##maf version=1 a score=6885 s danRer3.chr4 4349 166 + 33808418 tcgagagcttagccgtcgttctgcagcgtcgcgactgggaaaac-----ccgggGTGTGTTCACTCCCAGCAGAGCCAAACTCATCTTACTGATGACCAGATCACAGATCAGCTGCCGGTCCTCCTCTACATGCTCACCAATCAGAGGCATGGAGCTGTCCATCACCTGca s fr1.chrUn 276241644 171 - 349519338 TCGCGCGTTTAAAAGCTCGTCAGCGACGGCGTACCTTGACAGACGACGGCTGAGGTGTGGAAACGCCCAGCAGCACTTGGGCCATCTTGTTGAGGACTAACTCTGCAATCAGCTGTTTGTCCTCCTCCACGTGCTCACCAATCAGGGGCATGGAGCTGTCCATCACCTGCA a score=7575 s danRer3.chr4 5602 138 + 33808418 tgtgtgtgCAGGGCGTGTTCATGACGGACGCCTCTACACGGGTCTGTGTAACTTTAACCGGCGCTGGGAGCATCTCTCACTGGCGCAAAAGAAGGGCATCAACCACCGCTATCAGCTCGGCTGCAGCTGCAGGGTGAG s fr1.chrUn 276265302 138 - 349519338 TGGTTTTCCAGGCAGAGTATACGACGACAAGGTCTACACGGGGTTGTGCAACTTCAACGAGCGGTGGGAGCGCCTCTCGCTGGCGCAGAAGAAAGGCTTCAACCATCGCTACCAGCTGGGCTGCAACTGCAGGGTGAG a score=2808 s danRer3.chr4 14839 319 + 33808418 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TCAACCATGTAAGACTTGAAATATCACAAAATAGGCAGAAAATTAAAATTCTCTGGAATTGAGATGTTCATTAAACCTTCTAGCAAAATAAAATAAAAGAATTTTCCATTTCCATTATTTTTCATATTTATTTTGTATCACATTTGAAACATCAGACGTTTGTGCAACTTTTTGCGCACAGCAATGATAATTTTAATGACAAAAAACTATTATTCCCTAAACATTTCAACATCTCATTCAGTTCGTCTCTTTATTTTTACTT---GTTACCTGATATACCTGTTATATATCAAATCATGTGCA--ACAGGTTTTTAAACAGTGTTGGTCAGGTTGATATTAGATCTTAGAAAGTTTAATaatttgt----gttgagtcatttttag s fr1.chrUn 34964936 300 - 349519338 TTAACCCTTTAAAGCCGGACACATCAAAAAATAGCCAGAAAATTCTAATTTTTTGGAAATGAGATGTTTATTAGGCGATTTCG--------------------------------------------------------------------------------GCAACTTTTAGCTCACGACTATGTTAACTTTAGACACAAAAACAAAGTTTCCCCATAACATTTTAACAATATAGAACCTGAACAACAACATTTTTCCCTTTGGTTTTTTTGCAAAGAAGTT-TTTAGCACAAGAGGCACACTGCAGCCTCTTTTACGG----GGTGGTGTTGGAGTTGGTTC-TGGAGAGGACAGTGGTCTGCCACACTTGATTTTGGTTTAG a score=-1550 s danRer3.chr4 66105 107 + 33808418 a-------------ctgtgatcttcagtatt--------tttaatcagatt-----agttgatctgatgtgtctttggtactgcctaatctaatgttaatggacacgtataatactgtaaagcatcctGGAGA s fr1.chrUn 126609003 119 - 349519338 AAAAAAGAGACGTCTCAGAATCTCGCGTATCAAATATGATACAAACGGCTTTAAAGGGTTAAACTTATATGGCTTCAGTTCTGCTCTGTGTTTTTTTCTTTGTCAGCCA--------------ATCGGGCACA a score=10317 s danRer3.chr4 66212 372 + 33808418 AAggtggcacagtgtctcagtggttagcactgtggcctcacagtaagaaagtcactggttcgagtcccagttgggtcag---ttggtg--tttctgtgtggagtttgcatgttctccccgtgttggtgtgggtttcctccgggtgctccggtttcc-cccacagtccaaacacatgcgctataggggaactgatcaa---------ctacactggccgtagtgtatgagtgtgtgtgtgtgaatgagtgtgtatgggtgtttcccaat----------attggcttccggctggaagagcatccgctgttaaaacaa-atgctggaatagttggtggttcattccactgtggtgaccttaataataagggactaagctgaaggaaaatgaatgaatga s fr1.chrUn 34965363 385 - 349519338 ATggcggcacggtggtgtggtgtttagcactgttgcctcacagcaagaagaccccgggttcgatccccgtttgggactgagcctggggactgtctgtgtggagtttgcatgttctccctatgcctgcgtgggttctctccgggtactccggcttcctcccacagtccaaagacatgcatgattggggattaggctaattggaaattctaaattgcccgtag---gtgagagtgtgagagagaatggttgtgtgtctatatgtgttagccctgcgattgactggcgtccagtccagggtggaccctgcctccgcccagtgtgctgggatag-----gctccagccccc--ccgcaaccct--cagtggaggaacaagcggta-gaaaatgagtgagaga a score=-450 s danRer3.chr4 68042 513 + 33808418 aatatatttttaataaat------cattattatGATTTCTCAAAGACTCTTTTTTGTAGGTAACCA-----------TTTTAAATAGTAACAAATTAATAACTCATTAAAAGAGTAATATCTGATTTTTATAATATTCAGAAATCATATTTGCCAATGATAATAGGAATATTATGTAGTTTTCCACATTAATTAA-----ACAGTAAATATTAATAATTGGT---------CATTTTTTAAATATTTATTATCATGATAA-------TATATGATCAAACTAATTGTGCA-------CACTTCAAAACAAGC----AGTGAG------CAGACGTGTCATCATTTTAA-------------TTGTAGTTTT-----------------GAAATATTGTAATTAAA------TTCTTCCCTCAAATCATTTCACACACATTGaataaatatatatatatattttttttaaGACTCAAGTATCTTGTAAAACACCTTTAAAACACTTTGATGTTCAATTAAAGTCTTTAAATTGGTCTGCTTTTTATAAA--TATTTCTTTAAATTGTCTGTTTTGTCGTTTATATTTCCATTCTCTCTGTGCATAAA s fr1.chrUn 177356275 568 - 349519338 AATATTTTTTTCATCATTACTCTTTATTGCTATCATT--------ACTGCTTTTTGCGAATGGCCACTAGGTGGGATTTTTAAATGGAATTAAAAAAAAAACAGGTTATTAAATTAATTGCTATTTGCCAAGAACTAGTTAAATTAAAATTATTAGGACCAATACTAAGGTGCTGTCTTATGTATCATCATTTAAATGCTATATTAAATAGTGAAGTTGAGTGGGGAAAACCAGCTGCTTAATAGAAACAATAAAAAAAAATCTAGTTATGCTTTCAGTCTAACTCTATAATGGCTGATCTGTAAAATGAGCCATAAGTGAGTGAAACCGGGTGCTTCGACATCTTAAAACAGATTAAACCCTCTACCTTTTTACCTGTTTAATGGCCAGAACACTTTATCTAAAACTGTCTTTGTCTCTCTCGTCCTGacacacaca-cacacagacagacacacacacaATTTT----ACACAAATCTC---------------AGAGAGGTTTGTCTTTCATTTAGA----TTGAAT---TCTTCATCTTAACAGCCCATCTCTGTAATTTTCAAGATGTGTGTCTGATCTTT---TTTTCTCTTTAAATAAA a score=1808 s danRer3.chr4 70996 134 + 33808418 CGCGTGTTCTCTTGTTCTGGCCATTCTGCGCATGAATTA-------TGCAGATGTCCT---------------------GAGGGTCCGCAGTACAACACAAAGGCCTGAATTAAACATGAAGAGCGTTCAGAATAAAACACAATTAAAAAAAACGGCCCGCT s fr1.chrUn 301982198 162 + 349519338 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fr1.chrUn 218344327 117 - 349519338 TAGC--------------TGGAAATAAATCCCATT----GTCAAATCCAGA-------------GAGAAACAACTGCAGAGATTCATGGCCCCAGATAACAGGACAATAGTATTGTGAAAGATAACCTGAGAATAAATGAGCTTAAGA a score=1902 s danRer3.chr4 79334 47 + 33808418 TGTGCTGGAGGGTTATCTCTGAGGGCTGAATGTGTGTGTTGGTGTGT s fr1.chrUn 310285908 47 - 349519338 TGTGATGGATGGAGAGCACTGATGGGCGTGAGTGTGTGTTTGTGTGT a score=649 s danRer3.chr4 79554 220 + 33808418 ATAAACCATCATTGTCTTAATCTGCTCCACCACTTCAGCTGCTGTGAGTCTCTGCCTTCC-TTCTGCTCcacacacacacacacacacacacacacacaAACGCTCCAGAATGGCACTCTGGCACCTCTCAG-CTTTACTGCGCTCGTCTCTGGAGTGTGTTTTCTCCTCTGTGCGCTGGGAAACACTGCTGTCAGAGACATCACACTGATGCTCAACTGCT s fr1.chrUn 310286170 209 - 349519338 ATCAGACCTGCCTGCCTGAAGTTACTGAAACCCTGTTGCTGATCTAAGTATGTTCCAGCCATTATG------------AAGTGTGCATATATGTGCAATGGCTTTCCTCTGCAGCTCTTTGCTTCACTTTAGCCTTTCTTTCACTGTTCCCTGGGGTGTGTTATATTCTGGGGCTGTTAGAATAAAGCCCCG-CAGACACCTTCTGCTGTCTGTCAGCAGCT a score=2061 s danRer3.chr4 79895 114 + 33808418 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TCAATATTTCACCCTTAGCTGATTCTCTGATTCACCCACAGCTGATTTACTGATTTAATCACATCTGATTTAACTATTCACTCAGAGATGATTCAATAATTCATGAACAGCTGATTCACCAATTCAATCACAGCTGATTCAATAATTCTTTTATATCTGATTTACTGATTCAATCACAGCTGATT------CACCTATTTTCACAGATGATTTCACACTGAATCACAGATGATTTAATAATGAATCTAGAGCTGATTCATCCACAACTGAACA--CTATAAATCCAGTCCTGGTTCACTGATTTATTCACACTGATTCACTAACAACTGAAAACATTGATTTATTCACTAGTGGTTCATAGATTCATTCACACCTGATTCGCCAACAACTGGATGCACTGAATTCATTCACATCTGATTCACAGATTCATTCACAGCTGATTCAATAACAACTGAAAACACTGATTTATTCACATCTGATTCACAGATTCATTCACAGCTGATTCACTAACATCTGAAAGCACTGATTCATTCGCAGCTGATTCACTGGTTGATATACAGCTGAATCTTTTAAACACAAGATGAAAAGTGTAGGATGT s fr1.chrUn 36235282 541 - 349519338 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TATTAATTAAAGCAAGTGTTGATAACTATGATGAAACAATTTATTTAGTACTTTTAACTAATCAGTTTG-----------GCTAACATGCCGAA---------AAAAACCTTGTAATTCTTTTGCTGTT----------TTCTATTTTTTACACTGCTAATGGATATTTTTAACTCCAGTACTGCCCCCTAGTTCAGCACCT--------TAAACAAGCATCCTGGAATCAACATTGTTTAAAATGTCAGAACTTTTTTTTTAGTGTTTGTGACAAAAATAACTCCTCAACAACACGCATGTGAGTTTTGGTGAGCTTGGACTACATTTCCCAgcggcgccctgcgcccaggccccgcccccggcgtggccccgccccccgcATACCTCCGCTGTGTGCTCACGCTGCCGGGATCCTGCTCCGCACTA-GTTGCTCC---TCCAGCCGCGGT----AAACTTTGTCCACAGGAATGGCTGAGTTTCACTACGGCGAATTTCGTCGACATTTCGCACCCACGCGCATAACCGCGACCACGCATTGGA--TTTAA--GGACCGAAA--AGTGGTTTCAAACAACACCTTTG---GGATTTTTTAACGCAACTTTTGGAGGGTGAGCTCTCGCTCTTTGGAGTTCTTCGTCCGGGT-ACCGAGAGGAAAATGCGCCCCTCCACGCAGCCTCGCTGTTTTGCGGGCTTGGTCGTGGTTCTGTCGCTCTTCTGGGGGCTCCAGTGCGGGTCTGGGGCC-------------AACGTGAGGACCTGCCCCTCGCCCTGCGTGTGTTCTGGGGAGCTGGTGGACTGCAGTCGGCTGAAGAGGGGCCAGATTCCAGAGAGGATCCCAGAATGGACCGTCACACTGTGAGTCCGGC a score=5674 s danRer3.chr4 124424 228 + 33808418 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s fr1.chrUn 70332707 1326 - 349519338 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a score=5940 s danRer3.chr4 216085 313 + 33808418 TCGTCCCACAGGGGTTTCTGGATGTGTTCTGGGATTTTCTCCATGGCAGTCTGCGCAGAATCACACACACACACAGAGTAAGCGTTAGAGTACAGCAAACACACTTTATAAGCTCCATCTACTCCTGTCTGCGTTCTAATGTCTGTTCACTTGGCAACTGTATCCGTGCAGCAGCCGCAGGTTTATTTGTGATGTCCTCACCTTTGTGACCTCCATAGCAACTCCTTCAGGCAGATTGCGCTGAATATACTCCAGATAAACGCGTGCGCTCGAGCCGGTTATCCTGGAGATCTGAAAGAGAGGAGATTTCGGT s fr1.chrUn 70334490 271 - 349519338 TCGTTCCACATGGGTTCGAGGATGTGATCAGGAATCTTTTCCATGGTGGTCTG---ATAACATTAAACGTGCAATGAAAAAGTTTTAGACTTTAACATTCCAGATTTGAACATCTGAACTAC------CTGAATTGTGGCATAAGT-------GCGACTGACTTCCCAAA--------------------------CTTACCTTTGTCACCTCCATAGCAACACCTTCAGGGAGATTCCTCTCAATGTACTCCAGGTAAACCTGTGCTGTGCTGCCTGTAATGTGAGACAGCTACAAAGCACGACATTCTGGT a score=5209 s danRer3.chr4 217115 152 + 33808418 TGTCTGCGCACCTGGATGCACCTGTAATGCGTCCTCATCTCGTACTGCACGCGGTGCTTCTTGAAGATGTGCCTAGACTTCAGCAGCGTCAGCTTATCGATGTGTTTCGGCGGCTCAAATCTGGACAGCAGAACAGCACAGCTTCAATAACC s fr1.chrUn 70334860 148 - 349519338 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danRer3.chr4 232755 3 + 33808418 TGT s fr1.chrUn 347194343 3 - 349519338 TGT a score=9986 s danRer3.chr4 232758 136 + 33808418 AGGTGGTGCTGGTGCGCTGGAACGAGCCCTTCCAGAAGCTGGCGACCTGCGATACTGACGGCGGGATCTTCGTCTGGATTCAGTATGAGGGGCGCTGGTCGGTGGAGCTGGTCAATGATCGCGGAGCTCAGGTGAG s fr1.chrUn 75349208 136 - 349519338 AGGTGGTGTTGGTGCGATGGAACGAGCCCTTCCAGAAACTGGCCACTTGCGATACAGACGGAGGAATATTTGTTTGGATTCAGTATGAGGGTCGTTGGTCTGTGGAGCTGGTTAATGACCGTGGAGCACAGGTGGG a score=10890 s danRer3.chr4 233524 274 + 33808418 TTTCTGCACAGGTGAGCGACTTCACCTGGTCTCATGATGGGACGCAGGCTCTGATCTCGTACCGTGATGGTTTCGTGTTGGTGGGTTCGGTGAGCGGTCAGCGCCACTGGTCCTCCGAGATCAACCTGGAGAGTCAGATCACCTGCGGCATCTGGACGCCCGACGACCAGCAGGTGACATTACACACACTCTGAGGAGCTTTTTGGCCAGACACATGAGATGAGGGATGTTTTTTATCCAAAATTGTGGAGTTT---GTGCTCTGAACTTCATTTAA s fr1.chrUn 75349407 256 - 349519338 TTCCTTTTCAGGTGAGTGACTTCACTTGGTCCCACGATGGCACTCAGGCTCTCATCTCCTACCGTGATGGGTTTGTCTTGGTGGGGTCCGTCAGCGGGCAGAGGCACTGGTCCTCTGAGATCAACCTGGAAAGCCAGATCACCTGTGGAATCTGGACTCCTGACGACCAGCAGGT-ACTTTAT--------TGAGGG-----------AGATGCATG-GAGCATGGTTACGGATTTCCAGGCGTTGTTAATTCTTACGTATTGTTAAATTCTGTTAA a score=12454 s danRer3.chr4 233865 231 + 33808418 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtCCTCAGGTGTTGTTTGGCACTGCAGACGGGCAGGTGATCGTGATGGACTGCCACGGCCGCATGTTGGCTCATATTCTGCTCCATGAGGCCGAGGGCATCGCCAGCATGGCCTGGAACTATCCCAGCTTCCTGGTAGAGGACAGCAGCGAGAGCGACTCCGATTCAGACGACAGCACGCCTCCGCAGGGTAAACACTCCATTA s fr1.chrUn 75349745 227 - 349519338 TGTCTAACCGCCCTGGCCTGTGGGTGTGT----AGGTGTTATTTGGTACTGCGGACGGACAGGTGATAGTGATGGACTGCCACGGTCGTATGTTGGCCCACATTCTGCTGCATGAGTCGGACGGCATCGTCAGCATGTCCTGGAACTGTCCCAGTTTCCTGGTGGAGGACAGCAGTGAGAGTGACATGGACTCTGACGATTACTCGCTACCACAAGGTGAGTGCTTATTTA a score=6439 s danRer3.chr4 234150 198 + 33808418 CTGCAAAATCTGCCCAAACACAGTCTTGTTTTCAGAAATAATGAGTTAAAGTAATCTGTGAGTGCTAATACTTGTGTTGTTGTTGCAGTGCACAGCCTGAAGCCGCTGCTGACCGTCTGCTTCACGTCCGGAGACATCAGTTTGATGAGCAATTATGATGACCTTTCACCTCTGCTGATACGCACGGGCCTCAAAGGT s fr1.chrUn 75350448 188 - 349519338 CTGCCAGATCTGCTCCAG---------ATTTACAGAACGATGACAATGACGCAGTCGTCCATTTTCCAT-CTTCTGTCTTTGAATCAGTGCACAGCCAGAAACCACTGCTGACGGTGGGCTTCACCTCTGGAGACATCAGCCTCATGAACAACTACGACGACCTCTCGCCCACCCTCATCCGTACTGGTCTCAAAGGT a score=7382 s danRer3.chr4 236934 193 + 33808418 gtgtgtgtgtTCAT-CAGATGTGGTGGTGCAGTGGTCTTCCCAGGGGGATCTGCTGGCTGTCGCAGGGATGGAGAGA---CTCGTGACTTCCGACCCCACA------CAGGCCACCCGAAACGCCATTGTAAAGTTTTACAATGTTCGCGGGGAGCACATTTACTCACTGGAAACACCTGCTCAGGTGAGTGTTTacatacac s fr1.chrUn 75350691 203 - 349519338 GTGTTTGTTTTCCTGTAGATGTGGTCGTGCAGTGGTGCTCCCAGGGCGACCTGCTCGCAGTGGCAGGGATGGAGAGGAGCCTCCTCCCACCTGACCCCTCCTCTCCTCCCCCCATCAGGAATGCCACCGTCAAATTCTACAACGTCCGGGGCGAACACATTTATAGCTTGGACACACCAGCACAAGTAAATATTCTCAGAAAC a score=10384 s danRer3.chr4 237506 300 + 33808418 ATCTTGATGAAAACACGGGCAGTTGAGTAATGTTTTTCTGAGTGCGCGTGTGTTTCTGCTTGTGTTCAGAGGCCGATCAGTACGCTGTGCTGGGGCCACCGGGACTCACGTGTGTTTCTGGCTTGCGGGCCGGCGCTGTATGTGCTGCGGGTCGAGCACAGAGTCTCCAGCCTGCAGCTTCTGTGCCAACAGGCCATCGCCAGCGCCGTACACGAGGAGAAAGATCTGGCCAAGCTCAGCATGCCCTCCCGCCTCAGCACATATGTGTCTTCTGCCTTCGCTCCCACTATTAAGGTAAAC s fr1.chrUn 75350929 284 - 349519338 AGCTTGATGTTAACGCTGGTTGTTT--TCAACCCTTTTTGA---CGC---TGTCGCTGC--------AGCGTCCCATCACCACCCTGTGCTGGGGTCACAGGGACTCGCGCCTCTTCCTGGCCTCTGGTCCCGCGCTGTACATTTTGCGGGTGGAGCACCGCGTCGCCAGCCTGCAGCTGCTCTGCCAGCAGGGAATCGCAACTGCGGTGAAGGAGGAAAAAGACGTGGCCAAGCTGACGATGCCGTCGCGGCTCGGGTCTTACGTCACCGCTGCGTTCGTCACCACGATCAAGGTGAGT a score=-1627 s danRer3.chr4 238049 299 + 33808418 atgcctagagcgccatctgctgttaaaaactagcctagagcgccttctgttgtttaaaactagcctagcgccct-ctattgtttaaaatatacatagagcttcctttgctgtttaaaattagcctag------agcaccat--ctgcagttaaaaactagc-ccagcgcgccatctgctgttaaaaact--agcctagagcgccatctgctgttaaaaactagcccagcgcgccatctgctgttaaaaactagcc-tagagcgcc---atctgctgttaaaaacatgcctacagcgatgtctgctgttacgaact s fr1.chrUn 75351484 287 - 349519338 ATGAATAAAATGTGCCTTTTTAAAAAAAATTA----ATAACCATTTCTAT--TTTAAAGC--ACTGAAAGTTCTGTTATCCTTCAGGATAT-CACCATCTCTCTCCTCCTGACTGTCTTTTTTCTAGTGGGAAAACACCAGAATTGCAGTGAAAATTTAACATTAACAAGGTTTATTCATTTAATTTTTCAAGTTTGGCGGGCCG------GATTAAAAC--GTTTAACGGGCCGCGTGTGGCC---CCCGGGCCTTAGTTTGCCCATGCCTGCTCT----AGTTTGTTTGTAGCGCTGTGCG----TACGAACT a score=15650 s danRer3.chr4 238817 292 + 33808418 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s fr1.chrUn 75353566 1259 - 349519338 ATCTCTTCGTTTGGGCTTTTTAGCAAAATTACCTTGCTCAGGTCACATCCAATATCTGGGGGACAAAGTTCAAGATTGTGGGACTGGCCACATTCCTGCCAGCTAATCTCGGTGCAGGTAATCGGCCTTGAACCTTCAGTCATGACAGACT-CACACAGTTGC---TTCAGTTTTGCCTCTCCTGTGTGTTTTAACCCGTTTCTCTGCTCTTAGTCATCTATAAGACGAGCCTCCTCCATCTGCAGCCTCGGCAGATGACCATCTACCTCCCAGAGGTGCGTAAGATCTCCATGGACTGCATCAACCTGCCCGTCTTCAGCCCCAATGTCTTCAGTGAAGATGAGGACGATCTGCCTGTCACAGGCCCTGCTGGCGGTGCTGACGACAACCCGCCGTGCACCGTCAACATACCTATAGCCCCCATTCATAGTCCCGCCCAGGCAATGTCCCCTGCCCAGAACATCGGTCTGGTCCAGTCACTTCTAGCCAATCAGAATGTTCAGCTGGATGTTCTAACAAATCCAGCGACAAACCCTGCTGGAGCATCTGCTGG---GCCAGACCAAAGTCAG---GACGCCATCCTGACAGCCCAGTACACAGTTCCCACCCGGTATTCCAGTCCTGGGCAGGTCATCTTCGGAGGACTGGAAATCGGCCGCCTAATGGTGGGACCGCCTCCCTCTCATCATCCTTCACAGCAACAACAGTCGGCTcatcaccagcagcaacaccaacagcatcaccaacagatgcagcagcttcagcagcagcagcaacagatgcagcagctccagcagcagcagcagcagcagcaacagatgcagcagctccagca---gcagcagcagcagcagcaacagatgcagcagctccagcagcagcagctccagcagcaacagttattacagcagcaacatttacaacagcagcttcagcagcagcaccttcagcagcagttccaacacatgcagcagcaacaacacttacagcagcagcaaatgcaacagcagcagcaacaacaacagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcacagcCATCAACTTCAACAGCTCCACATTCAAATCCCTGTTTCCTCTCTGCCATCAGGACAGACTTCAGGTGGAGCCATGCACCAGCTCCAGCCCGGAGCGCTGCAAATCCAAATCCCCCATCCGCCTGCAGATTTGGTGGTTGAGAGGGCGCTGGGGG-GTGAACACTTGCTGAAGATCAAAAATACGCGCTCCACTCCGCAGCTGGCC 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s fr1.chrUn 75354886 2487 - 349519338 TTAGAACTTAGTAAAATGAACCCCCCACCCCCGTACCCGGGGACAGTCGCTGCTGCGGTGGCTGCTGCGGCCGCTGCGTCGGCATCGGCTGCTGCGGCAGCTTCCAATCCTGCATCTGGAGCCGTTGGGAGCACCGGGGGGACCCCTCCCCCTGGTGAGGTNNGCNTTAAAAAGGGGAGNTTTCTCACTTTATCNTTCAGGACAGCAACAAGCACAGTACCCCACACCTCTGGGGTATGAGAGGATAACCACATTTGACAGTAGTGGGAACGTGGAGGAAGTGTGCCGTCCCCGGACACGCCTCGTCTGCAATCAGAATGTCTACGCACTCCAGGGACCCGGCAGTTCTGCTACTCTCAGGGTCACGTCATCCTCATCATCGACGTCCTCCTCTTCGGCTGACAAAAAAATCCAGCTTCCCTACACCTCCGCCACCCTCAACAGACTCACTGCACCCCGCTACTCCATACCCATTGGAGACCCGCCCCCGTACCCCGATCCGGCCAATCAGAACAGTGCCGTTATCAGGAGTTCTGGACAGAGGCTCGACAGCAATCTGATCCACGCTGCTCTCAGGAGGAATAGCCGAGAGGCTGCTCTCAAAGTTTCCCAGATGTCCGAACCACCCAGACCACTGCCCCCCAAGGCTAAAAACAGTAATACACTAGCATCTTCATTCCACCAGAGGGCGCCAACGGCCTTATATACATGCAGCCAGTGTAGCAGCGCGTCCAGTG---TTGCAGGCAGTGCCCCAGGGAGTGCCAATGGGATAGCAGGAGGGACTATTATCAGGCAGGACTTTCCTCCG---GGGAACGGAGCACCACACAGCACCGTTATAATTCACTCCAACAGCGGTCCACCTCTGCCCTCCCAGTCAACTTACAATCTGCTGAGCTCTCTCGAAGG-ATCTGTGG--------CTGCACCGAGTAGCAGAGAACGAAGTGATTATGTCAATTCAGCATTCAGTGAGGACGAATCTCTTAATCAATCGCTGAGGCATTTGGCGCTAG-----GAGGAAGCGATGCCTCTGGGTTAGTTGTCAAACGGCCACCACCTTATCAGTGGGACCCAACCGCCTCGGACGAGGTGTGGGTGCCTCAGGAACGGACCGCAACTCTG------------AATCTTGGACCCCATAAACCACCTCCACTTATTCTTAGTTCATCTCAGCACTTGGATGTGTCCAGATTGCCTTTTGTCCTCTCTCCCAAGTCCCCCACAAGCCCTAATGCCACCTCACTTCAAGCGTCGGCAGCACCTACGGGTTACCAGGTTTCTCTCCAGTACCCTTCAACAGCTGCCTATTCTGGAGTCCAACTTCATCCCATTCAAGGGTCTCCACATCCCTGTTCTCCTAAAGAAGTCGTGGCATCAGTGCCCTTCTCACAGCAGGATGCCACCATTGTGCTACCACAAAGTTACTCTGCAAATCTGGCAAACCTAGCCTGCTGTCCCCTCCCACCCATGTATCCGGGAGGGAGTGCCTGTGCTGGGCTTCCCATCCCCCCCGTTACCCTTCACACTCCCTGGGGAACATATAACTCTTGCCCACCAAAACC--GCCTCC----TCCAGTGCCA---CTACCACCAAAAGCCTCCCAGTTGGCAGCAGAGAAAAATGTCGTCTcgccgccgccgccgccgccaccccctccgccaccCCCACCAGCAGAGCTGCCAGGTCAC-GCGGGACTGCAAGAAGCTATGGCAGAGGCTGGGGAGGGCTTTCAGGAGGTGCTGTCTTTAACTGAGAGTCCCGTGCCCCAGCGGTCCGAGAAACTCAGCAAGAAGCATCGCAAGCGGCTGGACGGGCGCTCGGAC-----GAGCCG-----CTAGCT---------GAGGGCAGCAAGTCGAAAAAAGAGGGCAGGGCGATGGGCGATTTCAACTCGCTCATCTCTAGTCCTCGGCTGGGAGGACGAGACAAGAAGAAGCTGAAGGGCCAAAAAGAGCAACAGTTGAAGGCCAAAAAGATAAACAAAGCCCCTGCCAACAGTGAGTTCCAAGACAGCTCAGAAAGCGAGCCGGAGCTGTTCATCAGCGGGGACGAGCTGCTCAACCAGTGCCAGAGCGCCAAGAAGGGCTGGAAGAGCAAGAGGAACCTGAGGGCCGCGA---GTGAACTGGATGAGATTAGGTGCCGAAAGTCCAATGAGAAGGAGGACAGGGGGCTGGGCAACCAGGGCTTCGTGTACGTCATGGCCAACAAACAGCCGCTGTGGAACGAGGCCACGCAGGTCTACCAGCTGGACTTCGGGGGCCGCGTCACCCAGGAGTCTGCCAAGAACTTTCAAATCGAACTGGAGGGCAGACAGGTAGGTCTCCCGGTGCCATGGCATATGGACATTTGGAGGTTTTACTCA-----TCGCTTCTCTTTGTGTGCTTACCTGCGCAGGTGATGCAGTTCGGCAGGATCGACGGCAACGCCTACATCCTGGACTTCCAGTACCCCTTCTCGGCCGTACAGGCCTTCGCAGTGGCTTTAGCGAATGTTACCCAACGCCTCAAATGACC 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ATAAAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgCAGCATCAGCAGGCGTGTGATGAGATCATCGTCCTGCATCTGGGTTATCTGAACTACACTCAGTACAAGATCAACGTCAGCTTCAGGAATCTGCAGGACGACCTCAAGGACAACATCAAGAATGTGACTTTTGTGGTGAGTCTGGAGCGTAAAGAGCTCATTTCACAAACACAACCGACTCATATTTGCCTGATTAAAACTCTGAAGAGCAAAAGCATGAGCAGAAACACCCATGTAGAAGAGCAGCACGCAGCTCAGCTCTGTTTTACTAAATCTACACTATCACCTGCTTATTATAATGATTAATCTTCATCTGTTTGTGTCTGTGTGTGTGTTTTTGGAGCAGTTTAAGATGTACCAGGACACCTTCTCTCAGATGGAGATCTGGTTCCGCTTTGTGTTTGTGGTGATGACCTTTATAGTCACTGTGAG s fr1.chrUn 75362791 341 - 349519338 ATAAATGCTGAGTCGTGCACTTTCGTTCTCCACTTCCAGAAATGCGACGAGATCATCGTGCTGCATTTGGGCTATTTGAACTACACCCAGTATCGGGTTAAGGTCAGCTTCAAAGGCCTGGAAAATG---TCACGTATGACATC---GGTGTTAAGTTTGTGGTAAG-----------------------------------------------------TTAAAGCTCCCGGAAG-------------------------------------------GGTCGGTTTTTCCATCTCAAAGAAATGGTGCCAGTTCTTTA--------AACACTCACTGTTGGTTTGTTTCCATATTCGTCCT--------AGTGGAAAATGTATAACCCGACTTTTTCACAAGTGGAGATCTGGTTCCGCTTTGTCTTTGTGGTGCTGACTTTCATGGTAACGGTAAG a score=7715 s danRer3.chr4 261648 155 + 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CCCCCCAGGGTGAGAGGAAATGTCTGACATTCTACTTGCCTAAGCTGATCATCGTCGGGCTTCTGTGGTTGTCAGCGGTCACGCTGGGCATATGGCAAACGTGAG a score=3802 s danRer3.chr4 264947 79 + 33808418 TGTTTAGGGTGAATGAGCTGCAGGATCCTACATATCAGTATAAAGTGGACATCCAGAACTTCCAGGTCGGTTTCTCAAT s fr1.chrUn 75363904 79 - 349519338 TGCACAGGGTCAATGAACTCCAAGACCCGACTTATCAGTATAAAGTAGACATAGGAAACTTTCAGGTGAGTCCCTAATT a score=5318 s danRer3.chr4 265297 173 + 33808418 TAGTTTACCCCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtAGGGCATGAAGATCTTCTTCCTGCTGGTGGTGTGTGTGTATGTGCTGTATCTGGTGTTTCTGGTGGTCCGCGCCTGCTCAGAGCTGAAGAATATGCCATATTCAGGTAATACACA s fr1.chrUn 75363983 170 - 349519338 TATTTTAATTTTGTAACTCTCTTGTTGAGTGTTTACATTTGGTCCTGTGT---TCTCCAGGGCATGAAGGTGTTCTTCCTGGTTATCGTGGTGCTCTACATCCTCTACCTAATTTTCCTGGTGGTCCGAGCCTGCTCAGAACTCAAAAACATGCCTTACTCGGGTATTTCAAA a score=3741 s danRer3.chr4 266750 59 + 33808418 CAGATCTGAGGCTCAAGTTCCTGACGGCGCTGACACTGGTGGTGCTGGTGATCAGGTGA s fr1.chrUn 75364222 59 - 349519338 CAGATCTCCGGCTCAGGTTCCTGACAGCACTGACGTTTGTGGTCCTGGTTATAAGGTGA a 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gagagagagagagagagagagagCAGACCGCACGATTTACT-TTCTATTAACCAAA---ACTTAAAGACAAACGCTAAACAGGCTGTGTGTAGGAATAATAATGCTGCATTTGATTTATTTCTTCGATTAAGCGCTTTTCTTACACTTGAAGAACACCGAATTAAAAAATAAAACCTGGAGTTACAGTATAAAGGGAtgttgctgtaatgggctttatgcacacat s fr1.chrUn 231535413 191 + 349519338 CAAGAAGGGATAGTAAAAAGAAACACTTTACAGAAATTGTTACTGCAGTGAACAAATGCAACAGAAGTAAGACGCTAAAAGAAATAC-TGAGGGAATA--------GCATCTCTTGTACT-------------GCTGGGTTGATAGTTTACAGAAGTGTAATAAACAAATAAAACATT--TTTGATGTCTAAAAGGAGAC-----------ACTTTATGGAAACAT a score=9322 s danRer3.chr4 275634 315 + 33808418 TCACCATCTGTGGTGTTGTCCCAGAAGCAGGAGGAGGCCGACTGAAGGCCAGCGCCGTTCTTCTGCATGATGATGCACGTGACTGCAGGAGAAACAGCAGATGA---TCAGCACACTAACCTCAGCAGATACTGCACAGCCCCACTGCA---GGTTTCT-----------------------CACCGATGTATTTGAAGGGTTTGCCTAGTTTGCTGAGCTGCCCGAGACACTGCTCCGCCACACTGGACGTCCACTGGCTCACACGATTGTGTTCATACATGTTTCTGCCGATCACCGCTTCTAGAGACTGAACACACACAGTTAACTCTAATGTGTGGTCTT s fr1.chrUn 75366162 339 - 349519338 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AGCTTTGATGTTGaatatttaatatttatatataataaatagtatatattaaattgcatagaatgcattacatttaattatgattatattcttttatatttataaactaattttaaattaaaaaCGAGA-------------CCTGTAATATATATGATTGACCGCTAAATATTGTTATGTTGTTATAAATATTATGCATTTTATACAAA-Gaaattta------ttttataaaaaattataGCCGTTTCTTATTAACAAATTTATTTTTTGTATTATTTCGTTTTTA-TAACATTATTGTAAATGAATTGTAGTTTTAAATAGAATATAGCAAATTACATCACATACATTACAATTAATTACGataataat------------aataattattatacatttatataacttacatttat--------taatttattttaattaaattttaaCGAGACCGATCATTTCCATGATTGACATTCTGGATGACTAATGAAGACGGCTCCAGCAAGTCCCGCCT----TTCGGAAGAGGCTTGACGTCAGGAGTCTCCGCCCTG-CTGCTTCCTCTTTCACAGTGGCCGTCGGCGTGAGACACCATGAAGGCGTCTGGCACAGTACGTAAAACTATTCTTAAATCATCTTACAGTCGCTT---AAACCTCACAAATAAGACCCGAAAATGCGTATAAGACACCCAGTTGTGCATAACGGCGGCTTCAGCTGATCTGTGTGCAAAATTATAGCGTTAAATGTGCTTTGACGTGTTGATGTA--GCGGAGTGAG----CAACATGGCGGCTGGAGGATCCCCATGTG--CTGTTAGACAAG s fr1.chrUn 214145795 753 + 349519338 AACTTTGATCATGCCCATAGCATAATTGTTCGTTAAGAATAGTA------AAATCGAACATAG------ACATTAAATGAC---------------TATTTTTTAAATAGTGTTAGA---AAATCGAGAAAATTTACCCTGGTCTGTCATA----------ACAGCTACAGAATGC-ACCCTTTGATAAAT----TACGTTTCAGAAGGGTGAGGCTTAGAATGTTTTTGAAATTATGTAAGGTTGTTTACGTTCAGTTGAATGATTTTAAGT----TCTCCTATTTACTAACTTAATACTCACGGGTTTACA----TAAAAACTATACAAAATACTATACAAAAAAGGTTGCTATTAATAGTCGGAAGAGTTGTAGATGTCGCAATAATTATGGTTNAATTTGGCAACCTGATCTTATGCTTCACTCGATTTATTTTAGCTTAGTTT--ACGACATCAGACATT---------AGTCTTCTGCCCGGTCCCGGAAGTCAATTTGAT---GACCCGCCTCCTCTTCCTCCTCCATTTGACGTCCGCGTGCTCCGCCTTTTCCGCTTCCTCTTTTATTGCGGCAGTGAGCGAGAGACACCATGAAGGCGTCCGGCACAGTATGTAAAA--ATTCTAAATTCA-CCCATATGTGCTTTCGAGACACGAACTATTAGAACTGATAA-GAATATACAAAGC-------TTCATTCTTAGGATTTATGTTGAACTATCCCAGAAAAAATATTTTGGACTGCAATTTAGAGTCTTTATGTCTTGAGGATTCGGGCTACAACATGGCGTCCGTAGTA---CCATGTGGACGGTTCGTCAGG a score=8850 s danRer3.chr4 279405 682 + 33808418 TTTGTGTCTCCAGCTTCGGGAATATAAGGTTGTTGGGCGTCTGTTGCCCTCAGTGAAAAACCCCGCACCTCCTCTGTACCGCATGAGGATCTTCGCCCCAAACCATGTGGTGGCAAAGTCTCGCTTCTGGTACTTCGTCTCCCAGCTGAGGAAGATGAAGAAGGCCTCTGGAGAGATCGTCTACTGCGGCCTGGTGCGAATGCCTTTTCACTCGAACAAATGCTGATGAATGAGCCATGTGCTAGCTTTATACTCTGTTCTCCGAGGTGTGAGGATGG-GCAATGCTTTA-GTATTTGCATCATAACGTTAACATAGAATTAGTCTGTGAAATGATTGATTACAGTAGAGCAAGTGGGATAATTCTGCATGTTTGAGCTTGTTTACAAATACCAATACTAAATTCACCTCATAACACCAGTCGAGTGTGTGAAATAACTGAGTAGAAGATTCCAGGAGCTGTCATTTATTCAGGCTGTCTTATATCAGTGTAAGCTGATTGTACAGGAACCTCAAAGTGTTGCAGGATTTAATAATATGAGCACACAAACCCAAAGGTCATTTCTCCATCATGTCTTGCCCTTGCTATGTGTGCGCAAAGCAAACGGAACCTTGTCGCCTTTCATGGGCTGTGTGTTGACGTGCCTCTGGAAGTGAATTCAAGGAGCCACATCTGATCCTGTGT s fr1.chrUn 214147128 492 + 349519338 TTTCTGCACGCAGCTTCGGGAATATAAAGTCATTGGGCGCCTGCTGCCCTCTGCCAAGAATCCTGCCCCTCCTCTGTACCGGATGAGGATCTTTGCCCCCAACCACATTGTGGCAAAGTCTCGCTTCTGGTACTTTGTTTCCCAGCTAAGGAAGATGAAGAAGGCCTCGGGCGAGATTGTCTACTGTGGCCTGGTATGTACTATTT----------CAAACATTGACACACTGCC----------CTTGATGGTCT-TTTAAAGACCAGAGAGCTTGGAGCTACACTTAATTTGCTTTCAACTTAAAGCTTTCAGAAAG---------------------TACAGAAAAGAAGGTAGCAATAT--------ATTGAGGCTCTGTAAAAATA--------AAATT-------TAAAACCAACCATCTG----------------------CTCCAGAAGC-----------------------------------CTAAATGGTCAGGG---TTAGGGT-TAGCAGGA-------------------------AGGGGGCTCT--------GTGTTTAGTTTCTGCAGTGT-TTCAGAAGGCAAACTG-----------CTTTAAAGTAATGTGC---------------AAAGTCACCTGAAAG------ACCTGAGCCTCTGC a score=10018 s danRer3.chr4 280130 182 + 33808418 AATCTCGAGTTGTCTTGTTTACCGCGCAGGTCTTTGAGAAATCTCCCCTGAAGGTGAAGAACTTCGGCATCTGGCTGCGCTACGACTCCCGCAGTGGAACCCACAACATGTACCGCGAGTACAGAGATCTGACCACGTCTGGAGCCGTCACCCAGTGCTGTGAGT----TTCACACACACCTAGAT s fr1.chrUn 214147652 184 + 349519338 AAGCTCTGCTGCTGTTGCCTG--GTTCAGGTCCACGAGAAGACGCCCCTGAAGGTAAAGAATTTTGGTATCTGGCTGCGCTATGATTCTCGTAGTGGAACTCACAACATGTACAGAGAGTACAGAGACCTGACCACCTCTGGAGCCGTCACGCAGTGCTGTGAGTACACCCCAGACACACACAGGT a score=8817 s danRer3.chr4 283991 135 + 33808418 TGTGTGTGTGCACTTAGATCGTGATATGGGTGCCAGGCATCGTGCTCGCGCTCACGCCATCCAGATCATGAAGGTGCAGGTCATCGCTGCCAACAAATGCCGCAGACCCGCCATCAAGCAGTTCCACGTAAGTGT s fr1.chrUn 214147869 135 + 349519338 TGTTTCTCTTCTGTCAGATCGTGATATGGGCGCCCGCCACCGTGCACGTGCCCACTCCATCCAGATCATGAAGGTCCAGGTGATTGCTGCCAACAAGTGTCGCAGACCTGCCATCAAGCAATTCCACGTGAGTAT a score=6930 s danRer3.chr4 284273 166 + 33808418 TTAATGTGTGTTGTGTTTCTCTGCAGGACTCCAAGATCAAGTTTCCTCTTCCTCACAGGGTTCTGCGCCGCCAGCACAAGCCCCGCTTCACCACCAAGAGACCAAACACTTTCTTTTAAAAGGTGTATGTTTGTGCTTGTCACAGTGCGGATCAATAAAGGCAGGA s fr1.chrUn 214148296 157 + 349519338 TTGAAGTGTATT-TTTCCCTGTGTAGGACTCAAAGATCAAGTTCCCCCTCCCCCATCGGGTCCTGCGGCGCCAACACAAACCTCGCTTCACCACCAAGCGACCAAACACCTTCTACTGAG------ATGGTTTTCATTGTTTTCGCGAGGA--AATAAAACTACGA a score=2793 s danRer3.chr4 307580 285 + 33808418 tttaGGACTTTCACTTTGTTCTGTTGAACGTAGTTCTTTACCAGAAGAGAGGTATGCTTTGGGTCATTATCATGCTGAAATACAAAACGTCGACCCAAACCAAGTTTTGTTGCAGACTGTTTGAGGTTACTTCTCAAAATCTTCCTGAAGTCTTCCTTTTTCATGTTTCCTTCAACCCTGATAAGACTGaaacatccccatagcattatactcccaccgccatgtttcactgtgggaacggtgttccttaaattaaatgcctctcccttcttcctccaaacatag s fr1.chrUn 190495913 222 - 349519338 TCTCAAACTTTTTTCTTCTTCTAGTGAATTCATTCTTTTGCAAATTTGGATGTATGCTTTGGGGCATTGTTCTGCTGAAAAGCAAAATTCCCATTTCCCCCA---TCTTTAGAAGA-----TGAAGCTGC----------CAGCTTGGAGACTT---------------------------------------------GGAGCAGGATGCTGGTGCCACCATGCTTCACTGTGTGCACTGTGTTCTTTGGGTGATGTGCAATGTTGTTTTTCTGGCAAATGAAG a score=7278 s danRer3.chr4 314592 400 + 33808418 agttggcggttcattagctgtggcgaccccggattaataaagggactaagccgacaagaaaatgaatgaatg----------aataa--ACACtagaacttcagaagtgtagaattttagaactttagaattttagaactttacaactttaatgtaaagctttagaacattaaaactgtagaagtgtagaattttagaactttgatattttagaactctagaactttataactGTGCAACTATATAACTGTAGAATTTAAGAATTGTATAACTGTAGAATTATTTAACTCTATAACTTCAGAAGTGTAGAATTCTAGAATTTAAGAACTGTGGAATTTTAGAACTCTATGACTTTAGAAGTGTATAGCTTTTGTGTTATACAACTTCAGAAGTGTAGAATTTAGGAACTTCA s fr1.chrUn 225797174 371 + 349519338 AATTAATGGTTTTTCAG-TGTGTTGATCCAGA--TAATCAAGA-ATTTAGTGGCCAAGGAAACGCAAAAATATCACCTTCCAGATAACGACTCCAGACCTTCAGACCTTCAGAGCTTCAGACCTTCAGAGTTTCATACCTTCAGACCTTCA-------------------------------------GAGTTTTAGACCTTCAGAGTTTTAGACCTTCAGACCTTCAGAGCTTCAGAGTTTCATACCTTCAGACCTTCAGAGTTTTAGACCTTCAGAGTTTTAGACCTTCAGACCTTCAGAGCTTCAGAGTTTCATACCTTCAGACCTTCAGAGTTTTAGACCTTCAGAGTTTTAGACCTTCAGACCTTCAGAGTTTCATACCTTCACACCTTCAGAGTTTCAGACCTTCA a score=621 s danRer3.chr4 314992 69 + 33808418 GAAGTGTAGAATTATACAGTTCTAAAAGTCTACACTTTTACAATCTTACAAATGTGgaattttagaact s fr1.chrUn 225797625 69 + 349519338 GAGTTTCAGACCTTCAGACCTTCAGAGCTTCAGACCTTCAGACCTTCAGACCTTCAGACCTTCAGAGCT a score=3847 s danRer3.chr4 315110 164 + 33808418 gaattttagaactctagaattttagaattgtagaatttttgaaataaagaattttagaaCTCAAGAACTGTAGAAGTGTACAATTTTAGAAATCTATAACTTTAGAAGTGTAGAGCTTTAGAACTGTAGAATTTTTAGAACTCCAGgggcctcatgtatcaacg s fr1.chrUn 225797545 161 + 349519338 GAGTTTCAGACCTTCAGACCTTCAGAGCTTCAGACCTTCAGAGTTTCAGACCTTCAGACCTTCAGAGCTTCAGACCTTCAGAGTTTCAGACCTTCAGACCTTCAGAGCTTCAGACCTTCAGACCTTCAG-ACCTTCAGACCTTCAGAG--CTGGTGGTTCAATG a score=2464 s danRer3.chr4 372252 74 + 33808418 AGATCAGATATTTTGGGCTCTGGAGTACAGTCAATCAGCCCCTGCTGACTTTAGATCAGGTATTTTGGGCTCCA s fr1.chrUn 39663409 74 - 349519338 AGGTCGGGTTCTATGGGCTCCAGAGGGCAGGAGGGCAGCTTCTGTGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCTCCA a score=2848 s danRer3.chr4 372411 134 + 33808418 GATCAGGTGTTTAGGGCTTCGGAGAGCAGTGAATCAACCCCTGCTGACTCTAGATCAGGTATTTTGGGCTCCAGACCACAGTGAATCGCCCTCCGCTGACTCTGGATCAGGTGTTTCGGGCTTCGGACAGCAGT s fr1.chrUn 39663410 134 - 349519338 GGTCGGGTTCTATGGGCTCCAGAGGGCAGGAGGGCAGCTTCTGTGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCTCCAGGGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCTCCAGGGGGCAGG a score=2255 s danRer3.chr4 372566 104 + 33808418 AGATCAGGTATTTTGGGCTCCTGAGCGCAGTGAATTGGCCCCTGCTGACTCCAGATCAGGTATTTTGGGCTCCTGAGCGCAGTGAATTGGCCCCTGCTGACTCC s fr1.chrUn 39663409 104 - 349519338 AGGTCGGGTTCTATGGGCTCCAGAGGGCAGGAGGGCAGCTTCTGTGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCTCCAGGGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCAGG a score=5898 s danRer3.chr4 372670 486 + 33808418 AGATCAGGTATTTTGGGCTCCTGAGCGCAGTGAATTGGCCGCTGCTGACTCTAGATCAGGTATTTTGGGCTTCAGAGAGAAGTGAATCGGCCCCTGCTGACTCCAGATCAGGTATTTTGGGCTCCTGAGCGCAGTGAATTGGCCCCTGCTGACTCTAGATCAGGTATTTTGGGCTTCAGAGAGAAGTGAATCGGCCCCTGCTGACTCCAGATCAGGTATTTTTGGGCTCCTGAGCGCAGTGAATTGGCCCCTGCTGACTCTAGATCAGGTATTTTGGGCTCCTGAGCGCAGTGAATTGGCCCCTGCTGACTCCAGATCAGGTATTTTTGGGCTCCTGAGCGCAGTGAATTGGCCCCTGCTGACTCTAGATCAGGTATTTTGGGCTTCAGAGAGAAGTGAATCGGCCCCTGCTGACTCCAGATCAGGTATTTTGG----GCTTCAGAGCGCAGTGAATGGACCCCCACTGACTCTGAATCAGGTATTTTGG s fr1.chrUn 39663409 412 - 349519338 AGGTCGGGTTCTATGGGCTCCAGAGGGCAGGAGGGCAGCTTCTGTGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCTCCAGGGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCTCCAGGGGGCAG---------------------GAGGGCAGGTTCTTTGGGCTCCAGAGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGT--------GGGCAGGT-TCTGTGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCTCCAGGGGGCAGTAGGGCAGGTTCTGTGGGCTCCAGGGGGCAGT---------------------AGGGCAGGT-TCTGTGGGCTCAGGGG-GCAGTAGGGCAGGTTCTGTGGGCAGGAGGGCAGGTTCTGTGGGCTCCAGAGGGCAGTAGGG----------------CAGGTTGAGTAGTCTGGCACAGCTT---GGTGCTGTTAGCGGACGTGCA-----TCTTAAG-AGGTGTTTTGG a score=858 s danRer3.chr4 373175 18 + 33808418 CGGCCCCTGCTGACTCCA s fr1.chrUn 39664184 18 - 349519338 CGGCACCTGCTACGCCCA a score=-3009 s danRer3.chr4 373193 273 + 33808418 GATCAGGTATTTTTGGGCTCCTGAGCGCAGTGAATTGGCCCCTGCTGAC-----------TCCAGATCAGGTATTTTGGGCTTCAGAGCGCAGTGAATCGACCCCCAC-----TGACTCTGAA--------TCAGGTATTTCGGACTCTGAAGTGCAATAA-------ATAGGCCCCTGCTG--ACTCTGGATCAGTGTGTTGATGGATG---------TGGACCACACAGGACCCCGGCTCTCAGTCTGTGTGTCGCTGCTATTTCCTCTTGTAAATATTTTGTGCTCTTTGTGTCTGCCAAGCTGTCAGAGAC s fr1.chrUn 39664316 258 - 349519338 GATC--GCAGCCGTGGCCT--TTGGCCTGGTGACCCTCGCCCTGCTGCTGTGCGCCAGCGTCCACATCATGCACCACCTCCACCGCGGCCGAGTG--CTGACCGCCATGTCCACGTCCGTGAAGAACGACCTGGAGTGTGTGAACAACCGGAACGCCATCATGGGAGGGGGGGCCCCTGCAGCCACGCTGGG-CAGCCGGCAGGAGAAGGAGTCCTTCTTGGTCCCCGGAGGA---CGACTCAAA-----------------------------------------------GTGTCCAACAAAGACGCAGAGAT a score=5641 s danRer3.chr4 373466 152 + 33808418 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtctgtctatttgtgtgtgtaattgagtgagtgagtgagtgagtgtgtgtttgtatcagtgtgtgtgtctgtgtgtgtataagtgtgtgtaaatgtgtatataattgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtc s fr1.chrUn 39664680 122 - 349519338 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt----------------------------gtgggtgagagtgtgtgtgtgtgtgagagtgtgtgagagtgtgtgtgtgtgagagtgtgtga--gagtgtgtgggtgtgagagtgtgtgtgtgtctgtC a score=6222 s danRer3.chr4 454802 293 + 33808418 attgcaggtatttgtccacttgtagttgtaaggaataagtcatcctctccatattctgaacattagatatgatatccaaccattaagattttgtagggggttccagttgtagccacttacgagtcacagttttcttactggttCCTAGAAGTATTTTTAATAA-ATGTT-------------------GGCTGCAATATTTCCCAGATATATTGTTGTAAAAGAAAAATCCACATCATCACCAAAAATATTTCGTATTACTTGCATTACGTCCTGCCAGTATGACTGAATAGCTGGGGAACTCCAAACTATGT s fr1.chrUn 216211613 288 + 349519338 ATTGCAGATATTTAAACACCCATAG-------------GTTATCCTTTCCATATTTTAAACATTAGTCAAAATACAAACACAGTCTGTTTTTGTTGGAGGGGTGCTATACAACCATTTTTAG--------TTTTTTGTGGGCCGCTATTAATATTTTTTACAAGATATTTGTCTTGCACCAACAGAGGGGGTGAACCATTTCCCCGGTAGATTGTAGAGTAAGAGCAGCTGCTTTTATCACCAAAAATATTTTATATCACTCTTATAA----TCACCAGCATGACTAGATAATTGGGCAGCTCCAAAAGATAT a score=2453 s danRer3.chr4 469470 204 + 33808418 TGAATTTCTCTGGTTGAGTGTAAGTGAGTGTTATCCGGTTATAAAACTACTTTTCCTCCAGTGCCAACGCAATCAGACACGATCTAATTAGGTACAATTATAGCCCGCAGTCATGCATGTTTCCTTCAATCATCTATATTAGTGCTGATTATGGGAAAAAAATATTAAAGGATGAATT---CATCTATCAAAA-AGAAGAAGATTCTG s fr1.chrUn 37226419 207 - 349519338 TTAGCCTTTCTTTTTAAAAATATTTAAATCTTATCAGATTTTCAAACAAATTTTCCTCTCATTCCAGTTCATTGATTACAGAAGTATTTCTGTCCAATCCCAGTGCCTTTTCAGGCTTGTATAATCCAATAATGCAGTGTAGTGTTTA-TATGTGACAGTAAAGTGGGGGGATATTTTAGACTTATATCAAGATAACAAAAGATTCTG a score=-529 s danRer3.chr4 469706 291 + 33808418 tctcctcagactttcattcat-------cttctaattacaaatgaaggtatattagaGTCCTGGGATGAACAGAATAGTCATGTTTGGGTCTCGGCATGGCGAAAA---CAAGAGAGGTAGGATCCAAGTGCAGC------------------TTAATAATAATTTATTAAACAA---AGTATTCCTGCAGGAAATCAT---------AGACAAAAAACTGGGAAA-ATCAAGAATCACACAGGGCGATCCAAAATCATAGGATCATAAACAAGGCATCGATCCA-AAAGTACAAACAAAACAAACTTAGACTAAGGCAAAAACACAGAGACA s fr1.chrUn 37226659 326 - 349519338 TGTTTTCAGAGATTCAATGATTAAATGACTTCTTATT-TAATCTAAAGCAAACTAAA--CACGGCATGCAC--ACTTGTTG-GATTGGGTCCAGTAATTGCTACAAGTTGCAATGAATAAAGATACAGTAGCAGCAGATTTTGAACCCCTTAATTAAGAGTAAAATGTGGTATAAGCCAGTGCAACTTCAATCAATTATATGTATAGCAGAAAAAAAAGTGCAAAACATCAATCCATACATTTGCTGAGAAGAGGGAACACAGCC-TGAACAGGTCACCAGTCCATcacacaacattcatacacacacaaacacacccaaccacacacagaca a score=5459 s danRer3.chr4 481423 155 + 33808418 GCTCTGCCAAAAGCCAGTAATTTTGGATGAATCTGAAACAGCTTTCCTGGCTCGGTCCCCACTTCACGCCTTCTGCCAGGAAAGA---------CTTTTTTCACCTGTTTATATGCAGGTAAAGTATACTCTACAGAGTGCCCCCGAATGAGGTCTTTTTTTCC s fr1.chrUn 158500736 161 - 349519338 GTTCTGTGTTGAGAGTGCAATTTAGCATGAATCAAAAGCAGCTTTCCTGGCTCATATTCCACACGCTGCCGTCTGCCAGGAAATAGATTTTTCTCTTTTTTTTCACATTTTTTTGCAGGTAAAGC---CTTCGCAGAATGGAATCAAATGAGGTATTTTTTTCC a score=6060 s danRer3.chr4 497457 162 + 33808418 CGAGACGAGCTGATTTGGGTGTTTTCCTTCAGGTCCAGTGAGGATGAGGATGTTGTGTTGCAGACGGGTTCTCCAGCAGTGGGTCTTTGCTCTGTTTTTACTGTGTTCTCCTGTCCCGCACCACGGCCGGCCCGTCGATGCCCTCAGCAGCCGAATGTAAGT s fr1.chrUn 63935490 155 - 349519338 CAACACCAGCTGGTTCTTCTGTCTCTCTGCAGG-------AAATTCAGGATGTTCTGGTCTCAGATGGTTCTACAGCACTGGTGCTTCGCTCTGTTCCTGCTCTGTTCTCCAGTGCCGCATCACGCCCGACCCGTTGATGATCCGAGCAGCAGAACGTGAGT a score=1243 s danRer3.chr4 501453 164 + 33808418 TTTTTTAAGTCACTTTAACTTAAACTGACTTAAAACATTGAGTTCAAATTTGCATAACTTAAATTATAAAAATGTAAACTTATTGTCTTATTAAATTAAGTTAAAGT---------ACCTTATAAACTTATTGTTATGGCTTTTGATTGTCGTTTTATTATTTGTTGCCTTAT s fr1.chrUn 63936139 157 - 349519338 TGTTTGAAGTCACTCTGAATGGATCAGCTTTCAAAGACTCAGCAGACGTTTGTGTGATTTAA---CAGGAAATGT------------CTGTGAGAATAAACACAAGCTGCGCTCAGATTTCAGGATATTAATATTATCATTTTTGGGGTTAGTATTATT-TTTATTATTCTAT a score=18573 s danRer3.chr4 508293 530 + 33808418 TTTCTCTCTCTGTGTGTGCAGGAAGCGTTCAGTGACCCACGCTCAGCTGATGCATGATAAAGGCCGAACGCTGCAGGATTTTAAGCGGCGCATGTGGCTGCAGGAGCTCCTGCATGAAGTGCACACCGCAGAGATCCGGGAGGCGCAGCAGCCCAGGGGCGGAGTCAGCATCAGCAGTGGTGCAGGGGGCGGGGTCGGGACTGGAGTCTCCATCACACTGCCTGCAGGAGTAGGCGTGTCCACTGGAGCAG--------GTACCGCCCACCCCAAACCCGCCGGCGGCACCAAAAACCTGCCTATAGGCTTTGGGCTGGAAGATGAGGAGGGCACAAACCTCCCGCAGGAGACCCACAAATCCCAGAACTACAAGGA------CAACATGATGAAGGGCATCCggaggaagaagaaga---gccgcacggggaagaggagagaaggagaaaagaggaagagaagAGCTCGATC---------ACTGCAGGAGTTCAGCAGCGGCGTCCATCTGCAG-------------CCGTACAGCTGCTAAAACACTGTCAGACTCTGACGACGGT s fr1.chrUn 63937115 538 - 349519338 TTTTTTATTCTCTTTTGGCAGAAGGCGCTCAGTCACTCACACGCAGCTCATGCACGATAAAGGCCGGGCACTGCAAGACTTCAAACGGCGAATGTGGCTGCAGGAGCTTCTGGATGAGGTTCACACAGCTGACATCCGTGA---GCTCCCTGTCAGG---------ACCACCAGCACCGGAGGAGGAGACAGTCGCGGTGTTGGA---------------CTTGGCCAAGCAGTC--GTCAGCCCGAGCAGCACCAGCAGCACCCTCCACCCCAAACCACCTGGTGGCACCAAGAACCTGCCCGAGACCTTCAAGCTAGAGGACGAGGAGGGCACAAACCTGCCGCAGGAAACCAATAAGTCCACGAGCCACAAAGATGGAGGCAGCATGACGAAGATGCCTGGGAAGAAGAAGAAGAAAGGGCGGTCGGGAAAAAGGCGGGATGGAGAGAAGAAGAAGAGGAGGGCGCGTTCGTTGGTGTGGCTAAAGAAAGTTGGCAGCGGCCTCCACCTGGAGTGGAGCTCCCTGCTCGGAGTGCTGT--AAACACAGTCAGATTCTGACGCAGGT a score=11039 s danRer3.chr4 510017 391 + 33808418 TGATTTTAAAGTGATTTTTCCTTCTTGTCTTTCAGATCGTGAGG-------ACTTGGACGCCTAAATGCTCACGTC-------CACTGTAA---------------AAGTGAGAGGAAAATATTTATTGCCTGTAAATAATCTCAAAGTGACAAA-------------GACAAATATCGATACTGCATTATTTCAGCTCTGCGGAGCCACAGATTTGGATCCTTGTGAATACTTTGCTTTATTTTTTCCTTTTTATCCTTTTATTTTAGGACTATGCCTCTATTACGGTGTCAGAATT----CCTGTAATTTATTTTGTTTGAATGGTGTATTTATTTTGTAAAGGTATCAAGGTGCTGCTGACCTTCTATATTTTTGTACTATAATGCACTTTAGATATATAAATCTAGAAATATATAACAAGTCATGTTGTTTAA s fr1.chrUn 63937741 395 - 349519338 TGATCTAAATGTTTTTGTCTCATTGTGTCTTTCAGAAAACGATGGAGGCTCAACCCGACTCCTAAATATTCATATTACAGTTTCTCTGTAATATTGATTGTTTGGAAAGAAAGTGGAAAATATTTATTGGTTGTAAATAGTCTAAATATAGCAAAAGAAAGCAAATATGATAAAAAAAAAAAAAAAGTTAGAAATGTTCTGTGA------------GAATCTTTGTGAAT-CTTTGCTTAATTT---CTTTTATAACACTTT--------------------------TGTCAGTTTTTTCCCCTGTAATTTATTTTGTTTGAATGCTGTATTTATTTTGTAAATGTGTGGAGGTGCTGCTGACCTTATATATTTTTGTACTATATTGCACTTTAGATATATAGATCTAAATATATACCTTTAAGTTTGTTCTTTGA a score=2929 s danRer3.chr4 519555 290 + 33808418 AAACAAGGAACAAGTTACTTATTTAAATAATAACATTACATAAAAACAAGTAAAATAATAGATAACTAAATATAATGAACGAAATG---AAAGGGCCGTGGCTC-------TCCTGTAATTTGTACTTTTCTATCAAAG------ACAGAAGATTGATTGCTCATTATCTTAAGGGCATTT-------ACATAGAATCTCATTATAAAAAGG--CATT---GGTTTCACCTTAAGATATTTCGATTTGTGCATGTAGAATTTTCCCAGCATAAGGATGTTGTTGATTAAGAAGACATCATTCATATTGTCCGTTACAA s fr1.chrUn 3493305 316 + 349519338 AAGAAAACATCAATATAAAAATCTAAAATATGGCAGTA--TCACAATCAGCATTATAAAATATTGAACAAGACACCAAATAAAATACAAAAAGGACATCTGCTCGAGCTTACTCTGTAGTTCAAATTTGTCAATACGAGTTTTACATTTCAAATATACAGTTGCATGTTTTGACGGCCTTTTTTGTAAGCAGTGAAAGTCATTGTAAAATGTGTCATTTCAGGATTTGCCTTCATTTATTTGCATTTGTGTATGTGAAACTTTCCCAAGGTGAGTGTATTGTTTATCAAAAACCTGTGATCTTTGTTATCTCCGACAA a score=3919 s danRer3.chr4 529205 427 + 33808418 GAAGGGGGCTTATCATTGATCCATGACATCTAAATTTTCTTTCTGGCAGCAAAAGTTAACAGGCAGAAAAGTCATTGTTCTTACTTGTTCCTTATTAGTTTGCAATTAAAACCCAGGAGAAGGGACAGAACGTCTATATCCATGTCCAGACCAAAAATGTTGTTTATTTGGGCTACGATTCTGTGCCGATAGGCCTGAATCACCTGACACTACCATGTGCAATGAATATAATCCCCTATATTTGATTTGCA---------TACAGGTGAGTGGATTGCACTGAATTTATGTCTTAATTGAGATGTGATATAAATTCTTTGAAGGTTCCCGAGTTGAATGGCTCTGGCCCTATTGCAAACTGAAAGCTTATTGGCTAGAGATCAATCTATCTCCCATTCTTCTTCCAAAATATCCACCCCAAGCTCTTTTCCACAAA s fr1.chrUn 137879843 409 - 349519338 GCAGGAGTCTTGTTAGTGACCCATTGCAAAAGAATATTTTTCCTCACTGCAAATGTGAGAA--TATTAAAGTCTTTTTCC--AGCTGCTGTTTACTTGGAAGCA--------CCAGGTTCAGGGACTTGG-GCTTATTTCTATAATAATATGAAAAATTCTCTCCATTTCACATATAATTTCATCCCTGTATCTTTGAAGTTTATGGCAAGACCAGAAGCAATGAGATAAAGTTCCCATGTCAGTTTTACACTTGAGACATACAGCAGAAAGAGAGCTGTTGAA--------------GAAAAGATATATGTAATCTGTGTAATATTTTAAATTGTATTGCTCTTCCCCAAATGCAAATTGAAAGCTTTGTTCCGAAAGACCAGATGGTGTCCCATGTTGCTCCATTTATGGTCATTGACAACTCCTTCTACCAGA a score=7033 s danRer3.chr4 531707 112 + 33808418 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TCCAACAAAACCT-TGATTTCATGTTCTGGTTTCCACTATTCTTTCAAGAGGTTGACATGGTATGTTTGACTCTTCCCTTTA---TCTTGATAACATACCTTATAGGCAATAGGCTTCCTCCTCTATATGATTTCATACAGACCATGCCACATTGCCAACAGCTTGTTGGTGGAAGATGGCAAGACTAACAATACCTTTTAAACAGGTTGG s fr1.chrUn 48025661 207 - 349519338 TCCGACTGCACCTCTGGCTCCACCCGCTCATTCC----ATCGCTTCAACATGTTGGCATGGAAGACTTGCCGTTTCTTTCGACGGTCTGGCATGTCGATCTCGTACGTCACAGCTCCCATTTTGCGTGTCACAGTGTAGGGCCCCTGCCATTTCGCCAACAGCTTGTTGTCAGAGCTGGGCAACAGTAGCAGGACCCGGTCACCAGGCTGG a score=953 s danRer3.chr4 538278 107 + 33808418 ACCACCCTCATTGACATCAAGTATGGTTGATCATTTATCACAACAGTCACTTCAGTGGTCCT--------TTTGGTCTTCATGTACACATTGAATGCTCTGTGTGTAAAGTCAAT s fr1.chrUn 48027204 115 - 349519338 ACCAGCCCCACACTAAGCAGATACGTCTGACCACAAACCTTGACATATGCATCTGCTGTACTATGTTCAGTCTGATCACCATGAACACAACAACTGGTCAATTTGTCATTCTCAT a score=794 s danRer3.chr4 538413 223 + 33808418 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s fr1.chrUn 135380214 1361 - 349519338 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TCATCACCAGCCGGCATCCATGAAAAGTGTCTCTGTGTTTGACTGGTGGGATTCTGCTTTGTTCACCAGTAAACACATGAACACATTCATCGAGGACATTCTGACTCGCATCCAGGACCTGCTGGAACTGGCCCCTCCTGTAGGTGTCGTGTGATGCCTGATGTCGTCCATGACCAGGTGATGTCATT-----------------GTCTGCAGGTCATGCCT---GATGTGATATTGTCCATACAGGAAAATGGATTCCCAGCTCAGCTAACCAGCGATGACCAGCTCTTCATGTTCGAGACGGCAGGCGTTCTGATCGTGAATGCGGAGAGTCCAGTGGAGCGGAAGCAGGCGCTGATGAGGAGTCTCCTGCTGCCACTGATGGATGCCTTTGCTATGCTGCTAGCCAAACTGCTCCAGGAAGGAGAGGAGGAGCGGCAGGTGGCCCTTGCCGACTGTCTGAGCCATGCTGTTGGATTTGCCAGGTGA----------------------------------TTA------TTTAGAATTAGAAAACAATGACGTAACCATGACGATGTCCCTGTTGCCC----------------------------------------------------CAACAGCCGTTTTA--GATGTGGA----ACATGGGA---------------ATTATCT---------------------------------GCTGCTGATTTT a score=24010 s danRer3.chr4 589242 1443 + 33808418 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s fr1.chrUn 135380718 857 - 349519338 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accctcaatattctgtATTACATTACTAATTGTACATTAAAATTGTATAGTAATGTCAGTATTTTTCCAATATGGTGGTGTTTGTTAAAAACTGGGTGAGCAGAAGAGTGTGTTTTGCATATGTGTGCGTGTTGCTCACCTGATAGTCTACAGGTATGAGTGGATGGTGTGGAGGAAACGCTCTGGTCGAGCCCTTCCTATGCACCAGCAGTGTTTTCTGCCGGCCGTCCACCATGTGCTCCTCCACTTTGGCGATGTTGTGCGAGACGTCGTAGATCACGTGCATGTCCAGATCATCTGGTGTGGTGCTGAACACTTTGGAGAACGCCTGAGGG s fr1.chrUn 135385168 236 - 349519338 ACCCCCAA----------------------------------------------------------------------------------ACTGAATGA---------TGTGTTT-------GTGTCC-CGACATATACCTGGTAGTCTACAGGGATGAGTGGGTGGTGCGGTGGGAACGCTCGTGTGGAACCCTTCCGGTGGACAAGCAGCGTTTTCTGTTTCCCATCCACCACATGCTCCTCCACTTTGGCAATGTTGTGCGAGACATCATAGATGACGTGCATGTCAAGGTCATCAGGCGTTGTTGCAAACACTTTAGAAAAGGCCTAAAAG a score=14218 s danRer3.chr4 601543 1051 + 33808418 TAACCTGTCGTGTGAGGAAGGTCATGGAGGATCGGTTGACCCAGGCGTAGTTTCCTGCTGCCGCCATTCCCTTCAGATAATCCTGGCCCTCCTCTGACGTGATGCGCGCGCACGCTAGCTGCCGGTCGTTCACTGTGATGCGGTCGCGCTTCATGGCCTTCTCCATTGCCACCAGGGCGTCTGC-AGCAGAGAAACAAAGTCAGAAATGAACCGTATACCCACAATAGTACATTTGAGGAAGCATTATGAAGTGCACTCAACCTCACAATGCACAGCAATATCTGAAATCGCCCCATCTACCCTCAATAGTGCACAATTTGAGGAAGCATTATGAAGTGCACTCAACCTCACAATGCACAGCAATATCTGAAATCGCCCCATCTACCCTCAATAGTGCACTATTTGAGGGAGGATTATGAAGTGCATTCAATCAAGCCCTCGATGCACAGCGATGAGTCTAGTACTAGTGCACTATTTGAGGGAGCAGCCACTTCTAGTGGTGTTTGAAATCATAGTGCACTCAAGCAATCCCACAATACTTTGAGCACTAAAACAAAAGTAGTAACATAACAAATGACTAAAACTAAATATAAATGGTTCTCTAAATTA---AAATCATTAATGAAACCAGATAAAAGTGAAATGTACAGCATATTTAAACTCTTATATCGTTATTAAAACTAATGTA-TTTTGCTCTGGTAAACTACAACTACTAAAAGTAGATGTATAGAAACTACAAATAAATGTTTCTCAAAATAAAAACTAGAACACAACTAAACAAAAACCCTTACACAAGCTCAAACTGACATGTACAGCATATTAATAAGTCGTGTATCGTGTAAAAGCAGTGATGTTGTTCCTCACCGGTGGCCACCTGATGTCCGAGTCCTCGGCTGCCGCTGTGGATCATCACACACACCTGCCCTTTATGATCGATGCCCATCTTCTTGGCGGCGTAATCATTGTAGATCTCGTCCACCACCTGAATCTCTGCGTAGTGGTTTCCTGCACCCAGAGTTCCCAACTATAGGAGACACACAAGGCTTAACGATCA 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TGACCTGTCTGGTAAGGAACGTCATAGATGAGCGATTGACCCAGGCATAGTTTCCTGCAGCCGCCATCCCCTTCAGGTAATCCTGCCCCTCCGGTGATGTAATGCGAGCACAAGCCAGCTGACGGTCGTTCACACAGATTTTATCTCTCTTCATAGCTTTCTCCATGGCAACCAAGGCATCTGGGAACAGAAAGTTCAAGTTTCATA----------------------ACCTTTAAAAAGATTTTAGGAAAGTCAGGTAAGTACAAAAT--------ATGTTTAAAA----------------------------------------------------------------------------------AAATC-------------------------TTTTGCAGAAAAGATTTTTCAAC---TACAATTAAGCT-------------GTGAAGTCAAATA------------TTGAGAGAAAAATAATTTCTATTT-TGTTT--AATTCTGAT---------------CACAGAATTGTAAAAACTAAG-CAAGAGT-------TTACATTTTGATCAGGCTGAA-------ATCTTTCTAAGTTACTGGGATCATCTTTGGCAC------------AAAGACACTGCGTGATT-------TGTA--------------AATGTAATTTTTCTCTAG-------------------GTGGCTGAGTAA---------------------CAGAATCAATAAT---------------------------------------------------CACATTTTTAGGTGGTTTATTTTAGCGACACA-----------TCTCACCTGTTGCAACTTGGTGTCCAAGACCTCTGCTGCCACTGTGGATCATCACACACACCTGACCTTTGTGGTCAATACCCATCTTCTTGGCAGCATAGTCATTGTAGATCTCATCCACCACCTGAATCTCAGCATAATGGTTTCCAGCTCCCAGCGTTCCCAGCTTCACATGGTAGACAACATTTAACTGTCA 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TTACTTTGCACCCATAGGAATGACGCCCTTGGAGCCGACTCCGACAGGGATGTGGTCGAAGAGAGACTGTGCCAGCTGCTCCTTCACCGGCTGAACGTCGCCCTCATCCAGGTTTGTGCGCAGCAGACGAACACCACAGTTAATATCGAAACCCACACCGCCTGAacacacacacacacacacacacacacacacacGGATATTTAATGATGAAATATCTCAGGATAACGAACAAGCACATTATTAGCA--------CATACCTGGAGAGACGACTGCGTCCGGATTCTCCATGTCGAACGCTGCCATGTTCCCGATAGCGAATCCGTATCCTGAGTGAACGTCCGGTAAACCGATCGACCGCTGCAAAAACACTCAGAGTGAGAACTGAGCATAGGTGCATGATGAGCTGA--TCAGGACTGTGT---GTTTAACTCACGTGCACGATTCCTGGCAGAGCGGCCACATTCCCAATCTGCTTCATCGCAGGTAAGAAACCTCCAAACCCTG---------TGCAAACACCAGATAATGT-TGAGAAGTTATTAGAA s fr1.chrUn 135386827 526 - 349519338 TTACTTGGCTCCCATAGGGATGACTCCTTTGGATCCTACTCCCACTGGGATGTGATCAAACAGCGACTGGGCCAACTGCTCCTTCACCGGCTGGACATCACCTTCGTCAAGGTTTGTCCTCAGCAGTCGGACGCCACAGTTGATGTCAAAGCCGACACCACCTGCAGA---------------------ACAAACGTGACTCTTCAAAGATG---CATTTCTGCGTTA-GGGTAAATATATAATTAAAAGGCGAAAGCGCACCGGGAGACACCACGGCCGCTGGGTCGTTCATGTCGAAAGCTGCCATGTTGCCAATGGCAAACCCATATCCCGAGTGAACATCGGGGAGTCCAATGGATTTCTGTGGTAGAATT---AGGGTTAATTCATC--AGATTTTTTCTAATTTGATTTTTAGACTTGGTAAAATGATACAGACATGAACAATTCCTGGCAGTGCCGCGACATTCCCGATCTGTTTCATAGCGGGAAGAAAACCACCCACACCTGGATCAATGATACAACCAGTATTTAATGTGTGATGAGGAATTGGGA a score=5582 s danRer3.chr4 606270 484 + 33808418 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TGCAGGACAGTCAGCTGAAACCTGCTGAGATGCCTGCAGGTTGGCGGTGTGGAGGCGGAGTCTATAAGCTGCAGTACTCCCACCGCCTGTGTGGCGACAGCGTGGTCGTGATGGTGGCGGTCAGTATGGGCTCCGCCCTCATCATCAACGGTCAGAT-----CAATACTCCGTCGCCACGTTCATTT a score=8030 s danRer3.chr4 616662 403 + 33808418 CAGGTGGCAGCTCAGGTGTGGTCTACAGAGATCTGCGCAGACTCTCTCGCCTGGTCAGAGATCAGCTGGTGTATCCGCTCATGGCCACTGCCAGACAGGGTGA----------------GTCTGTGTTTA-----------------CTGT----TCACACGT-----------------GTGTGTCAGAGTG-CTTTGTG-------------------------TGCGTTTACTGTTCTCACGGGTTTGTCA--------------------------------AAGTGTTTAATATATGTCTTTGTGCATGTGTGTAT-AGCTCTGGGTCTGCCTCTGCTCTTCGGTCTGCCTGTTCTTCCTCCTGAGCTGCTGCTGCGTTTGCTGCGTCTGCTGGACGTTCGATCTCTCGTCTCGCTGTCGGCTGTGTGTCGGCACCTGAACACCGCCACCCATGATGCTTCACTCTGGAGACACCTGCTGCACAGAGACTTTAGGGGTAAATGCGCAAATA s fr1.chrUn 76341456 513 - 349519338 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TGTATGCACACACACACACACACACTGTGCACGTGTTCTGGTGTTGCTGCTTCCTCACATTCATGTACCTT----TAATTTATTCAAAT a score=8237 s danRer3.chr4 655901 136 + 33808418 CTTCTTTGTGCTTCAGATGGTGACAGACGTGCAGCTTGCCATCTTTGCCAACATGCTGGGCGTCTCGCTCTTCCTGCTGGTGGTCCTCTACCATTATGTGGCTGTCAATAATCCCAAGAAACTGGAGTGAGGGGTG s fr1.chrUn 12385725 134 + 349519338 CTCCCTTTTGC--AGGATGGTGACAGACGTGCAGCTGGCCATTTTTGCCAACATGCTTGGTGTGTCATTATTCCTGCTGGTGGTTTTATATCATTATGTTGCTGTCAACAACCCCAAGAAGCAGGAATGATGTGTG a score=1242 s danRer3.chr4 659756 464 + 33808418 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349519338 CAGGGGACTCAGTTTGGAGAGCAGCCCAGGGT--------GGGGCAGGGCCTGTAGGGAGGGGAGCAAAGTGGAGAGGCTGGGGGACTGCAGGGAGTACACACCTGTCATAGTGACGGTGGCCGGGA--GGGGACAGGAGCCAGCTGCGCACA-CCgaggaagacgaggaggatgaggaggaagggggtgaaggtg--------gggggtg------ggaaggggTGTGGCTGTTGCCG-----GGAGACCGTAAGATAGAGCGGTGATGGGGAGTGCGTCTCCTCTCCTGAGGTTTAGGTTCTACAGAGTGGGAGACACAC--------------ATACACCTGCTCAGACACATGCAGGTACTGTGTGTGAGGCTGTGT a score=8117 s danRer3.chr4 668698 206 + 33808418 ACCTGTGTACCAGGCCGATGGTTTTGTGAATGGCCACTCGTCCGCTGCCTTCCTTTGACTGACCGTCTCGTTTGTCCCGAGCGTACATGTTCTTCTCCGAGAAATTACAGCCCAGGAAATCAAAG-gggttttcccagtcgcga----------------------------cgctgcagaacgacgg---ctaagctctcgaggatcaTTAAAACAGAGCCTTTATATttcaaggga s fr1.chrUn 12391905 236 + 349519338 ACCTGTGAAGCAGCCCAATAGCCTTGTGAATGGCCACCCGCCCGCTGCCTTCTTTAGACTGGCCGTCCCTCTTGTCCCGTGCGTACATGTTTTTCTCAGAGAAGTTACAGCCCAGAAAATCAAAGTGGGCGGAGTTAATGGCGATCAACCTCGGGTACAGCATGTTCTCCACCTGCACAGAATGAAGGTATTAACACATTTAAGGAT--GTAAAACAACACATTCATATTAAAAGAAA a score=12706 s danRer3.chr4 669555 505 + 33808418 ACACCTGCTGGCTCTCCTCTGTCAGGTTGTTGCCGTACATAAAGCATCCTCTTTTGGAGGCGTGGCCATGCAAATCTATATAGTACGCCACTCCGCTCTCCTGAGGCG---GGACTTGCTCTGAGG----GGGCAGAGTTTGTTTCTCCTCT----GCTCTGTG----CTGATTCGTTCTCATCGGAATGCTCCGCCTCTCTCTGGACTCCGCTTTTCTCCCAGCTCTCTTCCAGCTGCATGGGGATCTCGGAGAGGTCAAAAGTCGGACCCTCTCCTCGCTCCGCCTCATTAAGCAAGTTCATGCAGCGCTCCCGCTCAGTG----GGCGTGGCC-ACAGGAGGGCTGGTGTTTGATTGGT---------------------TGGAGGTTTTGAGGGCGGAGCCAGAGGCATGGCCAAGGCGGTTGTGGATGTGGTGGTAGAGCATCAAAGATTTGGCGCCGTAGATTGAAGGATGCAAATCTGGACTGGGGTTCACATACTGTCTGTTCAGATTCACACCGCGAGAGTCCGTCCTGAAAACACA s fr1.chrUn 12392143 526 + 349519338 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TCTTACCTGTAGTGCCCACGCACAACCCCGTCTGGGTTGAGCATCGGAATGAGCTTGAAGACAAACATGTTTCGCAGGACGTGAGCGCGAGGGTCATCTTTTCTGAGGATCAAGTTGAGGAACCCGTTAAACACGAAGGATGACGGCGTCTCCCCAGGGTGCACACGACTGCTAAGGAAAAATACCTGGATGCACA a score=6506 s danRer3.chr4 671950 188 + 33808418 TACCCGTTTGCCGGTGAAGCGGTGCGAGCGTGCAGTGCTGAGGTCTGGGAAGAGTTTGTCCAGCCGCGGCTCTCGCTCCTCCAGCAGGCCGTGACATGAGGACACGGTGATCAGATCCACACGGTGGCCGTCCAGAGAGTGACAGAGCAGCTCACGGTGATAATAGATGCTCTCTGGAGGACTGAAAa s fr1.chrUn 12392993 188 + 349519338 TACCTTTTTGCCCGGAAAGCAATGCGCTCTGGGCGTACTGGCATCGGGGAAAAGCTTTGGGAGGCGAGGTTCTCTCTCCTCTTGCATTCCACTACAGTTGGTCACAGTGAGCAGGTCCACCCTGTTGCCATCTAGAGAGTTGCACAGCAGCTCCCGATGGTAATACACAGTGCTTGGCGCACTAAGGA a score=9828 s danRer3.chr4 673582 210 + 33808418 AGTAAGTGTGCACCTCAAACGTGGGTCTGTCTCGAACCCGTTCCCAGCGTGTTTTGACGGGCAGCGTGCGGACGAACGGAGCCATGCCCTGCGTGTACAGCTTGCTCTGCTTGTTCATGTTCATCATGTTGATCTTCAGCAGTTTTCCAGGCAGCAGCCCGCGCACACTGAAGTAAAACCATGACCTGCACACACAAG-ATCAACAACACA s fr1.chrUn 12393535 211 + 349519338 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cattttaagccttgcataaaccctgtaaaataataATAATATTATAGTAATTT--GGATAGACCCAGAATACACTTAAAAAAACACAAAACATCTAACTTCTAAAATCCACCCCTGGGACTAAAGCTTATGCAGTACTGTTGGTGTGACCTTCACCATCTGGGTATACAACCTACGCTTTCAAGATGGAGAAGAAGAGACCAAATCTTGTCAAATTATTTCAATATCTTTGCCATAAGACATCTGATCCCATCTGATCGATTCTGTTGATTTCCAAAACCTTAGCACCAGCTTCTTTGCCATGATAAGTACGACAGCAATTGTTTTTGGAAATCCTGAAGTGATCTAGTTTTGTCTGAAATTCTGATATGACCAAAAGTTGGTCGAAAACTAATTCACAATTTAAAATTTTAGAAAGAGTTTTAAATATTTCAGCCCAGAATGGGACTAATTTAGAACACAGAGCATAACTATGTGAGGGAGTGGCTAAGACCGTCTTGCATTTATCACAAAAGGGAG s fr1.chrUn 234167501 442 - 349519338 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+ 33808418 TTTGAATAAATATTTTGTTGAATGTTAATTTTT--AAAACAAATGTCTAAACGA------------------TTATGACGTAAGGGAGCCTCGTTTATCAAAATCACGTGACA--------------TTGGCAAGGCGATTTGCGCTCCGAACAACTAATTCTAATTAAAAGAATCATA-AATGTTTCGAGGCTTC-ATCCTAAAATCTGCATTTAGATCCATGATATTTGGTTTAGAATAT-GTTCTGTGGAGTGTACCACCGTTAATCCATATTCTCGA-CTGTTTAAATCAAATTCACCCAGTAGAAA s fr1.chrUn 221580491 296 + 349519338 TTGTAATTGGTCTTTTATTGCATTTTCCttttttaaaaaaaaataaaaaaataaaaaCCCATTTAGGCCAATTTATATATTACAAGGATCTTGTTTTTTTCAATGAAATAACAATTAGAGATTTAATTTTGGGGGGCATACTGGACTCTAAA-AGTTGCTCCGTTTTAAATGATCTGTGTCCTCTTTCACTGCTGCTACTCT----TCAGCATTTTGACAC-TGACTCATGGATGAAATGATCACTGAGTGGAA---------GCTGATCCATAATCTCGATCTGATGATGTCACATTAATCAAGTTTCCG a score=6553 s danRer3.chr4 680396 129 + 33808418 GTAAAAGTAGAAGGTGGGAAAAAAGTAGTCCTCCTTCGAGCCGGATTCGAACCAGCGACCTAAGGATGTCAGTGAATCACCTCTACAGTCCTCCGCTCTACCAACTGAGCTATCGAAGG--GACGAACACG s fr1.chrUn 221582052 128 + 349519338 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CTCACCTGGACTGAGCCAGGTGTTTGGTGTAGAGCTGCCGCCACACTCCCAGACTCTGCACGTCCACGCACAAACACTCCGTCATGCTGCTGAGCAACTGCACAGGAGAC a score=14375 s danRer3.chr4 690676 662 + 33808418 CTCACCTCTTTCTTCATGGCACCAGGACAGTTGGGTGTGGCTCGTGACAGGAATGATGGGAAATATGTGTGCAGTGTTGATTCAGGTTTTGCACCAAAGGCCAGAACCTTTATCCGTGGGTACAGTCGACACAACTGCTCCTGCAGACTGAAAACAGA-------------------------GAAAATAATGTCtaaaaactag---cctagagcac--------------------------cgtctgctgttaaacactag--------------------cctacagtgc---------------tagtctgctgtttaaca-ctagcctagagc--accatcCTGCAG--ATCTGTACATCTCTGA----------GTGACT------CTTACCTCTGTGAAAGAGCGTTTTTAGGCATGTAAGCAAAGTCCAGCAAAGGGAAGAACTCCTTGGGCCCCATTATCCCGAAGCCTTTGGTCAGGTTGGCATGAAGACTGAAACAGACAAATCAAACCGTTTGAGTTTACTAGAACACCACCAGCATTATACACTGCTCTCCTGCTTGTCTGAATAGCTGGAATGTTCCACAATGTGAAGTATTATGGCTTTAACCCTAACTCTAACCCTTTACAAAAATAAAGATGAACTGAAATTGAAGTGAACAGAGACTCACGTCAGCAGTCGCTCCAGATAAGCGATGGCATATGCGGAGAGAGCCTTCATCCCGAGAACAGGGAGCATGATTCCCAACCAGACTGCAGGACCA s fr1.chrUn 221585585 677 + 349519338 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score=6793 s danRer3.chr4 694909 159 + 33808418 ACCGTGAGCGTAGCTGCTGAGTGTGGGGTCTGTGTCTGGAGCTGGGAGTTTGTAGTTCAGATATCCAGCCAGATCCTTCACCCAGATGGACGGATTCTCAGGAAACAGAGTCTGACTTTTCTCCAGCTGCTGCTTCAGCTCTGCGATATTCAACTGAGA s fr1.chrUn 221587368 159 + 349519338 ACCATGAGGGTGGTTTGTGAGGGTGGGCCCAGTGTCCGGTGCCACCAGGTTGAGGTTTAGGTATCCTGCCAGGTCTTTGAACCACACTGAGGGGTTTTCTGGAAACAGGGTTTGACTGTGAGCCAACTGCTGCTTGAGGTCTCCAACATCCAACTATGA a score=627 s danRer3.chr4 705523 88 + 33808418 GCAGAAATGGAGTGTGAATGTATGGATCGGTGTGGTGTTTGCGAGTGTGTTTTGTGTGCTG------TCAGAT------ATGGATCTGCTGTAGTGCTCG s fr1.chrUn 216176752 96 - 349519338 GCAGAAATG---CCCAAATGTG-GGGTCGGGGTAGTGTATGCGGATAGGAAAGGCATCCTGGATCACCCTGATCGCCCCATGGATCACCAGAACAGGCCG a score=9731 s danRer3.chr4 705611 246 + 33808418 CTCAGCGTT-------CTGCTGTTGTGTCCC---GCAGGTCTGATCCGCCTGCAGGAGCTCATTAAAGCTCCGTCCAGATACAACATCCGGCTGAAGATCCGACAGCTCGCCGCCGACACCAAGGATGCCAAACCGCTGCTGAAGGAGATGAAGAAAGCCAAGGAGTTCCACGTCATCTTCGACTGCAGCCACGAGATGGCCGCGTGGATCCTCAAACAGGTCAA-AAAGCATTTCCTCTTTATAATTAAGGGGGCA s fr1.chrUn 182242807 257 + 349519338 CCCAGCGTTGCTTCTCCTGCTTTTGTTTTCCCATAAAGGATTGATTCGCTTGCAAGAGTTGATCAAAGCTCCTTCCAGATACAACATCAAAATCAAAATCCGCCAGCTCCCCACGGGAAGTAAAGATGCTCGGCCGTTGTTGAAGGAGATGAAGAAGGGGAAGGAATTCTATGTCATCTTTGACTGCTCCTACCAAACATCGGCGGACGTGCTCAAGCAGGTGAATAACACATAACATCTGCACAGTCTGGAGGATA a score=-594 s danRer3.chr4 705857 145 + 33808418 GTTCACA----CAGAAATGTACTTTATTAATTACTAGAGCTGTGGAAAAACGagacggtgctttaggctg-------gtgtt----------caac-----agcagatggcactctaagctagtttttaacagcagacggcgctcta-----------ggctagtttttaacagcagacggc s fr1.chrUn 238977144 179 + 349519338 ATGGACACCTCCAGAGGTGGGCAGCACTGAGTCGAGGAGAAGGAGGAGTACTAACAAGACCTGTAGCTTGTAATAATGTGTTTTAACTGTAACAACATGTTAATAGCTGGTAAT---AGCATGTTATTAACAGATAACAACATGTTAATAGCTGTAATAGCATGTTATTAACAGGTAACAAC a score=78 s danRer3.chr4 708115 102 + 33808418 ATTTACCCCCTTTTTAACCCACCCTTTTCCTGACTGGCTACAAAACTGCTTGCCTAGTTTACCTAGTTGGTTTGAACCATTA---ATATTCATGATATTATCTGA s fr1.chrUn 238978543 97 + 349519338 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tatatatgtgtgtgtTTTTGCTGGTGGGCAGTGATCATCTCTCTTTCTCTCTGTGCATGTGTGCGCACGCATGTGTGTGTGCGGTCAGCAGAAGGCAGATCTGGCCGTGGCTCCGCTCACCATCACATACGTGCGTGAGAAGGTGATTGATTTCTCCAAGCCCTTCATGACTCTGGGCATCAGCATCCTCTACCGCAAACCCAACGGCACCAACCCCGGCGTCTTCTCCTTCCTCAACCCTCTGTCCCCCGACATCTGGATGTATATTCTGCTGGCCTGCTTGGGTGTCAGTTGTGTGCTGTTCGTCATCGCCAGGTAA s fr1.chrUn 182245900 278 + 349519338 TAGACGTGTAGGAGGTTCTGCAGGTC-------ATGACCCGCTTTGTCCTCCGT----------------------------------CAGGTGGCCGACCTCGCCGTGGCCCCTCTCACCATCACCTATGTGAGGGAGAAAGTGATAGACTTCTCCAAGCCCTTCATGACTCTGGGGATCAGCATCCTCTACCACAAACCCAATGGCACCAATCCAGGAGTGTTCTCCTTCCTCAACCCCTTGTCTCCAGATATCTGGATGTATGTTTTGCTGGCATGTCTTGGCGTCAGCTGCGTTTTGTTCGTTATCGCCCGGTAA a score=-108 s danRer3.chr4 725883 67 + 33808418 CATCGGAGTTGTCTGCgtctgtccgtatccgtctgtctgtatccgtctgtccggaaccgtctgtctg s fr1.chrUn 216182940 67 - 349519338 CCACCCTTTTATTTACTCCTTTCCATCCTGACGTACATGTCTGCGTAGGTTTCAAAGCTAATTTCTG a score=1853 s danRer3.chr4 729843 142 + 33808418 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cacactcctgtcacacacctgccacactcctgtcacacacacacacacctgtcacacacacacacacacacctgtcacacacctgtcacacgcacacctgtcacactgtacctgtcacacgcctgt---cacTCACACACCTATCACTCACACACCTGT-CACACACACACCTGTCACACACACCTGATCAGAGGGTTCTGGGTGTGTCCAGGGCCGTAAACCTGGGTAC-----TTCTCCTTC------CTGGACCCGTTCTCCCCGGCAGTGTGGCTCTTCATGCTCTTGGCGTATCTCGCCGTCAGCT a score=847 s danRer3.chr4 730786 57 + 33808418 gtgtgtttgtgtctttgtttttgcctttgtgtttg------------tGTGTGTGTGTAACCATGTGAG s fr1.chrUn 297579644 65 + 349519338 GTCTGTTGTTGTCTTTGT----GCCTCTGTGGTCAACATAAATCGACTGTATGTGTGTTTTCTGTTAAC a score=314 s danRer3.chr4 730843 9 + 33808418 TGTGTGCGC s fr1.chrUn 216183019 9 - 349519338 TTTTTGTGC a score=7644 s danRer3.chr4 730852 127 + 33808418 TCAGATTCAGTCCGTACGAGTGGTATAATCCTCATCCCTGCAACCCGGACTCAGACGTGGTGGAGAATAACTTCACACTCCTCAACAGCTTCTGGTTTGGAGTCGGTGCTCTGATGCGGCAGGGTGA s fr1.chrUn 182246505 127 + 349519338 TCAGGTTCACTCCCTATGAGTGGTACAACCCTCACCCCTGCAACCCCGACTCAGATGTGGTTGAAAACAACTTTACCCTGATAAACAGCGTTTGGTTTGGAGTTGGAGCGCTCATGCAACAAGGTAA a score=1862 s danRer3.chr4 731451 187 + 33808418 ctcacaaacacacacactcacacacacacacacacacacacacac-----------tctctctctctctctgtcacacacatgcttacacacacacatgaacacacatacatggaagcacactcactcacacacacacacacataaacaatcactcactcactctcacacacataccactcacgcactcacTCACTCT s fr1.chrUn 91602095 172 - 349519338 CTcacacacacacacacacacgcacgcacacacacacacacacacaGGAGGGGGAGGTTCT---------------ACAGGTTCCCTCAGGTAAACAGGATCTTCT---CATGGTTCCCCCCCCCCCCTCAC-CTCACCTGACTGAACGGTTGCTC-------CTCTCAAGCCTTCCTGTCAGTTCCTAACGTGTTTT a score=120 s danRer3.chr4 731647 121 + 33808418 acacacacacacacacacacacaTCAATGAATAATATAAATAAAAATGTACACTCTCCAGATGACTTCAGAGATAGTTTGAAAGTGTGTGTGATGGATAAGTGTGTTTCCCCTCATAACGC s fr1.chrUn 194691050 112 + 349519338 GCACACGCACGCATGAGTGTGAACGAGTGTGTGCTACATTTAAGTGGCTTTGCTGTCCAGA---------AACCATGCTGAGTGTGTGTGTGTTCGCTGAGGGGAATGAACCCATTTAGCT a score=1962 s danRer3.chr4 731768 35 + 33808418 TGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGT s fr1.chrUn 91602413 35 - 349519338 CGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGCTGGGGGCGGGGT a score=12195 s danRer3.chr4 735148 296 + 33808418 GAGTGTGTGTCCGAGCGCCTCCGCTGTTCGGGACCGAAGACTCCGTGGTTCTGGACCGCTGGATTT-------CCACAGGAAACATCTTAGTGTCCGTCATCTGGACGAGAGTGGCAGGAGTCCTGCAGGAGCGCTCAGGCCATGGTCTCTTTCCCCGGGAGCCTCCTGTCATTGAACGTGTGCATGTTAATCACCTCCTCAGTCTTGACGATGGCGGGAGGCTGAGGCTTCTGTTTCCTTCGCCGCTGACATTTCAGAGACACCCGGAGCTCCTCCACCATCGCACTGCAGAACGAGCGCTG s fr1.chrUn 52370624 295 - 349519338 GCGCGCGGGTCCAAAAGAATCC--TGTTTCCGACCGCTAACCTCG--GTCTGAGTCAGCTGGTGTTTGACCTGCCGCGACCCCCGGCCTCGTCACCCCCTCCGCGGTTTCAGTGGGGGGGG----GGGGGGGGGTTCAGGCCATGGTCTCCTTCCCCGGGAGTCTCCTGTCGTTGAACGTGTGCATGTTAATAACCTCCTCGGTCTTGACGATGACGGGCGGCTGGGGCTTCTGTTTGAGGCGCCGCTGACACTTCAGAGACACGCGTAGCTCATCCATCATGGCGCTGCAGAACGATCGCTG a score=894 s danRer3.chr4 735634 56 + 33808418 TGTTGATTAGATT----TGGCCAGATGAAACTTCCCATGCCTTCATCATCAGCTCCTCCC s fr1.chrUn 60735964 57 - 349519338 TATTGCCTAGATTCTCTTGATCCAGCTGGATTTGTCACGCC---ACCATTAGTTTCTTCT a score=10472 s danRer3.chr4 735690 603 + 33808418 CTTTACAG---ACCACACCCCTTCATAGTTAGCCCCTCCCCTTCATCAACAACCACACCCTTTTATCATATTCCCCACCCTTCATCAACCA----TACAGCTTCACAGTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATGCCCCTTCACAGTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATACCCCTTCACTTTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATACCACATCATAGTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATGCCCCTTCACAGTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATACCCCTTCACTTTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATACCACATCATAGTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATGCCCCTTCACAGTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATACCCCTTCACTTTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATACCACATCATAGTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATACCCCTTCACAGTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATACCCCTTCACTTTTAGCTCCTCCCCTTCATCACTAACTATACCACATCATAGTTAGCTCCTCCCCTTCATCACT s fr1.chrUn 60736446 610 - 349519338 ctttacagctagctttattactttacagttacctttgctactTTACAGGTAGCTTCATTACTTTACAGTTACCTTTACTACTTAACAGCTAGCTTTATTACTTTACAGCTACCTTTGCTACTTTACAGGTAGCTTCATTACTTTACAGTTACCTTTACTACTTTACAGCTAGCTTTATTACTTTACAGTTACCTTTACTACTTAACAGCTAGCTTTATTACTTTACAGCTACCTTTGCTACTTTACAGGTAGCTTTATTACTGAACAGTTACCTTTACTACTTAACAGCTAGCTTTATTACTTTACAGCTACCTTTGCTACTTTACAGGTAGCTTCATTACTGAACAATTACCTTTACTACTTAACAGCTAGCTTTGCTACTTTACAGGTAGCTTCATTACTTTACAGTTACCTTTACTACTTAACAGCTAGCTTTATTACTTTACAGCTACCTTTGCTACTTTACAGGTAGCTTTATTACTGAACAGTTACCTTTACTACTTAACAGCTAGCTTTATTACTTTACAGCTACCTTTGCTACTTTACAGGTAGCTTCATTACTGAACAATTACCTTTACTACTTAACAGCTAGCTTTATTACTTAACAGCT a score=6295 s danRer3.chr4 744257 187 + 33808418 GTTGCTGTCTTG-TGTTGAAGTGTGTTT--CAGGCATGTGGTCAGCCTGTGTTTTATTTCTGGCCTTCTCCTCGGCCGCCTTAGCACTGGACAATGGGCTGATGAGGACCCCGCCGATGGGCTGGTTGGCTTGGGAGCGATTCCGCTGCGACATCGACTGTCAGAATGATCCCTACAACTGCATCAGGTA s fr1.chrUn 103036859 178 + 349519338 GTTGTTTTCTTTCTGCAGAAATGCATCTAGCAGTGCTGCTGGTAGCGTCTGTGCT------------CTCTGTGGGCACACTCGCCCTGGACAATGGACTGATGAGGACACCTCCAATGGGATGGTTGGCATGGGAGAGGTTTCGCTGTGACATTGATTGTGATCAAGACCCTAAGAATTGCATTAGGTA a score=9282 s danRer3.chr4 744502 164 + 33808418 TGTTTCTGTGCAGTGAGCAGCTGTTCATGGATATGGCGGACCGGCTGTCAGAGGATGGATGGAAAGAGCTGGGCTACGTCTACGTCAACATCGACGACTGCTGGTCCTCCAAAGACAGAGATGCTCAGGGCCGACTGCAGCCCGACCCTAAGAGGTGTGACCTC s fr1.chrUn 103037573 164 + 349519338 TGTCTTTTCACAGTGAGAATCTGTTCACCGACATGGCCGACAGACTCTCGCAGGATGGCTGGAAGGATCTTGGCTACGTGTATGTGAACATCGATGACTGTTGGTCCTCGAAAGAGAGAGATGAGAAAGGGCGGCTGCAGCCCGACCCTAAAAGGTGGGAGCTC a score=22747 s danRer3.chr4 746162 847 + 33808418 CACTCTTCTTCATCTTGTGTAATTTTTCTGCAGGTTTCCTCGAGGCATTCCTCATCTGGCGCAGTACGTCCATGACCGTGGGCTGAAGCTGGGCATCTATGGGGACATGGGCACGCTGACCTGCGGAGGGTATCCGGGAACCACACTGGACAAGATTGAGACAGACGCACAGACGTTTGCGGACTGGGGGATCGACATGCTCAAGTTGGACGGATGTTACTCCAACTCGTCCTATCAGGAACAAGGTACATCGCCAATCTGTGTCAGCTCAGATCTAAAAGGAAGGTCAAGACTTCTTTAAACCAGCACAAATAAAATTAATGCTGTATGTCCCAGAACAAACAATACAGTACAATTAAAGAAGATAAAGCAGTTTCTCAAGCCTTGTAATGGTTTGAAATTGATTCTTTGTT-TGTGATTCGGTTAATTCAGGATACCCAATGATGTCGAAGGCCCTCAATGCTACCGGTCGTCCTATTGGCTACTCCTGCAGTTGGCCTGCCTACCAGGGAGGCCTCCCACCTAAagtgagttagtgtgtgtgtgtctgagtgagcaaagtttgagtgagtgtgtgagAATGTGACACACTGACTCTGGTGTGTGTTTTTTTTTAGGTGAACTACACTCTGCTGGGTCAGATCTGTAACCTGTGGAGGAACTATGATGATATCCAGGACTCGTGGGACAGTGTGATGGGCATCGTGGACTGGTTCTTCGACAATCAGGACGCCCTTCAGCCTGCAGCCGCACCAGGACAGTGGAACGACCCAGACATGGTGAGCTCCACACCGATGACCCTGAGTTTACTGTTTATTACGCTGGTGTCCATCATGTTCTTAACTTC s fr1.chrUn 103038002 701 + 349519338 CATCGTTCACTAAATTCTGCCATCTTACT-CAGATTTCCTGGAGGCATCCCTAAACTGGCACGCTACATGCACGACAGGGGCCTCAAACTGGGCATCTATGGGGACATGGGCACGCTGACGTGTGGCGGTTACCCCGGCACCCCGCTGGACAAGATCAAGATGGACGCCCAGACGTTTGCAGAGTGGGAGGTGGACATGTTGAAGTTGGATGGCTGTTATTCTAATGAGATAGAGCAGCAGCAGGGTAC-----------------------------------GAGTGAGGCTTTTTAAAACT-----------------------------------------------------------------TTGGTCCTTCTGCTCTT--------------CTGACTCGATGTTGTGTGATTATTTTG---CAGGTTACCCTTTAATGTCCAAGGCCCTAAATGCTACAGGCCGTCCCATCGCCTATTCCTGCAGCTGGCCAGCCTACCAGGGCGGTTTGCCTCCCAAGGTCATAT----------TTTTTTAGCACGCAA--TTGGAAATAAGGTGTGAAA--GCAATTGTCTTGAACTACTTAATTTGTCATTTCAGGTAAATTACACTCAGCTGGGGGAGATTTGTAACCTGTGGCGTAACTACGGCGATATCCAGGACTCCTGGGACAGTGTCCTGAACATTATCGACTGGTTCTTTGATAACCAGGACATCATAGGACCTGCAGCTGGACCTGGAAGATGGAATGATCCTGATATGGTCAGTTTTA------------TGAATATATTATTTATT---TTAAAGTCTATCCAGTCTGTGGTTTT a score=15396 s danRer3.chr4 747519 498 + 33808418 CCTTGGCTGACCTTTGACCTTCTGT---TTCCTCTTGTTTACCCTACTGTTGATCCTGTGTCGTCCTCAGCTGATCATTGGAGACTTCAGCCTCAGTCTGGATCAATCTCGGGCTCAGATGGCTCTATGGTCCATCATGGCGGCTCCGCTCTTCATGTCCAACGACCTGCGCACCATCAGCAGCGCCGCTCGCTCCGTCCTCCAGAATAAAGCGGTCATCTCCATCAACCAGGACCCGCTGGGCATCCAGGGCAGACGCCTGCTCAAGGTGCACACG------CCTAAATAATGCTCCTGCTTAATTATTTATTTCATTATTGTAAATATTGTCATTAAATGAATTCATTATCATCAGGAGAAGAGCGGGATCCAGGTGTTCCAGCGGCCGCTCTCTAAAGGAGCCAGCGCTCTGGTGTTTTTCAGCCGCAGGTCTGATATGCCATACCGCTATACCACATCTCTGAAGACTCTGGGATACCAGCCTGGAGTATTTGAGGTGAGCCT s fr1.chrUn 103038703 470 + 349519338 GCCTGGCTG--CGATAGTATTGTGTCATTTTTTCCTCTTTAACCT-------------------TCACAGCTGATTGTCGGCGACTTCGGCCTCAGCACGGACCAGTCTCGTACACAGATGGCTCTGTGGGCGATTATGGCTGCTCCTCTCTTCATGTCCAATGACCTACGGACCATCAGCAGTGAAGCCCGCAGCATCCTGCAGAACAAATTAGCCATCAGGATCAACCAAGATCCCCTGGGATTCCAGGGGCGACGCCTCGTAAAGGTGACTCCGAGTTCACCTTCACAAATCTCAGCCTTCCCTCTTGATTTCAATCTTT------CTGTCGT--------TTCTTCCTC--CAGGAGAAGAGCGGCATTGAAGTGTTTTGGCGCGCCCTGTCGGACAACGCCAGCGCTCTGGTGTTCTTCAGCCGCAGGACCGACATGCCGTACCGCTACAAGACTTCCCTCAGCAAGCTCAACTACACATCCGGATACTACAAGGTGTGTTT a score=2953 s danRer3.chr4 748815 137 + 33808418 catacacCTTTTCTCTCTCTCCGTCAGGTGTTTGACGTATTC--TCAGAGCAGCGTTTGCCTGAACTGAAGGATAGCACTCAGTTCACCGTGTCCATTAACCCATCTGGCGTGGTCATGTGGTACATCTATCCGGCTGC s fr1.chrUn 103039408 132 + 349519338 CATCCACTACTGTGTTCTCTCC--TAGGTCGTTGACGTCTTCACTCAGAAGGGAAGCTCCTTGAA-----AGACTCCGAGGACTTTGTGGTGTCGGTGAACCCAACGGGAGTGGTCATGTGGTACGTCTCTGCACCTGC a score=2721 s danRer3.chr4 752374 116 + 33808418 GTCAGAGGCCGTATTTCTTCTGTAAGTCTTGAACTGTGGAGTCTGTCAGACCGGCATTGTGAATCCGTTCAAACAGCTCCTGCACCACTACAAGATCAACAACAGAAAGAG-AGAGC s fr1.chrUn 191210451 110 + 349519338 GTCACAGCCCGTACTTCTTCTGCAAGGCTGTGACGACTGATGCTTCCAGTTCAGCCTGGCGGAGGAAGTCGAACAGGTCTGAGACCACTGTGGG-------ACGGAAAGAGCAGAGC a score=3412 s danRer3.chr4 754038 139 + 33808418 gtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgcgtACTTTTCTTCTCCGTGTTTGACATAAACATGACGGCCATGTCGAATCTCTTCACGCTCGCCAGGTTTCTCAGGACGTCCAGCAGAAGAGACGCTTCCTCAGGTCTGaattata s fr1.chrUn 191210604 139 + 349519338 GCGAGCGAGCGCGCCAGAGGAACTCCACCTTTTCTCTCCGCAGACGACATGAACATGACGGCCATGTCGAAGCGCCCCACCGCGGCGAGGCTGCGCAGCACCTCCAGGGTGACGGCCGGCCCTTCGCTCCTGCACAACA a score=3604 s danRer3.chr4 755673 302 + 33808418 tatcacttcacaggacCTTTAAGATATAAAGCTTGTGTGATGT-----GCTGACCGTGTGTGGCAGCGGTGGAAGGTCTGCAGGATGCGGTTCAGCACGTCGGACTCCAGAGAGTTCTGGAAGATCTTTGGATACGAGTCTGGACTGATTTGCTGAAATAGGGAA---------------------------------------------GCAAACATTAGCTCTG------------AATGAGAAGCTGA--------------------AGGAGAGGTTTA--------GGTGCTGCTGGTACCTTCAGATAGCTGTATGTGGACTGTGGGTTATGGCTGATCTTCCTCAGGTCGGCCTCTAGCTGGAAACTGGTGCAGGGTGGAGGAGG s fr1.chrUn 191210747 384 + 349519338 TGTTAACGCACAGGACCCGTAGGCGAGAGGA---GCGCGCTGCCTCAAACTCACCTCAGATAGAAATCCCGCAGAGTCCTCAGGATGTTGTGGAGCACGTCTGGTTCCAGAGAGTTGCGGAAGATGTTTCCATACTCCTCCGGCTTGATTTGCTG---CAGGGAATAATCACAATGCTGCCTCATGTGTTTCCATCACGAGCTTTTCCAGGCCGGCTTCAACTGTGCTTGTGTCAGATAATTCAATGCTCATCTCTTGGATCTCCAGTGTCTGGAGACGTCCGTTACAGCCTGTTCTGCT--CACCCTCAGATATCTGTAAACCACTTCTGGCTGGTTTCCAATGGTGTGGAGCTGAGCCTCCAGCTGGAAGCTGTTGCTGGGTGGAGGAGG a score=890 s danRer3.chr4 756231 303 + 33808418 agttaaattctcaaattaggtctgtctgaggtattgggcgtggctattaaacttaaacacgcccctccagctgttgacaacaAGCAgaaatggtgagcaggaggagtctgttagcttgcaataactctccccaaatccgttcccccgtctttctgaatgcaatgcAGACCTGGCCACAGCAGGACAGCTGGCGTCTGGCTTCTCCTCCATCTTCTGGATCTTATGATGAGGTGAAGACGTGAGCGGAGTC------TGAGCGATCGCTCCTCCAACCTCTTCAATCTCCATTCGCCTCAAGGGTTTCTG s fr1.chrUn 191211259 293 + 349519338 ATTTATATCCTCAAAATAACAAAATATGA--TCTCAGTCACGACAGATGGGCTGAAATATTTGCTGCTAATATTTAGCGACACGCTAAGA--GTTCCACTGACGGGTCAGGTGACCGTGAGGAGACTTCTGCAA----GCTCCCCCATCTTGATCATCTTGGCGGTG----GGTGACATC--GACAGC-GGAGACGAGCG-CTCCTCCGCCTCCCTCGTCTCGTCCTGGATGACCGACCTCGGCCCAGCCGGCAGGTGCTCGGTGCTGCCGCTCACTTCCACAATCTCCATCCTCCTCAGTGGTTTCTG a score=3619 s danRer3.chr4 757608 240 + 33808418 tttttgtactaaactctctgcagattctgtccggccctaC---ATATGACCGAAGCATGTGTGCGTATGTATAAAT-AGGACTCACGGTGGATCTGAGGTGCTCAGGCTTGTGTATGGGCTGGACGGTCTTTCTCAGTGTGTCCTCCTGTGGAGCCAGACTGCTG---CGCATCTCCTGATATAAAAACAC-------ACACACACAGTTTTCTGGATAGTGTTTATCTTTGGATAATCTTTAAAAAGAGGGCT s fr1.chrUn 191211741 251 + 349519338 TTTTAGTCCAAAACCTACTTAAGTCTTTTTACGGGTCTAATAAATAAGGTTTAAGCTGGGAAAGTGATGTTAGAATGAAGACTCACAGCAGAGCGCAGATGTGCTGGTTTGTCTATAGGCTGAACTGTCCTCCTCTGGGTGCCGTCAGGAGGCTGAACATTGCTGGAATTCAGTGCCTGACAGAGAGACACATGAGGGACAAAGACATTCTTCTCCAT--TGATCATTTTTCAGT-ATCTTTAAAATGGTTGCT a score=5426 s danRer3.chr4 759219 320 + 33808418 CCAACACGATGACTACAGACTACATCTAGTGTTGACACGTACCGCTGTGAGCTTCTCGATCTCACTTATGGCTTGTTTGTTTCCCGGCTCGAGCTTCAGAACCTGCTCAAAATCT---GCAAGCAAACACAATGAAGTGGGTTTTCCTGAGAGACTATTAGGGGTGTGTGGGATAAGACTGATGTTCTGGGTGACCGACCGTCTCTGGCGTCCCTGCACTTCCCCAGAGCGGCTCTGGCTGTGGCTCGTCTGGCGAACGCTTTAGTGTATGAGGGGTGAGAGC-GAGAGCCGCACTGCAGTCCTGCTCCGCCTCCGCAAACCTG s fr1.chrUn 191212043 305 + 349519338 CCCACTGGGAGATTACGGGATGCAC---------AAACGTACGATCTGCACTTTCTGGAGCTCGTTCAGGGCCTGCTTGTTCCCTGGTTCCAGCTTCAGCACCTCCTCGAAATCTAGAACATGCAACCATGCAAACTCAGGTACAAACGTGATCC----------ATATGCCCCAGGGCAGCACTGTTTAGGAGCAGACCTTGTTTGGCCTCCTGCAGTCTCCCTAAAGCTGCTCGTGCGGTGCCCCTGCGGGCGAAAGCCTTGGAATAGGAGTCGTCCAGGCAGATGGCTCTGCTGCAGTCCTCCTCCGCCTCCTCGTACCTG a score=7796 s danRer3.chr4 761569 148 + 33808418 CAGACAGTGGTATTGACCTGTTGAGTTTGAGGAAGGCCATGGCTCTGTTAGCAGGCAGTAGTGCATTCGTCTCGTCCGCCTCCATTCCTCTAGTGTAGCTCTCCACCGCCACCTCGTACCGGCCCTCTTTAAAGTACGCATTTCCCTG s fr1.chrUn 191212411 148 + 349519338 CACATGCTGGCGCTGACCTCTGCAGCTTGAGGAAGGCCATGGCTCTGTTGGCAGGCAGAAGGATGTTCATGCTGTCGGCCTCCATTCCTTGGCTGTAGCACTCGACGGCTGCCTCGTACTTGCCTTCCTTGAAATAAGCGTTTCCCTG a score=6034 s danRer3.chr4 764653 141 + 33808418 ACCTTCGAGAGCTTCCCGATGTTTCTCTAAAGCCGTGCGCGTCGCTGCTCTCCTGATGTACGCCTTCACATATTTACTGTCCAGAGCGATGGCTAAATTGCAGTCAGACTCGGCCACAGCAAACCTGCAGA----AACACCAGTG s fr1.chrUn 191213224 145 + 349519338 ACCTTCTAGCGCGGGCTCGTACTTCTTCAGGGCGAGGCGCGCCGCTCCTCTCCGCGCGTACGCCTTCACGTAGCTGCCGTCCAGGACTACGGCCAGGTTACAGTCGGACTCGGCCACAGCGTACCTGTGAAGGACAGCCTCAGTG a score=7927 s danRer3.chr4 766595 148 + 33808418 CAGACAGTGGTATTGACCTGTTGAGTTTGAGGAAGGCCATGGCTCTGTTAGCAGGCAGTAGTGCATTCGTCTCGTCCGCCTCCATTCCTCTAGTGTAGCTCTCCACCGCCGCCTCGTACCGGCCCTCTTTAAAGTACGCATTTCCCTG s fr1.chrUn 191212411 148 + 349519338 CACATGCTGGCGCTGACCTCTGCAGCTTGAGGAAGGCCATGGCTCTGTTGGCAGGCAGAAGGATGTTCATGCTGTCGGCCTCCATTCCTTGGCTGTAGCACTCGACGGCTGCCTCGTACTTGCCTTCCTTGAAATAAGCGTTTCCCTG a score=4661 s danRer3.chr4 767307 94 + 33808418 GACGCGGCCTGT-------ACTTCTTGAGTCTGTAGAAGCAGGTGGCTCTGTTTGTTGGAGGAACGGGATTATACGGATCCGCATCCATCGCTCTGGTGTA s fr1.chrUn 191213407 101 + 349519338 GGCGCCGTCCGTTCCGCTCACTTCTTGAGTCTGAAGAAGGAGGTGGCGCGGTTTGTGGGGAGCACCGGGTTGTGAGGGTCCGCGCCCATGCCTCTGGTGTA a score=7419 s danRer3.chr4 768107 146 + 33808418 GACGCGGCCTGT-------ACTTCTTGAGTCTGTAGAAGCAGGTGGCTCTGTTTGTTGGAGGAACGGGATTATACGGATCCGCATCCATCGCTTTGGTGTAACACTCGATGGCGCTGTCAAACCGGCCATCCTTGAAGAACTGATTCCCCTGA s fr1.chrUn 191213407 153 + 349519338 GGCGCCGTCCGTTCCGCTCACTTCTTGAGTCTGAAGAAGGAGGTGGCGCGGTTTGTGGGGAGCACCGGGTTGTGAGGGTCCGCGCCCATGCCTCTGGTGTAACACTCAATGGCCTCGTTGTACCTGCCATCTCTGAAGAACGCGTTCCCCTGA a score=6432 s danRer3.chr4 769056 403 + 33808418 ACCTTTTCTTTCTCAGCGAGCGCCAGATCTCGGTCCACGTTAACACATTCAGAGTCAGATTCATTGGACTGAACCGG-CTTTCCTCCGCATCCATGGACTCCAGAGCCTTTTCCTAAACAATTAACATTCATGGTCATCAATACACATAATAATTTGCACATCAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgAGAATTAAAATGCACGATCGTATTACCACATCAAATTTATCCCAGGTCTGATAATCGTAGGATTTTATCCGCTG--------------CGTCTCTTTTTGCTCCTTCA--GGCTGTTAGTTTGCCGCTTCGCCCTCTTCTTCGTCTTC---------TTATAGTCTTTGTTTCTCACAGGTGGAAGTGTTTTCTGAAATCACACGC s fr1.chrUn 191213625 361 + 349519338 ACCTTTTCTTTCTCCGCGAGTGCCTTTTCCCGATCAGGGGCAGCTTCCTCGGAGTCGGAATCATTAGAATCCGCTGGACTGTCCTCCTTATCCACCTCGGACAGAGCTTTGTCCT-------------------------GTAAACATCAGATTTTTAAAATCAGTCCAGGAAGCCACAGATTTCAGTCACTGTCT---------------------------AAAATCAACACAC-----------ACCACATTGAACTTTTCCCATGAGCTATAGTCGTAGGATTTTATCCTCGGATCTTTTTTGTTCTCATCCCCTTTTGCTTGTCCATTGGCTGCTGGTTCGC----TCTTCTTTTTCTTTGCCTTCATCTTTGATTTGTAGTCTTTGTTGCGCACAGGCGGCAGCTTCTTCT-AGACCAGACAC a score=6014 s danRer3.chr4 770709 247 + 33808418 ACATTAGGGTTTTTTCATCTATAAAACCAATATCGGCTCA------AATAATTCAATCAGAGCATCCCTTTCGTATTTACCTGCGTATCGCCAGTGTTTTCAGAGCGAAGCTGCTGGTCTTTCTGCTTGATCTCGTCCTCCCAGCTGTCCAGATCCCTCATAAAGCTCTGCAGATCTTCAGCGTTGTGTCGCATCTGAATCTGCAGCTCCAGCGCTTTATTT---CCAGACATCACTGCGCTGATCTAATGCACAT s fr1.chrUn 191213995 233 + 349519338 ACCTTAGGTTCATCCCGAACATACAGCACATGATGGATCATGGCAGCACAATCCAACCTG----TCCCTCTTGAA---------------CCCTTCCTTTC----CGCAGCTCCTCGTCCTTCTTCTTGATATCCGTCTCCCAGCTCTCCAGGTCCTTCATAAAGCTCACCAAATCCTCAGTATTTTGCCGCATCTGAAGATGCAGATCCATGGCTTTGTTTGTCCCGGACATACTAACCCCTGTGAAAGACACAT a score=5100 s danRer3.chr4 773693 174 + 33808418 GAAGAGGACCTCGGCTATAATTTATACCCGGAGAGAGGCAGC---AGGCTCAAGAAGAGCACGGTCGAAGAGAGTCTGTTCACCTTTAAACACAAGTGTCAACTCATGCTGCAGTTCGCCATGGACACTAGTAAGGGCACTACATAAACAACACATCTCCTTTTCACTGGTGTACAT s fr1.chrUn 191215893 174 + 349519338 GAAGAGGATTACGGTTATCACTTGTTCCCTACGAGGAATAAGGAGAAGCAGACGAAGACCTCGCTCTCCGAGAGCCTGTTCACCTTCAATCACAAGTGTCAGGTCATGCTCAGGTTTGCAAAGGAAACCAGT--GAGTATTGCA-AAGTTTCTCCCCCCGTTATCATCAGTGCACAT a score=5114 s danRer3.chr4 775225 232 + 33808418 TGTGTGTCTCTTTTAGGTCCTTATGCTAAACTTCTGCTGGGGGCCATGAAGAGCTCTGGCTGGTAAGAGCAACTCCTGTTTTATGCATTTTCCC-------------------------------------------TGCAG----TCTGTGCTGTGT--------------------------------GTGAGACGTGTGTGTGTT-------TCTGA---TGTGTTCTC--------AGCACAGTTTTTAAAGACAGACACTTCTCCTGCGAGGACTGTGATGGGACGGTCAGTGGCGGGTTTGATGCTGCTACCTCTCAGGTCAG s fr1.chrUn 191216205 328 + 349519338 TGTGCACGTTCCTCAGGTCCGTATGCGCAGCTCCTCCTCAGTGCCATGAAAAGCTCAGGATGGTATGTACGCTTTATGTTTAATAAATTACCCCGCGCTTGATTTCACACTTTACCTTTGCAGGACTTGTTTATTCTTGCAGAGACTATCTGCTGtaataataataataataataataataaACCAGTCAGTGAAACGC-TGCGTGATGAAGACCTCTAAGACTCTGTCCCCCCCAACACAGCAACGTGTTGAATGACCGACACTTCACCTGTGAGGAGTGTGATGGGACGGTGAGCGGCGGCTTCGACGCCGCCTCTTCGCAGGTGAG a score=10176 s danRer3.chr4 777230 149 + 33808418 TTTCAGATTGTTTTATGCCAGAACAACATTCACCAGCAGGCTCATATGAACCGTGTGGTCACTCATGAGCTGATCCACGCCTTTGACCACTGCAGAGCTCAAGTCGACTGGTTTAGCAACTACAGACATCTGGCCTGTTCAGAGGTAAG s fr1.chrUn 191216592 149 + 349519338 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fr1.chrUn 268484747 140 - 349519338 ACAAGTTTTAATTCCTCTGTAGGGTAGCGGAGCTCACGGGTTACGAGCCCCAGGACCTGATCGAGAAAACCCTGTACCACCACGTCCACGGCTGTGACATCTTCCACCTCCGCTGTGCACACCACCTCTGTGAGTCACAC a score=12233 s danRer3.chr4 805649 191 + 33808418 TCGCTTTCAGTGCTGGTCAAAGGTCAGGTGACCACTAAGTATTACCGCTTCCTGTCAAAGCGAGGTGGCTGGGTTTGGGTGCAGAGCTACGCCACAATCGTCCACAACAGCCGCTCGTCTCGACCGCACTGCATCGTCAGCGTCAACTACGTCCTCACGTGAGT-----------------TAAACAATAATTAACAAACATACATAA s fr1.chrUn 268485005 208 - 349519338 TCCCCTCCAGTGCTGGTAAAAGGCCAAGTCACCACTAAGTATTACCGTTTCCTCGCGAAGCAAGGGGGCTGGGTCTGGGTCCAGAGTTACGCCACGATCGTCCACAACAGCCGCTCGTCCAGACCTCACTGCATCGTCAGTGTCAACTACGTCCTCACGTGAGTTCCAGCTAATAGCGACCTAGAAAATAGCGAAAAAAAAAACAAAA a score=250 s danRer3.chr4 805840 36 + 33808418 GTGACAGAATTATTAgaacagccaactaatacagca s fr1.chrUn 79344231 36 - 349519338 GCAAATGCAAAACTAGTTTTACTTACCAGTTCAGCA a score=1446 s danRer3.chr4 805937 228 + 33808418 actcattcacacacacacacacacacactctcatacactacagctaatttagataatcagttccgtgcaaacacgcggagaacatgcaaactccacacaga------aataccaactggtccagccgggacttaaaccggtgaccttctt---gctgtgtggccacagtccaaaagtacataagccatcatgccgcccAAAAGTATTT----------ATGCTGTATATTAAAAGTattcattcatt s fr1.chrUn 79344304 236 - 349519338 ATTCCCTTGTATACACACACACACACACCTTTCTCCCCAGATGCCAGTTTAAATA-----CTCCTTACACACATACACAGTCCA-ACCATTTGTGCACAGATGAGACAAAAGCAAGAGGAGTAGACTGGA-TTACAGTGCTAATTGGACTGAAGCTATATAATTACA--TCAAATGGATGTCAG-AATTTTGGTGCTGAATGGTGTTTTAGTTAATTAGAGCTGTA-ATTACAAGAGCTCATTAACT a score=4529 s danRer3.chr4 806917 172 + 33808418 TGTGTGTGTGTGTGTGTTT------GCAGGGACACGGAGTATAAGGGCCTGATTCTGTCTCTGGATCAGCTGAATCCCAGAAAACCAGCCTTTCCCTACGCAAAC------------------CACAGCGATAAAACACACACGACCAACAGCAGGAGTAAAATCCTGCTCTCTCACTACTCACAGGTAATacaca s fr1.chrUn 268487076 195 - 349519338 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TGACTGTGTTTTCTGGTCTACAGGTGGCTGGTTTACAGTAATCCGGGTTTCCAGGGTCTGCTGGCGGTTCTGGAGGCTGGAGAATATCCTTTTCCAGAGGACTGGGGTTTCCCAGCTCCAGACGTGGGCTCTCTGAGGCCTCTGCGCATGGTACACAATCACATAAAATAAAAAAACATATTCACAAACACACAATTTACATAATATTCATATATGGTTTCTAAATATGTCCTTCTGCTTGCAATAATGATAAGAGTTAGTCTCTCCAGTCTAATAGTGTCTAGTG---TGTGATTGTTGTAATTGTC-TAGTGTATAACAGGACAACACATA-----CACTTAATACA-CAAATACACGTCATTAAAGATGTGTATACAAATAATCTTG-----AATTGAATTGTTAATCTGCTTTATTTCCAGGGCTGTCTGAAGGTGGAGAAGCCGAACGCAGTGAAGGTTTG-----------------------------TTGAATT--------TCCTTTAATTTCTCTCGTTTCTTCACCAGATTT---ACACTAACTAGACTCTTTCCATA------TCATTTCTCT------------------------------CAGGCTGTTTTGTACGAAAAGGCTGGTTTTAAGGGCCGATGTGTGGAGGTGCAGGGAGACCT-----GTTTTCCTGCACACAA----ACAGACACAAATAATTCAGAAAATCACGGATTAAATGGTGTGGAGTCACTGAAGATCCTCGGAGGCCTGTGAGTGCTGACT s fr1.chrUn 268524047 735 - 349519338 TGGATGTTTCTCCTTCCCT-CAGCTGGCTGGTGTTCAGTGACCCTGGCTTCCAGGGCATGCTAGCTGTGCTGGAGAAGGGAGAGTACCCTTTCCCAGAGTCTTGGGGCTTCTCTTCACCGTTCGTCGGATCTCTAAGACCTCTTAAAATGGTGAGAATTTAC--------------CATTTTTAGTAATGTGC-ATTAGCATAGCATCTGCTAAAGATC----AGCATCGCAGCCTGCTTAAATTCGGAGTTAAAGGCGACGCC---------ATAGACTTTCATGCACTGCATTTGCTGCCCTAATCTTTGTTTATCCCCTTTCAACGTACATCCGCTATTTTTTACAGGAAATACAAGAACTTTATCAGCTATA-AGTCACAATCTTGCTGCCAACTGA--TGCAAAATTATCTCTGTTGCAGGGGGGGTTTAAAGTGGAGAACGCCAGTGAAATCAAGGTATGATTGAAAATTGTCTTTGAAAATGACCCCTTCAAATTAAATCAAGTCTTGTAGTTGCTC-CATTTCCAAACCATCTTTCTAAAGCACATTAGGGCCGTTTCCTGAACCACTTGTTCCTCTGGCCAAATGAGAATGTGCTCTTCTGTGTTGCAGGCTGTGGTGTATGAAAAGCCCGGCTTCCAGGGCTCCTGCATGGAGGTCGATGGCAACATTTTCAGTTTTCCTGAAAACAACGATGCAGATCCAAAGAAACC--GAAGTCA-------------GCGGGATCCTTAAAGATCATCGGAGGACTGTGAGTCTCTACT a score=4843 s danRer3.chr4 874215 174 + 33808418 AGCATGTGTGTAAGCGCATGTGTATTTCGCTGCTGTTTTCAGGTGGGTGGGATAC-GAGCACGAGGGTTTCGACGGACAGCAGTTCATTCTGGAGGAAGGAGAATATTTAGACTGGAGCGACTGGTGCGGGACGAGCCAGAAACTGCTCTCGCTGCGGCCGCTGCTGATGGTGAG s fr1.chrUn 268524829 163 - 349519338 AACGTGGGTCTAACCGCCG------TTCTGTGTTGCTTCCAGCTGGGTGGGCTACAGCGAACCCAGGTTT-GAGGGACAGCAGCACATCCTGGAGGAAGGAGAATACTGGGACGGCAGCGACT-----GGGAGGCTCGGAGGGCTGAAGTCGCTGCAGCCAGTTCTTTCTGTGAG a score=3900 s danRer3.chr4 875733 164 + 33808418 TTTGTTTTGCAGGATTCTTCTCCTCCTCATGTGAAAATGTTTAGTGAGCTGGATTTCTCAGAGCGCGGTGTCAGTATCAACCTCCTGGAGCCGCTGGAAAACTTCGCTAACACACACTACGGCACTCAGACCCGCTCCATCGAGGTCCTGGCCGGAGTGTGAGT s fr1.chrUn 268525632 158 - 349519338 tttCTGCAGCAGGATTTCTTCTCTCCGCACCTCAAAATGTTCAGAGACAGAGATTTCG------GCGGCATGGACATCGACATCACGGTGCCGGTCCCGAACATGGAGGAAACCGGCTACGGCACGAAGACGCAGTCGCTCGATGTCATCGGTGGCGTGTGAGT a score=2372 s danRer3.chr4 878111 165 + 33808418 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtAACAGATGGAGCTGTTCTCTGAGTGTGACTGCAGAGGAGCGTCTGTGCTGCTGCAGGACTCATTACCCATAATGCCCCAGG------GCTTCAGCGCGCGCTCCTGCAGGGTCCTGTCTGGCAGGT-CTGGTGTGGGGTTTACCtgtgtgtgg s fr1.chrUn 268529288 166 - 349519338 TGAGAATTCATCTGTGTGCCTCAGGTGCATCTTTTCTCCGAGCCGGGCTTTCAAGGCTCCAGCGTGGTTCTGGAGGAC------AGCGTGGCGTCCCTGGAGGACGGCTTCTGTGTGGCATCCTGCAAGGTCCGGAGTGGCAGGTACTGTTGGCCGCCTTCTCTAAATCTGG a score=6632 s danRer3.chr4 879256 170 + 33808418 GCAGAAACAAATGTATTTCCGCTTACGAAACAAAGAGTCTGGGCTTCTGATGACGGTCACCGGCTCACCTGAAGACGTCAAACTGATGCGCATACAGGTGACGGAGGAGGCGGGCGGAGACAACCAGATCTGGAGCTATCAGGACGGACACCTGCAGTGCAAGGTAGACA s fr1.chrUn 268530563 170 - 349519338 GCAGAAGCAGGTCCACTTCCGCCTGAGGAACAGACACTCGGGGCTCGTGATGGCGCTGGCGGGCGACTTGGACGACATCAAAATGATGCGCATCCAGGAAATGGAGGAAAACGGCGAGTTGGAGCAGATCTGGTTCTACCAGAACGGATCCCTTCACAGCAAGGTAAGCA a score=1882 s danRer3.chr4 879587 161 + 33808418 TGCTGGA----TTGTGTAGTGGACTCGGCCTCTGCTGTTCTTCTGTCTGGATGTCGAGTGGTTTTGTCTTCAGACGTC----TCTCGGCCGCAGCAGCTCTGGAACATCACGAGCGACGGCTTCATCCGCAACAACAGCTCACCTCAACACGTGCTGGAGGTCAAAGGT s fr1.chrUn 268530814 164 - 349519338 TGCTGGAGGAGTTCTGCCTGGGTCCCAGCGGCAGC-ATGGTCATGGCGGGAAGCCGCGTCGGCCTCGCTCCAGAGCTGGACGCCCAGGCC----CACCTCTGGAGCCTCACCTCCGAGGGCTTCCTCCGCTACACCCCCACCCACAACCTGGTCCTGGATATTAAAGGT a score=3127 s danRer3.chr4 881903 108 + 33808418 TTTTTCTGTAGGAGGTCAACAATTCGACAAAAACCAGATTATTCTTAATGAATTCCACCCAAATAAAGCGAGTCAGCAATGGTCTGTGGAAATCCTGTGAGCAGATTC s fr1.chrUn 268531145 108 - 349519338 TTTTTGTGCAGGGGGCCATCACTATGACAAAAACCTGGTGATTCTGAACACGCTGGATCCATCCAGACAGCAGCAACATTGGGATGTGGATGTTTTATGAAAATATTC a score=3087 s danRer3.chr4 899449 125 + 33808418 CCTGCAATCTCCCATCAAACAA--------GCCAGACCTCAGTCGAGTTGTACATCGTTTATTCTCATGTATACTCTTGTATTT-------------CCAGCTTACAAACATTAAAACATACCGATTTGTACAAAATATAAACTAT s fr1.chrUn 268543338 137 - 349519338 CCTTCACTTTGCAACAAAACAAATGTCAAAGCCACACTTCATTC-AGTTTTCCATCATTTATT-----GTACATTGTTTTTTTTATTACATTATACCCAAACTAACAAACAGTA---TGTTCCCATTTATACAAAATATAAACTAT a score=4067 s danRer3.chr4 899924 319 + 33808418 TGTCAGTGTGTTGGT----------GCAGAGGGAGAAATGGCAGATCTCTGGCTCCAAGAGAGGTGGAGGAAGAAGGAGGTGCGGTGATGAT--GCTCCGGGCACGCGCCT-CAGCAGCGGTGCAGGAGGC----CGCTCGCCAGAGCCACGGGCACGAGCACGCAGAGCATGCTGATCTGCGTTTTGACTCCGGCGCCGGTCGGAGAGGCGGTGACGTTGGCCGGGCCGCCGTACGTGTCCGTCGCCATCGTGTCGTTTGCATT------AACGGTCTGGTTTCCCGCCAACGCGGTGGAGTTTGTGCTCTGAGACAAAACCTGAGGAAGGAACGAAAGGC s fr1.chrUn 268543980 338 - 349519338 TGTCAGTCTGGTGGTCTCTGGCGACGAGGAGGAGGGCGAGGCAGACGACAGGGGGGGTGGGGGGTGGACGAGAGTGTGTGTGGGGGGGTGTCTGGATCAGGGTGGGCTTCAACAGTAGCAGAGCAGCAGGAGAGACGCT-GCCATGGAGACGGGCAGGAGGAGGGTGAAGGTGCCCGGGTGCACGGAGAGCCCTGCTCCGGCGGGGGAGGTGGT---GTTGGCTGAGCTGCTGTAGGTGCCTGTGGCCATGGTGGTGGTGATGTTGGGCTGGGCGGTGGAGTTCCCCCCCGGTGTGGGGCTTGTGTTGTTGTTAGAGGCCACCTGGTGGGAGGCAGAGGAGC a score=3384 s danRer3.chr4 906750 111 + 33808418 GAGTTCTGCCCGAGATGGACGCGTGCCGCCCGGCGGAGAA---GCGCAGCCGCAAACCCGCTCACCCGCTGCGGAGAAACATCAGCGAGGACATGAAGGTAAACCCGCGTTATT s fr1.chrUn 268547426 114 - 349519338 GGACTATGCCAGAGATGGAAAAAGGCAGACCTCCGGAAAATAAACGCAGCAGGAAGCCTGCACACCCGGTGAAGAGGGAGATCAATCAGGAGATGAAGGTGAGACTCttttttt a score=5252 s danRer3.chr4 910793 172 + 33808418 AACAGATGAAACTATAGCCG------GTGTGAGCGAGGCAGGG------------GTCGCGGCAGGTCTGTTGGCTTTGGCGGC-----------TGATTCGGGACG-GGCCCGTCACTCTCGCCCAACAGATGTTTGTCTTAACTGCCAAGAAGAAACAAAACCGGCATTGATTGTGGGCTGGAAATGCAGGCAGGGGAAA s fr1.chrUn 268548425 200 - 349519338 AACATGTGAAATCCTATCCGCACTTGATGCGAGCCAGCCTGGGCTGGATCTCAGGGTCGGCCCCGGTTTGTTGCCTTTGGCTGCGGCTCTCTCTGTGGTTTGGGATATGGCTTGTCACTCTCACAAAGCAGATGTTTGTATGAACTGCCAGAAAGAAACAGAAACAACATTG--TGGGAAGTGGAAGAGAGGGTGAGAAAAA a score=6271 s danRer3.chr4 911971 151 + 33808418 TTTGTTTGTGCAGAACTTTGCTGAAAACACCATGAATGAGCTGTTGGGTTGGTACGGCTATGATAAAGTGGACCTGC-AGACTCAGAGGCTGCAGACGCACGAA---ACCGAGTCAAACGCAACCATATATCGGTTCTTAAAGGTGAGAAAACAC s fr1.chrUn 268549868 155 - 349519338 TTTCCTAATTCAGACCTTTGCAGAGAGCACCATGAACGAGCTGCTGGGGTGGTACGGCTACGACAAAGTAGAGCTGCGAGACTCCGAGGCCAACGAGATGAGGAACTACCGGGAGAGGCGCCAGCATGTGTCAGTGCTAAAAGGTAAGGGGCCAC a score=2890 s danRer3.chr4 912783 214 + 33808418 TTCAGAGAACGCCTTGCCAAAGCCACTCAATGTGGAGAAGAAGATCCCTCcattatcatcctcgtcttcatcatcatcatcctcctgttcatcaGAGCCGGTCAGGAATGGAGATCAGGATCCTCCAACTGTTCCTGTGTCTCCCTCTGCATCTTCAGCCTCGCCA---------CGACACAACATGAA------------------CGTCATCGTGCCGCTCATCAAACCCTCCGCAAGT s fr1.chrUn 268550259 205 - 349519338 TGCAGAAAACTCTTCGCCAAAACCCAGGAGCCTGGAGACCAAAGTCAACCC--------CTCTGTTCTCACCATGA----------------------------AGACTGGAGAGCGAGAGTCCTCCAGTGTCCCTTCCTCTTCACCTTCCTCCTCTTCCTCAGCAAACCCATCCCGGACCAACCCCAAAGAGCACAAGAGCGCCCCCGTCATCGTGCCCCTTATCAAGCCCTCAGCAGGT a score=10644 s danRer3.chr4 915111 258 + 33808418 CAGTGGAGGACGTCCAGAACGTGCAGATCGTGTGTGTGTGGTGTCAGAAGGAGGGAATGAAGCGTTACTCTCTGCTCATGGGCTCTGAACTCAAGAGTTTTTGCAGCGAGAAGTGTTTCGCAGCCTGTCGACGCGCATACTTCAAACGCAACAAGGTGAACAAACACTTTACATACATAACAAAATGAACAAACACTTTACATACAT-------AACAAGGTGAACAAACACTTTACATACATAACAAGGTGAACAAAAACTGCA s fr1.chrUn 268550880 250 - 349519338 CAGTGGACGACGTACAGAATGTGCAGATCGTGTGCGTCTGGTGCCAGAAGGAAGGGGTAAAACGCTACTCTCTCTGCATGGGCTCCGAGCTCAAGAGCTTCTGCAGCGAAAAGTGTTTTGCTGCCTGCAGACGTGCGTACTTCAAACGCAATAAGGTGG-------------GTGGTGAACGAAATATGTGCACAATACACATCCACTTGATGAGAGGAGGTAAACATG-GCTGAACACTGATGACTA-ATAAACAGATAATGCA a score=-1270 s danRer3.chr4 915369 385 + 33808418 CTAGTCACAG-AGCAACACACACGTTTCC----AACGCAACAAGGTGAACATTGCACCAATCACAG---AGCAACACATTTGACCCAAGTTTGAACATCCTTTGACCCAAGTGAAGTGAGCCTTGTCAAGTGCAATAACACCGACCCATTAGCAGAAGCTTGTTTACATCTGCTGTCTGCCGTTCCTATATCAAGATTTAGCTAGCAAGCTGTTttagttagttgttttagttttttatctagt-------------tgtttcagtgtttatttagttagtttagttagtagttttagtttgtttgtt--tgcttaatt---tgagtcggttagGCATAAACACAT---------GCACACAAGCAGgttagttagttagtgggtg---------gtcagtagttagtttgtttg-ttgtttgtttaatt s fr1.chrUn 175554447 397 - 349519338 TTTGAAACAACATCCAAGCAAACATTTCCCTGTGATGCTACAGCGTTTAATGTATACTTTTTGCAGTCACCCAGAGCATTTTGC-----TATGAAACTTTCCAGCCTTGACTGA-------CTTTTCCTGCCCAGAATCACC------------ACAGCCAACATTGATCTTTGGTGTTTTGTTCTTAT-------TTCTCCCCCCGAAACACTGTAGTTAAATGAATCTCCTTTCTCTCTTGTACCAAAGCTGGGATATGTAAGGAATTACATTGTGAGTATGACGCATTTTATTCTCCTGATTGTCTGTGCTCAAATCAGTTATTCTTTTGAACATAATCACTTCTTGGTAGCGCACGAGAGCAGG--AACAAAATAGAAGGCGCACCCTTCTTTCAGTCTtttgtttgtttgtttgtttgtttTGTT a score=2214 s danRer3.chr4 917432 158 + 33808418 TGTTTTCGTCAAGGCTCGAGATGAAGATCGCCATGGTGACAAGTCTCCGTCTCCTGGCCAAACTCTGGACACGCCCACAAGACTGATGCTGAAGATGAACAACAACAACAGCAGCACACGTGTAAGTA-AACACACATTAGATGCACAGAAAGAATGTA s fr1.chrUn 291658448 146 + 349519338 TTTCTCCCCCCAGGCGAAAGACGACGACGGCCTTGGTGGGAAATTACCCCAGCACAGCTTTACTCAGGACACGCCC---AGGCTTGTCTT---------CAACACAAACAGCGATGTGCTTGTAAGGACCATAACCATTTAACAC-CAGATAGAGTTTA a score=-1 s danRer3.chr4 919655 41 + 33808418 tttttatttattaatatatta-aagtatattttGCAGAACAC s fr1.chrUn 291662919 42 + 349519338 TTTTAGTTTAGTTCCAGATGACAAGTGTCAGATGTTGATTAA a score=9924 s danRer3.chr4 919696 694 + 33808418 GTGTGTGTCTTGTGTGTCTGCAGGTGTGTGACTGGTGTAAACACATACGCCACAC-AAAGAATACCTGGACTTCGGTTCGGGTGAGGAGCGACTGCAGTTCTGCAGCACCAAATGCCTGAACCAGTACAAGATGGACGTGTTTTACCGGGAGGCTCGGGCTGCGCTCACCAGCTCCAAAGAGGAAGAGAACCACCCGAAACCCGCAGCCA-CCAGC------GAAAACCAGACACTGCTCACTCCGGACGCCTGG-----------------------GAGTCTCCAGCGAAAAGCCTCTCGCCCCAAACCC--CAACAGCATCTGCATTGCAGAGAACGCC--------------------------------------TGTTTGCATGCGGGTTCAGA-------------------------------------------TGGCCACTTCGCCCAAATCACCCACTGGTCCGTCTCA-------GGGTACACCA-----GAGCAGCCACGCCCACCTCACATGCCCCTCCCCTTTATACGTCCACCCCTGCACGCCCAGAGCCTGCGAAGCCCCACCCCTAATCTCCCTCATAACCCGCCTCACCCTCTTAGCCCCACCCAAAGGGTGCCATTTGCCCCGCCCCCTCACTACCC------------------------------------------------------CCTCCCATACCTG----CCCCTCCACCCAACAT-----------------------TTCCACCACAAATG------------CCTCCGCCGTGGCCC----------CAGCCCATGATGATGATGCCTTACCCTGTGTTTG------TACCCATTCCTATCCCAATCCCTATCCCCATCCCGATTTCCCCTCAGAAC---------------AGCCACCGAGGGGTCATCCGA s fr1.chrUn 268553116 940 - 349519338 GTCTCTCTCCCCTGTGCC-ACAGGTGTGTGACTGGTGCAAGCATGTGCGTCACACTAAAGAATACCTTGACTTTGGGTCCGGTGAAGAAAGACTGCAGTTCTGCAGCACCAAGTGTCTGAATCAGTACAAGATGGATATCTTCTACCGGGAAGCCCGTGCAGCACTCATCA-CTTCAAGCCCAAGCAGACCTAACCAGGAAGGAAGGCCAGACAGCATTGTGACAGGACAAAAACTACTCACGCCTGAGTCGTGGAGCAGCAGTACCAGTGTGGGAGAAAGACATCATAAGAATGCGTCTC-CCAAAGACCCCACAACAACACACGCATCACCAGTAGCCCCCTCCATCTCCCCGTCAGAGGCATTTTCTAATTGCAAAGTCCATGTATCCGGTTTGAGAACGATGGAGAGACCCATCCAGCCTGCTCTACATAATCCAGCTGTGGATGTGTCGCCCAAACCCGCTTCTCTTCATCCTCCACCTCCTGCGTGTACCACCCTGGAGCATCAGACGGTGCCTCAAATCCCCATGCCCTTCATCAGACCCCCTCTTCATGCTCAGGGCCTCAAAAGCCCACTTGCCAACCCACCAAGACACCCAGGCCCTGTTTCCAGCCCAATACAAAGACCTCCTCACTCTCCACACCTGCACCCTCCAACCTCTTCTTCAATTAATCCTCCTGGACTGATCCATCCTTTCCCCGGAGCCTACTTCCCTGGCCTGCACTCCCCTCCACTCAACATGATGCCAAGAGGTCCTGTCCCAGTACCGCCAATAATGAACTTTGGTATTCCTTC-CTTTAGCCCTCTTCTCCCACAGCCAACTGTGCTTGTGCCTTATCCCATCATTGTTCCACTGCCAGTGCCCATACCCATTCCTATCCCCATACCACTTCCACCTAAAGCCACCTTAGAAACTCAAAACCACAGTGGTGTTATCCAA a score=255 s danRer3.chr4 920390 139 + 33808418 AGCCTTCAGGAGCC------GGAAAAAGAGCCCGCTGGGAGTCAGAGGGTAAAGACGGAGCGGTGTGTTTCTCCAGTGTCTGCATCCGAGCGGCAGGTCATTCAATGTCTGCGCAGAGACTCTGTGAAAGAGGAGAGAAATGACA s fr1.chrUn 291663941 117 + 349519338 AGACTCCAGAGACCAACCAGAGAGAAATGGTCCCATAAGAGGCACCT--------CAGAGTCCCATGCTTCTTCAGAATGTGGGTTCTA---------CTCTCCAGGTTCATCCAGAGA-----TGACAGAGGTGA------ACA a score=1989 s danRer3.chr4 920529 586 + 33808418 CACACATTCAGACTCTACGCAAAGCACTTTACACCT-----CTGTCCTCACAT--CCACAGCCTCAGCCT---CATTGGACGGCAGAATCGTTAGTCCCGCCTCTTTGTACTCATTGGCTCGCTCCACTGCCATTCAGGCTGCCTCGTTTTCATTGGACAGCAGC--TCCGGCCAGATCCCGTCGCCTCTGTCTGACTGTGAGGATGTGAAGGAGAATAGCTATTTATGT----------GGGCGGGGCAATGACTCAGCCAATCAGTGGACGGCAGAGCAAATGGACTGTCAGAGTGACCAATCAAAAGAGGGCAAAGGGGAGGAGGAAACGC---CTCAGGATGTGGAGCACACCTACGCACGGTCGGTGCCGCCAAAACTACGGGAGAAAAACACACACGTGAACACTCAAACACATTTACACACGCAAATCTGGGAGAAAAACACACAGGTGGATGAGCTGGGAC-CCGAGCAGAGCGTGCGGGACGATGCAGAGCCGGCTGTGAAGAGGCGATGCTTAAGGATCAGAGACCAGAACAAAT---GAGCGTGGGTGAGTCTCTTACACACTGTTCAATAAGTGTGTAACA---TTACATATAAGCAGGATAATGT s fr1.chrUn 268554541 560 - 349519338 CCCACATGCACACGC--CTCAAGTAGTCCTACATTTAAAAGTCATCCTTATATTGCCACCTCCTCAGCCCTGCCATCTCAGGACCATCTCAGAAGTCTAAACGGGATATCCTTCTCGTCCACACCCAC--CAGTCCGGACT--CTCTTCCCCAAAGAGTACCAGCAGCCCCCCCTGATCCT----CCGCTCAGTGAGCTGGAGGCTATCAAAGAGAACAAGTGCTC-TGTCATAGGCCCAGTGCGGGTTGAAGGCCCAGTCAGTCAGT-----------CTGAAGAATCTTTAG----------CAGTAGCGGGGGAGGTAGGAGAGGACCCCCATGTTCCCGATGAGGACCATGCCTATGCTCTGCCTACAGTGTCAAAAACAGGTGGGAGCACCACCC-------CACT-----GCTCTTGCCCA---AACTCAGGGACAGGGTAGCATGCGGAGCCCTGTTAATATTCCCAGTGGTGCA--------GACATGGAGCCGCCTCTGAAGAGACGATGCCTCCGAATCCGAGACCAGAATAAGTAGCAGATGGAGGTGAGTCTGGTTCA---TGTGACATTACTGAGTTGCACGTTTAAACATTTGCTGGATCAGGT a score=1327 s danRer3.chr4 924823 192 + 33808418 TATGTGTGTTTGTGTGTGTCTTAG-GTGAAGCGG---GGACACGTTTATCCTCTGGGTGTGTATTC----AGCCGTCCA--GCAGA------GCAGATCCTCTCCGTGTG-----TTCAGATCCAGCGCAGCCCCTGTGTGTCTGCTGGAGAGTGTGTGTGTGCTGCTTCTGCTCACATCACTCAAAGACGCGCATTGTTCCTCACTGCAGAT s fr1.chrUn 268557100 211 - 349519338 TGTGTATGTTTAATTGTGCACAAGTGTGTGGCCATCCAGATGCGCTTCTCCTCTCTCTGCTCCTCCTCTTCACCGTACACAGCAGACATGGCTCTGATCTGCCTTGTGTGGTCTTCTCAGATGGAGCCTGAACATGATCTCTTTCCAGGGGAAACGGTTTGTTTTCC--CTGCCCCGCTTGCACAAAGAGCCACATTGTTCCTCTCCCCATAT a score=12831 s danRer3.chr4 931100 255 + 33808418 CGGCTCCTCCATG---CGGATCCTCATTAAAGGCGGCCGGGTGGTGAATGATGATGTCACAGAGGAGGCAGATGTTTACCTGGAGAACGGGCGGATCCAGCAGGTGGGGCGGGACCTGATGATCCCGGGCGGAGCAAAGGTGATCGATGCGACTGGAAAACTGGTGATTCCCGGCGGCATCGACAGCAGCGTTCACCTGCACCAGACATTCATGAACGCACACACACAGGACGACTTCTACAGCGGCACCAAGGTAac s fr1.chrUn 2266390 258 + 349519338 CAGCTCAGCCATGACGCGGATCCTGATAAAGGGAGGGAAGGTGGTCAACGACGACTGCACCCAGGATGCCGACGTCTACATCGAGAACGGCATCATCCAGCAGGTTGGCAAGGAGCTGATGATCCCGGGCGGAGCGAAAGTCATCGATGCCTCTGGAAAACTGGTCCTGCCGGGGGGCATCGACACCAGCGTCCACCTGGAGGAGAGCTTCATGAACGCGACCACAGCTGATGATTTCTACAGCGGCACCAAGGTAAC a score=7673 s danRer3.chr4 933711 170 + 33808418 AGGCGGCGCTGTTGGGCGGCTCCACGATGTTGATCTCTCATGTTCTCCCGGATCGCGGCGCGTCTCTGCTGGATGCTTTTGAGCAGATGCGCGCTCACGCGGATGCTAAAGCCTGCTGCGATTACGCGCTGCACGTTGGCGTCACCTGGTGGGGGCCGAAGGTACTGCAC s fr1.chrUn 2267868 170 + 349519338 AGGCTGCTCTAGCCGGAGGGACCACGATGGTGATCGGACACGTTCTGCCGGAGAAGAACGAGTCTCTGCTGGAGGCTTATGAGAAATACCGCCTCGCCGCGGACGCCAAAACCTGCTGCGACTACGCTCTACATGTAGGAGTCACTTGGTGGGGACCCAAGGTACGGTAC a score=399 s danRer3.chr4 933881 53 + 33808418 GAGTCATAGAAAGGTCCattataaa-------taaaaatatattattatta--ttattattg s fr1.chrUn 38625750 62 - 349519338 GGACTGTGGATACATCTAAAATGAGGATCCTTTGGAAATGTGCCACTATCAGCTCTTTATTG a score=80 s danRer3.chr4 934871 9 + 33808418 TGTTGTGTG s fr1.chrUn 38626085 9 - 349519338 TGCTCTGAT a score=9693 s danRer3.chr4 934880 186 + 33808418 CAGGTGGAGCGGGAGATGGAGGTGCTGGTGGGTGAGCGAGGTGTGAACTCCTTCCAGATGTTTATGGCGTATAAAGACACGATGATGCTGAAGGACTCTGAGCTTTATCAGGCTCTGAACACCTGTAAAAACATTGGCGCCATTGCTCGAATCCACGCAGAGAACGGAGAGCTGGTGCTGGAGGTG s fr1.chrUn 2268131 186 + 349519338 CAGGTGCGCGCTGAGATGGAGAAGCTGGTGAGAGAGGAAGGAGTAAATTCCTTCCAGATGTTCATGGCCTATAAGGATATGTTCATGCTGAGGGACAGTGAGCTCTTCCAAGCCCTGCAGCACTGTAAGGACATCGGCGCTATAGCAAGAGTCCACGCCGAGAATGGAGAACTGGTGGCGGAGGTG a score=-172 s danRer3.chr4 935066 62 + 33808418 GAGTT------------------------CATTTACTTTGCTTATTGTCTCAGAATATGTTTTTTTTACATATTAGATATTAGAGT s fr1.chrUn 38626280 86 - 349519338 CAGACCTACACATGGCCAAATAGCATAGGCATATACAGTAATTGCCCAGTTAAAAGGTGATTCTTTTTTCTGTTTGCCACTAGAGT a score=1159 s danRer3.chr4 935760 85 + 33808418 tgtttttttatttttgttttatattttgttttgttttattt---tAGATTTTCGAATATATGAATACATGTGTGTGTGCGCTTGTGCA s fr1.chrUn 130015689 88 + 349519338 TGTCCTTATTTTTTGATCAAATAGATTATTATTTTTTGATCAAATAGATTTTTCTATGTATAAACTGACCAGTCGTTGCGACTCCGCA a score=11035 s danRer3.chr4 935854 753 + 33808418 AGGGGGCAAAGGAGGCTCTGGATCTGGGCATCAGTGGTCCTGAAGGGATGGAGATCAGTCGACCGGAGGAGGTTAGAGACTTGAGCATGTGTGTGTGAGAATAATGTTTATAATGAGACTTTCATTATGACTGAtgtgtgtctg-------tctgtctgtctgtctTTAGCTGGAAGCAGAGGCCACACATCGAGCCATAACTATCGGCAACAGGGTGAGAAAACAGACAATAAGCGAGAGAAAGTGTGTGTATGTATAAGAGAGAGAGAGATTATTTGTGTATATGTGTGTGTGTAGTTTGATTTGTGGGAGAGAGAGATTGTGTATATGTGAGTGATTTGTGGGAGAGAgtgagtg-tatttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgACTAACGCGTGTCTCCTCATCACAGGCTCACTGTCCAGTGTATTTAGTGAACGTGTCCAGCATGTCTGCAGCTGATGTCATCGGTGCCGCCCGCATGCAAGGTCAGT----------------TTATGTATGATCAGAAATGTTTATAGTGCTTATAAACACACTGATGTCGATAACGCAGCGTTTGAGTGTC---------------TGTCTCTCTGTCTGTGTGTGTGTGCTC-CAGGTAGGGTGGTCCAGGCGGAGACGACTGTGGCTCATGCAGTGCTCTCTGGGATGCATTATTATCATCAGGACTGGGCTCACGCCGCTGCTCATGTCATAGCTCCGCCCCTCCGGCTCGACCCCAACACCCCCGACAATCTGATTGGCCTGCTGGGAAAGTACGAACCAATCA s fr1.chrUn 2268411 651 + 349519338 AGGGTGCAAAGGAAACATTGGAATTGGGCATCACCGGTCCAGAGGGGATTGAAATCAGCAGGCCTGAAGAGGT---------------------GTGGTAATCTGGATTATGGATAAAGCAACTCCATGGTTTA---GTGTATGAAGCTAACCTTTCTGTTTCTTTACAGCTGGAGGCCGAGGCGACCCACAGGGCAATCACTATCGGCAACAGGGT-------------------------AAACGTGT---------------------------------------TGTGCGTGATAT-------------------TCATGTATAAATGTAAGATTTGTTA-ACATACTGAACAATACCTGTTTTTGTT--------------------------------CAGGCAAACTGCCCCGTCTACCTCGTGAATGTGTCCAGTATGGGAGCCGGAGACGTAGTGGCCACGGCCAAAATGCAGGGTATGTAGGCTCCGTCTTGTCCTTAT-TATGGTTTGAAGTCATTATTGCCCTAAATAGGGCAATATGGCCCTTAAAATGACAGATAATCATCAAGAAGTTATGGTCATGTC-CTGTAACGGGGATTGTACAATCACAGGCAAGGTGGTCCATGCTGAAACAACCACGGCCCACTCTGTGCTGAACGGCATGCAGTACTACCACCAGGACTGGTGCTACGCCGCAGCCCACGTGACTGTTCCACCCCTGCGCCTGGACCCCAGTACTCCCAATTACCTAATGAGCTTGCTGGGAAAGTGAGGAAAGATTA a score=92 s danRer3.chr4 936701 131 + 33808418 cctgaaaaat--------ttgtaatatttacatgaaaaaaaatt------aatttgcagttttatatttt------gtattttgtatatgtgtttatttatgcattatatcatctttgcatcaaattactaaaaattaatttcccctcggt s 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danRer3.chr4 942504 244 + 33808418 CAGGTGGAGCGGGAGATGGAGGTGCTGGTGGGTGAGCGAGGCGTGAACTCCTTCCAGATGTTTATGGCGTATAAAGACGCGATGATGCTGAAGGACTCTGAGCTTTATCAGGCTCTGAACACCTGTAAAAACATCGGCGCCATTGCTCGAATCCACGCAGAGAACGGAGAGCTGGTGCTGGAGGTGG---AGTTCATTTACTTTGCTTAT--------------TGTCTCAGAATATGTTTTTTTTAACATAATAGATATT s fr1.chrUn 2268131 261 + 349519338 CAGGTGCGCGCTGAGATGGAGAAGCTGGTGAGAGAGGAAGGAGTAAATTCCTTCCAGATGTTCATGGCCTATAAGGATATGTTCATGCTGAGGGACAGTGAGCTCTTCCAAGCCCTGCAGCACTGTAAGGACATCGGCGCTATAGCAAGAGTCCACGCCGAGAATGGAGAACTGGTGGCGGAGGTGAGCCATCTCACAACCTCCACCTCTGTGTCTTTAAAGCACATCTCAGGAAATTTTTCCTTTGTTTTAACACTTATT a score=10504 s danRer3.chr4 943394 769 + 33808418 agggggcaaaggaggctctggatCTGGGCATCAGTGGTCCTGAAGGGATGGAGATCAGTCGACCGGAGGAGGTTAGAGACTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgAGAATAATGTTAATAATGACACTTTTATTATGACTGAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg---tgtctgtctgtCTTTAGCTGGAAGCAGAGGCCACACATCGAGCCATAACCATCGGCAACAGGGTGAGAAAACAGACAACAGGGTGTGTGTGTGTAGTTTGATTTGTGGGAGAGAGAGATTGTGTATATGTATGTGATTTGTGGGAGAGAGAgtgtatttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtAATTAACGTG-TGATTAACGTGTGTCTCCTCATCACAGGCTCACTGTCCAGTGTATTTAGTGAACGTGTCCAGCATGTCTGCAGCTGATGTCATCGGTGCCGCCCGCATGCAAGGTCAGT----------------TTATGTTTGATCAGAAATGTTTATAGTGCTTA------------------TAAACACACTGATGTCGATAACGCAGCGTTTGAGTGTGTGTCTCTCTGTCTGTGTGTGTGTGCTC-CAGGTAAGGTGGTCCAGGCGGAGACGACTGTGGCTCATGCAGTGCTCTCTGGGATGCATTATTATCATCAGGACTGGGCTCACGCCGCTGCTCATGTCATAGCTCCGCCCCTCCGGCTCGACCCCAACACCCCCGACAACCTCATTGGCCTGCTGGGAAAGTACGAACCAATCA s fr1.chrUn 2268411 651 + 349519338 AGGGTGCAAAGGAAACATTGGAATTGGGCATCACCGGTCCAGAGGGGATTGAAATCAGCAGGCCTGAAGAGGT---------------------------------------GTGGTAAT-----------------CTGGATTATGGATAAAGCAACTCCATGGTTTAGTGTATGAAGCTAACCTTTCTGTTTCTTTACAGCTGGAGGCCGAGGCGACCCACAGGGCAATCACTATCGGCAACAGGGTAA-----------ACGTGTTGTGCGTG---------ATAT--------------TCATGTATAAATGTAAGATTTGT-----------------------------------------------------------TAACATACTGAACAATACCTGTTTTTGTT---CAGGCAAACTGCCCCGTCTACCTCGTGAATGTGTCCAGTATGGGAGCCGGAGACGTAGTGGCCACGGCCAAAATGCAGGGTATGTAGGCTCCGTCTTGTCCTTAT-TATGGTTTGAAGTCATTATTGCCCTAAATAGGGCAATATGGCCCTTAAAATGACAGATAATCATCAAGAAG---TTATGGTCATGTC-CTGTAACGGGGATTGTACAATCACAGGCAAGGTGGTCCATGCTGAAACAACCACGGCCCACTCTGTGCTGAACGGCATGCAGTACTACCACCAGGACTGGTGCTACGCCGCAGCCCACGTGACTGTTCCACCCCTGCGCCTGGACCCCAGTACTCCCAATTACCTAATGAGCTTGCTGGGAAAGTGAGGAAAGATTA a score=9839 s danRer3.chr4 945531 179 + 33808418 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ATGTCGTCTCTGCCATCACGGTTTCAAGTGTTTTGATTTTGGGCGTTTGTAATCTACAGATCGGCGGTAAGATGGATGAGAATCGGTTTGTGGCGGTGACCAGCTCCAACGCAGCCAAGATCTACAACCTCTACCCCAGAAAAGGACGGATCATCCCAGGAGCAGATGCTGATATTGTGGTCTGGGACCCAGAGG------GATCCAAGT----------------------------------------------------------------ATGAAACTCGATCCATCCATC--CATCGACC--GGCGTGCCTC---------------ACGCAGCTTTTATCTC--------CACTCT-------------------------------------CTGAAGCTGAT------------------TAGGGTTCTCTCTAATCATCTTC-TCTCCATCTCAA--GGACCATCTCTGTTGATAACCAGGTCCAGGGAGGAGACATAAACCTGTACGAGGGTCTCCGCTGTCACGGCGTGCCCTTGGTCACCATTAGCCGCGGCCACTTAGTCTACGAGAGCGGCATGTTCACCTGCGCTGAGGGCTCTGGGAAGTTTTGCCCCATGAGAACCTTCCCTGATTACCTCTACAAGAAGATGGTGCAGAGGGCAAAGGTA--TCGGATAGATCCAGAACCTTGAGTTACACTAAAA a score=221 s danRer3.chr4 948351 128 + 33808418 TGGACACCAATACTCTGATTTCACATAAGTACTCTGATAACATTAGCATAAATGTTTACG--------ATACATTACCATACATATGT----GGCATCATATAAATGTTAGCACAAAAGTAATGTAAATGTAATCCAAAA s fr1.chrUn 205098369 135 - 349519338 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aaactcactgatttaaaaagaatcgttcagagtgagtct-----------tcagttaacaactcactgattcaaatcatcctttcagaatgagcaaa----tgattcactgaATTTACAAACTGA---TCTGAAAGGGGTGTAGGTTAAATT----T s fr1.chrUn 110685403 153 + 349519338 AGACTCCACAGTTCATCAAGAAAAAGTCAAAGGGCCTCCATTTGGTGAACTGGGTCAACAACCTGTTGA----AGACAGACTTCAAAGATGTGCAGCAGTTTGGTTCAGGTAGTTTACCAGCACACATTCAGTACTGAATGCACCTGTAACTGACCT a score=9795 s danRer3.chr4 964238 234 + 33808418 AAAAACTGAAA-------ATAATGCTAAAATG---CTAATATGAT----GACTCTTCAGGTGTGGCCTACTGTCAGTTCATGGACATGCTGTTTCCCGGCTGTATTCTGCTCAAGAAGGTGAAGTTTCAGGCCAAGCTGGAGCACGAGTACATCCACAACTTCAAAGTGCTGCAGGCGGCCTTCAAGAGGATGAACGTGGACAAGGTCTGAGACGTTTTCAGGATTTCAACC--TCATATATCAATTATT s fr1.chrUn 2274541 246 + 349519338 GAAAACTGGACCGAGGCCGTGAAACATAAGTGTGACTTGTGTGATTTGGGGTTTTCCAGGAGCGGCGTACTGCCAGTTCATGGACATGCTATTTCCAGGCTGCATCCTTCTGAAGAAGGTCAAATTTCAAGCAAAACTGGAGCACGAATATATACACAACTTCAAAGTTCTTCAGGCAGCTTTTAAAAGGATGAATGTTGACAAAGTCCG----TTTTTCTCCCTTTTCTCCAGTCATATTTTGAATATT a score=9019 s danRer3.chr4 965345 410 + 33808418 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fr1.chrUn 127928790 145 - 349519338 GTAGCGTTGCCTTATTCACCTTCTTCAGCTTCCATGAGCTGCTGTTCCTCAGGTTCAGCAAGAGCGATTGTTAAACGTTAGCTGGGAGAAAGTCCACCGACAGGTGACGCTTGTTCACTCACGTCCTCCAGTCAATGTTTAAACT a score=8704 s danRer3.chr4 966399 276 + 33808418 GTACATTTTTAATCGCGTATTAATAAATTAATTGAATTTAAACTGTAATCTGTAGATGTTAATTT----ACGCTGTGTTTTTGTTTGTTTGTGC-AGCTGATGGATCTGAAATTGACGGTGGACGGTTTGGAGAAAGAGCGAGACTTTTACTTCAGCAAACTCAGAGACATTGAGCTGATCTGCCAAGAGCACGAGAGCGACAGTAACCCCGTCCTGGGAAAAATCATCGACATCCTCTACGCCACAGAGGTGAAACATGCTAACAACAAACACTACACAT s fr1.chrUn 2276134 277 + 349519338 GTAGAGTTGTATTTAC-TGCTTCTAGATTCACACCAGCTGGACTTCTATCCTCAGCAG--AATTTTAAAAAGGGGGGTTTGTGTTTCTTTTTTCAAGTTGATGGAGTTGAAATTGACTGTGGACGGACTGGAGAAGGAGAGAGATTTCTACTTTGGCAAACTACGGGACATTGAGCTGATCTGCCAGGAACCAGAGAGTGAAAACCACCCCATCCTCAGCAAGATAATGGACATTCTCTATGCAACAGAGGT-AGCCTTGCATGCACCCAGCCATCAACAC a score=225 s danRer3.chr4 966675 155 + 33808418 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s danRer3.chr4 973872 110 + 33808418 ATGGCCTCTGGTG---------TGGGCAAATGGGAGGTGGTGAAGAAAGGGAAGAAAGCGACCAGC-------AGCTCCAAAACTCAG--GACAAGAAAT----------CAGCAGGAAAGCGCTGAGAGAGGCCAAC s fr1.chrUn 127930309 138 - 349519338 ATGGCTTCTAATAACGGCTCATTCGGCAAATGGGAGGTAGTCAAGAAGGGCAAGAAAAGTAACGGCCCGGGAGGAGGCAAGAACCCGACTGACAAGAAGTCCGGCAGCGGCGGAAGGAAAGCCCTCGGTGAATCCAAC a score=6771 s danRer3.chr4 974409 231 + 33808418 TCCGAGTTCTTCTGTTCTCTCTCTGTGTGCAGACGTGATGTCCGAGACCATATTCGACGGCTTCGAGAAGATGGTGAAGAAGCAGAATAAAGAGCAGGTTCCTCCACCGGTGGAAACCCAGCAGAAGAAACCAAACGCAGGAAAGCAGACCAAAAAACCCCCGGCCAACAGCAGCCC---CAAACCCGTCCATTACAAGACTCTGGAGGAGGCGGTCAAAGCCGTGAGTACAGC s fr1.chrUn 127931390 230 - 349519338 TCTAACCTCTTATTTTCTCCCCCAGTGC-CGATTAAGATGTCAGAGACTCTGTACGACGGCTTCGATAAGCTCGGAAAGAAGCAGAACAAGGAGCAGGTTCCACCAGCAGGCGATCCACAAAAGAAGAAACC---CTCAACAAATAAAGCCTCCAAGACTTCGAGCACCAGCAACACGGTCACCCGAGAGACTCACAAGAACCTGGCAGAAGCCTTTAAAGCTGTGAGTAAAGC a score=2325 s danRer3.chr4 980014 210 + 33808418 GGATGTAGAGGAGGGGCTGCTGATGAAGGGAAGGGGATGGTGACGAACGGATAAAGTGGGGCAGCTGTTGAAGGCTAA-TGAAGAGGAGGGGCTGCTTTAAAGAGGAGCGGCGGCTGATGAAGAG--------GAGGGGCTGCTGATAAAGGCTTAAAGGGGAGGAGCTGATGTTGAAGAG--------GTGGGGCTGCTGACGAAGAGG-----AGATTGTGCTGATGAAA s fr1.chrUn 265717973 221 + 349519338 GGCTGCTCAGGAGGAGCTGCTCA------GGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCCC-----AGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCTCAGG a score=6335 s danRer3.chr4 980224 477 + 33808418 AGGAGATGCTGCTGATGAAGAGGAGGGGCTGGTGACGAAAGGATAAAGAAGAGGGGCTGCTCATGAAGGCATAATGGGGAGGAGCTGCTGATGAAGAGGGGTTGGTGACAAATGAGAAAGAGGAGGGGCTGCTGATGAAGAGGAGGTGCTGATGATAAAGGCTTAAAGAGGAGACTGCTGAAGAAAAAGAGACACTGCTGAAGAAAAGGAGGGGCTTCTGATGAAGGGGAGGGGCTGCTGATGAAGGGCAGGTGCTAATGATGAA-----GAAGAGGGGTTGGTGATGAAGACAAGGGGCTGCTGATGAAGACCTAAAGGGGAGGAGCT--------AGGGATGTAGAGGAGGGGCTGCTGATGAAGAGGAGATGTTGCTGATGAGAAGGAGGGGCT-----GGTGATGAAGAGGAGGGTCTGCTGATGAAGAG-----GAGAGGTGGCTGATAAAGAGAAGGGGCTGCTGATGAACAGGGGGGCTGGTGATGAAGGGGA s fr1.chrUn 265717953 424 + 349519338 AGGAGGAGCTGCCCA------GGAGGGGCTGCTCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCC----------------CAGGAGGAGCTGC---CCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAG-CTGCCCAGGAGGA------GCTGCC------CAGGAGGAGCTGCTCA------GGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGC---TGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCTCAGG------AGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGA---------GCTGCTCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCTCAGGAGGAGCTGCCCAGGAGGAGCTGCTC---AGGAGGAGCTGCTCAGGA-----GGAGCTGCTCA------GGA a score=851 s danRer3.chr4 980701 72 + 33808418 GGGGCTGCTGATGA-AGAAGAGT-AGATGGTCACGAAAGGATAAAAAGGAGGGGCAGCTAAT--GAAGGCTGATGA s fr1.chrUn 79846783 76 - 349519338 GAGACTGTTGAGAAGACAAAAGTCAGTAAAACACAAAGACTCAAATATGAGGGTGAAATATTCAGGAGGCAGATGA a score=2075 s danRer3.chr4 980774 111 + 33808418 GAGGAGGAGCTGCTGATGAAAAGGAGCGGCTGCTGATGAGGAGGAGGGGCTGCTGACGAAGGACTAAAGGAGAGGAGCTGATGATGAAGAGGAGACTGTGCTGATGAAAAG s fr1.chrUn 265718444 95 + 349519338 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s fr1.chrUn 79846859 916 - 349519338 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s fr1.chrUn 29429284 1636 - 349519338 CTTTAATGTCACGGGCTACTGCGCTGGAGGACGGGCTACTGCACTAGAGAACGGGCTACTGCACTGGAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACTGTGCTGGAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGTTACTGCACTGGAGGACGGGCTACCGC-----GCT---AGAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACCGCACTAGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACCGCACTAGAGGACGGGTTACTGCGCTGGAGGACGGGCTACTGTGCTGGAGGACGGGCTACTGTGCTGGAGGACGGGCTACTGCACTAGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCGCTGGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGTTACTGCACTGGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACCGCACTGAAGGACGGGCTACT-GCACTGAAGGACGGGCT-ACCACGCTAGAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACCACGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACCGCACTAGAGGACGGGCTACCGCACTAGAGGACGGGCTACCGCACTGAAGG--ATGGGCTACCACGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACCGCACTAGAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTG-------------TACTGAAG--GACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTG---------------CGCTGAAGGACGGGCTACTGCACTGAAGG-------ACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGC-----GCT---AGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACCACGCTGGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACCGCGCTAGAGGACGGGCTACCGCCCTGAAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACCGCCCTGAAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGAC-----------------GGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGCACTGAAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACTGCGCTAGAGGACGGGCTACCAATTCAGGAAATGATC 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ATGAAGGCATAATTGGGAGGAGCTGATGA-----TGAAGAGGGGTTGGTGACAAAAAGAGAAAGAGGAGGGGCTGCTGATGAAGAGGAGGTGCTGATGATAAAGGCTTATATGGGAGGAGCTGATGATAAAGACGAGGGGCTGGTGATGAAAAGGAGGGGCTGCTGATGAAGAGGGGGGC-TGGTGATGAAGGGGAGGGGCTGCTGATGAAGAGGAGGGGCTGCTGACGAAGGC s fr1.chrUn 306760939 169 + 349519338 ATAAATGTGTATTTGAAATGAAAACATCACTGTTTAAAGTAGGGTTAGTAGGAAAATGCTACTAAATATCTCCTGTTCTGGAGGAGG-----------------------------------------------------------------AAGGAGGCCTTCTGAGGAGGATGAAGGCCTTCTGAGGAGGAAGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGAT a score=2436 s danRer3.chr4 984270 63 + 33808418 GGACGGCTGGTGATGAAGGGGAAGGGCTTCTGACGAAGAGGAGGGGCTGGTGATGAAGAGAAA s fr1.chrUn 306761108 63 + 349519338 GGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGATGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGAA a score=2992 s danRer3.chr4 984333 203 + 33808418 GAGATGGTGATGA----AGGGGAGGAGCTGATGATGAAGAGGCGGTTAGTGATGAAAAGGAGTTTGCTGATGAAGAGGAGGGGCTGCTGATGA----AGAAGAGGGGC--TGCTGATGAAGAGAAAGGGATGGTGATG----AAGGGGAGGGGCTGGTGATG----AAGAAGAGGGGCTGGTGATG----AAGAGGAGCAGATAAAGAGGAGCTGGTGATGAAGG s fr1.chrUn 300286700 186 + 349519338 GGGACGATGATGGCGTGAGAGGAGGAGACGACGATGGCGTG--------------------------------AGAGGAGGGAC-GATGATGGCGTGAGAAGAGGGACGATGATGGCGTGAGAAGAGGGACGATGATGGCGTGAGAGGAGGGAC-GATGATGGCGTGAGAAGAGGGAC-GATGATGGCGCGAGAGGAGGAGACGACGATGGCGTGA----GAAGA a score=4937 s danRer3.chr4 984579 235 + 33808418 GAGGAGCTGATGATGAAGAGGAGGGGCTGCTGATGAAAAGGAGGAGCTTCTGATGAAGAGGGGATGGTGATAAAATGGAGGGGCTTCTGATGAAGAGGAGGGGCTTGTGAGGAAGAGGAAGGAatggtgatgaaggggaggagctgctgatgaagaggaaggaatggtgatgaaggggaggagctgctgatgaagaggaggagctgatgaaatggaggggctggtggtgaagagg s fr1.chrUn 306761171 203 + 349519338 GGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGATGG-----------------AGGCCTTCTGAGGAGGATGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGATGGAGGCCTTCTGTGAAGGTGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGG---------------GAGGCCTTCTGTGAAGGTG a score=1126 s danRer3.chr4 984859 220 + 33808418 ctgctgatgaagaggaAGAGCT-----GCTGATGAAGAA----GAGGGGTTGGTGATGAAATAATAAAGAGGAGGGGCTGCTGATGAGGGCTTAAAGGGGAGGAGCTGATGATGAAGAGGAGGGGCTGCTGATAAAGAGGAGATGCTGCTGATGAAGACGGGTTGCTGATGAAGACTTAAAGGGGAGGAGCTGATGATGAAGAGGAGATGCTTCTTATGAAAAGGAGAT s fr1.chrUn 138235353 219 - 349519338 CCGGAGAGGTGGTGGAGAACCCGGAGAGGTGGTGGAGAACCCGGAGAGGTTGGGGAGAACCCGGAGAGGTGGGTGAGAACCCGGAGAGGT-----GGGGGAGAACCCGGAGAGGTGGAGGAGAACCTGGAGAGGCGGAGGAGAACCTGGAGAGGCGGGGGAGAACCCGGAGAGGTCT-----GGGAGAACCCGGAGAGGTCTGGGAGAACCCGGAGAGGTGGAGGAGAA a score=651 s danRer3.chr4 985135 188 + 33808418 AGAGGTTGGTAATAAAAGGATAACGAGGAGCGGCTGTTGATGAAGACAAGGGGCTGCTGACGAAGACTTAAAGGGGAGGAGCAAGGGATGTAG----AGGAGGGGCTGCTGATGAAGAAGAGATGTTGCTGATGAAAAGGAGGGGCTGCTG-----ATTAAGAGATGGTGGTAGGGATGCTGGGA----TGGTAGGGATGG s fr1.chrUn 138235621 186 - 349519338 TGAAGGTCAGCATAGATGAGTGTGAAGGAGAGGAACTAGGAGGGGGTGA------GCTTACAGAGAGGCGAGATGAAGAAGC--TGGATCTAAGACTAGAGAGGAACCCTGTGGAAGAAGAGAAG-----GATGGTGGTGAAGGTC--CTGAAAGTACTAACTGATGCTATTAGGTTAACTGGGAGCAGTGGGAGGGAAGG a 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GAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGAAGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGATGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGAAGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGATGGAGGCCTTCTGAGGAGGATGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGA-------------------------------------------------AGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGTGG a score=2308 s danRer3.chr4 987012 76 + 33808418 AAGAGGAGGGGCTGCTGATGAAGGCTGATGAAGAGGAGGAGCTGCTGATGAAGAGGAGCGGCTGCTGATGAAGAGG s fr1.chrUn 306761621 69 + 349519338 AGGAGGAAGGCCTTCTG-TGAAGGT------GGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGGGAGGCCTTCTGAGGAGGAGG a score=3514 s danRer3.chr4 987088 666 + 33808418 AGGAGCTGCTGACAAAGGCTTAAAGGGGAGGAGCAGATGATGAAGAGGAGACTGTGCTGATGAAAAGGAGATGCTGCTTATGAAGAGGAAGGGCTGGTGGTGA---AGGGGAGGGGCTGGTgatgaagaggagggggttctgacgaagaggaggagctggtgatgaagaggaagagatggcgatgaagaggaggggctgctgatgaaaagaaaaggttgctgatgaagaggcggagctgctgatgaaggggaggagctgatg--atgaagaggaggagctgatgaacagaaggggcgggaaatggaggggCTGCTGATGAAGAGGAAGGGCTGTTCATAAAGAGGAAGGGCTGCtgatga----agaggaggagctgatgaaatggaggggctgatgataaagaggaagggatggtgatgaagggccggtgctgttgatgaag-aggaagagctgctgatgnnnnnnnnnnatgatgaagaggagatgctgctgatgaaaaggagatgctgctgatgaagaagaggggatggtgacgaACGGATAAAGAGGAGGGGCAGCTGTTGAAGGCTGATGAAGAGGAGGGGCTGCTTTGAAGAGGAGTGGCAGCTGATGAAGAGGAGGGGCTGCTGATGAAGGCTTAAAGGGGAGAAGCTGATGATGAAGAGGAGATTGTG s fr1.chrUn 79847263 542 - 349519338 AGGATCTG--------------------------AGGGAACACAGAGGAGGATGTGAAGGAACACAGAAGAGG------ATGGAGTAGGATGATCTGTGGGAACACAGGGGAGGCTCTGAGGGAACAGAGGAGGATGTGAGGGAGCAGAGGAGGATCT------------------AAGGGAACACAGAGGAGGACCTGAGGA------------------AACACAGAGGAGGATCTGAGGGACCAGAGGAGGACCTGAAGAAACACAGAGGAGGACCTGAGG----GAAATGGCTGGATGTAGAGACG-------TGAAGAAGAAGGGACAGGGATGGAGAGGTGAGGTTGTGTATGGACATAGAAGAGGATTTTGTG----------------GACCAGGAGTCCGTGGAGCTGCTGAAGGACAGG----GGTGATGGGGTGGGAGGAGGTTTTGGTG----------ATGATGCAA-------GCAGCAGA-GGTCTGGAGCAGTTGGAGTTTATTGAGGGTTTTTTGTGGGAGTCTGAAAAAGAG-------AGTTGCAATACTCTAAACAGGAGGTGGAGC--------AGAATGGAGGCAGC--ATAAGGGAGGGGTTCTGTCAAGGATGAGCCAAAGACTCTAGACCTGTGGGGAGGGGGAGACTGTG a score=5812 s danRer3.chr4 987868 168 + 33808418 AGGAGGAGCTAATGATAAAGAAGAGGGGCTTGTGATGAAGGGGAGGGGCTGCTGATGAAGAGGAGATGCTGCTGACGAAGAGGAGGGGCTTGTGATTAAGGGGAGGGGCTGCTGATATAGAGAGGGGCTGGTGATGAAGGAGAGATGCTGCTGATGAACTGGAGGAGC s fr1.chrUn 334940260 167 + 349519338 AGGAGCAATGGCAGGTCTGGGGGAGGGGCTCCATGCGAAGGGGAGGGGCTCCAGGTGAGGAGGAGGGGCTCCTGGTGAAGGGGAGGGGCTTCGGGTGAGGAGGAAGGGCTCCAGGTGAGGAGGAGGG-TGAGGGTTAGCCGGAGGTTCTGTTGGTGGACTGAGGGGAC a score=8598 s danRer3.chr4 992232 521 + 33808418 AGTTGCTTAGTT--ATGCTTTCAGCGAAGTGAAAGTAAAGGGAAGAAACGAAAGTGTTGGGTATAGTGTAGGTTTCACAGTATCTTCAACAGTCGAGTGTCTCCACTGGGGATTGTTTACAGTCATGGCAGATGCTCTGTCTTTTTTGGAAGAGGATTTGTCATGCCTCATCTGCTGTGATGTCTTTACTGATCCAGTCACTCTGAAATGTAGCCACAGTTTGTGTGAGAATTGTCTCAAGAGTTTCTGGAAGACTCAAGATGTGCTGC-AGTGTCCAGTCTGTCGGAAGGAATGCTCACCTGACGAGCCCACCAAGAGCCTGGCATTCAGAGCACTCTGCGAGTCCT-TCAAGACGAGAAAACCCACA-----------------------------GCTGTTTCAGGAGACGTCTGTCCACAGCATAAGGAGACACTCAAACTCTTCTGCTTTGAGGACAAGCAGCCCATCTGTGTGGTCTGTTACACTTCAAAAAAGCATGAAAATCACAAGTGCTCCCCTGTCGAGGAGGCTGCTGGGAATTTAAAGGTA s fr1.chrUn 163763452 534 - 349519338 AATTACTTAGATCGATGTTTTTGGAG----GATATTATAGTGCACATGTGGGGGAAGAGGATTTAATGTCAGTGTTTGAGGCTATT-----ATCGCGGTTTTTCTCCAGAAACTGCCTTCAGG-ATGGCGGGTAGGCTCCC------GGAGGCCGACCTGTCCTGTTCTATATGCTGTGAAGTCTTCAGAGACCCGGTGGTCCTCAAGTGCAGCCACAGCTTCTGCTCGCCCTGCCTGCAGCAGTACTGGAGCA-TCAGGACGAACCGCGACTGCCCGCTGTGCCGGCGCCAGT---CCCTGGATGACCCGGTCCCGAGCCTCACCCTGAAGAACCTCTGCGAGTCGTACCTGGAGGAGAACGACGACATGGTGGGGAAGAAGGCAGAGGAGCCGTGCGGTGATCCGGAGGAGATGTGTCCCATCCACGGGGAGAAGTTCAAGCTTTTCTGCACGAAGGACAACGAGCCGATCTGTGTGGTGTGTCACACCTCGAGGAAGCACAAGCAGCACGAGTGTTTCCCCGTCAGCGAGGCGGTGGCGGACGTCAGGGTA a score=-2080 s danRer3.chr4 992753 453 + 33808418 TGAGGAGTTTTGAAATCTGATGTGGCCGACTTTTGACATCTTCAAGCTCATTATTAAAGAGTTTATCTTGT--GATTCTAGGCGGATCTTAAGATGCAAATGGACAAGCTGCAGGTGACGCTTGATGACCTCAAGAAAACACATGAGAGCTGCATGGAACAGGCTGAAAATATAATGGTAT-TGTATGTGGTTAGTACTATAATAAAAATAACCAGGTCCTAAAGCTAACATTCTGCCACA--CCTGCCAATGGCTAGTTCATGTTTCACTTTACCTGATATAAAACTGAATGAGCATAACTTTGATAACACGCTGGCTCAGCGTTAATCATGCCAGCAGTATGACATGACAATATGGTGCCAATTTTATATTAAAATGTAGTTTTTTTTTCATA----TTAGCATATTATATATTCTAGCAGCATTAAAAAATGTGTTTAAACATGCCAAAAATTTGCTAA s fr1.chrUn 310776748 384 - 349519338 GGTTGAGTT----AAAGTAGCGGGGTCGCTTATCTCCATGTTTGA---TAATGGTATCGCGTTTGAATTGTTGGAACCT----GGATTTGTTGGGATAAATTGAT----------TTAAGATTTTTTTCCTCTGAGGATTAC-----AGCTGCA--ACAAAGGCTGAAACATTATTGATTCAAATATCTGGTTTGAA--------------------TGCTAAATTTGAAGATTTGTAAGAGTTCTACCTAATACAAATCCAAATGT--TTTCAATTCAATTCAAACT-----------ATTTTGATGAAAAGCTAGATTTTAACCAATTAGCAAAGTAGCATTTCATGA-AATAAAG---CATTTTCAGCTCATGAAAACACCTTTTACTCACAATTTCTAACATAATTTGTGTTTC-------TTGA------TATTTTGACATGTACAAAAGTGGCTGA a score=3003 s danRer3.chr4 994291 402 + 33808418 GAAATCCAAATCAAGAAAGAATTTGAGAAGCTGCATCAGTTTCTCAAAGACGAGGAGGACAAATGGATCAAAGCATTGAAGAAACAAATAAAACCTCAAGATGGGAAATTTAAAGCCAGAATCAAGCATCTGTCCACACAGATAACAGATCTCTCTGAGAGGATGGCAGCCCTCTGGCAGGACATGGAAGCTGAAAACATCCCATTTCTCCAGGTACAGCCTAAACACTCAAAAACGCACACAACTCCAGGGATGAAAGTCAATCAGAGAGCTGTAATCTAGAGCAAACGTGTCTGATAATCAATGTTTGTGATGTTTACCTACCTACATGACTGAACACTAATAGCTTTTTATTTCTCATTCAGAATTACAGCGATACATTACAAAAGTGAGTCTTTTTCC s fr1.chrUn 310777852 336 - 349519338 GAGACACAAATCAGGGAGGAGTTTCAAGCCCTTCACCATTTCCTGAATGAGCAGGAGGCTGCCAGAATTTCTGCTTTAAGAGATGAGAGAGAACTGAAGGATCTGATGATTAATCAGCAGATTGAAGAAATGAACGATGAGATTTTATGCCTCTGCGACACAATCAGAACAGTGGAACAGGAGATGAACGCTCAAGATGTCCCGTTTCTGAAGGTAAAG-----ACATTTTGAA------ATAATTCAAATTATGAAAATCAAC------------AGTTTGGGAAAATGGCCCAAATTATTAACCTATGAAAT-------------------------------------------TCTTTCAGAATTACAAGGAGACAATAAGGAAGTAAGTGCTCTTTC a score=-655 s danRer3.chr4 996049 207 + 33808418 AGGAATGCATTTGGTGAATATGAATGGTGATGTTTTAAACCGTGGAGGCAAACAAACATTTTGGAAGAATCAA----------TAAAATAAACAAATAAATAGATTTGCCTTTAGAAACTTCTGTGTATCTCTGCAATGTAAA------TATGCAGCTATGTTTGAAAATAAATCTGCAACTCTTACTTACACTACAGTGCCACTACTGTAGTTAATGATTAT s fr1.chrUn 221935079 192 - 349519338 AGCACTGCGCTTGGTTCTGATGACATGTCGGGTTTATTGC--TCGATGTGACCAAACATCTCTGCAACCTCAAGTACAGCATCTGGGAGAAAATGCTGGATGACATCGGCTACAGTGAGTCAACTTTATCTACACAAAACATAGTTTTGTGTGTAGTTGTGCTTAAGAAAA------TAACCTTCATATGTGCTA-----------------------ATTTT a score=91 s danRer3.chr4 996261 1 + 33808418 T s fr1.chrUn 310778459 1 - 349519338 T a score=2310 s danRer3.chr4 996262 502 + 33808418 TTACAGCTCCTGTGATTCTGGACCCGAACACAGCTTCCAGTAAGCAGTGGGTGTCAGCGGATTGCACAAGTGTTCAGTATGTCCTAAAGAAAGTGCACATGTGTGATAACCCAAAAAGGC-TGTTTTTG-----GGAGTGCTGGCTTCACAAGGCTTCAATTCAGGTCTGCACTGCTGGGACGTAGAAGTAAGAGACAACAACCACTGGACACTGGGTGTAGTGGGTGAAACTGTGTATCGTAAAAGACTTTACAGAATGGATCCG--------AAGAGTCGTTTTTGGTGTTTTCGCTTTGTGGATGGCAAATTCAAGAAAGGTAACAATC--CTGGCAAAGCAATCGATGAGAATAAGAGGCCAAATATCATCCGGGTTCAGTTGGACTTTGAGAAAGGAGAATTGAGATTCATTGACCCCTTCAGAAATAAAAATCTGTGCACCTTCACAGGTGGATTTCCGGAGAGAGTTTTCCCATATTTTTGTAGTGGAGATTTGGCAACA----CCACTGAATAT s fr1.chrUn 163764865 508 - 349519338 TTTCAGCGCCGGTGACCCTTGACCCCAACACGGCGGCTCCGTGGCTCGTCCTGTCCGACGACCTCACCAGCGTCTCCGACAGCAAGGAGAAGCGGAAGCTGCCCAACAACCCGGAGAGGTACGACCCCGACACCGGCGTCCTGGGCCGGGAGGGCTTCACCACCGGCAAGCACGCCTGGGACGTCAGCGTGGGAGATAACACCGCCTGGGTGGTGGGCGTGGCCA--AAGCCTCCGTCACCAGGAAGA------AGAAGGTGTCCTCGGTGCTCAAGAACGGCTACCTGTGCATCTACTTCTACCACAAAATGTACTTCGCCGGCACCTCTCCTCTGACCAGGC--TGAACCTGAGGAGGAACCCAGAGAAGGTCCGGGTGCAGCTGGACTGCGACCGCAGCAGGGTGTCTTTCTACGACCTGCAGGACAACACGCACATTTACACCTTCAAACACGCCATCGCCGAGAGGGTCTTCCCCTACTTCTG----GGTGGGCTGTCAGCAGTGTCCTCTGACCAT a score=1837 s danRer3.chr4 998353 159 + 33808418 TGAAGAGTAACttaataaattattatttaataa---------aGTGTGTGGTAGTAACTTAAGTTTCGCTGGATAACGTTAATC-----TTACCGACGTTAAACAGGTTGGGTAGAGAAAAAACGCATACAAATATCCTTTAGACATTCATAAATCTAAATCACACAGTTTAT s fr1.chrUn 84401519 165 - 349519338 TTAAGAGTTTTTTAATGGATAATtattatattatatcatattattatattatattatattatattacattatattatattataCAGTGTGTTTTGTTTTTAAACAGTTAAATTAGAAATTAAACACATAATTATGTTTTTTAAAC--------TTCTACATCTCACTGATTAT a score=599 s danRer3.chr4 999855 330 + 33808418 ttttaCTACATGCAGTACGTTTTAAAAGGAAAATATTTGTATCACTTATGAGAAAAATAAAACTGATCAGAAAGAAATGATCTCAATCTATGAGAAAGATGCAGCTT---GAAAGCTAAATCCTTTGGCTGAGAAATGTGTAGCAGGTTTTTAATTATCCAGCTTTAGTCACACAGTCAGG---------ATCCAAAGTAATGC--ATTCATTTTGTAAATATTTATGACCTTTAATAACTGTATTTCTATTAACAGTGTCAT---CAAAAATACAGTTTGTGCAAACAGGTTATTGATTT-----AAAATGAAAACAA---AATGTTTTACTTTATATATATATATATAGACAC s fr1.chrUn 247617787 315 - 349519338 TTTTATTATATATAGAACGTTTTTGGG--------TTTGTGTGGTTTTGATAGATTGGCTATTTGATTCACAGATAATCATTTTAGT----------GTTGCCTTTTTCCAATGACCAAATCCATTGTCTTA----TGTGTA------------TTATACA-CATTAATCTTAGTGTCAGGGATGAGTACATTTTTCTTAATGCTGGCACACTTTGTTCAGAGTTGTTACC---GATACACAAATCTCTATTTAC--TCTCATGTACACATCCACACTTGACGAAAGCAATTTTTATATCGTTGGAAGAATGAGTGTGGTTGCATGTTTTTTTTCATATAAATATATACACACAC a score=-629 s danRer3.chr4 1001504 127 + 33808418 TGCTTCTTGATTTAAGAATTGTTAGATATTTGGAGTAGAAAAAATTAAATATCTAAGTAAGAAA-----AGCATTTTTGTAGTGCATTATACCAACATGTGTGGTGTGTATGTATACATGTGTGTGTGTCTC s fr1.chrUn 276310739 131 + 349519338 TGTGTCTTTGTGTGACAAAAGCCAGGGATGTCCTCTATGAGATTTCAAAACACTGTTTATGGGAGTATCAGCCTGTTGCTTGTGCAGTGGACCAATAGTTGCCTGGTCTA-GTGTCGGTGAGCCAAAGATTG a score=11672 s danRer3.chr4 1001631 165 + 33808418 AGGGTCACTCGCAGGCCAGCTTGCTGTCGAAGCTGGACAGGCCGATGGCGAAGGCCTGCAGGGCACACATGGGGTAGTTATAGTCCAGAGTGAAGATGTCCTCCGCCACACGGCCAAACTGCATCACGATGTAGTCCGCT-------GAAGACACAGCAACACGCAATCAAA s fr1.chrUn 163768818 172 - 349519338 AAGGTCACTCGCAGGCCAGTTTGCTGTCGAAGCTGGACAGACCGATGGCGAAGGCCTGCAGGGCGCACATGGGGTAGTTGTAGTCCAGAGTGAAGATGTCTTCCGCTACTCTGCCAAACTGCATGACGATGTAATCGGCTGCGGGGCGGAGACACAGACATCTGTCACCACA a score=-3204 s danRer3.chr4 1001796 312 + 33808418 CAACCGTACAGATGCAGCAGTGTAACAACACTCAAATTAAATTTGGATTGTGGGACAAAATTTAAATGCTTTCATAAGGCAATTATATATGGCAATATGTAGCTGCTTTTTCACTGTGTGAAACTAAATTGCTCATGgtgagtgagtgtatgggtgttttccagtgctgggttgcagctggaagggcatcagctgcataaagcatatgcttaagtaagtggtggctcattctactgtagcgaTAAATCAGGGACAGGATAGTAAATGACTGAGATTTGATGTCTCATATTATAAATCCAATGATGCTGGTAA s fr1.chrUn 51482063 201 + 349519338 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CACTCACGTTCTGAGGCCTGACGGGGACTCTTTCGAAATTCATGTTCATGCCAGGGATGACGACAGTCATCTTACGTGGACCGTTGAAGCCCAGCACGTTGGTTTCCTGCCAAACA a score=6354 s danRer3.chr4 1004070 139 + 33808418 gtgTGCA---GTTGGACTGACGTAGCATATGGCGGCGAGCTCCTGTCGTGTGTTTGTCTCCTCCAGCAGCGCACCAGGGTTTTTAGATGGGTTTGTGCCGTTATCATACACTGTAAACTTGGTTCCCATCAGATTAGACCTG s fr1.chrUn 163769483 142 - 349519338 gtgtgCGCGCGTCCCACTCACGTAGCAGATGGCAGCCAGTTCCTGTCTCTTGTTGCTCTCCTCCAACAGCGCCCCGGGGTTCTTGCTTGGATTGCTGCCGCTGTCGAAGACGGTGAATTTGGTGCCCATGATGTTGGACCTG a score=7336 s danRer3.chr4 1007638 132 + 33808418 ACCTGAGTTTCCCGATGAAGCTCTCGCCCTCGCGGGACAGATCTGTGGCGTCTACAGAGATCAGATAGTTGGATGTTTTGCTCTTTTTCCTCTTGCGTCCCGCCAATAGAAACACCTGATGAGAGATGGAGA s fr1.chrUn 163769784 130 - 349519338 ACCTCAGTTTTCCGATGAAGCTCTCTCCTTCCCGTGACAGGTCGGTGGCGTCCACTGAAATAAGGTAGTTGGACGTCTTACTCTTCTTCCGCTTCCTTCCTGCCAGCAAAAACACCTG--GAATGGTGGGAA a score=-160 s danRer3.chr4 1010199 171 + 33808418 TTTGAAAAAGTGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTGTTTTGTTCCAG--------ATTGTTTTGAAAAAGGAAAAAAAAAATATAG--CAGCAATACAGTTttgtattttaataatgcattagtaaatgttggactatgattcataaatactgtacaagtattgtttattttaagtccctgtta s fr1.chrUn 276314570 163 + 349519338 TTTGAAGTTGCGCTCTTCT----------TCCGTTTCCTCCCAGCCAACAGGAATGTCTACAAGAAAACAAAACAACATGTGGTCCAGTTACACCGAGTCTAATGTGCACATCTAATGTGCACAT------CTAATGTGCACATCTAATGTGCACCTGGTCGTGATG--AAGCACCTGATG a score=9680 s danRer3.chr4 1010402 200 + 33808418 TCACCTTTTTGCCGTCTTCTCTCTCAAGATGCATGAAGTATGTGGGGTAGAGGCCGCGGTCCATGCCTTTCTTATCCCGAGAGATGCGGCACTTCACCGTGACTCCCTGTGGAGCCGGACGGAGAACAAACTCCTCCAGATTGTCCACCTCAATGGAGGAGCCCTCAGCTGATGGAGAGCCCACCGGGATGCACTCCTGA s fr1.chrUn 163769985 200 - 349519338 TCACCCTTTTGCCGTCCTCCCGCTCCATGTGCATGAAGTAGGTGGGGTAGAGGCCGCGGTCCATGCCCTTCTTGTTCCGGCTGACTCGACACTTAATGGTGACGCCCCGCGGAGCCGGACGGAAGACGAACTCCTCTAGGTTGCTGGCGTCGACTGAAACGGCGTCTGCGGTGGGCGACCCCCTTGGCGCCACCTCCTGG a score=5382 s danRer3.chr4 1011029 253 + 33808418 CTCACTGTAGTGGATTTAGTGCTGGATGCAGACGCCGGCCGAGTGCTCTCGGTGTTCGGGGACAGAGACCGGCTTCGCTCTTCAGCTTCGTATTCATCATCTTCATCCTCATCCTCACTGGCTTCATCATAGTTCATGCTGCCAGACAGACCTGAGAACAGTTTGAAAGTGAAAAACAACAGTGTTTCTTGGTGTTAGCT------------TACCAAACACATGATAAC-----GAAATAAAAGAGGTATAAAACTTTTGGCTTCCCTT s fr1.chrUn 163770253 247 - 349519338 CTCACGGGCGTGTCTTTGCCACTGGACGCAGAAGCGGGTCTGACCATCTCCCCGCTGGGGGACAGAGACGGCGTCCGCTCCCCGTCCGTGT------------CGTCCTCCTCCTCGCTGGGTTCGTCAAAGTTCATGCTGCCAGACAGACCTGTGA--GGCACGGGCATTAGGAACACCAGAG---------GTCAGCTCCCATCAAAGAGCATCAAAGACATTTGGGCTCTTTGAAGCTAAAGTGGCTTCAGTTTCACGGCTTCATTT a score=5690 s danRer3.chr4 1011282 225 + 33808418 GAGAAACAACTTGTTCTGTGTGTGTCTTACCGCGTCTCTGCAGCAGTGTGTGTATGTCAGTTTTGGGCTCCAGCAGTGTGTCGGTGTCAGCATCTGTCTCTGGCTCTTCTGTCACAGGCGGT---GACGGCTGCTGTGGTGTTTGACTGACCGACAAAACCTGGATCTTACTGCCCAGATCAGGAGCTTCTGAACCCAGCAGTGCTGCAGGTCCATCAATGCCTGAGG s fr1.chrUn 163770912 211 - 349519338 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+ 33808418 TCTCACCTGTTTCTCCAGTTTCTGCTGCCTGAGGTTCAGGCTGTCGTGCTGCAGTGAGCTGAAACACACCAACACAACATTACAATCTCATTTACAGGACAACACACACCTCTATCATCTCCTTCAACAGATAATCTCAACACCTGATAGACGGGGTGTTACTTAGTGTCTGCTTTAGTACC---TGAA--------GTTAAAAGTGTAAAAAGAACAAGTGTAGACTGGGTGCCA s fr1.chrUn 163772752 227 - 349519338 TCTCACCTGCCTGTCCAGCTTCTGCTGCATGAGACTGGAGCTGCC-TCCATCAATG-GCTCTAAAAGGTAAAAGAGACATCCTGATCAAAGGTCTCAGCCAGCATTTCATCATGAAAACTGCTTTTAAAGG------CTGCATTTGAGTGAAAGGCTGTCACGGCGCTGATCATTTGGTGTCCAGCGAAGCAGGTTTGTTAAGGAGGCAGAAAAGAGTAATG-AGACCAGGCTCCA a score=2628 s danRer3.chr4 1022200 88 + 33808418 TGTCTGgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtACCTGTACGACCAGCGGCTGTAAGAAGGCTGAGAAGAGC---TCTTCACCGTCTCCATG s fr1.chrUn 163774514 91 - 349519338 TGTCTTAGATAAGGAAGGCTGTTTTCAAGACTACCTGTAGGACCAGCGGCTGTAGACGGGCTGAGATCTGCCAGCTTTTACCGTGTCCATG a score=7623 s danRer3.chr4 1071546 380 + 33808418 TGGAGCGAATGGAGCTGAAGAAAGTGAGCGCAGAGATGGAGGATGAGAGC------AGTGTGGACGACAGCTACAGAGAGAACATGGACTCTGAAAAGGCCACAATCAACAGGTCAGAGTCTTTGCACTGTGTGTTTAACCCTGAAGCTGTCTGATACACACACACACACACACAGAACACTGTGACACAGGAATCAGGAGTGTATCTTTAACAGCAAACTAATGTGAGTGTAAAATAACgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgttgtgCTTTACAGCCAGTTCCTGGATGAA---GATGATGCAGAGAGTCAGAAGTTTCTCACCAATGGCTTGATGAAGAAGAAGAAATATGAGGAATATAATGAAGAATATGTAAGA s fr1.chrUn 105829898 298 - 349519338 TGGATCGTATGGAGCTGAGTAAAGTGTCCATGGTGACGGATGACGACAGCGCCGACAGCTTGGACGACGGCTACACGGAGCCGGTGGACGCCGAGAAGGCCACCCTGGACAGGTGGGGG----------------------------------GGCGCGGAGCCGCTCGCGGTCGAGGTTCTG---CACAATGAT----------------GCAACGGAGTCACATGAGGGA--------------------------------------GTTTTGTGTCTTTCAGTCACTTCCTGGACGACAACGAGGACGCAGAAAGCCAGAAGTTCCTGTCCAATGGGATGATGAAGAAGAAGAAGTATGAGGAGTATCACGAGGAATATGTAAGA a score=9020 s danRer3.chr4 1072412 166 + 33808418 TCTAGTTCCTTCACTGATGAAGCGTCTCTTTTGTTCTCGCAGCACCCAGGTCATGCTTCCTTTGGCATGTCTGTCTTTAACCTCAGTAACGCCATCATGGGCAGTGGGATCCTGGGCCTGTCCTTCGCCATGGCCAACACCGGCATCATCCTGTTTGTGTGAGTGT s fr1.chrUn 105830259 165 - 349519338 TTTAGGTTCTGCTCTGA-GCCTTGTCTCCTTGCGTCCTGCAGCATCCTGGACACACGTCGTTCGGCATGTCTGTGTTCAACCTGAGCAACGCCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGCCTGTCCTTCGCCATGGCCAACACCGGCATCGTGCTCTTCACGTAAGAGT a score=4074 s danRer3.chr4 1076738 91 + 33808418 TGTTTTCCCAGAATCCTCCTGCTGGGAGTCGCTATCCTCTCGCTATACTCTGTTCATCTCTTATTAGTGACGGCCAAAGAAGGAGGTGAGT s fr1.chrUn 105830750 91 - 349519338 TGTCTGTGCAGCTTCCTGCTCATCGCTGTGGCCATCCTGTCCCTCTACTCTGTTCACCTGCTCCTGATGACGGCCAAGGAAGGAGGTGAGT a score=5923 s danRer3.chr4 1077487 144 + 33808418 TCTCTCACTACAGGCTCGCTGATCTACGAGAAGCTTGGAGAAAGAGCGTTTGGATGGCCTGGAAAAATGGCAGCTTTCGGGTCTATAACTCTGCAGAACATAGGAGGTAAATAATTTAGCTTTTTTTTAGCATGAGTGATGTTA s fr1.chrUn 105830914 144 - 349519338 TCTGTCCTAACAGGGTCCCTCATCTATGAAAAACTGGGGGAGAGAGCCTTCGGCTGGCCCGGGAAGATGGCCGCCTTCGGGTCCATAATCATGCAGAACATCGGCGGTAGGCAGATTATAGTCATGTGACCCCAAGTCATGTGA a score=4909 s danRer3.chr4 1078509 154 + 33808418 TTTCGTTTGTCTTCAGCCATGTCCAGCTACCTTTTCATAGTCAAATATGAGCTGCCGGAGGTGATACGAGCTTTCCTCGGACTGGAGGAGAGTTCTGGGT-AATGAGTGTTTATGATTATTCAGATTTACCAAGTCCTAATTATACAATTGAGTA s fr1.chrUn 105831088 153 - 349519338 TGTCCTGTCCTCTCAGCCATGTCCAGCTACCTGTTCATCGTCAAGTATGAGCTTCCTGAAGTGATCCGGACCTTCCTGGCTTTGGAGGAAAACTCTGGGTGAGCGCACGTTCCCGA--acacacactcacacactcacacacacacactcacaca a score=5504 s danRer3.chr4 1079578 107 + 33808418 TGCAGTGAATGGTATCTGAATGGGAATTATGTGGTGGTGCTGGTGTCCATCGGCATCATTTTACCTCTATCTCTGCTGAAAAACCTGGGTGAGTCCTGCG-TTAGAGC s fr1.chrUn 105831287 108 - 349519338 TGCAGTGAATGGTACCTGAACGGAAACTACCTGGTGATATTTGTGTCCATCGGGGTCATCCTGCCTCTGTCCCTCCTCAAAAATCTGGGTAAGAGTTCCGATTACGGC a score=5432 s danRer3.chr4 1079743 69 + 33808418 CAGGGTATCTGGGCTACACCAGCGGCTTCTCTCTCTCCTGTATGGTCTTCTTCCTGGGAGTGGTACGTT s fr1.chrUn 105831704 69 - 349519338 CAGGCTACCTGGGCTACACCAGCGGCTTCTCCCTCTCCTGCATGGTCTTTTTTCTGGGGGTGGTAAGTT a score=5867 s danRer3.chr4 1080108 361 + 33808418 AATTGCATATATTTGTCATAATGCAGCATATTTCATCACTGAATCTAACTGTCATTTGCGTTTCTTTTAGTTGTTTCTAACTGAATTCATGTTGTATTTGTCAGCTGATCTACAAGAAGACGATCCTGCCGTGTCCTCTTCCATTCTTCTTCGAGCACGGCTCAAACGTTAGCATAAATGGATCGGATGCGATAGCTCTGTACGGACTGCACAACGCCTCGGCTCTGGCGTACATGTCAGAAACGGCTGCAAACGCCGTG----GATCCACACACACCGCTCCACGACTCGGTGCAGTTCAGCGCTCACCCG--------GAGGACCACCAGGACATGTGCACGCCCAAATACTTCATCTTCAACTCACAGGT s fr1.chrUn 105831777 328 - 349519338 AGTTGCTCATAGTTTGAGGAGAACAGGTGGATCAGCAGGTGGATCCAGGGATCAGCGGTGATCCGTCTCCTCCCTTC------------------------CAGGTGATCTATAAGAAGATGCACCTGCCGTGTCCGCTTCCCTTCTTCTTC---CATAACGCCAACGTCAGCGCTAACGCGTCGGAGATGATGGGCTTGTAC---CAGCACAACAGCTCCGCTCTCGC--------------CGGTTTCTCCCGCGCCGACATGTCCCCGGCGCTCCTCTCCA-GCCCCGGCGCCCAGCAGCCCGCCGCCGTGCCCCACGCCGACCTGGAGGAAATGTGCACGCCCAAGTACTTCGTCTTTAATTCTCAGGT a score=5642 s danRer3.chr4 1081659 141 + 33808418 GTTTGTGTGTGTGTGAATGTGAGAAGA-GCCTGATT---GTGTTTGTTCTC-----------------TTTGTTTTTCAGACCGTTTACACTGTTCCCATCCTCGCCTTCGCATTTGTGTGTCATCCTGAAGTTCTGCCTATCTACAGTGAACTGAAGAAGT s fr1.chrUn 105832134 162 - 349519338 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtAAAGCTGCCTGGTTTCTGGGGGGGTTCCCACCCACCGACCTGTGTGTGTGTCCTGCAGACGGCGTACACCATCCCCATCCTGGCCTTCGCCTTCGTGTGCCACCCGGAGGTGCTGCCCATCTACAGCGAGCTCAAAGAGT a score=10462 s danRer3.chr4 1083564 538 + 33808418 GACGTGTGTGTGTGTTG----TTGTGTTTCAGTCGCTCTCGTCGGAGG---ATGCAGTCTGTCTCAAACCTCTCCATCTTGGCTATGCTGGTTATGTACCTGCTGTCTGCTCTCTTCGGTTATCTGACGTTTTATGGTATGTCAcacacattcttcatcgcttcttgtgtgtgttgcctctttgtgaatcactcctcaattgttagtcgcttgggcaaaagcatctgcttaatgtaatgtagatgtaCATGCCATTACACACTGTTGTGGAGCAGAAACACTTACtgtgtgtttgtgtctgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTCAGATCATGTGGAGGCCGAGCTGCTGCACACCTTCACCAAGGTCTACAAGTTCGACACGATGCTGCTGATGGTGCGACTGGCGGTGCTGACGGCCGTGACGCTCACCGTACCTATCGTACTCTTCCCCGTGAGTGACTAAACACACACACACACACATC----------TGCAGGAAACATGATGC----------ACATCACCCTCCCTCATGCTCATACAC s fr1.chrUn 105832550 480 - 349519338 GACGTGTCTCAACGCTGGGTTTTGTGTGTCCACAGCCGCAGCAGGAGACGCATGCAGAACGTGTCCAACCTGTCCATCCTCACCATGCTGCTGATGTACATGATGTCGGCTCTCTTCGGCTACCTCACCTTCTACGGTGAGTGACGGCGAGACATCGGGGGACATCGGGGG-------------------------------------ACGTGGG----AGGACGTGCTCGATGTCTCGCCGGGGTCCCGGCGGCGGCA----GGTGCTGAGCTGACGTGTCCACTCACCGTTTCTCCTC----------------------------------------CACAGACAACGTGGAGGCCGAGCTGCTCCACACCTTCACCAAGGTTTACAAGTTCGACACCATGTTGCTGCTGGTGCGCCTGGCGGTGCTGACGGCCGTCACGCTCACCGTGCCCATCGTGCTGTTCCCGGTGAGTCGCCGCCCGGCCGGGCGAGCGCGCCCTCTGGGGCGTGCACGCCCCCTGCTGCCGCCGCTGAACCATCACATTCCTTCACACACGTGCAC a score=8875 s danRer3.chr4 1094836 213 + 33808418 TCAGAATCAAGCAT-TCTCAGACGCATAATGTTAATTGTGATATCTCTGTGTGTGTTTTCAGATCCGCTCGTCGGTCATCACGCTGTGTTTCGCAGGGAAAGAGTTCAGCTGGATTCGACACTTCCTCATCGCCGCTGCTATTCTGGCCTTCAATAATCTGCTGGTGATCTTCGTGCCCACCATCAGAGACATCTTCGGCTTCATCGGTCAGCA s fr1.chrUn 105834690 200 - 349519338 TCTGAATCAGTCAAAGCTCAGACGTTTGCTGTCGCTC--------------TGCCACCCCAGATCCGCTCCTCCATCACCACCCTGCTGTTCAGTGGACGGGACTTCAGCTGGACCCGTCACATGCTGATCGCCGCCGCCATCCTGGCCTTCAACAACATGCTGGTCATCTTCGTCCCCACCATCAGGGACATCTTCGGCTTCATCGGTGAGTA a score=4679 s danRer3.chr4 1095085 147 + 33808418 GAGAGGAGAAGACTTCTAATAATAGTTGTTTCTCCTTCTTTAGGTTCGTCTGCAGCCACAATGCTCATCTTTATCCTGCCAGCGGCTTTTTACCTGCGGCTGGTTAAGAGTTTACCAATGAAGTCTCCTCAAAAAATATCTGTAAGT s fr1.chrUn 105835446 142 - 349519338 GAAAGGGGAAG---CCTAAACGTGGCTGCTTTGAC--CCGCAGGCTCGTCCGCTGCCACCATGCTGATCTTCATCCTACCTGCTGCCTTCTACCTGCGCCTGGTCAAGTCGGTGCCGCTGCGCTCCCCACAGAAGATCGGGGTGAGT a score=6328 s danRer3.chr4 1096210 121 + 33808418 CATCATTATCTACAGGCACTGATTTTCCTGGTGGTGGGAATCTTCTTCATGATCGGCAGTTTGTCTCTGATCGTCTTGGACTGGATCCACAATCCTCCAGGCTCTAAAGGTGCTCATTAAA s fr1.chrUn 105835638 121 - 349519338 CGTCTCTCCCCTCAGGCGGCCGTCTTTTTGGTCGTGGGAGTCGTGTTCATGATCGGCAGCTTGTCCCTCATCGTCCTGGACTGGATCCACAACCCGCCGGGCTCCAGCGGCGGCCACTAAA a score=-686 s danRer3.chr4 1096331 176 + 33808418 AACTGTTCAGTCTTCATCCCAGAGATCATCTCTCCTCCTGGACCCTGAGCA------TCCATCTCTCTCTCCCTCTCACTGCTCTAATGTGTGTTTTCCAGCAAACGGAGCCTCAGATAGTGTTCATGTGGAAGATGGACAGATATTTATATAAAGAGAGCGAGAGAGAGCTGGGCAGCAGG s fr1.chrUn 69298031 175 - 349519338 AAAGAACC---CTCCAGCCGACCGGAAACGCTTCCCACCGAGCACCAACCAAAGATCCCCGCCGTTATCACACTACCCCTGATCTGCTGAAAGCTCGGCTGCACGAAGAGGCGAGGGACGTGCAGA----GAAACTGCAAAAGAATTAAAAAAAAACCAAAAAACGAGGAGGGGGGAGAAGG a score=4824 s danRer3.chr4 1097525 287 + 33808418 TCCAGCCAAAGTGGACGATATTTAAAGATCCTTTAGTGATCTAGTGTCTCATAATGCGAATGAATATTTCAAATGAAATGGTATGATATTTTTGCATGTTTA-AAATCACAAACATGGTCTTTTTGGACATT-GTATATGGTTTGTAAATAGGTTTATTTTTTTG-----GGGTCATTGATGGCCGCTGGAAGGGACTACGCGTTCGCCAGTAGAGTTTTAGT---ATTATATTTTAGATATTGTGCCATCATGCCTTCGTTTTCTTTTGTAAATTTGTAGAAAAGCCATTGTATTT s fr1.chrUn 105836594 272 - 349519338 TCCAGCCAAAGCTGACGTCATC---AGATCCTTTGTGGGTTTA--------TGAAACTAAACGATATTTTGAATGAAATGCTCTATT--TTCTGCATGTTTTTGGACTACAGACATGGTCGTTTTGGACATTTGTATATGTTGTGTATATATCTGTATTTTATGGTACATGTGTCGGAG-TGGCTTCT-CAGGAGCTTTCAGGCTCTTCAGT---GTTTTAGTTGAGCTGTACCTGACGTGTTTTAGC----TGTTTTCCTCTCCTGCTGT---TCAACAGTAGAGCTGTTTTATTT a score=3128 s danRer3.chr4 1134541 262 + 33808418 AAGTGTCCAAGCTGAACCCAAATCCTCATGCGTTGTGCTTTTATATTGCAGAATGAACAAAGCCCC------GGCACAGATGAGTCGCTTTAACATCGCTCCAGACATGGACAGCAGCAGTACAAACAGCAATGAATACACAAACTACCAGGACCATGCCTCAAAAGTCCCTCTCAATGGGTAAAACCTGCTTTATTTTCCT----TCTTAAGTGACCTTTATACAAATCTCAACCTTCATCTAATCCACTGATGTGATTACAGGATTCAGT s fr1.chrUn 31013382 249 - 349519338 AAATGACTGAAGTGAATGAAAA-CCTCCTCTTTTGTG---TTACATT--AGTATGAAACAACCTTCCACCAAAACGGAAATGAGTCGTTTCAACATCTCTCCGGAGGACGACAGCAGCAGCTCCAACAGCCAGGAATACCC---CTACCCGGACTGTCCCAAGAAGGTCCCGCTGTGCAGGTGAGACTGGCTTTGGTGCACAAACACGTGGAAGAAGCTTCGTGGAGACGCTGACTTTGTCCT----------TGTGTCTC----AGCCAAT a score=73 s danRer3.chr4 1134803 173 + 33808418 ATAGTGATGTGGAAGCAGAAAGTCAGAACTTCCTGTCAGATCATCACTTGGGGAAGAAGAAATATGAGGCTGAAT-ATGTAAGTGCTTCATTAGTTTGAGAGGCTGAATCAGATTCTGT--GGTGTCATGTGTGCAAA---TGACACGTAAATCTTGCTTTTATAGAGCCCTGGATCTG s fr1.chrUn 216862352 157 + 349519338 ACAGAACTGAGAATGCGGACGGACAGGAGTTCTTATCAGG----CACAGATGACAAAAAGACAACGCGCTTTACTGATGTAAGTTCAT------------------ATGCAGGTTCTGTATGTTTTTATGCATTCTGAGTGTCTTACGTATCTCTGCCTTCCATTGGTTCCAGTTTGAG a score=6396 s danRer3.chr4 1134976 113 + 33808418 CGTCATTCGGGATGTCAGTGTTTAATTTGGGCAATGCCATCATGGGAAGTGGAATCCTAGGACTGTCTTATGCTATGGCCAACACCGGCATCGCCATGTTTGTGTGAGTACTG s fr1.chrUn 69292756 113 - 349519338 CTTCATTCGGCATGTCTGTCTTCAACCTCAGCAACGCCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGATTGGCCTTTGCAATGTCCAACACGGGCATCATCCTTTTTGTGTGAGTACTG a score=5978 s danRer3.chr4 1138493 437 + 33808418 TGTGTGTGTTTTGTGTAGGATCCTGCTGGTGGCTGTGGCCATTTTCTCGCTGTACTCAGTCCATCTGCTGCTCAAAACGGCCAATGAAGGAGGTGGGCTTCTGTGTGCATGGCTCTTTCTATTTTTAACAGTGATAAGCACATGTTTTAATACTCTGACCCTTCCG----TCCAGGGTCTCTGGTGTACGAACAGCTGGGGTACAAAGCGTTCGGGATTCCTGGCAAGCTGGCAGCGTCCTGCTCTATCACTATGCAGAACTTTGGAGGTA-CGGCCTGCACTCTGCACATGCACTTACATGGTGTTTGCT-TTGCTAGAAGATGCTATAAGATGATAAATTGCTAATTGCTAAGATGCTAAAGTGTTTTTTTGCATCACAGCTATGGCGAGTTACCTCTACATCGTGAAGTATGAGCTGCCCATCGTCATCAGGGCCTTCTT s fr1.chrUn 69293982 415 - 349519338 TGTTTGTGTTTC----AGGATCCTTTTGATCTTCATCGCCGTCCTGTCTGCATATTCTATTCACCTCCTGCTGAGAAGCGCCGGCGTCGTGGGTAAGTCGCTACAT---------TTCTCACATGTAACCG-----ATCACACGTGT--GTAATCAAAGGTCTTCGGGATTCCAGGCATCCGAGCTTACGAGCAGCTCGGGAATCGGGCTTTCGGTCCCCCTGGAAAGATGCTGGCCGCCTGCATCATCACAGTACACAACATTGGAGGTATCGATCCACCTCCTGGTCTTA-GCGATCTTAGCATCTGGTCTCATCTGAAGACGTGACAGGCTGGAAGAGGCCCTATTTCCTTATTAC-------CTCTTTTGCTCTGCAGCCATGTCCAGCTACCTTTTCATCGTCAAGTCGGAGCTGCCGTTGGTTATTCAAGCGTTCCT a score=2526 s danRer3.chr4 1140423 257 + 33808418 TGTGTGTTTTGCAGTGCGTGGTACACTAACGGAGATTACCTGGTATTGATCGTCACTATGAGCATCATCCTGCCTCTCTCGCTGCTCAAAAACCTGGGTGAGTGTTTGAATGTTACCCCAGAAAAAATACAAAATTACATATTGCATGTTGGATGTTAATCCTTTTCTCTTCATCATAAAAATGTCAAACGCatttatttatttattcgtttgtttatttttttattttttttgtttatttatttTATA-Gatatatt s fr1.chrUn 69294486 236 - 349519338 TACATGTCTTGTAGAGAGTGGTTCTTGAATGGAAACTACTTAATCATCATTGTTAGTGCTTCCATCATCCTTCCTCTAGCACTCATGAGACAACTTGGTATGTTTGCTCTTCTTTTTTTTTTTTAACTGT----CCTCATATTTTGTCTTTCATTCTA--CCTTTTCTCTC----------ATGTAAATC---CTCACCTTCATGTTGTTTTTCCTCTTTTATTATCTTTTTTGT---TTTAGTCTATGTGACATATT a score=377 s danRer3.chr4 1141704 9 + 33808418 GTTTTTGTC s fr1.chrUn 69294724 9 - 349519338 GTTTCCCTC a score=4541 s danRer3.chr4 1141713 75 + 33808418 TTCTGCTTCAGGTTATCTGGGCTACACCAGTGGATTCTCCTTGTTGTGCATGGTGTTCTTCCTTATTGTGGTGAG s fr1.chrUn 105855842 75 - 349519338 TTCTTCCACAGGTTACCTTGGTTACACAAGTGGGCTGTCGCTGCTCTGCATGGTGTTCTTCCTGATTGTGGTGAG a score=5316 s danRer3.chr4 1141875 185 + 33808418 AGCTGTTCCTCCTCCTTTTGTTCTGCAGGTGATCTACAAGAAGTTCCAGATCCCCTGTCCGCTGCC------TGAAAACTTCATTAACATCACAG------TGAACGTCTCTCAGCCGCCGCAGACCAACAACAGCACCGATGAAGAGTGCTGCAAACCCAAATACTTCATCTTCAACTCACAGGTACAGCACTGGA s fr1.chrUn 105855967 193 - 349519338 AGCCTTTTCTCCTC----TGTCATCCAGGTGATCATCAAGAAGTTCCAGATCCCGTGTCCTCTGCCTCTGGATGAAGCTTTGAACGACACCTTGAAGGTTCTGAACGCCAACCATTCCCAGCTGAACGCCACGGACTACAGCGAGAGCGCCTGCACGCCAAAATACTTCGTCTTCAACTCCCAGGTGAGGCTCTAAA a score=6344 s danRer3.chr4 1142495 138 + 33808418 GTGACTCTGT-----AGACTGTGTATGCTGTGCCCATCCTGACTTTTGCCTTTGTGTGCCATCCGGCCATTCTGCCCATGTATGAGGAGCTCAAAGAGTGAGTACAGCTTTTTTTACCCGCAGATGATGAATAGATGCTTTTC s fr1.chrUn 105856214 143 - 349519338 GTGCTTCTGTCCCTCAGACCGTCTACGCCGTTCCCATCCTGACCTTCGCCTTCGTGTGCCACCCCTCCATCCTGCCCATGTACGAGGAGCTGAAAGAGTGAGTGGCCGCCGTCGAACCACCGCGTAACAAAAAGAAGCTTTTC a score=291 s danRer3.chr4 1142633 98 + 33808418 ATGTGGTTGAAGACTAAA-TTATTTTAAGTTTGCATCCTTTTT----CAAATGATcatttttaaaatataatagttttaatgaaagttattttcttttggtct s fr1.chrUn 69295246 103 - 349519338 GGAAGGTGAATGAGTACATTTATTCTGGTACTGTGTTCCTTTTTGAGCTAATTAACTTTTCTCCGCTGCCTGAGAGTCAAAGATTGTATTTTTTCTTTAGTAT a score=359 s danRer3.chr4 1143671 6 + 33808418 ACTGTA s fr1.chrUn 69295598 6 - 349519338 ACTGTC a score=7985 s danRer3.chr4 1143677 149 + 33808418 TCTTTCTCTTCTCTCTG--CAGTCGCTCCAGGAGGAAGATGCAGAACGTTGCTAATGTGTCGTTTCTGGGAATGTTTATTATGTATCTGCTGGCTGCGCTGTTTGGATACCTGACCTTCAATGGTGAGCGAAACGCAGACACATGTCCACA s fr1.chrUn 105856364 151 - 349519338 TCTTTGTCGTCCCCTCGAACAGCCGCTCCCGTAAGAAGATGCAGGGCGTGGCCAACGTGTCCTTCCTGGCCATGTTCATCATGTACCTGCTGGCTGCTCTCTTTGGATATCTGACCTTCAACGGTGAGCGACACCAACCCACGGGTGCACA a score=7089 s danRer3.chr4 1145985 138 + 33808418 CTCCACAGAGGCTGTTGAACCCGAGCTCCTGCACACATACTCAAAGGTCTACAATTTCGATGTGGTGCTTCTGATCGTTCGTTTGGCCGTCCTGACCGCCGTTACATTGACTGTGCCTGTGGTTCTCTTCCCGGTGAG s fr1.chrUn 105856853 138 - 349519338 CTCCGCAGCGCACGTGGAGCCCGAGATGCTGCACACCTACTCCAAGGTGTTCAAGGCCGACGTGGTCCTGCTGATCGTCCGCCTGGCCGTGCTGGCCGCCGTCACCCTCACCGTCCCCGTGGTGCTTTTCCCCGTAAG a score=7720 s danRer3.chr4 1146532 186 + 33808418 GTTTGCTGAATGTTGCAGATCCGCACCTCTGTCAACCATCTGCTGGGCGCCAGTAAGGAGTTCAGCTGGCCGCGGCACATCTGCATTACCGTCGCTCTGCTGGTCTGCGTCAATATCCTCGTCATCTTCGTTCCCACCATCAGAGACATCTTCGGCTTCATCGGTGGGTGCAGCTCtctatcacct s fr1.chrUn 105857044 184 - 349519338 GCCTGCTTGTGTCTGTAGATCCGGACCTCCGTAAACCAGCTCCTGTGTGCGTCCAAGGACTTCAGCTGGATCCGGCACTGCGTCATCACCCTGGTCTTGCTGGCCGGAACCAACGCGCTGGTCATCTTTGTCCCCACCATCAGGGACATCTTCGGCTTCATCGGTAAGCGT--CTGCCTGGTACCT a score=13568 s danRer3.chr4 1147494 539 + 33808418 TCTGTCTTCAGGTGCGTCTGCTGCTGCTATGCTGATTTTCATCCTGCCTTCAGCTTTCTACATCAAACTAGTGAAGAAAGAGTCTATGAAATCAGTCCAGAAAATCGGGGTAAGACATTTAAATCCATCTGCATGTATTTAAAGGATTCTGAAGTGGTTTGATAGAGTCTCTCATCACTCTTCTCCTCCTCATCAGGCCACATTGTTTCTCATTATGGGCTTCCTGGTGATGACCGGCAGCATGGCCTTAATCATCATGGACTGGATCCACAATGCGTTATC---TTCAGAAGAACACACTGGTGGCCATTAGTGGGCGTGTCCTGACTGTGATTGACAGGCAGGTGGGCGGAGCCAAGCCGCTTGCGCTGCTACTGAGATCTAGAAGAAGCTGCTCTATTATCAGCGCAGAGCAAAGACA-------------AACATCCCATTCTGAGAGAATGT-TCTGAACTCTGTACAGTATCCCGT--TAGGCCACACAGATGGTGATCCACGCGTATTTGTTTTGTTGTTGATTTGCTTTTCTTTTTTACGTTGTTCGTCT s fr1.chrUn 105857309 515 - 349519338 TCCCCCCGCAGGCGCCTCTGCTGCTGCCATGCTCATCTTCATCCTGCCCTCGGCTTTCTACATCAAACTGGTCAAGAAGGAATCCATGAAGTCTGTGCAAAAGATCGGGGTAAGACGTCT---TCCATCGG--------TCAGGGGTTGCTAGGCAA-CAGACAG-GTCACTCATA---CTCCCCCCTCCCCCCAGGCTACCGCCTTTCTGCTCTGTGGTGTCCTGGTCATGGGCGGCAGCATGACCCTCATCATCCTGGACTGGATCCACAACGCCTCGGCCGGCCCGGACGCGCACGCCGACGGCCACTA---GACGCCTCC--------------------GGGGGCGTCGCTGAACGGCCGCCATAGCGAC--AGATTCCACAGCGGCGAAACT-CCCTCGACGCTCAGCCTGGACATCCTGAGCGACCTACCATGCCATTCCGAGAGAATGTATCCGAACTGTGTACAGTTTGCTGTTATAGGCCACAAAGATGGCGCT-CGCTTTCATTTCCTCTCGTTACGTTTTATCTTTGCGTTTTCAGTTTTCCAGCT a score=5316 s danRer3.chr4 1150420 272 + 33808418 acacacacacacCTCACTGTGTGCTTCCAACAGCTCAACCTCACGTGTCAGCAACCTGTTACTCTCCAGCCGTTATTTATGGAAGAACA-----TCAGTGTAATTTAATCTATTTTACtatatttata--------tatgaatatatat-tgtatatatgtgtataGACCACAGAATGGTGAAGTGTATATATGCTGTTGTTTTGGGCTTTTTATTCCTTCTCAATTTTG--------------------CTCAACATGTTTAAAATATGACTTTACATGTCCCTCAGTGT----GTGCTTCTGGGTTTC s fr1.chrUn 105858418 298 - 349519338 ACACGTGAAACTGTCACCTGATGCTTCCGACAGC---AGCTCA------ACCACCATCTTGTTGTCCAACACCTATTTATGAACGACCACCAAATCAATGTAATTTAATCTATTTTACTATATTTATAAAATACTGtatgtacatatatatgtatatatatatata-ACTATTGA--GCTCAACTGTATATACGCTTTAATTTTTTTCTTTTTTTTTTTACATTAATTGGAGCTGTAAAACAAACCAAAACCCAAGTTGTTGAATTTGTGGTGTCACCGTAGCTTCAGTATCCTGGAGCTGTGAGGCTTC a score=1131 s danRer3.chr4 1150743 151 + 33808418 TTTACATTACTACTAAAATGCTGTACTCAAACCT--------------------------GCGAGGGGTCGAAGCTCCTCATGTACAAGAGGCCATTCCTGCG------------------AATGATACGCTCTTGTTTCAATGAAACACTATGTAT-----ATCATGTAATTAATGTCTATTAAAGGTTCAAGATAACC s fr1.chrUn 105858754 198 - 349519338 TGTAAACTGTTGTTCATGTGGGAGACCCTGACCCGGCGTACGCGGCCCCGGGCGCCATCAGCGAAATGTCGACGCACATCGTGGTTGGAGAGTCTGTCAGCCGTCTCTTGACCTCAGGAGCAGTGTTACA--CTTGTTTCAATGAAACACTATGTACTGTAGATCCTGCAAATTTTGTCCAATTAAATTTAATAATAGTC a score=3083 s danRer3.chr4 1156417 255 + 33808418 TTTTCAGGTGGTCAGAACTCGGAGGACACTTTGGAGGATGAAGAGTCTCAGCGCTGCCCGATCTGTCTGAACCGCC--CCAGACGGAGCGATCGAGCCGTTCCCGACTGCTGCAGACATGTCTACTGCTCTGCTTGCATCCTTCGCTGGGCACAGGTCAGATTAATCGCTGTATAACCtaagcatgggatgataatcggtttcaaggtttaccacggtttggaaaagccatggtttaaatggttatggtaaaatgtt s fr1.chrUn 243653433 235 + 349519338 TGTGCAGGTGGTCCGGGTCCGTCCGATGCCACCGATGGCGAGGAGGCGGAGCGGTGTCCCATATGTCTGGGCGTCCTGCCTGCCGG--CGAACTCGCCTCGCCGGACAGCTGCTGTCACGTCTTCTGCCTCGGGTGCCTCCTGAGGTGGGCCGAGGT-------ACGGCGGCAT--------CTTGTGATGATCCTCAGCAGCAGG----AGAACGTTGAGGAGCAGCTTTGATGT-TGTGGGTCTGCTTGAACGTT a score=1987 s danRer3.chr4 1157950 41 + 33808418 CAGATGGTTCAGTCCTGTCCGGTGGACCGCAGACCCTTCAG s fr1.chrUn 243653669 41 + 349519338 CAGATGTCGGCTTCCTGTCCCGTGGACAGAAGACCTTTCAG a score=2860 s danRer3.chr4 1163822 544 + 33808418 TCTCCTTTCTTAGTTCCTCATGGCATGGTTTGTGCCGTCACCTGCCCCAAAGGTGAGGAAAGAAAAGGCACAAGGGGTTCTGGATCAAAGAGCTCTGTGAAGCCGGCAGAAGCTCCTGCAACCCGGCGGTCCTCCAGACGCAGCCGAGGAGAAGCGGAGGATTCC---TCT---TCTGCACACTCACAACAGAACGATACTGACAACACCTCACAAACGCTAAATGATACTGCGTCTACAAGCAGAGGCCAGCAAGGG---AATAATCCGAGATCTGGAGTGAAGACAAGAGGACGGCCAAA----------GAAGCTGAAA------GTGGAGAAA------------CGCGAGGATGAGGAGCAAGAACCTGAAGCAGAAAATCACAAGGAAGATGGAGCAGCTGAAT-CCGAAGAATCAAAAACTGACCAGAAAGCAAACTCGGATCAGAT--TGATGG-----------------TGGGCAAGACCCAGTGGACACAAAGGAAAAGATGGAGGAGGAGAATGAGACAAGTCCTTCTGAGAACAAAC--CTGATGATGCTGATAACCAGGATGAGGAAACTGCAGAAGAAGAAGAAGTGG s fr1.chrUn 243654808 572 + 349519338 TCTCCCTCC--AGCTTGTCAAGGCGTTGGCTGCGCCATCACGTGTCCCAAAGGAGGCGAGAAGAGAAGCAGCCGAGCCTCCAGCTCCGGCGCCGCTGCCCAGGAGCTGGAGGCGGTCCAGGCCCGGCGGTCCACCCGCCACAGCAGGACACAGGAAGTGGTCTCCGGGTCCGGGTCCGAGCCCTCGCCACAG---------------ACCTCGGTCTCATCAGACTCCGACTCGTCTACAGGCAGGG--CAGGAAGAGCTCCGCCAGCCAAGA--GGAAGAGCAGACAGGTGACCAACCGGAAGGCCGTCGGGAAACGGAAACGCACCGGAAGGAAAGGTTCTTCTCCGAGTgaggaggaggaggaggaggatgaaggtgaggggagggacgaaga-ggaggagaagAGTGATGAGGATTTGAACACT--TCAGAA---CAGGTCGGTTCTGATGCTGATGGAAGCATCACTGAAGATCAGGACCAGCCCGACTCTGCTGACAGGACAGGACGGGTGGAGACGTTGGGGGA----CGTTGGGGGACAAGATGCTGAAGAGTCTCAGGGACAATCAAGTGAAGTTCCGGAGGAAGCAGGAGAGG a score=-4947 s danRer3.chr4 1164366 746 + 33808418 TCACTAAGAATGTGGTTGAAGAAGACGACAATAGCAGGCAAGAAGTGATGACTGATGATGAAGATCAGGTGGAGCTGATGAATGCTTCACCAGAACTGAACCAAGACTGCTCGTCTCCTTCCAGATCTTTA----------GAACCACAGGAGTCTCCGTCTGATTCCCAGGATGCTGTTTTATCTTTTAAAGAGCAACTGACAGCTGAATCACCTACAGATGCTTCAGATCAGGATTTGGATCTGAAACCAGAGCTTGACAGCACA----GAAGACAATCCTGAAAAGCAGGATTCCAGTAGCTTTCCAGATCTCCAAGACATTGCAGATCCGAAACCAGAGCCTGACACCACAGAGGAGGCTTACACACAAGACTCCAGTAACCTTCCAGCTCTACAAGAGATTGTGGATTTGATACCAGAGCCTGACACCACAGAGGAGGTGGACCAGAGCCCTGTACCAATGGTTCCTGAAGAGATTTCTACTCTCGAAACTAGACC-------ATTAGTTCCTGAAGAGATTTCT-------GCACCTGAAACTAGTCCGTCAGT----------TCCTGGAGAGATTTCTGCTCCTGAAACTAGTCCGTCAGTTGCTGAAGAGATTTTTGCTCCTGAAACTAGTCACCCTGTTCCTGGAGATAGTTCTGCTCCCGAAACTAGTCCGCCTGTTCCTGGAGATAGTTCTGCTTCTGAAACTAAACTTTCAGTACCTGCAGATAGTTCTGTTCCTGAAACTAGACCGTCAGTTCCTGGAGAAAGTTCTGCT s fr1.chrUn 199270918 671 + 349519338 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CTGCTGAGGTGGAGATGGTTCCCGCTGCGA-TTGTGCCTCAGATGGCCAA----TCAAGATCCTGCTGAGAAGATAGAGAGCTCTAAAGAATCGAA---AACCTCGGATAAGAAGGAGGGACGATCCCGCAGGTCCCGCTTCCACTCATCTTCAACCACTTGGTCTCCGAACCGGGAGTCTAGGAATGAACGCAGATCAAGGTCTCGATCCCGGGACCGAAGCCACAAAACTCGCTCCACAT------------CTCGAAACCGTGACCACCAAGAGGAAGAACGGGACAGTCGGAGAAACCGTAGTCGTAGCCGAAGCAGAGAGCGTAGCCGCAGACGG------AGGAGTCGCTCTAGGTCCAGGAACAGGAGCAGACCTGGACGCCGCAGCCCGTCCCAGGAGCGTGCAGACCACGGAGGACACTCTCCCCGAAAACGAGACTCCTGGGGTGGAGGAGGAGAAGGATGGAGAGGCAGAGGTGGTGGACGAGGATTTCGCAATTCCAACTGGAGGAATAACACTGAAAAACCTGCACATTTCTCAACTAGAGACCCTGTTTCTTCCGATAATGGAAACTTCCATGAATCCTCACCTGATCGAGGGAGGAACGAGAACCCTGATTGGGTGAGAGAAAGGGAGAGGGAGAGGAGTTGGATGGATGCTGATAACCGTGGGCGAGAGCCGGCGAGAAGAGAGGAGAATTTGGGAGATGGAGACACCTGGTCTCGGGGCGGCTGGAGTGCTGGACGTGGCAGAGGAGGCACACACTGGGCGTCCAGCCAGCAGGGGGAGCCAGGAGATAACTGGAGGCAGCGCAATTCTTTCTCAGGGACCACTAATAATGCAGATTCATACAATCGCTTTAATGATAGCAGAGCTGGAGGGAAGAGGAAAGAGTCTGAAGGTGCAGAGGCTCCACTGGATCGCTCCGGGTGGTCGTCGGCGTCGAGTTGGGCAGTGCGGCGAACTCTTCCCGCTGATGTGCAGAACTACTACTCGCGCAGAGATCGAGGTGGTGGCGGCGGTGGAAACAACATCTGGAACAAACAAGAGGAGGATCAGAGCGCACCGAC s fr1.chrUn 243655758 991 + 349519338 CGGCTGCTGCAGAACCAGCTCCTTCAGAACCTTCTGCCTCTGAACGCCAAGTCACCAAG-----GAGGAGGAGCCCAAGGACCAGCTGGAGGCGGACCGGAGCGAGGACAGAAGGAACGGCAGACAGCGGCGCTCGCGCTTCCATTCGCCCTCCTCCACCTGGTCCCCCAAGAGGGAATCCAAACGAGATTCCTGCAGGCGCTCGCGCTCCAGAGAACGTGGCGCCAGCCCCCCCTCCAGACGCTCCTCCCGCCCTCGGAGCAGAGACCG---GGACAAGGACCGAGACGGCGAGAGGGAATATTCCAGGAGGGAAAACAGCCGCGAGAGGAGGAGACGGCGCTCAAGGAGCCGCTCCAGGTCCAGGTCGCGCTCCAGGTCCAG--GTCACGGTCCAGAACACGCTCGTACAGGC-----GGGCGGCGAGCCCAGAAA----GGCCCCCGTCCAGGGAGCGCAGGGGGGGGTGGAGGTCTGGGCAG-GGAGACGGCTCGAGCGGCGAGGGACGAAGGAACCAC---GGAGGCGCTGGACGCT------CTGAAAATGGCGTTCCTTC-------GGAAAGTTCGCCGGACCGCCAC--------AGCTGGACGGAGAACCCCGACTGGGTCAC------------GGAGAAGATCCGCAGCGACGCCGACAACCGAAGCCGCGACCTCGGCAGCAGCCCG---CGCTGGGAAGAccgccgcagccgggccgggcgcggccgggggTCAGGGAGGGGCGGCGGCCGTAGCTTCTA------CAGCCAGCAGGAGGAGGCCGAGGACGGCCGCTGGCAGCACAGGAACAACAGCTCGGCCACGGGCAACG---ACGCCTACAGCCGCTTCAACGAGCACCGGG---GGGGGCGCAGGAAGGA---CGAGGGCGGAGAGGCCGTGGTCGACCGCTCAGGCTGGTCCTCGGCCTCCAGCTGGGCTGTGAGGAAGACGCTGCCGGCAGACGTGCAGGATTATTACTCCAAGAGGGAGCGAGGAGGTCCTGGCG------------TCTGGAACAGACAGGAGGAGGAGCCGGCGGCGGCGGC 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s fr1.chrUn 29805730 1222 - 349519338 AAATGTTCAGTGTTTTATTTAAAAACTATAAACAGTCACCAAAGTAAA-TAAAGCCAACCTCTAACAGACTGTTCGGTTTAGGTATAGTCACACATCCTACCGACACTGCAGAAATGAGGATGTTGGGTCG-------------CCCCGGTCAGATGCTAATACGACAGGCAGT--CAAATGTTACACAACACACGG-----AGGACAGTCCCAGG-ACGTGAGCCGGAATGTGGCATGGTATTAAGAATG--------------------AAAAAAT--AGTACAATAAAACTCCACACTAT----------ATTAAGATAGAAAAAAGTAGT----GAAGAAAATATCATACCTGCACGTAAAGCAAAGAACACAGGAGAAAACCTGTATAAAAACTCCATGTATTTAAACCAATTTACAAATACAAAAAAACTCT-----GGTACGCGCGCGGTGCCCGTACATGACAAACGCATACAGTGGATATATGTTACTGGTGTGTGCGCTGTGGGGAAGGTGTGTGGGGGGGGGAGAATACCTTCAATATTTTT--------------------------TTTCTTCTACAAAATGACACAATTTATATTATTCCATACTCTTTCAGCCAGCAAAATGAGTTCTACAAGGTATTATTATACAAAAAAATG------------------TCACAGTTCCACAAAAAACTGT-TTTTCCCCCGTCCCTAAG-----CTTTACAGCATCAGTACCTTTGCAGAATTATTTACAGGTTTTTAAGTACATTCATCCACTGCTGAGTATAGAATCACATTAGATACAAGTGA--CAGGGAT------------------CATAAAAAAAACAAAAACATACTATTTTATTCAATCCTACC--------AAAGTAATGCTTCTATTACTCCACAGAGCAAGTTCTCCAGTGGCTGCATCGGCATGAAAGAGA----------------TCTTCTTTATATA---------------------TATATATATTCACAACATATTTACAGGATTCTTT---TCATTAACT-GTAATGGTA-TCATTTCAATAATAAATAAGTGAAAATAT-ATTGACTCAAGTAAG--AAAACCAAGCTACCA--AAATTCTAAAGA---AAACAAACTAATTTCTCTGCGTCAGTCGCCGGCCGAGTTCTCCCCCGCGGCGTCCGTCTACTAGCCCCGCC--------CCTTTCCAGCTCACCCAGGTGCGTCGGTGGGCCGCCGCCCGCGTCCGTCGGTGGGACCGAGAGGAACAACAGCCAGTCGTGAATGAAATGTGCTCGT----GGCGGGGGTTCGTGGGTTGAGGCCCCCGGGGAAGCGGAGAGCTCCCCCTGGTGGCGGCTGGTGGAAGACCCCGTGGCAGTTTCTGTTTGTGAGGG 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ACCTATGCTGCGGTCCACACAGGCGATCTTGCTGCAGGGAACCTCCCCGAGCTGGGCCAGGAGGTACAACACCTCCAGACAAGCCATCAGGAGCATGAGGTCGGGCAGGGTGAGGAGCATGGTCACCTCCCTGTAGGAGTCCTGGTCCACATACTCACAGATCAGCACAGCATTGTCATCCACTTTGCTCAGATTCCCCAGGATCTCCATTGCTGCAGGACGCA a score=7361 s danRer3.chr4 1195708 148 + 33808418 AGTTCTGACTG-CACAAATGTTTGCTTTAAAACACTCACCCCTCATTTTGAGAAAACGATCCCGTGACAATAAGCATTTGGTGATGGTGTGAAACATCAGATGCGTTGTTCGGAAATCAACCGGATCCAGCTGAAGCTGAAACAAACAA s fr1.chrUn 243638262 148 + 349519338 AGCTCGGACGGACTCACACGCACGCTC-AGAAAACTCACCTCTCATTTTGAGAAATCTGTCCCTGGACATCAAACATTTGGTGATTGTGTGAAAAATCAGATGAGTTGTCCGAAAGTCGACCGGATCCAGCTGGAGCTGTGAAAGAGAA a score=12401 s danRer3.chr4 1200013 269 + 33808418 CTGACCTCTCCGGCGAAGTTTCCGAGTGTGTCGAGGCCGAGCTGCCGCAGCTGGATGAAGGTGCAGTGAGCGCACAGTAAGAGGAAGCGCAGACATGTGCGATTAGCTGCCAGCAGTTTAATGTTTGCCTCCTCGAAGGACAAATTCCTCAGGATCATCGCAACCTGCAGCACCCGCTGGCCCTCCACGTCCCCAATGCCGGTGTTACGGGCCGGGTGGAAGAGAGGAGTGCAGATGTCCCTCAGCTCCAAT-CCATCTGAAAGAAAAAA s fr1.chrUn 243638772 269 + 349519338 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AAGTGTCCAAGCTGAACCCAAATCCTCATGCGTTGTGCTTTTATATTGCAGAATGAACAAAGCCCC------GGCACAGATGAGTCGCTTTAACATCGCTCCAGACATGGACAGCAGCAGTACAAACAGCAATGAATACACAAACTACCAGGACCATGCCTCAAAAGTCCCTCTCAATGGGTAAAACCTGCTTTATTTTCCT----TCTTAAGTGACCTTTATACAAATCTCAACCTTCATCTAATCCACTGATGTGATTACAGGA s fr1.chrUn 31013382 243 - 349519338 AAATGACTGAAGTGAATGAAAA-CCTCCTCTTTTGTG---TTACATT--AGTATGAAACAACCTTCCACCAAAACGGAAATGAGTCGTTTCAACATCTCTCCGGAGGACGACAGCAGCAGCTCCAACAGCCAGGAATACCC---CTACCCGGACTGTCCCAAGAAGGTCCCGCTGTGCAGGTGAGACTGGCTTTGGTGCACAAACACGTGGAAGAAGCTTCGTGGAGACGCTGACTTTGTCCT----------TGTGTCTC----A a score=3038 s danRer3.chr4 1223520 88 + 33808418 TTCAGTATAGTGATGTGGAAGCAGAAAGTCAGAACTTCCTGTCAGATCATCACTTGGGGAAGAAGAAATATGAGGCT---------GAATATGTAAG s fr1.chrUn 105830098 97 - 349519338 TCCTGGACGACAACGAGGACGCAGAAAGCCAGAAGTTCCTGTCCAATGGGATGATGAAGAAGAAGAAGTATGAGGAGTATCACGAGGAATATGTAAG a score=6612 s danRer3.chr4 1223668 139 + 33808418 TAAATCTTGCTTT---------TATAGAGCCCTGGATCTGCGTCATTCGGGATGTCAGTGTTTAATTTGGGCAATGCCATCATGGGAAGTGGAATCCTAGGACTGTCTTATGCTATGGCCAACACCGGCATCGCCATGTTTGTGTGAG s fr1.chrUn 105830273 148 - 349519338 TGAGCCTTGTCTCCTTGCGTCCTGCAGCATCCTGGACACACGTCGTTCGGCATGTCTGTGTTCAACCTGAGCAACGCCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGCCTGTCCTTCGCCATGGCCAACACCGGCATCGTGCTCTTCACGTAAG a score=6732 s danRer3.chr4 1227216 267 + 33808418 TGTGTGTGTTTTGTGTAGGATCCTGCTGGTGGCTGTGGCCATTTTCTCGCTGTACTCAGTCCATCTGCTGCTCAAAACGGCCAATGAAGGAGGTGGGCTTCTGTGTGCATGGCTCTTTCTA------TTTTTAACAGTGATAAGCACATGT-TTTAATACTCTG--ACCCTTCCGTC----CAGGGTCTCTGGTGTACGAACAGCTGGGGTACAAAGCGTTCGGGATTCCTGGCAAGCTGGCAGCGTCCTGCTCTATCACTATGCAGAACTTTGGAGGTA s fr1.chrUn 105830744 279 - 349519338 TGCCTGTGTCT-GTGCAGCTTCCTGCTCATCGCTGTGGCCATCCTGTCCCTCTACTCTGTTCACCTGCTCCTGATGACGGCCAAGGAAGGAGGTGAGTGGTGGGACCCCTTCCTGACTCCAACCGGCCCCCCAGCAGATCCAGCAGCTTGTCCTTGCTGACCTGTCTCCCCTCTGTCCTAACAGGGTCCCTCATCTATGAAAAACTGGGGGAGAGAGCCTTCGGCTGGCCCGGGAAGATGGCCGCCTTCGGGTCCATAATCATGCAGAACATCGGCGGTA a score=-1954 s danRer3.chr4 1227483 84 + 33808418 CGGCC----------------------------------------------TGCACTCTGC-----ACATGCACT-------------TACATGGTG-----TTTGCTTTGCTAGAAG--------ATGCTATAAGATGATAAATTGCTAATTGCT--------------AAGAT s fr1.chrUn 191418508 175 + 349519338 AGGTCCCAGCATGACTCAGTCAATAAGATCTCTGCTATCATTTCTTCTGTTTGCAAACTGCAAGAAACAGTCATTTAGCCCGATTAAATAGATGGTGGGCTTTTTGTTCTGTTGAGAGAACAACTTAGGGGATAAGTTGGCAAACAGCTGCTTTCCCCTCTGTTTTCACAAAAGC a score=3150 s danRer3.chr4 1227567 101 + 33808418 GCTAAAGTGTTTTTTTGCATCACAGCTATGGCGAGTTACCTCTACATCGTGAAGTATGAGCTGCCCATCGTCATCAGGGCCTTCTTAGACTCCAATGACAA s fr1.chrUn 105831079 101 - 349519338 GCCCGTGTCTGTCCTGTCCTCTCAGCCATGTCCAGCTACCTGTTCATCGTCAAGTATGAGCTTCCTGAAGTGATCCGGACCTTCCTGGCTTTGGAGGAAAA a score=4831 s danRer3.chr4 1229152 116 + 33808418 TTTTGCAGTGCGTGGTACACTAACGGAGATTACCTGGTATTGATCGTCACTATGAGCATCATCCTGCCTCTCTCGCTGCTCAAAAACCTGGGTGAGTGTTTGAATGTTACCCCAGA s fr1.chrUn 105831284 116 - 349519338 TCCTGCAGTGAATGGTACCTGAACGGAAACTACCTGGTGATATTTGTGTCCATCGGGGTCATCCTGCCTCTGTCCCTCCTCAAAAATCTGGGTAAGAGTTCCGATTACGGCTCGGA a score=5019 s danRer3.chr4 1230425 351 + 33808418 TGGTTTTTGTCTTCTGCTTCAGGTTATCTGGGCTACACCAGTGGATTCTCCTTGTTGTGCATGGTGTTCTTCCTTATTGTGGTGAGTGTTGAGATACTCCCCGAATAATGCGGTGGTTTACCATAGTAAAAGATGTGCAAATGAAAGCGAGAGCTGCTGTTGTGAGTCTAATGAGC--TGTTCCTCCTCCTTTTGTTCTGCAGGTGATCTACAAGAAGTTCCAGATCCCCTGTCCGCTGCCTGAAAACTTCATTAACATCACAGTGAACGTCTCTCAGCCGCCGCAGACCA---------------ACAACAGCACCGAT------------------------------------------------------------------------------------------GAAGAGTGCTGCAAACCCAAATACTTCATCTTCAACTCACAGGTACAG s fr1.chrUn 105831685 424 - 349519338 TAATCCTCCTTTTCTGCCTCAGGCTACCTGGGCTACACCAGCGGCTTCTCCCTCTCCTGCATGGTCTTTTTTCTGGGGGTGGTAAG-----------TTCCCGA-----------GTTGCTCATAGTTTGAGGAGAACAGGTG-------GATCAGCAG--GTGGATCCAGGGATCAGCGGTGATCCGTCTCCTCCCTTCCAGGTGATCTATAAGAAGATGCACCTGCCGTGTCCGCTTCCCTTCTTCTTCCATAACGCCAACGTCAGCG---CTAACGCGTCGGAGATGATGGGCTTGTACCAGCACAACAGCTCCGCTCTCGCCGGTTTCTCCCGCGCCGACATGTCCCCGGCGCTCCTCTCCAGCCCCGGCGCCCAGCAGCCCGCCGCCGTGCCCCACGCCGACCTGGAGGAAATGTGCACGCCCAAGTACTTCGTCTTTAATTCTCAGGTACGG a score=-389 s danRer3.chr4 1231124 85 + 33808418 tttaagatgctgatgactgttaaacacgtcttgtggaagggtccatACTGTGTTTCCATGCTTG--TGTTTGACTGAGACTAAT----------GTG s fr1.chrUn 191421144 97 + 349519338 TAGACGACAGAGGTGAAGATCCAGTCCGCCTCCTGGACTGGATCCCAGACTGGTTTCACACCTGAATGCCAGACGCGGTGTAACCTCCAGCTAGGTG a score=5494 s danRer3.chr4 1231209 156 + 33808418 CTGATCTGTGTG---ACTCTGTAGACTGTGTATGCTGTGCCCATCCTGACTTTTGCCTTTGTGTGCCATCCGGCCATTCTGCCCATGTATGAGGAGCTCAAAGAGTGAGTACA------------------GCTTTTTTTAC----CCGCAGATGATGAATAGATGCTTTTCATGTGGTTG s fr1.chrUn 105832190 180 - 349519338 CCGACCTGTGTGTGTGTCCTGCAGACGGCGTACACCATCCCCATCCTGGCCTTCGCCTTCGTGTGCCACCCGGAGGTGCTGCCCATCTACAGCGAGCTCAAAGAGTACGTACAAAGATACACTCCCACGGTGCTTTCCTTCCGTTGCCGTGGA-GATGCAGACGGGCTTTTGGTGCTGGTG a score=444 s danRer3.chr4 1231365 89 + 33808418 AAGACTAAA-TTATTTTAAGTTTGCATCCTTTTT----CAAATGATcatttttaaaatataatagttttaatgaaagttattttcttttggtct s fr1.chrUn 69295255 94 - 349519338 ATGAGTACATTTATTCTGGTACTGTGTTCCTTTTTGAGCTAATTAACTTTTCTCCGCTGCCTGAGAGTCAAAGATTGTATTTTTTCTTTAGTAT a score=359 s danRer3.chr4 1232442 6 + 33808418 ACTGTA s fr1.chrUn 69295598 6 - 349519338 ACTGTC a score=4278 s danRer3.chr4 1232452 156 + 33808418 TCTCTTCTCTCTGCAGTCGCTCCAGGAGGAAGATGCAGAACGTTGCTAATGTGTCGTTTCTGGGAATGTTTATTATGTATCTGCTGGCTGCGCTGTTTGGATACCTGACCTTCAATGGTGAGCGAAACGCAGACACATGTCCACATCAGAGCGCGT s fr1.chrUn 105832569 156 - 349519338 TTTTGTGTGTCCACAGCCGCAGCAGGAGACGCATGCAGAACGTGTCCAACCTGTCCATCCTCACCATGCTGCTGATGTACATGATGTCGGCTCTCTTCGGCTACCTCACCTTCTACGGTGAGTGACGGCGAGACATCGGGGGACATCGGGGGACGT a score=6709 s danRer3.chr4 1234729 164 + 33808418 AACTGATGTGTTTATT-GCTTATTCTTCTCCACAGAGGCTGTTGAACCCGAGCTCCTGCACACATACTCAAAGGTCTACAATTTCGATGTGGTGCTTCTGATCGTTCGTTTGGCCGTCCTGACCGCCGTTACATTGACTGTGCCTGTGGTTCTCTTCCCGGTGAG s fr1.chrUn 105832775 165 - 349519338 AGCTGACGTGTCCACTCACCGTTTCTCCTCCACAGACAACGTGGAGGCCGAGCTGCTCCACACCTTCACCAAGGTTTACAAGTTCGACACCATGTTGCTGCTGGTGCGCCTGGCGGTGCTGACGGCCGTCACGCTCACCGTGCCCATCGTGCTGTTCCCGGTGAG a score=7716 s danRer3.chr4 1235299 172 + 33808418 GATGTTTGCTG-------AATGTTGCAGATCCGCACCTCTGTCAACCATCTGCTGGGCGCCAGTAAGGAGTTCAGCTGGCCGCGGCACATCTGCATTACCGTCGCTCTGCTGGTCTGCGTCAATATCCTCGTCATCTTCGTTCCCACCATCAGAGACATCTTCGGCTTCATCGGTGGGT s fr1.chrUn 105834710 179 - 349519338 GACGTTTGCTGTCGCTCTGCCACCCCAGATCCGCTCCTCCATCACCACCCTGCTGTTCAGTGGACGGGACTTCAGCTGGACCCGTCACATGCTGATCGCCGCCGCCATCCTGGCCTTCAACAACATGCTGGTCATCTTCGTCCCCACCATCAGGGACATCTTCGGCTTCATCGGTGAGT a score=7163 s danRer3.chr4 1236281 307 + 33808418 CAGGTGCGTCTGCTGCTGCTATGCTGATTTTCATCCTGCCTTCAGCTTTCTACATCAAACTAGTGAAGAAAGAGTCTATGAAATCAGTCCAGAAAATCGGGGTAAGACATTTAAATCCATCTGCATGTATTTAAAGGATTCTGAAGTGGTTTGATAGAGTCT--CTCATCACTCTTCTCCTCCTCATCAGGCCACATTGTTTCTCATTATGGGCTTCCTGGTGATGACCGGCAGCATGGCCTTAATCATCATGGACTGGATCCACAATGCGTTATCTTCAGAAGAACACACTGGTGGCCATTAGTGGGC s fr1.chrUn 105835481 282 - 349519338 CAGGCTCGTCCGCTGCCACCATGCTGATCTTCATCCTACCTGCTGCCTTCTACCTGCGCCTGGTCAAGTCGGTGCCGCTGCGCTCCCCACAGAAGATCGGGGTGAG-------------TCTGCAGA-----AGAGCCCCCTCAAGTAGCCCGTTAGCCTCGAAATGATCCCTGGCGTCTCTCCCCTCAGGCGGCCGTCTTTTTGGTCGTGGGAGTCGTGTTCATGATCGGCAGCTTGTCCCTCATCGTCCTGGACTGGATCCACAACCCGCCGGGCTC---------CAGCGGCGGCCACTAAAGCGC a score=2154 s danRer3.chr4 1236588 224 + 33808418 GTGTCCTGACTGTGATTGACAGGCAGGTGGGCGGAGCCAAGCCGCTTGCGCTGCTACTGAGATCTAGAAGAAGCTGCTCTATTATCAGCGCAGAGCAAAGACA-------------AACATCCCATTCTGAGAGAATGT-TCTGAACTCTGTACAGTATCCCGT--TAGGCCACACAGATGGTGATCCACGCGTATTTGTTTTGTTGTTGATTTGCTTTTCTTTTTTACGTTGTTCGTCT s fr1.chrUn 105857608 216 - 349519338 GCCTCC--------------------GGGGGCGTCGCTGAACGGCCGCCATAGCGAC--AGATTCCACAGCGGCGAAACT-CCCTCGACGCTCAGCCTGGACATCCTGAGCGACCTACCATGCCATTCCGAGAGAATGTATCCGAACTGTGTACAGTTTGCTGTTATAGGCCACAAAGATGGCGCT-CGCTTTCATTTCCTCTCGTTACGTTTTATCTTTGCGTTTTCAGTTTTCCAGCT a score=5316 s danRer3.chr4 1239209 272 + 33808418 acacacacacacCTCACTGTGTGCTTCCAACAGCTCAACCTCACGTGTCAGCAACCTGTTACTCTCCAGCCGTTATTTATGGAAGAACA-----TCAGTGTAATTTAATCTATTTTACtatatttata--------tatgaatatatat-tgtatatatgtgtataGACCACAGAATGGTGAAGTGTATATATGCTGTTGTTTTGGGCTTTTTATTCCTTCTCAATTTTG--------------------CTCAACATGTTTAAAATATGACTTTACATGTCCCTCAGTGT----GTGCTTCTGGGTTTC s fr1.chrUn 105858418 298 - 349519338 ACACGTGAAACTGTCACCTGATGCTTCCGACAGC---AGCTCA------ACCACCATCTTGTTGTCCAACACCTATTTATGAACGACCACCAAATCAATGTAATTTAATCTATTTTACTATATTTATAAAATACTGtatgtacatatatatgtatatatatatata-ACTATTGA--GCTCAACTGTATATACGCTTTAATTTTTTTCTTTTTTTTTTTACATTAATTGGAGCTGTAAAACAAACCAAAACCCAAGTTGTTGAATTTGTGGTGTCACCGTAGCTTCAGTATCCTGGAGCTGTGAGGCTTC a score=1131 s danRer3.chr4 1239532 151 + 33808418 TTTACATTACTACTAAAATGCTGTACTCAAACCT--------------------------GCGAGGGGTCGAAGCTCCTCATGTACAAGAGGCCATTCCTGCG------------------AATGATACGCTCTTGTTTCAATGAAACACTATGTAT-----ATCATGTAATTAATGTCTATTAAAGGTTCAAGATAACC s fr1.chrUn 105858754 198 - 349519338 TGTAAACTGTTGTTCATGTGGGAGACCCTGACCCGGCGTACGCGGCCCCGGGCGCCATCAGCGAAATGTCGACGCACATCGTGGTTGGAGAGTCTGTCAGCCGTCTCTTGACCTCAGGAGCAGTGTTACA--CTTGTTTCAATGAAACACTATGTACTGTAGATCCTGCAAATTTTGTCCAATTAAATTTAATAATAGTC a score=3083 s danRer3.chr4 1245206 255 + 33808418 TTTTCAGGTGGTCAGAACTCGGAGGACACTTTGGAGGATGAAGAGTCTCAGCGCTGCCCGATCTGTCTGAACCGCC--CCAGACGGAGCGATCGAGCCGTTCCCGACTGCTGCAGACATGTCTACTGCTCTGCTTGCATCCTTCGCTGGGCACAGGTCAGATTAATCGCTGTATAACCtaagcatgggatgataatcggtttcaaggtttaccacggtttggaaaagccatggtttaaatggttatggtaaaatgtt s fr1.chrUn 243653433 235 + 349519338 TGTGCAGGTGGTCCGGGTCCGTCCGATGCCACCGATGGCGAGGAGGCGGAGCGGTGTCCCATATGTCTGGGCGTCCTGCCTGCCGG--CGAACTCGCCTCGCCGGACAGCTGCTGTCACGTCTTCTGCCTCGGGTGCCTCCTGAGGTGGGCCGAGGT-------ACGGCGGCAT--------CTTGTGATGATCCTCAGCAGCAGG----AGAACGTTGAGGAGCAGCTTTGATGT-TGTGGGTCTGCTTGAACGTT a score=1987 s danRer3.chr4 1246739 41 + 33808418 CAGATGGTTCAGTCCTGTCCGGTGGACCGCAGACCCTTCAG s fr1.chrUn 243653669 41 + 349519338 CAGATGTCGGCTTCCTGTCCCGTGGACAGAAGACCTTTCAG a score=2640 s danRer3.chr4 1252611 609 + 33808418 TCTCCTTTCTTAGTTCCTCATGGCATGGTTTGTGCCGTCACCTGCCCCAAAGGTGAGGAAAGAAAAGGCACAAGGGGTTCTGGATCAAAGAGCTCTGTGAAGCCGGCAGAAGCTCCTGCAACCCGGCGGTCCTCCAGACGCAGCCGAGGAGAAGCGGAGGATTCC---TCT---TCTGCACACTCACAACAGAACGATACTGACAACACCTCACAAACGCTAAATGATACTGCGTCTACAAGCAGAGGCCAGCAAGGG---AATAATCCGAGATCTGGAGTGAAGACAAGAGGACGGCCAAA----------GAAGCTGAAA------GTGGAGAAA------------CGCGAGGATGAGGAGCAAGAACCTGAAGCAGAAAATCACAAGGAAGATGGAGCAGCTGAAT-CCGAAGAATCAAAAACTGACCAGAAAGCAAACTCGGATCAGAT--TGATGG-----------------TGGGCAAGACCCAGTGGACACAAAGGAAAAGATGGAGGAGGAGAATGAGACAAGTCCTTCTGAGAACAAAC--CTGATGATGCTGATAACCAGGATGAGGAAACTGCAGAAGAAGAAGAAGTGGTCACTAAGAATGTGGTT--------GAAGAAGACGACAACCAGAAACTTCCACAAGAAGATAGCAGGCAAGAA s fr1.chrUn 243654808 631 + 349519338 TCTCCCTCC--AGCTTGTCAAGGCGTTGGCTGCGCCATCACGTGTCCCAAAGGAGGCGAGAAGAGAAGCAGCCGAGCCTCCAGCTCCGGCGCCGCTGCCCAGGAGCTGGAGGCGGTCCAGGCCCGGCGGTCCACCCGCCACAGCAGGACACAGGAAGTGGTCTCCGGGTCCGGGTCCGAGCCCTCGCCACAG---------------ACCTCGGTCTCATCAGACTCCGACTCGTCTACAGGCAGGG--CAGGAAGAGCTCCGCCAGCCAAGA--GGAAGAGCAGACAGGTGACCAACCGGAAGGCCGTCGGGAAACGGAAACGCACCGGAAGGAAAGGTTCTTCTCCGAGTgaggaggaggaggaggaggatgaaggtgaggggagggacgaaga-ggaggagaagAGTGATGAGGATTTGAACACT--TCAGAA---CAGGTCGGTTCTGATGCTGATGGAAGCATCACTGAAGATCAGGACCAGCCCGACTCTGCTGACAGGACAGGACGGGTGGAGACGTTGGGGGA----CGTTGGGGGACAAGATGCTGAAGAGTCTCAGGGACAATCAAGTGAAGTTCCGGAGGAAGCAGGAGAGG-----AAGAACTCTCTTCTTCCCCAGAGGAGCACGGAACC---------CCAGAGAGAGAAGACAGGGAAGAA a score=1058 s danRer3.chr4 1253514 574 + 33808418 ACAGAGGAGGCTTACACACAAGACTCCAGTAACCTTCCAGCTCTACAAGAGATTGTGGATTTGATACCAGAGCCTGACACCACAGAGGAGGT-GGACCAG--AGCCCTGTACCAATGGTTCC---TGAAGAGATTTCTACTCTCGAAACTAG----ACCATTAGTTCCTGA---AGAGATTTCTGCACCTGAAACTAGTCCGTCAGTTCCTGGAGAGA------------------------TTTCTGCTCCTGAAACTAGTCCGTCAGTTGCTGAAGAGATTTTTGCTCCTGAAACTAGTCACCCTGTTCCTGGAGATAGTTCTGCTCCCGAAACTAGTCCGCCTGTTCCTGGAGATAGTTCTGCTTCT------GAAACTAAACTTTCAGTACCTGCAGATAGTTCTGTTCCTGAAACTAGACCGTCAGTTCCTGGAGAAAG---TTCTGCTCCAGAAACTAGACCGTCGGTACCTGGAGATAGTTCTGCTTTCGAAACTAGACCTTCAGTTCCTGGA---GATATTTTTGCTCCCGAAACAATGGACACTAATGTGAGGAGTTCTCAGGACAACACTGACCTCATTCCCATGGAGT-----GTGATTCTCCTGCATCAGAGAGTG s fr1.chrUn 209148036 550 + 349519338 ATAGGGACGGCATCAACACAGGACACCAA-----------CTCAGCGACAGTTTCTGG----------------TGCCACCTCTAGGCTGGCAGGAACATCTGGCTCTACAACAGATGTTTCATTTGCAGTAGTTGCTTCT-TCAAGACAGGGTGCAGCTGGAGTCTCTAATTCAGGCACTTGTTCCACTGATGCACGCTCCTCAACAACTGGGGAAGCTTCTTGTACTGTTTCCCGTGGTTCTTCTAATTTTGCAACTGGTTCAACTTCTGCCTTAAATGGTTCTGCTAATGGAACGGGTTCCTCTGCTGCTGCAGGTGGTTCTGCTGCTGTGGCTGTTTCCACAGCTGCTATAACTGGCTCTTCTATTACAGCGGCAGCTGGTTTTTCTTctgctgcagttggttctgctgctatgact---------gtttctatggctggttcttctgctaccacagctggtttctcttctactgtagatggttctgctgctacagatgtttccactgctgctatgaccggttcttctactaccggagctgt-----------------------------------------ttcttctggtgctgtaggtggttctgctgctacagatgttt a score=10352 s danRer3.chr4 1254088 1051 + 33808418 CTGCTGAGGTGGAGATGGTTCCCGCTGCGA-TTGTGCCTCAGATGGCCAA----TCAAGATCCTGCTGAGAAGATAGAGAGCTCTAAAGAATCGAA---AACCTCGGATAAGAAGGAGGGACGATCCCGCAGGTCCCGCTTCCACTCATCTTCAACCACTTGGTCTCCGAACCGGGAGTCTAGGAATGAACGCAGATCAAGGTCTCGATCCCGGGACCGAAGCCACAAAACTCGCTCCACAT------------CTCGAAACCGTGACCACCAAGAGGAAGAACGGGACAGTCGGAGAAACCGTAGTCGTAGCCGAAGCAGAGAGCGTAGCCGCAGACGG------AGGAGTCGCTCTAGGTCCAGGAACAGGAGCAGACCTGGACGCCGCAGCCCGTCCCAGGAGCGTGCAGACCACGGAGGACACTCTCCCCGAAAACGAGACTCCTGGGGTGGAGGAGGAGAAGGATGGAGAGGCAGAGGTGGTGGACGAGGATTTCGCAATTCCAACTGGAGGAATAACACTGAAAAACCTGCACATTTCTCAACTAGAGACCCTGTTTCTTCCGATAATGGAAACTTCCATGAATCCTCACCTGATCGAGGGAGGAACGAGAACCCTGATTGGGTGAGAGAAAGGGAGAGGGAGAGGAGTTGGATGGATGCTGATAACCGTGGGCGAGAGCCGGCGAGAAGAGAGGAGAATTTGGGAGATGGAGACACCTGGTCTCGGGGCGGCTGGAGTGCTGGACGTGGCAGAGGAGGCACACACTGGGCGTCCAGCCAGCAGGGGGAGCCAGGAGATAACTGGAGGCAGCGCAATTCTTTCTCAGGGACCACTAATAATGCAGATTCATACAATCGCTTTAATGATAGCAGAGCTGGAGGGAAGAGGAAAGAGTCTGAAGGTGCAGAGGCTCCACTGGATCGCTCCGGGTGGTCGTCGGCGTCGAGTTGGGCAGTGCGGCGAACTCTTCCCGCTGATGTGCAGAACTACTACTCGCGCAGAGATCGAGGTGGTGGCGGCGGTGGAAACAACATCTGGAACAAACAAGAGGAGGATCAGAGCGCACCGAC s fr1.chrUn 243655758 991 + 349519338 CGGCTGCTGCAGAACCAGCTCCTTCAGAACCTTCTGCCTCTGAACGCCAAGTCACCAAG-----GAGGAGGAGCCCAAGGACCAGCTGGAGGCGGACCGGAGCGAGGACAGAAGGAACGGCAGACAGCGGCGCTCGCGCTTCCATTCGCCCTCCTCCACCTGGTCCCCCAAGAGGGAATCCAAACGAGATTCCTGCAGGCGCTCGCGCTCCAGAGAACGTGGCGCCAGCCCCCCCTCCAGACGCTCCTCCCGCCCTCGGAGCAGAGACCG---GGACAAGGACCGAGACGGCGAGAGGGAATATTCCAGGAGGGAAAACAGCCGCGAGAGGAGGAGACGGCGCTCAAGGAGCCGCTCCAGGTCCAGGTCGCGCTCCAGGTCCAG--GTCACGGTCCAGAACACGCTCGTACAGGC-----GGGCGGCGAGCCCAGAAA----GGCCCCCGTCCAGGGAGCGCAGGGGGGGGTGGAGGTCTGGGCAG-GGAGACGGCTCGAGCGGCGAGGGACGAAGGAACCAC---GGAGGCGCTGGACGCT------CTGAAAATGGCGTTCCTTC-------GGAAAGTTCGCCGGACCGCCAC--------AGCTGGACGGAGAACCCCGACTGGGTCAC------------GGAGAAGATCCGCAGCGACGCCGACAACCGAAGCCGCGACCTCGGCAGCAGCCCG---CGCTGGGAAGAccgccgcagccgggccgggcgcggccgggggTCAGGGAGGGGCGGCGGCCGTAGCTTCTA------CAGCCAGCAGGAGGAGGCCGAGGACGGCCGCTGGCAGCACAGGAACAACAGCTCGGCCACGGGCAACG---ACGCCTACAGCCGCTTCAACGAGCACCGGG---GGGGGCGCAGGAAGGA---CGAGGGCGGAGAGGCCGTGGTCGACCGCTCAGGCTGGTCCTCGGCCTCCAGCTGGGCTGTGAGGAAGACGCTGCCGGCAGACGTGCAGGATTATTACTCCAAGAGGGAGCGAGGAGGTCCTGGCG------------TCTGGAACAGACAGGAGGAGGAGCCGGCGGCGGCGGC a score=6302 s danRer3.chr4 1255582 320 + 33808418 CCAACTGAGGCTGTGCCAGCCATGCCTCCGCCCCTGCTGCCGCA---------TCAGATGGGTGTGATGGGGGTCATGCGCTTCCCCATGGGC-----CCCGCTCCACTGCTC----CAGAGGCCTCCCACCGCAGGTCTGCAGGCTCCACCACAGTTCAGCCTGCCTCCTCCAGTACCAGTGCAGCTCCACCAGGCTGGCCCGCTCATGCAGGTGCCCTCTATAGCAGTGCAGGCTCTTCCTCCACCGCCTCCGCCTCCTCCACCTGTGCAGCAGGGCGGATTTACTGTG---GTGCCGCCCGAAAGCCACCCATCTCAGGTCAGCCCCACAGACAATAC s fr1.chrUn 243656818 341 + 349519338 CTAACAGATGCTCCTAAAAGTGAGGCTCCGCCCCCGCCGTTGCCAGGCAACGCTCCGGTGCCCGTGATGAGCGTCCTTCCCGCCCAGCTGAACGTCCTCCAGCATCACTATCCGGTGCGCGGGCCTCTGCCCGTCAGTCTGCAGCCTGCGGCGCCGTACGCCCTCCCGCCACAGGTCCCCATGCACCTGCACCCCGCCCTGCCGCTCCTTCAGGTGCCCGCCGTCGGCGCCCAGGGCCTCccgccgccgcccccgccgccgccaccCATGCAGCAAGGCAGCCAGACGGCGTCTGCAGCACAGGAGGGCTTCGCTGCTCAGGTACGATCCGCCACCAACGC a score=3315 s danRer3.chr4 1256385 93 + 33808418 TGCCGGTCAGTGCGGTGCAGCCATCCTCCACCACCTCCAGCAGCTCCAGCA-CGCAGCCCAAAGCCCACGCAGACAGCTCCAAGAAGGAGAAGG s fr1.chrUn 243657303 87 + 349519338 TGCCCTCCAGCCAGGCGGTGCCGTCCTCCACCACT-----CAGCCCGGACATCCCAGC--AGAGCTCAGGCCGACAGCTCCAGGAAGGAGAAGG a score=202 s danRer3.chr4 1259583 73 + 33808418 AAACACTCCTGCAAATGTGTTCTTGAAGGGTGTGCTGGATGTCTGTGCTGCTCTTCACTGAACTCTGTTTCTC s fr1.chrUn 163222538 73 - 349519338 AGACATTATTTTATTTGTCCTCTGAAAATAATTACTTGCTGACTCTTCTGGTTTGCTCCTGGCAACAGTACTT a score=8349 s danRer3.chr4 1259664 130 + 33808418 CACAGAAACTGCAGATTCAGGAGCGCGCCGTCAATGAGGTGAAAGCAGCCATTAAGCCATATTATCAGAAGAACGAAATCAACAAGGACGAATATAAAGAGATCGTGCGCAAAGCTGTGGAGAAGGTAAG s fr1.chrUn 243657450 130 + 349519338 CGCAGAAGCAGCAGATCCAGGAGAAGGCCGTCAACGAGGTGAAGACCGCCATAAAACCCTTTTACCAAAGGAAGGAAATCACCAAGGACGAATACAAGGAGATCGTCCGCAAAGCCGTGGAGAAGGTGAG a score=6784 s danRer3.chr4 1261481 254 + 33808418 CAGGTGTGTCACAGCAAGAGTGGCGAGGTGAACGCAGACAAGGTGGCCACTCTGGTGAAGGCGTATGTGGACAAATACAAACACATCCGCAAGAGCAAAACTGAAAAGAGCTGAGGACGGCG-GAGCTGCTGCTGACGCAA------CAAGTGCAATTCCTCC----------------------------------ACAGCCG----CTCTTAACACATTTACATACGACAATGAAGA------TTTTTCTAGAGA---TGATATTTTGT----------------TTAATTTGGATTTGATATAGTGCAAATGCCCTTTATT s fr1.chrUn 243657664 311 + 349519338 CAGGTGTGTCACAGCAAGAGCGGCGAGGTCAACGCCAGTAAGGTGGCCAACCTGGTGAAGGCCTACGTGGACAAATACAAGCACGCCCGCAA----------GAAATGAGCCGCCGCCGCCGCCATCAGCCGCCGCCATCAGCCGCTCAAGTGCAATTTGTCTCTTGCTGGAAGGAGGCGTCCCTGGACGAGGACGGAGAGCCGCTTTCTTTTGATATTTCTACCTTTTACTGGAAGAAGCTGTTTTTTTCTATAGAATTTCGTATTTTGTTAGGAACCAGAGCGACTCTATCAGAAATTG---TAATGCAAGAGCCCTTTATT a score=40125 s danRer3.chr4 1268936 1295 + 33808418 AAATGTTCAGTCTTTTATTTAAAAACTATAAACAGTCACCAAAGTAGACTGAAGCCAATCTATATCAGACTGTTAGATATATGTATCATCGCACACCCTACAGACACTGCAGAAATGGTGAAAGGGGGAGGTCAGGGGCAGCGCCCCCGCTGGGATGCTAACACAACAGGCAGTAATAAATGTTACACAACACACAGCAGAGAGGACAGCCTGGGGTCCGGGAGCCGGAATGTGGCGTGGTCGTAAGAATGGATGAACAAAAAGGAAACAAAAGAAATGAAGTACAATAAAATCCCACACTATTATTATTATTATTAAGATAGAAAAAAGGGGTCTGGAGGAAAAATATCATACCTGCACAGAAAGCAAAGAACACATGAGAAAACCTGTATAAAA-CTCCATGTATTTAAACCAATTTACAAATACAAAAAGAATCAAGGAAGGTACGGGCGAGCGGCTCGTAC----TCCACGCTTACAGTGAATACAGGTT-----------------------------------GAGGGGAATACCTTCAATATTTGTGTGTGTGTGTTTTTTTTTTGTGTGTGTCTCTTCTACAAAATGACATATGATATATTATTTCATACTCTTTCAGCCAGCAAAATGAGTTCTACAAGTTATAATAGTACAAAAAAAAGGGGGAGAAAAAAAACAAATCACAGTTGCACAAAGAAAAACAATCTCAGCCCTCCCAAAGAAAAACTTTACAGCATCAGTACCTTCGCAGAA-TATTTACAGGGTTTTAAGTACATTCATCCACTGCTGAGTATAGAATCACGTCTCATACGAGTTAACCAGGGGTTGaaattatatatatttatataaaaaGAACCAAACCAAA--AGTGAGTCTCAACCTACTATTAAACAAACGTAATGCTTCTGATAC---------CAAG-------AGGGCAGCAGCGGCATGAAGGAGGGTGATTTTTCTTTCTCTCTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTAACTTTATATCTATTCACAA-ATATGTACACAATTGTTTTTCTCATTTACTCATAGCGGTATTTATCTCAATAATAAATAAGTGAAAATATAATCGGCTCAAGTAAGAAAAAACCAAGCTATCATCAAGTTATAAAGAAAGAAACGAAACAAAAACTCT-----AGCCGCA-----------CCTCTTCGCCGTCCAC---TTCGCCCCGCCCACAGAATCCCCCTCCGCCCAATCAGAGGCG----------------CTCGTTCGTC--TGGGACTATAA-----------------------AAATGTGCTCGTTTGGGCCAGGCGTATAAATATGGAGA-----GAGTGAGATGGGCGCTGGTTTCTG-AGTGGCTGGTGGAAGA-CCCGTGGCAGTTT---TTTTTgaggg s fr1.chrUn 29805730 1222 - 349519338 AAATGTTCAGTGTTTTATTTAAAAACTATAAACAGTCACCAAAGTAAA-TAAAGCCAACCTCTAACAGACTGTTCGGTTTAGGTATAGTCACACATCCTACCGACACTGCAGAAATGAGGATGTTGGGTCG-------------CCCCGGTCAGATGCTAATACGACAGGCAGT--CAAATGTTACACAACACACGG-----AGGACAGTCCCAGG-ACGTGAGCCGGAATGTGGCATGGTATTAAGAATG--------------------AAAAAAT--AGTACAATAAAACTCCACACTAT----------ATTAAGATAGAAAAAAGTAGT----GAAGAAAATATCATACCTGCACGTAAAGCAAAGAACACAGGAGAAAACCTGTATAAAAACTCCATGTATTTAAACCAATTTACAAATACAAAAAAACTCT-----GGTACGCGCGCGGTGCCCGTACATGACAAACGCATACAGTGGATATATGTTACTGGTGTGTGCGCTGTGGGGAAGGTGTGTGGGGGGGGGAGAATACCTTCAATATTTTT--------------------------TTTCTTCTACAAAATGACACAATTTATATTATTCCATACTCTTTCAGCCAGCAAAATGAGTTCTACAAGGTATTATTATACAAAAAAATG------------------TCACAGTTCCACAAAAAACTGT-TTTTCCCCCGTCCCTAAG-----CTTTACAGCATCAGTACCTTTGCAGAATTATTTACAGGTTTTTAAGTACATTCATCCACTGCTGAGTATAGAATCACATTAGATACAAGTGA--CAGGGAT------------------CATAAAAAAAACAAAAACATACTATTTTATTCAATCCTACC--------AAAGTAATGCTTCTATTACTCCACAGAGCAAGTTCTCCAGTGGCTGCATCGGCATGAAAGAGA----------------TCTTCTTTATATA---------------------TATATATATTCACAACATATTTACAGGATTCTTT---TCATTAACT-GTAATGGTA-TCATTTCAATAATAAATAAGTGAAAATAT-ATTGACTCAAGTAAG--AAAACCAAGCTACCA--AAATTCTAAAGA---AAACAAACTAATTTCTCTGCGTCAGTCGCCGGCCGAGTTCTCCCCCGCGGCGTCCGTCTACTAGCCCCGCC--------CCTTTCCAGCTCACCCAGGTGCGTCGGTGGGCCGCCGCCCGCGTCCGTCGGTGGGACCGAGAGGAACAACAGCCAGTCGTGAATGAAATGTGCTCGT----GGCGGGGGTTCGTGGGTTGAGGCCCCCGGGGAAGCGGAGAGCTCCCCCTGGTGGCGGCTGGTGGAAGACCCCGTGGCAGTTTCTGTTTGTGAGGG 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ACCTATGCTGCGGTCCACACAGGCGATCTTGCTGCAGGGAACCTCCCCGAGCTGGGCCAGGAGGTACAACACCTCCAGACAAGCCATCAGGAGCATGAGGTCGGGCAGGGTGAGGAGCATGGTCACCTCCCTGTAGGAGTCCTGGTCCACATACTCACAGATCAGCACAGCATTGTCATCCACTTTGCTCAGATTCCCCAGGATCTCCATTGCTGCAGGACGCA a score=7361 s danRer3.chr4 1284505 148 + 33808418 AGTTCTGACTG-CACAAATGTTTGCTTTAAAACACTCACCCCTCATTTTGAGAAAACGATCCCGTGACAATAAGCATTTGGTGATGGTGTGAAACATCAGATGCGTTGTTCGGAAATCAACCGGATCCAGCTGAAGCTGAAACAAACAA s fr1.chrUn 243638262 148 + 349519338 AGCTCGGACGGACTCACACGCACGCTC-AGAAAACTCACCTCTCATTTTGAGAAATCTGTCCCTGGACATCAAACATTTGGTGATTGTGTGAAAAATCAGATGAGTTGTCCGAAAGTCGACCGGATCCAGCTGGAGCTGTGAAAGAGAA a score=12401 s danRer3.chr4 1288813 269 + 33808418 CTGACCTCTCCGGCGAAGTTTCCGAGTGTGTCGAGGCCGAGCTGCCGCAGCTGGATGAAGGTGCAGTGAGCGCACAGTAAGAGGAAGCGCAGACATGTGCGATTAGCTGCCAGCAGTTTAATGTTTGCCTCCTCGAAGGACAAATTCCTCAGGATCATCGCAACCTGCAGCACCCGCTGGCCCTCCACGTCCCCAATGCCGGTGTTACGGGCCGGGTGGAAGAGAGGAGTGCAGATGTCCCTCAGCTCCAAT-CCATCTGAAAGAAAAAA s fr1.chrUn 