11     89562139 107 + 122091587 ACCTACTGGAGGGGGAGGCACACACTGGCGTTGTGGTCTGAGCTGGTCCCCATCCTTTCATGTTGTAAGCTGAGACTTGAACAAAATACTGTTGGCCCTGCAAAGAA 

a score=5340
s danRer3.chr12 30059562 106 +  37038836 CTTACCATGGTGAGGCCTGTAATTGTGCATTTGAGGGACTGCAGATTCTCAAGGATCAGTTCTCCGGCTAACAAAGAGAAGTCCTTCAGACA-GCTCCATTCAACTG 
s mm7.chr11     89565082 106 + 122091587 CTTACCGTGGTGAGTCCTGTGATTGTACACCTCAGGGTCTGCAGGTTATCCATGATGATCTCCCCAGCCAACGGGGAAAAGT-CTTTAGACATGCTCCATTCCACTg 

a score=4626
s danRer3.chr12 30060665 129 +  37038836 ACCTTTGTATTTGGTCACCACAGCTGAATTCATGCTGGCAGGTTCCTGAAAGCTAACAGTGAGAGTCGTGCTGCCGGTCACACTCAGACGCACCATCAATGGAGCCTCCGGCTGCCCTGAAAGACATGG 
s mm7.chr11     89612935 129 + 122091587 ACCTTTGTACCTGGTCACTACGGCTGCGTTGACACTGAGGGGCTCTTGAAAGCTGACCGTTAGGGACGTGCTGCTGCTTACCATGAGACAGGCATTGGCTGGCACCTCTGGGGCTCCTGGCACAGAGGG 

a score=9452
s danRer3.chr12 30066602 220 +  37038836 TGCATAGACTTACGTGCATGCTCGAATCCTGTGCGCATGCGCTTGTAGAGTTTGCATCGCCACTCCCAAGCTTTGAGCTGTTTTTCTTTGTCAGACGTTTCCAGGCTGAGACTTTCTCTCATCACCTGGTTGGACAGTTCACTGGCTCTCCTTTGGGCTTCCTGGACTAGTGCTGAGAGGTGAGCGTCTCTGCTCTCCAAACTGACAACTGAAACACAAA 
s mm7.chr11     89614199 220 + 122091587 TGCATATACTCACGGGCATGTTCGAAGCCAGTTTTCATGCGCCGGTAGAGCCGGTACCTCCACTCCCAGGCCTTCAGCTGCTTCTCTTTCTCTGTGTTGTCCAGGGTGAAGCCTTCATTCTCCACCTGTGCAGACAGCTCACTCACCCTGTCCTGGGCCTCCTGAACTAGAGTGTTGAGATGCATTGCTCGGCTCTCCAGGCTGACAACTGGGAGAAGAA 

a score=10182
s danRer3.chr12 30069549 492 +  37038836 TCAGTGCTCA-AACACACAGGACTGTGTTTTGCCATATAGATTTGTCATGGTAAAAAACGAATACAGCCATACCAGTCCTCCTCATAGGCCATGAATACTACTGCATTTTCCTTC--AGAGCCTTAGTCATGGAGCATGACAGCAAAATAAACAAATAAACACATGGCTGAAGAAACCCTCTTTCACTGGCCCAGCCCGAA-----CCCCTGGAGACGGGAGCTCTCCGGGGAAGATGATAAAGTGTGTGTTGTCAACTTCCaaaaa--------------aaaaaaaaaaataaaatGGAGGTCGGT----------------CTTACAGGGGGGTCCACTGCGCTGTGGAAAGGTAGCCATATTAGCAGTCCAGAGGTGCAATTTCCTGCA-CTCTGAAGATTGACATCTGGCTACTATGTGCGGTTAATTGAACAAACTATAAATTAATGGGCGAGTCGGCTGATATTGCGCCTGTCACACACAGTTGGCATTGTAGGGGCTTTGGGACGGCACTAAATATAGGCATT 
s mm7.chr11     89615631 519 + 122091587 TCGCTGCTCAGAACACCCGGGACTGTGTTCTGC--TGCAGGCTTGGCGTGGTTAA---TGAATGTTGTCGTAGCAGTCA--ATCATGTACTCGAAATACTGTCACGCTCCCTTTTTTAAAGCCTCAGTCATGAGCCGTGACAGAAAAATAAACAAATAAATATAAAGCCAAAAAACCCTTTGAGCAGCTACACTGTGTAGAATCCCCCCGGGAAGGCTAAAGGAGGCCAGAATAAATGATAATGTAAG---TGCCAGGTTGTAGTGAGGCTATGGTGGTGTATGAACAGGGAGGTACTGGGGGCGGGGAAGACACATCCACACACATACAAGAGCACACACTCCAGTG-GAAAAATTGGCAATATTAGTAGCCTCAAGGTGCAATTTCCTGGAGCAGTTAGGACTGACAGGCCAGTGCTAAATGCTGTTAATTTAACTAACTTCAGATTAATGGTAGAGCCTGCTATGACTGAAGCCCTCAAACACAGTC-TCATTATAGGCTTGCTGGGAAGGCCCTAAATATAGGCATT 

a score=1385
s danRer3.chr12 30071349 120 +  37038836 ctaaatgttaataaataaatgattaatataatataatataaTG--TGACATTTTAAAACGCACAGACACACTGTTAAAAAAACTAACTGTAAAAAAATGTGAACTGTATGTCGAATGTAATG 
s mm7.chr11     89629082 122 + 122091587 ctagatttttatcacggcggaaggaaccctacataagataATCACTTACCTTTTCATAATCACAAATAAGCCGTTTTAAAAACTGAGTTAACAAAGGTTAGTATTAAAATACAAAAGTAATG 

a score=11511
s danRer3.chr12 30074377 284 +  37038836 TAGAGGAATTGACTGTTTAAAG-TATGCGCTTGTTAAATATGCAGACTCACAGTGAGGGCTCTCCTTCCCTCCAGCTTTAAGCAACAGTTTGGCGATGGGAACGTTATTGGTCATGATGGAGATGTCCAGAGGCGTCAGGCCTTCACTATTGGGGGTGTTCAGGTCCAGTTCATCAGCTGTGTACTGAAACAGCAGGATCTGAACGGCATCCAGATCCTGCTGTTCAACAGCCTCGAACAGAGCCTCGCTGCTCTGGATGTTCTGTGAGGAAAAAGACACAGGTT 
s mm7.chr11     89631985 285 + 122091587 TAGAACAAAGGTCTGATGGATGACATGGGCTTTTATGTTGGGTTTACTCACAGTGCGGACTTTCTCTGGCTCCTGTCCGCAGAAGAATCCTCGCAATGGGCACGTTGTTGGTCATGATGGCGATGTCCAGGGGTGTCAGCCCTTCGCTGTTCGGTGTGTTCAGATCTAGTTCTTCCGGTGTATATTGGTAGAGGAGGAGTTGCACAGCATCTAGGTCCTGTTGCTCAACTGCCTCAAACATGGCTTCGTTGCCCTGGAAGTTCTGGAGAAGAAGGAAAACAGATT 

a score=7424
s danRer3.chr12 30086580 223 +  37038836 CAAAATACTTACTGATACTTTGCGTATACGGTCGGATCGGCCGAAAAAGTAGGCATCCTCGAAGGATGAGTGGCTCCCTTTAAACTTCTCGGAGAGGTTCCGGTAGAGGCGTTTGGCAGCGCTGGGGGAGGCGGGACCAGCCCCCTTCTTGCTCTGCGTCAGCTGCAGGTTCTGCATCTGCTGGCTCATACTGATGGAGAAGTTCCTGTGGAAAGAGAACAGA 
s mm7.chr11     89635486 217 + 122091587 CAGAAGTCTTTCTGAGACTCAGCCGATCCGTTC---TTGTTCTAAAA--TAGGCCTCATCAAAGGACGAGTGACTGCCCTTCAGCTTCTCCGAGAGGTTCCTGTACAGTCGCTTGGCAGCATTGGGAGACGATGGAGCACTGTGTTTTTTTGACTGGGAAAGATGTAAGTTCTGCATTTGCTGGGTCATTTTCGAGCAGTAGTTCCTA-GGAAGAGGAAGAGA 

a score=7424
s danRer3.chr12 30135170 223 +  37038836 TCTGTTCTCTTTCCACAGGAACTTCTCCATCAGTATGAGCCAGCAGATGCAGAACCTGCAGCTGACGCAGAGCAAGAAGGGGGCTGGTCCCGCCTCCCCCAGCGCTGCCAAACGCCTCTACCGGAACCTCTCCGAGAAGTTTAAAGGGAGCCACTCATCCTTCGAGGATGCCTACTTTTTCGGCCGATCCGACCGTATACGCAAAGTATCAGTAAGTATTTTG 
s mm7.chr11     32455884 217 - 122091587 TCTCTTCCTCTTCC-TAGGAACTACTGCTCGAAAATGACCCAGCAAATGCAGAACTTACATCTTTCCCAGTCAAAAAAACACAGTGCTCCATCGTCTCCCAATGCTGCCAAGCGACTGTACAGGAACCTCTCGGAGAAGCTGAAGGGCAGTCACTCGTCCTTTGATGAGGCCTA--TTTTAGAACAA---GAACGGATCGGCTGAGTCTCAGAAAGACTTCTG 

a score=11511
s danRer3.chr12 30147204 284 +  37038836 AACCTGTGTCTTTTTCCTCACAGAACATCCAGAGCAGCGAGGCTCTGTTCGAGGCTGTTGAACAGCAGGATCTGGATGCCGTTCAGATCCTGCTGTTTCAGTACACAGCTGATGAACTGGACCTGAACACCCCCAATAGTGAAGGCCTGACGCCTCTGGACATCTCCATCATGACCAATAACGTTCCCATCGCCAAACTGTTGCTTAAAGCTGGAGGGAAGGAGAGCCCTCACTGTGAGTCTGCATATTTAACAAGCGCATA-CTTTAAACAGTCAATTCCTCTA 
s mm7.chr11     32459317 285 - 122091587 AATCTGTTTTCCTTCTTCTCCAGAACTTCCAGGGCAACGAAGCCATGTTTGAGGCAGTTGAGCAACAGGACCTAGATGCTGTGCAACTCCTCCTCTACCAATATACACCGGAAGAACTAGATCTGAACACACCGAACAGCGAAGGGCTGACACCCCTGGACATCGCCATCATGACCAACAACGTGCCCATTGCGAGGATTCTTCTGCGGACAGGAGCCAGAGAAAGTCCGCACTGTGAGTAAACCCAACATAAAAGCCCATGTCATCCATCAGACCTTTGTTCTA 

a score=1634
s danRer3.chr12 30149114 67 +  37038836 TTCAGTCATCACTTTACTTATCCTCATGTCAGTCACACCCCATTTCTGTTACATTCAGAACATATAA 
s mm7.chr11     32467568 67 - 122091587 TTCAGTCTCCGTTTCAATCACCCACTCTTCAACAACAGCTTCTTTCTCTTAATTTCTAGATATTTGA 

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s danRer3.chr12 30154493 220 +  37038836 TTTGTGTTTCAGTTGTCAGTTTGGAGAGCAGAGACGCTCACCTCTCAGCACTAGTCCAGGAAGCCCAAAGGAGAGCCAGTGAACTGTCCAACCAGGTGATGAGAGAAAGTCTCAGCCTGGAAACGTCTGACAAAGAAAAACAGCTCAAAGCTTGGGAGTGGCGATGCAAACTCTACAAGCGGATGCGCACAGGATTCGAGCATGCACGTAAGTCTATGCA 
s mm7.chr11     32477168 220 - 122091587 TTCTTCTCCCAGTTGTCAGCCTGGAGAGCCGAGCAATGCATCTCAACACTCTAGTTCAGGAGGCCCAGGACAGGGTGAGTGAGCTGTCTGCACAGGTGGAGAATGAAGGCTTCACCCTGGACAACACAGAGAAAGAGAAGCAGCTGAAGGCCTGGGAGTGGAGGTACCGGCTCTACCGGCGCATGAAAACTGGCTTCGAACATGCCCGTGAGTATATGCA 

a score=4626
s danRer3.chr12 30160766 129 +  37038836 CCATGTCTTTCAGGGCCGCCGGAGGCTCCATTGATGGTGCGTCTGAGTGTGACCGGCAGCACGACTCTCACTGTTAGCATTCAGGAACCTGCCAGCATGAATTCAGCTGTGGTGACCAAATACAAAGGT 
s mm7.chr11     32478523 129 - 122091587 CCCTCTGTGCCAGGAGCCCCAGAGGTGCCAGCCAATGCCTGTCTCATGGTAAGCAGCAGCACGTCCCTAACGGTCAGCTTTCAAGAGCCCCTCAGTGTCAACGCAGCCGTAGTGACCAGGTACAAAGGT 

a score=5340
s danRer3.chr12 30161897 106 +  37038836 CAGTTGAATGGAGC-TGTCTGAAGGACTTCTCTTTGTTAGCCGGAGAACTGATCCTTGAGAATCTGCAGTCCCTCAAATGCACAATTACAGGCCTCACCATGGTAAG 
s mm7.chr11     32526399 106 - 122091587 cAGTGGAATGGAGCATGTCTAAAG-ACTTTTCCCCGTTGGCTGGGGAGATCATCATGGATAACCTGCAGACCCTGAGGTGTACAATCACAGGACTCACCACGGTAAG 

a score=4548
s danRer3.chr12 30165798 107 +  37038836 TTTTTTACAGGGTAGGCAGTACTATGTTCAAGTCTCTGCTTACAATATGAAGGGTTGGGGTCCAGCACAACTTTCTCAGCCTCCTTCAGCTGTTCCCTCCAGTAAGT 
s mm7.chr11     32529341 107 - 122091587 TTCTTTGCAGGGCCAACAGTATTTTGTTCAAGTCTCAGCTTACAACATGAAAGGATGGGGACCAGCTCAGACCACAACGCCAGTGTGTGCCTCCCCCTCCAGTAGGT 

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s danRer3.chr12 30167751 131 +  37038836 TTTTTTTTTTTTTTTGTCAGACTGGAAGGACTGTGATGGGAGAGAAAGCAGGAGGAGAGGTCACATCGAGGCCATGGAGAGGCTCTTACAGCAGGTTCGAGCCACACACCAGCACTACTGCTGTGGAGGTa 
s mm7.chr11     32534864 131 - 122091587 TTGTTTCTTTTGTTCAATAGACTGGAAAGACTATGACGACAGAGAGCCCAGACACAAGGGACAGAGTGAGGTTCTGGAGAGCCTACTGCAGCAAGTCCGAGCCCTTCATCAGCATTACAGCTGCCGGGGTA 

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s mm7.chr11     32540505 324 - 122091587 TTTGCACTGCATCTTCTTTCTCCGTTCCAGAAAGCTCAAAACTGCAAACCACAGGCCGCAAGCAGTCGGTGTCCAGGAGCCTGAAGCACCTATTTCATTCCTCAAACAAGTTCGTGAAGACCTTGAAACGGTGGGTCCTAAACACTTGCCTAGGAAGTCTTAACGTCTCAGGAGTGGACTGGCTGGAGGTCGAAGTGGAAGCCGAGTGGAAATTTTGTATTTTTATT--------GAAGGAATGGATTCTCCTGA----GAATTTGGGCAAGATACCAATCTCTAAGTTCTAACCAGTGAATTTGTGATACATAGCAAAAATATGTTCCTAGGTTT 

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s danRer3.chr12 30185493 466 +  37038836 ATTTTCAATTATGTTTTCtatttataaatatataacatttattaatatattcatatttattctaacaatatatatatataactttttatatatataAAGTTGCTTTAAAAACAGCTTCTCCAAGTGTACATAAGCAAA-ACATATGTACAGAAAAACACCAATATAAAAATGCTGAAAGATTGCCTAAAGTTGAGCTTTAAAAGTCTAAAAGTCTTGCTAAAAATAGATTTACTATTCTTGAAAAGTGCCAGACCTTCTAGGATTCACATTATAGCTGAATATGCTATTTAGTTTTTTGTTCTGAATAGCTTCTCTCTGCTGTTTTTTCAGGGGAGTTTATATAGCGTCAGTATTTTACCATAAGGACAGTCTGCTAGTGACTAATGAGGATCAGATCCCCATAGTGGAGGTGGACGATTCATACAGCAGCTCCCTCATGCAGGACTTTCTGTGGTTCACCAAGGTA 
s mm7.chr11     32540829 393 - 122091587 ATTTTCAATTCAGCTTGCAAT------ATGTCTAAAACTCACTAAT---TTTACATGTAA---------ACATATATTTAGCTATGTATGTACATATAATAGAATTAA-----------------Ttatatacgcatatacctatatgcatatatatagatatataattttct------attgcatata---------tatatgtatgtgtatatatatatatatatatatataATTTCCTAAGACT--TGAGTTTTGTAAAAGCAA----ACAGTTGAAGAC----------TTTTTTTTC-------CCTTTCTCTTTT-TCTTTGCAGAGGACTTTACATAGCCACTATATTTTATTATAAAGACAATATGTTAGTCACCAATGAAGACCAAATACCAATTGTTGAAATAGATGACTCTCACACCAGTTCTATTACACAAGACTTTCTGTGGTTCATGAAGGTA 

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s danRer3.chr12 30189588 147 +  37038836 TGTTTCAGCTTTCTTGTATGTGGGAGGACGTCCGGTGGCTCAGACAAAGCCTGGCAGTCTCCACCTCATCCTCTTCCACTCTGCAGTCCAGACAGAAGATGCTGGCGGCCGCGGGACAACTGCAGGTTTGCCAGCCATGATGAGCCT 
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a score=11780
s danRer3.chr12 30190449 288 +  37038836 ATCTATTGCTTTCTATCTCCAAACAGAATCTTCTGGGCACTCACAACCTGGGTCGAGTCCATTATGAGCCCATTAAAGATCGTCATGGAAATGTGCTGCTTGTGACGGTGAGGGAAATGGACAGTCTTTACTCCTTCTTCAACGGGAAGTGGATGCAAGTCTCCAAACTGCAGAGTCAGAGGAAGTCCCTGTCTACACCTGAGGAACCATATGCCCTCGACATCCTACTCATCACCATACAGGTGAACACAATTATTAAAAACATCTCGACTCTTTTACTATTATTTG 
s mm7.chr11     32547694 268 - 122091587 ATCTGTTGCTTTGTA----------GAATTTACTTGGAACACACAACTTGGGAAGACTTTACTATGAGCCCATTAAAGATCGCCATGGCAACATTCTCATAGTTACCATCAGAGAAGTGGAGATGCTTTATTCCTTTTTTAATGGCAAATGGATGCAAATCTCAAAACTGCAAAGCCAGAGGAAGTCTCTGTCAACACCCGAAGAGCCAACAGCCTTAGATATTTTACTAATAACCATCCAGGTATGTAGGATTTTT------TTTTCGA----TTTCCTGATATTTG 

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s danRer3.chr12 30194847 175 +  37038836 CAGGACATTCTGGCGTATCAGAGACGGAGTCAGCACCGGCTGTCCTCTGGCCTTTATCTGGGTTACCTGAAACTCAGCAGCTCTGTGGATCAGATCAAGGTTCTGGTTCCTCAGCGGATGCCCAACATGCTTTGCCACACCAAGATACGAGACAACTGGAACGTGTCAAGGTCAG 
s mm7.chr11     32556851 175 - 122091587 CAGGATATTCTGTCCTACCACAAGAGGAGCCATCAGCGGCTCTCACCTGGACTGTATCTAGGTTACCTAAAGCTGTGTAGCTCTGTGGATCAGATCAAAGTGCTCGTAACCCAAAAGCTACCCAACATTCTCTGCCACGTGAAGATCCGTGAAAACCACAACATTTCCAAGTAAG 

a score=5789
s danRer3.chr12 30197020 177 +  37038836 CAGGGATGAGTGGGAATGGCTGCAGTCACTGTCTGGCCCTGTGGAGGTGGAAAGAGCAGATCAGGCTACAGACTGCCTC---------CTTTTCTCTGAGCTCCAGACAGCCATTAAAAGTCTGCTGCACCAGATTAATCTACCTCTCCACCAGGTACTGCAGTCCACAGGACTAACTTCGTGtta 
s mm7.chr11     32559626 186 - 122091587 CAGAGAGGAGTGGGAGTGGATCCAAAAGCTTTCTGGCTCTGAGTCTATGGAAAGTGTGGATCATAATGCTGACTGCCCCATGCAATTGTTCTTCTACGAGCTCCAGATGGCAGTGGCGGCTCTCCTGAAGCAGATCAATATACCTCGACACCAGGTACTGGGCTTTACCATTTTATCTCCTTTTTA 

a score=14049
s danRer3.chr12 30199253 300 +  37038836 GTGTGTCCCTC-ACAGGCCAAGCACTTCCGTCTCTACACACACGAGGTGCTGGAGCTGGGTCACAATGTGTCCTTTCTTCTGCTGCTGCCCGCCTCAGACGACGTCTGCTCTGCCCCGGGACAGACCAACCCCTACACACCACACTCGGGGTTCCTCAACCTCCCTCTTCAAATGTTTGAGCTCGGTACACTGGCTTCTGTTTCAACCCCTACAATATTAGCTCAGTTGGCCTTATAA-AAATCCACA----GATTCCTCCCCTCTCTGCCCCCAGTCACACTCCCTTAGGACCTCTAGTAAATCA 
s mm7.chr11     32561255 289 - 122091587 GCGTGTCCCTCTGCAGGCAAGGAACTTCCGCCTCTACACACAGGAGGTGTTGGAAATTGGTCACAATGTGTCCTTTCTTCTCTTGCTCCCTGCCTCAGACGACGTCTGTACAGCCCCAGGACAGAATAATCCTTACACCCCGCACTCAGGGTTTCTTAACCTCCCTCTTCAGATGTTTGAACTCGGTATAGTAGCT--TGTTTCA--CCTAGAAATATTAACCCAGCC-TCCTTATAATAAAATCACAAAGTGATATCTGTTCCCCCTTGTCCCAGT------------GGAGGGTCAGTAAATCA 

a score=8358
s danRer3.chr12 30200065 239 +  37038836 TTTTGTTTTGTCT---CCTGGTGCAGTTCATTTCTGCTCGTATAAGGAGAAATTCATCAGTCTTTACTGCCGGCTGTCCTCAGTGCTGGATCTGGATGCTCTGATTACCCAGCAGGCTTTTAGAGAGGCCATCACTGACTCAGAGGTGTCCACTGCCAAACAGAGGCACCAGCACATTCTGGACTACATTCAGGT-ATGATGAAGCTCTCCGTGAAGGATGATTCCATTTGACATTTTTCTCT 
s mm7.chr11     32570366 243 - 122091587 TTTTATTTTGCTTGTCCATTTTCCAGTTCATTTTTGCAGCTACAGAGAGAAATTTATTAGTCTGTATTGCCGCCTTTCTGCTGTTGTGGAGCTGGACTCTCTGAATACCCAACAGTCCCTGAGGGAGGCAATCTCAGACAGCGAGGTCGCAGCTGCCAAACAACGGCACCAGCAAGTGCTGGACTTTATTCAGGTAAAGCTGCCGTTCCCCGAGGGTAATGCTCTTAATGTTCACTTGTGGCT 

a score=6349
s danRer3.chr12 30208697 226 +  37038836 TTTTAAAGCAATTGGACGAGATGTGGCGAGACGTCCGCTGGATCACCAATGCGCTGCAGTACGCCCGCTATAAACAGCCTCTCGGTTGGGTGCCGATCACCTGGCTAGTAGATGTCAGCGTGGAGCCTCCTGTCCAGAAGAATGACTCCACGTCGTCTAACACGGACTACGTGCCCACTCCCTCACCCTCTCCAGAAATGAGAAGAAGAAAGCCCACTATTGGTAA 
s mm7.chr11     32576840 226 - 122091587 TTCCAAAGCAAATTGATGAAGTCTGGCGTGAGATGAGATGGATCATGGATGCTCTACAGTATGCCCGGTACAAGCAACCAGTCTCTGGCTTGCCCATCACTAAGCTGATAGACTCCTCCAGTGAGCAGAATCTAAAGAAGATCAGTTCTACGTCATCACACATAGACTGTCTTCCGTCAACATCCCCATCGCCAGAGATGCACAGAAGAAAGGCAGTGAGTGGTAA 

a score=12749
s danRer3.chr12 30213033 490 +  37038836 GTGATTGACTTCAATCTTTT--CAACCTTCATCTG--TTGCAGAGTCCCAGCCAGGCTCAGATGAAGAAGGCTGCTCAGAAGTTTTCCTTCCCACTGACAGTGACTATGACTCCAGTGATGCCCTGAGCCCTCGAGACCTAGACTTAGTTTATTCCTCAGCCCAGGATCTCTCCCATCAGGCCGTGCATGTCCTCAGTGGCAGCGCTCCCGATGTCCTCCAAATGCACGATCTTAAA-----TACAGCGTCTGCTCCAAGTCGATCCTGG----AGACTGAATCCTG-CACAAAAGATTTGGAGGATCTATCGCTCTCCTCTTACTCCGTGAAGACCACCGACAAACCGTC------CCGCTCCAAGTTTCTTGCCGATGCCCCAACAAAAC------------GCAAGCTGCTGTCCAAAAGCCATCCTCAGAGGAGTTATTTCGGCGGACCACACCGCTGGCTTCGTGTACAAAGCGAAAGCCACACTCCGTCGCTTTCCGAAGGTATTTACACTAGACA 
s mm7.chr11     32590101 515 - 122091587 GTCACTAACAGTCATCTTCTAACATCTGTCCCCCGCTTTGCAGAGTCACAGCCCTGCTCGGATGAAGAAGGCTGCTCGGAAGTCTTCCTCCCCACAGACAGTGACTATGACTCCAGCGATGCCCTGAGCCCACGAGACCTGGACCTGGTTTACCTGTCATCACATGACATAGCCCAGCAGGCCCTCAGCGGCCTCAGTGGCAGCGCCCCAGATGTCCTACAGGTGCATGACATGAAGGCCTCCATGGGACCTG-GCCAGGACCCTCAGGGCCCAGGGCAGGGTCCTGACACCGACCACTC-----ATGTGTCGAGTTTCTC-CACAGCCTGACCCTCACGGGCTTGGCACCCAAGAACCATGCCAAGATGGTGGCAGGCACACGGCCGCCACTGGGCTTCTTGGGAAAGCGGAAGCCAGGCAAGCACCAGCACTATGGTGGCTTCAGCCGCCACCACCGCTGGCTGCGCATGCACAGCGAGACGCAGTCCCTGTCACTCTCCGAAGGTGTTTACACCCAGCA 

a score=19969
s danRer3.chr12 30229363 664 +  37038836 CCTCGGGTTCAGGATAGAAGAGGGCATGTGCCAACACTACTACCTCCTCCGTCCCATTCCAAGCGACAGCCTGCCCATAGTGGAACTCAAGGAGGACCCGGATCCCGTACTGGACCCTAAAGAGCGGGATCTGAACGAGACCGAACTCAGAGCCATTCTAGGCAGTCACTTCGAGCAGAACTTCATGTCCATCAATCCTCCAGAGGACAAGCACGCGGGACA----GGACGAGCTGAACGAGTCGG--------------------AGCTCATGAAACAGCGTCCCAATGGCATCATGCCCAAAGAGATCAAAGCCATGGAGTTT---GATATCCAG---CACGGGAAGAAACACAAGCCCAGCAAGAAGCTCAGAAGACGGCTTCAGCTGTGGCTCTGGTCCTACACCTTCTGTCCGGTGGTGCACACATGGCAGGACTTGGGGAACCGATTCTGGCCCCGTTATTTGAAAGTGGGCAGCTGCTACAATAAACGCTCTTGTTCGGTTCCAGAAGGGATGGTTTGCAAACCTGCCAAATCCAGCCATTTGACGGTTTTGCGATGGAGGTGCGTGCAGAGAAAGGGTGGACTCAAATGCGCCTGGATACCCGTTCAGTACCCCGTGATATCAGAGTGCAAATGCTCCTGCCCGAACTGAAATAAGCTCCGCACTC-------------------ATCCTCACATGCACTGCCCC 
s mm7.chr11     32680578 710 - 122091587 CCTGGGGCTGCGGGCAGCACCAGCCGGCGGCCAGCACTATCTACACATCCGCCCAGCACCCAGCGACAACCTGCCCCTGGTGGACCTCATCGAACATCCAGACCCTATCTTTGACCCTAAGGAGAAGGATCTGAACGAGACGCTGCTGCGCTCGCTGCTCGGGGGCCACTACGACCCGGGCTTTATGGCTACTTCGCCCCCTGAGGACCGACCCGGAGGGGGCGGGGGACCGGCTGGAGGTGCCGAGGACCTGGCGGAGCTGGACCAGCTGCTGCGGCAGCGGCCGTCGGGGGCCATGCCGAGCGAGATCAAAGGGCTGGAGTTCTCCGAGGGCTTGGCCCAAGGCAAGAAACAGCGCCTGAGCAAGAAGCTGAGGAGGAAGTTACAGATGTGGCTGTGGTCACAGACCTTCTGCCCGGTGCTGTACGCGTGGAATGACCTAGGCAGCCGCTTTTGGCCACGCTACGTGAAGGTGGGCAGCTGCTTCAGCAAGCGCTCCTGCTCTGTGCCCGAGGGCATGGTGTGTAAGCCATCCAAGTCTGTGCACCTCACGGTGCTGCGGTGGCGCTGTCAGCGGCGCGGGGGTCAGCGC---TGCGGCTGGATTCCCATCCAGTACCCCATCATTTCCGAGTGTAAGTGTTCCTGCTAGAACTCGGGGGGGCCCCCTGCCCGCGCCCAGACACTTGATGGATCCCCACCAACGCCCCCCC 

a score=1567
s danRer3.chr12 30230070 503 +  37038836 TTACACTTTA-CATTGGTGTTCATGTTACTGTGTAATTTC----ATACAGAAGTACTGAC-----AGAACTTAACATGTGATTCTTGTCTCTCTTGTTTTGTGGAGCTGCTTGCTATTATAGTCATTATAGTAAATAATTAGAGTAATAACATGGACACTGTAAAATGTAAAGTGT-----GGTGCCTGATTCATTTGTAAAAAGAACTAAAAGGTCAGTATTTGCCTATAATATCCAGTGTCTACTGTAACT-TTGGTTGTAATGTAACTTTATACATATTTATGTCGAAGAACATTTCGCA-------------------------------TTCAAAGTGCG---------------TTTATTGAAGGAGTTCC-----------AAGCT-TTTTCCATTATTCGGAAAAAAAAATACTTT-ATACACCTCAGAC----AGGAGAATATAGATTACAGTCTTGGTGTGC------TGTAAATATAAGGGGAATGGAAAATAACTGCTCA-TGTAAATTAAAAGAA---ACTATTTATTCTTTATGTT----CATGTAGT----------------CAAAATGCATTTAAAATAAACCACTAAAAATGGC 
s mm7.chr11     32681315 597 - 122091587 CCACCCTCTAGCGAGGGTTTTCAATGAACTTTTTTTCTTCTTGGCTACAGAGAC-CTGGCTTTCTGGTTCCTGTAATGCACTGTTTAACTGTGTAGGAATGTATATGTGTGTGTATATACGGTCCCAGTTTTAATTTAC-----TTATTAAAAGGTCAGTATTATACGTCAAAAGTTACCCGGCTTCTACTGTATTTTAAAAAGGCAAGCAAAAGGAAAAAAGAGCAGAGAAAAGAGAG-ACTTATTCTGGTTGTTGGTAATAATGTTAACCTGC---TATTTATATCCCAGTACCCTTCGCATGGCGAAGCAGGGGGGAAAAGTTATTTTTTCTTAAAAGTACAAAGAGAGGGGGAACTTTTGTAGAAGGACTTTTTTTTTAAAAAAAAGCTATTTTCCATTCTTCGG-----AAAGTGTTTTGATTTTCCTTAGACCTCGAAGAAGTTATAGAGTTCAATGTTATTTTACAGTTATTGTAAATATAGAGAACAAATGGAATGACTAATCATTGTAAATTAAGAGTATCTGCTATTTATTCTTTATAATATCCCGTGTAGTAAATAAGGAAGAAGTGCAGAACAGGATTAAAGAAAACCACTAAAACCGAC 

a score=8584
s danRer3.chr12 30231267 264 +  37038836 GTATTCCTCAGA-GGGAGTGGATCAGTTACTTTGTTTTTTTTCCTCTGAGACGCCATTCCGTCCTCA-GACAGTCTGAAGGGTCTTTGTAAAAGGATTAAAAGTTAAAGACCTTCATTTTCAGATTCTTTCATTTAATCTGTGTGGCGCCTGAAACACATGCTGGATGGATGATCACATGTAAAAACATTCTCTGCTCTGTCTGCTGCCTAAAGTCTATTGGCATGAAAAGAACA---ACTTGACCTCGCAGAAGAATGAAGATACTGA 
s mm7.chr11     32683300 262 - 122091587 GTATTCATTAACTGGGAGCCGAGGAATAACG--GCATTATTCCCCCAGAGAGGGCACCCTGCCCCCGCGACTATCTGAGGCTTCATTGTAAAAGGATTAAAAGTTAAAGACCTCCATCTTATGATTCTTTCATTTAATCTTTCTGGCGCCTGGGAGACATGCTCGATGGATGATGGCTTTTAAAATATTCCTA----ATGTCGGCTACCTTAAGACTCCAAGCCGGGCAAACAAACGTAATTTATTTC-CAGAAGAAAGAGGATATTGA 

a score=5808
s danRer3.chr12 30252212 315 +  37038836 GAGGGGGCTACACTGCAGCGCACTGTTC---AAACTGTTTATGCATACCAGGCTGCTCTGAGTGCCTCTTTGTCATGAGCTGTTTACTTAAACTTATTTTGGGAAAATTCCACATGACTGGA-CGGGATTTCACCATAAATCATTGAATCTGGAGCTTTGTGTAATGATAACTTCTGTCAGTCATTTAGTCCTCATAAGCCCCCTTTTCTGCTTTGTGTTTTTCCATAGAAGCGACTGGCGTTGTGCAGCCTATTGTGTGTGGCTAAAGGTAAATGTGTGTGTGAGGTGGATGGGTT--------TGTGGGTGCCAAAGGATTGGAA 
s mm7.chr11     32824614 292 - 122091587 GACAGGGCACCCCTGGAGCCCATAGTACTTGCCACTGTTTATACG--CCCAGCTCCCCTGACTGCCTCTTTGTGGGAAGTTGTTTACATGAATTTATTTTGGGAAAATTCCATTAGACAGGACCAGGATTTCTTCACAAATCATTGCCTCTCA---CTTGTGTCTTGATCAGATCTG---GGCGGGCGACTCTCTTCGGTGCGCTCTGTCCCTTCAGGTTTCTCTCAAGGGGTGAGGGG---------------------------AAGGAAGGGGTGGGGGTGGGGAAGGTGAGATGGAGATGGTGTGGCCAGGGAAGGGTTGGAA 

a score=6326
s danRer3.chr12 30255908 216 +  37038836 CTCCATTTGATTTCAGCATGTGTCGGGTGTTAACCAGCGACCCGTCATTGATTTCTGGTCTTATTCCAATCAAGTGACACATTAGAGGATAAACGTTGACTGTCTCGAATGGTCCAACCAACAAGTTCCTGTGAAAATCTGGTCCCACTGCCCTGAAAAAAGGCTTCATGTCCATCACTTCATTGTCATAGCCATGTTCTCCTTTATTGTTCTGGA 
s mm7.chr11      2990198 216 - 122091587 CCTCACCTGACCGGAGCATGGGTCGCAGGATGCCAGGATTCCCATCGTTGGGCTCGGGCACAATGCCCAGCAACTGGCACATGAGCTCATACACATGGACACTCTCGAAGGGTTCCACCTCCAAGCCTGCCTTGAAGCTGGGACCCACGGCCCGGAAGATGGTCTTCATGTCCATGTCTTGGTTGTTGAAGCCATGTTCACCATTGTTGAACTGGA 

a score=11763
s danRer3.chr12 30256223 490 +  37038836 TTACCCCATTGATGACATATCCTGGGTCTGCATAGAGGATGATGGGAAGGAGGCGAGGATGTTTGGAGTAATGCAGTCGAGCAGGCATGTCTTCTTTCTTATAAACATTAAGGTGTGGATGGCCTCCTTTCAAGGCATTATAAACCTTGTCAAGCATGCCTTCTTTAGGCAACAGCATCCCAAAAGGGCCATAGTCCACCATGTGAAATTTCAAATCTTTCAAGGAGAATCCTGGGATGTCGGTGAGGACTATTTCTTTGACTTGGTCTCCTTTGAACACTGTGCTCATTCCATGGTCAGCTGTGATGATGATGTTCAGATGATCACTGAGCCCATGTTTCTTAGCAGTTTCTCGTATGTAGCCCACAGTTCGGTCCACTTTCTTGACTGCCTCACGACGCTCAGGTGAATCAGGGCCGTATTTGTGACCGGTTGAATCCGGGTCACCAAAATACAAAGTTACAAAATCTAAGTCTTGATCTTTAAACCA 
s mm7.chr11      2991491 487 - 122091587 TGACCCCGTGGATAACATAGCCGAGGTCACTGTACATGAGCAGAGGTGTGATCCTGGGGTTGTTGGCGTAGTGAAAGTTCTTCGGGAAGTCCTCCTTCTTGTACACATGCAGCCTGGGGTGGGCGTCCTTCAGGACACTGTAAACTTTCTCCAGCATCCCTTCCTTGGGTATCAGCATCCCGATAGGCCCATAGTCCAACAGCTCAAACTGGATGTCCTGGAAGGTGAAGTTGGAGAACTTGTGGAACTCCACCAGATC-ACTAGCCTTCTTGTTGACG--GTTGTCATACCGTGGTCCGATGTGATAATCAGGTTGAGGCTGTCGGAGAGGTGGTGGCGCTTGATGCTGTCCCGGAGGTAGCCCACAGTCCTGTCTACCTGCTTCACCATGTCCTTCCTCTCCTGGGACTCAGGGCCATACTTGTGGCCAGTGGAGTCTGGCTCCCCAAAGTAGAGAGTGACCAGGGACACATCTTCTTCCAGGAACCA 

a score=2568
s danRer3.chr12 30256716 152 +  37038836 TTTCATGACTTTATCTACCTTTTCCATCCACAATGTCTCATTTGTGTGGTCATAAAA----CCTTGGTTCTACCTCCCCTACTTTGATTTTTTCGTTCTGGTATTTGGCTGCAGTGCCAGGGAAGTGTAAGGATCCTGTTTTAAGACCCTAAAAAA 
s mm7.chr11      2991978 152 - 122091587 CTTCATCACCGTGTCCACATTCCCCCTCCACTCCGTCTCATTTTTGTAATTGTGTAAGACGCCCTCCTTCCGGCTC----ATCGTTACGGCCTCTCCTTGGTAGGTGACGTTCCCACCGGGGTAGAAGAAGGAGCCGGTTTTTAAGCCCTGCGGAA 

a score=4600
s danRer3.chr12 30258697 154 +  37038836 TACCTGTCGTTGAGCCGTTATCCAGATGGGTAGACTTCCATTATCCCAGTAATCATTAACAAACTGCGTCATGTAGTATTGTTTCTTTTCCTGAGTAGTTGTGTTAAACCAGTTGTTATGAATGACACCATGGTTCTCAATGTACCTTCCTAAG 
s mm7.chr11      2993628 154 - 122091587 TACCTGCCTCTGGGCTGTGATCCAGATGGGTATGCTGCCGTTGTCCCACCACCTCTGGATACCGAGCGTGGCGTGGTAGGGCAGCCTCACCGTGCTGGTGGTATTGTAGAACATGTTGTGGACCACCCCATGGTTCTCGATGTATTTGCCTGAG 

a score=6452
s danRer3.chr12 30260007 272 +  37038836 CCCTTTCTC---------CTTACCAGATAAGAGGGTGAAGTGTGTAGGACTGGTGATGGTCAGGAAAGGTGGAGTGACATATGCTGCTTTGACTCCATCCACAGCCATCTTATCCAGATTTGGGGTGTCCACATCTCGGTCGTAGTCCCATCTGAACCCATCAAAGCTGATTAGGAGCAGTTTGTTTTTTCCTGTGGTGCAGTGACCTCTGGTAGGAGCAGAGAGAGATGCTGGGAATGCAAGCAGCAAAATA-CTCAGTGCCAGTAACATGACAGGTATTC 
s mm7.chr11      2994059 278 - 122091587 CCCATTCTCAGGCTGACACTCACCGGTGACCAGTGTAAAGTGGCAGGGGCTGGTCATGGTGACAAAGGCAGGAGTCATATACTGGGCTTTTACCCCTTCCTGAGCCATGGAGTCCAGGTTGGGGGTGTCCACGTCTTGGTCATAGTTCCAGCGGAATCCGTCAAAGGATACGAGGAGTAGCTTATGCTGTCTTTGGACAGGGGCCCCAGTGACACAAGCTGGAAGAATGGCCAGAGCCACACAGAGAAGGACAGCTGAGTGTC----CCATGACCGGCTCTC 

a score=6449
s danRer3.chr12 30263488 202 +  37038836 AGCATGTGTTGAGTGTTTTCCAGCGACCCATCGTTGATTTCTGGTTTTATCCCAATCAAGTGGCACATAAGAGGGTAAATGTTGACTGTCTCGAATGGTCCAACCAACAAGTTCTTGTGAAAATCTGGGCCCACTGCCCTGAAAAAAGGCTTCATGTCCATGACTTCATTGTCATAGCCATGTTCTCCTTTATTGTTCTGAA 
s mm7.chr11      2990212 202 - 122091587 AGCATGGGTCGCAGGATGCCAGGATTCCCATCGTTGGGCTCGGGCACAATGCCCAGCAACTGGCACATGAGCTCATACACATGGACACTCTCGAAGGGTTCCACCTCCAAGCCTGCCTTGAAGCTGGGACCCACGGCCCGGAAGATGGTCTTCATGTCCATGTCTTGGTTGTTGAAGCCATGTTCACCATTGTTGAACTGGA 

a score=14443
s danRer3.chr12 30263783 649 +  37038836 ATTTACCCCACTAATGACATATCCTGGGTCTGCATAGAGGATGATGGGAAGAAGGCGAGGGTGTTTAGAGTAATGCAGTCGAGCAGGCATGTCTTCTTTCTTATAAATGTGAAGGTTTGGATGGCCTCCTTTCAAGGCATTATAAACTTTGTCAAGCAGCCCTTCTTTGGGCAACAGCATCGCAGTCGGTCCATAGTCCAACAAGTGGAACTGCAGATCTTTGTAAGAGAATCCTGGGATGTCGGTGAGGACTATTTCTTTGACTTGATCTCCTTTGAACACTGTGCTCATTCCATGGTCAGCTGTGATGATGATGTTCATATGGTCACTGAGGCCGAGTTTCTCAGCAGTTTCTCGTATGTAGCCCACAGTTCGGTCCACTTTCTTGACTGCCTCACGACGCTCAGGTGAATCAGGGCCATGTTTGTGGCCGCTTTCATCCGGGTCACCAAAATACAAAGTTACAAAATCTAAGTCTTGTTCTTTAAACCAGTCTTTCATGACTTTGTCTACGTTCTCCTTCCATGCCGTCTCATTGGTATAGTCAT---AGGCTCTTGGTTCTACCTCCCTCTCTTGA--ACGGTTTCATTCTGATAAGTCGCTGCAGTTCCAGGGAAGTGTAAGGACCCTGTTTTAAGACCCT-----AAGAGGGG 
s mm7.chr11      2991489 648 - 122091587 ACTGACCCCGTGGATAACATAGCCGAGGTCACTGTACATGAGCAGAGGTGTGATCCTGGGGTTGTTGGCGTAGTGAAAGTTCTTCGGGAAGTCCTCCTTCTTGTACACATGCAGCCTGGGGTGGGCGTCCTTCAGGACACTGTAAACTTTCTCCAGCATCCCTTCCTTGGGTATCAGCATCCCGATAGGCCCATAGTCCAACAGCTCAAACTGGATGTCCTGGAAGGTGAAGTTGGAGAACTTGTGGAACTCCACCAGATC-ACTAGCCTTCTTGTTGACG--GTTGTCATACCGTGGTCCGATGTGATAATCAGGTTGAGGCTGTCGGAGAGGTGGTGGCGCTTGATGCTGTCCCGGAGGTAGCCCACAGTCCTGTCTACCTGCTTCACCATGTCCTTCCTCTCCTGGGACTCAGGGCCATACTTGTGGCCAGTGGAGTCTGGCTCCCCAAAGTAGAGAGTGACCAGGGACACATCTTCTTCCAGGAACCA---CTTCATCACCGTGTCCACATTCCCCCTCCACTCCGTCTCATTTTTGTAATTGTGTAAGAC-----GCCCTCCTTCCGGCTCATCGTTACGGCCTCTCCTTGGTAGGTGACGTTCCCACCGGGGTAGAAGAAGGAGCCGGTTTTTAAGCCCTGCGGAATGAGGGG 

a score=4638
s danRer3.chr12 30265107 209 +  37038836 CAAAGATGCCTTTAAGAGCTTCTAATTAATAATTGATTGACTATGCCTTGAGATG--------TACCTGTCTCTGAGCCGTGATCCAAATGGGTAGAGTTCCATTATCCCAATAGTCATCCACAAACTGCGTCATGTAGTACTCTTTCCTTTGGCGTG-TGGTTGTGTTGAACCACACATTGTGAATAACACCATGGTTCTCAATGTACCTTCCTGTG 
s mm7.chr11      2993565 217 - 122091587 CCAGGGTGCCTGTATGTTACCTCACTTGGTCATGGCCTCAGTCTCTCTTTGGGTGGGCCATCTTACCTGCCTCTGGGCTGTGATCCAGATGGGTATGCTGCCGTTGTCCCACCACCTCTGGATACCGAGCGTGGCGTGGTAGGGCAGCCTC-ACCGTGCTGGTGGTATTGTAGAACATGTTGTGGACCACCCCATGGTTCTCGATGTATTTGCCTGAG 

a score=4558
s danRer3.chr12 30265520 395 +  37038836 CTTTACTATTGGTTATGATGGATGTTTTTTTTCACACAATATGTAGACAGATGCATTGTTTACTAGTACAATGCTACACCGTTTTTAGGGTCAGCATTGTGTGAAATAAATAATTTTGATTCATTTAATTTATTCTCCTTACCAGACAGGAGGGTGAAGTGTGAAGGACTTGTTATGGTCAGGTAAGGTGGAGTGACATATGCTGCTTTGACTCCATCCACAGCCATCTTGTCCAAGTTTGGGGTGTCCACATCTCGGTCGTAATCCCACCTGAACCCATCAAAGCTGATTAGAAGCAGTTTGTTTCTTCCTCTGGTGCAACGATCTC--TGGCAGGAGCAGAGAGAGATGCTGGGAATACAAGCAGCAAAATA-CTCAGTGCCAGTAACATGACAGG 
s mm7.chr11      2993993 339 - 122091587 TCTCACTCTTGACCAGGGTGCCTCCCATCTGTCACCTGATAT-----CTTAGGCCCCGTCCATC--CCCAAGGC----CCATTCTCAGGCTGA------------------------------------------CACTCACCGGTGACCAGTGTAAAGTGGCAGGGGCTGGTCATGGTGACAAAGGCAGGAGTCATATACTGGGCTTTTACCCCTTCCTGAGCCATGGAGTCCAGGTTGGGGGTGTCCACGTCTTGGTCATAGTTCCAGCGGAATCCGTCAAAGGATACGAGGAGTAGCTTA-TGCTGTCTTTGG-ACAGGGGCCCCAGTGACACAAGCTGGAAGAATGGCCAGAGCCACACAGAGAAGGACAGCTGAGTGTC----CCATGACCGG 

a score=9443
s danRer3.chr12 30321685 220 +  37038836 TGCATAGACTTACGTGCATGCTCGAATCCTGTGCGCATGCGCTTGTAGAGTTTGCATCGCCACTCCCAAGCTTTGAGCTGTTTTTCTTTGTCAGACGTTTCCAGGCTGAGACTTTCTCTCATCACCTGGTTGGACAGTTCACTGGCTCTCCTTTGGGCTTCCTGGACTAGTGCTGAGAGGTGAGCATCTCTGCTCTCCAAACTGACAACTGAAACACAAA 
s mm7.chr11     89614199 220 + 122091587 TGCATATACTCACGGGCATGTTCGAAGCCAGTTTTCATGCGCCGGTAGAGCCGGTACCTCCACTCCCAGGCCTTCAGCTGCTTCTCTTTCTCTGTGTTGTCCAGGGTGAAGCCTTCATTCTCCACCTGTGCAGACAGCTCACTCACCCTGTCCTGGGCCTCCTGAACTAGAGTGTTGAGATGCATTGCTCGGCTCTCCAGGCTGACAACTGGGAGAAGAA 

a score=10182
s danRer3.chr12 30324632 492 +  37038836 TCAGTGCTCA-AACACACAGGACTGTGTTTTGCCATATAGATTTGTCATGGTAAAAAACGAATACAGCCATACCAGTCCTCCTCATAGGCCATGAATACTACTGCATTTTCCTTC--AGAGCCTTAGTCATGGAGCATGACAGCAAAATAAACAAATAAACACATGGCTGAAGAAACCCTCTTTCACTGGCCCAGCCCGAA-----CCCCTGGAGACGGGAGCTCTCCGGGGAAGATGATAAAGTGTGTGTTGTCAACTTCCaaaaa--------------aaaaaaaaaaataaaatGGAGGTCGGT----------------CTTACAGGGGGGTCCACTGCGCTGTGGAAAGGTAGCCATATTAGCAGTCCAGAGGTGCAATTTCCTGCA-CTCTGAAGATTGACATCTGGCTACTATGTGCGGTTAATTGAACAAACTATAAATTAATGGGCGAGTCGGCTGATATTGCGCCTGTCACACACAGTTGGCATTGTAGGGGCTTTGGGACGGCACTAAATATAGGCATT 
s mm7.chr11     89615631 519 + 122091587 TCGCTGCTCAGAACACCCGGGACTGTGTTCTGC--TGCAGGCTTGGCGTGGTTAA---TGAATGTTGTCGTAGCAGTCA--ATCATGTACTCGAAATACTGTCACGCTCCCTTTTTTAAAGCCTCAGTCATGAGCCGTGACAGAAAAATAAACAAATAAATATAAAGCCAAAAAACCCTTTGAGCAGCTACACTGTGTAGAATCCCCCCGGGAAGGCTAAAGGAGGCCAGAATAAATGATAATGTAAG---TGCCAGGTTGTAGTGAGGCTATGGTGGTGTATGAACAGGGAGGTACTGGGGGCGGGGAAGACACATCCACACACATACAAGAGCACACACTCCAGTG-GAAAAATTGGCAATATTAGTAGCCTCAAGGTGCAATTTCCTGGAGCAGTTAGGACTGACAGGCCAGTGCTAAATGCTGTTAATTTAACTAACTTCAGATTAATGGTAGAGCCTGCTATGACTGAAGCCCTCAAACACAGTC-TCATTATAGGCTTGCTGGGAAGGCCCTAAATATAGGCATT 

a score=1385
s danRer3.chr12 30326432 120 +  37038836 ctaaatgttaataaataaatgattaatataatataatataaTG--TGACATTTTAAAACGCACAGACACACTGTTAAAAAAACTAACTGTAAAAAAATGTGAACTGTATGTCGAATGTAATG 
s mm7.chr11     89629082 122 + 122091587 ctagatttttatcacggcggaaggaaccctacataagataATCACTTACCTTTTCATAATCACAAATAAGCCGTTTTAAAAACTGAGTTAACAAAGGTTAGTATTAAAATACAAAAGTAATG 

a score=11418
s danRer3.chr12 30329459 283 +  37038836 TAGAGGAATTGACTGTTTAAAG-TATGCGCTGTTAAAT-ATGCAGACTCACAGTGAGGGCTCTCCTTCCCTCCAGCTTTAAGCAACAGTTTGGCGATGGGAACGTTATTGGTCATGATGGAGATGTCCAGAGGCGTCAGGCCTTCACTATTGGGGGTGTTCAGGTCCAGTTCATCAGCTGTGTACTGAAACAGCAGGATCTGAACGGCATCCAGATCCTGCTGTTCAACAGCCTCGAACAGAGCCTCGCTGCTCTGGATGTTCTGTGAGGAAAAAGACACAGGTT 
s mm7.chr11     89631985 285 + 122091587 TAGAACAAAGGTCTGATGGATGACATGGGCTTTTATGTTGGGTTTACTCACAGTGCGGACTTTCTCTGGCTCCTGTCCGCAGAAGAATCCTCGCAATGGGCACGTTGTTGGTCATGATGGCGATGTCCAGGGGTGTCAGCCCTTCGCTGTTCGGTGTGTTCAGATCTAGTTCTTCCGGTGTATATTGGTAGAGGAGGAGTTGCACAGCATCTAGGTCCTGTTGCTCAACTGCCTCAAACATGGCTTCGTTGCCCTGGAAGTTCTGGAGAAGAAGGAAAACAGATT 

a score=13349
s danRer3.chr12 30371081 428 +  37038836 TGAACTCAAATAACCCTTTTTCTGTAGATTAGGCTAAGCTG-------ACAGCCAAGACAGTCAAGGGCTTCTAGAACTTCTCACTTCACTGTGCTAATTTGAACAAGGCCTTTATTTTTCTATTTGTCAGTTGAGTAA-ACTGTAGCATGGTTGTTAAACCTCTCCCAGGCCCAATTAGGGGAGCAATGCTAGCATTCATAGCCCAGATCTCGCTTTCTGGTCTGGGAGGAAAAG---GGGGCTGCGGTGATGCC--CCTGGCAGCCTGGTTCCTGGCAGCTC--ACGGCCCTTGTGGCAGCAATATTAAGTGACTGCTGAAATTCATGGCCTGCGCGAGCATTTTATATGTCTAGGTGACAACCGGCTTTCATATGGTGCAGGCGTTCGGTGACACAT-TAGCAAATTGTGCAGTTTCATTATTCATTAGGGTGCTGTCGTG 
s mm7.chr11     32263684 420 - 122091587 TGAACCAAAATAACC---TTGCTATAGATTAG----AGCTGTTGCGGGGCCTCTCAGACAGCCGATG-CTTCTAGCCCCTCTCACTTCACATTGCTAATTCGAACAAGGC-TTTATTTTTGTATTTGTCAGC--AGCAATACTGTAGGGTGGTTGTTAAACTTCTCCCAGGCCTAATTAGAGCAGCAATGCTCGCATTCATAAACGA-AGCTCGTGTCTTGCTCCGGGAGGCGGTGAGCAGGGCTGTTACGGTAGCTTCCTGGCAGCCC-GTCGCTGGCAGTTTTAAGGTAGCTAGTGGCCGAGATATTAAGTAACTGTTGAAATTCATTGACTCCACCA-CGGCTAATGTGTCTAGATGACAACAAGTTTACACG----------GTTCTTTTATAGTTACAGCAAATGGGTCCATTTAAATAGTTATTAGGTGATTATGGTG 

a score=1346
s danRer3.chr12 30489540 122 + 37038836 TGCTTCCTTGCTGTTGTGTGTGTGTGCGCGCGCTCATGCACGTGTGTAAGGTGAGAGGCTAAAACTCAAAGAGAAATGTGAATGGAGTGAATCCAGAAAATCTCACATGCTCCAGTGCCCGC 
s mm7.chr16     65588709 114 + 98481019 TACTTGTTTGCTCATGCATGTGTGTGCTTGCATGCATGCAAGTATACACACAAACAAACAAACACACAAAGAGGAGAGAGGAGAGAG--------AAAAAGTGTGTGTATgagagagagaga 

a score=4624
s danRer3.chr12  30489662 400 +  37038836 AGGCagggagagggagagggagagagagagagagagagcgagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagCATTAC-----CAGTGCTCATGCTGGAGATGGTGT------------TCTTTATGCAGTCATGGT-------CAAAATTATTG---------------------GCACCCTTGGTAAATATGAGGAAAGANNNNNNNNNNTCTGGTTTGAATTCGCTGCACTGCTCTTTGTTTGGGTACATAAATCATAAGACCTGCAGCTGCACCGCAAAGGTCACTTCAAATCTCAAGTAAAATGGAGTAGAGCCCAGAGGGAGAGGACCTCCTAGTGCCAGCACACTG--------CTTCCTTG----------CTGT---TGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCTCATGCACGTGTGTAAGGTGAGAGGCTAAAACTCAAAGAGAAATGTGAATG 
s mm7.chr3      149154388 426 + 159849039 agagagagagagagagagagaaagagagggagggagaaagagagagggagagagagagggagagagagagggagagggagTATAatatacatatatttctctctatatataatatatattatacatatatttatatatacataATAATTTTTTAAAATTttttttcaggacaggatcttacagtgtagccctggcagtcctggaa---------------tttgctatgta--cactacactggtcttaaact---cacagagatcc----acctgcctctgcattccaagtg---ctggaaac----aaaggcatgccctacagcactgggctGGAA-----CCTAATATTATTTAATTGGAAACTCACATCTTTGAGAAATGATTCTGTGTGTGTGTGTGTGAGCGCGCGCACTCACGCACATGTGCACATGCATAGGTTAATGCCC----ATACAtgtgcatg 

a score=7424
s danRer3.chr12 30533346 223 +  37038836 TCTGTTCTCTTTCCACAGGAACTTCTCCATCAGTATGAGCCAGCAGATGCAGAACCTGCAGCTGACGCAGAGCAAGAAGGGGGCTGGTCCCGCCTCCCCCAGCGCTGCCAAACGCCTCTACCGGAACCTCTCCGAGAAGTTTAAAGGGAGCCACTCATCCTTCGAGGATGCCTACTTTTTCGGCCGATCCGACCGTATACGCAAAGTATCAGTAAGTATTTTG 
s mm7.chr11     32455884 217 - 122091587 TCTCTTCCTCTTCC-TAGGAACTACTGCTCGAAAATGACCCAGCAAATGCAGAACTTACATCTTTCCCAGTCAAAAAAACACAGTGCTCCATCGTCTCCCAATGCTGCCAAGCGACTGTACAGGAACCTCTCGGAGAAGCTGAAGGGCAGTCACTCGTCCTTTGATGAGGCCTA--TTTTAGAACAA---GAACGGATCGGCTGAGTCTCAGAAAGACTTCTG 

a score=11297
s danRer3.chr12 30545284 284 +  37038836 AACCTGTGTCTTTTTCCTCACAGAACATCCAGAGCAGCGAGGCTCTGTTCGAGGCTGTTGAACAGCAGGATCTGGATGCCGTTCAGATCCTGCTGTTTCAGTACACAGCTGATGAACTGGACCTGAACACCCCCAATAGTGAAGGCCTGACGCCTCTTGACATCTCCATCATGACCAATAACGTTCCCATCGCCAAACTGTTGCTTAAAGCTGGAGGGAAGGAGAGCCCTCACTGTGAGTCTGCATATTTAACAAGCGCATA-CTTTAAACAGTCAATTCCTCTA 
s mm7.chr11     32459317 285 - 122091587 AATCTGTTTTCCTTCTTCTCCAGAACTTCCAGGGCAACGAAGCCATGTTTGAGGCAGTTGAGCAACAGGACCTAGATGCTGTGCAACTCCTCCTCTACCAATATACACCGGAAGAACTAGATCTGAACACACCGAACAGCGAAGGGCTGACACCCCTGGACATCGCCATCATGACCAACAACGTGCCCATTGCGAGGATTCTTCTGCGGACAGGAGCCAGAGAAAGTCCGCACTGTGAGTAAACCCAACATAAAAGCCCATGTCATCCATCAGACCTTTGTTCTA 

a score=10264
s danRer3.chr12 30549800 493 +  37038836 AATGCCTATATTTAGTGCCGTCCCAAAGCCCCTACAATGCCAACTGTGTGTGACAGGCGCAATATCAGCCGACTCGCCCATTAATTTATAGTTTGTTCAATTAACCGCACATAGTAGCCAGATGTCAATCTTCAGAG-TGCAGGAAATTGCACCTCTGGACTGCTAATATGGCTACCTTTCCACAGCGCAGTGGACCCCCCTGTAAG----------------ACCGACCTCCAtttttttttttttttt-------------ttttttGGAAGTTGACAACACACACTTTATCATCTTCCCCGGAGAGCTCCCGTCTCCAGGGG-----TTCGGGCTGGGCCAGTGAAAGAGGGTTTCTTCAGCCATGTGTTTATTTGTTTATTTTGCTGTCATGCTCCATGACTAAGGCTCT--GAAGGAAAATGCAGTAGTATTCATGGCCTATGAGGAGGACTGGTATGGCTGTATTCGTTTTTTACCATGACAAATCTATATGGCAAAACACAGTCCTGTGTGTT-TGAGCACTGA 
s mm7.chr11     32475437 519 - 122091587 AATGCCTATATTTAGGGCCTTCCCAGCAAGCCTATAATGA-GACTGTGTTTGAGGGCTTCAGTCATAGCAGGCTCTACCATTAATCTGAAGTTAGTTAAATTAACAGCATTTAGCACTGGCCTGTCAGTCCTAACTGCTCCAGGAAATTGCACCTTGAGGCTACTAATATTGCCAATTTTTC-CACTGGAGTGTGTGCTCTTGTATGTGTGTGGATGTGTCTTCCCCGCCCCCAGTACCTCCCTGTTCATACACCACCATAGCCTCACTACAACCTGGCA---CTTACATTATCATTTATTCTGGCCTCCTTTAGCCTTCCCGGGGGGATTCTACACAGTGTAGCTGCTCAAAGGGTTTTTTGGCTTTATATTTATTTGTTTATTTTTCTGTCACGGCTCATGACTGAGGCTTTAAAAAAGGGAGCGTGACAGTATTTCGAGTACATGAT--TGACTGCTACGACAACATTCA---TTAACCACGCCAAGCCTGCA--GCAGAACACAGTCCCGGGTGTTCTGAGCAGCGA 

a score=9218
s danRer3.chr12 30552663 220 +  37038836 TTTGTGTTTCAGTTGTCAGTTTGGAGAGCAGAGATGCTCACCTCTCAGCACTAGTCCAGGAAGCCCAAAGGAGAGCCAGTGAACTGTCCAACCAGGTGATGAGAGAAAGTCTCAGCCTGGAAACGTCTGACAAAGAAAAACAGCTCAAAGCTTGGGAGTGGCGATGCAAACTCTACAAGCGGATGCGCACAGGATTCGAGCATGCACGTAAGTCTATGCA 
s mm7.chr11     32477168 220 - 122091587 TTCTTCTCCCAGTTGTCAGCCTGGAGAGCCGAGCAATGCATCTCAACACTCTAGTTCAGGAGGCCCAGGACAGGGTGAGTGAGCTGTCTGCACAGGTGGAGAATGAAGGCTTCACCCTGGACAACACAGAGAAAGAGAAGCAGCTGAAGGCCTGGGAGTGGAGGTACCGGCTCTACCGGCGCATGAAAACTGGCTTCGAACATGCCCGTGAGTATATGCA 

a score=4840
s danRer3.chr12 30558920 129 +  37038836 CCATGTCTTTCAGGGCCGCCGGAGGCTCCATTGATGGTGCGTCTGAGTGTGACCGGCAGCACGACTCTCACTGTTAGCTTTCAGGAACCTGCCAGCATGAATTCAGCTGTGGTGACCAAATACAAAGGT 
s mm7.chr11     32478523 129 - 122091587 CCCTCTGTGCCAGGAGCCCCAGAGGTGCCAGCCAATGCCTGTCTCATGGTAAGCAGCAGCACGTCCCTAACGGTCAGCTTTCAAGAGCCCCTCAGTGTCAACGCAGCCGTAGTGACCAGGTACAAAGGT 

a score=5340
s danRer3.chr12 30560046 106 +  37038836 CAGTTGAATGGAGC-TGTCTGAAGGACTTCTCTTTGTTAGCCGGAGAACTGATCCTTGAGAATCTGCAGTCCCTCAAATGCACAATTACAGGCCTCACCATGGTAAG 
s mm7.chr11     32526399 106 - 122091587 cAGTGGAATGGAGCATGTCTAAAG-ACTTTTCCCCGTTGGCTGGGGAGATCATCATGGATAACCTGCAGACCCTGAGGTGTACAATCACAGGACTCACCACGGTAAG 

a score=4548
s danRer3.chr12 30563539 107 +  37038836 TTTTTTACAGGGTAGGCAGTACTATGTTCAAGTCTCTGCTTACAATATGAAGGGTTGGGGTCCAGCACAACTTTCTCAGCCTCCTTCAGCTGTTCCCTCCAGTAAGT 
s mm7.chr11     32529341 107 - 122091587 TTCTTTGCAGGGCCAACAGTATTTTGTTCAAGTCTCAGCTTACAACATGAAAGGATGGGGACCAGCTCAGACCACAACGCCAGTGTGTGCCTCCCCCTCCAGTAGGT 

a score=5748
s danRer3.chr12 30565509 134 +  37038836 TGTTTTTTTTTTTTTTTTGTCAGACTGGAAGGACTGTGATGGGAGAGAAAGCAGGAGGAGAGGTCACATCGAGGCCATGGAGAGGCTCTTACAGCAGGTTCGAGCCACACACCAGCACTACTGCTGTGGAGGTa 
s mm7.chr11     32534861 134 - 122091587 TGTTTGTTTCTTTTGTTCAATAGACTGGAAAGACTATGACGACAGAGAGCCCAGACACAAGGGACAGAGTGAGGTTCTGGAGAGCCTACTGCAGCAAGTCCGAGCCCTTCATCAGCATTACAGCTGCCGGGGTA 

a score=5772
s danRer3.chr12 30588199 131 +  37038836 tttttttttcttcttcttcttc--ttcCAGACACATCAAAGTTGCAGAATCCAAGTCGTAAACAGTCTGTGTCCCGGAGCCTGAAGCACCTTTTTCACTCCTCTACGAAATTTGTCAAGAGTCTTAAAAGGTG 
s mm7.chr11     32540505 133 - 122091587 TTTGCACTGCATCTTCTTTCTCCGTTCCAGAAAGCTCAAAACTGCAAACCACAGGCCGCAAGCAGTCGGTGTCCAGGAGCCTGAAGCACCTATTTCATTCCTCAAACAAGTTCGTGAAGACCTTGAAACGGTG 

a score=7194
s danRer3.chr12 30589000 477 +  37038836 TGTTTGCGGAAATATTTTCAATTATGTTTTCtatttataaatatataacatttattaatatattcatatttattctaacaatatatatataactttttatatatataAAGTTGCTTTAAAAACAGCTTCTCCAAGTGTACATAAGCAAAACATATGTACAGAAAAACACCATTATAAAAATGCTGAAAGATTGCCTAAAGTTGAGCTTTAAAAGTCTAAAAGTCTTGCTAAAAATAGATTTACTATTCTTGAAAAGTGCCAGACCTTCTAGGATTCACATTATAGCTGAATATGCTATTTAGTTTTTTGTTCTGAATAGCTTCTCTCTGCTGTTTTTTCAGGGGAGTTTATATAGCGTCAGTATTTTACCATAAGGACAGTCTGCTAGTGACTAATGAGGATCAGATCCCCATAGTGGAGGTGGACGATTCATACAGCAGCTCCCTCATGCAGGACTTTCTGTGGTTCACCAAGGTA 
s mm7.chr11     32540816 406 - 122091587 TGTTCCTAGGTTTATTTTCAATTCAGCTTGCAAT------ATGTCTAAAACTCACTAAT---TTTACATGTA-------AACATATATTTAGCTATGTATGTACATATAATAGAATTAATtata-----tacgcatatacctat---atgcatatatatagatatataattttcta--------------ttgcatata---------tatatgtatgtgtatatatatatatatatatatataATTTCCTAAGACT--TGAGTTTTGTAAAAGCAA----ACAGTTGAAGAC----------TTTTTTTTC-------CCTTTCTCTTTT-TCTTTGCAGAGGACTTTACATAGCCACTATATTTTATTATAAAGACAATATGTTAGTCACCAATGAAGACCAAATACCAATTGTTGAAATAGATGACTCTCACACCAGTTCTATTACACAAGACTTTCTGTGGTTCATGAAGGTA 

a score=5608
s danRer3.chr12 30593093 147 +  37038836 TGTTTCAGCTTTCTTGTATGTGGGAGGACGTCCGGTGGCTCAGACAAAGCCTGGCAGTCTCCACCTCATCCTCTTCCACTCTGCAGTCCAGACAGAAGATGCTGGCGGCCGCGGGACAACTGCAGGTTTGCCAGCCATGATGAGTCT 
s mm7.chr11     32541697 146 - 122091587 TTTTGCAGCTGTCTTGTATGTGGGAAGACATCAGGTGGCTGAGGCAAAGCGTGCCCATATCCATGTCCTCGTCCACTGTGCTGCAAACTCGGCAAAAGATGCTTGCTGCCACAGCTCAGCTACAGGTAAGGC-GCCAGGCTGGAGCT 

a score=11780
s danRer3.chr12 30593953 288 +  37038836 ATCTATTGCTTTCTATCTCCAAACAGAATCTTCTGGGCACTCACAACCTGGGTCGAGTCCATTATGAGCCCATTAAAGATCGTCATGGAAATGTGCTGCTTGTGACGGTGAGGGAAATGGACAGTCTTTACTCCTTCTTCAACGGGAAGTGGATGCAAGTCTCCAAACTGCAGAGTCAGAGGAAGTCCCTGTCTACACCTGAGGAACCATATGCCCTCGACATCCTACTCATCACCATACAGGTGAACACAATTATTAAAAACATCTCGACTCTTTTACTATTATTTG 
s mm7.chr11     32547694 268 - 122091587 ATCTGTTGCTTTGTA----------GAATTTACTTGGAACACACAACTTGGGAAGACTTTACTATGAGCCCATTAAAGATCGCCATGGCAACATTCTCATAGTTACCATCAGAGAAGTGGAGATGCTTTATTCCTTTTTTAATGGCAAATGGATGCAAATCTCAAAACTGCAAAGCCAGAGGAAGTCTCTGTCAACACCCGAAGAGCCAACAGCCTTAGATATTTTACTAATAACCATCCAGGTATGTAGGATTTTT------TTTTCGA----TTTCCTGATATTTG 

a score=8140
s danRer3.chr12 30598354 175 +  37038836 CAGGACATTCTGGCGTATCAGAGACGGAGTCAGCACCGGCTGTCCTCTGGCCTTTATCTGGGTTACCTGAAACTCAGCAGCTCTGTGGATCAGATCAAGGTTCTGGTTCCTCAGCGGATGCCCAACATGCTTTGCCACACCAAGATACGAGACAACTGGAACGTGTCAAGGTCAG 
s mm7.chr11     32556851 175 - 122091587 CAGGATATTCTGTCCTACCACAAGAGGAGCCATCAGCGGCTCTCACCTGGACTGTATCTAGGTTACCTAAAGCTGTGTAGCTCTGTGGATCAGATCAAAGTGCTCGTAACCCAAAAGCTACCCAACATTCTCTGCCACGTGAAGATCCGTGAAAACCACAACATTTCCAAGTAAG 

a score=5789
s danRer3.chr12 30600556 177 +  37038836 CAGGGATGAGTGGGAATGGCTGCAGTCACTGTCTGGCCCTGTGGAGGTGGAAAGAGCAGATCAGGCTACAGACTGCCTC---------CTTTTCTCTGAGCTCCAGACAGCCATTAAAAGTCTGCTGCACCAGATTAATCTACCTCTCCACCAGGTACTGCAGTCCACAGGACTAACTTCGTGtta 
s mm7.chr11     32559626 186 - 122091587 CAGAGAGGAGTGGGAGTGGATCCAAAAGCTTTCTGGCTCTGAGTCTATGGAAAGTGTGGATCATAATGCTGACTGCCCCATGCAATTGTTCTTCTACGAGCTCCAGATGGCAGTGGCGGCTCTCCTGAAGCAGATCAATATACCTCGACACCAGGTACTGGGCTTTACCATTTTATCTCCTTTTTA 

a score=14049
s danRer3.chr12 30602807 300 +  37038836 GTGTGTCCCTC-ACAGGCCAAGCACTTCCGTCTCTACACACACGAGGTGCTGGAGCTGGGTCACAATGTGTCCTTTCTTCTGCTGCTGCCCGCCTCAGACGACGTCTGCTCTGCCCCGGGACAGACCAACCCCTACACACCACACTCGGGGTTCCTCAACCTCCCTCTTCAAATGTTTGAGCTCGGTACACTGGCTTCTGTTTCAACCCCTACAATATTAGCTCAGTTGGCCTTATAA-AAATCCACA----GATTCCTCCCCTCTCTGCCCCCAGTCACACTCCCTTAGGACCTCTAGTAAATCA 
s mm7.chr11     32561255 289 - 122091587 GCGTGTCCCTCTGCAGGCAAGGAACTTCCGCCTCTACACACAGGAGGTGTTGGAAATTGGTCACAATGTGTCCTTTCTTCTCTTGCTCCCTGCCTCAGACGACGTCTGTACAGCCCCAGGACAGAATAATCCTTACACCCCGCACTCAGGGTTTCTTAACCTCCCTCTTCAGATGTTTGAACTCGGTATAGTAGCT--TGTTTCA--CCTAGAAATATTAACCCAGCC-TCCTTATAATAAAATCACAAAGTGATATCTGTTCCCCCTTGTCCCAGT------------GGAGGGTCAGTAAATCA 

a score=8358
s danRer3.chr12 30603623 239 +  37038836 TTTTGTTTTGTCT---CCTGGTGCAGTTCATTTCTGCTCGTATAAGGAGAAATTCATCAGTCTTTACTGCCGGCTGTCCTCAGTGCTGGATCTGGATGCTCTGATTACCCAGCAGGCTTTTAGAGAGGCCATCACTGACTCAGAGGTGTCCACTGCCAAACAGAGGCACCAGCACATTCTGGACTACATTCAGGT-ATGATGAAGCTCTCCGTGAAGGATGATTCCATTTGACATTTTTCTCT 
s mm7.chr11     32570366 243 - 122091587 TTTTATTTTGCTTGTCCATTTTCCAGTTCATTTTTGCAGCTACAGAGAGAAATTTATTAGTCTGTATTGCCGCCTTTCTGCTGTTGTGGAGCTGGACTCTCTGAATACCCAACAGTCCCTGAGGGAGGCAATCTCAGACAGCGAGGTCGCAGCTGCCAAACAACGGCACCAGCAAGTGCTGGACTTTATTCAGGTAAAGCTGCCGTTCCCCGAGGGTAATGCTCTTAATGTTCACTTGTGGCT 

a score=6294
s danRer3.chr12 30613239 253 +  37038836 CACTCTTTGTTGTTGTTTTTTTTGTGTTTTTAAAGCAATTGGACGAGATGTGGCGAGACGTCCGCTGGATCACCAATGCGCTGCAGTACGCCCGCTATAAACAGCCTCTCGGTTGGGTGCCGATCACCTGGCTAGTAGATGTCAGCGTGGAGCCTCCTGTCCAGAAGAATGACTCCACGTCGTCTAACACAGACTACGTGCCCACTCCCTCACCCTCTCCAGAAATGAGAAGAAGAAAGCCCACTATTGGTAA 
s mm7.chr11     32576813 253 - 122091587 CATTACTTAATGCCTTTCACCATTTTATTCCAAAGCAAATTGATGAAGTCTGGCGTGAGATGAGATGGATCATGGATGCTCTACAGTATGCCCGGTACAAGCAACCAGTCTCTGGCTTGCCCATCACTAAGCTGATAGACTCCTCCAGTGAGCAGAATCTAAAGAAGATCAGTTCTACGTCATCACACATAGACTGTCTTCCGTCAACATCCCCATCGCCAGAGATGCACAGAAGAAAGGCAGTGAGTGGTAA 

a score=12781
s danRer3.chr12 30617108 457 +  37038836 TTGCAGAGTCCCAGCCAGGCTCAGATGAAGAAGGCTGCTCAGAAGTTTTCCTTCCCACTGACAGTGACTATGACTCCAGTGATGCCCTGAGCCCTCGAGACCTAGATTTAGTTTATTCCTCAGCCCAGGATCTCTCCCATCAGGCCGTGCATGTCCTCAGTGGCAGCGCTCCCGATGTCCTCCAAATGCACGATCTTAAA-----TACAGCGTCTGCTCCAAGTCGATCCTGG----AGACTGAATCCTG-CACAAAAGATTTAGAGGATCTATCGCTCTCCTCTTACTCCGTGAAGACCACCGACAAACCGTC------CCGCTCCAAGTTTCTTGCCGATGCCCCAACAAAAC------------GCAAGCTGCTGTCCAAAAGCCATCCTCAGAGGAGTTATTTCGGCGGACCACACCGCTGGCTTCGTGTACAAAGCGAAAGCCACACTCCGTCGCTTTCCGAAGGTATTTACACTAGACA 
s mm7.chr11     32590138 478 - 122091587 TTGCAGAGTCACAGCCCTGCTCGGATGAAGAAGGCTGCTCGGAAGTCTTCCTCCCCACAGACAGTGACTATGACTCCAGCGATGCCCTGAGCCCACGAGACCTGGACCTGGTTTACCTGTCATCACATGACATAGCCCAGCAGGCCCTCAGCGGCCTCAGTGGCAGCGCCCCAGATGTCCTACAGGTGCATGACATGAAGGCCTCCATGGGACCTG-GCCAGGACCCTCAGGGCCCAGGGCAGGGTCCTGACACCGACCACTC-----ATGTGTCGAGTTTCTC-CACAGCCTGACCCTCACGGGCTTGGCACCCAAGAACCATGCCAAGATGGTGGCAGGCACACGGCCGCCACTGGGCTTCTTGGGAAAGCGGAAGCCAGGCAAGCACCAGCACTATGGTGGCTTCAGCCGCCACCACCGCTGGCTGCGCATGCACAGCGAGACGCAGTCCCTGTCACTCTCCGAAGGTGTTTACACCCAGCA 

a score=19969
s danRer3.chr12 30633858 664 +  37038836 CCTCGGGTTCAGGATAGAAGAGGGCATGTGCCAACACTACTACCTCCTCCGTCCCATTCCAAGCGACAGCCTGCCCATAGTGGAACTCAAGGAGGACCCGGATCCCGTACTGGACCCTAAAGAGCGGGATCTGAACGAGACCGAACTCAGAGCCATTCTAGGCAGTCACTTCGAGCAGAACTTCATGTCCATCAATCCTCCAGAGGACAAGCACGCGGGACA----GGACGAGCTGAACGAGTCGG--------------------AGCTCATGAAACAGCGTCCCAATGGCATCATGCCCAAAGAGATCAAAGCCATGGAGTTT---GATATCCAG---CACGGGAAGAAACACAAGCCCAGCAAGAAGCTCAGAAGACGGCTTCAGCTGTGGCTCTGGTCCTACACCTTCTGTCCGGTGGTGCACACATGGCAGGACTTGGGGAACCGATTCTGGCCCCGTTATTTGAAAGTGGGCAGCTGCTACAATAAACGCTCTTGTTCGGTTCCAGAAGGGATGGTTTGCAAACCTGCCAAATCCAGCCATTTGACGGTTTTGCGATGGAGGTGCGTGCAGAGAAAGGGTGGACTCAAATGCGCCTGGATACCCGTTCAGTACCCCGTGATATCAGAGTGCAAATGCTCCTGCCCGAACTGAAATAAGCTCCGCACTC-------------------ATCCTCACATGCACTGCCCC 
s mm7.chr11     32680578 710 - 122091587 CCTGGGGCTGCGGGCAGCACCAGCCGGCGGCCAGCACTATCTACACATCCGCCCAGCACCCAGCGACAACCTGCCCCTGGTGGACCTCATCGAACATCCAGACCCTATCTTTGACCCTAAGGAGAAGGATCTGAACGAGACGCTGCTGCGCTCGCTGCTCGGGGGCCACTACGACCCGGGCTTTATGGCTACTTCGCCCCCTGAGGACCGACCCGGAGGGGGCGGGGGACCGGCTGGAGGTGCCGAGGACCTGGCGGAGCTGGACCAGCTGCTGCGGCAGCGGCCGTCGGGGGCCATGCCGAGCGAGATCAAAGGGCTGGAGTTCTCCGAGGGCTTGGCCCAAGGCAAGAAACAGCGCCTGAGCAAGAAGCTGAGGAGGAAGTTACAGATGTGGCTGTGGTCACAGACCTTCTGCCCGGTGCTGTACGCGTGGAATGACCTAGGCAGCCGCTTTTGGCCACGCTACGTGAAGGTGGGCAGCTGCTTCAGCAAGCGCTCCTGCTCTGTGCCCGAGGGCATGGTGTGTAAGCCATCCAAGTCTGTGCACCTCACGGTGCTGCGGTGGCGCTGTCAGCGGCGCGGGGGTCAGCGC---TGCGGCTGGATTCCCATCCAGTACCCCATCATTTCCGAGTGTAAGTGTTCCTGCTAGAACTCGGGGGGGCCCCCTGCCCGCGCCCAGACACTTGATGGATCCCCACCAACGCCCCCCC 

a score=1695
s danRer3.chr12 30634565 512 +  37038836 TTACACTTTA-CATTGGTGTTCATGTTACTGTGTAATTTC----ATACAGAAGTACTGACAGAACTTTGCGTACTTAACATGTGATTCTTGTCTCTCTTGTTTTGTGGAGCTGCTTGCTATTATAGTCATTATAGTAAATAATTAGAGTAATAACATGGACACTGTAAAATGTAAAGTGT-----GGTGCCTGATTCATTTGTAAAAAGAACTAAAAGGTCAGTATTTGCCTATAATATCCAGTGTCTACTGTAACT-TTGGTTGTAATGTAACTTTATACATATTTATGTCGAAGAACATTTCGCA-------------------------------TTCAAAGTGCG---------------TTTATTGAAGGAGTTCC-----------AAGCT-TTTTCCATTATTCGGAAAAAAAAATACTTT-ATACACCTCAGAC----AGGAGAATATAGATTACAGTCTTGGTGTGC------TGTAAATATAAGGGGAATGGAAAATAACTGCTCA-TGTAAATTAAAAGAA---ACTATTTATTCTTTATGTT----CATGTAGT----------------CAAAATGCATTTAAAATAAACCACTAAAAATGGC 
s mm7.chr11     32681315 597 - 122091587 CCACCCTCTAGCGAGGGTTTTCAATGAACTTTTTTTCTTCTTGGCTACAGAGAC-----CTGGCTTTCTGGTTCCTGTAATGCACTGTTTAACTGTGTAGGAATGTATATGTGTGTGTATATACGGTCCCAGTTTTAATTTAC-----TTATTAAAAGGTCAGTATTATACGTCAAAAGTTACCCGGCTTCTACTGTATTTTAAAAAGGCAAGCAAAAGGAAAAAAGAGCAGAGAAAAGAGAG-ACTTATTCTGGTTGTTGGTAATAATGTTAACCTGC---TATTTATATCCCAGTACCCTTCGCATGGCGAAGCAGGGGGGAAAAGTTATTTTTTCTTAAAAGTACAAAGAGAGGGGGAACTTTTGTAGAAGGACTTTTTTTTTAAAAAAAAGCTATTTTCCATTCTTCGG-----AAAGTGTTTTGATTTTCCTTAGACCTCGAAGAAGTTATAGAGTTCAATGTTATTTTACAGTTATTGTAAATATAGAGAACAAATGGAATGACTAATCATTGTAAATTAAGAGTATCTGCTATTTATTCTTTATAATATCCCGTGTAGTAAATAAGGAAGAAGTGCAGAACAGGATTAAAGAAAACCACTAAAACCGAC 

a score=8500
s danRer3.chr12 30635753 295 +  37038836 GTATTCCTCAGA-GGGAGTGGATCAGTTACTTTGTTTTTTTTCCTCTGAGACGCCATTCCGTCCTCA-GACAGTCTGAAGGGTCTTTGTAAAAGGATTAAAAGTTAAAGACCTTCATTTTCAGATTCTTTCATTTAATCTGTGTGGCGCCTGAAACACATGCTGGATGGATGATCACATGTAAAAACATTCTCTGCTCTGTCTGCTGCCTAAAGTCTATTGGCATGAAAAGAACA---ACTTGACCTCGCAGAAGAATGAAGATACTGA----------------------CGTTCCTCTCTGTATCGATTAATTTTAGGCA 
s mm7.chr11     32683300 315 - 122091587 GTATTCATTAACTGGGAGCCGAGGAATAACG--GCATTATTCCCCCAGAGAGGGCACCCTGCCCCCGCGACTATCTGAGGCTTCATTGTAAAAGGATTAAAAGTTAAAGACCTCCATCTTATGATTCTTTCATTTAATCTTTCTGGCGCCTGGGAGACATGCTCGATGGATGATGGCTTTTAAAATATTCCTA----ATGTCGGCTACCTTAAGACTCCAAGCCGGGCAAACAAACGTAATTTATTTC-CAGAAGAAAGAGGATATTGAGATGTTTAAGTTTATGAACCGCCGTCCCCATGTATATTTGTTAAGTTCTGACA 

a score=5808
s danRer3.chr12 30659474 315 +  37038836 GAGGGGGCTACACTGCAGCGCACTGTTC---AAACTGTTTATGCATACCAGGCTGCTCTGAGTGCCTCTTTGTCATGAGCTGTTTACTTAAACTTATTTTGGGAAAATTCCACATGACTGGA-CGGGATTTCACCATAAATCATTGAATCTGGAGCTTTGTGTAATGATAACTTCTGTCAGTCATTTAGTCCTCATAAGCCCCCTTTTCTGCTTTGTGTTTTTCCATAGAAGCGACTGGCGTTGTGCAGCCTATTGTGTGTGGCTAAAGGTAAATGTGTGTGTGAGGTGGATGGGTT--------TGTGGGTGCCAAAGGATTGGAA 
s mm7.chr11     32824614 292 - 122091587 GACAGGGCACCCCTGGAGCCCATAGTACTTGCCACTGTTTATACG--CCCAGCTCCCCTGACTGCCTCTTTGTGGGAAGTTGTTTACATGAATTTATTTTGGGAAAATTCCATTAGACAGGACCAGGATTTCTTCACAAATCATTGCCTCTCA---CTTGTGTCTTGATCAGATCTG---GGCGGGCGACTCTCTTCGGTGCGCTCTGTCCCTTCAGGTTTCTCTCAAGGGGTGAGGGG---------------------------AAGGAAGGGGTGGGGGTGGGGAAGGTGAGATGGAGATGGTGTGGCCAGGGAAGGGTTGGAA 

a score=5904
s danRer3.chr12 30663178 223 +  37038836 CATGCCTCTCCATTGGATTTCAGCATGTGTCGGGTGTTTACCAGCGACCCGTCATTGATTTCTGGTCTTATTCCAATCAAGTGACACATTAGAGGGTAAACGTTGACTGTCTCGAATGGTCCAACCAACAAGTTCCTGTGAAAATCTGGTCCCACTGCCCTGAAAAAAGGCTTCATGTCCATCACTTCATTGTCATAGCCATGTTCTCCTTTATTGTTCTGGA 
s mm7.chr11      2990194 220 - 122091587 CCTGCCTCACC---TGACCGGAGCATGGGTCGCAGGATGCCAGGATTCCCATCGTTGGGCTCGGGCACAATGCCCAGCAACTGGCACATGAGCTCATACACATGGACACTCTCGAAGGGTTCCACCTCCAAGCCTGCCTTGAAGCTGGGACCCACGGCCCGGAAGATGGTCTTCATGTCCATGTCTTGGTTGTTGAAGCCATGTTCACCATTGTTGAACTGGA 

a score=11885
s danRer3.chr12 30663500 490 +  37038836 TTACCCCATTGATGACATATCCTGGGTCTGCATAGAGGATGATGGGAAGGAGGCGAGGATGTTTGGAGTAATGCAGTCGAGCAGGCATGTCTTCTTTCTTATAAACATTAAGGTGTGGATGGCCTCCTTTCAAGGCATTATAAACCTTGTCAAGCATGCCTTCTTTAGGCAACAGCATCCCAAAAGGGCCATAGTCCACCATGTGAAATTTCAAATCTTTCAAGGAGAATCCTGGGATGTCGGTGAGGACTATTTCTTTGACTTGGTCTCCTTTGAACACTGTGCTCATTCCATGGTCAGCTGTGATGATGATGTTCAGATGATCACTGAGCCCATGTTTCTTAGCAGTTTCTCGTATGTAGCCCACAGTTCGGTCCACTTTCTTGACTGCCTCACGACGCTCAGGTGAATCAGGGCCATATTTGTGACCGGTTGAATCCGGGTCACCAAAATACAAAGTTACAAAATCTAAGTCTTGATCTTTAAACCA 
s mm7.chr11      2991491 487 - 122091587 TGACCCCGTGGATAACATAGCCGAGGTCACTGTACATGAGCAGAGGTGTGATCCTGGGGTTGTTGGCGTAGTGAAAGTTCTTCGGGAAGTCCTCCTTCTTGTACACATGCAGCCTGGGGTGGGCGTCCTTCAGGACACTGTAAACTTTCTCCAGCATCCCTTCCTTGGGTATCAGCATCCCGATAGGCCCATAGTCCAACAGCTCAAACTGGATGTCCTGGAAGGTGAAGTTGGAGAACTTGTGGAACTCCACCAGATC-ACTAGCCTTCTTGTTGACG--GTTGTCATACCGTGGTCCGATGTGATAATCAGGTTGAGGCTGTCGGAGAGGTGGTGGCGCTTGATGCTGTCCCGGAGGTAGCCCACAGTCCTGTCTACCTGCTTCACCATGTCCTTCCTCTCCTGGGACTCAGGGCCATACTTGTGGCCAGTGGAGTCTGGCTCCCCAAAGTAGAGAGTGACCAGGGACACATCTTCTTCCAGGAACCA 

a score=2437
s danRer3.chr12 30663993 152 +  37038836 TTTCATGACTTTATCTACCTTTTCCATCCACAATGTCTCATTTGTGTGGTCATAAAA----CCTTGGTTCTACCTCCCCTACTTTGATTTTTTCGTTCTGGTATTTGGCTGCAGTGCCAGGGAAGTGTAAAGATCCTGTTTTAAGACCCTAAAAAA 
s mm7.chr11      2991978 152 - 122091587 CTTCATCACCGTGTCCACATTCCCCCTCCACTCCGTCTCATTTTTGTAATTGTGTAAGACGCCCTCCTTCCGGCTC----ATCGTTACGGCCTCTCCTTGGTAGGTGACGTTCCCACCGGGGTAGAAGAAGGAGCCGGTTTTTAAGCCCTGCGGAA 

a score=4600
s danRer3.chr12 30665978 154 +  37038836 TACCTGTCGTTGAGCCGTTATCCAGATGGGTAGACTTCCATTATCCCAGTAATCATTAACAAACTGCGTCATGTAGTATTGTTTCTTTTCCTGAGTAGTTGTGTTAAACCAGTTGTTATGAATGACACCATGGTTCTCAATGTACCTTCCTAAG 
s mm7.chr11      2993628 154 - 122091587 TACCTGCCTCTGGGCTGTGATCCAGATGGGTATGCTGCCGTTGTCCCACCACCTCTGGATACCGAGCGTGGCGTGGTAGGGCAGCCTCACCGTGCTGGTGGTATTGTAGAACATGTTGTGGACCACCCCATGGTTCTCGATGTATTTGCCTGAG 

a score=6546
s danRer3.chr12 30667286 272 +  37038836 CCCTTTCTC---------CTTACCAGATAAGAGGGTGAAGTGTGTAGGACTGGTGATGGTCAGGAAAGGTGGAGTGACATATGCTGCTTTGACTCCATCCACAGCCATCTTATCCAGATTTGGGGTGTCCACATCTCGGTCGTAGTCCCATCTGAACCCATCAAAGCTGATTAGGAGCAGTTTGTTTTTTCCTGTGGTGCAGTGACCTCTGGTAGGAGCAGAGAGAGATGCTGGGAATGCAAGAAGCAAAATA-CTCAGTGCCAGTAACATGACAGGTATTC 
s mm7.chr11      2994059 278 - 122091587 CCCATTCTCAGGCTGACACTCACCGGTGACCAGTGTAAAGTGGCAGGGGCTGGTCATGGTGACAAAGGCAGGAGTCATATACTGGGCTTTTACCCCTTCCTGAGCCATGGAGTCCAGGTTGGGGGTGTCCACGTCTTGGTCATAGTTCCAGCGGAATCCGTCAAAGGATACGAGGAGTAGCTTATGCTGTCTTTGGACAGGGGCCCCAGTGACACAAGCTGGAAGAATGGCCAGAGCCACACAGAGAAGGACAGCTGAGTGTC----CCATGACCGGCTCTC 

a score=6440
s danRer3.chr12 30670772 202 +  37038836 AGCATGTGTTGAGTGTTTTCCAGCGACCCATCGTTGATTTCTGGTTTTATCCCAATCAAGTGGCACATAAGAGGGTAAATGTTGACTGTCTCGAAAGGTCCAACCAACAAGTTCTTGTGAAAATCTGGTCCCACTGCCCTGAAAAAAGGCTTCATGTCCATGACTTCATTGTCATAGCCATGTTCTCCTTTATTGTTCTGAA 
s mm7.chr11      2990212 202 - 122091587 AGCATGGGTCGCAGGATGCCAGGATTCCCATCGTTGGGCTCGGGCACAATGCCCAGCAACTGGCACATGAGCTCATACACATGGACACTCTCGAAGGGTTCCACCTCCAAGCCTGCCTTGAAGCTGGGACCCACGGCCCGGAAGATGGTCTTCATGTCCATGTCTTGGTTGTTGAAGCCATGTTCACCATTGTTGAACTGGA 

a score=14158
s danRer3.chr12 30671072 647 +  37038836 TTACCCCACTAATGACATATCCTGGGTCTGCATAGAGGATGATGGGAAGAAGGCGAGGGTGTTTAGAGTAATGCAGTCGAGCAGGCATGTCTTCTTTCTTATAAATGTGAAGGTTTGGATGGCCTTCTTTCAAGGCATTATAAACTTTGTCAAGCAGCCCTTCTTTGGGCAACAGCATCGCAGTCGGTCCATAGTCCAACAAGTGGAACTGCAGATCTTTGTAAGAGAATCCTGGGATGTCGGTGAGGACTATTTCTTTGACTTGGTCTCCTTTGAACACTGTGCTCATTCCATGGTCAGCTGTGATGATGATGTTCATATGGTCACTGAGCCCGAGTTTCTCAGCAGTTTCTCGTATGTAGCCCACAGTTCGGTCCACTTTCTCAACTGCCTCACGACGCTCAGGTGAATCAGGGCCATGTTTGTGGCCGCTTTCATCCGGGTCACCAAAATACAAAGTTACAAAATCTAAGTCTTGTTCTTTAAACCAGTCTTTCATGACTTTGTCTACGTTCTCCTTCCATGCCGTCTCATTGGTATAGTCAT---AGGCTCTTGGTTCTACCTCCCTCTCTTGA--ACGGTTTCATTCTGATAAGTCGCTGCAGTTCCAGGGAAGTGTAAGGACCCTGTTTTAAGACCCT-----AAGAGGGG 
s mm7.chr11      2991491 646 - 122091587 TGACCCCGTGGATAACATAGCCGAGGTCACTGTACATGAGCAGAGGTGTGATCCTGGGGTTGTTGGCGTAGTGAAAGTTCTTCGGGAAGTCCTCCTTCTTGTACACATGCAGCCTGGGGTGGGCGTCCTTCAGGACACTGTAAACTTTCTCCAGCATCCCTTCCTTGGGTATCAGCATCCCGATAGGCCCATAGTCCAACAGCTCAAACTGGATGTCCTGGAAGGTGAAGTTGGAGAACTTGTGGAACTCCACCAGATC-ACTAGCCTTCTTGTTGACG--GTTGTCATACCGTGGTCCGATGTGATAATCAGGTTGAGGCTGTCGGAGAGGTGGTGGCGCTTGATGCTGTCCCGGAGGTAGCCCACAGTCCTGTCTACCTGCTTCACCATGTCCTTCCTCTCCTGGGACTCAGGGCCATACTTGTGGCCAGTGGAGTCTGGCTCCCCAAAGTAGAGAGTGACCAGGGACACATCTTCTTCCAGGAACCA---CTTCATCACCGTGTCCACATTCCCCCTCCACTCCGTCTCATTTTTGTAATTGTGTAAGAC-----GCCCTCCTTCCGGCTCATCGTTACGGCCTCTCCTTGGTAGGTGACGTTCCCACCGGGGTAGAAGAAGGAGCCGGTTTTTAAGCCCTGCGGAATGAGGGG 

a score=5062
s danRer3.chr12 30672866 217 +  37038836 CAAAGATGCCTTTTAGAGCTTCTAATTAATAATTGATTGACTATGCCTTGAGATG--------TACCTGTCTCTGAGCTGTGATCCAAATGGGTAGAGTTCCATTATCCCAATATTCATCCACAAACTGCGTCATGTAGTACTCTTTCCTTTGTCGTG-TGGTTGTGTTGAACCACACATTGTGAATTACGCCATGGTTCTCAATGTACCTTCCT--GTGGAGAAAAA 
s mm7.chr11      2993565 227 - 122091587 CCAGGGTGCCTGTATGTTACCTCACTTGGTCATGGCCTCAGTCTCTCTTTGGGTGGGCCATCTTACCTGCCTCTGGGCTGTGATCCAGATGGGTATGCTGCCGTTGTCCCACCACCTCTGGATACCGAGCGTGGCGTGGTAGGGCAGCC-TCACCGTGCTGGTGGTATTGTAGAACATGTTGTGGACCACCCCATGGTTCTCGATGTATTTGCCTGAGTGGGGAAGAA 

a score=6179
s danRer3.chr12 30673417 263 +  37038836 CTTACCAGACAGGAGGGTGAAGTGTGAAGGACTTGTTATGGTCAGGTAAGGTGGAGTGACATATGCTGCTTTGACTCCATCCACAGCCATCTTATCCAAGTTTGGGGTGTCCACATCTCGGTCGTAATCCCACCTGAACCCATCAAAGCTGATTAGAAGCAGTTTGTTTCTTCCTCTGGTGCAACGATCTC--TGGCAGGAGCAGAGAGAGATGCTGGGAATACAAGCAGCAAAATA-CTCAGTGCCAGTAACATGACAGGTATTC 
s mm7.chr11      2994077 260 - 122091587 CTCACCGGTGACCAGTGTAAAGTGGCAGGGGCTGGTCATGGTGACAAAGGCAGGAGTCATATACTGGGCTTTTACCCCTTCCTGAGCCATGGAGTCCAGGTTGGGGGTGTCCACGTCTTGGTCATAGTTCCAGCGGAATCCGTCAAAGGATACGAGGAGTAGCTTA-TGCTGTCTTTGG-ACAGGGGCCCCAGTGACACAAGCTGGAAGAATGGCCAGAGCCACACAGAGAAGGACAGCTGAGTGTC----CCATGACCGGCTCTC 

a score=7438
s danRer3.chr12 30729614 329 +  37038836 CTTTCCAGTGGCAGGAAATTTCCCAAATTTGATGAAAATGTGCACATACTCAATCTTCTATGCATCAGTCATATGGGA-GCCATCAGACGAACATAAATTAGAGAAATGCATGGTGAAGGCCTCATTTATAAAAGCAAAAATAATCACAAAACAGTGAGCCCTCGGGGAT-CTCAAATACAATTTTCATTT--GCTTCAGATCCTTCATTTTTCTCCTCTGTCACTTTCTGT------ACCTGGTCTCCCTCATCTGGGGACGATCATTAGACTAATTAGCAGGTAATCAATGTTTAATTAAAACGAGGTTGTTAATGAAAATGACTGGTGGTGCAATT 
s mm7.chr11      3034710 333 - 122091587 CTCTTTAGCTGCGGTAAGAGCCTGGGACCTGATGAGA--GGCGACGGATTCAATCTTCCCTGCATCCGTCACCTGGGACTCCATCAGACGCAAACCGATTAGGAAAATTCCCATTGAAAGCCTGGAGAATAATGGCCCGGATCAT-AGAAAACATTTGGCCTGGAGGGAGGCTGAAATCCCATTTTCACCTAAGCTGCAG-TCTTTAGGGATCCCCCACCCCCACCCCATGTTTGATAACCTTACCTCCTCC--CCAAGACCGATCATTAGACTAATTAGTGGCTAATCAATGTTTAATTAAAACCTAGCCATCAATTACAGGAAGTGCTGTGGCAACT 

a score=1231
s danRer3.chr12 30741053 228 + 37038836 TTTCTTTTTAAAGGAAAAAATAGTTTTAGGGAGAAAATTTGCATTATTATTTTACATGGATAGAACAATCTTGCTGGTTTAAGACTTTTTAGATATTTGGACTAGAAATAACACTATTAAAAAAAGTACTAATTCTAGAAAAAAAGCTCCAAGTAG--CATTCTTTGCAGTAAATAAAAATAATT------ATGGATTGTTTTATTGTTTTTAATACTTTTTAATTAAGTGCAATT 
s mm7.chr16      6896595 219 + 98481019 tttctttctGGATGTACAACTACATTTCTCGAGAC------CATGAACATTTTAGACCTCTGGACTACTCTTTCCTAT-----GCTTTCTCCATATGTGTATGTGGAGTG----TGTGAAGGCTGGTG-GAGTTATGGGGGTGGAGGTGGAGGGAGGGAGATGTTTCCAG-AAATGGAAACATTTGAATTCAGGGTTTGTTTTTTTTTTTTAAATTCTTTTGACTTGACTGTAATT 

a score=9045
s danRer3.chr12 30749136 302 +  37038836 CTGATCAAAATCTGTCTTTCTC---TCCAGGGTAACCAGGAGGCCCCAGCTCCCCCAGAAGCCATGGCTCAGCCGTACGCCCCAGCTCAGTATCCTCCTCCTCCACCTCAAAACGGGCTGCCTGGCGAATACACC------------CACCCTGGGCAGGACTACACAGGGCCCAGTCCGGT---CCCTGAGCATGCGGCGGCCCTCACCATCTACACACCAACACAGACACACAGCGAGCCGCCTGGCACCGACAGCAGCACACCATCCCTCACAGGGACCAGCAGCTTAACAGTGAGTGCCCGCTACTGCATGTGTTA 
s mm7.chr11      3469108 311 - 122091587 CTAACCAGCGCTTTGCTCTCTCCACTGCAGGGCAATCAGGACGCCACGGCTCCACCTGAAGCGATGGCCCAGCCCTACCCCCCTGCCCAGTA---CCCTCCTCCGCCTCAGAATGGAATCCCAGCTGAATATGCCCCACCTCCGCCTCATCCCACCCAGGACTACTCCGGCCAGACCCCTGTTCCCCCCGAGCACGGCATGACCC------TCTACACACCCGCACAGACTCATCCTGAGCAGCCAGGCACTGAGGCCAGCACACAGCCCATTGCTGGGACCCAGACGGTGCCGGTAAGAGACCCTTCCTACATGGGCCA 

a score=5580
s danRer3.chr12 30754266 189 +  37038836 CTAATCGGATGTAATCTACCTGCTTGGCAGCTTTCCAATCAGATAGTTTCAATTATGTGGTTGTAGGGGCATTCTGAAGGGGGAAGTGCTGAGCTGAGCACTT-TGAAAGTGATTTGCAGATAACACTGAATGAGTGCGGCAATAG----AAACGATTTAGCAGGACTCATTCCCCACCCGGCCCAAACATACA 
s mm7.chr11      3469822 184 - 122091587 CTAATCACTTGTAATCTACCTGCTTGGCTGCCCTCCAATCAGATAGCTTCAATTACGTGGTTGTAATGCAG--CTTGGGGTGAAAGTGCTGAGCACAGCACTTCTCAGATTTCTTCATGGAGA------AAGGAGTG-GGAAACAGGGCCAGCCGCCTGGGTGGGCTACGTCCTGCACCC-CCCCACACACACA 

a score=1046
s danRer3.chr12 30765741 224 +  37038836 TTATTTTAATAA-TATGCCattttt----------atttttgtagttattataattttttatatttgtttatgtcattaatttcttattttctttatattG--TATTAATTTGATGTGTTTATATAGACGTTTATGTTACTATTTTAGG------------------------------------TGTAAGTAT--GAATGGTGTAACATGTTTAATC----CAAAAACC-------CAGATTTTCTCCTAAAATTGTCTGAGAAAATGCAAAAATTATGTAATTG 
s mm7.chr15     26445214 286 - 103647385 ttctcttaaccactaagccatctctccagctccTGATTTGTGTATTTTTACTGATTTTAAATATTTATTTACTTATTTGGTTGGTTTTTTTTAGTTAATTGCTTGCTTAGttggtgtttttgaaactgggtctcactctctagaccaggcagacctcaaactcagagatccaactgcctctaccttgtgagtgctgggattaaaaagcctgtaccatcacCACCACAGCCTTCCCAGCAAATCTCCATTTTAAATTACCTTAGAAGACTTAAAAATTCTGGAAATG 

a score=117
s danRer3.chr12 30767191 32 +  37038836 GTTTGTGTTTGTGTTTGTGTGTGTGTCTGT-TT 
s mm7.chr15     26447330 33 - 103647385 GTTTTCATTGTTCCTTGTATTTACTTATTTCTT 

a score=9116
s danRer3.chr12 30767223 156 +  37038836 CAGCAGGCGGACGATGTGGTACAGACAGACGGATCTCAGCAGCTTCAGCTCCAGCCATCAGACTCTTCGGAGAAGCAGCAGCCCAAACGGTTACACGTCTCCAACATTCCCTTCCGCTTCCGAGACCCAGACCTCCGGCAAATGTTCGGGGTGAGT 
s mm7.chr11      3476779 147 - 122091587 CAGCAGGCAGATGAAGCAGCACAGACAGACA---------ACCAGCAACTCCACCCTTCCGACCCCACGGAGAAGCAGCAGCCCAAACGACTACATGTCTCCAACATCCCCTTCCGGTTCAGGGACCCCGACCTGCGGCAAATGTTCGGGGTGAGT 

a score=6638
s danRer3.chr12 30777661 119 +  37038836 ctcCCCTGTCTCCCCTCTTTTCTTTTTTCCCCCCACCCATCTCCTTTTCCTCTCCGCAGCAATTTGGGAAAATTTTGGATGTGGAAATTATTTTTAACGAGCGAGGCTCTAAGGTAAGT 
s mm7.chr11      3478710 119 - 122091587 CTACGCTGTCATAACCCCTTTCTCCTGTCTTCCACCCCATCCTCTCTCTGTCTCTGCAGCAATTCGGGAAAATTTTAGACGTGGAGATCATTTTTAACGAGCGGGGCTCCAAGGTGGGT 

a score=7459
s danRer3.chr12 30781909 220 +  37038836 CCCTGCTGACctttctctctctctctctcttctttcttcttttctcactcactctatctGTTGCCCATTCAAATCTTTTTCCAACCACCCCATCATCCAACATTTGGAATCCTTTA-TCTCAGGGTTTTGGTTTTGTAACTTTTGAAACAAGTGCAGATGCAGACCGTGCACGGGAGAAATTAAACGGTACAATCGTAGAGGGACGCAAAATTGAGGTGCT 
s mm7.chr11      3479499 207 - 122091587 CTCCACTCACCTGACTTGCACCCTCTCTCTCC-----------CGCCCTCCGCCCCTCCCCCGCCTCTCCTACCCTCTTCTCATCCTGTCTTCTGTCTG---TCTGTCCTCCTCTGCTCGCAGGGTTTTGGGTTTGTAACTTTTGAAACTAGCTCAGATGCTGACCGAGCCCGGGAGAAGCTGAATGGGACGATCGTAGAGGGACGGAAAATTGAGGTGCT 

a score=205
s danRer3.chr12 30782129 8 +  37038836 TTTCCTAA 
s mm7.chr15     26458862 8 - 103647385 TGTCTTCA 

a score=436
s danRer3.chr12 30786127  99 +  37038836 ATTAGAGCATGTGAATGTT----GATGTTGTTTTTTTGTTAC-----TTCGCAGAGAAGCATGAACTGAATTTCTTTTTGTTACTCAGTGTTCTGATTTGTGTTCT----------GC 
s mm7.chr15     26461343 118 - 103647385 ATTAAAATTTATGAAAATTTTATGATGCTGTGTTAATTATATAAATGCTATCAGAAATGTACTTTTTAAATTATGCTCTGTTACTGAGTGAGCAGTGTTATGTCCCCTAATGTGTCTC 

a score=3530
s danRer3.chr12 30786226 93 +  37038836 TTCTCATACCTGCTGTCTTTTTC---ACAGGTAAATAATGCAACGGCACGAGTAATGACAAACAAAAAAGTGGCCAACCCCTATACAAATGGTGAG 
s mm7.chr11      3480883 96 - 122091587 TGCTCACCTTTCCTCTCTATCTCTGGACAGGTCAATAATGCCACAGCCCGGGTCATGACCAATAAGAAGCCTGGGAACCCATATGCCAATGGTGAG 

a score=4292
s danRer3.chr12 30787711 109 +  37038836 ACGATAAGCATTCGGAGCTAATT-CTCTCTTCCCCTGTGTATTCCTCTACAGGCTGGAAGCTGAATCCAGTGGTGGGAGCTGTCTATGGTCCTGAATTTTATGCAGGTAA 
s mm7.chr11      3485257 103 - 122091587 ACAGTACACATGGGAAGACAGTGGTTATGTTCTTTTGTGT-------TCTAGGCTGGAAGCTAAACCCTGTGGTAGGAACAGTCTATGGGCCTGAATTCTATGCAGGTAA 

a score=8561
s danRer3.chr12 30799065 172 +  37038836 TCACCTTCTTTCTTCTCTCCTTTTTTTCAGTGACAGGCTTCCCCTATCCAACCACAGGGGCGACGGTGGCTTACAGGGGCGCCCACTTGAGAGGCAGAGGTCGTGCCGTCTACAATACGTTCCGTGCTGCGCCTCCACCCCCTCCCATTCCCGCCTACGGAGCGTGAGTAAC 
s mm7.chr11      3485442 172 - 122091587 TCTCCCACTCTCTTGTGCCCCTTTCTACAGTGACCAGTTTCCCCTACCCCACCACGGGCACCGCCGTTGCCTACCGGGGTGCACACCTGCGGGGCCGGGGCCGTGCTGTGTATAATACATTTCGAGCTGCACCACCTCCACCCCCCATTCCAACTTATGGAGCGTGAGTACC 

a score=3119
s danRer3.chr12 30799696 68 +  37038836 TTTCTTGTTGTGTT--TTGCAGTGTGGTTTACCAAGATGGCTTCTACGGTGCTGAGATCTATGTGAGTAT 
s mm7.chr11      3486130 70 - 122091587 TCTCTTGTCCGTTTGCTTCCAGGGTCGTGTATCAGGATGGATTTTATGGTGCTGAGATTTATGTAAGTGT 

a score=4704
s danRer3.chr12 30806640 263 +  37038836 ACCACCTAAATCACTCAGCGCTGATTTTAGTGAGCATTGACAGGGCTTTTCAGCAGCTCTCTTAAGG-CTGTAACTGAGCTTTTGGGACTGTTAATGTATGAACAGTCCAGTTGTATTGTGGTCCTAAAAATCTGCTGCTATTGAT-------------GCCCCACTGTTTGCATTTGCCTGACGGATGTCCTT---ATGTATTTGACAGGGTGGCTATGCAGCATACAGATATGCCCAACCAGCCGCAGCAGCCGCAGCCGCCTACAGTGACAGGTAAG 
s mm7.chr11      3487072 258 - 122091587 ATCACCTAAGCCACCCCATGCCAAGGTGGGAGTGCAAGGTCAGGCC----CAGGAGGCCTGAAGAGGTCTGCAGCCCCTCCTGAGAGCCTG--------------GCCCTGCTGGGTCTATGTTCTCCAGTTTCTCTGCCTCTGCTTCAGCAACAGCGAGCCTCACTAAATCCATCTGCC----ATCTCTCCTTCCCACCTCCCCTGCAGGGAGGCTATGCAGCTTACAGATATGCTCAGCCAGCAGCCGCCACCGCAGCAGCCTACAGTGACAGGTAAG 

a score=4722
s danRer3.chr12 30817100 262 +  37038836 TTTTTATCAGACAGGAAGAAAGAGAGGTCGA--GAGAGGGAGGAAGGGTGTAGAGTGATAATGGATCTGGTTCAAATGAACAGC-GTTTGCTGAAGCATACCATCTTCTTGTAGCTTCAATGCCCTTTTCGTTTCTTGCTTTTCCTTCAGCTATGGCAGAGTCTATGCAACAGCAGACCCTTATCACCACACGATTGGACCTGCAGCCACGTACAGCGTGGGCACTATGGTGAGTCTAGAAATGTGATGCATGA----AACATTCATCC 
s mm7.chr11      3488181 250 - 122091587 TTCCTTCTAAACAGGAAGGAAGGTCAGGCAACTGAGAGGATCTCATGGGGGAGGAGGCT----GGTCTGGGAAGGCTGGTCAGCTGGTTCCTGCCTCA------------GCGGCTCCTCTCCCGAACCCCCTCCCCGCTCTTCCCT-AGTTATGGTAGAGTCTATGCCGCTGCTGATCCTTACCATCACACCATCGGCCCCACAGCAACCTACAGCATCGGAACCATGGTAAG--AAGAGCTGCCAGGAATGAGGAGAAGATCCATCC 

a score=5496
s danRer3.chr12 30821937 112 +  37038836 TAACACTGATTGGGTCATTTTTCTTTTTTTTTTTCATCTTTGATGTTGCAGGCTAGCCTTTACAGAGGAGGTTACAGTCGCTTCACACCCTACTAAAGAGAGAATCAATCCC 
s mm7.chr11      3489866  99 - 122091587 TGGTACTGATTGG-------------CTGTTTTTCATCTTTGATGTTGCAGGCTAGCCTCTGCCGAGGAGGGTACAGCCGCTTCACCCCCTACTAGCAAGAGACCCCCTCAC 

a score=7214
s danRer3.chr12 30879838 273 +  37038836 CTGTTTGACGCAGCTGTTGGAGACGTTGCTGCCTCTGTCAGACCTCGAGGCTCGTGTGGACAAGGCTGTTGATCTGATCACATCCAGCCATAAGAAC---GTCAGCCGAGATATGCTCCATTTTGCTGCTTCTACATTTTACCACAAACTCAAGGCTGCCGACCGCTACGTTCCCACTTCCAAATATCACGGCAATGTCACCCTACTGAGAGCCAAGGCCAGCAGCGAGTACGGAGATGGATTGGGATCAGACTACAAACTGCACGAGGTATGTAG 
s mm7.chr11      1174203 273 - 122091587 CTGTCACCCCTAGGTGCTGGAGGCCCTGCTGCCACTGAAGAGCCTGGAAGATCGGGTGGCTGCCTCCGTGGACCTTATCACTAAGAGTCACCACAGCCTGGACCGCCGAGA---GCTGAGCTTTGCTGCCGTGTCCTTCTACCACAAGCTCCGGGCAGCTGATCAGTATAAGCCCAAGGCCAAGTACCATGGCAACGTGACACTGCTGCGTGCCAAGACAGGCGGCACCTATGGCGAGGACTTGGGTGCTGACTACAACCTCTCCCAGGTGAGTGG 

a score=7995
s danRer3.chr12 30881261 153 +  37038836 TGTCTGCAGGTGTGTGACGGGAAGGTGTCAGTTCATGTGATCGAAGGCGACCACCGGACCTTCCTGGAGGGTGAAGGTGTTGAGTCTATTTCCAGCATCATCCACAGCTCACTGTCTGAACCCAGAGTCAGCACACGAGAGGGCTAAACCTTC 
s mm7.chr11      1174542 153 - 122091587 TATTTTCAGGTGTGTGACGGGAAGGTGTCTGTGCACATCATTGAGGGTGACCACCGCACACTGCTGGAGGGCAGTGGCCTGGAATCCATCATCAACATCATCCATAGCTCCCTGGCTGAGCCACGAGTGAGTGTACGGGAGGGCTAGACCTGC 

a score=3100
s danRer3.chr12 30890757 85 +  37038836 TATATGATTGTAGAAAAACACACATCTGAGCTTCTTCATTTGAAGAGATCTCCTGGAATCAGATCTTGGTCCATCCTTGTTGGTA 
s mm7.chr11       754133 85 - 122091587 TATATGCAGGTGGAGACACGCACCAGCACCCGCCTCCATCTGAAGAGGGCTCCAGGCATCCGGTCTTGGTCCCTGCTGGTCGGTA 

a score=2134
s danRer3.chr12 30890842 225 +  37038836 TGAGAAAACTGAAAACTGAATTATGTAGAGTTGAACGTGCAAATATCT--TTAAACGTCTCCCTCCTTCCTCTTTTGACAGGAATAGCTTCAGTTGGACTGGCAGCAGCCTATTACAGCTCTGGTGAGAAGCGTTTCCTCAAT--GTGTGATTAC-CCTGGAAGTGAATAAAGCAGAAATAGGAAGAATTATTGTTGATCTGTGCTGCTCATTTATCTGTTTCCTTTTGT 
s mm7.chr11       755181 208 - 122091587 TGAGACAGCTATA----GCACTGTGAAGAAATGGGTCTTCCCTTGGCTAGTTAACAAGGTACTCTCTCCCTCTCTCTACAGGAATATTATCCACTGGCCTGGCTGCTGCCTATTACAGTGGAGGTAAAGTATGTTCTCCCCTTCAGCTTCCTTGCACTTGGAAATGAACAAA--------------AAGCAGTCTTGGTGTGTGTGGC----TTTGGGGTGGCCTTGTGT 

a score=3882
s danRer3.chr12 30891067 84 +  37038836 TGTAGACAGCATATTGTGGAAGATGTTCTACGTGACGGGCTGCTTTTTTGTAGCCTTGCAGAATATGGAGGAATGGGAGGTGGG 
s mm7.chr11       755695 84 - 122091587 TGCAGATAGTCTGGGCTGGAAGCTCTTCTATGTCACAGGCTGCCTATTTGTGGCTGTACAGAACTTGGAAGACTGGGAGGTAAG 

a score=3006
s danRer3.chr12 30893162 113 +  37038836 TTTGCTCGTAGGAGGCAGTGTTTAATAAATCCAAGAACGAGATTGAACTGAAGACCTTCAGTCTCTATACCATGTTGTTGACTCTGTGGAAAAGTGGGCACGAGAAAGGTGAG 
s mm7.chr11       756631 113 - 122091587 TTGGTTTGCAGGAGGCCATTTTCAACAAGAACACTGGGAAGGTCATCTTAAAAACATTCAGCCTCTACAAGAAGCTGCTGACTCTTCTCAGAGCGGGCCACGATCAAGGTAAG 

a score=5891
s danRer3.chr12 30893350 162 +  37038836 CTCAGTGCTGTTAGATCTGCGGCACCTGCGGGACGTCAGTGTTCAGGAGGAGAGAGTGAGGTATCTTGGGAAGGGTTACCTGGTAGTGCTGCGATTGGCTACGGGCTTCTCTTACCCACTTACACAAAGTGCCACACTTGGGTCACGCAGGTATGAAAAGTA 
s mm7.chr11       757844 162 - 122091587 CCCAGTGGTGGTTCTGTTGAAAGACATCCAGGATGTGAATGTGGAGGAGGAAAAGGTCCGTTACTTTGGGAAGGGCTACATGGTGGTGCTCCGGTTTGCAACAGGCTTCTCCCACCCTCTCACTCAGAGTGCAGTCATGGGCCGACGCAGGTAAGAGTGGTA 

a score=3578
s danRer3.chr12  30899998 584 +  37038836 GTGATGAAAGTATAAACTCACTTCAAGAGAAAGGTGTTGCCAGTGGAGAGGTACTCTATTGTCTTTTATTTTATATACTTTGTGTATCAGACACAGTGCAATCTGATAAGCTGCGGTCTGCATCTGTTGTTTTGTTTGTGTTTGTATTGGGGTTGGATGAAGAAATGCAAACCTCATTTGTTTTGGACGCGTGCATAATCTGATACGTGAATTTATTTGTTTTTCGTCCCAGGTGAGAGAGTCTACCTC--------AGTTCAGCAGGTGTTGCTGAGTGCGTGTCTGTCCTGTGACGGCTGTATATCGGAGGATGAAGGCAAGAGAATATCACAGCAGAATCTGGACGAGATCAATCACGTGCTTGCTCTCAACAAGGTAGCGTTTGCCTGTCATGGATTTGGAAAGATGGTTTGTTGATGTATCTTACATTTGT---CTTTTTATTTTTGGC---AGAAATGTGACACTTCGAAGCACAAAATTCTCGTAGTGTCCGTGTGTCCACAGTCGGTGCCATTTTTTGCTGTTAAATTTCAGTTGGACGTTTCAGCAGCTGCACAGAAACTTTGTGGCTTCCTCAAGAGTGTGGGTACGT 
s mm7.chr11     121353243 534 + 122091587 GTGATAAGAGGCAACAATCACTGCCACACCAAAATCCTATGCTTTGTGTGTGTGTGTGTTCAAGCCTAGTTTCTCTTCTCTTTGTAGCCCTGGCTGT----CCCGGAAACCTACATATTTTTCTTGTCTGTCTGTCTGTCTCTCTCTTAAAAT--------GCAATTTAAATTTTTTATGTTTTg--------------ctgagctatggtgaagcatgcctttaatcccagcactgcaggtgcacttctgagtctgagcccagcctactctatagaacgagttccagtgcagccagggctacaca---------------gagaaaccctaacaccaaaa----aacaaaaCCAACCAA---------CCAAACAAACAAACA----------AAAAAACCTAAAAAACTATTTGCTATTTTCTATTAAACATGTGACATTATTATCTCTTCCTCTAGAGATGTGATACCTCAAAGCACAGAGTTCTGGTTGTGTCTGTGTGTCCTCAGTCTCTACCTTATTTTGCTGCTAAATTCAACCTCAGTGTCACTGATGCATCTAGAAGGCTGTGTGGCTTCCTCAAAAGTCTTGGTGAGT 

a score=622
s danRer3.chr12 30901212 865 +  37038836 aatttttttGAACTTGTATCAGTCCCTGAGTAAtatttctctatttatttatttatttattttattt------------tattatttTTAAACTTGTGTCAGTCCCTGAGCaatatttctttaattaattaattaatttattttattttatttttaatCTTGTGTCAGTCCTTGAGCAATGTATtttatttatttatttatttatttatttTAGGCTTGTGTCAGTCCCTGAGCAAtattt-ctctatttatttat-----ttttttatttttttatttatttaattttttaAAGCTTGTGTCAGTCCCTGA----------GCaatatttttctatttatttattttaat----ttatttaaaCTTGTGTCAGTCCCTGAGCAATAGTTTTCtatttattt-----atttatttta----ttttatttttaatCTTATGTCAGTCCCTGAGCAAtatttctctattt--------atttatttatttatttattt------aattaattttttaAAGCTTGTGTCAGTCCCTGAGCaatatttttatatttatttattttattttatttaaaCTTGTGTCAGTCCCTGAGCAATAGTTTTCtatttatttatttattttattttatttttaatCTTGTGTCAGTCCCTGAGCAAtatttctctatttatttatttatttatttatttatttaattttttaAAGCTTGTGTC------AGTCCCTGAGCaatatttttctatttatttattttgttttattta-aaCTTGTGTCAGTCCCTGAGCAATAGTTTTCtatttatttatttattttattttatttttaatCTTGTGTCAGTCCCTGAGCaatatttttctattttataatttttttaaattatttgtttttaagcaaatttttatttaattgtatttatgctaatattat 
s mm7.chr1      49165307 856 - 194923535 AATGTTTAGCACTTTATTTTtctccttgtgtcttattgctctatctagtgtttcaagtacaacattgaaaagaaataggcataactgatagccttgtttt-gttcctgatt-----------------ttaataggtttacttcaagatattctccat--tgagaaagatattga---ctgtggttctgttatacataacctttatttttctggg-ttatgtgag--aattgtcagtgtttgctgcatctattgatacgactatgtaattttgtcattaagttaatttgt-atgatctattacattcattgacatacatattgaaacatccctgcatctctgggataaaatcacattgctcatgatggatgatatttttgacatacagctttattcatatttcaaatacttaattgaggacttttacatccatgttcatcagggctattggacattaattttatattttgcttagtatttacctgttttgttattagaagtaaattgacctcacaaaa-ttgtgggagt---------atttttttctgtttctattttTAACCTGA----AAACCATGACTGTATTTTAGGGTTTCTTTTCTAATC---------TATTGCTCTATATATCTTTTTATGCCAGTATCACAGCTTTATTTTA--GTTTTATTGTTTATAAATTCTTTGGCCCCTTTTAATAGTGTTCTTTTCTTTTTTAATTCTGGGTGATTATTAAGATTTTGTTTTATTTTTTTTTTTTTGTAAATTGAATTACATTTTAAGCAAGAATTGGCTGTATCCTTAATGCCattatttt-tttataatt----------------aaaatatGTTCATATAATCTCATCTTTTCTATTCTTCCAATTCTATTCAAAATT--AATGGACTATTACTCTATTACTATTAT 

a score=5513
s danRer3.chr12  30902077 245 +  37038836 atatCTAACTTTACTTGACTATAAAACCCATTTAACATGTGAGACATGATTTATTTGATTCCAT------TTTAAAGG-----TTTCTTTTATCTGTCTCCTCAGGGGTTCATTATGTCTTTGACACCACCATAGCTGCAAGTTTTAGCATTTTGGAAAGCCAGAGAGAATTTGTTCAGCGCTATCGTCGTAAACATCATGACGCTAATGCTATGCCTATGTTCACATCCTCCTGTCCAGGTAAG-ACAATCCTGAT 
s mm7.chr11     121353875 257 + 122091587 AGATCTTGTCTTAATATAAAATGAAAGATAGAGCACAGAGAAGTCAGATGTGATCTGTGTCCATGCTTGGTCTAAGGGAAGAATCCGTGTGCTCCTTCCCTGCAGGGGTGCACTATGTATTCGACACCACAATCGCTGCAGATTTCAGCATTCTGGAGAGTCAGAAGGAGTTTGTACGCCGGTATCACCAACACAGTGAGGAACAGCGTGAACTGCCCATGTTGACCTCTGCCTGTCCTGGTGAGCACAATGCTGGT 

a score=6910
s danRer3.chr12  30903769 143 +  37038836 TTTTTGTGTTTGTGCGCAGGATGGATTCGCTATGCAGAGCGGGTTCTTGGTAGCGTGGTCACACCACACATCTGCACCGCCAGATCACCTCAACAGATCATGGGCTCCTTGGTGAAAAACTTTTTTGCCAGACAGCAGGTGAG 
s mm7.chr11     121354363 143 + 122091587 tttctttctctctctctAGGTTGGGTCAGATATGCTGAGCGGGTGCTGGGTCGCCCCATCATCCCATATCTCTGTACCGCCAAGTCCCCCCAGCAGGTCATGGGCTCCTTGGTGAAGGATTACTTTGCCAGGCAGCAGGTAAG 

a score=556
s danRer3.chr12 30903916 29 + 37038836 GAGAACCTGTCCTGGATTCCCTGGAAATA 
s mm7.chr17     23962860 25 + 93276925 CAGGACCGGGC----ATCCCCAGGCAATA 

a score=505
s danRer3.chr12 30904423 92 + 37038836 AGTAGACATGTGTGTTGATTTTA-TCACATGTATCACA-ATCATGTAAACGGCTCATTTTCTTGTTAGTGATGC----ACTGTATCTATTTTGTATGT 
s mm7.chr17     23963448 96 + 93276925 AGTGGGCATGAGTAACTACTTAAGTCACCTCTGCCTCACATC--GCACACTTCTCAGCTTAGCTCCAATGAGACTAAAGCTTTCTATACTCTGTCTGT 

a score=5169
s danRer3.chr12  30904515 138 +  37038836 AGAAACTGACCCCAGAGCAGGTTTTCCATGTGGTTGTGGCACCCTGCTTTGACAAGAAGCTTGAAGCTGTGAGAGATGAATTCTACAACAGCATCTTGGAGAGCAGAGACGTGGACTGTGTGCTCACGTCAGGTATGA 
s mm7.chr11     121355968 138 + 122091587 AGAATCTGTCTCCAGAGAAAATCTTCCATGTTGTCGTGGCTCCTTGCTATGATAAGAAGCTGGAAGCTCTTCGAGAGGGACTTTCCACTACTTTAAATGGTGCTCGGGGCACTGACTGTGTGCTGACATCAGGTGAGA 

a score=3189
s danRer3.chr12  30905521 173 +  37038836 tgtgtgtgtTTTGGTTTAGAATTGGTGAGATCAGTGACTCGGGTTTGACCAGACATGACGGTCGTGGATCTGAAGGCTTCCTGGAACACATTTTCAAACATGCCGCCAAGGAGATTTTTGGCCTAGATGTCCAAGACATTGTGTACAAGACACTCAGGTGAGAGACGG-ACCAG 
s mm7.chr11     121359318 174 + 122091587 TTTGTCCTCTCTGTTTGAGGTTTGGAGACATGAAGGAGGTGGCAGTCCAGCGTCATGATGGAGTGAGTTCAGATGGGCATCTGGCTCACGTTTTCAGACACGCAGCCAAGGAGCTGTTTGGCGAGCACGTGGAGGAGATCACCTACCGTGCACTCAGGTTTGAGCCAGCACCAG 

a score=5839
s danRer3.chr12  30906367 257 +  37038836 TTTCAGGCTGTTTAAGTGGGCGAGGACAAGCTGAAGGAGAGGGAGGTCGACCAGACCGGACTTTAGTCCAGCAAATGGAAGAACATTACAGCAGTTTACCCGTCCGACTGCCAGAAACCAATCCGGAGGTCCAGCGCCTCTACCAGGACTGGCTGGACGGCCACGATTCTCCACATGCACAGCAGAGCCTCCACACTCAGTACAAAGACCACACACACCTGCCCGCTCACATAACAAACCCTGACATTCAATGGTGA 
s mm7.chr11     121361719 248 + 122091587 TTTCAGGTTGCTTAAATGGCAGAGGCCAAGCACAGACAGAGGACGGCCACACAGATCGTGCACTGCTGCAGCAAATGGAAGGGATCTACTCCGGCATCCCTGTGCGGCCCCCAGAGAGCAGTACACATGTGCAGGAGTTGTACCAGGAGTGGCTGGAGGGTACTGAATCTCCCAAAGTCCAGGAGGTGCTGCACACCAGCTAC-CAGAGCTTGGAGCCCTG--------CACAGACGGCCTGGATATCAAGTGGTGA 

a score=8502
s danRer3.chr12  30917638 313 +  37038836 AATGTCCAGCGACCTCAGGCCAAAGCTGTGCGTCTTAGAAAAAGGGGACACCGGATACGGGTTTCATCTCCACGGCGAGAAGAACAAGCCCGGTCAGTTCATCCGTCATGTGGAGCCCGACTCTCCGGCCGCCGCCGCCGGTCTGCTGGCCGGGGACAAACTAGCTCTGGTCAACGGGGAAAATGTTGAGGACGAGAAGCATCAACAGGTGGTGTCCCGCATACGAGACACCGTGGGCAAACTGGAGCTCGTGGTGTTGAACGCAGAGACCGCAGAACTGCTGCTGAAGCACAATTTGAAGTGCCAGAAAGAG 
s mm7.chr11     115272584 313 + 122091587 AGCGGCCGGGGAGCCTCTGCCCCGGCTCTGCTGCCTGGAGAAGGGTCCAAATGGCTACGGCTTCCACCTGCACGGGGAGAAGGGCAAGGTGGGCCAGTTTATCCGTCTGGTAGAACCTGGCTCGCCGGCCGAGAAGTCGGGGTTGTTGGCTGGAGACCGATTGGTGGAGGTGAACGGTGAGAATGTGGAGAAGGAGACGCATCAGCAGGTGGTGAGCCGCATCCGCGCAGCGCTGAACGCCGTGCGCCTGCTGGTGGTCGACCCGGAGACCGACGAGCGTCTCAAGAAGCTGGGCGTCTCGATCCGGGAAGAG 

a score=7877
s danRer3.chr12  30941344 171 +  37038836 CTCGAAGAACGAGCTGCGTCCACGTCTCTGTCACATAAAGAAAGGTGCCACCGGATATGGCTTCAATCTTCACACAGAGAAAACAAAACCCGGCCAGTACATCAGGGCGGTGGATGAGGACTCACCGGCAGAGAAATCTGGACTTCGGCCTCAAGATAAAATAGTGCAGGT 
s mm7.chr11     115285388 171 + 122091587 CCCACAGCGCGAGCTCCGGCCCCGGCTCTGCACCATGAAGAAAGGCCCCAATGGCTATGGCTTCAACCTGCACAGCGACAAGTCTAAGCCAGGCCAGTTCATCCGAGCAGTGGACCCAGACTCACCGGCGGAGGCGTCTGGACTCCGGGCCCAGGACCGAATTGTGGAGGT 

a score=4469
s danRer3.chr12  30970365 518 +  37038836 AAAACTGCATTTGATAACTTTTTATTAAATAACTAAACATGAAAAATATATATTTGTATGTAAATTGGTTATTTATGTACTTTTTTTTTAAATAACTTTTCTCATTTAATCCTTCTGTCTGACGTGTTTTTGTTGTATAATGAAACTCTGTACATGATGGTTCTTCttaattataataataaataaa---GCCTTTTACAATACCTTTGAACATGGCTCAACTCTCAGAACTGAATCAGTCTGAGTCTA-TCTCCAGTGAGTGCTGACTGTTCTGTACTGACTGTATGTGCAGGAGAAGGTGAAGGAGAAAGCCTCCAGCGCAGACGCAGGCCTGGCTCTGAACATGTCTCTTCAGCAGGCTAAAGAGCGCGCTCATCAGAAACGCTCCAACAAGAGAGCTCCGCAGATGGACTGGAGCAAAAGAAACGAGCTCTTCAGCAACCTCTGAGCCT----CCTGCGTGCCTCTGTCTCTCTCTGTTGTTTTCTTCACTTCTCCTCCATCCCATCATGCCTCTCTTCTCC 
s mm7.chr1      192604832 474 + 194923535 AAACATGCACACAGCAGTTGTTTCTTCTGCAAGCCTGAATCAAAGA-ATATATTCCCATACCTATGCTTTGTCTTTCTATGGTCTTTG-----AATTTTTATAATGAATTTCAATGGCCTTGAGAAGTAAAAGTATATCATTATATTCTGCA-ATGGTGGTACCTTTCCTTCATGGTGATTTGTAAACCCACCTCCTCAAAGGTAAGTGAGGA--GCTAAATTCCCAAGAC--AGCCCCCAAGAGACAAGTTTCCACAGAGCCCTTA------TCTACCTCCT-----------------------------CCTCCTCCTATGACCCCATCTTGGACCTCAACATCTCCTTGGCTGTGGCTAAAGAGAGGGCCCACCAGAAGCTTAGTAGCAAGAGGGCCCCGCAGATGGACTGGAGCAAGAAAAATGAACTCTTCAGCAACCTCTGAGCATCCCACCTCCGTGGGTTTGTGCTAGAGGGTGGGGCTGCCCACCCTACCTAGCTCCC------CTTCTCTTCTCC 

a score=4500
s danRer3.chr12 30976023 170 +  37038836 CTGCATCGGCTCATGGCTCCTGTCTGATGTAATAACTGCCCGAGCCGTTGCTCTCCTGGTCCGAGATGCCTTGAGAGAAGGTGAACTCGTCGATCTCAGGAGTCTCTTCTTTCACCTGCAGCGAGGCCTCTGGGAAAGCAAAAAAGGAGACACAAGAATAACAATACGTC 
s mm7.chr11     28038645 169 - 122091587 CCGAGTCGCCTCATGGCTCTTGTTTGATGTAGACGGTGGCAGAGCCATTGCTTTCCTGGTCAGATGCTCCATGGAGGAAGCTATAGTCCTCCCCGTCCAGCAGCTCCTCCTTCAGCTGTGACGTGGTCACTGTATGAG-ACAGACAGAAACGCACGGCTGTTACCAAGTC 