243638772 269 + 349519338 CCAACCTCAGCAGCCACGTTGCCCAGCGTGTCCAGGCCGAGCTGGCGTAGTGAGATGAGGTTACAGTGGGAGCAGAGCAGAAGGAAGCGCAGGCACGTTCGGTTGGCCGCCAGCAGCTTGACGTTGGCCTCCTCGAAGGAGAGGTTTCGCAGGATGATGGCAATCTGCAGCACCCGCTGCGCCTCCATGTCGCCGATACCGTGGGTCCGTGGAGGGTGGAAGAG-GCTGTGCCAGCGCTCCTCACATGACGTACCATCTGCAAGAGAAGA a score=2748 s danRer3.chr4 1290689 90 + 33808418 TACTTTGAGGTGTGCAGCTCTTATCTGAGATGAGATCTTTGACTTCATTGTCTTCAATGACATCTTTCCAAAACTATGACAAAAGAACAG s fr1.chrUn 243639121 89 + 349519338 TACCTTGTGCCGCATTGCTCTTGTCCCAGATCAGCTCCCTGACTTCTGAGTCTCCACC-ACCTCCTTCCAGAACTGTGCAGGAGCAGCAG a score=17514 s danRer3.chr4 1292524 442 + 33808418 TTACCCTCACAAAATCTCGTGACGTTTTCTCCTGCCAGTCTGTCCCGAATACAGCAGAAAAGCTGCCTAATGCT------AAAATAAAAATGCATGTAAAGTTAAAATGCATATATACTATCTAAAGTGCAAACACTAAGTGCAGTATTAAATCAGAAATGC---AAACATACAGTCGTCGAATACTCCGGCGTGTGCCAGCAGCAGTGTGACGAGTTTGGGCTCTTTTTCTAGCTGCATGGCGTGCTTGCTCTCGTTGGACAGCAGCGTGCACACGTTAATGGCGAAGTCCACCTCATTCGGGAGCCCAGATAAGAGGGACAGCACCAGTTTGTTGTAATCGGATGGAGGGATAAAATCCGTCGATAGCCCATAGCTTTGGCGGAGATAGTCTGTCCAATAGAAGAAAAGGGGGTTTAGAGATTCACACAATGTGTACATGCCGACCACA s fr1.chrUn 243639297 432 + 349519338 TTACCCTGACAAAGTCCCGAGAGCTTCTCTCTTTCCAGTCCGTCCCGAAAACCCTGGAGAAGCTGCCAAGAGCTGCGGAGAGAAAAGGGGAGCATG-GGAGTCTGCGCTCAGCACCGCTCTTTAAAGCAC-----------GTTGCTTCGACCCGAGGTTGCGCAACACTTACAGTCGTCAAACACGCCAGCGTGGGCCAGCAGCAGCGTGACCAGTTTGGGGTCCTTGTCCAGCTGCATGGAGTGTTTGCTCTCGTTGGAAAGCAGAGTGCAAACGTTAACAGCAAAATCCACCTCGTTAGGCAGGCCCGAGAGGAGAGACAGCACCAGTTTGTTGTAGTCATTTGGTGGAACAAAATCCGTAGACAGTCCATAGCTTTGGCGGAGATAGTCTG----GGGGGAGAAAAGGCTCTCT---GAGTCCCAGCGTGCACACAAGCAAGCCACA a score=9142 s danRer3.chr4 1295833 192 + 33808418 TACCTGATACAGTGTGTTGCTGGTAGTTGTATGACGTGGGTATTGCACCAATCGGAAGCAAATGTTTAGGATTCCCCGGCTGCTCTTCTTCATCTTCCTCTCCAAAGTGATGCACCTTTTCATACTTCTCTAAATAGCTGCAAAGAGAGCAGAGAAATGCATTAAAATGCAGAACAACACACAGATCATTGG s fr1.chrUn 243642880 184 + 349519338 TACCTGATACAACGTGTTGCTGGTAGTTGTACGAGTTGGGAATTGCACCGACTGGAAGAGAGGCTTTGGGGTTCCCGGGCTGCGATTCTTCATCGTCCTCGCCGAAGTGGTGGACTTTCTCATACTTCTCCAAGTATCTGTGGAGAGA----AGAAGGGCATCAGACATCAG----ACACACGTGCCTCTGG a score=1819 s danRer3.chr4 1304643 401 + 33808418 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ACAGACCCGTCACCGA-AAAACAACGTGTTCAGGGGCGAAACGGTCCGAGCCCAGGGTTTGGACCGC-----------GGATCTGGTGCGGTTTGCA---GCTGTATTTACACCGCGGAACACACAGGCCTGTATGCGGCCTACAGACTCACAGTC--------CTCGGCAACACGGGAGGAATAAAC-----CCGCTGATAAACACGGTGG-----GTCCGGACGG------------GATTCGGTCCCTCTTCCACG------------GTCCTGGTGATCGATGTAAAGC-CGCCCGGTAATTTTGAAGTGAGTATGTGTGAAAGTGTGTGTGCGCGTCCGGG-------GCCAAACACACACTCTCTCACTCACT-CACTCAGACA-----TAGACTTACACAGGCC------------------GATGCACGGCAGATCCAAACACAGATCCGCCGGACCGGGCTGGGGAGTTGAGCTC-GAAGTGTGT-----------GTGAGAGATGAGAAATGTAGAGTTTACTATGAGTGAGTGTGTGTGTATGTTTGAGAGCAACTTACCTTCGCGAAGCCCCCTAAAGACACCACTCTCACATAGAGAGCGCCCAGGTCCAGCTCCTTCCCACCCACCACGGGAACCTTTTTAAACGGAGATCTGTGGAGAAAAACGGCAGAATAAACACCCGTG-------GTCGG--TCCCGAGCCCCTCACG----CGTCCAGCACGGGTCACACAAGTTATAAT----AAGAGCGAAATTCCC----GCTCACCCTCTGCTGTGGTGAAATTGCCGCAGCTCGTCCAGGAAAGCCTGTCCTTTCCTCCGCTGCTCGGGGAGGTTTTTCCCCGTCGAGTTCGCCATCGTT-TCGC-TGAAATTCGGTCAAACTCCCGGCTCAGATTCGGTTTCTAAGAGTCCGGGGATCCCATGCTCCGGT-CCGCTCCG-CTCCGGCGCGGCTGCGTGTTTGAAAAGTTAAAGAAATGACGGAGGATGAGAGTGGAG----------------------------------AAACCCGCTCCAGCGGCAGCCCGAGCAGCC---------CGCGAACCCGAGCGAGCTCAGCCTAACTGCACCGCTGCACTGCTCATGGCTGCACGGG--GAAACGACGGTACCGGCTGCGCCTGTGTTGGTGTTTGGAGTGGGTTTTTGACAGTGCGGGACGGACGCGGCTCCGGTTTAATCGCGCACACTGTGAAGCGGCAGCGGGATCCAGT--TCAGACAAAAAGACCCG-AGGCCGCGCGGC-----------TCCACGGCGCCTCCAGCAGGCCAACGACAGTACTGCAGC-CGCCACAGC-----------GCCGTTGTGAACAATAGACGGAGCTCGCTGGAGGAAAGGGGGAGTCGCGAAACTCTGGTTAACCGTTAAAAC------AGAACCCAACCGTGAGCGTCGGAGGGGGGAAGGGAACTGTCAACTTACAC s fr1.chrUn 243647669 1438 + 349519338 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GGGGAACCAGAGCAGGGTTTTTTGGAGT-----------CTAAAGCCGGGGATGGAGGGCGTCTCTGTGCGATGCGTGTGCGGACGGGTCCCGCTGGAGGTTT----CTGCGCAGACGGAGCTGAAGA---------TTTGGGCTGTTTGCATGTTGGTTCGGGACAGACGGGACTGCGGGGCTGAGATGGAGATCCACGTGGACGCAGTTTAGTCTT----------------------------------GGGAACTGCTT------TCTGAGA---AACTCCAGATAGAGTAG----------------ACTGGGGAAGGGGGCTTCG---------CTTTGG----GACGGGTGATGAAAGAGGGGTGGTTT---TAGGGGAAGATGTGGGTGTGTTAAAGATTTTCTTG------GGTGCTGCAGCTTTACGAGCAATTAATGGCGTGGATGCGGGCGA--CTGGGTGACGCTGCGGGGTGTG-CTGGGTTTATACACTGATGTCG---------------TGGAGGATGAAGATGACGAAGAGGAGGATTCCGGGAGGAGG s fr1.chrUn 346053496 562 + 349519338 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TCTTCTGCTCTAGAGTGGTGAACTGCAGCACACGGTCCGGGTCGTATTTCAGCAGAAATCCCTTCAGAGTGTCCCAGCCTCCACCCACACGCACCATCACATGCTTCCCGTGGAGCATCTGGAGA s fr1.chrUn 191360836 125 - 349519338 TCTTTCCCTCCACCCGGGAGAACTGGAGCATGCGGCAGGGGTCGTGTTTGAGCAGGTAGCTCTCGAAGGTCTCCCATCCGCCGCCCACGCGCACCATCACGTGCTTGTTGTGCAGCATCTGCAGA a score=2581 s danRer3.chr4 1314881 177 + 33808418 CCTACCCTGATGAACAGGATCTTGTCTCCAAGTCTGTATCGTCCTTCAGACAGATACTCAATTGAAAACTTCTGTGTGCAGTTACAAGGAGGCTCATCC----TGATCCGCACGATCCTACAAATCAATGCAATGTGTGTCAATGAAA---TCAGGGAAAAGTTCA------ATTAATTGCACATGCCGG s fr1.chrUn 191362463 171 - 349519338 CTCACCCTGATAAAAAGCATCTTCTCCCCAACACGATAACGTCCCTGCGACTGTCGTTCCACACAGAACTTGTTCAGACATCGGCACGGGGGGTCGTCTGCGATGTGCCGCAC-------------------CTGCGTGACAGAGACAGTTTCAGGGACGTGTCCACCCCACACTGAATGCACGTGCGGG a score=3616 s danRer3.chr4 1315437 78 + 33808418 CTTTCCTCCAGTTCAATTTCCTTCTCCAGTTTAACCAGAACAGGAGGCTCGATCCCGTACCTAGCCAAACAAAACATC s fr1.chrUn 191362791 78 - 349519338 CTCTCCTCCTGCTCAATCTCTTTTTCCAACTTAATAAGACCCGGAGGCTCCACGTTGTACCTATGCAAGGAAAATAGC a score=3086 s danRer3.chr4 1316123 96 + 33808418 AGGATCAAAGGCAGGTTCACTCACCTGGAGACGATCCGGCCGATCTCCAGCAGACACAAACACACCTGACGCGGCTCCTTATGCAGCACTGAGGGA s fr1.chrUn 191362983 94 - 349519338 ATGAGGAGAAACGGGGTCAT--ACCGTGACGCTATCCTCCCCAGCTCTAACAGACACAGGCAGACCTCTCGCGGCTGCTTATGAAGAACTGCAGGA a score=2791 s danRer3.chr4 1317668 108 + 33808418 gACACCAGGACAGAAAGTTAGCCGTATTTTCCCGCGGGAA-AAGGATTCAGGAGAGGCATTTTTCTTGAACTGGATTTT-CTTTGAGGGCATCTGTTAACAAAACACAGA s fr1.chrUn 191363932 110 - 349519338 GGCACCAGGCCAGGAAATTAGCCGTGTTGTCTCGTGCGAAGAAGGAACCGGAGGGAGCGCTCTGTCGGCACGGAATCCTGCGATAGGGGACGCTCTGGAAGAGACACGGA a score=-1169 s danRer3.chr4 1317776 100 + 33808418 CACAGGATCTAGAAACAAACAGTGGTGT-GTTCACGC-------AAAGCTCCATTACATTGAATGTTCATTTACTCACCGGTGTTTCCGAGTCCTCTGGGATTTTACT s fr1.chrUn 24072967 93 - 349519338 TTAGGG--TTAGGACCAAAGATCAGCCTCATCCAGGCCCCTGGGGGGGCGTCCTTGTCCTGCCTG-------ACTCACCGGGC------AGCTCTGGGCGACCTTCGT a score=2873 s danRer3.chr4 1317876 83 + 33808418 CTGCAGAATCCCAACTAATCGACACAATCTGACGCCGTTGTCCAGCTCCTCCATGAAGCGCTCGGCTGACAGCTGCTCACCTG s fr1.chrUn 191365431 83 - 349519338 CTGCAGTGTCTCAGCCAGCTGGCACAACAGGAAGCCGTTGTCTAAGCGCTCCATGAAGGTCTCGGAGGTGATTTCCAGACCTG a score=5518 s danRer3.chr4 1322820 116 + 33808418 TTACCCAGCATGCCGCTAAGCCAGATGGCGAGGTCCTCCTGCATGGGCACCAGCGTGGCTTCGTGCCGCACGGCCAACCATTGGTCATACTGGAACACATCAGTCAGACCTGGGCC s fr1.chrUn 191366943 116 - 349519338 TTACCCAGAATGTTCGTGAGCCACAGGGCGAGATCTTCCTTCATGGGGAGCAGGCTGGCCTCGTGCCGACTGGCCAGCCACTGGTGGTACTGCTGCATGTCCGTCAGGCCGGGGAC a score=1869 s danRer3.chr4 1322936 95 + 33808418 GGGACGGGGAGAGCGCGGACCACGAGGG---------CTCTGTAACGGGACATCAAACTTCTCACCGTACCAAGCCTGAAACCAGAGGAGGAAGAGATCATTCA s fr1.chrUn 24073992 102 - 349519338 ATGTCGCTGGGCCAAAGGGCTGCGAGGGCATCTGGGCCTCAACAGCGGAGCCTTGAACTTCTCTCCAAAACAAACCTGCAA--AGTGCAAGAAGAGGTGGTTCA a score=8729 s danRer3.chr4 1349021 212 + 33808418 tgctggaacgatatatATTTGGGTGTTTATTACCATAATAATAATCGAGTTGTTATCTTCAGGAATGACCTGCACATTAGAGAAGGTTCTGGCTGATGCCAAATCACTGGTGGAGAGACTCCGGGATCATGACAGTGCTGCAGAGATCCTGATTGAACAAACCACACTGCTCAACAAGAGAGTGGAGGCCATGAAACAGGTCAAATACTCTC s fr1.chrUn 94320749 199 - 349519338 TGCTTAAACCATGTATAC----------AGTAATCTATAACTAACC---TTTATTTCCTCAGGAATGAACTGTTCCCTAGAAAAGGTCTTGGCGGATGCTAAATCATTGGTGGAAAGGCTTCGTAACCATGACAACGCTGCTGAGATGCTAATCGAGCAGACAACATCGCTCAACAAGCGAGTAGAAGCCATGCAACAGGTAAAGTCAGCTC a score=14248 s danRer3.chr4 1350438 358 + 33808418 CAGTATCAGGAAGAGATCGAGGTGTTAAACCAGGTTGCGAGGCATCGGCCACGCTCAACACTAGTCATGGGCATCCAACAGGAAAACCGGCAAATACGGGAACTGCAGCAAGAAAACAAAGGTGTGTGCTTGGTGTTTTTTTTTTTCCTGCATGCTATTTGAGGCCT----GTTTTTAAAGCCCAGTCTCTGTGCAGAGCTGCACACGTCTCTGGAGGAGCATCAGTCTGCGCTGGAGCTGATCATGAGCAAATACAGAGAGCAAGTGTTTCGACTTCTGATGGCCAGCAAAAAAGAGGATCCCACCATCGTCACGCAGCTCAGAGAACAGCACACGAACGTCAGTCCCCCACGCACACACT s fr1.chrUn 94321025 350 - 349519338 CAGTACCAAGAGGAGATTGACACGCTGAACCAGGTCGCAAGACATCGTCCACGTTCTAGTCTGGTTCTGGGGATCCAACAGGAAAACCGTCAGATCAGACAACTCCAGCTAGAAAACAAAGGTCGGTGCTTGTGGTTTGTTGCCGT--TGACGACGACCTTTGGTCTTATGGTTTTT-----CCAAT-----TGCAGAGCTGAGGACGTCGTTAGAGGAGCACCAATCAGCATTAGAGCTCATTATGACCAAATACAGGGAGCAGGTTTTCAGGCTCCTCATGGCCAGCAAGAAGGACGACCCTGCCATTGTGAGCCAGCTGAAGGAGCAGCACACCACAGTCAGTGGGACACACCATCACT a score=7447 s danRer3.chr4 1352542 131 + 33808418 TTACGTCACAGGAGATGCAAGCGCACATCGAAAAAATCAACGAAATGGCCACGGTGATGAGGAAAGCCATCGAAGTTGATGAAGGACGACTGTGTGAGGATGAGGAGAGAATCAAACGCCTGGAGGTGACA s fr1.chrUn 94321429 131 - 349519338 TTATCCTGCAGGAAATGCAAGTACACATAGACAAGATCAATGAGATGGCGTCTGTGATGAAGAAGGCGATAGAGGTGGACGAGGGACGACTGTGTGAAGATGAAGAGAGGATTAAACAGCTGGAGGTAAAA a score=-885 s danRer3.chr4 1352673 281 + 33808418 CACGCTTCAGTATAAATCACAGTAACTGGA-GTGATATGACTAAAAGTTCCCAATATGAGTCGTTTCATTTCACAAT---AATGAGATTTATGAGATCATAACCACTTGATTATCTg-gtaaca--ctttaaaataatggtccattagtagataatgtgtttactaacataaataaataattattaatgcatttattactgtattcattcatctttgtcaatgtcaatcaaggtaagatcattagtgcacttgttaactttggattttagttgtccattagtgaatgt s fr1.chrUn 193032210 258 + 349519338 CACAATGCATCATGAAAAAGAAAGATTTGATTTTATGTCACCAGTTTTTGACAATAAAGGTAAGGACAAGATACAGCTTAAAAAATGTATATGGGACCATCATAAATTTGCTTTATGAATAACAGGTTTTCCTCTTTTCTTGCTTTTATATATTAAACACTGGTCAGTATCATTAGAC--TTTTTAAAGATTTCACCAAAAGCTTCTTTCAT--------------GTCAAAGTGAAACCA--------------AAATTTGGTTGCAAACTGTCAGTTAAAGTGTGT a score=7282 s danRer3.chr4 1353873 245 + 33808418 ATACGTCGCACATGTAGTTGTGATGTTATGGTTAATAATAATACCTGAATGTGTGTTTGTGTGTGCAGCTGGAGAACAGTGGCCTGCGAGAGCTCCTGGGAATCAGTCGAGAAGCGTTTCTGCTGCTGAAGAGAGACGATACATCAGACAGCACATCTCTGTCGCCGCTGCTCACCAGCACAGACATCAGCCTGAGGAAGAGCTGAAGACAAAACCAGCATTCAGAGCTGCTCTACACTGCAGAC s fr1.chrUn 94321919 242 - 349519338 ATACGTGCAACATGCTCCTGAGCCTTTAGTGTCCAGCACTGTAGTGACACGCTCTCCTCTGT-TCTAGCTTGAGAACAGTGGACTCCGGGAGCTGCTGGGCATCAGCCGGGAAGCTTTCATGATTCTGAAGAGGGAAGACACGTCGGAGAGCACCTCCATGTCCCCGCTGCTGACCAGCGCTGACGTCAGTCTACGGAAAAGCT--AGACAGCGCCGGGCAGCTGTCCTCCGCCATGCTGCCGCC a score=10047 s danRer3.chr4 1358817 275 + 33808418 GTTAAAGCAGGAGCGGTGTGGTTTCTCCGGCCGGTTCTGCACGGCGTGTAAGTTGACGGATACGTCCCATTATTTGGGCTGGTAATGATGGTTTGTGGTAGCTGGGATCCAGAACGTTGGTTTTCCGGCGTTCTCGCTCCTGCCTCCACAACACATACGGGCTTGGTGGGAAAAATGGGCGAGACTTTTCTCGATAGAGCTGCACAATGATCCCCGAAACCCCCAGAACCACCCACACCGTGATCATCACGAAATCTGGAGAGATGATGATGGGA s fr1.chrUn 255189428 274 + 349519338 GCTACAGGAGCAGAGGCGTGTGTTCTCCCACCGCCTCTTTCCTCTGGCTCAGCTGCTGCACCCGGGCCAGGAGCCGGTTGGGCAGCGAGGGGAAGTGGTGGCTCGGGTCCAGCACGTTGGTCTCGCGGCGTTCCCGCTCCTGCTGCCACATGAGGTACGGGCTGGGCGGGAAGAACGGGCGCGTGCGCTCGCGGTGGAGCTGCAGGACGATGCCGCCCACGCCCAGCACCACCCACACGGTGATCATGACGAAGTCT-GAGGGAGGAAGACGGGA a score=8794 s danRer3.chr4 1360238 176 + 33808418 GACTTACCGATATCCTGCAGCGGGACAGAAATAAACGCACGGCTGAAGTTGTGGTTGAGAAAGCGCTTCAGGACGTCCAGCGTGATGTAGGACAGACTGGTGTAGGTGTAGGCATTGACTGCCAGGACAACAGTATACGCACCCACCACACCACATGTCATAATATTACCCTAAAA s fr1.chrUn 255189752 176 + 349519338 GACTCACCGATGGTCTGGAAGGGCACGTCGGTGAAGGCGGCGCTGAAGTTGCTGTTCAGGAAGCGCTTGAGGATGTTGAGCGTGATGTAGGAGAGGCTGGTGTACACGTAGGCGTTGACGGCCAGGACCACGGCGTACGCCCCCAGCACGCCGCACGTGAGGATGTTCCCCTGAAA a score=3483 s danRer3.chr4 1360520 606 + 33808418 TCACCTCTCTGGGCCACCTGATGAAGAACAAAGGAACAACCACTATAATGCAAACAAACACCACCCAGAAGACCACATCATTGTGGAAGACCGGA--------AGATCACCTGGAGGAAAAAACTGAGAGATTCAATACTGATAATACTATAACATAATACTATAGGAATTTAAAGTAAGCATAGTGTTTtttaattgaagtcaattcaagtgtatttgtatagagcttttcacaataattactgtttcagaacagccttacaAGAGGTGCACATTATTATACTCAAGCACATTATAATCAAAACCAGAATCAATAAGGCTATAAAATAatatatacacacatacatatacatacatacaaacatGTGCTTGTCTAAAGTATAAAGGATAGATTCTGGGTTTAGGATAGACATTTTTATAATGAAATAACTCTGGATAGATTCTGCTTTCTTACCAAGTGGAGTGAAAAAGACGACGGACGAGATGAGAAATCCAAGAATGAGTCCAACCACTAACACACAGGCCAAGACTGAACCGAACCGCCACCAGCTCATCACCAAGACCACGCCCCCGACCACCCCCATCAGTGCTGTCAGAGCCAATCGAACTGAGGA s fr1.chrUn 255189998 344 + 349519338 TTACCTCTCTGGGCCACCGCACGAAGAAGAGCGGAACCACGAGCAGGACGCTGCAGAACGTCACCCAGAACACCACGTC-----GGAACGCCGGAACACGTCCAGGTCCCCT-GAGGAGGAAACGGAACG-------------------------------------------------------------------------------------TTTGTGAAGCATTT--------------------------------------------------------------------------------ATCAGTTAACCTCCGA------ATATCCACCGATG--------------------------------------------------------------------------------------TCCCGAGAG-------TCTCGTACCCAGAGGGGTGAAGAGGACCAGGGAGGCCACCAGGAAGCCCAGCATCAGTCCCACCACGACCACGCACGCCATGACGGAACCGAACCGCCACCAGCTCATCACCAGGACGACCCCGCCCAGCACTCCGATCACCGCCGACAGGACGAGGCGGACTGTGGA a score=5198 s danRer3.chr4 1362934 91 + 33808418 GTACTCACTGTTGTAATCCAGCGTTGTGGTTCTGGTGATCAGGACAAAGAAGAGAAACGCCATAAATCCAAATCCCATACCGAACAGCTCT s fr1.chrUn 255190451 91 + 349519338 GCGCTCACGGTTGTAGTCCAGCTCCGCTGTCCTGGTGATCAGCACGAAGAAGAAGAACGCCGCGAAGCCGAAGCCCATGCAAAACAGCTCT a score=4088 s danRer3.chr4 1365297 102 + 33808418 AACTCACCACATTTGAAGAAGCGATGACCCACAAAACACACAAACAGCCCAGCCAAACCCAGCACAGTGAAAAACACTTTCGTGGAGACTTTGTCTGAGAAA s fr1.chrUn 255190654 102 + 349519338 AACTGACCACATTTGAAGAACCGGTGACCAAAGAAGCAGACGAAGAGGCCGGCCAGCCCGGTGAGGGTGAACAGCACCTTGGTGGACGTCCTTCCTGAAAGA a score=6951 s danRer3.chr4 1367878 194 + 33808418 CTCACCCAGATCTTGACACCCATCCAGTGTAGAGTTGAAGCTGCAGGCGTATGTGTGGACCGGGATGTAGGAGGCTGAAGTGTTCAGCACTGGATCTCGAACAATCACTGAGAAAATCACACCCTGACCAGGCAGAGACATGAAGGAGAACTGCGTCTTCTCTTGAGAGGATAAAGACACCACCTGGAGGAAAA s fr1.chrUn 255190923 194 + 349519338 CTCACCCAGCGTCCTGCAGTTGTCCAGCGTGGACGCGAAGCTGCAGGCGTAGGTGTGCACGGGCAGGTAGGAGGCGGAGCTGTTCAGCAGGGGGTCTCTGACCACCACGGAGTAGACCACGCCCTGGCCGGGGATGGAGGTGAACGCCGCCAGCGTCAGCTCGGTGAATGACAGGGTCATGACCTGAGGAGAGA a score=5693 s danRer3.chr4 1370252 165 + 33808418 ACATTGGCCACTCTCTCCATGCTGCTGATCAGACTCTGCTCTGATTGGTCGCCTTCAGGCAGGAAGAACTGATACACTTCATAAACCAGCCGCCAACGAGTGCTGGAGTCTGTCTGCACGTCACACGCTGGAGGAATCTCCCCTCTGA----AAAACAAGATTATGATC s fr1.chrUn 255191209 169 + 349519338 ACGTCGGCCACGGCCTGAATGGCGCTGAACAGGCTGTGCTGGGAGAGGTCGTTCTCCGGCAGGAAGTACTGGTAGACGTCGTACTGCAGCCGCCAGCGGGTGTCGGCGCCGGTGGAGGCGTCGCAGGGGGGCGGAGTCACTCCTCTGACGGGGGGACGCGGTTACGGTC a score=5169 s danRer3.chr4 1371882 129 + 33808418 TCTCACCTTCCATATCCGAGGTTAGCAGGAGCAAAGGTAATCGTGGTCTCAAACAGGTTGTATTTCAAGTATATATTAGGATCGATCTCCATTGGGAATTCCTGATTGCATGCTCCGGGAACAGGATCT s fr1.chrUn 255191857 129 + 349519338 TCGTACCTGTCAGAACCTAAATTTGCTGGGGCGAAGTGGATGGTGGTCTCGTACAGGTTGTAGCGGACGTACACATTTGGATCAACCTCCAGGTTGAATTCCATGTTACAAGCTCCAGGAACCGGATCT a score=2901 s danRer3.chr4 1372423 160 + 33808418 TCACCAGTGCTGGTGTAGGGCAGAATTACACCAATCGCTGCTGCGCTGCTGCCGTCGGGGGTGTTCAGGAACCAGGAGATG-----CTGAACTGACTGGGGATCAGCGTGGACAATAATCCAGCATCTTCTGCCGTGACAAAGAAACCAAAAAGCGGTTCCTAAA s fr1.chrUn 255192069 160 + 349519338 TTACCGGTGCTTGAGTAGGAGAGGACCAGCCCGGTGCCCGTCACCGAGGACCCAGCAGGAGACGACAGGAACCAGGAGACGGACATCTGGGCCGGCTGG-----AGGGCCGACAGGAGCCCCGAGTCCACCGCCGTCAGGAAGGAACCGGGCCGCAGAACCTGGA a score=5823 s danRer3.chr4 1374956 177 + 33808418 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CTACATTCAAAGAAATATTGAAGTACTATAAATGTTAAATAAAATCGCTTTAAAAGTAATCAGGCTATATTTC--------TGGCAGATAATGGAAAATAACTAATGCAACAAAGGTACGGGATATTTTTTTCTCTTACAATGTT------CATCTTTCTTCGTTGTTGTTGCGTCCCGAATGCGTCATTGAAAGTCGCACATGCGCACAATGTGTTTTATAA--AACAACCAATATGGCGGCGTCCGTACAGCACCTCATATTAGCCGGGAGATATCTAAATCATCGGCAATTACTGAAGACAAGCTCTTTAAGAAAGGTAAGAC a score=5460 s danRer3.chr4 1386525 122 + 33808418 TGTCTGCTCCGGCTGTCAATCAGGTGGTTTTAAATGTACCAGAAACGAAGCTCACGACCCTTGATAATGGGCTAAGGGTGGCTTCTGAAGACTCTGGACTATCCACATGCACGGTAAACTCA s fr1.chrUn 29175128 122 - 349519338 TGGCTACTCGGGCAGCTCAACAGGTGGCTCTAAATCTTCCAGAAACGAAGGTGACCACTTTAGAAAACGGTCTTCGTGTGGCTTCTGAAGACTCTGGTCTTAGCACCTGTACAGTAAGTCCA a score=5426 s danRer3.chr4 1388216 165 + 33808418 TTGTGATCACA-------TGATCCAGGTTGGTCTGTGGATTGATGCTGGGAGTCGCTATGAAAATGAGCATAATAATGGCACAGCGCACTTCCTGGAGCACATGGCATTTAAGGTATGAGAACAAATTATTTGTCTTA----ATACGAAAAGGTTTGGTTCAGACGTTAAACCGGG s fr1.chrUn 29175373 170 - 349519338 TTCTAATCACAGCTTTCCTCCTCTAGGTGGGTCTTTGGATAGATGCTGGCAGTCGATATGAGAACGAGAGAAATAATGGCACTGCACATTTCCTTGAACATATGGCATTTAAGGTGAGAT------TTGCTTGTGTCATCGCACTCCATCATCTTAGAATATGACAGTTAGCCGGG a score=17271 s danRer3.chr4 1388381 692 + 33808418 TTTTTAAATGCACGTTTAGGGCACCAGAAAGAGGTCTCAGCTGGACCTGGAGCTGGAGATCGAGAATATGGGAGCTCATCTGAACGCGTACACCTCCAGAGAGCAGACGGTGTATTACGCTAAAGCTTTCTCCAAAGATCTGCCTCGAGGTAAACAAACAATTATACTCATCATAGCATAACTTGCCAAAACATGTAGA-GCAAGTAAAGTAAAAGCATCACTACTCAGAGTATGAGTAAAGCAGCTCTTCTGAAAGCACTCAAGAGGGGTGGGCGCTGCGGAAATGAGTCCACTATAGACCCTGCAGATTAAAATCAAGCTTACATCAGTCCTGTTTTCCTTTATGTGCGTTTCTAAGTGTAAGTTCAATCATTTGCTATCCATTGACTATTATAATTAAAATCAAACTACATTAAGGTGTTAGTTCATCCAAACTGTGAGTATTTAGATGTGGTTGATTTTGCATTATGTGTGTGCTGTAAAGCGGTGGAGATCCTGGCGGACATCATCCAGAACAGCACTGTGGGAGAAGCCGAGATCGAGCGGGAGAGAGGAGTGATTCTCAGAGAGATGCAGGAAGTGGAAACCAACCTGCAGGAAGTGGTGTTTGATTACCTGCACGCGACAGCCTATCAGGAGACACCTCTCGGGAGAACCATCCTGGGCCCTACGGAGAACATCAAGTATGAACA s fr1.chrUn 29176574 521 - 349519338 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TGCAGAACTTGTCCAGTAAACTGGCCCAGATGTCCTGCCAGGGGAACCTGTGCCACAGCTTCCAGTCCTTCAACACCTGCTACACAGACACAGGCCTGTGGGGGCTTTACATGGTGTGTGAGCCGGGAACCGTCCACGACATGATCCGATTCACTCAGCTGGAATGGTGAGAAGTGAACCTCAGAGTTCTGCGAGTTCAGGAATATTTTATAAGCTCTTaaatatctagtcaaatattatttactgtcatcatggcaaagacaaaagcaatcagccattagaaatgatttaatgaagctacggtttgaaaatgttgaagaaaaaaaactcttcgttGTTTGTAAAATAATAAAAAATTTGACACAAACGAGGGCCGATCATTTCCTGTAATGAACACACGTTTGCTTTCAGGAAGTCTCTGTGCACGAGTGTGACTGAAAGTGAAGTGAACAGAGCCAAGAACCTGCTGAAGACCAACATGCTGCTTCACCTGGACGGTCAGTGCCAGATCA s fr1.chrUn 237080287 356 - 349519338 TTCAGCATCTGAGCAGCCGCCTGGCTCGCCTGGCAGTGGAGGCCAACCTGTGCCACAGCTTCCAGGCCTTCCACTCTTCCTATAGTGACACTGGCCTGATGGGCATCTACTTTGTTACTGATAAGAACTCCATTGAAGACATGATGCACTGGTCCCAGAACGCCTGGTCAGTCATG---CTCATGGCTCC------------------------------------------AATGTTATTTTTTATTTTCAGGACAGTG-----------CAGCCA---------ATTC---------------------------------ACAATTTTTCTT--------------------------------------CCCATTTGCTCCTGAA--------------------AGGATGAACCTGTGCACCACAGTGACAGAAAGTGATGTAACTCGTGGCAAGAATGCCCTGAAGGCCAGCTTGGTTGGACAACTCAATGGTAGGAGAGATGTCA a score=4186 s danRer3.chr4 1393017 100 + 33808418 tgCAGGATCCACACCCATCTGTGAGGACATCGGGCGTCAGATGCTGTGCTACAGTCGCAGGATTCCTCTGCACGAGCTCGAGGCCAGAATAGACGTGCGT s fr1.chrUn 237080702 100 - 349519338 TCTAGGAACAACACCCATCTGTGATGACATCGGCAGGCACATCCTGAACTACGGTCGGCGTATTCCTCTGGCAGAGTGGGACGCTCGGATTGATGTGCGT a score=3056 s danRer3.chr4 1394441 130 + 33808418 TCTTTCCTCAGGCCATTAACGCCACGACTATAAAGGACGTGTGTCTGAAATACATCTATAATAAAGCTCCTGCTATTGCAGCTGTGGGTAAGTGGACGTCTTCA-CTCTGTGCTCTTCAGTGTTGGGTTAA s fr1.chrUn 237080868 126 - 349519338 TCTGTTTTCAGGCTGTAACTGCTAATGTGGTGCGTGACGTCTGCACCAAATACATTTACGATAAGTGTCCTGCTGTGGCAGCTGTTGGTGCGT-----TCTTTGTTTTTGTCCTGTTTGGAGCTACATTAA a score=1586 s danRer3.chr4 1396869 171 + 33808418 CTTGTCCAGTAAAAAATACCCTGaatataaaatataatataaaataatataaaaagaatataaaaagaaaaaaataCACTGTAGTGTGCAAAAATCTACCCTGGATATCTGCAT-----TTTAGTGTGAAA-----AAAAATATTTTGGTATGCTAAAATTTTTTTTTAACCTAAATATCT s fr1.chrUn 288068845 173 + 349519338 CTTTTCCTGTAAAAGGG-----GGATTTGAATTTTAATCTAATTTCTT-TAAAACG--TTTAAATCTTAACATGTTCAATCTTCCATTCAACAATATTTTCACGATACTTACATATATTTTTAGAATCGAATTAATAAAAAGGTTTTAACACCATGAAACCTATTTTTAAGTTAAATATAT a score=3663 s danRer3.chr4 1397432 116 + 33808418 CTTGGAGCGTCCGGGCACCGCCTCAGAGATCCTCTCCCAGCGCTCGGCCGTGCTCACCGGGTAGGTTTTCAGAGCCTGTTCCAGAAGCTTCTGCTCCTCTGTGGTCCAGGCGGCAG s fr1.chrUn 288069909 116 + 349519338 CTTGGTCTTCCCAGGAACGACCTTGGCGATGCGGTCCCAGCGCTCTGCGGTTCCTCTGGGGAACTGCTGCAGAGCCAGCTCCAGAAGTTTCTGTTGGTTCTGGGTCCAAACTGCAG a score=9406 s danRer3.chr4 1398069 228 + 33808418 ACACACGCGCACTCACATGGCGTTTGTTCCAGCAGGAAACAGGTTGACGGCTTTGATGAGCAGCTGCAGGTCTTCTTCGCTCCAGCCTCTGTTGTTT---TGTCCTCCTGCTGCACTGCTGTGTTCAGAGCCACGCGCTGCCTGCTGAGCCTGCAGCTCTGCATCCTTCTCCTTCTGCAGCTGCATGTTCACCTCCTGCACCTGCATCATGGAC--AAACACGCAGATAAATG s fr1.chrUn 289596166 232 + 349519338 ACACATTGGGGTTTAC-TGGCATTGGTTCCAGCAGGAAACAGGTTGACTGCTTTAATAAGGAGCTGGAGGTCCTCCTCGTTCCAGCCTTTCCCTCNTNNGCTTCCCCCTCCTCCACTAGCCTGGTCAGCACCACGAGCTGCTTGCCTTGCTTGGACCTCAGCCTCCTTCTCCTTCTGCAGTTGTACGTTTACTTCGTCGACCTGGAGGGTGGACCAAGATATTCAGAAAACTG a score=3023 s danRer3.chr4 1398298 186 + 33808418 ATGTACAAACACAAACATGCATAGATACACAAACACAAACATTTGCACAACAAACATAGATGCTCAAacacacacatgcacaaaaacacatacattcatgcacaaacacacacatgcacaaa-aacaca-------tacattcatgcacaaacacacacatgcacaaaaacacatacattcatgcacaaacaca s fr1.chrUn 144137954 185 + 349519338 ATACACAAACACCAACATTCACAGATCAACAAAAACAGCACTTAGCATAAAAAACACCGCCGC-CACCTGCACTCACATACTGGAACGAGTCCAC-------CAAGCGCATG-GTACACAAACGACACACTGTGACTGTGCTGGTGGAGTGATGGAAGCATGCGCACAAACACACACTTTCCCTTGGAGGCACA a score=3451 s danRer3.chr4 1400326 118 + 33808418 TTTGCAGTGTCTC---ACCTGTTTCTCCAGAGCTGCTTTACTCTGCTCTTTATTGCCAGCAGACAAAGCTTCATTGAGCGTCTGCAAACTACAAA-----------CAAAAACAAAACAAAGAGTCAATATT s fr1.chrUn 289596421 131 + 349519338 TTTGCTGTGTTTCTTTACCTGCTTCACCACTGCTGCCTTGCTTTCATCTTTAGAGGACGAGGCCAAGACTTCATTTAGGGACTGCAGACTGGAAATAATACATTTGTAAAAATGACACAAA-AGTTGCTATT a score=6385 s danRer3.chr4 1402957 133 + 33808418 TTTTGAGGCAGTGTATTGACCTGATGAGCTCCAAGCGGTCGCAGAGCTTCTCCACCTCCTCCATCATCCTCACGCTGTCCGCCTCATTGTCTGTGAAGTAGTTTTGGCTCTGTGGGAATAAGAGAGgagcaat s fr1.chrUn 289596655 128 + 349519338 TCTGAAGACGGTGATTGTACCTTGCAAGCTCTAGTCGATCACAGAGCTTCTCAACTTCTTCCATCATCTTCACACTGTCCGCTTCATTGTCAGCAAAGTAGTTCCAGTTCTGT-----CAAGAGAGGGACCAT a score=5273 s danRer3.chr4 1403199 302 + 33808418 gaaaatgcaacacgtatgctgtcaaacaccttttcttcatttgctggtgtttattgtaattgcatgtgctgtcttaaattgcagGTCTGCCAGTTGTTCTGGTGAAAAATGTGTGTACAAGGTGGACACTAAACGCTTCTTGCCTTGCAGGTCATGCGGAGTTTCTGCCGCTCTTTCTTAATGGCTTTTTTCTGCGCCTCTTTCTCCTTCTTAGCCTGTTGAGCTGCCTGCCGCGCCGCCTCCTCCTGCTGCTCCTTCAGCAGCCGCGCCGCCTCC--TCCTGCTGCTGACGTGCCTGcacaca s fr1.chrUn 289596783 205 + 349519338 GAATATGCAGCAC-------------------------------------------------------------TAAAGTTCAAA------GGTTGTTTTGATGAGA------------------------------TCACACCTTGCAGGTTGCCCTGAGTttctgtctctcctttttgatcgccttcttctggatctccttctctttctttgcttgctgggcggcctgctttgcctcctcttcctccttctgcttcAGCAAGCGTGCTGCTTCCAATTCTGCT--TGCACAGCCTGAACAAA a score=-548 s danRer3.chr4 1410553 269 + 33808418 TTAAATATATATAACACACACTCATATATTATATCCAAACAAAC--TTTTATTTTGGATGCAACTAATGGTGATTACTAATCTTTGCCCAGC----ACTACTAAAAAC---------------CAATCAGTGGACATTTAAAAAAATCGTTAAGGCATTCTTCA--CTCAAAATCCCACACAGATTTTGGTGTGTCCCTCTACAGAACATCCCAAA--GGTGTTATATATGCAGGGAAATGGTGTG--TGATGTAGACAG------TGATGAGTGTGTGT------------------GCGCATGTCCTATCTGCGAGT---A s fr1.chrUn 113408748 293 + 349519338 TCAAATAT-TCCAACATGCACGAATA---------AAAAGAAACGATTTAACTGTATAAGCAGCAAATAAAGATG-------TTTTCTCAGCTACTGATGTTAAAAATATACATAGAAAGTCTTAAATACTGTATATTTGGAAAAA--ATTATGACACCCTTCAAGCTCCAAACCTC---CAAAATCAG--------CTCTAAGTCAAATTGAAAATAGATACTGTACACATTAAGAGGCAGTGTTATTGATTAAGTCAGAGTCTTTGAGAAATGTCCATCTTGGCCTCTGGCATTTGGCGATGGTCCTATCTGTTGACCACA a score=6797 s danRer3.chr4 1410822 244 + 33808418 GCTGAGGCTGGTGTGCTGAAGAGTGGTGTGAGGTTGCTGGGGTTTGTCTGCGGCAGGAGCAGGTTCCCGTTGGTGGAGGATGAGCGATTGATCCGGAGGCGTCTCAGATATTCGGCGTGAACCGGTTTGTGGCCCTGCAGGACTCTGATGGCCTCGTCCACGGAAAACCACTCTCGCTTACGGCCTACAAGGCA-AACACAGTAGCAAAAGCGGCATTAGTGTTGTTAAATAAATGCACTGCAGG s fr1.chrUn 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tataattatataattaattataatagttataaaatat---tattctatataaaaatCATCAACATATGAATCAAATGTTTAGTTATTGTTCAGTGTAAATACATGTATGTAAAAATGA--ATTGCCCTAATTTCTCTGAATTGTAATATTTTTTTTTTTATACTTGATAACAATTGACATTTTA------ACACTCACCCTTTATAAATGAATTATATAACGCTACAAAATTATAATACTAATAAAA-------------CTGATAT----------AAATGTATAATAATAATAAAGTACACGTTAGGG---TTTAGGTGTTTAATCtt---atataaatatatatattaatattaatgaataatattaatattataattttaaat---taaattGTTACTTGTAATTACATCATAATAAATGTATTAAATATAATACAATTTCGGATTTTGAATGCTCAATGGTGAAGAAGTTATTGTTTTAAATTTTGTGTTGTTCCTTTGGATCTTATAATGCAAAATGAAGGGGGGAAATTAACA---AAACAGGAATATATTTTCCGTTG-TTACAGTGTTGTAAATGTGTG----TTT----------------------------GTTGTGTGTGTGTC---------AGCCTCAGTGCAGGTTCAGGTGGAGCCGGTCGGCCGCTGGTTCGAGGCTTTTCTGAAGCGCAGGAACAGAAATGTGTCGGCTTCGTTTCAAGAGCTggaggaagaggaggagctgtcagaggaagaggaggatgaagagCTTCAGCTGGAGGAGTATCCCATGCTGAAGACACTGGACCCCAAAGACTGGAAGGTGTTTGTTGTTTAGTTTATTTGTATAATGTTTTCACTTTAATTTTTGTCCAGTCAAATGAATAGTGTGGACAGTATATATATATATATACACACAAAGTTATCATGCAGTTATTGCACTATAAATGTAATTATATAAATAGTGTTTGTTTTTTTTTCAAAAAGGTGATATCTATGT---GATAGTACATTTTTAATTAAGTGTATTTGTGATAAAGTGTGTGGGTCAGAGACTGTGTGAGCTGAAATCACTGACACACTCCTCTTGCATTACAGAACCAAGATCACTATGCTGTTTTAGGTCTGGCACACGTCAGGTATAAAGCAACGCAGAAACAGATCAAAGCTGCTCGTAAGTTTGACTTTTATATTT s fr1.chrUn 59917677 986 - 349519338 TATAATTATATAATCTATTTTTAGCATGACCAAGTATGTTTATTCACTTTAAGAAT---------------------TTTACTTGTTTTTT----TAAAC-----CACGTAAAACTAGCTGTTGTCCTCAT-------GGGTGCAGCAGCTTCATTG--ATGGTTAAGAAATTTTGATATGTCATGTGGAAGATTTACCCTCTTTCACTGAGTTAAATCTTGATGGACCTTTTTAGTACAGATAAAGAAGTTCATCCCATCTCATATTTTACTAGTTAGTCAAATAATTCCGATAAAACAAACGAAAAGTGTTTTTTAGTGTACAGTTTCTGGGCAGAGCCAAATATATT--TATTAAAAGAGCACATTGAAAACAGAGTCTGCACTGTCCAAAATGTT----GTAGTTA-------GTGCACTGACTAAAGATAATACACTT----------AAAAATCAACAACCAAGATGACATCAAAAGACAATTGGCGATGTAACTCTGTAT------ATGCAATGAAAATGTAGGAAATCCCAGTGTAAACAGGTGTGTTTTGAGCCTGGATTTAAAAATTGTAAATGAGGGGGGATTTCTAACGTTGGTTCTACAACCTACGACCAGTTGTCTGACTGTCCATCCCTACAGCCTCTATGCAGGTGGAGGTGGAACCTGTGGGTCGATGGTTCGAGGCCTATGTGAAAAGGAGGAATAGGAATACGTCTGCATCCTTCCAGGAACTTGAAGAGGAAGAGGAATCCTCAGAGGAGTCAGAGGATGAGGAGTTACAGCTGGAGGAGGACCCAATGCTCCGAACACTAGACCCTAAAGACTGGAAGGTA-----------------------AAGGGGTTTAAATTAGTTTCTG-------AAAT------------------------------------------------CGGTCATTTCTGCTT---TGTGAATAAGTTCAAAGTGT------------CAAAACGGTGAGAATTGTCTTTCAACAGTA-ATTTTTACTGTTGTCCGTTTGT---------------------------------------------------------------AGAATCAAGACCACTATGCTGTCCTTGGCCTCACAAACGTGAGGTACAAAGCCACACAGAAACAGATCAAAGCTGCTCGTGAGTATGCTCCTTCTGTTT 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GAgatcctcgagagcttagccgtc---gttctgcagcgtcgcgactgggaaaacccATATATATATACTGTCCACAATATCCATTTGAC----TGAAC------AAAAATTAAAGTGAAAACATTATACGAATAAACTAGACAACAAACACCTTCCAGTCTTTGGGGTCCAGTGTCTTCAGCATGGGATACTCCTCCAGCTGAAGctcttcatcctcctcttcctctgacagctcctcctcttcctccAGCTCTTGAAACGAAGCCGACACATTTCTGTTCCTGCGCTTCAGAAAAGCCTCGAACCAGCGGCCGACCGGCTCCACCTGAACCTGCACTGAGGCT---------GACACACACGCAACAAACACACATTTACAACACTAACAACGAAAAATATATTCCTGTTTTGTTAATTTCCCCCCTTCATTTTGCATTATTTTATACAAAATCTAGA-GCAATTGCTTCTTCACCATTGAGCATTTGAAATCTGTAATTGta---ataaatttaatacatttattatgatgtaattacaagtaataattcaatttataattatattaatattattcatt s fr1.chrUn 289600742 550 + 349519338 GAGGCCAAGGACAGCATAGTGGTCTTGATTCTACAAACGGACAACAGTAAAAATTACTGTTGAAAGACAATTCTCACCGT---TTTGACACTTTGAACTTATTCACAAAGCAGAAATGACCGATTTCAGAAACTAATTTAAACCCCTTTACCTTCCAGTCTTTAGGGTCTAGTGTTCGGAGCATTGGGTCCTCCTCCAGCTGTAACTCCTCATCCTCTGACTCCTCTGAGGATTCCTCTTCCTCTTCAAGTTCCTGGAAGGATGCAGACGTATTCCTATTCCTCCTTTTCACATAGGCCTCGAACCATCGACCCACAGGTTCCACCTCCACCTGCATAGAGGCTGTAGGGATGGACAGTCAGACAACTGGTCGTAGGTTGTAGAACCAACGTTAGAAA-----------------------TCCCCCCTCATTTACAATTTTTAAATCCAGGCTCAAAACACACCTGTTT-----ACACTGGGATTTCCTACATTTTCATTGCATATACAGAGTTACATCGCCAATTGTCTTTTGATGTCATCTTGGTTGTTGATTTTTAAGTGTATTATCTTTAGTCAGT a score=1931 s danRer3.chr4 1418829 171 + 33808418 ttaaaataaacctaaacaaaaaactaaacacacgcacaaaaaaataaacaaacacaaataaTGGATACATTtaaaaacaaacctaacaaaaaaacaaaaataataaaa----aaaataaatatataaataaaT---AAATTATTTAATTAATGCAAATAATAGATACATAAACATAAG s fr1.chrUn 40117157 168 - 349519338 TTAGAGATAAACTGAGTAAAACA----ATATATAGAGAGAAATGGGGACAAAGAT---TAGTGTGTTTTTTTTCAAACAAA---AACACAAAACGTAAAATTGTCACATCCAAAGCAAAATATCAGAGTTCATTTAAGACTATTTCTTTAAAAAAAATATTAGATACATAAAACTTAG a score=196 s danRer3.chr4 1419743 8 + 33808418 AAAAATCA s fr1.chrUn 40122760 8 - 349519338 AAACGACA a score=7578 s danRer3.chr4 1419759 264 + 33808418 ACCAATATTGACTGAATCCTCCCAGGCATCCAGCGTCTCTGTGACTGTCAGCACATACACGTATGTCCGGTGTTTCCGGTCCTGGTTCTGCTGTTGTTGAAAA----------ATAAACCA------------------------------------------TTTCAGTGTGAGGGTCTATGATCACGTAACATCCAT-----CCATTCATTCATCTG--AACCGTCCAATGAGGAGAGAGAGAGAGGAGCTTTACCTCAAACACACCCAGTAAACGTCCTAATTTACCCTTCACTCCAGCCTGAG-GGAGAGAATGAGACAG s fr1.chrUn 211132191 317 - 349519338 ACCTATGTTGACAGAGTCCTCCCAGGCCTCCAGCGTTTCAGTCACAGTCAACACGTAAACATAGGTCCGGTGCTTCCGATCTTGGTTTTGCT-TTGGGGATAACAAACACGCCATAAATCATGACGTAACATATACAATAATGCTGCGAATATCATCCTTTTCTCTCAGTGCTGGCAGTTTGCATCGTGTACTGGTTATCTGTGCCAATTATACAGGTGCCAAGTGTCCTCTGTGAAGCACATGAA------CTTACCTCGAACACACCGAGAAGACGTCCTAGCTTGCCCTTCACACCAGCCTGGGTGGAGAAAACAACACAG a score=-1338 s danRer3.chr4 1420023 191 + 33808418 AC--------ACTGGTCAAATATACACATAT--------------CATTACAGAAA---CTAGCTATACGGTCAAGAACATCACACTCTATATTGTAAAAATG-----------------ATCAGTTAGTTAAaagtgctttacgtttatttacggttgtgaattgcattatggga--------tgttgatctctgctctgtcccttttcgatgttgaaaattcaactctacagtttaaca s fr1.chrUn 113410865 223 + 349519338 ATGAATGACGAATCATTGAACATTTGTGTATTTCAGTCATTTTTCCTTTATAGAAAAAACTGGACACAAGGAAAAAAAGGAAA------ATATTGTAAAAATATTGTTCGTAGTGTTTTTCTCAGACAGTTTACAACCCT---CGGATGTCCACGTGTCTGTGACATGACATGGCAAACGACCAGGTGGACCTAAACATAGTC----TGGGAGGATGAGAAGTCAGC-----AGCTTAACA a score=-214 s danRer3.chr4 1420399 137 + 33808418 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ACCTCTTCTTCGCGTTCGTTCTTAAAACACAGACAAGCGGCTCGTTTCTTGAAGCCCTCTCCATCATATGTCCTGGTCTGGTTCGGCTTCAGCTTCAT---------TTTATATTTATTCTGCGTCATTC------ACTTTGTAAACAGCC a score=2134 s danRer3.chr4 1438014 590 + 33808418 CACAGGAAAGAAAAAGTAAAAAAAAAAGTtaataataataataataataataataatTCACATCATTTTGTCCC--TGACCAAGAAGCAGCATAAATGCAACCCGCGTTTA---------ACCTGCCCTCCCTCTACGCCC--AATAACATAAAAAAAACCAAACAAACC---------------ATTACACCTGGAGCCTAC--AACCTGTTTCCAGTGAAATTCAC---------TGCGTTAATGACTGTAATAGGGACTGTACTACACATTCTGACAGGGTCCAGTGTAGTGACCACGCAAGGGATGCTGGGAAATCCCCCAGGCCATCACCACACGTCATTATCCTGGTTAAAGCATATAGTGGAGCAAACATCAGCTCTGAACCAGGAGCACACCAACACTCACCCGATAGGCTGCAG-TAGATGCTTTTGAATCATGTATTATTTTATCGTTT--------ACGTTTTTTATTTTGTCTGAGAAAGTGTCCTTTAAATGCAAAAGAAGACAGGAGGAGATTGT-TCCACTTCTCTCACTTGGCGCCACCTTTTCTTCT-TTCTAAACTTCAATGTTGTTGCCGGCATAAAGCCTGGTCCATGTTCGGGCTGCAagagagagagagacagagaga s fr1.chrUn 211144954 606 - 349519338 CAGAGACGGAGGAAAGTGGTGGATGAAGCAAAGGGCAATCTAAAAAATGAGATCAGAGCATGTCGTCGTCTCCGGGCGGCTAAAAAAAAAAAAAAATTGGACTCGTGTTGATAAAATGGCAACTGCGGCGGCACTGGTCCCGGATCAGCACTGACAGAAACAGATGTGTCGACAGCCGTGTTAAAAGAACAGCTTTAATGTGCTGACCATGTCCTCATTCAGATACATATCTGCATGTGTGTTTAAGACTGTGAGGGGGGGGGGGG---GCGTTCTGTCCATG--CATTTCAACAGCAACACGGGGGGGGGAGGGGAAAAACGTAAAGTCTGAC-ACACATTAATGCACC--TTAGAGAGGAAAATAAGTCACCCAG-AGGTCTGCAGCAGGA--------AAACTCACTTTCTTAGATGTGGACTCATAAtctt--atcttggtttgttttgttgttttttttgttgttttttttactttttt-------gtgtctGTTAAATTTAAATGTTGACAGAATAGGAGTACATTTGTGTGGATCACATTCAGGCGCCTCGTCTCCTCTTCTATACTTC---GGTATTTCCAGCGTAGAGCCGGGTCCATGCTCGGGCTGC-----GGGGAGAGACGGAGAGA a score=-4020 s danRer3.chr4 1440989 960 + 33808418 TCTACCTTTTGTAT---TGACA--------------TTATCTGTT---GTGCACCTAGGGTCTGAGAATAAAGCAGTTTCGATTC------TCTGTATG----TCCTGTACATGTGGTTGAATTGACAATAAAGCTCACTTTGACttaacctggttaagcctttaaatgtcactttaagctgaataatagtgtcttgaagaatatctagtctaatattatgtgctgtcatcatggcaaagataaaagaaatcagttattagaaattagttattcaaactattatgattagaaatgtgttgaaaaacttctctctgttaaacagaatttgaagggaaattgtgtggtaaagaattaaaccggagggataataattcTGTGCATATAAATATACTGTGATATAGAAAGAAAATACTGTATATGTAAATATATTTAAGTTGCAATCTGCATTCTCTGAGCTGTCACGTTTTCATTCTCCAAAGTGGATAGTATTCTGTTTAAAGATTAGGAATCAAGACACGAAGTGCAGCGATTCTACATTTATTTTACAATCTAATATTTTGTTATTTGCATGAATATTTAACTAAACATCCATTTTTATAA-------------TGTTTTGTACAAGACACTGTCTTACAATCTCTTCATATCTTAAAAAAAAAATCTAAAACCCCAAGACAAACCatgaagtgtgcttcac--------------acaggtgagtgggcttgacaaaccacctgtagaagaaaccactcttctctctataa--aaaataaa--gaattataagcactctccccttaatcaag------------------cacttaattct-ccgagca---------------------ctaacagttcctttgtataattatcccttgttgtTGAGATCTAatcaccgtctctcca----------ctccacctatagctgttgtgtggtgagcgcac--------tggtgctgttgttctttagctgccatcgcatcatccaagcggagctgca-cgctagtggtggtgttgagagacc---------ccccttgcgattgtgaagcactttggg 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s fr1.chrUn 157004310 796 + 349519338 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AGTCTGCTGTCTTCTCCAGATGCTCCAAAGTCATGCTCAGTGTCAGTGAGTCCCTCTGCTGTGGTAGCGGAGAACACTACAGTCACTCTGAGCTGTAGCTCTGATGCTAACCCAGCAGCTAATTACAGCTGGTAC----------AAGGAGA---------------------ACCAAACACTCACT--------CACCAGCAGGAGGGAGTTTATCGTTTC--------ACCTCTATTAGGTCTGAGGATGGAGGGATCTACCACTGCAGGTCTGAGAATCAATACGGAGAGATCAACTCCACAGCTCTCTTCCTGGATATCCAGTGTGAGT a score=1124 s danRer3.chr4 1561508 127 + 33808418 GTGGAGAGTGTGACTGGACATTATTGTAGAGCAGTTCCAGTATATAATGTTTTATATATGATACGTGTTTTTCGCAATCTTGTA-AAATGCTCTG------------CATCTGTATGTGTGTTTCAGCATCTCCACCCAA s fr1.chrUn 157004173 127 + 349519338 GTGGAGAGTATTACTGCACA--GCTGAGAACCAGTTCGGATCAAAGACGTC------AGGATATGTCTCTGTTGAACTGCTGTGTGAGTACGGTAATAGCAATTAACCATCTGCA-----GTTCCAGGACCTCCTCTCAG a score=226 s danRer3.chr4 1562004 6 + 33808418 GTTCTC s fr1.chrUn 157004310 6 + 349519338 GCTGTC a score=4033 s danRer3.chr4 1562010 600 + 33808418 TTCATCAGATGCTCCTAAAAGTGTCTCTGCTCATGTGAAT------GGTGCAGCAGTGGAGGGTCATTCAGTGACTCTGAGCTGCAGCAGTGAAGCAAACCCAGCAGTCAAATACAGCTGGTACAGACACACTGAAGGAGACCTGAAACCAGTGCAGACCGGACCAAACCTGACCATCATCAACATCAACCGCACAC--ACAGTAAACGATACTACTGTAGAGCTGAAAACCAA-------CAAGGGACTCAGAACACATCAGTGCTGCTGGACGTCCAGTGTAAGTATTAAGTGTGTTGTTGTCTTTACTGTTTTATACAGTCATTATAATATGTTCAGTGCCATTCACTGTGAGGTACTTTGCTGAATCAGATTTGGGAGTCTTAGACAAATAAATGATTTGATTACAGTACATGTCAAAATCATGTAATAATGTTGTTTAAAATGTGCATAACAGTAAATCTGTTCTCCTTCATCAGATGCTCCTAAAAGTGTCTCTGCTCATGTGAGTCCAGCTGGTGTGTTTGTGGAGGGTCATTCAGTGACTCTGAGCTGCAGCAGTGAAGCAAACCCAGCAGTCAAATACAGCTGGTACAGACACACTGAAGGAGACC s fr1.chrUn 157003982 467 + 349519338 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s fr1.chrUn 4528914 1039 + 349519338 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TACTAagactaaaacagactaaaacagactaaaacagTAAATGGGATAAAAGGTGTAAAGACTAAAAACTGAGAGACTAAGAACTGAGGGAGTAAAACAGTAAAAGTGTCAGTAAAATAAGGATAAGAC------ATAAAGAAGCATGAAGACATAAAATAAATTGAAAATA--ATCAGAAAATCAATTAAAGGCCTGATTAAAAAGGTGTGTCTTGAGCCTCTTTTTAAAAATCTCAACAGTCTCTGCGGCCCTGAGGTTCTCCGGCAGGCTGTTCCACAGTCGGGGACCATAATAACTG--AAGGCCGCTTCCCCGTGCGTTTTAGAGCTTACATGTGGAATGGTT--AAAAGGCCGGTGCCAGAG---GACCTCAGAGTCCGCGA--GGGTTGATAGAATAAAAGCAGGTCAGATAAATAAGTCGGGCCAAGACCATTAAGACATTTAAAAACTAATAAAAGAACCTTCAAATCGATCCTGAAACGCACGGGTAGCCAATGCAGCGATTCTAA a score=11021 s danRer3.chr4 1593020 181 + 33808418 TCATTGTGTCAGTGTGCTGGATGCTCTGAAGTAGGACAGGGACTTGAAGCAGAGGCTCACCACGAAATACCAGATGTTACGAGCCATCTGAGAGCGGGCGATGAACACACGCCAGATGAAGACCAGCAGCACCGTGTTGAAGGTGTAGCGGATGTTCCTCAGTCTGCAAACACACACACAC s fr1.chrUn 253525027 181 - 349519338 TCAGTTGGTTAAGGTGCTGGACGCGCGGAAGTAGGACAGGAACTTGAAACAGAGGCTGACCACAAAGTACCAGATGTTTCGGGCCATCTGGGAGCGGGCGATGAAGACCCTCCATATGAATACCACCAACACGGTGTTGAAGGTGTAACGGATGTTTCTCAGCCTGGGAGAAAAAGAACAC a score=1838 s danRer3.chr4 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acacacaaacacacacacGATTAATAATGCTCATTAATTCAAACGTGcacacacacacacacacacacacG-ATTAATAATGCTCATTAATTCAAATGTGCACGCACACACACACACGATTAATAATGTAAATCTGATCAAACACACACACATGATCAATAATGCACATTAGATCAAACACATCCACACAATTAATAAAGCACAATTGATCAGacacacacacatacacacactcacacCCAAAATTAATGATGCATATCTAATCAAACACACACACCATCAATA----ATGCGCATCTAATCAAacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac-----acacacacacacacacacaatcaaaaatgtacatttgaacaaacacacacgcacatatcacta---ataatgcacatctaatcaaacaaacccacacacacacacacatacacacacacacaAACCATCA---ATAATGCACATCTGATCAAACACACACGCACATATCACTAATAATGCACATCTAATCAAACAAACCcacacacaca-cacatatacacacacacaAA------------------------------------------------------------------CCATCAATAATGCACATCTGATCAAACACACACGCACATATCACTAATAATGCACAT--CTAATCAAACAAACCcacacacacacacatatacacacacacacaAACCATCAATAATGCACAT--CTGATCAAACACACACGCACATATCACTAATAATGCACATCTAATCAAACAAACCCCcacacacaca----cacacacgcgcacacacacacacCATCAATAATGCACATCTGATAAAACACACATACTGGATTTATGATTCAGGGGTTCGATGATTCAGTAGCTCAGCGATTCAGTTGCTCAGCGATTCAATGGTTTAGTGATTCAGTAGTTCAGTGA----------------------------ATCAATGGTTCAGCT------------------TTAGCTATGTTTGTGAATGCCAAATGTC--------------ATGAAGTAGTTCAGTGATTCAGCAGTTCAGTGAATCAGTGGTTCAGTGAATCAACTAGTTCAGTGATTCAGAAGATCATCAGATAG 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ACAAACAAACCTGCCGGTGAGAAGCAGCCGTTAGGAACGGAGCCGAGTACAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATCTGGAGTAC------------AGGTGCACCCAGACAGAC-------------------------------------CAGCATCTGGAGTACAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATC-----TGGAGTACAGGTG------------CACCCAGACAGACCAGCATCTGGAGT-------ACAGGTGCACCCAGACAGAC-CAGCATCTGGAGCAGAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATCTGGA-GTACAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATCTGGAGTACAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATCTGGAGT---ACAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATCTGGAGTACAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATCTGGA-GTACAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATCTGGAGTACAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATCTGG-------AGTACAGGTGCACCGAGACAGACCAGCATCTGGAGTACAGGTGCACCCAGACAGACCAGCATCTGGAACGTCATCTCATGATTCCAGGGGATGTTCCGGGAAGGCTTGAGAGACGACACTGCCATCGTTGTGTCGCACCTGCTCAGTGATGCCCCTGCCTGCT--CAGTGATGCCCCTGCCTGCTCAGTGATGCCCCTGCCTGCTCAGTGATGCACCTGC----------TCAGTGATGCCCCTGCCTGCTCAGTGATGCCCCTGC--------------------CTGCTCAGTGATGCCCCTGCCTGCTCAGTGTTGCACCTGCTCAGTGATGCACCTGCTCAGTGTTGCACCTGCTCAGTGTTGCACCTGCCTGCTCAGTGATGCACCTGCTCAGTGATGCACCTGCTCAGTGATGCACCTGCTCAGTGATGCACCTGCTCAGTGATGCACCTGCTCAGTGATGCACCTGCCTGCTCAGTGTTGCACCTGCTCAGTGATGCACCTGCTCAGTGTTGCACCTGCTCAGTGTTGCCCCTGCCTGCTCAGTGTTGCACCTGCTCAGTGATGCACCTGCTCAATGATGCACCTGCTCAGTGATGCACCTGCTCAATGATGCACCT-GCTCAGTGATGCACCTGCTCAGT-GATGC 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s fr1.chrUn 203147984 2048 - 349519338 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score=16809 s danRer3.chr4 1704943 517 + 33808418 CCCCCCGTCCCGC-TGCCAGATGCACACAATGCTAACAATTCAGCCCAGCGGCGGACAGCGCTACTAAACTATGAGAATCTGCCTGCATTGCCGCCTGTCTGGGAGATGCGCAAACC------------CGAGGAG---GATGAACTCAAATCTCCATCGCTGAACGGAT--------------TTCATTCACTC----------------------GACCCGCAG------CATAATTACGTCAATACTGAGAATGTGACGGTGCCGCTTAGTGCACATAA-----ACACAACTCTCAGCCGAGC-------------GTTTTTAACTTTGACCTGCGGCGGCTTGGAGTG---GGCGACCCG---CTCCGCCAG---CTGAACTACATTGAGGTGGAAATGGACAAA------------------GTGTCGGATTCTAGCGGGCCTCATACGCCTAAAACACCCACTACACCTCTGCCG---GCCACTCCTACACGGAGAACTGAGCTGTACGCTGTTATTGATATTGAACGCACTGCTGCCATGTCCAGCCTGCAGAAAGCACAGCCACGGGACGATGGGACGTCCAGAAAAACACGACACAACAGCACCGACCTGCCCA s fr1.chrUn 74880012 623 - 349519338 CCCCCCGCCCCTCACTCCCGACCTGCAGAATGTCAACAACTCGGCCCAGCGGCGCACCGCCCTGCTGGACTACGAGAACCTTCCGGCTCTGCCGCCGGTGTGGGAGGCGAGGAAGCCGAGCTCGGAGGACGAGGAGAGCGGCGGCCTGAAGACGCCGTCGCTCAACGGCTACAACCACCACGGCCTCCACCACTCCTACTCCCACCCCCTGTCTGCGGCCCTGGAGTCTTCTCACAACTACGTCAACACGGAGAACGTGACGGCGCCGCTCAGCGCGCACCGGCCCGACACGGCTCGCCGCCGCACCGACGGCCCGACTATCTTCAACTTTGACTTCCGCCGGCCGCCGCTGCCGGGCTACACGGAGCCCCCTAAGACTCTCAACTACATCGAGGTGGAGATGGACAACAGCGGCACGAACAGGGGCGCCTCCGACGGGAGCAACCCCCACACGCCGCGCACCCCCACCTCCCCCCTGCCCCCCACCACTCCCACCCGCCGCACCGAGCTCTACGCCCTCATCGACATCGAGCGCACCGCCGCCATGTCGAACCTGCAGAAGGCTCGGCCGAGGGACGACGGCACGTCACGCAAGACGCGACACAACAGCACAGAGCTGCCCA a score=-834 s danRer3.chr4 1705460 183 + 33808418 TGTGA------CCCGCACTGAC-AACAATGTACAAATCAGTTTATACATCAGTTTATCTCAGCCAAATCCCTCATATTTCTCATTGAGTTGAGCTTTTGGTTTTAGTCTGCTGGAGTAGGTGGAAAATATTTGA-TAAGTAAGCAAGGCTGTGACATGTTTaagagatagttcaccctaaaaatgacattt s fr1.chrUn 35048735 181 - 349519338 TGTAAATGATGTTAGGACTGAAGAGGAGTGATGAAGACAGATGAAGGCTCATCTTAGCACA-CTGGACCCTTCTCTGTCATCCATCCATCAAGTGTCGGGCT---GACTAATACAGTA-----CAGGTACCTAATTAAAAAAGCAAACCTGTTCAATGGGGGGGGGGT-GTGTGTGCTAAATCTGCCATTT a score=3051 s danRer3.chr4 1714518 440 + 33808418 cagcctttccagctgcaacccatcactgggataataTAAAGTAGAGAAATGGTTAGACTCTACTGCTATTGGTGTCTGTCAGGAGTC-------ACTTCAGTTTAATCActctgaaatagctaaa---cgctattggctatttcaaaaaggggaggagctactcaatatgccccgccctgcctctttgatttagctgattaatgacgtcatgcattgaagaaagctgctcatttcagcactccaG-TGCAGCTTTAACGT----ACAGTCACCTGTGATGTGCAGTGCTCTACATAGTGTTAATGTGG-ATCTGAAGT-----TGATCAGCGGAAG--------AGCCAAA---------CACTGAAACACCGAACACACCCT-TCTGCTCTCTGGACCTGC-TGTCTGTCACCTGGCAACCGTCCTGTTGCTTGGATACAACATGCCTCTCCTTATTTCCTGTGGATCAAACGTGGCGA s fr1.chrUn 331476516 444 + 349519338 CAGTAGTTGCAGCTGAA-----TCAAAGGGACAGTATTGAGTTGCAGGTCCAGGGGACT--------GTGGAAGCCTATAAGGGGCCTGTGGATCTTTCAGCTAAAGCACCTTGAAAATGATCATTATCTCTGTTCATCATTTTAAA----GGCCCAGCTGTGTGGCAGAACCCACTGTGTTT-------------------TCATATCTTCCAGCAGACCATGATGCTGTAATTAGTGGTCTGGATGCAGGTTTTTCTTTACAACTGATATTTACTGTTTGCAGAAGTTCACAGCGTGGAAATGTATCGTTTGAAGTGGTCGTGGATTGCAGGAGTGATGTTCCGCCATGTCTTTTTTTCACGAGGACTTGGTGCATGCACTCTATGGTCTCAGGACCTCTGTATCTGTCACCTGGCAACCAACTTGTTGCCTGGATACAACACACTGTTTCTTATTTCCATTTGATCAAACAGGGTGA a score=3624 s danRer3.chr4 1719634 544 + 33808418 AAAATGTGT---GTGAAAGTGAGTGA----GCGAGAGTGAAAAAAAAGAGTGAGTGTGTGTTTGTTTACATGAGTtgtg-tgtgtgtgtgatagtgtatgtgtttgcatgtattgtgt-----tgttgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagaaatgtttgcatgtgttatgtgtgtccatgttt-gtgtgtgtg--------tgtgtgtgtATATAAAACAGAGTATAT-GTGTTTG----------CATGCTTtgtgtatatgtgtgagagagagtgtgtgtgt--------------gtttgcatgtgttgtgtgtgtgtgAGAGAGAGAGAGTAAGGATTCCAAGACTGGAATTGTGCTTTCATTTTTCAAATAAATTGTCTGTAATTTGA----GCGGCTCGCGTGTTAAACATTAATCGG--TTCATTAGTGAAACGTTTGTGAGCTGAAATGACAGATTAATTCTCTCTGATCTAGTGG-------------AGTGAAACACTGCTGGATCCCGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGAACCAATGCCGGGATCAGGCAGAGAACACAACAACAATGTGAGCAACACACTGC s fr1.chrUn 162359210 592 + 349519338 AAAGTGTGCTACATCAAAGTGAGAGGTGATAAAATGGAGAGAAAAAAGTTTGGAGGGTTTTTTTTTTAGTCAAGTCATGGCACGTGTCCTGCTGCCTACAGTTCTGAATTTGTTCTTTGTGCATGCCCCCgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg---tgtgtgtgtgtgtCGTCAGTAAGAAAGTCAAGCCTGGGTCAAACACACTGTGAGTGTATTTAAAGCCACTGACATCATGCTTGAACTTTAAAACCTGACTTACTCAAATGCCAAAGAGCAAAACTGTAAGTTAAGGCTCATTTTGGTTTTGAAGTGTTTTCTG-ATCCGAACGAAGGATTGTCC-----------TCAGAGCTGTCCCACCGTGTCCACCCTGGCTTGT--GTCAGTTGACCTTGAGGCTCGCA-GTTCAGAGCCAATCAGAGTCTCCTAACAAGACCTCAACGAACAGGTAAGCCTGGTCAATCATTCCTGCTGTTTTCACACTTTCACAGCCATTAAAATAATGCAAGTGTGTGTGGGTGGGTGTGTGTGTTTGAGCTGATGGATAGATGAGATGCAAGACACGGTAATAAAGTGAGCATGACACTAC a score=4139 s danRer3.chr4 1744095 766 + 33808418 TTCCATTTTAAAATATTACAATTTAGAACATTCCACTTTAGAATATTAAATTTCAGAACACTCCATTTCAGAAAATTCCACTTTAGAACACTCCACTTTAGAATATTCCATTTTAGAACAATTCATTTCAGAACATTCCATTTTAGAAAATAAGAACATTCCATTTCAGCATGTACCATTTCAGAACATTCCattttaaaaatattaaaatttaGAACATTCCACTTTCGAATATTAAATTTCAGAACACTCCATTTCAGAAAATTCCACTTTAGAacattccactttagaatattccattttagaacatttcatttcatcacattccattttcaaatattacattttagaacattacatttcagaacattacactttagaatattccatttcagaacattccattttagaatattccaccacagaacattccattTAAAAAAATGAGAACATTCCATTTCAGAAAATTCCATTTTAGA-----------------------GCATTCTTAAAAA-----TAAATAAGAACATTCAATTTCAGAATATTCCACTTTAGAACAATCCACTTTA--GAACATTCCATTTTAGAAAATAAGACCATTCCATTTCCGAGCATT----CCATTACAGAACATTCCATTTTAGAACATGAGAACATTCAATTTCAGAACATTCCATTTTTGAACATTCCACGTTAGAACA------TTCCATTTTAAAGTAT---TCCAATTTTGACCATTTCATTAAACTAGCAACATttaaataaaaaaactttcaaaactaaatgttcta-agaactaaatct s fr1.chrUn 263543365 726 + 349519338 TTCCACCTGTCACTTTTCCACCTGGGACTCTTCCACCTGAGACTCTTCCACCTGAGACTCTTCCACCTGAGACTCTTCCAACTTAAACTCTTCCACCTTAAACTCTTCCACCTCAGACTTTTCCACCTTAGACTCTTCCACCTGGGA-----------------------CTCTTCCACCTCAGATTTTTCCAC----------------CTGCGACTCTTCCACTGGGGACTTTTTGACCTGGGACTCTTCCACCCAGGACTTTTTCACCTGAGACTCTTCCACCTGGGACTCTTCCACTCGGGACTTTTTCATCTGGGACTCTTCCACCCAGGACTTTTTCACCTGAGACTCTTCCACCTGGGACTCTTCCACTCGGGACTTTTTCATCTGGGACTCTTCCACCCGGGACTCTTTCACCTGAGACTCTtccacc--------cgggactctttcacctgagactcttccacctgggacttttccacctggttttctactggcattggtaaaagccagctggataatggccctcaagtgctggattctgaacC----AGCAACCAAAGTTACCAAACATCTTAT------AACTAACAACGTCTTA------AGCATTCAGCCTATTATGAATTTTTCCATATTCGCTC------ACATTTAGCTTCTCAATACTGC----TGGAACAT-----GTGGGAAAGACGGGCTATCATTTGAAATTATGCATCCAATAGAAACTA--GAACCCAACTAGTACTGCTGAACTAGTACAAAT----AAACTACACTTGTTACCCAACTAAATAT a score=5233 s danRer3.chr4 1770571 536 + 33808418 ttaaaaataCAAT-GAGTTTTCTAATTATTAGCATTATAAATGTTTCAGTAATGTTTGT-----GCCAAAGTTTTGAGGCGTTATTAAAGACCTAGAATGGATCTTCTAATACAGGAAG-----AGTGTTTGTTCATAACT---TTGAGAGAACTTTTCTA-------GAACGTT-----CCTTGTTA----GAAAACTGACCAGCAATGATTACTGCTATAAACTGTGCACTTATAAT-ATAAT----CCTCTACTGT---ACAGTCTGAGTGCCTCATTTCCATCCG---TGAAACAGTTATGTCAGTGGATGAATGGACTGACTGTA--------TGA---TGAATGAGATGGCTTTAGGAAATGTGATGGGTGTGCCTATGCAAATGAGGCAGAATG-------GAGGGATGTGACTG----GTCACCTGTTTTCCGTATGGCTGCGTCTGCGGTGCAGGTGTAGTCGCTGGGGGCTAGCAGGAAACACGTGCCCTCTGTGTGATGGTCCTGTTCACGGACGCTGGAGTGACGCATGGGCATGCGCTCCTCTGGAGACATGCTGATGTCACTTCCTGCGCTGCAGTCAGCCGACA s fr1.chrUn 313031458 587 + 349519338 TTAGAAATTTATTCAAGTGTTTTA-----CGGCAACAAGAAATCCTCAATAAATTGTGACGGAAGCCAGGGTTCTGAG------TTAAATGCATGGA-CACATTTGCTGTCACCGAAAGCCACAAGTTACTTTACCTGAGTGGATTAAAACAGCCTTCCCACCTCCAAGGACGTTAGTGTCCCCATTACTACGGCTACGGATCAGCTGTGAGTGCTCTCATACATTTTATGTTTGTTTTTACAATGGAGCAGCTAGTGTGAGAAGAGCTGCCTGGATTATTTAGAATAGGAATGACATGTAGTGGTCACAGGATGAATTTTTTAAACATACACCATGGTGACACTGAACAATATGTGCATCCAATATTTAACATGTTCAACCCTGTAATTAAATTGAACTGACAAGCAGGGGATTGTGCATGTGGAGGTACCTGTTTTTCGTAGCCCTCCATCCGCTGGGCAGGTGTAATCACTAGCAGCAAGCAGAAAACATGTTCCGCCACTCCGGCAGTCCTGCTCACGCGTGCTGGACCTTCGGATGGGGGTCCTCTCCTCTGGAGACATGGTCAGGTCACTCCCCCCACTGCAATCTGCTGATA a score=16970 s danRer3.chr4 1807022 647 + 33808418 ATGAAGCAAGTGATAAAAAATTAAGTACAC-ACAGAGACATTGAATACCACAGTATTT-CACTCGTATTATTAAACTGTATTCACATTACAACATCCACAATGTTCAGCTTGTGACAGGTTCTAATAATCTCAATATATATTTTCTGTATGTTACATTATACCAAGA--GGCACTTCCAGTAAGTCTGGCAATAGAGGAGCTACAGTATAGTGTCTAAATTACAAAACAGTAAAAATAAATAATGTTTATCTAAAAGACTTCTGTTGTCGTTTTCATCTTTTTCGTCCCTTTTTTTGGCTTTGTTTTTGTCTCGTCTCCGTTTTAACCTGTACACAATATTGG---TTTGTACAAAATGGAACAACAATCAGCGATAAAATGAATATTTCAC-TTTACGAATACTGGTGATTT--ACACAGTTCCCCTTTCTATAGGTATTGCTACATGTGTTAAGTGCAAGATACAAGTGAGAAGAAAAATAATTATTTTGTCAGTGAAGTGCCGACTATATAAAAAAGTACAAGTCTCATTTCTCCTTCTCGGAGAGAACTGTAAAACTTGTTTGGTTCTCAAGATGAATAAAACGGGTGGACGTGGTTATAAGACAGCTGAAGATGAAGGAACGAGCTATGAACAAGAAAAAATATAATAAAGT s fr1.chrUn 61928292 561 + 349519338 ATGAAAAAAAGGGAAAAAA--TAAGCACAAGACTAACACAA-GGGTACCACAGAAATAATAGTCTTGTAATTCAA-TGTATTCACATTACAACATCCACTTGGTTCAGATGGTGACGACTTCTAATGATCTTCAAATATATTCAATGTATAATACATAATACCAATATAGGCACTTCCAGTAAGTCTGGCAATATTGAAGCTACAGTATAGTGTCTAAATTACAAAATGGTAAAAATAAATAATGTATATCTAAAAGAGTTT--TTGTAGTTTTAAAATTT-----------------CTTTA------------------------CTGTACAGCATATATGAATATTGTACAAAATGGATCATCAACCTGCAAGAAA------ATTTCATGTTCACAAATACAATGTATTTGGATATACTCTTCCCTTGTGTA-GTATTACTATAGGTTGTAAGTGCAAGGTACTAATGAGAGGAAAG-----CAATCTTTAAATCACGTGTCaattatataaaaa--tactaattttttttttaC---------ATAATTGTAAAGCTCGTTTGGTTC----------------------ACATGGTTACAACTATGCTACAAGTG--TGAATAA--TATGAGAAATAAAACCAATAACAAAGT a score=25238 s danRer3.chr4 1813029 899 + 33808418 CCTTCCCACCCTGTTTCCTT-----TAGGCACATGTTCCCCAAGCATCTACAGTGTTGTGTCTAAGTGATGTGCTGGCAACCATTTCTTTGAAGTCTCACTTGCCAATAAAACAAAAACGTTCAGACAATGTTCTGGTCTAAAAATGGCAAGTCATTCATTCTGGATCTTTCTGGTCTTCGTCTTGTTTTCCCTCAATGTCTTCTACAGTCTCTGTGTTTTTCTCATCTGCTTCCTCTACAGTCTCGCCATCTGGTTCCTGTGTTTCATGCGTGTCTTCAGGTACGGGTCCCTCCTCTTCCTCTGTTGACCCCTCCCCTTGGTCATCCGTTGGCTCCTCCTTGCTCCCTGGCTCCTCCTCCTCTTCATCGATGGCCAGGATTGGCTCAGGGGTGGTGCTCAGGCATGTTGACTCCTCCCCTTCAGTCTGGCTCTGGGACTCCTCTGCAATGACCTTCTTCCACATCTCATGGTTCTCCAGCAGGTGATGGGAGATCTGGCAGAAGACTTTCCTTCGTTTCTTAGGTGCTGGTTTTTCTATCATAAAGCCGGTAAGTAGAGAGAGTGTTAACTGGTTCTTGCTTAA-AACAAATAATCACAGATATAAAGAATCTAAAGTCCTGCACTCACGGGAGAGTTCAGAGCTGGTGGAGGCGtcctcttcctcctcctccgctgtgtcctcatcctcctcctcgctctc---gtcctccacctcATCTCCATCTTTGGGCAGAGGGTGGACCCAGCGGCCAGGCATGAGCGCCGCAGAGTCATACGAGCTGCACAGAGGACCCACGATGTGTGTGATGAAGGACTCTTGCAGTTTGGCCAGCTGAGGTGCTGAGCGGTCCATGAAGGGGCTGATGGGAAGACCGAGACTGGACTCTTCATCACCCTGAAACAAC s fr1.chrUn 61930735 781 + 349519338 CTTTCCCACCCTGTTTGTTTCTGTATAGGCACACGTCTCCCAAACATCTACAGCGTCGTGT---------------------------------------TCGCAAATTAGGAAGAA--------------TTCTGG------AAAGGCTTCTCCTCCAC--------------GTCCTTAGCATGTCTGCA---GATGTGGTTT-CACGGTGAGTCCCCCCCTCCTCTCATTCCTCTGGGG-----------GGTTTGAGT-CTTCCTGCGGGGACC---ACTCGGGctcctccactccttcctctggctcctc------gccctccgccagctcctctctgctgcccggctcctcctcctcctcGTGAATAGCCAGGATGGGCTCGGCCACGTTGTTTAGGAGCACCGACTCCCCTCCCTGGGCCTGCTTCTGAGCGTCCTCTGCGATCACCTTCTTCCACATCTCGTGGTTCTCCAGCAGGTGCTGTGTGATGTGACAGAAGACTTTCCTCCTCTTCTTGGGAGCTGCTTTCTCTGG---GAAGCCA--AAATAAATGAATTCAACTCTGCTCTCATCTCGGTGACACTTAGAAACAAACACGCGGA------------GCGCTTACGTGAGGTCTCCGAGCTGGTGGATATGtcctc---------ctctgccgtgtcctcctcgtcctcctcgttctccgtgctctccggctcgtc--cgcctccGGGTTG-GGTTCCACCCATCGTCCCGGTATGAGGGAGGCCGAGTCGTACGAGTTGCACAGCGGCCCCACGATGTGCGTGATGAAGGACTCCTGCAGTTTGGCCAACTGGGGCGCCGCCCGGTCCATGAAGGGGCTGATGGGAAGGCCCATGCTGGACTCCTCGTCGCCCTACCAAAAC a score=724 s danRer3.chr4 1813932 95 + 33808418 TAAAGAGGAAATACTTTTAATTCAATTCAAGTTATTCATTGGCAGATTATGTTCCTAATTTTAAGGAAAAACT--GTGAGAGACAAGATTTATCGTA s fr1.chrUn 114923045 94 - 349519338 TAGAAAGGTAACA---TCAGTTAGATTTGAACCATTCTGTGACAATTTCtgaaaccagaggagacagagaagttagtgaaactccagacctgtctta a score=1495 s danRer3.chr4 1814407 229 + 33808418 CAGAAATGCCCCATTCAATGCATTTTTTGTTCAACTATTCACTACAAAAAACAAATTATGCAGC---ACATCCCCTCACTAT-----------------CCACTCCAATAAACTGACTTCT-----------GCTAAATTTATTCTAATGACTGTAGGTTAAAAGCattaaataataaaaataatttaaaaatCATGGATACTCAAATGCACACAGataaatttaataatttattattttttaaaatattttttcagggt s fr1.chrUn 283297370 248 - 349519338 CAAAAACATCTTGTTTAATGCATTTTAACACCAACTAATCACAAAATCAAAGATATTTTGCCACTATACAAACACTAAGTCTGTCAATAGGATAGGATGTCATTTTAATAGCATGTGTTTCATGTTCAAGTAGGCAAATTTAGGCTTAT---------TCGATAATATTAAATAATGATAGTAGTCGATGATGAATGGCTATCTAGATA---GTAGCTTACTTAAACCCATTGTCAATGATGTGAATACATTTGCAGAGT a score=1924 s danRer3.chr4 1819119 46 + 33808418 ATAAAGTTCTCTCTCTCTCTTTCTATCCTACATTCATTCATTCATT s fr1.chrUn 283300875 46 - 349519338 ATATATTTTTTTCTTTTTCTTTCTTTCTTAATTTCAGTCCTTTGTT a score=10545 s danRer3.chr4 1819320 226 + 33808418 ACAAACAGCCAAACAGAGATCCAAACAGCGGC-GCTCCCACTGACCTGCTCGTAAAACTCATTGACGATGCCCTCCGTCCACTGCAAATGAAGATCCTTGCATTTCAGCGGCCCGTTTATGTCTGCTAGCTTAATGCACATCTGACAGACCAGCAGACGGTCGTTCTCATTGGTCCAGTCGATCCCTGAGCAGCCGTCATCACCCACC---TGAACAAGCACACACATGT s fr1.chrUn 61932489 219 + 349519338 AAAACCGGCTACACTGAGA--------GCGACTGTATCCAC--ACCTGCTGGTAGAACTCGTTGA-GATCCCCNCCGTCCATTGCAGATGCAGGTCTTTGCACTTCAGCGGCCCGTTGACATCAGCCAGTTTAATGCACATCTGGCAGACCAGCAGTCTGTCATTCTCGTTGGACCAGTCGATGCCGGTGGAGGGGTCGTCACCCACCTGGTGAACCGGCAAACAGACGT a score=4933 s danRer3.chr4 1821757 90 + 33808418 TTAATATATTAATTATGAT--TCTCACCTTGGTGTTGAATTCGGCCAGGAAATCAAAGTGTTTCTTGAGGTCAGTGGCCAAAATGGCTTTAA s fr1.chrUn 61932762 92 + 349519338 TTAAAATTCGATTTTTAATCATCTCACCTTGGCATTGAACTCCGCCAGGAAGTCAAAGTGCTTCTTCAGGTCGGTGGCCAGTATGGCCTCAA a score=15025 s danRer3.chr4 1822177 405 + 33808418 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gtttacttgtgctcttaccgaatgagcactgtaatatgtctgaaagatcccact------atatctgtctattttcttactatctttatatttatattaccatatgtgtacattatctttctttcttatttctcttaaacatgttttaccacattttaatgtttttaa-----tcattttaattctcattaatttcttatgtttcctttattcttgcttatttaaagcacttcgaattagcattgtgtataaaatgctttcagagaaagacaatcaagctgtagaatggcccagccaatcacctgactccaatccaatagagaagacaaaataaagttggattG s fr1.chrUn 34693615 246 - 349519338 GCCAAATGGGGTTTTTATAAATTAAAC---GTAATATAGCT-----ATTTTAGTGGGAGCAGAGCTGTTTGGCTGTTAATACATATTAGGTTGATTTCAACCTTCGGAATGACTA---------ATTATTTCT----AAAATGATTTGTCAC---CTACAGCTTCCAAAGGCGTCAGTGAAATTTATATTGGTTTAGTA---ATAATTAATAATATTTTGTGGACAGCACT---------CATT-TGTATGAA----------------ACCATCA--CTGTGG-------------------TGGGTCCAATACCACA------------------------G a score=11630 s danRer3.chr4 1822915 244 + 33808418 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AGGTTTGATGCTCTGAAATTAATGAGACAGCTTCCATTAAAAGCACACTGAATAAAAGAAACAAAAGAGTGGATGTGCACACTTTTAAACA-GCTTAAGAGAATCAAGAAAACTGAAACGGATTTTCTGACACACAATCAGGCCTGCTGGTGAGCAGTAC---GCGCAGGTAGA--CCCACCTGAGTCGCTAGCAGAGCCATGATCAGCAACTAGACTGGGCAGACCAGGGACAGCCTGGGTGGTGAGGTACCAGACTGCATGGAGCACGTCTGTGGCGTGGATCCTGTTGTGATCTGGGTCAGGAAA a score=6934 s danRer3.chr4 1825791 129 + 33808418 TCTGCACTCACATGGGATGTCCCTGTATCCATTCTCCAGCGCGTGGAAATAGTTCATGAACTCACGCACTGGAATCTTGAATGTCTCAAAGAGTCCCGTGTCGACAAACAGTCGGTAGGACATCTGAAA s fr1.chrUn 61934182 129 + 349519338 TTCACACTCACATGGAATGTCTCTGTAGCCATTCTCAAGGGCATGAAAGTAATTCATGAATTCTTTCACAGGGATCTTGAAGGTCTCAAACAGACCGGTGTCTTCAAAGAGCCTGTAGGCGACCTGGAA a score=-322 s danRer3.chr4 1825920 101 + 33808418 CACAGGGACAAATGATCAGATGTCTCAAGAATGCCTTTAATGAACAAAAGACTCCAA--------ACAATAACGCTACGGGTCGTCAAAACACATTGTGAATTGGACTT s fr1.chrUn 34695404 98 - 349519338 GAC-------AATACTAAAAT-TCTTAGCAAT-CATCTAACAAAGCCAAGGTTCACATAGGTTTTATTGTTGCTATGCAGGTC--CCAGACACACAGTAAAGTATATTT a score=7831 s danRer3.chr4 1827717 148 + 33808418 GGCTCACCTGACTGAGGATGCAGCCACATCTGCCGTTGGTTTTCTCCACCAGGCTGAAGATGGGAAAGTTCCAGTTGTTGATCTGACACAGAAGCGGCTCCAGTCCCTCCATCAGCAGCGGCTCCGGGGCCAAGATGGGCTTCTCCTG s fr1.chrUn 61934857 148 + 349519338 GTCTCACCTGACTCAGGACTTGTCCACATTTCCCGTTGGTCTTCTCCATCAAAGTGAAGATGGGGAAGTTCCAATTGTTTAGCTGACTCATCCATGGGTCCAAGTCATCCATTAATAACGGTTCTGGAGCCAGGATGGGTTTGTCCTG a score=5562 s danRer3.chr4 1829538 142 + 33808418 ACCTCGGCTGGTATAAGCGTGGCTAGCGTTAGCGTCCTGCGAG-------------CCTCTCTGTCCTCGTCAGTCTGTGCAAAGTCGCTGCTGTCACTGTGGTTGGTTTCATACGTGCTGTCATAATCTGATGACATCATCGCCGGCTCGTCTG s fr1.chrUn 61935109 154 + 349519338 ACCTCAGGAGGTATTAGC-TGGTGGAGGATGACGTTCTGGGCAGAGGATTTTCCTTCTTCCGTGTCCTCCTCCGTATGTGCTACATCGCTGCTGTCACTGTGGTTGGCTTCATGGGTGCTGTCGTAATCTGACGACACGACCACATGGTCCTCCG a score=1667 s danRer3.chr4 1829882 176 + 33808418 ACCTGACTGTTGTGTTCGCTCTGCTGGCTCTGTGGATCCATCACTGTGCCTCTGTTTACTGTACGGCCGTCCACAGCTGCAATACACACATAAACACAAACAAATTCAACACACTCAAAGCACATAGACAACACAAAATCTA--GTTACGGAATAGCATCATTTGTTACATTtttatt s fr1.chrUn 61935346 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cacacaGGGCTTTACCTCTCCGGCTCTTGCTATAGATGTGGTTGGTGGTGTTGGAGGAAGCAGCGTATGAAGCAGACATGGACCTGCTCTTGGAAATGCTGAGCATATTGGAGTTGTTCCATGAATCACTGTTCACCAAACTGTACATAAGCAGAAAAGGTGCAGTTAATATTGCATTACTTTCCT s fr1.chrUn 34696871 164 - 349519338 CACACAAACCTGATCGTGCCAGCGTTTGGCTGTAGAGATGGTTGT------------AGGCAGCGCAGGAAGCCGACATGGAGCGACTCTTTGAAATGGTCATCATAAGCGAGTTTGCCCACGATTCACTG----------AGGAGGTGGGAAAAAAAAGAACAATATATTTTAGAGACCCTTCTT a score=10226 s danRer3.chr4 1839250 180 + 33808418 TGACTGTGCTGTTGTTTACCTGCTGGAAGGGCCATCGTGAGGTGCTTTGATGCTGGCGCTGCGGTCTCGTCGGACCGGCCCGGGTTCGAGGGTTGGCAGGCCTGTGGCGGAGGTGGTGGTGGTCCACGTGGAAGAAATCCGTCTCAAAAGCCCTGGATGCAAACTCCTCCTCAAACGCTG s fr1.chrUn 61939521 180 + 349519338 TGATTCAGCAGCGGCTCACCTGCAGGTCAGTGTTTCGTGGTACTGTTTGATGCTGGCGCTGCGGTCCCTGCGGACAGGCCCGGGCTCGATGGTGGGCAGGCCCGTGGCGGAGGTGGTGGTGGTCCACGTGGAAGAGATCCTCCTCAGCAGGCCGGGGTGCAGACTCCGCCTCAGACGCTG a score=3152 s danRer3.chr4 1845560 138 + 33808418 TTTGCCTCACCTACTCT-TTAAGTGCCGGCATGCATTTTTAACTGCAGTGC-TGGTGAAACATT-AAAAGCCTTCTGTGAGAATGTGCGTCATTGTCCGCTACATTAGAGACCTGC-CATGCTGGCGTGAATGAGGAAGGAA s fr1.chrUn 287122829 137 + 349519338 TTTACTTTACTTGCCATCTTAAGTGCCTGCATACATTTTTGAATCCCTGGCTTTGTAAAAGATTAAAAAGCTCTCTGGATGCCTGTGTGCCATTG-----TACATTAGAAGAGTGCACACAATAGCAGAGGGGAAGGTGGAA a score=-485 s danRer3.chr4 1847825 258 + 33808418 ACATACCAATCAGA----GATGAGAGATGAAAAGCCATTGAAGAGGATTCTTATATATGATCATTATATATCCTGAATCACTTATCATAATAAATGCAA----ACTTAAAAAGTAAAACTGTATTCTAAGTTAATAATAGAATGCAAAAAAA---------GTATGCAAATGGAAAAATGGGCGGGGCCGGAAC---ACCTGTCATGACCAGTCAAATCATA------AGGTGGGTCTTAGGGTGGAGTTAACACCAAATCAAATCCCGCTACCGGAGAGGGGT s fr1.chrUn 287123124 278 + 349519338 ATATAGTAACTAGATGATGATGTGAT-TGTAAAGTAGTGAAATAGTTTTCTTTTGGAATTAAATTACA---ATTGGAATATTTACTTAAGTAAATCAAATTATGTTTAGAAATTAATGCAATAGCTATTAAAAAAAATAAAAGATAACAATACATAAGTTTATATGAAGATTGACAAGGGAGAGGAACCATAGTCCTACCTATATGGTTGGATGTAATTGTACTTTTGAGATGG--TTGCAGGCACAGACAATAGAAAAAAAGAATTAATTATCTGAAGGGTGT a score=14619 s danRer3.chr4 1848088 297 + 33808418 CTTACCTTTGGAATAGCCAGCCTCTCTCCTTTCTCAGGCGCCTCCTCCGAGTCGGAGCACGTGTGTCCGTCGCTGAAGGCCAGCAGGGGGCCCAGGCGTGGCCGGTGGTGCAGGGGCTGGAAGGTGAGCTGGGTGTTCAGCAGGTTACTGACGGCCCGCAGGGTGCTGCAGATGTTGGGTGCGAGCGACTGGTCAGCCAGCAGGTCTGAGATCAGTCCGTGAGCCTCGCCCATCACCGCGATATCCACCGTCACACTGGTGCCCGAAGACTGCACAG---GAGAAACAGCGAGAAATAAG s fr1.chrUn 61941574 297 + 349519338 CCCACCTTGTGGATGGACGTCTTCTCTCCTTTCTCAGGACCATCCTCCGAGTCTGAGAGTGTGTAGGCGTCGCTGGGGCTGAGCAGCGGAACGGGGCGCGGCCGATG---CAGAGGCTGGAAGGTGAGCTGGGTGCTTAGCAGCTTGCTGACGGCTCGCAGCGAGGTGGAGGTGTTGGCGGGCAGCGAGGGATCAGCCAGCAGATCCGTGATTAATCCGTGAGCCTCTCCCATCACAGCTATGTCGACCATGACAGTGGTGCCTGATGACTGCGAGGTGAGAGAGGGACAGAGAAATAAG a score=4155 s danRer3.chr4 1867643 69 + 33808418 CTGACCTGAGATCCTCGGGCGCCTCTTTTGTTGTCCCATTCTTGCTGTGGGAGCATCTGTGGGCAAACA s fr1.chrUn 61947062 69 + 349519338 CTAACCTGTGATCCTCGCGAGCCTCTCTTGTGGTCCCATTCTGAGCGGGAGAGCATCTGTGGGAAAGCA a score=5319 s danRer3.chr4 1871878 502 + 33808418 tAACCCTACAGTCATGTTCCCATCTCACCCCTTACTTTAGTGTTGCTGGTCTAAATTGACCGGTCTGTTTTTACTGCTTTTAAATTAGCACCAAAAACATTTTTCACCACTAAATTTTTAATCAACTTTATTTAACTGGGAACATTGTCTTAAAGTAGTGTTTAACATGAATTTATAGAATTAGATATAAAATAACTGCAGTGAATATACAAATAGGCACTGAAAATGTAATGCAAATTGAACA------------------------ACAGATGACAGAAATCAAAATA--------------------------GTTTGCTTTATTAC--------CAATAAACAGCTTGCTAAAATAACTATCACA------GCGTCTGACC----------------AAAGAAATA--------------------GAAATTTTTACTTATTTGATTGTT-----------------TTTTAACCAGCAAAACACCAACAAACTGTATCCTTT-----------------------------CCTGTGTATTG----------------------------AGTGCTCAAACTTTCATT---TAGTCC-----TTTAGTTGCACTATAC----TAGTGTATTAATG---------------TAGGGACTAGTGAA--------TGAGGGTATAGACGGTGATTAAG-----GACACAGCACT s fr1.chrUn 193540338 665 + 349519338 TAGCCCTCCAGTCGCATTCGCCTCCTGCCCCCTACTTTAGTGTTCCTGCTCAAAATTGACTGGTCTGTTTTAAATGCTCTTAAATTAGCACAAAAAGCATTTTT-ACCACCAAAGCTTTATT--------------------------------------------------TTATAGAATTAGACATAAAATAACTGCAGTGAAAATACAAATAGGCACTGAAAATATATTACAAAATGAACATGTAATGTAAAAAATAAATGGAAAACCAAAGACCGAACTCAACATGAAGGTGTGTGCGTGCATGTGTGGCGTGGGTGGTATGTGACACTCAGGTCAGAGTAAGCCTTGGAAACTTAGGCATCGCATTTGCAGCATCTCATCTTGTTTTATTGTCTGTAGGGGCACATAGCTCACATACGTTGTGaagaagttgtcacatgtgatattatgcccttagagaccagttgtcatatccagcacagcacgcacaccctgtttttttggcccttccaactgggtttccccaagtatacctgcatatttccaggcatagctgctctttgcagcatatgctgcccagatctttattgcatatttccctgatttgcttggactgtacaccttgacggaacagcgacctctgaaaggaaccaggcacttatcaactgtcacctcagggcctggattgtacataagtggtagatgctccact a score=-803 s danRer3.chr4 1872416 105 + 33808418 gctagtggtctaatc---------------caatgaaaacatttatgctaacctaagctaaaagtgctgctaga---------cccagagattggtat---------------------gaattTGTACAGTCTGA-----TGAGTGAATGTAGT s fr1.chrUn 193541046 152 + 349519338 accagtggacgggtcatgtggctctgttagcaaagcaaataatt--gttaaaaggacatgaaactgttgtaaaagcatagctgcccagaacttaggcctgccatactctgcatcccacagACTTTTTGTAACCTCACTGTTTGAGCGA-TGTACT a score=3227 s danRer3.chr4 1872540 70 + 33808418 GACAGGGAACACCACA---------AAGCTGATTAAAACACTCAAAATTCAATGAAAGAGCTGATCATAACTTCAATAT s fr1.chrUn 193541652 78 + 349519338 GACCAGGAACACTACAGGTGTAACAAGGTTGATTAAAACACTCAAAATTCAATGAAACAGGTCAACATTACTTT-TTAT a score=8178 s danRer3.chr4 1872943 240 + 33808418 gttTTAGTGCATAATGTGGAAGATATAATAAGGTCTCAAGGTAATCGGATATAAAACACAATATTTATGAGTGTTTTCAGTTGTAAATCGGTCAGATTTGACCCAAACACGACAGGAAGGttaatagtttgaagtgctatattgtctgggttggtgttgtaaattacagtatgaatccctgataataagctgtcagtacattatctgttattttacaaacttagttcaatatcttgcctc s fr1.chrUn 193541730 228 + 349519338 GTTTAAGCGCATAGTGTGGAGGATATCATAAGGCCTTGAGGCAATCAGATGTGAATCACGATATTTATGAGTGTTTTAAGTTGTAAACAAGTCAGATTTGACCCaaacatgacaggaggagtagtagggaatagtgccagaaaatctccagagcactggccaggtacacttggtacc--------gaaaccacaaatactcgaactggtg----actaactttgcccattgtattgcctc a score=1774 s danRer3.chr4 1875637 71 + 33808418 AAGGCACATGATGCAGCAGAGCTTTAATATTGCATGAGCAGCAGCGGCAGCAGCAGCACACACACTCGCTC s fr1.chrUn 61955898 68 + 349519338 AGGACCTTTGATGCAACTTCTCTTTT---TTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGAAAGAAAACAGATACTCTGTC a score=6239 s danRer3.chr4 1904160 142 + 33808418 tgacttgaatttacttg-----agatcagcagtgactcgacttgacttgagtcaaacaaaaattgacttgACTTGCTTGAGACTTGAAGGTTATGACTCAAGACTTGCTTGTGACTTGCACATGTGTCACTTGCTCCCAACTCTGAT s fr1.chrUn 243390603 140 + 349519338 TGACTTGA-TGTACTTGTCTAAAGTTATGACGTGACTCGACTTGACTTG---CAAAAATGACTCGA---GACTTGCTTGAGACTTGAAGGTTAAGGCTTGAGACATACTTGAGATTTACACATGTATGACTTACTCCCACCTCAAAT a score=1433 s danRer3.chr4 1907200 321 + 33808418 TTTCAGTTTAAAATATTTGATTTAACCATGAAGCTATTAGTGCTGATGATTATTTTGTAGCATTACTCTTTTGAAACAGCACCAGAGATCCTAAATTGTAAACAGACCATAAAAGCATGAATAATAAACCTTTTAATTAAAACTAAAGGTTTTACAAAAAAACAAATATGTAGTATAA--TATATATTTTTAGTCTGAAACAAAAATGACAGACATAAACTGAAATTTCAAAACGAAATGAAATACCAAGTTAAAAGAAATACCAAATTTCTTTCCTAACAGTAGGTGGCGCTTATTAAAAAACATAAATATT-----AGGGGAATAC s fr1.chrUn 243396896 261 + 349519338 TTACGGGCTGATGTCTTTGGGTCAATCTTGGCATCAATAGTGCTGATGGTGAATGTGTCAGATT---------GAGTGTGAGCACAGACTCAAGTATGCAAACAGG-------------------GAGACCTAGAAATATAACCAAAGTCTCCTCAAGTA-------GTGTAATGTTATTTGTCTACCTTTAATATAGAAATGAGATGAAAGGAATGCTTT----------------ATGAACTACCCAATCAAAAG-----CCAAA-------CATAGCAGCATAT----CAAATTTAACCATGTATATATTTTGTGAAGGGAATAC a score=25913 s danRer3.chr4 1926873 922 + 33808418 TTAATAGAGGCTAGATGTGTTTGA--ACTTGCGCAGCGCTAGTACTTCTTAAACAA-CATCAAGCGACATCAATTACAATTCCGATCGT-------------------ATTTACTGTACAGTATCCGCGATCGATATACAGCAGTAGCAGCC-TCATCATC-------------------AATAAGAGT------------CCGCGTACCTGTTCTCTCTGCAGGCAGGGCAGAGATGTCCTCCTGTGCGATTTGCTTCTGGACTGGCCGTGCTGTGCCATGTCTGACGAGACTACGGAGCTGGACCTCCTGCGCCTCTTAAATACCGGAATATCTCCCCTCGATCC----------------CTCCCGGTGTGATGCGCCCTGCTCCGGCAGCAGCCTGTCCGCATACCTCGCCAGCAGGACCCCGAGCAGCCCGAGCAGGTACGCCAGGTACGGTCTCCAGCTGGCGCGCACTTTCTGCAGCGACAGAAGCGACACGGTCCTGATGATGCTGATGAAGAGCAGCACGGAGATGCCCTGACCCAGCCGCACCACCATGAGCGCCCCGCTGGCCAGGCAGGCGAGCAGCACCAGCGCGGTGGCCGTGAATGAGTACAGCTGCT------GCGCATCCAGCAGCGACTGCGCCGCCGCTTCGCCCAGATGGCACACGGTGAGCAGGAACACTGCCGTGCGGATCAGCACCCCGCAGCGGAGCAGATACACACCCACCCAGAAGAAGGCACACACGAGCGTGAGGACGGGCGAGAGCAGCTGCCA---------CACGAGCTCCACGAGCGTCACC-------------AAGTGAGAGCCCGAGTGCGCGTGTGTGCGCTCCGCGTCCCAG------------------------------------AGCAGCGCGAGGAGCACGGACAGCGAGGCGACGCACACGGCCGACGAGAGGCTT------CTACGGCTTC--GCAAGCACGAGTGCCA-------------------GCAGTCCTGCTCCACGGGAGTGACACAAGTGCGCACATAGCCGTTGCGCACGGATTCCAGTGCCATCGGTC s fr1.chrUn 61976724 1068 + 349519338 TTAATAAAA---ATATATGTTTGATTAATGGCTGCAAGTGAGCAAAACTGCAATAATCATAAAATAATATCAATAATAATAGTGATTATTTACAACAATAAACTACCAATTCACCGCTCAGTCTCATCT-TTTATTTGCCCCAAAGGCAAACATCGTCATTTTGAAAACCAGCTGTAAAAAATAAAAGTTGAACTCGCAAACTTCCTACCTGGTCCCTCTGGATACATGGCAGAGAGGTCCGACGATGGGACTTACTGCTGGACTGACTGTG---TGCCATGTCTGAGGCTATCACAGAACTGGACCTCCTGCGCCTTTTAAATACAGGGATCTCTTCCCTGGCTCCAGTCACGGGGGTGCAGCCCTCCTTGTGTCTC-CCTTGGTTGGGAAGAAGCTCGTCAGCATACCTCGCCAGCAGGATGCCCAGAACTCCAACCAGGTACGCCACGTACGGTCTCCAATTTGCCCGAACCTTGTGCAGCGAGAAAAGTGAGACAGTCCTCACAATGCTGATGTAAAGGATGACAGATATGCCCTGATTCAGCCGCGCTACCATGAGTGCGCCGGTGGCCACGCAGACGAGCACGACCACGGCTGCTGTCGTAAATGAAAAGAGTTGCTCATCTGTCCCGTCCAGGAGAGACCACGCCGCCGCTGCGCCCAGGTGGCACAAGGTTAGGAGCGAGAGCGTGGTTCGGATCAGAACCCCGCAGCGGATCAAGTAGACGCCGACCCAGAAGAAGGCACAGAGGAGAGTGAACAATGGCGAAAACACACTCCAGCAAGTTTGCAACAGCTCCACT-GCGCAGCCAGAGACGAAGTGGAGGGGGGACGATGAATGCGAGTGTCTGTTGTCCGCGCCGCCGCTGCTGGCTTCAGCTTTCCAGTCTGCGCATTTGAGCAGCAGAGCGAGGAAAACTGAAAGCGACCCCGCACACACCGTGCTCCGGAGACTCTGGAAACTCCAGATTCTAGTCAGCACTAGCCTCACCCACGACTCGCACCACTCTCGGTCACGGTACAGTGGGACGACACATGTTTTCACATAACCATTGCGA------TCCGGTGCGCCCGGGC a score=-2072 s danRer3.chr4 1927795 379 + 33808418 ACGGGAGAG----CACGCGTACGCGCTCGCGCACACACGCATTA------------------------ATGCGCAGAGCC---GCTGTTCCGTTCTCA-CGTGAGTGGCTGCCACGAGTTCGCCTTCAACGCATCCTCGCGTCAAA----AGTAGCGGAGGAGAAAAGCGAGACCCTTTGCTTCGCAATGCGTAAAATCCCCCATCGTCTTACGAT-CCGATCGAGGAATAACTCCTGATGTTTCTAGGCcaccatcatcatcc-----------tcctcctcctcctcttcatcatcatcaggatcaGTCAATGAtctctccct----ccctccctctctctttgtttctccccctG--GATTATTGTTCTCGCTCCCGGGCCGTTTTCACGCGTGGAAACTCTCGCTGCTGAAAGATTTCCTTGACTTTTG s fr1.chrUn 38029148 413 - 349519338 AAGAGCGCGACCCAATGAGCCCCCGTCTGACTCCAGAAACATTACTTTGACTGGATTTGGCGAGGACCATCCGAGAAACCAGAACTTTTACTTTCTCAGCTCAAATGTGTGTGGTCAGTTTGACCTCAACGATCGCGCACACCAAACATGGGTCAATGACGCCAAAAG-------------TTCATTGTGTGCAGCATGAATCAC--TTAGATGATGTTGATCACCGAGTTTGTTTGAATGTGTGTGGTTGATGACTTCCTTACATCTGCAGTAGCCATGCGTGTCCCTGAAGTCAACCTGTGAACCAGAAAACGTCTTTTGACTGAAAACCACCTCctctctccgctcttcccctcgctctctctcgctctcgctctctgtttgtctgtctgtct-----ctcCTCCCACTGACCAGCATCCTTGGTTTGTG a score=2036 s danRer3.chr4 1987868 251 + 33808418 TTATAAGAGTCTGTGCGTGTGTTTATGAAAGAAAAAAAAAATCATCACTTTCATCAATTATCCTACTAGAATAAAAACCAGGAAGGGAAAAACACGCAAATCGTCTATGGAAGCGTTCTCATCCTCCAGAAACTATT--CAGCTATCACATTCTGTACAACTCTGT------------------------CAGCTATCTACAGTACAGTAAAATTTCCGCAGTACAAAAATATATTACAAATCTCCTGGAATATTTACACGGGCACTTTCTTGACAA s fr1.chrUn 298684720 256 + 349519338 TTAAAATACGATCTCCATGTAATCATGAAAAATATGTGATTCGAT---TTACAGTATTTATATTTCAAGGGAAAAAACACAGGTGGTAAAGACTGTTAAA--GTTTAATGA--------CACAAAACAGGAAC-ATTGGCAGCTATTATGACAAATAAAAGTCTATTTCATAAGGTGTGGCCGAAACCCACATCAATCTACAGTGTGTAAAAAATAT----GTATAAAAATATATTACAAAT---CTGAAGTATTTACAAAGACCTTCTCTACACAA a score=5861 s danRer3.chr4 1989219 127 + 33808418 AGCTTCACCTGTAAATGTTTGGGTCCAGCAGAAACGCTGTGTCCTGAGGAAGCTGTGAAAGGTGGACAACTTTGGTCTTCAGCTGAGGACGGTCACTCTCACTGACCCAGGAATCTGGAAGTCTGAG s fr1.chrUn 62007170 127 + 349519338 AGACTCACCGGTAGATGTTTGGGTCGAGGAGCATGGCCGTGTCCTGCGGCAGCTGGGAAAGATGCACCACCTTGGTTTTCAGCTGAGATCGCTCCGTTTCGTTCACCCACACGTCAGGTAATCTGGG a score=1042 s danRer3.chr4 1990529 206 + 33808418 CAATGAGATTATTAAAGATGCCCCCCCCCCCTCCGTGGTTATTCCATAGAGGAGGCT---TGTTTG-GCTCTGGCTTGTTGTGGTGACCCAGAAATCCATTTA---AAACGTCTCCTGAGATGGCAACTTCAGCATTATTGCTGAGCTTA----CAAACATTCAGATTGATGCCCGACTGGAAACAGCAGCATGCACACAGTCCCGTGTGAAGGTTT s fr1.chrUn 62010455 194 + 349519338 CACGGAGACGCCCGGAGCTGCAGCTCAGCTTTACGCTGGCTAACCACAGCAGAGGCCGCGTGTTTACTCACTGGC--GTTTTAGTTGTTTAGATGATCATTGTGGTAAGTGTATATTTAGCGAGTAGCT--AATGTTTATGCTGAGAATATGCTCGTATCTTTGGATTGG-------------------GCATGCACACAGCCTTGTGTAAAGGTGT a score=-2270 s danRer3.chr4 1992153 655 + 33808418 TACATACCACTACCATCTGCATATTAA--------CACCCATGTTATAAT----GAAGTTTATTTTTTCTAATAAAATATACAATTGTTTA-AACAAGTATGCGATTTTAGATGCAACACAAATTTAggtcacacattttaaggtacaagtgtcattataaagccattaaccatgcatttttagcttaattatacatta-------atttgctgctcattaatagtgataaaggtggaagtgaggttaaggtattgggactagagattaagatcatgcagaatatgtgcgtaaaaagtactaataaacagacaacatctATATTGAATACATCCAATATGTTGCAATAGTGATCATTTGTACTTTATCATGTTTGCACAGTTATTTGGTTTTTAAATAGCAATCAAAATCTAGTAAAAGCTGTGTTGCATGCATTGTGTTAGACATCAATTCTTCACACAGGCATTAAGCTCATCTTAATATCTCGAAAAA----------GTCAAGCAGGAAT--------------GCTGTACATTTCCTTTGAGATTA--------------------ATATCATCTACACAGTCGGCTATAGATCAGCCTGTGTGCCCCAGAACTGTCAGTTTTTGACATACATCAGGTCATACAtgtgtgtgtg---tgtgcgtgtgtgtACGGCC---GCCCTCAGGAGGCTCC--------TGACTCATATAAACGGCTGACATTT s fr1.chrUn 298684656 661 + 349519338 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GAGAGGGGTTTAGTGGGATCGGACTCACCGTGCTGTGGAAGACCACACTGTGGCCGTTGCCCACACTCTCGATGTGGGTGGAGAGGTTGAGGCAGATGGCTCTGTGGCGAATGGCGTCCATGGTTTGGGCATCAAAGAAGTCGTGAGGCCTCGCTGGAGGAAGATAACAGAACAAACACAGTTCCGTTGTGGTTCTGGGTTTTAAAAAGAAGAATCTGGAGAAAATCTCACGTAGTCCGACGCTGCAAGTAACTAAGAAATGATATGATAACATGTCAGATAACATGTCATGCATTACCTTTCAACCGAGAAATGACGGCATTTGAAGGCTTTAGCGGGTGTTTGTTTGGTGTGTGGGCATAGGTACGTACGTAGGGAGCACCTTCGTTTGTTCTTGAGTTTCTTCCTCTTGTTGAGTCCAGCTTTGGAGGGAGACTCCTCCTTCAGTTTGGCCTGGCTGGACATTTTAGAGGAGTTCTGCTGGCTGAAGTGGCTGGGGACGTGCCGGGCTAAGCCTCCCTGGGATGCAAAGCTGGCGTTGCAGCCGCCGACCACACACTGTGGCAGAACGCAACAATAAATCAT---CCGAAATTAATCCGAAATTTAGATATTTACCGCTACGGCAACAGAGAGG---AACAAGACAGGG----GAATTCTGCATGATGTTATTATGAATAGTAAAGTCATAATCT----ATGATAAAGT a score=15208 s danRer3.chr4 1996693 551 + 33808418 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ATGGTTACCTTGAACGGCTTGTCTCCACTGTGGGTCAACATGTGTCTCTGGAGCCAGCTCTGGCTGGTGGAGGGGGTGTTATACACTTTACATCCCTTCCACAAGCACACAAACACCTGGAGGAAGAAGAAGAGGGAGCCAAAATGAGTGGAAGAGCGGATAAGC---TAGGAGTTTAAAGTCT-----CAAGGTGGCAATAATGC--TTAATTAATGAAGCCTCCTTTGATTGTATTGACATTATTATCAAATTC----------------------------------TTGTCCACTGACCCCTCCTCGCTGACCGTCCACGTGAATGCTGCGGATGTGCTCTGCCAGGTCAGGGCTGCAGCTGAAGTACTGCAGACAGAGGTCCCAGCAGCACGGGTACGCCACCGTCTTGGCTCCGGAGGAGGCAGAGCTACTCTGACCGTTCATCATGGCGGGGGTGGAGCGGCCGCTGGACACCGTGCTCTCCATCTCCATCAG-GTGCTGCTGATACTGAGAGAGACTCCGA---GTACAGTTACACCGGAAGCAAAATAAATATTCAAATTACAA a score=4169 s danRer3.chr4 2005103 481 + 33808418 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ACCTGTCCTCGGAGTCCATCCGGCTCAGCGGTTCACCATCCGACGATGA------CATCTCGACACTCGGCCGCCTCTTGTCGCCCAGCTCGCCGCCTCC-------TCCTCCGCC--TGGCTTCTCGCCATCCTCACCTAAAGATTTGCTCTTCTCGCAGTCTAACCCGGAGCTCCGGCTGTCCTCCCCTGACTCCTCTTTCGTTTCTTTC--GTCTCTTTCGCAGCATTATCGCCAGCCAGCTCGTCGCTAACCTCAGCCGGGCTCTCCCGGGTCTCTGGCTTGGACTCCGGTTCTTGGGGAACCGCCGTCTCCTCCGCAGCAGCGCCG---------GCATCCGTCGCCGCCTCAGCCGT-----GGCCTTGTCCGCCTCCGGAGCAGGCTTGTCTTCATCGGCTTC---CATTTTCGTTTCTACGCTGCAAGGTTGTTCGTCCGTTTCCGGTCCCGTTTCTTTCTGCTCGCCGTCGCCCCGGTT-CGCCTCGGCGGACGGG a score=2287 s danRer3.chr4 2006637 57 + 33808418 TTAATGAACACTCATCAAAATCATATCACCTAATAGAAGTTGCTTATATTATATCTT s fr1.chrUn 62018394 57 + 349519338 TTAGTGCAAATGCCTCAAAGTTGTCTTAGTTACTAAACGTTGCTTTTATCATATCTT a score=3775 s danRer3.chr4 2008408 614 + 33808418 ATATAAGAACATCAACATTTATTGGACATGATATAAAACAGATGAAATATGAACATTTGCATATTGACTCTG--ATACACAAGCTCTTCCGCTCGGCTCGGC-TCTGCTCATTTAGTCCGGTGTACAGTATATTTACATCA----TCAACT--TTACACTTTATACATCGAAGAGAAAC---ACAGACAAATCCTGCTTATTGCTTTTTGTCAACCGCTGTCCACGTGTCTCTCACAACCGAACTCGCAAAACAATCTCCTCA--------TAAAGCTCTCT-----------ATTAAATATA----TCTCAGCCATAGAAAAATA----AAACAGAAGCTGGACATTCATGAGTGTGTCGGGAAAACAGTGTGTGTCT------------ATTGCGGACTATCA----AACATACAGGTCATCGTACATGTGCTGCTGTCCATGGGCACCTTATTGAGAGCTGTACAGCGTTTTATACATAGTAAAACCAACCATGAGTGTGTCGTCCAGTGCAAAAAAGATATGAGTACTAGAAAACCTCATCGAGCAAC-----ACTGGCTAAAACCTGGTTAAAAT--CCATAGAAAACAAAGCAAACGATGAAGGCCAACGG------GGGGAGGTTTGGAG--AACATCCGTCTGGGGGTGAAAGCACCTTAAGAACTGGAGGAGTAT s fr1.chrUn 62018771 672 + 349519338 ATTTAAGAACGGCAACATTTATTTAACATGTTACAAAACAGATGGAATATTAAGATTTCCAAATCAAATCTATTATGCACCCATACATATAAAGGGCACGTCATCCCATCCTGCTGTACCATGTACATTATATACACAGTAAACCTCTTCTAATTACACTTTATACACAAAAATATTTCTGGATACACATTTTGTTTTTATTGCTTTGT----ACATGTGCTAATCTTTTTCTTTTCTCCGAGAT-GTCAAACAACGTCATAAAATAGAATCAAAGTCTTCTCCTTCTCGCAGATTAAATATATTTCTCTCAACAATAAAAAGAGACAGTGACCAAAGGCAGAACATTCACATATGTGTCGGTAACGGATTATAGACCCCGTTTTTAAATAATTACAGCTCAAGAGCAGAAAATACAAATCATA--ATCTGTACCGTTA--AATGGCCACTCCTTTATAA--TGTAGAGGACTGCATATCCTATATAAGAGCTTTTTCACATGGTCATCACCATAAATCGATAACGAGTATGAGAAGTTAAACACGGGAAACTCGATAATCATAAAAACTGAAATAAAATAACTGAAGAAAGCAGAAGAAA-GAGGAGGAATAACAGAAAAAAGAGGAGTTTGGGAGTCACAGTGAGCATAGAGTAGAGAGTATGTGGAGAGCTGTGGTCGTGT a score=4590 s danRer3.chr4 2012078 173 + 33808418 CTTACTGGTGCATGAGTCTCCTCTCACACACACATGAAGTGTGACCCGTCCGTCAGCTGTggaggggagggtggaggcggaggagaggaggaggagcttggagattgaggaggagTCGACACACTGTTCACTGCAac---acacagc-gcatgcacatacacacacaag-catgcaca s fr1.chrUn 62019896 150 + 349519338 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ACTGAACAAGTCACATCATCGATCATACACAAATATTTATATATCGAACTAATATTAACTGAACAAAGTGATATGTGATTAAATGATGCATATAAATATATCATTTTAATGT-------------------CCAATTGAT---GTTTGTGTAATAC----ATTAAAT--TAAATAAATC---------GAACATACATGAACTCAT--------TTTAAAATCAGAAAGGTAATGACATTTAAAAAAAGGACCTGATTACAA-ATCCAGTATAAA-----------GGAACTGCATTAA---------------ATGGTTAAATTAATCAATGATATT-----GGCAT---------AAAT--------------------GAATAATAAATG-AATGTTCTGTTCTTTTAGAAAttaaaaggaggga--------gggtctatgcaataagcctc------acccagtcttcatgattcagttgaaa--------ttaaatcacacaat----------------------------aaacaaagtcgcacattt-----------------------ttaaggcaTAACATAGAGTTTTG----------------------------------------------------CAGCAGTATATAGAGCGCACT---------------------------GT s fr1.chrUn 56908070 693 - 349519338 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fr1.chrUn 56909252 267 - 349519338 GAGGGTCAGCGGGGGTTAGGCTGGAGGTGATAAAACCAAAGTGGAGACTTGAGGGAAGACTCTGATGCTTGAAATGATGAAGAGTAGAGTGAATCTTCACAAACACACGGGGAGGGGGGTAATGGAGGGTTGCAGCGGCTCT----TACGCTATGAGCTCCGTTCCTGGGGCCAGCCTTGCGATCCTCCGGCCGGT--------------------TGGGGGCGACTCGG--TGGTGAGGG-----GGGCGTTCTACTGAGTCATAGTACTGTGGGAGGGGCGGGCGGGGGGGCACGC a score=2035 s danRer3.chr4 2022829 83 + 33808418 TGTAAAAGATTCCTCCTGACACAAGTACTTACTTCACTTTTATGCAGGGTTGACAGAGGGTTTGCACCAGGAAAACCTAAAAA s fr1.chrUn 56909951 83 - 349519338 TGTAACGTATATGTGCTGCGGGATCCGCTCACCTCGTTCTTCTGTAGGCTGGACAGAGGTTTGGGCACAGGAACACCTGAGGA a score=4313 s danRer3.chr4 2023173 274 + 33808418 acacaaaaacacaaaacaaTAAA---GTACAAAAAAGGCTGCTACTGACATTGTATTAACTATCATTGAGC--TGAGAAGTTATTATTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtttgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtTCTGTCTCTCACTGGGTTCAGGGTTTCTCTTGGGTTTGTTCTTGCTCAGCGCCTCCATCACATCCTGAATTCTCCACAACTCTTTCTGGATCTGAACATGCTTTTGACTGGGCGGCTCCGTCTG s fr1.chrUn 62023704 271 + 349519338 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acaacaaca-tcaacaacaacCAATGGGATG-----TGCTGGAACCAAACCGACACAGAATGGGGCGGTGAAGA----------GGGGGTGGAGCTTCAACAAAGAGGCAGGGCCATGACACGGAGAGGGGAGGAGCATAACCGTGTGTCACATGACCTTACTTGCTGGTAGAGCTGCGGCCGGGGCGCCGAGTTCTCAATCATAGTGTGAATCATGAAGATTATGGGTTCGTTCTCCTTCATCTAGTGC-GCgaggaggaggagga-ggaggaACAGC---CGTTATCAAAGCACTGCA-AGACA----------CACGCTGATGTTTTACAGCTTCTGAACCG---CACAAACACACGGCTTTCTGGTGCACAATCATGACGCTGCACTGGAGTTTTGCAGTTCGATGT--AAAAAAAATATCAG--CGGCTTTGGCAAAGAGCGACGACGTGTCTTCAGACTAACTTTTAAAAGAGATTAATTAATGGAAAGCAGAA----ATCCAT-----CTTGAAAACATCCAAATGTCCAGCATTAC--ATACGAGATATATGCAAAATATCACTAGtagatagatagatag--atagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagat------atagatagatagatagatagatagatagatgatagatagatagatagatagatagatagat s fr1.chrUn 62026623 671 + 349519338 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acagacagacagacagacagacagacagacagacagacagattagacatatagatagacagatagaagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatag--atgatagatagatagatagatagaGTCATA-TAACTCATGAAACCTCCTTTAAGTGATGACTGACAGCTTTTTCACCTTGGACAGGTGTGGTCGGTGGCGTCGCTCGATGGTCACGTCTCCACGAAACACAGGCGAAGACAGCTCCGAGCGCGAGTCAGG---GTTGAGCGGTCTGTTCGGGGAGAAGGTGTGATATCCGGCCAGAGAGCCATGGGATGGGGACGTGGGGAT-----------GGACTCCGCGATCTGCC-------CCATAGTTTTGGGACTGGGCAGCGTCCCGTA----CCCAA--GCCGACTGTGCGCCTGCCGCTGCTGCCACTCGTACAGCTGCCACATGGTGTCATCTCGGATGGAGCGCCGCTTTTCCTGCGTGCTGGGCTGAAGCGCTCGGTCGTACACTGATCCTGCTACACTGCAGATGCTGTCCGGACGCAGCA---TGTTTCGGGGCAGAGTGCGGTAGCCCTCAGGGTAGCGAGGGACAATCTGCGCCCGGTGGCTCGGCATGTTCCTTGGCAGGGTCTGGTAGGACGTAATGCTGGAATACAAAGATAATAATGAC s fr1.chrUn 62028924 693 + 349519338 ATGGACCTGCGGTCAGGTGGGTAGACGTACTGCAGGACACAGT-GAGAAATGGCC---CAGTTAGAAGCTCTTTAAGGAGAAGCAATGATGAATAGCCTGAAA---AGCTAAAAAGGAAATTGGCCATTCTGCCCAGA---AGCCATAAATCCAGACTGTTTTATCAAACCTTACGGCACTCAAAGCTAACATTTAACTGACCTTGCTGTACTGTGGCCTCTGCCGTCTCTCAAAACTCTGATCTCTTCTGTAGATGGGAGAAGACACCTCCGAACGAGCACCGAGCATGCTGTAGGATCGCATCGGGGAGTAGCCCCCGTACATGGAGAGCGACCCATGGGAGGGGGAGGGTGGGATCGAATGCATCGGGACTGCGTGTTCCGACAGGTTCATCATGGTTTTGGGGCTGGACATGTTGTTGTAAAGTCCTGGCTGCCGGGCGTAGGCCTGTCTCTGCTGCCACTCGAATAAATGCCACATGGTGTCGTCACGCATGGACCGGCGCTTATCCACTGGCGAGGGACCCAGGGCC---TCGTACAGCGACGGCGAGATACTGCAGATGCTGTCCCGCTGTGCAATGCTGTTCCTGGGAATGCTGCAGTAGGTTTCTCCATACTGAGGCATGTATTGTACCCGATGGCTTGGCATGTTACGAGGCAGCGTCTGGTATGACGCGATGCTGAGA-AGAAAGAGACAAATGAC a score=7725 s danRer3.chr4 2049384 338 + 33808418 GACCTCCTGGTGTCGTCGTCTGGAGCTCGTGTGCGGTGTGTGCGAACCCACTGCTCCAGCTGCTGCATTGAGCTGGTTCTGCTGAGGCTTCGCTCTGGTTCTGGAGCCGGCTGCGTTGGTGGCGGGACGCTCGTCC---TCACAGTACTCAAATCTCCAGGACTTCTGTCTCCCGCTCGTTCCCCGGAGCCATTAACCTGTTTCTGCAT-CATCCTAGAGGATGAAACGGCTGCAGCGATGGCGGCTGCTTGAGCCGGCTGCAGTTTAATGCTATTTATTTTAGTTAGCGGACGCTCAATGGTGCCC----TCTTTCTGAAAGCCGTATTTTTCCTCAGATCGCGG s fr1.chrUn 62030658 341 + 349519338 GACCTTCTGTTGTCCTCGTCCTGGCCGCGTCCTCGCTGAGTGCGGACCCACTGCTCCAGTTGATGCATAGAACTGGTCCTGCTCAGGTTGCGGTCCGCTTCATGCGTAGGCGTTCTCTGTGGTGGCCCCCCTGTGCCGTTAGCCGGACTCTGCTCGCCCGATCCGTTGACC----TGCGGGCTGCGGCGTGACCCGTCCGTTTCTGTGGACACCTGCGCCGAGGTGATGTTGTTCTTTACAGCTGCCGCCTGTGCTGGCTGCAGTTTAACACTGTTGATCTTGGTGAGGGGACGCTC-GCGCTCCCCCCCGTCCTTCTGGAAGCCGTACCGCTCTGCATCTCGCTG a score=2214 s danRer3.chr4 2049722 274 + 33808418 TGGCGGGA--------------------------CGGGTTTCTCCAGCTCCTTC-------TGCACCAGACTAAACCTTGCATCTTTCTGCGGGATCT-----------------TCTCCGCGTCTTTTGGTGGATTGTACATCTCGAGTTCTCTCTGAAGCGTGTATTTGTCTCCGTCTTTGTGCACTGTGTATTTGTGTCCGTCTTTCTGCAGGAGATATTTGTC---------------------------------------------------------------------------------------------GCCTTCTTTCTGCACGGCGTACTTCTCTCCGTCTTTCTGCAGGACAAATTTCTCCAGGTCTTTCTGCAGCATGTAGCGCTCGCCGTCTTTCTGCCGG s fr1.chrUn 56916412 417 - 349519338 AGACAGGCATACCTCTCGCCTTCTCTCAGGGTGCTGTACTTCTTCACCTCCTTCACAGTGCCGTATCGGTCCACCACCTGGATGTTGTTGTAGGTCTCCCGCAGTGACAGCTGTCTCTTCACCTCCTTTTGAGGAACATACCTCTGCCCTTCTTTCAGGAGCGTGTGCCGCTCGCCCACTCGCTGCAGTGCGTATTTTTCGCCATCTTTTGTCAGCAGGTACTTGTCTGCATCTTTACAAGGAGCATATTTGTCCTCTGTTTGTGTCACCAGCAGTTTGTCCTCTTCTTTCTGAACCAAGGGTTTCTCCACGAGCTTTTCACCATCTTTCCTCATCAGGTACTTCTCTCCATCTTTGTGGAGGAGATACCTTTGGCCGTCCCTCTGAACGGTGTAGCTGATGCCATCTTTCTTCAGG a score=519 s danRer3.chr4 2050013 85 + 33808418 GAAGCGCTCTCCGTCTTTCTGCATGCTG----ACTCTGTCTTTGTCTTTCTGAGGT--TTCTCTGATGGTTTGCTCTTCTTGTCCTCT------------------TGG s fr1.chrUn 56916831 109 - 349519338 GAACCTCTCTCCGTCCCGCTGGAGGGTGTAGTACTCGCGCTCTCTCTGGCCGTTGTGCTTCTCCGAGTCCTTCTGCCTTCTGTCGTCTACTCGAGATAAGGAGTGTTGA a score=3631 s danRer3.chr4 2050098 154 + 33808418 CGGAGCGTCTCGCGGTTCCTCTCGTTGTTTTGGATCTCGGGTCGTGTCAAGACGCG----GTGGTTCAGCATGTTGTTCATCTCCTGAGGAACGCGAGAGTCCAGCTTTACCTTCTCAAGCCTGGAGAGAGGAAGAAA--AGACAAGAGATTTTATATAA s fr1.chrUn 62031048 159 + 349519338 CGGTCCACCTCACGGTTGCGTTCGTTTTTTTGGATTTCGGG-CTCGGTGAGTTGCGACCTGTGGTTCTCCACGTGGTTGCTCTCTTGCGGCCCGCATTCCTCCACCTTTAGCTTGTCTAACCTAATTAAAAACAGAAATCAGTCAAGGCACCTGTCACAA a score=7025 s danRer3.chr4 2052656 239 + 33808418 ACCTTCTGATTGGCTCGCTGTGAGCCATCGCCGCATCCGACATCACTTTCATCCAGGACTCCATATCTTTGGCTGTGTCTGTGCTGAAATAATACGTCCGCATGTTTGGATGCGTCGCCTGGTTGTGAAAAATTCAACAGAGAAACCTGAGAAGAGAAAAAAAG-ATC---------AGAGCGTGAATATCAATAAACAACTGCTGA-GCGAATCGCTGAA-GGCACAA-ACACGATGGAGTTTTGCAAAGT s fr1.chrUn 62032086 252 + 349519338 ACCTTTTGACTGGCTCTGCCTGCACAAGTGCAGCGTCTGTCATGACTTTCATCCATGACTCCATCTCCTTGGCTGTGTCAGTGCAAAAATAGTACGTCCGCATGTTGGGATGTGCTGCCTGTTTGGGGTTGTTTTGAAGGGGAGAGGCAACAGACAAAAAAAAGTATCCTGAAAGAGAAAGAAAGAAAACGAATGAGCTGTCTCTCATGCAAACTGTGGAGTGATATAATACACCATATATTTTAGTAAAAT a score=7538 s danRer3.chr4 2057171 164 + 33808418 AATGTGTCTCTGACCTTGAAGGCGTATTTCCGGGTAATATGGTCGTCCACGGACAGCATGGAGATGTGAAAGCTAGGCAGGAGGATGCTTCCCAGAATCCCCTCTTCCTTCTCATCT----GAAGACACAAACAGAGAG--------------GCGTTGGTCAACATTAGCATACATTAACC s fr1.chrUn 62033208 179 + 349519338 AATGTG-CACGGACCTTAAAGGCATATTTCCTGTTAACATGATCATCCACAGACAGCATGGATACGTGAAAGCTTGGCAGAAGAATGCTTCCAAGTATTCCTTCCTCTTTTTCATCTGCGGGAAGACAGGGGAAGAAAGTATCAGCAGCTATTTAGTTGGTCAACTTT--CGTGTGTTAACC a score=6038 s danRer3.chr4 2062630 230 + 33808418 GATCATACTGAACAGAA---ACGTCTCTGAGATGAACGTTTGGTCACGGCCTGCGACTGAACATTAATCCTCAAACACAAACATCAGATATACGGTGCATTGATAAAATGAG---TGTGTAAGTGTAAACAGAGATG-CTGAACTCACCTCTGTAGTAGAAGAGGCACATATCAGACAGAACGAACCATCTCTTCTTCCACATCTTCATCCCAGTGCTGTCCTGAAAA-ACACCAGCA s fr1.chrUn 62034511 215 + 349519338 GATCACAGAGAGCAAAGCTCAGGCCTCTGAA----------GGTCACAGC-TGTGA-TGCAAACCACCCATCGACAGCCAGCAC-----------TGCTTTAATCAGCTCAGCACTAATGAAGCGTGAGCGGAGAGGACGGGACTCACCTCGGTAATAGAAGAGGCAAAGGTCCGACAGTACAAACCAGCGCTTCTTCCACAGTTTCATCCCCGTGCTGTCCTGAAAACACACCATCA a score=627 s danRer3.chr4 2062873 37 + 33808418 CAATCAAATCAGCCAGCCAATCACAAGTACAGAAAGC s fr1.chrUn 80236231 37 - 349519338 CAATGAAAAAACACGGACAAATGAATGGAGAGAAAGT a score=-1205 s danRer3.chr4 2062910 83 + 33808418 CCTCCCCCAAACAATGCACTCAAGGGTTT--TTGGAGTGTTTGTATCAATATGTTAgtgtggag------tttgc-atgttctccccgtgt---t s fr1.chrUn 340910699 87 + 349519338 ACGAGCCATAACATGGTAGTGAACAGTGTAGCTGGACTGGTT-------CAGGCCCGC-TGGGGCTTCTTTTTGCTACGTTCTGTAGGTGTGCTT a score=-2 s danRer3.chr4 2062993 86 + 33808418 ggcatgggtttcctctgggtgctcctgtttccaaaagacatgcgctataggctaaattgtccatttgtgtgtgtgaatgagtgcat s fr1.chrUn 80236337 74 - 349519338 GGGCTGAGAACCTTCTGGATG-TTCTGTGATGAAAAGATTGAATCCAT-----------TCCATTTACATGGAGCACATAAAACAC a score=6970 s danRer3.chr4 2063079 141 + 33808418 atggatgtttcccaCTGATAAGTACCTGTTTGTGAAGCCAGCCGTTTTTGATCACAGGTGCATTGGGGTTCCTCTTGATGGAGTTGGACCTTTTCCCAAAGTTGTGCACTTTCTTTGAGGACCGGGATGGCTGCAGACACA s fr1.chrUn 62035841 141 + 349519338 ATTTATTTTCTATAATCATGCTCACCTGTTTATAAAGCCAGTTTCTCTTGATTACTGGGGCACTGGGATTCCTTCTAATGGAGTTGGATCTCTTCCCAAAGTTGTGAATCTTTTTGGAAGACCTCGAGGGCTGCAAACACA a score=6504 s danRer3.chr4 2065599 156 + 33808418 ACTCACTCTGGTTGTGGGGCTGCTGGGATGTGTGGTGTAGTCGGAGCCGCCGGTGTAGTTTGAGGCTTCGCTCATGGTGCTGGTGGGACGCTCCTTCTTCTCCGCCTCTGGTGCTTTGGTCGCTGGTCTGGAAGATTAAGACAGGA-ATGAGTCTTA s fr1.chrUn 62036042 157 + 349519338 ACTCACTCTTCCTGCAGGGCTGTCAGCATTGGTGGTGTTCTCCGAACCACCCGTGTAGTTGGAGGCCTCGCTCATGGTGCTCAGCGGCCGTTCCATCTTCTCATTCGCTGGTACTTTGGAGACCGATCTGAAGGAAAGCGACGGAACATTAGTCTGA a score=6429 s danRer3.chr4 2080820 251 + 33808418 CAGAAAGAAGAAATGACTCACTGTTCGTTGACCACAAAGATGCAGTTGTCTTGTGACGGGACGCCGCTGACGGGATGCTTGCAGGTCACCTTTCGCTCATTGTGGCTGCAGGAGAGAAAAGACAGATGCATTGTGGGAATTAGAGATGTGCGAGACTGC-------AGTTAACCAAGTAGA------------CAGGCGATTGATCAGAGA--AATTATTAGATTCATGAACTGCGATGTTGA------AGTTAATCATTTCAGGATTGATCATATGA s fr1.chrUn 62041659 272 + 349519338 CAGCAAAAAACAGAGACTTACTGTTCGTGGACGACAAAGATGCAGTTGTCTTGCGAGGGTAAGCTTGAGACGGGATGCTTGCAGGTCACCTTCTGCTCATTGTGACTATTGAAAAGAGGAGAAAAGGGTGCTCAATTCATCAG------GCAACACAGCCGACATGAGGAAAAGAATTAAAAGCTTTTGTTCTTAGATGGTTGATGAGATATCAAATGGCAAATGCAGGTCTGGTGATGAAGACCCTTTGGTACATCAGATGAGGATTAAGGATATGA a score=42 s danRer3.chr4 2086640 142 + 33808418 CAGTTTATTTACAGAACACATCATTCataaaaatgatttttttttatatatatatGGCAAGTCATGTGTTCTCCACACAGTGATCATGTGACACGACCTG-GTACATTATG--TCCCATATAAACCCCCGCAGGGCGTCTTCATG s fr1.chrUn 333204791 119 + 349519338 CACCCTATGTAAAGTACACATCATATGTAAAG------------TACACACCCTATGTAAAGTATACATCCTATGTAAAGT---------ACACATCCTATGTAAAGTATACATCCTATGTAAA-----GTATACATTCTATGTT a score=161 s danRer3.chr4 2086782 103 + 33808418 CATACATGCA-CAGCTGA-CAGCAGATGGCATAAAAATAGCTCAG-TGTTCTTCTCTGTCTGCCAGAGCAGTGTGTGTGTGATGAAGACACA------CTTCAGCTCTTCCT s fr1.chrUn 21426733 109 - 349519338 CACACATGGATCAGCCAATCAGCAGGTGACTGTCCAAGAGCTCACCTGCACGACTTCCTCTGTCAGCACAG---GTGGGAGCAGCTGACCTGATATGTCTTTCACCTGTACC a score=25766 s danRer3.chr4 2086925 846 + 33808418 AGCGAAGAACAGGTGAACCGGAGAACAGGTGAATCTCAGAACAGGTGAAGTGGAGAACAGGTGAACCTGAGAGCAGGTGAAGTGGAGAACAGGTGAACCTGAGAACAGGTGAAGTGGAGAACATGTGAACCTGAGAGCAGGTGAAGTGGAGAACATGTGAAGCAGAGAACAAGTGAAGCAGTGAACAGATGAGCAGGTGAACTGGTAAACAGGTAAAGTGGAGAACAGGTGAAGTGGAGAATGAAAATGAATTCAGGTGAAGAGGTGAACTGTTGAATAGGTAAGCAGGAGAGCAGGTAAACAGGAAAACAGGTGAAGCGGAGAACAGGTGAGCTAGTGAACTAGAGAACTGGAGAACAGGTGAAATGGAGAACAGGTAAACTAGAGAACAGGTGAGCTGAAGAACAGGTAAACTGGAGAACAGGTGAGCTGGAGAACAGGTGAGCTGGAAAACAGGTGAAGTGGTGAACAGATCAGCAGCAGAACAGGTGAGCTGGTGAACACGTGAGCTGGGGAACAGGTGAAGTGGTGAACAGATCAGCAGGAGAACT--TGAAGTGGTGAACAGATCAGCAGGAGAACAGGTGAGCTAGTGAACTAGAGAACTGGAGAACAGGTGAAATGGAGAACAGGTAAACTAGAGAACAGGTGAGCTGAAGAACAGGTAAACTGGAGAACAGATGAACTGGAAATCAGGTGAGCTGGAGAACAGGTGAATTGGAGAACAGATGAACTGGAAATCAGGTGAGCTGGAGAACAGGTGAATTGGAGAACAGATGAACTGGAAAACAGGTGAGCTGGGGAACAGGTGAAATGGTGAACAGTTCAGCAGGAGAACAGGAGAGCTG s fr1.chrUn 272885451 804 + 349519338 AGCGAtgaactgatgagccgatgaactgatgagccgatgaactgatgagccgatgagctgatgaactgatgagccgatgagctgatgaactgatgagctgatgaactgatgagccgatgagctgatgaaccgatgagccgatgaactgatgagccgatgaactgatgagctgatgaactgatgagctgatgagccgATGAACTGATGAACTGATGAACT--------------------------------------------GATGAGCCGATGAGCTGATGAACTGATGAACCGATGAGCCGATGAACTGATGAGCCGATGAACTGATGAGCCGATGAACTGATGAGCTGATGAACTGATGAGCTGATGAACTGATGAACCGAtgagccgatgaactgatgagccgatgaactgatgagctgatgagctgatgagctgatgaactgatgagccgatgaactgatgaactgatgagctgatgagctgatgaactgatgagccgatgagctgatgagctgatgaactgATGAACCGATGAGCCGATGAACTGAtgagccgatgaactgatgagccgatgaactgatgagctgatgaactgatgaaccgatgagccgatgaactgatgagccgatgaactgatgagctgatgagctgatgaactgatgaaccgatgaactgatgagctgatgaactgatgaaccgatgagccgatgaactgatgagccgatgaactgatgagctgatgagctgatgaactgatgagctgatgagctgatgagctgatgagccgatgaactgatgagctgatgaactgatgagctgatgaactgatgaactgatgagctg a score=441 s danRer3.chr4 2087966 310 + 33808418 ATGCTAGACATGGGGAAGACTGATTTTCTTGACATCAGAGCAT-ATGGGCTGCACAGGTGGGTTTGTGAATGTGTCATTTCTGTGACTCAATGTAACATGCAAGAAAATATGTACAGATATTCTTTAGATTTAAAGTTTAGATTATTTTACCCAAATCTTCTAATGATTCATTTTG----TAGACAATATATTTAATATGTTTT-TCTAAAAGGAATTTTGGATATCTAATTTTAGCCCTCCAAAATTTTGAAAACATGATTGATGATTGAAAAAAACAATTAGGATGACCTTGGCTAAACAATATATCATCCACA s fr1.chrUn 180569382 283 - 349519338 ATACAGAGCCTAGAAAACACAA----CCTGAACAGCACTGCATCATAGTCTGCGCACTCgtgtgcatgcgtgtgt-gtgtgtgtgtgtgtgtgt---------gtgtgtgtgCATTATCATTCATTATCATTGGAATTTATTTTGTT-------AGTATGAAAATGATTAACTTTAGCATTGGACAACATGTATGATATCTTTTAGCTCAGAATAACTGATGATG-CTAACTGTAT-------AAATGTTG-ACATGTTAATGCTAATCTATGCTAAATAATAAGAGCGCCTTG---AAATTACCCACAATGCACA a score=3567 s danRer3.chr4 2131947 276 + 33808418 atttaatgacctaatggccccataataaaagaatttctaatactgtttgtcatgcatgtaggaactctaaaataacatcctgatagcagcagctgaaacacagaatacaataggtaatccgggatgcataagataccctgagctCTCT-------------TGGTTAAAATCAA--------------TCTGATCTTGTCTGCCACCTTCACAAGGCTACTCAACCTGTTCTTATTTGACAGACTCAGATTACCGTACCAAGCTACAATGCTGAAAGATTAA-----ACAGTTGTTTGTAAAAATAAA s fr1.chrUn 211598207 303 - 349519338 ATTCAGCATGTTAATGGCAGCACTGTAAAAGAGATTTGTTAACATTAGGTCATGTGAATGGGACCTCCATACCTTCAACCTGAGGGTAGAAGCAGAGACTCGCTGTAGAGGGGGTGGTCACCAAAGCTCAAAATAACCAGACCCTTCCAAAGATGTGACAGTCATATAAATCAGAGACTGATTCACCCCATAACCTTGTCAGCAACACTGACAAGATGACCCAGCCTGTTTCGCTCAGGAAGGTTAAGCTTGCCAAACCAGAC-----TGCTAAAAAGGCAACAATGACTGATGTGTTCAAAAATAAA a score=1317 s danRer3.chr4 2195173 99 + 33808418 AAAAATTCTAAACTACATGTGTAAAGGTTAAAGGTCAAGTAGTTTTTAATCACTCAATGGAACGAGTCAAATCATACTGAGCACCATTCAATAAAAAAG s fr1.chrUn 62055982 99 + 349519338 AAAAATGTGTAATTACACCAGGTAAATTCAAAGCGCAGATTTGACGTCGGGACTCAAACTAAGTGATAAAATCGTACAGACCACTACTATTTAAAAAAG a score=1411 s danRer3.chr4 2199268 82 + 33808418 ATCCACAAGTGAAGACGCTCTCATTTCTAATGCACGAGCAACAGTTTTTGGGCCTCCAGGTATCATCAGCACAGCGGTAAAA s fr1.chrUn 62059866 82 + 349519338 AGCAACAGGTCAATTTACTGCCCTTTTAGATATCTTTACAACAGTTTGGGGGCATCAAGACGTGTGAATTACAGCAGTATAA a score=426 s danRer3.chr4 2204806 47 + 33808418 GCAGGCGAGAGTGAAATATCCTCCTTCTGCCAATAAGCTGAACCTCC s fr1.chrUn 65267968 47 - 349519338 GCAAATGACAGAGGTGTAGCCCCCCCCCACACGCAGGCACGAATTTT a score=4244 s danRer3.chr4 2204853 199 + 33808418 AACTCACTTGATAAAGCAACGGGCTCCTTCAAACGTGTATCCTTCTTCCCATCCGGTGGGTAAATCTGAAGaaaaaataaattaattaattaaaaaGCTGAGAGGAGGCGAGGACAATGAGTTTTTGCAT-GCAAACAGCATCT----TTCTAGAGTGACTGGGCAGCACATCTCTGATCTGCAGTGCCCAAAATATGAGCATT s fr1.chrUn 62063229 198 + 349519338 AACTTACTTGATAAAGCAACGTGCGCCTTCAAAAGTATATCCTTCTTCCCATCCAGTGGGCAGGTCTATTAAAGAGGTA---CAGCGGAGAAAAAACGTGAGTGCAAACTGGTGGGACAAGCAGATGTGTGGTAAATAACGTGTGATGCTTCCCAGCTGTCAGGCTGCACA---ATCAAACGCATATTCAAAAACATGTTCATT a score=10645 s danRer3.chr4 2205373 379 + 33808418 CAAAATAAAGCCTCACCTGGAGTTTTTCTGTGTCCTGTAATGACGGCTTCTCCTGTGACTGGATGCAGCCAGGTTGTGCTCTTCGCTTCTTCACTGTTGGGTGAGAGAAAAAAGGGGGTGA---------------------------------GAGAAGGTGGAG-GGGAAAAAACAACCGATGAGAGGGTTTCGAGTCAAACCGATCCCCGAGTCTTAGTTTCTGCAGATATTTACTTGATAAAGAACACTCGTCCGTCCCGGGTCACGCCGTAACTCCAAGAGGAAGGCAGGCAAGACAGCCAGTCCGGGTTCAGGTCCGCCGCCATGTCTGAGCACTGAG----------AGCTGCGCGCCGCCGA-CCCACAC-----GCGCGTACACGGGATTCCTTAGCAACGGTG--TCCAGGGCGCAGGCGG s fr1.chrUn 62064561 392 + 349519338 CGGAGCGACACCTTACCCGGGGTTGTCCTGTGCCCGGTCAGCGCCGCCTCCCCGCTGCCTGGGTGCAGCCAGGTCGTACTCTTGGCTTCTTCGCTGTTG------AGAGAGGAGGGGAGAATCATTCATTTTGGCGCCTCGCTTTGCCACCACCGCGAAGGCGAAACGGGCAGAAACGACCG-----------------------GAGCCGCGGTCCATAGCG-----GGGTAATTACTTAATGAAGAAGAGCCGTCCGTCCCGAGTAACCCCGTAACTCCAGGAAGGAGGCAGAGAAGAAGCCCACTCCGGCTGTAGTTCCGCCGCCATGACTG----CTGAGACTGTGGGACAGCCGCGCGGCTCCGCTCTCGCGCTGGCGGCGCGTACACGGAA-ACCCTGGCAACGGCGGATGGAGAGCGCAGGGGG a score=6098 s danRer3.chr4 2285854 164 + 33808418 GCCCGTCTAGCTCAGTCGGTAAAGCATGAGCCTCTGAATCTCAGGGTTGTCGGTTCGAGCCCCATGTTGGGCGTTT-----TTGTTGAGGcagtggcgcagtgggt-agcacgttcgcc---tcacagcaagaaggtcgctggttcgaacctcggttcagttggcgtttctgt s fr1.chrUn 212630138 173 - 349519338 GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGCTTACAACTTTTTGGGAGGTGGGGGTAGAGGTTAAACATGTTCGTCTATTCGCTTTTGAAAGGCGTCAGATTGGCGAGTTGGTTTAGGAGGCTCCTCCAT a score=1705 s danRer3.chr4 2304131 58 + 33808418 TTATTTTTTTTACTCTTCTATTTTTTTTGCAGAAGCACAATAGGCTACTCTCATGACT s fr1.chrUn 51769871 58 + 349519338 TTAGGTTCTTTACCGTGCGAGTGTTGCTGTAACAGCACAATCAGCCACACTGGAGACT a score=4359 s danRer3.chr4 2304832 268 + 33808418 ATACATTTACTT--------------CAGGGTTCTTACGGGTGCTGGAAATCCTGGAAAATGCTTGATTTTTAATATAGTGTCTTCAAGGTTATAAAAGTGCTTGGATTTTGGACGAAGTGCTTG-----------------AACCATCTTG-------------------------AATTTGcagggcttgaaa------ttgtgactgttttagttgcatatgtgcacaattttgtctatgtgacctcaatatatatGTTTTAATTttgtatatgtgacctacatatataatatgcgatcccaaatatatttgggcgcatttgtgcga s fr1.chrUn 51773528 304 + 349519338 ACACATTTATTTTTTAGATCTATACACAGGGTTTGTACCGGTGCTTGAAATCCTTGAAAATGCTTGAAATTTAAT---GTGTTTTTAAGGTCTGAAACATGCTTGAATTTTGGGTCTAGAGCCTGTTGGTACTAAGTGAAATTGCCATTTTGAAAGCATTCATTTGTATCGTAGACAAATTTACATGCTTAAAAACCAACCTTGAAAGTCTTTTAA----AAATGTACTTGAATTTGACTATG--------AAATATGTGTACAAACCCTGTATA------CAGTATAAACTTTATTATAACTTAAGTATTTT-----GCATTATTGCAA a score=9054 s danRer3.chr4 2305674 773 + 33808418 ataaaattgaCACACCTTGGCGTGAAGTGTTGGGTGTAGAAGAGCATGTTAAACCTGAATGGAGGTCACTGTATAAGCCACCGTTGTCTAAAAGGTCAGGAGATATACAATGGAGACTTCTACATTGTGCTATTGCAGTCAATGCTTTTATTTCAATTCTTAATCATGATGCCATTGCTAA----TTGTCCTTTTTGCTCAAAAAGAGAATCAATTTTTCAC-GCTTTCATGGAATGTGATAGACTGAAACCATTATTTTTACTTTTGGAAAATGTTTTTAATTCCTGCAATGAAATGTTCTCTAAAAGAGT-TTTTATTTTTGGTTTTAGATATGTTAAAAGAAAGAGGTTTAAATGTCAACTCCTAAATTTTGTTTTGGGGCAAGCTAAATTAGCTATCTATATGAGCAGAAAAAATAAGGTTGAAAGATTGTCCGGTGAAGATGTGGTGGTAATGTTTATAAACTTGGTGAAATCACGGGTTCTGATTGATTATTGTTTTTATAAATCTACAAAAGATATATTAGCTTTTGAGATGAGGTGGTGTGGAAATGGGG--CATTGTGTTCAA------------TTGTTGATGAAGAATTAGTT--TTTACTTTTTATAATTAATGTATTTACATTTTTTTACTGCATCCCTTGTGAGTTGTTGACATGTTGAAATGATGATTGTTGACTTATTGTAATAAAAGGCACTTTTAA--------ATTCAAATtctctctctctctcactcactcactctctctctctctctctcacgcgggcgggcatgcactgtggtctcatga s fr1.chrUn 270380739 759 + 349519338 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GATAAGACATAA-----------AAAAGCATGAGGACATAAAAGTTAGTA--ATCAGTTAAAGGCCTGATTAAAATGGTGTGTCTTGAGCCTCTTTTTAAAAATCTCAACAGACTCTGCGGCCCTGAGGTTCTCCGGCAGGCTGTTCCACAGTCGGGGACCATAATAACTGAATTTGCTGTGATAAAAGACTGGATCTAATATCATCGATTTTACTCCTGAAGTGGTCTGCAAAGGCCTCGCAGAGGGTGTCAGTCATTGTTGTGGGACACCTATTATTAACCCCGTGCGTTTTAGAACTTACTTGTGGAATGGTTAAAAGGCCGGTGCCGGAGGACCTCAGAGTCC-GCGAGGGTTGATAGAATAAAAGCATGTCTGATAAATAAGTCGGGCCAAGACCATTAAGACATTTAAAAACTAATaaaagaatcttaaaatcgatcctgaaacgcacgggtagccaatgcagcgattctaaaaccggtgtgatgtgctcccgccctctggtcctcgtcagcagttt------tgtaataattgtaggttagaaatgctcttttttgga-------agaccagagagcagggcattacaataatctaaac--gacgagataaaagcgtgcatcagcacctccgtgctggcctgagagagaaacgggcggactctggctatattcttcaggtggtaaaaacctacctttgttatgtttttgatgtgtggaataaaactaagctcagagtcaaagatcacacccagattttttaca a score=187 s danRer3.chr4 2506867 189 + 33808418 CAGA------AGGGGTCCAACCTGTCAAATACCCCAACAGTCTTGGTTAAATATCAAA--------TAAAACTCTGCATCTAGATTTTGATTGAATGGGAAATTTCCACAAAC-TGCACTATAATTGGTCAATTTTAAACTTAAAATAAACTATAAGAGCATTATGACCT-----TGCAACCACTTTAAACTTCAAGGCAGCATTCAAA s fr1.chrUn 276526726 199 + 349519338 CAAATGAAATAAGGGCCAAAATGTTTGATCACTTGAAAAAATAAAATTAAGTCCAAAACTATTATTTGAAACACAAACTTTAGGTTTTGAT---GTTGGAA-----TACGAACAGGCGTTACAATTGTTTGGTTGTCATTTTCAA--AATCTGTGTGTTTGCCTTGACTTTAATGTGCCGCTGGCTTATGCTTCCTGAAAGCAATGAAA a score=1726 s danRer3.chr4 2507056 114 + 33808418 CTTTTCCTTTCTAGCTTTTTCCGCTCTATTTTTTCTCTCTCTATTTCTCTTTTTTAAAGTTTTCGCTCTTTTCTCCTCCTCTCCACCTGTTCTCCTCTCTCATCTCTCGCTCCC s fr1.chrUn 156554573 114 - 349519338 CTATCTTCATTTATTTTCCACCACTCTCATTCCTCCCTGCTGTATTATCTCTCCTACCTCTGCTCCTCTTTTACCTTCATCTTTTCCTCCTTCTCTCCATTATCTTCTTCTCAC a score=1438 s danRer3.chr4 2507608 86 + 33808418 TTTTGAACACCATATATTCAGAAGGATTAGTGTGGGTGCATGTGTGTACTTGTTTTTAT-ATCTCAGTGGGGACTTAAACCTGAAGG s fr1.chrUn 26706808 87 + 349519338 TTTAAATCAATAAAAATCACGACATATTTGTGTGCGTGCATGTGTGCGCGCATGTTTGTGATGTTGAGGGCCTTTTTACCCTGCAAG a score=444 s danRer3.chr4 2508132 235 + 33808418 tgactacattgaaatgatatataATAGGAACATCATCACATATGTGAGTTCCCACTGGGATATAGGAACAAGTTTGTGTGTGAGAGA------GAGATATATGTATTTGGCTTTTTCTTTTTTTAAGCGTTTAATACAAAATCTGTATAGACATTAAAGAAAAATAATTACATGATTGAAAAAAATGAGTTACGTTAAAAAATCTGCAAAAGAAAAGCTTTTCCCAATATATCCTTAAAAC s fr1.chrUn 228084427 224 - 349519338 TGGATACAGCGAGATTACGTGTGA---GTAACTCGTCAC-----TGGTTTCAAACAGCTCTA-AGTAATATTTTTAGTTGCAATAGATGTAGTGAGCAATAATGATGCACCTTAATGTTATTGTTACTTTTCTGTATTCATTATTTATA---ATTAAGG-----TGGTGTCATAAATATAAAAACTGGATTATGATAATAATGCAGAAACATGCAAATTGATCATTATAAATAATTAAAAC a score=3865 s danRer3.chr4 2571093 198 + 33808418 TAATTAAAAACTAAACCTAAACTTACTTTTCTCCTC--ATAATCGAGGCTTTTTTTGTTAGATCCATTTTTAGATGGATCTCCTCATACTCATACACCAAAACAAAGTCAATCCTTCACTTTCCGTCATTGAAAAACAGACAGTCCGGGTTCCTGTTGAACTCCACCTGCGAACTCAACAAACTGAACTCTCAAAAGCGC s fr1.chrUn 211169514 186 - 349519338 TAATAAATAGTTTAGGGGAACGCTACCTTGCGCCGCTGGTACGCGTGCCTCTTCTCG---AACTCCTTCTTG--------TCCTCGTCTTCGTACACCAGGATGAAGTCGATCTTCCTCGCGCCGTCGTTGAAGAACAGCGAGTCGGGCTTGTCGTTGAACTCGGCCTGGGAGC---AGAAACGAGGCTCGTCAGGGAGC a score=4253 s danRer3.chr4 2573502 180 + 33808418 tttaaggtcaaCCTAATATTTTAGGTGTGACTTTTTAACATTCTGTAAGGGGTCTACAGATGAAAAATAGCCATTCTTG-GCTAATTCTGGCACATTTTACAGTAATGTTTATTAATGTGCATTGACCCTGTAAACAAAtaaactaaactaaactaaacGGTGCGAT---GCAGTGGCTCAGCA s fr1.chrUn 73529609 175 - 349519338 TTTAAAATGTTACTAATTTTATGATGCTGGCATGTTACC-TCTTACCCAGGGACAATGGATGAAAAATAGCTTTATTTATGCTAATACTGGCACATTT-ACAGAAATGTTGATTAATGTGTACTCTCCCTGATAATAAATCAAATAAA-------AAGTGCTGGCATCCAGTAGTGGGTCAGTA a score=2774 s danRer3.chr4 2576597 111 + 33808418 GGGCGGGGCGGGGTCGCC--TCCAGCTGCGGTGGTCCAAGGCGCTGATGCTGATGGATCCGGCTTGACAGAACAAGGTTATCCGCCAGGAGAGAGTCCGTCCATTTTCTTCAG s fr1.chrUn 266536600 105 + 349519338 GGGCGGGCTGTAGTCGGCAGCCTAACTCTGGGGCTGCTGGATG--GTCCGTGATGGATGAGGAGTGACAGATCGGGGTTAGCCGCCAGGGGAGAG------CGTTTTCTTCCG a score=18114 s danRer3.chr4 2577105 1031 + 33808418 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s fr1.chrUn 266537303 1031 + 349519338 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CTGACCATGTTGAATGAGGACGGTCAGTATTTGCGGATGGCCGTATTCAGCTGCGATGCCCAGTGGTGTAACTCCATGGCCATCTCTGCCCATCACCTTCCCGCCGTGTCTCAGCAGCAGCATCAGGATGTCCACACAGCCC-------------------------------------------------------------------------ACTTTAGCCGCCTCATGAGTGGCCGTCCATTTCCTCAGACACACCTGCTCCACAGAGGCGCCTCCCATTATCAGTGCGTAAACCATATCATAGGAGTCCTTCCTCACAGCTGCAAAGGG---AAATGCAGAGTAAGAATTTATTGCC s fr1.chrUn 138327896 360 + 349519338 CTGACCGTGCTGTATGAGGACGTCCAGGGCCTCGGTGTTGCCGTGTTCAGCAGCGATCGCCAGAGGTGTCACCCCATGGCCGTCTCTGGAATTGACTTTAGCTCCATGTCGGAGAAGCTGCGTCAGAACATCTGCGCAGCCCACCTGGTGCATGGATGGAACAGAAGTACGGGGCAACAAAAGGGAGCACTGATCTCATGACCTCTGGTTGAGTTACCTTCGCGGCCTCGTGCGTCGCCGTCCATTTGGTCCAGCACACCTGCTCCACAAAAGCCCCGCCCATGAGGAGGGTCAGAACCATGTCATACGACCTCTGCCTCACTGCTACAGAGGGTTAAAAAACAAAACA--AATTTGATGTC a score=-437 s danRer3.chr4 2722975 126 + 33808418 TCAGTATTTCCTTTTTCCTTTTATGATTTATATTTTAAAACAGCACACATGCGAAAGTGAAATTGTCATT-ATAATATCTGTGTGATATCAGCCTAAACAGCTTGTTTTTGCAAGTGTCTTCAATGG s fr1.chrUn 173210511 124 - 349519338 TCAGTGGTCCTGTCTGGTTTACGTTGGCTCTATAGCGAAGCAACAGTGTGGCCAAGTCGTACTGATCATTCAGAATAGCTGC-CAATAGAAACAAAGAATTTTAGATTGAGCGAGCTTCTC--GGGG a score=5860 s danRer3.chr4 2723101 192 + 33808418 CTCTATCATGTTGTTCTGTTGTAATACCCAGCAGAAGTGGCGTCTCATTCTTGCTGTTCATGTTGTGTGGAGATGCTCCATGTTGGAGAAGAACCTTCACGTTCTCCACATGTCCAGACTGACAAGCTAAAGTCAGAGGCGTTTCTCCATCAGATGTCGTCTCCTCCATAGTCAGATCATAGCACGCTGTTC s fr1.chrUn 138328653 192 + 349519338 CTCAGTAATTTAACACTGTGTTTGTACCGATTAGCAGAGGGGACTCGTTCCTGCTGTTGGTGTTGTGCGGCGAGGCTCCGTGGCCCAGCAGAATCTTGACGTTGTCCACCAGGCCGGCCGCCACAGCCAGAGTCAGAGGTGTGTCCCCCTCCCCTGTCTGCCCCTCCAGGGTCAGGTGTGCAGACGCCGTCC a score=2147 s danRer3.chr4 2723950 143 + 33808418 CTCACCCAGTAGCACAATATCCAGCACA-CAGGAATCAGGCTGAACACACGCTCTGTGCATCGGCAGCAAACCTCTGCTGTCTCTTTCCTTATAGGCTTCACTGCATTTGTGCATTTTCCT-TAAAGCAAACGTGTCTCCTGGAA s fr1.chrUn 138328911 143 + 349519338 CTCACCCTGCAGCACTGCACGCAGCACGTCTGGCTGCGGTCTCGGCGC-CGCTACGTGTAGAGGGAGGCGGCCTCTGCTGTCGCGCTCTCTGTAGGCAG-ACGGACGAGCTGCCTGCTGCTGTAGAGCACAGCTGTCGCCTGCAA a score=1942 s danRer3.chr4 2724093 153 + 33808418 GATATCACACAATATGCAGTCAT-CGGTATCAAATATCTGACATGTGATATTTAATCATGCACACATGTATTTGAA----GTATACCTTGATCTATAGCAGATAAAATCTTCAGGTTTTCATCACTGGCTGTTTCCAAAGCACTGCATGAAGGGAAAG s fr1.chrUn 53011726 148 - 349519338 GATATCCCATTGTTTGTAGGAAGACAAGATCAAA-ACCCGT--TGAGCTGCTTGTTCTTTGATAC-TGAAGGTGAATCTCACCTACCTTGATCGATTGCAGCCAAAACTCTCAGGTTTTCATCCGTTTCTGCTGCTAA------GCTAAGAGAGAAAG a score=1622 s danRer3.chr4 2725879 318 + 33808418 AATACTGAGCATGGAAAATCTTTG----------TGCGTACCTTAG-TGGTTCACTGAACACAGAGTAACCGCAAGCATCCTGGAGGCTCATCTGAATAGCATACTCAATGAG---CTGATCTTCATCCATTTGCTCCATGTAGTCCATTGTGTTTCTGTAGATGTGCACATAAACAAAACTCTGATCTTCAGCCGTGCA--CTGTGGATTTGAAAACCAAAATAACTTCAGTGACTCTGTCTTAAAGATTTTTTGAAAACAGGTAAGCAGAAAAGTCTCGCACCGGGCACTTGCAGAACACAGACTGAGTTTGTTTTGCATGTCCTGAAGGAT s fr1.chrUn 138329556 294 + 349519338 AGTGCTGAAAATGGAAATTCCCCCCGGTCAAACCTGCTTGTTTTAGCTGATTTGTTGAG------------------ATCTTGAATGCTCTCTTGAAGAGCAAACTCAATAAGTTCCTGGTTTATGCTGTCCTGCTCCAGGTCGTCCA-TGTCTGACTTTAAA-GTGCCC---AACAAGGCTGAGTTCTTTGTGTAAACAGCCTGTAAATGTG---ACAAAAACAGACAGCATGGTTGTGTTTCAACCCCTCT-----------GATCTGGAACGTTCACGCACGTCTCACCTGTTGATCTGATCCCAAG---GTCTTGAACGCTCTGCAGGCT a score=1799 s danRer3.chr4 2726930 111 + 33808418 AGGAGGGCGAAATGTTTAAGTTTATTAG--------------------------ACTTGATCAATAATATCCAGCAGTGTAATTTACAATAATGAC-------CACAGGAGGGCACATCACGTTTAAAATAAGATTGAGAGTGG s fr1.chrUn 173211867 144 - 349519338 AGGCTGACAAAATGTTCAAATTTATTAATTAAACTCTACTCAGGAGAGGAGCAAGTCTGATACATAAAGTTTGGTAACACAAAGGTGAATACAAACTATAACACACAGGAAAGCAAAACATGTAAACAGTGAGATTTAAAGTGG a score=5119 s danRer3.chr4 2731507 457 + 33808418 TCAATTGCACGCCTGCAGCTGGTTCAAAATGCAGCCGCTATGCTTTTAACTGCAACAGAAAAAAATCTAGAATCTCACCAGTTTTATCATCCC-TTCACTGGCTCCCAGTCCAGTTTAAGATTCAACACAAGTCATTGCCACTTGTTTTTAAAGGTTTGAATGGTCCCACGCCTACCTACATCAGTGAGCTTCTTCACTGGCATACTTCATTGAGGCCAATCAGGCCGGAAAACAAGTTTCAGCTAATTGTTCCCAAACCATGGTTGaaatcaagagctgacagagctttttctgtcacagtctcatgtctgtggaatggtctgcctttacatattaggtcatgtt-----------cttcccttggtgcttttg-agtctcatttaAAAAATCACCTTCTGTCTCTTGCTTCTTGATTGCaattaattaattttattgtt-ttatatatttaGCTTTACGTATATATATA s fr1.chrUn 283102662 436 - 349519338 TCTGTAACACGTTGTCAGTTGGTGCAAAATACTGCTGTTCAATTCTTGACTGCAGTACGTAAGAG----GGATCACAT--------TCATCCCATTTACTGGCTCCTTGTGCATTTAAGAGTTCATTTTAAGATTATTTTATTTGTTTTTAAATCTTTAAATGATCTCACCCTGCCCTACCTCTCTGAGTTGCTCCATCCCGACGTGCCAGCTGGGTTCCTCAGGTCAGCTGA------TCAGCTGGAAGT------ACAGTGGTTTAAGAGGAAACTCTACCGAGCCTTTTCTGCTGCCAGCCCCAAACTCTGGAATGACttagggttagggttagggttaTTTTATGAATTATAATTTAGACAAGCGCCTTTATTGTCCATTTTTAAAACTCATCTTAAAACAC---------AATTGCGCTGCAT--GTTTTATTGTCATTATGTTATCAGTTATTCGTATTAATGTA a score=4488 s danRer3.chr4 2737389 208 + 33808418 AAAAAAATGTC---CACTACTAACTTTAAACTGCTGGACTTTAACTTTGCCAGTGTACTCACAGTTTTAAGTTGAATCCCCTGCCGTATTTGGTCTAAAAGTGCACCACGGCCTCCAGTTGACACGGGTGGCTTGTTGTTTTGGTCCACTTTCTTGAGCTGCGCTCCCTCTCGAATTTGGTCCAGAAATGCA---gatcctcgagagcttagcc s fr1.chrUn 56999047 212 - 349519338 AAAAACACTTCAATCAGTTCTGGTTCTGAACTG--GTCCCAGAAACATCCTGATTGGCTCACCGGTTTGAGCTGAATTCCTTGTCGGATCTGTCCCAGCAGGGCATCCCGGCCTTCTCCTCCTGTTAGTGCTCGCTGGCTCTGCTCCACCTTCTTCAGCTGGGTTCCACCTCTGATCTGTTCCAGCAGCGCCAATGACCCACTAGGGCTCGGCC a score=10042 s danRer3.chr4 2738936 400 + 33808418 TTCTTGATCTTTCCTCAGCTGAATAACCTGGACCCAGACCTTAAGAAACTATTCGACATGTGTGGCATTTCTGAGGACGAGCTCAAAGACAAAGAAACGTCTAAAGTCATCTACGACCTCATCGAGAAGCAAGGAGGAGTAGAGGCAGTCAAAAACGAAATGCGACGACAAGGTGAGTCCAAGAGTTTGCTTGTAGGTGCAA--------AGTTCTCAAAGTGAAATGACTGTATGTTGTATTATAATAATGTTCAATAATTTGCCCTTCAGGACCTCCAAGGTGGTGTGGTAGGTTACTTTCCACATTTGCATGGGTTTGCAGTGATTAAAATGAAGTCGAAAGGGTCACTTTTTGGCCTTTATGTTGCTGTTTGAGCATGAGAAAGATCTTCAAGGCAGGAGTTAT s fr1.chrUn 292519231 374 + 349519338 TTCTGTGTGTTGACTCAGCTGAACAACCTGGACCCAGAGCTGAAGAACCTGTTTGACATGTGTGGCATTTCTGAGGCTCAGCTGAAGGACCGCAAGACCTCCAAGGTCATCTACGACTTCATTGAGAAGAAAGGAGGGGTAGAGGCAGTGAAGAACGAGCTGAGGAGGCAAGGTGAGGGCAAACGTCTGCCTGAAGGGGGTATCTGCACCGGTACATTGAGATAAATGCTAGTGAAGTGTGTTA-------GCTCCGGACTCCATGCTGTGGAACATTTA---TGTTGTGATGTTCTAATAAAAACATGAGAAT----------TGACTGAAATAGAGACAGAA--------CTTTGA----TTTGAAACTCTTTTA--AAGGTAAACATCTTCTAATCAGTGGTCAT a score=11286 s danRer3.chr4 2741035 628 + 33808418 TCATATGTTTTTAAATTCACATCTCA-------TTGTTCTCCAATCTATCTCCAGCTCCTCCTCCGCCTCCACCATCCAGAGGAGGCGCTCCACCACCTCCTCCTCCCC---------ACAACTCCGCTCCTCCGCCCCCACCTCCTTCCAGAG---GCAGAGGGGCACCTCCTCCACCTCCCCCATCCAGAGCGCCCACATCTGCCCCCCCTCCACCTCCACCCTCCAGACCAGGCA---TGGGTGCCCCACCACCTCCTCCTCCACCCAGCAGAGGCCCCACACAGGCTCCTCCGCCACCCCCA------CCACCCCATTCGGCCTCCATA--TCTCCACCAGCGCCTCCTTCTATTGGTGGAGCTccaccgccaccaccaccacctcctcctcctccaggaccc-------------------cctccaccaggacctcctccaccac---------------------AAGATGTTGATTCTGGAGACTCTCCGGGAGGCAG------ATCTGCATTTCTGGACCAAATTCGAGAGGGAGCGCAGCTCAAGAAAGTGGACCAAAACAACAAGCCACCCGTGTCAACTGGAGGCCGTGGTGCACTTTTAGACCAAATACGGCAGGGGATTCAACTTAAAACTGTGAGTACACTGGCAAAGTTAAAGTCCAGCAGTTTAAAGTTAGTAGTG---GACATTTTTTT s fr1.chrUn 292519601 690 + 349519338 TCATGTGACTTTGTGT---CATGTCAGCCTGATTTGTTTTTCTCTC---CCCCAGCACCCCCACCACCCCCTTCCCGTGGTGGGGGtcctcctcctcctcctcctcctccAACCCAACACATCTCCACTCCACTCCCTCCTCCCCCAACCAGAGTGTGCCGTGGAGccccccctcctccacctccatcacgtgcccctatctctgcccctcccccacctcctcccACCCGACCAGGAAGTCTGGGAGCCCCACCTCCTCCACCACCTACCACTCGGGGAGGTCACCAGGTTCCTCCTCTGCACCAAAAGATTCCACCTCCT----CCTCCACAGTCCTCCTCACACACCTCTGT-TGTTCACCAAACCACTCCCCCTCCTCCACC----TCTGGCCCTGCAGTACCCTGTAGGCAATGATGGCAGCCCTGCTCCCGCCCCCCCTCCAACTCCTCTGTTGAATGGACTCAATGGAGGTGAAGAGTCTCCCCATTGGCCGAGCCCTAGTGGGTCATTGGCGCTGCTGGAACAGATCAGAGGTGGAACCCAGCTGAAGAAGGTGGAGCAGAGCCAGCGAGCACTAACAGGAGGAGAAGGCCGGGATGCCCTGCTGGGACAGATCCGACAAGGAATTCAGCTCAAACCGGTGAGCCAATCAGGATGTTTCTGGGAC--CAGTTCAGAACCAGAACTGATTGAAGTGTTTTT a score=2142 s danRer3.chr4 2744858 1011 + 33808418 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s fr1.chrUn 292520390 972 + 349519338 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s fr1.chrUn 138322315 2952 + 349519338 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danRer3.chr4 2762121 153 + 33808418 GATATCACACAATATGCAGTCAT-CGGTATCAAATATCTGACATGTGATATTTAATCATGCACACATGTATTTGAA----GTATACCTTGATCTATAGCAGATAAAATCTTCAGGTTTTCATCACTGGCTGTTTCCAAAGCACTGCATGAAGGGAAAG s fr1.chrUn 53011726 148 - 349519338 GATATCCCATTGTTTGTAGGAAGACAAGATCAAA-ACCCGT--TGAGCTGCTTGTTCTTTGATAC-TGAAGGTGAATCTCACCTACCTTGATCGATTGCAGCCAAAACTCTCAGGTTTTCATCCGTTTCTGCTGCTAA------GCTAAGAGAGAAAG a score=1622 s danRer3.chr4 2763907 318 + 33808418 AATACTGAGCATGGAAAATCTTTG----------TGCGTACCTTAG-TGGTTCACTGAACACAGAGTAACCGCAAGCATCCTGGAGGCTCATCTGAATAGCATACTCAATGAG---CTGATCTTCATCCATTTGCTCCATGTAGTCCATTGTGTTTCTGTAGATGTGCACATAAACAAAACTCTGATCTTCAGCCGTGCA--CTGTGGATTTGAAAACCAAAATAACTTCAGTGACTCTGTCTTAAAGATTTTTTGAAAACAGGTAAGCAGAAAAGTCTCGCACCGGGCACTTGCAGAACACAGACTGAGTTTGTTTTGCATGTCCTGAAGGAT s fr1.chrUn 138329556 294 + 349519338 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danRer3.chr4 2774398 318 + 33808418 ACTTTACTGTCATTTGCTGGAATTCAGTCAGACAA------AGTGGCCCAAG--CAGCATGAAAGCCATGATGGGCTAGTG----GCTGAACACACAGT-------CAATGTGAACGAGACTACGGTAGAGGCTTGGGTACGAAACTCACTTGGCTGTGTGGATCACACTAAAGGAACTGCTGAA---------------------AGGAAAGTGATCAGTGCAAAACTATGGAACGACACTTTTGTTTTTTGTAT-------TTAGATCAGCAGTAAAGAGCAGTAACAGGACTCAGATTTGA----ACCCAGGTATACTGTGAGAA-------------CTTCACATCTCAGGCTGTGTGCTCTTACCACTACACCATCA s fr1.chrUn 109012519 373 + 349519338 ACTTCATCGTGTGTTTCAAAAATTCACTCTGACAACTAACAATATGACCAACTCCAGAGTGGACATTGTGTTGGGCTAGCGTGAGGTTGTGAGAACAATAACGGCCCCGTCCCCAGGTCATGATGGATGAAGCAAGGCTGTGGCACGCATC---------GGCTCACAATAGTTGAGTAATTGAATAGTTGGAGTTTAAAAAGTGAAGTAACATGATCAGCAGAAAACACTGAAACATCATTGTCATTGTGTGTGTGTGTGGCGTGGATGATTTGTAAAGCAAAGGTTATCTACTCAGATATTGTGCTAACCAGATAGCCTGAGGACATGCTGCTGAATTGTTTCCCGTACCTCTTTGTGTTGTGCTGCTCCTCCACCGTCA a score=2901 s danRer3.chr4 2812607 259 + 33808418 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TCAGGGAGCAATGGTGGATCTCAG-----ACCACCTCCCGAGACTTCCTGATGGCGCAGCACAGAAGCATGCTGAAGATCATCCCAAACACCTG-TAACAGAGGACGGAGGAG a score=4221 s danRer3.chr4 2862614 177 + 33808418 CACAAGCAGAGACTCACCATGATCACGCCAATGCCGATGCCGACTCCTCCAATCACATGAAGCCGAGAGTTGAACATATCCTGAATGACAGATGAGCAGCCCTGGAACACAAGCAAAAAGAGTTCACCAAAACACATCGGCAGATTGACAGAAGCAGCAAGATGATTTGTTGCATGT s fr1.chrUn 31096197 169 + 349519338 CAATAGTTGAAACACACCAGAATAATGCCGATGGTTATTCCCACTCCGCCTATTATGTGGAGCTTGGAGTCGAACATCTCGTCGATGGCATCAGGGCAGCTCTGCAACACAAA-AGAACGATTCCTCT------CAGCGTCCACTAAACCTCAGCAG-AATGTGATGTATTGCACAT a score=1512 s danRer3.chr4 2862795 178 + 33808418 TACCGTTGTGATGACGTTTGCGAGACCCTCCTGTTTGGGGCAGGTGACAGATACTCCATCGGTGACCAGGCCAGTTGGTCCACAGCACTGCAGCTAAACAACACACAGAAAACAGACACATTAAAATGTTATA----GTCACC----CTTAAAATCTAAATTATTAAACATTACTTAATTTATATA s fr1.chrUn 31096615 182 + 349519338 TACCTTTGTAATTAACTGCGCCAGCAGGTCTCTGCTGGGGCAAGTGTCTTTGGCGTCATCTATTATAGTTCCTGTTGGTCCACAACAGTCCATCTGTG-AACACACAATATCTGG---CATTAACAGGCTGCACGCGGTCAACAAAACCGAAAAGGAAAATCTGTAAGTTTTATGAAACTAAAACA a score=2203 s danRer3.chr4 2864717 124 + 33808418 CTTACTGAAAAATGAATGGCAGTCAGAGTTTCCTTCAGCGGCCCGTCTGGACTCTCCTTGTAATTTTTGACGGTCTGCGTGTAAAACTGCTGGATATCGGACACAATCTGAGAACACAAGGAGG s fr1.chrUn 31097009 124 + 349519338 CTCACCCCAGTTTGGATCATACGTAGAGTCTCTTTAAGACGCTCGTCTTTGGTTGTCTTGTAGTTATTGTAGGTCTGTCGGTAGAATGTTGTGATGTCATCCACCACCTGCAAAGAGTGAGAGA a score=3486 s danRer3.chr4 2864893 215 + 33808418 GATCATCTCTCACCTTATCTTTATTAGACAAACCCCAGATTCCAGCGGCAACTTCAGCGGCGAAAATGACCAGCAGAAACATGAAGAACTGGAAATGAATGACAAATGACGTGAACAACAACATCCACaattaaaaaaaataaataaataCAAAAACTGTAGCATCTATGATAGATTTTGTGTGTA-TAGACGAGA-------TTATTTTAATATACTGGAGT s fr1.chrUn 31097202 186 + 349519338 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CAATAAAACCTACCGAGGGCTGGGCACGGGTCCCTGTTGTGGGTGGACACGCGGCAGCTGCCATCCTGGGAGTAACCGACTGTGATTATAATATTCCACTGATATTAAAGCGATAATTAGAATCAAGGAGCATTGCGTCTGATTCATAGGATTAATTTATGCTAGAATTGCAATTCAGCATGCAATTGCTTTCGATGCATCCCAGGGGAGCACAGAGAGTTTTGTGATGCTTTTAAATGTCAGTGCACACTGAACCAGACTGTTTTTTCTAGATAGATGGTTCAGTCTATGTTTTCACAGAGGTCACAAGATGAAATAGTGTTGCATTTTTAATTGATACTTTAGACATTGGGCCA-TGCTGATGGATGAACACACTGCACCATATCAAGGCCATCATTAATTTATTTCCTTGCTGGACTGTCGCATGGCCGTGTCTAATTTT s fr1.chrUn 317634645 220 + 349519338 CAGTTCACCCTAAC------------------CCTGCTATGGG--GGCTCTCAACACTTCCCA----GGGTTTGGC------------------TCTTCTGGG--------------------CAAGGAGCTTAGAA----GTTCCAAAGATTTGCTTATGT-----------------GTCCATATACTTTTGTTGCGTCAATGGGG------------------------------------GCACTTTGA---------------------------------------------------CAACATATGAACTAGGA---------------ATAATTTAAGCATTTGTCTGGTCTTGTTAGAT---------------TATTTATG--GTCATTAAT---------------------GAATGATCCTGTTCTATTTT a score=8784 s danRer3.chr4 2919637 176 + 33808418 TGTTTTCCAGCCAAGAGATGTGTGACGAGACTCAGAACTTCACTATGTGTCCGCTCTGTGATCGGGTGTGTGACTACTGGCAGCTGAGCACAGCGTGCGGTACGGCACGTGCCAGCCATCTCTTTGACAACCCGGCCACCGTGTTCTTCGCCATCTTCATGTCCCTCTGGGGTACG s fr1.chrUn 31123702 176 + 349519338 TATTTTTCAGCCAGGAGACATGTGATGACAACCTGAACATCACTATGTGTCCACTGTGTGACGGAGTGTGTGACTACTGGCGTCTGAGCACGGTGTGCTCACTGGCTCGAGCATCTTACCTGTTCGACAATGGAGCCACTGTGCTCTTTGCAATTTTCATGTCTTTGTGGGGTAAG a score=5307 s danRer3.chr4 2924043 97 + 33808418 CTTTCTTTAGCTGCGATGTTTCTGGAGCACTGGAAGCGCCGACAGATCAGCCTGAACTATAGCTGGGATCTGACAGGCATGGAGGAGGAGGAGGTAC s fr1.chrUn 31124222 97 + 349519338 CTTCTTTTAGCTGCGTGCTTCCTTGAACACTGGAAAAGACGACAGATGTGTCTGAAACACAGTTGGGACCTGACAAGCTTGGAGGATCAGGAGGTAC a score=1039 s danRer3.chr4 2928311 388 + 33808418 TCATTTTATTATTATGCAGTTGTATTCACTTTTCAAAAGTAAAATTAAACTAATC-ATTTTTTCCAATACACATTTATTATATGTTTTTTTTCCAGACTCC-----------TTTTAAAGTAAATACAGGCTATATAGATTTTATAGACTTAATGAAGCACCAAATAAGTAATATTGTCATAACTGCAGTAATTATTTGAAAAGATGTGCTGAAATAGTTTGTCATTGTGAAAAAAGCATTAGTTGACTTTAGAAGAAGCTACAATAAGCATAATTAAGTAAGCTTAACAGTTCCAAGTTATAATGGG--TTTACTTACATTATTTTTGTCAAGTCACCTTGTTGCTTTTAAGGCA--------ATTGCTTTACTCACGTTA----------AGTAACTAATTACTTTTTACAGTGTATA s fr1.chrUn 105062157 338 + 349519338 TTATTTTGTTCTTTTGTGTTTTCATTATCTTTTCATTGGTAGAATTCAGTCATTTAATTTCTTCCAGT----GTTTGCCAAATGTGCATATTCCTGAATGTCTAACTCTTGGTTTTGGAGTGAAGAGATCCACCATA------------TTGATGAAACAACAG------TATATT-------CTACAGTCACTCTTTG----------------TATCTTGTAGATACAAA-------------GATTTCAGAGACAACAACGGAAACTATA--------------------CGCTGTTTTACTGGGAACTTCTTGCCATCAGACTTG----GCTTTATTATTGCTTTTGAGGTAGGAGCTATATCGTGCTACCGATTTTATTTGAGTCTTGGTATGTAATTTGTTTTTATACTGTACA a score=7545 s danRer3.chr4 2949999 154 + 33808418 aagtaaataagtaagGAAAGATTACCTCCAATTTGGAGCTCAGGGCAGCCCATCCTCCTGAGCTGACTGTTGATTGAGTCCATCTCTTTGACCAGATGAACGAGAATGGTGTCATTTATCCACTGGAATAATATGAAAAATATTGACAGTTCAC s fr1.chrUn 297162739 154 - 349519338 AAGCAAATATAAAGCAACATTTTACCTCCAATCTGGAGCTCGGGGCTGCCCATCCTCCTGAGCTGGCTGTTGACAGAGTCCATTTCTTTGACCAAAGGGTCCAAAATGGTGTCACTGATCCACTTTTAAAATAAAAACAACCGTGTTTTTCCAC a score=3136 s danRer3.chr4 2951526 166 + 33808418 tatt----aaaaatatataataCTGCATAA-ATGGACTCACGTTTCTCAATTTAGCAGTCCAGCTGTCAATGCTATCCGTCACCAAACGACTCGTTGTGATTCTAGCCCAGACCTGTAA-------TAAAGCAGGCAATCACTTTACTTTATGA-CTCCTAAAAAAG---AAACAACACTCA s fr1.chrUn 297162893 182 - 349519338 TGTTTTTGAAAAATAAATGAAAATCTGTGGCAAACACTTACATTTCTAAGCTTCGCTGTCCAGCAATCAACGTAATCCACGATGGGACGGCTGGTTGTGACCCTGGCCCACACCTACAAATCAGAGCAATAGAGACGAGCCATACACTTTCTGCTCTCATGCGGATGCTAAACCAACACCCA a score=10778 s danRer3.chr4 2952425 231 + 33808418 GTCCCCACCTCTTCAGCAGCCTGTTTAGAGCCCAGCTCTGTGTCGTCTTTATGAGCTGAAGGTGCTTGTGATCGACAGGCCGGCTGATACTGGAACTTCCTCAGGCTCTGTGCATAATCACCAACTGTACGGTTGTAGTTCCAGAATGACGGACTGTGTCTTGGAGATGTAGACTCAGGACTTCCTACATAAGCAAATATTGCATTGATAACTTTGTAGtaggactgcaca s fr1.chrUn 297163081 225 - 349519338 GCTCTGACCTCCTCTGCAGCCTGTTTGGAGCCCAGGTCAGTTTCATCCTTGTGGGCAGACGGGGCCTGAGAGCGACAGGCTGGCTGGTACGAGAACTTCCTCAGACTCTGGGCATAGTCTCCCATCGAACGGTTGTAATTCCAAAACGTTGGGCTGTGGGCTGGAGACACGGACTCAGGGCTCCCTACATAGAGAAAGAATT------TCACTCTGTTATTTTACAGCACA a score=11420 s danRer3.chr4 2953797 236 + 33808418 AATATAACATACCTAATTGACTGCGGTGGCTTTTCTCCTCTTCCGAACGCAAAAACTTCTCCAAAGTTTTCAGGTCATCGATGCAGTCCTCCTTACCTCCAGGTGAATTAAAAACAGAAGGGGACGTGCGATAACGAGAGCGGAGGCTGGTGTTTTCTGCTGGACCGAGGCTGCTGGGATATGGAGGAGAACTTTGAGATGGACTGTAGTTCAACACCT--------GCGGACATAAAAAAAAA s fr1.chrUn 297163336 244 - 349519338 AAAACACAGTACCGAGCTGGCTGCGGTGACTTTTCTCCTCTTCTGTGCGAAGGAACCGCTCCAGGATTTTCAGATCCTCCATACAGTCCTCCTTGCTTCCAGGGGAGCTCAACACTGAAGGGGACGTGCGATATCTGGCTCTCAAACTGGAGCCTTCTGCTGGTCCAATGCTGCTGGGGTAGGGGGAGGTACCAGGGGATGGACTGTAGTTCAGCACCTGGACAACAGAGGACAGAGGAAAAGA a score=9933 s danRer3.chr4 2956360 223 + 33808418 ACCTTTCCAAATGACATGGAGGGGGAGAAGGGTCCGCCTGAG------------GACGTGCTGCTCAGAGGTGGACTGAATCCAGACACACAGCTGGGTGAAAACTTGGGGCTGGTGCTCGAAGGTCGAGCTGGGCTGAAACTGAGGACATTCTGACCCTGCAGAGGCGAGGACTGCACTGACACTGGAGCTTCCTTCTTCTCCTGTTTCTGAGGTGGAGAGGCTTGAATACCTA s fr1.chrUn 297163663 235 - 349519338 ACCTTTCCAAAGGCCACAGTTTGGGAAAAAGCTGTTCCCGCGCTGTTCGGGGTTGAAGGGTTGTTGAGAGAGGGACTGTACCCAGGGACACAGCTCGGAGAGAACTTGGGACTCGTACTGGCTGTCCGCGAGGGGCTGAAACTCAGCACACTCTGGCCCTGCAGAGGAGATAGCTGGGCTGGAACTGGAGACTCCTTTTTCTCTGTTTTTTGGGGTGGAGAGGCCTGAATACCTA a score=9755 s danRer3.chr4 2957381 363 + 33808418 CTCACCCGAGCCCCTGAGTCCAAGAAGGCGATGCTGGTCTGGGCTGACAACAATTGTGGACGGGGCCATCGTGTACTTGAAATACTTCCAGAAGTCAAAAAGTGCATTGAGACTGAACAGGGAAGCCAGGGCAAGTTCTGTCCAACAAAACCACAGTGAGGAGA-----------------AAAGCTGTATACTACTGTAGGTCACTTACAGT--AGGAGATTT---------------ACTTACCGATATACCAGATGGGCCAGTAAGTTATGTTGTAGTATCTGCTTAGAAGCTTTCCAGACCTAAAAGAC------AAGGTGACTTAGTTACTTGAATTTAAGAAATAATACATTTTAAATAGTTGTTAATTTACAACTAGGCATGGGACAGTATTGGTT s fr1.chrUn 297163963 396 - 349519338 CTCACCTGTGTTTCTCAGACCGAGAAGACGGTGCTGCTCTGGGCTTAGAGCTATCGTGGAAGGAGCCATAGTGTATTTGAAATATTTCCAAAAGTCAAAAACAGCGTTCAGGCTAAACAGAGTTGCCAACACCAGCTCTGTGGAAGGGAA-GACAGAGAAAAACTTATAAATCATGTTTATAGAACTATATATTA-GATTTGTCACTTTCTCTTCAAAAAATATCCTCAATGAAATGGAACTTACCAATATACCATATAGGCCAGTAGGTGATATTATAATATCGACTTAACAGTTTTCCCGACCTAAGGAAAGGGCAGAAAGTCATATTTTTAATGGACAATAAACAATGAGATGGACTACTGCGTTAGTCCTATAGCACTGGGC-----ACAATCCTGGTT a score=7786 s danRer3.chr4 2958923 204 + 33808418 AGGAACTCACATCTCAGTGTAGATCATCCCAGCCAGAGACATATTGAGCACAGCCCAAGCCAGAACGACCTGCCGTGCCTGTTCCTCCTTCCTCAGCTTTATGGTCCTCTCAATGAGGGAGGTCATGCCTTCTTTTGAGGGGGTCATTTCTGCAGTTGATCTTCTGACTATCACACTAGATTGAAAGAAAAATATATTTAAACA s fr1.chrUn 297164363 194 - 349519338 ATAAACTTACATCTCGGTGTAGATCATTCCAGCCAAAGAGACGTTGAGCACAGCCCAGGCCAGAACCACCTGGCGAGCCTGTTCCTCCCTCCTCATCCTCAGTGCCTTATCTATCATACTGGGTACCCCCTCCCTCGATGGAGTCGTC------ATTGTTTATCAGACTGTCAA---AGGCAGAAAAAACAAC-CCCTTAAACA a score=8866 s danRer3.chr4 2963496 302 + 33808418 CTGATCTGCAGTCTGTTTCGGCACAGTTAGAGGGCGTCTGTGTGCGATGACATCATACAGTCCTTGCCTCCG--------TAATTGGCCTGTT----TCCTGCAGCGGCGC---------GGAACACACAAGTGGAGCCAGACA--------CATGCTCACAGGGATTTTCCAGAAAGACGA--GGGGCCCAGTTTTAG----GGA------------CGCTGAGAGTCTAGGCTGAAACCACTGTAAATGTCACAAATGAATGAAGGGCCTCAGCCCAAAATGCAATCTGATCCAGCGAGCCCCAGGGCCAGAGTCGTTTGATCTGCTCCACATTCCAGCTCTGAAAT s fr1.chrUn 96113246 335 + 349519338 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GCCCATCTCCGGGCCCCTGCGCTCTG------GTGGGTTCACTGGGCTGGTATGCAGCAGGAATCTTTGGATCAAGGTGATTTCACGCTCCTCCACGTTTTCCCAGGGCTTC-GGGCACCCTTTGTTACCTCTGTGGAGTCCAGAGTGTGTGATAACAGCCGACATGTGTTATCATAGGGCAC a score=-990 s danRer3.chr4 2981659 457 + 33808418 TGAGCAATATGTCAAAACAACATATGTTTTTTTTTTATGTTAATTGTAACATAAAACAGCAGGATTAAAGGATAATTATGTTCCCAGTTCTGCTAGTTTGATGTAATT--TTATTTAAAATGACTCACGTTTAATTAATTTCAGCCTTAAAAACGAAGGCAATCGTGTTGTTTT-TGTATGTGTGATTTAGAACTGCATAATGGATTAATTTTAATCAGTTTTAATGTACGGATTAGAACTCTATA------GTAAAACTTTAAAGCTATTTATTACCAGATTCAGTCAGTAAGCTCTAATACTTTTGTCAGGTAGTGTTTAAAATTAATAAGAGTTGATTACTAAACTCACAATGATAGCTTTTATTAATCTTAAGTGATGTTAGTTTAATGCATAATAACAAACACTTGTAA-------GCTGTTTGAAAATCACAATCATTCTTCTTTAAATAATATTAACAGTGTAATT s fr1.chrUn 64895077 455 - 349519338 TGGGCAACCTTTTGAAAAGAACAATGTTCTGGTACTCTG------GCAAAATTATACACCACAAAAAAGATAAAATGATGG--CCAGAAGTGTTTATCTGCTCTGACTAATAATAATAAATGA---AGATCAAATTAAGTGCTG--TGACCTGCTCTGTCACTCATAATTTCTGATGGATGTAACATGTACTTGTGCGGGCTAGCATATTAATACCACATTTTAGAGTACTGATGAATAATTTGTTTAATCTATTATAATTTGGAACTCTGTATTAATATATTTA-TCATGCATTTCTGATGTAAGTGCCAT----TGTTTAGTTTTATTAACAACTATTGGTGCCATTGTCATTTTCCGACGACAATACAGTTACACGGTGTGATTATAGGTAAGATTCACATCTCCTCTGAAAAGTGGAGCGGCCTGAAATGCACCTTCATTCTTCTTCATATTGTATATAATTTTTAATT a score=3868 s danRer3.chr4 2984605 810 + 33808418 GAAACATGGAACTTTTCTGTCTGGAAAAGGACACAGTCGTGCGAGCTCAGAAAGATCCCAACATCTTCTGCGATGAACGAGTATTGCAAAGTCTTCTAACAGTGGAAGACAGATACGTTCCGCAGGGACCTTATTTTAAATGTGTCCAGAAGGATATTCAACCTTTTATGAGGAAAATGGTTGCGACGTGGATGCTGGAGGTTTGTAGTTGTAGTTTTATATCTTGAAAATGTTTAGT-CGAACCGTATATACTGAAAGTATTATGTAATGTAGGCTATGCT--AGCACGTTATTACCTATAGCACCGGACTCTAGC--ACGTTGAATTGTAA-------------ATTACACAGTTAAAT-------ATTACCCACATCTCTGTGCATAGCATATGTTTAGCATGTTAATCGATAGGC-----AAATATAGCTGCCTAAAGTTTGATCAGGAAATACAATGGCGGAAACCTCCACAGAATTGACTGTTAATTTAAGTTAACTGCAAAATTTTCACTCCGTGCCTGCTTCAGTGGACACATGAGTGTCTGTGCTTTATTTACAT-ACACATTTCAGATGGTTTTATGCATTTGTGTAATTTTGGCGAATTTATGAACGGATG-----------CAGACTTTGAGTTGGG---GCGAAAGTGGAGCCATGTGAGAGTCGTTGAATTAAAATGAACCACAGGTTATAAAAA-------------------CAAAAACAATAACGA-GCGGATATTGTTTGATTAGAGAGACAT---------GTAAGCTTGTCATATGCTGTCATTTACATTACTGAGTGTTTGATCATATGTTTTTTTTAACGTGACGAATCACCAAAGCACTCATGAGTGGGC---------GTCACGGTTTT s fr1.chrUn 96126803 827 + 349519338 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ATTAAATATAAAAAGAACTTGAATGGCTGCTTGACTTGCATGCAAGATTACATTGCAACACACTAAGCACTTGTCAATTAATTCTGTCTTTGTCCCCTTAGGTGTGTGAAGAGGAGAAATGTGAAGATGACGTTTTTCCGTTGGCTATGAACTACCTGGACAGATTTTTAGCTGCAGTTCCTACGAGAAAATGTTATTTGCAGCTCTTAGGAGCTGTTTGTCTCTTCCTAGCTTCAAAATTAAAAGCATGCCAGCCGCTGTCGGCCAGGAAGCTCTGCATGTACACAGACAACTCCATTACATCTCAACAACTGCTGGTAAGA s fr1.chrUn 96127800 316 + 349519338 ATTTTAGAAAATCGTGTTCTGCTTGTCTATTTTACATGCACGAAGATGTATATATGTCTAAATTAA-CACACGTTGCATTTCTCTGTCATTGT------AGGTGTGTGAAGAGGAGAACAGTAATGAAGATGTATTCCCTTTAGCCATTAATTATTTGGACAGATTTTTAGCAGTGATGCCCACCAGAAAAAATTACTTGCAGCTTCTCGGAGCTGTGTGCATTTTTCTGGCCTCCAAGCTAAAGGACTGCAGGCCGCTATCAGCAGAAAAGCTTTGCATGTACACAGAAAACTCCATCACGTCACGGGAACTGCTGGTAAGA a score=-599 s danRer3.chr4 2985903 301 + 33808418 TGACAGCA---GGACA------TCTTCTATATGTCTA-ATGATGTATTATTTAAACCTCAGATTGCATTAT-GTGATCTGTATTGCATACAGTGTAGCCCAacactgtaaaaaatcatggttgcct-taaattttttaagctgactcaaactaaccttatgagtccattgaacttaaattgttaaactgactt-------------aaaacagctcatgtaacttataaaacttataaaaaataacttataaagttagaacatgatt---aacatag--------------------------tttaatgagttacaatgaactaaaaacaaatg---agcaattccatgcaaatgtc s fr1.chrUn 64901330 330 - 349519338 TATCCACATATGGACAAATAGTCCTACAGTAGGCCTGCATGGCTGGTTTTGCAAATCAT------CACTATCACAATCTAAACAGGACATTTTGTACTTAAACCCGG----ATTTCTTGATTGTTTATATATTTTTTTAGCAGTCTGA------------------ATTGCATCTAAATCGCTGACCTGATTTTCAACATTCATAACAAACAGCAGAGGTCTATGTTATGACTTTTTTTTTTTAATTATTGCCTTAAGATCGTGATTAGCAACATAGTGCCACCCTGTGGTCACCTCTCTAAATGCAATCAATTACGTTTGACTGAACAAAAATGTACAGCTATTCTTCCCAGCTGTC a score=9429 s danRer3.chr4 2990839 201 + 33808418 ATTCATTATCTGTTGCTCTGTTTCTGTCTCTCTGTTGGAGTGGGAGTTGGTGGTGCTCAGTAAATTGAAATGGAACCTGGCTGCCATCACTCCTCTGGACTTTATCGAACACATCCTGCACAAACTGCCCTTTCACGAAGACAGACTGACGCTGATCCGCAAGCACACGCAAACCTTCATCGCCCTCTGCGCGACAGGTAA s fr1.chrUn 96130400 200 + 349519338 ATCCACCATTTATAAATCCTCTCCT-CCTCCTTTTAGGACTGGGAACTGGTCGTACTGGGGAAGTTGAAGTGGAACATGGCTTCGGTCACCCCCAACGACTTTGTGGAACACATCATACGAAGGCTGCCCCTTCCCAAAGACAAGCTGGGGATGGTCCGCAAGCACACGCAGACCTTCGTCGCGCTCTGCGCCACAGGTAA a score=7684 s danRer3.chr4 2995345 168 + 33808418 GTTTTTTCCTCAGATCATAGCTTTACCATGTACCCTCCCTCCATGATCGCCACAGGATGTGTGGGGGCAGCAGTGTGTGGCCTGCAGTCCAGCCAGAGCAACCAAAGCCTGTGGGGCGACAATCTGATGGAGCTGCTGGCTAAAATCACCAACACTGAGCTGGTGAGT s fr1.chrUn 96132894 168 + 349519338 GTTTGTCCACCAGACGACCGCCTGGCCATGAACCCTCCTTCCATGATCGCCACCGGCAGCATGGGAGCCGCCGTCTGCGGCCTGCAGCTGGACCGCGCAGACGAGAGGCTGGGTCGAGACAACCTGACGGACCTGCTGGCAAAAATAACCAACACAGAGGTGGTGAGT a score=-94 s danRer3.chr4 2999992 143 + 33808418 atctgaacttgcctaattaacctagttaagcctttaaatgtcactttaatttgaatactaatatcttt---agaaatatctcgtcaaatattatgtgccgtcatcatggcaaagataaatcagttattcgaaatgagttataaaac s fr1.chrUn 18725176 123 - 349519338 ATCAGGACAACCCCAATTAATGCAGCAA------TTAATTTCAATTTAAGAAAAAAATAGCTGCATTTGATAGGACTATTTAATCACTGTTTAGATGGAA-----AAGACTGAGATAAATGGATT------------TTAGGTAAC a score=6170 s danRer3.chr4 3000135 231 + 33808418 tattatgtttagaaatgtgttATGT-----TTATACTGTAT---CTCTCTTTGTTCCAGGACTGCCTGAAGTCATGTCAAGAGCAGATCGAACAGTTACTGACCGACAGCTTGAAAGAAAGCCAACAGCAGCATCAGCAACAGCAGCAGGATGGCAGAGCCAGCAACAAAGGGACGCAATCTCAAAACCTATCCTGCACCCCCACAGACGTCCGGGACGTGAACTTATGATGTCACTTC s fr1.chrUn 96134523 233 + 349519338 TGTTCTGTTTGAGCTTGCGGTGTGCACGTCTAATGGTGTCTGAACTTTTCCCTTTCCAGGACTGTTTGAGGGCATGCCAGGAGCAAATAGAGCGCGTGCTGGCTGCTAGCCTGCAGCAGGGCCCGCAGTACCA------ACAGGAGATGGGCGTCCAGGCAGGAAGCAAGGCCAGAGAGCAGCAAGACCAGTCCAGCACCCCCACAGACGTACGAGACGTCAACTTATGAACTCCCATC a score=2104 s danRer3.chr4 3001528 110 + 33808418 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AGAAGAAACC----AGCAAAGAAGCTATTCCCAGACTCGGACCTCTTCAAGAGATGGAGTGTGGAGCTTTCAGAGGATGAGCAGAGGAAAGCTGAGGATCTCTTTCAGAAATATGGATATAACGCTTTCCTCAGTGACCGACTGCCTCTGGACCGAGAGCTGCCGGACACTCGAGACCACAGGTCAGCTTCACTGCTTTAT------------CAAATGCATTCAA--------CGTCAACATTCATT-----------CATTTTGCATT----------------------GGTGATTTTTGC--------AGATGCGCTGAGCGTGAATATCCTCCCGATCTGCCCACCGTCAGTGTGGTGCTGATTTATCTGGACGAGGCTCTGTCTGTCATTCAGAGAGCCGTTTACAGCATCATCAACAGAACTCCAGCTCATCTGCTGAAAGAGATCATACTGGTGGACGACCACAGCACTAACGGTGTGT----------TCCTCTCAGACATTCATGCAGATTGTGCACATCGTGAGCTGATGCTTCCTGAAATCTGTCTTCCACAGAGGATCTGCAGACGCAGCTGCATGTTTACATCAGCTCCATCAATGAGAAGCACCCAGGCCTGGTGAAGATGGTGACGCATGCAGAACAGAAAGGCCTCTCGCAGGCCAGGATCTCAGGCTGGAAGGCTGCCAGCGGCGACGTGGTCGCCATTCTGGACGCCCACATTGAGGTCCATGTCAAATGGTGTG s fr1.chrUn 96159136 740 + 349519338 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AAACA--------AAACTCCAAAACTCAG-CTATTGTTTGATCTTTTTTTAATCGAAA---CAAAAAAATTCCCAATATAAATCCTACTCTGCTGTAGTTTCTGGCATGTTTT----------------GTTGTT------------TTTGTAGTC-----TAAA------TAGGATGTTTTAAGGAAGTATTTT------TATCCATAATCTCATTTATAATCAGAAATGTCTACCTCTAAATAATAATTACATGCAGAGTAAACGTGTTTGAAAGACAAAaaaaataattaaggtttgtcatcctttactcacttttcacaaacctttatgtgtttctgctgttgaacataaaaaaagatattttga-agaatgttggaaaccggtaaccattgactgtcattgaaacaattattatggaagtcaatggttaccagtttccaacattcttcaGGTTTTCAGCTTTCTTCAAAatattattatgttttttctaccatgtatatacatggtaaccagtttacaataccaccaagatatcttcttttatgtttaacgaggaaataaattcataaggtttTTTTTttcatttggcgacagagccaccctatataatatatctaaagacaaaatactactataaaaacattatagtatgtaaatcataaaagaaatatgcatattgttcaataatattatttaaattaatagaaattctgaataaatagcttatat---tttcactcactcactcaGCTTCAGCTATCTATGCAAGGAACCACCAATTACTTTGGCAAATGTTTTTATACTGCGAATGCACTTCCAGCCGCAATTAATACAGCCACTT-Aggtgacacagtggctcagtggtacgcagcaggaaggtcgctggtttgagtccctactgggtcagttggcatttctgtggagtttgcatgttcttggtgctctggtttcccccacagtccgaacacatgcagtataggtgaattgagttaactaaattggccgtagtatatgcatagtgtgcatgtgagagtgtatgggtgtttcccagtaatgggttgcagctggaagggcatacacagtgtaaaaca---tatggttcattccgttgtggtgacccctgatgaataacgggattaagctgaaggaaaatgaatgaatgatttataaaagtaactttAAGTGCAAATTTAGCCAGAGGTATAAAGAATTTCGAGCTTGACTCTATGTTTACACACATGAACAGACATAGTGTGGGTCTACTGTACACAT s fr1.chrUn 105612646 949 - 349519338 AATCAGTGACCAGAGAGACAAAAACTATGTCCATCGGTTCACGCGCAAGGAATGGAGAATTCAAAAAGGTTC---AAATGAAACATTATCAGTTTGAATGTTCGCCTTTTTTTAAACAGTGTGTTGTAGGTTGTTATGGAGATGCTATTTGGGGTCGATGCTAAAGATGTTCAGAATGATTTATGTAATTCTTTTCTCCTGTATCCATA-TCACATTAATGATAAAATA-------CTATTTAGCACAGTTCCATGGATATTTAA--------------------------TTAGGTGTATTTTGCTTTTTCAACCGTAAATATA---TTGTGAACTCCTGTTATTGATGTTTAATGGGGATGATGCAAGAGGATG-----AACAAATGATGTTTAACCAGAATTACTGGGATTAGTA-------AAATGGTT---------------TAGTCTGATTGT-------------AATATTATGGC-TTTGTTCTATTTGATATGTA------ATTTGACTTATAAAGCCAA---------------------TAATGAGAAAAT-------TGAGATATCT-------------------GTAACCTTATGTATT----TTTAAGGGAGACTTCTGC--------------ATTTTTTAAAT---AAAAGGAA-ATGCTT-TTTTACCTTGTTCCTCCTGAAACAAATG---ATGTTGCAGAGCCAGTTTGTAGGCATCTGTTCTGCTTATTTAATT---GTTATTTGTGCAGAAGTCAGTCAATT----------------CAATACTCTGACTTTGCT----------ATTCTTATGGATGTTTGATTTGATGTCATTGTCCAGGGATA-----------ATTTCCTAGTCTTCCTCC------------TAGACATTAGTCTAATTTTTGCTTGATA-----ACTTTAATTT-------------------------AAAAGTGTGCTGGTCTCTCAAAAT----------------ACAGTCCACAAATTACATTAC---GGTACTTCTGAGCCTGGAATTGT-GATGTAATGACTTTT----TGTAAAATAATCTATGCTAAAATCTGTGAT-----TTCCTGACGACAGAGTTGACTACTC-------------ATTTATGTTTAGTGA--GCAACTTTA-GTGCAAAAAGTGCATGAGTGCTTTAGAATTG----------------------------------------GTGGTACAACATTAAACAC 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TGGTCTGACAA-ATAAAGAGGTTGTATTTA---CTAAAATGTGGAACAAATTGTTTCACACTAATCATGTTTGTCTCGGTAGGTGAAAATTT---TTCAAAGGTTGCAGCTTTTGTCAGGGCCCC------AAAATCAGTCTTGACACCAGTTCAGGTTGACCCATTTATACAGCATTTTCTAATTCTTTTTTCTTCTATTGATGCAGTTTAAAAATACCCAAATTCAGTGAGGAT a score=3748 s danRer3.chr4 3092092 89 + 33808418 CCGATCTCCAGAAAGATC-CATCAGTCCATGAACTTGCGGTTCTGGTTCGCACCAAACAGGGCGACTCGTATTTCAGGCATCATCTGAAA s fr1.chrUn 175882696 88 + 349519338 CCATTCTCCTGAAATAGAGCATCAATCCATAAACTTGCGGTTGGGATTGGCACCAAACAAGGT-ACTCTGATCTCA-GCATCATCTGTAA a score=105 s danRer3.chr4 3092181 137 + 33808418 ACACATCAACATTTTAGTGTGTGCGAGTGATTTCAAAGTGCTTT-----------------------ATATacactgcaaaaaaggtttttcttgcttagattttttgtcttgtttctagtctaaatatctaaaatttcttatatcaagaagcatttttt s fr1.chrUn 175883362 143 + 349519338 AAACATCGG-ATGTGAGTATGTTCTGGGAA----AACATGCTTTTCAGGTCATGAAGCTAGTTAAACAAATACATAACAATGAATAATGTTCTGTCTTTGG----CTGAATAATTTCCA--------CCTTCACACATCTTTTGTTAAGAAATATGTTTT a score=-3428 s danRer3.chr4 3092860 657 + 33808418 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attttttgcagtgtaaaaaaagaaaaattcagaggggggctaataattctgactt---caaccgtatAATCA-------------TAATGGTGGCCGTTCAGTTTCTGTACCTGCTGTGCGATGAGCTCCAGTCGGCTCTCCAGAGTGTTTGCCACTTTAATTTTCCCGTCCGCATTATAGAGCTCAATACCTCCAGAGCTACACACAAACAAACACACACACACATGCTTTAGATTCAAAGATCGCACCCATATCTGAAGTCGCTATTTCTGTGAATAAGGAACTGCTCGGTAAAGGCAGATGCTCACATTTCTGGAGAGAGGAAGTTGTCTTGGTCGATGCGCACTTCTAGATTGTTCTTTACTGCTGCTTTGTAGATGGAGATGTTTTTCTGCACGGCGGCCTAATGAAAAAAAACACACGCTTGTCTGTAAA s fr1.chrUn 96166601 405 + 349519338 ATTTTTAAAAGTGTGGCAAACAAATATTTGACATTAACAATAAGAATTTGCACCTGAAAAACAGGTTAAGCAACGCAAACTCTAGTAAGAGAGAACGTAACTTGATCCTACCTGCTGAGCCATTAGCTCCAACCTGCTCTCCAGGGTGTTGGACACTTTGATCTTGCCATCGCTGTTGTACATCTCCACACCTCCAGAGCTG---ACAGGACGACACAAACACAAAT----TAGG------------------ACCTGAACCAGGCACCGTTGGAATCTTGGCTCCACT------AAGAAGCTGCTTACATGTCAGGGGAGAGGAAATTGTTCTGGTCGATGCGGACCTCCAGGTTGTTCTTCACGGCGGCTTTGTATATGGGAATGTTCCTCTGGATGGAAGCCTGAGAGGGACATATATATTTTTATAAACAAA a score=4772 s danRer3.chr4 3095208 139 + 33808418 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s fr1.chrUn 110845082 1323 + 349519338 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a score=6092 s danRer3.chr4 3114756 96 + 33808418 ATCTACATGAAGTCTTTGATATTGAGGTCAGCGAGTGGGTCTTTAGGAGGCGGGGGCTTCCTGGGACTCTGGGCCATTCCTGGAGACATCTGTGGA s fr1.chrUn 110846778 96 + 349519338 ATCTACATGAAGTCTTTAATGTTGAGGTCATCCAGAGCGTTCCTTGGTGGCGGAGGCTTTCTTGGGCTCTGGGCCACGCCTGGGGACATCTGCGGA a score=2364 s danRer3.chr4 3117101 259 + 33808418 ACTGTGGCCTCACTGGTTGTTGAGCAGCCATCATCGGAGAGCC------------AGGCATCATGGGAGCAGCTCCTCCTGCAGGCTGTGGGTCACAGAGAGACACAGTAAGAGacgcaaacacacacat--ctgcacaaacacacacataaacac--------------------------------------------acac-------------------TCTTACCATGCCAAACGGTGACGGGGATCCCATGACAGGACAGACCCCGATAGTGGGAGTCTAAGTGGGTGGGAGGGA---CGAGGGGGGGGGAGGGT-TAGCAACAAATGACACAG s fr1.chrUn 110846938 333 + 349519338 ACCGGGGCTCCTGGGGTTG-----CACCCGTCGCGGGAAAGCCTGGCCTTGCCATGGGCATCATGGGAGCTCCTGGTGCCCCAGGCTTTAGATGA--AAAAGATAAAGTTAGAGACATTATCACCCATCTGACGGCATTGAGGGTCACCTAAAGGCCTTTTTGTCCATCAGAGCTTAATAATGTCCAGACTGCTTTAGGGACATCATTAGACTGGACTGGTGGTCTTACCAGGCTGAAGCTGGGGTGAGTCCCCATAAAAGGAGGGACACCCATGTGTATGGTCTAAAGGTGTGGAGGGGAGGGAGAGGAGGAGGTGGGATGTTACAACATATACCACAG a score=2546 s danRer3.chr4 3119015 213 + 33808418 GGAGCAGAGAGTGAGTCAGAGAGAAGC------TTGTGATTGGCTCCACGCCATGCTGCTCAAAGCCATGCGCCTCCACCCTCATGCTCCACATCTACAGAACAACACAACATTTACCATTGTAACGCCCCAGCTAGGGGTGGGTACCTGCGCTTGCCAGTTCGCCCCTCCTGCT--GCTTCACCCCTATGAGAGAGAGACAGAAATAGAGGAGGGATGGA s fr1.chrUn 110847796 209 + 349519338 GGAGCCTGGAG--AGTCAAATGAAGGCCAGTGCTTGTGGTTGCTCCTATTTCTGTCTTTTTGCTACCATGCGGCTTCACTC-CATGCT--------AAAGACACAGACAACATTTACCATGGGTGCACCCCAACAGGGGGGAGCTACCTGAG-GGGCTGGTGTGGTTCCCATTGTGAGATCTAGAACAAAGAGAGAAAAACAATCATTAAAAAAGACTAGA a score=3113 s danRer3.chr4 3121167 178 + 33808418 ATGCAAACGTACTGCCTGCCATGTTAGCCATAGCTGAGTCCAGGTCTCCTCCCATGGGTTTGACCGGTGAAGAGGCCATGGGTGAAGCTCCAGCGGCCTGAGGAGCCATAGCTGGCATGAGCACATCACCCAATCCATCGAACGCTTTTTTATGAGGAGCAAAGAGGAACATAGTGAG s fr1.chrUn 110848056 132 + 349519338 ATGACTACTTACTACTCGCCATGTTAGCCATGGAAGTGTC---------------------------------------------AACATCACCGGCCTGAGGGGTCACAGTGGGCTTCATTACATCTCCTAGTCCATCAAATACTACATAGGGAAGGG-AAGGAGGAAGGCAGAGGG a score=2653 s danRer3.chr4 3126411 114 + 33808418 AGTTACCAACCCCCAAACAGGTCCAGATTTGCCCCACTGTCTGGCCAGCTCATGGGGGCAGAT---AAAGCAGGAGCAGGAGGGCCAAACACATCTGGAGCACAGGAAGGAGTTTAG s fr1.chrUn 110849472 117 + 349519338 AGTTACCCACCACCAAACAGGTTCATAACAGCTCCCGTGTCAGTTTTGGTGAGGGGTGTGGATGAGAGGAAGGGGGTGGGGGAGCTGAAGACATCTGCTGAGAAGGCCAAAGTGAAG a score=3268 s danRer3.chr4 3127226 258 + 33808418 TCAAGGACAGAATAGAGAGAAAACAATGTACACCCGAGGCAGGAATAAGATGCACTGCAGCGAGTACCTGCTGAAAACAAGTCTAGACTGGGGTTTGGGTCTGGTTTGGGAACAGATGAGTCTGGCATGGGATCGAAAAAACCTA--AACACA------------ACACAACATTTATGAACACAAACATAAAGAAATGATATTCCTATAATAAACAAATCAAACCAA-TTAAAATCTGGAAATGGGAAATAATCTCTATGTGTATTTCTCTT s fr1.chrUn 110850065 260 + 349519338 TTATGGGCGGCACTGGCAAGATACAA----AACCCAAAGCACACAAGAGATGGAGGAC-GAGGCTACCTGCTGTAAACAGTTCATCACACGTTGTTGGGCCTTGTTTTGCAAAGCTGGCGTTTGGCATGGGGTCAAAGAGGCCTACGAACACATGCACCCCCCATAGACAGCA-CTATAAGCTCAAACATGAAAAAAATATGCAAGGATGCTCACAAGTGCGAGCCAATTTCAGCTCAAAAGATGGTGAA-------TTTGTGCAGTCCTCTT a score=2513 s danRer3.chr4 3128458 190 + 33808418 GGGGCTGGGGAAGCAGTTGGTGCTACATTGCTGGTGTTGGTGGAGAGTGACTCCTGGACAGTAGAGGGCGCCACTGAACTAAAGAGAGAGTTACTGTCATCTACTGGCTGCATGGAGAACAAGTCCAACTGAGGGGAACTATCAGCAGTACCAGCCGCTGAAGCAAAGGGATCTACCGGCAGAAGAGGAT s fr1.chrUn 236846725 178 - 349519338 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AATGAAACAGCACAGATTATGATTCAGTTCTGGAATGTTTCTCTGCTTCTGAATGTGGCACAGCCTTTATCCCCAGAAAAAAATCTTCTTAAGGAAGAAAGCTCTCTACTGACCTCCGAGGAGATCC------GCTGAGCC---GGAGGAAGCACCGGCAGCGGAGGGAGGAGGAGCCAAAGAAACGGCTGCCTCTGCGACTGTGGTGGTGGGCGTGGCTG---------AGGAGGCGGAGTCTACGGCGGGGGTTGGGTCAGGAAGGAGAGTCTCTGTAGTAAGGGAACCTATTTCTGCATAGCCACGCCCCCAGCAAGCCAATATAAACAGCAGAAAATCAACATAAACAAGGAACCAAAGAAGAGGAAAAGAGCATAAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGATTCTACTGAGCAAACACTAAGAGGAGAGGCTAAACGGGTGGCTAGGATTGCCATACATAGGACTGTCAGGCTGTAATTTCAATTTTCCAGATGAACTACAATGTTTAATCAAGTGAGTG------AAACATTTAACA-CAGCAAATCA---CATGAAAACACACCA-----------AATGAAAAGCCAGCAGTGCTTACCT--------GACCCCAGCAGATC--------TGATGTGACGGCGGCAAATTGCAAACAGAGGGAAA-AAGATGCTTGGTTATTAAATGTGGTTAAACATTTATTGAGACAA----------------------------------GTGCAttaaagcacaggt--------gtcaaatcaa----------gttcctggagg------gcaatataaaataca-------gtttgtgcagctttaaaacaact------------ggatgtcctatggaatgtc---------ctcac--aattc----------------acaaaaac---------------aatctgtgt--------------------------------gtCTCTCTTTGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatttatgtatgtTTTAGCTTGTACCTCCCCAAGATGTGGGTGCTGCTGATGCTCCTCCCGACGGTCCAGAGGAAGACAGCGGGTCCAGATCCAGAAGAGAACTATGGTAAGATGGAGACACACACACTTTTATAAACTAATGACAGCTATGATGTGTT--TTTCTGATTGTTTGT s fr1.chrUn 110852202 1089 + 349519338 AATCATGCAGTCAGTATTGTGTTATCGGTGTGTGATGGTTTTAGGGTT--GAGCTTCCCAGAGGGTTCTTTC---GAAAAGAATTTTCT-------GGAAGCCC---ACTGACCTCCCAACAGATCCATATTGGCGGCGCCAGGGGAGGTAGCAGGTGCAGCGCTAGTGGGAGGAGCTAGAGAGACTCCAGGTTCTGCTGCTGCAGGAGTAGGCGTGGCTGCTGCAGGGGAGGGGGCGGGCTCTGGGGCGAGGGTTGGTTCGGATAGCAAGGAGTC------------GCCCATTTCTGGGT-----------------GCCAAAATAAA----------TCACCCCAAAATTGCAACCAAAAAACACCCAGTTGCCATTGCAAGGAGGAACAAA-----------TCAAGCCAAAAACAAAAGTCCAGATTTAAAGGAAGCCAA--ATGAACATAT---------TCGGGGTTTAATCGAA-----CAAAGCAAAATCCAAATTTCAATAAAATGAATGTGGCAAAGGTATTAAATATCATCCAGTCATACCattaaaataaaatataaattaaGGGAAACAAAAACCACCAAAGTAAGCCCCGGTTGTAAACCAAAACAGATAATGGAGTATGTTGGGGGGAAGGGAGAGAGAAGGTGGAGAGAAACAAAAAGACTGAGAAC--AGTTTGGGGAGACAACCATGAAGGTAACGTGACATTTGCTGCACATCCCTGTTTGCATACTTTGGACTAAAACACAGACAATTCCAGGTCACCTCAATTCCAGATTTGCTCATAAAAGTTTGTGACATCCTGGAATATCTTGGGANGTTAAGGGAGCCTAAACTAAACTAGACTGCAGGCTGGATGTNACATGAAAGGGTTGAACNGCACTCACCTGATCCNAGAAGATCTGCNCAGGCAAAAACCNAGGGGAAAGGGAGGAGCCGTGTTAATTTAAGCTACGACAATGTCCAACACCCGAAACGCTCTTTCACATGATGTGAGTTT---TGGATCTGAAGGAAATAAAGTGCTTACCTCCCCAAGATGTAGGTGCGGCTGATGGTGCT---GAAGGACCTGAAGAGGATAATGGATCCAGGTCCAACAATGAGCT--GGAGAGAATGAGGAAGTGACATTTTTTT--------------TTCAATGTGATCATCCCTCACCATTTGG 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AAATAGCC---CACATAAGAGATATTTCAGGTAAAAACAATGCACTGAGAT----------GTACAGTTCACGGCGTCCCATATCAGCCTTAAGGTTACCGGCTCTTCGTTGCGGCAGTCTTTAAAGGGACAGTCTTCACTGTCTGAATCTGCTAGATCTGCAACTACGCCGGGATGCAGACACTGGG s fr1.chrUn 110854437 178 + 349519338 AAATAGACAAACAAGTGAATGGAAAGTTGGGTTAAAGCAACACGCTGACACCGCATCCTGAAAACAGG-CACAGAACCCCGCGTTA---CTATGGTTACCGGGCTTTCGACAGG------TTGGAAAGGTGAGTCCTGATCGTCTGAATCTGCCAGATCCACCACCACCCCGGGGTGGAGACACTGGG a score=13813 s danRer3.chr4 3142509 474 + 33808418 GCTGACTTACATAAGAGATGTCAGGGATGTCGTTCTTATCCACTCCTACTTGCTGCAGAACAAATAACACAGTAATCATGTTGTGAATAGATGTTGTACACATATGTCTGACATTAACACATCTCTGCTGCCCGCCTCACCTCAGCGATTTTCATGAACTCTGCGATTTTGGTCACTCGGGTCAGAAATTTCTTGTAAATCTCCAGAGAGTCCTTGCACTCCGACTTCTTCATTTTGAAATATTTCTCTGAATGATAAAAAAAAAACAT-CACAGTTTTAAAAAAATGTTAAAAAAAAATCAATAAAATGTGGTTAATACATTGTTTATCACATGCCTAATAGATTGATGATGCCGTCATTGTAGGAGGCGAAGAGCTTGATCAGATCCTTAAAGAGAAGCATGAACGCTGCGTTTATAATGCCGTTGTTTAAGTCTTTAGGATGAACCTGTGTTTTAAAAAAAGAAAGACAAAA s fr1.chrUn 110854742 443 + 349519338 GCTGACTCACGTAGTTGATGTCGGGGATGTCGTTTTTGTCGACTCCAACAGTCTGTGATAGGAGAAAAAGAG----------GTTAGTAGACATGAAATCCCGTTTCCTGTTGCTGGAGGCAACAGGAGAGTTGTCTTACCTCTGCAAGCTTCATGAATTCCCCAATTTTTGTCACCCTAGTCAAGAACCTCTTGTAGATCTCCAAGGCCTCCTTGCAGTCACTCTTCTTCATCTTGAAGTATTTCTCTGCAG---CAAAAAGTTGCATGTTCAGCGCCATCATGATGTCGATGTCTAAGAGCTGAA----GGTGAACA--------ACTACTGACCTAATAGGTTGATGATGCCGTCGTTGTAGGAGGCAAAGAGTTTGACCAGGTCCTTGAAGAGCAGCAAAAATGCAGCGTTGATGATGCCGTTGTTCAGCTCCTTGGGATGAACCTG-------AGAACAGGAAGAGAACA a score=6798 s danRer3.chr4 3143295 114 + 33808418 TTACTCACGTCAAACTCCAGCAGTGTGTCCACTTGAGTCTGCAGTGCTGGCATGGCTTTCAAGAGCTTCTCAGTAGCCATAGTCCTCATCACACCTTCAGCTCTGAAAACACAC s fr1.chrUn 110855240 114 + 349519338 TGACCTACATCAAACTCTAGGAGTGTGTCGATCTGAGTTTGCAGGACAGGCATGCCCTTCAGCAGCTTCTCGGTGGTCATGGTCCTCATCACACCTTCGGCGCTGAAAGAACGC a score=-7751 s danRer3.chr4 3143409 845 + 33808418 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GGACATGCAACAGCAAACAGG---CGTGAAATGGGCAGAGAGTGCAGGTTTGATA----CCAGTCCAGGTCTTATA-CGTCCAGGTCGCA-------TAGTCTAGGTCT--------GATACCAGTACAGATTTGT--------ACAGGTGTGATACCAGTACAGGT--------CTGATACCAGTACAGGTCTG-------ATACAGGTGCAGGTCTGA-------TACAAGTCCAGGTGTGATGCCAGTACCGGTCTG-------------------ATGCCAGTGCAGGTCTGTACAG---ATCTGATACCAGTC--------CAGGTCTAATGCCAGTCCAAGTCTGATACCAGTGCAGGTC-TGATACAGTACAGGTCTGAACCAGTCCAAGTCTGATCCCAGGACAGTT--------CTGATACCAGTACAG--------GTCTATACAGATCTAATACCAGTGCAGGTCTGATATGAGTACAG--GTCTGATACCAGTGC---AGGTCTGATACCAGTCCA----AGTCTAATACAG-------------GTGCAGGTCTGATACAAGTCCAGGTGTGATACCAGTACAGGTCT--------GATGCCAGTGCAGGA-------------CTGATACCAGTCCA----AGTCTGAAACCAG----------TTCAGCT--CTAATACCAGTACAGG-------TCTATACAGATCTAATACCAGTGCAGGTATGATATGAGTACAGGTCTGATACCAGTGCAGGTCTGATACCAGTACAGGTCTATACAGA---------------------TCTAATACCAG--TACAGGTCTGATGTCAGTGCAGGTCTGATACCAGTT a score=6741 s danRer3.chr4 3144291 197 + 33808418 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TT----ATGCCGTCCTCGAGTCAACAAAGAGGTCAGTGAGGTAAAAAAAAACATGCTTATGAACTCATGTAGTGGTGAATTGATTTTAAAAGTA-CTTCTTTTAATAT s fr1.chrUn 212044305 84 + 349519338 TTTCCGATGGCGTCT----GCAGACCCAGACGTGAGTAA-------------------ATGGAATCATTTGACAGCGAATC-ATTTGAACCTTATCCTCGGTTGATAT a score=-76 s danRer3.chr4 3198492 19 + 33808418 CAGTTTGCTGATGAAGACA s fr1.chrUn 212044404 19 + 349519338 CAGTACAGGGATTCTGAGG a score=2143 s danRer3.chr4 3198511 203 + 33808418 TGGAGGAATCTGAGACATGTTTTTTGGACCTCGTCCGAACCCTTATCAGCAATCCCAAAGAGAAGGAGCATTACTTCCAGGTTGGAAACACATACATTCTCACAAACTAGGGGCGTGTAATATCAA---ATATATTTGCATGGATTTTTTATTGATAAATTGAAAAGATATCTGCTG--AATTG---AGGGATTCAAACTTTTTTTTTTTT s fr1.chrUn 67152705 196 - 349519338 TGGAGGAATCTGAGGTGAACTTTGTGGAGCTGGTGCACTCGTTGCTGGAGGATCCCGTGCAGAGAAAACACTTCTTCCAGGTGAGACAC-CGTGCACGCC---------GAAGCGAGTGAAACGAAGCCATATATTT-----CATGTCCTGTCAATCAAACTGAAGGCTGAAGGCTGTAAATTGCTCAGTGATCCAGAAGTATCTTCATCT a score=3836 s danRer3.chr4 3198714 146 + 33808418 TGATTGTATGAATGAATCAAAACCCCCTCGACCCCCTCGAAAATGAGATGATTCATCTCAAGGGGCTATCCCATCCAATAAATTCAAATTCAAATTCAATCACTGACACAATGTTAATAATA--AAAGGTAATTCAGGAAAAACAGCA s fr1.chrUn 311143727 132 + 349519338 TAATTCTGTATGTG--------TCTCCTGGATCCACTCGAAAATTAGATGTTGCATCTCAAGGGGCTATCC--TTTAATAAATTCAAATT-ATCTACAGTC-----CATAATATCATCAACAGCAGAAATCATTGCATGGAAACAGCA a score=2067 s danRer3.chr4 3199345 172 + 33808418 TATGCCATTTTAGAATATTTTCCCGGAGGAATATGGACCCAAGTTTGACAAAAACCTGCACGCACTGATGGAAGATTTCCTCCTGAAGCTGGATCGCATGGTGTCTGTCCCAGATCTTTCAGAGGTACGTCAAAACACCAGTTTTTTGAAGAAACCG----GACATTTTTGCAGTA s fr1.chrUn 212044562 167 + 349519338 TATACTGTTACAGGAGGTGTTTCCTGTGCAATATGGATCGCAGTATGATGCTGCTCTGCATGTGTTGCTCTGGGAGATGCTCACAAAACTGGAAAAGCTGCTTCCAGTACCAGATTTGAAACAGGTAC---------TCAGTGTTTTACCTCTACCGATGAGGCACTTTACCACCA a score=1422 s danRer3.chr4 3199517 177 + 33808418 TTATTTGTGTAACCATTGGT--------------CTGGTTTTGTTCCTCAGACAGTCTCTTGG---CTCAGGACATGC-CCGTCTCTTCTGGATGATTGCAT-CGATTCAGTTTCAGTCCCAAAGGATATGAAGAGTCTTCTTGAACACCACACAGCTAAAGGAAATCTTCAAGACAGTGGTAATTCTTTACATGC s fr1.chrUn 67153336 195 - 349519338 TCATTTGTGTAGGAAATGTTTCATTCAAATCACACGAATTTTGCTCCTCTCCCAGCTGACGGGGCTTCTGGGAGACGCTCCGACGCTCCTCAACGACTGTTTACGATCCTCTTTCCAGCC-GGGGGACATGAAGGCCGTGCTGGAACACCACAGGAAGCTCGGCCATTTTAAACAGAAAGGTGGGATTTTCCAAGC a score=1958 s danRer3.chr4 3200232 748 + 33808418 aaataaagaatgataccttttttttttttt-----aCTTAAACTTT-------GTGTTTTTAATAAACATGGTTATCAACAATGGTAATCGCAGAATTCCTCAACAT-TGACTTGACATTGGTTCAATATGT------ATAGCATGGTTGATAACAATATGAAACCAAAATAAAAAATTACAAATtatatatgttcacaaacaaacacacat-gtatgaatatataca-tatatgca-tacagaaacctgtatataaatataAGAGAAAAAAACCATGGACATGATGTCAGAGAAGTACATAAATGAAAAAAGTGTC---TACCAAAATTATTG-TAAAACAGA-----------TCAAACAGAAAGAAAAGATAGTTTGTTGTCAACTATATCCGGAGATATCT---TAATTGTTTCTCCTACGTTGTTAAATTAAATCACTTACATTTTA--ATAATGGAGATCCAATTGTCTTGTATTTGGTTCCAATGAAGTATTGTTGAAATCTTTGCTCTGTTAATTAAGGCAGTCCAGTCCTATAACCAGGA---------CAGGAAATTAGGAGGGAACCAGGCACTGATAATTGTTTTCTTTGCAGCTGTTAATCCTGAGAAAACAGTTTGTTTTTGATTCCAAGTCAGGGTTCCTGAAGAATCATCATTCAATAGGAAAAGGGAAGATTCAGG--ATCAATGGTTATTTCCAAAATTTGCTACAAGATGGTGGAAACGTTAACCCAAAAATTGTAGATTGGGAGACATTCCCAGAAAACATGAAACAAAGCTGCCCATGGC s fr1.chrUn 41934447 751 - 349519338 ACATCAAGAATGGAACCTGTTTTCTATTTTTAGTGAGTTAAACATTATTTACAGCATCTGTGGAGAATTTTGCTCTCCTCAG-----atcaatcaatcaatcaatatatcaatcaatcTTTATTCATTTTTTTTTATGATCAAATTTTTTATTTTCAAGTAAAGGCAAAAAATACAAT-ACAGAAGGAACAAGCCTAAGGCCAAGAACATGCCATAGGACAAAATACAATAGAGACACTACAGAAATTAaaataaataaataaataaataaataaata-----------ataaaAATATGTATATAAAAAAAAAATCACATATCACA--TATTGACAAAATGGAGGGAATTGCACTTAAAAAGGGGGAAACGGCAATGG------AACTATATTAGAAGAGCTAGAGATAAGATTTTATGTCATGCTACTCAAA-GACTCAGCGGCGGTACGCCATATTGTAGTTTCATTTGC---ACAGTTAATCCGAGCA-------GTTGAAAGCT---CCATGTAAATGACATCGAGCAGGGACAATACCCAAGATCGGGTGGTCAGAGAGTGAGGTGGTTTCCAACGAGTTGCAATCATTTTTTTTGCTGCTGTTAATCCAGCAAAAATTTTTTGGTTTGG-----AAATCTTAAGAACTGAAAGATCATC-TAAAATCAAAACAGGTATAGTTAGAGGCACCACTACATGTGTCTGG----TCAGACAACTTAGCAGCAACATTCTTCCAGAAACTTTGGACGGGAGGGCAGTCCCAAAACATATGGATGTAAG-TGCCTAGAGC a score=6381 s danRer3.chr4 3201598 591 + 33808418 TGCCGACACGTCCAGGGAATACACATTTATCAATCATTTGGGGGCATACACAGGTCAGTTCAATAAATCCAGACTTGTGTGTTTTTTTTTATTTGTTATTCATTTTTAACTAAGCATATGCGATATTGACAAAAACTAATTCTCAATTAAAGTTAAATAGACAAAACTAATTCGCAATTGTGGTTGAGAAACACTGACTTAACAGGCTTATTTTAACTAATAATAATCTTCCTCATGCATTACAAGTGATTTACATTGTGTCTGCTGTATTTACACAG-AAGAGTCTTCCTACCAGAGCTCTGATGCTTCAAAAGTCCCTTGGACCGAGGAAGAAACGTTCGGTCTTATTGACATATGGGGCAAAGACAGCGTCCAGCGAAGCCTGAAGGACTGCGCTCGCAACCGCCACATATTTAACCTCATCTCTAAGAAGATGTTTGAGAGAGGCTTCACCAGAACAGCAGAGCAGTGCCACACCAGAATAAAACGCTTGAAAATGAGCTTTCGACAGTACCACGACAGCATGTGAGTTCATTTCTAAGTGCACTTGAAGTCCATGTAAGCAAATTAGACTCTATTTATTaagaaggt s fr1.chrUn 67154328 543 - 349519338 TGACGAGAATTCTGGCGAATCTCCTCTGATCTCCATATGGGGAGAGTATACAGGTTGGTAATCTGACACCCAGCCTGAATCTTATGATCAA---GTCATTCGCTT-------AAGTTGCGGAAAGACGTCAAAAAC-AATCCGAATGTGCCGCT-----GACCTGCTTTATTTGTAGGTATTTGTAGGTCAAATTGGCTGAA-AAGCAGATTTTAATCTTTGTTTTTTATCTTCATGC---------------CACTGTTCCTGTGTTAGATCCCCAGGAAGGATCTTTCTCCGTCATCAAGGACGCT---AAAGTTCCCTGGTCTGATGAGGAGACGCTCCACCTGCTGGACATCTGGGGGAAGGACACGGTGCAGAGGGCTCTGAAGGGCTGCCTGAAGAATCGGCACATTTTCACGCAGATCGCGCAGAAGATGGCAGAGCGAGGCTACATGCGGAGCGTGGAGCAGTGCCAGACCAGGATCAAACGGCTGAAGAAGTACTTCCGTCAGAACCACAAGTGGGTGT-----------CAAACGGACCGCACGTTCGCGT---CGAGTCACCCTCCATTCCCTGAAATGTT a score=8977 s danRer3.chr4 3204680 255 + 33808418 AACCAAGTTGTAATTTTCCAGGCACCAAGAATATCTCCTGGACAGACTTGGAGACGCAAACGCTCATCAGGATCTGGGGAGAGGACAAAACGCAGCGAGAGCTGAGAGGGGTTCTCCAGAACGGACACATCTTTGCCATGATCTCCAAAAAGATGTCAACTCATGGCTACATCCGGACAGCAGAGCAGTGTCAGAGTCGAGTGAAGAGACTGAAGCTGTGCTTTAAACAGGCCTATGAGAGTAAAAAGTGAGTGT s fr1.chrUn 67155142 252 - 349519338 AATCCTGTTTGATCGTTTAAGGGACTCGGAGCGTTCCGTGGACGGACTCGGAGACGTTGCTCCTCATCAACACGTGGGGGGAAGACACGCTGCAGCAGGAGCTGAGGATGACGCACAGAACCGGACACATCTTCACCATCATATCCAACAAAATGGCTGCCCAGGGCTTCTCCAGGACGCCAGAGCAGTGCCAGACACGGCTGAAGAGGCTCAAGCTGAACTTCAGGCAGAGCTACCA---CAACAAGTGTGTGT a score=7917 s danRer3.chr4 3207421 234 + 33808418 TGGATGATAGAAAGAAGGTGGCCTGGTCTGATGCCGAGACGCTGATTCTCCTTCAGTTATGGGGCAATGAGCAGGTC---------------------------------------------------------------------CAGCAGAACCTTCAGCGCTGCCCTCACAATGGCCACATCTACTCTGACATATCAGAGAAGCTGAACACACACGGATACCTGCGCACCGCTGAGCAATGCCACACCAGAATCAAGCGACTCAAGATCAGCTACCGGCAGTGCAGGGACAGCATCAGGT s fr1.chrUn 67155719 303 - 349519338 TTGAAGACAGGAAGAAAGTGCCCTGGTCTGATAAAGAGACAATCATCCTTCTGGAGATTTGGGGAGACACGCAGGTTGGTAAAGATTCTCAGGTAATTCGGACATGCGTCCGTGTGGAACTCTGGGATGTCTCCTCCATTCAGGTGCAGCGGAGCATACGCCGGTACCCTCACAACGGCCACGTTTTCACCGAAATTTCCGAGAAACTCCGGGCCAACGGCTACTCCCGAACACCGGAGCAGTGTCACTCCAGAATCAAACGCCTGAAAAGCAACTACCGGCAGTGCCGGGAGAGCATCAGGT a score=1134 s danRer3.chr4 3208268 189 + 33808418 TCTGTGCAGTTCACCTGAAGCTGAACGAGTAGAGTTCAAGTTTTATGATCTGATGGAAGATATTTTTCAAAGAAATGCTT------------------------------CCTCCAAAGCGTCAGGAGAGAATGAAGACGACAGTTGCATCACATCAGGTACTTTTATTGCTTTCTGGCTGTAGTGT---GTGGATGTTGATGTATAACATATCTTAAAAAA s fr1.chrUn 67156084 216 - 349519338 TTTCTTCAGCGCAACCGGCTCCGACAGAATCGACTTCAAGTTCTACGACCTGCTGGAGCAGATCCTGGATAAGCAGCCGTCGACGTCGGCGTCCGCCGTGGAGACGGACGCCATCGAGATATCGGAAGACTCCGACGGCGACGGAGGAAACGACCCGGGTAGATTTGAAGTTTTATGGCGCTAATATCACTTAAATGTGCCTGTAAAG------TTGGAAAA a score=10747 s danRer3.chr4 3208722 498 + 33808418 TTTTCCTTCTGACAGAATCG-----CAGGGCAGCAGTG-CAGAGCAGACATCA---TCCTGGTCAGACTCTGAAACTGTGGCTCTAATAGACATTTGGGCGGATGATGAGGTGCAGGAAGCCCTGAGAGAATCCGTCCATAACAACCACGTGTTTGCTGATATAGCAGAGAAACTGAACAGCCAGGGATTCTTCAAAACACCAGAGCAATGCAGATGGAAGATCAAGAACCTGAGCAAGAATTTCCGGCAGTGCTACGAAAGAAAAAAGTGAGATTGTTGTTATTATCATTTGTTTAAATGGATGAAAG---GTTAAATCCAAAGTGCAAACTTATCTGAGTCTTACTGATGTCCTCCATATTGTTCCCATCTAGATGTGGCAGAGAGAATGTAGATTGCAAGTACTATGATAAACTGGAGCAAGTTCTGGGTGATGAGGCTTTTTCCATGGATGTCTTTGA-AGAAGAT-----------GACCAGGATGCAGGTTTGTGCTGGTTTTTGCTCTCAGtcca s fr1.chrUn 67156311 477 - 349519338 TTTTTTCTCCGCCAGAGGCAGTTGCCAGCGTGTCGGTGGAAAAGCCGCCACCGAGTTTGTGGTCAGACGGGGAGATCCTGGCGCTCATCGAGATCTGGGGCGAGGAGGACGTCCAGAGGGCGCTGAGGGGATCTGTCCACAACGGCTACGTTTACGCCGAGATCTCGGAGCGAATGCAAGACCTGGGCTTCTCCAAGACCTCAGAGCAGTGCCGCTGGAAAGTCAAGTCCCTGAGGAACAACTTCCGACAGTGTTACGACAAGAAAAAGTGCGCTCG----GACCGTCAGTCGC-----TGTCTGACCGTCCGTTTAATCC------------------------GCTAACGCGCATCACGTC-CTCACTTCTAGGTGCGGGA---AGAAAGTGGATTACAGATTCTACACCCAGCTGGAGCAGATACTGGGCCAGGAGGCGGTCTCTATGGACGAGTACGACAGGAGAGACGAGCAGGCAGATCAGGATGCGGGTACGCG--------TGTTTTCCGTCCA a score=6638 s danRer3.chr4 3210281 396 + 33808418 CCGACTGCCATGGTAGCCGTTTC--------TGAATCGGGCAGGAAAATGACCTGGTCAGACCAGGAGACGCTTGCCCTGCTGGAGATCTGGGGTGATGACCGTGTGCAGCACAGCCTGATGTCCTGCCCTAAAAACAGGCACATCTACAGATATATTTCTAAGAGAATGATTGCATTGGGCTTCAACAGAACGGGCGTGCAGTGCCACTCGCGTATCAAAAGACTCAAGTCCCAGTTCTACTACGATGGGTGAGCGAGATGTGACTAGTATTGTGTACTCTAATTGCATGCATATACAATATGTTG------------------------TCTAGTATGAAACTGATATTATATATAATGTATTCATGTGTTTTTCA---GCAGGGAGGAGTGTAAATTTTATGATCAACTGGAAAAGATTCTTTTAAAG s fr1.chrUn 67157342 407 - 349519338 CAGACGAGCAGGGCGGCCACTTCCTCCAGGCTGACCTGAGTAGAAAGACGCCCTGGTCGGAGCAGGAGACGCGTACCCTGCTGGAGATCTGGGGCGAGGACCCCGTCCAGCTCACGCTGAAAGGTTCCCAGAAGAACCGCCACGTGTTTGAGTACATTTCCGAGAAGATGAGCAACCGAGGGTACTCGCGGACCACGGACCAGTGCTACTCCCGCATCAAGCGGCTCAAATACGGCTTCCTCCATGAAAAGTGAGTG--------------CTGTTTATTTTAATTCC---------CAATTTTTTGGTGGGGGCTTTTTCACGCGACGCTCCTTGCGTGTCGCTGGTG-GAGGTTCGTTGTTTTAATCTTTTCGTTGGATGTAGGCAGGATTTTAAATTTTTCAGCGAGATGGATGGAATTTTCAGGAAG a score=675 s danRer3.chr4 3210747 356 + 33808418 TGTAAAACTGGCCACACT-CATTTTTTTATTTTACTTTTAAGATCCAATAGAGAAATATAGAATTTGTCTACTCTACATTAATCTGGAGACCTTTGAAAATGTCATTTATTTTCTGATGATGCATTTACTAGTAATAGCAGCTTTCGA--AGCATTGCTTCTTGAAGCTTTGGTTCCTTTACCAATCATTTGTTTCGAATCAGTGGTTCAGAGTATGCATTAAATTGACAAAGTCTCATCATTCCAattgttagattttgctgtatttggcttaactgttcttgggaggctcaccaatgtattagattactctaatacataaaataagta---aactgaccaaagttcttacga--ggagaaga s fr1.chrUn 88276608 298 + 349519338 TGGAGAAGTTGACGTATTACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACGTCGAATAACTAAATATGTAGTGCGTCTATCC---------------------GTAGTTTTATTTTAGTTTTTAGT------TTTAGGACAAGGAGACACATTAAACCAAAATTACTTCAATCAATATTGTTTTTTTAA-------------TTAAATCAGGAGCTTGATATTTAC---AAGTAGACA-----TTATACTTTCAAGTGTGAGA------AATACTTG-------TGTTTTTATGGCACAAACCAA-----AAAAATCCTTCAATACAGAAAAGAAGTAGCCAAGTGAACACTGATAATACAGACGGTGAAGA a score=5367 s danRer3.chr4 3212520 234 + 33808418 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GCTAGCAGATAATTCTCG--TTCTGAAAATGCCAGATTTTTTGCATGTAAGCTGACACTAAATTACATTTTACAGTGGATGTCTGCTTGGTAAAAATGTATCTGCGTAAATATTTGAAAGTAAAAACAGGAAACATTCAAATGTACAAGaattatttttaattatttaaata s fr1.chrUn 39673869 172 + 349519338 GATGGGAGAGAATCATTGATGTCTTTAACAGCCAGGTGTAGCGTATTTGAGCTGACCTGACATTAAAGTAGTCGGTGGCGCAATTCGCAACATTCAGGCATGCGCGTGCACGTGCGGTCATGAAGTTAATGAACACACAGATGTGCCCAACTCGGTTTGTTGTGTTTTAACA a score=1797 s danRer3.chr4 3217150 135 + 33808418 TCTTTGTACTTCGACAGGACCCACGGGGTATTTATTT--------CATCTCTTTTTTTTTGAGTGACCATCAAAGTACTAGTTGACTATTTTATAGAT---------CACCAAGGGCCACAGTTT----CTAATGTTATGCTAAAGACAAAAAAAA s fr1.chrUn 29365860 149 + 349519338 TCTTTGGATGTTTCCAGAACACACCCAGCATTTATTTATTCCTCTCTTTTTTTTTTTTTTGGAAAACC-------TTCTCATTTTCTATTTTTAGAATAAGGGCAAATATCATCTGGCACGTTTTGGAACCCATTTCATGGAAGAGGCAAAAGAAA a score=7320 s danRer3.chr4 3218016 621 + 33808418 GGCAAACTTGAAGCTCTTTCCGCAGTGGGAGCACTGCCACGGCCGCTCACCTGTATGGCTCAGCATGTGGTTCTTAAGATGTGACGAGTGCTTATAAGTCTTTCCGCATCTTTCACAGGTAAACGGTCTTTCGCCAGTGTGCACGCGCTCATGTCTCTTCATATTCCCAAT-CTGAGAAAAAGCCTTTCCGCATATTTTACAACGGAATGGCCGCTCTCCGGTGTGTATACGCAGGTGGCATCTCAGCATCTCTGGTCCAGCGAACGTCTTGTGGCAAAGGGTGCACGGGATCTTAAGTCTGGGTCTTTCATGATTGCGCTGGTGCTTTTTCAAGTCGAACATGTAGACGAAAGACTTGCCGCAGATGGAGCACAGATACTGGCGCTCGCCTGCATGGTAGCCTTTGTGTCTTCTGAGCAGGCTGGCGTAGATGAAACTCTTCCCACACTGGCTGCACTTGTACGATCGCTCCATGGAATGGTAGCGGACGTGTATTGACAGCTTAAAGGCTGTGGGGAAACTTTTGTCGCAGTGAGGACACTGGTGGAGGTTTTCTGAAGTGTGGCATTCGCGGTGGATCTTCAAATAGgagccttgcgagaaactcttgccgcagattgt s fr1.chrUn 309736100 613 + 349519338 ggtaaaTTGGTAAATATTCCAGATG-----GCTCAATTATGTCAGCTTCACGATGTGAGTCCGCTGGTGCATCTTCAGATTATACGACTGCCTGAAGCTTTTGCCGCATTCCCCGCAGAGGTAGGGCTTCTCCCCCGTGTGTATCCGCTGGTGCCTCTTCAGGCGGTTGGCGCTGAGGAACCG-CTTGTCGCACTCCGTGCACGAGTACGGCCTGACTCCGGTGTGGTAGCGCAGGTGGATGGTCAGGTAGCAGGACTGGGTGAACTTCTTGCCGCAGTGGGGGCACTGGA---AGGGCTTGTGACCCGTGTGGAAGCGCTCGTGCTTCAGGAGCTCGGCGTGGGAGAAGAACCCTTTCCCGCAGTCGGAGCAGAGGAACGGCCTCTCGCCCGAATGCGTCAGCTCGTGTCTGGTCAGCGTGGCTTTGTAAACGAAGCTCTTGTCGCACTGCGAGCAGCAGAAGACGTTCTCCCTGGTGTGGCAGCGCTCGTGCTTCTTCATGTTGCGCTCCCTCTTGAAGCTCTTGCCGCAGAAGGAGCACATGAAGGGCTTTTCCTCCGAGTGGATCTTCATGTGGCTCAACAAGCCGCCCTTGTAGAGGAAGCCTTTCCCGCACTGCGC a score=-3633 s danRer3.chr4 3218637 623 + 33808418 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s fr1.chrUn 213954189 1303 - 349519338 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CAGACAACGCTCTCTCACGTGCTGTCCTAAAGCAACTCTGCTTAGTGGTTGGGTGGCAGCATGCAGGA---AAttaaagtagctggtaaacaatatagggagcgcgtcacaggctgtcattgttcaaaaataaaccaatatcaacctaaaaTTCC--ACGTTCTTTACTGAAAACTCACTTGCATAAcaaccagcataacaaaacatgtttctcaagaca--atcacctactgctcctTTATTGAAAAAAAAGTTCAATACaaattatattttattattttattttataaattgacattttattag-----ttaaaaattatgtataagaaataatatatagagaaataagc-----ctgtagtaagacagaaaatgtactggaatgtttgtagtgtattatacaacaccaacccaacaa---------------------tatatcacttaaaactattaaaaatgtaaacaaaagtcactttcattgttaaaagttgctggaagaaggatcaagttctcgtaaagcaattcaaaagca s fr1.chrUn 227823983 464 + 349519338 ctgacacctcattaagcagtGCCACTCTCGAATAACTGTTGAAGTTGGATCCTTGGCAGTTCTTGGGATTGAGTTTAACGCtaaaataaattatataa--------------------------taaaaataaaataattCTAATAGACATTGCCTGATGCACATT-TTAAACATTTGTCTCCAGGACTTCTTCCTTAAGTAAGTTTATCAAACAAGACATTATCATTAATAGCC------TTTAGAGATAGGCACACAACAGA--ATGTTCCAGTG------ACTGCAAAATGAGCCACCAAGAGGCTTCCTAGGGTATATTGATCACAAGTGCTGCCAAGGAAAGCATGCTATTTCTCTGGTCA------------CCTGATACTTCCTGAGTAT-TCCTAGAACACAAAGGCATCACCAGGTTTTCTTGCTTTTTTTTTATGTTGCTCTTAGCTTTTGCAAA------------CCACTTT-ATGGTTGGACGTGACTTCA---------AAGTAACCGAGAAGACACTCACAAGCA a score=6651 s danRer3.chr4 3261589 497 + 33808418 taaataaatgcaaaa--aactaaaaacataatt-----cacaaaata-tggaaaactgcttattt---atggatattttcacagtgCATACCTAATGTTTTAATTCTTATGTCTTTAT---CAGCCAGAACTAGACTGGTGAGCGGCATCAACTCTTGTTCTGGACGAGTGGAGGTTTTCCATAACGGCTTATGGGGAACAGTGTGTGATGATTACTGGGGTCTGACAAACGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAGCTGGGATGTGGAGACGTGATTGAGGCAAAGAGTAATGCTTATTTTGCAGAAGGTTCAGGGCAAATATTGATGGATGATGTGAACTGCTCCAGAGATGATAATGCATTGAGTAAATGTGAATTTGCTGGATGGGGAGTGCACAACTGTGTTCATTCAGAGGACGCTGGAGTCGTCTGTCAGGGTGAGTGAACATTGCTCTGCATTTATTTGAG--TATGATGACAGATTTAATGTACAGTCGAAGACAAAATTATTATTTTA s fr1.chrUn 157924324 509 + 349519338 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TTCACATTGGTTCTATAATTCAAACCAAACCACACACGGTTCTTTTTCTTCGCTCTTACTAGAACCAACATTGGC-TGGTGGG a score=3622 s danRer3.chr4 3266729 218 + 33808418 TTGTGGAAAATTCATTGTGCATAAGTTGTTAATCTCAGTTTTTTGTCTTTGTTTTTTCATTGGTGTCATCATCAGTCCCTGTCAGGCTGACGGGTGGAAGAGACGCATGTTCTGGACTTGTGGAGGTTTTTCATGACGGTCAGTGGGGGACGGTGAATGCTGATGGCTGGGATCTGGCAGACGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAGATGGGATGTGGAGAT s fr1.chrUn 157922065 216 + 349519338 TTTTGGAGGGTTT-TTGTGTCTATGAGGAAAGTATCCGTCTAATATACGTATTTTGTAAATACT-TACTCTCCAGAATCAGTCAGGTTGTACAATGGAACTGGCCGCTGTTCTGGGAGAGTGGAGGTCTACCATGATGGTGAGTGGGGGAAAATATGCAATAATAACTGGAGCCATGAAACAGCGGAGATGGTGTGTAAGGAACTCAACTGTGGTGCT a score=2236 s danRer3.chr4 3266947 188 + 33808418 GC-TGTACAG--GCAACGGGCGGTGCTTTTGGACGAGGAATTGGTCCAATATGGATGACTTTAGTCGACTGTGTTGGCAGTGAGTCTTCCCTAATACAATGTAGCTTAGATCGAT--GGCTGCCAAATCACGTCAACCATCTGAATGATGCTGGAGTCGTCTGCACTCGTGAGTGTCAA---------TCACATTTAAATGT s fr1.chrUn 201068625 200 - 349519338 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ATCACCACTCGACTCTCTTTATCTTC--ACACAGACATTCAGCCTGAGCTAGAAGAGACGTCTAGAAGAACCAGACGGTAA-GAGCATCTTACT-------TTAGCTGACTCTGTCTGACCAAATCAACAAGCTC---AGTTTAGATGACAGAAATTAATAATCAGCAGACATTAATAATCATCAGACATTAATAATCAGCAGACATTAACAATCAGCAGACATTAATAATCAGCAAATCTTAATAATCATCAGACATTAATAATCATCAGACATTAATAATCATCAGACATTAATAATCAATAAGTCAGTGGCGTGTAAAATCGGGCCTGTCTGAAT---AGCAACACTTGCTGTCTTTG s fr1.chrUn 68654830 337 - 349519338 ATGATCAGCTGACTCTAATGATCATCTGACTCCAATGATCAGCT--AATTACAAAGATCATCT----------GACTCTAATGATCATCTGACTCCAATGATCAGCTAATTCTAAT------GATCAGCTAGTTCCAAAGATCAGCTGA----GTCCAATGATCAGCTAATTCTAATGATCAGCTGACTCCAATGATCAGCTGACTCCAAAGATCAGCTAACTCTAAAGATCAGCTGACTCCAAAGATCAGCTGACTCCAATGATCAGCTGACTCCAATGATCAGCTAATTACGATGATCGACGGCTCCACCGTGGGTGGGG--GGTCCTACCTGCTTCGAGGCCTCACCGGTTGACTATG a score=2663 s danRer3.chr4 3303441 206 + 33808418 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CTCAGGTCACCGGGCCATTCGACTGGCTGGAGGATCTGATCGTTGTGCCGGACGCGTGGAACTGTGGAGGAACGGGAGATGGGGAACAGTGTGTGACGACCACTGGGACCTCCGGGATGCTGACGTTGCGTGTGCCCAACTCGGCTGCGGTTATGCTCTCAGTGTTACGGGCCAGGGCGGCTCCTTCCCCCCTGGCCGAGGACCGGTGTATTTGGATGACCTGAACTGTACCGGCAACGAAGACAACCTGTGGTCCTGTCCTGCTGCAGAAGACGAGTCTGAC-------TGCGGACACAAAGAGGACGCTGGCGTCACATG a score=-611 s danRer3.chr4 3319911 151 + 33808418 TGATCGTAGGTTATGGATTCTTACTCTTCTATTAT--AGCTTACAGGAGGGCCATTTT------------------------GGGTAAAGAAAATAGTCAATTGGAATAGT--AAAGGAATGTTTTGTGCAAAGCAATATTCCATTGGATGCTAAAGGGGATGTACAGCTATGGGAAAA s fr1.chrUn 157921931 164 + 349519338 T-----TCAGGTATGACATCTT-------TAATATCGAGGATATAGAAGGTCTATCCTTGTCTCACCATGTTTGTAGAACAGGAACAAGAAGAACCTTCAATTTTAAAAATCCGATTGGACATTTCGTATTA--TAACACTTAAATAG-TTTTGGAGGGTTTTTGTGTCTATGAGGAAA a score=-3165 s danRer3.chr4 3320746 947 + 33808418 TATATATTTTTTTtatatatatatatatatatatatatatatatatat-atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata-tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataATCTCTTATTTAAAGTTCTTTTATCTTTGCAATGATACATGATAATTATAATATTATACTTATAG--GTTAATTAGACAAGTTAGGTTAActgcaccgtaaaaaatcctggttgcctcacatttttagactgaatcaaatgaaccttatgtaatgttaactattatgttaaactgacttaaacagcttatataacttaaaaaattaagttagaacatgattaacttggtttaacaagttgacctaaa-------aacatgctgtcaggacta---------attgatcatattttttttacagtgtagGCAAGTAATAAAAAAACAGTGGGTTTTTCTACACTTAACTGGAA------------------AACAATATGTATTATGG-GCTAAAAATATTGAGCAGATTA--GCAGATTTTACATTAATCCAAACTA------------AAAGAAATTCTGCAGAAGAAAAATG-----------------TGGTTGGGAATACTGTGAAAAATGTCTTTGGTCTGGTTAATAT----CACTATTTAAagataaatattta------------------aaataaataaataaataaagaaaaaag---aatgtaaat------------ttatttataaaata-attgaatTTCACATGACGGCTAATAGGgggctgca-------cggtggctcagtggtt-agcaatgtcacctcacatttctgtgaggagtttgcatgttctctccatgttcgcatgtgtttccttcaggtgctcaggaaaaaaaaaacatgcactgtaggtgaattgaataaactaaattggtgcctgtgtgtgaatgtgagagtatctgggtgtttcccagtattacgttgcagctggaagggcatccactgggta s fr1.chrUn 227821923 976 + 349519338 TATAAGTTTCATTAAGCCATGACTATA-ACAAATAGTCAAACACATATCACAAGCATAAATACATAT-TCTAGACCCACAGAAATCCAGCTA-ACATCAGTATACAGTATAACTATCAATATTAATATCTCTGTGAGAGAATGTTTTAACAGAATTAAAAGAGTTTCCCTGTGATGAGCATTTTTCTCTAATAGGGCATCTG-------------------TATGGCTGCCAATTTGAAAAAGATCAGCAACTGAAACATAAAGAACATCAGTT--------------------------TGGGGCTTATGTAATGTTATGTATGTAGTTAAT--------AGCAATTCACTTCTCTTAGGCTCTTAAAT--------------ATTCTTTTAA--AGTTGACATAAAGGGTTAGAAGGGGCATTCTCAACTATAATATTGCATAGATTGTATACATTCTATGCAATAAGAATGCAATAAGAAATCCTCAG--TTGTGGAAATGTAATAGTAATTAAGTCAATTGTGACATCACATAATGGACATTGGTGCTAAGAAAATGTATGAAATGGCTGCAGATATT-CATAGATACAATATATATTGCTGTAATAACTGATTCATGCAGATGCAAATTAAATGTCTATTAAATTGTTAAATTTGAATTCTTT-AAACATGTTGATAGGGTGTTTAAAATATTTTAATACATAAAGGAATGTATTTGTTATAGGGCTCATGTCAGAGGCAAAGTAACAAATAAAAAAAAAAGTCAAATGTTAATATTATAGTCATATTTTTGTCAATATGCGTTAGAAGTTAAATGAAGGGTTA----AGGCTGTATTTGCTGCAATGGCTTAAAAACTGATTAATTTCCTCTTCTGCATTCTTCAGGATCTTCCACTTCTCCTCCACCGATGACAGAAATGCAGAGAGGACTCTGGGGGACATATAATACTCAAGGTAGTTCGATAGAGCAGCCAGACTGTGTTTACGTGTCAGGAAGTGAGGACAAACTGG------CTAATATTCCTTAGCTTACATGTTGGC-TCTGCTGGGTT 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AATAAA--------------------TTTCATT----------GCTTCTTGAAG-----GAAGAATTTTGTGTTGTAGACAATTTATAAGTTATAAAATG-----------------GAGT----TCTCTTTTCAGTTAGGGTTGGT--CTTTGTCAC-ATGTATGGCCACATCATTTCCAGACAAAAACCTAAATAGTCCCTCTATTGTAAAAGGTTACTG-----------TCTAATAATAACACAATTAAATAAATGATGAAGACT----TACTAAA----------TGGATTGTTATGAGGTTATCAGGTGCTTATGTTGTTCTTTATTGTGTCT-------TATTATGGCAGGATCACTTGGCT-TTTCCACAGCCACCATCAGTAATTCCACTGTAATGACCACTGTA-----ATAACTGGTACTGATAACATTTCACATGTGT-----ATAAATGtgtctgtctgtctgtctgcctgcctgcctgcctgcctgcctgcctgtctctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgcctgcc-tgcctgtctctgcctgcctgtctgtctgcctgcctgcc-tgtctgtctgtctgcctgtctgtctgtctgcctgcc-tgtctgtctgtctgtctgcctgtctgtctgtc-tgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgcc-tgcctgtctctgcctgcctgtctgtctgcctgcc-tgtctgtctgtctgcctgcctgtctgtctgtc-tgtctgcctgtctgtctgtctgtctgtctg-tctgtctgtctgtctgtc-tgtctgtctgcctgcctgcctgcctgcctgcc-tgcctgcctgtctgtctgcctgtctgtctgtctgcctgtctgtATAATGTGA----AAAAACACCTCTCTCCA a score=2788 s danRer3.chr4 3324701 529 + 33808418 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gtaatatacaacaccaaacaaggcgagatatcactttaaactatttaaaatgttcataaacttcaactttttaaggatgaaagaaa-cacaaagaaagatcaaggtctcaaaatgcaatagaaagcatgaataaatctggggaaatatgaagtgcaaaatatgaaaaactgctaattcatggatttttCAGCACAAAAAAATATGTTTGAGGTTTGGATAAAATTAAGAAATATACTGTATATTTGGAACATTATAAAAGTAAACTGTTCATAGTATTTTTAATCAGCTGGTTAGACATCAAACATCTGAATCATGTCCCTATAGGTCTGTTCCAATCACTCTATTCTGAGATTTATTTCAGCTCTACAGCTACTTGAGTC-ACTCATG--TTAT s fr1.chrUn 192638742 334 + 349519338 GTAAGAAACGA-ACTAAACAACGCTTGATTCACCTGTTTCACATTTGTGATG--CAGGTAGTGGAATTT-----GGATTCTGGAAATCACAAAAGAAAACCAATTATGATGGACTCATTTGATAG-AGGAATAA------TGATATCTTAAGGGGAATTTG---------GCTCGTTTATGGAACTCCTCAGTTAAAACGTTACGTTTGTGACGGCATCGAAATGATGGAAAACA-------------ACATTTGAAAAGGGAGCGGGG-----------GAGTGAGC--GTGAGTCAGAGTGAATCTAGACC---TTCTTAGTGCTCTGCTC-------TCTACACTGAAGTGGATGT-AGATTGGTGAGTAAGAGAGTGGACTAATGGCCTGT a score=2945 s danRer3.chr4 3366609 82 + 33808418 ATGTTCCTGTCATC-CAGGTTATTGGACTGCTGGACGTTTTCACTCCGGCAGCTTCTCTCGAGGAATTCAATGAGGTGTGAGT s fr1.chrUn 119088469 83 - 349519338 ATGTCTGTTTTATTGCAGGTTATTGGTCTATTAGATGTATTCACACCGGCGACAAGCTTAAAAGAATTTACTGACGTGTAAGT a score=5972 s danRer3.chr4 3366847 230 + 33808418 TCTCTGT-CTGTCTAGCTATCTAGTGACCAATCTGATGGGAGCAGATCTTAACAACATTGTCAAGTTTCAAAGACTTTCAGACGAACACGTACAATTCCTCATCTATCAGCTTCTTCGGGGCCTTAAGGTAAG-------TGATTGTTCGTTTTTTTTTTTAATGGATGTTATTATTGTTTCTtaatggacc----------------ctgttcacaagacacgtgtaatggtcatcagcatcttaaatccttg s fr1.chrUn 119089242 248 - 349519338 TCTTTGTGATTTGTAGATATTTAGTGACACACCTAATGGGAGCGGACCTCAACAACATCGTCAAGTGTCAGAAGCTGACGGACGATCACGTCCAGTTCCTCATCTACCAGATTCTAAGAGGTTTAAAGGTCAGTCAACCCTGAGAGAACGTCACCTTT-----TACATGTTTATTTTGGCATCTATCTAACCACCATGCACACCTTTACTGTTTACACCAAAC-TGTAATTATTATTACTCTTTTGTCTCCCTA a score=5062 s danRer3.chr4 3367425 279 + 33808418 CAGTACATCCATTCAGCTGGACTGATACACAGAGTGAGTGCTC-----TTTTTTGTCTTTTTAAGTGTCCACTTTACAGTCAAATAATTGCTTTAAACTTTCTTTACAA---AAGAATTATGCCATAATAGCTTTAACAATATGCAATGCCAT-ATTTCACATTTGTTTTCATGTTTGC----------------AGGACTTAAAGCCAAGCAATGTAGCCGTGAATGAAGATTGTGAACTTAGGGTGAGAAACTCGCATTATGCATATCTAGTCTATGAGTT-TTAATTTTCAGGTGATAGTTT s fr1.chrUn 119089490 268 - 349519338 CAGTACATCCATTCTGCAGACATCATCCACAGAGTGAGTAATGACACGTCTCATGCTGTTTAAAGTGTC-----------------------TTAAACTTTACTCACCATCAGAGGGTCAAACTAACACACCAGTGCCTATG------ACTATCAGTTTATATCTGTGTGTATCTTTACTTTTTCCTTTCACTTCAGGACCTAAAACCCAGTAATCTGGCTGTCAATGAAGATTGTGAACTCAAGGTGAGGAATAAACATTGTGCA--------CTAAGTGTGATTTATGTTAATGTGACATTTT a score=1065 s danRer3.chr4 3368939 1185 + 33808418 CCCTCCCTCAGATCCTCGATTTTGGGTTGGCCAGACAAACAGATGATGAGATGACGGGCTATGTGGCGACTCGTTGGTACAGAGCACCAGAGATCATGCTTAACTGGATGCATTACAACCAGACAGGTGAGATGGGCTTAACCTAAGAATCTCCAGTGATTGATTCAGACAGA-CAGATACACAACAAGCAATTAGTTA------------ATTAAATAAGTTTGTGCTTTACAGTGGATATCTGGTCTGTCGGATGCATCATGGGTGAGCTTCTGAAGGGGAAGGTTTTGTTTCCTGGCAACGATTGTATCCTTCA------CTATATGTCCTCCTCTTAGTGTGTTCATGTGTGGTTTTTGAGTGAGTCTTTGCTTCCTGTAATGCAGGTGAGGAAGGCAAAGTCTAAGTGGCCC----------AAATTCAATTATAGCAGCCGATTGTAGGA------ACATCATCGATAGCTAACTA----------------------------------TATCTCTCCTTTAGGTAGGA----------ACGTCACATTCAGCTGCAACTCTTAAACTCTTAAAAACATATGCATTCATAAAAATATACTTAAAGAATAGGTGTTTCACTCAGAAATTGCTAGTAGGTTTCATTAATA--ACTGCAAATAAATAGCAGGTAGCACAcacactgcaaa-aaatgctagtcttacttaagagtttttgtcctgtttctagtccaaatatctaaaaattcttaaatcaagaagcatcttatagac---------aagtaaaaaagattgt--cttgttttaagaaatattgcatcagaattaagtgagatttt--ccttaaaacaagctaaattatctgccaaaggggtaagcaaaataag----------------------------------cttgattttccttC--------------------------TGGCATTATATTATTTTgcagatt----atttagg-----gtgttttaaggaaaaactcacttaattttgtcatattatttcttaaaacaagacattctgttttgcttttctattaaatgcttcttg------------atttaagaagttttagatatttggactagaaacaagacaaataaatctaag---taatctgtttttgcattgAATGTAGAAAGATTACTGCTTATTTTCTTGTAAATGTCTCTACAATATTATTTTATTGTTTTCAA-----CTTTGATAAATCAGCATAGGTGGTCTAGATT-ATTATTTTTATATGATCTTCAACACAATTTCTTCAGATATAGATCAGCTAAAGAGAATCATGGAGGTTGTAGGCACTCCAACCCCGGA s fr1.chrUn 119089810 1255 - 349519338 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402 - 349519338 TCCATCTTCCTCATTACTAAAAGCTCACTGCCTCCCCCTAGTGGTGGCGTGATTCTATTGTCATCGCTCCTCT-CTTCTCTCTGCCTTCCAAGCTGTGGACCTGCTGGAGAAAATGCTGGTGCTGGACACTGACAAGCGGATCACGGCATCTAAAGCTCTGGCCCACCCCTACTTTTCCCAGTACCACGATCCAGATGACGAGCCTGAAGCTGATCCGTACGACCAAAGCTTTGAGAGCCGGGAGCTAGCAATTGAGGAATGGAAAAGTAAGTTGATGAGGAATTCTGTTTAGGGGTTACAGACTCAAAAATGGAAGGAATCTGGAGAGAAATACTT--TAATACAGCATTATATCATAAATGTCACCCAGAAATTATGTGACCTCACATTGTTGGTGTCTCACA a score=2824 s danRer3.chr4 3372992 112 + 33808418 GAACTTTAATCAGCTTTTCT--CCATTCCACAGAGCTAGTGTTTGAGGAAGTAAGCAATTTCAAAGATCCTCCCAATAAACCCGAAAGTCTTCAGGTTGAACAATAAAACTGAG s fr1.chrUn 321851915 114 + 349519338 GACCTTTCCTTCGTTTTTGTGTCCTGTGAACAGAGTTGATATTTAAAGAGCTGAGCAGCTTCAAAGTCTCCGGCAGCAAGTCGGACAGCCTCCCGGTGGAGCAGTAGGCCCGCG a score=5068 s danRer3.chr4 3375579 133 + 33808418 CTTCGAGGATGTCACTTCGAAGCAGGGCAGGATTTTATCGCCAGGAGATAAACAGAACCGTTTGGGACGTTCCAGAGAGATACAGAGATCTAATCCAGATCGGAACCGGAGCGTATGGAACAGTCTGGTTAGT s fr1.chrUn 213958265 133 - 349519338 CTTCCACCATGTCAAAGCGCGTCAGACCCGGTTACTACCGTCAGGATATCAACAAAACCAAATGGGAAGTGCCGGAGCGGTACCGAGACCTTCGGCAGGTGGGGACCGGCGCGTACGGGACGGTCTGGTAAGT a score=6482 s danRer3.chr4 3376798 1262 + 33808418 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s fr1.chrUn 213959146 873 - 349519338 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a score=16379 s danRer3.chr4 3379526 1334 + 33808418 ATTCAGGATCTCAAACCAGGAAATCTGGCAGTGAATCAAAACTGTGAACTTAAGGTATTAAACCAACGGTTAAAAAAATAGTTTTTATAGTCTACTTCTTTAAATGCTGAAGTTTCAAATAAAGTAACATTTACTTGAATACAAGATTTCACACATTGGTTCTCTTCAAAAATGCTGATATTTATTTAAAAACACAAATCTGAACCTCTGTATTAAGATCCTGGACTTTGGACTTGCGCGTCAGGCGGATTCAGAAATGACGGGTTATGTGGTGACCCGCTGGTACAGAGCACCAGAGGTTATCCTCAACTGGATGCACTACTCACAAACAGGTGACATACAGAACTACCAATACCGTACAGATAAACGTAGCTATGAAATCAGCTAACCACTAAAAGTCACTGCAGGACATCTCAATGAGAATGATTTTTTTGTTTTTGTTTGTTTCAGTTGATATCTGGTCAGTGGGCTGCATCATGGCGGAGATGTTACTTGGAAGGACACTTTTTAAAGGCAATGACCGTATCTTTTTTCTTCATGCAACTACTGCTTATTACAGGCTCTAAAGATTTCAATCATAAGATTGAAAAGTACCGTAAATGTTGTGTGCGGTATGAACATGCATCACAGAAGCTGCCACTGCACATTACTCCATTTACAAGTAAAAACCTACTGCTCTTTATTCAAAGATTACCACAGTCAATAGAGACTGCAGACAATCGGCTCTCTTTTCCCCCAATAAATCCTTAACTTAGACTTACAGACCTAGACCAGCTGAGAGAGATCATGAAAATCACAGGAACTCCAGCTCCGGATTTCATCACCAAGCTACAAAGCCAAGATGTGAGTGTGTCACACATAAAAAGA----AAGATTAATTCATTACATTTTCACCCATGCATACACACAACTGATTTCTTCATCCATTCAT--ACAGGCCAAAAACTACATCAGAGGTCTACCTAAAGTCCCAAAGAAAGACTTAAACACTATTTTCTTCAAAGCCAGCTCAGAAGGTAAACTACTTCTT------TCTTTTGCAACATTGTTAAGGTCAGATAGAAGTTGTTGATGATTCCATCCACCATTTCTTCAGATTGATGGATGGAAACATACAGTTGCTAACGTCTAATGTGTCTGTGTGTATGTTTTTTTTTTGTTAGCGGTGAGTGCTCTGGAGCTAATGCTGGTTCTGGATCCAGATAAACGTGTAAGCGCTGCAGAGGCGCTCGAACTTCCCCTTTTTACAGAGTTCAGAGAACCTGAAGAAGAGACGGAGGCCCTGCCTTATGACCACTCCATGGACAACACAGAACTGCCTCTGGATCAGTGGAAACGTAAG s fr1.chrUn 213960019 985 - 349519338 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AATCGCAGATTAGATGGTTTATAACATTCTTTGGGTGTTTTAACTAGTAGGGGGGA----------GGGGGGACCATTATATGGTGTTCTTTATATT---TAGGTATGCACATAAAGGTGCA-----TGGGT----------------------------TAGGAGCTAATCT----TAAGC--AGCAAGCCACAGG-GATAAGCAGGGGCGAGTTTCAAAACAACAAGGCCCAAGATCGAGAAACCTCCTC------CTAATCCGCATTCATACGGGT a score=-3217 s danRer3.chr4 3438778 2300 + 33808418 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s fr1.chrUn 238544527 2324 - 349519338 attttatataaaaaa--caataaaattttgaaaataaatatGCTTTTACTGCTTTACATAGACAAAAAA--------TAAAACAAGTTAATA--------GTGAAGGAGAGACACTGAGACCTAAGAACGGGGATCTAA-------------------AATGCCGCAGGTTGTTA------ACCAGATTAAAAACAG-TGGCGACGTGGTGGTTTGCACACCGAGCCTCTAGCGTGTCATTTGTATTTGCGTCTGGCGGAAGGGACAAAAGCCCACTGCTTAAATACTTAAATACAAGGTAC-TAACACCTGCCCACAGGTGCGGGCATCAGCAGAGGCCTGTGACGACACACTCACACGCACAAACACAGGGACACACAGACGCACGTTTAAACTCTACGAATCACCCGACGAGAGGGGTGCATAGAGCTGAGATGCCATCAGCTCACCGGTACACATGATCCATGTAGGGAATGTTAA------------------------------ATTATTATTACTATTCTTAGTATTTGCTGAGAGTAGCCA-TCGTTGACCTTAGA----CATGGGGGAG----ACAGGACAGCTACAGCTA-CATAACACTGCTTATATAAATAGACCAAATTAAATATGGGTAGAAGAGTGAATACTGAAAAATACTCTATAATATAAATTATCTAGAATGGACTATGGCATAAAGGCATATTGAGTATGTACAGGTTGAGAGAAGGAGAAATGTAATCAGTGAGTTCTGTATTAATAACTAAAACTACCTTCAACCCCACCCCTCCCCCACCGCCGCCTCCCGTTCCTCGAAAACGGGAAACAAACGAACAGGAAAAAAAACAAAAAAAACAAACAAAAGAGAATAATTTAAAAAGCACTCAAAGATTTCTCAGTACATTTCGTGAGGCACAGTTTGTCAAATGGAATCAAACTACAGTATAGGATGTTTTCA---GTGGTTTTCAATGTCGGGCATAGCAGAACAGGAGGCGCTACAGTATGTTGACAACCAGAATCCCTTTAAAAGTGTGCGGCGCTCCGGAGTCTCCCCTCCCCTCCCTTGCATGGGCGGAAGTGCCGTTAGCGAAAGTCCTCCGCGGCCCTGGCGAGCGTCTTTGACCAGAAATCAATCGACACCGCGTCGGGATGGATCCGAATGTCCCATCGGCTGTCCCGGTTGTCCTGCTGTCACACTCCCAAAGCCAA------------AAAAAAGCAAAGG--------------CAGGCACCGGCCGAGGCGAATCCATCCGCCGAGTCTTAAATGAGAGCGCTCCCGTGTCCTCTTCGGCCTCACCCGCTGTTTTAGCAGTTAAATATATATCAGATTGGGAGGTTTCGCAATTTAGGATTGACACACAACCACAGTAGACGCATATCCAGTGAAGTAATTGCATACAGAGAATTGACGACAGGACTACACCTGCATCACAAGCC--GGTTAGAAATGCAAAA-------TGACGGCTCTT---------GTCAAATGATGGGTTTAGTTTtctctctctctctctctctctcCGTAGCA---GCATGACAATTCTGTACTCTTATA----------TCATGGTCTATATACACGCTGTTGTA-CAATGGGAGGACACTTCAGTCCTGTCTCTCTCTTTTGTTCTCTCTCACACAGTCCACGGGG----AATGCTTTCCACAGAAAAGACGGGTCAAAGGTCAAAGTGCTGTGCTGCGAAATATCTCTAGAATATTCCTTCATCTTGTACTGGTTTTCCGCCGCTC----TCATCTTCTTGGCTTGTCACATCTGCGCAGGGAAGGAGAAAGACAGAACCAAGG---------TCAGATCTCGTAGGTTCCACTGTTGCTCAACAAACAAGCGCAACGTCTCCCCT------CCTCCGGAAC---TTTCAGGGTT------TATCTTAACGTATTTATGTTGAAAGCCTCTGCATCGCCCCCTGGTGGCGGGCTGCACCG-CACGTATGTTAGACCCACAAATTTGTGCAG-------GTTTTTCATCGAGCAGCA----------------GTAGATCGGCTTGATTTATGATTTGGGCTGACT--ATTATTGGATGTCTTTATGTTCAGCTGCACCATAAA------------------------------TTCTAGATTTCTTGCATGTGGAGAACAAGAGAAGTCAAAGTGCG----------CCAATCTCCC-----------CATTCAGGCCAGCTGAAGT-------AACAAAACAAGGCGCGTTCTTGTTCAGAAGCGTTTGAAGGCGTCGTAACTGGG-----------TTGGGCACCGGTCGTTTTG----------------------------------GGACCGTCT-----------------------------ACGTGCGCGTGTGCACACTCACTTGCAGGTCCGTTCGTTGAGCTCTAGCTGGCGATCTTTACAGTGTTCATCTGTGTGTTTGCAGGAACACCGGCAGGTTACGGGATCCTGCACGAACAGACGCTTCCTCTTGTCCGAGCAGTGATCGCAACACGGCTCACAAACGCTG-GATGGAGAGACAGAGACAGAGGTGGGGAGGAAGAGTGAGAGAGACAGGTTACTACAGA 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a score=5705 s danRer3.chr4 3499258 153 + 33808418 TACCTTTGAGAATGTCTTCGCTCAAAGGATCTAGGAAGTCAAGAGCAGGATTAAGTTCAGACATTTCCAAGATGGATTTGTTCCTCAGGTTAACCGGCTCACGGAAGTGCAGGTAGTTGCGCAGTTTTGCAGCCTCAGTGGGATGAAGGCCTG s fr1.chrUn 238596310 152 - 349519338 TACCCTTTGGAACGTCATCGCTCACAACATCCAGGAAGTCGATAGCGGGGTTCAAATCAGCCATTTCCAGGATGCGTCTCTTCTTCTGATTCTTTGGCTTTCTGAAGTGAAGGAAGTTCGAGAGCCTTGTTGCTTCGG-AAGAGACAGACCTG a score=3304 s danRer3.chr4 3500943 177 + 33808418 TACCTCCAAAGCTTCGGTTTGTCTGCACTTTGCCATTGGGACTCTTGATGAATGCACCACGTGGGACTACAGACACGTCTTTATCGATGTTTGACACTATTGCAGCCAGTCTACTTGCTTCAATCACTTTCACCTGCAGAAAGAGAAGCAGGTCAAAAAAAAAAGATGCATAAACAT s fr1.chrUn 238596548 169 - 349519338 TACCAGCAAAGCTGCGGTTGACTTGGACAAGTCCTCGTAGGTCCCTAATGAAGGCCCCTCTGGGTACCACTGACGCCTCCTCATCGATCTGATGGATGACCACCGCCAGTCTATTCTCCTCACTGACTTTGCTCTGAAGCCAAGG-----GTTCAATAAAAACA---CCATAAATGT a score=4413 s danRer3.chr4 3501529 131 + 33808418 TGCGGATCTCTGTGTGCTCGTACTCATGGGACGGGTCGCCTGTGAATCGTCCCGTTGCTGCTAATGCCACATCTGCAATCATGGACTCGGTGGCTGGGGGGAGCAGGTGCCAATCTACGCAGTTTAAACTG s fr1.chrUn 238596916 131 - 349519338 TGCTAACCTCAAGGTGCTCGTACACATATGAGGGGTCCCCCCTGAAGCGGCCCTTTGCAGCAACGGACACTGCTTTCATCATGTCTTCCGTGATGGGTGGCAGCAATAACCAGTCGATGCAGTTGAAGCTG a score=7588 s danRer3.chr4 3503074 422 + 33808418 