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s danRer3.chr12 30978928 200 +  37038836 AGTTACCTGAGTTGAGAGAGCGATCACGCTCTACACCTGAGGCGGGAGGTCGCCTGGAC-CCAGAGAAGT-----------GGGACAGGTAATGGGGCGGAGTCTGCTCTTCATCACCCGAGAAGCTCCTCCTCC---------TCAGAGGCCCACCC---AAACCGATCGGCCTCCTCCCAACTGGAATCTTCCTCTCTAAACACCAAGCCAGACTGAGGTTA 
s mm7.chr11     28042830 224 - 122091587 AGTTACCTGTTTTGAGGCTGGGCCTGAACTCTCGGCTAGTGCTGGGAGGTGGGAAGGCCTCCAGGGCTGTCTGTGCTGGCAGGGTTCGATATGGAGGAGGAGTCAACTCTTCGTCCCCAGAGAAGCTCCTCCGCACCCCGCCTGTCATGGGCAGGCTCGACAAACTGACAGGCTTCTTCCCAACTGGCATCTTCCTCTCTAAACATCAAGTCAGACTGAAGTGA 

a score=3487
s danRer3.chr12 30979551 285 +  37038836 agaaaagatggagagattgatggagacTGGACTCACTTTTTTTTTGTCCTTTATACTGTG------CTGCCTTCTTTTTCTGTTTCGAGACATTTGGCGGTGCTTCTCTTGTGGCTGAGGAGGAAACAG--ACATT-GCAGCCGAGC-ATTAGGAAACTTATTATGATATGAAAAGGTGTCATCTTTCA---------ACTCCTGTTCACACACCAATTAACACAACACACACAAAAGAGAAATACATGCACAAACGCACGCAAGCCTTTAATCATTAGAAGTTGTCAATAGAACAGCTTGAAA 
s mm7.chr11     28048559 280 - 122091587 AGAAAATATATGCAAACACATGG-----TGACCCACTTTTCTTATGTCCTTTGTATTGCTGAGACTTAGCCTTTTTCTTCTGTTTTGAAGAAGCTGATTGGCTTTCTCTTGATGCTGAAAAATAAAAGGGAACATTGGTAACAGAACAATTATACAATCTTTTATG------AAGATCATCATTCTTTAagcaataccactcctgggcatatacc------cagaagatgctccaacatgtaat------aagaacacacgctccactatgttca-tagcagccttatttataatagccagaaa 

a score=6
s danRer3.chr12 30981371 110 +  37038836 TTTAAAGTTGAGAGACAGTAGAAAATTGTaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaaaaaC-----AGAGCGTTGCTTAGAAACAATCTGACCCATCAAGTAGCAGAATGTTCATTGCTGT 
s mm7.chr15     21877937 100 - 103647385 TCTCATGCTAGAGGACGCTGGGCATGTGGAGGAGCAGCTGGCAGAAAGGGAGAAGCCCGGAGAAGCATGCTCAAGAACTGTCTGAGC---------------TGGGCAACCCTGT 

a score=13701
s danRer3.chr12 30981483 270 +  37038836 ACTCACTCTGTGCGGCAGGCGGCTGCAGCTGATAGCCGGTCAGTTGGCACCAGCCTATGGGGTAGAGATCTGGAGACTCGCAGTCCACCCACTGATCATACTCATCCTCCCAGCCGTCAAAGTGAATGCGCAGGAGTCTGTGGACAATCCTGGTCACTGTGGCGACACACACCAAACGCGGCTCCATCAAGTCCACTGCCTCCAGCTTCATGCCTACGCGGAATCCATGATTCGGCACATCCTGAGAGAAAGAGAGGAGACCACAATGCT 
s mm7.chr11     28050088 270 - 122091587 ACTTACACTGTGATGCTGGAGGCTGTAGTTGATATCCAGTTAACTGACACCACCCTACAGGATAGAGGTCAGGGGACTCACAGTCTACCCACTGGTCATACTCTTCTTCCCAACCATCAAAATGTATCCTCAAGAGACGGTGAATAATTCGAGTAACTGTGGCTACACATATTAACCGTGGCTCCATGAGATCTACAGCTTCTAATTTCATTCCTACACGGAATCCGTGGTTTGGAACATCCTAATACAGAGAAATAAAGTATTAACACT 

a score=5950
s danRer3.chr12 30981753 237 +  37038836 TAGGGTGAATTCTGGTCAATTGGGACATCCTAGAAATTGAGATTGACCTAGAGACCATTAAGATGATCGAGAAAAATTGTCTCAAATGACCAGAATTCACCCTAAT-TCAAGAATATACTTCCCAATAAAGTACTAAAAAACTTACTTTGTTAAAGAGCTTCACAGGGGCTGCAATCGAACCTATTTCTCTGAGGTAGTCAAACCATTTAAAAGGGAGTTTGGTGCACCCTGCAGAGA 
s mm7.chr11     28050547 198 - 122091587 TAAGAAAAATTTTGTTGATTTAAGAAATTCTAATA--------CAAGCCAAAGAACATTAA----CTCAAGAAAAATT-----------------TCCACTCTTATGTCGTGATCATGCTACCATTCACA-----------TTTACCTTATTAAATAGTTTTACTGGTGCTGCAATGGAGCCGGTTTCCCTGAGGTAGTCAAACCATTTAAAAGGAAGTTTTGTGTAACCTAAAAAAA 

a score=7924
s danRer3.chr12 30981990 451 +  37038836 AATGT---CAGATTCATGAGCTAAAACAGACAGATTTTGTTCAGAGGTGCTGGGTGTAGAAAGTGAGATGTAACGCACCTCTTGGGGGTGTGAGCTCAATGCTGTTGATTTCACAGAAGCCGACTGGGAAGATGGAGGGAGAGGTGGAGTGGTAGCAGAACCAGTCTGAGCCATCAGCCGCCTCGGAACCATCAATCCCGATCATTAGGTACCCGTCTGCCAAAACCT--------GAGAGAA----AAACACAAGATCA-------------------------------------ATTCAAAGTTAAAATCCAGTT-------GTTCATCTGCAAATAAAAA----TTTTTTAC---ATGTCTGTTTAAGAATTGaaaaaaaaaaa-------ataaattgt---------ataaaaaataaataaa-aaatattGTGCATTTTTGAC-----AAGGGCATATTTTTACCATAGTGCATACTTTTTTTTCTATTTAATATGAAATGCCTTTATTTATTACAGATAAAATTTGTTCAT 
s mm7.chr11     28052717 529 - 122091587 AATGTAAGCAGATTAACACACAAAAACAAAGCAAGGCT------AGAAACTGAGTGTTTATACCAGAATGGA--GTACCTCTGGGTGGAGTCAGTTCTATCATGTTAATTTCACAGAAACCCACAGGGAAAATGGAAGGAGAGGTTGCATGATAACAGAACCAGTCAGATCCATCTGCTGCTTCTGAGCCATCAATCCCAATCATCAGGAATCCATCAGCCAGCACCTTTGAAATCAAGAGAATCCCAAATACTTGAACATGTATACCACTATTATAAAAATGATATTTTAAACAACATTCTAAAATGAAAACCTATTACATGAAGATGCTTTACAAGTAAAAAACACTTTCTCACTGGATGTTAAGTAAAGAGATACAATAACAAGAAGCTGATATAGATTGTTAATGAATATCAGAAACTAAACAAACAAAAATCATACAGAATTGACTTCAGAAAAGCAAAGTTT--ACAAAGGGATGACTTAAGATGCTTGGAAAAATGAATGTCTTTGGCCAATTACTGACTAAAATACTTTAT 

a score=5807
s danRer3.chr12 30985993 384 +  37038836 TTGCACATCACAAACTTTTAGAATCAAACAGTTTTCACCAAATTCCGTAAGTGT---TATAGTGTAACAAAAT-----TTCCTACTAAA----TGGTTATATTTGTC-------ACATTTATTGTCACCTTAAAACTGAATGCTCAACCATTAAATTAGCATATTTGAATAAAAAAATAAA-ATAAACATA-ACACATTTTAAAATATGGAATGACCTGTGGGAACCAAAATTTTAATGCCCTGTTAGGACCATAATGACTAATGACAAATCTTACCTTTCTTACAGTAGCAACACATATAGCGGAGAGATTTAGAGGGTCTATTGCTTCCAGCTTCATTCCGTCTTTAAACCAATCCCCATTCTGATCCACATCTTTAATCTGTGG---ATTTAAAAGATGATACAT 
s mm7.chr11     28055967 387 - 122091587 TTGACTATCACACA-TTAAAAATTAAAACAGATCTGACAACAGAACTCAAGTGTACTTAGAAAGTATTAATACCATTCTTCCCAATGAAGATCCAGACATGTTTGTTTCAACAGACACCTGCTG--ATTTTAAACCTG---GTTCCTCTCATAAATacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaTATATATTTCAGAATAT--ATATTCTGATAGAAT-ATATT------------CTCTTACCTTTCTAATGGTGGCAACACATATTGTAGAAAGATTTAATGGGTCTATAGCTTCCAATTTCATTCCTTCTTTGAACCATTCTCCACTCTGGTCTACTTCTTTTACCTACAGAAAATATATAAACTATTACAT 

a score=1867
s danRer3.chr12 30986430 66 +  37038836 ACCTTAAGAAACAGCTGTGAGGGAGCATCCATCTGACCCTCAATCTTCTTCGACACCTCTGCAGAG 
s mm7.chr11     28056824 66 - 122091587 ACCTTAGCAAATAAGTGTGGAGGTGTATCGAAATGTCCGTCCTGTTTCTTCGTAATATCTACAAGG 

a score=10121
s danRer3.chr12 30986546 320 +  37038836 GTTATTTATGCTGAATTGACTTCAAGAAGGTTCATCTAAAACTCCCGCACTGACCGGATCTTTTGAAGCGATGTCCAATGCTTCGTGACCAGCCAATGGAATGGATGAGTGGGCTTAACATGTGACACCAGAAGTCATCAGTGCCGTCCTGGCTCTCCTCGTACACCAGGCGTAACCGGCCACCGATCACTTGTTCCACAAGAGCCACACGAGTGCGGCACAGGTGCGTCTTGTCCACCACTTCCACACGCATCAGTTTCTTAAACGGGTACTGCATGTTCTCCTGAACCTGCAGGTTACACATTTACACAAACAGTTTT 
s mm7.chr11     28057840 312 - 122091587 GTTATGCAACCTAACTAATATTACTGAAAGTTTTTTGACAGTT-----GCTTACCTGATCTCTTGAATCGATGGCCTATGCTTCTTGACCATCCAATATGGTGGATTAAGGGGCTGTGCATGTGGCACCAGAAGTCGTCTGTTCTATCTTCACTCTCTTCATACACCAGCCGTAGTCGTCCTCCAATTACACTTTCCACCACTGCTACTCTTGTTCGACATAAATGCCTCTTGTCAACTACTTCTACTCTCATGCAAGGTTTGAAAGGATATTGCATACTCTCAGAAACCTTCAA---ACAAAAGCAGAAAAAAAATCTT 

a score=4903
s danRer3.chr12 30987962 348 +  37038836 CAAGCATGGCCATTG------------AGGTTTGCTTCTTTCATCCACTAAGTCAGTCTGACATCTTTATCATCCTTGTAAACATGTTTTGTGAGAAGCTATTTCCTGGTGTATGA----------------TAACTGCTCATAG--CAGGCTGCTCTACAGGTTTTTCCAGAG-----TCTCAGAACAGTTTTATGATCGCTGTTGGGATGCGGTGTCTCACCTTTGTGGCAAACTCTGGCGGAAGAGTTTTGGCTCCAGTGAGTCTTTTCACAAGAAATGCTTTCCAGTTAGAATACTTATGCTGGATGGCTATCAGGACA-AAGTAAAAAAAAATATGTTAGCATTCTTAATTATTC--CTATTCAGCAAT--AACTCCTACAAA 
s mm7.chr11     28058449 385 - 122091587 caggcctggctCTTGttttgggggacagggcttcactctttagcctacaggttaactttaaacttctagccatccttctgcctcagtctcctcagtactgagattatgg-gtatgaaAATGTACTTGGTATTTAACAGTTCAGAAATTACAATTCTGTAAAAGTCCTTCTAAATCATTCTTTTAAAAGAGCTCTTTAATT-CTTTAAGGATCCTATTTTTACCTTTTGTGAGAAA-TCAGGAGGAAGTGTTTTGGCACCAGTAAGTCTTTTTACTAGAAAAGCTTTCCAGTTTGTATATTTATGTTGAACAGCTAAAATAAAAGAAATAACTAGTTATCCTTTAGCAGACAGAACTGTTTCACAAATTAATAATAAAACCCCCCCAAA 

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s danRer3.chr12 30988310 186 +  37038836 GTTTTGAATAGCTTTGTGTTAT---------ACATACATTTAGGAGGCACCAGTGGCTTTCCACTAGAAGCACACCATCCAACAGGGTGGATTTCTGGGATGCACAGATTACACCAGAAATCTCTGCTCGAGTCGTTATCAAAACCCTCATAGCGCAGAAGAGCTTTAAAACCTGAGGAGGATAAAATAAATCAT 
s mm7.chr11     28059231 194 - 122091587 GTTTAAAACAGAATTAAATGACCATGAGGCCACTCACTTCTAGGAGGAACGAGAGGTTTTCCACTAGCTGCACACCAACCAACTGGATGAATATCAGACCCACATATATTGCACCAGAAGTCCAGAGAAGAATCATTTTCAAATCCTTCATATCTCAAAAGGGCATTATAACCTAAAGTCAAC-AAATCAATCAT 

a score=5064
s danRer3.chr12 30988556 182 +  37038836 ACCTGCCAGTTTGACAATCTCTGCTACCCAGTAAACTTTTGTGGAGAGGTTTGTGTCAGAATTGAAGACCTCCACCCTCAGCCCCTCAGCTATGTCACCCCAGCACATACCCATGGGCACCTG-----AAAGAGTTGTCAAATCATTAACAGAACATTTATAACATGGGCTTTTAAGAAACACAATT 
s mm7.chr11     28061062 177 - 122091587 ACCTGCTAATTTTATAATTCCAGCAATCCAGAAGACTTTGGTAGGTAGACTGCAGTCTGTATTGGGAACTTCTATCCTTACATTTTCCGAGATATCACCCCAGCAGGTCCCCATAGGTGCCTGTCATACAAAAATTATTAAATTATCATC------TTGGTAATATAAGC----ATGAAACATCATT 

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s mm7.chr11     28071987 293 - 122091587 TTTGCAACAGTTAAC--------CAACCAACCATCTGATACCAGGAAGC---ACACAGTCTAAATGTGCCAACAGAAAACACACACAACCCAAACGCAACCCAAGGTTAAAATGCTGTTACGTGAA---GCTAGTTGAACAAGTAATACTTCACCTTTATTACACTTACCAGAATTGCCTGCTTTTGTCTTTGCTTGATTTTGCAAGGTAGCTTGATACTGGGCATAGGCAGCTAATTTAGCAACTAAAGGTTGTTTTTGAAGGACTTTTGCTTTCTTTGTTGGAGGCTTACCCT------GAAACAAGAAAA 

a score=9697
s danRer3.chr12 30990172 171 +  37038836 GTTACCTGAAGTCTTGCCAGTATACTGGCCTTTTTAGAATTGGAGGAATAGCTTCTGGAACAGGACACGCTGCAGAATCTCTTCGTTTTAGAATAGAAAGCATCTCGTACACCAACCATACCACACATCTCACAGGTTGCTGCATGAGAGGGAGGAGGAAAAAAAAAGCAT 
s mm7.chr11     28073606 161 - 122091587 GTTACCTGAAGTCTGGCCAGAATGCTTGCCTTCTTAGAGTTTGACGAGTAACTTCTTGAACAGGAAACACTGCAGAAACGTTTCGTTTTAGAGTAAAAAGCATCTCGCACACCGACCATCCCACACATCTCACAGGTAGCT----------AATCAATAAGAGAAAAGCAT 

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s danRer3.chr12 30991929 214 +  37038836 ACTAACCCATTCCTGCTTTCCCGTCAGGATAGGTGTACACCTGGCCATTGTTTTTGATGATAGGCAAACTGGCAGGGATGCTGGGAACTTCATCTTCACTGTCCTCCGAGCTGGAGCTGCTACTGCTGTCTTCACTGCAGCTGTCATACCCGTCAAACATCCCGAACGAATCTCTCCTCTTCCGCTCTGAGCGGGGAGTGTGCTCAGCCTACAT 
s mm7.chr11     28077184 212 - 122091587 ACTCACCCATGCCAGATTTACCATCTGGGTATGTGTAGACTTGTCCATTATTCTTGATGATTGGGAGATTGGAAGGTAAAGGAGCAACTTCTTCTTCACTCTCCTCAGAGCTGGAGCTGCTACTTGTGTCCTCACTGCAGCTATCATAGCCGTCAAACATCCCGAACCAG--TCTGCTTTTTCTTTTGGATTGTGAAGAATGTTCTGTCTTCGT 

a score=5672
s danRer3.chr12 31002012 196 +  37038836 ATACAGTGAGTTGTGCTGTTGATCTC----TGACCTTTCCCTGGCTGTTGTCATAAAGTTTGACACTAGGCCAGGATGAGATCTCAGAATGAGAGTAGCTGTAGAGTTTAGCCAGTAAAGGTTTCCATTCAGCACAGAATGTCATGCGTTCAAAGTCATCCAGGGCTGCTTCAGTCCAAACCTCTCCTGAAACAAAACCA 
s mm7.chr3      65545866 199 - 159849039 ATGCAGTAAGCAGTG-TATGAACCCCACCCTTACCTTCTCATCACTGGTATCATACAAATAGATCTTTGGCCAAGTTGAGATTCCAGTCTGGACATAGCTAGAAATCTTGGCCACCAGGGGCTTCCAGTCAGCACAGTGAGTGAGTCTGTCAAACTCATCTAGAGCTTCCTCTTCCCACTCTTCACCTGGAAAAAGATCA 

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s mm7.chr3      65546361  97 - 159849039 TTTACCTGTGGGGGCAATCCGTGCCAGACTGCATTCTATTGCTTGAAATGGGAGGCTTAGAAAGTCACTCCTAAA-------------ATCAAAGAAGTTAAAATTAGAA 

a score=6897
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s mm7.chr3      65546668 575 - 159849039 tacccactgagccattgcactggcccAATAGCTCACAACTTT---ATGGCCAGGAGTAAGACAAAAGTTGGGTTCCTAGCAGATTCCATACTGGCTTCTGAACCC-------ACCTGAGAGCCCTGAGATCCTTTAGTGCACAATCTCCATTATCTCCAAAGTCAACAAAGTAGAGGTCCAAGTTTCCATTTTCCAAGGTTCCAAGAACCCGGGCTCGATACCAGGAACCATTTGTAGATAAAGGTGCTGCTACAATGTCTCCTACATGCACAGTCAAGTCTTCAGGCTATTTGTGGGGATAGGAAGTCGAGGGGGTTATTATGAAGTTGTAGCTAATAAACAGAAGAGCAGAGGAAGGGAATATGTTACAGTGAAAAAAAAAGCCCCAGACTAACTTTGTCCCTATGGCAACTCACCAGACTATTCTCATAGTGCTGGGTCATCTCACTGACAAGTTTATCCAACTGCAGGCTGCGGGAACCAATGATTTGGATCCAGAAGTGATTAGGGTGTTCAGAAGCAGAAACGTAGACTTCTAGGTACTCATCAGCATGGAAACTGAAGTCAGGACTGGGAACTGAACA 

a score=471
s danRer3.chr12 31008195 397 +  37038836 CTAGAGTAGGCAAATCTTTTCCATTAGGCTTTAATAATTCATTCTCAGGTCCTTGGGTTTCTGGAGGTTTC-CTCCTCTGACGCAGA------------GCAGAAGCCTGGCTT--------------ATCCGCTTTCGTACTGTTTCGTTCTCGATGACCTTCTCCATGATCATCTCCTGCGAGGGAAAAAAAAAAACGAACCAGCTCTA-----------ACTCACTGCATAAC--ATCTGAAAACTTTTTCTATAAACTACACTAAACGATTGCTTAAAGATCACCTTAGCACTCTGAATTTCTTTGCGTGTGCC-------------AGTAATAGTGATCTTGCCGTTCTCCTCTAAGGTGCGTCCACGATCTTTGGAGCAGTTCACTTTCGCCCCTGACACTCGGTTTATGAACTTCAATGTCTCTCCACCACGACCTGAAGTAA 
s mm7.chr3      65549133 404 - 159849039 CTAGAATTGGTA---TTTTTCCATAAAGCTG--------CTTCTCCAGCTCCACCAGGCTCTGTCACTTCCTCTCTTCTCACACTGATTGGCTGCTTTCGTGGGACTCTGGTTTCTGCAGAATGGGCAATTCTCTTCCGAAGTTCTTCATCTTCTGAAACTTTCTCCAGTATCAGATGCTGT----GGAAAACAAGAGAGGGTTACTTCTGTGTAGTCAGATGCTGACAGGATGGCCAGATGGGTCACCCTTATTCTCAGGTATAC------------------TTGCCTTAGCTGCTGCCACTTCCTTCTGTGTTCCTGAGATTTTTATAAGTCGTGAGAGTAGTAACGTTC-CCTCTGAT------------TCTTTGTCGCAAGTGATTTTGGCTCCAGAAGCCTTACAGATAGAACGAATCGTCTCACCGCCTCTCCCTACATTAA 

a score=2274
s danRer3.chr12 31014275 147 +  37038836 AGCAGGGCTGTTATTAAAAAGCAATTAAACGTTAAAACTCACCAGTGCTGTTTCGAATGTGACGATAAATAAGGTATCCAACTGTTGCTCCAACCGAGATACCAGCAGCCAACGCCACTTTCTTTCCAGAGCTCAGGCTCTTCCATG 
s mm7.chr3      65552097 147 - 159849039 AGATGGAATATTATTGCAAGCACTGCACAGCTCACCACATACCTCTGCTTTCCCTATATCGACGATACAGAATGTAGGCAACTGTTGCACTTGCTGGAATTCCTAGGCCCAGGGCTATTTTCTGAATAGTGGACAGGTTTGTCCATG 

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s danRer3.chr12 31038966 248 +  37038836 cacaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaacaAATAAATAAGCTGTGATCTGTAAATGAAAGTCAAACCAGTTTGAAACTATTGGATTACATAAATGACAACTTTTAGTTTTGTGTGAACTGCCCCTTTAAAGTCTTAGGAAAGTCCGATGTTCAGGTCATAAG----TTGGGAGTATTGCACTGGTAGTGGGAAAGAAAAAAAAACAAGAAATAAATGCTGGTAATTTGGAGA 
s mm7.chr1      46041599 219 - 194923535 cacacacatatatgcacacacacacacaaacacacatagagacacaaataaaTAAATA--TTGAAATAATTAAATG---------TTACTTTTCATTTACTACATTAGGTAA--------------------TAGAACAGTCTTTCTAGAATTTATTGAAAGTTATCTATTTA--TCAAAAGAAAGTTAATGGTATTACACAAATATTGGGAAAGCACAAAAATTACAAAATTTATGCTATAAATCTGGATA 

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s danRer3.chr12 31044357 178 +  37038836 CTTACCTGATTTCATGCAGTTTTACTGCTTCATTGATTAGCACCACAAGCACGATGGACAGAGAAACCAACAGCCACACCATCAGGGGAATGTGATGAAGAGTGAACACCACCTCTGTTCTCCTGTTCCTCCACAAATGATAATCAATCACAGCCTGCACCACCTGTCCCAACAACCT 
s mm7.chr11      6184559 178 - 122091587 CTCACCGAATCTCGTGTAACTTTACAATCTCGTTGGTGACTACCACTAGGACCAGGGACAGGCAGCCCAGGAGCCATGTGAGCAGGGGCACATCTTCTAGGCCAAAGTGGACACGTGAGTCCCTGTGTGTCCACAGCTGCAGGTCCACCACTGTCTGGACCACCTGACCGAGCAGCCT 

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s danRer3.chr12 31049008 129 +  37038836 AGAAAACACTCACACCACAGGCACTGTGAGACACCACCATGTGTTGCTGAATGGGTTTCTCCTCCACAGGGGTTGTGAACGGTGTACATAGCTGAAAGAGATGACCACTGGGGAAAAAAAAAGAGCAAA 
s mm7.chr11      6184873 124 - 122091587 AAACACTACTCACACCACAGGCACAGTCACGGCCCACCAGAGGTTTGTCAAAGGGCTCTTTCTCCACAGAGGCTTGGTGCGGTGTACATGAGTGATGGAGATAAAGACTAG-----AAAGATGGGCGAA 

a score=2800
s danRer3.chr12 31052821 92 +  37038836 TCACCTGTATGCAAGGCCAGAAAACCTGCCATGATCTTCTGAATCAAAAGCAGCCCATTGGACAATTCACCAAACCACTCTGGGGCACCCTG 
s mm7.chr11      6185077 90 - 122091587 TTACCAGTGTGCAAAACAATCAGGGCGGCTGTGAGCTTCTGAGCGGATAGCAACCCATTGGCAAAATCCTCGAACCAGGCCGG--CGCTCTG 

a score=4725
s danRer3.chr12 31053021 167 +  37038836 GTATGTGCGAGCAGTTGATAGTGCTGTTGTCGGTTTTCGTGAAGTTTGCTGCTCTAGAACAAACTTCCTGTAGCGAAAAGCCGAAGCCGACTAAGTAGGCCAACACCGTCAGACCAAACTTCAACAGGAACCAGCCCAGGAAGTAGTGCTGGGTCTGTGGGAGGCAG 
s mm7.chr11      6185271 155 - 122091587 GCATGACTGAGGAGCAGTTGGTGAGGTTGCGGGCCCGGGCG------------CTGTCACAAAAGCTCTGCAGCGTGAAGCCGAAGCAGACGAGGCAGGAGCTGATGGTGAGGCTGAACTTGAGCAGGAAGCAGAGCAGGAAGTAGTGCTGGGTCTGTGGCATACGG 

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s danRer3.chr12 31053238 152 +  37038836 GGGAGCATTGTTGGTCTCAGGACTGACCTTGCGTGGTATAGAGTCCAAATTCTTTCCAGTGGCAACTGTCATGACCGAACTGTCAGGAGGTTTTCCCAGCAAGGACACGCTGTGAATGCCAAAATAGTTCTTAATATATGCTCAGATATGAC 
s mm7.chr11      6185701 141 - 122091587 GTGAGCAGGGTCTGCCT---GGCTTACCTTCTTAGGAATGGACTGAAGGTTTTTGCCCGTTGCCATAGACATGATGGAGCTATGTGGTGGTTTTCCCAATAGAGAGATGCTG--------AAATTAAGTGTGGGTAAAGGGACAGACGTTAC 

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s danRer3.chr12 31053422 104 +  37038836 TTTCTTGTCTGTTACCTGAGCAGAGGGTAACAGAAGCAGGAAAGCCACAGTATGTCTGTGATGTTCATGGGAGGAGGCAGCTGAATAAGGCAAGCCAGAAACTG 
s mm7.chr11      6186052 104 - 122091587 TTCCAGGCCTCTCACCTGAGCAGAGGGTAACAAAAGCAGGATAGCCATAAAATGTCTGTGGTACTCAGGAGCGGTGGCAGCTGCACCAGACAAGACAGGAACTG 

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s danRer3.chr12 31054383 108 +  37038836 GATTCACCTGAATGATGACCAGTGTCAGCTGACACTGCAGGAGGAAGAGGAAGCACTTGCGAATGCCATAGGTGGTGTGTCTCGCCTGAAGAAAAATCAGAAAAATCA 
s mm7.chr11      6186392 108 - 122091587 GGCTTACCTGAATGACCACGAGGGTCAGCTGGCACTGCAACAGGAAGAGGAAGCACTTTCGGATGCCGTAGGTAGCGTGCCGAGCCTGAGGATCAAGGGGACAGGTTA 

a score=11350
s danRer3.chr12 31055771 520 +  37038836 ccATAATCTCC----ACTTACCTGCTCTATGAGTTTGACCATGCTGACACTCTCGCCCTGATGGAAAGACACCGAGCAGGCGAGACTGTTGAGACTAGCGCTGAGGCC--CAGTGGAGAAAGCTCATCGCATTCTTCATTCAGCCCACAGACCGCAGCATACCCAAATGTCTCCCATGAGCAGCGGGACGGGTACAAAGGATCAAGAGAGATACTATAACACACAGAGAGAAAGGTTTACCGAAACACTGTGATCACTTACTATTCAACT---------TAGCAGTTGTTTTGTTATTACCAA-AAACTCATAG--CAGTCTTT---------TTAGCTTCTTGAAACTAGTCAGTCTTTATATTGCAGCTTTGTGATTGATAACATG--TTATATTTATTGTCTGTATTACCCACCTAATGTCGCTCTGCAGGAAAAGGCAGCTGTTGCGGAAGTTTGCGGAGCTCCCCAAACAGCACGTCACCTCTCTGTTCTCCTGCATGATCTTCATCATTTCACACATTGCTGTGAAACGCAAA---CACAAGAGGC 
s mm7.chr11      6186707 546 - 122091587 CCAGGACCTCCTGAGCCCCACCTGCTCAATGAGCCGGATGATGCTGATGCTTTCTTCTTGTCGGAAGGTCAGGGAGCAAGGCAGGCTGTTGAGCT--GCCCTGATAGCTGCAGGGGAGAAAGGCCATCCGAGGCCTGGGCCATGGTGGTGCTGGTGGCATAGCCAAAGGTCTCCCAGGAGCAGCGGGATGGGTATAAGGGATCCAGGGCAATGCTG---CTCAGTGGAGGGAAGATCCACCCATGAGCGATACTCTATAACTTGTCTACCACAAGATGGGAGCGTCCCTTTCCTCTTCCCCGGCAGACCCAGGGACCAGGGTCTGAGTCAAGGCAAGCCTCTAGCTACGTG-CAGGCTGTCCACCCAGGGTCGGAGAAGCAGAGCTTGGCCCCCAGTCCCAGTGCCTCTCGCTGACCTGACATCACTCTGGAGGAAGAGGCAGCTGTTGCGCAGGTTGGCCGAGCTCCCCAGGCAGCAAGTCACCTCCCCATACTCCTGCATGATCTTTATCATCTCACACATGGCTGTGGGCAGTAAGAGTCACAAGAGTC 

a score=9677
s danRer3.chr12 31058501 468 +  37038836 ACTCACTTTCAGGGGTGCAGTCTGTGAACAGCGGCACCAGTAGAGGCACATTGTCTATGTTCTTCAAATGAGGACGAACCTGATGGATGCCACGAGGCAGTTTTGCCTACAAAACAACACAGAGACAACAGCCCTTATCAGTCATCTGACAACTGCTGAACAAATATCATCGTATGCATTTTTAAACACCACAGTTAACAATGCTTCATAAATGCCAGACAAATGTCTTCCCCATTAGTATCAAAATATACAGTTTAGTTGCATTCCTTCCACCCCTGAGTCACAGTCTGTGCAAAGCCACCACAGTCTGTGCAAAACACCATTTCAGAAGTGCTTGTGTGGTGTATGTGGCTTACTCTATTGCAGTCTTCTAAGAAACTGGGCACATCGCTGTCAGTAGGTTGAAAACTGGCAAGATCTGATTGG------TCCTCTGGCAGTAGTGGGCCTTCTGCATCATCACGAGAATCT 
s mm7.chr11      6187456 426 - 122091587 ACTCACTGTCAGGGGTGCAGTCGGTGAAGAGGGGCACCAGCAACGGTACATTGTCGATGTTCTGTAGGTGGGGCCGCACCTGGTGGATGCCCCGGGGCAGCTTGGCCTGGAA---GAAGCAGAGA----------TGTCAGTAGACTCAAGATAGGGGGACAAAAAAAAAT---CACCTCTCCTGCCACCACTGCCATTGCCGCTGC-----TGCCAcctcctcttcttcctcctcttcct---------cctcctcctccccctcctctccctcctcttcctcctcctGAATCAGGTCAAC-----------------CCACTTCAGGGACAC-AGGACAGAGCCCATGTCATACCCGGTTGCAGTCTTCCAGGAAGCTGGGGATATCGCTGTCGGTGGGCTGGAAGCTGATGAGGTCTGAGTGACCCTCCTCCTCTAAGAGGAGGAGCCCTTCTGCATCATCTCGGGACACT 

a score=16629
s danRer3.chr12 31061184 432 +  37038836 CACCTTGCAGAAGCTCATCATGTAGGGAACCTGCTTGGCTAGGGCTGGACGGAGCACCATCACAGT---GACCATCTCCGTTTGGGGTCAGAGAGATGTGACAGTTCCAGCCTGTCTCCAAACCCATCTTCTCTGCAAACACCTACAGGCAAGGACAACATTAGGAGCTAGCCAAAAATGACATCCCAGATACATTTTCGCTGCTGAGTGCGTTTTCCTATCAA-------TGTCATACTTTGCTGCGCAGTTCGTCTTCCATTGAGAAGTACACAAAGCGTATGCAGGCTCCCACCAGGTTCTCGATGAGCCGTACAGTATCCAGTCGAGCCTGAAACTGGGACGACACCATTCCCATGAAGATCTGACCACTCAGAGCCTGCACACAGTCCTCCTTCTCCAAACCTTCTCCTATACCCTCTG-AAACATATACAGTACACA 
s mm7.chr11      6188135 422 - 122091587 CACCCTGATTCAGGTCGTCATGGAGAGAGCCAGCATGGCTGGGGCTGGAGGGAGGGATCTCAGAGCCAGGCATGTCACCGTTGGGCGTGAGGGAGATGTGGCAGTTCCAGCCTGTCTCCAGGCCCATCTTCTCTGCAAACACCTGTGAAAGCGGATGTCAGTGAGCG---------GAAGACCTCACAAA------------GATGAGGGGGGCCCGCAAACAGGGAGGCTCGCCCCACCTTGCTCCTGAGCTCATCTTCCAAAGAGAAGTACACAAAGCGGATGCAGGCGTTGACCAGCCCATCGATGAGGCGCACGATGTCCAGCCGGGCCTGGTACTGGGAGGACACCATGCCCATGAAGATCTGACCGCTCAGGGCCTGCATGCAGTCTTCTTTCTCCAGCACCTCCCCGATCCCTTCTTCAGGCAGGCACAAGACACA 

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s danRer3.chr12 31061712 1693 +  37038836 ATCCGTCTATTCAACTACAC-TTTTCAACATATCTTTTAAGGTTACTATTAGTGCATCTGTATACCTATGcatccatctatccgtctatccatccattcatttatccatcaatccaagtttccatccaggtatctatcagcccatatactcatctcatccatcaatccacatattgagcattcaaatcaatgaatccatccatccacccaagaataatttcgtcatccatccacgtcacatattcatcatgcatttatccaattttcatccatccatccatcaatccatccatccaagcacatatccttccatcatctgtctatcg-tttattgatctactcatccacttattcatttatgcatctatcaagtcatctatgtatccattcac----taatgtgttcatttccat------catcaaccaattaactcacatatcctttaatcacaaacccaccaacccatcaatcaattcatccatcAAAGCACATGAACTtccatc-atccatctatactctattcatttacccatccatttattcatccatccatcaatccatctatgtatccattcatcgatgtgttcatccatcatccaCCAATTAACTCACATATCTTTTAATCATAATtcaatccatcaatctatccacccaagtatcattcagtcacccatcttcttatccatcctcatatttatcattcatctatccaagtattcatcaattcactcaagctcatatccttccatcagccatctatcATTAATTAATTTACccatccattaattcatccattcaccga---------------ttgatccatcta-------tgtatccattcatccCTATATGCATTCATAATCTACCAATTAACCCACATATCATTCAAATcatccatccatctacatatccattaa----------------------tccagctatccatccataattc----------atcaaaccatccacctatccttccatcaaccatctatcattaa-------tccatccact------tatcgatccatcca---tgtatcaatccatcATGCAACAAATAATCCACAAATCCTTCAATCACCCACCTACCTATCAAACAATCAATCCATCTACATATTTATTAATACAGCTatccatccacaatcc----atcaaaccacccatccttccatcatccatttaccattaatccatccacctatcaatcctatttattcattcatccatGTTCTCATCCA----TTTTCCACCAATGAACCCACATATCTGTCAAATCACCCACCCATGCAACAATTCATATATCGAGc-catccatccgttcatccatccatccatctgtaatacatccataattcatccaaccatccacctatccttccatcaaccatctatcattaattcatctatttatccatgtatttatccgtcatacaccaaataacccacaaatccttcaatcacccacctacccatcaaacaatcaatccatctaCATAATCATTAatccagctattcatccacaatccatccaaccacccgtgcttccatcatcaatccaccattaatccttctatgtatccattca--tccatGTTCTCATCCATTTTCCACTAATTAACCTACAAATCTTTCAAATcacccacccatgcaacaattcatctatcgagccaatcatccatccatatatccattatccatt---------catatttgatccaacccacaacctattcttccatttataacatctatctctctattta 
s mm7.chr7      41936930 1541 + 141766352 ACCTTTTTTTTTAACTACCTGCCTTCAGTATTTTCTT--------ATATTAATGGAAGCTGACTAATATccacccatctaatcattcattcatccattcacaaatccacccactctctcacacacacacccattcacctgctcatctattcctcccactcatca-tccaccctcctaccatccaca----------cattcatctactcaca-----------catctgtccat--------ctctggatccacttatccacccacc-tctacccatctgcccaTCCATCAATATCCGCACATTAcatccacacacgcacccaccaactcattcactcactcatctactGatccatccattcatctgttcacccatctatccatccatccacccactcatccatccatccacatttgatacatccatctacttgtccatccatccacca-tcatccacacacccactcatccatccatccatccatccagtcatccacccatccacccatctatctat---ccatccaCTCACTGATCTATATATGCAGCTACCCACAAATGCATCCATATATCTACCCACTCATCTACCTA-CCTTGATGCATCTCTCTACTCATGTGCc-------catccatctatccaccaatatacctaccaag--cccattcaaccattcatttactcaaccacc----tatcaataa---atccatcgatctattcactgacttacccacctatctatcctcccatc----------------------cacccatccatccatccatccatccacccaATTTTTTTGTTTGttttggtttttcgagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactctgtagaccaggctggcctcaaactcagaaatccgcctgccgggctggtgagatggctcagtgggtaagagcacccgactgctcttccaaaggtccgaagttcaaatcccagcaaccacatggtggctca-caaccacccgtaatgagatctgagtccctcttctggagtgtctgaagacagctacagtgtacttatacat-----aacaaataa---ataaatctttaaaaaaaaaa-------aaaaaaaaagaaatccgcctgc----------------ctctgcctcccaagtgctgggattaaa------------------ggcgtgtgcca---------ccaccgcccggctCTTTTTCTTTTCTTCTTTTTTTTTCCACCCAAATATTTTTAACCAATGAACCCACCCACCTATCTAATCACCTATTCATCAACCCATTCATCTGATAACCACATATTCTcatccatccatctacccatcc---atacatccatttgccattc-actgtccacctatctactcacc-----------------ttacatatccacccatgtacacgcctacca----------------------cttcatttacccattcacacac-----------------------atcttccatctatccacttatacatcatccatccatccccatatcctctc-------------------tcctactatctatccatccaccTCCACATGCCCATC---TTTGTACTAATCCACCT------------AATCACAGACCCAATCAGTGATCTACC----------ATCATTCATTTAGATAttgatctttaattttttacgtgcatggttgttctgcct----gcatatatgtctgggcatcacgtctatgtctggtgcca 

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s danRer3.chr12 31063511 241 +  37038836 tactatcaacctaaccatcgtccatgcatccatccatccatccatccatccatccatccatccaatcagatatccatccaCTGatccatccatccgtccgtccgtccgtccgtccgtctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatct--atctatctatctatctatctatctatctat 
s mm7.chr7      41938581 224 + 141766352 tgctctttactgatgaattgtctctccagcc------cTAGACATCTATCTTTAAATTTATCAGTTTAGACACCCACACAC--ATTCAGctatccatccatctctataac-------ttatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctgtcAGCTCATC---CCATCCCCTTAATAACCCACCTATTCACCCAAATTTATCTGTCCCT-TATTCAGCCACCTAT 

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s danRer3.chr12 31064099 114 +  37038836 TTTCTAACCTATCCGAGCCAGACAGTGGATAGATATCCGCCCCATCCCAGAAATCAGTGCAGGCTTCCAAGATGAGGTCAGCCGAGCCGTGGGAGAGCATCTGTACATTATCTG 
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s mm7.chr11      6190049 179 - 122091587 TACTGGTGGCAGTGTCTTTGATGAAGAGGCTGATCATGTGGCTGAGCGGGGGGCGCCGCTTGGTGACACAGGAGGGCCTCCCCAATGACGTCTCCTTCAGGGTCTCTGCACTGGGGAGGCGGTAGAGCGCCAGGTGGTTCTCCTGCTTGAAGAGCTCCTTGGCCCCTGGAGTGAAACCT 

a score=15984
s danRer3.chr12 31064632 332 +  37038836 GTAGTACCTATAAGGCGAGACAATTCACAGAGCCCCCAAGGCACGTGAACAGGAAGAACCGCGCCGTGGCATTCCTGCAGCGCCAGGTTGGACAGGTGATCCGAGAATCTGCAGAGCTGCTGGGTGACGGTGGCATTGCACAGATTCAACAGGATGTTCAAACCAAGGGGCTTCAAGGAGGACAGGTGATTCTGCCAACCAGAGTCATCAAACTGGATGCTGACGGGGTTCTGCTGATCCTGAGACAGGCTCAACATCTCCAAATGATAGTCGCACACGAAATCATCTGCCTCACACAAATCATCACCAAGACCACATTGCTGAAAGCAGAG 
s mm7.chr11      6190473 329 - 122091587 GCGGTACCTATGAGCCGGGCCAGCTCGCAGAGGCCCCAGGGCACGTGCACGGGCAGCACAGCGCTGTGGCTCTCCTGCAGGGCGATGTTGCACAGGTGGTCGGAAAAGCGGCACAGGCGCTCAGTGACACTGGCGTTACACAGGTTCAGCAGCACGTTGAGGCCCAGCGGCTTGAGGGAGGTCAGGTGTGACTGCCAGTTGGAATCATCGAACTGTATGCACGAGGGGTTCTGTTGGTCCTGGGACAGGCTCAGCATCTCCAAGTGGTAGTCACACACGAAGTCCTCGGCCTCGTAGGGATCACCCTCTGTCCCA---GGCTGAGCCTAGAG 

a score=3840
s danRer3.chr12 31066066 357 +  37038836 CCAACTAAACGGACCAACCCAGACCGACGAAGCCCAATGGCCGACCATTGGCTTAGTGTGTCCTG-GCCTTTAAGGTGTAGTCCTACCTGAACAAAGTCATTTTCTCCACCCTCAGTGTCGTGGCTGAAACTGACATTGGAGCCCGATGGGTGTTTGGAACGGGTGGTTTGGGGTCCTCGTCGCTGGCGTTGGGTGTCCGAGGAGCGGGCAGTGTCGTGTGACGTCTCACTGGGTTCCTGCTC---GGCCATGTGGAGGG-AGGGTTCAAACGCTGGTAAACACAGCAGTGCTTCGCCTTCCTGAGGCTAAACACAAAAACCACACTCATACAGACTGAAGGGAGACAAAATACAGTGGCTC 
s mm7.chr11      6191280 342 - 122091587 CAAACTGAGCTGTTTTACTCTGGCAGG-GAGGCACAAAGGCACATGACAGACACGGTGGCTTCTCCACCCTGCCTCCCTCCTCTTACCTTGCTGGGCTCTTCCTCTCCGCCTTCAGTGTCCCTGCTGAAACTCACGTTGGAGCCAGACGGGTGTTTGCTGCGG------CCATGTCCTTTATGATGAGGGTAGGGCTCAGAGGGCTTGGGGCCGTCGGCAAGCCAGTCACTGCGCTCCTGCTCGTTGGAAAGGTGCAGGGTATTGTTCA---GGGAGCCAGCA-AGGAGGGCATCGTGTTCATGGGGCTGAGGAGAACAGGAACACAGGTCTA---------GGGCCAGAGTCCCATGGCTC 

a score=10095
s danRer3.chr12 31066514 212 +  37038836 TCCTCCTCGCCCTCTGTCCTGCAGAGGGAATTGACTGACAGGTCGTCTCTGAGGTCATCCTGGCTGTCATGAGGAGGTTCGACTCGTCCACTGAAGAACAGTACGGTCTCTGGACTGGGATTGGGCCAGGATAGGATACCCTGCTTATCCACACAGCACAGCACCTATAAGCAGGTCAGGACAAAATAAAAGCAGACACCTTACTCACTTCA 
s mm7.chr11      6192209 211 - 122091587 TCCTCCTCCACCTCGGGATGGCAGAAGGAACGGGTGGACAGGTCGTCTGTGAGGTCCTCGTGGCTGCTGTGAGGGGGCTCCACCTTCCCACTGAAGAAGAGCACGGTCTCTGGGCTGGGGTTTGGCCATGATAGGATCCCCTGTTTGTCTACACAGCACAGTACCTGTAGGGAGAGAAGCA-GGATTAGAAAAAGGCTCGGTATTCGCCTAA 

a score=4561
s danRer3.chr12 31069414 168 +  37038836 CCATCAATCTAGAAATAGGAAGTCTAATATCTCGTATGTGACGCCAGGGGGAGCA--CTCACAGTGACTGAACCCAATGTGTGCAGCAGACTGGAGGTATAACACAGGGTCTGGGACTCTCCCTTCAACACACTGACCAGGTGTCTCCACACACAGCGTAGCATCTCCTG 
s mm7.chr11      6192451 170 - 122091587 CCATCCAGACCCAGCCAAAAGGCCTAGTGTAACAGGGGAGCCTCCTGGCAGAGCCTCCTCACCGTAACGGAGCCCAAGCTGTGCAGCAGACTGGCACTGTGGCTCAGAGTTGGCGATGTGCCCTGGATCACCCTCAGAAAGTGACCCCAAATGCAGCGCAGCATCTCCTG 

a score=4323
s danRer3.chr12 31073415 76 +  37038836 GATATACCTGGGAGGACACCACTTCCGTGTAGCTGCTTAGAGTGTCCTCAGAAAACTTAGCAAGCTGGGATGAGAG 
s mm7.chr11      6192860 76 - 122091587 GGTTTACCTGAGAGGAGACGGCTTCAGTGTAGCTGCTGAGAGTGTCCTCTGAGAACTTGGCCAGCTGCAGAGAGGG 

a score=4459
s danRer3.chr12 31073813 156 +  37038836 CTTACCAGGCCAGTAGGAGAATTACGGCTCGACTCTGCTAACACACGGGCCTCTCCGTATGCGTTCACCAGAACCCACATTACAGGAAACAGCAGAGGTAAAATGGGCAACACACCCATCATCTATATAAAACAAACATTAAAATAGTCAAATATC 
s mm7.chr11      6193177 156 - 122091587 CCTACCAGGGAGCTGGGGGAAGCCTTGCTCATCTGGGCCAGGACACGAGCTTCTCCACAGGCGGTCGCCAGCACCCAGAGGACCGGGAAGAGCAGGGGGAGGATGGGCAACATGCCGTTCACCTGGCAGAAAGAGAGCGGACCACACTCAGGGATC 

a score=3318
s danRer3.chr12 31076405 103 +  37038836 CATACCAATACAGCAGGACAGGCGAATTTGGCAATAATTGACTGCACTGTGAAGCGCTCATTATCGAGGGCTGTGATTGGACGGGAGAGAGCCAGGTCAAGAC 
s mm7.chr11      6193772 103 - 122091587 CGCACCAGGACCACCGGCACGGCATAGTGAAGCATCACCGACTGTACTGTGAACCTTTCATTGTCCAGAGCCGTGACGGGGCGGGACAGGGCTGTGTCCAGGC 

a score=7228
s danRer3.chr12 31076973 179 +  37038836 ACCTGACGCTGTCGAGTATAGGTGTGCGCACCACTCTGAAGAGGCGGTACTGCTGAGGGCTATGGGGACCCCTGCGCTCATTCCCGCGTGGGGAGGGAGGAGGGGAGAAAGGTGGAAAAAGGTCTCCTGGCTCAAGTACAATGTGTTCGTCGTCCTGGTAATAGAAGATGCAGTGAATG 
s mm7.chr11      6194150 178 - 122091587 ACCTGATGTTGTCAATCACAGGCGTCTCCAGGACTCGGAAGAGCCGGTGTTGCTGGGGGTTCTGTGGCCCTCTCTTTACTTCTCCCCGGGGCGATGGTGGTGGAGAGAAGGGGGGAAACAGGTCTCCCGGCTCCAAGACAATGTGCTCATCGTCCTGTCAGCAG-TGATGTGGGGGGTG 

a score=9425
s danRer3.chr12 31078678 189 +  37038836 TCACACTACCTTGATGCCTCTGAGAGATGCAAAGGCTTCCTGGCCGGGCCTAAGTGCGATGACATCACCTTCCACCAGGAGGCTGACAGGTAGATTGACCAGCTGTTCATCTCTGAACGTCCAATGCAGCGACCACGAAGGGGAGGTGGGAGTGTAGAGGTCAGGGTACAGAGACGGGGCCCATCTGAT 
s mm7.chr11      6194969 189 - 122091587 TCCCACTACCTTGATGCCCCTCAGGGAGGCAAAGGACTCCTGGCCAGGCCTCAGGGCTATGATGTCTCCTTCTACCAACAGGCTAACTGGCAGGTTCACCAGGTGTCCATCTCTGTAAGCCCAGTGCAGGGACCAGGAAGGTGCAAAGGGCATATGGAGGTCTGGATACATGGAGTTCGGCCACTTGAT 

a score=5875
s danRer3.chr12 31081345 178 +  37038836 CTCACCGTTCAGTTGTGAGATGATGGACTTGAGCCGCCGCACCATCTCACTTATTCGTAACCTCTGCTGCCGTCCGATGAGGAAGAGGTTGAGCAGCAGCAGGAGGAAGAGCGCACCAGCGTTCACCAGCTCTATGCCTTGACTGGGATTAAAAGAAAAGCAGCATACATGAAACACC 
s mm7.chr11      6196225 169 - 122091587 CTCACCTTGGATTTGGTCGATGATCCCCCGGAGCCTGCGCTCCACCTCCCGGCGCTTCAGCCGGTCTTGCCGCCCGATGAGGACGAGGTTGAGGAGCAGCAACAGGAACAGAGCAGAGGCGTTCACCAGCTCCACGCCCTGGCTGGTGTGGAGGG---------ACACAGGGAGCACC 

a score=5289
s danRer3.chr12 31081571 140 +  37038836 CTCCGCCCACCTGCCCTCCGGCTGGCTGCCGTGACAAGACAACAGCCCCACCACCACAACCAGAGTAAGAACAGCTCCAGGCCAATGGAAGCACGAATGCCGGTCACCATGATGGAGGAAGCTTTTGGCCCACAGCTCCT 
s mm7.chr11      6196590 140 - 122091587 CCCTGCTCACCTCCCAGCTGGCTGGCCCCCACAGCAACACAACAGCAGCAGCACCGCCAGCAGCATCAGGGAGGCCCCGGGCCAGTGGAAACAGGAGCAGCGGTTACTGAGGTGCAGGAAGCTGCTTCTCCATGCCTCCT 

a score=3389
s danRer3.chr12 31110660 104 +  37038836 TGTCTACTGCACAAAAATCACTCACTTGATCCGGTGTTTGGTGGTCTGCTTGATGACCTGACAGTAAAGCTCATCCCTAAGGAACTCCTTCTCTTTTCCCAGCT 
s mm7.chr11      6092581  98 - 122091587 TACCTATCCCACAAGCCCCACTCACGGCTGGGGGTGTCCTGTGACTTGCTTGATGACCTGGCAGTACATCTCGTCCCTAAGG------TCATCTTGGCACAGCT 

a score=2271
s danRer3.chr12 31110899 43 +  37038836 TAGGCTGATCCAACATAAACTGCATTACAACTGAGGAAAGAAT 
s mm7.chr11      6094101 43 - 122091587 TAGGCTGGTCCCCCATAAACTGCATCAGAGCTGCAGGCAGGAT 

a score=2013
s danRer3.chr12 31113243 82 +  37038836 CACTTACCCATGAAGCTTTGCGCACCCAGGCGAGTGAGCTCACTGTCTGAGAAAAGGATCAGTGATTCCTGAATGGGATTCT 
s mm7.chr11      6094441 82 - 122091587 CACTTACCCTTGAAGCCAGCCACAGCTTTACTGTTTGTGTCCCCATTGCAGAAGCTGGTAAGGGATTCCTGGATGGGGTCCT 

a score=2945
s danRer3.chr12 31113772 159 +  37038836 GAGCTGGTGACTCTCATACTCTTTTTCCGTT-CCAGCTGTCGGTCCATGTTGCTGCTGTGGTAA--TCTGGTGGAGCACAAGGCTGAGTGACATCAACTGGGAAGAGTCCTGAACGGCCTCCACTCGAACCAAACATCCATCCTGAAAAGGCATAAGTAAAC 
s mm7.chr11      6095343 157 - 122091587 GAGCTGGC----CCCAGCTTACTCTTGCGTTGCCAGCTGTTTCTCTTTCCCAGGGAAAAGGAGAGGTCGGGGGCAGCAGCTGGCTGCACCACGTCATCGGGAAAGAGTCCGGAGCGGCCCCCGGCAGAACCGAACTGCCAGCCT-AGAAGGCATTCCCAAAC 

a score=3602
s danRer3.chr12 31115825 193 +  37038836 aactatcctatcctaccttaccctaccctTCCT----CATCATGTTTTTTCATGCTTTCTTCTTACCATCCTTGAGTCCGTCCATGTTCAAGAGTTTAATGGCGTCACCTCTGTGGAAGCTCAGCAAGCTCTTGTCATCTGTTACATAGCTTTTCACTGCGATCACATACTCTGAGTTCTGCAAATGGAAATGAGAG 
s mm7.chr11      6095503 197 - 122091587 AGCTCACCTACCTCGCCTTGCCCCTCGTTCCCCGTGACAGCCTCCCTCTGCCAGCCCTGGGGATACCTGGTTCCAGAGCGGTCACTGGCAGTAACCTAATGAGGTCCCCACGGTGGAAACTGAGGAGGCTATTGTCATCGGTGATGTAGCTGCGCAGGGCGATGACATAGCCGGAGTCCTGCGGGTAGGTGGGTGAG 

a score=3925
s danRer3.chr12 31118426 295 +  37038836 ACCTAAAGCTGTGGAGCACTTTGAGGTGTTTGGGGTTTATTCCTGAAGCTCTGGCAACCTTTAGCAGTCTGATTCCTCTATGAGAAACTCCCAGCATCTGAGCATCTCCTCCATTCCCAACCTGATG---AAGCGTGCACGCAAAAACATTTCAG-CTCACTTCAATTTCATCATGTGTGTTTATGTGCATTATATCAGGACAAGTGTTTCACCTTCACATTAAAGAGACGTGCGAAGTAGTTGGACCAGTTGTCTCTGGCTGCCATGACGATTCTTTTCTTCATAGCATCATCTAAAG 
s mm7.chr11      6096031 288 - 122091587 ACCTGTAGGAACAGAGTGTCTTCAGCTGGTCCAGGTGGAAGCTCGGGCTTTGGGTCACCTTCAGCAGCCGCAGTCCCCGGTGAGACACACCCAGCAGCTGTACATCGCTGCCACTCTCACCCTGTCGGGAAGGCGAGTGGG----------TCAGTCACGCTCCCGGCCCA-AAGCTGAGCTGAGTCACACTCCTTAAACCCGAGCCACTGACCGAGACTGGGAAGATGCGGGAGAAGTAATTGGCCCAGTTGTCCCGAGCAGCGACCACGATGCGTTTTTTGATGCTGTCTTCAACAA 

a score=3701
s danRer3.chr12 31118845 80 +  37038836 ACCCAACAGGTCTTTCATTTTACGCCGTTCTTCACGTGAAATCCTCAGACATGAATCAGAGTAAGTGTCTCGCATGATCT 
s mm7.chr11      6096444 80 - 122091587 ACCCAGAAGGCCTTTCATTTTGTGCCGCTCATCCTGTGAGATCCGGGTGCAGGACTCTGTGAAGGTGTCCCGCAGGATCT 

a score=3622
s danRer3.chr12 31119019 68 +  37038836 CTGACCTGCTCACAGAGTAAATTGAGGGTGTATGGGTGGTTGAATTTTTCCCTGGGATAAAACAGCTG 
s mm7.chr11      6097084 68 - 122091587 CTCACCTGCTGGCAGAGGAGACTGAGGCAGTATGGATGACTGAAGTTCTCCCGGGGGTAGAACACCTG 

a score=2734
s danRer3.chr12 31119172 100 +  37038836 TTACCTCCTTGCGAAGGAACAGTTTGCCAGGCATAATGGGATATGAAAAGTAGACGCTGGCTGAGAATTTGTGCAACTGGGAACGAACGCTCTCCTCCTC 
s mm7.chr11      6097350 100 - 122091587 TCACCTCCTTGCGTAAGAACAACTTCCAGGGTGCATTGGCATAGGAGAAGCACACACTTCCAGAGGGCACAAGGAGCTTTGTGGAGATGTTCTTGTCCTC 

a score=2539
s danRer3.chr12 31121037 70 +  37038836 TGGCTAGTGCCTCATCTTTGGGGTCATTTTTCTTGAGAAATTGTTTGGCCGGAACCCTGTGTAGAACAAA 
s mm7.chr11      6098492 68 - 122091587 TAGCCAAAGCCTCATCCTTAGGGTCATTTTTCTTCTGAAAAGTTTTGATGGG--CCTCGTGGAAGAGAGA 

a score=3114
s danRer3.chr12 31124024 227 +  37038836 CTCTGGGGCTTGTTTGGGGGTCTGATGATTGGTTCTTTGGCTCTGGGGGCGGCTTCGAGGTTTGGGTGAAGGTGAGCGTGACGGTGAGCGTGCGCGTGGAGGAGAGCGCCGCCGCTGGCGTGGGGACTGTCTCTGTGACTCACGCCTGCGCATCTCATCCTGCTGCTGTTTCTGAGACAGTGACATTGCCTGCATGGTCATTTGCTGAGCCTGCCAGAAAAAAAAGA 
s mm7.chr11      6099573 176 - 122091587 CTCTGGCTTCTCTTGGGGGGCAGGA-----GGCTTCTTGGCCTTGGGAGCAG----------TGGTTGAGGGTG---GAGGCTGGGAG-GTGGCCCCAGAGG-----------------------------TCTGAGCTTGGTGCTGGTGTCTCTGATTCTGCTGCT---CCAGGGACAGGCTCATGGCCTGGGTGGTCATCTGCTGCGCCTTGAGGAAAGGAGAGA 

a score=3123
s danRer3.chr12 31125953 135 +  37038836 CTCACCAAAAGCAGGGCCTGTTGGTTGATGAA---TGCCTGCTGTTGATCCATTTGCTGTGGGTTGACAGCAGGCATGGCTTGAGGC-ATGGC--AGTTGGCATCATCATAGCTGCAA-------------TCCAAAACAAGCAGTAGGAAAAG 
s mm7.chr11      6100027 151 - 122091587 CTTACCAGAATCATCGCCTGCTGGTTGATGAAGTTTTGCTGCTGTAGTGCCAGCTGCCTTGAGTCCAAACTGGGCA---CCAGAGGCTGTGGCTGGGGTGGCACCATCATGGCTATAAAGAACAGCAGATGTCCAGAGCAGGTAAGAGCCACGG 

a score=2071
s danRer3.chr12 31126136 62 +  37038836 CAGGGATGGGCTTACGTGGCATGGGCTGCATCATGGGCATGGTAGCGGGCATCATGTTTGGC 
s mm7.chr11      6100239 61 - 122091587 CATGGTTGGGACTGCGC-CCATGGCTGGCATGACGGGCATCGGTGCGGGTATCATAGCTGGC 

a score=3033
s danRer3.chr12 31132011 154 +  37038836 GGGCACATCAGACTCCACTCCAGCCAAC-AGATCCATCACAAAATCACAGCCTGTCAGGTCCGTCCACCCCTCGTCGGCCAGGAGAGACACGGACCAGCCCTGTGTAGCATTAGTCAGACCTCTGAGGGAAAGAAAATGGGATATTAAAAATTGA 
s mm7.chr11      6101239 155 - 122091587 GGTCTCCCAAGTCCTCAGTCTGGCCTATTAGGTCCAACACAAAGTCACAGCCAGGCAAGTCACGCCAAGCATCCCCAGAATGCAGTGACACAGACCAGCCACGAGGGGGCGCCTCCAGGCCTCTGGGTGGGACAAGAGAGAGACGTGGAGATAGA 

a score=2976
s danRer3.chr12 31133729 85 +  37038836 TTGTCTTACCTGTAGCTAAGAATCCAAGAGGCCAGCTCTTCTCCTGTTGTCCAAGACTCCACCTCCACTGCTAACTTTTCCTCTG 
s mm7.chr11      6102025 85 - 122091587 TTGCCATACCTGCTCTGTAGGATCCACCCTGCAAACTGCTCTCCCGTGGTCCAGGATTCCACTTCCGCGGAGTAGCTTTCCTCTG 

a score=3776
s danRer3.chr12 31134722 179 +  37038836 CTTCACCATTGAAAGTGTTGACCTCAAGCACCATCTTTCCTTTCCTCTGATTGGCTGTCCACTCCAGTTGAGTTGGCGGGTGGCGTCTGCAGGCTGGTGAGGGCAACGGG---------AGGGACGTGAGAAGCTTGTGTTGACATAGAGAGCGGTATTCACCGGGACCCCGATCTGACACATACCTG 
s mm7.chr11      6102289 188 - 122091587 CCTCACCGTTGAATGTGAACACATCCAGCGCCATGCGGCCCCGACGTAAACCAGCCTTCCACTCAAGTTGTGTGGGTGGGTGGGACCTCGAAGCCATGGGAGCCAGCGGTGTCTGCTCCAGGGCACCTAACAGCTTGTGCTGGCACAGGGCTGCCATGCCACTGGGAGCCTGGTCAGATACAAATCTG 

a score=5569
s danRer3.chr12 31138629 241 +  37038836 TACTTGAGCAGGGGTTTCTCCAGGTCAGGAGAGGGTGTGAAGGCACTCAAACAGCAGGCCAGAAGTAACCAGCCACGCAGGTTGGTCTCCTGTCTATCTCCATC---CCAAGTGAGGTAAACCAACTGGGCTAGAATCTCATCTCTGATGCCGGGCCGAATTTGACTCTTCTCCACAATGTAGTTCCCCAACATCTGCTCCTGCCAGCCATTCAGATCTGAGTCCCCTGTGAAGCGCAGGATCT 
s mm7.chr11      6102553 241 - 122091587 TACTTGAGCAGTGGCTTCTCCAGGGCAGGTGTGGGAGCAAAGGAGCTGAGCAGGATCACCATTAGGGCCCAGCCACGCTGAT---TCTGTTGCTCATCTGGGTTGCGCCACAGCTGGGCCACCAGCTGGCTGAAGAGCTCATCTCGGAGTCCCGGCCGTCGCTGGGCCTGCTGCACGAGGAACGTGCCCATGGTCTGCTCTTGCCAGGACTGCAGAGATCCTTCCCCCAGGAGCCGCAGCATCT 

a score=485
s danRer3.chr12 31138870 15 +  37038836 AAAGAAGAAAATAGA 
s mm7.chr11     61510707 15 - 122091587 AGGGCATAGAACAGA 

a score=3389
s danRer3.chr12 31147862 195 +  37038836 TGCTGCACGC---ACCGAGCCTGGTGGCCTCTGATGTGAGACTGGATGACGATGGCCTTTTTTTTAAAGAACTGGAAGTTTCTTCGGCAGATGAAGCCACGGATGTTTCTTTGGATGGTGACTGCTGCCCATGTCTGAGTGCTACTCCATTTTTCCTCCACCTGCTGATACAGGGTCTCCTTTAGAAACACCTGGGGG 
s mm7.chr11     61513446 198 - 122091587 TTCTGCATGCCTCACCTGGCCAGAAAACCACGGGCTCTGCTCTGCAGTAGGATGATCTTCCGCCGCAAGGACCGGAAGTGCCGTTGGATGAAAAAACCTCGCAGGTAGCGCTGCAGGGTGAGGGCAGCTCGGTTCTGGACTCGCTCCCGCATGCTCTCCAGTAGCTGGTGCAGGTGCTCCTTGAGGAAGAGCTGGAGG 

a score=2506
s danRer3.chr12 31150977 146 +  37038836 TACCTCTCCATGAACTGGGCGAAGGGGATACGAATCGGGAATCCTTCTTTTCGTATGTGAATGGTCTCCAGGATCCCTCCATGCCTCAGCTGTGTGGTTATGTAGTCTACATCAAATATGCCTGGAAGCTGAAACCACAGGAAATA 
s mm7.chr11      6110614 146 - 122091587 TACCTTGCCAGAAAGACTTGGAAGGACACTCGCACGGGGAAGTGGGTACTCCGGGTGCCTATGATCTCCAGGATGCCAGCCTGACGCAGCTGCTCTGCCACATGCCCCACGTCCAAGAGGCCTGGGATCTGGGAGCCAGAGACACA 

a score=162
s danRer3.chr12 31151123 142 +  37038836 TTAAACCGAGGTCTAT--AGATACAGCTGTGCTC-----------------------------------------GCTAGAAAGATCATAT----------GTAACCCATTACACA-----------------CTCCCAAA----TTACCTTAACATAGTTTGGCTTAAAACATCGTACGAATGTAGTTTTACATCTGAAAACAGACAGAATGGAC 
s mm7.chr11     61514645 216 - 122091587 TCTGCACACCATCTATTCAGGTACAAAGGCTCTCTTGGTGGGGGGTGAGGAGTCCCTGCAGTGGGCAGGCAGGGGGCCAGAGAGGACAAGCCACTTGTCCAGTGCCACACTTCACAGGGGGAAGGATTTGGCTTTCCCAGGGGCCTCACCTTCTTATGGTTGGGCTTCAGGCAGCGCACGAACAAAGGGTTACACCTGGGCAGAGGCAGGAGAGGC 

a score=52
s danRer3.chr12 31154835 20 +  37038836 GTGCACGCTCAAATCAGACT 
s mm7.chr11     61516392 20 - 122091587 GTGCTGGCTGTCTCCACTCT 

a score=8026
s danRer3.chr12 31154855 149 +  37038836 TGCCTGGTACGTGACAGCCCCGGCATAGTGATATATTGTGAACACTGGCAGAGGAATTTTAGGCTTGGTGTAGTAGGGACAGTTGCCATGGTGATAGTGACATTTCTGCAAGAATGTGTGGTCTGTAGCCTGGGACAATAAagagagag 
s mm7.chr11      6112939 144 - 122091587 TACCTGGTAGGTGACAGTCCCAGCGTAGTGCCGCACCGTGAAGATTGGCAGGGGCAGCTGAGGCTTGGCGTAGCTGGGGTGGTCACCATGGTGATAGTGGCACTTCTGGAGGAAGGTGTGGTCTGTGGCCTGG-----TAAGGAAGGAG 

a score=2349
s danRer3.chr12 31157362 144 +  37038836 TGCAATTACTTGAGGAAGGGAAGTCTGGTCATCCAGGATGCGCAGGATGCCGTACGGTCGTGCTGAGATGAGATCCAGACAG----CCATTAGAGTCTTCCAGAACTATAGGGTACCACTGGATGTGCTCTGCACTGTATTCCTCCTA 
s mm7.chr11      6115857 144 - 122091587 TGCTCTTACCTGGGATAGCCAGGTCTGGGTGTCCAGGATGTTTAGAAGGCTATGGGGCTGGCCCACCAGGAGATCCAGGCAGGACTGCCTTGGAGGCT----GGGGAATGGGCACCCACTTTAGCAGCTCCTGCTGGCACACCTCCTA 

a score=3569
s danRer3.chr12 31159657 106 +  37038836 ACCTGCTCTTGTGCCACCAGGGCTCTGTTCACAAACTGCTGCAGCTGCTCATTGGCAAAGTTTATGCACAGCTGCTCAAAACTGTTCACACACAGGTCCTGTAACA 
s mm7.chr11      6116214 106 - 122091587 ACCTCCTCCTGGGCCAGCAGCTTCTGGCTGGAGAAGAGCTGCAGGCGCTCGCTGGCCAGATTGCTGCATAGCTGCTCTAAGCCATTCACCCGCAGTGCCTAGGGCA 

a score=7130
s danRer3.chr12 31159944 322 +  37038836 AACAGGATACCTCAAAGCCATAAATATCCACAATGCCAACGGTG----------CTGTCCATCTCTGTGGGGATCAGCCACTCATTGATGCGTTCAAGCAGCCAGTCAAACAGCACAGAGTACAGCGTCTTGGCAATCGCATCTCTAAATCAAGAGCAATCTGTCAGAATTTCTCAAATA-CAACACGATTCTGATGAAGTTTCAAACATTTGGATAACCTGGATTCAATGGCACTTTCCACAGATAGAGGGCAGTAGATCCTATCATAAGTTGTTTCCTGCGGTAAGACAGAAAAAAACAAGTTTTTTTGGCTACACTGCTTGTGTTAAAGG 
s mm7.chr11      6117533 326 - 122091587 AAGGGGTGACCTCAAAGCCAAAGGCATCCACAACTGCAATGGTGGCCACACTGTCTGCCTCTCTCGGTGGGGA-CAGCCGTGCATTGATGTGCTTCAGAAGCCAGGTGAAGAGCCTTGTGTACAGGGTCTTGGCCAGGGCATCCCTG---TGGGCACCATAAGTGAGCCTTGCCCGAGGAGCAACACACCTGGCTCCACTCTCCAATCCCCAAGGTTACCTGGCATCAATGGCACCTTCCACTGGCAGAGGTCTGGAGACCGGGCCGTAGGGTGTGTCCT---GGAGACCAGAGAAATTCTCAGTATCAAGTCCATACTCCTGGTGCTCCAGG 

a score=462
s danRer3.chr12 31160266 13 +  37038836 AATATTCTGGGtt 
s mm7.chr11     61518424 13 - 122091587 AAGCCTCTGGCTT 

a score=2461
s danRer3.chr12 31162046 156 +  37038836 GAATGTGCATTTGTTTGAGAGTGCTTGCAACTTGCTCACAGTCACCCGGTGTGTAATGACCGTCTGTAGGGCCTCGGCAGACACTTGAAGGAGGTTACCCACTCTCCGAGCTTCAGCTTCACTAAAAATACGGGCAACCTCAAATGATTCACTCTA 
s mm7.chr11     61518851 156 - 122091587 GAATAGGCCCTTGTCAGGATGCAGGGCCTACAGACTCACAGTCACTTTGAAGGTGATAGCCTTCTGCAGGCCCTCAGGAGAGACCTGAAGCAGCTCTGCCACAGCCTGGATCTCCCGGGCGCTCACCACCGAGGCCACCTCCTGGGCATCGGTCTA 

a score=5367
s danRer3.chr12 31162290 200 +  37038836 ACCTCATAAGAGCTGAAGCAAATGTTGCCCAGCTGCAGGATCGATGACAGAACGGCCCAGATTGTTGCAAGCTGATCTGCATGTAAACCAATTGTCTCCAAGCAGTGGACCAAGAGTATGAAGTCTTGCTTATCATATTTACCTAGCAGCTCACACGCCCTGCCCTTAAAAAGGCATTCAAATTTTAGA-----AATATCAGACA 
s mm7.chr11      6119048 205 - 122091587 ACCTCTGAAGACGAGAAGCAGATGTTGCCCAGATGCAGGATGGTGGCCAGCACAGCCCAGACTGCAGTCAGCTCCTCTGCGCACAACCCTAGCCCCCTCAGGGCCTTCATCAGCTCTTTGAAGTCCTGAGCATCCTCCTTGCCCTGCAGCCTGCAGGCCCCGCCCTGCAGAGAGCAGCAGGTTTGTGGAGGGGCAATGCCCGGCA 

a score=4693
s danRer3.chr12 31162498 141 +  37038836 GGCAACTTAT------GGGCTTATGTTTTACCTGGTTGAGGTAGAAGTAAGTTTCAGCTCCTTGCAGGTAAAGGTCTTGCTTGTCCCACTCATTCATCCCGGCCAACAGCTCATAAAACACATGATAGTTTCTTTCTTCTTTAGCCT 
s mm7.chr11      6119287 147 - 122091587 GGCAAGCCATCTGTGAGAGCCTCTGCCCTACCTGGTTGAGGTAGTAGTAGGCCTCGGGTCCCTGCAGAGAGAGCTGCTCACGTTCCGTGGGGTCCAACCCTGCCAGCAGCTCATAAAAAACATGGAAGCTTCGCTCAGCCTGGGCCT 

a score=4796
s danRer3.chr12 31164781 261 +  37038836 ACCTGAAAGACGATTCTCGATTTTTCAAGAAGATATTTCGACAACGACGTCCCGACAACAACGCCCCTG-----AAAAAAA---------------------------------------AAATCAA---------CAGAAGATCAT-TTCTTGATCACACCACAGCTGAAATCAAATTAACAACATGCAATGGTACTTACTGGAGTATGTGGATGTGTAGGTACTTTCCAAATCGGCTGGAGTTATTGTTCAGTATTGTTTTGGCATTACCAAAGCTCTCAAGAATAGGCAAAACCTCCATTGGCTG-ATGAGGG 
s mm7.chr11      6119538 314 - 122091587 ACCTGAAACACTACTCTGGAGGTCTCAAGTAGATAGTGGGACACAGAGGCTCCTACAATAAGCCCCCTGTGGGTAAAAGAGGCAGGGTAGGTACCCCCAGGAGCACTTCTCTGAAGGGGCAATTCAGGGACTGAGGCAAAAGATAGTATCCCTGCTCCCATCCCAGGTGCCATTGAGCCCACTGGTTCC--TGTCACTCACTGCTGCAGGCAGAGGCGGATCTCCTGGCCGAAGCGGCTGGCGTTGGCGTTGAGGATGGTCTTGGCATGGCCAAAGCTGCCGAGTACGGGTAGAATGTCCTCCAGCTGTATGAGGG 

a score=246
s danRer3.chr12 31165042 9 +  37038836 GCAGATTAT 
s mm7.chr11     61522893 9 - 122091587 AGAGGTTGT 

a score=2893
s danRer3.chr12 31165469 134 +  37038836 ATAATCTGTAGTCACTCACGGGGGATTATTGTGCTTCTCTTTA-------CCCTGGTATTGCTGCCTCAGTTCTTCAGTGTAGATGTTGATAGGCTTGAAGGGGTTGATGGACAGGAGCATATTGCCAATATATGTCTGTT 
s mm7.chr11     61526864 134 - 122091587 ACATCCCATAGACACTCACGGGGGATT-------TTCTCCTAGGGCACGCCCACTGTACTGCTGCACCTGCTCAGGCCCGTAGATTGCAAACATTCGATATGGGTTCACCGACACCAGAATACTGCCAATATAGGTCTGTT 

a score=328
s danRer3.chr12 31166119 7 +  37038836 TGGAAAA 
s mm7.chr11     61527651 7 - 122091587 TGGCAAG 

a score=3042
s danRer3.chr12 31166126 79 +  37038836 GGTCATGCATACATAAATAGAATCCCGATGAAATCGCTTCTTCAGATTTAGCAGAACAGAATTCTCACACACCTCTCTG 
s mm7.chr11      6121146 79 - 122091587 GGTCCCCCTTACATAGATGCGGCCCAGGTGGAACCTCTTCTTGAGGCACAGCAGCACAGAGCTGTCACACACCAGCCTG 

a score=162
s danRer3.chr12  31169553 567 +  37038836 ACCCCGATTGCTTGGGTGACAGCTGATAGCTTTCTTCGAACATGTATGCTCTTTGGTATCTTCTTCTGAATCCATC------CTGAAACACGGCGCAATGTTGTCAT----GCCTCTTTTCCGGGCAACTAAACGCTCG-----GTTGACTTTGAG------------GGCATC----TCTTCTTCGGGCTCAGCTTCGTCTTCCACTATATTCTCAGATAAATCTTGATTTAGTTCTTCAACAGCATCTTCAGTGTCTT--TTGGAAGTTTCTCTTTCACACTCTTGCTTTTATCAGCTTTTTCTTTGCCTTTCATTGAAAACAGCATACGAGATTGCTTGTTCAACAACCCTTT-----AGGGCCTTTTGTTGGGTTTGCTTCTTTATCTTCCTGTTGATCTGCCTCCTCTGTCTTGACCATAGCCTTCGTTTTACTTGCCAACTGTAGAATTTGAGACTTACCTTTGGTGGCGCCACCTTTGGAGAGAGCCATTGCTTTCATTTGAA-CTGCTTTTGGAGAAACAGTGGGTTCTTTAGGGTCCTCTCC-----TTTCGAAGGCCCCTTCTTTTGTAATATCTTGGATTTTAACATCTTTTTTTGTCCC 
s mm7.chrX      112358711 552 - 164906252 ATCACTACTACTGAGGGCAAAGCTGCTGTCTGTGGACTGAGACCCATCTTCCTT--CACATTCCCCACAGTCCCTCTCTCATCAGAATCATCAAACAAC-TTCTCATTGGGACCTTCTTCCTCATCAAACAACTTCTCATTGGAATTGTCTTCGAATACCTTGTCACTGGCATCATCATCTTTCTTTCCATCTGTGTCTTCTTCATCTTCCTTCTCATCGGAGTCATCAAAGAGCTTTtcatctatatcattgtcttcctctttgtcatcagcatcttcacactcct--tttcatctgcttcttcttc-ctcctcaatgtcatcagaat---------catcatcaaaaaccctttcatatacgacctctt----------cttcatcatcatc------accttcttcctcc-ttttcatcTGAGTCTTCCTCAAATTCTCTC---------TCCGAGCCTTCCTCATC----TAACACTCTTTCAGAA--------CCTTCATCAAATTCTGATTTGTCAGTCTCATT---TTCTTCTGACTCTTTCTCAACATCTTCTGGGAACTCCTTGTCAGAGACATCCTGG---TCAACATCTTTTTTAACACC 

a score=1877
s danRer3.chr12  31170152 385 +  37038836 TTTCGCTGTTGAACGTGTCGTCTCTCCCGGAGTGCTTACCTCCCCTTTATCACTCA-ATGCCTCCGGTGAATCTACTTCTTCTGCACTGCTAACAGGTTCTTCTATGCTCTTACTTTCAGTAGGCACATCCGAATTGCCCTCTCCTTCA----CTTGTCTTCTGTTCTTCTTCCTCCACTTCAGATTTTTTGTCTACATCTGACTGCTCTTCTTGAGCACTTAATGCACTTGCG--TCAGTCTCAGCAGTGTCCTCAACACCATCTGACCCCTCCTTCTTCTCATCCTTGCATTCTTCATCACTTTCCTTCTCCGAGCTCTCTGCTTTCTCGCTCTCAGATTCGTCCTCTTCTGTATCAACCACTTTAGCA----------------------------CCCCTCCTTCTCCCGCCTTTT 
s mm7.chrX      112359274 393 - 164906252 TTTCTTTGTCAGA---GCCATCTTG---AGATTGCTTTTCTGAGCTGTCTTCCTCAGATTCCTCCTCTGAATCATCATCTTCCG-ACTC--------TTTCTTGAGGCTGTCTTCCCCTTCAGACTCCTTGCCAAGGTCATTGTCTTCAGACTCTTTTGAAAAGCCATTCTTCTCATAATCCATTTTGCTTTTCTTC--CTAGCTTCCCTTTCAGGGCCATT----CTCTTGAGCCTCGGTTTGAGGATTACCCTCCTCA------GGCTCAAGCGCCCTCTCAGGGCAGCCCTCTTCATTCTCTTTCTTGGAGCAGCCTTCTCCACCCTCTCTCTCAGGGTGGTCCCCATCAGACCCACCTTCTTTGGCATCTTTTTCAGAAGCATCTCCTTCGGATTCTCCCCCTTCTTCTGCCTTTT 

a score=2331
s danRer3.chr12 31179970 51 +  37038836 CTTACGTTTGATCTCCTTCTAGAGACTTCTGGATCTCCTGCAGAACACCTG 
s mm7.chr11      6127432 51 - 122091587 CTTACCTCCGGTCCCCCTCCAGCGTGCTCTGGATTTCCTTTAGGACCCCTG 

a score=2315
s danRer3.chr12 31180356 117 +  37038836 ACTCACTCTCATCGTTGAGCAAAGCATGCTCCATTACTTGTCTAGCAGAATTCTCTGGAACACA---CAAGCACACGGATCAGTCCAGCGCAAACGTGCAAACGCTTTTA--AGAGGAGTTA 
s mm7.chr11      6127677 122 - 122091587 ACTCACAGGCGTCATTGAGCAGCGCGTGCTCCATCACTGGGCCCGGCTTCTTCTCTGGAAGGCAGGGTAGTCAGGTGGGCCTGTCCTGGGCCCTCTGCCCAGCCCTCTCATTACAGGGGTTA 

a score=4562
s danRer3.chr12 31182488 137 +  37038836 GGGCTTGATGGGCTCTTGGACCTCATCTGGAGGGGAGGCTCAACCAGACAGTGAGGTTGCACGACCCAACGGGTGGAGAGAGAAAACCGCTCAAACTCGGATGGAGAGATCAGGTAGAAACCTACAAGAGGACCAGA 
s mm7.chr11      6128237 128 - 122091587 GGGCCGGTTGTGCTTCTTGGCTTTGGTTGAA--------TCCACCAAACACCGGGGTTCAACCAGCCACTTGGTGGAGAGAGAAAAGCGCTCGAACTCCGAAGGTGATATCAGATAGAAACCTG-GGGAGAGGCAGA 

a score=11609
s danRer3.chr12 31183846 282 +  37038836 CTTTCTTACCTTGGCCATATTTGGTGAAGACACAGGATGCGATTCCACTGACGTCTTCTCTCCGTATGCAAGGATAATGGACCAGCATTTTGATGGAGGGCAGAGAGATGACGTGGAGCTCCCCCTGATTCGTCAGCACCACCAGACAGCTCTCTAACTGTTCATCGGTCCGAGA---ACCAAACCAAGCCACACCGACACGCCGCACACGAGAGCCATCCACCGCCGTCAGCTTTAGCTTCGACTTACTGCTCACTTTGGGCAATGTAAAAAGCTGCGCACACA 
s mm7.chr11      6128552 285 - 122091587 CCTCCACACCTTGGCCATATTTGGTGAAGACACAGGAAGCTATGCCGCTGACGTCCTCCCGGCGGATGCAGCTGTACCGCACCTGGGGCTTGAGCAGGGGCATTGAGACCACCTGGATGTCACCCAAGTTGGTGAGCACTGCCAGGTGGTGCTCCCCATAGTCCTCAGCCCTGCAGCTGCCAAAGTGGGCGACACCGACTCGCCGCACCCGTGAGCCCTCCAGGGCCGTCAGCTTCAGCTTCAGTTTGGCGCTCACCTTGGGCAGTGTGAATACCTGGGCACACA 

a score=7334
s danRer3.chr12 31184157 214 +  37038836 GGAAACCCAAACTGTACTGTGCAAATTCTCACCTTAAATTGCTCCTCTGACACAACCAATAGATGGTGTGAGCCATGCATTTCAGGACTGCGTGCCAGGTCATGTGCCACTTCTAGGGGTTCGGGCAGAGGGGCTCCCTTCCCATCCAAGACCACCAAACCGACAACTGGAGCACGATGCATCAACTGAATCTCTTTGGCT---------GGTGATGGAAAAG 
s mm7.chr11      6129078 221 - 122091587 GGACATCCAGG--GGACCCTGTCACGTGGCACCTTGAATTGCTCCTCCGACACCACAAGCAATTGGTGGCTCCCTTGCATGTCTGGGCTCTTCGACAGGTCATGGGCGACTTCCAGGGGCTCGGGGAGGGGCACGTTGTGTCCGTCGAGCACCAGGATGCCCACCACAGGCGCGCGATGCATCAGCTGGATCTCCTTGGCTACAGAGGAGGGCGGTGGGGAAG 

a score=3215
s danRer3.chr12 31186287 118 +  37038836 GCCGTCACTGGATCCTCTGCCCTTCGTTCCTGTGGTGGGACACGGAGGACATATGCAAACACAGCTCCGCCATTGGTCCCTGCCCACAGTGAAGGTGTACTGTGAGAACCTGAGGAAA 
s mm7.chr11      6129403 118 - 122091587 GCCCGGACAGGTTCATCTGTTCTTCTTTCTGCAGGAGGCACGCGCAGGGAAAAGGCGTAGACGGTGCCTCCGTTGGTGCCAGCCCACAGGGAGGGACAGTGGCGGGAACCTGCCAAAA 

a score=6378
s danRer3.chr12 31186485 168 +  37038836 TACTTACTATCACTGACAAATGTATCTGCGAAGTAGAGCGTTCTGACGAGACCCGTGAAGGAGTCATCAGATGATCGGGCTTCAATCTTTCTCTGTACAGGAGCCAGCTCCATCTCCTGCAGAGC------CTCAGCCTCCAGTCTGGCATTGATCTCCTGCAGCTGCAGAAAG 
s mm7.chr11      6130262 174 - 122091587 TACTCACTGTCCCTCAGGTAGGTATCAGCGAAATAGAGGGTCCGGACAAAGCCAGTGAAGGAGTCCTCCGCGGAGCGAGCCTCAATCTTCCGTTGCACGGGCGCCAACTCCATGTTCTGCAGGCCCGTCCGCTCAGCCTTGATATTCACAGCCTGGGCCTGCGCCTGCAGGAAG 

a score=7400
s danRer3.chr12 31187916 155 +  37038836 CCTACCTTGGCTGCG---TTGTTAGTGTGGTGTTTGCGCATGGAGACTCGACTGCGGCGAATCCTGCGGAAGGACTGTCGCAGAGACTTTTTGATGGACTTGACTCGTGACAGCGGCCCCTCCATAGCCATCTGGTCACTGGGGTTAAGGGTGCATCT 
s mm7.chr11      6131379 158 - 122091587 CTCACCTCGCCTGTGGGGCCACCAGGCCGCCGTTTATGACTGGACACTCTGCTGCGACGCATCCGACGGAATGACTGACGTAGAGACTTCTTGAGGGACTTTACTCGAGACAGAGGGCCCTCCAAGGCCAGCTGGTCACTGGGGTGAAGTGTGCACCT 

a score=13885
s danRer3.chr12 31189694 305 +  37038836 CTCACTTGACCATGATGTTATTCCTCTGGTTATAATCATAAAGACCAAAGCCATGGCTGGTCCCGAAGCCCACTAGTTTCCACTCGGAGTGCAGAGCGATTGCGGTGACCACAGCGGGTGGCTGGCACTGCACCAGGGCGAATGGCTGAAAGCCTGGAGGAAAA-GTACCGGCTCCTCCCGAACGTCTAGACGCGCCTGTCCCTTCCAGCGGAAACCCTCCTGACCTTGCAGCAGGTCCACTACCGTAGCTTCTACCATCTGCTCCGCAGCCTCATCATTCAGCTCCAGAACCAGAATCTGAGTTG 
s mm7.chr11      6131618 306 - 122091587 CTCACTTGACAAAGACCTGCCGCCGTTGCTGGTGATCGAAGAGGCCGAAACCATGGCTGGTGCCAAAGGCCACAAGCCGCCACTCGGAGTGCAGAGCCAAGGAGGTGACCACAGCTGGGGGCTGGCACTGCACCAGTACAAAGGGCTGAAATCCCGCCTCAAAGCACACGGGCCCCGGGCGGGCGGCGAGGCGCTCGTGCCCCTTCCAGCGGTAACCCTCCTGGTCCTGCAGCAGGTCAGCCTCCACCTGCTCCACAGCATGCTCGGCCGCCTCATCGTTCAACTCCAGCACCAGCACCTGAGGTG 

a score=10077
s danRer3.chr12 31191963 384 +  37038836 ACTTGTCCTGCAGTTCCGGCCACTGTGAGATATCCACTGTATTTACACAGGTGGATCTTCTGAATACCCAGCCGAGGGTCATCGCTATATGGGTCAAAGCAGCCAACCTGATCAATGTTGGACAAAAAATATATATACAAAATCAAATATCTGATGAAATCAAGCAGCAATGTTAATTAATA--TTCTGAGACAAACCTTTCGGAATGGAGGCCACTCTCCTTCACTGCCCTGGTTCATG---TTGTCGTTTGGATCGGCGTCCGTGTGGAAGACTCCTGCTGTGCTGAGCTTGTACATGGGGTAAAGACAGACCCCTGAGGCGTCCCAGAATCGCACCGTTCCATCTTCATGTCTTTCAAGAGGAAGAG--GGATGAAAAACACTTTAAA 
s mm7.chr11      6132198 382 - 122091587 ACCTGCCCTGCCGTGCCTGCCACAGCCAGGTAGCCGCTGTATTTGCAGAGGAAAATCTTCTGGATGCCTAGCCGCGGATCATCGCTGTAGGGATCAAAGGAGCCCACCTGCCAAGGGATGGGGATGCCTGTGAGTGGCCACGGCGCATCCTAGCTTGGGTCC--CTGCACCCCTGACTCCCAGGCTCCCGGCCTCACCTTGCGGAGTGGGGGCCACTCGTCCTCAC---CCTGGGCAATGAGGTTCTCGCTGGGGTCCGTGTCTGTGAGGAACACCCTCACAGTGCTCAGTTTGTAGAGCAGACGTAAGCACACACCGGAGGCGTCCCAGAACCGCACCGTGCCGTCCTCGTGCCTGT----GGGCAGAGCCTGGTGAGGGCTACTTCAGA 

a score=3963
s danRer3.chr12 31193282 90 +  37038836 AGATTCCTTACCCCGTCAGGAGAAGGTCTCTCTGAGGAGGGTCTGGGGCCAGATTCTTGCCTCCGTTTATAGGCCAAGGCTACAAAAAGA 
s mm7.chr11      6132653 90 - 122091587 AAGTCCCCTACCCTGTGAGCAGCAGGTCCCTCTGGGGTGGCGGTGGGGCCAGGCTGGTGCCACCATCTATGGGCCACTCCTAGAAGAAGA 

a score=9991
s danRer3.chr12 31196109 246 +  37038836 CATACCTTCCTGGAGTAGTGTGTGTTCTGGTGGGCTCCCGCAGCTTGCACTCTCTCCCACAGTTTGAGAGGGATGGAGGAGACGTGGTGTGAGCAAGTGATGGCTGAACAGTGTAATGGCACCAGGTATGGCGTCTGGATGACGGGCCACCCTTCAGTCTGCAGATCCACCACAACCAGCTCCTCCTCCACAAGAACCACAAGAGCGCTGGGTTCAC------CTGAAACACAGACACACACTTAGAGGAAG 
s mm7.chr11      6132804 252 - 122091587 CCTACCATGGTGGAGAAGTGTGAGTTCTGGCGGCTGCCCGCGGCGATGATGCGTTCCCATAGCTTCAGGGGGATGTTGGAGACGTGGTGGGAGCAGGTGATAGCGGAACAGTGCAAGGAAGCCAGGTAGGGCAGCTGGACTGGTGGCCAGCCGGGTGTCTGCAGGTCAATGACTACCAGTTCCTCCTCGGCTAGCACCACCAGGGCGTAGGGGTCATCAAAGGCTGGAGAACAGGCAAACAGTCAGGGTGAG 

a score=5335
s danRer3.chr12 31197020 200 +  37038836 AGACCTCTCAGCATCTGTCTCTACCTTTATGGTTTTCTCCTTCACGAATGACGAAGAAGTCAATAATGCGAGAGGTGAAGTCCAGCGCTTCATGGGTTTTGCTGTGAATGACAGAAATGCAGTGTCTGTCCCCATAACTGGCCCTCGGCATCCCTCCACTGAAGATGAGGAATGGGGGACTGCGGAAAGAGCACAGAAGA 
s mm7.chr11      6134181 192 - 122091587 AAACTTCTAATGATTTCCTACCAGCCGCAGGGTCAGCCTCTGAGAGAA---CAGTGAAGTCAATGACACGGGAGGTGAAGTCGAAGGCCGTCTGCTGGCCGTTGTGGACCACTGAGATGCAGTGGCGGTCCCCATAGCTGGCCCGTGGCATACCGCCCTGGAAGATGGTGAAGGGCAACCTGTAG-----GCACAGGAGA 

a score=2438
s danRer3.chr12 31197749 92 +  37038836 ACTCACCCTTGTTTTGATGGCAACTGTATAATTTTGGATATAGCCTTGCATGGGAAGGCACCTGTGTAGAGATAATGTTCGTTTAAAAAAAT 
s mm7.chr11      6134893 89 - 122091587 ACTTACCCTTGCCTGGTGGTGAGCCAGAAGATTTTCGTTATAGCTTTGCAAGGAAAGGGACCTA---AAAGAAAGTGTCACCTTGAGCAGGT 

a score=5261
s danRer3.chr12 31199810 488 +  37038836 AGCCCATAGTTTATGTTTAAGCTGAAAACACAAGTGA---TTCTGGTCAATTGGTCTTACCATACGGCGTCTCCTGCTTCTCTGGCTCTGTTTGCGGATCCTCACCGGTCACCGTCCACTGGCAGTAGCTTCCATCACTGTGCGAACTGAGAATGCTTTCACCGTCCTCCATCCACCAAACACTCTCTAGTTGCTGCAGAAGATGCAAAAAAGATACTATTACAGACCTCTTTTTAAAAATACCCCTGATAAGGGTTTTGAGCTTCAGTGTGGGAAACATTGCGAAATACTGC--ACCTGTGTGCCCAGAAAGTG-CTGGACAGGACGCTGCCGGTCCAGATCCCACAGAACCATCAGGCCTCGGCTGTAGCCAATCAGCACTTGCCGCGGGTTCAGCGGGTTTTCATGAAGAGTCTCAACACTCTCCAGATTTCTGCGGCCAACATAATCCTCTGGAACTCTGGGAAAAGCAGCAGAGAGAGATCAGCCATCA 
s mm7.chr11      6135179 476 - 122091587 AGCCCACAGGTGCTTCTCAGGCAGAAGACAAGGTTAGACCCTCTACACAGAAGCACTGACCGTAAGGTATAGAGCTGCGCAGAGGTTCTGGGTTCTGGGTGTCACTGGAGACGGGCCACTGGCAGTGGCTGCCGTCGGAGTGGCAGGTGACAATCAGGCAGCCATCCCGCTGCCAGCTGGCATTCTCCAGTTGCTTTGGAGGAAGAGAGGAAGAGATGA----------------GAGGCTGGGATCGATCGGGACTGCAGTCTGCA-CATGGGCCGCCCTTCCAGACAGCACCCACCTGGCTGCTGAGGAAATGACTGAGCGCTCGGCTGCCC-TGAAGGTCCCAGATGACGACGAGGCCTCGGCTGTAGCCAATGAGGATTTGGTTGGGGTCTCGAGGGTGCTCCTGCAGAGCCTCCACCATCTCAAACACTCGCCGGTGGCGAGCCTCCTCTGGCAACCTAGGCAAGGGAGTGCCATGAACTCACGCAACA 

a score=5099
s danRer3.chr12 31201146 173 +  37038836 GATGCCTGACCTGTTTTGTACGTCCTCCACGCTGATGTTGTTCTCCTCCAGTTCTCTGAATCCTGGCACTTCCACAACAAACACGTGTCCTCCTTCTGTGCCCAGCAGCAGCAGCTCACCCGATGAGTGTGCCAAGACCGCAGTGACCCGCGTCACGCTGGGAATGGCACTGT 
s mm7.chr11      6137000 173 - 122091587 GGTAGCTCACCATTGCAGCACCTCATCTGAACAGATGGTCCTGTCGTGCAGCGTGCGGAACCCCGGGAGCTGCACCACAAACACGTTGCCGCTCTCGGTGCCCAGGTAGAGCAGTTCTCCGGAAGAGTGAGGTAGAATCTCAGTGACCTGCGTGGCACTGGGGGCAGCCCTGT 

a score=3225
s danRer3.chr12 31202998 225 +  37038836 CATCCCAGCACATTGGGACGAAAAAAAAACCCATAATATTAGAGTGAGGCGAGTCTGTAGGTGTGTGTACTGACTCACCCAGGTGGACCAGAGAGAGTGAACCGTCCGATCTCAAGCAGCTCACACATGCTGTTATGAGCCCGAAGTGTCCACATATGTAGACTGTTGTCTTCTAGTAATGTGACCAACTCCACCTGCAAACAAAGATAAAGAGAGATAGAGACA 
s mm7.chr11      6137524 207 - 122091587 CACCCTAGCACTGAGGGACAATAAGGTAAGGAGTAGCCAGAAAAGAAAGGGGGCCACTATGCT----------CTTACCCTGGGGGGCCACGCAATGTGAAGCTCTCTTCTTCCTGCAGCTCTGACACCCCGCCCTTGACCTTCAGGCTCCACAGGTGCAGGCTATTGTCATCCAGCAGAGTGACCAGCT-------GACACTAGAATGGAGAGA-ATGGGGACA 

a score=41
s danRer3.chr12 31203677 86 +  37038836 GGAACAAAATCCAAGAAGAAAAAAA---AAACAAAAAGAGACCAAATCAATGAGATCAAAAAGCCACAGGATTAAAAGTCCAAAGCCGT 
s mm7.chr11     61305189 86 - 122091587 GGAGCAGAGACCAAAATGGGGGTAGCCTGAAGGGGAGGAGAGCACGGGGGTGGGACCACCTGGTGCTAG---TAAAGGAGGGGAGCTAT 

a score=4300
s danRer3.chr12 31203763 94 +  37038836 ACCTGGTTTGGCAGGAAGTGCACCTGTGTAACCGCCGCATTCTCGTCGTGAAGCCCCATGAACTCCACACCTGGAGCTCCGTAGCTAAAAAACT 
s mm7.chr11      6137965 94 - 122091587 ACCTGACCAGGCAGGAAGTGGATCTGCAGCACTGCGTTGTTCTCCTTGTGAAGGCCCATGAACTCTACCCCGGGGGCGCCATATCTGGAAGGCT 

a score=6322
s danRer3.chr12 31206065 137 +  37038836 AAGGATACAGTTTGATTGCTCCTGATCTGGTGCCGATGGCCAGGAGCTCCAGGCTAGGGCTGAATCCCAGAGCGCTGGGTTGATGGGGGAAGCCATGCTCTACAGTCTGAAGACATAAGAAAAACAAGTGAAATGTG 
s mm7.chr11      6139120 132 - 122091587 AAGGATACAGCTTGACAGCTCCAGAGCGGGTTCCGATGGCCAGGATGCGCAGCGAAGGGCTATAGCCAAGGGCGCTGGGCTGGTGTGGGAAGCCATGCTCCACTGTCTGAA-----ATGAGAAGCATGTGGGCTGGG 

a score=1559
s danRer3.chr12 31208128 232 +  37038836 GCTTGATTACCTTGTTGAACTGATAGAGATCCTGTTTGTGCTTGTCCCTCTGAGACTCGTGCCCATGACGCCTGAACCTCTTCA---------------TGGTCCC-----TGGACGAGCCGGGACTCACACTGCCCTCTCTCACGGGTTCACCTCAGCCACCTGACAACACAAGAGAGATACAGGGTTAACCAGGGCCACCAACATAT--GACATCTATAAAGAAG-----AAATGGCTAAGGAATAGAGATGTCCAA 
s mm7.chr11      6147630 259 - 122091587 GCATCCTTACCTTGTTAAACTGGAACAGATCCCGCTTCAGCCTCTCCCGGGCAGGGTCATGTCCAGTTCTCAGGAACCGCCTCATCTTGCTTTAGTTTGTGGCCCCCACAACAGACCTGCAGAAACCAAAAGTGCCCTTGAGCCCATGCCCACAGTTGTCCAGGCCCAGCCTCACCCAGACCCACAGCTTCCTGGGGCCAGAATCATCCTGGACACAGGTGTCCAAGGCCCAGGATCACCCAGGCCTACAGCTGTCCAA 

a score=1424
s danRer3.chr12  31227968 84 +  37038836 GAAATAAATCATAAATTGAGAGCTCGAGCTCCTTCTGATGGGGTAGTTATAAAGAAAGTGGGAGATCCTTGGTATTTCTCCTAT 
s mm7.chr11     116117679 84 + 122091587 GGGACACCTCACAAGCTCAGCACCTGGGCTCCATCGGCAGCTTGAGAGAGGTAGAAGGTGGCTGTCCCACTGTACTGCTCCTAT 

a score=6851
s danRer3.chr12  31232314 510 +  37038836 ACCTGAATGTGTTTCACTGCGCTCTCCGTGGCATGAGCCTGAAGCAAAGTAACCGTGCATCCACCGAAGCCTCCCCCTGTCATCCGACTCCCAAACACTCCGTCAACCTCCAGCGCTGCAGACACCAGCTCATCTAACTCTGGACAGCTGACCTCGTAATTATCCCTACCACAAACAATATTAACCCCAGTTAAATAATGCATCATTAAAAGCCATTTAACTGACAGTTAACCCCAACGATCGAACAAATAAGTCAAGCAAACAAGATTTCAGTCACTGTGAAGCGCTTCTAATCTCAGGATGCTTTCACAGAGTCATGATAATCTTGCTTCGATTATAAATGTTTACCTCAGAGAATTGTGGCTCTCCACCATCAGCCTCCCAAACTCTTTGTAATCCCCTTGCTTCAGTGCTTCAGCAGCTTGAGCTGTGCGTTCGATCTCCTCAATCACATGACGTGCCCGTCTGTATGTCACACCGTCCAATCTATCCTTGGCAGCTATAAATAAA 
s mm7.chr11     116117845 409 + 122091587 ACCTGTATATGATCTATGACAAGAGGGGCAACAGAGGCCTCCAGCAATGTGACGGTGCAGCCACCAAAGCCACCACCTGTCATGCGACTGCCATAAACCCCAGGCACAGAGAGCGCGGCCTCAACCAATTGATCCAGCTCAGGGCAGCTGACCTCATAGTCATCCCTGC----------------------------------------------------------------------AGAGGACATAGGGGTGAGGGCGACAGAGAC-------CTGGGACCTGCCTCTGA--TCAAGAAGC--CCAGGGCACCCAGAAAGCCT--------------------ACCTGAGTGAGTAGTGACTCTCCACCATGAGACGCCCAAAGGCCTTGTAGTCTCCTCGGCTCATAGCAGCTGCTGCCTGGGCTGTTCTCCGGATCTCGCTTACCACATGCCGGGCCCGCCGGAAGCCCTCCTTGCTCATTAGCTCCCTGCCCGCTGGGAAGGAA 

a score=4918
s danRer3.chr12  31235286 208 +  37038836 TCTTACCCTCCAAGTCCTGCAAATTAGCCTCTCTTAGACTTTTCTTGCCCAAAATGGCTGCTGCTTCCTCACATTGTTTTCGTCTGGTGGGATACTCACTGCCTGTGAGCGAATGTCTAACATTTGAGTTAGTGATCAAGATTACAAGTCCAGGGTCAGCTAAAGGGACAGCAGTGGCCTCCAAAGATCTGAAAATATTGCATGATAT 
s mm7.chr11     116118959 204 + 122091587 TCTCACCCTCAAGCTCCTCCATCCGCACCTCTCGAAGGCTCTCCTTGCCCAGGGCCTGGGCCACTTCTTCACACTGTCGCCGACGAACCGGGTACTCGCTGGAGCCCAGGGAATGGCGGACATTGGAGTTGGTGATGAGCACGGCCAGCTTGGGGTCTGACAGTGGCACCAGGCTTGTTTCCAGGGACCTGGGG----TGAATGACAT 

a score=5413
s danRer3.chr12  31236160 162 +  37038836 CTTACCTGCAGTCAATCAGCAATGCGTGGCCCTCTTTACCCAAAACAGACACAAACTGGTCCATGATGCCGCAGGGCACCGCAGCATGAGTGTGTTCAGCCTGCTGACAGGCC---------ACTGCCTTTGCTATCTGATCTCCATCATCTGTGGAGGTTTCAAACTTGG 
s mm7.chr11     116119280 171 + 122091587 CTGACCTGCAGTCAATGAGTAGTGCATAGCCTTTCTGCCCCAGCAGCGCGATGAGTTGGTCCATGATGCCACAGGGCACCCCTGCGAAGCTGTGCTCAGCCCGTTGACACACCTGGGCCCGGGCAGCTATTGCCCCCGAGTCTGCAGCACAGGGTGAGGTTGGGAAGCTGG 

a score=5275
s danRer3.chr12  31237798 132 +  37038836 AGGTTTTACCTGGACACAACTGCTGCAGAAAAGTGTACACAGCCACTTCCAGTGAGGCAGAGCTGGACAGTCCGCCTCCTAGTGGCACACTACTCGCTATTACAGCTCTAAAGCCAGGAATGGGCTGTGCTG 
s mm7.chr11     116119598 132 + 122091587 AAGTGGTACCTGGGCAGAGCTGCTGGATGAAGGTGTACGTGGCCACTTCCAGAGACGCTGAGCTGGAAAGCCCACCCCCCAGGGGCACTGAGCTGACCACCACTGCACTGAAGCCAACGAGCGGGGAAGCTG 

a score=3827
s danRer3.chr12  31240752 218 +  37038836 TACCTCTGTAGTGCTGTACAACTCCCTTTACATAATTGGCCCAGTTTGGCTGCCC--TCTTAAAAGA-----GGGGTCAGTTCATTGGGGAGATCAAAGTCCACCAGCCGGGGCTCATCAGCAGCTT------CAGTCAGAGTTAAAACACTGCACTTCTGGCCAGACGTTTTACTGCCCACCATGACCGTCACCATCGGCAAGGCCTGCAACCAGATAGATAGTTGTAGT 
s mm7.chr11     116120068 217 + 122091587 TACCTGGGTAATGTTGAATCACTCCCTTGACATAATTGGCCCACTGTGGGATTCCAGGCTCCAAGGACCACTGGGCTGAGGGCAGTGGG-------AACTGCAGTCTTTGGGGCTCGTCTGCATCTTTGGAAGTGGTGAGAAGAGAAACAA-GCCCATCTGTCCGGGGG-----CTGCCAACCATCACGGTCACGAGCTCCAGTGCCTGGAAGGAG-TAGGCATGTGTAGT 

a score=5492
s danRer3.chr12 31249948 170 +  37038836 CCCTCAACGACAAACACACTGCGCAGAACGTTGAACTGAAGCTCGTAATCAGGGATGGCGCAGACCAGCCTGGCCTTGAGAAAGGACGTCCACTTCCTCTGAAGAGTCCTCTGGCCTCCAATGTCCCCCTGTGA-ACCACAAACATAATATGA-AAAAACAGAGCAAATTAC 
s mm7.chr13     50745589 171 + 116696528 CCCTCAGC-ACAAACACATCCTGAAGTATGTTGAAGACCAGGCCACTGTCTGGCTTGGAGCAGATCAGCCTGGCCTTTAGGAAGGAGGTCCACTTTTTTTGCAAAGTCCGCAGGCCGCCCTGGTCGCCCTGGAATTCCAGAGACAGCACATGGTAGAGGCAGGACAGATGAC 

a score=7934
s danRer3.chr12 31252073 333 + 37038836 TGAGCTCTTGGTTTTAGCAGCTTTAAGAGGTTTCTCGCTCATTTCCTTCAGTTC-------AGCTTCCTCGGTTTCCTCTGTGTTTTCATTAACATCCACTTTCACCTTCCGAAGCTTCTGCTTTCCCTTCACAGGAGCAGAGAAGGTGAGCGAGGCTTTATTAAACTCTAAGGGAAAGACGCCCACGTCCCCGTCGAATCGGTTTTTGGCCACCTGCAGGGACCTCCGGCCTGGACACGTCACCAGCTTCTTCTCCTGGAGGATGAGCACATTATCTGCTTCCTGACTGGCCTGATGTGAGGAAAAGGATGCATTAGACAGGCTAGATTTTATTAATAG 
s mm7.chr19     16317770 326 - 61223509 TGGGGTCCTGGCCTAAGCAAATCTCAGGGTTCTGGTGCGCAGCCCCTTTTTTGCCAGAAGAGGATTTTTTGGCCACTAGTCCATTGTCGT---------CCTTGATCTTCTTGAGTCGGGCTTTGCTCTTGGGTGGGATGGAGAAGGTAAGGGAATTCTTGTTGAACTCCAGTGGGAAGACACCTACGTCTCCATCAAAGCGATTCTTGGACACCTGCAGATACCGTTTCCCAGGCCCAGTCACCAGTTTCCTATCCTGTAAGATCAGAACATTGTCTGCTTCTTGGCTTGCC-----TAAAGGAGAGGGGGCAGGAGAAAAAAAAGACATGAGTGAAAG 

a score=8508
s danRer3.chr12 31252485 202 + 37038836 ACCTTAGCCGTGCCAAAGATGGATGCTGTCTGCAGCTCTTTATCATCCTCTTCTTTCCGAGGGTGGATAATTAAAGTCACGTGACAGCAGCTGTTTGTGGCGAACTTCCTGAAGATGCCGATGATGTGGTCTTGTACTGCAAACCTAAGAAAATTGattaaa---atataataatatatttGATAACACAGTCAAAATTTTCAGC 
s mm7.chr19     16319075 205 - 61223509 ACTTTGGCTGAGCCGAAAATGGATGCTGTCTGCAGTTCCTTGTCGTCGTCTTCTTTCCGAGGGTGAATGACCAGAGTCACGTGGCAACTGTTGTCTGTAGCAAACTTCCGAAAGGCTCCAACAATGTAGTCTTGAGCTGCAATCCTGCGGCAACGAAGTTCAGCCACAGAAGAGGTTATCGGGTGGAGTATACAAACCCTTGAGC 

a score=6477
s danRer3.chr12 31255376 168 + 37038836 CTTACTTGTCCACAGACAGATTTTCTTGACCCATCATAAACTGCAGGTTGTCAATGATCACGTGACTGATGTCATAAACGTAAACAGCATGCTGCATGGTATCCAAAACAGTCCTGTAAAGGAAAAAAGAGTGCAAGTCATATTAAAAGATTAAGAAAAGAAGCATCA 
s mm7.chr19     16319392 158 - 61223509 CTCACCTGTCAGAGGAGAGCTGCTCGTGACCCATCATGAACTGCAAGTTGTCAATGACTACATGACAGACGTCATAGACGTAGACAGCATGTTGCATTGTGTCTATGACGGACCTGGGGAAGAGAAGCG-------GCCATTTAAATAGTCT---TCAAGTAGCCTCA 

a score=14408
s danRer3.chr12 31255544 320 + 37038836 TCTCACAAATCGATAGGGCTTGCAATACAATACAGAACTTAATCAAGTCTATTAGACAAATGTCAAGGATTTACTTGATGTTCTGCTGTCCATGGAAGGTCATGAAGTAGAGAGGCAGGTCCTCAAACTTGTCAGCCCACATGTCGTATTGGTCCAGGTTCTCCTCCAGCCTTTGCTTGGAAAACTGGGTCAGCATAATTTTAGCCAGGCGCACATTGTTGATTTCAAAGCTGCCCCATAATGTGTTGACCCCCTGCATGCACAAATCCAGAGCACACTCACTAATGAAGGTGGTCTTTCCACTGCCTGTGGGACCTGCA 
s mm7.chr19     16320049 313 - 61223509 tataataaataaataaatttaaaaaaaaaaaaaaAAA---AAAAAAGTA-ACTGGGC---TCTGAGGGTCTTACCTGATGCTCTGTTGTCCGTGGAAAGTCATGAAGTAGAGAGGCAGGTCCTCAAAACGGTCTGCCCACTCTTCATACTTGTCCAGTTGCTCTTCCAGCCGTGTCACAGCAAACTGGGTCAGCATGACCCGGGCTAGTCTCACGTTGCTGATCTCAAAGCTACCCCACAGTGTGTTCACTCCCTGGGTACACAAGTCCAGGGCATACTCACTGATGAATGTTGTCTTGCCACTGCCTGTTGGCCCTATA 

a score=27711
s danRer3.chr12 31257805 1162 + 37038836 ACCTGTAAAGACGGTCAACTCCCCTTTGCGATGTCCTTTCAGGATTCGATTAAGCTCAGGGAATCGAGACCACTGTATTCCAGCCACCTGCTCCACATTAGCCAGTTCCCCATACACGTCCTCTCGGAGCTGCTTGAAGGACACGATGGACTTGTGGGCAGCAGGGATCGAAGCCTTGACGATTCGTGTCAGGTTCCTTCCTTGCGCCAATGCCTCGCTGGGACATGGTTGAAACTCTCCAGGCCTGACAAGAGAGCAGCGTTTCAGCCCGAGTTTCCTGGAGAAGATTTTGGAGGCTTCCCAAGAACGCATATCTCCACCCAGCCACAGTGTGACTTTCTTGAACTGCTCCAGATACGGTAAGAGGATCGGTGGCAGGCAGCTTACACCCCGTGGCAGGGCCAAAGATGGCAGACCGGTAGCCTGACTCACCGCCATGCTGTCCACCTCGCGTCCTGTCAACACAACCTCGGCGTCCTTGCGTCCTACCAAAGGCAGGCCAAAGAGGTTGTGGTAACTAGAGACTTTTGGCACTGTGGCTTCAGTATAAACCACACGTCCGTCATCCCTCGTCGAGGCCGAAAGCAATTTAACACCACGAAGTCCCGAATCCCGTCCGCCAAACCAAGGAAACACCAAACTCTTGGTAGGCTTGAAGAACCGAACTCCGAATTTCTTTAGAGTAGCATTGGTGAGTTTGGCGATCTGAAACATGGCTTTAATAAGCTGCACCTCGTC---TTCCATGAGGTCGGAAAAAGGCACGGAGCTGCTCCAAATTCTTTGCACCTCCTTCACCTCCATCCCTCTTTCCTCCTGCTCCTCCAGGCTCTCCGGAAACCCTAGGAGAACATTGGGGCTGATGGAGGTTTGGCCTTCGTTCAGCATCACCTCAAGGCAGTCCTGGAAGTCCTCCCAGTTTCCTTCTACTAAAGTGTCCTTGCATAAAAACTGTCCGGTGGTTTTATCAATGAAGAGCGAGA----------AGTTTTCCCGTCCCGATCCTTCAGG--CAGGGGTGCCGTAAAAATACTGGGAGCGTGTAAGCAGCTGTGGCCATCGTGGAAAGGGATTTCTTTAAAACGAAGGTATTGTTTGATGTCAGTGACCGT-----GAGAGGCTGGTCGAAATCGATGACAGACTTTGCATCTTTTCTTAATGTTCTGCAGAAA 
s mm7.chr19     16321259 1144 - 61223509 ACCTGTAAAGACCGTCAACTCGCCCTTCCGATGTCCCTTCAGCAGACGATTCAGGTCTGGGAAGCGGCTCCAACGGACACCAGCCGCTTGCTCTACATTTGACAGTTCTCCTAAAACCTCCTCTCGGAGCTGCCGAAAAGACACAATAGACTTGTGCCAGGCAGGTAGGGCGGTACGAAGAATACGGGGAAGACTTAAGCCTTGGTTTAAGGCCTCCAGGGGACGAGGCTGTTGGTTCCCAGGCCTCACCAGAGAGCATCGCTTGGGGTTGAGTTTTCGAGCAAACAGTTTGGCAGCTTCCCAGGATCGAAGGTCATCTCCTAACCAGAACACAATCCGACGGAACTGTTCAAGGTAAGGCAGTAAGGCTGGGGGTAAGCAGACTGTCCCTCGGGGTAGGGAAAGGGTTGGCAGCCCCGTCGACTGGCTCAAGGCCAGGCTGTCCAGTTCACGACTTGTCACAACCACCTCAGTATCTCTCCGGCTGATCAGTGGTAATCCAAATAGGTTGTGATAGACACCAGGCCGGGGGATGGTGGTCTC--TACATACTGTAC-TCCATTTTCCTGACCCTCAGCCCCTAGTAGCTTCAGGCCACGTAATCCTGAGCTCCCAGGGGTGAACCAAGGGAAGACCAGACTTCGAGCAGATCGAAGATAGCGGACACTGAATCGCCTGAGTGTGTCATCTGTCACCTTGGTAAGGCCAAACATCACACGAGCTAGCTGGGCTTCCTCAGGGTCTGGAAGCTCCCAAAGAGGTATGGCTCGGTTCCAGATCCTCAAGACCTCCT------------CCCTAACCTC---AGCTTCTGGGCCTTCCCTAAG---TAGGACACCCTC--------------TTTGGCCCCATCCCCTCGTC-CCTCCACACTGGCCTGCAAGTCTTCCCAGCTCCCTTCTGCTAGGCTGGTCATGCAAAGAAAGTGTCCTGTGGTCTTGTCAATGAAGAGGCAGAAGGAAGTGGGAGCGTCCTTTTTCTCATTTTTGATGTCTGAGGACACCACAAAGGGACTTGGTGCTCGAAGGCAGCTGTGGCCATCCTGGAAGGGGATCCCATGTGCACGTAAATACTGGCGGATTTCAGTCGTAGTCACCGGCGACACTGGC--ATCTCTAAGGCTGGGAGCGCTTCTTTTCTGTACCTTCTGCGGGGA 

a score=6841
s danRer3.chr12 31263741 262 + 37038836 CACTCATTGTTTTTCTATGATTGTTGCAGTGAATGGGAACGTGACTGAGGAGATAATCACCAACAAAACATCACAGCAGATAGCTGAACTTATAACCAAGATGTCCAATCAGTCAGGACTGGACATCATCCGTATTCGGAAACCTTTCCACACAGACAGCCCCAGCATCCAGGGCCAGTGGCACCCCTTCACAAACCGAGCCCCCAGCATTGACCCAGTTGGGCCACAACCAAAATAA----GGACTTTTCCTCCAGTATGTATAC 
s mm7.chr19     16323667 260 - 61223509 CACTCATCCCCTCCACGTCCCTCTCCCAGTTAATGGGGCTGTGCGCGAGGAAAACGTCAACAGCAAGTCGGTGGAGGAGATCAAGTCGTTGGTGCAGAAGCTGGCAGACCAGTCCGGCTTGGATGTGATCCGCATCCGCAAGCCCTTCCACACGGACAACCCGAGCATCCAGGGCCAGTGGCACCCCTTCACCAACAAA------CGGACTGCCCTCCACGGGCTGCGGCCCAGAGAACTCCGGGATTCTGCTCCAGCTTCGATGC 

a score=7519
s danRer3.chr12 31277485 956 + 37038836 ACTGAGCTCTCATCCGGCTGGATGTCCAACTGTGTGTGTTTCCGCTTTTCAAGAATCCTGTTGAGCTCCTCGGTGAAGGAGT--GGTAAAGCGGAGACGTCGTTTCGGAGTCTGCCTGCCCAAGGAGCACGTAGCTGTTACCGTTAATTTTCCTCAGCACGCTGGGTAACGTGGCTGACAGTCCATTTGCATACTCCGAAGCAGGCAGAGGCGGCGGCATTGGAAGGGGCGGGGCAGGTGGAGGTTCCTCGCTGGGCGTAGTCTGGATGTCCAACGGGACGATCTGTAGAAACTC--TTCATCTCTCGACATCGCTCTGCTACGCCCTTCTGTTCGGCCATTGCAGTGACTGGAGATTGTTTTGAGCTCAAAGTGTGAACTTCTTTTTCTTTCGGTTGGGGTGGTTATGGAAAGAGCTTGCTGGGAGTACTTGGCATCGAGAGAGTTT---TGTGCGCAGA-AACTAACGTACAACAGGAGCACCGTTAGAACCAGACAAAGTCCACCAAGCACTGCCACCAGAGAGATATACATGGCCTCCATGTGCTTGTAGGTCTGAAACTCTGGATCAGAAGGTAACGGAGCCGGTGGGGGTGACAGGAGCTGCTCGACAGGACCGCTAGAAGGACTTGGAGTTGGCACAGTTGTAGTAGTAAAAAAACTTTCAGGTAAAGCTGTCGGACTTCCAGAGAGATGTGATGCCGGAGGTGGAACTGGTTGCACTCTCACAATGTAACTGCGAATAGGAACCCAGACGCTATTTTCCACTGCATAACATCGGTAGTGTCCGCTTTGTTGGTTCTGTGCACCGATAATAAGGAGGCCGTCTGTGCCAGTGCGGTAGCCAGAATCTACGCCATAACCCTTCAGTTCTTG--ACTGTTCAGCGTCCATTGAGGGGTGGCCAGGTTTGATCGAATCTCGCATTGTAGCAGCACATCATCTCCTGCCATCACCGCACGTGT 
s mm7.chr19     16327643 806 - 61223509 ACAGAGCTCTCGTCTAGTTGCTCTACAAGCTGTGTGTGCTTCCTCTTCTCCAGGATGCGGCTGAGCTCCTCTGCAAAGGAGCAGGGTCCTGCTGGCACTCCATT-----GTTGCTCTGCCTCAGGAGCACATAACTGTTGCCATTCATCCTTCGCAGCCGGCTGGGCAGT---GCCACCAGCCCATTGGTCAGCTC---AGCgggtgggggtgggggtggtgggggtggtggggc---tggggCTCCTTCCCCGGGAATGATCTGGAGGC------AGCCACTCTCCAGACCCCCAGTTCCTTCTCCATCATCAC----CTTCATCTTCCTCT----CCAGGACACTGGCCTGAGACAGTCTGCAGCTGCACGGCCGAGCCCCCTGCCCGGCCAGCCCG----------------ACCCAATGAGTATTTTCGTCTTCGACCTCGTCTGCCTCCCTTCAGACAAGCCACATAGAGGAGGGAAGATGCCAAGATGAGGCAGAGGCCACCAAGTATAGCAATGGCTACCACATAGAACATCCTCATG------------------------TCATGTGCCAGCTGTGCC-CCAGGTGTGGCAGGGGCT-----------------------TGTGGAGCTGGAGCAGGGGTGGCTG-----------------------GCCGGAC-----------TGTGAGGCTGTAGG-------------ACGCCAGCAGCATA----------------CGGAGGCCATTCTCCTCGGCATAGCAGCCATAGTTGCCACTGTGCTCCAGTTGTGTGTCAGTTACCAGCAGCCCATCCACTCCCACGCGGTAGCCA-----TCCTGCCCATCGCTCAGGCTCTTGCTCCCATTGAGTAGCCACAAAGCCCGGGCCAGGTTAGACGGCTGGTCACAGGGCAGGAGGACATCATCACCCCGGAGCACAGATCGGGT 

a score=1713
s danRer3.chr12 31278530 83 + 37038836 ACACACCATCACTTGTGATATTAGAACAGCCTCGTCTTCCCATCTGGATGTCCTGGACGAGACTGGACCTGCGAGAAACACAT 
s mm7.chr19     16330390 83 - 61223509 ACTTACCTGCATCCCTGCTGCCCTCACAGCCTCGATTTCCTCTCTCTATGTCCTGTATCAATTCTGTCCTGCAGAAAGAAAAT 

a score=4056
s danRer3.chr12 31280033 247 + 37038836 AAACTCTACTTGGAAAAAAGTTGGCTACCTGTTAGCATAAGATGCTATCTCAGCACACATTCTTCCATCCCAGCCACAGAGCGGATCGCGTGCGAACACACAGTCGTAACAGGAGGTGTAGCGTTCACAAGATGACAGAGGAACCTGCACCAGTCCAGAAGCGCCGCTCACATAGATACTGTTCTGTAT-CACAAAATACA--CAACCTAAGACCTTTTGGGGATCTATCCA-----TTAAGTGTTTGTCCCTAT 
s mm7.chr19     16330581 247 - 61223509 AACCTCTACCCTGGGACCTGTTGGCTAC-----GGTGGTGGCCACCATGCAGGCATGGATGCTGGAGTCCCAGCCACAGTAGGGGTCCCGTGCCAGGATGCAGTCATAGCAGGACTGGTAGCGTGAGCAGCTGGACAGAGGAAACTGGAGGACTCCACTTGCAGCCCCCACGTAGAGGCTGTGCTGGATTCAGAGAGGACAGTCAGTCAGCAACCCCT---GTCTCTGCCCAGCCTCCCCAGTCTCTTTTCCTGT 

a score=3406
s danRer3.chr12 31280316 149 + 37038836 TACCTGTTTTTGTGATATCACCATGTTAATGATGGGCTGTTTCTCTTGGAACAGCTGAAGCTCCTCAATGATGTGCA---CACGGTCTATAATCTTCACAGCTCTTTGTAACCAGCCCTCATCTG--GAGAGAAGCACACAAGCCACGAGTCAA 
s mm7.chr19     16330847 151 - 61223509 TACCTGCATTGGTGAGATAACTAGATTGTCCACAGACTGGGGCTCCCTGAACACTTGTATCTCTTCAATTATGTGCATCCCAGAGCCCAGGA---CTACGGCCTTGTGGATCCAGCCATCAGCTGATGTGAAAAGGGCAGAAGTCAGAATCCAA 

a score=2317
s danRer3.chr12 31282313 529 + 37038836 GCACCTGTTCCAATGAAGAGCATGTCATAGGTCCGTCCGTCCAAACCCTCAACCTGTTGAACAATGATTTTAGTGTAATCTGCAGCTTTCTGGAGCAAAAGTGGACGTCCTTCCACCGGCTGGATCTGGGTGGACATTAAAGGGTGTCTCCGAACAAAATTCAGAGTGTTGTCAGGCAGATCCCGAGAGGAATTTATGAGCTTGCCACGATGCTCATCAGTTATACACTGAAAAGAAACA---------------AGGCCACCATTACATAACATTCCCCAGAGAGTGTAAATAGAAACCATGCTACACTTCAATGCAAGGT---TTTAAAGGGGACAGTTTATGGGACTGTTTTGATTTAGAGCATCTCACCGAACCAGGTCGTGGATCCGGAACTTTCCCAGTGTATTCCCTCCATTTGGAG------TCCTGAAGTTCCATGAATGGCCCATTAAAAGCTGTCTGGATGTCTTTGAGGGAATACCGACACACTGCAGACATCTTAACGTTTCTCCTGGCAGTGTGAAAGAA-AAAAGATTAATGGAAACCT 
s mm7.chr19     16331178 532 - 61223509 GCACCTGTGCCCAGAAAGAGCAGGTCATAGGTGGGTCCAGCAGGTGTGCTGACGTGTGTTCCTGTGAGATGTGTGTAGCGTACATTGCGCTTCAGCAGCAAGGGCCGCCCACGTGTGGGCACCACAGGCCGAGCCATCAGGGGATGCAACTTCACAAAGTCCAGAACCAGGGATGGCAAGTCTTGGGATGAGTTGTAGCCTCGGCTGCGCAATGAATCTGTGATGCACTGGGTTGGGGGATGGGTGGTGAGACTCAGGACTCCACCACCTGCCTCCCTC------GTATAAGGCTGAACCCCACCCCGCCCCTGAGCTTTGTCCACTTAACG---------TAGGGTCCAGGCCTGAGT-------GCTCACCGAGCCAGGCCGGGGTTCAGGCACCCCACCCTCATAGCGGCCCCAGCGCCGGGCACCATCCTGGTACTCCATAAAAGGGCCTGTGAAGACAGCCTGAATCTCAGCCAGGTCATAGCGGCAGATGGCTGAAGCCTCCAGCGTCTTCCTAAGAATGAGACATAGTGGATGATTGAGTGGAGCCT 

a score=2205
s danRer3.chr12 31283237 381 + 37038836 TTGGACCACATTTGAACATTAGTGGACCTCTTTTGGATGCTAGTGGACAACTATCACACATTAGTGGACCACTTTCAGAAGTTAGTGAACCATTTTCGGACATTATTGGATGTGCAAAACAGGTTTATTGTCTCAATGTCTGATTAGTAGGGACCAATTTCAGACATCAGTGCACTTCTTTTAGACATCAGTCGTTCACTTTTGAACGTTAGTAAACCACTTGGGACGATA--GTGGACCACTGT-----CTCACATTAGTGAT----------------TCACTTTTGGACATTAGTGGACCACTTAGGGACATCATT-GGATATGCAAAACAGGTTCAGTGTCTCACTGTCTGATTAGTAGAGATAAATTTCAAACATCAGTGGAGTGGACCACTGTCAGATG 
s mm7.chr17      3035367 372 + 93276925 TTGGAGCACTTTGCCACCACAATGGAGCACTGTAACACAGCAGTGGAGTACTGTCACACGACAGTGAAGCACTGTGACAGAAGAGTGGAGCAGTGT--GACACCACTGGA---GCAA------TTTGT--CCCCAAAGT-----------GGAGCATTTTGAGACCACAGGGCAGCACTGTGACACCACAGTGGAGCACTGTGACATCACAGAGGAGCAC-AGTGACAGTACTGTGGAACACTCTGACACCTCATTTGAGCGGTGTGACACCACAGTTGAGCACTGTGAGATCATTGTGGACCATTCTGACACCACATTAGAACGTGTGATACCA---CAGTGGAGCACTATGACAGTAGAGTGGAGCACTTTCA-----CATGAGAGTAAAGCAGTGTGACACG 

a score=2306
s danRer3.chr12 31283618 466 + 37038836 TCAGTAGACTACTTTTGGATGTTAGTGGACCAATTTTGAACATCAGAGCACCTCTTCAGACCTCACTGGAACACTTTAGGATGTTAGTAGA---------CGTCTTTGGGAAGC---------------------------------TAGTGGACCAATATCACACATTAGTGGACCACTTTCGGACATCATTGGATA----TGCAAAACAGGTTCGCTGTCTCAATGTCTGATTAGTAGGGACCAATTTCGGACATCAGTGCAACTTTTTCAGACATCAGTCGTCCACTTTTGAATGTTAGTGGACCACTTTTGAACGTTAGTGGACCTTTTTGGGAGGCTAGTGGACCACTATCGCATATAAGTGGACCACTTTCCGAATTTAGTGGACCACTTTCAGACATCATTGGATATGCAAA---ACAGGTTC----AATGTCTCAATATCTAATTAGACCAATTTCAAACATTAGTGGACCTCTTTCAGACATCAATGGACCTTTTTCAGGCATCAGTGGA 
s mm7.chr17      3036116 511 + 93276925 TCTGTGGAGCACTGTGACATCACAGTTGAGCCCTATGAAACACAGTGGCATATTGTGAAACCACAGTGGAGAACTGTGACACCACAGTGGAGCAATGTGACACCTCTGAGGAGTACATTGTCACGAGAATGGAGCACGGTGACACCAGAGTGGAGCACTGTGATACCACAGTGGAACACTCT--GACAGCACGGTGGAGCACTGTGACACCAG---ACTGGAGCACTGTGACACCAAAATGGAGCATGGTGACACCAAAGTACAGCACTGTGACAGCAAAGTGGTGCACTGTGACATCACAGTGGAGCACTGAGACACCACAGTGGAGCACTGTGACATTATAGTGGATCACTGTGACATGTAAGTGGAGCAGTGTGACACCACTGTGGAGCACTGTGACATCACAGTGAA---GCAAAGTGACAACTCTGAGGAGTACTTTGACTCCACACTAGAAAAATGTGACACCACAATGGAGCACTGTGACACCACAATTGACCACTGTGACACAACAGTCGA 

a score=8617
s danRer3.chr12  31286774 305 +  37038836 GCCAATCTCCAGAAAACGGCCATGTCTAGCCAAACAACGCAAGCTGGCCTGCAGCTTTTCTTCAGCAAGAGAGTTTAGTACCAAGTCTACTCCTGAAG-------------ACACATTTACAAACAGTTGATTAATATTTCAATCC--ACAACAAGGCTGTTCTGTATTCGGAGTCATTGTCATACAGTCAGTTC---------------ACCTTTGCCCTGAGTGTTGAGCATTACGTGCTGCTCAAATGAAGAATCCCTGGAGTTGGCAAAAGATTCAGCTGTAAGTTGTGGGAATCTTTCCTGCAGATACTGCTTCTTCTCTTTAGAGCCTG 
s mm7.chr11     120920675 330 + 122091587 GCCAATCTCTAAGAAGCGACCATGCTGAGCCAAGCACCGCACACTGGCCTGCAGCTTCTCTTCTGCCAGTGAGTTGAGGACCAGGTCGACCCCTATAGTGGCAAACAGGTCACTCGGTCAGGGTGGGCTCACCCATACCTCAGTCCTGAGGGCCAGATTG-ACTGTGT---GGTCCAGTCTCAGGCAG-CGGCCCGGGGGACACGTACGTACCTTTGCCACCTGTGTGCAGTAACACGTGCTGCTCAAATGATGTGTCCCTCGAGTTGGCAAAGCTGGTGTCATCAAGCTGAGGGAACCTGGCCTGGAGGTATGCTCGCTTCTCTGCAGAGCCTG 

a score=13379
s danRer3.chr12  31288445 399 +  37038836 CTCACCCACAGTTGTGAAGACTCGACAGCGCATGCTAAGTGCAATAGCAATTGCGGCCTGTCCCACTCCTCCAGAGCCTGAATGGATCAGCACACTTTCTCCAGGCCTCAGCCGGCCTCGCACCACCAGGGAATAATATGCGGTGGCATACACCACTGGCACAGAGGCAGCCTGCTCCAATGTCCTGCACAAAAACAGAGCTTCACTTAGACATCAAGACATTTTG------AACCTAAATAAAATAAGCTTTTAGAATTCCAG--ATTGCCTCACCAGCTGGATGGAACGTCCCAAAGGAAG-CGTTTGTCTGCATCCACACAGGTGGCAAGGCCTTTAGCTGGCAGCAAACCCATTACACGTCGCCCACTGGGGTCTCGCCCTGAAAACTCCATTCCCAGCATGCA 
s mm7.chr11     120921078 397 + 122091587 CTTACCCACAGTGGTGAAGACGCGGCAGCCCAGACTGAGGGCAATGGAAATGGCCGCTTGGCCCACACCACCTGAACCTGAGTGGATGAGCACGGTCTCCCCACGCTGGATGCGCCCGCGAACCACTAACGAGTAGTAAGCAGTGGTATAGACGACGGGCACAGAGGCCGCCTCCTCCAGGGTCCTGAGGGTACACAGCAC--------AAGATCGACTCAGCCTGGCCACCAACCAAGATCACATCATCTCCC--AACTGCAGCCACCCACTCACCAGCTGGAGGGTACATCCCAGAGGAAGTCAGATGATAGCAG-GACTGAGGTGGCCAGGCCTTCTGCAGGAACCAGCCCCATCACACGCCGGCCACACCTATCCCGGCCTGAGAACTCCATGCCGAGCATGCA 

a score=8719
s danRer3.chr12  31289279 199 +  37038836 ACCAGGGATGGCATCTGGAGGCAGTTTGCCAGTGGCCAGCATGATGTCTCTGAAGTTGAGGGAGGAGTAGTAAACGCGGCAGAGCTGCACGTTGGGACTGGACGCGACAAAATGACGCAGTGGGGAAGCGATCCAGCGCAGAGATGAGAGGTCACCACGAGTCAGGACGTTCACGTAAGCCTGCTCCGTCAACTCCTCG 
s mm7.chr11     120921700 199 + 122091587 ACCTGGAATGGCATCAGGGGACAGCTTGCCCGTGGCCAGCATGATGTCTCGGAAGTTCAGTGAGGCGTAGTAGACAGTGCAGAGCTGTGCTCCTGAGCTCGAGGGCTGCGTGTGCTTCAGGGGGGAGGAGACCCAGCGGATGGAGGCGAGGTCCCCTCGGGTGAGGACGTTTACAAAGGCATGCGCTGTCTGCTCCTTG 

a score=2593
s danRer3.chr12  31290727 198 +  37038836 TTACCTTGTGTTAACAACTGGTGTCTAAAAACACCCCAGAGTCCATCCCGGTGCACATTCATAACCAGGTCCTTCTTTAATAATGCCTTCATGACCTTTTCA---TTAGGAAGAAGGGAGGGAACAGCAGCACCCTTACTTAAATTAGAAACAAATGTACACCTATTGAGAAAGGAGAAAAAAAAAACATTTACATGAATA 
s mm7.chr11     120922010 198 + 122091587 TCACCCTGCTCTAACTGGAAGTGACGGAAGGCACCCCAGGCCCCGTCCCGGTACACGTTCATCACGAGGTCATGCTTTAGCA---CCTGCTGTAGCTCTGGAGAGCCAGGGTCCAACTTGGGGGCGTGAGATGTGTTGCTGAGGTTGGACAGCAGGATACACCTGTGGGGCAAAGTGAGTAAGGATACCAAGACTGGAGGG 

a score=1593
s danRer3.chr12  31290958 233 +  37038836 AAATATTAAACAACGCTCAAGTCAAATGTTTAAGTCTTGTTTCACAAATATAGCATTACAGTAGTTCACGGTATGTGGAAAATAAGTGGACGGACCGTATACGGTTGCCTCCAGGCTCCTGTCTGAGGCAGTTCACCATTCCCACCACTCC---ATTATGGCCCTTGGTGGCAATGAGCCAAACTGGGATATCAGATGACTCAGCTAAAGTGCTCTAATGAGAAAGAGGGAGACAG 
s mm7.chr11     120922222 173 + 122091587 GAAGGGTAGGCACCTCTCA------------GAGTCTTTCCTACCGAA---------------------------------------------------TCCGGTGTCCACCCGGCTCTTTTCGGAGACAATTCACCAAACCCACCACACCCGAGGTGGGGCAGTCCATGGCCGTTAGCCACACAGGCTGGGAGGAGGACGTGGCCAGAGTGCTCTGCAGGATAAAGGAGGGTCAG 

a score=3646
s danRer3.chr12  31293304 170 +  37038836 ACCTTTAAAGTTTCAACCCATTTGTAGTCAGTAGGGTCTACGAAAATATGTATCGGCTGTTTTTGAGAGGATTGTTGGCTGCGCCGGCAGAGGAAGAGAGCAGAGCCATAGTAAGATTTTCTGAGCATGACCACATTTAAAGAGGCCTTCTGGAAAAGCTCCTCCCATTC 
s mm7.chr11     120922448 164 + 122091587 ACCTTCAGAGAGTCCACCCACTGGAAGCTGGTATCCTCCACAGACAGGAAGATAGGTTTCTCCTGTGGGA-----TGGCT-CGCCGGCACAGGAACAGCGCAGTACCGTAGAAGGACCTTTTAAGGCCCACCAGGTGTAGTGCCTTCCTCGAGAACAGGCTCTCCCACTC 

a score=5222
s danRer3.chr12  31295475 369 +  37038836 AGATGTGAGGAAGGCTACCGTCTCCCCAAGAGTGTCTCCTCTGAGTAAAGTGTGGAGTAAAATAAAGCCCCCTTCCCTCGCAGCTGAGGTCAGATTCTCGATCAGAAGTGCTGGATT------GGTTGCTGATCCAACTGCACAGTTGCACACAACCAGATCAGCTCCGTCCAGTCCACCTGTTACTGGCCCCTGAAGAGGGTCCCACTGAGCAGTTGAGATGCCCTGCTCCTCCAGGGAGCTTTGCTGAGCAGAAAGCTGATCAGCAGAGATGTCTGAAGCAGTGTAGTCAAGACGCAACATCGGCTGAATATTGAGGAGACTGACAGCCTGAGAAAACACACGGCCATCTGCTGCAAGAGCCTAATGTATAAG 
s mm7.chr11     120922731 366 + 122091587 AGAGGGTAGGCAGGCCAGGGTCTCCCCAAGGGCATGTCCTTTGAGCACTGTGTGCACTAGCAGGAAACCACCTTCCTTGAGGGCAGCTACCATGTTGTCCAGGGCCAAGGCTGGATCCCCCAGGGTGGCTAA------TGCACAGTTGCACACCAGAAGGTCAAGGGCACCCAGGCTGCTGGGCGCAGGGTC---GGAAGGGTTCCACTGGCCCTGCGCCACATCATGCTGCTGCAGTTTGGTCTGAACATCCTTCAGGGCCTGGGGGTGCCGGTCGGTGGCTGTGTATTCCAGTTGTAGCATGGGCTGGGTGTTGAGCAGTGCCGGGATTCGGGAATACAAGTGGCCTTCTCCAGCCAGCACCTGGGGTGGGAG 

a score=6653
s danRer3.chr12  31295908 343 +  37038836 ACTTACCTCCAGGACTTTGAATTTTCCAGGAGTGCTGTTTTCAAGCGCAGTGTCCAAGCAGTGGCGTAAGGCCTGGGAGTCCAGCAGGCCGTTGAGCAGAGGGTCTTGCAGGAGACAGTCTCTCTCCTTCTGCACCGTCTGTTCCAGCTCTGAGCGCAGGTTCCCATTGAGTTCCAGTCCACACAGAACCGACAGCAGACGCAAAAGACCTTTTTCTGCCTCCGCTTCAATCAGCTGGCCCTCAGATGCACCTTCTAACCCAGGGATGGAGATTTTCACTCCCTGTTTGGCAAGCTTTCTCTGCAGACGCTGCACTAGACCTGTGCATACAAAATGCAGAAAG 
s mm7.chr11     120923515 308 + 122091587 ACTCACCTCTGCCACCTTCATCTTGAGAGTAGACAAGTTCTCCAGGGCTGTGTCTACGCAGGCCTTGAGGGCCTGGGAGTTGAGGAGGCCACTGATCAGAGGGTCTTCTGGCAGCAGGAGCCTCTCTTGAGCCAGCGCTTCTCCCAGCTCCAGCTGCAGGTTCCCGTTGAGCTGCAACTGGCAAGCAGCTGCCAGGAGTCG---------------------------AGGCAGCCCGTGCTGTGGAGGGTCCTCTTGCCCAAGCATTGCCGCCTTCAGCCCTTGCTGGGTGGCCTTGGTCTGCAGAGCCCGTGCCAGACCTGGG--------ATGGAGAAAG 

a score=4740
s danRer3.chr12  31297925 170 +  37038836 CAGGCAGTCAGCATCTTCATAGGGAACAAAGACAAACTCCTCCAAAGTCGGTGGCGTCTGCTGTTGCTGCCTACGGGGTGCTGCAGTAGCGTGAAGCCCACAGATCTGAACCCCTCCAGCGGTTATGTTGTCCAGACATCGGTTAACAAATACATTGACAGCTGAGGAGA 
s mm7.chr11     120924099 170 + 122091587 CAGGCACTCAGCCTCCATGTGCGGTGTGAAAACGAACTTTTCCAAGGTGGGGACCAGCTGTTCTTGCTGCCGCCGTGAGGTTGCTGTCGTCTGTAGTCTTGAGATGTGGATACCACCAGAGACCGTTATGCCCAGACAGCGGCTCGTTGTCACATCAGCCACTATGGAGA 

a score=3299
s danRer3.chr12  31298135 208 +  37038836 AGTTTATTATTAGTGGGACTGATACCTTTTTGGTCTCCTTCATAGTCGTTCACCCTCTCCTCATGAAGTTTGGGGTCCACACACACAGACCGGATACGTGTGGGCAGTCTCAAGCTGCGGCCAGGCAGCCCAACCACAAT---CATCTGCAGCATGGTGTCTAAAAAGGTCACCCAGTTACCTGTCCAGTGAAGTTTTCCACTGTCACCTG 
s mm7.chr11     120924310 208 + 122091587 GGCATAGAGCTAGGGCCAGAGCTACCTTGAGTGTCCTCCTTCAGCCTGTACACCTTCTGACGGTGGGTGGCAGGGTCGATATAGATGGCGGTCACACGGGTAGGTAGCTGTAGACT-CTGCTGGCTAGAAC--CCAGAATGGATACCTGCAGCATTGTGTCCATGAAGGTCACCCAGTTATCTTTCCAGAGCAGCTTGCCTTGTTCACCTG 

a score=2664
s danRer3.chr12  31298728 405 +  37038836 ACCAGCATTGTTAGATTCAAGGATTCCCTGGAAGGTTTTGCCATAGTCGTATCCACGCAGACGTAACTCTTTGTAGATGTCTCCAGATTTTAAACGCAGTTTGGGATC--TTCATTGTCTGCAGTTATTGGTTTATTCAGCTCAGCATGAAAAGCATCAAGTCCAGAGTCCTCCAAGACACTCACCTTACCTGAAATCACCAAATGTACAACAAGAGTGTTATAATGATTGAAAAACAGCGTCCTTTCAATTCACAAAGATCCGATTTAATTGAAAACTCAAAATGCAGTCTTATGTGGACATCTAGAC---ACTCACCACTGACTGCAAGATTTCCATTTTCTGAAACCTCAAAGCGGTTAGTCGCAGGCATAAGTCGCACTTCCAGCTGGACGGACCCTGAGAAGCAA 
s mm7.chr11     120924653 365 + 122091587 ACCTTCAAGGGTGGCCTCACAGATGCCCTGGAACTGAGGGCCATAATCATAGCCACGCAGCCGCAGCTCCTTGTATACTTCTCCCTGGGTCAGGCG-----GGAGACCGATGCAGACTCAGGGGGTGTTGGGACTTCTGGGTGGTC--GAATAACTTGGAGTTC-GGGTCTTCCCACAGGTACACTTTTCCTGTAGGAGACAAA---GCAACAGGAGGGCCTTAGCATGGGGCAGGCCAGGAGCT-----------GGGATCC--CTCGCCCACAGACCCAG---------------------CCAGGCCCTACTCACCGCTCACAATCAGATTGCCAGTGTCAGACACCTCAAAGGCATGGGAGGCCTCTAGCAGCCTCACCTCCAGCGCCACGGTTCCTGCAGAGGAA 

a score=15860
s danRer3.chr12  31301323 662 +  37038836 CTTTTACCTGTCTTGGGCAGGATGGTGGCTCTATGGATGGTGACGTCTTCAAAAGTAACCGGTGTGTGGTCCATGACCGTGCCCAGGGATCTCATCAGAGTCCTCCAGGCTAGAACCAGGTATCCTGTGGCTGGGTAAAGCACTCGTCCATCAATGCAATGACCAATCATGTAGTAATCAGGAGACTCTGGATTCATGTCTGCGCAAAACACAGATACAG--TTGCTCAAAAAGCATCATAAGAAAGACAGCCAACACTTAAATTCCAGCTTCACAAATACCCACCAATATTGTACACAGTGGCAGAAGTGGATCCCCCTGAGCCAGCAGGGAAATCTTCCACCTTTGGGACATCCCAGCTCTGGGAATGATCCCACTGAATGTAAGGGGAAATGAGGGGGGTTCCTCTGGGAACAGGGTATTTCACAGCTGGATACAGTTTGTTACTGTCCACGTTAATTCTGCAAATGCAAGAAAGTTTGAATAGCGT--------------CAAATGCTTATAACT---TCAGGTCAAAA--------------CGGTTAG-----GATGTGAAGACTTTAAC--------------------------ACCAACCCATTCATGTAGACCTTGCCCACATGAGAGAGGAAGAACTCCAGATTGTTGGCATGTCCTCTTTTCATCAGGGGGAGGATGGAACAGGTGGGTTTCAGGCTTCGCTTCAGGATGGCCT 
s mm7.chr11     120925077 707 + 122091587 CTCTTACCTGTCTTGGGTAGTATAGTGGCCTGATGAAACGACACATTCTCAAATACCACAGGGGTCTCTTCTAGGGACAAGCCCAGGCTGCGAGCCAGTGTCTTCCACACCAGGCACAGGTAGCCAGTGCCAGGGAAGATGACCCGGCCGTCAATGCAGTGGTCTACCAGGTAGTGGTCGGGCGACTCAGGACTGGCGTCTGTAAGGACAAATGGCTCAGCACTGGCCCACATGCCTGGGAAGGAACCTGCCCGCCAC--GAGGCCTGGCT-----------CACCGATGCTGTAGACTGTAGCAGAGGAGGAG---CTGGAGCCGTTTGGGAAGTCCTCAGCAACCGGGACATCCCAAGTCTGACTGTGGTCCCACTTGATGTGAGGGGAGATGAGAGGAGTCCCTCGGGGAGCCGGGAACTCCACAGGTGGGAACAAGGCGTTAGGGTTGACATTGATGCTGGTGATAAAAGAG---CTGAGTGACATACCTGGCCCCAGGACCGATGGCCAGAACTGAGCTAGGCTGACAGCAACCCCTCTTCTGGGTTGGTGGGTGATGTGGTCCCCTAAGCGAGTAGTAGAAAGAAGAGTGGACCGGACCTACCCTGTGAGGTGCACCTTGCCAAGGTTGGTGAGAAAGAACTCCAAGTTATCTTTATGATCCCTCTTCATCAAGGGAATGATGGTGCAGCTGGACTTCACGCCTCGCTTCAGGACAGCCT 

a score=13247
s danRer3.chr12  31303808 456 +  37038836 ATTAAATGGTTACCTGCAGCAAGGCATGCGGGGCGATTTCTACAACCACAGCATTATCCGGCACATGATTCAGTCCCTCCTGGAAGAGCACAGGGCTGACCAGGTTATTGACGTGGTACTCGGCTGAAGAATAGAGGGCCAGTGGGCTCTCCCAGTCTGACTGCGGGATAGATGTGCTGATCCAGCGAGCTGTGCGGGGCCTTGGGCTCTTTATTACCTACAATAACACACAGGAGGTCAGTGTTGATTTGTGCTGATGAGCTGAGATGTTAATGTCCACCAGAGGGAGCTGCAGAATCA-GCGTTCACCTTCTGTAGTGCAGACAGGAGAGCTGGAGCGATGGAGGCCATGTAATACGAGTGGAAAGCCACACCGGCACTGCGCACTTCTTTGGCAAACACACCGCTCTCTTTTAACTGGGCGACAAACTTGCTGACAGAGTCCTGGAAAAATCAA 
s mm7.chr11     120925878 439 + 122091587 ACCAGGTGCTCACCTGCAACAGTGCGTGGGGCGCAATCTCCAGCACCACGGCATGCTCAGGGATGTGCCACAGTGCTTCCTGGAAGAGCACAGGGCTCACCAGGTTGTTGACATTGTACTCGGCAGAAGATGTGCGGGCCAGGCTGCTCTGCCACTGGGCCTCAGGGATAGAGGTGCTGAGCCATCGAGCCGAGCGCGGCCGTGGTTCCCGGATCACCT--------GCACAGGAG--CTGGGTTAGCACGTGAAGTC--------ATGTCACCCGCCCTCAGGTCTACTCATACAGCCAGGTACTCACCTTCTTGAGAGCCTGCAGCAATGTGGGGGCAATTCCTTCCATGAAGTAGGAGTGGAAAGCCAGGCCTCCTGTTCGTACCTCCTTGGCAAACACACCTTCTTGCTTTAGCTGCTCCACAAATTCATTCACTGCAGCCTGCAGGCATCAA 

a score=4592
s danRer3.chr12  31306604 116 +  37038836 ACCTGAGGGCCTGAGATGGTCACTGTGTCCTCAGCATTATGACAGGCTGGTACAACACCCTGTGGACACTGAGCTTTGCACTCTTCCCACGTCAGGCCTGATGGGAGAATAATGGG 
s mm7.chr11     120926515 116 + 122091587 ACCTGAGGTCCAGAGATGGTCACGGTGTCCTCAGAGTTGTGGCAGGCAGGCACCACGCCAGCGGGGCAGCGCTGTTTACATTCCTCCCAGGACAAACCTGCAAACAGAGTGGCTGG 

a score=7830
s danRer3.chr12  31306774 264 +  37038836 AGACCAGGCAAATCCCCCATGGAGGGAC--GCGTCTGATGAATGAAGGAATCTGCTGAA--ACACTGACCCACAGCAGCCATGCCTCCCGGTGGCAGATTGGCCTCTTTAATGCAGCGTCCTCTCCAGTAAGCAGCCAGAATGGCCTCACTGTGACTCAAAGAACCGTCGGCGTAGCCACAAGCCAACTCTCCGACAGAGTGACCCACAATCCCGTTAGGCTCCAGACCCATCTTCCGTAGCATATCAATCTGGGCAACCTGGAAAAC 
s mm7.chr11     120926961 268 + 122091587 AGGACAGAAACCCCTTCCAGGAAGATTCTGGTGCCTAATGAGGTTGGGAGCCCTTTGGAGGATACCTACCAACAGCTGCCATGGATCCAGGCGGGAGGTGGGCATCTTTGATGCACTGGCCTCGCCAGTAAGCTGCAAGCACAGCCTCTCTCTGGGAGAGACAGCCATCTGCATAGCCACAGGCAACCTCTCCCAAGGAGTGCCCAATGATGCCGTCAGGTTTCAGTCCCACAGAAGTCAGTAGGTCGATGAGGGCAATCTGTGAAGC 

a score=6571
s danRer3.chr12  31309970 248 +  37038836 TGCTGATGTCAGTCCATTGGCAATATTAC------ATGTCTGTAACACTGAGGAAAAACTGACCTGAATAGCTGCCAGACCCACAAATGCGTGAACCGTGTCTTCAAAAGTGCTCTCATCAGCTTCCATGAGCAGGCGGCTCACACACAGCCCAGTGTCCTTTAAAGCGATGTCTGAGCGCTTGATGGACTCCCGGAACTCAGACAGCTGCATCAGGCTTTGGCCCATTCCTGCCCACTGCGTGCCCATACCTG 
s mm7.chr11     120927416 252 + 122091587 TGCGGAAGGCAGGACCTTGGCACAAGTGCCCCAGGATGCCTGCACCACACGGGTGGCAT--ACCTGGATGGCAGTGAGGCTCACAAAGGCATGCACGATGTCATCAAAGGTGCGCTCATCTGTGCTCAACAGCAGATCTGACACTTTCACTCCCAACGGCTTCACAGCCTCATCGGAGCGCAGGATAGACTCACGGAAGCTGTCCAGGCGCATGAGGCTCAGCCCCATCCCGCGCCACTGCGTGCCCATCCCTG 

a score=12181
s danRer3.chr12  31312524 492 +  37038836 CTCACCTGAGCAAATGTACCAGAGTGGTCTTGGTGTGGGCTGTGTTTGCTGAACCTCTGTTAGCTCCCCCTGCGCCCCGATCAGTGTGTAGCCCCTGTATGGCATTCCTGCCGTTGGGACCCCAGACACATCATTCAGCAGAGACAGGTAGCTGGAGTTCTCCTGATGCTGCTGGGCGTTGCTGAAGAGGGCAGTGACGGCCTCCTCAGTGCGGCCCGAGGCCTGCAAGAGTCTGGGGACTGAAGGAGCTGGTGTTTTATCCG-ATGAATCTGAAACATGT--GGACTCAGGATCACATGGACATTTGACCCTCCAAACCCAAATGAGTTGATGCCCACGATGCCACCGCGGACTGGTGTAGGCTTCGACACCACACACAACCGACCATCTGTCAGTGCAGGAATGTCAGGGTTTGGTTCATTGAAGTGAACATTGGGAGCCCAGACGCCATGTTCAAGAGACAAAACCACCTGACAGAGAGACAGAGAGTTACT 
s mm7.chr11     120927777 489 + 122091587 CTCACCTGAGCAGATGAACCAGAGTGGGCGCTTGTTGGTGGACACTTGCTGCACTTCTTGGACACGGCCCTCAACACCTAGCACAGTGTAACCCCTGAAGGGCATGGCTGCTGTAGGGGTTGCCGCAATGTCATTGAGCATGCTCACAAAGGCCAGGTCCTGGCTGTGCTGGCGGCCCTGTTCCAGCAGGTCCTGCACTGCCTCTAAGGTGCGTCCACTGGCGTGCAGCAAATGGGGAA---GGGCAGCGTGTGCAGTGGGCGCAGGGGCCTGCCGTGTGTTGGGCTGGAGGATGACATGAACATTGGAGCCTCCGAAGCCAAATGAGTTGATGCCCACGTTGCCACCACGAACAGGCAGGGGCCTATCGACCACCTGCAGCCGCCCATCAAGAAGTGCTGGGATCTCAGGGTTGGGGTTGTGGAAGTGCAGGTTAGGGGCCCAGACCCCATGCTCCAGGGATAACAGCACCTGCAATAGA---ACACAGTTACT 

a score=7058
s danRer3.chr12  31313066 147 +  37038836 tttatttaCCTTGGCAAGAGCTGCCAATCCAGAGGCAGGCTCCGGGTGTCCCATGTTGGATTTGGTTGAACCAATCAGAAGAGGATCCCTCTGTGACTGACAGAACACACTCAC-----AATGCCGTTCACTTCCTGAGGATCTCCAACCTG 
s mm7.chr11     120928838 147 + 122091587 TCTGCTCACCTTGGTCAGGGCTGCAAGCCCAGAGGCAGGCTCAGGGTGTCCCATGTTGGATTTGGTGGAGCCAATTAACAGAGGGGCC-----TGGCGGAAGGCGCACAGGGACCGAGTAATGCCATTCAGTTCCTGGGGGTCACCCACCTG 

a score=7739
s danRer3.chr12  31315113 135 +  37038836 GTTTACCTTGCTCTTTGTAGCCGTCTGTGTTGTTGCCAGCATTGAGAACCGTGGCATAGATTCTCTTAGCCATTGACTTCTTCGTCAAGAGTACCGCAACAGCAGCCTCTGAGCGACAATAGCCATTTCCTAAAG 
s mm7.chr11     120929283 135 + 122091587 GCCCACCTTGCTCCTTGCTGCCATCTGTATTGGTGCCGGCATTCAGAATCGTGGCATAGACCCGCCGAGCCAGGGACTTCTTAGTCAGCAGAACTGCTACAACAGCCTCAGAGCGACAATATCCACTCCCTAGGG 

a score=11146
s danRer3.chr12  31316569 213 +  37038836 CAATCTCACCTGAGGCATCAAATGACTTGCAGGTTCCTTCAGGACTGAGCATGCCCAGTTTCATGAACTGCACTGAGGTGTTGGGCTTGAGCAGCAGGTTCACTCCGCCAATGAGTGCGGCATCACATTTGCCATGGCGAATAGCATTGAAGGCATTTTCCAGTGCCAGCAGACTAGAGGAACACGCTGTGTCAATGGCTGTGCTGGGACCTG 
s mm7.chr11     120929567 213 + 122091587 CACCCTTACCTGAATCATCAAAGGATCTGCAGGTGCCGTCCGGGCTGAGCATGCCCAGCTTCATGAACTGCACAGAGGTGTTCGGCTTCAGGAGCAGGTTGATCCCACCCACAAGGGCCGCGGGGCATTCCCCACTACGGATGGCCTGGTAGGCATTCTGTAGTGCCAGCAAGCTGGAGGAGCAGGCTGTGTCCAGGGCAATGCTTGGTCCTG 

a score=8348
s danRer3.chr12  31318650 187 +  37038836 TGTTTGCATACCATTGAAATCAAAGAAGTAGGACAAGCGGTTGGCAAACATGGCTCGCTGGCATCCTGTCATGCTGTATCCCAGCAGCTCCTCCGGGTCTTTACTGAAGGCCTCTCCTGCCTCTGAGCCGCTCACTCCAATGTAGACGCCAGTTTTGCTGCCACGCATGGACACCGGGTTTATGCCT 
s mm7.chr11     120929932 187 + 122091587 TGCCCACCCACCTTTGAAGTCGAAGAAGAAAGAGAGCCGGTTGGCCATCATTGCACGCTGGCAGCCCACCATGCTGTAGCCCAGAAGCGTCTCGGGATCTCTGCTAAGGGCCTCGGATGCCTCTGAACCACTCACACCCACCCAGACGCCAGTGTTCGTTCCTCGGAGTGAGGCTGGGTTGATACCT 

a score=6647
s danRer3.chr12  31320178 161 +  37038836 ACTGACCTCCATCAACGATGGCCTCGTACGATATCTCTAGCATAAGCCTGAGCTGTGGGTCCATGGTGTGGGCCTGTTTGGGATGCACGCCAAAGAAGGCTGCGTCAAATCTGTCGATTTCTTTTAGTTTTCCATTTCTTCTGGGAAGGCCATACAGACCT 
s mm7.chr11     120931116 161 + 122091587 ACCCACCTCCATCCACAATTGCTTCATAGCTGACTTCCAACAGCAGCCGAAGCTGGGGGTCCATTGTGTGTGCCTGCTTGGGGTGGACCCCAAAAAAGGAGGCGTCGAACTTGGAGAGATCCTTCAGCTTTCCAGACCGCTTGGGTAATCCATAGAGCCCT 

a score=5528
s danRer3.chr12  31320574 133 +  37038836 ACCTGGTTTCCACCGCCTGTCGTCTTCTGTGACCATGTCCACTCCATTGAAAAGGTTCTGCCAAAATTCTTCCAAATTGTTCGACTCAGGAAGGCGACCTGAAATTCCAGCTATAACGATATCCTCCATGTCT 
s mm7.chr11     120931759 133 + 122091587 ACCAGCCTTCCATCTCCTGTCATCATCTGTGACCATGTCCACACCACCAATGAGGTTGGCCCAGAACTCCTGTAGGTTCTCTGACTCGGGCAACTTCCCCGACATACCGGCTATCACCACCTCCTCCATGGCT 

a score=4985
s danRer3.chr12  31328634 155 +  37038836 CTCTCGCCCTCCTGAGTCCCTGTGTGTTTCATTTAAATGTCTGACATCCTCGC-TGGCCACGCCACATGGGCTGACAGTTTGGCTCTGAGGTGCAGTCCAATGAGAGAGGAGGCTGGGCTGCAG--------ACGCAGCCAGTGATGGGCTGATTTCCTACCGC 
s mm7.chr11     120933147 164 + 122091587 CTCTGGCTCCCTCTAGGCCGCGCCGGCGCTATTTAAACCGCGGCCATCCCCGCGCGGCCACGCCACATGGGCTGACAGCTTGGCTGCGCCGCCCAGGCCAATGAGCGTCGGGGCTgcgccccgggacccggcgcgccgccgccggTGGGGTGATGCCCGCGCGC 

a score=2721
s danRer3.chr12  31346994 187 +  37038836 AGCTTTCCTC-AGGTCTGATTTTACCTGCAGTGCTAGGCTCTAGATTTG----TGGCCGGTCTT-----GGAGCTGCAAGCCTCTGTTTGCTCAGGATCTCCATCTCTTTCCTCATTTCAGCCACCACTGCTTTTAGAGTGTTGTTCTGCTGCTGGAGTCTCCTGATCTCCTCTGATGGAAAA-CTGCTGCCATCTAT 
s mm7.chr11     120994887 198 + 122091587 AGCTCACCTGGAGGGGTGGAGTCTCCTCCAGCCTTGGGATCAGGGTCTGCATTTGAACACTCTTCTGGCTGGGCAGGGGGGAGATGACCGCTCAGCATCTCCATCTCTCTCCTCATCTGTGAAACAGCGTTCCGCAGACCTGCATTCTGTTCCTGTAGCCTCTGGATCTCAGTAGATGGAGAATCTGCCCTTATTTCT 

a score=2203
s danRer3.chr12  31349487 101 +  37038836 GTTTCCACACAGAGCCTGATCTCGCTCTACAGTGACACTTTGAAGCACTGTCATCGTCTCCTGCAACTCACGTTCCTTCTCTCTC------AACTCAGCAGTCACCT 
s mm7.chr11     121003683  97 + 122091587 GTTTCCATA----GCTTGGTCTCGCTC--CAGTGACAC----AGCCTTCAGCAGAGTCTCCTGCTGACGCAGTGCCTTCTCTGTCTCCTGGAGTTTAGCAGCGACCT 

a score=4063
s danRer3.chr12  31350037 309 +  37038836 catctagctgtgaggtgacagtgctaaccactgcgccaccatgtaacccCTTAAGTT----TGTATATAACATTTTATTTTAGGGTTCCTGACTATGCAGCAGCTTACCTGGTCTCGGGCCTGAGTAAGGTTTTGGATGATCTCCTCGCTCCTCAGGTAGTGCTCAGAACGCACGTCCTCACAGCGTCTCTCCCAGTCCAACTCTAGCTGAACTCTCTTCTGCTCCAGTGCCTGTTCCCTCTGCAGACCACTTGACACCTGCTGCTTGTACCTGACAGAAAcacactttttttgtttaaagcctgtgtgaaat 
s mm7.chr11     121004201 295 + 122091587 CATCTGAGTATGAG----CAGTACTGTACAGTGTTGC-TCATGCAAACCCATCCTGTACAGTGTACAGTACCGCTCATGCTCCACACCCAGAGGACCCAACA---TACCTGATCCCTGGCCTTGGTCAGCCCTTCGATCAAAGTCTCCGATTTCTGGATCTGGTCTCGTTCAATATCATCGCAGCGACGCTGCCAGTCAAGGCCTAGCTGTACCTGTTCACGCTCCAGGCTCTGTCCCCTCTCCACTGCCAGGGACAGCTGCTGCTTGTACCT-ACAGACACA---------TGCCAATGTCCTGTGTGAACT 

a score=1184
s danRer3.chr12  31354705 345 +  37038836 ATGTAGTGCTACTTACTTCCTGTCGTAGGCTTCCTGTTCTTTTTTACAGTTGTTCTCTAGTTGTTTC------AGTGTTTCCTCAAGCTCCTTTATCCTATAAA---------TCAGTAATT-GCAAT--CTTATGGTATCCTAAATTAAACAAAAAAAACTTT----------CTATACTAGTATTAATCT-----GTCAGTTTACCTGGAG----------------------TCTTTCATTGCGGTGGTGTTTTTTAGGTCCCAGTCTCGATGCTGGATCTCTTTTTGAGCCTGCTGGTAAAGTTCTTCAGAGGCCTGCAGGGCTTCAGTTGCTTGGCTGTGTGCTTTGGCAT------GGACCTCTAACTCTTTGCTCAATAGTTTTTCCTG-GACAGTTTAA 
s mm7.chr11     121012344 395 + 122091587 AGGCAGAAATACGCACTTCCTCCTGAAAGTCTCCTCAGCTTTCTTC------TTGGCCAGCTGTGCCGAGTAAAGCTTCTTCTCCAAGCCCTTTATCCTAAACAGAAACCGTATCAGTAAAGAGCAGTTACGTAAGAGATCAAAGAGTAGAACGGAAAGATGCCAGGAAGGCAACGCCACCAGATCTAGTCCTTACGGCCACAATGCCTGGAGAACAGAACCTACGCACCGAGCGTCCTTCACGGCCTCCAGATCCTGGAGTTCCCGGGCACGCTCCTGCAGCTTCCTCTCTAATTCCACGTGTTCTGCTTCTGCCTTCTGCAGACTCTCTGCTGCCCG------TGCTCCAGCGTCTCTCAGAGCTTGCAGCTCTTTGTTTAGTAGTTTTATCTGAGAAAGATTGA 

a score=3941
s danRer3.chr12  31357178 150 +  37038836 TGCAACACAAAGTTTGCAAAAGATTAAAAATGATTTGGATC--------------TTACTTTGAGCTGACAGGAGAGAACCAGGTTGTTCATTTCATCCAGCTTCAAGTGAAATTCATGCTCTCGTTTTCTCATTTCACTGTCAAAATCTGCCATCATTTCCTG 
s mm7.chr11     121012969 164 + 122091587 TGCAGCACTGGGTAATTAAAGTTGCAATGGTGATTCGAAGCCCAGGGCCAGCCAGTTACCTTGAGCTCATGTGTCAGGACTACGTTGCTCATGTCGTCAGCCCTCAGCTGGAACTCATGCTCTCTTCTCTGCATTTTAGATTCAAACTCCAGCAGCAGCTCCTG 

a score=3459
s danRer3.chr12  31360218 88 +  37038836 TGCCATACCTGTTTCTGCAGTGCCAGTTCTCCATCAGATTCTCTAATTCGTCGCTGGAGATCTCGTCTCAGTGATTCATTCTCCTCCC 
s mm7.chr11     121028509 88 + 122091587 TGTTCTACCTGTCTCTGCAGAGCAAGTTCACCATCGAGTTCCTTCAGTTTTCGCTCCAGTTCCCACTCCAGGCGCTCATTCTGTTCCC 

a score=6010
s danRer3.chr12  31360418 410 +  37038836 CACACCTCTGGACTTTTTCTACTTTGACTCTATGCTCAACTCCTCTTTTCTGAAATTG-CACTTCGATGTCCTCCTTCGCCCTCCGCTGCTCCTCTAGGGCATTCTGAAGCTTCGCTATCTCAATCCTAAGCTCACTGACCTCTTCCCGCCTCGCGCTCTCCTCCATCTGAGCACGAGCTGCCATGGCATCATAACGCTCCAGCTCTTTGTCCCTTTCCTCCAACACACGCAGATTATATTTAAAGTCATCACGCAAGCGGAGGAAACGCTCTCTCTG-------GTCGTACAGCTCTGATGTGGCTTCATTTAGAGCAGTATCCAGTTGCCGAATCCGTAAACCCTGAAGTTCTTTCCACTCTCTTTCTTTACAGGCCAGCTGGGACTCCAGGTC----------CACAGCTTCCAGCATGGTTATG 
s mm7.chr11     121030559 419 + 122091587 CGCACCTGTGGACGCGCTCCAACTCCAAGCGATGCTCCTGCAGCATTAGCTGATGCTGATGCTGCAGCTCCCCCACTCGCCTGGC-CTCCCTGGTGAGGTCTTGTTTCAGCTTGGCCACCTCTATCTTGAGCTCACTGGCCTCTGCTTGTTGGGCCTCCTCCCGCTGGCGGGCCTGGGTGAACTCAACATCATAGCGCTCCAGCTCCCGGTCCCGCTCTTCCAGCACCTGAAGGTTGTAAACAAAGTCCTCCTGTAGGCGTTGCA---GCTTCCCCTGTGTCTCCTCCAGGCGGTTCTGA----GCAGCCTGTAGAGCTGCCTCCTGCAGCTGCGCACGGTGGGCCTGGAGGACTCGCCATTCCTCCTCCTTTCGAGCCAAAAGCTCATTCAGTTCCCGCTCTGAACATAGCGG-CAGCATGGTGATG 

a score=57
s danRer3.chr12  31371187 174 +  37038836 ttattgatacaaattttatcaggat-----tagatatcgtttatcggcccagccctaGTGTAGATGTGGAAGTGTTGGaaaatttttaattattattattattttttaataaattatCAAACTTGTTTTTGAAGTGTTTGAGGCTCA-TACAACTTAAAATTTTAATAGAAAATTTTAAC 
s mm7.chr3      104443115 158 + 159849039 TGACTGAAACAAAACCCAACAAGATACTTCCTCATTCTGTTTGTTGAAAGGCCTTTAGTGCAGAAAAGGGATTTGTGGAGGTTGTTTTGTTGCTGACATAAGTTTTTTCTACTTCAT-------ATCCTTCAGATACTAGATTTGCGCTGCATCTTGGAATTC---------------AT 

a score=13909
s danRer3.chr12  31371361 292 +  37038836 TTCCCTTTTTCTTTCCAGTTGAGCCCTAGCTGTACAGATCATCATGGGTGGAGCAGTTGTAGACACTGGTGACAGCGGAGTCAAAGCACCGGATGGAGGATGGGGTTGGGCTGTCCTCTTCGGCTGCTTCATCATAACTGGGTTCTCCTACGCTTTTCCAAAAGCTGTCAGCGTATTCTTCAAAGAGCTTATCCGGGAGTTTGGAGTGGGCTACAGTGACACGGCTTGGATCTCCTCTATCCTTCTTGCAATGCTTTATGGCACAGGTACGGACCGCAATGATGTACAAGAA 
s mm7.chr11     121064252 288 + 122091587 TTTTTTTTTTCCTCTCAGGTGAA----AGCAGCCCTCCTGGCTATGGGAGGGGCTGTGGTGGACGAGGGTCCCACCGGCATCAAGGCCCCCGATGGGGGCTGGGGCTGGGCCGTCCTCTTTGGCTGTTTTATCATCACGGGTTTCTCCTACGCCTTCCCCAAGGCGGTCAGCGTCTTTTTCAAGGAGCTTATGCATGAGTTTGGGATTGGCTACAGCGACACGGCTTGGATCTCCTCCATCCTGCTGGCTATGCTCTATGGCACAGGTGAGGTGGGGGGGGGGGCACAGGGA 

a score=6118
s danRer3.chr12  31372294 153 +  37038836 ACAGGGCCTTTATGCAGCATCCTAGTGAACCGATTTGGGTGTCGCCCTGTAATGATGGTTGGAGGTCTCTTTGCTTCATTGGGTATGGTCTTGGCATCATTTGCAACCAACATCATCCACATATATCTCTGCACTGGAGTCATCACAGGTGAG 
s mm7.chr11     121064839 153 + 122091587 ACAGGACCGCTCTGCAGTGTGTGTGTGAACCGCTTTGGCTGCCGGCCTGTCATGCTTGTGGGTGGCCTCTTTGCGTCCCTGGGAATGGTGGCTGCGTCCTTCTGCAGAAGCATTATCCAGATCTACCTCACCACGGGGGTCATCACTGGTGAG 

a score=33923
s danRer3.chr12  31372505 794 +  37038836 TATAATGTACTC-----CAGGTTTGGGCCTTGCTCTGAACTTCCAGCCATCCCTCATCATGCTGAACAGATACTTCAGTGAGAAAAGGCCCTTGGCCAATGGGCTGGCCGCAGCTGGAAGTCCTGTGGCTCTGTGCTGTTTGTCTCCACTTGGGCAGGTTCTGCAATACAAGTATGGCTGGCGTGGAGGCTTCTTGATCCTTGGAGGCTTGCTGCTCAACTGCTGTGCATGTGGAGCCCTCATGAGGCCCTTGTTGGCACCCAAAAAGACAAGTGAAGTGGAAGAA--AAACCAAAAGAAACTAAACCAAAGCCCAAGCTCCTT---GACTTCACCGTCTTCAAAGATCGTGGCTTTTTGATTTACACCATTGCTGCATCCATTATGGTTCTAGGTCTTTTTGTGCCTCCAGTGTTTGTGGTAAGCTATGCCAAGGAACTGGGCAATGAGGACACCAAGTCTGCCTTGTTGCTCACAATATTAGGGTTTATAGACATCTTCGCCAGGCCCACAAGTGGGATCATTGCTGGGCTCAAGTGGGTGAGGCCACGATGCGTTTACCTCTTCAGTTTTGCTATGATCTTCAATGGCATTGCTGATATTCTCGGCTCCTTTGCCAAAGACTATGCATCTCTCGTGGTGTTCTGCATCTTCTTTGGGATCTCCTATGGGATGGTTGGAGCCTTGCAGTTTGAGGTGTTGATGGCCATTGTGGGAACTGAGAAGTTTTCCAGTGCCATTGGCTTGGTGTTGTTGGTCGAAGCCATTGCCGTGTTGGTGGGACCACCCGGAGCAGGTTAGTTC 
s mm7.chr11     121065379 796 + 122091587 TATACTGTCCTCTCTTACAGGCTTGGGTCTGGCTCTCAACTTCCAGCCTTCCCTCATCATGCTCAATCGATACTTCAACAAGCGTCGCCCTATTGCCAATGGGTTGGCAGCGGCAGGCAGCCCAGTGTTCCTTTGTGCACTGTCTCCACTGGGGCAGCTGCTGCAGGATCACTATGGTTGGCGGGGTGGCTTCCTCATCCTGGGGGGCCTACTGCTCAACTGCTGTGTGTGTGCTGCGCTCATGAGGCCGCTGGTGGCACC-------GCAGGT-AGGCGGAGGGACTGAGCCCCGCGGACCCCAGCGGCCACCTCAACGCCTGCTAGACCTGAGTGTCTTCCGAGACCGCGGCTTCCTCATCTATGCCGTGGCCGCCTCAATCATGGTGCTGGGACTCTTTGTGCCTCCGGTCTTTGTGGTGAGCTATGCTAAGGATATGGGTGTACCCGACACAAAGGCCGCCTTCCTTCTCACCATCCTGGGCTTCATCGACATCTTTGCCAGGCCCACGGCTGGTTTCATAACAGGCCTCAAGAAGGTGCGGCCCTACTCTGTCTACCTCTTCAGCTTTGCCATGTTCTTCAATGGCTTCACTGACCTGACAGGCTCCACAGCCACTGACTACGGTGGCCTGGTGGTCTTTTGCATCTTCTTTGGCATCTCATATGGCATGGTGGGCGCACTACAGTTTGAGGTGCTCATGGCTATCGTGGGCACTCAGAAGTTCTCCAGTGCCATTGGTCTCGTGCTGCTGCTGGAGGCCGTGGCTGTGCTCATCGGACCCCCGTCAGGAGGTGAGTGC 

a score=12
s danRer3.chr12 31373299 6 +  37038836 Ctcact 
s mm7.chr15     24312567 6 - 103647385 CGTAGT 

a score=-3439
s danRer3.chr12 31373354 371 +  37038836 TCTCTATTgatcaagagtgtccaatcctgctcctagtgggcaactgttctgctcaattggactcgtacaataatcaaaggcacactagaaGTTATGAAGCAAATTGGAACTAAATTCTGCTGGACGAATACACGTTTGACCTATTGACTACAGTAACCGTAAACCAATGACTCTTGTGTACTTTTAACAACCTTTTGTAGGAAGGCTTTTTAGTTATGCAATACTATATGGTTCCTTATTTAGAATGTTTTAGACCCCTGAACTACTGCACTGTAGTTCTCCTAGCATTGGCA-GCTGCCGCTAATAGATCACCCCATGACCTGTCGTGGCCACCACCACCACAATTCAATCCATGTGGGGAGTTCATATCA 
s mm7.chr15     24312624 305 - 103647385 GGTCCCTTGCTCAAAAG--------------CCTGGTTGATAGGCTTCCTCCATA-----GCTCCTCCTCCAACCAGGTACCACCCACAGCGGGTGAAGGAAA----AGCCAGAGGTCTCGGGAAGAA-ACACAAATAGCAGTCTAG--ACAGCAGTCTTGGCCC--TGCCCCTCTCAAGCAGTTAAC----------ATGAAGTCC------TTATGCATGAGAAGGGGGTTTC----TGGAAGGGGGCTAGATCTGGAAGCTTAGGCTGAGTTGTGGCCCCAGAGCTAGAGTGATGGGGCACATATGTCACC-----------AATAAGCCCCATCAAAATAGTGTA--------GGAAGGACCCTGACA 

a score=4136
s danRer3.chr12  31373725 225 +  37038836 TAGTTCTCCTGTTTCAT-TTCACAGGTCGCCTCCTGGACGCCACAAAGAACTACATGTACGTCTTCATGTTGGCCGGGTGTGAAGTGGTCCTCTCTGCACTTGTTCTGGCCATCTGTAACTTGCTCTTCATCAAAAGGAAGCCCCAACAGCCTGATCCACCAGCCAAGATGGAGATGGCCATTACAGAGACTGAGATGGAGGAGCTCAACAAGGCACCAAAGGACG 
s mm7.chr11     121066874 211 + 122091587 TAGTGACCCTGGGTCTTCTTTGCAGGCAAGCTGCTGGATGCAACCAAAGTTTACAAGTATGTGTTCATCCTGGCGGGGGCCGAGGTGCTCACCTCCTCCCTTGTGCTGCTGCTGGGCAACTTCTTCTGCATCGGGAAGAGGA---AGAGGCCCGAGGTGACAGAGCCTGAGGAGGTGGCCT---CAGAG---------GAGAAGCTCCACAAGCCCCCTGTGGACG 

a score=181
s danRer3.chr12 31373950 94 +  37038836 ACCAAGACAATGGAGGCGGTGCAG------AGAATGAAAAGAAACAAGCCATCGAACCGGAGACCAAG-ACAACCTCTA-AGGATGAGGTCAAAGAGCTTGA 
s mm7.chr15     24313156 98 - 103647385 GCCAGCACTGAGGAGCCGG-GCAGCCTTGAAGCTCTGGAGGTGCTGAGCCCCCGGGCTGGGTCCCCAGAACAAGAACCAGAGGAGGAGGC---AGTGCCTGA 

a score=1263
s danRer3.chr12  31374049 114 +  37038836 TAGAGGTAGACTCAATAGAGGTGGAAAATGCTTCCAAAAAAGTGTCCGGACCAAATGGTGTGGCCGTAGAG---CCAGAGTCCTCTCTGTGAAGATGCTAGAACAATAGAAAGGAAG 
s mm7.chr11     121067085 117 + 122091587 TGGGAGTGGACTCGAGGGAGGTGGAGCACTTCCTGAAGGCAGAGCCTGAGAAAAATGGGGAGGTGGTTCATACCCCGGAAACCAGCGTGTGAGCAGCCTGGCCGGGCGGGCAGGGAG 

a score=4850
s danRer3.chr12 31378146 742 +  37038836 AAAAATGTCTTGCTTTCTGTTCAGAAGAAAGAAAAACATGAAGGAAACACCTGATTGTGAGTA-------AACAATGAGTGGAG-----AGCGGGAATGAAAGTACTGTTTATTATAAAAACTTATTTTTAGGTAATGTTTAAGACAGAAGTATATTTTTG----------CTGTGGTTACT--AACTCATATGTGCGGTCTATCAATGTCAAGTGATATTTTTAACCATGCAGTGTAGAACAACtttaa--aataactattattaattttaagttt--------------tttttaaGTAATTttaaggttctctcctgggacagcatgccaaaccagctattattatcaagc-----aatatcgaag-----tgtgaactcttgaaTTTCTCATTTAATAGGTCTggaggaggagagaaagaaggagagggaggaggagaagaaaaagaaggaggagaaaaagaaggagaagga---ggagaaggagaagaaaaagaaggaggagaggaaaaagaa----------------aagaagcaggaTTGCTTCCTTCTTC--AAATCAATGTTCTGCCTC---TCTCTGGGTAATTCAACAGAA-------ACATGCTA-TGATGATGAATACTCATATTTACTTCTA-GATACATTTTAGAC----TGTAATGCTTTAAATAAACTGTACTTCATTACCTGGTCTTAGAGTTGACGTCTGCAGGAAAATGACTGTGGACAATGTGTAAACTGCAATCATTTCTCTTTTAACAGAT------GTGGA-GGAGAGTATAATGGTGGTGGAGGAGGACAAAAATCAGGGAGAAAACTTG 
s mm7.chr10     40306285 801 - 130066766 ACAGATGTTTTGCTTTCTTTCCAGGATAAAGAAAAAAAGGAGGGGGCCAGGATATTTTAATGATCAAAGTAACCATGACAACAGTTTTCAGACTCATTACAAGTGTTATTT-TCATACACACTC---------TGTTGGTTAAAATAATAATCTATTCTTGTAAACAAAATCTGTTTCTAGTGAAGCTTCCTTTCATGGTGTAACAAAATTCTTAAAATTATTCATCAATCCAGTAGCAAGTAACATTGAGGAATAATTATTTTTTCCTATAAATACCACAATGTCACAAGCTCTTGAGAAACCAGAA-ATTACCTCC--------AACCCCAAAACACTTAGGACTGTTACATTGGTAACTACTAAAGGCATTTTTCAACACTGTTTTCTCTTGTCTAAaggg---ggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagagggagGAGAGTTTCCTTTTTCTAAAAACAAAAGAAACCCCCAAAACTCTAAGCAGTGAAACAATGTTTCCCTCCATACTATTTATTATCGATACTATTTATTATTGATACTATTTATTATCGATACTATTTGAAACTTTAAATTACTTTTACACAATGGTTTGGGTTTTATCATGACTTTT----CAAAA---------ACAAGGAACAAAGGATATTTATTGTTATTTGAACTAATATTCAAGTGGACTGAAAATTGGATCATAGTTCCAAAGCCCATCTATGAGAAAGAGAGCATG 

a score=2923
s danRer3.chr12  31388816 44 +  37038836 TTATTTACACTGTT--TAAAATACACAAATACGGTGGTAATACAAA 
s mm7.chr11     121070818 46 + 122091587 TTATTTACACAATTGTTAAAGTACACAAATACAGTGGTAGTACAAA 

a score=4434
s danRer3.chr12  31392546 95 +  37038836 AAACTCACCTGGTACACCTGCCTTCACACAAGAATGTGAGGAGCATCTACTTGCCGTGGTGATCGAAAGGAATGCTATTCTGGGGTAAAGGGAGA 
s mm7.chr11     121073984 87 + 122091587 ACACTCACCCAGTGC---TGCCTTCC-----GATGGAGACGAGCAGCTACTTGCCGTGGTGTTCGAAAGGAATGCTATTCTGAGGTGGGGGAAAA 

a score=8993
s danRer3.chr12  31393790 163 +  37038836 ATACCTGTGATGTGGACATGCGGGAAGTGTCTTGTCGCCCCGTCAGGTCTGAGGATGACACGTTTACTGGGGCGCCACGATGAAGCCGCATGCTGACCTTGCGTTCACGCTCCATCCCAGTGACTGGTCTCGGTGAGGATGTGTTTGCTGTAAAAAAGGAAAA 
s mm7.chr11     121077035 160 + 122091587 ATACCTGTGAGGTGGACATGCGAGAGGTATCTTGTCGGCCCGTGAGATCAGATGAGGAGACGTTGACTGGGGCCCCACGGTGCAGCCGCATACTCACTTTCCGTTCTCGTTCCATGCCAGAGACAGGCCTCGGAGAG---GTGTTGGCTGGAGAGGAAGAGAA 

a score=-1000
s danRer3.chr12 31393953 55 +  37038836 GAGGACTACTTATATCAGTATTTCAAGTA-------------CGTAGGAAGAGAGCAGCTGGACAGAA 
s mm7.chr15     79503691 65 + 103647385 GGAGCCACCTTCAGTACGGGCATTAAGCAACCCCCTGACCCCCATAGGCCCAGCCCA---AGGCTCAA 

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s danRer3.chr12  31394008 212 +  37038836 TGTTTACCTGTGTGAGAGGTGGGTGTGAGTGGGGTGGGTGGAGCACCGTCCTGTGTAGGCCGGGGTCTGCCTGATGCTGCTG---GGATCCCTCGAGCAGCAGGATTCCTGCTGTGCCTCATTCGCTCATCCCGCTCTCTCCTCTCACGATCTGCTTCCTCTGCTGTACGGTTAGCGCCCTGACAAATGGtaaattaaatgaaaaataaaaaaaa 
s mm7.chr11     121078060 214 + 122091587 TGCTTACCCGTGTGTGAGGTAGGGGTAAGGGGCGTTGGGGGAGCCACTTCCTGGGTTCCCCGCAGACGGCCGGAAGCTGTAGAAGGGAGGCCACGAGTGGCTGGATTCCGGGAGTGTCTTAATCGTTCTTCTCGATCCCGGCGTTCCCGCTCAGCATCATCTGCAGCCCGGCTGGCACCCTGATGAG-GAAAGATTAGAATAAACAGGAGGAAAA 

a score=11143
s danRer3.chr12  31395784 163 +  37038836 ACTTACAAATTTGAGCATGTTCCAATCAAACACGTAGTCATAGGAAAAGCCCTGTCTGTGGAACAGATTCCTGAAGAGCTGCCTCAAATACGAGTAGTCTGGCTTATCATCAAATCGCAGTGACCGGCAGAAGTTGAGGTATGTGGCAAATTCAGCTGTGGGA 
s mm7.chr11     121080605 163 + 122091587 ACTTACAAATTTGAGCATGTTCCAGTCGAACACATAGTCGTAGGAGAAGCCTTGGCGATGGAACAGATTTCTGAAGAGCTGTCTCAGGTAGGAGTAGTCAGGTTTGTCATCAAAACGTAAGGAACGGCAGAAATTCAGGTATGTGGCAAATTCAGCTAAAGAA 

a score=12770
s danRer3.chr12  31395947 354 +  37038836 TGCATATCGAAGCTTTTAGGCACCATT---------------TTCAAGCACAAACAAATTTCAACATACGCAACACAGATTTAA---ACATACATGGGTAGCCCTTGCAGAGAACTTCAATGGGAGTGGACATTTTCTTTTCACTGATACGCTCATACTTCTGTCTCTTGGTGGCGGCTTTCAGTCCCTGCCAAGGCAGTGAGCCCAAGTTGAAGTACATCAGCACATAACCAAGAGACTCCAGGTCATCTCTCCGAGATTGCTCTGTAAAAATATAAGAGCAAACAATTAGAAGTGTGGAGCATGCA-----------AAGATGAAATGCTACTGTACAGTGATTCATGAACA------AGGACTAGCATCGATGCATGCATGCACAA 
s mm7.chr11     121081335 379 + 122091587 TCTTCATACAAGCGTCTAGTTAACCCTGAGACAGGCGGCTGCTGGATGCTCCAGCAAATTCT-------GCAGCAAGGATGTGAGGGACTCACAAGGATAGCCCTTGCACAGCACTTCAATGGGAGTGGACATCTTCTTCTCACTGATCCTCTCATACTTCTGCCTCTTGGTGGCGGCCTTCAGCCCCTGCCAGGGGAGAGAGCCCAGGTTGAAGTACATCAGCACGTACCCCAGAGACTCCAAGTCATCCCTTCGAGATTGTTCTGGAAAAA---AAAAGGAAACTATGTCAGGGATGGCATATGTGTCTGTGTGTGTAAAATCAACTCCTGGCAAACAAAAAATTAGAAATAAATTTCAAAAATAACAGAAAAACATATTTGCAGAA 

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s danRer3.chr12 31396301 233 + 37038836 ACTCTTCTGGGA------------AATGCTAAAAATATACATG-CATCCTCTTGAGCATGAGTGCACACCGATGTCATACA-----GAGCAGTgatttttacgcacaat-----cttctctag-----ggtttaaaaagaaAGAAATATTCAGCAAGTGAGGCAAAGTGCCTTGATGGTGCCAGT----GGTTTAGTGAAGAGTAAAGACTTGTTCCTGGTAATAAAAAGttaaaggaaaatacatcaaaaaattttaaattctg 
s mm7.chr18     28952884 257 - 90918714 AAT----TGGGCAATTAGAGTAATAATGTTCAAAATAAGATTGTTAACTACTTAGGGATAACTACTGAAGACTGTCATAGAACTTGAAACTCTTTTTTTAAAAAAGAATGCCAACATAGCTAGACAACGCTCTAAAAGTTAACAAATGAAAAACAAGTAAGGAGAGATGTCTGAATTTTGCAATTCCAAAGGCCAGAGATGTACAGAGAAAT----CCTGTATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGCTGAATgctg 

a score=15484
s danRer3.chr12  31399394 336 +  37038836 TATAGACACACAAAGCAGTCAAATTAACAAGCTCTTTAGGAAGACTGTGTTCTTACCAATGCCAAGATGTGTGTTGATGGATGCATAGCGCGCAGTGCCTGTGAGGTTCTTGTTCTCACGATAGGGAATGTGCTGGTGTGTTCGGGCATCACGGTATTTCTTTGCCAAACCGAAGTCAATTATGTAGACAAGGTTGCCTTTCTTTCCCAAGCCCATCAGAAAGTTATCAGGCTTCACGTCTCTGTGAATGAAGTTCTTGGAGTGGATGTACTCTATGCGGCTAATCTA-ATGTATGCAAGGTTATATAAAAAACAAAAAGAGGATTATAAAACCAAA 
s mm7.chr11     121081964 327 + 122091587 TAAAGGTACACGAAG---TCAAGTGATCCGTCTCTACGTCAGGGCT-------CACCAATGCCAAGGTGCGTGTTGATGGAGGCATAGCGTGCTGTCCCTGTGAGGTTCTTGTTCTCTCGATAGGGGATATGCTGGTGGGTGCGTGCATCCCGATACTTCTTGGCCAGCCCAAAGTCAATGATGTAGACCAGGTTGCCTTTCTTTCCCAGCCCCATGAGGAAGTTATCTGGCTTCACATCTCGGTGGATAAAATTCTTCGAATGAATGTACTCAATACGACTTATCTACAGAGAAACAAAGGTAAGACTGAATCCCATAGTGGATCATGCTAGGAAA 

a score=9684
s danRer3.chr12  31399730 213 +  37038836 CCCAGTGTACTGAAGGCTAAATAATTCTTATTTTGACTCATACCATCTGATCGGCCAACAGGAGGACAGTTTTCAGGCTGAATTTTCTGGAGCAGAAATTGAAGAGATCCTCCAGACTGGGGCCGAGCAACTCCATCACCATCACGTTATAATCTCCTTCTGCACCACACCACTTTATGGTAGGGATGCCAACTGCAAAGGAAAACACACAAA 
s mm7.chr11     121082834 201 + 122091587 CCAAGTGCACTTCAGGAAAAGGGGTGCTTA------------CCATTTGGTCAGCAAGCAACAGAACAGTTTTGAGACTAAACTTCCTTGAACAGAAGTTGAACAGGTCTTCCAGGCTGGGTCCCAGTAGCTCCATCACCATGACATTGTAGTCCCCCTCAGCCCCACACCATCTGATGGTAGGGATGCCCACTGGAAGAGAAACCAAACACA 

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s danRer3.chr12  31400068 119 +  37038836 CATTACCTCCACCCTGCATCATCTTGTAAATCTTGCTCTCGATATGGAGCTGTGGATGCTTTGTCTTCACACATTCCAGTTTGATGGCCACTTCCTCTCCAACTGAAATGTCTGTGCCT 
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s danRer3.chr12  31404598 518 +  37038836 ACCTAAATAAATGTCACCAAACGATCCACTTCCAATTTTTCT-CCCAGTCTGTATCTGTTTCCAACTCGTAGCTCCAT--------TGCTGTTTATCGGTTTCCGCCGAGCGAGTCGCTGGATTGAATATCAAGGTAATTTCTATTTAACCAGACGATGTCAGCACTTAAATTCGACTTTACACAAACAAATGTAACCCGTTATTTAACTGCTACAATCCTAAATATCTTTATGCGACCCCAACCCCCCCGAATCCCTGAGGAAAATCCGGATTCTTCTGACGGAGTTCACGTTTCACCATTCCTTTTTTAACGTTTCAAAGTCCGAAATGTCACAATTTTTAGATCAGGTGAAAGCTTAGACTCTGTAGATTATGCTCCCGTAGGTTTGGTCATCGTTTTCCCCAAGGATGGTGAAGATGGAGGTGGATTTTACAAGCGGA---CCCGCGTCGCAGGAGCTGTCACGGGCCTCGTATCTCCTGTGGTGAACACGAACGTAGCGCTGTGACGTCACTTCCCATTGGCAAC 
s mm7.chr11     121099977 413 + 122091587 ACCGAGATAGATGTCTCCGAAGGAGCCGCTGCCGATCTTGCGGCCCAGTCGGTACCTGTTCCCGACCCTCAGCTCCATGGCAGCGGTGCGGCTCGCTACTGCCCGCCCGGCCGCTTCCTGGGTCTGCGCTCCGGG----------------AGGCGGCGCCGCTGCTG-----------------------------CCGCTACT--GCGGGTCCGGTC---------------CGACTCCGCCCCCCTCACGGCCCCGC--------------------------------TTTCACCATCGCTTTCCGGTCGCCCCGTCGCTCTCAGCGCCTCAATACGGGGCGGATGGGACAGTCCGAGCGCCGCCGCCGCTGCTCCGGCCCTTGCCGGCCCCGCTCGCCCTCTCCCCGCCGCGGATGGACTCGGATCTTCCGGGCCTAAATCCCCCTTC-----AGCTG-----------------CCTAAAGGAGCCGCCGCCATCGCGCTGTGACGTCACTTCCC-CTAGCAAC 

a score=2205
s danRer3.chr12  31425396 110 +  37038836 CCAGTCCACATGCACAGTACCAAATTGTGCCAC---AGATAAACATCACTATCCTGAAAGGTACAAAACATGTCCAAATTTGCTATGGATTTT------------CTACTTTGGGGACCTAAAAA 
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a score=28473
s danRer3.chr12  31425985 595 +  37038836 CTTGAAACC------ATTCCTTCCCTTACAGGGGAGAAAGGAGACACAGGCGAGCGAGGACTCCATGGGAAATCTGGCACATCAGGAAAAAATGGACCCAGAGGGCCCCATGGTGTAAAGGGAACCAAAGGCAGCGTCGGTGCTCCTGGAGAATCCTGTAAGTCCTACTACGCTGCATTCTCTGTGGGCCGCAAGAAAGCCCTGCACAGTAACGATTACTACCAGACCATGATCTTCGACACAGAGTTTGTCAACCTGTATGGCCACTTCAACATGTTCACCGGCAAGTTCTTCTGCTATATCCCCGGCATCTATTTCTTCAGTTTAAATGCACACAGTTGGAACCAGAAAGAAACGTACTTGCACCTAATGAAGAATGAGCAGGAGATGGCCATTCTGTATGCTCAGCCCAGCGATCGCTCCATCATGCAGAGCCAGAGCCTCATGCTGGAGCTGGAGAGGGACGATCAGGTTTGGGTTCGTCTCTTCAAGGGTGAGAGAGAGAATGCTGTGTTCAGTGATGACTTTGACACCTACATCACGTTTAGTGGTTACCTTGTCAAGGCAAAGTCGGAAGGCTAAAGAGAGCTAAATCTATGGA 
s mm7.chr11     118556814 598 + 122091587 CTTGAAACCTCGTATCTTTTTTGTCTCTTAGGCGAGAAAGGTGACCGAGGGGATCGAGGCCTCCAGGGGAAGTACGGCAAAATAGGTTCTACAGGTCCCAGGGGCCATGTTGGCCCCAAAGGGCAGAAGGGATCCATTGGAGCCCCTGGGAACCACTGCAAGAGCCAGTACGCAGCCTTCTCCGTGGGCCGGAAGAAGGCTTTGCACAGCAACGACTACTTCCAGCCCGTGGTCTTCGACACGGAGTTTGTGAACCTCTACAAACACTTCAATATGTTCACTGGGAAGTTCTACTGCTATGTGCCGGGCATCTACTTCTTCAGCCTCAACGTGCACACTTGGAACCAGAAGGAGACGTACCTGCACATCATGAAGAACGAGGAGGAGGTGGTGATCCTGTATGCGCAGGTGAGCGACCGCAGCATCATGCAGAGTCAGAGCCTGATGATGGAGCTGCGGGAGGAGGATGAGGTCTGGGTGCGTCTCTTCAAGGGCGAGCGTGAGAACGCCATTTTCAGTGACGAGTTCGACACCTACATCACCTTCAGTGGCTACCTGGTCAAGCCAGCCTCTGAGCCCTAGTGGACACT---CCTGTGGA 

a score=1234
s danRer3.chr12 31427482 123 +  37038836 CACCCCCATTTTTC---ATACCATATACATGTTTTTAT------GAATTTATTATGTatcatattgattca-------tcaggccttttggtaacttcttagcttaaaactattttaattttagctacaaacaaagtta 
s mm7.chr5      42944908 139 + 153054177 CACCCTAAAATTTCCTGGTGACATATCCGGATTTTTATCCCAGAGGATTTCTTCAAAAAAAGAATAAGGCAAAATAACTGGAGTTTGTAAGTAACTTTTTAAAGTTACCCCATTCTAACTTGAACAGAAAAGAAAATTA 

a score=1994
s danRer3.chr12 31427629 29 +  37038836 TTGTTTGTTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTA 
s mm7.chr5      42945061 29 + 153054177 TCATTTTATTCTGTTTTTTTTTTTTTTTA 

a score=7228
s danRer3.chr12 31502450 127 +  37038836 CATTCATGAATCTTTTCTCTCCAGTAATCAGAGCCAAGGTGGTTGGAAAAAAAGAAGTGGATTCTGGGAACGATATTTATGGGAACCCGATCAAGCGGATCCAATATGAGATTAAGCAGATCAAGGT 
s mm7.chr11      3662309 127 - 122091587 CATCCCTGTCTCTGTGCTTTGCAGTGATCAGAGCCAAAGCAGTGAGCGAGAAGGAGGTGGATTCCGGGAATGACATCTATGGCAACCCCATCAAGAGGATTCAGTATGAGATCAAGCAGATAAAGGT 

a score=4615
s danRer3.chr12 31502657 119 +  37038836 TGCAGATGTTTAAAGGCCCGGACCGCCACATTGACGTGGTCTTCACTGCGCCCTCATCTGCAGTGTGTGGAGTGACCAATTTGGACACAAACGGCAAGAAGGAGTATCTCATCTCAGGT 
s mm7.chr11      3665010 116 - 122091587 TGCAGATGTTCAAAGGACCTGACAAAGACATCGAGTTTATCTACACGGCCCCCTCTTCAGCAGTGTGCGGGGT---CTCGCTGGACGTTGGAGGAAAGAAGGAGTATCTAATTGCAGGT 

a score=7140
s danRer3.chr12 31504380 133 +  37038836 CAGGCAAGGCGGAGGCCAACGGTAAGATGCACGTGACTCTGTGTGATCTCATCATGCCCTGGGAATCCATGAGTGCCACCCAGAAGAAGAGCCTTAGTCAGCGCTATCAGATGGGGTGTGACTGCAAGGTGAG 
s mm7.chr11      3671839 133 - 122091587 CAGGAAAGGCAGAAGGAGATGGCAAGATGCACATTACCCTCTGTGACTTCATTGTGCCCTGGGACACGCTTAGCATCACCCAGAAGAAGAGCCTGAACCACAGGTACCAGATGGGCTGTGAGTGCAAGGTGAG 

a score=10351
s danRer3.chr12 31506463 205 +  37038836 CCCAGATCACACGCTGTGCGACCTTCCCATGCGAGATCAGCGCCCCAGAGGAGTGTCTGTGGACAGATTGGGTGACGGAGAAGATAATTCATGGGCGCCAGTCTGACCACTACGCCTGCATCAAGAGAGGAGACGGCTCCTGCGCCTGGTACCGCGGAGTCGCGCCTCCCAAAAAAGAGTTTCTGGATGTGGAAGACCCTTAAAA 
s mm7.chr11      3678641 205 - 122091587 CTCAGATCACTCGCTGTCCCATGATCCCTTGCTACATCTCCTCCCCGGATGAGTGCCTCTGGATGGACTGGGTCACAGAGAAGAGCATCAATGGGCACCAGGCCAAGTTCTTCGCCTGCATCAAGAGAAGTGATGGTTCTTGCGCGTGGTACCGCGGGGCGGCACCCCCCAAGCAAGAGTTTCTTGACATCGAGGACCCGTAAGA 

a score=2331
s danRer3.chr12 31515619 64 + 37038836 AGACTGACCTGCATGAATCTGT----GTTTCTCCAGCCTCTGCATAATAATGGGGAGAATGACTGGAA 
s mm7.chr19     14735693 68 - 61223509 AGAGTGACCTACCTTCATCAGGTGTAGTCTCTCCAGCCTCTCCATGATGACAGGCAACAGGACTGCAA 

a score=4231
s danRer3.chr12 31515695 142 + 37038836 GGCTCAGGATTCAGCGGTTTTATTTCTGCACTGAGATCTGATG-GTTAAACACTGGTCAAACTCTGCACTCACTCATGCCCGGCGCTGCCATGGTAACGCGAGAGATCACCACCTGTGTGATGCCCTTCACAGCTGCTTTCTG 
s mm7.chr19     14736269 126 - 61223509 GACTAGGTATTCAAGGGTCCC--TCCCACCCTGATATTTGAGGTGTTCCCCAT---------------CTTACTCATGCCAGGGGCTGCCATGGTGATCCGAGAGATAACCACTTGTGCGATGCCCACAGCCGCAGCTCTCTG 

a score=5266
s danRer3.chr12 31517211 316 + 37038836 TAAATGTAAACCTGCTAATGTAATAGCTGAAATGTAAATGTCTCCTA-CCCTTGAG-TGGCCCAGTTTATTTCCATCTTCATCTGTCACAGCAATGCCATGCAAAATCTCCCTGCATAGAACAGAATCAGTTTGAATATGCC-AATATCTGAACCTGC-AAAACTGACAGGAAAAAAGCTGGTAAAAAACAGGAGTCTCACTGCTGTCTCATCATTGGGATGTTCACACAGTTTGCAGCAGCGACAGCAGCGAATGGCACCCAGCGAGCCACCAGTGGAGGAGCTTTCTGAAGAC-ACAGAGAAGAACAGATGATAATAAA 
s mm7.chr19     14738388 298 - 61223509 TAAATTTAAATCGCCCACTATCTTAGGTCCATTATAGAGGAATGGTGGCCCTTGAGGTGGCCCACTGGTCTTC--------TCTGT------ACTGCCCAGC-------CCCAGGAAGCTACTGGCTCAGC--GCATTGGCCTCCTTTCCGTCCCTGCTAACCCTGTGATGGAGAAAGAGAACAAGGCTCCCTGTACTCACTGCTGTCGCATCATTGGGATATTGACACAGTTAGCGGCAGCCACAGCGGCAAAAGGCACCCATCGGCCCACCAAGGGTGGGGCTCTCTGTTGAAGGCAGGGAACAACAGAAGTTATTCAA 

a score=3217
s danRer3.chr12 31519423 93 + 37038836 TACCTTAGTGTAGAGGTTAAGGCCAACTGCAGTGGCCAACGCTGTGCTTGTTGCTGTCACATAAGCAACTCCAATCTGCCTGAGCAAAGAAAA 
s mm7.chr19     14738862 93 - 61223509 TACCTTTGTCCACATGTTCATGCCCACTGCAGTGGCCACCGCAGTAGTAGTAGCTGTGAAGTAGGAGAGGGCCATCTGCCTAGTGAGAGAGAA 

a score=5479
s danRer3.chr12 31519660 152 + 37038836 TTACTAGTGAGTAAAG----TTCATAGAAAGACAAAGGTCAGAGGA--ACTTACTTTGGTGTAATTGGAGACGCAGCGTTACGGTTGGTGTAGTTAACCAGAGCATTGAAAGACTGGTTAACCCACTGCCAGAACACCACAGCGGGAACTGTCCTACA 
s mm7.chr19     14741018 158 - 61223509 TCACGAGTGAGCGGCAGGGCTGCTCAGAGAGTCAGAGGATAGCAGCTCGCCTACCTGACAGACGTGGGGGAAGCTGCATTCCTGTTGGTGTAGTTGACCAAGGCATTAAAGGACTGGTTCACCCACTGCCAGAAAATGACTGCAGGCATTGTCCTACA 

a score=8425
s danRer3.chr12 31521466 192 + 37038836 ACTAACCTGTAAAACTGAAGCATAAACCCCGTGATGGCCATACCTCCGGGCACCTGAAACGACATTCTCCCTATCAGATTCATCCTGTCCCCCGTGTCGGGGTGAAAAGCAGAATCATACAGTTTCTTGGCGTAGTGTAGCTGCTCCTCTGTCGTGCCTGGAGGAACAGAGCCTGCTCTAG----TGGAGATAGCA 
s mm7.chr19     14743892 196 - 61223509 ACTCACCTGTAGAACTGGAGCATGAAGCCCGTGATGAGCATGCCACCAGGGACCTGGAAGGACATCCGCCCAATGACATTCATCTTCTCCCCAGTGTCAGGGTGGAAGGCCGAGTCGTAGAGCTTCTTCGCATACAGCAGCTGCTCCATCTGAGTGCCAGGGGGCACAAGTCCCATCCTGTAACCCAAGGACAGCA 

a score=6183
s danRer3.chr12 31521725 230 + 37038836 CACCTGCAGCTCTCCACCAACACTTTGGCTTCATCCAGTCTGGAGTCGGGCAGAAGAGCGGTGCGGCAGTCGGTGATATTGAAGAAGTGTTTGAGGCGACCCATAAACGTGGACTGATCCCAGCGTGGAGCATCGATATCAAAGCCCTTCACAGCCTCC-----ATGGTTCTCTCTCTTCTCGC-AAAAAACACAACATAAAACGGCAAATATTCACTTCACTGCTGCTTTTCAGA 
s mm7.chr19     14744209 236 - 61223509 CACCTGCTCTTCTCCACCACCGCCTTGGCCCAGTCCAGCTCCTGCTCTGATGCAAAGACCGTGCGAGGATCTGTGATGTTAAAAAAGTGCTTCACGCGCCCCAGGAAAGTGCACTGGTCCCAGCGGGGAGCATCAATATTAAAGCCAGACAGATCCCCCTCCATATTGTTCACAAACTACAGACTTAAGGAAAAAAGAAAGAATGAGAGTCAATTCCTTAACCAGTTTTTCCCAGA 

a score=8531
s danRer3.chr12 31527475 252 + 37038836 CTGTACATTCTGCGCCTTTT--AGGGTTTGTTGTCCATTTTACGGAAACTGAAGAGCACCCCAGATCAGGAGGTGAGGATATTGCTTCTAGGACTGGACAATGGGGGAAAGACGACCTTACTGAAACAGCTAGCATCTGAAGACATCACTCATATCACTCCAACACAGGTACAGACACGGTTACTGTAACTACTGCATTCACATCTCCAGATAAAGCTAATTAGATTAAATTGATATAAACCACTTTGATCAAA 
s mm7.chr19     14768470 253 - 61223509 CTGTCTCTCTTGTGCTTGTTCAAGGGCTTGCTCTCTATTTTGCGCAAATTGAAAAGTGCACCAGACCAGGAGGTGCGAATCCTACTCCTGGGCTTGGACAACGCGGGCAAGACTACCTTGCTGAAGCAACTCGCATCTGAAGACATCAGCCACATCACACCTACACAGGTGAGCGCCCCCTGGCTCCAGGTGCT-CTGTCACCACGGAAGATGAAAATAGCtgtcccagttttgtgtctgtcacagtgataaaa 

a score=7878
s danRer3.chr12 31528174 188 + 37038836 aaaaattaataaaaattCAAGTTGACCTGTAGTTATTTTTAATAACCCTTTTTTTTCTTCTTCTAGGGTTTCAATATCAAGAGCGTCCAATCACAAGGATTCAAATTAAATGTGTGGGATATTGGTGGTCAGCGAAAGATCAGGCCCTACTGGAGAAACTACTTTGAAAACACAGATGTACTGGTGAG 
s mm7.chr19     14775132 176 - 61223509 AAGAATTAATTGGTCTTTTTTTTGA--TGTTGTTATTTTTAT---CCCGTCTCTTTC-------AGGGATTTAACATCAAAAGCGTGCAGTCACAAGGTTTTAAGCTGAATGTATGGGACATTGGCGGGCAGAGGAAAATCAGACCATACTGGAGAAGTTATTTTGAAAATACTGATATTCTCGTAAG 

a score=11124
s danRer3.chr12 31531270 216 + 37038836 AAATAAATGATCTGCATGCAGGAGCTGGCTGAGTTACTTGATGAAGAGAAGCTCAGCGGTGTCCCGGTCCTGGTGTTTGCTAATAAGCAGGATTTGCTCACAGCAGCCCCTGCGTCTGAAATAGCAGAAGGATTGAATTTGCACACTATCAGAGACAGAGTGTGGCAGATTCAGTCCTGTTCCGCCCTCACAGGAGAGGGAGTCCAGGTCAGTTTG 
s mm7.chr19     14784323 210 - 61223509 AAAAAAATGGTC------CAGGAACTAACGGAATTACTGGAGGAAGAAAAGCTGAGTTGTGTGCCCGTGCTCATCTTTGCTAACAAGCAGGACCTGCTCACGGCAGCCCCAGCCTCCGAGATCGCAGAAGGGCTAAACCTCCACACCATCCGGGACCGCGTCTGGCAGATCCAGTCCTGTTCAGCGCTCACAGGCGAGGGCGTCCAGGTGAGATGG 

a score=2456
s danRer3.chr12 31533496 730 + 37038836 AGACACATACACACACACACACAC------TCAACATATGGTGCTGACAGAGGCACATACTCCTAACCACACTGTGTTTTTGTATGCTACTGTATTAATGGTTAAAGTCTA--ATGTATATATATATAATTTTGGGGGGGAGG-----------AGGTATATTTCAGA-----ATATTTAGGTGTAGTATAGGTGGCACTATTGCCCATGTTTACCATGCTAGCAT---CAGTCGT----------TTCAATTGCTGATTTTATATTGTTTCACTGGTTTTATAGTTAAAATTATAAAACA----------------------AAGAAAATAACCATAAATTATTAAACCATATTAAATTCTATACA---TTGTAAAAGCATTACACAGGTAT-TATATAACTGGCATtatatatatatatatatatat-atatatatatatatatatatatatatatatatatatat---atatacatacacacacacatacacacacatatacatataCACACtttttattttttgttattat-------tattattatacacattatattaaaaCACATACAAATAGAGAAGGAAAAAACAAACCGAGATTGGAAAAGTCAAAAAAAAAAAAGAAATACTGATCAGATGCGTGTGTGCGCGCATGTAACGGTACTGGGTGGACAAGTCAAAGCACATAAATAAGTAAACAAAATATATATACATACAAC----------ATGCATAAAAGTAGGAAGCatattta-atatcaaaatattataaatatCAAAAACTGAAGTGAATAATATACTTATAAAAACA 
s mm7.chr17      5258188 761 + 93276925 AGAGAGATACACACACACACACATCATGTTTTTATATACAGCTGTGATAGAGAGATACACACACA--CACATCATGTTTCTATATACAGCTGTGATAGAGACACACACACATCATGTTTCTATATACAGCTGTGATAGAGAGACACACACACACACATACACATCATGTTTCTATATACAGCTGTGATAGAGA-GACAC----ACACATACACATCATGTCTTTATATACAGCTGTGATAGAGACACACACATACACATCATGTCTCTATATACAGCTGTGATAGATACACACACACATCATGTCTCTATATACAGCTGTGATAGAGAGATACACACACA----CACATCATGT----TTCTATATACAGCTGTGATAGAGAGACACACACACACATACA-----CATCATGTTTCTATATACAGCTGTGATAGATATACACACATACACATGTCTCTATATACAGCTGTGATAGAGAGacacacacacacacacacacacaT---TATG-----TTTCTATATACAGCTGTGATAGAGACACACACACATACACATCATGTT--TCTATATACAGCTGTGATAGAGACACACACATCATGTTTCTATATA-CAGCTGTGATAGAGACACACACATCA--------TGTTTCTATATACAGCTGT----Gatagaca--------cacacacacacatacacatcatgtttctatatacagctgtgatagagatacacacacatacacatcatgttcctatatacagctgtgatagagat---acacacacatacacatcatgtttctatataca 

a score=27860
s danRer3.chr12 31538207 579 + 37038836 ATGGCAGAGAACTGGAAGAACTGTCTGGAGGAAGAGCTCATATGCCCAATTTGTCTGAATGTGTTTTCCGAGCCAGTTCAGCTCCCTTGCAAACACAACTTCTGTCGTATGTGCATCAATGAGGCCTGGTCTAAAGATGCTGGAATGGTTCGCTGTCCCGAATGCAACAACGCCTACACTCAAAAGCCAGCTTTGGAGAAGAACCACAAGCTGTCCAACATTGTGGAGAAGTTCAACGCATTAAATGTGGAGAAGACACCAGCGGTGTTGCATTGCATTCTGTGCCGACGTGGACCCCCCCTTCAAGCCCAGAAGGTTTGCCTCAGGTGTAATGCACCCTGCTGTCATTCCCATGTACAGACCCATCTCCAACAACCCTCTTCCAATGCTGGACACCTACTGGTGGACGCCGAAGATGTTCGGGCCTGGAGCTGTCCACAGCATGACGAGTACAGACTGTATCATTGTGAAACCGAGCATGTGGCTGTCTGCCAGTACTGCTGCTTCTCCAGATGTGCTACCAACCACGGCCACGCGGTGTGCGATATCGAAGTCAGGCGTAACGATATCAGAGTAAGT 
s mm7.chr19     46399077 576 + 61223509 ATGGCGGAGAATTGGAAGAACTGCTTTGAGGAGGAGCTCATCTGCCCCATCTGCCTGCACGTTTTCGTGGAACCGGTGCAGCTGCCATGCAAACATAACTTCTGCCGGGGCTGCATCGGCGAGGCTTGGGCCAAGGACAGTGGCCTTGTGCGCTGCCCGGAGTGCAACCAGGCCTACAATCAGAAGCCGGGCCTGGAGAAGAACCTGAAGCTCACCAACATCGTGGAGAAGTTCAACGCCCTGCACGTGGAGAAGCCGCCGACGGCACTGCACTGCGTGTTCTGTCGCCGCGGCCCCCCGCTGCCGGCACAGAAGGTCTGCCTGCGCTGCGAGGCTCCCTGCTGCCAGTCTCACGTGCAGACGCACCTGCAGCAGCCCTCCACCGCCCGCGGGCACCTCCTGGTGGAGGCGGACGACGTGCGGGCCTGGAGCTGCCCGCAGCACAACGCCTACCGCCTGTACCACTGCGAGGCCGAGCAGGTGGCTGTGTGCCAGTACTGCTGCTACTACAGCGGCGCG---CATCAGGGACACTCGGTGTGTGACGTGGAGATACGGAGGAATGAGATACGGGCAAGT 

a score=2144
s danRer3.chr12 31538837 77 + 37038836 GGAGCTGGCGAGGTTTATCAGTTGTAGTTGCTAACTATTCTTTCCCCTTCCCCCCCCTTTTTTTTTTTCTTCCATTT 
s mm7.chr19     46407710 77 + 61223509 GAGGCTGGTGCATCTGGGAGCCTGAAGCTGCCCTCCATTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTtttttttttt 

a score=4822
s danRer3.chr12 31548434 119 + 37038836 CAGCAAATGCTGATTAAACAGCAGGATCGGATCGAGGACCGGGTTCAGGACATAGAGGAGCAACTCTACAAACTAGAATCTGACAAATGTCTCATGGAAGTAAGTGTGAAACTCTGACA 
s mm7.chr19     46409353 116 + 61223509 CAGAAGATGCTCATGAAGCAGCAGGAGCGGCTGGAGGAGAGAGAGCAGGACATTGAGGACCAGCTGTACAAGCTCGAGTCAGACAAGCGCCTGGTGGAGGTA---GTGAACCCTGAGCA 

a score=10343
s danRer3.chr12 31548676 389 + 37038836 TGCACAGG-----TTTGTGATAAAGGTTGCGCCTGGTTCTTGTACCATAACCAATCCAGTTCCTCAGTGGCTCT--CCCTAATCATCCGCATCAGATTCAG--------CCTCCGTAAAAGACGGCGCACGACTTGCATAGTAATTGGTGTTTGTGTTAAACCTCAGGACAAAGTGCAGCACCTGAAGGAGGAGGTGCAGCTGCAGTATCAGAAGATGCAGCAGCTCTTGGAGGAGGATTTGGGGAAGACCCTGGAGGTCCTGGATAAAGCCCACTCGAAATTCTGCCAGGAGAACTCTGCGCAGGCCCTGCAGCTTCACCAGAAACAGCAAGAGGCAAAGAAACTGCTCAGCTCCATCCAGATGGTTTTCGATAAGGCAGAGGACATCGGTTTTATGAAGGTG 
s mm7.chr19     46409588 390 + 61223509 TATACAGGGGGAATTGGTG-----GGTCACACCT--------TACCCTCAGAAGGCAGGGGCCTCAAGAGCCCAGACCCTAG-CACCAGAAATGGAGTTGGGGTAGTGACGGCAGCCCGAGGTCACTCAGTGCTCATGTGCCTGCCGATCCTTGTCTATCTCTGCAGGAGAAAGTGAGCCAGCTGAAGGAGGAGGTGCGGCTGCAGTACGAAAAGCTGCACCAGCTGCTGGATGAAGACTTGCGGCAGACAGTGGAGGTCCTGGACAAGGCGCAAGCCAAGTTCTGCAGCGAGAACGCGGCGCAGGCGCTGCACCTTGGGGAGCGCATGCAGGAGGCCAAGAAGCTGCTGGGCTCCCTGCAGCGTCTCTTCGACAAGACAGAGGACGTCGGCTTCATGAAGGTG 

a score=3353
s danRer3.chr12 31550837 55 + 37038836 CTTTTTACTTTTCAGAACACAAAATCTGTGAAAATACTAATGGACAGGTGAGTCA 
s mm7.chr19     46411071 55 + 61223509 CTCCTTCCCTTGTAGAACACCAAGTCTGTGAAAATCCTAATGGACAGGTGAGCTG 

a score=4223
s danRer3.chr12 31550985 148 + 37038836 ATGGCTAACTTTCTTCGTTTTGGACTCCAGGTCTCAGTCGTACGTGGGCAGCACACTGTCACCATACAAAGTGGGCAGCCTCAACTCCAAACTATTTCTGTCTGAAATCTCGAAACGAGAGAAGAATCTCTGCAAGATGCTGGAAGGT 
s mm7.chr19     46411225 148 + 61223509 ACAGCTGACGCCCCGTCCACTGCCCCCCAGGACCCAGACCTGCACGGGCAGCAGCCTTTCTCCCCCTAAGATCGGCCACCTGAACTCCAAGCTGTTCCTGAACGAGGTGGCCAAGAAGGAGAAGCAGTTGCGGAAGATGCTAGAAGGT 

a score=16064
s danRer3.chr12 31551245 655 + 37038836 TCTCCAGCCCCCTTCAGCGCTCCTGCTAACTTTTTCCAGAGTATTCCGGCATACCTATG---------------------CGAGAAGCGCAGGCACTCGATGGCATTCCCCGAAGGCAGCGGGAGCAGCCGAGCAGGCGCGAGCTACATGGACTCTTCCTCCTCGTCAGGTCCTGCGTCCGCCAAGCAGCCGTGCTTGAGTCTTACTCAGGGCTCTGCCCCAGGCGAAGGTCAGTCCTCCCAGCAAGCTCTAGGGCCGTGCGGCTCCGGCCAACATGTCGGAAGCAGCAGCTCAGCC-TCCGGCTCTCAACCTTTACCACACTCCACCTCGGTGTTCCCACACTCCCATTACCCAAATGGCAGCAGCTCCCAGC---------TGCCTCAGTATGGAGCGCGCAAGATCCTGATGTGCACGGTGGATAACTGTTACTGCTCAGGGGTGCCCTCCGTGTCTAACCACCGCAGTCACCCGCCCTACCCACGCTCCAGCTCCTTCCCCTGGCCGGTGAGCTCGCAGGAGTACTCGCATGCCCCTCTGCCTTCCGCCCCGGCCATGTCCCAGTCTCTCCAGAGCTTGTCCATGCGCGACTGGATTGACGCATCTCAGTCGCACAGGCACACTGACTTCTATAGCCTCTACGGCCAGTCTTCCACCAAGCATTACGTCACCAGTTAACCCC 
s mm7.chr19     46411685 619 + 61223509 TCCACAGGTCCCTTCAGCACACCGGTGCCCTTCCTACAGAGCGTACCCCTGTACCCTTGTGGTGTGAACAGCTCTGGGGCCGAAAAGCGCAAGCACTCGACAGCCTTCCCTGAGG------------------------CTAGCTTCCTGGAGACTTC------GTCAGGCCCAGTGGGCGGCCAGTA--CGGGGCAGCG----------GGCACAGCCAGCAGCGAGGGGCAGTCTGGGCAGC---CCCTGGGTCCCTGCAGCTCCACGCAGCACTT-------GGTGGCTCTGCCAGGCGGTACCCAGCC---AGTACACTCGAGTCCCGTGTTCCCCCCTTCGCAGTACCCCAACGGCTCCACCACCCAGCAACCCATGCTCCCCCAGTATGGCGGCCGCAAGATTCTCGTCTGTTCTGTGGACAACTGTTACTGCTC---------TTCCGTGGCCAACCACGGTGGCCACCAGCCGTACCCCCGATCCGGCCACTTCCCCTGGACAGTGCCCTCACAGGAGTATTCACA---CCCACTTCCACCCACACCCTCCGTCCCTCAGTCACTTCCTGGCCTGGCGGTCAGAGACTGGCTCGACGCTTCTCAGCAGCCTGGCCACCAGGATTTCTACAGGGTGTATGGGCAGCCGTCCACCAAACACTATGTGACAAGCTAACGCC 

a score=11218
s danRer3.chr12 31586793 216 + 37038836 CAAACTGACCTGGACTCCCTCTCCTGTGAGGGCGGAACAGGACTGAATCTGCCACACTCTGTCTCTGATAGTGTGCAAATTCAATCCTTCTGCTATTTCAGAAGCAGGGGCTGCTGTGAGCAAATCCTGCTTATTAGCAAACACCAGGACCGGGACACCGCTGAGCTTCTCTTCATCAAGTAACTCAGCCAGCTCCTGCATTCAGATCATTTATTT 
s mm7.chr19     46438976 210 + 61223509 CCATCTCACCTGGACGCCCTCGCCTGTGAGCGCTGAACAGGACTGGATCTGCCAGACGCGGTCCCGGATGGTGTGGAGGTTTAGCCCTTCTGCGATCTCGGAGGCTGGGGCTGCCGTGAGCAGGTCCTGCTTGTTAGCAAAGATGAGCACGGGCACACAACTCAGCTTTTCTTCCTCCAGTAATTCCGTTAGTTCCTG------GACCATTTTTTT 

a score=7686
s danRer3.chr12 31589919 161 + 37038836 CTCACCAGTACATCTGTGTTCTCAAAGTAGTTTCTCCAGTAGGGCCTGATCTTTCGCTGACCACCAATATCCCACACATTTAATTTGAATCCTTGTGATTGGACGCTCTTGATATTGAAACCCTAGAAGAAGAAAAAAAAGGGTTATTAAAAATAACTACA 
s mm7.chr19     46448201 151 + 61223509 CTTACGAGAATATCAGTATTTTCAAAATAACTTCTCCAGTATGGTCTGATTTTCCTCTGCCCGCCAATGTCCCATACATTCAGCTTAAAACCTTGTGACTGCACGCTTTTGATGTTAAATCCCT-------GAAAGAGACGGG---ATAAAAATAACAACA 

a score=8914
s danRer3.chr12 31590648 170 + 37038836 TTACCTGTGTTGGAGTGATATGAGTGATGTCTTCAGATGCTAGCTGTTTCAGTAAGGTCGTCTTTCCCCCATTGTCCAGTCCTAGAAGCAATATCCTCACCTCCTGATCTGGGGTGCTCTTCAGTTTCCGTAAAATGGACAACAAACCCT--AAAAGGCGCAGAATGTACAG 
s mm7.chr19     46454867 172 + 61223509 TCACCTGTGTAGGTGTGATGTGGCTGATGTCTTCAGATGCGAGTTGCTTCAGCAAGGTAGTCTTGCCCGCGTTGTCCAAGCCCAGGAGTAGGATTCGCACCTCCTGGTCTGGTGCACTTTTCAATTTGCGCAAAATAGAGAGCAAGCCCTTGAACAAGCACAAGAGAGACAG 

a score=6183
s danRer3.chr12 31596321 230 + 37038836 TCTGAAAAGCAGCAGTGAAGTGAATATTTGCCGTTTTATGTTGTGTTTTTT-GCGAGAAGAGAGAGAACCAT-----GGAGGCTGTGAAGGGCTTTGATATCGATGCTCCACGCTGGGATCAGTCCACGTTTATGGGTCGCCTCAAACACTTCTTCAATATCACCGACTGCCGCACCGCTCTTCTGCCCGACTCCAGACTGGATGAAGCCAAAGTGTTGGTGGAGAGCTGCAGGTG 
s mm7.chr19     46479064 236 + 61223509 TCTGGGAAAAACTGGTTAAGGAATTGACTCTCATTCTTTCTTTTTTCCTTAAGTCTGTAGTTTGTGAACAATATGGAGGGGGATCTGTCTGGCTTTAATATTGATGCTCCCCGCTGGGACCAGTGCACTTTCCTGGGGCGCGTGAAGCACTTTTTTAACATCACAGATCCTCGCACGGTCTTTGCATCAGAGCAGGAGCTGGACTGGGCCAAGGCGGTGGTGGAGAAGAGCAGGTG 

a score=8425
s danRer3.chr12 31596618 192 + 37038836 TGCTATCTCCA----CTAGAGCAGGCTCTGTTCCTCCAGGCACGACAGAGGAGCAGCTACACTACGCCAAGAAACTGTATGATTCTGCTTTTCACCCCGACACGGGGGACAGGATGAATCTGATAGGGAGAATGTCGTTTCAGGTGCCCGGAGGTATGGCCATCACGGGGTTTATGCTTCAGTTTTACAGGTTAGT 
s mm7.chr19     46479421 196 + 61223509 TGCTGTCCTTGGGTTACAGGATGGGACTTGTGCCCCCTGGCACTCAGATGGAGCAGCTGCTGTATGCGAAGAAGCTCTACGACTCGGCCTTCCACCCTGACACTGGGGAGAAGATGAATGTCATTGGGCGGATGTCCTTCCAGGTCCCTGGTGGCATGCTCATCACGGGCTTCATGCTCCAGTTCTACAGGTGAGT 

a score=5479
s danRer3.chr12 31598478 152 + 37038836 TGTAGGACAGTTCCCGCTGTGGTGTTCTGGCAGTGGGTTAACCAGTCTTTCAATGCTCTGGTTAACTACACCAACCGTAACGCTGCGTCTCCAATTACACCAAAGTAAGT--TCCTCTGACCTTTGTCTTTCTATGAA----CTTTACTCACTAGTAA 
s mm7.chr19     46482333 158 + 61223509 TGTAGGACAATGCCTGCAGTCATTTTCTGGCAGTGGGTGAACCAGTCCTTTAATGCCTTGGTCAACTACACCAACAGGAATGCAGCTTCCCCCACGTCTGTCAGGTAGGCGAGCTGCTATCCTCTGACTCTCTGAGCAGCCCTGCCGCTCACTCGTGA 

a score=3217
s danRer3.chr12 31598774 93 + 37038836 TTTTCTTTGCTCAGGCAGATTGGAGTTGCTTATGTGACAGCAACAAGCACAGCGTTGGCCACTGCAGTTGGCCTTAACCTCTACACTAAGGTA 
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a score=5266
s danRer3.chr12 31600804 316 + 37038836 TTTATTATCATCTGTTCTTCTCTGT-GTCTTCAGAAAGCTCCTCCACTGGTGGCTCGCTGGGTGCCATTCGCTGCTGTCGCTGCTGCAAACTGTGTGAACATCCCAATGATGAGACAGCAGTGAGACTCCTGTTTTTTACCAGCTTTTTTCCTGTCAGTTTT-GCAGGTTCAGATATT-GGCATATTCAAACTGATTCTGTTCTATGCAGGGAGATTTTGCATGGCATTGCTGTGACAGATGAAGATGGAAATAAACTGGGCCA-CTCAAGGG-TAGGAGACATTTACATTTCAGCTATTACATTAGCAGGTTTACATTTA 
s mm7.chr19     46484823 298 + 61223509 TTGAATAACTTCTGTTGTTCCCTGCCTTCAACAGAGAGCCCCACCCTTGGTGGGCCGATGGGTGCCTTTTGCCGCTGTGGCTGCCGCTAACTGTGTCAATATCCCAATGATGCGACAGCAGTGAGTACAGGGAGCCTTGTTCTCTTTCTCCATCACAGGGTTAGCAGGGACGGAAAGGAGGCCAATGC--GCTGAGCCAGTAGCTTCCTGGG-------GCTGGGCAGT------ACAGA--------GAAGACCAGTGGGCCACCTCAAGGGCCACCATTCCTCTATAATGGACCTAAGATAGTGGGCGATTTAAATTTA 

a score=4493
s danRer3.chr12 31604274 75 + 37038836 CAGAAAGCAGCTGTGAAGGGCATCACACAGGTGGTGATCTCTCGCGTTACCATGGCAGCGCCGGGCATGAGTGAG 
s mm7.chr19     46487114 75 + 61223509 CAGAGAGCTGCGGCTGTGGGCATCGCACAAGTGGTTATCTCTCGGATCACCATGGCAGCCCCTGGCATGAGTAAG 

a score=2219
s danRer3.chr12 31604428 64 + 37038836 TTCCAGTCATTCTCCCCATTATTATGCAGAGGCTGGAGA-ATCACA---GATTCATGCAGGTCAGTCT 
s mm7.chr19     46487748 68 + 61223509 TTGCAGTCCTGTTGCCTGTCATCATGGAGAGGCTGGAGAGACTACACCTGATGAAGGTAGGTCACTCT 

a score=10351
s danRer3.chr12  31613222 205 +  37038836 TTTTAAGGGTCTTCCACATCCAGAAACTCTTTTTTGGGAGGCGCGACTCCGCGGTACCAGGCGCAGGAGCCGTCTCCTCTCTTGATGCAGGCGTAGTGGTCAGACTGGCGCCCATGAATTATCTTCTCCGTCACCCAATCTGTCCACAGACACTCCTCTGGGGCGCTGATCTCGCATGGGAAGGTCGCACAGCGTGTGATCTGGG 
s mm7.chr11     118412741 205 + 122091587 TCTTACGGGTCCTCGATGTCAAGAAACTCTTGCTTGGGGGGTGCCGCCCCGCGGTACCACGCGCAAGAACCATCACTTCTCTTGATGCAGGCGAAGAACTTGGCCTGGTGCCCATTGATGCTCTTCTCTGTGACCCAGTCCATCCAGAGGCACTCATCCGGGGAGGAGATGTAGCAAGGGATCATGGGACAGCGAGTGATCTGAG 

a score=7140
s danRer3.chr12  31614921 133 +  37038836 CTCACCTTGCAGTCACACCCCATCTGATAGCGCTGACTAAGGCTCTTCTTCTGGGTGGCACTCATGGATTCCCAGGGCATGATGAGATCACACAGAGTCACGTGCATCTTACCGTTGGCCTCCGCCTTGCCTG 
s mm7.chr11     118419615 133 + 122091587 CTCACCTTGCACTCACAGCCCATCTGGTACCTGTGGTTCAGGCTCTTCTTCTGGGTGATGCTAAGCGTGTCCCAGGGCACAATGAAGTCACAGAGGGTAATGTGCATCTTGCCATCTCCTTCTGCCTTTCCTG 

a score=4674
s danRer3.chr12  31616655 122 +  37038836 ACCTGAGATGAGATACTCCTTCTTGCCGTTTGTGTCCAAATTGGTCACTCCACACACTGCAGATGAGGGCGCAGTAAAGACCACGTCAATGTGGCGGTCCGGGCCTTTGAACATCTGCATAA 
s mm7.chr11     118426461 119 + 122091587 ACCTGCAATTAGATACTCCTTCTTTCCTCCAACGTCCAGCGAG---ACCCCGCACACTGCTGAAGAGGGGGCCGTGTAGATAAACTCGATGTCTTTGTCAGGTCCTTTGAACATCTGCAAAA 

a score=6857
s danRer3.chr12  31616854 127 +  37038836 ACCTTGATCTGCTTTATCTCATATTGGATCCGCTTGATCGGGTTCCCATAAATATCGTTCCCAGAATCCACTTCTTTATTTCCAACCACCTTGGCTCTGATTACTGGAGAGAAACGATTCATGAATG 
s mm7.chr11     118429151 127 + 122091587 ACCTTTATCTGCTTGATCTCATACTGAATCCTCTTGATGGGGTTGCCATAGATGTCATTCCCGGAATCCACCTCCTTCTCGCTCACTGCTTTGGCTCTGATCACTGCAAAGCACAGAGACAGGGATG 

a score=10309
s danRer3.chr12  31754298 316 +  37038836 ttattttgtgttcaacagaagaaaaaactcttaaaggtttggaattgttcgtaaatactgtgtgaatttaactttcttagtgtgagttattcctttTAATATGATTTGCCCTTCTGC--AGGTAAGCACAATTCCCGCACAATGTTACTGCCGCTCCTCCAGCGTTTCCCCGAGCAGATGAGAGTGTCGCTGTACCACACGCCAGACCTGCGAGGACTCCTGCGGCTCCTGGTACCTGAACGCTTCAATGAAACCATCGGCGTGCAGCACATCAAGGCATACCTTTTTGACAACAGTCTCATCATTAGTGGGTGTGTA 
s mm7.chr11     118111276 316 + 122091587 TTAGACCATGTCCCAGGTAAAGTGAGGCTCCTGGGGATT--GGTCTGTCTGGCGGCAGTCAGGATACCTGTCTTTCCTGGTAGGAATGAGTTACAGGTGTTTCCTCTGCCGTCACACTCAGGTAGGAAGAACTCTCGCACTATGCTGCTCCCACTCCTGCAGAGGTTTCCAGAGCGCGTGCGCGTCTCCCTCTTCCACACACCAAACCTCCGAGGACTCCTCCGACTCCTTATCCCTGAGCGCTTCAATGAGACCATCGGCCTCCAGCACATCAAGGTGTACCTCTTTGACAACAACGTCATCCTGAGTGGGTGAGCA 

a score=8535
s danRer3.chr12  31759000 333 +  37038836 TACCAGCCAAAGTGTTCCCACAGTGTTTGCTC--ATCATGGTTTGTTTTTAGACTGTACGGAGTTCATGCAAAAACTGCC--------CCCGCTCAGTGT--AGGATGATTAGTTGCCAACTTTGAGTATGATATCATCTCATAC------------AGGGCCAATCTGAGCGACTCCTACTTCACCAATCGGCAGGATCGTTATGTTCTTCTGGAGGACTGCAAGGAAGTTGCTGATTTCTTTGCTGAACTGGTTGGAGCCGTGGGTGACGTGTCAATGCAGCTCCTGCCTGACAACAGTGTGGAGATGATGGAGGGAAGGGTGCATCCTTACAAAGGCAAG----TGTGAGGGATCTGC 
s mm7.chr11     118112226 361 + 122091587 TACCAGTCACAGTGTGACCCCGGCTGATGCCCTGCGCGTGCTCAGTGGTTGCTCTGGTTTCATCTCATCATGAAATTGTCATTCCTCACCCACTTAACCCCGAGGCTTGGCCTTGTCCAGTCTTGGCTGCGCCCTCATCTGATTTTTTTTTCTTTTTAGTGCAAACCTGAGTGACTCATACTTCACCAACCGCCAGGACCGCTACGTGTTCTTGCAGGACTGCGCTGAGATTGCCGACTTCTTCACAGAGCTGGTGGACGCCGTGGGGGATGTATCCTTGCAGTTGCAGGGCGACGACACAGTGGAGGTTGTGGATGGGATGGTGCACCCTTACAAAGGTAGGACCCCATGAAGTCTCTGC 

a score=11992
s danRer3.chr12  31768704 424 +  37038836 CAGGCAACAGAGCAGATTTTTCAGAATCGGCCCAGAGACGGATCATGGAGGTGGTGAACACTGCCCGCATCCGACAAAGCATGCTAAAAAC--------------GGAATGCTCCGACCATCCAGA----------------CTCAAACGGGACATCGCCAAACGACACCTGGATCTTTCCCTTGGTGCAAATGAAACCTCTAGGCATCCATCTAGATGAACAAGTGACCAAACGACTGCTTACAGAGGCTGGTGGAGATGCTGTGGTTTACCTGACGTCGGGCTACTTCAACCTGACACGCACATACATGCAGCTGGTTTTAGGCGCAGAGGCAGACTATCGTATTCTTATGGCCTCTCCTGAGGTTAATGGGTTTTTTGGAGCCAAAGGAGTAGCTGGGGCAATTCCAGAGGCCTACGTTCACCTCGCCCGGCAGTTCTACAATAAGGTGTG 
s mm7.chr11     118114411 454 + 122091587 CAGGTGACCGGGCTGCGTACTGCAGAGCAGCGAACAAGCGGGTCATGGACGTCATCCACTCGGCCAGGGCCCGGCAGCAGATGCTGCACGCACAGACCTTTCACAGTGATTCTCTGCTGAGCCAGGAAGAGGCTGCAGCTGCCGGGGACCGGAGGCCAGCGCCCGACACCTGGATTTACCCACTGATCCAGATGAAGCCCTTTGAGATTCAGATTGATGAGATAGTCACGGAGACGCTGCTGACGGAGGCTGAGCGCGGAGCTAAGGTCTTCCTCACCACTGGCTACTTCAACCTGACCCAGGCCTACATGGACCTGGTGCTAGGCACTCGAGCTGAGTATCAGATCCTTCTAGCCTCACCGGAGGTGAATGGCTTCTTTGGGGCTAAGGGCGTGGCGGGCGCCATCCCAGCCGCCTATGTGCACATTGAGCGACAGTTCTACAGTGAGGTGTG 

a score=3366
s danRer3.chr12  31771686 78 +  37038836 CTTGGCCAACAGAGTCGTGTCCACTTGCATGAATACCATCGCCCTGATTGGACGTTTCATGCAAAAGGTAGGTGTTTA 
s mm7.chr11     118114869 78 + 122091587 CTGGGGCAGCAGGATCGGGTCCAGCTCCAGGAATACTGGCGCAGGGGTTGGACCTTTCATGCCAAAGGTATGTGGTGA 

a score=7013
s danRer3.chr12  31778940 168 +  37038836 TCATTATTTTACAGGTCTGTGGTATTATGTAGGAGGAAGAGACTGCCCCTGCCTCACCCTGATTGGCTCCCCAAATTTCGGCTATCGCTCTGTGCACAGGGATCTGGAGGCTCAGATCGCTATAGTAACAGAGAACGAGGAACTCCAAACGCAACTTCAACAGGTTGG 
s mm7.chr11     118123604 168 + 122091587 TCCTTTTCCCGCAGGCCTCTGGCTGTACCTGGCAGGGAGCAGCCTGCCCTGCCTCACGCTGATTGGCTCTCCTAATTTTGGGTACAGGTCAGTTCACCGGGACCTGGAAGCCCAGATTGCCATCGTGACGGAGAGCCGGTCCCTGCAGCAGCAGCTTCATCAGGTTGG 

a score=4830
s danRer3.chr12  31781532 166 +  37038836 TGTTCTCTGTCTTGTTTAGGAGCAGGAGGTGTTATATCAGAGCTCAACGCAAGTGTCAAACTCCACTTTTAACCAGCCGGACCGCCATGTAAAGCTCTGGGTCAAACTGGTTACTCCACTCATCAAGAACTTCTTCTGAGTTCAACAGGCCTGATGTGATGGATAT 
s mm7.chr11     118128633 159 + 122091587 TGTCCTTTCTCTC-CTCAGGAGCAAGAGCAGCTCTACCTGCGGTCTGGTGTGGTGACCTCCGCAACCTTTGAGCAGCCAGGGCGGCAGGTCAAGCTGTGGGTGAAGATGGTGACCCCGCTAATCAAGAACTTCTTCTGAG---AACAGGC---AGGTGCTGGGAAT 

a score=5187
s danRer3.chr12  31796382 108 +  37038836 CTGAAGTGTTTCTACTGTCTCTTTAAAGACGAGGCTTTCTTCTTCCGCGCCGCCAGCATCTCGTAGAATGGGTCTCTGCTAATGGCGGATCTGGA-CATCGGGAGAAAG 
s mm7.chr11     118275049 109 + 122091587 CTGGTGCCCCCTCAGTGTCTCTTTGTGGAGGAGACCTTCTTTTTCCGTGCTGCAAGCATCTCGTAGAAAGGGTCTCTGCTGATGGCAGCCCTGGAGCACAGAGAAGGAG 

a score=10593
s danRer3.chr12  31801022 170 +  37038836 ACTGACTTGATGCTCTTGATCCAGTCTTCTTTCTCCTCTGTTGTTGGCGCTGAGATACGGTAGAAAGTGTGATTTCCCTCCACCACTCGACCGTCAGCTTCAGTCTTACACGCTTTGATCACCTGATCCTTGTTGTCTGGGATGAACAGCTCAAAGCAGTTCTGTAAAAA 
s mm7.chr11     118278054 170 + 122091587 ACCTACTTGATGCATTTGATCCAGTCTTCCTTCTCTTCCGGAGTTGGGGCTGAGATGCGGTACACAGTGTGGTTCCCTTCCACCACTCGCCCGTCCGCCTCTGTCTTACAGGCCTTAATCACCTGGTCTTTATTGTCAGGGATATAAAGCTCAAAGCAGTTCTGAGGAGA 

a score=5985
s danRer3.chr12 31803071 129 +  37038836 AAATCTACTACACTCCTACTACACCATGATGAGCTGCAGAATTAT----------------CAGACTATTATAGACtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 
s mm7.chr1      72470269 145 + 194923535 AGATCTCCTACATTCTTTCTACACCGTGTTTAACTGCAAGATTATATATAATATATAACTGCAGtatataatagatcatatatatatatatatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt 

a score=-549
s danRer3.chr12 31804339  97 +  37038836 gtattgtgtggaacccagcattttacag-tgTATTCAT-ATTTAGGAGTATGCATCTGTTTTTTTTTTTTGTTGTTTTTTTG----------------------ATGTTGTGAATTGAGAA 
s mm7.chr15     24948472 121 - 103647385 GTAGGTTGAGAGACCCAGGGCTGTGCAGATCTACTCCTGAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtACCACGTGTGTGCAAGTGAGCATATTAGATTATGTGCA 

a score=8916
s danRer3.chr12  31804444 119 +  37038836 TTACCCAGTTTGAGCAGCCAACCCTCACGGTCTGGGTTGAAGAAGGTGTGTGTGAGGTCGTTTCCGTCATCTTCAGGGATCTTGAAGGGCTCATTCTTAATGCTCTCATACAGGTTCTG 
s mm7.chr11     118291260 119 + 122091587 TTACCGAGCTTGAGCAGCCAGCCCTCTCGGTCTGGATTGAAGAAAGTGTGTGTGAGGTCATTCCCATCATCTTCGGGGATTTTAAAGGGCTCGTTTTTGATGCTCTCATAGAGATTCTG 

a score=10109
s danRer3.chr12  31805196 182 +  37038836 CTGACTCTGAGCAGGTCTTCAGGCAGGTCTCCTCCATCATTGATGCCTCTGTTCATGCATATGAATCTCTCTGCAGACGGCTTGTCCTTCACATTGGGGTTGTGCAGACTTGTGTTCAACATGATGATTGCGAATGAGAGAACATAACATGTATCTGCAAAAAAAAAAAGAGAGAGCGAGAG 
s mm7.chr11     118291804 182 + 122091587 CTCACCCGGAGCAGCTCCTCCGGCAGGTCTCCTCCGTCGTTGATGCCTCGGTTCATGGCGATGAATCTCTCCACCGTAGGCTTGTCTTTGACATTGGGGTTGTGTAGGCTGGTGTTCAGCATTATGATTGCGAAGGACAGGACATAGCAGGTGTCTAGAAAGAGGAGACCAGGCTGTGAGAG 

a score=8085
s danRer3.chr12  31810667 143 +  37038836 ACCTGTGGACTGAAAGACACCAGGGTTGCACTGACAGTAACGCTGAGCAAAAGCCTCCATCATTCGATCGATCTTCTGAGCTTCACCCGGTAACCTGAAGCTCCACAAGAACTGCCTGCATGCAGCATGGGGAGAGATTCATT 
s mm7.chr11     118292924 138 + 122091587 ACCTGTAGACTGGAACACCCCAGTATTGCACTGACAGTACCGCTGGGCAAAGGCCTCCATCATCCGGTCAATCTTCTGGGCCTCTCCAGGGAGCCGGAAGCTCCACAGGAACTGCCTG-----AGGGTGAAGACAGGAGCATT 

a score=5701
s danRer3.chr12 31810810 173 +  37038836 AATGAGAAATCAATTAAATG---------AGACAATCATGACTTTCTGA--GACCATCATAGGAGATTATAAACAGTGGATCTGCATGTGCTCACCTGAGAGCCTGAACCAGGTTGAGATCTGTAAACTCGTGAAGCTCCACAAAGGCATGAAGAACCTGAATATTAAACTCATCCCTGGAAAA 
s mm7.chr5      10324025 166 - 153054177 AATGGGGAGTCCATTCAATGGCTCCTGCCACCCCAGCCTGCCCATCTGTCTACTCATGCTAGGAG------------------GCAAGCACTCACCTTAAGGCCTGGACAAGGTTGAGATCAGCAAACTCATGCAGCTCAACAAAAGCCTGAAGAACTTTGATATTAAAGTCATCCCTAGGAAA 

a score=5451
s danRer3.chr12  31814442 128 +  37038836 TAAGCAGATGAGAAAG---CTCACCGGCTTCTTAGAGTCCTCCACTTCCCTAATACTGAGGTTTTCCAGAGGAATGATTCCTCTTGGCTCTTTATCCT-GAACAAACCAAAAAGAA----------------GAAGTAGAAACCTGTT 
s mm7.chr11     118279846 148 + 122091587 TGGGCACAGGAGCAAGACACTCACCGGCTTTTTGGAGTCCTCCACTTCTCGGATACTCAGGTTCTCCAGGGGGATAATCCCGCGGGGCTCTTTGTCCTGGGACAGGTGCAAGAGAAAGGCTTTACTCTCTGTGGAGGAAACACCTGTT 

a score=6831
s danRer3.chr12  31814611 136 +  37038836 GATACTCACAGTGGTGTATTCAAAGTAATACAGACAGTTGTCAGTCAGGATGAACCACCGTCTCTTCCAGGTCTTTACTCGTCCACCTGCAGATCACAGACCACAAGATAAACACGCTGGACCACCAGCACTGAGG 
s mm7.chr11     118286255 128 + 122091587 GATGCTCACCGTGGTGTATTCAAAGTAGTAAAGGCAGTTGTCAGTCAGAATGAACCAGCGCCTCTTCCAGGTCTTTACCCTGCCACCTG--------AGAGCAAAAAGGAGACACTCCTGACAAAAGACACCTAAG 

a score=413
s danRer3.chr12 31822640 32 +  37038836 CTTATAATTTACGAGCATCAGAAGGACTCATT 
s mm7.chr5      10329195 30 - 153054177 CTCGCAGCTCAGGGGCTT--GAGGGCCTCCTC 

a score=6710
s danRer3.chr12  31822672 264 +  37038836 CCTACCTTTCACCCAGATAATCTCCGATGGCGGTCTTGTTGAGCCCTTCACCCTTGTAGAGGAATTGAGCAATATCTTCACAAGTGTTTTTCAGCAACTCGTTCTCGATGAGGAACTGAATCCCCTGAGAAAACACAACATTCAGCATTAATGTCTTCCTACATGCATGTATTATAACTTCAGTTTCAGGTTGGTGATATTCTTGCTCTCTCCCAGCTCTTAAAAATGAAACCCATGAGGTTGGAAAAATGGAAATAAACTGGG 
s mm7.chr11     118294420 191 + 122091587 CTCACCTCTCCCCAAGGTAGTCGCCGATGGCTGTCTTGTTGAGCCCCTCCCCTTTATACAGGAACTGGGCGATGTCCTCACAAGTGTTCTTCAGCAGGCCATTCTCGATTAAGAACTGGATCCCCTGCACAAAGGTCAGAAAGAGCAGTGATGCTGGCCTGTG-------------------------------------------------------------------------GAGGCTGGAAAAATGAGTGCAGACCTGG 

a score=3955
s danRer3.chr12  31822983 228 +  37038836 CTAATTTGTGAACCCATAAAAGATCACAGGCTTAAAAATGCAAAATGCCAATGGATGTTATGTAATGGGAATCATTTG--ATTTGCCATA------AGCATATCAGGG----AGTCTTCATGATTTAGAAAACCTGCTTTTTATATTGCAACC----------TAATGCTTGTTTACCTTTTTGGGATCCATGTTAAATTTCTTGCGGCCCATAGCCATCTGCTTACTCCGCTGCATGTTTATTCTGAAA 
s mm7.chr11     118294658 219 + 122091587 TTAAGTTAGAAATC-----AGAGCCCCAGACTCAAGA----------------------GCATGAGGGTAACCACCTGACACTTACTCCAGAGAACAGCAACTTAGAGTCCTGGTCCCCACTGCTC----CACCCCCACTTAATACTCCGGCCACTGTCACTTCATTTTCTGCTTACCTTTTTAGGATCCATGTTAAATTTCTTTCTGCCCATGGCTACCTGTTTGTTCCTCTGCATGTTTTTCCTGAAA 

a score=3621
s danRer3.chr12  31828119  98 +  37038836 CTTACCTTTCTTGAGTGGAGCCAAGACATTCGATCTCATTGGTCACCTTTGTTATCTCATCCTTGAGCCGCTACAGTACATATA------TATAAAAAAGAGAG 
s mm7.chr11     118301436 101 + 122091587 CTCACCTTTCCTCTGTGGATCCCAGGCTTTCAATTTCATTAGCAACTTCTGCTATCTCTTCCTTTAGCCTCT---GTAAACAGAAGGAGTTACCAGAAGGAGAG 

a score=7816
s danRer3.chr12  31998507 154 +  37038836 ATCATTCACAGGCAAGTGTTTTTC---CTCCTGGTCCAAGTGGTGGATCTCCTTGTGCTGCTCCTCAATCACTGCCAAGAGCTTTTCCTGTTGGTCCAGAAGCCTTTTTTGCTGCTCCTGCTGCTCCTTAATTACCTGCAGCAGCA---TATGGTCCAAC 
s mm7.chr11     120215476 160 + 122091587 ACCAGGCTTAGGCTTGTCTTCCTCGCCCTCCTGTCGCTGCTGCCGGATCTCCTTGTGCTGCTCCTCAATCACTGCGAGCAGCTTTTCCTGCTGGTCCAGGAGGCGCTTCTGCTGCACCTGCTGCTCTTGGATCACCTGTAGCAGCACGGCATGGTCCAGC 

a score=5683
s danRer3.chr12  32006216 244 +  37038836 TTCTTTCTGCTCCTCCTCTTTTACAGCATCGGACCCCACTTCTTGTGCTTGCCCCGCCCCCTGCTCAGCAAGAAACTCCTCCTCCTCTCTGGCAGGTAACTTCTTCTCTTCCTCCACAATGGCGGGTTGTTTCTTTTCATCCTCCAACTCCTCTTGGTTTTTGATCTCATCAATCTGAACTCCATCATGAGGGATGGGCGGTTCATGGCGGTGCGCTTCACCTTCCGGGACGGCTACACCTGTA 
s mm7.chr11     120219359 227 + 122091587 TCTTTCCTTCCCCTCCTCTCTCA-------GGTTCCTGCTTCT----CCTTCTCTGACTCAGGCAGAGGTGGTGCCCCTTGACCCCTGCCTGCAGGG------TCTCCTTCATCTGGGAGCCTGGGAGGTGGCTTTTTCTCCTCTGGCCCTTCTTGGTCCTGGCCTTCATCCACCACCACTTTATCATGAGGGATGGGAGGCTCATGGCGATGGGCCTCACCCATAGGGACAGCAATACCTGGA 

a score=2944
s danRer3.chr12  32006533 128 +  37038836 TTACCTGCTTCAGGGCGGTCCAGCTGAACCTCTTCCTCTTTTTTCTTTTGC---------TCAACCACGTCCACAGGTACTTTAATTTGAGGGGGCTC---GTCTGCTTTCTTCTCTGCTGGCTGTTCAACCTCAATCGG 
s mm7.chr11     120219878 138 + 122091587 TCACCTTGGCCGGGGCGATCCAGCTGTGCGGCTTCCTGCTTCTCCTTGGGAGCTTCCCCGCCAGGCACATCTACAGGACCCTTGATCTGGGCCTGCTCCAGTACCTCTTTGTCCTCTGCTGGC--TTTAGCTTCTCTTGG 

a score=1789
s danRer3.chr12  32014367 268 +  37038836 AGCTTGTTCTCGGTTTTTGCAGGGACATCCTGAGCGGGGGTTATTTTTGCCGGCTCGTTGGAGGAAATGGACATTGTGGTGGCAGTGCTGATGAGCAGGATCCCCAGACCGACCCACAGAACCAGCTTAAAACACAGAGAGAGATAAAGAGGAAATGTAGAAAGTTAATGTGTCCAGTTTAGCCCTTGAAAATACTTTAGATATCAAAAGTGTGACTTTAACGTT---Tggtaacactttaatttaggtctcaattcacggtattaacaaa 
s mm7.chr11     120225946 247 + 122091587 AGCATCTCCTCGGTGGCCGCTGCGAGCTTCTT-----GCGTCAAGTCCAGAGGAGCTTCTTCGGTCACAGAGAGGGTGGTGAGTGTGCTGACCACGAGGATGCCCAGGCCGACCCAGAGCACCA-CCTGGACCAAAGACCCCAAGACAGGAGGAATGACGATCGTCCCTGTATCTGGCT----------GGAAGCTATGGACA--------GAGACTCTGAGGCTTCCTGGAAATACTCGAGTAGGGTTCTCTttttcctttcctgacaca 

a score=5727
s danRer3.chr12  32019758 116 +  37038836 TACCTGTGCGGTCCAGGCGTTCTTCATGATCTTCTTGTAGATGAGAGCTGGACAGATAAAGCAGATCAGACTGCCCATGGTGGCTCCGGTCAGACCCAGGATGGTCTCCACTATGA 
s mm7.chr11     120237464 116 + 122091587 TACCTGGGCTGAGGGGGCATTCTTGTGGGCTTTCTTATAGATCAGAGCCGGGCAGATAAAGCAGATGAGGCTCCCCATCGTTGCTCCTGTGAAGCCAAGGATGGTTTCCACTGCAA 

a score=6416
s danRer3.chr12  32024045 139 +  37038836 ACGTACCATTAGGAATGAGGATGCCAACAAACATGGTGCCAAAAACGATGCACAGAGTGATGCTCTTGAAGCGAAGGGGTGGCATATACCCTCCTGCGGCAAAAGTGCCATCTTTTTGCT------AAAAAAAGAAAAGACAAAC 
s mm7.chr11     120238239 145 + 122091587 ACCTACCATTGGGGATCATGACCCCACCAACCATGGTTCCAAACACCACCGAGAGGGTGAGGACTTTAAACCGGAGTGGGGGCATGTAGCCTCCTGCAGCAAAGGTTCCATCTTTTTGCTACATGAAAGAAAACAAAAAACAAGC 

a score=12582
s danRer3.chr12  32025862 209 +  37038836 TACCTGCTGCTCGAATAGCATGGTGTTGATGGCCTGTCTGCAAGGCAGGATCATCATGGGAAAGCCCACAGCCACAGACATCATAAAGCCCACACGGATCATTTCCGTCACCAGGTTAGATGGAAAGTTCATCAGTACGTTCCCAGCGATGTTATCTGTGAAGCTCACATAACCGAAGAACCCCACCTGGAGGAATACAGCACAAAGTA 
s mm7.chr11     120241718 209 + 122091587 TACCTGCTGCTCAAACAGCAGTGTGTTCAAGGCCTGCCTGCACGGCAGAATCATCATGGGGAAGCCCACAGCCACAGACATCACGAAGCCCACTCGGATCATCTCTGTCACCGGGTTGGAGGGGAAGTGGATCAGCACATTGCCTGTGGTGGCATCAGTGAAGCTGACGTAACCAAAAAACCCCACCTGTTGGAGGAGAAAAAACAGCA 

a score=7043
s danRer3.chr12  32029532 150 +  37038836 CTTACTGTGATGTAAAAGGTGGTGACCACATTGAGAGAGGAGGTGAATATTGTGCTCATTCTCTTCACTGATGGCTCATCCAGGCTGTCATAAGTGGGCAACACTTGCCTAAAAAACAAAAAAAACTTCTCATATACATCAGGCTCTAGA 
s mm7.chr11     120243819 143 + 122091587 CCTACCATGACATAGAAGGCGGTGACCACGTTGAGGGAGGAGGCAAAGATGGAGCTCATGGTCTTCACTGATGGCTCGTCCAGGCTGTCATAGGTGGGCAGGACCTGGCTGTGTAAAGACAAGCGAGTCACA-------CGGACTCTAGA 

a score=8716
s danRer3.chr12  32041697 208 +  37038836 TGGGGAGTACTTACGACTGACAGGCAAATGCCATGCCACAGATAGGGATGCAGCGAAAGACGCCGTCCCACCGAACGAAAATGACCTTGTTCAGCCACTGGCCAGTGAGGAGGCCGTGTTTCAAGGAGGACAGCACCATCTGTGGTGAAGGGGAAAGCAGGAAGGTTACAGAACATCCCATAAAGACAGGGGGAAGGGAGAGAGAAGA 
s mm7.chr11     120246887 183 + 122091587 TTGGCAGTACTTACGACTGACAGGCAAAGGACATGCCAAAGATGGGGACACAGCGGAAAACACCTTCCCAGCGAATGTAGCTGACCTGTCGCAGCCACTGCCCACTAAAGAGGCCATGTTTAAGGGAGGACAGCACAATCTA-GACCAAGAAGAGAGT------------------------GAGACATGGGGTCAGGAGAGAGTAGA 

a score=8898
s danRer3.chr12  32046026 158 +  37038836 CTCACCGTGAACATGAAGAGTGTGTAGAAGATCAGCGCCATGGCGGAGAATGACTGAATGGATGACATCATGTTTCTCTGCAAACTGAGGGGCAACACGATGAACAGCGAAACTGCAAACAGCAATACGACACGGAAGCTACCAGTCACCTGAAAGGG 
s mm7.chr11     120248025 158 + 122091587 CTCACCACGAACATGAAGACGGTGTAGAAGAGGAGCGCCATGGCACTGAAGGACTGGATAGAGGCCATCATGTTTCTCTGCAGGCTGAGCGGGAGCACAATGAACAGGGACACTGCGAAGAGCAGGAACACACGGACAGTCCTGGTCACCTGGAAGGG 

a score=6062
s danRer3.chr12  32046773 162 +  37038836 TTTCTTACCTGCAGCCCTAACAGCTGAGCAAAGAAGTTGGACCCCAGTTCTGCAATGACGACATAGAATGCAATGCACGTCCCCAGCATAAGGCCAATCATGCT-------AAAACAAATAGAGCATACGAGTACTAATTATAAGCAGTATGTGATAGTTTG------AAGCTGA 
s mm7.chr11     120249629 170 + 122091587 TGTCTTACCTGTAATCCAAGCAGCGGAGCAAAGAAGTTGGACCCCAAGTCACCGATCACGACATAGAAGGTAATGCAGGATCCCAGCATCAGCCCAATCATGCTGTGAAGAAAGACACCCAGGGCTCTGAAGTCAGATTTA-----AGAAGGTGCTGCTTTGTGATCAAAGCTGA 

a score=7862
s danRer3.chr12  32048735 154 +  37038836 GCTCAATCTCACCTAGTCCAGCATAAGTCCTGCGTTTGGTGTTGCTGGCCGAATGGACTAGAAACATGCAGGACTGGTGTGTCATCCAGGAACAGAAGAACAACAACAAGGTGCCCAAAACAATTCCACACTGCAGGAAAAATCCAAAAAGACA 
s mm7.chr11     120256753 154 + 122091587 GCCAGGTCTTACCCAGGCCAGCATAGGTCCTCCTCTTGCTCAGGCTGGCCGACTTCACCAAGAACATGCAAGACTGGTGTGTCATCCAGGAGCAGAAGACCAGGAGCAGGGCCCCCAGGACAATGCCACACTGCAGGGTGGAGAGAGAAAGACA 

a score=5664
s danRer3.chr12  32049063 113 +  37038836 CCCAAAACCCCCTATTTACCTGTTTGAAGCAGAAGGGCATCGTCAAAACACTCACACCCACAATGCTGTTTACAACGTTCATGATCAAACCCCAGTTTGACGCG---------GTCATTTTG 
s mm7.chr11     120260005 122 + 122091587 CCCCGCGCCCTCGACTCACCTGCTTGAAGCAGAAAGGCATGGTGAGCACGCTGACGCCCACGATGCTGTTCACCACGTTCGTGATCAGCCCCCACTTGGAGGTGGAGGCGGCCGTCATTTTG 

a score=6846
s danRer3.chr12  32094848 140 +  37038836 AAAATGCAATGGTCTGGATATGACAGCAGATTAAATTTCGTTCGCCTCTCCATCAATTTTCTGTTTAATGTCACTGAGCTCCATTGTGGGAGAAGAGGACGCGTCATCCA-GCCATAAATTTGTGATTATAGAGGCTCGAG 
s mm7.chr11     120334524 140 + 122091587 AAAGCGCGAAGAGCCGGGGTGGAAGAGAGATTAGATTTCGTTCCCCTCTC-ATCAATTTTCTGTTTAATGTCACCAGGCCTCATTGTGGGAGAGGGAAGCACGTCACCCAGGCCATAAATTTCTGGTTATGGTGCCTCCAG 