taaaaaaaattataaatGCA--TTGTTGGATCATTTT---TTAAAAAGTGCCAAAAAACACAATAAAATTGCTCAACTTTTTTTTTAAAGTAACATGGAAAAATAAGAAATTTAAAACTTATACTTTACTATTAATAAGAATTAAAAATATTAGCTA-ACACACACTAAACTTACTCATAAGCACAAGCAACATGTCTTACCTATACAAAGACTTCCTGTTCTTCAGTTCATCATCTTCAACTCCTTGTGCAATAAAATAGTCACTTTTTATTCCCAAAATCTTTCCCCAAAACAAAACCCGGCTGAATTTGTAGTTTCTCTTGACTATGAGCAGAGAGGATTGAAGAGCGGCTCTCTGTTCACTGCTCAGAGTCAAACCATTAGCAGCAGCTAAATCCAGGGAGTAATGCAGAGAATCAGAGTCCAT s fr1.chrUn 238598245 402 - 349519338 TGAAACATAGTCTTAATGGGATTTTTTGGATCTTTTTACTTTCATGATTTGCAGAATACACA-----------------CTTTCCAAAAGTGTTATACAATATTTAAAATTTTAACGCTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTT--TTAAAAAATACGGCTAGAGGGACTTTAAGAATAGCGGTAA----AAGGAAAA---CCTACCTATAGAGGTTTCTTTTATCTTGCATTTCGTCTTCTCCTCTCCCCTGGGCGATAAAATATTCCTCTTTTAAACTCAATATTTTGCCCCAAAACAGGACTCGCTGGAATTTGTAGTTTTTCTTCATGATTAAAATAGAAGTCTGCAAAGCGGCTTGTTGTTCAATATTTAGTTTATATCCGCTACCGGCGACGTGTTCTAAAGAATATTGCAGCGACTCTGAGTCCAT a score=2084 s danRer3.chr4 3505386 35 + 33808418 AAGCGTGTGGCACAGCTGGCAGGATGTGTGTTCAG s fr1.chrUn 238599223 35 - 349519338 AAGCCCTTTGCACAGCTGGCAGGATGCATGCTTAG a score=3196 s danRer3.chr4 3510611 114 + 33808418 TCTGAGAACGTTACCTTACAGACCACCAGCGTTGCCATGGGAATAATCCCCGCAGACAAAAGGGAGGGATCAGAAGGGGAAATCAATGGCGTCGGGCTTTGTGGTTGGCTGGCA s fr1.chrUn 238601235 112 - 349519338 TCTGGGAAACTCAACTCCCAGGCTACCAGCGTTGCCACGGCACTAATCCTAAAGGACAAAAGATGGGAGC--GCCATGGAACACGACGCCGCCAGACGCTCCCATTGGTGGGCA a score=6078 s danRer3.chr4 3519245 168 + 33808418 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fr1.chrUn 238604712 417 - 349519338 CCCTACCTATTCTGAGGACAGAGAAGTAGTAAAGCCATATCAGGCAGATGATCGGTGCGGCCAAAGCCTGATTAACGGCTCCCAGGTGGACGTGGTGTTCACTGCGAGCTGGCAGGTAAGCGAAGTAAAGGTTGTGTTTGTCAACCAGGTACTTCAGCATCATGTAGAGGAAACCTGTAGAAACG--CAGCACGATGATGTAAGCCAGACTTTATCAGTGTGCGATCCTTATGACCAGCATACTACTC--ACCAAACGGTACGATAATGGGACATATGATGCTGTAAGCCATGATTACAGTGAACACACACAGGGCCCAAGCATACATGGCTCCATATTCAAACTCATACGCTTGGTTCTGCACAGAGAAGAGAAATGTCTCAGGAAAATATTGAGGACAACATTTAACACAACTCTGCTA a score=9694 s danRer3.chr4 3521077 637 + 33808418 CTACTCGCCCTCTCCAATAACAATTTGCATCTCATTTGCTACACTGATTCAAATATACATAGATGTCTGAAATCCATTAGAATTATTGTGCAGTGCTGGCATCCTCACACACAGGACTGACTGTAGACGTGGACAAAAATCAGTTTTATTTTTAGAGTAATCAACAGATTTGAAACGGACAGATGCTAGAAAATACACAAATAATATGTCTTGAAGCTCGAACGCAAAATGAAA-AGTCACAGACTGACCTGTTTAACATATTTCCTCTCAGCAGCTGAACTTGCAAGTGCCAAACGCACAATGTAGAGCAGTAAACCTGGCAACCGCAGCAGCTCCATACCAGAGCCCACCAGAGCCGCCGCGATCACATAATTCACAAAGAACGCACCCTGATCAGCTAGAAACACACACCTGACACACACACAAACACAAAGGAGAG----------------------------------------GAAATTTGCTTTTAGGTGCAA------------GTCCTACAAT---TATTGTAACTTGGGCAAATAAATGCTCATATCTA-----GAGAAGTTACTCACTCAAACCTCAGCTGGCCTTCAGACTG------CTTATCAAACAACCAGCGGAAAAACACGGCCAAACTGAGAAGAGAGAAAACATACGAGTCTGTTTACATATTTAggtaacactttacaataaa s fr1.chrUn 238605129 656 - 349519338 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danRer3.chr4 3523232 369 + 33808418 GTAAGTGACTGTATGTTTGTTTGATGGGGcagggtttttgcgagtttcacaaagtcaaaaattaagacttttaatgaccttttaagcccgttatgaataaaatttcagacttatagggcaaaacactaagggtttttttcaaatggccattggaaaacattTTTACTTGCCCCATTAAAAGTCAAACACTTATTTTTCAAACTTAACAAACATGTTCAAACAAATGTTACTGTAAGAAAGATAAATAAACCACTTATTTAAAATGATTTAAGATCTACAACATCATATTCAGTTAATTAAAGACTTGTTGAGGCCTAATTTGAGACACTTAAAAAAAAAAATTTAAGACACTTTTTTTAGACCCCGTGG s fr1.chrUn 84631902 233 - 349519338 GCAACAGACCGG-------------------------------------------CAACACCTCACACCTGGACCGGACTACAATGC--------AAtagact---agact----agactagactggactggaTTTATT--------------------TTCTTACTCATCCTATCAGTAT------------------AAATTTACAGACTGTTGTGAACCTGAGTTCTGGTCAGGAAACAAACTACAGCA------GAAACTGGAGCAGCAGTTCCACCTTTAGCTGTTACTGAGAAAAGCCTTGAT---------------------------AGAATCTCACAGTGCT-------GGTCCTCTGA a score=7958 s danRer3.chr4 3523601 115 + 33808418 TCTACCTGGTCCAATGAGCTTCTCCCAGTGTAGAGTAATAGACTATAGTGGGCAACAGGGCAGAGAAAGTCCACAGCATCAGAGTGGGGAAGAACTGGCTGATAATGGGACTCTG s fr1.chrUn 238605966 115 - 349519338 TTTACCTGCTCCAATGGGCCTCTCCTATAGTAGAATAGTAAACAATAGTGGGCAGCAGAGCAGAGAAGGTCCACAGCAGGAGAGTGGGGAAGAACTGGCTGATGATTGGGCTCTG a score=7212 s danRer3.chr4 3524312 271 + 33808418 actgtatGAGCGGAGTCCAGTCA--CTTACATTGAGATAGTAAATGGGCATGGTGACGTTAAACTTGTCCATGGTGCTGATGATGATGGAGGGCGTTGTGAGGAAGAACAGGAGGACGAAGAGTGCGGTATTCAGCAACACACAGCGCAGCAACCAACGCCAGCCACGAACTGATAAATTCTCCCTGAAAGAGCACAGGATTATGACAAGCAGAAGTGC----AAATGGT--CAATTCATCTGTTAAAAGTCATCTGCAATATAGACAGATTTTGCATA s fr1.chrUn 238606123 270 - 349519338 ACTTTAAAGAATGAAGCCAGTCGGGCTCACATTGAGATACTGGATGGGCCTCGTCACGTTGAACTTGTCTATGGTGGTGATAATAATGCTGGGAGTTGTGAGGAAGGCCAGCAGGACAAAGAGGAACAAGTTGATCATCAAGTATCGCAAGAACCAGCAAAATCCTCGCACAGAGAGATTGTTCCTATAAGA---------CAAGAAAGACAGAACCGCTTGAAAAGGGTCACACATCAACAGCCAAATTTCTGAGGAAACTTAAACAAAAGCTGCATA a score=53 s danRer3.chr4 3524583 170 + 33808418 ATGTTGCTAGGTATGTGCTCT---GTGGAATCAGTTTTGTTTTTCAACAAATACTACTCTAACATTT----------TTAATTTTAAACAAATAAACGTTGGTAATCAAAGCGCATGTTCAGCTCATTGAATTCATGCAAAAAAATCTGGGAATATTTGACTTATTTCTCCAATTCGGTTTTA s fr1.chrUn 231671474 144 - 349519338 AAGGATTCAAACACCACCTCTTAAACGGGATAA-----------CAGAAAATACTAC----ACATTTAGTTAACTACCTACTGGCAAAAAAAGAAGATCCAGTAATCAAA-------------------AGTTCAATAAAAAAAA--GGGGAAAACTTGATTTTTTT---TAAATCCTTTTTA a score=6216 s danRer3.chr4 3525656 350 + 33808418 AGTAGTAGCATATATAGTATAG-----TATAGTAGTAGCAGAAGTAGTAATGGT----GTGCTTGTTACAGTAGTAGTAGTCGTTGTTGGTGTAGTAATATCAGTAGTAGATGTT---GTTGATGTAGATGTAGTAGAAGTGATTgtagtagtagtggtagtagtggtagtagtagtagtagtCGCAGTAGACATTGTTGTATTAATTGTAGCAAACGCTATAGTAGTATCAGTAGTGGTAGTTGTTGTAGTAGTATCAATATTAATAGACACTTTATTAGTAGTAGTC---GTGGTTGTGGCTGTAGTAGAAGCATTAGTAGttgtaatataagtaactttctgtagtagtagttggtgtagca s fr1.chrUn 46211417 352 - 349519338 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AAAacacacacacacacacacacagacgcacgcacgcacacacacacaATTCACATATATAAATACACATAATTCTGTTAATGCTGGCACTAAAACTAAGATAAAATTTAAAAAAAGA--------TTCATAAAAAAACAACAATCCCACGGTAAAGTGTTAGTAGGAAAAATATC---------------CTTTGCAATGCAAGGTAAATTCAACACATTATTTAAT------------TGCTTTGAATTTTCataaaataaaataaaataaaataaaataaaataaaataaaa--taaaataaaataaaataaaataaaaaataaataaaaaata------------------aataaataaattaaactaataatattaaattaaattaaattaaattaaa--tttgagttaaaattaaattaaat-----aaaaatataatgaaattaa---attaaattaaatat--aaataaaaatttaattgaattaa----attaaattgaattaaaat---------------------taatataaaataaaatataaattaaaaattaaattgaa----------------------------------------------ttaaa---------ttaaatataaaa----taaaatacaaatcgaaaattaaataaaattaaattaaatataaaaaaatatataaattaaaaatacaa--taaaattttatta--------aattatacataa------aataaaatataaattaaaaattcaattgtattaaattaaataaataattaaattaaattaaatataaaataa-----aAGATGC-------------------ATATAAAAGC--AACAATAACATTATAATCAAATAAAAAATATCCTCTGCAATGCAAGGCAAATCCAACACATAAATTAATTGCTTTCAATTT-TCAAAAAATAGCCAAAATATCTGACCAGTATCTGATTTAATTGGAGCATCCACACATGGCAAAAATAGATTATCTGgagagaaagggagagagagagagaagagc----aagatgaagagagTCTTTGAGCCTTTACAGTGAA--------------------------------------------TCCCCA-------------------------GTGATTGACAGGGCGGCTTTATCCATCCAATATCATCCAGCTCACGTTCTCATTCCCCTCTCCGTGGCCCCGCGCGACACCATCTGACGCCCGAATTAACCCTGCGCTGCCGGCTGGAGGAGGCCC-GCAGGATCCCTAATCAGCAGCTGATTGCGGCGGCGGCGCTCGGGGAGAGAGAGAGATGCTGATTGAGGGTATATGGAAGAGGCTTTGATTGTTTTCAGTCAG-----------GTTGACAGCTGAGGA--AAACTGCTG------CTAATCAGCGTAGTCCACAGACTGGCATGAGTGGCAAATGAACAGTCAGAGTCTAAacacatacgcacacacacacacacacacacacaaacacacatacacaGGCTCATTTAGATGTTT 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aacacacgcacacgcacacgcgcatacgggagcgcagacacacacaca---cacacacacacacacacacaGGTAAAATGATATTTATAGAGCAACACAGAT------TGGAAAAAGAGGTGTATCTTTGTCAAAAAAAAGGTTGACGGGAGCAGAATGACCGGATCAATCACATTGATCTCCACTGGTCTCTGAGCAGCTCAAGGGCACCTCAGCTGCGGATTTGATGAGGGGGGAAAGTGCAGAGTGTTCGCGTTCTCCACCAGGGGTTAAAAGGATGTTTGTAAAAATACATCTTGAACAAAAGGAGTGAAAAGTATAAAGTGAAGGTAGAATACTCACTCTTTCCCCAGCAGAGAACCACCTTGAGCTGAGCAGTGGAGGGTAAACTTCCCCAAGCTGAACTTTTAGAAGAAAATATATTTTGATGCGCCATGTGTACAGTTACATTAATGTAGTGAATGGAATTTTGCACTATGGACTTAAATGAATCAGTACCCGTAAGTCGATTTCACATGCATGTGTTAGTTTTGATTTTTAGTAAAAAAAACAACATAAAATAAGGATGGTTCTGTAGGCCTATGTGATTTGGTGAGCAACACTGCCACCGACTGGTGGAATTTTAAAAATACAGTTTTTAATTTAAAGCGTGTCATGTACAAGATGAAAAT-AAATAAAAGCAATTTAGTTGTAATTAAAT---TAATTTAGATTTTCGAGTTCCAGTGCCGTTATCCATATCCATGAAACATAACATTTCAGTAAAATATCCACTTATTTACCAGATGCATGATTTTGTGCACATTATTTTTCTGAGGTAGACAACAGTTAATTTTTAATATGTCTTAATATTTTCTTCATAAATATAAATTCTTACGAGAAACACTGTAAACAGAGAG---------TCTGAAAGAAAAG--AAAGGAAATAAAGAAAGTAATTGCACCAGATTTATCTTAGAATAATTAAA----------------TCTTTCAAT----ACATACCCACAAAACTATAATAGATTTTGAAACCTTATAACTTCAGTGAAAGAGTAAAGCTCCTAACAAAGAAAAACACTTTAAGTTTTTATCCCAAAATTAACATCCTCTGTTCTTTTCCTTTTGCATTTTCTCTTTCACTTTCCCATTTCTCTGCTCCACTTTAAGTGGACGTGATTGACAGGTAAGCTATATCCATGCAATATCACCCAGCGCACGTTCCTATTCCCTCCT-----------GGAGCCTTCATCCACTGGTCAAATTAACCTTCCGC-GCCAACGGGAGGGGGCCCTGCGTGGGCC--AATCAGCAGGTGATTAGGCCAGGGGTGGGAGGGGTGAGGGGTCACTGCGA--TGGGGCCAT-CGCAAG----CCTGATTGGTTTCAATCAGCAGCCAGCCACAAGGACAGCTGGGAGCTGAGCTGCAGCGAGCACTAATCAAGGTATCCAAC-----------AGTGAAGCATGAACAGTCAT----------CAcacacacacacgcacgcacacgcacgcacgcacgcacgTGCAAGTAGATT--GATGTTT 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AGCGTAAGTATATCAATGACAAGGTGACTGGAGGGGGTCGAGCAGAGGGGTTATCATTAGTGAAGCCTGCTGCTGCTGTTCACAACTAGTTCCAGTAATTACTTCACAAAGGCTGCTTTTCGCCGTCCCACTGTTTTTCCCACACGGA---GCAGCCACCGAATTCCCAGTGGCCTCAGACTCGCAATCTCCTTGCTTTAACCCGGGCAAATTGCTAAGCTCGGCCATTCTTCA-GGCACCGTAATTGCATTTTAGTGCTGTTTTTATTG-------CCCAGCCCCT s fr1.chrUn 223177151 280 - 349519338 AGAGTGGGTATATCAATTACAAGGTGACTAGCAGGGG---AGGAGTGGGTTTATCATTAGCAGGG---ACTGGCGCTGGCCTCTGGTAGTTCCAGTAATTACCTCACAAAGGGTGGTGCTTGCCTTCCCACTGCTTTTCCCACACTGCACTGCAGGCTCAGAATTCCAATCGGCCCCAGACCTGCAATCTCCTTGGTTTTAGAC-AGCAAATTACTGACAAGTTCCATTCTTCACAGCACTGTAATTGCTTTTTAGTGNTGTTTTTATTGAGGCCACCCCAACCCCT a score=8415 s danRer3.chr4 3717541 285 + 33808418 CAGCTCATTAAAACACTCAAAGAGATCTAATTTTGTTCTTGGC-----ACAGTTCTTC-TGTCTGGAGTGTCTCTGCTATTAGTTCTACGCTGCGGATA---------CATTCCAGAGCTGGACAACCAAGCAAGTGCT-GTTTGCGATGAATGGAAATAAGAGCAGAAAAGTGAAATGGCGATGGGATTAAGGGATCTGAACAGGATAAAAGGATAAAAGATGCTTGGTGTTATCTATTTTAACGT-AGAAATGGAGAGTCTTAACTGGGATTCTGGACCTCACAACGCCTAGAGTCTTTA s fr1.chrUn 223178313 297 - 349519338 CATCTCATTATGGGACTTAAAGAGATCTG-TAGCATTCTTGGCTGTGTAAAGCTCTTCCTTTCTTTAATATAGTTACT-TTCCTTTCACTGAGTGGACAAATTCTCAACGTTCCAGTGCTGGACAACCAAACAGTTGCCCATTTGAAATG---GAAAAAAAGAGAAAGAATTGAAAATGGCCGAGGGATTAGAGGATCTAAAACGGATAAAGGGATAGGAGATTCTTGGTGTGATCTAGTTTAGTTTGAAAGATGAAGGGTCTTAACAAGGATTTGAGACTTTAGAATTCATTGTGCCATTA a score=3855 s danRer3.chr4 3721240 299 + 33808418 AGCCTTTCATGGTGGAAGCATCCCTTGTAATTATGAAGCTCAGTTG---CTGGACGCTCCTCGGCT-----GTAATTTTCTGTGCTAATCAGTATAACCCAGCTCTCGCCCGT---CGTGGCCTGACACCTTTGACCCCACGCCCAGTGTCAAACAGCCTGTCAGTGGGGCTTAATAAAGCAAAATGACAAGTCTCCAGAGATGTTACCGCACCGCCGTGTCAGACGGCAATGAGTGGTTGTTGCCGCCTGCCAGGTACTCAGGTATTTTATTTAGCCCTGAGGAGGACAGGTGTGCTCTGCAACAGCAC s fr1.chrUn 223178898 270 - 349519338 AGCCTTCGATGACGAAAA-AGCCCTCG-GGCTACAACCCCCAATTGAGTCAGGTAGCAACCTAGCTCACCCGTGCCTTCATGTGTCTATC------------CTCCTGTCAGTGTAAGCAGGTTGACACCTTTGACCCTGT-CAGGGTGTCAGATAGCTTGTCATAAGCCTTCAATAAAGTACAACGACAAGCCCTCTAATACATCACCACACGA--GCCCTAGCCAGAAATGAGAGGCTGCGATC-----------------------TTTGCAGCCTTGAGGCAGACAGGTGCGCTGTTGAGAAACAC a score=7368 s danRer3.chr4 3727118 474 + 33808418 ACTCAACATTAAAAAAAACATTACGAAACCCGCGCACGTTTCTTGACTGCGGAAGTGTTGCAAAATGCGATGTAAATCCCCTTAACGACCTTT-CAGGCTATCAGTAATCAGCACACAAAGCTGATTGGCAGGCGACACTGAGAGGTGCATTTAT---------------------TGGATGTCGACCCCTACTGTGCGAGGCGTGGGGTAGAGTGCCCAACGACTTCGACTGCCAACGCGCGGAGCCAGCGAG------CGAATGGGA---------GGCGTGGTCCTAACGTT--GTTTGTTTCCTAACCTTGGACGTCTTTGGGTTCTTTT-----------TGTAGCGTCTGAGAAACCGAGGGGTGC-TTCCACGACTGTCAAAACGCTACACGCTAACTCGCTTCCCATTATATCCGATTAAGCAAGTTTCGTTGT----TCCTGGCCCCGGTCAATGAGAACAAACGGCGATGCACTTTTGCCATTGTCGTCATTC-ACGTTGTTATTATGA--CGGACATGCCT s fr1.chrUn 223180494 491 - 349519338 ACTCAATATGGAATCAAACATTTC--------CGCATG------AACCCAGGGCGGAGTGCAAAATGTTATGTAAATCCCCTTAACGACCTTTTCAAGCTTCCGACAATCACCATACAAAGGTGATTGGCAGCCGACACTGGT--GCACATTTATCCTTTTGCCCCATCGTATCTCTCTGTGGCGCCCCCTACTGTGAAAGGCGTGGGGTAGGGTGCCCAGTGGCACTTGTTGCCAATGGATAAAGCCAGCGTGGATCCTCTCATGGCAACGGTGCTGGTCGTTGTAATAATGTTCGGTTTGTTTCCTGCTTCACACCTCCTTTGGGATTTTGCCCGACCTATAATCCAGTACATGGGACGCAGAGGGAGGTATCCCATGCCTGTCCA----------TCTGAGTTCCAGCCCTGCTTAGCC---CAAACCAGCTCCTTTGTACGATTCACACGGCGCTCTATTGGAG-----------GCCTTTGGGCCAAT-TCATAATTCAACTCTATTAATACGAGTCTTACGTGACT a score=2600 s danRer3.chr4 3727663 176 + 33808418 CCCGAACTCGTCTCAATGCGTACACA-------ATTCTCCCACAATCCCCCTTGAAGGACACACAGTTCTCACACTGTGCAATATTCT---------GCCCCGTCTCAGAGGGGAACGTGGTTGTACCCTACTGAG------CTGCATTTCCTACTGAGAGGCCCGTTTTTTGTCCCCTGGCGGTCCCTTCCTCCATT s fr1.chrUn 223181090 190 - 349519338 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fr1.chrUn 41023709 117 + 349519338 ATTTTTAAGGACCTCCTGTGTGTGTTTTGACTTTACAGTTGTGCTTC------AGGGTCTCTCTGTGCCATGATCTTGCATCTAATAGTTCTGTT----GTAGTTGAGACAAGAGCCACCGGTCAAC a score=7986 s danRer3.chr4 3746181 158 + 33808418 ATGGGAAACATATTCGCAAACCTCTTTAAAG---TCTTCGGCAAGAAGGAGATGAGAATTCTTATGGTGGGACTCGACGCAGCAGGGAAGACGACGATTCTGTATAAATTAAAGTTGGGGGAAATTGTGACCACCATCCCAACAATCGGTAGGTTAATAAT s fr1.chrUn 223184354 161 - 349519338 ATGGGGAGCGCATTTTCAGCTCTTTTTAAAGGTTTGTTCGGGAAAAAGGAGATGAGGATCCTCATGGTGGGTCTGGACGCTGCAGGAAAAACTACAATTTTGTACAAACTCAAACTTGGAGAGATTGTGACTACCATTCCCACAATAGGTAAAATCATTAT a score=8768 s danRer3.chr4 3748383 124 + 33808418 TGTCTTCAAGGTTTTAATGTTGAAACAGTGGAGTACAAGAATATTAGTTTTACAGTTTGGGACGTCGGCGGTCAAGATAAGATTCGACCATTGTGGCGTCATTATTTCCAGAACACACAAGGTA s fr1.chrUn 223184586 124 - 349519338 TGTATTTTAGGTTTTAATGTCGAGACGGTGGAGTACAAGAACATCAGTTTCACGGTGTGGGATGTCGGTGGTCAGGACAAAATTCGACCGCTTTGGCGCCATTATTTCCAGAACACACAGGGTA a score=332 s danRer3.chr4 3748507 16 + 33808418 ACCAGTGTTTTCCAGC s fr1.chrUn 41024267 16 + 349519338 AGCCGAGGCTTGCAGC a score=-426 s danRer3.chr4 3748523 88 + 33808418 ATAAAGACTTCACATAAGATTGTTT------------------------------TTTGTGCTTCAAGGTCACAATTTAAAAAGTCACAATATACCT-TTTTATTTACTATTT----CATGGT s fr1.chrUn 41024388 123 + 349519338 ACTAATGCTGCAGATGAGGTCATCTCCAAATACAGCCTCCCAAATGATCAGTGTCTCCGCGGCTCATCCTTACAGCCTCAACAGTGAAAAGAAAATGATGTTAATTACTTTTTGCGTCATTAT a score=6319 s danRer3.chr4 3748611 252 + 33808418 GGACACAAGTATCCGCATATTTGAGTTCATTTGAATTCTGCTTTTCTGTTTTCAGGTCTGATCTTTGTGGTTGACAGTAATGACCGTGAGCGTGTGAATGAGGCGCGAGAGGAGCTGATGAGGATGTTGGCTGAGGATGAGCTCAGAGAAGCAGTTCTGCTGGTGTTTGCCAACAAACAGGTACTGACAGCTTAACTCAATAgcccctttcacacatacagacctttccggaaaattgccggcaattttccg s fr1.chrUn 223185962 243 - 349519338 GGCCACATGAAACAGCAG--TCGAACTCATTAATTCGCCCTTTTCCCCGGTGCAGGTCTAATCTTTGTCGTGGACAGCAATGACCGAGAGCGATGTACCGAGGCACGCGAAGAGCTCTCGAGAATGTTGAACGAAGACGAGCTGCGTGATGCTGTACTGTTGGTGTTTGCTAATAAACAAGTA-----AGCCAAACACTCCACGAGTTTTCGGTTGCACTCTCTATCTCG--ACATTTCCTCCAGTTTTCCG a score=9291 s danRer3.chr4 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CTTCGACCCAACAAGGGGGAGGGAAAAGCAATCTAGGACAACGTTCCTTTGGCCCGATTAGGCTGCCATGGATAATGCAGCCAAGCCAGTAATACATGGCAGGGAAGGC--ACGATGGTGGGAAAAGGAGGGGTGTTGCTCCCCTTTTTTCGCTGGCTCTCTTACAGGGTGGCTTTTGTTCAGCCCACTCCTGCTGCTCCAGCGGCTTGGGGTTTGTGTGTGGCGCTCGGGCACATCCCTGGGCCTGGATT------------TTTGCACTTGTCTTTTGTCTGCGCTTTTTGCTCTTTTCTCG---CACGGCCCCAGGTGCCAGCCAACAGAATGCCGCCTTTCACAGGCACTCAATGCGAATGCAAACAGTCCGCTCTATTACAGCGACAGGAGCACATTCCAGCAGTCAGGAAAAACGAGAACAAATTAGATGGAGAAGACAATG-TGGGAAGGTGTCGAGGGCAGGTACTGAACAACGCAGGG s fr1.chrUn 223188727 411 - 349519338 CCCCGAGACACCGAGCAGGGGTGTATGG-------AGACAGCATTCTTGCAGGTTGATTAGGCTACTATGGTTAATGCAGCCATGCCTAGAAAACATGGCAGGAGAGGGTGGCGCTGTTGCAAAGAGGACAGACATTGA-------------------------------GACTT----------CCCCCCCACTGCTCCATCAGCACAG---CTGTGTGTGGCTGTC--------CAATGGCACTGGCTCATATAAAAAGGACTTGCACT---CTTTTTTATGAATGCCTTGCTCTTTTTTAGTGCCCCCCCCCCAGGTGCCAGCCAACAGAATGCCCCCTTTCAGGACAATTCAAAGCAAATGCAAACAGTACACTCCATTATGACCGCTGGACAGCATTCCAGACGT-------------AGCACACCAGTCACGGAGCTGAACGCTGGGGGATTAAGGAGGACCCGCA-TGACAAAAGTAGAA a score=4997 s danRer3.chr4 3757884 748 + 33808418 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ATTGTTTTGGCT-TATTATTAGCTCCATATAaatgcgtgcatgtgctgaacattttgcaatgtaaactggtcataagaca----acattttatgca---ctcgcacaaatgctcc-----------caaatatattttgaggtcacat---agacaaaattgtatgcatatgcaaccaaaacaggcacaatttcaagccct-------gCAAATTCAAGCAGGTTCAA---GCACTTTGTCCAAAATCCAAGCACTTTTCAAACCTTGAAAACACTATTAAAAATCAAGCATTTTCCAAGATTTCCAGCACCCGTAAGAACCCTGTATATAGGCAAATAAAGACaaaattatta--ttttttaaactaaatt s fr1.chrUn 297745465 366 - 349519338 ATTGTACTGTATATATTGTTTGGTTGATTTAA----TTGCATGTGTTGCA-ATAATGCAAAATACTTAAGTTATAATAAAGTTTATACTGTATACAGGGTTTGTACACATATTTCATAGTCAAATTCAAGTACATTTTTAAAAGACTTTCAAGGTTGGTTTTTAAGCATGTAAATTTGTCTACGATACAAATGAATGCTTTCAAAATGGCAATTTCACTTAGTACCAACAGGCTCTAGACCCAAAATTCAAGCATGTTTCAGACCTTAAAAACAC-ATTAAATTTCAAGCATTTTCAAGGATTTCAAGCACCGGTACAAACCCTGTGTATAGATCTAAAAAATAAATGTGTTTAGCTGTTTCCAACTGTTTT a score=11270 s danRer3.chr4 3769798 460 + 33808418 ttaCCTGGAGCTTCCGAGTCCAGAAACCCTGTCTACGTCCCGCTCCTCGCCCTC---TCCTTCCCTCCTGCACACGTCTGCTAGATCCTGCAGATGTCATGTAAAAAT----ATCAATAAAATAAATACTACCGGCAAT--------------GGTGCAAATCACT---AAAATATCCTGGCCTGGATGTTTACAAACCTCTTTAGTGAGTCCAGTTGGCTGCCTCTTGATGGTTTTATGACCTCTAGAACA-----GATAAAAAACATATTGAAACGTATAGTCGT----------------------------TTTTATTCAGCATTATC-CTGAT-----------------------CAATGGATCCGACTTACAGTGCTGCCAGCATGGCCTCATGCTCTGCCTCGCGTACAGCCTCCATCTCCTGCTCTTTAGTCAGAGCTTTACCACTCTTCTTATCTTTAGCATACCAGGTCAAATCCTTGCCTTTCTGCCACCGTCCAACCGGTGCCATGAGGGAGTTCCCTGAAAATATGA s fr1.chrUn 223190747 529 - 349519338 TCACCCAGAGCTCCCTAAGCCAGAGATGCGATCCACATTTCTCTCTTCCCCATCAGCCTCTTCCCTTCTGTAAACATCCACAAGGTCCTGCAAAACATTTGACAACATTTAAATTAAAAAAACTAATAATTCCTGTAATTTTTTACTATTTTTGGCTGAAATCAGCTGCAAAGTGATGCAGTCT------------ACCTCTTTGGTCAGGCCCGTTGGCTGCTTCTTGATGGTCTTGTGCCCTCTGCACCAAGGAGGGAAAGAAAAATATTCATATGTCTCATCTTAAACTCATTAAAAATGTATTTTCTTCTATTTAATCAAGTGTTGTCACTGAGGCATTTATAAAGAGGACATTTGACATGAGGTTGTACATACAGTGCAGCCATCATCGCCTCCTGCTCTGCAGCCTTAATGGCAGCAAGTTCTTCTGCTTTGGATAAAGGTCTTTTGCCCTTTTTGTCTCTCGCATACCATGTTAGATCTTTGCCCTTTTGCCAGCGGCCTACTGGTGCCATCAAAGAGTTCCCTGGAAACATGA a score=2699 s danRer3.chr4 3774775 45 + 33808418 acacacacacacacacacacacacacacacacatatatatatata s fr1.chrUn 291182180 45 - 349519338 acaaacaaacacacacacacacacgcacacacaTGTGTGGAGAAA a score=2977 s danRer3.chr4 3774944 61 + 33808418 ACACAGATATATATACACATGTGTGTATGTGTGTGAATGTGGAATATATTTCCCCCCCCCG s fr1.chrUn 291182353 61 - 349519338 CCGCGGACACACGTGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCAGATGGAACATCTCTCCCCTCCTCG a score=1807 s danRer3.chr4 3776180 47 + 33808418 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+ 33808418 GTTTCCTAATGTAACCTGTTTCTCTGTTGTC-----AGCGATGGCTGGACCGAGGCCTGTGGTGATGAGTGGACCGTCCGGGGCTGGAAAAAGCACTCTGTTGAAGAAACTGCTCAAGGAGTTCAACGGTGTTTTTGGATTCAGCGTCTCTCGTGAGT s fr1.chrUn 223195039 158 - 349519338 GTTTCTTTACGAAGCTTTCCTTTCTGTTGTCCCTTCAGCTATGGCTGGACCCAGGCCTGTGGTGCTGAGCGGCCCCTCCGGGGCAGGGAAAAGCACTCTGCTCAAGAAGCTCATGAAAGAATACAACAACGTCTTTGGCTTCAGCGTCTCTCGTAAGT a score=3395 s danRer3.chr4 3788444 90 + 33808418 ATTGTAACCAACAATTCTCTTTTTTACCAGATACAACACGAAACCCACGTCCAGGAGAAGAGAACGGCAAAGG------TCAGTTTTTTTATTTTT s fr1.chrUn 223195395 94 - 349519338 ATTCTGACAGACG--TCTGTTCTTCCTCAGATACAACAAGAAATCCTCGGCCTGGCGAAGAGAATGGCAAAGGTAGCGCTCGATCTTCCTCTTTCT a score=10604 s danRer3.chr4 3790198 375 + 33808418 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TTACCTTAGACACCAGTATGGACACCACAGCCACCACCATTCTCTGCACCGTCTGATCTTCGTGATTCCCCAGCAACATCATTATCAGCTTAGCCGCTTCGTATCTATCAGAGAGCAGGGGTC-----AAGACTATGTTAA--------------GTCGCGCTAATAATATATTGTACATTTAAAC----------AAGCCCTTAAACAAATGTCAATGGACTG--------ACCTGTCAAACGGGACGACCTGTAAGATATGATCACTGCAAAGGGTGAGCAGGCAATTCTTCTGCAACTAAAAGGAAAGAAAG--AAAAAACAT s fr1.chrUn 71537178 323 + 349519338 TTACCTTGGCAGCCAAGATGGAAATGATGGCCACGGCCATCCTCTGCATGTTCTGGTCTTCATGGTTGCAGAGCCACTGCATCACTAGCTTGGCAGCTTCAAACCTGACAATCAGCAGAGATCTCTCTGAAACTCTGCCAGCCTGTCACCCCTTTGTCCCTCTTTTATAACGCAACAAGTTAAAATTGTTTCGCTATATCACATAAAACGAGGTGA---GACTGAGCCTCTTACCTGTTGAACGGGACTTCTTGTAAGATGCGATCGCTGCAGAGAGACAGCAGGCAATTTTTCTGCAGCTGTGACAAGAGAAAACCAAAAGACAT a score=5316 s danRer3.chr4 3897449 190 + 33808418 gcaaacaTACCTGCTCGTGTTTTGGGAAGTTCTTCATGGCTATAAGTAGCTGTTTTACCACAGTTCCCAGCAGGTGTAGTGGCATCCCCAGCACCAGCTCCTGAACCGTCAGGTTAAACACACATGCAGAGGCCACGAGCTGAACATGGAGAGAATCTGTGTGCCGTCGCATCCCTGCTAAAACCAGCTG s fr1.chrUn 71537611 190 + 349519338 GAAAAGCTACCTGTTGGTGGTTGGGAAAGGTCCTCATGGCCTCCAGCAGGAGCTGAGTGACGGTGCTCAACAGTCGCACTGGCATTCCAGCCGCCAGGTCCTGCTTGGTCAGGTTGAACACGCAGGCGCTGGCGGCCAGCTGCACGTTCAGCGTAGCAGGATGATTCTTCATGCCCAAAACAACCAGCTG a score=-2932 s danRer3.chr4 3897639 127 + 33808418 CAGCACAGTCACATAtacagctgaagtcagaatta------ttagcacccctctacatttttcc------------------------ttaatttctgtttaa-------------------cagaaatta--gattaacacat-----------tattcataatagt---------------------------tttaataactca------tctctaata s fr1.chrUn 203307015 217 + 349519338 GAGAGCGTTTAGA-----ACCCAAGGACAGGTTTGTTTATTTTACTATCATTCCAGATTCTTACGATGCGGTCTCATTATCATACTTGTGGCCTGCTATTTAAAACGCATCGTACTGGACGTAAGAAGGTAATGGCTGACATCTGTGAGAGGAGGGGTACAAAAGAGTTGTTGGGGGGTAAAAAGGACGGGAGCATTTAGAAGATCACAGAGGTTCCTAATA a score=-1702 s danRer3.chr4 3897830 99 + 33808418 ctagtattcagcttaaa--gtgactt------ttatagcttaactgatt-------aGGGATT----GCGCAAACACAG-ATAATAATAATAAAACAAAC---TGTTA-----------------------AATAAACTGG-------------TAAA s fr1.chrUn 203307302 158 + 349519338 CTGATTTGAAGCATAAATTGTGGCTTCCTGACCCACTTCCTCCCCGGTTCCCTCGCCGAGATTTTAGGCTTCAAGACAGCGTTTCAGAAATAAAAAAAATCCACGTTACGGCCACTTCTGGGGAGCGAAGGCAGAAACGGGACGGCCGTTGGGATAAA a score=4423 s danRer3.chr4 3897929 148 + 33808418 TACCTTTAAAATGTTTGGCTGAGGTTCTTCTAATTCACTGGTGTGACTGTAAAGATGAGCAAGAGTCTCCCGTATGAAACTCTCCCGCTCGCTGTATCTCCTCAAGGCTTCACACAGTTGCTGCAAATTAGCCTCTCCAGCCACCTGC s fr1.chrUn 71537856 148 + 349519338 TACCTTGAGGATGTCTGGTCTCGGCTTCTCCATGACGTGCGTCAGGCTGAACAGGTGAAATAGAGCTTCTCTCACGAACCCTTCCCTCTCACTGTAGCGCCGCAGCGCTTCACAGATCTGCATCTCGTTTGCTTCTCCTGTTACCTGC a score=11043 s danRer3.chr4 3903365 796 + 33808418 AGCTCCAACAAAGACTC--ACCTTCAGATTTCCATCTCCGCGCAGCATCTCGGAGCCTCCCGCTCCTGTGGCCAGCAGTCCAATAAACCTCATCCCTGGCCGATGTTCCACAAATGCGCGTATGGCAGCATCGCTCAC-------------------------------------------------------------------------------------ACCT--CTCCATCCCGAAACATCCAGAGACACAAGATTCAGAAGGATCCCCGGCTGCTCCAAGAGCTGCTGCACCAAATGATCAACATCCGTTAACAGCTTATCATTCGAGATATCCAAATGCCTCAGAAG-------------------------------------CTCCAGCTTGGAGA----GCACTAAATT-------------------------------AACTCT---------GGAGGCGTTCATCTCTAATTTCTGAAGGCCGTGGAGTGTTAGAGACTTCAGCTGTGACTGGCAATTCAGTAAAGGTGTCAGATCTGTGATGTTTGTGCTGGAGATATCCAAGTTTTCCAGCATAGGAAGAGTACAGATGTCCTCCAAAGAGCTGTCGTTTAGGTCCGTCCCGGCTAGAGAGAGCTTTTTTAAGCCGCGGAGCATGCTAAAGCT-------------------------GACGTTCTCATTTGTGTC----------------------TCCGTAAACACGC---------------AAGCCGTCCA----TCAGCAGTGTTTGGAGG------------------CTCTGTCTG-CAGAGTTTGCTGGAGGTGAGACTGTGGAGGACTTCAGAGATGGCGATGTTGGTTTGTGTATGGGAAATATCCAGCTCTTGAAGCTTGTGGATGCAGAGAGCCAGTCTGAAAGCCTCCGCTGAGATGTGCGAGGACTGGATGTGCGCTCGCCGCAAACGCAGATGCTCCAGATGCTGGAAAATTCCCACGGTTCTGTCATTGAGGACTCCTGAGAGAGAACA 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AATTCCAAGGAATCATCGTACCTTCAGGTTCCCCTCTCCGGAGAGGAAATCAGAGAATCCAGCATCTGTGGCCAGAAGTCCCACAAAGGTCATCCCTGGTCGCTCTTCAACAAATGTCTTCACAGCAGCATCTGTCACCTGTAACAGACAGCATCAAATTGATGGACGACCCTATAACGTGTACAAGCCTGTTTCTAATTTATACACACACATTTACACACATACCTGTTTCCTCCCTGATACGTCCAGAGAAACTAGAGCAGGCAGGATCCCTGTTTGTCCAAGCAGCTGACGAGCCACAT------CGGATGTAAACTGTTTATCATCGCTGATGTCCAGATGCTGCAGGAGAGACGTTCCACGCAGACACGCATGAATAAGACTCTGCCTCCACTTTAGCAACTGCACATTACATTTCCTTACCTGCAAAACATCGAGCTTGCCGATGACTCCCAGCAGCTGAGCAGTGCTCATCTCCAGCCTCTTCAGCTGATGTAGTGTTAGCGAGCGCAGACGCTCCTTCAGGCCCAGCAGGGGGGTCAGGTTAGTAACCGAAGTGTTGGAGAGATCGAGGCTCTCCAGCCGGGGCAGCGAACACACGTCCACCAGTCCAGAGTCGTAAAAGTCCACATTTCCTAAAGAGAGGGAGCGGAGGCCTCGGAGGGTGCTGAAGCGATACTGAGTAGGTTCCTCCAGGGAGGACATGGTTAGTCCTGTTAGGACGAGCCGCTGGAGTGACTCCTGTGATAACGAGAGGTTTTATTAAAAAAGGCGTCCTGGTTTTAAAAATAGATGGAGGAGAGGTGATAAAGAATACTTTTACCTGGCAGTATTTATTAGTAGCCAGACCCTGCAGGATATCTGGAATTGTTAGGTCTGCATTGACTCTGGCAGCATCCAGCTCCAGCAGTCTGTGTGGGCAGAGGGCTTTCCTGAAGGCCTCTGCAGAGATCCGAGCGGTACGGATGCAGGCTCGCCTCAGCCGCAGGTGTTCACAGTTCCGAAAGATGCCCACGGTGCTGTCGTTCAACAAACCTCAAGTGGAATA 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ACTGGCTGCCCGTCATTTCCCCACCGTCTCCCCGATGCCGTCACTGCAGAGCACCTTTAGTCCTCGTAGTGCAGGTGTACTGTCCCCTGGACGCCTCCCCCTACCACAGAAACCTGCACCTGTTCGCTTGTCCAGGCGCCGAGTGTAGCAGCAGGTCGGA a score=3877 s danRer3.chr4 3952395 141 + 33808418 GTTGGATTGTCCTGCGCTCTCAGTGTTTGGAGGACGACATCAAAGAAAGACAAGACCACAAAACCACACAGTGTGCAGAACCTACAATGTCCCGGACAGACTGGTGCGATGAAGCTGATGATTGGGGGATGGACGATGAGG s fr1.chrUn 151132984 135 + 349519338 GCTGGACAGTGCTCCGCTCTCAGTGTCTGGAGG-CGGAGGCGCGGACAGACAG-----CGGACCGAAGCAGCCTCAGGAGGTTCCGTTGTCGGCAACAGACTGGTGCGACGATGCCGATGAGTGGGGGGAGGAAGCGGATG a score=3595 s danRer3.chr4 3952651 141 + 33808418 ATCAGACAATGTGCCTGTTTTCAAGCCGTTCTACATAAGTGTCATGGAGGAAACAGACTTGGATGGATT---TCAAGATATGGATCATGAAAATGAACTGCTTAGAGAATACGAGGAAAGGGAGAGAGTGAGTGTGGAAGAGAT s fr1.chrUn 151133421 144 + 349519338 ACCAGATACTGTTTCCATCCTTTGCTCGCTCTTCATCAGTGTGGTGGATGAATCGGATCTGGGTGGAGAGGACGAGGAGCTGCGGCATGCTCAGCAGCTGCTGAGGGAATACGAGCACAAGGAGGGAGCGATGATGGCTGAGCT a score=3763 s danRer3.chr4 3954781 113 + 33808418 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TAGAGTTTGGGACCATTCTGGTTTATACCTGCAGAAACAGCTGGCTGGACGGCCGGGTCAAAATCTGCCCTGGAGGAGGAGTGTTTGGTCCAGTGTGACCCTGACCACGACCTTTTCAGATGAAAGGCTGCGCCTCTAAAGATGTGATGTGTCCTCATCAGGAGT--TTTGTAAAGA--------TTTCACTAATTTCTTAATCAGATTATCTTTTAGTCCTGAAAAT a score=5882 s danRer3.chr4 3963527 412 + 33808418 cgtaggcttgcggcacacttgTTCTGAACACTGCCGCCTCCCGTGCGCATGCGCAGTCAGGGCGGCGAACGGCACTCAATGCTCCGGCTTTTCTCTCGCGAGGAAGGACGCCATTATCGGAATACTCACAAACAACACGAGAATTCATCATTCACACGGTAATATAAACCATTCTGACATGCGACACCTCCTGCTCTCCTCG--CGCTTCAAAATATGGCGCTTTGCATTAAAGAAATGCGCATTATCTCGCTGTTTTCGACTCAATTGTGTCCTGCGTGCCATGAAGGGCACAAACGAGGCCTAGATGCATTTCACTCTTGTGTTTTTGAGCTGTTGGTTAGCAGGCGCGA------GCTAACAG--------GCTACATGAGCAGGTTAGCTGTACTGTGCTAACTAGT--------------GTAAACCACTGGGTTTA s fr1.chrUn 148967093 371 + 349519338 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danRer3.chr4 4098873 416 + 33808418 GGTCATTTGGAAACCGCACTGAACAAGCAGTGTTTGTCTTGTACCCCCTGAAGCAGAAGTGGCAGAGGAGGGAAGTCTGGG-ATTGGTCGCT------TCACGCAAACACAACAGGGCGGTGCCAATGAATTAGCAATATAGACGAAAGACCTCGGCCCAGCTGTGATCAAACCTGTCAGATC------------------AGTAATCTCTCCACTTGAGGGAAAAGGG-------CCTGGTGTTAGTACTAATTAGGTCAGCGAGATCCTCCTGC----------------------------------TTCGCTTATAAA----------GACCGGACGGGGACAACAGTCGCTTTCCTGGGATCCTACTTTCGTGGACCTACTG----------------------GGTT---------TGAGAATGCCACATTTAACCGACTGTAGTTTCTACAAGATGAGAGACGGCGCTCGGGTTGCCAACGTAA-----GGACTTGCTACGTTCTGCTTTGACTGGTTTTG s fr1.chrUn 154462323 524 + 349519338 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CAAGCATGAAATGCAAAATAAAAACTCCTGCGCAGTCCTTCAAAACAGAGAGAAACATGCGCCGGCCTCCCTCATCTTTTTCTGTTTTCTTTCCATCCTCCTCGGCCC-TCGTGTGCCAAAGCTCACATCTCTAATGCATGATCTCATCGCCCGGCGTTGTGGAGGATTCTGGCCTCAACCAACAACGCCTTCAATAAAATATG--GCACCGTGGCGTTCAAAGCCATGCTAAATGTACCTGACACATGGGGGGAGAGAGAGGGAGAGAGCGGGACGTGCA-GTTTGGGCAGGTGAGGAGAGGGG-AGAGAGACTC a score=5484 s danRer3.chr4 4217395 296 + 33808418 TTTCCATCATGTATGTTTTCTTTAGACCTC---------ATCATTGCTAAGCGAAT-TGGCTGTCAGTCATCTCAAACATCGCTGTCCTCAATCTATAA------AACCCCTGAG-----------GTGGGAGAGA----------------GGGAGAGGATGAGAGAT---------------------------------AGAGAT--GCTTATGGTCGGG-------------------ATTAAAATAAATAAATAAATCAATCCATAAACAG-----AAACGAGTGTTCTCATAAATGTTTGATGACA--TCCGTATTGATTGCAG-GCGTTTGAAGCTAAACAAG-TGTATCCCGGACCCTGCGCAGAGACC-----------CATAATTGAATGTGAAATGTCTGGA s fr1.chrUn 154492126 412 + 349519338 TTTCCATCATGTCTGTTTTCTTTGGGCCTCGCGCACCTAATCACCTCCGACGGAATGCGGCTGTCAATCATCCCGCGACTC-CTGTCCTCGATCCATAATTCCAGATCCCCCGAGCGGTGCTGCCTGCCGGACCGAGCCGCCTGGCGCGCACGGACGAGCACGCGGAGTCTGCTATGCCGCAAACACACAATGCACATACCGAGAGATTAGCTAAGAATAAGAGGCTGAACACAAGCGCCTCAATCaaataaataaataaagagataaataaataaaATACAAGCTGGTGTTCTCATAAATTTTAGATGACAAGCTCATATTGATTGGGGTGTGTTTGAAACTAAACAAGTTATATCCATGGCCCAGAGCACTGAACATGCACTCTGTAATAATTATTTATGATATATTTGGA a score=2214 s danRer3.chr4 4222243 394 + 33808418 gcagattatgtggttttagcattagattttttagataaacaataatgttcacttaccatgtttcttaaatatctatttttatgctttagaggagtcaaaaaactt--acagacagcacAATTCtacagcaataaatgtatt-------------gcttattgtttgttcatgttaacaaatgcattatgtaacattagctaatacagccttattataaa----atgttaccG----ACGTCAGATGTCATGTTG-------------ATGACTCGAGAC--CATTTTAACCTCAGAAAAAATACTCTAGAAAATGTTTTAATCTGAAGTTTTATAACTTTTTCTAAAATGACCGCAACATTAGAAAAAACAAAACATTTTCTGTTTCATAATTTCAGAAAGGCTGTACACATTTAGAGTACAATGATTGTCT s fr1.chrUn 64411474 407 - 349519338 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ggcccatgtatgttttaaaatagctgggccacatttgccatattttctctgggccactttaggcttacagtctcattagacagagcttaatgtgtcaaatatttgccaaaagtggcccacatatgtcttaagataactgggccacatttgcaccaacacatgtgagcctctttaggtttacacccagattacccttaaatgactgtcacatttttgccaactgtggcccacatttgtccttcatcttttgggtcaaatttaccattt-ccacatgggccattttaggctcacatttagattacattttgttagaagtgtcaaatctttgccttaaacggcccatatatAAATCTGAATTTTTGCCCCCCTTTTATCATTGTACAGGTTCACATTCATTATGTCTGGGCCGAAGGAAGACCACCAGTGCCGCATAACTGCCTGAAGTGGCCCACATTTGTATGCTATCTGGGGGCAGTG s fr1.chrUn 115189451 325 - 349519338 GGCACATTTGTGCTCCACAGTGTGTGGACCCCAG----CATGTTAAAAGTGGGCCTCTTTAGGCTCACATCCACATTA-ATGGATGCTAACGTAGCGTATTTTCCCCCATTCTGGCCCAAATACGTTTCACCATAGGTGGGCCACATCTGCTGAACCATATGT---------------------------------------TTGTCA----------AACGATGGGCCATATTTATTCTGTGATATCTGGGCCAAATGTTGCATTTACTACAAGGGCCAGTT---------------------------------------------------------------------------------------------------CATGTTCACATCTGTTTTGGTCGGGCCTTAAGGATGCCCACAGTGCTGGATGGCTGCCTGAAGCGGCCCACAGCCGTACCCTATCTGGGTACGGTG a 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AAGATCAACATTTACTCTGATGTTT--------------------AGTGTTTTACAGCACTGTTGCTCTAAAACTGGGTGTTCACTGTTTATTTTCTCACACGTGCTCTGCAGGACCTGAACAAACGTCTCTCCCTGCCGGCCGACATTCGGATACCTGACGGCTACCTGGAGAAGCTGCAGCTGAGCAGCCCCCCCTTCGACCAGCCTCTCAGCCGGCGTTCCCGCAGAGCGTCGCTGGTGAGTGCTG-----TCAGAACCATTAAAGATGCATCAGTGTAACCGGTTTGGCGTATATTT a score=68 s danRer3.chr4 4382143 3 + 33808418 ttt s fr1.chrUn 172960608 3 + 349519338 TGT a score=-244 s danRer3.chr4 4389348 115 + 33808418 TGGCTTCTGGAGCTGATCTGATTCTGGCTGCAGATATGAGCTGCGAGCAGCACTCCAGACACGTGTTTCTGTCTGATAAGGTCTGTTGAACACATGCA--CATTACCCTGATCTCAT s fr1.chrUn 172960671 95 + 349519338 TGGACTTTGAAGCTATTATGAGGCTGGCTAA----------TGCTAACA-------CAACAAATGTTGACCTTCAACACGA---GTGGAGCCTCTTCATTCATAAACCTG--CATAT a score=14833 s danRer3.chr4 4389463 565 + 33808418 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danRer3.chr4 4392966 365 + 33808418 atgacatgtatttatatttatttgttgttattttatataGAACATAAATACATGCTTGTAAATATCAAATGAAATTTTGAAC-AAAGATATTATGAATATT--TTAAAGATTCACTTCTTTAAACAATAAATATGTA--CAGTATGTGAAT-ATAGTATA---CTGTTTAATGACG------------------------TGaata-----attaaaatatatgtta----tgtattatgtttttataaaaaatGTTAT----------------TTGCTATAGGTATATTTGTAAGAAAAATACACTTGTATATACAATAATGAAAAAATATAAATAAAGATATAATGTATATTTTGGTAATTCACGAAAAAATT-ATATGGTTAAATTATGGTTAA-----ATACTGTTTTATACTGTGAATCATTC s fr1.chrUn 204225104 383 - 349519338 GTGAC------------TTACTTGTAATTCT--------GAATAT-------------------TCAATTGAATGTCTGAAAGAAGGAAATGCTGCATGTTGCTTAAAATAGCAGTTGTTTAAATGGTAGAGACACAATCGGGTTGTCAGTGACAGCATATTCCTGGTTATTGAAGGAGAGGGGTCCACACACCACATGTTAAATGGACGTATTTTAGCACATGTTAAACCTTTGTTTTGCTTTCCTAGACAGTATGATGATGTTGAAAAGGAAGTTGCTTTA---ATCTTTGAGAAAAACATGACTCAGCCTGTTAAATTGTAGAGAGCTGCAAGGAGAG----AATGGCCCTTCTTGGTGTTCCTGACACGTTTCATACGACTAAATTCTAGTTGAGGGCCATGTGGTGTTTTAATATGAGCAAATC a score=9305 s danRer3.chr4 4394174 511 + 33808418 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s fr1.chrUn 214096339 740 - 349519338 CAGGCACTCCCACAGAAGACAACTGGCCTGGAATATCCTCCATTGACGAGTTCAAGTCCCAGAAGTTCCCCAAATACAAGCCTCAACCACTTATTAACCACGCGCCCAGGTG--AGGGGGCGG-------ACGTCGCTCATGTACCGATCACAACGTCAGATTC---------------------CTGTGAACACGGTCTAA-----------------------------------------------------------------------------------ATGTTATCATCTCTCT------------CGTAAGCCCTCATTTG----------------------------------------CTAATCGAAG-------ATGGAAATGAGCAAATGTTTCCAGTCCGGCGCAGGTATAAGAGCTGCCAGTGTGTTTGGTTTTTTG-------------GCCTTTAG-------------------------ACTGAAAGACATTAGT-TTTGCTCTTG--------TTTAG---------------TCAGGAGTGTGTGCAC--------TGTGTCACTTCCTGTA----AGGAAATCCTGTGGAATAGTTGAGTGTGTTTCCTTCCTCAAAACTGGCCAGCATCTGTGCACGTCACC--CCCACCTCTGCTGACCTGCCTTTTCTTCTGCTGTGCCCCCCCCCCTCTCTCTCCAGGTTGGACAATGATGGCATCGACCTATTGATGTCCTTCCTAAAAGTGAGTAT-------CACTAAAGCCTG---------------ACGGTGATGCGGCAGGTTTAACAGCAGTGTCTGGACTGTTTGATA-----------------------------------------GGACAGAAGCTGATCGGTGACCTCATT-----TCTGTTCCCAATTTCAGTACGAGTCAAAAAAGAGGATCTCTGCTGATGAAGCAATGAGACAAGCCTACTTCAGGAGCCTGGGGCCACGTGTACACGCACTGCCAGAGAGTGAGTAATGGCATGTAGAGCA a score=5558 s danRer3.chr4 4398427 92 + 33808418 TGTTTCT--------GCAGGCATATCTATATTCACACTGAAGGAGGTGCAGCTCCAGCGAGATCCTGGTTACAGGAACTCCTCGTACCCAGAGACAGgtg s fr1.chrUn 214097192 100 - 349519338 TGTTTCTCATGTCTGGCAGACATCTCCATATTCACACTGAAGGAGGTCCAGCTGCAGAGGGATCCCGGTTACCGGAACGCATCATACTCAGAATCAGGTG a score=-2466 s danRer3.chr4 4400072 360 + 33808418 aacaat-tacaaatatggggaggaaattattgttagaacattggaaacttgaaaataaaataaaaggttt----------agctgatttattaatatcaatttac-----tgatcacatccgtgttattgtacgca-tcaaagggttaa------aagagtgttcattttttttactttaattattcagcgattcctccgcgtaccactagaaggaagcctgcgtac----cactagtggtacatgtaccacagtttgagaaccactgGTCTAAGTGGCAGATGTGATGCGTACAAT-GCCTTTAAGTGTGTCTGGTGGGCACTCGACTTGGTGACTGTGACCATATGAGTTTTGTCATCTTATATTAACCGTCGCACACCTTGTTCT s fr1.chrUn 296908989 378 - 349519338 AACAATATAAACATGTCAAGAATATATTGTTTTGAGAACATTGAGAACATTACGAATTAGCATATGTTTTCTGACCTTAAGGCCCATTGCACAGTATGACCCTTTCAATATGATTAAAATTATAATTTTGCAGAAGCTTTATGAGTTGATTTTGTAAGTGTGAAGCTGTTTTGTGATCAAACCATCCA-TACGTCCAAAATATATTTAAAGAAATACAACTACACACTCCCCTCTAGTGGTTGAGGCAGCA---------AACTACAAATCCAGTAAAAATATTTGGAACTTGCAAAAGGAATTGATTTTTTTTTGCAATAACACAAATTGAGAATTCAAAACTActctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctc a score=2752 s danRer3.chr4 4400432 61 + 33808418 CTTCTGTCTTTTTCTCCTTCACAGGAAACAGCAAGAACAGACGGCAGAGCATGCTGTTTTA s fr1.chrUn 214097504 58 - 349519338 CTTTTCTCTGTTTGTCCT---CAGGCAGTGGAAAGAACAGAAGACAAAGCATGCTTTTTTA a score=-575 s danRer3.chr4 4400493 495 + 33808418 AAG----------------------CTGCGT----------------TCCCTCT---------cacacacacacacaaacacacacacacacac-acacacacacaGGCTGATGGCTGTGCAGTACAGACAGACAGACT-----CTCTTTAGTGT------GTGCATGCGTGATGATGAGTCTCTCTCTCCAGCATGCAGAGCCACAAAAACTCCCATCATCCTCCTCCTCGTGTGCAAACGTGT-GATTCTGT------ACATATTT-----ATTGACGGAGGGGTTGTTTTTGCTGCTAACTGACTACTGTCTCTTCATAACTTCCTCACATCA-GTCCCACGTCGATGAGGTTTTTTAAATACAAAAAAAC--GAGGATTATA-ATTCTGTTGAAATGTCGCAGCTGTCCTTTCGTTGGAGTGTTTGGAGTTCCTCATCATTATTTTT---GGCCTGGAAAACTAAAAGACTGGCTCA----------------------TTCCGAAACGTGTCATTTCAAGAGAAATCCAAAATAGCGCCCCGAAAAAAGTGGATG----TTCCTCAAAAC-----GGGGACCATCACCGAATCTGAAAG s fr1.chrUn 191177782 564 + 349519338 AAGTACTACTGTCATCGCGCCCCACCAGTGTCACGCATGGGCCCACCTCCCCCTGGGATACAGcacacacacccacacacacacacacacacacaacacacacacacacT-CTGTCCCTGTGGAACAAGT-GACTGACTTGAAGCTACTTTGTGTTATTTATTGGGGAGGTGAGGTTGAATATTTTGC-------TGCTAAGTCACTACTGTATTGAACACACACACGTGCACGTGTGTGCGTGTGGATGATGTGAACACACACAGTTGAGCAGTCGGCGAGGTGACTGTTTC--CCTTTGACTGTCCACGG------------ATGTGCACGTTGTGACCCAGGTTGGTGTTTTTGCTGGAAGGCTGAACACTTGTAGAAACATAGATTTCTTTAAAATG----------------GTTAAAATGGTTGAAATGCAGGACCATTGTCGACAAAGCCCGGCCAAACTGGGAGAACAGGTCAAGCAACTGGACCATATTTGAGCTGCAGACACAGGAATCGTCAACAGGAAGTC-ACGTGACATCCCGGAGGAAGTGGGCAAGCCTTTCCTAAAACACCTTAAAAACCGCCAGTGTTTCTCAAAG a score=35 s danRer3.chr4 4406399 26 + 33808418 GTCtgtgtttgtatgtgtgtgtgtgt s fr1.chrUn 191180313 26 + 349519338 GTCTGGCTTGGCCTGGACGGGCCCAG a score=3848 s danRer3.chr4 4406425 160 + 33808418 gtttgtgtgtgCAGGAATCAGGATTTCTGCCCGCTGGAGGACAAgaggagagaggaagaggatgatgaggaggaggaggaggatgaaggagAGTCCAGGTTTGGCAGGGGAACTGGAAGTGGGCCGTTCAGCAGGGAGGGGAACTGAGGGAGAAAGAAAA s fr1.chrUn 214099326 133 - 349519338 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CCCATCTCTCGGCCACAATC---AGACTGCTCTG--TCTTATACTGTAGGTGAACGTCTGTACCTGAAAGAGTGAGCTGTGTCCCTGTAGTCTGGCGGGGCTGAGGGGGGCCACGGGACTCAGGCTGCTCCAGAAATGAATGGAGGACAGGAGAGGACTGGGCGTCAACAGCAAACCGGAGGGAGTCTAGAGAGGG s fr1.chrUn 214100113 193 - 349519338 CACAACTTCCTTCCTCAATCCAAACACTGCTCCTCTTCCTCACCTGCTGGTG---TTCCATACCTGGAAAAGGGAGCTGTGGCCCTGCAGCCTGGCGGGGCTCAGCGGGGCGACGGGGCTCAAGCTGCTCCAGAAATGGATGCCCGACAACAGGGGACTGTGGGCCAGCAGCAAACCGGTGGGAGTCTGTGACGGG a score=3631 s danRer3.chr4 4417391 188 + 33808418 TCATATTTATTATCATTTGACAGTAACGGAGA-----AACGCC---------GCCAAATGTAGCGAAGTAACAGCAATGATTTTTCTCTAACAATTTACT---TAAAAGTACACATT---------TAAATGTACTCAAAAAGTACTCGTTACCCAATAATTTTACTCAAGTAAATGTAATGAAGTAAATGTAACCCCTTACCACACACCTCTG s fr1.chrUn 100797535 202 - 349519338 TAATGTATATCATTGTATAAGAATTATAGAGAGAAGTAACGGCTCCGGGGTAGCCCAGTGTAGCGTAGCAT---------TTCTTCTTCACAAATCTACCCCATAAAACTAAAAAGTGCAGTGCAGTAAACCTACTCAGAAGTATTTCTTTTTTCAAAGAA---AATCAAGTAAATGTGATGGAGTGAATATAACTCTTTTCTACCCACCTTTG a score=19332 s danRer3.chr4 4417824 788 + 33808418 TTACCTGTGCAGTGAAAAAGGCTGGCGTAAGGGACCCTGAGGGCAGTGCTGGGCTGTTGAGGGCGATGGAGCCCAAGTCACTTCCTGAAAGCAGTATTGAAGGGGCGGAGATTTCCAGCCCTTTGGGTTTCCGGGCTTTCGGAGGCAGTCTGTTGCTACTGGTCCTCCTCTCGAGGGG---------------------------CGAAGCCTGATTCTGGGCTCGCTCCCTGTGGCTGGAAGATAAATTTAAAGGCTGAGCGCTGGGCTCTGATTCGTCTATGCGAGCCTCTGGGCTCTGCCCATGTCGCAG-CGTGTAGACAGGGCTATGGG-AAGGAGAGGGGCTTCGGGAAGAGCACGGGGAGGATTTGGAAGTGAA---GAAGACTTCTCCGGATGAAGGGGGAGGCGAG--GAAGCAAGGGGAATGGCTTTCTCTGATCG--ATTAGTGACGAATCGAATCACCGTTTGTCCCTCCTCCCCTCGCTCGCACCCTCGCTGGTTCTCGACTTTGATTGGACGCAGCAGTGGAGGCGGGTTTTGAAGGGAGCTGACTGTGAAAGACGAGTACAGACCCGAGTGAAGATACTCGTTCCTACAGGCGGGGCTTCGCAGCGAAGACAGCGA-CAGTTTTGGAGACTCCTCCCCCTCGCCGCAGTCTGACTCCACATCCTGTAACATGACGCCCCCTGCGACGTG--------ACCCCCAT----CCCGACCGAGCTCCACTGCTTGGGGATCCATCTTCAGGATATCAGGGAATGAGACGAACTTGTACACAAACTTCTGACCAATCACCTTCTTGATGATGTTCTGTTAAAGAAAG s fr1.chrUn 214101046 794 - 349519338 TTACCTGTGCAGTGAAGAAGGCTGGAGTGAGGGACCCGGACGGGAGGGCCGGGCTGTTGAGGGCGATGGAGCCGATGTCGCTCCCGGCCAGCAGCAGGGATGGGCTGGAGATCTCCAGAGCTTTGGGCTTTTTGTTTTTTGGCGGGAGTTCGTCTCC-TTGGT--TACTACCGAGGGAGCCGCTTCTGTCGCCGCCGCCCCGCTCCGGAGGCTG---CAGGGCCCGTTCCCTGTGCCCCGACGAGAGGTTGAGCGGCTGCGAGCTCAGGTCGGAGTCCTCC------TCCTC----CTCTTCCCGCTGCTCGGCCGTGGGGCTCCAGCTCCGGGCGCTCCGAGAGGCTTTGGGGTGGG-GCGATGACGATGCGGTGCGGAGTCCGGATACCCTGCCGGA-GACGTAGGATTCGGACTTGACTGAGGGAGGCGAGTTCCTCTCGCCGGCGTTTGTGCCGAAGCGGATGACGGAGCGCGGCTCTTCCTGGCGCTCCCGC---------------------AGCGCCCGGAGCAACTCGGGCTGGTTCTGCAGGGAGCTGATGCTGAAGGAGGAGTACAGGCCCGAGTGGAGGTAGTCTTTCCGACA----CTGCTGCGCCCCCAGGGCCGCCAGCCTCCTCTGGGcctcctcgccctcctcttcctcgtcctcctccacctccAGCTCGGAGGCCTCTTCTTCCTGGAGGGGGAATCTTCCTGACGCCAGGCCCATCTCCACCGCCTGGGGGTCCATCTTCAAGATCTCAGGAAAGGAGACGAACTTATAGACGAACTTTTGGCCGATCACCTTCTTGATGATGTTCTGTCAAAGAGAG a score=15430 s danRer3.chr4 4420296 264 + 33808418 TGTAATAGTGAAATGGCAGCTTGTAATAGTAACCTTGTCATAGTAGTAGCGTAGCGCTCGGCTAAGTTTGTCGTAGTTCATGTTGGTCTTGTTTTTGCGCAGGCCCCAGAGTTTGGCGACTTCTTCTGACTTCAGCAGCTTGAACTCGCCGTCGTTGGACGTCCAGCAAATCAGGTGCTTATGGCTCTGATCCAGCAGTAACTGCAGCAGAAACTGCCACAGCGTGATAGCACTCTCCATATCTGCCAGACGAGAGAGGTAAAA s fr1.chrUn 214102170 260 - 349519338 TGCAGGAGGGGGGGGGGGGCTTA----ACTCACCTTGTCGTAGTAGTAGCGCAGGGCTCTGCTCAGCTTGTCGTAGTTCATGTTGGTCTTGTTCTTGCGCAACCCCCACAGCTTGGCCACTTCCTCCGACTTGAGGAGCTTGAACTCCCCGTCTGTGGACGTCCAGCAGATCAGGTGCTTGTGGCTCTGGTCGAGCAGCAGCTGCAGCAGGAACTGCCACAGAGTGATGGCGCTGTCCATACCTGCAGCCCTGGGGAGAAAAAA a score=212 s danRer3.chr4 4420639 116 + 33808418 ttagccccaaatatgac-cccaccaatttctgttt---------------aacggagagaagatattttcaacacatttctaataatatt-------agtctttaataactcatctctaataa--ctgatttttttatctt s fr1.chrUn 316964025 135 - 349519338 GAAGCCTCTAGTTTGCTGCCTGCTAAATGCGATTTTGGATTTCAAAGCAGAACGTCTGGGAGG---TTTTAGCATAGATTTGAAGATTTTATGTGACAGCCTCAAATAA---ATCTCAAATAAATCTGTTTATTTAATTCT a score=3439 s danRer3.chr4 4431273 145 + 33808418 GTTTCCTGCTC-CAACATCCTCTGAGCGGAGCATCTGCGTTAAGCGACCGTAAAACTGTCTATATCAGGACTTCCTCCAATTCTCCTTTGAAGGGC--GTCTTCCTGGGAATGGCCATCCCTAACTGAAAGGTAG--------GAATTCCTGCTGC s fr1.chrUn 214103204 154 - 349519338 GTTTCCGACACTCGCCGTCCCCTGAGTTTACTATCTGCCATGTGAAACTACAAACCTGTCAGAGTCAGGACTTCCTCCAATTCTACTTCCAAGGACAAATGTTGAGGAGAGGGGGGATCCC--ACAGCAGGGGAGCGTTGTCCCAATTCCTGCCAC a score=665 s danRer3.chr4 4431418 82 + 33808418 GGGGAGCAAACACAGGAACGCGGGGACCACACGGACGCAAGGCACAAATGGGAGGTTTCCGCTTCTCCTTTCGTGTTGGCAC s fr1.chrUn 191184370 67 + 349519338 CGGGAATTA--CCAGGAacacaaaca-cacacgcacgcac------------atgtgctcgcatcctctctcgcgcgcgcgc a score=5949 s danRer3.chr4 4437264 208 + 33808418 GCGCTCACAAACCCCTCCACTGTAGCGCC--AGCGGAAACTCGTAATGAGATTAGTTGGTGTGCGCAGACATTACTTCGCCATGACTAAATGCACACTCTTCCTGCGCGCACAGACTCCAGTGGAAAATTCAGGGAGCTCCTACTGAAGAGAGAGGGAGAAAGGAGACTTCTCTCCACGACCACATCTCTCCAGAGAGCCGCAGCTCTTG s fr1.chrUn 214103799 201 - 349519338 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GTAGTTTGTTATTAAAATTTAGTTTCTCTTTTTCTAGACCCTGGACTCTAAGGACCTGAAGATCTCTAAGGTGTCTGCGAATGGCCAAGCTGCAAAGTTTGAACTTGGAGCCAAGCATAAATTTAAGGGATCCCCTTTGGAAATCACCCTGCCTTTTGAACTCTCACGGTACTGATGCAGACTTATTGTTTCTGAAGAGATGTTTGCTTTCTTTCTCAAGCATTTCAGTTTTTTCTGATATGCAATTAATTCACTGCCAATGTGAATGTGCC s fr1.chrUn 214153721 240 + 349519338 GTACATCATAATTGAATCTTACTATTATCTGATTTAGACTTTGGACACAAAAGATCTCAAGATTATCTCTGTGAGTGCACATGGACAAGCGGCGCAGTTTACGATGGGCCCTAAACACAGCTTTAAGGGCACGCCGCTGGATGTCACTCTGCCCTTTGACCTGTCCAGGT---------GACCTGTTCTTCACTCAACAATGCT-------TTTCACAACCACAAC----------------CAGCTAACGGGCTTCTGTTGTGAACCTGTC a score=6737 s danRer3.chr4 4450917 129 + 33808418 AGCGGTCAGCATGTGATTGTGGAGATCGAATATGAGACGTCTCCTACTGCCACTGCTCTTCAATGGTTAACACCCAAACAGACTGCTGGGAAAAAACATCCATACCTTTTCAGCCAATGCCAGGTATTT s fr1.chrUn 214153961 129 + 349519338 AGGGGGCAGCATGTGATCGTGGAGGTGACCTACGAGACGTCTCCGTCGGCGACGGCCCTGCAGTGGCTGACCCCAGAGCAGACGGCTGGGAAGAAGCAGCCGTACCTGTTCAGCCAGTGTCAGGTGTGT a score=4934 s danRer3.chr4 4452376 77 + 33808418 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CAGGGAGATTGGACCCAGATCCAGGGTCTGGTCTGAGAAAGAGTTGGTGGATAAAGCAGCATTTGAATTCTCAGAGGTGA-----------------------TTTCAGGAAGCATCTGCTCAGTGTGAGCGACAA--CAGTCCATCTGTCATC-AGATGAACACT--------------GAAGAACGTTTCTGTGATGCTCCTG--TAGACCGAGACCATGTTGAAGACGGCCGAGGACTTGGTTGGACCATACGTTTGGGGTCAGTACGACATCCTGGTTCTTCCTCCATCATTTCCCTATGGAGGCATGGAGAACCCCTGCCTGACCTTTGCTACGCCAACTCTGTTGGTacgtataca a score=5806 s danRer3.chr4 4455618 226 + 33808418 TTAAATGATCATTGT-------GTCTATTTACAGGCTGGAGACAGATCTCTTGCTGGTGTAAGTCACATGTTTTTTTTTTTACCTAATGCATATTTG-----TTTTAGACCATGTATCTGCTGTATATGCACAATATTTTATTCTTTTTGTTTTTCTGCAGGTCATTGCTCATGAGATTTCCCACAGCTGGACAGGAAACCTGGTGACCAACAGGACTTGGGAGCATTTCTGGTCAGT s fr1.chrUn 214155343 212 + 349519338 TCACATGACCACTGTTGCTTTGGTTCTCTTCCAGGCTGGAGATAAATCTCTGTCCAACGTGAGTCAAAGACCGTC--------------CAGATTTGAAATGTGCTGGATTGTGT-----TTATGGATG-ACAGGAAGCTGGTGTTTGTGCT------CAGGTGATCGCTCATGAGATCTCTCACAGCTGGACGGGGAACTTGGTCACCAATAAGACCTGGGAACACTTCTGGTAAAG a score=567 s danRer3.chr4 4456168 532 + 33808418 tatttaacatttctgtacagagaggttatgttttgatcttct---atcggtgtcatacaatctcgtgatgcgatttagcaggtcagagttcaccaagcttgaactttgcaaactgcaaaacttgtcgcacgagcttgcgtttccagtctgtcgcattcacatg-catatgaatggaactcaatggggtgaagaatgcaatgtgaccacaactTGACTTCTTGTTTGCT------AAACttaataatcaatattatataataatataaCATGCTGGCATATTTTGCTTGAAGTTACTTAATTAAATCTATATAGTATATTGATTCATCTAATTTCCTGTCATCATAC--GTTATA---TGCATTATTTTGTGCGTTTGAAGACTTCTGCATTTTACTAGATGCTTTCACACATTCAGAGAGTGAAAGTTTACAGTTTTTTGTGGTCTTTAAT---TCTAATGGAAATATTGTGTCTAAAATATAACTCGCGCAATACTGACTTCCTCTTTGCTGAACATGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTACAAAATCAACA s fr1.chrUn 152765755 477 + 349519338 TATTTATTTCTTTTGTAAACA-----TCTTTTTCAGTCTCCTCACAATGATGCCACATGGTTTCAAGAG------CAGCAAGCAGGACTTCACC---TTTGGCCCTTGGAAAGTG----------------------------------ACCGCATCCACAAATCATAT-CATGAAGTCCAAAG------ATATTGAAAGGTGACACATTCTTGAAGCTGCAGTTATCCCCAAAAAATCTGTCATTTTAAATAAGGTAGtaattttat---ctattaaataaaaataaaattCCCCTCATTAAATCCTGGTTGTATATT--TTCAATCCATGT--TGACAGCATAGAGGTGAAACAATTAAATACTGTCTACATAAAACAAATTAGGCATTACAGTAAAAAAAATAAAACATT-----AATGAAAAC-----ATTAATTGTGAAGATGAATACCCCGGATGTACTTAT-GTATGTATAATATAAATCATCAAAGAATATATTCCTATTAATTAATCATTTTTTTTGTTTGTTTTTCTTCCCAGATTAGCA a score=6980 s danRer3.chr4 4456849 174 + 33808418 CAGAAATGTTCTGTTTTC----TCTGATATA--------TGAAGCTCTGGCTGAACTCTTTCTCTG----CAGGCTAAATGAAGGTCATACGGTGTATATCGAGAGAATGATAGCCAGGTGTATGGAGGGTGAGCAGCTCAGGCAGTTTAAAGGCATTGGAGGATGGAAAGAACTTCATGAGTCTGTAAG s fr1.chrUn 214155555 190 + 349519338 CAGAGTTTTTCTGTTGAAGAGGTCTGACAAAATCCAGAGTGGTGAACTGACTAGAGCCACTTCCTGTGCCCAGGTTGAATGAAGGTCACACCGTCTACCTGGAGAGGATGATTGGCAGGTGTATGGAGGGGGAACAGTTCAGACAGTTTAAAGCCATGGGAGGCTGGAAGGACCTGCAGGACTCTGTGAG a score=8635 s danRer3.chr4 4458129 211 + 33808418 TCTTCATTTGGTGACGTCTGATTATACCATTCGAAGTCATTGTTATATTGCTTTGTAGGTGAAACAGTTTGGAGCAAATAATGTCCTCACAAACCTGGTCCCAAATCTGCATGAGGTGGACACAGATGAAGCCTTTTCCTCAGTGCCCTATGAGAAGGGATTTGCTCTGCTTTATCATCTGGAGGAACTGATGGGAGGCCCAGGTATAAAC s fr1.chrUn 214155773 196 + 349519338 TCTTCTTTTGG-GGTTCCTGACTGC-----------TCTCTATCATATTTCTT---AGGTGAACACTTTTGGGGTCAACAACCCTTTGACCAACCTGGTGCCCAGTCTGCAGGACGTTGACCCCGATGAGGCCTTCTCCTCTGTGCCTTATGAGAAAGGCTTCGCTCTGCTGTACCACCTGGAGGAGCTGATGGGAGGTCCAGGTAAAACC a score=7547 s danRer3.chr4 4459516 114 + 33808418 TAGAGGTTTTCATGGGATTCGTGAAGTCCTACATTCAGCTGTTTGCCTACGGCAGTGTAACAACAGAGGAATGGAAGAACTATCTGTTCACTTACTTTAAAGACAAGGTGAGAA s fr1.chrUn 214156040 114 + 349519338 TAGAGGTGTTCATGGGCTTTGTGAAGGCCTACATCCAACTGTTTGCATACAGCAGTGTCACGACTGAAGACTGGAAGACATACCTGTTCACCTACTTCAAGGACAAGGTGAGGA a score=4802 s danRer3.chr4 4460378 101 + 33808418 GCTCTTTATCAGGTGGACATCTTGAATAAAGTGGACTGGAATGCATGGATGCACACTCCAGGAATGGCCCCCGTCAGACCACAGTGA---GCACTGGAGCACTT s fr1.chrUn 214156227 104 + 349519338 GTTACCTCCCAGGTAGACATCCTGAACAAGGTGGACTGGAACCTGTGGATGTTCACCCCTGGAATGCCTCCAGTCAGACCTCAGTGAGTGGCTCTCCAGCAGTT a score=5136 s danRer3.chr4 4460536 282 + 33808418 gtgtTTTGAATGATTTCATTAAAACTTGGGCTTTTTGTCTGCAGGTATGACACCACTATGGCGGACGCCTGCACTTCTCTGTGTCAGAAATGGGTGAAGGTGAGACTTTCTCCTGCATCACACTAAATGTTTTTTTT----------ACAGAATACGCTCACCTAACCCTCTCCCTCCTCTGTATATTTTTAGGCAAAGGAAGCTGACCTCGCAAGTTTCACTGAGGCAGATGTGAAGCAATTGAACTCGCCTCAGCTTATTGAGTTTATGGCTTTGCTGCTCCAAGAGGTA s fr1.chrUn 214156357 266 + 349519338 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GACTTACTTCAGTTTATCTTCAGAAAGATGATCGATGTTCAGTGGCTTCTTTCTCTCCGCCAGGATCTTCTTCTTCTTCTCTCTCTCTGTCTGTTTCTTTGCTCCTTTGCGGCCGTCGCCCTACAAGACAGAAAAaagttaattaggcaaggtagggttataaggcaagtcattaatgatggtttgttctgtagacactcgagaaaaaaatgcttaagggaactaataatattgaccttaaaatgatttaaaaaattaagaactgcttttattctagcccaaataaaacaaagaagactttctctagaagaaaaaaacattattggaaatactgtgaaaaatcccttgctctgttaaacatcatttgggaaatatttcaaaaaaagtaagtcacaggagctctaataattttgagttcagctgcatATCA--ATGATTTTCTACTTAATTCAGACCTTCTGCTGGATTCCTCCATACTGGTGTGTCATGTTGGTGAGGGCCTTCTTCTTCTTGGCATCTTCATCGTGTTTCTTCCTCTGTTCCTCTTGCTCTCGCCTCTCTTTTTCTTCCTGTGGAG s fr1.chrUn 242344840 350 + 349519338 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AAACGAATCAAAACAATCATACGTACTGCACTTCCTCCTCCACAACGTCTTCTGTGTCAGCCATGAC----TAGTTGACTCCTG----ATAAAAACAAAGCAGTTTAGTTATAACGGGACTTTATACATG----CATCTGAACAATTCAGTCATTATCCACTTATTTCAGCATGTACAGTTAAAGCCAAAATTATCCTGtttattttttcaaatatttcc----caaatgaggttaaatggagcaagaaatgtttcagagtacttctagaatattttttttct-----tctgtagaaagtcttatttgttttatttcggctagaataaaagcagtttttatctttttaaaccattttaaggtcaatattagtagcccccttaagcaatatgttatgcg s fr1.chrUn 242346240 368 + 349519338 AAATGTATACAAATA--TGTACGTACTCCAC---CTCCTCCACAACTTCCTCTGTGTCAGACATTTTGATGCAGATGAGCTCTGTAAAATGGAACCCTATTAGTCTATTTATAGCTCAGCAAAAAATATGACATCATTAAAAATAATGAAATATTTCTCAC---------------AAGTTA-----TAAATAGTAATGCATTTTAGTCAAACTATATACAGTATAAAAGCCATTAAATATCACAGAAGGTATTG-ATAATATTTACATACAAGTCCTTCATTCAAGGTTCATTATAATCCTTTTTTTTTTAAATTAAAACACATTAAATCCTTTTGTCATCATTTGAATCAGAGTTGTGTTCAAGTGCATTAG----TTTAAGATGTAAGTTGTGTG a score=2295 s danRer3.chr4 4620917 151 + 33808418 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GACCGACCTTCAGAGAGGAGCCTCGGGGGCTGACGCACTTGAAGGG---TCTGtcctccccgtccacgttgtcctccaccttctgcctcttctccgccgcctccgctctcctcctctcgatctcctccttcatcttcctcttctcctcctGAGAACAAGTGTTACAGAAAACATGTCT a score=1168 s danRer3.chr4 4651448 377 + 33808418 cgcataacatattgcttaagggggctactaatattgaccttaaaatggtttaaaaagataaaaactgcttttattctagccgaaataaaacaaataagactttctacaga-----agaaaaaaaatattctagaagtactctgaaacatttcttgctccatttaacctcatttg----ggaaatatttgaaaaaataaaCAGGATAATTTTGGCTTTAACTGTACATGCTGAAATAAGTGGATAATGACTGAATTGTTCAGATG----CATGTATAAAGTCCCGTTATAACTAAACTGCTTTGTTTTTAT----CAGGAGTCAACTA----GTCATGGCTGACACAGAAGACGTTGTGGAGGAGGAAGTGCAGTACGTATGATTGTTTTGATTCGTTT s fr1.chrUn 107172730 368 - 349519338 CACACAACTTACATCTTAAA----CTAATGCACTTGAACACAACTCTGATTCAAATGATGACAAAAGGATTTAATGTGTTTTAATTTAAAAAAAAAAGGATTATAATGAACCTTGAATGAAGGACTTGTATGTAAATATTAT-CAATACCTTCTGTGATATTTAATGGCTTTTATACTGTATATAGTTTGACTAAAATGCATTACTATTTA-----TAACTT---------------GTGAGAAATATTTCATTATTTTTAATGATGTCATATTTTTTGCTGAGCTATAAATAGACTAATAGGGTTCCATTTTACAGAGCTCATCTGCATCAAAATGTCTGACACAGAGGAAGTTGTGGAGGAG---GTGGAGTACGTACA--TATTTGTATACATTT a score=1295 s danRer3.chr4 4655421 101 + 33808418 CTGGAAATGCCAATCAGGTTACAAAGTGTAGGATTTTGAACATCTATAGCGTTATATTCTCTATTTGAAGTATCTCACTTCTGATTTTGTGCGCAATTTTA s fr1.chrUn 232293760 101 + 349519338 CTGCAAATCAACTTCAGGTTTCAGGGTTTAGGACTTAAAACAGACGTGCTGCTTTTTTAGACTTTTGGAAATGGCCTCCTCTGATTATTAGCATCAATATA a score=3291 s danRer3.chr4 4658395 389 + 33808418 tcttatgccttcagtggttcaatcgaaat-agtatcaagctatgagaatacttatatatgtgcagataaaaCTCAAATAATTCTTTATTCGACAGTAATTAATCGCATAATTACGTATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAATATGGCTTAAATCATTCTCATTGT--CTAATTAT---TATCAGCTTTTATGTATT-------TTTTTTATCCTCAGATGAGACAAAACCAAAGCCAAAGTA--TGTCCTGCATTTATATTATTGCTTTTCAAATTAATTGCATTATTGTTTGCATGTTT-TCATTATGAAATCTGTCCTCGATGATTATTTTAGATTCATGCCCAATATCTCGGCTCCAAAGATTCCTGAGGGAGATAAAGTGGATTTTGATGTGAGTAATGTG s fr1.chrUn 107173169 386 - 349519338 TTTTGTGCATCCTGCTGTTGTTCTGAAGGGAGGGAGAAGGTAAGACGGGTCTTCTTTATGTGTGTTTGCA--CCAATCAGCCTTTAATTTCAGAACATTTCACTAATTAATT---CACCTTTGTGACGATCAGCTCAAGAAGAGGTGACGGGTGAGTATTGTTGTATCTATTTAAAAATGTCTACTTCTACATCTTAATCATGCTTTTCATTC-CAGATGAGTCAAAGCCCAAACAAAAGTAAGTGTCTGGCGTGGGT-TTCTTCCCTTTAAAGTCAGTAAGA-----AGCTGAACCTTCATGAACACGAACTCT-TCCTC------CTCCTCAGGTTCATGCCCAACATCAGTGCGCCGAAGATACCCGACGGGGAAAAAGTCGACTTTGACGTGAGTCGTCTG a score=118 s danRer3.chr4 4658787 112 + 33808418 TGAGTTTTGATGTTTGGTGTTAAAACACACCGCTATTTGTG-----TTTTAGTTATGGAAGGTGATTGAGGTCAAAAGAAATGATGAAATTTG-ATCATGTCAACACACAAATTTGAC s fr1.chrUn 101692105 116 + 349519338 TGAATCACGACCTCGAACCATGAATGAAAGTGTGGTTTATGAATTTTCTGCCTCATGTCTGGTA--CAATGGCAGAAGAAATGATGATGCTCGAACCACCTTAGCATAAAAAAACATC a score=6827 s danRer3.chr4 4664192 128 + 33808418 ACAGGACATCCACAGAAAGCGTCAGGAGAAGGATTTATCTGAGCTTCAGTCTCTGATCGAGGCTCATTTCATCCAGAGGAAGAAAGATGAAGAAGAACTGATCGCGCTGGTCAACAGAATCGTAAGTC s fr1.chrUn 237849161 128 + 349519338 ACAGGACATCCAGAAGAAACGTCAGAACAAGGATCTGATCGAGCTCCAGGCCCTGATCGATGCTCACTTCGAGTGCAGGAAGAAGGAGGAGGAGGAACTGATTGCCCTGAAAGACAGGATCGTGAGTC a score=11846 s danRer3.chr4 4666723 582 + 33808418 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TTTACAGATCACTCAGCTTCTGGCTCGAGTCCGAGACCACCAGAGGTAAGT s fr1.chrUn 107174792 51 - 349519338 TTTGCAGATTAATCAGCTGCTTGCTCGTGTTAAAGATCACCAGAAGTAAGT a score=3291 s danRer3.chr4 4684865 389 + 33808418 tcttatgccttcagtggttcaatcgaaat-agtatcaagctatgagaatacttatatatgtgcagataaaaCTCAAATAATTCTTTATTCGACAGTAATTAATCGCATAATTACGTATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAATATGGCTTAAATCATTCTCATTGT--CTAATTAT---TATCAGCTTTTATGTATT-------TTTTTTATCCTCAGATGAGACAAAACCAAAGCCAAAGTA--TGTCCTGCATTTATATTATTGCTTTTCAAATTAATTGCATTATTGTTTGCATGTTT-TCATTATGAAATCTGTCCTCGATGATTATTTTAGATTCATGCCCAATATCTCGGCTCCAAAGATTCCTGAGGGAGATAAAGTGGATTTTGATGTGAGTAATGTG s fr1.chrUn 107173169 386 - 349519338 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GCATCTGTGTGTAACAGGACATCCACAGAAAGCGTCAGGAGAAGGATTTATCTGAGCTTCAGTCTCTGATCGAGGCTCATTTCATCCAGAGGAAGAAAGATGAAGAAGAACTGATCGCGCTGGTCAACAGAATCGTAA----------GTCCAGCTTAATCTGGGAAAACACTTACT------------TTTCAGGACCCTTTGTGTGAAGAACCATGTGTGGTT----ACTTCACTGACATTGATTGCAATATAATTTTACAAAAGAATAAAGTACAAAAGAAAAGGGATTTTcccaattagcatttctgtgtggagtttgcatgttctccctgtgttggtgtgggtttcctccgggtgctccggtttcccccacagtccaaaggcatgtggtataggtgaatgggatgaact-----aaagtgagtatttctgtcatggattg--tgatgtgtgtctctgttttgtgcaggagaagcggcgcggcgagagggcAGAGCAGCAGAGAATCCGTGCAGAGAAAGAGAAGGAGAGACAGGCCCGTCTGGCCGTGAGTGACACTTCCTTCAGCCAATAGCAAGCAGACATTCTTGTGGGCTAGAAGAGAAATGACAG s fr1.chrUn 107173595 525 - 349519338 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CTCCACAGGAAGAAAAAGAGAGGCGAGAGCAAGAGGAACAGAGGAAGAAACACGATGAAGATGCCAAGAAGAAGAAGGCCCTCACCAACATGACACACCAGTATGGAGGAATCCAGCAGAAGGTCTGAATTAAGTAGAAAATCAT--TGATatgcagctgaactcaaaattattagagctcctgtgacttactttttttgaaatatttcccaaatgatgtttaacagagcaagggatttttcacagtatttccaataatgtttttttcttctagagaaagtcttctttgttttatttgggctagaataaaagcagttcttaattttttaaatcattttaaggtcaatattattagttcccttaagcatttttttctcgagtgtctacagaacaaaccatcattaatgacttgccttataaccctaccttgcctaattaacttTTTTCTGTCTTGTAGGGCGACGGCCGCAAAGGAGCAAAGAAACAGACAGAGAGAGAGAAGAAGAAGAAGATCCTGGCGGAGAGAAAGAAGCCACTGAACATCGATCATCTTTCTGAAGATAAACTGAAGTAAGTC s fr1.chrUn 107174148 350 - 349519338 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TTTACAGATCACTCAGCTTCTGGCTCGAGTCCGAGACCACCAGAGGTAAGT s fr1.chrUn 107174792 51 - 349519338 TTTGCAGATTAATCAGCTGCTTGCTCGTGTTAAAGATCACCAGAAGTAAGT a score=3676 s danRer3.chr4 4697552 72 + 33808418 TTATTTTTCTCCCTCCGCAGTGCCAAAGGTCGTGGCAAGGGCAAGGTTGGCGGCAGGCTGAGGTAAACGCAC s fr1.chrUn 107174994 72 - 349519338 TTTTCCTCGTCTCCCTTTAGTGCCAAAGGTCGGGGCAAGGGCAAAATGGCTGGCCGGCTGAGGTGAACAGAC a score=-262 s danRer3.chr4 4697648 140 + 33808418 CCAGAAGACTTTA-------------------------TCTGCTTCATCACAtacagttgaagtcagagttattagccctcctgaattatt--tccttcccccctgtatatttttgatttgccccaatttctgtttaacagagagattttatttttaaacataatag s fr1.chrUn 166365359 152 - 349519338 GCAGACACCTTTGGGGGGAAATTGGAGTAATTAAACATTTTGCTTCACTGGAT---GTTGAAGCTGTATTAATAA-----TATGAAACATTGATCATTAAAAACAAAATGTAGTTGGTCTGAGTGGATTTCT-------AAACATAATTTATTTTAAAGCGTTAAAG a score=266 s danRer3.chr4 4770684 117 + 33808418 GAAAAATTACAGTGTcttattttccttattttccttattttccCACTATCCCCTTAAAATAAAATAAGTTCAAATGTATG-AATTATAAACAAACATATCCTCTAAACaaaataataa s fr1.chrUn 76062975 110 - 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aataaaataCAAGAATTAAAAGAAATTGTTAAACAGTATAATAATAAATGAGCAAGTTTACGATACAAGCaaa---------ataaata---aaaaataaataaataaaataaataaaatTATAATAATAACAATTGAAAAAAATAGTAATTAAAAGTTCACATTAAGGAGTCAATATTTTCTCTTTTCAATTAA--TTActgttt--------attagatctgata-----tcaactaaacaaggtaagcctttgatatagtctaaaacagggttccaggtcttgtaaaaagatttgagagatcctgcaagtaaacatcttaatttttcaagttttatgtaactaaaaatttctcggatccacatgtcatgtgatggaggaatcacc-tgtttccatttgataagaatggctcgtctagctagaagagtagaaaaggcaataacttggcgagatgcaacagtcaggtcaactatctctgaaataccaaaaagcgctgtcaaggggttagggtctagatttatgttagtagatttattgagtgtgtcaaaaacactggaccagaaattttttaattgagggcaactccagaacatATGAAGATGGTTGGCCGGAGACTGCTTACAACGATGACAGGCATCACTTCTATCAGGGAAAAATCTGGCTAATTTGGCATTGGTTAAATGAGCTCTATGGAGTACCTTACACTGCATTAGGCCATGTCTGGCGCATATGGAAGAAGAGTGGACCATCTTTAAAATATCCTCCCATTGTTCTTCCGTAATATCAATGCCAAGGTCATTTTCCCAAGATTCTTTGAGAGACACTATAGGATTTTCATTTAGTGTACTTATTAAATTATAAATTGCTGATATTAAATGTTTCTGACCCGTATCTAAACTGACAAAATAATCAAGATGGTGTTCAGGAGGGCGGTTAGGAAAGTGGGGAAACAATTTCTTAACAAAGTGTCTGACCTGAAAGAAGCGAAACAAGTGACTGTTGGGGAGATTGTATTTAGTGGATAGGAATGAAAAAGATGTAAATACCCCGTCTTCATATAAATCCTTTACCTCAATGAGTCCATTAGCTGCCCAAATGCGAAAAGTGTTATCAGAACAAGATGGTGAGAAAAATTTATTGTTCAAAATAGGTGTATGGATAGATGTTTTATGTAAGCCGTAATGTTTTCTGAATTGAACCCAAATTTTTATAGAGTTAGTGACTACCAAGTTAGTTGAAATTCCGCTGATAATTAATGGAAGCTGGGAGCTGATAACAGAGTGCAGAGTGCCTTTTGTTGACACTATCTCTGAGTGAACCCAGGGGGCACAATTGT---CAGCTGGAGGAGGATTCTTCCAGTAGAGAATCTTATTaatattacaagcccagtagtattgttggaagttgggaagtgcaagtcctcctttggatttaggaagttggagaactgatttcttgaggcgtgcaggcttgttgccccagataaatgaacgtaaaataccatccaaattagtaaaaaaagatttcttaatgagaattggaacatgttgaaaaagatagagaaatttaggtaaaataaccttttttactaaattaatacggcctacaagggacaaaggtagtgatgaccatttagaaaagtgtaatttgattttaacaatcactggttggaaattattaataaataagttattgaatgagttggtaaagaaaattccaaggtatttgaacccacttatagctattttaaaaggaaaatgtgagtatgagatcttactcgcttcagagttgacaaaaaatagttcacttttctgtaaatttatttttataacctgagaggtgactgaatttatctagaatgtccaaaatcactggtagggaggtggccggattagaaatgtaaagtaagagattgtcagcatagaatgagagtttatgtactaagccatatcgtgatattccctcaaaaccattatggctacggagccatatagctagaggctctatagcaaggttaaaaagtaagggggaaaggggacagtcctgtcgtgttccacgttgaaggaaaaaaaggggtgaatttaatccattagtgtaaactgacgcaactggtgatgaatagagtaacttaatccaagagataaagttagcatcaaacccaaacttctctaaaataaaatataaataagcccattccactctgtcaaatgccttttcagcatctaatgacaaaattatttctggtgaatcagaaggaggtgaaaaaagaatattaagaagtctcctagtattaaagaatgagtgtctcattggtataaagcctgtctggtctagacatattaaagatggtagtatagattggagacggcatgacaatactttagccaaaattttaaaatccacattaagcagtgatactggcctataactgctacagttggtggggtctttatcttttttaagaagcaatgatattgaagcttcgcataaagtgggtgggaggtggccttctttaaatgaatcgttatataaccttgctaagactggggttagtgaggaggcaaatgacttataaaactcggctgtgaagccgtccggacctggcgatttaccagattgcatagatttaattgcctcttgtatctctacctcagtgataggactgcctaaattaatagaaagagtttcgtcaattttcggaaaagttaaggcattgaggga 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atcccagcttgtaaagttcgaggaattttctgacatatataatgttttatagtaatctaaaaatacagagttaatccctttatgatctgatgtcaattcacctgttggcgctttgacttttgaaatccaccttgaggcataaatcgtgcgggcttggtgagccaaaagcttaccggctttgtccccatgttcaaagaaacgttgcttgctttgtctaagttgtcttgctattgtatttgtcagtaaaagattatgttctgcatgtaactgtactcgtttattataaagggaaggggagggggaagaggcatataatatatctaatttgtgaagatcatctgtgattgaagacaatctggaagtttcagttttcttcaagtgagatataaaagaaataatctgcccccgcatataggctttaaaagcttcccaaatagttagactactgatatctggggtctgattaagttcaaaatacaaattaattttcgaagctacaaagtttttaaaattgtcatctgataatctggaagagtctaatctccagattggggatgtaagtctgttagggactaaaactacatctatggatacaggggaatggtcggaaattactattgcatgataggtacatgccttgacgcagtttaacagtttattatcaagaagaaagaaatcaatccttgagaatgtatgatgcacatgtgagaaaaaaagagtagattttatcctgaggatgtttgtgtctccaagggtcagagatacccaactgagaactatagtctgccactatttttgccgacttggataaaactaattgcttagaagaggatctatccaacacaatatcttgaaccaggttaaaatcccccccaataagtatatggtggtcagccacattcggaagaatagaaaaaatttttacaaaaaagttgtcgtcatcccaattgggagcatagactgaggccaaaatgattgggacattgtttagcttgccttggactattacaaaacgaccatttggatctgaaattatatgcgactcttcaaacataacctttctatgcattataatagctgccccacgagctctttgagaaaatttggaatggtaaaaattacccatccagggtctcttaattcgtgtcaaatcagaagattttaaatgtgtttcttgtagaaacataatgtcagcctttagttgctttaaatgtaataaaaccttgccagccttgaccctattattaattcctttgacattccagGAGATTAGACGCATCTCATTGCCATTCACTGTAGTTACACTAGCCATTTC--CTGAGATCCTGATTTTGACAGACTCCATGTTGAAATAAAACATTAAAAAGTTAACAAAGAAACCAGAAAAAAAAGCAAGAAAGtaaaataaataaataattgaaataaatataaaatattCCCCATAGAAAAAACCTAATTGAGCATTCAGGCTCCACATCATAAACCACTTCTACCTTTCTAGGTTAGGTACTCCCGCTTTTTTTATATTAAATTTACGTAAGTTAGCAGCTATGTTACAGAACAAAAATAATCTGAAACCTTACTTTCAAATGTCAAGTGAATGGAAAAAATACAAAAAATGTAGAGAACCATCTAAATATCTTTAGAAACATCTAAAAAACAAAATAAACAAGTAACAATAGAATACTATGTATCATCTATTCAATCAATTGTTGTAAAATAGCAAAAACCAAATATCGATAGATGATCAAATAAGGCACTTAAACAGACCTCTATTA-TTTGCATTCTCTTACAATGGTAATCAAT-----ACAGTGAACAAACCATGATGCACATTGCACATAACAAAAATA------AAC--------AATGCTGTGACCGTTCTGATAAGAAAAAAGGAAACTCAAAA--TGATACTATTGTAATAACGGATAAAAAAAGTT------------CCTCATCTTGATAATGTATT------GCAATAAATTGTCTGCTGCAAAAATTCAGTTCAGTTTCTCAGTTTTATCAAAAATGTTCGAAAGGAAG--TAAAATATAAAATAAACAAATAATGATAATGTCAATAAATGGTCAGCATAACTAAACATCGTATGTGCAACACTTAACATCTGTATTGTACCTGATCGTAGCGTTCTTAGAAAACAGCGCGTTTGAGAGTGCACGCAGCCAACTGTGC--GTCAGGTATTTTGAGCTACTTCAGGGAGGAGAGGCAGACCGGATAGAACGTAAATATTCCTCAGTTTCAGACACCGATGTAAACGATCTTCGACTCCCGTCTTTGGCTGTAATGGACAGTCTCGCAGGGAAAAGCAAAGCTGGTTTGAGCCCCAAATTGTACAACTCCCCCATCACCCGTCGGTATTTAGAGCGTTGTGCCATCACCTCAGGTGCATAGTCCTCATATATGGCAATTGGGTGGCCTTGAAACATCAGCTTCCCTCTTTTGGTTCTCGCTTCACGGATTATCATTTCCTTTTGCTGATAACGGTGTAACCGGATGATGACCGCGCGTGGCTTTTCACCGGCCGCAGGTTTGTTGACGAGAGCCCTGTGGGCTCGGTCAATCTCCGGTGGAGAAGAAAGAACATCTTTTCCCAGAGTATCAAATAGAAGTTGTGAGAAGAAGGTATAGGGTCGCGGTCCCTCCATCGCTTCTGGTAGGCCGATAATGCGGATGTTATTTCGGCGGCTCCGTGATTCAAGATCGGTGACTTTCGCGAGCAGCTTAGCGTTACTGTCGGACAGGGCGGCGCAGGTCGCTTCCAGCGTTAGCATGCGCTCGTCAACAGCGTTAGCATTAGATTCAAGAGAAGCAATCTTAGAAGAATGTTCTGTTACCGCAACTTGAACGCAGTCGATTTTTGACTCGAGTGAGGATATGGTAGACTTAAATTCGGCTGATAAGGCCTGGCGGTGTTCC--TCCAACAGCTTCGCAATCTCCGCCATTTTGAGCTCGCTGGAGACGTTGTCAGCAAAGTCCGTTTTGGTGTCTTTTTTAGTTTGT---------TTACTCG--ATTTTGAGGTCATGT--TGACACTAAAA--TGTAAACTACGTCGTTGTGGTCAG--GTTTATAGACAATATTATGTACAAAGT---GGCTGCAAAATCACAGCAATAGCGGGAGCTACGCGTAGACACGTCTACTC--CATCTGCTGTCCGACGTCGTCTCCCTGAA s fr1.chrUn 273791337 2972 + 349519338 ATCCCAA-TCGCATAG-----AGAGGTTTCGGAAGAGTACAGTTTAGCGTAGTAATCCACAAATGCATTATTAATGGCGATAGGATTGGACGTGATGTTGTCAGGGGCTGACCTGATCCGAGGAATAAGTCTAGAAGCGGCCTCAGTTCGTGCTTGGTAAGCCAGGAGTTTGCCTGCTTTATCACCTTGCTCGAAAAAGCGCTGTTTAGTGTGTAAAAGTTGTTTCTCAATCCGACCGGAGGTTAACAAGTTATATTGTGACTGGAGCTGTACTCGTTTTTTATATAGCACATCTGAGGGGTTAACTGAATACTGGGCATCTAACAGTTGTATTTCATCTGATATTTGTTTCAATTTGGTGCGCTCCTCCCTCCTAAAGCCAGAGATGAAAGAAATAATTTGACCACGCAAATAAGCTTTAAGAGTCTCCCAAAGCACACCACTACCAATATCCGGCGTATCATTGGTATCGAAGAAGAGCTGAATCTGATTAGTTAGATAGTCTTTGAATTTTGGTTCGGATAATAGGTGGGAGTTGAATCTCCAGGGCTTCGTAGGCAATTTGTCTTGAGAGAGATTAATATTTAAAGTGATCGGAGAGTGATCAGAAATTACTATGCTGTGGTACTCACACGATTGTATGTTGTCTAATAATCTATTATCGAGTAAGAAAAAGTCAATCCGAGAGTAAGACCTGTGAACATGCGAGAAGAAA-GAGAAAGCTTTCGTGTGAGGGTACATAGTTCTCCATGGATCAGATAGGCCTAATTGGTCTGCGTGAAACTTTAACATACTGGTTGCTTTAGACAGGCTGGACTGGCTGGTGGAAGATCTATCGAGGTCAAGGTCCTGGACCTGGTTAAAGTCACCTCCAATTATTATGTGATGATCTGCAGCATTTGGGATGTTTGAAAAGATTTTGGACATAAATTTGTCGTCGTCCCATGTTGGAGCATATATTGAGGCCAGGACCACAGGAGTATTTTGTAATTTGCCCTGTACTATGACATAGCGCCCATCTGGGTCGGAAACAACAGAGGAAGATTCAAAGGCAACGTCTTTGTGTACAATAATGGCTGCACCCCTCGCCCTCTCAGAGAACCTAGAGTGAAAAAGGTGACCCATCCAAGGTTTCTTAATGCGAGAGAATTCCAATTTGCGCAGGTGTGTCTCCTGCAGGAAAAATAGGTCCCCTTTAAGATCTTGCAAGTGAGATATTACCTTATTGGCTTTGACATTATTATTCATCCCCTTGACATTCCAGGAGATGAGGCGAATACTCTTATCGTTCATCG-----ACATTGTCTGGTCCTGCTGTCATTCTGCT-------GAGCCCATGGGGAGAGGGGAGGGGGGGAGGGGGAGaaaaaga--agaaaaaaaaaaaagaag--aaaaaaaaGGGGGGGGAAACATACACAAAAACCAATCCTTGTAGGAATAC------------------------------AACAATGAGTATCTTCC------AGATACAATTGCTTTCTAACTATCCCATTCCCATTGGTCAAAAAC-ATATTGCCCAAC-----------------TCCTCTCCAAGTAATAAG-GACAGGAGAGCAT-CAACAAAGATGGAGCACAA----AGCATTTTGCCTAAACTTGGGTCTAAAAACTAGGCCACAAAC--CAGGAGGATATATAACACCT-----------TCTTACAAAGCAGCCCTA-TTGAGTAACAATATGCATACAAACAGTATATAGTGGTAAAGCTGCATGAATCTAAATTAACCCGCAGTGTAAAGAAAGGGGAAAAAAGGAGTAAAAAAGAATGCTGGTATGGTGTTACACCATTGCCTGAGAACCTCTTCCTAATGTTGTTAGCAATGTTATAGTAAAACAGAAATCTTAACACATGAGGCATCAGAAGGAACATTGAAAGAAAAGCGGGCCTATCAGGCCCCAACTTTATAATGGAACTTGGGAGCAAAGAATT---------AAAACATTACCATCATGAATGTCTACCATTATAAACTTCCAAAGGGAAAATCTGAATATAAATTA------------------CAACAGGTGCCTCA------TACACATTATA---AAGATGCTTAAC--------TGGATGTAAAC--AGAGTCCATGGACAAAATC------------------AGCCACCTTTGTCAGTTAAGTATTT--------------------GTGCAGTTGGAATTGCAC------AGTCCGCAG--------------------GATCCTT--TCCCCGTTGTTTGTGGTGATGTACAGCTTCGCAGGGTAGCGAAGACTGGGTTTCAGGCCACGCTTGTAGAGGAGGGCCATGACTTCTCGGTATGCAGCCCGTTGTGCCATCACCTCGGGGGAGAAGTCCTCGAAGATTGCCACGGGGCTCTCCAGATATCGCAGGTCGGACCTCCTCTTGCGGGCTTCACGGAGGACCCTCTCTTTGGTTTGGTAGTCGTGGAATCGGATGATGACCGGCCGTGGTCTCTCGCCTTGTTTAGGTTTTGGGGCCAGGGATCTGTGAGCACGGTCCAGTACAGGTGGTTTCGGCAGTGTCTCCTCACCCAGCAGTTGGGACAGCAATGCGGAGAAAAAATCGGTCGGTCGAGGGCCTTCAATCGATTCAGGAAGTCCTATAATACGGACATTGTTGCGGCGGCTGCGAGCCTCGAGGTCTGCTGTTTTGGCTTTTAGCTTCTCGTTAGCCGCGGTTAGCTCCGCGCACGTAGCTTCAAGGCCGAGCAGGCGGCCATCCACCGAGTCCGCGTTGGCC-----------------------GTGACTAGACACGGTGGTTTGGATGAGGTCGATTTTGGCCTCAAGCGCCGTGAAGGCTGTCTTGAACTCCGCGGCTAAATC--GGCCTTGTGCCGGTCTAGGAGGCTTGTTAGCGTGGCCATGCTAAACTCGTTAG---CAGTCGCGGCGTCGGGAGGCGCGGAGTCTTTTTTATTTTGTTTTGCACTCTTACTTGTCATTTCAAAG-CGTGTCGTGACGTTGCGATCTCTCTACGATGTTGTTCCGGGCGGTAGCGGGTGGAGAGGGGGCTAGAAAAAGTGAAGGTCGAAAAAAGTTTGGGAGAGCGGGAG--------AGAAGCGTCTACTCCGCGTCCGCCAT-CGACGTCATTCTCTTTAA 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danRer3.chr4 4813243 244 + 33808418 TGCATATCAGAAAAAACTGAAATGCTTGAGAAAGAAAACAAACATCTCTTCAGAAACAATAAGTCTGCATCAGTACCGTGAGAGTTCAAAAGGCAGGGTGATTTCCAAAGGGGATCCCTTAAATTTATGCTTGGCTCCAAGTTCAAACTTTGCAGCTTGGCCATTCGCAGACACCTTAGAGATCTTCAGGTCCTTAGAGTCCAGGGTCTAGAAAAAGAGAAACTGAATTTTAATAACAAGCTAC s fr1.chrUn 135365383 234 - 349519338 TTCACAACAGAAGCCCGTTAGCTGGTTGTGGTTGTGAA-AAGCATTGTTGAGTGAAGAACAGGTC---------ACCTGGACAGGTCAAAGGGCAGAGTGACATCCAGCGGCGTGCCCTTAAAGCTGTGTTTAGGGCCCATCGTAAACTGCGCCGCTTGTCCATGTGCACTCACAGAGATAATCTTGAGATCTTTTGTGTCCAAAGTCTAAATCAGATAATAGTAAGATTCAATTATGATGTAC a score=5496 s danRer3.chr4 4816347 144 + 33808418 TACCAGAGAAGAGAATTTATCCTCCAGGACCTCCACAGTCAGGGCGACTTTCCCTTTGAGCACATGCCTGTCAAAGTCGACATGGTAAATGAGGTTTAAGTGCTTGGTAGAGCACTTGGAGAGCGAGGAGAAGGAGCTAGGGTC s fr1.chrUn 135366055 144 - 349519338 TACCAGCGCGGTGAAGCGGTCCTGCAGAGCCTCCACGGTCAGCGCCACCCGGCCCCGGATCACGCGGCTGTCGAAGTCCACGTGCAGCGTCAAGTTAAGGTGTTTGGTGACACACCTGTTGAACGAGGAGAAAGAGCACGGGTC a score=1111 s danRer3.chr4 4820960 171 + 33808418 TATAGCCTATGCtgagtgtgtgtgtatgtgtgtgtgcgtccgcatccgcgtgtgtgctcgtgtTCCTGAATGTCGGATGGTGGCTAGAGGAGGAAAAGCGTGTTTACACAGACGGGCCGAGCGCCTGGGGAATCGCGCACGGCGAGAGGAAGTGAGCCGGCTCGCTGTCTG s fr1.chrUn 158333732 132 - 349519338 TGCACCCTTCTATCATTTtgcgtgcatgtgtgtgtacgt--------gtgtgtgtgtgtgtat----------------gtgtgtAGGAAAAGGAAACCCTCTTTGCTCTGCAGGAAGAAGTG---------------ACGTCAATGTGGATCGGGTCAACCCGCTAGGCG a score=2395 s danRer3.chr4 4821154 138 + 33808418 gagagagagagagagagaaagagtgagtgagtgagagagag---------------agagaAAACAGT---CGGGATCCCATTACAGTCCGACTGAGAGCTGCCGAGACGGCCGACAGCAT------------------GGAAAAACAGCG------------CATTATACGGAATTCTTATTAAT s fr1.chrUn 158333900 186 - 349519338 gagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagTCGCGACACTGCGCCAGAGGAGGAAGTGCGCGGGTTCTCCGTCTGCGCGTCCTGACTTCCTCCGAGGCAGCGGACAGAACCCCCTTCAGACGGCGGCGGCAGCAGCAACGACATGGAGCCCCCGTCGTAAGGAACTCGCACTGCT a score=3721 s danRer3.chr4 4821438 405 + 33808418 ACTTGATATCCAGAA--AAAAAGAATGAAGCTTCCCTTATGCGGGAGTGTTTACAAGTGATGTTTAACACTTTGGGGT----AACTGAATGGATCTGTTTTAGCGATAACAAACACCTCAAGTGTCCACCGTTCCCGTTACTCACGCGCAATTTACGCACGGTTTACGCACGACTGGGGAAAGTTTGAATA-----CCTGTTGAGCTCACGATTTGGCGATGCGCGTTTCTAACATTTTCCTGGTCGCACATTCGGTGCTAGAAAGGCTCGAATTTGGCTACTGCCACTTTAAACGCACTA--GTAGAGTTTCTGGTTTGTCTGGAAACAGCAGCAGACTAATTGCCATGCGCTTCCGGATTGAAACTGGCAGCAGACAGCATCTTGAAAATGAGTCATTGGGGCAAACAAAGAAACT s fr1.chrUn 158334203 369 - 349519338 ACCAAAGATTCAAAAGTAAAATCATCTAATCTTTGCTTTTTGGGGA---------ACTGGTATCTT-CGCCTTGCAGCCGTCAATTGGAAAAACTGGTTTTGACTG-------CGCGTAAAGCGGA----------GTAACATGTGCGTAAAAGTCGCTAAAACCGTGCGTAAAATCTGAAGCCATGAATATGCTTCTTCTTGAGCACACGG---------GCGCGCAGAAAATAGGTTAGTGCAC---CAGCTCGTGTGGAAAAAG-------TGAGTCGCGGCTCCTTTAAAAACATCATCGTGGACTTAGTGGTTTGTCTGGACTTCGCAGT---TTAATTGCCATGTGCTTCCGGATTGAAGCTGGCAGAAGACAACGTTTTAAAAATGACTCAGTGGTACAAAACAAAGAACT a score=5857 s danRer3.chr4 4825692 208 + 33808418 CAAGAGCTGCGGCTCTCTGGAGAGATGTGGTCGTGGAGAGAAGTCTCCTTTCTCCCTCTCTCTTCAGCAGGAGCTCCCTGAATTTTCCACTGGAGTCTGTGCGCGCAGGAAGAGTGTGCATTTAGTCATGGCGAAGTAATGTCTGCGCACACCAACTAATCTCATTACGAGTTTCCGCT--GGCGCTACAGTGGAGGGGTTTGTGAGCGC s fr1.chrUn 135415338 201 + 349519338 CAACAGCCTCGGTTTTTAAAGAAAACCCTGCTGTGTAGAGTTTGTTCAAAGATGCGTTTCTTAT----GGGGCCATGTTGAATTTTCCAC---AGTCTGTGAAC--AGGAAGAGAGCAGATTTAGTCATGGCTAAGTAATGTCTGCACACACCATCTAATCTCATTAGGAGTTTCCGTTCAGCCAACACACAGCCCGGCTTTGTGCGCGC a score=4241 s danRer3.chr4 4832079 183 + 33808418 GTGCCAACACGAAAGGAGAAGCGGAAACCTCCCATTTGTGCCTTGCGTCCGTGTGGTCCCCGCGTTCCTGTGTTTGCTCCCCGCAGCAGGAATTCCTACCTTTCAGTTAGGGATGGCCATTC-CCAGGAAGACGCCCTTCAAAGGAGAATTGGAGGAAGTCCTGATATAGACA--------GTTTTACGGTC s fr1.chrUn 158334901 176 - 349519338 gcgcgcgcgcgagagaggatgcgagcacat------------gtgcgtgcgtgtg-tgtttgtgtTCCTGG--TAATTCCCGGTAACAGGACGTCCTACCTCCCGGAGAGGGAAGGCCTTTCTCCGGGAAGACGCCCCACACACT-GAATGACAGGAAGTCTTCATTTAGACAAAGAGACGGTTCTACCGTC a score=765 s danRer3.chr4 4832262 44 + 33808418 GCTTAACGCAGATGCTCCGCTCAGAGGATGTTG-GAGCAGGAAAC s fr1.chrUn 135416089 45 + 349519338 TCACATGGCAGATAGTAAACTCAGGGGACGGCGAGTGTCGGAAAC a score=-705 s danRer3.chr4 4842844 150 + 33808418 atgtgttgaaaatatcttctctccgttaaacagaaattggtggggtcat----atttggggctaataatttaagagggctaataattctgacttttactctaTATATGTCCCTGCAAAATCCT-TGAGAGACTGATACACTG----TTAGTGTTAATAA s fr1.chrUn 176540642 149 - 349519338 ATTTATTGATATTAGGTGGTTTCCACCACACAGATCCTGTTTGGATCCTTAGAACGTGGCTCCA-----TTAAAGAGGCTAAAGGTCAGGAGGAAAACGCC-----CACCGATGCAGGAGACGGTTGGAACCTGACAGTTTGGTGTTTGGTGTAATTTC a score=592 s danRer3.chr4 4842994 24 + 33808418 TTTTACCTCTCTCGTCTGGCAGAT s fr1.chrUn 135416908 24 + 349519338 TTTTTTCTCCCCAGGGCTGCAGGT a score=14804 s danRer3.chr4 4843018 258 + 33808418 ATGGAGAGTGCTATCACGCTGTGGCAGTTTCTGCTGCAGTTACTGCTAGATCAGAGCCATAAGCACCTGATTTGCTGGACGTCCAACGACGGCGAGTTCAAGCTGCTGAAGTCAGAAGAAGTCGCCAAACTCTGGGGCCTGCGCAAAAACAAGACCAACATGAACTACGACAAACTTAGCCGAGCGCTACGCTACTACTATGACAAGGTTACTATTACAAGCTGCCATTTCACTATTACATAACAATATCCAATTATA s fr1.chrUn 158336040 258 - 349519338 ATGGAGAGCTCCATCACACTCTGGCAGTTCCTGTTGCAGCTGCTGCTCGACCAGAGCCACAAGCACCTCATCTGCTGGACGTCCAACGACGGCGAGTTCAAGCTGCTCAAGTCTGAAGAGGTGGCGAAGCTGTGGGGGTTGCGCAAGAACAAGACCAACATGAACTACGACAAGCTGAGCAGAGCCCTGCGCTACTACTACGACAAGGTGCGTCACAGCTGTTCCCCTTTGTTCTTCGTGGAATAAAATCCGTTTACA a score=17117 s danRer3.chr4 4845174 814 + 33808418 AATTAATCATCCTCTTTCTTTAACAGAACATCATCAAGAAGGTGATTGGTCAGAAGTTTGTGTACAAGTTCGTCTCATTCCCTGATATCCTGAAGATGGATCCCCAAGCAGTGGAGCTCGGTCGGGATGGGGGTCACGTCGCAGGGGGCGTCATGTTACAGGATGTGGAGTCAGACTGCGGCGAGGGGGAGGAGTCTCCAAAACTGTCGCTGTCTTCGCTGCGAAGCCCCGCCTGT-AGGAACGAGTATCTTCACTCGGGTCTGTACTCGTCTTTCACAGTCAGCTCCCTTCAAAACCCGCCTCCACTGCTGCGTCCAATCAAAGTCGAGAACCAGCGAGGGTGCGAGCGAGGGGAGGAGGGACAAACGGTGATTCGATTCGTCACTAATCGATCAGAGAAAGCCATTCCCCTTGCTTCCTCGCCTCCCCCTTCATCCG-GAGAAGTCTTCTTCA----------CTTCCAAATCCTCCCCGTGCTCTTCCCGAAGCCCCTCTCCTTCCCATAGCCCTGTCTACACGC------TGCGACATGGGCAGAGCCCAGAGGCTCGCATAGACGAATCAGAGCCCAGCGCTCAGCCTTTAAATTTATCTTCCAGCCACAGGGAGCGAGCC-CAGAATCAGGCTTCGC----------CCCTCGAGAGGAGGACCAGTAGCAACAGACTGCCTCCGAAAGCCCGGAAACCCAAAGGGCTGGAAATCTCCGCCCCTTCAATACTGCTTTCAGGAAGTGACTTGGGCTCCATCGCCCTCAACAGCCCAGCACTGCCCTCAGGGTCCCTTACGCCAGCCTTTTTCACTGCACAGGTAACTAAATCGAACAC s fr1.chrUn 158336298 739 - 349519338 AATGAGTTTCCTTCTTTCTTCCCCAGAACATCGTCAAGAAGGTGATCGGGAAGAAGTTTGTCTACAAGTTCGTGTCGTTCCCTGACATCCTGAAGATGGATCCCGCGCTGGTGGAGTCGGGCCG---------------------------------------------------CTGCGGCGAGGAGG--GCGTCTCCGCGTCCGGGGC-----------CGAGGATGCGGGCGTGAGGACCCAGTACCTCCAGTCCGGCTTGTACTCCTCCTTCACCGTCAGCTCCCTGCAGCA------------ACACCGGCCAATCAAGATGGAG------CCGAGGTCGGACCCCCCCGACGACGGCTCCTCTGTCATCCGATTCAAAACCCACC--------ACGGACACTCCTCTCTCCCGCCGACCCCCTCCCCCAGCAGCGAGACCTCCGGTTCCTCCCGGCCGCCTTCGGAGCATCCTCAGTCGTCCCCCTGCCCTTCCTCCCCGCCGCAAAGCCCCGCCCACCCACGAGCGGCGCGGCAAAGTCACACTACACAGACT------GTTGACCCAGAGCCGAGCGCAGAACCTCTGAACCTGTCATCGGGTCA--------GCGCCGCAGAGTTAGGTCACACAGCTCGACGACCCCCGAGAGGAGAGGGTTGGCTGATAGTTCACCTCTGAGAAGCAGAAAACCCAAAGCTTTGGAAATCTCAGCTTCTTCCCTTTTCCTGACAGGAAGTGACCTCGTCTCCATCGCCCTCAACAGCCCGGCCCTCCCTTCAGGGTCTGTGACCCCCGCCTTCCTCACCACGCAGGTACAGACAGAGAACCC a score=3360 s danRer3.chr4 4846219 175 + 33808418 CAGAGGTGTGTGGTAAGGAGTTACATTTACTTCATTACATTTACTTGAGTAAAATTATTGGGTAACGAGTACTTTTTGAGTACATTTA---------AATGTGTACTTTTA---AGTAAATTGTTAGAGAAAAATCATTGC----CATTTGGC---------GGCGTT-----TCTCCGTTACTGTCAAATGATAATAAATATGA s fr1.chrUn 248721601 202 + 349519338 CAAAGGTGGGTAGAAAAGAGTTATATTCACTCCATCACATTTACTTGATT---TTCTTTGAAAAAAGAAATACTTCTGAGTAGGTTTACTGCACTGCACTTTTTAGTTTTATGGGGTAGATTTGTGAAGAAGAAATGCTACGCTACACTGGGCTACCCCGGAGCCGTTACTTCTCTCTATAATTCTTATACAATGATATACATTA a score=6150 s danRer3.chr4 4852697 198 + 33808418 CCCTCTCTCTCTCCCTCTCTAGACTCCCTCCGGTTTGCTGTTGACGCCCAGTCCTCTCCTGTCCTCCATTCATTTCTGGAGCAGCCTGAGTCCCGTGGCCCCCCTCAGCCCCGCCAGACTACAGGGACACAGCTCACTCTTTCAGGTACAGACGTTCACCTATAAGACAGAGCAGTCTGATTGTGGCCGAGAGATGGG s fr1.chrUn 158337631 181 - 349519338 CCTTCATGTTCTGCCTCG-TAGACCCCCTCCGGCCTCCTGCTGACACCCAGCCCTCTCCTCTCCAACATCCACCTGTGGTCCAGCATCAGCCCAGTGGGGCCCCTCAGCCCCCCACAGCTGCAGAGCCACGCCAGCCTCTTTCAGGT---GATATTTGCTTC-------------TCTAATAGTGACCTGGGGGGGGG a score=5071 s danRer3.chr4 4852994 73 + 33808418 GGTGTCGTGTTTCAGTCCTCATGTGAGCGAGAGGGGAAATCCTGTGGATACTTCCTGTTCTGGCCCAGGGGAG s fr1.chrUn 135419556 71 + 349519338 GGTGTCCTGTTTCAGT--GCATGTGAGCGGGAGAGGAAATCCTGTGAATACTTCCTGTTTGAGCCCAGGGGAG a score=5292 s danRer3.chr4 4855403 142 + 33808418 GCATAAGAGAGAGAGAGAGGGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtATTAGGGTTTGGAAATAAGCTACAGATGTTTCCTCTCTGCATTGGATACGGGGGAAAAACAGCTTCCTGTTAAA-GCAGGGAGGGGG s fr1.chrUn 158338641 142 - 349519338 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgAGATGGTCAAAATAAGCTACAGATGTTTCCGTTTGGGTGTGGA-AGAGAAGAGGGGAAGCTTCCTGTTGGCTGTGGGGAGTGGG a score=3487 s danRer3.chr4 4857255 156 + 33808418 CTTAACGCTGCGTTTTCTTTCTCCCTCAGTTCCCCTCCCTGCTGAACGGCCCACTTCCAGTTCCCCTGCCAAACCTGGACTctccttcatcctcctcctcctcatcatcctcttcctctctcctcTTGTCCTCCAGCGGGCAGAAATCCTGATTCC s fr1.chrUn 158338853 129 - 349519338 CCTGACTCTATATTCTGGTTCTGGTTCAGTTCCCCACACTGCTGAACGGATCCATCCCGCTACCTTTACCCAGACTGGACACT---------------------------TCATCCCCTCTTCTGCTCGCATCCAGCTCCCACAAGTCCTGATACC a score=-508 s danRer3.chr4 4860902 470 + 33808418 TTTTAATAGGAGAAAAGTCATTTTGATGAGCTCCAACTGAAAAATAAAGAATAAAAAACAAACAAAATGAAATATAAATATTTATTGTCGCCAAGCTCTGTTAAAGGGAC------ATTTCACCTCAAACAATTATAATCGGAAAAAAATTAATCCATTTTTTGCTCACAG-----TTCACTTGAgaacaaaaaggagacgttttgaagaatgttggaaactggtggtcatagatgcaaatgaaacactatggaattcaacagtttggaacattcttcaaaatatcttctAAGAAGAAACGGAGGGTGACTGAATATTTTTTCCATAAACTGTTCATCATCATCAGAAGTCATTTTGATGAGCTCGAAATGTAAAATAAAGAATACAAAAAAATGAAATGAACAAATATTTATAGTCGCCAAGCTCTGttaaagagacagttcacctcaagaatataat-cgggaaaaaaaattaccaaatt s fr1.chrUn 52602185 438 + 349519338 TTTCAATAGAGTAATAGTTATTTAAATCAACAACAAAGAAAAAAGTTCAAAAAGAAGGAAAGCTTAATGAAAATCCTGTTTTGATTGAGACAAGTTGGTATTCAAGTTACTGAGGAAGTTTGCAACAAATGGG-------GGAAAAAAAGACAAAAACCTATCCTTAAAAGGGGAATTACCTTGTATGCAAG-----------TTAGAGAACACCAGGGCCTGGTTGAAGGGGATTTTACTGAAAAGCTCCAGCA------AGTGTTGCACCTTCTCCTCAAAAACTT-TGTGAGGTAAAGAATGG-GACTGCACTAGCTTGTAAT--ACTGCT--------TCAAACCTGGTGGGGGCGA---CAAAATTCGATATGAAGAGGAAAAGATTAATACAAGGACAAA-ACTCGT----GCTCATCTTTTTGACAAGGCAAATTTTCATAACGAGTACAGCATGTTTTAAAAAGTTAGCATGTT a score=4009 s danRer3.chr4 4863308 142 + 33808418 AGAGTCTGTCTGTCTGTACTGCACAGCCATCAGCCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtg--------------------------tgtgtgA----GAGGGAACGCAG-----------CTTTAAAACAGCATGCTCTGCCGTCTGT---TCTTGCTGTTTCCTGTGAAGGAGAAAAAGACA s fr1.chrUn 158341444 168 - 349519338 AGAgtgtgtgtgtgtgttgtg--------------tgtgtgtgtgtgtgtgtgggtgtgtgtgCTGTATCCCAGGGGGAGGTGGGCCCATGCGTGACACTGGTGGGGCGCGATGACAGTAGTACTTTAGAAGAGCATGCTCTGCCGCCTGTTGATTTTGCTGTTTCCTG----AAAGAAAAAGCCA a score=-629 s danRer3.chr4 4863454 155 + 33808418 GACAAGGTGTGCGACGGTTAATATAAGATGACAAAACTCATATTGTCACAGTCACCAAGTCGAGTGCCCACCAGACACACTTAAAGGC-ATTGTACGCATCACATCTGCCACTTAGACcagtggttctcaaactgtggtacatgtaccactagtgg s fr1.chrUn 52609977 143 + 349519338 gagagagagagagagagagagagagagagagagagagTAGTTTTG----AATTCTCAATTTGTGTTATTGCAAAAAAAAATCAATTCCTTTTGCAAGTTCCAAATATTTTTACTGGATTTGTAGTT---------TGCTGCCTCAACCACTAGAGG a score=5052 s danRer3.chr4 4865295 141 + 33808418 AAGCAAACACACACACTCACACACCTGTCTCTGGGTACGAGGAGTTCCTGTAACCAGGATCTCGCTGGAGCTGCACCTCCTTCAGTGTGAATATAGATATGCCTGCAGAAACACAGGAGATCCATATGTCAATATGTGATG s fr1.chrUn 158341722 134 - 349519338 AGGCAAGCGTGCCGGCCC-CTCACCTGCGTCCGGGAACGACGAGTTCCTGTAGCCCAGGTCTTTCTGCAGCTGCACTTCCTGTAACGTGAATAACGACACACCTGC---AACACAGGAA---CGCGTGTTAGCATGCGGCG a score=-2766 s danRer3.chr4 4866599 536 + 33808418 gagagagagagagagagagagagagagaaagagagagaaaagagagagagagagagagagagagagagaaagagagagaaaagagagagagagagagaa-agagagagaaaagagagagagagagagagagagagagagagagagaaagagagaaaagagagagagagagagaCTTTTTGGACTTTTAAGGGTCTCTTTTATTACAAAAAACATTTTAGCTAATAACAATTTAGCAAATTAAAATGTACATGACATCTTAAAAAA-----AAGCTAAAAACTTTTTTTTTTCTGATACTTACAAATAAATATTTAGAACATTTTCAAAGTCAGCATGACAGATACACTGATTTACACCCCATTTGTAATTAAACACTGCCAGATCATTTACCATTTTGTAAAACCCATACTCTACATTAATGCGAGATTTTATTAGTC-CTTTTAATATTAAAAAAGCATCAGTTGAACCCTTGTCatttaatttatttatttatttatttatttatttatttagagagagagagagagagagagaga-gagag s fr1.chrUn 52611370 477 + 349519338 GAGGGGGAGGGGGCAGGTGGCAGTGGGGCACACATGGGAAACAGGAAGGATTAAAGAAAAGAGGAATATTTGCAGCAAAAGAGAGAGGGAAGGAGAGAAGAGACAGGTAATCGTGAGAAGTGGAAAAAGTCGCAGACGCGGCCCCGAGATGGGAAATCACAAACAATGTGAGGCTAACGTGAAGTTTGGAG----------TTAAACAGAACACAGTCG----TGTTTATTTATTAAACTGTA-TTCACCTGATGTTTTAAAGAGCCCGTATTTTGAAACAGCTGGATTATGTGAC---CACACAGCAACA-------------CGCAGTAAACA-GACAGAGAGAA-GAGCAGCTCTCTATTTCCCCTGAGAAGC-----GATTGTTTCCCCCT---------CACTCCTTTTCCTTCTTTGGAGAACTTACCCGACTCTGGGAACATGGAGGACTTCTTCCCCGGATC--------------------TTTCTGGAGCTGGATGCCTTTTACGGAGAAGATGGATGCAGCTGAAGACGACAG a score=4816 s danRer3.chr4 4867135 509 + 33808418 agagagagaaagaga-ATGTGTGCATGTATGTTGGTGTATGTGTGTTTGCTCACTTTCTGGCAGTGTGTGAATCCTCATGCCCAGACTCTTGAAGTAGGAGTGTTTCATGGATTCGTCTGCAGAAATCCTCTTCTTGGACTCATACTACAGAGGAAAAGAGGAAAACTGAT----CAACACTAGTTTAGCTTATTAGCATGCTTTAATGCAGAGAAATGGAG-------------------------------------------CAGGAGTATCCAAGTACACA----CATGCTGTCATTGACACACACATAATTGTTTGTGCAAGTT--------------------AATGCAGTCTATTGTT------------GTGGCCT-----------------ATTCTTACCCTTAGAAAAGACAATAAGAGCTCGATCCCTTCAGTGTCCAACCTagagagagagagagagagagagagagagagagaCATGTGAGCATCGACAGGTTGACAAATCACACTGGTAAATGAAAGGAAGGAA---GAGAGCAGACT---CAGAAATTCCACAGGACATCCTGCTTTACTGGCATGTACACACAC-CACACGCACACACAC s fr1.chrUn 158341858 592 - 349519338 AGGCAGAGAAGAAGACAGGCGTACGATCAGACGGGGTTCTGGGCGC--GCTCACCCTCCGGCAGCGTGTGCACGTTCATCCCGAGCTGCCGGAAGTACGAGTGTTTCATGGAATCCTCAGCAGAAATCCTCTTCTTTGACTCGTACTGCGGAGAAAACAGGAAGTTGTGATTGTGCTGTGATTGTCGGGGAAGCAATCAGGGGTCCAATCAGATAAAGGGAGGAGCGCCGTGCGGTACTCTGCCCCCTGCTGGCAACATCTGGTACTGAAGGGCAAAAGTCCGCAGCCTCAAGAAATTACGAGCAGCGATTTACTGCTTTGGGAATATTTATTGTCCGGAATGAAGCGGGATGCGAACTGCAGCTACGCCGCCGTACGTTGCTTCGCAGCTACAGAAAGGAAGACTCACTCTGAGGAAAGAGAGCAGCAGCTCCAGCCCTTCACTGTCCACCCTGCAG---------GAAACAAAAGGAGAAGAGTTCACGGTGGC--TGACGGG-----AACGTGCAGCCGTTCGGATGAGGAAGGAAACGGATCGCTGCCTGTGTAAATGTTCCATAGGACTTCCTGT-------GAacacacacacacacacacacacacacac a score=-6532 s danRer3.chr4 4867644 424 + 33808418 TTTTTAAATGTATTGATTTAGCTAAAACTTTTATCCAAAGCAACTAACAATATATTTTTTGTAATATTTTATTACACACACATTCACCTGAacacacacacacatgcgcaaaaacacacacacacacaca-cacacacacacgtacaTTTTTAAAATGTATTAATTTAGCTTATTCTTTTATATAAAGCAACTTCGAATAGTTCGGAAacacacagacacacataacagaacccataccagaacacacacagtacacacacacagccatgcaaacacatacCAGAATACATGCATGCACTAACCAGAacacacacacacatacacactcttgcacacacacacacTCTCTGTATTATATCACACATTGGTCATGGTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgGTCAGGAACAGGTCAG s fr1.chrUn 135422674 207 + 349519338 TCCTGA---------------CTAAA--------CAAGAGCAA--AAC-------------TAATGTCTT------------TCAGTCTAAAGGC-------------CAAAAAACCAAACACACTGGCAGCTCTTATACCTGCGCCGGACTGGAA------ACATTTGCTCATTTC-----------CATCTTCGATTAG--------CAAATGAGGGCTTACGAGAGAGATGATA-------ACATTTAGACCGTGTTCACAGGAAT-----------------------------CTGAC-----------------------------------------------------------------GTTGTGATCGGTACATGAGCG-----------------------------ACGTCCG a score=8488 s danRer3.chr4 4868083 143 + 33808418 CGCTGGTACCTGGGTGCGTGATTGATGAAGGGCTGCGGCTTGTATTTGGGGAAGTTGTAGGATTTGAACTCCTCGATGGATGAGATGCCGGGCCAGTTGTCTTCTGTGGGTGTGCCTGA-TTCACA-ACAACACAAAAGACGCTA s fr1.chrUn 158342457 145 - 349519338 CGCGCGTACCTGGGGGCGTGGTTGATGATGGGCTGCGGTTTGTATTTGGGGAAGTTGTAAGATTTGAACTCTTCGATAGAGGAGATTCCCGGCCAGTTCCCCTCCGTGGGCGTGCCTGAGGCCACAGAGAGCAGGCAGGACGTTA a score=13830 s danRer3.chr4 4869902 361 + 33808418 CTCACCCAGTAATCTGAAGATTAGATGCAGCTCATCTTCAACAGTGGATCCTGGGAAAAGCGGCCGACCTGCAGCCATTTCATAAAATATACATCCAACACCCCTG---------AAACAGAGAGAGATTTTTAACTCTTCTTCTTAAGAATAGACAGAGGGAGATATGCGGTGGGATGGCCTGAACGTAAATGATAAGAGTGTAAAAGCGCAGTGACTCTCACCACATGTCGATCTGCGTGGAGTACTCAGAGGAGCCCAGCAGCACATCAGGAGGTCTGTACCATAAGGTCACCACTTCATTAGAGTACGTCTTTGTGGGAACAGACTTGGCTCGTGCCAGACCTGCGAAAACACACACACAAACATT s fr1.chrUn 158342641 328 - 349519338 CTCACCCAGTAACCTGAAGATCAGGTGGAGCTCGTCCTCCACGGTGGAGCCAGGGAAGAGCGGCCGGCCGGCAGCCATCTCGTAGAATATACAGCCGACGCCCCTGCAGGAGACCAACCAGAGAAAAGCCCGTTCACCTTCACGTGCACAAC-----------GATCTACTGAGGGAAGCCC--------------------------GTCTGCCGGCTCGTACCACATGTCGATCTGCGTCGAATACTCCGAGGATCCCAGCAGAACATCCGGGGGCCGGTACCAAAGGGTCACCACCTCGTTGGAGTAGGTTTTAGTGGGGACGGATTTGGCCCTGGCCAGACCTGC-----CGGACACACGAGGACT a score=-1126 s danRer3.chr4 4871211 394 + 33808418 atatatatatatatatatatata-tatatatatatat-atatatatatatatatatatatatatatatatGAATGATTCACAGTATAAAACAGTATTTAA------------CCATAATTTAACCATATAATTTTTTCGTGAATTACCAAAATAT------ACATTA---TATCTTTATTTATATTT--TTTCATTATTGTATATACAAGTGTA-TTTTTCTTACAAATATACCTATAGCAAATAACattttttataaaaacataatacataacatatattttaattattCACGTCATTAAACAGTATACTATATTCACATACTGTACATATTTATTGTTTAAAGAAGTGAATCTTTAAAATA-TTCATAATATCTTTGTTCAAAATTTCATTTGATATTTACAAGCATGTATTTATGTTC s fr1.chrUn 17891440 383 + 349519338 ATATTGACATGGATATTCATTCAGTAAACTTGTAAATGATACAGCACTAAGTACAAACAAGTCTATGAACAAATTATTGACCTCAGCAAACGTCAGTGAAGGCAATAAATGTCCAAACTCCAAGTGTCTA--TTTACAGTGGTACAGCAACACAGCAGATAGCATTAAACTACTTTTGGTTATTCTTATTTGCCTTCTTATCTATTTAAATCAAGTCTTTCCTAGGGTTTAATACATGAGGAAAAACCCTATATACTCTAATCTGCCATTAAAATGGAATTGTGAGTATTTAGGTTGTTTGACAGTGCA-----------------AAAGAGGTTTTATTTCAAG-------TCATCAGAGCAGTTCGTGTTGCCTTTCATCTAAAT---AATTTACATTTTTTAG---------GTGGTC a score=659 s danRer3.chr4 4871605 197 + 33808418 tatataaaataacaacaaataaatataaataca-tgtcattttaaata--tataataaaaataaaCTACACAGAAAATGATGTAAAAATGAAACTAATAATTTCTAT-TAAATAGAAGTTGAATATAAATGGTTTATGCTTTTGTATTTATCTGTCACACAAAT-GAATGTGCATTCAATAAAATATTTATTTGAT-GATTAA s fr1.chrUn 135423661 199 + 349519338 TATTTAAAA----AAAGAGTCAATATAATTTCACTAGTAGATTAAATGAGGGTAAGTAAAGTCATCTTTATACGAAATCATTTGCAAACAAACCCAGGTTTTAATATGTTAAAAGAGGCTGAGATTGTTTTGTTTTTTTTTTAAACAATAAAAATCTCTCAATTCTCAGCTCCATATAATAAATTAATATTCTGATTGATTAA a score=12702 s danRer3.chr4 4871802 327 + 33808418 TCGTACCGAAGTCGGCCAGTTTGAGTTCTCCTCTCTCGTTGATGAGCAGGTTCTGTGGTTTGAGGTCTCTGTGCAGAACCTTTCGTCTGTGACAGTACGCTAGACCTCGCAGGATCTGGAAGAGGAAAATCTGCAGACACACACATGCATATGTACACTTTGTGAGTTACAAGATCAGACACAAACACTGTCCCAACAAACTTTGTTTTTGTTAAATCCATTCCATCAG------CTGCTCAAATAATTAAGGACGGACCTTGACGTTGTGCATGCTCATGATGTTTCCACAGTCATCCATGTACTGCTTCAGATCTTTATCCTACAGGAGGA s fr1.chrUn 158343092 282 - 349519338 TCTTACCGAAATCCGCCAGTTTGAGTTCTCCTCTCTCGTTGATCAGGAGGTTCTGGGGCTTCAGGTCCCGGTGGAGAACCTTCCTCTTGTGACAGTACGACAGCCCTCGCAGAATCTGGAAGAGGAAGATCTGGAAAGGAAGGAATGGGCAT---CATTTCCTGGG----------------GAACTCCGCCC----------------TGGCCAGGCGACGCCGTCGGGGAGCTCCGCCC----------------ACCTTCACGTTGTGCATGTTCATGATGTTCCCACAGTCGTCCATGTACTGCTTCAGGTCCTTGTCCTGCAGAAAGA a score=488 s danRer3.chr4 4872129 37 + 33808418 AAACATGGAAATGT-------AACGCAAAGGCAAGCCACTTTTG s fr1.chrUn 135424391 44 + 349519338 AGAGAGGGAGGGATGAGAGAGAACCCAGAGTTCAACCGCTTCTG a score=-582 s danRer3.chr4 4872166 126 + 33808418 ATTTCTT------TCTTTCTTTCTGGC--TAAATGAATTAGTGTTGTCACATAACCAGTTTCAAGGTAAACCACAACGCATTTTCTGATTGTTAGGATTACGGTTTCAAATTTTCATTATCA---TTAAAAACGTGA s fr1.chrUn 67331721 126 - 349519338 AGTTCCTAAAAAAACCTACTTACTGGCAGTACATGAAT----------GCAACACAGAATTAAAACTGAACAATAATGT-CTAAAAAATGAATTAAAATACGTAAAAAGAGCTTCTTCATCACATTAACAAATATGA a score=-404 s danRer3.chr4 4874559 98 + 33808418 GATGAGTAAATTAACAAACAAATTACGTGAAATGTAAAACACAAGCCATTTTTTGA-----ACGTCATTGGAAGAATAAAGGCATGAGGGGAAGCGTTTACTG s fr1.chrUn 135424451 98 + 349519338 GATGGAAAAGGTCACGAATAA-TTATGT-AAATATATGTCATTCGGCATCTGCGAACAGAAAAATCTCTGAGTCACGCAAGGAGGTGGAGGCAGAGT---CTC a score=16059 s danRer3.chr4 4874657 455 + 33808418 ACCAGGTACTCGAACACCAGCGTGAGTGATTTGTCTGTGTGGACGATGTCATGAAGCGTGACGATGTTGGCGTGCTTTAAGTCCTTCAGTAATGACACTGGAAGAGAGACAGAAGT--------CAGGATGGTTTTTAACTGTGGTTATTAACGCTGCT-----------GTCTGAAAGTGAGAGAGGCTGCAG----ACCTTCTCTGATAGCGGTGCACGGCGCTCCCTCCTCGTGCTCCAGCCGGATCTCCTTCAGAGCCACCAGGTTGTCCGTCAGTTTGCTTCGCCCCTTGAAAACGGTGGCATACGTGCCCTAAAAGACAATCAGAGCAAGCATTAGATTTTTTTTGACAGCGTGATGAT-----GATGATGATGATAT------AAATGTACTCAGTTTACCTCTCCCAACTTGTCCAGTTTGATATAAGTCTCCAGTTTCCCAAAGCCGATTTCAGACT---------ATAAAACAAGACAGAGAGAGAGA s fr1.chrUn 158343436 483 - 349519338 ACCAGGTACTCGAAGACCAGCATCAGGCTCTTGTCGGTGTGGACGATGTCGTGCAGCGTGACGATGTTGGCGTGTTTGAGGTCCTTCAGTAGTGAGACT-----AGAGACAACAGAACCACTTACACACCGTCTGCTACCGGCGCTACTTAGCGACGTTTCAGATTATTGGCGAGGAAGAGGGCGATGAGGCGGCATCACCTTCTCTGATGGCGGTGCAGGGGGCTCCCTCCTCGTGCTCCAGCCTGATCTCCTTCAGCGCCACCAGGTTGTCTGTGAGCTTGCTGCGTCCTTTGAACACCGTGGCGTAGGTTCCCTGAAAG-CACCACGTGCACGCACAGG-------TTGAGTGCGAAGGGATTTACGGGTTGGACTGAGATTCCGGGTCACGAATTCCG--TACCTCCCCCAGTTTGTCGAGCTTAACGTAGGTCTCCAACTTGCCGAAACCGATCTCCGACTGAGGCGCCGACGGGACGGGACGAAAATAAAGA a score=-244 s danRer3.chr4 4875126 115 + 33808418 ATGAGATCAGGGTAATG--TGCATGTGTTCAACAGACCTTATCAGACAGAAACACGTGTCTGGAGTGCTGCTCGCAGCTCATATCTGCAGCCAGAATCAGATCAGCTCCAGAAGCCA s fr1.chrUn 176558572 95 - 349519338 ATATG--CAGGTTTATGAATGAAGAGGCTCCAC---TCGTGTTGAAGGTCAACATTTGTTG-------TGTTAGCA----------TTAGCCAGCCTCATAATAGCTTCAAAGTCCA a score=-314 s danRer3.chr4 4882482 75 + 33808418 CTGTCCTTTAAAACATTataaataaaaaaatatgtaaataaataaataaataaaaaaaGAGTCTGA-----AGTGTTGAA s fr1.chrUn 176558715 71 - 349519338 CTCTTCTCCAACACA--------AAAAATGTGAGTTGAGACGGAGATAAAGACGAGCAGA-TCGGACACAGACAGATGTC a score=8849 s danRer3.chr4 4882557 138 + 33808418 ACTGACCAGTGAGGCTCTGCGTGAGCGTCGGCTGAGGGGTTGATCAAACGGTGGACTGCTCAGCTGTAGCTTTTCCAGGTAGCCGTCAGGAATCCGGATATCAGCAGGCAAAGACAAGCGTTTGTTCAGATCCTGAGA s fr1.chrUn 158344169 138 - 349519338 ACTGACCAGCGACGCTCGGCGGGAGCGCCGGCTGAGCGGCTGGTCGAAGGGCGGGCTCCCGAACTGCAGCTTCTCCAGGTAGCCGTCGGGAATCCGGATATCGGCCGGCAGGGACAAGCGCTTGTTGATGTCCTGGGA a score=-23 s danRer3.chr4 4882695 98 + 33808418 ATC-------AAAACACAAAAGGCGCATATGCAA--TTAGGTCAATCACAAGGGACAACATTAGCACGCTTCTTATCAAAGCAGAAATCAGATTAATAATTGATGTT s fr1.chrUn 135425974 87 + 349519338 AGCACGTGTGAGAAAATAAACAGTGAACACCCAGTTTTAGAGCAACAGTGCTGTAAAACACT--------------------AAACATCAGAGTAAATGTTGATCTT a score=8317 s danRer3.chr4 4887897 191 + 33808418 GTTCGTTTCTGTCTTACCTCCATGGAAATGCGGCGGTGGCTTCGGGTGCGCAGACACACTCCGGTGGGAGACTGCACTTCATCTGAAGATGTTCCTGAGGCCTGATCACTCTCTCCATCCGAACCCATCTTCAGATTCTCATGAACAATGTCTGGGAGAGAAAAGGAGC----AATGGTTAGACGGTGAATATGA s fr1.chrUn 158345531 195 - 349519338 GTGCGTTCACCTCTCACCTCCATCGAGATCCGTCGATGTACGCGGTTCCGTAAACAGACCCCGGTCGGTGACTGCACCTCGTCTGAGGACGTTCCCGACGCCTGATCGCTTTCGCCGTCCGAGCCCATTTTCAGGTTCTCGTGTACGATATCTGGACAGAATGGAGAGCGCAAAGTTGTGAGTGGGCGAACGTTA a score=9862 s danRer3.chr4 4897405 351 + 33808418 CTCACCGAGACGGCTGCCGTTTCGAGGCATGGCCATGAAGGAGCCCAGGCTGCCGCCGATGACACTGTGCGGTCGCCGCAAAGGAGGCTTCTTAAAGGAGCCTGTGTACTGGTGCAAAAACGAGTGCATGCTGTGGGACGACGGCGGCCGGCCATTCCTTACAATCGGCTCTGAAAAACAACAACAACAAGACCTCAGTCAATACACATACAGTAT---AGGATAATGCATGAACTGCGG----CTGCATTATTAACACGCTAACCATAATTCTGCCATATATTGTGCAGTCCT----------ACTTTAGTGA---------ATTACACAAAAATCTGAACCCTGGATTAATTTCAGTCTACATTTTTGTAACATA s fr1.chrUn 135428835 364 + 349519338 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TTGTGTGTTTTCTTTAGGAAGGAGTTTGAGCGACTGTGTCGAGAGGAGGTCAAGATCCCAGGTCTCGTGATGATGAGAGATGTGGCCATCTTGAAGTCTGAGTTTGTTGCGGATCAGAAAGCGGTGTCCAAAATCCAGGACTTCCAGGAAGATCCTGAACTGTTCCGTTACTGCACTTTACCGCAGGTACGCAGGTCGCTGATGCCTCGCTCCCCGTCCACCGACATCTAAATTAAAATCAAGTTTAACTTTGTGAAC------CTTGGTAGATTCTGAAGTATGTGGAGTGTTTCACTGGAGCCAACATAATGGCCATGCACACCATGCTGATCAACAAACCCCCCGATGCAGGT-------ACTGATCCAGTTAC a score=11657 s danRer3.chr4 5011448 201 + 33808418 TTTTCACCCTCTATAGGTAAGAAGACCTCCCGCCATCCTATGCACCAGGACCTGCACTACTTCCCCTTCAGACCCGCAGATCGCATAGTGTGTTCCTGGACGGCTATGGAGAAAGTGCACAGAGAAAACGGGTGTCTGGTCGTCCTGCCCGGCTCACACCGCGGCTCCCTGCAGGAACACGACTACCCAGAATGGGAGGTA s fr1.chrUn 158356877 201 - 349519338 TGTTCCTCTGTTGTAGGTAAGAAGACATCTCGCCACCCGATGCACCAGGATCTGCACTACTTCCCCTTCCGGCCTGTTGACAAGATTGTCTGCGCTTGGACTGCGATGGAGAAGGTGAACAGGGAGAACGGCTGCCTGGTCGTCCTCCCGGGAACACACACCGGCACCCTGCAAGAGCACGACTACCCCGAATGGGAGGTA a score=9084 s danRer3.chr4 5012160 160 + 33808418 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s danRer3.chr4 5021452 73 + 33808418 CAGGACCATCTAAGCAAGTTTTCGTGCCAGCATCTGATGCCTCAAACTTCTTCAAACGGCGTGCTCGACGATC s fr1.chrUn 158359321 73 - 349519338 CAGGGGCAGCGCAGCCCGTGTTCGTGGCGGGGTCAGACGCCTCCAACTTCTTCAAACGCCGCGGCCGCCGCTC a score=805 s danRer3.chr4 5025272 89 + 33808418 tttgccctctcctgtggtttgtaatgtaatgggcagcacaaatgtcttgatacc------tcaggctgtt-----gctgtttccatccactct------gcagatc s fr1.chrUn 264791037 102 + 349519338 TTTTCCCTCCCTTCTGTGTTTTTCTGT----GACATTACTCATATTTTGTTTCCAGCCAGTTAGCATGTTTATCAGCCCCTTCCATTTAGTCTCTTTAGGCAGTTC a score=1951 s danRer3.chr4 5025385 406 + 33808418 aaccccaaaccatgacttttccttcaccgaacttg--------actgattctgagaatcttgagtccatgcaggttccagtaggtcttctgcagtatttgtgatgtttgggatgcagttcaacagatgattcttcagaaaaccacttttagactagaagtcaagttatttttttgttgttcttacaact------gggattgacgacaagacgt------ttgt--------caggtagtt--taCTCTGGTAAGGTTAAAGTATTAAATGGCCAGGCTCCGACTGATCTCTCTAATCTTATTACAGCTAAAATATTTGGCAGATTTTTAGGGTCATCAAACCAGAAAATGCTAGTCAAATTCCCAGATCCAAATTGAAGAGAAAAGGAGATCGAGCTTTCTCTGTGGTCGGTCCTAAAATGTGGAACAGGCTACC s fr1.chrUn 264791159 397 + 349519338 AATTTTAAATAGTTATTTTTTTCTCCCAGATCGTGTTGTTTCCACTAAATGTGATAATTTTTGAGTGAGGAA---------AGAAATATTGGAGACTATGTCATGT---GTACCCACTACCTTGGGGAGTTCCTCAAGGATCCATTCTGAGACCAA--------TTATTTTCCCCCTCTACTTACTCCCACTCTGGCAAATGTTTAAAAGACATAAAATATTGTACCACCTATATGTAGATGATACCCAAATATCGAGAGGATGATAGATACACATCTGCTGAACAGTCTTCCAGACTCCTTCAC-----------------GATTTCTGAGATCAGCAGATCAGTTCTTTCTTGTCA--TCCCCAAAAGTAAACCACAAAGACCAGGTGGTTGATCTTTTTCTGTGGCGGCTCCTAAACCCTGGAATGAGCTGCC a score=-1971 s danRer3.chr4 5025791 355 + 33808418 TAT-------GTCTAATGAATTTCT--TTTCAGGGGGAAACTTAAACTACACCTCCTACAAAGATCTGTTAAATTGGAAGAAAATTGATCC---------TATTGTACCCATCTAGTGTCTTGTTA--TTAATCATTAATGTTGTGTGGTATGTTTTATCTGTCGCTGTCTATTTTTGATA----------ATTTGC----TTTTAGGTTTGTACAGCACAATGGGCAACAACTGCTGTTTTA---TTGCTCTTTataaactaatgaataaataaataaataactaaTAATCAAATTCGGAAAAGTTAAAGTTATAAGTTAACATAACTTTATTAGTT------------ACTAATAACTTTAACTAGTAACCAGTAG-----CTTTTAACAGTCCAATGCTTATAGTT s fr1.chrUn 143862563 400 + 349519338 CATGAGACAGGCCTCCTCACTGTCCAATTTTAAAAGTCACCTATTTTCTCACCACGTAGATTGTTGATTTTATGTGCACAGACATTTAACCTGGGATGGATAGTCTATGGATGTATTATGTTTTTATCTTTGGTATTATATATCTTTATTATGTTTTATATGTGGGAAACAACTGACGTCACACACAGCACACATGCGTCATCTACATTTTGCTCAGCGTTGTTAGCAAC-------GTGTCAAAGTTGTGGTTTCGGGACAAATGAACAACTCAGAGAGTATTCAA-AATTAAATATAGTCACAATATAGTTTTATAATAACG-AAATATATTTTTTAAAAGCCATAAAACTAAAAATACTTAATTTTGGTCAGGGATTGTCCTTTAAATAAAACACTGCTTGCAGTT a score=5748 s danRer3.chr4 5027456 134 + 33808418 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TCCAGGCCAGTTTCATTAGTTTGCCTTTTTAATGCTCATGTTAAACCACAGTTCAAGAGCAATATCTGATTTTCATTGAGGATTATTTTCTCAAATTTTGTATTAATCAACTT-----TTTTTGTTGTTGTTGTTGTTT-----------GGAAGGGTACCATCACTTTTGTCCATGTTGGTTTATAT s fr1.chrUn 200468002 186 + 349519338 TCAAGGCCTCTTTCAGTAGTTTCTTTTTTAAACGATTGTTTTGAAACACAATTCTAAAGAAAAGTCTGATTTTGATT--GGCTCCTTTCCAGTTATGATTTATTTATTACTTTCGTTATTTCTGTGACTGCTGTGGGTTTTTAATTCATCACAAAGGAGCCATCAGTTGAGTCCTCATGTGTATATGT a score=3857 s danRer3.chr4 5037062 198 + 33808418 ACCTTTGTAGCTGAGAGGCTCTTTGATGAAGGTGGAGACA-------------------TATCAAAAAC---AATGTCCTCTCCTTCTGAAAAGCCACGACCGAGGGTGGGCACAGCGGGCCCTGAGAGACTGGACCCAGAGCCTT--TAGGACCCTCTGAAGCTGCTTTCGGGGAAAGCAGTGGACCCCTGCTTACATTGGGCCGAGATGAAGCGACAGGA s fr1.chrUn 158363447 212 - 349519338 ATCTTGGCGGCTGACAGGCT----GAGAGAGCTGGCGGCTGGAGCCTGCGGGGGGCTTTTATCAAAGAAGAGAATGTCCTCCCCTTCAGAGAAGCCTCGTCCCAGTGTGGGGGCGTGGGG-----GGCGGCAGGGCTTTGAGTCCTCTTGGGAACCTCACACGCTGCTTTGGGGGACATCAGGGCACCCTTACCC-TGCGAGGAGGAGGTGGTGGAGCAGGA a score=2963 s danRer3.chr4 5037396 167 + 33808418 CCTCTTCTGAATCTCTTCTGCCCTCTTCTTTCGGGCCATCATCCTCTGCTGGTGCTGCTCTTTCTGCTGTTTGAGCAGGTCAGAGGCAGATACTGACTGAACTGAAGATCCTGCCACGGCTAAAAAGGGTGGATA-AAATAAAAAAGTAC--ATCAGAGATTAAATGTGC s fr1.chrUn 158363743 170 - 349519338 CCTCTTCTGGATCTCCTCTGCTCTCTGCAGGCGTTTCTGCCGAAGCTCCTGCTGCTTCTGTTTCTGCTGTTTCAGTAATTCTTTCGCTGAGATGGACCTCAGAGGAGCTCCAGTTGCATCTTTAGAAGCTGAAGGCAGATAAAAGTATAATGAACAGAAATAACTGGTGC a score=14096 s danRer3.chr4 5038900 751 + 33808418 TACCTGAACTCTTGGATTGTCCTAAATGTCTCTTGATGTTAAGTGCTCCAGGCGTGGGCATAGACATCAGACCTCTGAAATCATCTGAACAGCCTGACACCTGACCTGAGTTCAGAACTACAAGACGTAACACTTGATTAGAAACCAT--------------------------------------------------------------------------AAACACA--------TGTATAAAACATCA----------------TATAGGTGGAAAGAGAGT---------TTACCGAGTTTCTT-------------AGTTGGGATGGA---TGCCAAAGCAGACTGTATAGTGGGTT--------GTTTCTTTGGCTGTGGGGCAGACCTGTCAAAAACAAA-------------------------------AGATTCATGCATTAATTGTGGGGTGAATTTCGATG------GAGGTGATGTTTATGGGATGCCGTAAACTCACATTGAGGGCGCACAAGCGAGTGATGACATGCCGCCATAGTGGAAATCAGACTGGCACAGGCGCTCCTTCAAACTGCCCCGCCCCCTTCCTTTACCAGGGGCGGAGCCTGTAAAGCTGGACTGAAGCTCCGCCCTCTTGGAGCTCATTTTCTTGTATTGGGCTTTAACATGGTACTGACAGAACTGGCATTCATACTGTTCAAACAAACAAATAATGAATAAACTGATCAGGGATTTTCTTTT---TCCCAGAAAAGCTTGATGTTTGGAGACTCACCAAGTTGACAAGTTGAGTGCAAGAATCCCCGTTCTTCTTTTTAGCCTTGCAGGTGCCAAAGTCCATGGCTTCTCCTATTATGAGGACTTTCTGTGGGTGATCCACTGTCAGGCTGAGCTGGAGAGAGACAAATAC s fr1.chrUn 158363993 909 - 349519338 TACCCGTCTGGCTGCCCTGGGCCAGGTGCCGCTTCAGCTGCAGGGCGCCAGGCGTCGGCACCGACATCAGGCTCCTGAATTCGTTTGAACAACCCGAGACTTCCCCAGACTTCATAGCTACAGAACAACACAAAC-ACCAAAAACCATGAGATTTGTCTTTGCTACGTCTGTAATTCCGATGCATCGTTCTCTCCTGTTACGGAGCGTCACGCTACCACGCTAAACACACCAACTTCTGCCCCAACCCTCAACAATCATCGCTGATTTTGGAGTGAATCGGGAATCGCTGCTCCTCACCCAGACTTTTGGCCTGTGCGAGGAGCTGAGCGGAACCTTTCACGAACAGCGTGTCCAGCGTCTTCTGGACGGGTTTGTTTGGTCTGGACGCCGTCCTGCAAAACACGGAGCGGTGACTGAAGAGACAAGGCAGCAGCAGCAGGTTGTCACAGCAACACTCAGATCAACACTGATGCCACTGGATGCTGCGTCACCAGCAGAGTGAGAGCTCACAGGGAGGCGGCGCAGGCTGGCGAGGACATGCCGCCGTAGTGGAATCCCTCCTGACACAGACGCCCCCTCAGGCCGCTGC---CTTTCACCTTATTGGGAGCCTTCCCAGAAAAGGAAGACTGCAGCTCTGCCCTCTTTGAGCTCATCTTCTTATACTGGGCCTTGACGTGATACTGGCAGTACTGGCACTCAAACTG---GAACAAAGAGGAGAAACAGGTGCAGGTCAGCGGTCGGCTGTGAGGTGGCAGGAAGGC-----GTTGAGGGGCGCACCAGGTTCACTATTTGAGAGCATGGGTCTCCGTTCTTCTTCGCGGCCTTGCAGTTGCCAAAGTCTTGAGCTTCCCCCATGAGTAAGACCTTCTGTGGGTTGTCCACCGTCAGGCTTATCTGCTCAGTGA-AAATAC a score=12766 s danRer3.chr4 5041713 501 + 33808418 TACGCTGGCTACAGGATGGCCTTTGACAGATCACCAGATGGA-------TCACCAGGAAAATATAAACAAACCTCATTGGAGCCTTCTTTGTTCTTCATCGGGTTGGGATTGAGGATTCCAATCACTGTCCCGGTGTCAGTCTTCCACAGGTCAGTGTGAACAGACCCGAACAGAAAGAGAGACACATTCACTTCCAGATTATGGAGATCATTCAGCTTCCAGATGCTGAAGGTTTTCCCCTACAGAAATAAAACAATTTGTAATCAAATATACAATATAAAATCAATATGAT-------AAGATGTCAGATCTCAGATATGCTGCTCCA--------------------------TTACATTGTTTTTGCTCTGTGGAGTGATCTTATTTATGATCACGGCAAACGTGACCCAATCGCTGTCCTCTAAATTGTCTCTGGCCAGTCGATCGGGCAGCTGGGAGAGCCTGATCAGTTTGCGGCTGGCCATTTTCTGCTCAATGTCTATGGAAGACAGACGTGGCTTCCTG-AGGAGAATAAAA s fr1.chrUn 158365025 538 - 349519338 TCCATCGTCTACTGCTTTTCCCTTACAGGGTCAACAGTTGTGAGCGTCCTGACTCCGCCAGTGTCCACTCACCCCGTCATATCCATCCTTCTGCTTCATGGGGTTTGCGTTGAGGAGGCCGATGACTGTGCCGAACTCCGTCTTCCAGTGCTCTTTATGAACGTCGCCAAACAGGAGCAAAGACACAAACACGTCCAGGTTATGGAGGTCATTCAGCTTCCAGACGCTGAAGGTTTTCCCCTGCACGAAAAAGCACCACTGACTCCGAGAATCCAATACGCTGATATTTGGAGCGAAACAAAGACAGCGGCTCC----TCTCCTGCTCGAGAGCGAAGCAGGAAGCAGGAATACACCTACGCTGCTGTTGCTTTTCTGTGTGGTCTTGTTGACCACCACAGCAAACGTCACCCAGTCACTGTCTTCCAGCTTCTCTCGAGCCAAACGCTCCGGCAGCTGAGACAGGCGAATCATTCGTCGGTCAGCCATCTTGCGGTCCATCTCGCTGGAGGAAACGCGTGGTCTTCTGTAGTAGGAAGAAA a score=2784 s danRer3.chr4 5044016 73 + 33808418 ACTAACCTGAGTCGGAGACCAGAAAACTTCTCCACGGCCACCTCTTGATTGACAGGTAGACGTGGCGTGGGCT s fr1.chrUn 158365644 73 - 349519338 ACTCACCTGAGTCGCAGGCCAGAGTACTTCTCAACAGCTACATCTTTTGGAATCTGTGGAAGTGAGGGGGCCT a score=3689 s danRer3.chr4 5044916 72 + 33808418 CTTCTGTGAGGCCTCCAGCTGCTGTTGTAGTTTTTGCATTTTCTCCTGCATTAATTTCAGCTCAGCTGGAAA s fr1.chrUn 158366314 72 - 349519338 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AACAGAAAAATGCGCAGTTGTGAACCGGAACTGCTGTTATGTGGTACTATCGCCATGTCGGAATGTTTTTGAGGTTGCACAGATTACCAGTGTAACTTTCAGGCAGCATGAAGAAGGAGCAGGTTGTCAACTGTCAATTTTCTGTTTGGTATCCTCTATTCAAGAAACACACTATTAAAAGGTA--TGAAAGGTGCTTAC-------TTTATGGTAATATATAATGATCGGGGCTCACAGGTACAAAAAAGGAAAAAAAAATCACGCGCTAG----GCTATTAAGTAACATTATATAGCAACGTGTACTTAAATACCCATTTATTCTCCAACCATCACACTTACCTACCATCTTAAAGTCTATA-ATACGTACTATAGCATGTCATTGAATAATGATCGACATTTTAATTAAAG-TATTATGTTGTAGGTAAACATTCAGTGATG-------ATATGTTCTGTTTCCCCAGCCTGATTTTACCCATACCTCAAAATGTAATCGATTACCTATTAGATGATGGGACACTTGTGGTTTCTGGCAGGTGAG----ATTTGGACAAAAGTATGGTACTT----AAAAAACTGCAGCACTTTCCTG-------------TCTTGTCTTTATGAAATAAATGTCTTATTGTGTCTTTTCA----------------TAGTGAGAACAACAATTCACAAACACAGGCCAACAACAGTGACTC----------------TGACGAGGAGGACATTCAGGTCA s fr1.chrUn 57453946 697 - 349519338 ACCAAATAATTGGGCTTTTATAAAGCCTAAATCCT-TTACA----AATATCACGATTCCGGAAGACATTTACTG----ACGGACTCTCCACAGGATATT---GCAGCATGAAGAAGGAGCAAGTAGTCAATTGCCAGTTTTCGGTATGGTATCCGATATTCAAGAAACATACGATTAAAAGGTAATTGGGCTCAACTTTCCCTCACATTTTTGTTAATATTTCAT-----TGCCTTATA--TATGACACATTTGCATTAAGCCA-ACGCTAATACTGGTTTTCAGATATAGGGTATAGCTAC-------------CACCTCTATTTTCTAGCC---------TCATTCCATCAGAAGATATTTAGATAAATCTCTTAACAGCCTCTTGCTCAGT--TTGTC--TTGAGTTGTGGCTGCTTTGTATTCTATATTCATGTAGTTACGTGTGTCAATATCATTATTTGTTCCAGCCTGATTCTTCCACTGCCTCAGAATGTAATAGACTATTTACTAGACGATGGGACGCTGGTAGTAGCTGGGAGGTGAGTCCACCCTGCACAAA------GTGCTTTTTGGAAGAGTTGCTGTTCTTTGGTGAAACGTGGGACACCACTGTCACTGGATCATTGGTCGTTTTCTGTGCCTTTTTAATTAGTTGTTTCCTTTCAGTGATCACGAC---CCGCAAACACATTTC--CAATAGNGATTCNGAATGGNGATCTGAATGCGGAGGAAGATATTCAGGTAA a score=1479 s danRer3.chr4 5056178 267 + 33808418 attttagaaaatataactgcataccgttttccatgagggttgggttaacg----gatagggtagggttagagcaatagaaaatacagtttgtccaatggaaagcaacgtaatttccccacaattcacaaaaacaaaGCTGTTGG--AGTGAACTATA---TTGTACATTAAGATA-------TCTGAAATAAC-----------GCAGCTTTCTTAATTCTCAT---------------AAATGCTTTTGATTCCAGTGGACTGATGATGAAACTACAACGACAGTTACAGTGAGTCTTA--TTCCTCAAT s fr1.chrUn 57454785 298 - 349519338 ATTTTATAATCTATGGCTAAAGGCAACCCTC---GAGAGTTGGTTTTCATTTGTGTTTATTTAAAGTTGAAACTTTAGAATATGTGCATTGTTCA--------TCACATTTATTTTACTTAATGTCAAAAGACAATTCTATAGTCTATTAAACTATAAGGTTGCACTTTAGAATAGTGTTGATAAAGAATAACCTGTCACAGTTAAAACTTTGTGGACTCGTATTCACCCTGTCTCGTCCAATGCTCCC--CTCTAGTGGTCAGATGATGAAACAACCACCACTGTCACAGTAAGCGTCAACTTCCCAAAT a score=13305 s danRer3.chr4 5057889 466 + 33808418 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CGCGCCCGCGCACTGCACCCAGTGGAAAACGTGAAAGGCTGCAAAACGGCAGCTTTTTTCTGATTAATTCAGAAAACAGTTATTTGCACCGTAATTCAAAACACCGAG-ATGTGTATTG--------AATAATGGCAGCGACATTCA------------TCAACTCAGCAGAAGCTCGCTTTGACTTTAAATGTCGCAAT-------ATTTTATTTTGTTCCATCAATTTCAGTGAAATCCAATATTACTACAGAGCTAAAATTCCCAGCAGACGATAAAAACATAA------------TTCAGAGGGACACATG---GAGGGAACgccgaccaggagccgaccaggagccgCTCAGCGT-----------CGTCACTT---GCTGTTGAGGAACTTGCCGTGTTCCTCTCCTCGAGGCAACAGGAGCTCCGCGCCGATCTTGGGTCCAGTTTTCTCCTGAACCGACACACAGAGCCGATGAAGATTCACGCAGA a score=7724 s danRer3.chr4 5079514 174 + 33808418 CTCACCTGCAAGCTCCGTGTGGCATCCGCGCCAGGCAGATCTTTCTCTGCCCGCAGGGGCATTTGAAGAAGCGTTTGACGGCGTCGTGCCAGTGATAGTCGTGTTTCTCCTCCACGCAGCGGTCCGCTGGTTTAAAGTGGGTGTATTTACACTGCGGGCGAGAGCA-----GCTCATGA s fr1.chrUn 158362535 179 - 349519338 CTTACCTGCAGTGCTTATTGGGCAGTCGGTCCAGCGCGATTGATCTCTGTCCACAGGGACATTTAAAGAAACGCTTGATGGCATCGTGCCACCGTAACGCATGATTCTGCTCCACGCAACGATCCGCCGGCTTGAAGTAGGTGTAATTGCACTGGGGGCAGAAACACGAGCGCTCATTA a score=5465 s danRer3.chr4 5082304 503 + 33808418 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AATATCACGATTCCGGAAGACATTTACTG----ACGGACTCTCCACAGGATATT---GCAGCATGAAGAAGGAGCAAGTAGTCAATTGCCAGTTTTCGGTATGGTATCCGATATTCAAGAAACATACGATTAAAAGGTAATTGGGCTCAACTTTCCCTCACATTTTTGTTAATATTTCAT-----TGCCTTATA--TATGACACATTTGCATTAAGCCA-ACGCTAATACTGGTTTTCAGATATAGGGTATAGCTAC-------------CACCTCTATTTTCTAGCC---------TCATTCCATCAGAAGATATTTAGATAAATCTCTTAACAGCCTCTTGCTCAGTTTGTCTT-GAGTTGTGGCTG-CTTTGTATTC----TATATTCATGTAGTTACGT-----GTGTCAATATCATTATTTGTTCCAGCCTGATTCTTCCACTGCCTCAGAATGTAATAGACTATTTACTAGACGATGGGACGCTGGTAGTAGCTGGGAGGTGAGTCCACCCTGCACAAA------GTGCTTTTTGGAAGAGTTGCTGTTCTTTGGTGAAACGTGGGACACCACTGTCACTGGATCATTGGTCGTTTTCTGTGCCTTTTTAATTAGTTGTTTCCTTTCAGTGATCACGAC---CCGCAAACACATTTC--CAATAGNGATTCNGAATGGNGATCTGAATGCGGAGGAAGATATTCAGGTAA a score=1310 s danRer3.chr4 5104724 250 + 33808418 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TTGCTAATTGAAGCTgttatgtgtcattgtgatgtaattgcaacttaaaactgaatctttttgtaatc-----tacaaaacaaataaataaagc------gttttctcaaattgactgg--ccatctcaggaaaaaacattatttgaaat-------atgtttatttagatttatttgatatattagactatttgtataagaaacagaaaTGCTCAACCTTTTTGATTTATTATTTTATTTACAATTTAtcttttaaaggtaactctttaaaagttgctaaaagtagccaaattaatgttaaatactg------ctaaattagtT-------TTAAGCTTGTTTGTTTTTATTGATTTTAATTTTATTGCAAAACCCTGCAAACAGTACAGAATATTAACTTATTATTACACAGAATTTACTTTTTACCCCAACATTTGTTAAACAGGAATAACATTTACAATAAATGATCAAGTAAAATGATAAATGAGATATTTGtaataataaaataataataataataataaataata----------aaaataaATTGATACATTTAATTTGACCAGTGTTTGTGCATGtata--taataaaaataaataaatataaaaaaaaattCTTTACATTGAATTTTAAATGGCATCTTTCCAAAGCCTTCCCATTTTTCC-CATTCACAGTGACTGAAAGAAGACCACACATTTTTAAAGC s fr1.chrUn 206025842 631 + 349519338 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danRer3.chr4 5108954 363 + 33808418 AGGGACGTGTGTGGTTGATTGACTTCAATCCGTTTGGTGAAGTCACAGACTCGCTACTTTTCACGTGGGAGGAGCTCACGTCTGGCAAAAACCTCACAGCCAATCAGACACAAGAGGAAACAGCGCTGCCGGTACTTCATACTTTAAAAGAAAAGGTCTATGTTTTACATCAAGCCCTGTTGGAATATTATAATAACAGCATGTGTACTACATTATATTAGGATGGACCTGCTTTTCGGTGCACTAACAGTGAGGTGACAGTACAGCCCAGCCCATGTCTGTCCTACAGAATCCCACGAGACTTCTTGGACCTGACCACAGGCGAAGATGCCTATAAGCTCATTGATTTTCTTAAGCTGGTAA s fr1.chrUn 346914727 327 + 349519338 AGGGCAGGGTGTGGCTCATCGACCTGAACCCGTTTGGAGAGGTGACCGACTCGCTGCTGTTCAGCTGGGAGGAGCTGACGTCTGG---AGACCTCACCCAGCAGCAGGTCGGCGAGCGCAC-GTGCACCCTGCTGTTTGAGCGCGCACGGAAGC--------TCTGACAGC------TGTTGTCATGTGGT-------GCTTGTG-----------AGCAGGAAGGTCCGGCGTTTCGCTACGCGACCAGCGAGGTGACGGTTCAGCCCAGCCCCTGCCTGAGCTACAGAATCCCCCGAGACTTTGTGGACCTCTCCACTGGAGAAGACGCCTACAAACTCATCGACTTCCTCAAACTGGTAA a score=4628 s danRer3.chr4 5111576 113 + 33808418 GTGATGATATGTTCTGTTTCCCCAGCCTGATTTTACCCATACCTCAAAATGTAATCGATTACCTATTAGATGATGGGACACTTGTGGTTTCTGGCAGGTGAG----ATTTGGACAAA s fr1.chrUn 57454346 117 - 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CGATATCACTCTCTGTATCTGTCAGGCTCCAGAGTTCCCAGAATTCTCCTCTCATGTGTTGGAGGCAATAAATGCCCTGGGTGGGAGTGTCTTTCCCAAACTCAACTGGAGTGCTCCGCGGGTAAACACGACCCCATTTCACCCAGCACATTATTAATCAAAGAGGTGGCTTGTAAGTAAAAGGTGTTTGTTTGTTTGTGCCTTCAAGGATGCCAACTGGATCGCGCTGAACAGTTCTCTGCAGTGTCACAGCCTCAGCGACATTTTCCTGCTCTTCAAGAGCTCCGACTTCATCACCCACGACCTCACGCAGCCGTAAGCTTCGGACAGTTCTGGCCGCCGTTTCAATCTTTACTTATGTG-TATAACGCTGGTT----------------TCCTTGTGCAGGTTTCTCCTGTGCAGTGACCAGGACTCCCCAGACCCGGCCATCAACTATGAGG---------TATCTTTCTTCCGGTCCTCT a score=5911 s danRer3.chr4 5115864 87 + 33808418 CAGTTGGTGTTGAGAAAATGGAGTGAACTCATTCCAGGAGGGGAATTTCGTTGCTTTGTGAAAGAGAACAAACTAATCGGTATGAAA s fr1.chrUn 57455686 87 - 349519338 CAGCTGGTTTTGAGAAAGTGGAGCGAGCTGATTCCAGGAGGAGAGTTCCGCTGCTTTGTCAAAGAGAACAAGCTGATCGGTAATAAA a score=10636 s danRer3.chr4 5116478 363 + 33808418 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TTGCAGGGACCAGCATGACGTCGCTGGGCAGCTGTCTGGAGCCTCAGTGCCAGAAATGTGAGGACGGCGAATATCAGGACAAATTCACCAAAGAGTCCGAGTGTCGCCGTCAGCCGTACTGCGATACAAGTAAG a score=1430 s danRer3.chr4 5197686 481 + 33808418 TCCTTATCTCAATATCACAGCCTTTTGC---CTGTCATGTTTAGACTAGGATTACACATCATTTGGACCAGTGAAAAGGGGGCATGGAGGAGATTGTTGTGCCCAGTGTGTGTTAGCTGTGAATATGTGCTTGG-GGGTGGATGGGAGGTGCTCTTTTTTGTACCCAGGGGTTTTCTCATTATCCTTGGATTAACAGGCCACAGGCCTTTGAATTTACATGGAGGCCACAGTG---ATTGGCAAGCAAGAGTTTTCCTTTTATCATTGCCTCTGCAGAGGGGAGGCCGCAAAAACAGAATATTGTCCTAAGGCCTAATCCCATTGGTGTTGTG--------------TCAGAAAGATTTATAAAAGAAACCAATG--CATGCAAGATTTTCTGTTTATGCTTCTCCATATTTTACTTTTTAT--TACTTGATCATTTTAAGAGTGACAGTCCACAACTATGTATGATTGGTGAAATATGCACTTTATATTTC---AATTGCATGCACTT s fr1.chrUn 214061520 458 + 349519338 tttttattttaaaaaaaGCTTGTTTTGCTCTCCGCTCTGCTTGGATCAGGTTGACA----------GCGACTGAA-----TGTAGGGAGAAGGTTTTGGTG----GTTTG-GAGAGCTGCCTCGATATAATTGATGGGAACATTTGTGGGTCAGTTTGT-----CCGGGACTTTATGTATTCTTTTTAAA--AAAAATCCATG---CTGTTTATTTCAATGAAAGACATGTTTTTCATCCGCAGCCACAAACTTTCCTCTCTGAACTGATTCCACAGAGGCAAGAACACAGAAAATGCTTTTTATTTTAAGGCAAATTCACATCTGAACTGTGTCCTTTTAGGGAATTCAGACAGTTTTGCTATAAACATTAATAGTCATACAACAACTTCATTTTGCAGTGT----TATGTGGCTGTTTATGCTCTTAGATCATTTT-----TGTCTGTCCAGA------------TGTTGAAAAAGCTAATATTTACCTCTATAAACATATGCACTT a score=26562 s danRer3.chr4 5200232 1232 + 33808418 AGGTCGTGTGTGGAGAGGTTTA-CAGGAGAGTACGA-------GTCCCTTGAAGGCCATCCAGCCCACCA-CTGTCCGAAATCTGGACTTGTCTGGAGATGTTTCAAATCGCTGGGTTTCTTGACGATATCTGAGGTCGCCGTTTCCGCCAGAGACCAGATCTTAGGTTTCTGGACATCAGCGAT-TTGTTTATACGACTCTCTTTTGGTCAAAGTGTCAGACTTGTCACTTTCCTTTTGCTGCTCGA----------------GTCCCCCCGCTAAACGGTGCTCC--------------------ACCGACTTTGACACCACGACATCCTCTTCATCCTCATCGTCAACAGTTTGAGGATCGATCTCATCTTCATCCTCAGTGCCTTTCCTCAAAGACCCTTCCTCTTCGCTCTCACCCTCTTCTTCCTCATC------CTCCTCGTCAGATTTTCCTTTGGACGCCCAGCTGACCCGGTTCTCTTTTTTTAACCGGCGGCGCGCATTGGCGAACCACGTCGACACCTGCGTCAGGCTCATTTTGGTGACGATGGCAAGCATGATCTTCTCGCCTTTGGTGGGATATGGGTTTTTCAGGTGCTCGCTGAGCCAGGCCTTCAAAGCGCTGGTGCTTTCCCGGGTGGCAACTTTAGTGACCCGACTGGGGTCGTCAGCTGGGATGGGACGATACGGGGTGTAGTATGGTCCTCCCCGTCCGAGGAGAGCTTGGTGATACGGCGATGCAGCCTTGAGGTCATAGGAATTGCTCTGAAAGTAAGCATGAAGTATTTTAGAATATAAATATCATTGCGAAAAGTGTTTCATCCTGCATTA-ATCCtaattaaaattaataaacatttattttttaatGCACATATATTAGAAATCAGT---CAAAATAC-------------TACTTACAATGTGTGCCATGTGTCCCGGATGAGGATAAGGGATGAAACTGTAGCCCGGTATTCCTGAGAAAGGTAAGGGCATCC---CGGCCATTCCCACAAGATGTGGCGGTGGCTGTTGCATTCCAGGTGGGCAGCCTAATAA------TTGATATCCAGCAGGCATGTTGATGTTTCTGTCCATGAAGAAGTTTGCAAACCCCGTTGATGAAGCAGGCATCCTTACTCCCTGAGCTCTGGT---GTTTAAATGACACTCGAGTTCACGGGCG-CACTTTATA---------------------------------GGAGGAGCAGCGAATGTAGGCGGA--GCCAGGGC--GGTTGATTGACAGCTGCGGT--------CCAAAGGCTTTCACTGGGACTAAATCCCTTCAAAGAA--CTTCGGTTGTTCCTTTTAACG 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33808418 GATCCTCCATCGTGAATCAAATTCCTAATAAAACAGTGTATCATATCTTTACACAGACTAGACAGGTGTCTGTAA s fr1.chrUn 155977738 75 - 349519338 GATCTTCAAAAGTGTACCTACTTCTTGATGAAACAATGTATCATATCTTCATACAGACTGGACAGGTGTCTGCAA a score=6437 s danRer3.chr4 5222210 140 + 33808418 TTCATGTTAAACACTACTTTGAGAAAATTTGGTGGAGAAAAATTAATTTTGTGCTAATATCAGAGCAGTTAAA-CAGACCAGTCAATTTTGNCTGGGAACACTAAAGTAAGGGGAAGGATGTGAACATGACAGGAGGGtta s fr1.chrUn 155978860 140 - 349519338 TTTATGTCTAATTCTATAAAATAAAGCTTTGGTGG-TAAAAATGCTTTTTGTGCTAATTTAAGAGCATTTAAAACAGACCAGTCAATTTTGAGCAGGAACACTAAAGTAGGGGGCAGGAGGCGAATGCGACTGGAGGGCTA a score=4964 s danRer3.chr4 5222943 102 + 33808418 TTACCATATGTCCTGACCAGCAGGTCCACTATATGCCGATGTCCATGTAGCGCTGCGATGTGTAAAGGTGTGTATCCCTGT-GAGTGAATAAAAGAC-CAAATA s fr1.chrUn 133683103 104 + 349519338 TTACCGTAGGTTCCCACGAGCAGGTCTAGGATGTGCTGATGACCGTGCAGCGCTGCGATGTGTAGCGGAGTGTATCCCTGCAGAGGGAACCAAGAACACAAACA a score=-295 s danRer3.chr4 5227753 424 + 33808418 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TCCCATTTGTAAACAAATATATTTTTATTTTTTGTtaataataataata--ataataataGATTTTATTTCAAAGCGCCTTTCAAGACACCCAAGGACACTTTACAGTACAACTATGCAA------CAGTTAAACACTATTTACAATTTAAAATCATAGGTCAGCTTCACAGTTAAGATTTCAATAACAGTTGCAATAGCACCAATTACAACAAAAAAAAAAGAAAATAGTAG-GTGAAACATACATACATACATAAGATCAACAAAGCAACATATAATCATAAACCTAAACAAAGAAAACAATTAAGGGTGGTGCAGTGAGTAAGCCAGACGAAAAAGGTGTGTTTTGAGGTTTGATTTAAATACGGGGAGAGAGTCGATATTTCGAATGTCTGGTGGTAAGGAGTTCCAAAGGTGAGGAGCAGAGCGACTGAAAGCTC-----CCCATGGTCCTGAGGTAGACGGGGCACAGTGAGGTTGAGGGAGGAGGAGGATCTGAGGGGGCGTGTTGAAATGGCAATGTGGAGG------ATATCAGA-------CAGGTAAGGAGGGGCGAGTTTATGGATGGCTCTGAAGGTGAGTAGAAGGATTTTGTACTGGATCCGGAAAGTGATGGGAAGCCAGTGGAGTTGTTGTAGGATGGGGGAGATGTGGTGGGAAGATGGGGTTCTGGTGATGATGCAGGCAGCTGAATTGTGGACCAGTTGTAGCTTGTGGAGAGATTTTTGAGGGAGACCGAAGACGAGGGAGTTGCAGTAATCTAAACGTGAGGTGACAAGACTATGGACGAGGATGGAGGTGGTGTTGGG---GGAGAGGGAGGGACGAAGTCAACTTATTTGTCGGAGATGGAAATAGGCGGCCCGAGTGGTATCGCTGATGTGGGATTTAAATGAGAGAGTGCTGTCGAGGATGATGCCCAGACTCTTAACTTGAGGGGAGGGGG-------AGACCAAGGAGGTGTCAA-------------TGGGAATGGAGAAAATGGCAACTTTTGAGAGTGATGATTTCGTCCCTACGAGGAGCACAGTTTTATCACTGTTTAATTTAAGGAGGTTTGACGAGAACCAGGCTCTGATTTCAGCTAAGCAGGTGGGGAGGGAGGAGGGTGGGAGTGAGGAGTTAGGCGAGCTTGAAAGGTACAGTTGAGTGTCGTCTGCATAACAGTGATATTGGATGTTGAATTTGCGGAAGATGGCGCCAAGGGGAAGAAGATAGATGATGAATAGCAAGGGTCCCAAGACTGAGCCCTGTGGCACGCC-TGAAGTGACTGGGGAGAGGTTGGACTTGAAGGATTTGAGC---------------------TGGATGAACTGTGTGCGGCCTGAGAGGTACAAATGGAACCACTGAAGGGGGGTCTTGGCAAGGCCGACGGA---GGAGAGTCTACAGAGTAGAATGGGGTGGGAGATGgtgtcgaatgctgcagtaaggtcgaggaggataaggatggaaagtgaaccagagtcagctgcagtgagaaggtcgttggttatttttatgagagcagtttcagtgctgtggtgggggcggaaaccagattggaaggggtcataaagggagttatgtgctaagtgggtgtgtagttgagaggcgactactttttcaaggattttggaaatgaaaggtagattagaaatgggacggagattgttgtaattattggggtctgagcctgtttttttcaggattgggatgatggctgccgttttgaggg 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AGGCGCTAAGTTTAGGCCACAAATGGATCAGCCCAAACTTCCATTCTTGGAGAGCCAGAGGAATGAGTTATAATTAGAAAGGTGATAGACCTGTGACAGACACAGACAACATGGCTGTCGGTGTAAC-ACACCATGCTCTAATGGGATCTCTATTGTGAGAT--TGATTGAGAAGTTTTGCCAAACA-ACAAGGTGTTAGTGAAAGAGTGAAGG---CTGTAGCTTGTGTTGTAATCTCAGAGTCATTCAGCGTTTCTGTCATGATAACTGTGTGCTGCAGCTGTTGGGCTGTCGGGAGCTGTAGATG----ACTCAGCTGCTGATGTACC s fr1.chrUn 275100869 319 - 349519338 AGGGGCTAATTTTAGGTCACAGGAGTGTCTGGCTAAACTTCCATTCTTGGAGAATGTAGGTTCAGGATTATAATTAGAATGGTGTTGTGAGTGTCCCCCAGGAGGACATCAGAG-TGTGTGAGAAGCAAAACAAAGGAATAAAGACATTTTAGATTGAGGATTGTGATTGTGGTCTTTTTGCTGCCATATGAGGAGCCCACAAACGATTATTTGTATCTGTATCGTGCTTCCTTCTTTCAGGCTTAGGAAGCCATTT-----TGATAAATGT------CAGCTGCGTGACTGTCAGAGGCTGCAGAGGAGCCAGTCAGCTGTTCCTCTGCC a score=10489 s danRer3.chr4 5378623 302 + 33808418 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AACTTTTCAGCAACAAGTAACATT-CCTAGAAAAAAAAAAAAAAAAACAACTAAAGAGCTACTGCAGATCTAGAAAAGATTCCATTAT--ATTTCTCTGCCG---ATTGAGGACGTCCGTCCGAGCGAATTCTTCGGGAAGCGTGTTTCT a score=1833 s danRer3.chr4 5384558 57 + 33808418 ATGTTTTTTTTTTTTTAAAGCTTTTATTTAGTTTAAATATCACTTGTGTTTTGTGTT s fr1.chrUn 223059130 57 - 349519338 ATGTTTGTTTTTTTCCTGGGGTTTTTTTTTGTTTGATTTTGATTTTGATTTTTTTTT a score=2723 s danRer3.chr4 5384702 311 + 33808418 AGTCAAAGTCAGATTTCTTGCCAATTCAACCACATGTACAGGACATACAGAAAATCGAAATTGTGTTACTCTCAAACC---ATACAGTAG-GTTCCTAACATataataataataa----taataataCAAAAGATAGATTTTTAAAAAAGAAATTACAATAATTACTattacacatataataaaatctaaaaacagaagtaaaaataaatatttttaaataatacaattacacttaagggcacatggcattga----gtgcaaa----------ccagagctgtgcagatg---caaaacattgtatagtgcaaaaagTATAGTATATTGCAAAGA s fr1.chrUn 297938065 309 - 349519338 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tttatttatttattattattttaatttaattatttatttgtttgtttattattattttaattctttagttagttattaattttatttatttatttaattaattaattaatttatttatttatttattttttagttattatttattttttagttattatttatttatttatttatttatttaatatttatttagttg--------------ttattttatttatttagttattttttttatta--------tttaattatttattgttttttttaggtatttatttgttttaattattta-----------ttatatctttagtttttatttatatatttatttagttattattttt-------atttgtttattatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatAAATAAGTAAGCCTTCAAAAACATTTGTATTCAATGGGTTTGTGATTTTAGTGATTTTCAAGTACAGCAATACCAGTGCATTTTGGCACAATTTAAAGCAATTGTACAATTCATTATCCAGCTCATTATCTCAATCATGAGAAATGGAttatgaattgtacagaacaaagtgttttgaaaatacaaattgtagaaatacagat-------------ttcctgtgagggttgggttatggggtaggtttgggggaagagaacagaatatagtttcaatagtgtaaa---------aatgattaaatctatgGGTATTAGTAGTATTTATATCTTAAAGATAAAGCGTTTCTGTGTGAAGTGTCTTGTATCTGCTCCAGTGGTGGTCCTCTCTTTTACTCTTGTCCAATTTCAGCACTTAAGTCGAGCGACGGCCGGTTATTGACCCCTGAATGACAGTGTCAGGGCGTCTGTCCCAAGGGGACGTCTGGTGACAGGAATGTGCTTAAGACTGTCTGAGGACGTCCTGCGCGTGACATTGATTGACGAGTCC-CTGTTCTGCGCTTCAGCAGCACCTCTGATTTCTTTTATCACTCGCTCTGTTTATTTTCTTTCTCTCGTCTAGTTAGCACCTAAACACTTGAAGGATCACCCAAAAACAAAAATGTACTTCATTTCATTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGAACAAAAATAG-------------------------AGAAATTTTGAAGATTGTTT---GTAAATCTTCAGTCAGTGATGTTTATAATAGGAATAAAGAATGCCAA--TAATAATAGCTTCTAGTAAATAGTGTGTGTGATCAGCTTAAGTGTTTAGGTGCTAACTAGATGAGAGAAAGAAAGTAAAGAGCTAAAATAAA--AAAGCAAAAACTCAAACACAATTGGAAATAGAAGATGGCGAGTAACTGATCACAGACCTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGTGACGT 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GAAAGCGCTCAT--CATCAAGTAAGTGTCAAATCCGCTGCGGGCAGCCAGGCGAGGTGTTTGCCGCCCGTCCTGTCTCC----GTCCACCTCTGCCTGCCCGTCTGCGTATTGACAGTCGGCCAATCTCCGCGTTTATACCGAGGTGTTAGTCGCTCCATTGTCCCCGCGGCCCCTCTTTTGAAATGCGCCGATGAGCTGACACCGAGTCGGCAGATCCGGATCCTGCTATTTGAAGTC a score=16637 s danRer3.chr4 5788079 411 + 33808418 aaatattgcaatg----tcatattttttctaatatcacacagccctaGTGGAACGTTTCATAATTATGTGTTCATGTGTGTTTTGTGCAGGCAGCCGAGAAACAGCTTTTACATACGCCGTCAGCGCAGCGGGTGTTGTGAATGCTGTGAGTCGAGCGTGCCGTGAGGGTGAGCTTTCCACCTGCGGCTGCAGTCGAGCGGCTCGTCCCAGAGACCTGCCCAGAGACTGGCTGTGGGGCGGCTGCGGGGACAACGTCAACTATGGCTACCGCTTCGCCCGGGAGTTTGTGGACGCTCGTGAACGTGAGAAGAACTACCCACGCGGATCGGTGGAACACGCACGCACGCTTATGAATCTGCAGAACAATGAAGCCGGAAGAATGGTGAGGAAATAAACACACACATCAGTGATCTG s fr1.chrUn 245604408 395 + 349519338 AATTATAGCAGTGGTCTTTAAATTTGTCCTCAACTTGCATCAAACTAAAGCGGCGCTCC-TGTTTCTGTGTTC-------------GCAGGCAGCCGGGAAACCGCGTTCACCTACGCCATCAGCGCGGCCGGGGTGGTGAACGCCGTGAGCCGCGCTTGCAGGGAGGGCGAGCTCTCCAGCTGCGGGTGCAGCCGCGCCGCTCGCCCAAAAGACCTCCCGCGGGATTGGCTGTGGGGCGGCTGCGGCGATAACCTCAACTACGGCTACAGGTTCTCCAAGGAGTTTGTGGACGCGCGGGAGAGGGAGAAGAGCTACCCCAAGGGCTCGTACGAGAGCGCCCGTCTGATGATGAATCTACACAACAATGAGGCTGGACGGAGGGTAAG------AGTGCGAAAATCAGAGATCTG a score=433 s danRer3.chr4 5788490 124 + 33808418 CTTTCTTATTTTTGGCTGT---GGATGCCATACTGGGCGTTA-ATAAGACCAGTTTGGGTTCATGCAAGTGTTTATACTGTAAGAAAAATTCATGAAAAACAGATATTATACTGGCAGGtaccgtgca s fr1.chrUn 165692670 126 - 349519338 atttagcatttgttattatcagggttgtcttcaggaacgttacagaaaaccagtgtgtgaaaaaacttaccttta-acaggaagaaccctttagcggaaccagac-tcatACGTGGAGATGCAGCACA a score=338 s danRer3.chr4 5804368 169 + 33808418 AAATACAAACAGCCGCAATATGCCATGAAAATAAAACATA------AATCTACTCCTTCAGTGCTTGCTTTTTACAACTACACCATCAGTATATTTCACCAGTCATATAAAAACTCACTCTGGACAATGAAAGTTTTAGTGCATGTTTGGAATCCCTGTTATGTGTGTATTCTTT s fr1.chrUn 239457986 161 + 349519338 AAACATAGCATGCTACTGTATTACACGTAAATATAATATACTACTGAAAGTAGCTGTAAAGTCTGAGCTCCCCTGAACCACAACAACAA---ACCTCACCA---AGAGAAATATTGA-----AAAGACACAAGTTTCTTT---CTTTTGGGGACATTGTTTTCTAAGTCTTCTCT a score=561 s danRer3.chr4 5804537 19 + 33808418 GGTTCACTGCTCATTGAAA s fr1.chrUn 165692942 17 - 349519338 GGTTCGC--CTAGTTAAAA a score=29661 s danRer3.chr4 5804556 496 + 33808418 TAACTACCCTCAATCTCTCTCCCTCT--CTCTTAAAGGCGGTGTATAATCTAGCGAATGTGGCCTGCAAGTGTCATGGCGTCTCAGGCTCGTGCAGCTTGAAAACCTGCTGGCTCCAGCTGGCCGACTTCCGGCGTGTTGGAGAATTCCTGAAGGAGAAATACGACAGCGCCGCCGCCATGCG--------------------------------------------------------------------------CATTAACCGA-----------------CGTGGAAAACTAGAGCTGGTCAATAATCGATTCAACCCACCGACAGGTGAAGATCTGGTCTACATCGACCCCAGCCCGGATTACTGCCTGCGCAATGAAACCACTGGGTCTCTGGGCACCCAAGGCCGCCTATGCAACAAGACCTCGGAGGGTATGGACGGCTGCGAGCTCATGTGCTGCGGCCGCGGGTACGACCAGTTCAAGACCTACAAACATGAGCGCTGCCACTGCAAGTTCCACTGGTGCTGCTATGTCAAGTGCAAACGCTGCACGTCACTCGTAGACCAGTTTGTGTGCAAGTAGCA s fr1.chrUn 105912492 589 - 349519338 TACATGTCCTCATATGCTTCTCCTTTGCCTCTACCAGGCGGCCTACAACCTTGCAAATGTGGCCTGCAAGTGCCATGGCGTCTCAGGGTCCTGTAGTTTGAAGACCTGCTGGCTCCAGTTAGCTGACTTCAGGCGAGTCGGGGAATTCCTGAAGGAGAAATATGACAGTGCAGCTGCCATGCGAATCGGACGCAAGGTACAGAGCGGAGAGAATCTCATTATGCAAGACAGTCAACGGTCTTTCCCTCACAAATAAACATTAATCATTCCCTAACTGCCTCGCTCAGGGAAAACTGGAGCTGGTGGACAAGCGATTCAACGCCCCGACATCTGAGGACCTGGTCTACATCGACACCAGCCCCGACTACTGCCTCCGCAACGACACCACGGGCTCGTTGGGCACGCAGGGCCGCATGTGCAACAAAACCTCGGAAGGCATGGACGGCTGCGAGCTGATGTGCTGCGGCCGAGGCTACGACCAGTTCAAGACCTACAAGCACGAGCGGTGCCATTGCAAGTTCCACTGGTGCTGCTACGTCAAGTGCAAGCGCTGCACGTCGCTCGTGGACCAGTTTGTATGTAAATAGCA a score=-951 s danRer3.chr4 5805052 139 + 33808418 GACGTGAGAACTGGGGGACAGACGCACTGAGCAATTAAGCAGGAGAAGAAACGGGACCCTTAACGGACCCAGAGGGGCAACTTAGAGATAATTAAATGTAAAAATGATATATTAAATAGCAACAAATTAAAATAAGTAT s fr1.chrUn 245605605 134 + 349519338 CGAGGATTACCTGCGTGTCCGCCGTAAGGCGGAGGGCACGTGTCTGTGTATCGATGAGCTCAA-GAGCGAAGGAGTGGAACAGAGAAAGAATGGA----AGAAACTATATAAATTATATTTATAGAGTTAAACAAATAT a score=3516 s danRer3.chr4 5823260 186 + 33808418 TCAAGCTGGACGGGGGGGAGGTGAGGGAGGACGAGGGCACCGCCTTTGTCCTGAGACACAGAGTCTGCACAAGCAGCGATACCGACCCCACCCAAACATCAACCTCAGACCACCAGGACAACATGAGGTCCTGCA--CAGATC-----ACAGATCGGACAGCCCCGGACAGAACGTGAGTGGTGTATATCAGA s fr1.chrUn 105923364 179 - 349519338 TCAAACTGGACGGAGGAGAGACGAGTGGGGCCGAGGGCCCGGCCTTTGTACTGCGCCACAGAAACCTCAACAGCCATACAACGGATCCCAT----GAGTCCCCGGGAGACGCCCAACAC------AGGTCCTTCAACCAGTCCCCTCAGCACCTCAGAGTGCTCCTCACACAAT----GCGGTGAGTATCTGA a score=6960 s danRer3.chr4 5839536 210 + 33808418 TCTTTGTTGTGCTTGTGTTTTCAGTGTCTTCATGCGAGGAGGGTGATGCATGAAAAAGAGGAAACGACAGTCAGagaagaggaagacgaagaggaggaggaggaagaagaagaggaCAAGAGCTCAGATGAAGGCCTT---------------CTGCTTCAGGCTCACCATGCCATGGAGAGGATGGAGGAGTTTGTGCACAAGGTCAGACTCTCTCTCTCTcac s fr1.chrUn 67146372 210 - 349519338 TCCTAACTGTGTCTGTCTTTCCTGTCTCGTCA---------------GAACGTCCCGGAGGACAGGAGAGAAAACAAAGACGACGATGGGGAAGAAGACAAGGAGGAAGAGGATGACAGTTGCAGGGATGAAGGTTTCATGGGGATGACGCCGTTGCTGCAGGCTCACCACGCCATGGAGAAGGTGGAGGAGTTTGTGCACAAGGTAATGAGCTCTCACTCTCAC a score=12204 s danRer3.chr4 5842333 242 + 33808418 GTGCAGGGTTGTTTCTGAGGT--CTTGCACTAATGCTTTTAATTTTCTGTCTTAGATGTGGGAAGGCAGATGGCGAGTCATTCCTCATGACGTGCTCCCTGATTGGCTGAAGGATAATGACTTCCTGTTGCACGGGCACCGGCCGCCCATGCCCTCCTTTAGAGCATGCTTCAAAAGCATCTTCAGAATCCATACAGAAACAGGCAACATCTGGACACATCTGCTGGGTA----------------CGACAAACACACCT s fr1.chrUn 67147226 254 - 349519338 GTCCAGATTTAGTTCTGAGGTGGTTTTGACGCCTGCTTCGACCCACC------AGGTGTGGGAGGGACGGTGGCGGGTCATACCTCATGATGTGCTCCCCGACTGGTTGAAGGACAACGACTTCCTTCTCCACGGGCACCGGCCGCCGATGCCTTCCTTCCGCGCCTGCTTCAGGAGCATCTTTAGAATCCACACGGAGACGGGAAACATCTGGACACACCTGCTGGGTAACGCACAGAGATGCTCTCACAAACGCACCT a score=13122 s danRer3.chr4 5844805 379 + 33808418 ATTGAGTTCAACTTCATGTCACTC---CTTGTACTTTAATGCGTGTATTGATTTTAAGCTGTTGACCTGTAGATATAAGCTGGCTTTGTATAAACGTGCCTTAACTTACCAAATGAGCATCTACAATTTCTGGTACGTTGTATATTTGT-ATATGCGTACATGAAAGCAGCGTT------TCTCTTGTGTCAACAGGCTGCCTGTTCTTTCTCTGTCTGGGCATCGTGTACATGTTCAGACCCAATATGTCGTTTGTGGCACCGTTCCAGGAGAAGATCGTCATCGGCATGTTCTTTCTAGGAGCCATTCTCTGCCTGTCCTTCTCCTGGCTCTTTCACACAGTCTACTGCCACTCAGAAGGGGTGTCCCGAGTCTTCTCAAAGTATGC s fr1.chrUn 67147556 378 - 349519338 ATTAATTTAAGCTTTTTGTCATTTATTTTTATCTTTTTTTACGCCTGTGAACTTGATTGTGTTCATTGTGCGAGATTAG--GGCTCCACCTA---GCGGCGAAACCGACGTACTGCGC---TAAACGTGTAGAAACTCAGTGTATTCATTGTCTGATTAGATGACAATAATATTGAGTTATCTCTT---CCTGCAGGCTGCCTCTTTTTCCTCTGTCTGGGCCTCATGTACATGTTCAGGCCCAACATGTCGTTCGTGGCTCCGGTTCAGGAGAAGGTGGTGATCGGGGTGTTTTTCCTGGGAGCCATCCTCTGCCTGTCCTTCTCCTGGCTGTTCCACACAGTTTACTGCCACTCCGAAGGCGTCTCCAAAGTCTTCTCCAAGTAAGC a score=11622 s danRer3.chr4 5846351 263 + 33808418 CAGGTTAGACTATTCAGGCATTGCGTTCCTGATCATGGGCAGTTTTGTACCGTGGCTGTATTACTCCTTCTACTGCTCTCCTCAGCCCTGCTTCATATACCTGATAGTGGTGTGTATCCTGGGCATCGCCGCCATCACAGTATCCCAGTGCGATTTCTTCGCCACGCCACAGTATCGTGGAGTCAGAGCTGGTAAGACATATACAGTTTTACACCATAGTTTGGGAAAAAAGAGTGAATGGGCTTTTACTGGGCCCTTCTTtt s fr1.chrUn 67148004 217 - 349519338 CAGGCTGGACTACAGCGGGATCGCCTTTCTGATCATGGGCTCCTTCGTCCCCTGGCTGTACTACTCCTTCTACTGCTCGCCTCAGCCCTGCTTCATCTACCTGATCGTGGTTTGCATACTGGGATTGGCCGCCATCACCGTCTCCCAGTGCGACTTCTTCGCCACGCCGCAGTACAGAGGAGTCAGAGCCGGTAGGACAGACGCCGC----------------------------------------------CCCTGCTTTC a score=6871 s danRer3.chr4 5846715 435 + 33808418 TTGTCAATGGCTTCTAGTTTGCAGCGTTCTTCAAAATACATTAAAACAAATATATAAAAATTACAGTTTTGCAAACACTTAAAAGTGATAATAATTGTACATTTTAGCTGAACACCATTAATAGTAATATTGTTTTTCTCCACCTGCTTGTACTTGAAGCTCTAGAAATATCTAATAGTGCACTAACATGTCTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTAGGTGTGTTTGTGGGTTTGGGGCTCAGTGGAGTCGTCCCCACGCTGCACTTTATGATTGCTGAGGGCTTCCTGAAGGCCACCACCATGGGTCAGATGGGCTGGCTGTTTCTCATGGCTGTCCTGTACATCACCGGAGCCTGCCTGTACGCCGCACGCATACCTGAGAGATTCTTCCCCGGCAAGTGTGACATCTGGGTGAGT s fr1.chrUn 67148221 244 - 349519338 CTGTCAG------------TGCAGCGGC-------------------------------------GGTTTGC------------------------------------------------------------TCATTTTCCGCCTGTTT-----------------------------------------TCAGGTGTGT-----------------------------------------TTGTCGGCCTGGGACTGAGCGGCGTGGTTCCCACCCTTCACTTTGTCATCAGCGAGGGTCTGATCAGAGCCACCACCATGGGGCAAATGGGCTGGCTGCTGCTCATGGCCACCCTCTACATCACCGGAGCCTGTCTGTACGCCGCTCGCATCCCTGAACGGTTCTTCCCAGGAAAGTGCGACATCTGGGTGAGT a score=-1150 s danRer3.chr4 5847150 333 + 33808418 TTATATCCTGAAAATCACAGAGCAAACACGTCTTGTTGCATTTCAcagggtgttttcacaggttttattaagcattacaagttgataaatcaaattaaggccaattaaaaagtattttaaaTTGCCTCCT----TTTGTTCAAGGTGTCATAGTTGCATATAATCCTTTCATTCGTTTATGTAAATCTGTTCAAAGAGGTTGTATGttaaaaggattgttcaccctaaaacgataacatactcactatttgcttgtccttcatttttcccaa----aacttaacgagt---------ttgttttttgtgttgaagactaaataatatattttgaagaaagctgaaatctt s fr1.chrUn 77106631 298 - 349519338 TGATCTTACCAATATGAATGAGAAGATAC------TTGAAATCC-----TTGTTTTCATGAAT--------GTATAACACGT----------AAACATAGTTAAAAAAAAAGTGTTTT--ATTGGTACTTAAAACTTTATAAATGCATCATTGTGAAGCATATGGCACACACTACATTA---ATATTTGTGTATGGCACTTAATTCACAAGAGAAAGGTTGAC---------ATAAAATCCTC----TTTTGAGGACCTTCATGCAACCTAATGGCATTTCAGCGAGCACAGAAACGTTGCAGTTGCTGTTACAG-----ATGTGAAATTTCTAATAAAGTTTCAGTCTT a score=50 s danRer3.chr4 5848574 22 + 33808418 TGATATTATGTCTAATTCATAC s fr1.chrUn 77107090 22 - 349519338 TGATACATGTTGTAACTTCTTT a score=6523 s danRer3.chr4 5848596 666 + 33808418 CTCGCCCTTTTCTCTGCAGTTTCACTCCCATCAGCTGTTCCATATCCTGGTGGTTGCAGGTGCTTTTGTGCACTTCCACGGAGTCTCCAACCTGCAGGAGTTTCGCTATGAAGCTGGCGGTGGCTGTGCGGAGAACGCAGT------GTGAGCTTCAGATCCTTCGGTGC---CTGAAACGCAC-------CACTAGA----AGGAGACAAAGGTCCTCTCACCTTTGCCACCAATTCCAGCTCTGTTCCTCCTGCCCATGA-----GGGGTAAACGTTAGAGGACAGCACTGAATGACAAAGCC----TTTCTGATTTAATTT---TCTCTCTTTGTTTTTCTCTG-------TTCT-----------------CTATTTTGCCCCTAAATAAATTGCATCATGGGATACGGTGGATGCAGGGTGAGGAATTTTAATTCATGTTTTTACCGAGATGGAGGAGACCTTTTTTTCGTGGCTTGGTCT----ATTGCTGTTTGATGGTTTGTTTTCTTTGTACGAGAAAAAAAACGAAA-------------CTTAAAAACAGAGCGAAAAAAAAAAGAAAAGCAAATGCAATTGTTGTGAGCGATTCGTGGGGTGGGCTGTTTGCCGTTTTAAAGTTTTTTCATGTAAATAAGATTTCTAAAATTTGGGTTATATAGATTTGTACGaaaataaagttaaaaaaaaaagttaaaaaaaaaaataCATCATTATATCATTAT s fr1.chrUn 67148520 703 - 349519338 CTCTCCGTCTCGTTCCCAGTTCCACTCGCACCAGCTGTTCCACATCTTGGTGGTCGCGGGAGCGTTCGTGCACTTCCACGGAGTCTCCAACCTCCAGGAATTCCGCTATACGGCGGGAGGGGGCTGCACTGAGGACGGCGCTCTCTAACGCACCACACACACCCTGACTCAATCTGACACACGTGGAGAGGCACTAAGCATCGGAACACACACATTCTTCCATCCAGACTGATGACCAAAGTGGCTTGTCTGGTGTGTGTGACACCCAGGACATCCTCCAGGGGGTGCTATTAAGTAGACGGGCCGGGGTTTTTGTTCTCCGCTCCCTCTTCCTCTGCCCACCTCTGAAACCACTTCTGAGACGTGCGTTTTATACTTTTTTGAGACTTTGCAGGAGGCGTCTCAGCCCGTCTCAACTGCTCAACAGCGATTTCACATTTCTGTTTT----GAGTTTGAAGAG-------TTTGGTGGCTTTGTTTCCTCAATGCTGTTTTTACACTCATAGCATTCAGATGGGGAAAATACTGAAAAAAGGTGTTGAGTTTCTTCACTAGTTGGAAAGATGGAAGGAGGAGGATTG-------TGAAAATGCTTCGAAATGTTGAAGTTTGG--GGGAAAAAAATCCCTCGTGTAAATAAGATTTCTAACGTTTGGGT--TCTAGATTTGTATG--------------AAAAAATGATGACAGAGAGAATAAATGATGATTTAGTTAT a score=-285 s danRer3.chr4 5880579 545 + 33808418 ATTTATGAGACGAAACTGAGGATGTGGAAAATACATTTATTAAGTTATTAATGCATTTTTA--TAATATATCAGTTTATTTGGTGTTCTTTACTTTGGTCATTTATTTGATTTTGCTTTATTAATGGTTGTGTGAACGTGTGACATTTTAAAATTATCT-----AAAAATTAGTTGAACA--------------CAGCAGAAATACAGA-AAATGTACAACATGACAGATCATGGGCTTGAACTTAAGTTATG-ATATGAGTCATGAACACAGTCTGACAAAATAAA-TGTATAAAAAGTTTCTGTGCTTAAGCCTGAAGTTCAAATCCCTCTTCAGCACTATATATACAATATTTCTTCATGAGCTGAACCAGCAGATAT-----GTTGTAAATGCATAACACAAGGGACAAAATATATTCTGAGACTATTAGTGTCTTAGTGTAACGTGTGTTCAAATCTCTC------TTAGGAAATTTTCACAACTTTCAACACTGAAAATTTGTTGGCATTAAGTGGCAGGTTTACATATAATAGAGAGCTGTAAGAGATCAGATCAGCGTCTGCTCCTGATGAG s fr1.chrUn 242836417 541 + 349519338 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ACATTGCGGTTTTACTTGTAAATATTAAAG-CTATTTTGTAAAAAAGCAATGTCAAACGGCTAAAATAGCATA--CAGATTTTAAATGGATTATGAGTGTTAATCTCTTTTTTTGGACACTCATTTTATCCATCCGATTTTCCATGCA-CAGATCCATTTGTGTCCCCGTGTGCTTCGCTCCTGTCCTGCT---------GTGTGTT-CTCTCAACATATTTGTTTACATTCGGTCTTATCTGACATGCTTCTGTGGGATTATGATTTTGTCCTTCTGCTTGTTTGTTGCTGTGTTATTGTTCATCAGCACAAACAAGTTTATGTTTGTGTGTGTGTGTTTGCATGGA s fr1.chrUn 297122757 329 - 349519338 ACATGGCTGGAGGACGTGTGAGCGTGGAGGGAGATGCGGTTAGAGAGCGAAGCTCACCTGTGAGACTAAATTAATCGGGTTTTAG-TGCAACAATTGCCTCAATCTGAGTCCTTTTACAC--GATTCAACCATCCCATCCTTAAAGAAACAG---CACTGTAGTCTGCATCTGATTAGCTTATGTCCTCCATGTGTACGAGTGTGTTGCTGTAAGACTAATACTGTACGTCTTGT---ATGTTAAATGCTGCAGACGTTTGATG----------TTTGATTATTTATGGTCGGGACAGAAGAAAAAGCCAAACTGGGATTAAACCTTTTTTCTGGTTCTCTGCTCGAG a score=12119 s danRer3.chr4 5912479 173 + 33808418 CAGATGGAGGAGCTGTTGGCCGCCATGGAAAAGGTGAAGCAGGAGTTGGAGTCCATGAAGGCCAAGCTGTCGTCCACTCAGCAGTCTCTGGCGGAGAAGGAGTCGCACCTGACCACGCTGAGGGCCGAGCGCAGAAAGCACCTGGAGGAGGTGCTGGAGATGAAGTAAGACCT s fr1.chrUn 123409820 173 + 349519338 CAGATGGAGGAGCTGCTGGGGGCCATGGAGAAGGTGAAACAGGAGCTGGAGTCCATGAGGGCCAAGCTGGCTTCCACCCAGCAGTCTCTGTGTGAGAAAGAGGCACACCTATCAACCCTGCGTGCTGAGCGCAGGAAACACCTGGAGGAGGTGCTGGAGATGAAGTAAGAGCT a score=-4794 s danRer3.chr4 5950458 1313 + 33808418 tttatttatttattattattttaatttaattatttatttgtttgtttattattattttaattctttagttagttattaattttatttatttatttaattaattaattaatttatttatttatttattttttagttattatttattttttagttattatttatttatttatttatttatttaatatttatttagttg--------------ttattttatttatttagttattttttttatta--------tttaattatttattgttttttttaggtatttatttgttttaattattta-----------ttatatctttagtttttatttatatatttatttagttattattttt-------atttgtttattatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatAAATAAGTAAGCCTTCAAAAACATTTGTATTCAATGGGTTTGTGATTTTAGTGATTTTCAAGTACAGCAATACCAGTGCATTTTGGCACAATTTAAAGCAATTGTACAATTCATTATCCAGCTCATTATCTCAATCATGAGAAATGGAttatgaattgtacagaacaaagtgttttgaaaatacaaattgtagaaatacagat-------------ttcctgtgagggttgggttatggggtaggtttgggggaagagaacagaatatagtttcaatagtgtaaa---------aatgattaaatctatgGGTATTAGTAGTATTTATATCTTAAAGATAAAGCGTTTCTGTGTGAAGTGTCTTGTATCTGCTCCAGTGGTGGTCCTCTCTTTTACTCTTGTCCAATTTCAGCACTTAAGTCGAGCGACGGCCGGTTATTGACCCCTGAATGACAGTGTCAGGGCGTCTGTCCCAAGGGGACGTCTGGTGACAGGAATGTGCTTAAGACTGTCTGAGGACGTCCTGCGCGTGACATTGATTGACGAGTCC-CTGTTCTGCGCTTCAGCAGCACCTCTGATTTCTTTTATCACTCGCTCTGTTTATTTTCTTTCTCTCGTCTAGTTAGCACCTAAACACTTGAAGGATCACCCAAAAACAAAAATGTACTTCATTTCATTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGAACAAAAATAG-------------------------AGAAATTTTGAAGATTGTTT---GTAAATCTTCAGTCAGTGATGTTTATAATAGGAATAAAGAATGCCAA--TAATAATAGCTTCTAGTAAATAGTGTGTGTGATCAGCTTAAGTGTTTAGGTGCTAACTAGATGAGAGAAAGAAAGTAAAGAGCTAAAATAAA--AAAGCAAAAACTCAAACACAATTGGAAATAGAAGATGGCGAGTAACTGATCACAGACCTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGTGACGT s fr1.chrUn 109209172 1268 + 349519338 TCTGTTCGATTTTTGTCATTTACAGCAAATCGCCATGGCATGTTTTTATAGCCTTGTTAATTCTATTGATAATATTCCACATCAGGCAC--ATTCCAACAATTCTGCAGAATATTT---------CCTTTCAGTTTCTGTTT-----TGAGGTCACACTAATAACTTTATGCATTTGAGACATATGGACCGTGTTTCACGAGCGAAAGCTTTGTCTACTTAATGTAGTTAGGCCTTTAATCACTCTCATTTTGCACTAAGAATGGCATAATCAAGTTACTGTTTTCTTTTTCTGATTCAGCGTTGCAAGCTTGTGTTTCTGGTCTGGCTCCATGTATAC-TGTAACCATCTTCTTTCCCCACCATTTGCATATTACGCATTT-----TCAATGTTATCACTCAGATA---ATTTATTAATGAAAAAGAAA-----CAAAAACAT-------------GCTACTGATTGTATGTATTTTTAAACAAAGC----CTATTT--TTTCTGTACAAAAAAAGATAAAAAAAAAAAACTGTGTTCAGCACTTTTATTCTGGGTTGTGCTTTTGTTTTCTATATATTTATAATTTAGA--TCCAAATGTATATATTGTAAAAAAATTTGTGCCTTTCAACTAATTCTTTCAAAGGTTTTATACTCATTTA----TGGAAGGATATATGACATTGCAATCTCAACTTTGTAAACAAATTGTAAACGAATAAAAACATGAAGATT--------------------GCTGAAGCTGCCCTGTGT--------TGGTCTGCGTAAAACTGGTGGTT-------------TCACGTAGAGACAGCAGAGGACAGAAGAGGTGAAGGGATCTTAAACT---GATGGAAACGTTTAGATACTTTTACTGAGATGACG---AGTTACT----TCTGATTATTCTCATATGAGT-CATCTCAGTAGTGACATTAGTCACTTAATCCACCTGTCAGCCATTCATCTGCAGCTGTATCGTCATGTTTCAGAGGGACTGAAAGCTGAC-------AGCAGGCTTAGCTGATATATTCTTTGAAAAT------AAAATAAAAACAT-CTTTATTACCTTATC-CCGCTGACTCAATTAAAGATAAATAATTTGATTACATTCCAGTATATATGCAGCACCTTTTAATAACGTGTAAAGCTAATATTTA--CATTTCCGGTCAAAATAATAGAGAGGGACGTTAAAATAAGAACAAATTTAAATAAACTATTTGCTAAAACTGTTTCA----------------CCCGTACGAAGCATGAACTGGTCCTTTAAAATAACCCAAAACATAAAATCAAATCCAAAAAACAGGAGGATAATGTGTGTGTTCAACAAAAATGCTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTGT a score=10583 s danRer3.chr4 5984532 192 + 33808418 TCTAATTAAGTGTG----TGTTCTCCTCCAA----ACAGGCAGGAGGCACTGTTGGCAGCCATCAGCGAGAAGGACGCCAACATCGCTCTACTGGAGCTTTCGTCCTCAAAGAAGAAGAAAACTCAAGATGAGGTGGCTCTGCTGAAGAGAGAGAAAGACAGGCTGGTTCATCAACTCAAACAGCAGGTAAGACCCCAAA s fr1.chrUn 123410138 200 + 349519338 TCTGGTTAAATGCGACAATGTTTTATGCCACCCTCACAGGCAGGAGGCGCTCTTGGCTGCCATCAGTGAGAAGGACGCTAACATTGCCCTACTGGAGCTGTCTTCATCGAAGAAAAAGAAGACGCAGGACGAGGTGGCGTTGTTGAAACGGGAGAAGGACAGACTCGTGCAGCAGCTCAAACAGCAGGTGGGGCTGCAGA a score=1842 s danRer3.chr4 5984724 48 + 33808418 AAAAAAAAAAAAAAAACCCAACCAAACAGCAGGTG-AGATCAATGACAG s fr1.chrUn 223057746 49 - 349519338 GAAAAAAAAAAAAAAAAACAACTAAAGAGCTACTGCAGATCTAGAAAAG a score=5861 s danRer3.chr4 6011445 184 + 33808418 CAGACGGGGCTCATTTTAAAAT---GACCGTGTGTCCGTACTTGTGTGTTTTGGCAGTAGCTGACCGTGAGCTTGATCT-TTTACAGACGCAGAACCGCATGAAGCTAATGGCTGATAACTATGAGGATGACCACCACAAGGCCTCCAATTCTGACCAAACCAATCACAAGCCCTCTCCAGACCAGGT s fr1.chrUn 123410341 178 + 349519338 CAGGAGGGGCTGCTGCTCCAACTCAGGCCCGATCTGCATGACTGCACATTTCTACAGCAG-------TAATTTTTCTTTATTTTAAGACACAAAACCGAATGAAGCTGATGGCAGACAACTATGAGGATGACCACCTGAAGACTGC---TCCTGACCACGCTAATCATAAACCCTCTCCAGATCAGGT a score=3202 s danRer3.chr4 6014906 469 + 33808418 CCAATAGGACGATGAGGAGGGCATTTGGGCATAGCCAATCATGTG--------CCCTCTACCAGC-CATTTTGTTCAGAAGGGTGAGAAACGTCTACATATACATGGGGAATGACGCTCTTCCTCTT-----------GTATTTCATCATTTGTTTTTGAGTGTGTTT--TTCCAGCATCTTTTCTCGTTGTTCTTGTGTT----TCATGTGATTTTATTTTGTTATG-----------------------TGTGTTTTTGT----TTTGTCTGCCTCATTTTGGTATAC-------ATATTTGTGCCGCTTGTGTGTTTATATATTAATTTTATCCTCATAAACTG-TCAAACAAGACCTGCATATATCATACAGAGAACATGTTATCGTATAAATTAGCATGTCATTCATTTGCAATGATTTATTTTTGATTGTAGCATTCAAAGAG--------TATTCTTATTGATTAATTTACATATTTGTTGTTTTTTGGGACCAAATCTTAGAGAATTATG-CATACAGTACATATTTAAAT s fr1.chrUn 123410689 507 + 349519338 CTAACAGGATGATGAGGAGGGTATCTGGGCATAGCCAACCTTTTGGCCTCCCTCTCTCTCACAGCTCTTTTTGTTCAGAAGGGTGAGCTCGTACAAGCCAAACCTGCCACAT--CTTTCTTCATTTCTGCTCTGTGGGGCATTTATTCATCTCTCTCTCATTGTTTCTACTTTCAGCTGCGTG--TCGTTGCTTTTATTTTTGAATTATACGCGTCCGTGTCGTCATTGCGTCTTTGACAGCAGGTCATCCTGTGTCTTCATGCTGTTCATTTACTTCTTGTTGGCTTACTGCACGGTGATCTGTGGTGTTCTTGTGTTTGCACGCACAAGCTAAGGGGATGGATTGATTGATCGTGGCTCAATTCCATCAGACA--------------TCTTAACCTTGCATGTC-TCTAACAGCCATAATTTGCTCCTGACATTGTGATCCACAGAGACAGGTGCTGTTTTAAATAACTCTGAAACATATTGGCTATT------AACTAAATT-------ATTTTGTTGTGCTGCACATACATAAAT a score=8124 s danRer3.chr4 6028112 225 + 33808418 CATTTCCTCGTTCCTGTTTTTGGAC-----AGATTATCCCCCCGCTCATAGACCTCAATCAGAACCGCAGTAAGCTGAAACTGTACATCGGCCACCTCACGGCCCTCTGCCACGAGAGAGACCCGCTCATCCTGCAGGATCTAGCCCCGCCCTCAGCATACCACCGCAGCCAACGGGACGCCTGGGAGGAGGAGCTGCAGAAGATGAGCCCAGAACAGGTAACACAAGGA s fr1.chrUn 123411324 230 + 349519338 CATTTTTTCCCCTTTGTCCTCCCACCCTGCAGATGGTACCCCCTCTGTTAGCCCTGTCCCAGAACCGCAGCAAGCTCAAGCTCTACATCGCCCACCTGACAGACTTGTGTCACGACCGCGACCCCAGCATCCTGAGCCAGCTCACGCCACCTTCTCACTATCACCACAGCAACCCTGAAGACTGGGAGGAGGAGCTGCAGAAGATGAGTGTGGAACAGGTTAAAAAAAAA a score=2020 s danRer3.chr4 6047509 207 + 33808418 TTAATTATGAAATAGTCG--CGCGATCCAAACCTA--CACAAAAACACACATG-------AAAGGGAAACATATT-TTATGATGTATGAATA-TTACTTCCAG---TTATTGTTACAGATGTCTTTATCATTAACCTTGTTAAAGTTGGCGT------TCGTAGGCCAGGAGAGCCAAAGAAAATA-CTTCTGTGGGTTTTT-GTGAAATATTCCACTTTCTATGGGCTTT s fr1.chrUn 80100399 225 - 349519338 TTAAATAGAAAATATTTTGCCACTATCTGACCCGGGTCTCTAAAACACACATTCACACACAGATATAACCACACTCTTGTGTTACACGAGGGCTTGAGCGCAGCCCTTATTGATACAGATGTATTGGTCATTAAGACGGTCGGATTTGATTTCTCAACCCGTCCGCC------GCCAAAGAAAATAGCATCAGCGCCCCCTCAAAGAAATGTTCCACTTGGTCTGGGCATT a score=163 s danRer3.chr4 6051679 24 + 33808418 ATAAACGCTTTATTCTGTTTGGTT s fr1.chrUn 80100905 22 - 349519338 ATAAAAGCCCTGCTTTCCTC--TC a score=9207 s danRer3.chr4 6051703 159 + 33808418 TTACAGCTGGAATCTGAGTTGGAGCAGTGCGAGCGAGAGAGTGCCGAACTGCAGGAATACGCAAACTCTGTCCTGCAGCAGATCGCCGATCACTGCCCGGACATCCTGGAGCAGGTGGTCAATGCTCTGGAGGAGTCATGCTGAC----CGGACTGCAGAGCC s fr1.chrUn 123411620 163 + 349519338 TTGCAGTTGGAATGGGAGCTGGAGGTGTGTGAGAAGGAGAGCGGAGAGCTGCAGGAGTACGCCAACTCTGTTCTCCAGCAGATAGCAGACTACTGCCCCGACATCCTGGAGCAGGTTGTTAATGCCCTGGAAGAGTCCTGCTGACAGCTCTGACTTCAGACCC a score=-452 s danRer3.chr4 6061672 132 + 33808418 GCTATAATGTA------TATTCCATACTCCC-TCCTTGAAGACAGCACGCCAAAATTCATCAATTAAGATTAGATGTAAGGGTGAACTCGTAAAAATAATGTTTGATTACCTGACATTGACCTCATGGCTGGTTGTTAA s fr1.chrUn 224841184 129 + 349519338 GCTATACTGCAGTACTCTACTTTGTACTGCAGTATCTGATGTCAGTACTGCAGTATC--TGATGTCAGTACTGCAGTACTGTAGTACTGGCACCAGTAATGGTCCAGTTTCTTACACTGGTCT--------ACCAATGG a score=7643 s danRer3.chr4 6061804 208 + 33808418 TGTGTCCGCAGCCCTGGCAGTCCTGTACAGAGAGAGCCGAGCCCTCCT---------------------GCGGTGCCTCGAGGGCCCAAGCGGCGGCTGTACAGTGCAGTGCCCGGGCGAACCTTCATCGCCATCAACTCCCACACTCCACAGGGCGAGGGTGAGATCACACTCAACCGAGGAGAGAGGGTCAAAGGTCAGTCAGTCAGCCTCTCTGTGGGACAAGAGG s fr1.chrUn 144264996 226 + 349519338 TTTGTTTACAGCCCGGGC---TCAATGCAGAGAGACCCAAGCCCCCCTCATCACACCCCTCCAGCTCTGGCAGGCTCCCGTGGGCCTAAGCGCAAACTCTACAGCGCTGTCCCAGGACGCACCTTCATCGTGGTGAAGCCCTACACGCCTCAGGGGGAGGGGGAGATCCAGCTCAACCGTGGCGAGAGAGTCAAAGGTAAGTTTTCTGTCTTCTTTTTGGGGTGGGGGG a score=8224 s danRer3.chr4 6062640 245 + 33808418 CTATGATCTAA----AATGAAACAACAAACAAAACTAGCTACAAAAACTAATCTGACTGTGGAAAACAATTCAAATCCAGCATTTAACAATTTGTTCATGTCTCCACTAGTGCTAAGCATCGGTGAAGGAGGATTCTGGGAAGGCTCAGTAAAAGGACGGACTGGCTGGTTTCCTGCTCACTGTGTAGAGGAAGTCCAGATGAGACAGTATGACCCACGACTTGGTCAG-TGC-ACACACACATGCATTCA s fr1.chrUn 144276985 232 + 349519338 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TGTTTTTTCTTATTAGCTGAGACGCCCATAGAGGAGTTCACACCTACTCCTGCTTTTCCTGCACTGCAATACTTGGAGTCAGTGGACCTGGAGGGAGTGGCGTGGAGGGCAGGATTAAGGACAGGGGATTTCCTCATAGAGGTAA s fr1.chrUn 144290352 144 + 349519338 TGTTTCTTCCC-TCAGCTGAGACCCCCATTGAGGAGTTCACCCCCACCCCTGCGTTCCCTGCTCTCCAGTATCTGGAGTCTGTAGACGTGGAGGGGGTGGCCTGGAGAGCCGGTCTGAGGACAGGAGACTTCCTCATCGAGGTAA a score=-4950 s danRer3.chr4 6063873 525 + 33808418 AGTCAGTTTACCACCACAGAATGAAACTCAAAAACCTGCCTAAATTAAAGCCCGTTGATACTTAAATAACTCAAACAAAATAAAGCCAAGGTGAAATTAGTTTGGAGTTTGTTTCAGAAGTTTAAAGCCAGCTTAGTTAATTCTAGTGAAATTACCAAAAACCAAAATGACTTATGGCGGAGATAGGAAAAGGACATTTAATAAGATCCCTGA---------ATAACACTAGGGGTGTTAGTTGTCTGGTTGTTGGTTTATTAATAAAAAAAGTCTAAAATTGCAATGTAA-TGAAAGTAGCAATACATCTTCTGTG-TTAGTCATCTGAGTGAAATGTATGTACGTAGGGAAACAATGTTGCATGGGGACTTATGAATGAGATTATACTGTATAAATTGCA-TAAATTAGAAGATAAGTCTGTCATTTGATTAAAGTACAATTAATTTATTTTAATGAAGCATGCAAAAATGTGTCATTTACCAAAACATTTTTAAATACACTAAATTAATTTACATTTCATGTTGACTTTTTA----GA s fr1.chrUn 101827927 419 + 349519338 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TTTTAAGCGCCACTGTCTGCTGTCAAATAATAATTTTTAGGCGAAAGTCCTGAATTTTCAACCACCTGCAGGTAAAAAGACCCAAGTCGGAGTCGGCGGACTGGGCTGAAGAAC---AGCAGGGGGACGGGGATCTCGATCATAAAGGTCCCGACCACGCTCAGCTTCTGCCACCACACTGGCAGCTGGTGGGCAAACCAGGCCAGCGGCGTCGGGATGCACTGAGTCTCGTAGTGGTACGTCAACGCTG a score=3679 s danRer3.chr4 6147194 112 + 33808418 ACCTGACAGGTCGTACCACGCAGGGTCTCCAGTGGCCAGTTTGCTCACACCTGTGGAGAAGGTGAGCCGGAAGAAGAGCCAGCGAATCATCCAGAAGGTCAACGAATCGTGG s fr1.chrUn 21611926 112 + 349519338 ACCTGTGAGCCCCCACCACGTGGGGCAGCGCGACGTGAGCTTGACCACGCCCGAGGCGAACATCAGCCTGAACAGCAGCCAGCGGATCAACCAGAAGGTGACACGGTCGTGG a score=2234 s danRer3.chr4 6147330 89 + 33808418 AGCAAACCCAGCGGAGCTACAAGCACAGCCAGAAAACCAGCCTCCAGCAGCAGCACATCCCTGTCAGACCACAACACATCACAAACAAC s fr1.chrUn 21612062 89 + 349519338 ATTAATGTCAGGGGAGCTATGAGGATACAGAGGAAGCCCGTCTCCAGAAGAAGGTTGTCCCTGAGAGAGAAGAAGTCAAATCAAACAAC a score=8174 s danRer3.chr4 6150637 491 + 33808418 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CATCAGAGACAGACAAGGGATG--GCTCACCTGGTAGAGGGACAAGTAGAAGATCCAGAGGCAAAAGAACACCAGGCTGTCTCTGAAGCCCTCCAGCAGGGTGGCGGCGAGGCTCAGCGCCGCCCCCGCTAGGCACAGCAGCTCCATGGCCGTGTGAGTGTCCAAACCCAACCGGGGTCCCAGCCACAGCAGGGTGGGGGAGGCGAGCAGCTGTTCCCCCAGAGGCTTACCGCTGTAAC----GCAGCTGCCATCGGGCAGGCAGCAGCCCCTCGTTACCATAGAGACCTACATGGAAATGGAAACAACGTCCA--TAGGCAGCGTGCACTTCTCTGTTTTCAGCTGCTGAAAAGTGAAGAGCTTCCAAATCTAAGCTTTAGCGACACCTAGTGGTGGCAT-----CACTGGTACCTACATTTGAAGTG-------AATAAACTTCCCATTAAAACA--TGGGCGTGGGTGAAGTCT---TCAGGAATTCCACTGAC---ACTTAAAACAA a score=5150 s danRer3.chr4 6161792 407 + 33808418 GTTACAGAAACCTACTCACTGAACCAAATACACTAAATTTAAATGACCT-TTATTGAACACATTAAGCAGTTTT-AATATAATTTTGTATCCATGAGTGATAGGCAGATACTCGAGTGAACACAGCTGGCTTCTGAGGTTGGCATTTCTTGCTGCCCCATGTTGTTAATCCTACAAGGTGGTAAATCCCGTTTTTTGCACACACAAGGGGTGCACCCGAGTCCCCCTGCAG---CAAAATATAAGGTGATAATACTTATAGTATAATACTTAGGTGAAATGTGAACAGTACATGTGGAATCCAGAGGTGTTGAAACTACTGTACCAAGCAGGAGGTTGAGGCTGCTGCATGCGTACACAGGTGGGACTGCCTGTTGAAACCGTCACCCCAGCCAGTCCTGCAGGTGTCTTCA s fr1.chrUn 80605633 387 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AACATGTCGGAAGAGGAAGATCAAAATAGAGTTGGAGAGAAAATGTGTGAGAAAGCCCCAACAGTTGTGGAATCAAACAGTTTGTTGAGATGGTGGACCAGTGGAACC-AGTAGCAGCAGCGGCTCTGGTG--CAAGTACAACCT--TTACCTGACATTGCAGTGCTGAGCAGTTAGAACCCACCGCCGGTGGATCAGTGTCCCACTGCAGTAGTGACCTGTGTTGGACTGCAGGCTGACCTGCCAAGGCCAGAAGAAGGGGCAGGACTCCTCCACGTTCCCCACAAGAGCTTCACTTATGTCAGACGGCGACAGATCAGCGAGGCCCAAAGCTTTAACACACCGGAGGCGCTGCTGCTT------CCCACACTGGTC----CTCTGTTATCCAGGTGAACAGACGCCATCATGCTTGAGTAGACAGAAGTACGGGTGTGTGGTGATCCTGACACCTACCCTGAGACTCCACAACATCCTCATAAAGCCTGTTCTGGTCATCTGTGGAAGAAAGGTACCAGAGAATTCAGCAGGTAAAGTTTGATCCTCGTTACCTGAGACTCACTCATAATGTCAGACA---TCCAGTGGATGTTCTGTTGCAGCTTTGTGTAGACTCCAGGTTTGTTAGATCTTCCACAACCAACTCCCCAACTGACCAGACCAGCCAGCTCATATCTGCTCCCTGTGAAACAGGATAAAGGTCCTCCAGAGTCCCCCTGAGATGCAACATCAGTGTTAAAGATGGCAGAGCAGAACAGAAGACAAACCGAA-GACTGAAGATGGAACAACACACTGAAAAGTGACGACGAAACCCATAAAATAAAACAGAAATTCTTTTCTGATGTGACCCAGTCAATTCAAGGTCGAGAAATGAGAGAAAGAGAAATTAGGCAGCAAATAGTTAAAAATCCCACAGAAACTAAATTATACATTTTTTAAATTTTCAAATATTCTCATCAGTCGCCTCCAGAAGTGAAAACAGACGTTTAGATCCTCGAACAAATGTGTTGAAACAACAGCTCAGATGTTTCTTTGACATCTCACTTTTAGCAACCTCCTCCAGTCTTCTTGGGTATGACACCACACCTGGATTTAGGGTCTTCTCCAGCTCTGCCAGCTTGGATGGAGACATGTTCAGAGATGTTTGATTGGGTTCTAGTCAGGGTTCTGGCTGGTTCACTCAGAGGGTTCTCCCTAGAATCTCCTCTGTTGTTTGACTTTGT--CTTCAGGATGAATGTTGGAAGGTGAACCATCAACCCAGCCTGAGGCTCAGATCATTCTGGACCATCAATCATCATTCCTCCACACATGATCATTTACATCCAAGTCCACAAAATTTAGTCTTGCTTCCATCAGACGAGAGAACCTTTCTGTTCCTCAGAGTCTGAGTCCTCCAGATGATTTTGGTACTTCTTCTGGAACTTTCATCTTCACAGGGGATCTCTGGAACTCTGGGTCTTATAGAGACCCTTTCTTCAGATTGCTCAGTGTGTTCACACGGTCAGCTCCTGGTTGTTCTGCTAGAGACCACTGTGCTCTACATAACCTTCAGAGGAGCAGATATCTCATATAGATGGAGTGTGGCTTTCCAAATCATATCGAGTCAGTTTGGCTTACCACAGATGGAACCCAG-TCATGTCGGAACATCTGAGCTGAGTTTCATAGGTCAGAACATAAGAATTTCAGTTTTCAGTCCTCCAGCCTGGAGGTTTGAGAGTGACAGATGAGAATATTTCAGCAACAGGAAAATGCTGATGAGCTGATGACTGAGGTAGAACATCAGGGCCTGAGCACAAAG--AGAACATTTTCAGAGTGCAAATCTGTCAAACTGATTTTCTGGTCATACTTGGCAGGCATCAACTCCTCCTTGGTCCCTCCCAGCGCAGAACATGGATGGCCGAATCCTGCCCAGGTAGTACTGATCACAGGTTTCAGGGGGCAAGACGGTCACATTCACCTCCTGGAGTCGGTTAACTCTAGGGCCATCTGT---GGAACCAAACT 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AATTTATTTACCTGTGTCCACCAGGAACACGCCATAGTTGTTATGTAGGTCAGAACTTTCAGGACAGTTCTCAATACCCTTGGTATAAATCTCATTCGCTTCTTTTGAGTGTCCCTACACACACACAAAAAAAAGTATAACAGGGTAAACATCAGCGTAAAAGGCTATGAGGTGTCTAACAATCACTTCACATGAGTGTCATTTATCGAAACAAGAA---CAGAGAACAAGACCTGGTCAGCATATAGAGAGGCGAGACTGGAGTACGCATCTGCGAAATGAGGGCCGAACCGAATCGATTCTTTCAGCATGCGCTCCGCCTCTTCCTCTTTCCCCTGAGATCTGGAAAACAACATCATCATCATCATCTT s fr1.chrUn 247666599 355 + 349519338 AATTGTCTGACCTGTATCCACAAGGAAGACCCCGTAGTTATTATGGAGGTCAGAGTTTTCAGGACACCTTTCTATTCCTTTCAGATACATTTCTTTGGCTTCGGCAAAACGTTTCTGTAAAAATG----AGACAGTATAACACAATTA----CACCGTGGAGGA--------TCTGCACCAAACGTTCTTTAACAGCACAAGGTTCAGAATTAGGAATTTCTGGGGGTTTCACCTGCTCAGCATAGAGAGATGCCAGGCTGGAGTAGGCATCCGCAAAATATGGTCCAAAATGAATGGAGTTCCTCAGCAGACTTTCAGCTTCCTTTTCCTTCCCTTGAGACCTGAACCATAGCATTATTACTGCCATATT a score=9408 s danRer3.chr4 6191419 183 + 33808418 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score=3339 s danRer3.chr4 6210303 321 + 33808418 CACGTGGAAATGTGTGCGTTCAAT-CGCTCACCTGTAGGCATGTAACACAGTTCAGGCTCAATGCCAGCATGACAAGAGCCAAAGTCAGCGAGGCAATATTGCGTCCGTCCCACAGAGACTCCACTAAAGGAATGCTGCCCACCTGCCGATCAGAAGTCACGCAGTCAAGCAAACGCTCACTCAGATGAAGCGACAGCAGGGTTTTTCTGTGGTTGTCGTTTACCTGCCAGTCGTAGCAAAGCATTATGGGAGCCAGCAGGAGCCAGGCGTTGAAAGCGAGCAGATAGCAGTATGTGAGGAACC----TAAAAAAGACAGAAATGT s fr1.chrUn 247673531 241 + 349519338 CACGTAGAACAG----CTTTCTATACTCATACCTTCAGTGAAAAGAGGCAGCGTATGCAGAGTGTGATGATCACCAGGGCCAGCAGCACAGTTGCCCCATTACGCAAATCACCTAGGGACTCCACCAGGGGAATGCTTCC---------------------------------------------------------------------------------TACCTGCCAGTCATAGCACAGCACGACCGGGACCAGCAGCAACCAGGCATTGAAGGATAACAGGTATGAATACGTCAATATCCTGGGTAGGAAAAGCAGAGAAGT a score=5662 s danRer3.chr4 6211049 197 + 33808418 TGCAAGAAAACACATTGTCTTTTTTTTGTGTTAAATCTTTTAAGATGAAGATATGTGAGGGATGGCATTGAGACAGACCTGGTGAGCAGATATGGAGAGAAGGATGCAGGATTGTCTTGCTCGGAGAACAGCGGCATGGATCCACCCATCAGCCATAAGCGGACAGACATGATGACTGTAACCTGAAGAAAAGAGCA s fr1.chrUn 247676084 192 + 349519338 TGCATGTTTACAACATGTTTTCATTTTAAGGT---TACTTTAAGG-GAGTTTGTTTGGGTGAATGTGTGGA-ACTGACCTTGTAAGGAGATAAGGGGAGAAAGATGCTGGGTTATCCTGTTCAGAAAAGAGAGGCATAGATCCTCCCATCAGCCACAGTCTTACTGATAGGATTATTAGTACCTGCAGGAAGCAACA a score=7722 s danRer3.chr4 6223336 401 + 33808418 GCTTATAAAGAGTCATAGTGAAAATATAAACTCACAAGATGAGCGGTTTGCGGCAGAGCACCAGGAAATCATAGAGGACACACACTCCAAACACCGTCACCCCGGTCTCTTTTACCAACATGGCACAGGTGCCCAACAACAGGCTTAGAGCCAGAGACCACACACACACTGTAGGAGGAAACTCATCCGCACTCCTGATAGGTGACACACTCCTGAAAATAAAGAGCAAAAATAAGTGAAAATCAGCTAACTTT--------------------AGCATTCACACGGTATATAATAAACAGAATAGACTCACTTTTTCAATATCCTTATTCATTTTGATAGTTTAAAAATATTTAAAGTGACATTTATAAGCACTGTTTTATATCTCATGCAAAATAATTTGTAAAAACGTTGATAAATAT s fr1.chrUn 34142265 415 - 349519338 GCCCATGCAAATGTGTAGGTAATTTTTGTACTTACTAGGCTAGAGGCTTGCGGCAGAGCACCAGGGCATCGTAGATTATGCACACTCCAAACACAGTTATGCCTGTCTCCTTCACCAGCATGGCACAAGTACCCAGTAACACACTGATGAGCAGACAGCCCACTGACACGGTGGGGGGGAAATCATCCTCAGACAAACATACACCTACACTCCTGAAAA-AAGTAACAGAGA-AAGGACAAAGCTTCTAATATTGATTATTAAACCCGTCACAGAGCAAGGAGATGGCGAGCTATCAATGTTTTAGACAATTACTGTGGGTATACTGAACCATTTTG---TTTTGAGTTTCTATGAGGTAAGAATTACAA-TACTGACATGAACTGAAAGTAAATTTCTATGGAAAAGTACAGATAAATAT a score=5287 s danRer3.chr4 6223931 254 + 33808418 AGATTTTAGATCAGTTTTTTT------TTATCCCATTGGAGAATGCCCTGGTGTTACCTAATATAGGAGAGAAAGGCCAGGAGGAACAGCATGCTGGCTAACACATCTGCTCTCCCGACAATCCCAGACACCT-----GTAAACACACAAACGTCACACT--TTTATAAGCTGCCATGCTAATCAAAAACACAATTACAACAATAACCAGCAGTAAACATTACAATTACAAAAACAGCAGAACAACAATACACACTTTTCATCAGCA s fr1.chrUn 34144252 250 - 349519338 AGGTCTTTAATTTTTTTCTTTGGGTCTTTCTTTCATTTGGGAGATCCAT------ACCTGATGTAGGAGAGGAACGCCAATAAGAAAAGCATACAAGCCAAGACGTCAGCCCTTCCCACAACACCAGTCACCTTAAACACAAACGCACACTCGTTATGTTACTTTTTTTGTTACTCTGATAAACTGAAATGCACTTGCAACAAATACTAGT-----ACATCTCAATT------AAATTGGAATATCACCAAAAATTTTATTTCAGTA a score=7649 s danRer3.chr4 6235115 202 + 33808418 ACTCACAGCTTCAGTGTGAATGGGGTGCACAGAGAACAGCAGTGCGGTGAGGAAGGAGAAGTTGCTGTCCTCGAACACACACTGCTGGCAGGTGTACATGAGCAGCGCTGTCACCACGCAGTGCAGGAACACATTCACCAGGTGGAAGAAAAATGGAGTCAAGCCGCCCAGCAAAATGTTCAACCTGAAAAAGAGAATGGCA s fr1.chrUn 49711903 202 - 349519338 ACTCACAGCCTCGGTGTGGATGGGATGTACAGCAAAGATGAGTGCTGTGACAAAAGCCAGAAGACCATCTTCAAAAACACAGCATTCGCATGTGTACATAAGTAGGCAGGTTACAGCACAGTGCAAAAGCAAATTGGTGACGTGGAAATAGAAAGGATTCATCCCATGCAGCAGGACGTTCAACCTGATGAACAGAGAGGCA a score=976 s danRer3.chr4 6235327 16 + 33808418 CAGGGGCCTGTAGCAT s fr1.chrUn 245541771 16 + 349519338 CAGTGGTCTGTAGGAT a score=1561 s danRer3.chr4 6237203 88 + 33808418 CATCTTAAAGTCCAAGTGATCACAGACAGATCTTTAAAAAAGTTCACATGAAAAAAAAAAAACCACATACAAATAATACCATTAGACA s fr1.chrUn 245542790 88 + 349519338 CACTTCAGAGTGCAAATTACCTTAGTGAGATCATTCAATCAAGTTACATTAGATGATAATGCAAAAATACAAACATTAGAATACAACA a score=-1690 s danRer3.chr4 6244972 374 + 33808418 ATAATGAAAATATCAATACATTACAATATTTTTAATTATTGATGGAATTTAAAAACATATTTTCACTTTAAACTTAATTGAATACGACAGTGTTTAAAATCTGCTAATATTTA-TGCAAGTTAA--------------TCAGTTACATCTGCAATCTGTTAGTACTGTTATCTTTATTGCGTCCTGTTTCATGCCATGCCACAGATATCATCTTTCAAAGGAATTAAACGGCTCTGCTCACGT---GACTCCAGCAATACAAGCGTTCTCCTAAAAGTTACCAACTTGCATTAAAAACTCTTTTTAGACTCTACAAACTCCAGA------------AGTTACAAAAAAACATGCTTGTTTGCCCTGAAAAAGAAAGCAATTCACCAGGAGTGGGATGCTGGATG s fr1.chrUn 171979897 357 - 349519338 ATAATTGAGATA---ATGCCTTACAATGCGTT--GTTGATGCTGGAGGACTAAAGTAAAAGTAAAATTTAAAAGAAAATTGTTCAGATAATATTCACCATTAGCCAAAGTTTACTGTAAATCTAAGATTATTTTTGGTTTAGAGCCAAGCACAATACATTCACATCAACCAAATTAATGCTTTTATTTAAAATAAAAATTGGAGTTCTGGTATGTATAAAATATCAAGCAGTTCCCCTGAAATTTAGAAAATGGTAATAAAA----TATCTTAAAAACT--------GCACCAGGAGCCTTGTTGATGGCTGACAAAGTATAGACCAACATTGTTCAGTTGTGATAAAA-----TCACTTATTTTGTGAAAGGAAGTA-------------------------G a score=11712 s danRer3.chr4 6245346 370 + 33808418 CTTACTTGAAAGTGAGGATGCAGAGCGGACGGTAGGATTTGTGGCTGGTGTTATCAGCCATCCGTTTGCCCCAAAAGTCATTGGTGAAGATGCTCCGGAGGCTGGAGCCCGGTTTGACATCTGGATTATTGGTGATCGCCCATATATCATCATGAACGAACTCGCCCCAGAGAGAGTTACTGTAGCAGAGCGCGCACACTGCCACCAGCGCGGCGTACCGGAGCAGCCGGACTCCCGCTCCCGGCCTCGGCAGCACGCAGAGCCGCC----GCCGCACAGGGGAAGGAG----CGCTTTTGGTCCCTCGGTTGTTTGCTGTCATGTCGGTCCCCGTCTCGCATGCTGCTCGCGGGAGCGAAGGAGAGGA---GATGTGTCC s fr1.chrUn 49713935 358 - 349519338 CTCACTTGAAGGTGAGGATGCACAGTGGCCTGTAAGATTTGTGGCTTGTGTTGTCTGACATGGGCTTGCCCCAGAAATCGTCGCTGAAGATCTTTCGGAGGCTGGAGTCCGCTCGCACGTCGGGGTTATTGACGATTGCCCAAACGTCGTCGTGCACCAGCTCACCGTGGACAGAGTTGCTGTAGCACAGCGCGCAGAGGCTGGCTAGCACGACGTATCGG------------------CCCGCTCTATACATAGCCCTGGGCCGTCCGTTTACGTGCAGCGGCTGGTGACTTTGCTTCTTGACCA-----TATGCGCTGTCATGTCTGACCCGATTTTCCAAACATTTCACTCGGACAGAAGAAGGAATCGGGTGTGTCC a score=5504 s danRer3.chr4 6253970 199 + 33808418 tagttaatttgagcaacacacaaggattaaCGCAGTGTTTGTTAACCAGTGATCGGCGTCACTCACCACAGTCCCTTGACTCCTGTGCTTCTCCTCTGCTGCGCCAGGTTGTAGATCTCCTGCAGCTGCTTCCTCTGGTCTTCATTCAGAGGAGACGTGAGCGACTGATACCAGCCTGCATCTGAACTCTGAACACCTG s fr1.chrUn 196811873 187 + 349519338 TAGTTAGCCCTGGCACTAAGCTCTTATCTGAGGTGTTCTTACTGACCACTGA---------CTCTTCATTGCCCCTTGGAG---GTGGAACTCCTCTGTTGTGAGATGTTGTAGATCTCCTGCAGCTGTTTCTTTTGGTCTTCGCTAAGTGGAGACATCAAAGAGTGGTACCAGGCAGCATCAGTGGTCTGGAGCCCTG a score=10611 s danRer3.chr4 6254621 291 + 33808418 GAGCGTACGGAGCAGGGAGGCGGTGAAGAACTGGTATTCATCCTCTCCGTTGTCGCAGTCCAGTGGCGTACTGTACTCCTCTAATGGGGTCCCTTCAAGACCCtcgtcgtcccagtattcatcatcgtcctcatcatcgtcatcctcgttgtcgtTTCCTGTGGG-AGCGACGGATGGCTGCAGGGCTACTCCTTTCTCGCCGACCTCATCCTCATCGCTAGGAATCTCCTCTG-------------GAAAACAC----AGCAAATTATGATGATTTTCTATAAACTGATACCAGAGCAGAGAACAGAC s fr1.chrUn 196812135 306 + 349519338 GGACATACGCAGCAGGGTGGAGGTGAAGAAGTGAAATTCATCCTCTCCGTTTTCAAAGTCTAGCGGGGTGCTGTACTCTTCCAGGGGTGTTCCCTCAAAGCCATCATCATCCCAGTAATCATCCTCCTCCTCATCATCTTCACCACTCTGGCCAGGCATGTTGGGCAGCGGTGGCT-GCTGCATGGCAGAATGGTTCTCACTGACCTCATCTTCATCACTGGGTATCTCCTCTGTTAGTGGCACATTGAAAACACACAAATCAAATCTCAATGAGTGTTTAGGA--TTATATAAGCAGGGTAAACACAC a score=7649 s danRer3.chr4 6260161 214 + 33808418 TCTCACCATTCTCTTCCTCCTCTGAGCCTTGAGCTCTTCCGAATTGCTCTGGTTTGTTGAGCACCCGGGAGGCGTAGATGTGCTTTAAACCCAGGAACAGGAGGAGGACGGAGGGGACGATTTGACCCACTACCTCCTCCAGGACGGCAGGGCGGCTGGGCAGCTCCATCAGAATACTGAGGCCAATGACGCACATCTTACGGTCATGCAGTCT s fr1.chrUn 196812468 214 + 349519338 TCTCACCATTCTGGTCTTCGTCCTGCTCCCGTGCTTGGGTTAGCGAGTCTGCTTTGTTGCCATGGCGAGGGGCATAAAGGGGTTTGAGGCCCAGAAACAATAGAAGAATGGATGGAACGATCTGGGAAGCAACAGTATCCAGGACAGCTGGGCGACGGGGCAGTTCCATCAGCACACTTAGACCAATGATACACACTTTCCGATCATGGAGCCT a score=11537 s danRer3.chr4 6261102 276 + 33808418 ATCCGAAGCAAACGGAAAGTTCCATCAGGAGCAGCCTCACCCCAAGAAGAACTCTGTGTCGTTCATCCACTGGTTGATGAACTGCGCTGTGATTGGCTCTGGACTGTGAGGGAAGCGGATGTTCTCTAGTGTGTGGATCAGCAGTGTTGGGTTGTAGTACAGAGCTGCAATGACCACCTGCAGACACATGGTGCGCAGCTCACTGGACTTCACACCACGAGTTAAACGCTCCAGCACGGCTTCCACGAACAGAGGGATACACTAAAAACACACACA s fr1.chrUn 196812923 273 + 349519338 AGCTAAAGCAAAAGAGGAGG---AGCACGCGTTCCCTCACCCAACAAAGAATTCGGTGTCATTGATCCACTGGTTTATGAAGTGAGCCGTGATGGGCTGAGGGCTGTGCTGAACGTGCATGCTGTCCAGGGTTTCAATGAGCAGGACCGGGTTGTAGTACAGAGCAGCGATAGCCACCTGCAAACACATGGTCCTCAGTTCGCTACACTTCACCCCCCTCATCAGCCGCTCCATGACCAGCTCCACGAACAGAGGCACACACTGCGAGGAAACACA a score=10229 s danRer3.chr4 6263050 357 + 33808418 gcaggtgcacattcacactctacatacaatctaacacacacaGCTAACCTGGTCAATGCCACGTCCACGACACTGTAATATAATGACCTCCAGAAGTTTGGCAGCATGGCATTCTGGGTCTTCTCCAGCATCACTAGTTAAAACCTGAACATGATGAGAGCTCAAGCTGTCAAATGCAT-TCAGAAAAACAACATAATCACGTCATCTTCCATGTAAAGTGTATTTTAATAAAGGAAATGACCTTTTTGCACATGGTGTAGATGACCTCCAGGTACTTTGGATCTGACAGCAACATATTGGTGTCCACAGTAACATAATTGTGCAACAGAGGCATCATATCTGCATGAACAGGGGCAA s fr1.chrUn 196815704 338 + 349519338 GCAAATGTTGATTGATACGCT-CAAATAATGCGTCCCAAT--GCTGACCTGGTCGATGCCCCTGCCTCTACACTGCAGGATAATAACCTCCAACAGCTTGGCAGCGTGACACTCCGCATCTTCCCCAGCATCTATAGTCAGCACCTGAAAAAGATCGGCAGTCA---TGACGGTTGCACGCCACGGCAACACCGCAGAGGCG-----------GAGCAGTGCA--CCAACGCGTGGCTGGACCTTTTTGCACATGCTGTAGATCACTTCCAAATGTTTGGAGTTTGACAGGAGTGTTTCGGTATCGACGGTCACGTAGTTGTGTAAGAGAGGCATCATATCTGCA-AAATAAAGACAA a score=8872 s danRer3.chr4 6264001 144 + 33808418 ACCTGTGAAGTAGTCGAAGCAGTCGTGCTGGAAGACGTCATACAGGACCCCCAACAGCTGCCACATCTGAGGGGAGATGCAATAACAGGTGAGTCCAAACGCCAGCGACAAGATCTCCTCATAAAACTCTGAAAAAGACAGAAA s fr1.chrUn 196817559 144 + 349519338 ACCTGTGAAATAGTCAAAACAGTCATGCTGGAAGACCTCGTATAAGACCCCAAGAAGCTGCCACATCGAGGAGGAGATGGTCTGACACGTGAGGCCAAATGCCAGGGACAGGATCTCTTCATAGAACTCTGCAAAGGACAATAA a score=7197 s danRer3.chr4 6266835 114 + 33808418 ACACACACACCTGCCATACCTATGATGGGTTTCTGGAGGACGAGACCAATCACCTGCAGGCAAATTCCCTCCAGCTGCTGACTGATCTGAGAGAGAAGGAAAATATATGTTAAC s fr1.chrUn 196817862 113 + 349519338 ATACACACACCTGCCATACCTATGATTGGCTTCTGCAGGACAAGGCCAATCACCTGCAAACAAATTCCTTCCAGCTGCTGCGTGATCTG-GAAAGAAGAGGAAAGCAGGTGAAC a score=-4762 s danRer3.chr4 6266952 512 + 33808418 AATTCTGTTTATTCCGGTGTGCTTAAATATTGTTTAACTTGTTCAAATGATTTAAAGTGACAGTTCACCAAAACCACAATCACAGTGCAAACAAAGCTTTCACACCAG-TGTTAAATTGATGTTGAATTCATGTATGATATCTGTGTGTGTATGTATATTTG-AATTTAGTTTTTATAATACATTATATTACTAAAATTACTT-TTATTGTATGAAAAAAGAGCACAATATTTTAA-----------ATAAGATTGTTTg-gtgacactttagtt--gaagtaacaattcacaccatttactatagcttataacctgcatattactaagatattaactgtttattagcacttataaagtgtgatcttattttacaactccaattccaatatcaaactaccttactagccattaataagcagctaattagtagtgtattgagctaaaaggcttagttaatgatttgtt-----catagcgtaaattgtacatttataaaataaaTTATGCATAGAATATTTAAAAACAACATTTA s fr1.chrUn 37158407 406 + 349519338 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AAACCTCTTTCCGGTCCCCCATGACAGTGAGGATGGTGTCTATGGTGCTGAGGATACCGAGGGCCATCACAGTCTTATCTTCACTTTCCTCGTATTCTTCACTCTGCAGGATCTTGCTGAAGATCTCCGCCTGTTGCACA-----------ACAGCCTCGTTTAGCACGAAACGCTACGCT----------ATAAGT--AACGTCACA-------------------CTTTGAAGATTAATGCAG-----TACCAAGTTCTGTGTCATATCCACAGCGATGACGGTCACTTCTTCGCTGTATTCGCAGATCATCTTCTGAATGACGCCGGTGAGGTCATCGTTTTCGGTTTCTTTAATGATGTGCAGCAGCTCCTGCATCACAGGCCTGATGAAGGGTCGGATGTAAACCTTAGCTGTATAGGTTAAACATAAAAAAA s fr1.chrUn 196818038 437 + 349519338 AGACCTCCTTGTGGTCCTCCATAACGGTAAGGATGGTGTCAATGGTGCTGAGGACACCCAGAGCCATGACAGTCTTGTCCTCATTGTCCACATACTCATCACTTTGAAGAACCCTGATGAATATTTCAGCCTGCCAAACACAAACACACCGACCGTCATTTCAGAAACCAACGACGACGTTGAGGATTCAAACAAGTTAACCGTTTCATGAAAGAACTTGCTTGGATCTCTGGAATTCAGAACCGCACCCTACCAGATTCTGCGTCATGTTCACAGCGATAGCAGCCACCTCCTGATTGTACTCGCAGATCATTTTCTGGATGACATTGGTAAGGTCGTCGTTCTCCGTCTCCTTCACTACGTGCAGAAGCTCCAGCATGACCGGGCGCACGTACGGCCTCATGTAGCTCTTGGCTACACACA-CAAACACAATGAAA a score=10369 s danRer3.chr4 6268794 311 + 33808418 ATAGGGGGATAGAAAAATAGACATAGCCtg------tgtgtttgtgtttgtgtgtgtgtgtgAGAGTGATCAGACCTTGCTCCTGGTTTCTGACCAGCGTCTGCAGGGCGATGGCGGCCTCCACTTTGACAGGCATCTCCTTATCCTCCACCAGGTTGTGTTTGACCAGCTCCACAGCGTTCCTCAGGACCAGCTCATTGTGAAACTTGAGAGGACTGAAGGAGTGCAGCACCCAGCATGACTGCACGGACAATTAGAGGAGAAAAA--AAAACTGAACAATC----TTTTCTACATGTTCTTAACTAGT-TGACTAGATAAGA s fr1.chrUn 196818796 316 + 349519338 ACAGGAAGGCCGATGAGCCCAGACAGCCGGATCAACTATGTCTCCGTTTGGATGATTCTTTT----TGTACAAACCCTGTTCCTGATTGCTGATCAGGGTCTGCAGAGCGATGGCGGCTTCTACCTTGACGGGCATCTCTTGGTTTTCGATTAGGTTGTGTTTGAGCAGCTCCACGGCATTCCGGAGCACTAGCTCATTGTGGAACTGCAGCAGGCTAAAACAGTGCAACACCCAGCATGACTG---AGAAAGACAAAGCAGGAGCAGTAAGATTGAGACGTCCCCATTGTCTTCA-GCTCCAAACACGTACAATTAGAGAAGA a score=9703 s danRer3.chr4 6269793 341 + 33808418 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TATACTGTCATATTCATAAACCTACAAAAACTAAATGACACATTTTATATTTTAATAA-GACATTTATTAATGT---CCTACACCTCCCTCCCTATTGTTAGTCATTAATTAATTTGCTTAT-----------TTAATA-TTTATGTAGAGCTAAATTCATTATTAGATTTA-----TCAGATATATTTTTTTCTACACTCTTACAGTCACTTAAATTAAGACAAATAAAAAACCACATGAAATTAGTGCATTAACACAGCCTTAATCCCTTGATGCACTACATGGGTCTAAAGTGACCCGTCTAAGTTGAATTTTTTCTATTTATATTT s fr1.chrUn 84659443 297 - 349519338 TACATTTTTATGAGAATAAGGTGACAAACTGAAAACGAGATTTTGGGTTGTTTATTTGTGACTTTTATACGTTTATACTCATACTGACTTCAATATGG---GGCAATTATTTTTTGGATTATATAGGATAGTATTAATACTTTGTGAGGAGATGGATTT-TTGTAATGTTTAAGTATTTAGCTTCATATTTTGGTTGAGTTTCA--------------ATGACAAATTTCAAACAGTATGAAGAAGAAGAAT------------AACCCTTTAATGCACAACATGGGTCTAAAGTGACCCGACTGAGTT---TTTATTTGCTTTATCTTT a score=6056 s danRer3.chr4 6271982 124 + 33808418 GCACTGACTGAATTTCATGCGGATGTACTCATACGGATCCTCCTGCCACAAACGTTCATCTTCATCTTTATAGCACATCAGGGGAAACACCAGCTCGTGAGTTATAGTCT-GCAGAcacaacatt s fr1.chrUn 196823226 125 + 349519338 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TAACCTCTCGAAAATCCTTGTGAGTATATGCAGAGCCCACTTCTTGCACTTCCACCAGATCAGCTCAGGTCGATCGTCCTCATCAGCTTCCAGAGTTTCCTGA-AAACCCCCCCGCAAACACTCACTAAACCAAATCTACCGAAAAAGTAGAGCTCAACAATGAGAAATAACATTCCACAGACTTACAGCCGGGACGTCCCGATCCACAACTGTCCGTAGGATCTCCATCCAGTGCGTCATGACTGTGTTGTTAATCAGCTGTAGGGGGAACGAATACTGCA---AAACACAAACACACAATTCTAAATTCAATTCATAAAAAAAATAATAATTCTAGCTTTTTCAAAGGATTCACATTTAACAATATTTCCTGTAAAGTCTCTCCAGATGAAAATCGTCACCTGATAATATTAAACATAGGGCATTCCAAAAGTACCTGTACAAGTGCATGGAAAATCTTGAGGATCTGCTTCTGGATGAGGACTGAGATGAATGTGGCATCAGACAGGAGTTGAGTGATGAGCTGCTGAAGCCGCGGCAGGAAGATCTGCATGGCTGCTAACAGCGGGTCCCGCTCCTCAGCCTTCTTAAACCT------------GACAAACACACAAAA-------------------CACAAAcattcattcattttcttttc s fr1.chrUn 196824958 599 + 349519338 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CTGTTATAGGTCTCTGGGGGTCTGATGTCAGTGGGGGAGCTCAGTTCGCTCCTGGACCTCTTATCGTCAGTACTGCTGCTTCCTCCGTCACTGTCGGCTTTCTGACTGAGCGTGTCTGACATGGCGTCGGCCCT-AAACACGCCAACAGACCC--TCAATCAGGACAAAA----GTCACTCTGAGAC-AACTGAAGCCGCGACGGCTGTCAAACA-------CCAATTTACTGATCAATATCCTGCCACTAGAGGCCCTCCGCTCAGTATGGCTGGTAATAAACTGGCTCTTCAAATCAGTCCACAACAAATCCTCTCATCAATCACCACAGCTCCCCAGTGGATCCGCCTGGCCACAGTCTGATATTCAATCACTTCGCT-GCTGTATGAC-ATATTTAAATCATCTAATTT--------GAGACATTTGT---------AGTTTTGTTCTGTAGAACTGGGACACACATACTGT-CAGTA-ACAAGAGTCCGTGTACTCGCCTGTCCTTCACCACGATGTACTGATGCGGCACCAGGCCGTGGTTGCCATTGTGACGCCCCTCCCACCAGTCATGTGACGCGCGCTGGTAGAGCTGCAGCGACGCTCCCTTCTTGAAGGACAGCTCACGGCCCGACCGGCCCACATAGTCAAATCTTGCCACTGCCTCTACCGCCTCACCCTCT a score=-159 s danRer3.chr4 6310969 87 + 33808418 CAGTTGTACCTTAAATGTGGAAATGGACATGGTTAAAAAACACTGAAAGTAAAAGCAGCAGCTTAAATAATAGATCAGTGATTATAA s fr1.chrUn 76792963 73 - 349519338 CAAGTATATGTTGTGAGTGACAGCGGTGAGTGCAGACAAACA---GCAGTAAAATAAGCACCCT-----------TTGTGAAAAGGA a score=4820 s danRer3.chr4 6311056 128 + 33808418 TGGGTGATTATATGCA-------CTGATGCTAATTACCCTCCTCACTCGTCTGTGTTTCCGTCCCTCCATCCTGCTCCCCCTCCTCAAACGCTCCAGGTTCACTGTACGGACTTTCACTTTGACCACAAATGACA s fr1.chrUn 169371838 134 - 349519338 TGGGCGATTGTGTGAAGGTCAGGCGGGTCACACATACCCTCATCGCTGGTCTGGGTCTCTGTGCCGCCATCGGGCTCGGCTTCCTCCAACGCCCCAGGCTCGCTGAACGGACTCTCGCTGTGG-AAGGAATGACA a score=12439 s danRer3.chr4 6311223 313 + 33808418 ACACAAACTTGAACGTGGCAGTCAAAGAGCCTCACCAGTACTCAGTGTTGCTCATGCACTTCTCATAGACGGGTCCCTCCAGCTCTTTGGTGTCAGGGAAGATGGTTTCATGGTGGATGATGATGGTTTTGACAATCTCGTTGACATGGGCCTGACAGGAGACCTGGTCTAGGAGGTCCGGAGTGGGCATTAAAGTGGGTCCAAAGCAAATAGCCAGGTTTCCAGGGTCCATCATGTTCTCGTCACTGTACTGGGACAAACTGTGATGGGGAAA--------ATAAACCCAAG------GAGCTCTGGTTGAAATTCCCAGCTTTAA s fr1.chrUn 169372361 317 - 349519338 ACATAAAAATGCGCATGTCCG-------GTCTCACCAGTACTGGTCTCCAGTCATGCACTTCTCATAAACAGGCCCCGGCAGCTCCTTCGTGTCTGGGAAGATGTTGTCATGGTTCAGGATGACCGTCTTGATGACCTCGTTCACATGGGCCTGACACGCCACCTGGTCGAGCGTCTCTGGCGTGGGCAGGAGGGTGGGGCCGAACACGATGGCCAGGTTCCCAGCATCCATCATGTTCTCGTCGCTGTACTGTGAGAGACTGGGGGGAGGACAGCGTCAGCACAACTGCGAGTGAGCTGGGCTCAGGTTCAAGT---CAGGTTTAA a score=4926 s danRer3.chr4 6313463 116 + 33808418 ACTCACTGGTTGAGGAATGCAAACAGGTATCGCATAAGCACCAGTGTTGGCCGTGGCATTGTGGTGAGGATCTTGCGGATGGAGAGGGCACGCTCATACAAACTCTCAGTTCCTGT s fr1.chrUn 169373341 116 - 349519338 ACTCACTGGTTGAGGAAGGCGAACAGGTAGCGCATCACCACCAGAGTTGCCCTGGGGACGCCCAGCAGGATTTTGCGGATACACTGCGCCCTCTCGTACATGTTCTCGATCCCTAT a score=7034 s danRer3.chr4 6314853 155 + 33808418 ACTCACGAACGCAGGCGATCAGATCGTTAAACTTCTCCTTTGGGAAAATTGGATTGTCCAGGTTGCGGAAGTACATTTTTAGGACGCCTGCCACTGAGTTAATGTCATGATTATTCTCCTCATCAGTCAGCGGATCATTACCTGGAAAACAACAA s fr1.chrUn 169373687 155 - 349519338 ACTTACGGACACAGGAAATGAGGTCATTGAAGCGTTCTTTTGGAAACAGAGGGTTCTCCAATCCTCTGAAGTAAAGCTTCAACACTCCGGCCACTGAGTTGATGTCCTGGTTGCTCTCCTCATCAATCAGTGGGTCATTACCTTAAATGGAACAA a score=8081 s danRer3.chr4 6315986 257 + 33808418 ACCTCGTTCAAAAGAGTTTTTGATGTCATTGACCTCCACTTGTGACCCTGAAACCCGGAAAATACCCTGGTGTTGCAGACCTAAAAGACAGAAATTTCACTATTATATATATATATATATGTTTGTGATGGATTCATTATTTCTATTGCTCATCACACTCCTCACCATATAGGTTAATAAAGCGAATGCAGCTTTCTACAATCAGAGGAATGGCTTTCCCAGAATCCTGTGTGCAGAAGAAAAAAAAAACATCCAAA s fr1.chrUn 169373908 236 - 349519338 ACCTCTCTCAAAGGAGTTCTTGATGTCGTTGACCTCCACCTGCGATCCGGACACCCTGAAAATACCCTGGTGCTGAAGACCT-GGGGAGAAAAGATTCA-TATTATGAATACAGGCGTTTATCTCCA-------CGTAAATCTGAACGCTGA------AACTCACCGTGTAAGTTGATGTAGCGGATGCAGCTCTCCACCAGCAATGGTATGGCTTTGGTTGAATCCTGT------AATCACACAAATACAGCCGAG a score=1929 s danRer3.chr4 6316302 259 + 33808418 ATATTGGTACAGATGGAAACAAAACCATTGTTACCTGGTTTCTGCTGTGAGAG---TTTCGTCGACGGCTAAGTGAAAGAATAGAGACAGAAATGCAAGTGAAAC-ACGAGATTTAGCATTCAGAAAGGTCATGAAAGCCTTTACAAATATCAAGAGAACCTAGTGATTTACAGTGAATGTGAAGAGAGCATTAAAGAAGGTCAGACAGGGATGATTGGAGATACTGTACCTAGTTGTCATGATGTCTGCCCTGTATCCTGTG s fr1.chrUn 169374219 216 - 349519338 AGAGTGACAAAAATAGTCAGGAGATGAAATCTACCTGGTGCTTGCTGTGGGAGTTCTTCCGCCCACGGCTGA-------AATGAGCACAGAGACGAGAGAGTTACGGCGCAAATTGAGGTGGCGAGAGGTGAGGAAACACTTGTTA----------------------TTAAAGTGGGGATGAAAAACAGGCGGAGCAAGGT------------------GAAATCATACCTGGTAGTCAGCAGCTCAGCCTTATATCCTGGG a score=-1313 s danRer3.chr4 6316561 222 + 33808418 GACATATACAGTATATTAGACTACTAAATTATATTATTTCACTAGTCTTTGGTCATCAGAAAGTAAATAGCA-----CTTAATAGCAAATAAATTGCATTTAAAATGGCAGACAGAATGTTTACCCTTTTTATTTAAAAGCATCATATGTAATGGAGAATTTTTGGATAAAATGGACAAACAATGAATCGAggac--agatggatggaattagtgaacaactgatggat s fr1.chrUn 345799017 186 - 349519338 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CATGTGCAAAGAACATACACAAACCGTGACTTGAAAATAATATGCCTGGATGCCAAGAAATCAAACTTTAATGCTGCTGTACTGCATGTACTGCAAGTGTGAGTTGGAGCATATTT-----------CCTTCCTTCACCACAC-------------------CTACCTGGC-----AAGGCAACAGTCAGTCTTCTGACCTAAAAGAGGGAGAAACaggaaggggggaggggagagaggga----gggagaaagagagagagg------------------TGGAGAGAAGCAGGGCAGGAAACAGATTCAGATGGACAGA----------------------AACGGAATAATCTT a score=9646 s danRer3.chr4 6317318 777 + 33808418 AACAAATGGATGGATGAAAAATACATTAGTGGATGTAA-CAAATGAACAACAGAAAGGGTAGATGCACTTCACCTTCAGCTATGCTCCTCTTCAGCATGTCATGCTTGGCTTGCAGTTTAGCTATGAGATTACTGCCTTCCAGATACTCCTTCAGTTTCTGCAGGAACACAAACACAGAACACAATCAATAATAATCCAACTACACTGAAAGATCTCATTGGTCTATTCATCCTgctgcaaccgtttttattccgtattgtgaagcagttcatagaaaaacagaatattaaatgacaaagcagtgggcgtggcttgtttttgctactgtgagctgattggatgtagtaaagtcgtcattccattcagacaa-atcgagagttatttacaaactaacagactcctcctccctcaccatttctgttTGTTggttaagttagccacgcccaatccatcagacagacgtaatcttgagaattTGCAGGTCAATACTACATCATCAAGCTCTTTCTTGTCTGATATAGGAGTGAAAGCCACTATATTTTTGAAGGAGTGCGTGTTTATTTACGGTGAAGTAGAAGAGCTCTGTTTCCTGCTGGTTGGCGCGTCTCTTGGCCAGGCTGGGTTTGCTGAGGTAAGTGTCTGATACGCTGGATTTGACCGACTCAGTGGAGCGACTGTGCTGGAAACTCTCAGAAACGTCGTAGTCCTCCATGTTCACCATGTCCTGGATGGTGCTGAGTGTGGCCTCTGATGTCTTTTTCACCTGCACAGAAAACA s fr1.chrUn 169374439 567 - 349519338 AACAAGAAAGAGGGTAAAGATAAGAACGGCCTTTGTAATCATGCGTAAAGCACAAAATGTCG-TATATCTCACCCTCGGCTAGCGCTTTCTTCAGGATGTCATGTTTGGCCTGAAGTTTGGAAATGAGATTACTGCCTTCGAGATACTCGCTAAATTTCTG-AGGAGCAACAATGCAAAA-ACAGACGGCGA---------------------------------GTCAGTCCGACAGGGGGCGCTTGTAC----------AAAGCGGTCAA------------------AATCACGA----------------CGTTCGTGTCATTGAAATCAGCTCAAGTATGTTTGA----TAGTTCGATTTTGATGACATCACAAGTGGGTG----------------------------TGTTTATGTCTGCAGG---------CCACACCCA----------------------------TCTGCCGGCTCGTG--------TCAACGTTTCTC-------------------------------------------------------ACATTGAAGTAGAAAAGCTCCGTCTCCTGCTGATTGGCTCGTCTCTTGGCGAGACTTGGCTTGTTCAAGTAACCGTCGGAAACACTGGACTTGACCGACTCGGAGGAGGGACTGTGGGTGAAGCTCTGTGAGACGTCGCAGTCGTCCAACACCGTCATGTCCTGCAGGGTGGTTAGGGTGGCGCCCCAGGTCTTCTTCACCTGCAGGTGAGACA a score=27 s danRer3.chr4 6318095 89 + 33808418 CAGAATTATTAGCCCCCCCTATAT------------ATTTTCCCCTTATAttc----------ttctatctttgccatgatgacagtacatattatcctccttactagatt s fr1.chrUn 304654907 107 - 349519338 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CTAGGTGGCGTCTGACCTGGTCTCCCATGTGTGGCTGAAAGGTAAAGCGTGTAGGAGGAGTGAAGGATGTTGGGTGAGTCTCCATAAATCGCTGCCGGTCATTACCGGGGTCCAGCCCTTCCACGGCCCCCTCCAAAATATCCAGGCCCTCATGTCGAGATGTTTCCAAACTGTACTCGGCTGATAGGTAGGTCCGCAATGCCCGACTCAAGCCCGCATGATAGCCGAGATCACAACACTGTTAACACACGTACACatgcagttgcaatcagaattattagcccccctttggtttttttatttat s fr1.chrUn 169376495 303 - 349519338 CTGCATTGACACTGACCGCATCGCCCATGTGGGCCTGGAAGCCGAAGCGCTGTGGTGGACAAAAGGCAGTGGGATAGAGGCCCAGGAGACGCTGCCTGTCTCGGGCTGGGTCCAGGCCCTCCACAGCCCCCTCCAGCACCTCCAGACCCGCCCTCCTGGAGGCTTCAAGGCTCAGCTCGGCTGATAGGTAGGTCCTCAGAGCTCGGCTCAGACTGGAGTGGTACCCTAAGTCACAGCACTGACATGAAGGGTTAAACTTCAGTT--ATTAAGCATCATTTCCACAGGTCAGTTTTTATTCCTCAT a score=9087 s danRer3.chr4 6325771 166 + 33808418 GATACTCACGTCAGTCAGATGCGACAGGTCGTGGATGTAATATTTAAATAGAGAAGCGTTCGTGGCCTCCAGGGTCAACAGATACTCGTTCCGTGCTTTCATAACCTTCAGTTTGTTCTCCGAGTACTTGGCTTGGCGCTAAAAAAAAAAAAAGGGA---GTGAGATAG s fr1.chrUn 169377187 169 - 349519338 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score=11712 s danRer3.chr4 6362493 370 + 33808418 CTTACTTGAAAGTGAGGATGCAGAGCGGACGGTAGGATTTGTGGCTGGTGTTATCAGCCATCCGTTTGCCCCAAAAGTCATTGGTGAAGATGCTCCGGAGGCTGGAGCCCGGTTTGACATCTGGATTATTGGTGATCGCCCATATATCATCATGAACGAACTCGCCCCAGAGAGAGTTACTGTAGCAGAGCGCGCACACTGCCACCAGCGCGGCGTACCGGAGCAGCCGGACTCCCGCTCCCGGCCTCGGCAGCACGCAGAGCCGCC----GCCGCACAGGGGAAGGAG----CGCTTTTGGTCCCTCGGTTGTTTGCTGTCATGTCGGTCCCCGTCTCGCATGCTGCTCGCGGGAGCGAAGGAGAGGA---GATGTGTCC s fr1.chrUn 49713935 358 - 349519338 CTCACTTGAAGGTGAGGATGCACAGTGGCCTGTAAGATTTGTGGCTTGTGTTGTCTGACATGGGCTTGCCCCAGAAATCGTCGCTGAAGATCTTTCGGAGGCTGGAGTCCGCTCGCACGTCGGGGTTATTGACGATTGCCCAAACGTCGTCGTGCACCAGCTCACCGTGGACAGAGTTGCTGTAGCACAGCGCGCAGAGGCTGGCTAGCACGACGTATCGG------------------CCCGCTCTATACATAGCCCTGGGCCGTCCGTTTACGTGCAGCGGCTGGTGACTTTGCTTCTTGACCA-----TATGCGCTGTCATGTCTGACCCGATTTTCCAAACATTTCACTCGGACAGAAGAAGGAATCGGGTGTGTCC a score=5504 s danRer3.chr4 6371117 199 + 33808418 tagttaatttgagcaacacacaaggattaaCGCAGTGTTTGTTAACCAGTGATCGGCGTCACTCACCACAGTCCCTTGACTCCTGTGCTTCTCCTCTGCTGCGCCAGGTTGTAGATCTCCTGCAGCTGCTTCCTCTGGTCTTCATTCAGAGGAGACGTGAGCGACTGATACCAGCCTGCATCTGAACTCTGAACACCTG s fr1.chrUn 196811873 187 + 349519338 TAGTTAGCCCTGGCACTAAGCTCTTATCTGAGGTGTTCTTACTGACCACTGA---------CTCTTCATTGCCCCTTGGAG---GTGGAACTCCTCTGTTGTGAGATGTTGTAGATCTCCTGCAGCTGTTTCTTTTGGTCTTCGCTAAGTGGAGACATCAAAGAGTGGTACCAGGCAGCATCAGTGGTCTGGAGCCCTG a score=10611 s danRer3.chr4 6371768 291 + 33808418 GAGCGTACGGAGCAGGGAGGCGGTGAAGAACTGGTATTCATCCTCTCCGTTGTCGCAGTCCAGTGGCGTACTGTACTCCTCTAATGGGGTCCCTTCAAGACCCtcgtcgtcccagtattcatcatcgtcctcatcatcgtcatcctcgttgtcgtTTCCTGTGGG-AGCGACGGATGGCTGCAGGGCTACTCCTTTCTCGCCGACCTCATCCTCATCGCTAGGAATCTCCTCTG-------------GAAAACAC----AGCAAATTATGATGATTTTCTATAAACTGATACCAGAGCAGAGAACAGAC s fr1.chrUn 196812135 306 + 349519338 GGACATACGCAGCAGGGTGGAGGTGAAGAAGTGAAATTCATCCTCTCCGTTTTCAAAGTCTAGCGGGGTGCTGTACTCTTCCAGGGGTGTTCCCTCAAAGCCATCATCATCCCAGTAATCATCCTCCTCCTCATCATCTTCACCACTCTGGCCAGGCATGTTGGGCAGCGGTGGCT-GCTGCATGGCAGAATGGTTCTCACTGACCTCATCTTCATCACTGGGTATCTCCTCTGTTAGTGGCACATTGAAAACACACAAATCAAATCTCAATGAGTGTTTAGGA--TTATATAAGCAGGGTAAACACAC a score=7649 s danRer3.chr4 6377299 214 + 33808418 TCTCACCATTCTCTTCCTCCTCTGAGCCTTGAGCTCTTCCGAATTGCTCTGGTTTGTTGAGCACCCGGGAGGCGTAGATGTGCTTTAAACCCAGGAACAGGAGGAGGACGGAGGGGACGATTTGACCCACTACCTCCTCCAGGACGGCAGGGCGGCTGGGCAGCTCCATCAGAATACTGAGGCCAATGACGCACATCTTACGGTCATGCAGTCT s fr1.chrUn 196812468 214 + 349519338 TCTCACCATTCTGGTCTTCGTCCTGCTCCCGTGCTTGGGTTAGCGAGTCTGCTTTGTTGCCATGGCGAGGGGCATAAAGGGGTTTGAGGCCCAGAAACAATAGAAGAATGGATGGAACGATCTGGGAAGCAACAGTATCCAGGACAGCTGGGCGACGGGGCAGTTCCATCAGCACACTTAGACCAATGATACACACTTTCCGATCATGGAGCCT a score=11537 s danRer3.chr4 6378240 276 + 33808418 ATCCGAAGCAAACGGAAAGTTCCATCAGGAGCAGCCTCACCCCAAGAAGAACTCTGTGTCGTTCATCCACTGGTTGATGAACTGCGCTGTGATTGGCTCTGGACTGTGAGGGAAGCGGATGTTCTCTAGTGTGTGGATCAGCAGTGTTGGGTTGTAGTACAGAGCTGCAATGACCACCTGCAGACACATGGTGCGCAGCTCACTGGACTTCACACCACGAGTTAAACGCTCCAGCACGGCTTCCACGAACAGAGGGATACACTAAAAACACACACA s fr1.chrUn 196812923 273 + 349519338 AGCTAAAGCAAAAGAGGAGG---AGCACGCGTTCCCTCACCCAACAAAGAATTCGGTGTCATTGATCCACTGGTTTATGAAGTGAGCCGTGATGGGCTGAGGGCTGTGCTGAACGTGCATGCTGTCCAGGGTTTCAATGAGCAGGACCGGGTTGTAGTACAGAGCAGCGATAGCCACCTGCAAACACATGGTCCTCAGTTCGCTACACTTCACCCCCCTCATCAGCCGCTCCATGACCAGCTCCACGAACAGAGGCACACACTGCGAGGAAACACA a score=10229 s danRer3.chr4 6380188 357 + 33808418 gcaggtgcacattcacactctacatacaatctaacacacacaGCTAACCTGGTCAATGCCACGTCCACGACACTGTAATATAATGACCTCCAGAAGTTTGGCAGCATGGCATTCTGGGTCTTCTCCAGCATCACTAGTTAAAACCTGAACATGATGAGAGCTCAAGCTGTCAAATGCAT-TCAGAAAAACAACATAATCACGTCATCTTCCATGTAAAGTGTATTTTAATAAAGGAAATGACCTTTTTGCACATGGTGTAGATGACCTCCAGGTACTTTGGATCTGACAGCAACATATTGGTGTCCACAGTAACATAATTGTGCAACAGAGGCATCATATCTGCATGAACAGGGGCAA s fr1.chrUn 196815704 338 + 349519338 GCAAATGTTGATTGATACGCT-CAAATAATGCGTCCCAAT--GCTGACCTGGTCGATGCCCCTGCCTCTACACTGCAGGATAATAACCTCCAACAGCTTGGCAGCGTGACACTCCGCATCTTCCCCAGCATCTATAGTCAGCACCTGAAAAAGATCGGCAGTCA---TGACGGTTGCACGCCACGGCAACACCGCAGAGGCG-----------GAGCAGTGCA--CCAACGCGTGGCTGGACCTTTTTGCACATGCTGTAGATCACTTCCAAATGTTTGGAGTTTGACAGGAGTGTTTCGGTATCGACGGTCACGTAGTTGTGTAAGAGAGGCATCATATCTGCA-AAATAAAGACAA a score=8872 s danRer3.chr4 6381139 144 + 33808418 ACCTGTGAAGTAGTCGAAGCAGTCGTGCTGGAAGACGTCATACAGGACCCCCAACAGCTGCCACATCTGAGGGGAGATGCAATAACAGGTGAGTCCAAACGCCAGCGACAAGATCTCCTCATAAAACTCTGAAAAAGACAGAAA s fr1.chrUn 196817559 144 + 349519338 ACCTGTGAAATAGTCAAAACAGTCATGCTGGAAGACCTCGTATAAGACCCCAAGAAGCTGCCACATCGAGGAGGAGATGGTCTGACACGTGAGGCCAAATGCCAGGGACAGGATCTCTTCATAGAACTCTGCAAAGGACAATAA a score=7197 s danRer3.chr4 6383971 114 + 33808418 ACACACACACCTGCCATACCTATGATGGGTTTCTGGAGGACGAGACCAATCACCTGCAGGCAAATTCCCTCCAGCTGCTGACTGATCTGAGAGAGAAGGAAAATATATGTTAAC s fr1.chrUn 196817862 113 + 349519338 ATACACACACCTGCCATACCTATGATTGGCTTCTGCAGGACAAGGCCAATCACCTGCAAACAAATTCCTTCCAGCTGCTGCGTGATCTG-GAAAGAAGAGGAAAGCAGGTGAAC a score=-4762 s danRer3.chr4 6384088 512 + 33808418 AATTCTGTTTATTCCGGTGTGCTTAAATATTGTTTAACTTGTTCAAATGATTTAAAGTGACAGTTCACCAAAACCACAATCACAGTGCAAACAAAGCTTTCACACCAG-TGTTAAATTGATGTTGAATTCATGTATGATATCTGTGTGTGTATGTATATTTG-AATTTAGTTTTTATAATACATTATATTACTAAAATTACTT-TTATTGTATGAAAAAAGAGCACAATATTTTAA-----------ATAAGATTGTTTg-gtgacactttagtt--gaagtaacaattcacaccatttactatagcttataacctgcatattactaagatattaactgtttattagcacttataaagtgtgatcttattttacaactccaattccaatatcaaactaccttactagccattaataagcagctaattagtagtgtattgagctaaaaggcttagttaatgatttgtt-----catagcgtaaattgtacatttataaaataaaTTATGCATAGAATATTTAAAAACAACATTTA s fr1.chrUn 37158407 406 + 349519338 AACACTTTTTATGAC----TGGAAAGAAACCGTTTTATGTG----AATGAGAGAATGTTTCAG----------------------------------TTGCACATCGGCTATTTTTCTGAGCAGGGAGGGAGACATAACATCTCTG-------GCACCTCCGCAGTACATTTTCTCTGCTG----ATGCGGCTAAAAATAGTTCCTATTTT----GACCAGAGCGCGATGATCCAAGCTACTGAGCCGTTATGTAATCTGAATGATTTCTTAGTTTAGAAGAAGAATTCCTGGTCCAACACAAAAGCTTTTTATCTGCG--------------------------AGCACCCACA------GTCCTAAGTTTAGA----CAAATGCGGTGTCAAAGAGCTCTGGCACC----------------ATTTCTAGTATCC----------GCTTCAGTTTCTGAGTCATTTGAAATATGGGGGAAACGGAGCGTGTTGCCAAGTGTTGGTGGGTAG---------CAGCAACACTTG a score=545 s danRer3.chr4 6384706 45 + 33808418 GAAACAGTGGTATGTTTGTG-GTATTTTCCTGCTGAACATGTTTCC s fr1.chrUn 37158886 41 + 349519338 AGTACACTTGTATGTTTGTGCGTATACACAT-----ATGTGGCTCC a score=14372 s danRer3.chr4 6384751 391 + 33808418 AAACCTCTTTCCGGTCCCCCATGACAGTGAGGATGGTGTCTATGGTGCTGAGGATACCGAGGGCCATCACAGTCTTATCTTCACTTTCCTCGTATTCTTCACTCTGCAGGATCTTGCTGAAGATCTCCGCCTGTTGCACA-----------ACAGCCTCGTTTAGCACGAAACGCTACGCT----------ATAAGT--AACGTCACA-------------------CTTTGAAGATTAATGCAG-----TACCAAGTTCTGTGTCATATCCACAGCGATGACGGTCACTTCTTCGCTGTATTCGCAGATCATCTTCTGAATGACGCCGGTGAGGTCATCGTTTTCGGTTTCTTTAATGATGTGCAGCAGCTCCTGCATCACAGGCCTGATGAAGGGTCGGATGTAAACCTTAGCTGTATAGGTTAAACATAAAAAAA s fr1.chrUn 196818038 437 + 349519338 AGACCTCCTTGTGGTCCTCCATAACGGTAAGGATGGTGTCAATGGTGCTGAGGACACCCAGAGCCATGACAGTCTTGTCCTCATTGTCCACATACTCATCACTTTGAAGAACCCTGATGAATATTTCAGCCTGCCAAACACAAACACACCGACCGTCATTTCAGAAACCAACGACGACGTTGAGGATTCAAACAAGTTAACCGTTTCATGAAAGAACTTGCTTGGATCTCTGGAATTCAGAACCGCACCCTACCAGATTCTGCGTCATGTTCACAGCGATAGCAGCCACCTCCTGATTGTACTCGCAGATCATTTTCTGGATGACATTGGTAAGGTCGTCGTTCTCCGTCTCCTTCACTACGTGCAGAAGCTCCAGCATGACCGGGCGCACGTACGGCCTCATGTAGCTCTTGGCTACACACA-CAAACACAATGAAA a score=10369 s danRer3.chr4 6385930 311 + 33808418 ATAGGGGGATAGAAAAATAGACATAGCCtg------tgtgtttgtgtttgtgtgtgtgtgtgAGAGTGATCAGACCTTGCTCCTGGTTTCTGACCAGCGTCTGCAGGGCGATGGCGGCCTCCACTTTGACAGGCATCTCCTTATCCTCCACCAGGTTGTGTTTGACCAGCTCCACAGCGTTCCTCAGGACCAGCTCATTGTGAAACTTGAGAGGACTGAAGGAGTGCAGCACCCAGCATGACTGCACGGACAATTAGAGGAGAAAAA--AAAACTGAACAATC----TTTTCTACATGTTCTTAACTAGT-TGACTAGATAAGA s fr1.chrUn 196818796 316 + 349519338 ACAGGAAGGCCGATGAGCCCAGACAGCCGGATCAACTATGTCTCCGTTTGGATGATTCTTTT----TGTACAAACCCTGTTCCTGATTGCTGATCAGGGTCTGCAGAGCGATGGCGGCTTCTACCTTGACGGGCATCTCTTGGTTTTCGATTAGGTTGTGTTTGAGCAGCTCCACGGCATTCCGGAGCACTAGCTCATTGTGGAACTGCAGCAGGCTAAAACAGTGCAACACCCAGCATGACTG---AGAAAGACAAAGCAGGAGCAGTAAGATTGAGACGTCCCCATTGTCTTCA-GCTCCAAACACGTACAATTAGAGAAGA a score=10102 s danRer3.chr4 6387999 342 + 33808418 tGAACACTAACCCGAGCCCTTAAGTAGGCTAGATTCGAGTTAAGCAGCGGAAACACATAGTTTTGTAACATGAGCTCCATCTGGTCCCTGTACACCCGCTTCTGCAAACACACACAGAAACACACCAGTAAAAAGCTTGTAATTAAATAAGCATCGCACAGCAGATCCGGCTAATGAAATCGA-ACCTTCAGTAAGGGTTGAGCGAGAGTGCCGATTACATGCAGAGCCCCGTCCGTCCTGCGGGGGTCCGCACTGGGGTCCACAAGGATCTGATGGCAAAACTCCATCATCTGCGGCAAAACCTGAAAACGAGGCAAAGCTGACTGTATCATCCAACATGAA s fr1.chrUn 196819115 321 + 349519338 TGAACGC--ACCCTGGCTCGCAGGTAACCCAGGGGCGAGTTGAGCAGAGGGAAGACGTAGTTCTGCAGCATCAGCTCCATCTCTTCCCTGTACAGCCGTTTCTGTGGAAACACGGATCAACGAGT--GTCCAACACTG----------ACGGATGGCACCAAAGGTAC------CGAAATGGCTACCTTCATTAAAACCTCTGCAAGCGTTCCAATGCAGTGCAGGGCTCCGTCTTTCCTGTGAGGGTCAGCACAGGGGTCAACCAGCACCTGGTGGCAAAAGTCCATCATCTGAGGAAGAACCTGAGGAGGACGGACACGTGA--GCATTATGCAGCAGAAA a score=-27 s danRer3.chr4 6388341 195 + 33808418 CGGATACAAATCGGTTTGTAAGGGGTCTGCCTCCATTATTAATCTTGCTATCGCTTATGGGGTT----GGGAAT---TGGTAGTTACACCAGCTTGACTTCTAAATATTTTTAGTTGCACTGGCAGAAAGCAAATAAATTGCAGTCTGGAGCTCTGAGTTTGTTTTAAAAATCA--TCTATAAACATGT-------AAGCAATATATAAAA s fr1.chrUn 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TATACTGTCATATTCATAAACCTACAAAAACTAAATGACACATTTTATATTTTAATAA-GACATTTATTAATGT---CCTACACCTCCCTCCCTATTGTTAGTCATTAATTAATTTGCTTAT-----------TTAATA-TTTATGTAGAGCTAAATTCATTATTAGATTTA-----TCAGATATATTTTTTTCTACACTCTTACAGTCACTTAAATTAAGACAAATAAAAAACCACATGAAATTAGTGCATTAACACAGCCTTAATCCCTTGATGCACTACATGGGTCTAAAGTGACCCGTCTAAGTTGAATTTTTTCTATTTATATTT s fr1.chrUn 84659443 297 - 349519338 TACATTTTTATGAGAATAAGGTGACAAACTGAAAACGAGATTTTGGGTTGTTTATTTGTGACTTTTATACGTTTATACTCATACTGACTTCAATATGG---GGCAATTATTTTTTGGATTATATAGGATAGTATTAATACTTTGTGAGGAGATGGATTT-TTGTAATGTTTAAGTATTTAGCTTCATATTTTGGTTGAGTTTCA--------------ATGACAAATTTCAAACAGTATGAAGAAGAAGAAT------------AACCCTTTAATGCACAACATGGGTCTAAAGTGACCCGACTGAGTT---TTTATTTGCTTTATCTTT a score=6056 s danRer3.chr4 6390189 124 + 33808418 GCACTGACTGAATTTCATGCGGATGTACTCATACGGATCCTCCTGCCACAAACGTTCATCTTCATCTTTATAGCACATCAGGGGAAACACCAGCTCGTGAGTTATAGTCT-GCAGAcacaacatt s fr1.chrUn 196823226 125 + 349519338 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TCACCTTTCAAACAGCCTGGTAATGATACGCAACGCCCACTTCTTGCACTTCCACCACGCCAGCTCAGGGCGGTCATCCTCATCAACTTCCAACGTCTCCTGACAAACACACAAACAAAAG---ACCGTGCCCAAACCATCGCACAAACGCAGC--------GGAAACTGTCCCCCGTGCTTCTTACCGACGGCACCGCTCGATCCATGACGTCTCTGAAAATTTCCATCCACTGAGTCATCACGGTGTTGTCAATCAGCTGGAAAGGCAGCGAGTACTGCAGCAAAGCACCATGGTCCGTTAGTGCTCTCA--TCAACATCAACATGACAACCACA-------CAAAGGAAC---------------------GGGGGCCTTTCCAG----------------------------CCCGGAGTGTTCCATATCTACCTGAATAAGAGCGTGGAAGATCTTGAGGATTTGTTTCTGGATGAGAACAGAGAAGATGCTGGAGTCAGCCAGCACTTGACTAATGAGCTGCTGAATCCTCGGCAGGAAGATGTGCATGGCTGCCAGCAGTGGTTCTCTTTCATCCGCCTTCCTGTACCTTCGGTGCACGGGGCAAAACGATCAAAAAGCATCTTTAAAGCTGCAACACAGTCATGAGTTCACTGGCTTTAA a score=-1670 s danRer3.chr4 6393251 414 + 33808418 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tgaataactgttaatatgttacgttaacaaagcagacacgtact----------------cagttcgttgtgggtcatgtagctgaatttgttac-gttagcataccgtaacactattgct------aatggattgctaattgcctttcaagatgaaatgtatgttcttggtctcggattttatcaaataaattctcccccaaaatgcgacttattgtccagtgcgacttatatatctattttttttgtttattatgcattttttggttagtgcaacttaaattccggagcgacatatagtccagaaa---atacggTACTGCTCGGATTTTCCAGCCTATGCAGAATGTAGCTTGCCCGCTGCCCTGACTCACAAAAATGGAATTCCTGGTGGGACTTTGCAATAAATGATGTTATTGGTTAGCAGCTCTGACGGAAAACCTGCCGAATGTGTAATGAGGTAAAGCGGAGAAAGATGAAATGTTG-ACTCACTCGTAGGTTTTGACGAGCTGGTAGAGAACCAGCAGAGTGCCGTACCAGCTGCCACTGTTCTGAGACTGCAGGTACATGCCAATTTTGTCCACAATCGCAGTCCAGCGTCCAGGGAAATCATGTTTAATGATGGCTCGTAAGCACATAGTCAGCTGGACGCTA-CAAACAA a score=13838 s danRer3.chr4 6394404 424 + 33808418 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danRer3.chr4 6396146 383 + 33808418 AGACACTTAAATTTTGGATATAACCTAAATTAAGTCATTTTATTCATGTAAAGCGACTATATTCATAATTTAGTC--CACAAGGATCAATAGTCGGCATCTCATTCTGCTGTTGAACAATGATGCCGTTGATTCACTGCAACTAGTGGGCACCCTTAACAGTAAACAAAGCGTTAA-TAGGGACGAAAGCAGACTATTATTCAGCTTTATAAATTAAAAATCAGGCCACAAACACTGAAGGCATCTTTTAGCGCTTCTGTTCCCCAAAGAAACAACAAACTTCTCCAGACGGAAAACTGACCTGGTTGAGTTCATTCTCAGCCGCGAGCCTGAGATTGGGGTCTATGGTGCCCTTCAGAGCCTGTATGATTCGATTGGGATCCATG s fr1.chrUn 196830894 315 + 349519338 ATACACTAAATAATTAGATGCAAGCTAAGTAAAATTGGCTTTTGC---TAAAGTTAGATAAGTCCGCATTTTGTTGTTCCGAGTATT-----TCTGAATTTGATGACGAGGATGGTAAATAATATTGTTAGGCCATTCTCGCT------------------TCCACAAAGTGGCAAATAGCAATAAAAACAGACT----------TTCGCAACTTAAAG---------------CTGAGGTTTGTGTTCAGCTTTTAAGT-------AGAATACAAAGACTCACCCA-------------CCTGATTGAGTTCATTCTCCGCCGCTATCCTCATATTGGGGTCTATAGTTCCTTTGAGAGCCTGTATTATTCGGTTGGGATCCATG a score=1062 s danRer3.chr4 6398099 150 + 33808418 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TAAATGCTTCGATACATGGAGAAATTAAC-TCCTACACACCAAGAGAGTAAACAC-------------------CAACCTGACGACACA------GAAATACCATGGCATATCATATATTATGTTATTACTACATTGA--ATCTTTCCTCCTATCCTCAAGGGGATTATTAACATTTCGCTGTACCCTGATCTCC-TCTTCTTGCCCGGTTTTGGCCTGGGTTGGCCTGATTCGGCCGTTCCCTTCCGGCCTGGTTTGGCTCACATGGTGCAGGATTTGTCCAG------TGGCGGTGGGAGGGGAGGGGTGCTGCTCTTGGGAGGGACGACAGGTTTGGGCCTGAGTGCCGGGGGCCGCAGCGGAGCCACGATGCGATTGGTGGTGGCGGCCACTGGCTTGAAGGAGCCCAGGGTGTCA-----GGGGAAGGATTGGCTGGTCTGGGAGGTCCAGGTGGAGGCCCTGGGAGggggctcatggggctcatagggctcagggggctcGGTGTGCCAGGAGTGCCAGGAGTTCCAGGTGTGCCGGGCGTGCCGGGGGTTCCTGGAGTGCTGGGGGTGCTGTGGGGGCTTGGTGATTCTGAGGAGCAGGTGGTGATGGGACCATTTTTTACCTGGTCCAGAGTGTCGAGAACCACGTCTGGAGCT---GGCCGGCAGCCCTGCCGCTCCAGCTGCCTCAGTTCTCCCAGAGCCACGGTCACTGTCTCCTCAATGTCCTGCAGGGCCAGAGA a score=5598 s danRer3.chr4 6425614 645 + 33808418 aaaataaacgggggctaataattcTGACAACTGTATATGACTGAATAATTATTCAAATTTGATTCAAGGGTATAATGCAATGA--------------ATCTGAACCCTACTACA--CAAAGCTTTCAAGTTGAATCAGAACATAGAGACTGAAACTGAAACATCCATTTTGATGTCAGCTCTTGAACATGCAGTACAGTACAGTACCTGTGCCATTGTATGCGGGTTGAGCGTCTGAGAGCGTTGAATGGGTAACCC--GCAGTGCAGAGCAGATGGAGACTGGCGTATCGGTGGACTCTCTCGCTCTCTGCGCAGGGACTCGTGTCGGCTGATACTGGAGGTGATGTTCCCATTGGAGGAACCATTGAGTCCCGGGCGTCTGTGGTGCTCAGGACTGTCCAGCG------------CACAGCTGTTCCCCCGCAGCAGCTCCCGCGGGCTGAAATGACCTGTTACCGTCACCGTTACCGGAGGAGAACTGCGTTCCAGT------CCATTCCCATGGCAGTGATTATCGCTCAGACGTCCTGGGACACGGCGCAGGAGAGCTTCAGTCCGCT---TCCGGTGTCTGAACACAGGAGAGAG----------------------GTGGTCAA-----AGTCAATTACAGATCATATATTGTAGCTTGTCAAATTAGCTGTTTT-AGTTG---GCTCTGAA---AATCAACAATATGTTA s fr1.chrUn 169370237 663 - 349519338 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AACAAATGGATGGATGAAAAATACATTAGTGGATGTAA-CAAATGAACAACAGAAAGGGTAGATGCACTTCACCTTCAGCTATGCTCCTCTTCAGCATGTCATGCTTGGCTTGCAGTTTAGCTATGAGATTACTGCCTTCCAGATACTCCTTCAGTTTCTGCAGGAACACAAACACAGAACACAATCAATAATAATCCAACTACACTGAAAGATCTCATTGGTCTATTCATCCTgctgcaaccgtttttattccgtattgtgaagcagttcatagaaaaacagaatattaaatgacaaagcagtgggcgtggcttgtttttgctactgtgagctgattggatgtagtaaagtcgtcattccattcagacaa-atcgagagttatttacaaactaacagactcctcctccctcaccatttctgttTGTTggttaagttagccacgcccaatccatcagacagacgtaatcttgagaattTGCAGGTCAATACTACATCATCAAGCTCTTTCTTGTCTGATATAGGAGTGAAAGCCACTATATTTTTGAAGGAGTGCGTGTTTATTTACGGTGAAGTAGAAGAGCTCTGTTTCCTGCTGGTTGGCGCGTCTCTTGGCCAGGCTGGGTTTGCTGAGGTAAGTGTCTGATACGCTGGATTTGACCGACTCAGTGGAGCGACTGTGCTGGAAACTCTCAGAAACGTCGTAGTCCTCCATGTTCACCATGTCCTGGATGGTGCTGAGTGTGGCCTCTGATGTCTTTTTCACCTGCACAGAAAACA s fr1.chrUn 169374439 567 - 349519338 AACAAGAAAGAGGGTAAAGATAAGAACGGCCTTTGTAATCATGCGTAAAGCACAAAATGTCG-TATATCTCACCCTCGGCTAGCGCTTTCTTCAGGATGTCATGTTTGGCCTGAAGTTTGGAAATGAGATTACTGCCTTCGAGATACTCGCTAAATTTCTG-AGGAGCAACAATGCAAAA-ACAGACGGCGA---------------------------------GTCAGTCCGACAGGGGGCGCTTGTAC----------AAAGCGGTCAA------------------AATCACGA----------------CGTTCGTGTCATTGAAATCAGCTCAAGTATGTTTGA----TAGTTCGATTTTGATGACATCACAAGTGGGTG----------------------------TGTTTATGTCTGCAGG---------CCACACCCA----------------------------TCTGCCGGCTCGTG--------TCAACGTTTCTC-------------------------------------------------------ACATTGAAGTAGAAAAGCTCCGTCTCCTGCTGATTGGCTCGTCTCTTGGCGAGACTTGGCTTGTTCAAGTAACCGTCGGAAACACTGGACTTGACCGACTCGGAGGAGGGACTGTGGGTGAAGCTCTGTGAGACGTCGCAGTCGTCCAACACCGTCATGTCCTGCAGGGTGGTTAGGGTGGCGCCCCAGGTCTTCTTCACCTGCAGGTGAGACA a score=27 s danRer3.chr4 6436240 89 + 33808418 CAGAATTATTAGCCCCCCCTATAT------------ATTTTCCCCTTATAttc----------ttctatctttgccatgatgacagtacatattatcctccttactagatt s fr1.chrUn 304654907 107 - 349519338 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GCTACTCACGTCAATGATATCGGGCAGGTCATGGATGTAGTACTTGAAGACGGAGGCATTGGTGGCCTCCAGGGTCAGCAGATACTCGTTCCTGGCTTTAAGAGTCTTCAGTTTGTTCTCCGAGTACTTTGCTTTTCTCTGAAAAAACAGACAAAGAAAGGTGAAATCG a score=620 s danRer3.chr4 6444078 95 + 33808418 AGGTTAAAGGATAGCAAGAGAAGGACAGAGTGTTGAGTAAGTGCTATATCTCCATCAGGGCATGAAGATAAAATGCTTTTATTGACAGACTATCG s fr1.chrUn 150580975 85 - 349519338 AGGCGAGAATGT-GAAACAGAATGCAAGATTGTGAACAAAGCGATGAATTT---------AATGAGCTGAGAATTGCCTTTTTGACAAGTTATTG a score=-1568 s danRer3.chr4 6448681 287 + 33808418 AGGGCTTCCTATACATTTTAAAACATCATCTAGATTTGGATTTTTTTTATCA-TTAAATTTAAAGACAGAGAAAAAAGTGTTTAGTAAACAACTGTTCAATAAA--AATCATGCAAATAAAATAAG-ATTTATTTTGTTTTAAGTCGTCCCATGCTTTACTAAATACATACAAAACTAGTTTAATAACTGAACTGTAATTTTACATGCTGTTACACTA--CTAGAAAGAACACAA-ACGT---TACCAAAAATAAAGATAAAACAG---AATAAAGCACACACAAAAAGATCGGGAGCTC s fr1.chrUn 150581299 268 - 349519338 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s fr1.chrUn 256047581 996 - 349519338 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43 + 33808418 AAGTCTGTTTGCTCAAGCAGAGAGGTC------ATTCTCAAGCATCCTA s fr1.chrUn 47630603 48 - 349519338 AATTCTGCTGG-TAAAGGAGACAGTTCTGTTGTCTTCACAAGCTTAATA a score=5298 s danRer3.chr4 6586873 94 + 33808418 AAAGGACTGCCTGGCAGCGGATGGGATTCGAACCCACACCCACAAAGAGACTGGAGCCTAAGTCCAGCGCCTTAGATCCCTTGGCTACGCTATC s fr1.chrUn 47630654 93 - 349519338 GCAAAAATTAATGGCAGCGG-TGGGATTCGAACCCACGCCATCGAAATGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCTCTCGGCCACGCTACC a score=-502 s danRer3.chr4 6587317 154 + 33808418 ATTCGAGCTTGGGGATGTGTTGCTGTCACACTAACGAGTCTGCCGTGAGTTT-CAAAGAACACATTATACTGAATAGTTGCCAACT------TAAATGTACTCTCTCATTTCCAGCGGTCACTG---AGAACACGCACGCACTCAA--GCAGTTTGTCCGTGTTTA s fr1.chrUn 109264819 158 + 349519338 ATTCGA-TTTGTGTCTGTGTTGATGCGAAAC------ATCTGCTTTCATTTCACATCGAGCA-GTTTTAGTCAGTTTTTATTCACTGTATGTCAAATATTGGGTGTCGTGGCCGTAGCTGACTGTGGAAAACAATAAAAGAATCAATGGCTGTTTGCTGTCTCTCA a score=4639 s danRer3.chr4 6587471 66 + 33808418 AAATCACATCTGGCAGCGGTGGGATTTGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTGGAGCCTAAAT-CCAGC s fr1.chrUn 172706610 67 + 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TAATCCAGCGCCTTGGACCGCTCGGCCACGCTACCTGGGTGAG a score=-2013 s danRer3.chr4 6588142 311 + 33808418 CCTGAGCAGTTTTCG---------CACCAACTTGTTTCACGTAGCGCAACAGCGCTGGGAAATCAGTTGAATTTGGCCATGCATTGCTGGAGCTCCTCC-ACAAAGAAAGAGAGCTGCTTAATACTAGCTTAGGAAGCACTCCCACCTTCCTGTCAAGCACAGTTCTGTCTCTATTAGAGCACACCTCAA----GGCATTTGAAGTCTACTCCAAACGGCAGCCAGCTGCAATGCATTTAAGCACCTGA--TTACAAGGTAACTGTTATTTCACAAAAGAGTGAAAGTTACTGATTCCATCACAGCAGACTCCA-CATTGTTGTTG----TT s fr1.chrUn 332540438 301 - 349519338 CTTGGAAGAATATCGGCTGCAATAGACCACACTGTTTCACAGAGAGAAAATCCATGAGGGCATCTGTCACACCCAGGTGCAGATTAGTAGCACCCCACAGACACCTGTAACATGGTACGCAAAAATAA---AGGACGC-CTTCGACTTTT------AGCATATACGTGCATC-------GCGTTCCACAACATGGGCATTCTGACTGTGCC-----TGGCTGTCAACAGCACCCAACTCAATTACTTTAGTCTACAGTGCAAC-ACTAATCCCCAC-------CCCTCTTCTGCTCCCACC-CCGCAGCCCCCACCATTATTCCTGTACATC a score=4015 s danRer3.chr4 6588453 333 + 33808418 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tttgaacagtagtgtACATTTTGCCATTGTGAACA---------CAGTGTTTTTA-----------GTGAAATGCTTTTTGTCTTGCCCTATTTGAGTTCACCAAACCAAGATTTTCCGGATCCCACATTCCTGCAGCAAAGCCAAATCTTAGTGTGGCTAGAAGAATATCACAGGT s fr1.chrUn 172708247 177 + 349519338 TTTGGATAGTTATTCACATTTAAAAATTGACAATAATGGTTTGGCATTTTGTTTACTTTTGACAATATATGATATCTTTTGCTTTATTTTGATTCAGTTCAACAAGTCAAAATTTGGAGGGAGACATGTTGCAGCTGCAACTCCAAATTTAAGCATGGCGCGGAAGTTTACAAAGGT a score=1479 s danRer3.chr4 6594016 147 + 33808418 TTTAATTACAAAATACAAGTAACAGTAGTTACAGTTACTAAGAAAAATATGTAATTAAATTACAGTTACTTTTGAAAATGTTAAAAATTACAAATGGGGTTACAT---CTAATATTTTTCTTTAAATCTCTGTGATATGTTGAATAATAT s fr1.chrUn 137548218 140 - 349519338 TGTAATTACTAAAAAAGAGAAGCAATCATTTAAGATGTATGAAAAACCTTTTAAGCAAATTACTGTTGTTTTCAGA---TTGAGAAGTGCCCAAAGATGTCCCATGGACAAAGATCCTTGT-------TCGGGGACATGATAAATTGCAT a score=291 s danRer3.chr4 6597992 626 + 33808418 taaacaggatgaagtgtacaaacccagagaaaaactcctgctgaagcgactgatctccacagatctgagctgatt---------aggatgaagcctttgaataagaatattccttataaaaT-------TATTACATTTTGTGTC-------TCCAAAACATTAAGTGGCCAAAAACAGAGATGAAAG---------AGAAAACAGTACAGAATAGTATGAAAGAATGTCTCTGATCAATACTGTGATGTTTTTAGGAATAGCATTAATAATTGTGTAAAACTATTTAGGGTGACAAGCAAAACCATGTTTGACGCAGAAGTTATTGTAATTAAGAATGTCACCGTGGCTATTCATCATATCCAGTAAAGaaaaaaaaaatatatttttaaCCAA--------------------TTTGTCCTAAAACAAAGACTTATTTTGATGTAAAATAAAACGATTGTTCCATAAACAAGTCTTATGAGGACTGAAATTGTAGGAAAAGGTTAGTTTCCAGCATAATGGGACACAAAGTTTAGACGGTACAAA-------AGCACATCTGATCAAAACGTCAAAACCACCTATTTTGCAAAATACTGCA----GAAGTAACTTTAAGTTTTTGTTACAAAGAATTTATCTTAGCCATTGCATTTTTAGAACCCTGTTCATTAATTCCATGTCAAT s fr1.chrUn 21040696 644 + 349519338 TAAAATAGGGAAAATGCATAAATAAATAAAATAACCAACGTTCGGGTATAAAATGTCTTTGCATTTGTCTTCATTTTCCTGTTAGGGATAAAA------AATAATGACACAGCTTATGAAAAAGGTAGATATTTGGTTTTGTTTTCTTCTCATTTTATGCATAAAGTGTTTAGCAACAAGGGTTATTGTCAGATTACAGAAATTTACACATTTAAGGAATAAACAATTTAGTAGGTCAGCCC------------AAAAATCGCCCGAA-AATTCTGTTTCATTACAGAATGTTGCAAATG------TGCTCAAAACACAAGCACTGAT--TTAAGAGTTAAGCAGAGTATATTC----CATTAAGTGAAAAGATAACAGTCTCAATATCATCCAACAGACACATTCCCTAGAACTTTTTTAGTAAAATTGGGAATTCTTTCCAAGTAAAACGTATCTATAATTCCGCAATAGGGTGTTATGAGGACTAAGATTGTGCTTGAATGTCATTTTCCATTACAGTAGAACCTGTTAATTGAAGGCTGAAAATTTGATGGTCACATTT------AAGGGAGAAGCTTCCTAATCTCATAAAAACTGGAATGTGGAACCACTGACTGTTTCCATCTCTTAAAAAGGATCTTA--------ATTTTAATGGTTTAATTAAAACAATCCATATCAAG a score=1042 s danRer3.chr4 6598618 300 + 33808418 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ATGAGCACACAAGACGAGGTGGCCGAGAGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCACGCGTGGGTTCGAATCCCATCCTCGTCGCTGTTTTTTCTCAAGAGTTCGAGAGTGATCACTGACTGAGAAGATCTGAAGCTCATCTAAGATGCGGACCGCTAAAGGAAATGACTGCAAACATGTTGGTTCCAGCCCCTTCACCTTTCACACATGAGAGAAAACCAATTTTAACTTTGTTCAGGGGATTTTTGTTCATGCTAATGGTGAAACCTCCTCATAAGAATTCGCGTTTTTGTCCAG-----GATGTGGGCGTGGCTTAATGATGTAGTACCAGGGCACAAGACGAGGTGGCCGAGAGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCACGCGTGGGTTCGAATCCCATCCTCGTCGCACTTTTCCGTTTATCGATCACAATGGTCATCACTGACTGATGGTTTGGGGTTTCACCTGTGAGACATGTGGTGACCACCTGCTGATGAAGCTGTCAGTCCCTCAGAGGTTCACACTGAACGAACACGTGTTAAGATTATAACATGGGTGTTACACACACCCTAAACGAACTCTATGTTTGTGAAGGAGAAGAGCCACGTCTTTAGAAAGTTCTGCTTATCCCAGTTTGGCTTTTACTAAACCCATGAAGGCGAAGAAACTC-TGCAGAGTTGGAGTAAAGAAC--AATCACAACAATGCTGT--AAGTCTATAAATAGCTGATAGGGACTGGTTTAGACTGGTTAGTTTAGAACTGATTAAGCTTCTGAGGTGGGAGGAGAAGGGAGGAGATGTCTTAAAAAAACAGTCCAGTTGATCTGTTTCAGGCTGAAGAGAAGATCTGACTACTCACGACCATGAATGACCACCAGCCAATTAACCACCATTAACAAGAGAAAACTATTGACCTCCATCTACGACTACATGTTAATCAGTCAAAAAATAGAAAATGTTTTCCAAAGATCTGACATCTCCA-CAGTTTTCTCTTGTGTCATGCCGATGGGCATCATTTCATGATGTCACAGCAGAAGATTTTGTGGCTGAGAGACTCAGGTGATGGACCCATCTGCAGCGGGTTGTCTTGCTTTGTCCAGGATTTGGGTGTGGCTTAATTAGGTCTTACGGAAAAGCAGACGGGGTGGCCGAGAGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCACGCGTGGGTTCGAATCCCATCCTCGTCGCTGTTTTTTCTCAAGGGTTCGAGAG 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ATCTTCA----GGTATCACATCTTATCAGTTTTATACTTTC---AAAGTGATAT--TAATTTAACCATGAATCTCAACATCAGGTCAAACGTTGTCATCACTGCCAACTACATAAAGCAACAATTAAGACAGCGCCGCGTCCCATGAAGGTAGTGTGCCCTGCCATATTTACATTTGCAAAAACAAACAT-CCACATTGTGCAAGATAACGTACTA----------------ATATCTCATTTCTCCATAGGTTAAAGAGCCATGGGAAGTGGTGGGAATGGACCTGATTGGTCCTCTGCGGGCTACAGCCAACAAGAACCAATATATCCTCACCATGACTGATCTCTACACCAAATGGGTTGTTGCAGAAGCTCTTCACACTAAGTCTGGAACCGAAGTAGCAACAGCCATTGTCAACAAGTTGTATTTGTTCGGAATGGTCCGGAAAGTTATTACAAAGCAGGAAATAGCTTTTGTGAATGAGGTATGTATTGGAATATTCTACTCCTTACAGAATACTTTTGGGTGGGTTGTCTGATCACGTTAGTGACACTGACTGATGTAAGAACTGATGCGGTTTTACATGTTTCTTAATTACTGACAGCTCAACAGAAGAATCTTCAAAGCACTGAACATTAAACGTGTGGTGACCTGTGCACACCAGCCAGAAACCTATGACCC--AGTAAGTGCATCATAGCATACA a score=287 s danRer3.chr4 6621228 338 + 33808418 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gttcttgtgttcagatgtctgtttcctcactctggatccaaacacagcaaacactttactcattctgtctgaggagaacagagaggtgaagagtgtgtgggagtatcagccgtatcctgaccatccagacagatttgatggtcttcctcaggtgttgtgcagagagagtgtgtgtggacgctgttactgggagattgactggagtggagatcatggtgtgtgtatatcagtgt--catataagagcatcggtaggatgggaggaggtcgtgagtgtgcgtttggatataatgctcagtcctggagtttgatctgctcttcctccagattcacattcatacacaataacacacgcactgatctcccagtaaagc------ggatcagcaggagaataggagtgtttgtggatcacagtgcaggaactctgatcttcgacaacatctatagagacacaatgagcctcatccactctgtccagaccacattcactaagccgctctgccctgggtttgggctt s fr1.chrUn 143573534 508 + 349519338 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AGGACCTTGGTGTCTGGGCTGGACCTGTGATGACCCCAGGTTGCTCGGTGTTCTTCACCCAGACTCTCTGTCCTGGTCGGAGCTCCTGTCTCTGCTGTGCCCGGTGTCTTTTGTTGAAACAGGATGCTTGCTTCT-CCTTCATTTCCTGATCCTTCTCTCTGAAAGCTTGT--AGATCAGGCCATCTCGGGTCCAAATTCTCCTGACTGACGGGCAGGGGTGTTCTGATGTTTCGACCCATCAGGAGCTGTGCAGGAGATGCTCCTTGCGCCAAGGGTGTGGCCCTGTAAGCCATGAGGGCCTTATGTGGATCCTCTCCCTTCCTCAGGAGAGATTTGACTGTCCCCACAGCCCTTTCTGCCTCTGCATTTCCCTGAGGATAACGGGGGCTGCTAGTCACATGTTGGAAGTCGTACTCTCTCTGGCAAAGTCCGCAAACTCCGCCGAAACAAACTGAGGACCACCGTCCGTGACCAGGACCTCCGCGACCCCATGACGTGAGAAGATAGCCTTGAGCTTCTCCATTACAAAGGCTGAGGTAGTGGAAGTGAGGTTAGCTACTTCTATGTAGCGTGAGAAGTAGTCAACTACTACCAGGTACATAGCTGAGTTCCACTGGAACAGGTCCGCTCCCACACGCTACCATGGCCTGTCTGGCAACTGTGTCGTCATCAGCGGTTCCGGGAAGTTATGCGCCTCCTTGGCACATATTGCACAGTTTCCCACTTTCTGCTTTATCTGCTTTGACAGCCCCGGCCACCATATGGACTGTTGTGCTCTGGCGATACACTTTGTGATGCCCTGGTGACCTTCATGAACTTTGTTCAGCATCTCCACTTGCATGGAGACAGGGATGATGAGTCGGTCACCTTTCATCAGCAGTCCATCAGCAAGTAGCAGGTCCTGTCGATACTGCCAGTACAGCTGAAGCTCTGGTGTGAGAGCCTTCCTTTGGTCAGGCCATCCATTTTGCACC-AGGTTCTTCAGTCTGTTGCAGACACTGTCTGTATCCTGTGCAGTTCTG-ATCTGAGCCAGCCTCCCTTCTGACGCAGGTAGGTGCTCCACCACCTGGTTGACATAGGCACCAACATCCTTCTCCAGTTGTTTTTCTTCCGGCAACAGTGGTGCTCGGATTGGAGCCCTGGATAGTGCGTCTGCTGTGATCAGGTTCTTCCCTGGCACATGCTCAATCTTGTAGGTGAAGCGAAGCAATCGCAATCTGAACCTCAAGATTCTAGGGGGCAAGTCGTCAAGGGCTCTGCTGCCCAGTAGGGAAATGAGGGGCTTGTGGTCTGTCTGTATGAGAAAGTCCATCCCTATCAGGTATGATTGGAAGCGCTCACACGCCCAGGTTAGCGCCAGCGCCTCTTTCACTATTTGTGCGTACCTGCACTCTGCT--TCTGTCATGCTGCGGGATATGAAGG------CGACTGGGCGCCATTCACCTGACAGTTGCTTCTGTGACAGAACCCCTCCAAGTCCAAATGAGGAAGCGTCCGCTGCAACTTTTGTCGCTCTGTTCGGACTGTACTGAGCCAGGATGGTGGGTGAGCTCAGCTCCCGACGCAGCTCCTCAAATGCCCGCTGCTGCATGCTCCCCCATGCCCAGTCGCTGTCAGCCTTGAGCAGCTCTCTTATGGGCTGTGAGAGCTCTGCAATCCTTGGTGAGAACTTTCCCACGTAGTTAACCATGCCTAGATATCGTCTTACACCTGCGATGTCTGTTGTTGTGGGCATGTCGGTGATGGCTTTAATCTTGCTTGGGTCTGGTTCCAGGCCCTGAGCACTGACAATGTGGCCTAAGAACTTGACACGGTCCACAGCAAATTCGCACTTGTCCTCATTGAGTGTCAGTCCTTCC 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a score=12269 s danRer3.chr4 6887978 257 + 33808418 TCCAGAAAGCCAGAGAAGGGCATTCAGTACCTGACAGAGAGGGGCTTCATTCCCGACACGCCTGTGGGTGTGGCTCACTTCCTGCTCCAGCGGAAAGGCTTGAGTCGACAAATGATTGGGGAATTTCTCGGGAACAGACAGAAACAGTTCAACAGGGATGTTTTGGAGTGAGTAT--TTACATTTTTTCCTATATTGTTTTTATTTTTA--CTTTGAAAGAACTACATGATGTCGTAGCTCTTAATCTC----CACAAATAAAGT s fr1.chrUn 116870153 265 + 349519338 TTCAGGAAGCCCGAAAAAGGCATTCAGTACCTGACAGAGAGGGGGTTCATCCCCGACACACCGGTCGGCGTGGCGCACTTCCTTCTGCAGCGGAAGGGCTTGAGCCGGCAGATGATTGGGGAATTTCTCGGCAATCGACAGAAACAGTTCAACAGGGATGTCCTGGAGTAAGAACCATTGACTTTATTTCTGGAATATCTCCACAATGAAGCGTGGACAAAATAAAGAGTTATTCAAACATTAAGACTTGCAACACAAATAAAAT a score=828 s danRer3.chr4 6888249 134 + 33808418 TATTACGTTATAACAGGTGCAAATAATAGGCACAGAT--CCAGTGTTTTGTACAC---TCTCAAGAAAAATCTAAACAGT-TAGCAAAATGATTTTTTTTTTAATGGAAAAT-GAACAGTAATAATTCCTTACATtaataa s fr1.chrUn 21676592 131 + 349519338 TTTAATATTATGGCAG----------TAGGTTGAGGTTCCCATTTGTTTTCACACATGGCTTTAATATAATCTAGAAGATATAATTAAATGATTTGCCTTTACTTACAAACTAGATTGATAATAATTCACCAGTTTTGTAA a 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TGTCTCCTTCTGTGGCAGCTGTGTTGTGGACGAAATGGACTTCCAGAGCATGGAGCTGGACGAGGCTCTCAGGAAATTTCAGAATCACATCCGCGTTCAGGGGGAAGCCCAGAAAGTGGAGCGGCTCATCGAAGCCTTCAGGTT-----AGATCCCA--------------------------------CTGTGGAGA---------------------------AGACA-----------------AATAGGGCACAGAAAATCTGCCAGAA------TGATCACAGATTATTGTAACAGGCGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGCGGGTCTGTGCTT----------TTGAGCTGGATTTTATT----CTGCTGGCTCCTTGGTCTTAACTCTGGATAATCCAGTGGGTGCACTGATGACCAGCACACAAGATTACGGACATTTGAGGGTGGAGAAGAGTGATATTTACATAAAGATAAAAACTCTTCCAAGATCCTCTTTCAGGA-----------TAGATAAGGAGACTTTAAATCTTAT-------GCTGGTGGAGGCTGCCACCAGTTTTCCAACAGATTTTGCTTTTATGATTTA--ATAATTGAAATGTA---------------GAGAATGTTAGTCGGGGTTTTTAAAGTGCCATATCACTCAGTTTGGTTGCTTCTGGGTTTTATTTATCTGCCATCTGGCTAAGTGTTGGACACAAAGAACTGCTTTTGCTTTCTCCAGAGGGCCGATCTAAATATT------TGATTGCT---------------------GCGAACCCGATGTTTTGCAGGCAA a score=9620 s danRer3.chr4 6890690 347 + 33808418 AAGAATTAGCATACTTGAGTCCTTCTGATTTAAACCGTCCAAGTGGTCTTTGGTCTTATGAGGAGTGTTTGATGAAGACACATGCAAATGTAGTGGTTGCGTTGTGACTGAGTTTTACTATAGTGTTTTA-ATCTGGTTGATCAGGGTTAGAATGAGCTGTGGTGTGTTTCTTTGTTTAGCCAGCGCTACTGCATCTGTAACCATGACGTGGTCCGCCAGTTCAGAAACCCCGACACCATCTTCATCTTGGCCTTCGCCATTATCCTTCTCAACACAGACATGTACAGCCCCAATGTCAAGATCGAACGCAAGATGAAGCTGGAGGACTTCGTCAAGAATCTACGAGG s fr1.chrUn 116871146 312 + 349519338 AAACATGATGTTGACAAAGTCCCCCTGA----AACCACGAAAGT------CGACCATAAGAATAAT--------------------AATGAAGCCATTGTGCTACAATA----TTTACAGTAACTCCTGGCAGCGACTTGTTGAGTATGAAAACTTTCTCCTGTCTGTGCCCCC--CCAGCCAGCGCTACTGCATCTGCAACCCCACAGTGGTGAGGCAGTTCAGGAATCCGGACACCATCTTCATCCTGGCGTTCGCCATCATCCTCCTCAACACTGACATGTACAGCCCCAACGTCAAACCCGAGAGGAAGATGAAGCTGGAGGACTTCATCAAAAACCTGAGAGG a score=9021 s danRer3.chr4 6893220 250 + 33808418 TCATGAACTTCATACAG--GATCA--CAGAAGAATGCAAATAAATGAGGTTTGCCAGATGCCTGTGTATTC-TGCTGAAATAGCAGTGTTGTGC------TTGCGTTTTGAAAGGGGTTGATGATGGAGAGGACATCCCACGGGAGATGCTGGTTGGCATTTATGAGAGGATCCAAAAGAAAGAGCTCAAAACCAATGAGGACCACGTGTCTCAGGTGCAGAAGGTGGAGAAACTCATTGTGGGCAAGAAGCAGGTAAGTT s fr1.chrUn 116871458 260 + 349519338 TAGCGAAACTCAAACAATTGACTGTTCAAAAGGCTGCTATTGCCTGATTTTCCCCAGCTGCC-GTGTGCTAGTACTGCATTATTATCGTGGCGTAACTCTCCGCTCTGTGCCAGGCGTGGATGACGGGGAGGATATCCCCAGAGAGACCCTGGTGGGCATCTACGAACGGATCCGCAAGCGGGAGCTCAAAACCAACGAAGACCACGTCTCCCAGGTGCAGAAGGTGGAAAAGCTCATCGTGGGAAAGAAACCAGTGAGTT a score=1762 s danRer3.chr4 6894138 247 + 33808418 aaccactgagccaccgtgccgcccCTTTGTTACTGTAAAAAGGACACCCTAAAATAAAGTGTAACCCCATTTGAAATTATGAGAAGAGAGTTGCGTTATTCACCCATTTATCTCTTGCTTTACAGATGGGATCCCTTCACCATGGTCTTGGCTGTGTAAGTACACTTCATCATGTATATGAAACAGTCCAATCTTACCAACTACACATTCACCTCATATTTTTT-----CCTACATTTTTAAGAACCGTGAA s fr1.chrUn 116872401 233 + 349519338 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TGCTTGTAGCCGAGCTGGAGAAACAGAAAGGAGTGGTCCGGCCCAGTATGTCTCAGAGCATGTCTGGCCTGAAGAAAGAGACGGGGAACGGCAGCATGGGCCGCACTAGTCTGGACGACTCTTACGCCATGGGGGAAGGACTGAAGCGCAGTGCACTCAGCAGCTCATTACGGGACCTTTCTGAAGCAGGTGAGTTGGGTCATTCTGTTCC s fr1.chrUn 116874535 208 + 349519338 TTCCTGCAGCTGAGCTGGAGAAGCAGAAGGGTGTGGTGAGGCCCAGCATGTCCCAGAGC---TCCGGTCTGAAGAAGGAGGCTGGCAACGGCACCATGAACCGGGCCAGTCTGGATGACACCTACGCCATGGGGGAGGGGCTGAAGAGGAGCGCCCTGAGCAGCTCCCTGAGGGACCTCTCTGAAGCAGGTACAGCCAGTCTTCCCTTTAC a score=340 s danRer3.chr4 6904350 91 + 33808418 GCTGATG--------TCCAGATTTAACAAAAAATGAACTGTTGTTTGTTTGATTCCCTATGTAAAAAGACATTGAGGATTAGC--AGGTTATCTGCATGCA s fr1.chrUn 97157394 98 - 349519338 ACAGATGCAGAATAATCCGTATTTTACAATACTCCAAACTGGATTTACATGGGATCTTATGC---AAGTCATCAACTAGTAGCTGTGGTTGTCTGTCTCCA a score=-46 s danRer3.chr4 6906193 263 + 33808418 cgtccacgtgtaggctgcgccgtagcatatgcgtgcgcttgaccaggaaatataaatcagcctTAACTTTTAACTGTTAAGTTGATTTAGCGTAAT--TTTTATAAATATGCACAT-------TATGTtttttacttaactaattggtttaaaagcaacaggtttacttacttattttaagtaaagtcaatgaatcatttA--TACAGTGCAGAGAGATCAGAAAGTCTTGGCTTTCTATGTGCTCACATACGTTTTCT----GGTCCTCATAGTGAG s fr1.chrUn 97157561 265 - 349519338 CGTCCGTGTGTAAAATGTCTCCAAG-ACACACGTATACAATAACACAAGATTTTAGAAAG--TAAAATGTCAAATATTTAATTAATTTTAGGTTATACTTTAATACATATCTACATGTATTCCTGCCTTTGTAACCAAGCTTAGCATCGTAAAAAACACAAAGTTA---GCTTATTTCTGACACCTTCA-CATATCTGTTAGCTAACCTGCAGA------AGCAACACTCTACTTCCTGAATTCTTCCTTGTTTTGTCTCCATACTGCTCCCATTCTG a score=7750 s danRer3.chr4 6906456 254 + 33808418 TAGTTATTCCAGGTGTGATGTACATCTCTAATCTATACTACTGCATGTCTCGGTCAGGCAAGCATGGGTGCCGCACCAGTGCAGGATCTCTAGACAGCAGTATTGAAGTAAGTAGGCAGTGGGGGGTG------------TTTAGATGATAACATGCATTTT----GCATAACATTTATTTGCA-----------------ACTTCATGAGTT--AAACAGTTCTTT------TTTTTTTTACTCTTATGAACGTATTGACGATTAACCCGCCTGCCTGCTTACGT--GCATGCATG s fr1.chrUn 116875909 290 + 349519338 TAGTCGACCAAGGAGTGCTGTCGATCTCTAATCTGTGGTATTGCATGTCTCGGGCAGGCAAGCGGGGGCGTCGCAGCAGTGCAGGATCACTAGACAGCAATATGGAAGTAAGTTGGAAGCAGCTGGTATCCAAGCTACTCTCTATGTGATGATGTGCACTGTCAAAACACACCATTTATTTTTGGTCTTACACCTCCTTTTGCTTCATAGACTCAGAACATTTGTTTGGAACATTTATTTTTTCCTTCTGG-------GATGCCGTACGAACCTGCTTGCCTCCGTTAGCGTGCATG a score=3026 s danRer3.chr4 6912408 474 + 33808418 CTCTCTCTCTCTACGC-AGGACTCCATCTCTAGCGGTTCTCCTCT-----------CCAGCACA------GAGAATCTTCCTTCCGGCAGCGTTTGCTTCCTGAAAGACGCAGCAGCGTTCCAGACACTTTTTCTCTCCTCGGGCCACTTTTTGGCAGCGCTCGGGTCAATCCGTTCGTCTTGGGCTGCCCTCCCT---------------ATCCCACCCTCATATCCCACACTCCACATCCATTCAACCTGCACCACACCGCCCAGCCCTCACA--------------------------GCGATGTCAGTTCTTTCAGAGCCCCTGCGCACCC-TCACGCAGCCAACGCGGCCTGTTTCTCTTCAAACAGCTTTCGCACGCACTGCGCAGGAACCATCTGGCCCAGTTCAGACAGCACAGTGAACAGCACACCATCTCCAAACACAAACACTGCGCCATCAGCACGC-TAGTGTGAGCTGAACTTTAGACG---AGCACACCATGAGCAAAAACCAGCCAATCCCGGGAAGAGCAG s fr1.chrUn 116877170 516 + 349519338 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AAGAAAAAAGTAATCAGACCAGAGAAATGTTCTCCCCGTGCTCCTCCAGCTTTATTGATAGTTTAAAATTACATTTCTATTTTCTAGGACTTCAGTTGCACTTTCCTTCCGACTTAAAAACTGAGTACAAGCAAATGGTATTTATACAGTAGTCTACTAAGTGATATTGTACAAAAATAACGTTTTGATTTCTGTGAAAAGATTTTTCATTCCAAATAACTCCTAATTCTGCCGTTCTGACATTACATTGATGATGTTACATT-TCGCCAAGGTAAAAAAAAAAGAA--AAAAATAATTCCAAAGCCATTTTAAAGGAAGAATCTACCTTGGGTTA------CAACTTGATATTTAAATTGTAAACAGATTTGTATAAAAGAATGATTCTTTTAATACCTCCAAAATGTGTTATACCTTAGCAATATAACATAAAGTTATAGCATGTTTAGTTGCTTGCAGGGCTGATATACATGTCACCGCCCTTGTAGCTGCTTGTAGGG--CTGA----AACGTA--TCATGTTATGAAATGTTTCCTTGTCTTTACTCTC---TTGGCCAACTCGTGTCCCATTAAAAC------------AAACCAAAATAACCATACATGGAAGTTCAGTTTCCATTT-ACTCCCTTCTTCTATCTCGTTTTACTGAGACTCTCACCCACAAGCTCCGAGGTCCTATA--------GATTCCCATATGTTGAGTCCCTCTGTACACCAGTGGCTTGGAAAGGGGGATCTTTAACAAAGCATTATACATTACACTGCTACCAAACTAAAACATTTTTTGTATTGAATGCAGAAAGATTTTTTTTTCACCCCTTTCTTTGTATTAC a score=11091 s danRer3.chr4 6940272 253 + 33808418 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GCTATGAATGAACTTAAACTGAACATAACACCTACAGTCTTCAGGCTGATCACAGTCCCTGGCGATGTGTCCGTGCTCTCCGCATCGATAGCAGAACTGCTCTGTAACGACACACAAATCGTGTGAAACAAGTAAAAATGACGTCAGCTGTAGAGGTAAACAGTGTAACA------CGACACGGAGTCGGCCGAG----GTGTGA-----------TTTTCGTCTTACCCTTTACTCGCCCCCGTCCTCTGGGGCCACGTCCACGAGGACCGCTGGATTTAGGACAGTCCTTGATCCAATGACCAGTGCGGCCGCATCCAAAGCACTCGTTGTTGCCACCCAAGTCCATTAT a score=-1231 s danRer3.chr4 6947684 558 + 33808418 taaacaacattaacactaattgactgtgaacactgttgtactttga-tagtcatttgctgctaataagatttccctatttagaattggcaaagaatacttttctgaagttatattattaaggagaatgtctgaatattcgaatataaaactaact--ttacctcTGTAATAGAGAGTATATTTTTA--TTTGGGGATGAATTATTCTTTTAAAACAATAAGA--GGAGACAACTCC---------CGGTTC--TTGCTGTTAGGCATTTAGTAATAATACAGAAACAATGTTGGGTTTGGTTTTAGCTCCGCATGCTCATTTTCCCTGCTCTGAGGAGCGGACAGTCTTGGTAAAATAGC--------------AAATCCACATAGTGTCGCCTA---------------CTGTATGCATCGAATTACGAAAATTAATACCTTAAGAGCCCAAGGACCGTTCGACAATTTCAACAAACTG---CATTAACAAAT---TTGTCCATATATTAGTCGAATTAAAATGGCTGTAAATAAACACAAATAATAAT-ATTAATTACTCAGATTCACATGTT----ATGTAGTA-CTTGACAAATAATTTATCTTCTATTTTTT s fr1.chrUn 218067733 599 + 349519338 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CAGCAAGAAGTCTCGCATGGAGTGGAGCACAGACTCTACCTCACTCATTGGGGAGGAACTTCTCGTGGAGGTTTTAGACCATGTTCCTTTAACAACACACAATTTTGTGAGTGCTACAGTTGTTTGTGCCTACATTTTATCTGTCTTGACCATCTCTTTTCATAGTTAAAGCACTGAGGTTCCTGTATATATTTTATTTTC-TTTTCAGGTTAGAAAAACATTTCTCAAGTTGGCTTTCTGCGACATATGCCAGAAGTTCCTGCTGAATGGTTTCCGGTGCCAAAGATGTGGTTACAAGTTCCATGAACACTGCAGCACAAAAGTGCCCACTATGTGTGTAGACTGGACTAACATCAGACAACTTCTGTGAGTCTCTCTTC s fr1.chrUn 116893876 363 + 349519338 CAGTAAGAAATTACGGATGGACTGGAACACCGATTCCACGTCCCTCATTGGCCAAGAGCTGCTGGTGGAGGTCTTGGATCACGTCCCGCTGACGACGCATAACTTTGTGAGTATCGAATGCCTTTGAAACTA---TTCCGCGCCCTTAA--AACGTGGCTCAAAGTGACAAT-------------CAAACAATTTCTTTACGCTTTCAGGTTCGGAAAACATACCTGAAGCTAGCCTTCTGTGATATATGTCAGAAGTTTCTTCTGAATGGATTCCGTTGCCAAACGTGCGGCTACAAGTTTCACGAGCACTGCAGCACCAAAGTGCCCACGATGTGCGTGGACTGGAGCAACATCAGGCAACTCCTGTAAGTCCGTGTTC a score=4066 s danRer3.chr4 6962533 112 + 33808418 ATGAGTGCTACGTTGTTGACAGATTGTTTCCGACCCCTGGTGAAAGTGGGGCTCCATCTCTACCTTCACTCACATCTAGGAGAATGAGGGAATCTCTGACAAGGATCCCCAG s fr1.chrUn 116894384 112 + 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AAGTGCAGGACGCAGGGGTCCGAGGCCCAG---------TGGTTCTGGGTCACAGCCAGATTGTGATCACCA--AGGTTAAGAATTGATGAAGATGGGCCCTTAAGTGCCAGACAGAACCGGA--GGCTGTATGAGCAGAGGAGCGTCTGCGTCTCTCCGGTGTGTGGGGT s fr1.chrUn 202629389 171 - 349519338 AGATGCAGGAGGGAGGGCTGCTCTGCCTAGACGCGGTCTCAGCTGTGGGCCCCCTGGTGCTTGGCATCATCTCTAGGCTGTGTTTAAATAAAGCTCCATCTGAAAGCCTCAGGTGGTGATGAGCGAGATGTCTGAGTGGAAGAGCGTCTGCTTTGGTCCTGTGGTTGATGT a score=2037 s danRer3.chr4 7013466 130 + 33808418 atgctttttatatgAATTAGCATTGTAGATTAGttttatataataaaatata-----agtttatatt--CCATAAAAGTTTAATTAAAAGTCATCAAACATTATTCCAGTCTTCAGTTTTCATATACGTATATTAAA s fr1.chrUn 214728784 131 + 349519338 ATGCTATTCACAAAATTGAGTAT---GAATATGTCATGAATAACATGCTATAGTTACAGCTTACAGTTACTTCAAAAGTGTATTTTATTTTCATCAAATATTATTCATGTTTGGACTTTACATTTA---ATGTTAAA a score=1042 s danRer3.chr4 7013596 173 + 33808418 TGTATA---AAAAAATAACTGAACTAATAACTTGGTGTCAAACTTTCATGGACCATA-TCATAAATTGT-TTATGTTATATATATTTATCAAGCTATAGAAATAAATTACAATCATGCTTTTCAAAAGCAAACAATAGCTAGATATC--------AAAAAATCTGGCAATTGTTGAGTAATATGGT s fr1.chrUn 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danRer3.chr4 7018313 155 + 33808418 TCTGCTTGATCCTGGCCGCATCAAGGTACACACGCTGAGCCCCAAGCAGGGGCCTCTGGGTCATGT-TAACTCATAAGATGGACCATCTCACCAGCA----ACATGAAC----AGAATGTCAATTTGAAGACGTTTACATTTAATCAAGTTAAAATGTGTGATT s fr1.chrUn 86720703 153 - 349519338 TCTCCTACAGTATATCTGTATCATGTT---CACATTCAGCTCTGAGC--------CTCTGTTGTGCACAGCAAATTAGACTGATCAGGATGTCAGCATTGCATATTAATGTTGAAAATGTAAATTTGAAAACATAAACACATATACAACTTAAGATTTTTTGTT a score=1490 s danRer3.chr4 7023113 322 + 33808418 TTTTTTTTAACAATTTGTGTTCAAGGTTTTGCTAATTTAACTTGCTGACTTCATTTAAAAGTGTCAGGAAAATAACCTTTTGGCAATTGAAGTACTTTTTCAAAGTTTAAATGAAATATGTTATAAGCAAAATAATTATTTTTAATCTTTCAGTCAATTTAATGTTTCCTTATACAGTAAGGACACAATTTTCCAATATTCTTCAATGCTTAAAATACATAAAAACAAAC------AAACAAGCATGTTTTTTTTAATAATAAACATTT--------TAAAACCACAAAAATAGACTATAAACCATTACATATTTTTATTTCAAATGTATAACACA s fr1.chrUn 303262700 303 + 349519338 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349519338 TGGTTCCGGATTTGCT------GTAATTCTTGTTTTCTGATCTTCTCTTTGCTGTCTGCAGGCGTCCTGAGCCTCCCCGACAGTCTGAACCTGCACCGGGACCAGCAGCGCTCGGGGAGGGGCGGGGAGTGTCAGGGGTACACCCAGGCTGAGCTGCGCACGCTGGAGCAGTCGCTGCTCGCCACCCGGGTGGGCAGCATCGCAGAGCTGAGTGAGTA a score=1563 s danRer3.chr4 7041333 85 + 33808418 AATATTATTAAAATAACAAAATTTTCTGACATACTGTCAAGAGCACTTATTATTTTTGTGAAACCCCTGCCCAGTAATTGCAATG s fr1.chrUn 213919181 85 - 349519338 AATAGCTCAATAATAAGAACATTTTCTGTTGCAGCAGCAACAAAAATTGCTGTTTTTCCGATACATCTCCTCTTTATATGAGATG a score=5825 s danRer3.chr4 7061278 565 + 33808418 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GTTTCATCATCTAACCAGAGACACAAGCAGTGTTC-------------GAAGACGTCCCCAGAGGGAGGAACTTACGGAGGGAGTGCCACTCGTCCTGCCTTATGGTCTTGGTGATGTTGTAGGAGAGGTTTTTAGGGATGCTAGCTGAGGAGTAGTGATACTTGATGTAGGAGCACCTTGAAATGGCCCCTGAG--------GAGGAAAAACATTGTTAGTTTAGATCAGTGAGACCTGCACCCTAAAAGAT a score=2684 s danRer3.chr4 7201109 164 + 33808418 TTTTACATCTTGCAATTCTGAGTTTACAACTTGCTATTTTAAGTTGATGTCTCGTCATTTTGAGTTTAGTGCTCGTAATGTTGATTTTACCACTCGTAATTTTAAGTTTACAGCTCACAATTCTAAGTTTACTGCTTACAATTTTAAGTTTACATCTAATAATT s fr1.chrUn 298578180 164 + 349519338 TTTTACATCTAAATATTAGGATTTTACATCTGACAATTAGGATTTTACATCTGAAAATAAGGATTCTACACCTGAAAATTAGGATTTTACATCTGAAAATTAGGATTTTACATCTGAAAATAAGGCTTTTACACCCGAAAATTAGGATTTTACATCTGAAAATT a score=3474 s danRer3.chr4 7201273 681 + 33808418 TGAACTTTAGTGCTCACAATTTTAAGTTCAAATGTAATCGTTTTAAATTTATGCTCGCAATTTTAGGTATA-ATCTTATAATTTTGAGTTTAGTGCTTGCAATCTTAAGGTCAAATTTCATCATTTTGAGTTTAGTGCTCGCAAACTAA-GTTTAAATCTAATAATTTTAGGTTTAAATGTAATAATTTGGAGTTTACTACTTGCATATTTAAATATAATCTACTGTAATCATTTTGAGATTAGTGCTCATAATTCTATGTATAATCTCCTCATTTTGAGTTTAGTTCTCACTATTTTAAGTTTAAACCTCATAATTCAGAGTTTACTGGTTACAATTTTAAGTTTGAACCTCGTAGTTCTGTTCACTGCTCTCAATTTTAAGTTTAAATGTAATAAGTTTGAGTTTCTATTAATTTTGTGTTAACTGCTCACAATTTTGAATGTTCTGTTTGTAAATTTAAGTTTAATTCTCCTAATTGTCAGTTTAGTGCTCGCAATTTAAAATTTAAATCTTCTAATTTTGAGTTTAGTGCTCAGAATTTTGTTTAAACCTTATAATTTTGAGTTCAGTGCTCGCAATTTTAGGTTTTAATCTTATAATTTTGAGTTTAGTGCTCCCAATTTTAAGTTTGATTCTCAACATTTTAAGTTTACTACTTGCAATTTAAGGTTTAAATCACAG s fr1.chrUn 308206486 632 + 349519338 TGCTCCTTGTAGCTCAGTCTTTGTAGTTCA---GTGTTTGTT---GATCAATGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTTGATCAATGTTTGTAG-CTCAGTGTTGTAGCTCAGTCTTTGTAGCTCAGTGTTTGTTGATCAATGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTTGATCA-ATGTTTG----TAGCTCAGTGT------TTGTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTG------TTGATCAATGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTCTTTGTAGCTCAGTGTTTGTTGATCAATGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGT------CTTTGTAGCTCAGTGTTTGTTGATCAATGTTTG---------TAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTTGATCAATGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTTGATCAATGTTTG-------TAGCTCAGTGTCTGTATCTCAG-----TGTTTGTATCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTTGCTCAGTGTTTGTTGATCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTGTATCTCAGTGTTTTTAGCTCAGTGTTTGTAGCTCAGTGTTTTTAGCTCAG a score=24136 s danRer3.chr4 7252694 508 + 33808418 TCCTACCGTTTCGGATGAGGTCTTCGATTTCTTGGTCAAATCCCAGCCGATGACACTTGCTCCAGAGCCCCATGTTGGTGGAGTTGTAGCGCTTGCTGCACTCATCAGCGGCGCTCATGGCGAACAGCTGCCGTCTGTTGCGCGCCAGCAGCAGCTTCTCCTCCCAGCGGTCCAGGCGCGAGCGGCTCGCCCGCAGAGGGAGGCTGTTGTTGGGGATGTAAATAAAACCCGGGTCCTTCCGGCGGCTGGAGAAACTCCGACACCTCTCTCGGTACCTCCGCGCGTCCGTCTCGTACCAGTGGTCGGAGCAAATCGCCACAGCCAGCATCCCAAGCGCGCAGAGGGACAGAGACAGACCGGCGTAGAGCAGCAACTTCCCCGCAGCCATGCTCGCGTTCACCGAGAGCCGCGTCAGCACCACAACAGCACGGAGAGCTCCTTAACCTGCACCCGCATCCCGCCGGGCACGCGGACGGAGAGAACAGGGTTTT--TTCGTGGAGAGCTGAGC s fr1.chrUn 78796706 484 - 349519338 TCTTACCTTTCTGGATGAGCGCTTCAATCTCCTGGTTGAAGCCCAGCCGCTGGCACTTCCTCCACAGGCCCATGTTGGTGGAGTTATGCTGCCTGTCGCAGTCGTTCACCGCGTTCATGGCGAACAGCTGCCGCCGGTTCCGGGCCGGCGCCAGCTTCTGCTCCCGGCGG------------------GCCCGCAGCGGCAGGCTGTTGTTGGGGATGTAGATGAAGCCAGGGTCCTTACGGCGGCTGGTCAAGCCTCGACATCGGTCCCGGTACCTCCTGGCGTCAGTCTCGTACCAATGGTCAGAACACATCGCCACGGCCAGCATACCGAGGGCGCAGAGAGACAGCGAGAGTCCGGCGTAGAGCAGCAGCTTTCCCGCAGCCATA-----GTTCGGTCAGAGCCGCATCAGCACCTCGACAG-ACGGACAGTTCCTCAGCTCCCGTCCTC--TCGGCACAGCGGCTGCATTGTTGGGCCGGAGTTCTGGGCAGAGGTGAGCTGAGC a score=9485 s danRer3.chr4 7261797 306 + 33808418 CATTAAAGAAAGAAAATATTTGCATTAATGCAGTAATGTAAATAAATGCATAA-------GCCATTCAACGAATGCATTTTCTTCATTAGGTGACGATGGCTGGTCTTTCTAACTATGCTCTCCGCATGGCCCGTCTGAGTGCTCGAATCTTTGGAGACGTGTCCCGCCAGACAGACGCCAGGTCTTTGAAAGTAGTGGAGTTATTTAAAGAGCCCCCATTGGCCCAGAGAAAAGAAGTGTATGACTGGTATCCTCCACACAAGATTTACTACTCGATGACCCAGAGACTCCGATACATGGGGCTTTTCAGGT s fr1.chrUn 78799227 310 - 349519338 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CAGTTATGGTCTGTCTGTTTCTCTTTGCCCTGCAGCCCCCCCGACCCACCCTGCCCGCTGCTTGAGGAAGCACCGAACACGGACCTCAAGCCCCCTCCTATACTCCTACCCCAATGACATAGTCTTTGATTTTGAGCCTGAGCCTGTTTTCCAAGGTAGTTAGGATTCTTTGTGTTGCTGTGTACCCCCAAATGTCCCCCCACAACTTGCACACCATCCCAAACCCTGTCACATTCCGTTGTGTGTTGGCTCGTCTTTACTGTGGTTTCCTCTCACT a score=14381 s danRer3.chr4 7285192 486 + 33808418 GACCCTTTCCTCTCTTCTTCTCCCCATGTGACT-CTACACAAGATTT--TCTTCCTTTCCTCCTGTTTCCTTCCCCTCTTACTCTGTCTCTCTCTAGATTGACTCCCACATTTGCTGTTGAATTAACTTGATTCTGTTTGCAATGCC-----------------AGGCTCAACAACAGGCCTGTCCGCCACTCCCCCTGCCTCCCTGCCAGGTTCCCTGCCCAATGTGAAGGTGTCC---AAATCTCCGTGCCAACCGAGGGAGAGGAAGCCATCGTCTTCATCTGAGGACCGCAATAAAATGGTAAAAA--TGTCTG-GTCCTGGTTTGGCACTTTCAGGTCAT-AGAGGAATGGTATTTGATGCTTGTTTTTGTCAAATAGAAAACTCTGGGTCGACGGGACTCGAGCGATGATTGGGAGATTCCAGAAGGGCAGATTACTCTGGGCCAGCGGATAGGATCTGGTTCTTTTGGGACAGTTTACAAGGGGAAATGGCACGGTGGGTCATCTG s fr1.chrUn 203086224 511 + 349519338 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TCCTTTTCTTTCAC-AGCTATCTGCACGCAAAGTCCATCATCCATAGAGATCTGAAGAGTAACAGTATCCTTTGACATCAATCACTGATTTGTATTCATTGAAATA-------TATTGCATTATACTGtatttaaaaagttaattattaaatctattattatgtttt s fr1.chrUn 203087419 164 + 349519338 TCCTTCTCTTCCCCCAGTTACCTTCACGCCAAGTCCATCATCCACAGGGACCTGAAGAGCAACAGTATCCTTCCGCTCAGACTCCCGTTCC---CTCACGGGGTCAAACGCCTCATTGAATTGCTCCGCCTGTAAACATTTATCGTCTAAAAATGTCTTCAACTTTT a score=21055 s danRer3.chr4 7289120 818 + 33808418 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gaaaaacttaattaaatgatattataaatGGCATATTTGCAACTAATTTACATATTAGTCAATCATTATCTATCAATTATGTATTATTATTTTTCTTTATACAATTCCAATGAATCAGTGAGGCTATATTAG----------TGGAATAAACCAGA---TTTACATTTTACTGAAGGAAAATAAATATTAAAATATGACTTGGAACCTATAC---CTCTAATAAATCTAGAGAAATG-----TAGAATTTCAGGTGATTTCT------TAAATTATTAATGCAT-TATTCTTGCTTAAAAATTCAT--GTTGTTCAAATGTTTTTATTTATTAAAGATATACATGTAA-----TTTA s fr1.chrUn 243498718 352 + 349519338 GGACAAATTTGTCAATACATTTGACAAGATGAATATCAG-ATCACATTTAATGAGAAAATAATGCTGAAGTTCCAAGAATGTCACTTCATGCCACTTTGCATTAATACAA-GTATGTATTAATCTTTGTTAGCATTAACAGCTGAAACATGCTAAAATCTGCACAGCTGACTGTGTCAAACT---CCTTTTCATTTGTTTCTGCGCATTTGCGGATTCTTGTAGGTTAACAACAATGACCAACACAACTTTGGTCTTCATCTTGAAAATAAATTGTGACTGAATATGTGGTAGATGACAAATTATTTGGTTGTTGGGTTATACAATCCCAAGGTAGATGTTCACATTACCTTCTTTT a score=11255 s danRer3.chr4 7290731 174 + 33808418 TTTATGGCAGATCTTGGCCTCCATCGAGTTATTGGCACGCTCTCTGCCCAAAATCCACCGCAGCGCCTCTGAACCGTCTCTGAACCGCGCTGGCTTCCAGACGGAGGACTTCAGCCTATACACCTGCGCTTCCCCCAAAACACCCATTCAGGCCGGTGGCTATGGCAAGTGCAC s fr1.chrUn 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AGATACAATATGATTCCATACAATAAGTGTCATTCATATGC---TGAGCATTTATGCTTATTTCTCATACCTGTTT-------ATATTTATCTGCCTCTTGTCTCCAAATG-CAGTGAGGATTCCTGTGGATTTGAGCATGTGTTTGTCGGCGAAACCAAGCATGGTAGAGAGATCATGGGCCTCCACAACTGGATCCAGTTTTACAATCTGGAAAAGCAAAATATCGTGGACTACAAAGGATATAAGGCCAGAGATAAAAAGGACACGGTATT-TAATCCTTGCATATTTATT--TAAGAAGAAAACTCATCTAATCAGTTAATATAGCATTGTGTGCATGA----CTTGTAATGTTTACATTTCCAATCTCACAGCCAGATGAGGATGATCACGTCTTAAATCTGCAGTTTAGCTGGAATGGTCTGGTCAAACCGGTGGGAGGCTGTTTCATTGGCGTCAGCCCGGAGTTTGAGGTGGCTCTTTATACCATCATCTTCCTTCTGTCGGGGGAACATATGACCAACGTTAGGGTGAAAGTGGATGAGTATCTGCTGGAGATTGTGGTGTACAGATTCGGGCGCTACATTGGGACATCATATCCCAAATTGATCAGCAGTAACAACCGGGATCTCTAGA s fr1.chrUn 286155152 612 + 349519338 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AGATGCAGGAGGGAGGGCTGCTCTGCCTAGACGCGGTCTCAGCTGTGGGCCCCCTGGTGCTTGGCATCATCTCTAGGCTGTGTTTAAATAAAGCTCCATCTGAAAGCCTCAGGTGGTGATGAGCGAGATGTCTGAGTGGAAGAGCGTCTGCTTTGGTCCTGTGGTTGATGT a score=2037 s danRer3.chr4 7408008 130 + 33808418 atgctttttatatgAATTAGCATTGTAGATTAGttttatataataaaatata-----agtttatatt--CCATAAAAGTTTAATTAAAAGTCATCAAACATTATTCCAGTCTTCAGTTTTCATATACGTATATTAAA s fr1.chrUn 214728784 131 + 349519338 ATGCTATTCACAAAATTGAGTAT---GAATATGTCATGAATAACATGCTATAGTTACAGCTTACAGTTACTTCAAAAGTGTATTTTATTTTCATCAAATATTATTCATGTTTGGACTTTACATTTA---ATGTTAAA a score=1042 s danRer3.chr4 7408138 173 + 33808418 TGTATA---AAAAAATAACTGAACTAATAACTTGGTGTCAAACTTTCATGGACCATA-TCATAAATTGT-TTATGTTATATATATTTATCAAGCTATAGAAATAAATTACAATCATGCTTTTCAAAAGCAAACAATAGCTAGATATC--------AAAAAATCTGGCAATTGTTGAGTAATATGGT s fr1.chrUn 228081112 174 - 349519338 TGTACTTGTAGAATCCCACAGAATT------------TCTGATGTTGATGCGCTGTAACCGTAAATTAAAGTATTTTATATATTTGTACTGTGTCAAATACAGAAATTATAGTATTATTTTTCAACTTAAAACAAAGCCAATATTGCAGTCAGAAAAAAAAGTCGAAAACTGTTGGATTATCTAAT 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danRer3.chr4 7412783 146 + 33808418 TATAAATTCTTCACAGTCTCTGGCCTCAG--ATTAGTGGCTCCTCTTCCGTGTTCTGCAGACATATGGCCACCATCTGCTTGATCCTGGCCGCATCAAGGTACACACGCTGAGCCCCAAGCAGGGGCCTCTGGGTCATGTTAACTCAT s fr1.chrUn 263149289 148 - 349519338 TGCAGATACTTGGCCCCATCTGTCCTCGTCCGTTCCCGGCTCGCTGTACGTGGTGAGCGGACATATGGCGACCATCTGGGCCAGCCCGGGGATGTCAGAACACTGTGGCTGGCTGATATTCTGGGACCTGCAGGTCACTTTTACTCCT a score=1490 s danRer3.chr4 7417650 322 + 33808418 TTTTTTTTAACAATTTGTGTTCAAGGTTTTGCTAATTTAACTTGCTGACTTCATTTAAAAGTGTCAGGAAAATAACCTTTTGGCAATTGAAGTACTTTTTCAAAGTTTAAATGAAATATGTTATAAGCAAAATAATTATTTTTAATCTTTCAGTCAATTTAATGTTTCCTTATACAGTAAGGACACAATTTTCCAATATTCTTCAATGCTTAAAATACATAAAAACAAAC------AAACAAGCATGTTTTTTTTAATAATAAACATTT--------TAAAACCACAAAAATAGACTATAAACCATTACATATTTTTATTTCAAATGTATAACACA s fr1.chrUn 303262700 303 + 349519338 ttttattttattttatttttacaatttttCATTCATTT--CTTTCTAGTGTCTTATTACAGACCCAGCACACCACCCACTTATTTCGGTGAGTACATTTTTAG---TAAAGTAAATTATGG-ATTAATAGTACAAATATTTTTAAGCTGTCTGTCAAATTAATGG---CTAAGAATCTGAGTATG-AATTTTCCAGCTTTTAATTTTGTCTAAAAATTCCACAACTATACCTGTTTAAACATAGATG------TAGATAACTACCGCTTGTGTCATGTAGTACTAGAAAAATA------AAACAA-----------TATTTTAAAGATATGGCACA a score=1213 s danRer3.chr4 7419560 115 + 33808418 AATTGTTAGGAAAAAAAGCTTCATGCTTAGATAAATATGGTTGAACTGGTTTCCAAAAAGTTCTCTGCTATCTCATTTTAGCTTTAATAAAGTTTTAAGCCTTGATTGTTAATGA s fr1.chrUn 188870849 115 + 349519338 AGTCATGGGGAAAAATAACGTGAAGCTTAAATAACTGTTTTTCCGCCCGTTAATGAAGCTTCTCACTCCATCTTTGTTTTGATGTGGAAATGTTAAAATGATAGCGTGCTGATGA a score=2703 s danRer3.chr4 7421928 293 + 33808418 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TAAAATAGACACAACATCTAATCACTGGTATCATCAACACTGAGGATAATGAGTGAGTTTTAGACACGGAGACATTTTTATGAACTGTTCCTACAAAGTAAAAGGGAGAAGAGTAAATATATGCAGAATATGTTATGCCTAAAAT a score=-46 s danRer3.chr4 7433471 89 + 33808418 GGGTTGTTTGATTTACCTTTCAGACAATAATAATGTCGTAACATTTAGCTCTCAAAG----TCTCCTGGTCCCATTGCAGATGTTTTGTTGTC s fr1.chrUn 343148546 88 - 349519338 GGACAGTGTGACTTACATACCAGG-----ATCATGTGTGCAGTGTTGGCTATCCCAGCTATTGTTTGGGGGACAGAGTAGATGGATCGCCGCA a score=9008 s danRer3.chr4 7433560 216 + 33808418 TGGTTCTGGCTTTTTCCGCATGTTGATTTGTTTTTAATTGTTTGGTCTTTG--GCCCACAGGTGTATTGAGCCTGCCGGACAGTCTGAACCTGCACCGTGACCAGCAGCGAGCAGGGAAAACTGGAGAGGGCCATGCCTATAGCCAGGCTGAACTCCGCACCATTGAACAGTCACTTCTGGCGACCCGTGTGGGGAGCATCGCCGAGCTCAGTAAGTA s fr1.chrUn 263155548 212 - 349519338 TGGTTCCGGATTTGCT------GTAATTCTTGTTTTCTGATCTTCTCTTTGCTGTCTGCAGGCGTCCTGAGCCTCCCCGACAGTCTGAACCTGCACCGGGACCAGCAGCGCTCGGGGAGGGGCGGGGAGTGTCAGGGGTACACCCAGGCTGAGCTGCGCACGCTGGAGCAGTCGCTGCTCGCCACCCGGGTGGGCAGCATCGCAGAGCTGAGTGAGTA a score=1563 s danRer3.chr4 7435850 85 + 33808418 AATATTATTAAAATAACAAAATTTTCTGACATACTGTCAAGAGCACTTATTATTTTTGTGAAACCCCTGCCCAGTAATTGCAATG s fr1.chrUn 213919181 85 - 349519338 AATAGCTCAATAATAAGAACATTTTCTGTTGCAGCAGCAACAAAAATTGCTGTTTTTCCGATACATCTCCTCTTTATATGAGATG a score=1381 s danRer3.chr4 7443095 238 + 33808418 GGTAAGAGCCTTCAAAATTTAATGAAGGCAAAAAGTCTGCCTCAATGGAGAAATCTCCCACGAGCTGTGCAGCAGATTGCATAGCAAGGTGCCTTTATTTCACGGT-----CAAAGGAAAACCCGGTAATTATACTGAGAGGGAGTAATTATAAAGGCTCTGGCACTATTTCCTGCTGCTTTCACGTTGGTGGTTAATACTGAGACACCTCCATTTGTCACGTTCCTGGAGACATTCTCGTAT s fr1.chrUn 263158331 206 - 349519338 GGTGAGTGCCTTCC--------TCAAATTGAAGAATCTCTCTGGATGCAGAG---CAGCAGGGGTTGTGCAGGAAATTACACAGCAATGGGATGTTATTTCTCTCCTTCCGCACTGGAAAACTTGTCTTTTTT-------------------------TTTTGCACTTGCTCTTTCTGC-CCAACAACAGGCGTTATTCCTGCAACGCCTTGCTCTTCCGCACCCTGGGTTTCATTAATGCAT a score=15507 s danRer3.chr4 7460303 255 + 33808418 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CCTTTAGGAATGTATTTCGCAAGCTCATGGCCCAGTCGGACAAAGAAAAAGGGGACGTCTTGTCTCTGGAGGAGATCCTGGCCGAAGGTTCGGATCACGCGGAGAAGAGGCTGGCGCCGCAGGCCAACAGCGGTGGGACGCTGCGAACAGGAAAGGCCAAACTGAGAGCCCTGAGAGAGGCCATGTACCATAGCGCAGAGCACGGCCATGTGGACATCACCATAGACATCCGCAGCTTAGGTCAGATTTACTAATGCATGCTTCACAC-GCCTCGCCTCCAGCTGTCCTGG a score=11637 s danRer3.chr4 7484257 189 + 33808418 CAGGCGTACCGTGGACCCTACACACATGGCTAGAGTCTCTGAGAACATGTTTCGTGCAGCAGCGGCGGCCACTGATCCAGGGCCTATTGAAGGACTTCAGTTGCATTAAAGAAGACGAGTACACAGAAGAGCTCATCACACACGGACTGCCACTCATGTTCCAGATCCTTCGAGCCAGCAAGGTCCATT s fr1.chrUn 263174958 189 - 349519338 CAGGCGTCCCCTGGACGCTGCACACCTGGCTGGAGACCCTCCGGACCTGCTTCGTGCAGCACCGCCGGCCGCTCATCCAGGGCCTCCTCAAGGACTTCAGCTGCATCCACGAGGACGAGTACACGGAGGAGCTGCTCACGCACGGCCTGCCGCTCATGTTCCAGATCCTGCGAGTCTGCAAGGTTCTTT a score=7706 s danRer3.chr4 7485767 136 + 33808418 CCAGCATGTGTTTGTGTGATCTGCAGAACGAGGTGATCAGCCAGCAGCTCTCAGTCATTTTTACCCAATGCTATGGTCCTTTCCCAATCCCCAAACTCACCGAGATCAAGAAGAAGCAAACGTCTCGCTTGGGTGA s fr1.chrUn 263175324 135 - 349519338 CTGACTTGAGTCTGTTTG-TCTGCAGAACGAGGCGATAAGCCAGCATTTGTCGGTCATCTTCACCCACTGTTACGGCCCCTTCCCCATCCCCAAGCTGACGGAGATCAAGAGGAAGCAGACCTCCCGCTTAGGTAA a score=7020 s danRer3.chr4 7488897 141 + 33808418 TGTTTGATTTGTACCATCT------TACAGACCCACACTTTCTCAATAACAAAGAGATGTCTGATGTGACGTTTCTGGTGGAAGGAAAGCCCTTTTATGCCCATAAAGTGCTGCTCTTCACTGCCTCGCCAAGGT-------TTGAGTTTTTGT s fr1.chrUn 263176048 154 - 349519338 TGATCGACATAAACCATCTATTTTTTACAGACCCCCACTTCCTGAACAACAAAGAGATGTCTGATGTCACCTTCCTGGTGGAGGGGAAACCATTTTATGCACACAAAGTGTTGTTGTTCACGGCTTCAGCCCGGTGAGGAACTTAAGTCTTTAT a score=-2669 s danRer3.chr4 7490084 352 + 33808418 CAATTGTCCATCCACTCACTGACACATCCAT-CATCTATATGTCAAGATTTGACAATTGTCAGTTTGGCTGTACTTCATCTCAACATATCATTTAAATAATAGAAGTTAGAGAAAGAATATCTGAGCAA----ACACAAGACCTTTTCTAAATCTGCCAGGTCTA---------CTAGAAT----AGTAATTCACACAAAATGATGGTCTGGCGAGGATGT--CTGCATGAAC--TTATTCATATTCATGAGCTCATTATAGTGTGTGATGACATCACAGCGTGCTCATCTATTGTACCTGCAACAGAACTCAATTCCGCATCACTGCTTTACTCTA---GATCTCATAGTGTTATAAAATTTTATGAGGGTTTTTA s fr1.chrUn 213930526 368 - 349519338 CAAATGCGcacacacacacgcacacacacatacgcatgcacaTTAAA---TGAAGCTGGTGGATTTCTAT-TGATTGGTGAGAGCTTATAAATCTAATGGAAAAGTGCGGCTGAATCAGGTTAGAAAAATTGCCCAGAAGTTCTTTTCTGATTGTG--AGATATAATGCACGAGCTGGGACTTTAAGTACATTATTAAAGAAGATGGAAAATCAATTCTGCTCCAGCATAGACAGTCATTTA-ATTTAAAAAATGGTGAAGATGT-CAATTTCACTCCAGCATCATCTGTCAGTGTTCAACGAGGAGGGACATATTATTCAATA-TGTGGCACTTAAACTGTTCTCAGAGGAAGATGCTCTTTAAAATGTGTTTTAA a score=9185 s danRer3.chr4 7490443 853 + 33808418 CTCAGTAAATCTTTGTA-GTAATACCACTTATAAAGGAAGTCTGTGAGTCTCTTCATCTCTTTCTGACCTGCAGGTTTAAGTCTCTGCTCTCTAACAGACCAGCGGCGGAGAACACATGCATCGAGATCAGTCACGTCAAGTACAACATTTTTCAGGTTGGAAACTCCTGACTCATAAATCCCACTCAAACTCATGTCGGTATTACAGTCACATTGCAATACGCTAATTCCCATTTCTGTCAGCCCTTTTCAGCTTAATGACAAAAATGTGTTGGTATAGTTATGACTGGTGCTAAGCTCATCTGTCCTCAAATGTTTCTTGGAAGTCTGAGAACATCTCATTGTTTTTTTCAGCTGGTAATGCAGTACCTCTACTGTGGCGGCACTGAGTCACTGCACATCAGGAACACTGAAATTATGGAGGTATTAAACATCCTTTATTCTCATAATTCCCAAAGTCTCTTTCATCAACACACTTGTGATGACTTTATAAATGATGACTTGAGGTAATGTTGAATGTTATGAATTAGAGGATTTTTCATGCTCGTACCAGAAAGCCCTCTCAATGCTCAAATCTTTCATTTATCTCCATATTTAGCAAATGGAAACTCTCTTGTATGTAGAAGTAATGTAAATTAATGCACATGGTTATTCATTCTAATTTAAGTTAGCTCTTGATTGTAAACCTAACAAATGTTTTGATATGTTTTGCTCATTGATGCTCACTCTGCTTCAAAGCTCCTGTCTGCAGCCAAGTTCTTCCAACTTGATGCTCTTCAAAGACACTGTGAAATAATCTGCTCCAAGAACATCACCAACGACTCCTGTGTGGACATATACAAACATGCCAGGGT s fr1.chrUn 263176329 480 - 349519338 CTCTGGGAATCTGACTATATAATACCATCTA------ATACCCATGATTCCTTGCTGTTC-------CCTCCAGGTTTAAGTCGCTCCTCCAGAACCGCCCAGCTGCAGAGAACACCTGTATTGAGATCAGTCACGTCAAGTACAACATTTTCCACGT--GAGGCTGTTGTTCCATGAACGCTGTT-----TGATGTCCGTGT---------------------------CCATAT------------------TTAATGACGGAACTGTGTTG----------------------------------------------------------------------TCTTTTTCAGCTGGTCATGCAGTATTTGTACTGCGGAGGCACAGAGTCTCTGCACATACGTAACACGGAAGTTATGGAGGTACGAGA--------------------------------------GGCACAAACGCG---------------------------------------------------------------------------GCTCTGTCAGCG-----------------------------------------TCTCTT------------------------------------------------------------------------TGCCGTTTGTCTTCAGATGCTGTCCTCTTC-------------CCCCGCAGCTCCTCTCAGCCGCCAAGTTCTTCCAGCTCGAGGCTCTTCAGAGACACTGTGAGATCATCTGCTCCAAGAACATCACCACGGAAACCTGCGTGGACCTCTACAAACATGCCAGGGT a score=285 s danRer3.chr4 7491383 221 + 33808418 TAATATGTGTGTTTTAATGCTGTTGCCATAT-TAAGTCATTAATTTCATTGATGATAAAAG------------TAATATTTTGCTTATTACTGTATTCATATTTATGTTTGCTCat-ttaaatactatttaaaatttatttatattgaatataattGTGTTTTATTGTTATT-TTTAGCAATTTAATTGCAATATG-CAAACATTTTATCATAGACCAAATTGAGGGAAAATGGACA s fr1.chrUn 256262719 226 - 349519338 TTACTTGCTTGTCTT-----TGTCACTATATCTGAACTATATATTTGATC--TGAAAAAAGCCCAGATTTAACCATCATTCTGATTTTTTGTGGATTCAGATCTGAGACC-CTCATGTTATAAATGACTTGGGAGCCAATTCTAACCAAAACAA---AGCCTCGTCATCATTCTTTAAGAGTTGGAATAAAGGAAGACCTGTAGTTTAACTTTGACCAAAACATAAGAACAGAAACA a score=12274 s danRer3.chr4 7492630 354 + 33808418 AAAGCTTCATATTCCAGGATTAATTACAACCTAATTAAGGAACAATTACAAGCTGTTAACTCAGAATAGTGCTGAAAGCTCTTAGCAGGGT---CAAGTCTCACATTGTCA------------------------CTATGTTTCACACATT-CTCAGTTCCTGGGAGCCCTGGAGTTGGCAGGCTTCATCGAGGGCTTTTTCCTGAAGAACATGGTGCTCCTGATTGAGCTGGAGAACTTTAAGCAGCTCCTATATGAGGTC---CCTGCAGACAGCCCTG-GTCCAGGCCCGTC-----CTATGATGTCCTCCATGACCTGGAGCAAACCCTGGCCCTGCGGATCCGCTCCATTCATCTTTCCACCTCCAAGGGCTCCATCGTCTGACAC s fr1.chrUn 263176958 380 - 349519338 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GGTTTATAAGTGCTTTGGTAGCAATTGGCTGGTGGTCTGAGTCAGTCTCTGTT-TATGTGGCCCCACAGCTGATCCGAGGCGGCTTTGACGGCATCATTAACCTGATCTTCAGACTGTTCTTCTCCAAGAGGAGACCTGCCATCACCTTACAGGACCCAAACATCAAATACGCCCTGCGGCTGTTGGACAAGCAGGTGAGCGCCCCAGCACCCGACCCGAGCGTGTCCTGCGACCGCAAACGCAGCAGTTGCGTTCACTGGCCGCTGCGCTGCCGGATTTCTCAGCGCCCGTCTTGTCTGAGACGCTGTTTGTGTTGCCTGTTTCAGATCGTCAGTCACGACACCAGAAAGTTCCGCTTTGCTCTCCCGTCCCCTGAACACGTCCTGGGCCTCCCCATCGGTTGGTACCAACACTCGCACCTGAGTttacctccacccaggaggtcatgtgacatcctgtttgt a score=12353 s danRer3.chr4 7499631 361 + 33808418 GTTTATATTTACATTTAAAGGTCAACACATCTACTTGTCTGCCAAAATTGATGGCAACCTTGTGGTGAGGCCTTACACGCCGGTGTCTAGTGATGATGATAAGGGCTTCGTGGATCTAGTTGTCAAGGTATAACATTCTTGTGTGtatataattaattaatatcattgtaaaataaaaagtttttttGGAGGTTTAAATGTTTTGTTGCCTTATTTATTTCAGATATACTACAAAAATATCCATCCAAAGTTTCCAGACGGAGGCAAGATGTCCCAATACTTGGAGAGCCTTCGCATTGGTGACACAATTGATTTCAGGGGACCAAGTGGACTGCTGGTTTACAAAGGCAAAGGTTTGTAG s fr1.chrUn 93410934 335 - 349519338 GTTTCTCTCTGTGTTTCCAGGGCAACACATCTACTTGACGGCCAGAATTAGTGGGAACTTGGTGGTGCGTCCGTACACGCCGGTGTCCAGCGACGACGACAAAGGCTTCGTGGATTTGGTGGTGAAGGTA------ACGGCTGAGGATTCAACGATTTGTGGGCCTGGT------TTGGGTTTCTAAAGAGGTCC---CGTCTTATTGGCAGGTTTATTT-----------CAAAGATGTTCACCCAAAATTCCCCGAGGGCGGGAAGATGAGCCAGTACCTGGAGAGCCTGAAGATTGGCGATTTCATCGACTTCAGAGGACCCAGCGGGCTCCTGGTGTATAAGGGCAAAGGTCAGCAG a score=3183 s danRer3.chr4 7500391 96 + 33808418 TATTTCTACAGGATCGTTTGCAATCAGGCCAGATAAGAAATCAGACGCTGTGATAAAAACTGCTAAACATGTTGGCATGATTGCTGGGGGAACAGG s fr1.chrUn 93411315 96 - 349519338 TTTCTGCTCAGGTGTTTTTGCCATTCAGGAGGATAAGAAGTCTCCAGCTGAGACGAAGACGGCCAAACACCTGGGCATGATCGCAGGAGGGACAGG a score=4573 s danRer3.chr4 7501482 238 + 33808418 TGAGACTGCATTCATTACCACTGCTACTTTTAAAGTGTAATTTACTCTATTTAGACTTTGTTTTAAACAATAAATAATGAT-ACTGCTAGACTGAAA----------AGACTAAAGCTATTTGCTCATACCTCGTCTTTATATATAAATATGT-------------TTTAGGCATTACTCCCATGCTCCAGATCATCCAAGCAGTCATGAAAGATCCAAAGGATGACACAGTGTGTTACTTACTCTTTGCAAACCAGGTGAG s fr1.chrUn 93411411 249 - 349519338 TGAGATTAAATCCATTAAAGGATCAATTATTCCAGC--AATGTACCCTGTTT------TTGCATATATAATAGATGTAAATCAGTCCCAAACAAAATCTTTTATTTTAAATTGAAGCAGTTTTTTC-----TGATTTTATTGAGCAAACATGTGAACTCCCGTCCACGCAGGAATCACTCCCATGCTGCAGATCGTCACAGCCATCATGAAGGATCCTAAAGATCAGACAGTTTGTCACCTCCTCTTTGCCAACCAGGTCAG a score=3395 s danRer3.chr4 7502558 180 + 33808418 GTTCCTATGCACAGT------GTTTAAGTATCTAAAACTAACAATTACACCCACTCACTGCTCTTTTTGTATCTTTAAACAGACAGAAAAAGACATTCTCCTACGCCCTGAGTTGGAGGAGATCATGGCCAATCACCCGACACGGTTTAAGCTGTGGTACACCGTCGACAGAGCACCAGACGGTAA s fr1.chrUn 93411660 169 - 349519338 GTTCCTTCACATTATTCTCTGGTTCGGGTGTCTGAA-------------CCAAGTCCTGAAGGTTCCTGTCCC----ACCAGTCTGAGAAAGACATCCTGCTGAGGGAAGAACTGGAGGAAATCCAGGTGCGGCACCCAGACCGCTTCAAGCTGTGGTTCACTCTGGACAGAGCGCCCGAAGGTAA a score=9564 s danRer3.chr4 7503915 185 + 33808418 AGGTTGGGAGTACAGTCAAGGCTTCATCAATGAAGACATGGTGAGAAAGCACCTTCCTTCACCCGGAAACGAAACACTCGTCTTGATGTGTGGACCTCCTCCCATGATTCAGTTCGCCTGCAACCCAAGTCTGGACAAGGTGGGCCATTCCAATGACAGGCGCTTCATGTTCTAGATG-------GTTCTAC s fr1.chrUn 93412626 192 - 349519338 AGGGTGGGAGTACAGTCAGGGCTTCATCAGCGAGGACATGGTCAGAGACCACCTGCCACCCCCTGGCGACGACACCCTCATCCTCATGTGTGGACCCCCACCCATGATCCAGTTTGCCTGCAACCCCAACTTGGACAAAGTGGGCCACGCCGCCAGCCGCAGGTTCAATTTTTAAGCGTGTTGATGTTCTAC a score=1508 s danRer3.chr4 7509821 186 + 33808418 TGGTCAATTTAACGTATTTGTATTTGACATATTTATGTTTTATTGTAGTTTTGAACGGGTACGTATCACAGTTTCCACATATATAAGCATCATATTCAGATGGTGGGCTGCACCAACATGAAT-----TAAGCTCGAATCTATAATC----AAGGTTTAGCTAATAATTCTGCTACACTAAACATTACATCTTGT s fr1.chrUn 331887644 186 - 349519338 TGATTAATTCTACA-ATTTTTAGTT-----ATTCATGTTAGTGTAAAGTTTTGAGTGCATACAATTCACATGTTCCAAAAAAATAAACACAACAACAATGATATAAAGAACAAGTATAGGAATAAGAATAAGCCCACACAGATAAACTTAAAAGCTTAATGTAACAACC---ATAAACCCAACATTATAGGCTGT a score=2263 s danRer3.chr4 7511471 204 + 33808418 CTGGGATTGAACCAGCAACCTCTTAACCCTTGAGGCAATGCTCTACCGCTGAGCCACAGTCACATACCTAATGATGTGCTGG--AACTTATATTTGACCTGTTCGCCTGTTGGTGGGCCAAATGCAAGAGTGAATAGAGCTGGCTTTGAACTCAAGCATCCT-----AGCAGCCTTGACTATGGAGAACATGTTCAGCC---AACAGTGCCACC s fr1.chrUn 331890187 213 - 349519338 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ACCTCTTTAGTCTCATCAGGGTCTGTGTGGTCCACTGTGAGTGAAAGGTCATTCTGCAGGTATTTGAGGGCATTCAGTGGGTCAGACTGGGCCTTCTCCTCAAACCTAACCCACAAAAATACACAGATACTGAACAC a score=9225 s danRer3.chr4 7583222 148 + 33808418 CGTACCTGTATTTGCGAATGAGGTATTTGCAGTGACGCAGCAGGTATTCTTTGGAAGGGCGGCAGAGCTTTAGGGACCAGAAGTCATCCAGTCGCATTTTGGGAGAGCTGGACTTTCCTGGGTTTCCACCAAACAGGTAATGCACCTG s fr1.chrUn 280084432 148 + 349519338 CACACCTGTACTTCCTGATGAGGTATCTGCAGTGGCGGAGCAGGTACTCCTTGGAAGGTCGACATAGGCGAAGGGACCAGAAGTCGTCTAGGCGCATCTTGGGAGAACAGGACTTCCCAGGATTCCCCCCAAACAGGTAATGGACCTG a score=8159 s danRer3.chr4 7585500 144 + 33808418 ACCTTGTGGAGTTCATCGTAGACAAGCTGATGAGCAAACCGAGGACAAGGTTCCTCTTCCTGCAGGGCCTTAGTGGGGTTTTCCTTCACCGCTTGGTCGTTCTTATAAACACAGGACCTGTAAACAAAC---ACACAGTTAGTCTTT s fr1.chrUn 280084860 147 + 349519338 ACCTTGTGCATTTCATCATAGACCAGCTGGTGTGCGAAGCGTGGACAGGGCTCCTCCTCCTGTAGAGCCTTACTGGCGTTCTCCTTCATCGCTTGGTCATTCTTATACACACAAGACCTGAACACAGATGGAACACCATTAACACTT a score=11677 s danRer3.chr4 7587830 158 + 33808418 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AGACGCACCGTGTGGAAGAGCATGCAGTGTCCGATGCGAGATTGGATGTCCTCCGGCCCTGCGTTACACGAGTCTTCTCGGAGTAGGCTCCAGCTGCCAGCTTGACAGTGATACGCGTAAAGCCCACTGAACTGAGGTTCAGACGTCCTGCCATCATCCACGCTGCCATTACACGTCAGTATCCGACCACCAAACGTGTAGATCATGTGCTTCTCAGAGTCCATGCACATCT------------GAGGACGCAAA---AGGAAGATTATTTTAATAGGTGTTCATCATAAATCTGTAAAAGAG---------------------AGACTCC-----------TGATGGTATGGAGGATAAATCCTGCATATACTGTAGGTTGTGCAATTTACCTGGTGGTCGAACACAAGTTTGGGTCCTCCATCAGCGGATGTGTCTTCACTCAGGAGGGTCCACGTGTTTGCGTCAATGTCGTAGCAGTAGAAGTCACTCTTCAGAGACTTGCTGTTTCTGACCGAGGAGTCCAGATATCGGCCCAGCGTGTAGATCTGCCTCCGTTGAGAATCGATGCACATTTTGTGGCATGAACGAGCACTGGGACCACTCTGAAAAAAAAAATGTAACACCACCT s fr1.chrUn 280085766 621 + 349519338 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TCTCACCTCTTTCTCGGTGTCTCTGGAGATACAAGCCCACTGATTCTCCAGAACGCTGTAGGCCCAGAAGTCAGCCAGGTCCTGCGTGCCATCCCAGCCCCCAAAGAGGTACACGGTCTCTG--------------------CAGGAATAAGATCAGCT-------AAGTGAAACCGTACCGGCCTGTCCACACACTACT----------GTTAATA--------------------------TTAATTTCTAATTGTGCTTCATCTATTTTAAAAGC---------------------------TTTGGTCTTCCTGCTAAG--AGGACTGCTGGTTGGGT-------CAAAAACAGGGCAGTGAGGGGTGAA-----------------GAATG----------------------------------------TACCAATTC----------------------------TGCAACCG--------------------TCCA---------------------CTGGACATTGCTA---------------CAGGAGTTCAGCACCAGCCCAGCGGCGGCTTAAATCTCACCAGACTGAACATCAATGACCATTTGATGTCCTCCCCTCATCCCTGGCCTGTTGTCATCGCCGTCACCTGCAAAAGAGGAGGGGGGATGACGAGACAGCGTGGGCCAAGCGGATGATGTGAATGAATGGAGGAGAGAAAAGAGCACAGGCAGCAGTGAGATTTCAGTTTACTCATATGTCTGATAGACGGACACTTGAACGGATGGTCTCACTGTTAACGTCGTCTCTGTTGATTTCTTGGGCGCTTGTACCTTTGTTACATTTGGGGATGATCTGACTCCACCTGGGTTTGTATTCCTGCTGGCTGATATACTGGTTAAACAACCCATCTAGGAGGAAGAGAGCAGA a score=13005 s danRer3.chr4 7603095 316 + 33808418 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TGCTCACCTTGCTGTACCAGTTAAGGCAGGGCTGTACCACGTCAGGGTCTTCAATACCATGCAGCTCAATGTACCAGATGCTGAAATTAAAACTAGGACCCCAAGACATCAGAGGCACTGT a score=6870 s danRer3.chr4 7605091 122 + 33808418 CTCACCTATTTTAATGAACCTGCAGGGAAACATTTGCTCATCGATCTTGTGCTTTAGCGTGAACGTCTCCTTGTTGAAGTCATTCTTAAGGCCACTAGGATTAGAGGAGGATGACAGTAAAT s fr1.chrUn 280089132 120 + 349519338 CTTACCGATTTTGACAAATCTGCAAGGAAACATTTGCTCATCAATCTTGTGCTTCAAGGTAAACGTTTCCTTGTTGTAGTCATTTTTAAGGCCACTGCAAGGACAGAAAAA--ACAAAAAAT a score=10427 s danRer3.chr4 7605394 173 + 33808418 GACTCACCTAGACAAGAGCTCCGTCATGTTTTCTTCACTCATGCCTCCGAACACCTTAAACTTCTTCAGGTTGCAGACGTGGGTTTTCTCATATTTGCCATAGGTGATGCTCAGAACTATAGCTGGTCTCTCCAGTTTTAGGATCAAGTACTGA-GTGGCAGaaaaaaaaatta s fr1.chrUn 280093187 174 + 349519338 GCCTTACCTTGACAAAAGCTCTGTCATGTTCTCTTCACTCATCCCTCCAAACACTTTAAATTTCTTCAGGTTGCAGACGTGAGTCTTCTCATACTTTCCAAAGGTGATGCTCTGAACAACTGCTGGCCTTTCTAATTTTAAAATCAAAAACTGATACAAGAGAGAGCAGAATTA a score=6660 s danRer3.chr4 7611054 272 + 33808418 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agtttggacatgtctggtctaGGTGGTGGT------GAAGATG-TGCTGGATATTTGGGCAACTACTGCAAAAGTAATAAGGAAGACAGCTAGGAAGGAACTTGGTGAGATATCTGGAAAAAGAAAGGAAAACAGAGAGATGGAATGAGGAAGTGCAGGGAAAAATAAAGAGAAAGAGTTTGTTG-------------AAAGAGTATTGGGACAGGCAGAGAG------AGGATGAAGTGG--------------------------------------------------------GCAGAAATAG-------------------------AATGAGATGCAGCAACAGGAGAAGAGATGT---GGCAAAAGCAAAGAAAAAGGCATATGTGGCG---------TTTAAGATTT----GTACCAATTGGTTAGGTAGAA----AGACCAAGCTGGGAAC-----TATG--------TGCCCCAAGTTATGGCAATAAAGGTCG--CAGATGAAAATG-------------TGTTGCCTCGTGAGGAGAGAAGGTTT--------------------------ATAGAAAGGCAGATG----GACAGCAATGGAG-AAGTACTGTAGGGGTACTGGTTACCACATAAACACAAAGTCAAAACAGTTCT---------TGATTGATCTGACAAAGCGTGGTTGTGAATAGAAATGTGATCTATTTCTATTCAGTATGCAGT-TTCACTAG----TTGTCGATTCATCTGGTCCGTGAGAAATGT---------------TTAGGGTTTTTACAAAGACAGTCATATCTCAAGTGTAAAAATTGGTAGCTAATGT--TTGATTTTTGCAGACCTGCAGCAAAGG--------AGTACAAAAGT---------TGATCGGCCA---AGTCGTAGGCCAAGGAACAACACTATGGGTGCAATACTTGCTTTTAGAATGCTGATGGAGAAGTGTAGAGAA------GGGGTTGCATTGTGTGTTGGtagaac 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93 + 33808418 GCTAGTTGGTTTGGTGTGTTACACGTTTCCAATCGTTGTG--------------------TTAACATTGGAGCTCGTTAGCTCGATTCAGCATGTAGTATGTTTAGTTTTTCA s fr1.chrUn 52476878 113 + 349519338 GTTAGACGAGATGGTTTATCAAACCATTCAAATGTTTGTGAATTTTTATTAAAGTCAAATATAATATTAAAAGTAATCAATCTGAGCCACAAAATAACAGACTCACTCTTTCA a score=6159 s danRer3.chr4 7649541 187 + 33808418 TGTAGGTAGAAGAATAGAGG--------CCACCAGGCAGGAGGAATAGAGGAAGGGTGAGGAGGAGGTTTGTGAATGTGGTGAGAGAAGATATGCATAGTGGTTTGATAGAGAGAGGCTGATGTAGAGAGCAGGGTGGTGTTGAGACGGATGATCTGCTGTTAAGACCCCCTAATAGGAGCAGCCAAAAGACTAA s fr1.chrUn 293831565 193 + 349519338 TATTAGTAGAAGGATACTGAGTTTCGAACTGCCAGGCAGGAGGACTAGAGGAAGACCAAAGAGGAGGTTTATAGACAAAGTGAAAGAAGACATGAA-GGTAATAGGTTTGAGAGAATAAGATGCAGAAGATAGGATGAGATGGAGGCAACTGATTTGCTGTGGCAACCCCTCAA-GGGAAAAGCCCAAAGAAGAA a score=915 s danRer3.chr4 7649862 213 + 33808418 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danRer3.chr4 7660248 421 + 33808418 gtagtatttatGATTTCAATG-GTTTCCATCATTTGTTTCAGCAAAATGTCTTTTATAA----------TCAACAGGAACCACTTTAGGGTGAGTAAATGGTAA-----GTGTTTACCA----TGGATATATACCTAATATGGCACAGCTCACCACAAAATGAAAGTTCAGTCGTCATTCACTCTACAC----AAAACAAGATATCATGAACAATGTTGGTCTTCCTTCCCAAGATAA---------TATCATCTTTTATGTTCCTCATTAAAAAA------GTCAGTCCTA--CATGATTGGAACCACATTTAGATGTTTCCATGAGCTGTCCATTTAAAGCTGTG--------AATTCCAATTCTGAAGAGTCCCCAGCCACGGCTATTGATTTAGCCTCCATGGGCTGCTCTAACCATCCTAATCTT---GTTAGCATGCAATCTC-------CACAACAGAAACTTAAGACATTTT s fr1.chrUn 330337400 459 + 349519338 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349519338 GAAGACAGTCTTGGACTCCCTTCCCCGTCCTCCACCAAAAGATGACTGATTTCTTCTGGTGCTGAGAGTCGGCTGCAGCCTTCTAGCACCATTTGAAATCGGTTATAA-AACAGTGGGTCGATACATTTCAG a score=1703 s danRer3.chr4 7706159 65 + 33808418 AATTATGTAGACATCAAGATCATTCTTCAATTAATTTGAATTGTTTGGCTATTATAATTGTATAT s fr1.chrUn 214028172 65 - 349519338 AATCTTGCAGACAATAAAATTTCCATCCAGTTCTGTTGTTTTGTTTGTCTGTTCAATTTGTTTGT a score=3620 s danRer3.chr4 7715719 87 + 33808418 TTTTCTCTTTGTAGGCCATCTTTGAGACGAGGAAGCTCTTTTACCTTTCTGACACCTGGACCTCAGTGGGACTTCACACTGGTGAGT s fr1.chrUn 214030951 87 - 349519338 TTTATTTCTTACAGACCTCCACTGCAGAGAGGCAGCTCATTTACATTTCTCACCCCTGGCACTCCGTGGGACTTCAGTCTTGTGAGT a score=5678 s danRer3.chr4 7716393 159 + 33808418 GTTCAGAAATGACGACTGGGGTTGTAATCT-TTAAAACCACAATATTTTATTGCCATATTAGACAG---CTTTCGGTCCGATATTAGTGAGAAAGTATTTTGTTGTCTATTCTTTCTTAAACAAAAAACATTCAGAGTCAACTTCTATT---TTTGCGTCACTCAT s fr1.chrUn 118986689 166 - 349519338 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CCTCATTCCGGGGTGACGGGCGGTCTCCGGGCGTGCCCCAGCAGAAGCCATGCAGTAAGGCTGCAGCTCCCACACCACCGAAGCGCCGGAACAGCACGCTCTGGTCAGAGACCCTAGACGTCCACCAGAAAGGAACGTTTTCCACCAAAGAGATTAAGAGACAAGAGGTGAGTACAGCCGGAGCAAGAGAA s fr1.chrUn 255299130 188 + 349519338 CCTCACTCCGGGGTGATGGCAGGTTGCCGAGCGGACCCCAG---AAGGCGTGCGGCAAGGCGACAGCTCCTACACCACCCAAAAGGAGAAATAGCACTCTGTGGTCAGAAATGCTGGACATCCACCAGAAAGGAACTTTCTCCACCCAAGAGATCAAGCGACAGGAGGTGAGAATCACCATTACATGATGA a score=29566 s danRer3.chr4 7732043 1452 + 33808418 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s fr1.chrUn 255299403 1356 + 349519338 ATGGAGAATCAAACCTGTGTGCCAGACTGGCTTCACATGTCTGTGCAGAATTTGAGTCAAATAGTCCAAATGGATCGAAAA----------------GCCACCCAGGGGTCA------------TTTCCCAGTTTGGA------GAAGTTCTCTGCTAC-ACTTGTCCTGCATATCTC------------AGACATCTTAGTCCACTGTGAGAATCCATAAATGCGCTAACAGACCAATGACCAATTCAGACAAGCTCAGACGTATATTGAGGGCCGTGCTTCA---CATCCTAACATGTATTCACTTGCGT-------------TTTGTCCTCTTTTCATTCAGGCCATATTTGAGTTGTTCCGTGGAGAACAGGACTTAATCGAGGACCTCCAGCTCGCACACAAGGTTTGTATTTTTAACTATCTAAAGCAGTGGGAGTACATACAAAGCAAACAATTCTCAATCAAAGTCTGGCAGGTTCTCCGCAGAACC----GAGCCAGAAACTATAAAAAGACAAGAACCATTCCTCTGCCTTACCGTCTTGTAAATCTAATGCTATTTGTGTGCTATTCTTAGCATCCACCCTGCTCAGTCTGGGTCTTGTTTTTATTTGACAGGCATATCATGACCCAATGCTGAAGCTCTCCATTATGAGTGAGGAGGAACTCACTCATATCTTTGGCAACCTGGATGACTACATTCCTCTGCACGAGG-----------------------------------------------------------------------------------------ACCTCCTGGCCCAGCTCTCCAAAGCAACTGGGGCAGACGGAACCGTGGGACAGATTGGCCATATTTTTGTAACCTGGGTAAGAGTCATGCTTCCAAAATACCTCAAAACTCTCAGCTCCTCTGATGAGAAGGAGCAGAATTACTTAAAAATCAGCTGCATCCTT------CCTGCATCCCATC-CAGCTGCCACGGCTCAATGCCTACAAGGACTATTGCAGCAAACAGCTGGCAGCCAAGGCACTGCTGGACCAGAAGAAGCAGGATCCACGAGTGCAGGACTTCCTGCAGCGCTGCCTAGAGTCCCCCTTCAGCAGGAAGCTGGACCTGTGGAGCTTTCTGGACATCCCTCGCTCCCGCCTGGTTAAATATCCTCTGCTTCTCAAAGAGATCCTGAAGCACACACCAGCAGACCACCCTGACACCAAGAGTTTGGAGGAAGCAGTGAGTCACAAGGTTCTTCTGA-----ACAGGCC------AGCCATTGTTGTAGATGCCTATGCT----AAATCGC---AGCACTTGTGTGTACAGATCACCATCATCCAGGGTGTACTTTCTGACATCAACATGAAGAAGGGAGAGTCTGAGTGCCAGTACTACATCGAGCAGCTGGAGTATTTGGATGACAGGCAGAGAGATGCTCGCATTGACCAGTGCAAGAGCCTCCTGTGTCATGGTGAACTCCGCAACAAGAGTGGCACGGTGAGGACAacacaca 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TTAATAACCAGTGCTCTCTTCTCCCTCTTTAGAAACTGCACGTATTTCTGTTCACCGAGGTTCTGATTCTGACTCGACCTGTGACGCGGAATGACCGCCATTGCTTCCAGGTGTACCGTCAGCCAATCCCAGTCCAGGATCTTGTATTGGAAGACCTGCAGGATGGAGACGTCCGCATGGGAGGATCATTCAGAGGAGCCTTTAGTAACGCTGATAAAGGTAAGTTGACACCTCTTAGTATTGTGTG---------------AATCACACTCTTTC----CTTTTTTGTTGTTTCCTTTGGCTCAACTGAATCCTTTTT--TTCTCC--CTATAGCCAAAAACATTTTCCGGGTGCGCTTCCAGGACGCATCTCAGGGACAGTCGCACACACTGCAGGTCAACGACGTCTTCCACAAGCAACAGTGGCTCAACTGCCTCCGCAATGCCATGTCCACCCAGAAGGATTTGACACTCTCTGAGAATGAGCCCTTGACCACCCCAGCCACCGACGTTTGCGCCAAACGGCGCTCTTCTTCTGTCTCCACTGTCATCCAAATGGATGAAATGGATGAGAACTGTCCACGGGCTGCAGCC---TCCGCCCCTTCCTCCCCTAGCTCTGAGGAGCcccccagtcctacaccctccgccacctccaccctctcctcatcctcatcatcgtcttcaatatccgcccccatcccctcccgcaAATCCAAAAAGGACAAGCGTTCGCTCTGCCCGTTGGGCAAGAGGAAGGAGACCATGGTGT------------AGATGGAGTGGCAC--------------------------CATGCGGAGGACTTGTATTTATGTGTGTGTGTATGGTTTTTACAGCAGTGTTTC-TGTTACTGTCCACAATGGCAGCTATTACTACCAAATCCCTCCCCCCAGCAAACCCTCCTTGGTCCACATGGGCCGCACCAGTACCAGAAAGACAGTATTT----GTGAGGCGACTGTGTGGATCTC-------AAGGGATTGAAGA----------TTGAAGACGCATCCC-------AATCACTATG---------AAACACTTTGATTTGTGTGAAAGCGCAAGATCACACAACTTGTCTTGTTTACTGTTAGTTTGGTCGttttattttattaataatgatttt----tctttttgtaattaaag-----tttatctttttttaaaCTTCTCAATAAGATATTTACTGTAGCTCTTTTTGTTTTTTAATAAAAGCACTGTGTTTAGCTTTTAGAAGGG s fr1.chrUn 255300850 1198 + 349519338 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fr1.chrUn 214035515 166 - 349519338 GTAGGAAAGGAAGCGTATGATGCGACTGGGCAGTCCCAGCTTGGTCAGAACTTCGCCGGCTCTCTTTCCAACAGCCCTTCTCACAGCCACTCTGCTGAGCTGCTGCAGACTCAGGGGGGTGTCTACGATGGGGGGGAAACAGAAGATGTTT--GCACTTAAATCTGTA a score=1810 s danRer3.chr4 7821251 212 + 33808418 CGTTTCCTTTATTTCCATAAAATAAATAACTATTTAAAAAATGTATTCTATATTACAAAGTAAAAGTATACCATAAA---ATAGTTCATATAGCAAATGTAACCCATTTTT--------------AAAATACAATTACTATAT------------------------AATAACAATTAGGGCTg-aaaaatctgacatagcgatatttcctttttctgcaa--taaatattgcaatatcaat--acaattttattaga s fr1.chrUn 59178416 254 - 349519338 CATTTCTTTTACTTCTAAAACATAAATATCTTGAGGTAAAATGTATTCAA----ATAAACCCAAAACACCCCACTTATTTTTTGCTCATTTACTTATTTTTATCAAATATTTATGTTGTCAAAGAAGAATAACATCACTGTATGGATGCACACTCCTTTCAATGTTAAATAAAAATTAAGAATGTAAAAACATTGTCCAGCAATATTGACCTTAACAATAACTTAAACATCGTTATTTGATTTCACAGTTCAGTTAAA a score=1908 s danRer3.chr4 7822257 28 + 33808418 GCACTCACTCTCATAGAGCTGAAGGCAG s fr1.chrUn 214035716 28 - 349519338 GAACTCACTCTCATAGAACTCCAGGCAG a score=7054 s danRer3.chr4 7822285 175 + 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aaattttaattataatCATCATTTTAATCATTGACCAGTTGATTTAACAGATGATGTTTGCATTTTTCAAT-TTAATTCACGACT--TCATTCTTACGTAAATGAAATGCTAG---AAAATGCTGAAAAGAATCATTATAAAACAGCAAACCAACAAATTCAAGGAAGCAA---ACAGGAAATATTGACATATAAATCTTCAAAGGGATATCTTTAAGGAGACAGCAGTTTTTCATCACAAGTAATTTCATTTTATT-GTCAAAATACTAAGTGGTATCACTTAGAACTGAAGAGGTTAT--------ATTCCT-----------AACTTGCTTCGAATTATGTTTCA-----------AGTGTGTTGGCTTCTTACTCTGTCTTTGGC a score=7638 s danRer3.chr4 7822878 155 + 33808418 ATTTACCTGCATTTAATAGCACCTTGACACATTCGA-GTCGTCGGTTGGCGCATGCCACATGTAGAGGAGTACCATGGTAAAGGTCATACGCCTCGAGACTGGCACCTTTAGCAATCACTAACCTCACACAGTCTGCATTACCTGAATAACACAGA s fr1.chrUn 53796274 155 - 349519338 ACTCGCCTGCGTTGAGCAGCACTTTGACACAGTTGATGTCGTCG-TTGGCACAGGCCACGTGCAGGGGCGTCCCGTAGTAGAGGTCATACGCCTCCAGACCAGCGTCCACTGCGATCAGCAGCTTCACACAGTCTGCGTTTCCTAAACAAAGAAGA a score=8705 s danRer3.chr4 7823875 263 + 33808418 AATACACTGATACAATTTCACATGAAAG-----------------------CACCAGACCTCCCATGCAGGCCTCATGAAGAGGTGAAGTGGTCCGCGAGGTGAGGGTTGGGTTGACTTTTGCTCCATAATCCAGAAGCAGCCTCACACACTCAAAGTTCCCGATGGAGCAGGCTTCACACAGCGGAGTGCTGCCATCCACGTTCCTTGCATCAACCTGCAACAAAACc--cagaagaaaccgctttaaacactgcacttaaaaaggcttatttacagctcccctagc s fr1.chrUn 53796430 288 - 349519338 AAAATAGTGCCATGATTCCACGTGAGGAACAGCTGAAGCTAACATGCTGCCCAGCTCACCCCCCATGCAGGCCTCGTGGAGTGGGGAGGCTGTACGTGAGGTCAGTGCTGTGTTGGCCTTGGCGCCGTGTTCTAGCAGCAGCCTCACACACTCCAAACTACCAGCAGAGCAGGCGTCACACAGGGGGGTACTTCCATCCACATTCCTTGCATCCACCTGAGAGGAGATCAGCACAGGACACAGGGTCGCACAGAGAAGCGCAAAGGTGGAATGTCCTGTTCATCTGGC a score=8283 s danRer3.chr4 7824670 192 + 33808418 ACCTGAGCTCCTGCATCCAGCAGAAGTCTCACACACTGCGTCTGTCCGCGAGCAGCTGCTTCATGAAGAGGAGTGATGGAGTCCACAGCCACGATATTTACTGATGCTCCGCTCGAAATCAAATCCTGCAGCACCGACACCTCACCCTCATACGCAGCCTTGTGAACCTCCGTTCTCTCGGCCCAGAAACCT s fr1.chrUn 53796760 192 - 349519338 ACCTGAGCTCCGGCTTCCAGGAGCAGCTGGACGCACTCGGCCTGCCCGCGCACACATGCCTCGTGCAGGGGTGTGATGGAGTCCACAGCCACCATGTTGACTGAAGCGCCGCTCTGGATGAGGTGCTGCAGCTGGGCGGCATGACCCTGCGAGGCGGCTCTGTGCACCTCTGTTCTTTCTGACCAGCAGCCT a score=1930 s danRer3.chr4 7826065 303 + 33808418 CGGCGACACGCTTTCCT---CTTGGACTTACCGATGTCACCAAAAAAATACGGTCTTGCTGTTTCCACTTCCATCCCAGTTTAAGTAAACTGATAGACAGTACAATTTAAACTTAAGACAGTCAGCCAGCTAGCTAATTGCAGCAGGAATTGTTTGCGTTTAGAAACGCGGCATATGCATCACGTGACCTGCTCTGTTTTGGTACTACACGCGACGTTTGTCC----TTGACGCGCTCGACTGTGAATGCTGGGAGTTGTAG----TTTATAGCGA--------GTGAAGAGCTGTCGACAAAAAGTG----TTTGGACAAATAAT s fr1.chrUn 53797849 284 - 349519338 CGGGGCCACGTTTCATTGAGTTCTTACTCACCAATGTCTCCAAAGAAATACGGACGAGAATTCTCTATTTCCATCGC----TAAATGCGTT-------AGCCCGGTTCAAAAT--------------AGCACACAAACTGCC----GAGATGTTTG----TAGAAAAAAAAAATCCGCGT---------TGCTCTGTTTACTTGCGGCGCGCGTCATGCGGCCGAGAGAGAGGCGCATGCCGGGAAATGTAGTGCGTCCTAGCCACCTTTTGGCAATTTGTTCCATGAAGCGGTGACTCCAGTTAGTGAAAATCTGGATGGATAAT a score=1833 s danRer3.chr4 7826985 170 + 33808418 GACTCCACAAAATGT-----AATACACAAGTCTATTCAGAACTGATCAATGATTTAAACATGAGGTAATCAATGATGCGCTGTGAAATGTCTAGTTTGGGGATCAGCTCCATTGCTCTGGTGCCCA-CCATAGTCCTTATGATGATACGACACAGCTGCTGCAGAGACAGAGGGTT s fr1.chrUn 332102886 153 - 349519338 GACTTTTCAAATGGTTTTAAAATGTTGAAGTTTATTTA-------TTTGTGATTCAA-------GTAGTCGGTGAGTAGAGGAGGGAGAGGAAGCATTGGGAGCAGCTTCAAC-TTCTGTGGCCCAATCAGATCTCTAATGGTAATACGACACAGCTG--------ACAAAGACTT a score=6396 s danRer3.chr4 7827274 192 + 33808418 AGATTAGTAGGAGAATCTGGCTTTGTGTAGTCTCTAGGTATATGATCCAAGTTATCACTTATGTTGACATCTCCACCGAACTCCACCAGCAGCTCCACCAGATCCTCTCTCTCCGCTCTCGCCGCATGATGCAGTGCCGTCTCATGGAACTTTGTGGCATTCACTTTTGCACCTTTGAAAAAAAAAGAAGAA s fr1.chrUn 214035744 192 - 349519338 AGATATGGGGGAGATCCCACAATGGTGTAGTGGATGGGTTTTCTTTTCAGGTTATCTCTGGCATACACGTTTCCCCCAAACTCAACCAGGAGCTCGATCAAATCAACGTTTTTAATTTTGGCTGCGTGGTGAAGCGCCGTCTCATGTAGCTTGGCGGCATTCACATTTGCCCCTATTGGAATAAAAAAGGGA a score=5222 s danRer3.chr4 7828737 161 + 33808418 ATCTCACCTGCATTGAGCAGCAACAGGGCACAGTCAAAGTGAGCTTTAGCACAGGCAGCATGTAAGGGTGTCCCAAAGTAAATGTCAAAGGCCTCCAGCAGCGCTCCCTTTGCTATCATCAGCTTCACACAGTCTGGGTTTCCTGC-----ACAGAGATGCACTCT s fr1.chrUn 214036026 166 - 349519338 ACCTCACCAGCACTGAGGAGAACTTTGGCGCAGTCAAAATGTTCTCGTGCACAGGCGACGTGCAGTGGCGTTCCGTAGTGGCAATCGTGTGCTTCCATCTGAGCTCCCCTATCGATCATGAGCTGAACACACTCCGAATTACCTGTTTTAGACAAAAATGTGCTCG a score=7193 s danRer3.chr4 7828898 236 + 33808418 TGATGAAAATAAA------TAAAGTATAAAAACAGTGTTGATACAAACCTTGCATGTTTCACCTCGTATGCAGGCCTCATGAAGGGGGGAAGCTGTGAGGGCGGTCAGGGAAGGGTTGACCGATGCTCCGTGATCCACCAGCAGCTTTACACTTTCTATACTGCCAGCAGCACAAGCGTGGCACAGAGGAGTACTGCCATGGATGGTGCGCACATCCACCTGCGCA-CACAAA----TTATACAGTC s fr1.chrUn 214036370 238 - 349519338 TGAAGAAAATAAAGCCGGTTGCAATTTAAAATCTCCTCCGGGATGAAGTATGCACAG---ACCTGACATACAAGCCTCATGAAGAGGGGAGAAGGTAAAG------AGTGGAGGGTTTACTGTGGCTCCATACTCCAACAGCAGCTTCACACACTCCAGGCTACCAGCTGCACAGGCGTCACACAGCGGCGTGCTACCATCAATGTTACGAGCTTCCACCTGGGTGTCACAAAGGCGTGATTCAGTC a score=-177 s danRer3.chr4 7829134 231 + 33808418 TTTTATTATTATATAAAGCTCATTTTTATTACTCTAAATGTATCTGCCACAATAAAGAAGACTTAGAATTTGTGGAATATATTTATGAATTTTAAAAATGCTATAGGTTTTTGTAT---GCATTCAAACAAATGCTCAAATTCCAAGTGAAATTTGGAAACTAAGTCTCGAACTGGTCCAAGCAGATGTTCCATTAACGCAA--GACATTGTCTCATTTAGCTTAAAGGGCTTCAT s fr1.chrUn 37220712 208 + 349519338 TTTTTT----------AGCTCTTATTTTTAGGCCTAGCTTAATCGGGCAGATGTGAACATCCTTGGGACTTCTGAAGGAGAATTCAGCTCCATAATGACATTC----TTTCCCTACAGAGCATTTAAGAAAA-----GAATTTCCAGTGTAAATGCGAGACTCACATTTGCTCCTGCATCAATAAGTGCTC---TGGCGCAGGCGACATGGTCTC---CAACGCA---GGCCTCGT a score=271 s danRer3.chr4 7829367 28 + 33808418 TTCTAAGGGTAATCTGG----ATAAAATATTT s fr1.chrUn 214036608 32 - 349519338 AAAAGAAGACAAACTGGTGGAACAGAATATTT a score=6857 s danRer3.chr4 7829435 339 + 33808418 ACCTGAGCTCCAGCCTCCAGCAGTATTTTAACGCAGTTGGGATGGGCTTGGATGCAGGCATCATGCAGAGGTGTGAAGTTATCCACAGACACGATATTAACTGATGCTCCTGCTGCTATCAGCTGCTGTAACTGCAGAGCGCGACCCAGAGACGCAGCCTCATGTACCGGCGTACGGTCTGCCCAG-----------------------------TGACCTAAACACACAGCT-TATGGTAATTTATAACTGTTATGGCGATCATAATTTCACAATCTATTGCATAGCAATGTTAAGCACTGGGCATGAGTGTGTTGTGCACCAGAAGCAATGTTATAGAATAAATACTCACCGATG-TCACCATAATAT s fr1.chrUn 214036680 360 - 349519338 ACCTGTGCACCAGCATCCAGCAGCAGCCTGACACACTGGGCCTGTCCACGTATGCACGCCTCATGCAGCGGGGTGATGGAGTCCACCGCCACGATGTTTACGGCTGCGCCACCCTCGATCAGCTGCTGCAGCTGGAGGACCCTGCCCTGTGCAGCAGCCTCATGCACTGCTGACCGGTCTGTCCAGAAGCCAAGACCATGGGCTGGAGGAATGTAAGACCAAGTCATACAAATACATGTTGATTTATAATGACAATTTAGATT-TAATTTTCAAATCCACC------CAATGCCAAGCTGT-CGTATCTATCTATTTAGTATCAGACACACAGGTCTGAAGCAA--CCTCAGTGATACTTTCTATAAAAT a score=2526 s danRer3.chr4 7832015 123 + 33808418 TTTTACTTCGCAGTACAGAAATCATTTGAGCCCCATCCGTTCAGCATGTGTTTTTTAAAACATTGGTGACATTTTGCACAGGGCCCCGGTCATGTCAATACTGCCGTAG-ACAT-TTTGGTCCTT s fr1.chrUn 274338146 114 + 349519338 TTTTATTTTGCAGTACAGAAATCATTTGA---------ATGCAAGATG-GATTTTCAGTTTACGACTGA-ATTTATTATATGGCTGTTACCACTTCAAAACCGCTGCAGTGCACGTTTGGTCCTT a score=1160 s danRer3.chr4 7832899 110 + 33808418 CGGCAAAACCTTCTCCCCCTTCTCCCCCCTGAAAATGCTAAATTTGTATAACAGTTTACATGAATTT-CATTACGGGCAAAACATACACTTGAATAGCCAGCTTGCCCACT s fr1.chrUn 274338554 110 + 349519338 CAGCACTGACTTCCTCCCTGCAGCCTATCCAAGAACACTATATC-ATATCTCTCTATATATATATTTGCATTTGGGACAAACCATTGATTTGGAAAATGTGCCCTGCCACC a score=9515 s danRer3.chr4 7833087 159 + 33808418 CTGGTCAGCAGCGTCTCCAAATATGTCGTTCTTCTTGCGCTCCATTTCGGCAAAGTCAAACTCCGTGCCCGTCATTCGCTTGTAGATGTCTTTGATATCGTCACAGGTCGTTTCGAAGTGGGTCGTGGCATCATAAGAGCGAGAGATGAAGATCTGGAG s fr1.chrUn 274338718 159 + 349519338 CTACTCGGCGGCATCACCAAACGTGTCTTTCTTGTGCCGCTCCATCTCAGCAAAGTTGAATTCTGTGCCGGTCATCCTGTTGTAGATGTTCTTGATGTCGTCGCAGGTGCTCTCGAAGTGAGTGGTGGCGTCGTAAGAACGGGAGATGAAGATCTAGAG a score=1717 s danRer3.chr4 7834811 51 + 33808418 TACCTGGCTGTCAGATCCCACATCAGTTGGCGAATACAGGTCACTAATGCT s fr1.chrUn 274339042 51 + 349519338 TACCTGGTTCTCGGTACCCGGGTCAGTGGGTTCGTACTGGTCTGCGATGCT a score=-742 s danRer3.chr4 7834862 90 + 33808418 CACAAACCTGTGGA-----AAGGGCAAAATGATTGA------------------------------TTTAATCTGGATGCAAGCACATTAGAATATGCTTTATATGATTTAGATATCAGGAGTAT s fr1.chrUn 96060744 114 - 349519338 CACAAATCTATAAATGAAAAAGACTCAAATAAACAACTCCGAGTTCCATAAATTCTTGTAATCGTGTTTGATTTGTATGTTGGTAAAAAAGAG----------GTGAGTGAGAAATGCAGAAC-T a score=10086 s danRer3.chr4 7834952 177 + 33808418 ACATACTTCTGCTCAACCGGTTCCAGAAGGTCCAGGGCTGGTTTGATCTCTTTCTCAGGGTCGTTGGTCTCCACGGTGGTGCTGACGATGGCAATGTATTTACCCTGGGCCGCCACGTTATGTGCGTAAGAGATCATGCACACGTAGATATCTGAAAGACGACAAGCGATTTCATTG s fr1.chrUn 274339094 175 + 349519338 ACAAACTTCTGGTCGATGGGCATCAGAAGGTCCAGAGCCGGCTTGATCTCCTGCTCGGGGTCATTCGTCTCCACCGAGGTGCTGGCGATGGCGATGTATTTGCCCTCTGCTGCCACGTTATGAGCAAAGGAGATCATGCAGACGTAGATGTCTGCAAG--GACAAGAGAGGTTACCG a score=22307 s danRer3.chr4 7836223 615 + 33808418 ACTAACCGTGCTTCCTGTTGACCTGGTTCTGAGGGATGATGATCTGGCAGGAGTTGGCATCGCTGGTGTTTTTGATAGGATGGCTCAAGATGCAGATGACTCTGATCACCTGACCCACCTTGTTGACTCGGTCCTTGATATAACTAGGGTCACAAATGAGCTGCTTGCAGCGAGCGATCTGCACATTAAGAATAAACAGCCAGTCAAAAG-CACGTTTTAACAATGAAATCC---------------------------------AAATTTCACATCGAATGTT-----------------TACCAGAAA-----------------------------------------CTCACCTCTCCCTCAGATTTGACGCCCACCACTTTGCCATTCTCGATGACAATTTCCTCAATGGGCTTGTTCAGCATGTAGGTTCCTCCATAAATGGCACTTAATCTGTGATCGACAAAAATAAACTACTAGTACACGTATGAAGTATTGGCATGCTG-------------------------------TTAAGTGATGTGAAACTCTG---------AACTGGCAGAGGAAGTGGTTGTGAAAACTC--ACCTGGCAAAGCCTTGGGGCAGTTCTCCCAGGCCGTAGAGAGGGTACAGATAGGGACTCTTTCCATATCTCGCCAGAGACTCGCTGTACAGCTTAATCCTGTTTATCGTCTCTATGCAGGGCTGATCCAGATAACTAGACGGATAAAA s fr1.chrUn 274339336 742 + 349519338 ACTCACCATGCTTCCTGTTGACCTGGTTCTGAGGGATGATGATCTGGCAGGAGTTGGAGTTATTGGTGTTGGCGATGGGGTGGCTCAAGATGCAGATCACTCGGATCACCTGACCCACTTTGGTGACCCGCTCGGGAACGTAGCTGGGGTCACAGATGAGCTGCTTGCATCTGGCGATCTGTCATGCCGGTGGCCACAG---GTCAGAGGTCACATGTTAGGGGTGGGTTCTTTTTTCAGGGAACCCCACAGATCATCTTGCACAAAATTTGACA--GATTGTTGAAAAGCTCTGGGAGCGTACCAGGAGCTGCTAGATAAGAGAAGCCACACACAAGAACGGAAACGTGTCTCACCTCCCCGTCAGACTTGACTCCCACCACCTTCCCGTCCTCCATGATGATTTCCTCGATGGGCTTGTTCAGCATGTACGTTCCACCGTAAATGGCACTCAGCCTGCAACAAAGAGTGTTGAGC--CGAGTCAGCGGGTGCACAACGTGCACGTTAGACTTCATTGTGACCTCTGGGACAGCACACTCCAGGTGATACACACATCAGCCAGCCGCTACAGGGTAAGAGCATTGACGGACAAGGTTCCTACCGAGCAAATCCTTGAGGAAGTTCTCCCAGGCCGTACATGGGATAGAGGTAGGGGCTTTGGCCGTACCTGGCCAGAGATTCGCTGTAAAGCTTTATTCTGTTTATCGTCTCAATGCAGGGTCGATCGATGTAGCTGAGAAGACAAGA a score=-583 s danRer3.chr4 7836838 51 + 33808418 ATCACAGCT---------TTAGCTTCATAGGACAA-----ACACTGATAAAGGGTGTTTTTAGTG s fr1.chrUn 96061777 65 - 349519338 GTAGAGGTTATGTGACAGTCGGCCTCCAATAACAACTGAAACTTTCATAAATCCAGATTCAAGCG a score=9388 s danRer3.chr4 7836889 234 + 33808418 AGGTTTCCTCTAAAGGTTTTGACTCACTCGTCTGTGCGGTAGAGAGCGAGAGCGTGGCCAGTGAAATCAATGACATCCTGGCCCAGGTCAAACTTTTTGTACACATCCCGCATGGTGGTCTTTTTAGGGTCCACTCCTTCCATGGTCTTTGGGTCGTTTTCGTCAAAGTTGGCAACAAACACGAGGAACTTCCTGAATCTTCTTTTCTCAAAAAGTCCCATGAGGCCTGAAAGA s fr1.chrUn 274340116 231 + 349519338 GGTTCTCCTCCAAAGAGC---ACTGACTCATCTGTGCCGTAGAGGGCCAGCGCGTGACCGGTGAAGTCCACCACATCCGGGCCCAGGCTAAATTTGGAATAGAGCTCCCTCATTGTCGTCTTCTGTGGGTCAACGCCATCAAGAGTTTTGGGGTCGTTCACGTCAATATTGGCCACAAAGCCCAGGAACTTTTTGAAGCGCCGTTTCTCAAACAAACCCAGCAGTTCTTGAGGA a score=13787 s danRer3.chr4 7838329 472 + 33808418 AGCCTTGTCTTATTTGTTCATGACTG--TTGATGATCATAAC-----CATCACTTACTGGATGCCAGAGCTTCAGTCTCAGTAGAGGGCACTTTGTAAATGCTGCCCTTTTTGTAGACAAAGCTGCCCTCGATCACTTTGAAGTCCAGATAACGCGTCACCTGAGTGATCAGCAGCATACGCACCAGCTGACCTGTCAATGTGAAAAGGACATAAAACATTTACTGGCTTCAAATAAATCAAGCATAGAGACTGAATTCCCATGTGTTGAAGCATGACTGAAGAAAGCTGGTCCAGAATGTGCTGCATATTTGACCAAAAAAGTAATGAAGAAATCATAAGTCGTTGCTTCCTACCATTGGCCATGAGAAACTTAGGAATGAGGTCCACGTTCCAGTCGCGACCCTTTCCCATGGACTCAGGAGGGCTACCAGGAAGGCTGAAACGTTTGAACAACTGCAAGCAAACCAAAAGACAACA s fr1.chrUn 274340591 414 + 349519338 AACCTTTTCTTTCTTGGAAAGGACTAAATTGAGAGGAAAGATTTCTTCATAACTTACTGGTGGCCAGAGCCTCAGTCTCTGTCGAGGGAACTTTGTAAATGTTGCCATTTTTGTAGACAAAGCTGCCCATAACCACCTTAAAGTCCAGATAACGAGTCACACTTGTTATCAGCAGCATGCGGGCCAGCTGACCTGC-------AAAAGGAAGGGAAATTAT-----GCTCAACAATGCTTAACAATAAAGGCCG-----CCGTGCACGGATTTAACATAGAAAACAG-------------------ACTTGTCAGCAGAAACG-----------------------------TACCGTTGCTCATCAGAAATTTAGGAATGAGATCGACGTTCCAATCCCGACCTTTTCCCATCGACTCTGGTGGTTTCCCAGGAAGGCTGAAGCGCTTGTAGAGCTGGGAAGAGACACAAAGATGAAA a 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fr1.chrUn 274343338 148 + 349519338 TACCGTCAGCCCGGTGCCCAGCACGATAACGTCGTATTCTTCATTCATGTT--CAACTCTTTACTCGTCTATTGCGCTAGATGAGGAAAAGAGAAAATGGAGAGC-TGCGAGTCTTGAAACGA---------GCAGTAGAGTTTCGGA-TGTGGGCGTGGC a score=-505 s danRer3.chr4 7846767 247 + 33808418 ttggaactaaactgtgc-agagctgcggccctccaggagctgagtttgacacccctggcttatactataTCCA-ACCACCAGGGGGCGATACAAGCAATTAAAAACATTTCACCAAATTCACAGGCTTTCTTGTCACGAAAATTCACGAGATTTTCCCCACATGATCTTTATTTTGCAGCATGTGTTTTTACTTATCA-----TTATTTTAAAGTAACGATTGATCCACTAGTCACAGTGTTTAGATTCCAAGA s fr1.chrUn 121624901 217 + 349519338 TTGGATCTAATCAGTACCAGAACTGA---CCCTGAGCGGCTGGGCTGCATGCCGCTGCCATCTTCTGCATCTGTGGTTCTAGTGAGCG-------CAGCCACGGCTCTTTAGCTAA--TCACACGCTC------------ATTTTAAAGCATTCTCCT-------TCTCACTGTTTCAGCA-GTGCTTTT--TCAGCAGAAACTCATTTTCCAGACTCAGTCAACCAAACCCTCACAGGA---AGAGCTCCCGC a score=13939 s danRer3.chr4 7847014 1818 + 33808418 TTTTCAAACACGTCTTTAATATGAGGCTTTATGGCATACTGTCTTGCTGTGTTCCCTGTGTTGTCTTCAGTATCCGTGAGTCCCATCTGCAGTAGCATCCGAACGGTATCCACGTGCTGACCAATGCAGGCCATATGTAGAGCTGCAGACCATAAAATCATGGCAATTGGCTTTCTAATTAAGGCAATTTGAAAAAGAGGCATGCAGTGAAATGAAATGAGCTCTTTCAGTCTTTGCTAATGAGCTAATGATCTGATTCTGGTGTGTTTGGTTAAGGAGCCATGGAAAATGTGCAAAGCTGGTGCTCCTCCAGGAAcatggttgataaacactgggttaatggagtgtgaggtaacatgaacaacttcattttcagtaaccgacgttagcaaacatgaacaaatattgtaataaatgtcttgttcgtgttagtaaatgcaACCTTAATGCAAAGTGTTACCAAAAAGTGTAACCCCACCTGATCTGCCTTTTGCATCTCTTGCGTGTAGATCGGCGCCCAGGGCGAGCAGTGTTTTAATGGTGCTCGTGTGACCTTCCTGAAAAAAATGAGCATCGAGATTGGAGCGAGATTAGAGGAGGAAGTCTGAACTGTGCTTCATGT--------TTAATGCAACTGACAC---AACCTTAGCAGCGTAGTGCAATGCAGTCAGCTCCAGTTTTGTGGCTCTTGAGTTTATATCCATGCCAAGATGATGAACGAGAAAGGAAAGCGCTTCTTCTTGAGCAGTGACAGAGGCCTGGTGTAAGGGCTGTGCGCCGAGAATATCTACTGCTGAGGGAGATGCCTACATCAGATTAACAAAGAACACAAACAAGTTCACTAGTAAAATAGCTCACTAGTAAAAGAGCTCACTAGTAAAATAGTTCACCAATGAAATAATCTAGTTTATtgtgtatgggttgggtactgggttgcggctggaagggcatccgctgcgtaaaacatatgccagaataactggcagttcattccgctgtggcgactcctgataaataagggactaggcatataaatgaaatgTTCGCTTACCTGGTGATCCTCCAGAAGCAGTTTAGCAACAGCTATGTGTCCATTTCTTATGGCATCCATAAATGGTGTGACTCCACAACTGTCCTTTTCATCAGGCTCATAACAACACCTGAATTAAGACACAAAGTACGTGAGAAAGACAATA--------AAGCAATCGCAAACACACA-------------------------------------------CTTATATTCAC-------CACG------CTACCTTTGAAGCAGGATCTTCACTGCATCCTCACAGCCATGCATAGCTTTAACAGTAGAAAAAGGCATTGAGTGAAGTCAAATAAATGCAAATGGACATCA----TGAAAACACAATCAATCCTGTGCT------------ATCATACCAGCAGTGTGGAGGGGCGTCCTGCCAGTCTTGCTCTTTGTCTTCCAGATGTCAGGTTTGGCCAGGAGGAGGTGGTTTATGATGGCTGGATCTCCTTCTCTGCAGGCGATGTGGAATGAGCTCCATCCATCTTTGTTCTGCAGCGTTGGATCGGCACCGTAATCCAGCAGCTCCTGGATGACCTCGAGGTTTCGTCGGGTACAGGCCATCATAAGAGGGGTCCTGGAGAGGACAAAAGTTATTTAATGTTTAAAAAAACAAACAAAGCCAAAGCAGAAATGGTGAACAAATAGCAGCGTTGGCTGTGGAAACTATAGAtgagtggggtttatttataaactaattttgagag-gatcatgtggttatgattgaacacagctggtcatgcattggccaatttaggattcaccaatcagacgattcctttatcactataaaaacactaagttccatatcaca s fr1.chrUn 274343861 1479 + 349519338 TGTTCAAACACTCGCACAACATCTGGTTTTCGGGCAAGCTGCTGTGCTGTGGTGCCGCCACAGTCCCCCGAGTCTTCGAGTCCCAGCTCCAGCAGCACCTCGGCCGTCTGTGCGTGTTGCCCGATGGAGGCCATGTGAAGCGCTGCA-------------TGGAG-------------------------GGAAAAGAGGACAGAGGTGAGAC-------------------------------------------------------------------------AAGCGAACGAAACC----CCCCCCCCCAAAAAAAGACGCCATCCAGAGG-----------------------------------TTTCTGTCCTCAGAGGGGACAGATGTGTTCAGGTGTT-------------TGTCTCTG-----AAATGCTGC------------TGTTC--------TGTCTCATTACCGCTTCTCCCCTTTCTGTCGCGACAATGAAGATCCGCTCCAAGCTCCAGCAGGGTCTTTACTGTGGACGTGTGACCCTCCTGAAA-----GCACAT-GATGTTGGTGTG-------------------GATGTGT-CTTCATGTCAGTGGGTTCACTTGGACTGGTATTCTGACCTTTGCGGCGTAATGCAGCGCAGTAAGGTGGGTGTTTTCCACTCTCTGGTTCACGTCAACATCCAGCTCCTGCACCAGGAACCGCAGCGCCGCCTGCTGGCCAGTGACAGCAGCTTGGTGCAGCGGCTGAGCTCCGAGTAGATCGGTGGCTGTTGGAGACGCCTCCAATGGAG-AGCAGAAGGATCAGAGATGCCCTCTAG---------------------------------------ATCCCCTAA--------------------------------------------------------AACCGCTGTGT----------------------------------GCAGTGGC--------------------------------------------TTTACCTGGTGTTTCTCTCGGAGAGTCCTGGCCACAGATATGTGTCCACTCCTGATGGCGTCCATAAACGGAGTGACTCCGCAGCTGTCGGGGCTGTCTGGCACGTAGCCACATCTGGA--AGGTCAGCAAACATGTGGATCCATCAACATGCATTTTCACAATTTGCAAACACATAAGGTTCCAACCTTACAGAATGGCATGTTTGACAGTACTCAGGGCTGATTTTCACACAATTCCACAATTTACCCACCTCTCCAGCAAGATCCTGACAACCTCCTCACAGCCGTGCATTGCTG----AGCAAGAAA-------GTATGAATTTATGAAAGCGTAGATGCTCCGTGCCACTGAGAAAGGAGTCAGTGACATGCTGCATGGATCTACAGTTTACCTGCCGTGTGCAGGGGAGTCCTGCAAGTCTTGCTCTCAGTCCTCCAGATATCTGGGGCGACTGTGAGCAGGTAACCGACGACCAGGGGGTCACCCTTCCTGCAGGCAATGTGGAAGGCCGTCCATCCGTCCTTGTTCCTCAGCGCTGGATCAGCCTTGTGGCTCAGCAGATCCTGGATCACAGCAAGGCTGCTGCGAGTGCAGGCCATCATCAGGGGGGTCCT-AAAAGGGCAACATTAATACCTGCTCTGAACAAATGCTT----------CAGAAATAATGGAGAAA----ATTGTTGTCT----------TGCATTAAAGAAGTTAATGAACAACTTATCAATGACAGAAATTATATGGAAGTGGT--ATCACAAATGTTAGCAAATCCTCTGAAGCTGACTCCAAAACCCTGGC--TTTCATTTTTACAGTAAAGCAAACATGGTTT-TATCACA a score=595 s danRer3.chr4 7850333 253 + 33808418 gattctctccggaaaTCCATAAAGCATGATTTATTTTACTTTAATCTGTCCTCAATTGTGTTTATTTATGACTTATAGTTTGTGTAGATAATAAATTACATAAAAATATATCTATATTT----ATCTACCCTACAAAATCATCCTAAGTAACGACTTTGCAGAGCTATTAAGTCATTTGGTGAAATTATATCACAAAATATATCACAGAGAAAAACATATTGTTATGTATGTTATGTATTACAGTTTTACAACTTAG s fr1.chrUn 212067660 242 + 349519338 GAATCCCACCCGGACCCAAAAATGATAGAATTATTTTTGTAGGAATGGTTTGTAAAACTTTTAATTTATAACAAAGAGAATATGTATGTACAATTGTGCACAAAATGACATTCACATTTAAGCATTTATAAAGCTGAAATTGTCAAAGAAACAAATC--AAACCCCAATGAAACA-TTGATACAACTATGAAATAAGATGTA----AAACTTGCACACATTAATATGCA--------GTTCCCTTTTTTCGACTAAG a score=-949 s danRer3.chr4 7850586 135 + 33808418 GGTCATTATT----AGACaatttattattattaatcttttaaattaaacattt----attagtaaatt---attattaCTATTAGTACACATTTTATTTACAGTTAATTTAATTTTACTTTCAGTGAGGTTAACACCATTTCAGTT s fr1.chrUn 107757366 139 + 349519338 ATTCAACACTCCCCAAACATTTAATTTGAATTACTCGTTCA--TTGGATCTTTCCGCGTTTGGAACTTTGGACCATGATCCTGAGAGCA-ATTTACCATATAGCCGTTTAACATTTG---TACGTTAGAGCAATATT-TCACAGTC a score=162 s danRer3.chr4 7850721 54 + 33808418 ATTTCATTTCAGGCTTATATTATACAACCAAAACAAAGTTT-----AGTTTGATTTACT s fr1.chrUn 212069186 59 + 349519338 ATGTCTCCTCAAACTTGCATTATCCATCAAGTAGATAGATTTGAAGAGTAAATCATAAG a score=3222 s danRer3.chr4 7850775 130 + 33808418 TCACAATGACAGAACTATTTTCAAATCAAGTATTACAAATAGTAGTACAAATGATTAAAT--CAAATGGCTA-----TAAAGTAAAAACAATTCCTCCTTCGAGCCGGATTCGAACCAGCGACCTAAGGATATCAGT s fr1.chrUn 274345340 132 + 349519338 TTACATTGCTAATATTAATGTCCCGTTTCCTATGA-AAATACCGT----AATGATTCAACAACAAACATGTAAAACTTAAGGAGAAAAAAAAATATCCTTCGAGCCGGATTCGAACCAGCGACCTAAGGATTTCAGC a score=7750 s danRer3.chr4 7850997 292 + 33808418 AAGAAACGAGTTGTTTATACATTTAATAACTGCATACTGCATTCATGACATACCAATCTGCTTTCTTCAGACTGTCTACTTTCGCTCCTCTGCATATGAGAAACCGCACACACTCATAATGACCCATTGAGGAAGCCTCGTGCAGAGCTCGCTTATAGTCGCTGTTGTACACTTCAATATCCATGTTGAGCTCTTCAACCAAATAACGTAAAATGTCTACATGTCCGTGTCTGGCCGCATAGTGGAGTACGGTATCTCCAGATTTCCCGAAATGAGTGTAAATGACTGTCTG s fr1.chrUn 274345566 285 + 349519338 GTGACATGATCTGGTTGAAC------TGGCGACAGACAGCGATTG-GTCTCACCAGTCTGCCTTTTTGAGAGAATCCACCTCGGCTCCCTCCCGCAGCAGGTAGCTGACACAATCTCGGTGGCTCATTGATGCAGCTTCGTGCAGCGGCCTCTTGTAATCGTTGTTGTACACCTCGACATCCACTCCGACCTCCTTAATTAGATACTCCACAGTGTCCAAGTGTCCCATTCTGGAAGCATAGTGCAGCAGAGTGTCTCCCGCGCTACCAAAGTGCTTGTTTCTGATCGTTTG a score=1339 s danRer3.chr4 7851316 102 + 33808418 TTGTTTGACTGTGCACAGCTCTCCGTGCTGAACTGCCTTGATTAAGAGCTTGACTGTGTTTTCTTCCTCCATTTAGCTCAGTTAAGGTCTCCTAAATAAATA s fr1.chrUn 274345881 102 + 349519338 TTCTTCCAGGGTTTGCAATTTCCCATCCTGGGCCAGTCTCACTACTCGTTTTAATGTGTTTTCGTCCATGTTTCGAAACGATTAAAATCCTTTGCAAGAACA a score=10964 s danRer3.chr4 7860685 337 + 33808418 AAGACTCATTGACTGAGATCAGGGAGAATTTTACATATATCATTTAATATTTAGACTTGGGGCATTAGCCTTTTATTACAGCACAATTT-GCATAATTTATCAATACCGTTTGTGTACAACCACAAAAACCATGACAGTTGGAATATTTTTTTTTCATCAGTTTACATT--AAGTGGAAAACCAGACGGATTATACAAGCA-TATCTTTGTACAGTCAGCATACAT--------ATT--TAGGTTTGATTAAT-------------------TTTTCATCATCTTTTTTTTCCCCCTC-------------------------------TCTTTTTGTA--------------AATAGAATCTGGACACAAAAATAGTATGAACAAC----AAAACATGCAACATCCAAAGTGAAAACA s fr1.chrUn 341225205 414 - 349519338 AGAAATCACGGAGCGACGCAACAGGTCGTTGTACTCATAT---TTAATATTCAGACATGGGGCAACAGCCATTT-TTACAGCACAATTTTGCATAATTTATCAATACCTCCTGTATACAACCAC-AAAACCACGTTAGATTAATTCTTCTTCTTTTTTAAACTTTACTTACAAGTGAAAAAACAGACAAGTTTTACAAGCAGTTTCTTTGTACAGTCAGCATACATCAGCAGTAATTAATAGGTTCTCTTAATAATGTCGCCATCGATAACATTTTGTTCGGTTTTGTTCTTTCCCTCTACCTTTAATTGTTGTAATTATTATTAGGTTTTTTTTTGTACATTTTCTTTCTTTAATAATATCCGGACACAAAAATATTATGAACCACCAAAGAAACATGCAACATCCAGAGTGAGCACA a score=320 s danRer3.chr4 7861029 66 + 33808418 TTTTCCTGATTCTACTCTGAGTCAGTAGGTCAGCATCTGCTCTtta-ttactattattgttattatt s fr1.chrUn 170939941 60 - 349519338 GTCTCAGACGACTATCCAGGTTGAATAGAT-------TGTTTTTTAGTTGTTTTTTTTGTTTTTTTT a score=1660 s danRer3.chr4 7863229 111 + 33808418 TCGTCTAACTGTCTGTCGTGGCCCAATGTACACATATTATTTTATAGATACACCAGTAAGTGATTGTGAAAGTGCATGTACACATGTGTATGAATCTTACGTGAATCTCCA s fr1.chrUn 170941755 105 - 349519338 TCATCCTTCTGACTATGGCTGCTCTTTGT-CATGTACCTTTTTAAACATGAAACAGAAAGAAA-----AAAGCCGAAATGTCCTTGTCAATAAACCTTTCACGGATCTCCA a score=-179 s danRer3.chr4 7863443 115 + 33808418 TGCCAGTGCAATCGGGAATCTCCCC---------GCGTCGGCCCTCCAAATTCAGCTCAGTTTAGTCCCAAAGAG-TGCGGCAGAGATGTGCCGGGTCTGTCCACGCGCCTTAATCGACCGCCTT s fr1.chrUn 170941947 114 - 349519338 TGCAAATTGAATCTATCTCCTTCCCCCAGTTGTGACGTTAATCTTCTGAATCAGACGT--CCGAGCCCCATGGAGCTGC-----CGATCTGCTGAGTCTT----CAGGTCCTCGTCGAGGATCTC a score=10148 s danRer3.chr4 7863559 177 + 33808418 TTTAGGAGTGGATCTGAGCTGTGCTGGCCAGCAGCTTGTGCCAGCTCACCACCCGTTTACGCAGGTCTACTTTATCCAGCCACACATACGCTTCGCCGATTAGGGTCTTCTTTACAAACTTGCCTCCGTTTGAAACAAGAAAGAGCT--------GCGAGGATTGGAAGAAATCAGAATCACTAT s fr1.chrUn 341227303 185 - 349519338 TCTACGAGTGGATTTGAGCCGTGCTGGCGAGCAGCTTGTGCCAGCTGACCACGCGCTTGCGCAGGTCCACCTTGTCCAGCCACACGTAGGCCTCGCCAATCAGGGTCTTCTTGACGAACTTGCCGCCGTTGGACACCAGGAACAGCTGGCCAGGGGAGAGAACAGCAGGAAGTTAGCATTGTCAT a score=16786 s danRer3.chr4 7865385 519 + 33808418 ATGTCTGGCATACCTGAATGGAATGACCGGTGGGGTTCATGCAGAAGCGGAAGGTTTCGTTAAAAGATGGTTCGCGATCATGACGACACACTCTGGTCTTCTTCTTGATGATTCTTTTCTGAGTGGCCACATTCACCACATAAAGCTTCACATATAGGTCTGTAAATGAAAAATGAATGTGCACAAAATTTGT-GTGTTGTTCAA--TTCGAGAGTTTTAAAGAGCTTGTCCA-ATCCAACTTTCTAG--AAAAAACTTTCTG---------------------------------CCATCGGTCT----GTGGCAATTGT------GAAATATGTGGGTGTG------------------------------------------ACTTCACCTTTAGTAAATA--TAGTGT--GTATAAACATGTTCGC----AGTCGCAT----------------GTTTAGTTACCTGGGAGGTGGTCGGGAGACTTGAATTTATATGTGATGTTTCTGCACTGTAGGATCTCAAGCACCAGGTGTTCTCCCTCTGTCTTCATCTCTTTCTTCAGGGCGATCTTTATCTCCCCCATCACCTGAGTCTTACCTAAAAAGACACACACACACACACATGAACA s fr1.chrUn 341227570 633 - 349519338 ATGGCTGA-GTACCTGCAGGGCGTGTCCTGTGGGGTTCATGCAGAAGCGGAAGGTCTCGTTGAACGACGGCTCGCGGTCATGACGGCACACTCTGGTCTTCTTCTTGATGATCCTTTTCTGGGTGGCGATGTTCACCACGTACAGCTTCACGTAAAGGTCTGCCGACACGAACACGACGCATCAGAACCGTGTCGAATGGCTCAGGTTTTACGCGGTATAATAACATCGCCTACACTTAACCACATAGCTAAATAGCAAGCTGATAAAGTAATAAATAATTAAGGATGACGGAAGCTCATTGTTTTCGAGGCGGCAATTCTTTAGAAGGAGTTTATTTATATGCAAACACCAGAACGCCGCGTTCCAGGCTGGAACAACGCCTGCGCTTCGCCTTCGGCACGCAGCTAATCTCCGTTCAGGCATGTTGGCTGTGAATTCCATCAGAGACAAAGGTGCAGCGCGGTTACCAGGCAGGTGGTCTGGACTCTTGAACTTGTAGGTGATGTTGCGGCACTGCAGGATCTCCAGGATGAGGTGGTCCCCCTCGGTCTTAACCTCCTTCTTTAGGGCGATCTTTATCTCCCCCATGACCTGAGACTTACCTTcacacacacacacacacacacacacaca a score=7609 s danRer3.chr4 7867517 327 + 33808418 GATTTCACAGCTTCTGTGCCGTTTGGAATCTTTCCACTGAATGATAAATAGCATCAGGTCAGAGTGCCAAGAAAATGCAGATAATAAAAAGGCATTAAA------AGGCGTTTTAGataaaatttaaaaagttattattataaaaaCACCATAATTGATTAGCAATTATTATACAGAGTCATACGAAAAAGCACTCACAATCTGGGAACCTGGAAAATTGCACTATCCACCGCATTTGTCCCGCCCTCTTCATCCAATAGGCTAAAGGCACTGCCACTCAGACCACTATCCAATGAGGCTGCAGTAACAGGAGCATCACCAGATCTATGGCTG s fr1.chrUn 341228406 250 - 349519338 GATTTCATCACGTCTGTGCCGTTCGGGATCTTCCCACTAA---------------------------------------GGAGAGAAGAGAGCGCTGAACTCCCCAGCAGCTTTAAATACGGTTCA--------------CATCAACGTCCCAACGGATCTG------------------------------ACTTACAATCGGGGCACCTGGAAGATGGCGCTGTCCACCTCGTTGGCCTCCTCTTCCTCGTCCAGCAGGCTGTAGGCGCTGCCGCTCAGGCCGCTGTCCAGGGAGGCCGCCGTGACCGGGGCGTCGCCCGATCTGTAGCTG a score=7977 s danRer3.chr4 7869917 675 + 33808418 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TAGGTGTGCGTTAGTAGAGTTTCATCCTCTCATTCTCTCGC-CTCGCTCCAGAGGGGAAACG--------------CTCTCACCTCCGGTGCTCTGCGGCCTCTCCTCTGACACGGCTTTCCTGAGAGTCAGGTGTCGGCCGTCCGCTCTGCTCCCCGGCGGGGCTGATGGCGAGGCGGGCAGCCAGTCAGACTGGGCCCTGTGAATGGTGAGCACGCCCACCACGCTGTGTCTCTGGTGCATCAGAGAGAGGAGGCCTCTCCGGCCTGGAG----GTGTCCG--------------------AGTGGCGCCGGTCGGGTGCCAGGGGATGGGAGTCGACGCCGGGGAGACACGGGTGATG-----------------------------------GTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATGCAGCCACAGT-TGCACGTTC--GCCTGTGC----------AGGTGAGGTGCATTGTGGGTCCG-GTGGGTCGTTCAGACCGATACGG-GGAGCGGGGGGGGGTT------AGTG--GACTTCATGCACAGCCGGTTCAGG----GGAACAGCTTCACACAAGCTGGCTGTTCATGAGAAGGAAGTGAAACAAAAATAAAAACTGAATGAAACAAAAGAGGGAAATGATTCTATAAAAAGGGGGCCGTGGTCACTGC--CTGGATCAGCTGGAAATATTTTATTCTAATATATTGTCTTCTAATAAGGTCT a score=9691 s danRer3.chr4 7871285 380 + 33808418 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TGGCACGGAAAAGCAATAAGAACAGAAAAGGGGAGTGGGAGAACTCAAGAGAAGGTCGAACAGATGCGTGAGGAGGC---CATGCTGTGTCGGCTTTATCTGCGTCTTGGTTTACTTGGTGggaggcggcgtggcgactgttgctgctgctgctgcggcggcggcggcggctgtggggcatcgcccgtggctacggaggAGCCGCTGCCACTTCCTGCGCTGCCCTCCTGATGCTGCTGCCGTGCAGTGC---TTTTGCCGGAGCGCGTAGCGCCGTGTGAGCGAGCGTGTTGGCTGTGTCCGTGGCTGCGGCTTTGGGTCTGGCCCTCGGACGGGGAAGGCTTCGACGTGCCGGGGTTACCCTGACATTTCTCGATAGAGGGCACCTGCGTGTCTAAAACAACCAGATTCACCAAATTACCA-AAGAGCTACGTCACGTTCTTTAACTCAGACGCCAGATTCTTCCCAATCGCTCGATAAATTTGTTATT a score=11257 s danRer3.chr4 7871811 728 + 33808418 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TGGGCAGAATGGGTTTAAGGAAGTGCAAATTA--CTAGAAAAGCAGCAAAGAGAACAGGTGGATGCTGAGAGTGCGCAGAAACGTGACAGAGGCGAC--AGGAAGTGAAGTAAGAAAGAAGCCAGGAAGTGCAGGAACAGGCCCGCCCACGGGAAAAAGAAGGTTTGGTCTTTCTGGTGAAGCCCAAACTCTAAACACTTCCAAATTCTGCTACAACACTTCCGACCAATACTTTTGACTTATAAATGGACCCAGAAGTGCCCCCCCCCCTAATGGGCGGGCCTGGTGCAGAGAGGAAGTACAGGAGGTGACTTCA-GTGTGAAGGTGATTAACCGGAAGCTTAGAGGGATCTCATTACGCCCTACCCTTGGCTGGATCCGGAAAGATTCCGTGGCTCCGGCTCTTGATGACGGACGATCTGGGGGAGTCCTGGACGTCGTGGGAAGAGCCGGCGGTTTTGGGGGAGGA---------GTGCTGCGAGGAGGGCTTGGAGGAGCCGTGTCGGCCT------GCGTGGGAACGCCGGTGGTGGTCCACCTCACTCTGCTCCTTCAGGGGGAGCCAACGAGGAACGTTGTCCAGCTGGGCCGTGTTGGACAGATCGATGAGAACCTGAGAGACAAAAAGGATCTGACTAATCCCAACAACCTCCGTTAAGACCATAAAA---------ATACCAAAAATATG--GTTCTTCACTTGTA---ACAACAGGCC----------TATAACAA--TGTTATTAA--CTCTTTACCTCTCCTAAGAAGTCATTGGAGGAGCCCTTGTCATAGTCCCAGACGCTGACTTCCAGGGTCTTCTTTCTCAACTGAACA a score=-1175 s danRer3.chr4 7872539 402 + 33808418 T-GCACCACA--CAAACACAGAGCATTCAA-------------TGCCAATTACTTAGTTTGTGATTTTATCACCATACATTGCCTGAATACACCCTACAACCTGACCAGTTGGGTGATTAGGATTTATAATTCATTCAGAATTCAGTAAGTACATACGGTATTAATTTTTTTTAAAGTTACAATCGATAGTTCTACCTCAAAAAGATAACAAGTGAAAATTGATTTTGCTTTCTGCAATAATTCTGagc-agcacaatggttttcaacagttataacgcaaagcacacaagcacaacattt--------tggagtgatttctaaagaatcatgtaaAAATGTTTAAATGACATT-------TACTTCA------GAAAAAATAAATCATTCCCTTTGCTTCTATATATATATATATATTTC---TTTGCTCATTCCCTCTAAA s fr1.chrUn 65719944 418 - 349519338 TAGCATCACATTTAAATCCAGGAGTTTAAAGGGGCTGAAAATGTGAGAACCATTTTGTT--CTAGTTTACCATCAGACA------GGACACACACTTTTACCTCA----TTGAAT--TCAGGGTTGAGAGTCTTCTT---CTTCACTGAAGTCTTGTACTTTGACTTTTTTCCCATATCAGGTTGCAAAATGCTAAAAAACAGCAAAAAAGAGTGTAAACAGAGTATATCTATTCCAATAATGGAATGCTTATGGAAACATGTTCAACATT--------AAAGTTCTCATGCATAATGTGTGCTGCACATTAGGCTAAGCCAGGCTAACCATAGTAGTACATTTTAATGGTATTGATGCTGTACTTTAAGTTTCAGTGACCTAAAGTTTTCCACATTATTGTCTTTATTAATATTTATTTTAGATGAGCTCCATCACTTTAAA a score=6612 s danRer3.chr4 7874050 126 + 33808418 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AAACACAACACAGGCTAGAGTTAGTGTGCAGTTA---TAGAGT-TTAGGGAGCAAAAAAAAAAAAGATCTACGAGAAAAACAGACCAGAGAGGACAATTAGTCCATATGTGATGTGTTAAAGAGATGGAG-AGATGTTTATATTTAGAGCTGTGGGTCTAAACATGAGTGGAGTTATGAGAGTATGGGGGCAAGAAAATGCACAATTTAGGAGGGCAAGAGGAAC------TGACTTCACCAAAT-ATTCA-ATCAAAAGAGCACCAAATTACCAAA--------------GTGGGCAAG--TCACATACCTGGCGTTCTGGACAACCATGACCTGACTGAGGGGGTCCAGCATGCATTAAATATAGAGAACATACAGAAACAATAGTCAGAGGGAGGTGTGGGGTTTAAAGAGAGTGTGTATG a score=13691 s danRer3.chr4 7876440 1530 + 33808418 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AACACACAAAAATCCATCCACGACCACCC-----TGAAATTATAGAGGAAATATTTATTTAGACAACCAAATGCATGCCAGAAACACCAATTTTACATAACTGACAGCTCCCTTCTCCTCCTTACACCAGCCAGCTTCAAATCAACTCCACCTGGGGGAGAAAGTGGACAGGAGAGCCATCTGCTGGATAAACCTC-TGTATTGCATTGCAATGAAAATTTTGCGGGAAAGTGTTCATGAGGGGCAAATTTATGTGTGGGGGGAAAAACACTATAGACGTATAATACATAAAAAGGGACAGGGTGTGATCTTTGATTAGAATGGTGTGATCTTTGCAAATGGCA-------AAATTATTCACATCTCGCATGGCACA------GAAATGACCTCTCGCACGACACACTGACAATACAAAATAAAATTCACATGCAGTGTGCT----CTCCACGGCATCTAATCAGACCTATCCGCACATTTTTTTAGGGAGTTTCACAGCTAATCGTTGG--AGATGATTTATTCTTTTCGTTAGTTTTTCACAGCGAATGAAGTTAAAACAAGAAATACCTAATAGATAAGCTTAAGAGACCAAAAAATAAGGACAGAAATGAAGAAAATATGC s fr1.chrUn 341261825 532 - 349519338 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AATTGGTCCGTCTATGGG-----TGCTGCAGCCCATCAGCCGCACTTACAGCTTGAATAGAA--AAAATAATATCAAAAATAAATGCAACCCTTTGAACAATAAACAATAATAACCAGCAATAAATAAT--CAAGTGGTGTTCCT--CTGtatatatatatatatatgtacatataCACCAGGGTCACTCAGCATTCAGCCTAACATAGACTGATTTAGCA---AATTTATGACGTGAACGTATGCAAGA-TGAGTAATAATAATTTAGAAATACACTACCGACATTATGGAAATGTCTTTAAAAAGACGTTCTTTTTACGCAACCAACATTA-AGAACAATCATCTAGATGGCTGTTAGTTCGACTATGCGACTGGCTTGGAAGAGCTTATTCATTCGACTCATGCAAGTTGTGTTTGAAACCGAAAGTTTGGCAGAAATGGTCACCACAGTTATTGACTTTTTTGTTTGTTTGTAAAGTCAGTCAGGCCCACTTGATTATCTGAATATTAAC--ACGAACAC-----CGAAACGCTTCTGAGGACCAGAGGTTAGACAAGCTGTTACTAAGGCATGCCTTATTTTCACCTTTGACCACTTGTGTCCATAATTACTTGTTGTGTTGTTCTATATACAGTACAATGCTTGC s fr1.chrUn 341262412 501 - 349519338 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s fr1.chrUn 341262967 1070 - 349519338 GCGTCCAACTGTCCCGTCAGCACATTAGGTCCATCTGCTCGCCTCCTCGGTACACGCTTTTGTCCCGGTCTTATTTTAGGAGCTTATGTACAGGAGGTTGTC----CGCCAGCCCGTATCCCAGGCAACCA--GCCATGTCCTCACA----------------CATTTGCAGGCCGTGTTCCAGTTCCTCGGCCTT---------------CTTCGCGGTCCGTTTGTGTTCTTGAA-TGAGCGCTCAGTCGCTGCGGCACCAGAGGAGTTGGTGGACGTCTACCTAGGCGTTGGTTTATGGGTGGAGAGGTCGGAGTCGTACACGATCTACAGGATGTGCTTGTGTGCATGTTTGGGTGCGTGGGTTTGTGCTTGTATGTGTGGATCTGGGCTTCTTTTCTTTGATTCTGCTGTTC------CTCAAACGCTCCGCGGGGGTCTCTGAAGCTCATGGGTCCTCCTGTTGCGTCCCTTCTTATTTTCCTGAAGCCGTCTCCACTTGGCGGCGTGCTGGCTGTTCGCCCGAGACCCCCCGGCGGCCGCA--------GAGGCGGCCGCGTT-----GCCCTTCGGCGTCTTCTGGTTGTTT--TTCGGCACCT-GGCCGGCCACGTTTTGCGTCCCCTTTTCGCT----CTTCTCCGC----CGCCGGACCT----CCAGCCTGGAGCCACGGGCGGCTCTGGGGC----GGGCCGGCCTGCTGCCTCTG----GGGGTTTG--------GAGCTTTTGGCTGCAGAGCCGAGTTGGAGCCGCCGTCCGTCCTGACCTGAGCGTTGCCGTTTGGCGTCTTCACCCTCTTTTGTTTGCGCTCTTTCTTCCAAACGCGGTCGCAGAACTCCTCCACGCTGCTGAGGTCCGGGTGGTCCAGGAGAGAAAGGAAATCCCGATACCACAGCCTGTGCTTGGCGGACTGGTCGACCCCGGCGTCCGTGGCGGGAAGCCCGGGGAGGATGTCACCCAGTTTCTGGGCGGGGATGACCTGGAGGCTGAGGCGCAGCAGAGGCTGGATGAAGCCGTGCTCCACGGCCTGGCAGTGGTAGACGCCCGTGTCGGACTGGGCCAGGCTGCGGATGAGCAGGCCCTGCTCTGTCCGGAGCACCCGCTCATCGAACTTGATCTGGAAAACAAA 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danRer3.chr4 7952986 307 + 33808418 TTTGTACTAGCCTGTGCCAATGAACATGACGTCGTACTGGCCGTCCTCAGCTTCCACACGATCCACCACCAGCTGAGTGAATTGGTACTCCACGTTAGTGCGCACCACAATGGGTTTCCCACCCATTGGCTGCACAGGGTTATACATGGCTGGATGCAGGCGGGCAAATGTGATGACATCATCAGGGAGATCTTTGGTGGAGTCGAAGCCTCCAAACGTTTTGCTGGGACACTAA----TGAAGAGATGACAATTATAATATATGATTCTTTAGGTCAGTTAATCTCAAAAATACTGTTTAATGCTTTTAA s fr1.chrUn 341266541 277 - 349519338 TTGCCACTGACCTGTGCCGATGAACATGACATCATATTGTCCGTCCTCTGCCTCCACTCTGTCCACCACCAGCTGGGAGAACTGGTAGTCCACATCGGTCCGCACCATAATGGGGCGCCCGCCTATTGGGTGCACCGGGTTGTACATGGCCGGATGACCCCTGGCGAAGGTGATGACATCATCAGGGAGGTCTTTGGTGGAGTCAAATCCTCCGAACGTCTTGCTGGGACACTAAGGATTGAAGAAATGAT-----TCATATTTGTGCGTTT-----------------------------GTGGTTTTAA a score=8584 s danRer3.chr4 7953405 245 + 33808418 TTTAACAAAAGTGAGCCGTTATAAAGCTGTAGTTTGTCAGAAAACATTAACGGCGTCAGTATATATTGGCCAGTACTCACTGTGCCAGGACGGGGATATGGCACTCTGCCCTGGAAGGGAACCCACTGGTAGTTTGGCCCATCCCTGTGGGCATATGGACCCAGAAAGACCCTTCGGATGTCTGCCATACTATACATGCATATAGCTGATCCACGGAAGATATTACTAAGGA--AAGGACAGACAGG s fr1.chrUn 341266818 203 - 349519338 TTTGACAGGATTTTCCAGTTTTA----------CTGGCAG----------------------------------ACTCACAGTGCCAGGGCGGGGGTAGGGCACCCTCCCTTGAAAAGGCACCCACTGGTAGTTGGGTCCGTCTCGGTGGGCGTACGGCCCCAGGAAAACCCTCCTGATGTCAGCCATGTTGTACATACACACAGCTGAGCCTTTGAAGATGTTACTGAGGAGCAAGAAGAAACAAG a score=-151 s danRer3.chr4 7953673 153 + 33808418 GTGTACATATCCAGAAGTGTGTAAATCTGAAGTGAATAACACattt------attcattcattttctt----ttcggcttagtcgctttattaatcaggggCACATGGT-GTGCTTTATAGCTTGCATTGGCTCCCAGTTCAGTCCCATATCTTTTTTAAAACA s fr1.chrUn 169076828 149 - 349519338 GGGCGCTAACCTAGCTTAATGCAAATC--------GTGACACTTTGTGGGGAATCCGAGGATCTGCTTGATATTCCCTTTGACCGCTGAGCTAACCAG----ACAGAGTAGTTTTTAATAGAGCGCCTTTTCTCT---TTTGTTCTAATATCCAATTTGCTACA a score=-436 s danRer3.chr4 7953826 170 + 33808418 CTCACACTTGCAtttaaagctctacatggcaccgctccttcctatatctgtgacattgtccctcagtcttctcaatccctgcggtctgct--gatactctcacccttcaacagccaccctgtacacttaaatcattattggagagagccttctctgttgcggcacccaggtt s fr1.chrUn 4299286 153 + 349519338 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217 + 33808418 AATGCTGCAGCGGCAAACACGATTTCTATCCAATTTCCCCAATAGCTTTTCTCTTCCATCATTCTCCAAGCAATTAATTTGCAGTCTTTCT---------------------------------CAATGCCTGCAGTTATTTTAGAAT-----GAATCACAAAAATAAATAAACATTTTACTTGTTTTAGACTTGTATGGGAaagaatgggttattttcatggcct-ttaatgtaaaatagctgaacatgagcaca s fr1.chrUn 123061603 249 - 349519338 AATCGTGCTGTAATATAAACTAAGTGTATTTTTGTACCCTAATTGCTTTTCTTTTGTATCATTTTCAGAGTGCTTAAGTTACAGTTTCTTTTTAAGTCTTCAAATTTCTGCAACACCCCACTTGCACTACCTGCCTTACTTTGATAGCTTTTAAAACCAAGACAATCAAGAGACAATTTTCCATATTTATTCACGTACAAGACATTTGAAGTTTTTGCCTTGGCCTCTTAAGGTCAA-------AGCATTAACACA a score=6750 s danRer3.chr4 8034344 214 + 33808418 tctctctcCA---TGTCTTCACACTTCTCTGGCACAGTTACACACACACACCGTTCCCTGCATCAGGCTCGCGGGAGAGGC-TGAAAACAGACAGGACCAATTTTCTGCTAATTGGAGCTCAGGAAATTGCTCCTCATTTT-AATTTACTGCCACACAGCCAGATAGACATGTGATCCACTGCTAGTCCTCACT------GCAGgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg s fr1.chrUn 341300122 221 - 349519338 TCTTTTTCCAGTATTTGTTTCGAGCTCTGCAGTGTGACGGTAGAAACACAGCGCTCCCTCTCCC---CTCCCTGGAGAGTCACTCCAACAGACAGGACCAATTTTCTGCTAATTGGGCCTCAGGAAATTGCCCCCCGTTTTAAATTTACTGCAGGACAGCCATGAAGACATGTGATCCACCCTCTACCCTTCCTCTCCTCGCAGG-GCGCGCAGGTGTGTGGATG a score=1976 s danRer3.chr4 8042566 184 + 33808418 CCTTCTACCTTTCGGTCGCCCTATCATTTGCTGCAGTGGGTCTATTAAAACAGGAG----------------CCTCTGACA---GTAAAAGTGAGTGGTCCGCTGTGACTGATACAA---CCATCCATCATAACTTTCGGTATGTGTCTCCTGAGGGTCTTTCTCCACTTCTGGCCGTCCCCTTAATGAACTGCTGCCATCACTCA s fr1.chrUn 341301996 190 - 349519338 CTTTTGACTTTCCGCTCACACTTTAACTGTTTGCAG--GGCTGAAAAAAAGGGGCGACGCTCTTCACACACACCCCCAACACTGGCGGGGGGGGGGGGGTCTCTGTCACAGCTAAAGTCTCCATCCATCACGGAGATAGGTATGTGTCCCTGGAGGG--------------GGACTGCACTCGTAATAAAATGGACCCATCAGTCA a score=1656 s danRer3.chr4 8051722 201 + 33808418 GTGTGAAAAGT-CAAAACAAAGCACTGAG---CTGTAAACAGGAGGTGTGAATTCATGTAGGGTTTATAACGGTTTCAAGTGGCCCCTATAAAGAACATATGTCACCTCTCTCTCTG---CCTATCAGTTTTTACTGACAGCCGTCAGTCATACTGATTGTTCTGACATATGTTTCATGAACCCCGAAGAGGCTGTAAATCAGTGTTT s fr1.chrUn 256242148 189 + 349519338 GTTTGAAAAGCGCAGGAAAAAAGGCTGTGACACTTTGATCAGCAGATGAGA---CGTGAAAGATTTGAGACGTCTTCAGAGG--------------TGCAGGTCACTGCTGTGGGTGGCACCTATCGATTCATGCCCACGGGGGG-AGAGGCTCAGATAGCATTG-TATATGTAACATGAACGCACAAGAGGCTGCAAACGATTCTTT a score=3939 s danRer3.chr4 8056369 137 + 33808418 ACAGTGGGGATTTGCTCCCATTCACACACATGAGCCTCAGTGAGGCCAGGCCCTGACATTGGGTGACGGGGTCCAACTCGCAATCT-GCATTCAAATTGTTCCCAAAGGTGTTCAGATCTGGGCTTTGTGTAGGCCAG s fr1.chrUn 256246728 131 + 349519338 ACTGCTGGGATTTGCTCCCATTTACCCACAAAAGGGTGAGTGAGGTCAGCCAATGATGTTAGGTGACGAGTCCTGGCTCAAGTTCTGGCCTCCCAGTTTATCACGGAGGCG-------CTGGATGTTGATGAGGTCAG a score=5698 s danRer3.chr4 8060728 135 + 33808418 AACGAATTCTCTCCCACAAGCTACGCAACGCCTTAACAAAAATCAATACAGTAATTTTCTACTTAGATAACCCAATTCCTCAAGAGTGATTTTTTAATTTCCTCCAAGCGCATCTTCGATTATTCAATTATGGAG s fr1.chrUn 341307645 131 - 349519338 AATGAATTTCCTTTCACGAGCGGCCGCTCGCCTTAATGAAAATCAATACTGTAATTTTCTCCTTAGATG----AATCGCCTGAAACAGATTCCTCCATTTCCTCCCGGCTCGTCTTCGATTGTTCAGTCGGGAAG a score=3248 s danRer3.chr4 8064259 282 + 33808418 ACAAACATAAGCGTGCCTGCAAAGTCACGGAAATGACTGAGGCATCTT------GGGAGTCAACGGAAACACCTTCCCCATGTGGGGCGTTGGAGTGGTTAACAGCATGTTCAGGGCATTATTCCCAGCCAGTGGAAACACTCAG--GCTGATATTACATCCCGGCTGTAATAATAAAC----CTGTTTCATCTGGGGTGAGATGGATCGAGAGTTCC-AAATGCACAGAG--TCCTGAAATTACATCCTTGATGCTGAGGGCATCTCTCCAGAAATGAAATGAAATCCTATAGCCG s fr1.chrUn 341308828 278 - 349519338 acacacacacacacacacacacacacgcaGCAGCCTCTGAGGTCGTTTCCCAAGGAGGGCGGGCTTAAGCAGC--CACCATGTGCGAC-----------TGAAGCCACGGATGGGACATTATTCTTG--CCGTGCACACACTTGGCAGCTAATATTACTGCCGCACTGTAATAATAAACCCCTCTGTCTC-TTTGGAAAAGGGCAGAT--ATTGTTCTGAGAGGCACCGCGCTTCCTGAAATTTCATATCAGGTGCTGAGGGGTTCGCTGC-GCGGGGAAACGAAAGCCAGAAGTCG a score=3613 s danRer3.chr4 8068556 523 + 33808418 AATGAGATGTGACTGGCTATAC--GGTGTGGCTTGAAAATGAAACGTGGTGCAGCCGGCCTAAGCAATCTCAAACCAGAGCACACAT-CGC-TATAAATATGTCAC----TTCAGAGAGTGTTGGAGAAATCTGACGGTAAGCAGC----GCAGAGGGTCAGTTGTACCAAAGACCCTACGGCGTATTGAAATAAGCTTTTTTTTAATTTTCTTTTTTTTCTTTCTATTTCTTTGGAATT--GCTTTACTAAATCCCGCTAGCTCCCCTTCGCTTTCCTG--GCAGGATT------ATGGGAAGGTTTTCCCCCCAGTGACGAAGCCCGATGGCATCCAGATGCGGCGCTGCACTTGCTCAGGCTGG--------------------------------------GGGAAAATGAATTGGCATGCGGCACGCTCTGGAAGGCTCTGAGTAAACATGACCCCGTGGTGACCCCCACTGCT---CATGG-CCCTGCAGGTCTCAAACAGGTCCATTAAGCCTGTTCAGATACCCTGGGGCTGACCTGCTCCATTTCAAACTCAATCACCATCCC-CAACAGCCCAATCAG s fr1.chrUn 341310665 539 - 349519338 AATGAAATGTGAGCGGCTGTTTCGAGCGGGGCCCGGCAGCGTAGCTGCGCTCCCTCCGCCTAA------TCCCGCGGGGCCACAAATACGCGCATAAATATGTCACAAATGTCAGAATCCGCCG-----ATTTGACGGTCAACAGCTTCGGCAGAGCTGCAACAGTG--GAAGAC---GGGAAATATAAAAAGGGGGGGGGGGGGCATTTCCGTGTTACAATTTCATCTTCCTTTGATTTAGGTTATATTAAATTC-------TCCCTTTCTCCCTCAAGCTGAAGGAGTGAATAAAGGAGGGGGAATTGCATCCAG--ATGTGGCC---TGGGGTCCAGTCAGGGTCTGGCTCACGGTCAGCCTGGCCTGGAGAACCGGCAAATGGGGTACAGGGGACGGAAAAGGGGGACCGCGTGGGGTTTCGGCACGCTCCAGGATTCTCTGAGTAAACATGACCATGCGGCGACCCTCACTCTTTGACGTGGCCCCCGCGGG-----------------GAGCC----CGGAGGTCTCGGGGTTAATCTGAAAGGCTTCAGACTCAATCAGAATCCCACAGGAGACGGACCAG a score=343 s danRer3.chr4 8080015 397 + 33808418 TAAAAATGAAAATGTTTTTGGAATATTGTCTACTAAACTAAACATGTTTTTATATTTT----CTCTCTTTAAAAAAAATAATAAGTTGGTTAGTAATAAGTTAAAAATGACCTCAGTAA-------GAATGCATCTTTTAACAAAAAGGTGGTGAACCCAATAGCTCTGATCTG-GATTTAAAGTTTAAACCCATATAAGAGGTGAATTAAGAAGAAAACCTCACAGTTCCTATGAGCAGAACACTTAACCTTTA-----GTTGCT----CCATAGGGAAAGTCTTTGTAATAAATTTCTTTTGATACAAGGTCAGCTAA--------TTAGTACTTTTTCGACTTAAAAAGCACTAGCATGCCAAGAAGATGAA-ATATAGTGTGGACTAGTATATCAAAAATTGTAATAAAATGAAAGCACGGTC s fr1.chrUn 333822279 412 - 349519338 TGAAAACAAAGATCATCTTTGA-TGCTGTACAGTGAATTCACGATCATTTGTTCTTGTAAAGCTTAATTTAGCAAGTAATTTAATTTGGGAATGATTAATTGTGAACCAGAGTGGGTGAATACACAGAACGCTTCGCCTAGCA-------GGCACGCTAACTAACCTTGGCATGAGAGCTGGAATTAAACTGCattttaaatctttttattgaaaataactaaaatattttatttaGCACCAGACGGCACCCTTACCAGAATTGCTGACGTATTAATCAAAGTCGTGATTCAGAATTTTTTAT------AGGCTGCTTAAACTTATTTTTAGAAATGTAATGACTTGAATGGAGGGAAATCGTCAAGAAGATGAATAGATAG-ACGGACTATTATGTGCAAACTGGTGATAAAATAAGAACATCTCC a score=2171 s danRer3.chr4 8080412 87 + 33808418 ATCAAAGTGCAAGAGTATGAGGACCTGGAAACAAAGGGGA----CAAGCCATTGA-ACGGTCACAAATGGTTGAACGATCACAGACCAGCAA s fr1.chrUn 341313477 92 - 349519338 ATCTCAGTGAGGGGGTCTGAAGCCATGAAATGTGGGGGCAAACCCGAACCATGGGGAAGGGCACAAATGGTAGAGTGATCACAGGGCTGCGA a score=2051 s danRer3.chr4 8080818 34 + 33808418 CAGCTCAATGAGCTGCACAAAGGAGCCAATTAGA s fr1.chrUn 341314647 34 - 349519338 CAGTCCAATGATCAACACAGGGGAGCCAATTAAA a score=2176 s danRer3.chr4 8087557 297 + 33808418 acatgaacttaaatt----aatttgaattacatttcaaGTATGACAACATGATCCACTGCTTGCTTGTTTATGGCAAGGCTTTTCAACCTTTTC---------------TAAAATTTCACCTAGCTGGTGTAAAAGTTTGTTGTTCACTTT---ACCTTTTGCTCTTTCCCTCTC-----------------CACTGCTTCAAAGCGAGATCTCTTTATTACAGGAATCAGACATT-GCATTAGAGCAGTCTGTAATTAAACATGTCCAGTGGCGGTCATTACCAAATACCAGCTCTAATTGCCCCTTATCTGGGGTAATTACTGCCTAGTAGGAGA s fr1.chrUn 341316643 331 - 349519338 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GAGGAGAGAGAGCGAAGGA--------CGGTGGTGCGTACGTCCTGCTGGAGCCTGTCCACGGCTAACGTGATGTCCTCCTTCCCTGGCTGGGCGTAGTTCTCCGTCATGGTCAGGTTCAGGTGCTGCTTCAGCTCCTCACTCACCT-----ACATCAAACAGAGGGGAAACGAGGGGAAACGACA a score=5564 s danRer3.chr4 8124461 167 + 33808418 AAGAGTTCACTTACCGCCTGATAATACACATAGGCCAGAACTCCAGCCACCAGCTCGATGAGGAAGATCAGAAGCAGACAGGAGAAGTAC--TAGAGGA-ACACAGGAACCAATGATCAATGAAAATTCAATTAATGCAATACATTCTAATCAGGCAACAGGAGGAAGTC s fr1.chrUn 341336062 145 - 349519338 AGGTGCTCACCTACCTTCTGGTAGTAAACATAGGCCAGCACGCCAGCAACCAGCTCAATCAGGAAGATCAACAGGAGGCAGAAGAAATACTGTGGAGGACACAAAGGCAGCAG-------------------TAAAGCA------TCTCATCAGCATGCAGGAGAAAGTC a score=1989 s danRer3.chr4 8129276 54 + 33808418 AGAGCGGGCTATAAATAGCACTGCAGCAGTGGCAGTCACAACCTTGCTTGTCTC s fr1.chrUn 341336770 54 - 349519338 AGAAAGACCTATAAATAGTTCTGCGGCAGTGCCCGTTCACCTCCCGCCTGCCTC a score=9479 s danRer3.chr4 8129564 211 + 33808418 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attttacttaagg-aaaagtgagtaacctgttgctgtttttaagcgatt--------agttgacttt----actttaagaaaagtgaataacctgttgtttttaaaaggatttagttgactttactttaagaaaagtgagtaacctgtttt-------ttcaaagggatt----------------agttgactttattttaagaaatgtgaataacct------tttacttttaaaacgattagttgactttactttaaaaaaaagtgcgtaacctgttttttttaaaggga s fr1.chrUn 344139273 272 - 349519338 ATTTGATTTGAGGCAAGAGTGCAAAACC---ACCTGTTTCCTAGCAACCCACATCAAAGGAGACATTTTACACATGAAAAAGATTAAACCAGTTTCTTGTGTTTAATATTCTTATTTTTTCAAAGTGGGGGAAAATAGACTCAACTATTTCTAGTAGATTTAAGGGTACTGGCTCCAGCTAGCTGGGGTTAGCTTTACCATGTAGGACTTGGTTAGCCTGGCCTCTTTACCTTTAAA------------------TTGAATTAAAATAACATAGCTTGTTTTTGTAAGTGAAA a score=-1266 s danRer3.chr4 8133633 332 + 33808418 agctacattttcaga------atgagcctgtattgTAACTATTCCTTTAACTTATTTTTATTTGACAATAGAATTCATAATTACTTCAGAACAATCGTTTCACCTAATTTG------TCTTCAATATATCATCAGGAGATGTTCATTTTGATTCATTTCATTGCTTTTATCTGCTTTTGTGACTCTTAAAGTGGCAG---TACCCA-ACATTTTATAACAAGTACTGTAAGTTCAGCTAATAATCTATCTAATTCTGCAGAAGAAATGATTCAACTACATCCTTAATGATCTAAGAACTTTTTTCCTTCCTTTTTGATAAGAGCTATACCAGCAAAGTGGAGTTCAGA s fr1.chrUn 157380433 304 + 349519338 AGAAACATGTTCAAATGAGATGTGATCCAAGATGGTAAATTTTCCA--AATGTATTGTAATTT----ACAGCACTT-TGATTTTCTCAGTGCGTTTATT--ACCGAAGAAGAAGAAATTTTAGACTTTTAATCATCTCACATTCATTTTAACTTTAACATTTTTTTTTTACCATTTCTACAATACTGAATGTTCCAGAAATGCTGACACATTATGTGTCAA---CAGAAAGCCC--CCAATAATAGATTAAAC----------ATATTAGTCCACTCC-----------TGTGAGAAGTGTT---CTTTTAATTAAATAAATGTTTTTTT------GTGCTCTTCCAA a score=5749 s danRer3.chr4 8133965 98 + 33808418 CTCACCCAGAAGAGAAAGTTGAAAACAAAGAGCAGGTATTTGAGACACACCGTGATCCAGTCACCCTGCTCATCTTTATACATGCTGCCCATCTCTCC s fr1.chrUn 341337749 98 - 349519338 CTCACCCAGAAGAGAAAGTTGAAGACGAAGAGCAGGTATTTGAAGCACACCGTCAACCAGTCGTCCCGCTCGTCCTTAGAAACCGACATCGTCTTTCC a score=237 s danRer3.chr4 8134063 99 + 33808418 TGTTGCTGAGAAGAGAGAAGTGTAAAAGAAAAGAAGTTTGAAAGTTGTTCAATCTTTAAGCATTTATGAGGCAAAATGATTTTTTAAAAAAAAGGACAA s fr1.chrUn 254656927 85 - 349519338 CCATGCTGGGAAAGACAGCAAATATTAGATCAGACATTACAGAGCTGCCAA--------------CTGAAAACAAGAGGTTCCTCACAAAGAGGGAAAA a score=5852 s danRer3.chr4 8144481 96 + 33808418 AATCCGGATCCCGTTGGCTCGTATGGGACTGAGGCACTCATCGCGGTGTCTGCTCCTGCGGAGAAAGATGGCGGAGGCGGAGAGCACGGAGGTAAG s fr1.chrUn 341344498 96 - 349519338 AGCCTAAATCTCGCCGGCTCTCATGGGATTGAGGCATTCGTCGCGTTGTTTGCTGCTGCGGCGGAAGATGGCGGAGGCGGACAGCAACGAGGTAGG a score=8527 s danRer3.chr4 8146357 266 + 33808418 cagcagcagcaAAGTATTTCCAGCATCCCCTCGTCCCAGTCCCTACAACCATCTCCACTACCAAAACCAGTGACCTCAGTTCATCATGTCCCTCCTCACCCTCCACACACGCCACACGTCTCTGCCCTTTCTGCCTGCCCCGGCCGAGGAAAGATGGCCAAACTGCTCAACCCAGAGGAGATGACATCTCGAGATTACTATTTCGACTCTTATGCCCACTTTGGAAT-TCATGAGGTAATTGGATGGAGTTTTGGGGTTAGTTTTTG s fr1.chrUn 341345119 258 - 349519338 CAGCGGCATCA--GCCCGTCAAGTCCCCGATC-TCCCAGTCAGCCCAGCCCCCCTCGCTGCCCAAACCAGTGCCTACGTCCCACCTTGTGCC-CTGCATCCCCCACAC--GCCCCACGTGGCTGGCCTGGCCACCTGCCCCGGCCGGGGCAAGACCACCAAGTTCATCAGCCCGGAGGACATGACTTCGAGGGACTACTACTTTGACTCCTATGCCCACTTTGGCATCCCACGAGGTA---GAGGGGGCTGGTGGGGGCAGTTACTG a score=606 s danRer3.chr4 8146623 47 + 33808418 AACTTGTCTCTTGCTTGTCTGTGTTTATATCTTAACTATCAAGTTGT s fr1.chrUn 142710106 46 - 349519338 ACTTTATCACAGAGTTTTTCATGTTTAAATATTCTC-ATTAGGTTAT a score=1804 s danRer3.chr4 8148082 94 + 33808418 CTTTTTCTGCTAAAAGTTTTTTTTTTTTTCAATAAATCTAAAATCAAATGAAATGAAATGTCAGGTTATTGAAACCTAAATTGGATCAAATATG s fr1.chrUn 142710411 90 - 349519338 CTGTTTTTGTCCTCAGTTATCTTTTTTTCCAATATAAATAAAAGGCAGTGCTCCAAAATTTAGGGCC----AATCTTAATTAGGCTCAAGTAGG a score=11870 s danRer3.chr4 8150457 166 + 33808418 AACAGGAAATGCTAAAGGATGAGGTGAGGACGCTGACTTACAGGAACTCCATGTATCACAATAAACACATCTTCAAGGATAAGATCGTTCTGGATGTGGGCAGCGGAACTGGAATCCTCTCCATGTTTGCTGCCAAGGCAGGAGCCAAGCATGTGTACGGGGTGAG s fr1.chrUn 341346045 166 - 349519338 AACAGGAGATGCTGAAGGACGAGGTGCGGACGCTGACCTACCGGAACGCCATGTACCACAACAAGCACATGTTCAAGGATAAGATTGTTCTGGACGTGGGTAGCGGCACCGGGATCCTCTCGATGTTTGCGGCCAATGCCGGCGCCAAACACGTGTATGGGGTGAG a score=4600 s danRer3.chr4 8152030 91 + 33808418 TAATTATCATCTTGTCTTGTAGATCGAATGCTCCAGCATATCAGAGTATTCGGAGAAAATCATCAAGTCGAATCATCTGGACAGCGGTAAG s fr1.chrUn 341346270 91 - 349519338 TGACCGTTGTTTCTCCCCTCAGATTGAATGTTCAAGTATATCCGAGTATTCGGAGAAGATCATCAAGTCCAACCACCTTCACAACGGTGAG a score=-214 s danRer3.chr4 8153628 125 + 33808418 ttgttttatgttcaatctacttaaatgggtaacaaacATGGTTCAAATATTTATGCAAGATTAAAAC------TGACCATAGGTTAAATTTAAATGTTGGACAGAACCAT--ACTGCCTCTCATATTAATGTG s fr1.chrUn 83987915 132 - 349519338 TTGTTCTTTGTTTTAAGGACTGAAAATGTTCTGAAAAGCTGTCCAACCGGTTTTATTCCACTAGAGCCTCAATTGTGTCTACGTCAACCTTCATTATTGG-CAGCCCTACTCATTTGCTCTATCTTGCAGGTG a score=11181 s danRer3.chr4 8153754 160 + 33808418 TCGTGCATCTTGCAGTTATTACGATCCTTAAAGGCAAGGTGGAGGAGACGGAACTGCCTGTGGATCAGGTGGACATCATCATTTCCGAGTGGATGGGTTACTGTCTGTTCTACGAGTCCATGCTCAACACTGTCATCTATGCCAGAGACAAATGGCTGGT s fr1.chrUn 341346450 160 - 349519338 TCCTTCCCCCTGTAGTCATCACCATCTTCAAGGGCAAGGTGGAGGAGGTGGAGCTGCCTGTGGAGAAGGTGGACATCATCATCTCCGAATGGATGGGCTACTGCCTCTTCTACGAGTCCATGCTCAACACCGTCATCTTCGCCAGGGACAAGTGGCTGGT a score=5879 s danRer3.chr4 8155260 113 + 33808418 CTTCTATTTTTCTTTTTT--AGAAACCTGGTGGTTTCATGTTTCCAGACAGAGCGACATTATATGTGGTTGCCATTGAAGATCGACAGTACAAAGACTTCAAAATTCACTGTAAG s fr1.chrUn 341346738 115 - 349519338 CCTCAGCTTCTCTTGCGTGCAGAAACCCGGAGGCCTGATGTTCCCCGACAGAGCCGCCCTCTACGTGGTTGCCATTGAAGACAGGCAGTACAAGGACTTCAAGATCCACTGTGAG a score=6782 s danRer3.chr4 8155647 246 + 33808418 CTGCCAGACA---CAGAGGAGGCACAAGTCTATTTTAGGTCCAAATGAAGGCGACCAGACACAGCCAAGACAGATTTTTCAACCTTTCAAGCCCATTTTCCATCTGAAA---------------TATCTTCAAATGTGCTTTCAGGGTGGGAAAACGTCTATGGATTTGACATGACGTGCATCCGAAATGTTGCCATGATGGAGCCCCTGGTGGACATAGTAGATCCTAAACAAGTCGTTACCAATTCCTGCCTTGTTAAGGTA s fr1.chrUn 341347510 231 - 349519338 CTGCCAGACATGGCGGAGGAGGGATGTGTCTATTT-----------------------------CCAGGATGGGT----CGACTCTTTGGGTGTACGTGTCATCGTATACCGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgGACAGGGTGGGAGAACGTGTACGGGTTCGACATGAGCTGCATCCGTAACGTGGCCATCAAAGAGCCTCTGGTGGACGTGGTGGATCCCAAGCAGATGGTGACCAACGCCTGCCTCCTAAAGGTA a score=7781 s danRer3.chr4 8158515 415 + 33808418 TTCTTTCAGGAGGTGGACATTTACACAGTGAAGACGGAGGATTTGTCGTTCACCTCAGCTTTCTGTCTGCAGATTCAGAGAAACGATTACGTTCATGCTCTCGTTACGTATTTTAACATTGAGTTCACCAAGTGTCACAAGAAGACTGGCTTTTCCACTGGTATGTCACTTATTGTGTGTCTTATAATTATCTTCTTCAGATGAATCCAGTACTAAGTGA---GCTGTTGTTGTATGTTGTTAtacacttgaagtcaaaattattagcccccctgtatattattccccAATTTcagctta--aagtgcaatttaaatacttaattatttcaattagggtaattaagcaagttattgtataacgatggtttgttctgaagacagtcaaa-aatattgcttaagggggctaataattttgacc s fr1.chrUn 341348144 349 - 349519338 TTTTCCCAGGAAGTGGACATCTACACGGTGAAGCCGGAGGACCTGTCCTTCACCTCGGCCTTCTGCCTGCAGATCCAACGCAACGACTACGTCCACGCCCTGGTGACCTACTTCAACATCGAGTTCACCAAGTGTCACAAGAAGACGGGCTTCTCCACGGGTGAGAAACCTG---------------------CCTTCCACCGCGGTTAGCGCTCGACTACACCCCGCTGGTGTCTGACGGAAT------------------------CCCACAGCA----GTTCTATGAAAACAGCGAACGAGGTGCCTTTTAAACACC----------------GTTACGTAAGCTAGCGTTCACACA-------TTTGTGCCGCCGAGGCTTACGTAACGTGGTGTCGAGGAGGTTCTATGTTTGGCC a score=-2396 s danRer3.chr4 8158930 151 + 33808418 c------------------------ttaaatggt----------ttttaaaaaattaaaaactgcttttattctagccaaaataaaacaaataagac--tttctcctga--agaattgtaggaaatattgtgaaaaattcattgctctatAA-----TTTTGACTTCAACTGTATATTGTCGTATAT-----TGACTTC s fr1.chrUn 142721916 198 - 349519338 CACTGTCCTCACGGCAGAGGAGGTGCTGCATGGCTAGAAGAAGATTTGTAAACCTTAAATAGGTGATGTGTTGAACTGCAGCCGAGAACATGAAGACTGTTTTTACAGACCAGAATTGTTGGGAA-ATTGCACAGTTTTAACATCTAAATAAGAGAtgtttgtgtatatgtgtgtgtgcgtgtgtgtacgtgtgtgtCC a score=8371 s danRer3.chr4 8159081 133 + 33808418 CAGCCCCAGACGCACCCAGCACTCACTGGAAGCAGACAGTGTTTTATCTGGAGGATTATTTAACTGTGCGCAGGGGAGAGGAAATACTGGGCAGCATCACTGTGAGGCCCAATGAGAATAATGAGGTGAGGCT s fr1.chrUn 341348630 133 - 349519338 CAGCTCCGGATGCAGCCAGCACTCACTGGAAGCAGACGGTATTCTACCTGGAGGATTACTTGACTGTCAAGAAGGGGGAGGAGATCTTCGGCAGCATCGCCGTCAGGCCCAACGAGAAAAACGTGGTAAGGCT a score=5785 s danRer3.chr4 8160884 260 + 33808418 TGCTCTGTTTCAGCGTGACTTAGACTTCACCTTTGAGTTGGATTTCAAAGGACAGCTCTGCGACGCCGCCATCTCTCACGACTACAAAATGCGGTAAAACCCTCA---------CAGCATCCTAAAGCC----GGGACCGCGTTTCCCAGAGCGA---------TTCGGCAGAGGTCCCCCCTCCGCCTGTGTCTGGATAAAAGAGGCTGCTGAACGGCAGGAAACCTCAGTGATGTCATCAGTGCCAGTCCAGCACTAAAAGCAATAGTGTCATCACATGT s fr1.chrUn 341349252 269 - 349519338 TTCTCTTTGCTAGCGTGATCTGGAGTTCACTCTGGAACTGGACTTCAAAGGGCAGCTGTGCGAGGCCGCCATTTCCCACGACTACAAGATGCGCTAGCGACCACAGCAAGCGAGCAACACTCAGACCTCCAGGAGCACAGCATCTCCCACAAGGATCCACGTTGTCCGACGAGGGCGACCGAGGTGCGTCCGTATGGGTCACAACGCCGGC-------------ACCTGGGCGATGTCATCAGAATAGGCAAGATTCTCGCAGCAATAGCGCCACTTCCTGT a score=599 s danRer3.chr4 8161144 96 + 33808418 CACGTTCTTAAATGCAC---ATAGAGGATAGACTGAAAAAAACATCA-------CTCTGAATGTAACTGCTAAT------GAGTCTGAGAATGTCAAAGTCTGTGTTTATTT s fr1.chrUn 142722879 109 - 349519338 CGCTTGCTGTAAAACACTGAATGTAACACAGAC-AAAAAAGAAACCAGGGACGCTGATGAATGTCACTGATTATCGCCACGTATACCTGAGTGTT--GGTCTGTGTTTAGTT a score=3779 s danRer3.chr4 8163403 93 + 33808418 TCACTTGCAGCAGGTTTTCTTCTTTAATGGTTGATCCCCCAGTCTGACTGTGTTTACCCAAACTCTGTCTTCCTGTTCCCTCAGGACTCTGAA s fr1.chrUn 341350266 93 - 349519338 TCACTTGCAGCAGGGTTTCTTCTTGATGGGCTGGGCGCTGAGGACCACCGTTGTGTCCCTCACCCTGTCCTCCTGCTCCATTAACACTCTGAA a score=6033 s danRer3.chr4 8164073 776 + 33808418 CTTACCTGGCCAGGTGTATCATGGCCTCCAGCACATTAGCTCCAGTATAAGCACTGCACTCATAGAACATCA---GGTTTGCTTCCTAAAAAACATTGAT----ATATTATAAGTCTATGCGTGAAGACATCGTATTAAATAAATAACCTTCATAGTATTTAGTTGTACTGTAATATATTGTGTACATCCATACCTCTGCTAGCAGATCAGCCTCTTTTGTCTGCACTTCTCTCTCATTCTCTTTATCTGATTTGTTGCCGAGGAGCATGACGGGGATGGGGTCGCCCACAGCCTCCTGT--------------------------------------------------------------------------------------ATGCTGGATAACCAGGGACGAACTGAGCTGAAACTGTCCTCCATTGTGATGTCATAGATGACTACCACACCATCAGCTTTGCGGAAAAACTGCTTGGTAATGCTGCGATACCTGCAGGCCACAGAGTAAGTCATGCTGGAGGTTTTGTCATCAGTGAGATCATGATTTGGTTGTATTATAGACTACTCTGGATGATAAGCTGTGGAAATGATAATACTAAAGTGTAAAGACTGAGGAACAAAAACAAAGCATGCTAACTGATGGGGAATGTTAATGCCCTAAATAGGAAGATATTAATTATATAAATGCATTTATAAATTACATAAATAAACGTTAGTATGATGTTATCAGGGCCTCACCTTTCCTGGCCTGCTGTATCCCATAATTGAAGAGCCACATGACTGTCCCCCAAATTGAGTGTTCTCACACTGTAGTCAATGCCTGTACAAAAGTAGGGTATTTAAAAAACATTGAATCACTTTA s fr1.chrUn 341350420 670 - 349519338 CTCACCTGGCCAGGTGTGTCAGGGACTCCGTCACGTTCCTGCTTGTGTAGGCGCTGACCTCGGAGAACATCACCCGGTTTTCCTGGGGTGGGGCATGGAGGAGGACGTCAGAAGT---GGCGCGTGGACAACGG------------------------------CGCCCCCGAGCATGGGAAGTGAACTCA--CCTGGGCCAGTTTTTCGGCCTCTTTGACGGGCACCTGGCGCGACTCGTCCATGTCCATCTTGTTTCCTAGGAGCAAGATGGGGATCCCCTCTCCTGCAGCTTCCTGGGGAGGAAAAAAAAGTCCAGCCCGTCACCAATAAACTACAATAACGACCCAAATTCCCAAACGGCTGGGGTCAAAGGTCAGACCTGGACGTTAGCCAACCAGGGTTTGACGGCCCTGAAGCTCTCCTCCACCGTGACGTCGTACATCACCACCACGCCGTCCGCCTTACGGAAGAACTGCTTGGTGATGCTGCAGTACCTGC-GGCAAC--------------------------------------------------------------------GACGGCTAGCT------------------------------TCAGCACCAACAGTGACACACCTGCGCTGAT--------------------ACAGG---------------CGACTTCATTTCAGGGTTTCA------------------------------ACGCACCTCTCCTGGCCAGCTGTGTCCCACAGCTGCATGGCCACCTGCATGTTGTCCAGCGTCAGTGTCTTCACACTGTAATCAATACCTGATTAAGGTCAACATAATAAAATAGCAGTTTAGCTTTTCA a score=1479 s danRer3.chr4 8164853 136 + 33808418 TtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacataaataATAAAAACAGT-TGCATATTAGATATAGTTATA--TGTTTAATCACATTTAAAAAAGGGAAAATATAAAACT s fr1.chrUn 142726827 131 - 349519338 TTATGTATTTTTATGCTTCTAATGATACACA-ACAAATACA-ATATGTA-----AAATACATATGTAATGTGTAAACTGTACACATT-GATAAGCTTTTACTTATTTACTTATTTACAAAAAGCAGAAAATGAAAGGCT a score=3482 s danRer3.chr4 8165849 76 + 33808418 GACATAATCTGCTGTGCTATGTGAGCCAGG--TTTAAATGCAGAGAGTGTGACTTCTCAAGCTCTCTCATGTGATGCT s fr1.chrUn 341351226 77 - 349519338 GGCATAATCTGCTTTACAATGTGCGCCGCGACTCTGAGCGCGGCG-GCGTGACTTCACAAGCCCTTTCATGTGACGCT a score=5837 s danRer3.chr4 8166220 159 + 33808418 GCTTACCCACAGTGGCCGAGGTGGCAGAATGAAACTGTCCATCACAGAAGCGGCGCAGCAGTGCAGTTTTGCCAACACTGGAATTTCCTACCAGAATAACCTTAAATAGGCGTTGAGGAGATGCAGTGGCACCTTCTGTGGGACCCTGCATTTGAACAA s fr1.chrUn 341351390 159 - 349519338 GCTCACCCACGGTAGCAGTGGTGGACGGGTGAAAGCGGCCCTCGCAGAAGGAGCGCAGCAGGGAGGTCTTGCCCACGCTGGAGTTGCCCACCAGGACGACCTTGAACAGGCGGTCCGGCGCGAATAGCGCCCCCTCTGTTGCCTTCTGAACACGAGAAA a score=7558 s danRer3.chr4 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TTAAAACAGGTGTTTTCT-----------TTGGTGTCTGTAGCAGAATCCAAAACGAGATGCAGGCTTTATTCTAAGCAGGTGATTCTAGGCTCAACTCAGCACTTTA a score=13105 s danRer3.chr4 8169024 517 + 33808418 ACTTACCAGAAAGCTG---ATATCTCGCTCATCTCTTAGATGCTTGTTCATTTCTCTGCAAGAAAACC-----AAATCATTTGAGTGTTTAGTTTGTTTTGT-----CTGCTTCATACAGGTGTGTGTCAGTCTCACCTGAGCAGATCCAGCTGTTTCATCAAGCTCTGTTTTTCCCTCTGCAAGCCTTCAGTGACTCTGTACATCTCCCTTTGGAAAAAAAAATATATG----------------TGCA----------CATAACTCAAAGATACA-------------------------------------------------AAGCAGATCTCTA------------------------------CTCATGAATATAAAACAC--ATGCA-----CAGACTGACATCTCTCTTTCCTCCTGCAGTCGCGAGGCCTGCTCCTGCAGAATGGCCAGCTGCTCCTGAGCCAGAACCAGCTCTTCACAGGTGTGCTCCAGGTCACGGGACAGCTCCTCATTGTTCATTTTCAGCTTCACGTTCTCCAGTCGACTCTCCTGCTGTTCACTGTGAAGGTCTCGACATTGACGCTCCAGCTGATCAGATCAACACACAAAGGGTTGAGTTGAAAAAAAGCATGAG s fr1.chrUn 341352618 617 - 349519338 ACTCACCACGCCGCAGTAAATGTCCCGCTCATCCTTTAAATGTTTGTTCATCTCTCTGGGAAAAGAAATGTGGGATTTAGGGAAAGGTTAGGGGTGTTCCGTGGCCCCCGGGTCAGACCCCCGT-----AATCGTACCTGAGGAGGTCGAGCTGCTTCATGAGACTCTGTTTCTCTCTCTGCAGCCCTTCGGTCACTCTGTACATTTCCCT--GAAAAGAGAAACACAAAGTGATGCTGCCGAAACTGCAACCAGACCTCCACAACTGTAGGGGGCAGTGTTACTGTGAGGCTCCTGTTGTCTGAGGACAAACACTGCCACAGCTCAACCAGGCCTTTGATGTTAATGACGCTAGCACGTTAGCACGACCCTATTAGCATAAAGCCACGATGCAGCGGGCGCGCTCACATCTCCTTCTCCTGGTGCAGCCGGGCGGCCTGCTCCTGCAGCATGGCCAGCTGCTCCTGGGCCAGCGACAGCTCCTGACTGGTGCTCTCCAGCGCCCGCGACAGCTCGTCGTTGGTCACCTTGAGCTTGACGTTCTCCACGTAGCTCTCCTGCTTCTCGCTGTTCAGCTCGCGGCACTGAAGCTCCAACTG------------------GGTGTGAGCGAGAGAGACGCCTCAG a score=4674 s danRer3.chr4 8169569 115 + 33808418 GTTCAATAGCACTCACCCTCCTCTGTTTTTGGAAAAGTTGCTCCAATTCTTGTTCTTTGCCACGGAGCAGCTGCTGTAGGTCCTGACTGCGTATCTGCAGGCTTTCAGAGTCCTG s fr1.chrUn 341353260 115 - 349519338 GTCAGACTGAGCTCACCGTTTTCTGCTTCTGGAAAAGACCTTCCAGCTCTTTCTCCTTGGAGGAGAGCTGGTGCTCCAGGTCAAGGCTGCGCACCTGGAGGCGCTCAGAGTCCTG a score=3517 s danRer3.chr4 8171125 118 + 33808418 GTCAACAGTAAAGTCTTAT-TTTACCTTCAGATTTGCTCGATCTTTTTCATTTATGATCTGCTGCTCCATTTCCTCATACAATCTCTGAATTTCAGTGTCATGTGTGACTGCTTTCCTG s fr1.chrUn 341353422 119 - 349519338 GTCGACGGCGCGGGCTCGCACTCGCCTTCAGCAGCAGCCGCTCCTTCTCGTTCCTGATCTGCGCCTCCATCTCTTCGTACAGGTGACGGATCTCGCTGTCGTGCGTCGCGGCCTTCCTG a score=5686 s danRer3.chr4 8171299 690 + 33808418 aaCGTGACATAATATTACCTCAAAAATT--AGTCTAATTAAATTACCCGTA--CAGTATTTGCATTCCA--AAACACTGGCTCAGACATTCAGATTCTGTTAGATAATAATTTAATTATATTTGTCGAGTTTTTAGAGTCTATAAAAAAACTCAGTGGAGCCTATGCCACACAAACACATATATTTGAGGGAAAAAAAACATTTAAAC--------AGCACATGTTGCAGACCACATAATTCTGACCTAGATTTGATACAAAATACCCTTTATTTCCCACCCAAAAGTATGTAAAAACTTGGTTAACTCCTCAGCTTAGCGGTCACTGGAGAAGGCTATAGAGCAGCATTCTATAGCGCATTACATTAAGCCTTTAAGCAGAGATTATTTACCATTGTAGACAATTAAGAATACAAAGCAGATTACCGGCTCCTAAACATGCTAATGCTCACAATTCATGCATGTTGTTACCTCCTGAGGGCGCTTTCCATCTCCTTTCTCTCATGTTGTGCTTCCTTGATCTGAAATGTGACACGGGACAGGAACTCTTCAAAGTTGGATAAGAGGTGAGGTTCATCTTTTCTGAGCTGGGCCCACAGACTTCTGACTTCACTAGGGCTGAATGAAAGAGAGATTTGTTAATGCATCTACAGCacagttgaagtcaaaaatgcttagccctcctttgaatttctttttctttt s fr1.chrUn 341353593 586 - 349519338 AGCTTAGCTTATTAATGCCTCTCTGTCTGTAATCGCATGTAAACACGTGTAAGTGGTATTTACATTCCATCCAACATTTGCTAAGACCCGCGTAGCCAATTAGCAAA---------------------GCCCGGAGAGGC---ATAACGAGCCGTTGCAG----TGCCACTCGGTGCCGT--------GGGAAAACTGACGTCTAAGCTGTGTTTGGGTGCAAGTTTCAAAC---ATGCTTCCTCACCACAG-----GAAAAAAGCAGTTTGTTTCCATC---ATGGGAAATAAAACTGGAATTCCACACCCTGATTAGCAGTCATTTGAGGAGG--ATGAGAGATTATTCTATAGGGACGCAATGTAAACGCACATGC---------TAACGATTGTG--------------------------CCGCCTGTTCGTCCGGCTGCTG------------GTATAATCCTACCTCTGGAGGGCGCTCTCCATTTCCTTCTTCTCCTGGTGGGCCTCTTTGATCTGGTGGGTGACCCTCGCCAGGAACTCTTCAAAATTGGACAGAAGGTGAGGCTCGTCCCTCCGCAGCTGAGTCCAAAGGCTGCGCACCTCCTCTGGACTGAAGGGGAGGGAGGAGGCTTAAAGCGTC----------------------ACGCTAACGCCGCTTTCCTGATTTTTTTTTTTTT a score=-1253 s danRer3.chr4 8171989 200 + 33808418 ttaaatattaaggataaaagaaa----tcagttattatataa-----------gttattataactattatatttagaaatgtgctgagaaaaaaatctcctttccttaaaaaaaaattggggaaacaatattgaagggggctcataactctgacttcacctgtGTGTTTAGTAACTGTAATTGTAAAGTGTATATATAAAGTGTAAAGATATCAG s fr1.chrUn 142730382 193 - 349519338 TGAtcttcaaaagagaaaaaaaacagtccagttgacacagaaaactagcgtggataactatgacctggatgattgaaaatctacacaga-------cTTCTACCC----GATCAGTTTACACAGCTGATAATAGTCTCAGGCCAGAAGTTTGACTGAGCGTGCCT--------ACAGTGGATACAAGTTGGAC---CAAACTGCAGAATCTTTAG a score=3654 s danRer3.chr4 8172189 883 + 33808418 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AACTCACTCCTCAAAGACGTTGCTGGCCCCCAGGCTCTCCAGCAGCATGCAGAAGTGCCTCTCTTCCTCATCTTCCACAG---CGGACAGCTTGGCCTCCCATTGGCTCTGATAAAGCGCTTCTTTG--TTCCTGAAGGCCGGGCTGGAGCCTTGATAGTCCTCC-------GAGAGCCTCCGGCCCTGAAGGAACTTACCTGGGATGAAGATGGCAACATGCAGACTTCAGCTTTAGCTTATTGGCAAA------AAAAAAAAAACTACTGAAAAGAGGCACCACAGCTTTGACTGTGAGCAACTACGTAATAGA----------GGCAGCGTGACTAGCTTAGCAACAAG--CTAATGGTGGCTAATGT-TAGCAAAAGCTCT----------------------------GGTATTTCCTAATATTATAGTAGA-ACCTGCTAATGCTCTTCA-CTGCAGTACT---GGAGTAACTATACTCGGTCACATTCCA-ACAGAGC-TCTAATACCAGACTAGCACGTGCACGT----GCACTACTGTCCATAAAAGT-----------------CTAAAGACGGCTATT--------------------------------GTCTGCGGAGGTTCCACTTT-----------------CCATATCTGTCATTTC---------------TCATCTG---TTGAAGAATTCCGGCTCATG---------------------------TTTTA----------------TGGACACGTACTGAACCCGGAGGAGAAGGCCTCCAGCGTGAGGTAGCCGCTGTGCTGCGCGTCCAGAGAATCGAAGACGTCCTCCAGCTCCTCTGCAGACAGCGGCAGCTCCCTGTGGAGCCTCT a score=-26 s danRer3.chr4 8173072 7 + 33808418 AAAAAGG s fr1.chrUn 142730980 7 - 349519338 GTTAAAG a 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AG--CTGCC---------------------CGAAACCTCAGTCTGTT--ATTACATCACCTTTTTTATAAT----------------------------TCTCACTCAAGCTGT--------------------------------------------ATAATGCGTCT----GCTATATATTATCA----ACAAA----CTACCAATGCTAACCCTTTAAAGC----------------------------------AGAAAATTAGTTTAATTGTTTTGTTCATCAT------------TAAATATGCATCCTCATCCCTAATTTTCTT-------ATAATAAA--CTATTACTGGGGTAATCTCCAATAAGCATATATATTTATTATCTCCAGGCAGTCTAATAAGACAATC---------TTATTTACAAT-------AATAATTTTAATGA------AAATTCTAAAATAACAAACGAATGGAAAAATTACAG-AGACATT-----AAGTACAGATTAAGTGAATtattcattcatttattcattt-----tcttttcggcttagtcctt----ttattaatct---ggggtcg--ccacagcggaatg-------aaccgccaactcatccagcatatg---tattacgcaacactcatttacacatatac-actacgga-------cgatttagtctactcaacctgtaccgcatg s fr1.chrUn 227823610 712 + 349519338 AGACCTGCCTAGATGTGAGATGGGGTTAAACAGGATTTCATTAGGCTTAAATGCATGACATATACGATGATGAGCATAGGCAAATGTTGAAATCATTGGTTCCACTAAAAGCGCGAGAGCATGAAAAATACAAGCATTCATCAAGACACATCAGGATCACAGCATGCCTACAAGCCAAATACCATTTTTGTACAAAAGCCCTACCAGTTGAAGTCCAGTGATGCTGCGATTCTCCAGGCCCATGTCCCTTGACCTTCAAGGGAAGTAGCCCTGCGGTTCTGTACCCGATCTCAAATCGGAATAAATATAGAACC-CATCCGCACCTTCCTTCAGAACCACAGttgattctcttaccggaatcatagtccataacctgacac-ctcattaagcagtGCCACTCTCGAATAACTGTTGAAGTTGGATCCTTGGCAGTTCTTGGGATTGAGTTTAACGCtaaaataaattatataataa-----aaataaaataattCTAATAGACATTGCCTGATGCACATTTTAAACATTTGTCTCCAGGACTTCTTCCTTAAGTAAGTTTATCAAACAAGACATTATCATTAATAGCCTTTAGAGATAGGCACACAACAGAATGTTCCAGTGACTGCAAAATGAGCCACCAAGAGGCTTCCTAGGGTATATTGAT---CACAAGTGCTGCCAAGGAAAGCATGCTATTTC-TCTGGTCACCTGATACTTCCTG a score=-649 s danRer3.chr4 8187865 80 + 33808418 acccacccgaggctcgaaccagcgaccttc---ttgctgtgaggcgac--------agtactaccggctgcgccTATTAAGTTAATTAATG s fr1.chrUn 227824392 89 + 349519338 AACCACTTTATGGTTGGAC--GTGACTTCAAAGTAACCGAGAAGACACTCACAAGCAGCACCACCACAGAGTCCTCTGCAGGTGAAAAAAA a 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AGACGCCAGTCTTATATGTTCAGGTATGACATCTTTAATATCGAGGATATAGAAGGTCTATCCTTGTCTCACCA-TGTTTGTAGAACAGGAACAAGAAGAACCTTCAATTTTAAAAATCCGATTGGACATTTCGTATTATAACACTTAAATAGTTTTGGAGGGTTTTTGTGTCTATGAGGAAAGTATC------CGTCTAA-----TATACG-TATTTTGTAAAT--ACTTACTCT----CCAGAATCAGTCAGGTTGTA a score=-4073 s danRer3.chr4 8190077 528 + 33808418 TAATGTTTT-ATGCACTTT-------GATCTGAACACAGGTAAAGCAGGTTAGGCAAATGCCCAAATTAGGCATTGCTATGTATAGATGTA-CTGCGGGTTAagagctcgactatagtgccaatttggttcagtcaattcacctatgacgcatgtctttggactgtgggaggaaactgatgaacccaggagaaacccacgtgtgcacgtggagaacatgtaaacttctcacagaaacatcgactggccttttaaagacttgaaccagtgacgtgcttgctgtg-aggcaacagtgctaaccactgggctgctatgccgccctattaagggaaaggaggaagatagattctccaaggcaaagataactgaagtaataaactgtttttttatagtgagttaagaatc---atccaattgacaaatcatacgttagataatgcgggaccagc--cgtgatc--aattaagcacgtgattctctcaaaattagtttataaataaacttcacttaGTT----AACATAAAAAGGAGACATATTGAAAACGTTGG s fr1.chrUn 157920843 435 + 349519338 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danRer3.chr4 8203445 361 + 33808418 GACTGTGAGGTTGTTTGGTGGTAACAGTCCCTGCAGGGGGACTGTAGAGGTTTTTCATGATGGTCAGTGGGGAACTGTGTGTGATGATGAATGGGATCTGACTGATGCTGAAGTGGTGTGTAGAGAACTGAACTGTGGAGATGCAATAGAG---GCCTTGAGTATTGCTCGTTTTGGACAAGGATCGGGACCAATCTGGATGGATGAAGTGGACTGTAGTGGATCAGAG--------TCAACACTGAAAGCCTGTACGTCAAAAGGATGGGGTGAACATAACTGTGGTCATGGGGAAGATGCTGGAGTCATCTGTTCAGGCAAGCCTGTTGAATCTGtttaaaaaataatatttttatGGAATGTATAGTTA s fr1.chrUn 157922642 357 + 349519338 GCCAGTAAGGCTCATCAACGGCACTGACCGATGCTCTGGGAGAGTGGAGATTCGGCACAATGACCAGTGGGGGACGGTGTGTGATGATGACTGGGACATCAAGGATGCTCAGGTGGTGTGCAGAGCCATGGACTGTGG---TTCAGTACAGACAGCCAAGTCCAGTGCCTATTTTGGTCAAGGCGAGGGAGATATCTGGTTGGATGATGTGAACTGTCAGGGTAATGAGACCTCCCTTTTACACTGCAACCATGCCAATC--------TTGGTGAAAATAACTGTGGTCATGGCGAGGATGCCGGCGTGATATGCTCAGGTA----TCAGGCGTCTGATTTACAAATAAAATGTAAAAGAAATTTGCAAATA a score=-305 s danRer3.chr4 8203806 214 + 33808418 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acacacacacacacacacTTTTATGATATACAGATTTTCACAATACTTTA--TTATTGATAACTT--ATAAAATATTTTTCCTCTTGAGGACCAAAAAAACACAAGGTCAAAAATTACTGGCATTGCAATACTTGTGGTGAAATT------------TGTTGACAGTTAAAAACAACAACAAATTAATTGGTGGCCTTATACTTTTGCTTTTACTTTTACAGATCATA-AATATTCTAGACTTGT---TGGATCTCACTTGTGCTCTGGACGATTAGAGGTATTTCATGGGAACAAATGGCACACAATGTGTGATGCTGCCTTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGTA-------CAGGTGCTGAGAGCTGCTGCTTTTGACAAAGGAGACGCTCAGAT---GTGGACACAAGAGATTCAC-TGCACAGGAAATGAGTCTTATATATCTTTCTGTCCAACATCTTCTCTTAAACACAACTGTACCCATGAAAAATACATTG s fr1.chrUn 157921040 479 + 349519338 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s fr1.chrUn 157919826 1214 + 349519338 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danRer3.chr4 8213921 227 + 33808418 TTCAGAGTCAACACTGAAGAACTGTAGTTCAAAAGGATGGGGTGAACATGACTGTGGTCATGATAGAGATGCTGGAGTCAGATGCTCAGGTGAGCTGCTTCATATACTGTAACACTCTGTTATTTTATTACTAATTTAATACAAAATGTTTTAAATGCCATTTGAAATAATTTGTTTGAATAAAAAGTAAATCTTGAAAATCATAAACTTACACTGACACTAAATTG s fr1.chrUn 157922861 146 + 349519338 TAATGAGACCTCCCTTTTACACTGCAACCATGCCAATCTTGGTGAAAATAACTGTGGTCATGGCGAGGATGCCGGCGTGATATGCTCAGGTATCAGGCGTC------------------------------TGATTTA--------------------------------------CAAATAAAATGTAAA-----------AGAAATTTGCA--AATATAAAGTTG a score=-2675 s danRer3.chr4 8214158 421 + 33808418 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fr1.chrUn 157923888 43 + 349519338 CTGCAACACTACATCAGTT----------GCTGGTGTT--GTCTGCACAGGTCAG a score=4968 s danRer3.chr4 8219636 478 + 33808418 GAGTGAGAA-AATATTTTAACGGAAAAATATAAATGTAATAGATGCAAACTGTCAAACATTTAACCAGCGGAATAAAAAATACAACCCACAGCGCATCATTAAATCTATCCTGATTTGCCATGGACTTGACAACACTGATTAATTTCTTTCTCTTTTATGCCTAGATTTTGAACAGGTTAGGTTGGTTGGTGGAGACAGTTCCTGCAGTGGTCGAGTGGAGGTTTATCA---TGGTCAGTGGGGAACAGTGTGTGATGAAGACTGGGATATGGCTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTGGGCTGTGGAGATCCTGTAGATGCTGTAGGTTC---TGCTCACTTTGGACAAGGTTCAGGTCAAATCTGGATGAATGAAGTTTCCTGTAGTGGTTCAGAGTCAACACTGAAGAGCTGTAGTTCAAGAGGATGGGGTGAACATTACTGTAGTCATGATAGAGATGCTGGAGTCAGATGCTCAGGT s fr1.chrUn 157922527 425 + 349519338 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GTTTACATTTA-GCAGAAGCTTGAAATGTAATTTTTAATATTGCAGAGAATCA----TTCTATCCGTAATGTTGGGTCACATCAACATACT------TTAGCGTGCAAAAGT-TGCTTTTCCTTCAAACGCAGTGACCCCATCAGGACCCTCCGCAAAGCTCCTCCTCTGTC-CTTTAGACAGAGCCGCATGTCACATGTGGAGCTTTGTTCACAGGCAACGTCAAGCTGGCCGGTGGGCCAACTCGCTGCGCGGGAAGAGTGGAGTACTTTGAGAAGGACCAGTGGGGCACGTTGTGCAGCGAAGCCTGGGATTTCAACGACGCGTCAGTGGCGTGCAGACAGCTTGACTGTGGAAGAGCCCATAAGCTCACCGCCCAGAACGAGTAT----------GGTCTCGGCAACGGGCACACCTGGGTCGATCAGATTGAATGCAATGGAATGGAGTCGACTCTGGCCCAGTGTACACACAGACCCTTCAGAGACAAAACCTGCAACACTACATCAGTTGCTGGTGTTGTCTGCACAGGTCAGACA-ATATAA a score=947 s danRer3.chr4 8246395 175 + 33808418 TTAATTTATAATGATTTACATGTATATTTCCTGTAGATTTAGGCATCAGACTGGTTGGAAATTCTCGCTGTTCAGGGAGATTAGAGGTGCCTTCTGGGAACACAAGGTACACAGTGTGTGATGCTGCCTTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGG s fr1.chrUn 157924423 160 + 349519338 TTTTTCTGTTTCCATTTGCA-GCGCAGGTGCGGTTAATTGG-----------AGGTGGAAG---TCAGTGCTCTGGTCGGGTGGAGGTCTTATATAAAGGCCTGTGGGGTACCGTCTGTGATGACGAATGGCATTTACCCAATGCCGATGTGGTGTGCAAACAGCTCGGCTGTGG a score=4515 s danRer3.chr4 8246760 250 + 33808418 AAAATCATATATTTGTGTAAAT-------TCCACCGTGCTAAAATAGTTTTTT---------TTTCTCCTTTATTAGAAACATTAA-----GATTAGTGGGTAGTGGCAATACATGTGCTGGTCGAGTGGAGGTTTATCATAGTGGTCAGTGGGGAACAGTGAGTGATGTTGGCTGGGATATGGCTGATGCTACAGTGGTATGTAGAGAACTGGGATGTGGAGAGGCTGTAGGTGCACCTAAGCAGGCCTACTTTGGCCAAGGGCGAGGAC s fr1.chrUn 157923940 267 + 349519338 AATATCATATATATACATATATATACCGATCCACTGTAC----ACACTTTTCTCTATCACTATTTTTCCTTCACAGGAAGTTTGAAAGTCCGACTGAGTGACAGTAAGGATGAATGTTCAGGCAGAGTCGAGGTTCGTCACGGGGATGTTTGGCATACAGTGTGTGACCAGGACTGGACTCTGAGTAAGGCTCAGGCGGTGTGTGAGAACCTGCAGTGTGGAACTGCCTATGAGGCTCCTGGCGGGGCCCATTTTGGACAAGGCACTGGAC a score=1381 s danRer3.chr4 8247010 138 + 33808418 AAGTCTGGATTATTAATGTGATCTGTACTGGAGCAGAATCTGCACTAAAGGACTGTCGATCAATTGGTTGGGGAAAACATCAGGCTAATCATGCTGATGATGCTGGGGTTATCTGCTCTGGTA------ATCCCAATTAATATT s fr1.chrUn 320821646 144 + 349519338 CCATCTGGTTGGATAATGTTCAGTGTTTAGGCAATGAACCGGCGCTCACAGAATGCAGACATTCTGGGGTTGGAAATCACAACTGTAGACATTCTGAGGACGCCGGAGTTGTCTGTGAAGGTAAAATTTACACCATTCTGTGTT a score=-787 s danRer3.chr4 8247148 216 + 33808418 CTGT-------------TGTTTCTACAGCAAAAATGA-CAGAACTTTGAACTGTCAAATCATGCAGTTTTTTTAGCTCCTCTGACTTACAGAC-TGTTATATTGTGTTA-TTGAATACTACAGAAAGTTTTTTACTATATCTAGTCTCTGAATGAGGCTCATTGGGGAGAAATAAAAATGTCATATATAAATGATTCTTGAAATATTGTCATATTAGTTAATGGTAGCAGCA s fr1.chrUn 157921970 198 + 349519338 CTATCCTTGTCTCACCATGTTTGTAGAACAGGAACAAGAAGAACCTTCAATTTTAAAA--------------------ATCCGATT---GGACATTTCGTATTATAACACTTAAATAGTTTTGGAGGGTTTTTGT--------GTCTATGAGGAAAG--TATCCGTCTAATATACGTATTTTGTAAAT-ACTTACTCTCCAGAATCAGTCAGGTTGTACAATGGAACTGGCC a score=-307 s danRer3.chr4 8247588 393 + 33808418 AAATGTTATAGCAATACTTTAAAATCAATAGTAAAATAAAGTCATGTTAATAAATATGTCAATATTACTTTTAAAAATACAACTGAGTTTTACTAGTTACTAATTGCATATAATAAAATGAATACAACTTGTAATCGGATTATGACTATCATTTTACCAGGTTAATAGGCATAAACCAAGATTAATGACCTA--AGattaataaaagtttttttttttaatataGTTTTCATTGTGAGTTTA---------GATAAATAAAATGATA-----ACTATTGGAGCCTTATT----GCACAGTATTA---ATGTACAATAGTC--CTATAAATAGTCTACTTGAATTTTCAATCAATATTACAGCATGTAAGAGGTCAGATTAACATGTAAAAATGTTCATGTT----TGACTATTAAGCTAGCC s fr1.chrUn 227822348 363 + 349519338 AAATGTAATAGTAA-----TTAAGTCAATTGTGACATCACATAATG--------------GACATTGGTGCTAAGAAAATGTATGA------------AATGGCTGCAGATATT--CATAGATACAATATATATTGCTGTAATAACT------------GATTCAT----GCAGATGCAAATTAAATGTCTATTAAATTGTTAAATTTGAATTCTTTAAACATG---TTGATAGGGTGTTTAAAATATTTTAATACATAAAGGAATGTATTTGTTATAGGGCTCATGTCAGAGGCAAAGTAACAAATAAAAAAAAAAGTCAAATGTTAATATTATAGTCATATTTTT-GTCAATAT------GCGTTAGAAGTTAAATGAAGGGTTAAGGCTGTATTTGCTGCAATGGCTTAAAAACTGATT a score=794 s danRer3.chr4 8248612 22 + 33808418 CGGATGTGGACACAAGAGATTC s fr1.chrUn 157924207 22 + 349519338 TGGTGGTGGAGGCCAGCGATTC a score=-1093 s danRer3.chr4 8248634 406 + 33808418 GCTGCAGAGG----------------AAATGAGCCTC-----------------------------ATATATCCGT---------CTGTCCAATAT-----------CTTCATTCATAGTC-------------------AACTGTACCCATAAAAATGGCATAAGAATGTCATGTTCTGGTATTGAAGACTCAAAGTTTAACTTACTTTATTAATGCAATCTTTAATTTGCTTGTGATCTCATTGACACTTCTTCACTCAACCCTAAA-----TTTTCTGTC---------------CAGGTTACAC-------------------TGATGTCCGGCTGGTCAATGGTCCTGACTCCTGTTCTGGTCGAGTTGAACGTCAGTACTACAGTAAATGGGGCACAGTGTGTGATGCATGCTGGGATATGAGAGCTGC--CAGTGTCCTCTGTAAACAGCTGAATTGTGGGATTGCTGTGTCTGTTGTGGGATCAG-ACTGGTTTGGAGAGGGAAGTGGTGAAATCTGGGCTGAT s fr1.chrUn 157923296 524 + 349519338 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TCTGGGGGAGACTGTGCAGGGAGGCTGGAGGTTTTTCACAGCGGCTCATGGGGGACAGTTTGTGACGACTCCTGGGATATTAAAGATGCCCATGTGGTGTGCAGACAGCTGCAGTGTGGAGTGGC--CCTCAGTAACCAGCAGGTACCAGCCTGGTTTGGTCCTGGTTTTGGACCCATATGGCTGGATGAGGTGGAGTGTGAGGGGAATGAGACGTCCCTGTGGAGCTG-CTATTCTCCAGGCTGGGGGAAACATGACTGTGGACACAAGGAGGATGTAGGAGTCATCTGCTCTGGTAA s fr1.chrUn 157924464 293 + 349519338 GGTGGAAGTCAGTGCTCTGGTCGGGTGGAGGTCTTATATAAAGGCCTGTGGGGTACCGTCTGTGATGACGAATGGCATTTACCCAATGCCGATGTGGTGTGCAAACAGCTCGGCTGTGGCCATGCAGTTTCTGCTCCCACCAG-----CGCCCATTTTGGTCGAGGCACCGGCCCGATATGGCTGGATAATGTGGAGTGTGTCGGCCAAGAGTCTGCGCTCACGCACTGTCCACACAATAACTTTGGGGATA-ACAACTGTGGGCATGGTGAGGATGCTGGGGTTATCTGTTTAGGTGA a score=-2301 s danRer3.chr4 8249951 213 + 33808418 ACAATAGTGTATATAGCTTTTGAAAAATTCAATTAACCTTAATTTGAACCATATATACTTCATATACAGCATATATAAGATCCAGTGTTTGAAATAAAAGTTTTGGTTGAGAGCAGaaattaaaaataaaatatgtataataaataaCAGATGGTTGGTTTAAAGTTAAATTATCTTATGTTTCACTGTAGAGTTTAAAGAGATCAGGTTAAC s fr1.chrUn 157924331 129 + 349519338 A-------------------------------------------------------------------------GTCAGAATTAATG-----AAAAATATCATTGATGGCAGACAGTAATTGATAATTGGCTTTGTCCCATCTATATATTCTAATTGAATTGAA--CACTTTTTTTTCTGTTTCCATTTGCAGCGC----AGGTGCGGTTAAT a score=-3088 s danRer3.chr4 8250164 410 + 33808418 TGAGGGCTGTGAAGGGAATGTGGAGGTTT-----------TCTACAATGGA-----TCCTGGGGAAATGTGTGCTGGAATCAGATGGAAATAGACACAGTGAGTCTGATCTGTCAAGAGCT-------GAACTGTGGAAGATCTGGTGTTTTGTCTGATTCAACATCAAGGCTTAAATCAGCTCCTAACTGGTTGGATAAAGTAACATGTCGACCACATG----ATTCAAATCTGTGGCAGTG-TCCATCTTTACCCTGGGGACAAAATATCTGCAATGATGAATATGAAGTGGCCAAAATCAGCTGCTCAGGTAGGATGATAGTTCAATAATATATGATCTTAATCATATATTCATGCTTCTTCACATATAAGTTTACTTTATGTCTGAATAATTAACAA----TTATGATTAGGAGAGAGCAAAATAATTTTTGAAAGTG s fr1.chrUn 227823828 373 + 349519338 TGA------TGCTGCGATTCTCCAGGCCCATGTCCCTTGACCTTCAAGGGAAGTAGCCCTGCGGTTCTGTAC-CCGATCTCAAATCGGAATAAATATAG-------AACCCATCCGCACCTTCCTTCAGAACCACAGttgat----tctcttaccggaatcatagtcca--------taacctgacacctcattaagcagtGCCAC-TCTCGAATAACTGTTGAAGTTGGATCCTTGGCAGTTCTTGGGATTGAGTTTAACGCtaaaataaattatataataaaaataaa------------------------------ataattCTAATAGACATTGCCTGATGCACATTTTAAACATTTGTCTCCAGGACTTCTTCCTTAAGTAAGTTTATCAAACAAGACATTATCATTA------------ATAGCCTTTAGAGATA a score=-5078 s danRer3.chr4 8250574 311 + 33808418 CAATGTTTCGACACATTCAGATCTAAT-----TACAGATTACAAATGTAATTTCATAATTTGTTCAGatttctatttatattttttattatt--------tttttttta---tttgtatttatatattAGAAGAGCAG---------------------------------------GCTCGAGATTCTTGGAGTAATTTG----------------ACATGTTCTACGTC-------------ACCATCTCTTTACCATAGAC-----AGTGTTCAAGTAAGTTTTATTAAA-----------CAAAGTTAATTCTTGATGTAAATTTGTATTT-------TCCTAA--TTAGCCATTTACTTTATTTAGCTCT-GACATTATTATGAATTGGCATTCAGCTT--CAACTTTACTGTGTTTT s fr1.chrUn 227821074 419 + 349519338 AGATGTTTTTCCTCTTGTTGGGACAATAGTTATTGGGTTTATAGCTGTCTT----GGGTCTTTTCAGATTATTTCCCAGATCTGCCTTTGTTGAGGCCCCTTTTTCTCAGGTCTGATCTTTATCTCCCAGTAGACCTGGAAAAGAGTGAAAAAGAGCACAACTCAGTTTAAAAGACTGCTAACTATTTCTCCAGCGAGTAGAGCAGCCGAGCCGACCAGATGCACTGCTTCCTTTGATGAGAAGAGCGCTTCTAAAAGATGCACACATGAGAATGCCCGCTGTCTTTGTTGGAGCTGGGCTTTTCTAAAACACTTGGTGACAAAAAATGCTATTCCTTTTGGTCCTGAACTAACCCACACACTTTCCCTTTCTCTCCATGTTTCTGTCTATTGTCTGGTAAATTCCCGAAGGTATGGATTCCT a score=4394 s danRer3.chr4 8250954 300 + 33808418 TGGAGGGGGCGGCCGGTGCTCTGGGAGGCTGGAGGTGTATCATAACGCTGTGTGGGGCTCAGTCTGTGATGATCTCTGGGACATCAGTGATGCTCAGGTGGTCTGCAGGCAGCTGGGTTGTGGAGCAGCACTGAGGGCTGATGGGAATTCAGTCTTTGGTGCTGGTGAAGGTGTTGTGTGGCTGAACAGAGTCCAGTGCAGAGGGATTGAGCTTCACCTGTGGGACTGTCCTCTCTCCCTGAACAACC------ACACTGACTGCTCCCACAAAAAGCACGCTGGACTCACCTGTGCAGGTCACTG s fr1.chrUn 157924460 300 + 349519338 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TTAAACTGTTTTCCTCTAATCGGACCTTTATTTTTAGCGTTTTGTTTAAAAGGTGCCATGTTTCACGTTAAATTACCATGTACACACACTAAAATGTGGACAGAA----CGGATGTTACTCGTGTAAAGACGCACAAAAATGACGCAAC------AAGGCATTACTAGTCAAAACAACGAC-----------------------ATTAGTGTAAGGGCAATATATTTAAGTCTCCCATTGAACAC-----------------AACGCTCCA--TGGTACACCCAAAATGGCCGCGCATT------------------AGTTCGCCTAAATTGAATCACATCTTCATTTGACTACTTATGCCTTAG---ATACAGAAAATGTGTCAACAGCTAA---CAGTTCCCCTGATGTTTACTCACTTTGCTGTGTCTTTTAATGATGGCTTTTAATGACCTAC-ATATCGTGGCGGTTAAAAAGAA-----------GATAGATGAAGTGAAGCACTTTCTATCCATATCTTTAAGTATCTCAAACGCACACACTGTGGACTTTTACACGCGGGGTGTTTGGAGCACGTTCATCAGTGTCAGCCCAGAGGATGTGTTGTGTGCCATCAGTTCCACACAG-GACAGCACGGGGGCGCTAGAAGGTAAG--AAAGCGGATTAACTGTTAttaaagggatagttc-------acactaaatgaaacttct s fr1.chrUn 331685828 672 + 349519338 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s fr1.chrUn 341357440 919 - 349519338 AGAGAACTTGGCAACCACATTTGGTTTTTGCAATGACACGAACCGACTGGTGGATGCCCAGGAACTGTTGCAGGCCGCCACCACCCACTCCCTGCCTGGCCTCCAAGTGTGCATGAGCAGGGACGAGCTGCTGCTGGCACTGGGAGGGAAGACGGGGGAC------GCAGGTAA-----------GGAGGATCTGG------CCTTGTTCATGCCTTG-----------------------GTGTCACACTGAG---AGGAAAGGGTCAAGGGTCATTTGGGAAACGGC---ATGTTCTGTCTAAC-----TCAGGTGCTGAGCTGGTGCCAGATGAGTTCATGAACTCAAAGAAATCTCACGAGGTCCAGTCCATGTCTGAGGTGGTGGCCGGTCTAGCCCAGCGCTGCGGGGTCAAACAGGT-----------------------------------------------------------------------------GATCGACGTGGGTTCAGGAAAGGGCTACCTGAGCTCCTTCCTGTCTCTGCAGTACGGCCTCCGGGTCTACGGGATCGATTCCTCCACCACCAACACCCACGGGGCCCAGGAGAGGAACAGGAAACTGAAGAGGTTCTCCCGGGCGTACCAGAAACGCA----------------------ACAAAGCA---GCGAGGGCAGAGAGCGATGCCGCGCAGGC-ACGCCAGCAAGAGTCAGCTGGAATAAACCCCGAGGAGGCTTCTCATGGCGGCGAGGGAGGAGTTCTGTCACAGGAGG-----AGGG-------GGCGATAAGTGGCTTTACAG-ATGTC-----GGCCCAGAGGCTGCAAACTCGGAAAGAGAGGATTTTTTCCTGCATGCCCTCTCGGAGGACCTGGTTCAGAACGCAACTCCCAGACTTCCCCCCAGCCAGCTGGGCGCAGAGGAGAAGGAGCGGAGGAAGAGGGAGAACCTGGAGAGGAAGGCC---------CAGAACCAGGCCGCCCCCAGCGCCGTCTTTTCCCCCCTCACGTCTCACGTTACCGCCGAAACGGAGCTCGGCGAGCTCATCCAGGAGCTGGAGGTAGG a score=9531 s danRer3.chr4 8260517 214 + 33808418 TTCCTCTCTCTTTTTCCT--TGCCGGTGCCCAGAATGCAGTTCTGGTTGGCCTGCACACGTGTGGAGATTTGGCCTCCAGCTCCCTGCGGATGTTCAGGGCCAAGCAGGAGCTGCGGGCAGTGTGTAGTGTGGGCTGCTGCTACCACCTGCTGTCTGAAGAGTTTGATCAGGACAGACCGGGTAAGAA--------AACATCCTGTTCATAAAGACACACACAC s fr1.chrUn 341358428 224 - 349519338 TTCCTCTCCCCGCACGCTGTCTCCCGTTTCCAGGAAGCGGTCATGGTCGGGCTGCACACGTGCGGAGACTTGGCGCCCAGCACCCTGCGGATGTTTGTGGCCAAGCCGGAGCTGGCTGCAGTCTGCAGCGTGGGCTGCTGCTATCACCTGCTGTCTGAGCAGTTTGGCCCGTCCGGGCAGGGTAACCATGGCGACTCACATACATATCATATAAAAGTACACAC a score=4070 s danRer3.chr4 8264326 138 + 33808418 ATTTGTTGT--GTTGCTTTGTGTATGTTGTTTAGGGTGTACCAGTGATGGTGTGTGTGGTTTCCCTATGAGTCAGTATCTCAAAGATCAGGCCTGTTTCTGTGGTCGAAATGCCAGGATGTCGGCGTGTCTCGTAAGTGT s fr1.chrUn 341360026 128 - 349519338 ATTTGCCGTTTGTTGCTGTCATTAGAGTGTTTGCAG------------GGAGCGTGCGGGTTCCCTCTGAGCCAGTACCTCCGCCAGAATTCCTGCTTCTGTGGCAGGAACGCCAGGATGTCTGCATGCTTGGTGAGTTT a score=2065 s danRer3.chr4 8264739 67 + 33808418 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GATTtgtgtgtgtgtgtg--------------tgtgtgtctgtgtgtgtgtgtTTAACAGTGAGAAGAGAGTTGGAAACGTCTACTCCAAGACCAAATCGTTCGTGGAATATGTCCGTGGAGCCCTGCGCCGGCTGGAGCTGGATGAATCAAAGGT a score=3846 s danRer3.chr4 8271067 86 + 33808418 TTACTTCAGCTATCTGATGGCGACATTCAAAGCTACCACGACCGCTACACTCCAAGGATGAATGAAATGGTGGCTTTTAACATGGT s fr1.chrUn 341362150 86 - 349519338 TTTCCGCAGCTTTCTGACGGGGACATCCAGGGTTACCATGACGCCTACGCGCCGCGTATGGACGAGATGCACGCCTTCAACATGGT a score=5611 s danRer3.chr4 8271153 146 + 33808418 AAGAAAATTAAATGT-----------CTTTTAATTCATTGCT---GACTTCAGTTCTAACTTTCTAATTGCATCTTCCTCAGCTGAAAGTAACTCTGGCTCCCTGTATAGAGGGTCTCATCCTCCTGGATAGACTTTGCTACTTGAAAGAGCAGGTAACA s fr1.chrUn 341362842 158 - 349519338 AAGAAAATCCTGTGTGAATGGTGCTAATTTTGCCTCATTGCACGAGACTTTAA--CGATGTTGCCGGTGTCGTCGTCTACAGCTGAAGGTGGCTCTGGCTCCGTGCATCGAAGGTCTCATCCTCCTGGATCGGCTCTGCTACCTACGAGAACAGGTAACA a score=3555 s danRer3.chr4 8273591 399 + 33808418 AATAAAGATATATTTGTGCATACAATTTAAAATGACAAGTGATTTTACTTTTAAACTATCTCTCTCTTTTTTTTCTTACAGGAGAACGTATCTCATGCTGCACTGGTTCAGCTCTTTGACCCTCTTCAGTCTCCAAGATGTTATGCAGTTGTTGGTATAAAGAAATCTACCGATTGAAGATCGAAGTTG-----GTGGTT-----TTGCAGATTAGTGTGAAATATTGACTTAATTTGAATGTATTATTAGAACTTTCttatatttat-----tttgtattattaataattCTTTCAAAGGCTAAATGA--------------TTTTTTGGTCTATTTTTCCAAACATTACAAT--AAAAATGCTCTTTT----ATTCCTAATAATATTTTACAAAAAAATAAATCTTGCTAGTTCACAGT---AAATTAAAAGCAG s fr1.chrUn 341363663 404 - 349519338 AACGACCGTACATTTGTGTATCCAACATAAA-------------------------------TTCTTTGTCTTATTTGCAGGAACATTTGCCGTTCTGCGCGCTAGTGCAGCTCTTTAACCCTCTGCTGTCACCAAGATGCTACGCTGTCGTTGGGCTGAAGAGCCGTGATGACAGAAATTCGAGCTCGTACACGTGATTGGAACTTTCAGGCCGGGATGATGTCAGAATTTAGACTGTTTAAACTTGATGGATTTTACAGTGTCTGTGAAGGCTTGTCTT-TGAATAAAG-TTTTAAAATAGAAATGATGTCATCATTCTGCTTTGGTGGTCTTTATTTGTTGAGATTAAAATCCGTAAGTGTTCTGTGGATAAATGCTAATGCTATTGATCAGAAGATGTTAGCTCGCGAGCTAAAAGCTAAACATTAGAAATAG a score=2187 s danRer3.chr4 8280234 82 + 33808418 ATTTAAAGTGTCTGGCCTTGGAAACACATTTCTATAAAAAAGTTCATGGAAAGTATAACAAAAACCCACTAGACAAGCAGTA s fr1.chrUn 142763036 82 - 349519338 ATTGGGAGCTGCTGGCCAAGGTGGCAAGGTAGTACAAAAAAGTGTGTAGGAAATACAAAAAACACAAACAAAATAGGCAATA a score=1902 s danRer3.chr4 8281789 109 + 33808418 TTTTAGTGTTGGTTTAAATCCGGCAG--GTGCTATTTCAGAGCATTACTGGTCCAGACTGTGGCTCTGCCCATCGTG---------TTTCCTGTTTGATATTTATCAGCTGTGATGGAAA s fr1.chrUn 341364271 118 - 349519338 TGTTAGCGTTGATATTATTGCCAAGGCTGTGCTATTCTGGTGAGGGCCCGGTCCGGCCCC--ACTCCTCCCAACCGGGATTATCCACTTCCTGTGTGATCTTTATCAGCTGGGCTGAAGA a score=5286 s danRer3.chr4 8285098 122 + 33808418 ATTCCTGGACTTTGTTTCCTTCTCTTTGTCGTTGAAATGATAGTGGAGCTGGTGTGCAGTGCTGTGGCTCTGCTCCTCTATATGAACACATTGAGCGCTGATTTCTGCTATGATGACAGGTA s fr1.chrUn 341365579 120 - 349519338 ATCCCCGGA--TGGTCCCCTGATCCCGGGGGGAGAGATGATCGCGGAGCTGCTGTGCACCGCTGCGGCCGCGGCTCTTTATCTGAACACGCTGGACGCGGATTTCTGCTACGATGACAGGTA a score=27034 s danRer3.chr4 8314424 629 + 33808418 TGTGATTTCCTCATTCTCTCTCCA--TCTCTGTAGTCGAGCAATCAAAACCAACCAGGACCTCCTACCGGACACCCCATGGACGAACATTCTATATGATGACTTCTGGGGCACTTTGCTTACCCACAGCGGCAGCCACAAGTCTTTCCGTCCTCTCTGCACCATCTCTTTCCGCCTCAATTATTTCTTGGGTGGCCTGGATCCCTACGGCTTCCACCTGTTCAACGTGGGCCTTCACTGCTGCGTCACTGCCCTCTTCACTGCATTCTGTCGCCCCTTGCTGGGTGGAGGACCTTGGAGTCTGTTGGCAGGACTGCTCTTCGCCTCTCATCCCATACACACCGAAGCGGTAGCTGGGGTCGTGGGCCGAGCAGATGTTGGAGCAGCCTTTTGCTTCTTATTGTCACTTCTCTGTTATTCCCAATATTGCCGTCTCAGGCATAATGCA-GCACACTCGAGTCGGGTTGCGTGGC--GTGCTGGATCTTGGCTTGCTGG--AAGCCTGGGTGCTGCTGCAGCTGCTTTACTGTGGAAGGAGCAGGGGGTGACTGTTCTGGCTGTTTCAGCTGTTTATGATGTCTGTGTTGTGCATCGGCTGCGGCTACGGCAAGCGCTAATAGTGCTGCT---AAAGGTGA s fr1.chrUn 341372223 628 - 349519338 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GTAATAATGTACTTCTCTTCTTTTCTAGCGGAAGAACAGGAGCCTGCTGGTCAGTTTAGCATGGCTGGTCGGTTGGGGAATAATTCTGCTCACAGCTCGATTTCACTGGATGGGCAACAAGCCACCAAACTTCTCCAACTCGGACAACCCTGCAGCCGATTCACCTCATTTCCTCACTAGAGCGCTTACATTCCTGTACCTGCCATCTGTTAATGCCTGGCTCCTCCTCTGCCCTGACAAACTCAGCTTTGATTGGTCAATGGATGCTGTTCCTTTGCTCAAATCCATTGCTGATTGGAGGAACCTTCAGTCTGTTATGTTTTACACAGGATTTGCTCTCCTAGCATGGTTTAGCCTCAGAAACCCACCGCTACAGGCCACTAAAATCAACGAAAGCAATGGAAAATCACATGTGAGCAACGGAAAATATGCAACTAATGGATGCAGTCATAAGCACAATGACAATCACTACAGGGACTTAAACCTAAA-----------AAGTAACGGATATCATAATAAAT-----------CCCTCAAAGTTTCTCCAAAAA-----CACTTCCAGCCACAGAGAATGTGGTGGTGTTTTCTCTTGGGCTGCTGGTTTTGCCCTTCATCCCTGCCACTAATTTGTTCTTCTATGTGGGTTTTGTGGTGGCCGAGCGGGTGCTGTATATCCCCAGTATGGGCTTCTGTCTGCTCGTGACCGCCGGGGTGAGGAGCTTGTTTGTCCGTTGCCGGTCAAAAAGCTTCAGAGCTCTCCTGCTG-ACCTGTACTGCAGGTCTGGTGCTTCTCTACAGCCTGAGGACTGTGAGGAGGAACCAGGACTGGAAGAGTGAGGAGATGCTCTACAGATCTGGCATTGCTGTAAATCCTGCTAAAGGTGGGTTTGGAGAGCGATGATAATAATAAAGCATT s fr1.chrUn 341377633 888 - 349519338 GTCATTCTGACCCTTTCCTGTTCATTTTCAGAAAAAGAAAGTCCTGCTG---AGCCTTGCCGCTCTGGCCTCCTGGGGGGGTGTTCTCCTCGCGGCGCGACTCTTCTGGATGGGCAGCAAGCCTCCCAACTTCTCCAGCTCCGACAACCCCGCGGCTGATTCGCCACACTCCCTCACCCGGGTGCTGACCTTCCTCTACCTGCCGGCTGCCAACGCCTGGCTGCTGCTGTGCCCCGACAGGCTCAGCTTTGACTGGTCCATGGACGCCGTGCCCCTGGTCAGATCCTTGTCCGACTGGAGGAACCTTCACACCACCGCCTTCTATCTTGGTTTCACCCTCCTAGCTTTGTTCGGCCTGCGTGGCCCC---------GCCTCCAAAGCCAAGGAGACCAATGAGAAGCATCAGAACTGTAACGAAAAATCAATAAGTAACGGG---------------AATGGATACCACGCTCAGGATACAAACCTACACACCCACTTGGAGCCACCAAAGACCACCCTAAATGGGTCCCACAGACCCCAGCGGTGCTCAGCACAGATGTCCCCGCCTCCCACAGAGAATCTAGTCCTTCTCTCTTTAGCCATCATGTCGCTGCCTTTCCTTCCAGCCACGAACCTCTTCTTCTATGTTGGCTTTGTGATCGCAGAGAGGGTCCTGTACATCCCCAGCATGGGCTTTTGTTTGCTGGTTGCCACTGGCACGAGGGCCCTGTACATCAGACTGAGGTCTCCAAGGTGCAGGGCGGCACTGCTGTGTCTGTG-TGCGGCACTGGTGCTGCTGAATGGAACCAGGACTGTCCGAAGAAACCGAGACTGGAATAACGAGGAGAGCTTATACAAATCCGGTATCAGCGTGAACCCTGCTAAAGGT-------GAGAGAGATGTTGATCGGGAGGAGTT a score=156 s danRer3.chr4 8321866 121 + 33808418 ATTATTGTATAAATTTAATATCTAGACAATAAACATTTAATGTAATTTCAAATCTA----TTGGTAATATACACAGTATATACagtcaaaatgattagccctcttgt-gaattcttttttaaatat s fr1.chrUn 188827151 111 + 349519338 AT-----------TTTGATTTGGTCACATTACCTTTTTTCTGTGATCCCAGAGTCAGGCTTTGGCAG---ATCCTGTTTGGAC-GTCTAAATAGTGAGCCGGCTTTTAGAATTCCCAATTGGATAT a score=128 s danRer3.chr4 8322477 5 + 33808418 TCATG s fr1.chrUn 188828330 5 + 349519338 TTATT a score=8419 s danRer3.chr4 8322482 136 + 33808418 ATGTTTTCCTCAGCTTGGGGTAATCTGGGTAATGTCTTGAAGAACCAGGGAAAGATGGCAGAGGCTGAGAGAGCATACAGAAATGCTCTGTATTACCGAGGCAATATGGCAGACATGCTCTACAACCTGTGAGTAT s fr1.chrUn 341378749 135 - 349519338 ATGTTTTTGT-AGCTTGGGGAAACTTGGGGAACGTGCTGAAGAACCAGGGCAAGATGGCGGAGGCGGAGAAGGCGTACCGAAACGCTCTGCAGCACCGAGGGAACATGGCCGACATGCTCTATAACCTGTGAGTGT a score=-5197 s danRer3.chr4 8322628 901 + 33808418 TCATAAATACATTTTTTTACACAGTCACAAAACACTTTTAAATGATCAGAATATTTT-TGcacactgtaaaaaaatgcttctcttgctta----atttttttatgtcttgtttctagtccaaatatctaaaaattcttaaatcaag---------aagacttttcctggcaagcaaaacatgatgttttttttaaaagaaataacatgccaaattgaagttattttgtccttaaaacaagctaaataatctgccaatgc--------------ggtaaaaaaaataatcttg----tttttccttAAGATTTCCTAAGATTTTTt--tttttttaccccattggcagactatttagcttgttttaag---gacaaactcacttcaatttggcatattatttcttaaaacaagacatt----------atgttttgcttgtcttgaaaatact------tcttgatTTAAGAATTTC--TAAATACTTGGA---CTTGAAACAAGACAAAAAAATTTAAGTATGA--AAATCATTTATTTCAGTGTAGATATTTTTAAAAGCAAAAAAATAATAAATAAAATGAAGTCGCACCGGAGTACA--CAAGATCTTA-AAAAAATACTAACTTAAAAAACATAAC--TAGCTGGTCTCAATGTGATTTTTAGTGGATTTTGTTTACATGAAGCATCAACATGACTGCTAAATTTTACACA------AAGTAAGTACATTTTATTTATATACTGTTGCACATTTATCACAGCAAGCCTGGCCAAAGTGCTGAACATACGCATGATCAGATAAAAGGTAAGAAGAATAAAACAAATA--CAAAACCAACTGATACAAAAACATGAAAATACACACAATAATTAAAAAGTTTGGGAGTAAAAACTGCATCTTTAACAACAAGGATGAAGTTGAAGTTGCAAGGCAGATGTT----CAGAGGCAGTCTATTCCAG-AGCATGaatata s fr1.chrUn 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TCATGTTTCTGTGTCTTTA-ATAGCC-----TTACTTTTGTCTTG-CGGAATGCTTTATGCTCTGTGTAAAAGAACAATGCATAAACATAAAATATTATTGTAAGTAGCTCCACTTGTGGTTTTATTT-ATAACTCTTGCATCATGGGGTTGACAAAGACATGTTTCAAAAGCTGAAA----ATCTGTATTCCTGTAGGTCTAATAAGAGCACTTTATCTTAAATTGT-GTCAGGTGAGTTCTGTTAAATTACTGATGCACAAGTACTCTATAAGGAAAGACAACCATCTGGCGACTGATTACATTAAATTTATCAGCAACTTTGAACTATTTTAGTTTCTTTCCAGAC-ATGCACATAATTCTGAATCCGACTGGATCAGCTCAGCT---CACGTTCTGGAAGTAAACAGGCCATTTTAAATCTGAATGTTTTTGGTTTTATGTAAATCTTAAACCATTACCATTTAAGAATCACAATAACTCATCGCACATCTTTCCAGAAGACACTGACATTATAGAATGAATAATTAAATTAGATTAGATTCAACTTTATTGTCATTACACATGTCACAAGTACAAG------GCAACGAAATGCAGTTAGCATCCAACCAGAAGTGCTTAAGTAGCGAATAAAACTGTGACGGGTATATACAATATATACACACAATGATATATGTTTATGATATCAATCTATATGTTTGTATTTACAGAGTTCACAGTTATGTAAAGGATATATAAAAGTCTTTGCA-----ACCAAGATAAATATATATACAG-GCTGTAACTATG-GTGCTGATGTGCAAAGTATGGAAAGCAGTGCAAGTAACCGGATGTGGGTAGTGCAAATA-ACAGATGTAAATAGTGCAAATAACAGAT------GTAAATAGTGCA-----AATAACAGATGTAAA----------TAGTGCAATTATTGTAACAGATGTAGTCAGTGCAAATAGCGTGAATGTA a score=17234 s danRer3.chr4 8325087 615 + 33808418 CATGCTTTAAAACGGTCTGTGTTTTTTTTTTGATTTAACACAGTGGTTTGCTGCTACAGGAGAACGAACGGTTTTCTGAGGCTCTTCACTATTATAAACTGGCCATCGGGAGCAGACCGACCCTGGCCTGTGAGT---TCAGCTCTAAAT----------ATTTCACTTTATTGAC--------CGTCAGAAT-GAGTCTCTTACTTATTGTCCTATTTCTCACAGCTGCATACTTGAATGTGGGCATCATTCTGGTCTCCCAGGGGAATATTGAAGAGGCCAAGCGGACTTTTCACACATGCGCGGACATCCCAGATGAGAATCTGAAGGACCCTCATGCACACAAAAGCTCTGTGACCAGCTGCTTGTACAACCTTGGCAAACTGCTGCATGATCAGGGCCAGCATGAGGTAGAGCTCAGCTCATTCATTGAGGATTATTGAAGTCTACATGCTCAGTTTAAATTAGATGTGTTTTTGTCATTTGTTTATTATTAAGCAGTTTTCTTATTAGATACAGACAAGCTGATTTTTGTGTGTCATCTACAGGAAGCGCTGTCTGTGTATAAAGAGGCAGTTCGGAAAATGCCACGACAATTCGCACCACAGAGTTTATACAACATGATGGGTATGTTCA s fr1.chrUn 341379727 567 - 349519338 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aactctaattttaacaaaattctgcgcagaaatagcaaaaaaatgtccacagattccatctgtccctaCTTATGATTACCTGATTTGTTGCACATTATTTCCTTAATTTTA----------TAACTGTCTGTATCCTTTTTCTCTCTTTC---------AATATCTCT---CTTTGTTGTTCTCCAGCATCCGGCAGCTCTGATGAATCTCGGTGCCATCCTGCACCTCAATGGGAAGCTGAAGGAAGCTGAGAGCAACTACCTCCGTGCACTGCAGCTCAAACCAGATGACCTTATCACTCAGTCCAACCTCCACAAGCTCTGGAACGTCATGCAGAAACAGGGTCTGAGAGCCA s fr1.chrUn 341384820 351 - 349519338 AATTCTGACTTTTTCAGAAA-CTAAACACAAA-AGTCAGAGGATTTTCTTTGATCTCCTCATTTTTTCCTT-TGA--ACATTACATGATACCAATCCTTTTAACAGATTTAGCTTTCAAGCTAGTTCTCATGATTCTTCTTCTTTCTTTCTTTTTCCAAAACGTATTTTGGCTGTGTCCTTTCGCAGTACCCGGCGGCGTTGATGAACCTCGGCGCCATCCTCCACCTAAACGGGAAACTCCCTGAGGCAGAGGCCAACTACCTGCGCGCGCTGCAGCTCAAACCCGACGACGCAATCACGCAGTCCAACCTGCGCAAGCTTCGTAACATCATGAAGAGGCAAGAACTGCAGACCA a score=1444 s danRer3.chr4 8336307 162 + 33808418 AGTCTAACAGGAGCCACTTTCTTTAGTGTGTTTGAGGGAGCAACAGAGACCATTTGCTGATGTCTGAGCAGATTATGAGTACCAAACAGAAGATGATGAGTAGATACCTAATTCTCATG---TTTCTGATAAAATTCATCAATGCAGGTAGGTTTATTCTTTTAA s fr1.chrUn 205790923 145 + 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fr1.chrUn 227822226 809 + 349519338 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TGTGGACACAAGAGATTCACTGCAGAGGAGACGAGTCTCAGATTCACCTCTGTCCAACATCAACATTATATGAAAACAA-CTGTACTCACAACAACAGTGTTAGACTGATTTGTGCGGGTAAGAGCTGGAGTTAGAGAGAA--------GATATTAGAAA----------------TATGTATTATAT---TATTTTACTTGAAATG----TCTTTTTTATTAAATTCATTTAGATGCAAGGAATGTGAGGTTGGTTGATGGTAACAGTCGCTGTGCTGGTAGAGTGGAGGTTTATCATAGAGGTCAGTGGGGAACAGTGTGTGAAGATGACTGGGATTTGGCTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTGGACTGTGGAGAACCTGTAGATGCTCTGGGTGATGCTCACTTTGGACCAGGATCAGGACCAATCTGGATGAGTACTTTAAGTTGTTATGGGATGGAATCTACATTAAAAAGCTGTGGAGCGGCAGGATGGGGCCAACACACCTGTGGTCATAATGATGATGCTGGAGTCATCTGCTCAGGTGAAGGACAAT s fr1.chrUn 157924211 554 + 349519338 GGTGGAGGCCAGCGATTC-CTGTTTCAACAGCACAACAACTATTCAGCAATGCTC-ACGCGAAGGCTTCAAGAGCTCAAGCTGTGGACACGACCATGATGCCGGTCTCCTTTGTGCAGGTAA-AGTCAGAATTAATGAAAAATATCATTGATGGCAGACAGTAATTGATAATTGGCTTTGTCCCATCTATATATTCTAATTGAATTGAACACTTTTTTTTCTGTTTCCATT----TGCAGCGCAGGTGCGGTTAATTGGAGGTGGAAGTCAGTGCTCTGGTCGGGTGGAGGTCTTATATAAAGGCCTGTGGGGTACCGTCTGTGATGACGAATGGCATTTACCCAATGCCGATGTGGTGTGCAAACAGCTCGGCTGTGGCCATGCAGTTTCTGCTCCCACCAGCGCCCATTTTGGTCGAGGCACCGGCCCGATATGGCTGGATAATGTGGAGTGTGTCGGCCAAGAGTCTGCGCTCACGCACTGTCCACACAATAACTTTGGGGATAACAACTGTGGGCATGGTGAGGATGCTGGGGTTATCTGTTTAGGTGAGTGGAAAT a score=-422 s danRer3.chr4 8355871 211 + 33808418 AGCATA---TTTTTTTGTGATAAATGTCATAAATTTAATTAAATAACGATTTTGCAAAGCACTTCTATTGTTATGACTGCTGAATAAAACATATTCATACATTTACACTCTAAATATAGCTGATAATGGTTTTGTCTG---TGTTATACAATATTAATATAATTCAA-----ACAGATCATAAACAGTCCAGACTTATTGAC---------------------GGATCTCATCTGTGCTCTGG s fr1.chrUn 157923342 238 + 349519338 AGTGTAAACTAGCTGTTAGAAAAAACCCGTGCACCTAAACTGTTAAAGATTG---AGGGCACACCTAGAGTCATAGTT--TACATTTAGCAGAAGCTTGAAATGTAATTTTTAATATTGCAGAGAATCATTCTATCCGTAATGTTGGGTCACATCAACATACTTTAGCGTGCAAAAGTTGCTTTTCCTTCAAACGCAGTGACCCCATCAGGACCCTCCGCAAAGCTCCTCCTCTGTCCTTTAG a score=1369 s danRer3.chr4 8356082 162 + 33808418 GAGGTTAGAGATCCTTCATGATCAGACGTGGATGTCAGTGTGTGATGCTGCATTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGCTCAGGTGCTGAGAGCTGCTGCTTTTGACAAAGGAGACACTCAGATGTGGACACA s fr1.chrUn 157924484 162 + 349519338 TCGGGTGGAGGTCTTATATAAAGGCCTGTGGGGTACCGTCTGTGATGACGAATGGCATTTACCCAATGCCGATGTGGTGTGCAAACAGCTCGGCTGTGGCCATGCAGTTTCTGCTCCCACCAGCGCCCATTTTGGTCGAGGCACCGGCCCGATATGGCTGGA a score=1040 s danRer3.chr4 8356251 35 + 33808418 CACTGCAGAGGAGATGAGACTCGCATTTCATTCTG s fr1.chrUn 157922850 35 + 349519338 AACTGTCAGGGTAATGAGACCTCCCTTTTACACTG a score=-497 s danRer3.chr4 8356290 175 + 33808418 ATGTCACAATCACACAAAAACAATTGCA-CAAATGCCAGTAGAGTAAGCCTGATATGTTCAGGTAAGGAAATAATGTACTGTACAGGGTCCTTAAATGTGTTACTGTACAGAACTTGTCTCATTGTTAAGTATTATTTGGCACTTCTTTAATCACTAAAGCATGTCTCTGTCTGCA s fr1.chrUn 227823128 147 + 349519338 AAGTCAC-------------CAATTACATCCAATGTTGTCACCATGGCTCTGACA--------AAAGGTGATAAAATACTTTCTAAACACACAAAATGTATCTATCTGTGCCATTT-TGTAATTGTGACCCATTTGCTCATATTCTATTGCTCCCTAA-------CTGTGTTGTTA a score=1731 s danRer3.chr4 8356694 188 + 33808418 ACTGGTTTGGAGAGGGAAGTGGTGAAATCTGGGCTGATGTGTTTGATTGTGACGGGAATGAAACAAAACTCTCCGAATGT----TCAATCTCTTCATGGAGTCGAGCTG-AACGTTCTCATAGACGAGATGTTGGAGTCATCTGCTCTAGTGAGGACattttattaataatgtattaaatatatttCCATGTA s fr1.chrUn 157923782 181 + 349519338 ACGAGTATGGTCTCGGCAACGGGCACACCTGGGTCGATCAGATTGAATGCAATGGAATGGAGTCGACTCTGGCCCAGTGTACACACAGACCCTTCAGAGACAAAACCTGCAACAC-----TACATCAGTTGCTGGTGTTGTCTGCACAGGTCAGACAAT-------ATAAAATATCATATATATACATATATA a score=-102 s danRer3.chr4 8357086 141 + 33808418 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TGTTTATCTTTGTC-------CAGCCAAACCAGCCGTTCGTTTGATGAACGGCAACAGTAGCTGCTCAGGTCGAGTAGAGGTCCTCTACAAAACTGTTTGGGGAACAGTGTGTGATGATGACTGGGACATGTACAATGCCGATGTAGTGTGCAGGCAGGTTGGTTGTGGTCCGGCTAGT-GCAGCCA--AGACTCAGGCCTACTTTGGCTACGGTTCCGGTCCGATCTTGTTGGACAATGTGGAATGCGGTGGCAATGAACCCGGGCTGTCAGAATGTTTCCACCTGGGCTGGGGTCAACACAACTGCGGCCATCATGAAGATGCCGGAGTTATCTGTGAATGTAAGACCTGCCTAGATGTGAGATGGGGTTAAACAGGAT--TTC a score=509 s danRer3.chr4 8357649 72 + 33808418 ATATGCAGTTTATGTAACATCCAGTGTATAAAACAAATGTTTGGTTTTAA----GTTATCCCATGTTTCCATCCAG s fr1.chrUn 157922952 76 + 349519338 ATCAGGCGTCTGATTTACAAATAAAATGTAAAAGAAATTTGCAAATATAAAGTTGTTTTTTTTTCTTTCCAGCTAG a score=298 s danRer3.chr4 8357732 53 + 33808418 ATCAGGTTAACTGAAGGCTGTGAAGGGAATGTGGAGGTTTTCTACAATGGATC s fr1.chrUn 227823759 52 + 349519338 ATCAGGATCACAGCATGCCTACAAGCCAA-ATACCATTTTTGTACAAAAGCCC a score=-5287 s danRer3.chr4 8357849 487 + 33808418 AACTGTGGAAGATCTGGTGTTTTGT--CTGTTTCTACATC------AAGACTGAA---ATCAGCTCCTAACTGGCTGGACAAAGT----------------AACAT-GTCGATCACATGATTCACATC-TTTTGCAATGTCCGTCTTCAAT-----TTGGGGACAAA---ATGACTGTAATACAGATGAAGTG----GCCAAAGTTACCTGCTCAGGTAAAATTATAGAAT----------ATTGTTCACTACACAATACAGAAATATTGCTTTAATACT------TTGAGTATACATAGAAAAAGACACATTG-CATATATTACTGTATCTGATGATTACAGAAAAGGAGAGTCC-------------TGCATCCCCCAGAAGTTATCT------------------------------------TACTATTTCC-----------ACATCTCCT--------------CACCAAAG----ACAATGTTTTGGTAAGTGTATTTCATAGAAACACAAATT----AAGAGAGCTGTATACAGGGTAAGGTCATACAAGTAACCGTTATGACCCCTATATACAG--------TAGGTGTCTCTGT------------------------TGTGACAGTA---------CTCTGCTTTCTTTTTGTGTGA s fr1.chrUn 227823867 666 + 349519338 AAGGGAAGTAGCCCTGCGGTTCTGTACCCGATCTCAAATCGGAATAAATATAGAACCCATCCGCACCTTCCTTCAGAACCACAGttgattctcttaccggaatcatagtccataacctga--cacctcattaagcagtGCCACTCTCGAATAACTGTTGAAGTTGGATCCTTGGCAGTTCTTGGGATTGAGTTTAACGCtaaaataaattatataataaaaataaaataattCTAATAGACATTGCCTGATGCACATTTTAAACATTTGTCTCCAGGACTTCTTCCTTAAGTAAGTTTATCAAACAAGACATTATCATTAATAGCCTTTAGAGATAGGCACACAACAGAATGTTCCAGTGACTGCAAAATGAGCCACCAAGAGGCTTCCTAGGGTATATTGATCACAAGTGCTGCCAAGGAAAGCATGCTATTTCTCTGGTCACCTGATACTTCCTGAGTATTCCTAGAACACAAAGGCATCACCAGGTTTTCTTGCTTTTTTTTTATGTTGCTCTTAGCTTTTGCAAACCACTTTATGGTTGGACGTGACTTCAAAGTAACCGAGAAGACACTCACAAGCAGCACCACCACAGAGTCCTCTGCAGGTGAAAAAAAAAAAAGAATACATAAGATAGTATCAAAGCACCACAGTTTTCCACTAAACTGA a score=2923 s danRer3.chr4 8358362 135 + 33808418 TCTCAGACTGCGTGGAGGGCACAACCAGTGCTCTGGGAGGCTGGAAGTATATCATAACGCTGTGTGGGGCTCAGTCTGTGATGATCTCTGGGACTTCAGTGATGCTCAGGTGGTCTGCAGGCAGCTGGGTTGTGG s fr1.chrUn 157923028 135 + 349519338 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ATGTTTTCTAAAACTTCTGTTGGATGAATGTAAAAAAAAAAATAATGACACACTTGAAGAACAATGTTTTCATGAATATTATTCtatggaccatttcaatgtggtcatgtcattggcctatgaacatttcctgcttcttatcaa s fr1.chrUn 70144055 129 - 349519338 ACATCTGTTAATATTTATCTTGGAAAAAAGTCTGGAAACAAATGATTAAAAATCAAAAGGACAATGTGATGACAAACTTGATT--------TATAGCAAACTGGAAACAT-------TTGAGGACATTTTTTGCTGACTATAAA a score=3935 s danRer3.chr4 8363535 202 + 33808418 TCTTTTTTATCAATTATTTCTCAAACTTTAGACCTTGTGAATGTGCGCTTGGTTGGTGGTCACAGTCGCTGTGCTGGCACAGTGGAAGTTCTTCATAGAGGTCAGTGGGGAACAGTGTGTGATGATTGCTGGGATTTGGCTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTGGACTGTGGAGAACCTGTAGATGCTCTGGGTGGAG s fr1.chrUn 157923983 200 + 349519338 TTTTCTCTATCA-CTATTTTTCCTTCACAGGAAGTT-TGAAAGTCCGACTGAGTGACAGTAAGGATGAATGTTCAGGCAGAGTCGAGGTTCGTCACGGGGATGTTTGGCATACAGTGTGTGACCAGGACTGGACTCTGAGTAAGGCTCAGGCGGTGTGTGAGAACCTGCAGTGTGGAACTGCCTATGAGGCTCCTGGCGGGG a score=764 s danRer3.chr4 8363737 151 + 33808418 CTCATTT--TGGACCAGG--ATCAGGACGAGTCTGGACAAGCCATGTCACATGTACTGGATCAGAGTCTACACTGAAGAACTGTGGGTCAGCAGGATGGGGTAAAAGCAGATGTGATCATAGCAGAGATGCTGGAGTCTTATGTTCAGGTAAGAT s fr1.chrUn 157923184 147 + 349519338 CTCGTTTGGTGATGCTGGTCATCAGAGAGGTTATAGG--------GTCAGCTGCAACGGCAGAGAGAACTCTGTCTCTCACTGCATGCTGACAGAATATACGAAGAGCAACAACGACCGCACTGAAGAGGCAGCTGTCAAATGTTCAGGTAAGAC a score=-2460 s danRer3.chr4 8363888 269 + 33808418 TATTGTGCATATCTTAAATGTAATGTGATAAGCGATGTAGGTTTTTTGTGACTTGGTATATAAATTCTTGATCTAAA--AATCATTATTCATTTGTTTAATT-----TAATATTAACCTCATATAATGAGA-----TTAGTGGGCACATTGTTTACAGCACAAGACTATTCTTGGTTTAATTTTGGGGACCGCCACTTGGAGCCTCTGTGTTCAGTCATGGCCTTTAtttttaatatatgtgagttccgtaaaggtgtcaa-----------------agcttaacattgctgtaaaa s fr1.chrUn 227820393 236 + 349519338 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GGCTGATGGCTTTTTATTTGCATGTTGTTTTTTGTTATCTAAAAATCCATGTATTTATGTTTTCATACTGTATTTATAACCATGATCTATACGTTGTTGCTATGTTTTTCa-aataaaaatatgtatttgtttattaattaataaattaatttttatttatttaaGCCATGATTTTTGTTCATCTGTGTTCAGAGGTCAGGCTGGTTGGAGGT-TCTCGCTGCTCTGGGTGGTTAGAGATCCTTCATGATCAGACGTGGATGTCAGTGTGTGACGCTGCCTTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGTACAGGTGCTGAGAGCTGCTGCTTTTGACAAAGTAGACGCTCAGATGTGGACACAAGAGATTCACTGCAGAGGAAATGAATCTCAAATTCACCTCTGTCTAACATCACATTTAACAGTTAAAAGCAATTGCTCTCAT---GACATTGGTGTGCTGTGTTCTGGTAGGAGCTGCAATTTTGTTT s fr1.chrUn 227820724 405 + 349519338 ATCGAATGAAATTCAAAATGGTTGCTATACTGTGTCACATATTATGACATG-------GCTAATATATCAGCCTTAAGTACATTACATATA-----TTGAAACATTTTGCATAGTCAAAACATGTTCTGCCTTTGTAAAT----------------TCTCTAAATGCCATGA-----------CTGTGTT--GACGTCCGCCTGTTTATACATCTCTGGATTGTCCATGTGAACAAAGA------GTAATTCAAAATGAATATTATAGAATA-----------GATCAAAAGTACACA-------TATATAGAGTGC---ATTAAAGGAC-------CATCAGCTGAATAATACCACTGTTAA-------AACCCTTAAGTG-----------------CTAAAGGAGAAATA-----CAAAATGACTTCGAGAATTTTTAGTTTTGGAAAATCAGATGTTTTTCCTCTTGTTGGGACAATAGT------TATTGGGTTTATAGCTG---TCTTGGGT a score=619 s danRer3.chr4 8364758 15 + 33808418 TGTTTTTTGTAACAT s fr1.chrUn 157923439 15 + 349519338 TGTAATTTTTAATAT a score=-3774 s danRer3.chr4 8364876 476 + 33808418 ACAGTGGAGGTTTATCATAGAGGTCAGTGGG--GAACAGTGTGTGGTGCTGGATGGGATATGGCTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTG--AACTGTGGAGAACCTGTAGATGCTCACTATGTTGCTCGTATTGAGCCAGGATCGGGACTCTTCTCAAA-----------GAAAAATGCGATGTGTACTGGATCAGAGTTTACACTCAGGAAATGTGGTTTCATAGAGTCTACTGATCCTCATGTGTGTCTTGATAAAAATGCACAAGTCATTTGTTCAGGTAAGCCTACAAAAATGCATTATCCATGTACAATAATCCATGTATTATAATAATTTTACACTTAATCTGTAAGACAGCCTGTCAG-ATTACTGCTAGAAAACAAACTATAAAATTAAAGGTGCTATATAATTAAATGGTTTTCTACATCTAATGTAAATCCTTTTAATTAAAACCATGGTTAAAACAGGTCAATCAAAACATTAAATCT s fr1.chrUn 227821245 389 + 349519338 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TGACTGTATTTTCCATATTAACTCTCTATATTGAATAGGAAATGTGGGAGTAAGGTTGGTTGGAGGTACCGACCGCTGTTCTGGTCGAGTGGAGGTTCTTTACAGAGGTCAGTGGGGAACAGTGTGTGACATTGGCTGGGATATGCCAGATGCTACAGTGGTGTGTAGAGAACTGGACTGTGG-AGAACCTGTAGATGCTCT s fr1.chrUn 157923583 192 + 349519338 GAGCCGCATGTCACATGTGGA---GCTTTGTT-CACAGGCAACGT------CAAGCTGGCCGGTGGGCCAACTCGCTGCGCGGGAAGAGTGGAGTACTTTGAGAAGGACCAGTGGGGCACGTTGTGCAGCGAAGCCTGGGATTTCAACGACGCGTCAGTGGCGTGCAGACAGCTTGACTGTGGAAGAGCCCATAAGCTCACC a score=888 s danRer3.chr4 8367282 596 + 33808418 GGGTAACGCTCATTTTGGACCAGGATCAGGACCAATCTGGATGAATCGCTTAACATGTTCTGGATCAGAACCAAAGCTGAGGAAATGTGGATCAGTGGAATGGGGTATATATCACTGTGATCATTCTAAAGATGCAGGAGTCATCTGCTCTGGTGAGCTTCTCCAAATTCCAACCTGTTTTTACATCACTTATTCTAATGGCAATGGTAATGACATTGTAATGACGGTAATTGTAATTGTAAAGTTCTGTTATTAATTaccctcatgtcattcca---caaattaagatattttaggtgacatctgagagctccctcattctccatatatacagcgaggttccagacctgttcaaagtccagacaaatgcaaaaaaaaaaaaaaaaaattcctcaaaacaTATCAAGTAAACAAAATAA-CTCTTTGTTCAACAGTTTCTTTTCTTCAGTTTAGGGTATGTATTCTTGTAAATAACTTGCTTGTGCATTGAATTGTTACCTC-----TAATGCACCTGTATTTTAATCTATTTTAGACAGTATTTAGGtaaattaaattatatataaaaatttact-----------ttatttatGTGACATCTACACCAATGATC s fr1.chrUn 227824713 531 + 349519338 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157922397 192 + 349519338 GACATGCGA--------------------AGGGGTTTC------GCTTTCATGTGCAGGTGAGA--------------------------------CACAAAGGACATGC-CGCTGCAAAACACATGCAGTCTGCAATAAATCTCTTGTT--TCTTGTTTTCAAAGTCTTTTTTGA---------------------------------------AAGGCACTCACCTACTATTGAGAACAAAA----TCTTAACGTCTTCA-----TATTACA--------GAAAGTATAATATTAGTAC-TACATAGA a score=-6010 s danRer3.chr4 8368300 568 + 33808418 tttgttttttggcttagccactttattaa-tttggggtcgccacagcggaatgaaccgccaacttatccagcatatgttttacaaagcggatgccctgctagcagcaacccatctctgggaaacatccatacacactcattcacactcatacactacggacaatttagcttacccaatgcacctgtaccacatgtctttggactgtgggggaaaccggagcacccagaggaaacccatgc-----gaacacagggagaacatgcaaactctacacagaaatgccaactgacccagccgaggctcaaaccagcgaccttcttggtgtgaggtgaaagctctacctactccgcccctgcgtcgccATAATAAAATGTTTTATTATGTAACTGTTTTTATTTGTTTGTTTGTTTTTCCATCTCTCCTCCAGGTCACAAGCTTGCCAGAAACTCCAGTTGTTCTGGGATAGTGGAAGTGCTTCATAATCAGACGTGGATGTCAGTGTGTGATGCTGCCTTTGAC---CAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGTACAG s fr1.chrUn 227822648 439 + 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a score=11310 s danRer3.chr4 8486225 656 + 33808418 TATGTCTAACACTAAGCGTTTGTTTGTGTTTCCAGACCAATGGCCATGGATCTGCAGCAGGGGATTTGGTCCACCAGGAGCGACTCTCTCGCTTGGAAAGTGACAAAGAATGTTTAGTGCTCCAGGTGTGTTGTCAAAACCAAGTCCAGACCCTTTATAGCTTGCCTGGGATTTTCCTGTTGGATTAGAAGTGGTGCACTGCTGCTGTTCTATTGACTCCCCTTTATAATACAACCATTGTAGTTTCTAAAT-----GGCACACAT---CAAACAAACTCAAGAAATACTGACCTCTTATCTATTT--AGGTAAGTGTTCTGACTGACCAAGTGGAAGTCCAAGGAGAAAAAATAAGGGACCTAGACTCGAGCCTTGAGGAACATCACATGAAACTGAACGCTACAGAAGAGTTACTACAGCAAGT-GTGTGGTTGTTTTTATAAACTTATGTTCGATAACAAAAGTGCAAAGCATTTAAAGCACACTGTACACTGTATTAAAGGAACAGATTACCCAACTTGTTACTTGTATTGTGTAGGAGCTGCTTAGCAGGAGTACTTTAGAGGCAGAGAAACTGGAACTGTTGACCGAGATATCGAGTCTGAAGCTGAAGCTAGCTGCTGCAGAAGGAGATTGCAGAGAATGTGAGGTACTGAGCACACGTT s fr1.chrUn 256100839 584 + 349519338 