a score=6565
s danRer3.chr12 32098616 219 +  37038836 CAGCTCGCGCTGGCACATGGACAGTGTGTCTGTTTGTGTGTGCGTGAGTGAAAGAAAAAAAAAGAAAGAATGTG----------TGTAAGTGCGCGCGTGGGGAGAGAAGGAGAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt----------------------gtgtgtgtgtgtgtgtAAGTGAGAGAAAGACAGAAAAAAGAGGCTGAGTTTGTTTTCAGGTATATAGA 
s mm7.chr9       5503873 244 - 123828236 CAGCCATGACTGTCCTGTGGAGCCAGTCTCCATTTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGAGAGAGAGAGAGAGACTGTGACtgtgtgtttatgagtgtgtgagtgtgtatatgagactgagtgtgtgtgtgcataagtgtgtgtgtgtgagtgtgtgcatgagtgtaagagtgtgtatatgagactgagtgtgagtgtgtgtgtgCATGAGAGAGAGACTGTAA-------CTGTGTGTGCATGAATGTGTATATA 

a score=1676
s danRer3.chr12 32100237 107 +  37038836 TAAACAATTAAACAAATGCAAATTCTTGTATTCATTAAAATCACCTT----CTGTAATGACTTATCGTTTTATTTTAAAAGTATGTTAAATTATATAGAAATAAACAAACT 
s mm7.chr6       3221194 101 - 149646834 TAAACGCTTAAAAACGTGATA----------TAATTGAAATGACTTTAATATAGATATCATGTAATTTGTTGTTTTAGAATTACTTTTGGTTTTATAGAAAAGAAAAAACT 

a score=12146
s danRer3.chr12  32101214 272 +  37038836 TCCCCCTTTTTAACGCATTCCCTTTGATTAAGTCACTCTTGACTCTCCTTTAGCTTTGGGGCCAACGAGGTTCGCCTAGGGGAGGCCTTGAAACCG-CCCCTCCTTATCTCCTTTCATCATCCAGTTCTGGGCCGCCTTGAAACCGCAAGGCCAGTAATTGCTTTTTTCAGGCAGCCCAGTGCGGACTGGACAGCAGCCAATCAGAGCCTTGTTTACATTCTGTGATTGACAGCGCTCTGGCAACACGCCAACCAATC--AAACAGTTTTCAGAA 
s mm7.chr11     120340491 275 + 122091587 TTCCCCTTTCTCTTCAGATGCCTTTGATCCCCAAGCTCTCCGCCGCACCTCGGCTCCCGAGCTGCCTGGGTCGGCCCGCGGGGATCCTGGAAACCGTCCCCGGTTTATCTCCTTTCATCAAGCGGCCTTGGGCAGCCTTGAAACCGCGGAGCCAGTAATTGCTTTTTTCAGGAGGCCCGGTGCGGACTGGATAACAGCCAATCAGCGCCTTGTTTACACTTAGTGATGGACAGCCCGCTGGCAAAGTGCCAACCAATCGTGACCGTTTTGCAGAA 

a score=6022
s danRer3.chr12  32104825 181 +  37038836 CGGGATGGAAGGCCGGGATTTCGCTCCTCCGCCGCACCTTCTGGCAGAGCGAGGCGCGCTGGTTCACAG---------AGCCGCCTCGAGGATCACTCCTGCCGGGCACACAACAGTGCAGCATCCCGGTCACTTTCAGCCTGGAAAATATTACCCTTCACATATACCGATGCCTCCACATTCAGGTAAG 
s mm7.chr11     120346120 187 + 122091587 cggcATGGATGGCCGAGACTTCGCGCCGCCGCCGCATTTGCTATCGGAGCGCGGGAGCCTGGgccaccgcagcgccgccgccgccgcgcgcctcgcccccgccgg---ccccgccgcGCAACCGGCCGCGCATTTCCAGCCCGGAAAGTACTTCCCGTCGCCGCTGCCGATGGCTTCGCACACAGGTCAG 

a score=5093
s danRer3.chr12  32105727 102 +  37038836 TGTAATACCAGAAAATCCGGTTTCTATATTGAGCGGTGATGTGACGGGGTGCGAATGAGTTGACAGTGCATGCATTAGATTTAACAAGTGTCTCCAGCATTC 
s mm7.chr11     120346770 102 + 122091587 TGTAAGACGAGAAAATCCTGTTTCTATATAAAGCCTTGAAGTGTCAGGGCGAGAATGGGTTTGCAGGGGATGCATGCGCTTTAACAAGTGCCTTTGGTATCC 

a score=1792
s danRer3.chr12  32107654 210 +  37038836 CACAGCAGTCTTGT---TCCTGCAAAAGCACCGGTATGCCCTGTCAAACC-----TCGGTCGGCCTTCTTTCATATCACTTCTTCCTTTCTCGCTTCTCTGTGCCTTGAGTCCTGATTTA-----------ACAATGCAG------TGTCTGCGCTACTGTTGATCTTAACCTGTCTCAACCTCCCCGTCCACTCGTTCCTCTGCGGCGCTCCCTGCTCTGCACTGAGGTACTGC 
s mm7.chr11     120347562 228 + 122091587 CACTGCCGGCTCGTCTTTCCAGCTGGAGCCTCAGCGAGCTCTGCCTTTCTCTCTGTGGATCGGTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTCTTTTCACCATTTTCTACCCCT----TCTAGATTTATAGCTGGGAAGAGAAAGAAAAGTACTTGATTGAGCAATTGATGAATTTAAAATATCT---CTTCCCAATATCCTTGTTGTTATTGTCTATTCTTACCAGGGCACTGAGATACTAC 

a score=4671
s danRer3.chr12 32169781 339 +  37038836 GTGacacacacatacacacatacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacacCATTGTGATTTCTGCCCATGCTTGTTGCCAAAAGTTTGTGGCTGTTTTGGGGTGTGGCGAGTCCCAATCCTCTGGGAATTAACTCACTTCCAGCCTGACCTCCTGTTTTAAAAAAATACACACATGCAGAATTACACACACACTCACTCGCTCTCTCACATACAAGACCACACACTCACTGATACAGCCTCGTCCC 
s mm7.chr10     68350187 264 + 130066766 GTGACATGAATGTATACATGTGTGTACACAAACGTGTGCATAAACA-------ACAAacacacataagcatagtcacatagattcacacacatgaacatatgtgcacataaacatacacacacatataggcattcacatatGCTACTCACATGAACGTACATGTATGT---------------GCAATTGTG-------------------------------CACACACAT----------------------ATGAACACACACATGTGCATCCATACACATACTGACTTGCACTTTCACTTGCATATACTCACATCCGTATGTACATGCCCATCCC 

a score=6928
s danRer3.chr12  32181141 182 +  37038836 GCAGTGGACTGATAGGGAACTCGTCTGCCTCAT---TCATGGGGACATTTCTGGCCAGCAGTCTGGGATCTCCTCCGTC---CCACCCCAGCGGACCCCCATCATCCCCTTCTTCTCCACCCTATCGCTCTGGACCTCACTCTACAGCCCCGTCACAGATCTGGTTCCCCCACTCACATGAAGGTAAG 
s mm7.chr11     120368119 182 + 122091587 GCAGCCGTCTGATGGGAAACCCCCCAGCCTCCTCTTTTATGGGCAGCTTCCTCACCAGCAGCCTGGGCTCAGCAGCGTCGGCACACCCCAGTGGCCCCACATCCTCTCCCTCTGAGCCGGCCTACCGA---GGATCCCACCCT---GCCACCTCTCAGATCTGGTTCTCCCACTCCCATGAAGGTAAG 

a score=3888
s danRer3.chr12  32183820 87 +  37038836 GCTGGCAGAATGGAACAGTAATTGTGGTTGGCAGCGAACACA--GTGGTGTTACTGCTGGCACCCAGCGCTACTGTAACTGAATGACTG 
s mm7.chr11     120368978 87 + 122091587 GCTGGCACGCGGGAG--GTAATTGCAGTTGGCAGCGGGCACATAGAGCTCTCGCTCCTGGCACCAGGCACTGCTGTAACTCAATGACTG 

a score=12036
s danRer3.chr12 32187006 286 +  37038836 TAAATA-CCCAGCATTACAAAAATAATGCGTATTGATGCAAATCACTTGTAAG-GAGTGAATTAAACACAATTATCCATCAATACTGGGCAGTCTTGCCGACCCTCACCAACAAGATGTGGCTAACAAGCATAAAATAAGATTGAAATGGTGTGT-AAAGAGTTG-AAAATGAATTTCAATGCTGCATTTGTCCACAATTACCCTTTCGTTCACACATGTTTTATTGGGGGTTTCCTTTTCTC-----TCCCCTGCTCTCTCAAAGCAGATTGAGAAACATTCTTCTGTATTACC 
s mm7.chr4      16024033 285 - 155175443 TAAATAGCCCAGAATTTTTAAAAAC-------CTGATGCAAATCATTGGTAGGAGAGAAAATTACGCGCAATTATGCCCTGATACTGGAAGGTTTTGCCTAGCCCAGGCAACAAGATCTCATTAACAAGCAGAAAATAAGATTGAAATGGTGTGTAAAAGAGCTGAAAAATGAATTTGAATGCTGCGTTTGTCCACAATTACCCCCTCCTTCACACATATTTTATTGCAATTTTTTTATTATTCTTAATCCCTCCATTCCTCAAAGCAGATTG-GGGACATCCT--GGCATTACC 

a score=7983
s danRer3.chr12  32204576 184 +  37038836 tctccattctctctctctctctctctcAGCCCCAGGGTATCCCCGCTTTTCAGGGAGTCTAGCCCCCACCTTCCTGCCCATGAGCCCCCTGGATCACCATGGCAACAGCAGCGTACTTTATGGACAGCACCGTTTCTATGACACTCAGAAAGGTGAGTGAGGTTCAGTTTCTTTTGTCAAGCAG 
s mm7.chr11     120377322 184 + 122091587 TCTCTACAACCAGTACTTTGCCTCCCCAGCTCCTGCGTACCCCAGATTTTCGGGGAGTCTGGCATCTACCTTCCTACCCGTGAGCCACTTGGATCACCATGGAAACAGCAATGTTCTCTATGGGCAACATCGTTTCTATGGAACCCAAAAAGGCAAGTGCTTCTGGGCTTGGTGTGGGGTGCAG 

a score=3541
s danRer3.chr12  32204813 228 +  37038836 ATTTCTATCTACGAAGCCTCCCATCGCAGCCCCACCTTCTCTCTGCAAATCACAGCCTCCCACCGCTTTCTAGAACTGCTCCTGCCCACCCGCTGGACTCCTGCAGTCGTGA-------GAGGGAACCTGGAAGCACAGTTTCCCAGAAGAGCTC-----------------------------CAAAGAGACAGGT-GTAGCGGAGCGAAGAGTAGGACCCGG--AGGAAAAGAAAAAGAAAAGAGTAAACAAGAATCTAAGCAGG 
s mm7.chr11     120380406 267 + 122091587 ACTTCTACCTGCGCAACCTGCCCCCACAGCCTACCATACTACCCGCCAACCACAACTTCCCCGGAGTGCCCCGAGCCACCCCTGCCCATCCCATCGGGTCCTGCAGCCGGGACCGCATCGAGGCTGCCTCACTGCAGAAGGGTCCTAAGGAGTTTGACCGCTTCCTCATGGGTAAAGAGGTGGGCAAAGAGAAAGTTAGCAAGGGAGCAGAGGGCAGGGAGCGGCCAGCTGTGGAGGAAGACAGTGGTAAAGATCGACAGAAGCTGG 

a score=4080
s danRer3.chr12  32205130 1707 +  37038836 AAAGATGACCCCAAGCACCTTAGCTCCTGCCTGCTTAGCACTAAGACGCAGAATGGCTCTGATCCAGGGGCGGCCACCAGGGGCTCTTTACCCAGTTGTGTGGG-----TCCTGGAGCCTCCAGTCTGGGGACTGGCCGGCAGACAAGTGGAGACAGTCACTGTTGCAAGGAAGGGGT-----CAGTGGAGAAATGCGAATTAGCGAGCCAGCCTCA---GACTGCCTTCGTCACAGTGCCATGCTGGGCCATGCCCACCCAATGCCCTACTCCATGCCCCCACCTCTGGGCCTAGGCTCTGCAGTGGGAGGATCCTGGCTGCATCCGAATCATCCACACCATCACCATCCTCATCATCCCCATGCAGAGCTCTTTTGTCCACCTCCCCCTGC---------TCCACTGACCATGCCCACTGCTCAGGAAAAGAGCCTTGGCAGAGACTCTGAGGTTACAGGGCCCACCTTTGTGCCCTCTGTGGGGCCACTGGGAGATAAAATCAGTGGACCATTCCAGCTGGGGAACCATCACTGTCGAGGTGTGGGAGGTGGTATGATTGCAGTTGGTGGCAGTGCAGGGAAAGAAACGAAAACTCCTGAGAGGAGTAGCAGTGGAAGTCGAGCAGCTAACCTACTGCCTCAGAATAGCTGCCAAAGAAAATCTTCCCAGCAGCAACATGCATATGGTAAAGCAGA---------CAAGAGTCCAGACTGGCCCCCCGGCCCCCATTTACGCACAAACGAGGTTCAGCACAGTCAGAATCAGCATACCCACT---CAGCACGTTC---ATGTAGCTTGGACAGCAGTGAGGAATCTGATGCCTTTCGTCCCTCTCTGCCACAGG---GGACGAAGGGTGGCCACCAAGCTAAGAGTAGCATTTATGCCAGCACTCCACCTTTCCGGGACTGTTCTCACTCAGGTCCGTCAAACAGGGCATCGTCCGAAGGTAAAGGAGCCACGGAGG----TTGAGTGTACTCAGAAAAGCAGCCAGAGGGTTGCACGAATACGTCATCAGCAGCACAGGGCTAGCACTGGTGGACAGGGTCCAGAGATGGAGCCTAACAGTACCACA--CAAGACAAGAGGAAAATGGACATGGAGTCAGCATCACAAGGATACGGCGGGAATCGGACCGGAACTCATCCCTCC-TGGGAAGTGCGA--GGACCCCAGCCTC-----GGCCA-----GATGAAGAACCACACAAGGCTTAC----AACTCTTTGGGTGCTGCTTCC--CAGACTTCACGTGTGGACCAAGGGCCTCTTCCCCCTCTAACAGCCCCGCAGGAGGCCACACTGGGCCCTCAGGGACCTGAAAGCAATGCCATGAGGAATCTGATGAAGTACAGTAGCCAGCAACCACTGCTGTTCACTCAGAAGAGCCCATTTGGTGGTCTGGGCTGCCTCAAGCAGGGAGCAGTAGCTGGGGAGAGAAGTGAGAGGAACGAAAGAAGCGACAAAAGTGGAAATGGTTCGAGCTGTGCTCTCCAGGAGGGAAAGCAGACCCTGCCCCCCAGGAGAGCCTCGTCATCTGGGGAGAACGAGCGCTCAGAGC-GGGTGGGCAAGGACTCAGGCGAAGCTCAGGGGGAGGGAGAGGTGCGACAGCCCCCTGTAGGGATAGCAGTGGCCGTTGCCAGGCAGAGAG-----------AGCCCCCGTGCCGCCTGCCAGACGGGCATCCCACCCACAGCCACCATAGCAGAGTGATGCCCAGCATGAAGGGTAAG-CGACTCCCAATGGG-----AGGTCTGgtg 
s mm7.chr11     120380735 1449 + 122091587 GAGGGCCGCCCCAAACACCTCACCTCTTGCCTGCTCAACACCAAGGTACTCAATGG-----AGACATGGGC-------AAGGCCTCCCTGGCCAGCTGTGCAGGAGGCATGCTGGG-----CAGGCCTGGGACAGGTGTGGCAGCACCCGGA------CGCTGTGCCAAGGAGGTGGCAGGCCCCGTGGAGCC-----------TGGGCCAGCCTTCAGTGAGTGCCTGGAGCGGCGGCAGATGCTGCATCATGCT------GTATCCTACACAGTACCC-----TCTGG------------------------CCTGCCTAC---CGGGCCACCCCCGCC--------CCTCAGCACAGGCCCAGCGGGCTCTTTCCCCTGCCTGCAGCTGCATGCAGGCCCAGATGGGCTCTGCCCTCTGC---AGGACAAAGTCTC--CCGGGACCTAAAGGCCAGCGGGCCCACCTTTGTGCCTTCTGTGGGACACCTGGCTGACAA------------------------GAGCCGCTCTTTCCAAGTAGCAGAGGCCTGTGCCGTGGCAGGTGATGG----------AAAGGACCGGCACCT------GGATGCGGCCATGGCCACCGACCA-------TGGTGCACC----------CTATGGAGTCTCCTACGCCCACCTAAAAGCTGAGGGCAAGGGCGAGCGGCGACCCGGGGGCTTTGAGGCGGCCCTCCACCCCCGGCTG---AAAGGCCTGGAGTATCTCAGTTCAGGCCCCGAGGCCCCCTTCCCTGGACTTCCCAAAGGCGGTCTGGACAAAAGTG--------GCTACTTTGAGTTGCCCACT-TCACAGGACTGTGCCCGGTCCAATCACCAAG--------ACCCACTGGGTGGGAAGGCCACC----CAGGCCTGCTGCACTTTAGA-----CAAAGTGGCCAAC----------AAAGAGGCCCCTGCTGGCCCTCCAGTG-------------GGACAGAAGGTAGCCAGGATCCGGCACCAGCAGCACTTGGT---------------GGCTCCTGAGGTAGAATCGGGAGGCAGCGGGGCCGAGACGAAACGCAAGT--CCGTGGAGCTGGCTTCTCTGGGTTATAGCGGCCACCA----------CATGCCTCCGTGGGGTGTACAGACGGGCCACGACACCTCCATGGCCATCATCGAGGAACGAAAGGGCAGTGCCTACCTCGACCCTTTTGGAAGTGGCTTACAGCAGGCAGCCCTCCTGTCCCAGGAGC---TGCCCACTCCGCCAG------ATGAGGTCTCG---------------------------GCCATGAAGAACCTGCTGAAATACAGCAACCA---AGCCCTAGTCGTGGGCCAGAAGGCTCCGTTCGTGGGCCTGGGCAGCCTCAA------AGC--CAGCTGCGTCCAGCAG--------------GAAGCCAA------------GTTTCCAGC------CACTAAGGG----------CCCAGGCCCAGTGGAAAGACCCGACT--------------GTGCCCGCAGCAGGGAGCATGAGGCCCCA---------CATGGAGACGGGGAGGTGAGGCAGCCACCCGTGGGCATCGCAGTGGCCTTGGCCAGGCAGAAGGACACGGTCGGCAGGCCCGATACAGCCTAC--------AATACCAACAGTGGGCGGCAGGGCAGGGCCGCCCCCACCTTCAAAGGTATGACGTCTCTGGTTGGGGAAGCAAGGCTGGTG 

a score=11097
s danRer3.chr12  32207864 525 +  37038836 TCCCTCAGGGAAAACAAAGACAGAGTTGAGTTTGCCAGAATCCACCCCTCCAGTAGTTGCCATGGAGATTTGACCTCACACCTTATTGTGCCAGGCGGTAGCCAATTAGGCACTGAGCCATCTGCTCACGCCCACCCCACCCATCATCACTGGATGCCTCGGACAGGAAGTCCCTCCCTTTGGATGGG---ACACTCTTATGGTAAGCA-----AATGCCAAATTGTTTTGCTAATTTGATGGTGTTAGATTACAGTGTACTTTGAGTTTCTGCATGTATATTTTAATTAGAAGTAGTTTAATTAATAATCAATGAAGTGGTCATTAGTATTGAAACATAACTCAAAATCTTAATGTCTCTGTTCAGGTCTCAGTCATGCAGCATTGCACCAGAACTTGACCCCAGGCTTCTCTACAACCATGCCAAGCCCCTTGCAGCCAGTCTTGCCCCTGCCTCAGGACCCCTCCGCCGCCCTGGTGGTATTGCCTACAGAGCCAGTGGCCCACCCTGCCACCCATCACCTTGGTAAAAA 
s mm7.chr11     120382730 464 + 122091587 TCTTACAGAGACAACAAAGACCTCGTGGAATTTGCCCGGATCCACCCTTCAAGCAGCTGCCCTGGAGACCTGCCCCCCCACCTCATGATGCAAGGCGGG---------------GACCCAGCCCCCCACCCCCATCCTGCCCATCCCCACTGGCTGCCCCGCACCCGCAGTCCCTCCTTGTGGATGGGGGGACATTCCTATGGTCAGTGCTCTCAAGAGCAGACTGGGAGGCTGGGTTGGGGTTGG-AGGTTATCCTGTCCT--------------------------------------GGCTGACCACCGG-GAAGTGGGAA---------AGCCTGAACACTACACCTC--TGTCCCT---CAGGTCTCGGACACCCCGCCCTGCACCAGAACCTACCCCCTGGCTTCCCCGCATCTGTGCCCGGCTCCATGCCCTCCGTGTTCCCCCTCCCCCAAGATGCAGCCACGCAGTTGGTCATCTTGCCCTCGGAACCCACACCCCACACCACCCCTCACACACTCGGTAAGGA 

a score=6090
s danRer3.chr12  32211868 475 +  37038836 CAGACGAGCTGTGAGTGCATGGGGCAGACGATGATAAA----AGGAAGTTTGCATTCACTCTCTGCCCACGGGTTGAGTGCACA-----ACATG-----------ATGAGGAAAGAGATGTGGAAATGTGAGGGTTTTTTACCCTTGGGACTGAGGATGACTTTTGCAAAGAAAAAAGAGAGTGAAAAAAGAGGGACGGAAAAGGGGTGGAATCTTATAGCCGTAAATCAATAGGCCTTCAGAGCGATAAGTGAGACTTGCCTTGAGGCGAAAGAAAAACCTTTGTTCATACTTTTCTCATTCCTGTATCTTTCTCTCTCTCGCTTTCTCTCTGTAGATGTA---ATGGAGCAGCAGGGACTGTGGCCCCCTGTTTACGGAGCCCGAGGGCCCACCTCACACATGCAGCATCC---------CGCAGTCTATTCCCGCTCCCAGTTTCTACGGCAACAGGAACTCTACGCGCTGCAGCAACATCAGCACCAGCAGCACCGTGCAGCA 
s mm7.chr11     120383201 431 + 122091587 CAGTCTAGCTGTCTGCGCGTGGGGCTGTCAGCAGTGAATTTGAGGAGGGCAGCAG-CAGTCTTGGTACGGGGCCTGGGGCCAGACAGGAATATGGCCGTCCAGGAACCAGGAGAGAGTTGT---------ATGGCTTATCTTCCCAGGGACTGGGGTAG--------------------GGATGGGCTGAGAAGGGCTGACAGGAGATGAA-----------GCTGGTGGATAAG--------------AGGGAAACTGGCCCAGGTG----------------GGTCCTTCATCTCTGA---CTGGAACTGACAGTC-CTCTGGTCCTGCCTGCAGCTGAAGTTATGGACCAGGCCTCCCTGTGGCCCCCCATGTATGGGGCCCGGGGCCCTGCCTCTCACATGCAGCACCCGGGCCAGCTCCCTGTGTATTCTCGGTCCCAGCTGCTTCGGCAGCAAGAGCTCTATGCACTgcagcagcagcagcaacaacagcagca-gcagca 

a score=3685
s danRer3.chr12  32212897 372 +  37038836 CAGAGGAAACCTGAAGATCCCCCGATCGATCTGGTTGAGGGACCATCTGAACCCCACGCACCCAAACACACCAAGCCTTTTTCCGTTGGACCTTCCCCTAAACCTCCAC-----------CCTCCTCCTCATCCCCTGGGGGCTGTGCTTCTCGTC----TTTCACCCTGCTGTCGCTCACCA----------------------GCCCCACGGTCCCACCTCAAGAGTACGCCCTGCACACCCTGCCCTGAACCCAGCCCGGCCGTGGCTGCCC--CTCGCTCCCCAGCGCTCAGCCCCCATTCCACCCCCCACCACCTGCCAAAACCTGCTGAGTCCCA-GGACAAGAGGGGTGAGGGCCAGCCACCACAGGACTACCCTCAAT-CACTGGAGCCTGGTGAGTTGGAAAAT 
s mm7.chr11     120383913 348 + 122091587 CAGCGCAAGCCTGAGGATCGCCACATGGAGCTGGAGGAAG-------------CTGCCCAGGAGAAGACCCCAAAG-TCCACCCACAAGCCAGTTGCCTTAACCCCCATGGCCAAGGGCACCCCCTCCTCCGCCACTGCAGGC-------CTGGTCAAGCTATCACCCTGCTGTCAGTCGCCCACTTTGAAGACCCCTGCGAGTTGCCCCACACCACCACCTCG-------GCCCAGCGCCCCCTGCACTTTACCCATC-----------TGCCCTACTGGCAGCCCAGGGCCTGGCTCC-------------------------AAGGTGCCTAGTACCATGGACAAGAGTGAGGAGGGCCAGCGGGC-TGGAACCAACCTGACCACGCTGGAACCAGGTGAGGGAGGGAGT 

a score=7295
s danRer3.chr12  32229102 141 +  37038836 AGGTGTGTCCTGTTAAGGCTACCATGGAAACGCTGGACCAGGAGGAGCTAGCGATGCGTGTGCGGCTGGCAGAACTGCAGCGGCGCTACAAGGAAAAACAGAGGGAGCTGGCCAAGCTACAGAGAAAACATGACCACCAGT 
s mm7.chr11     120388412 141 + 122091587 AGGTATGTCCCCTGAAGGCTGCCATCGACCGGCTGGACACACAGGAAGTGGAGATGCGCATGCAGCTAGCAGAGCTGCAGAGGCGCTACAAGGAGAAGCAACGGGAGCTGGCTCGCCTGCAGCGCAGGCATGACCACGAGT 

a score=3574
s danRer3.chr12  32229586 118 +  37038836 AGGAAAGAAGAGACCGCACGCAGTCCAGCTCGTCGAGGACCTGGAAGGCCACGCAAGCGCAAGTCCACATCGGCACCCCCTATAC---------------------CCACCGATGCCCCTAAAAAAGTCAAGTGAGTGT 
s mm7.chr11     120389112 139 + 122091587 AGGAGAGAGGAGAGCTCACGGAGCCCTGCACGGCGGGGGCCTGGCAGGCCAAGAAAGCGCAAACACTCAAGCTCACTGCCTGCCCTGCGTCCCGGGGGCCAGCTTGCCAGAAGTGACAGCAAGAAAGCCAAGTGAGTAT 

a score=3124
s danRer3.chr12  32250255 152 +  37038836 GACGGCATCTACGACAGCGAGGA---------------AGGGGCAGAGG--GCATCAAGAATCTATCATCTAAAG----AGCAGCTGTCTGGAGCCGGCCGT-------CCTTCACAGTGCTCCATCGTGAAGCTTGAGGCTAATCAGAAAGCCAAGAACAAAACTGAAAGACAAGGATT 
s mm7.chr11     120393035 179 + 122091587 GGCAGCGGCTATGACAGTGAGGACTGCCAGGCACTCCTGGGGACAGAGGCAGCTCCCAGAGAGCCTGGGCTGGTGTTGCACCCAGGGTCTGGTGT-GGCAGTGCTGGGACCCTCACCTTCCTCCGTGGTCAAGATGGAAGCCAATCAGAAGGCCAAGAAGAAAAAGGAGAGGCAGGGCTT 

a score=7077
s danRer3.chr12  32253727 428 +  37038836 CAGGCAAAGGGACGAGCAGTCAGTCGTTTGCTGGAGAGCTTTGCTGCCGATGAAGGTTTCCAGATTGAC---GATGACAGCAGCTTCTCAgagggagaggaagaggaggaggaggaagaggaggaAC-CAGAGCTGATGGGCAGTGCATTGCCAGGTACAAAATATGCAAACAGACAGGCATGATTTA--AATGTAACTGTGTTCATATCAACACAGAATGTGCTTGTGGTCAAAAGAGAATGACCTCTACCTTTAATCTGTCTTTGTCTCAACCAGCCCTGCCCAACTGCATTCTCACCAAAGAAATCCTGAGGGATGGGCTGAAAGTATTGATCTCGAAAGAGGACGAGTTACTGTATGCTGCTTATGTACATACATTGGACCTGCCTGATATGTAAGAGAACCAGACCTGCATTatggatggatggatgta 
s mm7.chr11     120393953 382 + 122091587 CAGGGCCAGGGGCGGGCGGTGAGCCGGCTGCTGGAGAGCTTTGCTGTGGAGGATGACTTTGAGTTTGACGAGGATGACACCAGCTTCTCGGATGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAAGCCGGTGTACAGCTCAGCGCAGA---GCAGAGCGCCGCCCTGGGTGAG------GAAGAGACAGCCGCTGCCCAGGGAGGGAATGGTGGGT-----------GGGTGTATCCAGGGCCCA---GTACTGATGTCTTCCTCTA------------------CAGCACGGTC---CTGCACCATCCACAAGGAAGACCTGCAGGACGGACTGCCCGTCCTGATCCCGAAGGAGGACAGCCTGCTGTATGCGGGCAGTGTCAGGACCCTGCAACCCCCCGACATGT--GAGCCCCGGGCCTG------GGTGGGAGGGACGCA 

a score=3297
s danRer3.chr12  32255260 198 +  37038836 CCCCAGCTATAGTGTTGTTGTTGAGGGTGAACGTGGAAACAGGCCGAGGATCTACTCTCTGGAGCAGCTGCTTCAGGAAGCGGTGAG-----------ACCCTTTAAAAAAAGCTTCTTCAGAGGACTTGTTCCCCCCAAAGACTTCCTCTATCTTCCCATAC-----AGGCCTTGGGCCGAAGAAGCCCTT--CAGGCCACC-CTCACAGGCTCTC 
s mm7.chr11     120394397 213 + 122091587 CCTCAGCTACAGCATCGTCATTGAGGGGGAGAGAGGCAACCGTCAACGTATCTACTCGCTGGAACAGCTGCTGCAGGAGGCGGTAAGCATGGGCCCGTGCCTGGGCGAACAAGCCT----GGTGGCTTTCCCCACCGCCAGGAGGACCCTGGCCTGGCCCTACGCTGAACCCTGTGGCCAGACCCAACTGTTCACAGACTACCGCTCTGCGGCTCCC 

a score=3546
s danRer3.chr12  32259470 136 +  37038836 TTCAGGTTTTAGATGTGCAGCCAGAGAC--GGTGGAAACTCTGATGGCTGGAACAAGAGTATGTGCTTACTGGAGTGAACGCTCACGCTGTCTGTATCCTGGATATGTCCGTAGAGGTAAGATTATTTGCGCACGAAA 
s mm7.chr11     120394610 136 + 122091587 TGCAGGTTCTTGATGTCCAGCCACAGTCCAGTCGGTACCTTCCAC--CTGGTACCCGGGTCTGTGCCTACTGGAGTCAGAAGTCCCGGTGTCTATATCCAGGCAATGTGGTTCGAGGTAAGCATGCTCGAGGCCGGGA 

a score=2859
s danRer3.chr12  32259704 307 +  37038836 CAGGAGGTCCAGGTGAGGAACAGAAGGAGGGGAGTGTCATGGTGGAGTTTGACGATGGAGACCGGGGATGGATTTCCCTTTCAAGTATTAGGTTGCTTCCGCCAGGCTACCAAGTCCACTGTAGGT-TTCTGCAGATAAACGACTT---------TCATCTCCAACATAAA------CACAGAA----TCTCGTGTTTAGACAT-----------------TGTGCAAAGGTTCCATA--------------TTTAAAATTAAGCCTGTGGTA-----TTATTGATGTACTGCAGGTGCAGAGCCATCACCAGCCCACCTGATCTCACCTAGCTGCCGCAGGAGGAAGACCTCCACCCAAGAG 
s mm7.chr11     120395342 363 + 122091587 CAGGTGCTTCAAGCGATGAAGAAGACCTGGACTCAGTGTTGGTAGAGTTCGATGACGGAGACACAGGCCACATAGCTGTCTCTAACATCAGGCTGCTGCCTCCGGACTTCAAGATCCAGTGTGAGCACCCCAGGAATATATAACCTAAGGGTGGGGCTCCCCCTGCCTGTAGCAGCTCCCGGAAGCCCCCTCCTACTTGGGCCTCACCAAAACTGGAGATGTTCCCAAGTGTTCCACAAAGGGTGGTAGCCACCTACCAACAGGCCCGTGGTGAGCCCCTCTGTCCACTCCACAGGTACAGAGCCCTCGCCAGCCCTGTTGGTGTCCAGCAGCTGCCGGAGGACCAAAAAAGCAGCCAATGAG 

a score=10282
s danRer3.chr12  32261075 1097 +  37038836 GGATTTGTTCCAGTTTAATGGGTTAACAAAGAAAGCTCTTAAGGGAAAGGAGTCAGACATGTTCCCCCTACTTAGCTCCACTATGACCACTCCAGCCAAAGGCATCTTCAGCACTTCCTTTGAGGTGGACTCTTTCAGCAGCATTGCAAATGGTTGCAC----TTCCTTTGGAAATCAACAGTTGGCA---CCAGGCCTGCCTCCTAGTCAC-----------AAGGTTGTCCCTGGGTCACGGTGTAGAAAGATAGGAGACAGGAAG--------GAATTTCTGGTCAAACTGGACCATGAAGGGGTAACATCCCCTAAGACTAAAAATGGAAAAGCATTGTTGCTTCTTGGGAACCCAGAGCTACAAAGAAGTGGACGAATGGAAAAGGGCTTTGGAGCCAAAGGTATTGGAGAGCTGACCTC--AACAATG--GGCTATTCCCAGTCTGTTCTTCTTGTCAAAGATGCCAAAAGGAACAGTTGCCATCTTCTCAAAGGTTCCTCTGACATGCGTAAGCACCCTCAGGGTCTCGGGCTTAGTGAATATACAGATTATGGGCCAAATTGCCACAGCGACTGCCTAAGCTCTTATTCAGACATGGATGAAGATGAAGATGAGGAGGAAGATGCCAGAAGGGCGGCAATGCGCACCACTGGACGTTTTTTGTCTCGTCTTTCTGTTTCATCGTCATCCTCAGGATCCTCCAGTGCATCTAGCTCAGGCTCATTGTCCAGTTCCAGCGTCTGCTCGTCTGACAATGA---TTCGTCCTACAGTTCAGATGAAGAAGAGGCATCTCGGCTTCTGC-----------------TCCAGGGTTGCCTTTCT--TCTCATC----ACACATTGCTCCAACAACAGCAGCATTCAGACCCTCCCACCGCCCCACCACGACACACTTTTGGAGCCAAAACTA---TGAGTATCTCTAATTCAAAGGCTGCAGTAAATAGTAGTACAGGAAAACCTCCAAAGAGAAAGGAGATTGCCAACTCTTCTTCTGTAGTACAGTCCAAATCTTCCAAAGACTTCCCTAAAAAGCAGAAGATGCAGTCTTCAGAAGGTCCCCCCAACTCATCCGCATTCATGCCAGGGCGACAGCTGTGGAGGTGGTCTGGGAACCCTACTCAGGTAATTG 
s mm7.chr11     120396140 1016 + 122091587 GAACCTCTTCCAGCTCAACGGAAGCACCAAGAAG---CTGCGGGCCCGGGACAC---CCTGTTTCCCATGCATAGC------ATGGCTACCCC---------CGTGTTTGGTAACAGCTTCCGAGCTGACTCCTTCAGCAGCCTGGCGAGTTCCTACACACCCTTCCTTGGAGGGGCTGGGGCAGGCCTTCCCGGAGGAGCCCACAAGCTGCTTAGGGCCAAGAAGGCTGAAC--GGGCTGAAGCAGAAAAGGCCGGGAGGCGGCGGGCAGGCGGCGAGTTTCTGGTTAAGCTGGACCATGAGGGTGTGACCTCCCCCAAAAACAAAAACTGCAAGGCCCTGCT-------------CATGAGCGACAA--------------------GGACTTCGGACCCAA-------GCTGGGGCGACCTCTTAGCAACCCCAGTTACGCACACCCAGCCCTCATTGGCAAGGA--CAAGAAGGGTCGGGCGCC----------------------TGTGCATCCGCTACCCATGGGGCT--GGCTCTGCGCAAGTACCCACT----GCC---CTGTGATAGTGACTGCCCCAGCTCCTACTCCGA------TGAGGACGAGGATGGGCCGG------------GGCTGGCCACCGGTGTTCCCTCCCGATTCCTCACCCGCCTATCCATGTCGTCGTCCTCCTCTGGCTCGTCCACGTCTTCTTCCTCAGGCTCCGTGTCCACGTCCAGCCTCTGTTCCTCAGACAATGAGGACTCATCTTATAGCTCAGATGACGAGGACCCTGCCCTGCTGCTGCAGACCTGTCTCACCCGCCCTGTGCCCGCCCTCCTGGCCCCACCCGAAGCCCTGCGCTCTAAGGGTAGCAGCCCCCACGCGCACACCCACGCCCAGCGCTGCTTCCTGT-----CCAGGGCTGGGGTGGCTGGTGCAGGTGCAGGGGCCAGCCCCAGTGGTAGCAAATCCAAGTTC---AAGCGCAAGGAGGCCCTGAGCTTCTC---------------CAAAGC---CAAAGAGCTTTCTCGGAGGCAACGGCTGCCCTCCGTAGAAAACCGGCCAAAGATCTCAGCCTTCCTGCCTGCCCGGCAGCTCTGGAAGTGGTCAGGAAACCCCACGCAGGTAGGTG 

a score=20317
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s mm7.chr11     120398349 579 + 122091587 CAGAGACGAGGCATGAAGGGGAAAGCCAGGAAACTATTCTACAAGGCCATTGTCCGAGGCAAGGAGACACTGCGCATCGGGGACTGTGCGGTCTTCCTTTCGGCCGGCCGGCCCAACCTGCCCTACATAGGCCGCATCGAGAGCTTGTGGGAGTCCTGGGGCAGCAACATGGTGGTGAAGGTCAAATGGTTCTACCACCCAGAGGAGACCAAGCTGGGGAAGCGGCAGAGTGACGGGAAGGTGAGGTGTGGGCAGGTGCGGTGGGGGCCCAGCCCCTGCCCTGGGTCTCTGGGGGAATGGGCGCTTTCCTTGGGTGTGGCATGTTTCTGCCGAGGTCGGCCCCGACACTGTATGTGTTCCCTCGCCCGGCAGAACGCACTGTACCAGTCCTGCCACGAAGATGAGAATGACGTGCAGACCATCTCCCACAAATGTCAGGTGGTGGGCCGAGAGCAGTATGAACAGATGATGCGGGGCCGCAAGT--ACCAGGACCAG-CAGGACCTGTACTACTTGGCAGGCACCTATGATCCTACTACTGGGCGCCTGGTGACAGCTGACGGCGTGCCCGTCCTGTGCTGA 

a score=28807
s danRer3.chr12  32372621 851 +  37038836 CCAGGATGCCCTCCAATGG-CAGCA--AAGCCCTTAAGCTTCAATTCGGGCTTATTAATCATGAGAATCGCTACCTAACGGCGGAGGCCTTCGGCTTCAAGGTGAACGCTTCAGCTCCAAGCCTCAAGAAGAAGCAGATCTGGACTCTAGAGCAAGAC---GATCAGGATGGTCAGGTGGTTTACCTTCGTAGTCACCTAGGGCGCTATCTGGCCTCTGACAAAGATGGCAAGGTAAGCTGTGAGGCTGAGACTAAAGAGAATGACTGCCGCTTTTTGATTGTGGCACAGTCAGATGGCCGCTGGGCCCTGCAGTCTGAGCCATATTTGCGCTTTTTCGGAGGTTCAGAAGACTACTTGTCGTGCTTTGCTCAGACCATCGGTGAGGCAGAACTATGGGCCATGCATCTAGCCCTACACCCACAAGCTAATCTGCTTAGTGTGGCCCGCAAACGATATGCCCACTTGGCATCGCCAGAGGGAGAGATTGCTGTAGACTGCAACATCCCATGGGGTGTTGATGCACTTCTAACTCTTGTGTACATGGACGGCAAATATTGTCTTAAGACCAGTGACAGCCGCTTCCTTAGCAATGATGGGAAACTGTCCTCTGAAAATGGACGTGGCACAGGCTACACCTTGGAACTGAAATCAGGCAAATTGGCCTTCAAGGACTGTGAGGGGAAGTACTTGACCCCCATGGGGCCCACTGGAACTCTGCGCTCTGGACGATGCTCCAAACCTGGCAAAGATGAGCTGTTTGATCTTGAGGAAAGCCATCCGCAAGTGGTGTTTCAGGCCGCCAACAACAGATTTGTCTCCATTCGACAGGGTA---------AGTTGTGCTGGTGTACCACGTGC 
s mm7.chr11     120470748 866 + 122091587 CAAAGATGCCAACCAACGGTCTGCACCAGGTGCTGAAGATCCAGTTTGGCCTTGTTAACGATGCCGACCGCTACCTGACTGCAGAGAGCTTTGGCTTCAAGGTCAACGCCTCCGCAGCCAGCCTCAAGAGGAAGCAGATCTGGGTCCTGGAGCCTGACCCGGGGCAGGGCACTGCCGTGCTGTTCCGAAGCAGTCACCTAGGCCGCTACCTGTCAGCAGAAGAAGATGGACGTGTGGCCTGTGAGATGGATCAGCCGGGCCGTGACTGCCGCTTCCTGGTCTTGCCGCAGCCTGATGGGCGCTGGGTGCTGCAGTCAGAGCCACACGGCCGCTTCTTCGGTGGCATTGAGGACCGACTGTCCTGCTTTGCCACGGCCATTTCCCCGGCAGAGCTGTGGACTGTGCACCTGGCCATCCACCCACAGGCTCATTTGCTGAGTGTGAGCCGTCGGCGCTACGTGCACCTGTGCCTTCAGGAAGATGAGATGGCAGCAGACGGTGACATGCCATGGGGTGTGGACGCACTAGTCACCCTCATTTTCCAGAGCAGGCGGTACTGCCTCAAGTCTTATGACAGCCGCTACCTTCGCAGCGATGGCCGCCTTGTCTGGGAACCTGAAGCCCATGCCTGCTACACGCTGGAGTTCAAGGCAGGCAAGCTGGCCTTCAAGGACTGTGACGGCCGGTACCTGGCACCTGTGGGGCCTGCTGGCACACTCAAGGCTGGTCGCAACACGAGGCCCAGCAAGGATGAACTCTTCGACCTGGAGCAAAGTCACCCACAGGTGGTGCTGGTAGCTGCCAACCGGCGCTACATCTCTGTGAGGCAAGGTAGGGTAGGGCAGCTGATATTGTGTAGTGTGTGC 

a score=6355
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s mm7.chr11     120475676 171 + 122091587 TCCCTCCAGGAATCAATGTCTCAGCCAATCAGGATGAAGAACTGGGTCATGAGACATTCCTGATGCAAATCGACCAGGAGACAAAGAAGTGTACTTTCTATTCCAGCACTGGGGGCTACTGGACCTTGGTCACCCATGGGGGCATTCAGGCCACAGCCACACAAGTGTGAG 

a score=7298
s danRer3.chr12  32389508 146 +  37038836 TCTCCCATTGTGTGCAGCGGTGCCAACACCATGTTTGACATCGTGTGGCTCGGTCGACGGGTGGCACTGCGGGCCAGCAATGGAAAATATGTATGTACTAAGAAAAACGGCCAGCTTTCTGCAGTCAGCGACTCTGTGGGTGAGTA 
s mm7.chr11     120476264 146 + 122091587 TCCCCCCTCCCCCACAGCTCTGCCAACACCATGTTTGAAATAGAATGGCATGGCCGGCGGGTGGCACTTAAAGCCAGCAACGGGCGTTTTGTGTGCATGAAGAAAAACGGGCAGCTGGCCGCCATCAGCGACTTTGTGGGTGAGCA 

a score=7137
s danRer3.chr12  32389717 192 +  37038836 CCGCTTTGTTTTTCCCTCCAGGCGAGGATGAGCAGCTGATTCTGAAGCTGATCAACAGGCCCATTCTGATCCTGAGGGGAGAAAACGGCTATGTTTGCCACCACAAAAACTCAAACACGCTGGACGCCAGTCGCTCGGTTTATGACATTTTTACACTGCAGTTCAGTGATGGTGCATACCATATTAAAGGTG 
s mm7.chr11     120476680 192 + 122091587 CCACATCACCCTCTCCTGCAGGCGAGGACGAGCTATTTACCCTCAAGCTCATCAATCGACCCCTCCTGGTGCTGCGTGGCCTGGATGGCTTTGTGTGCCACCGCCGGGGCTCCAACCAGCTGGACACCAACCGTTCCACTTACGACGTCTTCCACTTGAGCTTCAGGGATGGCGCCTATCAGATTAGAGGTG 

a score=5376
s danRer3.chr12  32392781 231 +  37038836 GCTGACCTCTAGTGTGCTCCTGCAGGTGCTGGCGGGAAATTCTGGTATGTGTCCAGCAGTGGTTTGGTGTGTTCAGACGGAGACACGCCTGAGGATTTCAGCTTTGAGTTCTTAGAGCACGGACGAATAGCGATTAGAGGCAAAAACGGCAAATACCTGCGGGGAGA----TCAGGGCGGGAATCTGAAAGGAGACGGAGAGACGGCGGACAGCTCTTCCCTCTGGGAATACTGA 
s mm7.chr11     120476924 230 + 122091587 GCTAACCTCCAGCCTTGCCCC-CAGGCCGTGGAGGTGGGTTCTGGTACACAGGCAGCCATGGAAGCGTGTGCAGCGACGGTGACTTGGCGGAAGATTTCCTCTTTGAGTTCCGAGAGCGTGGCCGTCTGGCCATCCGAGCCCTCAGCGGCAAGTACCTGCGTGGAGGAGCCTCAGGGCT----CCTGCGTGCTGATGCAGACCTGCCTGTGGGGGAAGCTCTCTGGGAATACTGA 

a score=5897
s danRer3.chr12  32397266 125 +  37038836 TTCTTAGATGGCTAAAGCTGGATTTATTCACACCCCGTCGGAGAACAGTCCAGATATAGCGCAGTGTTTCTTCTGTCTGAAAGAGCTGGAAGGATGGGAACCGGAGGATGACCCTGAGTGAGTCC 
s mm7.chr11     117958791 125 + 122091587 TTTTCAGATGGCGGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCTACCGAGAACGAGCCTGATTTGGCCCAGTGTTTTTTCTGCTTTAAGGAATTGGAAGGCTGGGAACCCGATGACAACCCGATGTAAGTCC 

a score=3753
s danRer3.chr12  32397517 162 +  37038836 TCCTGACGTGC---TGTGTGGTTTGTTGTGCTGTCAGGAAAGAGCATAAAGCGCATTCTCCCAGCTGTGATTTTATCTTGCTGAAGAAGACAGTGGACAGTCTGACTGTGGAGGAATTTCTAAAACTTCAGAAAGAGAGACAGAAGTTTATTATTGTGAGTATGA 
s mm7.chr11     117961670 165 + 122091587 TTTTGACATGTACGTCTATTTTTTTTTTTTTTATTAGAGAGGAGCATAGAAAGCACTCCCCTGGCTGCGCCTTCCTCACTGTCAAGAAGCAGATGGAAGAACTAACCGTCAGTGAATTCTTGAAACTGGACAGACAGAGAGCCAAGAACAAAATTGTATGTATGA 

a score=21443
s danRer3.chr12  32540776 642 +  37038836 TAGATGGGAGCATCGTACTCCTGGAGGAACTCTTGGAGTGGATGAGGCAGCTGGTCCCGTTTGGTGGACACGTCTATATGACCGTTTAAAGTCTTTCGACATAGATGCTGCAGACTAGACATGCTGGATGCCAGCGGACGCAGGAGCTCCAGGGGGATCTTTTCACCTCCTGAGTAAATGAAGTACGCACTTC----------------------------------CTTCTCCAGCATT--GGAGGAACTCACTGT------------------------CCCGGCTGAGGGCATGTAATGATGGATGAGTTTGAGGACACAATCGAAGCGCGGCACCACCTGTTCGCTCCGCGGGTCAGTCTGCAGGAAAAAGGAGGAGGAATCGCACTGGATGCGCAGGTTTTTGGTGCCTGTGGCCGTTTTCACACTGAGCGTGAAGAAGTGGTGATGGTCCGAGCTGTCCCGCACCAGGAAGGTGCCTGGGGGCTCGGAGCTCAACAAAATGCTGGCCTCCTTCCCGCTCACGGTGCTCCAGTAGAAGCCACTCTCCTGCAGTTTGCGCACAGCCGCGAGCACCATCTGATACTGCTCCCCAAAAACTGAAGGTCTTGTACCGGTGGGGGGGCAGGCGCACGCCGCCTTCAAAGGGGCTGCTGCTCATGGCGCTGTCAAGCCTACTATGCGTTACCATGGCGCTCTG 
s mm7.chr11     118076598 686 + 122091587 TAAAGTGGAGCATCATACTGATCCAGGAACTCCCGAATGGGTCCAGGCAGCTGGGTCACTTTCTCATAGGAGTCCAGGTGGCCGTTGACAGTCTTCCGACAAAGATGCTGGAGGGTGGCCACGTTGGAGGAGAGAGGTCGGCTCAGTACCAGCGGAATCTTCTCGCCCCCAGAATAGATGTAGTAAGCTCTCTTGGGGGTACTCCCGGGGAGTGCCTGGGCAGGTGGCTGCTCCGGAACTTCGGACGAGGGTTCCGTGGGTGGCAAAGAAAAGGAGGGGGTCCCTGGAGGCGGCATGTAGTGGTGCACCAGCTTGAGTACACAGTCGAAGCGGGGAACTGGCTGCGTGCTTCGGGGGTCACTCTGCAGCGAAAAGCTGCCCCCCTCACACTGGATGCGTAGGTTCTTGGTCCCCGACTGGGTCTTGACGCTCAACGTGAAGAAGTGGCGCTGGTCCGAGCTGTCGCGGATAAGAAAGGTGCCCGCGGGCTCGGCGCTGAGCAGCAGGTTCGCCTCGCCGCCGGTCACGGCGCTCCAGTAGAATCCGCTCTCCTGCAGCTTGCGCACGGCGTTCACCACCAGCTGGTACT-CGCTTTTGGAGCTGAAGGTCTTG---------------AGGCGCAGGCTGGTGTCCAGGGGGCGGCTCATCCCGGCGGCGGGAAACTTGCTGTGGGTGACCATGGCGCACGG 

a score=8457
s danRer3.chr12  32542267 156 +  37038836 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacatatacatatacatacatatatacatacatacatacataCACACACACACACACACGCGCGCGCGCGCACAGTTAGAAAATTCTGAAAAA 
s mm7.chr4      142339596 156 + 155175443 acacacctgcacacaTGTTGGCatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacatatatatatatacatatatatgcatacatgtataGTATAACACACACACACACATGTGCGCGCGCGTACAAAGAGACCAATATGGCAGA 

a score=12667
s danRer3.chr12 32561919 355 + 37038836 CATGTTTGTGTATGTGTGAGCTAACCGATCTGTGCGGAGTGTCCTCGACGGGCCATGTTTTTGGCTCTGACGGCCTCTTTAATGCGGTCCACCTCCTGCTGGTAGCGTTTGCGGTCGCGGGCTGCGTTCTCTTTGGCCTCTTTGAGCGCAGACTCCAGAGCCTTCACTCGCTCCGCTGTGGCCCGGAGACGCTTTTCCAGCTTGGGCAGCTCACACCGCAGGTCAGCGTTATCCCGAACCAGC------TGCACAGAGAAGGAAAACAC-GCTGTGAGCATGTGTGTTGTGAGAGAATGCATGT---ATAACTGATGTTTTGT--GTTTACCTGCTTGTGCACTTTAGTGAGCTGTTCAAGGTTGTT 
s mm7.chr18      6412866 361 + 90918714 CATACCTGGGTATGC-TGTACTCACCAATCTGGGCAGAATGTCCCCTTCTGGCCATGTTCTTTGACCTGACTGCTTCCTTTATCCGGTCTACTTCTTGCTGATAGCGTTTACGGTCTCGAGATGCATTTTCTTTGGCTTCTTTCAGGGCTGACTCCAAAGCTTTCACTCTTTCTGCAGTAGCTCTAAGCCGTTTCTCTAACTTAGGAAGCTCACAGCGAAGATCTGCATTATCGCGTACCAACTAAAGGTACACAGAGAAAATATCAATGGCTTTTAATAAG-ATGTTTTAAGAAAATGAGTATTTCATAACTGCAGTTTAGCAAGTTAAACTAATTTT----TCTGTTGAATTTTTCCATGTAGGT 

a score=12873
s danRer3.chr12 32574629 314 + 37038836 CATGTTTGTGTATGTGTGAGCTAACCGATCTGTGCGGAGTGTCCTCGACGGGCCATGTTTTTGGCTCTGACGGCCTCTTTAATGCGGTCCACCTCCTGCTGGTAGCGTTTGCGGTCGCGGGCTGCGTTCTCTTTGGCCTCTTTAAGCGCAGACTCCAGAGCCTTCACTCGCTCCGCTGTGGCCCGGAGACGCTTTTCCAGCTTGGGCAGCTCACAGCGCAGGTCAGCGTTATCCCGAACCAGC------TGCACAGAGAAGGAAACAC--GCTGTGAGCATGTGTGTTGTGAGAGAATGCATGT---GTAACTGATGTTTTGT--GT 
s mm7.chr18      6412866 325 + 90918714 CATACCTGGGTATGC-TGTACTCACCAATCTGGGCAGAATGTCCCCTTCTGGCCATGTTCTTTGACCTGACTGCTTCCTTTATCCGGTCTACTTCTTGCTGATAGCGTTTACGGTCTCGAGATGCATTTTCTTTGGCTTCTTTCAGGGCTGACTCCAAAGCTTTCACTCTTTCTGCAGTAGCTCTAAGCCGTTTCTCTAACTTAGGAAGCTCACAGCGAAGATCTGCATTATCGCGTACCAACTAAAGGTACACAGAGAAAATATCAATGGCTTTTAATAAG-ATGTTTTAAGAAAATGAGTATTTCATAACTGCAGTTTAGCAAGT 

a score=8767
s danRer3.chr12 32574943 117 + 37038836 TTACCTGCTTGTGCACTTTAGTGAGCTGTTCAAGGTTGTTCTCGAGGAATGAGATCTTCTGCTTTTGGGCTGCACTGCCTCCAGTGTCGTCCGAGTCCATCTCAGCGCTCTGAAAAA 
s mm7.chr18      6414586 117 + 90918714 TTACCTGCTTGTGCACTTTGGTGAGCTGTTCAAGGTTGTTTTCAAGGAAGGAGATTTTCTGCTTCTGTGCAGCACTGCCGCCAGTGTCGTCAGAGTCGACCTCGGCGCTCTGAGAGA 

a score=6681
s danRer3.chr12 32576882 243 + 37038836 ACCTTCTTCACTCGTGTTGCCAGATCCTGAACAAAGAGTTTCCTCAGATTATGAAGAGTCTGCAGCTCTTTGGCC-TGAGGACGCAAAAGAGAGAGTGATCAGAGAGTGCAAATATACACacaaacataaaacaaacataaaacaCTTCAGAAGACCA---------------ACCACTGTCTCCTCCAGGCCTTTGAGATCCTGTCTGGCCTGTTCCCTTCGGTCCTGCATGACCCTGAA-------AACAGATTCAATCATTAA 
s mm7.chr18      6414912 261 + 90918714 ACCTTTTTCACCCTGGTAGCCAAGTCCTGAACAAAGAGCTTACGCAGGTTGTGTAAAGTCTGAAGTTCTTTTGCCTTGAATTAAGAATAAAGAGATCGGTT-----TTACAAGCACAATACTTAAGGCAGAAAAACCAAAACATGCTCCCCAGTCCTGTTTCCACATTTTCTTACCACGGTCTCCTCCAAACCCTTCAAGTCTTGTCTTGCTTGTTCTCGTCTGTCTTGCATAACCCTAAATTGAAGCAACAGTTACATCCTTTCA 

a score=7250
s danRer3.chr12 32577189 120 + 37038836 ACGTGAGCTCGTGCAGTTTGCGGCTCTTCTCCTGGTCAGTGGATTTGAGTTTTTCATGCTCCACCTTCAAGCGCTCCTGCTCCAAAATGATCTTCTGGTTTTGACTAAAAAAAAGAGAGA 
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a score=12171
s danRer3.chr12  32585541 358 +  37038836 AATTAAAGATTAACCTTTTAAATGTGTCTGACATTTTCCATGTCCTCTCAAATGCAAAATTAATGCACATTTTTTCATCATTAGTTTAATTTTTCAGCATGATACTTTTGTTCTTTGGGCTGTTGAGTGCTTGAG--TGTTA-CAACCCTTCAGATTGTTTGCCTCTTGCTGCCACGTTTTTGAATGATAATTTCGCTTTGCCGAATACTTCATTAAGCATCATTAGCCAAGCGTGGAGCACCTCATTTAGTAGAGAAGATCTCTGACTTCTGCTAGCTTGACACACAGTCAAAGTTTTTTTTTGTAATCAGTGCAGAAAGTCTGCAATCTACCATAAAACAATCTAAATGTAACATGTAG 
s mm7.chr2      105366902 325 + 182548267 AAATAATGATTAACCTTTAAAATCAGATTGGCATTTCTTTTTTCTCC--AAATCTAGAATTAATACGCATTTTTTAATCATTAGTGTAATGTT-CAGGATGATACTTTTGTTCTTTTGCCTGTTGAACTGTTACGGCTGCTAGTAACCCTTCAAATTGTTTGCTTCATTC-------------------AAGCATTCTTTCCTGAATAATTCATTAGGCATTATTATCCAAGCGTGGAACCCCTCATTTAGCACTGCTGATCTTTTCCTTATGTGTAGCTGACAGGCAATCAAAGTTTTT-------ATCAGTGCAGAAAATTTGCAATTC-------AGAAATGTAGTTGCAGCAATTAG 

a score=14175
s danRer3.chr12  32588983 446 +  37038836 TTTAGGTGGGAGCCAAG---ACGAGCCA-----------TCACATGGTCTCACTACA-TGCACTCTGTAGGGCCCCTAACGTTCGAGTTACGCCGTCAGACTAATGCGTTGTGACTGCTCCTCTCTCTTGTGACAAAGTCTTACAGCTGCCTCCAAATCAATGCATGTCAAAGAAATATGAAAACAATCACGACGTAGAAGGCGAAA---AAATCCT-------GTCTGGATAATCAAAGACGGTGTT----TTCTCAAGACACCAGACGAATTCGTCCACAACTTCTGTCAGATTGCTCGTCGTTGTCTTTTATTTTTCTCCCCACAGACGAAGGCCGCTTGTCACATCTGTCGGATTTGTCGTGTAATTTGTAATTATTACCCATCATGAGGTCTCCAGCTTTAACCCGTCCTTAATTAAAAGCATATTTAAAGTTCTGTCAGTGGCAGCAACGTAAACAGATGGTTTTCTGT 
s mm7.chr2      105510948 456 + 182548267 TTTAAGTGAGGGCTGGGCTGGCAAGCCGCGGGCAGGGGGTCACGTGCGCCCCCGTCACTGCAGCTCCCCTCGCCTCTCCGGTTCGAGTTATGCCATCAAGCTAATATATTGTGACTGCTCTTCTCTCCTGTGACAAAGGCTTGCAGCTGCCTCCAAATCAATAGACGTCAAAGAAATATGAAAACAGTCATGATG----ACACAAAACTTAAATCCTGCTTGCAGTCTACACGACCAGA-ACTGCGCTTCTGTTCTCCAGGCCGCCGATTAATTTATCCCAAAGTTTAGTCAAATTTTTA------TTCCGCTACCTTTTTCCCAGCAGAT--------CGCGCTACATCTGTCGGGTTTGTAATGTAATTTGTAATTACTGCCCTTCATGTGGTCCGGTGCCTTGAACCATCTTTAATTAAAAGCATAATTAAGGGAAGATCTAAAGAAAGACAATTACCAGATGGTCTTTTTT 

a score=5318
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s mm7.chr2      105512256 207 + 182548267 GAAGGGGGATGTCATTATGTGAC----TGCTCATATTCAAA------GTCGGGCAGCAGCGAAATGTAATCATTTCAATTATCTTCAATGTATTTTCTT-AGGACACAAGTTGTCAA--AGATTTTTTTTTCCTAAGGAAGTACATTCTCGCGGTTCCTTGGGTCCATTTTCCAGACGGTTTGTTACTCTTGCTGCATGATTTGGTTTCAG-----CTTTTATTC 

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s danRer3.chr12  32590623 311 +  37038836 GCATGCTGCTTTATTCCAATGC-ATCCATTGGTAAAGAACACCTG-------------GAGGAGCGCAGGCCAAATTAGCATGGATTAAGATTGGGATGAAATTGAATCCTTTCAGATATCGACAAAATGGGGGTTGCTAATTATAAG------AAATTGCCAAGGGTTTTGGTCTCAGTGGAC-----ACTCAGATGCCCCAACAATG--------TATAAAACACCCACTGATGTGGCATTTGAAATTATAATGTTAATGGAC---GTCGCAAGGCAGTGCAAGCAAAAATGAAACCTTTTTCACCGCTTGATATCTTTCTATACACTTAGCATGGGCCTAATTT 
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a score=6727
s danRer3.chr12  32592427 255 +  37038836 TTTGTACACAAACACAGTGTCTTCTGCAAACATTTTG--GGATTAGA--------GAATAATCA-ATGTCTTTCTGCTCGACGCGCCTTTTAATACA-TTGAATATCGAACTTAGGCTTGTCTCGTTGAGCAAAAATTAATTTCTAACATACAGGGCGAAGCTGTCGACTTAGAACAAACTGCATCCAATCACCCCGAGGGACTTCAGATAAAGTCGCCTGAACAAATAAAACAATAAACACACAAGCGTGTGAAAAAAAAGAAAAG 
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s danRer3.chr12  32593545 193 +  37038836 CAGATTTAAGTTTACGCCTG----------ATCGCGCTCTGGAGTGCAGGCCAGCAGAGAGAGGGAGAGACAGCACCTGGCCCGGCTTTAGCATCCCCATCTCGT------------TTTATTGACAGCCTGATA----AGCGGGGACAGGCCGTGCGGTTTCCAGTGGAGATTTCAAGATCTCTGCTGGGTTGCGCCGGTTTCGCGGGGTCTAAACGG 
s mm7.chr2      105517597 214 + 182548267 CAGTTTTCAGTGTGTGCCCGGGGCAAATAGAGAGCGGCTTTAAGCGTTGGCCTG--GAGCTCGGGAGGGCCAAGGTCTGGCCTCGCCTC--CACCACTACCCGGCCCTAACGAGCCCTTTATTGACAGACAGATAGATAAGCTGGCGAGGGCTGTGGCGTTTCCAGCTTCGCTCTTGAGCACCCTGCTGGGTTGCA-GGGATCCGCACAAGCTTAATGG 

a score=3722
s danRer3.chr12  32597444 416 +  37038836 TCACTTTAGCGA-TAGTTTATTGATGAGCTCCGACTTTTAGCACTTTTCACATGTCAAAACGAAGTCAAGTGTATGCAACCACAGCTTAATTTTATGCTCCGTGCGTCCCAACACATTTTGTCTCTCTTTAAAGCTGTCCCACCATGCTATACGTGACCCCCTCCCCTCTAC--ATTTCT---TGTATCCCAACCCGGAATCTATTCCACTCCAGTGAACGGGTGGAACACCC-CAAGCTGCGAG-------TGGCGAGCTGAGAGTGCAGCG------------CATGTAACCTCAAACACAGGCGCGGAGGGGTTGCTTTGGAGTTTACCGAGGTGTGTGCTAATGTCCAAGCAATCAACAAATGTAGTTTAAGTGTCCGGCCATGGACGTAATGATATTT--TCATTTCCCCC--------CTTGGCAACCCACGACACGGAGTTTCTT 
s mm7.chr2      105524712 414 + 182548267 TCAACTGAGTGAGCAGACTACTGCTGGACGCTGACTTTCGGTTCTTTCCCTAAGTCaaaaaaaaa--aaaaaaaaaaaTCAAAGGCTTCGATGGTGGCTTTCGGCCTCC---------TTGCCT-------GATCTTTGCCAAC-------------CCCACTTCCCTTTGCTGGGTTCTGAGTGTGTTCC------GGATCTCAGGCCTTCTACTTCTCGGCTCCAAGGCCCGCAGGCTGCGAGATAGCTCCGGACAGCTCAGGACAAGGCGGCTGCCTGCTCCCCTGTCACCTAAACTGCAGACTCCAAGGGACGTCTTTGGAGTGTACTGAGGTGTATCCTAATGTCC-GGCATTCAACAAATGGACTTCTGGTGTGTGGTCAGGAGGGAAAAGCCATTTACTTACTGTCCTCGCCGTTTTTCTGGCAACAGTTGAAGGGGAATTGCCT 

a score=13300
s danRer3.chr12  32598899 430 +  37038836 TGCCTAAAG----ATATTGCAATGGAAAAAATGGTGAGAGAATTATATGCTTATGAGGAATGATTAAGTAGGGTTAAAAAAATAGCTTTTTGCTTGGCCCTGTTTCCCGCTCTGTCACCGGGGCAGGAGGAAGTGTTTTGCTGGGAGATGATGACAGAGGTCAGGCTCAGCTAATGGGCCACTGAAGAGGAGAGGAGGCGAGGCACAGACCAGGAACACATACATTAATACACGAGTGCTATCACCAATCAGCATAGGTGCGCGCCctctctctctctctctctttcatgcgcgctccctctccctctctttcgctctctctctcactcactcCCACGAGCGCACATTTTTCAGTCTCGCACAGTCTTGACATCCCATTTTATTGTCAATCTCTGTTTCCTTCGCAGGGAATTTAAATTTTCCACCCGAGATCA 
s mm7.chr2      105526187 370 + 182548267 TGCATAAAGCAATATTTTGTGTGGGAGCGAGCGGTGC---ATTTGCATGTT---GCGGAGTGATTAGT--GGGTTTGAAAAGCGAACCGTGGCTCGGCCTCATTTCCCGCTCTGGTTCAGGCGCAGGAGGAAGTGTTTTGCTGGAGGATGATGACAGAGGTCAGGCTTCGCTAATGGGCCAGTGAGGAGCGGTGGAGGCGAGGCCGGGCGCCGGCACACACACATTAACACACTTGAGCCATCACCAATCAGCATAGGTGTGCTGGCT-----------------------GCAGCCACTTCCCCACACT----CTTTATCTCTCACTC--------------------TCCAGCCGC---------TGACAGCCCATTTTATTGTCAATCTCTGTCTTCTTCCCAGGGATCTGAGAATTGCTCTCACACACCA 

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s mm7.chr2      105529482 618 + 182548267 AAAAATAAAACTAAATGAGATGCTGTGACTATTTCATTATTTTAACCCTCCCCCTTTTTCCTGGGCAATCCTCTTGAATGGGCTCTTTATTGTAACTCCCCCTTTCCAATTGAGCTCCCCACGGTGCCCTTGTAT-CTTTTTACAGCCCCTAACAACTCACACCAGTAACACAATTACCTCCAGATATTTATAACAAGAAATTACTTTACTATTTT-CTCCACCTCACTCCCAAGAACCCTCTTTTTGAGGGAAAGCCCGGAGGACTGGACGCCTTGAGGGGC----GCTGTGGCAAGTCA---------GTACTTCAGTGAGTGGAG-------------------------TCCTCATTTTTTCCTTTGGGAGTTGC--AGAGTTGTTGGTTTCTTTGCTTGGACCTGATGTAGCTGGGTTGAGAGCCTGGGCTTTACTGTCTGGGTTTGGGGAGAGCCACAGAATAAAAGCCATTGTTTGGTGTCTGT-AGACTTTGTCTA--------CACCCCCTTCCCGTTTGTACTTTTTAAAACAGCGAGGCGAGGTGGACAGCTTGTGTCACGGTACAGGAAAAGAGGAAGATGTAAACACCAAAAGCAAAGTTAGCTACAATAAATGAGATCTAGGGTAAAAGGCTCACCACTTGCTCAGTCAGGAAGG 

a score=27954
s danRer3.chr12  32603267 1048 +  37038836 GGTCACAGGCGACAATCCAAGCTTTGTGCTAATAACTCTTGGGTGTATATAAAGTG--GGGCGTCCAAATCGACACCATATGTCTTCTTATTAATTGATTAGAAACAGAGTACC--GCGCGCAATGATTGCCACTGGGCGAGACCGACACCATTCTCTGTGGGGAATTATATAACGATTAAGACTTAACCTTTCAAGCGAAAATTTGATTTTATATCCTAATCTGCGTGTT-----------GGGGAGCTCAAGATC---------------------------------------AAGTGATGTGTGCATTTTTAAAGCCATACGGGATGTAATTTCAAAGTCAATAAATTTT----CAATCCATCTATTAAGGAATAGAAAATAGGGTG---------------ATTTCCTCTTACCTTGCATGTCAAG--------TGTACTAAAAAAATTAATTTTG-----AGGT-AGAAAGCATGCAGTTATCGTCATTG------------------TGCACAATAATAAAACATTCGTGCATAATTCAGATTTTATATTTTGCTTTGCA-TATTTATTATGCATAAACCTACACTACAAAACAGCATCACGCAGACTGGCTC-------CCAGTGCGTAAATATAGGCATTGGAGGTTTGTCACTTGGGAAAAAAAGAAATGTCACTTTCAATATATTAAGGGCAAGGCGCGCACCCGTGAACGTGCGC---------GCGCACAGCCCCTGGCTACCTT-AAAATTAAGCTTCCCTTAAAGGGAAAATGAGTAGAGTCCAATTTAGTCTGAGTGATATCCAAATGCAGACAGAAAGGGTCGTTTTATCATGCTACTATTTGTCGTGACGATGCGATTTTCAAAAGCAGAGCGATGTCATAAAGTGACATGCCTGCCACAAGTGCTCCAACTGATCTTTTCAATTAGCCTTCCATGCATGATCCAGGGCGACTTCCGCCTATTTCCAGAAATTAAGCTCAAACTTGACGTGCAGCTAGCTTTATTTTAAAGACAAATGTCAGGCAGGCTCATCATATTTTCCCCCTCTTCTATATTTGGAGCTTATTTATTGCAAAGGAGCTTGTGCTCTTGGACTCAATTTAACGCGAGGCTTCGGAGAGAAGGGAGCTGAGAAGTAAAGCAAACCGGGAAG 
s mm7.chr2      105532230 1139 + 182548267 GGTCGCGGGTTGGCCTGTAGGCTTTGTGCCGCTGGTTCCCGGGTGTGCGCGAGGCGCGGAGCATCCAAATTGACACCATATGTTTTCGTATTAGAAGCTTTGCGGTCGAATTCTAGGCGCATAATCATCGCCACTGGGCGAGAACGCCAGCAGTCCCCA-GGGAAGGGACACAATGATTGAGGCTTAACCTCTAAAGGGGAATTTAGAGCTATGTTTCTTCGCTGCCATTTCGTTGCTGGCAGAGGCGCCCTGGCCCCGTGTCTTTCAGACCAGCAAATCCGGGCTGCAGCTGTGGAGGTGCTGGGCACGTTAATTTTGCAATAAGGGATAAGG----AAGGTCTATGAGGCCTTGCACACTCTGGCATCCGTAGACTGGGAATTACCCTGGCTTTGCTTTTGAAAAGTTTCTCTTCATTTCTCTGGGAAGGCCTTTCTTTTTCTGGGAAGCTTTCTTTTGCCCAGAGATGAGCCTCCATACCTGCATGGTAACTGAGATCTAGAAAGCCAAGGTAGATGATAAGAGAAAATTTAGGAGAAACCGGAAGCGCAAGGTAGGCCTTGCCCTGCTTAAGAAGCCCTCTCTTGCAATGTGCAATGTCCACTCTTGCACTGGCCCGGGACAGCCAGAGCCCAGATCT-----CTAAATGCCTGTCACTT---------------------TTCATCGAATTGAGGCCCCGCCCCCCCTCCGTGAGCTCTAACCCTCCTCCAGCCCCAAGCCTCAAGCTACCCTGAAAACGCAGCTCCCCTCGAAGGGGAGCCGAGTGCAGTTCATTCTCGTCTGAGTGATCTACAAATAGGGACGGAAAGGGTCGTTTTATCACGGTCCCGTTTGTCGTGACGATGCAATTTCCCGGAGCGGAGCACTGTCACAAAGTGACAAGGCTGCCACAAGCGCCCCGACTGATCTTTTCAATTAGCCTTCCATGCATGATCCGGAGCGACTTCCGCCTATTTCCAGAAATTAAGCTCAAACTTGACGTGCAGCTAGTTTTATTTTAAAGACAAATGTCAGAGAGGCTCATCATA-TTCCCCCCTCGTCTATATTTGGAGCTTATTTATTGCTAAGAAGCACAGGCTCCTGGAGTCAATTTATCAGGAGGCTCCAaggagaagagaggagaagagaggagacaagagaggag 

a score=8729
s danRer3.chr12  32604888 147 +  37038836 TTCTTTTTTTAGGTCACAGTGGAGTGAACCAGCTCGGCGGTGTGTTCGTCAACGGCAGACCGCTACCCGACTCCACGAGACAGAAAATAGTTGAACTCGCACACAGTGGCGCGCGGCCGTGTGACATATCAAGAATTCTGCAGGTGA 
s mm7.chr2      105534602 147 + 182548267 TCCTTTCCTCAGGTCACAGCGGAGTGAATCAGCTTGGTGGTGTCTTTGTCAACGGGCGGCCACTGCCGGACTCCACCCGGCAGAAGATCGTAGAGCTAGCTCACAGCGGGGCCCGGCCGTGCGACATTTCCCGAATTCTGCAGGTGA 

a score=21741
s danRer3.chr12  32605239 468 +  37038836 CAATTTTTAAAATTTGGCGGCCA-AAATGCATTTTCAAAAGTGCATAATTTCTCCTACCACTGAAGACTATTTTTTGTG---TTAAAGGTAT-TTCTTATGTTATAGACCCATGCTGATGCAAAAGTCCAAGTGCTGGACAATGAAAACGTAAGCTTATCATTGCTTGCAGCATACACTTAACATTTCACACTAGTTTTAAA-----TAATGTATGTGAATTGTTTCTTTTGTTTTCCATCTAGGTGTCCAACGGCTGCGTGAGTAAAATCTTGGGTAGATACTATGAAACAGGCTCCATCAGACCCAGGGCGATCGGAGGAAGTAAACCACGAGTAGCGACTCCCGAGGTGGTCGGCAAAATTGCCCAGTACAAGAGGGAGTGTCCGTCAATCTTCGCGTGGGAAATCCGAGACAGGCTGCTATCAGAGGGGGTCTGCACAAACGATAATATACCCAGTGTAAGTTGATTCAGTGAA 
s mm7.chr2      105535436 469 + 182548267 CATTATTTGTAGTTTTAGGGCTACAAATGTAATTTTTAAGAAAAAAAAAAGCTCTCTACAGTAAG------TTCTCGTACCATTGAAGGTATATTTTTGTGTTATAGACCCATGCAGATGCAAAAGTCCAGGTGCTGGACAATGAAAACGTAAGCTTGTCATTGTTTAATGCATACTTAAACAATTTTATTTTTGTCTTGAAATTATTAATA-ATGTGGTTTTCTGTCCAATTCCCTAATGCAGGTATCCAACGGTTGTGTGAGTAAAATTCTGGGCAGGTATTACGAGACTGGCTCCATCAGACCCAGGGCAATCGGAGGGAGTAAGCCAAGAGTGGCGACTCCAGAAGTTGTAAGCAAAATAGCCCAGTATAAACGGGAGTGCCCTTCCATCTTTGCTTGGGAAATCCGAGACAGATTATTATCCGAGGGGGTCTGTACCAACGATAACATACCCAGTGTAAGTTTATT--GTGAA 

a score=12562
s danRer3.chr12  32605948 195 +  37038836 ATCTTTGGGTTCGTCTTTCAGGTGTCATCGATAAACAGAGTACTGCGCAACCTGGCTAGCGAAAAGCAACAGATGGGCGCAGATGGCATGTATGAAAAGCTGAGGATGCTGAACGGTCAGACCGGCACGTGGGGGACCCGGCCGGGCTGGTACCCCGGAACCTCGGTGCCAGGACAGCCCAATCAAGGTATGGCT 
s mm7.chr2      105536543 195 + 182548267 ACCATTTGGTTTGATTTGCAGGTGTCATCAATAAACAGAGTTCTTCGCAACCTGGCTAGCGAAAAGCAACAGATGGGCGCAGACGGCATGTATGATAAACTAAGGATGTTGAACGGGCAGACCGGAAGCTGGGGCACACGCCCTGGTTGGTATCCCGGGACTTCAGTACCAGGGCAACCCACGCAAGGTAAAACT 

a score=12522
s danRer3.chr12  32606567 250 +  37038836 AAACAAAGAACAGCATGTGCA--------TATACAAAATATGTTTGTCACACAGAAAAATGTGTTATGGGAACAGTTATGTCGCTATGTAATAGCTCATTAGAGAACGTTTTGTTTCCCATTAAGGCGACATAAATACGCGTTTAGTTTGAGGAGACAGCTGTGGAAATGTTCCACCGGAGACACCCTGGACATGATATGGCAACGTTTGCCAATTAAACTTGTCAGTGTTAAAGGTGCTACTCGACGACAGACAGAC 
s mm7.chr2      105537631 257 + 182548267 AAATCGGTAACAGTATGCGAAATATCTGGTACAAAGGATGCTTCTGTCACTTGCAAGAATTTGTTATGGGAACAATCCTGTCGCTCTGTAATTGCTCATTAGAGAACGTTTTGTTTCTCATTAAGGCGACATGAATAAGCGTCTAGCTGAAGGAGACAGCTGTAGAAATGTTCCACAAGAGAC-CTCTGGACACGATTCGGCACCAATTGCCAATTAGACATGTCAGTTTTAAGAGCAGAAAACAATATAGGACGGAC 

a score=9406
s danRer3.chr12  32607309 370 +  37038836 GTCGAAGTCCATAGGCTGTTAGTTTGGGTGAAGATTCTGAGGCAAACAAATATGGTCGCAATCTGATGAATGTCACGCAACACTGAATAAAACAGCGGATTCATCTGGGCTGACAGGACGCTAAAAGAGACAACTCTATCGCA----------TTCAG---------------AAGGCTCACAGGGGC--------------CCCTCCCTCCGCCATAGGCTCAGGGTGCTAAAGCCGTCTAAAGGATTTGGACACTTTCCCTTTTCCGAGGGTCCTCGCATGTTTTGATCAAGGCCTCCACAGCTGAAA-GATGCCGCGGTTGTTTTGCCACCTTTT--TGCTCGCCTTCCGCCTCACCGGTTACGACAACGCCCCAATAAGGAATGATTTTATTTCCCACCGCCTTTCTT 
s mm7.chr2      105538854 400 + 182548267 GTCCATTTCCAGAAGC-ATAAGGAGAGGTTAGGTCTCTGAGGGAGACAAATATGGTTTCCATCTGATCTACGCCACGCGGCGGTGAATAAAATCCTGA--CGACGTGGGCTGACAATA------ACGAGACGACTCTATTCCAGCCCCAATTCTCCAGCGATTTGGTGGTTTTAGGGATCACGAAGACACTTTTTCTCATCTCCTTCCCTCGCCCCAACCCCCATAATACCCAGGCCCTCTATAGGATTTAGTCAGCCTCC--TTTCAACAGATGCTTCAATGTTTTGATCTGCGC-TCCGGAGCTGAAAAGGTTCCGCAACCGCGTTGCTATCTTTTCTTGCTTGTTTTCCGCCTCACTGATTAAGACACTAAGAAACTAAGGAATGATTTTATTTCCCAGCGTCTTTTTT 

a score=14898
s danRer3.chr12  32609435 405 +  37038836 CGGGGCCGGCCCTAGGGACAGTGATTAATGACAGTAGAGCATAAAGGTTAACACGGCGAGCTGAAAAGTCTGTTGACTGGAATCCTCGTGCTACAATG-----------ACTGCTCGAGAGAATCCTTTTGTCGCCCCGTCCAATTGTGTCCTCAAAATTCAACCCACGAAAAAGTTTGCCATCCGTCCTCGCAGCGAGCATTTAAGAGTTACCCTTACTCTC-GTGCATTGTGTGGCTGTG-AAAGCATCCCTCTCCTATTCAAGTATTGGTGGTCACCTCAATAGCTCTGCAAACGCCCATATGGTGGCCGTAGCCTAATTGAAGAACCC-----------TGGAATGAAAAGTTGGGGGGAGAGAGGGTGTTTGCTTTTTTAAAAGCTTTCTGGGACATTTTATCGCATTTCTGTAAAGCCCTCGA 
s mm7.chr2      105540732 421 + 182548267 CGGCGCCCGCTCTCCGGACAGTGATTAATGATAGCAGTGCAGAGGGGTTAACACACTTCGCTGAAAAGTCTGTTGACTGAGCTTCTTGTAACACAATGTGGCCCGCTGCACGCCTCGAGAGAATCCTTTTGTTGTCCGTGCTTATTGTGGCCTCAAAATTCTGCCCACG--AAAGTTTGCCAACGCTCCT-GCCCCAGGAGTTTAATAGTTTCCCTTACTCGCGGGGCATTGTGTGGTGCTGAAAAGCAGCCCCTCGCTATTCAAGTGTTGGTGGTCATCTCAATAGATCTCCAAGGGCCCATATGGTGGCCAGTGCC-----GATGAATCCGCCTGTTTAAATGGGGGAGAAAGTTGGGGTTTTAAAACATTTCAAAGTTCCTGAAAAGATCCCACTAGATCCTGTCACAATTCCCTGAACGCTTTGA 

a score=8688
s danRer3.chr12  32609966 717 +  37038836 TGTTATGTTTAATTTGATTTTCAGATGGTTGCCAACAGTCAGACGGAGGCGGTGAGAACACAAACTCAATAAGCTCCAATGGCGAGGACTCAGATGAGACCCAAATGAGGCTTCAGCTTAAACGAAAACTGCAAAGGAATCGCACTTCTTTCACACAAGAACAAATAGAAGCACTTGAAAAAGGTAAACATGGAGATTATAGCG------AATATTACAGCATCTGTTACAAACTAACAAAATAATTAGGAAC--AATATAACTTGT----------TGAAATGTGGCTAGTTTAATATATGTCCTTAAAAGAATTGATTAATATTCTTATGTTCTGTAT-TCCAGATTCAAACTTGTATGCATTTG-------------------CAATAAAGTGATGATTTATGTTT----------------ATACGTAACTATTTG--TGCTTAAGATAAAAGattttaatataataaactatttatactaaactaaaatatactaaatatttatGGTTCATTTTTAAAAAATATCAATAGCAAGTGTGTTTAAGCCATATTAATTATTTG-TAATAAACTAATCAAATGCGGACATTTAAGTTACCCGGCCCTAAAAAATATCAAATATTT-AACTTTTTTGCCCAATATTGTAGCATTTTCAAAATGTTTCCTATTTTTGTTTGTTTCCACCAGAGTTTGAAAGAACGCACTACCCTGACGTTTTTGCACGAGAAAGACTTGCTGCAAAAATAGATTTACCAGAAGCAAGAATACAGGT 
s mm7.chr2      105542329 736 + 182548267 TGTCCTATTCTTTTTG--TTGCAGATGGCTGCCAGCAACAGGAAGGAGGGGGAGAGAACACCAACTCCATCAGTTCTAACGGAGAAGACTCGGATGAAGCTCAGATGCGACTTCAGCTGAAGCGGAAGCTGCAAAGAAATAGAACATCTTTTACCCAAGAGCAGATTGAGGCTCTGGAGAAAGGTGACTGGGAAATTTCCAAAGCAGAGAAACCTTAAATCAAAGGAAATGCCACAGCAAAAGCACAAAGGGCTAAATTTAGCTAGGGCTCTTTGCATAAAGGATGAAAAGCCCCCCCCCCCCACTTTTCAGTGTGTGTGTGTTTTTTTTTTTTTTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCATATGCATTTTCTCTCTTCTTTTCACACACCAGCAAACTGAAATATTACAATTCTGACAGACAAAGGAAATGATGACCTATCTGACTGTCTTAGGCCACAGAT-----AAGGACAAACACTAAATGTCATTCCAAAGAAAACTTGCTCCTGGTGGGAAAGTTCTTGCTAGTACAGTCAGCA--CACTGTCAAGCTGTCTGATTGGCTGGATGAGATGGGAGTTGGGTGTTAAAAGCTAGGTTG----------------ATCCAGTGTCTGAACTATCTTGTGTTCTGGTATAATATATAAAATCAACTTACTCTTT--------------CAGAGTTTGAGAGGACCCATTATCCAGATGTGTTTGCCCGGGAAAGACTAGCAGCCAAAATAGATCTACCTGAAGCAAGAATACAGGT 

a score=14686
s danRer3.chr12  32612412 476 +  37038836 TATGTGCAT--CCAGGTCTGGTTCTCAAACAGAAGAGCGAAATGGAGGAGGGAGGAAAAGTTAAGAAATCAAAGAAGACAAGCCAGTAATTCCTCAAGTCACATACCCATCAGCAGCAGCTTCAGCACAAGTGTCTATCAACCAATCCCTCAGCCCACAACGCCAGGTAAACGCTTGAAA--ATGATTGATAAGCAAATACTATTTTAATAAAGCAAACATTATTTAATCAAGTGCAAATTTGGGTTGACTGGGACATTGTTTTCCAGTCATCTCAATGGCAAAAGTGTCCCAATCTACTCGAATGCACCCACTACTTCTAATAAGCAAGATACTAAGTGTGCATTTTTATCCTTTAAACAGT---ATCCTTTACGTCAGGCTCCATGTTGGGCAGATCAGACACAGCTCTTACGAACACATACAGCGCCCTGCCACCAATGCCAAGCTTCACCATGGCCAACAACCTTCCTATGCAAGTACG 
s mm7.chr2      105543241 403 + 182548267 TCTGTGCATTTCCAGGTATGGTTTTCTAATCGAAGGGCCAAATGGAGAAGAGAAGAGAAACTGAGGAACCAGAGAAGACAGGCCAGCAACACTCCTAGTCACATTCCTATCAGCAGCAGCTTCAGTACCAGTGTCTACCAGCCAATCCCACAGCCCACCACACCTGGTAA---CTTGAAATCCCACCTGCCAAG----------------------AACGGTTCTTAACC---------------TTGCCT--GCCCTTGACTTTCTCTTGCCT---TGTAATGAATGACCT------------TGCCCTCTCTCTGTCTCTT---------------------TTCTCTTCCTCT--GCAGTCTCCTCCTTCACATCAGGTTCCATGTTGGGCCGAACAGACACCGCCCTCACCAACACGTACAGTGCTTTGCCACCCATGCCCAGCTTCACCATGGCAAACAACCTGCCTATGCAAGTAAG 

a score=9652
s danRer3.chr12  32613000 177 +  37038836 ACAGGTTTGCCCTTCTT---ACCCTCTTCACAGCCCAGCCAGACCTCATCCTACTCCTGCATGTTGCCCACTAGTCCTTCAGTAAACGGGCGGAGCTATGACACATACACACCCCCGCACATGCAGGCGCATATGAACAGCCAATCAATGGCCGCCTCGGGCACAACCTCAACGGGTAAG 
s mm7.chr2      105546068 180 + 182548267 ACAGGCTTTTCTTTCTTCTGGCAGCCCCCAGTCCCCAGTCAGACCTCCTCATACTCGTGCATGCTGCCCACCAGCCCGTCAGTGAATGGGCGGAGTTATGATACCTACACCCCTCCGCACATGCAAACACACATGAACAGTCAGCCCATGGGCACCTCGGGGACCACTTCAACAGGTGAG 

a score=-3128
s danRer3.chr12 32613442 1104 + 37038836 ACAATTACATAATATGACAAGCttaattattaatattaaagtggtttaaaaatatttatatttagtaatataaataatat----ttatttttttGAGAATCAAATTACATAAAAAGACAAGCTTCAAAACAATTGAA------TTTGAAAATGATGAACTAGAAAAGTGCCATTCAGTAACTTTTTTAGTAAAATGGT--CTATACGTGTAAACTTTTCTA-CATTTAGCt----atttattcattttttgttattttaaaatgtttttttatatttCATGATGCCTCATTTTTGGTAAAATATATTGCGTG-----------ATAATCTTATGCT----TCATAATATGGAAATCCTTATTAATTAAAAATTTGAAAATGAAAAATGTAGTAATTGTAATAAGTTCTTTGCTTTTAAAAAATATGTAAACAATATGTAAAAAAAAAAATACATACATATATATTCAATTGCTGTTATAGCATGAAAACATATGAGTATATAATAATTTATGAATCTTAAAACTTTTTGCACTTTTTAAAATATTGACAGATTTGtaaaaaaaattaaatataataaaaataattCAAATGTAATGAAGGCTTTTACaaaaaaataaataaataaagaaatattttGGTggttcattccgctgtggcgaccccagattaatgaagggactaagccgaagagaaaacaaatgaataaatATTTTTAAAAGCCGTAATTACATTCAGataaataatatttaataattataaatatGTAAAAGCCTTCAATACATTTTGTTTtaaaaaaacaaaaaatgttaataaataaataaatacatacatattt--gtaaaacccttcat---tacatttagataaataataaaaataaacaaatcaataaataTTTTTAGAAGCCTTAATTACAT------TtagataaaaaaaaaaaaaaaaaataaataaataaataaataaataTTTGTAAAAGGCTTCATTACATTTAGATAAAAAAGTGAAATAAATAAATAAATATTTGTAAAAACCTTCATTATATT-------TAGTTAAAAAAAAACATTTACTATGCAACGTATGTATGAGTGTATGTGCTAATCAACACAAAATGAG----GAGTCTAATTATTTCTACAATCTTTCCTTATGCC 
s mm7.chr16     83095983 1006 + 98481019 ATAGTTAAGTAATATTATTAGTTTTCTTAAAAATAATA------CTCCAAATTAATTCAAACAAGTAAT-TAAAGAACATACTTTTCTGTTTTC-----TCAAA----ACAGAAAGGGGTGTTGTTACACTATTTGAGGCTTCTTTCAAAAT--TGCATTCACTGAGATTTGTCCTCCAATTTTGATA-TAAAAAGGTTCCTATTCATATGAACACTACAAGAATTTAGGTTGTAACGTAAGCCTGTAGCTCCATATGGTAATCTGTTCTGACATTT------GCTTTATGTGTGAGACTATACCCTGAATGCCCTACTATTCAATACCATGTGCTATTCTCATTTTAAAGCAACTTCCATCTCTTATGAATTCAGCCTTGAGAATTTTAATGAATCACATATCACATTAGCCACCTAAT--TGTGTATCCTTTATGAAGAAGAGGA----------TATATTTCTATTTAATATCAAAGAAGTTACATTTTTAAG---GTATTGACTTCTAAAATCACAAATTTCTTTTTCTTCTT--------------------------------TATCTTAAGAATTCATCATATTTAATTCATGTCTACTTAAGAAACTATA---------ACATTTTATAGCATGAGATACTACTG------ACTGATAGCAGAGGGGGGGCTATGTTTTAGCT--------CCTATGAAGATATTTCAAA-------TTATTTTCAAGTAGGTAA-ACTGTGTAGACAAATCTGTTCAAAGTTCTGCAAAACAC----------AAGATGAAAATTCAATATAAAATATGACAATGTAAAAATACTCAAGTGAAAGTCAACATGGCTACATGTCCTTGGAGATTAGAA-----CAGATTA-TAAATAATTTT----GTCTATATTATATGTTATATTAAGTAAATGGCATCATAAAAACTCCAGATACAGCTGAG---------GTAAAATAC-------CATTTACCCAGTCCTATGAACTTCATGATT-----CTTCACAAGTTATTTAATATATTAGACAATTAATTGCAATGTCACAAT-GTTAAATAACATATGTAAAAAT-CATGTGCCA-----CACAAAATATGTTTTAAGTCTCATTATCTCAAACAACTTTC-TTATCTC 

a score=6977
s danRer3.chr12  32614546 443 +  37038836 ACAGGTTTAATCTCACCTGGAGTGTCTGTACCCGTTCAAGTGCCAGGCAGTGAACCAGACATGTCCCAATACTGGCCCAGACTACAGTGAGAACGCGACGCACaagaacaaaaaaggaaatcagaggagagaaaaaaaaaaaaagagaagCT--CCTTCAC-CTCCTGATGTCTCT-CGGCTACAAGACAGGGGTGTTCAGCAGTATTTCACCACAGAAGGAAAGGAGGAGACTCTAAAGGACCTCTTTTTTTGTACGGGGATAGTGCCACTT--CTCTATCATTCTTTGGACACAAAGACTTGAAGAATAAAAGAGAAC---AGACTTCTG----TAAAGTGCCCGGTATTATATCGTAAAAAAATCTGTTTTTCAGTTTCCAACC--TAAGTCATTTTGATG---TATTTGTACATGTAATGGCCAATTGTATGTTATGACAAAAAAAGGAAAAAAAAA 
s mm7.chr2      105547052 387 + 182548267 ATAGGACTCATTTCACCTGGAGTGTCAGTTCCCGTCCAAGTTCCCGGGAGTGAACCTGACATGTCTCAGTACTGGCCTCGATTACAGT-------------------------AAAGAGAGAAGGAGAGAGCATGTGATCGAGAGAGGAAATTGTGTTCACTCTGCCAATGACTATGTGGACACAGCAGTTGGGTATTC-------------------AGGAAAGAAAGAG-----AAATGGC----------------GGTTAGAAGCACTTCACTTTGTAACTGTCCTGAACTGGAGCCCGG--GAATGGACTAGAACCAAGGACCTTTGCGTACAGAAGGCACGGTATCAGTTGG--AACAAATCTTCATTTTGGTATCCAAACTTTTATTCATTTTGGTGTATTATTTGTA-----AATGGGCATTGGTATGTTATAATGAAGAAAAGAACAACACA 

a score=-1747
s danRer3.chr12 32614989 275 + 37038836 TTTTTTTTTTTGAACAAC--CGTGGATGGACTGTCAGTAGACCATATTGA-----TGACTCATCCTGCACTGCAAAGATTTTTATCCAATCAGA-----------CGCTCTCTAGAACGAGAATGT---CCTGGCCACTGAAAACACCTGCAGCTGACTATCAAATTGCTGAATACATTTGGCTTTTATAAGACCAAACTAAAAAAGGAAAAGAAACAACATTGTAATTTGGCCTTGAATCGGTTAACGGAGGAACATTTGTGCAGGTTTTACTCATCATTTTCTCATTTGCCGCT 
s mm7.chr16     83097453 256 + 98481019 TTACGTTAATTCAAAAACTTTTTTGACAAACTGTCATT---TCGTAATGAAAGTTTAAATTATATTTAACCAAAAGTTCTCTTGTATTATTTGAAATAAGTTATTTAATTACAAAAATAAAAATGCTAATTTGAGCATTGAA---ATTCATTGCTAATTAT-AGATAGAAGAAGTCAACATTTATTCACATATCCACATGAAAAATAGTGAA-----CACACTGTA------CCTTTTGTAGCCTA-----------------CGATATTAACTGATTATTTTATCATCT-----T 

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s danRer3.chr12  32615264 344 +  37038836 TATATCAAGAACTTCTGCCCATTTCTGTTTCAAGCGTGGACCTGTAGTAACAAAACGATCTCTGTAATCTTTTCGAGATGAACAAACACAG--CAACAGAGTTTCAGAGGAAGCCAGTCCAGAATTAGCATTTTTTTTTCAGAGCTTG----CAGGTGAAAGTGAGCTGTTTTTGTTGC----------------TGAACCGGAGGAGGAAAATGTTTGGTAGCTTAAAAACGGTAGATTGTGTCTTCGATATAATTCAGTTTTGTTTATGTCAAAATGTAAGTATTTGTCTTCCCTAGAAGTCTCGCAGAACAATTTCTATAATAAAATTAATTCCATTTTATA------------ATTCTCTGAATGTTCAATGCA 
s mm7.chr2      105547533 351 + 182548267 TATATCAAATACTTCTCCCCATCTGTTCATAGTTTATGGAC-TGATGTTCCAAGTTTGTATC---ATTCCTTTGCATATAATTGAACCTGGGACAACACA----CACTAGATATATGTAAAAACTATCTGTTGGTTTTCCAAAGGTTGTTAACAGATGAA--------GTTTATGT-GCAAAAAAGGGTAAGATATGAATTCAAGGAGAAG-----TTGATAGCT---AAAAGGTAGAGTGTGTCTTCGATATAATACAATTTGTTTTATGTCAAAATGTAAGTATTTGTCTTCCCTAGAAATC-CTCAGAATGATTTCTATAATAAAGTTAATTTCA-TTTATATTTGACAAGAATACTCTATAGATGTTTTATACA 

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s danRer3.chr12 32615608  904 + 37038836 GGCATGCTTTTCACA------GAGGGACACTTTTTAAATGTCAT-------TAACAATGATGCacagtgctcagcatg--attgagtacaccccattttaaaaatgaatatttttatacatttgtcagtaaatacaggcaat------------------gtatt--ttagtaa-atttaaacaaaacagatttaataaacagatatatttattaaaataatattttactcaccaaa-----------ctgaaagataatacaattaagttcaagcaaaataatgcaaaaa-----------------------------------aaaaacaaaaactacaaactacaaaatttcaagtaaaattttGAAATTTTTTGCTTCTCTTGATTTCAACCAACtaaaaataattgaaaata-tatatttcaat----gtatcttatagatttattgttgtaaattattatttattattaGTTGTAAGTTACATAATATGACGCCT-----ATATTTCAACAGTTTCTCTAATGCTCCAGGTTTGTCCTTCAAT--AAGTCTCC--TATTTAATTTTACCCAATTAATTTAGTTAAAAGCATTCT----CAAATAGAAAAATAAAACTATTTTTCCTGGGTATTTACAGCAATTAGAAAGTGAAATTCAGAAACTTTCAA-----------------------TACCTTtttta-------agactctttccatacatgttaaaacctcattgtcactttaggtttcacccagtaacattggcaatgttttaatgtacagtatat----------gtactgaa---tatataactg--------ttataataactgattgtaagaaactaatcctaaactaaaacattatgcatatatcgaataaaa--atgataattggtgcct-atagaactgcaggattttatca---------actccttaaacgatacagcagcccaatattcagataaaattcaggcaaactttagcatac--aactata-----cattgtagaatcaaaaatgatacaaaattaaataccttgtaaaaaga 
s mm7.chr16     83097998 1035 + 98481019 TTGTTTTTTTTCCTCGTTTTTGATATATATATTACAAATTTCATAATAAAATAACAAT-ATTCACCTCAATCATAATGTAATTAACATAGGCTCAATTTAAAAATG---ATTAGCATAAAATTCGATTTAAATGGAAGAAATACCTAGTGAGGAAAAAAAGCATTAATTATTAAGAATTAAATATCACAGATATGATTACCGGATCTTTCT------GGAGTATTTTAATCACCTGAGTTTGTGTTTTTTATAAATTACAATAATAAATCCTATATAAAATTCTGTAAGCATTTTACAAAGCCAATATTATTGAAACAAATTCACTAGGAGTAAAATGTACAAAACCTACAATAAAAAGCAATATCCCTAAAATATGAA---CACTGAATATAATGAAACAAAAAATAGCCACACATATTTTCTTTCAGTTGAGGAAGAACACAAATTTTGTG-TAAATATAAACATTTTTTTCCAA-AATAAATAAAGCAATAAACAGACTTTGAAATACTGTAATCATTTTGCAGAAG-TATAGATTTCTTTTTTTTTTCAAGTTTTCTTTATGTACTTTAAT---ATTATGTAAGTGAAAAAAATCACAGTACACATTCTACAGTAACTTTAT--------AATATTTTCCAGATTGGAGAGGGGAAACTTTCAAATTGTCAAATAGTTGTGCTCATATTGAAGTTTGttttttttaattagatattttctttacttacat-ttcaaatgttatccccgttactagtttcccctccaaGtct---aagtggatcaaggaactctacataaaaccagagacactgaaacttataaagtagggaggagcctaaaacatatgggcacagggagaaagttcctgaacagaacaccaatggcttctggtgtaatatcaagacagatggaacctcataaaattgcaaagcttctgtaaggtaaaggacattgttaataaaacaaaaagtcaaccaacagattga---caaaagatctttaccagtcctaaatatagatTTCTTTGTACATTGAAAAATGTT-----ATTAAATAATCTGAAAAGAAA 

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s mm7.chr11     116146664 106 - 122091587 CAACTAACTTGTCTGCTGTTTGCTAT---AGTCACTGCATCCAGCAGATCCTGGAAGCTGTTCTCCATTGTCACCAAATGGGGGTCGTCCACAGAGACCTCAAGGTGAG 

a score=7364
s danRer3.chr12  32630179 120 +  37038836 TTCCTCCACAGCCTGAGAACTTGCTGTTGGCCAGTAAGATGAAAGGAGCTGCAGTGAAACTGGCTGATTTCGGGCTTGCCATCGAGGTGCAGGGAGATCAGCAGGCCTGGTTTGGTAAAT 
s mm7.chr11     116149151 120 - 122091587 TCTCCCTGTAGCCTGAGAACCTGCTTCTGGCCAGCAAATGCAAAGGCGCCGCAGTGAAGCTGGCAGACTTCGGCCTGGCCATCGAGGTTCAGGGAGACCAGCAGGCATGGTTTGGTGAGT 

a score=6231
s danRer3.chr12  32632833 107 +  37038836 tttttttttttttGGCAGGTTTTGCTGGGACACCTGGTTATCTGTCTCCAGAGGTGTTGAGGAAGGATCCCTACGGCAAACCTGTGGACATCTGGGCCTGTGGTGAG 
s mm7.chr11     116149320 107 - 122091587 TCCCTTCCCCTTCGGTAGGATTTGCGGGAACGCCAGGCTACCTGTCTCCCGAGGTCCTTCGGAAGGAGGCCTACGGCAAACCTGTGGACATCTGGGCATGTGGTAAG 

a score=7545
s danRer3.chr12  32635501 105 +  37038836 CAGGTGTAATCTTGTACATTCTGCTAGTGGGCTACCCTCCATTTTGGGATGAAGATCAGCACAAGTTATACCAGCAGATCAAGGCCGGAGCTTATGATGTGAGTG 
s mm7.chr11     116149913 105 - 122091587 CAGGGGTGATCCTGTATATCCTGCTGGTGGGCTACCCACCTTTCTGGGATGAGGACCAACACAAGCTGTACCAGCAGATCAAGGCTGGGGCGTATGATGTGAGTG 

a score=9076
s danRer3.chr12  32643204 174 +  37038836 CTGACCCTGGTTCTTGATTCTTGCCCCCTCAGTTTCCTTCTCCGGAGTGGGACACGGTCACCCCCGAGGCTAAGAATCTCATCAACCAAATGCTGACCATCAACCCAGCCAAGAGAATCACCGCAGAGCAGGCCCTCAAGCACCCATGGGTCTGCGTAAGTTATCTCTGTCCAA 
s mm7.chr11     116150101 171 - 122091587 CTTGCCCTGTGCCCCGCTTC---CTTCTGTAGTTCCCATCCCCTGAGTGGGACACCGTTACTCCTGAAGCCAAAAACCTCATCAACCAGATGCTGACCATCAACCCTGCCAAGCGCATCACGGCCCATGAGGCCCTGAAGCACCCATGGGTCTGCGTAAGTCATTCTTGGCAAA 

a score=-326
s danRer3.chr12 32643382 119 + 37038836 GCATTTACCACAAGCCCTGAAGAAGAGCAATCTATTGGAAATAATCAGAGCTCTTTTTCAGTGTGAAATCAGCTTTCCTTGAGCTCTCGGAAATGGTTAATGTGTTTGTGTTGGCATTT 
s mm7.chr18     61347735 105 + 90918714 CCGTGCTCCTCCAGGTCTT-------GTTCCGTGTGGGGTTGAGGGGAATCTCTGGCTCACTGTG------GGTCTCAGGGACAACATAGAAATGATGGATAT-TCTGGGTTGGCATTT 

a score=5197
s danRer3.chr12  32645266 217 +  37038836 TGATCATGCTGATGTGCAATATTTTTCTCCATCTCTCATTTGCTTGTTTCAGCAACGGTCCACAGTGGCGTCCATGATGCACCGCCAAGAGACCGTGGAGTGCTTGCGCAAGTTCAACGCCCGCAGAAAACTCAAGGTACGCCATGAGCCTGAAGAGCCCTTAAACCAACTCCAGTCTTCCTCCCTGGGGTAATTAGTGCTGAAAGTCTTGTTGCCA 
s mm7.chr11     116150505 189 - 122091587 TGATGATCCTCAC-TGCCCTGTGACTTCCCTTCTCCCAA----------CAGCAACGTTCCACCGTGGCCTCTATGATGCACAGACAGGAGACTGTGGAATGTCTGAAGAAGTTCAATGCAAGGAGGAAGCTCAAGGTAGGC---GAGACT--------------CAGTCCCCAACCCTGCGTCCTGGTGGGCTCCATGCTGGAAGTAGGGGTGTCA 

a score=3712
s danRer3.chr12  32645504 83 +  37038836 CTCTGTCTTTGTTTAGGGAGCCATTCTCACTACTATGCTGGTTTCTAGAAACTTCTCAGGTGAGTTTCCTCGTCCTCCTGGGA 
s mm7.chr11     116151425 81 - 122091587 CTCTGCTTCTTCGTAGGGAGCCATCCTCACCACTATGCTGGCCACACGGAATTTCTCAGGTGAG--ACATTCTTCTCTAGGGA 

a score=2427
s danRer3.chr12 32651322 160 + 37038836 AATGCAAATGTCGCTGCTCCT-CCTTTGAT-------TAGActctctcattttctttctatctcttgctctctttctctctc---tctctctct-ctctcACGGTTAAATTGCTTCAGCCCTTTTCGGCTCCCTCCTTCCCTGCTGATCAGCTTACTGGTGTATTGTGCTAC 
s mm7.chr18     61353846 172 + 90918714 AATGCCTGTCTCCCTGTGCCCACCCCTGATGCCCAAGCTGCCTCTCTCCATACTTTCTGGCCCCTCTTTCCTGTTTTTTCTCACTTCTCCCTCTGCTCTCTGGGGTCTAGTCCCTCTGCTCTGTGCAGCCCCCTCCTCCTCTGCTACCTGACTGCCTCATGGAGGGTCTCAC 

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s danRer3.chr12  32675301 93 +  37038836 TGTGTTGCAGCCGTTCCCGTGCATGACATTAAACGCTTG--GCATGGAACAGTTCAGGACATTGTTCAGAGTTAGAGCGTGCTCAGTCTGGCCCC 
s mm7.chr14     100829953 93 - 119226840 TGTCTTGCAGCC--TCTTGCGCCTGTGAGGAAAGGCTTGTGGCCTGGACCAGCCTGGGGCTCCAGTTACAGTTAGGGTTAGCCTGAACTCAGCCC 

a score=6595
s danRer3.chr12  32678772 100 +  37038836 CCTATTTTGTTCAAATAGCTCGTAAGCAGGAGATTATCAAGATCACAGAGCAGTTGATCGAGGCCGTCAACAATGGAGACTTTGAGGCATATACGTAAGT 
s mm7.chr11     116166678 100 - 122091587 CCTGTTTTCTCCCTGCAGCCCGGAAGCAGGAAATCATCAAGACCACAGAGCAGCTCATTGAGGCCGTCAACAATGGGGACTTTGAGGCCTATGCGTGAGT 

a score=18542
s danRer3.chr12  32679221 441 +  37038836 TGACCTGCAGAAGAATCTGTGACCCTGGTCTGACCTCTTTTGAGCCTGAAGCTCTGGGCAACCTGGTGGAGGGAATGGACTTCCACAAGTTTTACTTTGAGCACTGTGAGTCACATACCTGACATAAACACTTATAAACGCTAC------------------ATCTATTGGCCA------------------------------------------------------------------TGTTTAGAGTCTGTGTTG-ATGTTAACCCATCCCATGTGTTTGTCAATTACAGTGTTGAGTAAGAACAACAAGCCTGTGCACACCACTATCCTCAATCCTCATGTTCATCTGATTGGAGAGGACGCTGCGTGCATCGCGTATATCCGGCTCACGCAGTACATTGATGGCCAGGGTCGCCCGCGGAGCTGCCAGTCCGAGGAGACGCGTGTGTGGCACCGCCGAGATAGCAAGTGGCTCAACGTCCACTTCCACTGCTCAGGGGCACCAGCTGCCCCATTACAGTGA 
s mm7.chr11     116166848 519 - 122091587 TGCCCCCCAGGAAAATCTGTGACCCAGGCCTGACCTCATTTGAGCCTGAAGCTCTGGGCAACCTGGTCGAAGGGATGGATTTCCACAGATTCTACTTTGAGAACCGTGAGTGAAAAGGCTGGGGTGGGCATGAGGGAGAGACACCATCAGGAGGGTCCCTTAACCCATCAGTCAGTGGGAGTCGTGGCAGCCCCTCCCCCCACCGCTGTGAAGGGGATTCAAGGAGAGAGGGGTGGGAGGTGTCTATACCCGGTGCTGTCCGTTCAGAAAGCC----TGCTTGT---TCACAGTGCTGGCCAAGAACAGCAAGCCGATCCACACCACCATCCTGAACCCGCACGTGCACGTCATTGGCGAGGATGCGGCATGCATCGCCTACATCCGCCTCACACAGTACATCGATGGCCAGGGCAGACCCCGTACCAGCCAGTCCGAAGAGACCCGTGTGTGGCACCGCCGCGACGGCAAGTGGCAGAATGTACATTTCCACTGCTCGGGCGCTCCAGTGGCCCCGCTGCAGTGA 

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s mm7.chr3      126678209 147 + 159849039 ATTCCTAGGCTGTCATACTTTTTTAATATGCTCTTGATGGTAGGCAAATGTAGAAAGCAGCATTTTCAAAGTAAATGTCAGCTGTCGTAG--CATGTTCTCATCTCAGTATCCTTCCTCAGATGTCATGCTTAATTTCCAGCCAATAAT 

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s danRer3.chr12  32683946 278 +  37038836 TGTTTTTTTTTTCTTCTTCTTCTTCCAC--TGTCTGTGTTTACTTAATAAAAAAA--GGGAAAAATTTTCTCATAGTATTTGCATCTCGACA-TGAAAGTCACTC---------CATTGGGAATTATAAGTGATGTACCATATTAAAAACAAACAAAAAAAGTAGAAAATAGTGAAAAAATATATCTATAAAACAAAAGCCTCTGCTTGGTATGCTCCCCTCATTCTAAGTAATTCTATTGCATTGTAATGGTATAATATTGGGCTTCGTATATACTCGGAGTTTAAACATG 
s mm7.chr11     116167834 279 - 122091587 TGTTTGTGTCTGCCTCGTCCCCTCCCCTGGTGCCTGTGTCTGCAGAAAAACAAGACCAGATGTGATTTGTTTTTAAAAATAAGATGATGACAACGACAACCACACGCAAACCAACAAACAAAATTTTG-GCATCGGATGAAATGGAAAACAAGCAAACAAACAAAAACCTAAAGAAAGGAAAAAGCTGTAAAAATCTGGCATTTGTGGGG-----CCACCCCACCCCCA--AGCTCCACTGTGTC----TGTTGTGCTCCT-GGCTTTGGGGACCCTCAGGGCGTGAATGTG 

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s danRer3.chr12  32691370 196 +  37038836 TGGTACTGCCGTGCGT---CTCCTGCTACTGTTGGTGT---TTCTCAGCTCCAACTGGCATTGTGCAGTTCATCCCTGAGCCAGACGGGCAGAGGTTGACCCAGACGTTTCAGCATTCTGAGTAACTCCACGTTCTGCTCACGGTAATACTCGGACAGAAATGCCCTGGACTGTGAGTTAGGACACAAAATAAATAAATAAT 
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s mm7.chr3      34286592 251 - 159849039 AACTGTCAATACTACAGACAGAGTCTATCACAATATGTATCGACAAAACAGTTTACCTTTTTTTCCCTAATTTTTTTTTACATTTTGATACATTCTGTAATAA----ATCATAAATGTAAAATACAAGAGGTACAGTAGAGTACCTGGGAGAGTTAACTAACAATTACGGCACT---TACACATTTTG-----AGATTTACAGAGAGAAAATTACAGTGTAATACGAGAGAATGAGGAGGTATTGATACACAACCAAATATAA 

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s mm7.chr13     33014404 558 - 116696528 ATA-----CAAGAAA-------TTAAGAAAATACATAAAGTAATATAATTGATTCCACGCAAAATCAACATGTGATCACAGAAGCCC--------TCATTCTCAATATATTCCTTGTTCTATATTTAATTGTGAATTTAATATCTTACATAGAAAATTATAACAAATTTCTGCTAAGTGTTTTACAATGACCTAATTA--------ACTTTCATAATTTTAGAACTTTTGGTTCCTTACAAAGTCATGTTGCACT-TAGAAGAAAACATATCTAATTTTTAATAGTATGTCCATATAATTAAAACTTTATACATTTTGATT-TATAGTAAATATATGCAAA------TGCAATTATAAATTCAGAAATAATATGCAAAATATTTTCTTTCATATATGAGTATAAATTTATATTTGATACATCTACtaaattttaaaattttaaagaaagattaa----ttaaaaatataattataaataattCATATGTATAGGTCTTACACTAACC---ATTGTGTCTTCTGAATGAGAAAGAACTCAATTTAAATGCAATC---TAAAGGTACAATACTTTTTTCAAGTTATACTGACTTATTTATTTCATT 

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s mm7.chr3      34288862 40 - 159849039 TTGATTTCTTTCCTCTAATATCTAAGTATATAAAACTCTT 