TGTTTATAAAATTACG-GCCTTTCCCTCTTTCCAGACAAATGGTCACAGCTCAGAGGCCG---------TCTACCAAGAACGTCTGTCACGACTGGAGAATGACAAAGAGTGTCTCATCCTCCAGGTCTGTC----------AGTGCTGACGTTT----------------------------GTTCCAAACTGAACACCCCTGAT-TTCTGTCG-CTC-----------ACAACTAGTTGAGTGTGTATAAATGCAGGCACACCTGAACACACGTGCTGAGGCAGAATCTATGTGTCACCATGTTCCAGGTTAGTGTTCTCACAGACCAGGTGGAGGTACAAGGTGAGAAGATCCGGGACCTGGAAACCTGCCTTGAGCATCACCAGGAGAAGCTGAATGCCACAGAGGACCTGCTGCAGCAGGTAACGCTTCAGTCATTCTGAGCTTGGGTCCGG----------GCCTGACCTCTGA---CCTCTGCGC-CTGTGAGTCAAGCACAGTTTAACTAAA--------GGTATCCCTCAGGAGCTGATGAACCGCGGCGCTCTGGAGACCCAGAAGCTGGAGCTGATGACCGAGGTGTCCAACCTGAAGCTGAAGCTGACGGCCGTAGGCGGAGATCACAGGGACGGCGAGGTGAGCTGCACCTGCT a score=3710 s danRer3.chr4 8487429 110 + 33808418 TCTCTCTCTCCTCAGGGTCTTTTTCAGGATGTGAAAGACTTGCGCCTCAAGTTGACATCCATGGAGAACGAGAGACAACACTATGAGAGAAGCCTCATCTCAACTAAAGT s fr1.chrUn 256102045 110 + 349519338 TCCTCCTCTCCTCAGGGATGGTACCAGGAAGTGAATGACCTGCGGTTCAGGGTGAACGATGCAGAGAATGAAAGACTTCAGTATGAGAAGCAGCTCAAAGTTACTAAAGT a score=0 s danRer3.chr4 8487539 8 + 33808418 ATGTGTGC s fr1.chrUn 113457559 8 + 349519338 GAGTTTTC a score=58 s danRer3.chr4 8488950 84 + 33808418 TACTGTATATTAGCAGTCCTGGCA----TTTTTGCTTTAAATTAGAGCCAAGTAAATTTGTGGCACATGGTGAGCTTATTTTTAG-GTC s fr1.chrUn 113458541 77 + 349519338 TACCACATGTTACCATTCAGAGCAAACCTTTGTGCTGTG------------GTGGATTTGTGGGAAGACTTGGAGTGGGTGGCAGCGTC a score=2349 s danRer3.chr4 8489034 111 + 33808418 TGAATTGAATGTGCTGTGAGACGTTTAT---TGTGTTTTTATTGGTCAGGAGGAGCTGATATCACTACAGAAACAGCTGGAGGAGAGAGAACAGGCATTTAAAAGAATTCAAGA s fr1.chrUn 256102543 111 + 349519338 TGAATTTTGTGAGTCG---GACGTTGATCTGTGCACTGCTGTCAAACAGGAGGAGCTGCAGCTTCTGCAGAGGCAGCTGGGGGAGCGCGAGGCGGAGCTGAGGAGGCTGAAGGA a score=540 s danRer3.chr4 8489146 67 + 33808418 CGAGGCGTCCCAGAAACCTTAAACACTGAACAGT--------CACAAAGCAAAGAGAGAGGTACTGTATCACTCT s fr1.chrUn 113458725 75 + 349519338 TGAGACAAGCTACAAATCCATAGCTTCCAGCGGTGCCGAGCCCACAGAGCGAGGTGGGAAAGACATCTCAACTCT a score=29 s danRer3.chr4 8489601 3 + 33808418 TGC s fr1.chrUn 113460319 3 + 349519338 TAT a score=2996 s danRer3.chr4 8489604 87 + 33808418 TGCTTTTGTGTGTGTTGTTCAGATGTGGAGGTGCAGAGATTGAGGAGTGCGATGGAGTCTCTGAAGGCGACTAATGAAGAGAAGGTA s fr1.chrUn 256102998 84 + 349519338 TGCCTTT---TGTCCACTTCAGATGCAGAGGTGTTGAAGATGAAGATGGTGCTGGAGTCACTGGCTTCATCCAATGATGAGAAGGTA a score=3039 s danRer3.chr4 8489978 130 + 33808418 TGTCTTTATAATGT-CTTAATGTTTTATTGTGAATTGT--------TAGGATTTCAGGATAAAAGAGCTGCAGCAGTCTTTGATCCATTACAGGCGGGTTCAAGATATAGGGAAAACTGTGCATGTGTTAAAAGGTGAG s fr1.chrUn 113460463 139 + 349519338 TGTTTTTGCCATGAACCTCATGTTGTGTTGGACGATGCACATGTTGCAGGATCGCAAGATTGATGAATTGAAGCAGTCGCTGCTGCGCTACAAGAAAGTTCAGGACATGGTGATGTCGGTACAAGCAAAGAAAGGTGAG a score=373 s danRer3.chr4 8490749 377 + 33808418 tttgttgcttttacatccagcatcaacgacaagacttttgtcaagcagtgtaTAA-----GTAAACCTTTCACATTTTTTTTACAGCTACAATTATGTAAAATCATCTCTGTCAAAAATACAAGCTCTTTATATTTCCTTTAAAGTTACATTTATGATAAAAAAAAGCATTATATTTTCTTTAA---AATGCTTTCTCCGCCATCATGATGAAACAAACTGCTTGCTGACTGAAAAACAAAATGCAGCCATTAAACGCATCTATAGCGACATTCATTTACTCAATTTGACTCTCGTGTCTGTTCTCCCTGAGTCTTTATTACATTTAGGCCAACAATTATTTTGATCTCCTGTATTTTCCAGAAAGCTTTTGTCGGCGTTTCAGT s fr1.chrUn 203365670 330 + 349519338 TCCGCTGCTCTTAAATCTAGC--CATTTGCA----CTCTATTAAAAAATGAATAAAAGGAGAATGCATACCAAATTTTTCCACCATTGAACAAACCTTTGAATTAATTGGGTCAGCCCTAAAA---CATTGCTGATGCTTTAATACTAAATTTAATAATGACAAGAGAATTATATAGAATTTAATTTAATCCCTTTAACACCATCAAGATCTAAAATCTCACTTT-----------ATAAAAGGCACCAA--AATTAAATCTAAAA--------------TATGTTTGGCTT---TGACTTTTCTCAC---GTTTTTA--ACGTTCACATC-ACTCTAACATTGAGTTCATGTTTT----------CTTCTGTCGGTCTTCCTGT a score=411 s danRer3.chr4 8492524 55 + 33808418 TTAAACAATTACTTATAATATTTTAGGAT---------GAAGCAAGCAAAAACAGAGG--------CTTTCC s fr1.chrUn 113461640 70 + 349519338 TTTAACAAGTATTTGT--TGTCTCAGAATATGAATGAAGAAATCAGTAAAACCAGCGAAAAGCCACCCTTGT a score=4535 s danRer3.chr4 8492579 607 + 33808418 ATCCATCTCCCCGACTCAGCCCAGCTCAGGGAGAAATGAGAGTTTTGGCAGTAAGAAAACTCGCTCCTCTTTTGGACGTGGCTTTTTCAAGATCAGAGGGAACAAGATGACAGGCAGCGCTCCCAGTCTAGGTGACTTTTGCCAAACCGTGTCTGTTAAACAATGTCGTATACTTTCTTTCTATATGAAGCTGTACTGTTTTAAACCAATTTTCCACTTTCTTGAAGAAAAGCATGCTTGTTGTTTGTAAGATTAACTCTATTATTGGCTTTTTGGCAGCTGAGGGAGAGCAGAAGGGGACGGAGCACTTGGATTTGGCCGGAGT------GCAAA----CTAAGAAGCAGAAAGCATTGGACACACACTCACCTGATGGGAAGAAGAAATCAAAGGGCATCATGAAGTTATTTGGAAGGTGCTTGTTTAAAAAAAATGTAGTTCACTCCAAAactcatccttcaccctcaaccaaatctgtatgaatttctttgttgaacacaaaggaaaatattctgacaaaagcagccatagtaggaacaaaaaacattatgcaagtcaatggctgcttttgttccaacactttccataatatcctgtattgcgttcaacagat s fr1.chrUn 256103862 416 + 349519338 ATCTGGTTCCTCGCCTCCCTCCATC---------AATGACAGTTTTGGTACTAAGAAGGCTCGTTCATCTTTCGGCCGTGGATTTTTCAAGCTACGTGGAGGAAAACAGGGAGCCAGCTCTCCGAACCTAGGT-----------AGCAGCTTCT-TTAAAC---------------CTTTCTGTA-----------------GAGTTATTTTTCCACATTTATGGGA---------------GTGTGTAAACTTAGTTTAATTGGTATATTTTTCTTAGCCGAGAGGGACCGTAAGGCCGCGGAGCACCTGGACTTGGCCGGTGTCCCCCTGCAAAGATCCCGGGAAGCAG----CTCCTCTCCCGTCCTCTCCTGAAACCAAGAAGAAGTCCAAAGGTTTCAGGAAGTTCTTTGGCAGGTG--------------AGGCTGTTGAC-------------------------------------------CGCTGTTGACATTAAGGG----TTTGCTGTTGAAATC---------------------------------------CTGCTCTTGTG-----------------------------GTTCTGCAGAC a score=-199 s danRer3.chr4 8493225 100 + 33808418 aaatgaggaggacattttcatCATA-TGTTATGTGTAAGATGCACTGAGTGTTAAGACAAAATATCAC----CTTCTAATCATATTTAAAATGTGTTGGTC---------------AGGA s fr1.chrUn 113462931 109 + 349519338 AAGTGAGTAGAAAAT----ACTATAATGACACCTGTAAATTATAATCAATG------CAAATAATCGCGTGTTTTTTCCCTGTATTTATT-TGTGTGGGTCTGAATTTCCCATTTAAGGT a score=40030 s danRer3.chr4 8493325 1881 + 33808418 TGAAGAGAAGTCAGTCCACCTCCTCTGACCTGGATGATTCTCCAGACTCTGAGTTTCAGAGAGGTGGAGTTCGAGCCACAGCGGGACCCAGACTGGGCTGGTCACGTGATCTGCAGAGGAGCAATAACAAGTACAAACCGCTTACTTATCAAGAGTTTTTCAATAATCATTGTGTTTGATTTGGGTGTAACTCGTGTGTTTCTC-TAAGTGAGCTCAACAGTGCATTTTCCCGCTGGAGTAAAGAGCAGGTGTGTGAGTGGCTGCAGGAACAGGGACTGGGCTTATATATGAATCAGGCCCAGCAGTGGATTAAATCTGGACACACTTTACTGAAGGCGTCTCAGCATGATTGGGAAAAGGT--------CTCCGCATTCTTAAATGTCAACAGTGG-GTTATTGTGTTGTGTGCAGTATTATATTTTTCTCTGCGCTTGCTTCAGGAACTGGGCATCAGGCATCCTCTACACAGAAAGAAACTGCAGCTGGCTCTTCAGTCGCTCAGCTCAGAGGACGGAGATGCTATGGGCAAACTGGACTACAACTGGGTTACTCGTAAGTAATGCTAAT-CTGTTATTAATAACAAATGCAGTGTTGATTTTGTTATGATACTAATTATTTTCGTTATGCCAAAGAATGGCTGGATGATATCGGCCTGCCCCAGTATAAATCTCAGTTTGATGAGGGCAGAGTGGATGGACGCATGCTTCACTACATGACTGTGGTAGGTGTCACGTATACAGTATACAAATCAAAGTAGAAAGGTCAAACATTTAAAAAGACAAGCAAGAAGCATTTGATTAAAGGGTAAAATTtctactcaacatttactctcctccttatgagtttttttcttctgttaaacacaaagtaagacattttgaggaaagctgaaatcctgtaaccattgacatccttagtaagaacaaatactatataagacaatggttatagatttacaaaaaaattttaaataactttttctttatttaTTTTACATCATTTTGTAAGTATAAACTGCATCCACAAAAGTGAGATTGACTCGCCATGTCTTTGTTCAGGATGACCTGCTGGGTCTGAAAGTTGGCAGTGTGCTTCACCATCTCAGTATAAAGAGGGCCATCCAGGTTTTACGCCTCAACGGCTACGACCCAAACTGTCTGCGCCGTCGACC----AATAGAGGTAACATACC--------CTGCCTTCCTGCTGACACACACTTTGCTTCATTCACTTATAATATGATTTAACATCTTTCTTTTTTATTATTAGAACAACGCCACACCAGCTGAAATCTGTCAGTGGACCAATCACAGAGTGATGGAGTGGCTGCGTTCAGTGGATCTGGCAGAGTACGCCCCCAACCTGAGAGGAAGTGGAGTCCACGGAGGCCTAATGGTACATGCGATGAACATGTAAAAGCAGAT------TTACCACATTAAAGTTGTTGTACTACGATTTATACTTG---CATTTCT----CAGGTTTTGGAGCCCCGCTTCAATGTTGAGACGATGGCCCTGCTTCTTAACATCCCACCAAATAAGACGCTGTTGAGACGTCACCTTGCGACCCACTTCCATCTTCTGATTGGTTCGGAGGCACAGAAACAGAAGCAGGAGTATCTGGAAAACCCTGATTACACTGTGCTCACAGCCACAGCCAGAGTAAAGGCACGTTAAAGCTTATGAATATGTCAAAAATAACTGTGAACTCCTTTTTGACAGCAGAAATGTAATGTTGTCTTCTGCTTGTAGCCAAGAAGACTGTCATTCGGAAGTTTTGGGACACTGAGACGAAAGAGGCAAGAGGATATGGAGGAGTATGTTTGCCCTATGGATGTGCAAATGCCTCAAAGCAGCAGTTTCCATAAGGG---------CATATATGAGGACAGCTTAGATAAGCTG s fr1.chrUn 256104278 1581 + 349519338 TGAAGCGGAGCCACTCCACCTCCTTCAACCTGGACGATGC---AGACGTGGAGTTCAGGAGGGGCGGAGTCAGAGCCACGGCCGGCCCCCGACTCGGCTGGTCCCGTGAACC---------CAAACACAGGTGCGTCCCGCTGCTCTATTGGTCACGTCTGGAAGAAC-CCGCGATCGACC-------GCCCTCTGTGTGTCCCATCAGCGCCGCGGATGTTCCGTTCTCACGCTGGAGTAAGGACGAGGTGTGCGCCTGGCTCCAGGAGCAGGGTCTGGGCCTGTATGTGGCCCAGGGTCAGATCTGGGTCAAGTCCGGACAGACGCTCCTGCAGGCGTCGCAGCACGACCTGGAGAAGGTGAGACCACCCTCGC-CTCTGCGTTGGCAGCACTGGAGCAATTACTATGTATTAAGGGAAGCGTTTGATCCGAC-----CCCCAGGAGCTGAGCATGAGACAGCCGCTCCACAGGAAGAAGCTGCAGCTGGCGCTGCAGGCGCTCGGCTCCAACGACG---ACCCGAAAGGCAAACTGGATCACAACTGGGCCACGAGTGAGTGCTGCCACCGCAACTGTGGTTCTCCAAAGCAGCTTTGAT------GCGCGGTTTAACGCTCCGATGCTGTTCCAGGGTGGCTGGACGACATCGGCCTCCCGCAGTACAAGAGCCACTTTGATGAGGCTCGTGTGGACGGACGCATGCTGCACTACATGACCGTGGTGAGT-------------------------------------------------------------------------------------------CACTGTGACCTCACTTCCTG--------TTTTATTCTGT---------------------------------------------------------------------------------------GTGATGGAAT------------------------------------------------------------------------------GACTCACCTGTTGGCCGTTCTCCCAGGAGGACCTGCTGTCTCTGAAGGTGGGCAGTGTTCTCCATCACCTCAGCATCAAGAGGGCCATTCAGGTCCTCCGCATCAACTCCTTCGCCCCCAACTGTCTGCGGCGGCGTCCCTCTGAT-GAGGTATCACACAGGAGGGCGTGGCCTTTC----------CTCTTCACTTCCTTCCCTTTACAGATGTTT--ATGCCCGCCTGC---------AGAGCAACATGGCGCCAGCGGCCATCTGCCAGTGGACCAATCACAGAGTGATGGAGTGGCTGCGCTCGGTGGACCTGGCAGAGTACGCTCCCAATCTGAGGGGGAGTGGTGTCCACGGAGGGCTGATGGTGAGGGGGCGGGGCCAG-AGAAGCTGCTCACCTGTAGCTACGGGGGAGACGCTCCACTTGTCGGCTCACCTGACCCGTTTCTTCTGCAGGTCTTGGAGCCGCGCTTCAACGTGGAAGCTCTGGCCCTGCTGCTCAACATCCCGCCCAACAAGACCCTGCTGAGACGCCATCTGGCCACACACTTCCACCTGCTTGTCGGCGCCGAGGCCCAGCGCCTCAAACAGGAGTATCTGGAAAACCCCGACTACAGCGTCCTCACGGCCACCGCCAGGGTCAAGGTACT-----GCTCGTCACCAGG------------GTCTCCTCACTGCTGAAGGTCTGATTGT--TGCCGTCTTTCAC----AGCCGAGGCGTCTGTCGTTCGGCGGCTTTGGCAGTTTGAGGCGGAAGCGCCATGACGACGGCGAGGACTACGTCTGCCCCATGAACGTGGACATGCCTAAGAGCAGCAGCTTCCAGAGGGGGCAGGTCCACGTTTACGAGGAGGATCTGGACCAGGTG a score=611 s danRer3.chr4 8495206 9 + 33808418 GAGCAGGTA s fr1.chrUn 113464744 9 + 349519338 GAACAGGTG a score=-300 s danRer3.chr4 8495573 73 + 33808418 GACTGATCTGCTCATGTATTCCAGA----GAGCT---------GTGTATATGTTAAATATTGTACATGATGTTATGCATCTCTGTG s fr1.chrUn 113464753 85 + 349519338 AGCTGATTCATTCGTTGGATTTAGATGCTGAGCTCAATCTTTCACGTATATGGTTGGTTCTTCAC-TGAGTTGGTTCTTGTTTCTC a score=4555 s danRer3.chr4 8495646 222 + 33808418 CAGATGGAAGACTCTGAGGGTACAGTGCGACAGATCGGCGCTTTCTCAGAGGAAATCAACAACCTGACTGTAAGAAAACTGTGTAAACGTTCCAGCTGTTTTGTATCTGTTG--CAGTTATTTATCCTCCTAACGCTGATCTCATGCGTTTCAGAGCATGCTGAAAGAGGAGGAATTCTTCAGGGAAGCGTCGCC------TCATTCACCTGAAACCAGCGCCACAGATG s fr1.chrUn 256105921 209 + 349519338 CAGATGGACGTCTCGGAGGGGACGGTGAGACAGATCGAAGTGTTTTCTGAAGAAATCAACAATCTGACGGTGAGAA-------------TCTGACCCGTTGGGTCTTCGGGGACCCGGAATCTGTGC-ATTGACGC----CTCCTGTGTTGCAGAGCATGCTGA---AGGACGACCTGTTTCAGACATCACCGCCAGGGGGCGCCACACTGGAAACCCGCGAGGCCGGTG a score=783 s danRer3.chr4 8496171 349 + 33808418 TGTGTCTGTTTGCTGCATGTTTTTGTAATTTTTTCTATTTGAATGTTGTGGTAATTGGGAGGGAACGTTGTTAGAATTGC-------CTGCAAAC----------TCTTGAT-----ATTGTTATGCTATAACCTTATCAGTGAATA-TCACGTACTGTGTACTGTTTTATGCATGTT-----TATGTCAAAGAAAGTTCAATTAAAGCTATTTTTTTCCAAA------TCCAGTCTGTTTTGCATGTTTCTTGTAAATCATCATTTGAATGAGCGTATGA-----------------------CTTTGGGGGAAATCATCTATCCTG-CAGTG---ATTATGT--------GGCAGAAATTGTAGTTTGAGTTATTTATAAATTTAAAGCTTGAAAACTGTTGAAATTAAAAGTGAC s fr1.chrUn 112960849 400 + 349519338 TTTATTTGCTTACTGAATCGTGTTATGACGTATTCTCTTCGTATTCTGGCCCAATTGGGAGCTGCC--TTGTATAATTTCAGAGAATCTGCTAATTAGCTTCTTGTCTTGGTTTTTATTTGTACTGCTGCAGCCTTAC---TGAATAGTTAAATACTAAACAC---ATAACACAAGTTATCCCTATGTCACATGACAGTAAATGATATCGGGTGTTTGAAAAGTATTTCTCCAACCT-TTTTGC-TGTTTTTGACTAAAGAATCTTTGAATGCTAAGATGATATTTTCTTTGATGCATACTGAGCTGTGAGGTGCAACATTTAACATGTCGATGTGTGTTATGTCATGAGCGTGAAGTAACTACGATGT---TTTTTTTTTAATTTAAAGCC-----ACGTTTGGTATTAAATGTGAC a score=2469 s danRer3.chr4 8508837 264 + 33808418 TGCAGGATTTCAGGGGAATGGAACATATTGTGAAAATATTCATCTCAAGAAAACTAAACATTTGTAGAGTGATTTAATATAATACATTGTATTATCTTCAACCCA-------------AGCTATAGATGCATGTGCAGAGAGGAATGGAGGTTGCTCAGCCCATGCTGTGTGTAAGCATACTCTTCCCAGAAGGAGAATATACATGTGCCATCCAGGTCATGCAGGCAATGAAAAAGTATGTACTTGTAAATGTAAATGTGTACTTTTATAATTTGT s fr1.chrUn 80598947 260 - 349519338 TGCTGGCTTTAGAGGAAATGGAACTGTCTGCCAAGGTA---------GGAACATTGAGAACCTATCGGGGAACC----ACAAAAACAGGGACTGCTTCTCACCTGTGTACCTGTGTGTAGCTAGAGATGCCTGTGCACACAACAATGGTGGTTGTAGTGTAAATGCGGCCTGTAAGAGAACTCTACCTGGCAGGAGAGACTGTGTCTGTCACAGCGGGTTCTCCGGTGATGGACTCGTGTGTGTCGGTAGGTTTGGTTTT----TTTCATACCTTTT a score=2902 s danRer3.chr4 8512600 504 + 33808418 TAACATAATGAAAATTAGTAACATGTACTGTGATGTGATTTGACTAATATGTTTTGCTTTTTGTACA----GTCAATAGATCTTC-------TAAAGCGGACTCCTGAAAACACCAGAATCATGAGGTACCACATAGTGTGCTGCCGGACCCTCCTTCCACAAGACCTCATGCAGCCTCGTAACCTGACCACACTTTCTGGGGACATCCTCTCCATCACATACTCTGAGGT-ACAGTGTG----CCTGATGCATAAGCAAA--TAACACGACAGCAAATGAAACATATTAAGCACACGAT---TTGTTTCCAGGATACTATATACATCAATAACAAGGCCAAAGTGCTGTTCAGCGATATTGAAAGCAGCAATGGGACTC------TGTTGGTTAGATTGCTGGTAATCATGACAGTTTCCA-------------TATTGTAAAATGACATTTCATTTTACTTCAGCACATCACCATATTTGACAGAGAAACATAGTTGGTTTGATGGTA-----TTAAGACAACTTGATTTTGTCAGATGATACAGTT s fr1.chrUn 80600264 516 - 349519338 TAGCATTAGCAGCAATGCTAATGTGCACT---------TGTGTCTGACCTATTTT-TTTTTTGCAGAAATTGTTGATGGACAGTCAGCTCGGTAAAGATGGCTTC-------GCCCGAATCCTGCGCAGCCACATTGTCATGTGTCACACCTTACTTCCTGTTGACCTCAGCCGACCCCGAAATCTGACCTCTCTGTCAGGACTGGTTCTGACCACCAGCTCCAGTCAGGTGACCATTTAGAATTTTGAAGTCCAGGTAAATTTAATCTGATAGAACACGGgattgattgattgattaattgattgTCTTCAGGGTAAAATCTTCATC---AACCAGGCTAATGTGACCTACAGTGACGATGTCAGCATTAATGGGATCTTCCACGTGATCGATAAGATCCTGGTTCCTCTGGATGTGAACACAAGCATAGACGTTGTTGTAAGA--ACATTT--------GTTGGCTCATCACC---TTTGATGCTGAGTGACTGATCATGTGATCGTACGAGTCTAAGCCCTCCTCCATTTGTGCTGTGACACAGCT a score=2114 s danRer3.chr4 8515753 92 + 33808418 AAAGTTGATGTGATTTGTCTTTTGTTAAAGGAAGAAGACAAGCATCAAGTGATTTTCAGTGGAGTCTTTGAGCTCCTGCAGGACAGCTGAAA s fr1.chrUn 80605211 80 - 349519338 AAACCTGGTGT---TTGTCTTC---------AGGAGGACAAACACCAGGTGGAGAAGGGAGGGCTGTGTGACCTGCTGCAGGACAGCGGAGA a score=4224 s danRer3.chr4 8526161 271 + 33808418 ATTTGCTTTAAGAGTATTTCACAAAGGGTTTTAGCATTAAAACTAGATCAAAAATTAACTGGGTAATACAAAGAAATGAAATCTTACCC--TCATGGCGAGAAGCCATTATATCAGTTATCCCGAAGGAGGGTAAAGATAGAATGGACTGTGGTAAttatcggccaattagtgtgttaaatgttgactataaacttttcacttctattttagcacgaagactagaaaaagt------tcttccagaaattattaatttggatcagacaggctttatttg s fr1.chrUn 223642541 257 + 349519338 ATTTCCTGAAGAACTGAGGCAAAAAG-----TAATACCAATACTATATCAAAGCTTCAATTA--CACCCTGAGGGAGGGGGTCATCCCCCATCTTGGAGGGAGGCTACCATCTCAGTGATTCCAAAAGAGGGCAAGGACAATAAAGAGTGTGGCTAT---------ATCACTGGTTTAAACCAAGACTATAAACTATATTTAACTATTTTCATCCAAAGAATGTAAGAAGTGACACATTTTCTGG------TTGATAAAGTTCAAACAGGGTTTATTGG a score=387 s danRer3.chr4 8527615 683 + 33808418 CCTTTGAATCTTTAAAGGA--AAAATATGGGTTTAACCAAAGTGACTTTTATAGATAC---CTTCAAATAAGACATTATATTA--AATGTAATGTTAAACCAGAAACATTAAAAGTTGCAGAGACAGGAATAATAAAAGTGTTTTTATCAGTGAGCAAGGCCCAATCATGTACTAAGATCATTTCGAAATTATATAAGGGATTTCGCGAATCAGTATCA------------GAAAATACATTATATGTCAGAGATAAATGTAAAATGGAGGGAAATCTGAATATCTCAGATGAAATTGGGGTAATATTTGTTCAACCCAATGGAAATGTACCAGCTCTGCCATGTGGAGAGAATTCTGTTGGAAGAATGTCTTAAGGTTTTTTATCATACCATCACAGAAAATACATAGAGGAAAGG----------GTACTAGCTGCTGGAGAATGTGTGGGGAAAAAATAGCTAATCATTATCATGTTTTTGGGATTGTCAGAAATTAACCCCATATTGGAAAGAGATTAAAATACATCTAGATTCCATTTTTGAAGTAGAGATTGCCTTTACCTGTGAATCTTTATATTTAGG---TAATATAAATTTGGATGGATGGATTAATAAAGACAAGAAATTGCTATTTATTCTTTTGGCAGCTAGTAAAAAAGTAATCACAAAAAAATGGTTAAAATTAGAGTCACCTACAGTTGAAGAATGGAT s fr1.chrUn 199785167 614 - 349519338 CCCTTCACTCTCTCAAGGTTTAAACAGTGGGCTGA--CAAAGGGTTAATAACACACACTGACCCCTATGAGGTCAGTGTGTTATTAACACTGAGTCAAATCCCAGAGCTTAAAATCTGCCTTTGTTAAATTAATCAGGGTGTTTTTTTTAA-GAG--------ATTTTTGCA--------ATTTAGCCATTATGTAGAAAAGCAGACTAGACAATCCCATTCAGGTTTACTGAAGATCATTTACAGGTCAGACCCCAGC----AGTGGATACAAATC-AAAGATTAATGACAAAA-------AACATTTTTTTCAAC-AATGCAAAAGCACATCATCTCTTTCCTGGAGAGCATTTAGTTGAGAAAA-------------------ATAC----ATACAAACTTTCCAGCTGAAAGGTTTTCTCAAAGCACATCTTGCTAGAGGTACCGTGGTAATAACAAGGCAACTCATG-------TTCTGGG----TCAGACAAT------------GGAAAAACTCACGA---------------------GAATAGTGCTCCCCACAGGGTTTGAGGCTTTATATCTGGGGGCTGAGACAGCCATTGCAAAAGGGGTC--TGAGAATAAATACATGTATGACGTTCTTTGAGCGGCTAGTAAGAAAGCAATCACAAGGAGGCGGTGGACAAAAGCTCCTCCATCAGTCACGGACTGGAT a score=2254 s danRer3.chr4 8546371 118 + 33808418 CACCGACTGCTTGGTTTCAGAGG-----TGATTTCAGCTGTCCTGCAGGAGGTCAAAGACTCCACTGGAAATCACTTGATGCTTGTCTTCTTCCTTTAACAAAAGACAAATCACATCAACTTT s fr1.chrUn 268914016 111 + 349519338 CATCGATGGTTCTGGTCCTGAAGCTTCTTCCTCTCCGCTGTCCTGCAGCAGGTCACACAGCCCTCCCTTCTCCACCTGGTGTTTGTCCTCCT---------GAAGACAA---ACACCAGGTTT a score=7039 s danRer3.chr4 8547461 240 + 33808418 GACCTTAAAATAGTGGAACTGGAATGGCTTTGTTTTATGTGTGTAGAAATTGTATCCCACGAATCCAGCCACTACGATGAGAATGATGAGCCCCAGGACGCCGATGCCCAACCCAGCCTGATGAGCCGGGTG------------------------------------GAAGGAGGGA--------------------------------------------GTTGGAGGTGGAGGCGCTTTCAGAGGGCCCTGCAGAACGTGGATCACCCCGTTGGATGCAAAAATGTTGGAGTCTATGACATACCGGTCGTTGATGTA s fr1.chrUn 268914705 320 + 349519338 GACCTTAAAATAGTGGAAGTGGAATGGTTTGGCGGTCTGGGAGTAGAAGCGATATCCCACAAAGATGACTCCAACCACGACCGTGATGAGCAGAACCACGCCGACCCCGATCCCAGCCCTGTGGGCCACGTGCCTCTGTTGGACCAATCACAAGCCATGTCAGAGGGTGACAGAGGAAAAGGACAAACACACTTCCAAGAGCAAGTGACATCACCCACCTCTGTGTGAGGAGGCGGGGCTTCCAGAGGTCCCTCAAGAACGTGAATGATCCCATTTGAAGCCAGGATGTCGGAGTCCACGATAAAACGATGGTTGATATA a score=985 s danRer3.chr4 8547701 267 + 33808418 TCCTGAGGAGGTCTGAGACAAGCAGTGTTTGTCAATGTGAGTCGAATGTGTTGACATAATGGATGCGAGTTGCAGATATTCTCACCATTTTTTG--------AGGGTTCTGGAGGTCA----GGCACACCGGTGATGGTCAGACTGGAGCCCAGTCGTGTTCGGACATGAGTGACGTTAATAAGGGCCTGCAG---TATTAAAGCCCTCCCATCCAG---------GAGATGGTGCTCTATGTCTCTGCCACTTAAAGTCTGGTCAACACATAAGACAAATAAATCCAcct s fr1.chrUn 272531911 269 + 349519338 CCATCTTG-----TGAGTCTA----TGTTCAACAGTCAAAGGCAGAAAGG--GCCACAATGAATAACATCTTCAGACCTTTTGGCCTGTGTTTGTGTATGAAAAGGTGTGTGACCTCATTGTGGC-CAAGGCTGATGGTCAGATTGTAGCCCAGCCTTGTTGGGA------TGACGT---GATGGTTCTGTAAATCTTTGAACGTCCGCCTGTTCTGACTGGCTGAAATGTGATACTCAAGATCTCTCCCAGAGAGTGTCTAAATcacacacac-acacacacacgcacCT a score=4278 s danRer3.chr4 8549523 143 + 33808418 GTGGGAGTCACCTGGTTGCTATAGAGACCATCGTTATCAGGTACAAACAGAGTGGACTGGATAGTGATGTTCCGAAGGCGATTCACGAATGCTTTTCCTGATGCAGATGTT---GAAAAATTCAGGATTTGCTGAAAAAGACAGAA s fr1.chrUn 268915134 146 + 349519338 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CAACTTACAGACAGGAAGTTAGACAGGGTCGGTGTTGCAGAGAGAACCTGCATCAAGTTTCCAGTACAGGAGAATCCATCACCAATGTAGCCAGTTTTACATTTACACTGCACATCTGAAACACACACATTCTGCTGATATCCAAACCTCACAAAAGCCATTTTAAAAAAAAAAAACGTTTTTTACCTTTCACTCTGTAGCAGAATGTGTCCCACGTCTCACTTAGGTTATTCCGAACCCCGTAATCCACAATACCAACGTGTCCGGAGCCACATCTAGGGCTAGAGAAGCTCATGGGATACGCGACCCTTGCTTTGTCAAGCCAGCCTGCTGTGCACAAGCTGTACCCTGCCTGCGGGATAAACATTAACACCGGGTAAC--ATTTAGACAAGGAGCCCTAGTGGCAGCCAAAAACCAAAGTATTCTTTAAAGAGCA---------------------CCACCTGCTGCGCATAGGACAGCTGCATGTAGGTAGCGATGGTGCTTCCCGCCTCCTTGCAGGCCTCCTGTGCCATGGTGTAGTTGAGCTTGTATGTTCCATTGGTGGAGCGATAATGGAAAACCCCTAATGTTTTATCTGAATGATGAGAAAGAGATGCTTTCTTTTTAAATCAATTAAGCTGACTGCACAGATGAGATTTTAAGGGCACCACAGGGTTAAAAACCATTAGCATAATATAACATAGGGCTAATAATTTGGCTTATTTGCAATAATAACAAATAGATTTGTTTAATTTTAATAAATGAATAACTTTAACATCTTAAAATAACTTAAATAAACTTAAAGACTTTAATTATATTCACAAATCATGGCACAAAAGAATGTTGACGGTAAATATTTCAGTCATTATTAAAAACTGCACTAAAATATTAATCAAATTTCATATTATTCCAATTTAAGTAGTCGTTTTAAGTGATGGACAATTTAAATACATTCAGAAATCCTTCtaataatataacaat s fr1.chrUn 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CAACTCACTGTGAGGAAGTTGGAGAAGGTGGGAGTCTCCTGAAGGACCTGGAGCAGGTTTCCTGTACAGCTGAATCCGTCTCCAATGAACCCAGAGCTACAGTCACACTTCACCTCTAGAAACAGCACTTG----TGTGAGCAACACATCACAA--TTCATTTCACATCAAAGAGGC-TTCCTCACCCTTCATCCTGTAGCAGAACGTGTCCCAGGTCTCACTCAGGTTTTTACGGATCCCATAGTCCACAATGCCTACATGTCCAAAGCCACACAGGGGATTGGAGTAAGTGGTGGGATAGGCCACCCTGGCCTGGTCCAACCAGCCAGCAGCACACATGTTCATTCCACCCTGCAGA--GACCATCAGGACCAGGACACCGATT-------GGTGGTCATGTGACAGAC--GGATCCACATTTTCCTGAGGGTGCAGGTAGCTTGTGTTGTGTTCACTGACCTGTTGAGCGTAGTACAGCTGGTTGTAGGTTGCCATGGTCCCCCCGTGTGCAGAACAGGCCTGCTGAGCTGCAGTGTAGTTGAGTTTATACTGACCGTTATCCGAACGGTGGTGAAACACACCGAGTTTTGTATCTACATG-----------------------------------------------------------------------------------------TGATAAAACGTGTG----------------------------------------TGTT-------------------------------------------------------------------------------------------------ACGACGGCTCGTTCAGT--------GACGCTGTAC----------ACAAACTGTCCTGTCGGTCCC----------------------GTAGACGACTTCATTCCATCCA-----------------ATCACAAT a score=3198 s danRer3.chr4 8551560 76 + 33808418 TACCCTCATGGTGCAGGTCTGTGCACTGAGCATCTGAATGGCACTGTCCGTTATCTACTAGACAGCGATTGACAGG s fr1.chrUn 268916118 76 + 349519338 TACCTTCGAAGTGGAGGTCAGAACACCGAGCGTCTGGGTGACACCCGCCGTTGTCCTGGAGACAGCGGCTAATGGG a score=7735 s danRer3.chr4 8551637 345 + 33808418 AACACCTTTGCTTCACAATCGATCCCATCACCAACGTAGCTATCTTTACACTCACATTTCCTCTTACCCTGGA-ACACAAAAC------------ACATTACATACGC-TTTATGGACCCAGA-ATTTGCATTATATTAAATATGAATGTCTTGCTTACAGGTCCAGTCATGGTGCAGGTGGCGTGTTCATGACACCCTCCATTTTCACCATCAACACAGGGGTCGATGGGTGTGCAAACAAAACCATCGCCAGAAAACCCTTGGAGACACGCGCAGCTCACTTTCTCCCCCTTCTGACTGCATTTCGCATCCTTTGAACAGCCGCCGTTCCAGTACTTGCACATATTGGCCACTGCAGA s fr1.chrUn 268916195 357 + 349519338 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tcaGGATCAAAC-----CCAGTAACGTCACAGATGAGTGAACACG----------------------------------TTACCTCCAGAAGTTTGTAGAAGGTTTTGTAGCCGTGACGTTCGGCCACATCTGTGAGGTTCAGCTGTGTCACAGCACAAATGGAGGAGGGCTTAGACTCGTACGATCACATGATC---------AGTCACTCAGC------------ATCAAAGGTGATGAGCCAACAAATGTTCTTACAACAACGTCTATGCTTGTGTTCAC---------ATCCAGA-GGAACCAGGATCTTATCGATCACGTGGAAGATCCCATTAATGCTGACATCGTCACTGTAGGTCACATTAGCCTGG---TTGATGAAGATTTTACCCTGAAGAcaatcaattaatcaatcaatcaatcCCGTGTTCTATCAGATTAAATTTACCTGGACTTCAAAATTCTAAATGGTCACCTGACTGGAGCTGGTGGTCAGAACCAGTCCTGACAGAGAGGTCAGATTTCGGGGTCGGCTGAGGTCAACAGGAAGTAAGGTGTGACACATGACAATGTGGCTGCGCAGGATTCGGGCGAAGCCATCTTTACCGAGCTGACTGTCCATCAACAATT---TCTGCAAAAAAAAAATAGGTCAGACACAAGTGCACATTAGCAT-TGCTGCTAATGCTAAT a score=2284 s danRer3.chr4 8558873 111 + 33808418 AAATCATTGCAAGTTTAACTCTCCCCTGTATGCTGCTTTTCTCACTCTTACCTGGTTTTTATAATTTTCTGATCTGAAGGCAAAGACTGTAAAGGGGCCACGGGTGTCAAG s fr1.chrUn 268919121 100 + 349519338 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AGAACAGTTAGCTTCAGACCTGGTCAATAATGTGGATCAGTCCATTAGTTGCAGTAATGTCTGATGTGGTGATGGTTGCTCCTCCAACAGCTGTGCGCTGGCGAAAAA----------CAATTCAAAGTAACAGAACACC-----AACGTTTATCAAAGCAAGGTTCAGA----AAATACCCTGAAACAAT--GCACCTGCGGACTCACCTCAGCAGTAGCTGAAACAGAATGTGTTGTCTTGAGCATGGAGGTCAG----AGAAGTCAGGTTGCTGAGGCT----GAACGTTGGATGAACACCT----GGGATCATGTGATTTCTGTGGACACGTGATCGCACAGTTAGACTG-GAACTCAAACCCAAGCTAAAGT--ACCAGTTGATGTGGA-------------------------ACCTGATGAGACTTGGCAAGTTTCCCTTCGTGGTCCAGAAATTGGTGTCCTCTAAAGACATTTTACCAACAGCAACAGAAGACGGAACCAGCAGGGTGAGGTTCT---GGTCCGACAGAGAGTCAGAGAGGCCGGACACCTTTAA a score=3113 s danRer3.chr4 8569181 102 + 33808418 TTACCTGCAGTAAAGTCCCATAACAAATTTTCCCGTCACCAGCATAGCCATCTTCACACACACAATGCCATCCATCTGGGTTCAGG-AACTGGCAGGTGGCCT s fr1.chrUn 268925351 99 + 349519338 TCACCTGTTGGACTGTTCCGTAACACATGTGACCGTTTCCAACGTACCCATCATCACACACGCA----CGTCCACTGGGAGCCAAGTAGGAGGCAGCTGGCCT a score=3544 s danRer3.chr4 8569352 136 + 33808418 ACTGACCAGGAAATGGCATCCACCCTTCTGC-TCCACACACTGATTGACAGGTTCACACTCCCTCCCGTTGCCGTGGTAACCACTTTTGCAAGCACAGTCAATCTAAGGTGGGATAACATTCATCAAAAACCCTGCA s fr1.chrUn 268925652 126 + 349519338 ACTGACCTGGTAATGACAGCT-TCTTTCTGCAGTGACACACTGGTTCAGAGCCTCGCACTCATGACCGTTTCCTTTGTAGCCCCCTTTACAGGTGCAGTCGCTCT--GTTGG--------TCATAAAAAAGGCTACA a score=3099 s danRer3.chr4 8571170 89 + 33808418 AGCCTCCGCGA-TGAGGTAAAGCGCAGGGATCACTTTCCATGCACATGTATCCATCTCCTTGAAAACCAGGTTTACAAACACACCTAAAA s fr1.chrUn 268926487 89 + 349519338 AGCCGCCTCGGGTGAGGGGGCGCACAAGGGTCG-GATCCACACAGGTGATCCCATCACCCTGGTAACCAGGTTTACATATGCACCTAAAA a score=10304 s danRer3.chr4 8571725 680 + 33808418 ACTCACGTGAATGCTCCTTTATTGGACACACAGTTGGCGTGTGCATGACAGGGCTGG-TTTGGTCCACACGGCTGG-----GTCTGCAGCTCGCAGTACTCTCCGGTATAGCCGTCTTTACAGGAGCCCTGCTTACATTTCCCACTGGCTTCTGGATGGTTATCGCATGTGCCATGTATGCACCAACAGGCTGGAAGCAAAAACACTACTATTAATCAGCTGGAATATTCACAAACCTCATTCAATGAAATGAATTTG--TACTTTTGTCACAGTTCGGGCCATATTTGTTGGAGTCAGCGCAGTATTGGCAGCGCGATCCTTTGAACTTGGGCTCACACTGGCACGTGCCGTTTCCATCAATGCCTTCTGAGCACTAAAACAAAAGACA--------ATAGGAGCTTATTTAATAAAAAAATACTACATAGTACACAAGGTATGAATGTGTGTAGGATTTACCGTCCCGTGAGAGGAACAGGGGGTGGTAAAACCACCCGGGCATGGGGAACAGTCAGGTCCAAAAAAACCTTTACAGCACTGAGGAGTCTAGTCAAGACAAATAACGGG---TAATACGACTTTTGATAAGCTAGACGCAGCTGCAAATGATGCATAAATGTGTTAGACACAAAATGTCTAAAGTTAAATAAATACTCACAGTCTTTGTGTCATTGCAGATGTGGGAACAGCCAATG s fr1.chrUn 268926727 657 + 349519338 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ATTCCTCACCTTGAGGATTTTGGTCTCGGTGACGTCACACCTGTGGGGCAGCACAGGCATGATAGAGGGCGGAGTCAAAACACTATCTACGATGTACAGACGACCGTTTTTAGCTTCGACTGCGGCTTCCAACACAGCAGCTCCCCCGATGAAAATCTGGCCCT a score=3600 s danRer3.chr4 8574521 442 + 33808418 ACTTACAGCAGTAGTCACATTAAATGTCAGGATCTGTTCAGCCATGGTCACAGCACGAGGGTTTGACACAATAACATAGGCGCTTAGCTGTAAATACATATGACAGCCATTAGTAGTCAATGATTAAGAAATGCA---TTTGAACACAT------TTGTAGCCATCTGTAT--ACAAACCGGAGTCGTGGACACTATGTGATTGCGCATCAGTTCAAGTAGTTTGGTTTTACCCTATAAGAGGAAAGAGAAAAGTAAAGTGAGGCTGATGACAGAACATACATTTATAAGTTAAAATGATTAAAAACCAGTTGTTATATTGTATGCTACCTCTTCAGATTTTAGGTAGGCTAAATAGTCTGGCTTCATCAAGGCAAAAGCCACATTTGTTGGCGCAAACAGTGTGTACGGTCCGTCTTCTTCTAAAACAGTTGCCAAATTGGTTTTCTGGAAA s fr1.chrUn 268928003 396 + 349519338 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TACCTGGTTACAGATGCAGTAGCGAGGCTCGTTGGGGTCATAAGTCCAGTCCACCTGGCTGTTGGCCTCAGGTTCTGGCAGCACCGAGGCCTGCTGGGAAAGTTCCTGAGCCAATGCTGATGATGAAGAGCAAGATGACAACGAGGAGGAGGAGGAGGATGAAGATGACTGGTGGTTGGAAGACTTTATGCTGCTTCTAGACAACAGAAAGAACAGGCGATGATCAGATCTGGTCTAGGTCTAAAACCTCTGACGTGCTTCCAACACAACATGATGTTTGATCAGAATGTCAAGAAGAAAGCTTTTTCCATAAGAAACACTACCGAACTTCAAGGAACAAAAGTAGTTGCAGCTAAAGTAAGAAGATGAGAAGAGAGAAGACAGACTGAAAGTTCTGTAGTGGTTCTTTGGCACGCTGATGAGCACCACTCAGGTCTTACTTGGACTTGCGGCCC---CTGGAGTCAGAGGTGGTGTTGGGGGCCAGGGTTTGTGTGAGGGTGGAGGCCAAAGCTGAGGAGGAATACCCAGTTCCATCCCGGGAAAGGGAAAACTCCCGGCCCAGCTGGAAGTCATTGTTCTTGATGGCCTCGTAGCTGGCCTTCAGACTGGACGTTCTCCTGCCGTCCTTCATCTGGCAACACA a score=4032 s danRer3.chr4 8643343 152 + 33808418 CCAGataatatttgtatatataattatatatttGGCAGGGACAGTATACATTAATTAGCATTGCAGAAAGTGCACCAGAAGTACTAGAAAAAGGCTATTTTTCATCCGTTATGTTAAAAAGATGTTAAAATT--GACAAACTAAAATGGACAGT s fr1.chrUn 303043615 145 + 349519338 CAAGAAAATGGTTATTTATTTAATTATTT--------GGGACAGTACACATTAATTAACATTCCTTTAAATGTGCCAGAATTATCATAAAATGA-TATTTTTCATCTGTTCTCTTGAGTGTTGAGTAATATTTAAACAAAGTCACCGGGACGAT a score=8873 s danRer3.chr4 8644964 204 + 33808418 TTACCTGTGCTGTGGCTTGCACTGCCTGAGCTGCTGCCATGGAAATAGCACCCGCTCCTGCTGCAGGCCCGGCCGGAAGTGGGCTCAGGTTGTATGAGGAGGTGAGTGATTGGGACGAGTTGACGTTATACATGCTGTT---AGAGGAGGATGTGCTGTTCGCTCTGCAGCCTGCAACGTacacaca--------cacacacacacacacacaca s fr1.chrUn 291066672 212 + 349519338 TGACCTGCGCTGTGGCCTGGACCGCCTGAGCAGCAGCCATGGTTATGGCCCCAGCTCCTGCCCCGGGCCCAGCAGGCAAAGCACTCAGGTTGT---AGGAGGCCAGAGGCTGAGAGGAGTTCACGCTGTAGACACTGTTGGCAGATGAGGGCGTACTGTTGGTGCGACACCCTGCAAACGACACACAACGCGGTTAACACAGACACACACACACA a score=13812 s danRer3.chr4 8646548 1055 + 33808418 TTACCTGGTGTGTTTTCTTTAGTGGCGTCTGACGTGAGCGTGGAGAGCAGGGCCTCTGACTTAAACTTCTTTTCAGGTACGTGTTCAGTAGTGTGGTGGGCTGGCGTGCTGTATTTCCTCTCTGTCAAACGACAAGGA---------AAACAGGTCAGAGTA-----CTGGAAC--CAAAAATTAGACAGA------------AGGTATTTTCTTGGAACAAACTTACTCTCCACTGTGGTGTGTGAATGTACGTGGTGGTTGTTGACAGGTTGAGAAGGGCTGTCCATCTCCAAAGACCCTAGAAAAGATAAAACTGACTTCACGAACAGCTTAAAAATGAGAACAAAGCTACAAGATGATTAGTTTACTAAAGCATGTCCAGACATTTTAAGATATGTGTATACTTTTCCTGAAGACAAGCAATCAGTTATTTTTGTTCATATTAAAAACATGTAGATATCATATTTCTTTAAATGATTTACACTGATTTTAAAAACTTGCCAACTCCTACCTTTTTTATCTTTTGAAATTAGCCAGTTATCTGTAAAAAAGGTGATTGAGAGGC-------GTCACTCACGTCTTTCCAGGATCTCTGTGATGCCAGCGTTATCTGCTTCCAACTCCATTTTAAACTTTGCCAACTCCTGATCCAACTTCCGTAAATGTCTATCAACCTACATAAGAGGCACAAGATCAACACACAACGGATTACACAAACCCACACACAAGTTCAAATGTCACTTCTCATTAGGAAAAATGTATTTAAAAACGTCTATTAAATCTCACGAAAAAGCATTAGTATGCATTTAAATAGCAAACAAAAAAGCTTCCCAGAAATCCATTGGCTTTTTAC-TATTA-GTGATGTGCTGCCACCTACTGGGACCATACAGTACTGACACAAAGGCTAGTGTTGCTAGTTACAGTAAATTACTCACCAGGTCATAAATTTGATTGGCTAATTGGACCTTTTCATCCGCATCTTCTAAAGCTTTATAGTAGTCCTGGTAAACAGAAAGAGATCATTA--GGAAAGCATATTATCTTCTAATGCAAAACTA------TCCATTATTAATTTTTTATCAATCATTG s fr1.chrUn 291066909 778 + 349519338 TTACCTGGAGTGTTCTCCTTGGAGGCATCTGATGTGAGGGTGGAGAGCAGAGCCTCAGACTTGAACTTCTTCTCTGGGATGTGCTCTGTAGTGTGGTGAAGGGGAGTACTGTACTTCCTCTCTGCT--CCAATAAGGAGAGAAAATGAAACACACCCCAGTAGCACCCTGACACGGTGAAGGCTGGGCAGACATCAGCTGATGATATGCTGCCGTGGCTTCTACTTACTCTCTGTAGTGGTGTGAGAGTGGACATGATGGTTGTTGACTGGCTGAGATGGACTGTCCATCTCCAAAGAGCCTG---------------------------------------------------AGGATGTTTAG------------------------------------------------GGGG----------------------------------------------------------------------GAGTTAGAACACT--------------------------------------------TATGAAGAAAGCGTTACAGAGGCCCTGCGTGAAACTCACGTCTCTCCAGGATCTCTGTGATGCCGGCATTGTCAGCCTCCAGCTCCATCTTAAACTTGGCCAGTTCTTGGTCCAGTTTGCGCAGATGTCGGTCCACCT--------GATAAAGCATGAAGATATTTATCATT----AAAGCCGAACCATACCTGAGATAT--CTTC---------AAGACAGAGTCAAAGATTTGAATATTAGAACACCAAAGTGCAGCAACA-----------------------------CCAGTCATGAGTGTGCTTTGTGCGTGTTATGGGATGTG----------------------------GACACACAG---------------------------CTCACCAGGTCATAAATCTGATTGGCCAACTGGACCTTCTCATCGGCATCCTCCAAAGCTTTATAATAATCCTGGAACATGGACACGAGCTGTTACTGGGAGTCGGATTTTATCCCAGTTTCAGGTTAAAAGACTGTTTGATGAGCTGCCGATCAATCCTTG 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CGTACTCTGAACCTGCAGGTCCATCTCCCTCATTTCCGTAAACCTGTCGCGGAGGTCCATGGGAAGCTGCTCGATCACTGCC--GAAGAAGAAAAAGCG-GTTACCGAGCTAGCAAGGCTAGGCTAACAGCCCTGGCTACAGAGGACGGGAAAAGCCCATATTTTTGAGGGCAACGGGCGCGACTTACGCCGGTACT-GCATTT-----TAACTGAGCAA---CACTTACTTTCCAAATAATCCTCCAAGTACAACATGGTGCTCAAGCTGTCGTTTTCAGCGCTTTATCCAACACTTTAGCTCTTTCAATATGGCGCCGCCTGTCGCTG a score=4597 s danRer3.chr4 8656157 92 + 33808418 GAATGGCCCGGGAGGATTCGGTGAAATGTCTGCGCTGTCTGCTCTACGCGCTCAACTTTCTCTTCTGGGTAAGA---------CGAGTCCAAGTCGAGCAG s fr1.chrUn 291069415 101 + 349519338 GAATGGCGCGGGAAGATGCTGTGACGTGTTTACGCTATCTGCTCTATGCGCTGAACCTGCTTTTCTGGGTGAGGATCACTGCTCGACTCCACCTGAAGCAG a score=3466 s danRer3.chr4 8658194 134 + 33808418 AGCTTATGGCCCTGTGTGTGCTGGGAGTGTCTGCCTACCTCAGGGATCAGCTGAACAATGTGCTTACCTTAACCGCCGACACCAGGTGAGTGTGAGTGCATGGACAGGTGTGAGCCGTATACACCTTTCAATCA s fr1.chrUn 291069784 124 + 349519338 aggtgatgtcagcgtgtgtatTGGGATTGGCAGCATGGATCAGGGACCCCCTGAACACCGTCCTAACCCTGACAGCCCACACCAGGTGA-------TGTTCTCACACTGTTGAGACAGA---ACCTTTCAGTCA a score=7196 s danRer3.chr4 8659627 142 + 33808418 CAGACTGGAGGAGGCAGCCGTTCGCACATACTCCCCCGTGGTCCATCCTGTCGTCATCGCCGTGTGCTGTTTTCTAATCATCGTGGCCATGGTGGGTTACTGCGGCACGCTCAAGTGCAATCTGCTCCTACTGTCTTGGGTA s fr1.chrUn 291069952 142 + 349519338 CAGGTTAGAGGAGGCTGCTGTCCTCACCTATACGCCGGCTGTTCATCCTGTTGTCATGGCAACGTCTTGCCTCCTCATTGTAGTGGCCATGCTGGGCTACTGTGGTACACTCAGGTGTGACCTGCTCCTGCTGTGCTGGgta a score=4194 s danRer3.chr4 8661663 154 + 33808418 ATTATTTAACAAGTGAGCCATGCTGCAATTAA---GTTAC------ATTTATGTTGACTCAATGTAATGGA--ATTGTATTATGAATAATATACAGTGGGTACGGAAAGTATTCAGACCCCCTTAAATGTTTAACT-CTTTGTTATATTGTAGCCATTTTTGCTGA s fr1.chrUn 310782056 166 - 349519338 ACTGTTTATCAGAAATACCAGACTGCTGTTAAAAGGTCATTCAGGAATTCAAATTACAACACGGGGGTAGACCACTGTACAAAATACAAGATACAGTGGGTACAGAAAGTATTCAAACCCTCTTAAATCTTTCATTATTTTGTTATGGTGAAGCCTCATTTGGTGA a score=206 s danRer3.chr4 8661817 121 + 33808418 AATC-------TTTATTTTTCCTTTTTCAG------------AAATTCAAAGAAGCATCATTTACTTTTAATGCACAATTTTAAATCTATACATAAACATAACTCT-------CTACTATCATAATCTCTGA----ACTGCCTCCTCCTTT s fr1.chrUn 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CATACCTGTCTTGCAGCTGAAGTGTTGTGGAGTGATCTACTTCACTGATTGGCTGGAAATGACAGAGATGGAGTGGCCACCTGACTCCTGCTGCTCCAATCAGTATCCAGGCTGTGCTCGCCAGGCCCACTATAATGACCTCAGTGACCTTTACCAGGAGGTGAG------------CTGATTGCTGAGGCTG s fr1.chrUn 291070924 191 + 349519338 CCTACCTGTCC--CAGTTTAAATGCTGCGGGGTGATCTACTTCACTGATTGGCTGGAGATGACAGAGATGGAGTGGCCACCTGACTCCTGCTGCTCCAATCCGTATCCAGCATGTGCTCATGTGGCCTTTGAGCGTGACCTGAGTGACCTCCACCAAGAGGTGAGGCTCCGCCCCTTCTCAGTGCTGAAGCTG a score=6605 s danRer3.chr4 8678310 155 + 33808418 TGTTTTCAACAGGGCTGCGGTCCCAAGATCTACAGTTTTATCCGGGGCACCAAGCAATTACAGGTCTTGAGGTTTTTGGGTGTTTCGATCGGAGTGGCCCAGATCTTAGCCATGACTCTGACAGTGACTCTTCTATGGGCTCTCTATTATGACCA s fr1.chrUn 291071333 151 + 349519338 TGTTTT----AGGGCTGTGGACCAAAGATCTACAATTTTATTCAAGGAACGGAGCAGCTGCAGGTGCTACGTTTCCTGGGCGTGGCCATGGGCGTGGCTCAGATACTGGCCATGGCACTCACCCTCATGTTGCTCTGGGCTCTTTATTAtggcca a score=2386 s danRer3.chr4 8683422 99 + 33808418 GTTAACATTTCTGCAGCCTTCTGTAAAGTGTCTGCTGTTACACAAATAATTGTATCATCTGCATACATTTGACAACCAACCTTTTTGCATCTTTCAGGT s fr1.chrUn 197815913 98 + 349519338 GTTAGCTTAGATGCAGCTTGTTGTTTGGTCATTGCATGTGCATAAATGAA-GTGTCATCTGCATATATTTGGATGTCAGCGCCGCTGCATGCCTCAGGG a score=2242 s danRer3.chr4 8683521 349 + 33808418 AAATACTTTATATAGCAACAGATAAGCAATGGACCCAGTATGGAGCCTTGTGGTAAACCGTGGTTAAGACAGATTGGCTTAACCAACCGTCTGCTAGCCTCCACAGTTTACCAAACTCAGATAAGCTGCAGCATAGAGCCTACTAGATATAATAACATAGAGACGATGTC-----CTTTAAATATAAAAAAAAATCCCAACCCATTTAAAGGTAACAATC---TAATTGATGTTCATCAAATAAAAGATAAAGCTAATCAAAAGATAAAACTCGGATAGTTGAACATTAGTCACTCCCCTCTAAAACT--AGTTTTGCGAATGATTTGATAGCCAATCTAAAGCTAGATGTATTTAGTC s fr1.chrUn 104062130 315 - 349519338 AGACATGTCATATGTAATGAAAACTGCAATGGACCTAGACTGGAGCCCTGTGGGATACCAT--TCATAACAAA-------------------GCAAGCCTTCAAAATCTGTC-----------AGCTACATTAATGAGTGTACCAAATTTCA-AAAGTGGAAGTGTCTTCATCAACTGTGTATATAGTATATGTCTGCAACACCTGTGAGGACATCAGCCTGGTAACCGCTGGGATTTGGTTGAAGATTGAATCAAATGCAAACATAAAA----AATATTTTAAAGACTG-------CCTCTAAAAATAAAGTTTTTTAAGCTAATTCTGAACAATTCCAAAGACAGGTACTTTCAGTC a score=6679 s danRer3.chr4 8685725 137 + 33808418 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danRer3.chr4 8705153 344 + 33808418 TGCACCTGGTCTAGGTGTgagaaagaagagcgaaagacagcgagaaagatagagagagttagagaaaCACCACTGAAGCGTTGAATGGGGAC-------AGCCCTGCCGGACCCCGGCCCCCTGGTGGAGAGGGG-----------GGAAAGAGGGGTCCGCATGCACCAGCACCAGCCCATCATGTCATGTTCCATTAAAAGAGACCCCGA----CGGCTTGGTTTCCACCGTTACCTCCTCCTCCATGTCCACCAGCATCCCATTGCGTTTGTACTGCAAATAAGCGTTAGCGCCGCCGCTCTTCGCCGCACGAATTCTAGCAAGCCTGGTTTTCTGTTCAGGTGGACAAACACACGGGCGTTT s fr1.chrUn 177028590 337 + 349519338 TGCAGCTGGGT--GGTGTGATGTAAGAGAGACGGCGACCACACTGAAGCACTGGAATGACAGCGAACC----CTGTGCTGCAGCATGAGGACCCCCCCCATCCCCACCCCACTCTCACCCCCCTGTATGCGGTGGCACGGTCCCCCGAGCAGAGCGGCGTGCATGCGTCAGCG---------------AGGCCCCGGTCAGTCAGCCCCCGAGCCGAAGCCCGGTC----CCGTTACCTCCTCCAGTGAGTCGATCAGGAGCCCGTTTTGTTTGTAGCGCATATACGCATTAGTGCCCCGNATCTTCGCAGCACGGATTCTAGCGAGCCGAGTTTTCTGTT----TGAACAAACAGACCTCTGTTT a score=1786 s danRer3.chr4 8711545 164 + 33808418 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gcaaaaaatgaggaaaaaaataaacaggggagctaataattcaggggggctaataattctcactttaactgtaTATA----TGTAGTCAAAACTAACATAATTTACAAAATAAGTCAAGAATAAAACATAATTTAGAATAGTATGCTTTAAAGAAAAAAAATAAATTAAAAGTAAACCCAATGAGGCAGTCACAGATAGAATGAT s fr1.chrUn 178068999 187 + 349519338 GCACAGGGTGAGGAAAGAAATGGGGCGGGAGGGTTGT----TGGGGGGG--------------TTTGGTGGTATAGAAAAGGGTCAACAAAGGAGGGATAAGGGCAAAGATGAATCAAAGGAGAGAGGGAGTTAGGAGGAACATGTGAGGCAGGTTAGGGAGGGAGGGAGGATACACCAAAATAAAAAGTCAGTTTAGAAATGGG a score=145 s danRer3.chr4 8885990 94 + 33808418 TGGTCAGATATATAGAGAGGAGAGAGATAGAGGGAGTCTATTTCTTTGATTTATCTCACTTGTATTGATCT----CCCTCTGCCCTTGATGTATTTTA s fr1.chrUn 175809809 91 - 349519338 TAGTCAGATTTACTGATGGTGGAGCCACTGCGG----CTCTTCTTCAGGTCT---TCGGCTGAGTCAGTTTTGGGCACATTGACCTGCAGGTACTGTG a score=-732 s danRer3.chr4 8886084 102 + 33808418 CCTGCAGCTCTCAACTTTTCAGGACACGTTGGTGTAAAAGGG--CTGCTTTGAAGCAGGCATGACAGCAGCAGATCATGCGCACAAGCTCGTTCAGTAAGTTTG s fr1.chrUn 168619028 104 - 349519338 CATCCATGTCCCAACACAACAGGATGATTTCAGCTAAGAAGAGCCCACGTTGCCATGGGAATGATATTTAAAGCACTGACAATGAAACAAGAAAAAAAAATCAA a score=36583 s danRer3.chr4 8886186 562 + 33808418 CGCAGAACAACATGGACTCACCCCAGCGTTGTCATGGTGACGATGGTGTACCAGAAAGCCGCCGGGATGCTGGTGAACTTGCTGGCAGAGGAGCCTTTCTCTGCGTAGAACATGACGGTGGCGAAGATGATGATGGCCATGGTGAGCGAGAAGAGCAGGAAGCCCAGCTCGGACGCGCAGCTCTTCAGCGTGTAGCCCAGGATGCGCAGCCCCGCGGAGTGCCGCGAAAATTTGAAAATCCGAAAGACCCTGAAGACCCTGAGGGTGACGAAGGCCCCGCTCACGTCCTCGTTGTCCGTCATGACCAGGCCGATGTAGTAAGGCATGATTGCCACCACGTCGATGATGCTCATGACGCTTTTGACGAACTTGTACCTGCTGGGTGCGGCGATCAGACGCAGCAGGTACTCGACGGTAAAGATCATGACGCAGGCCGTATCCAAACAGAAGAACGCGAGGGCGTAGCGCTCCCCGCACGAGAGCTCCTTCGCGCGGTTTAGCGAGATGCCGCACGGGACCGTCTCCACCACGTTGGCCATAACGGAGACGGCGATGAAAAAGC s fr1.chrUn 269460873 559 + 349519338 CACAAAGCAAAGCACCCTTACCCGAGGGTCGTCATGGTGACAATGGTGTACCAAAAGGCCGCTGGGATGCTTGTGAACTTGGTGGCGCTGCAGCTCTTCTCGGCGTAGAACATGACGGTGGCGAAGATGATGATGGCCATGGTGAGGGAGAAGAGCAGGAAGCCGAGCTCTGACGCGCAGCTCTTCAGCGTGGAGCCCAGGATGCGCAGCCCCGCAGAGTGCCGGGAGAACTTGAAGATCCGGAAGACCCGGAACACTCGCAGCGTGACGAAGACGCCGCTCACGTCCTCGTTGTCGGTCATGACGAGGCCGATGTAGTACGGCATGATGGCCACGACGTCGATGACGCTCATCACGCTCTTCACGAATTTGTAGCGACTCGGCGCGGCCAACAGACGCAGCAGGTACTCCACCGTAAAGATCATGACGCACGCGGTGTCCAGGCAGAAGAAGGCCAGCGCGTGACGGTCGCCACAGGAAA---CCTCCGGGCGGTTCGGCGCAGCGCCGCACGGAACCGTCTCCGCCACGTTGGCGAGAACTGACACAGCGATGAAGAACC a score=6820 s danRer3.chr4 8886748 142 + 33808418 CCGTGACGTAATAGAAGACCAGCGCCATGGTGCTGGTGTGCGGGTTCTCGAACGCGCGCCACATGGACTCGCGGAACGACAAAT---CCGGCATGACCAAGTCGTTGTTGTTGTCGTTCTCCTCATCGTCTTGAATTCTCTCCGC s fr1.chrUn 177053178 142 + 349519338 CTGTCACGTAGTAGAAGACCAGAGCTAAGGTACTGGTGTGAGGGTTTTCAAAGGCCCGCCACAGGTACTGCCGGTACGTCAGATTCACCGGCGTGAC---GTCATTGTTCATGTCCATCTCCTCGTCATCTTGCAGCCTCTCTGC a score=21202 s danRer3.chr4 8886890 593 + 33808418 GTTCTCCCTTCTGCGATCTTTGTATTCCTCATAACAGCAGTCACCTATTATCTCTGGAATGATGCCGAAGAAGGCCAGCTCCTCGTCATAGGCGGAGATGCACTCGTGGCGAGGGTAGTGCAGCTTCCCGGTGCGGTAGAAGTTGAGAATGTGCCTGAAGATGTCCGGGTCGCGGTCGAAAAAGTACTCGTTGGTCTCCTCGTGGAAGAAAAAGTCGCGCTCTGTGCTCCCCAGTAAGGTGTCAGGGTACCTCTCCAAAGTATTCCGCCAAGTTTGAAACCTAGTGCCGCTGACGTTCAAGATGATCAACCCGTCCTGACCACGCTTCTTGTCCCGCGGAGGCGGCGGCATCGGGGCGCTCGCCACGGGCATCCATCCTATAGCTGCGGCGCGCGCGAACGGTAGCCACGCGGCGACTCCGGCTGCCATCCTGACCCAATGTGCGCGAACCGGTGCGACTGAAGCAGATTTTGCGCTCACTGATCCGCCACGCGCAGAAAGGACATCTGGAGGGACACAATGCGCAATCAGTTGGCGTAAACTTAAGCAATACTATCACTCACGTGAACAACGAGCCGCGTTACACATCCAGA s fr1.chrUn 269461485 555 + 349519338 GTTCTCACGTCGCCGGTCCTTGTACTCCTCGCAGCAACAGTCGCTGATGAGATCCGCGACGATGCCAAAGAACGCGAGCTCCTCCTCGAAGGCGGAGAAGCACTCCTGCCGCGCGCAGTGCATCTTCCCGCTGCGGTAGAAGTTGAGGATGTGGCGGAAGATGTCCGGATCCCGGTCGAAGAAGTACTCGTGGCTGGCCTCGTGGTAGAAGAAGTCCCGCTCGGTGCTGCCCAGCAGGGTGTCCGGGTACCGCTCCAGCGTGTCCCGCCACGTCTGGAACCTTCTACCGCTCACGTTGAGTGTGATGAGCGCGTCGCACCTTCGGGGCTGCTGTTGCGGCGGTTCCGGCATCGGCGCGCGAGCCAAGGGCATCCAGCCGAGGGTAGCCGCGCGTGCAAACGGCAGCCACGCGGCCACTGCTGAGGCCATCCTG-------------GACCCGGGGCCGATGGA-------------TCGTTAA-----------CAGAAAGAAGAGCCGGGCAGAAAAAAGACGGAACCAGCGGGAGAGTAGCGCTGAAAAGAAAACTTTTACGCGCAGAA-GTGATGCGTAAAAGAGTCAGA a score=2273 s danRer3.chr4 8975186 263 + 33808418 AGCAGCTCACTCAACAGTCTGCACATGTATCTCCCATCTAAGAGTCTGTCTTTTCTTCCACTTTCAATATTTGATATGTACAAACTGTACAAATGCAATTCAGTGCAGCCAGATAATAACCTGCGCAACCCGAACGCGCTGT-GCTCCACCTTCAAAGTAAGTACCAATTCCTTTTTGTCCAGGATATAAAATGAACAGCGCTGTTCAGAGGGCGCTGAAATAGGGACACCGACACAAATCTCACAGGAAAACTAATGTTGGGT s fr1.chrUn 239487591 217 - 349519338 AGCAGCTC-CTCAACTGATGGAATAT-TCTCTCC------AGATTTGGTCCCTTCTCCAACCT---ATATTTGCTCTCTCCTTTCTG-ACACCCCCCACCCC-----------------------CAACCTTAATTTAATTTCACTTCATCTTCTGA---------AGTTTTTTTTTTTCCAA---ATGAAAAGACAAACTCTGTTCATACGATTCAGAAACAGGAAGATGGACAAAATCTCTACATGAATGCTAATGTGGGAT a score=-1597 s danRer3.chr4 9124768 358 + 33808418 CAATCCTGATCCAGACTCCAACCA--AACCATTATTTCATCTTAAAAATAAGA---CCAATTTTAGCATCAGATAAAAAGAGATAAAATAATTAGGCTGTTTATGATGTCTGCAAATGGTCCAGACAGTA-------ACAGTAAAGTG-------GACGTGATGATTTAGCATGTAGCATCTTCAAATTAGCATCGAAACCTTCATATC------CTTCAGACATTCCCCACAGCCGCACATCACCTAAAATAACAACATACAGTGTGAAATGAACACATACTGGAAGCGTATGCAAACGTAATTTTTCTGGATTACTGGTGAGTTAATAAATGATGAAAAGGCATTGTCGGTGAGTCCCATCTCTGTCCCGGGACAATCAGA s fr1.chrUn 127668074 313 - 349519338 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319813456 62 + 349519338 GATGTTACACACTCGTGATATTTCAGGTTGACCATCAGAAGTTCTCAGATTTTCTGAAATTG a score=9108 s danRer3.chr4 9127006 235 + 33808418 TTAAGAAAGGTTAGCGCCGGCGCACCTGCTTTACTGCAGTCCACAGTAAAGGTGTTCTTCTGGCCGATGAAGGCTTTGGAGAGGCCTGCCCCCCTGGAGACCACCTTACTGGCGTCAGATGAAAACTTTGGCAGAGTAGAGAAAGATCCAGCCACGGATGAGGACTTTGTCACCGTTTCCACCAGAACTGATGAGGTTTCGTGTAGAGAGTGGCCGCCAGACAGACGTGCACCTG s fr1.chrUn 269465656 232 + 349519338 TTAAGAGGTGCTACTGCCT---CACCTGCTCCGCTGCAGTCCACCGTGAACGAGTTCTTTTGACCAATGAAGGCCTTGGACAGGCCTGCACCTCTCAGGAGCACTTTACTGGCATCTGATGAGAACTTGGGAAAGGAGGCGAAGGCAGCGCTTGCTGCTGATGTCTTGCTAACAGTTTCCAGAAGGACGGAGGAGGTTTCATGAAGCCCGTGTCCACTGGAAAGATGAGGTCCTG a score=394 s danRer3.chr4 9127241 10 + 33808418 AAAGAGGGAG s fr1.chrUn 177072590 10 + 349519338 AAACATGGGG a score=47 s danRer3.chr4 9127320 82 + 33808418 TGACTATAGGGTGAACATTCTGTCAGATGGAGTATGGATGAAAAATATTCTTTGGCAAACTGTGGCACATCTACATGTATGT s fr1.chrUn 177072657 64 + 349519338 TGCGTGTGGGGAG------TTTTTAGTTAAGAAATGCCTGAAG------TTTAAGGGAAATGT------TCCATATGTGTGT a score=-383 s danRer3.chr4 9127610 116 + 33808418 tacatatatataGATTAACTTAAAACCTTCAGATGTGCTTCATGAGTGTGTCCTTGCACCGATCTTACACCAAACATTTTAGTTCCGAGGGTAAATACATAGTAAAAATATGGTGT s fr1.chrUn 177072802 77 + 349519338 CACACATTCTCAGAGGAAC-------------ATTTGCTTCATAATCG-----------------------AGACAGCTGAGATCCACAGATCAG---ATGGGAGAATGACTGTGA a score=19704 s danRer3.chr4 9127731 767 + 33808418 GACTCACCAGAGACTTTGGCTTTGAAGGGGCTGCCCACGATATGCTGCGGTCCACCATATTTGATGGAGATGAGGTAGCTGCCGGGAGCCATAGGTGTGTAGGTGACCTTGTATCCTTCCGGACACTCCTGACAATCCATCTTCACCTTGGACGGGCCGTCAATAGTGACCGACAGAGCTCCTGACCCAGCATTACATGTGTTCACAATGAAATCTGATGGTACGCCTGAGACAGAAGACCCAACCAAATGAGTTCCTTTGCATTTGGATTTCAACACTCATAAACTGCTTTTACCAGGTCCTAACTTCTACTCAAACCAATTGAGAAATGAGCACTGTTTAATCATATCACACATTAAAGCAAATTATTTTACACTACAGTCCAATATTTTAAACATTTATTTAAGACGAATCACTGTCCAACCATATGAGATTAGGCTTTTTATTATGATAAAAATATTGTCATCATGATCTTATTATTTGCTTTTGCCATCTGATGAGCACATGGACCAAGAATCCTGACTAACAGACGGTCTTTTTGTTGGTGTCATACCTGTCGTTCCTCCCTCCAGTCCAGGCCCAAAAGCAGTCACCATTCCTGGATCTCCTGCCTGACCAGGTTCCCCGACTCGGATCTTGAAGGGGCTGCCTGGGATGTGGCTCCCATTAAAACGGACATCGATGGAATGGACACCGTTCTCCCGGGGAATAAACCGTATGGCGTGTTTATCTGCACAGACACAGCCACGC---AGTGTTAAGTAGATAAA s fr1.chrUn 269466028 543 + 349519338 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fr1.chrUn 269466635 165 + 349519338 CTTACCAGTGTCGAGCTCAGTGATGGAACAGTCCTCTGTGGCCCCTGATGGGTTCTGGATCTTAGCATCAATCAGTCCTCTGGCTCCATTCAGCTGGACAGCAAAGGAGGCCTCGTGTCCCACCTTCAGAGCCATCTCCTA---ATGAAGACCACAGCAGGTTCATCA a score=12726 s danRer3.chr4 9130764 432 + 33808418 TGTGTTTGATCTGGATTTGCTCACCTGCAGGCTGGTGACGGTAAGAAGACGAGCGTCATCTGACAGTGAGGCAATAGGAACGATGAAAGGGCTGTCTGGGATATGTTCGTCATTAAATTTGATTGACACCTCATAGTCGCCTGAAATCAAGGACGAAAAAAAAAAAGACTGAGTGTAATTGAATGTTATATATTAAACTGAGCTATTTTACTTAAAAGAAATCAA-AACTAGGCTAAAGTTAGCATTAG-TAGTTACCAGGTTCCTGTACAATGTAGGCCACACCACAGGAGCCATCCTTCCTGTCCTCAAAGGAAATCTCTGCTTTGCTGGGACCCTCAACAGCAATGGACAAACCACCAGCACCGGCCTCACGGGTCCAGATACTAAACTCAGCTAAAAGTCACACACACCCAAAAAATTTTATTATGTATG s fr1.chrUn 269466873 396 + 349519338 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CCCACCTGGGACTCCAGCCACTCCTCGGTCAAGGCCCGTACCTCCGGCTCGAACCTTGTGAGCCCCTCCTTCCCCAAAAGGGCCCACAGTGAACTGGAAGGGGCTCCCAGGGACATGTTGGCCCCGATACTTAACATTAACGGTGTGAGCGCCCATTTCCTGCGGTACAAAGCGAACGCTGTAGGTGCTGTCCTCTCCTTTAATGATCTCTGCGTCCTCTGTCTTCCCTCCAGGACTCGTCACCTGAGCCATCATCTCCTGCACCCCCGCCTCACCTGAGAGAGGATGAGAGTGGTTG a score=35 s danRer3.chr4 9131963 116 + 33808418 ACATTTCACATACAATTCAGG------CATCTCTCCCATAAAGCTGA---TGTTCTGGCTGGACTTTTCTG-CAGAGCTGACGGCTGCTCACTTTTTCCAGCCCAGCTCCTCTGTCATAAACCTCT s fr1.chrUn 127671908 124 - 349519338 ACTTCCTGAACGCAACTGAGGAAACTCTATTTTTACCATTTATATTAAGTTGTTTTTGCAAAAATGTCTTGACTGATGTTAAAGTTGGTGAATTGTGGCAG--CAGCACATATTCCATACAATTCT a score=11806 s danRer3.chr4 9132607 285 + 33808418 TGTCGGCCCTGGGGACTGTTGA-----AGGGTCCCAGGCT------TTCCCTTCCCATGAATCCACCGAAAACATCCCTGAAGGGGTCGCCCCCCACCTGGGTGCTTTCTTCCACCCGCACCTCCCGTTTGGTCTCGCCCGCCCGGGTCTTGCTGATCTCGGTGCGCTCTGTGCGTGTGTAGGTGTGGCTGCTGCGGGTGAAGGTACGCGTGAGTCTCTCTTGGGCCGATACCATCTGAAACCAGTTCCCTACAGCCCGAAACATAG------AGGAAAAAGGAAGAAGGAAGGAAGGAAGC s fr1.chrUn 269467617 302 + 349519338 TGCTGGCTTTAGGGAATGTGGGTCAACACAGTGCTGAGCTGGCACCTTCTCGTCCCAGGAGGTCAGTTAAGACATCTCTGAAGGGTTCTCCTCCCACCTGCGTGCTCTCTTCCACCCTCACCTCCCTCGTGGTCTCTCCACCATGGGTTTTGCTGATCTCAGTACGTTCAGTTCTGGTGTAGGTGTGGCTGCTGTGCGTGAAGGTTCTGGTCAGACGTTCCTGAGCCGACACCATGTGGAACCAGTTTCCTATAACACCACAGGAGGAGCCCAAGGCTAGGGGGCGAAGAGAGGTAGAGAGC a score=15985 s danRer3.chr4 9133978 387 + 33808418 CTCACCTGGAATCTTGAGATTGAGGTCACAAGTGCTGCCCACTGTGGCGATAGACGGCGCTTGCCTTTTCCTGGTAATACTTTCCTTCATTCTTCCCTCCCCCAGAACCTTCACTGTGAATGGACTACCTGTGGA---ACAGCATGTAGAGTTTAAAAGAGTCGCCCACTTCACATAGACGCATCCTAAG----GAGACTCATAGAGTATTGTTCTTATACCTGGCACATGTTGGTCTGCGAATTTAATGTTGATGATGTAAGTTCCAGGTTCAGTGGGGCAGTAGGTCACTTTGCATGTTCCATCGTCTACATCCGAACAATTGATGTCAACCTTGCTTGGCCCCTCGATGGACAAACCAAGACCGCCATATCCTAAGGTTTAAGCCAGAGCC s fr1.chrUn 269467944 381 + 349519338 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33808418 TGGCAGGTCTGTTGAGTGATTACCGATGTGTCGGTTTGGCAGTCTCTTCAGCAGGCAGGGTTCCTCGTTGCCAGATGGGGCTCTGATGGTCGCAGACAGAGAGCTCAGGTCTGTCTCCGTGATCTTCAGAGACACGTCTGTGGCTGTGCCAACGTTCAGCTGAGAAGTCCTCATGGAGTCATCACCT--TTATCAATAACAATAAAATAATAATAACATGAAGAT-CCATAATCAATATGTCTTTTTTAACATACAACA s fr1.chrUn 269468807 250 + 349519338 TGGACAGTATTTTAATAACCCACCGATGTGCCTGTTGGGGAGCCTCTTCAGCACGCATGGTTCCTCGTTTCCAGATGGCGCCCTGATGCTGGCTGTCAGGCTCCTCAGATCTGTCTCCATGATTTTCAAGGAAACGTCTGATGCCGTCCCCACATTAAGCTGAGACGTCCTCAGGACGTCGTCACCTGGTGGTCCATCAT---------ATCATAACATGGCGTTGTTAGCCTCTCTCAGTCTCTGGTGACATTCGACA a score=1245 s danRer3.chr4 9137775 100 + 33808418 ATGCACGCGCACACACATAAACACACATGCCAGCTAATTTAGTGATTCACAGACATTATGGAGAGACATAACTTTGCCCTCTCTTGTTCATCCTCCTGCT s fr1.chrUn 33335673 89 - 349519338 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacGTCAGTAAAACAAAAACACGCC-----------GTGCTGCTGCT a score=16146 s danRer3.chr4 9137883 419 + 33808418 CATACCCAAATATGGGCACACACAAACCTGTGATCTTGGCTGTAAAGGGGCTTCCAGCGATGTGCTTGTCATCAAATTTGACGATTATGTTGTAGTCTCCCGGGGCCGTTGGCAGGTAGGATACAGTGCAGGTGCCATCTTTATTATCCTTACAGCTGATCTCTGCCTTGGAGGGTCCTTCCACTGCCAATGACAGACCACCTGGGAGAAGATG-----AGAGTGCAATGTGAAACTAATGCAATGTGAATGGGGGGATTGTAGGTTTGCTGTGGGCATTACCTTCTCCAGCATCCTTAGTGACGATTGTGAATGTAGCGGATTTGTTGACCATCCCGTGACTCAGACCAGGGCCGTATGCATTCACATGCCCGCTGTTAATGGCATCCACATAGAACTGCAGTGGGCTTCCTGT---AGGGAAATA s fr1.chrUn 269469057 416 + 349519338 CGCATGGAAGCATCAGCGGACA-GTACCGGTGATCTTTGCGGTGAACGGGCTCCCAGGGATGTGTTTGTCATCAAATTTGACCACGATGTTGTAATCCCCACAGGCGGTAGGAAGGTAGGACACCGCGCACGTCCCATCTTTATTGTCCTTACAGGCGATGTCAGCTTTCGACGGACCCTCGACAGCGAGCGACAGCCCACCTGCATGGACGGGTGGACAGACCTTACTCAGGAGCTGGAGCTCCA-----GTGTGGGTCGCAGA-----TGCTGATGTTACCTTCTCCGGTGTCTTTAGTCACAATGGTGAATGTGGCCAGTGTGTTCACCGTCCCGTGAGTCAGTCCAGGACCAAACGCAGACACGTGACCACTGTTAATGGCATCAGCGTAGAACTGGAGTGGACTTCCTGTGAAAGGAAAACA a score=7969 s danRer3.chr4 9138815 236 + 33808418 TATTGGCATCTAAAGACTAAAATTGCATTCATAACCAGTGTTTTTTTTT------------TACACAGTATTATTCTGCAT--AGTGCACCTGGTATGTGATTTCCATCATATTTGATGTCCATCTCATGCAGGCCCTTTTCGGTAGGGGCGTATTTGACAGTCACTGTCCCATCCTTGTTATCAGTGATGTGAGGACTGGCGGTTTTACCAGAGGGCATATGTACCTCACCTGGAAAAATacacacaca s fr1.chrUn 269469576 245 + 349519338 TGTTAGCATTTAAAGCC--AATTAGCATCCAGAGCCAGTAGACTGCCGTAGATGACGCCGCCGCTCAACCCTCTGCTGCTCTCACGTTACCTGGAATGTGGCTCCCGTCATATTTGATCTCCATCTCGTGCAGACCGCGCTCGGTGGGCGAGTAGTTCACCGTCACGGTACCATCTTTGTTGTCTGTAATGTGAGGACAGGCGCTTCGGCCAGACGGCATCCGGACCTCACCT---AAAAGGCAGACGCA a score=4163 s danRer3.chr4 9139863 121 + 33808418 AGTAATACCTGTAATCTCCCCCTTTTGCACAGTAAATGGAATGACCAAATTGAACGGGCGAAGCACTGGCTCTATGATGTCCACAGCAGTAACTGGTTCTTCCGTGGCCTAAAAAAAATAG s fr1.chrUn 269469870 121 + 349519338 AGTTACACCTGTTATCTGTCCTTTCTGTACGGTGAAGGGAATGACCAGGCTGAAGGGCCGCAGCACCGCTTCCATCCCATTGATGGGGCTGGTGGGGTCATCGGTAGCCTTAAACAGAGAG a score=-207 s danRer3.chr4 9140804 94 + 33808418 TATCAATACATAAGCAAACAAAAAAAAAATAGTTTACTT-ATGTTATAAACACTACCCAAAAATG------ACTATGCATAATGCATTGCAACAGAAGAT-----G s fr1.chrUn 177077513 105 + 349519338 TGTCAAGACCGAGAGGAAAAAAGAGAAAACAGTGGGTTTCATGAAACTAA-ATGACAGAAGAATAGTGACTATCATGCACGGGGCCACGGGATAAATGCTCTTTCA a score=26041 s danRer3.chr4 9140898 742 + 33808418 CTCACCACCACATGGAAGGGACTGTTGGGAATGTGCTCTCCTCCGAAGCGGATGGTTATAACGTATTTCCCAGGTTCTGGAGCAGTATAGTAGATATCAAATGTCCCATCTGCATTCTCCACCACATCCACATCCAGCTCCGCTCCATCTGGAGTTGACACTTTGCAAGTGACCTTCCCCTTCCCAGCAGCCTTTGCGTCCACAGTGATAACAGTCTCCTCGCCAATTTGAATGGTAGGTCCGAGTCCAGAGCCTGCTCATGGTACAACAATGACATCAAA-------TCAGAAAGAGACACAATTATAATGAAAATATTACAGTATTTCCCTACATAGGAGACTCTTTTTACCATTCATCCCACTGACAAAAAAGTATTTAAACTCTAAAAAGGAGATTTTCACAAAAACTCACCCAGTCCATGTCCCCCAATAGACACT--AGGAATTAACACAAAGAATTATTAGAAGTCATGATATATAACATGTTGAGATTAGATAGTAACAAAGTAGCAAATCA-CAGGTACATGTAACACACATTAAATGTCTGCAACTGACCTGTCACAAGGCATTTGCTGGCATCTCCACTGGGCAGCGCATGGATGCGGTAGGGAGAGTATGGGATTTCATCTCCGCCATATTTGATTGTAATTGTATACCGCCCCGTCATATCAGGAACATAAGACACAGTGTATGTTCCATCTCTGTTATCCCTAATGTTGGCTTTCTTTGGCTTTCCTTCTGGGTCCTG s fr1.chrUn 269470595 626 + 349519338 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AAATGGATG-CGTGTGTATCTGGTAATCCCGCAT-------ATACATAAGATCCTAATTGTAGTCAAT----ATCCAACAAGACAATATTCGTCA-TAAAGAATGCGTAGCAAGCATCT s fr1.chrUn 127677025 119 - 349519338 AGATCCATGACATGGGTTTCAGAAAGTGCAACAGTGAACTATTATGTTGAAATATAACTGTAGTAAATGTCAATCCGCTATTACACTATGAGATACTGGATCATATGTAACATGAATAT a score=264 s danRer3.chr4 9142809 27 + 33808418 CAAAGAAAAAGCCTGATTGAGTGCCAG s fr1.chrUn 177078361 27 + 349519338 CAAATGAAATGGTTGGCTCAATCGTAT a score=9492 s danRer3.chr4 9142836 177 + 33808418 TGTAGCTCACCAATATCTGTACAGTGAGAAGACCTTCTCCTGCATCACGCGCATCAATAGTGAACTCCACTGGTAGACTTGCGGGAACACCTGAAGCATTCAGACCGGGACCGCTGGCACGAACTTTACTGGCATCATGAGCAGGTAACACCTTGATTTTGAATGGACTGAAAAGGG s fr1.chrUn 269471403 177 + 349519338 TGTCACCCACCAGAATCTGAACCGTCAGGAGTCCCTCGCCAGCGTCTCTAGCGTCGATGGTAAACTCCACCGGCAGACTGGCTGCAACTCCGGAGGCGTTGAGACCTGGACCGCTGGCCCGGACTTTACTGGCATCATGGGCAGGTAAAGTTTTGATCTTGAAGGGGCTGAAAGGTG a score=9761 s danRer3.chr4 9143836 456 + 33808418 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ACTGCATCAACA--AATACATAGTTAGTTCCT------GGCTCACTGACCTACAGGGGACTTCCTGGTCTGCGTACTTCACACAAACTGTGTACGCCCCGTCGCTAGCAGGAGTGTAGCTCGCAGTGTGACTCCCGTCGTTGTTGTCAATGACGCTGATGGGTTCAGCAACACCTGCGGAGCAAGCAAACGGTCCACAGACGTTCAACAGTGTCTGCTGTTTGACCAAAGCCCACCAAGATACACGAGCTTTTGCTTTCATGTCAAATGTGTTGATATAGCATTTGTTGGCATCTTAGCATAAGTCCTATAATATTTGACTGGTACGGCACCTCTCCAGTAACAGAATTAAGAATGAGTGGTTCTAGATTCCCAGTCTGATGCAAAGCTCTTCCACAAGTTCTCCTTGGTCCACATTTTTCAGTTGAGCGAGACGAGCCGCATGTCAGCCACTCAGAGTCTTACCGGTGGGCCCATACAGCTGGACCACCAGAGGGGCCAGGCCCGCTTTACTGCTGTCCACGGTGAAGGTCTGGGGCATGTGTGCTCGAACTCCCACTCCCAGGCCAGGACCAAAACATCTGACTTTACTTGGATCCACCAGCTCTCGCACTGGAACACTGAATGGGCTCCCTAAA-ACACACA a score=-2301 s danRer3.chr4 9144292 105 + 33808418 GAAATCATACGGTTAGTTT-----TTCTTTATAAAACAA--TAAAT------CAGGTATGTTCAACTA-AGTATT-----------------------GTAAGTATGTAAGTATTCAACTGCTAAATT--------AAATGA-----------------------TCATGTCT s fr1.chrUn 127677884 173 - 349519338 AATATCATGTAAAAAGTCTAAGAATGCCATGTAAAATAAGTCAAATGACCACCAAATAACACTAACGGTAGCATTCAGAAAACCACAACAGTACAACAGGAAGTTGTTAAGGCTCCAAGCGGAAGCTTCTGGACCCAGATAAGCAGGTGTAGACAAAGACGTGTCTCGTGCTG a score=17576 s danRer3.chr4 9144397 630 + 33808418 TCTAAATGTCTTCAGCAGCACTCTCATACTCTCAAAATGCTGAAATGTGTTGTCAATACATACTTAGGGCACTGAGATCACTCAGAAGCAAACCGTGAAATGAATTAGACAGAAGGAAATTGCATCATACCTGGGATAGGCAGACCTCCGAAAGTAATGTTGACGTCATATTCTCCTGGAGTGAAAGGAATATATTCCACACTGCAGCTGCCATCTTTGTTATCTTTACAAGACATCTTAGCTTCTGATGGACCCTCAATGGCCAACCCAAGACCACCCGTGCCAGCTCCTCTGAAATATAGA-------CATTGAAAATAAATACACTTCTACGTGTTCATTTTCAACAGTAGATGTTTGTATATGTACCTGGTCTCCACAGTGAAGCGGTTTGGCTTGTTGACCAGACCTTCTTCCAGACCGGGACCATAGGCACGAACACGACTGGGATCACAACCTTCGGCCACCGCCACCCTAAATGGGCTCTTTGGGACAGGTACGTCATCATATAGTACCTCTATCAGGTGCACACCTGCACAAAAACA-----------TCAATTGCAACAA----TCTTTGATCTGCA-AGATAAATATGAAGCTGGG-ATGTGGTTTCTCATTCTGGCAAGCTCAACTCAACTCTGATTGGCTG s fr1.chrUn 269472244 586 + 349519338 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score=-363 s danRer3.chr4 9145124 139 + 33808418 TTTTCTCAAT-CAATTATTTTGATGGAATTTTATCAAGGCA-----TCATGGAAAAAAAGACATCAACAGTCTCAGTACAAAAT--ACAATGAACGAATTCCCAACTCGCAACATCTTCTCACAGAATAATCAATACAGAAGTCGTC s fr1.chrUn 269472924 143 + 349519338 TCTGCTCGAGGCAACTGCATTCATG---TTCTATCTCTGAACACGTTCATGGGGAACGCTCCATGAATGTTGTTAAAATGTTATTAACACTTAGCAAGACGAGAAGATGTGACAACATTCCACTGT-TAAACACTACAAGAACAGTT a score=-217 s danRer3.chr4 9145408 153 + 33808418 AGCTTCAGCATAACAGACTTTATGAAAGCCATA-----TAAGCTTCAGTTATGAAACAACAAACCAACATTCAGAGTTTGACTATGGCCTGACATTTCACTTTTTTTTGTAATTAAACTAATTATCCTGAATGGCAATGCAAACAGTTGGACTTttta s fr1.chrUn 269473234 122 + 349519338 AATTTCAGGA----AAGCTTTTTATAATTTAGAGGCTCTGAGCTTCAG------AAGAGCTTGTCAGAACTCTTCTGTTGAGTCTAAACTGGAACTGGAGTTGATTTTGGAATCAGAC-------CCTACAT-------------------CTCTTTA a score=36229 s danRer3.chr4 9145648 985 + 33808418 gtaatgtaatgtaatgtaatttaatttaatttaattta-atttaatttaatttaatttaatttaatttaatttaatttaattt---aattGATTTATTCACTGGAAATCTTACCGTCCTCATAGGCAGTATACTCCACTCTGTAAGTGCCGTCTGCTTTGTCAGTGACATACGCATCAGTGTTGGCACCTGAAGGGTTAACAATACGAACTTTGATGTGGTTTCCACCCATTTTGTTGTGAACCCGAGTGTCAACAATGAAGTGTGTAGTAACTTCTCGGAGCACCCCTGTAAA-----------AACATACCATTT-------------------------------------------------TATAGCAC-------ATTGCTAAACACAGTGATGCTAAATACA-----------CACATAAACAAATCTAA-----------------------------------------TATTACCTCTGGGCTCCACTCCTGGTCCGTAGACCTTGATCCCACTGGTGTCAAGAGCGGGATCTACCTGAACCCTTGCAGGGAACTTTGGCACTGCATGTCCTCCATATTTAATTGTGATAGTGTACATTCCGTGGAAAGGAGGGATGTAGGTGATCGAATATGTCCCGTCGCTGTTGTTCTGGACATGAACCTCCGCCTGCGCTCCTGAATCTGAAATAATCTCGATGGTCAACTCTGCCTCGCCGGCTTTAGAGCAATCGACTGTGAATGATCCCGCTTCATTAACCTTTCCTCTCTCCAGACCTGGTCCACTAGCTGTGACCTTGCTTGGGTCAAAGACGGACTGCACCATAGCTTTAAATGGGGAACCTGGGATATGAGCATCAGCAAACAGGATGTTGATGGAATACTCTCCAGGTTCGGTTGGCAGATAAGACACAGAGCAAGATCCATCTCCATTGTCCTGGCACTCGATTTTGGCTTCGCATGGGCCTTCCACAGTCAGACCGAGACCACCTGTGCCAGCACCTTTGGTGTCGATGGCAAATGGAGCCGGCTTACCCACAATGCCTCCCTTCAAACCAGGCCCATAAGCCCGTACCTGGAAGTGAAAAGAAGAAAAAACTG 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TAGCGT-------GCTTAAAAAAAATAGAAGATAACCGCTAAC------CTGAATTTTAGAATAGAATAACCGTCTTA------------------------------------TTGCCCTCTCAGT------------------------TCCCTGCAATGTGAGCAATATCAAGGCAGTGATGGACTGCTACACACTGACTGCCATGCTGGAGTGGTACCCCAGTGATGGAGCACTGAGGTATGAAGCTGTGGCCACATCTGCATCAGGCCACAACGTCACCTGTGAGACCAGCATTGCTA------ACTGTGACCTGGAAGGAATGCTGTGTGGCCAGAGCTACTCTGTGTCGCTCAGAGCTATTGGAGACACCTGCAGCAGCATTGCCCACATGACAGGGCAACTGCTCACCGGTAACAAAATATTTGTTTAAACTG-----------------------CAATCTGTTCCACGGTGCACTG--------TTTCTTTTATTATCACCACTTCTTCAATTCTAGGTGCAGTAATATTTATTTGTACTCCACCATAAATCTGTATCCTTTAAGGGATTTCTTATAGATATCACAACTTACAGTG-CCATTTTATTCACATTGACAATATGCTTATTCTCA---TATTGCAAATCTTCA a score=2027 s danRer3.chr4 9239478 362 + 33808418 CAGGTACATGTGTTCCTCAACATCTGACAGTCCAGTACAGTCCATCC----AACACTCGGATT---TCCTGGGATGCCTCTAACGGTGCAGCCGGCTTCACCGCAGTGGCTGTGACTCCTGAAGGCCTAAGAGT----AAAC----TGTGAGAGCAACAC---CAGCTGTATCCTCCCAGTACTGAACTGTGGTCACATCTACAACTTCAGCGTGACGGCTCACAACGGAGTCTGCAACAGCACTGCCATCACTGATCCTATCAAGACAGGTCAGT-CATGTGATCACTGATTTTAAAGAAGCATTAACACAAAAATC---TTAAACTGTGCCA-TAATATATACACACTTTTATGTTGC-TTAAATATTTGTGGTCTTTCTTTTT s fr1.chrUn 177323733 372 + 349519338 CAGTGCCATGTGTACCACAGCAGGTGACAGCACAG-ATGGTGTGCTCTAATGACACCGGCCTTGTGTCGTGGGAAGAAGCAGATGGTGTGTCCTCCTAT------GTGGTGCAAGCTTCTG--GGCCCAATGGTCATGAGACCTTGTGTAACAGCACCACAGCCAGCTGTAAACTTCCCAGCTTGCACTGTGGCCAAATGTATAACCTGACAGTGACAGCCCAAGATGGGCAGTGTGACAGCAGCCATGCCCCTCAGACCTTACAGTCAGGTTTGTATATTAGAT-----ATATTAAACCAAGTTCATACCAGGACTCAGTTCAAACCCAGTTATTAAGACTCTTATCCTCTAATATTTCACTTCATATCTGTTGACTTTGGTTCT a score=5690 s danRer3.chr4 9242566 355 + 33808418 TTTTACCTAAAGTTAGTCTCATTTTCTTCTTGTCTTTTTCAGAGCCCTGTCCTCCTCAGAACGTCAAAGCTAGCATTAATTGCACTGCTCTCAGCGCTACAGTTTCCTGGGACCCCAGCCAATTTGCACTAGGATACATTGCATTCCTGGACAGTGGAAATGGTCGTTCAACTTCCTGTCAGACTAATCAAACACAG--------TGTAGTTTAGCTAATCTCACCTGTGGAACGCTGTATAACGTGAGAGTCCTTGCAATCGGAGAAGTGTTCAACAGCTCTGACAGCATAGGATTCAACATCACATCAGGT-----------CTGTAAAAACAATACCATCACAAATAAATTC-----GTGTATGCTTTTGTCATCA s fr1.chrUn 312302521 368 + 349519338 TTTTGATTAAAG--------ATCTGTCTTTCCACTTATTCAGAACCCTGCCCCCCTACCGCCGTTCAAGCCACCATGGACTGCGAGCAACTCAATTCGACGGTTTCCTGGCAACGGAGCGACCTGGCTGTGGGTTATGTAGCTTACTTTGAAAACCAAAATGGCCACTGTGTTTCCTGTGTTGCTGG--AGACACAGATGTGTCATGTCACGTGTCAGAACTGATGTGTGGCACAGTGTACCGTGTCAGGGTCAAAGCTTTGGGCCAAAAGTACAACAGCTCCGACAGCACAGCGTTCTCCCTGACATCAGGTAAACACCAGCATTGTGGGAAAAAAACTA-CTTAGATACATTCCCTTAATGTAAATTTGTGTTTTTA a score=2314 s danRer3.chr4 9244448 254 + 33808418 TTTCTAGCGCCCTGTGCGTCCACCAGTGTTTCTGCTGTGGTGGATTGTGCTACGGATTCAGTTCTAGTGACCTGGAGCTTCGTGGACGGGGCTGTGAATTACTCTGTGATGGCTTGGGGTTCAGGAGGACAAATGGTTTCCTGCTCAACCAATCAGAACTACTGTTACATCTTGTCCCTGCAGTGCGGACAGCTTTTCAATCTCACTTTAACCTCCATTAACCAGCAGTGCCAAACCACCACCGACACCAACGT s fr1.chrUn 177325205 254 + 349519338 TTCACAGCTCCGTGTGTGCCCACCAACGCCAATGGACACCTGGACTGTGTGTCAAACTCTGCCTGGGTGACTTGGGACGCCTCAGATGGAGCTCTCAGTTACACTGTCTTCGCCCAAGAGGTTGGAGGTCATAATTCCAGCTGTGCAAGCACCTCCTCCCCCTGCAGTGTACCTGATCTGAAATGTGGGACAGTCTACACCTTCTACATCACTGCTATCAACACACACTGTCACAGTAATCACAACACCAGCTT a score=6834 s danRer3.chr4 9247360 271 + 33808418 CAGGGCCCTGCACTCCTGTTCATCTTCAAACATATGCGGAGTGTAATAACCATGTGGGCTCCGTCAGCTGGGGCTCAAGTGAAGGGGCAATCATGTACAAAGCCACTGCAGTGGGTAGAGACAGACACCAACACCAGTGCGCTACTACAGATACGAGCTGCACCTGGACAGACCTGCACTGCGGTCACATCTATACCGTCACAGTCACTGCCAATAACAATCAGTGCACGAGTGCAAGCAGCACCAGCACCATCATACACATGGGTGAGAT s fr1.chrUn 177320915 271 + 349519338 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TTGAATCTTTCTTCAACCTTGT-------GTTTTGGCAGTGCCGTGTGTACCTGGTCATGTGGAGGGCAGTGTAAACTGTACCACTGGAGCTGTAGCTTTATCCTGGAATCAAAGCAAGATGGCGGTTTCCTACTCTGCGGTCGCTCAGAGTAGCAGTGGCTACACTTCAGTGTGTAACAGCACAGGAACAGCTTGTGTCTTCTCAGATCTGCTCTGTGGGATGAACTACAGTCTAGCTGTCAGTGCATCTGATGGGACCTGCAGTACTACACCAAGTCAACCAATTTTGCTGAGCACAGGTACCtaaaataaataaataaatacaacattatatacaaatatttacacaaacaaacatttatttaacttaaataatttaaatCACTAGCCCTCC-----TGTTATATTTTAATaaga----atattttcactgtatttcctaaaatatttttcatgccag s fr1.chrUn 177322148 423 + 349519338 TTAAACCTTTCTTTCTCTCTGTCTCGCTTGTATTTTCAGTTCCTTGTGTTCCTACTGACGTGACTGTGGTGATAGACTGCTCTAAAAATGAGGCTAATGTCACCTGGAGTGCCAGTGATGGAGCCTTGTCTTACAAAGCCTCGGCTCTGAGCACACAGGAATCCACATCCCTGTGTGAGACTACAGATCTAACGTGTACTTTGACAAACCTGACCTGTGGTCACTCCTACATGGTACAGGTCGTGGCACAGGATAATATCTGC------------------TCAAGTTTACCGAGCCCAG---CCAAAAGTTTCCAGTCAGGTAGAACA------AAAACTACTTGAGTGTA-----GTTGATTTTAGTTATTATATTTGACTATCAGGCCACTAATGTGTGTTAACTGTTAATGTGATATCCTCTTTTCTTCCCATCTCTTAG------TTCCATGCAAG a score=883 s danRer3.chr4 9256260 142 + 33808418 CATGTCA-ACTGCAGCAGCTCTAACAGCACCTGCATGTTACCTGCTTTACACTGTGGCCAGAACTACAACGTTACCGTTTCTGCCCTGGATGGAATATGTG-------ACAGCAGCAACACACTC-CTCAGTCTGCAGTCAGGTCAGTCTG s fr1.chrUn 136133801 150 + 349519338 CAGGTCAGAGTGCACAACGAACAAGACCTCCTGCAGCCTGCCTGCACTCCAGTGTGGAGAGGTTTACACTATTGGTGTTGCATCTGCTGATGATGACTGTGCGGGTCAACAG-AGTGATACAGTCACTTTGAACACAGGTAGGACAACATG a score=2615 s danRer3.chr4 9257621 176 + 33808418 TACATGGCTGTGGCCGTGTCTAGTGATGGTCATTCCTACTCTTGTAACAGCACCACCACCTCGTGCAATCTGCAGGAACTGCAGTGTGGACAGATTTATAACGTTTCTGTCTTCTCACTGGCCAATGGTTGTGGGGGTGTGATGAGCACAGTCTCTCAAGTACAGACAGgtgcgtg s fr1.chrUn 177322652 176 + 349519338 TACACTGCAACAGCTTATTCCATGAATGGCCATGTTGCTACCTGCAGCTCCAACGTCACCAACTGTGAGCTGTTGAACCTGCAGTGTGGCCAGACATATAATGTGAGTGCTGTGGCCACAAATGAGGTGTGCAGCAGCGCACCAAGCACCAGTTTGCAAGTAGAGTCTGGTGAGTG a score=467 s danRer3.chr4 9259562 105 + 33808418 ACAGCAGGTAAG--TTACATGTTTGTAGTGCTG---CTGTATAGCA--AATGCAGTCAGTGTGGTAAGGAGTTTCAACATGGTTAACTGC-------------------TTACCTTTATTAAAACAAGCCA s fr1.chrUn 177323230 130 + 349519338 AAAGCAGGTAAGGATGAGAGATTTCAAATGATGACCCTTGATAGCAGGACTGAGGTTAATGACACA-GACATTTCAGTTTGGCCATCTGTGATTATTTTAAGCAGTATGTTTTCGTCATTAAGCCAACTCA a score=14279 s danRer3.chr4 9259667 988 + 33808418 ACCGCTTTCTCTTTTCTCAGCTCCATGCTCCCCTCAAAACGTGCAGGCCAACGTGCAGTGTGATACAGGGTCTGTGCTGGTGAGCTGG------AGCCCGTCAGTGGATGGCAGCCAGTTTGTTGTGGAA-------CTGGTGTCCCAGAGCACGGGTTTGATCTCCTTCTGTAACAGCACAAACACACAATGCTCCATCACCAATCTAACCTGTGGACAGATCTTCAACCTCAGTGTGGTGGCAGTGAGAGGCAGCTGTCAGAGTCAGCCAAGTAGTGGCGTCAACATCACCTCAGGTTGGACACTTACACAAGAACACCACTACAGATTCTAATACCCAAACTTCACCTA---------------------------------ATGCATGTCTGATCTCTTTCCTTCACAGCTCCATGTATCCCACAGGGGGTCAACGGCACTGTGGACTGTGTCACTAATTCTGCATGGGTATCATGGGATGTAGATAATAGTACAGATACTTACACAGTGCTGGCTGTAGGGGATAGTGGTCAAAATTCCACCTGTATCAGCTCAAACTCTGTGTGTCATGTACCGGACTTGGGTTGTGGAAGGAGATTCACCTTCCAGGTCACTGCCTCAAATGGAGCCTGTGTGAGCCCACCCAGCAAGAGCTTTAAGTTGGAGACAGGTTAGTAGACATGCGATAGAAAACAGGTTTACCGCTTCTTTTTTGAGATC--CCAGGCCTCAGTTTTGCAGT--------ATGTGTAATCTCTGTG----------------------------TCTCCAGCACCCTGTGCTTTATCATCCATCGTGGCGACAGCCGAATGCCAGAGTTCTGTTATCAAGGTGCAGTGGCAGAGGGACCAGATGGGAGA----TTCTCTCTACATTGTCACAGCAGAGGATCAAGACCGTAACTTCCTTTCTTGCAACAGCTCCACATCTTCTTGCAACCTTACCAATGTGCAGTGCGGCAACGAGTACACCATCATTGTGGAAGCTTCTGCCAAAAAATGTAGCAGCCTCCGAAGCCCACCATACAAGATTAGGACAGGTA s fr1.chrUn 177324821 1045 + 349519338 ACCTCCTCTCTCTTTATCAGCTCCTTGCACACCACAGGATGTGGATGTTATTTCACAGTGCAGTGATGCTTCCATGGTCGTGTCCTGGTCCAGAAACCCAGATGCTCAGGACTTCCAAGTCATTGTAGCAAGCAACACTGGTGCTCGACACCAC----------------TGTAACTCCAGCGGCACAGCCTGCACCATAGAAAATCTCCCGTGTGGACAGAACTACAATGTGACCGTGGTGTCTGTAAGAGAAGGATGTGAGAGCCAGCCCAGCACCATAGTAGAGATGTCCTCAGGT-GAATATTCACTGGTGAACTTTTTC-----TTTTAACATGCAAACTGAACATAGCTGTTGCAAATTGATGTGCTGCTTTATGTGGCATTTGTTTTTATGCTTTTCCTTTCACAGCTCCGTGTGTGCCCACCAACGCCAATGGACACCTGGACTGTGTGTCAAACTCTGCCTGGGTGACTTGGGACGCCTCAGATGGAGCTCTCAGTTACACTGTCTTCGCCCAAGAGGTTGGAGGTCATAATTCCAGCTGTGCAAGCACCTCCTCCCCCTGCAGTGTACCTGATCTGAAATGTGGGACAGTCTACACCTTCTACATCACTGCTATCAACACACACTGTCACAGTAATCACAACACCAGCTTTGAGATTGAGACAGGTACCTGACTAAACTCTCTCAAATTGG--TATTGCACCATTTTAAAGGCTCACCAGAACGAATGATTATTGTCCATTTGAATGTGGTATCTGTTTAAATAAAAGTGCATTTAAATTAATTTCCTTCTATAGGTCCTTGTGCTCTAACATCCATCAATGTAGCGTCACAGTGCAACAGTAACACAATTTTGGTAGAATGGGAGCTG-------TCGGAGAACACGCCCCTCTACGTGGTGACTGCTGAGGGTCACGACCAATCCCTCATCTCCTGCAACAGCTCGTCCACATCGTGTGAACTCCACAATATCCGCTGTGGAATGCTTTACAGCATCATAGTCTCTACTTCATCCGATAAGTGCAGCAGCATGAGAAGCCCGCCAAAGAAGATTAAAACAGGTA 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CTCTTTAGTGCCCTG--CATCCCAGACAATATAACAGCTGTACCACTGTGTGAGGACAACGGAGCTATTGTGACATGGGGAAACTCGCCAGTGGCGACATCTTACCAGCTGACAGCTACAGGAGTAGATGGGCACTCTGCAGTCTGCAACACCTCTGTGAACAACTGCACCCTGGCTCACCTGCAATGCGGACAGTCGTACAACTTAAGCATCACTGCGAGCGGGGACAACTGCACCAGTTATCCCAGCACTA----CACTTTTCAGAACGGGTATAAACATGAAGAAATAAAATAAATAGTTTAATCTCTTCAGATTGAGAAATCCACCATCAGTTTCCCGCTTGATTCACTTAAATATGGTCTTTCTCTTTCCCCTGACAGTGCCGTGTGAGCCATCGGGTCTTGTGGTGGATCTCGACTGTGAGACCAGCTCTGCTACCCTATCTTGGGATGTGAGCGAGGGCGCTGTGGAGTACTTTGGCTGCGCCCAGTCTGAGGGTGGAAATATGCTCTACTGCAATAGCACTGACATCTCGTGCACCATCGAAGGCCTGGAATGTGGAGAAATCTACAATTTTTCTGTGGAGGCCTCTGATGATGTTTGCAACAGCTCCTTCAGTGAACCTGTGGAGGTCGGAGCAGGTA-AATATTAAATT------------ACGCAAAACACCAGTACAACTGTTGA----AGCTCTGAATGTTAAAACACTT-----------------------TGGGACACTGCACTTGT--GTGGAAGTTGTTGGGAAACTGATATTTTTCCATTTGTATAATCATT a score=2492 s danRer3.chr4 9268865 306 + 33808418 TTTCCCCCTACAGCTCCTTGTCCTCCAGCT-CAATTAAGGGTTGCCCCTCGTACAGTAGTGAATGGCACTCAGATCTTGAGGGCATCCTGGTCAACTGTGAACTGCTCTAAGTCTGAATACCTCCTGGCTCTCAAAGGCTGCATTCACGGCAACCACAATGCACAATCTGACCTTACCTCCTACTGGACAAGTCACACATTCTTTGAGATCCCTCTTCCTTGTGGCTCCTCGTACAGCGCGACCATCAAGGCGAGAAACTTTGCAGCCACGAGCGATGCCTCTGCTGCTGTCAATGGAACAACAGGT s fr1.chrUn 177326799 302 + 349519338 TTTTCTTCT-CAGCTCCTTGTGCGCCAAATGTTCTTAAGGTCCGAATGCAGAAGATAGGCCAATCTCACTGGGCTCTCA----CATCATGGGACCGTGTGAATTGTCCTGATGTTGAATACCTTGTAGAGATAATTGGCGAAATACAAAACAGCCCACATGCTCTGATGGCGGTCTCTTCATATTGGGTTTCCTCCACATACTTTGAGTTTCCAATGCCTTGCAGCACAGCCTATAACCTCACGGTTCGCTCTAGAAACACAGCTGGGGTCGGCGAACCGTCCAGCGTCTTTACAGGAATCACAGGT a score=2334 s danRer3.chr4 9269279 218 + 33808418 TTTTCTTCAGTACCTTGTCCACCTTCAAATGTTACATTCACTGC------ATCATCAGCACAAGTGGCATGGGCGGAGTCTGTATTTGCTACAAACTACACCGTTTATGTGGTCGCTTCTTCTAATAGGACGACACTCTGCATGACCTCACAGCTTCTCTGCTCGGTCAGTAACTTCAGCAGTGGGAACCTTGTTGTAACTGCCAGGAACGCTGCTGGGGAAAG s fr1.chrUn 177327630 224 + 349519338 TCTTCCACAGTCCCCTGCGCTCCACAGAATGTTAAATACTCTGGCGGCAGAGAGTCTGCTGTGCTCTCCTGGAATGCATCAGTGTTTTCTGCTCGTTACACCGTTTACAATGTGTCAGGAACGAGCCGCGTTCAACTCTGCAACACCACTGAACTCTACTGCCAGCTGGCTCCCTTTGACCCTGGTACCACTGAAGTGACTGCCAGCAACGTGGCAGGAGAGAG a score=473 s danRer3.chr4 9269497 5 + 33808418 TGAAG s fr1.chrUn 238083589 5 + 349519338 TGAAG a score=15073 s danRer3.chr4 9272728 836 + 33808418 AAAGTTGCagagggagagagagagagagagagGGGAGAAGACAAACTTGGATCAGGGAGAATCTGCTCGAACACTGTTTGTTCGTTCTCCAGATTCAGAACTGGGGCGGTC-TTGTCTTGCATGTATTCGTTCATTGCTGGATTCCCGACGGTGCGA---TCGCTCTTTGCTGCGACTGCGCTTGTGTTGGCG---------------------ATCCTTACTATGGCTGCGTTCCCGCTTCCTGTTCTTCTCTTCCCCGGCTTCCTGCCTGCTCCTGCTGCCAGAGCGGGAGCGTTTCTTGCTAGATCTCTCAGCTTTGTGTTTGCGGTCTCTGCTTCTGCTTC---TCGAGCGTTTActtctcttttcttccctgtgttttttctcctccttatcatccttgtgcctccgctcctctccctctcctttactcctcttgtcttttgacctctctcgatctttatggtgctccctgtctttcttgcgactacgctctctctcactctctgcctctctgtctttatcacggtctttt-------ctctcCGTTCTCTT-----GTCTCGGCTGGTGCTGCGACTCCGGCGTCGTTCTCTGCTTCTGCTCCGCCGGCGTTCTGCGTTTCGGTCTGGAGTTCTGGAACGTCGtctatctctgtctctctccctgtctctctctcggtccctgtctctatctctgtcCCGGTCCTTTCCTTCCCGTTCCTTGCGCTGACGGTCTCGTTCTCTCTCCAGTTCATGATCAAAGCTAGCACCATGCCTTTCTCTGTGATGGCTGCGACTCCGG------GAGCGATTCTGGGATTTCCTGGGACTTGGACTTCTCCTAGGTGTCCTGAAGGCACACACACACAAAATCA s fr1.chrUn 238085482 749 + 349519338 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TTACTGTGATATCAG---ATCTTATTCATACAGATA---------------CTCACTGTCATCAAAGCTCCTTATTGGCTGCTTTTTTGCAAGTCTCTCCTCTCCAGAGCTGAACTGCCGCAAGAGGACTTTATGCTGAGATATTACAAAAAGTGA------------ATAAATACAAAGCCATTAAAAAAAATTAAA s fr1.chrUn 342106901 192 - 349519338 TCACTGTGACCTCAGTCAATCTTCACCGAACACGTGAAGATGGACGCCTCGCTCACTTTCATCGTTGCTCTTGATTGGCTGGCGCTTCTGCAGCTTCTCCTCTCCCGTGCTGAACTGCCGCAGAAAGACTTTGTGCTGCGG------GAAAAGTTACACCCCCTCGGTGTTATTACAAAACAACAAGAGTAATTCAAA a score=7363 s danRer3.chr4 9280018 379 + 33808418 AAAAGCACTGATT--CATTTGGATTTGGATTGGATAGTTAAACTTT---ACAT-TTATAATTTGTGTTCCATATTTTCTCTAG-----CTCTCTTCTTCTCTTCTGTCTTTTAAATAACAAGTAGTAGTACTTTTTCTTTCTGCTTTGTGTGACATACCGTGATATAAAGTTAGGTCCATAAATATTTGGAAATCAACACAATTGTAACATTTTTGGCTCTACACACCaacacaatggatctgaaattaaatgagcaagatgtgctttaactgcagattgtcagctttaatttgaggcacgcaaagtcacccaagtcaggtgaatgctataggaattataacagtttgcatatgtggctcccacttgttaggggtccaaaaataattgga s fr1.chrUn 256776140 348 - 349519338 AAAAACAATGATTGGCATTTTTAGTCGCGTCGAATGGTGGAAATGTTGAACATATTTGAATGAGCGTTCCAATTCCTCACAAGTAAAACTGGAATTATAGATGCAAGCTTTCTAATCACAAAAGATATTGATT----------------GTAGCAGA--------TACAATCAGGTCCATAAATCTTGGGACATCAACACAATTCTCATCTTTTTGGCTCTATATACCTCTGAAATGGATTTGACATGACACAAACAAGTCATGTTACAACTGCAGTTTGAGGGTATTCA-----------------CAACAAAATCAGGTGAAAGGTGTGGGAA-TAAAACAGTTTTAACATGTGCCGCCCACTTTTTAAGGGACCGATAGTAATCTGA a score=5296 s danRer3.chr4 9281822 661 + 33808418 cagacttcaggcc-gtaattgactgcaaaagatttgc------aaccaaggattaaaaagtaaaagtttgacttatgattatta-------ttc--------tgtccaattacttttggacccttaacaagtgggagg---aacatttgca----gactgttgtaattcctacaacggtcacctgatttggatgtaaataccctcaaatcaaatcagtctgcagttaaggcacatcttgtttcatttcaaatccattgcgttGGTGTAGAGAGCCAAAAATGTTAAAATTGTGTCAATATCTAAATTTTTATGGACCTGGCTGTATTTCTTATGCAAGAAGTCTTTATTTATCATTCAGGTGA----------ATCACTAGTGCCAGCACAAATTTATACAGAATTTAGG-CAGGACATTTTT---TTTTCAAAATGCAAACAATTCCAATCTGTAATCTCCTCTTATTCTGCTGTGCAAACATGTGATGATTATGGGTTTTTGTGAGAAAGCACATCAAAACAAGAAACACAAAAACCA-------TGCTTTGCCGCATTGTACCAAAACTAATTTGTATTACAATCTAAACTATAACCACTATGCACATCCTTTTCATTCGCTTGCTTTCCTAAGCCACATAACATAGATTCGTTCACGC-------AATGGTACTCATGCATCACACCGAGTGTTCCCTTAAAAGTGATGAAGAA s fr1.chrUn 237479257 631 + 349519338 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AAGCAGTGGAAG-------ACTAATGCACTGCACAGGCCCTGGAGACAGGGGGAGCAGAAA---GGAGTGTCCTCCCTATCAGAGCCTTTCTGGAGCTCTGATAGGCTAAAACCTCAGGACAGACGGACAAGTC a score=4434 s danRer3.chr4 9286164 70 + 33808418 CATCTCTCACCTGATGCAGGTTGATCAACACATCTGTCTCGGGGGCATGACCTCCTGTCGCCATGGGGAC s fr1.chrUn 81579982 70 - 349519338 CACTTCTTACCTGTTGTAGGTTGACCAGAACATCTATCTCTGGGACATGACCTCCTGTAGCCATGTGGCC a score=4469 s danRer3.chr4 9286234 164 + 33808418 AGGGACGGG---CGCAGCTGCGGGTACACTAGGGGTCTGTAATCAGCCCTTCTCTTTCACGGCTGGGTTTCCAGTCAGCCTGTGGGGTGGCATAACCTGTAATGGAGAGAGAGA-GAGAGACAA--CGTTTGGTCATATTCTATAGACAACATAAAACTAACACAGGCGT s fr1.chrUn 81580266 162 - 349519338 AGAGACGGGGTACAGAGCCTGGGG-------GAGGACAGGGATCAGCCTTTCTCTTTCACTGTTGGGGATCCAGGAAGCCTTTTGGGTGGCATAACCTGCAAGACGGAAACAGATGGGAGACAGGTGAAGCGGTCACATCCTGCCGATAAC-CGTGGCTACCACGGGAGT a score=10042 s danRer3.chr4 9297130 1806 + 33808418 AATCTCATTCCACCCACACACACAACCAATGTACCTGGAACGGCGCCTATCTCCATGCCTGCCTGTATCGGCTGCTGGTGCTGCTGTGGCCTCTTCCTCCTCCTCTTCCTGCTCATCTTTTTGTGGGGGTTTACGCGGTCGGCTCTTCATGTGCTGATCAATTGCCTTCTGCACAGGTACAGGTATTCTTGGAAACAATGTTGAGAACCACTCCAGCTTGGTCAGAAAGGAGCGAAGCATCTCTCCAACCGTCATAACACACCCTCCTCCAGCTTTCACGTCCAGCTCCTGATCACAAGAGGAGGAAAACCATTAACACCATAAACATCACAAAAACAACACTTACACATGCTCTTATTACACAGCATCGCCGATGTAGTACATGTTAATTTAACTCT-AAAGATTATTACTTCCTAAACACACAACACAAACTGTTTTGGATAATATGCTTCATTTGTGATGACCAAATACTGAGTCTTCACCTCTGCTCTCACCTGACTTAATATTCAGTATTTAATGGTGCATCAAGTAATTGTATTGCTCTTTTACTGTCACATTTGACTTTATAATAACAAATAAACAACATAAAAAAAAAAAAACAC-AATGTCATATAAATTCCATTTTCACTAGTATCTAATCCT-GGACATGTTATAAACATACAGCATTTTCTGGGCAGCTGATCTAAAGTAATATACATGCATGTAATTTTAAACACCAAAGATATTTCATAGGACCTTCATTGCACCTTTACTTCAAAACACATAGAACTGAGAGGAAATAGTTACATTTCTTATGGTCTACCCCCCCCTCTAATCCCCataataataataataataataataataaaaatgctaataataataTCATTAAGAGATTAAGTACTGCTTTTTTTCTAAATCATTTGATTCCAAAACATCTTTTCTTACTATGCACCAACTTAAAATAGGTGTGATGCAAAGCAGGTAGAAGGT-CAGCTGACATATATTGCTGTACCGGTGCGTGTGAAGGGGTGGAGTGGGTGGGTGAGCGAGCTTGTCTAACTGCACTCACGAACGTCAGCCAAGAGTGTGGAGCGCACCCTATATCCAATCCACCCGCATCACAAGGGCCATCTGGGAGAGAGAACAGGGCAGTCAGCCAG-----------------------ACACACACACAAC-CACCATCACGCCTGGC--AGCAATGTCTGCTCAAATGTGATTTAGATCTCCTTTTCTAGGCCATTTCTAAAATATACAATACTACAAACTCCTTCACAGTTGAGAGTGAGTGTAAATACTTGTTAGTATTCAGGTAGCAAACAGTAATGGAGATCTGATATTTACAATTAAATATAAATCACTAAAAATTAAACTGCCATATAGAGATTTATCTGCACTAAAAGAACATTGTAGTTAAATGTGAATTTGGTAATTGCATGCAGAGGAAGCTCAAAGGACAATTCACTGAGCTGATCTCAGAATGGACATGGCA---AACCTGTTTGTGTAAGAAATGAGTCATCTGATGTCTCGGGTAAACCTGGCACCACAAATACAGTTGCAGCTGTGATTTCTTAAAATGAAC-ATTAAGCCAAATGAGGCCAAAGGTTGAAGGACAGCAATGTGCATCACAATCA--GCATTCAGC-CTGGATATGTCTGGTTATAACTGTG--TACATTTGAAATAAGAGAGAG---GTGAAGGCATTACCCGTGGCGACATACCTCCTCGTCGTCAAGGAACTCATCATACCAGTCAACCAAGTCAGGAGGAGGTTGAGTATACCTG-GAAAACACAAATTATAAAATAAATGTGTATTCATTTAGCTGTGCTCTGTTCAA 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s fr1.chrUn 307385262 1284 + 349519338 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349519338 GTGAACGGATCCCTTACGTTTTGAAGCAGGGGTCTCCAGACATGAGCTGTGTGGTAATGACAACCTGCAACAGAAACGATAAGAATTGTCACTAAAACTCACAAACACTGTGACGTTTGGGGGAACCAGGGTTCCCCGAATGAAATGCACATTTAAA a score=1644 s danRer3.chr4 9320823 114 + 33808418 ATGCCTTCTGGTTCTGGGGATCATGGTAAATTGAACCTCCACAATCTGATTAGATGAACCA------TGTAAGA------------------AGTTAAAGCAAAATAGCCCT--------GTGTGCACTATAAACAGATGAAATAA s fr1.chrUn 266345399 145 + 349519338 ATGCATTTTCAT-ATGGAGATCTCAACCACTTGAACTTCGTCACTTGAACTTGATGAACCATATTGTTGTAGGGGCATGAATAACCATGCCTAGATAAAACAAGATAGGCTTTGGCAGTAATATGCACTCTATGTGAAATAAATAA a score=1575 s danRer3.chr4 9320937 89 + 33808418 TCAG-----TTAAAATAAATATACTGTATGAATTTGCAATTAAGATACTATTTTTGTATTGATGT-ATTATACA--------------CAATACTGTTATGTTTAACGA s fr1.chrUn 268427631 109 + 349519338 TCAGACATTTTGATGTAGAAATATATCACAAACTTTCAATGGAAAGACTATTTTTGCATTTACATCATCATCAAGCTTCAGAGTGTTCCAGTAATGTCACGTGCAATGA a score=202 s danRer3.chr4 9321428 323 + 33808418 ATTTTTGCTTTGAATTTATAACAAATTTACATCAAATAAAACAATAT--TATTAATA-------------------------------TTATGGTTATTTTTATTTACTTTACCTGTTAGAATCCTGTTAATTTTCAAGGCCCCTGCAAATGGTTGCttttattatcaattttt---------tttttttttaaatGTCATGCTATCATATATAAAATAATTTTGTTTAGGTATGAAAATATAAATAGTTTTTGTATATACATTTTGTTC-----TACTGCTTTTTTT--TTTAAACATATTTATTA--------CAAAATATAAGTAATTtatttataacttccaattaaacctgaatattgagtagggggcggggttt s fr1.chrUn 66308748 366 - 349519338 ATGCCTATTTTGTCTTTCTAACAACATAACATAAAATAAATCACTGTTGTATAAATAATCTACAAAATACTCACAATCAAATTTCAATTTGTCACTATATACATGTAATTTCTTGTTTAAACCTTTACAAAGTTAAGAAATGCCAAAAAATGTATATGTATGTGCACTATTTGTGTAAAATGGTCTAGATTTAAAGTTTTCAACACAATAAATGAAAGAA--------ATACATTAAAATACATTTGATTTTATAAGACACGGATCATTTCCAAATGCTACTTTGCTTGATTTATGCAAAAGTCTGATGGGCCACCAGAATGTAGTTTGCCTACCTACAAC-----ACTAATGTAAAATATTT-GTGTGTGGGGGGGCTT a score=1556 s danRer3.chr4 9322632 82 + 33808418 gtggccggtgCATG---TAAATATTGTTTTTTATAGACATTTTGTTGTTTTTGTCTGTTTTTTTTATTATTGATGACCTAAGAAC s fr1.chrUn 95100127 85 - 349519338 GTTGTCAGTGAATGGTGTAAATATTCTAATATTAGGATAATTTGTTGGTATTTATTGTTCTCTAAAGCTTTTATGAGTTAATCAC a score=8032 s danRer3.chr4 9327979 125 + 33808418 TTGTACCTTCAGTATAGAGTTGTCCTGACGTGTGTTTTTGGTGTTGTATCCCTCCAATAGACAGCGCCTCGTGGTGCTTCCTGAACCAGCAAACTCAGCCAAGTTTAAATCAGCAAAACCAAGCT s fr1.chrUn 238092423 125 + 349519338 TCACACCTTCAGGATTGAGTTGTCCTGCCGGGTGTTTTTGGTGTCATAGCCTTCCAGGAGACAGCGCCGCGTGGTGCTGCCAGACCCAGCAAACTCAGACAGGTTCAAGTCAGCAAAGCCCAGCT a score=4451 s danRer3.chr4 9328104 361 + 33808418 GTGTGACATACAAACA-------CAGTGTCAGCGCCAGTAATCTGAAAGAAAA---------------------CATTTCATAA--------------------------TCCATGGATAAAC--------------AGAGCTTACCTTTGCAAACGTCTTCCCACCTTTGAGCTCCT------TCATAAG-AGAACAT--------AACAAAT------------CTGAATGAAAATCTCACCCGATCCAACAACATTTGCACA-GAAAAAGTATCTCTACAGTTCATC-----------TTAATGATAATAGTATGTTAAAACTGTACCTTTCTTACAGATACCCGAAAAACACAAGGATCCAGCACCCCTGTCCCGGCATTAGCACTCATCTTACATATAAAGGAGAATCTTTTCTTCCATTTAACGCAATTCACCAAAACTGGCTCTCTGCAGAAAAAAACACA s fr1.chrUn 238092683 468 + 349519338 GTCTGATTTACAGACCTTTAAATCAGTAACAAGACCACAAAGCAGAAAGATAAACATCCTTATTGGCACATGTCCACTTGATGAGAATGCTCTTTTTTCTGATTGGGTTCTGCATGCAAAAGCCAGTAAACAAAAGAAAAAGTCACCTTCGCAAAAGACTTTCAACCTTTTAGCTCCTAAAATGACAAAAGCAGAACATTGGGGGTGAACAATTGTTTGTGGCCCGCTGCACAAAGCTTTTATGACATGATTGAAGGTTTGGGTGTGAAAACACACAGCTACATATTAACTGTCCTCCCGGTTACCTTTAAAACCTCTAAAACATCTTACCTTACGCACAGACACGCGGCACACACAGGGGTCCAATACGCCCGTCCCTGCACTGGCGCTCATTTTACAGATGAATGAGAACCTCTTCTTCCAGCGGACACAGTGGAGATGGACCGGCTGCCTTTAGAAGGAAGCAAA a score=7753 s danRer3.chr4 9329677 208 + 33808418 CAAAACATAAATGTTTCATTTTAATATAAAACAATTGATGACTTTAAGTTAGT--TTGTCTCACCTCGAAGACTCCTCTGAAAAGCCTCCGTCCGTCAGTCGGACCTTGCAGAACAGAACTCCGTTCACGTATGGGACAGATGACAGCTCCTCCAGCTCCACATCCACTTTAAACTTAAACCTTTTCTTTTTCATCATGATGAAGGCCAT s fr1.chrUn 238093550 209 + 349519338 CAAAGTTTTAACGTCTAATTTTAGC-TGTTTCAAACTGTGGCTATAAATATCTCCTCTTCTTACCGGGACGACTCTTGGGCAAAGCCCCCGTCCAGCAGCCGGACCTTACAGAACAGAACACCGTTTACGAACGGAACCGACGACAGCTCGTCCAAGTTGAAGTCCACTCGGAACTTGAATCTCTTCTTCTTGCTGAGGATGAAGGACAT a score=-2838 s danRer3.chr4 9329885 755 + 33808418 TGAT-------TGGAAATGCAAAGGATGACAG--------AGTTGCTGTTGTACTCCTCGAACAGGGTT----TGCAGACAGAGCCCCGCACTCGTTGAG-------------TCTGCGTTTGAGCGAGTGTGTGAGAAACTGGAGTTTTTTAAACGGCGCTGAGTGAACGGAGAAGAGCTGACAACTGTGACGACA----------------CTTTAAAATAAAAGTCCATCCAAGACATCTGA------AATAGTACATTCCGTGCTCACAGttaatataaatataagtgttattttatataattaataat-gtgtgaaataaaagtattttgatatttgtttgtttatattgttgtatttttatctaacaaataaataacaattattgttatttttactattatttaaatatatatattttatatataaaCGTAGAATTACGTTCATTAAAATTACTATATTTGTATGTATATTTGCTTGTATTTTAAGTTGTGTTTTTTAACATAAGAAATGACTTAT-TTATTTATCAGGTTTTATTATTAAAACAATGATATATTTGTATGTGTTTCAAGAAACATTTTTTGTCATATTTTATAAACTACTAATAGCATTGCTTATTTAATTGACACATTTTGGCATAATTTAGTTTAGTTTATTTG-----TTTACAGGGTCAATGCACATTAATAAACATTACTGTAAAATGT--GCCAGAATTAGCCAAGAATGGCTATTTTTCATCCAT--AGACCCTTTACAGAATTTAAAAAAGTCACACCTAAAATAGAAACACAACATTAAACATTAAATACACTT s fr1.chrUn 76379492 762 - 349519338 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CATGATTTCCAACCAACTAAATGAAACAGATGTTAATCTAATCAACATTTCAGTGCTAAATTAAGTGT a score=6602 s danRer3.chr4 9334042 84 + 33808418 AGCCTCATTAGCGCAGTAGGTAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGATCCTCACACGGGGCAGTTGAGTTTT s fr1.chrUn 245104710 84 + 349519338 AGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCACTAGCTTTTT a score=-1041 s danRer3.chr4 9334126 193 + 33808418 GTCAGGACGAAATTGTTAGGATTAGGAACAAGAATAGTGAATCTACTGTATATAGTCATAGCGATATTGGGACCAGTCTATGGTTAGGCGTCAACAGAAAAACAGGTTAGTGTTAAAACTAATGCTGGGCAAAGATTAATCGCATCCAAAATAAAAGTTTGTTTTGACataataataataataatattaataa s fr1.chrUn 188499819 155 - 349519338 TCGAG--CTCAGTCGTT--------------GCAGAATGGATCTCCTG----------------AACTGGGGTTGGTTTGTAAGTTTTTGTCTCTCTAAAGGACGCTTTGGGTAGTCACATATGTAGTGTAATTGTTATACTGATACCATTAAGGAGTTTGT------GTAATGATACAGCAAATATCATTAA a score=1318 s danRer3.chr4 9335117 185 + 33808418 attatcgttatttatttacttatttaCTAACCTGGGGATATTTGTTTGCCAGATTTTGTACCCCATATGTAATTATTTTGTTTACTTTTTAAAAATATTTCTTATCTTTTTATTACATTTGGCTCTTTCAGTGCTTTGCAATCATTGTAGTATTGTAAATCCTGATAGTCAAGTAAATCTTTGAT s fr1.chrUn 188506391 164 - 349519338 ACTGCTGTTTTCTATACTTATACTTATTAA------------TATTAAATAGATATTAC------TGTATGATTTTAGTTGTCCCTTTTCAAAAGTTTTTTTCATTTTATTTTGCAATTAATCTCTTTCA---TCTCACGTTCATGCCACTTTATTAAACCATAACCCCTAATTTATGCCCTGAT a score=3117 s danRer3.chr4 9335387 433 + 33808418 agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaTTTCTGAATGATTCCACATGCTGAATGAAAGTGACACTCTCCGTGAACGGGACGCAGCGGCGGCTCT----TCTCCAGTCTGGCTTTGGGAAGGAAGGACTCAATACAGCC--GGTGCAGCATGTGAAAGTTCAACACGGGCGACTTCCTCTTTTCCTTTTT---------------------TTTTACACATTTTGCAGTCAGTCTCAGATCATTAAGCATTTCCACGGCACTGATTTCTCCACTGAAATGCCGTCATGTCACGCGTGAATGTCAGC-----TGGATTATTACGGTGCTC-----------------GCGGTGGAGCTCGCGAC-ACTGTCCGCCACGCGCGCTC--ACAGCTGTCACGAGGTGAAAACAGCGTTTCAGGTGCGCCAGATCGGCCAGCTGAAGTGGGTTCCCGAAACACCTGCTACAGGTGAG s fr1.chrUn 151620865 475 - 349519338 AGAAAGGGAGGGAGAGTGCGCTTTGGAATCAGGCACGCAGACAGCCGACCACTGCAAAGTGTTGAACG----TGGGACAGTCAGGCTCCAGCCCGCAGCGCTCTCTCTGTGCCCACCAGAAGAGCCCCCCAAAACCAGCGCGCACGACCGCCCCAGTCAATGATGTGAATGTCGGTGATGTTTAAACTCATCGTCGCTGCTTCAGTTGCTCTCCATATCCGCGCTCTTCCACAGTCCGGAGTAAGACCACGGT-----AGTCTGTCCGCCTCTACGATACCTGCTGTGAGATGCGGCAATGTCCCGAG-GACTATCCCCACGCGTGAACTCTTATCGTGGCCCTCTTTGGATCCTGTCAGCGGCGATATTTGCGGCGAATGTGATCGAGGTGAACTCGTACAGCTGTCATGAGGTCAAGACCGCGTTCCAGCTGCGTCAGGTTGGGCCCCTGAGCCGCGTCCCGGAGACACCTCGCACAGGTGAG a score=2811 s danRer3.chr4 9348856 44 + 33808418 TCAATTCTCAGATCAGACGCCAAGCAAAGCAGCTCCTTAAATCT s fr1.chrUn 151622813 44 - 349519338 TCAGTTCTCAGATCCAACGCCAACAAAAGCAACTCTTGAAATCT a score=3150 s danRer3.chr4 9355313 457 + 33808418 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349519338 TTTCATTCACTTCTTTATAGGGAGTTTGCACATGAATCAGCAGCGCTGTAAATCTGCCAGCATTAGCCAGCCAGCTAGGTCTCTACTGTCGTCCTCTGAGCGCATGTTTAGAAGCTGATAAAAGGAATATGGCATCAGGACAACAGAGACGGTCATATCA--TCGACCCCTATTCTCGAGAATAAAAGGAATAAAGAGCTGTCATGCTGCAATAAAGGCAACCTAATGAAACGACTGTGTTAAACTTGGCG--TTTAATGCAATTAGCAATGAAATGTGGATTTATGTTATTTAATTCCTTGCCAAATGTTTAA-----CATGGTCAACACCAGCTCATATTCTAGGATTTATACTGATTATAAAAATCAAATGAAAGGAAACATTTC---CCATCTGGGGAA a score=7009 s danRer3.chr4 9366114 187 + 33808418 ACTGTTCTGTCTTTTACTGCAGATGTGGAACTGTCGGTGTGCAAGCATGCGGGGCCATCATGTTGTACACGAAGAATGGAAGACAGTTACAGAGCGGCGGTCCTGAGAGACACCACCCAGAACATCGGATCGTACAGCTATGAGCTCAAATTTCTCATTTCTGCACACGCCGCCGCCTTCCAGGGTA s fr1.chrUn 151627215 182 - 349519338 ACTGTTCTTTCTCCTA-----GATGTGGATCTGTCAGTTTGTAAGCACCAGGGTCCCTCCTGCTGCACCCGGAAGATGGAGGAGAGCTACCACATTGCTGTGAAACGAGAAACCATCCACAATATTCACTCCTACAGCTACGAGCTGGAGCACCTTCTCTCTGGACACTCGGACGCCTTCCAGGGTA a score=5343 s danRer3.chr4 9413078 348 + 33808418 AAAAAAGTTACTTCAAGAATCTAAGTTGGTTGTCGCTGTTGAGTTTTATTGCTAAC------------GTGGTGTAACCCATTTTCCAGGTTCTGGTT------------TGCATGTGCATGAGTGATTTTAATTTTCTCCATGGTCATGTTTTTTCTCTCCCTCTCTCACCACCCTCCCCTCCCCTTGTTTTGTTGCCCTTTGGTTTCTTCCATCTCTGTCCTCAATCC-------------CAAACTGCTTGCCTCGTCCTCCTCTGGACTGTACCATTGTCTTGTACTGGGGGGTTTGACCATTCTCAGTTCACTCCCTCTGAAAAACTCCAAGAGCGATAGAGGTAGAACTCTGAAAAAAGTTGCACGGTAAGCATGAATA s fr1.chrUn 157372315 347 - 349519338 AAGAAAGATTTCTCAAAAGCGGCGGTTGTTTG---CTTGCGTGTGTTTTTTCTAACTGCACTAGAATTGGGTGGTTATCGGTTTTTCG---TCTGGTCGTGTCCGGTCTCTGCATGTGCATGAATAATC--ACTCTTTTCCAGGGTCAACTGTCCTCCCTGCGTGCCATGTCATGTCATTCT-------TTTTGTTTCTCTTTC-CTTCTCTCACCCCTTTCTTCACCCCGCCCTCCCGCATCCTCCTTGCTCGCAACAACCTCCCCTGGACTCCAAC-------------------TCCCATCATTCCCAGCTCGTTCCCCCTGAAACCCTCCAAGAACAATAAACATAG---TCTGAGAACGCTCTCGAGGTAAGCATGAACA a score=5387 s danRer3.chr4 9415496 138 + 33808418 TTGTGTTGTAGTGAGTTTACAATCTACATCTCCCGATATAAGTCCTTCTACGCCATGCTTCCTGATATGTTGTGTGATGGAGAGAAGGTCGTCGATGAGTTCTCATGTTGGAGTGGAGATGATGTGGTGAAAAGGTAA s fr1.chrUn 157373118 138 - 349519338 TTTTGTCTCAGGGAGTTCCTGATGTACCTGCAGCGCTACAAGTCATTCTTCGTCGCCCTGCCGGAGATGCTCTGCGAAGGAGAGAATGTGGTGGAGGACTCAACGTGCTGGAGCGGAGATGACGTGGTGGAGAGGTAA a score=7390 s danRer3.chr4 9427834 484 + 33808418 AGAAAACTAGCCTAATTGTCAATGTAAACTAGTCCATAACTAGCACAATTACCAGTCAAAACCAAGCCAATGGCCAATCAAATTAAGTCTAAAACTAGCCTAATGGCCAGTCGAAATTAGTTAAACTAGCCCAATGGCTGAATAAAACTAG--------CCCAATGGCCAGTCAAAACTAACCCAGTGGTCGGTTAAAACTGGTCCTATCGCCAGTCAAAATTAGTCCAATGGC---------TAAAAAAAATAGCCCAATGGCCAGTTGAAAGTAGACCAAAACTAGCCCAATGGCCAGTCAAGCCCAATAGTTGATAAAAACTACCACAGTGGCCAGTCAAAACTAGTCCAATGACTAATCAAACTAGCCCAATGGCCAATCAAAACTAGCCTAATGTCCAGTCAAAACTAGCCCAATGGCCTGTCAAAACTAGTCCGATGG----CTAATCTAACTAACTAAATGGCAATTCAAAACTAGCCCAATGGCCAGACGAAACTAG s fr1.chrUn 302104797 454 + 349519338 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fr1.chrUn 163058973 331 - 349519338 AAAGGTGCCAGAGGTCTACCGGATTCTATAAGAGTCCCAGGCCTCGTGGACGATGATCTTGGCGGGACTGATGGCAATGGCACCAGACTCATTGCT---CCCCAGATTGTGTTTTCCCAGGTAGACCCTGTAGGTGTAACTGCTGCTTGGGCAGGAA-----AAACATGGGTCAGAGC------TGCTGTAGGTTCAATTCTCTGCT-----------------------------AAATTCCAACATGTCCGACACATCGAAGGCG---------TACCCGATGCAGTGAGCAGCAGTAAGGACCCACTGGTTGGAGATCAGGGTTCCGCCGCAGGTGTGGTAGAAGTTGCTGCCACTCTTGTACTGCAGCGACGCCTGAGA a score=1809 s danRer3.chr4 9538598 164 + 33808418 CCTAAATTATAAATCTGCTCCTGTAAACTGCATG-ACTTTGGTTCCAGCtatttttttatttttatttaaCATAACAGCACTTAAACATTGTTTtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattagggt s fr1.chrUn 14335278 152 - 349519338 CCGAAATTATAAATATACAC----ACACTGCATACACtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt---------gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgcgtgtgtgtatgtgcgtgtgtgtatgtgcgtgtgtatgtatgtgcgtgtgtatgtatgtgtgt a score=4883 s danRer3.chr4 9541298 333 + 33808418 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ACTCACCCGGATGGGGATGATGTGGCTGGGGCAGTTGACCACAGGCAGGCCTTTGTCCATGAGCAGCTGCCTCATGTGTTTGACGTTCCTCTGGTGAGCCCGGCGGAGCGCCTGCCCCTCAGGGCTCTTCAGGACCCGGACAGACTCCAGAGCTCCGGACAAGACCATCGGCGGCAGGGAAGTGGTGAAGATGAAACCGGCCGCGAAGGAGCGCACCGTGTCCACCAGGGCGGCGCTGCTGGCGATGTAGCCCCCAACACAGCCGAACGCTTTGCCTGGAA----GAGTAAAGAGTATTTACATGACTACACATTCAATAGTTTTTGACA a score=10840 s danRer3.chr4 9553042 174 + 33808418 CTTACCCAAAGTTCCAGAGACAATATCAATCTTGTGCATGACGTTGTCTCTCTCTCCTACACCTGCTCCATGAGCTCCATACAGGCCGACAGCGTGGACCTCATCCACGAAAGTCAGAGCTCCATATTTGTGTGCCACATCACACAGCTCTTCAAGAGGGCAAATTGCACCTGA s fr1.chrUn 29380895 174 + 349519338 CTCACCCAGTGTCCCGGTGACGATGTCAATCTTGTGCATGACGTTGTCTCTCTCTCCCACTCCAGCTCCGTGTGCTCCGTACAGGCCCACAGCGTGAACTTCATCCACAAATGTTAGCGCTCCGTAGCGATGCGCGATGTCACACAGTTCCTCCAGGGGACAAATGGCACCTAA a score=224 s danRer3.chr4 9553216 77 + 33808418 GAAACAATTAGAGATTGTCATTTCTCATTCATTAAACATTtagttcaaccaaaaatgaaacattctgccatca--ttta s fr1.chrUn 153845951 77 + 349519338 AAAAAAGCCAGAGAATGACAATCTGTTTGTCTTCAACTTCAGGATC--CAAACGATTAAAGGTGATGTGAGCAACTTTA a score=282 s danRer3.chr4 9555688 3 + 33808418 AAC s fr1.chrUn 153846028 3 + 349519338 AAC a score=11338 s danRer3.chr4 9555691 196 + 33808418 TCACCATCCATTGAATGCACAGTCTCGAAGGCCACGATTTTGGGGGTCAGTGGATCTGAGCGGCTCAGCAGTTCCTCCAGATGGCTGGCATCATTGTGTCGGAAAATGAAACGTTTGGCCCCACTGTTTCTGATGCCCTGGATCATGGAGGCATGATTGCCCATGTCTGAGTAGATCTCACAACCTTTGCAGACAG s fr1.chrUn 29381142 196 + 349519338 TTACCGTCCATGGAGTGCACGGTTTCGAACGCCACTATTTTAGGCGTCTTGGGGTCGGCGCGCTGCAGCAGCTCCTCCAGGTGTTTGCTATCGTTGTGGCGGAAGATGACGCGTTTCGCTCCGCTGTTCCTGATGCCCTGAATCATCGAGGCGTGGTTCCCCGCGTCAGAGTAGATCTCGCAGCCTGTGCAGACAG a score=10635 s danRer3.chr4 9556334 286 + 33808418 ccctgcccctaaccctaccctcaaagtgacatcactaactgtactgagttcatgtatctcagactgaatATGGAGGACTGTAGCCTTGGAGCATACCTGGAAGCATTTTAGCCAAAGTAAAAAGTGTAGAATCATTGGCTACGAAGCAGGAAGAAAAGACCAGCGCTCCATCTTTCTGGTGTAGACGGGCCAGTTCATTCTCCAGGGCCACATGATAGTTACTCGTCCCAGAGATATTTCGGGTTCCACCTGCTCCTGCTCCGTGCTTCTTCAAAGCATCACTAAA s fr1.chrUn 29381338 267 + 349519338 CCACGGC---------ACCATTAAAGCTCGGCCCCTTTCTGGACCGGG-------GCCTTAGCCTGAAC-TATAGGTCAGAGGTC--AGCGCTTACCCGGGAGCATTTTAGCCAATGTGAAGAGGGTGGAGTCGTTTGCAACAAAGCAGGAGGAGAAGACCAGAGCTGCGTCCTTCTGGTGCAACTGGGCCAGCTCCCTCTCCAGACTCACGTGGTAGTTACTGGTGCCTGAGATGTTCCTGGTGCCACCTGCTCCTGCGCCGTGCCTCTCCAGCGCCTCCCTGAA a score=10962 s danRer3.chr4 9557537 306 + 33808418 TTTTTTTTACAGCAGATGGTAGCAAGCGTTTATTTCACTGTTTGTCTGTTTTATGTACTGACCCAATGGCCTTGACCACACGGGGATGTCGACTCATTCCCAGATAATCATTACTGCACCACACAGACACCTGAGAGCCCAAGCGTCCTGCAATAGAGTAGTCCTCAGCGAAAGGAAAAACCTCCGCAAAACGGTTCACAGTCTTAAAGATACGGTAGGTGTGGTCCTTCTTCTTTTCCACAATTTTCTGAGTGAAGAATTCATCGTAGCTGAAAGTGGGGCGGTCTGAATTATGAAAGAAGACAA s fr1.chrUn 29381679 291 + 349519338 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TTTTGTCTG---TGTTTTGGTTGACCTCACCTTCCTGGATGTCCTCCTGCACCTCCGGGCTGGCTTTTACCATCCCGATGTGGGAGGTGACAAAGGGGCAGCCCTTCGACGCCGACACGTCCACCTGAGGAGACGTCTGAGCGAACAGCCTCCTCTGATC a score=4764 s danRer3.chr4 9561770 132 + 33808418 GATCTGGCGGACAATGATGGGGCATCGGTCAGCCAAGTTGAGGTATGTGGCCAC---TTTCCTCGCAGAAGGGCCTGGAGATGACTTCAAGAATGGGCAGTGATGCAGAAAAGCAGACATGATTTTAACAGCTGT s fr1.chrUn 29382397 134 + 349519338 GATCTGGCGGACGATGATGGGGCACCGGTGGGCCGTGGACAGCAGAGCCGCCCCCGTTCTCCTCAAAGCCGGCTTTGGGACGGACTTCAGGAAGGGGCAGTGATGAAGGAAGGCAGCCATTGTACT-GCAGCTAT a score=3845 s danRer3.chr4 9563945 64 + 33808418 GCTTACCTGTTGACCTGCACTGAGGACGAACTTCTGAACGGCACCGACGCTCAAACGAACAGCG s fr1.chrUn 29383433 64 + 349519338 GCTCACCTGTTGACCTGCACTGAGGACGAACTTCAGAACAGCAAATAGGCACAACCTGACAGAG a score=5639 s danRer3.chr4 9565502 135 + 33808418 TTTAGGCCTTGTAGACC---TGATTTCCTCCAGCAGGACTAGGAGGCACAGGCATCCCAGGGTTGGAGCCGGACTGAACATCCACAAAACCCATCCGCTGTCTCCTCTTCCTCTGCTCAGTCATCTAAATAAACAAAT s fr1.chrUn 82203249 132 - 349519338 tttaAGATTTGTAGATCGGGTGGTTCCCACCAGCAGCGCTAGGGGGCAGCG------CAGCGCTCACTCCCGCCTGGACGTCAACAAATCCCATCCTCTGCCTCCTCTTCCTCTGCTCTGTCATCTACAGGATCAAGT a score=573 s danRer3.chr4 9565637 6 + 33808418 ACACAG s fr1.chrUn 163367683 6 + 349519338 ACACAG a score=-1204 s danRer3.chr4 9568718 256 + 33808418 tgttatttaactatttcatgactgaaataagaggcaatttattcataacttaatgttaaaacagctctcataacattattgatcaatatgtggctctttttagattctcggaagctttagaaatta----------aaaatgtaaaacaggaaatacgtt------gggaccattgttttt----gtttacatctctcaaat------------ggtttataAA-------------------------ACTACTGCACTGAAGATTGTTTTAATTGAACAAACGT----GCCAAGTATAAACACTGT-AAAGCTGTA s fr1.chrUn 163368537 305 + 349519338 TGCTATTTTACTCATTCATCGCAGAGGAAAAAAACACAATGTT-----------GTTAGAAATTTCTTTTTGGCTTTCTGGAGTAATTAGTGGCACATTAAAAAATGTAAGACGGATAAGAAACTGTTGCTCGGTGACGAACAAAATCAGGCCGCATCTCTCACTGGGGACTATGACTCATCGGCTTTTGCATTTAGCAAGTTCTGCATCTAAAGGTCAACAAACAGCAAAACAAGCAAACCTCAAGCGACTTGTGCCGTCAACATTCTTT--ATAAGACGCCCGTCAAGACTGTGTGACAACTCTGCCAGAGGTGCA a score=11134 s danRer3.chr4 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TTTTGGAGATTACGTACCTGCTCTTTCAGCTCCGTCAGCTGTGTCGTCAGC-GTGTGCACTACTTTCATTGTCGCTCCCAGTTTGTCCTGCAACATCCTCATCTCGTTTTGCTCTCCGTCCCCATCAGTGACTACCAGAGACATTGCCTGCATCCGTGGAAACCAGTCCAGGTTGCTGTTCTGTAGCAGGAGGACAAGTTGGCAACTTTA-------------GATCACTGCTAGACATAAATC----------------------------------------------CAAGTTCTACATTTCCCA---------------CTGTAG-----------------------------CAAAATAAATCAATCCT----------AAATCATACTGCATGGGTGGCGTTGAT------------------------------------------------------------------------GCTGAGTG---------------------------------------TTAATTGGGGCTTAGCTTCTTATTTATAATAGTAT-----------------------------------------------------------ATTTTGAGCA-------TGAGTGCATCAGGCCTG------------------------------------------------------------------ACCTTTATCATGTGCGCGACATAGCTCTCAGGGCCGGTGTAGTCCGTCTTGTTCTTCTCTCGCAACAGCACAATAAAGTAAAGGTAGTTCCAGATGTTGTGCTCCAGCTTGATGTGCTCCTCGAAGGACACCGTCTTGTTGTCAAACTTGTCTCTCTCCAGGCCTG a score=16818 s danRer3.chr4 9574097 370 + 33808418 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TATATAAGTGTATAAGTGACTAATAGTGTATAGTAATTCATGACACCCACCAATATGCTGTAGAAGAACTCATGGACAAACAGCCCCAGACTGCTGGTTAACACGTAAGCCACATGATACAGGAATTCTACATCCATTACCATGGCTTTATAACCCATGATGAAGGTGCCGTTGTTTCCCACAAAGCTCACCAAGTACACTATCTTATTGATGAGCT----------------------GGATAAAAAAAGACAACATATTTATTTGTATATAAGCAAACGTG-TAGTATTGTATAATACAAATCGAATTTT----------------------------ACTTTAAGACTTACATTGAGAGCCCCCAGCAAGAGGAGTGTCGGACCAATACCGAAGTGATAGATGCAGCGCAGCGTGATGGCAACGGTCAGTGACTGAAACCCATATCGCTTGAATAGCAGGCCTAAAACAGCCAGTCCAGCAAAACACCAGAATCCCATGAGCAGAAGAGAAGAGTCGATGCTACCTG-GAAGAACAGGAGACGTGAAAACATACATGAAAAGACAATTTACAGCCCTGTTGTCCCCTGGAATTAAAATGCATTTTCATCAGTCTGATCAGAACTGGACGAGGCTTCATACAGGTGTAAATGGGGTCTAAAGCATTTTAAAGATTATCACAAATATACATATTGGATCTGGTACATTTGAACACCAACAAAAGACGTGATAGTTATTGGTCGTATTGTTCAATTTATGGTCAATGAAGGATTACAATTTAAATACGCCAAAGCTACCAGAAAGTAAAGCACATATAAACTTACCAGA----ATGACCAGAGTCATGAGGGTAAAACAAAGCGATGATAAGATTGATGAAAACAGCCAGGTTGAAAGATATGGTGCCCCAGAGAGACATTCTGCGAGAGAACCAGTACAGCACCGGCATGCCTAAAACACAACAAAAAAACAATCA s fr1.chrUn 82205357 890 - 349519338 tgtgtgtgtgtgtgtgtggttgtgtgtgtgtgtgATTGCAT---ACATACCAGGATGCTGTAGAAGAGCTCATGCACAAACAGTCCTAATGTGGAAGTTAGAACGTAGGCAAGGTGGTACAAGAACTCCACATCCATCACCATCGCCTTGTATCCCATGATGAAGGTGCCGTTGTTCCCCACAAAGCTCACCACGAACACCACCTTATTGATCAGCTGCACAGCCGCAGAGCGACAAACGGATTAACGGAATCAACAGAGTGACAGAAAATGAAGGTAGCCTGACAGGATTGTGCTGCCCTGATGGGAGCGTTGGGATGGATAATGGGAGCAGGTGTGAGACAGTGTGACGTACGTTGAGTGAACCCAGCAGGATGAGTGTGTTGCCGAGGCCCAAGTGGTAGATGGATCTGATAATCAGAGCGATGGTGAGAGGCTGGAGGCCATAGCGCTGAGAGAACAGACCCAGTACGGAGAGGCCGGTCAGGATCCAGAACACCATCAGCAACAAAGAGTCGTCAATGGCTCCTACTGAGAGTAGGTG-----------TACAAGAGGACACAACGCA--------------GCAGGCGGAGAGACACACTTACTCCAG--------GAACT---------CTTATATACACATACAGT-----------------AAAATAATCA-GATTATATATCTGTGATT---TAAATTTTACTGTCA----------------TTATTAGAATAATTAATAAAATCATTTACTATTAAGTACAAAAGTTGGTGTGCTTTGA----GCCGCTGTGTGAAACTGCTATAGGC-CATCAGATACCTTGTCCAGAGTCGTAGGGGTAAAAAAAGGCGATGATGAGATTTATGAAGACGGCGAGGTTGAAGGAGATGGTTCCCCACAGGGACATCCTCCTGGAGAACCAGTACAGCACTGGTATACCTGCAATAGACAAGTAAAGGCATCA a 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s fr1.chrUn 82208966 861 - 349519338 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ACTTTTTCCAAATGTGGACATCTTTACAG------TGTTTGGCATGGTGAACTGTTTTAATGGCAATAGCTATATACTGGGTATGTGC----TAAACTTCTGAGCTCCTAATTGTATACCAATGTCTATAATATTACCTGGTAGATTTTTAAGTTGCAAAGTACATTCTAAATAAAATGCATTAAGTTCAACTCCAGGATTTTCTATAAACACAAGCAAATGTTTTGGATGCCTAT--AAAATAAAAAGATATAATATGGCAGAAGATGTGATAAGATCGAATTTCAATAT-----------------TTGTGTATTTATACCTG a score=1130 s danRer3.chr4 9593293 185 + 33808418 AGATGTTTATTTAATAGAATGAAAAATAACTACAAAATAAAATATAATTTAGTA-TGACATATTCACATATAACCTAATTTACAGAGTTATTTCATTGTTACTATACATAAATATATCTTTAACATTGAACGATGATGAAACTTTATATCACCAATCTTTCACCAATTTATTTTGACAAAAGTTAA s fr1.chrUn 163392298 175 + 349519338 AGATGACTACACAAGAGGG----AGGTGGCGAAAAGATGTAGCATACTTCCACAGTCATAAATGCAAGAGTGTCCTCAT---AAGAGGAACTC--TTATCAGTGCACATAAAGAGATGTTCAAGATCAAACAATGACATGACGT--TAGTATCCAACTGTGACAAATGATCTTTGATCAGCGATGA a score=1376 s danRer3.chr4 9593478 391 + 33808418 GGTTAAATGAATATAACTAAAGGTTAACAAAACAGTTACT--TAAGTAGACACTTGAAATGTTTATATAAAGGTTTCCATATAAAATCCCTTTTGTAAGTTT---------GAAGTAGACACTAAAATGGATGTCTCA-----------------TCTTTGACTATACAGT----------AACTTA-TATTCTAATATATGTATCATTATATTCAATATTTAGAATATACTTTCTGA-ATATTAAGTTAAACTAAAATTAGTTTAGGAAATTTTAAAATGCTGTACTTTACAAATTTCAAAACAATTATTATTTAGATTGCCGCAACACCCAATGATCCCAGAATACATCACTGAGGATATGTCCCAGTGCATCCATGAGATTAATCTTACATAACAAATTTCAAAACGCTTAATATTTATAATGCCTTT s fr1.chrUn 83424286 391 - 349519338 CTTGAGTTAAACAAAGCTGAAAA--ACCAAGGTGGATACTACTTGGGTGACACTCTAAGT----AAATGATGATTTTTTTATTAT-TCATATTTGTGAATTATAATTTCTAGCATTAGTTAATATCACCAATGTTTTGGTCACATACTATGTGAGCCTTTGCTTACATGGTCTGCTGTAACAACTAAATGTTTTAAGACATTTCCCATTAG--TGACTTGGAAAAACTTGGCTTCTAACATTTTCAGTTTAA-TGCAACCAGTTTAG-----------CTGCTGGAGTTGAACAA----AAACCGAGTG--ACTTTGAATGTTACATCACT-GATGATGT-----TACATCACTGATGATGTGTCCCAGTGCATCCAGGAGATGTATCTT-----TTAAGTTTC--AGTGTTGGTTACCTGTTATGTATTT a score=12488 s danRer3.chr4 9593887 456 + 33808418 TTCAACCTCACCTTTTCATCGAAATCCAACTCGCGAATGAGCATTTCCTGCAGAGTTCTGAGGACTTTGATACAGAGCTTCTCATCGGAGTTCATGAGGGCCTTTGTGTGCTGGATCAATCTGCTCAGAGCAAAAGGAGAAAAACATGAAGTCACACATAATCGCTTTGCTTTTTTTTGACTAAGACATGTGTGCCGAAAGCAAAATGAGAAAAGTCAAAAGTGACACAAAAGCGACTCACTTAGAAATAAATCCTCCTGATTCACAGCGTGAGCGAGCATCGGTGCCTTCCAGAAACAGCAGCTCAGGCTGATGCAGCACATCCACCAGCACAGACAGCTCCGCATTCACCAAAGGCATCACACGCTCCTCCAGTGTGTTAATGATATCCTAAGAGCAGTTACACAAACTCTCATACACTGCAATACTATACATCTAAacacttttaaaacaaca s fr1.chrUn 82210898 386 - 349519338 TTGGAACTGACCTTTTCATCAAAGTCCAGAGTTCTGATCAGCATCTCCTGCAGAATTCTCAGCACTTTGATACACAGTTTTTCCTCTGCAGACATTAACGCTTTGGTGTGCTGGATTAGCCTAC-------------------ACACAAATACACACATCAGTCCCATCTTCTCT----------GCATCTGAGCCCCTGGC----TGATGAATCTG-----------------GACCTACTTGGAGATGAACCCTCCGGACTCGCAGCGCTGTCTGGCATCCGTCCCCTCCAGGAACAGCAACTCGGGCTGATGGAGGACGTCCACCAGCACCGAGAGTTCAGCATTAACCAGTGGCTTCAGACGCTCCTCAAGAGTGTTTATGACATCCT----GGACTCACCCAAACACACA----------------ACGTTTGAGCATATTAAAAATAGCA a score=6342 s danRer3.chr4 9609589 252 + 33808418 TACCTGTAGTTTTTCAATGATGTTCTTGTAGTCCCAGGGGTTGGTGGGAGCGGCAGGCCGTGTTAAGCGTGACATGCTTTTGTTGGAGTGACTGGATCGGGACAATG---TGAGGGAATTACTGTGACTCAACATCATGTTGACATGAGCCTCCAACTCCACTGGCAGAGGAATAGAGCGACTCTTGGCTTTGTGGACAGTCAGAAAAAAAAAAAAATAAATTTGGTCATGCAGCAGAAATCTTTTATGTCCATG s fr1.chrUn 82211468 239 - 349519338 TACCTGCAGTTTCTCAATGATGTTCTTGTAATCCCAAGGGTTGGTAGAAGCCACAGGCCTGGAGGAGCGGGAGGTGGACCTGTAGTTTGGGTTGGTGCGGGACAAAGAGTTGAGGGCAGAGGTGGA---CAGCATGGAGCTGATCTGGGCCTCCAGGTCCAGAGGAAGAGAGATGGAACGACTCTTTGCT-------------GCAGAGGAGAGGCTCACAGTCATTATTGCTGAGAGAAGAgtgtgtgtgcatg a score=5993 s danRer3.chr4 9609876 187 + 33808418 TCTTTATCTATTAGGA--------TGACCTACTTGTCACTGCTAGTGTTCGGATGCAGGACTCCACTTGGACTTTTTGCTGTGGCTGTAGCCATGGACAGTCTAACAGACGCATGGTGGACTGCAGCAGCTGCTTTACAGTGGTGTGATGAGCCTGAACGAGACAAAAGAATAATGAGGAGAAAATTAGGAGAAT s fr1.chrUn 82211723 193 - 349519338 tgtgtgtgtgtgAGGAAGGGAGACGGGGAGACCTGTCATTGCGAGGGTCTTGATGCAGGTCTCCACCTGACCTCGGTGCTGCTGCTGCAGCCAGGGACAGTCCAGAAGCCTGACCGATGACTGCAACAGCTGCGTCACAATGGTGTGATGCGTCTGACAGAAACAAACAA--CACGAGGAGTCAGGCGGCAGACT a score=5909 s danRer3.chr4 9611783 155 + 33808418 CTTCACCTCCGTGCTGGTGCTGTTCTCAGAGAAAGGAGAGCTGAAGAAGGCAGTTACAGTGTCTAAAACGACCTGAATTACATACTTCTCCAGCACAGGGTCTGACATGCGTTTCTCACGGTTGGAGCACACCTG-AAATTACAATTAAATCAAGT s fr1.chrUn 82212204 156 - 349519338 CCTGACCTGCAGGGAAGTGCTGTTCTCAGAGAACGGCGAGCTGAAGAAGGCATTGATGGTGTCAAAGACCACATTTATGATGTATTTCTCCAGGATGGGATCAGACAGACGCTTCTCTCGTTTGTTACAGACCTGTAAAAAACGATCGGAGAAACT a score=8520 s danRer3.chr4 9611992 178 + 33808418 TAGACTGGAC--TTACTCTGGCCATATCTACAGTGAAGTTCTCAAAAAGCTTCCAGATGTGGTTGCTGGTGTAGATCTCCTTCATCTCCACTTCTGTGTCCACATAGCAGTGGTTCACAAAGTTCACATAAGCAATTTTCACCTGCAAGATACAGAGGAATCCTGTAGTTTTTTGATTCA s fr1.chrUn 82212401 162 - 349519338 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TACCTGAGGGGGCTGTTCTCACCCACACCCTCCCTGCTCTCTGCCATCAGCTGCAGCATGGCGTTGAAGGAGGTCTTGTCATTGTAGAAGACAACAACATCCTCGCCAGCATTGGTCAGCTA a score=14298 s danRer3.chr4 9614865 720 + 33808418 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s fr1.chrUn 82213235 1188 - 349519338 ACCTCCGTCATGATCATGTCCTGACACTTCTTCACGTACTTGCCCTCAGCCTTGATGATAGTGTGGAGGAAGTTGAGGTACTGGACGTGTCGGCCGTGCGTGGCCAGACAGTGGATGAAGTGCTGCAGGACGCTCTCTGATATCTCACTGCAAAGCTGGTAGTTGTTGCTGAAGATGTGCTGCACTGTCTCGGCCTCCAGCAACTGTGGAGGCGGCAACAACCATCAACATGCAACGTTTCACCTCTTCACTCTCATTTTAGGAGGTTCTAAACAGCCGAGAATCCGCGCAGCTGTCAAATGTTCAGATGGATTTTTCTTTTTCTTTTCTTTCCACAAAAAAACATTTTCTCTCCTTTCCCTCTGTAACACACCATCCAGTCTTTAGCTTCGCTCAGAAATAAGACATTTTTAGAAGCGCCGCAGCTGGATGCTGAAATATTGCTTTGCTGTCTTTGTACTACACTTACACGTTAAATCTCACCATCAATCTTATGCATTTAACGTTCTGTACGAAAGTGTTTACGGGTAGAAAGGAGGTACCCCAGGGTTCAGGAACAAATTCAAGTTTTTGTGCAGCAGAGCCTGGTTCTCCTGGTTCCCCATGCAGAACTTCTGCAGGAACAGATGAGTGTACCGGATGATCTCCTGCATCTTCGTATCGTTCTGcagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagTGAAATGACCTTCTGGAACTGCTCTTTCCAAACAGCAAAGTGGGCGCATCAGACATTGCATCCAGGCAGTCACAGCTTGCATGGAACAGTTTAGATAAATCCTCTAGTCAAAGACTCAAGAAGGTTGAAAAAGCCTTACAGGAACAGTAAAGCCTAAGTATGAGCTTCGTTTAAGGCTTCATGTATGAAAACCTCTATCAATAATTAAGCCTAGCCTACTTTAATGCATTAGCGCTGTCTCGTGCAGTTCACTATCACAGCCACAGGGGGGCGCTGGTGCTCAGAAGAGGTTAACGTGTCCTTTCTCTTCTTCTGTCACTTAAACATCACCCGTGAAGGCAGGCCTGACCTGGTCGTAGGACACTTGCAGCAGGTCCAGCATGACTTTATGTGCTCCCATGTTCTTCAACAGCCTCTGCTGCTTCTTCCAGACTCCTGTGCTGCACATCTTGTTGAGCCGCTCGAGAATCTGCAGGT 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GTGGCGTCAGCATCAGCCATGGGATAAACATCCACAAAGTCCTTTTTAAATACAGACAGCAGGAAGGAGAGGCGGTAGTCCAAACGGACATTCAGGATAAACTGTAGAAGAGCAGGCAAATGTTTTCTTTACATTGTAGG--------GAGTCCG---TTCCGATAT--ACGAGGA---ATGCTGACTCGTTTTGTTTGAGAGGAATTAAAGGGAGAAATGTGAAATCTCAGTTCACGTTTATTGaaatttaattaataataaataaCAGACGA-----TATATTTTTTTAAATTCCTTCAGTT a score=6429 s danRer3.chr4 9622227 268 + 33808418 aagtggctttgatatactgtaatctacattttataaagtgctat-agaaataaagataacttgaaCACACTACCTGTAAAATCTCCAGAATCTTGAGTTTGGTGTCCATGACAGTGATGTCTTGTGTGTCGATGCTGTCTTTACTGCCGACTTGACTGTCT----CCAGTTCGACCAGGAGCGGA------------------------GAACAGAGATGGTTTTCGGTTAAGCACCATGGTAGACATCATCTGTCCCATGCCATGAATGGAGCGCCTGACGTTCTTACCTAAAAAT s fr1.chrUn 82219548 295 - 349519338 CAATATATTGGAAACATACAAATGCTCATCCTATATACTGGGATGATGTGCACGGCTGACTCCATTGT--TACCTGTAATATCTCCAGTATTTTCAGTTTGGTGTCCATCACTGTTATGTCCATCTTGTCAATGCTGTCCTTCCCACATCTCTGTCCTTCAAGCACGAGTCCGGCCCCCAGGGAACCCCCCTCGGGCACCCGCCCCTCCAAATATGGATGCCTTCCTGTTCAGGACCATGGTGGACATCATCTGACCCACCCCATGTATAGAGCGCTTTACATTTTTGCCTACAGAT a score=422 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ACCTGTAATATGTCAGAACATTTTCATCATGCACGTTCCCTTGACGGGCCTCTTGGGCAAGCTGCCGAATGCTCTTTTCATGGTTCTCATTTTCCTTTTCAGACCAGATCAGCCAAACTT s fr1.chrUn 82221287 120 - 349519338 ACCGATAGTAAGTGAGGACGTTCTCGTCGTGAGCGTTGCCTTGTCTGGCCTCCTGAGCCAGCTGTCTGATGCTCTTCTCTTGTTTCTCACTGGTTTTGTCCATCCACACCAGCCACACCT a score=6793 s danRer3.chr4 9627135 263 + 33808418 GGAAGTGTGCTGACTTTCCTTAGCTGCTCGCCGCCTTCACAGACACACAG---AAAATGCGTTTGCACAAGTATATAA---CCAAATACAGATGCATGTAATTTTTTGCAGACCTACTCTGTTTTCATGAGAATATCCTGGTTCTTGGCGTTCAGCACGCATTTACAGATCAGCTCTTGAGTAACTGGGATTGCTACATTATTGGACACACACAAGTCTGAAAGATAGTCTAGAAACCTGGAAAACAAAAGCAACAACATGTCACAACA s fr1.chrUn 82221960 248 - 349519338 AAAGGAATCATAGCGTTGCCTAATTGTTCA-----TTCACCTGTACTCAGCCTAAATGGCGCAGCTCCCTGTGTATCATTGCTAAACAC-------------CTCTTTC---CTTACTCTGTCTTGATGAGGATGTCCTGGTTTTTGGGCTCCAGGACACATTTGCAGATGAGCTCCTGAGTGACGGGAATGGCCACATTGTTGGACACACACAGGTCAGACAGGTAGTCCAAAAACCTGCACACATAGGTTGAAGGCAGGTGAAAACA a score=3810 s danRer3.chr4 9627398 385 + 33808418 GGCTTT-TAGAGACAACCAGATTTAGACATGTCAGTGCATCAATTTGTCACCCATGATACTTGGGTGCACCAAAAGACGAGAGCAACAAAATTCGCTCTCACAGTTGAATATTTAGGTCTTGTATTTAAAGTGATTGCCTTCCTGCTTAAAAAAACATTCTGTACAATTCAAATTATTGCATAGAGTATGTCGA-ATAAGGCCAAAATATCTAAAATTAACCCTGGTTTTGATCCAATTTGTGATCGGTGTCAACAAGCTCCAGCCACTCTTTTTTCATACTTTCTGGCTTTGTCCAGCACTAAGCACTTTTTGGGCATCAATTTTTAAATTATCTTCTGAATGTTTTCTTTTAGATATTGAGCCATGCCCCCTAGTAGCATTACTT s fr1.chrUn 284370797 329 + 349519338 GACTTCCTGAAGAATATGTGGCTGACATATTTAAATGAAGCAAT----CACAGATGACAT---GGCACAAAATAATACAGGA-------------------------AATATACTCATCTTCCATTT---------GCCTT-----------AGACATTC-----AGTTCAAGATTGTACACCAACTCCATTGGTCTAAAGTTAGACTTTCCAAAATCAAACCTGACATAGATCCCATTTGTGATCAATGTGGAAAAGATCCAGCTACTC-TCTTACACATGTTTTGGACATGTTCAAAGCTTTGCACTTTTTGGCAATCCATTTTCGATACCTTTTCTAAGATTTTTGGGAAAGAATTGGCACCGTCTCCATCCATGGCACTTTTT a score=-565 s danRer3.chr4 9629885 150 + 33808418 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TACCTGATTCTTTCGGTAGTCTTCCTGTGAATGACGCAGCACCCTGTAGCACAGCCTGAGCATGTACTGATACAATAAGTATTTCTGGTCGGACAGTTCCTCCAGTGTCAGTAGAGGAGGATCATCTCCCCT---CTCTTTGAACGGAGCTTTAATGATCCCAAATATCTAAGCAGAAAACAGCACAATAAGCCA-----AGCTTC-ACCAAACAAGACGTTTCAACGGGCAAACTTGTAAATTATTAAAAAAAAATCCGACCTGTTTTAAAATGTTCTGCTCTCTCATCAGTTTCTGTCTCTCTCGGTTGGGCTTGTTCATCGACACCTCCAGGGCCGGCTGGCCATTGTTAAGTTGATCCACAACAAAGAATACCACATCCTCCAGCAGCTTAATGGCATACCTGAGCATACATGGCAA---------TATGTCT---ACATTACAACTGTTTACAAAGTAAATCCTC---AGTTGTCTCAGAACAAAGGA--TTAAATCAGGGACTCGTGTCAACTC---------------TACTGTACCTTCTGTCATTAGGACTGAGAAAACCGTATTTGAACTTCTCGACAACAGTGCTCAACATGAGACTCGCATCATTGGCGAAGTCTAGATCTCGAATCTCCATGACCGGCACAGAGACGATGGCGAATGCTTCTTTGTCCTCTTTAGTGGGGCACGTGCCCAGCTACCAGGAGACATAGAATAAATATTAAAATACTGCACACGCAATAATTT s fr1.chrUn 82222529 742 - 349519338 TACCTGGTTCTTGCGATAGTCCTCCTGGGAGTGTCTCAAGACTCTGTAACATAGTCTGAACATATACTGATACGGAGAGTTCTTCTGATCAGCCAGCTCCTCCAGACGAAGAAGAGGCCCCTCCCCTCCGCTGCGCTCTTTAAAGGGCGCTTTCAGGATACCAAAAATCTGTATACATGATTGCACATCAGGCCACAGTGAGCTTCTGCTTCACAGTGTGTTG--------AGAACTGTAAATGTT----GTCGGGTCAGACCTGCTTCAGGATGTTCTGCTCTCTCATCAATTTCTGCCGCTCTCGGTTGACTTTGCTCATCACCACATCCAGCACTTGCTGACCGCTGTTGATGACGTCCGCCACAAAGAACACGACATCCTCCAGCAGCTTGATGGCAAACCTGACCAACGGAGGAGAACCAGAGTTTAGAACTCAGACAAATCAGATGCAAGAAACACAGATCTTCCATGGCTTTGTCAGCTCAATGGAGGCTACAGTGCGcacacacacacacacacacacacacacacacacCGTACCGGCGGTCATTCTGGCTGATGAAGCCCTGGTTGAACTTGTCCACCACGGTACACAACATGGCACTGGCATCATTGGCAAAGTCCAGATCTCTGATCTCCATCACGGGAACAGAGACGATGGCGAACGCCTCCTTGTCCTCTTTGGTGGGACATGTTCCCAACTGCAGGAATCAGTCTCGTTAATATACAATAAACTCACAATAAATCATTT a score=5861 s danRer3.chr4 9634516 235 + 33808418 AATAAACAATTAAACAAAAGTTGTGGCAAAA------CATATAGTTAGCGTTGTAATTTGTCCTATTTACAAAA------TACAGAAATGTTGAAACTGTGAAATTATAGTTGGAAAGTTTTTCACCATTAATCGAATCGGCCGCTCTTCATCGATGTCGATAGGAATGTTGGTGCTTTGGATCCAAGTGTTCGTGCACAGGTGGCGAAATCGAACATAAGAATTTCTGTAGGCAGTGAAAAAGATA s fr1.chrUn 82223751 230 - 349519338 AGCACACAACAACACATCACTCGCAGCAAAAAACGCCCACATTTTTAGCATGGT---TTG----ATCTGCATAACTTTGTTCCAGTCATATTGCAAGGATGCAGCCTCAGTGGGA------CTCACCATGAGTCTGATGGGTCTCTCCTCGTCAATATCGATGGGGACGTTGGTGCTCTGGATCCAGGTATTGGTGCACAAATGTCTCAGTCTCACGTACGAGTTTCTG----CAACGAAAACAATG a score=8441 s danRer3.chr4 9634838 197 + 33808418 TACCTTGGCACAAATGAATCAGTCTTCTGCAGTGTTGTCGGGTCCAGCTCAAACAGAGAGGCGATGTCGTTCCCATGAGGCACTGCGACTAGCTTATATTTAATCCTTTCTCC---AAGGCTTCTCTTGATACGACTGCTGTCCACCTGTA-------------GGCAAAGAAACAATCAGACATTCATGACAGAAA--AAACAACTTTTCACAA s fr1.chrUn 82224090 215 - 349519338 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ataataaagaaaatcttctctaaatgtagaact----aaatacattgatatgcattgaaatacatg-atgaatactcctgacacatgaaaatgtaaagcct---gcagctcacaagaaaggtgaaaagttattgcgtatcataattaacaaaacgtttactatgaatttgatgtaattttgctcacatggataattgaatattaatcagatgatgtcattacgctgctgtgccgtcagccaattgctgcattgctgatcatgatttcgtggatcgataaatctgaccttcagaac-acacgcagcgatctcaga---tcagttcctccagatattttaat---------ctgattcgcaaacttgtttgaagaa---ccaa---gtcaatgGTCTACAA--ATGAAAAATAGCCATTCTTGGCTAATTCTGACACATTTTACAGTAATGTTTATTAACATTATTTACATTGACAGTATTAACATTATTACAATAATGCATTGCCCCTGTAAACGAATAATCTAAACT--------ATAAAC--AATGTATCCTACCTCAATATCATTGCTGTTTTCTTTGTAACCTGGGTTCTCCTGAAACGCAAATA-AATAATGGTAATTTGttattttatatattcaatttaattaattatatCAGATTTATGTTTGTATAAATGTG-GAAGGTTTT s fr1.chrUn 113375043 638 + 349519338 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danRer3.chr4 9636368 404 + 33808418 GC-------AAACAACAAGCAGA-CAATACACCATCAAGTCTTTACCAAAGCACTTTTTcac---acacacacacacacacacaAAAAAAACATGATTGTAACAAATGAGAAGCTGCATTTTTATTCATAGTAACAAACTAATTGCAAATAAAG-CAAAAACACTGTATGGATGACCTATTTTAATTATTCAAA---------------TAAATTGTGTAAAAA-----TAAAGAGGGTGAAATAATGATGCCTGATTATTCAGCATAACAGATTTGTACTGAATTGTACTTAATAAAATAAAAAGTGATCCTAAAGTTATATTTTGGGTAACTATTAAAAACTCACTAATGGATAAAATATGGTGTTTAGTGGAAACGTATAGATTTAAAATGATAATTTATAGTTATTTT--CAAGCTACAATGTGCAGAATAAAT s fr1.chrUn 113375781 388 + 349519338 AAGGCAGTGACACAAAATGGAGAGCAAGACACACTTCAGCTTTCTTC--AGCAGGTTTACATTTGTCATTCAGAACTATTTACACGAAAAACATGCTTG-------------ACGGCTTTTGTTGTGATTATGTGTGAT--ATTGCAGAAATTGACTTAAACAGCCGAGTGTGGCTCCATCTCCAGCATTTGGAAGCTTATCTTGTCACTAAATGCTAGAGAGATCTGCTAAAGAGAG---ACAACCGCCACTTTGTTTTTGAGGAAGAAATACTTA--------------CAATAGGATTGACA--------ACAGTCAGAATATAATTACCAATTAAAGAC------ATAAAAGAAATAAAGAATTAAACAGAAA--TAAGGAAATAAAATCATGAACAAGAGTCACTATAACAAGGCAAAATATGATGACTGAAT a score=578 s danRer3.chr4 9637486 12 + 33808418 tatatataGGCT s fr1.chrUn 113376495 12 + 349519338 TATCTGTTGGCT a score=9080 s danRer3.chr4 9637498 433 + 33808418 CTTACCTCCACTTCCCATAATGCATTAGAGCTGGTGGCTGAAGTAGCTGACTGACGCAGAGTTGTGCGCAAGAACACGTGCAGTTTAGACTTGTACTCATCACAGGTCAGAAACTTCTCCTGTTCAGCGTGAAACAGCCTCACCACGTCTCCCTAAGA------------ATGAACAAATCGTTTATTATGAAATA-----------TCAACTTAACAGGCTTGGCC---TTCAAGAA---------------ATATTAAAAAGCCTTG----AAAATGTG----------------------ACAATGGTTTAAGCAAACATTGCATGTTGGAAAAGATGAATTTGTGTGTATGAAGTGAGAAATGTGGAGTTAG--------CACTTACTCCTTTCAGCACTTCATCTTTGTGGTCACTGAACATCATAAACAGACTGATCTTCCAGCTGGTGTTGCTGTTCACAGAGTTGATCTG------TAGGAGGCAGTATTGTATTTTAAAAATGCA s fr1.chrUn 163406857 497 + 349519338 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CAAACCCTCCCTTATTAACAGCCTTATCC---AAATTTGCATAACCTGTAGAAATGATACTGTGCCCAGTCTGAGTTTAAAGGTCAACTTACTGTTATAGTTGAATTCAtttatttat-------atggtttctgttacactcaatactgtctcgaaatgttttacggacacccagag------cctgGGTATGCTGGGTATTTAC----TTATCAGCACAGCTAGTTT----AAAGTACGGGTAGTTATAT---TTGCATTAAAAAGCAGAGCTTTGCTTATGATTTGAATAGC--TCAGTTAGGAGGCAGCAATGAAACTGCATCATCACCGTGCCAGAACACTGCTCTTCGCAGTTTCTT---------TTCTGCTCTTTTGGTGTCGAAAATTGGCAAGGGAGCCTCTCTGGCGCAAATTATACAGGTAGTAGGAAAACTATGACAGCAAGC-------ACGTTATTTTGGGGCTTACCTCTGAATTTCTTAGGTGGGTTGTTGAGGTCACCTGTGTCTGGCTGTACCACACAGCGGTCATCAACAAGCCTGTGGACATGA a score=3533 s danRer3.chr4 9652734 423 + 33808418 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204951938 495 - 349519338 TGCATAAATACATAAAAT------CAACAAAGC--AACATATAATCATAAACCTAAACAAAGAAAGCAATTAAGGGTGGTGCAGTGAGTAAGCCAGACGAAAAAGGTGTGTTTTGAGGTTTGATTTAAATACGGGGAGAGAGTCGATATTTCGAATGTCTGGTGGTAAG-GAGTTCCAAAGGTGAGGAGCAGAGCGACTGAAAGCTCTGGCCCCCATGGTCCTGAGGTAGAC-------AGGGGGCACAGTGAGGTTGAGGGAGGAGGAGGATCTGAGGGGGCGTGTTGGAATGGCAATGTGGAGGAGGTCAGACAGGTAAGGAGGGGCAAGTTTATGGATGGCTCTGAAGGTGAGTAGAAGGATTTTGTACTGGATCCGGAAAGTGATGGGAAGCCAGTGGAGTTGTTGTAGGATGGGGGAGATGTGGTGGGAAGATGGGGTTTTGGTGATGATGCGGGCAGCTGAATTATGGACCAGTTGTAGCTTGTGGAGAGATTTTTGAGGGAGAC a score=-8 s danRer3.chr4 9665690 208 + 33808418 AGAAGGGAAAAGAGGAAGGCCGAAAGGTCAAGAAAAGACACCTGTCGAGGAGGAGAGTTTCGATCAAGATGATTCACAGGAAAGCACA---CTACAAGAAGAAATCATTCCTGATGAAGACCATGATAAAGAGTCCATGGTGGA----ACCGCAAACTACAAGTCCTTCGCCTTC--CACAGAAACTCTCAATTCCTCTGTGCCTGAAGATGGAAAC s fr1.chrUn 266537796 186 + 349519338 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ATCACGGATAACCTTGATCTCCACGGCAACACCTCCATCTCTGACCAGAATGCACCGGGGCTGCTCAACCCCTTCTTCCTGGTG---GAAAGCTCCTACGTGGCCTACGCTGTGCTGTTTCTGGCCGGACTGGTGCTGGCTGTGGGTGTGGTGGGAAACATGGCAGTCATGTGTATTGTCTGGAATAACTACTACATGAGGTCGGCGTGGAACTACCTCCTGGCCAGCATGGCATTCTGGGACTTCCTGGTCCTGGTGCTTTGCCTTCCCGTGATAGTCCTAAACCAGCTTTCACACAGGAGGATTCTGGGTGATATCACCTGTCGCATGGTGCCTTATATGGAGGTGGG a score=7168 s danRer3.chr4 9667728 303 + 33808418 TCTCCAGGTAACATCTCTCGGTGTGACCACCTTCAGTTTGTGTGCGCTGGGCATTGATCGCTTCCATGCTGCCACCAGCTCC---ATGCCAAAGGCGCGGCGGGTCGAACGCTGTCAGAAAGTCTTTGCCAAGCTGGCGGTGGTGTGGATCGGCTCCATGGTGCTGGCGGCTCCAGAACTGCTCCTGTGGCAGCTGCATCAGGTCACATCCCCTACCCTGGGTGACCAAGTGGACACCTGCATCATGA-GCCCATATCC-----------AGACCTCCCTGAATCCATCTATTCCCTCATTATCAACTACCACGACGC s fr1.chrUn 168568643 318 - 349519338 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TCGCATGTGGTGGTGCTTCGGCTGCTACTTCTGCCTCCCGGTCGTCTTCACCATCCTGTGCCAACTGGCCGCGCGGAACGTCAACAGCGACTCCAGCCCCGCTCAGAAACAGCACAGCCTCGACGAGCGCTCCTC------CAATCAGAAGCGTCAGCAGCACCAGGCGGCGGAGAGGCAGCTGAACTGCACCCTGTTAGCGTTAGCGGTGGTTTATGGGGTGTGCGCGCTGCCGGAGCATGTCTGTAACATCACCTTGGCCTACACACACATCACCCTCGCAGAAGACACAGCGGCCATGCTGGCTCTGCTTCATCACTTCCTGTTGTTCTTCAAGTCGTCGGTGACCCCGGTGCTGCTGCTGTGTTTGTGTA a score=5891 s danRer3.chr4 9668399 272 + 33808418 AGTCTCTGGGACAGGCCTTCATGGACTGTTGCTGCTGCTGCTGTGAGGAATGCCAGCCAAGCAACTCTTCATCCACCCAAAATGTCGCCGAAGGCAAGCTCAAGACCTCCAATGATGTGTCCTCCATTTTTTTTGATAAAGCCAAGGACACTTCGACTATCTTGTCCATCGGTAGTTGAGTAGGCGGATCCGATCCCCAA-----GTGATGACATGAAACCTATAAAACAACCTCCTTTTTTTCCCCATCATCCACAAGTGGCCATCTTTACATTTT s fr1.chrUn 168569652 268 - 349519338 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GCTGCTGTGGCTGTGGCGGTGGCAGTGGCGACGGCGGCTGCCTCTGCTGTCCAGCGCCGATGGATCTGGCCGGTTCTTCGTTGTCAAAGTTAAGTAAAATGCTGCCGCTGCCGTTTCCCGTTGCCACGGAGCCCCCGGACAGACCAGGCACT a score=1534 s danRer3.chr4 9684653 107 + 33808418 AAAATAAAATAAATGAAAAACACAAGATATTATGTTTATGAACAAAAATTAGCACAACTGAAATATTTGTTAATCTTCAGCCATAATATCAGCACATTATTTATATA s fr1.chrUn 258179917 102 + 349519338 AGAATAAACGAACTGATTAATAAAATATACTTTATTTATGAAAAGAATCT---GCATCAGAGTTAATAAT--ATTTCACTCCAAAATGCTCGCATATGGTTGCCATA a score=3673 s danRer3.chr4 9684956 90 + 33808418 TATTGGTCCCAGA------CTGCTGTTCCCCTGGAGAGTAGGCCATCCCATTTCCATTCCCGTT---GTGTGTGGATGGTACGGAGGCCAGAAGTCCTG s fr1.chrUn 237926230 99 + 349519338 TGTTGGGCCCTGGAAGCTGCTGCTGCTCCCCAGGAGAGTACGCCATCAGTCCTCCGCTCCCGTTGCCGTTGGTGGACGGCACCGACGCCAGCAGACCTG a score=13859 s danRer3.chr4 9686428 1458 + 33808418 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s fr1.chrUn 237926539 1992 + 349519338 GATCATTTTAGTTTAAGAGAAGAATAAAGTTGTTTTGTTTCTGTGTGTAGAAGCCTGGACTCCCTGCTAATGCTTCTGAAAGCCTCCCCCGGTGCTGGGGTGCAGGT------------------------CTCTTACCCAGCCCCCTGTAGCGGCTCAGCTGCTGGTAGATCTGCTTCATCCTCTCGATGTTGAGGCGGCTGGCTTCGGCGTGGTTGACCATGGGTTTCGGGTAGTGGACGCCGATGACACATTTGGCAGCCGCCTGCACGGCCTCCGGGGCGTTCCAGGGATCGTAGATGTACTTGGCGGGGAAACCTCGGAGGATAGGTAAGTATCGTCTGAAAGTACACAGACACATTAGATTTGCCGGCGAGGGTCAGCAGGAAGAGGACTTTCATCGGAAATAGGAAGGAATCTGGTTCTAACAGTGGTAATAATATGAAACGTCTGCGTGAACATTTAGCTAACGATAATAAAATATGGGTAAGGTTGAAAGAAATGCAATGGAGGAAATGTCCAGTGTAAAGA-GCGACCTCTTTAGACCCCGCATGCTTTTGTTTAACCTGTCTGACAGATGAAAACACACACGGCAGCAGTGCACTCAGATACTGAGGACTTGAACAGGCCACAGGAGCCGGTTTGCGAACTCTGGTTTTAGCCGCCGTCGCTCTGACAGCAGCGCTCTACTTTACAGGATGGGTGGAAAGAGAACGACAGACGGCCTCGAGTGTGTGCCCAGCTCC--ACACCACAGAAGAAGAAACGGCTGACTG--TCATGAGG------TGGCGCCATCTGCTGCCACTCTTCCTCTCATCTGGGTGACAAACAGAGAGCACCTACCTACTGCACCAGGTCCCGCCTTACCGTCACGACGAGGGGGTGGAAGAGGGGGACGGGAACTGTGGGAGGCGGCACGGTGCAGCGCTGCCAGTCAGAGATAGAGAGGGGTGGAAGGGACGGGGCGTGGCAGCATCCTTACCGAAGGAGACCGCCCCCCCCGCCCCCGTCGCTAGAGACACCGCTGCTGCCGATTGGCTGATGATGCTAGGAGACTTCTACTGCAACACGCGGTTAGAAAGCAGAGTGTACTGGCCCTGAACCCCCACCCACCCCAACCCTGACCTGGGCAGGAGTACCGTGGGAAAGTTCTGCTATCGCCCGAGAAGCAAACACCTCCTGA------CGGGCCTCACGTGTGTGTGAGGCCCGTCAGGAGGGTCTCGTGCGCTAGCTGCCAGGACGGCGATGACAGAAGTCTTCCATTATACCTCACAGTTCCAGGACCCCACCCCCCAAACTGATCAGACAGTGGGGC--AGCAAGAGAAGAGCTCAGACCTGCTGCCCCCGTCCCTCAGACTGTGGTGGTTGTCTTCTAAGTGGTCTGAATGACCGTCCCCCCTCGGCCACAGCACCACGCCCTGGGCTGGACCACTAGGGGGCTCCCTCATTTCCCCAAAAGGGACGACAACCCTTTTGCCAGGAAGATCCGCGACCTGCC--AGCGAGCAGGTGGTCCAGTGGAGGTTGGCGGCTGGGATCAAGCAGCAAATGGACTAGATTTGTCCGTGTGCACGTTCCCCAGGTGAAACTAGCTTCTTATACATGACTGGCAGTGACCATCACAGTGTCACTCTTAATATGTGCCGCACATCACATCTCTTGCTGACGGGACAACTCCATTAGCAGGAACAGTCACATGACTTTCTCTACCTCAGCACACGTGTAATCGGGGCGCTGTTGTGCACGTTCTTGACGCTCCGCCACTGCTCCAAGACCACCTCAACTGACAAGGCTGCATTCACATAAGCAGAGCACCACTGAACATTTCACAAAGGGTCGGACTAGGGGGCTTTGTCCAGTGCCTGGACAGTGGAGAGACCAGCAGGTCCGG----CGCCTCCCGTC-CACCCTCTGAGGGATGTTTCACAGCCCCCTACCTAACGAATGCAGGTGAGG---TGCTTTCATTTCCCGACCAAGCGGTTAGAATCCCTTTTGAAGAAATGAGACGCTACCGAGTTACGAACC 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acacacacccacacccacaAAAGCAATGCAACAATAATTTTGTACTCCAAATCTATACATTCAACATGTTGTGCTGTAATTAAAAACACAATTAAAACCTGACTTCATAATTCCTTGTTTTTTCCTTTATTTTCAATTTACATTAATTAAAATCGTAACAAAACCAGAACCAAAAAGAGAGAACAAACAAAAAAAAAGACCAAGATCataataatattaattataacaaaaatataCACACCCTCACTCACACACA-------CATCCTGCTCAGCGCTACGGCAATCC-------TTTGGGAG-CAAAATTCTGGCAATGCCAAAAGAGTTCCTCTGTCTTTTGATCATCCAGCAACAGTTTCCGCATCCTCCGAGCAGGCTGTGTGTGTCCAATG--AGGCTAGTTAGGGAGT---GGGATGGATTGGGAATTCTGGGAAATACTGAC-AGTTAGATCAAAACTAATAGCACCTTCTGAAGATGGACCAAGCCGCACCGGGGTGTCATCCTGATGTTACGAGAACCTCAGGCTGCTTCCGTTCACATCCA--GATTTTAATGTT---------GTTGTTTTTTC-------------------------CTGTGTGAGGTAGCTTTTCTTGAAGAATGAAGATCATGCAAATAAACAAATATTAGAATTGGTTTCCAAATTTATTTGTTTTCGTGTATTTATTTTCGCTGTTACGTCAAGGGAACCAAAACTCTCTACTCTGGGCAATCATGGGAGAGAAAAAAATATTGATTTACACCAAAAAAAAGAAAGAAATGGAACTGCACTTTCCCCAAAATATTGTTTTGTGTGTGTATAAGCACATGCTCGC---------ACACAAACACATACAATTGTGAAAATATATAGATCTGGCTGCTTCAGAACAGACTGAATCAAGACTTTTTTGATATTATACACAGTAAATATTAACTTATTCCCTCCTCAGCTTTAACATTTCACAATGAGATGTTTTCTTCTGAGTCACAGTCAAGAGGCAGAGTAAGGGGTGAAGTGGGACTGGCCTTCTTTCTTCTTTAGTGGGAGGGACTGCTGTGGTTCCAGTCACGACACTGTACAGCATGGCCCACCCAC----CCGCCACCTGCAGGATGTG----------ATGACATCAAGCCATGTTTCTGTCTTTCATTGGTAGTGCTCGCATGTTCGGTCCCCCTCTTGGCT----------CCCGTCAAGAGGAGGCGCTGCACTTGTGGGAAACATGGCTGGATTTCAGAGGGAGAGAC-------------------------TATTTAGCGCTGTTTTTTTCCGTCACGCTAA-ACGCGGACAGCACGACTTT-ATTTTGCGTTTTAGAGAAAAAAAACTTTCGTCAATTTTCAGATTTCTTTGCTTTTCTTCCATGTTTCGTTATT-TGGA-----GAGTGTTTTGCATCCTCACAG---TTATTGCTCGTCATTGGTATTTTTCCATGTCTTA------TCTCATAATCCACATGTGTTTTAGTTGATTTCTTTTTACAAGAAGCAGACTGCGCCAATGTCCACTCCGAACTCCTGATCTGCGCCTCCGATGTCCATTGGAGCGATGTCCATGATGGGCAGTCTGGATGTCTTCTGAGTTTTGTACTCGATCACAGTCTTGGCCCATTGACCTGTGTGCTTCTGTAAG---ACAGCAGAAAAA s fr1.chrUn 279418235 1495 - 349519338 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danRer3.chr4 9786174 127 + 33808418 TTATTTATGCTTGTGTTCTAGAGCCCGTTTTGAGCTCATCTGCTCCAGCCTGTTTAATAAATGCATCCAGCCAATTAAAAGTCTCCTGGAGCAAGTCAACCTGTCCACCTCTGACGTCAACAAGGTA s fr1.chrUn 81010349 127 - 349519338 TTCTTCTTTTTTTTTTTATAGAGCTCGATTTGAGTCACTTTGCTCGTCGCTCTTCAGCAAGAGCGTCCAGCCAATCAGAGGTTTGCTGGAGAGTGTGGGACTGTCCACCAGCGACATTAACCAGGTA a score=-1467 s danRer3.chr4 9786539 609 + 33808418 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gagagTTTAACTCAGATGAAGCTGCTCTCTGGCTGTGATGGATGTGAAATACTGACTTTTCTCTCTAGGTGGCGCTCTATCCTGGTCAGAGCCTCAGTCTCTCCTCCTGGCCACACGGCTGACGGCAGACCCTCAATGTCGAAGCCTGAA-AAGCAGCAGGTGTCCATTCTCATCCAGGTGATGGATCACATCACATAATGTATA--TTTATATGTTCGTGATCTTCCGCACAC-ATGCACAAGCATGTTTGGACACTAGCAGGACAGAGGACAACAGCAGGATGATGATACAGGACGAAGGTGTGTGGTGACATTAGCGCCCCT--GTTCC------------GCAGGT--GTGACTG-----TGTGAGTAGGTATTTTCTGAATGAA---GAGCAGACGGGTTC-----------TGACAGCTGAGCAGCAGGTGGTGTC---------------TTCTAAAAACAGACCATAAACACCAGCTGGACAGAAAGGCTCAAGCGTCCCCTGAATGAGGTCACGGAGAGAGACAAGCTAGCTCATTAGAAAAGGATTCATTCATGACTGTTGACAGGGTGA---------CTTG---GTTCAGCGGACAGGAAGAACAGGTAGCCTCCACAGA--AGGGCGTGTGGACGAACACTGCTGCATTGTGGGTGGTTTGTATGT a score=13889 s danRer3.chr4 9787209 1361 + 33808418 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fr1.chrUn 101822163 18 + 349519338 TTGACCCCGCGCCGTCTC a score=1668 s danRer3.chr4 9798252 146 + 33808418 AAAAGGATAATAGCATAGTTTTGTTAAATTTCAGACAGTCAATCTAGA-------TTTCTAATTTAAGAATAAGTGATGCAAACTCTGTCATAGCAGTGTATGTGGGCTAATCTCTCTATGATTTGTGTGTGTTTCTCTTTGTAAATCTCAGT s fr1.chrUn 101823020 142 + 349519338 AAGGGGACAAGGTCAAAGGTCAGTTTAATTTTGGCTCCCCAAATTACCCCTCGTTTTTTTTATTTAA----ATGCACTTCAAACGGCAGCCTG--AGACTATTTGGTTTCATGTTT-----ACTCGTGTGTGCTTCTGTCTGTACATTTCAGT a score=4216 s danRer3.chr4 9802363 294 + 33808418 GTGGTGTGCATAACTATGTCCCTGTCTTCCTATAAAAGTGCCTTTCAGGGAGACCCCTTCTTATTCGTCCCGGCGGCGTGCGGTTTGTG------------------------------TGTCTCCACGTCGCTCTCTGATGCGATCGGCCAGTGATAACGCTCTGGATGAGACTTTAACAGCTCCCTCTCCAGCCCCCTCCCTGCGCAGCCTGCCGCCTCTGGAGCCTGACGACACGGTCCCGTCTCAGCGGAGCCCGCAGGCTGCTCACACACATACACGCAGCCTCAGGAGACACACACGCTCTGGAGGACACCTCAGGTG s fr1.chrUn 224840880 264 + 349519338 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agacacacagatggacggacacgcaca a score=4206 s danRer3.chr4 9811839 203 + 33808418 TCACCGTTTGCTGCAGATCAGGGATTCCGATGCGGATGACAACTGCGTTTCCGTGGAGATCCTCCATAGGTTCGGAGCCACATTTACTCCCAGGAGAGGTCCGAATACTGTCATCTCCGTGGTTACCGTTGGTAGGGGCGTGTTGTTGCCACGGCCGGTCGAGAGCCTCATGTTTGCCGTCGGCAGGTGGACTGATAGGCATG s fr1.chrUn 124681075 173 - 349519338 TTACCGTCTGCTGAAGGTCTGGGATGCCGATGCGGACAACAATACTGTTTCCTGAGGGCGGCTC-----------ATCCCCGTCCTCGTCCCTGGCAACAGCAGAGCCTGTTG-------GGTTGCCATTAGTAACCGC---CTGTTGCCGCGGGCGA---------TCATGTTTGGTGTCAGCGGCTGGACTCAGAGGCATG a score=-32 s danRer3.chr4 9818217 367 + 33808418 CCAGGAACAGTCTGATCAGCCAAAGAGCGCTGTGA----GCAATAGCGATGTGTGTTCGTGGGCGTCTCACCTCATCACCGTCTCTGTTCCGAGTCTCAGTGCATCTCCATATCTCAGTGTGAGAATTCACATGCTAAGAGCTGTCACTGCATCCCAGTACCACTGCACCTCTCCAAGTCCTCGCTCATCACTATGGCAACC---AGAAAAATGGTTCACCAGGAAACTTTGCC-TGCTTTTAAAGGGCCAAACGCATAAATCTGGAGCGAGCATCCTCTG----GCATCTCCTGA-----------CGGGTGTGCGAAAGACTGTGCAC-----GTGCACGGAGAGCC-ACACAGATGTTTAAAGAGA--------------------------TGTTGAAAAAAAGGGGGGGGGATTGGA s fr1.chrUn 247705581 399 - 349519338 CAAGGAACAGATTGTCCCACTTTAATGCCCTGTGAAAGTGGAGCAGCCATGTTGTGTCCTCTATATCCCTCTTTATCGCTGGGTCTCCACC--------------CTTCACACCACCCAGTGAGGAGAAAC-CATCAAGAGCTGTCA-TGCAACACAGGAAGCTGGTGTGTC---ACATCACTGACAGTGACT----CAACCTCGAGGGGGGAGGGGGGACAGGAATCGCATCCGTAATTTATAATGATAACATTCGTATCCATGCAATGAGATACACCTGTTAAGTGTTTTTTTAAAAATCAGGCGTGGATCTGTAAAGAATTCTGCCCTACAAGTTTCCTCAGAGCTGACAAAGATAATTAAAAAAAAAAATTACCATCAATAATGAGCTGCATGATTAAAAAAAGGGGGGGGGGTTAGA a score=2686 s danRer3.chr4 9821875 183 + 33808418 CCCTCAGAACTCTTCCGTGTGTGCTCTGTGCTCTGAAGCGCTGTGTTTGGGGGCCACCTCCTGGATGAGGGCGATAAATTCACTCTTCTCCAGACAGGCTCTGCACTCTTCGCCCCATGAGGCCAAGACTCTCTTCAGCTCCAACGCTCGCATTTTAGACAAAGCATCTGTGCTCCAGTCAAG s fr1.chrUn 52762603 180 - 349519338 CCGTCACAGCTCT---GTCCGTGCTCTGGCGGCCGCGGGGGCGTACTTGGGCATCAGCTCGGTGATTTTGCGAATGAAGTCGGACTTCTCGGCGCAGCCCTTGCAGGACTCGCCCCAGTCCTCCAGGACCTTCTTCAGGTCCTTCACCTTCAGCTTCTTCAGGTCCACCGTGGACAGGTCCAG a score=6974 s danRer3.chr4 9824022 176 + 33808418 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fr1.chrUn 81007815 142 - 349519338 AAACATGACAGCGATCGGAGTTCATTTGGGCTGCAGCAGCGCGTGCGTCGCGGTGTTTAAGGTCAGATGTTCTCC-GTTCTCCTAACGTTCTCATACAGATGCTCCTTATAAATCTGGAT-------CGGTCTGGTAGAATGTC-CACAGG a score=5943 s danRer3.chr4 9825382 90 + 33808418 TAGGATGGACGAGCAGATGTTGTAGCCAATGACGCAGGAGACAGAGTCACTCCAGCTGTGGTGGCCTACAGAGACACTGAACAGGTAATT s fr1.chrUn 81008080 90 - 349519338 CAGGACGGCCGGGCAGAGGTGGTTGCTAATGATGCCGGGGACAGAATCACTCCAGCTGTGGTGGCCTACAGAGACAATGAGCAGGTCCTT a score=1343 s danRer3.chr4 9825891 622 + 33808418 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GTTTTTTGTGT---GCTTCATCAATAATGAATAAGACACGCATGGAGGCAGCTCTCTGAATAGAGGTTTCAACGGTTTGATGCAAGTTTCCAGCAACTTCTTTCTTCGGATGAGGGATGGTAAATTATGCATGCTCACCGGGACCATTATATGGCACGAATCTAGGCCACTAACCAAAACACTCAGCCTC s fr1.chrUn 228293773 174 + 349519338 GCTTTCTGTGTTACACTTTGTTACTTCTGAATAAATTATGAGCAAATCCTCATTTTAAAAAAAA------AAAGAACTCAGCCACATTACAAGCTTATGATTACAGTGAATAGACGGTT-TGAATATTTCATGATGAAACGGGCCATTATAGGACTCTGATCTAGGCC---------AAAGCTCAGCCTC a score=6816 s danRer3.chr4 9969202 627 + 33808418 GCTGTGTCTCACTCTTACCTCTCTTATCCAGATCGTAGCCGACTACAACGAAGTAATCGGCGAGCCTCGCCATCTTTTCGGGATCACGGCGTCAGGCCTCGGGGATGACTGTCTTTCCACAAGTAGACGATATCCTTATTACATTGTGAAGAA--------------------------------AGCGGCGTAAGCAGCATCCCTACAGCACCAGCCCGCCGCCATACTGTCGCTGTGAGTGAGCCGTGCCCTGACAGC-----ATTCTGCGCATGCGCACTGAGCTCAACGACGACAGGGAGGGGC-GCGCGGCCGGGGAATGTTGCGTGGTC--ATTCATTACAGCGCGTGCACGAAGATATGCTGTAAAAAATAAAAATACCCTAAAAAATGCGTCAATAAAACATATCCATTCGTTACATTTAAGTAACTTTACATAGAGACTC--------------AATAGTTATGCAATAATGCaattaaaa------aatataaattaaaattgaaatataaattaaaCTGCTTACAATTAAAAAAACAAATTG--------------AATAAATA-----CATTAATTTTTTCTACAATATATCATAACCAACAATTAAAACAT---ATGCATGAAG---GGATACAAAAATAATACACAAATTC---TTCTGAA-AAAGCTCTTCACACACATTTATTTGTTTATTTGTTTGTCG s fr1.chrUn 228294690 678 + 349519338 GCTAGCTCTAGCACCCACCTCGCTTATCGAGGTCGTAGCCGACCACTACGAAGTAATCGGCGAGCCTTGCCATCT----------------TCGGATCTCACGGAGAAAGGTCTTTC--TCAATAAATCATTTCTTCTTTCCACCGTCAGTAATCCTATTATGTCCTCCCAGTCCTAGACACATGATGGGTGACAGTAGCATCTTCCCAGCTGCAACCCGCCGCCATACTGTCAAT-----------CTGCCCTGACAGTGGAGAAGCGTGAGTCTGCGCA-----CTCAGGGACGGCAGGGAGGGGCAGCCCGGC--AGGAATGTCCCATGCTTGGAGCCAAACCAGTTCATGGGCCAAA--AGTCTGACCCAAACAATAATGATCTTAACAGTCTACTGACAACATGGGTTCAAATGTAATTATTCAAGAGCCCTGCACTGAATAGCATGCGTTTGTTTCAAATGGCTTTGCATTGATAATATCAAAACGACCCAGAATCGTTTCATATTAAGCAGTTATATAGATTGGTTAGAGATAGAAGATTGTACTGATGTATGATGATGAAAGAAATAAAAAGTAACAATTAACTATAGAAAACAAATTAACCCCGAATGTGACCACCAAATGTAAAAAGAACAGATATACATAATGTGCATGCATTCAAATTTTGAATTAGGCTCTGGGTATGCCACCATTTGTTTGTATGTTTATAG a score=1914 s danRer3.chr4 9997342 103 + 33808418 ACCTATTTTTAAAGATTATAAGAAAAAAC-----ATATAAAATCGCAGGATCTTTATGTATCGTGTGGATTTTCACCTTACTACCTGTAAACTGCTGCTTTCTAATCC s fr1.chrUn 93261230 108 + 349519338 ACCTCTCTTTTGGGTTGTTACAGCAAAATCCTGTATATATGTTCTAACTTTGTCTATATATTTTATAGGTTCTAAATCTAAGGCCTGTAAAATGCTATTTTCCCATCC a score=8276 s danRer3.chr4 9998982 215 + 33808418 AGAGAGCGACGTCACGTGCACTCACGAGGGCACCACAGCCACCATCACCC---------CCAGCTAATGCGTGTGGGATGCGTCCTAGGCACATGCCAGGTACAAAACCTCAGCCATCGCCTCTACCAGCTGGTTGGGCAAAGCGGACGGGAAGACTCT---CCCATCAACCCGCGCAGTCCACACAGCTACGGATGAGTCTAGAGGCTA----AAACCAAGACCAAGAAA s fr1.chrUn 20762106 231 - 349519338 AGAGCTCGACGTCACATCCACTCTCGTGGAATGCGTGGTCACCACTACCCACATCCAAACCAGTTGATAAGGGCAGGTTGTGCGTTGGGAACGTGCCAAGTGCAGAACCTCAGTCACCGCCTCTACCAACTAATAGGACAGAGTGGAAGAGACGACTCTTCCCCCATCAACCCCAAAAGTCCACATAGTTATGGGTGAATTATATGACCATTACAAACAATGGTCAAGCAA a score=3838 s danRer3.chr4 10000259 66 + 33808418 AGTGTTTCTCTACAATATAACGTTGCCATCTACTGGCCTGGCATGCATACTACAGCATATTCAGTT s fr1.chrUn 330986070 66 - 349519338 AGTGTGCCTCTACAAAGTAATATCGCCCACTGCTGGCCTGACATGGACATTACAGCATTTTCAGTT a score=2535 s danRer3.chr4 10005433 144 + 33808418 CATATTGTATA-------TTTTTCTATATTATTACA-GCTTTTATTTTAAAAAATGAATTAGCATTTTCTAATAAATTTTCAATAAGCATATTCTTAGTTTTTAAAATGTATTGATTACTTTTTT--ATTTTTAATAGTATTTC---ACTTATATTT s fr1.chrUn 330986147 155 - 349519338 CATAATGTACACAGGGTTTTTCACTGTGTTGATGCATGCATTCAAAATGAAAAAGGAATTAGCTCATTT--ATAAATTCACATAATACATAATCCTCTTTTTTAAATTGCAAGAATAATTTTTCTAAATTATTGATGATCCTGAGGGACTAATATTT a score=2813 s danRer3.chr4 10024755 166 + 33808418 ACCATATGC-------AAGCTAATTGTCTTTATTGTCTTTCTGATCGTGACAGATTTTATCCTTGGCACGGTGCATAAATCAAAAGGCCTGGAGTTTGATGTAGTTGTTGTGACCGATGACTTTGCAAAAGTACCATGTGCTCGACACAACTTGCGGAGAGCCGGTGGTTTCA s fr1.chrUn 340026037 169 + 349519338 ACCACATGCCCAGCAAGACCTCGTTGCCCTGATTTGTTGCTTGAAC----CAGACTTGATGTGAGGGACGGTCCCCAACGTTAAAGGTTTGGAGTTTGACAGCGTGATGATCACCGACCACTTCATCAAGGTTCCAGCTTCCCGTCACAGCCTGGACGTGCACGGCGGGTGCA a score=3042 s danRer3.chr4 10025426 97 + 33808418 CAGATAACGTCCCAGATGACGAGTGGAACCTGATATACGTGGCCATCACTCGAGCCAAGAAAACCCTTTACATCAGTAAGACCATCACCAATCTCAT s fr1.chrUn 340026254 97 + 349519338 CGGACAAGATTCCGCCTGAGGAGTGGAACCTGCTGTAGGTGGCCGTGACTCGTGCCCAGACCCCGCTGGTCACCAGCAGCAGCGTCCGCCACCTCCT a score=694 s danRer3.chr4 10027948 283 + 33808418 TCAGAAAGTTTTTAATCAGAGCATAGCTGACATTAAATGTTGCTTGCTCAAAAAAAGCTATGATAAAATATAATATGTAAA-----TGTTAAATCAAGATACATTAACTCTCATGCCAATGAGGAGTAATTTTTTTCTAATTAAATAAAGTAGTTTTTTGAGCCCATTGA----------GGGATA---TTTGTTCTTGTTTTAATCATAAACGTGCTTAACATTAATCA--------ATTATTCTGAAAAATAACATTAAAGGAATTTTTGCCTTACAAGTAAATGTATCTAGATTAAAGAAATTTGT s fr1.chrUn 274346051 303 + 349519338 TCAGAAACCCCCGTGGCCAATCAGGACTGA-ACTCGGTGAAACTTACACAAAAAGATAAATAAAAAAACACACTAATTCAGAACCTTTTAAGATTAAACTAGATAAAATGGCATTGTTATTGTGTGTGATCGTG--AAAATGTACGTAAGTTTTTGTTAGAGCCTATCCAAAGTTTTACAGGAATAGATTTTATTTGTGCGCCATCTTGAGGCGT---CAACCCTAGTCTCAACGGGTAGTAGACCTTAAAGGGACAATAAACGAATTTATCGCTTTTAGGTAGAACTAATTAGATTATAGCAAGATGT a score=1874 s danRer3.chr4 10032715 93 + 33808418 ACTTTTATTTTTCTGTCTCTATCTCTGTGTGTGCCAGTCAATCGTGGCCTTCTCATTCTGCTGGTTCTGGTGGCTTTTGCTCTTCTGTATAAT s fr1.chrUn 274351760 92 + 349519338 AATTGCGTTTTCATGTTGCC-TCGTCCTGTTCTTTAGTTAACAGGGTCCTTCTGGTGCTGGTGGTTCTGATGGTGGGTCTCCTGCTGCATAGT a score=6266 s danRer3.chr4 10032955 151 + 33808418 GAGGTGGAGACTGATGTTCCTGTGCTCATCTGTGCTTCAGAAGAGCGTATTGGTGCATCGATGACTGTCATCAACAGCGTCTACAGCAACAGTCAAGCCAGAGTTTTCTTCTACATAGTCACGCTAAGAGATGCCATTAAAAAGATAAGGT s fr1.chrUn 274352093 151 + 349519338 GAGGAGGACAATGTCATCCCAGTGGTCATCTGCTCCTCTGAGGAGCGTGTTGGGGCCACCATGGCAACCATCAATAGCATCTACAGCAACACAAAGGCCAGCGTGTTTTTCTATGTCGTTACTCTTCGGGATGCTGTGAAATTGACGAGGT a score=647 s danRer3.chr4 10033106 106 + 33808418 GCCTGGATTAACCTTAACCTCACACACTTGGTTGAATTGTTTCTTGACTAAAAAAAATGATtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat s fr1.chrUn 274360894 91 - 349519338 GCCCAGCTCAGT----GCTTTGTGTGTTTG-------TGTTCCTTGAATTGAAAG---GATTGTATGTA-ATACACATTATTCAGTACAGAAAAATATGTAATTAT a score=7715 s danRer3.chr4 10033935 424 + 33808418 AGGGAATACATAGAGAAAACCAAGCTGAGAAATATCAGATACAAGATCCTGGAATTCAATCCAATGGTTCTGAAGGGAAAAGTCCACCCAGACTCATCCCGACCAGAACTGCTGCATCCTGTGAGTCTTGCTTTTTACAGCCACAGTTTAAGCCTAATTTAAGTAAACTCTTCATCATTTCTGGTATACTAGGTGTGATGACGTATTACATGACATGACCAAAGATGTACACCCTAAACTGACGTGTCATTTTCTAACGCAAACATTGACTGATTGTTAAAGGTTTAACCGTGCCATATTGTTTCTTGTTCCTGCTTTTTATTTGTGTTGCAGCTTAACTTCGTGAGGTTCTACCTTCCGCTTCTTGCTATTGAAAATCACAAGCGGATAGTTTACCTGGATGATGATGTCATAGTTCAAGGTA s fr1.chrUn 274352664 291 + 349519338 AGACGGTACATAATGAAGACTAAACTGAAAAATATCCAGTATAAAATTTTGGAATTTAATCCCATGGTTCTGCGTGGGAAAGTCAAACCAGACTCCTCACGGCCTGATTTGCTGCATCCAGTGAG----------------------------------------------------TTTTTGGTTTATT----------CTGCAGTACA------GATCAGAAATACATAC-----------------TGTTTCAACATTTACAGTGAATG-------------------------------------TCCT--------TTTCTTTCGCAGCTCAACTTTGTGCGTTTTTACTTACCTCTGCTTGATATC---AGCCACAGCAGGGTAATATACTTGGATGATGATGTCATTGTGCAGGGTA a score=9071 s danRer3.chr4 10035010 771 + 33808418 CAGGAGATATACAGGAACTGTATAACATAAAGCTGAAAGAGGGTCACGCTGCTGCATTTGCCTCAGACTGCGATCTGCCCGATACACATGAGATGGTGCGCAGTGTGGGGATGCAGGTATTTCTGGATATAAAGTACAGCTGAAGTCAAAattattgttttctttttaaatgatgtttaacagagcaagtttttcacagtatttcctataatatattttcttctggaaaaagtgttacttgttttatttcagctagaataaaagcagACTTAATTAAAAAAACATATatatctagtaaaatgttatgtgctgtgatcatggcaaaaataaaacaaatctgttattacaactaaaaaattacaactaaatctccttttcattaaatagaaattggaaaaaaatatacaggggggctaataattcaga-catcaactgtatGCGTTAGTATTTTTTAATGTAGTTAATTGCTTTAGTTAATGTTTCTTGTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTGTGTTGTTCATACACAATCGCCTGTTACAGACAACTTATATGGGCTTTTTGGACTACCGCAAAGAGGAAGTCCGAGAGCTGGGCATCAATCCCAGCGAATGCTCCTTTAATCCAGGTGTTTTTGTGGCGGACGTTGGTGAATGGCAAAGGCAAAAGATAACCAAACAGCTGGAGAAATGGATGGCTAAGAATTTCAGGT---------GATATATTGG----------TTCATATTGAGCTCCAATAAAAGAT--------------------------------TTTGGAGATTTCTTAAATTTCTTTTCTTAT s fr1.chrUn 274354322 603 + 349519338 CAGGAGACATTGAAGATCTGTTTAACGTCAAAATGATGGCTGGCCATGCTGCCGCTTTCTCCACTGACTGTGATCTTCCTTCCACACATGAGATGGTGCGCAGCGTTGGCATGCAGGT-----------------------------------------------------GGAGTTTTAGAG-----GTTTTTAATCGTGCCT-------------------------------------------------TTGATTAAATGCA-----------------------------TTGATTGTTATTGCCTGCGA--------------------------------AGCTAGAGTCCTTTAACATTTTCATGTTTTGCGTAAACTTGAGATAGAAAAAGATTTG-------------GATTCTGTTCATCAGTTGT----TTTGGTATTTTTG--------TAAAGGCAGTAATTAAAA---CATGGCCTCCCTTCCTT------------TACTCATCC------------CATAGACCACCTACATGGGTTTCCTGGACTACAGGAAACAGCAAGTTAAAGAGCTAGGCATTCATCCCAGAGACTGCTCCTTTAATCCTGGAGTGTTTGTGGCAGATCTGATTGAATGGAAGAAACAGAAGATCACCAAACAGCTGGAGAAATGGATGGAGGAGAATTTCAGGTATGTACTAGGACATCTGGGAAGCTTCCATCTCATGTTTGACCAAAAACAGCGATTGATGTGTAACTGTACTATGTATATGTTTTGATTTAGTGGTTTGTTTAATTTTTCTCTTTAT a score=6281 s danRer3.chr4 10035781 126 + 33808418 GTGGTTGTAGGGAGAATCTATATAGCAGTGCAGTGGCAGGTGGTGTGGCCACTCCTCCAATGCTCATCGTTTTTCATGATAAATTCACAACCATTGATCCACTGTGGCACATCAGACATCTGGGTA s fr1.chrUn 274355645 126 + 349519338 TCTCCACCAGACAGAACATATACAGCAGTGCCATGGCAGGAGGTGTGGCCACACCACCTATGCTGATAGTTTTTCATGACAAATTCACAAGACTGGACTCACTGTGGAACGTCAGACACTTGGGTA a score=6293 s danRer3.chr4 10036383 359 + 33808418 CGTTGAAATTTAAATGAAGGTCCATCTACCTATTA----GTCTGCTGAAATTCTTTTCTCCTTTATTCAGAAATTTTGTAAATCTTGTAAAC-------------TTAACTACAGGTTAAAGTTCTCAGACCTCATTTGTGAGCTTTGAATAAAAGCATCTGCCAGTTGAATTAAAGGAAACATCTGCTTGGGTTTTC--------TTTAGGCTGGAGTCCTGATACACGGTATCCCAAGACATTCCTCAAAAAGGCAAAGCTACTACACTGGAACGGCCAATTCAAACCCTGGGACTACCCCTGCGTCCATCTAGACCTCTGGGAAAAGTGGTATATCCCAGACCCCACAGGAAAATTCACGCTGGTACGACCT-AGACTGAAA s fr1.chrUn 274355802 374 + 349519338 CTTCAAAATTCTAGATAAAGTAGCTAAAACTTTTATATTTTTTAATGAATTTCCCTGTTTTTTAATGCAGGGTTTGGTGCAATCCTGTAGATGGTTATTTCGTTATTAATTATGG--CAAACGTAGCAGA--------GTCAGGATGTGATATTGACAAGTTCCATTTGACTT-ATTTTTACAATTGTTCTATTTTTCCCTTTTTGTCCAGGTTGGAGTCCAAATGTTCTTTACTCTGACAGCTTCCTTCAGGAAGCACACCTGCTTCACTGGAACGGCCCATTCAAGCCATGGAATTACCCTGCTGTCCACTTGGATCTGTGGGAAAAGTGGTTCATCCCAGACCCCTCTAAAAAGTTCTCTTTAATCCGGCCTGAGAGTGACA a score=13786 s danRer3.chr4 10037506 555 + 33808418 cctcctcctcatcctcagcttcctctgtctgttcttctggttcctcctctggctcttcctctacctGTAGATGCAACAACAGGATTCTAAGTGTCCTGGTTCTGGGAGTTCCATTAATAAAATCAAGCTCAGTCTGAATGTTTCCGATACCAGGAGATAGACTTATTACATAAAGCAGAGATCTTCACAAGCAGACCTTCAGAATAATCTGATGCTTGATTTGAACATCCATACCTGAGCGTCAAGGTCTACATTCATGCTGAGCCGCAGCATGCGCTCTATTCTTTCTCCGTAGGCTTTGGTGTCTTGGAGCTGGTATCCTGATCGCAGTGTGGCGGTCTCAAACAGCACTACGGCTAAATCTGCGGCCGTCTTATCCTCAGCGTCTTCCTACAACACAAAATGCACAATATATTCATTTGAAATA-AGATTGAAG-GCACAATTTGCTAGGCTAAATGAGAACGCTTGACTTACGTTGACTCTCCTTAGCATCTCTTTGATGAGTGGATGTTTGGGGTTGATTTCTAATGTCTTCTTTTGGCTTGCATAATAACT s fr1.chrUn 177006878 464 + 349519338 CATCCTCCTAGTCTTCAGAGTCCTCC------TCAGCTGGTTCCTCCTCTGGTTCTTCTTCCACCTGGAG---------------CATAAACACACCGGTTTAGAGGGC----------------AGCTGATCCT---------------CAGGA---------------TGGAGCCGGTGCCGACCCGACGCTCCCGTCAG------CTGCTGCGCCGTT-----------ACCTGCTCGTCCACAGCTACGTTCATGCTGAGGCGCAGCATGCGCTCGATCCGGTCCCCGTAGGCCTTGGTGTCGGCCAGCTGGTAGCCCGACCTCAGCGTCGCCGTCTCAAACAGGACCATGGCCAGATCTTCTGCCGTCTGGTCCTCTGCATCCTCCTGGAGAACGA-------GACATTTGCAGTCAGGATGCAAATTAAAGAGCACGGGTCATT--TCCGAAGGGGGGGATCGGGCTTACGTTGACTTTGGCGAGCATCTGCTTGATGAGGGGGTGTTTGGGGTTGATTTCTAACGTTTTCTTCTGGCTGGCGTAGTAACT a score=9554 s danRer3.chr4 10038667 150 + 33808418 ACGTACTTTGTGGAAATGTCTTTTCCTGTCTGGTAAGCCTGAGCTTTCATGATACGTTCCATGTTTCCAGACCATCCATACTGACTGGCAACCAGAGCACATGGAGAGTTTGTCAACCTTTGGGACAAAACAGCCTTCTCGATCTGAAAC s fr1.chrUn 177007418 149 + 349519338 ACTCACTTGGTAGAGATGTCTCTTCCCGTCTGGTAAGCCTGTGCCTTCATGATCCTCTCCATGTTTCCTGACCAGCCGTACTGGCTGGCGACCAGGGCGCAGGGCGAGTTGGTCAGCCTCTGAGACAAGAT-GCCTTCTCGATCTGAAAC a score=648 s danRer3.chr4 10038817 275 + 33808418 AGAAGCACATCTTACTATTCATCTGCCACTTTATAATATGCACTACGATG------------------------TAATGACAAAATAATCATACTTGTTCCTTCAGGGCCTTATCTTTCATCCAGGTAGTAAGGGGCTCAAACTCTTTCTCCAAAGCTTCCCTCTTTTCCTTGGCCTTATCGCTCTCGTCGAACTTCACACCCTCCTTCGCCACGTTCTGGAAGCGTTTGCCATCAAACTCAGGAAGGGCCTGAATGCAGTACTCATCCACTGGTTCAGTCAGATAGACCACTTCATAT s fr1.chrUn 85007707 284 + 349519338 GTTAGAACTT-----------TCAGGC-TTTTGAAAAACGCAGAAAAACGGCCGCCTGGCTTCTCGGGGTTTCACAGGCGCTCACCTTTTCCACCTTCTTCTCCAGGA---TGTCCTTCATGATTTTGCACAGGTTCTCAAACTGAGccttcttctcctcctgcttcttcttctcctcctcatcctcAGGCAGCTCCAGGCCCTCCTTAGTCACTGAAACCAGGTTCTTGCCCTCGAACTCCTTCAGCTGCTGGACACAGTACTCGTCGATGGGCTCGATCATGTAAATGACCTCCAGG a score=25544 s danRer3.chr4 10039092 599 + 33808418 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33808418 AATTACCTTAATGAAGTCATTCTTCTTGGTGCCATACTCGTCAAAAAGACCTCTGGGTGCAGATGCAGGAACAAAGAGGATGGACTTGAAAGTGACTTCGCCTTCAGCGGTGAAGTGAATGTGTGACAGTGGCTCATCAGTGTCCTGAAATGACAACGATCCAATTGAACTGATCCAGAGGTCGCAGTGGACCATAAAAAGCTAACCATTTGTGCCACACACCGGTTTTACTCACCCTGGAGAAAGTTTTATAGAAGGCTGTATATTCATCTTCCTCCACTTCCTTTGCAGGTCTCTGCCAGATGGGTTTAATGTCATTCATCAGCTCCCAATCCCACACAGTCTTCTCCACCTAAAACAACAAATATTAATTAAAA s fr1.chrUn 177008382 365 + 349519338 GCGTACCTTGATGTAATCGTTCTTCTTGGAGCCGTATTCGTCAAACAGGCCGCGGGGCGCTGAGGTGGGCACAAACAGGATGGACTTGAAGGTGACCTCTCCCTCGGCTGTGAAGTGGATGTGGGCCAGCGGGTCGTCGCTGTCCTGT--TGAAAGCAA-ATATTTGGAATCACCCTTTGGCTGCGTGTTAAAACACAGGGTTGA--ATCGGTACCGCCAA--GGTT---CTGACCTTAGAGAAGGTCTTGTAGAAAGCCTTGTACTCATCTTCCTCCACCTCCTTTGCTGGTCGCTGCCAGATGGGTTTGATGTCGTTCATCAGTTCCCAGTCCCAGACGGTCTTCTCAACCTGAAACAGTCAGGA--AGCTAAGA a score=12299 s danRer3.chr4 10040961 374 + 33808418 AGGATAACTTCTAATGTTGGGTTG--------AATATCTCC---------ATCTAAAA------------------ACCTTCTTAGTCTTTGGTTTGTCCTTGTCTTCCTCCTCTTCCTCAACTTCAGCTTCATCTTCAGTGGCTTC------TTCCTTCTCTGCCTCAGCCTCATCCTCAATAGGCTCTTCTACGGTCTCGGTCTGGGAAATGAC--ACAAATCAGTGAGTTTAAGAAGT--------CCAACATCTGGTT---------ATGTTATAGTGTC------------TGGGGTCTTTTGTGAACAGACCTTGCTGCTCCATACGTAGATGGGGAAGTTGATGAATTGGGAGTATTTCTTCACCAGGTTCTTAATGGTCTCCAGCTCAAGGTAGTCAGAAGCTTCCTCTTTCATCACCAACCTAA---CAAACAAGTCACC s fr1.chrUn 177008781 444 + 349519338 AGTGATATTTCTGAGGTTTAACTGACGCCTCCAGCATTTCCCTGCAACTAATTTCAGAACAGCAACAGCGAGTCCTACCTTCTTCGTCTTTGGcttttctttgtcctcctcttcctcctccacctcagcctcatcttcggcctctttctctggttcctcTGTGGCCTCAGAATCATCTTCAATTGGCTCTTCAACAGTCTCAGTCTGAGAGGGGATTAAAAAGGCAGTAA---TAAGATTCGACACCCACCAAAATCTGCTTCCTGCAAGGATTATTCAAAGTCAATTACACATCAAGGCGTCTCCAATAATT--ACCTTGCTGGCCCAGACATAAATAGGGAAGTTGATGAACTGGGAGTATTTCCTGACCAGGTTCTTGATGGTCTCCAGCTCCAGATAGTCTGTGGCCTCCTCCTTCATGACCAGTCTGAGTTCAGACACATAACC a score=23704 s danRer3.chr4 10041898 427 + 33808418 CTTACGTGATGGTGGTGCCTCTGCCTAGAGTGTCTCCACGTGGGTCCTCGATGACAGAGAACTGATTGGAATCAGATTCCCACATGTGCTGGGTGTCGTTGTTGTGCTTGGAAGTGACAATGACCTTATCGGCCACAAGGAAAGCGGAGTAGAAGCCCACACCGAACTGACCAATCAGCTCAGAGGTGGACTGACTGTCGTCCTGCACCTCTGTCATTTTGTTCAGGAACTCGCTGGTTCCAGATTTGGCGATGGTACCAAGGTTCTTCACCAGTTCTTCTTTGGTCATGCCAATACCAGTGTCAGTGATGTGAAGCATATTCTTCTCTTTGTCAGACTGATGAGAGAAGAGTCACACACATGCAGTGAA---TTTTAGAAGAGCTCTTTTTGATTGCTCTTTTAAAATCATTACCATGTTCTCTTCGTA s fr1.chrUn 177009291 408 + 349519338 CTCACGTGATTGTGGTTCCTCTGCCCAGCGTGTCCCCGCGGGGGTCCTCGATGACGGAGAACTGGTTAGAGTCCGACTCCCAGATGTGCTGAGTGCCGTTGTTGTGTTTGGACGTCACGATGACTTTGTCGGCGACGAGGAAGGCGGAGTAGAAGCCCACACCGAACTGGCCAATCAGCTCCGAGGTGGACTGACCCTCCGTCTGCATCTCCGTCATCTTATTGAGGAACTCGCTGGTGCCAGACTTGGCAATGGTGCCCAGGTTCTTCACCAGCTCCTCTTTGGTCATTCCAATGCCAGTATCAGTGATGTGCAGCATGTTCTTCTCCTTGTCAGACTGG-----------------AAATGCAATGAAAGGTTAACAAAGAGAACCAGATCAGTGA-----TGAAACCATCTCCATTGTGTGCTCCTG a score=7588 s danRer3.chr4 10042695 147 + 33808418 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33808418 CTACTCACCGAACGCCAAAAGTGCACAGAGGAGACCGATAATCCACAGCCGCCTCATTGTTTTTGAAAGAAA---AACGGTTTATTAATGAGACTCAATAGCAGATTAACGCCTTGAGCTTTTGCAGAGCCCTCCACGCCTCGATGAAGTGTTTCAGTGCGTGGACAGGGAGAGAGAAGTCGGCTTTATTAACTCATGCGCTCTAGGGCGGTGCTCTGCTGCTTTCAGCCATTCACTGCACCCCACGCACAACACCGCACCAACCAGAG-AGCGATCCGCAGTCGGCGTCGCCCAATCAGCGTCTTACATGTCCGATCCTACACGCTCTATTCGTGGCTCGCGCTGATTGGC s fr1.chrUn 177010982 325 + 349519338 CTACTCACCGAAGGCAAACAAGGCGACCAAAAGGCCTATGACCCAAACACGTTTCATT--TTGGGAAATCGAGTGAACGATGTCTAAGTGGAGCCCT---TAAGACAAAAGCCGGGA-CAGCCGCGCAGGCAGCACTGCCTTAACAAG------------------AGAGACTGACAAGCCACCGCTCCCACCAAAAGAGCCCACTCCACGAGACCCGTGACAACCGACCAATGGCTGCGCACCACGCACACAATCCAACCAATCACAGCAGAGCACCGC-GCGGGTGTCGTCCAATCAGAGGCCTCAACATAC--CTCCAAACCCGAAAATCGTGTCTAGCCATCATTGGC a score=820 s danRer3.chr4 10058324 590 + 33808418 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CAAATGTTTCATCTAC-AGTTTCATCTGGTCGGTCTTTATTTATAGACACCCCATCATA----TTATAATAAGAATCTC----------TGTTCGGTTTTGAACACT--GTGCC----TTTAACTACCCGTAA----AACTTTCGGTTTCGTTGTTGTAAAACCGAATGTC----ACCACGGAAATAGCATAATCGCTCAGTGATCGCTC-----TCTTAACTTCTTTTCAGGTTTGACGATGACTTCAATCATCTCCAAATTCATC--ACCAAGACCCTGTGCGACCACCAGGGATGTTTGGACTTGGAGAGCTTGAACGGGATCATCAATAAGCATTTTACTGTGGCGGAATCGGTCCTGCAAACTGTTCTGTTCGACCATGGTAAAAT---CGCCATCCGAGCAGGCAAACAGAAGGCTGCCGGGATTAAAGGCCTGAGCCCGGACAGTCTGATCGTGGCTAAAACCAGTCTGCGGTTGTGTCAAG------TCAAGAACGGACAGTGTTCGCAGTGCGAGCACTTACATGTGTGCAAGTTTTTGGTTTTAGGAAAATGCAAGTTTGGGTGAGTAAAATGCGCTGAATCTGAGTGTGTCAACAGTTTTAGCAACAAtgtctgtgta a score=1046 s danRer3.chr4 10060870 64 + 33808418 TTTGTGTTTGTGTTAATCAGGAAGGAGTGTAAATTCTCTCATAACATCCAGTCACAGCATAACT s fr1.chrUn 198966062 64 + 349519338 TTTTTTTCTTTTTTTTTTAGAAACGCATGCAAAACTTCCCACAGCGTATTTTCTGGAAATAACT a score=2276 s danRer3.chr4 10060957 74 + 33808418 CTTCATGAACTGAACGAGGACGATCTTTTCCTGCTTCTACTCCAAAACGATCCCGCCCTGCTGCCAGAGGTGAG s fr1.chrUn 198966148 74 + 349519338 CTTCAGGATTTAACAGAGAAACAGCTGTTCCAACTGTTGCTGCAGAACGATCCTTGGCTCCTTCCTGAGGTAAG a score=3441 s danRer3.chr4 10062922 162 + 33808418 TGGTGCTGTATGTG---CGCAGGTGTGTGCTCACTATAATAAAGGCACGGGTGTTTTCGGGGCCTGTACCTTTATGGAGCGCTGCACTAAAGTGCACATTTGTCAGCACTTTGTGCACGATACCTGCCTGTTCGGGCCCAAGTGCAAACGGCAACACAGCATCGA s fr1.chrUn 198966272 165 + 349519338 TGTTCCTGCACGTGTCCCACAGGTTTGCTCGCACTACAACAGGGGCAACGGTTTGCACGGCTCCTGCAAAAACAACGCCTCCTGCGTGAAGCTTCACATCTGCCAGCATTTTCTGGAGGAGGACTGTAGGTTCGGATCCACGTGCAAGCGGGCCCATTCTTTTAA a score=1062 s danRer3.chr4 10063118 536 + 33808418 CTCAGTGGTGACATCATCCGTGAACTGCCTTACATCTACCAGAATGTGTATCGGCTGAATTCGCAACCTCAAAGCAGTGGTAAGTGCGTAAAGGTAATAATTTACATGTATCATCATGTTAGTTTATTAAACATATAAAGTTAAGGTCAAAATTAGTAGCTCTCCTGTAATTTCTTTTTCAtgatcattcaggagggctaa--------taattctgacttcagctgtaTATTCTTACACATTTCAGAACTGATATCTG----ATCAAGGCATCAAACCGGTCGCTCAGATGGAGAAGAATGAAATCTGTCTCCACTTTATAAGACGGAAGTGCAAGTTTCAGGGTTGGTGTCCATGTCATCCAGGCTATCTCTGGTTAATCTTGTTGTCTTTAA------CATGAGTTCTAATGGGTT----TTTTATCACTTCAGACCAGTGCGTTCTTGTCCACTTTAATCTTCCATATAAGTGGGAGCTTT---ACGATGGGAAAGGCTGGAGGGAATTAAGAAATATGGAGGACATAGAGAGAGCTTATTGTGACCCAAAGAATGA s fr1.chrUn 198966465 488 + 349519338 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TCTGTTTCTGGTGTCTATATTAGAGTGTTGA-TGGTCTTCTCTGCCTCCAGGCCTCAGCCCCC-CGCTAGTCCAGTAGTTGACTTCATGTCCATGACCTATAAATCATCTCCAGTTCGCCGTCTGTCAACGGTCTCTTCCATCTCAAAGCCCCCAACCTTTATTCTGACCACTGAGTGGCTCTGGTACTGGAAGTCCGGCAGTGAGCAATGGCTGGAGTTTGG a score=2810 s danRer3.chr4 10066690 197 + 33808418 ACAGATATGTATCAGAGGAACCCCAAACACAACACAAAGAGAAGGGTGCGGAGACGACCACGCTTTGTGTCTATCAGTGAGGTGGAAAGTAAAGCTGCCCAGTGACAGAACAAACACACAACACACTTTA-----TGCTCACACACCTGAGCACAGACATTCAAATTATGAGTTACTGCATTCAT-TTCTTGCCATTTAACTC s fr1.chrUn 198967937 188 + 349519338 ACCCAGATGTATCAGCAGAATCAGAAATACAAAACCAAGAGAGAGGTCCGACGGCGGCCTCGTTTCGTGTCAGCTGAGGAGGTGAACAAGAAGCTTCAGAGGTGAT---------------CTGGCTTTAGTGACGGTTTACACGTTGGAATAAAGTGAATCCGATAACGAATCTTTACATCTTTGTTGCAGCCAGTCATCTC a score=2013 s danRer3.chr4 10078207 191 + 33808418 CCTCCAGGTACCAAACACCCCTCACCATCCCCAGGTCACCATGACAGTGCCTCCAGCATAGATCCCACCCCGTCCCTTGGATCTGAAGGCTCGGGTAACCTAGGCGATGGGGCCCAAGGCATCCACTTGCTGTTACGTCCACCAGATCTACTCACGCCCAGCCAGATGCCACCTCTGCGGGACGACAGACT s fr1.chrUn 135323838 151 - 349519338 CCTTCAAATCCCAAA-GTTCATCCTCAGACTCTGGTTACCATAGTAATAGTAGTGGTACGGACTCTGCA---------------GAGGACTCTGGT---------------GCTCAGGGGATCCACCTGTTGCTCAGACCACCAGACCTTCTGACTCCTAGCCTTCCCCCACCACTACCG---------CC a score=7985 s danRer3.chr4 10078398 456 + 33808418 CCCTACCCCAGCCCCACCCACCCTAGTGCCACCCGAAGACTTATATCCAATCCACTCGGCGGAGATGGACTGGGGTTCTGGAGACTACCTGGAAACTCTTACATTCATGGGATCTGAAGGAGAGGAGTTTTCACTGGTCACCACATTACCGACGCATGGATACGATCCATATGATTTTGACGAAGATGCCACGGTTAGCTACAACACAGCTTTCCCTTCCCGTCCCATTCTTCCTCTTTCATCCAGACACCTCCAGCCCAGCG---CTACCGTAAAATATGGGACTCATTTAAGGACCGCCCATCCTACTGATCCCCGCCTCCCATTGGCTC-----------CTGATTCTGATAGAGACGATGATCTG-------GATTTCGATTGGGCGGAGTTGTTTCCTATTGAGCCAACCGAAATGCTGCTTCCCGACATGAACAGTTTGGAATACTACAACACGTTACAAGCCAAAGAGAA s fr1.chrUn 272532166 458 - 349519338 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s fr1.chrUn 272534971 615 - 349519338 ACACCAT-GACTTAAATTATACTGTTATTTGAACTAAATTAAATGAT------TAATTGA-GGCGTTTGTTTCCAAATGAATAGGTCATGCGAACATTTACTTTGAGAACTTCAGCG-CTTGCCCAGTTGTGTCTATGTT-----TCCAGTCATTGCAACACATGGTGTTCAGGTTCTGTACGACTGTTCCCA-GAAC-------------CGACAACAGTG--------------------------------------GGACCGAGAC-----AGTTTTGTTTATTTTTCTGTCTGCTAAATAGCCTTCCACTGTCTGGATTTTAGATTGTAAATATCACCATGGCAGCTCAGCAATATTACGAGCAGCAACCACAGAGGAAACCAGTGGACATCACATTTACAGTGCGTAGTTCAAGGGGTTATCTGACAGGGTCAGAGGTCAGCAATGCTCTGATGAAGCTCACAGTGGTGGAATTCAGCTATTACATGGGCTTTCCTGTGCTACAGATTGCTGAACGTGAGTACAATA------AAAGAAACTTCCACTTAATTTGAGTCTCATTTTTACCCTAATAATAATCTACTGCTTTATAATGGTTTTATTGTAC-TTTTCCCCACAGCTTTCCATTATCCAGAGTTGAACACCAGCCAGCTGCTTCGCTCCTCTTGGCTGAGAACAGGTATG a score=3970 s danRer3.chr4 10085270 239 + 33808418 TCTCATATGCATTTGCTC-TAGTTTTACTGGGTGTGTTGGATCAGCGTGTGAACGAGCGGACCTTTCAGGCCAAAATGGAGCGACGATTAGCATTGCTGGTTGGAGAAGGACTTGGGATCGGAATTAACAATCGACGATGGAGAAGATCTACTAGTGTTGGCAACAATAGCGTACAGGTACAAACAAACACACATTTTTGTTTATCTTTCCCAAACATCAGCTAAACATGAATGTACCTC s fr1.chrUn 272535629 218 - 349519338 TCGCATCTTTCTTTGTTCGTAGTACTCCTTGGTGTGATGGATCACAAAGTGGGTGAGAGAACCTTTCAAGCAAACATGGAACGCAGAGTGGCCATGATACTGGGAG-AGGCTATGGGTTCGG--------CCAGACGTGTCAAGCGAGCTACAGCGATAGGCAACAGCAGTGTTCAGGTAT---------CATATT----TATATCTTTTTTAGAACTGATCTAACTGGGCGTTTACCTA a score=5188 s danRer3.chr4 10085509 186 + 33808418 AGATTGTGCGAGCGTCTCGACTGGATGGGCCTGACTATCCGCTGGAGCTGGTGTATTTTGTGGAAGAGGGTTCGGGAGAGAGACTGCCAGCCCAGGCCA--CAGCGGCAATGCTGAACAGACTGAACCTGCAGAGAGCCGCCATCGTACTGGGATACCGCGTACACGGAGTTCTAGCCACACGTGAGT s fr1.chrUn 272537490 186 - 349519338 AGGTTGTGAGCACCAGTCGGCTGGTGGGTACAGATCATCCCTTAGAGATTGTGTATTTCGTGGAAGGTCCCGATGGTCAGAGAATGCCTG--CAGACCAAGCAGCCTACATACTCAACCGGATGGATGTTCAAAGGGCTGCCATCATCCTAGGGTATCGTGTGCAGGGCGTTTTGGCACAGCGTGAGT a score=-1311 s danRer3.chr4 10085695 84 + 33808418 CAACATTTAATAGTTTATTTAATTCAGCCCACAAA----ACCTGAACATCTTCATT------------AAATCCTTGTGGGAAAAGGAAAACAAGCCATT s fr1.chrUn 135326741 98 - 349519338 CCAGACCTGA--AGCTGCTGAGCGCAGCTTCCGAACTGAAACTTAGCACATTCAGTCAGATGACATGTAACTTCCTGTTTCATGACACTACCTGTTCACA a score=10090 s danRer3.chr4 10085779 256 + 33808418 TTAAATGACCTAAATGATCTTCTAATCTTGCCAGCTGTCTTACATTTCACTCTGTTTCAGCGGTGGAAAAACTGGCCCTGCCGCCGTCTGAGACTCAGCCCAGTAACGTGTGGCTGATCGTAGGAGTGGTGGTCCCAGTGCTGGTGGTGGTCCTCATCATCATCATCCTCTACTGGAAACTGTGCCGCTCGGAGAAGCTGGAGTTTCAGCCAGACGCCATGAGCACCATCCAGCAGAGACAGAAGGTCTGGGTCAA s fr1.chrUn 272538218 250 - 349519338 TGAGATGACATGCGTGAAATTTTAGTTTCAGCCTTAGTCTGACTTTCCTCT-----GCAGCTGTTGAAAAGGTGGCATCTGCGCCCTCCGATACTGAGAACACAAACTTGTGGATTGTCGTCGGCGTGGTGATTCCCCTCCTCGTGGTCATCATCATCATTTCCATCCTATACTGGAAACTGTGTCGCACCGACAAGCTGGAGTTCCAGCCAGACGCCATGACCTCTATTCAGCAGAGACAGAAGGTA-GAGTCAA a score=7162 s danRer3.chr4 10086164 284 + 33808418 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TTATTGATGTGCA-----TGTTCCATTGGCAGGATCTCACCATCGGATGGTGACTCAGTGGTAAGTGACCATTCCAGTGAGCGGGAACCAAACGAGGAGAACCGGAGAGGCTACACCACGCCCAGCGACGGCAAGCAC a score=-4816 s danRer3.chr4 10088227 401 + 33808418 AGCATGGTACATATTGAACACA-AAAAATGCTGGGATTTGTATTGTAAAAAGTAATGAAACTGATTTTTGATTTTTAATACTTTCTCTTCTCCTTCTTTTCTCGGTTCATCAGCTAAAAATAAACTTGGTAAGTTTCTTTGCCAATGTACATGTATTGCATTTGCATATTGTTAGTTATAAATGCACTGTAAAACAGTGCAtaaaaagtgagtaaacccattgccttaaaagcaacaagttgattttattttaaataaagtcagtaaacccactgacctaactataagaattatgcacatagtttgtttacataataattataaggcactgagtttacttttcttttaaataaagtcaactaattgctttTTACAGTGTGCTAAACTACTGTCCTTGATGTT s fr1.chrUn 135327590 214 - 349519338 AGCACAGGA------AAACACCCAAAAATG-----------GTCATTTAATGTCATTAtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtTTTATTCTCTCACTCT---------------------AACAACCTTTGTCTTCCTCTCCTCTCATGT--------------------TTTTTAC------------------------------------------------CCTTAAAGGAAA-----------------AAATAAGATGGGTACGTTT------CCAACT--------------CCTGCCTTGT---CACCATGGTTACCAGG-ATTGGATTGACTCGATCTTTC------------------TTTTTTATGGT-----------------------TT a score=11813 s danRer3.chr4 10088628 956 + 33808418 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fr1.chrUn 272542727 904 - 349519338 CAGGTCCTCCTCCTATGAATGGCACAAATGAGCAGCTGTCCTCAGCCTCCATCTTTGAACACGTAGACCGGTTGTCTCGTGGCGCA---GATGCCAGCAGGAGACTCCCCAGCAAAGTCCAGCTCATCGCCATGCAGCCCATGCCCCTTCCACCGCTGCA----------------CGGCACCCCCATC--AACGACAAACTGTCTGACGCCAATCAAATTACCAGAGAGGTTGTGTTTTAACGAAACACCACACTATGGTGCAAGCTGATTAGTCTCATTTGAATGTAAAATTATTCTACACTCTCAAA--------------------GGTGCCAAATTTTCAGGATCAGCATTAGAAGTTACTATAATTAAGTAAAATTAAATGATCAACAGATCAGCTTTTTCTCACACTCTGCCCCTCTGCTGCCTGCCTA-----GATGCTCAGAAGTTGTTGACTGCTAAGTTTGTATTATTTTGTCCT--------------CAGATCCAGGTAGCTTTGAGGCACAAGTCAGAGATCGAGCACCATCGTAACAAGATACGCCTGCGCGCCAAGAGGAAGGGCCACTACGACTTCCCTGCAATGGACGACCTGACATGTGGCCTTGGGAACGGAAAGGATCAGGATCAGATCTATCAGAAAGCGCCGACTCAGAT--------TGTTG-ACCCCGAAGCCCAGATGCCCATGTCCATCTTCACCGGGTCCAAGAAAAGGTCAGGACATGAGATG----ATAAACTG-----TGTCCATAG----ATGGGGGAAGGGGTGATTGCAGTTTATTAACATTTCTTCATTTTGCGTGCTCAGTGGTCGTGCGAGACGCTCTCCTAAACAGAGGGTGAAGGAGCAG---CTGAACGGAGGTGCAAGAGAAGCAGATAAAGACCACCTGATCTCTGAAGACAGTGAGGGCATTTACAGAAGGTGTCCAGGCGTAAACAATGTGGCTTATGTGGTGGG a 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fr1.chrUn 272545805 403 - 349519338 AGCTGCAGCCAGACAGCCTGTACTCCAGCAGGGGTCTTTACACCGAAGAGCTGCCATCATCTGCCAGACCACGACCAGTGGGTGGATCTACAGGTGAGGGT---------------------GGAAAATCCGCTCATTAATACAACCACAAAAGG------CCTTTATCATTTCATTATTGCTGAGATATAACATTCTTTAATGttttttat----tatttta------atatatCTATCCA----------------TATAAATATCTTTCTTCCTTTCAAACCACACCTCCAAACGACAAAACCTGTCCAGCAGAAAAACCTCATCTATCTC-------CTGAATT---------ATTAAATCAGCCTG--------ATTGTGAATCTGCAGCCATCATGTGACTCGCTCTA-ACAGAAATGGAT-TCTGTCATTTGGCTTACAGCAGGGAGACACAGAGTGCTTTTTAGGTTCTGCTGA a score=1698 s danRer3.chr4 10091992 473 + 33808418 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tgtgtgtgAAGGTGCCCAGCTCCATCATCTCGCACAGGTGGGATTGCCCAGCCGTG-TGAATGGTCACCC--AGCAGGACTCAGGGCCTCTGCAGGCCACGGTGGAGGTATCAGCTGGAGCCATTACCAT---GACAACAGCTTCTCTCAGATCGAGCCTGAAAAAGAGACAGTAAGTAGCCTAAACTCCAAACCTCTGATTTTCTTCCATTATCAATGTATCTCATTTCCTTTATTTATTGTTTGGTGTTTCCATTCAATTTA---ATATTATAGAATTAC--ACCTGACCAAAAAAGTAC--TGGTTATTAATGCTATTTTGCA-------TGCAATTTTGATTTTAGAAAGTCCAAACATCTATACTTTCAGGAGTTCTTACAAT--ACAAATTGCATTAA------CATACTTTTTTCAGTACTGGAA----GACTAAAATCCATTGATTTTTTTATTACTGCA-------ATATGTTTTCCACTCTGTAGCACTGA a score=7378 s danRer3.chr4 10092833 341 + 33808418 ttttgtatatataaattttttttaCATTGTTTTACAGAATATTTACATTATTTCTCTTTCTCTCTCTC----CTCCTGTTCCTCAGATAATGACATTCCCAGAATACTCTTCTTCACCAGTATTCCAGATGCCCAGGACGTCCCTGCAGGATTCTGCACCCCCCCAGTCCCACCTGGAAGCCTCAAACGCGGGTTACATCGCCCCAGAAGAGCA---------CTCTCCACCACCTCACTCCTCCGCCTCTCTCATCAAGGCCATCAGGGAAGAACTGCAGAGACTTTCTCAGAAACAAGTTGCTGTCGTCAGCTACCACAGTTGAGA----AAGACCATCCCAACACCCCAGTCCTG s fr1.chrUn 272546767 356 - 349519338 CTTTACA-ATCTGCCTTTTTTCCTCTCAGTTCTAATCTTTGTTCTCTCTTCTCTTCCTACTCTCTTCCGTCCCTCCTGC-CTTCAGTTCCTGGATTGTCTTGACTACCCACACTCCTCTATCTTCCAGACACCCAGGAGTTTTATCAAGGAGCCGGCGGCTCCCCCCGTGCACATTGACCCCCCAGGTGTGAGCTACGTGTCCTCGGCGCCGCCGCTCCAAACCTCTCCTCCGACTCACTCGTCTGCCTCCCTGATCAAGGCCATTAGGGAGGAGCTGTTGCGTCTCTCGCAGAAACAGTCAGCTGTGCCCAGCTACCACAGCTAGGGCCTCCGGACCGCGGCCACGCCTCAGTCCTG a score=3133 s danRer3.chr4 10102354 57 + 33808418 CATGAAGACCCAGCTAGTGGATGCCATCCAGCTCGAAGAAGTGGAGATGGAGGAAGA s fr1.chrUn 135343916 57 - 349519338 CATGAAGACCGAGCTGGTGAGCGCCATCCACCTGCAGGAAGTGGAGCTGCGGGAGAA a score=11109 s danRer3.chr4 10102515 312 + 33808418 TTTATTCTTTTCAATCTTTAACCCATACAGAGCCGAAATGC-------------TACACCGTGGAGGAGGCTGTGGAGAGCATTGGTTTCGGATGTTTCCATATTCTGCTTTTTGTCATCATGGGCAGTGCCAATGTAAGACAACTGCATGCGTTTCTGTAATTCATTAACCTGC---AATTAGTGTACTTGCTGTTTACATTTTTCATTGCTGGTGTGTGT--AGATAGTGGAAGCGATGGAGATCATGTTGTTGGCTGTGGTTTCTCCTGAGATCCGCTGCGAATGGCATCTGGAGGATTGGCAAGTGGCCCTTGTCTCCACGGTGAG s fr1.chrUn 135345607 319 - 349519338 TTTTTCCTCCTCAAATATTGATTGATATGTTGTTTATTTGCAGCTGATGAGACGTTCACTGTGGAGGAGGCCGTGGAAACGATTGGCTTTGGCCGTTTTCATGTTCTGCTCTTTTTCATCATGGGAGGAGCCGGTGTAAGaatcaatcaatcaat-caatcaatcaatAAGCTGATCAAAGCGGAGGAGTTGAGGAT----------GCTGCTGGTGTGTCTCCAGATCGTGGAGGCCATGGAGATCATGCTGCTGGCCGTCATTTCTCCTGAGATCCGATGCGAGTGGCGCCTAGAGGACTGGCAGGTGGCGCTGGTCTCCACGGTGAG a score=5571 s danRer3.chr4 10103519 111 + 33808418 GTGTTTTGTTTTAGATGGTGTTTTTTGGTTTCATGGTTTGTGGGGTCCTCTGTGGTTACATTGCTGACAAATACGGACGCTGGAAGGTGAGATGACATTTCTTTCGATTTT s fr1.chrUn 135346016 102 - 349519338 GTGTTGTGTTT-AGATGGTGTTCCTGGGCTTCATGGTCTGCGGAGTTCTGGGGGGATACGTTGCTGACAGATACGGACGCTGGAAGGT--------CTTTCTTTCCCTTTT a score=6832 s danRer3.chr4 10104565 159 + 33808418 TTTGTGTCCACAGGTGGTGTTTGGTGGTTTTGTATGGGCGTCATATTTTTCTTTTCTCACTTCGTTCTCTACATCATACGGCTGGTTCATCTTTCTGAGATGTATGGTGGGCTGCGGAGTGGCAGCAACATCTCAAGGGTGGGATTTCGCAAATGCACA s fr1.chrUn 135346160 159 - 349519338 TTTGCTGGTGCAGGTGGTGTTTGGAGGGTTTGTGTGGAGCTCCTACTTCTCTCTGCTCACATCCTTTGCTCCTTCTTATGGTTGGTTCATCTTCCTGCGCAGCATGGTGGGATGTGGAGTGGCAGGTGTGTCACAAGGGTGAGTAcacgcacacacgca a score=7822 s danRer3.chr4 10105407 300 + 33808418 TTTTCTTTCTTAAGGTTTGTTTTGAAGACTGAATTCATCCCGGCCAAATACAGAGCATACCTGTTGCCTCTTGCCTCAGTGAGT--GCATAAGAAAAGTTACATTTGACCT---------CCAAAAAAAAAGAAAAAACTCAGG-----------CATTAACCTTACTTTTATTGTCTGTCAGATCTTCTGGATGATGGGATCCATATTAATTATCGTTCTGGGTATGACTGTGGTGCCCACGATGGGCTGGCGCTGGATGATTCGGTTTTCCGTCATCCCCAGCCTCGTATTAATCGGACTCTTCATGGTTAGTTTTATTC s fr1.chrUn 135346351 322 - 349519338 TCCTCTGGTTTCAGGTTCGTGTTGAAGACGGAGTTTATTCCTGCACAACATCGAGCTCTCCTGCTTCCTCTAGCTACAGTGAGTCAGTTCAAACACAGCATGTCCTGGTCTGGGCCTGGGTCCACATAGGGGTCAGGGTTCAGGTCAGCCAGGGCCCTCTAGCTTTTTCTCTCTGTGTGTTAGATCTTCTGGATGATTGGTTCCATGCTCATCATCATATTGGGGATGTTGCTGGTCCCCACCCTGGGGTGGAGGTGGATGATCCGGGTCTCAATTGCCCCCAGTCTCATCCTCATCTTCCTATTTAAGGTTTGTCTCCTCC a score=1942 s danRer3.chr4 10105739 167 + 33808418 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TAATAATTGGTGATGTTCTCTTTGCAGGTTTGTGGCCTCGTTCTTATATTATGGTTCTGTGCTGAGCAGCTCAGAACTTCTGGAGAAGAACCTGTTATGTGTGACGGATGCAGACCGAGAACATGGAGTCAAACACCACCTGGAGGGGAAACTGTGTTACTGCATCTCGTTTGCGAGCAGCGACTATGAGACTCTACTGATCAGCAGCTTCGGGGAGGTGGCCCGTAAGTTCCTGAGCAGACCTCTGATGTTCATGTCTTCATCCAGACCTCCTCAGGCTCTGAAGGTGGTGCTGTGCTGCCACCTGTGAAGAGTCAGAAAAACATGCAGCATATGCACAAATGTGATCTGAGGTGTCATGTGACATTGGTCATAAACTTCAGACTTGTTTCCTCC-CAGTGGTCCCATTAAACATCGGCCTGCTAAATGTCTTTGGACGTAAGGTGACCTTGGCCTTGCTGCAGCTGCTGGCTGCTGTTTTCTTCATGTTGCTCAACATCTGCTCCACCATGTAAG a score=9495 s danRer3.chr4 10109573 357 + 33808418 ACATGGCCTTTTACTCGCAGTTCATATGTTAAAAGTGCTAATAAAGTGAATAATGTGTG-------CAGGTTAGGCTTCACAATCCTGCTCTTCCTCCTCCGCTCTGTGGTTTCAATGAATTTTAATGTGGTTTACATCTACACGGCAGAGGTGAGAGCTGATAAATGAACACTCCATTCAATCTCTGTGCCTTTAAAGAAGAGTTT----GCCACCAAATTTAAACTGTTTATCATTGGCGTGTGTGTTTGCAGGTTTATCCTACATCTGTGCGCTCAATCGGAATGGGCTTTTGCACATCGTTCAGTCGAATCGGAGGAATGATCGCACCTTTTATTGCACAGGTGCTCTATGTGTTTTGACTTTT s fr1.chrUn 135348276 337 - 349519338 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TCAACAGCCATTAACAGGTCAGATAGATTTTGCTTTTTAGGCTTTTGTGATTGGAA-------TATTCAAATATCCTTTGAAATCACTTAGGCCCTGTT a score=-1916 s danRer3.chr4 10122364 105 + 33808418 tt---ccataacattATAGTCATAGCCGAATAATTGAT--------AAGTGATTAGCATTTGGAAACAGGCCTGtt------------tccactttcccatgtaaataatgcaagtgtaaaaccccag s fr1.chrUn 40139587 127 + 349519338 GTGGGCTTTGTCATT-TAAACGCAGCTGCTCTGTTGATCTGATTTAGCGCTCTTGCTGTTCAGAGACGCGTTCATTAGGCTGAGAACTCTGACTTTCCTGACCACACACTTGCTCCCACACGCCCCTG a score=-1857 s danRer3.chr4 10122469 246 + 33808418 tggacgacaggccaatcagaaCAGAACCTCCAGATCCAAACTT----AGACTGATATGTTGTTAAGATACTCAagatcattaatatgc--aagccccatgctgcgtttaaAGATTACAACAATAAA--------TTCCTCCCTTATTTTTAAGTATA-----------TCAAAGTTTGTATTAAAC--TTACTAT------GCATGTGGGACTCTTATTTTGAAAACAGGAGACACAGTTTGTTTTCTATGCCTTACTAAGCAACGACTTCAGCTCATC s fr1.chrUn 113010975 270 + 349519338 CTGAGTGTTGGCCAGAGACAACAAAAGCTTTATGCCAGAGTTTTATGGGGAGAAGCAGCTATTTAAACAACCAT-----TTCATTTGCTGAAGCTTTACAACATGAGTAAAAGTCTCTGCAGTTTACGTTTATTTTTTACATTTATTTTTTTCTGTACCGTATCTCGGTCAGCGTGTCGGTTAGCCAGCTACTATCAACTGTCAAATTAGATTCCTGTC--AAATTCAGAGGAAAAACTATGTGGGAGATGTTTT--TATATAAAGTATTTGATTTATT a score=12173 s danRer3.chr4 10122715 351 + 33808418 AGAATGCAAAATGTGGGATATAGGCACTGATATATCTCTTTAATGGATTAAACTATGGCTG----ATGTTCAGGTGTTTGTTGTATGTTCAGTGTCTGATCATAGGTGCAGGTCCGTGTGGGCTGAGGACGGCTATAGAGCTGGGATTTCTGGGCGCCAGGGTAGTTCTGGTGGAAAAGCGGGATGCTTTCTCTAGGAACAATGTCCTGCATCTCTGGCCCTTCACCATCCAGGACCTACGGGGTCTGGGGGCCAAAAAGTTTTACGGGAAATTCTGTGCTGGTGCTATAGACCATATCAGTGAGTCAACGTGAGATTAAACTTCATTTGTTTT-TTCTTACTCTTCTAATAAGCT s fr1.chrUn 272579703 350 - 349519338 ATAATGTAGCCTGTGTGATA-AGGTTAAGATTTCTGTATCACACTGCTTACAGTGGGTCTGTACCATCTGCATCTCTCTGT-----GTCCAGTGTCTAATTATCGGCGCTGGACCATGCGGCCTGCGCACAGCCATCGAACTGGCTCTCCTTGGGGCCAAGGTGGTTCTGCTGGAGAAGAGAGATGCCTTCTCACGGAACAACGTGCTGCATCTCTGGCCCTTTGCAATCCAGGACCTCAGGGGCCTCGGTGCCAAGAAGTTCTATGGAAAGTTCTGTGCGGGTGCTATTGATCATATCAGTAAGTGCACCTTCGGGAGAAGTTGCTCTGCTTCACTTGCACCACCCCAATTGGCT a score=5605 s danRer3.chr4 10124220 115 + 33808418 GCAGGTATTCGTCAGTTGCAGTTGATGCTTTTAAAGGTGGCCTTGTTATTGGGTGTCGAAGTTCATGTGAACGTGGAGTTCAAACATCTACTGGAACCTCCAGAGAACCAGGAGA s fr1.chrUn 272580083 115 - 349519338 GCAGGTATTCGTCAGCTCCAACTGATGCTGCTCAAAATGGCTCTCCTGCTGGGCATTGAGATCCATGTCAATGTCGAGTTCAAGGGTCTTGTTGAACCCCCAGAAGATCAAGAGA a score=4617 s danRer3.chr4 10124386 133 + 33808418 AATTGCTTGTCA----------------------------TGTTTGTCCTGTT-------------------CAGGTGTTGGTTGGCGGGCAGAGGTTCAGCCCAGCTCTCATCCAGTCAGACAGCTGGAGTTTGATGTGGTTATTGGGGCAGACGGCAGAAGAAACACATTACCAGGTA s fr1.chrUn 272580260 180 - 349519338 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AATGACGCACGTCTCTCATACCTTTTCTTCAGGAATTGACCTGGAAAACATCGTCTACTACAAGGACGACACGCACTACTTTGTCATGACCGCAAAGAAGCAGAGCCTGCTGGAGAAGGGAGTCATCCTGCATGTGAGTGATCAGA a score=16962 s danRer3.chr4 10127683 279 + 33808418 TTTGTTTCGCAGGATTATGCTGACACTGAGATGCTGCTGTCCAGACATAATGTGGACCAGAATGCACTGCTCTCGTATGCACGTGAAGCGGCTGATTTCTCCACCAATCATCAGCTTCCAGCGCTGGATTTTGCCATCAATCACTATGGGCAGTCAGATGTGGCCATGTTTGACTTTACCTGTATGTACGCCTCGGAAAACGCAGCGATGGTACGTCAGCGTATGGGACATCCACTGCTCGTTGCTCTGGTGGGCGACAGTTTGCTGGAGGTAAAAGAG s fr1.chrUn 272582409 279 - 349519338 TTTGTCTGGTAGGACTACGCAGACACTGAGCTGCTGCTGTCCAGGGCTAACGTGGACCAGGCCGCACTGCTGTCTTATGCCTGTGAGGCTGCTGATTTCTCCACCAACCACCAGCTGCCCACGCTGGACTTTGCCATCAACCACTACGGGCAGCCGGATGTGGCCATGTTCGACTTCACCTGTATGTACGCTTCTGAAAACGCCGCCATGGTGCGCCAGCGCCAGGGCCACAACCTCCTGGTGGCGTTGGTCGGCGACAGCCTGTTGGAGGTGGGCGAG a score=7112 s danRer3.chr4 10129579 420 + 33808418 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CCGCTTGTGTGTCTGTCTGCAGCCGTTCTGGCCCATGGGCACCGGTATCGCTCGTGGTTTCCTGGCAGCCATGGACTCGGGCTGGATGGTGAGGAGCTGGGCTCAGGGAAAAACCCCTCTTGAGGTGCTGGCTGAGAGGTGAGGGTGTGGAAATAATGATACGTACCCTCTGAAGCTCGCCCTGCTTTCCAAACACACGTACACACATTCCCTCTCTTCAAACACACGCTTTTATCTCCAAGTGTTTTACTAGGAAATGTGCCCGTGTGTGATTTCAGACATCATTCCCACCTCTGCTTGTTCTAACAGGATAAGTGCTCCTTTTGGAACAGAATGGAATGTGGCCTTTTGATAATAATGCTAACAATTTCCAGTTTGTTTTTCTCAGACACAGTTTCTTCACTCCTCTTTCCGTTAGGGAGAGTATATACCGTCTCCTGCCCCAGACGACACCAGAAAATGTCAACAAGAACTTCAGTCAGTACAGCTTGGATCCAATAACCCGGTACCCCAATGTTAGCCTTCACTTCCTGAAACCCAGCCAGGTGGGTCCCACAAAACT----GTCC-AGTCAGGCTGGACAGGGATGCTCTGTTTTTCAGCTGAAAATCAAACT a score=-1172 s danRer3.chr4 10130076 869 + 33808418 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s fr1.chrUn 272583473 1083 - 349519338 GCTAAA-GTATTGTTGTGGCTGTAAAAGGCAACTATGATGTCAGCAATAATGTACTTCTGTTGCTTTAAACTTGAATGGAATCACACGTTTTTTTGTATTTTAGTTACAGAAATAATTTAGTCAAATCAAAATTTTGCTTCA-------CCTTTTTAATTCAGGCCTG------TTGATGTAAGTCAAGTAAAATTGTGTTGATTGCAGCTGAGACACCTCTATGACACGGGAGAGTCCCGGGAAATCCGCATGGAAATTGAGAATGTGATCAACTCCTCGACTCCCAAGCTGGCCAGGAATGGTTTGTGTCATGTTTATTTTGCCTACATTAGTGGGATTTTACTCCTAAAATGTAACAATGAACTATTTTCACTCCAGAAAATTGTCTGCTTGCCAAGCAGTCCCAAGGTAACGCAGAGTCCAAATGCATGTTGTTGAACTTCCAGAGGATCCTGCTAGTTCTAACAGTTGTTTACTTGCCATGTACTCATGTGAATGAGTTGTTGGAATGATGGAACTCTTTGCCCCTCAAGGTCATTTTTTGTTTACTAACTGGATCACTGTTTCTCTTATTTAAGCCTGTGCGATACACTGTGCTTTACAGTAAATGTTCCCTTTGTGTTCTGCATCGTTTCCTAACCTCCCATGTGCATCCTTCCCCCTGCCTACATCAGTAAACCCTTACAGTCGGTCGTCAGTTGCTACTAACATGGATGTTGAAGCCACGGACGATAAAACTTAATGGCCTTCTGT-TCCACCCTCCCTGAACAAGGCCGTTAGACCACTCGGCTGGA---GTCGTGCTGCGCTGCTCTCAAGCAGATTTCTTTCCATGTTGAAAGCAGTTCAGCCTTGTAACGTCAAGCCTGCAATTCCAGAATCCATCGCTCGATCCAGTAAGCTGCTGAGCTGGTGCCAGAGGCAAACGGAGGGATACCGGAATGTCAGAGTCACGGACCTCACCATGTCCTGGAAGAGCGGCCTGGCCCTGTGCGCCCTCATCGACCGATATAGGCCGGACCTCATGTGAGTAGACTTGAGATTTCATTTTCCATCATTG--TTGCTGCTCATGTTGTTGAGTGCAATATGAGT-CTCAGA 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fr1.chrUn 56346575 293 - 349519338 TTAATAGTCCGATTACAGGAATACGACTGCTTTAGTAGTCCGATTACAGGAATATGACTGCTTTAATAGTCCGATTACAGGAATACGACTGCTTTAATAGTCCGATTACAGGAATACGACTACTTTAATAGTCCGATTACAGGAATACGACTACTTTAATAGTCCAATTACAGGAATGTTACTGCT-TTAATAGTCAGATTACAGGAATACGACTGCTTTAATAGTCCGATTACAGGAATACGACTACTTTAATAGTCCAATTACAGGAATGTTACTGCTTTAATAGTCAGATT a score=3097 s danRer3.chr4 10140797 548 + 33808418 ATGCACTTATTATGATCCTAATAATCCAAACAAGGTCTTATTATGCTCTTTATAGTTCAAACATGCACTTATTCTTCTTCTAATAGTCCAAACAAGCTCTTATTATGCTTCTAATAGTAGAAACATGCTCTTATTATGCTCTTTATAGTCCGAACAG--GCTCTTATTATTCTTCTAATTGTCCAAACA-----TACTCTCATTATGCTC-CTTATTGTACCAAACATGCCCCGATTATGCACCTAATAATCCAAACATGCTT-TATTATCCGCCTGATAGTCCAACTATGCTTTTATTATGC---TCTTTATAGTGCACACAAGCTCTTATTATGCTTCTTATAGTCCAAATATGCTCTTATTGTATTCCTAATATTCTAAATATGTCATTATCATGCTCCTAATAGTCCAAACATGCTCTTATTATGATCCTAAAAGTCCAAAAATG-TACTTACA----------------------ATGCTCCTTATACTCAAAACATGCTTAAATCATGCT----CCAAACAG-------TCCAAACATGCTCTTATTATGCTTTTAATGGTCCAAACATGCTCTTTTTAGGCTCCTAA s fr1.chrUn 330474283 583 + 349519338 ATGCTACTATGATGATGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGGCAATGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCTATGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCA---AGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCTA--TGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCAAGCTCAT------ACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCCCACAGACGCTAATGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATACAGATGCTACTATCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCCCACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATACAGATGCTACTATCATACAGATGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGCTATCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCCCACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAA a score=3946 s danRer3.chr4 10141598 661 + 33808418 GCTTTTGTTTTGGTATTCAGTAGCTCTGAGTCAGATCTAGAGGA------GGAGGAGCTTGTCTGGAAGAAGGGGGAGGAG------------CTACATGCCAGGAC-------------------CAATGGAGAGAGGAAGCTTGACCTA----------gaggaggagctgaaggaagaagagggagg--------------------ggaga-----agctggaaaaacaagagggggaggaagaaggagaagtttcagaagaagagcaagacgagggagaTTCTAGTGATGGTGAGAATTCAAATCTCTAAAAATGGCTCCCATGAAATGGGCAAAGTTTAATGTTGTCTGGTATTTATTATATAGCTTGT-------TTATTTCAGAGAAATCATCTTAGGATGAGGTATTGTTCAATTTAATGTCTTTCTGTATTTGTTGTGTTTTATTCCCACAATGTTTTTGCCTGTGAGGTGAATGTTGCCATGCTTGTTCAATGTTGTGTATCCACCACTGTATTACATGCATTTTGAGGTGTTGATAAGTTAATGTGTACTCTATGTATGTGTATAGAGGGTGAGTACTGCCCTTGGGAGAGGGAACGACTCTCAGGGGTGTGGCTTGAG---------------GAAGAGGAGGCGGGGTTTGTTAAAGGTAGCACCGCCTCCAGTAACCATTGACGGCCTTCTTTAGCCTTTTGTTGCGTTATTTTTATTTCGTTT---ACAGGTTATTTCATTT s fr1.chrUn 272594790 658 - 349519338 GTTCTTCCTCTGTCTAACAGTAGCTCAGAGTCAGACATggaggatgaacaagaggagcaggatcaagaggaggaggaagaggaggcggagCAGCCGCCTGCCAGCCCGTCGGACCTTGGCGGCGTGCCCTGGAAAGAGGCCGTTGAGCTTCATGCCAAACTGAGGGGCAGCCATGGTGCGGAGGGGGAGGCCGGGGCGGACACAGTCAGCGGAGATGGAGAATTAgaggaagaggaggacgacgaagaagaggaggaggaagacgaagaggaagaagaggaggaCTCGAGTGAAGGT----------ATTTTTA------------------TGAGGACATTTC----TTGCCTTTTCCCCAGTGTGTGTCTCATCTGAACCTTTTTTCAG-----TCTCTCTTATGTGTAGCATCACT--GTCTCAGATCTGTCTGTGATT------CTTTCATCCCTCTCTTCCTCTGTCCATGTG----------------TTGTTCCTTTTTATTTATTTTTTATTGGGGCATCTG-------------------------------TCTCCCCCTGCTGGCAGAGGGGGACTACTGCCCCTGGGATAGGGAGCTCCAGTCAGGCCTTTGGCTGGAGAAGCACCTCACAGATGAAGAGGATATTGGTACTTTTAAAGGTAG------CTGCAGTGCCTGTGGATG--CCTTTGCAGTTACTTTGGGCGTGATATATAATCCCTTTTTCACAAGGGTTTTTATTT a score=4235 s danRer3.chr4 10143732 114 + 33808418 CGCCTGCCAAGAGGTCAGAGGTGGTGGAGGAGTTCTGGATGAAGAGTGCAGAGATCCGAAAGAGTTTAGGCCTGACTCCGCTTTCTAGAGAATTGCAGCCAAAACATATAGCAG s fr1.chrUn 272598364 110 - 349519338 CACCCTCCAAAAAGACGGATATTATTGAGGAGTTCTGGTTAAAGAGTGCTGAGATCAGGAAGAGCCTCGGCCTGACTCC----TTTAGACCGCAGCAGTAAGATCCTGGAGAAG a score=1787 s danRer3.chr4 10143976 108 + 33808418 TCTTCAAGAAACCTCCCCTCTTGGA---------CCTACAGATGGC---GATGCTGGCGTCGATTTAGGACG-TTGTTCTGTTGTTCACAGACTCAGCATCACTGTAGAAGGTTGTGTGAT s fr1.chrUn 272598478 121 - 349519338 TCATTAAGGACCCTGCCCCTGTCAAGACCCAATCTCCAGAGGTGTCTAAGGAGCAGAAGTCGGTTTTAACCGGCCACGCCGTCATTCACAGGCTCAACATCACCCTTGAGGGTCAGGTCAT a score=4859 s danRer3.chr4 10144544 183 + 33808418 AAGGAGAAAAAGCGCAGCTCGTTGTTTTCACCCCGTAAAAGCAGGAAGAATGGAAATGC-------AGCAGCTGAGAGCGGGCGAGAGACAGGGA-----------AGCACAAGTCCCTCTGGAAGACTGTTTTTTCAGTGTATAAGAAGGATAAAAAGAGGAAGGAGGTGGCAGTG-GTGGCGGAAACACTTCCTGCTGCT s fr1.chrUn 272599560 202 - 349519338 AAGAGCAAGAAGAGGAGCTCGCTCTTCTCCCCGCGCAAAAACAAGAAGGAGAAGAAGGCCAAGAACGACAGCAGCAGGCTGTCCGGCGCCGAGGAGACGCCGCCTAAACACAAGTCGCTGTGGAAGGCGGTCTTCTCTGGGTACAAGAAGGACAAGAAGAAGAAGGACGAGAAATCGTGTCCCAGCACACCGTCCTCCAGCT a score=2418 s danRer3.chr4 10145551 180 + 33808418 TTACAGACCTGTGTTTCCGGAAGAATCCAAGTTTCTCTGAAGATACGGATATGTCCTGTCATGCTCTTCTTGAAAGATGTCCTCTCCGAGCTCAG--------GTAAAACACTCCCTCTACTTGC--ATTGTCACTTTATTCCCTCTTTTT----TATGACCATTTC----ACCCGAAATTTCTG--------CTGCAGGTCCATT s fr1.chrUn 272599891 204 - 349519338 TTGCAGACTTGAAGGCCAGCCAGAACCTGAGCTTCTCCGAGGACTCGGATCTGTCCTTTGACGACGTTCTGG--AGAAGTCCTCCCAGAAGTCGAAGCCGTCTGTGAGTAACAGTCTGTTCTGACAAATCGCGCCTCTGTTCTGGCTCATTTCCATACAAACATCTCGCCAACCTGAAAATACAGTCGAACCCCTGCGGGCCTGTT a score=3137 s danRer3.chr4 10147205 188 + 33808418 AAATTAATTATGCTACTTATATACTTAGCAGAT---AACTCTATCAAGATCATAATGCAGATTACATTACTTCAGTATCTGCCTTCTCTTTC---------------CCGAGTCGCTTTACGTGCCTCACGCGCTGGCCTTCAAGAGGGCGTATGCTGTTAAGGTAGCATCTTTTTATTTTACGTGTATTGAGCCCCCTTAATCCC s fr1.chrUn 272601377 200 - 349519338 AAATTGGTCATTTTCTTTGTGTATTTTGTCCGTTTTAACTTGTTCATTAACCCATTT--AATCATATCATCTATATATCTGTCTCCTCCATTTTTGTCCGGTCTACTCCAAGTCTGTGTATGTCCCTCATGCACTGGCGTTCAAGAGATCGTACGCCACAAAGGTAGTA---TGTCATCTGATGC-CACTGACAACCCCCCATCCC a score=7 s danRer3.chr4 10147393 165 + 33808418 ATTGGTAGAGTCAGCAACACTCAGCATCTTGTTCCTCAATAGGAGCACAATGTTTTGCCAGAGCTGCCAA--CCAAAGCGTCCACCCCAGTG-----TCGTCATGTCCGTCAGAGCTGGTAGGTGTTTTGGTGGTGTTCCCGGACCCCTCCAGCATAAGTTTGTCTACCACG s fr1.chrUn 135359515 157 - 349519338 ACTGCAGCAGTCTG--ATGTTCTGC-TGTTGTT-----ACAGAAACAC-------TCTCAGACTAGCAGAGTCCAGATTCTGGACTCTGATGGACAATCCTCATGTCCAACAGAAGTGGTGGGACTCCTGGTCCAGGCCAAAGAGCCTTCCAGTTTGAGCGTGAAGGAGAAC a score=6749 s danRer3.chr4 10147558 124 + 33808418 CTGTTTCAGAGAGCAGGAACAGAGGAGGAACTCAATGCCAGGCTGACACGTCGAGTGCAGAGAGCAGCGCGCAGACAGGCCAAGCAGGAGGAGCTGCGGAGGCTGCATAGAGCTCAGGTGTGTG s fr1.chrUn 272602186 124 - 349519338 CTGTGCCAGAAAACCTACACAGAAGAAGAGCTGGATGCCAAGCTGACCCGAAGAGTCCAGAGAGCCATCCGACGGCAAGCCAAGCAGGAGGAGCTGAAGAGGCTGCATAGAGCTCAGGTTAGTG a score=330 s danRer3.chr4 10148945 109 + 33808418 AATCAGAAATTACTTCAGTTGTTGTTTTAAAACAATACAAAAATGTCTCGGTTAATAATGTTTCAGTTTTTAAATCTCCTAAAAAACATTCCTATATTATCACATACGC s fr1.chrUn 40147579 101 + 349519338 AATTAGAAGTTGCTTT-GCTTTTATTTCACATTTGTTGCAAAAGAGAAGATTTGGGACAGTTTAAGACTT--AATCT-----AAAGTGTTTTCTTGTTATATCCAACAC a score=-136 s danRer3.chr4 10149054 139 + 33808418 CTTTGACTTTAAATTTATCTGAACGTTGTAATACCAGGATATAAGTGGTATATCATGGCTTAGTCAAAATA--CACTG----GTATTTGAATTTTGGTTCATATCA------------TCGAGCCCCACTGGTTTGTATAA----TAAAAGTATGTGTATT s fr1.chrUn 113029826 161 + 349519338 CTTAAAATTCAACATTATTGCAATTTTATATCATTAACTAATACTAGTTTAATCGCAGAGTAGTTACAGTAGTTACTGCAAAGTGTTGGAAACCAGTTCTGTCTGACCCTGTGTGGGTTCACGCTTCACTACTGAACATAGAACCTAAAATAATGTTAATC a score=7425 s danRer3.chr4 10149205 226 + 33808418 GCAATCTCAGATAATCCAGCGTCAGTTGGAGCAGGTGGAAGTGAAGCAGAGGCAGCTGGAGGAGAAAGGTGTGGCTGTGGAGAAAGCACTCAGAGGAGAAGCAGGTAAAGTACATACAGTATCAATCACCTGTTACAAAAGATCATCCTGAGGGATTTTaaggggtagttcatccaaataaaatgtagttactatttcctcatcctcaagt---gtttccaaaccttta s fr1.chrUn 272603466 194 - 349519338 GCTCTTCCAGATCATCCAGAGGCAGTTGGAGCAGGTGGAGGAGAAGCAGAGGCAGCTGGAGGAGAGGGGAGTAGCTGTGGAGAAAGCGCTGAGAGGAGAAGCAGGTAACGTCC------TCTCAAACATTT----------ACCATCATTATTGATTGT---------TTTCTTTAAATAAA----------CATGTCCTGATGTTGGATTTCAGTTTCAGAAACTCTA a score=2820 s danRer3.chr4 10150615 83 + 33808418 TGACATGTCCTTCCTCATGATGTAGACTTCTGGGAAGACTCTAGTACCTCTGTCCTCTTGGATGTACATCTGTGTGGTATGTA s fr1.chrUn 272604825 80 - 349519338 TAATATATCCCTG-TCAT--TGTAGACTATTGGGGAGATTCTAATTACAGTGAAATCCTGGACTTGCATCTGGGCGGTATGTA a score=4089 s danRer3.chr4 10151815 247 + 33808418 TTAGTGGCCTTTTTCTGACACAGCAGACAGTCTGGACATGAACATCCAACTCCACACATTTCATCTTTTCA------CCTCGCCTCCCTCCATTATTCCCGTTCTCCTATTCTTACCTCCCTG-AATCCCTCCTCTCCTCTTTTGTGTCCTCCGTCTCTCTGTCTCA-----GTTGAGCCTTTTG-ACGGTTC---TCCCCGTAGAAGGCCTGTATATCTCTGTCCTTGCTGTTCCTCTGAAGGTAAAA--------CCGGCCCTGCTTCC s fr1.chrUn 272609115 254 - 349519338 TTAATGTCCTCCCTCTTTCACAC------------ACACACCCCTCTACCTCCTCATCATCCATCATCCCCTGAACCCCCCTACTCTCTGACTTCTACCCTTTCTCC-ACCCATCTCTCTCTATCATCTATCCTCATCACTCCCCCGCACCCTTCCTCTTTATCTCATGGAAGTTGAGACCTTTGCACGGATCCAATCCC----GAAGACCCCTCTCCTTCTGCCCCTGCTGGTCCCCTGAAGGTAACATAACCCTGCCGCCCCTGCTGCC a score=6897 s danRer3.chr4 10153848 163 + 33808418 GTGCTCTGTATGTTATCGTGGCTGTTGTCCCATTC-TCCTCTTCTCTTTTTTT--------------------------------------------AAAGGAATGGGAAAGAAAGACGATCCAAGCTTAATGCATCAGTGGTTCAAACTGGTGCAGGAGAAGAATGCTCTCGTGCGTTATGAATCTGAGCTCATGATATTGTGAGTA s fr1.chrUn 272611122 208 - 349519338 GTTGTCTGCGTGTCATCAGTGTTGTCGTCCCACCCCTCCCCCTCTCCTTTTCTTTGCCCGCCTGCCCCGTCAATCAAACTCTGCCGCTTCGTCCTCCACAGGCATGGGCAAGAAGGACGACCCCAAGCTAATGCAGGAGTGGTTCAAGCTGGTTCAGGAGAAAAACGCCCTGGTCCGCTATGAGTCAGAACTCATGATTTTGTAAGTA a score=4881 s danRer3.chr4 10155483 208 + 33808418 TGCTCTCTGCTTGTCTACA-GCGCTCGTGAACTGGAGCTGGAGGACAGACAGAGTCGCCTGCAGCAGGAGCTGAGAGAGCGCATGGCGGTGGACGGTTAGCACACACAGACATTATAAATAATTGAACTTCTGCATAATGGCTCTTCAATTAATAAGAATATCACCACAGTCACAC-GCCAGctctctctttctctctctccctctctct s fr1.chrUn 272611860 151 - 349519338 TGTTCTCTTTCTGTCCCCAAGTGCCCGAGAGCTGGAGCTGGAGGATCGGCAGAGTCGACTGCAGCAGGAGCTCAGGGAGAGGATGGCTGTGGAGGGT-----------------------------------------------------------GAGTATTGTCACGGCTCCACCAGCCGCTCTCCTCTCATCTCTCTCCGACACTCT a score=10638 s danRer3.chr4 10155837 277 + 33808418 AATGTAATCAATCTTTCTCTTAGATCATCTAAAAGGAGAAGAGGAGCTGGCGGAGGAGAGGCGTATATTGAGCGAGATGCTGGATGTGGTGGAGCAGAGGGATGCACTGGTGGCCCTCCTGGAGGAGCAGAGAGTTCGAGAAAAAGAGGAGGACAGTGACCTGGAGGCTGTGATGCTGTCTAAGGGCTTCAGTCTGCATTGGGACTGACTTAAACATGCACGAACCACATCACACCGCTTTAAGGGCTAATAAGCAGCTGCTGTTTACATTGGTCTA s fr1.chrUn 272612011 269 - 349519338 GATGTA------CCTCCCCTCAGATCACCTGAAGACAGAGAAGGAGCTGGCCAAGGAGAAGCAGATCCTGAACGAGATGCTGGAGGTGGTGGAGCAGCGGAACGACCTTGTGGCACTCTTGGAGGAGCAGAGGCTTCAGGAGAAGGAGGAAGACAAGGACCTGGAGGCCGTTATGCTCTCCAAAGGCTTGGGCCTGAACTGGGTTTAAAATGG--CTGAACCGGCCACCCCGCAGCAGCGAATGTATGGAAGACTCGCTGCCATCTCCACTGATGTA a score=1670 s danRer3.chr4 10165884 59 + 33808418 CCGTTACAGCAAAATAAATACTGTTCAGTTAATAAAATCCTGTCTAATGAGTTTCCTGA s fr1.chrUn 164189764 59 - 349519338 CCATTGCAGCAAAAATCATTTAGGCGATCATATAATTTCCAGTCTAATGTGTCTCCTAA a score=3250 s danRer3.chr4 10168477 263 + 33808418 TCTGATGATGCAGAGGTGTGAGAGCCACGAATCTGAGGTCCAGCGGAGTCCCTCATTGGACAGCGCAGAGTCAGAATTCACCCGTGC----------GGCCCGAC-----GGGGTCACCGCCTGGCTGTGGGGGCCTATTACGGCTCCCGGGGCTCAAATGTTAAAGATCAACCAGCCCAGAGTGACGGAGCTGTGGTTGCTGTCCCTCAGGGAGGGAAAGCTCAGGATAAACGCGTGTCTGGCAGAGGGAAGTACGTTGTGTTTTACCTGGACTTGT s fr1.chrUn 164190756 278 - 349519338 TCAGAGCATGGAGAAGTCCAGCAGTGAGGAGTCAGCCATTCACCGCAGCCCCTCCGTAGATAGCCGCGATTCAGATTTCGCTCAAGCCTCGACGTCTGGCCCCCCATTCGGCGGCCGCGGCTTCACCGCCGGCGCATTCTACGGCTCCACGGGGCCACGCAAAAACGCACAGCAGGGGCAGACTGGAGCAGCTGCCGACGCAAGCACAGGGGACAAGAGCGGCAGCAAGTACAGCTCCCCTAAAGGCAGCAAATACGTGGTCTTTTACCTGGATTTAT a score=4461 s danRer3.chr4 10168740 100 + 33808418 CGTTTGTGTTGCTTTTAGAGTTTGAGAAGCTGAAGATGGCTCGTGGATGCCTGTGCTGTGTCAAATACATGATGTTCCTCTTCAATCTGCTGTTCTGGGT s fr1.chrUn 228606117 100 + 349519338 CGATCTTGTTTCTTGCAGTCTTTGTTGATTCAGTCATGGCTCGTGGATGCATCGGCTGCATCAAATACATGCTCTTCCTCTTCAACTTGCTCTTCTGGGT a score=13567 s danRer3.chr4 10177438 271 + 33808418 ATGAGTGCCT-----GTGTGTTTAGTAATGTCTCTCTGTGTGTGTTTGTCCTCAGCTGTCGGGATGTGGGTTGTTGGGTGTGGGCATCTGGCTGTCCGTTTCGCAGGGCAGCTTTGCCACTTTCTCCCCCTCCTTCCCCTCCCTCTCAGCCGCCAATCTGGTCATTACCTTGGGCTCCGTCGTCATGGTAACAGGCTTTCTGGGATGCCTCGGTGCCATCAAGGAGAACAAGTGCCTGTTGCTGAGTGTAAGTCCATGCCTACAAGTCCCATAATG s fr1.chrUn 228606241 266 + 349519338 ATAATTGCCTAGTCAGTGAATTCA--AATGCAATTCTTCCTGTGTTT-----CAGCTGGGCGGCTGCGGGTTGTTGGGCGTTGGCCTGTGGCTCTCCGTGTCTCAGGGCAGCTTCGCCACCCTCTCGCCCTCCTTCCCGTCGCTCTCTGCCGCCAATCTCATCATCACCCTTGGCAGCATTGTCATGGTGACAGGCTTTTTGGGTTGCCTGGGTGCCATTAAGGAGAATAAGTGCCTTCTGCTGAGCGTGAGTGCA---CTACATTTCCCATAATG a score=5635 s danRer3.chr4 10179353 139 + 33808418 TTCAGTAACGTTCTTGGTTAAAGCATATAAGTGTTTTACTGGTGCTCCTCTTTTCTTGCAGTTCTTCATTGTTCTGCTGATTATTCTGTTAGCGGAGCTGATTTTGCTCATTCTTTTCTTCGTATACACAGAGAAGGTA s fr1.chrUn 228606508 121 + 349519338 CTCAATCGCATTTATGGTAAAA-----------CTGTACTG-------TTTTTTCTTCTAGTTTTTCATTGTTCTGTTGATCATCCTGTTGGCTGAACTTATTCTCCTCATCCTCTTCTTTGTCTACACAGACAAGGTA a score=175 s danRer3.chr4 10179511 21 + 33808418 C--ACACACCCCCTCAGTCTATC s fr1.chrUn 5386439 23 + 349519338 CTGATATATCCCGTGATTCCCTC a score=-508 s danRer3.chr4 10181080 192 + 33808418 TCTATATTAAAAGTACTTTCAATATTTTATATTTGCTTTTTTTATTGCATAACTTCTATGTCTTCAAAattttgattcttatggttgttattattaattgttattattctttattctatttttgttattgctgttgttattTTAAGGTCACAAGTGGTTGTGTAAGCATTTAACTGCATACCATATTGAGTG s fr1.chrUn 5396240 168 + 349519338 TCCCTGTTGCAGGCCCTTATATTACCCTACAT--GCAACCTTTAACTACTCATGTTCATGT--TGAAAATGTTGCTGTTAGCAACGATTATTGGTGCATGCTGCAGGTCCCTGTTCTGCTGT--------CTGGGGTTCTGAGAAAGACATA---------GAAAGAAATAAGAT---TATCCCATTACACG a score=4485 s danRer3.chr4 10181272 509 + 33808418 TGTGACAGATAAATTTTAATTTGGTTTTGAAATAAATTGTAATTATTCTCTTACTGTAGAGTTTATAAATGCAT----GAATTTAAACTTTC-------TGCAGGTGAGTGAAAATGCAAAGCAGGATCTTAAAGACGGCCTGCGGCTCTACAACACGGACAACAACGTGGGTCTCCGCAATGCCTGGAACATCATTCAGGCTGAGGTGCGTTTAATATATACAGCCGTCTGTAATGACAGTAATGGCGGGTCGCTGTGAGTTCAGGTAGTGGATCAGAGTTATGGAGAATAAGCCATGAAGCCCTGCAGTATTGAACGATATGCTGGCGTCTGCAGAACTGTGCTTTTCTTCTCTGTGTGAATGAATGCTGGTTGTGTCTCACAGTGGCAGTGTTGCGGTGTAACTGGGCTCTCAGACTGGCATGAGGCGCTGCAGGAGAAGTCAGTGCCGGATAGATGCTGCCAGGAGCACTATACCGAG---TGCGGTCGCAACACCACTAATGTCTTCTGGTCACAGGT s fr1.chrUn 228606629 412 + 349519338 AGAGATTTTTAAATTAAAATGTTTAAATCATTTTATTTGTCAATCTGGACTTGTGGGTGACACTGCACACGTATCCCATAATCCATTTCTTCACGTGTGTGCAGGTGAGTGAAAATGCACGTCGGGACCTAAGGGAAGGGTTGGTGCTGTACGCCACAGACAATAACGCTGGCCTGAAGGATGCATGGAACACCATCCAGGGAGAGG-----------TAAACAACC------------------------------CAAGTT--GGTAG---------------------AAACC-----------------TGATCATTATTC-----TTTACAAATATAT----------------------AATATTTCCTGCTTCCACCAGTGGCGCTGTTGTGGCGTGACGGACCACCGTGACTGGTACGCCGCGCTGCACGAGAACGTGGTTCCCGACCGCTGCTGTC---AGCACTTTTTCCAGGGCTGCGGGCGCAACGCATCCAACGCCTTCTGGACTCGGGT a score=11161 s danRer3.chr4 10182821 252 + 33808418 TTTCATCTCTCTGTCCCTCAGGGCTGCTACGAGAAGGTGGAGGAATGGCTGAACGACAACAAACATTTGCTGGGAACCATCGCCATGTGTGTGCTGGTCTTGCAGGTAGGAATAA--------TACCAAAAATGTTTTGCCTCCAATGATGTCACATCCTGTTTGACCCTGTTTTCTGT-TTCTCAGCTGCTCGGGATGGCATTTTCCATGACCTTATACCAACAAATCCACAGAGCCGGAAAGAAGTATGATGCCTAAAG s fr1.chrUn 228607198 252 + 349519338 TTTTGTCTTTTTCTTCTT-AGGGTTGTTATGAGAAAGTGGAGGGTTGGCTGGATGACAACAAACACCTCCTGGGGACCATCGCCATGTGCGTGCTGGTCATACAGGTAGGTACAGTTAGTTTCTACAGCATGTACTTGGCCG-CAGTCACATGAC-TCAAGTTGGAC------GTCTGTGTTCCCAGCTTCTCGGTATGGCGTTCTCCATGACTCTTTACCAGCAGATCCACAGAACAGGAAAGAAGTATGAAGCCTGAAG a score=1583 s danRer3.chr4 10183652 256 + 33808418 AAGCAGTATCATTTTTGTTCATTATTAGATTTTCAGATATTCAGAAAGACATTTACTTTTCAGATATTATAAAATGGTAATAACCTAAATGTACACAGTCATTTGCCTAATATT---CTTATTAAT-ATTTCACATTTGAAAAAAGAGGCACGTGTAAGAGCTATTCTGAATTGA--------------TTGTGTTGAAAAA-----TTTGAAGTGTTTGAAGATAAAATGTAATATTTAGTTAAATGTAACTAAATAGCACAAATGATCAGTTCAGTT s fr1.chrUn 5406106 246 + 349519338 AAACAGTGTCATTTTTTTTAATGATCAGATATTT--ATTTCTATAATAATATTCTCGTATTCAATAT--GCAAGGAGTATAAGCCAGGACGT---------TTTTGCAAATAGTGCAGCTATAAATGATATCAAATGAAAAAAA------------AAAAACTATTCCCAACTGAAATAAACACattattaatgtaaaaaaaatttttttaaaatCTCCGAACGAAAAAAAAAATATATG-------GGAAATGAACA-CTTCACTGATCATTTCAGCT a score=1434 s danRer3.chr4 10191175 167 + 33808418 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TAAATTCCTGCACATTTTGGATATTACTTTATTTAAACGATCACTGAAAG----ATGAGGTGTTTTTAATTGAACACAAAAAACAAACAAACATATAATGACAATAACGCAACTAGTGTTAAAAGATGA--GTAAC------AACATTTTTTTTCTATGCTCTGCACAAAGAT----TTTAACAAACGTACCTAAAGGCAGCATT-ACAGTTGTACACTTGTTATTACTGTATATAGTAAAAACATAGCTTACGTCTAAAAACTGACCCCAATATTGATTTTTTTTAAAAAGGCAAAAATGGAATAAAAAGATGTAAAAAGAA-----ATTAGGAATAATTGTTGAGGCTCATCCTCATAGTAGGGT---ATGTCTAACATCATCAAT--------CGTATGAAACAT-TTCAAACAAATCAATAGGCTTTAAAACAAAATATCCCCAATATGGAGACATTGTACTGTTATACTGTTTGACAACCTAACTTGTGAAAAGTAGCTCTAAATTGGTCAGTCTGTGCAAGTCTGTGCCTTACCATCTGTGCCATTTATAATATTTTAATAAGCTTTTAACTATCCACTCTGTTGTCACTCACACCTAAAAGCAACATTGTT--GTCAAACCATATTTTATAAACAGGCATTCAATCATCGTCCGTGTCTTCATCCACTCTTCGCTGGTGCGATGACGATGACTTGAGTGGCACAGAATCGAATCCATCGGATGTCCTCTGTTGAAAGATTTATTGGAACACAGGATGTACGTTTGGCCTGTATGGAGCTCAAATGTCTGGGTATTGTGGGGT a score=13254 s danRer3.chr4 10192233 659 + 33808418 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fr1.chrUn 256497348 65 - 349519338 GACTTGAACCCACAATCCCCAGCTCCGGAGGCTGATGCCTTATCCATTAGGCCACTGGGTTGTGT a score=-13 s danRer3.chr4 10625759 153 + 33808418 TGTCATGGAGCTCTTGTATGCCTTCAACAAGGTGCCAACGCATGGGAAACTGCACTTTAGG---ATCTCGATGCCA--GTTTGCATTCCGTCAAATAAGAACTAATGGACAAACATTTTCTTTGTGCAATCATCCACATTCGTATGTCATTGGTCCTG s fr1.chrUn 314559020 145 + 349519338 tttctctgagcgtttgtaaggtgtatacta---ccttgctcaagggcaccagtgctccaaatatatcatggTTCTATTGGTAGCAGTCTG-CAAAT---------TGAATATTTGTTGTGTTGCTGCAGTCACCCCAAATGATACATAAGAGATCTTG a score=419 s danRer3.chr4 10627927 347 + 33808418 GGATAAGAGGAAACAAGAAGAGATAAGTGGAAAAGAGACATTGATATGGGCAACAAAAGAAAAGATAGAAAAGGTGGATATAGTTGAACGAGTAATTGGATAACAAGAAACAAGAACATTAAGACTGTAATGCTGAGAAAAATTATTAAAAGGAANAAAGCTAATGGCAACGATGA-------------GGATACAAGAAACAAAAGGCATGAATTTCTACGGGCTGTTATTTTTTGGAGAAAGGC--AAAATTTAAAATACATCAAGTACAGGGCCCAATAGAAGGTGGAGAGCCAGACATTTTATTAAAATTGAAAAAATAAAGGCTAGGCGGTTTAGAGGAAGCAGCATAGGGGGAAGT s fr1.chrUn 257170900 343 + 349519338 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GGCTGATCTGCGTGGG--------GCAGGA--GCGGGCACCTTAGCTCCGCA-GCTCCTAGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGGCCCTTGT--CTGCCTTTTACTTTTCGGTTGGTTGCCTTTAACAAGAGCGTCATCGGCCGACGTGACGTATACAGCAGCCAAAGGAAAATGCGT---------------TGGCCGGGAA--TCGAACCCGGGTCAACTGCTTGGAAGGCAGCTATGCTCACCAC-TATACCACCAACGCTTCCGGGCAGCTTTTGCCAGAAGAA--------------CTCAAAAAGGACTGC------CTTCAACCAAGGATCCCTCTTT---GTCCGGGTTCGGCACCGAAACATGTTCGGCATAGGGATCCTAAC----CTTCG---CAAAATGCACCGATCTACCCACATGTCACAGGGACATCTTCACAAGAGTGCCGCCCGGCCATGTAGCATAACGGAAGCCAAAAGGAACACATTGGCTGGAAATCTGCTT----GGAAGCCAGCTGTGCT--CACCACTATGTT----ACCAACGCTTGTGGACATCCTCTCACAGAAGTGTAGAAAATGAAAGCTTTCAAGCAAGGAGTTTCTTTG------TGTGGGGGGCGAA---------AAACAAAAATGTCAAGTATGGATCCCATCTTTTTCCGACGTTGAGGTTGGA---TAAATCGTTCGACGGCAC----AAGCTCACCAA-----AAAACAACAGA-----GGTGGATAATTTCACTCTGCAGTGGTGGAGTTCTC--------ATCTTCTGTCAGCCAGTGTTCA----CTGTAATGAGCTCCCCCGGTTTGAATGTCATTGCAAGGGTTGACTGGATGC-----AGCTCGTGAAAGGGCAAGCTGACATTTTGTGGAGTAAAAGCTGGGCTGTGTGTAAGAATGAATGGCGTGCTTTGTTTGCTGCAAAACATGCTAATCACGTTCTCCTGTGTGATGCACTGTTCAAGTTACTGCTGATGACCAGTGCAAGACTGAGAAAGAAGCAAGGAGTATTAATGAAGAAAAAGCTGTCCAAGCCCAGTTTTCAGCCCTCCTCTTGCTGTCTGCCAAGGTCTTTAGTGGCAGCGCTGCAGACAATGCTGCTAGGACCGGATTACGTGGCTGATCTG s fr1.chrUn 257175967 1074 + 349519338 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a score=5993 s danRer3.chr4 10631512 136 + 33808418 TTAGCTCCGCA-GCTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTTCGCCTGTCACGCGGAATACCGGGGATTCGATTCCCCGACGGGGAGGCCCTTGTCTGCCTTTTACTTTTCGGTTGGTTGCCTTTAACAAGCGCGTC s fr1.chrUn 257177041 123 + 349519338 TTACCTGTGCAAGTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGG-TTCGATTCCCCGACGGGGAGTCACTT-------------TTAACTGTTGTCTGGTGTCAACATGTACACA a score=2537 s danRer3.chr4 10631695 74 + 33808418 GGGAATCGAACCCGGGTCAACTGCTTGGAAGGCAGCTATGCTCACCACTATACCACCAACGCTTGCGGGCAGCT s fr1.chrUn 55154736 74 - 349519338 GGGAATCGAACCCCGCTCTTCCGCGTGACAGGCAGAGATACTGTCCATTATACTGACTAGGAGCACGGTCAGTT a score=-578 s danRer3.chr4 10631797 190 + 33808418 CTTCAACCAAGGATCCCTCTTT---GTCCGGGTTCGGCACCGAAACATGTTCGGCATAGGGATCCTAAC----CTTCG---CAAAATGCACCGATCTACCCACATGTCACAGGGACATCCTCACAAGAGTGCCGCCCGGCCATGTAGCATAACGGAAGCCAAAAG--------GAACACATTGGCTGGGAATCTGCTTGGAAGCCAGC s fr1.chrUn 257177339 201 + 349519338 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TTTCATGCAAATTTCAAGCTTTAGTGGTAGAATTCTTGCCTGCCACGTGGATGGCCAATGGACACCAAAGCTActtcaggtcagaactcagcagtccacttacgcGCCATC---CCATCCACATCAA----CTGGATGGCTATCGAGCGTCTCCCCAGCTTCAAGTTCCTGGGGAACCACATCTCAGAGAACCTGTCCTGCCTCCAGC a score=3058 s danRer3.chr4 10633294 516 + 33808418 ATCTTCTGTCAGCCAGTGTTCA----CTGTAATGAGCTCCCCCGGTTTGAATGTCATTGCAAGGGTTGACTGGATGC-----AGCTCGTGAAAGGGCAAGCTGACATTTTGTGGAGTAAAAGCTGGGCTGTGTGTAAGAATGAATGGCGTGCTTTGTTTGCTGCAAAACATGCTAATCACGTTCTCCTGTGTGATGCACTGTTCAAGTTACTGCTGATGACCAGTGCAAGACTGAGAAAGAAGCAAGGAGTATTAATGAAGAAAAAGCTGTCCAAGCCCAGTTTTCAGCCCTCCTCTTGCTGTCTGCCAAGGTCTTTAGTGGCAGCGCTGCAGACAATGCTGCTAGGACCGGATTACGTGGCTGATCTGCGTGGGGCAGGAGCGGGCACCTTAGCTCCGCA-GCTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGGCCCTTGTCTGCCTTTTACTTTTCGGTTGGTTGCCTTTAACAAGCGCGTC s fr1.chrUn 257177795 396 + 349519338 actctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacaccatttcaggag--acctggacactcaccaccttgtga----gccagcagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgac--------------------cctaccaacgac--tctcaggtg------accacccagatcatt----------------agcatgctagaatagccaacaggATC---------------------GGCCAATGTTCCGTC-------TGGTTTCTGTCCCG--CTGCAGCAGGAGCTCGGTTGGCCTTGCCAACAGGAA----------GGTTGATGTG---------------------TTACCTGTGCAAGTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTCACTT-------------TTAACTGTTGTCTGTTGTCAACATGTACACA a score=3403 s danRer3.chr4 10633824 129 + 33808418 CGTATACAGCAGCCAAAGGAAAAT-GCGTTGGCCGGGAATCGAACCCGGGTCAACTGCTTGGAAGGCAGCTATGCTCACCACTATACCACCAACGCTTGCGGGCAGCTTTTGCCAGAAGAACTCAAAAAG s fr1.chrUn 55153924 122 - 349519338 GGATTAAAGTGA--AAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTT-CCATTGAACCACCAATGCTTGAAAAGCGTCCTT-----AAGAACCTCAAAAG a score=-1488 s danRer3.chr4 10633980 313 + 33808418 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AAGCTCACCAA-----AAAACAACAGA-----GGTGGATAATTTCACTCTGCAGTGGTGGAGTTCTC--------ATCTTCTGTCAGCCAGTGTTC----ACTGTAATGAGCTCCCCCGGTTTGAATGTCATTGCAAGGG---TTGACTGAATGCAGCTCGTGAAAGGGCAAGCTGACATTTTGTGGAGTAAAAGCTGGGCTGTGTGTAAGAATGAATGGC-------------------------GTGCTTTGTTTGCTGCAA-AACATGCTAATCACGTTCTCC-TGTGTGATGCACTGTTCAAGTTACTGCTGATGA-CCAGTGCAAGACTGAGAAAGAAGCATGGAGTATTAATGAAGAAAAAGCTGTCCAAGCCCAGTTTTCAGCCCTCCTCTTGCTGTCTGCCAAGGTCTTTAGTGGCAGCGCTGCAGACAATGCTGCTAGGACCGGATTACGT---GGCTGATCTGCG------TGGGGCAGGAGC--------------------------GGGCACCTTAGCTCCGC-AGCTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGGCCCTTGTCTGCCTTTTACTTTTCGGTTGGTTGCCTTTAACAAGCGCGTC s fr1.chrUn 257178747 617 + 349519338 acactcaccaccttgtgagccagcagacaaaggggagacacctcgactggaactaggtgaacgaccctaccaacgactctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacaccatttcaggagacctggacactcaccaccttgtga----gccagcagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgaccctaccaacgactctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacaccatttcaggagacctggacactcaccaccttgtgagccagcagacaa--aggggagacacctcgact--------ggaactaggtgaacgacccta----ccaacgactctcagg-tgaccacccagatcattagca-------tgctagaatagccaacaggATCGGCCAATGTTCCGTCTGGTTTCTGTCCCGCTGCAGCAGGAGCTCGGTTGGCCTTGCCAACAGGAAGGTTGACGTGTTACCTGTGCAAGTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTCACTT-------------TTAACTGTTGTCTGTTGTCAACATGTACACA a score=-482 s danRer3.chr4 10635040 929 + 33808418 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GTC s fr1.chrUn 257178188 3 + 349519338 ACA a score=3403 s danRer3.chr4 10635986 129 + 33808418 CGTATACAGCAGCCAAAGGAAAAT-GCGTTGGCCGGGAATCGAACCCGGGTCAACTGCTTGGAAGGCAGCTATGCTCACCACTATACCACCAACGCTTGCGGGCAGCTTTTGCCAGAAGAACTCAAAAAG s fr1.chrUn 55153924 122 - 349519338 GGATTAAAGTGA--AAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTT-CCATTGAACCACCAATGCTTGAAAAGCGTCCTT-----AAGAACCTCAAAAG a score=-2787 s danRer3.chr4 10636121 429 + 33808418 CTTCAACCAAGGATCCCTCTT---TGTCCGGGTTCGGCACCGAAACATGTTCGGCATAGGGATCCTAA----CCTTCG---CAAAATGCACCGATCTACCCACATGTCACAGGGACATCCTCACAAGAGTGCCGCCCGGCCATGTAGCATAACGGAAGCCAAAAGGAACACATTGGCTGGGAATCTGCTT----GGAAGCCAG--CTGTGCTCACCACTATGTTACCAACGCTTGTGGACATCCTCTCACAGAAGTGTAGAAAATGAAAGCTTTCAAGCAAGGAGTTTCTTTGTGTGGGGGGCGAAAAACAAAAATGTCAAGTATGGATCCCATCTTTTTCCGACGTTGAGGTTGGATAAATCGTTCGACGGCACAAGC--TCACCAAAAAACAACAGAGGTGGATAATTTCACTCTGCAGTGGTGGAGTTCTCATCTTCTGTCAGC s fr1.chrUn 257179539 343 + 349519338 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gtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacaccatttcaggag--acctggacactcaccaccttgtga----gccagcagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgac--------------------cctaccaacgac--tctcaggtg------accacccagatcatt----------------agcatgctagaatagccaacaggATC---------------------GGCCAATGTTCCGTC-------TGGTTTCTGTCCCG--CTGCAGCAGG a score=6919 s danRer3.chr4 10636886 139 + 33808418 GTGGCTGATCTGCGTGGGGCAGGAGCGGG--------CACCGTAGCTCCGCAGCTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCTGGGTTCGATTCTCCGACGGGGAGGCCCATGTCTGCCTTTTACTT s fr1.chrUn 210345380 143 + 349519338 GTAGCCGGTGTCGGTGGAGGAGGGGGTGGGGATTTTTAACCATGACGC----GTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTTTCTTTTTTTACTTTTGCCT a score=3403 s danRer3.chr4 10637068 129 + 33808418 CGTATACAGCAGCCAAAGGAAAAT-GCGTTGGCCGGGAATCGAACCCGGGTCAACTGCTTGGAAGGCAGCTATGCTCACCACTATACCACCAACGCTTGCGGGCAGCTTTTGCCAGAAGAACTCAAAAAG s fr1.chrUn 55153924 122 - 349519338 GGATTAAAGTGA--AAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTT-CCATTGAACCACCAATGCTTGAAAAGCGTCCTT-----AAGAACCTCAAAAG a score=-1396 s danRer3.chr4 10637224 313 + 33808418 TGTCCGGGTTCGGCACCGAAACATGTTCGGCATAGGGATCCTAA----CCTTCG---CAAAATGCACCGATCTACCCACATGTCACAGGGACATCCTCACAAGAGTGCCGCCCGGCCATGTAGCATAACGGAAGCCAAAAGGAACACATTGGCTGGGAATCTGC----TAGGAAGCCAG--CTGTGCTCACCACTATGTT-----ACCAACGCTTGTGGACATCCTCTCACAGAAGTGTAGAAAATGAAAGCTTTCAAGCAAGGAGTTTCTTTGT----GTGGGGGGCGAA---------AAACAAAAATGTCAAGTATGGATCCCATCTTTTTCCGACGTTGA s fr1.chrUn 257178390 325 + 349519338 TGGTAGAATTCTTGCCTGCCACGTGGATGGCCAATGGACACCAAAGCTActtcaggtcagaactcagcagtccacttacgcGCCATC---CCATCCACATCA----ACTGGATGGCTATCGAGCGTCTCCCCAGCTTCAAG--------TTCCTGGGGAACCACATCTCAGAGAACCTGTCCTGCCTCCAGCACTACATTTACACAACAACACTAG----CATAGTGTCCTACGTGGCTACAGTTTAAACTTTTTTTAGaaaactgtccttaaacagaggtggttggcgaaggcacttccaatcacccacatacaatgcagtcctccactccttccaacaacaa a score=-2231 s danRer3.chr4 10637562 235 + 33808418 AAGCTCACCAA-----AAAACAACAGA-----GGTGGATAATTTCACTCTGCAGTGGTGGAGTTCTC--------ATCTTCTGTCAGCCAGTGTTC----ACTGTAATGAGCTCCCCCGGTTTGAATGTCATTCCAAGGGTTGACTGGATG-----CAGCTCGTGAAAGGGCAAGCTGACATTTTGTGGAGTAAAAGCTGGGCTGTGTGTAAGAATGAATGGC-------------------------GTGCTTTGTTTGCTGCAA-AACATGCTAATCACGTTCTCC s fr1.chrUn 257178747 276 + 349519338 acactcaccaccttgtgagccagcagacaaaggggagacacctcgactggaactaggtgaacgaccctaccaacgactctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacaccatttcaggag--acctggacactcaccaccttgtga----gccagcagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgaccctaccaacgactctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacacc a score=585 s danRer3.chr4 10637910 59 + 33808418 TGTCTGCCAAGGTCTTTAGTGGCAGCGCTGCAGACAATGCTGCTAGGACCGGATTACGT s fr1.chrUn 257179123 52 + 349519338 tgaccacccagatcattagca-------tgctagaatagccaacaggATCGGCCAATGT a score=7070 s danRer3.chr4 10637969 166 + 33808418 GGCTGATCTGCGTGGG--------GCAGGA--GCGGGCACCTTAGCTCCGCA-GCTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGGCCCTTGTCTGCCTTTTACTTTTCGGTTGGTTGCCTTTAACAAGCGCGTC s fr1.chrUn 257175967 164 + 349519338 GGCTGAGCTCGGTTGGCCTTGCCGACAGGAAGGTTGACGTCCTACCTGCGCAAGTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTCACTT-------------TTAACTGTTGTCTGTTGTCAACATGTACACA a score=3515 s danRer3.chr4 10638149 130 + 33808418 CGTATACAGCAGCCAAAGGAAAAT-GCGTTGGCCGGGAATCGAACCCGGGTCAACTGCTTGGAAGGCAGCTATGCTCACCACTATACCACCAACGCTTTGCGGGCAGCTTTTGCCAGAAGAACTCAAAAAG s fr1.chrUn 55153924 122 - 349519338 GGATTAAAGTGA--AAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTT-CCATTGAACCACCAATGCTTGAAAAGCGTCCTT------AAGAACCTCAAAAG a score=-1092 s danRer3.chr4 10638356 263 + 33808418 CAAAATGCACCGATCTACCCACATGTCACAGGGACATCTTCACAAGAGTGCCGCCCGGCCATGTAGCATAACGGAAGCCAAAAGGAACACATTGGCTGGGAATCTGCTT----GGAAGCCAG--CTGTGCTCACCACTATGTT----ACCAACGCTTGTGGACATCCTCTCACAGAAGTGTAGATAATGATAGCTTTCATGCAAGGAGTTTCTTT------GTGTGGGGGGCGAA---------AAACAAAAATGTCAAGTATGGATCCCATCTTTTTCCGACGTTGA s fr1.chrUn 257176392 269 + 349519338 cagaactcagcagtccacttacgcGCCATC---CCATCCACATCA----ACTGGATGGCTATCGAGCGTCTCCCCAGCTTCAAG--------TTCCTGGGGAACCACATCTCAGAGAACCTGTCCTGCCTCCAGCACTACATTTACACACAACACACTAGCATAGTGTCCTAC----GTGGCTACAGTTTAAACTTTTTTTAGaaaactgtccttaaacagaggtggttggcgaaggcacttccaatcacccacatacaatgcagtcctccactccttccaacaacaa a score=1805 s danRer3.chr4 10638644 573 + 33808418 AAGCTCACCAA-----AAAACAACAGA-----GGTGGATAATTTCACTCTGCAGTGGTGGAGTTCTC--------ATCTTCTGTCAGCCAGTGTTC----ACTGTAATGAGCTCCCCCGGTTTGAATGTCATTCCAAGGGTTGACTGGATG-----CAGCTCGTGAAAGGGCAAGCTGACATTTTGTGGAGTAAAAGCTGGGCTGTGTGTAAGAATGAATGGCGTGCTTTGTTTGCTGCAAAACATGCTAATCACGTTCTCCTGTGTGATGCACTGTTCAAGTTACTGCTGATGACCAGTGCAAGACTGAGAAAGAAGCAAGGAGTATTAATGAAGAAAAAGCTGTCCAAGCCCAGTTTTCAGCCCTCCTCTTGCTGTCTGCCAAGGTCTTTAGTGGCAGCGCTGCAGACAATGCTGCTAGGACCGGATTACGTGGCTGATCTGCGTGGGGCAGGAGCGGGCACCTTAGCTCCGC-AGCTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTTGATTCCCCGACGGGGAGGCCCTTGTCTGCCTTTTACTTTTCGGTTGGTTGCCTTTAACAAGCGCGTC s fr1.chrUn 257176693 471 + 349519338 acactcaccaccttgtgagccagcagacaaaggggagacacctcgactgaaactaggtgaacgaccctaccaacgactctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacaccatttcaggag--acctggacactcaccaccttgtga----gccaccagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgac--------------------cctaccaacgac--tctcaggtg------accacccagatcatt----------------agcatgctagaatagccaacaggATC---------------------GGCCAATGTTCCGTC-------TGGTTTCTGTCCCG--CTGCAGCAGGAGCTCGGTTGGCCTTGCCAACAGGAA----------GGTTGATGTG---------------------TTACCTGTGCAAGTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTCACTT-------------TTAACTGTTGTCTGGTGTCAACATGTACACA a score=374 s danRer3.chr4 10639335 57 + 33808418 AGCTTTTGCCAGAAGAACTCAAAAAGGACTGCCTTCAACCAAGGATCCCTCTTTGTC s fr1.chrUn 257177334 49 + 349519338 AGCTTTTTCATGCAAATTTCAA--------GCTTTAGTGGTAGAATTCTTGCCTGCC a score=-2303 s danRer3.chr4 10639392 309 + 33808418 CGGGT------TCGGCACCGAAACATGTTCGGCATAGGAATCCTAACCTTCGCAAAATGCACCGATCTACCCACATGTCACAGGGACATCTTCACAAGAGTGCCGCCCGGCCATGTAGCATAACGGAAGCCAAAAGGAACACATTGGCTGGGAATCTGCTTGGAAGCCAGC------TGTGCTCAC----CACTATGTTACCAACGCTTGTGGACATCCTCTCACAGAAGTGTAGAAAATGAAAGCTTTCAAGCAAGGAGTTTCTTTGTGTGGGGGGCGAAAAACAAAAATGTCAAGTATGGATCCCATCTTTTTCCGACGTTGA s fr1.chrUn 257177386 302 + 349519338 TGGATGGCCAATGGACACCAAAGCTActtcaggtcagaactc--agcagtccacttacgcGCCATCCCATCCACA--TCAACTGGATGGCTAT---CGAGCGTCTCCCCAGCTTCAAGTTCCTGGGGAACCACA----------TCTCAGAGAACCTGTCCTGCCTCCAGCACTACATTTACACACAACACACTAGCATAGTGTCCTACGTGGCTACAGTTTAAACTTTTTTTagaaact----gtccttaaaca--gaggtggttggcgaaggcacttccaatcacccacatacaatgcagtcctccactccttccaacaacaa a score=-4011 s danRer3.chr4 10639726 362 + 33808418 AAGCTCACCAA-----AAAACAACAGA-----GGTGGATAATTTCACTCTGCAGTGGTGGAGTTCTC--------ATCTTCTGTCAGCCAGTGTTC----ACTGTAATGAGCTCCCCCGGTTTGAATGTCATTGCAAGGGTTGACTGGATG-----CAGCTCGTGAAAGGGCAAGCTGACATTTTGTGGAGTAAAAGCTGGGCTGTGTGTAAGAATGAATGGCGTGCTTTGTTTGCTGCAAAACATGCTAATCACGTTCTCCTGTGTGATGCACTGTTCAAGTTACTGCTGATGACCAGTGCAAGACTGAGAAAGAAGCAAGGAGTATTAATGAAGAAAAAGCTGTCCAAGCCCAGTTTTCAGCCCTCCTCTTGCTGTCTGCCAAGGTC s fr1.chrUn 257177720 303 + 349519338 acactcaccaccttgtgagccagcagacaaaggggagacacctcgactgaaactaggtgaacgaccctaccaacgactctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacaccatttcaggag--acctggacactcaccaccttgtga----gccagcagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgac--------------------cctaccaacgac--tctcaggtg------accacccagatcatt----------------agcatgctagaatagccaacaggATC---------------------GGCCAATGTTCCGTC-------TGGTTTCTGTCCCG--C a score=845 s danRer3.chr4 10640088 45 + 33808418 TTTAGTGGCAGCGCTGCAGACAATGCTGCTAGGACCGGATTACGT s fr1.chrUn 210348139 45 + 349519338 TTTGAAAGCAGACGTGTGAACGTTGAGGTTTAGTCCGGATTGTGC a score=6906 s danRer3.chr4 10640133 164 + 33808418 GGCTGATCTGCGTGGG--------GCAGGA--GCGGGCACCTTTTCTGC---AGCTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGGCCCTTGTCTGCCTTTTACTTTTCAGTTGGTTGCCTTTAACAAGCGCGTC s fr1.chrUn 257175967 164 + 349519338 GGCTGAGCTCGGTTGGCCTTGCCGACAGGAAGGTTGACGTCCTACCTGCGCAAGTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTCACTT-------------TTAACTGTTGTCTGTTGTCAACATGTACACA a score=-2054 s danRer3.chr4 10640349 138 + 33808418 TCGAACCCGGGTCAACTGCTTGGAAGGCAGCTATGCTCACCAC-TATACCACCAACGCTTGCGGGCAGCTTTTGCCAGAAGAA--------------CTCAAAAAGGACT------GCCTTCAACCAAGGATCCCTCTT---TGTCCGGGTTCGGCACCGAA s fr1.chrUn 257176197 158 + 349519338 TCTGACTCGCATCAACAAATTGACTAATGTGTATGCATATAAAGTGTA----TAAAATTTAATGGCTCCTGTGGATGGATAAAAAGTGAGCGGTGGTCTCTGAGCGACCTTTGAGCTTTTTCATGCAAATTTCAAGCTTTAGTGGTAGAATTCTTGCCTGCC a score=-1966 s danRer3.chr4 10640487 293 + 33808418 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acactcaccaccttgtgagccagcagacaaaggggagacacctcgactgaaactaggtgaacgaccctaccaacgactctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacaccatttcaggag--acctggacactcaccaccttgtga----gccagcagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgac--------------------cctaccaacgac--tctcaggtg------accacccagatcatt----------------agcatgctagaatagccaacaggATC---------------------GGCCAATGTTCCGTC-------TGGTTTCTGTCCCG--CTGCAGCAGGAGCTCGGTTGGCCTTGCCAACAGGAA----------GGTTGATGTG---------------------TTACCTGTGCAAGTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTCACTT-------------TTAACTGTTGTCTGTTGTCAACATGTACACA a score=3137 s danRer3.chr4 10641392 104 + 33808418 CGTATACAGCAGCCAAAGGAAAAT-GCGTTGGCCGGGAATCGAACCCGGGTCAACTGCTTGGAAGGCAGCTATGCTCACCACTATACCACCAACGCTTTGCGGGC s fr1.chrUn 55153924 102 - 349519338 GGATTAAAGTGA--AAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTT-CCATTGAACCACCAATGCTTGAAAAGC a score=-1175 s danRer3.chr4 10641599 263 + 33808418 CAAAATGCACCGATCTACCCACATGTCACAGGGACATCTTCACAAGAGTGCCGCCCGGCCATGTAGCATAACGGAAGCCAAAAGGAACACATTGGCTGGGAATCTGCTT----GGAAGCCAG--CTGTGCTCACCACTATGTT----ACCAACGCTTGTGGACATCCTCTCACAGAAGTGTAGAAAATGAAAGCTTTCAAGCAAGGAGTTTCTTT------GTGTGGGGGGCGAA---------AAACAAAAATGTCAAGTATGGATCCCATCTTTTTCCGACGTTGA s fr1.chrUn 257176392 269 + 349519338 cagaactcagcagtccacttacgcGCCATC---CCATCCACATCA----ACTGGATGGCTATCGAGCGTCTCCCCAGCTTCAAG--------TTCCTGGGGAACCACATCTCAGAGAACCTGTCCTGCCTCCAGCACTACATTTACACACAACACACTAGCATAGTGTCCTAC----GTGGCTACAGTTTAAACTTTTTTTAGaaaactgtccttaaacagaggtggttggcgaaggcacttccaatcacccacatacaatgcagtcctccactccttccaacaacaa a score=-4632 s danRer3.chr4 10641887 447 + 33808418 AAGCTCACCAA-----AAAACAACAGA-----GGTGGATAATTTCACTCTGCAGTGGTGGAGTTCTC--------ATCTTCTGTCAGCCAGTGTTC----ACTGTAATGAGCTCCCCCGGTTTGAATGTCATTGCAAGGGTTGACTGGATG-----CAGCTCGTGAAAGGGCAAGCTGACATTTTGTGGAGTAAAAGCTGGGCTGTGTGTAAGAATGAATGGCGTGCTTTGTTTGCTGCAAAACATGCTAATCACGTTCTCCTGTGTGATGCACTGTTCAAGTTACTGCTGATGACCAGTGCAAGACTGAGAAAGAAGCAAGGAGTATTAATGAAGAAAAAGCTGTCCAAGCCCAGTTTTCAGCCCTCCTCTTGCTGTCTGCCAAGGTCTTTAGTGGCAGCGCTGCAGACAATGCTGCTAGGACCGGATTACGTGGCTGATCTGCGTGGGGCAGGAGCGGGCACCTTAGCTCCG s fr1.chrUn 257176693 357 + 349519338 acactcaccaccttgtgagccagcagacaaaggggagacacctcgactgaaactaggtgaacgaccctaccaacgactctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacaccatttcaggag--acctggacactcaccaccttgtga----gccaccagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgac--------------------cctaccaacgac--tctcaggtg------accacccagatcatt----------------agcatgctagaatagccaacaggATC---------------------GGCCAATGTTCCGTC-------TGGTTTCTGTCCCG--CTGCAGCAGGAGCTCGGTTGGCCTTGCCAACAGGAA----------GGTTGATGTG---------------------TTACCTGTG a score=6394 s danRer3.chr4 10642334 129 + 33808418 CAGCTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAATACCGGGGATTCGATTCCCCGACGGGGAGGCCCTTGTC----TGCCTTTTACTTTTCGGTTGGTTGCCTTTAACAAGCGCGTCAT s fr1.chrUn 210352225 129 + 349519338 CACTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTGTCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGG-TTCGATTCCCCGACGGGGAGTTCCTTTTTACAAGGCTGCCCACTTATTTATTGTATAACTTT---ATGCGCGTCCT a score=3403 s danRer3.chr4 10642475 129 + 33808418 CGTATACAGCAGCCAAAGGAAAAT-GCGTTGGCCGGGAATCGAACCCGGGTCAACTGCTTGGAAGGCAGCTATGCTCACCACTATACCACCAACGCTTGCGGGCAGCTTTTGCCAGAAGAACTCAAAAAG s fr1.chrUn 55153924 122 - 349519338 GGATTAAAGTGA--AAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTT-CCATTGAACCACCAATGCTTGAAAAGCGTCCTT-----AAGAACCTCAAAAG a score=-1477 s danRer3.chr4 10642631 313 + 33808418 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caccttgtga----gccagcagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgaccctaccaacgactctcaggtgaccagtcctccactccttccaacaacagaccaaacattcacacc a score=6953 s danRer3.chr4 10644484 111 + 33808418 ACCTTAGCTCCGCAGCTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGATCGATTCCCCGACGGGGAGGCCCTTGTCTGCCTTTTACTTTT s fr1.chrUn 210351753 110 + 349519338 ATCTTTGGCCGGCGAGTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTTTCTT-TTTACCTATGCCTATT a score=-176 s danRer3.chr4 10644619 3 + 33808418 GTC s fr1.chrUn 257176128 3 + 349519338 ACA a score=-3609 s danRer3.chr4 10644674 428 + 33808418 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danRer3.chr4 10645135 83 + 33808418 CACCAAAAAACAACAGAGGTGGATAATTTCACTCTGCAGTGGTGGAGTTCTCATCTTC-TGTCAGCCAGTGTTCACTGTAATGA s fr1.chrUn 257176652 79 + 349519338 caacaacaaaccaaacattcacaccatttca----ggagacctgga-cactcaccaccttgtgagccagcagacaaaggggaga a score=-617 s danRer3.chr4 10645218 108 + 33808418 GCTCCCCCGGTTTGAATGTCATTGCAAGGG---TTGACTGCATGCAGCTCGTGAAAGGGCAAGCTGACATTTTGTGGAGTAAAAGCTGGGCTGTGTGTAAGAATGAATGGC s fr1.chrUn 257179883 101 + 349519338 acaaaccaaacattcacaccatttcaggagacctggacactcaccaccttgtga----gccaccagaca----aaggggagacacctcgactgaaactagg--tgaacgac a score=-1898 s danRer3.chr4 10645335 143 + 33808418 TTGCTGCAAAACATGCTAATCACGTTCTCCTGTGTGATGCACTGTTCAAGTTACTGCTGATGACCAGTGCAAGACTGAGAAAGAAGCAAGGAGTATTAATGAAGAAAAAGCTGTCCAAGCCCAGTTTTCAGCCCTCCTCTTGC s fr1.chrUn 257176824 99 + 349519338 tttcaggagacctggacactcaccacct----tgtgagccaccagacaaa---------------ggggagacacctcgactgaaactagg-----------tgaacgaccctaccaa---cgactctca-----------gg a score=2361 s danRer3.chr4 10645478 1303 + 33808418 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s fr1.chrUn 257179123 1118 + 349519338 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ATATCGGGTCAAACTTTCAAACAATACTATCTGGCCCTCACTTGCTTATAAAGGAATCACACAAAGAG-TTTGCTAACTTGTGAAAATAAATTGTTTATTTTCTTAGAACATATACAAATACAGGGTGGACAGTAACATGACAGGGTGGACCTCGGGCATAGCAGGGTGGACAAATTTTGAAAGGTCATTGAATGGCTTCATTT--TGCAATAAATCTAAAAGaaattatatatatatatatataaaaaaaaaaaGTACCAGAGGTCCTTTTCCATATCGGGGGAAATTAGCAGGTGAACAGATTGGATTTGATCCATTCTACTGGCACGCAGTAAAAGACCAGAAATAAGCCATTAATGTGGCT-TTCTAGCGTTAAACTCTGTACATCATTCTGCACAGTGAAAGTCAAGCATTCAAATGTAGAA---CAAGACAAAAAAAACTTGTT a score=5848 s danRer3.chr4 10707320 846 + 33808418 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fr1.chrUn 316862900 398 + 349519338 TGGGTTCCGATACCTCTTGGTGGCAGTGGATGCATACACTGGCTGGCCAGAGGCGGTTCCCATAAAAGCAGAAGATGCAAAAAGTGTTATTAAATTTTTGATTAATCAATATATTCCAACACA-TGGTTTCCCCAAACGAATTAGGTCTGATAATGGAACTCATTTTAAAAATAAAGATTTACAAGAAGTAGAAAAAGTAATGGGGCTTAAACATGCATTTGGCACCGTCTATCATCCACAATCA----CAAGGGAAGGTAGAAAGAATGAATCAAACACTGAAGAGCAAAATTGGCAAGATATGTGCTCACAGTGGAATGAAATGGACACAGGCGCTTCCAATTGCCTTGATGTCAGTAAGAAGCTCTGTTAGCTCCCGGACAGGATTCACCCCCTTTGAGC a score=15839 s danRer3.chr4 10801307 914 + 33808418 CCAGCTGAGCTTATGTTTGGCCATACTTTGAGAGGTCCACTAAAACTGTTGAGTGAACAGATGTTGAATCCATGT-TCCAAT---GCTGTGCCCGTTGATGACTATGTGTCCTCTATCCGCGGAAAGCTGCAGAATGCCCAAGCCATTGCAAAACTCTATCTCTCTGTTGCCCAAACAAAAATGAAGTGTCAATATGACAAGAAGGCTGTGAAAAGAGACTTTCCGC-----CTGGAGATTTGGTCCTAGTCTTACTTCCAGCTCCTGGTTCCATCTTGCATTCCAATTTTGCAGGGCCCTA------TTTG-----ACTGAGAGAAAGCTACCAACTTTTTTTGTTGCCAGCCCAGACCGAAAAGGTAAGGGCCGTGTGTGTCATATAAACCGACTTTAAGCCTATGTAGAC--CAAAATCACCTTGAAAAAGCTCAAGATAAGTCTGCTGTCCTTCCGGTTTCCACCACTGCCACTGCTGTTAGAGGCTCAAACTTCTC---TTTGGAGAAGTATGATCTTGTGAGTAAAGATGTCTC--------AGCTACTTGTACTAGACTAAAAAATTCTGTTATAATGCAAAATCTTGCATTATAAC--------GGAAGATGCTGTACCAGTGAAGCACCACCCTTACCGAGTGAATCCCAGAAAGCGAGAAATTATGCAATCTGAAGTAAAGTATATGTCATGATCAAGGCCTGGCTGAACCTAGTCAAAGTCCTTGGAGTTCTCCCTGCCTCCTTgtccccaaaccagataatacttttcgattttgcacagactatagaaaagttaacaatctaactaaacctggcttcttcccccttcccagaatggaagactgtgtagattgagttagtttggccaagtatgttacaaagttagatttactaaaaggttactggcaggtgccactcaatcaacatgTATCTGAGATTTCTGC s fr1.chrUn 283845861 939 + 349519338 CCGGCTGACCTAGTTTTTGGACACACTGTACGCGGTCCATTGAGATTGCTTCGTGAACA-ATGTGAGGCTGATATGGCCGATCGGAATATTCATGTTTTGGATTATGTGAGTTCTTTTCGAGAGCGTTTACATAAGGCCTGTGAGATCGCTAGAGTAAACCTAGCCACCGCTCAAGACAAAATGAAAACTCGCTTTGACCGGCA-----TTGCAAGGCACGTTCGTTCAGTGCTGGTGACAAAGTTTTAGTGCTTTTGCCAGTATTGGGGTCGGCGTTACAGGCAAAATTTTCGGGTCCCTACGAAGTTTTGTCTAAACTGAGCGAGA-CTAACTACGTTATTAGG----ACACCTGACCGAAAGCGAAAAACCCGGTTGTGCCACATTAACATGCTTAAGGCCTATGTGCCTCGCGAGGTTGCCTGCGTGATGTCCCAGTCTCCTCTGCTAGGCTTCCAAATTCAGAAATGCTTCGTGAACTGAGAAAT---AATTTGTCGCACTTAAGGGAGAACAATCTAATGA-TATATGTGCCTTGATTAATGAGTTTCCAGGTTTGTTTTCCGACGTTCCGACATTAACCAATGTACTTCGCCACGACATTGATGTAGGTGACCAGGCACCAATAAAACAGCACGCATATCGTGTCAATCCGACAAAAAGAGCGATTATGCAATCGGAGGTAGCCTATCT-CCTCAATCATGGACTGGCCGAGCCCAGTGCTAGCGCATGGAGTTCGCCGTGTCTCCTGGTTCCCAAACCAGATGGCACGTTTAGATTCTGTACAGACTACAGAAAAGTAAACGCTGTAACGAAAACCGACTCTTTCCCCTTACCTCGTATGGAGGATTGCGTTGATCGTGTTGGCTCCGCCCACTTCGTTACGAAATTAGATCTTCTCAAGGGCTACTGGCAAGTGGGATTAACGCCCAGAGCCTCCGAAGTTTCTGC a score=5968 s danRer3.chr4 10802221 178 + 33808418 ATTTAGGAAACAGTCCTCAGCCCATTATTGTGTGCACAGACCATAACCCTTTGGTGTTCCTTTCTCGCATGTCAGGTTCCAACCAACGCTTATTACGATGGGGCCTTACCATCCAAGAGTACAACCTGGAAATTCAGCACAAGAGGGGGTGTGAAAATGTTATGGCTGATGCTCTTTC s fr1.chrUn 283847538 178 + 349519338 ATGTGGGTTCCACATCTAAGCCTGTCGTTGTTTTCACTGACCATAACCCTTTGCTGTTCCTATCCAGGATGAAAAATTCAAATCAGCGTCTCATGCGTTGGTCCTTATATCTGCAAGGATTCAACCTGGAGATAAGGTATAAGAAAGGAAAAGAAAACGTTCTAGCTGATGCTTTGTC a score=-233 s danRer3.chr4 10802526 261 + 33808418 TCTCCCCTGCTCTAGACTTGTGGTTGTTA------CATACTTG-----TTACAT-ACTTTGTGGGTATTAATCCTGCTGTATATTGAGAAGTTTTA---TTAAGCTATTGGGTT----CAATTAACCTTCTGTCTTTGAAGAAACTTTTGTTGTGGAACTTTACAGGCAGTGCTTTCTAAGTTGTATGATTTACATATACTTTTTTGTGTGGTATTT--AAAAGGTAATTGTAATTTTTCTTTGTCT--TGACATTTTTGTTTACAAAATGAAGCTGTAGGGAG s fr1.chrUn 309094448 263 + 349519338 GCTTAGGGGCACGTGAGTTGCAAGTGTGAGGCTGTAATGTTTGAGAGTGTGCATGAGCATGTGTGTATGAAGGTTTCTTTTGGTTAAAATATTTTCTTTTTCATTTAGTGGGTTTTGGTAATTAACTCCCCATCCTGCTATGGGCCTTTAT-------CTTTTGGGG----GCCCACTAGGTGGCCT----------CACATCTGGGTTTAATATTTGGAAATGGTGTCTTTGGCTGCACTTGGTCTGGTGTTGTGTTTGGCCTGCAGATGGAGCTGTTGAGAG a score=1212 s danRer3.chr4 10802852 311 + 33808418 CCTTTGTGTTTCATTTCTTTTCTTTAACCTGAACTAGGTTATTTAGTACTCCTCCTAAGCTAGATCTGTTTTGTTTGTTGTTTTGGTTAATCATCTCCTGAAGACTTATGCTTCATTTATTGTTTATTGAATGAGAACCGAAGAATAAAAGATTTAAGTTTACTCTTGTGGTTTTTTCACATTTCTGTGGCAAGATTGGTTTCCTCACCTTTTGTTTACCTAATCTATACACAATTCATTAAGTTGGTCTTCTTTTTCTCAAATTCTAAA-------------------TTTTAATTTTCTTTGTTATTTTCCTTCCCCAACCTGTGACA s fr1.chrUn 124035266 263 - 349519338 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GGAAAATAAGTTATCTCATAACATGTGGGAAATACCCGATG----TTCAAAGTTGCAAAGGGGC------------------------AGATGAAGGAAAAAGAGAAGAAATGTT----TGGGCAAGAAAAGATTTATGGCAGACAACAATGTGTTGTATG--CTGTTAATGATGAACACAAGCACCTTCTAG---------CTGTTGGGCTAAAGGTAATGGATTTAGCACACAACCTTCCCTGGGCTGGACACCTTGGCTGCTACAAAACACATATGCGGGTCAGTGCACACTTTTATTGG------ACCTAGAGTGAAATTCAAAAATATTGCAGCACAT--------------------------------------------GCCCAACTGCAGCCATTTCCCATTATCTCCA-------CTGCAGGTTTGCCATGGACATTG---------ATCACAGAAGCTGTGGTGGTCACCAGTACATTTGGATTGCCTGTGACTTTGCAAACTGGTTTCCAAAGGTTTTTTCCCGCC--------------------------------------GAACCATT-------GCTGATACACC-CATAAACTCAT--CCGACCAAACAACAA---------------------------------------------------------------------------------------------TCATACAACTAAATG-----TTGAAGACTTTGATCCAAAAGTTTGTGGTTGACATTGGCAAGGACTGGGACTGTTGGCTACTGTTTTTGTTCTTTGCTAACCAAGAGGTTCCGTGGGCCTCCACTGTTTTTTCACCCTTTGAGTTGCTCTATCAATGGGTTGTCCAGGGCAGATTGGATCTGCTGAGAAAGAGTTGG a score=7008 s danRer3.chr4 10805694 1241 + 33808418 GACCCTCTAGTTACAAATAGTACTTTTAAGGTATTTTATAAATTGTTATATAGCTCTGAATCAAAAGCGTCAGACTCTGACATTGTCACCTGTTTAAGTAATATTACATTACCTTTATGCTCTGAGGAAGATCGACCTATCCTAAATGCCCCGTTTTCTATACAGTAGGTTTGGGTGgcaattcagtcaatgccgaa--cgagaagtgccctgttccagatggtttcccattgtagtttttcaaaacgttctggcctaacattcattacatttttat-gcctatgatcaataatatctacaaaggtaaaatccattca---tcatggaaacatgattcaatcagtttacttcttaaaaaagataaaaaccctatagattgctcatcatataggcccatcagtctccttaatgtagacaataagataatggcaaaagttttggctcgcagattggaatctatccttcctaaggttat----aaatagcagactttgtgaaatccaggcatggattggataatgtacg--------tctccacattattttcatacac---agaaaaagacattaatgatattatctctggaagccaaaaaggatttttactgtgtagagtggcctttcttgtttttagctttgaaaaaatttggactaagttctaattttattaatgttattaagtatctctatgcagattctgttgcctcggtcaatacaaatggtttgacttcttaaggatttccagtacgcataggttgcagacagggttgtcccctatcacccttgtagttcacattatttattgaacctctagcagagtctatcgggaccaatgctgatatatctagaattgtgattaaagggaaaaaaaacatatcatctccctgtatgcagatgacatcctcttatatTTAGAGAATTTACATACCTCTACTCCTGCAGGTCTTGTTTTCATTAGCTTTGTTCAGCACTGTGTCAGGTTATAAAGTTAACA--TCGAAAAGTCTGTTTTTTATGTCCTTTAACTATTTCCAGAA------CCCTCCTGTGCAATTTCCCT-------------TTGAGGTCTCTAAAAAGCCTTTAAATACATTTTTCTCACTCCTGATTTGAATAATTTGTTTGAAGAATTTTTTTTCCCTTATTTAAATAAAATGAAAAAGACTTCAAGAAGGGTACTCCTTTGCCAACTTCCCTTCTCAGAAGAGTTAATGTCATAAAAATGAACATACTTCCTTGATTAAATTACCTTTTTCAAAATCTTCCA s fr1.chrUn 60084379 1262 - 349519338 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TGCCCAAATGTACGAGTCATTCTTGACTGTACAGAGGTCCGATGTGAGGCACCATCATCACTTACCCTCCAGTCTGAAACATTGTTCACTTACAAGAG-------CACCAACACTTT-----------------------------------------------------------------------------CAAAGGTTATTGGCATTGTC-----------------------CCTTGTGGTGTAA-------------TTACCTT--CATCTTGCCATACAT------------GGAGAAAGGACACCGAAAAAACACAGATCTAAATATTCACTAAAGATCTTGGTAAAGAGTGACATCAGAAGTGTTAAGGATTATCATATTTG-GACACAACCATTCCATTAAACCTTT------CAGTCTATCACCTATGGACAACTTGTTGCTTAATGGCCAACAATCAAGGTTGTTTAGATATGTAG a score=57189 s danRer3.chr4 10871780 2042 + 33808418 AGTGTCAAAATGCTGGTGAGTGCGAGTTTGGCGTGTAAAAACTACGATTACGACTACGACTCCATCCAGCCCTACTTCTACTTCGACAACGACGATGAGGATTTTTATCACCATCAGCAAGGACAGACTCAACCTTCAGCCCCCAGCGAGGACATTTGGAAGAAATTCGAACTGCTGCCCACACCGCCCCTCTCGCCCAGCCGGAGACAGTCGCT---------------CTCCACCGCGGAACAGCTGGAGATGGTCAGCGAGTTCCTGGGAGACGACGTGGTCAGCCAGAGCTTCATCTGCGATGATGCGGACTACTCCCAGTCCTTCATCAAGTCCATCATCATCCAGGACTGCATGTGGAGCGGCTTTTCTGCCGCTGCCAAGTTGGAGAAAGTGGTTTCAGAGAGACTGGCGTCTTTGCACGCGGAAAGGAAGGAACTGATG---------------------TCTGACAGCAACTCAAATCGACTAAACGCGAGCTATTTGCAGGATCTGAGCACCTCTGCATCAGAATGCATCGATCCCTCTGTGGTCTTCCCATATCCTCTGACAGAG----TGTGGGAAAGC-CGGCAAGGTTGCATCACCACAGCCCATGCTGGTCCTGGACACTCCACCTAACAGCTCCAGCAGCAGTGGC---AGCGATTCAGGTATGTTATGTCATTTAGATCTCCCCACATCCTGATGTAATGCATGCTCGCGTTTGTAAGTGACCTCTACTTGTCACCGCTGAGGTGGAGCGTGCCGGTCACGGGACTTTATCCTTGTACCCTTGATGCAAGTGGTAGTTGCGTAAGATCCCTCCACCTCCCCCTGTTCGACCCGAGTC---AGTTCTGTAGGA----AAGGCTGCAATGTTCAAATATCAGCTGATGAGGAAAGTGGGCGGGGACTGGAATGCAGAGATTTCACACCCCCCCTTACCCCACCCATTGTGGAAAGCCACTTGCCAAATTCCGTTGTATTCACTCTGCTGTGTAATGTTGGGACGTTTTTTGCAAGGTAATAATAATTAACATTTTTTAAAATTCAATTGCagaagatgaagaagaagaggatgaggaggaggaagaagaagaggaggaggaagaagaggaggaagaggaggaagaaATTGATGTGGTGACTGTGGAAAAGCGACAG------AAAAGGCACGAGACGGATGCTTCAGAGTCGAGGTACCCCAGTCCCCTAGTTTTGAAGCGCTGTCACGTCTCCACCCACCAGCACAACTACGCCGCCCATCCGTCAACGCGGCATGACCAGCCTGCTGTCAAGAGGCTACGACTTGAGGCTAGCAACAAT---CAcagca---tcaacagcagcagcagcagcaacagGCATGTGAAGCAGCGCAAGTGTGCGAGTCCTCGGACATCGGATTCTGAGGACAATGACAAACGCAGGACTCACAATGTGCTGGAGCGACAGCGCAGGAATGAACTCAAACTCAGCTTTTTCGCGCTACGGGATGAGATCCCTGAGGTCGCGAATAACGAGAAAGCTGCTAAAGTGGTTATCCTAAAGAAGGCGACAGAGTGCATCCACAGCATGCAGTTGGACGAGCAGAGGCTGCTGTCCATCAAAGAACAGCTGAGGCGAAAGAGCGAACAGTTAAAACACAGGCTTCAGCAGCTGCGGAGTTCACATTAATGAATCTGTGTCACAAGCGAAAAGACTTTCCAAGAACTCCCACCCCCTGCTTTTTTA-------TGCAAGACTGTTGCTGTGTATAGTT-TGAACGTTGCATGTCAAATGC----ATTTTTTTTTTTCCTTTTGAATATTGTCAACTTTTTTCATGTTTGAAACTGCCAGTTTGGTTGGAAACTACAAGTTTGTTCAAGTAATTTGTATTTAAGGGatttatttttattaataaaataagaaaaatataGGGCTGCGCAGC-------CCTAGATTAAAAT----GTTTTTGTAAGTTTTTGTATATAACGAATTAATATTTCCTAAGAAAA-ATATTTTTGAACCTGTATTAGCTATGTGTTCTCATAAACCATATTCGTTTTCACTATATGGTTTTTCAATGTTTTCACTCAATCATAAAGGAA--TTTCTTTCTGAACTTG s fr1.chrUn 3275526 1963 + 349519338 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tttctttcacactcaagacatagtgtgtgatttttaaaacagctctgctgaaaatctcatatcTGATCATGTACCTGTTGATGATAGTGGCAGTA------------CCACAAACAAAATTGACAAAC-------AAGGTTTTAAGATG----------------ACGCCAACAGTCTTCT------------GATAA--ACAGTCAGCAATTGACACTGTGTCAAGCCTCAAAGAAccccccccccccccccccccAAAAAAAACTCAATCCACCCATAAAAATTGTTGCTACGTGTGCAAGAAACCTCAATCTAAAATTGCCCTTCATTTTAAAAAGCATCAAGAAAGTGAAAAAGAAATTGCTGCTGCATTCTT-----------AATCCCT-----AAAAAAGGTAGCTTGAGAAGTTACGAAACAGCGGCAACTACGAGCGCAATCAAGAGGTTATGGAAAGTAAAAGTGGACCACTGAAGGTTAGAAGAAGGCCTGGAAGATCAAAGAGCAAAGT-GGTGCCAAATCGTATGTTCACTGTGAATACTGTAAAGGCCTGTTTGTTCGCAAGGAGCTGTGGCGTCATACTCGGAGTTGCCCTTCAAAGGTGTTTTCAGA-----GTCTGAAGCAACTGGCAAGGCTAATGTCT------TAGTGTTGGCAGA--------------------TATCTCCTGAGGTGTGGAAGATCTTGTGAAATATGAAGAATGATGACATGAGAGATCATGTGATGCGTTCATGATTCTAGACGTACTCTAGAAGAGCTCCGCACATGTAGCTCCCTTTTCCCTTAGATTCATCTCATTAATT-----TACATTTGGGGTAGTTTTTTCATTTATATATATTTTGTAGATG-TCACACAGTCGGAAA----CTTGCTTTTTCTTCACCATCATCCTCTCT-----TATAAAGAAGAA------------------AACTAAATCGTCGACCACGTCAG----------------GCTGAACAGACATGGAG----GATAACATGGCGGCCACTTTGAAGCGATTCGTGGACATT--CTGAAAGCTGAACTTACAGCAAAGCGCTCAGAATTTACCTCTCACATGGCAACAATTCAAAATATGTGTTCAAAAGTGGATTTCTTAACTGGAGAGCAGAGAGAGCAGAAAAAGATGATTAACGAGCATGCT-TGGCGCCTGGATTCTCTCGAGCAAC s fr1.chrUn 212540895 1129 + 349519338 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TACAATGGTCAGAGAGTCGATGTGCGTGATGAAGGGCTGCCATATCTTATAAAAACTGCTCAGGGAC--CCTTTGAGGGAGAACCTCATTT---TCTCCAGTGTAAGACACTGCAGCACATCCTGAATCCATTTATTATGGGTTGGGGGGGGAAACGTGGGACCATTTTAAAAGAATAAGTCTTCGGGCAAGCAATGTAGTGAATGCAATGATCGTATTTGTGGACTTAGGCACAGTGTGTGGCGAGTATAATCCAAAGAGGGCAGCAAGGGGTTCGAACAGGATGGTTTGACCT--GTTATTTTACTAATTGTTTCAAATATTGCTGTCCAGAATTCAGATAATTTAGGGCACGACAGAAACATATGAACGAGATCGGCAGGGGCTTGCCCACATCTGTTGCATGAATCTGTTCTGTCAGGATAGATTTTGGCCAGCTTGGCATTAGTGAGATAGGCTCTATGCAAAATTTTACATTGTAGAAGGCTA a score=-197 s danRer3.chr4 11181054 111 + 33808418 TGGCATCAATAATCCATCCGAAACTACTATTATTTGTGCAAAGATTTTTTCAATTCTTTTTTAAATGAAAGAGTCAATAACATC----------------CAAATCACCAGTCAGGGTGTGCAAAGA s fr1.chrUn 277265791 108 + 349519338 TGACACCGGTAACCCATC-------ACCTTTAACTGGGTCCACATTTTTCAAGGTC------------AGGGGTCAATGTCATGTCTTGCTAGCCTGTAGCCTGTCCGCAATGACTGGAAGGAAGTA a score=8118 s danRer3.chr4 11181165 180 + 33808418 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attttttttttttaGAGAACCAGAGGAC------AGTGAGGAAGAAGGAGAGGATCCAGCACTGGACAGTTTAAGTCAGGCAATTGCTTTCCAGGTAAGTTGAATTCATCAGTAATCATTAATGTAATCCTTAAGTAGGAATTGGGTTCAGTGATAAATATACCCGTTTGTAAATGATCATCAGCAAGCACGCATTGAGGAGGAGGAGAAGAGAAGGAAGCAGGCTGCAGAAGATGCGTCTCAAGCATCAACATCAGAGGACACCCACAAACCCAGGATCAAAAAGAGCGCATACTTCAGTGACGAGGAGGAGCTCAGTGACTGACT-----------------CACACTTTTATGTGCTAAGAAC-ACATCGCCTCTTCTCAACCGCTTTTACCTGTTAGGAAA-GCCACATATTGATCTAAATTTATAATTTTGTCAGACTTTGCTGCAGTACATTAA--ACTCTTGATCTGAATTTTTCACAAATATTTATTCAGATATAT----ACATCTCTGATATTTC-------AGAATATAGTTTATT--TAAACATCCCCCA-CCAAACTTCTGTAAAGTTTTTTTATTACA----------------TTTTGT--AAATATAATTTAGGCTTGTTTATTTTAGTTACATGATTGCTGTTGTTCCAGGAAAATAAACTCTTTTGAATAACTTCCTGTCAACCTTTTCCTCCACTCTCGACAGTCATTTGAAAGCTTCCGAAATCATTTGACT-CACTGACATAAGTGATGCATGTGGGTATGCAAGGTTTTCAATAGCAGTATGTG s fr1.chrUn 230052366 738 - 349519338 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s fr1.chrUn 230082775 2334 - 349519338 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TTGAACAATCACATTCCCACTA----TTTGTTTCCCTCACTCACTGCCCATTTCCCCTACATTAAGCTCTTTTTTCCTCCGTGCTTGTCTCCCATCCATTGCCATAATTTTCCAGGAAGGGCCCGCGCAGACTTTTTGAGCCAATCTAATAGCAAGTGCC-CGGCGCATCCACACAACCAGACACACAATTAACTGTTCTTTGACAGGTAGCGTTCATCTTTCCCTCACTAGAGTAATGGGGCTGTCAGATGGAGATAATAGGGCCAG---TAGTGGAGCGG----GCCCTGCAACCCACAATCATTCTCACTACACTGACACAGACAC a score=3644 s danRer3.chr4 11308355 81 + 33808418 CACCTGTAAAATCCGGTCTCCCTCTCTGATGCGTCCATCCCTCGCAGCGATGCTGTTGAGCTCGACCTATCAACAGTACAA s fr1.chrUn 230086904 81 - 349519338 CACCTGTAGAATACGATCTCCTTGCTTTATACGTCCGTCTCTGGCTGCAATGCTGTTTGATTCCACCTGTCGGCGAAAAAA a score=6317 s danRer3.chr4 11310725 167 + 33808418 taaataaataaTAAAATTAAATAATAAAA----GTTACCAACCTGACCAACAAAGATTGCTGTATCTTCCTCGTCATCAGTGCGGTAACACAGAGTCAAACCCAGCTTTTCCTGGCTGTTCATTCGACAGAGCTCAACCTCCTG---TAACACACGTACACACCCAGATAGATA s fr1.chrUn 230087856 174 - 349519338 TACGTGAAAAGCAAAGTGGTTTTTTAAAATGCTGCTTCCTACCTGGCTGATATAGATGCCCGTGTCCTCCTCATCATCAGTTCTGTAACAGAGCGTCAGGCCAAGTTTCTCCTGGCTGTTCTGTCTGCACAGTTCCACCTCCTGTTATAacacacacacacacacacacacaca a score=2019 s danRer3.chr4 11314647 51 + 33808418 AATTACACCTCAGTGGAGTCTAATCTGCTCCCCTTGTTTATTAGTCAAAGG s fr1.chrUn 230088892 51 - 349519338 AATTACGCCTCAGCGGCGGCTAATTTTGTGTCATTGTTCTTTAAAAGAAGG a score=5737 s danRer3.chr4 11316048 120 + 33808418 TCACCTCACACTCAAACTCAACTGCTCTGTCCACATCTGCCTGAGTGCTGGCTACATATTCTGGACAATCGAAATATTCATGCTCCATAGTCTGAATGGAATGACAGCTGCAGAAAAAAA s fr1.chrUn 230090902 120 - 349519338 TTACCTCGTACTCGTATTCCTCAGTCCTTTCCACCGCTGCCGCCGTGTTGGATAAGTATTCTGGGCATTCGTAGAACTCGTGCTCCATGGTCTGGATGGAATGGCAGCTGGAAAGAAAAA a score=10772 s danRer3.chr4 11318904 272 + 33808418 TTACCTGTCGGACAGCAGGAATGGACAGATGTCTGGCACCGGTGGAGTCGAGGGTCTCATTTTAGCCAGAGCCATGATGTGCTCAAAGGTGATGTCAGTCTGAGTGCAAACGTCCACCACACAAACCTCCTGCAG---GCTCTGGGTTACAGAC---GATGGGCCACGTCTTAAAACCTGCACCACGATCGGCTCCTTCCGCAGGGCCT---CCACCGTCCCATCATGACCAGACTTCGAGAACTCACGACCATTCACCTGCAGAAAGACatcaatcaatc s fr1.chrUn 230091447 280 - 349519338 TCACCTGTCAGACAGAAGAAAAGGGCAAACGTCGGGCACGGGCGGCGTCGCGGGCCGAAGCTTCGCCAGAGCCATGATGTGCTCGAAGGTGATGTCCGTCTGGGTGCAGACATCTGTCACGGGTACGTCCTGCCAcgcgcccggggccgcggctcgggccgggTTCCGCCGGAGGACTTGGACGACGATGGGGTCCCGCCTGATGGCCTCCGCCACCGTCCCCTCATGGTCGACCTTGGAGAATTCCCGCGCGTTCACCTGCGGGGAGA-AGAAATCCATC a score=1297 s danRer3.chr4 11323667 309 + 33808418 ACATTGAATTGTGtttttttattattaaataaacattatttttCTTACAGTGTTGT-AGGAAATACAATAATAGCAATAGATGCTAAAGCGCATAGCaaaaaaaaaaaaacataattaat-taaattattaata-aCAGAATAAATCA-CATATTACTACAGTA--CTAATACAGTACAGTAGTATTAATACTAAAA-----TCACATTACTGA-------ATCATAATGCAATG--------CAATGCTTTAAATAAATTGAATTCAAT-AGCACTAACAAAACAAAACAAAAAAGAAAATATATGAAATATGAAGAAATTATATTACATTTCTA s fr1.chrUn 216379791 328 - 349519338 ACATTTGATGCAGTTTTGTGATCAC-AGATTAACAATGTTTTGGGCAAAATGATGTGAATAAAGACAAAAA----AATGAATCTGTTGATGTTTTGAAACATCAAATGAACAGAATTACTACAGATTACCAACATGTAGAATCTATTTTCATTTGATTATAGAAAGCAAGTGTGGTA-AATGGGGAAAATGGTGAAAATAGTTAAGAATATAGAGAGAAAGAGGATTATGCAGGGTCGAGGTTCAGTGTTTTAGCTACAGGGCAGGAGCTGAGAACAAACACAA--AAGCAAAAAAAAAAAAATACAGAAGAAGAAAGAAAATTCTTACCTTTCTA a score=2621 s danRer3.chr4 11326717 87 + 33808418 AAAGTCACGCTTTCAGTTTCTTAGCACTGTGGATCCAAAAGGAATAAAGGCATGTGAGCATATGATAGTGAAATCCCACCTGGGAAG s fr1.chrUn 216384481 87 - 349519338 AAATCCATGCTACAAGCTATTCAAAATTGGAGAAAAAAAAGGAATGAAGGCATGTGAGAAAAACAGTGTGAGGTCTTAGCTGGCACG a score=3743 s danRer3.chr4 11327259 135 + 33808418 ATGCTATTTTCCATGTCGTCTCGGCACTGATTAATCAGCGTGGCAAGA-AATTAATGAGAGGCAATTAGTCCCCTAAAGAAATGCATGAGCGAGTGAGAGAGGGATAAAAAGTGAGGAAAGTGAAATCTGGTGTAA s fr1.chrUn 230094710 128 - 349519338 ACGCAGTTTTACATTTCTGCGTCGCACCAATTAATCAAAGTGACAAGGTATTTAATGAGAGGCAATTAGAGCGTTAGGGAAA-----ATGCAAATAAGGGGGGGAGAACACG---GGAAGGCGAGAGGCTGTGTGA 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AAACAGGAAAAGACATAGAACACTATTGATTGTCCTCAAATTAGTTTCCAGACTCAC s fr1.chrUn 230104850 57 - 349519338 acacaGGAAGAAACACAGACCAGTATTGATTGGGTTCAAATTAGCTTGCAGCCCAAC a score=978 s danRer3.chr4 11354290 123 + 33808418 AGTGAGAGTAAAAAAAGAGAAACGTGTGGTGATAACCGTATACCATTGAGGCAGTTGTCCACTGGCGGTGAGACAGCTCTCTTGGGAAGCAATAATCCGATTTGCGGGGCTTTAATTTCACTC s fr1.chrUn 181491280 117 + 349519338 GGTGGAGCTCGCTGGGCAGAA--GACAGCTAAAAGTAGAAGAGCACTCAT-CAGCTAGCTACTGGGCAT---CCCGCTCCCCGGGGGCTCCATAATCCGATTTTCTGGGGTTTAATTCTGCTC a score=1979 s danRer3.chr4 11357971 283 + 33808418 AAGACAGTAACACATTACGTGATTGATATCTATTATTTAAGTGTTATTTGAGAC---CCTCTTGTTGACGTACAGTAAGTGAACAACTTCAGACGACTGTTCACACCGTACATAAAAACACAGACTAAACTGA--------TGCACCGTGAGCAGGTGGTGTTTGAATGGA-GATATCAGAATGACTAAAGGGCTAATGCGTCGTGTATCTCAATGCCCAAAAAACATCAATTATTTAAAGCTATGAATCATTAATCTGG-GCAAAAACACCAGTATAGCTGTTGCTGGAGCCCAG s fr1.chrUn 230107550 280 - 349519338 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fr1.chrUn 172157811 189 + 349519338 AAGAAGCAAACACAGACAATGCTAGAGCAACTGATTAGTGTGTACAT---------ATGTTGTTTTTTTTACTGGAT-----TCTAAATTGACCTTTC-----------------------------TCATGTATCTGAACTACAATAACCTACAAAGAAGTTGCAGCAACAA--AAATGGAATATCTGCAAGAATGTAATCTCAATTCATGTGACTT-TGCAGCATGAGTGAAA a score=-131 s danRer3.chr4 11378330 130 + 33808418 GGCCATGAAAGAAACACAGTGGACATACATGTATGGCTTTGAGAAGATACATCAGCTGAAGATTCATGTTTAATGTCTTTATCtatttatttataaatattttttaGGTCATTTCAGAGAAAGATTCATC s fr1.chrUn 211573988 124 - 349519338 GGAGATGAAGGAGAGCAGATGACCTCTCTCATTTGGGTTAGTGTTAAACCA-CAGCAGGAGA-----GAGTGATGTCTATTTACAATCAAATTCAAACTGGAACTTGGAGATCCCAAAAGTAAAATTATC a score=9492 s danRer3.chr4 11378538 708 + 33808418 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AAGAGGGAGACAACACTT--TCCCAGTTCATTCAGAGACACATGTTAGCATGCTAGC---AGGACAAATGTTTGG--TGCTGATATATAACTGATAGAAGTCTTGGTTGATGATCGCACAGTTCAGAGTGGACCTCTAATAAAATCTAACATCTTTGAACTGGAATGAAATAGAAAAAGCCACAAGGATTATTAAAGGTTTTTAAAAATCTTT-----ATTTCTTTCCACCCCTAAAATAAAAAGCTTAATACAACTTGGGTCCAAAATAGTAGAAAAATGCAGTAGAATACCTTCAAAAGGTTATTGGTCTGATAAATATTATAAATATATCACAAACACATCGAATAATTTAAAAAATGAGAGAAATGTATAAGATTCAGA a score=1351 s danRer3.chr4 11404773 190 + 33808418 CTTTGCAGGATTTGAGGAAATCTGTGTTCTGTAAGTCACTGCCAGTGCTGCTTCATTAAGA--------GTCTTAATGGTGATGTTTAATTAGTGCCTTCTCAC----------TCACA-ACCACTGATTTATGAATATG-----TGTGCGTCAATGAGGGATGAAGCAGAACAGAATGCATACAGATCATGAAACGTTTACAGTACACACTTG s fr1.chrUn 230116734 205 - 349519338 CTTCGCATAATCCGATG---CCTGTCTCCCCTTAAGCACAGGCAGG------TCATTAAAAATGCATTTGTCTCAAGTAAGGTGATAACGCATTAACTTTCCACAACACAAAGCTCCCAGAACACTTATTCACATTTATGGGCTGTGTGCGGTCAAGGAGGAGAAGGAAGAATAAAATGCTATTAAAAGACAACACGGCTTTAGTGCTAATTTG a score=6063 s danRer3.chr4 11409351 212 + 33808418 CTGACCCTGTACTCTGATCTGTGAAATGGGTCCATCTCCTCCCTCACAGCGAGCTCGCAGCTCTATGACGTAATCACCAGTTTCTGGCATGGGGAAGTCAATGTAGTGCCTGCCGGTGGTGTAAAGCTTCCCATAACGCTCACCTTCCTTCCGGAACAAAATCTGAGGGAAAAACACCCTTTTTCAGTGATATCAATATACATAAGTAAAca s fr1.chrUn 230122230 210 - 349519338 CTCACCCTGAATCCTGATCTTCCTAACTGGGCCGTCTCCGCCTTCGTAACGGCCGCGAACCATCAGCTCAAAATCTCCCACCTGAGGCATGGGGAAGTCCATGAAGTGCCAGCCGGTGATGTAAACCTTCCCGTAGATGTAGCCCGTTTTCCTGAACATGACCTGGACAACGAACGCAC-CGTTAAGTG-TGACATTACGCACAAAAAAACA a score=12415 s danRer3.chr4 11409917 622 + 33808418 CTCACCTTGTACCCC--TCCACATAAGA----CTCATTCCAGTAGTTATAGATGTGATCCCAATACAGATACAGCCATTTGCGTGTAAAGCTGACATACTTGTAAACTCTCAAACGACGACTTGGGGCTGAAAGCACAACATACATATACAGTATTCTCATTTCAAATATGACAGCAATAATAAAAATGTGTGAC-TTCAAAGATATC-TTACGGGGTCTTCTGGTAAACATTTCACAGTGTTCGCTTGGTGGTCCCAGTCCTGCTCCATTAAACGCTCGCACCTCAATAAGGTAATGCGAATCAGGTCGCATGTTTTCCAGACGGGTTTGGTTTACAGTTCTGTGAACAATGACTCGAGATGCAGCAGCTTCATTATCATCGTATTTTCTCCAGTAGCGTATCTGCAAAAT-CAAGTGAAGACACATGAGGAGCAGGACATCTTGG---TTATTCCAAGTTATTTCACTTAAGACCCAAACTAACTTGGTATCCGTCGACCCAC-ATTGGTGGTGCCTGGTAG--------ACTGGTAACCACCAGACTAAAGCCTCTGTGGAGGTGACCTGACGGGCATACACATCTAGTGGGGCTTCAGTCGGTGCTGAGGGG--GACAATACATAAAGGATGCCTTGACTG s fr1.chrUn 230122461 627 - 349519338 CTTACCTTGTAGTACAGTGGGAATGAGATATTCCCAAACCAGTCGTACTGGATGTGATCCCACCACACGTACAACCATTTTCCGGTCCAGGAGATATAGCGCCACATCCTGGGAGGTTCTGGTGGTGCTGGAAACAAA---CGCAAGCATGATATTAT----TCAAA---GATCGCTGATTTAAACATGAGCAGCGTTCAGATTTCCCCTTACGTGCTCGCTTTGTGAACATCTCACAATGCTCTCCGGGTGGTCCCAGGCCCGCGCCGTTAAAAGCGCGGACCTCGATGAGGTAATGAGCGTCTGGCAGCATGTTCTCCAACCGAGTCTGGTTGACTGTGGCGGGGACAAATATGCGGTTTGCTCCCGGCTCTGGATCATCATACTTCCTCCAGTACTTAACCTGTGGGATCCAGGAGGTGAGATCTCAAAGGTACGAGATGCTGGAATGTGGTTAAAATGGTTCTAAATGCGGT--------ACCTGGTACCCTTCGATGTACTGCTGGAGGCTCGTCCCAGTGTCCACCACTGGCAGCCACCAGACCAGAGCTTCTGTGGAGGACACCGGTCTGGCGTACACATCTGTTGGAGGCTCGGTTGGTACTGAACGGTCAAAATTGGGTGAAAGTTAGCCTAGCTG a score=2379 s danRer3.chr4 11410790 110 + 33808418 taatttatttttaaaatCCAGTAATATTAATCATTGGGAGAGAACACATCTAAAAAACA-----TAAAATAAAAACATGTGAAATAAAATGTATTAGAAAACATAATAACTCCCC s fr1.chrUn 177059391 113 - 349519338 TGATCTTTCTGTCAAATTCAGTAAAAATACACATTGTGAAAAAACACATTTTCAAAATAAGATGCAAATGAGGAATTTTCAGAACTAAAAATAT--ACAAACATCACAGTTCCAC a score=739 s danRer3.chr4 11411963 25 + 33808418 aaaaatacctgcatacaTATATAAA s fr1.chrUn 177065167 25 - 349519338 AAACATGGCGGCATGTGGACATGAA a score=5841 s danRer3.chr4 11411989 411 + 33808418 TTCTCACCTATTCTTGGTGAGTAAACCACTGATATAAGACTTGCGGGTCCTTCTCCTTTGTTATTGAAGGTGCTGACTTTGATCTGTA--TTTCAGTATCTGGTGTCATGCTC-------------------TCTTTGTACACATAACGTCTGGTCTCGGGATCCTCCACGGTTGACCATTTCCACTCATAATCCTCATGCTGCTTGAACGCCACAACATAGCCAAACTTCTTCCCAAAGAAAAACTGAGGTTTCACAGGCTGCAATAGAATTAAGGAACACATTAGAAATCCACAACTGCCTGCTAATTAACAAATCAAGCATTAAAGCACATGAACACGCACATTCCAAGTCACGATCAACTCTCCGCTTATTCCCACTTGTCCAATGACGTCAGAAGGAGCTACTGTTGGCCCTAAAACAAGAAAAAGT s fr1.chrUn 230123116 425 - 349519338 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TTGAAGAAATCACTAACCTCTGACAAAAACATCAGCTTCTGCGGTGGCGTTGTCCACTATAGTCTGAGCTGTGCAGATATAGTGTCCTGCATGTCTAATCTGAATGTTCTTGATCAGCAGGTCTCCGCTATTCTCATGATCCTGCAAAAAAACAATTCAATTATTTTCCCTTTCCTGTTCATTCCATAAACAGAACGCCTGGGGTTCTTGTGTCTGCTCACCATGTCCA-----GCTCGTAGTGTTCAAAGTCTGTGTAGAAGTTAATGATGTATGAATCGACAGTCCAGATGAAGGTGACGTCCAGACTGGGATCATAGGATGCAGAGCATTGGAGAACTATTGTATCCCCTACAGCTGCCTCAGAGTTTGATGGGCCAACTGTGATCTTGGTGGCCTCTGAAAAAATTGAGGAGATATAAATGTGGCACTTTATATTACTTATAAACACATTAATTATTTATAAATGTGAATTTTTTTTGTTTGTTATGTTCTCTCACCAGTAATAGTGAGGGTCCCAGTGCTGTTGGATTTGCCACGATCATTCTCAGCATAGCAGGTGTATGAGCCCTCGTCACTTTTTGTTGCATTCAGAATCTCCAGACTTCCATCGTCCCAAATGAATATCCTGAAAATAAAGGTGAATGAC--AGCCTCCACAACATTATATTCCATCCTAAGTACAGTAAATGCATGCTCTTAAGACTGACCTTGAGGAGTTGCTCAGGAGCTCCGAGCCTCGTTTCCAGATGAATCTGGGTTTGGGAGCAGCACGGGGATTGCACTCTATGACCACACGTCCATTTTCAGCCCCAAGCAGAATCTTCTTCACTGGGTTATATATGAACGTCGGAGCACAGGCTGAGAAAAGACCATTGAACAAACTCAACCTTCAGCTATAATTACATGTTCCCTTCGGAAAACAATTGTAATCAATAATGAGAGTAAAGAAGGATTGAAAAACTCACAGACAACCCGAAGCTCTGCATTGGCGTAGATGGTTCCCCATTCATTCTCAGCAATGCACTGATACATGCCCGAATCCTCAAACGTGAGACTGGAAAACTTCAGCTCCCCTTTGCCATACTGTGAATGAGAAAAAAAAATTTACACAAACATGTATGTATACATAAAACAACATGAAGAGTTTTCGTT----TGGGTTTAAGACAGCAAATAAAGCAGGATATTAACCGAATAGCCGTCTTTTAGCCAACGTATCCATGGTATTGGTTTCCCAACAGCAACACATCTGAGAGTCAGTTCACTCCCGACATCTTTCTCCGTGTCATTGATGTGCTCCGCCCACTCTGGAGGACCTGTGGAGAAAA 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AATAAAACCAAA-----------------GAAATTCTGAAACCAACATTTATTTCTGTTTTCattaaatttaaaatacaaaatattttccattattattattatGTTGTAGAGTAAACCATTTCGACAGCCTTTCATGCTTC----TCATGTAGCTTCAACATTAATCAGAAAGTCATATTTTATCATATCATAAACT--GTATTACCTACTGTAAGTTCACCAGTCACTAGAACACGTTTCCAGGGTATTCACACTCAAATGTGCCAGTCTGCATATTAGTTCCACCCTGTTTAAATTACAGTGTTCTTTAGATTATGGATGACACTTTGTGGGAAAAAAATCTGTTATGAAGTAGATGTGATTGAAATGATACATGCTGATTGAATTAAACAGGTATGGGTGTCACGAGAGCTCAGTCACAAGTTAAATAATCTCCTTTAATACCTGGTGGGATCAAACACTTGAGCTAACAAATCCACCTGACAAAGTCCAAAGAAATAATTATGTAAAATAAAAGTTCATTTCACAGCAAAAAACGATAAATAATCCCAACTCGAGCGACGCTAATTCACGCTGCAGCGGGGCTGAGTCGACTCCACTGGCCTCTACGCTCCATTTATCCGAGTCCTTATTTACAAAATGCAACAAAAATATCTACACGTGGAAAGCTGACGCACGGC--------GAAACCTAAAAACTTGATGCAAGTTAAGATGTGGAAATGTTCTTGAAAAG-------AAAAAAAAAACAGTTCGGTTTGAGTCTACTTCTGCACA a score=13975 s danRer3.chr4 11435541 322 + 33808418 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TGGGGCTTGACAGATGATTGAGAGGTGAGTTGGACGCTGGCACTCTCCTCACCTGGAACTGTTATCAACATCTCTTGTGTACTGTGGATGGTTGCGTCTGAATGGTCTTTGGCTACCAATCGGACCCTATAGGACATCCCCGGCTTTAGTCCTCTAATCTGAAATGTCCGAGTG----CCATTTACAAACTCGGTTTTCCAGGGTTCTTTACCTGGAG s fr1.chrUn 230134927 180 - 349519338 TGAGGCATGCCA----------------------------------CCTCACCTGGCACTGCCACCAGAACTTCATCTGTGCTGTGGACAGTCGGGTCATTCGGGTCTCTAGCGACCACACGGACTTTATAGGAAGTCCCCGGCTTTAACCCTTTAATC----ATGTGCCAGTGTGAACCATTAACCAACTCCTTTTTCCAGTCCTCTTTACCTAGAG a score=6132 s danRer3.chr4 11442029 200 + 33808418 CTTAATTTTAGCGCTGTTT---------CTATATAGAAACGTAGAGAAATTTTTTAGGAAAATCTTACTGTTATCAACAACATATTCCACATAAACATTCCCATCGGGCCCCAAGTATTCCCAGCTTATGACTGCATGGTCCTCCTTCACCGAGGAGTTCACGTTTCCAAACATCGGACCAGCAGGTGGCGCTGATCAAGCAAGGAGAA s fr1.chrUn 230135134 209 - 349519338 CTGGATTTTAATGATGGATTCAGGTGCGCTACGGGCAAATGTTCAGGTCATGTGAAGGCAGCGCTTACTGTTTTCTACAATATATTCCACATATACATTCTTATGGTGTCCAAAGTAATCCCAGCTGATCACTGCGCCCTCCTCGGACACAGACGTGTTAACTGTGCCAAAAGCGGGGCCTACAGGTGGCGCTGTTCATGCACAAGGAA a score=3549 s danRer3.chr4 11443467 144 + 33808418 GGTGACGAGACGGCAGATGCTTGTACCCT---GAAACGGGGGCTGCAAAGATTGAGTGACAGGGGGAGTTGGTGGTGGTGGTGAAGGGGGGGCAGAGCCTGGAAGCATACAGAGAATAGTGAAACACACAACATGAAACACACACAA s fr1.chrUn 230135574 136 - 349519338 GGTAGAGAAGGGACAG-TGCAAGTACCCTTGTGAGACAGGGGAGGCGGAGATTGAGTGATGGGAGAGGTTGGAAGTAGGGGCTCTGTGGG------GCCTGAAAGAAGACGAAGACGTGTGAG----ACAACAGAAAAGACAGATAA a score=2594 s danRer3.chr4 11445506 77 + 33808418 GTGTTACCTTTACCCGCCTCTACTGCGGGATGTCGAATTAACGCTTCAGAGAAAACAGAGAGAGAGAGAGACAAAAG s fr1.chrUn 230136293 73 - 349519338 GTGTTACCTTTGCCCGTC---ACTACGGGGGGCTGAGTTTGAACTTTAT-GAGGGGGGGGGAAGAGAGAGACAGGAG a score=4554 s danRer3.chr4 11447245 265 + 33808418 CTCACCTTCGTCCACTTCTGTGAAGGCCTCTTTAGTGACAGCAGGTCCCGAGCCTGTTTCAGTCATGGCGTTCAGGAAGAACTTGTAGTGTGTGCTGTGCGTAAGCTTGTCGAGTGTGTAACTGGTCTCGTTTGCTGGTAAAAGGACTTCTTTGAGCAGTCCAGCTTCTTCTGTTGTATTGACTACAAGAGAGAGTTCAAACAGAGAAGGTGAAAGGTGTAAGAGATCATAAAGGAGTGACTTACACTCAAGCACCTTTTAAGTT s fr1.chrUn 230136442 257 - 349519338 CTTACTTGTTTCCATGACTGTGAAGGCCTCCTCCGTGGTGAAAGGGCCCGAGCCCTTGATTGTCTTGGCGCTTAAGTAAAACTTGTAGAGCGTGCTGGAGTTCAGATTGTGCAAGGTGAAGGTGGTCTCGTTGGCCAGGAAGGTCCTGATCTTGGGAGGCTCCAGCTCGTGGGTGCTGTTCACTG-AAGAGAAAG----AGCAGTGGTGGGAAAACTCTTCAGCG---CAGAAGCATTGTCTGATACTGCAACAGATAGCAGGTT a score=6849 s danRer3.chr4 11449080 370 + 33808418 AACCTACTTGGCTGATATTTCAACAAGTATCCAGTCAAGTGTCCGTTGTCTTCCAAAGGTGGTGTCCACTCCACCAGCAAAGAGTCCAGGTTCAGATTCCGGATGTTTACATTTGTAGGAGGCCCAGGAACTAAAAGAAAGCACTAT---TTAGATTAATTGA-------ATTTATTGTAAAATCAGCATATACTGTATCTGGTACTCTACACTCTACAGT--------------------------------------------------------ACCTCCCTCTGGTGTCTGGAA-CTGCTGGTCAGTGCTGGAGGGTCCGTCTCCATGCCCGTTGAAGGCTCTGATGTTGAGTCTGTAATGGCTGTAGGGGTGAAGGTCTGGCAGACGTCCCACAGTCTCCTCCCCACTGAA------GATGAGCACCTGGGGATTCTC s fr1.chrUn 230136711 439 - 349519338 AGCCCACCTGGTTGGTATTTCAGTGTGTATCCAAGAAGGCGCCCGTTGCGCTGTAAAGGTGGGCCCCATTCCAGAGTGAGGGAGTCCAAACTGCGGTTTATGGTGTTCAGA---AAAGGAGGCCCTGGAACTGGGAAGCAGCATCACAAATCCAGTCAAGAGAGCGCCACATTTTGGAGGTAATTGGTGGGTTCTTTGTTTGCTACTGTAGATGCTGAATTGCAATCGTTTTTGCTAATCTCTTCGAACCAAACCGCGGCGGCTCTTGTTAGTACCCACCTCCTTCAGGAGTCTCAAATCTGCTGCTTTGACTTGGAGGG-CCTTCTCCTTTATTATTAAAGACCCTGATGGAGAGGTTGTAGACGCTGTAGGGCTGGAGGCCCGGGAGCCGTCCCTCGCTGCGGTTCCCACTGAACGTCAGGACCTGCTCCTGCGGCTCCTC a score=-32 s danRer3.chr4 11449450 121 + 33808418 ACGATCATAGTCTTGCTTGTGTAAACTTCTCATCTTCTGATACGTCACCTACCAAACGGCAAAAAGGTCTTCATTTAGGTTCTCAAAAGATCTTAAAAGATG-----TTGAG-TAATAGCTGTAAAT s fr1.chrUn 181569939 116 + 349519338 GTGGTGGCCGTTGTGCCTGTGCAGGCTGCGCTCTCTCCAGTAGTACACCTGTGTCACGGAGACAGCGT----------GTGTCCAGGGGGTGCTGACATCTGTGTATTTAAGCTAATAGAT-TAAAA a score=3184 s danRer3.chr4 11449571 125 + 33808418 GCATAGATTTCAGTAAGCACCTTGTATCCTTTCAGTCGACCCCGGACTGATGAAAGAGGAACAGCTTCCCAGTGCACTTCAGCCTCTGTCCCGCTCTGAACTGAAACTTTTACGTTCTCTGGGGC s fr1.chrUn 230137249 125 - 349519338 GCGCTGCTATCGAAGCGGACCTTGTATCCCTGAAGTTTCCCACGGACAGAGGACCGGGGGACGGGCTCCCAGTGCACCTCTGCAAAGGTGCTGTTGGGAACCTTGACCTGGACGCCCTTGGGAGC a score=8388 s danRer3.chr4 11450641 452 + 33808418 TTTATAAATAGATCCACTTACAGTTTTCTCCTGAGTATCCCAGCACCACCTCTGGTCTGGGGCCTTCTCCATAATCATTGACCGCCTGTACAGTGACTTCATAAAGTGTAAAAGTGGGTGTTCCTGTCACCACATGCTGCGAGACATTGGCCAGCGTGACTGTCGTCCACTGC---TCCGCATCTTTCATTCTCCAGCTCACCTTGTACTGTAAACCTGGACCATTAGACTCAAGGCCACTCAGCTCCT-AGTAAGCACACATTAAAACGAAGAGAAATCAGTCATCTGTTACTCATTATGAACTCTATTTAAAAAATAAAT-AAGTACTGAATGCAATCAAGTGAAACGTT----TTACCCTCCAAGATATTGTCATAGTGTCAGGTGATGTTCCACTGACTTCAACATCTGATGGATTCACATCAGGCTCTGTGAAAATCAAAATCAGACTTGATATAT s fr1.chrUn 230137458 457 - 349519338 TTTAATGATAAGTTTGCTCACGGTCTTCTCCAGAATACCCAATCACCGTTTCAGGCTCCGGGCCACTGCCGTAATCGTTGATGGCCTGAACCCTGATCTCATAGGACACGTATGTGGGAGTTCCAGACACAACGAACTGGGAAACATTGGCCACGTTCTTTGTGGACCAGTCCCCACCCGCATTCAGCTGTCGCCACTGGACTCTGTACTCCAGACCGGGCCCGTTGGACTGAAAACCTGTCAGCGGCTGAGCAGAGGAACAGAAAAGACGGAAGCATTTGGGC--TCAATGCTGTTAACAGCCTTTAGTTGATAATCAAATAAAACACTTGCAGGGGTC--TTTAAACCCTAAACCTACTGTCCAGGAGATCACTAAGTTGCCCGGTCCTGTTCCAATTCCTTTAACATCTGCAGGATTTTCATCGGGAGCTAAGAAACAAAAGGATAAACCAGTCATAT a score=13197 s danRer3.chr4 11452990 495 + 33808418 CTCACTTGCAGGATTGGTTCTGTACTGTCTAGATGGATCGCTGGATTCACTCAGACCCACGCCATTGAGTGCCAGAACCCTGAAGGAGTAATACACATAGGGGGACAACTCCAGCTGGGCTGTTGTGCTGGTTCCCGAGACCTCGGTCATATTGAGCCAGACTCCAGGCTCATGGAGTGAATCTTCATACTGGATCAGGAACACTGATGGA----------TTCAGGTACAAATGCATCAGAA--CATTTCTGTTGTTTTAGTATGAGGATAACAAAACTGACATAAGTTGTAACCTCACATTTAATCGGGCTGTTGTGTTCATCTCCAGGGGTCCATGTTAGCCGAACACTGCGCTCGCGCTGGTCAGTCAGCTCCAGGTCAGTTGGTGGGTCCGGTTGCTCTGCAAAACCATTTATTATGAGACACAAAACTCGATCCAGCGGAAGAGCACTGTAACACTATAAACATGCAACACAAGCCAAAATGAAGCACATATAGACTGGCA s fr1.chrUn 230137955 493 - 349519338 CTGACCGGCAGGGTTGGTCCTGTATTGGTTGGAGGGTTGGCTGGGCTTGCTGTATCCAAGGCGATTCATGGCCAGGACCCTGAAGGAGTAGTACACGTGGGGGGACAGGCTGAGCTGCACCGTGGTGGAGGTGCCGTCCACCTCTGTCAGGTTGGTCCAAACCCCCGGCTGGTGGAGCAGATCCTCATACTGGATCAGGAACTCTGGAGAAAAGTTTTTTGTAAAAGGAAGAAAATTCCAGGAGCCACATCTAATATTTTAT--GGAAAATTGAAGCTTTGGAATATTTT-----CATACTCTGCGTGGGGCTGTTGTGTTCATCTCCAGGGATCCAGGTGAGCCGCACTCCCCTCTCCGTCTGGTCGGTCATCTCCAGGTCAGTCGGTGGGTCAGGTCTCTCTGTCAACACA---ACAGTTAGGTCCAAGA----ATAAAGAGAAAGATACTTGCAGGTGTAAATCAATGTCGTGGTAGCCAAAAAAAAGCTGAATGAGACGAACA a score=-393 s danRer3.chr4 11453485 69 + 33808418 A----ACTTAAATAGGTCACAGTGGAAAACGTGACGTTCTGTTAAAGGCATGATTTTACAATGGGTAAAGGTG s fr1.chrUn 181571393 73 + 349519338 ACGCTGGTTGGATCGGGCCACGTTGGAGCCGTCCCTTGATTTCAGACGCTGAATCATGCATATGACACGGGCG a score=180 s danRer3.chr4 11453555 35 + 33808418 GTTCACACTTGGCAAGTT--------TTAATTGTGCTACTTTT s fr1.chrUn 177093164 43 - 349519338 attctcaatcatccaggtcatcatagttattcaaggtattttt a score=-449 s danRer3.chr4 11453620 94 + 33808418 TATAACCCATAACAAGTTAAATCTAGT---CATTGTTATTTTTCATAGAATGTCATACAAATAAGATTGTATCAA----AGAAGCTTTTTAAATATGAAGA s fr1.chrUn 177093246 101 - 349519338 tttaaaagagaagaaatacagtccagttgacacagaaaactaccttggataTTTATATGGTGAAAACTAAATCAACCTGAGTAAAATATTATAGGGCAAGC a score=-4542 s danRer3.chr4 11453714 355 + 33808418 CGGCAAATAAAAGCAGACAAGAAACAAGTTCAGTACATAAAGCTGTTCCACAGTAATGCAGTATTTTAATCTAATTAGGTCTGGGCTTATGCAAAACAG------GATTAAACGTGTTATTTTTGTCTGTTTTGGTTAATTTTTTAGACCACTGAGtaataatagtaaataatatataaatgtatataataGTCATGAATTGTC---ATTGATGC---CTTTAACAGTTTGTATATTA----ATGGTAAACGTCCACATAACACATTCATAAAGCACATAAGGAAAGTGATGGTGGATAAACCAAAAATAAAGCAAAAATACATATGAATCAGATGGGTTTGGGACCTGTTTGGGAACTTAAAGAAGTGAG s fr1.chrUn 181571570 276 + 349519338 CGGCTGGGAAGTGCAGATGAAAG--------GGTTCCTGCTGCTGCGACGGAG-----------------------ACGTCCGCGC---CACAAAACAGCTGTGCATTCAAGCGCG---AGCGCGTCCGTCCGAAGGCATTTTTC--GCCA-------------------AACACACACACACAAAAAAAAAAACTCATTCGACTAAATAGATGCACGCCGGAAAAGCTGGTAAACCAAATTAAAGGAAACGTGCGC---ACACTCTCCAGACTTGCAT----------------GCTTCAGCAGAAACATCCAGACAGACAACACAAGGCAGGTGTTCCTGTGTGCT------------------GCAGG a score=6647 s danRer3.chr4 11454069 338 + 33808418 GTTTACCCAGTATCATAGTTGGTGTTGGTGTGGCCTCTGATGAGGAAAGCAGGTTTGAGGAAGTCAAAAGTAAATTATACAATTCAATACAATTCCAAATCTAAAGAACCAACCATTTTTTCTGCACTGACTATGGAAGCCATATTATATACTGTGCATATGAAGCAGGGGACAAT----GATGTATGAATCAATCTTACCGACTACTGTGAGTGTGGCGCTGGCTGAATCTTGGTCCAGGGTGGTGTTTCTGATGCAGGTGTAGGTGCCTTCATCATCCTCTGTCACATCATGTATAGTCAGACTATCAGAGCCAACCTCAAATCTACAAACATACACAGC s fr1.chrUn 230138618 291 - 349519338 GTTTACCGTAGACAATAGCTGGAGTGGGCGTGGCCTCTGA----GAGCGCAGG-------AAGTGCAAAAAGAGTGTTGAGGTTAGTGGCACTT----ATTTGAGG-------------------------CAAGGAGGTGATAGAGCTCATTA-----AGGAAGCAGGAGAAGGTTCCTGACCCGTGAACC-----TACCTACGACAGTCAGCACGGCGCTGGCCGAGTCGTGGTCCAGGGTGGTGTTCATGACGCAGGTGTAGGTGCCCTTATCTCGATCCGTCACGTCCATGATGGTCAGAGTGTCGGCATCCACCACAAACCTGAAAGCAC-CGCAGC a score=13230 s danRer3.chr4 11455023 473 + 33808418 TACCGAGGGTCGTCAGGAAGCTCTCCGTTGTCTTTAAGCCATATCATGGAGGGAATGAGAGTGGGATCATGTTTGACCTTACACTCGAACACAGCTATGGAGTTCCTCTGGACCTCTTTATACTCCGGCTGCCTGATGATTCGTGTAGGCTCTGTGGAGAAACAGAAAACAAAATCAATCTTTCATCCGGCAGTATCTAACTTACATATCCTTTAGTCTTTTATACATTCACAAATGTTCACAAATACACCTGTTTAATATATACATAAATTCAATTTAACTCTCACTCACCTTTCACTTGCAGGTGGACGTGATTCTCTTTGTTGCCAAGATTGTTTGATGCTATACAAGTGTACTTGCCGCTGTTTTGTGGCTGAGCTACATTGATCTCTAATGTACCGTTCTTATGAATGTGGTACAAGTCACTGTTCAGTATAC---TCTGACTGTCTTTAAACC--TGCAGATCACAGAAACA s fr1.chrUn 230138960 414 - 349519338 TACCTCTCGTCGTCGGGCAGCTCGCCGCTGTCCTTGAGCCAGGTCATGGTGGGGATGAGGGTCGGGTCGTGTTTGACCGTACACTCGAACGCGGCTCTCATTCCTCTCTGGACCACCTTGTACTCTGGCTGCTTTAGGATACGAGTGGGTTCT-----GAAACGCCCAGAAAGGCCCATGTTGTTACAAGC-GTATCGTGGTCATGTGAC---------------------------TTTGCGATTACAGCCG-------------------------------CACCGACCTTTAACCTCCAGGAAGACGTGGTTCTCCTTGATGCCCAGGTTGTTGGTGGCGATGCAGGTGTACTTCCCGCTGTTGAGCGGCTGGGCCACGTGGATCTCCAGCGTGCCGTTTTCATGAATCACATAAGGGTCACCGTCCTTAATGCTGGTTTGAATGTCTTTGAACCTTTGTGGGCGTCAGAAAAA a score=10310 s danRer3.chr4 11456042 346 + 33808418 TTACCATGTGATTTTTGGAAGTGGCGAGCCAAAAGAAGCACAGTCTAACAGAGCTCTGCTGTTACTGATGACTGAGTACTCGTGATTTAGAGACGTCAGCACTCTTGGTGGTTCAGCTGAAATGTAATATGATATGATAATTTTGCCATGTTGAATAGTTTTAAATACAGAACAGAATAAAGCAAATGTA-TACAACTAACCTAGTACACTGACAAAGGCATTGGCCAGCAGGTAACCGTAATCATTAGAGGCGTTGCACTGGTAGACGGCGCTGGAGCCTGTCTGAACGTCACTGAGGGTGATGACGCCATCTGACACTTTGCGGCTTGGGTCATTATGTGAGCCT s fr1.chrUn 230139438 339 - 349519338 TTACCACGTGATGACTGGGATTGGAGAGCCAAAGGACGCACAGTGAAGCAGCGCGGGGTTGTTGGTGATGACCTGGTACACTCGGTTGGGTGGTGTGAGAATCCTCGGCGCTTCCGCTACCATGAAATA--GCCCGACAAC---GCTTTAATACACAGGCATGCAT-CAGAG--GATTCGAGCGGTTCTGGTTCAGCTCACCGAGCACGTTGACGAAAGCATTCGCCATCAGGTACCCAAACTCGTTAGAGGCGTTACACTGGTAGACGGCGCTGGACCCGGACTGCACGCTGCTGAGGGTCACGGTGTCGCCATCCACCTTCCGCCGGAGGTCTTCAGGCGCGTCT a score=6724 s danRer3.chr4 11456991 159 + 33808418 TTACGTACTTTCAATGGGATTTCCATTGACAGACCATGTAATTGTGGGTTTAGGGTTTCCATCAACATCGCAGGTGAGGTTTCCAGTCTCTTTTGGGGCCAAGATGAGGTTCTGAGGGGCACTGATCCAAAAGGGAGCCGCTGTGGACATGAAAGACAG s fr1.chrUn 230139853 157 - 349519338 TTACTCACTTTCTATGGAGACGCCGTTGACAAACCAGGTAATCTTCGGTTTGGGCTCGCCGCCGACTCGGCACATCAGGACGCCGGTCTCATTGGGGGCGAGGATCAGGTTCCTCGGAGCGCTGATCCAGAATGGAGCCGCTGTGG--GTGGAAGACCG a score=-543 s danRer3.chr4 11457202 82 + 33808418 GGAAATTCACATTCAAAAATTTAGCAttcttcatgcgttcaatactttttccctgtcatttcgt--tttattac--aaatgactgc s fr1.chrUn 329635340 78 - 349519338 GGATCCTTTGTTTTATAA--CAAGCA-----CAGACATTCCAT-CGTGGCTGTTGTAATATAGTCATCAATTACCAAAATAATTGC a score=-1503 s danRer3.chr4 11457354 215 + 33808418 aggtgaaaatttcgaatcagcagc-----acctttacaa-atatgttttctgggaaaaatggtgacatcttcaatacttattttccACGCTGTGTATTATAATGAATATTTGAGTTATACTTGATAAACCCAGGGATACTCTCTGAACAACAGCAAACACAAAAAGTCTTTCAGACGAGCACAAATCCATGAACAGTACAGGAAGGTGTCCTGGGGTCAAG s fr1.chrUn 329635471 179 - 349519338 AGGAGAAACTTTAATTATAGATGCTATCAGTTTATATAATAGAAGTCTTTACTGATAAATGGGGAAATCATTAAATCCTTTCCCCAATTTCAT------TACTGAATG-TGGAGTTTTA-------------------------AAAAAAAATCAGACACAGAATAATATAAAAACAATCA-----TTTTGTACTTTGTATTCAGATCT-----GATGAAC a score=6530 s danRer3.chr4 11457569 291 + 33808418 TGAATGATGTGACTAAACAGGTTTTTTGAGATGTGACACATGAAAAGACGTC-CTGTGACAG---ACCTCTGACCACTACGGTGATGGTGTGTTGGCTGCTCCCCATGCGATTCTTGGCTATACATCGGTAATCTCCCCCGTCTGCTTCTGTCACCTCTTTTATCTTCAGAGTTTTCTGGAAACTGTAAAATGAAAAACGCCCACTTGGCAGCTCCCCGTTCACCTTAGTCCAGGAGATATTTGGCGTTGGACTGTAAAACACAGAAAAAAACTCAAATATTTTTATGCAAATTC s fr1.chrUn 230140020 287 - 349519338 TGAAAGGTG-GAATGTGCAGGGTTCT---GCTGTCGCCCACAGCCGGGCGCCACTGTGGCTGCCTACCTTTGACGGTGACTTTAATGATGTGGTGTGTGGAGCCCAGCCTGTTTGTGGCCGTGCAGCGGTAGTCTCCAGCGTCGGCTTCCACCACATCGGATATCTTGAGTGTTTTCTGGAAGGTCTGGAAGGATACTCTCCCACTGGGTAGCTCTCCTCCGTCCTTCTGCCAGGAGATATCTGGAGTCGGCCTGAAATCCAAACGGAACTGTT----GATTTTCGTGCCGTTTC a score=4132 s danRer3.chr4 11458092 137 + 33808418 ACTTACAGGCCATCTGCAATGCATTCCAGTTCCAGCGTATCTCCTTTCAAGACCATGGTGGTACTTTCCATTCCTGGTGGATGCAGAAAAGAGGGCACTCTCTCCCCAGATGGACTGTCTACAATCAGACAGACAAG s fr1.chrUn 230140342 137 - 349519338 ACTTACAAGCCCTCAGCAATGCACTCCAACTCCAGAGTTTCCCCTCTGAGGACCATTTTGGTGCTGGTGGATCCCATCGGATACATGAACCCGGGCTGATGGTCCCCCTCTGGGTTGTCTGAGGACAGAAGCACACG a score=4821 s danRer3.chr4 11460048 147 + 33808418 GGGGATGGGAGAAAATGAAGGCTGGGTTCAC-TTGGAGAAGTTCTGC-------------TAGCACTCACCACCCCAAAAATCTGAGCCATTCAAAAAAGCTGCCAACACAGTGTCATTCATAGCTTCAACTGGAATACAACAAAAAATAATGAGCATGCA s fr1.chrUn 230140901 158 - 349519338 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ACTTACTGTCCAGCACGTTGAGCGAGATGGGCTGCTTCTGCTGGATGGTTTGTGTGTGAGGGAAGCGAGCGTAGCAGATGTAGTCAGGCCTGCTGTCTTCAGGAAGGACATTGGAGAAGTACAGGTCTCCGTTCAGAGCCTGGGACACCCGTTTGTCCAGCGGGAGCCTATGGAAGTCTGACGAA----------GGCAGAGG---------ATTCTGGGGTTATTCTG-GCACCTGAG a score=-802 s danRer3.chr4 11460984 112 + 33808418 TGTAAAAACAATGACC-------------TCCAGTTAATTTA------------CATACATTGGTCACCAT------------GTAAAGTATATGAAAACATAAGCAAATG---TGCATTTCAGTTGCTG-CCAGCGCTAATGTGCCTT--CTGG s fr1.chrUn 181575645 154 + 349519338 AGTAATAGTAATGACTGCATTTCCCATAATCCCGCTGCCTTAATTTCTGGAATTCTTACAGCAGT-GCAATGAATGAATGTGAGGAATGTAGATTAAAATGTCAGCCGTTGGCCTGAGTGTCAGCAGCAGAACAGGAACAGCGTGTCCTGCGTGg a score=18733 s danRer3.chr4 11461096 485 + 33808418 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TGTGCAAATATC----TGCTAATAA------------CTCACTGTTATCCATCCAGAAGATGACAGGAGGGGGGAGACCTGCAGGAGGTCGGCACTGCAACACCAGCGAGACCCCCTTCTGCACCACAACAGCTTCATTTCTCTCCTTTGACCACAAGGGGGACCCTGTGAGTCACAGAATTGA----------CAAAGAAAGGCGCAGCATGAGTCCACTCGTGCATCGTGTCTGCATTT-TAGATCCATTTTTTGAGTTCCAGGTGGTCCTACTTGACTGCCTGATGACAATTTTGTTGGAGAGGGCGGTGCCGTGGTCGTTGTGGGCTGTGCACTGGTACGTCCCCTCGTAAGCCTCGGCCTTTTCTCCGCTGATGTCAATGACCAGAGTTCCTGAACCGGGCTTCATCAGGACTTTGGAGTCCTTCTCAACGTCAAAGTGGGTCCCATTTCTTGTCCAAGAAAAGCTAGGGTGAGACAGCAAAATTAA a score=-545 s danRer3.chr4 11461581 178 + 33808418 TTAGGAGAG---TATCTACGCACAGAGTGATGTTACGATCAATGCCTTTATTTATAACAACATCAATTGATCCATTTGGTTGCTTACATGTCATTTAGATCTTTATTTTTTCAACATTATTATTTTATTTGTTATGTGATAAATTCATATTACATAAAATATCACATATCAT-CAAATATTT s fr1.chrUn 181576517 174 + 349519338 TCAGAAGAAAGCCGTTTCTGATCGGGCTGATGACAAACTGTCAGCGATTAGTCAGGA-AACACGAGCTTAGCC----GGCGCCCCAGCTGCTACC--GCTCCCTACTGCATGTTCATCA-TGTGTTATCTCTTGTGTAATCAACTCTTTGGCTCTTTAACATGGCGAATAATGCAAACATTT a score=6832 s danRer3.chr4 11463157 246 + 33808418 ATTTAAAGGCCTGCATAATGTCTGATGTTATGTTTAGTACTGTACAGTAGGTGTAAATCATCAATCCA--TCCACAGCATTGGAATCTGCAATAACCACA-CTGACTCAAAGTGACACCCACCTGGGATGAGGCTTTCCTTTCGCCTCGCAGAAGATATTGATGTTCTCCCGAGGGTCGATGATATAATCCTTGGGGGACTGATTAGTTATTGTTGGAGGCTGAGGCACTGAAG-CACAGAAAC-----CAGAGT s fr1.chrUn 230142181 241 - 349519338 ATTGAACAGCTT---TAATGTCTGGAGTTCTTGCAGGTGCATCATAAT-GATGCACATC--CAGGCCAGGTAAGCAGTGTTGG----CGCAGCAGCCTCAGCAGAACCAGGGT----CTCACCTTGGATGAGGTTTCCCTTTGGCCTCACAGTGGATGACGATGTTCTCACGTGGATCAAAGATGTAATCCTTCGGGGACTGCAGCGTTATAGTCGGCGGCTGCGGCACTGGAGACACAGGAACAGGCGCAGAGT a score=-2194 s danRer3.chr4 11463408 267 + 33808418 AAGCATCTCTAATTcactcacacaca------cacacacatacacacCT---TGGCAAAAACCAGAACAGACGAAGCACCTGTGCAGAAACTGATTCTGCAAAAAAAGATCTAAAAATATAAAAGTGCCCAGCCTTAGTTTATCACTGTAACAAAACCCAGAGAGACAAACAACCAAAGAGCATGCAGCAAGCAACACAGACGTCT------ATCATAATGTACATAAAGCTTCATATTTTGGTAAG----------------TTAAT--------------GCTTAATAAATGATAAAACATG---------TTAAATGC s fr1.chrUn 181576990 299 + 349519338 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TGTGCAAATATC----TGCTAATAA------------CTCACTGTTATCCATCCAGAAGATGACAGGAGGGGGGAGACCTGCAGGAGGTCGGCACTGCAACACCAGCGAGACCCCCTTCTGCACCACAACAGCTTCATTTCTCTCCTTTGACCACAAGGGGGACCCTGTGAGTCACAGAATTGA----------CAAAGAAAGGCGCAGCATGAGTCCACTCGTGCATCGTGTCTGCATTT-TAGATCCATTTTTTGAGTTCCAGGTGGTCCTACTTGACTGCCTGATGACAATTTTGTTGGAGAGGGCGGTGCCGTGGTCGTTGTGGGCTGTGCACTGGTACGTCCCCTCGTAAGCCTCGGCCTTTTCTCCGCTGATGTCAATGACCAGAGTTCCTGAACCGGGCTTCATCAGGACTTTGGAGTCCTTCTCAACGTCAAAGTGGGTCCCATTTCTTGTCCAAGAAAAGCTAGGGTGAGACAGCAAAATTAA a score=-545 s danRer3.chr4 11509214 178 + 33808418 TTAGGAGAG---TATCTACGCACAGAGTGATGTTACGATCAATGCCTTTATTTATAACAACATCAATTGATCCATTTGGTTGCTTACATGTCATTTAGATCTTTATTTTTTCAACATTATTATTTTATTTGTTATGTGATAAATTCATATTACATAAAATATCACATATCAT-CAAATATTT s fr1.chrUn 181576517 174 + 349519338 TCAGAAGAAAGCCGTTTCTGATCGGGCTGATGACAAACTGTCAGCGATTAGTCAGGA-AACACGAGCTTAGCC----GGCGCCCCAGCTGCTACC--GCTCCCTACTGCATGTTCATCA-TGTGTTATCTCTTGTGTAATCAACTCTTTGGCTCTTTAACATGGCGAATAATGCAAACATTT a score=6832 s danRer3.chr4 11510790 246 + 33808418 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TACCTGGTGAAGGTCATTTCCTAGCACAAATTCTTGGAAGTATCCTGGAGCGGCGGACGATGCTCGAATGGCCTGCCACATTTTATGCTGACAGCTGCCCAAGTAGTGCGAACGAACCCCTGGCAGGAAGTTGTAATTCCTGAAGACATACGCTTTCAGTGGCAGGCCTCTGTTCACTACCGTGCTCACTGCTGACACCTAGAGGAAACAATGAGCGGTTTATTTACTCATTGGACAGATGAAAACTGCATGTGTTTTTAGAGATATGTACTGAAACACACCTTGGGGCAGTTTGGGTTCTTGGAGGTCTCAACCATAAGTCCATGCCCCATTTTTTCTCTGTTGAGAAATAACAAACGGTCAAAACGGTATGCATTGTGAACTATACACTACTTTATTTGTGGTGTTTGTATTTTTAGTGGGGTCTTATTTTTATTTCAATGTATATGTGTCTCTTTATGGACACCGGCCCTCCAGGACTGAAACTGAGAAGCCATGATCTATTATGTTATTCTCtatattttcatttatttaattaaataaaaagtttaaattatattaaaattGGACCAAACAGGTCTAATTGCTTAACATGTTAATTAAAACAAAACTGAATAATAATTAAACTGTTCTGCTCATAAACCAAGCAAAACTTAATTAATCAAAACTGTGAGTTCCCAAATAGTTATGTGAACTTTGTCTTACTTGAGGATCTCCTCCCACATCTGGCTGTCATAGTATGCGTGACTCCAGCCCATTTTCACTGTGCCCACTATTAAATTCTGCTTAAAGACATCAGATCCTAACTTTCGATACAGTTCCTCACACTCCTTTAGGGGGATCTGGAACACACCCAGCATAAATGCCAAAATGGCCCCTGAGAAAACAAAAAATCCCCCCAAAATAATTAGAAGACAGAGGGAAAGTGGTG-TTCATTTATATATCTTATAAACATTGTGCAAGTGGTTCTAATAATATTAAGCATACCTGTGCTAACTCCACATATGTAGTCAAACAGCTGGTAAATAGGCTTCCCGGTCAAACTCTCCAGCCTGTGCAAAGCCTGTAATGCAACCAAACCCCTACAAAAAA s fr1.chrUn 230166345 779 - 349519338 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ATTACCTTAATACCAAAACCAAACAGGGATAGAGCAGTTATTGATCATTT-----AAGGTCAATTGCACTTTTTATTATAGATTCTAAAATCTCTACTCATGCAT-----TGGCCAGTTGACTTGAGATTATGAATTGTCAGCTATGATTTTTTTTTTTACACAGTAAATGTAATAAAGA---TTTGAGAGTATTAGTAACACAGGAATGTTGTCTCTTCCCAACTTTTTTTAAAGACTGATGCTCTCAAAATTAGAAGCCGATATTTGTTA---ACTTTGTTCACTAAAAT--------------------------------------------------TTTTGAGGATGAGATTTGATTTGGAGGATAAAAAAAGGCTATTTTGTCAAGACGTTATTGAAGCTTAAGAACATCTATTCTACAGCTGCACTATGGTCAGAAGGTTTT--------------------------CTGAAAGTCATGTTACCTGGGTTTGAATAGTTC--TGTCAAGTTTGTCTTCTTCATGCAAAACACTGTAAAATTTGTAGTTTAGGTTTAATAATATTGTGATTATTGGACAGTTTTATATACACAAATGTAGATTC-TTAAAGTTACTTCAAGTTTTATTGCTTTTAAGAATGACTTAAACATTGTCTATGAGTT--------------------AAAGTGCCTTGAGACAGTCCAAGCTTCCACTGG--TATAGTGACTAACCCATCAAGTTCATTTCATCTATTTTCTTTTCCAT--------GTTCATTTATGGCTGCTGCTGTT----TTCTTTGGACGGTCttaaatattttaaatttataaaatattttGTAATGATGTGTTT a score=1877 s danRer3.chr4 11589037 322 + 33808418 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CTAACCTGAAGATAACAGCCAGTCTGTCCAGCCATACAGTAGGGTCTGACGACTTCCCACTACTGGAGTCCTGAGCCAGCAGCTGCACACCAAAACAACACATTATTTTCCAGCATTAAACACCCAGAGAGTCAT--ACAGTCCACAGACAGCATATATCTAACCTTCTTAAGTGCCATGACTTGAACTGCGCACAGATCGTTCAGACACTCCGCAATCTTCTCCAGCGGGAGACGGGCCAAAACCAGCGCTGTACCTAAGTAAACCAATCACACCTCTTAAACCAAACCAGCCATACAACAAGGGCATGACTAAGAACAACAGAAAAGGGTCAAGCGCTAGAGGAGAAGTGTGTACCTTCTGCAAACCGCAGAATAGTGAAGGGGAAAAGTAACTTTTTAAAGACCCTTTCCTGATACCTTTGAGCAAGCCAACGGCGGCGTCTGTTGACAGGGCAAATGAGTCGAGAGAGCGGGCGATGTCCAGCAGGCCCTGGAAGTGCTGCGCCATGTGGTCTCGACACACCGAGCAGATGTTATGGATGGCTTTAGCTGCCGCAGAGGCCAACGGCTTTTCCCGTAAACCCTTCATCAGGAAGTTCAAAACAGTATCTGCAAACCCAAAACAGACATTATGA s fr1.chrUn 34796421 550 - 349519338 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GGGTTCCTGTCGACGACCTCGCTCATCTCCCCGACCAGCTCGATGCTGGTGAAGCGGACCGCGATGTGGACGTTCTCCGGAAGAAGAACCACCTGCTGCAGAACCTCAGATAGGGTCGGGTTGTTCTCTCTGAAAAACA a score=6537 s danRer3.chr4 11619875 126 + 33808418 GATACTCACGGATCAACATTCTTAGCGATGGAAGCCATGATGAACAGAACAGCCTCAGTTACTTCCCATGGGGGGTTTCCCTCCCTCAAAGTTGAATACAGCTGACCAGAAAATAACAACGATTAA s fr1.chrUn 34797236 125 - 349519338 GGTACTCACGGGTCGACACTCTTAGCGATGGCAGCCATGATGAAGAGAACGGCCTCGGTCACCTCCCAGGACGGGTTCACCTCCTTCAGCGTGGAGTACAACTG-CCAACAGAGGTGAGGGGTTAA a score=20167 s danRer3.chr4 11620127 670 + 33808418 TATAAATCCTACCTGTGCAAAGCACTCCATAGAGCCAACTAAGAAAATCACATCTTTAACAAGATCAGATACTCTCATCCTAAACTCTCCAAAATCATCGGTGTCCTCTGGAACTCCTTCCTGTACGGCCAAAAAAAATTTTAAAAACCTATAAATATCATTCCTCATACATGTGTCTCCCACAAAAGCAATAAGCACTCAATTTAGTTGTCAAGAAAAAGATGAAAGAATCCTCACGTGATCTGGGTCGAGTTGGCAGTGGCGGGCAAGACTGTGCAGTAATCTCTGAATGTATGGCCTAAAAACATTATGGAGTGCCGGATCGTTGATTTTATAAAGATGCTCTCCCAGACGGTACCAGAAGTTAAACGAGATCTCAACCACCTGA--TGAAGGACAGACATGCATTACTCCCTTTACATTGCAAACCTC----TGAACATGTTTAAATGCGTTTGATCCTTCACACTCACCTCATACTGGGGATGTCCTGCACAAATAAGCAGCAACTCTAGTGTGCGCAGATCTCCCATGCCCTGTCCTGGTGTCCTTACCGTCATCTCCAAAAACGTCTCGCACAATTCAGTAAAGATTCGGCAATAATTTAGCACCCTGTTACGAAAAAAGCAAGAC-AGAATAGGGAAATAAATAAAAAGAAAATTAGGATTTCCACTAT s fr1.chrUn 34797462 631 - 349519338 GACAGATGGTACCTGAGAGAAACACTCCATGGAGCCAACCAGGAAGATCACGTCTTTCACCAGGTCCGACACTCTCATCCGGAACTCTCCGAAGTCGTCCGTGTCCTCTGGGATTCCGTCCTGTTTGGTGAGAAGAG--------------------------------CCGACGTTATCAGGGAAGGCGAGAACC------------TGACAGAACAGGGCCGGAGCGGGTCGTACGTGGTCCGGGTCCAGCTGACAGTGCCGGGCTAAGCAGTGCAGGAGTCTCTGGATGTACGGCCTGAAGATGCCGTTCAGAGCCGCATCACTGGTCTTGTACAGATGTTCTCCGAGGCGGTACCAGAAGTTAAAGGAGATCTCCACCACCTGGATCAGAGGAGAGCCGTGTGAAAAGGGGCTT-CGTGAAGAACCTCCAGGTCAACCAGGTTTTGTGGGTCTGCCGGAGGTTCTCTACCTCATACTGGGGATGTCCAGCACAGATGAGCAGCAGCTCCAGAGTCCTCAGGTCACCCATCCCCTGACCTGGACTTCTGACGGTGGTCTCTAAAAAGGTCTCACAGAGTTCTGTGAAGATCCTGCAGTAGTTCAAGACCCTGACG-GCAGAAAGAGAGACAAGAGCGGTGACATGAGCAGGTGTCCAACCACAACCTCCCCCGT a score=18473 s danRer3.chr4 11621578 459 + 33808418 CATACATACTTGTCGAGGTCTTCTCGGGCCACGGCCATGTGGTAGGCTGTTTCTAAAGTAAGGACTCCCTGGAAGAGCTGCATGGCCAGCGGCAGGTGAATGGCCACATTCTCGATTGCATACAATGCTGAGCATACGCAGTCTGATGCTGCCTCATGCAGGTTTGTAGACGTCTCATCCCTCTGCTTCAATGACGAGTGGGGAAAAAACATTTTTAAAATAAAAGTAAGAAAAAGTGGGAAAATAAAGTGACTA--TCTGACTCCA-----------------TCTTACCAGCACTTGGAAGAGAATCATCAGCAGTTGATTGTTTGCCATGAAATTGTTGTCCAGCACTCCTAAATTAAACCAGCTCCCCAAACATCGGAACACCTTGATGAGCATCTTCTCGTCGTGGCCAGACTTCTCCGCACACGTCACCTGATCACAGAGATAAGTGAAATACCCACAGTCAGATCACAGTC s fr1.chrUn 34798096 457 - 349519338 CGTCCTCACTTGTCCAGATCTTCTCGGGCCACGGCCATGTGATAGGCTGTTTCCAGAGTCAGGACCCCCTGAAAGAGCTGCAGGGCCAAAGCCACGTTGGTGTCCACATTCTCTATTGCGTAAAGAGCTGAGCAGACGCAGTCCGACGCCGCCTCGTGAAGGTTGGTGGAGGTTTCATCCCTCTGCT----------GTGAGGAGA----------AGCATGGAAGCGGGTCAAAGGCGGCTTAAACAGCCATCAACACCTACTCCAGACCCACAAAGAGGAACCCTCACCAGGACTTGGAACAGGACCATGAGCAGCTGGTTACTGGCCATGAAGTTACTGTCCAGGACCCCGAGGTTGAACCAGCTGCTCAGACAGCGGAACACCTTGATGAACATCTTCTCATCACTGCCCGTTTTCTCCACACAGGATGTCT-ACAACACACAAACACACAACAGGGACAATCAGAAGAGGCTC a score=-757 s danRer3.chr4 11622206 138 + 33808418 TGTCCAAATTTAAA-----AACTGTCCAGTGATAGTTTTCAAGGTGTAAGTTATAACTTGACTTGGCAGAACACTAAAATGCAGATTAATATACCGCAAATATAATTAAAAC-GCTTGTCCCAAAGTACATAAACGAAAACAAA s fr1.chrUn 34798771 124 - 349519338 TTTCCTGATTCGGATCTGGAACCGTCC-------GTTTCCATCATCAGAAACAT-----------GGAAACCATCAAAGAGAAGACAAACGGG--GCTGATTTGAGTCAAGCGGAATGTCTTCACGGACCGGTCCAACACCAAA a score=8672 s danRer3.chr4 11622580 171 + 33808418 CCCGCACCAGAAGAGTGACCACTGTGGTAGAGTAATAGGCCAGATCCTCAATAATCTCTGTCCGTCTGTTGGCTCCAATCCTCAGAGAGCGACTATGTACCTCCTCCGGCAGCACTGTGAGTATCTCAATCAGGAAAGTCATGGAGGATACATCGTTACTGTATCTGAAAG s fr1.chrUn 34799177 171 - 349519338 TTCTAACCAGTAATGTGACCACGGTGCTCGAGTAATACGCAAGATCCTCAATTATTTCTGTCCTTCGATTGGCTCCAATCCGTAGAGATCTACTGTGGACTTCTTCTGGTAGAACTGTGAGGATCTCTATGAGGAACGGCATGGAGGTGATGTCACTGTTGTACCTGAGGG a score=15927 s danRer3.chr4 11623420 470 + 33808418 TCTTACTTTTCTATGAGGGTGTGAACGCAGCCTTTCCACGAGGCCATCTGAAGAGCCAGATCTGCGATTGCCAATGCGAGCTGGGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAACCACATTAGAATACCAGCGCCACATTCTTAACAGTTCTCAATATGTAGCAGTGCAGTGTGTGGTGGAGATGGACTGTCCCCGTCAACCCCCCACACTGCATGTCCGATAATTTCCGATCATGACTGGCACAGATTTTCAAAAGTAGGTAGGACGTACCTGTGTGACGATGATGGGAGAAAGGTCTTTGAGGTTCTGGATGTGAGATAAGAGTGAATCTCTCAGTGCAGTGTGAGAATCTGGGGGAAGCTCGTAGAACGACGTCTGGATCTTCATCTTCATCGTCTGGGCTGCGAAGTAACAAGACTCGATGTCCTGTTTCAGCTGCAGGAGCTGATCGGAGATTTCCCACGCGTACATCTGGATA s fr1.chrUn 34799424 361 - 349519338 TCTTACTTCTCTATGAGGGTGTGAACACTTCCTTTCCAGGAGGCCATCTGAAGCGCCAGATCTGCGATGGCCAGCGCCAGCTGAG-------GAGAGGAGACGCCACAGATTAGG------GAGCCACA-------------------------------------------GAAGGA------------------------GCGAGTTCTAG-----------------------------CAGAAGCTAACCGGGCCCACCTGTGTGACGATGATGGGCGACAGGTCTTTCAGGTTCTGGATGTGGGTCAGCAGAGAATCTCGCAGTGCGTTGTGGGTTTCAGGCGGCAGCTCGTAGAAGGAGGTTTGGATTTTCATCTTCATTGTCTGAGCAGCAAAATAACAGGACTCCACATCCTGTTTCAGCTGCAGCAGCTGGTCCGAGACCTCCCAGGCATACATCTGAACA a score=8230 s danRer3.chr4 11626516 178 + 33808418 GCCCGCTCATAAACGCACCGATCTCTGCAGCTCTCCTAGCCAGACCGAGGCGCGCTCCTTGCCGGCAGGGTCCGGGTCGTGATACAGCGCCTGCACGGCCTGGTAAACCAGCGGCAGGGTGGGTTTCCCGCCTTCCATGGTGCTCTTCTGCTTCTAGAGGGTGTAGATATGGGGTAAA s fr1.chrUn 34800282 173 - 349519338 GCCCTCTCCCATATTTACCGATCTCTGGAGCTCCCCAAGCCACACCGAGGCTCGTTCTTTCCCGGCCGGGTCCGGGTCGTGATACAAGGCCTGAATAGCCTGGTAAACCAGGGCCAGGCTCGGTTTGCCCCCCTCCATGG-----TTCAGCTCAGAAACGGGACTGCGATGAGACAGA a score=-1001 s danRer3.chr4 11632868 406 + 33808418 AAACGATGACAATATCCCAAT--AATATACT---TACTATCTTGA-------TATTATA------TTGACATATTTACTGAAAGTTGAAATTTTATGCTCCAATGCAAGC--TAAAACATAACATTTAC----------CATGCGACACGTGTGGCCTAATCAAGCGCTTATAGA----------------------ATCCAGAGGAGTGTTGAGGATAATTCACATGGACAGGGCGGATTA-------------TCCTGG--CAACATGTCCGGAAGATAACCCGGAGGATGATCTTCCTTTTCATCCCCGCCTTTTCACACCAGGCAAGACTTTGGGGATTTTATAAAAGGCCACCTCTCCGCATCGGTTCAGTCAGGCTCCTTGTTGACTCCACCAGGACACACAGAAGAAGGCCT----CCAACGG--CACAACCATGGACG-CGTGGGCCGTTCAATTC--------------GGAAATGCTTCCAAAG s fr1.chrUn 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tTTAGGTATATCCCAGAGGGCTTCCAGTGCTCCTGTGGACCAGACTGGTATACGACTGGCAACAAGTATAACAACGAGTCCTATGTGTGGTTCATATTTGGCTTTGGCTTTGCCGTCCCTTTATTTGTCATCGTTTTCTGCTACTCACAGCTACTTGTCATGCTGAAATCCGTAAGTGAAGCATCTTCACTGAGCGTTATTGTGTGTGTAGAGTGTACACAGGAGGTTAAGGCTACGCTATGTTAAGTGGATGGAAAGTGGGTCTGTGTGCTTTGTTTGAGAACATC-----TCCTCCAAATGTTACGCTCTGTTTTAGCTCATGTGTTTTTTGGACAAAATCATTTTTCAGTCATGGAAGAATAGAGAAA-CAGCTTTTGATCATCAAAATATGAAGAATTCATGACCGCAGTCATGACTTTAAACTTGAAAATTCTGATTTAAAGCTCAACCTATAAATAAGTTGTTGTAAGTTCCTATCACATTCCCTCATGAGACATTATTATATAGTTCCCAACTGTACAAACATGCAACTTTAATAGTTTTCTTCTTTATTTT--AAATTATAGTCTTAATGTACTCTTAATTCATACCTTTATTAAATATGATTAAATCAGGATTCTTACACCATTTATGTCCACTTCATCATATTGCCTTTATCTCAAAT-----------------GTGACTTTGACTTTAGCAGCTCAGG---------------CTCTGCAATAATAGAGAAAAATGAGATATAAAATGTCAC---------------ACTTTTCTCACTTCTGTCCGAT a score=9540 s danRer3.chr4 11634713 445 + 33808418 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ATTCTGGAGAAAAACTAAATTATAAAATGTGTCCAAACTTTTGACTGGGCATGTATCGATGGTAAATCAATATATAGAAACATATTCTGGATTTTCTACTGTTTATTGTGTGATGATCAATGTCTAATATTTTT--------------TGTCAACC-TCTTTTCCTGATATGTAGTTTAACGACCATACGGAGTCTGATATCTAAAACTGTAAGCATGGATTACATGCAGAAAATACAACTCTGCAATGGCAATTGACAGACTATCTGTTGG-------TGGAAGAGGTGATTGCATTC--TTAGTACAGATTGATATGCACTG------ATATTTTCACATGAACATTCCGCA-CTGGGAACaaaaataaaaaataaaattatttCAACCATTTCAGTGTACTTTATGTTCCTAGAGAGACAGTGGATATAAACTGCT------------------AAATACTAG a score=11901 s danRer3.chr4 11640354 256 + 33808418 AGTTTATTGAATTAAATATATTGTGCAGCCCTACTTTAAATACTGCTCACCTTGTTTGTGTCAGACTCATACACCAGATGCTTCGCTTCGGCTTCAGCGTGATCGTAGTCGGCTGGTAGGATCCAGTCCATGGTTTCTTCCCTGTCCATTTTGCCATCCTTGTTCTTGTCTCTGAACTCCGAAAACTGCTCTCGCTCTGTCGCCACCCACTCCGGCTCGTCCATTTCATCCTCATGGTTGTACATGTCACCTGACA s fr1.chrUn 327976367 245 - 349519338 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s fr1.chrUn 180600826 793 - 349519338 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a score=6969 s danRer3.chr4 12072513 148 + 33808418 TGCTTCACAGATGAGTTTAAGGGCACGAGCACTG-TGGAGCTGATCAAGAAGGAAGGCACCACTCTGGGCCTGACTGTATCTGGAGGCATCGATAAAGACGGCAAACCCCGCGTCTCCAACCTGCGGCAGGGCGGCATCGCTGCTAGGT s fr1.chrUn 180626244 146 - 349519338 TGTGTCGTAGATGAGTTTCGGGG-GTGTTCAGTGGTGGAGCTGGTGAAGAAGGAGGGTACGACACTGGGGCTGACGGTGTCC-GAGGCATTGACAAGGACGG-AAACCGCGAGTTTCAAACCTGCGGCAGGGAGGCATCGCAGCCAGGT a score=10073 s danRer3.chr4 12075390 159 + 33808418 TTTGCAGGAGTGACCAGCTGAACGTAGGGGACTACATAAAGTCTGTGAACGGGATCAACTTGACTAAGTTTCGTCACGATGAGATCATCAGTCTACTGAAGAATGTGGGGGAAAGGGTTGTGCTGGAGGTCGAGTATGAGCTGCCGCCTGTCTGTGAGT s fr1.chrUn 180626479 159 - 349519338 TTAACAGGAGCGACCAGCTGAACGTGGGCGACTACATCCGCGCCGTGAACGGAATCAACCTGGCGAAGTTCAGGCACGACGAGATCATCAGCCTGCTGAAGAACGTGGGAGAACGAGTGGTCCTGGAGGTGGAGTACGAGCTGCCACCTGTGTGTGAGT a score=5934 s danRer3.chr4 12078081 105 + 33808418 TCATTTCTTTCCTCAGCTGTACAGGGCTCAGGGGTCATGTTCAAAAACGTGGAGGTGACGCTGCACAAAGAAGGCAATACATTCGGTTTCGTCATCAGAGGTGAG s fr1.chrUn 180626697 105 - 349519338 TCGTGTCCCGTTGCAGCCGTGCAAGGGTCAGGGGTCATATTCAAGAATGTCGAAGTCACGCTGCACAGAGAGGGAAACAGTTTTGGCTTCGTCATCAGAGGTGAG a score=6419 s danRer3.chr4 12078778 103 + 33808418 TGTAGGAGGCGCCCATGAAGACAGAAACAAATCTCGCCCAGTTACCATAACAACCATCAGACCCGGCGGTCCAGCTGACAGGTGAGTTGTTCCTGAACTCAGC s fr1.chrUn 180626873 103 - 349519338 tgCAGGCGGCGCTCATGAAGACAGGAACAAGTCTCGTCCCATTGTCATTACAAACATTAGGCCGGGCGGTCCAGCTGACCGGTGAGTGACCTCTGACCTCAGC a score=7481 s danRer3.chr4 12080615 207 + 33808418 TTTGTGTTATTCAAAAAGCCAATTTTAGTCTTTGT-TGTCTTCTGTTTTTTTC--------TCAGGGAAGGGACCATCAAACCAGGCGACAGGCTGCTCAGTATTGACGGAATTCGTCTGCATGGAGCGTCTCACGCAGAGGCCATGAGCATCCTCAAGCAGTGCGGCCAAGAAGCCACTCTTCTCATAGAGTACGATGTGTCAGTCATGGGTAAG s fr1.chrUn 180626988 216 - 349519338 TTTCTGTCCTTCCAGAGCCTATGTGCAGACTCTCTCTCTCTCCCGACCTCTCCCCATCCCTTCAGAGAAGGAACGATCAAGCCGGGTGATCGATTGTTGAGCATCGATGGGATCCGTCTCCATGGCAGCACGCTGGCAGAGGCGATGAGTATTCTGAAGCAGTGTGGGCAGGAAGCCACGCTGTTGCTCGAGTACGACGTTTCCGTCATGGGTGAG a score=9542 s danRer3.chr4 12093321 177 + 33808418 CAGATTCTGTAGCCACTGCTTCAGGCCCGCTGCTGGTGGAGGTGGCCAAGTCAATGGGCTCCAGCTTAGGTCTGGCTCTCTCTACCTCCATGTACTGCAATAAGCAGGTCATCATCATCGACAAGGTCAAACCAGCCAGCATCGCTGATAGGTAATTACAGCTGCGATCATTTCCCA s fr1.chrUn 180627406 175 - 349519338 CAGATTCGGTTGCCACGGCATCGGGGCCATTGTTGGTGGAGGTTGCCAAGGCGACAGGCTCCAGCCTGGGCATCGCTCTGTCTACATCCATGTTCTGCAACAAACAGGTGATTGTCATCGACAAGGTGAAACCAGCCAGCATCGCAGACAGGTA--TGTGGCCCCGCCCACCTTCAA a score=7176 s danRer3.chr4 12094169 200 + 33808418 TGAATGTCGTTGTGTTTGTAGGTGTGGTGCTCTGCATGCAGGTGATCACATCCTATCGGTGGACGGCACAAGTATGGAGTATTGCACACTGGCCGAGGCCACCCAGCTGCTAGCTAGCGCTTCAGAACATGTCAAAATGGAGATTTTGCCGCACCACCAAACACGACTGGCTCTCAAGGGCCCTGAACATGGTAAGACAC s fr1.chrUn 180627668 200 - 349519338 tgtgtgtgtgtgtgtgCGCAGGTGTGGTGCTCTTCATGCTGGAGATCATATCCTCTCCGTTGATGGGAAGTCAATGGAGTTTTGCTCACTGGCTGAAGCCACTCAGCTGCTGTCGGCCGCCTGTCAGACAGTGCGCATGGAGATCCTGCCCCAGCACCAGGCCCGACCAGCGTTGAACGCACCACAGCATGGTACAGTAC a score=-2041 s danRer3.chr4 12094369 339 + 33808418 CATCGATTTCAGTTGGAATGATATAGTAGTGGTAATTCACTCTGGATTCTCACTTGATTTTTGCAATGATTTGACCCTTTTTTAGGGCTAATTCACAAAGAATGCATCGAGATTTGGATGTAACGGTCATGCATATCCAT-CAAAAGCATGTGTACATTG-AAATACAATGAAAAAGAAGTGTATTGGAATTGAAAAACTTTGTTCGTTACGT-TGACCTTttattcatt-----attattattattat--tattattactattt----ttattattatttttattattattaatttcttattactattTATCAGAGTTGTGACAGCATATTGTTTAATACAACATGTAGGCT s fr1.chrUn 268244535 308 - 349519338 AGGTCAGTCCTGGGGG----------------------GTTCTGTCCTCTGCCAGGACAATCTGGATGATTTAGCACCTGCATC---CACGTCCACCAGGACAGGTTAAAGCATAGAAATGCACAATTTCACCGATGCTTACATACACGTGTGAACAGCGTCGGTTCAATGACAAA------CGCTAAATTTG------CTACTTTGTGACGTATGAACTCATTTGCATTCAGGAATTATTA-TATTATAGAATCAAAATGATTTGAAATCATTATTATTTCAGTTTTAAACGACCTAAAATGACCAGTAAACAG------GACA-CAGAATGTTCCACACATACTGTAAACT a score=4653 s danRer3.chr4 12102405 262 + 33808418 TTTAAAACTGTCTGTCCTACATGTTTGTTCCTGCTCACCTCCTCCCTTTCTCTCCTCTCTGTGTGCTCAGTCAAGGTGCAAAGGAGTACCCGGCCATTGCCCTGGGAATCCGGAACCAACAACAACAGCAACT-TCCTTCCCTATCAACACTATAACACCTACCACCCCGACCAGTCCCACAGCCAGGCCAAGAAAAC-CTCTCCAAGCAACCCCCGTAATGTTTCTTCCCTTTTTCCTTCATCCTCATGTGTCCCTCCTTGTC s fr1.chrUn 180628486 245 - 349519338 TTCTAACCTGAATACCCTAtgtgtgtgtctgtgtgggcgtctgtgtgtg--------tgtgtatatgCAGTCAAGGTACAGCGTAGTCCCCGGACCCTCCCCTGGGAGACCGGAGGCTCC-------GCGCCTGTCCTCCCCCCCTACCACTACAACACGTACCACCCTGACCAAT-CAGCTGCCAGATCGCACAACCGCCATCCCAACAACCCTTGT-ACGTCTGATCCCCTCTTTCTC--TCCTGAAGTGTTACACGGTGAC a score=6988 s danRer3.chr4 12110959 236 + 33808418 TTTTGCTAAAACGTTTTTCTCTTTCCCCCCACACAGCTCTGGGTTCATCGTTCTCTCCCACTTCCATGAGTGCCTACAGTCTGAGCTCACTCAACATGAACACGCTGCCACGCACCATGTATCCCACAAGTCCCCGCGGCACCATGATGAGACGCAAACTGAAGAAGAAAGACTACAAGAGCTCAAGTACGTTTGATGCAGTCGAGC--TGAATCTAAGAGATCAATCCTGAATCATT s fr1.chrUn 180628731 230 - 349519338 CTTCGCTCACATCTCTCTCTCTGTCT------GCAGCGCTCAGCCACTCATACTCTCCTGGCTCCATGTCAGCCTATAGTCTCTCCTCCCTCAACATGAGCACACTGCCCAGGAACATGTATCCCACAAGTCCACGAGGCACACTGATGAAGAAGAAGTCCAAGAAGAAGGACTTCAAAAGTTGCTGTGAGTGTGAACT--TTGACCTTTGACTCCAGGTGATTAACCGTGAGACACT a score=10911 s danRer3.chr4 12127348 221 + 33808418 CCTCTATTTCCCTCCTGTAGTGTCTCTGGCTTCCAGCACTGTTGGACTGGCCGGGCAGGTGGTCCACACCGAAACAACAGAGGTGACCCTCATCAGCGACTCCATCATGGGCTTTGGGATCCAGCTCCAGGGAGGAGTCTTTGCCACAGAAACCCTGTCCTCTCCGCCACTCATCGCCTACATAGACCCAGACAGCCCGGCAGAGCGGTACGATCTCCAAA s fr1.chrUn 180628967 221 - 349519338 CTTCTTTCTCCCCCTCTCAGCGTCTCTTGCCTCCTCCACTGTGGGTCTTGCCGGTCAGGTTGTTCACACTGAGACCACCGAAGTGATGTTGCTGGGTGACGGCATCATGGGGTTCGGCCTGCAGCTGCAGGGGGGAGTTTTTGCCACGGAAACTCTCTCCTCACCGCCGCTCATCGCATATATCGATCCCGACAGCCCCGCTGAGCGGTCAGTTATCCAAA a score=8903 s danRer3.chr4 12130553 176 + 33808418 TGTGCACAGGTGCGGTATCCTGCAGATCGGCGATCGCATCCTGTCAATAAACGGCATCCCGACCGAGGACAGCACACTGGAGGAGACCAATCAGCTGCTGAGAGACTCCAGCATCACCAGCAAAGTCACTCTGGAGATTGAGTTTGACGTAGCAGGTGGGGACACGCACAGATTCA s fr1.chrUn 180629241 172 - 349519338 tgtgCGCAGGTGTGGAATCCTGCAGATTGGTGACAGGATTCTGTCAATAAATGGAGTTCCTACTGAAGATTCAACTCTGGAAGAAACCAATCAGCTGCTCAGAGACTCGTCCATCACAGCCCAGCTCACACTTGAGATTGAATTCGATGTGGCAGGT----ACACACACAGACCCA a score=6314 s danRer3.chr4 12134112 123 + 33808418 ACCTTTTTTTATGTTCCTGTGCTTGTTTCATAC-----------AGAATCTGTCATCCCAAGCAGTGGGACGTTCCATGTGAAGCTACCAAAGAAGCCAGGTGTGGAGCTGGGCATCACCATCAGCTGTATGTA s fr1.chrUn 180629740 134 - 349519338 atctttctctctctctccctccctgtctctTACTCCCCCCCCCAAGAATCAGTCATCCCCAGTTCTGGGACGTTTCATGTAAAGCTTCCAAAGAAACCAGGAGTGGAGCTGGGAATCACAATCAGCTGTGAGTA a score=2883 s danRer3.chr4 12144091 498 + 33808418 TCTAATACTACGGTCTACATAGCGCTGTTGAAAATGTGAATCTCTTTTGTCAG--TCATTCAGATTGGC-----ATTGTTTGCAGTGTCATCATGTCATTCTGCAAGCCGGAAAAATGT-----AAAATAGACAACAAAAACCATCACTTTCGACTAGACTGGAATGACAAGTACTT--GTTCAACCAACTAGTTCT--------CCAGCA-----ACCATATAAAGA----AGCAGTGCTTGACACAAAACTCTTGCTGTGTCATCAG------------------------ATTTACTCTCTCCAGTTTTAAAAACTCCTTTGTTAT--------CAAGGCGGAACCTTTAA-----AGCAGTTTACT----TAAGAAAAAAAAACTAAGAATGACTCACAGTTGGATGAAGAATATTAAATAAATCTGATTGTTCTCTTGTCTCTCCGCAGCTCCTTCCAGTAGGAAGCCCGGAGATGCACTCATCATCTCTGACATAAAGAAAGGCAGCGTGGCACACAGGTACCGCCTC--ACGTCACAGTCTCACACTATGTCTGCTTTTACGTTC s fr1.chrUn 180630010 533 - 349519338 TCTGTGATTGAGACTTAGGCAGCGCCACC----ATGTGGTTGTTGTTTGTTAAGATATTTCCTATTGATCATTAATTAATTGTTGTTTTCTTTTTTTATTTCTTGAGACACAAAAATGTTTCTAAAAGCTGATGATTAAATCTGT---TTGAGACCA-ATTTTCTTCACACGTATTTTAATCCAATTACAGAGTTCAAAATGTAACCAACATTGGAGACATTTAAAGATCAAAGCAGCACTCATGATTAA---TTTGTACTTTCATCAGCTTCTGACAACAAGACTTGTGGGAACTTAAAGTTTACATTTGCATAAATGTCATTTTAATATTGATTTCAGCATTTAACTTTTAATCTTCAGCAGttaaatatattattaaaaatataGTATTAGTAATTCATC------TGAAGC--------CAATTCTGTGTGTTC--------------AGCTCCATCTAACAGGAAACCAGGTGATCCACTGATCATCTCTGACATCAAAAAAGGCAGCGTGGCTCACAGGTAACCTCTCTGACCTCAATGATGCCGATTCTGTGTGTGTTGTAGGTC a score=10861 s danRer3.chr4 12150386 232 + 33808418 ATGTGCTGTGTTGGCTGAGGAAAT--------GTTGCTATAAAAAATCAGCACAAAAAGATTGTAATGGTTTTCCATG-TGCTTTCTTAAAGGACGGGCACGCTAGAGCTGGGGGATAAGCTTCTGGCAATCGACAATATCCGTCTGGACAACTGCTCCATGGAGGACGCCGTTCAGATCCTGCAGCAGTGTGAAGACCTGGTTAAACTAAAGATCCGCAAGGACGAGGACAACTCAGGTA s fr1.chrUn 180630543 235 - 349519338 ATGTACTGTG--GGGTGGGAAACTCAATCCGGGCTGTTTTACTGTAGCAAAGATTAAAGGTTG--ATGGAATTACGTGGTGCGTTTTCA--GGACGGGAACGTTGGAACTGGGGGACAAGCTGCTGGCCATCGATAACATCCGTGTGGAAAACTGCTCCATGGAGGAGGCCGTTCAGATCCTGCAGCAGTGTGAGGAGCTGGTGAAACTCAAGATCCAAAAAGATGAAGACAACTCAGGTA a score=-59 s danRer3.chr4 12150618 91 + 33808418 CCTCTGAGTCTCT---GCAGATGCACAATCCACACAAAATGAACACTAAAGAAAAACCCCGTACGAGGGCAG------ATTAGACCTCTAATGTTTGTTT s fr1.chrUn 268250962 88 - 349519338 CAT-TATGTCCCTAAAACACATTCGCAGCCCCAACTCCATGCATGTT-----------CCACACGACATCATTGTTCCATTAAACTCCTGAGGTTTTTCT a score=195 s danRer3.chr4 12156128 7 + 33808418 TGGCCTG s fr1.chrUn 268251057 7 - 349519338 TGGTTTC a score=9850 s danRer3.chr4 12156135 158 + 33808418 TGTTGCAGACGAGCAGGAGACCTCCGGCGCCATCATTTACACTGTGGAGCTGAAGCGCTACGGCGGCCCACTGGGCATCACCATCTCGGGCACTGAGGAGCCCTTCGACCCCATCATCATCTCCAGCCTCACTAAAGGAGGCCTGGCCGAGAGGTACA s fr1.chrUn 180631488 158 - 349519338 TGTTGCAGATGAACAGGAAGTATCAGGCAGCATCATCTATACTGTGGAGCTGCAGAGGTATGGAGGCCCACTGGGAATCACCATCTCAGGCACCGAGGAGCCCTTTGACCCCATCATCATCTCATCGCTGACCAAGGGGGGGCTGGCAGAGAGGTAAA a score=10010 s danRer3.chr4 12156995 175 + 33808418 TGTGTTTATGTGCTGTTTCCTCTACAGGACCGGTGCCATTCACATTGGTGATCGCATCCTGGCCATTAACAGCAACAGTCTGAAGGGCAAACCTCTGAGTGAAGCCATTCACCTGCTGCAGATGGCAGGAGAGTCCGTCACGCTCAAGATCAAGAAACAGGGAGAACGTGAGTGG s fr1.chrUn 180631835 167 - 349519338 TGTGTTTGTGGGTT--------TGTAGGACTGGTGCCATCCACGTGGGTGATCGTATCTTAGCCATCAACAGCAGCAGCCTGAAGGGGAAACCTCTGAGCGAAGCCATCAGTCTGCTGCAGCAGGCGGGCGAGACAGTCACCCTGAAGATCAAGAAGCAGGGAGAACGTACGCAG a score=3400 s danRer3.chr4 12158710 271 + 33808418 CTTTTTCGTTTCGCTCTTT-TTACAGTGCCAAGCCCAAAGCCGCCGTCAGTAACGGGAC---------GTCTGAACAACCTGAGCGATCTGGAGGATGACGGTCAGAAGGCTGGAA-AACTGTCTGACATCTATTCAACCACCATCCC--CAGT------------GTGGACAGCGCAGTGGAATCATGGGACGGCTCTGCCATTGACGCCACCTTCAGCACCCAGGGTAAGTTTGAGTCTGA---GTGGTGTT------AAAAAGTTTCAGCACTT-TGACAAAATGTAATTAGCGCTTCCACCA s fr1.chrUn 180632049 299 - 349519338 CTCTTCTGTTTCGGTGTCCATCTCAGTGACCAGTCCAAAGTC-CTGT--GTGATTGGACAAAGCCTAGGCCCAGGCGCGGGGCACGAGCACCAGGATGGGAGGGAGGAGTCTGTCGTCACAGTCCCGCCTCTCTCCAGCCAGAGACCCTTCAGCACGCTGCCGTCGGTGGACAGCGCCGTGGAATCGTGGGACGGATCCAACATGGACAGCAGCTTCACCAGCCCGGGTAA----GAGACTGACCTCTGGCCTTCTGAGCACAAAGATCAGGGACTTGTGGTAGATTCTGTAGAGCGCTGCTCCCA a score=3558 s danRer3.chr4 12168384 200 + 33808418 TGTGTGTGTGTTTGTTTCAGCTCCCACAGGTTTCCAGGCATCAGGCTACAGTTTCCACAGCCACGAGTGGAGGAATGCCAAGCCCAGCCGGGGCAGCCTGTCACCGGTCAACAGCAGCCGGCAAAGGAACAACATCCTGCCAGACTTCGGCATTGGTGTGGATGACTGGGACAGGCCGAGCGCCAGCGGGTATGAGAACT s fr1.chrUn 180632394 188 - 349519338 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtAGCTCCACCCTTTCAGTCATCTCCATACAGTTTCCAT------GAGTGGTGCAACGCCAAGGTGACC---AACAGCCAATCATCTTCTTTCACTCGCCCG---AGAGCCAATCCCCTATCGGACCTGGGACTGGGTGATGATGACTGGGACCGCCCCCCGCTCGGAGGGTGAGAGAGTT a score=7588 s danRer3.chr4 12171571 445 + 33808418 CAGGGCATCCACGCTGCCCACCGGTTTAATCTCAGACAGCAGGTGAGGTTCAGTGCTGTGTGCCTGTTAACCTGCACTGCTTAACCCAAACCAATCCGGCCCTTTCACTCCATAAACCCAAAGCCCCACAACCCACCAGGACATCACCGCCCATCACAGTGTGTCC----GACCTCTATGTGTCTCTCTCTTCAAAGAGCCTCACCATAGCCTGCACAGATCATTGGTCGTGCCTTGCGTTCATCACTGTGATGCCTGCCTGCTCATTGGCAACCATTCATTTGTCACGCAAAACCATTTAAATGTCCCGTTGTGTTTCCAACAGGTTCACTGTGGGACACGATGGGACGGAACCAGACCAGGAGGAGAACTTTTGGTCACAAGCGCTGGAAGACCTGGAGACGTGTGGTCAATCGGGAATCCTGCGAGAGCTTGAGGTAATTTAGGAG s fr1.chrUn 180632929 370 - 349519338 CAGAGTCTGTAACCTCCCCAGCGGTTTAATCTCTGACAGCAGGTATCACAC---------TGACCTTTGACCT-------CTAACCCTAACC--TCTCACACTTGCCTTC--TAACACCCACCCCCCTGACCCCATCAG-----CAGAGACCCTCACTTGGTGACCCTTTGACC-CTGTCTAGTGCTCAACTGTATGTGCATGACCTTACCAGTGTCAGAGCAGAGG-AGCGTCTCACGTC-----------TGGTTGGCTGACTTTTGACCTC-----------------------------------------TCTGCTCCAGGTTCACTGTGGGACACGATGGGACAGAACCAGACCAGGAGGAGAACTTCTGGTCTCAGGCTCTGGAGGACTTGGAAACGTGCGGCCAGAGCGGCATCCTCAGGGAGCTGGAGGTGAGTGAGAAG a score=17461 s danRer3.chr4 12176715 847 + 33808418 GCACTTATATCGGCTGGTACTCAGCTCCTTTCCTCGTGGTTTTCCCTCTAGGCCACCATTATGTCGGGCAGCTCTTTAAGTCTAAACCACGACCCTGCGCCCACCCGAAGCCATCTGGGCCGTCAGGCCAGCTTTCAGGAACGTGGCAGTAACAAACCACAG-----TACTCACAGGCCAA--CCGCAGCAACAC------GCTG-----------------------------CCCACTGATGTCGGCA-------------------------------GAAAAGCTTTCGCCATGAGGAGAATGAAGCAGGAGATCAAAGACATCATGTCACCAACCCCGGTAGAGCTTCATAAGGTG-------------------AGATTATTG--------ATCATTTCTCGATCAAT--TCAGTCTATTTA-----------AAGCCGGTTTAA-TGTGTGTAACTGCTCCCACCACTTTCACAGGTGAGTCTTTTGAAAGACTCGGATCTTGAGGACTTTGGGTTTAGCGTGTCCGATGGAGTCTTGGAGAAGGGGGTTTATGTTAACAATATCCGTCCAGGAGGCCCTGCTGAAATTGGAGGCCTAAAGCCATACGACAGGCTGCTACAGGTGAGC---CACTG-----TCCGAATAAGTATGGATGACAGTACAGAAG-------GAAGTGTGGCTAATTTTG---------------CCTTGTTTTGTGCCACAGATTAACCATGTACGTACTAGAGACTTTGACTGCTGCTTAGTGGTTCCCCTAATAGCGGAGTCTGGAAACAAGCTGGATCTAGTCATAAGCCGAAACCCAGTTTCTTCACAGCCCTCAGAACTGAACCCGTTGTCCAATGATGAGACAGTGAACTGGACTGACACTGGAGACCCTCTCGAGCAGCCGGTCGCAGGGCTGGAGCAGGGCCAGCACAACTCCACATTAGCAGGACTAGAAGACAGAGACCCCACCAAG s fr1.chrUn 180633890 958 - 349519338 GCATCTGTCCTGAGTTGTGATCAGATGCCTTTTGATTCGCTGTC--TCCAGGCAACCATTATGTCAGGTTCCAGCCTCAGTCTGAACCACGACCCCACCCCCCCACGCAGCACACTGGGCCGACAGGCGAGCTTCCAGGAACGTAGCAACTCCAAACCGCAGGTGACCACCCCTGACCCAGGTCAGCAGCTCCACTGAATAACTGTGTCATAGCTTTATCGGCTCCTTCACCGTCTCACAGGTGTCGGCACGTTCCAACACCTTACCATCTGATCCTCAACGTCGTGCATTCGCCATGAGGAAGATGAGGCAGGAAGTCAATGACATCCTGAACCAGAACCCCGTGGAGCTCCACAAGGTGCCCTCTCAGACACTGACAGAGATTGGTGTCGTTGTCATGACGTTCagattaatatttactttattcatccctgtagggaaattgaattAACtgtgtgtgtgtgt-------gtgtgtgtAGCTGACTCTAGAGAAGGCCTCAGATCTGGAAGACTTTGGTTTTAGTGTCTCTGATGGTTTGTTGGATCGCGGTGTCTATGTTAGCAACATCCGTCCAGGAGGCCCAGCGGAGCAGGGTGGCCTCCAAGCCTACGACCGAATATTGCAGGTAGTCAAACAATGACAACGCTAAATAAGTATAAA---CAGTACAACAGCTCCCCAAACCTGGGGCTCCGCCTGGCTCGTTAATGGCATCCATGTTGTTTCTCCCAGATTAACCACGTCCGGACCAGAGACTTTGACTGCTGCCTTGTGGTTCCACTGATCGCAGAGTCTCCAAACCGCCTGGAGCTTGTCATCAGCCGAAACCCCGCCTCCTCCCCTTC------------CCTGCTGACCAAT-----CACACTGAA-GGCACCGGCAACAACAGCCACTCCCCCCAGTCAAT--CAGCTGTGACCTCGGACCGTCTGAGCTCCCTATTGGACATGC-AGAAGATGGCGTTCCAATCAAG a score=4749 s danRer3.chr4 12179622 291 + 33808418 GCACTGCCAGTTAAAATAGTGGGT--GTCCATTTTCAGTATACGATGACTTTATGATTCAATGTCACAGTTATGTCCCTGAAATATTGTATTTTTATTTCTAATGGACAGGTATTATGAGCTGTAAAGTATTTTTGTACAAAATTTAATACTTTGTTAGCATGATGTTTATCGT-CTATGTATAAATTTGGG---GATTCCTACAGCTGTAA--TCCTTTGTATGGCCGACGAACAGAGAAACAATAAAACGACATACCGAGTGGAGAGATGACACTGAAATGATCTCTTGATCCAATT s fr1.chrUn 180637874 253 - 349519338 GCACTGCCATTTGAAACAGTGGGTCAGATTAGTTTCCATGTA-----GCTTCACCAACCAA-----------------------ACGGTATTTTTCTTTA-AAGGAACAGGGAT-----GTTGTAAAGTATTTTTGTACAAA-TTTAATACTTTGGTAGCATGATGATGTTCCTGGTGTTTGTCCTGTTGGGCTCAACTGCTCCCACCCCCACCCCCTTTGTATGGAAGACT-ACTGAACAACAATAAAGAGGAAGACCCGCTGGAG----------GAATTGGCTCCTTGGTTTCATT a score=4967 s danRer3.chr4 12184283 1329 + 33808418 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AATTCTGACTTTATAACTCGCAATTCTGACTTTATATCTCGCAATTCTGACTTTATAACTC-AGAATTCTGACTTTATATCTCGCAATTCTGACTTTATAACTCGCAATTCTGACTTTATATCTCGCAATTCTGACTTTATAACTCAGAATTCTGACTTTATATCTCGCAATTCTGACTTTATAACTCGCAATTCTGACTTTATATCTCGCAATTCTGACTTTATAACTCAGAATTCTGACTTTATAACTCGCAATTCTGACTTTATAA------------------------------------------------------------CTCGCAATTCTGACTTTATATCTCGCAATTCTGACTTTATATGCGGG-------AACGGGCTTCCATAGCAATGCCTCGAG----CTAAATTTGCACGGATGTTAAAACTCATT-----------------TTTACAATAATCTGACAAGATTAGGTCA---------TATATAAAACTTAAGACAA--------TTGTTTTCGACAGATCATGCCGTTTGCTAATA---ACGGATTGTGGTGCAAATCGCAAACTCCGTCAACTAT----------------------------------------------ATTAATAGCTTTATTTAG----TAATGATTTAACTCTGTTATCCGTGTGTTAAACAAAACAAAACTAAG s fr1.chrUn 190970808 700 - 349519338 AATCATGACTTTTTATCTCATCATTTCAACTTTCTATCTCACAATTAGGACTTTCTTATTCCATAATTTCCCCTTTTTGTCTCCTCACTATGACTTTGTGTCTCATAAACGTGACTTCTTATCTGATAAGTCTGACTTTATG--TCATACTTGTGACTTT-TATCTCATAA-AATGACTTTTTGTCTCATAATCATGACTTTATCTCACATAGTCATGACTTCTTATCTCCTAATTTTGAGATGATAATATCTTAAAATGATCTCATAACTATGACATCTCTTAAAGACTTATATTAGTTAACTGGTGGGCTTCGATGATATCCACCCTCTTTTAGTTTTTATTGAATTCGTCTTGAGTCTTGTTTTGTGTGCATGTGGTAATTATGGGCATTAACATAAATGACTTTAAACTCCCAAACTCAAAATGTTGTGACGATCCATTCAGGCTTGTGCTACGCATTCATAAAATTCTTCTCGGATCTGTTCAATCTCTCGTTATCCAACGTGTAAAACAAAATTATCCTTATTCCCAACAGA------CGGTAGGAAATCTATATGAATTGTGAAAAAAATGATCATTTAAGTTACTTATTTACCAGGAAAGTCGAGCGCTGCTTAAACCCCTCCGATCATATCAAATCAACAACTTTTGGCAGAAAACAATGGGATGTCTGTGTTTTTC-TTTCTACTCCAAAACAAACCTGAG a score=8722 s danRer3.chr4 12199487 342 + 33808418 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s fr1.chrUn 152651406 1896 - 349519338 TAAAAATAGAATAAATTAATACCAGTGATGTGTTTTTTTTTTTATTTGAATTTTGATTTTGCATGTCTGCAATAATAAATTATACATTGTATTGTGTTAAGCTTTGCTTGTTCCATGTTCAGTTGTTGAGTAAAACTAGTATGGGCCCATATCAAAAGGTTCCACGTTGTAGCTGGAGGAAGATTTTTTCAATAAATATCA-ATGTTGGCCaaaactaccttggatacaatgacctggatgattgagaatctacacagacaAC-------AGTACTTGTGCTTAACTAAAACTGTAAC---------AAAACGGTAACATGTTTAGAACTGTTTAAAAAGAACGCAAAACGTTTTCTTTAAAATGTATTCCATCTGTTCCTGTCCGATTTTTAATACAATCAATGAATGCATCAGCGTATATCTGAAAGACAAACGTCTCTTCtaatgtaatgtaatgtaaactaatgtaatCGAACATACCGTAATC--GTTTCTTTAGCGGAACTACAGAATAGGTTGCACTCTTCTTCCTGGTTCCTCCGTCCTTGCGTCATTTCCGCTGAACAACCTTCCCAAAGAGT-----TTTCATCCCAAGATGGCGTCAGCGCAGTTTACGGATGAGGAGCTTTTCTCCGAATTAAAGCGTTTTGGCTTCACCCCAGGACCGGTAACAGAAAACACCCGTCCAGTTTATCTTAAGAAATTGAAGAAACTTCGAGAGGAGCA---AGAGCAGCACGGCTCCAGGTCTGGTAAAAGGCGCAGTAGCGGGGCGA------AAAATTGCTATATTGGCGGCAGCAACTATAT----------------------GGGTTCTAGGCCAGACTGTTA-----TGACGTCACGCACCCAGGCTCCAGCAGCAG--------ACCGGGCCGGAAGTCATCGGTTCTCAGCTTTAGTTCGGATGAATCTGACGCAGAAAATACGTTGAAAACAAAGGCTCACGGTCACAAC---AACAGGGTGGATCGGAGCCCTAAATTTCAAATCCAGTCAAAAAGTAGGTCCGTTTCAAAAGCGGCTAACACGGCTAACAGGAGTCAGTATAGCGTTAGCCTAGCTTGTGCGGTAAACAGCGACAATTCCCCGGATGGCGACGGACAGAAAA---GTGTCTCGTCCCGAATTCATGCCAGATCCAGTCAGGAGCCTAAAACCGATGATTGGGACGCACCTGAGAACGACTGTCGGC---TGAAAGGAAAACCGGTGAAGAAACCGCGCTCTTTCAACGGTTGTGGTTCGTCACAGTTAAACGCTACCAGGGTTCCAGGCGACTATTCAGATTCGGACGAAGAGGGGTATGAGGGGCTCGGTGCCGGAGCCCCACAGCGAG---GTACTTCGCACAGCAGACCCGGTGACCTCCAGGTTCCCTTCCTGTCGCCCGCAGTCGTGCCTGGGTACCGGTCCG--CAGCGGCAGACAGAGGCGTTA------ACGCTAATCAGAAGGTGGTGGGGGGCGAGAGGCAGGGGGGAGACGGTGACCTAAAGAAGATGAACCTGGGTCACAGGTTGTCCAGGAAGTCCATCAACGTATCCTCCGCTGAAATGTGTGACGACGCAGACCAAAATAACCACA------------TTGAAGGGAATCACGGGGCACTCAGAAGCAGCAA---------CAGCAGTCGGGTTAGCATTGGCTTGAGACCCCGCTTCTCCACCTACAGCAGTCCTTCCCACACCTGCAGAGGAAACCACTCCAACCACAGCGTCCCAAACCACTCCTACAGCCAAGCACT---------GCCCGGGCAGACAGCAGCTGTCCCAGAGGACGCCTTACTCCAGCAGTTCAAAAGGGAAGAGGTGGCCTCGTCTGCTCGCTTCAGCGCCCACTACCTGTCCATGTCTCTGCTGACCGCCGCCTGCCTCTTCTTTCTGCTGCTGGGCCTCATGTACCTGCGAATGAGAGGTTCCGGCTCTGCAGACACGGACGCAGCGGGTACGTATG 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CTCCTTTTCAATGATTCCATTTCATCAAATAAGACCCTGTGTTTATTGGGAAGCATTTGTGTTTACATCTGCACTCTTGCCCCTATATAACTCCATGTACAGTCATATAGTGTAACTGTTGTGTAGTTGTGTCCACTGAGTTAAAAGA-----TGCTCACATTTT-CCACTGTGTTTCAGTGTGGAGCTCATCTGGGCCACCTGTTTGATGATGGACCCAAGCCCACAGGAAGTCGCTACTGCATTAACTCAGCCTCGTTGTCTTTCCAGCCCAAGCAGGAGGTCACTGTGACCTCCTGT---TCTGAAGCAGACAACCCAGGGGCTTCACTGGC-----TGATGA---CAAATCAGACCTCTGAAAAAAGGT--------CCCAAAAATCATTTCATTATGGCTGTTCCACAT a score=-89 s danRer3.chr4 12327779 328 + 33808418 acagatgtaattacatacatgtatttaatcaagcataagtacatggtaaatacatttatttacacaataagtacattgtaa---caaactattaattactatgtaagtacatattagttaaggccacttaatataaagtgggaccCAAACTTTTTGTGCATTTTTGTCATTCACAC-------------CAGAAAAAAATGTCATTTGGGTGTCTGAAAGTACGAACTATTTCCATAGCGATGCTA---------------TATGTCAAGTTACAAATCTAAGGAGATGCATGAGGACTG---CTCAATCAAAACCAAGTCAGAATACAAGACTTTATGTGTGCAGATGTGTAGAGCTTCTT s fr1.chrUn 244229833 352 + 349519338 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CCGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTTaggagaaccttca a score=3403 s danRer3.chr4 12479308 90 + 33808418 TTTATTCTGGTTCTCTTACATTTATTCTGGTGCTCCTGCATTTATTCTGGTTCTCTTGcatttattctggcgctcctgcatttattctgg s fr1.chrUn 286010480 90 + 349519338 GCCGTTCAGGCTCTGCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGTTCTCCTACAGCCATTCAGG a score=505 s danRer3.chr4 12479398 57 + 33808418 tgctcctgcatttattttggttctcctacatTTATTTTGGCGC------------------------TCCTGCATTTATTC s fr1.chrUn 286010165 78 + 349519338 TGTTGTTGTTTTCATTCTTTTTCTTCT---TTTATTTTAGCAACAAAGAGCATTTGTAGCATCGGTGTCCTGTAGTCATGA a score=4637 s danRer3.chr4 12479459 109 + 33808418 GCTCCTACATTTATTCTGGAGCTCCTACATTTATTCTGCCGCTCCTACATTTATTCTGCCGCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTCCTGCA s fr1.chrUn 286010631 109 + 349519338 TCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGTCGTTCAGGCTCTGCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACA a score=5063 s danRer3.chr4 12479585 179 + 33808418 GCATTTATTCTAGCGCT--CCTGCATTTATTC----TGGCGCTCCTACATTTATTCTGGTTCTCCTACATTTATTCTGGAGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTTCTGCATTTATTCTGGTGCTCCTGCATTTATTCTGGGGCTCCTGCATTTATTCTGCCGCTCCTACATTTATTCTGCCACTCC s fr1.chrUn 286010211 185 + 349519338 GCATTTGTAGCATCGGTGTCCTGTAGTCATGAAGAACGACTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCGTCCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGATCTGC a score=5087 s danRer3.chr4 12479764 212 + 33808418 TGCATTTATTCTGGTTCTCCTGCATTTATTCCGGTTCTCCTGCATTTATTCTGCCGCTCCAA----CATTTATTCTGCCGCT--CCTGCATTTATTC----TGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCTCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCTCTCCTGCATTTATTCT s fr1.chrUn 286010171 197 + 349519338 TGTTTTCATTCTTTTTCTTCT-----------------------TTTATTTTA--GCAACAAAGAGCATTTGTAGCATCGGTGTCCTGTAGTCATGAAGAACGACTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCGTCCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCA a score=2682 s danRer3.chr4 12479976 185 + 33808418 GGCGCTCCTACATTTATTCTggcgctcctgcatttattct-ggtgttcctacatttattctggtgctcctgcatttattttggttctcctacatTTATTTTGGCGCTCCTGCATTTATTCTGACGCTCCTACATTTATTCTGGAGCTCCTACATTTATTCTGCCGCTCCTACATTTATTCTGCCGC s fr1.chrUn 95890022 186 - 349519338 ggagaaccttcagCTGTTCAGGAGAACCTTCAGCTGTTCTAGGAGAACCTTCAGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTCTGGAGAACATTCAGCTGTTTAGGAGA a score=8050 s danRer3.chr4 12480161 187 + 33808418 TCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTCCTGCATTTATTCTGCCGCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTCCTGCATTTATTCTGCCGCTCCTGCATTTATTCTAGCGCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGTTCTCCTACA s fr1.chrUn 286010553 187 + 349519338 TCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGTCGTTCAGGCTCTGCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACA a score=1434 s danRer3.chr4 12480348 46 + 33808418 TTTATTCTGGAGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTTCTGCATTTATT s fr1.chrUn 286010280 46 + 349519338 GCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCGTC a score=22552 s danRer3.chr4 12480516 492 + 33808418 GCCGCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCTCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCTCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGCCGCTCCTGCATTTATTCTGGTTCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTGCATTTATTCTggcgctcctgcatttattctggcgcttctacatttattctggcgctcctgcatttattctggtgctcctacatTAATTCTGGTTCTCCTACATTAATTCTGGTTCTCCTACATTTATTCTGGTGCTCCTACATTTATTCTGGCTCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTCCTGCATTTATTCTGGCACTCCTACATTTATTCTGGTTCTCCTACATTTATTCTGGTTCTCCTACATTTATTTTGGCGCTCCTGCA s fr1.chrUn 286010248 492 + 349519338 GACTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCGTCCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGATCTGCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGTCGTTCAGGTTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTGCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGTTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGTCGTTCAGGCTCTGCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACA a score=8788 s danRer3.chr4 12481008 214 + 33808418 TTTATTCTGGAGCTCCTACATTTATTCTGGAGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGCCACTCCTGCATTTATTCTGGTTCTCCTGCATTTATTCCGGTTCTCCTGCATTTATTCTGGTTCTCTTGcatttattctggcgctcctgcatttattctggtgct s fr1.chrUn 286010500 214 + 349519338 GTTGTTCAGGCTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGTTCTCCTACAGCCATTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGCCGTTCAGGCTCTCCTACAGTCGTTCAGGCTCTGCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCT a score=2593 s danRer3.chr4 12481222 186 + 33808418 cctgcatttattttggttctcctacatTTATTTTGGCGCTCCTGCATTTATTCTGACGCTCCTACATTTATTCTGGAGCTCCTACATTTATTCTGCCGCTCCTACATTTATTCTGCCGCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTGCATTTATTCTGGCGCTCCTACATTTATTCTGGCGCTCCTGCA s fr1.chrUn 95890208 186 - 349519338 CCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTCTGGAGAACATTCAGCTGTTTAGGAGAGCCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGAATCTTCA a score=6932 s danRer3.chr4 12481428 228 + 33808418 TTTATTCTAGCGC------------------------TCCTGCATTTATTC----TGGCGCTCCTACATTTATTCTGGTTCTCCTACATTTATTCTGGCGCTTCTGCATTTATTCTGGTGCTCCTGCATTTATTCTGGGGCTCCTGCATTTATTCTGCCGCTCCTACATTTATTCTGCCACTCCTGCATTTATTCTGGTTCTCCTGCATTTATTCCGGTTCTCCTGCATTTATTCTGCCGCTCCAACATTTATTCT s fr1.chrUn 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fr1.chrUn 95890512 532 - 349519338 CCTTCAGCTGTTCAGGAGAATCTTCAGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTCTGGAGAACATTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTCTGGAGAACATTCAGCTGTTTAGGAGAGCCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTTAGGAGAACCTTCAGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCA--------GGAGAACCTTCAGCTGTTCAGGAGAACCTTCAGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTCAGGAGAATCTTCAGCTGTTCTGGAGAACCTTCAGCTGTTTAGGAGACCCTTCAGCTGTTCTGGAGCT a score=2841 s danRer3.chr4 12483342 66 + 33808418 CCTACATTTATTCTGCCGCACCTGcatttattttggcgctcctacatttattctggtgctcctaca s fr1.chrUn 286010654 66 + 349519338 CCTACAGTCGTTCAGGCTCTGCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACAGTTGTTCAGGCTCTCCTACA a score=18420 s danRer3.chr4 12483408 560 + 33808418 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agtggctttaaaacaggtggggacaacagcctgggttagagagatgttaaaaatgtctgtgaagacattagtgagttctgatgcacagtctctcagtacacgacctgggatgttgtcagggcccggagctttgcgtgcgttaatcctgctgagagacctcctcacactgtccggaga--------------cagagtcatcacctggtcaccagggggaggtggcatcttctgtgcaatggtgctgttttgtacctcaaaacgagcgaagaatttgtttagcccgttcagcagggggatggtgctgtcacatgtctgtggttggggtttgtagtctgtgatggactgtattcctctccac---------------------------------------------------------------agactccgtgtgtccctgctgtcattaaagcgatgggctatacctctggagtactgtctcttagcttctctgatgccacgggaaaggttggctctagctgactttaggctcgcctcatctccagctctaaaggcagtgttcctagccttcaggaggttgaagacctctcctgttagccatggcttctgattgggacggactgtgatggttttggtgactgttacatcctcagtgcatttgtttatgtaggctgtaacagtctcagcatactcctggaggtcagtggtgttgttgtaagtggcagcctgtttaaacatatcccagtctgtggtattgaagcagtcttgtaaagcctctgaagaac-------cttctggccacacttgtatctccttgcaaaccggtttggtgactttaacgatcggtctgtaagcaggcattagcatgacagttaagtggtctgaggcaccaaggtgggggagggggaaggctttgtaagctcctctctgtgtggtgtaaacaaagtccagtgtgttattgccccgtgttggaaagtctatgtgttgttgtatttttggaaacacactcttaaggtctgcatggttaaagtcccctgccaggatgagaaaagcatcggggtggcctgtctgctgctcactaatgtgcaggtacaggtcatttagtgcctcactcctgttgtttgcattggagctgggagggatgtaaacagcgaaaagcagaatggctgtgtattccctcggtagataaaatggacggcacttaataatcatgaactccaccagtggtgagc s fr1.chrUn 234039754 1157 + 349519338 AGTGGCTTTGAAACACTTGGGAACAACTGCTTGGCTCAGGGAGATGTTGACGATGTCTGTTAGGACATCCCTGAGCTCTCCAGCACAGTCCTACAAGACCCGGCCAGGTATGTTGTCTGGTCCCGCCGCCTTCCGTGGGTTAATCCTGGAAAGGGCCCTCTTCACGCTGACTGGAGAGacacacacacacacacacacacaGTCTGTTCATCTGGAGGAGGTGTTGTC--CTGTGCTGGTGTGTTGTTCAGTGTATCAAAGCGCCCGAAGAATTCATTAAGGCTGTTTAGCACTGTGATGTCGCT--CACATGTTTTCGGAGGGGGTTTGTAGTCAGTGAGGGTCTGGATGCCCCTCCACGGGCTCTGGATGCCCCTCCACGGGCTCTGGATGCCCCTCCACGGGCTCTGGATGCCCCTCCACAGGCTCTGTGCATCTCTGGTGGTGTTGAAGTGTCCTGATATTTTCTTGCTGTATTGT---TTTGTGTCCCTGATTCCACGGGACAGGTCGGCTCTGGCTGTTGCTGGCCCTACAGTGTCTCCATCCCTGTAGGCCGAGTCTCGAGCCCTCAGGAGCCTGTGGACGTCTCCTGTCAACCACGGTTTCTGGTTAGCACGGATGGCGATGGCTTTGTTATGAGTGACACCTTCGATACACTTTGTGATGTATGCTGTGACTGCCTCCGTATATTCCTCGA------------------------CGGCCTGTTTTAAGGTGTCCCAGTCTGTTTTTCTGAAGTAGTCTTGAAGAGC------AGAACAGGCCCCCCTCTGGCCACAGCCGTACCTCCTTCTGGGTTGGTCTGATGACTCTCACCCTCGGTCTGTAC-CTGGTCTCAACATGATGGTAATGTGGTCAGAGAGACCCAGGTGGGGGAGG-------CCTTGTATGCTCCTTTATTGTTAGTGTAAACCAAATCCAGTGTATTATTTCCCCTAGTGGGAAAGTCCACATGCTGATGCAGCTGAGGCAGGCGAACCTTTAAATCTGCA---------------------------AACCCACCTGGAGGCGCTGTCTGTTGGTCATTGATGCTT-GATGGAGGACGCCGAGTGCCTCGCTGCTGCCGCTGGTGTTCGAGCTGGGTGGGATGTAAACAGCGACCGT--ACATCGCCGTAAATTCCCTCGGTAGGTAAAAGGGCCGGCACTTCAAGATAATAAACTCCA---GTGATGAAT 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tgtttgattgtcactcgcctgaacaaacaaagatttacatccaattt-tgtgctttt----gtctgcagtttcacaa---aacttgttagtgGATAAACTTCTGTGGTGTGAACTCGCTGTAAGGCAA-------TGACAGTGAGCGACCGAGAcagactccctgaagccctgttcagacaatgccatttgccagttacgacagatcagatttgtgtcagattatgagattttaacttgatcaactcttgatgtgttgtgggtaacaaatgaagactttgatttcaaaac----------actacacatttattttaatggactaatttgagaaaagaaacaagttttctttctgaagacaattacagtctctgtagacaacttgttgcctttaaagatgcaatgtgaaaactcccatattactacaaataaatgtatt--taGATtcattattattattagattcataaatgtatttggattcattattattattattatttata---ttatgatATATC--TATAATCTGGAACAAAGAAGTGAATTGCACTGATTCTGGAGAAATTAGTCAAACTGACTCTCTCATGTGTCTTGTGATTGGCTGTTTGCTGCACTTGTGTGTC s fr1.chrUn 183466887 568 - 349519338 TATTTAACACTCATACAGCTAGATAACCAAAGACAGAAACACAGCTCCTGAACGTCTCACAGGCTGCAGCCTGACAAGGTAGCCTGTTGGAAG----------GAGGTGAACACGGACCATTAGGCCAGAAATATTCATAAAACACGTCCGCACCTCATTTTCAGCAGTCATTTCATTACACTGATAAACG-----GAGAACGTGCTACTGCTTTGTTAGATTTACAGAAATTAAGTTAAACA-CACTTTGTAGGTAGAAGGAATCTCTTTAAGGTGTCCAGTTAAAGGCCTGATCAATAATGATACATTTATA-----GGCCTGATTT----ACATTATTATCTATCGTCTCT--AGGCTATTATA----CTTTAAATACCTTCTT-------AAAATGCTAT-----CACATCAAACTAACTATAACAAGAACCATTAATAGATTCATTCCAATTAAATTTTTAATAACTACATTTTTTCCCCTTGATATAGGCGTGAATTCGGCGGTTATGAGTTAGCGTCATATCACATAACAGACAA-TATTTTCTACCCCTTGTAGACCAACC--CCGAATTAA-------ATGTACGTTAAAATTAGCCGAT-----CATTTACGTGAC a score=1590 s danRer3.chr4 12528746 116 + 33808418 TAAGCTGCATTTGCTCCAGAGTTGATCACAAACTAAAGTAAACTTTACGGTTTATATCAAGCATTGTCAAATCATTTAACATCGCCATAACCAGGTTGGGTTTATTTGATTTTGTC s fr1.chrUn 183467490 107 - 349519338 TATACAGCAATTGCGTCATATCT---------TTAAAGCCATTTTTACGATAAACTACAAATGTTCTAAATCCAATTAATATTATCATATGAAGTGTGATACTGTTCATTTTTGTC a score=-1448 s danRer3.chr4 12530792 318 + 33808418 AATGTAAAATATATTACAATTTGTTTATGAAATAATGACTGTTTTGGTCTAAT-TTAGCAGCAGAAAGAGATCCGATGAATCCAAACAAAGAT---------AACAAATTTGCACGTCCCCAAGTGTCTGGCTCAAGAAGTTCTTGTAACTCAGAAAACAGCACTTCAGGATCCCTATTGCTTTCAGACGATCTGGTGTGTACACCTAATGACAAAACAGCTTCTCTGACGAGTTTTCCATTGTCATGTCTTTTTGACCTAAGGGTATGAACCTAGCTTTTTGAAGGTCACACTGGATTGTGCTGCACAGCCAACTTCAAATGAACTG s fr1.chrUn 282203323 270 + 349519338 AATGAATGGCAAATTACAAATAACAAAAGTGAAAGGGATTGTGAGAAGTTGGTATCAGAAGCGGAGTAAGACACT-TGGGACCAAATGAAGCTTTATTTGCCAACGAAATATCCCGACGCGATGCTTATGCTTAAAAAGATTAAAGTAAGT------------------GAAGCCGCCTGCTTTTA-----TCTGTAGTAGACCAATATAGACAAAATTGATGCTTTGA-----TTATTATTATCGCTGATATTT----------TACGCGCTGTGCTTT--------------AAACTTTGCATCAAAACGAAT-----ACGGACGT a score=3505 s danRer3.chr4 12531110 184 + 33808418 CATCAAAGACAACCCAGGTGGGACTTGAACCCACAATCCCCAGCTTCGAAGGCTGGTGCCTTATCCATTAGGCCACTGGGCC--------ATGTCACTAATTTCTATCAAGTATCTCTTGTATGCCTTCAACAAGACTCTTCTTCAGggcttgttggtctcgtgctatgattctcac---ttaaggtgcgagaga s fr1.chrUn 183470035 188 - 349519338 CGTCGAAGTCGACCGCGACAGGACTCGAACCTGCAATCTTCTGATCCGAAGTCAGACGCCTTATCCATTAGGCCACGCGGTCACCGAACGATGTGGACGATTCGATCTAAGAA-----TATAAAGATACAGAACAACTTTTCT--AAAGCATAAGGGTGCCATTTAATGAAATATACTGTTTAAGGGGCGGGAAA a score=989 s danRer3.chr4 12531447 270 + 33808418 ATAACTTGTACGATTATACAGA----CAAAAAAGAAGCGTCCTATCGGATTTCTTTGAAGGATTTCAATTAGAATTATGATCATATTTTGCAACCATTCCTATA---GGATTGTTTTAAAGTACAATACATAAAAATCCTTTAGGATAATTTCTACAACATTTTAATTGGATCCAATTTATA-TCTTAA---TTAAGATATGCT--TTTCTATTGTCTCTCTTAGCCTATTATACAATAGTTTTGAATGTTTAATGCACAAATTTCCAAACTAACATGTCTAT s fr1.chrUn 183891906 261 + 349519338 ATGGTTTACAGGCTTATATAAAAAAACAAAAGAAAGCCTGCAGACCGGATTTCTTTTCAAATTTCCAATT-GATTTGCCA------TTTGTGGCTGTTGGTGTCTGTGGCTTCATTAATAATGCAA-ATGGAATGTTGCCTTAG----ACTTGTACA--TTTTTTATTTAATTGGATGTGTAGTCTCAAGCCTCCACATTTGTTGCTTTACATTATTCCTTTTTCCCAA--AGGCCTTATTTTC---TATCCTATGCATAAA---CCTATTTATCATGTTTGT a score=4713 s danRer3.chr4 12532660 175 + 33808418 tcttacagtgcgGCTCGAAGGACATCTTTTGCATTCAGAGCTGCTTTCGTGAAGA-GATCATCGGCAACACTGCTCAAAGTTTACCATGGAGGTGAAAAGGAAGC----TCCCAGACAAGGAATTGAACCCAGGCCACAGCGGTAAGAGCACTAAGTCCTAACCACAAGACCACCAGGGA s fr1.chrUn 140499361 167 - 349519338 TCCAACTGTACCACAAAAAGACTCTCTACTACACT---------TTTCGTGCTGATGATCATC----ACACTGCACGCAGGTAAGATCTGTTTTCAAGAAAAGACGTGTTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGCCGCGGCGGTGAGAGCGCCGAATCCTAACCACTAGACCACCAGGGA a score=-4448 s danRer3.chr4 12532838 287 + 33808418 CCTGGCTAAAGGTTGCCCTCTAGCCTAGCTGTGGGcctccacccaggtgtgctgcagctgctctgacaaaaataactctaacgtttgcaacatcctcctggagaagagaaagtctcagagcctggttcacagttcttctatggagggactgtcacatgctctgtgtaaaagcatcctatcgacaccacaacttgccatgacaacaaagcacagcatgcgttgaaggaactccatgtttacCGGTCCATGTCCTCTTTCCAAACAGCATGCTAATGAGCACTCCTTGA s fr1.chrUn 180015272 114 - 349519338 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G----------------------------------------------------CCTGAGTACAACAAATT----------CCTCCCAGTGGGAAAGGAAA-----------------------------------------CCACATGTT----------------------------------------------------GCAGGAATGTGGGGG------TGCTCAGTAGGTGGTGTGTGCG----------CATGCTCCTCAG a score=7030 s danRer3.chr4 12535353 84 + 33808418 TAATGCAGACTGGGCCAGTGGCGCAATGGATAACGCGTCTGACTACGGATCAGAAGATTCTAGGTTCGACTCCTGGCTGGCTCG s fr1.chrUn 140533012 84 - 349519338 TCACATACACAGGGCCAGTGGCGCAATGGATAACGCGTCTGACTACGGATCAGAAGATTCTAGGTTCGACTCCTGGCTGGCTCG a score=131 s danRer3.chr4 12535483 138 + 33808418 GCCCCTGCCGGAG-TTGTTCGGTTCTACTCTGGAGTGAATCGAGTTTCTGGGGCCGCCAGCACAGAGCCTGTGGGGTGCTCTCCTGGGT-TCAAAGGCTGCCCCAACCGCTCTCATGTCTTGGTCCCGTACATCCCTCAG s fr1.chrUn 218622048 133 - 349519338 GCCCTAGCTTAAGCTTATATGATAACACT------TGAAGGGACCTTTTAATGACTCTGGCCGTGAGCTCGT-CGCTCCTCACACGTGCATTAATGGGGGTCACACTTGCAGCCTTGTTTCCATTTCCAGCATCTCTCCG a score=-555 s danRer3.chr4 12536451 214 + 33808418 gagctgcagcaacacctaagggctctgacacacag------acacaaaagaaaccattgcttt-taacctactcttggagaggagagagtctccgaccctggatctcaggtcttctatggagggactgtcaggaatcctgtaagagca-----gcccatccacacaacct-cttgccataaaaacaaagcagaatgtgtggtgaaggaactccgggt---tgacagAGCC s fr1.chrUn 92104289 229 - 349519338 GAATGGGAGCAATGCCTTATTATTATATCATGTAATTTCTTACCCTTAAGATGCTGTTGCTTCGTGACCCTCCAAAGGAGAGTACATGTAAAATTACACCATATTTAAAATGTCCTGTTAAAGACATGGCTCTAAGTGTGTTAGGGCACAGTAGTTATTGCACAAAGCATGCCTGCTA-ACCAAAAATGTTGAACTTGGTGTACATTAACAATGCGTGCCTCACAAATCC a score=755 s danRer3.chr4 12536665 31 + 33808418 TTGTCCTTGCTTCAAGCA----AAGTGCTAACAAG s fr1.chrUn 75202437 35 + 349519338 TTGCCTTTGTAGTAAACATAATAGGTATTTACAAG a score=2670 s danRer3.chr4 12536708 45 + 33808418 GTGACGGTGGCACAAAGGTTAGCGCTTATGACTACGGATCAGAAG s fr1.chrUn 140533666 45 - 349519338 GGGCCAGTGGCGCAATGGATAACGCGTCTGACTACGGATCAGAAG a score=38 s danRer3.chr4 12536753 104 + 33808418 GTTCTCGGTTTACGGAAACCAAGA---AACTGTGTATGAGAGAGTGCGTAAGTGTATGAGTGGCACTTGTGCAAGCGGAGCAGGGACGTGCCAGCGATCAGAATGAA s fr1.chrUn 270999795 96 + 349519338 GCTCCAGGTTTAAAACGAGCAAAATTAACCTGTGAATGAAATAAACCAAAA-----TAATTGTTTTTGATCCAAGGGAAGT------GATTTAGCCACTAAAACTAC a score=3942 s danRer3.chr4 12536857 111 + 33808418 CTGGAGTTTGTGCCAAGACTGGGTTTCAAGAGTGGCAGATCCCATATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTTTCACCCAGGCGGCCCGGGTTCGACTCCCGGTATGGGAA s fr1.chrUn 180017296 111 - 349519338 CTGCAGTCTGTTTCTGAGAGGAGCAGCGTTGTTGGTACCTCCCTGGTGGTCTAGTGGTCAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAA a score=3781 s danRer3.chr4 12537055 64 + 33808418 GCCTTCGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGTAGGTGG--GATGATGGCAATCCTTAGGTCG s fr1.chrUn 127938427 65 - 349519338 GCCTTCGATAGCTCAGC-GGTAGAGCGGAGGACTGTAGCGGGTCGGTCACAGGAATCCTTAGGTCG a score=-176 s danRer3.chr4 12537151 69 + 33808418 GCGCTCAGAGCCGCTTTCTTGCTTTCGCCAAGTGAGTTAACCACTCCTCAAAG---TTCAGCATGGAGGTGA s fr1.chrUn 78518776 67 - 349519338 GAGCTGTGAGAGGAAATCTTTGTTTTACTGGATATATTATCGTTGCCTCAAAGGGATTCGACA-----ACAT a score=6905 s danRer3.chr4 12537220 80 + 33808418 AAAGGGAGTTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGGCGCGGCAGTGAGAGCGCCGAATCCTAACCACTAGACCACCAGGGA s fr1.chrUn 78519325 80 - 349519338 AAAACGAGTTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGCCGCGGCGGTGAGAGCGCCGAATCCTGACCACTAGACCACCAGGGA a score=-4567 s danRer3.chr4 12537322 272 + 33808418 CAAGTCTAGCTGTGGGcctccacccaggtgtgctgcagctgctctgacaaaaataactaacgtttgcaacctcctcccggagaagagaaagtctcagagcctgggtcacagttcttcttgggagggactgtcacatgctcggtgtaagagcatcctatcgacaccacaacttgccatgacaacaaagcaaagcatgcttttaaggaactccatgttcacCGAGCCGTGTCCTCTTTCCAAGGACCATGCTAAAGAGCACTGCTGATGCGGAC s fr1.chrUn 180015272 111 - 349519338 CCTGTGTAGC---------------------------------CTGAGTACAA-------------CAAATTCCTCCCAG--------------------------------------TGGGAAAGGAAACCACATGTT----------------------------------------------------GCAGGAATGTGGGGG------TGCTCAGTAGGTGGTGTGTGCG----------CATGCTCCTCAG---------TGTCCGC a score=7329 s danRer3.chr4 12537594 98 + 33808418 TGGGCCAGTGGCGCAATGGATAACGCGTCTGACTACGGATCAGAAGATTCTAGGTTCGACTCCTGGCTGGCTCGTTCAGGATTTTTTTGCGTTGCTCT s fr1.chrUn 140533665 92 - 349519338 TGGGCCAGTGGCGCAATGGATAACGCGTCTGACTACGGATCAGAAGATTCTAGGTTCGACTCCTGGCTGGCTCGTTAA------TTTTGATTTACTTT a score=-1383 s danRer3.chr4 12537694 204 + 33808418 G-TGCAGTGCGGTCGCGGTTTT---CCCCTGCCGGAG-TTGTTCGGTTCTACTCTGGAGTGAATCGAGTTTCTGGGGCCGCCAGCACAGAGCCTGTGGGGTGCTCTCCTGGGT-TCAAAGGCTGCCCCAACCGCTCTCATGTCTTGGTCCCGTACATCCCTCAGGACTTCCAGAAGAAACCAGTACA--GCCACTCTCCTGGGAAGACAGCA s fr1.chrUn 218622024 205 - 349519338 GAAATAGAGAGTCCAATAATTTGGGCCCTAGCTTAAGCTTATATGATAACACT------TGAAGGGACCTTTTAATGACTCTGGCCGTGAGCTCGT-CGCTCCTCACACGTGCATTAATGGGGGTCACACTTGCAGCCTTGTTTCCATTTCCAGCATCTCTCCGTTTTCGTTTAAAGGTTTAGAACACCGATACAAAACGAGGGAAACAGCA a score=-555 s danRer3.chr4 12538683 214 + 33808418 gagctgcagcaacacctaagggctctgacacacag------acacaaaagaaaccattgcttt-taacctactcttggagaggagagagtctccgaccctggatctcaggtcttctatggagggactgtcaggaatcctgtaagagca-----gcccatccacacaacct-cttgccataaaaacaaagcagaatgtgtggtgaaggaactccgggt---tgacagAGCC s fr1.chrUn 92104289 229 - 349519338 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AAAAAAGTGTTTATAGATTTTAGAGACAGCAGAAGGTATACAACGTACACTGCTGCGTTCCGCTGTGTACATCTTCTGCGAAATTCAACAGAAGTATAAGTTTTCACAGTTTTCCTTCAAACGTGGACCTTAGAAAACAGTGGCTTGTGAACATACGCCGAGATGATTTTTGTCCAACCGGCAATTCCAAGGTTTGCAGTAGACATTTTTGCAGGGATCAGATTATTGAACCGCAAACACCAGAGGCACGAAAATAGTTAGTAACTGGCGCT s fr1.chrUn 290188217 216 + 349519338 AACAAAGTGTGT-----TTTCAAAAACAGGACAGCACTTCCAGCCGCCACCGTTGTGTGCCAGAATGTACAGCATCTGCGACATGGATTTCTATTCTCAGTTTCTAAACCTTTGC--CAAAAATAGAATTACAGAAATTATGGCTCAT-------------------------------------------------AGCCGACATTTTCACAGCTCGGACCTTATTGAGCTGCCAACCCCAGTGGGGCGCAGACATTGGAAATGCGGAGCT a score=6191 s danRer3.chr4 12569497 275 + 33808418 CAGCTGCTGCAGCCAATTGATGAGTTTTTTCTTTTCCTTGTCTACCTGTCCGTTGGATTAAAGGAGAAAGACCTGG--CACAGTTTCCACATGCATCCTTCCACAGTGAGCAGAATAATTGCGACATGGACAAACTATCTCTATACACTGCTGGGATCAGTGTGTGTGTGGCTTTCAGCAGCTGATGTAAAATCTAACCTTCCTGAAGAGTTCTCTGATTTCCCAGACACACAGGTCATCATTGACTGCACTGAGATCAGATGTCAAACACCATCCT s fr1.chrUn 128586334 274 + 349519338 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s fr1.chrUn 273791371 1444 + 349519338 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s fr1.chrUn 210904180 1896 - 349519338 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accccctcgactgacaca-atgtgtcctagaaagggaacaga-ctgtgcatggaacacgcatttctccgccttgacaaaaagcccattctctagcagccgctgaagcactcgcctgacgtgctgcacatgttcctggagagaacgagaaaaaa-tcagaatgtcatccaggtagacataaataaactgatctatcatatctcgcaacacgtcatttacgagtgcttggaaaaccgcaggagcattagaaagcccaaaaggaagaacacaatattcaaaatgccccctgggggtcaaaaacgcggttttccactcatgaccctgcttcatgcgaaccaaatgatatgcgttgcggagatctaatttcgtgaaaaacgaagccccttgcagacgctcgaacgctgaagacatcaacggcaaaggatatgtattcttcaccgtgatgctgttcagccctcgatagtcaatgcagggtctaagggacccatccttctttttcacgaaaaaaaaaacccgcccccgccggtgaagaagagggccgtatgatcttggccgctagagaatcagaaatatatttctccatggcctccctctcaggaatagaaagagagtataacttgcctttaggcggagacgtacctggcaataaatctattgcacagtcatagggacggtgaggaggcagtgaagcagctcgagacttactgaacactctcttcaggtcgaggtactcactgggcacgtttgacaggtccatgcgctcctcctgaaacacagaacaagaaacagcagaac--gagcagacgaaagacaagactgatgacagttctcactccacgaaagtatggcattaagaccccagttaatgtgaggcttatgaagaattaaccaaggatgacctaaaaccactggtgtgttagaacagtctgttaaaaaaaatgaaatgtgttcaacatgatttccagacgtgatcagctttatgggtttagtggagtgagtgatagtgggaagggaaagtccgctgagtgcgcgtactgcaatgggttgtgacagtgcaataaccggaagtttaaaactgaaagcgaaaccagagtcaatgaagtttccctccgccccggaatcgacgagcgcctgtgtgtcttgagttccggaaccccatgataaggagacgggcagtatagtggcagacgtagaggatttgtccaaattaatttcacccatcagtaacctcttacctactgatgggtgttgacttttacgggacaggaagccacccgatgccccgccccaccgcagtagagacagagtccctccgttcttcgccggcgcttctcctctacggacaag---cgggatctgcccaactgcatgggttccgggtcAACGCTCCCAACTTCCGGTGCCATCGGCGAGACCGGCGAGTCAGGG------------ACAGGATCCGGAAACCTGTTTTGCCGCATGCGACTCTC--------ACGGCGAAGCAGTCTGGAGTCCACCCGGATGGCCAAATCCACTAGCTCGTCGAGGGTCTTGGGAAGATCTAGGGAGTAGATCTCGTCCTGAAGACGATCCGAAAGGCCATGAAGGAACATGTCCCATTgagcctccgcgttccagccg---gattcagcagccaaagtgcggaactcaatggaatagtccgccacgctccgattcccctggcggagctcagcgaggactcgagcggcctctctcccagaggcggcccgatcaaagactttctttagttcctttgagaacaggtcgaacgaagaacaacagggtaatttcttctcccatgctgtggttccccattgagccgcccttcctgaaaggagagtgatgacgaacgccaccttggcctgctctgagggaaacaaagatggctgcagggagaagtacagggagcatttggctaagaaggatcggcataagtgaggctccc 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danRer3.chr4 12904105 483 + 33808418 TTCTGCTTTTTTCAGGACGTGTTTGACAGTTTTAATTGTTCTCTCCGCCAACCCGTTGGATTGAGGATAGGCTGGACTTGAGTGTGTCACCTTAATGCCCCACTCTGCAGCGAATTTCTTCATTTCATAACTGGCGAA---GGGTACGTGATCGCACACCAGCTCTTTTGGAATGCCATGTCTTGCATATACTGTTTTCATTTTTTCAATTACAGT---GCGTGCTGTCTTGTCATTGATGTTCATCACCTCAGGAAACTTTGACATGTAGTCAACAATCAAAAGAAATGACTGACCTCTGATTTCGAAGATGTCAGCAGCTACTTTTAACCAGGGAAGCTCTGGGATTTCATGAGAGATGAGTGGCTCTTTCTGATTCCTTGG-CTGAAACTGTTGGCACGTTGGACACATCTCAACCATCTGCTCTATATGTTTGGTCATTCCGGGCCAATACAGACATTTTCTGGCATGTGCCTTTGTGCCCTGCAT s fr1.chrUn 274327317 485 + 349519338 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- 349519338 AAAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTTCCATTGAACCA-CCAAGCTGAAAAGCGTCCT a score=181 s danRer3.chr4 12918684 9 + 33808418 AGTGGGGTG s fr1.chrUn 31937777 9 - 349519338 GGTCAGTTG a score=5223 s danRer3.chr4 12918738 75 + 33808418 AAAACAGAAATTGCATTGGCCAGGAATCAGACCCGTGTCTCCTGCGTGGCAGGCAAGAATTCTACCAGTGAACCA s fr1.chrUn 31939909 75 - 349519338 AAAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTTCCATTGAACCA a score=3741 s danRer3.chr4 12945880 284 + 33808418 TTAACAATCATCCTCCATCCTAGAGTGTCCTTGTGCCATGTGCACTGATGGACACCCTTATGCTTGAACATGGTGTTTGTTATGGACAAACTGTGATTAGCACAGAATTCCAATAACAACTCCACTTGGATTCAGATCAAGGAGGCCGTTCCTCCCAATCAAGCCTCTCCAGGTGTCAtgtcattacccacgggggagttaaattccaccagtagaacaacagagtcctcagtctaagcaccttccagcacccctccttaagactctaagaagcccTCTTATTC s fr1.chrUn 54483590 243 - 349519338 tgaccAATCATTATG-GTGCTAGTGTGCTCTGGTAAAATGTACACTTATTAGCATCCTTATGCTTGATCATACTGTTTATTAACAGCA----------AGCAAAGAGGTC--ACAAAAACACAAC-----------------------CTTCCTCTATTCACCCTACTCTGCATGTTCAAAcattgcacatgttgtaatgaagtccc-ccggcagaac--cagagtccccttctggaaccccatacaggactcat--ttcagactaaaagaaggccagatactc a score=4461 s danRer3.chr4 12947080 294 + 33808418 AGATGGAATGGAAGAAAA----GAGG-GAGGGGAAAA-----------TGAGGGCAGAAAAGGAGGAGGATGAGTCTATGGAACACATGCATATGAAATACCCAGAGTAATATCAGAGAGAGGTGG-----AAGGAGGACTGAG------AAGACAGCAAAGGAGAGAAGCGTGTGAAGGAGAGTGGGAAGCAAAAGGATTTAAATTGGACATGGG---------------TCTGTGTGCTGTGCTGTTGATTTGTCTCTCACAGGCAGAGCTGCCTGGAATTTGGGCTCAGGAGCAGAAAGGTAAGAAATACTCCAGAAAACACAAATATTTAGG s fr1.chrUn 236692781 302 + 349519338 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AATGCCAGAACAAACGTTAAAAAAAAGTAGTATAAAAATAGTACAAAAAATATTGCAAAAAGAAATAGTCCAGAAATACTTTGGTTACAGCAATTGAAATACAATAAAACAAAGTACAAACTGTGCAGGAATAAACATGTAGTAT-ATACAAATAATAGTAATGTGCAAGTGCAGTGCAGA-TATGTGCAAATGTGCAACAGAGGAATGTGTGTAAATCTATTGTGTGAGGTAGTCCGTGGTTGTAGGTCCTGTCAACTGTTCAGGAGTCTGATGGCAGTTGGATAGTGAGAGTTCTTCAGCC-----------------TGGAATTCCTGCATTTCACACTTCTGTACCTCTGGCCTGAGGGCAGAAGTGTGAACAGTCCGTGCTGGGGGTGGGTGGGGTCCTTCAAGATGGAGGCAGCTCTACTGGGGACTCGGCGGTGGTAGATGCTCTGCAGGGAGGGCAGCGGAGTCCTGGTGAGCTTCTCCACTCAGTCTTCACCACTTTCTG--CGGGCATTTGTTACTGAGGATTTCCTGCGACATGCCAAACTTCCTCAGCCTCCTCATGAAGTACAGCCACTGTTGAGCCCTCCTGTCCAGCTGTGTGT-TGTTACATGTCCAGTAAAGGTCCTCACTGATGTGGACGCCCAGGTTATTGAAGCTGCTCACCCTCTCCACT a score=8015 s danRer3.chr4 12973877 684 + 33808418 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s fr1.chrUn 221032523 1236 + 349519338 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s fr1.chrUn 273790644 1050 + 349519338 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a score=85 s danRer3.chr4 12984727 449 + 33808418 atctaattaaaaaattaatttttaaCCTTACTGTATTATGACATAAATGAGAGCTATTTAATTTCCAATATGAAATTCTGATGGTATTTAAGGGATTTATTGAAATTATAATTTTTATATAGATAGCTTTATGATCTGTTAGGGGTGTGGGACGAATATCA-ACTGTAGTATTTTG------AAACTTTAAAGAATTAGAAATCAGCCAAAAGTCTAAGCGAGAAAATTGAGAAGCAGCTTTATTACTCCAGGTAAACGCTTTTGTATTAGGGAATTTGGATCTCCAGACATCAAATACATCCAATC--TCTCCATAAATTGTTTAATTTTAGAGTTGAGTAAAGAGGGGCGACCTGG-----AGGCCATTTATCAAGAGCACTATCGATTGAAATATTAATATCCCCACCTATAACGAT---------TATAGAACTTGGAAAGTATTCAAACAGCCGCAGAACAAAAATT s fr1.chrUn 273791815 448 + 349519338 ATCTGATTAGTTAGATAGTCTTTGAATTT--TGGTTCGGATAATAGGTGGGAG---TTGAATCTCCA----GGGCTTCGTAGGCAATTT---GTCTTGAGAGAGAT--TAATATTTAAAGTGATCGGAGAGTGATCAGAAATTACTATGCTGTGGTACTCACACGATTGTATGTTGTCTAATAATCTATTATCGAGTAAGAAAAAGTCAA---TCCGAGAGTAAGACCTGTGAACATGCGAGAAGA----AAGAGAAAGCTTTCGTGTGAGGGTACATAGTTCTCCATGGATCAGATAGGCCTAATTGGTCTGCGTGAAAC-TTTAACATACTGGTTGCTTTAGACAGGCTGGACTGGCTGGTGGAAGATCTATCGAGGTCAAGGTCCTGGACCTGGTTAAAGTCACCTCCAATTATTATGTGATGATCTGCAGCATTTGGGA--TGTTTGAAAAGATTTTGGACATAAATT a score=1696 s danRer3.chr4 12991469 66 + 33808418 AAGTTTGCATGGTAAAAGACTGGGTAGACTACCTTTTATTGTCACAGAGCAAACAGTTGGCAGCCA s fr1.chrUn 310633065 66 - 349519338 AAGGATTCATGGTAATAAAACAATCAAACCAATTTTTTTTGTTAAAAAAAAAGCATTTGTTGGACA a score=1697 s danRer3.chr4 12991548 65 + 33808418 TAGTCGCCTCCAAACCTCTGACTAAGAATCCAGCTGGCAAAGCCTA-AATGTGGAAGGCATGTGAA s fr1.chrUn 310634067 66 - 349519338 TAGTCCCAGAAACTCCTCTGTCCATCAAACCAGCTGCCAGAGCCTATAAAGAGAAAGTCATTTAGA a score=1669 s danRer3.chr4 12995352 66 + 33808418 GGCAAGGTTCCAAATGTAAAAACCAAGAATTTTAGTCCAGGTAAAAGAAACAAAAATCAATTTATA s fr1.chrUn 301433758 66 - 349519338 GGCACAAGTTTAAGTTTAACAATAACAATTTCTTGGTAAGTTCGAGAAAAAAAAAACCAATTTACA a score=764 s danRer3.chr4 12995418 157 + 33808418 CAACCCAGTGGAGGTTGGGAAAAACAGTTAATACATTAACTGAAATGACATGACAATTTAACATGATACGACTCAACTTGGCTTCTTGACAGATTAACAAAAGGCAACAGACCAGCACAGGACAGACCACACTGGGAGAATAAATAGGAAAAGCAAA s fr1.chrUn 301435834 148 - 349519338 ATAGCTAGTTGAGGTTGAAAAAAGAAATAGGGACATC-ATTAAAATATGAAAAACTGTTTGGACTCTTCGGTTCTACTCCATTGCT-------CTAGAAACAGGCCAATGATCAG-ATGAGACATCCCCAGATGACCAGGTAAGAGGAAGAAGCAAA a score=2190 s danRer3.chr4 12996625 71 + 33808418 ACAAATTTGTTGGGATTACCCTGTATGCAA----------TGTCTA-----AGCAGTATTAAACTGTTCAAAGTAACACAGACATC s fr1.chrUn 80931201 81 - 349519338 AAAGACTTGCTGGG-----CCTGTCAGCAACTCCAACATTTGTCTAGCAGCAGCTGGATTAAAGTATTTAAAGTGACACAGACAGC a score=5426 s danRer3.chr4 12996888 195 + 33808418 ATTCACATAATGTCTTTA---TTTTTCTTTTAGGAAGACTCTCAGAGGTACTACTCCTGGTGCAGTTTTGGTCCTGGTGAAAATCGAACAAAGAATCTTTGGATGGATCTTGATTCAGTGCATCTAGGACCTGTCAGAGTGCATTCTATCTTATCTAGCACACACCGACAAGCATCGGTGAGACAACCATACATTGTC s fr1.chrUn 236696727 198 + 349519338 ATTTATTTAAAAACCTTGGACTTTTGCCCTCAGGAGGACTCCCAGCGGTACTACAGATGGCAGAGCTTCGGCCCAACAGATCATCGGACCGATGAGCTGTGGGTGGATCTGAGCTCTCTGCACAGGAGCCAAGTCCAAATCCACAACATCCTGTCCAACACGCACCGGAAAGCAGCGGTGAGAAGAACACGCACCCTC a score=10637 s danRer3.chr4 12997143 286 + 33808418 TCTGGATTATGTTGACTTGAGAAATA-TGAACTAAAATATAAATACAGCACTTTGTTTTTTTTCCCTATTTTTCACGAGCTGAGCTCAAAGCTCCAAAACAT----TATGTACACAAAAGGTC---TTTTCTCAAATATTGTTCACTTTGTCTGAATATGTGTTAGTGAGCACATCTCTTTTGCTGAGATAATCCACCCACCTCAC---AGTGGCATATTAGGATGATGATTTGACAGCATGATTTTTACACAGCTGCGCCTTATGCTTGCCACAGTAAAA-ACCCTCTTAAAAAATA s fr1.chrUn 51952115 288 + 349519338 TCTGGGTCCTGATG-CTTGTAATATACTGAACCAAAATGTAAATGCAACACTTTTGTTTTTGCTCCCATTTTTCATGAGCTGAACTTAAAGATCTAAAACTTTTTCTACGTACAAAAAAGACCCATTTCTGTCAAACA------ATTTTGCC---AAATCTGTCAGTGAGCACTTTTTCTGTAGTGAGATAATCCATCCACCTCACTGATGTGGCATCTCAAGATTCTGATTAGACAGCACGGTTATTGCCCAGGTGATCCTCAGGCTGCCCACCACAAAAGGCCCTTCTAAAATGTA a score=-542 s danRer3.chr4 12997429 200 + 33808418 AAAAAAAATTCTAAAAAGTACTACAAT-AAAACTGATGTAATTATTAAAAATAGTGTATAGCTGATAATAAGTGTATTGAGTTAAACTCTGAACCCTTGCCTTCCTTGGTTTTGATAGATTGTGAACTGGTGGATGCACTATTTGTCATATGTTAAATATGC---------AATATGGCTTCCTTCCTGAGCTGGCTTCATTGCTGCAAG s fr1.chrUn 81981031 198 + 349519338 ATGTGCAGTTCTATCACACAGCACAGTCGCAGATGCTGCAGTTTTGGAGGG--------AGCCTGTAATTGGCGTGCTGACTGAAGATGTCCGCCAGAGCATTTGCCGG--TGAATTGACTGTTCATTTCTCGAC-CACGAGCTGTCTCTGTCTCCAAAGGCGTTTCAGAGAATTTGGCATTACATCT-AGCTGGCCTAACAACTGCAGG a score=90 s danRer3.chr4 13001496 222 + 33808418 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danRer3.chr4 13003645 86 + 33808418 TCTCTTCATTAGCGAGTGGCACTAACCTTTGACTTCCCTTTCTATGGACACCAAGTGAGACAAATCACCATAGCAACTGGAGGTAA s fr1.chrUn 236696966 86 + 349519338 TCGCTTCCCCAGAGAGTTGCTCTTTCCTTTGATTTCCCCTTTTATGGACACTACCTGAGACAGATCATCATAGCCACCGGAGGTGA a score=2040 s danRer3.chr4 13005051 76 + 33808418 ACAAAATGTCTCACAGAATATGCAACTAAAAGAACACAAT-----TACAATCACAATAATGCAAAGTTCCACTTTTATACA s fr1.chrUn 180431692 81 - 349519338 ACAAAGTGTCTCACAGAGAGTAAAGCCAAAAAGACCCGATGCTGCCCCCACcacacagacgtacacaagcactttcacaca a score=33813 s danRer3.chr4 13007071 769 + 33808418 ccatcccttaatgcaca--------ccggatgttaaacattattatatc----taatttggtaaTTAGAAAAATAATTCTCCTACTGCTCAGGTGTTATAAGAGCCCAGTTTGCTCTAATAGTGCCCCTCAGCTCTTCTGCATTATTGGGTCTGGCATATCCCatcttcctctttacaataccccatagattttctgttgggttaaggtcgggcgagcttgttggccatttaagaacagggataccatggtcattaaaccagGTACTGCTAGTGGTGGCACTGTGTGTAGGTGCCAAGTCCTGTTGGAAAATAAATTCTGCATCTCCATGAAGTTGGTCAGCAGAAGGAAGCATGAAATGCTCTAAAATGTCCTGGTATATGGGGTGTTTGCCTT--GGACCTCATAAAAAACAGCAAAGCAACACCAGCAGATGAAATGGCACCCCAAACCATCACTGACTGTGAAAACT--ACACTAGACCTCAAGCAGCGTGGACTGTGTTTCTGTTCTCTCTTTCTCCAAACTCTGGGACCCTGATTTCCAAAGAAGATGCAAAATTTACTTTCATCAGAGAACATAACTTTAGACCACTCAGTAACAGT-------------TCTTCAACCCAGACAAGACGCTTATGATGCTGTCTGTTGTTTAAGAGTGGCTTGACACAAGCAGTGCGACTGCGGAAACCCTTGTCTTGCATAAGTCTGTGCATAGTGCTTCGTGAAGCACTGACTCCAGCTGCAGTTCACTCTTTATCAATTTCCCCCTGCATTTTTTAAATAGTTTTTT s fr1.chrUn 42133166 734 - 349519338 CCAGCCCTCAATTCTTAGTTGGGGCTCCGTTGTCCTGAATTACTGCAGCAGTGCGATGTGGCAGGGAGTCCATCAGTCTTGGCACTGCTAAAGTGTTCTGAGAGCCCAGGTTGCTCTGAT---------------------------------GGCCTATCACATTTTCCTCTTCACAATACCCCATCGATTTTCTATGGGGTTAAGGTCTGGCGAGTTTGCTGGCCAATTAGGAACAGGGATGCCATGGTCCTTAAACCAGGTATTGCTAGCTTTGGCTCTGTGTGCAGGTGTTAAGTCCTGTTGGAAAAT-----CTGCATCTCCATAAAGTTGGTTAGCAT---GAAGCATGAAGCGCTCCAAAACATCCTGGTAGACGGCTTCGTTGACCTTGGGAACTAAGAAAACACAGTGGACCAACACCAGCAGATGACCTGGCACCCCAAACCATCACTCACTGTGGAAACTTTACACTCGACCTCAAGCAAAGTGGATTCTGTGCTTCTCCTCTCTTCATCCAGATT----------GATTTCCAAAGCACATGCAAAATTTACTTTCATCAGAGAAC-----CTTGGAGCATTCAGCAGCAGTCCAGTCCTTTTTGTCTTTAGCTCAGGCGAGATGCTTCTGATGCTTTTTCTTGTTCAAGAGTGGCTTGACACCACGGATGTGACAGCTGAAACCCATGTCTTGCATACGTCT-------GTGGTTCTTGAAGCTCTGACTCCAGCTGCAGTCCACTCTTTGTGACTCTGCCCC-ACATTTTTGATTTGTTTTGTT a score=-1775 s danRer3.chr4 13007883 286 + 33808418 TGATGTCAGGCCTCCTTTTGGAGGATACATAA-AGACTTGCTGT----------TTTGCTGTCTTG-TTTAATGGCACTGCTCAAATCACTGCTGAAAGCAAAAATTTCAATTGCTGCATATACACACTGGAGAC--------------GAAATTGCCTACAGTATATGTGAAACAAGCATAACTACTAGCTGACCTCTGTGACAGTAACATGCTACAGTGGA-AAGTATTTATAGTGCTTCACTTTG-----TAACATTCCCTTTACTTACTTAATAATACTGGGTTGCACAGACACTGTCACTGTCAA-ATAATTCA s fr1.chrUn 272517321 308 + 349519338 TTTAAAGAAGGAGCCACTTGAAATGCATGTAATTGATCTGGTATATGTGATTTATTTTTTGTATTGATTTACACAAATTGGTCAACTTTTTGATGATATTGTAATTTATAG-----ACATGCACACACATGAAACCCTGAGTGAAACTATAAAGTGCAGCAACTAAAATTGAAAAATGATTATTTTTTTGCTGA---ATGTGA---TGAGACACAACTGTTGATTATTGTATAAAGTCCACTAATATGATTGTCAACCTCTGAAATATTTATTAAATTCTGCAAATCCAGGCAGGTGTTAGTATTGTGAATATAAACCA a score=1433 s danRer3.chr4 13008204 181 + 33808418 TGTTAAACTTCTGTTCACATA-CAGACCCACAAGTTGTGATCATAAAGGGGAAAAAACACTCAAAACACTCTTTCATAACTATCAATCATGTTCGAAAATCAGCAATACAACAACAAAGAAACACATCAATGCAAAACCCAACAAATGGTTCAGGAAGGCATAAATCCGAAACAAACTCAAA s fr1.chrUn 339367463 165 - 349519338 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tgcatttcacttgttaaagaaaaaactaaagggaaaatgtcccaagaacaatcaggaactgaagacagttgcagtactgctttggcagagcaACT--------CAAGTTCTCAAGTCTGAGGGTTCTCTTATAAAGAATTACAGTTATTAAAAGTGCTTATAAAAGATCCATTTATAAAATAACCTATATAATGCAAGAATTACAGCAGAGCATTAAT----TATTTTCTCTGGAGCAATAAGAGCAATAAATTTGAGGTTGCCTACTTTTTTATTAGACAGAAAAAAAAATGATTGGATAAAAACAGCCTATGCTTGTTCTTA-AAAACGATTCAGTCATGTTTTTTTTAAATAATCTTAATTTGTAATTTTAAGTGAAAAATATTTAGGGCAGGCCAATTTATTTATTTTTTCTATGCTGTTGGAAACTGCAGGTGCATGAAGATAGGTTTTGTATGTTGTTTGCATGttaaaatcaatattttaaaatt--ttattttGGGTCTGGCATATTAAAAATAGTCACATCaattattttttttattatacaatgat--aatttaaaattGATCTGAGAAactttcatattaggaaaaactaaactatggag-----------gtcaatggttacagg----ctttcagctttcttcacaatatcatattttgtgtttaacagaaaaaaaaagaaactcataaatgtttggatccacttgagggagagtaaatagtg-agtcaatgtacatttt---------tgggtgaactatcac-tttaaGATAGATAC---TTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGAAGGCAAGAGCAGATTTTAGTCTAGGAGGTCTGGTCTACGGTCTAAGACTGACAGAGGTGATGACAGAGGAGGCACTTAATGCC--ACGTTCCTAGTGCacagtttacacttacagtgctttacagtaa------ctccccttggatgtgattcgaacttgatggtaagctgacattttaccctggataccgtggctctagatacataacaaagattttctgtcttcatcacagatgcaacagtgagatgcacaacaacaatttgtcctcttttaaactctgataa s fr1.chrUn 304023024 959 + 349519338 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cctttagcctGCACTTCAGCACACTACCTGCAAGCAATGTCTCCAGTCAAATATCACATCAGGCTGTGGGTGGTGCAACACACTACAAAGGTAGCAGTCTTAGATCTACATGTCTGTGATGCATTTTTGCAGAATTCATGTATGTCTATTATTGTTTTTTTATCACCAACTGAATGTATATGTGAATAATCCCTCAGGTGTTCAGATGGAATTGACCGATACAGACAAGAATGGATGGACCACAATTGCTTTGAGGAGGTACGA s fr1.chrUn 236698895 226 + 349519338 CCTCCAGCCTGT-CTTCAACACACATCCTGCGAACCCTGCATGTCATCCAACTTGACCACAGGGTGCGGCTGGTGCAGCACACTTCAGCGGTAG-----------------------GCTGGGTTTTCTCAAAGATTATAGCTGCAGAGGGCAACTAATCAGTC-CCTCCTCACTGGGT-------------TTCAGATGCTCTGATGGGATCGACAGACATCGCCAGGAGTGGTTAGATTACAACTGTGCCGAAGAGGTGAGA a score=1631 s danRer3.chr4 13030823 104 + 33808418 GAGGATGACCAGGTGTACCTTCCTTCATTTGCGCTTTCTGTGAAATTGTGACAACAGTCGGACTAAGGAGGTCAAGAACTATGTTGCATGTCAGGTCACATAGT s fr1.chrUn 63161087 92 - 349519338 GAAGACCACCGAAACTACCTTC----------GTTTTTTGTGGCATAAGGACAATGATGTCAATAAGGAGGTCATTGATTA--TTGTATGAATGTCCATGTATT a score=1761 s danRer3.chr4 13030929 90 + 33808418 TGGCTCCAAAGCCTAATCTCTTTGTACCTAGGCTCGAATTATGTGATGCAGTCCTAACAATCA-------GTGTCTAAACcagggctggattggcta s fr1.chrUn 63161931 97 - 349519338 TAGCACCCCAGTCAGAGCCCACTATACCTAGGCTCGAACTTTGCGCAGCCGTCATGGCTGTTGAGATGGCAGATCTAATCAAGGACGAGTTAGACCA a score=1464 s danRer3.chr4 13032772 492 + 33808418 TTCTACACAGATAGTAAAGTAGTGTTGGGTG-----------GGGTCAAGACGGTTCCATGTATATGTGAGCAACAGAGTACCATCGCATCAGACGATGTACAATGCTTGATCAATGAAGGTATGTGCCCTCTGACCAAAATCCTGCTGATCATGGTTCTCATTC---------TGTTCTATCTGTGACCACAAACTGGCTAACAGGACC---CTTAAATTTTCCTCTGTCCATC---------------AGAGCCATCTTCCGACTGCCTTTGCCC-------------ATATAAGGATGCATGTTGAAATTCCCTCAGAAATGTGTCTCCTC---TACCCACATCAAA--GATATAAGCAATTCTCAAACTCGACAACAGCTGTCAGAGAATTGGTTTGGCATTTGTTTTTAAAGAGTCTGTATTTAAGTGATCATCTGAAAGCAtgaaaacgcataagttttgctaaggttacgccatccgtccatactacgcaggagttttcgagcaccgtaaacggagcaatttgaaa----------atgctgaagaagccg s fr1.chrUn 63162047 525 - 349519338 TTCTACTCGGACAGTAAAGTAGTCCTAGGCTACATTTACAACGAGTCTAAGAGATTCTACACGTATGTCCACAATAGAGTGCAA-CACATTCGCCAGTCATCAAAGCCAACACAGTGGCACTATGTGCGGACAGAAGAAAACCCCGCGGATCATGCCTCCAGGTCGCTGACACCTTCTCAACTAGCAAAGTCAACCTGGCTTACTGGACCGTCCTTCATCTACCATCCGCCTGTTGAGAACAAAACCTTGAGAGAAATGTTTGAGTTAGTTGAACCAGAGAAGGACTGTGAAATAAGGCTGCA-----AGGTTTTTTAAAAGGGGGGGGTCTCCAAGTACTTACTTGCAATCGTTTTGAACGCTTTTCCACCTTTGAGTCACTTGTGAGAGCACTGG-----CATTTCTTATCCACATCGCTA---------AATCATTCAACGGCACAAATACAAACAGTGAATGCAAAGGCTGGCACAAATGTCCCT-------------TTCCTCGAACAGTGGACGAAATGACTCAAGCCAGACACGTCATTCTGAAAGAGACA a score=4070 s danRer3.chr4 13033593 156 + 33808418 GGCAAATTAGATGAACAACAAATGGC----TGACCAGCAGAGAAGCTACAGGTGGATCTACCTTTTTCTTATGTTAGCTTAGTTGTTTTTGGGCCATGGTAAGTGATCACATGCTGCACATCAAGTGGACAAGCCAATAGCAAGAGGTGAGGAGTTTTGT s fr1.chrUn 63162917 160 - 349519338 GGTAAACAGCAAGAACAACGCATGGCAGATTTACCAACTGAACGCCTCAAAATGTGTCCACCTTTTACCCATGTCGGCCTCGACGTCTTTGGGCCCTGGACAGTAGCTACCAGACGCACCAGAGGTGGACAGGCACAAAGTAAGCGCTGGGCCATCATGT a score=1658 s danRer3.chr4 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aacagatgcccaagccacctctgctaacttcg---------gaggagcagtgactctactccgagctccacccgggtgacaggggtcctcaccctgtctataagggtgtgccttgccaccctatgaagaaaactcatttcagccacttgtatccgagattttg-cctttcggtcatgacccaaagctcatgaccaaaggtgagagtaggaaaatagattgacctgtaaatcaagagctttgcctttcggctcagcttcttctttaccacaacagaccggtacaatgaccacatcactgctgtcgctggactgacccacc s fr1.chrUn 62692066 289 + 349519338 aacagccaccacagccaccacagctgattccactcggcacaaaggagcagcagttccactctgagctaatccggagtggctgagcttctaaccct--ctctaagggagcacccagccaccctgcggaggaaactcatttcagccgct-gtatccatgagtttgtcctttcggtcattacccaaagttcatgaccataggtgacc-----aggatgtattgaccagtaaatt----------------gTCTCAATTCTCTTGTTACCATAACAGTC------AAGGACTGCACAAGAGCATCGGCTGCACCAATCCACT a score=5348 s danRer3.chr4 13048549 162 + 33808418 gCCCAAGTGCATGCTGAAGGTCTATGTTTGAAGAAGCCAACAGAATGACATCATCTGCAAATAACAGAGATGAAATCCTGTGGTCCCCGAACCAGACCCCCCCAG-CTCAAGGCTATGCTTTAAAGTTCTGTCCATAAAAATTATAAAAAGAATTGGTGACAA s fr1.chrUn 62692355 136 + 349519338 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ccgacagaataccccaagggagttggttgactgcattttcctgatcaacaaatcacatgttgactggttaggaaaattcctgtgaactgtcaagcatcctgtggagggtattgagaaggtccagtg--------------------------ttGTCCTCCTGAATTC---------------------------------ATAC----------------------------AGAAGT----------Catactcagcacacaccatcctgttctccctttttaaaaagaggtagcactgccac----------tcccgcggcactgttcctgactgccacatgatgttgccgagg---------caggacagctctacaacatccagagacttaaggtactcagggtgtatctcatccacccatgtcaacttgcctcagagaaacttgtaaattaccacagtgactttggcttgggtgatggcagagtcca-catgagagcctctccttcc a score=7429 s danRer3.chr4 13049327 203 + 33808418 GAGCTATGTTGTCGGGGGCTA--ATGCCCCTGGTAGGGTCTCCCAAGGCAAAAAGGTCTTAGGTGACAGTTCAGACTAAGTGCGGTCCTAAAACCCCTTATTAACTCAATCACATCGAGGATCGTGACGTcgcccggtatggcgtagtcggggccccaccctggagccaggcctggggttggggcttgtatgcgagcacctggtg s fr1.chrUn 27495997 191 - 349519338 gagctaagttgtccagggctgttatgctcctggtagggcctccc--------------ctaggtgaagggccaggctaagggtggttcaccaacccaccatgaagaggacacaatcaaggttttatatgttgccccgattggcgttactggggccccaccctggagacaggcctggggttggggctcacaggcaaccgcgtgttg a score=418 s danRer3.chr4 13049638 9 + 33808418 attgttgaa s fr1.chrUn 27496188 9 - 349519338 ATAGTTGCA a score=1544 s danRer3.chr4 13049670 77 + 33808418 ctaagacaacccgatcgtcgagcacagatactggctctatggacatGGAATGTCACCTTACTGGGAGGGAAGGAGCC s fr1.chrUn 37431120 69 - 349519338 CTTTGACGACCCAATCCTCAGACCAAAGCTGTGGTTACAGGAGCGTGGAAC--CCCCT------GAGGAAAGGAGCC a score=3282 s danRer3.chr4 13049784 124 + 33808418 ATAGTTGGGCTCACCTCCACGCACAGCTGGGGCTCTAGAACTCAACTTCTTGAGAAGGGCTGGACTTTCTTCTACTCTGGAGTTACCCATGGTGTGAAGCGGCAGGCTGGTGTGGGCTTGCTTA s fr1.chrUn 27496197 86 - 349519338 ATAGTT------ATCTCCACACACAGC--------------------------------ATGGACTCTCCTCTACTGTGGAATTGCCCAGGGTGAGCAGCTGCGGGCTAGTAAAGACTTGCTCA a score=1410 s danRer3.chr4 13049908 150 + 33808418 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agtcgagtttca-gtggattcagatgtaaatgt---agcgggagctggtttttcccgcattcccacatgctgggttgtggagtcaattgtttctgttttcggctcatgtttgaattgtcaaagacatcaaaatatttgtaatatcaattcttacagGTATTACTTGTTGATTTCTGTGTGCTGTGTTTTTCCATAGGATGCAGTGTTCATCTACCTCCATCTTGTTAATTTCTATACCTAAACAACTCTGTTTTTCTTGCCTGGGCAGTATTTAATTGTAAAATTGAAGTCAGCTAATTCTGCCACCTATTTAGTTTCAGTTAACTTGGATTTAACTTGACAGGGGAGAGTATGTATTTTAAAGGATTATTGTCACTGTAGGGTGTGAAGAAGGGGGCATAATAAAGGTAGTCGCAGAAACTCACAGCAAT----CATTTCAGAGCAAAAAAAATCCAATTTGACTGAGTGGAGGTTATAGTTTTTCTCAGATT-TGATAGTGCCCTGGACTCAAATGTAATAATACTGAATTTTCCATCTTGTTGCTGGTATAATACAGCGCCCA-----TTGTTAGAGACATCTGTGTGCAATACAAATGGTTTAGAGAAATCCGGGAATGCAAGAACAGGGATTGAATCAGGTAATTA--CAAATTTCTCCAAAATTTGATGGGTCTTAGTCCATTCAACAGGTGTATGCGATGGCACTAC---ACTTACAT------------TTTTCTTTCATAGTCACAACAGACCCTTTAGCTAAGACA---TGAAGAGGACTAGAG----GACCAGACTTCATGAAGAAGTTCCTG s fr1.chrUn 27412960 725 - 349519338 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agacagagaggaagagatg---aagaggagagaagagggg---aaaCTGGGTCAGGCAGGAGAGCAGGTAGGGGTGGACTGACAGTAGAAATGTTATTGACTCCCCCCCATCTCTGACCAGCAATTACACCTCTCCAAATTATGATCTATACTGGCAGAGTGGCGCTGACCAGGGATGGAGATAGATGGAGATAGATTGACCCGTGTCTCCTTCCTCTCCCCCCTTTCAGTCTCTCTTCCTCAATCTGGTTTTTTTTTTGTCCAATGGAGACAGATGGCGTGGGGCTCCTGGTGTCGGCCCCGGCAGATTGATTATTGATCAGAAGGACAGAGATGGATCGAGGGGAGGAGAGGACATTGAGGAAAGGAGGAGA-AGTGGGAGGAATTTATGGAATTTGTGTTTCAGGAGCAGGGATGTGGGGCCAGGAGCAGGGATGTGGGACCAG---------GAGCAGGGATGTGGGACC a score=14780 s danRer3.chr4 13086516 538 + 33808418 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danRer3.chr4 13214482 938 + 33808418 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danRer3.chr4 13301279 396 + 33808418 TTAAGTTAAAAATAAACAAATAAAAGAATATTAATAGACAAATAGATTAAAAAAATCCAAAAGCGTGCTGAAAGAGGTCCTTGACAATGAA----------AAAAAGTTTTTAGAAGCCCAAACAGGGAACCTTAAACACTTAC-TATGAAGaaaaaataataataaataaaataataaaGAGTGGGGAAA------------AAATAATAAAAATATGGGGCCTGGAACCAAA---------------AGATTTTGCTTTTTGATGTCTTCTTGATTCAAATTAGTAAACCTTTAAGTTTTTCCAAAGTTTGTACCCAAAGTCTGATGGTGTCCTCACTTGCACCATGGATGTAAGCAGTGGACATTTCCAGATACACAATATCAATAAAAGTTAGAAACCAAAGATGGTGATAAGGAGAATGTGGAGGATCC s fr1.chrUn 12629584 396 + 349519338 TTAATTTTCAAGTAAA--GGCAGAAAAACAATACGGAAGAAACAAGCCCAAGG---CCAAGAACATGCCATAGGACAAAAT--ACAATGGAGGCACCGTTGAACAGAGATTTAAAA-----AAAAAACAACCAAAAACACACAAACACAAAAAACAAACACAAATTCACATATTGACAAAGATGGAGGAAACTGCACTAAAAAAAAAAAAGAAAACACCGGGACTATAGTAGAAGAGCTAGAGGAGACAAGATTTTATGTCATGCT-TCTTAAGGACTCAGCGGCGCTACGCCATATGTT-------------------------GATTGTGGTTTCATTTGCACCATTAACCTGAGCAGTTGAAAGCTCCATGTAAATGACATCGAGCAGGAACAGTACCCAAGACTGGTTGGTCAGAGAGTGAGGTGGTTTC a score=9471 s danRer3.chr4 13303591 470 + 33808418 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ATTTCAGCCCTTTTCTTCTCCTGTTAATTTGTCATCACGTCTGATTGTTTAATTTCTGCAGGAAAGCCACAGAGGACCAACGGGAAGTTACATGGAAAAGTGTATGTGGGCAGCTCTCCCTCCCCAGTGGAGTTCACCGGCAACGATCTCCACTCCTACGTTGTGGTGAACGAGGGACGTTCCTACGTGGCCATCAGTGAAATTCCGAGCTCCCTGGGGCCCTCCCTGCAGCCCCTGGCAGCCGTCGGCAGCGTGATCGGCTGGGCTTTTGCTCTGGAACAGCCCGGATTCAAGAACGGCTTCAGCATTATTGGTGAGGGAAAACTGGCTGCGTGTTTGGGGTTTCTCA-------TGCTCCAGCAGAGAGAGTCAAAGGTTTGGCTGCAGGAA------GTACACACC-------TCGGATGGCCC------------CGAGCGATCCGCTGTTCAGCTGCACTTTTCCTGGCTGTCCGGCTGAATTCCTCACGTTGCTTCAGCTGAGGCAGAAGGCAGGAAGCCAAAGTTCAGGCC a score=7159 s danRer3.chr4 13327890 297 + 33808418 TGGTGACTTAATAATATTTGTCTGTAGTAAAATGAGTGAGCCACAACACGGCTCTTT----------AACGACCTTTAAAAG-------CAACATTTTTGTTTCG---------CAGGTGCTGAATTCACTCGGCGTGCTGATGTGACCTTCTCTCCCGGTAACCAGCGTCTCAGCATCGTCCAGACAGCCACGGGTTTGGATAACCAGAACTACCTCAATGTGGACACTCATCTACAGGGCAGCGTTCCCTTCATCCCTCCTGGTGCCACAGTGCAGATGGAGCCATTTAAGGACACCTACCAGTATTATCCTTCATGTAAG s fr1.chrUn 222128465 323 + 349519338 TGTAGACGTTCTACTTTTTGTCCGATGCAGAAGAAACATTTGTCATGTCTATTCTTTTAAAATGTAAAATAACCTACAAAAAACGGAGATAACACTCTGGGTTTATTCTATGATCAGGTGCTAAGTTTGCACGCCATGCAGAAGTGGTCTTCTACCCTGGAAACCAGCGTCTGTCAGTCATTCAGACGGGACGGGGTCTGGACGACCACAATCACCTCACCGTTGACACAGTGTTGAGTGGCAGTGTGCCTGTCCTTCCCCCTGGTGCTGAGATTAGCATGGACCCCTTCAAGGAGATATACCAGTACTACCCATCCCGTAAG a score=8979 s danRer3.chr4 13330977 288 + 33808418 AGATTGTTGTGAATTGTTTTCTAAAC--TCTTGCCTGTTTT-----TTTCTGTTCTCAGTGATTACTTCCACATCGGTGCGTGAGTTCAAAGTCGTGTCAGCTGAAAACGGAGCAGAAACTTTCACTTTCCAAGTTAAGCAGAACATCACATACAGGGACTGCAGTCAC------AGGCCCCGCAGCAGACTGGAGACACTGGAGCTGAAGATGGAGCGCGTATTTGTTATGTACGTCAGAGAGGAGCGCATCCTTCGATATGCCATCACCAACAAGATCGGACCACTAGGAGGTAAGCTT s fr1.chrUn 222129230 298 + 349519338 AAGCTGTTGTCCATGGTTGCATCAATGGCGCTGCTTATTTTCACTCTCTCTGCTTCCAGTTGCCACCTCCAGCTCTGTGAGAGAGTTTACGGTGGATTCAGCAGATCGAGGCTTGGAGTCCTTCTCTTTCCAGCTGAAGCAGAACATCAGCTTCCAGGATTGTCGTCACGACAACAGGGCCCCTGCC---CTGGAGACCCTGCAAGTCATCATGGAGAGGGTGTTTGTGATGTATGTGAAAGAGGAGCGGATCCTGAGATACGCCATCACCAACAAGATCAGTCCCGTTGGAGGTGAGTCT a score=7570 s danRer3.chr4 13341521 202 + 33808418 TTTGTGGATTAATTTGCCTTTTCATCCTTTCACAGCTGTAGAT------CCCGAGCCAGAAAACGTAAACCCCTGTTACTCTGGAAATCACGACTGTGATACAACGGCTCGATGTGTGCCAGGTGAAGGACAGCTGTTTTCTTGCCAATGTGCCACAGGTTACAGAGGAGACGGACGCAACTGTTATGGTA-AGAGACGTTATAATTAA s fr1.chrUn 222132201 209 + 349519338 TTTTTACATTGTTGTGTTTTTGTTTCTCCTCCCATCTGTAGTTGAATCCACTAGGCCAGAGCTGATCAACCCCTGCTATGCTGGAAACCATGACTGTGACACCACAGCTCAATGTATCCCACTGGAGGGCCAGGACTTCCAGTGCCAGTGTGCCACTGGTTACAGAGGAGATGGACATAACTGTTACGGTACAGAGTCCTGCTGAATAA a score=-358 s danRer3.chr4 13345794 138 + 33808418 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TCAAATATTTCATT--TAAATGAATTATTTTTAAAAGTTAATTTGAATGAAGGATTCAATGATTCATGCACCTGTAGTAGACT-TGACTAGTTTTAATGCTGGGTTTATTAGCATTTTTGAATGAATCAATAAATAAATGATT-----CAGTGACTCACTCATAAATACTTAACTTCATCAGTAGATAAATCATCATTTCTGAACGATTGTCTTGAATGAATGATTCAGTGACTCACACATA-----------------AAGGCTTCACTAGTTTCACAACTGAATG-----AATCAGCATTT-TGAATGAATCTCTT---GAATTAATAACTCTA--TGACTGCA-CTTAACTAGTTTCATTAATGGATGATTCAGCATTTTTAAATGAATCTCTTCAAGAACTGACTTATTGACTTATTCATAAAAAGTTTTTATCGAATC----GCCTGAATGAATAGTTCAA-----TGACAAATACCAATTGATACAATGTAAAACTGAGT--CATTGAA----TTAAACTCTAAAGATGCTTTACTCCATTTTGATT-GCAATACAGAATAG----TTATATTTTTGATTACTACACAGAAATGATGTGTTTGAAAAGATTAAAGACTGGAGCT-------------GTTTCAAAACTCTTTATCCATAAACTTTGC-TGTAACACTTTTCTAATTTTTAACA-----GCTGTAATTCAATAGGATTAAGAGAGTGTGTTATGTCAAATC-----TTTAGTGACAAAACAAATCAAACATTCAATAAGTAAACAGTATTTCTGGCCAAATTCATTTACTGTACAG----TCTTATGCAAAAGTCTGGCCACCTCTGGTAATTTTCATTAT----------------------------TGTAAGCTGAAAAGCTGGCCTTTC---TAATCAGCAATTTCATGCAATAAAATGTAAGCCATAAC--AAACCAAAAATTTGGCCACCCCAATGGAATAATGACATCAATCTAGTAAAGCCACCTTTCGCTGA-AATAACAGCCAGTAGACACTTCTCATAGTCAAGGATAAGTCCCTGAATTGTTGCTGAAGGCATTTTGGACCATTCTTCCTTGCACAATTCCTCCTGTTCAGTCAGGTTT s fr1.chrUn 332949157 1086 - 349519338 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danRer3.chr4 13391774 17 + 33808418 ATGTGGTGGTGGTCATG s fr1.chrUn 108249469 16 - 349519338 ATGTGA-GGTGCTGAAG a score=13669 s danRer3.chr4 13391791 353 + 33808418 TTACACCACACGCCATTGCATTATACTCATGTCCTTTCCTCCGGTGGAGACTAAGTGGCTGTCGTCAAACAGGAAGTTAACATTGGTGACGTGGCTGCTATGTCCACTGTAGATGTGACTAGGCGCCTGCAGAGAGAAACAGGACAATGTTTTATCCTTATTTGGCACCCGGATGAATCATAACAATATTTATAAGAT--CTAGAA---GTGTTT------------CGTACCCTGGACTGAGAGCAGGGGAATGAAAAGAGGTGAACTTTGCCAAAGTCGTCTCCAGTCACCAGCAGTCTCTTTGCATATGAACTGCACACAGCATTGATGTCGGTACCGTCTGAGCCATCTGGCCACAATCCTGATGA s fr1.chrUn 119608004 356 + 349519338 TCACACTATCCTCCACTGCATCACGCTCATGTCCTTCCCCCCGATCGACACCAGGTAGCTGTCGTCGTACAGGAAGCTCACGTTGGTCACGTGACTGCTGTGGCCGCTGTAGAGATGGCTCGGAGCCTGGGGCGTCAAACACAAAT--------------TTTGACAAATGACTGACCCTGAGCAGGGTCTCAAAGGCTACCAGGGTGGGTGTTTTGTGTGTTGCCACGTACCCTGAACTGGGAACAAGGGTACGTGAAGAGATGGACCTTCCCGAAGTCATCTCCAGTCACCAGGAGGCTTTTACCGTGACTCCTGCAGACAGCGTTGACATCAGTGCCGTCTGAACCGTCAGGCCACAAGCCTGAGGA a score=6353 s danRer3.chr4 13392619 133 + 33808418 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attaatCTGATTTCATAAAAATAGTCTTGTGGCTTAGGGGAGATTACCTCAAAAAGACCCTGCTTTTTCACAAGAGACCCCTTTTCTAATGACCAGAAGCACAGATGTGATTTCCCACATGTTACAATTATATTAGCATCTGTCGGGTGGAAATCAGCAGCAAACACTGACTCATTGGAGCACTAAAAGGGGAGAGAAAAAAAGACATAGATGCGCAAATCAGGTTATTTCTGCACTCCCAATGCTGACCCAAAGTAGACAATGCTAATAAATCTATGCTGAATACTGAAGCACTCACCTTGACTTCAGCGAGTCTGTCTTCCCTCTGCCAGTCCCACACAGAGAGCATGTGGTCATTGGAGTCATCCACAACACACAACCAGCTTCCACCGTTCTGAATGTAATGAAAGTTTTTTTAATAACAC s fr1.chrUn 119611220 373 + 349519338 ATTGATCTAACATTTGGGAAGCAGTCTGGCGGCGCC-------TCACCTCAAACAGCCCCTGCTTCTTGACCAGCACGCCTTTCTCCAGGCTCCAGAAATACAGATGAGACTTGCCACATGTCACTATGACGCTGCAGTCTGTCGGGTGGAAGTCCACACCAAACACCGAGTCGTTGGAGCACTGAAGGCAGAGGAAA---------------------------------TGCTGTCGCTACACGTGCGCATGCAGGATTCTGTTAATATTTTTGTTCTTA----------ACTCACTTTAACTTCAGCCAGCCTGTCCTCTCTCTGCCAGTCCCAGACAGAAAGGACGTGGTCGTTGGAGTCATCGACGGCACACAGCGTGTTTCCTCCATTCTGAAGGTAA--AAAGCAGCCGTATTCACAC a score=10717 s danRer3.chr4 13403859 417 + 33808418 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tcatcttgttgaatcgctgaataactcttc-----tattggaagtcgctttgctcaaaagtgtccgccaaatgTATGTTTCCACCCAGT-----------TTCGAACAGAGGACCTTTTGCGTGTAAGGCAAACATGATAACCACTACACTACGGAAACTT-------GCACCTACGCAGAAAGCAG-ATAACCTTTTGGA-----TTAGGTACCTTTTGACAA--TCGTCCTAAGAG--------------GGCATTTGATGCTATCATTTTCTCGCCAAAAAGCAGAACACTGTTTCTGCTCGATTTCGAACCGTTGACCTTTTGCACATGAGGCGAACGTGATGACCACTTCACTACAGAAACCCCACAGGTCCTTTTTACG------TCCTCACAG s fr1.chrUn 139168152 374 - 349519338 CCTTTCTGTTGATT---TCAGCAACACTGTGGGAGTGTGGGAGGTCACCT--------GGTGTCCACACATGACAAATTGCAACTCAACACTACGGTGCATTTGTCCAGATGGACCTCCAGCTGGGGGGCTTCCTTTTGGATAGTAACACAACGAAGACCTAGTCTGAACACCTGTGTTGGCTCTGGTACAGCAGCCTGGAGTACCTGAAGTATTTGTGGAAGATTTTGTCGTCAGAATTTGCAAAAGACGCAGCACGTGAGG-------TTTTTAACCAATAAG--------TGTTTCCGCCCGGTTtcgaaccggggacctttcgcgtgtgaggcgaacgtgataaccactacactacGGAAACCAGGTGAGGACAGTTTCCGGAAGTTTCGTCACAG a score=-1351 s danRer3.chr4 13500034 225 + 33808418 CAGAAAAAATGTTTTCAGGCAACGTCAGTGGT--GAACAGAAGCATGATTTGACAATTGTCATAAAAGTCAGAGGTTGTTTCTGCCCAGTTTCGAACTGCAGACCTTTCAGGTGTGAGGCGAACATGATAACCACTACACTACGGACACATGCACCTATGCAGA----------AAGCAGATACCCT---TTTTGATTGGGTGACTTTTGACAATCGTC------CTAAAGGGGCATTTGATGCTA s fr1.chrUn 210362893 213 + 349519338 caggaaggatag----gaggaaggacagaaggaaggacagaagcaag----gacagaagaaaggatagatggaag------------------gaaatgagga-------gggataggaggaggaaggaCACTTCTGGAAAATAGACGATAAAACCTTTGCAGAGTATCGACCTAAACAGTGACTCCAGCTCTTGCTGGGCAGTCGACAGCTGAGTGTGAAGTGGCTGAAGTGGCAACGGCTGCTA a score=2150 s danRer3.chr4 13500276 46 + 33808418 AGCGGAGCACTGTTTCTGCTTGGTTTCGAACCGTTGTCCTTTTGCA s fr1.chrUn 210363475 46 + 349519338 AGCCAATAAGTGTTTCCGCCCGGTTTCGAACCGGGGACCTTTCGCG a score=-920 s danRer3.chr4 13500322 241 + 33808418 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TAAAATTAATAAAGTGTTTCCGCCCGGTTTCGAACCGGTGACCTTTCGCG---------AACGTGACAACCACTACACTACGGAAACGTGAATGAA a score=-1203 s danRer3.chr4 13500722 173 + 33808418 TGCAGAAA---------GCAGATAC------CCTTTTGGATTGGGTGCCTTTTGA---CAACCGTCCTAAAGGGGCATTTGATGCTATCATTTTCTCGC------CAAAAAGCAAA-------------GCACTGTTCCTGCTCGGTTTCGAGCCATGGACCTTTCGTGTGTCAAGTGAACATGATGACCACTTCACTACAGAAACCCCA s fr1.chrUn 139168109 206 - 349519338 tccagaaggagctccacgtagatccgccactcctctgcgttCACCTTTCTGTTGATTTCAGCAACACTGTGGGAGTGTGGGAGGTCACCTGGTGTCCACACATGACAAATTGCAACTCAACACTACGGTGCATTTGTCCAGATGGACCTCCAGCTGGGGGGCTTCCTTTTGGATAGT-AACACAACGAAGACCTAGTC---TGAACACCT a score=5793 s danRer3.chr4 13501178 106 + 33808418 ATTGTTTCTGCTCGGTTTCGAACCAAGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAAGGAGATGACCACTACACTACAGAAACCACACAGGTGCTTTTAGCAGGCAAGTTAGGC s fr1.chrUn 139176925 106 - 349519338 AGTGTTTCCGCCCGGTCTCGAACCGGGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACCAGGTGAGGGACGTCCACCGCCAGGTGGGGC a score=-436 s danRer3.chr4 13501414 489 + 33808418 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GCATCAAAATATTTGGGGCATGGTA-----TTTCTATAAACTTAGACAACAGGATTGATTATAAATCTACTCATTTATGTGTGCC-------TTCTACTTTGACTTTTACAattttgtgtcttctta a score=4906 s danRer3.chr4 13507193 182 + 33808418 cacttgaattctggacagtctttcagcatgtgttccgggctcatgcacagcctacGTCAGTGCTG------------------------AACAGAAGCATGATTTGACAATTGTCATAAAAGCTAGACGTTTTTTCCGCCCAGTTTCGAACTGGGGACCTTTAGTGTATGAGGCGAATGTGTTAACCACTACACTACGGAAACTTG s fr1.chrUn 210361417 198 + 349519338 CAGTAAGATTTTGGACCAT-TTTCATCGTTTGCTGCGCGATGTTCCGTAACTGAAGT-ATTGTTGGAAGTTTTTGTCGTCAGAAGTTGCAAAAGACGCAGCCGTTCATAATTTTAACAAA---TAAGTGTTT---CCGCCCGGTCTCGAACCGGGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACCGG a score=2883 s danRer3.chr4 13507377 328 + 33808418 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CGG-----GTGAGGGACGTTCACCGCCAGTAGGGCTGGAGTTGATTGATTAAACGTGGCACTAAAAATCAAAAAGGAACAAAATCTCAGGTCAAAGTATCATCATCCCG--ATAGTGATGTGTGTGATGTTGAGCTGAAGAAGAGGAGGAGGAAGAGACGTCATCCAAATACCa a score=4759 s danRer3.chr4 13508141 96 + 33808418 TAAAAGCAAGAGGTTGTTTCCGCCCATTTTCGAACTAGAGACCTTTTGCGTGTGAGACAAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACTTGCACCAA s fr1.chrUn 139171301 87 - 349519338 TAAAATTAATAAAGTGTTTCCGCCCGGTTTCGAACCGGTGACCTTTCGCG---------AACGTGACAACCACTACACTACGGAAACGTGAATGAA a score=-2689 s danRer3.chr4 13508237 453 + 33808418 TGCAGGAAGCAGATACCCTTTTGGATTAGGTACCTTTTGACAATTGTTCTTTTGGGCGCATTTGATGCTTTCATTTTCTCG-CCAAAAAGCAGAACACTGTTTCTGCTCGGTTACGAACCGAGGACCTTTCACGTGTTA---GGCAAACGTGATGACCATTAC----ACAACAGAAACCACACAGGTGC-----TTTTAACAGGCAAGTTAGCCCTCCCAAGATAAAACAAGGGGTCCGCGTTTGTCGATCAAGCGGACAAAGCATA---CTCAGTGTGACAAGCTCCCTGCTGGTTTTAGCATACAC----GTCGTTTGATAAATCAAATCTGCATACTTCGCACCAGTTTCTAACAGGAACCGTTCCGCATGCAAAGTCATAGTGA---TAATCACAGGAGCCTCCGGTTGGGGTG-----TGAGCACCATCTTGTGGTGCCATCGCAGAG----AGTCTGTTCACTACTTTCCACAATGATA s fr1.chrUn 210362974 435 + 349519338 taggaggaggaaggaCACTTCTGGAAAA--------TAGACGATAAAACCTTTG-----------------CAGAGTATCGACCTAAACAGTGACTCCAGCTCTTGCTGGGCAGTCGACAGCTGA--------GTGTGAAGTGGCTGAAGTGGCAACGGCTGCTACTGGAGCAGGTGTGACACACGTGCAACGTTGTTCACGGAGAAAAAAACCTTTCAGGAGGCAGAGGTGATTCACACGCTCGCAGATCAATCAGGAGACACACAGACATCGGTCAATTCACCTTTCTGTTGATTTCAGCA-ACACTGTGGGAGTGTGGGAGGTCA------CCTGGTGTCCACACATGACAAACTGCAGCT----------CAACACTGTGGTGCATTTGTCCAGATGGACCTCCAGCCGGGGGGCTTCCTTTGGATCAGAGCCTATTAACACGACAAGGTCCTAGTCTGAACACCTGTGTTGGCTCTGGTA a score=5669 s danRer3.chr4 13508690 160 + 33808418 TAATTCACTGTTCCACGCTCTTCCG-------AGTA-cactgaataactcctctattgtaagtcgctttgctcaaaagagtccgccaaaCATAT---------------ATTTCCGCCCAGTTTCGAACAGGGGACCTTTCGCGTGTAAAGCAAACTTGATAACCACTACACTACGGAAACCA s fr1.chrUn 139176826 176 - 349519338 TCATTGTTTGTTGCGCGATGTTCCGTAACTGAAGCATCGTTGGAAGATTTTGTCGTCGGAAGTTGC-------AAAAGACGCAGCCCGTCGTATTTTTAACCCATAAGTGTTTCCGCCCGGTCTCGAACCGGGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACCA a score=3644 s danRer3.chr4 13509291 512 + 33808418 ACTTTTTGAGCGATATCGTTTTTCACGTGAGGGTATCATGTACAT-TGTAAATTTGTTGGATCCTCATATTAAAAGTTTGACCCGTCGGAGTCGGGCTTTAACATCAGCACAAACCGTGTGTATCGGGTTAAGATACTTTGCGAGTGGCACTTTTCTTTATACCATCGGGGAT-GCAGAGAATTTGT----CCAAAAGTGCTGTCTGTCGTGCTATTC----GCAAAGTTTATCTGGCACTGAAGCAGTTTTTAGGAAGTGTTGTTGTATTTCCTAGCCACTTAAGACCACAAGTGGTGAAACAAAGC-----TTCTTCGCCATTGCAGGTACCTTATATTTAGAAATTACTAATGAAGATGGTGTTAATATGTGCACGCCTAAATAAATTTGATTATGCCCCAggcttccctaatgtgattggtgccatagactgcacacacattcaaatcaaggccccccctggccctaatgaaggagattttgtgaaccgaaaaggggttcacagtataaatgtgcaggtaaGT s fr1.chrUn 38267270 437 - 349519338 ACTTTATTCGAGATATCGTTTCGGAACACAGGATATTATTTATTTATGTGATGTTCTTCG-CCCTCATCTTCAAAGACCAACAGTGAGGAGCCATGCCTCGACTATGGAGGAACAGGTGTTGATTGCTCTTCGTTTTTTTGCAAGTGGATCGTTTTTTGAAGTTATTGCAGATAGCATTGGAGTCACAAAATCAACAGTGGGATGTGTGGTGC-ATTCTGTGGCAAGAGCTCTTTCA---------AGTTTATTAAATGAGTATGTGAAATTTCCTGAAAATGAAGAAGAAATTTCACAAAACAAAAAAACAGTTCTTTTCCATAGCAGGAA----------------------------------------------------------------------------TGCCGAACACTATTGGTGTGATAGACTGCACACATATACACATTCAAGCCCCTCATGAA---AGAGAGTGGGAATTTGTAAACAGGAAGGGGCGCCATAGTATAAATGTGCAGTTGATT a score=288 s danRer3.chr4 13510829 98 + 33808418 tatatatatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatacacatatatatataacaatgtgtgtgtgtCCTAGATGGTGTGTG s fr1.chrUn 36872183 97 - 349519338 TGCACACATATACACATTCAAGCCCCT-CATGAAAGAGAGTGGGAATTTGTAAACAGGAAGGGGCGCCATAGTATAAATGTGCAGTTGATTGGGAATG a score=4852 s danRer3.chr4 13510930 438 + 33808418 CTATGTACCATATCACAAATGTGGAAGCAAAATGGCCAGGATCTGTGCATGACTCTAGAATTTTCAGAGAGTCACATTTATACACATCATTTGAACGCGGTAAGGCAAAAAGAACAAAGTTTATTTTTATCCAAATTAAGACCCTAACATAAATGCCTTCTACAGGTGATTACGATGGAATCCTGCTTGGTGACAGGGGTTATGCTTGTAGGCAGTATTTTATGACCCCATTCCCTGACCCTAACCCTGGGCCACAA---ACTCGCTATAA---TGCAGCTCTAGTCAGG-----ACAAGGGCACGCATTGAAATGACCTTTGGCCACCTAAAGGGAAGATTTCAATGTCTGAAACATCTGCGAGTTGCACCTGACCGGGCATGTGATATTATTGTTGCATGTACAGTCTTGCACAATATTGCTACCATTAGAAGGGAGAGAATCCATG s fr1.chrUn 38267714 368 - 349519338 CTGACCTCCAGATAATACATTGTGTTGTACGATGGCCGGGGTCTGTACATGATTCTCGGATTTTAAAAGAAAGCCACATATAC-CACCGGTT--------------------------------------TCAACTAAACACTCCA---------------------------GACGGAATCCTCCTTGGTGACAGTGGTTATCCTCTTCTTCGTTGGCTGATGACACCTTTTGC-------AAC----AGTCACAAGCAACTCACAACAAAATTTCAACTATGCTCATACATCTACAAGGGGGACAATTGAGCACATCGATGGTATACTTAAACAGAGATTTGCCTGCCTTAATTATCTCCGTGTGGAGCCCAAAGAAGCCTGCAATATTATTTGTGCATGTATTGTGTTGCACAGTATAG----CACAAAAAAGAAGAGTGACCATG a score=1875 s danRer3.chr4 13511619 166 + 33808418 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s fr1.chrUn 58335722 2141 - 349519338 TTCATCTCCGCTCCATGAAAACCAAAGGCCCTCAAATGGAAAGACTTTATAAGAAAACTGGACTCCTGATCCACAAGCAAATGTACATTGCCCACATCTACCAATACAAGGATGCAATTCACCAAGCCAAGACAAAATACTACTCTGCCCAGATCTCCTGCAACAAAGGAAACACCAGATCTCTTTTCACACTTCTCAACAGAACTATCCAGCTACCTGACTCCCTACCTCCACACCTCTATTCAACTGACACCTGTAACTCCCTAATGTAGTTTT-TCAAGAACAAAATCCTAAACATTCACCATCAC---CTAGACACAGGCTCAC---TTCCCGCTCTCCAGCCCG------GACCTCCTCCCAGCCCACCAACTAATCTGCCTCACCATCATCAATTCTCCAGTTTTCTTCTCCCTAAAAATCTTATCCGGAAATCCAAA---CCAACATGTCAGCTGGATCCCCT-ACCCACCAATCTGGTCAAATCTTGCCTCCCTACTGTGCTCCCCCTCATTTCTGCCATCATTAAATCGTCACTTTCGACTGGAACTGTTCCCTCATCCCTCAAAACGGCAGCCATCATCCCAATCCTGAAAAAAACAGGCTCAGACCCCAATATTTACAACAATCTCCGTCCCATTTCTAATCTACCTTTCATTTCCAAAATCCTTGAAAAAGTAGTCGCCTCTCAACTACACACCCACCTAGCACATAACTCCCTTTATGACCCCTTCCAATCTGGTTTCCGCCCCCGCCACAGCTCTGAAACTGCTCTCATATAAATAACCAACGACCTTCTCACTGCAGCTGACTCTGGTTCACTTTCCATCCTTATCCTCCTCAACCTTACTGCAGCATTCAACACCATCTCCCACCCCATTCTACTCCGTAGACTCTCATCCATCGGCCTTGCCAAGACCCCCCTTCAGTGATTCCATTCGTACCTCTCAGGCCGCACACAGTTCATCCAGCTCAAATCATTCAAG-TCCAACCTCTCCCCAGTCACTTCAGGCGTGCCACAGGGCTTAGTCCTGGGACCCTTGCTATTCATTATCTATCTTCTTCCCCTTGGCGCCATCTTCCGCAAATTCAACATCCAATATCACTGTTATGCAGACGACACTCAACTGTACCTTTCAAGCTCGCCTAACTCCTCACTCCCACCCTCCTCCCTCCCCACCTGCTTAGCTGAAATCAAAGCCTGGTTCTCGTCCAACTTCCTTAAATTAAACAGTGATAAAACTGAAGTGCTCCTTGTAGGGATGAAATCATCACTCTCAAAAGTTGCCAGTTTCTCCATTCCCATTGACACCTCCTTGGTCTCCCCCTCCCCTCAAGTTAAGAGTCTGGGCGTCATCCTTGACAGCACTCTCTCATTTAAATCCCACATCAGCCATACCACTCGGGCCACCTATTTCCATCTCCGACAAATAAATCGACTTCGTCCCTCCCTCTCCCCCAACACCACCTCCATCCTCGTCCATAGTCTTGTCACCTCACGTTTAGATTACTGCAACTCCCTCCTCGTCGGTCTCCCTCAAAAATCTCTCCACAAGCTACAACTGGTCTACAATTCAGCTGCCCGCATCATCACCAGAACCCCATCTTCCCACCACATCTCCCCCATCCTACAACAACTCCACTGGCTTCAAATTCACTTTCCAGATCCAGTACAAAATCCTTCTACTCACCTTCAGAGCCATCCATAAACT-CCCCCTCCTTACCTGTCTGACCTCCTCCACATTACCATTTCAACACGCCCCCTCAGATCCTCCTCC----------------TCCCTCA-------------------------------------------------ACCTCACTGTGCCCCCTGTC--------TACCTCAGGTTGGTGCTATTGCAATTGTTATTGAAATCTTAACT-----------------GTGAAGCTGATGATGATTTTAAATTGTAAATA-----------GTTTTTAACTGTTGCAT----------------AGATGTACTGTAAAGTGTCCTTGGGTGTCTTGAAAGGCACTTTGaaaaaaaatctattattattattattatatGCTGGAAATCCTGCTCCAGATACACACACACGC-GAAATC-----TCTTCATAATATTTTGAGTTCAGAAGGATGCCGGCTGACAAATAAACTTATTTCTGAGGTA--------ATTTAAAATT--GTATTACAATAAAGTAATGCCACTTAGGGTGATGTCATCTGC---AGTTGTTGTTCCTGTATTGGATGCAGCCT 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taatatttaatattttataCATGAAGTCAT-------TGATTTTAATGGCCAATCAGCGTTTGCCATCTTCAATATAACCTAAAAACAGCATCATTTACAAA-----GAAAAATCACTTTTCATTTCCCATTTTTCTTTATTTTTTACATATTTC--TTTAATATTATGGTTGTAATGTTCTCTTCATTT---ATTTTATTCAAGCCTT-----TTTTTTCTATTGTTAAATTT a score=339 s danRer3.chr4 13538182 65 + 33808418 ctccaggactgagtttggacatctctgacctaaaaaaaagtatagccttaaaaaaaaTAACCCTN s fr1.chrUn 119382387 63 - 349519338 CTCCAGAGC--AGCCATGTCCTCTCTGGCCTCAGAGAACTCACCCTCCTCCATGCCCTCACCCAC a score=71371 s danRer3.chr4 13538256 1113 + 33808418 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s fr1.chrUn 189642846 1086 - 349519338 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AGACACATCGAGACAGAAGACTACACTTAAAGCCCCTCCTATTGTTTAAAAATGAATCATTTAAATAAAATCAAAGATGCTAAGTGTTTAAtcagtctaatcagtcagttaatcagtcagCAATTTTTTAACATTAATATTCTCACTGACCGATCACAGTAGGTTCCAGGTCAACAAACACAGCTCTAGGGACATGCTTCCCGGCTCCAGTTTCACTGAAGAAGGTGTTGAAAGAGTCATCTCCCCCTCCATTGGTCCGGTCACTGGGCATCTGTCCATCTGGCTGGATCCCATGTTCCAGACAGTACAGCTCCCAGCATGCATTGCCAATCTGAGCCCCAGCTTGGCCAACATGAACTGAAATACATTCACGCTATGGAGAGGGACATTTGTATGAATTTGGAATTATTCTGCAATGTTTTCCATAAAATCATCACAATCAACCTCAGTTAATGAACTAATATTTATAGGTAAAATAAAGAATAAAGCTT--TTGAAACG-AGTTACCATATCTGTTTTCCTCTTCT--CCAATGGCCAGGTATCAATAAGAAGATGAAGTGCTCGAAACAACTGTGTTCCTCTG-----CGTTTTTATACCTGCAGCTTTTGGTGAACTGTGATTTGATCCAGGCTGAAATCAGAGAAGCTACTGATG--GATGCGAGATAAGGTCATGCTTTTGACAGACAGACATGAACACAATGCAGAAAGGAGGTCACCACC a score=1244 s danRer3.chr4 13548004 313 + 33808418 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121 + 33808418 AACTCACCAGACAAGGCAGACAAAGCCCAGTACTCCGCTTTCATCTGATCCGCTATTTTAATTGCGTCCTGCTCAATTAGTGAATACTGCGCAGGAGACTGC---AGAAAAGACATTA-TGTTAT s fr1.chrUn 15549169 125 + 349519338 AACTCACCCGTCAGCGACGACACAGCCCAGTACTCCGCACTGAGCTCCTGCGCCAGCTTCAGCGCTTCCTGCTCCATCTGAGAATACTGAGCAGGAGACTGACAGAGGAAAAACAAGACTGTTAT a score=-1146 s danRer3.chr4 13557207 86 + 33808418 GATAACACATATACACTGGAAGAGACAGTACTAGATTATGTATAATGTCAAGTATCAAGTTAGCTATATTGGATTTAAAGATGAT-C s fr1.chrUn 169651730 83 + 349519338 GGTCACACCTCAAC-CTTTAACTTGTTTTATTAGCGT-TGATCAGTCTCCTGCATTGAG--AAACACTGTGAAACCAGAGAAGTTTC a score=5468 s danRer3.chr4 13557293 253 + 33808418 ACTCACACTCAGATCTTTCTTTGTTCCCACTAAGAACAGTAATACACTGGTAGGATCATTCTCTTTCATAGCGTCTTCAAGCCATTGTCTTCGGAAGAGAATGATAGATTTCAATGTGTGAAGCACACTGT--GTTTGTTAATCCAGTGGGTTAGTAAAGATGATGTAATTTACCTGGTGTGCTCCAGTGAAGCCACATCAGTCAGGTCAAACACAATGATTACAGCTGGAAATAGAACATGGAAAAGACCATGA s fr1.chrUn 15549585 234 + 349519338 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gctataaatgaacaaaggaaaattaggacctgttaaaaaagatttaagacc---taaaacacaacatttcAGTAGATTTCAGACATTTTAAGACTTTTTAAGACCCTGCAGAGACCCTGGAATAATTTTCTGG s fr1.chrUn 145132016 117 + 349519338 GCTTTA--TGGTCACAAGTAAATAAATGGTCGTACTGAAAGTTCCCTGACAGGGTTAATCAACACACCAGAGCTGGACCTGATTCTCTAATCACTTTTT-----TCAGCACTGACC---------TGATCTGT a score=11342 s danRer3.chr4 13558210 281 + 33808418 TAAGTTATGTACCCTGAGCTCCTCTGTAGTATGTTGAGGCAATGCATTTAAACCTCTCCTGTCCTGCAGTGTCCCATCTGAAAAATAGATACAACAAAACTGCTATAAAATAACCATACAAAAGACTGGGTCATAATTAATTTTACTGTCATAAAGT-------GTACTCACAGTTGCAGACTGAAGGGGACTCCGAGAACTTCAAACCTCTCCATTTCAAAGTCCACACCAATGGTAGCTTTGTAATTTTTGTCAAAGACATCTTTACAAAATCTACAAAACAGACT s fr1.chrUn 15549860 269 + 349519338 TAAATCGCTCACCCTGAGCGCCTCTGTAGTATGTGGAAGCGATGCATTTGAACCTCTCTTGTCCTGCGGTGTCCCACCTGTGCCACAGAGACAA-------------AACCGAAGGTTCAATGACCTGTGT------TACTGTAACCGGAGTAAGGAAGAGGGAGTACTCACAGCTGTAGGCTGAAGGGAACACCCAACACCTCGAAGCGCTCCATCTCAAAGTCAACACCGATCGTTGCTTTGTAGTTCTTATCAAAAACATCCTTACAAAACCTAGAAGCAGGATT a score=10655 s danRer3.chr4 13558518 309 + 33808418 TTATAAAACATTCATCTGTGAACTGACGCTTTGCTCACCTATTAATTAAACAGGTTTTCCCCACCGCCAGATCACCAACTACAATAACCTTGGAGATCTTAAACCTACTGGACAAAAGGCGAAAAAGCACAGGATAAAATCACTTCACCAATCCTGAAAATGCCCCAAAACCATTGATTTAACAAAGGATAACATC-TCACCCCACAGTTCCTGTCCTCTGCTGCTGACAGGCCGTCTTCACCTTGCTGTGAAATTCATTCTCTGTGTTCAAAGCAGCGCCTCTGTTGAAGCACTACAACAGAAGTGAAT s fr1.chrUn 15550824 302 + 349519338 TCCCAGAGCATTCGACTATTAAGTG--TTTGAGCTCACCTATTAATCAGACAGGTCTTCCCCACAGCCAGGTCCCCCACAACGATCACTTTAGAGATCTTAAACCT----GACAAAAGAAGAAAAAGCA--GGCCCAGAATAATCAACAGGGAGAGAGAATTACCCAAACCCAACCGCTCTCCGGTCCCTGCTGTCCTCACCCCACAGTTCCGGTCCGCTGCTCCTGACAGGCCGTCTTGACTTTGTTGTTAAAATCCTCCTTTGTGTGCAAAGCTGCTTCTTTCCTGAAACACTGAGAGGGACGAGGAT a score=33 s danRer3.chr4 13558832 94 + 33808418 CACTCATCAGTTCAGATAGAGGAAACTAAGGCCccgtttaca--ctagtgcgttttagtatgaaaacgcata-agttttgctacggttacgccatcc s fr1.chrUn 228475223 94 - 349519338 CGGTCGT---TCTGGATGGGAGGAAGGAGGTTCATGGCTGAAACCCAGACAGCTTCAGCTCGAAAGGACAGATGGTTCCGCTCAGCTTCTGCTCTTC a score=1952 s danRer3.chr4 13561805 632 + 33808418 ACAAATGTTTCTTTATTGAATTTATCTATGCTTGAAGATT---------GTTCATTATACACTGTAAAAAATAAAAAGCTGAGTTAACTTAAAATCTTAAAGCAACCGGCTGCAAAAAAATGTTGAGTTTATTAAGCTTCAGTGGTTACATTTGTGCCAATTCTTTTTTTTTAAGTTGATTGAANNNNNNNNNNTACAGTGGTAAATGCTCAAATGAAGAATTAAAAATTC-----AAAGTCTCCTCAACT--GATTTTTTAACTTTCATTGAACAAACAGTTCCA-------AACATGCAGTTTAATCGTTTTTATGAGTAA--ATTTAACTCTGAGCTCAAAAATGTG----------TCCATCCAACTTACAATTTTAAACTGAGTTAACAATCTGTAAGTTGCATTTTTTA---CAGTGTACAAATATTGTGCTCAACAATATAAATATTATGCCTATTATACAATAC--TTATTGTGTTT---AAGTGCTATACAAATAAACA-TATTTTATGCACTCCCCTACAGAATCTTCCCAATCGATCTAAAATAATATTCTTTACAAACGTTAATTCGACTCGTGTAGGGATCTtgtattcatatggcaatatatatagcagaatacaaaatatcacaaagtgtaatttttccagtat----cgtgcagccctaAATTG s fr1.chrUn 37667521 583 - 349519338 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score=23878 s danRer3.chr4 13577793 497 + 33808418 AGTCTGTAATAAATTGTCTCTTTCTGATTACTGTAGGTGGAACTCTGGCTGATTACATACAGAAGCGCTGCAACTCCCTGTTGGATGAGGACACTATTTTACATTTCTTTGTTCAGATCTTACTGGCCCTTTATCATGTACACAACAAACTCATCCTACATCGAGACCTAAAAACCCAGAACATCCTCCTGGACAAGCACCAGATGATTGTCAAAATAGGAGATTTCGGGATCTCCAAGATCCTCGTCAGCAAAAGCAAAGCTTATACTGTAAG---------TCCCAGATGATGACATTGATTTGGTTTT---------GACAGAATGTAATTCAGTTACAGTTCAGATTCTGCTATTCTC-GACAGGTTGTTGGGACGCCGTGTTATATCTCTCCGGAACTGTGTGAGGGAAAGCCATACAACCAGAAGAGCGACATTTGGGCCCTCGGCTGTGTGCTTTATGAGCTTGCTAGTCTCAAGAGAGCCTTTGAAGCAGCGGTAAGATGTATTTCCT s fr1.chrUn 15561794 509 + 349519338 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ATTGATGGTGTTGTAATGTAGTCCAGCATGCATTGCGTTAGTCGGCGGGCCTCTGGTGGCTCATTGATTGACTTTTTGTGTTAAAGCCTGATGCT-----TTAATTGTG-------GCCTTGCTGACACACTGACCTTAATGGATG----TGGCTGCCGTCGCCTCAGGCCTGAA-------GCTCTTTCCATC------TGGCCATCAGTCTGCCCGGGACA s fr1.chrUn 15582708 210 + 349519338 AGTAATGGCTCCGCGCTGCACACGAGC---TGCTGACTGGGCCGACTGTCCTCTA-------ATCGATTGACCCTCT---TTATAGCCCGTTGTGGCTTGTTAATTGGTCTTCAGCTCCCTGCTGACACAGTGACCCTAATGGAGGAGAATTACTGCTGTCTCGTCATGCATTAACCACCCCCCTCCTTTCATCAAGACTTGCCCCCCCCTCTGCTTGACACA a score=4513 s danRer3.chr4 13663811 115 + 33808418 TTTCTAAATATGTTTACGG-------TGTGAGACTAATGTTGTATGTTTCCTCTTTTGTGTTGGCAGTGAGGGGGTCTTCAAGTGCCCGGAGGACCAGCTCCCATTGGATTACGCCAAGGTA s fr1.chrUn 15584265 120 + 349519338 TTTTTATGTGTGTTTTTGAGACTTATTACGATACTGACAAAACCTTTTTGCTGTGTTTTTT--GCAGCGAGGGCGTCTTCAAGTGTCCAGAGGACCAGCTGCCGTTGGACTACGCCAAGGTA a score=8103 s danRer3.chr4 13673137 111 + 33808418 