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a score=4681
s danRer3.chr12 32700140 203 +  37038836 CACACCTGGCTGGGCTGGTAGTGGTGTAGCCAGCGCTCCAGATGGCTGCTGTAGGCTCCAGGCTGCAGGCAGCGACGGTGCAGAGACAGCAGGCTTGCAGGAGATGACGGAGCAGCAGAGACCACCTCGTCAAAAGTGTGGTTCAGCGCCACAGGGTCCTGATGAGCCCTCTGATGCTGGAGACAGAGAGACGGCAGACGGAT 
s mm7.chr14     18381459 202 + 119226840 CGTACCTGTCCAGAGGGATAGTAAGTCAGCCAGCGTTGAAGATGGGTAGAATAGTAGCCAGGAACAAGACAACGGTTCTGCAAGGAGCGAAGTAGCAGAGGGGCCTGAGAAGAAGCTGAAATCACTTGGTAGAAGGTGTAGTTCAGAGCAATGGGGTCTCCATGTGCTCGCTGGTGCTGCAGG-ACAGAAAATACAAAGGGAT 

a score=11266
s danRer3.chr12 32702287 203 +  37038836 AAACGCACCTGGTACCAGGAATATGCCCGGTCAGCAGGGTTGATAAGAATAGAGATGATTTTGGCTCTTGGTAGCAGGGCAGCTGCTCTCTTCGGGGTAGTTTCGGTGTCAAAGTAGTTGGCGCTCTTCTCAAACAAGAAGTCTGTGCTTACATTCGAGGGTACAGGGAAAAAATCCATATACCT---GAGGAAAGAAAGAAAGAG 
s mm7.chr14     18381827 206 + 119226840 AGACACACCTGGTACCAGGAGTAGGCCCTGTCAGCAGGGTTGATAAGCACAGTGATTATCTTGGCTCTTGGCAGAAGGGCAGCCCCCCGCCGTGGTACGACCTCCGAGTCAAAGTAGGTGGCACTTTTTTCAAACAGGAAGTCAGTGCTGGCATTGGAAGGAACAGGGAAGAAGTCCATGTACCTAGAGAGAAGCAGAGGAAAGAG 

a score=6483
s danRer3.chr12 32704264 153 +  37038836 CCATGGTTACCAGTCGATGCCGCGCTGGTAGTTTGGTCCGCTGAAGAACTGCACCTCCTCAAAAGTGATGGGGCTGGGGTAACTGCTGCTGATGGCAGGATGAAGAGAGAGAAACGAGTGCAGGGCTGTAGTTCCTATACAAAGAGCATGACC 
s mm7.chr14     18382120 153 + 119226840 CCAGGCTCACCAGTCGATCCCCTTGTGGTAATTAGGGCCATTGAAGAACTGAATCTCCTCAAAGGTGCTGGGGCTGGGAAAACTGCTTGTGACAGCTGGGTGCAGGCTCAGGAAGAAGTGAATAGCCGTGGTGCCTGCAGGAAGAGAAAGGTC 

a score=6749
s danRer3.chr12 32704569 135 +  37038836 GCTTAAAACAAATCGTAGTATTAATTTAGTGTTACCGGTCTTCTGTGGCCCAATCACTAGGAATTTGGGCAGTCTGTCGCAGGTCTTCTCTTTGGACCAGATGTCTTTGTGTCTCTTGTCGTGACATGGATTCTG 
s mm7.chr14     18383523 127 + 119226840 GCATAAGATAAACTGTGGA--CAATTTA------CCTGTCTTCTGTGGTCCCACAATGAGGAACTTGGGGAGTCGATCACAGGTTTTCTCCTTGGACCAGATATCTTTGTGCCTCTTGTCATCACAGGGATTCTG 

a score=-530
s danRer3.chr12 32706538 82 + 37038836 CCATATTTATGAGTACATTTGCGAGATTCACCCTATAACAAAAGCTCCAGCAATAATAAATCACAAAAATGTAC-TTGCACAA 
s mm7.chr18     61088865 79 + 90918714 CCTTAGCCCTGAGCCCATGCCTGAAGCCCATGCCACAGAAGGGCATGCTGTGGTAGCAAGGCACC----TGTCCACTCTGCCC 

a score=17464
s danRer3.chr12 32706620 419 +  37038836 ACCTGCCACAAGGGGTCTCTCTCATCAGGGAAAATCTGGAAGTATTTGTGAGCGAGTCTGACAGGAGGAAGCGTCTGCAGGCGCAGGTGAGTCCAGCACTGCACAAACCTCACCAGAGACTCGAAGGTGTACAGACCCAGCCGGTCATTGCCATAGTTAGACAGGTGAGTCATGAATATACTAACCTACTCAAAAACAGACATTTGT---------------CATATTGCAGAATTAGTGTAGGCG---------------TCGACTGCA-TTTGAGTTAGGAGTTTTCTG---TGGGTGTGAGA-CTAACCGGATTGAGCAGCACTGTGAGAAACAGCTCCCCTCCACGAATGCTTTTGTCCAGCTCCTGAGGGCCACCAGGATAATCCTTATAGAAGATGGTGTGTGTGAAAAGCCCACAGGTCTGCCGGGGGAGAACCTGATGTACAAAAA 
s mm7.chr14     18383732 454 + 119226840 ACCTGCCACAGGGGGCTTCGTTCCTGAGGAAAAAGTTCAAAGTACTTTTGTGCAAGAGGGACAGGAGGAAGGGTCTGTAGGCGCAGTCGTGTCCAGCACTGGAGGAAGCGCACCAGGCTCTCAAAGGTGTACAGGCCCAGCCGGTCATTTCCATAGTTTGACAGATGGGTCATAAAGACACTGATCTGCAAGAGGATGCTTACCTGTGAGACTTAGAGAACCCCTGTCCCAGAACCAGCATTGGTGCACAAAGGCTCTGGCTTGACAACACTTTGGCTTTCTAGTCTTCTGGTTTCCTTTTGGCACCTTACCGGATTAAGCAGCACTGTCAGAAAGAGCTCTCCACCTCGGATGCTTCGATCTAGTTCACGAGAACCTCCAGGATACTCATTATAGAAGATCGTGTGGGTGAAGAGGCCACATGTTTGCCGGGGGAGCACCTGAGAGGAAAAGA 

a score=-613
s danRer3.chr12 32707039 267 + 37038836 CACAAACAACATATTGGTCAGAAATCTTAACAGTTTTGGTAACTTGAAAGAGAACTTGATTCTACAGCATTTGAGTAGTTCATGCTAATTTATGATTATGTTCATTACTTAATATGTTCATGTTCATGTTCACAATCGTTACCCTCATTTAAGGCAAAACA-----------TAACAGGCAAAACTGTTGTTTTTCCCTGGTCATTTTTACTGGCCATTTTACATTCAGAATATCAAATTAATGGAAAGAAAAGATACAAAAATAATTAAATAATTTC 
s mm7.chr18     61089950 246 + 90918714 CACGAGAGAGGCCATGGT-----ATCTC--CAGTCATGGTCAA--GAAAGGAAGGCTGCTTCCTCAGGA---GAAGGGCTGGGGCCTCCTCAGGGAGATGCTCTCCTCTAAGGCCACCCA-GTCCCTACTCCTGGGAGTCCTTCTTCCCAAGGGCTCTACAGCCTGCAGTGCCACCCAGGTGAACCATCGTCCTTGCCTTATC--CTTTGCT-GCTATTCTCTACACAAAATA----------------AACAGGCCCAAAAGTAGCATAAAAGTTTC 

a score=11251
s danRer3.chr12 32708909 247 +  37038836 atgacagaattt--tcagttttgggtaaactgtccttttaaGGTTAGGCAAACCTACCTGTATGCCATTGTGTATGAAGCCCCTGCGGTAGCGGGCAGGCCTGAGATGAGGATATTCCTCTGTGCTCGTCACCTTGATGCCCCAAACACTCTTCCAGGCCTCATAAAGCTGACTGTGCACAGGATACACACCTGAGTGATGTGGGGCTACAGCGTAACCCATGTCTGTGGGGATCCCATGCTCCTGAAA 
s mm7.chr14     18384583 241 + 119226840 ATGTCAAACTTTGATCTGTAGTGGGAAATGTGT--------AGTGGGACTCCCTCACCATGATGCCATTGTGAATGAAGCCACGGCGGTAGCGAGCAGGACGCAGATGGGGGTACTCCTCAGTGCTGGTCACCTGGATGCCCCAGACAGATTTCCAGGCCTCATAGAGCTGCGAGTGGATGGGGTACACGCCAGAGTGGTGGGGGGCCACAGCATACCCCAGATCCGTAGGAATCCCATGCTCCTGGGA 

a score=8921
s danRer3.chr12 32710697 167 +  37038836 GGGCAAACCTGTGCAAACTGTCTATTAAGTCTCATTTGTTCTGCCAGCACGCTGACGTTGTGGAAGAGATGAGGCTGCATGTGACTCCACATGTGCGGAAACCACCAAAACTCCTGCCGGTGACGTAGCAGCGTGTCGTCACCCTCGTCTTCTTCATCTGTACCTGT 
s mm7.chr14     18384999 167 + 119226840 GGTCTCACCAAAGCAAACTGTTTGTTGAGCCTCATCTGGTCAGCTAGCACAGAGCGGTTGTGGAAGAGGTGTGGCTGCATGTGGCTCCACATGTGAGGGAACCACCAGAACTCCCTGCGGTGCTTCAGCAGCATGTCGTCCCCAGCATCCTCCTCTTCTGTCCCTGT 

a score=5263
s danRer3.chr12 32710959 125 +  37038836 ACCTGTATGAAAAAACTTGCCAGAGAATCCCAAGTTGAAGGTGAAATTGGGAACCAGAGAACGAAGTTTATTCTGTGTGTGAAGCAGAGCCTTTGAGGAAGATGAAGA--------------AGGAAAAAGACTGTGAA 
s mm7.chr14     18385430 139 + 119226840 ACCGGTATGATAGAACTTGCCCGAGAAGCCCAAGTTGAAGGTGAAGTTGGGGACTAAGGTCCTGAGTTTGTTCTGAGTGGTCAACAAAGCCTGGAAAAATAGTAGAGAAATGCCAAATCAGGAGAAGACAGACTGAGAA 

a score=-74
s danRer3.chr12 32711092 147 +  37038836 CTTAGGCTACAGC--TAAGGGTGAGTGAAATTTAAAGTTAAAACACAGCGAGTAACAGTGATATCT--TGCTAAACAGATATTTTGTAATGTGCCCAGCATTGCAGTACAAAATAGCTCTTTTGGGATTATCTTGAATATTGTTGTTTCAT 
s mm7.chr3      34449828 131 - 159849039 TTTGGGATGCTTCTTTCACAGTGTGTGTGCATGAGAG---AAACAATAAGAGCCTTAGTGAGCCCCGGTGTCTGATGGGTA-TTGATTGTGTATTCA-TATTGCAG------------CCATTGTAATTATTACGGA---TGTTATTTCAT 

a score=952
s danRer3.chr12 32714616 51 +  37038836 TTAATCATAATAAAACAATATTGACAGACTATTGTATCTAATTCTTATGTA 
s mm7.chr3      34573634 50 - 159849039 TTTATCAAAATCACAAAGCACTAACAAATTACAA-ATCAAGTTGTTCTTTA 

a score=36135
s danRer3.chr12 32714672 1160 +  37038836 CTTACCTCAACATCCGCCACTTTCATCCGCGTCCCCTCCTTCCCAACAAAGATGTCATCTACGTCCACCAGCAAAAATCTGTCCAACGAGAGGCTGAGCCGCCTTCCAGTTAAATATCCCACAGCATCCACAAAGAGCAGTTTGTGCAGCCAAAAAGACAAGCTACCACCAAAGAACACCCGCTGGATCCCATCGTGAAGACCTAAATCCTGCACAACCGTAGCCAGCAGTGCTCTCTG-----TTGGTGTGAGTGTGTTGGGAGCTGATTGGCTTCTGCAGGCTTAGGGCTCGCTAGCAGCACAGGCTCATACGTGCTGTGGTTGGAGAGGAAGGTGGTCCAGTTATCTGCAGGTAGAGGGCCCGGCTCCAGCTCATTAGGTTTGGTGATGTAGAGCAGCGGTGCGGCAGGGCTGACTCGGTAATCCCAAAGTGGCAAGTTTGAACGCAAGAACAGGGGGAAGCCTCGGAGCTGAGCACTGGATGGAGAGTTTTCATTCGCCCTATAAAAGCCAATGATTCCCACTCCATAGTCTTGGCAGTATTTATCCAGCAACTGGCGGTTCCACGAGTCCAAGTTGACATACTTGAGCAGGTTCTCATAGATGATGAGTGAGTATCGGCCACGGCCTCGCCAAGCCAGAGGTGGCATGTCTCCTTTACCCGGTGCAATTTCAGTGCGATAATGAAATCGGCTTGACTCTAAAATGGCAACAATTTCTTGTCCGAGTTGTGAGTAGATGCTTTCCACAAAGAGTAAGACCACAGGCTCTGTCCGAGAGGTGTCC----ACCGTTTTTGCTGA-GTGTCGGCGGTGGCTGATCTGTGATGGCAGGAACAGTGGAGTCCTTTGCCCACCACCAATGACTGATGAAGCTACACAGTCTCCTAGGGGCAGCGGCAGAGGGGCTTCCTTGATCTTGTGTCCAGCACTGACATGATAAGCCAGGTAGGCCATAGAAAGCAGACAGAAGAGGATGAGTGCAAGGATCAGGCGATGGAGACCTTGGTGCCTGATGACTCGCGCCAACTTTCTTACTCCAGCCATAGCTGTCTTGGCAAAGCA-GGTGGTAGGGACAGAGAGAGGGTGGCGCCTCACTCTGGAAGGGAGGTAGAAATAAAAGAGAGCAGGGATTAGAT---GGGAATGGAGTTGCCCTGCCAGGAAACG 
s mm7.chr14     18385717 1096 + 119226840 CTGACCTCAACATCAGCCACCTTCATGCGAGTACCTTCTTTGCCCACAAAGATGTCATCGATATCTACTAAGATGTAGCGGTCAAGGTCCAGGCAGAGGCGCTTCCCGGTGAGGTATGCAACAGCATCAACAAAAACAAGTTTGTGAAGCCAAAAAGAAAGGCCATGTCCAAACAGCACCCGCTGTATGCCATCATGAAGCCCCAAGTCCTGCACCACGGTGGGGAGCCGGGCCCGCCGAAGAACTGGTCCTGGCATG--GAGAGCT---------CGGCTGGCCGATGGCTGGCAATAAGCACGGGCTCATAAGTGCTGTGATTGGACTGGAAGATGGTCCAGTCATCACCAGGCAGTGGTCCTGGCTCCAGGCGGCTAGGGCGGGTGAGATGTAGTAGAGGGGCGGAAGGATTCACTTGGTAGTCCCGGAGCCCCAGGTTTGAGTGTAGGAAAAGGGGAAAGCCCTTGAGCTGGGCACTCAGCAGGCTGTGCTCGCGGGCTCGGAAAAAGCCAATGATACCCACGCCATACTCCACACAGTACCGGTCCAGCAGTTCCCGGCTCCAGGCATCTAAGTTCACATACTTTAGAAGGTTCTCATAGATGACTAAGACATAGCGGCCATGGGTATGATCAGTCAGTGTGGGCATATCCCCTCGGCCAGGTGCTAGCTCAGTGCTATAACGAAAGCGACTAGATTCCAAGATGGCCACAATCTCCTGCCCCAGTTGTGAGTATGCACTTTCCACAAACACAAGGACCACAGGTTCCGTTCGAGTTGTTTCTGGAGGCCTTTGGGGTCGAGGTGGGACTGGTGGCCG---TGCAGGGCCAGGGCCAGCTGC--------CCCACTGCTACT---------------ACAGTCTCCCAAGGGCAGAGGCAAGGG---TTCCTTGGCCTTGGGGCTGGTGGACACGTAGTAAGCCAGGAATCCCATGGAGACAAGACTGAAACCAATCAGCAGCAGTATGAGGCGGTGCAGTTCCAGTTGCCGAGCAGGGCGCACCACCTT-----------CCACAGCTG--------GAGCATGGCGAGGAGAAGAGAGGGAGGATAGGAACCACCTCAGGAGATGGGGT-------------------GATGAGTTCTGGGGGCTGGAACTGCCTTGGCAGGGGAAG 

a score=6025
s danRer3.chr12 32726889 99 +  37038836 AAACGCACCTGGTACCAGGAATATGCCCGGTCAGCAGGGTTGATAAGAATAGAGATGATTTTGGCTCTTGGTAGCAGGGCAGCTGCTCTCTTCGGGGTA 
s mm7.chr14     18381827 97 + 119226840 AGACACACCTGGTACCAGGAGTAGGCCCTGTCAGCAGGGTTGATAAGCACAGTGATTATCTTGGCTCTTGGCAGAAGGGCAGC--CCCCCGCCGTGGTA 

a score=1888
s danRer3.chr12  32729533 96 +  37038836 CAAATCAATTCCAATCTTCCTGCTTTTAGCCTCCCTTCCTCCTTCACCAAATCTCCATGGTGATGAATCAATCGCCCCACCCTCCGTCTCCGGGAT 
s mm7.chr14     100838090 87 - 119226840 CGAAAGAATTCAGTTCTTCCCGTGATCTACACCTCTTCCTCCTACTTCCACTCTCTACCCTG---------TCTTCCCATCCCCCCTCCCCTGCAT 

a score=5239
s danRer3.chr12  32733590 304 +  37038836 ctaagctctcgaggatcGTTTCC-TGGCAGGGCAACTCCATTCCC---ATCTAATCCCTGCTCTCTTTTATTTCTACCTCCCTTCCAGAGTGAGGCGCCACCCTCTCTCTGTCCCTACCACC-TGCTTTGCCAAGACAGCTATGGCTGGAGTAAGAAAGTTGGCGCGAGTCATCAGGCACCAAGGTCTCCATCGCCTGATCCTTGCACTCATCCTCTTCTGTCTGCTTTCTATGGCCTACCTGGCTTATCATGTCAGTGCTGGACACAAGATCAAGGAAGCCCCTCTGCCGCTGCCCCTAGGAGACTGT 
s mm7.chr14     100840010 268 - 119226840 CTGACCCTAAGAGAATCCTTCCCCTGCCAAGGCAGTTCCAGCCCCCAGAACTCATC-------------------ACCCCATCTCCTGAGGTGGTTCCTATCCTCCCTCTCTTCTCCTCGCCATGCTC--------CAGCTGTGG-----------AAGGTGGTGCGCCCTGCTCGGCAACTGGAACTGCACCGCCTCATACTGCTGCTGATTGGTTTCAGTCTTGTCTCCATGGGATTCCTGGCTTACTACGTGTCCACCAGCCCCAAGGCCAAGGAA---CCCTTGCCTCTGCCCTTGGGAGACTGT 

a score=7409
s danRer3.chr12  32733979 155 +  37038836 CGGTGGACACCTCTCGGACAGAGCCTGTGGTCTTACTCTTTGTGGAAAGCATCTACTCACAACTCGGACAAGAAATTGTTGCCATTTTAGAGTCAAGCCGATTTCATTATCGCACTGAAATTGCACCGGGTAAAGGAGACATGCCACCTCTGGCT 
s mm7.chr14     100840342 155 - 119226840 CTCCAGAAACAACTCGAACGGAACCTGTGGTCCTTGTGTTTGTGGAAAGTGCATACTCACAACTGGGGCAGGAGATTGTGGCCATCTTGGAATCTAGTCGCTTTCGTTATAGCACTGAGCTAGCACCTGGCCGAGGGGATATGCCCACACTGACT 

a score=4462
s danRer3.chr12 32771058 273 +  37038836 CTCCAGCCCCTGAGCGCCCTCCAGTGTCGGCTCCAGCCCCTGAGCGCCCTCCAGTGTCGGCTCCAGCCCCTGAGCGCCCTCCAGTGTCTGCTCCAGCCCCTGAGCGCCCTCCAGTGttggctccagcccctgagcgcccctcagtgccggtcccagtcc-----ggctccttgacctg--ccggcaccacccagacgtcttgccctgccggcacc---acccagacgtctagcccagccggtcccagcccggcccct------tgcccagccggcctcagcccggccct 
s mm7.chr1       6494941 280 - 194923535 CCCCTGCCCCTCAGAGCTGCTCAGCCTGCACCCCTGCCCCTCGGTGCTGCTCAGCCTGCACCCCTGCCCCTCAGAGCTGCTCAGCCTGCACCCCTGCCCCTCAGAGCTGCTCAGCCTGCACCCCTGCCCCTCGGTGCTGCTCAGCCTGCACCCCTGCCCCTCGGTGCTGCTCAGCCTGCACCCCTGCCCCTCAGA---GCTGCTCAGCCTGCACCCCTGCCCCTCGGTGCTGCTCAGCCTG---CACCCCTGCCCCTCAGAGCTGCTCAGCCTG---CAGCCTGCCCTT 

a score=-2590
s danRer3.chr12 32789779 1518 +  37038836 CCAGATAACTGTGCTTATGATGATAACAATCCT---AATAAAAACCTGCATGAGGAAAAATTCCAAAGATTTCATAATTTAACAAACTCAAAAATATG---TTCATAGAATATATAGAACAAACCAAAAAAAATAAGGCTGCACAATATTGAAAAAAAAATAGAAACTGTTTTTTTTTTTTCTTTTTCTCTTTGCCACATACTTTACAATTTAGATAC-TATTTCACCAGATGACTTAAATATAATATTGACTGGGATGATTTTGTAAAGGAGTGaaatattataatatatatatatataaCATGCATATAGTAAACTACAGT-----------TAAAATAAATCCAATAGAGCACATATTAAAGTGAAACAAACAGTGCTTCTTGGTTTTTTTGGGGAGACTCTCTTGCA-GTATTTGTGTACAGAAAGTGAATAATAAAATGTTAAATAACACTGCATAATCTTCATTTTATAAATGATTCAATACAATTAATCTTTATCAAACTTCTTTATGTGCTATTAAAATGTGCTTTAAACT-CTCTTAATGGTCAAATGCAGAGTCTCCACAAATCCCATATGTTTTGACctgtggattctggtcaactataatcccaactcaacattgcatatcatgcgatgtgaataaagcggatgcacacattgcgatatcgatgctgaaacagtatattgggcagACATAGttaaaaacaaaaaaaaataaaaaataataaatGAACCCATTATTGT-TGCCGACATACACatttaaaaaattttaaataataaactaaaataaaagctaattttattgaattaaatttaGCCTATTGTATTTCAGGAAACATTCAGGTAACTTATCCTCATATTTAAATTTACTAAACTAAAGGAAGAGTACAATTTAATAGTAAATGTATAATGTAATAGTTAAAACCATAAAAAAGAATAAAACCATTATTGTTGTTGATATACATGttatatatatatttttttaattccaaataaaacaaaatgtaatttatttcaattacttaatttcagaaaatatttataatttCTCTTCATATTTTTGGATTTACTAAACATCAATCTAGaaa---------------taaaaatagtaaatgtataaa-cattttttagattattttaaatacataaaattaaata-----------tttCAGCTCTCAGCTAG---GAAAAATTCCTCAAAGCTCTTTAGTTGACGATGATGTATTAAACTGaaataaaaataaagaaaattaaacaaaattaagaaaatttaaaatattcaagaaaattaagaaTTAACTTCATTGTTCATTTAAA-----TCCAATTTTTATGATCAAT-ATTTGTCAAAGGATGAATTAAAttatttaaattttaatttat----------ttttat-------tatttttacctctttatttttattttcactAAAAAATCCTACAAACATAACGTACCACCTAAATCCTTACAAAAATGAGTTGTAACATTACAtatgaagagtttagatgcaaaaacctctgagcagtctgaaatttttctctaagattagcgtttttctcagcctcctgttt 
s mm7.chr14     90065311 1414 + 119226840 CTATGTGACAGTTAGTGTCAAGTCAGCAGTCTTTTCAAGAGAAACTTGAGTT--TAAACATTTCAGATGTTTGCTGAGGAGAAATACTGCAACATCTGAGTTAATTAACTTTTATAAAAACTACCAGCTAGGGTA--GCT--------TTAGAAAAATCTTAGGCATTGTTCTTTTTTTTTTTTTCTATCTCTTCAACATGCTTAAAAGCATAGTTTCTTAGTTTGTCTGCTG------TTATTATGTCTGCT-------TTTAATAGAAAAAGAAGAAACCATTGGCTGCGATCACAGTGC-------CAGGAGACTACATTCCTCTGACGACTGCCTGGGGTTTGATCATGAGCATCTTTGTGTG-ATCAAGAGATCTTCCTTAGCCCATGTGAACAAATTTCTTCatatatatatatatatatata----------------tatatatatatatataACCTGTATTTAATTAAGG--------CCAAAAATCATGATATAATTTTAATATTGGATCATGACATTTGAATTATTTTAATCTTAGTATTTGAACTCATATATTATGCAGA----ACAGAGCTCAGCCTGTAACAGTTGGTGATCC---ATCCCAAAT-GACACTGTTGGACTTTTCAAAAGATAAAAGCAGTAAAATGTGCTTTGATTCTTGGGCTTATATA-TATA-TGGGATGATTTTTAAAAGAATATAAAAAACTTAAAGATAAGTCAT--ATTTATAAATATATGTCCATATAT---TTCATGTATTTATGAAACAAAAATAAGAATAAA----AATGCTTGTGAAT--------ATTTATAGAATTT-------CTCTCAAATAACAAAG-GTTGTGTTGAAATTAGTCAGAATAGAAATAAAAAACTATC-----GTGAAGATTTA----------TAGAACTA-AGAAAGGTAGAAAAATACAAT--TTGAAAGGATACAAATTATTTTTATAGATCTCTATATACAAGTAGGCCAACAATCATTATAAATC-------CAAGTTCAGAACAC-----TAAGTTA-------AACCTTAGACTTACAAATCATGTGTACAGAAAAGTCATTGTTTCCCTGAATAACAACAATTACATACATCACATTTAAAAATAACT---ATATATGAAACTGAATAAATATCCCTACATCTAAGTGTTAGGTAGGGAGAGAAACTGCTCATAAAATTATACTTG-----TATGAGAGAAAATACATGCAAGGTACTGAAAAAAAAACAG-------------TAAGGATTTAAGGAAAGGTGA----------CATTTTTTCTTTACAATAGCACCTattcattcattcattcattcatctattcattaattcaGTTACTTGTTTTTTTATTTATAATGTACTTCCTTTATTTAAAAATATTTCTGGCTGTACATTCTCCTATTAATTGAAGCAACTGGTTCTTCTAGGGTTCTTTTTTATTGCTTGAGGACATCATTTA------TGCATATAACAGATTTTCATAAAA-----TCTACCCTACCTTAGATTTTTTTCAAAAACTA-------TCCTAGCTACTAGTTT 

a score=3553
s danRer3.chr12  32894971 597 +  37038836 TCTATATTATTTTTGAAAAAATGACAAAATGAAAAAAATTATATTGTA----CAATAATTATCATTAATACATATTAATGCATTATGACATTATATTATGTTATTATAAGGCT------TTTAAATAGGTAATTGTAATTATAAATTTACTGTTAATaaatataatttattcctatgatgcagagctcaattttcagcaactattactTTTCTTTTTTCCACCATTTAATAAGCATATT--------TTGCTATTCCAACTATGCATAATTATTATGTTTATTTTTATTTAG----TTTCATTTTTTCCTTCTCATCTTTGTCCATATTAGACCTTTGACTCATTAAGAACTGCAAGGTTATTGCAGAGAGAGAGTTC----TTCATGCAGAGCATTGTGGGAGTC--ACTCTGTTTATTGATGTGT------------TTGTGGCTTTGGGTCATGATTTCTGGTTTGC-TCTCTCAGGTA----ATGGCCCGCCGCTGCGGTTGGTTGGTGGGGAGGAGGACTTTGAGGGACGTGTAGAGGTCTTCCATGATGGACGCTGGGGGACCATTTGTGATGATCAGTGGGATGACATGGACGCTGAGGTGGTCTGCAGGCAACTCGGACTGGGGTGAGTCCAGT 
s mm7.chr3      123302911 616 + 159849039 TTTCTACTAATGTAAAAGCAATTTCATGTTGAAAACAAATACATTAGAGTCGTGAGAACTATGGCTAATA------ATTACACATTGAAGTTGTTCAATGTAAGTTCAATGTTAACTAATTTAAATACAAAATTA-----GTGACTTCATCATGATCTGATGAAAATTAACTATGTCTTAAATGACTGGAAGTTATTCATGTAT--CCTTTCTGGGTTCTGGAATTTAAAAAAAAAATGAATTAGGATTATTTCCTCGAAGGTGCTCCCTCTCTAAATATAATTCAATTTGGGGTATTTTAATTGGTCAAGCGTCTCATAATATCTATTAGAT-----ATGCATT------TGTATGGGCATGCCACTGGCTTAGCTTAATATTATTTCTGAGAATGGAAGAAGATGGAATATGTGTACTATAATGGAAAAGTACAAAATTGTGGCTTTGAAGC-TGCCTTTAACTTTGTGTCACACAGGCCCGGCGTTGCCCGTCATT-CGCCTTGTTGGTGGGAACAGTGGGCATGAAGGTCGAGTGGAGCTGTACCACGCTGGCCAGTGGGGGACCATCTGTGACGACCAATGGGACAATGCAGACGCAGACGTCATCTGTAGGCAGCTGGGGCTCAGGTTAGTTTTGT 

a score=776
s danRer3.chr12 32899580 115 +  37038836 tataaaaataaataaaaattata---ataataataaaaatCATAGTTGCATGTAGATACACATACAATATATAAATGTTTTTTCTTTAAAAACAAAACACTG-TCTTTATTCATTTTAG 
s mm7.chr6      10242379 101 + 149646834 TATTGAAGTTATTAAAGAAAATATCTGCAAAAATAAAATTCAC-TTTGTAAGTAAACACTTAGGTGATAGA-----------------AGAACAAAATAAGGCTATAGATGTATTTCAG 

a score=2386
s danRer3.chr12 32899741 594 +  37038836 aaaaatttaaataaacaaaataaaataataataaaaataataatataaaaattata-aaattaaataaaaATTATAATTACAAGTATAAAAATACATAAAAGCATGCAGATAAACatatatacaatataatttctttttttattttatttctttctttttttaacattaaaagctaactaaat--taataagaatataa--------aaatatatataataaaaataatagtacatactattttttaatc--aatagtattttttataCATAATCATGCCAATTGTAGTGATAAAATGATAAATAACAAATAAAAACATCACAAATTGTAAAAATTGTTAATTTAAAACAATTATAATTAAACAATGAAAACACTACAAAAATAAAAGTAACTTTCATTTATTACAATAAGGAAACTCAATGGGAAATTACTTGAGAA----AATACTCATTTAAAATTGTTCATGTTAGTG------TTTAATTCCACTTAATTAGTTAAATAGTATAGATTAATGAATTACTGCCAAAAGCTGCTTGTGTTAATACTATTTATTGTACTTGAGCTTAATTAAGCTTATAATAAGTAGTTGCAATTTATATTAACTAAGAACAAAT 
s mm7.chr6      10242521 575 + 149646834 ACCATCTTTATCAGCCAAAGGCAAACCAAAGTAAGAATA----TCTGAAGGTAGCAGAAATTGAATGTTTTATTTGATCA-AGGTGAGTAGATACTGAAGGAGATATAGATAGG-------AGAAGAAAGTTCCAATACATATATGATTTATTC-----TATAAGAGACAAAATTATATAACTGCTTTTAAGTACATAATTTCCTTTAAATACATTTTTTAACAATCTGaaaaataattattagttaatttaaataataattataataGATGGTAG----------AAAAATAAACTGATATATAAAGAATATAAACAATAGTAATTGGGATATATGATAGAGACATGCATTAATTATTAAACTGTGTATACATGCTACATGTAAAAGAACCTCTAAAAAAAGTTAATAAAGGAACTTATATTCAAGTAACATAATAAGAATAAAAATGATTCAGAATTTGGTAATATAGTGATATAAATAAAGTATAACAAATAATTGAAATATGAAGAACTTTTAAATTTTTGTTAAAAGATATT----TTACATTTGATAAATTAACTTAAGTTTGATTCAATATATG---------TGCAATTTGTA--AGCTGAAGACAAAT 

a score=6812
s danRer3.chr12  32902221 424 +  37038836 ATCAGTGTGTCTTTGTGTGTGTCCAGGGGCATCCCTAAAGCCTGGTCATGGGCTCATTTTGGGCAGGGAAGCGGGCCGATCCAGCTGGATGCAGTACAGTGCACAGGCAATGAGCTCTCTCTGGACGAGTGCCGGCACAGCGGATGGGAACAACACAACTGTGACCATATGGAAGACGCTGGGGTGTCATGCAACCCCTATACAGGTCTTATCCTATGCATACACACACAGACTTACAACCTGATTGAAATACCATTGTAAGCTGTTTTTCACTATTGTATAAAAAGATAACTGTGACTTTTTTTCTC---TCA-ATTGTGTTAAAAAGT-----CAGAATGTTGAGATGTAAATTTGCAATTAAGACCTTTTTTCTTTGTGTTTTTCATCTTAGAATTtatatatatatatatatatatatatatatatata 
s mm7.chr3      123316579 400 + 159849039 ATTCATCTGTTTTTATGTCTGTTCAGTGGCATTGCCAAAGCATGGCATCAGGCACATTTTGGGGAAGGATCTGGCCCAATATTGTTGGATGAAGTACGCTGCACCGGAAACGAGCTGTCAATTGAGCAATGTCCAAAGAGTTCCTGGGGCGAACATAACTGTGGCCATAAAGAAGATGCTGGAGTGTCTTGTGTTCCTCTAACAGGT-------------------AAGGGTGTCACTTCCTAAATGTGCTACC-----------TTCTGCCCTCCTG---ACTGGTATTGCCTTGGCTTTCTTTCTCAATTCAGATATTGTTAACAAGCGGACAGATAATGCTCTTAAGCAAAACTTAAGATAAAATAGAATACGTTTTTTAATTTCATATTATAATTTCTTCACTCACTTATTTCTAAATGTTTCTATTTA 

a score=35714
s danRer3.chr12  33017481 1160 +  37038836 CGTTTCCTGGCAGGGCAACTCCATTCCC---ATCTAATCCCTGCTCTCTTTTATTTCTACCTCCCTTCCAGAGTGAGGCGCCACCCTCTCTCTGTCCCTACCACC-TGCTTTGCCAAGACAGCTATGGCTGGAGTAAGAAAGTTGGCGCGAGTCATCAGGCACCAAGGTCTCCATCGCCTGATCCTTGCACTCATCCTCTTCTGTCTGCTTTCTATGGCCTACCTAGCTTATCATGTCAGTGCTGGACACAAGATCAAGGAAGCCCCTCTGCCGCTGCCCCTAGGAGACTGTGTAGCTTCATCAGTCATTGGTGGTGGGCAAAGGACTCCACTGTTCCTGCCATCACAGATCAGCCAGCGCCGACAC--TCAGCAAAGACGGTGGACACCTCTCGGACAGAGCCTGTGGTCTTACTCTTTGTGGAAAGCATCTACTCACAACTCGGACAAGAAATTGTTGCCATTTTAGAGTCAAGCCGATTTCATTATCGCACTGAAATTGCACCGGGTAAAGGAGACATGCCACCTCTGGCTTGGCGAGGCCGTGGCCGATACTCACTCATCATCTATGAGAACCTGCTCAAGTATGTCAACTTGGACTCGTGGAACCGCCAGTTGCTGGATAAATACTGCCAAGACTATGGAGTGGGAATCATTGGCTTTTATAGGGCGAATGAAAACTCTCCATCCAGTGCTCAGCTCCGAGGCTTCCCCCTGTTCTTGCGTTCAAACTTGCCACTTTGGGATTACCGAGTCAGCCCTGCCGCACCGCTGCTCTACATCACCAAACCTAATGAGCTGGAGCCGGGCCCTCTACCTGCAGATAACTGGACCACCTTCCTCTCCAACCACAGCACGTATGAGCCTGTGCTGCTAGCGAGCCCCAAGCCTGCAGAAGCCAATCAGCTCCCAACACACTCACACCAA-----CAGAGAGCACTGCTGGCTACGGTTGTGCAGGATTTAGGTCTTCACGATGGGATCCAGCGGGTGTTCTTTGGTGGTAGCTTGTCTTTTTGGCTGCACAAACTGCTCTTTGTGGATGCTGTGGGATATTTAACTGGAAGGCGGCTCAGCCTCTCGTTGGACAGATTTTTGCTGGTGGACGTGGATGACATCTTTGTTGGGAAGGAGGGGACGCGGATGAAAGTGTCAGATGTTGAGGTAAG 
s mm7.chr14     100840027 1096 - 119226840 CTTCCCCTGCCAAGGCAGTTCCAGCCCCCAGAACTCATC-------------------ACCCCATCTCCTGAGGTGGTTCCTATCCTCCCTCTCTTCTCCTCGCCATGCTC--------CAGCTGTGG-----------AAGGTGGTGCGCCCTGCTCGGCAACTGGAACTGCACCGCCTCATACTGCTGCTGATTGGTTTCAGTCTTGTCTCCATGGGATTCCTGGCTTACTACGTGTCCACCAGCCCCAAGGCCAAGGAA---CCCTTGCCTCTGCCCTTGGGAGACTGT---------------AGTAGCAGTGGG--------GCAGCTGGCCCTGGCCCTGCACGGCCACCAGTCCCACCTCGACCCCAAAGGCCTCCAGAAACAACTCGAACGGAACCTGTGGTCCTTGTGTTTGTGGAAAGTGCATACTCACAACTGGGGCAGGAGATTGTGGCCATCTTGGAATCTAGTCGCTTTCGTTATAGCACTGAGCTAGCACCTGGCCGAGGGGATATGCCCACACTGACTGATCATACCCATGGCCGCTATGTCTTAGTCATCTATGAGAACCTTCTAAAGTATGTGAACTTAGATGCCTGGAGCCGGGAACTGCTGGACCGGTACTGTGTGGAGTATGGCGTGGGTATCATTGGCTTTTTCCGAGCCCGCGAGCACAGCCTGCTGAGTGCCCAGCTCAAGGGCTTTCCCCTTTTCCTACACTCAAACCTGGGGCTCCGGGACTACCAAGTGAATCCTTCCGCCCCTCTACTACATCTCACCCGCCCTAGCCGCCTGGAGCCAGGACCACTGCCTGGTGATGACTGGACCATCTTCCAGTCCAATCACAGCACTTATGAGCCCGTGCTTATTGCCAGCCATCGGCCAGCCG---------AGCTCTC--CATGCCAGGACCAGTTCTTCGGCGGGCCCGGCTCCCCACCGTGGTGCAGGACTTGGGGCTTCATGATGGCATACAGCGGGTGCTGTTTGGACATGGCCTTTCTTTTTGGCTTCACAAACTTGTTTTTGTTGATGCTGTTGCATACCTCACCGGGAAGCGCCTCTGCCTGGACCTTGACCGCTACATCTTAGTAGATATCGATGACATCTTTGTGGGCAAAGAAGGTACTCGCATGAAGGTGGCTGATGTTGAGGTCAG 

a score=-1129
s danRer3.chr12 33018641 232 + 37038836 AGCCTTACA-TAAGTATTGGA--TACAATAGTCTGTCAATATTGTTTTATTAT------GATTAATGATTTCATTTctgtaaaaatgatgggttcc---acacaa--------ttacttcatgttgttataacacaaatagattgttagctcagttgtttttacaaaattaagtggattgaac--------ataaaacaatcaagttgtccTAAATAATAATAACCCCTTC--------TATAattcattcattaattttcttttcgg 
s mm7.chr18     29821683 268 - 90918714 AGACTTAGAGTGCGTCATGGAGCCACGCCCATCTGTGCCTCCTGTGCTGTTATTCGCAGACCTGTTGATCCCCACTTCAGCCAATTGCTGTCTTACTATGTACAAGAGGCATCTAACATTTTGTTGAAGTATTAAATATGAAAGGATTTTGCATGTGTATTCTGGAATTCAGGAGGAAGAGACCCAGGCAGAAACAAAAATGAATCTGGCAAGGGTTGTAATTGGCCTTTTAACCCAGATGTGATTTTTTTTTTTtttttttttttag 

a score=120
s danRer3.chr12 33022217 8 + 37038836 CTGAAATG 
s mm7.chr18     29824071 8 - 90918714 CTGACCTC 

a score=5263
s danRer3.chr12  33022225 125 +  37038836 TTCACAGTCTTTTTCCT--------------TCTTCATCTTCCTCAAAGGCTCTGCTTCACACACAGAATAAACTTCGTTCTCTGGTTCCCAATTTCACCTTCAACTTGGGATTCTCTGGCAAGTTTTTTCATACAGGT 
s mm7.chr14     100841271 139 - 119226840 TTCTCAGTCTGTCTTCTCCTGATTTGGCATTTCTCTACTATTTTTCCAGGCTTTGTTGACCACTCAGAACAAACTCAGGACCTTAGTCCCCAACTTCACCTTCAACTTGGGCTTCTCGGGCAAGTTCTATCATACCGGT 

a score=8910
s danRer3.chr12  33022446 167 +  37038836 ACAGGTACAGATGAAGAAGACGAGGGTGACGACACGCTGCTACGTCACCGGCAGGAGTTTTGGTGGTTTCCGCACATGTGGAGTCACATGCAGCCTCATCTCTTCCACAACGTCAGCGTGCTGGCAGAACAAATGAGACTTAATAGACAGTTTGCACAGGTCTGCCC 
s mm7.chr14     100841674 167 - 119226840 ACAGGGACAGAAGAGGAGGATGCTGGGGACGACATGCTGCTGAAGCACCGCAGGGAGTTCTGGTGGTTCCCTCACATGTGGAGCCACATGCAGCCACACCTCTTCCACAACCGCTCTGTGCTAGCTGACCAGATGAGGCTCAACAAACAGTTTGCTTTGGTGAGACC 

a score=11251
s danRer3.chr12  33024157 247 +  37038836 TTTCAGGAGCATGGGATCCCCACAGACATGGGTTACGCTGTAGCCCCACATCACTCAGGTGTGTATCCTGTGCACAGTCAGCTTTATGAGGCCTGGAAGAGTGTTTGGGGCATCAAGGTGACGAGCACAGAGGAATATCCTCATCTCAGGCCTGCCCGCTACCGCAGGGGCTTCATACACAATGGCATACAGGTAGGTTTGCCTAACCttaaaaggacagtttacccaaaactga--aaattctgtcat 
s mm7.chr14     100842016 241 - 119226840 TCCCAGGAGCATGGGATTCCTACGGATCTGGGGTATGCTGTGGCCCCCCACCACTCTGGCGTGTACCCCATCCACTCGCAGCTCTATGAGGCCTGGAAATCTGTCTGGGGCATCCAGGTGACCAGCACTGAGGAGTACCCCCATCTGCGTCCTGCTCGCTACCGCCGTGGCTTCATTCACAATGGCATCATGGTGAGGGAGTCCCACT--------ACACATTTCCCACTACAGATCAAAGTTTGACAT 

a score=56
s danRer3.chr12 33026168 103 + 37038836 GAACATAATCCTAAATTAGCATGAACTACTCAAATGCTGTAGAATCAAGTTCTCTTTCAAGTTACCAAAACTGTTAAGATTTCTGACCAATATGTTGTTTATG 
s mm7.chr18     29828673  91 - 90918714 GAGCATCTCCCTGAGGAGGCCCCAGCCCTTC---TCCTGAGGAAGCAGCCTTCCTTTC--TTGACCATGACTG--GAGAT-----ACCATGGCCTCTCTCGTG 

a score=17062
s danRer3.chr12  33026271 419 +  37038836 TTTTTGTACATCAGGTTCTCCCCCGGCAGACCTGTGGGCTTTTCACACACACCATCTTCTATAAGGATTATCCTGGTGGCCCTCAGGAGCTGGACAAAAGCATTCGTGGAGGGGAGCTGTTTCTCACAGTGCTGCTCAATCCGGTTAG-TCTCACACCCA---CAGAAAACTCCTAACTCAAA-TGCAGTCGA---------------CGCCTACAGTAATTCTGCAATATG---------------ACAAATGTCTCTTTTTGAGTAGGTTAGTATATTCATGACTCACCTGTCTAACTATGGCAATGACCGGCTGGGTCTGTACACCTTCGAGTCGCTGGTGAGGTTTGTGCAGTGCTGGACTCACCTGCGCCTGCAGACGCTTCCTCCTGTCAGACTCGCTCACAAATACTTCCAGATTTTCCCTGATGAGAGAGACCCCTTGTGGCAGGT 
s mm7.chr14     100842654 454 - 119226840 TCTTTTCCTCTCAGGTGCTCCCCCGGCAAACATGTGGCCTCTTCACCCACACGATCTTCTATAATGAGTATCCTGGAGGTTCTCGTGAACTAGATCGAAGCATCCGAGGTGGAGAGCTCTTTCTGACAGTGCTGCTTAATCCGGTAAGGTGCCAAAAGGAAACCAGAAGACTAGAAAGCCAAAGTGTTGTCAAGCCAGAGCCTTTGTGCACCAATGCTGGTTCTGGGACAGGGGTTCTCTAAGTCTCACAGGTAAGCATCCTCTTGCAGATCAGTGTCTTTATGACCCATCTGTCAAACTATGGAAATGACCGGCTGGGCCTGTACACCTTTGAGAGCCTGGTGCGCTTCCTCCAGTGCTGGACACGACTGCGCCTACAGACCCTTCCTCCTGTCCCTCTTGCACAAAAGTACTTTGAACTTTTTCCTCAGGAACGAAGCCCCCTGTGGCAGGT 

a score=-530
s danRer3.chr12 33026690 82 + 37038836 TTGTGCAA-GTACATTTTTGTGATTTATTATTGCTGGAGCTTTTGTTATAGGGTGAATCTCGCAAATGTACTCATAAATATGG 
s mm7.chr18     29829770 79 - 90918714 GGGCAGAGTGGACA----GGTGCCTTGCTACCACAGCATGCCCTTCTGTGGCATGGGCTTCAGGCATGGGCTCAGGGCTAAGG 

a score=325
s danRer3.chr12 33028386 112 + 37038836 CATGTTTAGATAATGAACAGCAGAACTTAATTTAGTTTTAATTA-CAGGTG-ATTCACATTTGTCTCATATTCATTTATG---CTCGCATTATACTCACAAATACTCCCCCGATGAA 
s mm7.chr18     29830625 111 - 90918714 caggtttatataatga------gaccctggtttaaaacaaacCAGCAGATATGCCCACATATGGAGGGAGCTCACTCATGGGCCTCAGGCCTCCCTCACACTCTCTCCTTTGCTGTT 

a score=6749
s danRer3.chr12  33028498 135 +  37038836 CAGAATCCATGTCACGACAAGAGACACAAAGACATCTGGTCCAAAGAGAAGACCTGCGACAGACTGCCCAAATTCCTAGTGATTGGGCCACAGAAGACCGGTAACACTAAATTAATACTACGATTTGTTTTAAGC 
s mm7.chr14     100843190 127 - 119226840 CAGAATCCCTGTGATGACAAGAGGCACAAAGATATCTGGTCCAAGGAGAAAACCTGTGATCGACTCCCCAAGTTCCTCATTGTGGGACCACAGAAGACAGG------TAAATTG--TCCACAGTTTATCTTATGC 

a score=6483
s danRer3.chr12  33028785 153 +  37038836 GGTCATGCTCTTTGTATAGGAACTACAGCCCTGCACTCGTTTCTCTCTCTTCATCCTGCCATCAGCAGCAGTTACCCCAGCCCCATCACTTTTGAGGAGGTGCAGTTCTTCAGCGGACCAAACTACCAGCGCGGCATCGACTGGTAACCATGG 
s mm7.chr14     100844567 153 - 119226840 GACCTTTCTCTTCCTGCAGGCACCACGGCTATTCACTTCTTCCTGAGCCTGCACCCAGCTGTCACAAGCAGTTTTCCCAGCCCCAGCACCTTTGAGGAGATTCAGTTCTTCAATGGCCCTAATTACCACAAGGGGATCGACTGGTGAGCCTGG 

a score=11650
s danRer3.chr12  33030708 203 +  37038836 CTCTTTCTTTCTTTCCTC---AGGTATATGGATTTTTTCCCTGTACCTTCGAATGTAAGCACAGACTTCTTGTTTGAGAAGAGCGCCAACTACTTTGACACCGAAACCGCCCCGAAGAGAGCAGCTGCCCTGCTACCAAGAGCCAAAATCATCTCTATTCTTATCAACCCTGCTGACCGGGCATATTCCTGGTACCAGGTGCGTTT 
s mm7.chr14     100844807 206 - 119226840 CTCTTTCCTCTGCTTCTCTCTAGGTACATGGACTTCTTCCCTGTTCCTTCCAATGCCAGCACTGACTTCCTGTTTGAAAAAAGTGCCACCTACTTTGACTCGGAGGTCGTACCACGGCGGGGGGCTGCCCTTCTGCCAAGAGCCAAGATAATCACTGTGCTTATCAACCCTGCTGACAGGGCCTACTCCTGGTACCAGGTGTGTCT 

a score=4589
s danRer3.chr12  33032869 203 +  37038836 ATCCGTCTGCCGTCTCTCTGTCTCCAGCATCAGAGGGCTCATCAGGACCCTGTGGCGCTGAACCACACATTTGATGAGGTGGTTTCTGCTGCTCCGTCATCTCCTGCAAGCCTGCTGTCTCTGCACCGTCGCTGCCTGCAGCCTGGAGCCTACAGCAGCCATCTGGAGCGCTGGCTACACCACTACCAGCCCAGCCAGGTGTG 
s mm7.chr14     100845179 202 - 119226840 ATCCCTTTGTATTTTCTGT-CCTGCAGCACCAGCGAGCACATGGAGACCCCATTGCTCTGAACTACACCTTCTACCAAGTGATTTCAGCTTCTTCTCAGGCCCCTCTGCTACTTCGCTCCTTGCAGAACCGTTGTCTTGTTCCTGGCTACTATTCTACCCATCTTCAACGCTGGCTGACTTACTATCCCTCTGGACAGGTACG 

a score=4273
s danRer3.chr12  33035299 123 +  37038836 CAGCTGCTGATTGTGGATGGTGTGCAGCTGCGCTCCGGTCCTGCTCAGGTGATGGATGCTATTCAGAAGTTCCTGGGAGTCACACCGTACTTCAACTACACACAGGCTCTGATGTATGAGAAC 
s mm7.chr14     100845460 123 - 119226840 CAGTTGCTGATTATGGATGGGCAGGAGCTTCGTGTCAACCCGGCAGCCTCAATGGAGATCATCCAGAAGTTCCTGGGTATCACCCCCTTTCTGAACTACACGAGGACCCTCAGGTGGGAGAGC 

a score=-1139
s danRer3.chr12  33035422 242 +  37038836 TAGTTACTGAACACTTTCACACTCGCACGAAATGTAGTTCAAAACTCAT-------------------AGTTCCACTTGTAAAGGCTA-----TTTTATTTCATTTTGAT-----------TTCTAAAAAAAAGGTACATTTGttaaagggatagttcacccaaacattaacattctgtcattgtttactttttttgttttaaacatttatgagt-ttctttcttctattaaacaaactgtttcattttcttctgtta-ccaaaatgaatctattttga 
s mm7.chr3      125552503 261 + 159849039 CTATTCTCATGCTTGATTTCACTCCCATTATTTGCC-TTCATAAATTATCACGGGTATGTATGTATAGAACATCATTAATACCAGCTATGAATTTATACATCATTCTGCTACTCAGACCCAGTCAAAGAAATATTCTCATTACTCATAAGGTGTCTCCTTCTGAATAACAGGA--------------ACACTTTGCATTATAAAGTATAATAGGTATTTTATATTATGCTAAAT---CTATTTGTTTTTGAGCTGTCCTCCAAAATAAGTTTATTCAGA 

a score=342
s danRer3.chr12  33038293 5 +  37038836 TATTC 
s mm7.chr3      125559875 5 + 159849039 TATCC 

a score=4330
s danRer3.chr12  33038336 225 +  37038836 CTGCTCTCTATTTAAAGGTTTGATGAGAGTAAAGGTTTCTGGTGTCAGAAACTAGAGGCAGGACGCTCTCGCTGTCTGGGAAAAAGCAAAGGAAGGAAATATCCCGACATGAGCCTTGAGGTACATCTCACTTCTCAGCATCAGATCTCCAGATATGAATAGCATTTCAGATATAGCAAGTGAAATTTGAGTAATCTTTTCCTCTCTGTAATTGATTGCACATTT 
s mm7.chr14     100845704 207 - 119226840 CTGCTC-CTTTGAGTAGGTTTGATGAAGATAAAGGATTTTGGTGCCAGGGCCTTGAAGGTGGTAAGACTCGCTGTCTTGGGAGAAGCAAAGGCCGGAGGTACCCAGACATGGACATGGAGGTA----------------AGTGGAACCTGGGTTACAGCTGCCACTCCACCTCCAGGGTCTGACCTTGCTGT-ATCTTTTACTATTTGTTTCTCCTCTCACTTTT 

a score=253
s danRer3.chr12  33039422 259 +  37038836 ttatttttatttaggtcacatttatttttaccatcttatttttattttaaaaaactttttttaccatctattttta--------tttaaatttattttttcaccatcttattttttattttaaataacttttttttcaccatcttatttttttttaatcatttttcttttttttCCCCTTTGACTTTGAAGTCAAAACATATGCAGAATGATGTTTTTTTAACCTAAGTATCTTGACTCTCATAATGTCAACTTTATATATTAGAAT 
s mm7.chr3      125562082 256 + 159849039 TCATGATTATAATAATTAATTGCATTCTTTACAGGCAGTTATGGTTTTAAAAATTTTAGTAAAGGGTGTAATTTTAAAAGGGAATTTGTACATATTTTATCTCACTCACCCCTGTTATATTTGGT----TGTGTATCAATACCTCCTCATTCTCTCGT-ATTACACTGTAATTTTCTCTCTG-----TAAATCTCAAAATGTGTA-AGTGCCGTAATTGTTAGTTAACTCTCCCAGGTACTCTACTGTACCTCTTGTATTTTACATT 

a score=4753
s danRer3.chr12 33039681 305 +  37038836 TATGGCATCCTTATTTCATTTTCTGCATA---ATTTTGACTCAGAACTGAGATAACTGAAACTATTATTTTCAAAAGCATGACTTAGAATTGTATATGTGCATCTAACTATCATTATTTATTTATTTTGTGTCCTAACTCACAGTCCAGGGCATTTCTGTCCGAGTATTACCGTGAGCAGAACGTGGAGTTACTCAGAATGCTGAAACGTCTGGGTCAACCTCTGCCCGTCTGGCTCAGAGATGAACTGCACAATGCCAGTTGGAGCTGAGAA---ACACCAACAGTAGCAGGAG---ACGCACGGCAGTACCA 
s mm7.chr3      36481341 309 - 159849039 TGTGGCCAACACAGTTCATGTGCTTCACACAAATCTCAAACCATATCTAGTGCAC---AAGATACCTATTTCAGCAGAGTCAACATGCACGGAATATATTTTAGTAAAATAAAGTATGCATTTCTTCCTCTTTCGCACTCAGAG--CAGAGCGTTTCTGTCCAGCTACTACCGCGACCACAACGTGGAGCTCTCGAAGCTGCTGCACAGGCTGGGGCAGCCTCTGCCCTCCTGGCTGAGACAGGAGCTGCAGAAAGTGAGGTAGCATGGAGAAAAGAAGCAGACCTCATCTAGAGCTCACAGACGACACTACCA 

a score=1926
s danRer3.chr12 33041112 104 + 37038836 TAATGTAATCTTTTGTGTTGTTTGTTTTTCCTAGT-------------CACTGGTTACAGAGTTCttaa-attttttttaaatatctttttttatGTTGTATTTGTAACCATTGACTA 
s mm7.chr18     29841001 118 - 90918714 TATTTTAATATTTTGTGTTTTTTTTTTTTCTTGGTGCCAGAGTTTATACCCTGGGTGCTGGGGTCGCACTGTGTTTtatatatatatatatatatatgaaatgtgtatatatatatta 

a score=682
s danRer3.chr12 33046684 275 +  37038836 CATGTTTAAACTCCGAGTATATACGAAGCCCAATATTATACCATTACAATGCAATAGAATTACTTAGAATGAGGGGAGCATACCAAGCAGAGGCTTTTGTTTTATAGATATATTTTTTCACTATTTTCTACTTTTTTTGTTTGTTTTTAATATGGTACATCACTTATAATTCCCAATG---------GAGTGACTTTCA-TGTCGAGATGCAAATACTATGAGAAAATTTTTCCC--TTTTTTTATTAAGTAAACACAGACA-----GTGGAAGAAGAAGAAAAAAAAAACA 
s mm7.chr11      5923474 279 + 122091587 CACATTCACGCCCTGAGGGTCCCCAAAGCC-AGGAGCACAACA----GACACAGTGGAGCT--TGGGGGTGGGGTGG-----CCCCACAAATGCCAGATTTTTACAGCTTTTTCCTTTCTTTAGGTTTTTGTTTGTTTGCTTGTTTTCCATTTCATCCGATGC-CAAAATTTTGTTTGTTGGTTTGCGTGTGGTTGTCGTTGTCATCATCTTATTTTTAAAAACAAATCACATCTGGTCTTGTTTTTCTGCAGACACAGGCACCAGGGGAGGGGACGAGGCAGACACAAACA 

a score=18542
s danRer3.chr12 33051241 441 +  37038836 TCACTGTAATGGGGCAGCTGGTGCCCCTGAGCAGTGGAAGTGGACGTTGAGCCACTTGCTATCTCGGCGGTGCCACACACGCGTCTCCTCGGACTGGCAGCTCCGCGGGCGACCCTGGCCATCAATGTACTGCGTGAGCCGGATATACGCGATGCACGCAGCGTCCTCTCCAATCAGATGAACATGAGGATTGAGGATAGTGGTGTGCACAGGCTTGTTGTTCTTACTCAACACTGTAATTGACAAACACATGGGATGGGTTAACAT-CAACACAGACTCTAAACA------------------------------------------------------------------TGGCCAATAGAT------------------GTAGCGTTTATAAGTGTTTATGTCAGGTATGTGACTCACAGTGCTCAAAGTAAAACTTGTGGAAGTCCATTCCCTCCACCAGGTTGCCCAGAGCTTCAGGCTCAAAAGAGGTCAGACCAGGGTCACAGATTCTTCTGCAGGTCA 
s mm7.chr11      5924220 519 + 122091587 TCACTGCAGCGGGGCCACTGGAGCGCCCGAGCAGTGGAAATGTACATTCTGCCACTTGCCGTCGCGGCGGTGCCACACACGGGTCTCTTCGGACTGGCTGGTACGGGGTCTGCCCTGGCCATCGATGTACTGTGTGAGGCGGATGTAGGCGATGCATGCCGCATCCTCGCCAATGACGTGCACGTGCGGGTTCAGGATGGTGGTGTGGATCGGCTTGCTGTTCTTGGCCAGCACTGTGA---ACAAGCA----GGCTTTCTGAACGGACAGCACCGGGTATAGACACCTCCCACCCCTCTCTCCTTGAATCCCCTTCACAGCGGTGGGGGGAGGGGCTGCCACGACTCCCACTGACTGATGGGTTAAGGGACCCTCCTGATGGTGTCTCTCCCTCATGCCCACCCCAGCCTTTTCACTCACGGTTCTCAAAGTAGAATCTGTGGAAATCCATCCCTTCGACCAGGTTGCCCAGAGCTTCAGGCTCAAATGAGGTCAGGCCTGGGTCACAGATTTTCCTGGGGGGCA 

a score=6381
s danRer3.chr12 33052041 100 +  37038836 ACTTACGTATATGCCTCAAAGTCTCCATTGTTGACGGCCTCGATCAACTGCTCTGTGATCTTGATAATCTCCTGCTTACGAGCTATTTGATCAAAATAGG 
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a score=1744
s danRer3.chr12 33055520 93 +  37038836 GGGGCCAGACTGAGCACGCTCTAACTCTGAACAATGTCCTGAACTGTTCCATGC--CAAGCGTTTAATGTCATGCACGGGAACGGCTGCAACACA 
s mm7.chr14     18396794 93 + 119226840 GGGCTGAGTTCAGGCTAACCCTAACTGTAACTGGAGCCCCAGGCTGGTCCAGGCCACAAGCCTTTCCTCACAGGCGCAAGA--GGCTGCAAGACA 

a score=1642
s danRer3.chr12  33072918 217 +  37038836 TGTTTAGATGGGCCTTT--CGAGTTGTCTTATCTCACTTTGAAGCTTTTTTTCCTTTCTTAAAAGGATGTTTTTGCTAACAAAACCAGTATAACAGTAATGTATAATAATGATGATTGTTTTTGCTTTTTTATTCTCTCTGCAGGTAAAAAGAAGCTTCCAAAAGAGCTCAAGCTTCCAAAAGAGGTGTTCGAGAAACCGGCACCTGCTCCTACGTAAG 
s mm7.chr11     110591448 203 + 122091587 TGACTGGCTGCTCCCTTAGCAAGATGTATTCCGAGCCTTTGCTGACTTTCTCCCTTTGCTTGGGAAGTCTCTTCCCTCGCTC------TTTTGCGGTAAGGTGAACTT-------TAACTTTTTCCTTATGTCCTTCCCCGTAGGCAAGAAGCGAAACCCG---GGCCTTAAGATTCCAAAAGAAGCGTTTGAACAGCCTCAGACCAGTTCCACGTAAG 

a score=2274
s danRer3.chr12  33073320 56 +  37038836 AGACCCCCGAGAGACCTGGACTCCAAAGCCTACGTTACCATTGGAGAAAAGGTGCG 
s mm7.chr11     110599183 56 + 122091587 AGGCCGCCTCGGGATTTAGACTCCAAGGCTTGCATATCTATTGGAAACCAGGTGAG 

a score=6631
s danRer3.chr12  33079511 333 +  37038836 GCAGAACTTTGTGGTGAAGGCTGATGATTTGGAGCAGATTGGAGAGTTGGGACGAGGGGCGTATGGAGTGGTGGACAAGATGAGACACGTCCCCAGCGGTGTAATAATGGCAGTAAAGGT-GAGTTCATGCACACTATAAGCGTTCTGTTTAAAACATGTCAAAAGCTTTTG-ACATCTGGACAGTTGATTAG---------------------------AAATGATCTGTCTGTCCTAGTTGGATCCTTCTCTTGAATTTACTATTGCGGTGCATGTTAGTTTTTAAATGAGTCATGAACTTGCTTCTGCGCGTGAGCTGTACTGTTCTCTGGAATCCACTTTTAATGGCATCAACATTTT 
s mm7.chr11     110599798 342 + 122091587 GCAGAACTTTGAGGTGAAGGCAGATGACCTGGAGCCGATAGTGGAGCTGGGACGAGGTGCGTACGGGGTGGTGGAGAAGATGCGTCACGTGCCCAGCGGGCAGATCATGGCAGTGAAGGTAGAGTTGACATTC-CGAAAAATGTTTTATTTCTTCAGTGT---ATGTGCTTGCCCATCTTGACTGTGAACTAGCCCTTTTTACAGAAGCAAAAGAACCCACAATAAAGTTGCtttttttgtt------tttttttgtttttttgtttttGGTGGATCTTAAACTTTGAGTCG--TATCAACTTTATTTT----CTAAGTCTTCCTTTTCTCAAACTTTTAGTTTTTAAAG----AACATTTT 

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s mm7.chr11     114972589 1039 + 122091587 TCTTCCCAGGAGCCTTGGCCCAGAATCATGCCCCACCTGGTTGCAGCCCAGATCTGGATCCCCTCTACTACAACCTCTGTGACCGCTCGGGGGCCTGGGGCATTGTCTTGGAGGCAGTGGCTGGAGCAGGCATCATCACGACATTTGTGTTAACCATCATCCTTGTGGCTAGCCTTCCATTTGTGCAGGACACTAAGAAGCGGAGCCTCTTGGGGACCCAGGTGTTCTTCCTGCTGGGCACCCTGGGTCTCTTCTGCCTCGTGTTTGCCTGTGTGGTGAAGCCGGACTTCTCTACCTGTGCCTCTCGACGCTTCCTCTTTGGGGTCCTGTTTGCCATCTGCTTCTCCTGTCTGGTAGCTCACGTCCTTTCCCTCAACTTCCTAACCCGGAAGAACCATGGGCCCCGAGGCTGGGTGATCTTCACCGTGGCGCTGCTGCTCACCCTTGTGGAGGTCATCATTAACACCGAGTGGCTTATCATCACCCTGGTACGGGGAGGTGGCCAGGTTAGCCCCCTGGGCAATGTCAGTGCCGACTCGACCATGACCTCTCCGTGTGCCATCGCCAACATGGACTTTGTCATGGCTCTCATCTACGTAATGCTGTTGCTGCTGACGGCCTTCCTAGGAGCCTGGCCCACCTTGTGTGGCCGCTTCAAGCGCTGGCGGAAACACGGGGTCTTTGTGTTGCTCACCACTGTCATCTCCATCGCCATCTGGGTGGTATGGATTGTCATGTACACCTACGGCAACGAGCAGCACCATAGCCCCACCTGGGATGACCCCACGTTGGCCATTGCCCTCGCTGCCAATGCCTGGACCTTTGTCCTCTTCTATGTCATCCCTGAGGTCTCACAGGTGACCAAACCTAGCCCAGAACAGAGCTACCAG-----GGGGACATGTACCCGACCCGAGGGGTGGGCTATGAGACCATCCTGAAGGAGCAGACGGGCCAGAGCATGTTTGTGGAGAACAAGGCATTTTCTATGGACGAACCAGCCTCAGGTGCGGCAAGACGTCgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt 

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s mm7.chr11     114975637 136 + 122091587 TCTTCAAATTTTGAGCTTGTTTTTCCCTACAGCAAAGAGACCAGTGTCACCTTACAGTGGCTACAATGGACAGCTGCTGACCAGCGTGTACCAGCCCACCGAGATGGCCCTGATGCACAAAGGCCCGGTGAGTGGG 

a score=7855
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s mm7.chr11      1525591 177 - 122091587 CTCCCACCAACTGCTGCATGAGTGGCTGCCCTAACTGTGTATGGGTAGATTATGCCGAAGCTCTGCTGAGGCTCTACCAGGATGGCGGGGAGAAGGCCCTGGCCATTCTAGAGGAGCACGTGACAGATGAGAACCTCAAGGCCTTCCTCAGGATGGAGATCCGGCTCCGCATGCAGA 

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s danRer3.chr12 33238961 1763 +  37038836 tattccgccaacttatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat-------atatatatatatatatatatatatatatatataaatgtttttttttttttt--------ttttttttttttGAGTTTTCAAGAACATTTCTGAAAAATATTAAAGAATATTTTGTGAGAAAGGAGATTTTTTTAGACCGGTTTATAT-TAATTTGCAGACAACACAGCAGTGTATTAAT-TTCTGAAGAGTCAAGAAAACAGTATTTTTTGAAATAACCCAGAAATCTTAAAACTGTCTAGATAGCAGTTACATTAGATGTGTCCAGAAAATATTTACCAACAATTATGTAAATAATCTCATAATAAAATGGTGAAAACTTGCATTTTGAAAACACAAAATCTTATTTATATATTAAAAGCCACATTAGGAAACTTATTTCAAAGCACtaattaattaacattttattataa----tattttaaaaataCACTTTCAAAAACTAGAATTACAAGTAGAAAAAAAATCTCAGAAATTATAAACTGTCATgaagcaaagctaattgaaaatactgtgaaattgtctttgtgctattaaatatca----cttgagaaatatttTACAGCTGGGCGTCTCAATTTTGCCCTTAACTGtatataatttataatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat-agatagatagatagatagatagatagatagatagatagat--agatagatagatagatagatagat--agatagat-----agatagataTTATTTTTTTCAATTTGTATTTATT------TGAATATTTCTGTTTTGTATGATGAAA--------TTTGAAATCAATAAAATATGATTATAATATTAACTTTGAACACACTGTAAGTCATATCTTTCTGGCA-----GTGCTCGTCAGATGCTGATATGAATGGCTCCG-----------GCTCATCTGTCTGTCTGTCTGGTCAGCTCGG----GTGGCATTAGAA----AGCACATTGGCTGCTTCGAAGGCTCAGGGTGTCTCAGCAGCTCGACTTGTTTCTCTGACGCCTCTCATGCTGATCTGACTCAGCACGTGAGG------GCTTCATGAAGTGTCTGTGATCCAGCT-GCTGGAGGGATTTATGATGAATGACGCCAACAGTGG--------TCAGATATTCTGTGCACGAGATGTTCAAAAGACTGGGACTGATTCAT---GGAGGTCATGGATGACAGCtctatctatctatctatctatctatctatctatctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgAATGCATGTGCAGGATGAGTGttattttaatataatttattttatttagtttagaatctttttttgttatttagatttgatagtttta--tatatattttgttcagtttttttttagtttaAGTGCACCAAAGTAGATGaaaaatactaattataataataaataaatattttatttGTTTGATTTTAGTCAATGCTTATTACACACACATACACATCATTTACACATCACATACTTAATAGACACATATTA-ATAGACTATTGGTTTTATTCATAGTTTATTACTTTCTTTTTTTAC-ATTTTGCTAAGTCA------------ATCTTTGATGTGCATTATTATTGTTATA---------------ATCCCCTTTTGGGTA-----TCATTTCCAAGCTATCAAGCTG-----------GACTACATGATAATTATTAAGTATCAAA--------TAAATATCATA-AATACTTTCCTTAATATGTATGTGTGTTTATGTGCAAACACACACACACATACACACA 
s mm7.chr14     88149543 1735 + 119226840 TAACCCAGCCACTTATATGTATACATTCATAAAATTACTTATGTAGAAGAATTTACTATTACTTTTCACTACAATGTATCTATGCCACTAATTTTATACTTCTCTCAATGTTCACGTTTCATTTAAAACTGTTAATTTTATGATGTGATTAATGGAAAAATGCAGGAAAAT-TTAAGAAATATC---------AAAAGCCTACTTTAAATTTTCATATATATATTTTTCTGTGTATATAATAGGGATTTAACATTGTAGATGATGGTGCAAAC--------TGGGAAATACATTGAAAT-TTGAAATTGT-------GCATTGGCTTCAGGGTT--------------------CAACTTGGAAGAAAA-------ATTAAATTG---AAGCTCCAGCTTTGAGAA----------------------GCAAGGGGAACCAGAATACATATTCCATACCTCCCTC-------CATTTTTCCATAGGTCTTAATTTATAGGGAGAATTCCACATGTATTCATTTCAGT----------ATTTCTCACATTTTAAA---TAATAGTGTAAATATAAAATGCAATATTGTAAAATCTGATATAGG--ACTAAATATCAGTAGTTTGTGATGATTTTTTTAACAGAAAAT----ACATAGTTGTTTACAAAATATTTTTACTAAGATATAGACATAT-TCTGAGGAGAGGTATGCCAATAAGGAAACCAAAAAGAACTTGGAAGTGCATGACATAAATCTGTGAGTAGCCAGTTAAAACGAAAGACATTTTGAGATAAGTAAA-AGTTAGAGAAGTTAGGGTAGATTTGCAAAGTACATAAAGTGTGTTTTAATATGTTCCTATTATGTTTTGCAGATTACTATTTAGACAGTTGAAAGAAAAACATTTGCAACCAGTACCAAGGAATCTTGGT--------TGAGCATAACGTCTCTTATTCCCAGCAAGCAAGAAAGGGTCTGTCTGACATACATGTGTACCATACTGCTTCTTAGACTGCTCTTGCTTCTTTCCAGCTGCTACTCTGGACTCTGAATTGTTTGAAGATAAGCACTATGGTTG--TAGAATATT-----TCTCTTAAAAGAGCA---------CCTAAAACCCATTGTGCCTTTTTTTCCCAGGAAATGTCATAGTCAGCCCTCTGAATGGTCT---ATTCAGTTCACTGTAGCAAATAATACCAAAGTATAAAAATATAGGAAAACACATCAAATCTATAGCTTGAGAAAACATCGTTATATTGTATTGTATCTACTACAAATAAAATCTACTGAATCTAtatctatctatctatctatctatctttctatctatctatc-atctatctatctatctatctatctatctatctG----------------TAGTTTTAAATGAATA-----------ATGAAGTCTAAGATCTGGTAATGGACTCAAGACACTATAGACTAAATTGAACATTTGAACCA-----TAATTATAACAAACATAATAAACTAAC--AAAAATGTTAGTAATGATGATGAATGTTTTCTTCAATTACTC-ATACAACTCCATTTTTATCTCTCAT-----CAAATTTTGTACATGCTTTATAAGTAAAAGTTTTATAAAATGAAAACTAGTTATTTTATGTATCTTTTAGTTTTACCATATATGACTACTTTGAAAGGCTAGGATATCTTATTATATCTTATTTGAATTTATATAAGTGTATGCGTATAGGGGATTATCTGTTTTTTGGTGCATGTTTATGTGCAAGGTGCTTGTATGTGTAGTGGCACAACTACATGACAAT-GTAAAGTATAGAAGGCAACCTCAAGAATCACACAGGATTATCCAAGTTATATCCGTGTGTGCATGTGCACGCATACACACACACACACATA 

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s danRer3.chr12 33240724 6 +  37038836 AAGGTT 
s mm7.chr1      36431149 6 - 194923535 GAGTTT 

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s danRer3.chr12 33240774 918 +  37038836 ATTCTGTATTTTCA-----------AAGTGCCAGTTAAAAGCTATGAATTCTCATGACGTCAAATC---AAGTTGATGGTTTTAATG-GTTGAAAT-------------AACCAGCAGGGATCAGAGTCTGATCACGTGTGTATTGAGAGAGTGAGTCGGGTTAGTAATCT-CACAGCTAGTTGGAGCACATGACCTCAGTGATCGCAGATCAATT------TCTCTGTTGTGTCTC---TTCATGTCTCATTACTCACAGACGGAACAGTGGGCACAGTCGACCCCCTGACCTTAAACTGACTCATTTTGA-ACTAAAAACACTACTGACCCATAAATGCCCATTTAACACAGCACATTACATTTGTTCTGCCTCTAATGATAGGTCTAAGAATGATCCCAGTTTGTCAGCGTAGACAGATAATGTATTTA-CATTTGCTTTAGGAATATACATGCTTTAGGGATAGCAcactatttgctttctttttactctgcaacaac----tgtccaaac-----ctttataagttccactaaagaagatattt--tgaagaa-tgttatggctgcacgttattggaaaatctgatattgcgatgtttatttttctgaattaaatattgcgagatgactacagttttacaagatactttgaatggctctatttgagggttttctggggagtctaacagtgttcgggtacagaaatta-aataatcaccatgtcaaaaatactttttttttttaccttgttttgtctctcttccagtccaaatataaaaaaattcttacagcaattaaaaagtgttttgttttcactttcagaagaaataaaaat--cattattaagaggttttcat---taaaacaggctaattg-------atctgc-cagaagggtaagggaaatgatcttgtttttgcaaacaagacaaaaattctaagtaagatttgtt-----ttagcaaaaaaataaataaattatat 
s mm7.chr1      36431198 893 - 194923535 GTGATGTATTTACAGAAgtatgtgcaagtgcttgtgggtgccagaggatgatgttggcgtcctgtctgtcattctgtcatcttattactttgagatatgtcttttactgaacctggaag-----tagtatgacaaccagcctaccagaaggatgc-tccggtttgtagcctccacagttc-caggcacacttggtc-----aagcccaggttagttgtgagctctgtgctgagacttaaactcaggttcttgtgcttgctcagagtgctct---caccctctaaaccacggctctagcct--cTTATGGTGACACTTAAAAAA-----------------CCTATTCAGTATGGTAT------TTAGTCTTCCATCCAAT-----------AAATGACAAGAATTAATTAGCACTGCATGAAAAATTGTTCAGTATTTGC-----GAACACTGATGCT------GTTCTAGACTACTTCCGTAAATGTG--TATGCCACTACTCCTTGTTCAAACAGCTTTTTTATTACACTGACTTACAGAAGTGTTTACTGAACACTTGATCTGAATGCTAGACTTAAAAAAGACTTATTTCTCCTAGTTCACTATAATAAAT---AGGTTACAAAATTGAGAGTTTTCCGTAAGACATCAAGACTAACTTCCTTGTGGATAATTTTGAGAAA--AAATAATGTACTTCGAGGGTATTTGTAATGATC-------------TGCTTTGTATCTTTTCTGCTTTTCGTGACTATTAAAGGCTAGATATATTCATTGTTAAACTGAAA-GAAAGAATAAACTATATGCA-------AATGAATGAAGGTGGCAGCAGGGAGAACTTTCAATGCACAGAAAAGGGAAATTGGAAAGAAATACACACAAATGGCAAATGGCAGTGGTA--GTTTTTGTAAACA----TAAGATCATGAGTGGAGTTCTTTTTCTATTGATAAAATAAAAAATAGCTCAGAT 

a score=-485
s danRer3.chr12  33248561 282 +  37038836 ctggtgtccaacacttttcaaaatatcttcttttctgtttaacagaaACTGAAACGTAATTGATTTAAAAAAAAAAAAAGAATTATTCTGAATACAAATCAATGTATATTT------ATGTGTCAAATGTCTTTT--CAATAAATTCT----------TTTTTCAGAATTAATTAAAAAACTACATTTTATAGAAAAATCTATACATCTTTGTGTGTATATAAACTCAGTCCAGTCTTTTTGCTATATTTACCTCAGCTCT------ACATCACGGGGAGCAAATCCAA--ACAGAAGTGACCAACAG 
s mm7.chr6      136983544 283 + 149646834 ctattgcccaacccTC------ATATCTAATTGTTTTATTTTCAAAATCT----TTTAGTCGAC--AAAATCTCTTAGTTAATTGTTTTCACTGCACTCTGTTGTATACTTTCATTGATTTATAGCATATTTTCTAACAATAACTTCTCCGGTTTGCGTGTGTCAACACAAAATGCCAAGCTTCTGAGT-TAGAGTGCTCCAAATATCTG-----GTAACTAA---CAGTCTTCTCATTTCCTTCCATCTCCGGCAAGCCTGAAAGCAAAGCACGGG----CCATTCAAGGACCGAGATGAGTGACAG 

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s mm7.chr11      1531928 153 - 122091587 CCATGAACCTGGAGCCACCCAAGGGTGAGATTCGGTCAGCCACCCGGGTGATAGGAGGACCAGTCACCCCCAGGAAAGGACCACCTAAGTTTAAGCAGCGGCAAACAAGGCAGTTCAAGAGCAAGCCCCCCAAGAAAGGCGTGCAAGGGTAAG 

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s danRer3.chr12 33250909 91 +  37038836 CATTGTGTATTTAATTCATTTCATTTGAACAGGTTCGGAGATGACATCCCCGGCATGGAAGGTTTAGGCACTGGTAAGTCTAATCTGCATT 
s mm7.chr11      1533870 88 - 122091587 CATAACATCCTTAACTACTGTCATT---GCAGGTTTGGGGATGACATCCCTGGAATGGAAGGCCTGGGGACAGGTATGACAGCTTGGGATT 

a score=6281
s danRer3.chr12 33251177  97 +  37038836 TCGCTGTGTTTTCTA------------CCTCCAGACATCACCGTCATCTGCCCCTGGGAGGCCTTCAACCATCTGGAGCTTCACGAATTGGCTCAGTATGGCATCATCT 
s mm7.chr11      1534333 109 - 122091587 TCACGGTGTTTCCTTAATCACATCTTTCCTGCAGATATCACCGTCATCTGCCCTTGGGAGGCCTTCAATCACCTAGAGCTGCACGAGCTGGCCCAGTATGGCATCATTT 

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s danRer3.chr12 33257470 143 +  37038836 AACAGCAAGCTGTTGCAGTAACCAGAAACTTCTCTTCCTCTTGTTTATTCACTGACAGATCGTCCGTATTCAGTCCCCAGATGGAATGAAAAAAATCAGCTCTACTAAACATGAGACAGCTGCAGCTTTCCTCAAGAAGGTAC 
s mm7.chr11      1549365 134 - 122091587 AAAACCAATCCTTTACTGGGTACAGCAACTGTCTTT--TCTGGTTTC-------ACAGATAATCCGTGTCCAGTCCCCTGATGGCGTGAAGAGGATCACAGCTACGAAGAGAGAGACGGCTGCCACCTTCCTGAAAAAGGTGC 

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s mm7.chr11      1553904 202 - 122091587 AGGTTGCAAAGGAGTTTGGCTTCCAAAACAACGGCTTCTCAGTTTACATCAATAGAAACAAGACTGGAGAGATAACAGCATCGTCCAGCAAATCCCTCCATTTGCTAAAAATCAAGTAAGTGTCCAGCCGGTGGAAGGTAGGC-----AGTAGGAGGAACTATGTGCA---GTGCCCTACCTGAG---GCTGCCTGGATTCCCTCTATTCTCT 

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s danRer3.chr12 33262644 74 +  37038836 GAGGATGATATTGACCAGTATCTGTCCAAGCAGGAGGGAAAGATCTACAGAAACCGAGATCCCCAGCTGTGAGT 
s mm7.chr11      1561110 74 - 122091587 GAAGATGAGATCGATCAATACCTCAGCAAGCAGGATGGGAAGATTTACCGGAGCCGAGACCCACAGCTGTAAGT 

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s danRer3.chr12 33264112 62 +  37038836 TTTCTCAGGTGCCGGCATGGTGCCATGGGGAAATGTGTGCACTGTGTACCTTTAGAGGTAAG 
s mm7.chr11      1563417 62 - 122091587 TTCTCCAGATGCCGCCATGGTCCCTTGGGCAAGTGTGTGCATTGTGTCCCACTGGAGGTAGG 

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s danRer3.chr12 33265806 138 +  37038836 TTCATCTTCCATATTTCTGTTTTAATAGCCATTTGATGAAGACTATCTGAACCATCTTGACCCTCCGGTCAAACACATGTCCTTTCATGCCTACATCCGGAAACTCACCGGAGGAGCAGACAAGTAAGTG-CTTCTGGG 
s mm7.chr11      1564177 137 - 122091587 TTCATTTTC--TGTGTATGTTTTGGCAGCCATTTGATGAGGACTATCTGAACCACTTGGAGCCTCCTGTGAAGCACATGTCCTTCCATGCCTACATCCGGAAGCTGACTGGAGGGGCTGACAAGCAAGTATCCTCTGTG 

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s danRer3.chr12 33265988 181 +  37038836 TTTAAGCAAGTTTTTCTATTCCTCAGGGGGAAGTTTGTGGCGCTTGAGAATATCAGCTGTAAGATTAAATCGGGCTGTGAGGGGCATCCGCCTTGGCCAGAGGGCATCTGTACCAAGTGCCAGCCCAGCGCCATCACTCTCAACAGACAGGTTCCCAGC---TCCCCATTAACATTACTTTCAT 
s mm7.chr11      1566136 184 - 122091587 TTTAACTCAGCCTTGTTTTCCCTCAGGGGTAAGTTTGTTGCCCTGGAGAACATCAGCTGCAAGATTAAGTCAGGGTGTGAGGGACACCTCCCATGGCCAAATGGTATCTGCACCAAATGCCAGCCCAGTGCCATCACGCTGAACAGACAGGTAAGCAGCCTATGTCCCTGAGATTTGTTTTCAT 

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s danRer3.chr12 33266242 275 +  37038836 TTTGCTGGTCCGGCGAGTAAATGAGCGCTCCCTGAGGGACGGTGTCCTATTACTGTCCTTGGTTTGACCTGATGAAATCTTATGTTACAGAAATATCGGCATGTGGATAATATCATGTTTGAGAACCACACTATTGCTGACCGTTTCCTTGACTTCTGGAGGAAGACGGGAAACCAGCGGATGGGGTACCTGTACGGACGCTACACCGAGCACAAAGACATCCCTCTCGGCATTCGAGCAGAGGTTGCTGCCATTTATGAACCTCCTCAGGTGAG 
s mm7.chr11      1568721 267 - 122091587 TTCACTAGATTGGTTCTTGAAAAAGTTGTTTCTGATGGGATGCTTTCATTTA--AGCTTTTATTAACCTTTGTTAACTCT------ACAGAAATACCGACACGTGGACAACATCATGTTTGAGAATCATACTGTTGCTGACCGCTTCCTTGACTTCTGGAGAAAGACCGGAAACCAGCATTTTGGGTACTTATACGGACGGTACACAGAGCACAAGGACATTCCCCTCGGCATCAGGGCTGAAGTGGCTGCAATTTACGAGCCTCCTCAGGTGCG 

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s danRer3.chr12 33268521 117 +  37038836 TGTGTTCTCTATCAGATTGCAACTCAGAACAGCTTGGAGTTGATTGAAGATCCCAAAGCAGATGCAGTCGAGGAAATAGCTGCCAAACTGGGCCTGCGGAAGGTGAAAGACCTTTTC 
s mm7.chr11      1570783 117 - 122091587 TGTGGTTCCACCCAGATTGGTACACAGAACAGTCTGGAGCTTCTGGAAGACCCGAAAGCTGAGGTGGTTGACGAGATTGCCGCCAAACTTGGCCTGAGGAAGGTATGAGGCTCTGTC 

a score=3994
s danRer3.chr12 33269020 91 +  37038836 TTTTCTAT--AGGTGGGGTGGATTTTTACAGATCTGCTGTCAGAGGACACCAGGATAGGCACTGTCCGCTACACCAGAAACAAGGTGAGTTGG 
s mm7.chr11      1572847 93 - 122091587 TTTTCCATTAAGGTTGGATGGATATTCACGGACCTTGTCTCAGAAGACACCCGAAAGGGTACAGTCCGATACAGTCGGAATAAGGTGAGACGG 

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s danRer3.chr12 33269169 145 +  37038836 TTGCCTTTTTCAGGATTCCTACTTCCTGAGTGCAGAGGAGTGTATTACTGCTGGACACTTTCAGAATCAGCAAGCCAACATGTGTCGGCTTTCCCCAGATGGTCATTTTGGATCAAAGTTTGTCACAGTGGTGGCAACAGGTACA 
s mm7.chr11      1573630 145 - 122091587 TTTCTTGGCTTAGGACACCTATTTCCTGAGTTCAGAAGAATGCATCACTGCAGGAGACTTTCAAAACAAGCACCCCAACATTTGCCGGCTCTCTCCCGATGGTCATTTTGGATCCAAGTTTGTTACTGCAGTGGCCACAGGTATA 

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s danRer3.chr12 33269479 255 +  37038836 GTGTGTATGTGTGTTGACAGGTGGTCCCGATAACCAGGTGCACTTTGAAGGGTATCAGGTGTCCAATCAGTGCATGGCTCTGGTGAGGGACGAATGTTTACTGCCCTGCAGAGATGCTCCTGAACTGGGCTATGCCAAAGAGTCCAGCACGGAGCAGTACGTCCCTGATGTCTTCTATAAGGTACTTGAATAAAACGCTTCTAAAGATGATCAGTCATA-ATAGCGTGATGCTAAATGTGTATGCTGCATGCAATT 
s mm7.chr11      1578156 245 - 122091587 GTTTTTTTTTTTTTTTGCAGGTGGTCCTGACAACCAGGTTCACTTTGAAGGGTACCAGGTATCCAATCAGTGCATGGCACTAGTCCGAGATGAGTGTCTTCTACCTTGTAAGGATGCCCCTGAGCTTGGCTATGCTAAGGAGTCCAGCAGTGAGCAGTATGTTCCTGATGTGTTTTATAAGGTA---AAGCAGAAC-------AAGAATATTACATATATGTAGGGTGATG-TGAGTCTCTTTGCCTCTTGTGGTT 

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s danRer3.chr12 33271866 118 +  37038836 TTTTTTTTTCCACCTCCAGGACAAAGACAAATTCGGCAATGACATCACACATTTAGCCCGACCACTGCCAGTGGAGTACTTGATTATTGATGTAAGTACTTGTATTGATATTAGAACT 
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s danRer3.chr12 33272145 121 +  37038836 TTTGTTATTTAAACCTCTTTTTCAGATCACCACCACTTTCCCAAAAGACCCAGTGTTCACATTCTC---CTCCACATTTCGCTTCCCCATTGAGAACAGAGATGCTCTGGGAGAGACTCAGGTA 
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s danRer3.chr12 33272443 159 +  37038836 AGGATTTCCACAGTTTAGCAACGTATCTTTCCCAGTGTACGTCCTCCACTTCCTTTCTGGACATCGTCTCAGACTTCCATCTGCTTCTCTTTCTTGTCACCAACGAGGTCATGCCCTTACAGGTG--AGTT---------TTTCATCATATTTGTTAGGTCTTGATGATA 
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a score=7168
s danRer3.chr12 33274379 191 +  37038836 AAAAATACTAAGAAATAAAAGTAAT-----TCTTGCACACGTAATTTAAATGACATCTACATCCTCTCCTTTATGTCAACAGGACAGCATTGGCCTTCTGCTGGATGCAGTGAAGACATCCAATGAGGAGCTGGCTCAGACCTGGAAGAAATCTGAACAGTGGGCCACAATTGAGCAACTCTGCAGTAAGTGTTAT 
s mm7.chr11      1599061 196 - 122091587 aaaatcaaaaGAAAAAAAAAATAGTAAGAGTGTTTTACCCTCAATCAGAGCAAAATGCAACCCTCCTTGTGGCTTCTTGCAGGACAGTATCAGCCTGCTGCTAGAAGCCGTGAGGACCAGAAATGAGGAGCTAGCACAGACATGGAAAAAGTCTGAACAGTGGGCCACCATTGAGCAGTTATGCAGTAAGTGTTCT 

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s danRer3.chr12 33276732 200 +  37038836 TTGTCATTTTA------AGGCACAGTTGGAGGGCAGTCATCGGGATCTCTGGATT---ATGCCATGGGTGGTCCACCTCTCCCACAGTCGTCTTCAGCTGTGTGGTCCTGCCTCCACTGCACCTTCATGAACCAACCCGGCACTGAGCACTGCGAGATGTGCAGTTTGCCTCGCAGCTAAAACCCCAATGAACCCGGGCTACACCGTAC 
s mm7.chr11      1599897 203 - 122091587 TTCTCACTTTACCCTACAGGCACCGTTGGTGTGCAGCTCCCAGGCCTCCACGAGTTTGGTGCAGTCGGGGGCTCTGCACGCGC---TGCTACCTCTGCCATGTGGGCCTGTCAGCACTGCACCTTCATGAACCAACCTGGCACAGGCCACTGCGAGATGTGCAGCCTCCCCCGGACCTAGGGCTC---TGGGCCTCTGCTGCATGGGAC 

a score=2617
s danRer3.chr12  33297842 135 +  37038836 TGGAATGAACCATGTTGAAGGTGGTTGGCCAGAAACAATCAGTGCTAACAATGATGAGCTGACTCTACGCTACAGAAAGAAAGTGCAGAAGGATGAGTCTTATCAGCAGACAGTTATTGAGACTGTTTCTGTAAG 
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a score=2098
s danRer3.chr12  33298728 147 +  37038836 CTGAGGCTTTCCTTCCTGTCATCTAC--AGGTTATGGAAAATTACA------AGCAGAAAGTCTTTGAAAAGTCCCAAGTTTATTTCAAAGATAACAGAGTGGTGGTCAAAAGGGAGGACATGGCATCAGCAAGGATCATAAATGTGCTCAGGTA 
s mm7.chr11     114844879 155 + 122091587 CTAAGGTTTCCTGGCTCGGCGTCTCCTCAGATCATGGAGCACTGCATCAAGCAGAACAACGCCATCGACATCTACGAGGAATACTTTGATGACGAGGAGGCCGTGGAGGTGACTGAAGAAGCCCCTTCGGCCAAGACCATCAATGTCTTCAGGTA 

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s danRer3.chr12  33300276 156 +  37038836 TTTTTCCATAGAGACCCAAAAAAAGAGAAGCGTGCAGCCACCAGCTTGTCCTGGCACCCAGTTGATAATCATAAACTAGCTGTGGCCTACTCTTGTGTGGAATTTCAAAGAGGACCCAAAAACATGAGCTCTGACTCCTATATATGGAACATTGGT 
s mm7.chr11     114847649 156 + 122091587 TTCCGCTCCAGGGACCCTCAGGAGATCAAGCGGACAGCTACACACCTCTCCTGGCACCCTGATGGCAACAGGAAGCTGGCAGTAGCCTATTCCTGCTTGAAGTTCCAGCGCGCACCCATGAGCATGAACTACGACTCCTACATCTGGGACCTGGGT 

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s danRer3.chr12  33300533 169 +  37038836 TCTGATCTTTCCCTAAGTTACATTAGTGTATTTTGGTTTCCCAATTACAGAAAACAACAAACAGCCGGAGATGACCCTGAAATCCGTATCCCCTCTTGTTTGTCTAGAGTACAACCTCAAAAATATTAGCATCCTTATTGGGGGAAGCTACAATGGACAGATTGGTGGG 
s mm7.chr11     114849411 169 + 122091587 TCTCGTCCTTTGCTTAATGAACTGAAACTGACTGACCCTCTTCATTCTAGAAAACCCCAACCGACCTGAGATTGCCCTGAAGCCGTTGTCTCCTCTCGTCACCCTGGAGTACAACCCCAAGGATTCCCACGTGCTCCTAGGGGGCTGCTACAATGGGCAGATAGGTAAG 

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s danRer3.chr12  33300865 153 +  37038836 TCTATTTCCAGGCTATTGGGACACACGGAGTGGCAGCCAACCAGTACAGATATCCGCTATTGAACATAGCCATAAAGATCCTGTCTACAAAGTCATCTGGCTGCAGACAAAGATAGGCACTGAAGCTTTTTCAGCTTCTACAGATGGTCAGGT 
s mm7.chr11     114853334 153 + 122091587 TCTCCCGTCAGCCTGCTGGGATACCCGGAAGGGCAGCCTGGTGGCAGAGCTGTCCACCATCGAGTTCAGCCACCGAGACCCAGTGTATGGCACCATCTGGCTGCAGTCAAAGACAGGCACTGAGTGCTTCTCAGCATCCACTGATGGGCAGGT 

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s danRer3.chr12  33301159 128 +  37038836 CAGGTACTGTTCTGGGACATTCGTAATATGAGTGAGCCCACAAAGCAGCTAATTTTGGACCCCGCTAAGAGCAAAAACCTTAACAATGCATTTGGTGCATTCTCAATGGAGTTTGACAACACTATGGT 
s mm7.chr11     114854096 128 + 122091587 CAGGTCATGTGGTGGGACATCCGCAAGATCAGCGAGCCCATCGAAGTTGTCATTATGGACATTTCCAGAAAGGAGCAGCTGGAGAACGCCCTGGGCGCCATCTCCTTGGAGTTCGAGTCTACCTTGGT 

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s danRer3.chr12  33301359 246 +  37038836 TTTGCTTTTGTTTACACAAGC--CCAAATTTTTAGTGGGCACAGAACAGGGGCTTGTGGTCTTGTGCAATCGCAAGTTAGAGACCACAGATGAGCCGATTGTTTGCACATACAGCGGTCACCTTGGCCCAGTTTACGCCGTGCAGAGGAACCCCTTCTTCCCAAAGTACTTCTTGACTGTGGCTGACTGGACGGCCCGCATCTGGTCAGAGGACATCAGATTGTCTTCCATCATGTCGACCAAGTGAG 
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s danRer3.chr12  33303028 173 +  37038836 TTGTTTTTACAGATACCACACAAGCCATCTGATGGATGGCTGTTGGAGTCCAGTCAGACCCGCTGTCTTCTTTACAGTGAAGATGGACGGCACCTTGGATGTGTGGGACATATTGCTTAAACAAAAGGACCCGGTTCTCAGTCTCAAAGTCAGTCTTAAATATGGTTTCCTCA 
s mm7.chr11     114860818 169 + 122091587 TGGCTCCTACAGGTACCACATGGCTTACCTCTCCGATGGAGCCTGGAGTCCTGTGAGACCAGCCGTTTTCTTCACCACCAAGATGGATGGGACCCTGGACATCTGGGACTTGGTGTTCAAGCAGTGTGACCCTGCCCTCAGCCTAAAGGTCA----TGTGTGTGGTCCCCCCA 

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s danRer3.chr12  33303261 154 +  37038836 TCTTCTCACAGGTTTGTGACGAAACTCTGTACAGTATCCGTGTAAAAAATGACAGCCCTTTGATGTGCTGTGGTTCTCAGTTGGGAACAGTCACGCTGCTGAAGATGTCATCAAACCTGTGCACCCTGCAGAGTAATGAGAAGGGACTTGTCTC 
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s danRer3.chr12  33303563 189 +  37038836 AGATGTTTGAACGTGAGACCAAAAGAGAGAAGATTCTTGAAGCTTTTTAC-----------------AAAGAAAGGAA---TCAAATGAAACAGAGCTGCCCTAAAGAGGAGGAGGATGGAAGAGCAGAATTACAGGAACTGCTGGCTGAAACAGAGACTGAGTTTTTTGAGGCTATTAATGTAGAGAAGAAGAAAATACAAGTTGATG 
s mm7.chr11     114863277 207 + 122091587 AGATATTTGAACGTGAAACCCGGCGGGAAAAGATCCTGGAGGCCAGGCACCGTGAGATGCGACTGAAGGAGAAAGGCAAGGTGGAGGGCAAAGAGGATGACC--AGAAGGAGGAGGAGGCAGCCCTGGACCTTGATGAGCTAGTTGGCAAAGCAGAGGAGGAGTTCTTTGAAGTCATCTTCTCAGAGCTGAAGAGGAAGGAGGCAGAGG 

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s danRer3.chr12  33311997 430 +  37038836 TCCAAGACATGGCACGGGAGATGCATGACGTAAACTCCAGCAACCTCATTTTAAGTTTTTGGCAAGAAAAAGCAAAA-----GATTATTTTATGGCTGGTCCTGAGCT-TTTGTCACTAGATCTTACAGAAATCTATGAAGATATCTGGACACCATGTCTCACTAAATTCCTCAA---CTTTGGTAATCGGATTGCTGTTGGACAAGCATGCTTTAAAGAGGTGGAAGAGGCTTTGGTAGGGTGTGGGGAGACAGGTGAAGGAGATCGTTTGAAGAAAGAGTTTATGTTGATGGCCACTATGCTGGACGGCCATAATGAGAACTGGCCAGAGC----AACGTCTAAAGCAGATTCGGGAATACAGATGCCTTTATGATGCAGCAGAATCTGCTGAGGTCATACTGAAATTAAAAGATAGGTTGGGATTACAAGGAGATTTCAG 
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s danRer3.chr12  33312792 280 +  37038836 CTTTATTTTATTCAGGTTTAAAGGAATTGAAAGTCTTTATGGAACTGGCCACAATTTCTGCTGGAGAGAATGATGCAGACATTGATAGGTTGGCTAGTTTTGAGACTGCTGTGATGGGCTATGCACCTTTGCTTTATTCACTACCACAAAATGTAGGATTTGAAGAATTT-TTTGACTATGCTAAGCAAGTATTGGAC---------ACCCTTAACAAAGATGAGAAACTCGGGGATAAACTGGTAAGTATCTGCAAGAT--------GATTGAGTTTTTGATAGAGCTTTCTGCTGC 
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s danRer3.chr12  33313216 170 +  37038836 ACAGGTAGACTCCAATCGGTGGTTGGATTGGCTTAAAGGTTTAAGGGAAACTCATGGCTCTGTTGAACAGTCGTCTTTATCTTTGGCCTCAGCTATCAACACTGGAGGCGTGTACCATGTAGGCTGGCCTGATGATTTCAATGGAAAAGTGAGTAAAAAATAGTCCTAAT 
s mm7.chr11     119543728 167 + 122091587 ATAGAAAGATTCTGCCAGAAATTTGGAGTGGCTGAAGACAGTGAAGGAAAGCCATGGATCTGTGGAGCTCTCATCTCTGTCCCTCGCCACAGCAATCAACAGCAGGGGCGTCTACGTTATTGAGGCACCCAAAGATGGCCA---GAAGGTGAGCCTCCCAAAGTCCTGGT 

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s danRer3.chr12  33313729 1128 +  37038836 AATACCAGACACCATTATGTTAAACTCTGTTTAACACCAATTTGAGTATATTTTGTGGAGACTTAACTCTTGTTTCC--GTCCTGCAGGTTTTTGAAGGTATTCAGCGCATGGGCCGCATCCTCCTGCAGTTGCACAGATCGGGTAACATGCTCTTCAGAAACTGGGCAGCAGAGATAACGTGCAACCACCAAAATCAACCCTGCATTCAAGTGAAATTTCCCTTATTAAGTAAGTGTATTGTATATCAGGGTGAAGTCGAGGAGGAGCTTCAGAAGCTGAGTCGCTCCCTGGAGGACTTCCATAAAGATTGGTGTAACCACTTAACCAAGATGCGCTCCCAGTACTATCCACTGAATCATTACTCTTCAGAGCAAATTGTCTATCTTTGCGAATGGATCAACAGCATTAACATCAAAAAGAAACCTGTTCCACAACAAGTATGGC--ACCTTTTGA------CTCCTATCAAACCAGACTGCATGTTAAATGACATCAAAGAGGCT-------TTTGAAATAGCAACAGAGCCACAATCTATTTTGCAAGAGGATACAGCAGTGGAATTAGAACCAAACAGTGATTTT---GACCTGCCT-----TTGAGCTTCAGTTTACTAGATGTCAGCACCGAATGCTTGGAGGACCTGTGGAAGCAATTTAAGGAGAACATGTCTAGATTCCTTACCCACCATGTAGATGTTGAGACACTTGGACGATTCCTCTCCAATCTCTCCAACATGAATCAACTGCACATCAAACGAAAGATTCCTTCTTTTCTACAAGAGGGAAGGCCAAATCTTGTCCAATGCCCTGCTGCTGAATTAATGAGCACCACTCTTTCTTTTTACATGGAGAGTCCAGAAAATCCTCTTCCAACAACTGATGAGGTATTAATGTGCCAGGAGGAAACAACTGAAGAGGAGGTGGAGATCTTCCTTCGCCGATGCCTTGGAGGTGCTGCAAGCAATCATAAG---AAGATCTACACTCTGGTCAATCCAGGATCACTGAGTTATGATGTGAGCGTGGCATTGGTGGAATACTTTGAGACCCAGGAAGTGTGTGCTGGTCCT---TATTACCGGCTAGTGATGGTCTGTCCTGTTAACCAGG---ATAGATATATTCCTTCATTCTTTAGCAACTATAAGGTGC 
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s mm7.chr11     119549169 3473 + 122091587 GACAGAAAGACAGCGGTTAGGGAATTCAGTGATCATCTTTTTTATCTGTGATTCCTTTTTGCAGAACGCACGTGCACCCCTGTTCAAGTTTCTTGATCTCTTCCCCAAAGTCACCTGCCGTCCTCCCAAGGAAGTGATAGACATGGAGCTGACTCCAGAGAGGAGCCACACA------GACCCTGCCATGGACCCAGTGGAGTTCTGCAGTGAAGCTTTCCAACGACCTTACCAGTATTTAAAACGGTTCCATCAGCAGCA-GAACCTGGACACATTTCAGTATGAAAAAGGCTCTGTGGAAGGCTCTCCTGAGGAGTGCCTGCAGCACTTCCTCATTTACTGTGGCCTCATAAACCCTTCCTGGTCAGAGCTTCGGAACTTTGCTTGGTTTCTGAACTGTCAGCTCAAAGACTGTGAGGCGTCTATCTTTTGCAAGTCAGCTTTTACTGGAGACACACTTCGGGGCTTCAAGAACTTTGTGGTGACCTTCATGATCTTAATGGCCAGGGATTTTGCTACTCCGACTCTTCACACTTCAGACCAAAGCCCAGGTAGGCAGTCAGTCACCATTGGCGAAGTTGTTGAAGAAGACCTAGCTCCCTTCTCTCTTCGAAAGAGGTGGGAGTCAGAGCCCCATCCATATGTTTTCTTCAATGGTGACCACATGACCATGACATTCATAGGTTTTCACTTGGAGACCAATA--ACAATGGCTATGTTGATGCCATCAATCCCTCAAATGGTAAGGTCATCAAAAAAGACGTCATGACCAAAGAACTGTTTGATGGGCTGAGGCTTCAGAGAGTGCCCTTCAACATTGACTTTGATAACTTGCCCAGATATGAGAAGCTTGAAAGACTCTGCCTGGCACTAGGTATTGA--------GTGGCCTA-------TTGATCCTGATGAAACATATGAACTTACCACAGACAATATGCTTAAGATCCTGGCCATTGAAATGCGGTTCCGATGTGGGATCCCTGTTATCATCATGGGAGAGACAGGCTGTGGGAAAACCAGGCTCATCAAATTTCTTAGTGACCTCAAGCGTGGTAGTGTGGAGGCAGAAACGATGAAGTTAGTGAAGGTCCATGGAGGGACAACACCATCCATGATCTACTCCAAGGTCAAGGAGGCTGAGAGAACAGCCTTCTCCAATAAGGCCC----AGCACAAGCTGGATACCATCTTGTTCTTTGATGAAGCCAACACAACAGAAGCTGTAAGCTGTATCAAAGAGATCTTGTGTGATCGGACAGTGGATGGTGAGCACCTACATGAGGACTCTGGCCTGCATATCATTGCTGCCTGCAACCCATATCGGAAGCACTCCCAGGAGATGATCCTCCGCCTGGAGTCAGCAGGTTTGGGATACAGAGTGAGTGCAGAGGAGACTGCAGACAGGCTGGGCTCCATCCCTCTGCGGCAGCTGGTCTACCGTGTTCATGCTCTGCCTCCAAGCCTCATTCCTTTGGTATGGGACTTTGGGCAGCTGAATGACTCTGCAGAAAAGCTCTACATCCAGCAGATCGTACAGAGACTGGTG----------GACTCCGTCTCTGTGAATCCCAGTGAGACTTGTGTGATTGCAGATGTGCTCTCTGCCTCGCAGATGTTCATGAGGAAGAGGGAGAATGAATGTGGTTTCGTCAGCCTCCGGGACGTGGAGCGCTGTGTCAAAGTTTTCCGGTGGTTTCATGACCATAGTGATATGCTCTTAAAGGAGCTCGACAAGTTTCTCCATGAATCCAGTGACAGCACACATACTTTTGAGAGAGATCCTGTTCTCTGGTC---CCTGGTGATGGCCATTGGGGTATGCTACCATGCCTCTTTAGAAGAGAAAGCATCCTACCGCACTGCCATCGCCAGGTGCTTTCCCAAACCATACAATAGCAGCAGGGCCATCCTGGATGAGGTCACA----CATGTCCAGGATCTTTTTTTGAGGGGGGCACCCATAAGGACCAACATAGCCAGGAACTTGGCTTTGAAGGAGAATGTCTTCATGATGGTAATCTGCATTGAGCTTAAGATTCCCCTTTTCCTAGTGGGGAAGCCCGGCAGCTCCAAATCCCTTGCCAAGATCATTGTGGCAGATGCCATGCAAGGGCAGGCTGCCTTCTCTGAGCTCTTTCGCTGCCTGAAACAGGTCCACTTGGTGTCATTCCAGTGCAGCCCACACTCCACCCCCCAAGGTATCATCAGCACCTTCAAGCAGTGCGCTCGATTCCAGCAGGGTAAGGACCTGGGGCAGTATGTCTCAGTGGTGGTGTTGGATGAAGTTGGGCTGGCTGAAGACTCACCCAAAATGCCCCTGAAGACTCTGCACCCCCTGCTGGAAGACGGGTGCATTGAA---GATGACCCTGCCCCATACAAAAAAGTTGGCTTTGTTGGCATTTCCAACTGGGCTCTAGATCCTGCCAAGATGAACCGAGGCATCTTTGTGTCCCGCGGCAGTCCCAACGAGAAAGAGCTCATAGAGAGTGCTGAGGGGATCTGCTCTTCAGACAGGCTGGTGCAGGATAAAATCCGTGGGTATTTTGCACCCTTTGCCAAGGCCTATGAAACAGTGTGTCAGAAGCAGGA----------TAAGGAGTTCTTTGGGCTTCGTGACTATTACAGCCTCATCAAGATGGTCTTTGCCAAGGCCAAAGCTTCTAAAAGGGGGCTTTCCCCACAAGACATCACGCATGCTGTCCTCAGGAACTTCAGTGGTAAAGACAAC-------ATCCAGGCCCTGAGCATCTTTACAGCCAGTCTCCCGGAGGCC----AGGTACAAGGAGGAAGTCAGCACCGTGGAGCTGATCAAGCAGAACATTTACCCTGGCCCGCAGGCGTCCAGCAGGGGCCTGGACGGCGCTGAGTCCCGTTACTTGCTCGTGCTGACCAGGAACTATGTGGCGCTGCAA---ATCCTACAGCAGACGTTCTTTGAGGGT---------CAGCAA---CCAGAGATCATTTTTGGCTCCAGCTTTCCCCAGGACCAGGAATACACCCAGATCTGCAGGAACATTAACCGGGTAAAGATTTGCATGGAGACTGGGAAGATGGTGGTGCTGCTGAACCTGCAGAATCTCTATGAGAGCCTGTATGATGCTCTCAACCAGTACTATGTCTACCTTGGGGGTCAGAAGTACGTGGACCTTGGACTAGGCACCCACCGAGTCAAGTGCCGAGTGCACACTGCCTTCCGCCTCATCGTCATCGAGGAGAAGGATGTGGTGTACAAGCAGTTCCCTGTGCCCCTCATCAACCGTCTGGAGAAGCACTACCTGGACATGAACACTGTGCTGCAGCCGTGGCAGAAGAGCATCGTGCAGGAGCTACAGCAGTGGGCACACGAGTTCGCAGATGTAAAAGCAGACCAGTTCATTGCCAGACACAAGTACAGTCCTGCAGATGTCTTCATTGGCTACCATTCAGATGCCTGTGCCTCTGTGGTGCTGCAGGCTGTAGAGAGGCAGGGCTGTAGGGATCTGACGGAGGAGCTGTACCGAAAGGTGTCTGAAG 

a score=1670
s danRer3.chr12  33319366 193 +  37038836 GCCAAAAGCTTTCTCTTGAATTGTTCTACACCAGACTCTGTTCTTAGGTTGAAGTATTCAGAATTTGGAAATCAGGAGACAGAAAAACTTCAGAAAATGTATTTCCATCTGCAAAGCCATCAGTCTCTTAGAGACCTGTTAAACAACCATCTGAACAAAACTAATCAGGA---CAAGAACAGATTCTTAGAGGTAA 
s mm7.chr11     119552644 196 + 122091587 GCCAGGTCCATCCTGCTGGATTGTGCAACACCAGACGCTGTGGTCCGGCTGAGCGGTTCCTCATTAGGCTCGTTCACTGCAAAGCAGCTGTCACAGGAGTACTACTACGCCCAGCAGCACAACTCTTTTGTAGATTTCCTCCAGGCCCACCTGCGCATGACCCATCATGAATGCCGGGCTGTCTTCACAGAGGTGA 

a score=2220
s danRer3.chr12  33319642 177 +  37038836 TGTAGTCATATTAATGATCATGGT--TTCTGTCAGGTAACAACATTCTCCAATCTTCTCACTGGAGCTGATGTGAGAAACCTTGCTCCAGCCTTG---GGCTTGTCCACTGAGCGTTTTCTTCTGCTCTCTTTACACCAGTTTGACACAGAGGCTTCATTCTGCAACAAGATACAGTGAAGT 
s mm7.chr11     119554639 179 + 122091587 TGCGTTCTTGTCAACGCTCATCTCCCTCTTTGCAGATCACCACTTTCTCCAGACTGCTGACTGGAAATGACTGTGATGTCCTAGCATCTGAGCTGAGAGGACTGGCCTCGAAAC---CTGTGGTGCTGTCACTACAGCAATATGACACTGAATATTCGTTCCTTAAGGATGTCCGGTGAGGT 

a score=2131
s danRer3.chr12  33320307 43 +  37038836 TTTTTTCTGAAGGAGTTTGGCTGTCTGCACATATTGATGACCT 
s mm7.chr11     119557786 43 + 122091587 TGTTCTTCACAGGGCTATGGCGGTCTGTGCATATTGATGACCT 

a score=3606
s danRer3.chr12 33363481 233 +  37038836 TGTTTTGTGTGCAATACTCTGACCTTTCTGTCTTTCCTTCCTTCCC--GTCTTTCTCTCTGTGTG----------TCTGATAG----CAGTGAAGGCCACACAGAAGACTTCCTGGCTCTCTTCAACAGCAGCTCTGATGGACGGCGAAAACTTGCCAGCCTCTCCAAGATGTCCA---AAGATCGAACCACCTGGAATATTCTGGTAC-------TTCCCAACTTTCAAAAGTCT---AATTCCTGCCAGATTTCAGTCAG 
s mm7.chr11      1905019 254 - 122091587 TGCCTTCTGTAGAGCACCC--GCCTGTCT-TCCTTCCTGGCATCCCTAGCCCTTGACTTTGTGTGCATACTTCTCTCTGACACAGGCCAGCAGAGCCCACC-----GACTTCCTGATGCTCTTTGAGGGCAGCACCAGTGGGAGAAGAAGGGTGGCCAGTCTTAGCAAGGCATCCAGTGAGAAGGAAGCCACGTGGAACGTCCTGGTAAGGGGGTGTGTGAGGCAGCCATGAGTCCTGGTGTTCCTGCCAGATCACCATCAG 

a score=4252
s danRer3.chr12 33364145 250 +  37038836 CAGGATGACCAGCCGAGAGTGTTCCCTGTGCCCAGCAGTTCTCACAGTACCTGCAGTATGGATTCTCCTACAGGCCTAAAGAAGAGGGAAGCTGGAGTCTCTTTGGCAGCCAATTTCACTGCCAACAACAGGTGTGAATTCATTTTGTCCTGCCGCTCAGATTCTGT---GGATAGCTTTCAAGCATTCCTGTTGCCTGTGTCACTGACAACAGATTCACTTAATAGGCCATATT-----TCTTCTTGTCAGTAAAAG 
s mm7.chr11      1905499 242 - 122091587 CAGGATGAGCAGCCCAGGGGCTTGGCTTTGCCAGCCAGTGCTCAGAGTCCCAGCACCCTTGACTCTGCCTTGGGCCCACGGAGGAAGGA-----GTGTC-CTCTGGCACCCAGCTTCACCGCTAACAACAGGTA----------TTGTCCCACCACACACACCTGGTCCCAGGAGACTCTTTGTCTTTTATGTAGCTGGATTCAGCTACTTTGTACTGAGTGGAGAAGTCAAACTAATGGCTTTCCCCTCAGCCAAAG 

a score=4388
s danRer3.chr12 33366173 112 +  37038836 AGGAGTAATAAAGCAGCTGTGGGCAACGCAGTGACCACCATCCTTCATAACAACCA------CTCAGAGAAACCCCTCACTCCCAAGAGCTCCAATCAGAAA---CCCTCCTTTAAGTAGG 
s mm7.chr11      1906338 121 - 122091587 AGGAGCAACAAAGGTGCTGTGGGCAACTGTGTCACCACCATGGTGCATAACCACTATGCCTCCTCGAAGATGGTGTCGCCCCCCAAGAGCTCCAACCAGACAGCCCCCTCCCTCAAGTAAG 

a score=3781
s danRer3.chr12 33366692 128 +  37038836 ACAGGTATATTCAGCAAGTGAACCATGCTGCTATTATCATCCAGCGTTGGTATCGTCGACATGTCAACAGTAAGAGAGCCAATGAGAATACAATCAAACAGCTCCTTGCATCCAAAAAGAAGGTAATT 
s mm7.chr11      1908680 128 - 122091587 ACAGGTTCATCCATCAGGTAAACCAGGCTGCAGTTACCATCCAGCGCTGGTACCGCTGCCAGGTACAGAGGCGCCGAGCGGGAGCAGCAGCCCTCGAGCACCTGCTAGCGTCCAAGCGAGAGGTCAGT 

a score=1915
s danRer3.chr12 33367337 134 +  37038836 TTTTTTTTCTCTAGGAGAGGGAG---CAGAGAGCAGAAGAGGCAAAAACCACAGAGTCACTGAAAAAGAAAGAAGATGATCGAAAACGGATCAGAGAAGAGAAAGCTCGTCTGGCTCGACTCACTGCCATCCAGGTA 
s mm7.chr11      1909281 137 - 122091587 TTTGGCTTCCCTGGCAGGGGCAGAGGCAACGGTTGGGAGGTGGGAACCTTCTGGAACTGCACCGGCAGGAGGAGGCAGCAAGGAAGAAGGCCCGGGAGGAAAAGGCTCGTCAGGCCAGGCAGGCAGCCATTCAGGTA 

a score=5587
s danRer3.chr12 33369662 200 +  37038836 ACTTCATTCCTTCAGGAGATTC---TCCAGAGGTCTGTAAGCATGGAAGATC----AGCGACAGGGGGCGTCATCGAGCAGAGCGCAGTCAAAAACCACTCTCAATGATTTGCTGGACACTCTGAAGCTCTTAGAAGAGGAGCCAGAGAGACTGTCAGAGCCTAAGAGCTACAGGAAGGACAAATATTCCTGGATTGATGAGGTAAG 
s mm7.chr11      1910468 203 - 122091587 ACCTGTCTACTACAGGACATCCATTCCCAGGGG---GAAGCCAGACAAGACCTGGCAGTGTCAGGCT-CTTCCAGGGGCAAGGCCAGGGCCAGAGCAACCCTGGACGATCTTCTGGACACACTGAAGCTGCTGGAGGAGGAGCCAGAGCCGCTGCCTCACCCCAAGGCCTACCATAAGGACAGATATGCCTGGACTGACGAGGTGAG 

a score=7310
s danRer3.chr12 33371755 173 +  37038836 TGTTTTTCCAGGATGGAGATTCTAACTCTCTGACGACAGATAATGTGGAGCGGCACAGACAGCTGAGTCAAACTCCAGCTCTTCCAGATGGGGGCGCTTTGCTCTCAGAAGCCAAACTGCAAAGCATTATGAGTTTTCTAGATGAGATGGAGAAATCGGAGCAGGAGAGACCA 
s mm7.chr11      1910996 173 - 122091587 TGGCCCTGCAGGAAGAGGATGCCAACTCCCTGACAGCTGACAACCTGGAGAAGTTTGGGAAACTCAGCGCAGCCCCTGGCCCCCCTGATGACGGGACCCTGCTCTCGGAGGCCAAGCTTCAGAGCATTATGACCTTCCTGGATGAGATGGAGAAGTCAGGACAGGAGCGGCCA 

a score=3527
s danRer3.chr12 33372087 104 +  37038836 CAGCCACAGCTGCTGAGGTCACCGGCTCTATGATGAGACTCAGACTGGAGCTGGATGAGAAAAAACGCACCGTCAATATGCTACAGACTGCACTGGTAAAACAA 
s mm7.chr11      1911656 104 - 122091587 CGGGCTCAGGATCCGAGGGAAGCACGTCTGTGATGCGGCTGAAGCTGGAGCTGGAGGAGAAGAAACAGGCCATGGCTCTGCTGCAGAGAGCTCTGGTGAGACCA 

a score=5673
s danRer3.chr12 33374658 137 +  37038836 AGGCCCAGCAGAGGGAGCTGACGATCCGACACGTGAAGGAGACAGAGAAAGAGCTTAATCATACTTTTCAGCTACAGAAAGAGCAGTATGAAGCGACAATACAGAGACACCTGACATTTATAGACCAGGTATTAATC 
s mm7.chr11      1911930 137 - 122091587 AGGCGCAACAGCGTGACCTCACTGTTCGACGTGTTAAGGAGACAGAGAAGGAGCTGACCCGGCAGCTGCGGCAGCAGAAGGAGCAGTATGAGGCCACCATCCAACGGCACTTGTCCTTCATTGACCAGGTGACAGTC 

a score=5919
s danRer3.chr12 33375783 127 +  37038836 CAGCTGATTGATGATAAAAAGGCCCTGAGTGAACGCTGTGAAGAAGTAGTGGGAGAACTCAAGCAGGTCGATCAGAAATACACGAAGAAGATCGCCCAGATGCAGGAGCAACACGAGCTGGTGAGTT 
s mm7.chr11      1912134 127 - 122091587 CAGCTGATTGAAGACAAGAAAGTTCTGAGCGAGAAGTGTGAGGCAGTGGTGGCCGAGCTGAAGCACGGGGACCAGCGGTGTCGGGAGCGCGTGGCCCAGATGCAGGAGCAGCACGAACTGGTGAGCT 

a score=6763
s danRer3.chr12 33379333 139 +  37038836 GAACTCTCCTTTC----------ATCTCTCTCCTTCTCCACATAGGAGATTAAGAAGCTAAAAGAGTTAATGAGTGCCACAGAGAAGGTCCGACGGGAAAAATGGATCAACGAGAAGACCAAAAAGATCAAGG-AGTCACTGTAAAAGGT 
s mm7.chr11      1913697 150 - 122091587 GGACTCCCCCTCCGCACTCACTGACCTCCTGTGCTCTTCGCGCAGGAGATCAAGAAACTCAAAGAACTCATGAGTGCCACCGAGAAAATCCGGCGTGAGAAGTGGATCAATGAGAAAACGAAGAAGATCAAGGAAATCACAGTCAGAGGT 

a score=8238
s danRer3.chr12 33382005 208 +  37038836 CAGGTCTAGAACCTGAAATTCAGAAGCTGATCTCCAAACACAAGCAGGAGCTGAAGAAGCTGAGAGTTCTTCATGAGGCAGAGCTCCTCCAGGCGGACGAGAGGGCTGCTCAACGCTACGTCAGACAGAGCGAGGAGTTACGGCAACAGCTGGAGAAAGAAAAAGATGAACAGTGCCAGAGAGAAAGAGAATTGGCTAAGCAGAGGTA 
s mm7.chr11      1914392 208 - 122091587 CAGGTCTAGAGCCTGAGATCCAGAAACTAATTGCCAAGCACAAGCAAGAGGTGAGGCGGCTCAGGGGCCTGCACGAGGCTGAGCTGCAGCAGCGTGAAGAGCAGGCCGCACAGCGCCACCTGCGTCAGGCGGAAGAGCTGCGGCAGCACCTGGACCGGGAGAGGGAGGTGCTGGGCCAGCAGGAGCGGGAGCGCGCCCAGCAGAGGTA 

a score=1964
s danRer3.chr12 33441496 67 +  37038836 GTAGTCCCACTGAACCTCAGCAAACTGAAGCATCAGAACACTGCCTCTGGTGTTTACAACCACACTG 
s mm7.chr11     59135016 67 - 122091587 GTACTGCCACTTGACATTTTCAAACTGGAACACGAGAATGTTGCTGTCCGTGTGGGCCACCATCCTG 

a score=4971
s danRer3.chr12 33441693 171 +  37038836 ACTCACGTGTTGTGGTGCGTGTGCAGAGAAAGCACGGGGCATTGCTTCATGTTTGTCTTGATAACTCTCAGGCAATCTCCATTAAGAAAGTTGAAGATCCGGATCTTTCCATCCATGCAACCGGTAATGATTCGCAGGAACAGAAAAGACATTGCCAACACCTCTCTAAGA 
s mm7.chr11     59136486 171 - 122091587 ACCCACCTGTTGCCCTGATAAAAGAAGGATAGCACGGGGTCACCTCTGGCGTCGACTTTTATCACCTTCAGACAGTTCCCATTGAGGAAATTATAAATTCGGATCTTGCCGTCTCCACAGGCACTGATGACCCGGAGGTAGAGGAGAGACACCTGCAGCACCTCCCTAGAA 

a score=5539
s danRer3.chr12 33441943 171 +  37038836 ACTTTGGATGCTGGAAGGTCCGCAGGCACTTCTTAAAGCTACTATTAATGCTCCAGGCCTTGACGACACCATCTGAACCTCCAGACAGGATATGCCACTGATCGAAGCACAAACACAACACTGCCCCCTGGTGGCCACTGATTTGCTATGAAGAGAAAGATATAAGAACTT 
s mm7.chr11     59140865 169 - 122091587 ACTTAGGATGCTTGAAGGCCATCAGGCACCGTTCGTACTTTCCCACCATGCTCCAGGCCATGACCAGGCCGTCAGCACCTCCAGAGACGAGATGCCATTCGTTAAAGAACAGGCACTTCACAGCTCCCTCGTGCCCAGTGA--GAGTCTGCAAGAAAAAATGCCAGTACTT 

a score=3318
s danRer3.chr12 33442210 184 +  37038836 GCATAAGATCACTGATCATCTCTCACCCTTATAAGCAATGCTGTCTGGATGCTCCATATCCTGATCTGACCTCCAGAACAACTGCTGATCACCAGCGTTTCACTCATCTTCACGCACATGATTGGTTTAGGGTGTTTAAACTTCAGATTCTCAACACACTTTCCAGTCTGTAGATTCCACACTG 
s mm7.chr11     59142329 175 - 122091587 GTACCAGCTCACTGACGA---CTCACCTTTTGCAGCTGAGCTGTGACAACGTGCCACACCTTGACTATGCCTCGCTCACAGCTGCTCACAATGTAGGTCTCACTGATCTTGGCAGCCAAGATGGGATCTTTGTGTTTAAA------GGTCTTCAGGCACTTCCCTGTCTCTATGTCCCATTCTG 

a score=4090
s danRer3.chr12 33443213 280 +  37038836 AATCAAAGCCACTTACCTTTAACTCTACAGTCTTTGGCTCCAGAGACCAGCCTATCTCCAACCAAATCAAGGCAGTTTATAGTCCCAAAATGTCCATGAAAAATCATCATACACATGCCTGTTTTCAGGTTCCAGCACCTTCAAAAGCAGTAGAGAATTAAAGCACAATATTCTTTATTGCCAAcactgta--aaaatgctgggttccacacaatttctacatgtt---------------gtcctaacac------aattgattaagttatctgattcatttttacaaatttaagtgaatta 
s mm7.chr11     59147254 291 - 122091587 AATGCAAATTTCTCACCTTTCACCTGTCCATCTTTTGCTCCAGATACAAGCCTGTTCTTATAGACATCCAGGCAAGTGATTGTCCCCTGGTGGCCATAAAAGATTCGTACACAAGCCCCGGTTTTCACATCCCAGTATCTGCAGAAGTGAAGGCGCATTTTAG--AGATTTTTCTGACTGTCCAGAGGGTCCTGCTATATAGGGTTCCTTTAGATAGCTACATAGTTAAATAGGCAACAGGGTCTTGTCACTGTTGGCATTGGTAAGATTATC-------TTTATAGAAA---AAGTAAATTA 

a score=1236
s danRer3.chr12 33462272 133 +  37038836 CAGCTCAAACCGCTGTACAAGGAGCTTCTGTACACAATCACTCATCGATTAGGAAAACCACACATAAAACA-GCAATACAGTCAGAAGCAGTTTCAAGACTACATCAGAGAGGTAAACACAATATACACTTTAA 
s mm7.chr11      5905990 133 - 122091587 CAGCGGGACCTGCTGTATGAGGAAGCCCTCTATACTGTCCTGCACCGCCTGGGTCAGCCAGAGCCCAACCATGTGAAGGAGGCCTCGGAACTGCTGAG-CTATCTGCAGGAGGTAAACCCAGCCTCCACCCTCA 

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s danRer3.chr12 33465659 394 +  37038836 TCCTCTATTGCTAGGCTCCAACCTACTGCCTTGTGGTTACAGTGAAACAAGCCAAGGGAATTCTGGGGAAGGACATCAGTGGTA----------------------------------------------TGGTTTT---------------------ATCTGCTGGTTGTTTACAGGGGGCTGTTAATTTTAGTGTACTATAATAAACATAT------------------ACTAATAGACTTTAAGGGTATTTCATCTTTTATGCATCTGACTTTCTCTATTATTG-----------ATTACAGGATTCAGTGATCCTTACTGTCTGCTGACCATCTTATCTGAAGACAAGGAGTCTCCAGGTGGCGGAGCGTCTAATAAACCTCAGAAAGCAGTGGTGAGGGA-ATCAGCT----AAAGGACAAGTGTTGCAAACAAGCATAAAGAAACAGACGCTCAACCCCATCTGGGACGAGACCTTCAAACTGTGAGTG 
s mm7.chr11      5906354 491 - 122091587 TCCCATCCTTACAGAAGCCAGTATTTTGCCTGAAGGCCACAGTGAAACAGGCCAAGGGTATTCTGGGAAAAGATGTCAGCGGTGAGTGTGGTCAAGGTGTCCCTGAAAACCTCCTCTCCCCATCATAATCTGGCCTTGAGCTCTTCCAAAGATCCCCGAGCTGCTAGCCTCTTGCATGTAGACGCTGAGTCTCCAGGGACCTTATCCAGATGTCTCGGGAGGAGGCTGGGCCCCAGTGGGGCTGATGGGAATTCAAGGGGAGCTG--GCTGACTCCCTAGAGTCTTGTCTCTCACACCTTCCTAGGGTTCAGCGACCCCTACTGCCTGCTGGGCATCGAGCAGAAGGTTGGTGTAGCAGAGGGCAGCCCTGTGTCCCGACGTCGGCAGAAGGCAGTGGTGAAGCACACCATCCCGGAAGAGGAGACCCATCGCACCCAAG--TCAAGAGCCAGACACTTAATCCCGTCTGGGACGAGACCTTTATCTTGTACGTG 

a score=2261
s danRer3.chr12 33466122 86 +  37038836 TTCCTTGATTTTCACAGGGAATTTGAAAACAT---CAATGGCAATTTTCACATGGAGATGTGGTGTGTATTTTTTTTTTTTTTTGGAGA 
s mm7.chr11      5908081 89 - 122091587 TTCTTTTTTCCCTAAAGGGAGTTTGAGGACATAGCCAATGCAAGCTTTCACCTGGACATGTGGTGAGTGGCAGACCCTGACCCTGGGGA 

a score=2716
s danRer3.chr12 33466243 263 +  37038836 ATGTTTGTTTTAAAGGGACAAAGATGAGGAGGTGTCGCTGGTGCAAAAATTCGATGAGTTTTGTACAAACATCCATGGAATTAAAAGGTTTGAATAATTTAATGGTTTAAATTAAGAA-------------------CTAATAAACAAATGTTTATGGAAATCA-------TTTTTAAAAACGGTGTTGGCATTTAATCCTGACCG---TCTCCATGCAGGATGATAAAAGATGCGAAAAAAGAGAAAGGCCAGGATGACTTTTTGGGAAATGTTGTTCTGAAGCTGAAGGT 
s mm7.chr11      5908221 282 - 122091587 ACCTCCGGCCTGCAGGGACCTGGACACTGTGGAGTCTGTCAGGCAGAAGCTCGGGGAGCTC---ACGGACCTGCACGGGCTCCGGAGGTAGG-----TGCGGCAGACTCAGAGAGGAAGGACCCCCTCCCGCCCTTCCACATGCACCCTGGTTTCTGGAAGGCAGGCTCTGCCCTTGGGTACCCAGGTGGC--TGAACCTTCACCAATCTTTTAAAACAGGATCTTTAAAGAAGCTCGGAAGGATAAAGGCCAGGACGACTTTCTGGGGAATGTGGTTCTGAGGTTGCAGGT 

a score=5697
s danRer3.chr12 33468202 124 +  37038836 TGTGTGTGTTGTGTGC--AGGACCTGCATTGCACAGAGGACC-GTGGTATAACCTGGAGCCCCGAACAGAGACTTACCCAGACAGAGGACGATGTCATCTTCAGCTTAAATTTATTCACAAAGAGGT 
s mm7.chr11      5908634 127 - 122091587 TGCATGTCTTGCTTGCTTAGGACCTGCGCTGCCGAGAGGACCAGTGGTTCCCGCTAGAGCCCTGCACAGAGACCTACCCAGACCGCGGCCAGTGCCACCTTCAGTTCCAGTTCATTCACAAGAGGGT 

a score=3368
s danRer3.chr12 33474245 130 +  37038836 GCTTGTACAGGAAGTGGGTGGCATACAGCAAACTCTACCAAAGCCTGGAGGTGGAC-TCAACTGTGCTTTTCCAGCAGCTAACCAGTATTGAGTATCACTGGGACCAGCAGGAACTCCCACACCAGCAGGT 
s mm7.chr11      5911985 130 - 122091587 GTCTCTGCAGGCAGTGGTTGGCCTACAGCCGCCTCTACCAGAGCCTGGAGTTCCCCAGCAGCTGC-CTCCTGCACCCCATCACCAGCATAGAGTACCAGTGGATCCAGGGCCGACTCAAAGCAGAACAGGT 

a score=1801
s danRer3.chr12 33478240 79 +  37038836 CTTGTTTCTTGCTTTCT------AGAATGGCACAGAAGAATGGTTTAATATTAAAAAAGGTTTACATCAGCCTATGACAAAGGTA 
s mm7.chr11      5912580 85 - 122091587 CTTCTTCCTGCCTGTCTTCCAACAGATGGGCACAGTTGAGTGGTTTCACCTGATGCAGCAACACCATCAGCCCATGGTACAGGTA 

a score=3186
s danRer3.chr12 33485416 534 +  37038836 cacacacacacacacacacacacacacacacacacaTATATATATATAAATCATTGG-------TTCTAGATCTCATTTTAGA---AAAACTGaaaat------aaaatgaataaaaaaattataataattttGTTTTGGTAAAAGAAATTCTTTACAATTATTTGTGAATTTCTCTAGGAATTCCta-----aattaaatg---attttaaact--aattatcagtatatatttttttattaaaataaaaaaagtaaatataaatctttttttaatGTTCA------GATTGTTTTAATCTACCACAATGTGCATCTAAACCACTTATTTTCCACTGAAGCATTCTCGGATTTTATAGTATACTTTATATTGTTAATATATGTATTAACATCTAATTTTTCAGACAGAGTTTCTCTTGTGGTGTGTGGTGTTTTAGCTTGATCTCTGTGAAGATCCACATGTGGTTATAACTGTTCCTCTTCATGGTTTCTGTAGCTATGCGTGGTGGTGAAC----------GATCTGGAGCATCTGCACACTGTT----CTGACTCGTCTGCCAAAGCAGCTCAACT 
s mm7.chr4      77158148 535 + 155175443 catgcctgtgcccacaaatgtatacacaCTTACAAATATATATAGACAAATATTTAGGCTGTTCTTCTATATTTGTATTTCCACATAAAACTTAAAATTTGTTAGAGTTTAAAAAGAATAGCTTTACAATATCATTTCAGTA---GAATCTCTGAATTAATGATTCCAAATCTTAATATGT-TTCCTATCTGTGGTCAAATTTTCATTTTATACTTTGATATTAAGAATTTTTTTGTTTTTTGAGCT------------TGTAAGTACTTTATTA-TGTTCATACAGAGATTACATATACCTTGGGTAATCTTCA--------AATTAGTCTAAAGTGCAGTATTTTGCAATTTTATTTTATATTGTATATTGTTAATATATGAAAACCCATTCACTTTTTGAGCC-----TTGTTCTGTATTGTTCAATATCTTATACT--TCTCTGGTTACATC------------TTACACTTTGTATGTATAGTTTTGGGAATTTTATA-AAAGGTAAACCAGGTCATTGCATCTAAATTATCTGTTTTCTGTTTATCTAAATTCTTCTGCATTAGAACCTCAGTT 

a score=2419
s danRer3.chr12 33502731 176 +  37038836 AGCATTATGACTGTGGGATGTTGATGTTTGGCTGGTGTTCGGTGCACAGCGGGCACTCTGTGGAAGTGGCACAGCGCTCACAGTGCAGACCGTGCTGGCATGGTAATGTCACTGATCCCAATTCATCACAAGATACACAATATAATCTCTGCTTCCTGAACACAGCCTGAAAGAAA 
s mm7.chr11      5922560 170 - 122091587 AGGGTCACGACTGGAGGGCATGG--GCCCGGCTGGGCTG----GCAGACGGGGCACTCACTGCCCTCAGCACAGAGCTCACACAGAACAGCGTGTTGGCACGGCAGCACTGCCCGGGTCTGCTCCTGACACTTAAGGCATTTCACTGACTGCATGTGGAACACAGCCTGCGGGGAA 

a score=2283
s danRer3.chr12 33504649 256 +  37038836 TGCCTACCTGTTCTACAGTGCGCAGGCAGGAGCAGATCTGTGCCTGCAGGCTGCAGATGGAGCTGAGAGGCAGTCTGTGCAGG--AGCTGGAGCTGGTGGAGCTGTAGATGAGGGTTTTCCGCAT-GTCTG-AGAGTCTCCAGCGCCTCCTCCAGGAGAGCGGCCTGCTGCTGCGCCTCCACCTCTGCCTGCCGTGCTCGTTCCGCCTC-CATTC----CCAGCTGCCCTG-CCAGTAGACGAGCGTCCTCCGCATCCGCCTTCAA 
s mm7.chr11      5923298 244 - 122091587 TGTCCACTTGTTC---------CAGGTGGACCCGCAGCTGCTTCTGGATGGAGTACAGGGTGGAGAGGGACAGCGCCTCCAGGTCAGGGGCGGCTGGCAGGG-------TCTGGGCTTCTGGCACCGTGTGCAGCCGCTCCAGCTCCTCCTGCAGC------TTCTTCACCCGCAGCTCCAGGGCATCCCGCTGCTCCCGGGCCAGCTCACACTCTGCTCCGGCTGCACTGGCCCGCTCACCAGCCTCCTCCGCTTCCTTCTTCCA 

a score=4690
s danRer3.chr12 33508047 189 +  37038836 ACCTGAGCCATCTGTCTCCAGCTGTGGTCCCAGTGTTTCAGCACTCTGTGAGCTTCCTCCACTTCCTGTTTGAGCCGTGATGTCTC-GCTGTACATGCTGCCTGCTGACAGCAGAGCTGGAGGAGTACCTGGAGAACTCTGGCCTGTTGGAAAATGCTCCCAAATACTGCTGCTCATGCCATTTAAACCT 
s mm7.chr11      5924116 186 - 122091587 ACCTGCTTGGCCTGCTTCCAGGACTCCTCCCACTGCTTGATGGTGCCGTTAGCTTCATCTAGCTCTTGCCGAAGCCGGGCCAGCTCAGCAGCCCCTG--GCC--CTGATAGGAAGGCAGGGGAAGTGCCTGGGGAGAAGCTTCCAGAGGCAAAATGCTCCCAGATGCTGCTGTTCATCCCGTTCAGACCT 

a score=5993
s danRer3.chr12 33511456 224 +  37038836 ACCTAAAGAACCGTGGGACG------TCCCCAAAAAACTGCTTTCTGATTGGCTAGGTTGTGGCAGCTGTGCTG--AGAGGAATGGCGAGTGGTGGGCTCTGATTGGTGGAGAAGGTGAGGGCGATCTGAAAGGGGAGGGGCTACTTAAAGAGCCAGGGATGTTGACAGGTGCTGAACTCTGTAATTGACTGCCTCCTGCAGGA-------AGAAAGAACACAGGATGAATTTCAGCAC 
s mm7.chr11      5926161 234 - 122091587 ACCCAAAGATCCATGTGATGCTGAGGTCCCCAAAAACGTGTTTTCTGACTGACTCAA--GTGGCCCTGGGGCTGCTGCAGGAAGTGTGAGGAGAGG---CTGACGGGAGGGGATGGAGAAGCAGAGTGGAAGGAAGCTGAGCTGCCCAGGGAGCCAGGGATGTTCACAGGCGCGGAGCTCTGCAACAAACTGCCACCTGCAAAAGAGAGCCGGAGGGCGGGCTGGGTGAGGGCCAGCGA 

a score=3552
s danRer3.chr12 33511720 193 +  37038836 AGTAAACCTCATCACCGACCTAACATGAGGCCCATGCTGGGTAGAGCTGAAC---TCTCCAGACTTTTCTCAAGAGCCGATACTCCAAAGTCATTCAGGTCCAGATCATCCAATGCAGATTCTAGTGAAGAGGGAGAAATAATTGATTTCATAGTATCTTTTTCCT-GCTATAGATGTCCAGTCTCCAAATATTCCA 
s mm7.chr11      5926441 196 - 122091587 AGCCACCCACAGCCAGTACCGATTGTGACGCTGCTGGGGTGGGGCACTGCGCTGTTATCAAAAGTCTTCTCTAGGGCAGCCACTCCAAACTCATTCAGGTCCAGGTCATCCAAGGCAGACTCTAGGGACAGAGACTCAAGTGTGGGCTCCCAAGGACCATCCCCTTGGCTCTGGGCTTCCTG-CCCTGACTACTTCA 

a score=8405
s danRer3.chr12 33514958 178 +  37038836 TCACCCACTACAGACTCCACCGTGTCGCTGGTGGGGTAGAAAGGCAGAGCGTTGGCGTTCATGCCTGAAGACGGGCCGGGTGGAGCAGGACTGGGTGGTGTGGCTGCCAAGCTGGAGGGGACACTGGAGGACATACTG------AGAGGACTGCCAACAGGCAAAAACACCAACAGATCCTGAA 
s mm7.chr11      5927527 184 - 122091587 TTACCTATGACCGACTCTACCGTGTCGCTGGTTGGGTAGAAGGGCAGAGCATTTGCATTCATGCCAGGGGTGCTGTTGGTGCCTGCAGGGCTGGGGGGAGTGGCTGCCAAGCTGGAGGTAATACTGGAAGAGATGCTGGAAGTCAGGGGGCTGCCCACAGGGAGGATGCCCAGCACGTCCTGCA 

a score=1995
s danRer3.chr12 33521261 233 +  37038836 GAGTTTTCTAACCAAGGTTTTCAAATATGCAAAGTACTGCTGCAATACCTGGTCTTCCCTCTCAAATCCTGGAGCTTTCCCATAACCCCCCTCTGCTCCAGGACTGGCATCGAGACTGCAGGAGTCATCAAACAGCCCCCTTCCCAGCATGCCCTCCTCCGTTAATGTGCTCGGGCCGCTGTGACTGAAGTCCTCAAAAGCAGCAGAGAGAGGAGGAGAACTGCACCCGTCAC 
s mm7.chr11      5928841 196 - 122091587 GAGTCTTTTA-CCTGGCACTTGAAATTCTTCAGGTACTCTGCCCCAACCTGGTCTTCCCTTTCGAAGCCAGGAGCTTTCTTGTAGCTGC--------CAGGGGCAAGGCTGGACTCCCCAGGGAAGACCAGA------CCCTCCAGGTTTGAGGCCTTCC-------TGCTGGGGCC-------------TGGTGGGGAGCTGC--AGAGGTGAGACGGACTGCCCAGGCCAC 

a score=5381
s danRer3.chr12 33521653 90 +  37038836 TACTTTCTAAATGGGCAAAAGCACAGAACGGCCCTCTGGGACAGTTTCCACTCTGCTGAATGTCATTGCATTTGGTGGATTTGTAAATCT 
s mm7.chr11      5930997 90 - 122091587 TACGTTCTATGTGGGCGAAGGCGCAGAAAGGTCCTCGGGGGCAGCTGCCCGCCTGCTGCATGTCATTACACTTGGTGGACTTGTAGATCT 

a score=7104
s danRer3.chr12 33524850 122 +  37038836 ACCTCCGGGTGGAACTGCTGTTCTGTGCGTGTGTGGCAGTACTGACAGCCTTCTCCACCCTCACATTTACTAGGATCGCCCCATTCATCACTGTGCTTCACCGAGGGACACGGCAGCGCTCT 
s mm7.chr11      5931736 122 - 122091587 ACCTCTGGGTGGAACTGCTGCTCTGTGCGTGTGTGGCAATACTGGCAGGCGTCTCCGTTTTCACACTTGCCAGGGTCTCCCCACTCATCCCCATGCTTGACGTTTGGACACGGAGACGACCT 

a score=8390
s danRer3.chr12 33539481 181 +  37038836 TCACCCACTACAGACTCCACCGTGTCGCTGGTGGGGTAGAAAGGCAGAGCGTTGGCGTTCATGCCTGAAGACGGGCCGGGTGGAGCAGGACTGGGTGGTGTGGCTGCCAAGCTGGAGGGGACACTGGAGGACATACTG------AGAGGACTGCCAACAGGCAAAAACACCAACAgatcct----cgagag 
s mm7.chr11      5927527 191 - 122091587 TTACCTATGACCGACTCTACCGTGTCGCTGGTTGGGTAGAAGGGCAGAGCATTTGCATTCATGCCAGGGGTGCTGTTGGTGCCTGCAGGGCTGGGGGGAGTGGCTGCCAAGCTGGAGGTAATACTGGAAGAGATGCTGGAAGTCAGGGGGCTGCCCACAGGGAGGATGCCCAGCACGTCCTGCAACGAGAG 

a score=8321
s danRer3.chr12 33544935 148 +  37038836 AACAGACCTGTATTTGTGCTTGTGAGGGCTCCGTCTGCGGTCTTTGCTGTTGTGATAGTAGGGACATGCGTAGCCCTGACGGCACAGGCGAGGAGGTTTTTTGCAAAGCTCAGTCTTATAGTGAGAGAGCACAAAACTGTTATCTGCA 
s mm7.chr11      5932363 148 - 122091587 AAAGGACCTGTATTTGTGCTTCCGGGGACTCCGACGCCGGTCCTTGCTGTTGTGGTAGTAGGGACAGGCATAGCCCTGGCGGCACAGCCGTGGAGGCTTCTTGCACGGCTCCGTCTTATAGTTCCCCAGCACATAAGCAGTCTCTACA 

a score=3097
s danRer3.chr12 33545151 192 +  37038836 GAGGCTGATTTCACCTTGCCAGCGTGGATCTTCACTCAGGATCTTTTCTATGAGTGCAGTGCTGGCCACAACTCCAGACTGGCCTTCTCCAGACGAGCCCTCGGTCAACCCAGTAGTGGCCTGGGCTTCTAATACCTGGACCTCTCT--GATCAGAACAAAAATAAATACATATATCACATGGTAGATGGTAAG 
s mm7.chr11      5933084 194 - 122091587 GAAGTTGCCTGTACCTTGCCACCGGGGTTCCTCACTGAGGATTTTTTCTATCATGGCATGGCTTGCAGCCCCAGCTGACTGGCCTTCTATGCTGCCCTCTACTGTAGTCTGGCCATTCTGCAAGGCCTCCATGGCCTGGAGCTCCCTGGGAGAAGAGAAGAGGCAAGGACAGACAGTGTGGGGAGGAGCACAAG 

a score=10117
s danRer3.chr12 33547507 191 +  37038836 CAGCTACACACCTGATGTCATATACAGGGCTTCTGAGGTCATGTGACCCATGAGCAAAGGCACAGTGAGGGCCGTTTTTACTGCAGTGCCCCTTTCCATCAGTCTCGTGGATACAGGAGCCGGTCTTATAGTAGCGCAGGTGATACCGCCTCTCTGTGTCTCCAGCTGTTCTGTGTAGAAATGGACACCTG 
s mm7.chr11      5933370 191 - 122091587 CATCAGCCTACCTGATGTCGTAAACAGGGGAGCGGAGGTCATGAGGCCCGTGGGCAAAAGCGCAGTGCAGGCCATTTTTGGTGCAGTTGCCTTTTGAGTCTGTCTCATGGATGCAGATTCCAGTTTTATAGTAACGAAGGTGATACCTGCGCTCAGTGTCCCCAGTGGTTCTGTGCAGGAATGGGCACCTG 

a score=11301
s danRer3.chr12 33551218 221 +  37038836 GGTTCTTACTCATCCCCATCAGGACATGTCCCCGTGCCCTCATCGTATTTAACGCAGTACACGTCAGGGCTGTAATTAAAGGTTCCATCTCGTCTGCGAATCGGCCTCCGTCGTCTCTGGTTCAGGAAGTGCCAGTGAAAGCAGGTGAAAGGCCTGTGCTGAGTACACTTGTGCTGAACAAAAAGAGGACACTGTTCTGTCCGAAACTCCTTCAGATACCT 
s mm7.chr11      5934647 221 - 122091587 GGCACTCACTCGTCGCCCTCGGGGCAGAGGCCTGTAGCCTCGTCATACTTCGTGCAGTAGACATCTGGACTGTAGTTGAAGGTGCCATCCCGTCGGCGGATGGAACGGCGGCGACGCTGGTTCACAAAGTGCCAGTGGAAGCAGGTATAGGGCCGATGCTGTGTGCATTTGTGCTGCACGAAGAGTGGGCACTGCTCTGTGCGGAATTCCTTCAGGTACCT 

a score=20748
s danRer3.chr12 33587339 658 +  37038836 GCTCGAGGCGGCTTCCATTAGGCTTACCGTCTGTGCCGGTTGCACAGTGTGTATCCGGTTTACAACCCGATTACGAAAAGCACACCCAAACACCTTTTT--GAACCCCTTACGGAAGTGTTTGGACACCAGAGCGTACACGATTGGATTCAGGCAGGAGTTGGCGTACGCAACCAAATGCGATAAAATGCGAAGAACGTACGTGGTGTGGTTTAACGGGAAATGGCCAAACCACATGCACAAGATAACCAAGTGATGAGGCAGCCAACATAAACAAAAAAGCACAGCGACTATGATTATCATTTTGGTCACCTTGCGCTTGGCCTTGCGTGATTCTGACATGTCCTGCATGGGGTCCACGGAGGTCCAGAGGTAGCGGATGGTGCGGGCGTATGTGATGCCCAGAATGAGGACTGGGATCAGGTAGCCGAATATGAAGGTGCAGATGTCCATGGCCTGGCGATGATGGACGCTCCATGCTGGGATGCAAACGGTGGTACCGTCTAGGTCCATCTGCTGGTAGTAGCTGAGATAAGGGCTGGAGAAGAAGAGCGAGAGCGCCCACACCAGGCTGATGGAGGTCAGGGCGTTACGTGGAGTTCGCGTTTCTCTAGAGCGCAGAGGATACCGTATGGCAAGATATCTGTTGAGAAAATACAGC 
s mm7.chr11      5698991 659 - 122091587 GTTCCAGCATGCCACCACTATGGTTTCCAGGCGC-CAGGATGCACACTCGGCCTGAAGCTCTCCTCGGGGCACGGCGTAGCAGGCCCGCGCAGATTTTGCGGAAACCTTTGCGGAAATGCTTGGAGACCAGAGCATAAACGATGGGGTTGACACACGAGTTGGCATAAGATACTAGATGTGAAAGGATGCGCAGGGCGTAAGTGGCACGCGTGAGCGGAAAGCGACCAAACCACACGCAGAGGATAAGCGCGTGGTGGGGCATCCAACAGAGGCAGAAGAGTACCGCCACGATGACGATCATCCGTGTCACCTTGCGCTTGGCGCGCTGGGAACCTGAGCCTGCAGCTACTGGGTCAACTGTGCGCCAGAGGTAGTGCAGGGTGCGCGCATAGGTCAGGCTGAGCACCAGCACTGGCAACAGGTAGCTAAAGACAAAAGTGCAGAGGTCCATGGCGCGACGTCGTGGTGCGCTCCACGCTGGGTGGCACACCGTCAGATTGGCCAGCTGCGACTGACTGTAGTAGCTCAGGTAGGGCCCGGAGAAGAGCAGTGCTAGCCCCCAGATGAGCCCGATGGCCGCCAGCGCGTTTCGAGGTGTGCGCAACTCTCGGGAGTGCAGCGGGTAGCGGATGGCCAGATACCTGAGTGGACAGTGGGGC 

a score=12986
s danRer3.chr12 33590800 327 +  37038836 ATAATGTGGACGCACCTGTCCAGAGACACTGCAGCAAGAGTGAAGATGCTCGCGTACATGGTCAGGTAAATAATAAAGTGCACGGCTTTGCACACGAACGCGCCGAAAACCCACTCGTCCATGGTGTAGATAGTGGCCTGGAGCGGCACGCAGAAAACGATGAAGCAGAGGTCTGCCAGCCCGAGGTTCAGGATGAACAGGTTGGTGCTCTTTGTGTTCATCTGGCCGTTGCGAATGAGAACGGCGAGCACTAGACAGTTCCCCACAGTACCGACCAAAAAAATCATGGAGAATATGAGAGAAATAATCACCGACTCAACTTTCCAG 
s mm7.chr11      5700677 324 - 122091587 AGAATGTTCACTCACCTGTCCAGCGAGACAGCGGCCAGCGTGAAGCTGCTGGCGTGCATAGTGAGGAAGATGAGGAAATGAACGGCCTTGCAGAGCAGTGAGCCAAACACCCAATCGTCCAGGGTATAGATGGTGGCCTGGAAAGGCACGCAGCACAGGATGAAACACAGGTCGGCCACACCCAGGTTGAGGATGAATAGGTTCGTGGTGC---TGACCGCCTGGCCGCCGCGCAGCAGCACCGCCAGCACCAGCGCGTTGCCCACAGCGCCCACGAGGAAGATGAGCGCGAAAAATAGGGGTACGAGGACCGCCTCGGGCTGCCAG 

a score=1978
s danRer3.chr12  33593035 634 +  37038836 GAGCATACCCCGCTGGGTAGAGGAGAGAGCGTGCCCTGACAAGCATAAGAGAGAGTGTGCCCTGACGAGCATAAGAGAGAGAGTGTGCCCTGACGAGCAGAGGAGGG----------AGAGAGAGAGAGAGAGATTGCCCCGATGGGCAGAAAAGAAAAAGCGTTCCCTGACAAGCAGACGAGAGAGTGCCCAGACAGGCAGAGGAGAGAGCGCGTGCCCCGACATGCCAAGG--------------AGGGAGAGGGAGAGAGAGAGCCCCCCAACAGGCAGAAAAAAGCATGCCCCGATGGGCAGAGGGGGgaga------------------------------------gagagagagagagagagagCCCCAACGGGCAGAGGAGAGAGAGAGTGCCCCGATGGGCAGAGGAGAGAGAGAGTGCCCCGACGGGCAGAGgagaga------------------gagagagagagagaCCCTTCG-GCAGAGGAGAGAGAGGTTGACTCGACCAGCAGAGGAGAGAAAGATTGCCCCGACGGGTAGAGGAAGGA----------------------------------------------------------------------------GAGCTTGCCCCGACGGGCCGAAGACATTGAGAGCATGCCCTGACGGGCCGAAGACATCCGGAGTGTTC-------------------------CCCCACGGGTCGAAGACATTCAGACcgtactcacacaaagtacag-------ttgccttgaactgggccaagcacgcttgacccccttcccgtctc 
s mm7.chr11     121293683 797 + 122091587 GAGCGTGCTCCACTGGGTGCAGGGGTGAGCGTGCTCCACTGGGTGCAGGGGTGAGCGTGCTCCACTGGGTGCAGGGGTGAGCGTGCTCCACTGGGTGCAGTGATGTGTGTGCTCCACTGGGTGCAGTGGTGAGTGTGCTCCACTGGGTGCAGGGGTGAGTGTGCTCCCCTGGGTGCAGGAGTGAGCGTGCTCCACTGGGTGCAGGGGTGAGTGTGCTCCACTGGGTGCAGTGATGTGTGTGCTCCACTGGGTGCAGGAGTGAGCGTGCTCCACTGGGTGCAGGGGTGAGCGTGCTCCACTGGGTGCAGGGGTGAGCGTGCTCCACTGGGTGCAGTGATGTGTGTGCTCCACTGGGTGCAGTGGTGAGCGTGCTCCACTGGGTGCAG--GGGTGAGAGTGCTCCACTGAGTGCAGGGGTGATCATGCTCCCCTGGGCGCAGTGGTGAGCGTGCTCCCCTGGGTGCAGGAGTGAGCGTGCTACACTGGGTGCAGGGGTGAGTGTGCTCCACTGGGT--GCAGGGGTGAGTG----TGCTCCACTGGGTGCAGGGGTGAGAGTGCTACACTGGGTGCAGTGATGTGTGTGCTCCACTGGGTGCAGGGGTGATCATGCTCCCCTGGGCGCAGTGGTGAGCGTGCTCCCCTGGGTGCAGGA----GTGAGCGTGCTAC-ACTGGGTGCAGGGGT---GAGTGTGCTCCACTGGGTGCAGTGATGTGCGTGCTCCACTGGGTGCAGGGGT---GAGTGTGCTC-CACTGGGTGTAGGGGCGAACTCCCTTGTGCT----CATCCATGCTTCAGAACCTCCCATTCCC 

a score=4455
s danRer3.chr12  33616932 477 +  37038836 GGTAAAGACTCGCTGGCGTTTGAGAACGGAGGACCATAGGTGCTTGAGGGCAAAGGCTCATCAGCGTTTGAGGGCAAGGGCTCGTCAATGTTTGAGGGCGAAGGCTCATCAGCGTTTAAGGGCGAGGGCTCGTCTGTGCTTGAGGGCGAAGGCTCGTCGGCACTTGAGGATAAGGGCTTGTCGGCGCTTGAGAATGAGGGCTCGTCGGCGCTTAAGGGCGAAGGCTCGTCTGCACTTGAGGATGAGGGCTCATCGGCGCTTGAGGGCGAGGGCTCGTCTGAACTAAAGGGAGATGGCTCGTCGGTGCTTGAGGGCGAGGGCTCGTCAGCTCTTAAGGACGAGGGCTTGTCGGCATTTGAGGGTGAGGGCACGCCGATATTTGAGGG------------------------CGAGGGCTCACTGGTGCTTGTGAGCAGGGG----TAGGTGGCATTTAAGAGTGAGGGCTCGCCAACTCTAATAGACAAAAACTCACTGGAGATAG 
s mm7.chr1      150380830 502 + 194923535 GGTTCAGGCTCCTTGGGAGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGGGTTGTAGGTTCAGGCTCCTTGGGGGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGCGTGGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGAGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGAGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGAGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGAGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGGGTTGTAGGTTCAGGCTCCTTGGGAGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGCGTGGTGGGTTCAGGCTCCTTGAGAGTGGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGAGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGGGTTGTAGGTTCAGGCTCCTTGGGAGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGAGTGGTGGGTTCAGGCTCCTTGCGGGTGGTGGATTCAGGCTCCTTGGTGGTGGTGGGTTCAGGCTCCTTGGTGGTGGT---GGGTTCAGGCTCCTTGGGAGTTGTGGGTTCAGGCTCCTTGGGGGTGG 

a score=1873
s danRer3.chr12  33621852 69 +  37038836 TCAACATTATTAATATCTGTTCTTGTTATATTTCGTGTTCTTTCTTTTGTCGTTATTTGTTTTTCAATG 
s mm7.chr1      150381622 69 + 194923535 TCAACATCTTTATCAGATGTTTTCTCTGCACTCCGTGTCTCTTTAGCTGAAGTCGTCTTTTTTTTACTG 