AGATCTATCCTGACCCTGAGCTGGAGCAGCAGATACTGGCGCTGCCCATCCGCTGTATTCACAGTGAAGAGGGCTGCCGCTGGACCGGCCAGATGAAACAGCTACAGGTAA s fr1.chrUn 15585983 111 + 349519338 AGATCTACCCGGATCCGGAGCTGGAGCAGCAGATCCTAGCGCTGGCCATCCGCTGCATCCACAGCGAGGAAGGCTGCCGTTGGACGGGCCAGATGAAGCAGCTGCAGGTGA a score=12992 s danRer3.chr4 13673750 193 + 33808418 TGTGTCTGTATCCACCCCCAGAGCCACTTCTCGACCTGCGCCTTCAATGTGATCCCCTGCCCAAACCGCTGCTCCGTCAAGCTGACGCGCAGAGACCTGCCCGAACACCTGCAACACGACTGTCCCAAACGCAAGGTCAAGTGCGAGTTCTGCGGGAGTGAGTTCACAGGAGAGGCCTATGAGGTGAATATCA s fr1.chrUn 15586210 192 + 349519338 TATGATTATATCCACTTT-AGGGCCACTTCTCCACCTGCGCCTTCAACGTAATCCCTTGTCCCAATCGCTGCTCCGTCAAGCTGACGCGCCGCGACTTGCCCGACCACCTGCAGCACGACTGCCCCAAGCGCAAGGTCAAGTGCGAGTTCTGTGGCAGCGAGTTCACCGGCGAAGCCTACGAGGTAAGCTTCA a score=10137 s danRer3.chr4 13678558 376 + 33808418 AACATATGTTGCTATTTTTCAGATTATTATATCACTTAATAAGTTTATTGTTAAACCTGATTGTAAACTATTCATCTAAATTCTTTGT----AAAGCAGTTTTTTAATACA-------GTTTGCATTGTATAAAGCTCCA--TTGAGATTATTGTGACTTGACCTGACT---CTTCTGACATCTCCATCTCTTTGGCATCCCTCAGAACCACCAAGGCATCTGTCCGCAGGAGAGCGTTTACTGCGAAAACAAGTGTGGCGCAAGAATGATGCGGCGACTCCTGTCCCAGCACACCATGACGGAGTGTCCCAAACGCACACAGCCCTGCAAATACTGTGGCAAAGAGTTTGTGTACGACACAATCCAGGTGAGT-----GACAAGTCAAGCAAACCA s fr1.chrUn 15586708 385 + 349519338 AACCCAAGTTTTTGGCTTTCACATTGGAATTACACT--ATGTGTTAATAGCTGTGCATAATTCAAGA--ATTTTTCAAAACTCCTGATCGCTGAAACTGGAGTATAACAGACAGGCTGGTGTCCCATTTATTACGCAGCAGACAGAGATTGTT-TGATTC--CTTGAATGTGCTTTAAAATTGTGGATATTTTT-----TCACCAGAATCACCAGGGTGTGTGTCCTCAAGAGAGCGTTTACTGTGAGAATAAGTGCGGGGCGAGGATGATGCGTCGGCTACTGTCCCAGCACGGCATGGCGGAGTGTCCCAAGCGCACGCAGCCGTGCAAGTACTGCAGCAAGGAGTTTGTCTTTGATACCATCCAGGTCAGTCCATCGTCCACTCAAACAGTTCA a score=11602 s danRer3.chr4 13681848 199 + 33808418 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tatatGTGAATACTAATAACGAAAAAAAAAATGCAAAAAGCACATTCT-------TCTTCGCATTTAA----------------TCCCGCTACGATACCAGCTAATATTTTGCAACAATTTTGAGAAAACCTTGGAAGAAAAACAAAAGAAAAAAAGAGACTTTTTTTGCTAAGATTCTGTATTTTACAAAGTACTTCGGATGTTTTCTACAATACTTTTTTGGCGATGAGTTTCGGGGGCTGTTCGTTGGACCCTTTTCACGTTTCACCTTCTGTGGCATTTGCTCGGTCATTTATTATTTTTTTGTCTGGTTTGGATTTTTGCATATTATGTCTGTATTATTTCCTCTTGAGAAGTATTTATTTTAAGGCGCCATAATCTGAGCTTG-ACAGGAAAATGGTGCAGATGTTTTTATATGTTAATTTGATGATTGCTTGTCAA-ATATCACTTGAAATAAAATAATGTCTACAA--GTTGGGCTCTGATCTGGTGTGTCGTCGC s fr1.chrUn 15589665 446 + 349519338 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TCACAATACTGTTATAACTGTTTCGTTTGTTTCTTAAAAGTGAAGCCAAACCCCACAAAAAAATTTGTTTGACTTTCCTCTCGCCGTGTGATCTGG------GTTAGAGGCAAATGTGTCCCCTCGTCCACCTCCTTGTATTCCGGTTTGGGACACAGGGAAGCGGAGCGGCGCAGGAAGTGGGCCGGACACCCGGCACACTTTGAAGGGTTGCCAGGGGTTTGCATTAGCCTGCACTCTGGAAGA a score=2540 s danRer3.chr4 13710138 100 + 33808418 TGTTGCGCTGTTGTAACCACATCATAGCTCGATTGCTAAGCTGCGCTAATCCTATTACACACACTTTCATCATAACCAAAACAGCTAACTAGATCTCTCT s fr1.chrUn 15593959 87 + 349519338 TGTTGCAATGTCAAACTCATGTGA-AGCCCGGTT------------TAATCCTATTACAACCACTTTCATCATCACTGAGATATCCAGATTAAATTCCCT a score=2109 s danRer3.chr4 13713578 48 + 33808418 ATGTGAAAAAAATAGGACACCCTATGAAAGTCTGGGTATTTTGTAAGG s fr1.chrUn 94491260 48 - 349519338 ATGGGAAAAAACTAGGACAGCCCATCAAATATTCAGTACTTTATAAAA a score=5183 s danRer3.chr4 13713684 235 + 33808418 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tatccaaatccagctaattgagtaattcatgtacaaagaac---------ggacccttggtctttgtcaagattctctctggaaaacttcagtctgg-ccttaatatttttcatagaaagcaaaggtttcctccttgcacaccccccatgtaagttgcagtctctttctaattgtagaggaatgcactttcacatcagcagtagccagagcctgctgtagg----------atattttagggttt--gaagacctcttttagtatcttgcggtctgctctcagggtaaacttgctgggacgtccagacctgCAGAC-----------TTGTAAATA----------ATTTTACGGACAGTAGAATGGCTCATTTCAAAATCTTTTGAGATCTTTTTAAATCCCTTACCAGACTCGTAGGCTGCTACAATGTTGTTTTTGTTTTTTTTTTCAGAAGGCCTTAGACAGCTATTTTGCTCATGGTGCTCACTCTCACTTCAACACTTTAACAGTCAGGATCATACCAAAATAAATTTCTAAAGTTTAGAAAGGGCAAGCCTCATTCAAAATGGTGAGTAATGATTTACTAATAATGTGCACCTGTTG--TGGTACACCTGTCTTTGATTTGAGTGATTTTAAGTGTGAATTAATGTGCCGTTCTAACTTTTTCCTTAGGTAAAATATGCattttttgtaaaattaaatcttaattttaaataaaagttttttttttCACTTTTAATTGTTTAGATATTTTACCTTAACTCTTTCAGTATTGTTAAAATTCAGATTAAATAACCAT--------ATGTTAAAAAACCTTACAAAATACCAGGCTTTCTTAGGGTGTCCTAATTTTTTTCACACGACTGTATAT s fr1.chrUn 174274896 733 + 349519338 tgtccaaataattcaattttagactcttctgtccagaggacatcattgcagaagtgctggtctttgtctcagttctctctggcaaacgtcaggcgGGGCCTTCATGTTTCTCCTAGAAAGCAAAGAGTTCCTCCTTGCACGCCTCCCATGT-----GCAGTCCCCTTCGGATT-----------------CACAGCAGCGGCAGCAGGAGCCTGCTGCAGGTCCTGCGGTGACGTTTTAGGGGTTTGGAAGACTTCTTTAAGCACCTTACTGGCTGCTCCCAGGGTGAAATGGCCTGGATGGCCAGACGTGAACATGTTGGAAGGTGTTTTAAATGTCCTCCGGTTGTTTTCCAGCCAGTGAAAATGCTGATTTTAAATTCTTCTGAGATCTATTCAAATCCTTTTCCAGACACACAAGCTGCTCC-------------CGTCTTCTGCCTGATGGCCTGAGACAGCTCTGTTTATCATGGTGTTGACTCTCACTTC--------ACCAGTCCCTGGCACACTGAACTAAA----TGACATTTTAACAGGGAACATTTCCCTCAAAATGCAGAGGAAC-------------------CTTGTTGTATGGTGAATATATATTTGATCAAAAACAAAGAAAG-------------------------------------AACATTTGAAGGTTTTAAAAAG-----------------------------------ACCTTTAACTGTTTAGTTATAGTA-CTTAAATCTCTCAGCATTGTTACA--TCATG-TAAATATCCGTGTGTACAAATGTAAAACAAACAAACAAA--AACAGGCTTTCAAATGGTGTCTTAA--TTTTCCACATAACTGTATCT a score=1506 s danRer3.chr4 13717503 192 + 33808418 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349519338 ACACCAAACAGCCTGTTTTATGCCTTGTTCACGCGACACTG-TTTAAGCCCAAT-------CGGCTGGTCAACAACTGTTTTTTGCTCTCTTTCCCCATATGGGCGGGATAAAGTCGTC---TGCTCGGCAAGCCTGGGTCGTTAATTTTAAAC-----------ACCTCAAAGACGCCAGACAGGCGGTCGGTGACAGCCCG--------ACTCTGACAGCTAGCATGCTAAATA--TCAAGTCAGGTTGGGATGACGCAA-----------------------GAAGAGCTGCAGCCAATAAAAGGAGACAT a score=993 s danRer3.chr4 13728940 67 + 33808418 CTCTCTGTATATCTATCCACTGGAACCTTGCAGATGAGTGATTTATCCGCTGATACATCAGCTGATT s fr1.chrUn 170959768 67 - 349519338 CTACCTGCATATCTAGCTATAATCATATATGAGAGTAGCTGTTTAAATGCTGAAGGATCCACCTATT a score=2972 s danRer3.chr4 13729089 234 + 33808418 GCTTTTTCTGACAACTCCTCCCTCAAAATTTCATTGGCTGTGGTTTGGTAGCTTGAATGAACTGATGGGGAATGAGTTGTTGTCAGATCATGTAGTGTGTGACCCCCCTCTTGTGGATCATTGTTGCCTAGTGTGAACACCACAGAGATTAAAAGACACAAAGTCAG----------GTCATGTAGTGTGAACGGCACAGCAATCTGCTGATGTTTAAAATCCTGTAGTGTGAACTAGGCTTTA s fr1.chrUn 170959925 231 - 349519338 GCAATGTTTGACAGTGTTTGCAT----ATTTCCTGAGTGAGTTTTTGGT--CCAAAGTATTCTTTTGGAGACCGAGTAGAGAGGGG----TGTAGTGTG-AACGCTCCTGTCACTGACCA--GTCATGTAGTGGGAACACCCCACAGACCTCATTACTCCCAGTTCGACAGTAGAGAGTCACGTAGTGCTAACAGCTCGGTGACCTGGCCACTCTGAAAGTCATGTAGTGTGAACAAGGCATTA a score=-1750 s danRer3.chr4 13729323 356 + 33808418 GTTGTTCTCAAAG--------------ATCAGAGCATAAACGTGGATCATTCTCACTGTA----ATCAAAACTTTTTAAAAGCGCACTGGGAAACTGCAGTTAATTATATGTACACAGT-TTTGCAATATTTAGAGTTATATTACAGTatattattatataatttgttacat---tcattcattcctttatattcagctt--agtcacttatttataaggggtcgccatagtggaatgaaccaccaactattccagcaaatgttttagagcggatgcccttccagccgc-aacccagtactgggaaataatttattacatacagagtcaaattcTGAAACCAGTGTATTAACTAATGCATTTAACTAACATGGTAATATAT s fr1.chrUn 48242198 353 - 349519338 GCTG-TCTCACAGTGGCACTGTTGCAATGCAGAATGAAAGGGAGGAGAACTCCTGTTGAACTCCAGCAGAATGTTG-------GCATTAAAGAACAACAATAGACtattttaattaaatatttatgatatttatattCACCAAGGTGAATATCAAGCCACAGCTTGAAAAATGCAGCATGTGGTATGTTAGCTGCAATTTTGAGCCCATTCTTTAT---------------TTAAAATAACTACGAACTGTTGCTGCCA--TTCGTAAAAGAGGTCTTCTAAAAGAAGAGAGGCCATGAGTGTGTGATCATGT-TAAGAATCATTGTTGAATCACATGATCAGTAATATGAGCTATGCATTTA--TGACATAGACATCTAT a score=2441 s danRer3.chr4 13730412 388 + 33808418 TGTAAATGACAAAAGAAGAGATTTTTT--TTCATGTTAgatcctcgagagcttagccgtcgttctgcagcgtcgcg---actgggaaaaccc------ctgtttaag--ccacttCTTTTTCAGTGTAAGCTATGATGATGCACTCAGCAACATGTACACATTCCTCCAGACAACAGTCTACGGTGTAGATGTTGACACCACTAAAGAAAGTCCAAAGGTGAAGGAGTTACGAGCAAAGTTCATGAACAGA------AACTAAAAGACT---ATGTTAAAGTGCCACATTTG-CAGAACATTGCATG----------ATGCACCCAGTTCATTAATTCAGCACCTTAAGTTTTTTCATGGGTTATATCCTGGCAAAAAGTTTGTTTTTGTT---------------------TGTGCACAAGAAGGATG--CTCAAGGCAGTTT s fr1.chrUn 296672934 431 + 349519338 TGGAAAAGACCCATAACTGTATTCTTTACTCCATGTTATATTTGAAAAAGTGT----TTCGTTTTTCAGTTTTTAGCTCATTAGGTGCATTTGATGAACTGTTTAAGTCCCACTATGTGTTCAACCTGTTGTACGATGAGTACCTAGGCCAGCTGTACACTTTCTTGCAAACAGCAGTGTACACTATTGATGTAACGGCAACAAATGAGTCTCCCAGAGTTCGTGAATTTCGTGCAAAAGTCCTTAACTAAGTCTTCAACTGAAGTCCTAAAACGTTTAAGTGTTTCTTTTGTCAGATAACTGGGGACAACTTAGGTATGCATGCAATTGTGGGATTTA-----CAGAATCGTTCAGTGGACTTTATTTTTGTCA----TTTATGTTTGATAGATAAAGATAATGCCCAGAATGTTTACAATGAGGATGACCCCAAGGCAATCT a score=754 s danRer3.chr4 13751787 211 + 33808418 TGTAGTGCATGCTGAAGGCTTTAGGTTCTATTCTCATTTTACTACAATGGACATTCCTGTAGCTCAAAAGCAAAACATGCTGTTTAAAAGGTCATGAGTTTGATTGGCTTTATGGTTTTGTTATATCCCACCAA--CCATTTCTTTATCTCAAAGGTACTGC-------ATGCTGAAGGTTGTAGGTTCTACTCTCATTTT---GGTCTCTTTTTAATACAAC s fr1.chrUn 128085995 210 + 349519338 TGAAGTGCATGCTGAAATAATAATGTTCTCCTCTCGTTTTTTTTCTCTTGG-------GTGGCCCAAACACTCTTCCGTACTTACGGAATGCTGTTAGCTATGCTAGCT------TTTTAAGCTGTTTCACCAGCTCCATGGCATCATAAGCCAGATACAGTTTAGGAAATGAAACAGGATGCTGACCGTGTTTTAATTATCAGGGTTTTCTTTTTATCCAAC a score=17912 s danRer3.chr4 13753729 1042 + 33808418 AGATTACATGCTACTTAGACTACCTGCTTTCATAAAGACGTTGTGCAACACACTGCGAGACACAAACACATTGGGAAAACAGCACTTACCTGAGCAAAATAAAGGTTGAGCAGACACAGGGTGAAGAACTGCAGGCAGACTGGGAAACAATACAGCAGCCAGAACGGCAGAGGCTGGAGCTGGTTTGCTTGAACAACATTTTTAAAGTAAAAAGAGAAGAGCGTCGTCCTCAGAGCAGACCAGAGCAAACACAGAAAGAGAAAAACACTCTGGTAGCTGAAGCGTTTGTGTCCGTAGTGCAGAATCAACCAGAGCTGCAGGTAAACAAACACGAAGAGGAGCGAATACAAAACCGTGTAGAGAACAGTGAGACCGAGCTGCACGGACGGGGGAACCGCAGCCT----GGATCAGTTCGGCGGAGGATGATGAGGATGAGTCCGTCCAAACACTGACACTGACCTGGTTTTCTAGTAAAAACA---ACATATCGACACGATGGCT----CGCTATCACGCCGACTTATCCAAAACGAGTTGTCCAAAACTTTTCATGGAGATGTTTTGAAATGATACAAACACTGAAAAACGTCAAACTTAATTACAAATGACACA-----------TGAGCGGAAA-----ATAATAAAACTAC----AGCCTACCCTAAGTTATTATCGTATTGAACAGACTTTAAAACAATTCTCAGATGTTTGTAACCAAAAATTGGGAAAACAAGTAATTAAAAAACAGCAGAGCCCC----CAATCTCTGCAAGGCAGCTCCCTCCGACCTAAGAAAAACCAACTCTGGAGCTTGGAAAAAAAAGCGATCAGCTGGCTAGCGTTGCAGATTTGGCCCCTCCTACTGAC---CAATAGGAGCGAGCTAGAATTTGACGC-GCCTGTTTCGCCATGTTGGCTCTCAGCTGAATAGCGCTGAATGGAAAAATTCTGTCGCATTCGAGCCA-AAATGATAGGCTTTTCAAGTAC---GTTCGCTGACGACCGAGCTACTCCCCTCCTACTTTTT-TGACAAACCAATCATTTGTCTTTTTAGGTGTCCTGCCTCTGTGCGTTTTT s fr1.chrUn 128089531 983 + 349519338 AGGTCACATGCAA---AAACTGCTCTCTCTC------------TCTcacacacacacacacacacacacac-------gcaGGGTTTACCTGTGTGAAGTACAGGTTAAGAAGGCAGAGTGTGAAGAACTGCAGGCAGACAGGACAACAGTAGAGCAGCCAGTAGGCCAGAGGTTGCAGCTGATTGGCCTGCACAACATTTTTAAAGTAAAAAGAAAAGAGGGTCGTCCTCAGCGCTGCCCAGAGCAAACACAGAAACAAAACCACACTCTGGTAACTGAAGCGCTTGTGTCCGTAGTGCAAAATAAGCCAGAGTTGCAGGTACACAAAAACAAAAAGGAAAGAGTAGAGGACTGTGTAGACCGTTGTCACACTGAGCTCCAGTGTCGGGGAGATTGCAGCTCCATGGGACTCCTTCAGTGAGG---------------------TAAACAATG-TACTGGCCGCCTCTCCTTCCGAAAACATCTCCGCACTAACACATCGGCTGCAGCGAAGTCAGAAAAAC--ATCCAAACTGGGTC------AGACTTGGGTTAATTTCTCCGTGAACGAAAAAAAC-CCACAGCATTCAAAATAAAATTGCAACAGAGGCAGTTTTTGGTTTTGAACAAAAAGATGCATAATGATGCGGCGTTGGACGTGCCC---GTTGCTG-CGTCTGGCGTAGATTTTTTAA-GTCCATAATATCACTCTTATCAAAA-------------------GAAAAATATCGAGGCCCCGTGTGAATCTCTGCAAAGCTCTTCCTT---------GCAAAAACAACTTAAGG----GGGGAACCTCCAGATCAGCT-----GTGATGCAGTTTTAGACCCACCCCTTTGCTCTCAATCGGGGC-----AGCAAACAGCGCTGTGTGTTCCGCCATCTTGGCTCTATCCAAGCTCGTGTTGTGCCGAAACAAC---TCGCTAAGGAGCCACAAATTCTGGCCAGTTTCAGTGCTAAATGCAAGCAAATCAACGCAGCTCCACGCCTACTTTTTCTGCTATAACTCTCATTGGTTAGTCCTGTCGCCCCGCCTCCACACCTTTGT 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CTGTAGTGCCAGTGTTTCGAAATCTCCATATTCTGCCTGATGGATCTGCAGTGATGATTGATGAATGTGTGTTTTTGTCCTTCCTCCAGCTCTGTCCTCTTCAATGAGGTGCTTTATGTACACACTCCAGCTGAGCTGCTGGGTGTGGAAAGTGCGGCCAAACAGAACAGTGACATTGTGGTCGGTCACATACCCGTGCTTGGCCTTCCAGGTACAA s fr1.chrUn 128092925 213 + 349519338 CTGCAGTTTTAATGATAAGTAAAATGAGTTAATTTCCATTTGGATCTGATTTG----TAGTTTAAAATGCTTTGGTGTCCTTTCTTCAGTGCCCTTCTGCACGAGGAGGTCAAGTACGTCCACACCGGTAGTGACCTCATGATCATGGAGAAGACAGCCAAGGGGAAGAAGGATATTGTGCTGGGGTACATCCTCAGTTTGGGAACCCCAGGTATGA a score=4266 s danRer3.chr4 13761066 204 + 33808418 aaatcggggaaaaaatatac----agggggctaataattctgactttaactctaTATTTAATTTTTTTGTCTGAACAGAGCACAGAGCTTTGATGGAAACAGCATTTGTGTATGGAACCAAATACCAGTTTGTTCAGACGACTGGCTCTCTGGTACTGAAACGCATGGGGT-GAGTTTTGCATTACTCCAAAGATGAATGTACTTTCAA s fr1.chrUn 128093166 194 + 349519338 AAATAATGGTTGAATTATACTTTGAGAAGaatgataataataataataa---------taatGTTCTCATTTCTAAAGAGCACAGATCACTGATGGAGACAGCGTATGCCTATGGGTCCACATACCAGTTTGCCCTTATAACTGGAGGTCCAGTTTTAAAGTACCTAAGGTAGGGCTTTTCA------CAGAAATGATAACACTGGCAA a score=5990 s danRer3.chr4 13765990 452 + 33808418 ATTTTGTTTTTGTTTCACAGGGTTGTC--AACCCGTCGTCCTCACA---AGCTCGACTGTGGTTTCTGCACTGTAAA------AGTGTATCCCTGCA---------GTCTGATCCGTGTCCCAGCACTGCCATGAGCAAACCAATCAACACCATCAACATACACACATTCCTCCAGCTGATGGAAGCTCCTCTAGTGGTGAGTTATG----ATGGTAAAAGAGTTATGCTTA-----AGTTTCATGTGCATA------------ATATTTTCTTTGGATGTAATTGTGGGCTTGTTTTCTGTTAGACCGAGGCAGTAACAGACCCATCTGAGGTCGATG-------TGGTTCATATCCACCTCAGTGTGCCGGTGCTGTATCTGTTCTCTCAGCCACAAACACAGCACCTGGATCGGGACACTGCTCAGACTGTCGCCCTGCAGCTCCGCGGGGAAGTCGGTGTAGTGCTCATTCACAGGTAC--TGATAAAACAATATGCA s fr1.chrUn 128093394 496 + 349519338 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ACTGTTATTTCAATAATCTTGAAATGGATATG-CATCGTAATAATTCATTCCTTTA---GATTCAGAAGTCCA---------GATGAGTGTAGTCAATTGTGAGGAGTGGACCCTTCTCTGTGCTGCACAGTCGGAGAACTCCCAGCCAATTCCATTCCAGCCAATCACGTCCTTCCCCTGTATCTTGCTGCTCCGCCCGGGGGAACCAGCA---CAGGTTTACAGAGACATGCTGGATACCGAGGCTCTATATCGCTTCATTGTTCTGTGAGAACTTTGT a score=1848 s danRer3.chr4 13787924 364 + 33808418 TTGTATGTCTTCAGGCGTATCTTCATTTGAAGAAGCGGCAAGACTCCTCAGAGGAGAGACCATTATTGGGCTGTTTGCCCATAAAGAGGCGGCAAAATGGTATCTGGATGTTTCACCA-CAACTATTCTAATGACGTAATATGCTTAAGATTATAACTTGCATTCAGAGGGGTTGTAAGGAACAAGATGTTACA--------------TGTGTGGAGGTTTCAGTGTGGCGTAAGACAGTGTTTTGTGTTTGAT---CAGGGTGGAGGGACTGTCAGTGAATCTGCCTGCTTTACTGGTGTCCCACGGTCCTGCACTTCCTCATCAGGTCTTTTCCCTCCCATCATCCTTGGCAACGGACCATGTCAAACTCATTCAACGAG s fr1.chrUn 128096023 354 + 349519338 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ttataattattattattataaCCTTTATTTTACCAGGAAAAACGCATTGAGATTAAAAATCTTTTTTACAAGAGCGTCCTGGTCAAGATCaggcagtgcacatgtcacatgggtctaacaaacaacaaataaaaaaacagttaacatgaaccacactgaaaaactattcaaaacatctacaacctgtttcaacttataaatcttttgtagtctttttaaaagcatttagtaaaatcaacttttaaaactgcaactttgcttgtagattattccatgcaaaaggtgttgcgtatttaaaagcctttttccccatctcagtccgcactttaggaacagacagtaaatatcctttgactacaggctttttacaaatgtaattctgtagatatgatgagagtaaacccagtatagatatgtaagcTTAACTACTCCTCTCTTTTAATTATCTCTA-ATTCTTAATGTGC s fr1.chrUn 215178652 352 + 349519338 tttttattattattatt-taGCCTTTATTTAACCAAGTTAGTCCTTCTGAGATCAAGGATGTCTTTTACAAGGGACACCTGGCCAAGA--GGGCAG---------------------------------CAGCACAACAGTTA---------------------TATTACAAACAATT--------------------------------TTTTTTTAAAAAGAT---GCAAAAATGGC--CTAAAGTTTAAGTTCAGAGTGAAATTTATTCCAAGCATTAGGTGTCAAAAGCCTAAATGTTACTGTGCCCAGTTTAGTTCGTACTTAAGG----GACGACAAATAACAGACCAAAATGATGTTTCCACCAATTTGTTTC---ATACATAAAGAAAG---ACTTGTTAAAG----GTAATATTCAAAAATTTTCTTTTCT-----TTTCTACATTCTGAATCTGC a score=2154 s danRer3.chr4 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TTTCTCTTTTGTCTCTGAAATTAGGAGTTTGATAATTACGCTGAATGGGATTTAAAAGATATTGACTTTGTCGATGATGATTCTGATATCCTTCATGGTAAG s fr1.chrUn 15629411 98 + 349519338 TTCTTTGATTGTCTC----ATTAGGAGTTTGACAACTATGCAGAATGGGATTTGAAAGACATCGACTTTGTGGACGATGACTCGGATATCCTTCGCGGTGAG a score=4776 s danRer3.chr4 13853928 111 + 33808418 CTACTTTTTACCATGTTTGTGGTATCATTGTGTTATTGCAGCACTGAAGGTTGCTGTAGTGGATATTTATCACTCCAGACTAAAGGAAAGACAGAGGAGAAAAAAGTAAGT s fr1.chrUn 15629543 111 + 349519338 CTAATTTAAATCATGCCAATATTTTGATGTCGTTTTCTCAGCACTCAAGCTTTCGGTCGTGGATATATATCACTCAAGGTTAAAGGAAAGACAACGGAGGAAAAGGTAGGT a score=1844 s danRer3.chr4 13854380 48 + 33808418 GTGTGTGTATGTGTCTGTGTGTTTAAGAGCTTGACCTCAGCTGTGTAG s fr1.chrUn 63055107 48 - 349519338 GTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTTCCAGTGTTTGACCACACCTACAGAG a score=-196 s danRer3.chr4 13854826 77 + 33808418 atagtttttttttttttttttttgccttttatggatgtaatggttaagttttcagTTTTACAGCATGAAATATTCTT s fr1.chrUn 142320604 77 + 349519338 ACAGGTTGATTTAAATCCTTGTTGATATTCATTAAACTGGATGCCAAAGATCCAGCACTGTCCTAATCAATATCGAT a score=142 s danRer3.chr4 13854953 90 + 33808418 taatGTTGTTGTAGTTA-TGGTGTTAACAAAATGTTGCTGAATGAAGCTGAAA-----------AAAAATGTGCAAATGTGC---------------------AATTTGGGCATAAATATGTT s fr1.chrUn 63059394 123 - 349519338 TATTGCTGCTGTTATTACTAATGATAATAACAAGTGAGTGAAAAAAGGGGAAATAGCTTTTTGAGAAATTGGGAAGGTGTCCTCTATCATCTTGTTGCCTTTTCCTCTGAGTCTGAACGTCCT a score=5698 s danRer3.chr4 13855043 645 + 33808418 ATACACATACATACACAGTTAGGTCCATAAATATTTGGACATCGACACAATTCTAACATTTTTGGCTCTATACACCAACACAATCAATTTAAAATTAA---------------------------------------ACGAACAAAATTTGCCATAACAGCAGACTTTCAGCTTTAATTT-------------Aaag---------------tggaatgttatgcaatggcca--------------------------------agtcaatcacctgagctgaatccgatt---gagcttgcattt-cactt-------------------------------------------------------------------------gctgaagataaaa-----------------------------------------------------------------actgaag----------ggaaaatgccccaagaacaagt----------------------aggaacttaagacagttgctgtagaggc---------------------------------ctggcagagcaccactaggaattaaac-------------------------------tcagcatctgatgatgtctatgtg-----------------------ttccagacttcaggctgtagttgactgcaaagaatttgcaaccaagtattaaaaagtgattatcatgattattataattaaaatatgattattat-tctgtccaattatttttggaccctaaacaagtgggaggcacatatgcaaactgttattccttaagcgtatacctgatttcaatgtaaa-aaccctcaaattaaagctgacagtctgcagttaaagtatatcttgtatgtttcatttcggctccattgggttCATGTATAGAGCCATAAATGTTAGAATTGTGTTAACATCACATTTTTAATTTATGGACC s fr1.chrUn 112039773 984 - 349519338 ATACCAAAACCCATACAATCGGCTCCATAAATACTGGGACATCGATAGAATTCTCATCTATTTGGCTCTACACACCACCACAATGGATTTAACATTAACTGACGAGATTAATTTGAGGATATTTACATCCAAATGTGAAGAATTAAGAATGTCTAAGTGTAAGAATTAGAATTCCCACTTGTTAAGGGCTCAAAAAGAATGGGACAATCACCTCGAAAGCTATTTTATGGACATATTTTAATCCCTCATTATTTCATCATCGATTAAACAGACAAAAGGTCTGGAGCTGATTCCAGGGCTGACATTTGCACTTGGAATCTGTTGCTGACAATGGTCAGGATGAGATGCAAAGAGCTGTTACCATCAATAAAGCAAGCCATCATCGGGCGGAAGGCAAAAAAAAAAAAGATTACACGTGGCCAAATCAACTGTTTAGAGCATTCTTTAAAAAGGAATGCTGGATGACAGAAGTATTCATGAAGAAAACCGCCTCAACAACAGTTGGACAGACCAAGAACACTCTCCAGGAGATGGGGGCATGTGCGTCAAAGTCACCAATCAAGAGCAGACTTCACCACAGAAAATACAGAGAGCGCACCACAAGAGAGAAAACATCCGTGAACCTTTAAAACAGGAAGACCAGATTAACATATTATTAT-TGTGTGTGACTGCTGACAAAAATGGATGAATTGTTGAAATTCAGGTTGTAGTTGGCTGCAAAGGATTTGGTACCAAATAGCAAGAAA--------------AACAAGTTCAATTTATGATTCTTTTCTTTGTCCCATTA-CTTTGGTCCCTCAGAAAGTGGGAGGCACATGTTTAAACGGTTGTAATT----CCTACACCTGATTTGAATGTAAATAACCTTAAAATTATAGCAGAAAGTCTGCAATTGAAGCACATCTTGTTTGTTTCATTTTAA-TCCTTTGTGGGGGTGTATAGAGCCAAAGAGG--AGAAGGAGGATACCGATACTCCCAATATTTATGGACC 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tgaTTAATTCTGTGCATC---TACTGTGTTGTCAGTTCTGGAGAGGCGTTATCCCAAGGAAGTGCAGGACCTTTATGATGTCATGAGACGCTTTGCGCGTGTGGTGGGACCAATAGAGCACGACAAGTTCATCGAGAGTCACACCTGTGAGTATTTAACCCTCTTTTCAACCACTCGATATAGAGAAATCCAGAACACTGCTGTTACCGGACTCGCTAGTTTACCAGACTTC----AGCTGACCTGAGATCAATCTAGCCCTGTGTGTCTTTGTGGTTCAGTGAGTGTGTGCAGGACAGCTAGAT-TTAGACGAACAAGCCCTCATGTCATTC--AGCAGCACTCAGTCTGAGTTCAGTCTGTCCGCCCCACTAGTCTGAATCAGCCAGGGTGAAAAGTTCAGCGCTCCATCTGCTCTGTTTCTCTCTCTGTCATCAACTGTTCACAGTGGAGTTTGAGCTGCGTAGGGAGATCCACAGACTGCAGGAGTACAGGAGCGAGGGAATACAGTCCTTCTGCGGTAAGATGCACCCT s fr1.chrUn 15631867 479 + 349519338 TGATTGTTTTTGTATGTCCCGTTTTCTGCTTCCAGTGCTGGAGCGATGCTACCCGAAGGAAGTGCAGGAGCTTTACGAGGCCATGAGGCGCTTCGCCAGAGTGGCGGGACCGATGGAACACGACAAATTCATCGAGAGTCACGCGTGTTAGTGTATGGTCAGCGTGACCAGAATTTACTCCA-------CTGGCACCCTGCT------GGGTCCGCTGG------AGACATCTGAAAATTGCTCCTTTGCTGCTGTAG--CTGCTTATTTTT---ATTTAGCTAATGCTAGTAGTCTA--TAAATGTTAGCCAAGCTTTCCTTTTTAAGGTGCATAACCGCATTACCTCCTACATCAGTACAT--AAAACATCTGTACATATGAGTCTGTGTTGTA-----------------GTCCTGGCTTTGTCTCTGCCCT---------GCAGTGGAGTTTGAGCTGAGGAGAGAGATCCGCAGGCTGCAGGAGTACAGAAAAGCAGGGATCAAGTCCTTCTGCAGTGAG-TCCACTCT a score=7386 s danRer3.chr4 13868982 200 + 33808418 CAGGTGCTAAAGTCTATGAGCGAGTGAAACGCACACGAGAGGATGAGCGCAGGAAGAGGAACATGCTTTGTGACGTCCTGCAGTACATTCATGACACCCGCGCCTGCCAGCAGTGGCTGCACAAACAAGCTGCCATGTAAG---ATCTCTTCCTCACTCACTCACAATACTGCTTCCTTTATGTTAAAATGTATTATTACATG s fr1.chrUn 15632628 197 + 349519338 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TCTTTGTGATTGCCAGGCAGAAGAAGTGCCCCTCCACTAAACCTCACAGGCCTGCCAGGCACAGAGAAGCTCAACGAGAGAGAGAAAGAGGTTTGAT------------------------------------------------AATGACTCATTCTGAACACACTCAGTCTT---GTTC--ACTGC-TGTGGTATAATGGCTGTTAACCGCT---GGTCTC----------CTGTTG---TCG-CTCAGCTGTGTCAGGTGGTGCGGCTGGTGCCCGGGGCGTATCTGGAGTACAAACAAGCCCTGCTGAATGAGTGCCGGCGGCAGGGGGGACTGAGACTTGCACAGGCCCGATCGCTCATCAAGATCGACGTCAATAAGACACGCAAGATCTATGATTTCCTTATCAAAGAGGGCTACATCAATAAGGCTTAGCG----CTGATTGAAGAGCTGATGAGAGATGGAGGACTGTTAGTGGACTCGTTCTGTGTTGGTTATTAATTCCTGACAGGTTTGATGTTGA s fr1.chrUn 15633290 520 + 349519338 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fr1.chrUn 329034888 266 - 349519338 AAGCCTTTTATGGTATTTCCAAACCACAAAAATACATGAAACTGATGTCTTTTAATGCAATATATCAATGCATTTTCATCAGTGTAATAAAATACAAGTTACAAATTACTATTTTGTAATCTGAAATATGTATTTTAAATACATATATTGGAAATAGTGTCCATCCCTGGCTCGCCATTATCATTCAAAAATACAAGAACAGAGGCACAATGTAAGAAAAAAAGCACCAAACATGTT--TTAGCTCCCAATTAATCCTTGAATGATAA a score=4086 s danRer3.chr4 13925773 172 + 33808418 ACACTGGACCAGCTCTATACCTCCACCAGGGTGCTCGAGGGTTCAAGGGAGTAGTACCAACCAGT--GCATGTGTTTTGTGGATTTGGAGAAGGCATTCGACTGTGTCCCTCGTGGCATTCTGTGGAGGGTGCTCTTGGAGTACGGGGTCAGAGGCACTCTGTTAAGGGCTGTC s fr1.chrUn 286826720 132 - 349519338 acactggaccttctcaataccctccacaggatgcttgacagttcacaggaattttcctaaccagtcaacatgtgatttgttgatcaggaaaatgcagtcaaccaactcccttggggtattctgtcg------------------------------------------gTTGTC a score=10636 s danRer3.chr4 13926070 639 + 33808418 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GGACAAAATTTTTAGGCATAGCCAAGGGTCAGAGGAAATCCAGTTTGGGAACCATGGGATTTCATCTCTGTTTCTTGCAGAA---AATGTCCTGTCGTTATCATCAAACCAGGACCTCTAGCATGTACTGGAGCA-----------------GTGGATTGGTGCAG-----------------CCGATGCTCTTGTGC------------------------------------------AGTCCTT---------------------------------------------------------------------GACTGTTATGGTAACAAGAGAATTGAGA-caatttactggtcaat------------acatcctgg-----------------------------------------------tcacctatggtcatgaactttgggtaatgaccgaaaggacaaactcatggatac-agcggct-gaaatgagtttcctccgcagggtggctgggtgctccct--tagagagggttagaagctcagccactccggattagctcagagtggaactgctgctcctttgtgccgagtggaatcagctgtggtggctgtggtggctgtttgagatg a score=39173 s danRer3.chr4 13939380 730 + 33808418 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danRer3.chr4 13946092 283 + 33808418 TAAATGAAAACATTGTGGAAAGTGACTTTACGTCTCTCTTTACGCTGGCACCACAAGACAGTCCTCTCACCCTAACCGGAGGCTCCTGTGGTTTTCACGATGGCTTTACAAGCGGAGGGTCTCCTGTTAGAGACTGGGCGGAAACATTCAGATTTGCTTTTACGCACATTCTCAATTGGCTCTCTGCTCACTGGATGATCCACGATACAAGGGCATGGATCTGTCAAATGTCATGACTTGACGTTGTACAAGGATTTGACGAAAAAATGCCCTGCAAACCTTA s fr1.chrUn 94029008 250 + 349519338 TACATTACATCATTA-GAAAGGTTACTGGAC----------ACACTGGTAGCACGTGGCAGGTTTCC------------ATAGTGTAGTGGTTATCACGTCTGCCTAACACGCAGAAGGTCCCCGGTTCGAAACCGGGTGGAAACAC----GTTTCTTTTCCCAGAGGTCACAAAGCAGCTCTCACCTTTCCTGATG-----TGATCCAGGCG-ATAGAAGTTTCTATCTTCACTATTTGTCTGGGAATAAGCCTTTAACAGTGTGACCCAATGATAACATTA a score=949 s danRer3.chr4 13946456 581 + 33808418 tgtggctccacaaaatgagcgtcatacgcccgaacagggacttgaaccctggaccctcAAATTAAAAGTCTGATGCTCTACCGACTGAGCTATCCGGGCTccacaacagtaatttacaagtaggcaaggtttgggttgtggtcggcgcagacctttacagtacactaaagtttaccgtgagatggggttttaagcttatggttggtgtggatgttgctaaaacacgacaggttactttgaggttgggtttatggtttttg-taggtgtagacatcagtacaacacaatagtttgaacttcatgtcatgtaggagacattaaatag---atcaatgatacctgcagaatgtctttctgctgttgtggcaatgaatggacactcaacaattgaaaagattccttccatgccttagaagcgtgacttgatcagtacttatctacacagcatgctggcatcaaagatcctatttctcttatatcatatccctagtcttccacactttaggaaacgtaaacattcaggacgtgccatt------agcacagcctgca----ctaaaagaagg--ctggaggtaacggatggcaacacagagt s fr1.chrUn 269254504 503 - 349519338 TGTGGATTCATGTTCTGAAAACATATCGCCCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGG--------CATTTTTCCCCAATTAAA------------------------AGGCCTCTAAAAT---TGCAACTCTATCAAGTAATGTGGGCTT----------TCGGTGTGG--------GGAACACAA------AATCGTAGCGCAGCTTCATGATATTTGATCCAGTTAGGGTTTGACAAGACAGCCTTTTTTGTAATATTTTTCTATTTTGACACAATCAAAAGCACATCAATGATGCTGAGGGAG------TCTTCTGTCCTTGCAACTTG-----ACTGAGCTTCAGAAAGCATCACGCCCA--------ACATGGGACTTGA-------------ACCCATGACCCTGAGATTAAAAGTCTCA-TGCTCTACCATCTGAG--CTAGCCAGGCACAAGGTACAATATAAAAGCCCTCTGAATTCGCAACTTTATAAAGTACTAAAGGCAAAACATGAAAGAAGGTCCTGGGGGTTTAATTAGGTAAGAAGGAGC a score=928 s danRer3.chr4 13947100 557 + 33808418 cacaacgcagagtactaaccactatacgatcacggcgagctacgaaacagccgttgtgacctatacgtggtatgttcctccttgtgat---aagcccctttctcttcag--tgagaaaactctgttgtttttctcctcctaccagcacaacgcttttcccaagaaacaatggaaatgcaaacaattgacgactgctgcaattttaaaaacggggaggacatagtcggcaggattcaaacctgcgcggggagaccccaatggatttctagtccatcgccttaacc----actcagccacgact--acaagactgactgtactgccatttctttatgcctag-tacacatattgtgcatccagatgaaactttcatcgagcgatagctcaacggcaaaagctgtggctccacaa----aatgagcgtca--------cacgcccggacagggacttgaaccctggaccctcagattaaaagtctaatgctctaccgactgagctatCCGGGCTccgaaacagtaattttcaagtaggcaagctttgggttgtggtcggcgcagacctttacagtacactaaag s fr1.chrUn 269255041 427 - 349519338 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gctccacaaaatgagcgtcatacgcctgaacaggaacttgaaccctggaccctcaactTAAAAGTCTGATGCTCTACCGACTGAGCTATCCGGGC s fr1.chrUn 269256647 89 - 349519338 GCTTCAGAAA----GCATCA--CGCCCAACATGGGACTTGAACCCATGACCCTGAGATTAAAAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGC a score=-1132 s danRer3.chr4 13949843 218 + 33808418 acttcatgtcatgtaggagacattaaatagatcaatgataact-gcagaatgtctttctgctgttgtggcaatgaatggacactcaacaattgaaaagattccttccatgccttagaagcgtgacttgatcagtacttatctacacagcatgctggcatcaaagatcctatttctcttatatcatatccctagtctttcacactttaggaaacgtaaac s fr1.chrUn 269254603 176 - 349519338 ATTTTTCCCCAATTAAAAGGCCTCTAAAATTGCAACTCTATCAAGTAATGTGGGCTTTCGGTGTGGGGA----------ACACAAAATCGTAGCGCAGCTTCAT-----------GATATTTGATCCAGTTAGGGTTTGACAAGACAGC----------------------CTTTTTTGTAATATTTTTCTATTTTGACACAATCAAAAGCACATCAAT a score=4205 s danRer3.chr4 13950486 267 + 33808418 acaagactgcctgtactgccatttctttct-ttatgcc----tagtacacatattgtgcatccagatgaaactttcatcaagcgatagctcaacggcaaaagctgtggctccacaaaatgagtgtcatacgcccgaacagggacttgaaccctggaccctcAGATTAAAAGTCTGATGCTCTACCGACTGAGCTATCCAGGCTccacaacagtaatttacaagtaggcaaggtttgggttgtggtcggcgcagacctttacaatacactaaa s fr1.chrUn 269256854 236 - 349519338 ACAAGACAGCCTTTTTTGTAATATTTTTCTATTTTGACACAATCAAAAAGACATCAATGATGCTGAGGAAGTCTTCTGTCATTG-CAACTCGACTG----------AGCTTCAGAAAACA----TCAT--GCCCAACATGGGACTTGAACCCATGACCCTGAGATTAAAAGTCTCATACTCTACCATCTGAGCTAGCCAGGCAC---------AAGTTCAAAGTAAAAGCCCTCTGAATT----------CGCAACTTTATAAAGTACTAAA a score=1097 s danRer3.chr4 13952602 1056 + 33808418 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s fr1.chrUn 311127490 1409 + 349519338 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TATTCATACTGTGGGATTTTCAATGGGAGTGCATTTCCTTTTGATCAGATTTTATTTT-TTAAATGTTGG--AGTttttaaatttta--tttac-atttttattattctcattcttattttaattttGGTGGGGAAGAAGAA-GAAGAAAAAATTAATTACCTTTATTGATAAAGTGTATGAGAATGGAACATTTTTAT---TATGGGATAATTGGAAGTTAATAAGAGTATAGCAAGTATAGCAAGTATAATCCTTAGCAAAAGAAGATA----TCGGAGTGACTTCAAGAG-----GGAAGAGACTGCACCACCGAAGAGGAGAACCAAGAGTGTGAA------AATTATAAACTGAATCCAGAAAAGTTAAAGAAATTGAGTTAAAAGGGTTTTTGGGCATAATTTAACATAATGAAGAAGCACTAGGATGTTAAAGATTGTTTTGAATAAGAGGTAAAACAGGGATTTAGGCAAAGGCCTGCAGAAATGACAATTGGACATT---TTTGTGGGGATTTGATTA s fr1.chrUn 207124054 487 + 349519338 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taccactgaatgagtgtcttctggtttagctcaaaaagctggatcactgtttcatccatcagcctgcgactgcaaagcaccagatcccggatgtggtggtaatcggtcagtattttagaccacctgggcgtgcgaacaccagccttcttggaagtggacttgtgaacggcacacagctttgtacaaatggcctcaaccaagcggctggtgctaggccactgtgctggacccccaggatgtccaatcagacagcacttgacgctctccacacctggagtgactccggagcgcta---aggtgccttaaagcgcccatgtgtcagctgaggctgatgtcgaggctggtagttgatgcgctgtttatcaacatccaggagagctgtccacag---ctggatggc----ctctgtcacctgc---aggtcagtgaggtaaggagcctcacgaagacctaccaaataagcagccagatcctggaccttgtcccacccagcaatgcca-----------------------------------tcaggtccaatgattt----actccctggtaaatacagaa------------------------------------------------------taaatgtagta---------------------------tatgtggaaTAAAAAA-AGAC---------------------------------------------------------TAAATCAAATTA--AGTTCTTAATATATC--TTAC---------------------------------CTGAGCCT----CAACAGAGAGACTGTCTCCAGACTTGG-ATGGCTG----------------------------TGACGGCACTGAGGGGGCTGG----------GCT--------AGGAAGCTGTCCTT-------------CTCCACCAG--------------CTGATGTGGACGGCTCAGccagtaatgctggggactgaggcagaggcgaagatg----aggggctgttt-----ctgagatca--cggcaggggtca---tcctcatacagcactggaa-ctgtgaTGTCCTCCATGATCTCCTC---------------CTCAAACCCGTCATCTTG------TAGATCCTCGTCATCTACTTCCTCCACCAGCCTGTCTTCCTCCTCTGGGTTCTGGAGCACCGGAGTCAGGGTTTTGCCGGTCTGGCTGTAAAGGTGCTCCATTTCCAGCAATTCACCttaaaaaaatataac------------aataaaaaaa-----catatattaaataaaactaatgataaaataaaCATTT-AGATTACC---ATTTTGTGTAGTACATAAAAAGCTTAATGAATAACTTCCATAACAA s fr1.chrUn 38390439 1409 - 349519338 TACCACTGCATGAGGGTGGTCTGGTTCACTACAACAAGTTGAAGGGTTGTCTGCTGCATTAGTGTCCCATTGCACAGAACCAGCTGCCGGATCTTTTTGTAGTCTGTAAA-ATTAGAGACCATCGAGATACGCTG----TGTTTTTTTTGGGGGGGCTCGTGTGAATGTTGCACAGCCTCACGAAGATGGTCTCAATCAGGCGACAGCAGTTTGGCCACTGAGCTGGTAAACCACTTGAGCCAAGAACACACCGTTTTGTGCTTTCTACCCCAGGAGTGAACACAGCCTTCTTTTTAGGAGACCTGAAGCGTCCAGTTAGCAACCGGTCCTGATATCTTGCAGCATACACAATCCTGTCTTTGTCAAATTTGTCAAGACTCTGCCACAAACCCAGAATGGTGCTAACTTGTTGATTGTTCAGGGTCAATCCTGTCTG----CTCTCGTAGCTCCACCAAGTATTCAGCCAGTTCATCTACACGGTCCATTCCAGGAATGCCGCGGTTGTCTACAGTCTGGAAAATAAAAACTGATATTTAGGTTCTGTGGCATCACAATTTCCTTGTCACTACTTAAATTCTTGCAGACAGACAGGACAGACAGACAGAtgtcaggaacccgacgagaacccaaatgcgacacttgagttcgacggaacacagctttattatcaggaatagacagcagacaggattcaccggggagcaggcaggatagaatagttggggacggtggaaggtGATCTATAGATCGACTGAGAATTTATTTATTTATCACTTACATCCTGTTGTGAAGAGGACATGGAAGAAGGAAGCTGGGGCTGAAGCAAAACTGTAGTTGACTGAAGAGGAGGCACGGCTGAAGGTGGAGGAAGCACAGCTGAAAgtggtggaggcactgctggaggtggcggaggcactgctgaaggtggaggaggccatgctgaaggtggtggaggcactgctggaggtggtggaggcactgatgaaggtggaggaggcactgctggaggtggaggaggcactgctgaaggtggaggaggAACTGCTGAAGGACAAAGAACAGCTGGAGGGGGGTAGATTTCTTTGATGGGATTAGAAACCATCAGATCCGCAATTGTTGCTTCACTTCCCAAAAAATCCTCAAATCCCTCATCTGGATCTTTTGGCTCCTCAACATCTAAGTCCTCCATCAACTGGGATGTCTCCTCAGAATTGGGGTGCATGTCTTGTAGAGGTTCATTATTCTGCCTCAGCAAGTACTGCACCCCAATGAGTTCTCCTGACAAATATTAAATTGGGAAATTTTGAATAACAGAACCATCCCAAACTCAAATAAAAACAATGCACACAGGCACTTTTGACACTACCTGTGTATTTTGCAGGTGGTGAAAACCCTG--GAATAAGTTTCCTGCCAA a score=1657 s danRer3.chr4 14011536 78 + 33808418 TAATTTCGCTTCTTTCTTTCTCAATTTCTCCAATTTTCTTATTTTTCTTGTGCTTTTTTCTTCCCCTTCCAAAACAGA s fr1.chrUn 183842873 78 - 349519338 TAGTTTGCTTTTTTCCCCTCTCGCTACCTGCAGTACTTTTGTTTTTCTTCAATTCTAAAAACTGCCTTTGAAAATAGA a score=3229 s danRer3.chr4 14014778 137 + 33808418 gTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGGATCAGACTTTTAATCTgacggtccagggttcaagtccctgttcgggcgtgtgacgctcattttgtggagccaca------gcttttgccgttgagcta--tcgattgatgaaagtttc s fr1.chrUn 80262092 142 + 349519338 GTGCCGGGCTAGCTCTGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGAGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGTTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTGC---TTACCTAATTCAACCCCCAGGAGCTTC a score=-48 s danRer3.chr4 14014915 58 + 33808418 atccggatgcacaatatgtgtactaggcataaagaaatggcggtacagacagttttgt s fr1.chrUn 80263556 43 + 349519338 AT--------------TGTGT-CAAAATAGAAAAATATTAAAAAAAAGGCTGTCTTGT a score=-1956 s danRer3.chr4 14014973 339 + 33808418 agtcgtggccgagtggttaaggcgatgga-cttgaaacccattggggtctccccg-cgcaggttcgaatcc--tgctgactacg--gcctccccatgttta---aagttgcag----------------cagtcatcaattgtttgcatttccattgtttc--------------ttgggaaaagcgttgtgctgg-------taggaggagaaaa-----------------acaacagagtgttctc-------------------actgaagagaa----------aggggcttatcacagggaggaacataccacacagaaggtcacaacggctgtttcatagctcgccgtgattgtatagtggttagtactctgcgttgtggccgcagcaaccccggttcgaatccgggtcacggtaggt------ttttca s fr1.chrUn 80263916 394 + 349519338 CCTTGTGCCTGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGAC---TTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAG-CATCATTGATGTGCTTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCC----------------CGGCTAGCTCA------GTCG-------GTAGAGCATGAGACTCT------TAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCC----CACGTTGGGCGATATGTTTTCA a score=4365 s danRer3.chr4 14015729 169 + 33808418 tctcacggtaaactttagtgtactgtaaaggtctgcgccgactacaacccaaaccttgcctacttgtaaattactgttgtggTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTAATCTgagggtccagggttcaagtccctgttcgggcgtg--------tgacgctcatt s fr1.chrUn 80262234 159 + 349519338 TTTCATGTTTTGCTTTTA-GTACTTTATAAAGTTGCG--------AATTCAGAGGGCTTTTACTTTGAACTT---------GTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGTATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCATGATGTTTTCTGAAGCTCAGT a score=980 s danRer3.chr4 14015911 52 + 33808418 gcttttgccgttgagctatcgcttgatgaaa-----gtttcatccggatgca--caata s fr1.chrUn 80090543 59 - 349519338 TTTATGGCAGTTGAGTTAAGATCTGCTGAAACATTTGTGTTATTCTAATGCATGCAATA a score=414 s danRer3.chr4 14016097 44 + 33808418 ttaaaattgcag----------------cagtcgtcaattgtttgcatttccattgtttc s fr1.chrUn 80263202 59 + 349519338 GTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAG-CATCATTGATGTGCTTTTTGATTGTGTC a score=-944 s danRer3.chr4 14016453 135 + 33808418 agactagggatatgatataagagaaatag-------gatctttgat--gccagcatgctgtgtagataagtactgatcaagt----cacgcttctaaggc--------atggaaggaatcttttcaattgttgagtgtccattcattgccacaaca s fr1.chrUn 80263261 152 + 349519338 AAAATAGAAAAATATTACAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCTTAACTGGACCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAG---TTGCGATTTTAGAG-GCCTTTTAATTGGGAAAAAA a score=-1957 s danRer3.chr4 14016588 248 + 33808418 gcagaaagactatctgcagttatcattgat---ctatttaatgtctcctacatgacatgaagtccaaactattgtgttgtactgatgtctacacctacaataaccataaacccaacctcaaagtaacctgtcgtgttttagcaacctccacaccaacaataagcttaaaaccccatctcacggtaaactttagtgtactgtaaaggtctgcgccgaccacaacccaaaccttgcctacttgtcagttactg s fr1.chrUn 80264541 195 + 349519338 G----AAGACTCCCT-CAG-CATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA-----------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAAC--TGGATCAAATATCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGA----------AAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCA---ATTTTAGAGGCCT------------------------TTTAATTGGGGAAAAATG a score=2838 s danRer3.chr4 14016842 266 + 33808418 TACCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTAATCTgagggtccagggttcaagtgcctgttcgggcgtg--------tgacgctcatt----ttgtggagccaca------------------------gcttttg---------------------------------------ccgttgagctatcgcttgattaaagtttcatccggatgcacaa------tatgtgtactaggcataaagt----------------aatggcggtacagacagtcttgtagtcgtgg--------ccgagtggttaaggcgatgga-cttgaaatccattgggatctccccg-cgcaggttcaaatcctgc s fr1.chrUn 80262601 369 + 349519338 TGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAATAGGCTCTCTTGTAAAACCCTAACTGGATCAAA-TGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTT---AATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCAC a score=-584 s danRer3.chr4 14017604 168 + 33808418 ttcattgccacaacagcagaaagactatctgcagttatcattgat---ctatttaatgtctcctacatgacatgaagtccaaactattgtgttgtactgatgtctacaccta-caaaaaccataaacccaacctcaaagtaacctgtcgtgttttagcaacctccacaccaa s fr1.chrUn 80263508 152 + 349519338 CAAGTTGCAAGGACAG----AAGACTCCCT-CAG-CATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTG--------------CGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGA a score=4874 s danRer3.chr4 14017779 170 + 33808418 cttaaaaccctatctcacggta-aactttagtgtactgtaaaggtctgcgccgaccacaacccaaaccttgcctacttgtaaattattgttgtggAGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTAATCTgagggtccagggttcaagtccctgttcgggcgtg s fr1.chrUn 80263033 152 + 349519338 CCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCG----------AATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTGT---------GCCTGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTG a score=-1675 s danRer3.chr4 14017973 169 + 33808418 gcttttgccgttgagctatcgcttgatgaaattttcatctggatgcacaatatgtgtactaggcataaagaaatggcggtacaggcagtcttgt--agtcgtggccgagt----ggttaaggcgatggactagaaatccattggggtctccccgcgcaggttcgaatcctgccga s fr1.chrUn 80262713 144 + 349519338 AGACT---CCCTCAGC-ATCA-TTGATGTGCTTTTGAT--------------TGTGT-CAAAATAGAAAAATATTAAAAAATAGGCTCTCTTGTAAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTA-----CGATTTTGTGTTCCCCACACCG----AAAGCCCAC--A a score=-403 s danRer3.chr4 14018142 136 + 33808418 ctacgtcctgcccctttttaaaattgcag----------------cagtcgtcaattgtttgcatttccattgtttcttgggaaaagcgttgtgctggtaggaggagaaaaacaacagagtgttctcactaaagagaaagg--ggcttatcaca s fr1.chrUn 80263185 115 + 349519338 ATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAG-CATCATTGATGTGCTTTTTGATTGTGTC-------------------------------AAAATAGAAAAATATT-------ACAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAA a score=-1509 s danRer3.chr4 14018360 133 + 33808418 gccgcagcaaccccggttcgaatccggttcacggcaggtttttcaaggtgacattggtgtcgcactctgtgttgccatccgttatctccagccttcatttagtgcaggctgtgctaatggcacctcctgaatg s fr1.chrUn 80263004 88 + 349519338 AGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTCAACCCCCAGGACCTTCTTTCA---------------------TGTTTTGCCTTTAGT---------ACTTTATAAAGT--------TGCGAA-------TTCAGAGGG a score=2279 s danRer3.chr4 14018753 527 + 33808418 taaacccaacctcaaagtaacctgtcgtgttttagcaacctccacaccaaccataagcttaaaaccccatctcacggtaaactttagtgtactgtaaaggtctgcgccgaccacaacccaaaccttgcctacttgtaaattactgttgtggAGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTAATCTgagggtcaagggttcaagtccttgttcgggcgtg--------tgacactcatt----ttgtggagccacagcttttgccgttgagctatcgcttgatgaaattttcatctggatgcacaatatgtgtactaggcataaagaaatggcggtacaggcagtcttgt--agtcgtggccgagt----ggttaaggcgatggactagaaatccattggggtctccccgcgcaggttcgaatcctgcagactacgtcctccccctttttaaaattgcagcagtcgtcaattgtttgcatttccattgtttcttgggaaaagcgttgtgctggtaggaggagaaaaacaacagagtct s fr1.chrUn 80263307 445 + 349519338 TGGACCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGA----------AAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCG---ATTTTAGAGGCCT------------------------TTTAATTGGGAAAAAAT--------GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACT---CCCTCAGC-ATCA-TTGATGTGCTTTTGAT--------------TGTGT-CAAAATAGAAAAATATTAAAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTA-----CGATTTTGTGTTCCCCACAC-----CGAA------AGCCCACAT-----TACTTGATAGAGTTGCGAT--------TTTAGAGGCCTTTTAATTG------GGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCT a score=-127 s danRer3.chr4 14019389 116 + 33808418 tggccgcagcaaccccggttcgaatcc------gggtcacggcacgtttttcaaggtgacattggtgtcgca-------ctctgtgttgccatccgttatctccag--ccttcttttagtgcaggctgtgc s fr1.chrUn 80263752 118 + 349519338 TAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGG---CGATATGTTTTCAGA----ACATGAAT-CCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTCAACCCCCAGGACCTTCTTT-----CATGTTTTGC a score=-1357 s danRer3.chr4 14019505 329 + 33808418 t------aatggcacctcctgaatgtttacgtttcctaaagtgtggaagactagggatatgatataagagaaataggatctttgatgccagcgtgctgtgtagataagtactgatcaagtcacgcttctaaggcatggaaggaatcttttcaattgttgagtgtccattcattgccacaacagcagaaagactatctgcagttatcattgat---ctatttaatgtctcctacatgacatgaagtccaaactattatgttgtactgatgtctataccta-caaaaaccataaacccaacctcaaagtaacctgtcgtgttttagcaacctccacaccaa s fr1.chrUn 80264388 290 + 349519338 TTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTACCTTGTGCCTGGCTA--GCTCAGATGGTAGAG-CATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGT-------------TCAAGTCCCATGT--------TGGGCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGT-----CAAGTTGCAAGGACAG----AAGACTCCCT-CAG-CATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGCTG--------------CGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGA a score=-127 s danRer3.chr4 14019842 23 + 33808418 ttaaaacccca--------tctcacg-gtaaa s fr1.chrUn 80264856 32 + 349519338 TTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTTTGT a score=-1020 s danRer3.chr4 14019865 1398 + 33808418 ctttagtgtactgtaaaggtctgcgccgaccacaacccaaaccttgcctacttgtaaattactgttgtggAGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTAATCTgagggtcaagggttcaagtccctgttcgggcgtgtgacactcattttgtggagccacagcttttgccgttgagct--atcgcttgacgaaattttcatc----tggatgtacaatatgtgta---ctaggcataaagaaatggcagtacaggcagtcttgt--agtcgtggccgagtggttaaggcgatggactagaaatccattgggatctccccgcgcaggttcgaatactgccgactacgtcctccccctttttaaaattgcagcagtcgtcagttgtttgcatttccattgtttcttgggaaaagcgttgtgctggtaggaggagaaaaacaacagagt-gttctcactgaagagaaaggggctt---atcacagggaggaacataccacacataggtcacaacggctgtttcatagctcgccgtgatcgtatagtggttagtactctgcgttgtggccgcagcaaccccggttcgaatccgggtcacggcaggtttttcaaggtgacattggtgtcgcactctgtgttgccatccgttatctccag--ccttctttta----gtgcaggctgtgct------aatggcacctcctgaatgtttacgtttcctaaagtgtggaagactagggatatgatataagagaaataggatctttgatgccagcatgctgtgtagataagtactgatcaagtcacgcttctaaggcatggaaggaatcttttcaattgttgagtgtccattcattgccacaacagcagaaagactatctgcagttatcattgat---ctatttaatgtctcctacatgacatgaagtccaaactattgtgttgtactgatgtctacacctactaaaaccataa----acccaacctcaaagtaacctgtcgtgttttagcaacctccacaccaaccataagcttaaaaccccatctcacggtaaactttagtgtactgtaaaggtctgcgccgaccacaacccaaaccttgcctacttgtaaattactgttgtggAGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACGTTTAATCTgagggtccagggttcaagtccctgttcgggcgtgtgacactcattttgtggagccacagcttttgccgttgagctatcgcttgatgaaattttc---atctggatgcacaatatgtgtactaggcataaagaaatggc-agtacaggcag------tcttgtagtcgtggccgagtggttaaggcgatggactagaaatccattggggtctccctg-cgcaggttcgaatcct-------gccgactacgtcctgcccctttttaaaattgca s fr1.chrUn 80263870 1173 + 349519338 CTTTAGTACTTTATAAAGTTGCG----------AATTCAGAGGGCTTTTACTT---------TGACCTTGTGCCTGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGC------TTTCTGAAGCT----------CAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTG-----------------------GATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTA-------------CGATTTTGTGTTCCCCACACCGAA------AGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTT--------AGAGGC------CTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGG--------------------------------------------GTCGTG----------GGTTCGAGCCCCACGTTGGG-------------CGATATGTTTTCAGAACATGAA----TCCACAAGAGAA------------GCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTACCTTGTGCCTGGCTA--GCTCAGATGGTAGAG-CATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGT-------------TCAAGTCCCATGT--------TGGGCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGT-----CAAGTTGCAAGGACAG----AAGACTCCCT-CAG-CATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAAAAGGCTGT-----------------CTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGA----------AAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCA---ATTTTAGAGGCCT------------------------TTTAATTGGGGAAAAAT--------GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGTTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCT----TCTTACCTAATTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTTTGTCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTAATTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTT--AATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCATGATATGTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCA 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AGTCCTTCAAGTAACTGGGCAACTTGATTTCCCTTCTTGAATGTCGCCTCAGTGGAGTTGGGGTTGTGACAGTTCTTTGTTCTGTCTCAGAACTTCCTACAGCTTCAGTAGTTGCAGGCTCC-----------TCCAACTTCTCCTCACTGA--GTACCACCTCCTCAGCTTCCAGCCAGGCTTCACTTCCTTGATCCGTCTGACTGAGTGT----CATAGAGGCCGTCTGTGGAAGGTTGTTGCGTTCTTCTG a score=29921 s danRer3.chr4 14039561 3109 + 33808418 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s fr1.chrUn 199308543 3107 - 349519338 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s fr1.chrUn 165467995 2563 - 349519338 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s fr1.chrUn 247860803 1524 - 349519338 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TCTTTAAGGTGTCCAGTTAAA--------GGCCTGATCAATAATGATACATTTATAGGCCTGATTTACATTATTATCTATCGTCTCTAGGCTATTATACTTTAAATACCTTCTTAAAATGCTATCACAT-CAAACTAACTATAACAAGA-------ACCATTAATAG----ATTCATTCCAATTAA-ATTTTTAATAA------CTACATTTTTTCCCCTT-----------GATATAGGCGTGAATTCGGCGGTTATGAGTTAGCGTCAT-ATCACATAACAGACAATATTTTCTACCCCTTGTAGACCAACCCCGAATTAAATGTACGTTAAAATTAGCCGATCATTTACGTGACAACTTTAAAAAAAACTTTGATTAT a score=253 s danRer3.chr4 14130159 138 + 33808418 CTGAGGGATGTACGGGACCAAGACATGAGAGCAGTTGGGGCAGCCTTTGA-ACCCAGGAGAGCACCCCACAGGCTCTGTGCTGGCGGCCCCAGAAACTCGATTCACTCCAGAGTAGAACCGAACAA-CTCCGGCAGGGGC s fr1.chrUn 130897157 133 + 349519338 CGGAGAGATGCTGGAAATGGAAACAAGGCTGCAAGTGTGACCCCCATTAATGCACGTGTGAGGAGCG-ACGAGCTCACGGCCAGAGTCATTAAAAGGTCCCTTCA------AGTGTTATCATATAAGCTTAAGCTAGGGC a score=7272 s danRer3.chr4 14130340 77 + 33808418 GAACGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCA s fr1.chrUn 274316777 77 - 349519338 GAGCGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCA a 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AAAAGATGTCCTTCGAGCCGGAGTCGAACCAGCGACCTAAGGATTGCCATCAT-CCCACCTACAGTCCTCCGCTCTACCAACTGAGCTATCGAAGGCTTACGGGACA s fr1.chrUn 221578950 105 + 349519338 AAAGGCCTTCCTTCGAGCCGGATTTGAACCAGCGACCTAAGGATTCCTGTGATGGTCCCCTACAGTCCTCCGCTCTACC-GCTGAGCTACCGAAGGA-TGCGGAACA a score=4016 s danRer3.chr4 14131045 107 + 33808418 TTCCCATACCGGGAGTCAAACCCAGGCCGCCTGGGTGAAAACCAGGAATCCTAACCGCTAGACCATATGGGAACTGCCACTTAAGGAACGCCAGTCTTGGCACAAAC s fr1.chrUn 169501931 102 + 349519338 TTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGCCGCGGCGGTGAGAGCGCCGAATCCTGACCACTAGACCACCAGGGAGGTACCAAC-----AACGCTGCTCCTCTCAGAAAC a score=100 s danRer3.chr4 14131152 98 + 33808418 TCCAGTTCATTCTGATAGCTGGCACGTCCCTGCTCCGCTTGCACAAG-TGCCACTCATACACTTACGCACTCTCTCATACACAGTTTCTTGGTTTCCGT s fr1.chrUn 235832089 75 - 349519338 CCTAGCCTTCTTTTTTAACTATC----CTTTGAGCTGTTGGTAAAAGCTATTGCTCGGACAATTG--------------------TTCTTGGCTTCGGT a score=3158 s danRer3.chr4 14131250 55 + 33808418 AACCGAGAACCTTCTGATCCGTAGCCATAAGCGCTAACCTTTGTGCCGCTGTCAC s fr1.chrUn 208985617 55 + 349519338 AACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCC a score=661 s danRer3.chr4 14131317 31 + 33808418 CTTGTTAGCACAT----TGCTTGGAGCAAGGACAA s fr1.chrUn 274316866 35 - 349519338 CTTGTAAATACCTATTATGTTTACTACAAAGGCAA a score=-742 s danRer3.chr4 14131348 179 + 33808418 GGTTctgtca---acccggagttccttcaccacacattctgctttgtttttatggcaag-aggttgtgtggatgga-----atgctcttacaggattcctgacagtccctccatagaagagctgagatccagggtcggagactctctcctctccaagaggaggtta-aaagcaatggtttcttttgtgt s fr1.chrUn 257414821 187 + 349519338 GATT-TGTGAGGCACGCATTGTTAATGTACACCAAGTTCAACATTTTTGGT-TAGCAGGCATGCTTTGTGCAATAACTACTGTGCCCTAACACACTTAGAGCCATGTCTTTAACAGGACATTTTAAATATGGTGTAATTTTACATGTACTCTCCTTTGGAGGGTCACGAAGCAACAGCATCTTAAGGGT a score=375 s danRer3.chr4 14132415 138 + 33808418 CTGAGGGATGTACGGGACCAAGACATGAGAGCAGTTGGGGCAGCCTTTGA-ACCCAGGAGAGCACCCCACAGGCTCTGTGCTAGCGGCCCCAGAAACTCGATTCACTCCAGAGTAGAACCGAACAA-CTCCGGCAGGGGC s fr1.chrUn 130897157 133 + 349519338 CGGAGAGATGCTGGAAATGGAAACAAGGCTGCAAGTGTGACCCCCATTAATGCACGTGTGAGGAGCG-ACGAGCTCACGGCCAGAGTCATTAAAAGGTCCCTTCA------AGTGTTATCATATAAGCTTAAGCTAGGGC a score=145 s danRer3.chr4 14132565 23 + 33808418 CACTGCACTGAGAGCAACCCAAA s fr1.chrUn 274317625 23 - 349519338 CACGGTAGGAGATGGAAATCAGA a score=3198 s danRer3.chr4 14132588 359 + 33808418 AAAATCCTGAA-CGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCAGTCTGCGTCAGCACTGCCCAGTAGCATGCTGATTGGAAAGAGGACACGGCTCGgtgaacacggagttccttcaacgcatgctgtgctttgttgtcatggcaagttgtggtgtcgataggatgctcttacaccgagcatgtgacagtccctcccaagaagaactgtgatccaggctctgagactttctcttccccaggaggaggttgcaaaggttagagttatttttgtcagagcagctgcagcacaCCTGGGTGGAGGCCCACAGCTAGACTTG s fr1.chrUn 169503869 197 + 349519338 AAAATAATGAAACGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCA------GCGGACACTG---AGGAGCATGC----------GCACACACCACCTACTGAGCAC----------CCCCACATTC---------------CTGCAACATGTGGTTTC--------------------------------------------------------------------------CTTTCCCACTGGGAGG------------AATTTGTTGTACTCAG---------------------------------GCTACACAGG a score=209 s danRer3.chr4 14132950 19 + 33808418 GCAACCTTCAGCCA-----------GACCT s fr1.chrUn 208983353 30 + 349519338 GAAACCTTGACCCACAGAAGCTCATGAGCT a score=7200 s danRer3.chr4 14132969 83 + 33808418 TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAACATCCTTTTCA s fr1.chrUn 208982010 83 + 349519338 TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAACTACTTTTCTA a score=4115 s danRer3.chr4 14133119 75 + 33808418 AAAGATGTCCTTCGAGCCG-AACCAGCGACCTAAGGATTGCCATCATCCCACCTACAGTCCTCCGCTCTACCAACT s fr1.chrUn 165624176 75 - 349519338 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GGCTctgtca---acccggagttccttcaccacacattctgctttgtttttatggcaag-aggttgtgtgga-----tgggatgctcttacaggattcctgacagtccctccatagaagagctgagatccagggtcggagactctctcctctccaagaggaggtta-aaagcaatggtttcttttgtgt------ctgtgtgtcagagcgcttaggtgttgctgcagctc s fr1.chrUn 257414820 229 + 349519338 GGATTTGTGAGGCACGCATTGTTAATGTACACCAAGTTCAACATTTTTGGT-TAGCAGGCATGCTTTGTGCAATAACTACTGTGCCCTAACACACTTAGAGCCATGTCTTTAACAGGACATTTTAAATATGGTGTAATTTTACATGTACTCTCCTTTGGAGGGTCACGAAGCAACAGCATCTTAAGGGTAAGAAATTACATGATATAATAATAAGGCATTGCTCCCATTC a score=267 s danRer3.chr4 14134666 136 + 33808418 GAGGGATGTACGGGACCAAGACATGAGAGCAGTTGGGGCAGCCTTTGA-ACCCAGGAGAGCACCCCACAGGCTCTGTGCTGGCGGCCCCAGAAACTCGATTCACTCCAGAGTAGAACCGAACAA-CTCCGGCAGGGGC s fr1.chrUn 130897159 131 + 349519338 GAGAGATGCTGGAAATGGAAACAAGGCTGCAAGTGTGACCCCCATTAATGCACGTGTGAGGAGCG-ACGAGCTCACGGCCAGAGTCATTAAAAGGTCCCTTCA------AGTGTTATCATATAAGCTTAAGCTAGGGC a score=67 s danRer3.chr4 14134814 10 + 33808418 CACTGCACTG s fr1.chrUn 274317625 10 - 349519338 CACGGTAGGA a score=7412 s danRer3.chr4 14134824 98 + 33808418 AGAGCAACCCAAAAAAATCCTGAACGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCA s fr1.chrUn 208985581 92 + 349519338 AAAGTAAATCAAAA------TTAACGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCA a score=-4284 s danRer3.chr4 14134922 274 + 33808418 GTCTGTGTCAGCAGTGCCCAGTAGCATGCTGATTGGAAAGAGGACACGGCTCGgtgaacacggagttccttcaacgcatgctgtgctttgttgtcatggcaagttgtggtgtcgataggatgctcttacaccgagcatgtgacagtccctcccaagaagaactgtgatccaggctctgagactttctcttccccaggaggaggttgcaaaggttagagttatttttgtcagagcagctgcagcacaCCTGGGTGGAGGCCCACAGCTAGACTTG s fr1.chrUn 169503955 111 + 349519338 GC---------GGACACTGAGGAGCATGC----------GCACACACCACCTACTGAGCAC----------CCCCACATTC---------------CTGCAACATGTGGTTTC--------------------------------------------------------------------------CTTTCCCACTGGGAGG------------AATTTGTTGTACTCAG---------------------------------GCTACACAGG a score=4386 s danRer3.chr4 14135199 95 + 33808418 GCAACCTTCAGCCA-----------GACCTTCC-CTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAACATC s fr1.chrUn 208983353 107 + 349519338 GAAACCTTGACCCACAGAAGCTCATGAGCTTCCACTCACAACATAGTGTTCAGGATTCTGCACTCTGACCGCCATGGCCTGGATTCGATTCCCGGTCGGGGAACACC a score=4115 s danRer3.chr4 14135368 75 + 33808418 AAAGATGTCCTTCGAGCCG-AACCAGCGACCTAAGGATTGCCATCATCCCACCTACAGTCCTCCGCTCTACCAACT s fr1.chrUn 165624176 75 - 349519338 AAAAGTGTCCTTCGAGCCGGAACCAGCGACCTAAGGATGTCTGT-GTAACCGCTACAGTCCTCCGCTCTACCCACT a score=4308 s danRer3.chr4 14135544 106 + 33808418 TTCCCATACCGGGAGTCGAACCCGGGCCGCCTGGGTGAAAACCAGGAATCCTAACCGCTAGACCATATGGGAACTGCCACTTTGGAACGCCAGTCTTGGCACAAAC s fr1.chrUn 169501931 102 + 349519338 TTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGCCGCGGCGGTGAGAGCGCCGAATCCTGACCACTAGACCACCAGGGAGGTACCAAC----AACGCTGCTCCTCTCAGAAAC a score=181 s danRer3.chr4 14135650 130 + 33808418 TCCAGCTCATTCTGATCGCTGGCACGTCCCTGCTCCGCTTGCACAAG-TGCCACTCATACACTTACGCACTCTCTCATACACAGTTTCTTGGTTTCCGTAACCGAGAACCTTC----TGATCCG--TAGTCATAAGC s fr1.chrUn 235832089 113 - 349519338 CCTAGCCTTCTTTTTTAACTATC----CTTTGAGCTGTTGGTAAAAGCTATTGCTCGGACAATTG--------------------TTCTTGGCTTCGGTTCCTTTAAGCATTCTTGGTGATCTGAATAGTCCTAAAC a score=7412 s danRer3.chr4 14137073 98 + 33808418 AGAGCAACCCAAAAAAATCCTGAACGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCA s fr1.chrUn 208985581 92 + 349519338 AAAGTAAATCAAAA------TTAACGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCA a score=408 s danRer3.chr4 14137171 8 + 33808418 GTCTGTGT s fr1.chrUn 208986316 8 + 349519338 GTGTATGT a score=-3683 s danRer3.chr4 14137182 263 + 33808418 CAGTGCCCAGTAGCATGCTGATTGGAAAGAGGACACGGCTCGgtgaacacggagttccttcaacgcatgctgtgctttgttgtcatggcaagttgtggtgtcgataggatgctcttacaccgagcatgtgacagtccctcccaagaagaactgtgatccaggctctgagactttctcttccccaggaggaggttgcaaaggttagagttatttttgtcagagcagctgcagcacacctgggtggaggCCCACAGCTAGACTTG s fr1.chrUn 169503957 109 + 349519338 GGACACTGAGGAGCATGC----------GCACACACCACCTACTGAGCAC----------CCCCACATTC---------------CTGCAACATGTGGTTTC--------------------------------------------------------------------------CTTTCCCACTGGGAGG------------AATTTGTTGTACTCAG---------------------------------GCTACACAGG a score=7517 s danRer3.chr4 14137463 90 + 33808418 ACCTTCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGAAACTTCCTTTTCACCT s fr1.chrUn 209008146 90 + 349519338 ACATTCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAACGTGTTTTTTATCT a score=4115 s danRer3.chr4 14137617 75 + 33808418 AAAGATGTCCTTCGAGCCG-AACCAGCGACCTAAGGATTGCCATCATCCCACCTACAGTCCTCCGCTCTACCAACT s fr1.chrUn 165624176 75 - 349519338 AAAAGTGTCCTTCGAGCCGGAACCAGCGACCTAAGGATGTCTGT-GTAACCGCTACAGTCCTCCGCTCTACCCACT a score=4308 s danRer3.chr4 14137793 106 + 33808418 TTCCCATACCGGGAGTCGAACCCGGGCCGCCTGGGTGAAAACCAGGAATCCTAACCGCTAGACCATATGGGAACTGCCACTTTGGAACGCCAGTCTTGGCACAAAC s fr1.chrUn 169501931 102 + 349519338 TTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGCCGCGGCGGTGAGAGCGCCGAATCCTGACCACTAGACCACCAGGGAGGTACCAAC----AACGCTGCTCCTCTCAGAAAC a score=181 s danRer3.chr4 14137899 130 + 33808418 TCCAGCTCATTCTGATCGCTGGCACGTCCCTGCTCCGCTTGCACAAG-TGCCACTCATACACTTACGCACTCTCTCATACACAGTTTCTTGGTTTCCGTAACCGAGAACCTTC----TGATCCG--TAGTCATAAGC s fr1.chrUn 235832089 113 - 349519338 CCTAGCCTTCTTTTTTAACTATC----CTTTGAGCTGTTGGTAAAAGCTATTGCTCGGACAATTG--------------------TTCTTGGCTTCGGTTCCTTTAAGCATTCTTGGTGATCTGAATAGTCCTAAAC a score=661 s danRer3.chr4 14138064 31 + 33808418 CTTGTTAGCACAT----TGCTTGGAGCAAGGACAA s fr1.chrUn 274316866 35 - 349519338 CTTGTAAATACCTATTATGTTTACTACAAAGGCAA a score=-605 s danRer3.chr4 14138095 214 + 33808418 GGCTctgtca---acctggagttccttcaccacacattctgctttgtttttatggcaag-aggttgtgtgga-----tgggatgctcttacaggattcctgacagtccctccatagaagagctgagatccagggtcggagactctctcctctccaagaggaggtta-aaagcaatggtttcttttgtgt------ctgtgtgtcagagcgcttaggtgttgctgcagctc s fr1.chrUn 257414820 229 + 349519338 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CCTAGCCTTCTTTTTTAACTATC----CTTTGAGCTGTTGGTAAAAGCTATTGCTCGGACAATTG--------------------TTCTTGGCTTCGGTTCCTTTAAGCATTCTTGGTGATCTGAATAGTCCTAAAC a score=-605 s danRer3.chr4 14140342 214 + 33808418 GGCTctgtca---acctggagttccttcaccacacattctgctttgtttttatggcaag-aggttgtgtgga-----tgggatgctcttacaggattcctgacagtccctccatagaagagctgagatccagggtcggagactctctcctctccaagaggaggtta-aaagcaatggtttcttttgtgt------ctgtgtgtcagagcgcttaggtgttgctgcagctc s fr1.chrUn 257414820 229 + 349519338 GGATTTGTGAGGCACGCATTGTTAATGTACACCAAGTTCAACATTTTTGGT-TAGCAGGCATGCTTTGTGCAATAACTACTGTGCCCTAACACACTTAGAGCCATGTCTTTAACAGGACATTTTAAATATGGTGTAATTTTACATGTACTCTCCTTTGGAGGGTCACGAAGCAACAGCATCTTAAGGGTAAGAAATTACATGATATAATAATAAGGCATTGCTCCCATTC a score=-848 s danRer3.chr4 14141409 158 + 33808418 GAGGGATGTACGGGACCAAGACATGAGAGCAGTTGGGGCAGCCTTTGA-ACCCAGGAGAGCACCCCACAGGCTCTGTGCTGGCGGCCCCAGAAACTCGATTCACTCCAGAGTAGAACCGAACAA-CTCCGGCAGGGGC--AAACCGC--GACCACACTGCACTG s fr1.chrUn 130897159 157 + 349519338 GAGAGATGCTGGAAATGGAAACAAGGCTGCAAGTGTGACCCCCATTAATGCACGTGTGAGGAGCG-ACGAGCTCACGGCCAGAGTCATTAAAAGGTCCCTTCA------AGTGTTATCATATAAGCTTAAGCTAGGGCCCAAATTATTGGACTCTCTATTTCTT a score=91 s danRer3.chr4 14141590 1 + 33808418 A s fr1.chrUn 169503880 1 + 349519338 A a score=6807 s danRer3.chr4 14141591 73 + 33808418 CGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTATTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCC s fr1.chrUn 169508358 73 + 349519338 CGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCC a score=-3465 s danRer3.chr4 14141680 259 + 33808418 GCCCAGTAGCATGCTGATTGGAAAGAGGACACGGCTCGgtgaacacggagttccttcaacgcatgctgtgctttgttgtcatggcaagttgtggtgtcgataggatgctcttacatcgagcatgtgacagtccctcccaagaagaactgtgatccaggctctgagactttctcttccccaggaggaggttgcaaaggttagagttatttttgtcagagcagctgcagcacacctgggtggaggCCCACAGCTAGACTTG s fr1.chrUn 169503961 105 + 349519338 ACTGAGGAGCATGC----------GCACACACCACCTACTGAGCAC----------CCCCACATTC---------------CTGCAACATGTGGTTTC--------------------------------------------------------------------------CTTTCCCACTGGGAGG------------AATTTGTTGTACTCAG---------------------------------GCTACACAGG a score=7873 s danRer3.chr4 14141957 90 + 33808418 ACCTTCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAACTTGCTTTTCACCT s fr1.chrUn 209008146 90 + 349519338 ACATTCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAACGTGTTTTTTATCT a score=4427 s danRer3.chr4 14142089 105 + 33808418 CAAGAAAGCGGCTCTGAGCGCAAAAGA--CGTCCTTCGAGCCGGAGTCGAACCAGCGACCTAAGGAT---TGCCACCAACCCACCTACACTCCTCCGCTCTACCAACTGA s fr1.chrUn 221580791 108 + 349519338 CAAAAGGACTCATTTGGTTACAAAAAAATTCTCCTTCGAGCCGGATTTGAACCAGCGACCTAAGGATTCCTGTGACCGACCCG-CTACAGTCCTCCGCTCTACC-GCTGA a score=709 s danRer3.chr4 14142194 93 + 33808418 GCTATCAAAGGCTTACGGGGTAGCTTCACAACCACATCCTATAAGGTAGCTGCAGTCCGACCGCTGGCCAAAAAGGACAGAAGCAAAAGCACT s fr1.chrUn 78520866 74 - 349519338 GCTATTATTGGCT------ATAACAGGACCACCAGGGGCGGGTAGGCAGACACAGTTC-------------AAACTACAGAAGTAAAACTGCT a score=3049 s danRer3.chr4 14142288 197 + 33808418 AAGACTTTCCATACCGGGAGTCGAACCCAGGGCGCCTGGGTGAAAACCAGGAATCCTAACCGCTAGACCATATGGGAACTGCCA-CTTTGGAACGACAGTCTTGGCACAAACTC--CAGTTCATTCTGATCGCTGGCACGTCCCTGCTCCGCTTGCACAAGTGACACTCATACACTTATGCACTCTTTCATACACAGTTT s fr1.chrUn 78519328 189 - 349519338 ACGAGTTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGCCGCGGCGGTGAGAGCGCCGAATCCTGACCACTAGACCACCAGGGACTTCAAAGCTCGGAAACTACGGACAGAAAAGGACCGTAACAGGTAGTTTTAGTGGCTAAATC------ACTTCCCTTGGATCAAAAACAATTA-----TTTTGGTTTATTTCATTCACAGGTT a score=3158 s danRer3.chr4 14142497 55 + 33808418 AACCGAGAACCTTCTGATCCGTAGTCATAAGCGCTAACCTTTGTGCCGCCGTCAC s fr1.chrUn 208985617 55 + 349519338 AACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCC a score=-763 s danRer3.chr4 14142583 233 + 33808418 GAGCAAGGACAAGGCTctgtca---acctggagttccttcaccacacattctgctttgtttttatggcaag-aggttgtgtgga-----tgggatgctcttacaggattcctgacagtccctccatagaagagctgagatccagggtcggagactctctcctctccaagaggaggtta-aaagcaatggtttcttttgtgt------ctgtgtgtcagagcgcttaggtgttgctgcagctcaggggcc s fr1.chrUn 257414808 248 + 349519338 GAACTGAGTCCTGGATTTGTGAGGCACGCATTGTTAATGTACACCAAGTTCAACATTTTTGGT-TAGCAGGCATGCTTTGTGCAATAACTACTGTGCCCTAACACACTTAGAGCCATGTCTTTAACAGGACATTTTAAATATGGTGTAATTTTACATGTACTCTCCTTTGGAGGGTCACGAAGCAACAGCATCTTAAGGGTAAGAAATTACATGATATAATAATAAGGCATTGCTCCCATTCCAGTTCC a score=-24 s danRer3.chr4 14143080 82 + 33808418 ggaggaggttgcaaaggttagagttatttttgtcagagcagctgcagcacacctgggtggag-------gCCCACAGT---------TAGACTTGAGG s fr1.chrUn 99248337 96 + 349519338 GGAGTCATTTACAATGGT--AAACCATTATAAACAGTCTCACATCAACACTCATTGGTCTAGTAATAGTGCCCGCAGTATCATCACACTGTCATGAAG a score=6978 s danRer3.chr4 14143164 126 + 33808418 AACCTTCAGCCAGACCTTCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAAC------TTCCT----------TTTCACCTCCATGCTGAACTTTGAGCATTGG s fr1.chrUn 209019796 139 + 349519338 AACGTGCACTCAGA---TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAACACGTCTTTTCTTGAAAACAGATCTTACCTGCGTGCAGTGTGATGATCATCAG a score=5230 s danRer3.chr4 14143330 97 + 33808418 AAAAGATGTCCTTCGAGCCGGAGTCGAACCAGCGACCTAAGGACTGCCATCAT-CCCACCTACAGTCCTCCACTCTACCAACTGAGCTATTGAAGGCT s fr1.chrUn 221582073 97 + 349519338 AAAGGCCTTCCTTCGAGCCGGATTTGAACCAGCGACCTAAGGATTCCTGTGATGGTCCCCTACAGTCCTCCGCTCTACC-GCTGAGCTACCGAAGGAT a score=4177 s danRer3.chr4 14143513 106 + 33808418 TTCCCATACCGGGAGTCAAACCCGGGCCGCCTGGGTGAAAACCAGGAATCCTAACCGCTAGACCATATGGGAACTGCCACTTTGGAACGCCAGTCTTGGCACAAAC s fr1.chrUn 169501931 102 + 349519338 TTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGCCGCGGCGGTGAGAGCGCCGAATCCTGACCACTAGACCACCAGGGAGGTACCAAC----AACGCTGCTCCTCTCAGAAAC a score=50 s danRer3.chr4 14143619 130 + 33808418 TCCAGTTCATTCTGATCGCTGGCACGTCCCTGCTCCGCTTGCACAAG-TGCCACTCATACACTTACGCACTCTCTCATACACAGTTTCTTGGTTTCCGTAACCGAGAACCTTC----TGATCCG--TAGTCATAAGC s fr1.chrUn 235832089 113 - 349519338 CCTAGCCTTCTTTTTTAACTATC----CTTTGAGCTGTTGGTAAAAGCTATTGCTCGGACAATTG--------------------TTCTTGGCTTCGGTTCCTTTAAGCATTCTTGGTGATCTGAATAGTCCTAAAC a score=202 s danRer3.chr4 14143815 141 + 33808418 GGCTctgtcaacccggagttccttcac-cacacattctg---ctttgtttttatgg--caagaggttgtgtggatgggatgctcttacaggatt-cctgacagtccctccatagaagagctgagatccagggtcggagactctctcct s fr1.chrUn 36327288 142 - 349519338 AACTCGTTTAGCATGGGAACGGTTTGCACAAGCATGCTGGTAATGTGGGCTTGTGGTTTTAGCGGTTGAGCTTGTGACAAGCTCGTGTCTGATTGACTGATAATCCTCACTTAGA------GAGGAGCCGGGTCATTGAATACCTACT a score=-364 s danRer3.chr4 14144806 174 + 33808418 AGCTGTCACTGCTGTCTTCCCAGAAGA--------GTGACTGTACTG-GTTTCTTCTGGAAGTCCTGAGGGATGTACGGGACCAAGACATGAGA-----GCAGTTGG-------GGCAGACTTTGAACCCAGGGGAGCACCCCACAGGCTCTGTGCTGGCAGCCCCA---------GAAACTTGATCCACTCCAAAGTAGAACC s fr1.chrUn 83524840 183 + 349519338 AGCCGTCAATGCAGCTCTCCAACAAAATGGGCGACATGATTGAACTATAGTTGGTCTTGATTGCAGGTGTCATGT-TGGGAGGAAAGCAGGGGACATCCTCAGCTGGATGGGGGGGGGGGGTGTGTGCTTGGGGCAACGCT----------TGTGGCATCATTCCCAAAACGACTGGAAGCTTTAACCACT----------AAC a score=449 s danRer3.chr4 14144980 25 + 33808418 AAACAACTCTGGCAGGGG-CAAACTG s fr1.chrUn 169503826 26 + 349519338 AAACTACTGTTTCAGGAAACAAATCA a score=265 s danRer3.chr4 14145005 41 + 33808418 CAACTGCAGTGCACTGACTGAGAGCAATGCAATAAATCCTG s fr1.chrUn 208985558 39 + 349519338 CAAATGCAGCACAATTATCAAAAAAAGTAAATCAAA--ATT a score=5915 s danRer3.chr4 14145046 75 + 33808418 AACGAGCCAGCCAAAAGTCGAATCTAGAATCTTCTGATCCGTTGTCAGACATGTTATCCATTGCGCCACTGGCAC s fr1.chrUn 169508356 75 + 349519338 ACCGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCC a score=1102 s danRer3.chr4 14145157 74 + 33808418 GAAAGAGCACATG-------GCCCGgtaaacatggagttccttcaacgcatg------ctgtgctttgttgtcatggcaagttgtgg s fr1.chrUn 274318169 86 - 349519338 GACAGGGCACAGGTCTATATGTCTGACATACCTGGA-TACATTTAATCTATGTTCTCCCTGTGAGTTGCTGTCTTAGACATTTTTGG a score=5288 s danRer3.chr4 14145418 80 + 33808418 TCCCTGGTGGTCTTGTGGTTAGGACTTAGTGCTCTTACCGCTGTGGCCTGGGTTCAATTCCTGGTCAGGGAGCTTCCTTT s fr1.chrUn 271001662 80 + 349519338 TCCCTGGTGGTCTAGTGGTCAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAACGCGTTTT a score=-816 s danRer3.chr4 14145499 252 + 33808418 CACCTCTATGGTAAACTTTGAGCAGTGTTGCCGATGATCTCTTCACGAAAGCAGCTCTGAATGCAAAAGATGTCCTTCGAGCcgcactgtaagacgtaataagacacactctggcacaga-catccagtctgcacgctggaatacacactattatctcatggttaagacgcagcttcaaaatttagtttcaaaccggaagtacaaatttgcttgaaataacgcaaaaacaaccaatttacac----tttttagtgaa s fr1.chrUn 222960829 206 - 349519338 GGCAGTTGTTTTAAACG------AAGGTTGTTTATGAATAATTAA----------TATCAATGCACATGAAATCCAT--AATTTAACTAGGAGGATTAATAA-ACGTATTCTTAATAAGATCATTTTATTTG---------------------GCCTTATTGTTTAAATAATATTACAAGATTTAGTCTATAATC-----------tttattttagaatagataaatattaataatatacataatatttCTAATGCA a score=-1844 s danRer3.chr4 14145751 333 + 33808418 atatttgtgtcctaatagtgtttttagcagtgtgggacacatatatgactgtcaacagctcaaaaaatgtgttttggagtttcgtgaccctTTAAGGTACAAATACACACATGAAAATCTTACTTTGTTTTT--CTTTTAACTAAGTAT--ATTTTTATATGTTTTGTTGTTTTGTCTCAAATTATTTTATGTAGGACACAAATGCCTCAAATGCAGCTTTAACATCATTG-----GAATAAATTATATTT---TAACATATTCAAATGGA---AAAGTTAACATATTAA----AAAGGAATAATTATTTACAAGGTTACTTTTATATCTGCATTTTTATAAACTAAAGCAG s fr1.chrUn 274292752 316 - 349519338 GTCGCACTGGACTAA-------TTACGCCAGATGGGAGACGCGTTTGTC------CAGTTC----------TTGTGAAGTCGCGTTCGCCCAGTTCGCAAGAATTT---------AATCTAAATTTCTATCTAACATCCGACTTAATCTTAGTTATTCCAAACTTTAGAATTTTGTGCGATGCTTGTTAACCAAATGCAATGGAGCATTTAAAGCAGTGACAAAATGAGTGCAAAAGAAGAATGTTTATTCCGATAGTACATGCAAAGTAACTGAAGCGTAACAAGTAAATGCGAAAGAGATGTCTGTTTTGAAAGTC-CTCTAAAACGT---TTAATAAAAAATAAAGCAG a score=505 s danRer3.chr4 14146645 192 + 33808418 ATATCTTATTAAAAAAAAGCA--TATCTTAATTAAGATAT-AAATTGGATCTCATTGAAATAC-TGTAGAAAT--------TATCCAAAAGGAT----TTTTATGTATTGTACTATAAAACAATCCTATAGCAATGGTTCCAAAATATGATCAAAATTCTAATTGAATTCCTTCAAAGAAATCCTATAAGATGTTTCTTTTTTGTCTG s fr1.chrUn 114044763 201 - 349519338 ATATTTTATTGTTAAAGACTCATTGTGACAATGAACATATTCCATTTGATTTAACTGTAATACATGTTTAAATGTGGCCTGCGTTTAAAAAGACAAAGCTTGATGTGCTTTGCCATCCATTCGTTC-------ATCATTACAATATCTTATCATAATAATAAATGTGTCGataataataataataataatGTGTCCTTATTTACCTTG a score=565 s danRer3.chr4 14146859 90 + 33808418 TGTGAAACCGGTCCAATCTACTTTTTGTTCATGTTGTTTTTTGTTATGTGCGTCAGCAACTCCCTGGATGCGTATTACAGTTCACAGGCA s fr1.chrUn 207534227 66 - 349519338 TGTGGAACATGTCTGACCCACTGTTGAATCCCACTGTGATTTATA--------CAACAA----------------TACCGTTCAGAGCAA a score=7015 s danRer3.chr4 14146949 399 + 33808418 GTAAAAACGGCCCAGTGGCCTAATGGATAAGGCACCAGCCTTCGAAGCTGGGGATTGTGGGTTCAAGTCCCACCTGGGTTGTCTTTGATGCAGTTCTTATTAAGTTGGCTATGCAGCACAATCCAGTGTGATCTTCAAAAAGCTAGGT-TCATACCC-------------TTAGGTCAAAAAGACATGACAATGGAAAACTCTTTAG-AGAATCTGTTTTGTCATTAGGTGTACACACCAGATCGTCTGAATGCAATATG-GTATAGGAATCCTAAAGTGCTGTTTTCTGAGTTATAAGAACTTCCTGAGCCATACAACAGATATGGCAAATGCTAGTATTGGCCCAGTGGCCTAATGGATAAGGAATCAGCCTTCAAAGCTAGGGATTGTGGGTTTAAGTCCCATTTGGGTTGT s fr1.chrUn 34959670 374 - 349519338 GGAACAAAGCCCCAGTGGCCTAATGGACAAGGCACTGGCCTCCTAAGCCAGGGATTGTGGGTTCGAATCCCATCTGGGGTGTA---AAATCAGCCTTTTCT---TTGTCATGACATCAATCCCCACACTGGACTGTTGTAAGCCTTGTGTCTTACTCTAACATTCTGGAGTTGGGTGTTTTAGGAGCAGTTCTGAAGTGCCCTTGAGCAAGATCCCTTATGTCCCAATTTG-------CAGACTGCCATAATGTATTTGGAGCACTGGTGCCCTTGAGCAAGGTAGTATTCACCTTACAACCTCTCAGA-------------------AAATGC---------CCCAGTGGCCTAATGGATAAGGCACTGGCCTCCTAAGCCAGAGATTGTGGGTTCAAGTCCCATCTGGGGTGT a score=-1374 s danRer3.chr4 14147356 109 + 33808418 G--GTTACATAA------AAATTGTATGGAAAAAATCCTGACATGTCTCCTCAAAGCTTATGCGT--GATGATCTAAGGTCAATAGTTCGCTAGAGAGAGGGAGGGAGATCTTGACTTC s fr1.chrUn 59087578 112 + 349519338 GTCATGACATCAATCCCCACACTGGACTGTTGTAAGCCTTGTGTCTTACTCTAACATTCTGGAGTTGGGTGTTTTAGG---AGCAGTTCTGAAGTGCCCTTGAGCAAGATC----CCTT a score=-1214 s danRer3.chr4 14147465 253 + 33808418 AAGTACCCGGTGGCTTTCAAATAATGGTCTCATGTTAGGTGGATGATGATGAAATGCAAACAAGAAAATAGCTGCAGAAAGGTTGTGATTTCATGTTAATGAGAGTGGCCTCGTCTGGAATTTGAAACTCAAG--ACCAGTCTCA--CACCATACCCCAGGACCAATGAGACACGAATGTGGATGATTACACAAAGAAAATGTTTGTCCATTAGTTGCAAACATCTTATTTAATGGAATGCAAACTGGCATCGAGAT s fr1.chrUn 34960044 204 - 349519338 AACTACCACTT--TTTCTACATCATGGCATCAAGCAAGATGGACACTGGTGTTAT-------------TGGCTT----GAGGGGGTCGTTTCTT---------ACTCTACCATTCTGGACTTGGGTGTTTTAGGAGCCGTTCTGAAGTGCCCTTGAGCAAGATCTCTTATGTATCATTTGGGGTGACTGCAGCAACACAA-----------------CAAATATTCAATT--------TGCAGACTGCTACCAATAG a score=866 s danRer3.chr4 14147983 93 + 33808418 TTAGAACGATCCATAAACAAATCTAACAACTGAATCATTGCCGCTACTTTCTTTcaaatcaactcacttttattgtcacatcagcagcagcat s fr1.chrUn 59087947 93 + 349519338 TTTGAACAATTACCAAACAACTGTCTCCAAGAACTCTTAACTCCCATTTGGGTTGAAAACACTTCCACTTGCTTTGATCATGGACTGCAGCAT a score=1279 s danRer3.chr4 14148078 389 + 33808418 gtgctatgatgagtgaaaagcttaggtgctggctccag----acagcacaaaatacagagtaatacagtgcaaatacaacgacagtacaaaatacagacag---tgcaaatgaaatgac-------agtgca--aaatacagacagtgcaaatacaacgacaatgtgaaattgacagcgatgtgaacaatgaatagatgtccacatagtt--------gtaggtagtgttgcttcaagtatggattggttaaagtgcagtgcatgctacatattgatggtgtgc-agtaagggtatggtagagtctgtgt------gtggtgtgTTAAGTGTTCATCAGCCTGA--------------TAGTCGGAGGGAAGAAACTTTCCATCAGCCAGCTGGTACGTGACCAGATGCGGCAGAACCATCTGCCTGAGGGTAG s fr1.chrUn 316107577 410 + 349519338 ATATAATAAGTAATGAATATATTATGTGCAGTTTGTAATGTTACAGTAGTTTACAAGGATTTACAGATTGTCATAAGAAC------ATATTTTACAGATGGGTTCGTATATTAAATGCCTTATATAAGTGCAGTAACTTTTGACA---TAAAGCTAGAAGAAATGTGCAAATGATAA----ATTAGCAATGTACAGATGTT----TAGTTTAACTAAAGTGCATAAATGTGCTTCAA-------TAAGTTTCAGCATTAGCTCTGTTGGATACTAAGCTGCTGCTACTAAGTGTGTTATTGTGTAAATGTAGTGTCGTGAGATGTGAAGTGGGGGTCAGCTGGAGTTCAGCAAGGACACGGCTCTGGAGAAGAAGCTGTTCCTCAGTCTGCTGGTTCTTGTCCTGAGGGTTCTGAAGCACCTACCTGAGGGCAG a score=-70 s danRer3.chr4 14148667 101 + 33808418 CCTTTTGGTCATTAGGTGTACACACCAGATCATCTGAAAGCAATAGGGATCCTAA--------CGTGCTGCTTTCTG--AGTTACAAGAACTTCATG--AGTCATACAACAGA s fr1.chrUn 59087357 113 + 349519338 CTTATGGGCCAGCAAGTGTGAACAAAAGACGGTGTTTGAACTGATGTGAAACTAAATAAAACCCCTGGTGGCCTCAGTCACTATCCAGGACCCCAGACTAGCTGTCCAACAAA a score=2449 s danRer3.chr4 14148768 119 + 33808418 TATAGCAAATGCTAGTATTGGC--------CCAG-----------------TGGCCTAATGGATAAGACATCATCCTTCGAAGCTGGGGATTGTGGATTCAAGTCCTGTTCGGGTTG--------TGTTTTTATGGGTTACATTTAAGTTGT s fr1.chrUn 59088040 152 + 349519338 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AAccatgatatatttggagcactggtgcccttgagcaaggtagtatacaccttacaaacgctcagagaaagccctAGTGGCCTAATGGACAAGGCACTGGCCTCCTAAGCCAGGGATTGTGGGTTCAAATCCCATCTGGGGTGTAAAATCAGCTTTTTCTTTGTCATGACATCAAT a score=-167 s danRer3.chr4 14149403 227 + 33808418 GGTTGTTGGATAAAACACAGTAGCTGTGAAAACCTT-----CTTGAGATGTGTTTG-----TGTGTCATTAA---CTTCCTTCATTGTCATCCATATTTCCTGTTATGACTAAAAGGTTACTCTGTGCTTA-----CATATAAAGCTGGTGGGTTTTTCAAGATCCATAAACAAATCTAATAACCAAACCAT----TGCCACTGCTTTTT-----TTTGTCTGTATTGTACATGTTAGAATGATTtacagtagt s fr1.chrUn 133299053 245 - 349519338 AATGGGCAGATACTA-AAAATGGCTTTCAAGCCCTCAAATGACTGAACCATTTCTAAACACTGCATCTTAAAAATTTTCTCCCTTTTTCATGTAGATATGCTGTTGTCAAAGAAAGTTACATTAACGCATAGTAGCCATAGTGACAAAGAAGGTTTG--------CATAAAAACATTTTATTGACAGGTCATCATACACAACGGTTGTATGCAACTGTATCTGTGTTTTATCTGTCAGGATGGTGTGATGTATT a score=3015 s danRer3.chr4 14181897 407 + 33808418 TTTAGATAAATTGTTC--ATTTGATTTCAGCATGGAAAAATGAAATTGACCCATTCAAATCATCTCGAATGTTCTGTG---ATGAGTTGCTCTCCATCAATTCACACT------GTCCATCTCTATCATTACTCATCAACCAGTTTGATACTATGGATGAACAAGATAGTACCCTGGTTTCATTTTATAAAATGAACAGTGCTAATTGGTCCACTCCATTGAAATATAGATTGACTGGTACTTCTTTTTTATTATTAAAATCATTTGAATCGCTTATAGTCTGTACAGTTTGTGCAACGAACTTGCTTCATTTTGT--------ATTTTTTTTTTAGGAGATGCAGCTGTTGGCAAGGGAGTTAACCGCCATATTTTGTCAATGATGATGCAAAAACTGAAGACTGGCTTCACTTTAAATTTGGGT s fr1.chrUn 26961535 381 + 349519338 TTTGAATAAAACCCTCTGATGTGGTGTCAGAATGGACGAGAGTGCCTGATCC---CAAATGTGCTGGCAGGCTCTTTTCACAAGAACTGCTGCACAGAGGCAAAGACTCAGGAAGCCTGTCTCTGAGCTTGGACCTCAGACA------CAGCAGGGGGGAGCAGGACCGGGCCATAGCTTCCCTCTACAGGAGAGACGGCCTTCAGTGGTCGTCACCACTTAACTGTGCACTTAAAGGTA-------------------------------GACTGAAGACTCAGCAGCACGGCCAGTGA-----CTCCTTTTTGTGAAATGTCAACTATTTCACAGGTGATGTTGCCACAGGAAGTGGCGTTGACCGCCACATAATATCAACGGTGATTTCAAGGCTTATGAGTGGACTCCATTTAAATTTAGGT a score=5271 s danRer3.chr4 14182763 132 + 33808418 TTTGAGGGGGAAAAAAACCACCGTGTACCTTCTGCATCTGCTGTACTACGGGACAGCAACCTGTTCCAGATGGCTGGCCGGATGATAGGCCATTCATTTTTGCATGGAGGTCCTAGTCTTTCTGGACTGAGC s fr1.chrUn 26962012 132 + 349519338 TTCGAGGGTGAGTCCGATCACCTCATCCCCTCGGTATCCGAAGAGCTGCTGGAGAACAACATGTTCGCCATGGCCGGCCGGATGATTGGCCATTCCTTCTTGCACAATGGCCCCAGCTTCCCGGGACTCAGC a score=-293 s danRer3.chr4 14193307 112 + 33808418 ATTCGAGCTTGGGGATGTGTTGCTGTCACACAAACAAGTCTGCCGTGAGTTT-CAAAGAACACATTATACTGACTAGTTGCCAACT------TAAATGTACTTTCTTATTTCCAGCGTT s fr1.chrUn 109264819 111 + 349519338 ATTCGA-TTTGTGTCTGTGTTGATGCGAAACA------TCTGCTTTCATTTCACATCGAGCA-GTTTTAGTCAGTTTTTATTCACTGTATGTCAAATATTGGGTGTCGTGGCCGTAGCT a score=5982 s danRer3.chr4 14193419 303 + 33808418 CACTGAGACTCACACACACACTCAAGCAG---TTTGGCTATATTT-------AAAACCTTT--TCTGGCAGCTGTAGGAT---------TCGAACCCACACCCCCGAAGAGACAGGAGCCT--AAATCCAGCGCCTTAGACCACTACGAGCAGAAGCGTGCAGTATCACTTTGCAAGTCTGTTTGCTCA--AGCAGAAAGGTCATTCT------CAAGCATCCTAAAAGGA----------CTGC--ATGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCAAAGAGACTGAAGCCTTAATCTAGCGCCTTAGACCACTCGGCCACGCTACCTTGCCAAGCTGCTTTC s fr1.chrUn 131959204 333 - 349519338 cacacacacacacacacacacacacacaGAGCTGCAGCTACAGTTTATTGAGGAAGCCATCAGTCTGACTGCTCTATAATGTCTGTTCTTCTAGTTTGGACTCCAAGAGGAATAAATGTATGCAAAT---GCTCCTGTAAACTCTAGGAATA------TGTTGATTAACCT--CAATTTTGTTTCAACAGTACTATAATAATAATTTTGTCCACTGAGCGACTTCAAAAGAGACCTAGACCTTGCTGATGGCAGTGGTGGGATTTGAACCCACGCCTCCAACGAGACTGGAGCCTTAATCCAGCGCCTTAGACCCCTCGGCCACACTACCT--CCAGAGTGCTCCC a score=473 s danRer3.chr4 14193763 57 + 33808418 AG--CACTGGGAAATCAGTTGAATTTGGCCATGCATTGCTGGA---GCTCCTCAACAAAGAA s fr1.chrUn 256903091 62 + 349519338 AAACCACACGGAGATCAGGTCACAGTGACCAGCCCCTCATGGAAGTGACCTTTAACCAAGGA a score=6968 s danRer3.chr4 14194313 130 + 33808418 GAGAACACGCACGCACTCAA--GCAGTTTGTCCGTGTTCAAAATCACATCTGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTGGAGTCTAAATCCAGCGCCTTAGACCCCTCGGCCACACTACC s fr1.chrUn 109264937 132 + 349519338 GAAAACAATAAAAGAATCAATGGCTGTTTGCTGTCTCTCAACGCTCCTTATGGCAGTGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCGTAGAGACTGGAGCCTTAATCCAGCGCCTTGGACCTCTCGGCCACACTACC a score=6954 s danRer3.chr4 14194621 150 + 33808418 CAGTATTACTTTACAAGTATGTTTGCTCAAGC------------AGAGAGGTCATTCTCAAGCATCCTAAAAGGACTACCTGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTCAAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCCCTCGGCCACGCTACC s fr1.chrUn 105695161 159 + 349519338 CAGTGGTAGGTGACACTTAGCTCCGCTGAAGCTTCTGTTGCACTATATAAGTCATGTCTCACCAGC---AAAACTCAACCTGGCAGCGGTGGGATTTGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTAGAGCCTTAATCCAGCGCCTTGGACCGCTCGGCCACGCTACC a score=855 s danRer3.chr4 14194881 57 + 33808418 ACATTTGGATGCGAGCTGAAGCGTGCAGTATCACTTTGCAAGTCTGTTTGCTCAAGC s fr1.chrUn 105695173 54 + 349519338 ACACTTAGCTCCG--CTGAAGCTT-CTGTTGCACTATATAAGTCATGTCTCACCAGC a score=5492 s danRer3.chr4 14194973 82 + 33808418 CTGGCAGCGGATGGCATTCGAACCCACACCCACAAAGAGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGATCCCTTGGCTACGCTA s fr1.chrUn 105695237 81 + 349519338 CTGGCAGCGG-TGGGATTTGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTAGAGCCTTAATCCAGCGCCTTGGACCGCTCGGCCACGCTA a score=707 s danRer3.chr4 14195708 21 + 33808418 ATTCGAGCTTGGGGATGTGTT s fr1.chrUn 109264819 20 + 349519338 ATTCGA-TTTGTGTCTGTGTT a score=-909 s danRer3.chr4 14195745 116 + 33808418 GTCTGCCGTGAGTTT-CAAAGAACACATTATACTGAATAGTTGCCAACT------TAAATGTACTCTCTCATTTCCAGCGGTCACTG---AGAACACGCACGCACTCAA--GCAGTTTGTCCGTGTTT s fr1.chrUn 109264849 127 + 349519338 ATCTGCTTTCATTTCACATCGAGCA-GTTTTAGTCAGTTTTTATTCACTGTATGTCAAATATTGGGTGTCGTGGCCGTAGCTGACTGTGGAAAACAATAAAAGAATCAATGGCTGTTTGCTGTCTCTC a score=7431 s danRer3.chr4 14195861 101 + 33808418 AAAATCACATCTGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCCCTCGGCCACGCTACCTTGCCAAG s fr1.chrUn 105695227 101 + 349519338 AAAACTCAACCTGGCAGCGGTGGGATTTGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTAGAGCCTTAATCCAGCGCCTTGGACCGCTCGGCCACGCTACCTGGGTGAG a score=205 s danRer3.chr4 14195962 61 + 33808418 CTGCTTTCCCTGAGCAGTTTTCACACCAACTTGTTTCACGTAGCGCAACAGCGCTGGGAAA s fr1.chrUn 56126214 56 + 349519338 CCGTCTATCTAGAG--GTTACCAGAAAAAGTGGT---ACATCGAGCGACTTGACTAGAAAA a score=6261 s danRer3.chr4 14196181 277 + 33808418 GCTGCGATGCATTTAAGCACCTGTCACACCAACGAGTCTGCCGTGAGTTTCAAAGAACACATTATACTGAATAGTTGCCAACTTAAATGTACTCTCTCATTTCCAGCGGTCACTG---AGAACACGCACGCACTCAA--GCAGTTTGTCCGTGTTTAAAATCACATCTGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCCCTCGGCCACGCTACCTTGCCAAGCTGCTTTCCCTGAGCAGTTTTCACA s fr1.chrUn 109264839 263 + 349519338 GATGCGAAACATCTGCTTTCATTTCACATCGAGCAGTTT-TAGTCAGTTTTTA---------TTCACTGTATG---------TCAAATATTGGGTGTCGTGGCCGTAGCTGACTGTGGAAAACAATAAAAGAATCAATGGCTGTTTGCTGTCTCTCAACGCTCCTTATGGCAGTGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCGTAGAGACTGGAGCCTTAATCCAGCGCCTTGGACCTCTCGGCCACACTACCACAACAAACCAACAAATCAAATCAGGTCTCata a score=-969 s danRer3.chr4 14196494 158 + 33808418 TCAGTTGAATTTGGCCATGCATTGCTGGAGCTCCTCCACAAAGAAAGAGAGCTGCTTAATACTAGC----------TTAGGAAG------------CACTCCCACCTTCCTGTCAAGCACAGTTCTGTCTCTATTAGAGTACACCTC--AAGGCATTTGAAGTCTACTCCAAACGGCAGCCA s fr1.chrUn 107853149 175 - 349519338 CTATTTGAAGTTCATTTCAAACAAATGGAGC------ATAAAAGGAAATGTATGCTCAGTAACGGCCACGTCGCTGTCATGAGGGGACGCAGACCACAATCACCCGCTCCTGTTGGTAATGGACACAGCTCAAGGGGGATGTGCCTTGGAATTCTTTTGAGCGCTACGT-AAATGAAATACC a score=6283 s danRer3.chr4 14196652 253 + 33808418 GCTGCGATGCATTTAAGCACCTGTCACACCAACGAGTCTGCCGTGAGTTTCAAAGAACACATTATACTGAATGGTTGCCAACTTAAATGTACTCTCTCATTTCCAGCGGTCACCG---AGAACACGCACGCACTCAA--GCAGTTTGTCCGTGTTTAAAATCACATCTGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCGCTCGGCCACGCTACCTTGCCAAGC s fr1.chrUn 109264839 239 + 349519338 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TGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCATCGAAATGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCTCTCGGCCACGCTACCT--------------------ACCGGCTTCCGTC----------GAAGCAGGAATCTATCAAGACCAGTAGGTAGTGTAATGTAGCCATTTAACTTAGTGTAAAATAAACCTACATCTTTAGTGGTGCGACCACATG a score=367 s danRer3.chr4 14197511 42 + 33808418 CAGTATTACTTTACAAGTATGTTTGCTCAAGC------------AGAGAGGTCA s fr1.chrUn 105695161 54 + 349519338 CAGTGGTAGGTGACACTTAGCTCCGCTGAAGCTTCTGTTGCACTATATAAGTCA a score=2919 s danRer3.chr4 14197553 81 + 33808418 TTCTCAAGCATCCTAAAAGGACTGCCTGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCC-GAAGAAACTGGAGCCTTAATCCAG s fr1.chrUn 137546689 81 - 349519338 TCTTCAGGCATAGTCCAAAAGCTAA-TGTCAGAGGTGGGATTCGAACCCATGCCCCCAGGGGAGACTGCGACCTGAACACAG a score=6004 s danRer3.chr4 14200400 246 + 33808418 ATTCGAGCTTGGGGATGTGTTGCTGTCACACCAACGAGTCTGCCGTGAGTTT-CAAAGAACACATTATACTGATTAGTTGCCAACT------TAAATGTACTCTCTCATTTCCAGCGGTCACTG---AGAACACGCACGCACTCAA--GCAGTTTGTCCGTGTTTAAAATCACATCTGGCAGCGGTGGGATTCAAACCCACGCCCCCGAAGAGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCCCTCGGCCACGCTACC s fr1.chrUn 109264819 250 + 349519338 ATTCGA-TTTGTGTCTGTGTTGATGCGAAAC------ATCTGCTTTCATTTCACATCGAGCA-GTTTTAGTCAGTTTTTATTCACTGTATGTCAAATATTGGGTGTCGTGGCCGTAGCTGACTGTGGAAAACAATAAAAGAATCAATGGCTGTTTGCTGTCTCTCAACGCTCCTTATGGCAGTGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCGTAGAGACTGGAGCCTTAATCCAGCGCCTTGGACCTCTCGGCCACACTACC a score=5469 s danRer3.chr4 14200700 348 + 33808418 TGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTGGAGCCTGAACGCCAGCTGCCGAAGGATAGTCTGACAATATTTCACAAATGTTGAAGATGAGAGCCAA------TCGGAGCGATTCGC----TCCAACATTGTAGCCAATCACGTTGCAGCGCTTCAACATTTACAGCCAATCGCGGACCGGAATTCTCAACATTTT-CAACATTTGACCAATCAGAGTCGAGACAATGTTGAAGCCGCGGGGGA-------------GGAACTGTTCCAAGAATCACCGC--TAGGTGTGCAG-TCAAACAGGTCAGTCAGATGTCAATCAATTTTCCGAACTGAGCCGAAGGTACACGAAGGAATGACGCGGT s fr1.chrUn 172706620 359 + 349519338 TGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCTCCGAAGAGACTGGAGCCTGAACGCCAGCTGGCGAAGAATCGTCCGG---------GGAAATTTTGGAGGTATAAGTCAATCACCGTCGATATGATTGGTGGCGTCCAACATTTTCGTCGATATGATTGGTG-AATCCAACATTT-CCGTCGAT--ATGATTGGTGAATCCAACATTCCGCTCCCACTGACCTATCACAG-CGCTCAAATGTTGGACAACCGGCAGGTTGCTCCACCTCCAGATCCACCTCAAGCTCCACCTCCTCATTTTCGCAGCTCTAATTGCGCGCAACCACTTCACTCATCTCTTGGAAGAAAACGGAAAATAAAC--AATATTGACATGGT a score=-413 s danRer3.chr4 14201133 104 + 33808418 CGTTTTGCTTACAGTAAA---------GGATTTTTTCCG---------ATAGTGATTTCTTAAAAAAGG----TAGGAAAAACTACACAATTGCACGAATTAATATTTTAGTGTGTTGTATTTCAA s fr1.chrUn 172707076 126 + 349519338 TGTTTCGCTAGTTGCAAATACGTCCACGGGTTTTTGCAAAACTACAGTAGAGTCATCGGCTAAAGTGTGCGCTTGTGACATATTAGCGGTGTGGAGTAATTACTCCTTTATTACGTTGTGGCCTGT a score=6820 s danRer3.chr4 14201237 200 + 33808418 ATTTGGATACTTTAAATTTAAAA-----CCGTTTAATTTAT-------AGGAGAAAAATGTCTGGAAAATCTCATAAAGCCATGTCAGACGCTGACTGGATTTCACGTTTGAAAAAGTTTGCCAGCACAGGAGTTTGGCCATCAAATGAGGGAAACAGGCCAGCTCCTCGACAAAAAAAGTGGCATGAGATTTATCAAAGGGTGTGTATTTC s fr1.chrUn 172707481 204 + 349519338 ATTTTGATGGCATGCATTTAAATAATGTCTGTCTATGTCATCAAAGGCAGCAGAAAAG--------AAGTCTCACAAGGCGATGGGAGACGGAGAGTGGATGTCTCGCCTTCGTCAGTTTGCCAGCACTGGGGTCTGGCCTGCAAGTGAGGGCAACAGGCCAGCCCCCCGACAAAGAAAATGGTTTGATTTGTATAAAAAGGTATGTAGCTT a score=393 s danRer3.chr4 14201475 82 + 33808418 GAGTTACGTTAACTTGTTAGGCTTCAGTACATTCAGTACAGTATCTGTGTAAAACATGTCATACTTGTTTTTAAATATTAAA s fr1.chrUn 140002059 75 - 349519338 GCCCTATATTAATTCGAAGGATTTATAATTTTTAGGTTGAATAAATGTGTATAATGTA-------AATTTGTAAAGACTAAA a score=3523 s danRer3.chr4 14201797 419 + 33808418 attaatttacagagctattgtgtgctttattaagggagtcattgagtaaaaatt----cttat-tTAGTTATAAAAGTTTTTTGTATTGTAtaaaattatttaatatatctttcatgattttttcagattgagaaaTGCCCATTGCAATCTCGTGGGCAGAGGACTTTGCTTGGAGGTGTGCTGAAATGCACATGTGGTTTTCACACTCAAAAGGT-ACATTTTTAAGTCAATATGTGTTTATTTTTATTTACTAGAATGCCTTTCCTTTTTCATGATTATATGTATTTTTGTGATTTATTT--TCAGCAGAGTACTGCTTCTGCTGCTCCAGCACAAACGGTGCAACAACCTGCCCCTACTGTACCTGCTCAGGAGGTGATGGAGACGAGACAACTTGAGGCCCTGCCCCAGCCCCCG--TCTACTCC s fr1.chrUn 172707685 357 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AATATTTGATCAAATAAATGTAGCCTTGATAAACATAATTAAAACATAAAAAAAATACATTGAGCAGATCGCAAACC s fr1.chrUn 312612881 73 + 349519338 AATTTCTAGTCAAAGTTACTTACTCC----AAATGTTCTTCAAGCATAAAAACATCTTATGACATAGCGATGCAACG a score=2877 s danRer3.chr4 14203756 157 + 33808418 TTTGAACAGTAGTGTACATTTTGCCATTGTGAACA---------CAGTGTTTTTACT-----------GAAATGCTTTTTGTCTTGCCCTTTTTGAGTTCACCAAACCAAGATTTTCCGGATCCCACATTGCTGCAGCAAAGCCAAATCTTAGTGTGGCTAGAAGACCATCACAGGT s fr1.chrUn 172708247 177 + 349519338 TTTGGATAGTTATTCACATTTAAAAATTGACAATAATGGTTTGGCATTTTGTTTACTTTTGACAATATATGATATCTTTTGCTTTATTTTGATTCAGTTCAACAAGTCAAAATTTGGAGGGAGACATGTTGCAGCTGCAACTCCAAATTTAAGCATGGCGCGGAAGTTTACAAAGGT a score=-491 s danRer3.chr4 14203913 78 + 33808418 TGACGTTCAGCCCAGTTCAGCAGTGTGTAGTGCTTCTAC--ACCAAGCACGGCTGTAAGTATTGTCATA----ATCCACATAGC s fr1.chrUn 312613104 84 + 349519338 GAATATAAGAACATATTATGAAGTTTGGCATGTACATACAAATGTATGACAGTAGCAAATAATAACATGTCACATCTATATAAC a score=1774 s danRer3.chr4 14204108 150 + 33808418 TATATATTAAAAATAAGCACCATTCTTTAAACTTTTTGTTCTGCATAAAAGCGCTGTGACAAAATTTTACAG---------TTTAGCAGCAATCATTCATTTCCAATGTATTTTATACATTAATGTTCAAATAAAGTAATGGTTGCAAAAAATTCTGAT s fr1.chrUn 250742324 150 + 349519338 TATACATCAATTATA-----TAACTTTTTCCCTTTTTAGTTTGTGATTCATTGCTGGAATAG----TTACAGGGGTGCTGATTTATAAGCTGTCATACAATCCTCTTTCGCACCATACAGTAATTTCTAAATAGGATACTTGGTCCTAAAAATTGTGAT a score=81418 s danRer3.chr4 14204881 2365 + 33808418 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s fr1.chrUn 172708954 2198 + 349519338 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TTTGTTTATTTATGTTTCATTTATTTTT--TTCAGGTGAGCTCATTGGAGTGCAGTATCTGTTCCAGCAGACTGGTCAGGCACTGCAGAACATGAACCCAGACTGTGAGCAGACTGCTGAGCTCATTGAGGATCTCAATGTGGAGGAGCGA---GAAGAAGATGAGGGCTTCTGTGACATCAGTGAGGATC--ACTCTA-TTGATGATCCGGAGGCTGCTCTGTCACCATCCTCCTCCACATTGAGATCGGGTTCCTCCACTGCAGTCACCAGCAGTGTCGCTTCTTTGCCAGTCTCCACATGCCCTGCACTGGTCCCTGACCCACCTGC----GCAGCCTGAAGAACCA--------ATTTCACCTGTGCCCTTAGAGCCAGAAGAG------------------GCTACGGAAGAtgatgacgaagataatgatgatgacgacgatgaagatggTGATGAAGAGACTGTAAGTCCCACTAATTTCTGTCTTTACAATGATCTAGAATAATTTAAAAAATAAAGTGTAAAGTCAAACACGCATCAGGTTTATTTCCGTAGTGCAGCTTCAACATGATAACAGAATCAATTATGGAATTATGCATTGAACAATTTAATGTGCTATTTTTTTTTTGTTGTGCTTTCATTAGGCTGTTGACTACCAAAATATTCCGGGCTTCCAGCATGTGGACAGGCTGGCTGAATATCTGGTTGAGCTCCGGACCCACAAAAGCCTTAGCCTTACCAGCCAGGAGGCCAACGAGATTATTGGTCTTTGGCAAAGCCTGCATGACCAAGACAAGAAGCGGGTGGTGTATGCAGCTCGACACCAGAAGCGACTGCTGAGtgggcgatttaaaacacccaagaagcccactcacacccctggcgtggagagcactaccagatgtgtgctgggtgcaagcagtgctcctgctcagtggcctgactgttgccgtcttgtggagaccatctttattaggctttgtaccatccaccctagtcccaagcgaaaaggcaagggaaccctttcaagatggtctctgatcctgcaagactaccgcaggattaggcaactcgtactgggcaacagcttggtaatgggaggtacatccatgcagctggttgaggtaaaccagaataccctgattcagtggtTTAATAACAGACAGAAGAAGCAGGAGCTGTCTGTGCTGGTTCAGGGTATTCAGTTGCCTCAACCCCTCCCAGAAGCCCAGGAACCTCTCCCAGTTGCCAAAAGTCTTCGGACAGAGCCAGACCAACCAGGAGAGCGGCACCAGTATGTGTTGCCAGAGAGCACAGCAGGTCAGGCAAGGC---------AGAGGCAGACATCTGCTGGACGACCCCCACTTAGACCCA---AGGCACCAGTACAGACCCAGGTCATATTTACACCACCAGCACCTGGA--GCATCGCTGCAGA-TGGTACCCAACATATA----CATCCCAGCTACACCAGGGTACCAGGGTATGCCGATGTTTCAGGGTGTACCAATGTTCCA s fr1.chrUn 172711152 1439 + 349519338 tttattaatttatGAATGAATCATTGTTATTTCAGGAGAGCTCATCGGGGTGCAGTATCTCTTGAGGCAGACTGGCCAGGCACTGCAAGATATGCACCCTGATTCAGAGGAGACGGCTCAGCTTATTGAAGAGCATGATGTGGTGGACAGCGTGGAGGAAGATGAGGGTTTCTCTGACCTCCCACAAGATCCGACAGTAGTCGAGGTCCTTGAGCCCTCTCTACCTCC------------------------TACTGCCGCTGTGACCACATCAGTTGTCTCGTCCCCGGCACCCTGGACACCCACCATCACAGCTCCCAAGCCTTCTACACTGGCAGCTCCAAGCGCCACAGCACCCAGGTCATCAGTGGCTGCCAACCCATCTGTGCTGCATACCAGCGCTCCAGCTACTACATCTGTAGCTGCAGATGAAGATGTGGTAGGTGAC--AGAATGCTATTTAGAATATATGAG-------------------TATAGCGCTGTACAATTTTTAAAGACATTACGTTTATA--CAGTCACGTAACATATT-----------------GTCAATGTT----CCGTGTCAGTGAAGGCTTT---------ACATTCTTATCTAAAATGTTTAATCATTTGCAC-------AGGTTGTTGATGACAAAAACAGGCCTGGGTACCAGCATGTGGACAGCCTTGGAGAGTACCTGGTGGAGCTTCGGGAGCAGACAGCCCTCTTTTTAAACCAGCAGCAGACCGACACCATCATCTCCCTGTGGCAGAACCTGCAGGACTACGACAAACAGCAGGTGGTTTATGCTGCACGGCACCAGGGCAGACTGTTGAGCGGCCGATTTAGAACCCCTAAGAAGCCCTCAACAACCCCTGGTGTGGAGAGCACCACCCGCTGTACGCTGGGGGCAAGTAGCGTTCCTGCCCAGTGGCCTGACTGCTGCCGGCTGGTTGAGAACATTTTCATACGGTTGTGCAACCTGCATCCAAGCCCCAAGAAACGTGGCAAGAAGACTGATTCGAGGTGGTCTTTAATTCTGAGAGACTACCATCGAATCAGACAGCTTGTCACTGGCAATGCGCTTGTGATGCAGGACACAGACATTCAACTGGTTGAGGTGAACCAGAACACCCTCATCCAGTGGCACAACCGGAGGCAAAAAGGACTGGAGCTCTCCGTGAGGCTGCAGGGCACAGCCCTGCCTACAGCCCTCCCAGTGTCTGCACAGCCTCTTCAGGAGGCAAGAGTGCTCCCTGCAGAGCCCATACAAGCACGGGAGGAGCTCCAGTACCACCTGCCTCACAGTACGGCAGGCCAGGCACAGCAAAGAGCAAAAAGGAAGCTCTTTGCTATAGCCCCACCACCAGCACCTGCACCAGCACCAGTAC---CTTTTGTGGTACCTCAGCTTTCACCAGCTGGGGTGCATCAATGGGTACCGGTGACCTTTATGCAGGGTCGTCCCCTCGTCACC------CCAGGTTCTGCCACTCTTCCCCAGCTTCCCCAGCTTCCA 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tttccattaattaaagcataaaataatgaatactttaatgaactgcactgcat--tgttt----gttcacattagtacatgcataaacttaattaattaat--aaaaccttattgtaaagtgttacATTTTTCATATTTTGGATTAATTCTATTAATTTTATTTAGTATTTAAAACCTTAAAGGTATTT s fr1.chrUn 303444162 178 + 349519338 ttttgatttaattaacaacaaagcagcagaaact--gattaacagccccgtctgctgtttaactgaccagatcaatatcc-cagaagtttgattgataggtgtatactctgattaaaaagtgttccact---aatttgtttgagtagta----tacatatatata-tatatatatatatatatatGTTT a score=328 s danRer3.chr4 14210311 390 + 33808418 TTATTATTGTTGATGTTATGCCTCTTAGCAATATTTTA-GTCCTCTATATGGtttttaattaaaatttttattGCGAGAATGTAATGTAATGCatatatttatatattataaatGCATGTTGAATTTCTGTTTGTTTGTTTTTCTGTATTTCCCCATCTATATTTAAGGATTATCTACTATTTT---TAAAGTA-CTTAAAAC-------CAACCATCTAA--TAAAAAATACAATTA---ACAATCACATTTTGTTTCATGAGTGTCTTTGTTCCTGTTTTG---TAGGACTCTTATTTTAACAGATTTCATTTGGAAACACTTGACTGATCATTCAATTAAAGTTTTACCTTTATTATTCCATCACTCAATGAGATCATGTAATTGTGAGTTGAATTACTCCATTTGT s fr1.chrUn 188494579 366 - 349519338 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ttggtttctatttta--TTGCGCAATTTATTTAAATAGTGTATTTA--TTTTGTTAACATTTTATTTAATGTATtatttatatatatgtgtgtgtacatatgtatatatgtgtatatatGAGTGT-ATAAAGTTTACTACCATA-ATAGTTCTTCAATTTATACTATTTCACTTGTTGGTTTCTATTTTATTTCACattttataaaaataattt----atttta---------------ttaacattttatttaactgtttattatttatGTGTATGTCTATAGTTTATACAGTTTATAACCATAATAGTTCTTCAATTGCCTTGTTTGATTCTGTTTTTGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGTTACCTTTTT s fr1.chrUn 146600803 378 - 349519338 TTGAGTTCCACTGCAAGTTTTACATCTTATTTCATAGTTGTATCAAGGTTTCATTGGGGTTTGATTTGTTTCTTTGACAATTT-------------CAGCTTTATAAATGCTTAAATGTGAATGTCATTTTGTTCACAATTGTACATACATATTCTCTTTGTTATAAATTAAAAGTT---TTACAAACCATTCC------TACAAAAATAATTCTATCATTTTTGGGTCCGGGTGGGATTCGAACTTATGTCTTTCCTTCTCTTCTTCCCCCTTTTTTCCCCTTCTTCCCCATCTTATACAAACGACTGTTCCCCA---GCTTTGGCGCAATGGGTTAGTGCGTTCGGCTGTTAACCGAAAGGTTGGCGGTTCGAGCC-CACCCAGAG-AAGATGTTTTTTTTTT a score=-739 s danRer3.chr4 14214088 209 + 33808418 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269 + 33808418 GTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGACCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATCC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGATAGTACTT s fr1.chrUn 80265083 294 + 349519338 TTGTATCAAAATAGAAAAATATTACAAAATTGGCTGTCTTGTGAAAGCCTAAGTGGTTTAAATGAACAATGAAATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=-3294 s danRer3.chr4 14216963 374 + 33808418 TTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTTCCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTA--AAACCTACAGTGTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGAGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAAGAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGTTAAAGACTTGAGCCTGAACGCATAG--CCAAAGATTAGGTttgtcggaagtggcattcgaacccacgcctccaggggaaattgc----aaccttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTG s fr1.chrUn 80264616 293 + 349519338 TCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC-----------------------TGC-GCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAA---------------------------------TTGGGGAAAA-------ATGCCCGGCTAGCTCAGT-----------------------CGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGC-GATATGTTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTTTGTCTTTAGTACTT-TATAAAGTTG a score=-433 s danRer3.chr4 14217348 61 + 33808418 CCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTC s fr1.chrUn 80263348 65 + 349519338 CCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAA a score=3472 s danRer3.chr4 14217409 138 + 33808418 TGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCATGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCG s fr1.chrUn 80262298 143 + 349519338 TGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGTATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCATGATGTT---TTCTGAAGCTCAGTCGAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCTTTTTG a score=-2971 s danRer3.chr4 14217754 420 + 33808418 ATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACA-----------------TGCTTTACCGAGTT------TTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTAAAAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGTGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAA----GAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGCTAAAGACT---TGAGCCTGAACGCATAGCCAAAGATTAGGGttgtcggaagtgg----catttgaatccatgcctccaggggaaattgcaaccttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCC s fr1.chrUn 80262441 398 + 349519338 ATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAATGCCCGGCTAGCT-CAGTCGGTAGAGC---------------ATGAGACTTTTAATCT-CAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAA------------GCTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTG----TGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAATAGGCTCTCTTGTAAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCC a score=302 s danRer3.chr4 14218174 497 + 33808418 CTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGGGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATCC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80264893 484 + 349519338 GTACTT-TATAAAGTTG-----------CGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTAATTG-------------------------------TGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCA---TGATATGTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCCTTTTGATTGTATCAAAATAGAAAAATATTACAAAATTGGCTGTCTTGTGAAAGCCTAAGTGGTTTAAATGAACAATGAAATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=1011 s danRer3.chr4 14219027 90 + 33808418 ctgcttATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAAGTCTATCAGTCT s fr1.chrUn 75885537 67 + 349519338 CTTCATATTCCGTGTTGCCACCTACTTTCCT-----------------------GCTATTGGCCCTCAGACTACACAGGTTTGTCATCCT a score=6177 s danRer3.chr4 14219117 88 + 33808418 GCCACATTAGCGCAGTAGGCAGCACGTCAGTCTCATCATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCTTCACACGGGGCA--AGGTGTTACCTTTTG s fr1.chrUn 245104711 90 + 349519338 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCACTAGCTTTTTCGTTTTG a score=3406 s danRer3.chr4 14219899 139 + 33808418 CCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGT s fr1.chrUn 80264669 143 + 349519338 CCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATAT a score=-3485 s danRer3.chr4 14220043 262 + 33808418 CTTTTGGCACTTG-----------GAAGC----GCTTAGATGACTGGGC-------AGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGA----------TCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTCCTGCGAATCCC s fr1.chrUn 80264304 270 + 349519338 TTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTACCTTGT------GCCTGGCT------AGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCC----CATGTTGG-GCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGA-------TGTGCTTTTG a score=180 s danRer3.chr4 14220305 116 + 33808418 ATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCA s fr1.chrUn 80262441 95 + 349519338 ATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCC a score=248 s danRer3.chr4 14220636 586 + 33808418 Gttgtcggaagtggcatttgaatccatgcctccaggggaaattgc----aaccttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATCC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80264812 565 + 349519338 GTTTTCAGA------ACATGAATCCA------CAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTTTGTCTTTAGTACTT-TATAAAGTTG-----------CGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTAATTG-------------------------------TGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCA---TGATATGTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCCTTTTGATTGTATCAAAATAGAAAAATATTACAAAATTGGCTGTCTTGTGAAAGCCTAAGTGGTTTAAATGAACAATGAAATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=-68 s danRer3.chr4 14221587 72 + 33808418 CCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCG-AAGCAC-CGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGT-TTGCCCAGGTC s fr1.chrUn 106707939 77 - 349519338 CCGCACTATTTTGTGTTCTGCACACCTTAAGCCCACATTACGTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGGTTTTTAATTTC a score=2308 s danRer3.chr4 14221659 416 + 33808418 CATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACATTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTG-ACGTAAAGTCCTGCGAATCC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80264931 446 + 349519338 TGTAATTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCA---TGATATGTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCCTTTTGATTGTATCAAAATAGAAAAATATTACAAAATTGGCTGTCTTGTGAAAGCCTAAGTGGTTTAAATGAACAATGAAATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=634 s danRer3.chr4 14222388 72 + 33808418 aatcttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTAT s fr1.chrUn 75885494 71 + 349519338 AGTCCTCCAGCATTGGCCCAAACAACTTTGTCAAGATAAAAGACTT-CATATTCCGTGTTGCCACCTACTTT a score=3706 s danRer3.chr4 14222460 142 + 33808418 CCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCGTCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACGCGGAGCAAGGTGCT s fr1.chrUn 80263651 146 + 349519338 CCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGTT a score=-384 s danRer3.chr4 14222602 151 + 33808418 ACCTTTAGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGTTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929736 150 - 349519338 GACTTTTTGCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=2695 s danRer3.chr4 14223314 271 + 33808418 CCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCATGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAA s fr1.chrUn 80262536 280 + 349519338 CCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGC---GTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAATAGGCTCTCTTGTAAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAA a score=-2852 s danRer3.chr4 14223838 319 + 33808418 TGCTTTTCCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTA--AAACCTACAGTGTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGAGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAAGAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGTTAAAGACTTGAGCCTGAACGCATAG--CCAAAGATTAGGTttgtcggaagtggcattcgaacccacgcctccaggggaaattgcaaccttaatgcagcgccttagaccgcttggccatcctgacataCCTACTTATCCCGAGCTG s fr1.chrUn 80264648 239 + 349519338 TGC-GCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAA---------------------------------TTGGGGAAAA-------ATGCCCGGCTAGCTCAGT-----------------------CGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGC-GATATGTTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCT----CCTTCTTAC--CTAATTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTT-------------TG a score=1025 s danRer3.chr4 14224157 22 + 33808418 TCTCCTATTATCCACACCGAAG s fr1.chrUn 80262828 22 + 349519338 TTTTGTGTTCCCCACACCGAAA a score=2408 s danRer3.chr4 14224179 167 + 33808418 CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGATCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTG-----------GAAGC----GCTTAGATGACTGGGC s fr1.chrUn 80264173 180 + 349519338 CCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATG----TTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAAC a score=-3280 s danRer3.chr4 14224346 420 + 33808418 AGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGA----------TCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATAAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTCCTGCGAATCCCATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTTCCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTA--AAACCTACAGTTTAAAGAGCCCATTAA s fr1.chrUn 80264360 363 + 349519338 ACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTACCTTGT------GCCTGGCT------AGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCC----CATGTTGG-GCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGA-------TGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC-----------------------TGC-GCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAA a score=69 s danRer3.chr4 14224920 571 + 33808418 atttgaacccacgcctccaggggaaattgcaatcttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCGTCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACGCGGAGCAAGGTGCTACCTTTAGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGTTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATAC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80264815 562 + 349519338 TTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCT-CCTTCTTACCTAA-----TTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTT-------------TGTCT-TTAGTA---------------CTTTATA---AAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATAT-TGTAATTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCA---TGATATGTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCCTTTTGATTGTATCAAAATAGAAAAATATTACAAAATTGGCTGTCTTGTGAAAGCCTAAGTGGTTTAAATGAACAATGAAATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=1011 s danRer3.chr4 14225847 90 + 33808418 ctgcttATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAAGTCTATCAGTCT s fr1.chrUn 75885537 67 + 349519338 CTTCATATTCCGTGTTGCCACCTACTTTCCT-----------------------GCTATTGGCCCTCAGACTACACAGGTTTGTCATCCT a score=6003 s danRer3.chr4 14225937 100 + 33808418 GCCACATTAGCGCAGTAGGCAGCACGTCAGTCTCATCATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCTTCACACGGGGCAAGGTGTTA--CCTTTTGGCGCTTAGATGA s fr1.chrUn 82218192 102 - 349519338 GCCTTGTTGGCGCAGCAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACAGGGCAGCCTTTTATTCCCTTTAGCTCATGCATGA a score=-2785 s danRer3.chr4 14226078 383 + 33808418 CCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGACCTGGC----------------GGTGTGAAGTTCCAAGAACATTT---------CCTGAGTCTGA--AGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACATTGTC----------GCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTCC--------------TGCGAATCCCATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGATAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTACCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTA--AAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATT s fr1.chrUn 80264353 368 + 349519338 CCCCAGGAC-------------CTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAA-TTCAGAGGGCTTTTATATTGTACCTTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAAGC--TCAGTCAA---GTTGCAAGGAC----AGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC-----------------------TGCGCTA-CGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTT a score=3445 s danRer3.chr4 14226767 91 + 33808418 AAGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTAAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACATGGGGCAAGGT s fr1.chrUn 80264721 91 + 349519338 AATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATAT a score=-696 s danRer3.chr4 14226858 267 + 33808418 GCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCATGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATAAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATCC---C s fr1.chrUn 80265014 300 + 349519338 GATATGTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCCTTTTGATTGTATCAAAATAGAAAAATATTACAAAATTGGCTGTCTTGTGAAAGCCTAAGTGGTTTAAATGAACAATGAAATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTAC a score=3041 s danRer3.chr4 14227571 143 + 33808418 ATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCGTCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACGCGGAGCAAGGTGC s fr1.chrUn 80262850 134 + 349519338 GCCCACATTA------CTTGATA---GAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGT a score=-1183 s danRer3.chr4 14228011 271 + 33808418 TTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTG---CATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTT-------TCCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTAAAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGTGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAA----GAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGCTAAAGACTT s fr1.chrUn 80262984 243 + 349519338 TTTCAGAACATGAATCCACAAGAGA---------AGCTCCTTCTTACCTAATTCAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTG--TGCCTGGCTAGCT-CAGTCGGTAGAGC---------------ATGAGACTTTTAATCT-CAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAA------------GCTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACTC a score=528 s danRer3.chr4 14228310 586 + 33808418 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GTTTTCAGA------ACATGAATCCA------CAAGAGAAGCT-CCTTCTTACCTAA-----TTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTT-------------TGTCT-TTAGTA---------------CTTTATA---AAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATAT-TGTAATTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCA---TGATATGTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCCTTTTGATTGTATCAAAATAGAAAAATATTACAAAATTGGCTGTCTTGTGAAAGCCTAAGTGGTTTAAATGAACAATGAAATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=-3098 s danRer3.chr4 14228896 333 + 33808418 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fr1.chrUn 80264175 548 + 349519338 ACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATG----TTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTACCTTGT------GCCTGGCT------AGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCC----CATGTTGG-GCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGA-------TGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC-----------------------TGC-GCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAA a score=-402 s danRer3.chr4 14231819 412 + 33808418 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attcgaacccacgcctccaggggaaattgcaaccttaatgcagcgccttagaccgcttggccatcctgacataCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTATTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGATCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCATGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATAAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATCC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80264815 562 + 349519338 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+ 33808418 GTCCGTCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACGCGGAGCAAGGT s fr1.chrUn 80264723 89 + 349519338 TTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATAT a score=121 s danRer3.chr4 14234526 154 + 33808418 GCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGTTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929733 153 - 349519338 GCTGACTTTTTGCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=-544 s danRer3.chr4 14234680 176 + 33808418 GATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATAC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80265190 187 + 349519338 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GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAA s fr1.chrUn 144363332 74 + 349519338 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAA a score=-244 s danRer3.chr4 14237086 143 + 33808418 GCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929744 142 - 349519338 GCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=326 s danRer3.chr4 14237717 72 + 33808418 caaccttaatgcagcgcct-tagaccgcttggccatcctgacataCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTATTA s fr1.chrUn 198610430 65 + 349519338 CAGCACTCTTACAGCTCCCATACATCTCCTGGACCATTTAATATACTTCTCTGTTAC--------TCCTACAG a score=2131 s danRer3.chr4 14237789 272 + 33808418 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33808418 GCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929744 142 - 349519338 GCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=634 s danRer3.chr4 14246246 72 + 33808418 aatcttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTAT s fr1.chrUn 75885494 71 + 349519338 AGTCCTCCAGCATTGGCCCAAACAACTTTGTCAAGATAAAAGACTT-CATATTCCGTGTTGCCACCTACTTT a score=-642 s danRer3.chr4 14246318 598 + 33808418 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score=329 s danRer3.chr4 14247322 98 + 33808418 GCACTTGGA--AGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCC---CTTCC--GTGTGGATCATGCT------------TCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGC s fr1.chrUn 82218282 115 - 349519338 GCTCATGCATGAGAGCACGTACGACCAAATAGTGTTTCAAATTCCTAATTTCCTGATGTTGAGGAGGCTGAAACCATTCAATCATCTTGGCAATCAAG--GCAGCTGTTTTGGAGGC a score=-680 s danRer3.chr4 14247465 176 + 33808418 GATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTG-ACGTAAAGTCCTGCGAATCC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80265190 187 + 349519338 GTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=3572 s danRer3.chr4 14248020 147 + 33808418 TATTATCCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGATCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGC s fr1.chrUn 80263645 151 + 349519338 TGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGT a score=-244 s danRer3.chr4 14248176 143 + 33808418 GCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929744 142 - 349519338 GCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=-206 s danRer3.chr4 14248454 134 + 33808418 TCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTAC-------CGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCA s fr1.chrUn 80263796 125 + 349519338 TTTCAGAACATGAATCCACAAG--------AGAAGCTCCTTCTTACC------TAATTCAAC--CCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTG a score=-4373 s danRer3.chr4 14248590 888 + 33808418 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aatcttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCA s fr1.chrUn 75885494 74 + 349519338 AGTCCTCCAGCATTGGCCCAAACAACTTTGTCAAGATAAAAGACTT-CATATTCCGTGTTGCCACCTACTTTCCT a score=3261 s danRer3.chr4 14249784 89 + 33808418 GTCCGTCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACGCGGAGCAAGGT s fr1.chrUn 80264723 89 + 349519338 TTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATAT a score=-375 s danRer3.chr4 14249884 143 + 33808418 GCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGTTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929744 142 - 349519338 GCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=-544 s danRer3.chr4 14250027 176 + 33808418 GATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATAC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80265190 187 + 349519338 GTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=5872 s danRer3.chr4 14250648 100 + 33808418 GCCACATTAGCGCAGTAGGCAGCATGTCAGTCTCATCATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCTTCACACGGGGCAAGGTGTTA--CCTTTTGGCGCTTAGATGA s fr1.chrUn 82218192 102 - 349519338 GCCTTGTTGGCGCAGCAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACAGGGCAGCCTTTTATTCCCTTTAGCTCATGCATGA a score=-240 s danRer3.chr4 14250767 175 + 33808418 CCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCACTGGAGACCTGGCGGTG--------------TGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGA--AGCAATGATGGTTAG------ATGCTCCCTTTCCTATCACATTGTCGCTT------GACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATT s fr1.chrUn 269411924 198 + 349519338 GTGATCTGTGTCTGAGAAGCTTTCT-----TTAAAGAACTTCCAGTAGATTAAATAGCTGCTGGTGTAATTCATGAGTGATGAAGCTCAAAAATTATTATCTTTTTCTAACTAAAAATGCCGGTCGGGAAAGCGTGAGACTTTTAATCTTGGGTTTTGGGTTTGAGCCAACCTCTGGGGTGTTCCTTGAACATTTCATGCATT a score=294 s danRer3.chr4 14251402 75 + 33808418 CTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCC s fr1.chrUn 75885537 52 + 349519338 CTTCATATTCCGTGTTGCCACCTACTTTCCT-----------------------GCTATTGGCCCTCAGACTACA a score=7130 s danRer3.chr4 14251492 74 + 33808418 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAA s fr1.chrUn 144363332 74 + 349519338 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAA a score=252 s danRer3.chr4 14251569 154 + 33808418 GCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929733 153 - 349519338 GCTGACTTTTTGCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=294 s danRer3.chr4 14252256 75 + 33808418 CTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCC s fr1.chrUn 75885537 52 + 349519338 CTTCATATTCCGTGTTGCCACCTACTTTCCT-----------------------GCTATTGGCCCTCAGACTACA a score=7130 s danRer3.chr4 14252346 74 + 33808418 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAA s fr1.chrUn 144363332 74 + 349519338 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAA a score=-244 s danRer3.chr4 14252434 143 + 33808418 GCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929744 142 - 349519338 GCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=-3533 s danRer3.chr4 14252577 415 + 33808418 GATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCAC---GTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTCCTGCGAATCCC-------------ATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTTCCGAG------TTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTAAAACCTACAGTGTAAAGAGCCCATTAAG----GCTGCCAGAG----ACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAA----GAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGTTAAAGACT s fr1.chrUn 80262313 405 + 349519338 GATGGTAGAGTATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGC-ATGATGTTTTCTGAAGCTCAGTCGAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCTTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCC----CACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATT---GGGAAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCT-CAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAA------------GCTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACT a score=1720 s danRer3.chr4 14253199 328 + 33808418 TGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGT s fr1.chrUn 80263921 236 + 349519338 TGCCTGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGC---GTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGA-----------CTCCCTCAGCATCATTGATGT-----------------------GCTTTT---------TGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTAC---------AAAAAAGGCTG---------------TCTTGTCAAACCCTAACTGGA-----------------TCAAATGTCATGAA-----GCTGCGCTACGATTTTGTGT a score=-3341 s danRer3.chr4 14253527 431 + 33808418 AAAGTCCTGCGAATCCCATTGCCTAAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACA-----------------TGCTTTACCGAGTT------TTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTAAAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGTGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAA----GAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGATGGCAGAGAGCTAAAGACT---TGAGCCTGAACGCATAGCCAAAGATTAGGGttgtcggaagtgg----catttgaatccatgcctccaggggaaattgcaatcttatcgcagcgccttagaccgcttgtccatcctg s fr1.chrUn 80262429 404 + 349519338 GATGTCTT-----TTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAATGCCCGGCTAGCT-CAGTCGGTAGAGC---------------ATGAGACTTTTAATCT-CAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAA------------GCTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTG----TGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAATAGGCTCTCTTGTAAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTG a score=-932 s danRer3.chr4 14253989 601 + 33808418 TATCCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTG-----------GAAGC----GCTTAGATGACTGGGC-------AGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGA----------TCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCATGTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATAAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTCCTGCGAATCCCATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTTCCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTA--AAACCTACAGTTTAAAGAGCCCATTAA s fr1.chrUn 80264157 566 + 349519338 TCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATG----TTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTACCTTGT------GCCTGGCT------AGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCC----CATGTTGG-GCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGA-------TGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC-----------------------TGC-GCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAA a score=-2944 s danRer3.chr4 14254623 273 + 33808418 TTGGCGCAAAGAGATTGATGCAGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGTTAAAGACTTGAGCCTGAACGCATAG--CCAAAGATTAGGTttgtcggaagtggcatttgaacccacgcctccaggggaaattgcaatcttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAG s fr1.chrUn 80264723 206 + 349519338 TTGGGGAAAA-------ATGCCCGGCTAGCTCAGT-----------------------CGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGC-GATATGTTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCT-CCTTCTTACCTAA-----TTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTT-------------TGTCT-TTAGTA---------------CTTTATA---AAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTAT a score=3290 s danRer3.chr4 14254896 92 + 33808418 GTCCGTCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTTGTGAGTTCGAGCCTCACGCGGAGCAAGGTGCT s fr1.chrUn 80264723 92 + 349519338 TTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGTT a score=-203 s danRer3.chr4 14254988 129 + 33808418 ACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGTTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAA s fr1.chrUn 133929736 132 - 349519338 GACTTTTTGCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG a score=-735 s danRer3.chr4 14255117 198 + 33808418 CATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATCCCATC------GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80265155 222 + 349519338 AATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=464 s danRer3.chr4 14255598 571 + 33808418 attcgaacccacgcctccaggggaaattgcaaccttaatgcagcgccttagaccgcttggccatcctgacataCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTATTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGATCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATCC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80264815 562 + 349519338 TTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCT----CCTTCTTAC--CTAATTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTT-------------TGTCTTTAGTACTTTATA-------------------AAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATAT-TGTAATTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCA---TGATATGTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCCTTTTGATTGTATCAAAATAGAAAAATATTACAAAATTGGCTGTCTTGTGAAAGCCTAAGTGGTTTAAATGAACAATGAAATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=785 s danRer3.chr4 14256169 52 + 33808418 TTGATCCCCTTTTGGTTCACATGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTC s fr1.chrUn 80262483 52 + 349519338 TCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTC a score=3489 s danRer3.chr4 14256543 150 + 33808418 TCTCCTATTATCCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGATCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGT s fr1.chrUn 80264658 154 + 349519338 TTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATAT a score=245 s danRer3.chr4 14256704 7 + 33808418 GCACTTG s fr1.chrUn 80262989 7 + 349519338 GAACATG a score=-798 s danRer3.chr4 14256872 203 + 33808418 CACGTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTCCTGCGAATCCCATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTC s fr1.chrUn 80263172 175 + 349519338 CATGTTGG-GCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTTG------ATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCTTAACTGGACCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTC a score=591 s danRer3.chr4 14257291 43 + 33808418 Gttgtcggaagtggcatttgaatccatgcctccaggggaaatt s fr1.chrUn 80264812 31 + 349519338 GTTTTCAGA------ACATGAATCCA------CAAGAGAAGCT a score=2541 s danRer3.chr4 14257397 211 + 33808418 TCTCCTAGTATCCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTG-----------GAAGC----GCTTAGATGACTGGGC-------AGCATTTTTTATTCCCTTCCGT s fr1.chrUn 80264149 233 + 349519338 TTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATG----TTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTT a score=617 s danRer3.chr4 14257608 93 + 33808418 GTGGATCATGCTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929792 94 - 349519338 GTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=-769 s danRer3.chr4 14257701 176 + 33808418 GATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATAAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATCC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80265190 187 + 349519338 GTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=-281 s danRer3.chr4 14258192 64 + 33808418 ccttaatgcagcgccttagaccgcttggccatcctgacataCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCC s fr1.chrUn 80264843 49 + 349519338 CCTTCTTAC--CTAATTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTT-------------TGTCTTT a score=2306 s danRer3.chr4 14258261 280 + 33808418 TCCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGATCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCT s fr1.chrUn 80262535 289 + 349519338 CCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGC---GTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAATAGGCTCTCTTGTAAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCT a score=-4123 s danRer3.chr4 14258689 427 + 33808418 ATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTAC-------CGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTAAAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGTGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAA----GAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGCTAAAGACTTGAGCCTGAACGCATAGCCAAAGATTAGGGttgtcggaagtggcatttgaatccatgcctccaggggaaattgcaaccttaacgcagcgccttagaccg-cttgtccatcct-gacaTCCCTACTTATCCCGA-GCTG--------TCTCCTAGTAT s fr1.chrUn 80262983 365 + 349519338 TTTTCAGAACATGAATCCACAAG--------AGAAGCTCCTTCTTACC------TAATTCAAC--CCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTG--TGCCTGGCTAGCT-CAGTCGGTAGAGC---------------ATGAGACTTTTAATCT-CAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAA------------GCTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACTC---CCTCAGC---------ATCATT----------GATGTGCTTTTTGATT--GTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAAA-----------AGGCTGTCTTGTCAAACCTTAACTGGACCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCC a score=-424 s danRer3.chr4 14259116 61 + 33808418 CCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTC s fr1.chrUn 80262839 65 + 349519338 CCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAA a score=34 s danRer3.chr4 14259177 461 + 33808418 TGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTG-----------GAAGC----GCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGA--AGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACATTGTC----------GCTTGACGTTCGGCGTG--GATCTGTCAAATGTCATGAATTAACATTGTGCGAGGATTTG---ACGAAAAGTCCTGCGAATCCCATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCA s fr1.chrUn 80262093 443 + 349519338 TGCCGGGCTAGCTCTGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGAGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGTT----TTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTGCTTACCTAATT---CAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGT----TTTGCTTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTC---AGAGGGCTTTTACTTTGAA---------------CTTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGTATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCATGATGTTTTCTGAAGCTCAGTCGAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCTTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCC a score=-1747 s danRer3.chr4 14259638 593 + 33808418 CATGCTTT-------TCCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTAAAACCTACAGTCTAAAGAGCC-----CATTAAGTCTGCCAGGGACACTGCTAGGGTGCATAAACTTTGGCGCAAAGAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGAGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGTTAAAGACT---TTAGCCTGAACGCGTAGCTAAAGATTAGGTttgtcagaagtgggattcaaacccacgcctccaggggagactgcgacctgaacgcagcgccttagactgcttggccatcctta-------caTCCCTGCTCAACCTGAGCTG---TCTTCTAGTATCCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAAGTCCATCAGTCTACCTCATTGGTGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCTTCACACGGGGCAAGGTGTTACCTTTTGGCGCTTAGATGACTGG------------------GCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGACCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAA s fr1.chrUn 80263062 566 + 349519338 AGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTG--TGCCTGGCTAGCT-CAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCT--CAGGGTCAT-----GGGTTCAAGTCCCATGTTG----------GGCGTGATGCTTTCTGAAG------------CTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCT---TTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATA---------TTACAAAAAAGGCTGT-------------------------CTTGTCAAACCTTAACTGGACCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGC---GTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAA a score=6220 s danRer3.chr4 14260875 143 + 33808418 GCCTCATTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTTGTGAGTTTTAGCCTCACACGGGGCAAGGTGTTA--CCTTTTGGCACTTGGA--AGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCC---CTTCC--GTGTGGA s fr1.chrUn 82218192 152 - 349519338 GCCTTGTTGGCGCAGCAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACAGGGCAGCCTTTTATTCCCTTTAGCTCATGCATGAGAGCACGTACGACCAAATAGTGTTTCAAATTCCTAATTTCCTGATGTTGA a score=-2766 s danRer3.chr4 14261018 393 + 33808418 TCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGA--AGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACATTGTC----------GCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTC--AAATGTCATGAATTAACATTGTGCGAGGATT---TGACGAAAAGTCCTGCGAATCCCATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTTCCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTA--AAACCTACAGTTTAAAGAGCCCATTAA s fr1.chrUn 80264382 341 + 349519338 TAGTACTT---------TATAAAGTTGCGAATTC---AGAGG--------------GCTTTTATATTGTACCTTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC-----------------------TGC-GCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAA a score=634 s danRer3.chr4 14261595 72 + 33808418 aatcttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTAT s fr1.chrUn 75885494 71 + 349519338 AGTCCTCCAGCATTGGCCCAAACAACTTTGTCAAGATAAAAGACTT-CATATTCCGTGTTGCCACCTACTTT a score=2660 s danRer3.chr4 14261667 271 + 33808418 CCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCGTCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACGCGGAGCAAGGTGCTACCT-----TTAGGCAC-TTGGAAGCGCTTAGATGACTGG-GCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGTTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAA s fr1.chrUn 80262536 280 + 349519338 CCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGAC--AGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAATAGGCTCTCTTGTAAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAA a score=-1332 s danRer3.chr4 14261943 152 + 33808418 CCTGAGTCTGA--AGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCAC---GTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTCCTGCGAATCCC-------------ATTGCCTTAAAAATCAACGGCA s fr1.chrUn 80262294 169 + 349519338 CTTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGTATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGC-ATGATGTTTTCTGAAGCTCAGTCGAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCTTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATA a score=-3108 s danRer3.chr4 14262095 375 + 33808418 TCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTAC-------CGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTAAAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGTGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAA----GAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGCTAAAGACTTGAGCCTGAACGCATAGCCAAAGATTAGGGttgtcggaagtggcatttgaatccatgcctccaggggaaattgcaaccttaacgcagcgccttag s fr1.chrUn 80262984 302 + 349519338 TTTCAGAACATGAATCCACAAG--------AGAAGCTCCTTCTTACC------TAATTCAAC--CCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTG--TGCCTGGCTAGCT-CAGTCGGTAGAGC---------------ATGAGACTTTTAATCT-CAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAA------------GCTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACTC---CCTCAGC---------ATCATT----------GATGTGCTTTTTGATT--GTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAAA-----------AG a score=2293 s danRer3.chr4 14262470 192 + 33808418 accgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTCTGCCTTGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGC s fr1.chrUn 80262816 168 + 349519338 GCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACA---------------CCGAAAGCCCACATTA------CTTGATA---GAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGT a score=-1971 s danRer3.chr4 14262949 697 + 33808418 TCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTAC-------CGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTAAAAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGTGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAA----GAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGCTAAAGACTTGAGCCTGAACGCATAGCCAAAGATTAGGGttgtcggaagtggcatttgaatccatgcctccaggggaaattgcaaccttaacgcagcgccttagaccg-cttgtccatcct-gacaTCCCTACTTATCCCGA-GCTG--------TCTCCTAGTATCCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGGGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAA s fr1.chrUn 80262984 644 + 349519338 TTTCAGAACATGAATCCACAAG--------AGAAGCTCCTTCTTACC------TAATTCAAC--CCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTG--TGCCTGGCTAGCT-CAGTCGGTAGAGC---------------ATGAGACTTTTAATCT-CAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAA------------GCTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACTC---CCTCAGC---------ATCATT----------GATGTGCTTTTTGATT--GTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAAA-----------AGGCTGTCTTGTCAAACCTTAACTGGACCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGC---GTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAA a score=-2223 s danRer3.chr4 14263646 327 + 33808418 CATTTCCTGAGTCTGAAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTCCTGCGAATCCCATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTTCCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTA--AAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAA s fr1.chrUn 80264451 272 + 349519338 TAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCC----CATGTTGG-GCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGA-------TGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC-----------------------TGC-GCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAA a score=142 s danRer3.chr4 14264178 17 + 33808418 accgcttgtccatcctg s fr1.chrUn 80263628 17 + 349519338 GCTGCGCTACGATTTTG a score=-3923 s danRer3.chr4 14264368 362 + 33808418 GCTACCTTTTGGCACTTG-----------GAAGC----GCTTAGATGACTGGGC-------AGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGA----------TCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGTAAAGTCCTGCGAATCCCATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGC s fr1.chrUn 80264303 345 + 349519338 G----TTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTACCTTGT------GCCTGGCT------AGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCC----CATGTTGG-GCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATC-------ATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC a score=3572 s danRer3.chr4 14265077 147 + 33808418 TATTATCCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGATCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGC s fr1.chrUn 80263645 151 + 349519338 TGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGT a score=-1244 s danRer3.chr4 14265536 256 + 33808418 TTCTAAGACAGTACTT------ATGATCCCCTTTTGGTTCACTTG---CATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTAC-------CGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTAAAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGTGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAA----GAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGCTAAAGACTT s fr1.chrUn 80263796 243 + 349519338 TTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTCAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTG--TGCCTGGCTAGCT-CAGTCGGTAGAGC---------------ATGAGACTTTTAATCT-CAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAA------------GCTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACTC a score=517 s danRer3.chr4 14265820 586 + 33808418 GttgtcagaagtggcatttgaatccatgcctccaggggaaattgcaatcttatcgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAAGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTAAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATCC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGATAGTACTT s fr1.chrUn 80264812 565 + 349519338 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TTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATG----TTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTT-----TAGTACTT---------TATAAAGTTGCGAATTCAGAGG-----------------GCTTTTATATTGTACCTTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAAGC--TCAGTCAA---GTTGCAAGGAC----AGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC-----------------------TGCGCTA-CGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTT a score=3483 s danRer3.chr4 14268547 94 + 33808418 AAGTCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTAAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCT s fr1.chrUn 80264721 94 + 349519338 AATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGTT a score=-568 s danRer3.chr4 14268641 327 + 33808418 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atttgaacccacgcctccaggggaaattgcaatcttaacgcagcgccttagaccgcttgtccatcctgacaTCCCTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGGTCCGTCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACGCGGAGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGG--------CAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGTTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCT-GGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTG-------------AAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGC-TTGACG---TTCGGCGTGG---ATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTC-CTGCGAATAC---CATT---GCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGGCATTCTAAGACAGTACTT s fr1.chrUn 80264815 562 + 349519338 TTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCT-CCTTCTTACCTAA-----TTAAACCCCCAGGAGCTTCTTTCATGTTT-------------TGTCT-TTAGTA---------------CTTTATA---AAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATAT-TGTAATTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCA---TGATATGTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAATGACAGAAGACTTCCTCAGCATCATTGATGTCCTTTTGATTGTATCAAAATAGAAAAATATTACAAAATTGGCTGTCTTGTGAAAGCCTAAGTGGTTTAAATGAACAATGAAATGTCATGAATTTGCACTCGTTTCAGAAAAAAATGTGGATGAACAGCTGAGCTTCAGCTCAGGTTATCATGGTTACGTGTTCCAGCATAAAATATCCAGGTAACCTCAGGAAAGGGTGAGGAGCCAGGTTTTACAGGTGAGCCGCTGCTAATGCTTACATTTCGGCTTTAGATCTGGCTGTCAGAGCCAAACATCACATTTCA---CAACCTGGGAAAGTTCCT a score=1011 s danRer3.chr4 14270178 90 + 33808418 ctgcttATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAAGTCTATCAGTCT s fr1.chrUn 75885537 67 + 349519338 CTTCATATTCCGTGTTGCCACCTACTTTCCT-----------------------GCTATTGGCCCTCAGACTACACAGGTTTGTCATCCT a score=6177 s danRer3.chr4 14270268 88 + 33808418 GCCACATTAGCGCAGTAGGCAGCACGTCAGTCTCATCATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCTTCACACGGGGCA--AGGTGTTACCTTTTG s fr1.chrUn 245104711 90 + 349519338 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCACTAGCTTTTTCGTTTTG a score=294 s danRer3.chr4 14271022 75 + 33808418 CTACTTATCCCGAGCTGTCTCCTAGTATCCACACCGAAGCACCGTGACATGGAAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCC s fr1.chrUn 75885537 52 + 349519338 CTTCATATTCCGTGTTGCCACCTACTTTCCT-----------------------GCTATTGGCCCTCAGACTACA a score=7130 s danRer3.chr4 14271112 74 + 33808418 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAA s fr1.chrUn 144363332 74 + 349519338 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAA a score=-244 s danRer3.chr4 14271200 143 + 33808418 GCACTTGGAAGCGCTTAGATGACTGGGCAGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGATCATGCTTCCC---CGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTG--GAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAAT s fr1.chrUn 133929744 142 - 349519338 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GCTTGTGTCAGAGC--AGACCACTACACAAACAGCCACAGGTGCTTCACAGTCACTTGAGCTTCCTATACAGGCATGAATAGGTTTGACTACTCTACTGAGGCCAGTCATTCAGAGGTCTTTAGAG----TTTTGAATCCTAATCTAT a score=-703 s danRer3.chr4 14276162 609 + 33808418 TCTCCTATTATCCACACCGAAG--CACCGTGACATGG--AAGCTGGTGTTTCACAGTTTGCCCAGATCCATCAGTCTGCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTGGCACTTG-----------GAAGC----GCTTAGATGACTGGGC-------AGCATTTTTTATTCCCTTCCGTGTGGA----------TCATGCTTCCCCGGGGCTAAAAAGCTACAGCTCCTCTGGAGGCCTGGCGGTGTGAAGTTCCAAGAACATTTCCTGAGTCTGAAGCAATGATGGTAAGATGCTCCCATTCCTATCACGTTGTCGCTTGACGTTCGGCGTGGATCTGTCAAATGTCATGAATTAACGTTGTGCGAGGATTTGACGAAAAGTCCTGCGAATCCCATTGCCTTAAAAATCAACGGCATCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTACCGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTA--AAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAA s fr1.chrUn 80264149 574 + 349519338 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G----TTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATATTGTACCTTGT------GCCTGGCT------AGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCC----CATGTTGG-GCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGA-------TGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAA---------------------AAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGC-----------------------TGC-GCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCAATTTTAGAGGCCTTTTAA---------------------------------TTGGGGAAAA-------ATGCCCGGCTAGCTCAGT-----------------------CGGTAGAGCATGAGA a score=7313 s danRer3.chr4 14277943 88 + 33808418 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCAAGGTGCTACCTTTTG s fr1.chrUn 144365560 83 + 349519338 GCCTCGTTGGCGCAGTAGGCAGCGCGTCAGTCTCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGAGCCTCACACGGGGCA-----CTGCCTTTTG a score=-1165 s danRer3.chr4 14278309 281 + 33808418 TCCCAGGACATTCCACTACATGTCATTCTAAGACAGTACTTTTGATCCCCTTTTGGTTCACTTGCATTAAAGCCCTCGTCCATTGTTTTGTTCACATGCTTTAC-------CGAGTTTTTGTGGACAATACCTTGATCGCAAACGCCTTAAAACCTACAGTCTAAAGAGCCCATTAAGGCTGCCAGTGACACTGCTAGGCTGCATAAACTTTGGCGCAAA----GAGATTGATGCGGTGCTTTGTCAGTGTTACTGTATCACTCTGACAAGGTGGCAGAGAGCTAAAGACTT s fr1.chrUn 80262984 243 + 349519338 TTTCAGAACATGAATCCACAAG--------AGAAGCTCCTTCTTACC------TAATTCAAC--CCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTG--TGCCTGGCTAGCT-CAGTCGGTAGAGC---------------ATGAGACTTTTAATCT-CAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAA------------GCTCAGTCAAGTTG--CAAGGACAGAAGACTC a score=528 s danRer3.chr4 14278618 586 + 33808418 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GTAGAAGGCACACATAAATGAGTAGATTTATAACCAATCCGGTTGTCTAAGTTCATAGAAATACCATGCCCCAAATATGTCGATGCTTATGATGCTACTTTGACCTGAGATTTTGTTCCTTTTGATTTTTATTGCCACGTTTAATCAATCAAAGCCAGCCCTACTGGCGGTGATTGTCACTCACCCGGTTTCCGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGCCTAACACGCGAAAGGTCCCCGGTTCGAGACCGGGCGGGAACACTTATTGGTTGAAAATATGACGGGCTGCGTCTTTTGCAACTTCTGACGACAAAAACGTCCAACGACACTTCAGTTACCGAACAA------ACAATGTAAATGGTAAGG--------AATCTTAGTAAATCTTGATCTTTGGCCGGCGAGTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAG--------ACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTTTCTTTTTACCTAT a score=38 s danRer3.chr4 14391781 135 + 33808418 CAGATTTGCTTTTACGCACATTCTCCATTGGCTCTCTGCTCACTGGATGATCAACGATACAAGGTCGTGGATCTGTCAAATGTCATGACTTGACGTTGTACGAGGATTTGACGAAAAAATGCCCTGCAAACCTTA s fr1.chrUn 94029129 129 + 349519338 CACGTTTCTTTTCCCAGAGGTCACAAAGCAGCTCTCACCTTTCCTGATG-----TGAT-CCAGGCGATAGAAGTTTCTATCTTCACTATTTGTCTGGGAATAAGCCTTTAACAGTGTGACCCAATGATAACATTA a score=4088 s danRer3.chr4 14392074 270 + 33808418 ttgtcagaagtgggattcgaacccacgcctccaggggagacTGCGACCTGAACGCCAGCTGCTGAAGGGTTGTCTATCAATATTTTACAAATGT-TGAAGATGAGAGCCAATCAGAGGGATTCGCTCCAACATTGTAGCCAATCACGGTGCAGCATCTCAACATTTGCAGCCAATCGCGGACTGTAATTCTCAACATTTT-CAACATTTGACCAATCAGAGTCGAGGCAATGTTAAAGCCGGGGAAGGAACTGTTCGA-----AGATTCACCGCTAG s fr1.chrUn 172706619 269 + 349519338 TTGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCTCC-GAAGAGACTGGAGCCTGAACGCCAGCTGGCGAAGAATCGTCCGGGGAAATTTTGGAGGTATAAGTCAATCACCGTCGATATGATTGGTGGCGTCCAACATTTTCGTCGATATGATTGGTGAATC-CAACATTTCCGTCGA--TATGATTGGTGAATC-CAACATTCCGCTCCCACTGACCTATCACAG-CGCTCAAATGTTGGACAACCGGCAGG--TTGCTCCACCTCCAGATCCACCTCAAG a score=5895 s danRer3.chr4 14392570 268 + 33808418 CTTCATAATTGCACAAATGAATGTTTTAGTGTGTTGTATTTTAAATTTGGATACTTTAATCTAAAACCGTTTAATTTCTAGGAGTAAAAATGTCTGGAAAATCTCATAAAGCCATGTCAGAC------TGGATTTCACGTCTGAAAAAGTTTGCCAGCACAGGAGTTTGGCCATTAAATGAGGGCAACAGGCCAGCTCCTCGACAAA-AAAGTGGCATGAGATTTATCAAAGGGTGTGTATTTCGTTTACATGATA----TAACGTTTGTTGAAATTTG s fr1.chrUn 172707459 260 + 349519338 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tatttatatatatGTGTGTGTGT-ACAGAGTG---TATAAAGTTTACAACCATAATAGTTCTTCAATTTATACTATTTCACTTGTTGGTTTCTATTTTATTTCACattttataaaaataatttattttg--ttaacattttatttaactgtttattatttatGTGTATGTCTAAAGTTTATACAGTTTATAACCATAATAGTTCTTCAATTACCTTGTTT---------GATTCTGTTTTATTGCACTTTTT s fr1.chrUn 149124816 230 + 349519338 tgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgACAGAGAGAGAGAGAGAGATCAAAA----AATCGTAATGTAAGTTA-AATATCTGTCTGGCACCTGTCTTTTTTATGC--------ATGAATAAATCTTAGCATAAATTAAGGCTTT-TCTAACTGGT-GTTGTTTAGTTTTGTACTCTCAGTGGCTGCAGCATA-------AATTGTTTTACCTGTGGTCTATTTTTATGCACGGGCTACTATTTATTGTAGTGTTC a score=4966 s danRer3.chr4 14395031 639 + 33808418 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s fr1.chrUn 290101653 1878 + 349519338 AAAAATACTTTTTCTTTACAGATTTACACATCACTCATCATAGATTTAGAG---GATGATTTGCTTGCATGTTATATACCCGTTTTTGGGGACAGAACTGCCACAAGACAATACTGTCTCGATAAACTGCAAAAAGAAATGTGGACAGCAACAGTGAGCCGTGACGAGGAACCTGAACCGGAATTGTT------------GCTTTCAGGTGTACTAACAGAAAACCACTATCAATCTAAAAACGCA----AAGAGTTC---AATAAAAATAGAGTTCGGGTGGAT---CCATGAGGGAAAA---------TATATGAGAAATTGTTGTGGAGGGGGCATCAAGGTACTTGAA-GTATCCAAGGATTCAACCAGAAAAGATCTTGCGTCCCATGCAAGAAAGCTGTTTTTTCCAAATGAAAATTCAAAAAATGGAAAATGGGAGCACTTTCAGCACAATATTTTTGACTTCAAG--GAATCCAAAA-------------------CTGATGAGAGCACTACTGTTGGTGAGTTGACCAGACAGTCCCAATTTGGGATTTTACGGTTTTACCTCAACACGAGTTCCATAACGTTTCCTGACACTGAGATGGA--CAGCAAGCTAGAGAGACATTCTGAAACTCCTGAAGAGC-------------------AGCAGAGACTGGCCTATTCTTATGAACACCAGGATAACCCACTTAGTGCAGAATCATCTAGAACACCTAAAGATTCCCCTGTTGATTTGGATGTTGTTGAACCTTCCTCCCAGTCTTATGATTCAGAAGCGT-TTGAAGGTCTCCCAGTATATGAACCCATTAATTGGAACATGGATGAT-ACTGTTCCAGTTTTGTTTCCTGCGGACGAAGTCTTCAGTGTACCCTCCACATCTACCTCTAATTTAGATGGCCA---TGTTCAAGAAACT---------GGCCAAATAAGTTTCGTTGAATATCAGCAACTCCATGT--------ACGGATTAAACTTCACAGAGCAAATCTGGTAGACGAAATGATTGGCCAGTTCAAAAATGAGGCCATTCTT-------------------------AGCTACCATTT---AAAGTACAGTTTCTTTAATGAAAGAGGTGCTGATGCAGATGGTTTAGCCAGAGAT-GTTTATGCTGCTTTTTGGACAGACTTCTTGGATTGTGCAGCAGAGGGGGCAGAAATGAGAGTGCCAACCCTGTCTCCAAGATGGC----AGGAGGAAGAGTGGAAGTCTGTGGGACGAATATTGGCTAAGGGATTTACGGATCAAGGATATTTCCC-------CTTGC----GTTTTGCCCCAGCATTTACAACAGCATTGATATTCGGAGAGCATGCTGTGTCTGCAGAGTTACTGTTTGAATCATTGCTGTTGTATCTGAGT---CAATGTCAAAGAGATCTCATAATGGCTGCCTTAATGGACACGGACAGTCATAACCAAGATGACTTATTGGACCTACTAGATCAA-ATGGGGGTTAAAGAAGTCCCCGCCAAAGACACTCTGAAAGCAGTCCTTCTTCAACTAGCACACATAAAAATGATTCAGCAACCAAAGTATGCGCTTGATAACATGTCTGCAGCCGCAGGGCTAGCCCTGCGGGCCATCTTACCCACGACGTCGGATATACATGACATGTATAATGACAAAAAGC----CAACTTGCAC-------CAAAGTCCTGAAGATGATTAAAGCATTTCCACTGTCTTCAGCTGAAAGACA------AGCCCTTGGATTCCTACGTCAGTACATACAAGAATTGGATGAGGTTGGTCTGAGAAAGCTGCTGAGATTTGTGACAGGATCAGATATAATCTGCGTTAGTAGAATCCACA----TTACTTTTACAACTCTGGAGGGCCTGGCACGGCGACCTGTTGCTCACACCTGTGGATCTGTTATGGAGCTCCC-TTGTACATATAAGTCCTACCCAGAGCTACGTGACGAGATGGAGAATGTACTGACCAGCAACTACTTGAACATGGATATTTTGTAG 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tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg-tgtgtgtgtgtCCTTGTGGCCAGTGAGGACATCTTCTTAACCCTATAAAGCCTGACACATCAAAAAATAGCCAGAAAATTCTAATTTTTTGGAAATGAGATGTTTATTGAACCTTTTAACAAAATCCCAATTTTTTTTTATTTTGTTTATGACATTTTTTTTGTATCAAATATGATACATTAGGCGATTTCGGCAACTTTTAGCTCACGACTATGTTAACTTTAGACACA-----AAAACAAAGTTTGCCCATAACATTTTGACAATATAGAACACGAACAACAACATTTTTCTCTTTGGTTT-----------TTTTGCATAGCACTT---TTTAGCACAAGAGGCACACTGCAGCCTCTTTTACGGGG------TGGTGTTGGAGTTGG-----TTCTGGAGAG------GACAGTGTCTGCCACA-CTTGATTTTGGTTTAGAAAAAAGAGACGTCTCAGAATCTCGCGTATCAAATATGATACAAACGGCTT-TAAAGGGTTAAGCAGATATTACAC-ATTCTT-----GTTTTGTTTTCCTTCTTACTAAACATGCT a score=-135 s danRer3.chr4 14402561 128 + 33808418 TTATCAATGAAACTATCAACAAAGTGCCCATCTTCTTTTAGCTGTTCAAAATGATCCATCCAAAATTGTATGCACTGACTTCTCAAAGTGGACCACCATCGTTCAATTCTC-------TGGTTCCCCGTGCTTGG s fr1.chrUn 285199780 103 + 349519338 TTACCTACGAAACTACT---------CTCTTCTACTTTCA-----TTAGAATG------------------GAAATAACATAATAATGCAATTCGCGATATTTCACATCTCCCACCACTGATTGGCAGTGCTGCA a score=1877 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danRer3.chr4 14403358 193 + 33808418 GTCCAGCGATGTAACCTACTTCCATGCCATACAGATAAGACTCAGATAAGCCTTTTTTCTCTGAATTGCGAGATATAAACTCAGA-ATTCTGACATAAT--AACTCAGA--ATTGCGACTTAATAACTCAGAATTACGATTTTATAACTCAGAATTCTGACTTAATAACTCGGAATTGCGACTTAATTACTCAGAATT s fr1.chrUn 62941126 176 - 349519338 GTCCATAAGTTTGACTTTCTT--ATCTCATATTTAGGAGTTTTATCTGATCATTTCT------AACTGGCAAAAACAGGCTCCCATGTCCTAATGGAACCAGACTCAAAACATTATTGTTTAA-AACACTAAATT--GTTATCATAATTCACAaatcaaatctaatcatc-----------tttatttgtacagaatt a score=1273 s danRer3.chr4 14403551 368 + 33808418 GCGACTTAATAACTCAGAATTACGACTTTATAACTCGGAATTCTGACTTTATAACTCGGAATTACGACTTTGTAACTCCGAATTCTGACTTAATAACTCGGAATT----------GCGACTTTATAACTCAG-----AATTTTGACTTTATAACTCGGAATTGCGACTTAATAACTCAGAATTCTGA----------CTTTATAAC------TCGGAATTCTGACTTTATAACTCGGAATTGCGACTTTATAACTCAGAATTCTGACTTTATAACTCAGAattctgacttttaaattttctttatattatcattaattttttttttattattaattctttttcttttttttattCAGTGGCGGGAACGGGCTTCCATAGTATAAAGTGTATACAGGTTA s fr1.chrUn 63694001 383 - 349519338 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s fr1.chrUn 337142568 1676 - 349519338 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TAAAATATGACGGACTGCGCATTTTGCAGCTTCTTCCAACGATAATTCAGGTACTC--CAGGCTGCTGTACCAGAGCCAACACAGG--TGTTCAGACTAGG--ACCTTGTCGTGTTAATAGGCTCTGATCCAAAGGAAG-------------------------------CCCCCCGGCTGGAGGTCCATCTGGACAAATGCACCACAGTGTTGAGCTGCAGTTT----GTCATGTGTGGACA----------------------------------CCAGGTGACCTCCCACACTCCCACAGTGTTGCTGAAATCAACAGAAAGGTGAATTGACCGATGTCT-------------GTGTGTCTCCT---------------GATTGATCTGCGAGCGTGTGAATCACCTCTGCCTCCTGAAAGGTTTTTTTCT---------CCGTGAACAACGTTGCACGTGTGTCACACCTGCTCCAGTAGCAGCCGTTGCCACTTCAGCCACTTCACACTCAGCTGTCGACT--------GCCCAGCAA--GAGCTGGAG------TCACTGTTTAGGT--------------------CGATACTCTGCAAAGGTTTTATCGTCTATTTT a score=4864 s danRer3.chr4 14442286 210 + 33808418 GGAGCTTGTCACGCTGAGTTGGC--------TTTGTCCGCTCGATTG--ACCAACGCGTACGCCTTGTTTTATCCTTGCACGCCTAACTTCGCTGGTGAAAG-CGCTTGTGGGGTTTCTGTAGTGTAGTGGTCATCACGTTCGCCTAACACGCGAAAGGTCCTCGGTTCGAAACCGAGCAGAAGCA---------------------GTGCTCTTCTTTTGGCGA-----GAAAATAATAGCATCCA s fr1.chrUn 210351455 240 + 349519338 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s fr1.chrUn 172711152 1549 + 349519338 tttattaatttatGAATGAATCATTGTTATTTCAGGAGAGCTCATCGGGGTGCAGTATCTCTTGAGGCAGACTGGCCAGGCACTGCAAGATATGCACCCTGATTCAGAGGAGACGGCTCAGCTTATTGAAGAGCATGATGTGGTGGACAGCGTGGAGGAAGATGAGGGTTTCTCTGACCTCCCACAAGATCCGACAGTAGTCGAGGTCCTTGAGCCCTCTCTACCTCCTACTGCCGCTGTGACCACATCAGTTGTCTCGTCCCCGGCACCCTGGACACCCACCATCACAGCTCCCAAGCCTTCTACACTGGCAGCTCCAAGCGCCACAGCACCCAGGTCATCAGTGGCTGCCAACCCATCTGTGCTGCATACCAGCGCTCCAGCTACTACATCTGTAGCTGCAGATGAAGATGTGGTAGGTGAC-------AGAATGCTATTTAGAATATATGAGTATAGCGCTGTACAATTTTTAAAGACA------TTACGTTTATACAGTCACGTAACATATTGTCAATGTTCCGTGT------------------------------CAGTGAAGGCTTTACATTCT--------------------------------TATCTAAAATGTTTAATCAT----TTGCAC-------AGGTTGTTGATGACAAAAACAGGCCTGGGTACCAGCATGTGGACAGCCTTGGAGAGTACCTGGTGGAGCTTCGGGAGCAGACAGCCCTCTTTTTAAACCAGCAGCAGACCGACACCATCATCTCCCTGTGGCAGAACCTGCAGGACTACGACAAACAGCAGGTGGTTTATGCTGCACGGCACCAGGGCAGACTGTTGAGCGGCCGATTTAGAACCCCTAAGAAGCCCTCAACAACCCCTGGTGTGGAGAGCACCACCCGCTGTACGCTGGGGGCAAGTAGCGTTCCTGCCCAGTGGCCTGACTGCTGCCGGCTGGTTGAGAACATTTTCATACGGTTGTGCAACCTGCATCCAAGCCCCAAGAAACGTGGCAAGAAGACTGATTCGAGGTGGTCTTTAATTCTGAGAGACTACCATCGAATCAGACAGCTTGTCACTGGCAATGCGCTTGTGATGCAGGACACAGACATTCAACTGGTTGAGGTGAACCAGAACACCCTCATCCAGTGGCACAACCGGAGGCAAAAAGGACTGGAGCTCTCCGTGAGGCTGCAGGGCACAGCCCTGCCTACAGCCCTCCCAGTGTCTGCACAGCCTCTTCAGGAGGCAAGAGTGCTCCCTGCAGAGCCCATACAAGCACGGGAGGAGCTCCAGTACCACCTGCCTCACAGTACGGCAGGCCAGGCACAGCAAAGAGCAAAAA------GGAAGCTCTTTGCTATAGCCCCA-CCACCAGCACCTGCAC------------CAGCACCAGTACCTTTTGTGGTACCTCAGCTTTCAC----------CAGCTGGGGTGCATCAATGGGTACCGG----TGACCTTTATGCAGGGTCGTCCCCTCGTCACCCCAGGTTCTGCCACTCTTCCCCAGCTTCCCCAGCTTCCAAAGAGGAAGAGGCCGTACAACCGTACGGTCAGTGCAAATAA--------ATGCAAGAAATGTGGGGAGTTCCG----------TAACGCTGAAACCGGCCACAGCCAGTACCGGGGCAAAGTGTTCTG 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danRer3.chr4 14453104 78 + 33808418 GGTAGTATTCTTACCTGCCACGTGGTAGACCTGGGTCTGATTCCCGGCCAATGCAATGTCTTTTTTGTGTTGCTACTC s fr1.chrUn 317581582 78 + 349519338 GACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAGAGCGGGGTTCGATTCCCTGAGGAGGAGATACCTTTTTTTTTCTCCCAATC a score=-926 s danRer3.chr4 14453298 141 + 33808418 TCCGATTCCTGGCCAATGCAATTCTTGTTT-------TGTGTTGCTAATCTTCCAGCTCT---GGGTAACAGC----------------CTTGCAGCAATCACACCCCTCTAGGACAGCA------------GTATGAGCATATCAGCGTTGGTGGTTCACTGGTAGAA--TTCTCGCCTG s fr1.chrUn 294364772 179 + 349519338 TGCTATAACCGGTGAATGTGTTTTGTGTGTACATTTATGTGCCATCGATGTCCAGTTTCTCTAGTGTAGCAGTTATCGTGTTTGCCTCACACGCGGCAGGTCCCTGGCTCAAAACCAGAAAGAAGCAGGTCTGTAAGTGCGGAGCAGGG--AGCTTCTTCCTGTCAGAAGGTACTCGTTTG a score=3064 s danRer3.chr4 14453439 49 + 33808418 CCGCGTGGGAGACCCTGGTCTGGTTCCTGGCCATTGCAAACCCTGTTTT s fr1.chrUn 294365354 49 + 349519338 CCACGCGGGAGACCCGGGTCCGATTCCCGGCCAATGCAAACTTCCTTTT a score=-1911 s danRer3.chr4 14453513 300 + 33808418 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TGATT---TAGTGTTGA---CCTGCTACA-ATggctgtttctc-----aattccaagaacgaagagaatggacttgcgttc-ttgtagagtg------------cggtcttgcc---------------aggtgtcctcggaagaacgaactcaggagaccgcgagggcagagaatgcgtcctttgagaaatgggatgctgcgttcttcctgatggt----catgtgaccttcatgcgttttaaatggaaattatttaaacattacagccttcatacaacgatttattgtttcccccctcttcaaaatatatactttgc s fr1.chrUn 136772683 298 + 349519338 GCATTCTATTGTGTGGGTTCTTTGATGCATCTGTATATATCTCCACAAAACTATAATAACTATCAACGTGTGCTTGCGCCAGTTGTGAAATGAGAACACGGTTCCTGTCTTTCCTTTCTTCTATTAATGAGAGGTCTCCTGCAGCA-----TCAGGAGGTAACCAGGG--------------TTGGTAACCAAGGTTGCTGCTTTCCTCCTCTCTTTCTCCCAGCTCGCTTTCAAG-GTTTCTTGTGTTGATGACCCTAACCCTAACCCACTAATTTAATG-CTAGTTGTTCCCTCCTTGTCTCCAGCGGTTGCTCTGC a score=1631 s danRer3.chr4 14475602 234 + 33808418 TTATAAAGAAAAGGATGAGCTCATTTAAATTACAAAGGGATA--AAGACAAAAATTCATATTACTACATACATCACAAAAACAAAATAAATGCAATAACAACATTACCACAAAAATAATAAAATCAAAC-ATTAACCAATATAAACAAATGAACAAAATCAGAACATAAATA---TTTGATCAAAGAGGATATCTACAATAACTTCTCCCCCTGCATTATTCAAGCGGTTGGTTTGCCCG s fr1.chrUn 92343850 223 - 349519338 TTGTAAATAGAA--ATAAGCTTTTTGAAAATATAGTGATGTACCAAAATAAACATATACATT----------TCGCAAGACAGCATTTATTGTAACAAAAATATGACCGTTAAAATAAAAAAAAAGAACTGAAAACTTGCTCTCAGGATTCCATTGGAACACAAAATAAATAACTTTTGTGTAAAGTG---ATTCACATTAATTGTTTTTCAAGCA--ATTTAATTTGCAGTTTCACCTG a score=290 s danRer3.chr4 14477781 511 + 33808418 ATTATATCCATATAATCACATTAAAGTCCAAATAAAAGTGAACTACATTATGATAAAG---TATCTGGATCAATCACAATAGACATTTCTGCTGTT--------------------------AGTGTTTCATATTTGATTTTATATCCATATAATCACATTAAAGTCCATATAGAAGTGAGATAATATAAAGTATCTGGATAAATCACAATAGATATCTCTTCTATTAGTGTTTCATATGTGAAATT----------------ACATCCATATAACCACATCAAACTCAATATAAAATTATAATTGTTTCTGACTACATCAAGATTAGACATTTCTGCTTTTAGTGTTTCTTTTATATCCATATAATCACATTAAAGTCATTATCAGAGGGAATAATGTTAATATAAAGTATCTGGCTCCATCAGA-ATAGACATTTCTGCTATTAACCTTTCAAA--------------TGTGATTAT-TATATCAATATAGTCACATTAAAGTCAATATAAA-AGTGAATTATTTTAATGTAAAGTATCTGGATTGTTCAGAATAGACATTTCTGATATTA s fr1.chrUn 183466134 543 - 349519338 ATTAAGTAAACAGTATGCCGCTAAGTTGAATGTAAAGAGGATGTGCTTTGCCATACAGATGTGTAGTAAGGAATCACGCCAGATGTTTTTCCAGTCTAGAATGAATATTAAAATGAAGGATAAATGGCTGATAGCTGCTTTAGTTTCAGGGTACTGACATCACA---CATACAACGGTCAG------TGTAGCACAGTTATAAATTGCTG-AGACACCACTGCTTCCACCCTTCAATAAACaaaaattatatatttttaaaaaaaaCCCATATAAAAGCACACACACCGATATAAAAGTACACATTCTTCTCAGTAGATCCATTTTAAGCCTTACAAATCATAA------------ATCAATTTAATGCTGTAAAGTTTAGTA----AGGGAAAAACATT-TTATATACTGTATAACACAAACAGATAAAAAGATTACT--TATCAACTTTTCAGACTTTCAAGCCTTGTTTTGATGATCTACTTCAATAAAGtt-tatttttatatatataaatGGTTCCTAAATATACCTTAAAGTCTACTGCCTATTTATAAGACGTTTGTCTTAAATCA a score=-101 s danRer3.chr4 14479582 388 + 33808418 ttaaaagaattaaggtgctatgtagagttagaaaggggaaat-tgcctgagtaaacaactaagggtcacaagaattggatgagaagagaccgggagaaagcctgagtaaacaa-----ctaaggtgtcacaggaaatggatgAGAATAGAGCAACACGTGGTTCGAATCCTGCCGACTACGTCCAGGCAGTG---CACAGGACTTAGTTTGCTACCTTCCATGattgtttgcaattccattgtttcttgggaaaaggatgtgctCAAAAGggagtcctatctattgtg-----ttgtactgatgtctacacctacatcaaccataaacccaacctcacagtaatatgttgtgttttagcaacatctacaccaaccataag-----cTAAGTGAAGCTATGTAATGCA s fr1.chrUn 89314870 391 + 349519338 TTAAATAGATTAAACTGCTCTATGTAGCAATAGAGACCAAATATTTCTGTGCAAACACAAAATATTCCAATTTATTTTATGTAAAATGACAGGGGGAAGGGGTGGAACTACTGTTTCTCTAATGCACCTACTAAAAT--ATGAAGATAAAAATGCATAAAGTT---AACTTACTGTCCACTTCCTGATTTTGTCCCACAGGTCCTGGAATTCTATCCAGTTTAGCCGA--GCGATGCC-TTGGGTCTGGGAGAAACGCTGGAGTCAA--GGCAGTTGGAACAGTCGTTATAACCTGTCCTAATGGTATCGACTTGGCACGCTCTTAACCCTGCCGAGAAG------GTACTCTTTTAGTACCCAGTACCTCTTGTGGAAAAGCCTCCAAATGCTGCTGTGTGAGTCA a score=-4873 s danRer3.chr4 14479970 1744 + 33808418 GCCCGGATAGCTCAGTCGCTAGAGCATCAGACTCTTAATCTgagggtccaaggttcaagtcactgttcgggcgtataagccttt---ttgtggagccac------agctttttcc------gttgagctatcg----cttgcttaaagttacatct--------------------ggatgcacaacacgtgtactcggaatgaggacatggct-gtacaggcagt-----------cttgtagtcgtggccgagtggttaaggcgatggatttgaaatccattgggttctttctgcgcaggttcgattcctgccgactacgtccaggcagtgtgc-aggacttagtttgcgaccttc----catgattg-tttgcaattccattgtttc--------------ttgggaaaagggatgtgctggaagggaaaggcaaaacggcagcagatgctagctagctgccctgggg------gccttccatttttaaagac------atatgacagagaataaacatctagcagcttttccgt------agctcgctgtgatcgtaaagtggttagtac-tctgcgttgtggccgcagcaactccggttcgaatccaattcacgataggtttttcaaggtgacattggcattgcactctgtgtcgccatccttaatctccatcctccttttagtgcaggctgtgctactggaacgtcctgaatgtttcctaaagtgtggaagactagggattcgatatgagcaacgggacctttgatgccagc--------------atgctgtgtagataagcattgatctagtcatgcttctaagccatggaaggactatttgacctatttgacct---atttgTCATGCTTTGCCATGGA--------GCCCGGATAGCTCAGTCGCTAGAGCATCAAACTCTTAATCTTagggtcgaaggttcacgtccctgttcgggcg--------------tataagcctttttgtggagctacagctttttccgttgagctatcg----cttgcttaaagttacatctggatgcac------aacacgtgtactcagaatgagggcatggctgtacgggcagtcttgtagtcg--tggccgagtggttaaggcgatggacttgaaatccattggggtctccctgcgcaggttcgaatcc--------------tgccgact-acgttcagtcagtgtac-aggacttagtttgcgaccttc----catgattg-tttgcaattccattgtttc--------------ttggaaaaagggatgtgctggaagggaaaggcaaaacagcagcagatgccagctagctgccctgggg------gtcttccatttttaaagac------atatgacagagaatgaatgttcagcagcttttc-------tgagctcgccataatcgtatagtggttagtac-tctgcgttgtggccacagcaaccccggttcgaatcc------gggtcacggcaagtttttcaaggtgacattggc--gttgcactctgtgtcgccatccttaatatccag--cctccttttagtgcaggctgtgctactggaacgtcctgaatgtttcctaaagtgtggaagac-tagggattcgatatgagcaacgggacctttgatgccagcatgctgtgaagata-agca--------ttgatct---agtcatgcttctaag--ccatggaaggaatcttttaaattgttaagtctccattcattgccacaacaacag-agagaccttctgcagttgctattgatccatttattgtctcctacatgacatggagtcctatctattgtgttgtactgatgtctacacctacaaaaacca--taaacccaacctcacagtaatctgttgtgttttagcaacatctacaccaaccataagcctaaaccccacctcac--ggtaaactt s fr1.chrUn 80262905 1797 + 349519338 GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCG-ATATGTTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTCAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTACTTTGACCTTGTGCCTGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATC------------TCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCAT---GTT----------GGGCGTGATGCTTTCTG---AAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAA-----GACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAAAAGGCTGTCTT-----GTCAAACCTTAACTGGACCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAG-TTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCC----CATGTTGGGC--------GTGATGCT----------------------TTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGA--AGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAA---AATATTAAAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTG---TGTTCCCCA--CACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGTTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTCAACCCCCAGGACCTTCTTTCATGTTTTGCCTTTA-GTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAG---------GGCTTTTACTTTGACCTTGTGCCTGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATC--TCAGGGT-------CATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGATGCTTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGCAAGGACAGAA-----GACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTACAAAAAAGGCTGTCTT-----GTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAG-TTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGGAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGG---CGATATGTTTTCAGAACATGAATCCACAAGAGAAGCTCCTTCTTACCTAATTAAACCCCCAGGACCTTCTTT-----CATGTTTTGC-----------CTTTAGTACTTTATAAAGTTGCGAATTCAGAGGGCTTTTATAT--------TGTACCTTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGTGAT---GCTTTCTGAAGCTCAGTCAA--GTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCA-TCATTGATGTGCTTTTGATTGTGTC------AAAATAGA---------AAAATATTACAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATATCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCG-----------AAAGCCCACATTACTTGATAGAGTT a score=4601 s danRer3.chr4 14481773 103 + 33808418 TTGCTTTGGAGCCCGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCATCAGGCTTTTAATCTgagggtccagggttcaagtccctgttcgggcgtattaccctttttgtggagc s fr1.chrUn 80264930 99 + 349519338 TTGTAATTGTGCCTGGCTAGCTCAGATGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCATGATA----TGTTCTGAAGC a score=1569 s danRer3.chr4 14482650 180 + 33808418 TTTACAAAAGGTTTTCAGAGCTTCTGTATTAAAATAAAAACAACA---------TCaaatattaaaacaattaaaataagtttttaaatatGTGTCTTTGTCATTTTTTCATTGGGTATAAGATTATCTGTATCAGATCCCATTTAGGCAACATTCCATAAAAAGACAAGTACAGTTGTTATAGTATAA s fr1.chrUn 80271122 162 + 349519338 TTTACAACAGATTTTAGTAGATTCTTCATTAAGATATAGACTTCAGGTCTGATTTCAGCTCtttaaaaaaaaataaaaaaatcattaat---tGTCGTCTTGATGCAGTGGCTGTGGATGAGA-----------AGAAACCAT-------------CAGAAAAAAGAAAGAAGATTTTTTTTAATGTAA a score=972 s danRer3.chr4 14482981 144 + 33808418 TTACTCTTTATATATGCATAAGTATCTGTGTGATTGTGTGTATATTGAAAGGAAAATATATCATCTG------ACCCATTTAAAAGTAAA-----------CCTAAAATTATTTTTCAGTAAGTTGGCCAACGTTTATGTGGGTACCACACCATcatgtca s fr1.chrUn 302930272 161 - 349519338 TTACTCTGTATATCCTGTTTAGTTTGTGTGTAGTTGTGTTTAGTGTGGAACTTAAATGCTTTTGCAGTGACATACACACTTGAGAGCTAATTATCCACCAGCGCAGGGGTATTTTACATTTTATTTTTTAAGATATTTGGTAATAAAGTAGCAGAATGTCA a score=1462 s danRer3.chr4 14483732 327 + 33808418 CAAGCATGTTATAAGGTTTCTCAACCAAAATCCAA-------------TGGAGGGACGGTTAACATTTTTCCAGCATAAAGCAATACAACGCCTTGCTTGTATTAAACATAAATCAATCAATTTTCTTTCTTTAGTAGACAAGGCACAACTGTCTTCATACATATTCAATATATCAAA--CTATTACTTTAAATTGAAGTTACTTATATTTTAGTCTGTTAGTAATTTAATCTATGTCTGTGAAATAGAAAATTAAAGAAGATTATTAATGTTAACTTTGTTACTGGATTATAATTAGGGATGA--ATTAATGCGTGTGCATTATTATATT-----ATTGGTTTATTAT s fr1.chrUn 75890855 307 + 349519338 CAGCCATGTTTTGA---TTTTAAGGCAAAACCCAAGTGTGTTTTCTTTTTAAGGGATTATT-------------CAAAGAGCCAAATAAAGCTTGTGGTATTCTTTAAGCACATAAAACAAACTTCTATTTCCACTTTCAGATGCAT-------TTTGCATATATTCATCATGTTAGAGGTGATTACT----GTTGACACTGTTTGCAG---GGAATGTCTGGAATTAAA---------GGAGACCAAGGAATTAAGGTAAATTATTGATGTTAACTTTATCTT---ATTGGGCTCAGGAAAGATTATTATATGGCATACAGTCTTATGTTCAAACATTAATTGATCAT a score=3099 s danRer3.chr4 14484276 98 + 33808418 AACCGAGAACCTTCTGATCCGTAGTCATAAGCGCTAACCTTTGAGCCACCGTCACTCTGTTCAGCAC-CTTGTTAGCACAT----TGCTTGGAGCAAGGACAA s fr1.chrUn 274316798 103 - 349519338 AACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCACGAGATGGTGCTCTTGTAAATACCTATTATGTTTACTACAAAGGCAA a score=-78 s danRer3.chr4 14485327 252 + 33808418 AATGCGTATCTGTGCTGCAGTAGAACGCCTTAGCCTCACAGCAAATATTTTGGTCTACAAGCTGTCACTGCCGTCTTCCCAGGAGAGTGGCTGTACTGGTTTCTTCTGGAAGTCCTGAGGGATGTACGGGACCAAGACATGAGAGCAGTTGGGGCAGCCTTTGA-ACCCAGGAGAGCACACCACAGGCTCTGTGCTGGCGGCCCCAGAAACTCGATTCACTCCTGAGTAGAACCGAACAA-CTCCGGCAGGGGC s fr1.chrUn 130897066 224 + 349519338 AAAATGCATCTTTGCTTCAGTCTTGCCCGTT----------CACGTGTCCTGGT------GCTGTTTCCCTCGTTTT-------GTATCGGTGTTCTAAACCTTTAAACGAAAACGGAGAGATGCTGGAAATGGAAACAAGGCTGCAAGTGTGACCCCCATTAATGCACGTGTGAGGA-GCGACGAGCTCACGGCCAGAGTCATTAAAAGGTCCCTTCA------AGTGTTATCATATAAGCTTAAGCTAGGGC a score=77 s danRer3.chr4 14485598 3 + 33808418 CTG s fr1.chrUn 130897313 3 + 349519338 CTT a score=6836 s danRer3.chr4 14485623 76 + 33808418 AACGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGGCGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCA s fr1.chrUn 274317651 76 - 349519338 AGCGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCTCCACTGGCCCA a score=412 s danRer3.chr4 14485722 66 + 33808418 GCATGCTGATTGGAAAGAGGACACGACTTGAGGGCAAGCTTCAGCCAGACCTTCCCTGGTGGTCTA s fr1.chrUn 135782296 47 - 349519338 GCTGTCTGGTC-------------------AGAGCGAACCAAAACCAAGCCTCCACAGATGGTTCA a score=2935 s danRer3.chr4 14486796 92 + 33808418 GACTTAAGGATTGCCAT-CATCCCACCTACAGTCCTCCGCTCTACCAACTGAGCTATCGAAGGCTTACGGGGCAGTTCCACAACCACATCCTA s fr1.chrUn 65548292 92 - 349519338 GACCTAAGGATGCCTGGGAATCACCGCTACAGTCCTCCGCTCTACCAACTGAGCTATCGAAGGTCTGGCGCCTGTATTTACAG-TAGATATTA a score=6689 s danRer3.chr4 14486888 133 + 33808418 TAAGGTAGCTGCAGTCCGACCGCT------GGCCAAAAAGGACAGAAGCAAAAGCACTCAAGCCTTCCCATACCGGGAGTCGAACCCGGGCCGCCTGGGTGAAAACCAGGTATCCTAACCGCTAGACCATATGGGAACT s fr1.chrUn 287942879 122 - 349519338 TAAAATAAAGCCAGCTCGACCTCCTAGCTGGGCCAAAAAACATAT-----------------CGTTCCCATACCGGGAGTCGAACCCGGGCCGCCTGGGTGAAAACCAGGAATCCTAACCGCTAGACCATATGGGAAAT a score=-32 s danRer3.chr4 14487021 130 + 33808418 GCCACTCTTGAAACCCAGTCTTGGCACAAGCTCCAGTTCATTCTGATCGCTGGCACGTCCCTGCTCCGCTTGCACAAGTGCCACTCATACACTTACGCACTCTCTCATACACAGTTTCTTGGTTTCCGTA s fr1.chrUn 323653277 116 - 349519338 GGCACGTTCAGCACC----CTCAGCTCAAGACTGTGATCATTCAGGCAGTCAGTAAACCCATGTTGAGCTGCCATG-----CACCTATAGATTTTATGAGTTCCTC---CACTGTAGCTCTGTGT--ATA a score=3402 s danRer3.chr4 14487151 55 + 33808418 AACCGAGAATCTTCTGATCCGTAGTCATAAGCGCTAACCTTTGTGCCACCGTCAC s fr1.chrUn 274318110 55 - 349519338 AACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCC a score=-825 s danRer3.chr4 14487230 233 + 33808418 TTGCTTGAAGCAAGGACAAGGCTctgtca---acccggagttccttcaccacacattctgctttgtttttatggcaag-aggttgtgtgga-----tgggatgctcttacaggattcctgacagtccctccatagaagacctgagatccagggtcggagactctctcctctccaagagtaggtta-aaagcaatggtttcttttgtgt------ctgtgtgtcagagcccttaggtgttgctgcagctc s fr1.chrUn 257414802 247 + 349519338 ATGCATGAACTGAGT-CCTGGATTTGTGAGGCACGCATTGTTAATGTACACCAAGTTCAACATTTTTGGT-TAGCAGGCATGCTTTGTGCAATAACTACTGTGCCCTAACACACTTAGAGCCATGTCTTTAACAGGACATTTTAAATATGGTGTAATTTTACATGTACTCTCCTTTGGAGGGTCACGAAGCAACAGCATCTTAAGGGTAAGAAATTACATGATATAATAATAAGGCATTGCTCCCATTC a score=1650 s danRer3.chr4 14487994 114 + 33808418 TCATTGAGTGATGGAATAATAAAGGTAAAACTTTAATTGAATGATCAGTCAAGTGTTTTCCTAAA----TGAAATCTGTTAAAATAAGAGTCCTACA-------AAACAGGAACAAAGACACTCA s fr1.chrUn 257417069 125 + 349519338 TTACAGAATCAGGTAATACTACAGGTAAACATTTTACTGGATGATAAATGAGAAATGATGCTAAAAGTTTGTGTCCTTTTATAAGATGACCCCCATCTGCTCTTAAATTGAAGCAGAAATGTTCA a score=-864 s danRer3.chr4 14488208 545 + 33808418 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GCAGAATGAACAGAAACAGAATTTTAACAGAATAACTACATTATATCTCTATTTGTTAA-------ATTAAAAACAATCGTCTG------CAAAATCTGCTTCAGAAA-ACAAAATCCATGCTACCGGTAACTGTACTATTGAAGTGATAGCATTGTGTTAACTGGCATAAATA-TCTCACACACAGATAT--------TGACAGTAAGAAAAACGGCTGTCATA----------TATATATATATATGACTATGCACACACTGACAGGACTCCAACACGACAAAGTAAACTATCAAATGTGAAATTTTGACGACAGTAAAGGTACAGTGACAAGCAAAGCAAGTGACACTTCCCTTTTTATTAACAACtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgA-AATGCAAAAAAAAACCTGAAAATAGAAGTATTCTATAGAAATTGAGTGGGAAAAAATAATTTGTAAGCACAGTTCAGGCACAGTGACTAT--GTACAACATTTAAACTCTGGAAATACTGCTTTAAAAATCATTTTCTAAGAATAACAGAAAAATACACATTTTTCTAAACCAAAGAAAAATGGAAAACAAA a score=5741 s danRer3.chr4 14491596 356 + 33808418 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s fr1.chrUn 58335647 1874 - 349519338 AGAACATCCTCAACTCCCTCGCCCCAGCCAAAACACGCTCTGTTTCGTTCTCCACAACTGCCCCCTGGTTTACCCTTCATCTCCGCTCCATGAAAACCAAAGGCCCTCAAATGGAAAGACTTTATAAGAAAACTGGACTCCTGATCCACAAGCAAATGTACATTGCCCACATCTACCAATACAAGGATGCAATTCACCAAGCCAAGACAAAATACTACTCTGCCCAGATCTCCTGCAACAAAGGAAACACCAGATCTCTTTTCACACTTCTCAACAGAACTATCCAGCTACCTGACTCCCTACCTCCACA---CCTCTATTCAACTGACAC-------CTGTAACTCCCTAATGTAGTTTTTCAAGAACAA-AATCCTAAACATTCACCATCACCTAGACACAGGCTCACTTCCC-GCTCTCCAGCCCGGACCTCCTCCCAGCCCACCAACTAATCTGCCTCACCATCATCAATTCTCCAGTTTTCTTCTCCCTAAAAATCTTATCCGGAAATCCAA---ACCAACATGTCAGCTGGATCCCCTACCCACCAATCTGGTCAAATCTTGCCTCCCTACTGTGCTCCCCCTCATTTCTGCCATCATTAAATCGTCACTTTCGACTGGAACTGTTCCCTCATCCCTCAAAACGGCAGCCATCATCCCAATCCTGAAAAAAACAGGCTCAGACCCCAATATTTACAACAATCTCCGTCCCATTTCTAATCTACCTTTCATTTCCAAAATCCTTGAAAAAGTAGTCGCCTCTCAACTACACACCCACCTAGCACATAACTCCCTTTATGACCCCTTCCAATCTGGTTTCCGCCCCCGCCACAGCTCTGAAACTGCTCTCATATAAATAACCAACGACCTTCTCACTGCAGCTGACTCTGGTTCACTTTCCATCCTTATCCTCCTCAACCTTACTGCAGCATTCAACACCATCTCCCACCCCATTCTACTCCGTAGACTCTCATCCATCGGCCTTGCCAAGACCCCCCTTCAGTGATTCCATTCGTACCTCTCAGGCCGCACACAGTTCATCCAGCTCAAATCATTCAAGT---CCAACCTCTCCCCAGTCACTTCAGGCGTGCCACAGGGCTTAGTCCTGGGACCCTTGCTATTCATTATCTATCTTCTTCCCCTTGGCGCCATCTTCCGCAAATTCAACATCC--AATATCACTGTTATGCAGACGACACTCAACTGTACCTTTCAAGCTCGCCTAACTCCTCACTCCCACCCTCCTCCCTCCCCACCTGCTTAGCTGAAATCAAAGCCTGGTTCTCGTCCAACTTCCTTAAATTAAACAGTGATAAAACTGAAGTGCTCCTTGTAGGGATGAAATCA-TCACTCTCAAAAGTT--GCCAGTTTCTCCATTCCCATTGACACCTCCTTGGTCTCCCCCTCCCCTCAAGTTAAGAGTCTGGGCGTCATCCTTGACAGCACTCTCTCATTTAAATCCCACATCAGCCATACCACTCGGGCCACCTATTTCCATCTCCGACAAATAAATCGACTTCGTCCCTCCCTCTCCCCCAACACCACCTCCATCCTCGTCCATAGTCTTGTCACCTCACGTTTAGATTACTGCAACTCCCTCCTCGTCGGTCTCCCTCAAAAATCTCTCCACAAGCTACAACTGGTCTACAATTCAGCTGCCCGCATCATCACCAGAACCCCATCTTCCCACCACATCTCCCCCATCCTACAACAACTCCACTGGCTTCAAATTCACTTTCCAGATCCAGTACAAAATCCTTCTACTCACCTTCAGAGCCATCCATAAACTC-CCCCTCCTTACCTGTCTGACCTCCTCCACATTACCATTTCAACACGCCCCCTCAGATCCTCCTCCTCCCTCAACCTCACTGTGCCCCCTGTCTACCTC 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CCAGTCCGGTAGCAGGTTAGCCAACACTCTGTCCTCCCTGCATCTGACTGCTGCCGCTAACTTAACGAGCATTGCTGCAAAATGTGTGCATGTTCCTGCTATCCCTAGCCATTCATGCGCAGTGACCCAGAAACAAAGC-CCTGTTGGTTCTATGATGGCCCTGGGCCAGAAGGGCGTGCCATTCAGACACTTGGGTTGCAGGACCTGCAAACAAGATAAATGTGGATAAAGAAGCCATTCGTGATAGTATAGCAACAAAAGATGGCAAGTATCATCTTCACCAAAAAATTTAGTTCAGAATTAAAAAGGCAGAGTGAATCGTGGAGACTGTGTTGTGTTGCCTCTCTGGCGGCGACTCACACACACATATCCTGCTGCTTTGATGTCTTTGATCTTATTTTGAATTTGTTCCTCTGTTCTGTCTCTCTCTCTCTcacactcacacacacacacacacacacacacacacacacacTATTTTTCTCCTCTTTCCTGACTCTTTAA-----ACTTTGAAAGGACAACACAACATTAGGGTT--AACTTCAGGAAGCTTGAATG--------------CACTATGGACAAGAGGCA a score=2684 s danRer3.chr4 14517821 199 + 33808418 CATTCTAATTATGTATTGCAATGTTCTAATATATAACAACAATCTAATATTTATATTTACAAATCATTACACAGATGCTTCTGTCGAAGGTAATTTTACAAATATGAGCGATAAATGTAATCAAAACAACATTTATTTAAATATTCTGGACAAATACCATGACATTTTGTCatttatattattattatttacaatatta s fr1.chrUn 38913209 175 - 349519338 CATGCTAAATATCCAGTGCCTTTCTCTGAATCATAGAAGTGCTCCTGTTAAGATATTTAAAAATCATTACACAAGTCTTATTG---------ATTTTACAAAAAT-----CTAACAGTATTAATAAAGATAATCACTTAAAAGTAGGGG----------TGCCATTTTTTGATTCACGTAGTTTCTACTAACCAAATTA a score=6013 s danRer3.chr4 14518020 213 + 33808418 tCAGCTTACCTTTGCTGTTACAACTGAGTTGTCACAGTCTGTCT----GTAGAAATGAGTACAAATCCTGTACCCAGCCGTTTGTGAAGTGTCCATGGGCTTCTAAAGATTTGTAGTTTCTAAACTGTTCACTTGTGTATGCA-CTTACACCATAAACAAGGTAGTTTACGATGTCCAGGTAGGAAGTAGGAGGAAGGAAAGAGGGGTCGGCACTCCA s fr1.chrUn 226620913 211 - 349519338 TTACCTTACCTTTCCTGTGACGAATGTGTTTCTGCAGTTTCTCCTCTGGTCGGAATGAAAACAGATCCAGCACCAAGCCATAGGAAAAATGTCCGGAAGCTTTGATTAATTCATAAGTTCAAAATGCTTCAAGTGTATAGGCAGCCTAGACCATA-------CAGTTGGTGATGTCCAGGGAAAAAGTTGGAGGAGGCAGCGCTGCTTTGACCCTCCA a score=798 s danRer3.chr4 14520354 469 + 33808418 