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s danRer3.chr12  33714975 1047 +  37038836 AACTTGTGAATCTGACTTTGCACTCTTCTCTTTATCTC----------TATAGAGTGAGGCAATATGAATTCAGGTA-AGGTGCAGTACTCTGGAGT--GAAGAGCAGTGACAATATTCAAAGTGTG--GTCACTGACGACAGCTGTTACTCCAAGAAGAAGCGATATGTGAGAAAAGATGGGAGCTGTAACATGGTACCCCGGCATGTTCCAGAAAAGTGGCTTCTGTGGGTCACTGACATCTTCACTACCTTGGTGGAGATCCGCTGGAGAGTCATGCTCTTGACATTTGCCCTCTCCTACATCTTATCTTGGCTGTTTTTTGGAATTCTATTCTGGATCATTGCATTAACACATGGCGATATGAAAAAC---CCCAACAATGAGCCATGCGTTTATGAGGTTCGGAGTTTTACAGCTGCTTTTCTTTTCTCATTAGAGACCCAAACCACTATTGGTTATGGCTTTCGGGGGATGTCTGAGAACTGTATGATCGCTATCATCGTAGTTACCATCCAAGATGTCATTAGTGTGTTCATTGACACTTTTGTCATTGGCATTGCCGTTGCCAAGATGGCGTCTGCCCGTAAAAGAGCCCAAACAGTTGGATTCAGCAAGTGTGCAGTGATCAGTATACATGATGGTCACCTATGCCTATCATGGCGGGTCGGGGACTTCCGGAGGAACCATATGGTAGAAGGAACTTCTAATGCACAGCTAATAGAGTTCCAAGCAAACAACAACACAGGGAAAGTTGACATCACATACAAAGACCTCA------TCATTGAAGAGAGGAGCGTGATCTTGGCAACCCCAACCACTATAATCCATAAAATACTCCCTGGAACGCCTCTATACAAGATGAGCTTAAAGGATCTAAGAAAAGAGAGCTTCGAACTAGTGGTCTCTTTCACTTACACAGACGATTGCACGGGCATCCTTCACCAGACTCGCACATCTTACACTCCAAGCGAGATTCTGTGGGGCCAGAACTTTCAGGAGATGATCAGGGTCACCCGCAAGAACTACAGAGTGGACTACGCCCTATTCAACCACACGGTTAAAGTC 
s mm7.chr11     111133502 1054 + 122091587 AACTTTTAA--CTGACATCGGACTCCTCTGAATGCCCTAAAGGACCAAGAAAGAATGAGCTATTACGGAAGTAGCTACAGGATCGTCAATGTGGACTCCAAATATCCAGGCTATCCTCCAGAGCATGCCATCGCTGAGAAGAGAAGAG----CAAGAAG--GCGCTTGCTCCACAAAGATGGCAGCTGTAATGTGTACTTTAAACACATTTTTGGAGAATGGGGGAGCTACATGGTTGATATTTTTACCACTCTTGTGGATACCAAGTGGCGCCATATGTTCGTAATATTTTCTCTGTCTTACATTCTCTCCTGGTTGATATTTGGCTCCATATTTTGGCTCATAGCCTTTCATCACGGAGACCTATTAAGCGATCCAGATATCACCCCTTGTGTTGACAACGTGCATTCATTTACGGCTGCATTTTTATTCTCCCTGGAGACCCAGACCACCATTGGATACGGTTACCGCTGTGTCACCGAAGAGTGCTCTGTGGCTGTACTGACAGTGATCCTTCAGTCCATCCTCAGCTGCATCATAAACACCTTCATCATTGGAGCAGCCTTGGCAAAGATGGCAACTGCCCGGAAGAGAGCCCAGACCATACGCTTCAGCTATTTTGCCCTCATTGGTATGAGAGACGGGAAGCTTTGCCTCATGTGGCGCATAGGTGACTTCCGACCAAACCATGTGGTAGAGGGCACGGTGAGAGCCCAACTTCT---GCGCTATTCAGAAGACAGTGAAGGGAGGATGACGATGGCGTTTAAAGACCTCAAACTCGTCAATGACCAGA------TAATCCTGGTAACTCCAGTGACTATTGTCCATGAAATTGACCATGAGAGCCCTCTGTATGCCCTTGACCGCAAGGCAGTGGCCAAAGATAATTTCGAGATTCTGGTGACATTTATTTATACTGGTGATTCCACTGGGACATCCCACCAGTCCAGAAGTTCCTACATCCCCAGAGAAATTCTCTGGGGCCACAGGTTTCATGATGTATTGGAAGTGAAGAGAAAGTACTACAAGGTGAACTGCTTGCAGTTTGAAGGAAGCGTGGAAGTC 

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s mm7.chr11     111181874 43 + 122091587 CCTAACACCCCCCTTTGTAGTGCCAGAGACTTAGCAGAGAAGA 

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s mm7.chr11     61151823 239 + 122091587 CCTGGTGGAGAACAAGTTCCTCCTGCCCAGCGCCAACTCTTTCTGCT------------ATGAGAACGAGC--TGGCCTTCCTGAGCAGAGA------TGAGGAGGACGAGGTGGCTACCGACCGGGATGGCCGCAGCCCTCAGCCCGAGC-ATGACTTTGACAGACTGCAGGCCAGCAGCGCTGCCCTTGAACGGCCCTACAGACGGGAGTCGGAGATTTGAATGCCC---------------------TTGGCTTAGATGCAGCACCACCCTGACCACA 

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s mm7.chr11     111183872 116 + 122091587 TTTTAATGTTCTCTACTTGTAAACCCTGG-----GGCTGCTGAGTTCCTTTTTAGTTGGCGTCTCAAAATCAAGCCTCTAATGGTATTACACCCTAATATGCCATTAAAAATCAGCTTGTT 

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s mm7.chr11     111180703 1411 + 122091587 atatatatataatttttt-ttGGTGT--GTCTTCACCGAACATTCAAAACTGTTTCTTCTAAGGGTTTTGCAAAAACTCAGACTGTTTTCTAAAGCAGAAACA---CTGGCGTCCCCAGCGGAAGCAATGGGCAGTGTGAGAACCAACCGCTACAGCATCGTCTCTTCGGAGGAAGATGGCATGAAGCTGGCCACTATGGCAGTTGCCAATGGCTTTGGGAATGGCAAGAGTAAAGTCCATACCCGACAACAGTGCAGGAGCCGCTTTGTGAAGAAAGATGGTCATTGCAATGTTCAGTTTATCAACGTGGGTGAGAAGGGACAGAGGTACCTGGCAGACATCTTTACTACCTGTGTCGACATCCGCTGGAGGTGGATGCTGGTTATCTTCTGTCTTGCCTTCGTGCTCTCCTGGCTGTTCTTTGGCTGTGTGTTTTGGTTGATAGCCCTGCTCCATGGGGATCTAGATACTTCTAAAGTGAGCAAAGCATGCGTGTCAGAGGTCAACAGCTTCACGGCTGCCTTCCTCTTCTCCATCGAGACCCAGACAACCATTGGCTATGGTTTCAGGTGTGTGACAGACGAGTGCCCAATTGCTGTCTTCATGGTGGTATTCCAGTCAATCGTAGGCTGCATCATTGACGCCTTCATCATTGGTGCAGTCATGGCGAAGATGGCAAAGCCAAAGAAGAGAAATGAGACTCTTGTCTTCAGTCACAATGCTGTGATTGCCATGAGGGATGGCAAACTCTGCTTGATGTGGAGAGTGGGTAACCTTCGAAAGAGCCACCTTGTGGAAGCTCATGTCCGGGCACAGCTTCTCAAATCTAGGATCACTTCAGAAGGGGAGTATATCCCTTTGGACCAGATAGACATCAATGTTGGTTTTGATAGTGGAATTGACCGCATATTTCTAGTGTCCCCCATCACTATCGTTCACGAAATAGATGAAGACAGCCCTTTATATGACTTGAGTAAGCAGGACATTGACAATGCAGACTTTGAAATTGTTGTCATACTGGAAGGCATGGTGGAGGCGACTGCCATGACAACTCAATGCCGGAGTTCGTATCTGGCCAATGAAATTCTCTGGGGTCACCGCTATGAGCCAGTGCTCTTTGAAGAGAAACACTACTATAAAGTAGACTATTCAAGATTCCATAAGACTTATGAAGTACCTAACACCCCCCTTTGTAGTGCCAGAGACTTAGCAGAGAAGAAATACATCCTTTCAAATGCAAATTCATTTTGCTATGAAAATGAAGTTGCCCTAACAAGCAAAGAG------GAAGAGGAGGATAGTGAGAACGGAGTCCCAGAGAGCACAAGCACAGACTCACCTCCTGGCATAGATCTC---CACAACCAGGCAAGCGTACCTCTAGAGCCCAGGCCCTTAAGGCGAGAATCGGAGATATGACTG 

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s danRer3.chr12 33764576 720 + 37038836 ttcagtagataatattagttaatttatgtacttatttgaagtacaaacagtactt---gtacagcatttattagaatgcattcataaaatccaaatgcttgttaacatgaattaccttac---tgtgagttaacataaactagaaattaacaacttcattttcattaactaatgttaacaaagattaatattgtaataaatgtattgttcattgcttgatcgtgttagtaaatacataaattaccataaactaacat---agccttattgtaaagtgcgTTCTGCTGCTAGGCTTCAATTATTTTTTTCTATTTTTCTTATACAACACATTGTCTCAAACCACTAAAAACAATAATCACTCACCCGCTCATATGCTCATATGTTCTGGTTTTGTCCCAAGTTAGAAGAGTTTTGGAAGGGGATTTTTGAAACATACGAACAGATATATAGCATTCCAATAGACCCAGATCCATTGATGGGCATTTTTGGTGTCGTACCTGAGAATATTGATCCTAGTAAAGACATACTTTCAGttattatagttaaaaaatttat--ttatttttattttattttcttttataCGTTATTTCTATTATACTCTTTGGATGTTACTAAACTCCTCATGTCAAATGACAACATATTGGAAAGatgtgtatgtatgtgcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat---atatatatatatatatata 
s mm7.chr16     82434039 641 + 98481019 TGCACTGAATAAAACTGGCTATGTAGACTCCTTGTTTCAGGAAACTCTATAACATACAGTTAGGCAAAGATTGGAAAGAGCTTCTGTCA-CTAAATGCATGGTAGAATCAGGTATATGATCTTTGTCAGTTAA----AAAGGCAAATCAATACCATC-----CATCTACTTATG--------GATTATAATTGGAGAAACTGTATGGCTGAAAATAAGCTATGCTATGAGAATGTAAGACTTA----AATCTTATGTGCCAATCTAAAGGCAAGATGAAATGAGATGCTAGTCTTCAGTTGTTTTTTTTTTTCCTGCTGTTTTGAAGCCTTAACTGGTATCACCAATAACTATAAACCCTCACAC-----------------------------------TTGACAGTTTTCTTGAA--ATATTTTAAAGTGATACAAAAGTATCTTCCCTACTCCA-------CAG-TCCGTGTATATTACTTTTTTGT------CTTGATAACAT-----ATAAAAAAATCATGCT----ATTTTTAATGATTACTAATTTATTATAACCATAATGCTATTTTTAGTTATAATTAACAAGTGATATACTA-GTGCATAT-----AGTTTCTCA----AAGTTTCAATTAATTTG-ATtatgtgtatgtatatatatatatatatatgtatatgaatatttatacataAGTTGATATGTATAGGACACACATTTACATACATA 

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s mm7.chr11     58850878 46 - 122091587 TAAACGATTAGTAATAACAAGGAATGGTAAATCTATAGCACCATTT 

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s danRer3.chr12 33848916 136 +  37038836 GAAGTTCTTTGTCAACAGAGCCAACATAA-AATACTATGTACATACATGTAAAAAGTGTTATAAATAGGTTTTA--AACCATAGATACTATATACATCTTCAGACGATGACAGTA-----TTGAATATGTCTTTTTTCGGGGGG 
s mm7.chr11     58851337 144 - 122091587 GAGGCTGACGGTCAACATAAAAAGCAAAACAATCCTATGTACATATATGTAAAAAGTGTTATAAATAGGTTTTATAAACCATAGATATTATATACATCTTCAATCAACAGCAATCCCCACTCAACTGCGTTCTGTTTGGTTTGG 

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s mm7.chr11     58851547 234 - 122091587 CCTCCCTGTGGACCCTATGCGC-------GCTCAGAGCCTAGACGGACGGTGCGTCGTCG------------GGCGCCTCATTCGCGTTTCCGCAGGATCACATAGATGATACCACTGAGGAGGGCTAGGGGAAAGGCCACCCAGGCCAGGATGTAGGCGAAGCCATAGGAGTAGTCAGTGTTGACATGCCACTCACTGTGCCTCACTGTGTAGATGGCCGCTGCACTCATCACGCACAGACCTGGGAGGAGA 

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s danRer3.chr12 33859570 184 +  37038836 TCCGAGTGCCATGTTCGCATCAAGATGCCACAATACTTACTTGCTAAGATCTGGAATGCTCCAGTGAGGAAGAAGCGACCGCCCTTCTGAAGCGTGAAGAGTTGGCAAAAGAACAAGAAGAGAGACAGGAAGCTGAAGATGACTGAAAGGATCATGAGGGCTTGGACTGACTGGATCCAAACTG 
s mm7.chr11     58858725 181 - 122091587 TTCAAGACCCATATGAACGTCACCAT-CTACAA--CTTACCAGCAAGGATTTGGAAGAATCCAGTGATGTAAAACCGGCCGCCTTTGGTGAGAGTGAAGAGCTGGCAGAAGAACAGGAACAGAGCCAGGACGCTGAAGATGACAGACAGGATCATGGTGGCCTGGACAGACTGCAGCCATTCTG 

a score=6567
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s mm7.chr11     58914985 426 - 122091587 TATTTCTATTCCAGAACCCAGAAAGCAGAGAAT---TAAGGTTTAGGCACAAATGAGAGGCCATCCAGAACAAGGTCATGGTGTTTCTGTGAACACAACTCTTTAATAGTGACTATATTAACACTCATTTAGATGCTGAGATACTGTTTTCCTTCTACCACTTTTTAGGAGTTTGAAAACTACTCTTCCCAGGGTCCCTAGCAGTAGCCCACCAGCCGGAGGGTGCTGGGGTAGCTATTGCGCATGCTCATGCATTTTTCCTGGTCGATGTACAGAGTGTTGGCTTTCACAGCCAAGTCATGCTCCAGGGTGGCTTTGGTATGGGCCAAGGACTGCAAGGTGTCCTCCGAATCCCTCAGGCGCTGCTGCAGAGTCTGGATGGTCTCGTCTACCTCATAGACCTC-GTTAACAAGGCTGCAGGAGGGAGCA 

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s mm7.chr11     58926060 309 - 122091587 TCACCTTCGTTAAGTGAGTGTGAATCTTATTCTTAGCATCGACAGTCTCGGCAATGCGATTGGTGAAAGCCAAGTTCACTTTGTTGAACTGATTCCACATCTCATTGGCTGTCACAATCAGGAGGTTCTCAGTTTCCTCTCTGAGCTTAGCAGAAGCTGCCCTCTCACTCTGGGAGCGGAGAACATTGTCATCCGTAAACTTGGCCCAT--GTCTCGGGCACTGATACCCTGGGAATGGAAAGAGAGGCCAGTGTCAGCTCGGACGGTCTTCAGGGACTGCTC--ATCCTAAAAGTGGGAGGTCCCAGCAACA 

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s mm7.chr11     58931788 260 - 122091587 AAGCACAGTTCAATGCTGGGCTTTAACGCTGGATAGGGAAGAAATGCTTACGCGAGTTGGGCATTCGCCTTATCCAGATGTTGCCTCATTCTTTCTTGACAACACAGAATGGTATCAACTTCCTACTCAATAGAAAAACAAAACCACACATTAATGTCTTCACTGAGCGTAGCATTGAAAGTCAGCAGTGTTCAAACCTATCAACAAAGGAAGTTTTTATTTGTTGAAAAAATCTGTGACGTTAAGCACTAAAACAATTT 

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s danRer3.chr12 33913212 580 +  37038836 CATCACCTGCAGTGGCCCTTCGGTCTCAGCGAGAGCTCTTTCAAGCCTTCTTTTTACATCGGACAGCGCTGAAATCTCAGTCACCATGTTGTCAATCTCATGGTTGATCTCAGACCTCCAGAAGCTGATGTCGTTCAGCCTCTCTCCGATGTTCTTGCTGGTGGTGTCCTGAGTTCTGCGGGTCAGCTGCTCCTTATCCTGAATAAGCCGAATTGTGTCCCGCCGGAGCCTCTCAGCACTGTTGCGGGACGACTCGGACTCCCTGTAGTTACTCTGATTGGATTTGTACCAGTCCTCAGGCATGTAGCGTGTGCTGAGAGCTGTCCTGTTCGA---GGGGTAGAACATGGTTTTGGCCCGGACT-------AACTCGAGGTTGTCTCTTTGCAGGGCTGATAGGGTCGGGATAGCGCTGCCACTTCTGTAGTAAGAGTTTGTCCTCCAGGGCATATTGGAGTTCTGGTTGAGGCTCAGTGGCGGCTGGTGGCTCCTGTAGCTGGATGCTGTGGTGGAAATGGCTGGCAGGAAG-TGGCTGGT-----TTTGGGCCGAGTGTAAGTGGCCATCTGGGTGGATCCGATGAGCTCCATG 
s mm7.chr11     58939430 586 - 122091587 CCTCACCTGCAGAGGGCCTTCAGTCTCTATCAAACCCCTCTCCAGCCTTCTCTTAATATCAGTCAGTGCATTTGTCTCTCCAATCATTTCATCCAACTCATGTGTGATTTCAGATTTCCAAAACGCTAAGTCATTGACTCGTTCTCCCAGGTTTTGGGTAGAGTGAGCCTGGGTCTTCCGGATCTGCTGGTATTTGTCTTGAATGAGCCGAGATGTATCCACTCTGAGTCGCTCTGAGTTGTGCCGTGAGGAATTGGACTCCTGGAAGCTGACTAGATTGGAGCGGTACCAGTCGTCAGGGGTGTACCTCGTGAAGAAGGTGGTCCTATTGGACACGAAAGGGAGCATGGTGCTCTCACACACTCTCTGGGACCTCGAGG-------AGTACGGGGC---CAAGGTTGGGTAGTTGTAGGCCGTTTTGTAGTAGGTGTTCGGTCTCCATGGAAGGCTCAAGCTATGTGTCAGATTGCGATGGGGAAAGCGGTCCTTATAGCTCGATGTTATGGTACCAATGGCTGGTAGAAAGCTGGCCGATGCAGGTGGAGGGTGGGCATATGTAGCCGTCAAAGTAGAACCTAAAAGTTCCATG 

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s danRer3.chr12 33970765 74 +  37038836 TCTATTTTCAGTTTATGCAATGTTCCTTTTAAAATTGTACAAATTTTCAAGCAAGTAAGATAAGACCGCACCTA 
s mm7.chr7      22975562 74 - 141766352 TACACTTGCAATCAGGATAACTTTCCTTTAAAAAGTGGACAAATGTGTAAGTGAGCATGATGAAACCTCATTTA 

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s mm7.chr11     113837540 1078 + 122091587 TCAACTTT---CGGTCCAGCCTCAAACTCGGATCTC---ATCTTCCTCCTCCTCATCCATGAAGCAGAATTCCTTGTCTGGCTGCCTTGGGGGAGCA--------------------GCCGCCACCCTGTCTGGGCCTCTGAAAGCTGGGCTGCGCTCCTCAAGGACGCCTGAGGTGTAGCTGGACAGGGAGCTGCTGTCCCGAGTGGTGTGGCTGCCCACACTGCGTGCTGAGCTGGGGCTGGGGGCTACCACCGCCCATCCGTCATCCTCCACAGCGTGGGGGGGCAGCATAGAGGCCTGGTCCCAGCTGGCCTTGCTTTCCTGTCTCCCTAGAGGAGGAACCACCTCCAGCACAGGGGGCGCCTGGACAATGCTGCTGGGGCCTTCCTTGTCACGGTACCCGCCAGCTTCCTCCTCCTCCTCTGAGCCCCACTGGTC---------------CTTGTCCATGATGCTGAGAACATCTCCCAGCATGGAAGGCCCCAGGTCGATGTGGAAGGACAGGATCGACTCTGCATGCTTCAGCCCGTAGCTGACTTTGGGCATGATGG--GCAGATCCATCAGGTCCCCAAAGGCCTGCTCGTCAAGGAGTGGGTCAGGTG-AGTGGGGGCCTGTGGCCCCGTTCCGATGGGGACTCTTCGGGCCACCATCTCTA-----GCGTCTGC---CTTCTTCACAGGGCTGGACGACAGGCTCTTGGGCAGCT-TGCTCGAGTCCTTCTCCGCGGCTTCCTTCTCATTGAGCTGAGGCAGGGACATGGCATTCTTGACAAACAGTGCTGAGTCCCGCAGGGAGCCCAGCATGTCTCTCTGCTCCCGGTCCCCTCTGGTCACGGACTGTGAACGCTTGCTGCCCCGGAACTTCCTGGACAGGAGGCTGAGCTTGGAAGCCGAGGCCTGTTCATCCAGGGACTCGTCGTCTGCCTCCCTGGCCTTGCTAGTGAGGAAAGACGTGTCCCCAAAGGCGTCCCCAGCCCGGCCCACATGCATGGTGTGGCGGAAGTCACCCAGCGGGGCACTGATCATCTCGGCTGTGAGGTCCGCACGTGAGCGGCGCTTCGAGTTCACAGAGCTGGACACCAGCTGTTTGAGAATGGGCATCGTGCTGGCT 

a score=-740
s danRer3.chr12 34042577 213 + 37038836 GTCTCAGAACATTCAACTAACGTT------ACACGTATCA-ACAAGCACAAATG--CGTATTATATTGTAAATAAAGTATTGCTGTTAACAGCAAGGTTTGTTCTGCCCCTAACCACATTGT---GCATGAACACTG-ATTAAAAAGTAACA-----CATCGATGTTAGCTTTCT-ATACGTATTATGCGATTTGTTTTCTTTACTGTTAAATATTAATATAGGTTTTG---------ATG 
s mm7.chr18     42630040 241 + 90918714 GTCTCCGACAATTCAAATAAGGTTGACTTCAAAAACATCATATATTCATAAATGGCTGTTTTATGTCTCAGACTATCTTCCTTTTTCACAAGAAGTATTTGTTACTTATGTATTTATATCACACGGCATAAATGGTGCATTTATAAGTGAcagaaagcagaggcaagagatctcttacataaacagtgagctccaggtcagccagggctacatactgattgatgccttgtctcaaaaaaaA 

a score=9629
s danRer3.chr12 34042790 444 +  37038836 TTAATTCGTTTTCAGATGCCAGGTGGTGTAACAGTGAAAGACGTCAACCAGCAGGAGTTTGTCCGGGCGCTGGCAGCCTTCCTCAAAAAGTCAGTACATTTTATATTTATGTTCAGTGATGATTGAAC-----GTGCTATAATTCA-----GTAGTTAA--CATTTGAAC-CGAGTTAAAACTTTTCATCAAATTTGTCCTAAAACCATTAAACAAGTCCTGGTTTTGGGACAATTTTGAAACGTTTTTTTGGTCCAC--------------TTCTAAAG-TTGACTGCTGTGTAATCATGCTTGAGACTTTGTGATAAAAGCATGTGTGTGTTTTAGCT-AATTATGAACCCTTGTCTTTTGAAAGGTCGGGGAAGCTGAAGGTGCCAGATTGGGTTGACATTGTCAAACTTGCTAAGCATAAGGAGTTGGCTCCCTGTGATGAGAACTGGTTCTACATCAGAGCTGGTGAG 
s mm7.chr7      21674608 437 + 141766352 TTGTCCCTTCCTCAGATGCC---CGGAGTTACTGTAAAAGACGTTAACCAGCAGGAGTTCGTCAGAGCTCTGGCAGCCTTCCTCAAAAAGTAAGTGTTTGTTGGA---------ACTGAGGCCTGACCCCTGTGCGCTGTGACCCCAATGTGTCATTAATCCCTCTGGCCACTTGCTGGGGGTCTTTTCTGAATTGGGCCTA----CGGTGACCATG-CTTCCTTTTTAACCTGTTCGTTCTTGCTTTTTTTTTCCCCCAACCTTGTTAACTTGCTAAAGGTTAGTAGATCTGAAGTCATCTTTGGAAATTTTTGAA----------GTGTGCTTTTTCTCAATT-----CTCTTGGTTCT----AGGTCCGGGAAGCTGAAAGTCCCCGAATGGGTGGACACAGTCAAGCTGGCCAAACATAAAGAGCTTGCCCCATATGATGAGAACTGGTTCTACACACGAGCTGGTAAG 

a score=396
s danRer3.chr12 34049242 244 +  37038836 AAGTTTTAGAGTTTTTATAAAATTGTAGTTTTGTTAAATT-AGTTTCTAGGTGCATGTTTTTGAAGGCAGCTGTTAGTTT----AACTACAAAGTTACAATAGTTGATTAATGTGTCAT---CAGTTTCTGGTTTATGGTGAGTTTTAGTAGTTAGGAACTGATATTACAAGTTAATTGTTTTTGAATAGACTAGCATTGGTCCTTTTAAAGATTCGTTTTTTTTGGCATATTGGTTATCCTTCACTACTCA 
s mm7.chr6      97551284 213 - 149646834 aagtgtgagattattcacagggatcttgatctgtgaaacccagcttct---------tttcaggaagtaccagttGGCTTCCCTAACAAGAAGTGAACGTAAGTTGTTGGACGTGCCATTGCCAGCAGTAGGAATGAAGAGAACATTAG--GTC---------TATACCAATTTGACTTTTTTTT--TGAGATAGTATTTCATCATTTTCAAATA-----------------TGGTCATCTTCTACTTCTTA 

a score=10883
s danRer3.chr12 34049498 212 +  37038836 CTCTCTCT---CTCTCTTGCAGCCTCCACAGTGCGTCACCTGTACCTGCGTGGAGGTGTTGGTGTGGGCTCTATGACCAAGATCTATGGCGGGCGTAAGAGGAACGGTGTGTGCCCCTCTCACTTCAGCGTGGGCTCCAAAAATGTTGCCCGTAAAGTGCTCCAAGCCCTTGAGGGCCTCAAGATGGTGGAGAAAGACCCCAATGGGTGAGTAGG 
s mm7.chr7      21677747 215 + 141766352 CTCCCTCTTGCCCCACCCACAGCTTCCACAGCACGGCACCTGTACCTCCGAGGTGGTGCTGGGGTTGGTTCCATGACCAAGATCTATGGAGGACGGCAGAGAAACGGTGTCAGACCCAGCCATTTCAGCAGAGGCTCTAAGAGTGTGGCCCGCCGGGTCCTCCAAGCCCTGGAGGGGCTGAAAATGGTGGAAAAGGACCAAGATGGGTATGCAGG 

a score=3899
s danRer3.chr12 34050153 79 +  37038836 TTCTGATCTACTTCAT-CAGCGGGCGTAGACTGACCCCCCAGGGGACCAGAGACCTGGACAGAATTGCTGGGCAGGTGAG 
s mm7.chr7      21678374 80 + 141766352 ttttgtttttctttgtACAGGGGCCGCAAGCTGACGCCTCAGGGACAGAGAGACCTGGACAGGATCGCTGGACAGGTGAG 

a score=-94
s danRer3.chr12 34050239 141 + 37038836 GCATTACTGTATTTAAGAA-CTTGAGCTCTTACAACGTTGATTTTCTAAAG----TCATATTTAAGAAGCTATTGATTTTGTTGGTTAGGGTTCTTAACTTAAACAGATACTGTATAAGCGATTGTGGGATCTCATA---------ATTTACAAA 
s mm7.chr18     42630724 145 + 90918714 GCA--GCTGCCAACAAGAAGCATTAGAACAAAGGATGCTGGGTTAATAAATTGCCTCATTCATAAAAAAAAaattaattaattaattaa-----ttaattaaAATAAA---TGTTCATGTTACTATGGTGTGTAACATAACTGAGCACTTACAAA 

a score=-579
s danRer3.chr12 34050380 265 +  37038836 ATAGTGTTTCCTTTAGttttataattaaattttaataaaattCAAATGAGGCTGTATAATGCAGCTTTAAAGAGCAGATGCAGGTACTAAGTGT-----GAGGAATCGACTTTGACTTAAAAGGCCTTGCGGTTCAGTTTTGA------CTGCAGTAGCTTTGATTTAGTGTGTGGACACAGTACAGTCTTTAAAAAGGAAATGCATGCACAT-----------CATCTCCAAAGCCTTCGCTTGCATTTCACCCCTCTGTTGGTCCTCCGCTTTCCCTGTGAGCTA 
s mm7.chr4       8364258 251 - 155175443 ATGGTGTTTTCCTATGCATTGGCA------------GAACTATAAGtgtggc-----aatgcaatatt---------atgcaagtatcttgcattctaagagactgggactttAAcatcagatctcattatggatggttgtgagccaccacgtggttgctgggatt-------tgaactcaggac---cttcagaagagcagtcggtgctcttaaccgctgagccatctctccagcccTTattaactttcaaaaccaaaactaatgcatagctataaccataaggta 

a score=15753
s danRer3.chr12  34131685 551 +  37038836 TTGATGTTTTGTTGCCGTTCTTCAGTAGAGTGAC---CAGGCGTTTAGG--------AAAACAAGATCCCCCTTGTCTTCGTTTTGTGTTTCCGTGTATTCGATATCTTCATCC--TATCAAACAAATGAGGAGAAGCCGGCGATAGGGGCTCGGGAGCCTGGAGCCAAGCTGCTTGGGGGCCGATAAAGTGTGCCGTGCTGACTGGGTGGGTTGGAGCTCTGCTGGGATGGAGTGGGAGTCCGGCTACCCTTGGGCCTGAAAAGGCTGCCAGTTTGGGACTGGCTCTGGGGCGTAGGAGAGCTGAGCTGAGGGGGGAACGGTGGCAgaggaggaagaggaggcagagggggaggaggGGCGCAGTGTTCGGGCTCACCCGACTCAGACTCTGTGTAGTTGTAGGCCTGCGCTCTGGAGATTCCCTTCTGCTGCCGGCGCCAGCAGTTGTAGTAGGTCGGGTCGCTGATGTAGTGGTTGACAAAGGAATGGGTCTTCTGGCGGTTGGGGTCCACCTCATATTCACTGTCGCTGCCCTACAGTGGAAAGAA--AGGGAACGGGTGAG 
s mm7.chr11     113889723 495 + 122091587 TCGATGTCTTGGTGGGGTTTTCTTGTGTGTTTTCTGGCAGGCGTTTTGGGAGGCGGCAAAGGAAGATT----TTGGTGTCTCTTTTTTCTCCC---CATTCTTTCTCCTCTTTTGATGTCAAACGAAGGATGAGAACCCAGCTATGGGTGCCCGAGAGCCAGGGGCGAGGCTGCTGGGGGGACGGTAGAGGGTGCTCTGCTGACTCTGGGGATTCGGGGGGTTTTGGG---GCGTTGGAGTCCGGCTGGCCTTGGGCCGGAAGAGGCTGCCTTGCTGGGTGCTGTT--------------------GCTGTTGGGG--ACAGTGAC--------------------------------------GTGGTCAGGTTCGCCGGAATCACTCTCTGTGTAGCTGTAGGCCTGGGCCCGAGAGATGCCTTTCTGTTGGCGCCGCCAAGAGTTGTAATATGTGGGGTCACTGATGTAATGGTTGACAAAGGAGTGGGCTTTCTGGGTGTTCGTGTCCACTTCGTACTCGCTGTCACTTCCCTA-GGAGGAGAGAATCGGGGTGTTAGTGAG 

a score=8057
s danRer3.chr12  34152164 139 +  37038836 TTACCTGTGAATCTGAGATCTCGGAGGGTTTCTCTGTCAAACTGCTGCTCTCCGCCGGGATCAGATCATTGTATTTAGTGCTGACGTCCTCATCCGAGTAATTCAGACTGCCTGGACTGGGACGAGGAGGTGACCTGAG 
s mm7.chr11     113900415 136 + 122091587 TCACCTGGGAGTCAGAGATCTCCGAGGGCTTCTCAGTCAGGCTGCTGCTCTCAGCTGGGATGAGGTCGTTGTACTTGG---TGACGTCTTCATCAGAGTAATGTAGGCTACCTGGACTGGGCCTGGGAGGGGACCTAGG 

a score=6916
s danRer3.chr12  34160534 190 +  37038836 ACCTGGTATAGACGCCATTTTTGCGACAGAAGGAATTTTTGACGGACAGACGTCGATTGTTCAGTTCTAAAGCAGGGAAGCGGCTCTCGTCCAGGCTGACCATTTCTCCATGTGTCAGGGCATTGCAGTTGGAATTGTTGCCTTTATG-GAAGAGATGT-------------GGAAATATTAGGAGCCCATTAGACCAAATAGC 
s mm7.chr11     113902342 204 + 122091587 ACCTGGTGTACAAGCCGTTCTTCCTGCAGAAGGAGTTCTTTACGGACAGCCGACGGTTGTTGAGCTCCAGAGCAGGGAAACTGCTTTCATCCAAGCTTAGCATCTCCCCGTGGCCGAGCGCTCCTGACTTGGTATTCCCTCCTGAGGGCAAAGAGATGTGGGGGGAGAGGGGGGAGAGAATTGGTACCCATCAGACCACACAGC 

a score=9470
s danRer3.chr12  34164197 163 +  37038836 atagTATCACATACTTGAATCAGATTTCTTGGCATATTTCTTGCTCTGGCCTCTGATGATGAGGATGAAAACCAGAAGCAGGATGAAGATAAGGCCGACCAGAGCCACCACCACCAGAAACCACCATTCCTCATAAAACGGAGCTACTTTCTGGGCTGGAAAA 
s mm7.chr11     113902753 163 + 122091587 ACAGGGTCACTCACCTGAATCTGTCTTCTTGGAGTACTTCTTGCTCTGACCTCGGATGATGAGTACGAAGACCAGGAGAAGGATGAAGATGAGGCCCACAAGAGCAATGACCACTAAGAACCACCATTCCTCATAAAAGGGGCTGGCTTTCTGGGCTGCAACA 

a score=8844
s danRer3.chr12  34164490 170 +  37038836 ACCTGATATGGATGGTGACGGTTGGCTTGGTGAGCCGTACCCATAATCGTTTACACCAATGACCCTGAAGTCATAGCTGACTCCCTGCTTCAAGATATCCATGTTAAAGGTGTACGATGTCACTTCCTTGGGAATGTCCTTGATTAAGATGTCCCACAATCCTTCATCTG 
s mm7.chr11     113903965 170 + 122091587 ACCTGGCACAGACTGGGAGGGGCTGCTGGGAGTGCCAAAGCCGTAGTCGTTGACTGCGATGACCCGGAAGTCATAGCTTACGCCTGGCTTCAGGATGTCCATGCTGAAGGTGTAGGAAGTCACCTCCTTGGGGATATCCTTGATGAGAATGTCCCAGAGCCCCTCATCTG 

a score=6320
s danRer3.chr12  34171281 136 +  37038836 ACCTGAGGGTCTGGCTTCAATAACATAGCGTGTGATTGGTGCTCGTCCAGGGTCCCCATTGGCCCAGTGGATGGTGAGGGCGGAGCCATATCGTGAGATGAATGGCTCACCAGGAGGCCCAGGGGCTCCTAAAAAC 
s mm7.chr11     113909185 136 + 122091587 ACCTGAAGGCCTGGCCTCTATTACGTAGCGCGTGATGGGCCCTTTGCCAGGATCTCCGCTGGACCAGTGGATGGCAATGGCTGAGCTGTAGCGAACGATGATCGGTACTCCCGGTGGTCCTGGGGCACCTGCAAAC 

a score=10703
s danRer3.chr12  34171499 211 +  37038836 ACCTTCTCCGGGTCCTGTGGTGATGTTGGCCTCCACCTCAGGACCGTAGGTGAAGGTTTTGGCGCGGATGCGAAAGTTGTACGTGACACCATCCGCCAGGTCTTTGATTTTCAGCCAGAGCGGCGCGTTTCCCTTCACGTCCACCGTCACGATTTTACTGACGCCTGGGGGGGAGGGGGAGTGAAGACAGTCGACACAGGCCACTGAGGAC 
s mm7.chr11     113912167 211 + 122091587 ACCTTCTCCAGGGCCCGTAGTGATGTTGGCTTCAATCTCAGGCCCATAGGTGAAGGTCTTGGCTTTGATTCGGAAACGATACGTCATGCCCTCGGCCAGATCCTTCACTTTCAGCCACAGTGGGCTGTTCCCCTTCACGTCCACTGTCACAATCTTGCTGACCCCTGTGGGGGAAGGACCGTGAATAGGGGCTGCAGTAGCTGGTGGGAAC 

a score=7202
s danRer3.chr12  34173049 160 +  37038836 CACTGACCATCCACAGGCATGCAGGGCTCATAGATGAGTCTGTAGCCCTCGATGATGCCGTTAGGAAAGACCGGTTCGCCCCACGACACGTTCACAGAGGTGGTGGTGAGCTCACTGAAGTGGATAAAACTGGGAGCGCTGGGAGCTG-AAAGAGAAAGCA 
s mm7.chr11     113915304 161 + 122091587 CGCTTACCATCCACTGGGGTGCAGGGTTCGTACACCAGCCTGTAGCCCTCCAGAGGACCGTTGGGGAACTGTGGGGCATCCCAGGACACATTCACTGAGGTAGTGGTCAGCTCGCTGAACTTGACCGAGCCCGGGGCACTGGGGGCTGTGGAGAGAGAGCA 

a score=8771
s danRer3.chr12  34178250 205 +  37038836 TTTTCTCACCGGCTTGTTGTGTTCTTCCTCTGGTTGGTGGGCTGCGTGGCCCATCACCGGCGGCGTTGAAAGCAGCGACGCTGATCATGTAGGTGGTGTAGCCTGTTAAGTTCTTCAACTTTACCCCTCCTTCTGGCAGGAAGAGAGTCCGCAGTTTCTCCGTCTCGTTTTTTCGCTGATATTCCCAAAAGAAAATCTGCAGAAA 
s mm7.chr11     113919364 205 + 122091587 TCTCCCTACCTGCTTGCTGAGTCTGGCCCCGGGTCGGGGTGCTCCTCGGCCCATCCCCCGCAGCATTGAAGGCTGCCACGCTGACCATGTAGGCTGTGTAGCCCGTCAGGTTCTTGAGTTTCACGCTGTTCTCAGCCAAGAAGAGAGTCTTCACCCTCTCTGTGAGGTTCCTCCGTTGGACTTCCCAGAAATAAATCTGTGGGAA 

a score=5963
s danRer3.chr12  34179020 139 +  37038836 ACCTTATAGCCCTGAATATCTCCATTCTGAGTCTCCAGTGGAGGCGGGTCCCACGTCACATCAAATTGTGTGGCAGTAGCTGATTGGATGATCACATTTTGAGGTGGGGCAGTGGGAACTGTGAGAGACCATACAGGAC 
s mm7.chr11     113930390 136 + 122091587 ACCTTGTATCCTTGGATGTCTCCATTCTGGTTGTCCAAAGGGGGTGGCTCCCAGGTCACATCCAGCTGTGTGGCTGTGGCACTGTGGATGGCCACGTTCTGCGGTGCTGCCGTGGGCACTG---GAGGGCACAGAGGTT 

a score=6043
s danRer3.chr12  34179244 107 +  37038836 CACCTGCTTCACCAACAAAGACTTCCTGTGGTGAGCTGGTTGGACCTTCACCCACAGCATTATACACGCTCATTCGGATTTCATAGCGTTTGTGCTTCAGAAGATCT 
s mm7.chr11     113930617 107 + 122091587 CACCTGCCTCCCCAACAAAGACCTCTTGCGGCGGGCTCAAGGGTCCCTCACCCACGGCGTTGTATATGCTCATTCGGATCTCGTAACGCCTGTGCTTGCTCAGATCT 

a score=3097
s danRer3.chr12  34182284 71 +  37038836 AAGTGACTTACTGTCCAGCTCATATTGGGTGAGGGAGGGTTCACTGAGGTTTCTCATGCTATATGGAGCTG 
s mm7.chr11     113932404 71 + 122091587 AGGGGACTTACTGTCCAGCTCGTACTGCGTGAGGCTGGGCCGGGTCAGGTTCCGCATGGAGTACAAGGCTG 

a score=6421
s danRer3.chr12  34183272 250 +  37038836 TACTCACATGTGAGTTCTGCCCAGCTGGCTGAAGCACTGCTGATGGTATGAACACTAAAACTTCGAAGCCGATCATAAAGCAACTCCCGATATCGGATTCGAAAGCCAAGCAGGATTCCATTAATCTTCTCCTCAGGAGGGGGCTG-AAGACAACAAGACAGTATTAAAGAGCAGCA-TACCTGTGCCAAAAACTATTGCACCCCTTCTTTTCTCCATTTTCCTTTTACTACAGAGTGCACAAGTCAGGTTC 
s mm7.chr11     113934052 242 + 122091587 TACTCACAGGTGAGCTCAGCCCACTTGGCCCCAGGGTTGTTGATGCCTCGAAGAGTGAAGCCCCTCAGCCCATCGTAGAGCAGCTCCCGGTACCGGATCCGGAAGCCCAAGAGGATGCCGTTGATCTTGTCCTCAGATGGAGGCTACGGGAGGGTCAAACA----TGGGGAGGGGCCTTGACTATGGCTCACCTCACTCCACCCCAGCTCTGTCCATCATGCCTCCTGCAGC------CACAGGGCAGGTGC 

a score=4913
s danRer3.chr12  34186877 94 +  37038836 CTTACCTGCCAGCAAATCAGCACCGAGGTTGTGGTGTGCGGCGTGACGGTGAGAATTGTAGGAGATTCGTCTGGAGCTGGAGAGAGAGCAAGAG 
s mm7.chr11     113935481 94 + 122091587 CTTACCTGCCATCGGATTAGCACAGAGGTGGTGGTGTGTGGAGTCACTGACAGGATGGTAGGTGCCTCGTCTGGGGCTGTGGAGGGAGGCAGAG 

a score=2385
s danRer3.chr12 34187740 959 +  37038836 AGCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaagaaaaagaaaaag---------------aaaaaaaaTTTTTTTTCCA----AATATTTAAAAATTCTTAAATAAagaaacattttctagacaagcacaaaatagtgtcttgttttaagaagtaacaagtcta----------aattatgt---------gacttttccctcaaaacaaataatctgccaatacgttaa---gcaaaatcatcttg-------------ttttttttttCTTTGCAACTACATTAATTT----AAAAGTAATACAGTTTATTCTTTAAAGAGCTTTTAAAAGACGCATCCCAAGGCATTTAGATCT-ATGGATGT-----------aaaaaatacataaataaacat--agatatacaaagtaaagaagtaaaatatctatacaagaatatatgtat------aaaagacaaaacaaaaaacaaagctattaaaataaaaattaagaaaactttaaatcacattaaaatgaaaataaaaT------CTATCCTGAAAAATACATTTTTAAG--TGATGATTTAAAAACAAACAAAAAAAACTTTTATTAAAATGGCATATTATTTTGCTCTTTTAAAGGAATAATCACTTGTTATT-------TCTGAAAACAGGAAAATAT---------------TTTTTTTGCTTGCATAA-ATATAAGAATATATAGACAAGAAACAAAAatatatacatatatacattcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttatttatTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATATATGTATAAAAGACAAAACAAAAAACA------AAGCTATTAAAATAAA---AATTAAGAA---------AACTTTAAATCACATTAAAATGAAAATAAAATCTATCCTGAAAAATACATTTTTAAGTGATGATTTAAAAACACAAACAAAAAAAAACTTTTATTAAAATGGCATATTATTTTGCTCTTTTAA 
s mm7.chr14       879737 972 - 119226840 AGTGAAAAATAAAATCAGAAAGAAAAGGAAATATTATCAAACGGTATGTTTGTATATGAAAATAAAATTATAATTGCATCAGAATACAAAGGAAT------ATGGTAAAACATTTACTAAATTAGTA----ATTTTTTTGCATTCTAATAATAACCAAACCTAGCATGTTGGAAATTGTCTTATATACAAGAATATTAACACAAAACGAACACACTTAAACTGTATTAATGCATAGAGTCATCTTGAAGATCCAAAGAGTTTATCATTTTGTAAAGGAGATATTTAACTGCAGAATTGCAAGGAAGAAATTTCCATGAATAG-GTTCAATTAATGTGGTACAAG---TTTAAATGTGATAGATTTGTTTAAACACGAAATTATTCTCAAGTAAATATTCAGGTGTTCTATGAAACAAAATAAA-TAACTGTGTGTGCATGTATACATCTTGTGAAAAGAGTAAATA---------GCTATAAGAATCA----TATGGAAGTATCAAATGATAT-ATAATCTAAATTCAATGTTCCCCTACTGTAGTAAATAAACTATTAATATTGGAAAATTAAAAAAATGAAAGAGGAAAACTAATAAAATT----CATCACCTTGATAAT--AATTGCTTAATCAATTAAACTTGAAGAACTCTAAGACTATTAAAAAATAAACATCACATCAGTTCTACTCAATTTCATAGTATGAAAGAAAAAATACATGAGGAATacacacacacacatatgcacacacacacacacacacacacactcacacacatacacacaAAACTCAAAACAAATA-----GTATTGCTTCATG-----------------------------------------------------------------GGAT-----TGTAAAGGCATAAATATAAAACATGCAAAACACTACTAAAATAATTTTGATTATGAACAGAGGATAAAGCATTCATAAAATTAAATTGCATATA----TTAGCTTAAAAACAAAATCTTTAAGTAATATTTTAAAAGTAAAGAAATAATAGAACATTCAGTTACCTGGCAAGTTGACTTATTCTTTTGA 

a score=4238
s danRer3.chr12  34189498 157 +  37038836 GGAAAAAGTTCTGACCATCCTGAAGTGTTGTGATGGCTTCACTCTCTTGACTGTAGTCACTGTCTCCAATATCATTAGTGGCCTTCACTCTGAACTGATACGAGGTGAAAGGCTTCAGCCTGaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCACTTATAGCTAA 
s mm7.chr11     113936056 157 + 122091587 GGAGATGGCACTGACCGGCCTGCAGGGTGGTCAGCGACTCCGATTCCTCGCTGAACTCGCTGTCGCCGATGTCGTTGGTCGCCTTCACTCGGAACTTGTAGGACGTAAAGGGTTTGAGTCTGTGGAGGGAGGGAGGGAGTTGGGGACCAATGACCAA 

a score=10144
s danRer3.chr12  34189900 218 +  37038836 TACCTGTCTACAATGTAGGAGCTGGACTCGTGGCTGACAGAGGCAGAATGCACTGTCCAGTTCTTCTCGGGCAGCTCGCGGACCTGAACCGTGTAATAACGGATTGGCGATAAACCATCGCTGCCTGGTTCCCATGACAACAGCACACTGCGCGCCTGCACATTCTCCTGAGGGACTGTGGGACGACTGGTGGGCTGAGGCCGAGCTGGAGGTCAAAG 
s mm7.chr11     113937399 218 + 122091587 TACCTGTCCACAGTGAAGGCGGAGGCATTGTGGCTCACGGAGGCCGAGTGCAGCGCCCACCTGCCGCTGGGCAGCTCGCGCGTCTGGATGGTGTAGTAGCGTACTGGGGAGAGCCCATCGCTGCCTGGTTCCCAGGACAGCAGCACACTGCGTGCTTTCACGTCTTCCTGCTGTACCACGGGCTTGCTAGGGGGCTGCGGCCGGTCTGGGAGGCAGGG 

a score=10518
s danRer3.chr12  34195224 212 +  37038836 TTACCTCTCTTCTCGGTAGTGACGACTAAGGCTTCCGCCGCCTCTCCCCATCCCTTGCGTGTCTGCGCTCTGATACGAAACACATACACCGATTCCGGCCTCAGTCCAGTGACAGTATACTGCCGTGCGCTGGAGTTCAACACGTCAAACGTGGCCGTGTTGCTATTGGTGGAGTTCAGCCGGTATGTGATCTGATAGGCTGGAGAGGGAAA 
s mm7.chr11     113938938 212 + 122091587 TCACCTCTCTTCTCTGTAGTCACCACCAAGGCCTCAGCAGCCTCTCCCCAGCCTTTGCGGGTTTGGGCTGTGATACGGAATAGGTAGACAGACTCCGGCTTGAGGCCTGTGGCCATGTACTGGCGGGCGCTGGGGGCCAGGACCTCCACTGTGGCGGTGTTGGCTGTAGTGGCGTTGAGACGGTGTGTGATCTGGTAGGCTGTGGGAAGAAA 

a score=4718
s danRer3.chr12  34196115 119 +  37038836 CTTACCGAGTATGATGCCATTGGGTTGGGAAGGTGGCTGCCAGATGAGTCTGACTGAGGTGGTCCGAACTTCAGGAAACAGAATGACAACAGGCGGCCCAGGAACTAAAACGGAAAAAA 
s mm7.chr11     113939819 119 + 122091587 CTTACCCAGAATGATGCCGTTGGGAGCTGCTGGGGGCTGCCAGATGAGCCGCACAGATGTGGTTCTCACCTCTGGAAACAGGATGCCCATGGGGGGGCCTGGGACTGGAGGAGGCAGAA 

a score=9687
s danRer3.chr12  34196299 201 +  37038836 ATGCCCACCGTCATCAAGGGTTCGCTCCAGGATTGAAGGAGTGCTGGGTCGACCGTCTCCAATGCGGGTAAAGGCTAAAACCTGGATCTCATATAGAACATACTTCCCCAGTCCGGTCAGTTGAACACTATGACTGGCGTTTCCTTCAACAGTCCAGAACTGAAGAGGAGAGTCTGAATCCTTCTCCTTGTATGCCACCTG 
s mm7.chr11     113941290 201 + 122091587 AGGCTTACCATCATCTAGTGTCCGCTCCAGGATGGGAGGGTGGCTCGGGCTGCCGTCGCCGATGCGTGTGAAGGCCAGAACCTGGACCTCGTAGAGCACATACTTGCCCAGGCCTGTGAGCTGGGCGCTGCGGGATGAGTTGCCTTCTACCAGCCAGAACCGGGGCTGGGAGTCCGAGTCCTTCTCCTTGTACCTCACCTG 

a score=6538
s danRer3.chr12  34197337 187 +  37038836 TGTTGTATCACACCCTTTAGTTTAATTTTAATTCCT--CACTGACCTTATATCCTAGGATGAGTCCATTCCGGTCAGGTTCCGGAACTTCAAACCAGCGGACCAGAATGCTGCTGGAGGTAGTAGCAAATGCAGAAACATTTGTGGGGCCACAAGAGGGGACTGCAGCAAAACAGAGGAAGACAGAAAG 
s mm7.chr11     113942122 188 + 122091587 TGGTGTGCCCCCCCCCCCATACACACTTTGGGTCCCAGCATCTACCTTGTAGCCCAGCACGAGGCCATTTCGATCTGCCTCCGGGATCTCGCTCCAGCGGACCAGCATGCTGCTAGAGGTGGTGGCCAGAGCCGACACGTTGGTGGGGCCAGAGGATGGGACTGTGG-AAGAGAGGGGTGATGAGGAAG 

a score=9841
s danRer3.chr12  34202541 267 +  37038836 TACCAGACTCTCTGGTTCTGCCCCGTACAGGTTGACTCCAGGGTCCCGCTCCGATGCCGTTAATGGCCTGAACTCTGACCTCATATTCGGTCCACTCCTCCAGGTCCTCTATAGTGAACTCTCTCTCCAGACGGTCTGCGATAACGTGCAGCAGAGCTTTAGATGGAGCTCCAGTCCTGCTGTACTGCACACGATAACCCACCGAATCAGGGTTCCCATTGTACTCCCATTCAGGAAGAGGCTGATGAAAAACAGAGTACGTGAGTT 
s mm7.chr11     113943859 267 + 122091587 TACCTGACTCCCGGGTCCTGCCCACCACTGCCTGGCTCCACGGCCCGCTCCCGATGGCGTTGAAGGCCTGAACTTGGACGCGGTACTCTGTCCACTCCTCCAGGTCCTCAATAGTGTATTCTCGCTCCACTCGGTCTTGTACCGTGTGGCTCAGCGTCTTGCCGTGGCCGTCAGAGCGGCCGTACTTGATCTTGTAGCCCACCGACTCAGGGTTGCCGTTGTATTCCATTTCTGGGAGGGGCTGGGGTAAAGCGGGGGCAGAGAGGT 

a score=9904
s danRer3.chr12  34203147 168 +  37038836 CGTACCACCCATCTAAGCCAGAGGCTGGTTTCACTGGCCGTCCGTAGGGTGACATTTGCAGGGGCCATATCAGGAGGAGCCTGCAAGGTCTGGATCTTTCTGGAAGGCTGGCTGGGTGGACTGGTGCCTACTATATTCACCTGACGCATGCGGAACCTGCGAAGACAT 
s mm7.chr11     113947423 168 + 122091587 CTTACCATCCATCGGAGCCACAAGCTGGTCTCACTGGCTGTGCGCAGAGTCACGTTGGCTGGAGCTATGTCTGGGGGCGCCTGGAGGGTCTGGATCTTTCTAGAAGGTTGACTGGGTGGGCTGGTGCCAACGATGTTCACTTGGCGCATGCGGAAGCTGGGGTGGGAT 

a score=5936
s danRer3.chr12  34207974 125 +  37038836 TTACCTGTAAAATGTGTAAGGGTTAAGGCCGGAGACCTCCAGGGAGCGAGCATCAGGCTCATTGGCCCGCTGATGAACCATCACCCAATCCTCATTCTCCCCAATGACTCCCACCT-GAGAGCAGA 
s mm7.chr11     113947657 126 + 122091587 TTACCTGTAGTAGGTGAAGGGGTTGAGGTCCGGCACCTCCATGGAACGGGCGTCAGGCTCATTGCCGAGTTGGTAGATGAGCAACCACTCCTCGCCCTCCCCGATCACGCCCACCTGGAGAACGGA 

a score=7741
s danRer3.chr12  34208156 166 +  37038836 CAGACCC-ACCTGAGCCTCTACCTGCCAACGGGAAATTGAAGTCTTGCCGTCGTATCCGGGCTTAAACTGTAAGGTTACCGTTCGAGGGCCTATGTTTGAAATGGCCAGGTTTGTGGGTGGGCCGGGAAGCTCTGAATTAGGAAAT--AGAGAGCCAGAGAAAGAGTGT 
s mm7.chr11     113948337 169 + 122091587 CAGACTTTACCTGAGCCTCCACCACCCAGCGGGAGATGGACGTCTTCCCGTCATAGCCAGGCCTGAACTGCAAGGTCACGGATCGTGGGCCGATGTTGGAAATGCCCAGGTTGGTGGGTGCCCCTGGAAGCTCTGAGAAAGGAGGGCAGGGTAGAAAAAGTAAGAGGGT 

a score=10894
s danRer3.chr12  34213182 286 +  37038836 ACCTGGTGGTACTCCTGAAGAGATGGTTGAGGATGACAGCTGACCCTGGCCTTTAGAGGTCATGGCTGCCACCTCAATGGTGTATGTGGTGAGAGCCGTCAGTCCGGTCACTCGGTACTCCAGAGTCACGTTGGGCAGATAGTGTGTAACTCGTGTGTTAGTGCGGTTGTACTCCTCCCATGATATACGATAACCTAAAAAACAAACATGAGATAAAACTGTTTACTATGGGTT--GTTCTTATGTCTACTCAGAGTTTTCATCAAATCTGGACTCCTTATCTGAATT 
s mm7.chr11     113951077 287 + 122091587 ACCTGGAGGCACACCAGATGAAATAGTGGAGGCCGACACCTGGCCCTGGCCCTTGGAGGTCATGGCGGCCACCTCTATAGTATAGGTAGTGAGTGCTGTGAGGCCCGTGACTCGGTACTCCAGGGTTACGTTGGGCAGGTAGTGGGTCACACGGGTGTTGGTTCTGTTGTACTCTTCCCAGGAGATCCGGTACCCT-GGCAACAGTCCACAGTGGTAGTAGCATGAGCTGGGTTGAGATCGTGCATTGACCTTGACCCTTATTCCAATCCTTACTCTGTACCTAGCTT 

a score=6108
s danRer3.chr12  34215146 108 +  37038836 CTCACCAGTCAGAACGCCGTTCTTCTCATTTGGCTCTCTCCAGCTGACTTTAAGAGAAGTGTCCAGAATCTCAGTGAAGCTCAGATGACCCACAGCACCAGGAGCTGA 
s mm7.chr11     113951708 108 + 122091587 CCTACCTGTCAGGATGCCGTTCTTCTCGCCTGGCTCCTGCCAGCTGACCTTCAGCGAGGTGTCCAGGATGTCATTGAAGCTCAGGTGTCCCACGGGTCCAGGTACTGT 

a score=8288
s danRer3.chr12  34215282 365 +  37038836 ACCAACACAAGTTCAGCAGATCTGGAGAGTAATCTGGTTTCTATCAAAATAATGGTCAGAGTTCATCCTGACTCCACCAGCTGCTGAAATTGAATGCTCTGGAATCAGCAGGAGTC---ATGTAAAGTGTGAAGGTGTGTGTGTGTGTGTAAGTGTCTCTCACTGTCTTCATGTGTTCGCAGTCGTCTTGGAGAGCTGCGGGGTCCGTCTCCTGGTGTGGTGAAGCACAGTACAGATGTGTAGTACTCTGAGAACTTCTTCAATCCGCCGATGTGGCCCACATGAACGCTGTCCTGAAAGTTGGGCCGAACCGTCACTACTGTCGTCTCATCTTCCTTTCCTGGCTCCCATGCTAACAGCTAAAAAGA 
s mm7.chr11     113951833 340 + 122091587 ACCCACCAGTGCCCATTAGCGTCAGAGCAT-----GGCCACTCTATGCAGGATGGCCGCTGT--------GCTCCA--------------GGATAGCCCGAGACTCCCTAAGGGTCTGGGTTGGGGGTGGGTGGGTGTGGAGCTGGGGGTAAAGGCACCT-ACCGTCCTCGTGTGTGCGCACCAGCTGGGGGCTGCTCCGAGGCCCGTCTCCCGGTGTGGTGAAGCAGAGGACCGAGGTAAAGTACTCTGTGAATTTTTTCAGGCCGGACACGAAGCCCACATGGATGCTGTCTTGAAAGTTGGGTCTGGCGGTCACCATGGTAACCTCCTCTTCTTGGGCTGGCTCCCAGGCAATCAGCTGAGGAGA 

a score=-427
s danRer3.chr12 34215656 195 +  37038836 AAAAGATTGATAAACAGTTTGATTGATCTGATGTACTTTAA---------CTTTAGTTATTTACTATTTAAAGGTACAGTATGTA--------GTAGTTCAAATAAATATTG-CAATAT----AAATTCTAAATATTGAAGAGGGTTTGTTTCCCCTGGCCCTTCTGACGATGACACAACACACATGCAGGAGCCTGATGGTCGAGCAttacactgc 
s mm7.chr5      12042134 201 - 153054177 GGAAGGGTTACAAAAAA------------GACCCCCTTTAAACCACATTTCTTTACTTAGCTGTCAATCAAAATTGTATTTTACAATTAGTATGTCTTTAAAGAAAGTATAGTCAAAATTCAGTAAGTCCATAAATGTCATACCATTTTCCCCCCTTTTCATATTtggggataaaacaagagctttaca----catgttaagcaagcactctacttc 

a score=7950
s danRer3.chr12  34220180 143 +  37038836 CGTCTACCTTGTAGCCCTGGTTGATGCCGTTGATGAACTGCGGGTTCGGGGCTGTCCAGGTGAAGCGGATTGTGGTGGAGTTGACGGGCTCTGCTTTCACGTTGCCTGGAGCAATGGTGGGAACTGGTTG--ACAGGTAAAATGG 
s mm7.chr11     113959933 145 + 122091587 CATCTACCTTGTAGCCCTGGTTGATGCCGTTGATGAACTGCGGGCTTGGGGCATTCCAGGTGAATCGGATGGTTGTAGAATTTGTGGCTTCTGCATGCACATTGCCCGGGGGCACCGTGGGAACTAGAGGAAATAGAGAAACTGG 

a score=10335
s danRer3.chr12  34222339 201 +  37038836 CCCTCACCTCCCTGAAGTGTCCACTCTGTAACTTTATGACAGTAAACCCCCAGTCCAGCTCCATTATAAGCCGCCACTTCGATTTCATAATTAGTCCAGATGATGAGATCCTCCAGCAGCAGGTTGGTGACATCAGGGTTCGAGATATTTTTATACTGGATATCCACAGGCAGACCAGTCAGACGATACCTGAGATTAGAG 
s mm7.chr11     113960739 201 + 122091587 CACCCACCTCCCTGCAGCGTCCACTCGGTGACTTTGCTGCTGTAGACACCCAGCCCGGCGCTGTTGTAGGCAGCCACCTCGATCTCGTAATTGGTCCATATGATGAGGTCCTCCAGCAACAGGTTGTTGACGTCAGCATCTGTGATGTTCTTAAATTGGTACCCAACAGGTAGCCCTGCCAGGCAGTATCTGAAGGAAGAG 

a score=9994
s danRer3.chr12  34223162 159 +  37038836 ACCGGATGATGTATCCTCTGAGGATGCCGTTTTGGTGGCTTTCGGGTGGAGGCTGCCACTGAATCATGATGGACTGGTTTGTGCGGCCGCTGGCGATGACGTTTTGAGGGGGAGCACTGGGAGGCTCTTCTGGAAGGGACACTCTGGAGGACAGAGTAG 
s mm7.chr11     113963312 159 + 122091587 ACCTGATGATGTAGCCCTTGAGGATCCCATTCTGGTGGCTCTCGGGAGGTGGTTGCCATTGGATCATGATGGATTGGTTGGTCCGGCCGCTGGCGATGACGTTCTGCGGAGGGGCCGTGGGGGGCTCCTCAGGAAGGGACACCCTAGAGCAGAAACCAG 

a score=8659
s danRer3.chr12  34226511 192 +  37038836 GCTCAGCTTACCGGTCAGTCTCTTTACTGAACTGGCCTTTGCCCACGTCGTTGACGGCACACAGGCGGAACTGGTAGGAGCGTGCCGGGATCAGGCCGTTCACCGTTACAGCGGTTGATTCAGGCTCAATGTTGGCTAACAGGACTGTCCAAGGAGCATCTGTGAAGAGCAGATAATGAAGAATAATGAGCA 
s mm7.chr11     113965659 191 + 122091587 GCTCCCCTTACCTTTCTGTGTCCTTACTGAACTGTCCTTTGCCCACATCATTGACAGCGCACAGGCGGAACTGGTAGGATCGAGCAGGAACCAGTCCCTTGACCATCACTGAGGTAGCTTCTGGGTCCACGCTGGCCAGGAGTATGGTCCAGGGAGCATCTGCAGACA-CACAGAATTAGGGTAGAGGGGCA 

a score=8189
s danRer3.chr12  34228439 157 +  37038836 CTTACTGTTTTCAGAAACTTCCAGAATGTAGCGGATAAGAGGGCTGTTTCCATCAAAAGGTTTGGCCCACGTCAGGTTTATGGCTCTCTTCTCTGTGCTGCTCAACACTGCGCTGGGGTTCTCAGGGGCGTGAGGCAGCTGCCTGTGGGTAATATGT 
s mm7.chr11     113966735 157 + 122091587 CTTACTGTTTTCTGACATCTCCAAGACGTAGCGCATCAGAGGGCTGTTGCCGTCGAAGGGTTTGGCCCAGGTCAGGTTGATGGCGCGTCTCTCCACGGTGCTGAGGGTTGCCACAGGGTGCTCAGGGGCATGGGGGAGCTGCCTGGAGGAGAGATGT 

a score=8133
s danRer3.chr12  34229425 193 +  37038836 TTTTCATCTCTGACCTGACGCGCAAGTGTGCGTTACGGGAGTCGTTGCCGCCAACTGATGTCACTCTGCAGGTGTATGTGCCGATGTCTCCTGACCAGGTCTGAGAGATGTGCAGAGTCCCGTTGACGTCCAGACGCAGCCGGGGCAAACCCTGAGTGACGATCACCTGACCGTCCTTCTCCCAAACAAACCT 
s mm7.chr11     113968844 193 + 122091587 TCCTCTGCCCTTACCTGACTCGCAGGTGGGCGTTGCGAGAGTCATTGCCACCAGCCGAGAGCACCCGGCAGGTATACGTGCCAATGTCCCCTGACCACGTCTGCGAGATGTGTAGGGAGCCATTTCTGTCCAGGCGGATCCGAGGATTAGTCTCCACGGCCAGGGTGGCCCCATCCTTCTCCCACACGTACCT 

a score=6271
s danRer3.chr12  34235570 182 +  37038836 CCGCCAACCTAGCTTCAATGTTTTTTTGTTTACGGGAAGTGTGTGTGGGCCGCACCTGACTGAGACGCTGGGGTCATGTGTCACACCGCAGGTCATGGTGGCTTTCGTTCCTTTGATGACGCTCTGATCCTGAGGGGGATTAGTAATGCGTGTGCGGGCTGTAAAA-AGGAACAAAGTCAATG 
s mm7.chr11     113975989 175 + 122091587 CTGCCATCCTGTCTTATAAGCGTCCCTTCCCAC------TTTGCATGGA--GTACCTGACAGTCACTCTGGGATCGTGGGTCACTCCACACACCATGGAGGCCTGGGTGCCCTTGATGACACTCTGGTCCTGGGGTGGCTTAGTGATGCGTGTCCGGGCTGTAAGACAGGGATATGTTTAGTG 

a score=9883
s danRer3.chr12  34235850 204 +  37038836 acacacacacacacacacatactcacCCCAGACCACAAGGTCAGCAGAGGCCTCGTCTATGCCACGTGAGTTGCTGGCCATGCAGGTGTAAGTGCCGGCGTCTGATATATGGGACGGGCTTATGAGTAAACTTCCTGATTCCAGGAGAGTAAACCGCGGGAGCTGAACGGAACCACTTGCCAGCACTCGTTCTCCTGCAAAGAC 
s mm7.chr11     113976923 204 + 122091587 ACCCACCCCTACGGATGGTCACTCACCCCACACCACCAGGTCTGCTGACGCCTCGTCTACTCCCCGAGAGTTGGTGGCCAAACAAGTGTAGGTGCCGGCGTCCGAGATGTGGGTTGGGCTAATGAGCAGGCTGCCAGATTCCAGCAGTGTGAATCGAGGCAGCTGGACAGAGCCACTGGCCAAGATGCGCTCCCCTGAGGTGAC 

a score=6833
s danRer3.chr12  34243372 164 +  37038836 ATGTGAGTGGAGACATTGAAGGATGTGTTCTTC-ACCTTTCTGCCAGGTGATGGCAGGACGGGGCGCTCCCGAGGTCTCACAGTGCAGGATAACTGACATGCCGTCAATCACAGTGCTGTCGGAAGGCCCTGCCGTGATGTTCGGTGCTATACCTGTGAGAGAAG 
s mm7.chr11     113977858 165 + 122091587 ACGTGACTACGCCCTCTGAAGGACCATCCCGCCTACCTTTTTGCCAAGTGATAGCAGGCCGTGGTGCCCCTGAGGTCTCACATGCTAGTACCACCGACATGCCGTCAATCACCGTGCTGTCAAGGGGGCCTCTGGTGATATTAGGGGCAATGCCTGTAGGGGGAG 

a score=7395
s danRer3.chr12  34247799 224 +  37038836 AGAGATGGAAGGGTGGATGA-ACTCACTGGTCACTGCGAGGTAGGTGTTGGTCTGCACCTCTCCAGCTTGGTTTCGGGCGAAGCACTGGAACATCCCGGTGTCATCAGGCAGAAGGCCGTTTACCTGAAGGCTACCGCCGCTCAACACTCTGTAGCGCGGCGTCTTCACAGGGCTTATGGGAACTGCATCTTTATACCACACAATATCAGGCTGAGGAACACCTG 
s mm7.chr11     113978743 225 + 122091587 AGAGACAACACAGGGGAGGACACTTACTGGTGACAGCCAGGTAGGTGGAGGTCTGGGCCTCGCCAGCTGCATTGTGGGCAAAGCACTGGAGCATGCCGGTGTCGTCGGGCAGCAGGCCGCTGATCTGCAGGCCGCCATCGCTGCGCTGCTTGAAGCGGGTTAGCTTCCCCACCTCCACCAACGCAGCGTCCTTGTACCAGGTGATGGAGGGAGGCGGTACCCCTG 

a score=7452
s danRer3.chr12  34250270 136 +  37038836 GTCTCACCTCTGGCCTGACAAGGAATGTCCACAACTTTCTCCATCTCTGCTGTGATGTGTTTCTCAGGTTCCTTCACAAACTGAGGTGGTTCTGCATGAAAGACAGAAAGAG--------AGAGGGTTATGACCTCCACATGTA 
s mm7.chr11     113981868 144 + 122091587 GTGTTACCTTTGGCTCGACAGGGGATGTCCACCACCTTTTCCATCTCGGCCGTGATATGTCTCTCAGGCTCTCTGACAAACTGAGGTGGCTCTGCAGGGGAAGGAGCAGGAGACAGGATTAGAGGCTTACGGCTTTCATATGTA 

a score=7371
s danRer3.chr12  34253387 212 +  37038836 TGTGTATTACCAAGCACATGAAGATACGCTCCAGCGCTGACCGCGGGAACGCTACTGCTGCGGAGAACAGCTTCACACTCATAGAAGCCTGAGTCGCTGACTGCTGGACTCAACACGGTCAGTCTGCGGTTAAAATCACTCAGGCCACTCCTCACCAACACACCGTCCTTCTTCCAGCTGATGCTCAGCTTTATCAGTGGCCTGAGAGAAGA 
s mm7.chr11     113982065 212 + 122091587 TGGGACTCACCCAGCACCGAGAGGTAGGCGCCCCGGGTGACAGGGGCCACGCTGCTGCTGCGCAGCATGGCTTCGCACTCGTAGTAGCCGGCGTCGCTGACCGTGGGGTTGGCGATGGTGAGCCTGCGGTTGTAGTCGCTGATGCCACTGGAGAGTGGAGCCCCGTCCTTCTTCCACACAATGTGCAGCTTGATGAGAGGCCTACGAGGCGA 

a score=7126
s danRer3.chr12  34254716 147 +  37038836 ACCTGGCATTGGCCACACACTCCATGGTGACCTCAGAAGTGCCGGAGATGACGCTGGTGTTCCTCGGCGGTATTACGATGGTGGGTGCGATGGGGTCTGCAGGACCACCGACATCTGCAGCACAAGAGAAATGCGAGAATGAGAAAG 
s mm7.chr11     113983617 146 + 122091587 ACCTGGCGTTGGCCACACACTCCATGGTCACCTCCGAGGTCCCAGCCACGACACTGGTATTCTTGGGTGGGATGATGATGGTTGGTGCAATGGGGTCAGCGGGTCCCCCAACATCTG-AGAAGAGGTGACGTGTTAGGAGGGCGGAG 

a score=9565
s danRer3.chr12  34258821 156 +  37038836 ACTTACTTTCCACAGACAGTGTTATATGTTGGCCGGTCTTATTTTCTCCGTTCTTGTCATTCACAGCTTGCACGTAGTATCGTCCAGCATCTGGGGCCACGGTGGACAGGATGACCAGCGTATTATCCAGAGTGATGGCTCTGAGAAAACAACAAA 
s mm7.chr11     113994288 156 + 122091587 ACTTACTCTCCACGGCAAGAGTGATGGGCTGGCTGGTCTTGTTGTCTCCGTTCTTGTCATTAACCGCCTGCACGTAGTAGCGGCCAGCATCGGGAGCCACCGTCGACAGGATGACCAGGGTGTTCTCCAGGGTGATGGCTCTGAGGAGAGACAAAA 

a score=6088
s danRer3.chr12 34260622 127 +  37038836 TTCTGACCATCCTGAAGTGTTGTGATGGCTTCACTCTCTTGACTGTAGTCACTGTCTCCAATATCATTAGTGGCCTTCACTCTGAACTGATACGAGGTGAAAGGCTTCAGCCTGaaaaaaaaaaaaa 
s mm7.chr5      11948597 127 - 153054177 TGCTCACCATCTTGCAAAGTGGTCACAGCCTCTGTTTCTGCACTGAAGTCACTGTCCCCAATGTCATTGGTGGCCTTCAGGCGCAGCTTGTAGGAGGTGAAAGGCCTCAGCCTGCAATGGAAAGAAA 

a score=5068
s danRer3.chr12 34261015 242 +  37038836 GTACCTGTCTACAATGTAGGAGCTGGACTCGTGGCTGACAGAGGCAGAATGCACTGTCCAGTTCTTCTCGGGCAGCTCGCGGACCTGAACCGTGTAATAACGGATTGGCGATAAACCATCGCTGCCTGGTTCCCATGACAACAGCACACTGCGCGCCTGCACATTCTCCTGAGGGACTGTGGGACGACTGGTGGGCTGAGGCCGAGCTGGAGGTCAA--AGGTCAAGCATAAGAACTCTTAAAA 
s mm7.chr5      11956761 244 - 153054177 GTACCTCTCAACAGCACAGGCTGTGGCCTCATGACTGATAGATGAGGAGTAGGTCTGCCACTCTCCACCTGGCAGCTCTCGCACCTGCACCGTGAAGTACCGGATCGGAGAGGCCCCATCACTGCCAGGGACCCACTGGAGCCTGAGGCTACGAGCTGTCACTTCAGCCTGGGGTACCAGGAGCTCTCTGGGGGGCGCTGGCCTCTCTGCAACCAGAGGAGGAGAAAAGCAGGGACTCATGAGA 

a score=-14
s danRer3.chr12 34266338 2 +  37038836 GA 
s mm7.chr5      11961887 2 - 153054177 GC 

a score=10518
s danRer3.chr12  34266340 212 +  37038836 TTACCTCTCTTCTCGGTAGTGACGACTAAGGCTTCCGCCGCCTCTCCCCATCCCTTGCGTGTCTGCGCTCTGATACGAAACACATACACCGATTCCGGCCTCAGTCCAGTGACAGTATACTGCCGTGCGCTGGAGTTCAACACGTCAAACGTGGCCGTGTTGCTATTGGTGGAGTTCAGCCGGTATGTGATCTGATAGGCTGGAGAGGGAAA 
s mm7.chr11     113938938 212 + 122091587 TCACCTCTCTTCTCTGTAGTCACCACCAAGGCCTCAGCAGCCTCTCCCCAGCCTTTGCGGGTTTGGGCTGTGATACGGAATAGGTAGACAGACTCCGGCTTGAGGCCTGTGGCCATGTACTGGCGGGCGCTGGGGGCCAGGACCTCCACTGTGGCGGTGTTGGCTGTAGTGGCGTTGAGACGGTGTGTGATCTGGTAGGCTGTGGGAAGAAA 

a score=4718
s danRer3.chr12  34267231 119 +  37038836 CTTACCGAGTATGATGCCATTGGGTTGGGAAGGTGGCTGCCAGATGAGTCTGACTGAGGTGGTCCGAACTTCAGGAAACAGAATGACAACAGGCGGCCCAGGAACTAAAACGGAAAAAA 
s mm7.chr11     113939819 119 + 122091587 CTTACCCAGAATGATGCCGTTGGGAGCTGCTGGGGGCTGCCAGATGAGCCGCACAGATGTGGTTCTCACCTCTGGAAACAGGATGCCCATGGGGGGGCCTGGGACTGGAGGAGGCAGAA 

a score=9687
s danRer3.chr12  34267415 201 +  37038836 ATGCCCACCGTCATCAAGGGTTCGCTCCAGGATTGAAGGAGTGCTGGGTCGACCGTCTCCAATGCGGGTAAAGGCTAAAACCTGGATCTCATATAGAACATACTTCCCCAGTCCGGTCAGTTGAACACTATGACTGGCGTTTCCTTCAACAGTCCAGAACTGAAGAGGAGAGTCTGAATCCTTCTCCTTGTATGCCACCTG 
s mm7.chr11     113941290 201 + 122091587 AGGCTTACCATCATCTAGTGTCCGCTCCAGGATGGGAGGGTGGCTCGGGCTGCCGTCGCCGATGCGTGTGAAGGCCAGAACCTGGACCTCGTAGAGCACATACTTGCCCAGGCCTGTGAGCTGGGCGCTGCGGGATGAGTTGCCTTCTACCAGCCAGAACCGGGGCTGGGAGTCCGAGTCCTTCTCCTTGTACCTCACCTG 

a score=6538
s danRer3.chr12  34268445 187 +  37038836 TGTTGTATCACACCCTTTAGTTTAATTTTAATTCCT--CACTGACCTTATATCCTAGGATGAGTCCATTCCGGTCAGGTTCCGGAACTTCAAACCAGCGGACCAGAATGCTGCTGGAGGTAGTAGCAAATGCAGAAACATTTGTGGGGCCACAAGAGGGGACTGCAGCAAAACAGAGGAAGACAGAAAG 
s mm7.chr11     113942122 188 + 122091587 TGGTGTGCCCCCCCCCCCATACACACTTTGGGTCCCAGCATCTACCTTGTAGCCCAGCACGAGGCCATTTCGATCTGCCTCCGGGATCTCGCTCCAGCGGACCAGCATGCTGCTAGAGGTGGTGGCCAGAGCCGACACGTTGGTGGGGCCAGAGGATGGGACTGTGG-AAGAGAGGGGTGATGAGGAAG 

a score=9841
s danRer3.chr12  34271291 267 +  37038836 TACCAGACTCTCTGGTTCTGCCCCGTACAGGTTGACTCCAGGGTCCCGCTCCGATGCCGTTAATGGCCTGAACTCTGACCTCATATTCGGTCCACTCCTCCAGGTCCTCTATAGTGAACTCTCTCTCCAGACGGTCTGCGATAACGTGCAGCAGAGCTTTAGATGGAGCTCCAGTCCTGCTGTACTGCACACGATAACCCACCGAATCAGGGTTCCCATTGTACTCCCATTCAGGAAGAGGCTGATGAAAAACAGAGTACGTGAGTT 
s mm7.chr11     113943859 267 + 122091587 TACCTGACTCCCGGGTCCTGCCCACCACTGCCTGGCTCCACGGCCCGCTCCCGATGGCGTTGAAGGCCTGAACTTGGACGCGGTACTCTGTCCACTCCTCCAGGTCCTCAATAGTGTATTCTCGCTCCACTCGGTCTTGTACCGTGTGGCTCAGCGTCTTGCCGTGGCCGTCAGAGCGGCCGTACTTGATCTTGTAGCCCACCGACTCAGGGTTGCCGTTGTATTCCATTTCTGGGAGGGGCTGGGGTAAAGCGGGGGCAGAGAGGT 

a score=9904
s danRer3.chr12  34271897 168 +  37038836 CGTACCACCCATCTAAGCCAGAGGCTGGTTTCACTGGCCGTCCGTAGGGTGACATTTGCAGGGGCCATATCAGGAGGAGCCTGCAAGGTCTGGATCTTTCTGGAAGGCTGGCTGGGTGGACTGGTGCCTACTATATTCACCTGACGCATGCGGAACCTGCGAAGACAT 
s mm7.chr11     113947423 168 + 122091587 CTTACCATCCATCGGAGCCACAAGCTGGTCTCACTGGCTGTGCGCAGAGTCACGTTGGCTGGAGCTATGTCTGGGGGCGCCTGGAGGGTCTGGATCTTTCTAGAAGGTTGACTGGGTGGGCTGGTGCCAACGATGTTCACTTGGCGCATGCGGAAGCTGGGGTGGGAT 

a score=5936
s danRer3.chr12  34276726 125 +  37038836 TTACCTGTAAAATGTGTAAGGGTTAAGGCCGGAGACCTCCAGGGAGCGAGCATCAGGCTCATTGGCCCGCTGATGAACCATCACCCAATCCTCATTCTCCCCAATGACTCCCACCT-GAGAGCAGA 
s mm7.chr11     113947657 126 + 122091587 TTACCTGTAGTAGGTGAAGGGGTTGAGGTCCGGCACCTCCATGGAACGGGCGTCAGGCTCATTGCCGAGTTGGTAGATGAGCAACCACTCCTCGCCCTCCCCGATCACGCCCACCTGGAGAACGGA 

a score=7741
s danRer3.chr12  34276908 166 +  37038836 CAGACCC-ACCTGAGCCTCTACCTGCCAACGGGAAATTGAAGTCTTGCCGTCGTATCCGGGCTTAAACTGTAAGGTTACCGTTCGAGGGCCTATGTTTGAAATGGCCAGGTTTGTGGGTGGGCCGGGAAGCTCTGAATTAGGAAAT--AGAGAGCCAGAGAAAGAGTGT 
s mm7.chr11     113948337 169 + 122091587 CAGACTTTACCTGAGCCTCCACCACCCAGCGGGAGATGGACGTCTTCCCGTCATAGCCAGGCCTGAACTGCAAGGTCACGGATCGTGGGCCGATGTTGGAAATGCCCAGGTTGGTGGGTGCCCCTGGAAGCTCTGAGAAAGGAGGGCAGGGTAGAAAAAGTAAGAGGGT 

a score=10894
s danRer3.chr12  34281693 286 +  37038836 ACCTGGTGGTACTCCTGAAGAGATGGTTGAGGATGACAGCTGACCCTGGCCTTTAGAGGTCATGGCTGCCACCTCAATGGTGTATGTGGTGAGAGCCGTCAGTCCGGTCACTCGGTACTCCAGAGTCACGTTGGGCAGATAGTGTGTAACTCGTGTGTTAGTGCGGTTGTACTCCTCCCATGATATACGATAACCTAAAAAACAAACATGAGATAAAACTGTTTACTATGGGTT--GTTCTTATGTCTACTCAGAGTTTTCATCAAATCTGGACTCCTTATCTGAATT 
s mm7.chr11     113951077 287 + 122091587 ACCTGGAGGCACACCAGATGAAATAGTGGAGGCCGACACCTGGCCCTGGCCCTTGGAGGTCATGGCGGCCACCTCTATAGTATAGGTAGTGAGTGCTGTGAGGCCCGTGACTCGGTACTCCAGGGTTACGTTGGGCAGGTAGTGGGTCACACGGGTGTTGGTTCTGTTGTACTCTTCCCAGGAGATCCGGTACCCT-GGCAACAGTCCACAGTGGTAGTAGCATGAGCTGGGTTGAGATCGTGCATTGACCTTGACCCTTATTCCAATCCTTACTCTGTACCTAGCTT 

a score=6108
s danRer3.chr12  34283657 108 +  37038836 CTCACCAGTCAGAACGCCGTTCTTCTCATTTGGCTCTCTCCAGCTGACTTTAAGAGAAGTGTCCAGAATCTCAGTGAAGCTCAGATGACCCACAGCACCAGGAGCTGA 
s mm7.chr11     113951708 108 + 122091587 CCTACCTGTCAGGATGCCGTTCTTCTCGCCTGGCTCCTGCCAGCTGACCTTCAGCGAGGTGTCCAGGATGTCATTGAAGCTCAGGTGTCCCACGGGTCCAGGTACTGT 

a score=8288
s danRer3.chr12  34283793 365 +  37038836 ACCAACACAAGTTCAGCAGATCTGGAGAGTAATCTGGTTTCTATCAAAATAATGGTCAGAGTTCATCCTGACTCCACCAGCTGCTGAAATTGAATGCTCTGGAATCAGCAGGAGTC---ATGTAAAGTGTGAAGGTGTGTGTGTGTGTGTAAGTGTCTCTCACTGTCTTCATGTGTTCGCAGTCGTCTTGGAGAGCTGCGGGGTCCGTCTCCTGGTGTGGTGAAGCACAGTACAGATGTGTAGTACTCTGAGAACTTCTTCAATCCGCCGATGTGGCCCACATGAACGCTGTCCTGAAAGTTGGGCCGAACCGTCACTACTGTCGTCTCATCTTCCTTTCCTGGCTCCCATGCTAACAGCTAAAAAGA 
s mm7.chr11     113951833 340 + 122091587 ACCCACCAGTGCCCATTAGCGTCAGAGCAT-----GGCCACTCTATGCAGGATGGCCGCTGT--------GCTCCA--------------GGATAGCCCGAGACTCCCTAAGGGTCTGGGTTGGGGGTGGGTGGGTGTGGAGCTGGGGGTAAAGGCACCT-ACCGTCCTCGTGTGTGCGCACCAGCTGGGGGCTGCTCCGAGGCCCGTCTCCCGGTGTGGTGAAGCAGAGGACCGAGGTAAAGTACTCTGTGAATTTTTTCAGGCCGGACACGAAGCCCACATGGATGCTGTCTTGAAAGTTGGGTCTGGCGGTCACCATGGTAACCTCCTCTTCTTGGGCTGGCTCCCAGGCAATCAGCTGAGGAGA 

a score=-427
s danRer3.chr12 34284167 195 +  37038836 AAAAGATTGATAAACAGTTTGATTGATCTGATGTACTTTAA---------CTTTAGTTATTTACTATTTAAAGGTACAGTATGTA--------GTAGTTCAAATAAATATTG-CAATAT----AAATTCTAAATATTGAAGAGGGTTTGTTTCCCCTGGCCCTTCTGACGATGACACAACACACATGCAGGAGCCTGATGGTCGAGCAttacactgc 
s mm7.chr5      12042134 201 - 153054177 GGAAGGGTTACAAAAAA------------GACCCCCTTTAAACCACATTTCTTTACTTAGCTGTCAATCAAAATTGTATTTTACAATTAGTATGTCTTTAAAGAAAGTATAGTCAAAATTCAGTAAGTCCATAAATGTCATACCATTTTCCCCCCTTTTCATATTtggggataaaacaagagctttaca----catgttaagcaagcactctacttc 

a score=7950
s danRer3.chr12  34288689 143 +  37038836 CGTCTACCTTGTAGCCCTGGTTGATGCCGTTGATGAACTGCGGGTTCGGGGCTGTCCAGGTGAAGCGGATTGTGGTGGAGTTGACGGGCTCTGCTTTCACGTTGCCTGGAGCAATGGTGGGAACTGGTTG--ACAGGTAAAATGG 
s mm7.chr11     113959933 145 + 122091587 CATCTACCTTGTAGCCCTGGTTGATGCCGTTGATGAACTGCGGGCTTGGGGCATTCCAGGTGAATCGGATGGTTGTAGAATTTGTGGCTTCTGCATGCACATTGCCCGGGGGCACCGTGGGAACTAGAGGAAATAGAGAAACTGG 

a score=10335
s danRer3.chr12  34290848 201 +  37038836 CCCTCACCTCCCTGAAGTGTCCACTCTGTAACTTTATGACAGTAAACCCCCAGTCCAGCTCCATTATAAGCCGCCACTTCGATTTCATAATTAGTCCAGATGATGAGATCCTCCAGCAGCAGGTTGGTGACATCAGGGTTCGAGATATTTTTATACTGGATATCCACAGGCAGACCAGTCAGACGATACCTGAGATTAGAG 
s mm7.chr11     113960739 201 + 122091587 CACCCACCTCCCTGCAGCGTCCACTCGGTGACTTTGCTGCTGTAGACACCCAGCCCGGCGCTGTTGTAGGCAGCCACCTCGATCTCGTAATTGGTCCATATGATGAGGTCCTCCAGCAACAGGTTGTTGACGTCAGCATCTGTGATGTTCTTAAATTGGTACCCAACAGGTAGCCCTGCCAGGCAGTATCTGAAGGAAGAG 

a score=9994
s danRer3.chr12  34291671 159 +  37038836 ACCGGATGATGTATCCTCTGAGGATGCCGTTTTGGTGGCTTTCGGGTGGAGGCTGCCACTGAATCATGATGGACTGGTTTGTGCGGCCGCTGGCGATGACGTTTTGAGGGGGAGCACTGGGAGGCTCTTCTGGAAGGGACACTCTGGAGGACAGAGTAG 
s mm7.chr11     113963312 159 + 122091587 ACCTGATGATGTAGCCCTTGAGGATCCCATTCTGGTGGCTCTCGGGAGGTGGTTGCCATTGGATCATGATGGATTGGTTGGTCCGGCCGCTGGCGATGACGTTCTGCGGAGGGGCCGTGGGGGGCTCCTCAGGAAGGGACACCCTAGAGCAGAAACCAG 

a score=8659
s danRer3.chr12  34295020 192 +  37038836 GCTCAGCTTACCGGTCAGTCTCTTTACTGAACTGGCCTTTGCCCACGTCGTTGACGGCACACAGGCGGAACTGGTAGGAGCGTGCCGGGATCAGGCCGTTCACCGTTACAGCGGTTGATTCAGGCTCAATGTTGGCTAACAGGACTGTCCAAGGAGCATCTGTGAAGAGCAGATAATGAAGAATAATGAGCA 
s mm7.chr11     113965659 191 + 122091587 GCTCCCCTTACCTTTCTGTGTCCTTACTGAACTGTCCTTTGCCCACATCATTGACAGCGCACAGGCGGAACTGGTAGGATCGAGCAGGAACCAGTCCCTTGACCATCACTGAGGTAGCTTCTGGGTCCACGCTGGCCAGGAGTATGGTCCAGGGAGCATCTGCAGACA-CACAGAATTAGGGTAGAGGGGCA 

a score=8189
s danRer3.chr12  34296948 157 +  37038836 CTTACTGTTTTCAGAAACTTCCAGAATGTAGCGGATAAGAGGGCTGTTTCCATCAAAAGGTTTGGCCCACGTCAGGTTTATGGCTCTCTTCTCTGTGCTGCTCAACACTGCGCTGGGGTTCTCAGGGGCGTGAGGCAGCTGCCTGTGGGTAATATGT 
s mm7.chr11     113966735 157 + 122091587 CTTACTGTTTTCTGACATCTCCAAGACGTAGCGCATCAGAGGGCTGTTGCCGTCGAAGGGTTTGGCCCAGGTCAGGTTGATGGCGCGTCTCTCCACGGTGCTGAGGGTTGCCACAGGGTGCTCAGGGGCATGGGGGAGCTGCCTGGAGGAGAGATGT 

a score=8133
s danRer3.chr12  34297934 193 +  37038836 TTTTCATCTCTGACCTGACGCGCAAGTGTGCGTTACGGGAGTCGTTGCCGCCAACTGATGTCACTCTGCAGGTGTATGTGCCGATGTCTCCTGACCAGGTCTGAGAGATGTGCAGAGTCCCGTTGACGTCCAGACGCAGCCGGGGCAAACCCTGAGTGACGATCACCTGACCGTCCTTCTCCCAAACAAACCT 
s mm7.chr11     113968844 193 + 122091587 TCCTCTGCCCTTACCTGACTCGCAGGTGGGCGTTGCGAGAGTCATTGCCACCAGCCGAGAGCACCCGGCAGGTATACGTGCCAATGTCCCCTGACCACGTCTGCGAGATGTGTAGGGAGCCATTTCTGTCCAGGCGGATCCGAGGATTAGTCTCCACGGCCAGGGTGGCCCCATCCTTCTCCCACACGTACCT 

a score=6271
s danRer3.chr12  34304077 182 +  37038836 CCGCCAACCTAGCTTCAATGTTTTTTTGTTTACGGGAAGTGTGTGTGGGCCGCACCTGACTGAGACGCTGGGGTCATGTGTCACACCGCAGGTCATGGTGGCTTTCGTTCCTTTGATGACGCTCTGATCCTGAGGGGGATTAGTAATGCGTGTGCGGGCTGTAAAA-AGGAACAAAGTCAATG 
s mm7.chr11     113975989 175 + 122091587 CTGCCATCCTGTCTTATAAGCGTCCCTTCCCAC------TTTGCATGGA--GTACCTGACAGTCACTCTGGGATCGTGGGTCACTCCACACACCATGGAGGCCTGGGTGCCCTTGATGACACTCTGGTCCTGGGGTGGCTTAGTGATGCGTGTCCGGGCTGTAAGACAGGGATATGTTTAGTG 

a score=9883
s danRer3.chr12  34304357 204 +  37038836 acacacacacacacacacatactcacCCCAGACCACAAGGTCAGCAGAGGCCTCGTCTATGCCACGTGAGTTGCTGGCCATGCAGGTGTAAGTGCCGGCGTCTGATATATGGGACGGGCTTATGAGTAAACTTCCTGATTCCAGGAGAGTAAACCGCGGGAGCTGAACGGAACCACTTGCCAGCACTCGTTCTCCTGCAAAGAC 
s mm7.chr11     113976923 204 + 122091587 ACCCACCCCTACGGATGGTCACTCACCCCACACCACCAGGTCTGCTGACGCCTCGTCTACTCCCCGAGAGTTGGTGGCCAAACAAGTGTAGGTGCCGGCGTCCGAGATGTGGGTTGGGCTAATGAGCAGGCTGCCAGATTCCAGCAGTGTGAATCGAGGCAGCTGGACAGAGCCACTGGCCAAGATGCGCTCCCCTGAGGTGAC 

a score=6833
s danRer3.chr12  34311876 164 +  37038836 ATGTGAGTGGAGACATTGAAGGATGTGTTCTTC-ACCTTTCTGCCAGGTGATGGCAGGACGGGGCGCTCCCGAGGTCTCACAGTGCAGGATAACTGACATGCCGTCAATCACAGTGCTGTCGGAAGGCCCTGCCGTGATGTTCGGTGCTATACCTGTGAGAGAAG 
s mm7.chr11     113977858 165 + 122091587 ACGTGACTACGCCCTCTGAAGGACCATCCCGCCTACCTTTTTGCCAAGTGATAGCAGGCCGTGGTGCCCCTGAGGTCTCACATGCTAGTACCACCGACATGCCGTCAATCACCGTGCTGTCAAGGGGGCCTCTGGTGATATTAGGGGCAATGCCTGTAGGGGGAG 

a score=7395
s danRer3.chr12  34316297 224 +  37038836 AGAGATGGAAGGGTGGATGA-ACTCACTGGTCACTGCGAGGTAGGTGTTGGTCTGCACCTCTCCAGCTTGGTTTCGGGCGAAGCACTGGAACATCCCGGTGTCATCAGGCAGAAGGCCGTTTACCTGAAGGCTACCGCCGCTCAACACTCTGTAGCGCGGCGTCTTCACAGGGCTTATGGGAACTGCATCTTTATACCACACAATATCAGGCTGAGGAACACCTG 
s mm7.chr11     113978743 225 + 122091587 AGAGACAACACAGGGGAGGACACTTACTGGTGACAGCCAGGTAGGTGGAGGTCTGGGCCTCGCCAGCTGCATTGTGGGCAAAGCACTGGAGCATGCCGGTGTCGTCGGGCAGCAGGCCGCTGATCTGCAGGCCGCCATCGCTGCGCTGCTTGAAGCGGGTTAGCTTCCCCACCTCCACCAACGCAGCGTCCTTGTACCAGGTGATGGAGGGAGGCGGTACCCCTG 

a score=7452
s danRer3.chr12  34318764 136 +  37038836 GTCTCACCTCTGGCCTGACAAGGAATGTCCACAACTTTCTCCATCTCTGCTGTGATGTGTTTCTCAGGTTCCTTCACAAACTGAGGTGGTTCTGCATGAAAGACAGAAAGAG--------AGAGGGTTATGACCTCCACATGTA 
s mm7.chr11     113981868 144 + 122091587 GTGTTACCTTTGGCTCGACAGGGGATGTCCACCACCTTTTCCATCTCGGCCGTGATATGTCTCTCAGGCTCTCTGACAAACTGAGGTGGCTCTGCAGGGGAAGGAGCAGGAGACAGGATTAGAGGCTTACGGCTTTCATATGTA 

a score=7371
s danRer3.chr12  34321881 212 +  37038836 TGTGTATTACCAAGCACATGAAGATACGCTCCAGCGCTGACCGCGGGAACGCTACTGCTGCGGAGAACAGCTTCACACTCATAGAAGCCTGAGTCGCTGACTGCTGGACTCAACACGGTCAGTCTGCGGTTAAAATCACTCAGGCCACTCCTCACCAACACACCGTCCTTCTTCCAGCTGATGCTCAGCTTTATCAGTGGCCTGAGAGAAGA 
s mm7.chr11     113982065 212 + 122091587 TGGGACTCACCCAGCACCGAGAGGTAGGCGCCCCGGGTGACAGGGGCCACGCTGCTGCTGCGCAGCATGGCTTCGCACTCGTAGTAGCCGGCGTCGCTGACCGTGGGGTTGGCGATGGTGAGCCTGCGGTTGTAGTCGCTGATGCCACTGGAGAGTGGAGCCCCGTCCTTCTTCCACACAATGTGCAGCTTGATGAGAGGCCTACGAGGCGA 

a score=7126
s danRer3.chr12  34323210 147 +  37038836 ACCTGGCATTGGCCACACACTCCATGGTGACCTCAGAAGTGCCGGAGATGACGCTGGTGTTCCTCGGCGGTATTACGATGGTGGGTGCGATGGGGTCTGCAGGACCACCGACATCTGCAGCACAAGAGAAATGCGAGAATGAGAAAG 
s mm7.chr11     113983617 146 + 122091587 ACCTGGCGTTGGCCACACACTCCATGGTCACCTCCGAGGTCCCAGCCACGACACTGGTATTCTTGGGTGGGATGATGATGGTTGGTGCAATGGGGTCAGCGGGTCCCCCAACATCTG-AGAAGAGGTGACGTGTTAGGAGGGCGGAG 

a score=9565
s danRer3.chr12  34327486 156 +  37038836 ACTTACTTTCCACAGACAGTGTTATATGTTGGCCGGTCTTATTTTCTCCGTTCTTGTCATTCACAGCTTGCACGTAGTATCGTCCAGCATCTGGGGCCACGGTGGACAGGATGACCAGCGTATTATCCAGAGTGATGGCTCTGAGAAAACAACAAA 
s mm7.chr11     113994288 156 + 122091587 ACTTACTCTCCACGGCAAGAGTGATGGGCTGGCTGGTCTTGTTGTCTCCGTTCTTGTCATTAACCGCCTGCACGTAGTAGCGGCCAGCATCGGGAGCCACCGTCGACAGGATGACCAGGGTGTTCTCCAGGGTGATGGCTCTGAGGAGAGACAAAA 

a score=1997
s danRer3.chr12  34331215 33 +  37038836 TCTTCAGTGTGTTTTCCATCCCTGAAGTTGAGG 
s mm7.chr11     113994620 33 + 122091587 TCCCAATTGTCCTTTCCATCCCTGAAGCTGAGG 

a score=2014
s danRer3.chr12  34336046 43 +  37038836 AAGGCTATGCATGAACTTATGCATGGATCTATGAACCTGTATT 
s mm7.chr11     113996074 43 + 122091587 AAGAATATGCATGTATGTTTATATGGATCTGTGTACATGTGTT 

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s danRer3.chr12 34355436 178 +  37038836 AAATGATG-----CAAAGAAAATGT----GATCAATTCAGTTACAATATATT----------TACTGAAATCTAAAGATTGACAGATAGATGTACAGACAGATGGAGGATAA--AATG--AACAACATACATGCAGATGGAATGAATGATAGAAACTACAATAGACAGATAGATTAAACAATCAAACAAAACAGAGTTGTG 
s mm7.chr2      20825014 186 - 182548267 AAATGATGGTGAGCAAGGAAACCGTTACAGACTATGTGAATTTCAATAAACTGTGTGAAAAATGCAGTAATTTGTAACAGGGTATATGCATGTACAGGAAAAAAAAGTGAAATTAATGGTAACAATATGCATGTAAAGTGGGAGAGAGTTA---ATTACATT------------TAAAATGTCTAAGATTCTTGAGTTGTT 

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s danRer3.chr12 34355649 885 +  37038836 tagaatgaaCACCAGAGTGAGTTAGACAGACTAAAAAACAAGAAACTAAACAATTTACTTTTGTTTT--AATCCAGAAACACGGATCAAAACAAATGATAGAATAATGACATAGAGGCTGACAAACAAACAGAATTAACCTACTGTAAGAATGAACAACAGAATCTTATAGACAGATTAAATAG--GCCATAGCATAAATggcaggtagacagacagactggatgaatgacagacaggctgagagcacccc-------aacaattgcatgaacaacagaccaaacaa--tagaatcaat---------------------gacagaaacaagcagggagacagaaagaataaacggcagaaaaaaacacagagaagtagacagacagaaaggcagataaacatagagaATGAACAACAGATAGAACCAAGAACTGAATGATCAGCAAAATGAACAACAGACACAATAAACATACAATAGATAGAATGGAAGAAGAATGCAGAGAGACAAGGATGAACAATAGAATGAGCAATGAAATAAATGACAGAGTCATCAGATCATGATTGAACAAGTGATGGATCAAATGAGAAACAGACCGAACAAATGATAGAATGAATGACGAAATGAGGGACTGATTTGGAAGACAAGTCAAATGAAGGATGAAAAAACAAATAATAATACAAGCAacagaagactggacagatagctgatagacagacagaaagagagacaaacaaatgatacatataagattagacacaataatagaacaatagaacaatgatagacagacggacagacagacagacagacggacggacggacagacagacagacagacggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggaaggacggacagcgagaaaaggagataga 
s mm7.chr2      20825226 817 - 182548267 TTAAATGAA--------------ATGCATGTAGTACAATATTAAACAGGGTCATTTAGATTAGTTTCCCAAAGAAGAAAGAGGCATTGAAGGAGATGATTGGAAAATTACATAAAAGTTGAAGAACAAACAGAA-TAGCAAAATG---AGATGAAGAAGCAATTC-------CAGGTTTACCAGTAGCCATACTGCACATCTCTATCCTTCTCTTAAACTTAGCCATTATCAGAGATGTGCAGAAAATGTTTTAAGTAAGTATTTTTATGGATAATGTCATTAGTGATTTAGTTTCAATTTCCCAATATTATCTCCTACAAACAAACTaaagaaggaaggaagaagggaagaagggaagaagggaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaggaaggaaggaaggaagg--------aaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaaggaaggaggggaggggaggggagggaagaagggaagggaagggaagggaagggaaggg----aagggaagggaagggaagggaagggaagggaagggaagggaagggaaggga--agggaagggaagggaagggaagggaagggaagggaagggaagggaagggaagaaggga-----------------agggaagggaagaagggaagggaaggggaaagaaggaaagaaagaaaga----------------------------------------------aagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaagAGAAAATAAA 

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s danRer3.chr12 34356538 222 +  37038836 tgtacggacggatggagggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacagacagacagacagacagatagatagatagatggatggatggatggatggatggatggatggatggacggacagtgagaaaaagagatagatggatGTacggatggatggatggagggacagaga--------gagaaagaggtggatggatg 
s mm7.chr12     44530554 227 + 117814103 TGCAAGTTCTTTTAATAAAATTACAATACAAaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaggaaggagggaagggaagg--gaagggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaagga-agaaaCTATGTTCAGGGAGGAGATGATTGGATG 

a score=8387
s danRer3.chr12  34357358 250 +  37038836 CTTACATGCGGCTGCTGGGAGGGATTTTGCGTCCGTCTCTGAACCAGGTAACCTGTGGTTGAGGGAAACAGCGAATGCGAGGCGCTGGTATCACGGCTCCTTCTCCTTGGGATACAGCTTGAGTTCGTTCCCCTTCCTCAAAACTTCCCATATCTATAGACAAAACAACACACAATGAATGGGAATAATTAGCAAATCTGGAAGATTTGGAAGCAGCAACAAAATAATAAGAAGAGGAAACTCCTGAATA 
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a score=6405
s danRer3.chr12  34368560 128 +  37038836 TACTCACATGCCACTTGTACTTCAGTTCTCCTCTGTAACAGAGCTCCAACTCGGTTCCTCACAATGCACCTGTAGAAGCCAGCATGCGATCGGTCCAGAGATGGAATCAAATACCTGCGAGAAATAAA 
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a score=9631
s danRer3.chr12  34399476 184 +  37038836 acTGACCTGTACTCGAGCGAGAACCGTGTGATCTCTGTATCGTTGTGGATCCATTTAAACTCCAAAGGCCAGCTTCCTTCAGCCATACAGGTCAAGACCAACCGGTTCCTCTCTAGATGCAACTGACTCGGGACCGGCTCTGTTTTAAAGTATGGAGGAACGTCATCT-GGAGAAAACAAATACA 
s mm7.chr11     114052157 185 + 122091587 ACTTGCCTGTACTCCAGCGAGAACCGGGTCAGCTCCCGATTGTTGTGTAGCCACTTGAACTCCAGCGGCCAGCTGCCTTCAGCCATGCAGGTGAGCACCAGGCGGTTCCCTTCCAGATGCACTTGTGTGCGCACTGGCTCCGTCTTGAAGTATGGCGGTACATCATCTGGGGGGAAACAGGTACA 

a score=8410
s danRer3.chr12  34480378 426 +  37038836 TTAAATGTTCAGAATTCAGAGCTTCCCTGCAGTCGTTACATATTCCTGTATTTAGCAGCCTTCAGCTTCTGCTTCATCAACATTCTCTGAACAAGTCAGACATATGGCCTTTatgcatctatctatctttctatcttatgtctgtttgtctgtctgtctatctatcatttcatccatctatccatctatccattctgtctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttttctctttctttcttttttGTTTGTTTtatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatct 
s mm7.chrX      155293364 281 - 164906252 TTAAATGTTTCCACTTCAATCCCACCCTGAGCCTTTTACTCATTTCTTTCTTTTGCTGCCTTCTCCCTCTGCCTC-------TCCTCCTG-------------------CTGCTGCatccatccatcgatcca---------------tctatccatatatccatcatct-atccatctat-catctatcca-----------------------------------------------------------------------------------tctctatc------------------tatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc-atctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctacctGGCTTTAGAACTCCTGATTTTCCTCCCT 

a score=1607
s danRer3.chr12  34482837 159 +  37038836 AAAATGTGTTCAAATAAGGATTGAGCCGATGCACAACATGCAACCATACAGCAATGAAAACATGATGCATCTTAGAACATTAAATAGAAAATTGTCAACTGTTTG---------AGAAAGA---CTTGCTCT--------AGTAttcttcttcttctccttcttcttatttttttttct 
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a score=-6367
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s danRer3.chr12 34679766 288 +  37038836 TTTTGGTCGTGACACACTCTGGCCTTGGTCTTTTATTG-----GTTTCAGCACACTCTGGCCTTGGTCTTTTCTTGGTCTTGACACACTCTGGCCTTGGTCTTTTCTTGGTCTTGTCTCACTCTGGTATTGATCTGTTCTTGGTCTTGACACACTTTGGCAATGGTATTTTCTTGGTCTTGACACTCTGGCCTTGGTCATTTCTTGATTATAATACACTCTGGCTTTGATCTTTTGTAAGTTTGGACACACTCTGCTTTTGATCTTGTGTTGT--TCTCGCCATACTCTGGTCTT 
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s mm7.chr15     21675987 191 + 103647385 TCGTTTTCTGAATCCAAAATA--------TTAAATTACAAAT--GGGAAAATATTTGATAAT-ATTAATAGCATTTCTGTGATTTCTTGGTACTTAGCGTTTCAATGTGAAAGTGGCAA----TAGACAACTTA----------TAATCATATACATAGCCATTTTGATATTA-TAATACCTAGGAATGTAGTATGAGGTCACTAA---AGAAGTGCAAA 

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s danRer3.chr12 34967545 329 +  37038836 GAGTGTGTGCGTGTGTAAGAGTGTGTGTTACAGTATGTGTGTATGCAAGAGTGAGAAATAGAAAgtgtgttgtgtctgtgtgtgtgttgcgtgtgcatttgtgagtgtagtgaatgtgtgtgtttgtatgtgtggtca-tctattagtttgtgcatgtgtgtgtttgtgaacgtgtgtgtgtacatgtgttggattgtgtatgaatgtgtgtgtgtgAGAGAAAGTTAATTTATGTTTAAATAGGGTGTGA--GAGTGTGTGTTTTGCATTGAAGAGAGTG------TGTTGTGTGTGTGAGAGGGTGAGAAATAGA-----GAGTATGTtgtgtctgtgtgt 
s mm7.chr9      31984905 293 - 123828236 GAATGTGTGCTTGTGTGAGATTGTGTTTTTCAATGTGTGTGCAT------------------AAGTG---TATGCCTCTATATGTGCT-----TGTCTTTGT------------tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttattctctctgtgtgaatgtgtgtgtgtgcatgtgtgaatgtgtgtatatgtg-taaattgtgta------tgtgtttgtgtTGAAAGGTTA----ATACTGAACTATGGGATGACCAAAAATGGGAAAGGCA-AGCAGGAAGTGATAAATTATTATGAGTGAAAGAGAATGAGAAATAGAATAATAAATATTTGGTGTTTATGTTT 

a score=3075
s danRer3.chr12 34968110 498 +  37038836 CTGCCTGCTCTTGTCTGAGCTGATACTGAACTAATAAAGACTAATGAATGTGTCTAACTGATGATAATAATGTCATTAAAATGCAAATCCTTCATTTCTTCTAATTGTGTTACATCACATGCAATCAATCA------------CAACAACTGATTTTGCTGTCAAAACTTCCTGAGCACACTTCTGTAA-------------TAATTATACATGCTG-----------GAGAATCACTT--------------GCTGATCATTACGTACACATTACAAACATTCACATGATTTTAGTCAGT--CATCATTGAATCCTCCAGTAAATCCTCCACAGTGTGACTGGGAATGAAATAA--ATCTCTATTAACTATTTCTG-------AATGACATGGAG-------CTTCAAATTACATCAACAGTGACAATATGTTGAAAAAATGATTATCTTTGAACAAAAAAATTTAAAAA---atgtatatatatatatata---tatatatccatgccta---------------atattcgatggccagacagtaattattttttttataaattgtttacat--tttggtatttgt 
s mm7.chr15     24447148 583 + 103647385 CTGACTGCAAGTGTCAGGA-----ACCAAGCTAATCAAGATTAATGTATTCATTTAACAGATGGTTACAATGTTATTAAAATGCAAATGATTGGTTTCTTCTAATTGTTCAACATCAGAAACAATTAATCAGATGATTTTTTTCATTTTCTGATAGCTTTGTAGAGTTTACCTCAAGAGACTAACATAAAAGGCAACTATGTAAATTTTTCTCACTGACCTCAAGAGAGACAATCAACTAGAAAGAAATGTGGAATAAAGATTATATATTCATAATGAATGGTAGGAAGAATCCATTTAGTGCTGTAATTTGCTCATGGATTATTTTGCATCCAGTTTAACTGGTCTCCATATAATTACATTTATTAAACATCCACGCCAACATAATGGCATTTGGTGTGCTACTTTAAGTCAAA-AAACATGAACTACATATTTGAGGAAATAAAATCATCCACCAGAGGGTTGTATCAGTCCTTGTATAGTTGTAGAAATAATGTGGAAATTAAACTTTACGAATTAAGTAGAACATTTGAGATAATTATGGAGCAATTATTATGTTTGGAAATTATTCCAATGATTTGGAATATAT 

a score=2117
s danRer3.chr12  34999531 38 +  37038836 GCAAAGTTCCGTGCCAAGTTTGATCCACGCGTCACCGC 
s mm7.chr8      104511793 38 + 127874053 GCAAAGTACAGGGCCAAATTTGACCCACGAGTGACAGC 

a score=20953
s danRer3.chr12  35004131 805 +  37038836 TAGATATGAGATCCAGGCTCTGATTGGTCGTGGCAGCTTCAGTCGTGTGGTTCGCGCCGAGCACAAACAGACTCATCAACCATTCGCCATCAAGCTCCTAGATCTCAGAGCTCCGGAGGGTCTCGAATCCTGCCAGGCGGAGCTCAGGGTTCTTCGACGGGTCAACCACCCCAACATCATCCGCCTGACGGAGGTCTTCCAAACCCCACACCGCGTCTACCTAGTCCTGGAGCTGGCCACAGGTGGAGAACTGCTGGAGCGAGTGCTTTCCCGAGGAACATTCAGAGAACGGGATGCAACCAAGGCCTTATTGATGGTAACAAGTGGCCTGGCGTACCTGCATAATCTGGGTGTCATCCATAGAGACCTCAAACCCGAAAACCTGCTCTACTACCATCCAGGACAGGACTCGCGGCTGATCATCACAGATTTCGGGCTGGCCTGTTGGGATAAGTCCATACAGAGGGATGATCTGGAGTTGACTGTGGGATTAGAGGAGAAAGGTTGGGCGTTGAGGACACTCTGCGGGACGCCTGAATACCTGGCACCGGAGATGTTGGCGCGGAGAGGCTGTGGCAGAGCGGTGGACATGTGGGCGCTGGGCATCATTACATACGTCCTGCTGAGCGGATCATTGCCCTTCGACCACAGCAGCCGAGCCAAACTCTTCAGGGCCATCCTCAAGGGCTCATACAGCTTCCACGGGGAGGTGAGTGTGTGTTTTTTTTCCTCTTTCAGGGTGCAGATGCAGACTTTCGAGAGCATGAAAGCATAGGCGGAGCGTGAACAAACTCCAGGGTAAAGG 
s mm7.chr8      104511831 752 + 127874053 TAAGTATGATATAAAGGCCCTAATTGGGCGAGGCAGCTTTAGCCGAGTGGTACGTGTGGAGCACCGGGCAACCCGACAGCCATATGCTATCAAGATGATAGAGACCAAGTACCGAGAAGGGCGGGAGGTGTGTGAGTCCGAGCTCCGAGTGCTGCGCCGGGTGCGCCACGCCAACATCATCCAGCTGGTAGAAGTGTTTGAGACACAGGAGCGTGTATATATGGTGATGGAGCTGGCCACTGGCGGTGAGCTCTTTGACCGGATTATTGCCAAGGGTTCTTTCACTGAACGAGATGCCACAAGAGTGCTTCAAATGGTACTGGATGGTGTCCGGTATCTTCATGCCCTTGGCATTACACACCGAGACCTCAAGCCTGAGAATCTCCTTTACTACCACCCAGGCACTGACTCCAAGATCATCATCACTGACTTTGGCTTGGCCAGT--------GCCCGGA-AGAAAGGTGA--------CGACTGCCTGA----------------------TGAAGACCACGTGCGGCACACCTGAGTACATTGCTCCTGAGGTTCTGGTGCGAAAACCCTACACCAATTCCGTGGATATGTGGGCACTGGGTGTCATTGCCTACATCCTGCTCAGCGGCACCATGCCCTTTGAGGATGACAACCGCACCCGGCTATACCGGCAGATCCTCAGGGGCAAATACAGTTATCTGGGGGAGGTGAGTTTGTCTTGCCTTTGTTC---CAGGGATGTTAGGAAGACCCCTCAGAG--GGAAGGTATAACCTG---------AAGCTCCTGGTCAGAGG 

a score=6447
s danRer3.chr12  35018578 272 +  37038836 CTCATACAAACAATCT-CTGTGTTTTCCAGCCGTGGCGGTCAGTCTCATCTCTGGGCAAAGGCTTTATCAATGGGCTCCTGACTGTGGTCCCGGAGCAGCGGATGAGCGCAGAAGAGGCTCTCCATCACCCCTGGCTGGTCAACATGGCGGCATGCTCCTCCAACAAGAACCTGCAGCGCTCCATATCCAGAAACCTCCAGCGCCGGGCATCCCGCACATCCTCCCGCTGCCCCAGCTCTGCTTCTGGATCACAGGCATCCAGGAGCTCCAGC 
s mm7.chr8      104528475 258 + 127874053 CTCACACTAATGCTTGGCCTTGCTTTCTAGCCCTGGCCTAGTGTATCTAATCTGGCCAAGGACTTCATTGACCGCCTGCTGACCGTGGACCCTGGAGCCCGGATGACTGCACTGCAGGCCCTAAGACACCCATGGGTAGTAAGCATGGCAGCCTCTTCATCCATGAAGAATCTGCACCGATCCATCTCCCAGAATCTCCTCAAGCGGG---------CTTCCTCTCGTTGCCAGAGCACCAAGTCT---TCCCAG---TCCACGCGTTCCAGC 

a score=7029
s danRer3.chr12 35068605 505 +  37038836 CTTTATTACTCGGAATTATGACTAACTCAGAATTGCGACTAACTCGCAATTCCTACTTAATTGCGACTTTATAATTCACAATTCTGACTTTATTACTTGGAATTGCGACTTTATAACTCTAAATTATGACTATAACTCAGGATTGCAACTATAACTCGGAATTCTGACTTCATAACTCAGAACTGGGACTTTATAACTCACAATT--CTGACTTAACTCAGAATTCTGACTTTAAAACTTGAAAAT-CTGAC-TAACTCGGAATT-CTGACTTAATGTACAATTCTAACTTTATAGCTTGGAATTGTTACTATAACTCGCAATCTCACTTTATAACTCAGAATTGTGAATTTTTACCTCGAAATATGACTATATTACTCAGAATTGCGACTTTTACCTCGGTATTATGACTTTACAACTCGAAATTGCGG-------------------------------------------------------CTTTTTAACTCACAATTTTGACTTTATAGCTCGGAATTGTCACTTTTTAAATCGGAATTATGACTTTATAACTCATAATT 
s mm7.chr9      88765446 542 + 123828236 CTTTTCAAGCCAAAGGCCTGACTGTGAAGGTACTTTAACACATCCAGCATCCTAGCCAAACCCTGCCTGTATAACTCAGAGTT--GCCTATATAACTCAGAGTTGC--CTATATAACTCAGAGTTGCCTATATAACTCAGAGTTGCAGATATAACTCAGAGT--TGCCTATATAACTCACAGTT--TCCTATATAACTCACAGTTGCCATATATAACTCAGAGT--TGCCTATATAACTCAGAGTTGCAGATATAACTCAGAGTTGCCTATATAACTCAGAGT--TGCCTATATAACTCAGAGTTGCCTATATAACTCAGAGTTGC-CTATATAACTCACAGTTGCCATATATTAACTCATAGT-TGCCTAAATAACTAAGAGTTGC-AGATATAACTCAGAGT--TGCCTATATAACTCAGAGTTGCAGATAAAACTCAGAGTTGCCTATATAACTCAGAGTTGCCTATATAACTCAGAGTTTCCTATATAACTCAGAG--TTGCCTATATAACTCAGAGTTGC--CTATATAACTCAGAGTTTC--CTATATAACTCAGAGTT 

a score=2359
s danRer3.chr12 35069508 183 + 37038836 CACGTGAGCGCGCTCGCGTGCACGAGCTGTAGGGAATGGCATCGGAGCGCGTTCACGGGCGTGTGTGAGGGAGGAGGCAAGAACGC-GCAGTCGGCTGAGGAGT-----------TTTTAATGTCCGCCATGTTGTGAATGGCGCACTGAGGC-AGCGAGAGA---AAACACA------CACACCCGCCTGCGTTTCCTCGCTGG 
s mm7.chr18     84223870 194 - 90918714 cgcgccggcgcccgctcgagcccgcgctc----------cccccgcgcgtgcccgcgTCGCTGCGCGATGCAGTGTGGGGAATGGCTGGGGTTGGCTGAAGAGCGCACAGTGGAGTTTTAATGTCCGCCATGTTGGCCATGGCGTATTGAAGAGAGCGAGTGAGCGAGGCGCGGAGCGGCACAGCCTCCCAC-CCTCCCGGCTGG 

a score=11076
s danRer3.chr12 35069731 233 + 37038836 ATCCACCCTCCTCCATGACCTCTGTGGCGGTTTTATGGGTGATTGTGAGGGGATCGGATAGATTAATA----GAGTAAAATGAGCAAACTGTCGTTCAGGGCGCGGGCGCTGGACGCTCTGAAACCGCTGCCCATATTCCGCTGCGAGGATCTGCCAGACCTGCACGAGTACGCGTCCATCAACCGCGCCGTGCCGCAGATGCCCACCGGCATGGAGAAGGACGAGGAACTGGTACG 
s mm7.chr18     84224136 230 - 90918714 AACTCCGGTTCTCCATGATCCCGCTGGCCG------GGGCCGTT-TCCCCAGAGCGGAGAGGTATCTGCTGCGCCTGAGATGAGTAAACTGTCGTTTCGGGCGCGGGCGCTGGACGCCTCGAAGCCGCTGCCGGTCTTCCGCTGTGAGGATCTGCCCGACCTGCACGAATACGCCTCGATAAACCGGGCCGTGCCGCAGATGCCCACCGGGATGGAGAAGGAAGAGGAGTCGGTACG 

a score=2184
s danRer3.chr12 35077202 30 + 37038836 ACACACACAAAAACACACACACACCTCCGG 
s mm7.chr18     84227250 30 - 90918714 ATACACATAAACACACACACACACCTCAGG 

a score=-1373
s danRer3.chr12 35089944 267 +  37038836 TGATTATATTAAAATATTTCCAACATTTTAGGCACAATACTGTAAAATAAAACACTGTATTTTAAGCCTTGATGATTTTT--TTTGACAAGCAATTGTTTATTTTTGTAACTAATTTTGTAACTTTGTTGATGTTGCGCAATGGATTGTACAATGGATTCT---CCAAAAGGAAACAAATTGCCGCT----AAAATACGATTCCACTAAAAAGTCTGTTGTAC--ATCAAGACTCATGTGACTTTGTGAATGGGAATGTTTAATGAATTA-----------------TAGGTCTC 
s mm7.chr2      49495695 286 + 182548267 TGAATACCTCAATTTATTT--AGCACCCAAGGT-CTATACTG---ACTATAAACATGTATATATGGTCTTTAAGAATTCTACTTTTAAAAATTGTTATAAAGTTATGATGCTGATTATA-AGCTGCAGGAATTAAGGGAGACGGATGGTA--ATGCTTTCTTGGCTATGCAGAAAAAACCTGTGGTTTAGCGAAGGAGAACTATTCCAAATCGATTTTTGCATTTATCAGTTAACAAAGTAACGTTTAAATAGAATTATGCACGGAGTTAATATTACTAACACAACTTACATTAC 

a score=11670
s danRer3.chr12 35090211 187 + 37038836 TTTCTTTATGGTTTGCCACAGGAACACCATCTCCAAAGGGCAATTTCGGCCCAGCAGGTGTACGGAGAGAAGAGGGATAATATGGTGATTCCTGTCCCAGAGGCCGAGAGCAACATCGCCTACTATGACTCGCTCTACCCCGGAGACTTCAAGATGCCAAAGCAGCTCATTCACATACAGCGTGAGT 
s mm7.chr18     84251817 181 - 90918714 TTTCTTTGTTTTT------AGGAACACCATCTTCAGCGGGCTATTTCTGCACAGCAGGTGTACGGCGAGAAGCGGGATAACATGGTTATTCCAGTTCCTGAAGCAGAGAGTAACATCGCTTACTATGAGTCCATATACCCTGGGGAGTTCAGGATGCCAAAGCAGCTCATTCACATACAGCGTGAGT 

a score=382
s danRer3.chr12 35090398 4 +  37038836 TTGC 
s mm7.chr2      49496165 4 + 182548267 TTGC 

a score=1307
s danRer3.chr12 35093401 133 +  37038836 GGATCCACAGAACATAGATGTGTGTGGATGATCGTTTCAGTTGTG-GGACGTCAACCAGACTGCTTAGG----------ACTTTAATTACTCCT------ACAGTCTTTTTAGTTTTCAACATGATGTGTTTTTGTTAGCTGTTTCTATT 
s mm7.chr2      49500007 150 + 182548267 GAAACCAGAGAAGATAGGTATGTGTGGACAGTTCTTTCACTTCAGTATACTTGGTGTAGGCTGTTTGGTTAAGCTGATCATTTTCATTCTACATGGAAAAAAGGGAAATTTAACACTCAATATAAAGTGGGCTTTCATATTGTTTTTATT 

a score=37
s danRer3.chr12 35098007 4 +  37038836 AGTG 
s mm7.chr2      49520503 4 + 182548267 AATT 

a score=8601
s danRer3.chr12 35098011 165 + 37038836 TCTGTCTCTCTCTGCAGCTTTCAGTCTGGATACGGAGCAGCCGGACTACGATCTAGACTTGGAGGATGAGGTTTTTGTAAATAAGCTGAAAAAGAAGCTGGAGGTGGAGGCTCTGCAGTTCGAGGAGATGATTGACAGATTGGAGAAAGGCAGCGGACAGCAGGT 
s mm7.chr18     84259472 165 - 90918714 TATGCTTCCTCCACCAGCTTTTAGCTTGGACGCTGAACAGCCTGATTACGATCTGGATTCTGAAGATGAAGTATTTGTGAATAAACTGAAGAAGAAAATGGACATCTGCCCATTGCAGTTTGAGGAGATGATTGACCGGCTAGAAAAAGGCAGCGGTCAGCAGGT 

a score=6844
s danRer3.chr12 35099921 717 + 37038836 TAATTCCTTACTTTTTACTTTTTTTAAATGTTATCTATTAATTTATCATTTCTTTCTGTACCACAGCTGGTGACTCTTCAGGAAGCAAAGCTTTTACTGAAGGAGGATGACGAGCTGATCCGGGAGGTGTTTGAGTATTGGAGCAGGAAGAGGAAA--CTGTCAAAATACGGATCCCTCATCCCAAATATTAGGCAGGAAAAGCGGGATGGATCCAGCACAAATGATCCCTACGTGGCCTTCAGGCGCAGGACGGAGAAGATGCAGACGAGAAAGGTGAGCAATGCTGT-------------AGCCGTATCGATGTTGTGCTCTTAATCCT-----TTAATGCTG-------------ATCCTCTAACAAGCTGAATAGATGAAAGCAACTCAATA---CAGCGGTCTCTTTGGTCGATCA-----------------TCCTGCCCTAAAAGCAGCCGTAATCGACACTTTAATACCCCTTTTTTTCTCTACCTGAAGTCCA---CATTATTTTGTAGTTACTGCATCTGTTGTGAACCTAGCTCAAAAGACATATTGGGGAAGAACTAAGGATGGAGTTATAAATTAACCATCTTT-TTTACTATCTATCATAATACAAAAAAAGGGTCAACATCTGTGTCATGCAGATTTTAAGAAAAATGTCTGATGCATATAagagt--------------ttctacaggtggtttgtcagaccctctcacctgtgtgaggctcactCAGAAATGTACAATGTTTTTATAGAGATATAAAATGTCAACAAAACA 
s mm7.chr18     84260378 720 - 90918714 TGAGTCCTTGCATAT-GTGTTTTATGAAAGTGACGAAATGATTTTACATTT-------------AGCCAGTCAGTCTGCAGGAAGCCAAACTACTTCTAAAAGAAGATGATGAGTTAATTAGAGAAGTTTATGAATACTGGATTAAAAAGAGGAAAACCTGCCGGGGGTC--ATCACTTATCCCGTTGGTAAAACAGGAAAAGCGAGATGGTTCTAGCACAAATGATCCTTACGTGGCTTTTAGAAGACGAACTGAGAAAATGCAAACTCGGAAAGTAAGTGattttttttaatttttaagaaaaattatagttattaataacttaattttGTGACTTAATTCTGTGCTTTACATAATATTCCTTAAAAATTATActagagg--ggttgctcagtggttcagagctcttatttctctatcagaggacagtgttgcagttcctgtacccatatcag--gtagcccata----aacacctgtgactcctgctcctaagaatccaaggccccactttggacctgtgggaacttgtacacacacaaacacaaacac--------------------------tcatgcactaaTTTTTTTTAATTACACTAGAAAATAGTAAAATAAGTTGGCCTTTAGAGTTCTTATGAGGGTCTTAATATATA-GTTTGATTCACTTAAAAATCAGGTACAGAATTCTTATCTTTGTGGTCTGT--GTTCCTTT--CCTGTGT--------CTTTAAACTGTAA-----CTCTATAAAAACATACATTGTTAACATGGCA 

a score=9248
s danRer3.chr12 35100793 221 + 37038836 ATTTCTTAGTCACTTAGTGTTAGTTAAG--------TCAATGTGAAATGAATTGTTTGTATCGATTTTTGTTTCCCAGAACCGGAAGAACGACGAGGCGTCCTATGAGAAGATGCTCAAATTAAGAAGGGACTTGAGTCGAGCCGTCACCATCCTGGAGATGATCAAGAAGCGAGAAAAGAGCAAACGAGAACTGCTTCACCTCACACTGGAGATTGTGGAGAAGAGGT 
s mm7.chr18     84261098 219 - 90918714 ATAGCTGCACTTCCTACAGCTAGTTAATAGTGCTTCTTGATGTTAAACAAG----------CAACTTTATATTTCCAGAACCGTAAGAATGATGAAGCCTCATATGAGAAAATGCTCAAGCTGCGCCGCGATCTCAGCCGGGCTGTCACCATCCTGGAAATGATCAAGAGACGGGAGAAGAGTAAACGGGAGCTGCTGCACCTGACCCTGGAAATCATGGAGAAGAGGT 

a score=2597
s danRer3.chr12 35104241 377 + 37038836 gtcCACTATTTCTGATTTCAGGAACACAGTGCCAGACTTTGGT------------TCGGAGGTGATGGCAGAAGCACTAGCAATGGCCAAACCTGTTTACAAGATTCCCATAATACCCTTCTCCAACAGCACTCAGTACCGCCATCAGGACCACATCGACTTTAAAGAATACAAG---ACCAAGGTGG------------GAAAGTCATGTCAAGAAATGGGCTGATATTACAGATTCTTCAGTTTGTGGCACTAAAATTGGTTGTAAATTTA---GGTTTGGGTAAATAAATCAGGCTTAATTTTATTTTTGAGAGAGttttttttttatttgtttattttttattGCATTCAGAAACAACGTAAAACTATCTGTAGTATTAAAATGAAACTGATGCAAGCGGATA 
s mm7.chr18     84262410 369 - 90918714 GTTTCCTTTGTGTAATTTCAGGTATAATTTAGGTGACTATAGTGGAGAGATCATGTCTGAGGTCATGGCACAGAGACAGCCAGTG---AAGCCTACTTATGCCATCCCCATCATCCCGATTACTAACAGCAGCCAGTTCAAACACCAGGATGCCACGGACTCGAAGGAGTTCAAAGTTAACAAGGTGATTAGAGCTCTGTAACAGTAGCATCCAGTAAACAGTGAAAAGAATAAATT------------GCACTGCAAGGTGTTCTGGAGTTAAGGGGGTTGGGGAG-------------------CTTTTCATGACAATTTAATTTCTACTTCTCT-TGCTTCCTTACA---AGGGAAGGCTTTGTTCTGTGTCTGATAAAAAGAGGGATTTGCTGAAAGGGGATA 

a score=5954
s danRer3.chr12 35105705 244 + 37038836 TGTTACAGATGACTGATTTG---AATGTGTTTTGGTATGTAATACTCATGATTTCTTTTCTCTCAGCCTGAAAAGCCAGAGGTGGTGAGAACAAAGAGGAAGTACGAGAAAAAGCCCAAACTCCTGCCTCTCTC------CGCACCGTTGCA---------TACTGGACCTTCCCTTTTTAACCCTAAAGACCTCAACCAGTACGACTTCCCCAGCTCTGATGACGAGCCTTTTTCGCAGGTACACACATCTTTAGTCATTT 
s mm7.chr18     84264118 262 - 90918714 TGTTACAGAAGTTGCAGTTGTGGAATGTGCTACTGGGTGACTGTCTCATTCATGCCTATGTTGCAGCAAGATAAGGCTGATCTTATCCGGCCGAAGCGCAAATATGAAAAGAAGCCCAAAGTCTTACCCCCATCTGCTGCCGCCCCTCAGCAGCAGAGTCCTGCTGCACTGCCAGGCTTCAGTGCTAAAGACTTAAACCAGTACGACTTCCCCAGCTCAGATGAAGAGCCTCTGTCACAGGTAAACAGAAGACCAGCTATCT 

a score=5068
s danRer3.chr12 35108234 129 + 37038836 GACTTCCTGTTCCTGTTGTGCA-GATACACTCTGGCTCGTCAGAGGCCGAGGAGGAGAACGAGCCTGATGGAGCGTTTGCCTTCAGGCGGAAAGCAGGATGTGTTTATCACGCTGTAGGTGTCCAGACCT 
s mm7.chr18     84264413 129 - 90918714 GACCTCTCGTTGCTTTATTTCAAGGTTTTGTCTGGCTCTTCGGAAGCTGAGGAAGAGAATGACCCTGATGGCCCTTTTGCTTTCCGTAGGAAAGCAGGCTGTCAGTACTATGCTGTAAGTGT-CAGACTT 

a score=5861
s danRer3.chr12 35108839 181 + 37038836 AATTTGGTTTTCTTCGTTGTTCCCCCAGGCCCGTCTGGATCAGAGCGGTGACTGGCCCTGGTCTGGAGAAGCAGACGGAAGGTCATGTGACCCGCGCTTTCGGTACTCTCTCACCACTCTCACCATTCCCCGCCGCTGTGTCGGGTTGGCACGGCGACGGGTGGGACGTGGCGGCAGGTGA 
s mm7.chr18     84264585 174 - 90918714 AATTTGGATTTTTTTTTT-------TAGCCTCATTTAGACCAAACTGGCAACTGGCCCTGGACTAGCCCTAAAGATGGAGGCCTGGGGGATGTGCGATATAGATATTGCTTAACTACTCTCACCGTACCCCAGAGGTGTCTTGGATTTGCACGAAGACGGGTCGGACGTGGTGGAAGGTAA 

a score=2730
s danRer3.chr12 35111073 397 + 37038836 TCTCCTCC----ACAGATTTCATCTGGACCGGGCCTATTCGGATTTGAACGGATTATTCCAAAGTCTGGACACTGATTCGGAGCCGGACTTCTCTTTCCCTGCTTCTCCTCTCCATACGGAAAGCACTTCCCAGAGCGTTACCTCAACCCACACATCCTCTACGCTACAAACGTCTTCTTCCTCTCACACTGCATATTCAGACCTTAGACAAGTCCTCCGCAGCATCAGATCATGTCGCTGGAGGCACTTTAAACCACGGACACTA-ACCAGCCAGTCGGGCACA--GGAGATGCTCCGACTCGGAGGGCGATTAAAGGGTTAATCCGGGGCGGCGCAGGGCCGGGTGGCAGCACGATGGGCAGGA----CAGCAGGAATGGGACCACCTGCAGTAGGTGAGTAAACT 
s mm7.chr18     84265550 366 - 90918714 TCTGCTCCTTGTACAGGGTCGTGCTGGACAGAGCGCATTCAGACTATGACAGTATGTTTCACCACCTGGA------TTTGGACATGCTTTCCTCACCACAACCTTCTCCAGTCAATCAG-------TTTGCCAA-----TACCTCAGAACCCAATACCTCGG----ACAGA-----TCTTCCTCTAA------------AGACCTCAGTCAGATACTAGTCGATATCAAATCATGTAGATGGCGGCACTTTAGGCCTCGGACACCATCCCTGCCTGACAGTGACAGTGGTGAACTCTCCAGTAGAAAGTTACACAGGAGTATCAGTCGAGCAGGAGCAGCACAGCCTGGGGCCCACACGTGCAGCACCTCCACCCAGAACAGAAGTA---GCAGTGGCTCAGCACACT 

a score=7780
s danRer3.chr12 35116725 614 + 37038836 TGGAGCTGTGCTCTGCTTTATATAACGCTCTCCTGCTGTGTCCTC-----AGTCTCTCGTGTCTAAGACGCTGGACTCTGTCAGCGCTCAGTTTGCGGCCTCTGCACTCATGACCTCTGACCAGCTACTGACCCTGAAGGTCAAAGAGGA--CGGCGCAGGAGGT-GGAGTTAACGGAGTCATTCAGGCTTCAGGTTTGTTGTTTGCTCTTTGTGAGTCAGAATTGA--------GTAATTCA-----AAACTGATCAGTATTTGTTCATCCTGTTGTGTTATTAAATTAATTCCTGTCTCTTCAACAGGAGTTTACAAGGGATTGAGCATCTC-----CACTTCCTCCTCTGCGCTCATCACTAGCCAATCAGCACCGACCGCTGCCCCGCCCACCTTCCTCTCCTCCTCTAGCAACTCCAACACAAGCTCC--ACCCACTCAGTTCACACCCCTATTGGTAACCATGGCAACAGCACAGCTAACTCCG---CCTCTCAGGTCCTGATCGGCAACAACCTTCGTCTCAGCGT---------------CACTGCGCCATCCATCGCCAGTCTGAACGCCCGACACCTTCCCAGAAGCCTCAGCAACGTGCCACCTGCTGCCTTGAAGCT---TGCCGCAAGCAACTGTCAGCTTCCCAAAGCC 
s mm7.chr18     84274582 618 - 90918714 TGGTGGCCTGTGTTGCTCTGACTCATGCTGACCT-TTGTGTTTTCCTATCAGGGTTTTGTTTCTAAGACGTTGGACTCTGCTAGTGCACAGTTTGCTGCTTCTGCTTTGATGACGTCGGAACAGCTGCTGGGGTTCAAGGTGAAGGATGATGTGGTGCTCGGGCTCGGGGTGAATGGCGTCCTTCCTGCCTCAGGTGAGGGGTGGCATCTGCGTGCATACGTATTTGTACACATCGTGACTCAGCCACAAAATGCACAGCGCTTACACGC---------------------TTTCTTTTTCTCC-CTAGGAGTATACAAGGGCTT--ACACCTCAGTAGCACTACACCAACGGCACTTGT-ACATACGAGTC--CTTCGACAGCAG----GTTCAACTTTGTTACAGCCTT---CAAATATTACACAGACTTCGGGTTCCCACAGCTCAC-------TGAGTCACCA-AGTAACTG--CTGCCAGCTCTGCAACAACTCAGGTTCTGTTTGGGAACAACATCCGATTAACTGTCCCCTCATCTGTCCCCACTGTCAACTCTGTCACCCCAATAAACGCACGGCATATACCTAGGACTTTAAGTGCTGTTCCGCCATCTGCCTTAAAGCTGGCTGCTGCAGCAAATTGTCAAGTTTCCAAGGTC 

a score=9934
s danRer3.chr12 35118781 1587 + 37038836 TTTTTAATCACATGATTGATCATTGGCGCAAATCT----AAACTTCTGCCTCATGTTTTTTAAGTTGTGCCACTGCGCAGTGTTGGAAATGCTGCATTAATCGCTTCA---TTACCGTGTTATTGATCTGTTTTGT------------GTTGGT-----------------CCGCAGGGAGAAGCACGAGCAGGAGAAGCAGTCGCTCAACAGTCTAGCAGAAAACACAGTGGCCATGGAGGTGACGTAGT-------------GACCGTTTCCAGTCCA-GTCTTTTGGTGCTGTGCATCAGTTAAGTTTGGGGAAGCA-AAAGGACGGAGGGT----------TTCCACTTCAACTGTCTGAACATGACTAAAAATTCATCTCTTCCTTTATTTTCGGCCCCCCTTTTTTCTTTTTTTAACTATACGTTGTTTCTGTTAAGAGAAAAGTG--ATGTGTTGATTAAGAATGTGGCTAATATTCGATGTACAGAAACTACATATTTGTAAAAGCCCACCCCCACCACCCTTGTATATACGCTACTTGAATACAGAACTGTTGAGTTTGTGATGTTTTGCACTTGGGGAATCAAAAAGAGATTGTGAATGAGGGGAAGAAGTGTGTGTGAGTGTGAAACCGTGAGGTCAGGTATAAAAGTGAGTGTGTGAATAGTCATGTGCATGGTGAGGAAACCTGCTGTTCTACCTATTTATTGTGCTGTGTTTACAATTGTTTTGTTATTTTCTTTAGTTTATTATTATTTGTTTGATTTCGTACACCGTTCCCCCTCAGTTGTTTCCTGTGGTGTTGTAAGTGT-TTAGGTAGCTGCCGATTCCCGAAATTTCCCATTTTCAGCTTCAGATTGAACGTTAACGCCATCATGATTCTTATTTGtttttttgttttttattttattaaattaatttGGGCCGTTTTTGTTGCCCTTTA-------------GGTTCAGGGGTTTATGGGAGGGCAAATTAATGTGGGTGGTTTATAGGAATCTTCC---ATTATTATCATCCCAAAATG--ACAAACAAGGGATGAAGTCTTCACTTCGGAAGCTTCCG-CGTCAACTAAGCACTATTTTATTTTGTCGTCGT--------------TGATTTGTTGCTGCTTTTTGTATCGATTAGGTTTTTGTTTTCAT---ACAGTGGAAGCTGTTGGTTAATCCTCGTTTTTATTTCTTTGTACAACAGAGTTATTTTTGTATCTTGTTTGTGTGTTTCTTCGGTTCTTGCTGTGAAGCGTTTCATTTTTTTGCGCTTCGTTTAAAGGAAGACTTCATTCTTTGTTGCTGAAACGTCACACGCAACAACTGCGTTCATCATTCCGGTGTATTGACTGAATTTAAGACCAAGAAGGAGCAACAAAAATGTAAAAAATGAAGTGGATGCCAAACCAAACGTCATCTCCTTGGCCTTCTTCTCAAAACGCGCATTCA-----------TCCAGCAGACTCTGGACTTCTTTAAGGCCTGAAAATAAAACACAAGTTAAAGGTTGTGCCTTCCTTTGGGAATGTCCTGCTCAGTCTCTTCCGTGAAGAGGATGCTCCGGGTCAAGGCCGCAGTGGTGCGGTGATCACTTGTCCCGAGCTCAGATCTCCTATGCCCTGGCTGAACTGAATCGTCCTCCTCCTCCAGGGGTTTTCTAGTCTGATCTGG 
s mm7.chr18     84277344 1470 - 90918714 TTTCTGCTTGCATGATTT-TCATAATTACAAAAATTCACAATCCTTTGTCCCATCGCCCCATAGTGATGTTTCTTCCTATTGTTAAAGATG----ACTAAGGCTTTTAAAGGAACGATGGTCTTCATTTGCTTAGTTTGTACATGACTGTTGACTAAAAGAACTTTTATCCCAACAGGGAAAATCATGAATCGGAAAAGCCAGCACTGAACAACATAGCAGACAACACAGTAGCAATGGAGGTGACGTAGCTTCCTGGGAGCAGGACTGCATCCTGGGGACATGGTCAGGTGCTATGCATCAG---AGCGTTGGAACGCAGGGAGTATGGAGAGCACTTGTGCGGTTCCGTGGCAGCTGTGGGGACTCGGC-AGCACTGCGCAGCTCTCGAATCTCTCGTGCTTCAACCTTTCTTTTCTTA-----------TTGTTAATAGGAAAAAATCAACATCTGTAAATTAAGAATACAGCAATTATC---TGTACAG-TACTGCATATTTGTAA--------------TACCCTTGTATATATGTTACTTGAATACAGAACTGTTCA-TTTGTGATGCTTTGCACTTGGGG-----GCGGGGGGTGGGGGGTAACTGCAACAAGAGTGTG---------AGCTGTGAGATTGTGT-----AGCTGGTGTCATCACA-TCATGTGCATGGTGCGG-AACCTGCTGTC---TCTATTTATTGTGCCGTGTTTACA---------------------------------------GGTTTTGTACACTGTACCCTC---ATTGGTTCCTGTGCTGTAGTAAATGTGTTAGGTAGCTGTGGACTCCTTGGTATT----TTGTAAATGGTATAACATAACTTGGTTCCCTCTGGGTCCTTG---AGTTTTCTGTGTATCATGTGA--AAAAAAAATGGTGACATACATACAGAATTTTACAAAAAAAAAAAGGCATCAGTTTTTTAAAACGGGG------AATGT-ACTGTTCAATGGGGATCTTCCTGGTCTACTAGCATTAGGACGCGCAACAAGCTAAAAATGAAGTCT----CTTGAATTCTCCCGTCCCCGCCTGTCTGCAAGCTTGGGCGGCCCTGGTACTTAAAGCACTAATGTTATGTTGCTGCCCTACAAACAGCCCAGTCGTCCCATTTCCTTCCACACCAAAAAGTGTTAAATCA------------------AGTACACAAACGGAGTCCTTACAACTGGAGTTTATGTT-------GTCTTGCC------CTTTTTTTTTTTTAGCAC---------AAAAAGATGTACTTTTATATTGTGGAATTGTT-----TAAAGACTTCATTCTTTACT----TGTTCTTACAGA----AAGGATATAGGGGAG----AAGAATGCGGTAATTGCTGTCCGTGT-------ATCGTCATTCCAG--------TTTGTAAAACAGCCAGCCAGCTTTTTTCCTTTTAAGATTCTCCAGAAGGCTGCGAGGCCAGAACCACAAATATCGG---------GTGCCTTCCTTTGGAAACATTTGACC---TCTCTTCTGTGAAGAGAATGGTACTTACCAGACTACTACTGCT-------TTGTTAGTACCGAAGTCTGA------ATGCCCAGTCC------AATGGCATACGTTATCCTTAAGGTTTTTAATCCCACCTGG 

a score=5649
s danRer3.chr12 35151206 194 +  37038836 TATTTCTGTCCATACAAATTATGTGTAAGCATGTGTGTGTGTGCACTCAGTATTCCTTATGTTTTGGGGAACAAATGT-------------TTATAAGTATGCAT--------------AAgtgtg----------------------------------------------tgtgtcagtatgtgtatgtgagtgtgcatgtgtttgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt 
s mm7.chr9      59089075 264 + 123828236 tctctctctctctctcATGTGTGTGTATGCATGTGTGTGTGTGCACTCCATAAAC---ATGTAATAAGGATTGAATCCAGGGTCCTGGGCATTCTATGCATATATTCTATTTTACCACAAAGTGCACCCTTGACAGGCATTTATGGTTTTCCTTAGAAAGATTTATTTTTATTATTTTAGATTATGTATAGGGgtgtgtatgcgtgtgcgtgtgcgtgtgcgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgcatgt 

a score=6717
s danRer3.chr12 35163004 135 + 37038836 AAGATGGCGGACCCGGCCGAGTGCACCATCAAAGTCATGTGCCGTTTTCGGCCTTTAAACAGTGCGGAGGTGATGAGGGGAGACAAATACATCCCCTCATTTCAAGGAGAGGACAGTGTGGTCATCGGGGTGAGT 
s mm7.chr18     84473713 135 - 90918714 AAGATGGCGGACCCGGCGGAGTGCAACATCAAAGTGATGTGTCGCTTCAGACCTCTCAACGAATCTGAAGTGAACCGCGGCGATAAGTACGTCGCCAAATTCCAGGGAGAAGACACGGTGATGATCGCGGTGAGT 

a score=-145
s danRer3.chr12 35178248 90 +  37038836 tgcctcttgttacagttataaaatagtttggtgtttagcaggaaatgttca-----cgggccattgacatcgccgcattgaaatggtctatTGTC 
s mm7.chr2      49678905 87 + 182548267 TGGCTCGTGCTG----TAAAAGGTTCTGTGGTGATGGAAAGGACTGGCTTAAAAACTGGGCTGGCGATGTAGTTGCCT----GTGGCTTAACTAC 

a score=4986
s danRer3.chr12 35178338 345 + 37038836 TGCTGATTCAGAGTTGTTTATGTAAAGAAATGCATGTATATACTCTTCATTCTCTGTATGTTTCTGTTTC----TCTCCAGGGAAAGCCGTATGTGTTTGATCGCGTGTTTCAGTCAAACACTACTCAGGAGCAGGTTTACAACGCATGCGCTCAGAAGATTGTTAAAGGTGAGAAATGAATCCTGCAGGATCAAAAAAAAAAAAGATGAAACATTCATCATTGACCCTTTAGTGGCCGTAAG-GACAttttctttctgttccgttttttt--------actttcttttcatt--tttccttttcctttacttttcattaaattactttttttcttttattttcATAATGtacagtaccc 
s mm7.chr18     84479840 337 - 90918714 TGCCGAGGCATCGTTGTCTTTGAGTTTAAGAATGTGCACTCACCTGTAATTTGTGAAACTCTTCTGTTTTCATTTTTTTAGTCCAAGCCTTATGCCTTTGATCGTGTGTTCCAGTCAAGCACATCTCAAGAGCAAGTATACAACGACTGTGCAAAAAAGATTGTTAAAGGTAAATA--------TGCGTAACTAGTCAAACTCAAT--------TTACTTACTGTCC------TAGCAATAAGTAAAATTTGGTTTGTGATCTTTCTGTTTTACACAACAttgcttttttatttgtttgtttgtttgtttgtttTTGttaaa-gatttacttgtttataatatctaagtacactgtagcc 

a score=4656
s danRer3.chr12 35180375 427 + 37038836 aagctcatgggaattatacacaatattgtttttccactgcaccatggctttatattctatactgtacatatttTGATCATATTTTAAATTGTATGTTTTGTCTCTGTTTTGTGTCCT-GTAGATGTTCTTGAGGGTTACAACGGTACAATATTTGCCTATGGACAAACTTCATCTGGAAAAACACACACTATGGAGGTGAGAATTCAT-ATAAATAAAGAGTCATAATTCATATAAATAAACAGTCATAATTTATATAAATAAACAGTCATAATTCATATAAATAAACTCTTTTATTTATATAAAAGTCTTTAGAAATTG--TTTTATTCTTCAGGCAGTA----------TGTGATTTTCAACAAA------AAGCTCCTTTA--AAACTGTGCTTTTGTTACTAATTACACAGTTTCATTGAAAGCATT-------TACACAACATTGCATTTT 
s mm7.chr18     84487055 418 - 90918714 AAGCTCAT--------TACATATTAAACTTTAATCACTTCTTACTGACTTTATAATGAGAGCATTTCTTAAGGAAAAAAGACTTGGAAGTACAAGATTT-------TTTTGTTTTCTCATAGATGTTCTTGAGGGCTATAATGGAACAATATTTGCATATGGACAAACATCATCTGGGAAGACCCACACGATGGAGGTAATGTTTCATAATCTATCCTTAAGTATAGTTTACA-----------CTATAAGTCATCCACTTA------CTGATTTCTTGTAGTTAATTCATTGTGCTTAATTTTTTATCTTT----ATTGCCTTTTCTCATACAAATAATACACATATAAGTGCAAGATTCAAATTAGCTTCTAAGCTTGGTTAGTAAGCTGTACCTGTATTTTATATTACAAAATCTTA--GAAATTAGTATAACTATAAAGAATGTGACATTTT 

a score=6383
s danRer3.chr12 35180802 146 + 37038836 TATAGTATGTAATTGAGTGTGTGTTTTGGGATTGTTTAGGGAAACCTGCACGATTCAGATTGCATGGGCATCATACCTCGGATCGTCCAGGATATTTTCAACTACATTTACTCCATGGATGAAAACCTGGAATTCCATATCAAGGT 
s mm7.chr18     84487820 142 - 90918714 TGAAATTTGTTAACAATTCTTTGTTTT----CTATGCAGGGTAAACTTCATGATCCAGAAGGCATGGGAATTATTCCAAGAATAGTGCAAGATATTTTTAATTATATTTACTCCATGGATGAAAATTTGGAATTTCATATTAAGGT 

a score=2754
s danRer3.chr12 35182442 216 + 37038836 GACTTGTGGTAAACAAACTCATCGATATCTTCTACATTGGCAGGTGTCCTATTTCGAGATCTACCTGGACAAGATCAGGGATTTGCTGGATGGTATGTCCTACTAAATATGTT------TAGTTTTGGATTTATTTGTGTTGATTCTA-TATTAAA-GTCTTCTGTCGCAT---TAGAATAAGCtaattaatagtattttaatta--attttttaaCAGAATGTCCGTA 
s mm7.chr18     84488351 223 - 90918714 GAGCTGTATAAATTTAACAGATTGAC-TTTTCTTTCTGCTTAGGTTTCATATTTTGAAATATATTTGGATAAGATAAGGGACTTGTTAGATGGTAAGT-----TAAATTCTTGCTTTAATAATTTCAGTAGTACCTGTTGCTCTTCTAGTATTAAATGTTCTTAGTAACATAGATAAATTTCGTAAAGTGATAACGTTATACATAGGATAACTTAATAGCATATGTATA 

a score=3796
s danRer3.chr12 35182675 79 + 37038836 ATTTTTTATTCCACTTTTAGTATCTAAGACCAACCTGTCTGTACACGAAGACAAGAACAGAGTCCCTTATGTAAAGGTG 
s mm7.chr18     84488986 73 - 90918714 ATTTTTT------TTTTCAGTTTCAAAGACTAACCTTTCAGTCCATGAAGACAAAAACCGTGTTCCCTATGTAAAGGTA 

a score=12214
s danRer3.chr12 35182775 441 + 37038836 CTGTATGTGTGTTAGTAAAGGACTGGTTCGAATGTTTTCCTTGTCTCTCTTTATCCGCAGGGCTGCACTGAACGGTTTGTTTGTAGCCCGGAGGAAGTGATGGACACCATAGATGAAGGCAAATCCAACAGACATGTGGCTGTCACAAGTAAGCCATGCAAATCAGTCAAACACACACACTGTTATTTATTTTTTCATTGAGTTATTTTAATGAGAAC----AGTTTCAGAACTTTCTTGTTTGAGATA------TTTGGACGATCAAGAGTCGGAATGAGTTTTATTT-TCCCGGTGTGGTG------TGTCAGACATGAACGAGCACAGCTCCAGGAGTCACAGTATCTTCCTGATAAACGTCAAGCAAGAAAACACTCAGACAGAGCAGAAACTGAGCGGGAAACTCTACCTGGTGGATTTAGCTGGAAGCGAGAAGGTAATCTTTCTACTTCTG 
s mm7.chr18     84489087 432 - 90918714 CTGTAAGAGAATTTTTAAAG-AGTATTAAGAATACTTTAAA-------ATTACTCCACAGGGGTGCACAGAACGTTTCGTGTGTAGTCCAGATGAAGTCATGGATACCATAGATGAAGGGAAATCCAACAGACATGTCGCAGTTACAAGTAAGT-GGGATATTCATTAGTACTCAC-------CAGGCATGTCTGCCTTA---CATCTTAATGCAGTCTATGAATTCAAGATATTTCTAGCATATAGTAATGCTTTGGGGAAAATTATTAGT--GAAGGAACTATATTTATACTTGCTTGCTAATTTCATTGCAGATATGAATGAACATAGCTCTAGGAGTCACAGCATATTTCTTATTAATGTAAAACAAGAGAATACACAAACGGAACAGAAACTCAGTGGAAAGCTTTATCTGGTTGATTTAGCTGGCAGTGAGAAGGTAAACC-----CTTTTG 

a score=6136
s danRer3.chr12 35183216 253 + 37038836 TCTTTTCACTTCCATTTGGTCACAGCTGCTTTTGCATCAGGATGTGTTTTAGCTCAGAATAGAATATGTGGTGCAAGTAGTTCCTAATTATTAGTTTCATTTGTGAAATGCACTCTCTGATTTGGTGGTTTTGACTGCAGGTCAGTAAAACCGGAGCAGAGGGCGCTGTGTTGGATGAAGCCAAAAACATTAACAAATCTCTTTCCGCTCTGGGCAACGTCATCTCAGCTCTGGCTGAAGCAACGGTAGGTGT 
s mm7.chr18     84490632 229 - 90918714 TCTTAGCCCTTCCCCTTTGTAA-------TTTTAAACTAGTATTTATTTTTGGCTATTTGGAAAGTTGAGAGAAAATTATCTTAAACTTGTAAGTTTGTTTT-----------------ATTATGTAATCTTACTTATAGGTTAGTAAGACTGGGGCTGAAGGTGCTGTGCTGGATGAAGCTAAGAACATCAACAAGTCACTTTCTGCACTTGGAAATGTCATTTCTGCTTTGGCAGAGGGCAGTGTGAGTAT 

a score=-574
s danRer3.chr12 35186889 137 +  37038836 TAGTTTTTATACTTTTTGGTGAGGTATTAAGCTGTCATTGGGCTGGAAACTTTTTTAGGACATGGCAACCCTGTGTGTGATGCTCCCGAGTGGCACATTTATATACAATTATGAAATGGATTG--AGACATAATAAGTA 
s mm7.chr2      49708127 124 + 182548267 TAGCATGGATAGTCTTTGGCAAGATCCAAAG-----ACCTGGCTGCAAGTCCTCTTTCCACGTG-------TTTGTAAGTTTGGCCAGCTTG---CTTCTGTAGTTTTTCTTTGAATGGGCTGTCAAAACCAATACTCC 

a score=8721
s danRer3.chr12 35187026 165 + 37038836 TTTCTTTCTCCTATCAGACGTACGTTCCCTACAGAGACAGCAAGATGACCAGGATCTTGCAGGATTCTCTGGGTGGAAACTGCAGGACCACTATAGTGATCTGCTGCTCTCCATCCTCCTTCAACGAGGCCGAGACCAAATCAACACTCATGTTCGGACAGAGGT 
s mm7.chr18     84491115 165 - 90918714 TTTGTTTTTGTTTGTAGACCTATGTTCCTTATCGAGATAGTAAAATGACCAGAATTCTTCAAGATTCATTAGGTGGCAACTGTAGGACCACTATTGTCATATGCTGCTCTCCATCATCATACAATGAGTCTGAGACAAAGTCAACACTCCTCTTTGGTCAAAGGT 

a score=86
s danRer3.chr12 35187191 3 +  37038836 GAG 
s mm7.chr2      49708418 3 + 182548267 GCG 

a score=-77
s danRer3.chr12 35187392 218 +  37038836 ACATGTACATTTATAAACAGCTAGAGTACACAC-TATATAAAAGGTAATATCTAAATTAAAAACGTCtggtttttaagaatgcattagtaa--atgttgaattatgatta---ataaattctgtacaggtatctttccttttcagttcatgttaatacatacactagccaacattaactgatggaacctaagtgtaaagggtgaccAAAAAACATCAAGGG-----AGC 
s mm7.chr2      49717801 193 + 182548267 ACATAGACATGCATACATAG---AAGTACACACACATACTAAAAATAAGTCCTT--TTAAAAAGCTCTAGT--------AAGCATTGCCAGTGATGCCGCTTGAGGGCTGTAGGTAGGTGCCACAGGGAGTCTTTGCCATTCCAGTTCCTTTTGG---------------ATGTGAA----GGGAATCTGAG----ACTTGTTATATAAAATCAGTAAGGGCTAATGGC 

a score=7851
s danRer3.chr12 35187610 294 + 37038836 TTTTAATGAAATGTTTGCTTTGAGC--GTCAAGTAATTGTTCTGTTTTCACTG------TCAGAGCAAAGACCATCAAGAACACAGTGTCAGTGAATGTGGAGCTGACAGCAGAGCAGTGGAAGAAGAAATATGAGAAGGAGAAAGAGAAGAACAAGACGCTTAAAAACACCATCACCTGGCTGGAGAACGAGCTCAACCGCTGGAGGAATGGTAGTGCAATcacacacacacacacacacacacacacacacatacaGACTT---GTTCCTATATCCTAGTGAGGATTCTCATAGAAATAATGA 
s mm7.chr18     84491893 292 - 90918714 TTTTTCCGTAATGATTACTCTTCGTTAATGATGTCATTTTTTTTCTGTAATTGCATCACTTAGGGCCAAAACAATTAAGAACACAGTCTGTGTCAATGTAGAGTTAACTGCGGAGCAGTGGAAAAAGAAGTATGAAAAAGAAAAGGAAAAAAATAAAACTCTACGGAACACTATTCAGTGGCTGGAAAACGAGCTAAACCGTTGGCGTAACGGTAAT-------------CACTTAAGCATTGTCATCTAAACTTTCTGATTTGGGGCTCTTTTTACGTACTTGAGATTTTTATATGCATGGTAA 

a score=4925
s danRer3.chr12 35188393 320 + 37038836 AAATTACACGCTATTATTACATTTGCATATTCATTGTA----------------TCCAGGTGAGAGCGTCCCTGTTGATGAGCAGTATGATAAGGAGAAGGCAAACGCAGATGTTCTGGCCCTGGATAA------TGTGGTGAATAATGATAAATTCACCTCAACTCCAAGCGTGCCCGGCCTCAAATTTACTGACGCTGAGCGTGAGAAGTGTGAGGCTGAGTTGGCCAAACTCTTCAAACAGCTGGACGACAAGGTGAGGCTTACTTTAACGATAATTGATGAACGAGTGAAGATTTTGGAGTAGTGATGCATCCAATCGATGTTCAAATCCGCATGATG 
s mm7.chr18     84493769 332 - 90918714 AGAACACCTGTTAGTGTTAGAGATGCACATTCATAGTCACCATTTCATTGCCATTTCAGGGGAGACAGTGCCTATTGATGAGCAGTTTGACAAAGAGAAAGCTAATTTGGAAGCCTTCACAGCGGATAAAGATATTGCTATTACCAGTGATAAACCAGCTGCTGCAGTCGGAATGGCTGGT---AGTTTTACCGATGCTGAAAGAAGAAAGTGTGAAGAAGAACTTGCTAAATTGTATAAACAACTTGATGACAAGGTAGATTTCAC-------ATACTTGTTTTAGATTTGTTTGTTTTAGGATACTATCGATATCAGTATTTTTTAATTTCAGTATTAAG 

a score=715
s danRer3.chr12 35188755 60 + 37038836 CTTTTCAAAACTAAGGATTATCAATAGAGCACAATATAAAATGTTTGACTTTTTGTTTTT 
s mm7.chr18     84494138 58 - 90918714 CTTTTAGAAAGTCAAGAT-ATTActggatt-tggtagaacatgctgaaattctagtactt 

a score=1039
s danRer3.chr12 35188834 433 + 37038836 CATATTGCAGAGCCCAAGCGTGCACTAAT----------AATTTGGCAAC----------------ATAATATT-----TTACTCTAATCATGTTTTCATGTGGAAAAACACCAGCTGGGGATTTTACAATGTTAG----ACTTTAAGCTTCAGAT-CGATGTCATGCATGTTTATTAT--TTTCAGCTCCCTGTGAAA-CCGTATTTTAGACCTCTTAGACGGATGCTGAATGTGTTATTTTTAATTATGTAAAGAATAAAACATTCTGCTCATAATAATGTAAACAACCTGTAATTCTGCAGTAAAATCCTCAT----GTGTTCTCTGCTGTCTGTCTGTTTG-----TCTGTAGGATGATGAGATAAATCAGCAGTCTCAGCTGGCTGAGAAACTCAAACAGCAGATGTTGGATCAGGAGGAGGTGAGAGCTGAACATACAGCAGCATGTTTACACCATTTCCCATGATTAAAAATAA 
s mm7.chr18     84494222 428 - 90918714 tataaggcaagccttgagtatatattgattttaaaggcagcttgggcGATTATAGAGGGTTGGAGAATCATATTAACAGTAACTTTAA--ATGCTGAAgggtgtggagatat-agctaag--tggtagaatgcttgcattgcatggggcttcagattccattaccagcaAAGAAAATATAATTTTAGTTCTGTGTGGAGGCAGTGTATGTAACCT---------ATGTTGA-----CTATTTGTGAGTA-----ATAGTAA---------TTCATAAT---------------TAGTCCTGGGAAGGAAGCCAGGTAATAGTTTGCTTTGTTAATTGGATACTTTAATATTTCTTAGGATGAAGAGATTAACCAACAAAGCCAATTGGTAGAGAAATTGAAGACACAAATGCTGGATCAGGAAGAGGTGAG---TTAAATCCCCCCAGAAAATCTTCAGTGTTTATCAT--CTAAAGATAA 

a score=10569
s danRer3.chr12 35190623 313 + 37038836 CTTTGTATTGTAGCTGCTGGCCTCAACGAGACGGGACCATGATAACCTGCAGGCGGAGCTCACGCGTCTGCAGATGGAGAACGAGGCGTCTAAGGAGGAGGTGAAGGAGGTGCTGCAGGCCCTGGAGGAGCTGGCAGTCAACTACGACCAGAAGAGTCAGGAGGTGGAGGACAAAACCAAGGAGTTTGAGACCCTGAATGAAGAGCTTAACCAGAAATCCGTGAGCCAAAGatttttttatataataatataaCAGTAATAATTCAAAGCAAAATAGCATCAACAACTAACATAATAAATAGATACAATGTAA 
s mm7.chr18     84497863 300 - 90918714 CTCTTTCATCTAGCTTCTGGCATCAACCAGAAGGGATCAAGATAATATGCAAGCTGAACTGAATCGCCTCCAAGCAGAAAATGATGCTTCTAAAGAAGAAGTCAAAGAAGTTTTACAGGCCTTAGAGGAACTGGCTGTTAATTATGATCAGAAGTCTCAGGAAGTTGAAGACAAAACAAAGGAATATGAATTGCTTAGTGATGAATTGAATCAAAAATCTGTAAGATAAATTTTGTTTTCT----TAATACTCAAGTATAAAT--AACGCTAAATGATGTTAGTTAAT-------TAAGTCACTACTATGTAA 

a score=7993
s danRer3.chr12 35191519 313 + 37038836 AATGAGTAGTAGTTAATACTCATTCAATTCAACAACttaatatcaataataattaaaatattatctt----------ttatgttgttgttaaatata-------attcttataataagta-tatataG---TGCAATG-CTATTTTAAACATGCAATCTGATTGCTAACCTTGGCTTTGTTGCTTCAGAGCGTTCTTGCATCAATTGAATCTGAGCTGCAGAAACTGAAGGAAATGACCAACCATCAGAAGAAGAGAGTCACTGAGATGATGTCATCGCTGCTGAAAGACCTGGCAGAGATCGGCATCGCTGTGGGCAGTAACGACATTAAGGTA 
s mm7.chr18     84498273 331 - 90918714 AAAGTATATTGATTTGTAATCATCTAAATGATTTGCCTATTTCTAATGTTAGGAAAAATAATAGCTTGAAATAGAAGCTACCTCATAATTCATTATGGGTCAAGAATCTCAAAACAAGAAATAAATGACTTTGTAAGGACTGTAATGACTAAGTAGTCTATCTGTT----CTGTTTTCATTCTATCAGGCAACTTTAGCAAGTATTGATGCTGAGCTTCAGAAGCTGAAGGAAATGACCAACCACCAGAAGAAACGAGCAGCTGAAATGATGGCATCATTATTAAAAGACCTTGCAGAAATAGGAATTGCTGTGGGGAATAACGATGTGAAGGTA 

a score=10975
s danRer3.chr12 35191858 301 + 37038836 TGACCTTCAGTGTTCATTTTAT------------TCTTCATTTTTCATTTAATATTTGCCACTTCATCCT------------------TGCATCCCACTTTAAGGTCCCTCAACACTTTGTCTTCATGTTTGTTTTTTTT-----AGCATGAGGGAGGAGGACTCATTGATGAAGAGTTCACCGTGGCCCGTCTCTACATCAGTAAGATGAAGTCGGAGGTCAAGACTCTGGTGAAGCGCAGCAAACAGCTGGAGAGCGCTCAGACTGAGAGCAACAAGAAGATGGATGAGAACGAGAAGGAGCTGGCAGCCTGTCAGCTCCGTATCTCTCAGGTA 
s mm7.chr18     84499983 332 - 90918714 tgtcttactgggttcatcttgtagcccgggctgcccttgaatttacagattctgattgccgctgcctcctgagtattaggattaaaggtgtgtgctaccatgtagcccct----gctttaacttatttcatgTTTTTCTCTCAGCAACCAGAAGGAACTGGTATGATAGATGAAGAGTTTACTGTTGCAAGACTCTACATTAGCAAAATGAAATCAGAAGTAAAGACCATGGTGAAACGCTGCAAACAGCTAGAAAGCACACAGACTGAGAGCAACAAAAAAATGGAAGAAAATGAGAAAGAGTTAGCAGCATGCCAGCTTCGGATCTCCCAAGTA 

a score=8555
s danRer3.chr12 35193157 999 + 37038836 CCCTCTGAGATTTGTCTGCTTTTGTTTGCAGTACGAGGCGAAGATCAAGTCTCTATCAGAGTATCTGCAAAACATTGAACAGAAGAAGAGACAGCTGGAGGAAAACGTCGACTCTCTCAATGAGGAGCTGGTCAAACTTAGTGCCCAGGGTACACATACTCACACATGCTTTTCTTTTACTCCCATAAATGCTTTTTATTGGTCAATTGCTTTTACATGGAATTTTCTAGAATATTGTGGAGTTTTAAAAGGTCTATTCCAGACATTAAAAGTCAGGGAATTTT--AGTTGTTGAATATCAGGGACATTTTTGTGTCATTTTTAGTTTTTACTTACTTCCCATTTATTAAAATGTACTTTTTAAGTA---CCCTGTTTT---ACATGTGGTTATAATAAGGCTTTTTTCACTGCTATTGTGTTCCTTTTCTCTCTTGACCT------TGTAAGACttttattaatttacttatttttaataatttGTGGCTTTATTTAAAAAATTTTTTTGC-TCTGAAAATATACACA---AGATTACACAATAGTAATTTTTGACCTCAAGGTCTGGCTATTTTTATATTCATTATAGGTCATAGAAAATCAGCTTTTTAGTCAAGGACTTTGACTTGAAGTAGAACCCATTCTTTTACTGCCCTCTTGTGGCGAAGGCTGCACTGGGCTGTTTTTGTGATGAATTGTA----TTTTATTTACTTTTTTTTTTT----------ACAGAGAAAGTTCATGCCATGGAGAAAGA------GAATGAGATACAAAGTGCTAATGAAGTCAAGGTGAGATT------TGGCTATATCTTTTTTTTTTTTTAGATTATCTGTAGCTGAATCAGAAGAAAGGTTTGCATTGTTTTATAACAGAGATTGCACTTCATAATTTGTGTGTTTATGATTGGACAGGCTGCAGTCGAGCAGCAGATCCAGAACCACAGAGAAGCTCATCAGAAACAGCTGAGCAGCCTGAGAGACGAGCTGGAGACCAAGGAGAAGCTCATCACTGAACTGCAGGAGTAAG 
s mm7.chr18     84500705 937 - 90918714 CCACTTCATATTAGTATATTTTTCCCAAAAGCATGAAGCCAAAATCAAGTCACTGACTGAGTACCTTCAGAATGTAGAACAAAAGAAGAGGCAGCTGGAGGAGTCTGTTGATTCCCTTGGTGAGGAGCTAGTCCAACTCCGAGCACAAGGTACCGA--------------CTTCTGATTCTTCC----------------------TTGCTTTTA-ATACAGTTGTTGTACACATACTGGAACTGAAAGA----------AAATAGTAAGAATGTAGAAAATTTGAAATAGCAAATTATC-----CACCTCAGTGTGGCTTTGAAATATTTTTTAAAATTAAGGAGTTATAGAGGATACATGGAGTAAGCCCCAGCTTCCAGACACAAGCATATAG-------GTCAACACTTCCA-TGTGAACATTCGTGGTTCAAACATACAAAAAAGAAAATTTGTATTGA-----ATATAAATGGCAGTTCAAGGTACTTCCCACAAAGTTTGTGTGTGTGTGTAAATCCTAACATTCTAACTACACTTAGAAACTATTTTATTTCCCATTTGTGGTATTAATACATC-------AGTGGTAACAAAGTATCCTAGTGTTATGGAGCTTAGA----AGGTTTTACCAAGTTTTTTAAAAACTTGTTTGCTCTATGGTTTATCTCAGGAATCTTAAGAGTCACTTTGACCCTTTTTTTTTAATCTCTTACTCTCATGTACAAAACAGAGAAAGTCCATGAAATGGAAAAAGAGCACTTGAACAAGGTTCAGACTGCAAATGAAGTCAAGGCAAGTTTGCTGCCTGGTGCACCCTGATGTTTTTAATCCGTTACTATTAGT--GATCTTAATCTAATTTTGATCTTTTCCCTTCCAAACA-----------AATTT-----------------CAGCAAGCTGTTGAGCAGCAGATCCAGAGTCACAGAGAAACCCACCAAAAACAAATCAGTAGTTTGCGAGATGAAGTGGAGGCAAAGGAAAAGCTAATCACTGACCTCCAAGAGTAAG 

a score=2083
s danRer3.chr12 35217388 753 + 37038836 GGTTAGAAATGGTAC---ACCAGTAATTATCCGAGCCCTGGTTTGGCATCTATT---------AAAAGCCAGTGTT----AGATGTGTTTGCAGACACAGATTTATGCCACACAGCCTTTTGTACATCAAATCTCAA------TCATTAGCTCCATTTCACTTGCCAAGCAGGATCCTG-------TATGAAAGCAGCAATATTATTATTCCAGAGCAATGCTGACAAACTGAACTGCGGAAAGACTAGTCAAAT----TGACTATCAGTGCTGT-----AATGTTGTCAA-----TATGACAGTTTTTACATTT--ATTATCTGACACTAAGCTGTTTTAGCACTGATGCCTTGGGTATAGCTCATCTTGTCATTTGATTTGCATCCAATATAATCTGATTACATGTACTACATTTTATTTGGGAAGTTTTAATTGGCTG-GATTGTTCCAAA---ATACACAATTGTTTGTTGTAAATAAAGCAATGTTATTATGTACTTCAATGTAAGTACCTTTTATTTTGACTTCAGTCTTTCAACTGCTAAATG--CTGATAAACAACTAAAACAGAGTG-----CTGTTTTTTCAGTGAAGGATTCCCATATTATTATATCCTGCAATAAAATACTAAGAAAAAAGTATGTTTAACTAATT---TATTTATTA---GTATTATTAATGTTAG--TTAGTTAGTCCCCTTTTTGGTAGTAATAATTAATGATACTACTACTACGATGACG---ATGACTACTACTACTACTACTATtaataataataataataataataataataataataataataataataa 
s mm7.chr16     77484338 771 + 98481019 GTTTGGTGATGGGATCTAACCAATGACCACCCACCCATATGTGTGGCAAGTGTTCACCCCTTCAACAGTCACTATCCTCCGAATTTGTTTGTAGAGT--GATTTTTTTTCCCCAATCATTTGAACT----ATTTCAGAAAAACGCACATACTCATATACCCTAGACAATCTGTAGTCTGGTTTATTTATGATGTCACTGAAATTTCTCCCTCAGAGCACCTGTGGCCTGCT-------------ACTAGCCAAATGTCTTGACTATGTCCACCATTTAAAAATGTCGACCACACTCTATAAAGAACTTAAAATCTCAATAATTGGGAAGCAGTCTCTCTTGGTTCTGTTGTTTC----ATTCCTGAATGTGTCTTTTTATC---------------CTCAGTATCTCTATCACTCTCTATAT---ATGCTTTAAACCACTGTAAAGGCTCCAAAGCCAAACTCACCAGCTTTATGCAGGTAGATCAGCCTTTATCTCCAATTTAG-GTAATTCCCATGAACTTTAGTGCTAAATTCTCAATGAATATACAACTCAATTAATCACCAAACCCAAATAATTAACTGTCTTTT-AATCATGTATTTG-ATATTACTGT-TCCTCCACTCACTTGCTTGGCCTGAAACTAAATCCACTGATTATATGTCTCTTAACTGTCTTTTTCAAGCTACCCTGAAGTAGTGGTAGTGGTGGCAGTAATACT----GCTACTACTACTACAATGACGACAATGACGTCTACTACTACTACTATGACTACTACGACTATTAGTCGTAGTAGTCATAGTAGTAGTAGCAGTAA 

a score=1965
s danRer3.chr12  35277897 884 +  37038836 TATATTAAGTAGCAAGATTTCAATATTGATAATAAAATTAAA------------------TGTTACATGAGAAGTATT-----ATCTCTAAATTCTTTTATTTTttata------ttatattatattatattatattatattatatt--atattatattattttat------attatattatattTTTTTCTGAGTTTACAGTT-CTTATTTCT------AACAATTCTTACAAAATCGTTTATTTTCACAAGTTCATTTTTC---------------ATTGCAATTCAGATTTTTTT--AATTCAAGTTTATTTAGCATTCCTGACTTCACATCTAGCTTTTTTTTTTTTACTTATTTCTCTTTAAAAAAATTTATATAGTAA----AGCTAAATGTTACTTTGTTTTATCTCTAGattttaatctattattttctattctattctattct-----------attctattctattctatttattctGAGTTTACAGTACTTGTTTT------------CACAATTCAGACATGTTCATTGCAATTCTGAATTATTATTATTTTTAAATCAAGTTTATTTAGCAATTTTGAGTTTAGATCACACATTT-TTTATTTTTTCCCCCTTTTAAAAATATTAAGTAGCATGTTTTCAATATTGATGATAAAGTTAAATGTTAGTTCAATATTTGAATCTCTAGATTCCATCatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatatattatattttattatattttattatattattatatattattatatattgtattatattaaactgtattgtattgtattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatattatatAGTTTACAATACTTT-----TTCACACttcattcatttttttttttactttaaggttt--agtcccttcatt 
s mm7.chr1      177451621 933 - 194923535 TACTTCAGGTAGTCAGTTTTTGTCTTTTTCTAGAAAATTAAAGCCATTTACATTTAGATCTCTTA-ATGGAAAGAATATGCTAATTTCTG--TCCTTTCATTTTTTTTGACCAATCTATATTAATTTATTTCTCCTTGAATCATTTTTAATATTTGGTTATTTACTGAATTAATCACATTTTGTTTCTCTCCTAATTCTCATTTGCTTTTTTCCTCCTTGAGCAAGATTTAATCTTTCCTGTGTTCTTGTGAGTTCTTGTTTCCTCTTCTGTGTATAAATTTCCTTTGAATATTTTCTGGAATGAAGATTTAATGGTCATTGATAGCTTTACTTTATGCTTTTCTTGG---AAATATTTTTCTTTAAGTTTGCTGATATAGTAATGGAGGTTTTCAGTTATTTTCTTTAATGCCT------TAAGGTATCCCATGCCATGCACTGCTGGCCTTTAGAGGTCAAGTGTTATTCTGACCAGCCAATTCTTTCTTGAACCTTCATTTTTTTCCCCATTGGTACAAACTTGGGACATTTTAATTACAGTACTGTATGGTTGTTATTTTCCAGTCATGTCTAT-------TTTGGGGTTTAGATGCCTCCTGTAAATAAATGTCTGTGTCTTTCACAATATTTAGGGAAATTTCTATTATTCCACTGATTAAATT-TATGTTACCTTTA-AACTGAATCTCCA----CTGCTTTGTCAAAATACAATA-AGTATAGCCTCATACATC---TGGAAACTTGTGATGATTTTTTTTCCATTATTACTTTTTTTGTTG-TAAAAATTATTTAACCTTGT----TTTTAGGCTCTG---------ATAACTTTCTGATTCATGTATTTGTACTG----GTGATATTTCAGACAGTTTCACTTGATTTAGTCAGCTTTCATTTTCAAGATTTTTGGTGTTAATGAtttgtttgtttgcttgcttgtttgcatgtttAGAGTCTCTTTGTT 

a score=9481
s danRer3.chr12 35363499 147 +  37038836 TTTTCTAGGTGTGTGGTGTGGACGGGTGACGACAGGGTGTTTTTCTTTAATCCCACAATGCATTTGTCAGTATGGGAGAAACCAGTGGATCTGAAAGACCGTGGAGACCTCAATCGAATCATTGAGGACCCGCCGCATAAACGCAAG 
s mm7.chr7       7102087 147 - 141766352 TTTCACAGGTGTGTGGTCTGGACGGGTGATGACCGGGTTTTCTTCTTCAACCCGACCATGCAGCTGTCAGTCTGGGAGAAGCCAGTGGACCTACAGAACCGTGGGGACCTCAAGAGAATCATCGAGGACCCACCCCACAAACGCAAG 

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s danRer3.chr12 35363646 54 + 37038836 AAAGATGGTGAGACTCCATTCAGGCAAAACGTAACACTTTTAGATTGAATTTAG 
s mm7.chr18     42926443 51 + 90918714 AAGGATTGGAAGA---CATGAAGAAGCTAAGTAAGTTTCAAATTTTGAATTCAT 

a score=447
s danRer3.chr12 35363715 180 + 37038836 GATTGGTATGCAGGCCGTGTG---------TTTTCTGACCTACTTAATGGCAAATGTATTTAGAA------ATGAAATCCAAATAGCACAAAGTTA---AATCGTTTACACTCTTTATATAA------CTGAATTTCATGTTAATAATTTTTAGAAAAATCACATGCATAAACTGTTGTGG-----AAAATGATTTTAAAACAAGTGAT 
s mm7.chr18     42926526 205 + 90918714 GGATAGTATAAAGGCCATTTGaaataaatttaatttaaaaaaataGACTGCTATTCTGGTTTGGATACAATAAGAAATAAAAATGTAAAGAATTTGAATAATAGTTTA----TTTTATAGAATATTTTTTAACTTTGTTGCTAATATTTTCAGTTAGTCTGAGATGCTGGAACTGTTGCTGTTGACTTAATGCTTTTAATGCTAATGAA 

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s danRer3.chr12 35363895 70 +  37038836 ACATTTTAAATATTTTTAAACATCATTTCTAATTTAGTCTTTTTTTT-AAAAAAGCAAAGCTACATTTTCA 
s mm7.chr7       7107058 71 - 141766352 acatttgaaatgtaaataaagaaaatatttaatTTTTTTTTTTTTTTTAAAGAAGGGAATCCACCTTTTCA 

a score=967
s danRer3.chr12 35363965 25 + 37038836 GCATATTTTCTCCAGTCTTTTAATT 
s mm7.chr18     42926805 25 + 90918714 ttatattttctaaaattttataGTT 

a score=541
s danRer3.chr12 35366974 589 + 37038836 tgaaccaaaaaaaaaataaatgaaccaatgtgaatataaaaactacttcccctcagtaaagcaggctattggcggaataacgctatttactgatgttttgttggtaa-actaaataaaaatgtatattattgatgctgtaaaaggacctcctgaaactgaaaatagtcacaacaatctttcactgagagatttcagttggtgaacaacacttctgtgc--atgtaacccattcataacagcaaaatctgcataagctttgcttTTTTTGGTAAAGCATTTTTAG-----------------ACCATCAATATAATATTTTATTTATACTTTCCACTTCATTTTCTTTCTTTAAA-------TCATTTTGTAGATTT------GATTTGTGCTT-TTGTATTAATTTTTATATTGTTTTATAATTGTGTCTCTATATAATCTACAAGACAATAGCATAATTAACTATTAAAGCTGTTGTATTTTGTCTTCACCAAAGACTTGACCATTCTGTTGACTGTGATGAAGATGGAAAAAACGGATCATCCCATCGAATGG---TTTTACCATTGGAGCTCCGGATCGCTCATTTCAGAGACATGCTTCTGGAAAGAGGGGTGAGAAAACCA 
s mm7.chr18     42929989 563 + 90918714 TGAATTAATAATAAGATAGTTTGGGAAATGCTAATTTTTAAAAAATATTGTCTCAAGAACTAAAACTATATTCTGTTCTATTTGATTCTAACATATTTTGTAAGCAATGCCAGAGAAGCCTTTTTCTCTTAGTTCACCTTACAGAACCACTGGAGTGAGAGAGAAAGCACA------------TTAAAGatatatatatatatatattttttCTTAACCAATGTAGCCA--TTGTAACATTAGAAGCTTTGTAA-TTTTATTATTATTAGAATGGAAGTTGTACCGTATAATTTATATGACATCCTCAGGATGGTTTGTTATGTCAAAAATATGCTGCTTCTAGTTCCTTGAAAATTCCACTGATTTTTAAGAACTTAGTAAGATTTGTATTCATTGTATTAAT------ATCTCCTTATGATTTATTTTTTATAGGA-----GAGATGATAA-------------TAAAG-------ACATTGATTCAGAGAAAGAAGCTGCCATG--------------GAAGCTGAAATTAAAG---CTGCCCGAGAAAGGGCCATTGTCCCTCTGGAGGCTCGAATGAAGCAGTTCAAGGACATGCTGCTAGAGAGAGGGGTCAGAAAACAA 

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s mm7.chr18     42931299 20 + 90918714 TGCTTTCTTTTTATTTTAAA 

a score=6646
s danRer3.chr12 35369461 96 +  37038836 CAGGTGTCTGCATTTTCCACCTGGGAGAAAGAACTGCACAAAGTTGTATTTGATCCACGATACCTACTGCTAAATCCAGAGCAACGCAAACAGGTA 
s mm7.chr7       7143942 96 - 141766352 CAGGTGTCAGCGTTTTCTACTTGGGAGAAAGAATTGCATAAAATTGTGTTTGACCCACGATATCTCCTGCTAAACTCTGAGGAACGAAAACAGGTA 

a score=4661
s danRer3.chr12 35369720 371 +  37038836 TCCCCTCATTTAAATTCTCAGATTTATGATCAATTTGTCAAAGCAAGAATGAACGAGGAGCACAAAGAGAAAAAGTGCAAGCTCCAGCAAGCGAAAGAAGAATACAAAAAACTACTGGAGGAGTCAAAAATCACATCCAAGT--------------------GAGTTTATCCAGTACAGGAGATGAAATAATGTG-----------CTGATGCATTAATAA-AACCTGTCACC-AGAGCGGATTATTTATTCGGAGGAGGTGTTAATAACTGATGGCTTTTGCAGTCCTGGTTTCTTTGAGTTTGTGTGTTTGATGATAACCTTGTATCTTGCTAAAGGTCTCAGTCTCACAGAAGTAAATTCAAACACGCCGCAGGGATTAGCTCACGGCTTTAAGCTTAAAC 
s mm7.chr7       7148577 367 - 141766352 TCCGTGCATTTG--TTTTAAGATATTCGAGCAGTTTGTCAAGACAAGAATCAAAGAAGAATACAAGGAAAGGAAAAGTAAATTGCTGCTAGCCAAAGAAGAATTCAAGAAACTTCTAGAAGAATCTAAAGTATCGCCCAGGTATGAAGGGAGACATATGTCAGGTGTTTTCTGGGTCCAGAAATGTGTCATTTTTGCAGAGCTTACTTCATGTATATATAACAACATTTCAAAGACATTGAAATATTTACGGGAAAGACCCGTTATCAACGGAGACCCTTTGGGAACCCGGTACTTCTCAGTCCGT---------------CATGCAGTTTGATAGA--------------CTAAGTAAATCCA------CCATAGTGATTGTGTTTCTGCTACAAAGTTCAAC 

a score=7783
s danRer3.chr12 35378309 179 +  37038836 TCATTTTCTTCATTTTGCAGATCAACGTTCAAAGACTTTTCAGAGAAGTATGGGAAAGATCCTCGATTCAAACAGGTTCAGAAGAGGAAAGACCAGGAACTGTTTTTCAGTCAGTTCATAAACACTCTGAAGAAGCGGGACAAGGAGAACAGAATACGCCTGAGGAAGATGAGATGAGT 
s mm7.chr7       7152180 179 - 141766352 TAACTGTCCTTATCTTTCAGGACCACATTTAAAGAGTTTGCAGAGAAACACGGCCGTGATCAGAGGTTTCGTCTTGTTCAGAAGCGAAAGGATCAGGAGCACTTTTTCAACCAGTTCATACTTATCCTAAAAAAACGGGACAAGGAAAACAGACTAAGGCTCCGGAAGATGAGATGAGT 

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s danRer3.chr12  35462374 270 +  37038836 ctgcgtcgccctattatttttat--tattattat-tattattattattattattattattattattattattattattattattattattattCTGAAAGTGTAGGGTGTTGCTATGCATTTGTTATTGTTCCCGTTTTCCCTTTTTTGTAGCTGATGTGTTCTCATGGTCACTCATTATACTTCCAAGTTTAGACTTTTTATTTCCCCCCTCTTGTTTTACTGGCTACATTTCACACATCCTGTGTGTGCTACGTGTAAGTGGTGCGTCTAT 
s mm7.chr1      122652717 231 + 194923535 CTGAGTCATTTACTCATCTTTAAAATGTTGTCATCtattattattattattattattattattattattattattactattactgctgctatt---------------gttgttattTATT-------------------ACTTGTGTGTGCATAATACTCCC-------CAGATATTACA-TGAAAAGTTTCTCCTTTTCTTACTCCTGCTCTTCCTTCTGTGTTCATATTTCACATATCATGTGGGTTCTAGTTGTACCCTCtgcatccat 

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s danRer3.chr12 35501490 383 + 37038836 tatatatatatatatata-tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat-atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacataAAAGAATagaaatgctccctaatatattttgaggtcgcatagataaaatATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGT-----GTATAGTTTAATAAATTTGTCCCT----TATCTTGGAGATGTTAGACTACTGT-ATACCATATATACCTacataggctcattctgaaaacgta---gttttatatacattt-----ctggagatcacaaattatgtagccagaggta 
s mm7.chr18     37472359 352 - 90918714 tatatagaatattatatAGTGCATATA-ATATATACGGttataatattatatataaattaatat-taaGTAAGTATATTTTTGTATGCCATAtatgtgtgcatgtgtgtatat-tatacatatatgtttatatgtatatatgtatgtgtatatatatgtatatatgtatgtgtgtg------------------------------------------------tgTATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTCGGGTACAATGTAATGTACCTCTACCTGACCTGTTTTAAAAGTTTTGTGATCTTCTAATATTTTATTAGCCtatattaattatatataataatGGAtgtgcttgttactcttttgtgaccttgacagtactaatcatctgaaaagaggga 

a score=4172
s danRer3.chr12 35585364 364 +  37038836 GTGTTTAAATGCTCGTTGCAGGCCGAGAAGAGCATGCATTTAAATGCACTGGTGTTGTTGTGTTTTTGCAGGGGTTGGTGGAGGCAA-GATTTCCAGTGGTGCTTCTCCCAGGTCAAAGGAGCCATAGATGAAGATGTTGCAGAAGGTAAA------TAACGGGGTACATTTGGGGTTTAAACGTATCTGTGTGAGTTTGCATGAGTGATTAGTGCATTATGGGAGTTTTGGATGGAAAAGCATGCATTGTGGGGTATGATGTGAAGAGATGGAGGCTGAGAGCTTCCATGAAAATGGCAATTGTTTTTATCAGAAAGTGTTTCTGCGGGTTTTTTATTTATTATTCAAGTAGTATATGGGTTGAAGACGT 
s mm7.chr14     57295866 317 - 119226840 GTGTTTATAAGC-----GTAAACAGAACAGAGCTCAGTTTTAATTGCTATG------TTTTCTTCTTCCAGGAGCTGGAGGAGGGAATGATATTCAGTGGTGTTTTTCTCAGGTGAAAGGAGCAGTAGATGATGACGTAGCAGAAGGTAAGACATTTTAACAGTGACGACTATCGACTTAAAAGT-CCTGGGTG---CTGAAGGAAC--TCAGTGTTTTGTGTTTGCTTT----------------------------------CTGAGAGGTGGGATGATAGCTTTAAAAAAAAT---CACCTTTCTGAAAAGTCTGTATATCTTCTTATGTCTTGCTTATCTTTTTTTTTTTCATTGAGTTAATGAAGT 

a score=1806
s danRer3.chr12 35592000 45 +  37038836 TATAAAAAATACAAAACATTGTTGTATGTGTTTTATATATACATA 
s mm7.chr14     57303303 45 - 119226840 TACATATAGTACACACTCATGTGGTATACATTTTATATATATATA 

a score=6301
s danRer3.chr12  35605233 207 +  37038836 ACATGCATTAGTAAAGAATCTTC----GGTCAACAAGTTC---TGCTTTTAATTTGTG---CTTGTGAAATGCATGATCCAAATAATTAATCCTTTATTCCTTTCTGATCTGCAGCGGACATTATCTCAACCGTCGAATTTAACTATTCTGGGGAGTTACTAGCCACAGGAGACAAAGGGGGAAGAGTCGTCATATTTCAGCGAGAACAGGAGGTAA 
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a score=-1310
s danRer3.chr12 35605440 69 +  37038836 TGCAACTCAA--------AGACTTTATTTTT----AATCTTATTAGTAAGTGTGACTCAA-----TCAGAGTGCTAT-TATATGCGT 
s mm7.chr12     67922186 87 + 117814103 AGGAGATAAAGGTGGGAGAGCTGTCATCTTTCAACAAGAGCAGGAGCGCCTTTGACCTGAGGATCTCAAAGTGCTTTAGAAACACTA 

a score=11183
s danRer3.chr12  35605516 265 +  37038836 CATGTTTATGTCCACAGAGTAAAAACCGCCCGCTCTCAAGAGGCGAATACAACGTGTACAGCACTTTTCAGAGTCACGAGCCCGAGTTTGATTACTTGAAAAGTTTAGAAATCGAGGAGAAGATCAATAAAATCAGATGGCTGCCGCAACAGAACGCTGCGCACTTTCTACTGTCCACAAACGGTAAATGCTGCAAGTTAA----------ACGTTTGATTTTATTATGCACTACAGTACAATTCAAAAGTCTGGCATCAGTGTTTTTGCTGTCA 
s mm7.chr7      135273979 273 + 141766352 CATGTTTCCTT--GCAGAATAAAGGCCGCGCTCACTCTAGGGGAGAGTACAATGTTTACAGTACCTTTCAGAGTCATGAGCCAGAGTTTGACTATTTGAAAAGTCTAGAAATTGAAGAAAAAATTAATAAAATCAGGTGGTTACCGCAACAGAATGCTGCTCATTTTCTACTCTCTACAAATGGTGAGAATCGTAAATGACTGTTTGATTTATTTTTAATTTTAGTGTGGATGGATTCTTATTTTAAATAACTCGAGAAGTTGTTTCTGCTTTAA 

a score=-86
s danRer3.chr12 35609019 121 +  37038836 gttaaacctaatttgtgaaacatt---taaaagataataatatacaggagggcgcataattttgacttctactgtaCATATTTTTTTCTCAGGTTAATGAAAAATGTGAGCTCCTAGGTTTTAA 
s mm7.chr14     57341146 112 - 119226840 gccaaggctactcactgaaactttgtctcaaaaaaGTTGGCAGGGGAGGAGGGGCATGGTATAAACTTCGTTTAGGTACAGTATTTGATGGTGTAGTTAAAA------------TGGCTTTTCT 

a score=6708
s danRer3.chr12  35609140 249 +  37038836 ATCTGCAATTTTTTTTCCTGTA-----ACTGATGTTTGCATTTTTGTGTCCCTTTCAAAAAGACAAAACCATCAAATTATGGAAGATCAGCGAAAGGGATAAACGAGCAGAAGGATACAACCTTAAAGACG-AGACGGACGACTGCGAGATCCGTTTCGAATCACATCACTACGGGT-TAGTCTG---TCTCTCTTCTCCTGCAGCAGCACTGGTTTCTAGTTAAATATTGAATGAGATTGAGAGCTGTGGACGTTTCT 
s mm7.chr7      135274647 240 + 141766352 ACTTATGATTTTTCTTTTAATATAAAGAATAAGGTTTTTATTTTC---------------AGATAAAACTATTAAATTATGGAAAATAAGTGAACGGGATAAAAGAGCAGAAGGTTATAACTTGAAAGATGAAGATGGACGACTTCGAGACCCATTTAGAATTACGGCACTACGGGTATATGCTGCATTTTCTTTAACCCTTC--CAGTACT--TTTCAGAAATAATCCAAAACAGTTCTATCAGCTGTTGAGAATTCT 

a score=13823
s danRer3.chr12  35612527 245 +  37038836 TTTTCAGGTTCCTGTGCTGATGCCGATGGACTTGATGGTTGAAGCCAGCCCTCGCAGAATATTTGCAAATGCACATACATATCACATCAATTCCATTTCAGTAAATAGTGATTATGAAACATACCTTTCTGCAGACGACCTCAGAATAAACCTCTGGCATTTAGAAATCACAGATAGAAGTTTTAGTATCCTTTACGCAGTCAGTAACCCCACTTTTATTACTATGTGTCTTTATTATATGTGTA 
s mm7.chr7      135277171 234 + 141766352 TTTTTAGGTTCCAATATTGAAGCCCATGGACCTTATGGTAGAAGCAAGTCCACGACGAATTTTTGCAAATGCTCATACATATCACATAAATTCCATTTCAGTAAATAGTGATCATGAAACATATCTCTCTGCAGATGATCTGAGAATTAACCTATGGCATTTAGAAATCACAGATAGAAGCTTCAGTATCCTTTACCAAGT-------GCTGCCTCTGTT----TGTTTCTTTGGTTAATGTGTA 

a score=10564
s danRer3.chr12  35612998 187 +  37038836 TTGTTCCTCAGACATTGTAGATATAAAACCAGCCAATATGGAGGAGCTGACGGAGGTGATAACGGCGGCCGAGTGTCACCCGCACCAGTGTAATGTGTTTGTGTACAGCAGTAGTAAAGGCACCATCCGCCTGTGTGACATGAGGGCCGCGGCGCTCTGCGATAGACATAGCAAATGTGAGTATTTT 
s mm7.chr7      135278413 187 + 141766352 TCGTGCTCCAGACATTGTGGACATCAAGCCAGCTAATATGGAGGAGCTGACAGAAGTCATCACTGCCGCAGAGTTCCACCCACATCAGTGCAATGTATTTGTTTACAGCAGCAGCAAGGGCACCATCAGGCTGTGTGACATGCGTTCCTCTGCCCTATGTGACAGGCATGCCAAGTGTAAGTCTTCT 

a score=117
s danRer3.chr12 35613185 25 +  37038836 TTCATGTCCTCTGATCCTTTTATTT 
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a score=473
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s mm7.chr14     57343396 89 - 119226840 CAAATTGTTTTAATTTTTCTGAATTAGTCTGTGATTTTACCTCACTTGAATGGTTACTTTAGAAAATGATTTATCCAAGCCCAAATATG 

a score=11623
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s mm7.chr7      135280736 191 + 141766352 tttgttttgttttgttttcttcagttttTGAAGAGCCAGAAGATCCCAGCAGTAGATCCTTCTTCTCAGAAATAATCTCATCTATATCTGATGTCAAGTTCAGCCACAGTGGTCGATACATGATGACCAGAGACTATCTGTCGGTGAAGGTCTGGGACCTCAACATGGAGGGCAGGCCTGTGGAGACCCAC 

a score=7322
s danRer3.chr12  35619013 100 +  37038836 CAGGTACACGAGTACCTACGTAGCAAGTTGTGCTCGCTCTACGAGAACGACTGCATTTTCGACAAGTTTGAGTGCTGTTGGAACGGTTCAGACAGGTGCG 
s mm7.chr7      135280927 100 + 141766352 CAGGTACATGAGTACCTGCGAAGCAAGCTCTGCTCCTTGTATGAGAACGACTGCATCTTTGACAAGTTCGAGTGCTGCTGGAACGGTTCAGACAGGTGAG 

a score=-2
s danRer3.chr12 35619113 75 +  37038836 AAAACTACTTTTATAAGGGTGGATA--------CTGATGTCTATGATGATGCAATGACATTAATCTTTCCCTTCGCTTTCTCT 
s mm7.chr14     57346242 73 - 119226840 GAAA----------GAAACTGGCTATTTCATCTCTCTTGTTTGTTATATAAATATAACCTCAGtttttttttttgtttgtttt 

a score=19228
s danRer3.chr12  35620762 348 +  37038836 TGACCACTAATTTTTCTTCTCCTCTCTCATGGGCTCCTCAGTGCCATTATGACGGGTTCCTACAACAACTTCTTCAGGATGTTCGACAGGAACACGCGCAGGGACATCACACTGGAGGCGTCGAGGGAGAGCAGTAAACCCCGTGCCATGCTCAAACCCCGCAAGGTCTGCACCGGCGGCAAGCGGAAGAAAGACGAAATCAGCGTCGACAGCCTGGACTTCAACAAGAAGATCCTACACACCGCCTGGCACCCCAAAGAGAACGTCATAGCTGTGGCCGCCACCAACAACCTGTATATATTCCAGGACAAAATGAATTAAACGAGAGAGAGTGATTTAAAAACCAAG 
s mm7.chr7      135286477 338 + 141766352 TGGGTATTCAGTGTCCCTCTTTTGTCTCCTAAAC-----AGTGCCATTATGACGGGGTCCTACAACAACTTCTTTAGAATGTTTGATAGAAACACTCGGAGGGATGTTACACTGGAAGCCTCAAGAGAGAACAGCAAACCCCGAGCCAGCCTGAAGCCCCGGAAAGTATGTACAGGGGGTAAGAGAAAGAAAGACGAGATTAGCGTGGACAGTTTGGACTTCAATAAGAAGATCCTCCACACAGCCTGGCACCCCATGGAGAGCATTATTGCTGTAGCTGCCACCAATAACTTGTATATATTCCAGGACAAAATTAATTAA-----GAAAACTGACTGGAGGACCAAG 

a score=3113
s danRer3.chr12  35634766 62 +  37038836 CTCCCTCAGAAGGTGCCAG---AAGCAGTAAAACGCCTTCCGATGTACACCCTACAAAGAGAAAG 
s mm7.chr7      135296226 65 + 141766352 CTTCATCAGAAGGTGCTAGTGGAAGTTGTCAGACGCCTTCCAATGTAGATCCTAGACAGAAAAGG 

a score=-425
s danRer3.chr12 35639793 134 +  37038836 aggggggctaataattctgactaact-------gtatATAAAATGAAT-GTGTAACATTAATAACTATATTACTAGTGTGCAGGTCAAATATGAGACGT------------TTAATTTTGCCGTTCATTTTGGCTTGCTTAACTGTGTAATTTT 
s mm7.chr14     61849836 154 + 119226840 AGGGAGGGTAGCATTTTTCATTTACTCCTACatttatatttaataatttataCATTACTCACAATTAGCCAAATTTTAAATAACTCATAAAAGATAAATAATGATGGCTCCTTTCTTTTGACTGCCTTGTTGCCTAGTCCCATTAAGTCCCATT 

a score=7404
s danRer3.chr12  35639929 171 +  37038836 CTCACTTAAATGT-GCCTACCCGAGACCCACAGCGAGGATGTGTGAGAGGACCAGAGAGGGCAGGAAGACTTTGAGGAACTCAGCAGAGAAGATTCCTCCTTTCTTCATCACACTGGTGTTCCTCATGCTGAGTGTGCTGGAGCGCTTCGGGTGCCGCAGCAGAAACTCCCT 
s mm7.chr7      135298676 172 + 141766352 CTCATAGAAACATCACTTACCCCAAGCCAATGGCCAGCAGATGAGACAGTAACAGAGATGGAAGGAAAACCTTCAGAAAGTCTGCTGAGAAAATTCCCCCTTTCTTCATAACGCTTGTGTTTCTCATGCTGAGAGTAGCTGTGCGCTTCGGGTGTTTAAAAAGGAACTCCCT 

a score=6120
s danRer3.chr12  35641679 146 +  37038836 TACTTGGGTGGCAGGTTTTCTGGGCGACTCGACCAGTCCCAGATCCAATCAGCATTTTTCTTCATCAGGATCTCCACCTCTTTTCTCCTCTCCAAATAGTCTTCCTCTGACTTGAATAAGACCGAAAACAAATTTAGGATGATGTA 
s mm7.chr7      135298923 139 + 141766352 TACTTGGGGGGAATATTTTCTGGTCGACTTGACCAATCCCATATCCAATCTGAGTTTTTCTTCAGGATACTTTCAACTTCTCTTCTTCTCTCAATATAATCTTCCTCAGACT-------AAGGAAAAGTAAATATTAAATAAAGTA 

a score=2218
s danRer3.chr12  35643784 46 +  37038836 TCCTATTAATA-TTTACCTGTGAGCTGTTTTTTTCCCCAGAGCTGTG 
s mm7.chr7      135302295 47 + 141766352 TCCTATCTATGGCTTACCAGAGTGCTGTTTTTCTCGCCAAAGCTGTG 

a score=4154
s danRer3.chr12  35643830 332 +  37038836 GACCTCGGAGCCCCTGCACAAGTGCAAAGGAGTC---------TGGGATCTTGGAGGACTGGTAA-------AAAAAAACAAATAACAATAATATAATCATTTCACCATGCACATC----CTGTAATCTTACAATACATTTAAAGTTTTTGTGCTGACCTGTCACATGGTAGGCTTCCTCTGGAGCTGCTCCGACCCGACTCGTGCTGAGCATCCAGAAGCATCTTCTCCAGGTCTCCGCTCGGGGCCGTGCTAGCTGACTGTTCATCTGTGGCTGCTTTAGAAGTGCTGCCTCCCCCATTATTAAAATGCAGCTCCACCCAAGAACCTGA------AGAAAAGCCAAATAACATCCT 
s mm7.chr7      135302858 318 + 141766352 GACTCCAGAGTTCCTT-----GTATAATGGAGTTACTCCCAAATGTGGCCTCAGA--CCTGGCAACCCACCCACAAAAACATGCACAATTGTGATTATCCATCTACTAGGAACATCAACACTGTAG----GAGATACCCAGAAAACAT--------ACCTGTCACAGTGAGAACTCT---TGGAGCTACTTCGTCCAGATTCATGCTGGGCATCCAACAGTATTTTTTCCATGTCACCATTATAAATAGAG------------------ACGGAGGCTGGAACGCTGCTCCCATTGCCATTGCTGAAGTGCAGTTCTACCCAGGAGCCTGAGAGAACAAAAAGGGCAGTTAGCAATCT 

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s mm7.chr6      104811885 420 - 149646834 AATTTCAGAGAAAAGATGCATGATACAATTACACAACAAAATCAAATGTCATTCCTTA-ATATTTGATATTTCATATACATTAT--------ATAAAATATAATTCGTTCGGTTCATCCCGCAGCG----CCAGTTCTGCTT--ACCAAAAGTGGCCCACtaggcactcacattccacgcccggctccacgccagcgagccgggcttcttacccatttaaaGTTTGAGAATAGGTTGAGATCGTTTCGGCCCCAAGACCTCTAATCATTCGCTTTACCGGATAAAACTGCGTACGTCGGGAAAAGAGCGAGAGCGCCAGCTATCCTGAGGGAAACTTCAGAGGGAACCAGCTACTAGATGGTTCGATTAGTCTTTCGCCCCTATACCCAGGTCGGACGACCGATTTGCACGTCAGGACCGCTACGGACCTCCACC 

a score=-3575
s danRer3.chr12  35645878 890 +  37038836 TATTTCACTTCATAAGGCCTCAATGTTTACAGAGAGGTATTCATTTTGTTTTGCCTGAATGTTTAGCTTTGACTCTCCAAATTCTGGTAGC-TGTTGACTTATATCtaggcccacatgtaatctgcatccgcagaaatctgcagacttctgcatatatttagcccatcgagtctatgtatttacttgtgtaaatgtgtgtaattttatatttatacagtttttaatttcactaatattattgtaattataatgatagtaatattaaaatgttgatatgatttattaacaatacagtttgtaaagtaatattttctgtctttgagtaaata----tattataggagagacttgctttgtttaccaaataagtagatctaattgaatt---tgcattgtaaacatta----------------aataaaagttaaaagtgt-------------attattttttatttttaaatttgctgcaa-aaatatcaacaaatgtctgcagattttgtctggccctaTATCTTAAGATTCAATACTGACCACATTTTCTTTAATGAGGAGTCATCATTATCTTTGATGGAGTCAAGGTAATGTAACACAAATTTTGTTTTTGAGTGTCCCTTTAAAGGTAAATATTTGTTGCAGTTTATCAAATTTAAAGCACTTTTCATGCCTTTATCTTTCCTGAGAATCAAAGTATAGCAAGCATAACAACATGTCATAACCTGTTTATAATATTCGATTTACTTGACATTGAAAACTGGGCTGGGAATGAA-------------TCAGTGATCATGACACAGTAGCCAGAAA--ATCCAGATAAACACAGAACAT---------GCCTGCACTTGAGACTCAACCCATG----AGCCTGAGGAAAATAAACAAAGCTTT-------GGCTATAAATAGCTCATTATGTCGGGTCATTTTTTTTCTGACATCATCCA 
s mm7.chr6      104812337 841 - 149646834 TAGTTCACCATCTAAGTATCCAATA-----------------ATTTTGTATTTTAGTTATTTTTA---TTAACACT-CAATTTTTATTAACATGTTTGATAATATTT------------------------CTTAAATTAG-----TTTTGGTTGTTTCTTGCAAGATGAAAATGTGTACTCGTATAGAAAGAATTATAGAAAATAATA-------------------CAATGAGAATGACCTGGTGaatatttaattaatataaaaatGTCCAATAACCTTAGTAATAAATAAG-------AGTATTATTGTATTTCTTAGCACAAATATTTCTACTGTGTCAGAAATATCTGTGCAATAGAAGATTTTCAGACATAATTTAATTAACTAAATTTTGAGTATTATAGCACAGAGGTCAACAATAGTGGTTGAATGGGGTAACTATCCAGTAATAATGTCAGAATATTAGCCTTTTAGAAAGAAATATCAGACTGTGTATACTGGTTT---------CTGTATCTAGGGTCATTATGCTAACAACTGTTTCTTTTTTT----TTTTTCATTATCTCAGATATTCTCACATTAA-AAAACATTAAAGATGTTTT--------ATTTTAAAATAAGAAAATAGAGACA------TAAA--GATAGTAATTTTGTTATGTGTAATTTTTCTAAATATTAATTCACAGC----------TTCTTTTCTAAACTGTGTGTTGGTACTAAGTTAC---AAACAGCAAACT-GGCTATAGCCACATTTCTCTTTCACCTCTGTGCTTGGTACATGGAAACGAAGAATGATCAAGGCAAGAACAGGAGATGTGTTTGAAGCCTGCAACC--TACTCAGGACATGGGAAAGCCTGGGACAAAATTTGAGATTTTTTTTCGAGGTTGGTAAAGAGATCAGCATTTTTCTTTTTTtttttttttccatttttta 

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s danRer3.chr12 35649022 57 +  37038836 TTAAAGGTACAATTTTAT----ATTTTGTTCCCCATTAGGAATCATGAGATCAAACCCTAT 
s mm7.chr14     99148634 61 + 119226840 TTAAAGATCCATTTTTATTTGTATTTTGTTATCAATTATGCATCCAGAGGAGAAATTCTAT 

a score=1941
s danRer3.chr12 35712003 152 +  37038836 GCTAAGTTGGATGGAATAAGTCTAACGCGAGTCCTCCAGTCCTGAGGTTAGATGTGCAG--GTTACACAGCAATCCACTTGTTGTT-CAGTGCTGGAATA----------GTTCA---GTTTTCCCCTTTCAACACAGACACCAGCTCACCGCCTTCTAATAGCTCCT 
s mm7.chr7       7893363 163 - 141766352 GCTGAGTGTGTTG---TATCTCTACTGTTAGTCCACT--TCTCAGGACCAAATCATCAACTGTTCCAAGGTAATTAGTTACTTCTTGCAGTCCTTGGACACCATGCTTATGTTCACTAATTTTCTCCTTTCAGTATAGGCAGCAATTCACCGTTGTCTTTCAGTTCCT 

a score=5793
s danRer3.chr12 35713901 159 +  37038836 TTTCACCTTCACAATATCCAGTCCTCCGATTAGATCTCCTTTAACGTACAGCTGTGGGAACGTTGGCCAGTTGGAGTACGTCTTCAGTCCTTGTCTTACCTGTGGACACAATCAAAAATTGCAAAACACACCAACAAAAATAACTATTCACAAAAATAA 
s mm7.chr7       7896943 156 - 141766352 TCTTACCTTGACAATATCCAATCCTCCAACAAGATCCCCTCTCACATACAGCTGAGGGTAGGTTGGCCAATTTGAGAACGTTTTTAATCCCTGACGCACCTAAAGGAACAA-CAGAAATCCTGAATCCTTCCCATCAGACC--CTGTGAACAAAGCTAA 

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s danRer3.chr12 35718146 167 +  37038836 AAAGAGAAGCAA-----------CCCACCTCTTCATCTTCCAATATGTCAAACGTATCATATTCAACCCTGAAAGGTTAATAAAAAAAACATCT----------GTTACTTTAATAACACACATTTACACTTTCAAGAATCCATGAA----TGTTAATAAAATCCAGTAAAAGGAGCTTTCAGTCTTTGTTA 
s mm7.chr7       7897291 172 - 141766352 AGAGAGAAACAGAAAACCTATATCTTACTTCTTCATCTTCCAGTATATCAAAAGTTTCATATTCAACCCTGCA-----AAAGGAGAAAGCATTTTTATTAGGTGTTCATTTTAAACAAAACCAT-----------AAAATCTATATAGTGTTTTTAATACAGTC----AAGAAAAGCAGTCCATCGCTAACA 

a score=3230
s danRer3.chr12 35718313 114 +  37038836 AACTGTACTGCAT-----GTGGAATGGTG---AAAAGTCTCTCACCCCGTGTTGTTCATTATTTCAAGTATCTGACGGCTGAATCCACATTTGGCAGCCTGAGTATTCACAAAGACATGAGT 
s mm7.chr7       7898398 120 - 141766352 AACTGTGAAGTATCAGGAGCAGAATGGAACACAAGATTTACATACCCAGTACTATTCAGTATTTCCAGAATTTGTTTGCTGAATCCACATTTTGCTTCCTGA--ATTTAAAAAAAAAAAAGT 

a score=4020
s danRer3.chr12 35721063 169 +  37038836 AAAAAAAGCCCAGCTTTCTCCTCTCTG--AGCTTTAAAGGGAAAAGAAG--AGATGTGAAGGAGAAAAGGAGTTCACCCACCTCTTTATTGCCTTTCATGAAGAGCATGACGGGTGATTTATTGATTAGAGATTTCAGCCTGTCAGAAGAGAGAATGTT----TAAACGCGTCCAGC 
s mm7.chr7       7899973 172 - 141766352 AAAAAAGGCTTAACTGTCCCCTTGCTGCAGATGTTAACATCAAAAGAAATTACAAATAAAACTGTTTTTGAGTTC-TTTACCTGTTTGTTTCCTTTCATAAAGAGCATCACGGAAGCTTTATTGGTCAGCACTTTGAGCCT----GAAGAGAGAAAATTGATATAAAATGGCTCAGC 

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s danRer3.chr12 35721780 196 +  37038836 TTTCACCTTTACAATGTCCAATCCGCCGATGAGCTCTCCGCTGACGTAGACCTGTGGGTAAGTGGGCCAGTTGGAGTAGGTTTTGAGTCCCTGTCTGACCTCTTCGTCTGAGAGGATATCGAAACTGCTGTACTGCACATTGTGGTCTTTCAAAATCTGAATAATTTGACGACTAAAACCTGCAAACAAATAATGA 
s mm7.chr7       7902155 196 - 141766352 TCTAACCTTAATTATGTCAAGTCCTCCTATTAGCTCTCCAGAAACATAGAGCTGAGGATAGGTGGGCCAATTAGAGTACGTTTTGAGCCCCTGTCGAACTTCTTCATCTGAGAAGATATCAAAGCTGCTGAACTGAATATTGTGTTTGTGAAGGATTTCCACCATCTGCTTGCTGAAACCTGCAACAGAACAAGGA 

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s danRer3.chr12 35724120 219 +  37038836 ACAAGGTGATGTGTAGAGTCTGTGTAGCCCCTGCAGTAAAACACCCATTTTCATCTTGTGTGGCTCATGAGGGAATTCATTATAAAACAGCTCCAGGCGCCTCACTTGTGCTTATGCATTTGCTGGTATATTAGCTCGACTCTATCAGAGCGGGCAAACAGGCGGGCAGCTGCTTTCTCTGGCTCCGGGCGAACTCCACCAGACATGCTGCATTGATTG 
s mm7.chr7       7903593 211 - 141766352 ACAAGCTGAAGTGT-GTGTTCATGCACAGCCTCAAGTCAAACACT-GTTCCTGAATGCTTTCACTCATCTGGGAGTTCATTAGTAAACAGCTAACGGCTGACTGCTGATGGTTATTCTGTTCCCAACATATTAGCTCGTTTCTACTGTAACTGGCTGAGAAAAGG------CTTTATTTTGGCTTTAGGCCATTACATGCAGACTAGAAAGATTGATTG 

a score=9270
s danRer3.chr12 35727733 216 +  37038836 TTACCACAGCGAGGCTCCTGGGGCGATCCCTTCATGAAGAGCATGCAGGGTGCGGCGTTGATCAGCCTCTTCAGTCGCTGGTTGAGATCCTCTTTAGGGATGTCCCCCGCCCCGACAGCTCCGCCCCCACCGGACCCCAGCCGTTGCACCTTATTGGTCAGCTCAGGGGCATGCGCACCATCCAACCTGTCAATCTTCTCACCGCCCTAAGGGTTG 
s mm7.chr7       7907838 216 - 141766352 TTACCACAGCGTGGTTCTTGAGGTGTTCCCTTCATGAACAGCATGCAGGGGGCAGCGTGAGTCAGCTTTTTCAGGCGAAGGCTGAGGTCTTCTTTAAGATGTTCATTAGTACTAGGAGGAAAGGCTCCGCTAGACACGTGTCGCTGGACTTTTTTGGTCAACTCTGGGGCATGTGCACCATCTAACCGGTCGACTTTCTGAGAATTCTGAAGTTTG 

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s danRer3.chr12 35731481 168 +  37038836 TTACCTTGAAGAAGAGGAAGGTGGGAACTGAAGTGATCTCATACTTCTCCGAAACCTCCGGGACTGCCTCTGCCTCCAGCTAAAGAGAGAGAGAGAGTCAGAGAACTACTGTACTAATGACTCTTTATA-ATTCACATTAATAAAACA---TCACACACATCAACATGTCAA 
s mm7.chr7       7908681 169 - 141766352 TTACCTTGAAGAACAGGAAGGTGGGGACAGAGCTAATTTCATATTTTTCAGATACTTCAGGAACAGCTTCGGCTTCCAGCTTGAAAAATAAAAGAATCCA---AGCTTCATTATTACTGGCCCTTTTTCTACTTTGATATGTAAATCAGTTTCACATGCACTGTCCCTTCAA 

a score=4547
s danRer3.chr12 35736837 423 +  37038836 ACAGACAAACAGACAGACATGTCA-----ATTTCTGGAGATGTTGTCTTCTACTAATGATACAGAAACTACACTGACATTCAACTAC--AGTTTACCCAAATTTAACTTTGATGCAATTAGA---------------AAAAACGATTTCCAGACAATGAACTATATTAATAATCAATGGTTCCCATACCTTAACAAACATGGTGTGTTTGTGCTCTTTGGCCAATTCCGCCATCACATCGTTCATCTGCGAACACTGCGGTGCCCATGGCGCATGAAAATGGACAACGGTGAGGGACCTA-AAATGAATAAA--------GTGTAGGAATAATTCAGAATGTAATGTGGAGAAGACATGTAAAGTCAACATATTACAACTTAAGTAATGACCAAACAAACTA-AGTCTACCTAAAATAATATGTCTAATTTGTCTTTAAGATGGCGCTTTAAACA 
s mm7.chr7       7916187 433 - 141766352 acaaaCAAACAAACAAAAATCAAACCAAAAGATCTGTCAAAATAGCTTGCTGCAAATATAACAGAATTCAACACAAAGTTCAAGTACTGGGATTTCACAGCTTCTTCCTTTACATTATAAAATCTTGTCTATCTCATAAGTCAGATATTAATAAAAGACATAAGACTGAAAATGAATA------ATACCTTCACAAATGAAACATGAGGGTGTTCTTTAGCTAACTCTGCCATGACATCGTTCATCTGTACACACTGTGGAGCCCATGGTGCCCAGAAATGAACCACAAGGAGTGACCTGTAAATCAAAAAACATATTTTTTATTAAAATGATCCTGGAAGCA--------AATACAGGTGTAGATCAAATTCTTCTACCTAGAAAACAAAGAATTCCACTGCAGTGTGC----AGCATCACGGCCA----GTCTTCAGACTGTCTGGATAAACA 

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s danRer3.chr12 35737292 92 +  37038836 TAAGTGCTTCACACAAAAATAACTAGCAGTTCATATAcactcaaaaaaggcatttgctgtttgttcaaactacttatttaaattgag-ctgaa 
s mm7.chr7       7916661 83 - 141766352 TAAGTGCTTC---------TAAATGTCCATCCATATCAACT-AACAGACATGTCGATTATATTTTCAGACCCATGATGAAAGTGGAGACTGAA 

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s danRer3.chr12 35750957 460 +  37038836 GTTTCTGC---TCCTGTAAGTTATAAAGGAATTACCTTCAGCTCAGGAGGAGCCGTGGGGACGGGTCGAAGTTTCTGCTAAGTCAACCAAGATGGATTTAAGTATATTACCAGCTCAATCTTCCTCAGT--------GTTAGCTTTTGTCGGTGGAGAAATGAGAGGCAGCGTTCAGACAAAGCTTGACCTCTTGGGGCCGGCTTTCAGAGCCTAGATTTTCAATAATGTAGGACAATAAAGCTTAGTCCTATAACCTACTGCAATATGCTACAAGTGTAAAGAGCTTAGCTGCTAATAAAGCAGGCCGAGGAGTGAGAGAGCGAGGAAATAAAGGAGGGGTGGGGGGGGGACAACAACTCATCTTCAGAACTCATATTTGGAGATCAAGTGCGGCCCATAAGAGCATTTCATAAGGACAGTAA---------TGAGATGCTGAGGAGATCAGAGC-------GGTCGA--GTCTGACAACTGCTATCT 
s mm7.chr7       8003792 430 - 141766352 GTTTCTCCCTGTCGTGAGAGAATTAAAGACAACATCTTGAGTAGGAAAGCAATCGCGGAG---GGTGGAAGTTTCTGGCCAGGCAAATAAATTGGATTTAAGTATATTACAGTCATAATCTTTCCTGCCCCTCTCCAGACGGTCTCTGTACATGGAAAAATGAGAATATATTCGCAGACAAAGCTTGACCTGAGGGAGAAGCCTGCCGGAATCTGGATTTCCAATAACGTAAGACAATAAAGCTTAGACTTCTAACCTGCCGCAATATAGTAAAAGTATAAAGAGCTTAGCTGCTAATAA-------------------------------AAGGGAAGGG---------------------TCTCC---CCTCGTATTTGAAGATCCGG-ACCCCCCAGAAGGACACTTCATAAAGATCATGACGGGTTAGCTGGGATCATGCAGACATGAGGACCCTTGTTGACCGATTGTCTGACAGTTGTCACCT 

a score=2126
s danRer3.chr12 35771097 58 +  37038836 TATCTGCACACACACACACACATACACATGCGTACGCAGGAAAACAATACATGTGAAA 
s mm7.chr7       8037068 53 - 141766352 TATGTCAACACATACATATACATACACACGCAAATAC-----AAAAATAAATGTAAAA 

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s danRer3.chr12 35777918 175 +  37038836 TGGAGCTGACCCGCTCCGTCTCTTTTCAGAGTCCATTTCCACTGGATATTTTACATGTTAATTGTGTAGAATGGCTCTCCGCTCCTTTCTTTC-----------------TATAGGTGCTGCCTGG-----AGCTGCGCCTCGGGCTCTTTCTCTCTC-------TGCCTCTTCATTTCGGCAGCAGAATGAAAATGCTAATTA 
s mm7.chr7       8040295 204 - 141766352 TGCGGCTGCCGCTGCTCTACTCTTTGCAATGTAAATTTCAGCGGGACAAATTGCTTATTAATAGTCTAGAAGAGAAGTCGGTTTCTTTCTTTCTTCTTTTCTTTATCTGTTTTTATTTCTGCATGGCCCCTAGCTATGCCCTGGGCAGCCTCGCCGCCCAGCAGTTTTCTCTTTATTTCAATATCCTAAAGAAAATGCAAATTA 

a score=6700
s danRer3.chr12 35778528 242 +  37038836 ATTGAACATCCAGCGATGTGACCTGTTTAATGTCGTCAGGTTTGAAGTTATTTCCAGAGAACTATAGAGCTGAAGTTTGTAATTGTCACTGGAGTTGTATTGGGACATCTGCTC-GACTGTATCAAAGCCGACACGGGAGTCCCAGCGGCTGAGCAAAAATCTGAGTTAATTAGCGCGATACATGTTTAATTAAAGCCAATTACAATATCTAAAATTACCTAATCGAAACCTGTTTTCACAGT 
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s danRer3.chr12 35780466 243 +  37038836 TGCGCTGGTATGATGCGTGGAAGGGACATCTGGGCACTGGCCATCTGACTGACTTTGCCTTGACATCTGGGAAAGCCACTGGTGTGTGGCACGCGAATCGGTTGATGTCGCTATTTAAATGCAAATTTGTTGGGGATCATTGGAGCCTCACCCCGTAAATTCACACAAAAGGAACACTTCACACACAATAAGGAGGAGGGTCGTTTCTTCGGGAGGTCTTGGCAACGCCGAACAAATCTTATT 
s mm7.chr7       8043844 236 - 141766352 TGCTCCGGCACGA--CATAGGGAGGACAGCTGGGCACTGGCCATCTGACTGACTCCGGCTTGACATCTGGGAGC-CCACTGGTGTGTGGCACGCGAAGCGCTTGATGCTGCTATTTAAATGCAAATGTGAGGGGGCTCATTGAAGCCTCTCCCCGTAAATCCGCACAAAAGGAATACTTCCCACCCTCCAAGGAGGCG----GCGGCGGCGGTAGCTCTAGGGCCACCCGTGCAAATCGCGTT 

a score=20035
s danRer3.chr12 35781256 373 +  37038836 CGTGGAGTGA-----------AAGTTGCTGAAT--TAAAGAGCGCATTTTGCACGCTTTGGCTCCGGGCTCCAGATGAGCCTCAGAAATGAGCCGAGATGGATTCAG--------------GCGAG-CAGCTGATTCTCCAGTCTCCGGCCAGATGGCTTCTGAACACAGATTTGCATTCATTTTCGCCTAATATCTTCCAAAATAGAGGGGCAGCTGCATTTGTTGTCAAATAAGGTTTAAAACTC-----CTTTTTAGGACGGGATCGTTACC-TACGCGATGGGATTGTTGAACT-----------TCTCTAGTCAACAGTATCAGATTTAAAGGGATTTAGACTAAAACC--CTAATTTGGTAATCAGATTGAAATCGCTTTG--GTGTGTAATCTGTATTAGAGATACTGCAGATTA 
s mm7.chr7       8044546 419 - 141766352 CGTAGAGTGACAAAAAAGATAAAGTTGGTGAATGATAAAGACCGTATTTTCCACGCTTTGGGTGCGCGA-CCAGATGA-TGTAGAAAATGAGCTGAAATGGATTCAGCCCCCGAGCCTGTTGTGAGACAGCTGATTCCCCCATTTCGGGCCAGATGGCTGCCGAACACAGATTTGCATTCATTTTCGCTTAATATCGTCCAAAATAGCGGGGCAGCTGCATTTGTTGTCAAA-AAGGTTTAAAACCCCCTTTCTTTCTGGGGCAGGATCGTTACCTTATGTGATGGGCTTATGGAACTTTTTCTCCCCCTCTTTAGTCAACAGTATCAGATTTAGAAGGATTTGCTTTTAAACCTTCTAATTTGGTAATCAGATTTAAATCGCCTTGGCGCGTGTAATCTGAATTAAAGATACTGTAAATGA 

a score=12902
s danRer3.chr12 35782011 456 +  37038836 AAGCATATCAATCTTAAATTGTCGTAAAATATAATTTTATTA--CTTACGTATTTAATTAGACGACGATGCAATGTGATGGATTTTGAGTCGAGGCAAGAGCAACAGCTTTGATAATTCACTTATCTTTGGCAATAGTCATTAACCCCCAACACTAGCAGAATAGATTGCTGTGTAAAACACAtctctcttctcctctctccgtccatccatccatccctccctccAGCGCACATGGTCCCCAGATAACCAACATCGGACTTCCATTTTCTCCTTTTAATTCAAATATTAACATACATGCAGAGTCTGCCAATATCGAAGACACGAGCACCTTAGCAAATGAAAGAAAGAAAATGACCCTTA----TTGTCCCGATAAA----------TGATTATATTTTTATTACAAAAGACATCCTACTTCTTGCGCATAGAAGGAGA--GGGTGGACGCAATGTTTCCCCCGAGTCCTTT 
s mm7.chr7       8045408 453 - 141766352 AATCTCATTACCCTCAAATAGTCATAAAATATGATTTTATTATACTTACGTATTTAATTAGACGGCCG-GCCCCGTAATGGATTTTGAGATGGGACTGGCGCAACAGCTTTGATAATTCACTTATCTTTGGCAATAGTCATTAACCCCCAACACCAGCAAAATAGATTGCTTTCCAGCACA---------TCTTTTCTCTCACCCCTTCCAAGTAGC----------GTGTGGGGGGTCCCCAGATAACGTAAATCGGACTTCGATTTTC-CCGATTAATTAAAATATTAACGCACACACACCACCAATTCACAAAAAAAGGAAGAGCTACCCCAGGCCCGGCGGGAAGAGGCTGCCCTGCGACACTTGCGCCCAGAAACCTTTTCTTTTTCTTCTTCTTTTAAAACCAGAAGGGCCTTATTTCTCGTGGCAGGAAAGAGCCTGGGACATCTCCAGGTCGTCCCTTGGGCCTCT 

a score=10258
s danRer3.chr12 35783056 542 +  37038836 GCAGCAGCGGCAGTGACTCCACTCGCGTACGTACTCACGGTCCAAGCTTAAAGCCCAGCGACAGGAAGCGTCAATCCTCTCCATGTATGGGCAAAGCCCCGCCCACGTGCGCGTCATCCTCTGACAGCGTGGATCCCGTGGGTCTGGAGTTTTTGGCTCCCGGGAAAGGTTCCAGTCCTGGGGGATAGAGGGTTGAGTTTTGTATGCTTCCATCCATTCTGCAAAGACGCGCTAAAGGCCCCTCATCATCCTCTCCCGTGTCCGGGAACACCTCCACGGTGATCATTTACGCGTTTATTTGTCTTTTG------------GAGCCAGAAGTGGTGGATTCAGCAGTGTCCCGAAGCCTTTTTTGATGCTGTTGTTATAGGATGCCACCAAGCTAAGAGcatcatcaccatcatcatcatcatcatcaACAACAACAACAACAAGCGAAAGTTGCAAGAAATGTTTAACTGAATTAAAACAAGTCGAATATCCCGGCTATTTGCGCGACTTGTTCCACGGGAGGATCTCTCATCTATCCAAACAAGCTGCTGGAG 
s mm7.chr7       8046864 483 - 141766352 gcggcgccgtcaggcagtcagtcggcgagcgcggcggcggcggcggcgaggggcgcggcgaggggcggc------cgcTCCCATATATGGCGCAGGCGCCGCCCCCCGACG--TCACCCTCTGACAGCGCCGCTCCCGGGGGCTTCGAGTTTT-GGCTCCCGGGAAAGGGTCCATTCCTCGGGGAGAGAGGGCTGAGTTTTGTGCGCCTCCGTCcgctgcgc---gcgccgctccaggccccgccgcgccc-cgcctgcgcccggga-ctgcgccgcgGCACTCACTGCCCCGTTTATTTGTCTTTGGAGCAGGCGGGCCGCGCCAGAAGCGGGCGATCCCGCAGTGTCCTGCAGCCGCG---GACGCCGCCTGGCTAGGATGACACCACGTTGAGCGCGCCTGCA--------------------AACAACAACAACAACAAGCGC-------------------------------CGCCGCGGCCACCGCGTCCAC---CGCGCCCTGCTCCTCCGAAGCGTCGCGTCGCCACCGGTGCAgcccgcccgcg 

a score=10492
s danRer3.chr12 35783627 333 +  37038836 GTTCATGTGGTGCCAACGCAGGACGGACTGAAGAAGGAGTCGGGACTGCTTTTTTTTCTCTTCTCTTCTTTTCGACAAATCCCAAACAAACTCTCACGGCTATCCGAAGGGGCTCTCG-----GAGAAACGACGCGCCCTCGCTCACACTCTCATTTCATCTCTTTGGCTGGAAGTGG--GTTGCACGCGAACTGTTTTAATGTTTGGTATTCAGGAAAATATACCGAGAGGGGGAACCACTATGAAAGAGGAACCGCTGGGCAGTGGCATGAATCCGGTCCGATCGTGGATGCACACGGCTGGGGTGGTGGATGCGCACACGGCCGCCCAGAGGTACGT 
s mm7.chr7       8047377 306 - 141766352 gTGTATGCGGCGCCTGCCCGGGACGGGCTGAAGCCGGCGGCGGG-----------------------CCGCACCGCAGGCGCCGAGCAGGGCC--AGGGCGGCCAGGGCAGCCTCCTGCCGCCGAGCCCCGA-GCGCCGCCGACCGCGGACGCGCTT-------TCGGCCGGGAGTCGCGGCCGC-CGCCAGCAGTGTTCATGTTTGGGATTCAGGAGAATATTCCGCGCGGGGGGACGACCATGAAGGAGGAGCCGCTGGGCAGCGGCATGAACCCGGTGCGCTCGTGGATGCACACGGCAGGCGTGGTGGACGCCAACACGGCCGCCCAGAGGTACGT 

a score=12731
s danRer3.chr12 35784176 193 +  37038836 CCACACTGGTGTCTTGTTTTCCCCCGCAGTGGAGTTGGTCTGGCACGGGCGCACTATGAGAAACAACCGCCATCCAACCTCAGAAAATCCAATTTTTTCCACTTCGTCCTGGCGCTTTATGACAGACAGGGACAGCCAGTGGAGATCGAAAGGACAGCTTTTGTGGACTTTGTGGAAAAGGAGAAAGTAAGCG 
s mm7.chr7       8047754 192 - 141766352 CCGGGCCGCTGTCCC-TTTCCTCCTGCAGCGGCGTGGGGCTGGCGCGGGCGCACTTCGAGAAGCAGCCTCCTTCCAACCTCCGGAAATCCAATTTCTTCCACTTCGTGCTGGCGCTCTACGACAGGCAGGGGCAGCCGGTGGAGATCGAAAGGACCGCTTTTGTGGACTTTGTGGAGAAAGAGAAAGTAAGTG 

a score=-4263
s danRer3.chr12  35784384 288 +  37038836 GCTTTGAATTTTCAGCTAAAAAAGTTCCACATCTAGAATCTTTGGAAACACGTGCGCCGTAAAGCACTTTTGACGGATATCACAGAAAAGCAAAACACTAAACTAAATAGATACATGCATTACACACATTATTGCCGGGGATTGATACAAACTAGAAGTAGAGTTGCTGGATGAAAGCGTAAATGTGTTTCGGAGAACATGCATACAGACAAAATGCATGCATTTTATAAATATACAAAAATTAAATCTCAGCATTCCAGTAATGCCAATCTGACCCCCAACAAATGC 
s mm7.chr2      130047435 206 + 182548267 GGCCTGGGACTAGCACTGGGAGTG------ATGGGAGGGCTTCAGGGACCC-TGCCACGT-------------------TCAC-------TCGAACACTGGGGAAGATGAGTGGATAAATGGTAGATG-TGTGGGAAAGGATGGAT--------------GAGTGGCTGGAAGG----------------CAAAGAAGGACCACGGGGTTAGAGTGGAGG----GTGTGGGTGAAGGAGGTTGAAGGCACTGAACCCTTG-AACATCCTTCTG-------------TC 

a score=5022
s danRer3.chr12 35784672 80 +  37038836 TTATTTTCAGGAACCTAACAGTGAAAAAACTAACAATGGGATACATTACAAACTACAACTATTGTACAGCAACGGTAAGT 
s mm7.chr7       8048290 80 - 141766352 TTGCTTTCAGGAGCCGAACAACGAGAAAACCAACAACGGCATTCACTACAAGCTGCAGCTACTGTACAGCAATGGTGAGT 

a score=920
s danRer3.chr12 35784953 59 +  37038836 TTGTGTAGATTTTTTTTCCTTCACAAGACTTTTTCCACATTGAAAAACACAAATAATTT 
s mm7.chr11     44578603 48 + 122091587 TTGTGGAGTTCTTTTTTCTTTCA--GGGCTTATCCCCTCT---------CTCTTAATTT 

a score=4480
s danRer3.chr12 35785012 90 +  37038836 CCCACAGGCGTCAGAACAGAACAGGATCTTTATGTACGGTTAATTGATTCCATGACAAAACAGGTAAGCACATTTATATATTTTCTCTtg 
s mm7.chr7       8049045 90 - 141766352 CTCACAGGCGTCAGAACAGAGCAAGATCTGTATGTCCGCCTCATAGATTCAATGACCAAACAGGTGAGAAAGTTTCTGCCTCTCTACTCG 

a score=2678
s danRer3.chr12 35786196 77 +  37038836 TGATCAAAGAGTCAATGGTGCTGAACAGCCACTTAACGCTTTTCCTAATATTTTCAGCGAGAGGCAGAAAAATAAAT 
s mm7.chr7       8050634 72 - 141766352 TGATCAAAGAGTCAATGGCGCTGAACCGACAGTTTATGGATTTCT-----GTTTGTGCTACaaaataaaaaataaat 

a score=7020
s danRer3.chr12 35786847 198 +  37038836 GGCCCGTGCGCACCTACAGCTCCAAACGCCATCTGTTAAAGCCAATGCTCAAAAATTACTCAAGCGTACCCCCCGACACCGCTTTTTATCT-----AAAGAAAAATCATTGTTAGCGGCTC-AAAATAAACAACAGATTGCCCATTAGCACTCTAC-CCCTAAATATCTGCAGATTATAACCGCGTTGATGTGTACGGTTATGGG 
s mm7.chr7       8051188 201 - 141766352 GGCGTGAGCGCACCTAGGGCTTCG--CACCATCTGGCGGAGCCTCTGCTCAAAACCCACCCGAGCGTGCGCGCAGACACTGCCTTTTTACCCGAGGAAAAAAAAATCATTGTTAGCACTTTGAAAATAAACACCAGATTGGCCATTAGCACTTTTCTTTCTAAATATCATCGGGCGAGAAGCACGTggccgcg--cgggcagggg 

a score=4853
s danRer3.chr12 35787538 81 +  37038836 AGGCTATTATTTATGAAGGACAAGACAAAAACCCAGAAATGTGCCGAGTTCTTCTCACACACGAAATTATGTGCAGGTAAG 
s mm7.chr7       8052082 81 - 141766352 AGGCCATCGTGTATGAAGGCCAGGACAAGAATCCGGAGATGTGCCGCGTGCTGCTGACCCACGAGATCATGTGCAGGTGAG 

a score=21469
s danRer3.chr12 35788310 525 +  37038836 TGCATGCACCGCACTGTGTTGCTTCCGTCTAAACCGCACAGATGCGTTTCCGAGTCCCAAGCAGAGGTCCATAGACATACCTTAATCACTTTAGCTGTCAGCTTTAAGGAGCTTTACGCGTTTTCCATACCATATGGTGTTAATTTAGCTCACTTAGACATGTAACCATTATACAAGTGGGCTTCTTT-AAATTCAAGAGGCATAACATTTTTTTCCCCTCTGTAATTTCAACATTAATTAAAGAAAGCATAATGGAAGCATCTTCAGG--GCCTCAAAATGGAGGCATTGGCACATTGTAGGAGACTGATGGAGGCTTTTTGAGCTGGTAATTAATAAGTGCCCCACAGAAATCCTGGTTGAAGGTGGCATCTTGCATCCTCTCCAGACACAACAGCTTGACAATTAGAGGTAAACAAAAGCTGGGGCTGAGAGAGAGCTTTCCCCCCTCCCAGCCTCCTGGCACCCCCTCTCCTCCTCTCAGCACTAAGACAAACACCAAAAACATGCTGTTTTCCCTCCTTCAGC 
s mm7.chr7       8053089 495 - 141766352 TGCATGTACGGCAAT-------TAACATAGAAAGCGCACAGATGTGATTT-AAGCTCTAAGTGGAAGACTGTAGACTTTCTTTAATCACTTTAGCTGTCAGCTTTAAAAGGCTTTATATACTTTGCCTACCATATGGTGTTAATTTAGCTAATTTAGACATGTAACCATTATACAAGTATGCTTTTTTAAAATGCGAGAAGCATAACATTTTTGTTTC-------GTTTCTGCTTTAATTAAAGTTTCAATAACAGAG-----TTAAGGTAGGCTTAAAGAAGCAACAATAGGAGTTTGTGATAGATTGATGCACGC-CTTTGTGCTTATAATTAATAAATGCCCCAAAGAAATATTGGTTAGAGGTGGCATCTTGCATCTTTTCCAGAAATAACAGCTTGACAATTGGAGGTAAACAAAGGCTGAGACTGTGAAAAGTTATTC------CCCAGCCTCCAG---CCTTTTCTCCTCAGCTCATTGCAAAGACAAACAGCAACAGCA---TGTTTTCTGCATTTTAGC 

a score=8639
s danRer3.chr12 35789072 346 +  37038836 TGTGTGCTCTTCTCCCCAAGTCGGTGTTGTGACAAAAAAAGCTGTGGAAACAGGAACGAGACGCCCTCAGACCCCGTGATCATCGACAGGTAAGACT--CTCTTTGATTCCTGTGAGTGTAAGG-------------------------CGCTGCGGCCTCAGAGTTTGCCTGGCCT--------GGGTTTGCCCCTTGTTGT----TGTGCGGTGTGTGC-------------CGCGCAGGTGGGTTGATGTGGAAACCCGGGGGTG---TCTTTAGGGAGCGTGTAATTGCTGGTGAGTTGTC-AGGGAAGTGCTTTCCTCCAGACTTGC---------AAGCAGTTTACCACATCTAGAGAGCGTTTGGCATTACATTCATGATTCTTTCA------------TCCTAATTTGTTAACAA 
s mm7.chr7       8053883 423 - 141766352 TGTTTACAATTGCCCCACAGCCGGTGCTGTGACAAGAAGAGTTGTGGCAATAGAAACGAGACACCCTCAGACCCTGTAATCATTGACAGGTAAGGATGACTTCTTTATTTTCAAAACAAAACGGTAGCAACCAACCAGACTCTCTTTCCTGCTTGGTTTCCAGTGTCTCCTTAGCTTTGAGGCGGGTGCTGGGCTCATCTTGTGCACTGCACCATTTGTCCGCCTGTGTTATCATGCACAGGTGGGTTGACGTGGAAACCCGGTGGCTCGCTCTGTGGGGATTCAGTAATTGCTTGCGAGTTGTCAAGGGAAGCAGTTTCATCTGCCACTGCTCTCACTGTGAGGAGCACTTTATGCCTAGAGAGTCTCTGGCTTTAAACCCAGAGATATGTCACAAAATGCTTTCTGCTAATTTGTTAACAA 

a score=11861
s danRer3.chr12 35790035 300 +  37038836 CAAAGTTATCTCCAGATCACGAACTTGCCTGTCCACTGAGTGAGAAATTAGATTGGGGGGTGAGATGATGGGTAAAGCTGGGAACGAAATATGCGCCACCAGTGGATAGCAATGCTAATGTTTGACTTGCTGAAATAGCTGTTTGCTTAGCGGGGAATGTTTGGTATCTGACAGAGGGAACATCTCTCTTATTAGTAATCAAATAGCAGTGACCAGTTGCCGCTGTCACTC---------------------ACTGTGCATGAAGTGTGTGAAGCATCGGAAA--AAAGGACTCATGCCCTGTGTGTCGAAATGATGGTCGTG 
s mm7.chr7       8054957 313 - 141766352 CAAAGTTATCTTTTGATCACGAACTTTGCTGTCCAGGGTCTGAAAAATTAAACCCGGAAA--ACCCCACGAGTTAAACCT--AAAGAAGTCTGAGGCACCGGTGGGGAGCATTGCTAATGTTTAACTAGCTGGAATAGCTGTTTGCTTAGTGGAGAATGTTCGGTATCTGACAGAAGGGACAGCTCTCTTATTAGTAATCAAATAGGGCTGACCAGTTGTGGCCGTCACTCAGGCAGTCGAGAACAAGTCCAACAGTTTATGAAGC---TGGAGCTCCAGAAATCAATGTAATTGTA---TTTGTTTCGGGGTTGTGGCTGTG 

a score=4152
s danRer3.chr12 35791781 164 +  37038836 GCGAATAAAAAAAAGCTCACATTTTGAT---------TGTGAGGCGT--CTGAAAGACTCGAGAGGATCATTTTCATAGAGGGGCGATCCGTTCTGTCGGATCACAAAAGCAGATGTGCTTCATTAGCCGACTGCATTGTCTGCATATCACAACTGTGAACAGATGATTTTATCC 
s mm7.chr7       8057160 175 - 141766352 GCAAATACAAACACAGTCACATATACATGCATGAATTTTTATGGCATTGCTGAGATGGAAGGGAGCATTATTTTCCTCATGAAATAATGTTTTCTGGGAAAACACAAAAGCAGATGGTCTTCATTAGGAACACCCATTGTCCACATATCCCAAATATGAGCAGATAAATCTCTCC 

a score=25060
s danRer3.chr12 35792663 1371 +  37038836 ATAACGTTTTCAGCCACATTCTCCCAGATGGCACATGGGCCAGGCATACTGCTCGTTGGCACAGGCTTGGACAATAACTGGCACCCGCTCGCT------TCTGGCATT-TTCAATGGAGTTTAGGAGACTTATCATTCCAAATGTGTCCTATTTTCCTGTAGTCAAGCCAGACATCTGTTTATACTATTTCTCTT-----GGACTTTGGTGCAGCTTTAGGT----TCTTCATGAGAAGAAGAAAAAAACATTGAGAGAAACTCGGTTGTATTTCACAGCTGTTACAAAATTTCAACCTCGACGGATCTTTAAATATTTTACAACCCGACCCTGTTTCACCATAGATTATT--CATTGGTATTTTTGAAAGATAGATTGAGCCTCAGAAATGAGT-TCTTCGGCTAGTCCTGAACTCTTGTAGG-TGATGTCTTGAACACACATGTCA-------------------------AGAGCGAGGCGTTGGATCA---------------TTTACCGCCCCCATATCGGTCCGAGAACTAATAATACCTCTCTGACTCAAGAGCGATCAGGGTTTTC-----------------------------------------------------CTAGCCAACCGATCTCCCTTTCACTTCCTGTCAGAAAGGTCAAGACATGCTGACCTCTGACAGCCAACCCCCTCCCTCAACTGAATAATTCATGAGATTGACTTTTTTTTTGACAGAGTACACAGTTGTGTAGCAGGACGGTTT----ATGTAGCTCATTTCGCCAAGGCTC----CTGCACCTGTTCG------GACCGCGTGGTATTTGGGTCCCAGTGCTGATTTAGCTAAACATTCATTAATTTTTTTTCATACCGGAGGACCTTTCCAGAAGGGATTACGCTTGGTTATTAGCTAGGTCTTCCTGGAGCCATATGCCGAGGAACAATTTGTGTATGCACTCTCTGCCTGTT----GCAGGTTTTTTTT--AATCTTTAAAAACCAACACAGATCGTTCCTCCATTTTTTTGCCCTTTTGTTTGTATCTTCTCCGACCAGGCTACTTAAAAAGACCTCCTCCCTCTCATCCGCACACAGGCCTGCT---------CTCGGT---GCTGAGCAAATGCCAGCATTTAGAAGGTCAGAGCTTTTGTTGGAAAAGCGCTATGTAAATTAGCACCAGC-AAAAGGGACATTAAACAAAATTCAATTCATTGTCTCCCTTAATGTCATTTACATTTTTGGCTCAGGCCCGTCCTGTCGAGGAGAATTTTGGAGATGATTTTAATTACATATCAGCGCTGGAACAGAGGGCTGTCTGGAGCGAGACGCATTTGGATCACCTGTAAAGAGAGGTTTATTTACCAATGCACTTGAATGGCAGGTTTTCACAGGCGCGTGCGTGCCGTAATTAAGCCCGT---GTTAAGTGTTAATTCCTAGGCCTTCTTTTTCCTCCGCGGAAAGC---TTTAGTCCTTGTTTATTA-GCATGGAGACCTT 
s mm7.chr7       8057622 1446 - 141766352 AGAGCATGCTCTGCAGGACAGTTCCAGATGGCAC-TGTCTCTGGCGTCCTGCTCGCTGGCAT----CTCTGCAGCAGGCAGTGCCCCCTCCCCAATAAATCTGGCATTAGTCTATAGAGTTTGGGAGACTTATCATTCCAAGTCTGTCCTACTTTCCTGTCTGGGAGCCAGACATCTGTTTATCCTATTTTCTTTCTTACAGAGTTTGGAATGGCTGTAGTTTTTCTTTTTTTGGGGGGAGGGGG-------TGCATGAAGTTTTGTCATATTTAACAGCTGTTACAGAATTTCAGCCCCGTGGGCTCTGAAAATACTTTTCAG-CTGACCTCAGATTTTTATACATAATTGACATTGG-GTTGTAGAAAAACATTATTTGCTTAACCTCTCATTGTCTGCGATTTCACACCGTCTCTGGTCGGAGGGTGTAAGCACCAGCAATCTTAGCTCTGTGCTCTCTCTCAGCCCCCCAAAGCCCCGCTTTGCTTCATTTGTGTGTTTTAAGTTTACTACACCTTTA----------AAGTGATGGCAGAACGGTAGCCCAGAAGGGCGGAAGGttttctctttcttttttcttcccttctctctctcctttttttttttttttttttttttttAGTCAACAGTGTTTCCTTTCACTTCCTGTCACAAAGGTCAAAGAGAGCCGACCTTTGCTGGCAGTCCTGC-----CTGCTGAATTATTCATGGGATTGACTTTTTGT----CAGTGCACACAGTTGTGCTCTGGGACAATTTATTCATTTACCTCATTT----AAAGCTCCTTTCTGCACCTGTTCAAGTATTAATATCATGTAATTTGGG-CCTAATGCCGATTTTGCTGAACACTCATTATATTTTTTATTAGCT-----ATATTTCCAAAC--GATTATGTATGATTATTACC------------AAGCCTTACAAACAGCACCGGGTTATTCCCCAGCCCCTTACATCTTCTTGTCAGGTTGTTTTCAGAAGCTGGGTGGATAAACATTTGACCAGTCCCGATGTTTTTATTC------CTACTCCATCTCCAAGCAGAGAACTTAAA---GCCCCCTCCCTCATGGCCTTGCACGAGCGTGATTAAATCCAACTCGGCGAAGCTGTACAAATGCCAGCGTTTATAAGGTCAACGCTTTTGTT--AAAAATGCTATGTAAATGAGGATCTGCAAAAAGGGACATTAAATAAAATTAAATTCATTGTCTTCTTTAATGTCATTTACA-TTTTGGCTAAGCCTCGGCCTGTCAAGGAGGattttaaaaataattttaattaCACATCATTTAGGGAACCCAAGGTTTTCT--ATTCAGTAGCATTTGGATAACCTGCAGAATGGAGACCGTTTGTTAACTT-CTGAAATGACGGATTGTCAT-TCTGTATGCATAATACAGCAAGAACAGCATAGTTTGCTGTTAATTTCTCCTTCTCAGTTTTCTT-----GAAAGTGAATATAATTATCATCAAATAGGCCTCGAGACCCT 

a score=2851
s danRer3.chr12 35798029 136 +  37038836 AGGTTTTAATGAAGATTGCCACCTTTTATGCGAGGAACTGAAGGGATGCCAGATCTACAGGAGGGGAGAAGCAGAG-AGCTTAACCTGCCCTTGGCAGCTAGCACTCAGCTCGCACTCACACAGAAAATGAGAAACA 
s mm7.chr7       8060305 135 - 141766352 AGGCTCTAATGATGGAGATTGTCGTGGCAGACAGGAAGTGATTGACAAGTGGGGGTACAGGAAGTGAGAACTCGAGGAGCTTAACCTGTACTTGGCAGAGCTGCCTTAGCTTGCACT--CTGAGAAAATGAAAACCA 

a score=3770
s danRer3.chr12 35799273 145 +  37038836 GGAAATGGCTCTAGCATGTGTAGACAGGAGGGAACCCTGCACTATGTTGTTGTAAGACATGTTGCACAGGCCCTGCGACCGGAAGACGCCGGCTCCGTGGAGTCTATAAGTGAGAGACAAAATCCACACACACTCTTGGAGTGAG 
s mm7.chr7       8061035 144 - 141766352 GGAAATGAGTTTACCATGTGCAGAAAGGAAGGGGCTCGG-GTGGTGTTGTTGTAGGATACAGAGCCCAGGCCTCACTAGCGGAAGAAGTCGGCTCCAGCATGTCTCTGCTGGAGGACCGAGGAGCTGCTGCACATCTGGGAGGAG 

a score=6245
s danRer3.chr12 35800331 514 +  37038836 AATACACACCCACAACATTTGTTTGCCATTAGGAGCAGTTTGTAAATCAGATCAGGGTGTTGAGTGTTCGTCTCTGTTGGAAGAAATATCCATTCCTTGTCCCTCCGATCTCTCTCTTTAAAAAAAAAAAAAACACAAAGCTCCCATGTCTTTTCTCTTTTTAAAAACCACCCCCTCTCAGCCACCCACCCAACCTCCATTCCCATTTTTCCGAATGTGGCAATCTGTCGTGTGACACCGCTGAGATTAGGTTAGGAAACAGTGTGAGGATTGTATTGGACATGGTGCTGGTCGCGCCAATTTGAGGTCGCAGGACAGCGATCTGGACATTGGGCACACGCCATCAGCATCTCTCCTCGAGAGGCACTGGGCCTTGGCCGTCGCCCGTCCCATGGGCTCCCGGGAGGGGCCGTCAGCTCTGAAA----CCTTCAAAAAAAAAAACTGCAGCAAATAACTATCATTTATTAAAGCTGACAAGTTATCTCTAAATATAG-GCCCCCCTGTCAAAAGATTAT 
s mm7.chr7       8063102 439 - 141766352 AATTCGCACCAACAGCATTTGTTTCACATTAGGGAAGGTTTGTAAATCAGATCAGTGTGCTG----------------GGACGGGG-----------TGGCCGGGTGGCCTCTCTTCTTGA--------------------------------TATTTGGTTGTCGGGCATGTGGCCAGAGCCGGTTCCCCA---TCCACTTCCACATTCTC-AATGAAGCGATAAGCCCCCTGACACCCGGAAGATTGGGTCAGGAAACAAGTTGGGGATTGGGTTGGATGAACGGTGTGTCCCCACCATGAGAGGTCACCAGTC--TGAGCTGGCCACTGGGCAGCAGCCATCAGTTACCC--------AGACATCGGCTGCTGTGGGTCCCCGGCCAGGGGAGGCCCCAGGGAGAGAAGCAGGACCTGGGAGAGTGCTTCACGGAGA------GCGGT-AGTCCCTGCCATTTATTAAACGTGACAAGCGGGCTCTAAATATAACGGTCCTTTCCCCAAAGATCAT 

a score=3776
s danRer3.chr12 35803412 235 +  37038836 TGTTTATCATTATAAGTGAGTCTCTGCTTAAGTTTCCCAAACCCTCATTATAATCATTCCCAGCAATTACAGCGTCCAGAACTCTGTCTGCCATCCAGCACACATCATCAGCCGTTCACCCAGCTCAAAGCTGTCGCTAATTTACATTGTTTTTAAATATGGAGTGCGATGCTGATTGATTGTTGTTCCTGGGAGTAGACTTGATAGAGTATCATTAGCCATGCTAAATATTTGT 
s mm7.chr7       8063925 227 - 141766352 TGTCGGTCATGAGTAGTG-GTCATGGCCCATGTTTGCTAAGACCCTTGGATAACTATTCCCAGCAATTAGAACATCCAGACCCCTTTCCAGCACCAAACTCATTTGTCC--CCATTTATTAGGCTGTGCACAGTAACTAATTTACATTGTTTC--AGAGTTATGTGTTATGGTAATTTATTG-CGTGTGTGGGGGTCA--CAGAGAGGTGACCAGTCGGCAGGGCAGATCCCTGT 

a score=12900
s danRer3.chr12 35803849 446 +  37038836 TACCATGGTGTGCATCTGTATAAAACACTTGCATTTCCGAGGCACTCGCTGCATAATTATCCTCTGGTGAAGAATGCACAATGGCTCCAGGATGATGAATCGATGGCAGATTGGACGCGTGGTTTAACTGTCATGTCCCTCAGATAAGGGGCTGCTCGGGGATTGCTCATTCTCACTGCTAGCCTGCTAGCTTGCCAGTTTATTAGTGCAAATCCCAAATGTTTAGTAAACTCATTAGGCTCCATCTAATGCTAATTTATCATCATAGATGGACCACAAGAGGAGTGGGACACCGGGGCGGCCAGGC-----CAGGGCTTTGACCGCTGGCTGATCAATCAGTGCTATAGGAGCTAGCATGTTTCattagatcctcgagagcttagccgtcgttctgcagcgtcgcgactgggaaaaccctatatatagtgatcgtgattttcgaaagtat 
s mm7.chr7       8064597 434 - 141766352 TACCAGGACCTGCAATTCCAAGGAAATATGGCTGTTCTGATCCAGGGAAGCAGTAATTATCTTTTTGTGAGGAATGTACAATGGTGTC-GGATGATGAATTGATCGCAGATTGGAAGCGTGGTTCAACTGTCATGTTACAGAGATAAGAGAGAGCCGCGGGATTGCTCATTGCCTTTGCTAGTTCAC-AGCCAGCCAGTTTATTAGCACAAATCCCAAATGTTTAGTAAACTCATTAGGTCCCATCTAATGCTAATTTATCATCATAGGTGGAACCC--TAGCAGTGAGGCCGGAGGACAGTACGGAATCCGCGTGATTTACAGAGCGTTCTGATCAATCACTTTCTCCGCACTGACCATTTTTCTTCAAACGCTTTAAAG---------GGGCCTG----AGCGAGCCTAGGATCACACCATTCCAATTGGTCAGGGTTCTTAGAGTTAT 

a score=13203
s danRer3.chr12 35804965 376 +  37038836 TAATTATCCTCTGGTGAAGAATGCACAATGGCTCCAGGATGATGAATCGATGGCAGATTGGATGCGTGGTTTAACTGTCATGTCCCTCAGATAAGGGGCTGCTCGGGGATTGCTCATTCTCACTGCTAGCCTGCTAGCTTGCCAGTTTATTAGTGCAAATCCCAAATGTTTAGTAAACTCATTAGGCTCCATCTAATGCTAATTTATCATCATAGATGGACCACAAGAGGAGTGGGACACCGGGGCGGCCAGGC-----CAGGGCTTTGACCGCTGGCTGATCAATCAGTGCTATAGGAGCTAGCATGTTTCATTAGATCCGCTA----GACTCGGATGACTTTTATGGATTTCGCTCCTGAAAGTGGGATTTCAGAGGGCTTAG 
s mm7.chr7       8064650 375 - 141766352 TAATTATCTTTTTGTGAGGAATGTACAATGGTGTC-GGATGATGAATTGATCGCAGATTGGAAGCGTGGTTCAACTGTCATGTTACAGAGATAAGAGAGAGCCGCGGGATTGCTCATTGCCTTTGCTAGTTCAC-AGCCAGCCAGTTTATTAGCACAAATCCCAAATGTTTAGTAAACTCATTAGGTCCCATCTAATGCTAATTTATCATCATAGGTGGAACCC--TAGCAGTGAGGCCGGAGGACAGTACGGAATCCGCGTGATTTACAGAGCGTTCTGATCAATCACTTTCTCCGCACTGACCATTTTTCTTCAAACGCTTTAAAGGGGCCTGAGCGAGCCT--AGGATCACACCATTCCAATTGG----TCAGGGTTCTTAG 

a score=510
s danRer3.chr12 35805351 29 +  37038836 GTGGCTGACAACAGTTATCTAGAGGAATA 
s mm7.chr7       8065031 29 - 141766352 CTTCCCAAGGATGGTTATCTGAAAGGTTA 

a score=9510
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s mm7.chr7       8066746 188 - 141766352 TTAGCGCTGGCTGCATC--CTTAGCATCCAAG----CACGCTGGAGGCCAG--------GTCCAGCTGAAAGGAATTATCC--AATCTCTAACATACAGAAGTTTACAGTTATATAATGATGGAGAAAACCACAAATCCCAA-GGGATGTCAAATTTTAGAGATACTTTT--AAAATGAAATTATCCAGCCAAGCCTCTAAGACAAC 

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s danRer3.chr12 35810461 216 +  37038836 CAATCTGGAGTCTATTTGTCTCT---GATAGGGCAAATCCAATTTGATTCCTTAAGTGTTGATTAAGGTGGTGGGCTGAAACAGGCTGTCCCTCATTGAGTGTTTGTTGATTATTTA----------------------CCTTCCAGCTGGA--------------------CATAATGAAGAGCAGCCAATCAGAGCGGCTCTCTGCCCTCCAGCGCCGGAGCCCTTGTTTGGTCTACTGTATTGGTTTGCTTTCTTAGC 
s mm7.chr7       8066959 249 - 141766352 CGGTCTGGGATTAATTTCTTTTTTGTGATAGGGCAAATCCAATTTGCTTCTTTAACTGTTGATTAAGG-AATCAGTTCTACAAGGCTGTCCCCTG-GAATTATTTGCTGTTTATTTGTCTGTGGAGAGCTTCTGGAATCCCCTCCAACTGGGAAGGCCAGGTCAGGCATGGCCATAATGAAGAGCTGCC-----TGGTGGCTCCAGGCACTCTGACT-----GGCCTTGTTTGTGTAGAAGAAATAGTTGGCTCTTTGAGC 

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s danRer3.chr12 35817845 834 +  37038836 AAATGTTAATGACTGTGTTTTGTTGTCTTTATATTGCTTTTTTTTTTCCACCGGCTTGTTAGCGGGAAGAGTCAGCGCTTTTCAGATCCCGTCCTAACAAGTTCTTTCTAATCAGCCTCAGAATCTCACCAAAGATTGTACGCCAAAATAAAC---CATAGGACGA------CTGTTGTGCCTCTCAGAAACGGCGGATAAATGCGAGAGCGGGGAGATGCGCATATCTTACGACAGATCTCTAAGACGCACGTTAGTTTGCCGTGTCAATTTATGAATC--GTGTTGATCATTATTTACCAGGACGG-----------GTCTGTATTTGTAGT-GGAGAGAAGTAAACTTCATCAG-----------------------ACGCCACTC---------CTCGCAGAATGAAATGCAGCACGCA---TTCTTCC-----CCTGAGGGGATTCGA----GGAAAAAAAGAAAGCACAACAACTCAACCCTGCTCCAGTGCATTCGC-----AAGTTTTTGAAAAATCGGCAGCGTATTCAAATATTGATATTCGTGCTTGTCA------AGAAGCCTTGAAATTTCCACCCGGCTCTTGTTTGTCAGAGAAA-------AAAAGTGTCAGATAATTCATAAATGCAGTTCA--------GAGTCC-------ACGGGGAGGAACATG--------GATGCAAAA--------ACAGAACGGAAAACA---------TCCCCATCATGTCTGGCAAATGTTCAATTTGGGCCTGTTGCATTTCCCCTCCGCCT---TCTCTTGCGGTTTGTGGGCATGTTAA------------AGTGTTTTTGGTT--------TGGATGTGA---CTGTTTGTTGTTTCTGATTTCTAGTCTCCCCCT------CTCAGCTTTCCGT--TTCGAGGGCCAATGAGAGCGCAGCTGTTTTA--TTAGCCTGAGACATCAGCACCACTTATACATGTGGCCTGCATTA 
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s danRer3.chr12 35822138 347 +  37038836 GGCTCGTTAGAGCCTGCAGGAGTTGACGTTTTCCACGCCTGCCTTCAGCCGCCTTCCTCTCCTCTCCTCCGCTCGACACTGTCTGCTACACGTCCAGCAGAATCTGTCATCTGCTCTCGGCCGTCCGGCCTGGCCACTCACGCCCTGACAGAGAGCAGGAGCGCACgagagagagagagagagagagagagagagagGAAGGTGAACATCTCGCCATTGAATCGGCCATTACCTTTGTGAAGTGTATTGATTTCTTGTAAAAATAATGATATTGACAGGCTTTCCAGAAATAATTGTTTCCAGAACAAAGAGGTCATTGCGGAGACTGAGGGAGAGCTTGAATCCAG 
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a score=6980
s danRer3.chr12 35829987 313 +  37038836 CTTCTGACGGCTGCTTAAGTTGTTCCTTTTAGTCCGTTGACTGACAGATGGAAAATTACGCTTTCAAATT-CATCCCAGTCATTCGCCTCTGTTCTTCAACGTGTCAAAGCCCCCATGGGCCGGAGACAGTGAGAAGAGAGCAGGATAAAAAAATAAAAAGAGAGAAGCGCTGTGAGAGAAAGAGTTGGGCTAACACATTAGCT-----TAGCCTGCAGAAGG---GAAGACAATCGTGTGTTTGAGAACTCTGAAGGAAAATCAATCATGTCGTAAGTGAGC-GTATGAGTAAATTTGAACCCTGACAACTTTCATCATCTC 
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s mm7.chr7       8098404 141 - 141766352 CTTCTTGGCA----GTAATAAATTTAACAC---AAAAATCAAATACAAAACAAATTTATTCTTCCAGAGCCGATGCCCCAGTCATTTCTTTCTTGTCTTGCATTAAGCTTTAAAATCAACTGTCACTCCCTATCGATTGCGTCTGAAT 

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s danRer3.chr12 35831607 634 +  37038836 GTGCTTTT--TTTTTGAATGATTG-TTGGGTCCAGAGGCGGCTAATGTGGTGTTGACTCCATGTGGCCTGTCTATTAGGGGTGACAGGACTGCCCTGGCAAATAATAAAGAAATATTTATGCTCCTCTTAGCGATGCTAACAAGGTAACATATCAAGCCGGTGCT---------------------CTGCGGGGTCTCCCTCTAAGCTTCAATAAAGTCT-GGTGGACTCcacacacacacacacatacacatacacTGT--GGCTCTGTTTGTGTGTCCCCTTCCGCTCTGTCCCCTTCTTTTTGTTTGCGAAATGAGATTGGTCATAAATCCAGGCCATCTCATATATATTTGAACGCTGGTATTTGCTTCTGCCAGGAAAGTGCACTTTACATGTGGTAACACGCGATTACCTGGGCGTCTTATTGCGAAGGAAGAGAAAAATCAATATCAATTTATAATTCACTATTGTTGCCTATATCTGGTTTTATGGCACTCCTGCCTGCCTCATTAATGTTTCAGAGTGATTGACTGGAACCCAAAGATTTTTAACGTGTTTCTTTTTTATTTATTTTCCCTTAATAATTCAATAAACCATAACTGGTTCCATTTTCAAAGTACC----TACTGTGGGGGAGAACAAAAAAATGGACCACATATTAT 
s mm7.chr7       8096488 648 - 141766352 GTGCTTTGGGTTTTTGAATGATCACTTCTGTACTAGGTCATATAATATGGCTTTAACTCCATGTGGCCTGTCTATTAAGCAAGACAGGATGAGCCTCACAAATAATAAA-AAATATTTATGTTTTTCTTAGTGATACTAACAAGGTAACATATCAGAGGAGAAATGACAGGAAAAGAATAAGGTAACTGTGTCTTATGAATTCACGGCTCAGTGGGGTCCCGGCCAGCTCC-----CATAAACGCCCTAGGATTCTCTGTTCAGCACTGCTGTTAT---TCCACAAATTGTATTTTTTGCTTTTTGTTTGTGAAATCTGAAGTGTCATAAATGCCT-CCGTCTCATCTATATTTGATAGTTAATATTAGTCTCAACCAGAAAAGTGCACTTTACATGTGACAACGTACGATTACCTGAGAGTGTTATTGCAAAGGAA----AAAATCAATACCAATTTATAATTCACGATCGCAGTCTAT--CAGTTTTTATGGCTCTCTATCCAGTCTCATTAATTTTTTATTATGATTGACTGAAACTGAAAGATTTTAAACATGTTTTGCTGTTATTTATTCAACCTTAATAATTAAATAAACCTTAATTGGCTGTA-TTTCGAGGTGTCTTGGTGCTGTGGCTGGGAAGGGTTGGGGTGACCATGTATTAT 

a score=6980
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s mm7.chr7       8097449 268 - 141766352 CTCCCGATTGGTGGTTAGCGGGTCCCTTTGAA--AAGTGATTGACAGATGGAAAATTGCACTTTCAAATTTCATCCGTATTCATTTCAGTTGTTCTTCTACATGTCAACCGCTTCCCCTTCTGTGG---------------CAGGCCAAG-------------------GCTGT-------------------ATACATTAGCTGTTTCCACACTGGAAAAAGAAAGGAGACAATCTCGTATTTGAGCATGCTGAAGGAAAATCAATCATGTCATAAGTGAGAGGTATGGATAAGTTTGAACTGTAGCAACTCCCATCATTTC 

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s danRer3.chr12 35837361 552 +  37038836 GTAGGAGGTGAGACAATTTGGGAATTTCCATTCGCTGGGAA--GTAGGATCGAGAGCGTAAAACGGCTGCATTTTAAGCAGATTCCTGCTCTTTCCATCTGGCCCCACTGGCTGGAGAACC-----------TGATCCGACCTGTCAATCAACGGGCCCCAGCTGTGAGGTGCGGCCCCCGCCTGGAAACCCTCCCCAACTCATTAAAACAGCTTCCCAAACGCTCTCGAAtccactctccctctttcccgttcggttctctcctctcctgtcctctctcctccgctcTCCCACACTGCACAGTGGGGTTTTCATATCAGGGGTCTGTGACAGGATCATTTCAGCGATTTGTGGGATTCATCTGCAGTTAAAAGTACAGCCTAAGGCTAGTCTAATTGGTAGGAAGGCTAATTCCCTCCCGTCCTCCTGTCAGTCTGTATTTTATTTACTGAGCCTTGCCAAAACCTATTTACACAATAATGAGAGGAGATTGCTGTGATGCCTGCAACACAAAGACTCGCTCAGCGTGGAATCCAGAAC-GAACAATTAAAAGCAAATCTCAAAT 
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s danRer3.chr12 35844105 752 +  37038836 TTTCTCTGTGATCGCCCCCCTCTTTGCTGGTGAAAGGCTCCTCATTATAAGTTGGC-------CTAATGAAATTATCGTCTTGTTCTGCTCTTCTCTATGCTGTTGTCAGGACTTTGAAACACGATAGTTTAATTATGGACACGGTGTGTGTGTGTGAGAGTGTGTGTGCGTGCTCTCGTCA-GCATGCGGGTGCACGAGAGAGAGCTCTGGACCCCTGGACGTCGCCCAAGCCTGCGAGAGCTGCCCTTTCCTGGAGATATGTTAAACCTGCCATTCATATGAAAATTGACTACAGCCATCGGCCTGCTCTTTTGTTCCTCTCCCTCTCCATCCATCTCTCTCCCATTTCTTGAATTGTGTCCAAGTTTAGCACGTAGGATCACGCCGATGCCAGAGTCATTTGATTTTCCTGCTTTATCCCGAATCCCCCCTGCTCTGTGAGGCCGGAAATCTTCCTGGCTTTTTTTTTTATCCTGGGCTCTTCCGAAA---------CAACAGAGTTCGCTCCTATCTGTGTCCGCACATGCATATCGCCGTCAGGCCGCAAACCGCCCCGCGCACAATAAGAGAAGCATCGCAAGAGGTCATTTCATATAAAACAGGAGAAAATATTCGGTCTTTGACATTTGGACCGTGTTTTTTATATTTCTGCATGGGCAGATAGCATCAAAAGTC-TCCTCCTCAATAATAAATATCAGAATGTCAGCTGTCAGTCACTGCCTTTaaggaaaacaagacagaaagggaaagaaaagagaaaa 
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s danRer3.chr12 35846485 179 +  37038836 TGCGCCACCCAAGCTGAATCTGGATCAGTTTTGGAGCGTGCCGGCAAACGAATCTGGCCGACGAGTGCGGTTGGCAATTAGGC-ATCTTTGCTTCTGCTTGCTGCTTGATTAAGCTGATTGATGAAC-AGGCCATATGTGGTAGTGTCACAACTTGGCTTGAGATCCCGGTGTCTATCCTC 
s mm7.chr7       8107231 165 - 141766352 TGCCCTCTCCCTTCTAAACCTGTATCAATTTCAGATTGCATGGAGAGA--------GCCTGCGA---TGGCTGGCAATTAGGTTGGCTGTGCCTCTCCTCGATGCTTGATTAGTCAGATTGATGGAGGAGGCCATATGTGGCCGTGTCAAAACTTGGCT-----ACCAGGCTCCTTTCCTC 

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s danRer3.chr12 35847076 734 +  37038836 GCTGTCAGGTTGGGTGCTGTTGCTTGGCTTGACTGCGAGGCTCTTTTAATGTGCACTGGAGTAGAATAAGTAACTGCTCGCAGCGGCAGCTGAGCTCAGTCC----------------CTGTTATGGGTGACGCCGCCACCTGACATCCACCAGTCTGCTGTACTAGAGCCTTTTGGCATCAACAAACACATGCATGCATGCTGGATGTCAGTTGCTTTGCTTTAGGATTTTCCAGAATAGAATATTGCAGattataatttatattttttttttttCCCACCGCATGCATGGGCCTCATTTGCATGGAAATTCGACAAAAGCGCGCTCTCCCTCTCTCTACATCTCCTTTTCCATCCCTCTTTCTTTCTCGCGACTTCGTCTTAATCATCTGCGCTGCCTCTTGATCATGTCCTGTGTTTTTCCTGGACAAGTTTGAAATTGCATGCGTCAGGACTTTGCTAATTAAAGTCATACTTTCAAAAATGCCATAATAACTGTTAATTAGCTTGATGCTATTTTCAGCATAATTTGCTAATTAGTGGAAAACCTGTACAGCATTTCTTGCTAATTACAGCGCAGCTCCTCATGCTGCATCTGTGACTGGCCTCCAAATGATGCCATTACACACGTCCACATCTCACATTCGCTCAAAACACTTCATTACCAGCTTCGTTATTGACAAACTCTGGAGTCAGCTGGA--TTTGAACTAATACGCTTATGAAAAATAAT-TGTGTCATGTGTTTCTACGC 
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a score=48144
s danRer3.chr12 35849386 1402 +  37038836 CTCTTAAGGTGG-----AACTCGATTGGTCGAGGGTTGCT--------GTGGTGACCAAACGAGTTTGCTAACTAATTAATGCAAGTCAGCACCCCCCCCCCCCAATATTCGTTTTTATATTCTGAAAGGCATTATTAAATTAATTAAGGGATGAAAAGTCATTCGCGATG------GGGTTTTATATGGATGACAGAATTTATGAATTAAACATCTAAAGTTCCTTGCAGGAGACATCTAAGTG------ACTAGCGTGACAGATTTTTCCCTCCGAGGGAACGCGGGCGTTTGGAAAATTTGTTGGGATTGTGGTTTGTACAGGAAA---TGGGCGGGCTTGGGATCGGTAATGGTCCGAAACGCAGACGAGGGGGTCAG---AACGCTCCCCGCCGCCGCCGCCACATGTTGATTATTTGTTTTTC-------AAAGGAGCGTGGGAACAAACTGCA-TGATTTGCATGGGTTAATTGTATGTTTGTATGTGTGTCAGTGGGATAAGAgtgt------gtgtg---tgtgtatg-----tgtg--------------tgtgtgtgtgtgtgtAATTCGCCTTGTCGTTGACCCCTGCAGACG--CCGAGTC-TCTTTATCAATGAAATTAGCAGAACCCC-----------------------------------------------GAGATCCCTCGGTTTCATCTTTGGGCTGTGATTCACAGATTTGCTCAAGAGACTCTCCTTCTCTTGTACTTTTTCGCTTTTTCTCTTCCCCCCTCCTCCTATGCCGGCACGTCAGGAAGTTTGCCAGCGAGCGTCTTTGTTTACCATGCCAGGGGAAATTGTAAGAGCTGGTAAAAAATTTCCCTCAAATTTTTTTCATCTTCCTAATCTAACAGTTTACTGAACTTGATAAGTGTCCTATCAACATGTTAATCAAATTACTCATGAACAAAAATTGACAGTTTTCATTAATTATACAAGATTATTCTAATTGCAATTCAAATTTATTCATTTAGAACAGAAGGTATTCAGTAATATTTTACAAAATTTGCATATTAAATGGAGGGAGTTGTACATTATGCATGATAATGTATGCACATTTTCTTATTTTGAAGTTCAGAGCCATATGTGGCGGTGAGCTCAGAGCAGGTGAGGAGTCGGGGACGCTTTAATTTGCTTGACAAACATTAGGCTGGAGTCTGTCAGCTGGAGTATAGTGCCTGCCAATCTTTATTTACCCTTTATTGATTACCCCAAACTCTAAACATCTGCATACCTTGTATAAATTTTCACTTATG-GGCTGCTCTTGATGAATGGCGGCTCTCCTCCGCTTCCCTGGGATCTCTGGCTTTCAGCTGAGAATCACAATCAATTATTGTCATAGCGCCATTGAGATCTGCAGCGGgagagagagagagagggagaaggagagagagagagagGAATGTAATA----GTGGATTGATAC-AGTACGGCTGCACTAATAAGAAGATGTGTTAGATTAGCTGGCGACT 
s mm7.chr7       8109848 1416 - 141766352 CTCTTCCAGTGGCCCTAAAACTGACAGGCCCAGGGTTGACAACAGTGAGTCTTCAGCCTTCGTTGTGGCTAATTAATGCACCCATTTTAGAACCCCC-----------TTCATTTATGGATTTTGAAAGGCATGATTACATTAATTAAATGATGAAGAGTTATTCATTATGAAATCGGGAGGTTACATGGCTGACAGAATTTATGAATTAAACATCTAAAGTCCTGTGCAGGAGACACCCAAGTGCAGATCGCCAGCGTGACAGATTTTTCCCTTTAAGCTAGCCTAGGTCTATATAA-------TAAAACTTTCATTTCTATTGGAAAATAGGGACAGGACCGGGG--AGCAAGCTGTCGGGAAGGAGGGGGGAAGGGCTGTTAAGCCTTTTCCGAAACCA-----GCCTGTCTGTCAGTGGCATCTCTGGGCTAGCAGGAGTGGGTGAGTGGTTAGCAGCTATGGGCACTGGCT--TTGTTTACCCCCAGTGGTGAAACTGGGAAGAAAGGAGTACCCAGTGGGCCCTGGGCATGCTCCCTGTTGCAGGCCCCAGCGCTGCCTCCGACAGAGACGCTCTCCTCGCTCTTGACCTTAGCAGACATTCCTAGTCAGACTGATCAATGAAATTAACTGTATCTTTAAACTCTGGCTTAGCTGGAGAGGAGGGGAGTGCCGAAGAACTGGAGGAGATGGCCAGGGCTTCACAGTGCGCTGTGATTTGCGGATTAGCTGGAGAGACTC----------------------------------------------------------AGGAACTTTGCCAGCGAG--TCTTTGTTTACCATGCCAGGGGAAATTGTCAGAGCTGGTAAAAA-TTTTCTTCAAATTTTTT-CATCTTCCTAATCTAACAGTTTACTGAACTTGATAAGTGTCCTATCAACATGTTAATCAAATTACTTATGAACAAAAATTGACAGTTTTCATTAATTATACAAGATTATTCTAATTGCAATTCAAATTTATTCATTTAGAACAGAAGGTATTCAGTAATATTTTACAAAATTTGCATATTAAATGGAGGGAGTTGTACATTATGTATGATAATGTATGCACATTTTCTTATTTTTAACTTCAGGGCCATATGTGGTGCCGTTGTTGGAGCAGGTGAAACGTCTGAGTGTGTTTAATTTGCTTGACAAACATTAGGCTGGGACTTGTCAAGTGGAGTATAGTGAATGCCAATCTTTATTTACTCCTTATTGATTACCCCAAACTCTAAACATCTGCATACCTTGTATAAATTTCCACTTATGAAGCTGAAATTGATGAATGAAAGC-CCAAGCCATTTCCCGGGGATTGGTACATTTCAGGAGTGAATCACAATCAATTATTGTCATAGAACTATTGAAATATAAAGGGGGCTCCAG-------------------GAGGGAGGGCCGAGTGCCCTGATCTGCCGATTGATTCAAGCAAGAGCCCGTTACTAACCACGTGGGCCAGATGAGCCCATGACT 

a score=27105
s danRer3.chr12 35856260 893 +  37038836 GAGAGAGAGAGCGAGAATGAGAAGAAAGACAAATCTTTTTTCGGAGGCATAAATGCATGACGGAGGACGCGTATTGTGTTTACTTGTGAGAAAATGAGGGGAGGCAGGTGAAAAATATGTGTCTGTACTTGTTCAGATTTAAGACCCGCAAATTTGCACCCTATTTCAATTTGCCTGCGTGAG--GCAGCAAGTGCAAATAGCTTATTGAGGGTGAGATTAAAGCAGAAACGGAGGAGAGGGGCATAAATCTGACAGGGCTGACTTGTACCGTCATGTAAGCGTAATGACTATCACACTGAATCAACTGCCGGAGCTC---GCGGCAGCTTAACACGGGGAAAATTTGCCTGAtgtgtgtctgtgtgtgtatgtgtgtgcgtgCACTAAACCCTCGGCAGTAATACAGCCGTACCGTGTGACTAAATTTTATAGTTCATGAAGCATATTAGTGGCGGGCTGTATCTGCGCCCCATTCAAAAGGTGATTTCAATTTCAGATGCTCATTTTTCATGAAGATAAATACGCCACGTGTCGCAATTCCCCTGAAGTAAATATTGCGGCAATAGCAGGGCATTGTGATGCTGGGACAGAGGCGGAGACGCAAGTCTGACGTGTTGTTATTTTTTTCATTTGTATGGTAAGTGCCGGGACTCGTGGCCTATCGGGGAACAAATTGAATGTTTAATCTCTGAGCATGCAGATGGGACCCGTCATCGCACTCCGAGACCTGTCTCTGGGTAAATTGAGAGTTCTCCTGTGCCCACAAGAAAGGCTGATGTTGGGTCTGCTGGGGCCGGCGTTGAAGCTCAAT-GAGCGCTGT-----GACGTTCTGAAAAGAAAGTGGCCAATTTG------------AACACATTTCCAGATAACCACCCAAGCCGAGGTGTGCTAAGTACATG 
s mm7.chr7       8112591 858 - 141766352 GAGGGAAAACACAACAGTCATTTCCATGAAGAACGGCTTTTAGGA--CAAAGACAAAGAATAAAAAACGTCTTTTGTATTTACTTG-AAACAAATGAATGGTATCAGGTGAAAAATATCTGTCTGCACTTGTTCAGATTTAAGGCCTACAAATTTGCACCTTATTCCAATTT-CCTGCGTTCACTGGAGGAAGTGCGAATAGCTTATTCAGGGGCAGATTAATGCAAAAGAGCTGAGGGGGGACATAAATCTACAAGTAGTGACTTGTGCCGTCATGTAGGTGTAATGATTACCAAAGTGGA------ATCAGGGCTCCGAGTATCAGCTTAACACAGAGAAAATTCGCTTGA----------------------TGGGAGAGTATTAAAGTCGT-GCAGTAATATATCCATACACTGTGACTAAATTTTATAGTTCATGAAGCATATTAGTATTACACTATATCC-TGGTACATTCAAAAGGTGATTTCCATTT-AGATGCTCATTTTTCATGAAGATAAATATGACATGAATCATAATTTCCCTGAAGTAAATATTACA--AATAATAAAATACT------------CAGGCAAGCAAGTTGAGGGATGACA----GTAATGTTTTCCATTTGTATGGTAAGTGGCGGACCTTGTGGCCTATCAAGTAACAAATTGAATGTTTAATCTTTCTCCATGCAGATTGAGGATGGCAAAGTA-----GCGTCGGCCTCACAACAAATTGAGAGTCCTCTGGTGGCTCGTGGAGTATCAGCTATTCTGCCTTTGGAGGCCAATAGAGGGTGTCAGCAGAGCTTTGTCAAAATACATCACAGGCATGAAGTTGTAAAATTGCAATTTACAACAAAAAGACTTTGGGATAACAGGCAAATCTTAGGCATGCTAAATACACG 

a score=5807
s danRer3.chr12 35857675 329 +  37038836 GTCCAGCCTAAGGCTGGGAATTGCATGTCAGAAAAGGGC---ATGTTCATTTTGCCAAAGGTTCTGTTGTATATTAATTT-AAGTCGCGAGCGCTGCCTGTA------GATGACACCGACAGCATTTTGATTAAGGATTTTATACATGAAGAAATTTTCATTATCGCTTCTCCTTGGTGATTT---GGATGGGACGGTTTGGGATCGTGACCCGGCGCCGTGACAGCGGGTTCCAGGATAAACGGCTCT-GTATTGAATCCCACCCTGTGCTGGATCCACACTTACAGCTGCAATTAATGGGGCCGTTCCCTCCAGGGAAACCCCGGCCTTCTCAGACCCGAG 
s mm7.chr7       8113829 325 - 141766352 GTCAGGCCACAGTCGGTAGCTTGTGTCTCATACAGTGGGTGGGTGATTGTCCTGTTAAGGGCCCTGTTGTATATTAATTTTAAGTTGTAA----TGCCTGTACTACAAGATGACACTGCTAGCATTTTGATTAAGGATTTTATACATGAAAAAA-TTTCATTATCTGAGTTCC-TGGAGACCTCCCCGATTGGCTGGCT----AGTCTGACCTGCAGCTGCGTCTCCATGT--CAGGGT------CTCTGGCATGGGAATGCTCTCTGTATTGTTCTTTCCACTATGTGAACCATTAATAGTGCTTTTGACTCTGGGGTAAGTCAAGACTCTTTATAACCAAG 

a score=5517
s danRer3.chr12 35861835 265 +  37038836 TAAAAAAAGCTTTCTC---------CTGACGTATTTTCCCACCATGCTGAGCT--CCTGGCGGAGCGGCCGCACAGAGGCCTGCTTGTGTCGCACTGATGTCATAGGCCTGACCTGCCTCTGCTGTACAAAGGCTTTAGGTATCACTGCCTCTGTTCACACAATACCCATTCAAGCAGGTTGCTTTGCTCCTGCAAGCCTAAAGAACAATGTTATTTTTTGTTTCAGCATTATAA-AGCTGGACTTTTGCAGGAAACTCAACAGACAAAACCTTTAT 
s mm7.chr7       8115434 270 - 141766352 TAAAGAAAACCTTCTCAGAGGGATCTTGTGTTGGGTTCCCACCGTGGCGGGCGGGCCTGTGCTGGGGCTCGCACAGAGGGGCACTTGTACTGGGCTGATGTCAC-GGCCCGGCCT--TTTTTCCCCACAAAGGC-GCAGGTATCAGTAGCTGGCCAAACACAATGGCTATTC-AGCAGTGGGCCTGGGCCTCGGTGGCC--ACAAACAATGTTGTTGTTTGTTCTAGCAACTCAGCAGGAGTACATTTGTAGGGAACCTAACAGATGAAACCATTCT 

a score=21379
s danRer3.chr12 35864875 641 +  37038836 GCCGGCAAAATAGCGACGATGTAAACCTGTAATATATTTGCTTATTAGAATTCTCTGGATTT-CAGTCAACAATATGAAAGCACCAAAGGCCT--------------CTGGTCCTGCCATGTACAAACACACTCAgtgtgtgtgtgtgtgtatatgtgtgtgtgtgtatgATTCATTCCGGTGCAGTTTTAGTCCTTATAAAATATTCATTTTGGTTGTGCAGGGTTCTGTAATTGCCATCTCTCAGACTGAATAATTTATACCACGCGCAGACTGACAAAGCTACGCCATACGGCCGTAGATGAATCAGGAACAAGGATCCGTGCTGCCAGCCGCATTATTGTTTCAC-AAATATGGCACTCACGTCATTTCTGGACAGCACGGCACCTAATCCAGCTTCTCTTCATTTGTCATTTCATTTCACCCGCTCTGTTGTTTTAGCTCTTGCGCTTGCCCTCCTGT---CTCTTAATGACTGACCCCTCGCTCTTGCCGTA--CGGTGCGCTGGCTAGCACTAATGCACCTTTACCCTCTCTATCTGCGCATTCTTCCCTGTCCGTCATTGTGTTTTCACGCATGGTAACTACCTCACACTCCTGTTCACTTTAGAAACATATATTATGCATTAGGTATAAAGCGATGCACGCTGTTTGGAACAC 
s mm7.chr7       8116212 608 - 141766352 GCCGGCAGGCTAGC------------CTGTTTCCTGTTTTCTTATTACCATTCTCCAGGTTTATAGTCAACACTCGGAAAGGAGATAAGGCCTGGGCTTCTCTCTCCTTAGGGCTGGCGTGTGTGAGCCCACTCGCCATGTGTGACTCCAT------------GTGTATGATTCATTCCGGAGCAGTTTTAGTCCTCATAAAATATTCATTTTGGTTGTGCAGGGCCCTGTAATTGCCATCTCTCACCCTGAATTATTTATACCTTGCACAGACTGACAAAGCTTTGCCATGCGGCCCTGGATGAATCAGAAACACGGGTCTTTGCTGCCAACTGCATTATAGTTTCACAAAATATGGCCCCAACGTCATTCCAGGCTGCCTCATCTCTAAATCCAGCTTTTCTTGATTTGACATTTTCTTTACTC--CTCCATTGTCTTAGTCAGGCAGAAAGGCCTCCTCTTAACTCTAAGCAGCAACCTTCTTGCTTGCATTATAGCCGCTGTGCTCCAGAGAACTAATGTGTCTTTATTGCCCCTACT----------------------------TTTTTATGCTCAGTAACAAGACAGCGCCCAGGCTCACTTTAGAGCCATATATTATACATTAGCGATAAAATGATGCAAATAGTCCTGAAGAC 

a score=9806
s danRer3.chr12 35868003 495 +  37038836 ACGGCCTGTTCCCTC-TCTCTCTCTCTCCGTTTGGTTGTTGACATGCAGGAATAATGACATGGACGAAGGGTCCACATGCGCCCGTGTCATTAGGCTGCATTACCTGCGTTAAAACCAATAACTGCCACTCAGAACTGGATCCACATTAATCATTTATAATGTTTTAATACGTTTTTAATCAGCATCGCTAAGACCACAGCCTTCAGACATCAGGCAGGCCTGTGAACGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTCCTTCATGGCCTGATTTGAAATGTGCTTTTTTCACTCTCTCCTTCCTGtttttaattaataattaaaatCGGCAAAGATGACAGTTCCTAATTAGG---GCTGTCTTGAAAGAATGTGGGAATGTATGAAT-TTTAGATGGGGAA--------------------------GGAGAGAGGGAGAGAGAGAAAGGGTAATGAACACA----CAAGGAGACGTCTGGAGTAGAATGGAGACGCAACAAACAAAGAAACAAACAAAATAG 
s mm7.chr7       8117649 474 - 141766352 ATGCCCTGTACACACATCTCTCT-------TGTATATGTTGACACGCAGGAGTAATGAAGTTAAGGCTTTGCGCACATGTGCCCCT--CATTAAGCTGCATTACCTGCATTAAAACTAATAATTGCCACTCAGAGCTGTGCTCCCATTAATCATTTATAATGTTTTAATAAGTTTTTAATCAGGACCTAAAAGGCTAGAGA--GCCGGCAT-GGGCAGGTTCGACACTGACATCCTCCATGCATGCAGA---------------------GGCTTGATTTAAAATGTGATT--------------------TTTTTTATTAATAATTCAGCTT-ACAAAGAGGATAGTTCTTAATTAAGCAAGCTGATGTGGATGGA--GGGAAATAAATGTACATTCAGCAGGAGAAGATGAACAAGATCTTTTCCAAGGCTGGGAAAAAAACAAACAAACAAACAACAACAAACCCAACCTCATAGGGGCTTCAGAAGTAAGCTTATAGGGCAGCAGAAACCGGGACAGCCAGACAAG 

a score=5220
s danRer3.chr12 35871080 176 +  37038836 TGGTAAAGGAGGGTAGATGGAGGAGGGCGACCGAGAGTGAGAGAGTG------TTTAATGAGGCCCCAGTCTAAGACAAAATGCTG--TGATTGACAGAAGCAGTGATCTGTTGGGGAAATAATGTCAGAGGCATGTTACATATTAGGAAAAACTACGGAGG-AGAAGACAAATGGTGAGAAAGG 
s mm7.chr7       8118307 180 - 141766352 TGATCAGAGCTGGCAAATAGAGCAGTGT---CCAGAGGGAGAGAAGAAGCTGTTTTAATGAGCCCACAGCGCAAGACAAAATACAGACTGATTGACAGGGCTAGTGATCTGCTGGGGAAATAATGTCA-ATGCGCTTTGCCCATTAGAAATAGAGAAATAGGTAAAAGGGGAATGG-GAGATAGG 

a score=5004
s danRer3.chr12 35873758 357 +  37038836 AGAGCTGACACAGGGAGCTGGTGCATTTTAGAAATGCGATCTGTATTGACCTGTGTACCGTCTCAGCTTCTGGACCTGAAATCAGCAGAATGTACTCTTGTAAgtg---tgtgtgt----gtgtgtgtctgtgtTCTGTATTGTCTGGCTGGCTGACTGGGGTCTGATCAGCTAAAGTTGCTTGGTGATCAATACTCAGCAGAGTCA-------------------CACAGCTGTG-CCCTAACCATTAACGCCTGAGCAGCAATTAGTGTCCACACTGACCGCGCACA-CACACATACACACTTCCATCTGCCATTGTA---TTTCTTTA----CCTCTCTTTACATT---CACTCATCTGTCTTGGGACGACAGGAAGAAAAAGCAGTTGCTG 
s mm7.chr7       8119671 386 - 141766352 AGGCCTGACATTAAGACCCT-CGCATTTTGGAAATCCGATACGTATTGACCTGTGTACTATCTCAGTGCACAGATCTGATGTCAGCAGAATGTAGTCGTGTATAGGAACTGCTCATTACAGGTTTTGTGAGGGAGGCACATTGTCT--CTGAAGCGCCTGGACCCGATCGGCTAGAATTGCTCAGTAGTCAATACTCCAGCGACTGATGGCCCGGCGTGCACACACCACAGCTGCGACCACTGCTTTCAGGGACTTGCCAGCAATTAG------CAGGGACCTCAAGGATCACTCGGCTACTCTCTTATCAGTCAGGGGAAAGTCTCTTAAAGGCTCTATCTTTTCATTTGACTCTTAACTATTTCATCTCAATAGCAGGTAAGGGTCACAGCCG 

a score=26670
s danRer3.chr12 35877016 688 +  37038836 TCAGAAACAGCGGTGAAGGA--CAGGTTGTATTAATTACTCCACGCTGGCCGGCCAGATCATTTTATCACAGATTTGTCGACAAGTTGC---------AGTGGAAGCTAG-AAGTCGAACGCCTCCGGTAAAGAACAAAAGCGAGGGAAGAAGGTCTCTGATGTGAAATTAAACACGTCTGCTTTGCTTTTTTTCTCTCTGACAAACCAAATTCGTGTCTTGTGTAATTGATAACTGCCTCGGCCAATTATTTTGCGCGTTACAATACACAGAGGCCCCCTTTCACTGCTACAGCTCTTCCA------TAATTAGCTATGCTAATATCCC-TTTATTGGCCTTAATATTGCTCAACATCTCCATGGCATCC-ATAGGCCACCAGAGTCCTGTGTCCTGTCACAAATGCTGATTATTGAGAAGGATAGCTTTAATCAAACATAATTGCAGTTAATTTTTTTTTCCTCTCCCCTTCCTCGCCAGCATCTAATGCCGCGTTCTCCTTGATATTCCATTAAATGACTATTTAACTG---CCTTTATTTCCGACATTCGCGAACATCGCCGCAAAAAAAAAAAAAGTTCTGAAGCCATTTATGGAGAGCAAAAGGGAGAGAGAACCGTGTGGCCGTAATTGCTTGCCTTTTCACAAAGGACTAATTTACTCAATCCCCATGCAGAAGTGAATCGGCTC-TAATTCAGACGAAATGAC 
s mm7.chr7       8121195 660 - 141766352 TCAGCGTCAGGGAGGAGGGAGGTGAGTGGTATTAATTACCTAACCCTTGCTGGCAGGCTGACTTTATCAGTGACTTGGCCACTGGTAGCTCCGCTCTTGATGGACGTGGGTGAGTTCGGAGCCGCCTGGAAACA-------TGAAGGAAGGG-----CTGGTGTCAGATGAGAGGCATCTCATCAGCTTTT-----CTCTGACAAACCAAATTCATTCCTTATGTAATTGATAACGGCCTTGGCCAATTATTTCCCACATTACAATACACAGAGGCCCCCTTT-------ACAGGTTTTGCAGGGCTGTAATTAGCTATGCTAATATCCCCTTTATTGGCCCTAATATTGCTCAACACCTTT-TGCCATCCTGGAGCCCACTAGAGCCCCATGGCCTGTCAGGACTACTGATTATTGAGAAGGATAGCTTTAATCAAACATAATTGCAGTTAATTTTTCTCTCCTGCTCTCTG--TTGCCAGCGTCTAATGCCACGGACTCCTTGATATTCCATTAAATTACAATTAAACAGCCTCCTTTGTCTCTGATTGTCCTGAACACCACCAC----------AAAGTTCTGTAGCCGTTTA---------------AAGGAGAGCTGTTTGGTCCTAATTGCCTGCTAGCTCACAAAGGGCCAATTTACACAATACCCATGTAGAATTTAAACAGTTCATAATGTAATGGATATTAC 

a score=300
s danRer3.chr12 35881450 57 +  37038836 CCTGTTTTTCACAT-CAGAACATGTGTATGTGTGTGTGCGGAAAGCAAAAGAAAACAT 
s mm7.chr11     77265605 53 - 122091587 CCTCATCTTCATGTTCAAGTCATGATTAAG---ATATAAGAAAAGCAAGAGGGAC--T 

a score=6672
s danRer3.chr12  35881507 170 +  37038836 TACCTGGAATCTGCGCATGTCCCGTGGGTTTCCTGCATTCTTCAGGCAGTTCTGATTACACTTAAGGAAGAATTTCAAAAAGAATCTGCAAGAGAAGACAAAGAGGGAGAGAAAACTCCATGTTAGACAATCAATCCAAGCCCCCCCAAAACAATCAATTGCACAAAATA 
s mm7.chr7      133640799 164 + 141766352 TACCTGGAACCTCCGCATGTCCCGAGGGTTGCCCGCATTCTTCAGGCAGTTCTGATTGCACTTGAGGAAGAACTTTAGAAAGAATCTACA--AAAACACAAAGAAT----GGATAGTTAGGGTTGGCTCACAGAAGACAACGTCAACAACAAAGACACTTGCAAGGAATA 

a score=6442
s danRer3.chr12  35881882 313 +  37038836 ATCCCACAGTTCCCCACAGAACCCATCTGCCCGTCACTGACAGGAAGTCAGTTAATATTCCGCCCCCC--TCTTTCCTCCCCTGTTCTACCCTGTAATTAAGGCTTAACGTGCTCAATGGGGAGGTAAAGC-AGCACACCTGAGCCCTGCTCATCACAGACGAGGACCGGCGGACGGGGTAGAGGAGACCTAACGAGGTGAGAGCGGCCCGCAAACTTACAGCCCTGTTAGACAATTAGACACACCCCGCCACCGGGACAACAGCACCCGGTAATTATTGCGCAAATTACTAACTGCATAATCTGTTCGGCAAATG 
s mm7.chr7      133642303 293 + 141766352 AGCTCACAATGCCTCTTAACACC-ATCTGCC-ATCAGCTACAGCAAGTCACTTGATATTCCACCCACCAATTTTTCCTAACA---ACCACTGTGCAATTAA-ACTCCACACGTTCTGCAGCGAGGTAAATTAAGCGCACCTGCGGC---CACACTGCATTTGAACTGCATCAGAAAGGG---------CCTAACAAGGTGAGGGCG--CCACAAAGTTACCGTCCTGTCAGGCAATTAGGT---TTTCACTTCAGGGACAGCCACACGGTGCAATTATGCCCCACATTACCACCCGGCTAATCTTCTGAGCAGGCG 

a score=8453
s danRer3.chr12  35883987 296 +  37038836 TTTCTGAAAATTTTTAGTGACCAGCGTCAATAAAAAGCGAATTTCAGCATCGCTGGG-GTGGACGTAAAGAAAGATGGCAGTCATAACAGCCAAAAACACGTCCG--CCGTCATTAGAGCATTAGCTTTAATTGTGTACAGTGTGTGTGTAT---GGTAGTTGTTGGACAGGCCATTATCAGAATGAGTATTACGAGCTGTAATTCGCGGCCCCTGTCTTTATTTCCCAATAGAGCTGTAATGTTTCACAGCAGGTATCAGAGTAAATCAAGCCTGAAATATAGCCTTTATTTACCTCTCTC 
s mm7.chr7      133643484 287 + 141766352 TGTCAGAAAATCTTTGGCT-TTAGCACCAATAAACT-----CTTTATTATTGCTAAACGTGGATTTGCTGCTCGATCGCA-----AAGAGGCGATAAAAATTCTAACCTGTCATTAGTACATTATGCTTAATTGTGTACAGTGTGTTTTTCCCTCGGCATCTGCTGGCC----CAACGTCAAAATGACCGTTATGTGCACTAATTCCCTGACCCCGTCTTTATTTCCCTAAAGACTCATCATCGTTCACAATGGGTACCAGAGTAAATCAAGCTTGAAATACGGGCTTTATTTACTTCTTTC 

a score=3973
s danRer3.chr12 35905347 369 +  37038836 AAATTCCCTGGTTGTGATTTTGACAGTA-------TTTGTGATGTTT-CAGGTTAATAATAATGGAGACCTTACATTCAGCCAGGCTTTACCACAATATGTTCCCTACTCATTTCCAGCTAATGGAAGTAGGGATATTATTGCTGGATTCTGGACTGACCTTAATAACGGAGCAAGTGGAGTCATCTCTTATAATCAATACACTATTGGAAGTGTTCTCACTCGCGCCACTCAGGATATCAACAATTATTTCCCAAATCTG---CCCTTCACTGCATCTTGGGTTTTTGTTGCAACATGGGATAAAGTACCTTACATTTCCTCTACAGCAGTAAGATCAACACACTTCTGAAATGTTCATGTTTTCACTTTATGCATGAT 
s mm7.chr9      81501679 372 - 123828236 AAGTTCCCTGCTTTTCAGGACCACTGTGCCAAACCTCTCTTATTTTTGTAGGTCAATAACAATGGTGTTGTTTCCTTCAACGTGCTAGTGAGCCAGTTTACACCAGAGTCCTTTCCCCTGACGGACGGGAGGGCCTTCATTGCTCCATTCTGGGCAGATGTGCACAATGGAATTCGGGGTGAGATCTATTACAGAGAAACCATGGACCCCGCCATCCTGAGAAGAGCCACCAAGGACATCAGGAAGTACTTCAAAGACATGACCACCTTCTCTGCCACTTGGGTTTTCATTGTGACCTGGGAGGAAG----TCACGTTT----TACGGAGGCAGCAGTACCACGCCTGTAATCACCCAGCCTTTCCACTTTCTACGGGGT 

a score=3621
s danRer3.chr12 35912116 160 +  37038836 TTGTGTGTACTTTTGTGTGTACATTTCAGGCTGGTTTTGACACAATAAGCTCCACAAACTACTTTGTGATTCCTGGATCAAACAATGGGAGCTC----AGTCTCAAGCCTCAACACCTCCAGTAATGTTAATGTTCCAGGCCGATGGGCCTTCAGGGTGGACAG 
s mm7.chr9      81506019 151 - 123828236 TTGTGTGT------GTGTGTGTGCTCCAGGCAGGATTTAATGGTGGAAACCTCACGAATTTCTTCAGTCTTCCGGGATCAA------GGACCCCTGAGATTGTAAATATTCAAGAGA-CCACAAATGTCAATGTTCCAGGACGCTGGGCATTTAAAGTTGACGG 

a score=4089
s danRer3.chr12 35979406 429 +  37038836 AAATCACTTGCATATATGTATATACACAACTAACTGTATATATGTTTGTG---AATTTTATTTTGTATGTTTGCACAAGTGTCATTTGGGTGTTTATGCACACATCAAGTTTATATTCTTATGTGAGAGTTCATGGGTGTATATGCATAGATCAAgtttatatgtatatgcgagtgtgtataggtgtgtttgcatgcagcaagtttatatgtatgttatatgtatgtgtatgtgttaatgtgagtgtttatgtgaggatcgagtttatatgtatgtgcgtgtgtatttgggtgtattcatgcgtcaagtttatatgtatataCACAAGTTTCATCCATGTTGTTTTGAACATCCAGTAGTATAGGTGTATATGCGAGTA-----ATTTATAGGTGTATATACACGTGTTTTATGTATGTGTTGATAAGCAAAGTTTG 
s mm7.chr7      63660485 404 - 141766352 AAAACAATTTTTAATTTGTGTGTGTCCTTATATTTTTGTTTGGGTTTTTGCTTAGATTTGTTTTGTATCTATTCAGGTGT-TCACTGTATTCTTCAGACAGTCAT--AATTTACATAGTCAAGCAAGCATCTATTACC-TCGATGCACAGTTAAAACATAC-TTTCTTTGCAAATTTCCAT-----------TATGCAATAAATAGATAAAAATGACTGAGTAAtgtgtgtgtgtttgtgtgtgcgtgt-----------gagtatatgtgtgtgtgtgtgtttgcatctctgtgtgtatgtgt---gtttgcatctacgtgtgagagtg-catgagagtttgcaagtgtgtgtgggagtgt--gtgtatgtgAGAGTGTATATACTTATAGGAGTGTATGCATGTGTGTTACTTGTGTGTGCATAAGCAGCGTGTG 

a score=4340
s danRer3.chr12 36014798 585 +  37038836 GCCTAATATAAATCTATTTCAGCCGTAATATAAGTCTGTTTCAG-TCTAATATAAGTCTCTTTCAGAAATAATATAAGTCTCTTTCAGAAATAATATGTCTCTTTCAGTCTAATATAAGTCTCTTTAAGCCGTAATATAAGTCTCTTTCATTCTAA---TATAAGTCTCTTTCAGAAATAATATAAGTCTCTTTCAGT-CTAATATAAGTCCCTTTCAGCTGTAATATAAGTCTCTTTCAGAAATAATATAAGTCCCTTTCAGCTGTAATATAAGTCTCTTTCAGCCGTAATATAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGTCTAATATAAGTCTCTTTAAGCCGTAATATAAGTCTCTTTCAG------------TCTAATATAAGCCCCTTTCAGCTGTAATATAAGTCTCTTTCAGAAATAATATAAGTCTCTTTCAGCCGTAATATAAGTCTCTTTCAGCTGTAATATAAGTCTCTTTCAGCTGTAATATAAGTCTCTTTCAGCTGTAATATAAGTCTCTTTCAGTCGTAATATAAGTCTCTTTCAGTCGTAATATAAGTCTATTTCAGA-----------CGTAATATAAGTCTCTTGCAG 
s mm7.chr1      36508422 586 - 194923535 GTCCAGTATAGTTCCAGTTGAGGTTCAGTACAGGCCTAGCACAGGCCCAATATAGGCCTAGTATAGGCCCAGTAGATATTCAATACAAACCTAGTAT--------TGGTGTAGCACAGGCCCAGTATAGACTCAGGACAAATCTAGAGCAGCCCCAGTGCATAAGCCTAGTAAAGAACTAGCACAGGACTAGTGCAGGACCAGTATAGGCCTAGCACAGGCCCAGCACAGGCCTAGAACAGAGATAGTACAGGCCCAGTACAGGCCTAATAAGAACCCAGTATAGGCCTAATACAGACCTTGTACAGGCTTAGGCTAG---------GCCTAGTATAGCTGTAACACAGACCTAGCACAGGTCCTGTAGAGGCCCAGAGGAGGCCTAGTATAGGCACTAT---AGTATAGTATAG-------TTAGTCCTAGTATAGGACTAACACAGGCCTAAAACAGGCCCAATGCAGGTCTAATACAGACCCAGTACAGACCCAGTTCAAGCCTAGTATAGATGTAACACAGGCCTAACATAGCTCTAACACAGGCCAAGTACAGGCAAAGTACATGTCTAGTACAGATCTAGTATTGGCATAACATAGGCCTATTCCAG 

a score=1516
s danRer3.chr12 36128232 170 +  37038836 cctgcgaagtgctatgctgataaccccactcctctga---------------cctcaaaaagcaacagatgctagtgacaatggtGCAGCAGG----ACTAGTAGGTTAAACAACCATAGTCGTGGGAAGGCAGATTTGAATT-TATCAGCTGATTGTTTGATCATCAAAGGCTTAATAATGAGTTTTCC 
s mm7.chr11     71922375 185 + 122091587 CTTTTGCAGTACTAAGCCTGTAATCCCATCCCCCTTCACTTGCTTTTTATTCCCTCTAAAGGTGAC-----TTGGTGACATGGTTCCATGAGGCCCCACCTCAAGCTTCAGTTATTTGTGATTTAATGAGGAGCCTTTTAATTATAACATCTGTTGTTTTAATTACCAAAGGAATTATAATGAGGCTCCC 

a score=3665
s danRer3.chr12  36131360 338 +  37038836 TAATATAAGTCTCTTTTAGCTTAATATAAGTCTC--------------------------------------TTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCAGTAATATAAGTCTCTTTCAGCTGTAATACAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATATGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCAGTAATATAAGTCTCTATCAGCTGTAATACAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTATCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCCTAATACAAGTCTATTTCAG 
s mm7.chr5      101001631 321 + 153054177 TACGATAAGAGTTTGTTATTTAGAAGTAGGTTACAGAGAGCTCCATCCCTGGAAAAAGTAAAGAGCTAGCCATTTAAACGTAATATACGGCCATTTAAAC-GTAATATACGGCCATTTAAA-TGTAATATACGGCCATTTAAACGTAATATACGGCCATTTAAACGTAATATACGGCCATTTAAACGTCATATACGGCCATTTAAAC--------------------------------------------GTAATATACGGCCATTTAAACGTAATATACGGCCATTTAAACGTAATATACGGTCATTTAAACGTAATATACAGCCATTTAAACGTAATATA---------CAGCCAGGTAAGAAACTGGTTTAG 

a score=3293
s danRer3.chr12 36131705 873 +  37038836 ATGTCTCTTTTAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTGTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATAT----GTGTCTTTCAGCTTAATAGAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATACAAGTCTCTTTCAGCCTAATAT---------------------AAGTCTCTTTCAGCCTAATACAAGTCTATTTCAGCCATA-ATATGTCTCTTTTAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTGTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTGTCTTTCAGCTTAATAGAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTGTCTTTCAGCTTAATAGAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCCTAATA---------------------CAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTCCAGCTTAATATAA----GTCTCTTCCAGCTGGAATATAAGTCTCTTTAAGTCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGTCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTGATTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGTCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTTAATATAAGTCTCTTTCAGCCTAATATAAGTCTCTTTCAGCTGTAATATAAGTCTCTTTCAGCTGTAAAATA-AGTTTCCCT 
s mm7.chr11     71926621 915 + 122091587 ACGTTCCTCTCTACCTTATACCACAGTGTCCCTTCTGCA-TGCACGTTCCTCTCTACCTTATACCACAGTGTCCCTT--CTGCATGCACGTTTCTCTCTACCTTATACCACAGTGTCCCTTCTGCATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCTTCTGTATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCTTCTGTATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCTTCTGTA-TGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCGTCTGTATGCACGTTTCTCTCTACCTTATACCACAGTGTCCCTTCTGTATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCGTCTGTATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACCATAGTGTCCCTTCTGTATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCTTCTGTATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCTTCTGCATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCGTCTGTATGCACGTTTCTCTCTACCTTATACCACAGTGTCCCTTCTGCATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACCACAGTGTCCCTTCT-----GCATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCTTCTGCATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCTTCTGTATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACCATAGTGTCCCTTCTGTATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACTACAGTGTCCCGTCTGTATGCACGTTTCTCTCTACCTTATACCACAGTGTCCCTTCTGCATGCACGTTCCTCTCTATGTTATACCACAGTGTCCCTTCTGC-ATGCACGTTCCTCTCTACCTTATACCACAGTGTCCCT 

a score=3825
s danRer3.chr12 36159481 379 +  37038836 TCGACCCCTGCTACAACTATACCAGTCTGGATGAACCTTGGAGATCCACTGATAACCCTGCTAACTACTATGGCAATCATTT---TGATTGGAGTGTAGCATGGAATGGCTGGTACAGGCTGTTCTACAACAATCAGAGTGCTCAGATGCCAGATTCATGTGTAAATGAAGGCATGTGTGGCACTTATTATCCACTGTGGCTCAATGGATCTCACCCAGAGCTGGAAGATGGAGTGGTCCTTCGTCAGGTCTGTGTTTCTGCATGGAGCGGCTGCTGTACTTTCACATCCCACCCTATAAG-----AGTCAAAGCCTGTCCT---------GGAGATTATTATGTGTATGAGTT----TGTACAGCCGAGAACTCACTCAGCTTACTGTGTTGGTGAGTA 
s mm7.chr7      26389506 376 - 141766352 TTGATCCCTGCCAGAATCACACGGTCCTGAATGATCCTACCAGAAGCACAGAGAAC------AACGATTC-----ATCAGTTGCATGGTGTGATGATAACCTG-CACGGCTGGTACCGCTTTGTG---GGTGATGGAGGAGTGAAGATGCCAGAGACCTGTGTGAGTGTGTTCCGGTGCCACACCTCTGCCCCCATGTGGCTGAGTGGATCTCACCCCATCCTTGGAGATGGCATTGTCAGCCACACAGCCTGTG---CCAACTGGAATGAAAATTG-----TTGCTTCTGGCGTTCTGAGGTCCAGGTGAAGGCCTGTTCTGAAGAACTAGGAGAATATCACGTGTACAAGTTACAGGGTACCCCTGAATGCAGTCTGAGA-TACTGCACAGGTAAGCA 

a score=5069
s danRer3.chr12 36163894 397 +  37038836 GACCCCTGCAATAACTACATCATCCTGGATGAGCCATGGAGAGCCACCAGCAATCA---AAACTCCTCTCAGTTAATGTGTGACAGAGCGGTGAGCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTG---TTCAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGAATAGCTGCGGCACTAATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTCTCTCGAGATGTCTGCGGACACTGGAGCAACAACTGCTGCTATTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCGACCACCTGCAATTTAGCATACTGTGCAGGTA---CTGGACACACATTTAACTCTGCCT 
s mm7.chr7      26367051 382 - 141766352 GACCCCTGCAATACATATGAGACCCTGACTGAGTACTGGCGCAGCACAGAGTATGGTGTGGGCTACTCC---------TGTGAC------GCGGGTCTGCACGGCTGGTACCGGTTC------ACAGGCCAGGGTGGCGTTCGCATGGCTGAGACCTGTGTGCCCGTCCTGCGATGCAACACGGCGGCACCCATGTGGCTCAATGGCTCTCATCCCTCGAGTAGTGAAGGCATTGTGAGCCGCACGGCCTGTGCACACTGGAGCGACCAATGCTGCCGGT---GGTCCACAGAGATCCAGGTGAAGGCTTGCCCAGGTGGCTTCTATATTTACAACTTGACAGCGCCCCCTGAGTGCAATCTGGCTTACTGCACCGGTGAGTCTGGCAATGCCCTCCATCCTGTCT 

a score=1913
s danRer3.chr12 36166515 131 +  37038836 TGCATGTGGAGGTTGGTGTTGAGGGGGTCGACAGCCGCCAGTTTGCCCTGGTGATGGACACGTGTTGGGCTACACCTGTGAATGACCCTGATTACAGTCTCCGCTGGG-ACCTCATTACT---GATGAGTAAAGA 
s mm7.chr7      26374711 131 - 141766352 TGTATGTGGGCACCATGCTGGATGGGGGTGACTTGTCCCGGTTTGTACTGCTAATGACCAACTGCTATGCCACACCCAGTAGCAACTC----CACAGACCCTGTGAAATACTTCATTATCCAGGACAGGTAAAGA 

a score=4189
s danRer3.chr12 36166864 186 +  37038836 TGTTGATCTCGTCAGGTGTCCCAATCCTGAGGACGACACAGTGAAGCTGCTGCAGAACGGCGTCTCCACAAGCAGCCGTTTCTCCTTCAGGATGTTCATCTTCACTGCAAACTCC-ACTAAGCTTTACCTGCACTGTGCTGTTCACCTTTGCCTTCTGTCCAGTGAACAATGCTCAACGGTGAGTTT 
s mm7.chr7      26394921 186 - 141766352 TTTTCACTTTCCTAGATGCCCAAACCAACGTGATTCCACCATCAATGTGCGGGAGAATGGTGTGTCCTCAGAAAGCCGATTTTCAGTGCAGATGTTCATGTTTGCTGGAAATTATGACTTAGTTTT-CCTGCATTGTGAGGTTTACCTGTGTGACTCCACTACTGAACAGTGTCAACCAGTGAGTGT 

a score=4144
s danRer3.chr12 36179486 340 +  37038836 TCGACCCCTGCTACAACTACACTATCCTGGATGAACCTTGGAGATCCACTGATAACTCTTACTATAGTAACTTAAGTAACTATA-GATGTGATTACACTGAGTGGAATGGCTGATACAGGCTGTTTTACAACAGTCAGAGTTCTCAA-ATGCCAGAATCATGTGTATATGAAGGCATGTGTGGCACTTATTACCCACTGTGGCTCAATGAATCCCACCCTCAGCTGGAAGATGGAGTGGTCCTCCGTCATGTTTGTGCTCATGGATGGAGAGGCTGCTGTACTTACACATCCTCCCCTGTAAGAGTCAAAGCCTGTCCT---------GGAGATTATTATGTGTATGAGTT 
s mm7.chr7      26389506 331 - 141766352 TTGATCCCTGCCAGAATCACACGGTCCTGAATGATCCTACCAGAAGCACAGAGAACAACGA----------TTCATCAGTTGCATGGTGTGATGATA---ACCTGCACGGCTGGTAC----CGCTTTGTGGGTGATGGAGGAGTGAAGATGCCAGAGACCTGTGTGAGTGTGTTCCGGTGCCACACCTCTGCCCCCATGTGGCTGAGTGGATCTCACCCCATCCTTGGAGATGGCATTGTCAGCCACACAGCCTGTGCCAAC---TGGAATGAAAATTGTTGCTTCTGGCGTTCTGAGGTCCAGGTGAAGGCCTGTTCTGAAGAACTAGGAGAATATCACGTGTACAAGTT 

a score=4916
s danRer3.chr12 36182460 397 +  37038836 GACCCCTGCTACAACTACTTGAACCTGGATGAGCCATGGAGAGCCACCAGCAATCAAAACTCCTCTCAGTTAATGTGTGACAGTGCGGTGA-----GCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTG---TTCAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGAATAGCTGCGGCACTCATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTCTCTCGTAATGTCTGCGCACACTGGAGAAACAACTGCTGCTATTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCGACCACCTGCAATTTAGCATACTGTGCAGGTA---CTGGACACACATTTAACTCTGCCT 
s mm7.chr7      26367051 382 - 141766352 GACCCCTGCAATACATATGAGACCCTGACTGAGTACTGGCG------CAGCACAGAGTA-----------TGGTGTGGGCTACTCCTGTGACGCGGGTCTGCACGGCTGGTACCGGTTC------ACAGGCCAGGGTGGCGTTCGCATGGCTGAGACCTGTGTGCCCGTCCTGCGATGCAACACGGCGGCACCCATGTGGCTCAATGGCTCTCATCCCTCGAGTAGTGAAGGCATTGTGAGCCGCACGGCCTGTGCACACTGGAGCGACCAATGCTGCCGGT---GGTCCACAGAGATCCAGGTGAAGGCTTGCCCAGGTGGCTTCTATATTTACAACTTGACAGCGCCCCCTGAGTGCAATCTGGCTTACTGCACCGGTGAGTCTGGCAATGCCCTCCATCCTGTCT 

a score=1773
s danRer3.chr12 36185125 103 +  37038836 ACCTCAATGACCCCAGCTGCAGAGGAACCGTCCAGAACGGCAGAGTGGAGTTTAACTTC-----GACAACGATCAACACATCTGTGGCACAAACCTTGTGGTAAAATC 
s mm7.chr7      26391840  98 - 141766352 ACCTCAATGACCGGAACTGCAATGGTACCATGCAAGAT---------GAGCCCAACAACTGGGTGTCCATGACCAGCCCTGTTGTGGC-TAATTACTGTGGGAACATC 

a score=4311
s danRer3.chr12 36187086 186 +  37038836 TGTTGATCTCGTCAGGTGTCCCAATCCTGAGGACGACACAGTGAAGCTGCTGCAGAACGGCGTCTCCACAAGCAGCCGTTTCTCCTTCAGGATGTTCATCTTCACTGCAAACTCC-ACTAAGCTTTACCTGCACTGTGCTGTTCACCTTTGTCTTCTGTCCAGTGAACAATGCTCAACGGTGAGTTT 
s mm7.chr7      26394921 186 - 141766352 TTTTCACTTTCCTAGATGCCCAAACCAACGTGATTCCACCATCAATGTGCGGGAGAATGGTGTGTCCTCAGAAAGCCGATTTTCAGTGCAGATGTTCATGTTTGCTGGAAATTATGACTTAGTTTT-CCTGCATTGTGAGGTTTACCTGTGTGACTCCACTACTGAACAGTGTCAACCAGTGAGTGT 

a score=4128
s danRer3.chr12 36208229 431 +  37038836 CTATAATAGTGTCTTTCCCCACCCCAAGTG-TCGACCCCTGCTACAACTATAACAGTCTGGATGAACCTTGGAGATCCACTGATAACTTTTATAAC------TACAATGGCTATAATTGTGATTGGAGTGT-AGCATGGAATGGCTGGTACAGGCTGTTCTACAACAATCAGAGTGCTCAGATGCCAGA---ATCATGTGTAAATCAAGGCATG--TGTGGCACTTATTATCCACTGTGGCTCAATGGTTCCCACCCTCAGGTGGAAGATGGAGTGGTCCTCCGACATGTTTGTGCTTCTGGATATAGTGGCTGTTGTACTTACACATCCCACCCTATAAGAGTCAAAGCCTGTCCTGGAAATTATTATGTGTACGAGTTTAAACAGCCAAGAATTTGCTCA---GCTTACTGTGTTGGTGAGCATTTATTCATGTGCACTTCAGTC 
s mm7.chr10     71109628 432 - 130066766 CTATCTCTGGGTCCTCTTTCACCCCCAGTCCTAGATCCTTGTTCCGCTTACATCAGTCTGAACGAGCCCTGGAGGAACACTGACCACCAGTTCGACGAGTCCCAGAATCAACCTCTTTGCGACAACCATATGAACGGGGAGTGGT--------ATCGCTTCACGGGGATGGCAGG----AGATGCCATGCCTACCTTCTGCATACCGGAAAATCACTGTGGGACCCATGCTCCTGTCTGGCTCAATGGCAGCCACCCCCTAGAAGAGGATGGCATTGTGCAACGCCAGGCCTGTGCCAGCTTCAAAGGAAACTGCTGTCTGTGGA-ACGCCA--CGGTGGAAGTCAAGGCCTGCCCCAGAGGCTACTACGTGTATCGGCTGGCCAGACCCAGCGTCTGCTTCCATGTCTACTGTGGCCGTAAGTACCCTCCTGTGCTCTCTTCCCTC 

a score=5230
s danRer3.chr12 36213427 397 +  37038836 GACCCCTGCAATAACTTCTTGATCCTGGATGAACCATGGAGAGCCACCAACAATCAACACTCCTCTCAGTTAATG-TGTGACAGAGCGGTGAGCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTG---TTCAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGTATAGCTGTGGCACTAATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTCTCTCGTAATGTCTGCGCACACTGGAACAACGACTGCTGCTATTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCAAGTGGCTGCAATTTAGCATACTGTGCAGGTA---CTGGACACACATTTAACTCTGCCT 
s mm7.chr7      26367051 382 - 141766352 GACCCCTGCAATACATATGAGACCCTGACTGAGTACTGGCGCAGCACAGAGTATGG-------TGTGGGCTACTCCTGTGAC------GCGGGTCTGCACGGCTGGTACCGGTTC------ACAGGCCAGGGTGGCGTTCGCATGGCTGAGACCTGTGTGCCCGTCCTGCGATGCAACACGGCGGCACCCATGTGGCTCAATGGCTCTCATCCCTCGAGTAGTGAAGGCATTGTGAGCCGCACGGCCTGTGCACACTGGAGCGACCAATGCTGCCGGT---GGTCCACAGAGATCCAGGTGAAGGCTTGCCCAGGTGGCTTCTATATTTACAACTTGACAGCGCCCCCTGAGTGCAATCTGGCTTACTGCACCGGTGAGTCTGGCAATGCCCTCCATCCTGTCT 

a score=4757
s danRer3.chr12 36233129 420 +  37038836 GACTGAAGTGCACATGAATAAATACTCACCAACACAGTAAGC---TGAGTGAGTTCTTGGCTGTACAAACTCATACACATAATAATCTCCAGGACAGGCTTTGACTCTTATAGGGTGGGATGTGAAAGTACAGCAGC--CATTCCATGCAGAAACACAGACCTGACGGAGGACCACTCCATCTTCCAGCTCTGGGTGAGATCCATTGAGCCACAGTGGATAATAAGTGCCACACATGCCTTCATTTACACATGAATCTGGCATCTGAGCA-CTCTGACTGTTGTAGAACAGCCTGTACCAG--CCATTCCATGCTACACTC-CAATCAAAATGATTGCCATAGTAGTTAGCAGGGTTATCAGTGGATCTCCAAGGTTCATCCAGACTGGTATAGTTGTAGCAGGGGTCGACACTTGGGGTGGTGAAAGA 
s mm7.chr10     58956706 418 + 130066766 GAGGGAAGAGAGCACAGGAGGGTACTTACGGCCACAGTAGACATGGAAGCAGACGCTGGGTCTGGCCAGCCGATACACGTAGTAGCCTCTGGGGCAGGCCTTGACTTCCACCG--TGGCGTTCCACAG-ACAGCAGTTTCCTTTGAAGCTGG--CACAGGCCTGGCGTTGCACAATGCCATCCTCTTCTAGGGGGTGGCTGCCATTGAGCCAGACAGGAGCATGGGTCCCACAGTGATTTTCCGGTATGCAGAAGGTAGGCAT---GGCATCTCCTGCCATCCCCGTGAAGC-GATACCACTCCCCGTTCATATGGTTGTCGCAAAGAGGTTGATTCTGGGACTCGTCGAACTGGTGGTCAGTGTTCCTCCAGGGCTCGTTCAGACTGATGTAAGCGGAACAAGGATCTAGGACTGGG--GGTGAAAGA 

a score=1922
s danRer3.chr12  36247345 131 +  37038836 TCTTTACCCTTC---AGTGATGAGGT-CCCAGCGGAGACTGTAATCAGGGTCATTCTCAGGTGTAGCCCAACACGTGTCCATCACCAGGGCAAACTGGCGGCTGTCGACCCCCTCAACACCAACCTCCACATGCA 
s mm7.chr7      115391510 131 + 141766352 TCTTTACCTGTCCTGGATAATGAAGTATTTCACAGGGTCTGTG----GAGTTGCTACTGGGTGTGGCATAGCAGTTGGTCATTAGCAGTACAAACCGGGACAAGTCACCCCCATCCAGCATGGTGCCCACATACA 

a score=4667
s danRer3.chr12  36249704 397 +  37038836 AGGCAGAGTTAAATGTGTGTCCAG---TACCTGCACAGTATGCTAAATTGCAGGTGGTCGGCCTCACAAACTCATAGACATAAAAACCTCCAGGACAGGCTTTGACTTGAATGGGATTGGACTGGAAATAGCAGCAGTTGTTGCTCCAGTGTCCGCAGACATCTCTAGTGACCACTCCATCCTCAAGTGTTGGATGTCCTCCGCTCAGCCACAGTGGAGCATGAGTGCCGCAGCTATTCTCATCAACACATGTGTCTGGCATCTGAA---CACTCTGACCATTAATGAAGAGACGGTACCAGCCGCTCCAGCTCACCGCTCTGTCACACATTAACTGAGAGGAGTTT---TGATTGCTGGTGGCTCTCCATGGGTCATCCAGGATGAAGTAGTTATTGCAGGGGTC 
s mm7.chr7      115398919 382 + 141766352 AGACAGGATGGAGGGCATTGCCAGACTCACCGGTGCAGTAAGCCAGATTGCACTCAGGGGGCGCTGTCAAGTTGTAAATATAGAAGCCACCTGGGCAAGCCTTCACCTGGATCTCTGTGGACC---ACCGGCAGCATTGGTCGCTCCAGTGTGCACAGGCCGTGCGGCTCACAATGCCTTCACTACTCGAGGGATGAGAGCCATTGAGCCACATGGGTGCCGCCGTGTTGCATCGCAGGACGGGCACACAGGTCTCAGCCATGCGAACGCCACCCTGGCCTGT------GAACCGGTACCAGCCGTGCAGACCCGC------GTCACA---------GGAGTAGCCCACACCATACTCTGTGCTGCGCCAGTACTCAGTCAGGGTCTCATATGTATTGCAGGGGTC 

a score=3784
s danRer3.chr12 36254984 432 +  37038836 CACAGTATGCTAAATTGCAGGTGGTCGGCCTCACAAACTCATAGACATAAAAACCTCCAGGACAGGCTTTGACTTGAATGGGATTGGACTGGAAATAGCAGCAGTTGTTGCCCCAGTGTCCGCAGACATCTCTAGTGACTACTCCATCCTCAAGTGTTGGATGTCCTCCGCTCAGCCACAGTGGAGCATGAGTGCCGCAGCTATTCTCATCAACACATGTGTCTGGCATCTGAACACTCTGACCATTAATGAAGAGACGGTACCAGCCGCTCCAGCTCACCGCACTGTCACACA----TTAA--CTGAGAGGAGTT---TTGATTGCTGGTGGCTCTCCATGGCTCATCCAGGATGATGTAGTTATTGCAGGGGTC---AACAGGGGGATCTGTTGGAAGCAAATTTATTATTAGTTATGGTAGTTTTCCTGTTTATAATCTCA 
s mm7.chr10     58956738 427 + 130066766 CACAGTAGACATGGAAGCAGACGCTGGGTCTGGCCAGCCGATACACGTAGTAGCCTCTGGGGCAGGCCTTGACTTCCACCGTGGCGTTCCACAGA---CAGCAGTTTCCTTTGAAGCTGGCACAGGCCTGGCGTTGCACAATGCCATCCTCTTCTAGGGGGTGGCTGCCATTGAGCCAGACAGGAGCATGGGTCCCACAGTGATTTTCCGGTATGCAGAAGGTAGGCA--TGGCATCTCCTGCCATCCCCG-TGAAGCGATACCACTC---CCCGTTCATATGGTTGTCGCAAAGAGGTTGATTCTGGGACTCGTCGAACTGGTGGTCAGTGTTCCTCCAGGGCTCGTTCAGACTGATGTAAGCGGAACAAGGATCTAGGACTGGGGG------TGAAAGAGGACCCAGAGATAGC--CGGTGATGTTTCAGATCACAGTGCCA 

a score=672
s danRer3.chr12 36258935 119 +  37038836 GGTGGATTAATGAA--CTCTTC-AGATGTGATTGGCTGGGTTGTTGTCACTGCTG-TGCTGGACTGGTTTG-TAGCTTTTGGTTTAAAGAACAATTTTATGTCATTATAAGATATTTTCAAACA 
s mm7.chr10     58956544 124 + 130066766 GGTAGATTACTGAGGGCTCTTCCATACTCAGGAAGGTGAAAATCCATCACTTCTAATCTTGTAATGTTTTAATTTCTTTTCTTTTAATGAAGAAATAAGCATCACAATAACTGGCTTTCATACG 

a score=4614
s danRer3.chr12 36259070 422 +  37038836 AAGACTGAAGTGCACATGAATAAATACTCACCAACACAGTAAGC---TGAGTGAGTTCTTGGCTGTACAAACTCATACACATAATAATCTCCAGGACAGGCTTTGACTCTTATAGGGTGGGATGTGAAAGTACAGCAGC--CATTCCATGCAGAAACACAGACCTGACGGAGGACCACTCCATCTTCCAGCTCTGGGTGAGATCCATTGAGCCACAGTGGATAATAAGTGCCACACATGCCTTCATTTACACATGAATCTGGCATCTGAGC-ACTCTGATTGTTGTAGAACAGCCTGTACCAG--CCATTCCATGCTACACTC-CAATCAAAATGATTGCCATAGTAGTTAGCAGGGTTATCAGTGGATCTCCAAGGTTCATCCAGACTGGTATAGTTGTAGCAGGGGTCGACACTTGGGGTGGTGAAAGA 
s mm7.chr10     58956704 420 + 130066766 GGGAGGGAAGAGAGCACAGGAGGGTACTTACGGCCACAGTAGACATGGAAGCAGACGCTGGGTCTGGCCAGCCGATACACGTAGTAGCCTCTGGGGCAGGCCTTGACTTCCACCG--TGGCGTTCCACAG-ACAGCAGTTTCCTTTGAAGCTGG--CACAGGCCTGGCGTTGCACAATGCCATCCTCTTCTAGGGGGTGGCTGCCATTGAGCCAGACAGGAGCATGGGTCCCACAGTGATTTTCCGGTATGCAGAAGGTAGGCATGGCATCTCCTGCCATCCCCGTGAAGCGA----TACCACTCCCCGTTCATATGGTTGTCGCAAAGAGGTTGATTCTGGGACTCGTCGAACTGGTGGTCAGTGTTCCTCCAGGGCTCGTTCAGACTGATGTAAGCGGAACAAGGATCTAGGACTGGG--GGTGAAAGA 

a score=4572
s danRer3.chr12 36269577 414 +  37038836 GACTGAAGTGCACATGAGTAAATACTCACCAACACAGTAAGC---TGAGCAAATTCTCGGCTTTTTAAACTCGTACACATAATAATCTCCAGGACAGGCTTTGACTCTTATAGGGTGGGATGTGTAAGTACAGCAG---CCATTCAACCAAGAAGCACAAACATGACGGAGGACCACTCCATCTTCCAGCTGAGGATGGGATTCATTCAGCCACAGTGGATAATAAGTGCCACAC--ATGAACTGATTCACACAAGA---ATCTGGCATCTGAGCACTCTGATTGTTGTAGAACAGCCTGTACCAGCCATTCCACTCAGTGTAATCACATCTATAGTTATTGTAATAAGA------------------------GTTTTCAGTGGATTTCCAAGGTTCATCCAGACTGGTATAATTGTAGCAGGGGTCGACACTTGGGGTGGTGAAAGA 
s mm7.chr10     58956706 418 + 130066766 GAGGGAAGAGAGCACAGGAGGGTACTTACGGCCACAGTAGACATGGAAGCAGACGCTGGGTCTGGCCAGCCGATACACGTAGTAGCCTCTGGGGCAGGCCTTGACTTCCACCG--TGGCGT-TCCACAGACAGCAGTTTCCTTTGAAGCTGG---CACAGGCCTGGCGTTGCACAATGCCATCCTCTTCTAGGGGGTGGCTGCCATTGAGCCAGACAGGAGCATGGGTCCCACAGTGATTTTCCGGTATGCAGAAGGTAGGCATGGCATCT----CCTGCCATCCCCGTGAA-------------GCGATACCACTCCCCGT--TCA----TATGGTTGTCGCAAAGAGGTTGATTCTGGGACTCGTCGAACTGGTGGTCAGTGTTCCTCCAGGGCTCGTTCAGACTGATGTAAGCGGAACAAGGATCTAGGACTGGG--GGTGAAAGA 

a score=3554
s danRer3.chr12 36312036 108 +  37038836 ACCTGGCGCCGCAGGTGCGCGGTGGATGTAGACACAAGATATGGGTAATTCAGACTCCAAACTGCGCTTCAGAAAAGCGGTGATACAACTTACCACAAAAACACAGGT 
s mm7.chr11      6614900 101 - 122091587 ATCCGGGGTCGGGCTGGAGCGGGGTCCATCGACATGGGATCCG-------CAGACTCCAAGCTGAACTTCCGGAAGGCGGTGATCCAGCTGACCACCAAGACGCAGGT 

a score=7810
s danRer3.chr12 36313087 165 +  37038836 TACAGCCTGTGGAGGCCTCTGAGGATGTGTTCTGGGATCAGTTCTGGAATGACATCGACTTGATGGCACAGGATATTTTCACACTTGTTCCTGCTGCTGAGATCCGTGCTGTGAGAGAGGAGTCTCCATCCAATCTGGCAACCCTGTGTTACAAGGTACAGTTTG 
s mm7.chr11      6620749 165 - 122091587 TGTAGCCCGTGGAAGCCACCGACAATGCTTTCTGGGACCAGTTCTGGGCAGACACCGCTACCTCGGTGCAGGATGTCTTTGCGTTGGTGCCGGCAGCAGAGATCCGGGCTGTGCGAGAGGAGTCACCCTCTAACCTGGCCACGCTGTGCTACAAGGTATGAGCTG 

a score=5742
s danRer3.chr12 36314859 415 +  37038836 TGTCTGTGTGTTTTGCAGGCAGTGGAAAGGCTGGTGTTGAATGCAGACACAGGTTGTGTGTGTGAGCGAGACAGACAGACCGTTCTGATCTGCACTCGCCTGTTGACTCGGATTCTGCCGTACATCTTTGAGGATCCAGACTGGCATGGGTTCTTCTGGTCCACTGTGCCAAAACTGGGCAAATCTGTGGTGAGGAAAATACTTTTGTGTGGTCAGGAAAATGTgggtgatgcagtggcgcagtaggtagtgctgtcgcctcacagcaagaaggtcgctggttcgagcctcggctcagttggcatttctgtgtggagtttgcatgatc---tccctgctttcctccgggtgctccggtttcccccacagttcaaagacatgcggtacaggtgaattggataggctaaat-tgtccgtag 
s mm7.chr11      6622035 378 - 122091587 TGTCTGT---CCCCACAGGCTGTGGAGAAGCTGGTGCAAGGAGCAGAGGGTGGCTGCCACTCTGAGAAGGAGAAACAGGTCGTCCTGAACTGCAGCCGGCTACTCACCCGAGTGCTGCCTTACATCTTCGAGGACCCCGACTGGAGGGGCTTCTTCTGGTCCACAGTGCC----CGGGGCAGGGC-GTGGAGGGG----------TCTGTGGGCCTGGCCAAGGGGGGGTTGGAGGATCCTGGCAGG-------GCCACCTGTTTTTAGGAAGTATAGGGATGGGGACTTAGAGGTAG--GGTACCACTGAGGGG-----GAAGGAGCCAGTACCAACTTTTC----AGGCCTTCGGTTTCTCTCCCA----AGGGGCCTAGAGCAGGGGTGCA-GGGATAGGCCCATTATGTCTTTAG 

a score=4985
s danRer3.chr12 36319394 100 +  37038836 GATATCCAGTCCATTGACAGCTGTGAGTTCATCTGGGAAGCTGGCGTTGGATTTGCTCAGACTCCGCCTCTCAACTATTCCCATGACTCCAACAGGTCAG 
s mm7.chr11      6623471 100 - 122091587 GATGTCCATTCCCTGGACAGCTGTGAATATATCTGGGAGGCTGGTGTGGGCTTTGCTCATTCCCCACAGCCCAACTACATCCATGACATGAACCGGTGAG 

a score=5591
s danRer3.chr12 36323964 136 +  37038836 TCTCTCTTTCTCTCTCAGGACAGAATTGCTGAAGCTCTTGTTGACCTGTTTCTCAGAAGAGATGTACCAGTCTCCATC---AGACACACACACTCTCAACCCTTGGGTCTCGTTCTTTTGCTCCAGAGAAAACAGGTAA 
s mm7.chr11      6623738 139 - 122091587 TTCCTGTCCCTCCTGCAGGATGGAGCTGCTGAAGTTACTGCTCACGTGCTTCTCAGAGGCCATGTACCTGCCCCCATCTCCAGAGAGTGGCAGCACCAACCCCTGGGTTCAGTTCTTTTGTTCCACGGAGAACAGGTGA 

a score=6350
s danRer3.chr12 36324309 241 +  37038836 CCTCTCTCTCTCTCTCTGTTTCAGACATGCACTCCCGCTCTTCACTTCTCTTCTGAATGTGGTTTGTGCATATGACCCTATCGGCTACGGCGTCCCGTACAATCACCTGATGTTTTCTGACCAGCGAGGCGAGCTGGCAGAGCTGGCACTGCAAACACTGATCATTTCACTGGAGCAGGAGCTCAACGACACACACCCCAACACACACACCACTGCTGACACTGATTACAACAGGAACAAC 
s mm7.chr11      6625677 230 - 122091587 CCTTGCTCTGT-GCTCTCTCGCAGACACGCGCTGCCCCTCTTCACTTCACTCCTCAACACCGTGTGTGCCTATGACCCTGTGGGCTACGGGATCCCCTACAACCACCTGCTCTTCTCGGACTACCGGGAGCCCCTGGTGGAGGAGGCTGCTCAGGTGCTTATTGTCACCTTGGACCATGA---CAGTGCTA------CCAGCACCAGCCCCACCGTGGACGGC-ACCACCACGGGCACAGC 

a score=3171
s danRer3.chr12 36326678 194 +  37038836 ataaaagTCATCTGGTATTATGAGTGAAAGGCAGAATATTTTAATGCATTTAAAATAGAAAAGCGATTGTCAAGAATGCTGAACTTGAATATCAGATTTCTT---------TCCTTATCGTTTCAGACCTCAAGAGGTGAAAATCTGTTCGTAAACTACCTGTCTCGAATTCACAGAGAAGAGGTGAGACGCTTAAACACAAC 
s mm7.chr11      6626001 193 - 122091587 ATGGGAGGCAGCTCGTGGTATGCCTGGAGCGGGGGAGGGTCCAA--CTTTGGAAAGCTCACTGCTGCTATCCAGG----CAGACCTGAGTGAGGGATCTGCTCACCATAGCTCCTCTCCTTGGCAGCCTCCAGGGCCCGAGAACCTGTTTGTGAACTACCTGTCCCGAATTCATCGTGAGGAGGTGAG----TTAGGCACAGC 

a score=8334
s danRer3.chr12 36326964 146 +  37038836 AGGATTTTAACTTCATCTTGCGAGGGATCAGCCGGCTGCTCAATAACCCTCTGATGCAAACATACCTGCCCCATTCCTGCAAAAAGATCCAGTTTCATCAAGAGCTGCTGGTTCTCTTCTGGAAACTCTGTGACCTCAACAAGGTG 
s mm7.chr11      6627106 146 - 122091587 AGGACTTCCAGTTCATCCTCAAGGGGATCGCTCGGCTGCTGTCCAATCCCCTGCTCCAGACCTACCTTCCCAACTCCACCAAGAAGATCCAGTTTCACCAGGAGTTGCTTGTTCTCTTCTGGAAACTCTGTGACTTCAACAAGGTG 

a score=5879
s danRer3.chr12 36328608 99 +  37038836 TTCCAGAAGTTTCTGTTCTACGTGTTGAAGAGCAGTGATGTGCTGGATATTCTGGTACCCGTCCTCTTCTATCTGAATGATGCTCGTGCAAATCAGTGT 
s mm7.chr11      6627421 99 - 122091587 TCCCAGAAATTCCTCTTCTTTGTACTGAAGAGCAGTGACGTGCTGGATATCCTGGTTCCTATCCTCTATTTTCTCAACGACGCCCGGGCAGATCAATGT 

a score=7907
s danRer3.chr12 36330270 160 +  37038836 CAGCACGTGTCGGTCTGGTGCATATCGGCGTGTTTATTTTGTTGCTGTTAAGCGGAGAGAGGAATTTTGGGGTGCGTCTGAACAAACCCTACAGTGTACGAGTGCCGATGGATATTACAGTGTTTGCTGGGACTCACGCTGACCTGCTGATCGTGGTGAG 
s mm7.chr11      6627802 160 - 122091587 CAGCTCGGGTGGGCTTGATGCACATCGGGGTCTTCATCCTGCTGCTCCTGAGTGGGGAGAGGAACTTTGGGGTACGGCTGAACAAGCCCTACTCAGTGCGCGTGCCCATGGACATCCCGGTCTTCACAGGCACACATGCAGATTTGCTCATTGTGGTAAG 

a score=5380
s danRer3.chr12 36332502 86 +  37038836 CAGGTTTTCCATAAGATCATCACCAGTGGACATCAGCGATTGCAGCCGCTGTATGACTGTCTTCTTACTATTATAGTCAATGGTAG 
s mm7.chr11      6628061 86 - 122091587 CAGGTATTCCACAAAATCATCACCAGCGGTCATCAGCGGTTGCAACCCCTCTTCGACTGCCTGCTCACCATTGTGGTCAACGGTAG 

a score=10085
s danRer3.chr12 36332662 182 +  37038836 TTCCAGTGTCTCCTTACCTGAAGAGTCTGTCTATGGTAGCAGCCAACAAACTTCTCCACCTGCTGGAGGTTTTCTCCAGTCCCTGGTTTCTGTTCAGCACTCCTGTTCACCATCACCTGGTTTTCTTTCTGCTGGAGGTTTTCAACAACATCATTCAGTACCAGTTTGACGGTAGGTTGCTG 
s mm7.chr11      6629787 182 - 122091587 TTACAGTGTCTCCCTACCTCAAGAGCCTGTCCATGGTGACTGCCAACAAGCTCCTGCATCTGCTCGAGGCCTTCTCGACCACCTGGTTCCTCTTCTCGGCATCTCAGAACCACCATCTGGTCTTCTTCCTTCTGGAGGTCTTCAACAACATTATCCAGTACCAGTTTGATGGTGAGGCGCTG 

a score=5652
s danRer3.chr12 36333836 245 +  37038836 CAGGTAACTCTAACCTGGTGTACGGCATCATCCGCAAGCGCAGCCTCTTCCACCAGCTGGCTAACTTACCCACAGACATCACCCTCATCCAGAAAGCTCTGCAGAGGAAAAAGAGCAGGAGCAACAGCATCCATA----ATGCAGTTTTCATGGAGATCAGCAACCCTTACAGCAGCGAGGGTCTGAGTAAAACCACACCAGCTCAAACAGGCACTCTGAACGCAAGCTTGAAGGACATACCACGTATG 
s mm7.chr11      6631393 236 - 122091587 CAGGCAATTCCAACCTGGTCTATGCCATCATCCGTAAACGTGCGGTCTTCCACCAGCTGGCCAACCTGCCCACTGACCCACCCTCCATCCACAAGGCACTTCAGCGGCGGCGGAGGA----CACCAGAGCCCCTGTCCCGTACTGGTTCCCAGGAG----GGAACGTCCATG-----GAGGGATCCCGCCCTGCTGCCCCTGCAGAACCAGGCACCCTTAAGACTAGCCTGGTGGCCACTCCAGGTCTG 

a score=2992
s danRer3.chr12 36335267  95 +  37038836 CAGGCATTGATAAACTGACAGAAACATCACAGGTTTCTGAAGATGGAACCACACTGTT------------AATCCAGCACAGTGAATCAGCCCGCAGCCAATCAGAT 
s mm7.chr11      6631941 107 - 122091587 CAGGCATCGACAAGCTGACAGAGAAATCCCAGGTATCAGAGGACGGCACCTTGAGGTCTCTAGAGCCCGAATCCCAGCAAAGCTCAGCAGAAAACAGCCCATCTGAT 

a score=5592
s danRer3.chr12 36337899 106 +  37038836 CTCTTTTAGGTCCTCTCCTGGAAAAGTAAACTTCCTCTACAGACTATAATGAGGCTCCTTCAGGTTCTGGTGCCTCAAGTGGAGAAAATCTGCATAGACAAGTGAG 
s mm7.chr11      6633356 106 - 122091587 CTCTCACAGATCTTGTCCTGGAAGTCAAAGCTGCCGCTGCAGACCATCATGCGCCTGCTGCAGGTCCTGGTTCCCCAGGTGGAGAAGATCTGCATTGACAAGTGAG 

a score=10794
s danRer3.chr12 36338375 180 +  37038836 TTTTTCACCAGAGGTTTGACGGATGAGTCTGAGATCCTCAGGTTTCTCCAGCATGGGACTCTGGTGGGTTTACTGCCAGTTCCTCATCCCATCCTCATCCGCAAGTATCAGGCCAATGAGGGAACGGCTCTGTGGTTCCGTACGTACATGTGGGGCATCATTTACTTACGGTGAGTCCTG 
s mm7.chr11      6633573 180 - 122091587 TCTTTTTCCAGGGGTCTGACGGATGAGTCTGAGATCCTGAGATTCCTGCAGCACGGTACCCTAGTGGGGCTTCTGCCTGTGCCCCACCCCATCCTTATCCGAAAGTACCAGGCGAACTCGGGGACTGCCATGTGGTTCCGTACCTACATGTGGGGCGTTATCTATTTGAGGTGGGCCCTG 

a score=4143
s danRer3.chr12 36344041 120 +  37038836 TTTAGTAATGTGGATCCTCCTGTTTGGTACGACACTGATGTCAAGCTGTTTGAGATCCAGAGAGTTTAA-----------TGACAGAAGAAACTCTGCACAGCCTCTTTTCTTTACCGCTG------AACACATTGT 
s mm7.chr11      6634005 137 - 122091587 TGTAGGAATGTGGACCCACCTATCTGGTATGACACTGACGTGAAGCTGTTTGAGATCCAGCGGGTGTGAGGATGTCGACTTGAGGGAATAGGGCCGGAAGAGCTGGTTCTAGTCCCCAGTGCTCCCAAACCCATTGT 

a score=7468
s danRer3.chr12 36347150 174 +  37038836 CGCCATGGACGATAGATTCCACCGGGCGGCTCGGGACGGGCACCTGCTGCTGCTGAAAGAAGCGACGCGCAAACACTTGAACGCGCCGGATGAGGATGGCATGACGCCGACGCTTTGGGCCGCGCAGCACGGCAACGTGGACGCGCTCAGGCTCATAGTGGGACGAGGGTGAGT 
s mm7.chr11      6660682 174 - 122091587 CGCCATGAATGACCAGTATCACCGGGCCGCCAGGGATGGCTATCTGGAACTCCTCAAGGAGGCCACCCGGAAGGAGCTGAATGCCCCTGACGAGGATGGCATGACCCCGACTCTCTGGGCTGCCTACCATGGCAACCTGGAGTCTCTGCGCCTCATTGTGAGCCGCGGGTGAGT 

a score=1976
s danRer3.chr12 36353434 654 + 37038836 TGTGGTTGCATGAGTTCATGTTCTGTTGTGCAGTAAGGTGTT---GATCTGAA-----TGCGTAACATGATGCTCATCAGC-----TCCACTTACCCAGTGTAACACACATGTACACA------CACATTATG-CAAACTGCTTGTGTGACTCACCTCTCGAAGTCATTAAAAGCTGTGCA-------GCATGTAATGCATTCATCA--AGTGCACTCTAAGAGGCCTGATGTGTATTCATTACCAAACTGATATATACAGACTAATGCTCTTTAACAATTAACACAATTGC--TAAATCGTgtgtgtgcgtgcg--tgcgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgtgtgtgGCCAGCATTAATTGTAGAACCTGCAAATCACCAGTAATTTGAGTGTTTTCAATGGCCTTTAAACAGAGTATTGTTAAGGTGCAACAGACTTTAAATA------AATGCATTGACTGGATTTTGCAGTATATAAAAATGCTGATGCATATTTAACGAGCTGTCTGGCTTCACTATGGTCCATTAGTTTTCTATTTTGTTCTCGCACGTAAACTACCAGAATCCATCTATCTTTCTGATCTGTCTGTCTGTg--tctatcaatctatctgtccgtccgtctgacctatctatctatctgtctatctatctatctttctgtccgtccatccgtctatctatccatccatcc 
s mm7.chr17     73259384 669 - 93276925 TGTAATGGTATGTTTTCATGCTCTGTAGCACACTACCCTGTCTAAGGCCGGAAATTTCTGCGTCCCACTATTTTTAGTACCAAAATTCTAATTTTGTTTTTGAATAAATACTTCCTGAGCATTTCTCAGTATGTCAAAATGA--GGTTCACACACACTCTTGAGTAGTTCTAAGCTGTGCATGCACATGTATACATTGTTTTGTTCATAAGTTATCTCTTTAAGTTTCATTGTTTCTTGAT------ATTTGTATAGATGGACTTACAAGGAATTACGATGAAGATAATTTTCTTAAAACATTTGCATGAGTTTTATTTCATGATGAATTTCCTGCCATGTAATAATACTAGCATTGCTTAAAGAACTTAAAAAACATTTGAAATTTAATTGTTTTTCAGGGACTTATAGATCGGAATTTCTGAGGGGAAACAAGCCATAAGGACGTCATAAGGTGTTCAGTGGG--CAGCAGTGTTCAGAGATTCAAAAGAGCATGACTCGATCATTGAGTCTTAGCTTGAGTTCAGAAGCC----------TGCGTACACATAGCCCAGTTTGGCTGATGTCTCTCACTGA-CAGTTTGTAGGCAGTTTCATTAATTTCCCTGT-----AATCTGTtctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtctgtctctctctcCTCCC 

a score=1291
s danRer3.chr12 36355663 419 +  37038836 tctatctatctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctatctatctgtctgtctgtctgtctgtctgtctatttatctgtccgtctgtc---CATCCATCCATCCATCATTTTTTTTTTTATC-TCAGACAAATATTGTCCTATGCC-------CTGAAATACATCAGTAGAAAGCTTGTTTATTTGTTTTTTCATC----TGTCCAATAATGCATAAATCTCAGTTCCCACAAATGTACACTTATAACTGATTTTGTGGTCCAGTGTCACAAGTTATTTCAT--ATTATGATCTATATTTATTATTTTCACATCAAAAATTTACAGAATCAAGTCAATATACAAGTAAACTTTATTTTTAACCATTTTTAACCACAAGGT------TTCTGTTTTTTTTTTGTTTACATATTTAAATCTAAATATTTGACCAATTG 
s mm7.chr11      6662716 430 - 122091587 tctctcagtctttctgtctctctgtctctctgtctctctgtctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacaGAGTTTTTGGTAATCCTGAAGCATCTGTTGACTCAAGCCTGCTGGTCTGGAA-ATCTAGGTCTCAGCCCCATGGGTTTATTTTAGGGTagtggttttcaatc-ttcctaacgctacgaccctttaaatgctaa---------gactctttaatacagtttccccatgttgatcaccaaccataaaattattttgttgttacttcataactaattttgctactgttatgaatcataatgtaaaatatgagatacagggtCATGATCCATAGGTTAAGAACTTCCGCTTTAGTGGCTGCTACAT-TCCAGGTCCAGGGGTTTGCcttcttt 

a score=18669
s danRer3.chr12 36356227 493 +  37038836 AAATCTG------TAAATAACCCCATGCACTTTTGTTAT----TATCTCCACAGAGGTGATCCAGATAAATGTGATATTTGGGGAAACACTCCTCTTCACCTGGCAGCAGCAAACGGTCACCTGAGCTGTCTGTCCTTTCTGGTGTCATTCGGCGCAAATGTGTGGTGTCTGGACAATGATTACCACACACCGCTGGACATGGCGGCCTCCAGGAGCCACATGGACTGTGTTCGATATCTGGACTCAATCGCCGCCAAACAAATCACCATTAATCCTAAGTTGGTGAGCAAACTGAAGGAGCGAGGCTTTCGCAATGCAGAGAAGCGCATCAGGAACTGTGAGAAACTACAGCGCAAGCATCACCAGCGCATGGAGAGACATTTCATGAGGGAAAGTGCTGCATTGGATACGTCGGATACCATGAGTTACAGCAGCTTCA---GCAGCACGTTGAGTCGACGGATGCCTCAGTTTAACACGCTTGACTCTATGACATACTCACAGG 
s mm7.chr11      6663286 500 - 122091587 AGGTCTGGCTTGCTAAAGGGACTCATCCTACCTTTCCATCTGCTGTCCCTACAGGGGTGACCCGGATAAGTGTGACATCTGGGGAAACACACCCTTGCATCTGGCAGCTTCCAATGGTCACCTGCACTGCCTGTCCTTCCTCGTCTCCTTCGGGGCCAACATCTGGTGCCTGGACAATGACTACCACACGCCACTGGACATGGCCGCTATGAAGGGCCACATGGAGTGCGTACGCTATCTGGATTCCATCGCGGCCAAGCAGAGCAGCCTCAACCCCAAGCTGGTGGGCAAGCTGAAGGACAAGGCCTTCCGCGAGGCAGAGCGGCGCATCCGCGAGTGCGCCAAGATGCAGCGCAAGCACCACGAGCGCATGGAGCGGCGCTACCGGCGCGAGCTGGCC------GAGCGCTCCGACACTCTCAGCTTCTCCAGCCTCACGTCCAGCACCCTGAGCCGACGGCTGCAGCACATGACGCTGGGCAGCCAGCTGCCCTACTCGCAGG 

a score=12193
s danRer3.chr12 36359364 556 +  37038836 CAACGCTTCAGTCCACGGCTAGAGGCCGGACAAAGATTCAGCGGAAACTTGAGAAGAAGAAGCAAGT---TGAAGGAACGTTCAAGATTTCTGAAGACGGGCGAAAGAGTGTTCGTTCCCTCTCTGGTCTTCAACTAGGAAATGATGTGATGTTTTTGAAGCAGGGAACATTTGTGGACAGACGCCATCAGTCCAGCC---CTCGACTCAACATCCGCAACATGTTTTCTGGTAAATCGGACATCAGGCTGGAGGATGTAGATGATGAGGAAGACACTGTGTCCAGAGCGCTCAGTGATCCGGGTCTATATGAGGCTGCTTACTCTGAAATCAGCACAGATTCAGGACGAGACTCTTTATTCAACCGCCCGGGACTCGGGACGATGGTTTTCCGTAGGAATTATGCGACTGATGGGGTTTTCCGGACAGGACGGGGTGAGGGCAGTGTGGCAGGGAGTGAACCGGTGGGACGGGCCCCGAACATCCACTTACGGGGTCGACTGCCGCTTCGGTCACCCAGTCTGGATGAAGTCAGCATTGGCAGCTCTCTGAGCCTCCAGGA 
s mm7.chr11      6663786 484 - 122091587 CCACGCTGCACGGTACGGCCAAGGGCAAGGCCAAGATCCAGAAGAAGCTGGAGAGGCGCAAGCAGGGGGGCGAGGGCACCTTCAAGGTCTCTGAGGACGGGCGCAAAAGCGTCCGATCGCTCTCCGGCCTGCAGTTGGGTAGTGATGTGATGTTTGTGCGCCAGGGCACCTACGC---CAACCCCAAGGAGTGGGGCCGTGCCCCACTCA------GGGACATGTTCCTC------TCGGAC---------------------------GAGGACAGCGTCTCCCGTGC-CACACTGGCT--------GCCGAGCCTGCTCACTCGGAGGTCAGCACCGACTCAGGCCACGACTCTTTGTTTACCCGCCCCGGCCTGGGTACCATGGTGTTTCGAAGGAACTATGTGAGCAGCGGGTTGCACGGGCTGGGCCGAGAGGACGGGGGTTTG--------------GATGGGGCAGGCAC----------GCCGCGGGGTCGGCTGCA---TAGTTCCCCCAGCCTGGACGACGACAGCCTAGGCAGTGCCAACAGCTTGCAGGA 

a score=3825
s danRer3.chr12 36394592 379 +  37038836 TCGACCCCTGCTACAACTATACCAGTCTGGATGAACCTTGGAGATCCACTGATAACCCTGCTAACTACTATGGCAATCATTT---TGATTGGAGTGTAGCATGGAATGGCTGGTACAGGCTGTTCTACAACAATCAGAGTGCTCAGATGCCAGATTCATGTGTAAATGAAGGCATGTGTGGCACTTATTATCCACTGTGGCTCAATGGATCTCACCCAGAGCTGGAAGATGGAGTGGTCCTTCGTCAGGTCTGTGTTTCTGCATGGAGCGGCTGCTGTACTTTCACATCCCACCCTATAAG-----AGTCAAAGCCTGTCCT---------GGAGATTATTATGTGTATGAGTT----TGTACAGCCGAGAACTCACTCAGCTTACTGTGTTGGTGAGTA 
s mm7.chr7      26389506 376 - 141766352 TTGATCCCTGCCAGAATCACACGGTCCTGAATGATCCTACCAGAAGCACAGAGAAC------AACGATTC-----ATCAGTTGCATGGTGTGATGATAACCTG-CACGGCTGGTACCGCTTTGTG---GGTGATGGAGGAGTGAAGATGCCAGAGACCTGTGTGAGTGTGTTCCGGTGCCACACCTCTGCCCCCATGTGGCTGAGTGGATCTCACCCCATCCTTGGAGATGGCATTGTCAGCCACACAGCCTGTG---CCAACTGGAATGAAAATTG-----TTGCTTCTGGCGTTCTGAGGTCCAGGTGAAGGCCTGTTCTGAAGAACTAGGAGAATATCACGTGTACAAGTTACAGGGTACCCCTGAATGCAGTCTGAGA-TACTGCACAGGTAAGCA 

a score=5069
s danRer3.chr12 36399005 397 +  37038836 GACCCCTGCAATAACTACATCATCCTGGATGAGCCATGGAGAGCCACCAGCAATCA---AAACTCCTCTCAGTTAATGTGTGACAGAGCGGTGAGCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTG---TTCAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGAATAGCTGCGGCACTAATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTCTCTCGAGATGTCTGCGGACACTGGAGCAACAACTGCTGCTATTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCGACCACCTGCAATTTAGCATACTGTGCAGGTA---CTGGACACACATTTAACTCTGCCT 
s mm7.chr7      26367051 382 - 141766352 GACCCCTGCAATACATATGAGACCCTGACTGAGTACTGGCGCAGCACAGAGTATGGTGTGGGCTACTCC---------TGTGAC------GCGGGTCTGCACGGCTGGTACCGGTTC------ACAGGCCAGGGTGGCGTTCGCATGGCTGAGACCTGTGTGCCCGTCCTGCGATGCAACACGGCGGCACCCATGTGGCTCAATGGCTCTCATCCCTCGAGTAGTGAAGGCATTGTGAGCCGCACGGCCTGTGCACACTGGAGCGACCAATGCTGCCGGT---GGTCCACAGAGATCCAGGTGAAGGCTTGCCCAGGTGGCTTCTATATTTACAACTTGACAGCGCCCCCTGAGTGCAATCTGGCTTACTGCACCGGTGAGTCTGGCAATGCCCTCCATCCTGTCT 

a score=1379
s danRer3.chr12 36400318 127 +  37038836 ACCTCAATGACCCCAGCTGCAGAGGAACCGTCCAGAACGGCAGAGTGGAGTTTAACTTC-----GACAACGATCAACACATCTGTGGCACAAACCTTGTGGTACGATCAACTGTTAAATGTGATTTATACTA 
s mm7.chr7      26391840 123 - 141766352 ACCTCAATGACCGGAACTGCAATGGTACCATGCAAGAT---------GAGCCCAACAACTGGGTGTCCATGACCAGCCCTGTTGTGGCTAATTACTGTGGGAACATCCTGGAGGTAAGTGCTCTTCACACCA 

a score=4189
s danRer3.chr12 36401975 186 +  37038836 TGTTGATCTCGTCAGGTGTCCCAATCCTGAGGACGACACAGTGAAGCTGCTGCAGAACGGCGTCTCCACAAGCAGCCGTTTCTCCTTCAGGATGTTCATCTTCACTGCAAACTCC-ACTAAGCTTTACCTGCACTGTGCTGTTCACCTTTGCCTTCTGTCCAGTGAACAATGCTCAACGGTGAGTTT 
s mm7.chr7      26394921 186 - 141766352 TTTTCACTTTCCTAGATGCCCAAACCAACGTGATTCCACCATCAATGTGCGGGAGAATGGTGTGTCCTCAGAAAGCCGATTTTCAGTGCAGATGTTCATGTTTGCTGGAAATTATGACTTAGTTTT-CCTGCATTGTGAGGTTTACCTGTGTGACTCCACTACTGAACAGTGTCAACCAGTGAGTGT 

a score=3891
s danRer3.chr12 36409062 381 +  37038836 GCATCAGCAGTGACCCCTGCTACAACTATGAGTCTCTGGATCGCCCCTGGAGAGCCACCAATGAAAGTGG-----AGATTACATT-TGTGACTATTTTTCCTCCTGGAGGGGCTGGTACAGGCTTTTCTACAATGGATTGGACATCAGGATGCCAGAGACCTGTATTAATGGATTCAGCTGTAACACATACATAAATCTGGCACTTGATGGTCCTCACCCTCAGATAGAGGATGGAGTGGTGATCAGAGAAGTCTGTGCTAGTTCTTACTGGAGCAGCTGCTGTGAGTACAAGGCAGTCCCCATCAGAGTGAAAGCCTGT---------CCAGGAAATTATTATGTCTATGAACTTGAGAGTCCACAAATCGGGTGTTCAGGATACTGCATAGGTA 
s mm7.chr7      26389497 381 - 141766352 GAATCTGCTTTGATCCCTGCCAGAATCACACGGTCCTGAATGATCCTACCAGAAGCACAGAGAACAACGATTCATCAGTTGCATGGTGTGATGAT-----AACCTGCACGG-CTGGTACCGCTTTGTGGGTGATGGA---GGAGTGAAGATGCCAGAGACCTGTGTGAGTGTGTTCCGGTGCCACACCTCTGCCCCCATGTGGCTGAGTGGATCTCACCCCATCCTTGGAGATGGCATTGTCAGCCACACAGCCTGTGCCAACTGGAATGAAAATTGTTGCTTCTGGCGTTCTGAGGTCC------AGGTGAAGGCCTGTTCTGAAGAACTAGGAGAATATCACGTGTACAAGTTACAGGGTACCCCTGAATGCAGTCTGAGATACTGCACAGGTA 

a score=4367
s danRer3.chr12 36410235 422 +  37038836 CTTTCCCTACCCCAAGTGTCGACCCCTGCTACAACTACACCAGCCTGGATGAACCTTGGAGATCCACTGATAACTCTTACTATAGTAACTTAAGTAACTATAGATGTGATTATACTGAGTGGAATGGCTGGTACAGGCTGTTTTACA---ACAGTCAGAGTTCTCAAATGCCAGAATCATGTGTATATGAAGGCATGTGTGGCACTTATTACCCACTGTGGCTCAATGAATCCCACCCTCAGCTGGAAGATGGAGTGGTCCTCCGTCATGTTTGTGCTCATGGATGGAGAGGCTGCTGTACTTACACATCCTCCCCTGTAAGAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGACTATTATGTGTATGAGTTTA-AAGAGCCGTTATTT--TGCGCAGCTTACTGTGTTGGTGAGTATTTATTCATGTGCACTTCAGTC 
s mm7.chr10     71109641 419 - 130066766 CTCTTTCACCCCCAGTCCTAGATCCTTGTTCCGCTTACATCAGTCTGAACGAGCCCTGGAGGAACACTGACCACCAGTTCGACGAGTCCCAGAATCAACCTCTTTGCGACAACCATATGAACGGGGAGTGGTAT----CGCTTCACGGGGATGGCAGGAGATGCCA--TGCCTACCTTCTGCATACCGGAAAATCACTGTGGGACCCATGCTCCTGTCTGGCTCAATGGCAGCCACCCCCTAGAAGAGGATGGCATTGTGCAACGCCAGGCCTGTGCCAGCTTCAAAGGAAACTGCTGTCTGTGGAA---CGCCACGGTGGAAGTCAAGGCCTGCCCCAGAGGCTACTACGTGTATCGGCTGGCCAGACCCAGCGTCTGCTTCCATGTCTACTGTGGCCGTAAGTACCCTCCTGTGCTCTCTTCCCTC 

a score=3405
s danRer3.chr12 36413092 502 +  37038836 ATATTATATAATCAGTTTTGCTGTCCTAATAAGCAAACCTGAAATTTAATGTTG-TCTGTTCAGTGCTCCGTCATGTGATTACACATACCAAAACTACTATAACCGATGAATATGTTTCCAACAGCTCCCCCTGTTGACCCCTGCTACAACTACTTGAACCTGGATGAGCCATGGAGAGCCACCAGCAATCAA---AACTCCTCTCAG--TTAA----TGTGTGACAGAGCGGTGAGCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTGTTCAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGAATAGCTGCGGCACTCATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTCTCTCGTAATGTCTGCGGACACTGGGGCAACAACTGCTGCTATTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCGACCACCTGCAATTTAGCATACTGTG 
s mm7.chr10     71109533 495 - 130066766 acatcacatacacacacTTTTTGTTTGACAAATCAAAATGCAAAAGCGAGGTGGATGTAGCCAGTCATTGGCACTGTGATCTGAAACATCAC--CGGCTATCTCTGGGTCCTCTTTCACCCCCAGTCC------TAGATCCTTGTTCCGCTTACATCAGTCTGAACGAGCCCTGGAGGAACACTGACCACCAGTTCGACGAGTCCCAGAATCAACCTCTTTGCGACAACCATATGAACGGG---GAGTGGTATCGCTTCA-CGGGGATGGCAGGAGATGCCA--TGCCTACCTTCTGCATACCGGAAAATCACTGTGGGACCCATGCTCCTGTCTGGCTCAATGGCAGCCACCCCCTAGAAGAGGATGGCATTGTGCAACGCCAGGCCTGTGCCAGCTTCAAAGGAAACTGCTG---TCTGTGGAACGCCACGGTGGAAGTCAAGGCCTGCCCCAGAGGCTACTACGTGTATCGGCTGGCCAGACCCAGCGTCTGCTTCCATGTCTACTGTG 

a score=4494
s danRer3.chr12 36431745 379 +  37038836 TCGACCCCTGCTACAACTACATCAGTCTGGATGATCCTTGGAGATCCACTGATAACTCTTATAACTACAATAGCTATA-ATTGTGATTGCAATGTTGCATGGAATGGCTGGTACAGGCTGTTTTACAACAATCAGAGTGCTCAGATGCCAGAATCATGTGTAAATGAAGGCATGTGTGGCACTTATTATCCACTGTGGCTCAATGGATCCCACCCAGATCTGGAAGATGGAGTGGTCCTTCGTCAAGTCTGTGCT-TCTGGATGGA-----GCGGCTGCTGTTCTTACACATCCCACCCTATAAGAGTCAAAGCCTGTCCT---------GGAAATTATTATGTGTATGAGTTGAA--ACAACCAAGAACTTACTCAGCT-TACTGTATTGGTGAGTA 
s mm7.chr7      26389506 376 - 141766352 TTGATCCCTGCCAGAATCACACGGTCCTGAATGATCCTACCAGAAGCACAGAGAACAACGATT----CATCAGTTGCATGGTGTGATGATAACCT------GCACGGCTGGTACCGC---TTTGTGGGTGATGGAGGAGTGAAGATGCCAGAGACCTGTGTGAGTGTGTTCCGGTGCCACACCTCTGCCCCCATGTGGCTGAGTGGATCTCACCCCATCCTTGGAGATGGCATTGTCAGCCACACAGCCTGTGCCAACTGGAATGAAAATTGTTGCTTCTGGCGTTCTGAGGTCCA---------GGTGAAGGCCTGTTCTGAAGAACTAGGAGAATATCACGTGTACAAGTTACAGGGTACCCCTGAATGCAGTCTGAGATACTGCACAGGTAAGCA 

a score=4632
s danRer3.chr12 36434118 376 +  37038836 CCCCCTGTT---GACCCCTGCTACAACTACTTCATCCTGGATGACCCATGGAGAGCCACCAGCAATCAGCACTCC---TCTCAG--TTAA----TGTGTGACAGTGCGGTGAGCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTGTTCAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGTACAGCTGCGGCACTAATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTCTCTCGTAATGTCTGTGCTCACTGGAACAACGACTGCTGCTTTTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCGACCACCTGCAATTTAGCATACTGTG 
s mm7.chr10     71109649 379 - 130066766 CCCCCAGTCCTAGATCCTTGTTCCGCTTACATCAGTCTGAACGAGCCCTGGAGGAACACTGACCACCAGTTCGACGAGTCCCAGAATCAACCTCTTTGCGACAACCATATGAACGGG---GAGTGGTATCGCTTCA-CGGGGATGGCAGGAGATGCCA--TGCCTACCTTCTGCATACCGGAAAATCACTGTGGGACCCATGCTCCTGTCTGGCTCAATGGCAGCCACCCCCTAGAAGAGGATGGCATTGTGCAACGCCAGGCCTGTGCCAGCTTCAAAGGAAACTGCTGTCTGTGGAACGCCA---CGGTGGAAGTCAAGGCCTGCCCCAGAGGCTACTACGTGTATCGGCTGGCCAGACCCAGCGTCTGCTTCCATGTCTACTGTG 

a score=1679
s danRer3.chr12 36437279 103 +  37038836 ACCTCAATGACCCCAGCTGCAGAGGAACCGTCCAGAACGGCAGAGTGGAGTTTAACTTC-----GACAACGATCAACACATCTGTGGCACAAATCTTGTGGTACGATC 
s mm7.chr7      26391840  98 - 141766352 ACCTCAATGACCGGAACTGCAATGGTACCATGCAAGAT---------GAGCCCAACAACTGGGTGTCCATGACCAGCCCTGTTGTGGC-TAATTACTGTGGGAACATC 

a score=4067
s danRer3.chr12 36440745 186 +  37038836 TGTTGATCTCGTCAGGTGTCCCAATCCTGAGGACGACACAGTGAAGCTGCTGCAGAACGGCGTCTCCACAAGCAGCCGTTTCTCCTTCAGGATGTTCATCTTCACTGCAAACTCC-ACTAAGCTTTACCTGCACTGTGCTGTTCACCTTTGCCTTCTGTCCAGCGGACAATGCTCAACAGTGAGTTT 
s mm7.chr7      26394921 186 - 141766352 TTTTCACTTTCCTAGATGCCCAAACCAACGTGATTCCACCATCAATGTGCGGGAGAATGGTGTGTCCTCAGAAAGCCGATTTTCAGTGCAGATGTTCATGTTTGCTGGAAATTATGACTTAGTTTT-CCTGCATTGTGAGGTTTACCTGTGTGACTCCACTACTGAACAGTGTCAACCAGTGAGTGT 

a score=3464
s danRer3.chr12 36463137 521 +  37038836 ATGACATTACTCCATCAACACTACAGTGTACTCAGTTTTCTCTTCTCATCAGTGAGCATGAAACATAATGCTGCCTGT--TCAGTGCTCTGTCATGTGATTACACATACCAAAACTACTATAACCGATGAATATGTTTCCAACAGCTCCCCCTGTTGACCCCTGCTACAACTACTTCATCCTGGATGAGCCATGGAGAG-------CCACCAG--CAATGAAAACTCCTCTCAGTTAATGTGTGACAGAGCGGTGAGCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTGTTAAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGTACAGCTGCGGCACTAATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTGTCTCGTAATGTCTGCGCTCACTGGAGCAACAACTGCTGCTATTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCGACCACCTGCAATTTAGCATACTGTG 
s mm7.chr10     71109515 513 - 130066766 atcacatcacatca-catcacatca-catacacacacTTTTTGTTTGACAAATCAAAATGCAAAAGCGAGGTGGATGTAGCCAGTCATTGGCACTGTGATCTGAAACATCAC--CGGCTATCTCTGGGTCCTCTTTCACCCCCAGTCC------TAGATCCTTGTTCCGCTTACATCAGTCTGAACGAGCCCTGGAGGAACACTGACCACCAGTTCGACGAGTCCCAGAATCAACCTCTTTGCGACAACCATATGAACGGG---GAGTGGTATCGCTTCA-CGGGGATGGCAGGAGA--TGCCATGCCTACCTTCTGCATACCGGAAAATCACTGTGGGACCCATGCTCCTGTCTGGCTCAATGGCAGCCACCCCCTAGAAGAGGATGGCATTGTGCAACGCCAGGCCTGTGCCAGCTTCAAAGGAAACTGCTG---TCTGTGGAACGCCACGGTGGAAGTCAAGGCCTGCCCCAGAGGCTACTACGTGTATCGGCTGGCCAGACCCAGCGTCTGCTTCCATGTCTACTGTG 

a score=3080
s danRer3.chr12 36481933 150 +  37038836 TTAGTAAGTATTGTacacacacacacacacacatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca------caca-caca-caca-cacacaaacacaca-caca-caca-caca-cacacacacacac 
s mm7.chr10     71109395 155 - 130066766 ttagcagaatttccacaca-acacacacacacacacacacacacacac-cacac-cacac-cacac-cacac-cacac-cacac-cacaccacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatacacacac 

a score=3789
s danRer3.chr12 36482662 408 +  37038836 TGGAAATGTAATCTTCAGTATTTTCTGCTTGTTTTCTTTTTCTATAATAGTGTCTTTCCCCACCCCAAGTG-TCGACCCCTGCGACAACTACATCAGTCTGGATGATCCTTGGAGATCCACTGAAAACCCTGTTAAC----TTCAG-----------TAACGTTAATC--ATGATTGGGGTGATTCATGGAATGGCTTTTACAGGCTGTTTTATAACAATCAGAGTGCTCAAATGCCAGAATCATGTGTAAATGAAGGCATGTGTGGCACTTTTTACCCACTGTCGCTCAATGGATCTCACCCAAAGCTGGAAGATGGAGTGGTCCTCCGTCATGTTTGTGCTCCTGGTAAAAAAGGCTGCTGTACTTTCACATCCTACCCTATAGGAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGATTATTATGTGTATGAGTT 
s mm7.chr10     71109601 392 - 130066766 TGGCACTGTGATCTGAAACATCACCGGCTATCTCT--------------GGGTCCTCTTTCACCCCCAGTCCTAGATCCTTGTTCCGCTTACATCAGTCTGAACGAGCCCTGGAGGAACACTGACCACCAGTTCGACGAGTCCCAGAATCAACCTCTTTGCGACAACCATATGAACGGGGAG-----TGGTATCGCTTCACGGGGATGGC------------AGGAGATGCCATGCCTACCTTCTGCATACCGGAAAATCACTGTGGGACCCATGCTCCTGTCTGGCTCAATGGCAGCCACCCCCTAGAAGAGGATGGCATTGTGCAACGCCAGGCCTGTGCCAGCTTCAAAGGAAACTGCTGT-CTGTGGAACGCCA--CGGTGGAAGTCAAGGCCTGCCCCAGAGGCTACTACGTGTATCGGCT 

a score=4378
s danRer3.chr12 36489036 357 +  37038836 TCGATCCCTGCGACAACTACATCAGTCTGGATGATCCTTGGAGATCCACTGAAAACCCTGCTAACTACT-ATAGCTTTTGTGATTGGGGTGATTCATGGAATGGCTTTTACAGGCTGTTCTACAACAGTCAGAGTGCTCAAATGCCAGAATCATGTGCAAATGAAGGCATGTGTGGCACTTATAACCCACTGTCACTCAATGGATCTCACCCAAAGCTGGAAGATGGAGTGGTCCTCCGTCAGGTCTGTGCT-CCTGGATGGAGAG-----GCTGCTGTTCTTTCGCCCCCCACCCTATAAGGGTCAAAGCTTGTCCT---------GGAAATTATTATGTGTATGAGTT------------TAAAC---GTTTAAGATTTTGCGCAG 
s mm7.chr7      26389506 369 - 141766352 TTGATCCCTGCCAGAATCACACGGTCCTGAATGATCCTACCAGAAGCACAGAGAAC------AACGATTCATCAGTTGCATGGT-GTGATGATAACCTGCACGGCTGGTACCGCTTTGTGGGTGATGG-AGGAGTGA--AGATGCCAGAGACCTGTGTGAGTGTGTTCCGGTGCCACACCTCTGCCCCCATGTGGCTGAGTGGATCTCACCCCATCCTTGGAGATGGCATTGTCAGCCACACAGCCTGTGCCAACTGGAATGAAAATTGTTGCTTCTGGCGTTCTGAGGTCCA---------GGTGAAGGCCTGTTCTGAAGAACTAGGAGAATATCACGTGTACAAGTTACAGGGTACCCCTGAATGCAGTCTGAGATACTGCACAG 

a score=5287
s danRer3.chr12 36490389 397 +  37038836 GACCCCTGCTACAACTACAACGTCCTGGATGAGCCATGGAGAGCCACCAGCAACGAAGATTCCTCTCAGTTAATG-TGTGACAGAGCGGTGAGCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTG---TTCAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGTATAGCTGCGGCACTAATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTCTCTCGTAATGTCTGCGCACACTGGAGAAACAACTGCTGCTATTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCGACCACCTGCAATTTAGCATACTGTGCAGGTA---CTGGACACACATTTAACTCTGCCT 
s mm7.chr7      26367051 382 - 141766352 GACCCCTGCAATACATATGAGACCCTGACTGAGTACTGGCG------CAGCA-CAGAGTATGGTGTGGGCTACTCCTGTGAC------GCGGGTCTGCACGGCTGGTACCGGTTC------ACAGGCCAGGGTGGCGTTCGCATGGCTGAGACCTGTGTGCCCGTCCTGCGATGCAACACGGCGGCACCCATGTGGCTCAATGGCTCTCATCCCTCGAGTAGTGAAGGCATTGTGAGCCGCACGGCCTGTGCACACTGGAGCGACCAATGCTGCCGGT---GGTCCACAGAGATCCAGGTGAAGGCTTGCCCAGGTGGCTTCTATATTTACAACTTGACAGCGCCCCCTGAGTGCAATCTGGCTTACTGCACCGGTGAGTCTGGCAATGCCCTCCATCCTGTCT 

a score=1876
s danRer3.chr12 36491792 39 +  37038836 ACCTCAATGACCCCAGCTGCAGAGGAACCGTCCAGAACG 
s mm7.chr7      26391840 39 - 141766352 ACCTCAATGACCGGAACTGCAATGGTACCATGCAAGATG 

a score=2044
s danRer3.chr12 36492801 131 +  37038836 TGCATGTGGAGGTTGGTGTTGAGGGGGTCGACAGCCGCCAGTTTGCCCTGGTGATGGACACGTGTTGGGCTACACCTGTGAATGACCCCAATTACAGTCTCCGCTGGG-ACCTCATTACT---GATGAGTAAAGA 
s mm7.chr7      26374711 131 - 141766352 TGTATGTGGGCACCATGCTGGATGGGGGTGACTTGTCCCGGTTTGTACTGCTAATGACCAACTGCTATGCCACACCCAGTAGCAACTCC----ACAGACCCTGTGAAATACTTCATTATCCAGGACAGGTAAAGA 

a score=4189
s danRer3.chr12 36493147 186 +  37038836 TGTTGATCTCGTCAGGTGTCCCAATCCTGAGGACGACACAGTGAAGCTGCTGCAGAACGGCGTCTCCACAAGCAGCCGTTTCTCCTTCAGGATGTTCATCTTCACTGCAAACTCC-ACTAAGCTTTACCTGCACTGTGCTGTTCACCTTTGCCTTCTGTCCAGTGAACAATGCTCAACGGTGAGTTT 
s mm7.chr7      26394921 186 - 141766352 TTTTCACTTTCCTAGATGCCCAAACCAACGTGATTCCACCATCAATGTGCGGGAGAATGGTGTGTCCTCAGAAAGCCGATTTTCAGTGCAGATGTTCATGTTTGCTGGAAATTATGACTTAGTTTT-CCTGCATTGTGAGGTTTACCTGTGTGACTCCACTACTGAACAGTGTCAACCAGTGAGTGT 

a score=4105
s danRer3.chr12 36519167 379 +  37038836 TCGACCCCTGCTACAACTATAACAGTTTGAATGAAACTTGGAGATCCACTGAGAGCTCTTTTTTTGATTACAATAGCCATATG-TGTGATCATAATGAGTGGAATGGCTGGTACAGGATGTTCTACAATGGTCAAAATGCTCAGATGCCAGAATCATGTGTGAATCAGTACATTTGTGGTGCTATTTATCCAATGTGGCTCAATGGATCCCATCCTCAGCTGGAAGATGGAGTGGTCCTCCGTCAGATCTGTGCT------TCTGGATATAGTGGCTGCTGTTCTTTTAAATCCCACCCTATAAGAGTCAAAGCCTGTCCT---------GGACATTACTATGTGTACGAGCTTGTCAAGCAACGGATTTGTTCAGTT-----TACTGTGCTGGTGAGTA 
s mm7.chr7      26389506 376 - 141766352 TTGATCCCTGCCAGAATCACACGGTCCTGAATGATCCTACCAGAAGCACAGAGAACAACGATT-------CATCAGTTGCATGGTGTGATGATAAC---CTGCACGGCTGGTACCGCTTTGTGGGTGATGG---AGGAGTGAAGATGCCAGAGACCTGTGTGAGTGTGTTCCGGTGCCACACCTCTGCCCCCATGTGGCTGAGTGGATCTCACCCCATCCTTGGAGATGGCATTGTCAGCCACACAGCCTGTGCCAACTGGAATGAAAATTGTTGCTTCTGGCGTTCTGAGGTCCA---------GGTGAAGGCCTGTTCTGAAGAACTAGGAGAATATCACGTGTACAAGTT--ACAGGGTACCCCTGAATGCAGTCTGAGATACTGCACAGGTAAGCA 

a score=5141
s danRer3.chr12 36522021 397 +  37038836 GACCCCTGCTACAACTACTTCATCCTGGATGACCCATGGAGAGCCACCAGCAATCAATATTCCTCTCAGTTAATGTGTGACAGTGCGGTGA-----GCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTG---TTCAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGTTGAGCTGCGGCACTAATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTCACCAGAGATGTCTGCGGACACTGGAACAACGACTGCTGCTATTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCGACCACCTGCAATTTAGCATACTGTGCAGGTA---CTGGACACACATTTAACTCTGCCT 
s mm7.chr7      26367051 382 - 141766352 GACCCCTGCAATACATATGAGACCCTGACTGAGTACTGGCG------CAGCACAGAGTAT-----------GGTGTGGGCTACTCCTGTGACGCGGGTCTGCACGGCTGGTACCGGTTC------ACAGGCCAGGGTGGCGTTCGCATGGCTGAGACCTGTGTGCCCGTCCTGCGATGCAACACGGCGGCACCCATGTGGCTCAATGGCTCTCATCCCTCGAGTAGTGAAGGCATTGTGAGCCGCACGGCCTGTGCACACTGGAGCGACCAATGCTGCCGGT---GGTCCACAGAGATCCAGGTGAAGGCTTGCCCAGGTGGCTTCTATATTTACAACTTGACAGCGCCCCCTGAGTGCAATCTGGCTTACTGCACCGGTGAGTCTGGCAATGCCCTCCATCCTGTCT 

a score=1539
s danRer3.chr12 36526028 103 +  37038836 ACCTCAATGACCCCAGCTGCAGAGGAACCGTCCAGAACGGCAGAGTGGAGTTTAACTTC-----GACAACGATCAACACATCTGTGGCACAAATCTTGTAGTATGATC 
s mm7.chr7      26391840  98 - 141766352 ACCTCAATGACCGGAACTGCAATGGTACCATGCAAGAT---------GAGCCCAACAACTGGGTGTCCATGACCAGCCCTGTTGTGGC-TAATTACTGTGGGAACATC 

a score=4058
s danRer3.chr12 36528043 186 +  37038836 TGTTGATCTCGTCAGGTGTCCCAATCCTGAGGACGACACAGTGAAGCTGCTGCAGAACGGCGTCTCCACAAGCAGCCGTTTCTCCTTCAGGATGTTCATCTTCACTGCAAACTCC-ACTAAGCTTTACCTGCACTGTGCTGTTCACCTTTGCCTTCTGTTCAGTGAACAATGCTCAACGGTGAGTTT 
s mm7.chr7      26394921 186 - 141766352 TTTTCACTTTCCTAGATGCCCAAACCAACGTGATTCCACCATCAATGTGCGGGAGAATGGTGTGTCCTCAGAAAGCCGATTTTCAGTGCAGATGTTCATGTTTGCTGGAAATTATGACTTAGTTTT-CCTGCATTGTGAGGTTTACCTGTGTGACTCCACTACTGAACAGTGTCAACCAGTGAGTGT 

a score=3784
s danRer3.chr12 36550185 388 +  37038836 TCGACCCCTGCTACAACTATACTAGCCTGGATGAACCTTTGAGATCCACAGATAGCTTTTACTATAGTAATAATCAGTACAATGTAATTTGTGACTACGCTGTGTTGTGGAATGGCTGGTACAGGCTGTTCAACAACAATCAGAGTGCTCAGATGCCAGAATCATGTGTAAATGAAGGCATGTGTGGCACTTTATACCCACTGTGGCTCAATGAATCCCACCCTCAGCTGGAAGATGGAGTGGTCCTCCGTCACATCTGTGTTTCTTCATGGAGCGGCTGCTGTGCTTACACATCCCACCCAATAAGAGTCAAAGCCTGTCCT---------GGAGATTACTATGTGTATGAGTTAGTCAGGCCA---------GCAGTTTGTGGAGCTTTCTGTATAGGTGAGTA 
s mm7.chr7      26389506 376 - 141766352 TTGATCCCTGCCAGAATCACACGGTCCTGAATGATCCTACCAGAAGCACAGAGAAC------------AACGATTCATCAGTTGCATGGTGTGATGATAACCTGC------ACGGCTGGTACCGC---TTTGTGGGTGATGGAGGAGTGAAGATGCCAGAGACCTGTGTGAGTGTGTTCCGGTGCCACACCTCTGCCCCCATGTGGCTGAGTGGATCTCACCCCATCCTTGGAGATGGCATTGTCAGCCACACAGCCTGTG---CCAACTGGAATGAAAATTGTTGCTTCTGGCGTTCTGAGGTCCAGGTGAAGGCCTGTTCTGAAGAACTAGGAGAATATCACGTGTACAAGTTA--CAGGGTACCCCTGAATGCAGTCTGAGA----TACTGCACAGGTAAGCA 

a score=4731
s danRer3.chr12 36564196 371 +  37038836 TCTTTCACCACCTTAAGTGTCGACCCATGCTTCAACTATACCAGTCTGGATGAACCTTGGAGATCCACTGATAACTATTATGATAA---------------TATTTTTTACAATTACATGTGTGACTTTAATGTAGAGTGGAATGGCTGGTACAGGCTGTTTTACAACAATCAGAGTGCTCAGATGCCAGA---ATCATGTGTAGATCAG--AACTCGTGTGGCTCTTTTAACCCAATGTGGCTTAACAGATCTCACCCTCAGCTGGAAGATGGAGTGGTCCTCCGTCACATCTGTGTTTCTTCATATAGCGGCTGCTGTGCTTTTACATCCCACCCTATAAAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGATTATTATGTGTACGAGTTTGTCAAGCC 
s mm7.chr10     71109642 360 - 130066766 TCTTTCACCCCC--AGTCCTAGATCCTTGTTCCGCTTACATCAGTCTGAACGAGCCCTGGAGGAACACTGACCACCAGTTCGACGAGTCCCAGAATCAACCTCTTTGCGACAACCATATG---------AACGGGGAGTGGTATCGC-------------TTCACGGGGATGGCAGG----AGATGCCATGCCTACCTTCTGCATACCGGAAAATCACTGTGGGACCCATGCTCCTGTCTGGCTCAATGGCAGCCACCCCCTAGAAGAGGATGGCATTGTGCAACGCCAGGCCTGTGCCAGCTTCAAAGGAAACTGCTGT-CTGTGGAACGCCA--CGGTGGAAGTCAAGGCCTGCCCCAGAGGCTACTACGTGTATCGGCTGGCCAGACC 

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s danRer3.chr12 36565338 386 +  37038836 TTCTGTAGCTCCCCCTGTT---GACCCCTGCAATAATTTCTTGATCCTGGATGAGCCCTGGAGAGCCACCAGCAATCAA---AACTCCTCTCAG--TTAA----TGTGTGACAGTGCGGTGAGCTGGAGCGGCTGGTACCGTCTCTTCATTAATGGTCAGAGTGTTCAGATGCCAGACACATGTGTTGATGAGTATAGCTGCGGCACTAATGCTCCACTGTGGCTGAGCGGAGGACATCCAACACTTGAGGATGGAGTGGTCACTAGAGATGTCTGCGCTCACTGGAGCAACAACTGCTGCTATTTCCAGTCCAATCCCATTCAAGTCAAAGCCTGTCCTGGAGGTTTTTATGTCTATGAGTTTGTGAGGCCGACCACCTGCAATTTAGCATACTGTG 
s mm7.chr10     71109639 389 - 130066766 TCCTCTTTCACCCCCAGTCCTAGATCCTTGTTCCGCTTACATCAGTCTGAACGAGCCCTGGAGGAACACTGACCACCAGTTCGACGAGTCCCAGAATCAACCTCTTTGCGACAACCATATGAACGGG---GAGTGGTATCGCTTCA-CGGGGATGGCAGGAGATGCCA--TGCCTACCTTCTGCATACCGGAAAATCACTGTGGGACCCATGCTCCTGTCTGGCTCAATGGCAGCCACCCCCTAGAAGAGGATGGCATTGTGCAACGCCAGGCCTGTGCCAGCTTCAAAGGAAACTGCTG---TCTGTGGAACGCCACGGTGGAAGTCAAGGCCTGCCCCAGAGGCTACTACGTGTATCGGCTGGCCAGACCCAGCGTCTGCTTCCATGTCTACTGTG 

a score=3182
s danRer3.chr12 36661530 681 +  37038836 ACATTATAAGAAACTGCAGATGTGAATGAAATAAAGTTTAGTACATTGATTACTTATATTTAAAGTTGACTGAAACTATT-CTTCCTTTAAAATACTTTTTTAAAACGTTCCAGGTAGTATGAAAAAACAGATAAAATAGTTGATTGCACTACAGTACTTAATAATTTTTGAAACGTTATAGTTAAATGGTCAGCACTTTTTATTTTTAGCCAGCATACTGCAGCATAGAAAAGTGTAAAAAAAAGAGGTCAAATACATTACCACAGAATTTCCATGTGGTTTTCTGGTATGTTTTTGCAAAGCCCCAAGGAATCATACACCTGGAGTTCATGGC--TCTGGCCACAGAAGACATTTGAAGATATTGTAAAGAAAATAATT---GTACACAAAATAGACAAATAGTGTTAAAATACATTTATAAGATCAAGATGTTTTAACTAACCCACAAAATGAAATGGTTCCCAGTCTCAAGGTTCTCTTTTGGCCCAACACATCAAGGAAACAACATACAGTGTCGCTCAGCTTTAGACTCTTTTTGAAAAAAAAAGTTCTTAGTTATTTTATTAATTAAACCCatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacacacacacacacacacatacatatatatatatatata 
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