ttgcgaagcaacacctaaactccctgaaataataagcaaaaatacaaaatgtggcgctcacccacttacctagtgtttctgaacattgaagttacctacgggcaaaatgtatgtgaagtggcttagtaaactattcccttttccccaaaaaagaatgataaactaTT---TAACCATGACTTAATTTACATCGATGTAGTTATTCAGAAACACAGAACA-------------AAGCATACATTATGAATAGCAGCAAGCGAACACAA-ACCAACACGCACACACATAGCACTCTGAAAAACAAGGCGGGCCGGTCGAATTTAAAGTCCGTGGAACGAAAT------CCAATTGGTCCACGAGG--AAACGCCCTAATGAGGAGTGACAGGCTCGGGATCCAATCAGCAGGTACCTAGTAGAGAAAAAGTAGCGGAACAAAAGGTGATAGGGCGAGACAAAGAGCGAATGACAGTCGAGGAGATGCGAAGAGAGC s fr1.chrUn 78399663 428 + 349519338 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CAACAAAATGAAAATTTCTTTATCACTAGAAACCAGACTTAACTAGATACAAAAATGTGTAAAAG s fr1.chrUn 200282591 62 - 349519338 CATCAAAATGAAATTTTTGACAGCAGTAAAAACCATCATTGGTGAGAGGCAAA---TTGTGAAAG a score=3830 s danRer3.chr4 14562377 306 + 33808418 CAACAGAGCCACCTGGTGGAC--AAAGTTCAGCGTTTCTCCCACTGTAGGTGACCTTTCACTAAGTCTCTGTGGCGCAATCGGTTAGTATGTTCTGCTGTTAACTGAAAGGTTTGTGGTTCAAGCCCATCCAGCGATGAGTTAAGCGTTTT--------GCTGCCTTGCAACTGCTAACACGTGCACTGGGCATAGATCCTGGGCCACATTCTGTCCAGCGTTACACGATGAAATCAGGATGTGGCAGAAAATTTGT-----------------ATGGGTAGGGAAGGTATTGATGTAAAGAGTGTCTAGCTCTTGAAC-----------AAAGTGTTCACCAC s fr1.chrUn 200283503 329 - 349519338 CAAGTAAGCCACCTTCTGTACTTATGGTGTATATTTTGACCCTC---AGCCCACTCCTATGTATGTCTCTGTGGCGCAATCGGTCAGTGCAGCCTGCTGTTAACTGAAAGGTTGGTGGTTCAAGCCCACCCAGGGATGCATGGTGTGCTTTTGGCTCTAGCTGAGTCTGCACTGTTGAGGTGC-CCCTGAGCCAAGGTCCTAAA---------GTCCATTCTCCTGTAATGTTCTCA-CATGCCGCACAAAAATAGTCATCCCCACTCTCAAAGATGTGTA-ATATTGTTTTCATCCAGAAATTATTTGGTATGAGGACTTCGGGATGAGGAAGTGTTGTCTGT a score=3362 s danRer3.chr4 14562683 361 + 33808418 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ATAGCAGACTTTTAGAGACAAAGTT------------------------------------------------------------------------CAGCATTTCT----------GCCACTGTAGGTGACCTTCcgtt------aagtctctg--tggcgcaatcagttagcgcgtttggctgttaactgaaaggttggtggttcaagcccacCCTGGGATGAATTAAGTATTTTGCTGCTTTGCAACTACTAA--------CATGTGACTTGGGCGTAGCTCCTGGGCCATATTCTGTCAAGCGTTGCAAGATGACATCAGGAGTAAGCAGAAGATTGTCATGGATAGGGAAGGTATTGATGTAAATGGTAACTAGCTCTTGAACAAAATCTTCAACAACCCCGCTAGCTTAGTTAGTAGAGCATGAGACTCTTATTCACAGGGTCTTATGTTCGAGCTCCACGTTTGGGTGTTTCTGTGAC-CTTTTTGACTCTCTTTCA s fr1.chrUn 80264076 452 + 349519338 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TTAATTCAAGTTCAAGTTCTATTTATTTATATAGCACGTTTCCAACTGCCACAGGGCTGCACAAAGTGCTTTACAGAGAGAAAATAAACACATGATGTGAGCATAAaacagtaaaaataggaataggctcataataagaaggaacatagaaaaattatcaataaaagagcaaaaataaaaaatagtaaaaataataataaaaT-AGTTTTTCCTAATTAAAAGATGCTACCACAGTTGACCAACTCTAAACACAATAGAGAACATGATTGTTTTAATCCAGCACATTTGTCA-AAGAAGAGATTTGTAATATAAAACCAGTGAATGACTTTGGTAAAGGCAGTGCTTCATCCAA---TTCATTTTAAACATTGTCAAATCAAGAACAGTGAGTCCACCTTTAGAAAAGCTTATTGTTTTTCTTT s fr1.chrUn 100666449 388 - 349519338 TTAATTCAATTCAATTCAATCTTTATTTATATGGCACTTTTCATA----CACTAGGTAGCACAAAGTGCCTCACAAAG----GATAAAAACA-GCAAAGAGAACAAGAGAATCAAGAAAAGGacacacac---acacacatgcatacaacacacttacacacacacccacacacaTAAACAAGCTGAGGCAAAGTAACCATGTCACTTTTGTCTATGTGTGGTACGGTATCC---TGGAGTGCTTTTAAAGATGATCATAAATAAGA--ATTTTAAT-------AGTAATAACAACAAAAAATGCTCGGGGTGAACTAAACTGTTTATATTGGTGCCGTC--TAGTTTATTTGAAGTTTGATTTCAAAGACT-TCAATTCA---------ATTCCAACTGCTGAGAAGCTGAATGTTGTGCTTT a score=3645 s danRer3.chr4 14570290 445 + 33808418 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danRer3.chr4 14572365 148 + 33808418 AAAAAGCAACGAGGCTGGAAATGAAGCGGAAATGCAAACTGAGGCATTTTTCAAAGCTCCAAGGAGAA---AAGGCAGAGGTAAGACGACAATACCACAGGCCAAAGAAGACAAGAGCG--AGAC--------TGAAAGTGCAGTT--------------TCAGACAATGACAGC s fr1.chrUn 146089604 170 - 349519338 agaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaa---gGGAGGTTGATCAAACCTTTATGGGGAATGTGAGGGGAAGACAAGAAAAAAATAGTTTA--CCCAATGAGATTACAATGGAAGACATAGTAGATGAAAACACTATTATCATAAATAGTAAGCGGAAAAAGCCAGC a score=-185 s danRer3.chr4 14572533 61 + 33808418 TTCAGGCAGCTCTTTTCTTTATCACTAAATGAGGATGAAGAGCAGCCAGTGGTG--------------TACAACA s fr1.chrUn 146089799 69 - 349519338 GTCCAACAGAGCCTCTCTGAAGCG------GAGGATGAGGAAGAGTCTGAGCTGACTCTCTCCCATTTTACTCTG a score=40278 s danRer3.chr4 14572594 3779 + 33808418 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GATCTGGAGAGTTTCTCTTCTCGGTGGCTCTGAAGAGTGAGACTCTTGGTGGCAACAGTTCAGGGACCAGAAAGGGAATCTTTTGGCAGTGAAAGTTAATGTTGCTGCAGTGAAAATGATTTGAAGAATACTAATGATCACTAAGAGCTTCAGCGTGGCTGATCCAGTTTGCTTAACAAAGTCAGATTGTTCTGTT------GGTTTTTGTGGATCTGGGTTT--TCACTTGCAGTAAAGTCGTCTTCTGCTCTGAAATGACGCCATCTAGG a score=175 s danRer3.chr4 14789196 113 + 33808418 cagcaccagggaccgagcgcagctcagctggaatcg-acacagcaccgacagaaacaacgcccttgtaggtgtgagaaaataatggcagcggagctgtgacacgggGAAGTGTA s fr1.chrUn 93160976 102 - 349519338 cagcccaatagaccgctcATTGTTTAATCTTAATGGTGAACAGAAATGTTAGA-----------TGTATTTACAAGCAAATAATAATATCTG-GCTGGAAAATTAGTAGTAGCA a score=4125 s danRer3.chr4 14789315 194 + 33808418 GCCAAATGAAGGACTTCGAAAAGCTTACAGCACCTGGTATTGCCAGGCGGTCTCCCATCCAAGTGTAACAGGTGTACTATATTTATTTATTATTGGACCAGACAATAAAACCAGAAGTTTACAAGGTAAGTAAAAAGAGGTGGGGGTGAAACTGAGCAATAACCAAAGA------------------------CAAACTAAATGTTTTTAATACAAAA s fr1.chrUn 55782368 187 - 349519338 GCCCAATGGAGGAATCCAAAATGCTTACAGCACCTGGTACTCCCAGGCAGTCTCTCATCCAA-----------GTACTAACCCTGCTTAACTTC-----------CAAGATCAGGCATTCTCAGGGT---------GGTATGGCAGTAAGCAAGAGCAAGAGCAAGAAAACAGCCTTTTGATGATAATCTACTCAAATTGAATTATTTTAAAACAAGA a score=95 s danRer3.chr4 14791003 33 + 33808418 ATAAAAGAGTGAGAGTAAAAGAACT-TCTACAG--------------A s fr1.chrUn 211460326 48 - 349519338 ATGAAAGGTCAAAAGAAAAGCAACTGTCTTTAGTGGTCATCAATCGTA a score=282 s danRer3.chr4 14791036 3 + 33808418 AAC s fr1.chrUn 26504450 3 + 349519338 AAC a score=6105 s danRer3.chr4 14791070 83 + 33808418 GCGGCGAGGATGGGATTCGAACCCATGCGTGCAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGTC s fr1.chrUn 214997808 75 - 349519338 GCGACGAGGATGGGATTCGAATCCA--------GAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTC a score=-1756 s danRer3.chr4 14791223 434 + 33808418 ATTTTCGGTAAGATGACTTTCAATTTTGCCGTATGATC----GACAGAGCAAATGAAAGAGAAAAATGGGATTCGATGGACTCGGCCATCCTGCCATGTATGTACTCACTTT-----CCTGTTGGGGGCTGGACTACAG-----------CATTTCTGTATGTATTTGCTGCTATTTTCGGTAAAAATGACATTAAATTTTGCAACA--------ACATCCTTCAAAACGATAAGAGCGTGCGAGTAAAACACCTTCCAC-----------GGAAGCACAGGCCTC---------------TTTCAAACGCCA-------GAGC-----ATTTGAA----CAACAAGGATGGGATTCAATGGACTCTTCCACCTCGTCATGTAT-GTACTCACTTTCATGATGGGGGCTGGACTATGACATTTCTGTATGTATTTGCTGCTATTTTCCGTAAAGATGACGTTAAAT--TTTGCAACAACATCCTTCAAAACGATAAGAGCGTGTGAG s fr1.chrUn 214997961 480 - 349519338 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GGACTGACAGCTTCATCAGCAGGTGGTCACCACATGTCTCACAGGTGAAACCCCAAACCATCAGTCAGTGATGACCATTGTGATCGATAAACGGAAAAGTGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCTTGTGCCCTGGTACTACATCATTAAGCCACGCCCACATCCTGGACAAAAACGCGAATTCTTATGAGGAGGTTTCACCATTAGCATGAACAAAAATCCCCTGAACAAAGTTAAAATTGGTTTTCTCTCATGTGTGAAAGGTGAAGGGGCTGGAACCAACATGTTTGCAGTCA a score=-510 s danRer3.chr4 14791875 29 + 33808418 TAAACGAACT-----TCTACAGAAACACCATGAT s fr1.chrUn 215000342 34 - 349519338 TAGATGAGCTTCAGATCTTCTCAGTCAGTGATCA a score=-2299 s danRer3.chr4 14791904 2421 + 33808418 CTCTCAAATGCCGGATCAAATG-AGCGACGAGGATGGGTTTCAAACCCACTCATGCAGTGCACAATGGACTAGCAGTCCATCGCGTTAACCACACGGCCAACACGTT--------------ATGTATTTTACTTTTTCTCTGGTGGAGGCCGGACTTTGGCACATAATTGTATATGTATGTGTCAGCAACTATTTTCGGTAAGATGACTTTCAGTTTTGCCGT-ATGAACGAAAGATCAAATGAACGACAAAAATTGGAATCGATGGACTCGGCCACCCCGT-------------CATGTATGTACTCACTTTCCTGT-----TGGGGGCTGGACTATAGCATTTCTGTATGTAT--------------TTGCTGCTATTTTTGGTAAAGATGCCGTTAAATTTT-GCAACAACATCCTTCAAAACGATAAGAGCGAGCGAGTAAAACACCTTC----------------CACGGAAGC----------------------------ACCGGCCTCTTTCAAACACCAGAGCATTCGAACGACAAGGATGGGATTCGATGTACTCT--TCCACCTCATCATGTATGTACTCACTTTCATGA------TGGGGGCTGGACTATG----GCATATGTTTGTAAT--TGCAGCTATTTTCG---------ATAAAGTT----------------GACA-------TAAAATTTTGCAACAACATCCTTCA-----AAACGCTAAAAGAGTGAGAGAAT-ATCTACAGAAA--CACCATG-ATCTCTCAAATG-----CCAGAACAT-----------------------------------ATGAGCGATGAGGACAGGATTCGAACCCACGCGTACAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCATGACCACTCGGCCACCTCGTCACGTACTTTCCTTTTTCTCTGGTAGAGGCCGGACTGTGGCACAAATGTGTATATGTATGGTTCTGCAACTATTTTCGGTAAGATGACTTTCAATTTTGCCGTATGATCGACAGAGCAAATGAAAGACAAATATGGGATTCGATGGACTCGGCCACCCCGTCATGTATGTACTCACTTTCCTGTTGGGGGCTGGACTATGGCATTTCTGTATGTATTTGCTGCTATTTTCGTTAAAGATGGCGTTAAATTTTGCAACAACATCCTTCAAAACGATAAGAGCGTGCGAGTAAAACACCTTCCACGGAAGCACCAACCTCTTTCAAACACCAGAGCATTTGAACTACAAGGATGGGATTCGATGGACTCTTCCACCTCGTCATGTATGTACTCACTTTCATGATGGGGGCTGGACTATGGCATATGTTTGTATTTGCAGTTATTTTCGATGAGGTTGACATAAAATTTTGCAACAACATCCTTCAAAATGCTAAAAGAGTGAGAGAACTCCTACAGAAACATCATGATC--TCTCGAATGCCAGA-AAATATGAGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCATGCGTGCAGAGCACAACGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGT----------------------------CACATACTATCCTTCTATGGGGGAGGCCGCACTGTGGCACATATTTGTAT---ATGTTTGTTTCTGCAACTA---TTTTCGGTAAGATGACTTTCAATGTTG-CCGTATGAACGACAGAGCGAATGAACGTAAAAATGGGA----TTCGATGGACTCTGCCACCCCGTCATGTATGTACTCACTTTCCTGTTG--GGGGCTGGACTACAGCATTTCT-------------GTATATATTGGCTGCT----ATTTTCGGTAAAGATGACGTTAAATTTTGCAACAACATCCTTCAAAACGATCAGAGCGTGAGAGTAAAACACCTTC-----------------------------------------------------------------------------------------CACGGAAGCACCGGCCTCTGTCAAACGCCAGAGCTTTTGAAC-------------GACAAGGATGGGATT-----CGATGGACTCTT-----------CCACCTCGTCATG-------------TATGTACTCACTTTCATGATGGGGGCTGGACTATGGCAAATATGTTTG-------TATTTTCAGCTATTTTCGATAAAGATG---------------------ACATCAAATTTTGCAACAACATCCTTTAAAACTCTAAAAGAATGAGCTTAAACAAATTTTACAGAAACACCATGAT------------CTCTCAAATGCCGGATC----------------------------------------------------------------AAATGAGCGATGAGGATGGGATTCAAACCCACTCTTGCAGTGCACAATGGACTAGCAG----TCCATTGCCTTAAGCACACGGCCAA------------------------CATGTCAT-----GAATTTTCCTTTTTCTCTGGTGAAGGCCGGAC-----TTTGGCACATA------------------ATTGTATATGTATGTTTCA--GCAACTATT-TTCGGTAAGATGACTTTCA----GTTTTGCCAT----ATGAACGAAAGATCAAATGAACGACAAAGATGGGATTCGATGGACTCGGCCACCCCGTCATGTATGTACTCACTTTCCTGTTG--GGGGCTGGACTATAGCATATGTTTGTATTTGCAGCTATTTTCGATAAAGTTGACATAAAATTTTGCAACAACATCCTTCAAAACGCTAAAAGAGTGAGAGAATATCTACAGAAACACCATGATCTCTCAAACGCCAGA-ACATATGAGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGTATGCAGTGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCACTCGGCTACCTCGTCACATA s fr1.chrUn 214999233 2587 - 349519338 CTCTCGAACCCTTGAGAAAAAACAGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCTCTCGGCCACCCCGTCTGCTTTTCCGTAAGACCTAATTAAGCCACACCCAAATCCTGGACAAAGCAAGACAACCCGCTGCAGATGGGTCCATCACCTGAGTCTCTCAGCCACAAAATCTTCTGCTGTGACATCATGAAATGATGCCCATCGGCATGACACAAGA-GAAAACTGTGGAGATGTCAGATCTTTGGAAAACATTTTCTATTTTTTGACTGATTAACATGTAGTCGTAGATGGAGGTCAATAGTTTTCTCTTGTTAATGGTGGTTAATTGGCTGGTGGTCATTCATGGTCGTGA-GTAGTCAGATCTTCTCTTCAGCCTGAAACAGATCAACTGGACTGTTTTTTTAAGACATCTCCTCCCTTCTCCTCCCACCTCAGAAGCTTAATCAGTTCTAAACTAACCAGTCTAAACCAGTCCCTATCAGCTATTTATAGACTT--ACAGCATTGTTGTGATT----GTTCTTTACTCCAACTCTGCA-GAGTTTCTTCGCCTTCATGGGTTTAGTAAAAGCCAAACTGGGATAAGCAGAACTTTCTAAAGACGTGGCTCTTCTCCTTCACAAACATAGAGTTCGTTTAGGGTGTGTGTAACACCCATGTTATAATCTTAACACGTGTTCGTTCAGTGTGAACCTCTGAGGGACTGACAGCTTCATCAGCAGGTGGTCACCACATGTCTCACAGGTGAAACCCCAAACCATCAGTCAGTGATGACCATTGTGATCGATAAACGGAAAAGTGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCTTGTGCCCT-------------------------------------------------------------------GGTACTACATCATTAAGCCACGCC---------------CACATCCTGGACAAAAACGCGA----------------------------------------------------------------ATTCTTATGAGGAGGTTTCACCATTAGCATGAA------------------CAAAAATCCCCTGAACAAAGTTAAAAT--------------------------------------------------------------------------------TGGTTTTCTC-------TCATGTGTGAAAG-------GTGAAGGGGCTGGAACCA----ACATGTTTG------CAGTCATTTCC------------------TTTAGCGG---------TCCGCATCTTAGATGAGCTTCAGATCTTCT-CAGTCA----GTGATCACTCTCGAACTCTTGAGAAAAAACAGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCTTGTGTGCTCATACGACATCATTAAGCCACACCCACATCCTGGACAAAGCAAGACAACCCGCTGCAGATGGGTCCATCACCTGAGTCTCTCAGCCACAAAATCTTCTGCTGTGACATCATGAAATGATGCCCATCGGCATGACACAAGAGAAAACTGTGGAGATGTCAGATCTTTGGAAAACATTTTC-------TATTTTTTGACTGATTAACATGTAGTCGTAGATGGAGGTCAATAGTTTTCACTTGTTAGTGGTGGTTAATTGGCTGGTGGTCATTCATGGTCGTGAGTAGTCAGATCTTCTCTTCAGCCTGAAACAGATCAACTGGACTGTTTTTTTAAGACATCTCCTCCCTTCTCCTCCCACCTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCTCGTCTTGTGGCCTGGCATGACATCATTAAGCCACGCCCACATCCAAAGCAAGCAAACCCACTGCAGATGGGTCACATGTCAGATTCCTGGCAATGACTTTTTAGTTTGCTTCACGACCTTTTGGTGGAGATCATGAAGCTGCGTCTACAGTCTCCTGATCTCAGCCTTGTTGGAGCATCTATGATTGCTTTAGTTGTCTCATGCAGTCTGGAATAGAGAGGCTGACAGTCATCACCATGGTTACCTGGATGTTTGTGGCAATTCTGGTGAAATCTGCAACACAATGGG----AACAATTGTGAATCTGTCAGGCTGATGTGGAGATGTTGCTCTCCACTCCTGCAGCTGGGCTCCAGTGGTCTCGATGGGTCTCTGAGTTCTCCACCATCACCATTGTGAACCATAAATGTAAAACTGCGATGAGGATGGGATT-AAACCCACGCGTGCAGAGCGCAACGGATCGCCATAACCTCCATCGCCATAACCTCTCGGTCACATCTTGTTTTTGCGAGGACATCATCAGGCCATCCGCAGAAACATCC--CACATCAGACAAAAACGCGACAGACATTTAGAAGATAGTTTGAATATTTGGACTGATTATCTTGATATGTTCTAAGGCATTTGTTACTCATTAAAGTTCTTATGAGGAGGTTTCACCATTAGCATGAAC-AAAAATCCCCTGA---ACAAAGTTAAAATTGGTT------------TCTCTCATGTGTGAAA----------GGTGAAGGGGCTGGAACCAA---------CATGTTTGCAGTCATTTCCTTTAGCGGT-----------------CCGCATC----------TTAGATGAGCTTCAG---ATCTTCTCAGTCAGTGATCACTCTCGAACTCTTGAGAAAAAACTGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCATCTTGTG 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CATTGTGATCGAT-AAATGGAAAA------GTGCAACGAGGATGGGATTCGAACCCATGCGTGCAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCTTGTGCCCTGGTACT a score=-6530 s danRer3.chr4 14795188 524 + 33808418 T---------CTCTGGTGGAGGCCGGACTGTGGCACATAATTGTAAATGTATGTTTCTGCAACTATTTTCGGTCAGATGACTTTCAGTTTTGCCGT-ATGATCGACAGAGCAAATGAACGACAAAAATGGGATTCGATGGACTCGGCCACCCCGTCAAGTATGTACTCACTTTCCTG---------------TTGGGGGCTGGACTACGGCA-TTTCTGTATGTATTTGCTGCTATTTTCGGTAAAGATGAT---------------GTTAAAT-TTTGCAACAACATCCTTCAAAACGATAAGAGCGTGCGAGTAAAACA-------------CCTTCCA---CGGAAGC----------------------------ACCGGCCTCTTTTAAACGCCAGAGAATTTGAAAGACAAGGATGGGATTCGATGGACTCTTCCACTTCGTCATGTATGTACTCACTTTCATG------ATGGGGGCTGGACTATG----GCATATATGTTTGTATTTGCAGCTCTTTTTTT-----------------------------TATAACGATGACATTA-AATTTTGCAACAACATCCTTCA-----AACCGCTAAGAGAGTGATAG-----------------TAAAACAACTTCTACA---GAAACACCATTCTATCA s fr1.chrUn 215001836 667 - 349519338 TTAAGCCACACCCACATCCTGGACAAAGCAAGACAACCCGCTGCAGATGGGTCCATCACCTGAGTCTCTCAGCCACAAAATCTTCTGCTGTGACATCATGAAATGATGCCCATCGGCATGACACAAGAGAAAACTG-TGGAGATGTCAGATCTTTGGAAAACATTTTCTATTTTTTGACTGATTAACATGTAGTCGTAGATGGAGGTCAATAGTTTTCACTTGTTAGTGGTGGTTAATTGGCTAGTGGTCATTCATGGTCGTGAGTAGTCAGATCTTCTCTTCAGCCTGAAACAGATCAACTGGACTGTTTTTTTAAGACATCTCCTCCCTTCTCCTCCCACTTCAGAAGCTTAATCAGTTCTAAACTAACCAGTCTAAACCAGTCTCTATCAGCTATTTATAGACTT--ACAGCATTGTTGTGATT-GTTCTTTGCTCCAACTCTGCAGTTTCT----TCTCCTTCATGGGTTTAGTAAAAGCCAAACTGGGATAAGCAGAACTTTCTAAAGACGTGGCTCTTCTCCTTCACAAACATAGAGTTCGTTTAGGGTGTGTGTAACACCCATGTTATAATCTTAACACGTGTTCGTTCAGTGTGAACCTCTGAGGGACTGACAGCTTCATCAGCAGGTGGTCACCACATGTCTCACAGGTGAAACCCCAAACCATCA a score=5892 s danRer3.chr4 14795729 95 + 33808418 GCAACTAGTATGGGATTCAGACACGTGTGTGCAAAGCACAATGGACTAGCAGTCCATCGCCTTAACCACTCTGCCAACTCGTCTCGTATACACCT s fr1.chrUn 215002873 95 - 349519338 GCGACGAGGATGGGATTCTAACCCACGCGTGCAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCATCTTGTGTGCGCAT a score=6344 s danRer3.chr4 14796768 272 + 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AAAGGACTGCCTGGCAGCGATGGGATACGAACCCATGCCCCCGAAGAGACTG-AGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCCCTCGGCAACGCTACCCTAGATGAATTCATGCAGTGGTCCCTTTTCTGCCCAATTTTATGGAAGCAGAACAGCAGAGAGGACGCAGAGCTTCCTAGTGAAGCCCTTCAACTT--TGGCCAAGGAGTCTACATTT s fr1.chrUn 47630654 181 - 349519338 GCAAAAATTAATGGCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCATCGAAATGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCTCTCGGCCACGCTAC------------------------------CTACCGGCTTCCGTCGAAGCAGGAATCTATCAAGACCAGTAGGTAGTGTAATGTAGCCATTTAACTTAGTGTAAAATAAACCTACATCT a score=6760 s danRer3.chr4 14810471 166 + 33808418 TGTCAGCGGAAGCATGCA-GTATCTCTTCGCAAGTTTGT-TTGCTCAAGCAGGAGGTCATTCTCAAGCATCCTAAAAGGACTGCCTGGCAGCGATGGGATTCAAACCCACGCCCCCAAAGAGACTGGAGCCTTAATCCAGCGACTTAGACCGCTCGGCCACGCTACCT s fr1.chrUn 105695158 163 + 349519338 TGTCAGTGGTAGGTGACACTTAGCTCCGCTGAAGCTTCTGTTGCACTAT--ATAAGTCATGTCTCACCAGC---AAAACTCAACCTGGCAGCGGTGGGATTTGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTAGAGCCTTAATCCAGCGCCTTGGACCGCTCGGCCACGCTACCT a score=6724 s danRer3.chr4 14811223 236 + 33808418 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TTCAAAGCTGCTTTCCCTGAGCAGTTTCGACACCAA s fr1.chrUn 109347695 31 + 349519338 ACAGGTGAGCATTTTACTAA-----TTCAACATCAA a score=-161 s danRer3.chr4 14815037 135 + 33808418 GATGCTGCAATCTAATCGTGGGAAAGACACTTGCCCCTGAGCAGATTCGAGCTTGGGGATGTGTTGCTGTCACACCAACGAGTCTGCCGTGAGTTTCAAAGAACACATTATACTGACTA-GTTGACGAT-TTAAATT s fr1.chrUn 136876696 127 + 349519338 GATGATACAAGGTGCTTTAAGGAAAAACAAA-GTCTTAGAGTGCATCAAAAATAAAGTTTATGTGTCTGTCCTGTCA----GACTGATGTTATC-----AGTACACCTCATAAAAAGGACACTAATAATATCAAATT a score=6896 s danRer3.chr4 14815172 155 + 33808418 TACTCTCTCACTTCCAGCGTTCACTGCGAACGCGCACAC--------ACTAAAGC------------AGTTTGGCCGTGTTT-------AAAACCACATCTGGCAGCGGTGGGATTCAAACCCACGCCCCCAAAGAGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCCCTCGGCCACGCTACC s fr1.chrUn 105695138 182 + 349519338 TGCTTCCTCACCTCCACCGCTGTCAGTGGTAGGTGACACTTAGCTCCGCTGAAGCTTCTGTTGCACTATATAAGTCATGTCTCACCAGCAAAACTCAACCTGGCAGCGGTGGGATTTGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTAGAGCCTTAATCCAGCGCCTTGGACCGCTCGGCCACGCTACC a score=-436 s danRer3.chr4 14815327 116 + 33808418 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TGCTTCCTCACCTCCACCGCTGTCAGTGGTAGGTGACACTTAGCTCCGCTGAAGCTTCTGTTGCACTATATAAGTCATGTCTCACCAGCAAAACTCAACCTGGCAGCGGTGGGATTTGAACCCACGCCCCCGAAGAGACTAGAGCCTTAATCCAGCGCCTTGGACCGCTCGGCCACGCTACC a score=299 s danRer3.chr4 14816481 78 + 33808418 GAAGCATGCAGCATCTCTTCGCAAGTCTGTTTGCTCAAGCAGAGAGGTCATTCTCAAGCATCCTAAAAGGACTGCCTG s fr1.chrUn 120037689 75 - 349519338 GAAACGAAAACCTTTTTTTCGCAA---TGTTGGTTTAGAAGAAGAACGGAGACCTAAAGGTAAGGCAAGGCCAAACTG a score=6191 s danRer3.chr4 14816559 101 + 33808418 GCAGCGGTGGGATTCGAACCCACACC-CCGAAGAGACTGGTGCCTTAATCCAGCACCTTAGACCGCTCGGCCACGCTACCTTTCAAAGCTGCTTTCCCTGAG s fr1.chrUn 56126126 102 + 349519338 GCAGCGGTGGGATTCGAACCCACGCCATCGAAATGACTGGAGCCTAAATCCAGCGCCTTAGACCACTCGGCCACGCTACCTGTGACGGCCGTCTATCTAGAG a score=-474 s danRer3.chr4 14817090 133 + 33808418 GATGCTGCAATCTAATCGTGGGAAAGACacttgctcctgagcagattcgagcttggggatgtgttgctgtcacaccaacgagtctgccgtgagtttcaaagaacACATTATACTGACTA-GTTAACGAC-TTAAA s fr1.chrUn 136876696 125 + 349519338 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fr1.chrUn 269256143 14 - 349519338 CAGAAAGCATC----ACG a score=5252 s danRer3.chr4 14863132 92 + 33808418 cccaaactgggacttgaaccctggaccctcAGATTAAAAGTCTGATGCTCTACCGACTCAGCCATCCAGGCTCCATGGCTAAGC--TTTTTAAT s fr1.chrUn 165675320 94 + 349519338 CCTTAACAGGGACTGCAACCCTAGAGCCTCAGATTATAAGTCTGATGCTCCACCAACTGAGCTATCCAGGCTCCTTGAGGAAGCAATTCTTAAT a score=-28 s danRer3.chr4 14863224 104 + 33808418 TAGGCAAGGTTTAgggt--tgtgg----tcggtgcagacctttagggtacacaaaagtttaccgtgacgtgaggtttaggcttatgattggtgtagatgttgctaaaaca s fr1.chrUn 269256765 97 - 349519338 TCGCAACTCTATCAAGTAATGTGGGCTTTCGGTG--------TGGGGAACACAAA-----ATCGTAGCGCAGCTTCATGACATTTGATCCAGTTAGGGTTTGACAAGACA a score=7202 s danRer3.chr4 14864506 216 + 33808418 ATATGCTCTGTCATTCATAT---GGCAAAAC----------TGTAAGTCATCTTACCGAAAAATAATTGCAGAAACATACATATACAAATAT--GTGCCACAGTCCAGGCTC--CACCAGACAAGAAAGGAAAATATGT-----------------------GATGAGGTGGCCGAGTGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCACGCATGGGTTCGAATCCCATCCTTGTCG-CTCGTGTGTTCT s fr1.chrUn 276569379 257 - 349519338 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s fr1.chrUn 75730138 1295 - 349519338 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ACATGTACTCTCCTTTGGAGGGTCACGAAGCAACAGCATCTTAAGGGTAAGAAATTACATGATATAATAATAAGGCATTGCTCCCATTC a score=-78 s danRer3.chr4 14896137 252 + 33808418 AATGCGTATCTGTGCTGCAGTAGAACGCCTTAGCCTCACAGCAAACATTTTGGTCTACAAGCTGTCACTGCCGTCTTCCCAGGAGAGTGGCTGTACTGGTTTCTTCTGGAAGTCCTGAGAGATGTACGGGACCAAGACATGAGAGCAGTTGGGGCATCCTTTGA-ACCCAGGAGAGCACCCCACAGGCTCTGTGCTGGCGGCCCCAGAAACTCGATTCACTCCAGAGTAGAACCGAACAA-CTCCGGCAGGGGC s fr1.chrUn 130897066 224 + 349519338 AAAATGCATCTTTGCTTCAGTCTTGCCCGTT----------CACGTGTCCTGGT------GCTGTTTCCCTCGTTTT-------GTATCGGTGTTCTAAACCTTTAAACGAAAACGGAGAGATGCTGGAAATGGAAACAAGGCTGCAAGTGTGACCCCCATTAATGCACGTGTGAGGAGCG-ACGAGCTCACGGCCAGAGTCATTAAAAGGTCCCTTCA------AGTGTTATCATATAAGCTTAAGCTAGGGC a score=100 s danRer3.chr4 14896408 1 + 33808418 C s fr1.chrUn 130897313 1 + 349519338 C a score=8089 s danRer3.chr4 14896423 454 + 33808418 AAAAATCTTGAACGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACACGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCAGTCTGCATCAGCAGTGCTCAGTAGCCTGCTGATTGGAAAGAGGACACGGCTCGgtgaacatggagttccttcaacgcatgctgtgctatgttgtcatggcaagttgtggtgtcgataggatgctcttacaccgagcatgtgacagtccctcccaagaagaactgtgatccaggctctgagactttctcttccccaggaggaggttgcaaacgttagagttatttttgtcagagcagctgcagcacacctgggtggaggCCCACAGCTAGACTTGACGGCAACATTCAGCCAGACCTTCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGTGCTCTCACTGCCGCGGCCTGGGTTCGATTCCTGGTCAGGGAA s fr1.chrUn 169503869 269 + 349519338 AAAATAATGAAACGAGCCAGCCAGGAGTCGAACCTAGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACTGGCCCAGCGGACA---------CTGAGGAGCATGC----------GCACACACCACCTACTGAGCA-------CCCCCA------------------CATTCCTGCAACATGTGGTTTC--------------------------------------------------------------------------CTTTCCCACTGGGAGG------------AATTTGTTGTACTCAG---------------------------------GCTACACAGG----------------------TCCCTGGTGGTCTAGTGGTCAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAA a score=4563 s danRer3.chr4 14896913 179 + 33808418 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ATATCTTATAAAAAAAAGCATATCTT---AATTAAGATAT-AAATTGGATCTCATTGAAATAC-TGTAGAAAT--------TATCCAAAAGGAT----TTTTATGTATTGTACTATAAAACAATCCTATAGGAATGGTTCCAAAATATGATCAAAATTCTAATTGAATTCCTTCAAAGAAATCCTATAAGATGCAACTTTTTTGTCTGTTTGG s fr1.chrUn 114044763 201 - 349519338 ATATTTTATTGTTAAAGACTCATTGTGACAATGAACATATTCCATTTGATTTAACTGTAATACATGTTTAAATGTGGCCTGCGTTTAAAAAGACAAAGCTTGATGTGCTTTGCCATCCATTCGTTC-------ATCATTACAATATCTTATCATAATAATAAATGTGTCGataataataataataataatGTG-----TCCTTATTTACCTTG a score=474 s danRer3.chr4 14898488 89 + 33808418 GTGAAACCGGTCCAATCTACTTTTTGTTCATGTTGTTTTTTGTTATGTGCGTCAGCAACTCCCTGGATGCGTATTACAGTTCACAGGCA s fr1.chrUn 207534228 65 - 349519338 GTGGAACATGTCTGACCCACTGTTGAATCCCACTGTGATTTATA--------CAACAA----------------TACCGTTCAGAGCAA a score=5494 s danRer3.chr4 14898582 77 + 33808418 AAGGGCCCAGTGGCCTAATGGATAAGGCACCAGCCTTCGAAGCTGGGGATTGTGGGTTCAAGTCCCACCTGGGTTGT s fr1.chrUn 34959675 77 - 349519338 AAAGCCCCAGTGGCCTAATGGACAAGGCACTGGCCTCCTAAGCCAGGGATTGTGGGTTCGAATCCCATCTGGGGTGT a score=-314 s danRer3.chr4 14898659 324 + 33808418 CTTTGATGCAGTTCTTATTAAGTTGGCTATGCAGCACAATCCAGTGTGACCTTCAAAAAGCTAGGTTCATACCCTTAGGTCAAAAAGACATGACAA------------TGGAAAACTCT--TTAGA-----------GAATCTGCTTTGTCATTAGGTGT---ACACACCAGATCGTCTGAATGCAATATGGTATAGGGATCCTAAAGTGCTGTTTTCTGAGTTATAAGAACTTCCTGAGCCATACAACAGATATGACAAATGCTAGTATTGGCCCAATGGCCTAATGGATAAGGAATCAGCCTTCAAAGCTGGGGATTGTGGGTTTAAGTCCCAT-TTGGGTTGTGTTTGTT s fr1.chrUn 80262679 308 + 349519338 GCTTTCTGAAGCTC-AGTCAAGTTGCAAGGACAGAAGACTCCCTCAGCATCATTGATGTGCT--TTTGATTGTGTCAAAATAGAAAAATATTAAAAAATAGGCTCTCTTGTAAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGATTTTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGG---------------------------------GAAAAATGC---------CCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATATGTTTT a score=-115 s danRer3.chr4 14898994 133 + 33808418 AAATTGTATGG--AAAAAATGCTTGACATGTCTCCTCAAAGCTTAGGCGTGATGATCTGAGGTCAAAAGTTCGCTTCAAATTCTCAGACTTGCT----GCACAC-TTCAATTAAGATTCATCCAATCTTGCTTGAATTAT s fr1.chrUn 93022029 131 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AACTACCACTTTTTCTACATCATGGCATCAAGCAAGAT-------GGACACTGG-TGTTATTGGCTTGAGGGGGTCGTTTCTTACTCTA------------CCATTCTGGACTTGGGTGTT---------TTAGGAGCC------GTTCTG--AAGTGCCCTTGAGCAAGAT----------------------CTCTTA------TGTATCATTTGGGGTGACTG---------------CAGCAACACAAC-----AAATATTCAATTTGCAGACTGCTACCAATAGAAccatgat--atatttggagcactggtgcccttgagcaaggtagtatacacct--------------------------tacaaacgctcagagaaa--------------------------gccctAGTGGCCTAATGGACAAGGCACTGGCCTCCTAAGCCAGGGATTGTGGGTTCAAATCCCATCTGGGGTGTAAAATCAGCTTTTTCTTTGTCATGACATCAAT a score=485 s danRer3.chr4 14902718 117 + 33808418 GGTTGTTGGATAAAACACAGTAGCT-GTGAAAACCTTCTTGAGATGTGTTTGTGTGTCATTAACTTCCTTCATTGTCATCCATATTTCCTGTTATGTCTAAAAGGGTACTCTGTGCTT s fr1.chrUn 93022046 107 + 349519338 GGTTCTTAGTTCTGTAAAAGCATATAGAGACCACCTTAAAGAAAAATGCT---------TTAACTTTCTTGAT--TCGATCGTATCACGTATTCAAATTAAATCCGTACCTTTCGCTT a score=151 s danRer3.chr4 14902835 109 + 33808418 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s fr1.chrUn 129149734 987 - 349519338 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CGGTCTTCCGCGTGACAGGCGAG-----ATACTGTCCACTATACTAACGAGGAACGCGTCAGGGTTAAAAATCCCCACCCCCTCCTCCAC----CGACACCGGCTACCGGCAAAACGCAC-AATCCGGACT-AAACCTCAACGTTCACACGTCTGCTTTCAAACAATCCAAAACAATGTTTTCCAAAGTGACAAAGGTCAGAGCAGCTCCTGGGCCCTCAAGCAGGGTGTCCAGTCACGTGGCCTTAAAGGCGAGAAATGTGGTTTAAAATTAATAAAGTGTTTCCGCCCGGTTTCGAACCGGTGACCTTTC---------GCGAACGTGACAACCACTACACTACGGAAAC------GTGAATGAACTAGAATATTCAGTTTGAACTG a score=6576 s danRer3.chr4 15029023 129 + 33808418 TATTTTCTCGCCAAAAGAAGAGCACTGTTTCTGCTCGGTTTCGAACCGAGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAACGTGATGACCACTACACTACAGAAACCCCACGAGTGCCTTCACCAGCGAAGTTAGGC s fr1.chrUn 139176910 121 - 349519338 TATTTTTAACCCATAAG--------TGTTTCCGCCCGGTCTCGAACCGGGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACCAGGTGAGGGACGTCCACCGCCAGGTGGGGC a score=557 s danRer3.chr4 15029177 64 + 33808418 CGTTGGTCAATCGAGCGGACAAA--------GCCAACTCAGCGTGACAAGCTCCCTGCAGGTATTAGGGCCA s fr1.chrUn 210361660 69 + 349519338 CGTGGTTAAATCAAAAGGAACAAAATCTCAGGTCAAAGTATCATCATAAGCATC---AAAATATTTGGGGCA a score=5488 s danRer3.chr4 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danRer3.chr4 15143961 216 + 33808418 GCTGTTGTGTTTTAATGGCAGTAATCACTTCAGGCCATCTCATTTCAGCAGCACTAAATGTACAGAAAAATGTTGGAGTGCCCAGCTGCCTAAGCATAGCAAACAAATCACGAAGAGTTTTCTCCCAGTACGCTGGTGTCCCTCTTAATGGCTGCATAAAACGTGTTGCTTCCTTATTTAATACAAGTTTTTCTAACTCCCGTTTGTCCTGCAGCA s fr1.chrUn 22282887 216 - 349519338 GCCTTTGGGCTTTAATGACTTCCACAACCTCGGGCCACCTCATATCAGCAGTAGAGAAGGTCAGGAAAAATGTTGGCATGCCTAACTGTTTGACTATGGCCCTGACATCCCTCAGAGCTTTGTCCCAGTAAGCTGGGAAGCCCCTGAGTGGTTGCATGAAACAAGTTACATCTTGAATGGAAATCAGTCTCTCTACCTCCTCTCTGTTTTGGAGCA a score=2243 s danRer3.chr4 15144283 77 + 33808418 GAAGATATAGTTAGTATCTCTTGCACAACGATTGTCTATAGAGAACAGTCTAGAATTAAAATACCTGCTAGGGGAAA s fr1.chrUn 22283117 77 - 349519338 GGAGCAATAGGTCCAGACCTCTGCGAAGCGAGCGTCAACACAAAACAGCCTGGCGTTAAAATACATGCTTCGGGACA a score=8424 s danRer3.chr4 15144380 1282 + 33808418 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s fr1.chrUn 120258894 1267 - 349519338 TCATCCAATGTCTTCTGACCCGTGGGGAACTGTACAGGAAAGGCCATGGCTTCTAACTATGGGATTTTAAAGAAACTTAGTTGCACATTGTTCTGGGCAAGCACAATGCTAAATATTCCTCCACAGTTGCTCAGAATGTTTTGACTAATATTGGGCAGCTGCATGCAGTTATCCAGGGTCAG----------------TCTG----AGTCTCAGT----TCTTCTTGCTCCTTCACCGTA------TCTTCACTGTTTTTGCTTGTGTT--CTTTTTCATGATTCAGTTGATCATCAGGAAGGTCA------AATTGTGCATGA----------TGTCAACAGAGATATCTTTGTACTCTGAGTGACTTTCTTTAAGTGTGGACAATGCTGCCAAAACATTTACCATATTAACAGTGTCACAATGTTGGCAGCCTTTGTACTTTATGTTCCATTTTAATTTGACTTGGGGCAGCTGGAGTTCGTCCTTGGGTCTCAGCAGGGCATTGAC------------------------------AACGTCACCGTGAACTGCCTTCTGTTGTCCTTTTGGCGAAGAGATGATTTTGGCGAAAGGCAGGATTTTAGCAATTAGCCGTCGCTCAAGCACATTCAGTTGATGCAGTTCAGCAGGGATAGGGGACAATGCCATTTTGTTGGCAATGGCAATAGAGGACATTTGTCCTCTGAGCAGGTGACTGTCACAAATGTAGCAAATCTGATCC----TCCTTTCTTTCCACTGGCACTAAACAAGAGGGTGCACATTGACTGCCACAAACATAAATGTACTGTCCAGTTAAACAATCAGTAGCCATGTACAAGTCTTTGGAATATCGTCATCTCTTGCAAGGTTTGATTTGA-TTGGGAAACATGGTCTGGTGGCATACTGTTCAGACATACTGTACATAGGTCCATGTTGAATTCTTTCCCGAAACTGAGATATCGCTGCTCGTGTGATGGTTTCATCCGATTTTTGACTTTGGCTTTGTACGCCTGGTAATGAGCATATTTAGATTTCAGGTATGCTTGTGGTTTTTGCTGTATTCTACATCTGTGGCATATTTTGATCTGAGATCAGCTTTTGATCTGTAGATCTGTATTCCACGTCAGACATATATTT--------ACATTAGATGTATGATCTAAGTTTTTCTCTGTGTTTCAGATCTGAAGCATATTTGGACCTGAAATAAACTTTAATATGTT---------------CTGTGTTTCAGGTCTGTTGCATATTTTGCATTGGCACTAAATTTCTGTCTGTATTTAAAGTA--------TTTTGATTTG---CTATAATCTCTCCTTTTTTCTCTGCATTATAAGTCAGAGGCATACTTCAAAT 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ATGTTGTGACGACACATTGTGGGCGTGTCTTGTCGCTGTAGTTCACT-TCCTGCTTCTCTGCCCTGGTTTCGCCTGATCAGCTGCACCGAACCATCTGTCCGACG----AAAACCACAATGTCTCATCAAACGGGTATTCAAGGTA a score=7203 s danRer3.chr4 15323953 199 + 33808418 TGTTGTGTTTGCTTAGAGAAGTTAGTTCTTGGCGGAAGCAAACGAGCTGCTAAGAAATGGGACCAGGAATGGGACGGCTGCGTTCTGCCCCTTGTGGAGGACGACATGCCCTCGTACCTCCTCTTCAGGCTGGACACCACCAACAACCAGGGCTACGAGTGGGTCTTTCTGGCCTGGTCTCCGGATCACTCGCCGGTAA s fr1.chrUn 284034952 196 - 349519338 TGTTGTATTG---CAGAGCAGCTGAGTGTGGGCTCCTTCAGGGAATCATCACAAGCATGGGACCAAGAGTACGATCGCCTTGTGCTGCCCCTCCTTGATGATGATGTGCCCTGCTACATACTGTACCGGCTGGATTCCACCAACAATCAGGGATATGAGTGGGTCCTCCTGGCCTGGTCGCCGGACCACGCGTCTGTAA a score=2594 s danRer3.chr4 15324555 232 + 33808418 AGATTTGCAATTCTAATTTTCTCCCTCAATGTT--CAACAAACAGG-----GAAACAAAAATGAGTCTCAATCACACCCAAATGTGTCACGGTTTCATGCTGATTAAGACCAAGAGCTTTACTATAACAACATTACTCTTAAAATGTCATTTTAGGACCAGTGAAACGCTATTCTAATTTTAATACTATTGTAAAAATGTTTTCAGTTACATTTTATTTAGTTTATTGTAATGTTTTTT s fr1.chrUn 205087266 222 - 349519338 AAATTTGCATTTGTGTTTTCCAGTGAAGCTGTTATCAGCTAAAAGGCAGATGAAACGATGATGAG------------CAACATTGGTCTCGGTTTAAATCTGATTAAGTCCAGCAGCTTTAATCTATCAAATCTAAGCTGATAAGGCCACAACCAGCCCAATAAAAGGACATTC--ATAACATTTTTACGTTAAAAGCAATTAGCGTC---CATTAATTTGCTCACTGTGCTGCTTTTT a score=5003 s danRer3.chr4 15326234 222 + 33808418 aacaggaa-atacattgggaccattgtttt---tgtttacatccctcatggtctataACAACTACAGCTCATAAATGCTGTGGTTCAGAAGCCTAGTTTGAAAGCAAAACTTTTTCTTTTCTTTACAGGTTCGACAAAAGATGTTATATGCTGCTACGAGGGCCACGCTGAAGAAAGAGTTTGGCGGCGGCCACATTAAAGAGGAGATTTTTGGCACAGTGAAGGT s fr1.chrUn 284035539 206 - 349519338 AACAGAAATATACTTCTTAACTGTTATTTTCCTTATTTTGTCGCTGCATCGACTGTCAGAATGGCAGCAAATCGATACGTTGGT-----AACTTTCTTTGATGG---------------TCTCACAAGGTGCGGAATAAAATGCTGTACGCTGCTACCAGAGCCACGCTGAAGAAGGAGTTTGGAGGAGGGCACCTCAAGAATGAGATCTTTGCAACCTCAAAGGT a score=6032 s danRer3.chr4 15326511 147 + 33808418 GTTTCTCTCTAATGCATCTCTGTCTGCCCTGCAC------------AGGACGACGTCTCTCTAAATGGCTATAAAAAGTACCTGAGCTCGCAGGCGGCGCCGCTGCCTTTGACTGCAGCAGAGGAGGAGCTGAGGCAGATCAAACTCAATGAGGTAAAG s 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TTTGTATAATTGTACATGTTTCATTGTGT--------CTCTGAGAATATAACGGTCTCGCTCATCACGTCGATCTAAAAGAAATCCAAACGCTCGTT-----TGTGGTGTG---TTCAGGTGCAGACGGACATCAGCGTGGACTCCAAGCACCAGACTCTGCAGGGAGTGGCCTTCCCCCTCCACAGAGACGCTGTTGCTGCACTCAAACGCTACAAAGACAAAATGATCAACTATGTGCAGCTGGTGAGTCCCTGCAGAGTCACCTATGGAGGCGGATATCTGTTTAATGAGCGTCTGTTTGTCATCCTTCGCTGGCTGAGAAGGTCCGGAGTCGTTCACGCGTTGGCACAAGCCGCTCGATCTCCAAAACAAGGTGTTGATCTTCTCATTGATATTCCGTG--GCCTCGTGTCACACGATCGGTGGACAAAGGAATCGTTGTGGCGCTAACCCAGCTTTCCCCTCGGTCCCCTTTGTTCCTTTTATCCCTCAATGGTGTCATTTAGCGTAAAACCACCAGCCCGATTCGGGGCGTGTCGCCCGTCTGCGAACGCCCGTCTCCTCCCCGCCGTTGTTCAGGCATTGGTTTATGGCGCGTTCTACCCGCATGCAAATCAACAACTCTGTGATAACCTTTCATCTCCCGCTTCAAAGCAAATCGACGCCGACCAGGAATTGATCCACGTGTGCAGCACTGAGCCAACAGAGGTCAAAGACCTGCCGAAGAGGATCCCCAAGGATTCCCCACGCTACCACTTCTTCCTCTACAAACACTCCCATGAAGGCGACTACCTGCAGTCCACAGGTGAG a score=5875 s danRer3.chr4 15332867 132 + 33808418 TCTGCAGTGTTCATCTACTCTATGCCTGGTTATAAATGCAGCATCAAGGAGAGAATGCTGTATTCAAGCTGCAAGAACCCTCTCATAGACACTGTAGAGAGAAACTTGGGCATTGAAATTGCCAAAAAGGTA s 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TAAAAACAGATGACAAAACTTTGTCTTTCAAT-------TCAAATCTACTAAATTGGGTATGGTTCTTTGTTTTACATTGACATTTATT---TATTCTGTTAATTAGTT-----------------TTTATGCCATTAAAAATAAACATGTGTTGTAGAGCTCGGAAAAGTACAGAGGCCT-----TCAATTTTGGTAAACGTTATGTCCAGATTAGCTACAGTTATGAGAGATGCAAACACATTTTCAAATCAGAAATGGCTATATCAAGAAAGTAAAGGCAGAA----GTGTAAATGTAACAATATTTTTGGAGTAACCTCAGATTCTGCAAATTCAAGTGTGGAGGCTTTAAATACA-----------CTAGCCATTGATTCAGCGATCGAATCTTATATACGGTATATATA------TATAAAAAAAA a score=5260 s danRer3.chr4 15337365 110 + 33808418 AACACTCTCTCCTGCTTTATATCAGACCATGAAGGCTTCAATGGAACCATAAAAAACTCACCTCAAGATTTTGTTGTTATTGAGATAGACACCAATGGACAATTTGTTAA s fr1.chrUn 162552530 110 - 349519338 AACGTACCTGCCTACTTTATATCAAGCCACGAAGGTTTTCATGGAAGCATCAAAAACTTAATCAAAGACTTTGTGGTGACTGAGATTGACATCAATGGAGAACGTGTGAC a score=23971 s danRer3.chr4 15337549 844 + 33808418 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CTGATCATTGTTGCTTCATTTATTTCAGTTTCAGTGCATCCAAGAACGGCTAATTGTTCTCTTTGTTCAGGGAATGCCAAGGAGAGCTTGGCGCTGATGCCAGCGTATAAAGCCAGAGAGCGGCTCATGCTGCGGGCGCTCCACCGGTACGGCAGTGGACAGGAGGGTTGCACTCGTGGCTGGCTCAGTTTACCCCACAGCATGAGGGTCTTCTACCTTCACTCCTACTGCAGCAG s fr1.chrUn 162554176 207 - 349519338 CTCCCCACCCCTCCCTC-----TCTCGTCTTCTGCCCCGCCAA------------------------CAGAGAACGCCAAGGAGTCTCTGGCAATGATGCCGTTCTCCAAACCAAGGGAGCGACTCATGCTCCGCGCCTTGAATCGCTACGGCACCGGAGCGGAAGGATGCGCTCAAGCCTGGCTCAGCCTGCCTCACAGCACCAGAGTCTTCTACCCTCACGCCTACTGCAGCAG a score=5833 s danRer3.chr4 15352322 378 + 33808418 GTTTTCCATTCATTTTCACTTGTTTTCTGTGCTGTAGATCCATGTTGTGACTTCAGATGAGGAGAAGAATGAGGTTTTCTCATTAGATCAGGTACTGTTTCAGATGTCTTTCATTGCTCTGTATGTCTGCTACAGTAACTCTTACCCATCAGTCTCTTATTGTGCCTCTGTGGTTTTTCAT----CCAGGTGATTCTTCCTATGCCAGGAAATAGTGTCAAGTATCCAGAAAACATTTTGGGTCAATGGTATCAAGACCGATTGGCTCAAGACGGTTTGGAGTCCTGCCGATTCAGAGTGACTCCCCTTAAACTCAACGTCCCTGGATGTTATCGACCCCTCCTCGCTAAGCCACAGAACATCACATATAGCCTGCAGACGA s fr1.chrUn 162554836 369 - 349519338 GTCTGAGATTCAAT----CTGGTTAAACCCTTTCTAGATCCATGTGGTGACAGACCAAGAGGAGCAAGACGGAGCGTACAATCTGGAACAAGTGAGTCCTAAAAC--------CTGAGATTTAAAACAACAAGAATACTTCTT-CTCACCATTGCTGCTGTATTTTTTAATTTTTTTTCATGCAACCAGGTGTTGCTACCAATGCCAGGAAACACCGTGAAGTACCCTGAAAACGCCATGGGGCCCTGGTTCCAGGAGAGGCTCTCCAGAGACGGGCTGGAAGGCTCTCGCTTCAGAGTCAGCGGGCTCAAACTCAACCTGCCCGGCTGCTACCGCCCCCTGCTCGCATCCCCACGTAACCTCCGCTACCAGCTGCAGAGGA a score=9932 s danRer3.chr4 15359608 340 + 33808418 GAGGAGAGTTTATACACAGGTGAG-------TGAAGAAGAAACATCTCT-TGTTGACATGTAAAACCAAGTTTAGGTGACAATCCTCCTTT------CCTATCAGCTTTTACTCTGCGGAAGGAGAACCTGGAGACTCTGGAGGCAATCAGCTACATGGCTGCAGAACTCGCAGTGCTTCCCTCTGATTTCACTTATGCAGGAATTAAAGACAAGAGAGCCATTACTTACCAGGCCATGGTGGTGAAAAAGATCTCTCCAGAGCGGTAAACAGACCCATCACCTGATGTCATGATTTCCCTAATATTTGTCATTTGTTTCTTTTACTTCA--TCGAATTATTTAGGGATTTTTTAT s fr1.chrUn 162553256 331 - 349519338 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GTCTGAGATTCAAT----CTGGTTAAACCCTTTCTAGATCCATGTGGTGACAGACCAAGAGGAGCAAGACGGAGCGTACAATCTGGAACAAGTGAGTCCTAAAAC--------CTGAGATTTAAAACAACAAGAATACTTCTT-CTCACCATTGCTGCTGTATTTTTTAATTTTTTTTCATGCAACCAGGTGTTGCTACCAATGCCAGGAAACACCGTGAAGTACCCTGAAAACGCCATGGGGCCCTGGTTCCAGGAGAGGCTCTCCAGAGACGGGCTGGAAGGCTCTCGCTTCAGAGTCAGCGGGCTCAAACTCAACCTGCCCGGCTGCTACCGCCCCCTGCTCGCATCCCCACGTAACCTCCGCTACCAGCTGCAGAGGACAGCTTGCAGAGACGGAGGAGGAGGAGAGGTGACGGGAGAAAGCAGCAGACGCCACAGCCAGATAAACGAATCATCAGGAGAAGACAAGCGGGACGCTCTCGCTCTGATGCTGAATTTTGACCTCGATTCATCCTGTTACGCGACTATCTGCCTCAGAGAGATCATGAAGTGTGAACTTT a score=1586 s danRer3.chr4 15395259 182 + 33808418 TTACACTATTTCCTGGCATAGGAAGAATCACCTGG----ATGAAAAACCACAGAGGCACAATAAGAGACTGATGGGTAAGAGTTACTGTAGCAGACATACAGAGCAATGAAAGACATCTGAAACAGTACCTGATCTAATGACAAAACCTCATTCTTCTCCTCATCTGAAGTCACAACATGGATCTA s fr1.chrUn 186964295 177 + 349519338 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CTGCTGCAGTAGGCGTGAGGGTAGAAGACTCTGGTGCTGTGAGGCAGGCTGAGCCAGGCTTGAGCGCATCCTTCCGCTCCGGTGCCGTAGCGATTCAAGGCGCGGAGCATGAGTCGCTCCCTTGGTTTGGAGAACGGCATCATTGCCAGAGACTCCTTGGCGTTCTCTG------------------------TTGGCGGGGCAGAAGACGAGA-----GAGGGAGGGGTGGGGAG--------------------------------------------------------TAACGCATTTCT---------TTTTCCGGTTGTCCCGTTAAAATGAA--------------------------------------------------------------CGAATCCTCACCTGTCTGGAGGAAGTGTCTCTTGGCGAGGCTGGGAGGATCGTGGCCTTCCTCCGGCGTGAAGAAGAGATGCACGGCACCCACCTGAGCCGCAACAACGCACAAATGTACCAACAGCTGGCTCATCTACCAACATCTGGCTCATCTGCAGCA--------CTTACAAAGTCCTCTTTGAGCAGGGCCAAGCCCACGCGGTCCGACTGCACGCTCTGCCCGCTGCCAAACCTCTGCGGTCCGTAATAGTTGACAAAACCTCTGCTCTGCAAACAAGAATCG a score=5342 s danRer3.chr4 15396680 211 + 33808418 TACACACATTTACCTTCACATTTTCCACTGCTTCCTCTATAAGCTGTGGCAGCTCTGCAAGACCATGTTT-------CCCATGATGCTTCAGGTCTCTGATGACCAGCTCAAAGTGATTTCCCTGCAGTCTCCCAATCTTAAGAGCTTCAAACGCAGGACGGACACAAGAGATCTGCATTCCCCTCCTCTCAAACTCTGAGCCTTTCTCCAGCAACCT s fr1.chrUn 186965537 214 + 349519338 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TCTTCACTCACCCGTGTATAAACTCTCCTCCTGCATTTGACAGTCCGCCATCGTTCTCTTCTTGGCTTGTTTGCCTCTCTCCCTCAGTCTCACCGTAATGCAAGTCTTCTGCTGGTCCACAAAGCTCCTGGTTTCCACAAGCTTCCCGAAACGCCTGCTAACTAAATGATGAACTGATGTCCGGTGCTCCTTGCTGTCATTGGGCAGGAACGTGAACACAGAACCAGGTGTTTTGGCATCAATAAACCTGAAAAAGTCCTCAGCTTCTCCTTCAGAAGCCAAACCGGCGAGCTCCTGGAAGTCTGGATCTTCTCTGACCCGGATCTCAGATTGATTGGTCAGAGTCTGGAGGAAGGGGAAGTTGAACCGAACCGCTCTGTGGACCACAGCTCTCATGTGTTTATCAGGAAAAGTTCCCAACAACAGTTC s fr1.chrUn 186966053 419 + 349519338 TCTTTACT-ACCAGTGTAAACGTCCTCTTC------TCGGCGCTCGTCCGCAGACCTCTTTTTGG---GCCTTCCCTGCTCCCTCAGCCTCACCGAGATCGCCGTCCTCCCCTGGTCGCTGAAGCTTTTAGTCTCCACCAGTTTGCCGAACCTGCGGTTCATGAAGTGGTGCACGGCCGTCCTGTGCTCCTTGTTGTCATCAGGGCCGAACATGTAGGACGAGCCTCGGACTTTGGCGTCTATGAACCTGAAGAAGTCCTCCGCCTCGTCCTCCGTGACCAGCTGGGAGAGCTCCCTGTAGTCCGGGTCTTCCCTCACCCTGATCTCAGGCTGGATGGTAATGGTCATGAGGAAGGGGAAGCGGTGCCGGACAGCCCGGTGGACGTTTGCCCTGTGGTGTTTGTCGGTGAAGCATCCCAGAGAGAGCTC a score=4412 s danRer3.chr4 15407838 129 + 33808418 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TCCCAGCCAAAGTAAGACCAGTGTTGTCACACATTTTGTGACCAACAACATTACCATTTAGTTAAATTTAATGACAAATGTAATTTATATTCCAGCCTGTGGT-----------------GCTGTTCCCTTTTTAAAAGTACATTTCTGCTACAGTGATGTC--TCCTGTCCCATCAGTGCTGATG---GAGTCCTCATGTGTTGGACAGTAAATCATATTCCTGTGTTATTATGTTATTACATAATTTCATTTCTATGGTGTAGATAAAGTTCAGAAATGTGGCAGATGTGACTGT----TTCAGACCAAACAAACATACAACTTTGTCTAAATGATTGGTGGATAATTTTGTAAATATGACACAAACCTGAGTAACATTGTTTTTTTTCTTTCTGTATTAAAATTTGAAAGGAAACT-----TTTCTGTATCCAACCTGTCTGATACAATGATGTTCAGTGGTTGGTAGAGATATAATAATGTCAG-----ACATATTGACCATCACAGG---GCGGGAAGTTTTGATTAATA a score=2563 s danRer3.chr4 15464397 270 + 33808418 ACTAAAAAAGTTGCCCCCCCTGA--TCGTCAATGTA------------AAATTCAC-ACCCTGAATAAAACTACTGTATTATGCATGCCAGGCCAATAGGTGGCGATGTCACATTG---------TTAAGAAATACTAAACA-CCAGCACACATATT-GTCCTGTAGTCCACTACTGTTGTTTT------AGCTAGCACTTGTGTATATTTACAGACTAAACACGCGACATGCATCTGAGTGATGTTTTTCCATAACTT---------GCACTCATTATCAAACGT---TAAGCCCCCAAGCATCTAAACAGTT s fr1.chrUn 157384065 295 - 349519338 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TTAAGTGATTAAAGAAT--------GTAATAAATTGTTGCCAT-TTTTAAAAAAAAACCTTATCCCCTACCTCTGATATTGTATTTAATTTGTATTTAAAGTTTTAAAAAGAAGACCAAATCTTTGAGCCACA----ATGAAATAGAGGGG--ATTGTGGGGAGATCCCCGCTTAGCAAG---------AAGAGATGCAAAAGTCACAATGTCAGCGTTTCTCCAGTTTAAAGGTTGACACTGAGAGGGAACACCAAAGATAGTGATTAAAGGG-CAAACAGT-TAACTTGACCCCCAGAATATCAGAAACAATCTTAAAGAAAGTTATCCAGTTTT---GCAACTTGGGACAAAATATAAACATATGACTAAGGTAACATAGTGAAAGTTTACATTTATCACACATATCTGAAACATTGGGATATATTTTAAAAAGTTTGGCCTTTGAGATATGAGCTCTGTGAATTGttttaaattgtataaaaata s fr1.chrUn 26380090 482 - 349519338 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s fr1.chrUn 215819817 947 - 349519338 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a score=2977 s danRer3.chr4 15583049 120 + 33808418 GTATTTTTTTTTTCAGTGTTCTGTAAATATG--ATATTTATTGAACCTGCTTTGTTTTATAGAATATATCCTATTTGTTGATGCCTTTTGATTGTTATATGTCTCTTTTTGCTATTTGAATG s fr1.chrUn 215822731 122 - 349519338 GTTTGTTTACTTTTAGTTCTTTGTTTATTTGTAATATTTATTATGCTTGCTATATTTTATATAAGATATTGTTTATATTGTTTGCCTACGATTTGTAATTTTTTTTTCTCATTTTGTGGATG a score=3538 s danRer3.chr4 15625632 151 + 33808418 GTTATGGAAAATCCTCCCCTCGGCCGTCACTCAAATCGGAGTGGCTGCTTGTATCCCG--------TTGCCAAGGGACTGCCG-------TTACCTGAGATTTCCCTCAACCCCGGC-ACCGTAACCGGAG-ACGGGCTTTGGGATTGTGTCATTGGCTGCGTTTCCC s fr1.chrUn 118300823 157 - 349519338 GTCATGGAAAACCCTTCTTGA----------CAAATCTGGGCCAGGGCT-GTCTCCAGGACAGCACTCGCCAAGGGATACCTGGGGTTGGTCACCTGAGATTTCCTCCAACCCCAACTGGTGCAACCTGAGCCCAGGCCCAGGGATTGTGTCATGGACAGAGTCTCCC a score=5947 s danRer3.chr4 15630749 133 + 33808418 CTTGTTTCTGTCTGTCTCCCAGGTAACGGCGACTGCTCTCCCAGGAAGGAGAACTCGAGAATGTTGGTGGACCTGTCGACCAGCACACCCAACGGCCAGC---GCTCACACAGCCCACAGTCCCCTGCTGGTGAGT s fr1.chrUn 118302311 130 - 349519338 CTTGTTTCTGTTCATCTCCCAGGTAACGGCCAGTGCTCTCCTGGTGATGAGAACTCGAGAATGTTGGCAGACCTGTCA------GCAGCTAATGGACAGACAGTTCCTCAGGGTCCTAATTCCCCTAGTGGTGAGT a score=-825 s danRer3.chr4 15637965 466 + 33808418 GTCTCTTAAAACAATGAAGTATTTTTTGAAGATTTGTTTAAATTTGTACAATATGTCTGTAAATTACTAATAACAAAACAACAGTTCTGATTTTTGTTGAAATTGTTAGTGTTTAAGTTTGTGTATGTATTAGATTAGATTATTTCTGTAGGTGTTTTGTTAAACTAAAATGTTT-------ATTTGCTGTATAAAATCTTTGGATAAcaaaaattagtacacctaaatttata-tgttgtggaaaaatatttatatatttattttttaatatttcaatacatttttaataaaCAGGAAATATCAATTCattttgttaatttttattttagattttttttttgcaataactcgattgaatttaaatgtattatctttctattcctaaacatgctaggtgacccaactcaaatttttaatgcatttaactacttaataaaagggttttgttcaaattgaccaaacattattgttt s fr1.chrUn 39626892 400 + 349519338 GGCGCTTCATTCACTGCTCTTTTTGCTGTAAAGGTGTTATAGTTTTACCTGTAAATGTGTAAACT----------------------TGTTTTTTTTTTTAATTGTTGCTGTTAAACTCTGTGATTGGTTCAATGCACGTCCTTTGTGTTTTCCGTTTGATAATCTTCCCCATATGGACCCAGTTTGGTCTGTAGCTGCTCCTG----CAAATTTATGCTAACTTTGATGTATCTTGCTGTGGAATGACAAATAAAGCTTTTTT-----------------ATTCTTAAC------GCAGTAATGAATCTCTCTGTCG-----------------CTCTGTTTCCACATCTGAACCACATTTAAATGGATGTTAGCGCTGCACCAAAGCATTTT--------CACCTTAAATACTTCAGATAATGATCATGATGATGAATTGTTCATGTGGCTTTAGCTCAAGAGTTCTTGttt a score=3345 s danRer3.chr4 15644029 359 + 33808418 ccCTGTGCTAGACTAAAAAACA----CTTTACAATAAGCTAAAAACCTCAAAACTGGGAGGTGTTAAAGAACTGTTTCTGCCTAAAGACAATTGTTTCCAGCT-CAAACAATAAAACAGTTTCAATTCTGGAATGTTTTCTTTCAGCACGCACAATCAAACAAGAAGAAGGCACTGAGGAGGAGACGGAGAGGCGAGCTGGTGGTCCAGATGAGGCGGGGCATAGTGGCGAGGAAGGTTCTGGATTGGAGGATCCCATGATTGACAGTCCAAACAACTTACAAGATGCTGGGCCAGGAGCTGAAGTGCAGAATGAAACGGGGATAAGACTGCCAAACGGTAAATATAATGGtaaatattttaat s fr1.chrUn 118304281 344 - 349519338 CCCAAAGCTAATCCAGATAACATGAACTTTGAAACATGTT-------TCTGAAATAAATGGGGTTAAATATTTTTTTTAGAATCCAAAAAAAAGCATCCAGGTGCAATTAGAAATGCTGTTT-------------TTGTTTAACAGAATTGAAAATTAAACAGGAGGAGGACACGGTGGAGCAGCCCGATAACAGAAGTCCAGCAGTGGAAGAAATGGGCCAAACTGGAGAGAAGGAAGCGGCGCTGGAGGACTCCATGAGCAGCAGCCCCAGGGATGTTCACGACAGATTATCAGGACCAAATGTGGCAGCGGACGCGGGAAATCGACAATCAAATGGTATCGGTAAGTATGACTATGTCAAT a score=-3322 s danRer3.chr4 15644388 680 + 33808418 tataattaCATGTATATAATACATTAATCACATTG----AATGATGTA------AAGCCATATTTGAAAACAGTTCCCTGCAATTTTTGGCGACATGATTT-------CAATCATTATTTACATTTCata-----tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatTGATTTATTAGCCCTACTGTAAAA---TCATTTTAAAATGATTTTTGCTTTTTACACTTTTGTAAACATAATAGTTT-----TATAACTCATTGAGTTGTGACAGAACCT---ACTGTTGTTTAGTTATTTGGGATAttgaccttaaaaattgtttttaa---------------acatgtaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatattt----aaaaagatttctagcaatgctaaga-----------caaattaaagttatttttctaaagaaacaaaa--------aggaaatactg-tgaaaatgtccttgctctaataaac-----aatttaaatacacagaaatattagaaaaggaataaaaaattcacagaatagctaataaacttgccttaaacCTAATATGATCACTGTTGACCCTAATTAAAATA------ATTAAGTGGAAGTTTGAAGACACCCAAAAT---TCTAAATTTATTGTGACACTTCTCAAATAAGTTT s fr1.chrUn 241994986 734 + 349519338 GATAGTT------------TGCATTGGTCCCAATGTGTTGATGGTGCACAAGCGAAGCCACACTGGTAAGCTGTCTGCAACACTTCTTGCC--CTTTATTTGTACCCACATTCACTGTTACCAGCTTAGAGAGGGTGGATCAGGGTTAAGTGGTGTCGCCCGAAACAACTTAAATGAGAAATGAATTAATGTATAAAGATATATAAATAAAACAGCTGTGTAGTTTTTTTGCATTAAGACAAAAGGTTAATTTTCAAGTA--------TGTTTGTACGTTTGCCATTAAAATAGTCTGTACGCACAACGCATGAAATAGACTTTGAACATGTCATTAATGTCCATTAATATTTAGAAATGACTGCAGAACATCTCAGGAAGGGAAACAACAACTGAGCGATAGCATGAATGTGGACATACCCACAGCTGAGAATCAGGATATGTGGTGAAAT-TAAATGGAATCTTTGTGAAATGACAATTATCTGAGTGGCAAAAGTTTAGTTTTTCAAAATTGATATTCTATTGTAATGAAGCCAAACCAGTGGTGGGGAACATCGCTGAAAAAGGCACTTAACTGTCAAGCTTTAGATTCTAATGAAACTCAAAATGGAAGAAAGGAACGCTAGACTGATGGAAATGCAAAAAAACTACAATAAAAGATATAATGA-----AGTGCCTCCTATTTAAATAGAAAATATTCTGTGGTGATTTT--TGCTTCCAAAATGCATCTTTAATGATTTT--CCCTTTTTATATATTTTT a score=-3050 s danRer3.chr4 15647081 562 + 33808418 atgaaggaattaagttagcttatta-gtttttacaaattttagtggattaaacttaaaacgattaagttgtgtcccaaaaaaactctagaat--------------tgtg----ttgtttcagcttattttaaataagcattttaaacagaaagtaaaaaAACTTAGTAACTTTTTAAAGGAAACTTGATTACTTTAAAGACTTTTTGAGCAATGACAAGT----CCCTTTTTAAATCAATTTTAAATC---------ATTTAAATAGACCACTTTGAACCAAAACAAATGTTTTTGT-ACTT-----AAAGATTTGAGAAATGAGCTGTTATTTGTATACTGTATAGCTTAGTGTAACTAAAGCCACTTTGAGACTTTTACTAATATGTTGG----GTGTAAAATAGCCATTTTAAC-----TGACCAATTTGTGTAAATATGTTGTACTATT--------------TTTCTACGTAAAGTCTCTCCTAAAAAAAAACCTTAGTGTTTCATCATTTTCTATGTGCATATGCAACATATCAGGCAACCCAGAATGGAAACAACCGAATCTGTATCCTCTCTGGTCAA-----TACAAAGACAGCTGGACTG--------------AAAACACTGCAGTATTT s fr1.chrUn 150311019 606 + 349519338 ATGAAGGAAATGACGAGAGTGATAACATTATTACATATATTATAGGCTCTGACGTATCGGGATCGAACAATGACCCGCAGCAGCTCTGGAACAACTCACACCTAAATGAGAAACCAGTTTCAGGTTTGTTTAAAAATGCACACCATCATTCAAGCATAAACTCTTA------TTGTAAAACAGACATGGGTAA---AAAGATTTTTAAATGTAGAACATGTGGGAAAGATTTTCAGTACATGTCAAAACTGCAGAGACATTTGAA-AGTCCACAT--AAGGAAGCCATTTATTTGTGTGACATGTGGGAAAGCTTTTAAAAATG-GCAATGAACTAT------CACAGCACACAGCAATACACACCAATGAGAAGCCAT-----ATATGTGCACAACGTGTGGAAAAGCT-TTTAAACAAACATGCCAACTGTCTGTACACATGAAGGTCCACTCGGACGAGAAGCCATATGTATGTAATACATGT----GGCAAAGATTTCAGAGACAAAGCAAGTT---TGT---CAAGCCACATGAGAGTCCACACAGGCGAGAAGCC-CTGTATCTGCACAACATGTGGGAAAGCTTTTAAAAGAAGAAATGACTTGTCACGGCACATGAGAATCCACGTAGGTGTGA a score=226 s danRer3.chr4 15647685 6 + 33808418 CTCTTG s fr1.chrUn 241996356 6 + 349519338 CTCCTC a score=11710 s danRer3.chr4 15647691 190 + 33808418 TTCGTGTCTCTGTCCATCAGGTGATCGGCCGTTCCAGTGCAACCAGTGTGGGGTTTCATTCACTCAGAAGGGCAACCTGCTAAGACACATCAAACTCCACACGGGAGAGAAGCCCTTCAAATGCCCGTTCTGCAGCTACGCCTGCCGCCGCCGTGACGCCCTGACCGGACATCTGCGGACACACTCAGGT s fr1.chrUn 118305156 190 - 349519338 TTGATGACATCATCTAATAGGTGACAGGCCATTCCAGTGCAACCAGTGTGGCGTCTCGTTCACCCAGAAGGGAAACCTGCTGCGACACATCAAGCTGCACACAGGCGAAAAACCCTTCAAATGCCCCTTCTGCAGCTACGCCTGCCGCCGCCGAGATGCTCTCACTGGTCATTTGCGCACTCATGCCGGT a score=226 s danRer3.chr4 15647884 96 + 33808418 GCCTTAAAGCTCTATGCAGTGAAACATATGGCCAAGTTGTATCAATGTGTGCCACAACCTGCTGAACAACTGTGGTTGTACATGGCCGTAGCCACT s fr1.chrUn 41002051 90 + 349519338 ACCCGACAGCT-GACGCGACGGACCTTTTCGTTGCTCTGTTTGACAGCGCGGCAACAGC-----AAACGCGCTGGTGGTACGTCGCAATGGCCGCT a score=-2994 s danRer3.chr4 15648007 413 + 33808418 TAAGAATTGTGCAATAATAATGG----CTTCAAATGA-----ACCTCATTATATAAAGCATACTCACTGTGTTACAGTTTGTTAATATTGTAGGTCAGTTATTATCATATTTCTATCTCTCTAAATTTTCTATTGTAGGCCAGTTATTATCTTTTCTCTCTCTATCTCTTATAAGAGATAGAAGACATAAGAACTTATGCTTTGTATGTTCTGTATGAATGTCTAAAGTATATTTTTGAATTGTAGTGTGACTTTAGTAAACGTTAGCTAATCATAATGAAATGTTTTGATACTGCTTGACAGTTTTAAACAGATAATATTATGGTGATTATTGTGTTGGTCCAAATTATA---------ATCTCCTCAGCAATAAA---CTACCTACACTTTTTTGT--TTCCCAGTTTAAGTGTCAGCAATGTGGTGCTGCCAG s fr1.chrUn 108974301 321 - 349519338 AAAG----GTGCAGTAACAATTGTCTTTTTTAAGGGATTGCTTCCTTTTAGTCTATTTTACACATAATCTACCTCTG-TTGTGCCTATTGCAGG-CATTCTTTATATTACTTTTGACTTCTTGCa-----tataataaaaaaattattttGTACGGTTTCTCTAGTTTT-------------------------------------------------------------------------------------------------GTCAATTGGAGTGAAGT-TGTAAATAGTTTCTATCAA----AATCTGATAGT-TCCTTGTCCTTTTTAT-TTCCTCTAGGATACACTCTTGTCCCTCTCCCCAACAATAAATGGCAACTCAAAGTTCCTTATTCTCTCCAGGCTAAAGTTTGATTCTGTGTGACTCCTAG a score=1579 s danRer3.chr4 15649744 143 + 33808418 TCTGGCTACGGGCCTATGGTTGTGT-----GACCGCAGCTGACACGTTCTGGAAAAAAAC----AGCAGATCTGTTTTGTCCTT-------------TGGGACGTACACAGACTGGCTAACAAACATTGCGGTTAGGCCACCTATAGGACAGGCTGCTGTGCTGC s fr1.chrUn 263187665 157 - 349519338 TTCGTCTCCGGGATTA--GTTGTGTTTTAAGGCTGCAATTA-----TTGCGCAAAATAATGTTGAGCA-ATTTGCTTTGTTTTTGTTCCTGACTCAGTGGAACATTCCTGGACTGCCGAACAAACGGAACGTTTGCGCCACCGAAGCGGTCGCCGGCATCACTGC a score=966 s danRer3.chr4 15650066 409 + 33808418 CTGTCAGTCAGGGACGCGCTCGTTCAAACGCACAGGGAGAGCAGGAGCAGGCCTATCACTCGCATCGTGTTTTGCTACCTTTCTCTCATTTCCTGTTTTGCTGCTCTAATCACAGTGCAGGGATAGCGCAGTTTTTAGGCCAGGCAGCTGATGGCTGTGGTGTCCTGTTTTTGTGGGTAGAATCTATGAAACATTTTTAAAGGCTTAAACATGTTTTGGTTTGATGTACTTGGTGGTGGTCAGAGTCTGAGAGCTGATCACCACTGTGTGTTTTTGTTT-CCATACAACTGGATGAATTTGTCTTCCTTGCGATTGaaaatattttcatttaaatatattaaaaGTAAA-------AGCTTGAAGGTAGTTT-------AAGGTTGGTTTAATTGTAGATGAAATACAAAGTACCATTCAGTTA s fr1.chrUn 154122339 364 - 349519338 CCATTCGTTTGTGTCGCAATATTTCAAACCCAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGATGG------------------AGGCCCGTCTCCTTTGCTGTAAGGTTGATCTGG----AGT---TAGACAATGAGGTTTCTTTGCATGGTGTCTAAC--CTGTTGGGTCGTGT-----------GAACTT-------GTTTGTGCAGCTTTAATCGTA-GCTGATTTGATTT---------CAGTCGTAACCTACAAATAGATCTTTGCAACATGTTATGATTTGTCAAACAATCTGATGGAATTCTTTTGATTGTTGT-----GTGTTCTTATAAATATAAGTAAGAAATAAAGTATTTGGACTTGAGCTTTTTTTTCTCTACACAACTGGTCAAATTATAACTTAAATATAGTTCATTTTTCAAATA a score=5011 s danRer3.chr4 15657071 106 + 33808418 AAACTTACGCTGCGGAGGCTGAGAGTCAAACGGCATCATCATTTTGGGCCTCACTGCTCTCCGTCCAGGCAAAGTGGACACACTGTCCTCCATATCATGTCCTGGA s fr1.chrUn 344293262 106 - 349519338 AGACTTACGCTGGGGCGGCTGCGCATCAAAAGGCATCATCATTTTAGGCCTCATCCCCCGTCGACCTGCTAGTGTAGACATGCTGTCCTCTGACTCGTGGCCTAAA a score=899 s danRer3.chr4 15657434 174 + 33808418 TTATAACAAACACACAGATGTGCTGCTGGATGGTGCAGA-TGGATGGAAATGACATCCTTAACCATCAGTTGTGAATCTGCAGAGACGTCTCCACTGTTATGCAGCAGAAACTGACCAACCCGTCGTGATGCCAGCAAACATTTCATATCATTAAACATTCAAAACATGTTGGAT s fr1.chrUn 237194742 164 + 349519338 TCACAGCAACCAAACGG---TGTTGGTCGGTGGTTTGAACTGGACTCGTCTCACAACTGTGTCAGACAA-----ACCCAGTCGGGACCTTTCAA---TCCTGCACTATTAACTGACCAACAGTCCCGGATACCTTCAACAATCTGCTCTCATTTAAAAAAACAAGCACATTTGAT a score=491 s danRer3.chr4 15660062 22 + 33808418 GTGTGTGTCCTCACCGCGTCTC s fr1.chrUn 237198240 22 + 349519338 GTGGCTGCTTTTGCTGCCTATC a score=10048 s danRer3.chr4 15660084 216 + 33808418 TGGTGGCTGGTCTCGA---------CCGCCGGC------TCCTGGACGCTACGCGGGATGGGCGTCTCGGTCATCACAGGGTTTGGTTCTGGTGATTTGTCCATGGGTTTGAGCTCCAGGCGCTCGTGATGGATCCACAGATCTGGAGGCTTCAGGTCTTTAGAGGAGCTCTTGTATTTGTGGGAGCTGGTGCTCGACTTACAGGCCGCACGTTTCCTG-------AGAAAGAAAAGA s fr1.chrUn 344293741 238 - 349519338 TGGGGGTTGTTGTCGAGGCCACTGTCAGCCGGCGTGATGTCCTGCGAGGTCCGAGGGATGGGGGTCTCCGTCATAACCGGGTTGGGGTCAGGCGACTTGTCCATGGGCTTGAGCTCCAGCCTCTCGTGGTGAATCCAAAGATCAGGGGGCTTCAGGTCTTTGGAGTTTCCTTTGTACTTGTGGGAGCCGTTTGATGACTTTGAGGCGGCGCGTTTTCTACCGGAGCAGAAGGAGAAGA a score=3578 s danRer3.chr4 15663253 203 + 33808418 GTGTGTGTCCTCACCGCGTCTCTGG---------TGGCTGGTCTCGACC---GCCGGCTCCTGGACGCTACGCGGGATGGGCGTCTCGGTCATCACAGGGTTTGGTTCTGGTGA-TTTGTCCATGGGTTTGAGCTCCAGGCGCTCGTGATGGATCCACAGATCTGGAGGCTTCAGGTCTTTAGAGGAGCTCTTGTATTTGTGGGAGCTGGTGCTCG s fr1.chrUn 237198240 212 + 349519338 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GCATGTATATATGTGTGTGTGT-------------CTCTCACTGGACTCATGGGTGGTGCTGTGCGCAGTCATGCTCCAGGTGCTGCTTCTGCGGTTCTTCGTCACCATGACAGAGAACTCGTACAGTGTGTTTGGCTTCAGAGCAGAGACTGTGTGAAACAGAGATGTGGTGTTCGCCATCTG s fr1.chrUn 344295657 184 - 349519338 GCATGTTTCTCTGTGTTTGTGTAATTTCACGTGTGCTCCTACTGGTCTCAAAGGTGGTGCCCTGTGCCGTCATGCTCCACGTGCTGGTGCGCCGGCCTCTGGTCAACATGACAGAGAATTCGTACAGCGTGTTGGGCTTCAAACCCGTCACCATGTAGTTCAGGCTGGTGGTGTTGGCCATCTG a score=13747 s danRer3.chr4 15678732 393 + 33808418 ACCTTGTATTTGGTGTTGGCGGGGATGTTGGTCTTCCAGCGGATGGTGTAGTATCTGGCGTCGGTGATCTTCTGGTTTTTGGCCAGTGAATTGTCCGCCCAGGAGACTTTGACAGTGTCGTGGCTGAGGACGCTGGCCTGGACGCCCACCGGGGGCAGCATGGGTGTTGGGTCGGGTGCTGGGGTGTATGGGTTATTGAAGAGTTCATAAAAATCAATATCAGGGTCTACGGGGTCTGACAGCAGCGTCAGAAG--CAGAATTAATGGAGAACAAAACAAAACAGGACGAAAATCACAAGGGTGAACATGGAGGATTGATCAGGGTTAGA----CGGACACATGGGTTG-----AGGTGAAAGGGAAGAAA-------TGAATGAAAAAGAGAAAAAGAGACAGTGTTAGA s fr1.chrUn 344298358 400 - 349519338 ACCTTCACTTTGGTGTTGGCAGGAATGTTGGTCTTCCAGCGGACGGTGTAGAAGCGATTGTCGGTGATCTTCTGGCTCTTGTGCAGAGTGTTGTCGGCCCAGCTCACCTTGATGGTGTCGTGACTCAGCACGGAGGCCTGAACACCCACGGGTGGCATCATGGGAGAGGGGTCTGGTACTGGGGTGTATGGAGCATGGAAGAGTTCGTAGAAGTCAACATCAGGGTCTATGGGATCTG-CATGTGAGGCAGAAAGCCCGCATGCATGCA-CACAAATTAAAAT--GACCAAAATTA-------AAACATAAAAGAGAAGCGTGGTGTGGAGGACCAGGCACGTGGAGTGAAAACAGGACACGGGGAGGAAAAGTACGGTTAATGGTTAAAATGAAGGACGACGACGTGGGA a score=5149 s danRer3.chr4 15683622 210 + 33808418 GATCAGCGAGAGACTGT-----------TACCGGATTGAGGTCTTGTGGTGGCGCTGTTGTAGATGGGAACACCTTCACCCATGTTGTTATAAGCCTTGAGAGTTATGACGTAATGGGAACTGGCATCTG-------CAGAGGAAAA-----CATTAATACAGATGTCTCAAACACA--------TGTAACGCCAACTCAATAGAAACATATTTTGCAACAATAAGTGTCCTGCGAGCGAA s fr1.chrUn 344300551 241 - 349519338 GACCAAAGAGAGATTGTGTGTAAAACCATACCCGACTGTGGCCTGGTGATGGCGCTCTCATACACAGGAATCCCTTCTCCCATGTTGTTGAAGGCCTTCAGGGTGATCACATAGTGGGAGCTGGGATCTGAGAGACACAGAGAGAGAATTCTAATCAACCCAAAAATCTTGAGTCTCTCGGTTATTAGAACAACGACTTGAATGCAATCAATCCTTCGACTGTGATTGTAATGAATGTAAA a score=10890 s danRer3.chr4 15685291 292 + 33808418 AAACAGATTAATTGTGATTAACGATGTGTGCTCCACGTTCTATCCCTCAGTGATCATACGAGTGAAAGGGTTAAAGGCAG-------TGCAGATGCTCACCGAGGTTATCAATGCTGTAGAAGCGCTGCTTGTAGTCCAGAGTGACGGTGTGTGCGTGCGGACTGCCGATGCCATAACCGATCTTATAGCCGCGCACTAAAACCTCCTGGTTTTCAGGAGGAGTCCAGCTCACCACGATCCGGTTCACCAGCGGACGAACGTGAAGAGAACTCGGGACTCCTGGAACCTGAGACTCTGG s fr1.chrUn 344301278 290 - 349519338 AAATGGGACGATTGTGG----AGACGTTTGGTTCAGGCTCCAGTCTTCAG-----ATGGAGGCTAAAGTGTCACAGATCAAACCTGCTGTGTTTTCCTACCCAGGTTCTCGATGGTGTAATAGCGCTGCTTGTAGTCCACTTTGATGGTCTGAGAATGAGGACTGCCGATGCCATAACCGATGCTGTAGCCGCGCACCACGATGTCCTGGTTGTCCGGAGGCGTCCAGCTCACCACAATGCTGTTGACCAGTGGACGCACGTGCAGAGAACTGGGCTGGTTGGGGACGCGTGATTCTGG a score=5633 s danRer3.chr4 15688746 170 + 33808418 AGTTGTAAACAAAAGCCCAGAAATGTCAGTTCTGGCTGAAATGTGTGTGTTTACCGTCCAGGTCGCTCTCGAAAGTCTCAGCTGCGCTCCACTCAGTGGCCGGTCCGGTGCCGTTGACTGTGGTTGCAGACACTCTGACTGTATACACCTTCCCTCTCTCCAGACCTGAA s fr1.chrUn 344301592 170 - 349519338 AGACACAAAATAAAGCGGATGATGAATACTTCTCGGTTGGTCGGGGATTTTTACCATCCAGGTCACTCTCGAACGTCTCCGCTGTGGTCCATTCTGTAGCCGGGCCCGTCCCGTTCACCGTGATGGCTGAGACCCGGAAGGAGTACTCTGTTCCACGTTCCAGACCTGGA a score=4114 s danRer3.chr4 15690671 251 + 33808418 aacccctctaaaaccagcctggtcaaccaactaggc-tggtttaagctggatttttcagcagggGTGCGAGTGTAGTGTGTGTTTAATGTACCGTCGATGAGCTGGAAGATCTGCATGGTGGAGATC---TCCACCGCATCTGCTCTCCTCAGGCCTTTACGGTAGCGCAGTTTATACCCCGTCAGCTCTCCGTTCAGGCTACCAGCAGGAGGAGGCTGCCAGCGGACCATGATGCTCTGGGGCACAAAACAGGA s fr1.chrUn 344303539 255 - 349519338 AACACATTCAAACACGGTGTTCTCAACACATCAGGCCTTTTTTAGACTCTGGCTGCTAGCTGTGAGCTAAGGGCTGAGTCAGTCTCCATTACCACTGATGAGCTTGAAAAGCTGGGTGCCGGAGGTGGAGTCGCTGGTTTCACTCCTTCGTGATCCTTTCCGGTATTTGATCTTGTAGTTGATGATCTCTCCGTTTTGGCTGTTCGGGGGTGGGGGCTGCCACCGGAGCATAATGCTCTGAAGGAAAACAAAGAA a score=3378 s danRer3.chr4 15693947 87 + 33808418 TCTCACCGTGGAGTTGAGGACGTCCAGAGTCAGGTTCTGCGGGGCTGCGCTCGGCACTGAAACACACACAAAACACACAGCTTCATC s fr1.chrUn 344306320 87 - 349519338 TCTTACCTTCGAGTTCTGGACCTCCAGCGTGAGGTTCTGAGGAGGAGCGCTGGGCACTGCGAAGGAAAGATAACAGACGTCTTCCTC a score=7243 s danRer3.chr4 15699105 243 + 33808418 TCTTCAGTAAACTGAAGTGTAAAGGTGGATGGTGCCTGCTTTAATCATCAGAAGTGATGAAACTCACCATCAGACAGTGTTCGGACAGTCACGTCTTCAGTGGAGACGCCGGGGCCGTGTTTATTATACGCCACCACCCTAAAGCTGTACTCGGTGAACTTTTTGAGGCTCGTCATGGTGTAGGACAGACCCGAGACGTCCACGTCCTGCAGGAAAAACACTAG-AGATTACATCCCCTGTAAC s fr1.chrUn 344306417 223 - 349519338 TTTTTGATAACTGGAAGTGCAAAAGT-------------CTCAATCAGCACCA--------ACAGACCATCAGACAGCGTGCGGACCGTGATGTCATCCGTGGAGACGCCTGGACCGTGCTTGTTGTTGGCCACAACACGGAAGTTGTATTCCGTGTTCTTCCTTAGACCGGTCATGGTGTACGACTGGCCGTCCACGTCAACGTCCTGAATGAGGGACGGAGGAAAAAAACATGCTCTTCAAC a score=5883 s danRer3.chr4 15699676 241 + 33808418 TCAGCGCACATCCATCCTGACCTGCTCAGACTCCTGTCCCTTTTCGATATAGAAGAGTTTGTAGGTCTGGATCTCCCCGTTTCCAGTGATTGGTCTCTCCCAGCTCAGGGAGACGGTGGACGAGCCCACAGACACAACCTGCAGATTGGGAGCCGGACCCGGGACCTGAACTGAGGGACAAGACAACATACAGTCACCTACACATAGGGCAATATT---AAATAATGAACATGCACAATGTTGA s fr1.chrUn 344307866 235 - 349519338 TCAGCAAACATCCTACCTGCTCGTTGCCGACGCTT-----TTGTCTGTGTAGAACAACTTGTAAGTGACGATGTCTCCGTTGCCAGTGAGGGGTTTATCCCAGCTCAGAGCCACAGAGGTTGGTGTGTTTGACACCGCCTGCAGGTTAGGAGCCGGGCCTGGAACTTGGACTAAA----AAAAGAACAAAAAGCCAAACAAAATGAGGAATAGATTAACAAACATCGACCTTCAATAGTTTTGA a score=1048 s danRer3.chr4 15702609 109 + 33808418 AAAAAAAAAAATCTTTCATTTATTTCTTTCTTTACTGACCCGAACTTCTGAAATGTTGGTGTTTAATATGTGAATCTGAGGATTTTATTTGTGAATGATATAAATTAGA s fr1.chrUn 57461310 109 + 349519338 AATAAACAGAAGTGTCGAGCTATTTCTTTGTCCTGTGGACCCAGCTGGCAGAACATGAACGCCGAGAACACGATTTTCAGCAAACTATTTATGTAAAATGTGGTTAAAA a score=9137 s danRer3.chr4 15702724 285 + 33808418 CTCACCTTCCACTGCCACCTCTCGAGAGCGCACTAAGTCACTTTTGTTGCCCACGAGGATGATGGGAATGTTTTCAGCCTGCCGTATACGCCGCAGCTGGATCCGTAACTCTGATGCACTTTCAAAGCTGCTGCGGTCAGTGATGGAGTAAACTATGATGTAAGCATTGCCCACCTGCATACAGTAATCCTGCAAGAACTTCTCATCATCCTCCTGTAACATTGAAAAATGAA-AAAAAAAAAAAACACAGTCCTCTCATTATCTGCTCATAGTCATTTTGTTAGA s fr1.chrUn 140062205 272 - 349519338 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AATGACTGTGACAGGAAAACAAATACTAAATACTTTGCCACAGTTACAATGTGGTTAATGTAATGCTGCTGTGACATGTTTTTTTTAATTAATTTCCGTCAAATTATTGTTTTGTAAATA---------TCTTAAAACATTGATAATCACTTTAAAAAATAAATGAAGCTTTAGATTTTTGATAAATAAAAGTATTTTAAACTTTATTTATTTCACTATGTG----AAATATGAAGAAATACTTCACAATTTTAC--------------------AGATTTTATATTATTTTATTCAAATAAATGTTCAGTTTGTTCAATTTGAAGCAATTGTTCATCTTAATTAAA---TAA--TGTCTGTATAAATTGAGGTATGAGCAAACTTTGGACTAGTAGCACTTAATATTTACACATT---TGTATCCAATATTTCAAT---------ATTAACATACACAAATTTGaaaaataaaattgaaatattagaaacaaaaaaattaatatt-----aaCAGG--CAATTTTGTTTAGGTTTTAAAAATAAACCTAA s fr1.chrUn 306088913 528 - 349519338 AATGGCTAAAACATGAAATTAACT------TTCTGTTCCAGCATTCAAAT-----CAGCACAACGCAGCCA--ACATGATTTCAATT-TTAATTTCC---AAGTTTTTCCGGGATAAACAAAATAGTTTTCTCCCAAGACCACAAATCATGGCAGTAAGTAATTTAGGTTTCA-CCGTTTAAAAAACAAGTCTATGAAAAACTCCATTTAAATGACAATTTGAGCAAAAGAGAAATAAAAATTGTTCATTTTTATTATGAACCGACATTAAAAAAAAAATCCAAACCTTTTAAATCAA--CAGTGCTTAAATTGTACAA-CAGAAACAGT--TTTATCTCAACTGGGACCTAATTTGTCTGTTTAATTCTGTGTCCATTTACAATTTAAAAAAAAAAGGATAAACAATTAAGCCTTCTCTGGACACCTGATTTTACTGCTTTTTAAATTAGTAATCACAAGAATTTAGAATCGAATTTAACACTAGAATACAGCAAACACAGTGCTGCTTAAACAGAACCAACTTTAAATGAAATCAAGACATAAATCAAA a score=2153 s danRer3.chr4 15716009 120 + 33808418 CTCCTCTCACCCGCATGACCTCTCACTCACCTTTATCTCGCCACAACAA------CTTTTAGGGCTCCAGAGCGCGTCTCTCCTCAGTTCATCCTCCCACTTTGCCCTCAGAGAGGCTGCGGCGTG s fr1.chrUn 62234998 125 + 349519338 CTCCCTTAATGCAAAGCACCCGACATTTATCTTCATCGTGACATCATTAATGCTCCGTTCACAGCTGCAGAGGCCGTTTCTCCTCACCTTTTCCGATGTCTTTGCCCTCC-ATATCCTTCAGCGTG a score=18578 s danRer3.chr4 15725564 708 + 33808418 CTGAGTCTGATCTTCACTGTATCTGACC--TCAGACCT---TCCTCTTCCTCACTC--TTCATCACTCAGTGTCTTCATTCTGTGCGTCTGCATGCTCACTCGCGCTCATTT-----------CTTCACTGGTGTGT-------------AGGTGTAATCTGGCGTCTCTGCTCACCATCGCCCTCCATGGTAAACTGGAGTACTACACCAGCATCATGAAGGATCTGCTGGTGGATCTGATCGACGCCTCGGCCACCAAGAACCCCAAACTGATGCTGCGGCGCACCGAGAGCGTGGTCGAGAAGATGCTCACCAACTGGATGTCCATCTGCATGTACAGCTACCTGAAGGTCtgtgtgtgtgtgtgcgtgcgtgtgtgagggaaagtgtgcttgcgcatgtgtgagtgtgtgtatatttgttagtgtctgtggtgcaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgctagagtgtgttgcgaaattgtgtatatgtttgtgtgtctgtgtgtCTTGTATGTCTGCTGTTGTGTCCATAAGTGTGTTAATAAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtCCATCAGGAGACAGTGGGCGAGCCGTTCTTCCTGTTCCTGTGTGTCATCAAACAGCAGATCAACAAGGGCTCCATCGACGTGCTGACGGGGAAAGCGCGATACACCCTCAACGAGGAGTGGCTTCTGCGCGAAAACATCGAAGCCAAACCACAGG--TGAGCCGCGG--GTcaca s fr1.chrUn 276417538 589 - 349519338 CTGAGTTGGATCAGACCTATATTTGTCTCTTCGGTCATAGGTCCTTTTTGTTGTTCCATTCTTAAATCGCTGACCACACACACTGACAGGGCAGGCTTGCTCTAGCTCAACTGCCCCCCAACCCCCCACTAATGTCTTTTCTCACCCTTCAGATGCAGCCTGGCATCCCTGCTGACGATCGCCCTCCATGGGAAGTTGGAATACTACACCAGCATAATGAAAGACCTGCTGGTGGACCTGATTGACGCGTCGGCTTCCAAGAACCCCAAACTGATGTTGCGTCGGACTGAGTCTGTAGTGGAGAAGATGCTGACAAACTGGATGTCTATCTGCATGTACAGCTACCTCAAG--------------------------GTGAGGGCGGGAG----------------------------------AGCATTTGGGGTTAAA--------------------GGCAGAGC---------------------------------------------------TTGTTGACTCCAGCCCTGTGCCA-----------------------TCTTCTGCAGGAAACTGTGGGCGAGCCTTTCTTCCTTCTGCTGTGTGCAATCAAGCAGCAGATCAACAAGGGCTCCATCGATGCCATTACGGGAAAGGCGCGCTACACACTCAATGAGGAGTGGCTGCTTCGTGAGAATGTTGAGGCTAGGCCACAGGTCTGAACCTCTGTAGTCACA a score=7 s danRer3.chr4 15726272 351 + 33808418 cacacacacacacacacacacacacacacTGTGGATGTACAGTATAGGGTGTGGTGTTACTCAGAGCGCCCCCTAGTGGAGTAACACTGAATGCTCCAATCATGTTGAAACTGTAATGACGTAACGCAGCCCTGTACTGAATCACATGACCCCTGCAATTACtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggatcc-----------tcgagagcttattcgtcgttctgcagcgtcgcgactgggaaaacccTATATATATATATCAGTATGTACAGTTAATCGACTAAC s fr1.chrUn 88014996 263 - 349519338 GAGACA----------------------------------------------GATGTCAGACAG------CCAGAGTGTAGT----------------------TTAAAATTGAA-----------CATGTCTGtgcctgtctgtctgtctgc--------ctgtctgtctgcctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtccgtctgtctCAGACTCTAACAGTTCTGGTAAAGAACGGAGTTGAGGTTCAGCCCTGTC----CAGTGAAGGTCCTCGACATTGACACTATCA--CACAGGTGAGTAGCTGAC a score=4662 s danRer3.chr4 15727010 159 + 33808418 GAAGTGAGAAGTAATTGGCTTCTGTCAATACTGGCTTGTGAGTTTTAGCAGCAGCTAAACAAGATGAAAAAGAGGTCGATGCGGAGAGAAAGAGAGAGACAAGGACA----GAGCGCTTCACTCCCACCCACCTCAAAGCTGCCATTTCTCACATCTGCCAGC s fr1.chrUn 273519440 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ACTTCTGTCACTTCCTGAACGTGACCTACTTTTTGACCATCGGACTCTTGAACGTCACTTG--CTTTCCACTGACTTCTCCCAACGTCTCCCCCTCCTTTGAAGAAGCCATGAATAATGAAGCGGGCGATGCGTCATCATTTGTACGGGTAACAATGTTGGCATGTCAAGCCACGGCATCCGATCCTCTCTTCCAATGACACGATGGAATATACTGGCCAGTGTTAGCTTTCACCAGGTGAGGCTGCAATATTGATGAGGAGGGTGAGGCGATTTTTCCACT------------GCCTCCCTCCGCCCCACATCCCTTCCGCTCGTCGGTTTATCCCGAGCACTTCATATCACGCCATGCTGGGGTTGCGACCGGGCCTCTGGGGGTAGGTAGGCGGGCCGTCCAGGTGAAGAGGAGTGGACAAGGGAAGGGAGGAGCGGAGCAACGGTGTGCAGCACATTTTCCATCTGTCCTGAAAGTGGAGCAGCTCATTATCAGAGAGTG a score=2818 s danRer3.chr4 15857125 185 + 33808418 TCAACTTAA--CAGTACCCCCCCCCCCCCCGCCCCAAAAAAAAGAGCATTTACCGAATAAAAAAAAAACGACAGCTTGATCATTCTGCAATAAATAACTCGTCCATAAATTTTAAC-----ATGCATAACTGTGAGTGACGATGACAGAATCTTCACATTTAGTATTCAAAATTAGGGCATACGCATTTGCC s fr1.chrUn 231948510 185 + 349519338 TCAACACAATGCAATTACACCCCCCCCCCCCTCCCCAAAAAAAAAACAACAACCCAAAAACACATCAACAACAGTCAGGGGACCCAGTGACCAACAACACATTCAGAGGAGTTAGCTTGGGAGGCAGAATCGTTAGAGA----AACAGACTGGCCACACCCAGGTCT---GTTTCTGACATGTCCCTTTGCC a score=936 s danRer3.chr4 15860348 279 + 33808418 ACACCACAATCTCTCCATCATGCAGAGGGGGCACATTATTTAGAGGCTGCCTGCCAGTCAAAGCAGAGAGATGTGACTGTGTATGTGAGTGTGTCTACTTCATCATATTTTTGGGTGCAAAACTGTATCCAAATTTGAAATGAGCTAACTTTG-GAGAGAAAGAATAAAACAGTACTTTTGGGAACATAATCACTTATCAACTATGAGAAATACAAATACTT--TTTGTATTGTGCACTTACCATAAATCATAGACAGACA---ACAATTAAATAGTTCTTTAAT s fr1.chrUn 231950943 237 + 349519338 ACATCTAAATCTTTCTAC-----------AGTAAATTAAGCAGTAACTGTCATT--GTCAAAGCATAAAGATGAGGCAGCGGATATGAGTGCCTATGGAT-ACCATG---------GCAGTGCTGCAACCATCTTGGA----TGATAACAGCGTGATAGAAAGGACAGTGAAGCA-----GCAAACAACAACACAGATGACACA-GAGAAAAACAGATTACTGATATGTATTAAGTG---------------AAACAGTCAGTGACCATTATGCAGTTGGTTAAT a score=2821 s danRer3.chr4 15870712 68 + 33808418 TGACGTAGTGTAATCTGAAATACAGGGAATTGCAGCTGTGCTCA------GTAAAGCA--GGCTTAAGTTATGTCA s fr1.chrUn 273552432 76 - 349519338 TGACGTATCGTAATCTGGTATACCGAGAAGCCCAGCTGTGCAGAAACCGGGCACAGCAACGGCTTAAGTTACATCA a score=2522 s danRer3.chr4 15874090 166 + 33808418 CTGTCTCTCTGATTTATTCATCTCTTCCCAATACACCTGGGGTCATTTATAAAACTGAAAGAAAGAAAAAAAAAAACACCAATATCATTTGACTGGACAGGCAGCCGCAGAGATTGATGTCTTGTTTAAAGGGATATTAATGCAACTGACATATGAAAACTCATTT s fr1.chrUn 273553223 154 - 349519338 CTGCCAACCTGATTTATTTGACCCAACCCAATACGCTGGCGATCATTTATAAGGGTCGTCGAAATGGTGAGAGAAGAGCTCA-GTCATCTGA------AATCAGGTGTCGGGATTGA-----TGCTTCCAGGAATGTTGAGGGCTCCGATAGGTTCCTGCTTATTT a score=7699 s danRer3.chr4 15880475 186 + 33808418 TGGATGTGTGTGAGTGTGTTTGTAC-----------------------GTGGCATAATTGGCGTGATGAGTTATTTATACCATGCAGTG----------TGGGCACACCGTACAGCCTGAGGGTTGATCAAGCCATTTGCCAATCAATTATTTACGCCCTCTTGGAACACTCTAATTCATCCTTTTTTTTGCACAATGCCATGGCAACACAACAGGAAG s fr1.chrUn 273556359 219 - 349519338 TGGTCATGCTTGACTGTGTTTGTGCTCACAGGCTAGCTGTATGCTCTCATACCATAATTAGCGTAATGAGTTATTTATAGCCAGCTGTGGAATTAGCTGTGGAATTGCCAGGCAGCCTCAGGCCTGATTAAGCCACTTGCCAATCAATTATTTATGGCTTCCTGAAGAAGAGTAGCTTGTCCTCTTTTGTATGCAGCACCATGGCAACACAACAGGAAG a score=1480 s danRer3.chr4 15890399 114 + 33808418 acacCTTTCTTTTTGTCTCAGAGTGCTCTGTTCGCCTGTCTCATTGCCTC---AGGATTCAATAGCTTTC---AGCCCTCGCTCATTCAAACACACACACACACACACCTTTCTCTTCTC s fr1.chrUn 273559511 120 - 349519338 ACATCCTCTCTACAGGCGCAGCACTTCCTGTTGTGTTGCCATGGCGTCTCCATGGGATAGGTTACTTTTCTCTGTCTCTCGTTCTCACGCACACACACAGACACACACATAGGTGTTCTC a score=1583 s danRer3.chr4 15901936 78 + 33808418 TAATCTCCCCCCTCCATCTTTGTCTCTCTCCATCGTACCACCGTTCTCTCCCCTCCCGGCTGATCCACTGTGCTG-CTG s fr1.chrUn 319650518 76 + 349519338 TAAGCTTCTCTCTCTCTCTCCGCCCGTCTGCACCCCCCCACCGTCGCCACCCCCACC--CTGCANC-CTGTGCTGCCTC a score=1438 s danRer3.chr4 15902213 141 + 33808418 TTTCCAGATACAAACGAAGCAATAATCATGCAATAATCAGTTTTCTCTCCCTCATAGTTAATGTTA---------------GAAATTCGGATTCGTTTTAGTGAATCAGGACATTCTAAATGTTTTTTTTTTCCTTTCAGAAAGCATGATTAATTC s fr1.chrUn 216073662 155 + 349519338 TTTCCCAACGCCGCCGCCGCCGGAGTGGCGCGTTTTTCAGCCCTCTCTCAGACCTCACTCATGTAACAGATGGAGCTGGAGGACGTTCAGATTTCAGTGTACAATTTAAGACATTTCAAACTGTTTTTTTTTCC-TGCAGCATTCATGTTGCATTT a score=-827 s danRer3.chr4 15902394 491 + 33808418 AAGAAAGCCTGATTTGTTCTAGTGAATCAGTAT-------------ATTGATGTA--TTCCTCAAATGCACTGTTTGAAGGTCTTTAAGTGAATCGGTTCATTTTTACAGCATTTAAAATCCTTAATGATAGGTCTGGTTCATTCTTGTGATTTGATATGTCCTTAAAT---TTCTGTCTCTGATCTGCAGTACTGGACAATCTGACTCATTCTACTGAATCGGTT----TGTTCTAAATGGTTCTCCCTTTCATATATGTAATATTGGCTCACTCTCTGTCTAAAAAAACATGGCTGGAAAGTCTAGTGAATCCATTCATGCTAAATGGTCCTTTGTTTCATATGCATATTTGGAAATTCTGATTTATTCTAGTGAATCAGTTTAATC---CAAACAGGTTTCCCTCACTCATAATTAAGTGATTCATTATAGTGAATCAGTCTTTTTTCACTTG-----TGATGTTGTAAAGTCTGAT-TCATTTTAGTGAACCGGTTGATTTTTAAGAGTCCTTTCTTT s fr1.chrUn 216073851 469 + 349519338 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ATTTTATTTGTAGTTTTATTTTTTGTTATTATGTTTTGTCTCAGCTAAATCAAATACATTGCAATGAAATTGATTGATCAAACAACTTTCTCGAAATAAAAGTTGCTTTTCCCCCTATTATTTTAAATGGAAATAATTCCCCTCTCTCAACAGTCACTCTAATCAATTTGGCCTTAATAAAAGTTGGATCATTTCGGTGCTGACGCATGTTAGCTATGCTAATTTCCTGATAAACCTCAGTATGAAA a score=1843 s danRer3.chr4 15906490 80 + 33808418 GTCAAAAACAGTATAATCTTAATCTTATTCTCCTGTAATTTAACCAGTAAAACCAGTGGTTCTAGTAACAATAACAACAA s fr1.chrUn 47940027 80 + 349519338 GGCAACAATGTAATCACCTTTATCTTATTTAGCTAGCTTGCAAACAAAATGAACAGTAACTCTAGTAAATTTAAGAACAA a score=2449 s danRer3.chr4 15907439 923 + 33808418 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AAACCAAGTCAAGTGAAGTAA----TTTATTGAAAgttg--agtcaattcaaaaatgtcctgaagtttgtcgccttcattttaagttgaatcaacttttttttttCTTTTT-----TTTTTTTTTACAGTGCAGGAACA-TTGTACAA------CTCAAAAAAGACCAGTTTTATCAGAAATTCTGTACAAATTTGTATGACTTCATACACAATTCATACAATTTAATTCATGCGAAAAAACTAAAGGTTTTTAAAAGGAGGCATGCCCTCAAACCCAGGAAGGATTTAACCAATAAGCAAGGCAGCCGCTTACGGCCTCAGGAAATTTGGAGGCCCTCAATAAATACCTAGAAGTATAAAATAGATTAATAAATGACATATAGCATCTGTCCAATTTTATATAAAGGATCTAACAAATAAAATGTTAATGTAATTATTATATTAAATgggaacacttgagttta--ggtcacaattcta---actaattaa----ctaacacttttagcttaataaactactaattagctctttattaatacactgtaaaacccaacagtcaactttatcaaatgaaatgaatgtaattaattcaaaactgactaaaaaaattaattctact-catttgaaaag s fr1.chrUn 340400364 548 - 349519338 AAATCAAGCTGTCTCCAACAACTTTTTCATTACCTGTTGGAAAACAAGTTGAAAAGCTTTTAGAG-GTGAGGCCCACTTTGCAAGT----CCCCCTCTGTGCATTCACTCTGATGGTTTTTGTATATTGTAAAGAGACACTTGTGTGAGGAATCCTCCCAGAGGATCAGCTGTTTCTACAGGTTTCACCTCATTTCTCTAGCCTCAG-------------GATTTACTCCCTCCCTGGGGAGTAAAATCAGTGCAGAGAAGGCA-----GCAAACCTTATTAGACAGAAACCAATGGG--ATGAAGCTGC---------------AGTTATATAACGTAAAGCGATGACTATTAATCAGAAATCG--TGGTTAATGTCGTGAAGAAGT------------------------------TACAGCGCTAATGTAGGTGTTTTAGTCTGCGAG------TCAGTTTAACGGCAGTAATTCTATTGTCTAATGAAAGGCCAGAAACTTGAAGC------ACTTAATGTTTAACTATTT-TAGAGAAGATCAAAGTTTTTATACTCAAACCTCTTGAAGAAAATGTAAGAAAGCCATT--AACCTGCCTAATTAATTTAACTTTACTGTCTTTGAAAAG a score=2680 s danRer3.chr4 15915117 139 + 33808418 CTTTTCCTCTTCCTCTTTTCTCCCTCATGGCTCACATCAGGTATATAGTCCATGGGAAAAGGAAAAGAGTGAGACGAAAGGGCGCC-AGTTCCCATAAGAGCTGCTTCAATTCTTAA--CAATCCATAACCAGCATA-GCCAC s fr1.chrUn 273566404 140 - 349519338 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33808418 TTAATCAGATCACTCAGCTTTGCCATAGGAAATTAAGCAGTCATTCAAGATTACAAGAGCTTTGACAATTGAAAAGGGATTTC-TAATTAGTAAGTAGGCCATTTCTC--AATTTCGGAGCAAAGCCACCACTAATCTTTTTACTCTTTCGAATTTAA s fr1.chrUn 273581875 156 - 349519338 TCAATCATCTCATTCTTCACTGGCGTGAGGAATTAAGCCACCGTTTAAGATTTCAGGGGC-TCAACAATCGAAAAGGGATTTTGTAATTAGTTGGTTGGCCATTTCCCGGACCTCTTAATCCAATCCGGTGCTAAT-TCTTCACATTTTCAAGCTCAA a score=23706 s danRer3.chr4 15953932 633 + 33808418 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s fr1.chrUn 273595093 1053 - 349519338 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s fr1.chrUn 273604634 839 - 349519338 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s fr1.chrUn 273605554 861 - 349519338 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danRer3.chr4 16073047 85 + 33808418 CCGCTTGGACTGTTTGCTCATTGGACGTGCATTCATTTAGTATAAGCACAATTACGCCGCAGTCGTACGCCAGCAATAACGTCAT s fr1.chrUn 273611177 85 - 349519338 CAGCGTGTGTCGCTCGTCCATTCCCTGCGCGCTCATTTTTAGTAGATGCCATCAAACTGCAGCCTTACGCCAGCAACGACGTCAT a score=2995 s danRer3.chr4 16075910 250 + 33808418 TGCAGTTCACTCAGGGATCCCCTTAGACACAGTGTAAAGGGCGTCCTGTGTTCTGACTTGTACCACAGTCTTCTCAATGTGCTCTCAATTGGACCGCAGCCTGAAACACG-CACCTCCTG-CAGACGGGACATATGTAAAGGGCGAGAAACCTCGGGATGCAGCAGGGAGCAGCTAGGTTGGGGGTTTATATAAGACAGA-ACACAGTGAATGTCGGAGGAGGGTGA--------AGCTGGATAAAGGGATGAAAGATATT s fr1.chrUn 273612474 227 - 349519338 TGCAGT-CGTGCAGGAATCCCCCCAGCCGCTGCTGATGGAGAGACCTCCG------------CCGCAGCCCCCCCATGGGTCCCTCATCTGGCTCCCAGCCTGACCCACGACGCCCCCTGCCAGAGGGAGCATATGTGGCGGTGGAGA-------------------TGGCAGCT--TTTAAAAAATTATTTCAGAGAGAGAGAGAGAGAACGTAAAAAAAAGGTGATTTACGTGAAGCAGACGAAGGGAAGAGAACGATT a score=6946 s danRer3.chr4 16078973 377 + 33808418 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fr1.chrUn 273616985 772 - 349519338 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danRer3.chr4 16096428 255 + 33808418 CACCTTTTGTCCTGCTTGACCAGCTTGTCCAATTGGCCCACGGTGACCAGTTCCAGGCTCTCCCT---AGCACAGAACAT------------------ATACAGCTCAAAGGAG------GCTAAAGCATTATAGAATAACAGAGTTACTGACACCAAAGATTAAATCCAGTGTACCTTTTGGCCTTTTTCTCCAATCTCCCCCT---GTACAAATTCACAACA--GAACAACCACTC--------CATTTTTTTAC------ATGACAAATAAACAAAAACAGCTCAAAAA-GTTCAACAG s fr1.chrUn 273619986 283 - 349519338 CACCTTCTGTCCCGGAGGTCCAGCCTGGCCTTCTGGACCCCTGTGACCCATGCCCGGTTCTCCCTACAAACACAAAACGCTCCCTATGATCCTCTGTGATCCATCACCCAGGAATTCCCCACTAAAATATTACAAAA----------ACTCCCCCAGAAGTT---------TTTACCTTTTGGCCTTTTTCTCCAGTTTCACCCTAAAAGAAAAACAGACATCAATGAACTGCTATTTAGCTGAAACAATCCAGCACAGAGGGATTTAAAATAAAAAAAAACCCGTCAAACGTGTTCAACAG a score=-1787 s danRer3.chr4 16103249 658 + 33808418 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TATTCATCAGTTGCCCCCAGCTCACCCTGATGCCGTAGGCTTCAAACATCATTTCGATGTCCTGTGGAAGATGGAAAACAA-ATTGCTGCACCCGCTTGAGC--------------------GTATTAGGGCAGCATTAGGGAGGTTTGACGCACCTTCATCTCTATAGATTTTCCCGGAGTTCCGGCATCTCCCTGC--AGGAAACCAGCGCGGCCAAGAAAAAGGTCAATTCCATTTGAATACTGCGATTGATTTTTTTGTTTTTGTTTTCAGCAGAAACGTTTAACTACCTTGTCTCCTCTCAGGCCCATTTCTCCTTTATCCCCCTAAAAAATCAGACAGGCCAGCAGGAGCAAATAT---------GACATTTCAATTATACCTTGAGTGTAAACAGCTTTACCATCGTACCTTCAACCCTGGCG--CCCCCTAAACACAGAAGCA-----------GAGGACATTCTGC------------CATTATTGAGGGGCTGTATGGA-----GCCGGAGTGTAAACA-TGTG----ACTCACAGTAGCTCCTGGAGGGCCCATTGGGATTGGGAATGCTTGTCGGATATCATCAAGCGTGGCGCCCT--------GCATTCATTTAAAGAATATTAAGGTTAAGATT----GTTCTGCTGTGATCATTTTCCAGAAAAGGACCACAATTTACCTCTGGAGTGACAAGCACCTGTTTGCCAGGCAAACCTGGGGGACCTGGTTCTCCCTT---------ATTCCCCTGTTGCAAAACAATGAAAA----GTTTAAAACTTACA-------ACCTCTAAATTTAGGAGTTTTG---TTTCTCCGAAACA-----------CTTACATCTGCGCCCGCCTCGCCCCTCTCGCCCTGAAAGCCCCCCCCCCAAAAAAGGAAGATTGGAACTTGAACTGGCTTCAC---GAGTGCATTTGTCGGCCGTATTCGATTTTAAAG----ACCTTTTTTCCGATCTCTCCCTTTGGTCCTCTCTCACCCTGTGGAAAGA-------------AAACAAATGACACCACTGTGCAG 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AACTTACCAGACTTCCAAGACCGAACCCATCTCCCTGACGGGATGAGAGCAACAAACAAATAAACAGACATTTGGATT-----------CATTACTGCAGACCTACAAACTGTTGCATCGGCCCACCTTTTCCCCTTTTTGGCCCTGAAAGATGCAAGAAAAGGTGACAAAAATCAAAGATCATATTGATCAT--CGTCTATATTCTGC a score=7137 s danRer3.chr4 16131065 236 + 33808418 ATCTGCATGGCTCACCTCGTCGTGTTGTTTAAATTCGGACTGCAGGGCTTCGCTGCAAATGCTACCGATGAACTCTCTCTCGATGGATGGGAGGTCGTCAAAATCACTGGCGTAGAAGATGTTCTTGTATGTGGTGGGAGACGCGATTGTCCTCACCTCCTCCATGTCGGCGTGAGCGATGCCGATGACCAACACACTGACCCCT----AACAGACAAGTAGCAGAAACTGATGTTTAGC s fr1.chrUn 273632099 233 - 349519338 ATTTTCCTCTCTTGCCTCGAC------TTTGAATTCAGAGAGGAGCTCCTCGCTGCAGAGGCTGCTGATGAAGTCTCTCTCGACGGAGGGGAAGTCGTCGAAGGTCGGCGAGTAGAAGATGTTCTTGTAGCCGGCAGGCGCAGCTATTCTATGCAGCTCCTCGATGTCTGCGTTCGACACTCCCACCGCCAGGACGCTGACTCCTAGAGAAAGCACAGAGAGCTGAAG-TGATGCTCCGC a score=769 s danRer3.chr4 16131961 263 + 33808418 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CATGCAATTTTGAACGAATGGAAAATGCCAAATATACAAATGATCCAACATTTAATATTTTCTGGGTG-AGATTTTGATCAATGTTGGTAATTAATCTATAAAG-GATTAAAACAACAATAATGCAGAAGGATA--CAGCACTCGAGTAATCTTTGACTTAGAATAAGGACGTGCATTTTTAAAATCATTACTCTTTCTA---AATTACAT-------CACATGT-TGTGGATTATCTTTCAAGTGTATTATGAGAAGTAACTGTTTGAGCTAAATTAAAGCATTGTTAAGTATTAAAAAATAATACAATGTGACGAAA a score=11190 s danRer3.chr4 16165080 319 + 33808418 catctgaaacagatgcccgagccacctcagctgactgctctcgatgtggatgagcagcggctttacaccaagctcctcccgggtgatagagctcctcaccctgtctataaaatggtgcaccctaccaccctgcgaaggaaactaatttcagcctctagtacctgaaatcttgtcttttcgatcatgacccaaagcttatgaccataggtgagagtaggaacgtagattgacatgtaaatcgcctttcggctcagctccttctttatcacattggaccggtacatcaaccgcattactgctgccgctgcaccaatccacc s fr1.chrUn 62692059 296 + 349519338 catctcaaacagccaccacagccaccacagctgattccactcggcacaaaggagcagcagttccactctgagctaatccggagtggctgagcttctaaccctctcta----agggagcacccagccaccctgcggaggaaactcatttcagccgct-gtatccatgagtttgtcctttcggtcattacccaaagttcatgaccataggtgac--cagga---tgtattgaccagtaaattgTCT-------CAATTCTCTTGTTACCATAACAGTCAAG------GACTGCACAAGAGCATCGGCTGCACCAATCCACT a score=4575 s danRer3.chr4 16165579 138 + 33808418 ACTCAAGAGCATGCTGAAGGTCCATGCTCAATGAAGCCAACAGAACAACATCGTCTGCGAATAACAGAGATGAGATCCTGTGATCCCCAAACCAGACCCCCTCCAGCTCAAGGC--TGCATAAA-----TGTCAAATAATGCACA s fr1.chrUn 62692355 142 + 349519338 GCTCCAGTACATGCTAGAGGTCCTGGTTTGATGATAACGACAGGACA---TTTTCTGCAAGAAACAGAGATGAAATCCCATGGTTCCCAAACTGGATTTCCTCTGACCCTTGGCTATGCCTAAAAATTTTGTCCGACAAccgaca a score=2630 s danRer3.chr4 16167477 460 + 33808418 gcagTGCTGCTGCTTGC---AAGACTTTTAAGTGGACAGTGAAGACAGCTGAGAGGATCATTGGTGCCAGTCTCCCCTTCATTCAGGAGTTTGACCTTTCATGAAGCTCCAGTAAAGTTTCCAGTATTATAAAAGACTCCACTTATACCTTCCGCTGTCTCTTCCAGTTCTTGTCTTGAGGAAGGTTGTTTCAGAGTATTAGAGCCTACTCGGCTAGACTACTCAACAGCTTCTTTCCACAAGCTGTTAGAGTCCTCAATTCCAACAACCTTACCCCCTTCTGAAACTCTTGTCCACAAACTACAAAAAACAGGATTCcctctcctctcctctcctctcGACTACACCattcaattcaagttcatagcgcttttcacaatatctattgtttcaatgcagctttacaAAAGAAAAGT----------------TCAGGGTATTAGCTACTATAACTTCCCACATACTGTAGCAAAATATc s fr1.chrUn 142190665 425 - 349519338 GCTGTACTGCCTCCTGCCAAAAGATGCTGCAACAGATAGTGAACACAGCCAGAAAGATCCTTGGTGCTAACCTGCCATCGCTTGCAGACATTTTCCAAATACGCATCACCTGCAGAGCCATCAGCATCATGGTTGACACCCC----ACATCTCACT-----------------------GAAAGGT--TCCCAGAGCCTCCAGCTGCTCTTCACGAGACTGCTCATAAACTTCATCCACCAGGATGACAGGATGCTGCACTCAGCCCACGTC-CCCCCCTCTGGGCC-----CCAGTAAATTACATCTGACCTG---CACTTTGCTGTTCCATTTGCTCGACT----------ATTCATGTTCACCTTGACTCACACTATAAC-ACTACCTCAGCTGTTTTTTTTTGCAGATAAGTAACTTACACATCCCTCACAGGATATTG--TGAAATAAGCTGTTACATATT---GCACAATATC a score=3519 s danRer3.chr4 16172189 177 + 33808418 GCATGTAGATAAAGCATGATTCAGCAGTC--TACCTTCAGCCTCTGCAGTGCTGCTTTGATAGCAGAGAGACAGGAACAAGAGGAAGATCCATATGCCGCAATATCCCATTCTCTCTCTCTT--------TTCTGTGGTTCC--------CTGTCCTCCCTCCTCT-TATCTCTCTGCCAGCAGATCCTCTTCTTT s fr1.chrUn 273643142 195 - 349519338 GCATGCATGCGATGC-TGAAACATCCGTCGGCACTTTCAGGTTGTGCTGCGATGCTCTGCTGGGAGAAAGAAAGTGACAGTAAAACGATCCACACGTAGGAGTGACCCATGctcttcctcctcctcctcctcctcTGGTTCTTCTCGTCGCTGTGGCCCTTCCTGGATCCCCCTCTGCCGTCATCAATTCTTCCTT a score=3112 s danRer3.chr4 16185859 131 + 33808418 TTGCCCTGTTTGAGCAGAGAATGTGATATGAGGGCTCTTTAATGGTTTTCTACAGGAATGCAGGAACGGAGTTTATTGGTTTTCTCCAGCTGTCAGTCATGACACACTGTAAATCAGCCAGACCCACAAAC s fr1.chrUn 273647458 130 - 349519338 TTCCTTTGTGCGCGCACCGGAGGGCAT-TGGGTCATCTTTAATGGTGGAACCCAGGAATGTGGCGACCAGTTTAATTAGGTTTAACCAGCTGTCAGCCTCTACACGCTGTAACTCAAACACGCTGGGAAAC a score=1653 s danRer3.chr4 16194465 169 + 33808418 GCTTAGCTGAATATCAAAACCATGCTCGGCTTCATTGTAGCAGGAATGCAGTTTTCTCTCACTTTCACTCAGGCAATGAGGAGAAAAGCACAAGCAGAGACAA-----GCCTGGATTCCCCACAGCAACATAGACTTTTCTCCATAAGCAAACATATAGCGCTAGATGCTGAAC s fr1.chrUn 273649447 163 - 349519338 GCTGAGCTGAATGCCAAAAACATCCCCTCCGGCATCGCTAGCGGAATCCAGCATTCTGGTTTGTGCTCTCGG----TGGCGAGAAAAGCCGATCCGGGGTCGGCTGGTCCCTACGATCCCTGGTAAAACACAGGTTTGTT-------GGAATCAGACACCGTTCGCTCCCAAAC a score=3027 s danRer3.chr4 16212622 128 + 33808418 GGTCTTCCTTCCAGATGGGATGGGTGGCAGGACTGGTTTAACATTAGCACCTGGACGTC---CTGGAGAGGAAGGGTGTGTTGGAGAGACACGATCAGAAGCCGGACGAGGAGCATCAGGGGTCAAACCTG s fr1.chrUn 273654771 131 - 349519338 GGTCTTACGCCCCGCGGGGATCGGCGGCAGGACAGCCATGACTTTAGATGCTGGAGGTCCGTCTGAGGAGGCGGAGGTGTCCGCTGCTGGCTGATCAGAGCCTGGATGGGGCGCTTCAGGAGACTGGCCTG a score=2591 s danRer3.chr4 16221390 185 + 33808418 ACATGAAAAGCGAAGAGGGAGTGTGAAAGCTCACTGGTGGAGGTGTTGTCAGGTGTGATTGAGCTGCTGTCACCTCCTCCACTGTGCTCCTCCAGGCCCAAATACTCCTTCACCAGCTGTTTTAGACTCCGGTAGGCCTCAGCACGATCGTCTGAGTAGCACAATAGAACAAGCGTCAAGAAACA s fr1.chrUn 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TAGACACTTACCCATAAGCAAAATAGTCACTAAATTCCTGGCACAGCTTGTGAGCGAGTTCCCTCTTCCCGCATGCCTGTGGGCCAGTGAGCACCAGCATGGGGTAAGGAGCATCCAGACTGGGGAGTGTACTTGTGGAACA---------------------------------ACATGCAAAAATTCAGATTAGCTGGTGCTGTTGTTGTGAATAGCGCTACTGAACTTCCTGTTAGTTCAAGC------------------------------ATGTGGTTTATAACC-----------GACTGTGTG-----ACTTCAAAT---AGCTTCCCTACACAGATACGAATTCATTT------------TAGCTCAGATATGAGCACTGTGAGGGGTTCACAGGGCTCTCTGCTTGAAGGAAATGCTCTTTGTGGACTAGACAGGGC-GAGAAAATGAAGATCGAAGAGTCAC-ACCTGTCAAAAATAACCTGTGGTTGCATGAGCTGGTACACCAAGTGGGTCATGTGGTCTCTGGCTGCGACCACCTCAAGAGGAGGGTCGTACTTGTTCACAGCAGCCACCTGAAAATGAAAAACAACACTCTAACCCTGCCACAATCATTCAAAAATGTGCTTTATTTAAAGACTTTTTTCCTAGTTATTCTTTGAACCTTGAGCTCTGGACTCCAACCAGTCGGCAAATGCTATTCAAAATGCTTCAACCTTACACATAACAAAGCAATCATTAATTTTACCTTCTCTTCAGCAGTTACAGTCTGTTTGTCAAGGAGTATGAGGTGCTGGAGGAGGAAGATGACAGCTATCCTATAATCATCATGGTCCTG-CAAGAAAGCAATTGGCATGAAGTACCAGGTAATGACTTTAAGCTCAGTGTCACCTGTGCTGTGTTGCTAGGACTATTATGGTG--GCCTCACCTGCACTGGGTTTTTCAGGAGATTTATTTCCCTCAACAAAATAAGGTCATGCAAATGTGCAGCCTCCTTTATTTCGGTGATCTG s fr1.chrUn 273659880 902 - 349519338 TCGACACTGACCCGTAGGCAAAGTATTCCCCCAGATCCTGACACAGTCTGTGGGTCAGCTCTCTCTTCCCACAGCCCTGAGGACCAGTCAGAACCAGCATCGGATACGGCGAGGCAGCGCAAATCAGAGTGCTGCTCGGAGacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacTCGAAATGATTTCTGTTA--AATGTCGATTTTGCAGGTAAACTTCATTCTGCCACAGGCTCATTGACAGAGTTGTGAAAGACACCCTCTACGGGCCCTGTAGCCAGGACCCCGTGGCCCGTATGGATGCGCTTCAATGGTAAACTAGACTGTAGAGGCAGAATTTCCTTTGCTGATGATCAATGTTTTCAACAAAAGTGCTGACGCGTGAGCTCATTTTCTTTTGTTTTTATGAAGGG------AGAAAGTAGGCACAGCAGAGAGAAAGAATTTATATCCGTCCCAACCTGTCATACAGCACCTGGGGTTGCATCATCTGATAAACCAGGT-GGTCATGTGATCCCTGGCGGCCGCCAGCTCCATCGGGGGGTCATATTTGTTGACCGAAGACACCTGAA---------------------------------ATTCAAAGGTGAG----------------------------TCCCACGAATGTTGAAAGTTGGA------------------------TTGAAATG---------------------AGTAAATATGCACGGTACCTTTTCTTCCACCGTGACTGTGTCTTCATCCAGCAGAGTGAGATGTTGGAGAAGGAAGACAACTTCCAGTCTGTAATCTGGTTGCTCCTATCCAGAACATGCGCGCCATCACACACC------TTATTGCGAGCATTGCGTGGCCATTTTTGTGAGGGTTGTCCTCTTAGGACGCTGAACTACCTGCACAGGATTTCCTCTAAGTTTCAGCTCCCTCAACAGGTAATGGTCACGGATGTGTTTACACTCCTGGACATCGCTAATCTG a score=3070 s danRer3.chr4 16226787 489 + 33808418 ACCAGATTGCTCTCAAGGTTGACTGTTCCCAGGAAACGGAGGTTCTGGAGACCCGTGAGGCTTTGAATCCGGTTACAGGACAAATCCAGAACTTGCAGGTTGTGGAGAGTCTGGAGGTTTTCAATTTTGTTGATCATATTTCCCGC-----------------------------CTGAAAACACACATATGTGATAGTTAT-----TACAGTGAGGTATAGA----------------ACAGAAACTA------------AAATACAGCAGGCA-------TGCTCTGCGCAGT-CATGCACCTTTCCTCTCTGGCTGTGACTGCGTGATTGACAGGTGAG-CTCAGTTAATTTGAGGCTGATGGGTAGGGACTGACAGGTGAACATCTGGTAAGATGTAGCCAGTGCATATCAA-------------TGAACCTGAGGTTTTCTGTACACCCGTCTAGCCCTTACAGGTTACAAATCTGGGTATGAACATTTTGGTCAAGGACGTTAT-GGGCATTATGAACATTATGAACCTAATTTTTGTAAAATTTGCAATGCAGCATAAAGATACAGT s fr1.chrUn 273660872 563 - 349519338 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fr1.chrUn 273661954 132 - 349519338 TACGAGGAAAAGGTGTGTGAGCGGCAGAGTGTCCAGGCCACTGATCCGAGAGATCTTGTTGTGCGCCAGGTTAAGATGGGTGAGCATGCAGCAGTGCTTGAGACCACAGATCTCACTGAAACCGTTGTCTGA a score=4100 s danRer3.chr4 16230549 152 + 33808418 AAGGATACGGTCAAGAATCAGTTTGGTCAAAGAGGAATATGCAGAAAGATCTTTCATTGCTGTCATCTGGTTGTGCGAGAAATTCACCTCCTACatttaaaaaaataaaataaatatCACAGAATCAAATTTAATCATGATGAACTTTCACA s fr1.chrUn 273662172 144 - 349519338 AAGGATACAGCCAAGATCGAGTTTTCTAAGGCAACAAAACGCAGACAAATCCTTCATTTTCTTCATTTGATTATGGGAAAGATTAACCTCCTG-----GAAAGAGAGAGAGAGAGAGCACAGTAGTGAGCACAGTC---ATCAGTTTTCACA a score=6028 s danRer3.chr4 16231561 221 + 33808418 GAGTATTGCATAAGAGAGCTGAA-TCGCGCATGACATTACATCATCCGCTTGAAACTTAACTGAATCACCTTGAGATTTTTGGGTGGTTGGAATCCGAAGAAATCAGTGAGTTGGTTGTGGGAAGCATCCAGGGTGATGAGGTATGGCATGTGACTTACACACGATAGATCT--ACCAGTCACAAAA----CATTAGGCAGAAAGAGCAGGAGAAAG---ATGGATGACAA s fr1.chrUn 273662472 228 - 349519338 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s fr1.chrUn 292639542 1682 + 349519338 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a score=-591 s danRer3.chr4 16296333 274 + 33808418 taatcttattt-----tattttatcatgactttactgtaaatacatcaacaatcccatttataacacaagagagttcaatgt----caattac---------agtagttaagctggacctgccttgacatgctcaagtcacagtatttcaa--atttgattaa----ttaacaacatttcatttaaa----tattttatttc-atttagct--cttttgatggctcagcatttaaatgaacaaacaaaaggtcacgctaaatctcaaatgactatgtcttctctt--ctcagacgggatagtgggcc s fr1.chrUn 52695029 300 - 349519338 TTATATTATGTGTCACTTTGTTGCCATAACTTT--TTTAAGTA-ATCATTGGTCACAATTTTTA---GAGTGTATTTAATGTTTTGTAATTACCCCTTTCAGATTTATCAACTTTCACCATGTCCACCAAACCTACCCAAGAGGCTTACAAGCGTTTGGTCAAAGGCTTGACTCAGCTGGACTTCAAAGATTACTATGTTCCTAGTGAGCTGGCTCTGGTTGGTGATGCCTTCCCTTTGGCAATCAACAGCCAAGGCCAAGTC-CTAATGGCTGCCTCCACCTATGGCCTTGGAAGGATAGTGGTCC a score=2705 s danRer3.chr4 16302080 62 + 33808418 CCCCCCAAAACATTTCTAATGAAATGAATCAATCAGTGG---------CCCCGGACCCACAGATAGCATCA s fr1.chrUn 210866574 67 + 349519338 CCCCTCGATGTAACTCTAATTAAATGAATCAATCAGTGGCGAGGCCATCGCCGGACC----GATAGCATTA a score=7100 s danRer3.chr4 16306288 328 + 33808418 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ACCTGTAGAAGTGGTCTTTGAACGCCCAGGGTTTTCATGGTGTCAGCGTTGGCCAGGATCTTCAGCGGATCAGACGCTTTGGTCACAGCCTCAATTTCCTTATTGGTCTC-----------------------------------------------------------------------------------------GGTGCGG-------------------------------ACCTGACTGAGGAACAGGTCATTGATGTAGTAGGTGAGGAATGTGCGGAGCTGACACTGCTTAGCCTGAGCTGGACCCATACGGGACTCAATCTCCTGAATGAACCT-AATGACACAGAAAAAAACACA s fr1.chrUn 210869129 366 + 349519338 ACCTGCAGCAGGGGTCTCTGGACTCCCAGGACCTTCATGGTATCAGCACCGGCCAGGATCTTCAAAGGGTCGGCTGCTTTGCTGACTGCCTCGATGTCCTTGTTGATTTCATTCCGCACCTAACGGTAAACTCAGTTTCAGCACCGGTCTCGAGTTCTGCTGTTAAACGTCAAATCTAAACCACCCAGATCAGCTGCTGGGTGCTGGGTGTCCACCTGACAGGCTTGAATTTTACAAACCTGGTTGAGAAAGAGGTCGTTGATGTAGTAGGTGAGGAAGGCCCGCAGCTGGCATTGCTTAGCCTGACCTGGGCCCATGTTCATCTCTATCTCCTGGATGAACCTGAGCAGAACAGTCAAAAAAACA a score=2771 s danRer3.chr4 16320909 81 + 33808418 AGTCCCAGTTTATTAGCACCGACTGCTTCTGATTGCGCTCAACAGCATCTAATTAACTGTC-------ATTAGAAAGCAGATGTCTGT s fr1.chrUn 210872066 88 + 349519338 AGATCCAGTTTCTTAGTAGTGATCTCCAGCGACTGCACTCCACTGGATGTAATAATCAGTCAGTAATAATTAGAAAACAGATGTCAGT a score=2299 s danRer3.chr4 16323597 233 + 33808418 CAACCCCACTGAAATACCTAAACACAACACTAGATGGCAGTATGTCAGTTCTCTCTGTTTGTATCTGTGCAGTCAACTCTCCGGTCACCTTAATGAAGGGAAACTGTCTTT--AAAAACATTAAGATTGCATTTATTGGGTTACTATCGAAACCGACTTCAATGTGCGATGTATTTAGCTTCCGTTGTGTTGCTAC-AAAGACAGCG----------GTGTGGTAAATGAATATGGCCAACCCACA s fr1.chrUn 210873158 221 + 349519338 CCATCCTTCCATAATAACTAT---CACCACTAGATGGCAATGTGTCAGCTTTTTAAGCTCGGACCAGTTGAGTCCATTTTTCTTCTTGTTTCAC-------AATTGGTTTTGGGGAAGAATTAAGATTCCAGTTGGTGTGCGCCATCTGAAACC----------TGTGAAGGATTTG-----CCATGTGTGAATAAGAAAGACAAAGGGTGGGGGGAGTGAGGTGCATGTGTGTGACTAAGTTACA a score=3208 s danRer3.chr4 16324165 253 + 33808418 TATGAAAATGTGTGCGAGCGAGAGGGGAATGCGGTGTTTTACGCCAATTAAACTAGCTAAAATCTATCACACGAAGAAGACCAGGGGCTTGGA------------------------------------TTCCTGCAGTCAACAGGAAATGAGATGGGCTCGTTTGGCTGACATGTCCCCATGGTGACAAATTAC----CCTCCCTGATTCACTTCCACTTCTTTGCTTTGCCTTTTCCTCTCCTTTCTCAATATCTTTCCCTCCCACAGTCTTTGCGTAGTTTGC---CTTTTTC s fr1.chrUn 210874266 269 + 349519338 TGTGTACGTGTGTGCCGGCGCGCCGC-AATGTGGCGC---AGACCAATTAAAACGGAGGAGATTGAT-----------GACCAGGGGCTCCGAGTCGTGGCGGCGGCAGAAGCAGCAGCAGACAGCTGCTTCCTGCAGACAACAGGAAATGAGATGGCCTTGTTTAGCTGAC--GCTGCCGACGCGAAACGCCGCAGAGCCTCAAAGACAAATCGCCGCCTCGTCACCGCGGCTGGTCCTTTCC----------TCCATTCCTTCTACAGGATCTCCTCCATCTGCGAACTTTTTC a score=9333 s danRer3.chr4 16335317 577 + 33808418 AGAGAACAATCTTG-ATCTTGTCAGTCGTCTCTCTGGTTTGATTGGAAAAAAATCTAGCTGCCCAGACTTCCAGCACCTGGGATCCATGTGGCCTGTAAAACAGAGACTTTTGATGGCTCTTCATCAAAGAAAAGACTCCATTTCAAGCTTC-----GCACACACTTTGAACTCTTATTCTTTCCACTCAAGACCAAAGTAAGTTCTCTAGCATCTGAAATGTGCCCGGCTCTCTCAA-----------TAACCATCTGTTATGGCATTTC-------CCCCCTGAAGAA-----------------------TCACCCAAGTCCTCCTCCTACTGAGC--ATAAGCAGAACCCCACCGAAGCCTCATACTTAGTAAATTACATTTGCAA--CAAGCAGGAATAAATACTAGAGATAAAGACTGCTGTAATGTCCTCGGATCCATTAG-AATCTCATATTCACACATCGCAGAAATCACATTACA--ACACAACTAATATCATTTCACCCAAT-------------TTGGCTGCCCGTGAGTGAAACAGTAACATCACACGTAATGGATTTTTTTTTCCTTTACTCT-------GCTCTGACTTGAGATTCCATTAGGATCTGTGTTAGATTTC--CTTCCCATCTTCTCACT s fr1.chrUn 210881383 628 + 349519338 AGCGAACA--CTTGCATTTTAATGTCCATCAATTCAATTATATTG----AAATTCCAGCAACAAAGACACTTAGCACATATAAC----ATTATCCGTTTAATAGATCATATAAACAAACTTACATGCAAAGGGCCATTCTAGAAAATATTTCTGTCAGCACAC-CTTTGCATAACTTTCCATCCCTCTCT-GACC----------CTCTCTCTTTTGTAATGTACCAAATTGCCACAAATGGTGTGCCTTGAATATTTATCATGATATCTTTATGTAGCCCTCTGAACAAAAATGAAAAAACATATTATCCCCTCCCACATGCCTTCTAGCCAGAAAGCCAGTGAGCTCGAGCCAAGTGAAACATCATACTTAGTAAATTGCATTTTGAAACCAAGAGGGAATAAATACTGGAGATAAAGACTGCTCTAATGTGCTTAAATCCATTAGAAATCTCATATTCACACATAGTAGAAATCACATTACAAGACACCCCTAATGTCATTTCACGAGGTTTTTCCACGAGCATTTGCTGCCA--GGGTAAGACACGAACATCAAACATAATGGATTTTTCTCTCCACCTCCCTTATGTTCGTTCCTCTCAGAGGTTTTGCTCAGTCCGCCGGTTGAATTCATATTCCCAT-TTGTCACT a score=10166 s danRer3.chr4 16341552 178 + 33808418 CTTCAGAAGCCTGACCCCAGACACGCCAAA-GGATCAATCAATTACTTCTCCACTTCAGCAATCAAACAACATTATTATCAGGCATCAGCTCGTCGACCTGGAAAGG-CTGGCGAATCAAAGGCTGCTGTGATGTAGCTGCCAGCGCTCTGTGGCTCGGCGCTAACAGAGAGTGGCACCT s fr1.chrUn 210883147 180 + 349519338 CTTCAGAAGCCTGGCCCCAGACAGGGGAAGCGGATCAATCAATTACATCTCTGCTCCAGCAATCAAACAAGGTTATTATCAGGCAGCGGCTCGCCGACCTGGAAAGGCCTGGCCAATCAAAGCCTGCTGTGATGTGAGGGCTGTTGCTCGCTCATGTGACAGTAACAGAGAGTGGCAGCT a score=5646 s danRer3.chr4 16358620 171 + 33808418 ATGGCAATCCGCAGAGTGCC---CCCTTTTCAAAATGCCAACCTCAGTCAGGGCAGGAGGCTTTAAATACCACTCAAATGTCAGTGTGAGGCCCCACAAGTCAAACTAAATTACCTCCTACCTGCTCCGTCTCCCCTCT-CGCCGTCTCCAATTCATATGCGTAACCAAACACGC s fr1.chrUn 210885534 174 + 349519338 ATGGCCGTCCCGCGAATGGCGAGCACTTTTCAAAATGCCAACCTCGTCCGGAGCAC-AGGGTGTAAATACCACCCAAATGTCAGCAGGAGACCCCAAAAGTCAAACTAAATTGGCTGTTATATGCACAAACACTCCCCTGCGTCTGCCACATATTGCCTCCTTAAAGATATACGC a score=5847 s danRer3.chr4 16365068 170 + 33808418 TACCTAAGCAATGGCTGAAAGATGACCGTGATATTTCTGGCTCCTGGTTTACACAGGAACTTAGTCTCTCCTCCCTCAATCAGGTTATCATCAGCTCCACCTGAATAGACATGGGAAGAAAAGTTACATATCTTCTTAAAAATAACTGTTCAAAAACTTGACTGATAAAA s fr1.chrUn 210888098 167 + 349519338 TACCTGAGAAGAGGCTGGAAGATCGCAGTGATGTTCCTCGCTCCCGGTTTACACACAAATTTCATTTCTCCACCTTCAATCAAGTTGTCATCGGCACCACCTGGA---ATAAAGGAAACAGACTTTTAAGGCCCTGGAATAGTAAGTTAAGAGCAATGTGTTTGATTAAA a score=2332 s danRer3.chr4 16367243 264 + 33808418 CAGAGACATATACACAAGCGCCCCCTCCCCTCTCTTCCATTTGTCCCTCTGTGTCTGTGCGTAGTCCTGCGCTAACAGGGTTAATAAGAAAATCATGGCTGTGTAAC----------------------------TCTCCCATGATGAGGCAGGGCCCCTA-----------AAAATGAAAT---------------GGGCTCCAATCCTTATTAGCTCCACTCATCCACAAGTAATCAATATAATTGAC--AGCAAGAGAATCAAGTCTGCCATCAATA-AGAACATTCCCAGGTGGACAGAAGgtgtgtgtgtgtgtgt s fr1.chrUn 210888367 316 + 349519338 CACAAATCTATACACATCCTCGGTTACCTGCCTCCATTGGCAGTGCCGCAGTGTGGGCGAACA-CCCGGAGCTAATGGGGTTAATCAGGGAATCATTGCCATGTGGCATGCTGTGTGTGTGGGGGGGGGAGGGGGTCTGTGTGTATGAGAGAAGGGTTATGTCACAAGGGAGAAGAGGAGATCATAGGGGAGAGGAAGAACACCGCGGCTCATTAATTCCACTAATCCTGAAATAATCGATATAATTACCGGAGGAGGAGGATCGACT----CGTCAATACAGTAAAGTGAAAGGCAAAATGAGCCCGTCTCTGTGTGTGT a score=6592 s danRer3.chr4 16374854 294 + 33808418 CCCCCATGTAATCAAGCCAGCCAGTGACTTAGTGAAATTGCATTAGCTACACTTTCGTGGGTTTGATTAGAAA-AGGTTTGAT-CTGAGATGTGCTCTGTCCCT--GCCCGGATCTA-----CAGCAGCGAAACGTGTAGTGCCTTCACTAACACCAGGCATCCCACAGGATCTATCCGTGCATGTGTGTGTGTTTGTGT------TTGGAATAGAAACAATTGC----AAGTTAATGTGTGAGGTCATGCAATCAGGCTGAAAAGTCtgtttgtg--cgtgcttgtgtg---tgtgtgtgtctgtgtgACAGCAGAA s fr1.chrUn 210890365 317 + 349519338 CCCACATGTAATCAAGTCAGGCAGTGACTTAGTGAAATTGCATTACCTACACTTTCCTGGTTTTGATGAGAAACAGGGTTGATGCCGAGATGAATTCCGGACTTTCACCCAGATTTAGAATGAAATAGAATGACGTGTAACACCTTCTTTAACAAACTGCATCTCCTGGGAGCAGCGTGTTCCTGGGTGCATCTCTGAGTGCGTCAGCGGCAGCGAGACGACTGCCGCAGAGACAGAAAGGGGAGTCCTAATCCCTAATTTGCAAGT-GGTTTGGGTCCATGTTGTTGCTCACCATGTGAGTCTGTGAGGAAGTAAAA a score=4043 s danRer3.chr4 16376497 321 + 33808418 GTGTGTGCATGTGTG---GCCAATCAGTGCTGTCAGCCAGAAAACCTCCAACTTGAAAAAAAAAAGAACAGGCCAATTTTCAATAATTT---------------ATGACTTCCCAGTCGGCCT---GGTTATAATTC--CTCTGCCATGTCTTCATGTCTGATTGGCTTCTGATGAGGCTCCTCTATTATTAAAACTCATTTGAGGGGACAATATTC-----CAATAGTTTGCAGCCAGGAGGGAGCAGAGACCACTAGCTCACAGTGTGTTGACAGTGCACAGAGATTACAAT-TAAACAAATTAATGAATGAATACATAATTGTGTAGGATTAATTATTGATTGTGTC s fr1.chrUn 210890986 333 + 349519338 GTGGGTGCATGCTTGTGAAATAATCAAAGAGGCCATCCGCTACATATTCACAT--AAAAAAAAAACATCTGATCTAATTACAATGACTTTGGTGCAGAAAATAAACGAGTCTCTGGTCAATGTTGAGGAACCCATTCGACTCAGGC-TGTCTTCACGTCTGATCGGGTCGTAATGAGAGCCTTCTATTATTAAAGGTAATTTGATGGGATTGGATTCTTCTGCTAAAGCTTGCA--CAAAACCAAATCCAAACCGCG-----GCAGAGAATAGACGGCataaataaattatattataaataaattCAGG------TGCAGATTGGCAT-GAATTAATTATTAAAGGTGTC a score=3461 s danRer3.chr4 16392040 384 + 33808418 CTCCAAACTTAAT-TAAAATACGAAA-------CATTCTCATGTCGGCTGCAATACATATTGTCATTTTTCTAATTTATTCCCTAAGAAATCCATGAATGG--TCCCCTCTGCCCACGTAATGAAACAATGACTTTCAAGTCTCTCCTCCCTCCTGCA--------------------------------CCGAGTCGACTTATTCCGTCAGTTAAATTATTTC--ATCCTTTCAATCTCCGCTCGTTCCTTTCGTGGAAGACAGACTCTGCGGTTGT------------ATTGTGACGGCACAAATGAA---CAGTGGAAATTTCATCTCCTATTTGGTGGTGCGAGGTGT---TCCAATCAGATACTCTACACATTTCACATCTT---------------------GGGAGAGACCCCAAGAAAGG---CTCAAAAGCCA------TTTACTTCCTTATCCCGTGTTAATCTGC s fr1.chrUn 210895684 466 + 349519338 CTACAACTCTAATGTGAAGTGAGAGAACATCTCCCTTTTCACACCATCTG-AATACATATT------TTTCTAATTCCGTCTTTCAGAAATCTCTTAATGGATTCGTCGCTGGACCTTGATGAAAACAATGACTTTTAACCTTCTTCTGTCTCCTTCATTCCCTCCATCCATCTTCCCCCCTCCGTCCATCTTAGCAGACTTATTTCACTTTCTAAATGATTTCTTACTCCTTCAATCTCTTTACAGCCAATTC--AGGCCCCAGCCTTGGCTTGTGTCCGCTGCTACGCATTGTGACAGGTGAAATGAAAGCCCAGAGAAATCTCATCTTCTTATAAACGCTCCAAGGCATACAGCCAGTCAAA-AAAAGAAGCATTTTTCCTTTTCTTTTTGAGTTGCCAACAGTCGGGAGAAAAAGCGTGAGCAGTTATTTGAAGACCATTTGGTTTTATTCCTTAATCCCCAGTTAATCAGC a score=6727 s danRer3.chr4 16394517 185 + 33808418 TTCTTACCTTGTAGCTCTCCACTTTTGCTGTAGAGCTCCCTCCGCTGCTCCCGCAGGTATGCGCTCATGCTAATGGCGTGGGATGAAGACTCAAACCTGC-----------AAGGTAAAGTTATTAAAGGTCAAAAAACACGCAGGAAA-GCATGTGAAAAGACACAGTAGTTTCCATGTTAGTATAAGACTTTAAa s fr1.chrUn 210896994 197 + 349519338 TTCTCACCTTGCAACTCTCCACTTTTGCTGTACAGCTCTCTCCTCTGCTCTCTCAAGTAGGCGCTCATACTGATAGCGTGGGAGGACGACTCAAACCTGCGCAAAAGGTCAAAGGTTTACCTAAAGGAAGTGGACAGCTTAGCACAAAAGGCAACAACAAAAAAACACAAACTTGCAGAGTTGCGGAAGAGTTGAAA a score=8173 s danRer3.chr4 16397075 169 + 33808418 GAAACCTACTTGAAAAGAGACTGTTTGGGTCTGAGAGGTTTCTTCTTGGCGAAAAACGCTCCAAAATCTCCACCGGTGCTGGCGTAGGACAGCTGGGCAGAAGGTTCTGCTGCGCTACGGGTGTTTTTGACATCCAGGTAGTCCATTAGCAGGACCTGTGAGAGCAGAA s fr1.chrUn 210897193 169 + 349519338 GACCCTTACTTGAAGAGCGATTGCTTCGCCCTCTGTGGTTTCTTCTTGGAGAAAAATGCAGCAAACTCACTGCCGGTGCTGGAGTATGAGAGTTGGGATGATGGCTCTGTGGCGCTGCGGCTGTTCTTCACATCCAAGTACTCCATCAGGAGAACCTGCGCGACCATAA a score=2504 s danRer3.chr4 16398619 208 + 33808418 CTATTGATGTTGTAAAGAGTTGAATTGCTTCATATATTTATAGTAAA-GCATGATATTCGTTC------AGTATTTTTTATGAATAAAAAAGTTAAGAAAA---------ACACATTTATTTGAAGC----------------------------AAAAGTTATTGTCGAACACTAAACATGAATCCTTAATTAAAGCATTAATTTCTCTTTTTTTCTTAAACGATAAATTCAGATTTAATTGTAGCACTTT s fr1.chrUn 4729866 252 + 349519338 CTGTTCATAGTGCAAAACAATATATTCTGTGAACTTTTTGTCCAAATTGTCTGATGTTTGTTACAAAGGAAAAAGTTTTGTGAATAAAAATGTCTTGGAAGCCATCAGATACACACCGGTTTGAAGCTTTACTTTAAGCAGTGAAATTATGCATCAAAGGTTGTGGTCTGAATTAAAGCCTGAGTGAAGAATCAAACTTTACATGACTTTTTTTTTTTTACATGATAAATCTAGTTTTTAATGTATTACATT a score=4226 s danRer3.chr4 16399162 220 + 33808418 CAAGTAAACTTTTCCACAAATTAGCAGGCCGTTTTTTTCCAATGGCTTCATAATTCAGCGAAGCAATTTA---CTTGC-TCCATTTCTAAATCCCAGCTGCAAAACAGTCCAGAGTGGAGATGGAATTAGGAAAGGACAGATGGAACTACATCTGACTGATAATAGCATAATTAA----GCAGAGATAAGAAGGGAACAGTCTATGAGAGGAAGGGAAAGCCTCATCA s fr1.chrUn 210898442 214 + 349519338 CGAATACATGTGTTCTAAAATT-----GTCTCCCGTTTCTAATAGCTTCATAATTTAGCGGGGCCATTTAGCTCTTGTGTGTAATTCTAAGGCACAG-TGTGGGTGAGCCCAGAATGGGACAGGAGTAATGGCCAGCCAGATGGAGATCCATCTCAACCATAACGACGTAATTAACACTGCAGAGA--------GAACCTTCCTTTCATGCATGGGAAAACCTGAACA a score=2796 s danRer3.chr4 16399486 254 + 33808418 CTCGCATGTAGACCCCC-----GACTTAATTAAATGCCAACGTTTGCCTGATGAAGGAGC-CCGGACCCACTTCAGTGACCTCGGAGAAGGGAACAAGC---AACTTTTAAGGCAATTAAC----CATGGAGGATGGAT------GGATGACGGTGGGAGAT-GGAGAGAAAGATTTCATGACGAAAAC----------------AGTAAACACAGGAAGGGAGACA--GATGGAGAGA--GATGTACAAGAGAGATTAGGAAGTGAACAG-TCAGCAGATTCATCTTGGTAAAG s fr1.chrUn 210899103 293 + 349519338 CTTGCAAGCTAACACCCAGGATGACTTAATGAAATGTCAGCGTCGGGCTGATGCAGGAGCGGCGAACCTGTTTAAATTGTATTAGCCCAGAGAAACACCGTGAACTTCGGAGGGCATTAACGTGGCCCTAAGAACAGATTTTTACAGATGGCGGGACCACATCATAGAAAGAGATGAAATGACAAACATATAAGGGTGCTTGCAGAGTTAAAAGAGGGGGGGAAGTATTGGTGGAAAAACTGGCTCAAAGGAAAGTTGAGAAAATGAAAAACTCAGAACA--CCTCAGGATAAAG a score=-441 s danRer3.chr4 16404795 554 + 33808418 AAGCCTCCTGCCTCTTGTCTACTCCTCTTCAGATTAGCAAGAAAACGCTGCTTCCTCTCATTCCAAGAAGGCATCTGACAGCAATACATGAACATTTCTGAAGGGCTTGTTTTTTCTGGAAATTAGGTGACCTTCGTAACTCGTGCGAAACAACAAACTTT------GCTTTTTTTGTTTGTTCTTTGTTTCAGTGCAATTAAAAACGTATGATCCAACCAACATTGAAAGTTTAATCATTATGTAGGAGGGGCGTAATGAAC----CTGGGATTGTGTCTCCATGGATACCTTAGCATAATTCATA------------ATATAAGCACACGTTGTTTTGAGAGAAACACACACTACA-GAGA------------CCGAAAAAAAAAGAATCCGACATTAA-----CAGCATATTTATGTGATGCTAAACGTGATGCGACTGAACGCATCCAGGCAGTTAATAT---GTAAATATAAGACCT-CAGGTAGAACGAGAAATTACATGTTGATTAAAAAGTGGAGTAATTAATCCCTTTGTTGTCATCTGCCTACATTCTGACATTCTATTTCATCATGTTTTCTCTTCCTACTCACACA s fr1.chrUn 4736523 538 + 349519338 AAGCCCCCCGCCCGTCTCGCGCTCTGATTGAATTAAGTAATAGGAAAACATTTTCTTTCACTTTAAGGT----TCTGCGGACAA-----GAACATCAAAGAGA-------------CGGAACCTTCGAGATCTAAGCAAATCAGGGGGGATATCATTCTTCCACCAAACTTTTTCTTTTTAG-----GCTTAAGGCTACTTTAAAATGCATG-------------TAAACATATTAATATCATCCAGG---TACGTAATCAATATAATTAGGAGTTTAGATTTACGCATGTTTT----TAATTCATGTCGCTCCTTGTTCTGCAGCCGCTTTACGTTTTTCTAATAATACAAACAGCATGAGAATTAGGTCTTTACCCATGGAAATAAACACGTATATTTGGGCTGCGTGGTGTTTTCACCATGTAAAACG-GACCCGCTT--ATAGTTTCACACCACTAACCTTCCATAAATACAGGACCTGCAATTAGACCGCGCCATCAAA-GTAGATACAAATGAGGAGTAATTACACCCTTTAGGCACACACGGCAGC---------TATAATATCAGCCCTTTTTCCCCGCATACTTTCATA a score=2888 s danRer3.chr4 16410576 80 + 33808418 GGAAAAAAAAACATTGGTTAA-----AAAAAAACCTCATCTACCTTAATGAAGATTCTCATCAAGGGCTTCCATTATCTCACACC s fr1.chrUn 210902801 85 + 349519338 GAAAATAATAACATGTGTGAGTGAATAAGAAACCCTCATTTCATGTAATGAGTGTTCTAATCAAGAGATTACATTATCTCCCATC a score=10600 s danRer3.chr4 16416316 398 + 33808418 CTGACCTGTAGGACAGTTTGAATTTTGGCATAGACATCAGCCTGCTCATAGAGTTTGATCCCTTCCTGGGCTCCATTGGGAGAG------ACAACAATCTGCTGAAGGTGACTGAGAACCACACTGTGAGCCTGGGCCACCGCATTCAACTTATCAAACAACAACTCCAGCAGTTCCAGCAGCAACCTGAagagggaaatagagagagcgagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagTTTTACTGTACAAAACTTTATTACATTAAAA-----------TAAACAAAATACAACTATAAACAATTTATTTCAAGTTGTAAGACCATATTCATTTCAAATAAAAGTAAAAACAACATTCTTCTGATCCATACAGCCCTGTT s fr1.chrUn 210903166 395 + 349519338 CTGACCTGCAGTACTGTCTGGATCTTGGCGGAGACATCGGCCTGCTCATAGAGCTTGATGCCCTCTTCGTGTGCCCCGGATGGGCTTTGGACCACGATCTGCTGCAGGTGAGCCAACACCACGCTGTGGGCCTGGGCCACCGCTTTGAACTTCTCAAACAGCAGCTCCAGCAGATCCAGAAGAAGCCTGTAGAGGGAGCCAGAGAGAGT-------AGAAAGGAAGTGATGGAAGCACAGAGAGCAGAGTGAAGAACTGGATAAGCAGACCTCTTAATCCAAATAAAAATTATGCTTTCATAAGTGGTGTTTATTGAAAGATAAACAACAGTCAATAATTTGGTTT--GTAGTAAAGACAGGGCCAC-----------AGACAAGCCACTTTCTCCTCCTCAGTCACACCATGTT a score=4245 s danRer3.chr4 16416714 215 + 33808418 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atccatttaaccatccatccatccatccatccatccatccat--ccatctctctatctatctatctatctatctatctatctatctatct---atctatctatctatctatctatctatctatctatctatct---atctatctatctatctatctatccatccatccatccatccatccat--ccatctgtctatctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctatctatctatctatctatccatctatccatccatttgaccatccatccaaccacccct---ccatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcta--tctatctatctatctgtccgtccgtccgtccgtccgtccgtccgtccgtctaaccaccatccatc---------atccatccatcaatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccctccatccatccatccatccatccatctatctatccatccatccatccatccatccaaccatac---------atgcttcatctaaccatacatccatctaaccatctaaccatccatccatcTAAAGAAAGAGATAATTTCCTTGTATATTTACATTCCTA----CATTTGTTTTAGTTAT---TATGGTTTTAATTTTAATACATGTTAATTTTAATTAATCTGTTTAATTTCTGATTAAAATGAATTTAATTAGCAGTCTTATAATATT-----GCTGTAGAATC---TCAAAACATACAAGAAT------------AGCTTTTCTAAACAACTTCTGTTGTCAGCCAAAGACCATTAATCTGGTGCGGAAAATTGCTATCTGCCCTTGCCTTGTGCCCTTAAGTGtatttgtattctttacaattttttatttttacttatattttatagattgtattatatgtgtaattgtatttattgtttttttttctacttt--tTGTATTAA---------------TACTATCTGTTATGCACCTAGGGTCTGAGAGTAACACAATTTCGATTCTCTGTATGT 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gtcagcgatctcccaataatatccagctgtaatctcaaccgccaacagatcgatgcgttttaactgatttagggtgtttcacattagcctgt------atatttttttatagtagatattcattcactcaatctagtttaaagccgaagctggtcttttgcaatctccctgttgacctctggttctctTTGAGTCTGTGTATGTGTAAATATAGATATAGTTTTAGTTTTACatataattaaattaaaataaaattatattttttttaataaaatGCTGATAATAGAAAGTAA-TAGAAGACACAa---catatgcatgcacacatgc-acgcacacacgtacatacCtacgtacgtatgtatgtatgtatgcatgtatgtatgtatgtatgtatATTAATAAAGATTTAAATGAGCATTTCATACAAACATTTTAGAGAAAACATCAAACAGGTGGGCCTTTCATTAATTTATCAGAGAAAGAAGTGGGCCTCGAAGTGAAAAAGGTTAAGAACCCCTGATCTAAAGCACAG s fr1.chrUn 123250689 433 - 349519338 gtctgcgctctccgagtgctttctagttGTTATT---ATTGTCTTTATCTTTCTTTCTTTTAATTTATTT-------TCTTGATTATCTTGTTGTATTGCAGTTTTTGTGAGTAGAGGC-------CTCGAAC-------AGGCCCTTACTGGTCTCTTGCCTCAACTCTGC--ACCTCTTTTTTTTATTG---TTTTGTATGATCATGAAAACATATTTTACTTGTTTGTCATTTTATTC----------------TATTTTTTTTGGTGATTTTATATGCATGTGTGTTAAATAAATAATTCAAACTCAAATGCA-GCAATCATGAGACTTAGTAACACA-GTAGTTATAGACTTTTTTTTGTCTTTTTTTGCATCCCTAGGTATGTGTTTGTAATAGTA----------------------------------------------------TGGCCCTCGGAGGACTTTAT-AAAAATTGAAATGGCCCTCGATATGAAAAAGGTTCCCCACCCCTGATTTAGAGGATAG a score=10267 s danRer3.chr4 16433710 205 + 33808418 TTCTTGTCCTTGTCTTTGCCCCGTTGAACTACGCGGCTGGTAGATTTGATATAGAGGTGTCGGTGAAGCTCATCTATTAGCACCAGGTGGATATTGAGCTTCTTGCTGTGGAGCTCCAGTCGCAAGTCGCCAAGGCCCTCCACCTGCAGGAGAGGTCCTTCAAGAGAATCCACAGCAGAGACCTGCAAACACAACGGAACACCTG s fr1.chrUn 210909722 197 + 349519338 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223980840 895 - 349519338 AAAAAAAAAAAGGCACAAAGCATGTTACATTGGATTGCAGCATCTAGGGTAGAGATGATGGAAATAATACATGATGTGCCAGTAACAAGATGATATCGCACTTTATAATAAGAAAACAACAAAA-AAAGAAACCATCTCACACATGCATCATTCAATG-CACACACAAATGCGCACATCAAGGTGTTGAC-AGATAATGTGAAGTGTTTTTGGCTAT---AAAAGCC-----------CCGTTACTGGGACGGTAATCAATTTTAGGAGAATTGATTGTGCGTTTGTCTTTTGAGGCACTATTTAATTAGAGGGTGCAAA-----GTACTCTTTATTAC--------CTGTGATAAATCCTGCAAATCTTTGAAACAT------------------------GGCCCTGA-CAAGGCCTAAAATGACTAAAATGATCCTGTGTG---GTGTTAGCAGCCAGAATTAGCT---TTTTAACTCAGTATGAAGGGAGAAGACTTGTGCTTATGAATTCACAGAAAGGCAGGTTAAGTAATGGTGACA----GGCGGAGTGATATTTTA-----CTGCAATTTTATAGAGGGACCATGCCTCT---CATCACTGCCATTTATCT--------ACCCACGAG----ACACCACTCAGGACAGAGCAAGCATTCTTGACAACAGCAGATTCTGGAAAGGTCATAATGGAGAAAATGTGAGGAGATATAAGCTGATGTGTTTTGTCCTGGGCTTGTATTCATCTTTGTTGACCCTCCTTGGCATGTCTATCTTCTCCCTGTGCCTCTGGTGTTGCTCCCTGAATCCTCATCTTAACCCTCCACCCATATGACATGATCTTGACCT-AAATCCAGGCCA----TCTCTATCGATCACTCAACCAGCCTAACGCCTCGTTCATAGCCTAAAGCTCACTGTAGCCA-AGAACATCCACGTTCCATTTGTCTAATGAAAGCAGGCCTCATATTTCCT a score=-227 s danRer3.chr4 16648008 218 + 33808418 TCTTTTTATATATGACTGCTTGAATTGAGGATAAA-TAGTGACAATGATGCATCTGCTTTGAAGGTGCTTCGCAAATGGACGAGTAAACATGTATGTTGTGGC-ACAAACTAGGAAACTGAAACCGCTTCG-----TCTTCCCTGTCTAGCATTTACCAGGTTCTTGC-TAATGATAAAAAGTGATTCTGTACATTACATTGCTCTAAGCTAGTCATCTTATAACC s fr1.chrUn 60918918 208 - 349519338 TATTTTTGCATGTG-TTGATTCAGTTGGGAAGAAAAGAGGGAGTGTGAT--------TCTGAAGG--------GAGTGGAAATTTGGACATTTGTTGCGTGTTTAAGCAGTTGAGGACCGACCCTGCAGTGGTAGTTCTATCCTTGTGAGGACTC-TCAGCTTCTAACCTTCTAACCAAGACTGAACCTGTCCACCTCTTTCCTTTCAAATGCATGTTTTGGACCT a score=9147 s danRer3.chr4 16648287 236 + 33808418 CTATTTCCTTTCTGCTTTTTAGCTCCTCACCATTGATGACAACTTCTGTGGTCTGGATATGAACGCCCCGCTTGGCGTCTCAGAGATGGTACGCGGAATTCCACTGTTCTCTGAATCCAAAGACAAAATGACATCGGTTATTGCCTACGTGTACAAGAACCACTCTCTGGCTTTTGTGGGCACCAGAGGAGG-----------CCGTCTGAAAAAGGTAGGACATTTTTGTTTCTTTTGCAGGATTG s fr1.chrUn 223982908 247 - 349519338 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GCAAAATCAGCCTCTTTCTCTCATTTGTTATCTCTGTCCTCCTGCCCCATTCCTTTCTTTTCTGACCATTTCAACTCCCCTTCGTACATCCCTTTGATTTATGG-------------TGTGCCTGTGTAGCAATAGAGGACACACTGCGGCAGGTGGGCCTCCTCCCCGCCACCCACTTCCGTGCACGCTTGGAGCCAGTCACTTGACACTTGAGGCTTTTCGGGGTGAATCACCTCACACCTCTTCCTCTCCTTTATCCCGACCTTTTCTTCGCTGTG----------AGTTGTTTGACTCATAACCGGGTCATTCTTTGTCCTCCATT--CAGTAAATACTAGCAGGCTGTCAGGAAA-GCATGCAACGGCTTTGTTTCATTCCGCAGCAAGGACGAGCTGCATCA-TGTTTGCTGTATGAAACCAATTTTTAACATGTAATGTTTGTTCGTTCACACCTCTTGCAGTGGACATGAATGTGAAATGCATATGNGGCTCTTTGGAAGCTTCTCCTCTGGCCACATTAGATCTGTTTCCCACTGCGTGTTTGTTTGTTTGTTTTGGATGATTGGCATATTC-TTATTTTGCTGAGCTTGTCCTCCTACTCATCTCAT a score=3994 s danRer3.chr4 16661004 93 + 33808418 GTCTATGGCGGTTCTATTGGATTTGGCTCT---AATTGGGTTCTGTTATTTCATTATAGCTGTTTAGTCTCAGCTGTTCGC--------CTGGCAAACCAACCA s fr1.chrUn 223992011 104 - 349519338 GGCTCTGGCTGTTCCATCTGGTTTGGCTCTCGAGATCTGTCCTCGTTAGGCCATTACTGCAGTTTAGTCTCAGCTGCCCGCTTCTACAACTGGCAAACCAACCA a score=1307 s danRer3.chr4 16661928 267 + 33808418 TTCTGCGTGGCCCAGAGCAGAGGACACATGCCCGTTCTTTTTTATTGTTTT--------AGCAAAGTGCTTTTCACAGCAGACCCTACTCCTCGACCCCCGATTTCCCCTCACCCCTCGGATTGGCCCGGCCACTCTTCTTATCTGGGGAGGACATGCATAATTGATTCAGGAATGAGGAGTGAAATTACGATGATCCACGGAAAACGCCGACTCAGACCGGCGTGACTATTTTGGGTTTT--CCAG---GCCGGAAACTGCTTCTCTATGGGTGTCTAA s fr1.chrUn 223993303 251 - 349519338 TGCTGCGTGGCT-----------GCACATCTCTGCAGCACTTTGTTGTGTTTACATCATGGCAACTTGTGCTTGAATGTGCACTGAGTTGCCAGAACCAAACACTTAGTTCCCTCATGTGAAATGGCCACTAATTCTCTGTATCTGGGGAT--TATACATAATTGATTTATGGACGGAAAATAAAATTAC--TCATCATTTGAAAG--------------AGAAAGGGCATTTTGTTTTCTTGCCAGAGTGCAATAAACTGTTCCTCTAGAGTTAATTAA a score=1423 s danRer3.chr4 16664492 273 + 33808418 TTTTGAGCTCCCATAGAGGTGATAGTGTGACCTTCCCAGCCGTTCCATTAGCGGTATTACAATTCAGACCCAAGCACACTT---TAGTCTATAGGCACACGCATG-CATGCTCACACAC-------AATTTCATCACT---CTCTGTATTACTAAT----GTTTCAAT----------TGGAAGAGATGAGGAAAATGTCAAAAAGAACAGGCGTCAAATGACTGTGATTACATCAAAAACACTCCCTATGGGGCAAAGTGGCAAGTTCCTTACAAGGGATTGTGGGTGTTATTTACTACA s fr1.chrUn 223994421 275 - 349519338 TTCTCAGTCCCTTTAAAGGTAAGTCATTGACCTTCCCAGTTCATCAATTTTTAATATTGCTGTTCTG---------CACTTCACCAAACTATCAGCACACAGATGCCATAAACACACGCTGGCCATCATTTCATCATCGGAGTAGGTATTCTTAATGGCCGCTCCAACACGGTGAGCAGGGAAGTGAGATGATTGATGTCTATCAGTGTCAACCGTACATGCCAAT--TTACCTC-TGAACACT---------GATGAGTGACAAGTTCCT-----GTTACTGGGGGCTTTCTTTTGTGCA a score=2051 s danRer3.chr4 16665584 322 + 33808418 TGATTAATCTGGCATTGAGTGTAAATAGGATCATTACTCGGAGTTTAACATGGATATTGGATCTGATTA-GTGGGAGAGCAAAACAACACAAAAAGAAAGAACAGTGTGGCTGGTATTTAAATGC---CACACACGTACGTTTGTTTTTCAGCGCTTTTTCCCAATTCTCTCTCTGGCGCTCGGATGCATCCTGCAGCCC------------CTGGTTGTGTCTCTAATTGGAGTGTGATATAAACTATGTCATTTGCTGTGATGTGATGTTGAATGGTGACAATAAAATGACTTGGGTGGGTGTGAAGGGGA----------GAGTAATGTAGACAGTGGACAGAAA s fr1.chrUn 223995821 317 - 349519338 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AAATGAGCCAC-GAGGGATCATTGATCTGCTGAAAGTGCAAAGTCTGCACTGAATTGTAAGTGTAGAAGCTGTGCTTTGAACTTGTATAACATGTTTGTGTGTATAG s fr1.chrUn 224009954 107 - 349519338 AACTGAGGCACAGTGGGATCATTGATCTGCTGAAAGTGCAATGTGTGCACTGAATTAGAGGAGCAGGAATGGGGCTTGGAGCTTGTAAAATACTCCCACAGTTATAG a score=1749 s danRer3.chr4 16692192 79 + 33808418 CTGTATTTCCCTGTCTGGTTGTAAACAGTGT---ATAAAAGTGGAATCGATATTTATTTTCTTGTCTGGGATTATGTTTCCA s fr1.chrUn 224010339 82 - 349519338 CTGTGCTCCTCCTAATGGACACAATCTGTCTGACATGCACGTGCAATCAATATTAATTTTCTTATCAGAGGCTCGAGCTCCA a score=2924 s danRer3.chr4 16692573 292 + 33808418 CTTAATGTATTGTCTCCAAAGCAGCGCTGAGGATGACGTATTGATTTGATCAATCAATG--CAGTAAAAGCTATAAAGGCAT------GCTGTAATGGTGGCACTTAAGGAGAGAAGCTGGAACACTGATCATTCTCAAGGAG----------ATGCAAAAAGAAAG-----GGAAAGAGG--------------------------GTCCACTAGAAAGCGA-------------GAAACCAAATGAGTGTGTGTAAAGTGGAGTTAAGACTGTGTCTGCTGCCTGTC---------------TGTCTCAGTGCCCCTTTTGT---ATTTTAATGATTAATGCGCAGCTAAGCAGGGGGTCCGTTTCATCA s fr1.chrUn 224011090 366 - 349519338 CCTGGTGTAGTGTCTCAAACTT---TCCTAAGATGATGTATTGATTGTGCCAATCAATGGGCCTAAAAAGCCATAAGTGCATCTGCTATCCGTAATGGCAGCACTTAAAGAAAGAAGGATGGATGAGGGTAATTTTCACTAAACATCATTGTTATGGAGGGAGAAGGTGGGTGGGTAGAGGAATGCTGAGCAGTAATGATGACATGTGGCAACAAAAGACAGAACTTTTGAAGGATGCAACAAAATGTG-ATGGCAAACATAAAGGTTATTCT-TGTCTATTAGTTGTTCATAAAGTGTTCTTGTGTCTCAGTTCTTCCTTTTTAACATATTAATGTTTCATGTG-ATCATAGCAGGGAGGCTACATCAACA a score=1588 s danRer3.chr4 16693217 211 + 33808418 AATGTACACTGTGTCAGCAGCTCTAGTAATGCTGTTTATTTTATTTTAAGGCTTACAAGATGACTTTTTCTTATACTGTATCCATATTGT-TGTCCTATTA-TCTAGCCGTTTCCAGTAACGCATTTAGTTGCAGCACTAAAAGCCCTTCGTGGCCT-GGCAGATGTTTGAGGGATACAGCCATTTTAGTTCATCAAAGATTCATTGCCCCAAA s fr1.chrUn 224011486 194 - 349519338 AATGTTCTCTGACTCAG------TACAAATG-TATAAATAGCATCCTGAATTTTAAAAAAAATGTTTTTCC----------CCCTCTTGTGTGTCTCATTGGTCCAGCTTTGTTTAG--ACTCACTTTGCC-CTTAACTAGGAGCCCACTGGGCCCTCAGCAGCTGGGTCACACTCAGGGCCATTTGGTCTCATCAAACATTAAATGACCCAAA a score=1305 s danRer3.chr4 16693538 402 + 33808418 AGACGAGAATCTCTGCGGCACCATTTCAGTAGAATCACATTTTTTTTCCTAATTAGGATTTGCT-TTTGATGATGCAAGCAGTGCAACATTTCAGCACTTGAGATTTAAATATTTATTGGGTGCATGTTTGGAGGTAAGGTCAGCCTGAAGTAAATAATGAGAGCAGTTGCGGGAAGTTGATGAAGGATTGAAAACGTTGCGGGATGAGTGAAATGTTTAACCCTAATCCAGTAAAACCTTTTTCCACTTAGTCTCAGGTCAGTCCTGCA-----------GGCTGAA-------------------CAGCTCCTGGGCTCATGTATGTTTTAAGACTGCTCATATCCAGGGATGA----AAGGGTATTGACTTGCTT---GATGAGCTTTTTTCCTCAGGGAGG--------GGGGTTCAAACTCTTGAGTGCCTCCCATAGGCAAA s fr1.chrUn 224011779 395 - 349519338 AAAAGAGGATCTTTTAGCTTTCATTATATTTTATTTAGCTTTCATCTATGAATGAGGCTTTATGGTTTGATGTTGTGCGTAAGAGCATATGTCTGCCTGTGAG-----------------------GAAGGGTGGAAAAAGGAGCATGCAG----------GGACAGT---GTGAGGTTATCG----------------GTGGGAAGTGCAAAGCCCTCAGACCTAATCCTGTAAAGATGGTCTC-ACTTAGCTTTTGGATATTTCACCACCTGAAACAAAGCCTGAAGGCCTCCAGTGGCACGTTCCAACTCACAAACTCATACATGTTTTAGAGGGGTTCACCTCCGGGGAGGATGACGGGGGTATTGACCGGTTTTTAGATTCACAGCATCCCACTGTGGAGCAGAAGATGGAATAAGAGCTGTGAAGAGCATCCCTAAGGCAAA a score=2040 s danRer3.chr4 16696549 50 + 33808418 GATAGTGGCCCTGATACTTAATATTTAAAGGGGTCAAGTGCTCTGCCCCC s fr1.chrUn 224013435 49 - 349519338 GATAACAGCAGTAACACTAAATATTTATCAGGGTCAAGTG-TCTCCCCTC a score=2456 s danRer3.chr4 16698180 101 + 33808418 GAATGTGCAATGAAGACCCAAGCAGATGCACAGGTATTTTATTAACAATGACCACAGATGTTTGCTGTAATTATGCACAGGTTGTT--GATAAACTTCAGAAA s fr1.chrUn 224014091 103 - 349519338 GAACAGACACACAAGACAGGAGCAGATGCACAGGTATTTAATTGGGACCGATGGCAGCTGTTACTGTTTATTACCTAGGCGTCGTGAAGATAAACGCCTGAAA a score=2060 s danRer3.chr4 16710266 79 + 33808418 CACTCCCTGGAGTGAATATCTGAT--TAATCTGTCAGGCGATGATATAAAGAGAGCATAAATCATTTATTGATGCTTCTCT s fr1.chrUn 224020888 79 - 349519338 CACTCTCTGGAGTAAGTGTACAATCCTAACTCATTGGGGG--GAAAACAGAATTGCGTAAATAATTTATTGTTTTCTCTCT a score=337 s danRer3.chr4 16710559 304 + 33808418 GTCACATGGTGCTGCCTAGAAAAACATCTGTTGAATGGTGTTTCCATGGAAATGACATGCTTTCA----AAAATACA------AATTTTTGCGTGTGCACAAGAGCATTTTTTTATATATGAAATTGATGTCTGTTGAGTGGGAATATCTTTTTCTATAGCCGTGTGTCCTTCACTTGTAAAATAATTATTTTTTGATTAAAAGATCATTCTTTTGAATGCACCTTTGAAAGCAATCCTTTCGCAGAGGATTGGGTTTTGTGGTTAATTATTAT----AACTGGTAGATAACCTTGATTTTTGATCAAACCACATAAT s fr1.chrUn 224021240 307 - 349519338 GTAGCGCAGTGTTGGCATGCAAACCAGCTGTCGAAAGATGTTTCCATGGTAATTTACTGTGATCAGAGGAAAGTGCGTCATTCATCTTCTGCTGTGGTGCGGCAGCGCTTTT---------GCGTTCCGCTGTGCTCGCCTGGATGTTCATGCCCTTTGGCAGCGTGTCCCTTACATTTCCGGAGGCCGGAGTCTAA-TAAATGTTCA-TATTCAGCAGAAAGCTTTGAAACGTGTGTGTAGAGAGTGAAATAGGAAGGAAGGTAGATTCTGCTTCCAACTTTATAGTAATCCCTGCTTCTATATCTCACCATATAAT a score=2593 s danRer3.chr4 16712082 79 + 33808418 TCATGAATATGCATTAACACCTGCCCACAGTGGAA-------CTCAGGTTCAGCCATCCAGTACGGAGACAGAACTTTGGATCGGA s fr1.chrUn 224022000 82 - 349519338 TCATGAATATTCATTCACATCTGCTTCCGGCAGAAAGTTTTTAGCAGGTTTCATCGC----TACTTAGACAGAACTTTGGACCTGA a score=3895 s danRer3.chr4 16719969 361 + 33808418 CCAATTCTTGTAGTGTTGTAGTGT-------TGTCAGAATAAATAGGGAGACCCTGCATGTAGGCCCATGAGTAATAACAGTGCATGTTTAC---CGTGTGGACAGTAATTAACCCCCTGAGTGAAAGAGATAATTTCAGTGTAATTACAATTCTGTGTAATCAATTTATTTCTGCACTCCTTTTTCCTGTGCTAAGGCAGCCAAACAAAGCCAAACGCG----------TTGCTCACTCACTCCTAATTACAAACATATCCAATTAATTACACACAAACAGTCTTTCTCATTTGACTAGACAGACAGCGGGATAGGCACATGCACAGACAGACAGGATGACAATCAGTCCTTCTGTTATAGGGCTGATAAACACAAATAC s fr1.chrUn 224027823 350 - 349519338 CTGATAGTTGCACCATTAAGGTGTGTGTCTGTGTCTGTCAAGTGAGAGCAACTCTGCACGTGCGTGCTTAC---ATGTGAGAGCGTGCACACAAACATGGAATTAG-AATTAACCCTGTGAAGTGAGGAGATAATTCTTTGGTAATTAGCATTCTGTGTAATAAGTTTCTATTTTCCTGTGCTGTTGTTATGCTCTACAGACACAACAAAAGCAAGCTTGCATGCACCTCTTTCTCTCTTGCCCCTAATTACAAACATATTTAATTAAGTCC---------------CACTTTTATTTGTGCACACGGTGTGAGAGAAAAAGGGAAGGGAATGCAGAAT---AGTCGGACC---------GGAGCAGACACACACCAACAC a score=6215 s danRer3.chr4 16728029 167 + 33808418 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TACTCTCTTACACATGTTTTGGACATGTTCAAAGCTTTGCACTTTTTGGCAATCCATTTTCGATACCTTTTCTAAGATTTTTGGGAAAGAATTGGCACCGTCTCCATCCATGGCACTTTTTATTGCAGCGCAGATGGCCTCCCA--ACTTGAGATAAAGGAAAAAACATTGCCGACCTTCTGTTCTCTATTAGCTAGGAGGCTTATATTTTTGAAATGGAAGGA----CCTAACAACTCCAGAATACAG--------------------------TCACCGGATTACAATCAGGGATACAATCAGGGGATCTACTAGGAAATTTTATAATATTTAG--CAGCCTTTCTAAACATTTGTTGAGGATAT a score=1771 s danRer3.chr4 16737524 92 + 33808418 GTGCTCACATTCCCCCAGCAGACTCCCATGGGTTATATCTCCCTCTCTCTTTCTCTCCCTCTGCGAGGGGTTAACAG-----TTAGAGCAGTGTGAT s fr1.chrUn 82710743 94 + 349519338 GTGCTCCTATTTATCCAGCAGGCCCATAAAGCCTTCACTCCTCCTTACTTTCCTTTGCATATGGAGGAGGGAAGCAGAAGCTTT---GCAGTGTGAT a score=1739 s danRer3.chr4 16742047 667 + 33808418 TGTGATAG-ACAGATTAGCGGTGTAATCCAATCAGGATTTAAAGAAAA--TAATCCACTTTATTGATATTGAAATGAAAG-GGAGAAAATTGATG-----TTTTGTTCAAGGCTTAGGAATTTAAAA-----TAATAAAAATCAAACTCATTAAACTAGTATTAATCACACATTAATAACACCAGATGCTGCTTGCGTTCAACAGGATGTATCAGCATGACAATATAGCCATGCTTTTATTATGCTTTTTCCTATG-TGTGATCAGATACCTTACTTCTATGCTAACGCTAACAGATATGCTAATAGTCATCCCCTGTGGCTAATTTGTTTAGGCACAGTTGTGATAATGCCCATCCGCTTCTCTCAGTCCCTCTAGTGATCTGTCGGGCCACTCCATGTCATCTCTCTGG---GGGACCAACTGGGGCTTCACAAGACCTCCTGCCGTTTATTCTTCCAC-TGTCCACATGCTGCCATCCCAAACACTGCAGCTCTTCCTGGCTGAAACTCAATCCTGGCCAAATTAACCATCCCTTGATCGAGGAGATTAGATAACCTT-TGTGCTGAATAAGGCTTTGGCTCGTGTAAAAGGTTTTTGCTTTCTTCCGCCTCTTTACTTTGTT--CTCTTCTTTTGTTCGACTCCTTTTTCATTTTTGTTTGTGACCCTGAGCTTACAGGACAAAA s fr1.chrUn 224042606 593 - 349519338 TGTGATAGCAGAGATTAGCATTGTAATCCATTTAG----CAAAGAACAGCTAATCCACTTTATTACTGTTGAAAAGGAATCAGATAATGTTGCTGAGCACCACTGCAGCTGCCTTAATAATTTTAGGACGGGTAAAAATACTTCAAGACATTATTATTATACTTTTCTGACAATAAAGTGAAGATTGGTTGTTTCTCCACAAAGCAACCTTTAATCAAGGAAAT----TAAAGTATTTAATTTGCCCGTCTCAGTGGTCCATTCATTCACCTTGCTCCC-TGCTGAG--------------TAACGATAATTTCCTAATGCAA--TAATTCAGCCACTGCCATGG--------ATTTAAATCTTCCAAAC----TACTGACCCTTACACGCAG---GTTTCACATCTACGGCCAGGGA--AGCTGAGG----------------GGCACTCATCATTGCATACACACGCATGCTGT-GTACAAAGCACAGCCAC--------GGTGCACCTCAA----------ATTAACT-----------GGGCAGATTAGATAACCTCACCTGCTGAATCTGGCCGCGTCTCACATGGACGCTCCTTTCTCCTT---GCCTCCTTCTCTTGTTTCCCCATCTTCTGTT---CCCCGTCTGCTCTTTTCTTTGCA--CCTGACCCCACAGTGCATAA a score=6970 s danRer3.chr4 16743328 159 + 33808418 TTTATGTTCTCTCTTCTTTCAGATTCGGGTAGATGGTCCAACCTATGGTGCTTTACAGTATGAAACAATCCAGGTGGTCGACAATGGACCGATCCTACGAGACATGGCATTTTCATCTGATCAGCACTTCTTGTACGTGATGTCGGAATCACAGGTGAG s fr1.chrUn 224044392 156 - 349519338 TTTGTGTGTTTCTCTCCTCCAGATCCGGGTGGATGG---ATCCTCTCTGGCGCTGCAGTATGAGACGGTTCAGGCGGTGGACAATGGGCCCATCCTCAGAGACATGGCTTTCTCCTCTGATTTTCACTACCTCTATGTCATGTCGGAGACCCAGGTCAG a score=2454 s danRer3.chr4 16744804 71 + 33808418 TCGCAATTAGCCTATTAGCCCAGTTAGA--GTTGTCATCTGGTTTCTGTTTAGTCCAAACATCAGGGGATCAC s fr1.chrUn 224045470 73 - 349519338 TAGTAATTAGTCTATTAGCCCAGTTAGAGGGCTGGCCTTCAATGAAAGTTTGGGAGAAACATATGGGAATTAC a score=1477 s danRer3.chr4 16744964 113 + 33808418 CACATGCACACACGTGCACACTGAAAGATTTATTCAAGCTTGCTTTAAAATTTTATGATCTCTGATG---------TAACAC----AGTGCTTCTTGCATCACTAGCATCACTATTGAATCCACAG s fr1.chrUn 82730852 126 + 349519338 CCCAAGTACACACATGCACACACACACATGCGCTCATGCCTGTTGATGTGTGTGATGGCCTCTGCTGCTTCCTTATTAACTCCTCACATGCTGACTGGAGCATACACCTCATTACTGGCTGCATGG a score=1954 s danRer3.chr4 16753086 303 + 33808418 TTTAAACAAAATTCTGCCTCAATAGCTAAAGAGGTCTTGAATTTTCTGTCACCTTTCATTTTAGTTGCCTTGAACTTTCATATACATCCAAAAGAGCTGCACGAAATGGCTCTGAGTGAGTGAGGAAGTTTGTTAATGCCAGCAGAGGAGCATTGAGCTACAGATGAG--CCCAGTGGATTAGACTCCATAATAAACCACAGCTCAGCTCCGAGATGACTGAGAA--ACTCTGCCAGTCAGTCAGGTCTGC-------AGGA-------TTTACTGACGGATTTCATGAAGAGAGAGAAATGGAAGAGGGCTTCAAGTTTG s fr1.chrUn 337697779 273 - 349519338 TTCAAACCATCCCCCGTCTCTTTGGCT--------------CCTTTTTTAACTTTTCATTTCCGTTGCCTTGAACTTGTGTTGGCAGCCATAACTGTGGCACGAG--GGCGCTCACAGAGTG-------TTCTTTGTG---------------TGGGCCATAGCTGTGGTCCTGTTTGTTTGGCCTCCTTAATGAGCGCCGGTGC---------CTGGCTGAAAATCATACTCACATTTTCTCGCATCAGCGTTGCCGATGAACCCTCTTTTTCTGATGGTCTCTGCAAGCGCAGAGCAAAAAAAGAGGG-TTCATCTTTG a score=1904 s danRer3.chr4 16756465 37 + 33808418 TCTGTTTTTTTTTCTCATTTGGGTTGTTCTTTTCCTT s fr1.chrUn 224046438 37 - 349519338 TTTGTTCTTTTTTCTCATCTTGGTCACCCTATTTTTT a score=2672 s danRer3.chr4 16758417 137 + 33808418 CGGCTGTCATC--TAAACTGT----GATTGACAGTAGTCATCCACCAGTGACAAGTCATCAATCAAA---GCAAAAGAAAGCGG--AGGGCCCCAGGCTGTAGCCATGGAGA-CAGGGATGGCAGAGGGGC--------CCTCGCCTTTCAACCCTG s fr1.chrUn 224051677 157 - 349519338 CAGCTGCCATCCTTGAGCGGCAGCGGAGTGACAGCGGTCATCCACCAATGAAGGCTCATTAATCAAAAGTGCCAGCAACACCTATTATTGTCCCGTCCTGTTGCCGTGGAAACCAGCAGTGGCAGGAGACCAAGATCTACCTCGGTTTTGTCTCCTG a score=1018 s danRer3.chr4 16758630 193 + 33808418 AAGTGTTAATTGGCTGTAAACAGTCAGATGCTCTAG-------------CTGGAGTTGAC-----GTCCCATGATGAATGCTCTCGGCAGATCCTTATCCCGCTGTG--------------------------TGTGACAAAATGGCACGCTTATCAGTCTGTGCTTTCATTATT------CTTTGATTATTTGCCATTGCA---CATTGTCTTTTTGCTTTCTGTTTGTGtaaaatttttagtat s fr1.chrUn 256119272 245 + 349519338 AAGTGTAAAATGGATGTAAACAACCAAATTTCCTAGAGGGAAAAAAACCCTAAGGCTGACAAAAGGACAATAAATGCAGTCCCTCTTGTACTCATTAGCGATCTGTGTTAGTTGGGTCTATATGGAAGGATTCTGTGACAGCATGTAAGCCTAATTTTCTTATACATTTGTAGTTTTCAGCCTTCAGATATTTTCCAAAACAGGTTATTGTAGTTTGTCTTTTAATCTGTG-ATGATCTTTTGTAT a score=-481 s danRer3.chr4 16758923 84 + 33808418 TAAAACATTTACCTTTACACTGAGACATACTGTAGTTGAATTCAACTTAGTT--TGAAGACCTTAAGAAAGACGGATAACTCAAAG s fr1.chrUn 332922788 75 + 349519338 TCAGACACACACACACACGCTGCTAAAT---GTAATGGAATGCTGAATCGTTCTTCATAACCCTAACAAG--------CCtctgcc a score=6695 s danRer3.chr4 16759045 225 + 33808418 TCTCCAGCTTACCCGTGTGCCGGTGGAGGCCTGTGAGCAGTATTCGTCCTGTAACGAGTGCCTGGGATCTGGGGATCCTCACTGTGGCTGGTGTGTTCTCCATAGCATGTAAGTACAACCCTCCTGCACTTTGCACACCACGCACTGTCCTGCCAAATGTAGAATAATGCCATTCCCACACTACAAGAGTTTCTAAATCTTACCCG-ATTATGAAAGATACAGCAC s fr1.chrUn 224052080 201 - 349519338 TTTGCAGCTGTCCAGGGTGCCAGTGGAGGCCTGTGGTCAGTACTCCACCTGCAGCGAGTGTCTTGGTTCCGGAGATCCCCACTGTGGCTGGTGTGTCCTGCACAACACGTAAGTAAAATTTTC---TGTTTTGTAA----------GCCTTACTAA---CAAAAAAAAGTCATTGC---------AGACTTCCAAAAAGTAGTTTGCGTGAAGAAAAATACATCAC a score=2522 s danRer3.chr4 16760969 180 + 33808418 ACATTTTCTCCACTAATGGATCT-------CAGACTCTTGTGCACACACGGACACAAGTAAACACACATACTCATACAAGGCCCACATTTCCTCCCACTGTT-----TAAAAAGTGAGCGTGATAGATGCTTTAGGGCCT-CAAGGGACATCCACAATTCCCACTTCACTGTAAATTGAAAATTGGATTCTCG s fr1.chrUn 224052693 167 - 349519338 ACTTGTTCCCTGCTGCTGGTTCTGTCTGTCCATTCTCTCCTTCACACAGATGTACACATTCACACACACACAC--------CCCAGGTGCTGTCAAACTCTTGTCCCTCAAGATTGGAC-TAACAGAT-----AGTGCTTGCTGGGGGCATC------------TCCACTGTAAATTGAAAATTGGTTTCTCG a score=-337 s danRer3.chr4 16763825 647 + 33808418 GAAAGTTTAAAGTCAAGGGGCATTAAA-ACATGGAA---CACTTTGTCA-AGATGTGTCGAGAAGGCAAGGAAGAAAGAAATGTGCTGAAACATCAATGCATGTTTCGTTTAAATGTCTTAAG----ACA-----AACCTGAGGCAACAGTAATACCATTAAA---ATACCCTTTTCAGATCTGAGGCCATCTGATTGGATAGCAAGGGAAAACAGACAACTATCTGTGAATTGCTGCTTAGTTT--AAGAGCCTCTCTGCA-AGTTTGTTTATCCCAATCAACCTTCAGATAACCTCCCCCTCACTATCAGCACAGGAG---CAAAGCCGCCC--GCACCAG-------------ACTGCTGTTTACCCAGAAGATCTCCAGAAGAGTCTGTTAGTCTTGGAAAACAG------GACCAGAGAGGCAAAAATCAATAACTCTAGGAGAGGGGAGGGTGCTCCCCAAGTTTAAATGTTCAGAAGTGTA-ATTTATGGAGCAGTTTGTTTACTCGAGGCTTTCATTTTTACCCGTCTTATCCCT-----CTTTGCTGCTTTGACTCTGAAAGGATGTTTGTTCATGTTTATGAGAGAAT-AGGTTTCTTTTTTAAATTGTGAGACGACAGTTAGTCTGTGCCAAACAACATGAAGTTTGCACACTCTTGCATATTAAATTTGTGAAAAGCAAAATAAAA s fr1.chrUn 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danRer3.chr4 16897879 520 + 33808418 TGAAAGCATTTTTCAAACATCTACTGCCAATTGTCACTTCAGCTCGATTTTGTCTCGTTACAAAAAAGGTAATCAGTCACACAGAGAAAGTTTGGCTAATGCATCTTGATCTCCTCAACAAAAACCTCAGCGTAAACCACGCATTGGCATTGTGCTG------CTATTTCTGAAGCTTGATTTAG--AGCACATTCATAG-CTGCTGCAAATTAACAAGCGTGCAAATGATTTGCTTCCTTCTTAAGAACACAGGCAGAGGAACGGTTTTATGATTAAATCTCATATTAACTAAGTAATTTATT--CAGCAACAACAAAAAATCTAATATAAAGAAAAC------------------TATTTGAATTTCAAATTTAACCAGTTCAC--ATATAAAAGAGTCAATATGCACTGTGAAGAACATTTTTGTAAA---------TAGTAATAAT-AAACATGCTCATTTTGATGCTTATACATGATCAATTAGGATATATATTTTCATTGTTCTTTCCATATTAGTAAAAATCGAAATGTTTCAAAATGTTTTG-GTCATTTACAT s fr1.chrUn 290454024 526 + 349519338 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AACTGCAGGACAATTAG-AACCCACGGAGACCTAATTACAGCCAAGGCCAAGTCTCCAGCTTCTTCTAATGGAGCAGTC---GAGCACGTCCCCGGGGCAAAATCTTCTTGCCAGTTAATTATGCCATTATTCTATTATACCAGATTGACAGAGAGGTCCAGAGCTC-AGCTTGACCTC-CAGCACTCAGTG a score=6065 s danRer3.chr4 16902970 297 + 33808418 GGCTGGAGACTCCATCTAATTGCATGATGATGGTATTTTAAAGTCTTCTTGATTATAAAGCTGCAGCTAAGTGCTATTGATCTGGGACCTGTAGGGGATGTCT--CAGTCATGCGGTATTAGGAC-CCAAACCATTCC---ACCATGCATTATTCAACAGGCA-ACTGACAAG------CTCTACTGGCAGCCAGCAATCCCAGGGCAACAGGAGCTCAGCTGTGACTAAC---------TTCCCTGGCCAAACGCACACACATGCGCACGCACACTCGCTCGTTCCCTCACTCACATACCCACTGGCCCCTGGCTAGG s fr1.chrUn 41819191 306 - 349519338 GGATGCAGAGTTCAACTAATTGCCTCATGG----AATTTTGTGTCTCCTTCATTATAAAGCAGCTTCTAAGTGTTATTGATTTAAG------GAGGGCTGTCTCACAGTCGTGTGGTATTAGAAAGCCCAACTGCTCTGAGGTTCTGCATTATTCAACAGGCATTCTGACATGACGCCTCACAAGGGCCTGCCAATTCCTCTCAGGTGGCATGGGAATAGCCACTCTCAACCATCTACCTTTTTCTCATcacacacattcacatgtatacacacacacacacacacacacacTCCCAAA---ACTGGTTCATGGTAAAG a score=8550 s danRer3.chr4 16904236 193 + 33808418 ATAATGTATCTTTGTTTGCACCGATTGCAATTATCATGGGGATCAATGAACGTGATCAATACTTTACAGCAATTAACATTTAATATCCCTGCACAGCCACTTAGTCCATTAATGGGAGATTGATTATTCCA----TGGCCTTGCTGGAGCTCTGAGTGGCACAGATCTATTTCCTCTGTCTATCACGCAGAATCAGG s fr1.chrUn 41819949 193 - 349519338 ATGATGTGTATCTTTTT-CACTGATTGCAATTATCTAGGGGATCAATGGGTGTTATCAATACCTTACAGCAATTAACATTTAATATCCTTCCACAGCCACTTACTCCATTAATGGCTGATTGATTATGCAAAGGTTGGAAACCCTGCAGCTGGGAATGGCATGAA--TATTATTGGTGTCGGTCA-ACAAAGGCAGG a score=2934 s danRer3.chr4 16906779 250 + 33808418 GGTTCTGCTATATAAACACTTTGTTT-CTGCTGACGATCAGAGGGATGA-GCCGGCCGCTACATCCACAGTATTGATCCTCTGATTAGTTTCCTGCAGTTACTGCTCTGAGAACCA------CCGTGGAAACGGGGAGGATTATTTTagggagggggagagagaaagagataaaaagaaaattggaggaaggagagaaagaagggag-ggaggaaTAGTAAAAACGGTTAAGAGCAAATAACCCTGGACCCCGGTTTTC s fr1.chrUn 41820826 241 - 349519338 GGTTTCGCTTGATAAACACTTTGTTTTCTGCTGACGATCAGAGGGGGCATTTCAAAGGATACGTCGACAA-ATCAATAGACTGATTTGTTCCGGCTTCTCCCTGTTCAGACGCGTGCTTGTCCCTTGAGAAGTGGCTGAATGGACTTACAAAAGGAAGG------AGCGATGAAAAGAA------GGGAGCATGAGAATGAAGAAAATAAATGAAACCCAAGAAC--TAAAGAGCGAAT---CGTGGACGCGGAATTTC a score=5773 s danRer3.chr4 16921012 379 + 33808418 AGAAATGAGTTGAAGGAGGAGTTTCTGTTGTGTGGCTCAAATGGGCTTTGAGTGCTGCATT-TCCAATCAGTCAC-AGCTGTGTCAAGGCATTTTTCTCAAGCTCTCCTCTCCCCCTTTTTTACTTAGTTTTGGCTGTGGAAAGGCGCAAAGAAAGATAAACACATTCGGCACTTTCTGTTTAAGGTTCATTACACAG---CCTCAATCTGGGGCGGGAGAGTCGGCGAAGAGTTAATTCCT-CGCCGTGTGAGAGAAAA----TGCATTAACAGAGTCCTATCCATCTTCTA---ACTGACATATCCATTTAAATGTTTGCCTCTTATTTCTAAAGAGATGCGGGCCGAAGATCATTGCTCTCTTTCTCTCTTCTATATACACTTGCTCAC s fr1.chrUn 168660756 326 - 349519338 AAATATGAGATCGAGAGCATGTTTGTG-----------AAATTGGCTTGGAGCTTTGAGCCCTTCAATAAGTCATGAGTCGAGTCAAGGAATTTGGGT------------------------------TTGTGGCAGCTAAGACACTGGAAATAAGATAAACATGCTCAGTGCTTCCC-TTTAAGGTTCATTACTCTGATGTCCCATGTGAGCTCGAGAAAG-----GAGGAGTTAATCCATACAGAGTGGGAAAGAAAAAAAACACATTAACCGAGACCTATCCATCTTCCGGCTGCTGACACCTTCATTTAAAT------CTCTTATTTCGAAAG-GATGTGGAGGGAGAATCG------------TCTTCTGTATGTACGACTCTTCAC a score=4511 s danRer3.chr4 16927478 168 + 33808418 aagagtatgacagagagagagaaagagagggagaaaggagaTGGAATTTAGGGCCTCAGTGCTGCCGAATTGCTCTCTCACACCTCTTGACTGGACACTTTAAAAGAGAATATAAAAGCTCTCC----AGGTGCTTATCTCTGGCCAGTGTTCACAGATCCAACTGTTCACC s fr1.chrUn 168663740 163 - 349519338 AAAACTTCCACAGGGAG-GACAGATACAGGAAGACTGAGGA--GTATTTAGG-TCTCTTTAGTGCCGAATTGCAGCCCC----TACTTGATTGGGTGCTTTGGGGG-GAATGGAAAAGCTCTCCTGCCAGGTGCTTATCTCAGACCAGGGCTTACAGAGTCAACCGACCGCC a score=5973 s danRer3.chr4 16928782 298 + 33808418 AAGCACGGCAGAGCAGACGGGCCCTGGGATTCAGTGAGTACCGCAGGGGATTACAGATGGCCCTTCAAATTAAATCAAA-----------TAGTACAGCTCAGGTTCGGGCTTATGGCCGCCTACGGCTCCAGGAGAGGTGTATAGGACTGG---AGCTGGAGCCAGCGGCTGCGGAGAGAGC--GAAAATCACCTCCAAATGAGTTTCTGAAATATCTATAGATAAATTGAATTTGAAAA----TCTTGACAGTGAGTGATCTG-AGGCTGGTTGAGGAGCAAGTCAAAGGTGGCAGTTGTTCTTTCACTGCTCTTCA s fr1.chrUn 168665238 306 - 349519338 AAGTACAGCAT----GTGGGGCTGCAGGCCTCTGTG--TCCTGCAGGGGATTACAGATGGCGTTCAGAATTAAATCAAAACTGTGCTGACTGCCAAGGAATGGGCTCTGCATCACGGCGGGTAACA----CAGGGATGGAGGGGAAGGCTGCCACAGAGGGAGCAAG-GGCTGCAGCCGCAGTTTGAAAATCGCTTTCAAATGAGTTTTTGAAATATCTAAAAATAAATTGCCTTTGAAAAAAAGTCAACACA-TGGCTGATACGCCGGCTGGATGGGGGCCAAGAGAAAAGTGGC-TCTCTCCTTCAATTTGTCCTCA a score=1728 s danRer3.chr4 16932090 357 + 33808418 AAGATTTTTGTGACAAATGCTCCAGGTTAATTCCTAAAAA--GACACAGGGGGATGCAAACAACAACAAAAACTGCATTAAATGGGACATTTGCACGAACCATCCAAATGTGGGAGTTTTTATTTTGTTTTTCACTTTTCATTTGTCTTAGATCATCACAGCAAA--GATTCAAATGAGAGTTCCTGAGACGCGCACAG-GCATCACCCTAATGTGTTTCTTTCTGCCA----------CATCTCTTTACAAAGATAGACCATTAAAGCTGATCACAGAGGCATGTCTAGCATCAGTTCAGTCTTTTTTATTTGCTCGAGGGAGGATGCCCT----TCATTAAAATAACAACGGCTCATCTCATGCATATGGAAAT s fr1.chrUn 168666192 359 - 349519338 AGGACTTTTTCCATCAATAGCCAGGATTTTTTTTCAAAAAATGTTCCAACAGTCTCAGAATCTTATCAAGATC--CACTAACCTGACAGTGCAAACTGGTTTCCCAAGACTGAGAAACATTACACTGATTGTCACATCTGGCTGCCTACAATTTAGCAGAGCAGACGGAAGAAAAGGGAAGTGCAAATACTATGAAGAATGAGCCACTTTAATGTGGCTTTCTCTCTTAATGTGTTCAGCCTCAGTGCAGTAAAACAGATGATTAAAGCTGATCATGAAGGCACGTCTGCTATAAAACACG------------GTATGTGTGAGAATTTCCTCCAATCATTAAAAT---GACGATTTATCCTATGCAGATGCAAAT a score=6229 s danRer3.chr4 16935627 429 + 33808418 ACATTATGCATGTGCC-CGATTTACGGCAACTGC---CTTCATTACGCAAAACCTGATTAAATGTTCCCTCCAGGCCAAGGTAATGATCCCTC---ACCCATTGTTATTCATATTCGCTAAGGGTTCAGGGCTAAGCAGC-TCCTTGTATCTCCACTCTTG---------GCTCCATTAATAATG-TCTATTCAC---------TGCTGTAAGT------TCGGCATTCGTAAATGACA----------CCTGGGGGTCCTC-----GCAAATGGTGTGCGATTGCAGATGGGGCCTAGTGGAGAGTGTATTAATGTCCATTTGTTTGTGTGTTTGTGTCTGCGTGACAAGTGGACATATGTTATCTAGCATTTCTAGCAAAAGCCCAGATCGCCCTCGCTAA------TGCTCAG------------ATGCTCCCCAAAGAATC-ACAATGCACACATTTACATAATGCTGTAATG---TAAAAACAATCAAACCAGT s fr1.chrUn 168667697 479 - 349519338 ACATTATGAATAAGCAGTGATTCACAGCAGCTGCGTGATTAAAGACGCAGAGCCT--TCAGGCGTCCGG---AGGCC----TAATGATCCCACTCTGCCTTTTGTTATTCTCACTGGCTGAGGGCACGCCACTAAGCAGCAGCCCTGGATGTGTGCTTGCGCCGAATGAGGCCTCATTATTAACAAGCTATTCACACAACCTTGCGTTGAAACTGAGCACCCAGCCGTGATGGATGAAAGAGTCGGATGCCCGGGTGTCCCCCTGGCGCAGATGG-GCCTGCTCCCTCATCTTGCATGATGA------TGTTGATGTCCACGCGTGTGTGTGC----GTCTGTGTGTCAAACTGACATATGTTAGTGGGCATTCATTGCTGGCTCGTAAATTGCCCTCTCTGAATGCACTGTCCAGCCCCGATGGCGCACACTCCCTCAGCGATCGGCAATGTACATATTTACATAATGCTCTAATGCAATAAAACAAATGAATACAGT a score=1379 s danRer3.chr4 16937510 318 + 33808418 CCATATGCATATACAAACATCCGATTTTAAATGATTACAATTCAAATGTACTTTATTACATTGGACAGCGGCAACA-TTAAATCAGGAAGACTCTGCACAG-AGTTCAACAATCATTAATGTTGCCATCTTTCTGCTCAATCATCTCAGTGCCGCCGACTTTCCATCCGATGCATTCTCTAAATCATCTTTCCAGGCTCAG------TACCTCCCCAGACCCCCAGCATGCAGACAATCAAGTGTTTTCTGAATCACTC---GGCCCACCGCCTGATAAATTATTCAGCTGGATATAAGTAGACACTAAAAATTTAATGATTTGGCGAG s fr1.chrUn 168668227 310 - 349519338 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CTGTGAGTGTAGTGTGCACTTGCTGCTGCTGCATCACGTAGTAGTGTGTAGCACGAGAGGGAGGGGCGGGGTTTGTTCTGTGCACTTCGCTCGTGACCGCGCATCAGTCGCTGAGCCCAGGACGCGCGCACTCTGCTGCTCGTTCTTTGTCCTCCATTGCAGCTGGTGTTCACAGCTCCGCCGCACCGCGCAGGCCCGAAGTAGCGCAGCCGCTCTGAGGTTAGTGCCCTACCGCGCAATCTCCAGCCATTTCAGCCCTGGCGCAGCCGCACCAAACAACCCGGCAGCGT s fr1.chrUn 168676051 238 - 349519338 CTTTTAGAAGAGCGCGCATAGGCTGTCCCTGAACGCAGCACTAGTGCAGAGCGC-------------------TGTTGTGTGCGCTGCGCTCGTTGTATCGGCTGTGTCGCTG-------------------------------CTCTGTCCTCCATTAGAGCTCGGATCCAT--CCCCACACTACGGCGCAGGCCCGAAGTAGCGCAGCCGCTCTGAGGTTAGTGCCCTACCGCGCAATCTCCATTTATTTCAGCCCTGGCGCAGCCGCATCATCGAACCCGGCAGCGT a score=8061 s danRer3.chr4 16951652 320 + 33808418 ACAACTATGAACGCAAGTCAATCTGTGTGCTAATATCTTGTTTGTGTGTGTGCGTGTCTCAGTGTGTTTGAGTGAAACTGTATCGGGTGATGGAAGACCATACGGTGCATCAGACGGAGCATATGACCACTATCGAGGCCCACGCCGTCTCTCAGCAGGTCGGGCAG----------------------------------------------------------------------------------------------GTGCACGTCGCCACATACACAGAGCATGGCATGCTGAGCGCCGACGAGGATTCGCCCTCCTCGCCTGACGATGATGCTTATGATGACTCCGACATCCTCAATTCAACTGGAACAGATGAAGTCACCGCACATCTGGCTGCTGCTGGTAGATTT s fr1.chrUn 168677654 407 - 349519338 ACGATCTTGCCCACAATTCATCCTTTGTTTT----TCTTTTTAGTGATCATAC---TACAGATCTGCCGGGTAGACCAGGTGACTGAACATGGACGAACACGTTGTTCATCAGACGGAGAGCATGACCACAATTGAGGCCAGTGCCGTCAGCCAGCAGGTCCAGCAGAGGCACTAATAAATATAATAAACCGGGGAATGCCATCAATGACACAGTCCCATCTCTGTCAGCTATGATATTTAGAAGTTCTTGCCCCTCACAGGTCCACGTGGCGACCTTCACTGACGCGTCTATGATGAGCGCCGAGGAAGATTCGACGTCCTCCCCTGACGACGACCCTTATGATGACACGGATATTCTCAATTCAGCTGGCACCGATGAGGTCACTGCTCATTTGGCTGCTGCGGGTATACTT a score=8472 s danRer3.chr4 16952852 160 + 33808418 AACAGCTGATTTTTCTTTTTCAGGGCCTGTTGGCATGGCAGCAGCTGCCGCTGTGGCAACAGGAAAGAAGCGTAAAAGGCCTCACATCTTTGAATCAAATCCTTCAATCCGTAAAAGACAACAGACGCGCCTGCTTAGGTAAACttttttttttttcatt s fr1.chrUn 168678349 160 - 349519338 AAGAATTATTCTCTCTGTGTCAGGACCAGTCGGTATGGCAGCAGCTGCTGCCGTGGCAACTGGTAAGAAAAGAAAGAGGCCTCACATCTTTGAATCCAACCCCTCCATCCGCAAAAGGCAGCAGACCCGTCTCCTCAGGTCAGCGCCATTATTTTCCTTT a score=13667 s danRer3.chr4 16953550 395 + 33808418 TATATCCACAGGAAGCTGAGAGCAACTCTAGACGAATACACAACACGGGTAGGCCAGCAGGCTATTGTTTTATGCATATCTCCCTCTAAACCAAATCCTGTGTTTAGAGTATTTGGAGCGGCACCACTGGAGAATGTGGTGAGTA-----------------------------------------TATTTATTGGGCTTTTCCCTCTTCCTATT----------------ATTGTTGTTT---------------------------CTGATTTAATATCTGGCATGTCATGTAATCAGGTGAGGAAATACAAGAGCATGATTCTGGAGGATCTGGAAAACGCTCTGGCTGAACACGCACCCCCTGGTGGAGGAGAACTCAGCTCTGAACTTCCTCCGCTGACTATTGATGGGATACCAGTGTCTGTGGACAAGATGACACAGGTGGGCAGCAG-GTGGCGCTC-TGAGCCAGGAGTCAA s fr1.chrUn 168678618 469 - 349519338 TGTGCTTACAGGAAACTACGAGCCACCCTGGACGAATACACCACCAGAGTGGGCCAGCAAGCCATCGTGCTGTGCATCTCTCCCTCCAAACCCAACCCTGTGTTTAAGGTGTTTGGTGCTGCTCCTCTGGAGAACGTGGTATGTGTTAGTTTACAACAGGTTTAATCTGCAGGGTGAAAACAGGCCTAATGATCGGCTCTTATTTTCATTCCATCAGCAAGTTGAACATGAATTTTCTTTTACAATATGAGAAGAAAAAACTAGAAAACGGTTTTAATGTCTGCCCTG---------CAGGTGAGGAAGTACAAAGGCATGATGTTAGAGGATCTGGAGAACGCTCTCGCCGAACACGCCCCCCCTGGC---GGCGAGCTGGCCTCAGAGCTGCCCCCTCTCACCATCGACGGCATCCCAGTTTCTGTCGACAAGATGACCCAGGTCAGATCCAGTGTAACGCACACGAGTAAAGGAACAA a score=3924 s danRer3.chr4 16955589 263 + 33808418 ATTCGCCATGTTGTT--GTCTGTCACTGTCCAA---TGTCAGGCTTAAAGGAAGTGTGTTTGTGTTTGTGACACCGAGAGCAGAAGGGAGGGAACTGAGCTCTTTTGGGAGCTGATTTATTCC--TCCAAGCCAAATTTAGCCTGTGATGTGGAGGTGAACAGACGTTGCTACAGAGCAC--TGCAGTTCAATCCCC--GTCCTGCCTACGCAATTACCAAGGGCACCGGGGGCACTGGGATGAACGCCCATACAAC---TCAAT-GTGGCTTTATAC s fr1.chrUn 168680216 266 - 349519338 ATTTCCCATATTTTTCAGGGCTTTATTGTCACACCTTGTGTTGCTTCAAGGTGGT----TGGTGCTTGGGAGTTAGAGGAAATCTggggggggggggggc------ggggcgggATTTATTTCGCTCAGAACCAAATTTAGCCCTTGATGCCAAGGCAGGCAGACGCTGCAGTGCCTCATTGTGCAATATAATCCCTCAGTGATGCTTGCAT-ATTACC-AGGACACCGAGGACATGGGTACTAACCCCCACCCAGCCGGTCAGTGGTGACTTTGTGC a score=12129 s danRer3.chr4 16956574 169 + 33808418 GTTTGCAGGCCCAGCTCCGAGCGTTCATTCCAGAAATGCTGAAGTATTCCACAGGCCGAGGGAAGCCCGGCTGGGGGAAAGAGAGTTGCAAGCCCATCTGGTGGCCAGAGGACATTCCCTGGGCCAACGTGCGCAGTGACGTCCGAACAGAGGAGCAGAAACAGAGGGT s fr1.chrUn 168680806 168 - 349519338 GTGTTCAGGCCCAGCTGCGAGCGTTCATCCCAGAGATGCTGAAGTACTCAACGGGCCGAGGAAAGCT-GGCTGGGGCAAGGAGAGCTGCAAGCCCCTGTGGTGGCCCGAGGACATCCCTTGGGCCAACGTCCGGAGTGACGTCCGCACAGAGGAGCAGAAACAGAGGGT a score=10370 s danRer3.chr4 16957931 231 + 33808418 ACAGGTGTCATGGACGCAGGCCCTGAGGACTATCGTTAAAAACTGCTATAAGCAGCATGGGAGAGAAGACCTGCTCTATGCCTTTGAGGACCAGGTCACCACACAAGTTGCCAC------------AACAGCCACACACAGCATTGCGCACCTGGTGCCGTCACAGACGGTAGTGCAGACGATCAGTAATCCTGATGGAACAGTCTCACTTATACAGGTGAGCTCAGGTCCCAGCACAGGGAA s fr1.chrUn 168681050 243 - 349519338 AAAGGTGTCCTGGACGCAGGCGCTCCGCACCATTGTCAAAAACTGCTACAAGCAGCACGGTCGCGAGGACCTCCTGTACGCTTTCGAAGATCAGGTAACCACCACCACCACCACCCAGCACCACCTGACCGCCGCCCAAAGTATCGCTCACCTCGTGCCCTCGCAGACCGTGGTACAGACCATCAACAACCCCGACGGAACGGTCTCGCTTATCCAGGTAAGTTTTAGTTGCACTTCAGCGGA a score=9085 s danRer3.chr4 16959314 578 + 33808418 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CAGGTTGGCACGGGACACACGGTCGCCAAACTGGCAGACGCGTCAGAGCTGCCCGGT---GTGACGGTGGCGCAGGTCAATTACTCCACTGTGACTGACGGAGAGGTA-------------------------------------------------------------ACGGCGCACGTGCAC---------GTTGTTTTGATCGACCTGCAAAGCATAAA------------------------------AGACTTGGTGAATC-------------------------------------------------GACGCCTGATGTT-------TGTTTAATGCGCT---------GTGGC----------------------------------------------TGTGT---AGGTGGAGCAGAGTTGGGCT---CTCCAAGGCGGCGAGATGACAATCCAAACCACTCAGGCCTCAGAGGCCACGCAGGCTGTGGCCTCCCTGGCCGAGGCTGCCGTCGCGGCGAGCCAGGAGATTCAGCCTGGAGCCACAGTCACGATGGCTCTGAACAGGT a score=6771 s danRer3.chr4 16962427 273 + 33808418 TTATATAAAGCATTGTATCTTTAAAAAA----ACA---ATGTTACTAATTTCTT----------ATTTCATTTGTGTGTGTGTACAGTGAAGCAGCAGCTCACGCAGTAGCGACATTAGCAGAAGCGACTCTTCAAGGCGGAGGACAGATCGTGTTAGCAGGAGAAACGGCTGCTGCAGTCGGAGCGTTAACTGGAGTTCCGGATGGCAGTGGTACAAACATCTTCTACACATCACACACAATCACATATACACTCGCTGGGTGTTACTAAAATACATAAATGCATAACA s fr1.chrUn 168682667 276 - 349519338 TTGTATATAGTTAAGAATCCTTACAGACTTGCACATGTGTGTTACTACTTTTTTTAAACACATTATCCACTTTGTGT-----TGCAGCGAGGCAGCGGCACACGCCGTGGCCACATTGGCGGAGGCCACTCTTCAAGGAGGGGGGCAAATCTTCCTGGC---GGAGACGGCAGCTGCTGTAGGGGCACTAGCTGGGGCTCAAGATGGCACAGGTACATGATCTATCTATGAGGAGCACTCAGTCATAGAAGTAC------AATAACGTCAATCTAAACAAATGCCAAACA a score=2557 s danRer3.chr4 16962794 132 + 33808418 TTTAATCCCTGGGGTGTTTGTGGGACAGATGGTGTGTGTGTGTGTGTGACCTGTGTCACAGACTC-----CAGCCTCTACACTT-------CACGCTAATCCTCGCTTTGCCTCAAACACTAAGCGCTCTGCATATGCACGGCA s fr1.chrUn 168683182 137 - 349519338 TCTAATCTACCCTGTGCTGATGTGACAGATGGTGTGTGAGTGTGTGTG---TGTGTGAGGGAGTATCGCGCAGTCCATGTTCTTTTAAGGACACGTTAG----CGTCTTGACCCTATCATCAGCATCCTTGCATGCGTACTGCA a score=4025 s danRer3.chr4 16965669 79 + 33808418 CCCTGAGGAACCCTCTTAAAGGGCTTTGATCCTCTCCATTATCAGTGCATAGTCTAATCACAGAGCCAGCTGTCAGCAC s fr1.chrUn 168683618 79 - 349519338 CCCTCGGGGACCCTTCTTAACGGAGCCGATCCACTCCATTATCAGGCCATGATCTAATCGCTGCACCAGCTGTCAGCGC a score=10489 s danRer3.chr4 16970389 425 + 33808418 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s fr1.chrUn 297096928 1550 + 349519338 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ATAGTTTAGTTGTATATAATGTGTATAATGTTATGTATATTCTGGGTAATGTATTATAAAA------------TTGCTtatagttatatatatattat-atatatattaat-aataattatttacatctag----------ttggtatattatattatatagggatttatttatatattatccctgtaaataaacaaatgtgcatacttcataaatgtataca-attat--ttaattaatttatttatgttgtgtatatacatTTTTAATTATTTATAAAACGTGTAAAGATTTATTTATGCTTAGTGTATATGTTGTTTAGAAAATATTTTATATGTACA----CACCCAGTCCAT-ATACACA-------CGaatttattattttatttatatttaataatgtcatacatttcatctataattttcagaaaaaaatatttaa--aatata--------aaagaaatatttgtaaagt-----tatcgtaaaaaaaaaaaatatatatatatatCGTTTTTAATTAGAAACTTTGTTAataatataatataatataatataatataata-------------taatataatataatataacatTGTGTGTGCGT s fr1.chrUn 272629561 572 - 349519338 ACAGTCATGAAGGATGTAATG-ATATAGAACTTTATATAGAACAAATATTTAAATGTAAAAGGCAGAAAAGCTTTATTTACTGTTAAAATGCTGTCATCATAAGCATTAATCAACACTTACTATTCGCTAGAATGTCGACTTTTGTTGAATTTATTAATTTAACACTTACATTTATATTCTCTCTGTGCTTGAATAGCTTTACATATTTTAATAATTACTAAACATTACCATTTATAGATTCATATATACTGGATCCATATATAT-------------AAATGC---AACATTTGTTCTT--TCGATGTGGCTGCTGTACTGCTCAACTCTTAAAGGTTAAAGGGCACTGATGTGATGAGACAAAGTTGCTTTGGGCTTGTTTACTTATTTTTGTTCATTACAATTTAAAAATACAT-TATGTTATAGGGACGCCAGCACCTCATTGATGTAGTTAATTCAAAGAGTTGCTGGTCAATTGTCAGTTTCGCAGATGAGGCAAATATACA-----------------------ATCCGTGACAAATGTGAGACATAGAACTGTCATCGGGTCAGTGTTGGTTCCCTAATTCGAATTTGGACGAGCTTGGTTCTAAGT a score=4820 s danRer3.chr4 17095567 132 + 33808418 GTAAAAGTGAGCAGCACTTACCCAAAATATCATGTTGAAGAAGAACAGTAAATATTTGACTACTGGACTGACGAAAGTGTAGTCCTCGTCGT------TTTGCGTTGCTCTTTTTGCGTT----TCCCATGATTAAAGGTGT s fr1.chrUn 168735181 138 - 349519338 GTAAGAG---GAGGCACTCACCCAAAATATAAAATTAAATATGAAGAGAAGGTATTTGACCACAGGACTGACAAAGGTGAAGTCCTCGTCGTAGGTGCGTTCAGGTGCGC-CTCTGCGTTTTCCTCCCATGGCGACAAGTGT a 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gagaagctgcaggtgggagaggtcactggttggtgtacaggctgtcccttcaggatcgttgcgaagactcgtctgtcact---------------gggggcttacaaggatcagtctcatgctctccactcctctataaccaccacagcaattgctctggatacggcctggtccaagattatggaaacctctgaaaaaaaaaaaaaaaaagactaacataagATGCCGTTCAAATTATAATGTCTTTGGGGAAGTGTTCCTGGCTCCGTTTGCTCTAAATAATGCAGACTAACAATCCTTTAGACGATTTGGATTTCAAAAG----CATTTGTGTTTTATGTGTATGCTAACTTCAT-------------------------ACTAACG s fr1.chrUn 108678721 348 - 349519338 GAGAAGCCGTAAG-GTCAAAGGTTCCTGTTGAGTGTGTAG--TGTATCTTCAGAGACATT---CAAACTGCTCTGGCATTACGAGGAGGAAGGATGGTGACTTTCAGGAGACAATACAAAG-TGGCCAGACCTGTATA----------------CTCTGAGGACAGCTTTGCTGAACATTATGAGAGAACTTGTCGGCAGCGAAAAA------CCACATTGGACCACATTCGTG----AATATCTGACGTGAGTAGAGGTTGTGATCATCTG-------TGATGCGACATTGTAACCTACTTGAAAATCTACAGCAAAAAAGGCCTCATTTTTAATTAAAGT-TGGGATGACATCACTAAAATGATTTGAAGTAAAAATTTAATTAACG a score=4471 s danRer3.chr4 17104485 166 + 33808418 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taaaattaaataaaaaCAATCATGGATGATAAAATAGGAAGATTATGATAAAAGCGATTAAAAAAAGATAA--TGAAAACAATCTTGTAGAGCTTCAGTACTTTTTTTATGGTTCAAAAGAGCAAGGAGCACTTAAGGGTATTTTGAATCGGGGGATATTTCACTTAAATGACCCATGTATTCATATAAAAGCTATACCAATGTACTGTATATTTAAACAGGTGAATAGCTTGGATGAGTTTGTCTTGAGTATTAAAGATTTATTGCCAGAATCCATCCTATTAAGCTAACCGTCCACAGAAAACCACTAAAAACAAAAATGAGGCTTGAAATGATGATATAATGTTGTAAATGTCAGTATTAACAGTAACTGAAAAATGACA--GACAAAATAAAAAAATAATCAGCTTATTTTTCTGATTTTTTTT a score=4555 s danRer3.chr4 17105059 143 + 33808418 TCAACAGGTCTTGCTTATGCAATGCTGGCAGCTGTCCCTCCAGTGTTTGGCTTATATTCATCATTTTATCCCGTCCTGTTATACACATTCTTTGGTACCTCCAAACATATATCAATAGGTGAG-----ATTCTTGAGGTTTTTAATAA s fr1.chrUn 272223449 148 - 349519338 TCCGCAGGTATGGCCTACGCCCTGCTCGCATCAGTTCCACCCGTCTTTGGCCTTTACTCCTCCTTCTACCCAGTTCTCATCTACTTCCTCTTTGGCACATCCAAACACATCTCTATTGGTTTGTACTTGTCTTTCAGCACTTCAATAA a score=7413 s danRer3.chr4 17107515 238 + 33808418 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s fr1.chrUn 59911039 690 - 349519338 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s fr1.chrUn 59914942 1049 - 349519338 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fr1.chrUn 59916128 893 - 349519338 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A---------------------ATGTGGAAAAACAATTATGGCCAAGATTGTTTATTTACTTTTTGGTAACACTATATTTTACAATCTTGTTTAGCAAGCATG-CACTATTTACTGATAACATGCATACATAAACTAGTTAATAACAGGGTACTACCCTTAAACCTACCTTTAAATCT------------AACCTTAAGTCAGGTAGTTATGCAGTAGAGCACAGTACTTTCATATGTGCATTTTAAATCCACATACAGTAAAGTGCAGCAATTTTCAACAAGCATTTAGCTTGATTTTGATGTATGAGTGAGTACACAAGCAATCTGTCAATTTGCTTAATTATAGGCAGATCTGTCACTAGCCATTTAAAATGAGAGGCAAAGTGAATTTTAAACACAGTAGCCTGAGCTTTGttaattttataatacataaaatattttta-CACTACAAAACAAGGAGAGTTGAATGAAAAAGTGAAAACTCTTTGCCAGTAAGAGGCGCTTTTTGAAGTGCAGTTGGTTAGTGATGAAAT------------------GTGCACTGTACTTTTAGACCAGAAATGCCCAAACTAGGGCAAACTGATTTGGCACCCCTGTTATAGACACTACTTTACTTTGCTTTTATGTGACATTTCTACTCTCATCACTGCTCAACTCATGAAACACATGTTtcacaattcacagtgttaacaaactattaacgcaccctacaagcttaataaactagtatttagctgttttttaatagattgtaaggtagaacttgggtttaggttt--------tgggtaggattataga-----tgaagaataagatcatactttataactactaatgaacaggtaatatcc-taatatttaagccagtggttaatactgtg--------------aattgtgat s fr1.chrUn 150311538 786 + 349519338 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ctaaactgaagtgttaccTTTTTTCTTCTGCAGGTCAGAAGAACTTCAGGTGTACAGTGTGTGGGAAGTCTTTTACTCAGAAGGCACATGTGGAATCTCATATGGTTATACACATCGGTGCCAAAAACCTTAAATGTGACCATTGTGACAAGATGTTTGTGCGAAAACAAGATCTCAAACAGCACATGTACTCACATTCACTGT s fr1.chrUn 52353168 203 + 349519338 CTCAAATCATTTTTTTCCCCTTGTCTT-TATAGGCCAGAAGAACTACAAATGCTCAATCTGCGATAAGTTGTTCACCCAGAAGTCTCATGTGGCGTCACACATGCTCATCCACACCGGTGCTGAGAAGCTCAAGTGTGACCTCTGCGATCGGGCCTTCATCAGGAAACATGACCTGAAACAACACATGTTCTCTCACACGCAGT a score=2406 s danRer3.chr4 17134990 133 + 33808418 tatattaaattatattaaaatacaaaaatatatatttgtatgtttaaaaaattaCGCATTTATTATTAAATACGTATTTTTTGGG--GGTGGAGAATAAACTCACAAGTTAAAATATCTACACGTATATAAAGAT s fr1.chrUn 40023854 116 + 349519338 TACTTTAGCTTAGCTTAATTAAACAAAATATAT----------CTAGTATATTAAGCTTGTAATAT---------ACCTTTTGGGATGGTGGAGGACAATCTTACAATTTAAGACACACACACACACAAACAAAT a score=12263 s danRer3.chr4 17135203 493 + 33808418 TATTCTTGGTCTACTTACAATATATTCATCTAAA---CAACTCTATATTTCTATTTTCTCCGTTCCAGAGACCGGCAGATAAACTGTCCAAAGTGTGACAAGCAGTTCCTAAAGCCTGACCATCTTAAAAAACACTTAAACTCTCATGAAGGGAAGCGGGACTTCATCTGTGAAAAGTGCAACAAGGGTTTCCTCACTAAATACCACCTCACACGCCACCTCAAAATCTGCAAGGGCCCAAAGATCGGCCGGGGGGCCACACAGGGTgaggaagaagaggaggaagatgaagaggaggaagaagaagaggacgaagagagagaagCTGAGATCCATCCAGCCAATCAGGAGGAGTGTGCAATCGGAATGGGTGGTTATGCTTCTGAAAAAAATATGTAACTTATACAGTGCGTAACAGGATGAATCC----AAGCCTATTTATTATTCCTTTTTGTTCTGCCCATTAGACGCCTTTAAGTCCTTTTGCCAAACTTTATAT s fr1.chrUn 52353405 486 + 349519338 TGTCATCCGACTCTTTAAAAGCCATTCGTATTAATTCCAGCCATGTTCTTCTTCTTGCT---TTTCAGTGAACGCCGGATACAGTGTCCAAAGTGCAACAAACACTTCCTCAAGACCAACCACCTGAAGAAGCACATGAACTCTCACGAGGGCCGCAGAGACTTTGTCTGCGAGAAATGCCACAAAGCGTTTCTCACCAAATACCACCTCACCCGTCACCTCAAAATCTGCAAAGGGCCAAAGGTGGAGAGAACATCCAGgaaggagcaggacgaagaggacgaa---gaagaggaggacgacgggaggcgcagaatgaaaggaggggACAGACACATTGACAGCAGTGAGGACTGCGGTTTGGATGTTGGCGGCTATAACTCTGAGAAGTCTTTGTCGCCCTCTCATTG-ACAACACTGTGCCTCTCCAAAAGCC----TGTTATTTATTTCAACTCTGACATT---ACCTCTATAATTGTTATCGCAAAATATTCCAT a score=3297 s danRer3.chr4 17138102 126 + 33808418 ATGTCAAAGTCTGTGAAGCTCAATACCGGGGCTGATATGCCCATCCTCGGACTGGGCACGTGGAAGGTATGCTCTGGTTTCATTTCTGAGTGATCGT----ATTACATTATATAAGTGCATGAATATAGC s fr1.chrUn 119335916 127 + 349519338 ATGGCGACGAACGTGACACTCAACACTGGTGCACAGATGCCTATTGTGGGGCTGGGAACATGGAAGGTGCGTTTTGTTTTTA---ACGAGTTATAGTTATAGTTATAACATTAAACCCGATAGATATAGC a score=9428 s danRer3.chr4 17139836 924 + 33808418 aaatttacatgttgtggaaaaata------ctaaaagcaaattttaaaaagagaa----aaaatcaagagaagcaa----aaaatgtttaatttagttgaaattttgtaggttgtaatttaaaaatatatatattttgcttgaatttaattgtattatcttttcatttctaaatatgttcagtgactaaaatattattttaataaataatgtttaataaatctgt---tttgtttatatgcactaaaatacattgccatattcactgagaaatgattaaaatattcattttcagaatgaccacctccaactcaattatgctgagaactgtaTAAATGTACTCGAATGTTCTTTTTCCTGCAGTCTCCTCCAGGTAAAGTGACAGAAGCTGTGAAGGCAGCCATCGCTGCAGGTTACAGACACATCGATGGCGCCGCAGTTTACAACAACGAGACTGAGGTCGGAGAGGGAATAAAAGCCATGATAAAAGATGGTGTGGTAAAAAGAGAAGAACTCTTCGTGGTCAGCAAGGTAC---------------------------TTGATCGAAAATTGACG-----------------------GACGAGCTGTG-------------------------------------ATTTATTTA----------------------TTTTTCGCGATT--------------------------------------------------------------------------AAGGAAAGCTGATTT--ATTGCAT-----------------------------------------GTGTTTTTTTTTTC-TTTCACAGCTCTGGTGCACCTTCCATGAAAAGGCCTTGGTGAAAGGAGCTTGTCAGAAGACTTTAAGCGACCTGAATCTGGACTACCTGGATCTTTACCTGATTCACTGGCCAATGGGATTTAAGGTGATTGTTTTTTTTAAGCAATTTTTTTCTTCTGTTTTCATTTGTGCATTGCATTCAGTGTTTATGCAAGATCAGATCTCACTGTAA-ACCTTCTCACAAATGCCTTGTAGTCTGGATCAGAGCAGTTCCCACTGGACAGTGAAGGTTTGACCATCGGTGATGACAGTAGTTTCTTAGACACCTGGGAGGTATGAGGA s fr1.chrUn 119336533 1064 + 349519338 AAATTTCCCCGT-GTGGGACAATAAAGGACCTGAATCTGAATCTGAAATAGAGAGCCTCACCACTGAGTGGAGAAATTCTAAAACAGTTAATCCTCTCGTGATT--GCAGCCCATTTTATAGAAgtatatatatgt-gtgtgtgtgta-------tatatatgtatTTCTGCATA--------------AATCGTATAGAAATAAGTGA---------AAGCTGGAGGTCTGGATAAATGAGTTATTGCATCTTGTCTTCTGTTTTG--------------TTTTAATTTAATTGTTGACC----------------TTTTGGGAATCGAATCA------TCGAAACATCTGCT-----CAGTCTCCCCCAGGCAAAGTGACAGAAGCAGTGAAAGCGGCCATTTCAGCCGGTTACCGGCACATCGACGGAGCGCTTATCTACCAGAATGAGGCAGAGGTGGGAGAAGGTGTTCAAGCCATGATCACGGATGGCGTGGTGAAAAGGGAGGATCTTTTCATCGTCAGTAAGGTGCGGCGAGAGGGTGAAACATTGTCACGTTTCATTCATAAGGTGGCGTCTCCTTCGCCTCAGGTCTCGGTGCCCAGCCATGTCTCAGCTtgtttgtgtgtgtgggtgtgtgtgttggagtttgtgtatgcatgtcatgtgtgtgtgtCCTTTTTCTTGATTCTCCTGTTTCTCTTTGTTGTTTTTATCCTCTGTGAGGCACTTTGTGCTACCCAGTGTATGAAAAGTGCCATATAAATAAAGattgaattgaattgaattgaatAAATGCAATCCTTGAATCATGAATCGAGACGTTGACGTCTTCTTTGCTTCATTTTGTAGCTGTGGTCCACTTTCCACAAAAAGTCCATGGTCAAGGAGAGCTGTGAGAAGACTCTCTGTGATCTTAAACTGGACTACCTGGACCTCTATCTCATCCACTGGCCCATGGGCTTGAAGGTAA------CACTGAAAAGGCTTCTTTCTAT------------AAAATTGC---CAGCATCCTAACA-----CGACGCCAATGTAACACCTTTGATTCAATGT----TAGCCAGGTTCAGATGAGTTTCCTCTGGACGCCGATGGAAAGCTGATCGGTGATGACACTGACTTTGTGGACACGTGGGAGGTGAGTGAA 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ATTTTTTCCACTCTAT--------TCAGGTGGAGTGTCATCCATATCTGACTCAAGATAAGCTGATCAGCTACTGTCAATCCAAAGGCATTACAGTCACTGCATACAGTCCTCTGGGTTCTCCAGACAGACCCTGGT-----AGGCACATGAT---------GATGAT-----------------------------------------------------TATTACCACACA------ATGA----------------------CACCTTAAAGCATGTGGCGTTTTAT------------------------TTGCTGTGAATGATCAAGGTGCGG---------ATTGTGACTTTGTATATGGTTTTAATGAATAACATTGGTCCTCGT---------CTTACATTCAGGGCTAAACCTGAAGACCCCTCACTCCTTGATGACCCAAACATCAAGGCCATTGCAGAGAAGCACAAGAAGACAACCGCCCAGGTAATAAAAGACACCTGCCCTACAGTAG-----------------------TTCTCATGGCAGAGCCT------------AGGATTGATTCA---------TAGAGGAATAATTGTT-TGCCATCCACAT--------------------------ACAGGTGCTCATCCGCTTTCAAATTCAGCGGAACGTGATCGTCATCCCCAAGTCAATCACACCTCAGCGCATTCAAGAGAACTTCCAGGTGACT s fr1.chrUn 119338255 738 + 349519338 ATCTCTCTCTCTCTGTGCATCCTCCCAGATTGAATGCCACCCTTACCTGACCCAGGAGAAGCTGATCAACTACTGCCAGTCTCAGGGCATCAGCGTGACGGCCTACAGCCCCCTGGGCTCCCCTGACAGACAGTGGTCAGTTAAGGACACGATTGCCACGCAGATGCTAAATGTGCTGTTTTTGATTCATGCAAGAGTTGCATTTTTTCCTCTTTTTGATGTCTTGTCACACGCTCGAGATGAGAGGCCACTCGTGACTCTCGTTCCTCTTTGGGAGTGTGGCATTTTGTCATGTCACTCCATAAAATGGGTCATTTTTGTGCA-----AAGGTGCTATCCTCCCTTGTTCTGCTTTCCAAAATGCAATGGATGAATAACATTAAACCCTATAGATATATTTTTTAATGCAGGGCTTCACCTGACGACCCCCCACTGCTGGAGAACGCAGCGATCAAAAGCATCGCTGAGAAACACAAGAAGACGGCGGCTCAGGTG-TCACCCCCACCCAGACTGTAGCAGCTATTACCAAATCATGCTTCTTTTTCTCCCTGTAAAGTCTTTGTTCAATGGCAGCATTGATGCGATTCCTTGCTGTTGGACCCATTTTTATGTCAGTCGCTTTATTTAATTTCCATGTTAATTGTGCACCAGGTCCTGATCCGCTTCCACATCCAGAGGAACGTGATCGCCATCCCCAAGTCAGTCACTCCTCTGCGCATCCAGGAGAATTTCCAGGTAGTT a score=4273 s danRer3.chr4 17145571 136 + 33808418 CTGCATCCAAAGGTCTTTGATTTTGAACTGAGCGAGCAGGACATGAAGACCATTTTGAGCTTTAACAGGAACTTCAGGGCTTGTCCAATGCATTGGTGAGTACCAGTTTACGTTTTTAATTAGATTATTTTGGTCC s fr1.chrUn 119339065 114 + 349519338 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CACTTTACAAGCTTT--TTAACAACTTGCTTGCCCTTTACTTTACAACTGAACATATTT------AGGCCCTCAAATGGCTGGAATCATATTTAA----------------TGCACATAGCATATAAAATACAACAAACAA---------TAAGCTCATTTCTGTCA-----TCAAATAAAGGTAAAAAAAACACACAAGCACAGAAGCAACCCCCTCACCCCAAGAATTAGAGTTCAGACTTTAGTTATTCATTTAGAGCGTATACCTTTACTCTAAATTAAAGATTTGCCATAAAATAATACATGTGACATTGAAAACTCCCAAGTGCCTTTGTCCTACATCCTGTATATCCTATGGCAGAAATGGGCTTCCGGAGCAAACGGCCTTAGTATTCAGCATTCAGTGGAAAATCTTTATGTTTTGAAGCCCTG---------------------CAATAAAAGGAGGTAATTAGTTCGCCTTCTAGAAGCTTAATACTACACAAAAGGCTACAAAGGTCATTGTGTGTTTGCGTAACAGTGACTCACCATTCCAGCCCGAAAGCCCTAAAATTCCTGTTAAAACTCAATATGGTGTTCATCTCTTCTTTACTTAACTCGAAATCAAAGACCTGCAGGAAAAACAACAGCTTAATCTTGACAATAC-TAAGCATATATTGAGTATTTCTGGTTTCATTATGTTGTATAA----CTGCACAGCGCAAAGCAATACCTCAAAATTCTCCTTGATTCGAGAGGGAGTTACAGATTTGGGAATGACCACAACATTCCTCTGAATGTGAAAGTGGATTAAGACCTAAAAACAAAAACAAAGTCATCA--------------------TATGACGAAGGGAAAATAGCATGTAAGATTATATTCAGCTGACGGTTATGACACTACTTCAAGGTTCATGAATGTGGAAGCGTGGACTTGGTGTTTCATAAC s fr1.chrUn 119339941 871 + 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danRer3.chr4 17147610 94 + 33808418 TACCTGAGCTGTGGTTTTACCATGCTTATCTGCAATGGCCTTGATCTTTGGGTCCTCCAGTAGTGAAGGCTCATCTGCCTGTGCCCTACAGTAA s fr1.chrUn 119340858 94 + 349519338 TACCTGGGCCGGAGTCATCTGGTTCTTTCGAGCGATTGCGTTGATCTGGGGGTCGTCCAGGAAAGACGGCTCGTCGGCTGAAGCCCTTCGCCAA a score=4986 s danRer3.chr4 17149179 123 + 33808418 AAAATACTCACCATGGTCTGTTTGGTGAACCCAGAGGACTGTACGCCGTGACTGTTATGCCTTTGGACTGACAGTAGTTTATAAGCTTCTCCTGGGTCAGATATGGATGACACTCAATCTAGA s fr1.chrUn 119341007 123 + 349519338 AATGTTCTCACCAGCTTCTGTCGGCGGAGCCCAGGCAGGCGAAAGCCGTCACCGAGATGCCTCTGGAGCGGCAGAAGTGGATCAGCTTCTCCTGGTTCAGGTGCGGGTGGCACTCGATCTGGA a score=-5204 s danRer3.chr4 17149302 288 + 33808418 AATAAAAAT---------------------------------ACAATTATTTCAAGTA--------------TTTTC--------------AGAAGAGAACTG-----atggccctgt--------ttcacaaacaagaca--------tggcttaagctagaaataaaat------agttaaat---------tagggca------------------agtacttaagca---------gcttttataaaatcgcct---------cagaaaaacctcgtt--------aattgtgtgcatcttaagac-----------aaaaCATATGTGTT------GTCAGTTTATTCAA-----TAACTAGTCTAAAGCCTTCTCTGTGAACCTTGGGCTTTAAGTCGTCATCTGTTTCATTTTCTTAAAATGTGTTTGAGAATAAAATGAATGA s fr1.chrUn 230181074 443 - 349519338 GAGAGAGATGGACACCAACGCCTGCTTTGTTTAGCTAGCATGACTATTGGCTCAAATACAAAAGATTCTGCCTTTTCTGGGGGTGTGCGGTGGCAGAAAACAGGGAAAATGGCGCTGTAATCAAATTGGAGAGGCCAGACAGGGGAAAATGGCTCTGAGAGAATATAAGGTCACCACAGCTAAGTGGTTTGGCCTAAGGCAGAACTGCTGCAACATAACAGGAGATAAACAAGTTTCTCTGCTTTAATAAGGTGAGCTTGATGGTGCCATGAGGCCCTCTTGGCATTTAGAAACATGTGATCCTGGAGAATGGAGTCAAAAAGAACAAATACTTTAAAGATGCCGAGATTTACAGGATTGTGATTATATTCACGTTTCCCCTGTAATGATTTGGTGGACAGTGGTGATCAATCCCCCCCC--------AGGCTTTAGGAAGTGACGGCTTT a score=9067 s danRer3.chr4 17149590 309 + 33808418 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GGGGGAGACT-GAGCAGATGTTTCGATGATTCGATTCCCAAA----------------AGGTCAACAATTA--------------AATTAAAACA--------AAACAGAAGACAAGATGCAATAACTCATTTATCCAGACCTCCAGCTTTCACTTATTTCTA-TACGATTT---ATGCAGAAatacatatat-------------atacacacacacacatatatatacTTCTATAAA-------ATGGGCTGCAATCACGAGAGGATTAACTGTTTTAGAATTTCTCCACTCAGTGGTGAGGCTCTCTATTTCAGATTCAGATTCAGGTCCTTTATTGT------CCCACACGGGGAAATTTACAGTGCAACAACAGCAGAGCACGCAGAGAAAAATAAGATAAAATCGAATAGAATAGAAT----TTGGAATATACAAAGAGGATGTATATTTACAATAATCCAGGTAAATGGATACTCGAGGAGGTTTTATGCTTCAACAACCCTTAAATCCTCCACAAATCTGCGTTTCCTCTATTCTGATTGTTCATGGATCATTCTGGCTGACTGAGCTTTGCTGTGCACCCACATATAGCACATTTGCATGGTGGGGGGGTCCAATCCAAAGTTTCACTGCTGTAAAATC-------TGGGCGCCTCGAATGCCATC--GTGCATTAAAAAGGCTTTTAAAAAGTTACCTAATAACATTCACACGGTGGCAAATTGTGGA-ATCTAATTGAACAACACGGCCAAGTTTGAGCTCGGTCAGCAAAAACATATGATCCAAAACTGCAGAACTGATTTCACAAATA---AACTCTTAAAGTCAATGTCATGGCTGTAAGATAATAACAGACGCCTAGCTATATCTATCGGGTTTAATGTTATA-ACTATAACTATAACTCGTTAAAAACAAA-------------------------A a score=2826 s danRer3.chr4 17153104 72 + 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AGATTTGTGATGAAAATCC--ACCTCAA--ATGGGAATTAATTCGGTTATTTTAATGTCCTGAAACGCTGCTGTCGAGGACA-----GGAGAAACACTTCTGTTCTGGTTCAGTTTGGATTCTCCCTTTGCGTTGCGGGTCCGACTCTAGAGAGCAGATTACAATATT------------------TGACATTTATCTGA-------CATTTAAACCTGGGAGCAGAAACTGTGACAGCACTTTTCTGCATCAAAACAAATGAAGGTAAAAAA--TGCTTTGATGTCGGCTTAAATCGTTATTAACAGATAATCAG-AGGCCTTTTCATTATTCTTTTTGCCTGTTATAACAACATATTCAATCGTATCATGTG a score=21184 s danRer3.chr4 17156351 1393 + 33808418 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TAATACTAAATAGTTTTAAA-GTGGAAACCAACACAGCTTTCTCCACATACCCTGGAAAACCTGGAAGATTGTTTCCAAACATGGAAAATGAAGGAAAGAAAGTCAAATGTTCTGCTTTTTGCGTTAAAATTAAAATTTACGCACACGAGTGTACGACATAACAACGATCGAGTGTACGGTAGTTTTTCATATATTTGAACTCTGAATCTTCTTTAGGGTTCTCGGCTGCTT-TCTCCTGCCCAAAGTGTTCCCGTCGCTCCCCTGATGGGGTCCAGGTCGCGCCGGACGACGACAAGGTCCACTCTGAGACCGAGG--ACGAGAAGCT-GTCCGTCACAGATGAAAAAGGACGTTTTGGTTGCCCGGACTGTGAGAAGAGCTTCAAGTTCCAGTCCCTCCTCAAAGCGCACCGGCGCATCCACACGGGCGAGCAGCCC---------------------TTCCTCTGTCCCCA----GTGCGGCTGCA-GGTTCTCCTTC--AAACAGTCGCTGGAGAGGCACAAGCTGACCCACACGTCCGGCCGCAG--CTACGATTGTCTCATCTGCGGAGGCTTCTTCAAGTCCCTCCTGGCTCTGAAAGAGCACAGCAGCTCCCACGTGGAGAACGGCGAGTACCTGTGCCGGGAATGCGGCCGGGCGTTTGCATGGAAGTCGGCGCTGGTGAGACACATCAAGACTCACGGAAAGGACGCGGACATGCCGGAGAGTTCCTATAAATGCCCTCATTGCCAGCAGGTTTTCAGCTCCGCCGGCTACCTCAACAAGCACCTCCTGAGCCACAAA---GAGCGAGCGCACACCTGCAGCTGCGGGAAAAGCTTTAGCTACCGCGCGGCGCTCACGGCGCATCAGCGCACGCATCAAAAAGACCGGCCGCACGTTTGCGCGCAGTGCGGGAAAGGCTTCCTCTACAAGGGCGGCTTGTTGAGCCACATGAAGATCCACTCGGAGGAAAAGCCCTTCATGTGCTCCTTCTGCGGCAAGAGCTTCA-----AGAGGGAGCGCAACATGAAGAAGCACGAGCGCTGCCA--CACCAG-GGAGAACGTCTTCTGCTGCTCGCAGTGCGACAAGAGCTTCGTTTACAAAGCCACGCTGACCAGACACGAGCTGACGCATTCGGGCGAGAGGCCGTTCCTCTGCTCCGACTGCGGGAAAGGGTTCTTCTCCCACGCCGAGCTCCTGAAGCACGAGCGCTTCCACACGGGTCACAAGCCCTTCCAGTGCCCCCACTGCGGCAAGAAGTTCACCCAGTCCTGCTACCTGACCATCCACCTGCGCTACCACACCGGAGTCAGGCCGTACTCGTGCACGGAGTGCGACAAGCGGTTCCTCAGCGCCAACCGCCTGAAGAGGCACCAGCGGATACACACGGGGGAGAAGCCCTACCTCTGCGGGGAATGCGGCAAAAGCTTCAGGCAGTCGTATAATCTGAAGATGCACCAGCGGACTCACAT 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danRer3.chr4 17325750 873 + 33808418 CTGGAACTAATTTAT-CAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAATTTATTCCTTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTAGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAATTTATTCCTTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAATTTATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCTTTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAATTTATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAATTTATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAATTTATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGAAACTGGAACTA---ATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTGGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAATTTATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATTCATTAGATACTGGAACTAATTTATCAAATACTAGAACTCATT s fr1.chrUn 67150766 766 + 349519338 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tatgcgtgtaatgttgtttttgcattataaagtttattaaagctccaacgcaat--aaTATTGTAGTGTTTTTAACTTTTAGTAATCTAATTTTTATTTGCTACAAATTTAATTATCATTACATGACATTTATAAAAGGCCTATCAATATTGTGATATAATATTTGTTATACATTTATGATTATAAAATGCCAAAGTTAAACTTAATTTATGACGGTAA s fr1.chrUn 245542364 191 - 349519338 TGTGGATCCAAGCTTAAAATTGTTTTATAT------TCAAAGTTTTTGTTCAGCCAGATGTTGCAGCTGTTTCAATC---------CGAGTTTATGTT-------GATTCGAGCGCCCTCTCTGGACAA----AAGTGGTGACACAACCATGTGAAAGTTGACTTGT-ATACTTTGTTCAGTGTGAAGAGGCTAACGTACATCCAGTC-ATgaaggaag a score=20380 s danRer3.chr4 17370219 588 + 33808418 ttttaataattattattttgaatataaaaaatatatatttCCACGTATTGACAAAAACATTTTCCTAAAACGTATATTTTCTTAAAAAAAAAAAGAAGATAAAATACCTTAAAAATAGGCTAGGTTATAAAATGAAATATGTCA------TCAGTTTGCAACAGTTTTATAGGCTACAGATACAAAACAGGAGGATAGACATGTTTTGGACATCTGCACATGCAATCAAGTCAACGGCACTCACTTGACATTGGTGACGCA------CTGCTCCACGGCAGG---------TTTACGGTCGGTGTCCAGATCTCCGTGCCCGAAGGCCACCAGCCACCAGCTCATGGCGAACAGCAGCCAGCTGCACAGAAATGTCATGGTGAAGATGACCAGCGTGAAGCGCCACTTCAGATCCACCAGAGTGGTGAAGACGTCCTGCAGGAACCGGCCCTGCTCACGGATGTTCTTGTGCGCCAAGTTACACGCGCCGCTCTTGGCGATGAAGCGCGCTTTATTCACGCGGTCTCTGAACACTGGTTTACGCGGCACCCGGGACACCAGCGCCGGCAGCGCGAACTCCTCCGGGATGATGCTCTTCCGCGGCAACAT s fr1.chrUn 245542634 508 - 349519338 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tatgcgtgtaatgttgtttttgcattataaagtttattaaagctccaacgcaat--aaTATTGTAGTGTTTTTAACTTTTAGTAATCTAATTTTTATTTGCTACAAATTTAATTATCATTACATGACATTTATAAAAGGCCTATCAATATTGTGATATAATATTTGTTATACATTTATGATTATAAAATGCCAAAGTTAAACTTAATTTATGACGGTAA s fr1.chrUn 245542364 191 - 349519338 TGTGGATCCAAGCTTAAAATTGTTTTATAT------TCAAAGTTTTTGTTCAGCCAGATGTTGCAGCTGTTTCAATC---------CGAGTTTATGTT-------GATTCGAGCGCCCTCTCTGGACAA----AAGTGGTGACACAACCATGTGAAAGTTGACTTGT-ATACTTTGTTCAGTGTGAAGAGGCTAACGTACATCCAGTC-ATgaaggaag a score=20380 s danRer3.chr4 17408271 588 + 33808418 ttttaataattattattttgaatataaaaaatatatatttCCACGTATTGACAAAAACATTTTCCTAAAACGTATATTTTCTTAAAAAAAAAAAGAAGATAAAATACCTTAAAAATAGGCTAGGTTATAAAATGAAATATGTCA------TCAGTTTGCAACAGTTTTATAGGCTACAGATACAAAACAGGAGGATAGACATGTTTTGGACATCTGCACATGCAATCAAGTCAACGGCACTCACTTGACATTGGTGACGCA------CTGCTCCACGGCAGG---------TTTACGGTCGGTGTCCAGATCTCCGTGCCCGAAGGCCACCAGCCACCAGCTCATGGCGAACAGCAGCCAGCTGCACAGAAATGTCATGGTGAAGATGACCAGCGTGAAGCGCCACTTCAGATCCACCAGAGTGGTGAAGACGTCCTGCAGGAACCGGCCCTGCTCACGGATGTTCTTGTGCGCCAAGTTACACGCGCCGCTCTTGGCGATGAAGCGCGCTTTATTCACGCGGTCTCTGAACACTGGTTTACGCGGCACCCGGGACACCAGCGCCGGCAGCGCGAACTCCTCCGGGATGATGCTCTTCCGCGGCAACAT s fr1.chrUn 245542634 508 - 349519338 TTCCTGTCATCATTATCTT------------------CCTCC---------------CTTTCTCCTT---CCTCTACTTGGTTTAAAAATGGAAGAGGGGGAGG------AGGAGGGGGC---------AGAGGAAAGATGTCGCACACTTCAGTTTTTAAAAGTTTGATCAGTT------------CAGG------GACATTTTGT--------------------------------CTTACTTGACGTCAGTGACGCAGTAGTCCCGTCCTGCCGCAGTAGTCCCGTTCTGCCGCTCCGGGTCCAGGTCTCCGTGCGCGAACGCCACCAGCCACCAGCACATAGCGAACAGCAGCCAGCTGCTGACGAAGGTGGTGGTGAAGATGACGAGGGTGAAGCGCCACTTCAGGTCCACCAGCGTGGTGAACACGTCCTGGAGGAAGCGGCCCTGCTCGCGGATGTTCTTGTGCGCCAGGTTGCACGAACCGTTCTTGGCGATGAAGCGCGCCTTGTTGACACGGTCCCTGAACACCGGCTTTCGGGGCATGCGGGAGACGAGCCCCGGCAGGCCGAACTCCTCCGGGATGATGCTTTTTCTCGGCAGCAT a score=-301 s danRer3.chr4 17408862 222 + 33808418 TTACAACAAAAACTTCTCCTGAGCGTGTCAAACGCGCTTAATAACCATC-CCGCATCCACGG-------------TTTAACTTGGCGAAGTAGCATAAACTATAAGAAAAAAAGTGATTTGATCACAATAAATAGTTT--AATCCGTGTTCTTGGGCCAGTTTCTAGAATAAAGGCTGGAAAAGAGCAGAAGTGAGTGTTTGAAGCGCTTCTGAATGTGTGTTTCTGATGGAGATCGG s fr1.chrUn 114484785 201 - 349519338 GTA---------------------GTGGCTGTCTCGCACACTTCCCATCACCTCAGTCTGGGAGGGCTGTGCTGCTTCTGCTTTGGAAAACAGCCCAAGTTTCTGGAAGAAGCGTTG---------GAGAAACAGTTTCGAAACGCTTTTCGGGGACCAGCTCTGAGAGGAAA---TGGTGACGAGATGGAGGCGGGGCTGAAGGAGCTCTTCA----GCCTCTCTTGTGAAGATCAG a score=8856 s danRer3.chr4 17412588 147 + 33808418 TACATGTCGGCTTTGACAAAAGATGCAAACAGGCCGTCCTCCTGCTCCATGAGGATCTCGGGTTTTTCATACTCCATGATGCTTCCTCTCTTCATCACGATCACTAGATCCGCCGTCAGGATTGTGTGCACACGATGCTGCAGAAAA s fr1.chrUn 245545381 147 - 349519338 TACATGTCAGCTTTGACGAAGGACGCGAAAATGCCGTCTTCCTGCTCCAAGAGGGTCTCGGGTTTGTCGTACTCCAAAATATTCCCCCGCTTCATCACAATGACCAGATCAGCTGTGAGGATGGTGTGAACGCGGTGCTGGAAACAA a score=6733 s danRer3.chr4 17414403 216 + 33808418 TACTTGTGCGTCCGCACTAAGATGCCGAAGAGACTGTCCTCCTGTGCCAGGAGGTTGATAGCGCTGTCGTTCTCGACCAGAATCCCAGAGGAGAACACCAGCACCTGCTCCGCCTCCAAGATGGAGGAAACCAGGTGCTG-----TGGAGAAAAGACAGACAAGCAGAACGAGGAGAGCGAAAAACAGGGTGAACAGAGGAAAAAGAGTGCAGCAAATAGA s fr1.chrUn 245545821 221 - 349519338 TACTTGTGAGTCCTGACTAACACACTGAACAGGCTCGCCTCCTGGTCCAGCAGGTTCGGACCAGAATCACACTCCACCAAGATCCCTGAGGAGAAGACCAACACCTGGTCGGCGTCCAGGATGGAGGAGACGCGGTGCTGGTGGCGGGACGAAGGGACGGGTGGCaggaaagggagagagcgaagccgagagagaggcgatgggaggatgaggagagtgaa a score=4091 s danRer3.chr4 17415156 72 + 33808418 ACTTACGGCTATAGTGACGACCGTCCGATCAGCAAACGCAGTCATCACCACTTTCTGAAGAATATTTTCCTG s fr1.chrUn 245546123 72 - 349519338 ACTTACAGCGATGGTAACGACGGTTCTGTCTGCGAACGCCGTCATCACGACTTTCTGTAAGATGTTCTCCTG a score=8535 s danRer3.chr4 17416019 221 + 33808418 TACCGTGGCCATGTCAATAGAAGCTGTGGCCTCGTCCATTATTAGGATGCTGCTCTTGCGAACAAAGGCCCGGGCGAGACAAAATAGCTGCCTCTGTCCCACACTGAAGTTCTCTCCTCCTTCGGTCACCACAGCGTCTGCGGGACGAAAGTCAAACATAAAGCATGACCACCAACAGCTGTTCACATTTACTCAATATCGCTTTCCTCAGAAATCAAACT s fr1.chrUn 245546270 197 - 349519338 TACCGTGGCCATGTCTATGGAGGCCGTGGCTTCATCCATGATGAGGATGCTGCTCTTCCTGACGAACGCTCGGGCCAAGCAGAAGAGCTGCCTCTGGCCGACGCTGAAGTTCTCTCCACCTTCCGTCACCACAGCATCTGC---ACCCAGTTCACACATTTAAAACGGACTCCTGCTGCCACCCAAA---------------------CAGCCATTAGCCT a 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GCGTGTAAATACCGGATGGAGCCGCTGAACAGCACTGGGTCCTGGAGGATGATTGACAGGCGAGATCTTAGAGTTTGTAGAGGAAGCTTGCAGATGTCGATGCCATCAATGACAATCTTCCCtaaaaaaaatacaaaataa s fr1.chrUn 245547635 141 - 349519338 GCATTTGTGTACCTTATTGATCCGCTGAATAAGATGGGGTCCTGCAGGATGATGGAGAGGCGCGATCTGAGCGTCTGCAGAGGAAGTTTGCAGATGTCGATCCCGTCGATGACGATCTTTCCTGAGGGAGAGAAACCAGAA a score=-1771 s danRer3.chr4 17422100 439 + 33808418 ATATAATGCACTATAATTGATATCaaatata-------------------gtttattattttaaataaataa---ataatattGTGAGGCACATTTCAAATAAATATTCTGCCTGATACCTCACTTCAGAAGACGCTAAGGTTCCTCTATAAATCATCCAGGTCAGACAAAAACAAAGTCAATCCCTCAGCAGTGACAGTAAGACTCAACAGATCTGTGCGTTT-AACG-TCTAAACATGACATCATGACTG--CTTGTCAGAGTGA-CAGAAACCATACGCTACGAG--AACAAACAACACGG----CCACAGGAAGAAACTGGGCCAAGCAGCCGAGCACATTCGAGCAGCT---TTAAATGTCTTTTCTTTCATTTTTTTTGTTGTTCTTCAGGGATCCACAAAGGTCAGCGTCTCCCCAACGGCAAGCCAGAAATGCTCAGCGACCAACAATATGTCCGTAAACAGAGACA s fr1.chrUn 231615263 432 - 349519338 ATAAAATACCTTATAATCACCACCAAAAATGTTTTTAAATGGCATCATTTGCTTCTTTTTTTTAATCAACAATTTATAAACTTGTG-------TTACTGTAGAAAATGCTATTTTATG----------GCAGAC-CTGAGGTTTTCTCCTCCTTCTGCGACTTCATGCTGTAA-----TCCTTCCTGCAGCCCTGACA-CAAACTCCTTCAGATGGGAGAGCTCCAACACTCTCCAGATATCTTCATCACTGAACTTGTCAAATGGATCCAGGTTCATGCGGAGCGAACCAGAGAACAGCACCGGATCCTGCAGGAGGGGGTCAG---ATGCTTAAGAGCACAGTCTGAAGACTGACTGAGGTGTTT--------AGAGCGTCTGCGGTACCTGTGGTAT----GATTGTGAGTCTGCCCCTGAGGTCATGTAAGCCAATTTTGGCGAT-ATCTATAT---CATCAATTAGGATA a score=5336 s danRer3.chr4 17422542 98 + 33808418 ACCTTCAAAAACATCGACCATGTTGAAGAAAGCCAGAGAGAGAGAGGATTTTCCACTGCCCGTTCGCCCACAGATGCCCACCTGCCACATAAAGAAAA s fr1.chrUn 245548781 98 - 349519338 ACCTTCAAAGATGTCCACCATGTTGAAAAAGGCCAGCGACAGGGAGGACTTCCCGCTGCCGGTGCGACCGCAGATCCCCACCTACAGCAGCAGGAGGA a score=6582 s danRer3.chr4 17424222 298 + 33808418 TGTTGTGTACCTTCTGGCCAGGGTTGATGTGGGCATTGACGTGTTTGAGGACTGGTTTGAGCATGGAGTCGTAACGCACACACAGATCATGGATAGTTATTTCACCATGCTGAGGCCAGTCTTCAGGTACCTGTGACACATCTGAAATCACACAATAACAAAAAAA-----AAAC----------AAAAAAAAACAACAAACAGTGAATGAAATAGGTAAATATCATCATACTATAACCAAATAACGTGATAATAGAAACTAAACCTGACACATCTGACCAGTCATGTGACCTAAAATGGCTGCCATCATGAC s fr1.chrUn 245549311 292 - 349519338 TGTTAATTACCTTCTGTCCTGGTGTGATGTAGGCATTGACGTGTTTGAGGACCGGCTTGAGCATGGGATCGTAGCGCACGGACAGGTCTTGGATCTTAATCTCGCCACTCTGGGGCCAGTTCTCGGGCACCTGAGAGGAGTCTGCAGCGAGACAAACACAGGAAACTGCTCAAACTGACTGTTTGAGACCAGCGCAACAGAAAACAGACGC--TTGGCTGCTCCCCTGTTGTCTATGTTAGAGGCCTGGCTGGTATAAACAAGAGCTTAAAGGCC-------------------ATATGGATCACATCATAAC a score=2621 s danRer3.chr4 17424559 1060 + 33808418 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s fr1.chrUn 245549639 1121 - 349519338 cacacatgcatacatacatatataATTATTACTGTGGCACCTGACATACAGCTACAATAGTAAACATCATATTCATCATTTC---ACTATTCAAATCTGACTAAAGCATT----------------CACATGCACTCACATGTGATCAGACA---GGTGTAACACAGCATGCA-----------TCATGTACTACCC-TGATTATGGCCCAGCAGAACCAGAAGGTGGGATTTGGTTCTAGATTTTTGGTCAAATTTAACCAGATAATGTTACATGAAAATTTTGTCAAAATCCCTAAAAAGGTGGAAGGTCCTTTGGCTTTTATCTCTTTTTTTGCCTCCTTTCAATGTCTTTTTTTATGTCCAATCATCCTTTAATGTCAGGAAATGTTTTCATTACGATTCCAGAAATAGCCGATCTGTCTTG--GTCCTTTTTGGCA-----CATTTGTGGAGTTCTCCTTTTAAGTTCATGACTGAAAATGCTCCAGTTTATTTTGACTGTGTAAGACGTTGGTAATCTC-AACGGCAGGTTATATCAGGACTGATAAGAAAAAAGCTCTGAAGTTGAACCTTTTGAGAATAAACCCTCATCAGGTTGGACTCCAGAGGGTCCAGAGAGTTAAGGCTAGGTTATGATGCAAA-GAGGCGCCACACAAAGACC---AGAGGAGCTTTGGTTGGTTCCCATAACAACACAATAATCGCTTGAATAAAGTTGCCCAGCGAATCCAGGCAACGCTACGCTGAAGCAGGAATTTCACGTTGCCGACAGGCTGTGCAGGAACAGATCGTGGCCTTTACCCATTGATCCATCGTAGTTCTCCGACTCGGTGCTGAGGAAGCTGTTGACCTTCTTCACGGCTGCCATCTGCACCTCCAGATCTGCCAGGTTCCTCACAACCCAGTTCAGGTAGTTGCTAACCTGCACGACAGCAGAGATAAGAACCACATTGAGTAGGATTCA-------TTCATAGAGC---------------------AAACAGATAACAAATCACTG---GGACGGAAATCTCACCGTGAGGGCGTACGTGAGTGCGAAGCCCACCAGGCTCCTGGAGAGAAGATCATTGGGTAAACTCCTTATGGAGGCGACTGCTGCCGCGAGTACGATCAAAGCCCCCAGATAGTCCTGCACAAAAGATAGAGCCGTCATAAAAGA-AGGGTCCC 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TGAACTCCTTACTTGGAAGCGACCCGGAAGTATTTCTGTATGAAGTAGAAGGCCACAGCGAGGGGCACCAGTGCAATTAGGAAGGCAGGGGTAACAAAAGCAATGACTCCGATCGCCGATAGACAGAGTAGAGTCGAGCGAGTGAGAGACTCTAGTGTCGGGGGAATGTGCTGTGGAGAGAGAAAGAAAAAAGACGCACATTAACACGCATACGTCACATTCCTCGTCTCATTAATACGATAATGTTGACCGAGGTCACATGCTTGTATGTAGACCCAAGGCTGCTCGTCTCAAGGGTGTTCAAAATGAAACCGACGTACTTCACACTTGACTCTTTCTGTCTGGCGCTCTTTCTCTCACCTGATCGATGATGTTGGTGTCCGCTGAGAAACGATTCAGGATTTGCCCGAGCGGGGTGACATCAAAGAATCTAACAGTGAAA s fr1.chrUn 245551782 320 - 349519338 TAAAGTCACTCACGGGAGGCCACCCGGAAGTACTTTTGGATGAAGTAGAAGGCCACACCCAGAGGGAAGAGGGCAATTAAAAAATATGGAGTGATGCAGGAAATGACACCGATGGCAGAGAGACAGAGCAGCGTGGACCTCGTCAAAGACTCCAGTGTTGGAGGAATATGCTG-GGAGAGGGGAAA------------------------------------------------------------------------------TGTATTCAGAT------TTGCTTGGATCAG--------------------------TTTACA----------TCAGTTTGCACCATATTTGCTGTACTGGTCGATGATATTGGTAT-AGCTGAGAACCTGTTTAGGATCTGTCCCAGAGGGGTGATGTCAAAGAACCTGAGAGGAAAA a score=5152 s danRer3.chr4 17431877 314 + 33808418 GATGTGCAAGC---ACCTGATGGGAGCATGAATGATCTTATTGAGTAGATTGTGATGAAGGTTTGTAGCTGCAGCCACTCCAAGAAACTCTACGGTTAAAGAAGTGATGAGGCAAAGAGCTATTGCCGCTGCGCACAGGATAATAAAAACCGGCACATAGGAACGATGCTGTAA-------AATATCCAA--------AGGGTGTAAATATCAAGTAAAAGGAAACG-------ATTCATTGAAAGAAAAAGAGCTGATGCATCA-------CCTCTGCAATCTGAGTGGCGTCAT---------------CGTTCAG--------TGTGTGATTG------------------AAAGAAGAATTAACAAAACT--------TTGGTTGTGAGGG s fr1.chrUn 245552193 394 - 349519338 GACTTGGAAGCGATACCTGATGGGGGCATGGATGATCTTGTTCAGCAGGTTGTGATGCAGGTTCGTGGCCGAAGAAAGACCCAGAAACTCCACTGTGAGCGAGGTGATGAGGCACAACGCGATCCCTGCAGCGCACAAGACGATGAAGACCAAATAGTAGGGGTCGTCCTGTCACCATAGCAACACACGAGAGGATTCAGAGTTTCAGTGCAACGCATCAGGAAATGCTGATTAGTTCTCTAACACAGAGACTCTTAAAGCATGAAAAACATCTATTTCCATATGAGT-ATTTCATCTAACCTGTAAGATACATTCAGATCTATTTTGTTTTTTTGTCACATTTTAAACATGGAAAGGAGGAAATGATTTAACTACAACAGGCTGGTCAAAAGGA a score=6197 s danRer3.chr4 17432191 123 + 33808418 TTTGAGGATGTCCAAGCTGCAAGCCAATAGTCGATGGCCACCATAACCGAGTGCTTGGCCAACTTGGACGACACCATTAGGAAGACCATGAGGAAGCCGCCTGAGGAGAGATAGCAGCAGCAC s fr1.chrUn 245552699 123 - 349519338 TTGAAGAAGGTCCAGTGTGCCAGACAGTAGTCGATGGCAACGATGACCGAGTGTTTGAGAAGCTTGGAGAAAATCATCAAGAAGATCATGAAGAAGCCCCCGGAGGACAGGTAGCTCCAGCAC a score=8106 s danRer3.chr4 17432314 255 + 33808418 ATCTTCCATGGGATCTTTGAACGCCGGCTGGTTGTGGTAGACATGTTGTCGTCGTCTTCCTCCTCCACCTCCTCCTCTATGAAATGGAGGGGGGAAAAAAGATGTCCAAGA------CCATTTTTC------------------------------------------AGTGTTTGTGCTGAAAAGTTTACAACAG--------TTACCTTCATCCTCATCGTCAACATGGTTCTTTGCCTCTCTGGAGTAGAACGCTCTTCTTAAAGTCTTCCTCTCCAGAGTGGTCTGACTCTCCAGATCGGTATCCTG s fr1.chrUn 245552924 307 - 349519338 ACCTTCCACGGGATCTTCGATCCTCTGACTGTGGTCGTAGACATGTTGTCATCCTCTTCCTCCTCCTCTTCTCCCTCTGT----TGAGAGTCGAAAAAGAAATACTCACAAGACTTCCCATTTGGTAAAAAAAAGAAGCGAGTGAACCCAAAAAGTGAACAGGATGGAAGTGTTGGAGACAAGGATCATCCTACTGGTGTCCTCCTACCGTCGTCATCATCGTCGATCAGGTTCTTGGCCTCTCTCGAGTAGAAGGCTCTCCTCAGCGTTTTCCTCTCCAGTGTAGTTTGACTGTCTTGTTCTATGTCCTG 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ATAAGTTTGTTCCTACCAGGAAAACAATGTTGGTGTTCTGGTACAGAGCTCTGGCCACACAGATCCGCTGTCTCTGACCACCGCTGAGATTAATACCCTGTTGGGTTACAACACACAAACACAAGTTAAACACTTTTGATTCTGATGACGTAATGCAATAGTCATGGTAGTTTCAATAACAGGTCTTTATTCAATTAGCATCACGGCAGCTGAGGTCAGAGAGCTGGTTTCAAGCCCAGAGACAGTCTTACCCGCTCTCCGATTTCAGTCTGGTCTCCAAAAGGAAGGAGGTCGATATCTGGTTGAAGCGAGCAGGCATCAATCACAGCTTTGTATCTGT-CCAACAAA s fr1.chrUn 245554294 282 - 349519338 ATACAGTTGCGCTCACCAAGAAGACGATGTTGGTGTTCTGGTAAAGAGCTCTGGCCACGCAGATCCTCTGCCTCTGACCTCCGCTCAGGTTAATCCCC---TGAATCACAACAC-----CACAACAGAGGAACTTCTACATCCA--GAAGAAGCACATTAATC----------------------------------------TGACAGGGGAGCACAGAACATTAG-----------------GGCGTACCCGCTCTCCGATCTCAGTTTGGTCCCCGAAGGGCAGAAGGTCGATGTCAGGCTGCAGGGAGCAGGCGTCAATCACAGCCTTGTACCTGGAACAACAAA a score=7842 s danRer3.chr4 17436886 156 + 33808418 TGTCCTCACCTCTGCTTATTGAAAGGACTTCCAAACGTGATGTTTTCCTCTACAGTAGCATTAAGCAGCCATGACTTCTGCGTTGCATAGGCCACAGAGTACCTGTTTTTACTGAG--TCATGACAAGACAAGAAAGAAAAAAGGGAAGAATATTTAG s fr1.chrUn 245554622 158 - 349519338 TGCCCTCACCTCTGTTTACTGAAAGGGCTGCCGAAGACGATGTTTTCCTCCACTGTCGCGTTGAGCAGCCACGACTTCTGAGCAGCGTAGGCCACAGAATATCTGTTCTTGCTGTGCATCATGGGAAACAGAGGTAAAAGGTAAGGGAGAGAATCAAG a score=3280 s danRer3.chr4 17438648 113 + 33808418 GACTCCTAGTGAAATACCTTATGTTCCCATCGAAGAGTATCTCACAATCAGGCAGCCTGATTGAGT--------AGACCATTGGGGAAGAGGACACAGAGAAACAAACACACACACAGACA s fr1.chrUn 245557369 121 - 349519338 GACACCACACAAAATACCTTATGTTTCTTTCTTGAGTCATCACACTATCAGGCAGCCTGATACAGTTAGAGGGCAGAGTTAAGAGACAGATATCTcacacacacacacacacacacacaca a score=7070 s danRer3.chr4 17441214 406 + 33808418 CACACACACATCTGTGTATGCGCACGGTGGCTCATACAGCATAAACAACA-GCAGATGCAATGGACAGAGGGATATATTTGA----ACAGATATAGACTTTGATTAGCATCTGATGGATCTATCATGCAGATGTACTCCCAGTGATCGGTGGCATTAACACACGTTAAACATTCATCCGCTTTATGGGTTAGGAAACAAACGCTGTGGCCTCTTTGCGTTTTAATCTCAAGCTTCGTAAGCCATTTAGGAATGTATCAAATACGTTTTGGACAGTAATACTGCAA-AAGTGTCAG------------------TTCTCACTTGCTCCAGTAGACTTTTCCACTGATGGTCTGCATTTCACCCAGCATGGCCAATAACAGGGATGATTTCCCACAACCCACCTGGCCCACAATCATGGTCAGCTGACCTGA s fr1.chrUn 245557490 389 - 349519338 cacacacacacacacacacacacacacacacacacaca-catacacaGTGTGCCTGTGTTCTGATCAG-----TTCATCTGCCATTATTGATATGAACACTACAAAACATCCA---TATCTTAAATGC---------CATAAATGTCAACAGAAGCAGCATCTGTTGAA---------ACTTGAGAAGTT--GAACCAAAATTATTGATCGGTTATCATATTCATC---GGCAACCAAATCTATCTGG---------ATAAAGATTCTGAACAGGAACTTTACCATAAGTGGCAGATATTTATGTGCCTAAAGGTCTTACTTGCTCCAGTAGACTCTCCCCTTGATGGTCTGCATCTCGCCCAGCATGGCCAGCAGCAGGGAGGATTTCCCACAACCCACCTGGCCCACAATCATCGTCAACTGGCCTAA a score=4394 s danRer3.chr4 17443012 131 + 33808418 aCAAACATATCATTAATTGTCTGACAGCAAACCCATCACTGAGTGCTGGGT--ACCTGTAGGAATCCGGATGTTGATATCTGACAGCGTGGACAAATTACTTCCCCATGTGAAGAAGCCATCATTCACCTGAA s fr1.chrUn 245558079 133 - 349519338 ACCAATAAAACAATAATGGTTATAAATCCTCTACGTAAGTGTGAGCTGTGCTCACCTGTTGGGATGCGGATGCTGATGTCAGACAGGGTCGACAGGTTGCTCCCCCATGAGAAGAATCCATTGCTGACCTAAA a score=5578 s danRer3.chr4 17445414 172 + 33808418 GTGACGTCTGACCTGTACAGCCACATCTTCGGTCTCGGAGGGCCGCAGCTGCCTGCGCACTGGCTGCTCGTAGTTATCCATACGATAAC-----GGCCCTTT-CTGTTGATAGCCTTCGTCT-----------ACAATATTACAGAGAAAAAAGATTTGTTATAATTCatacaattgaagtcaaaatta s fr1.chrUn 245559935 183 - 349519338 GTGAACTCTGACCTTTACAGCCACATCCTCTGTCTCGGAGGGTCTCATCTGTCGCCTGGTGGGCTGCTCGTAGTTGTCCATCTGGTGGCGCAGAGGCCATTTCCTGTTGATGGCTGTGGTCTTGGGGGGGATATTAAAACAAGAGAGAAACGAGGTTAATATTAGCT------GTTAAACTCAAGATTA a score=3943 s danRer3.chr4 17449808 337 + 33808418 AAGAAAAGACTTGTTATGTAACTTAAATATTGTGTCAA---------CCAGTCCCATTAGGTGCGGTTAATATTAAATAAGA-GCAAATTAGAGCAAATTTTTCAGAACCCATGACACAAACT----ATCTGAAATTGTGTTGAAAGGTTGTGTGTGCCTACTCACATCGCCTTGGTATTTGTATTTCTTGCCGACTTCAAGAGACATGCACATATCTCCATTTCTCCAGCTGTCGTCTCCAATCTCATCACTTTGCAGGAACTCGCTGAGCTTCTGTACACTGCAGACA---------TCAATCAG------ATGATTA----------GATCCTTCCAAAGTAACATTTTACTGCTG-------------------------------------------------------------ATTTA--------GTTTAGCCACAT s fr1.chrUn 245561069 440 - 349519338 AATAAAGACTTTATAATGTATATTGAGGTTGATGTTTAGATTATCTTCCATTTACATTAATTCAGCTAAACATCTAGAAAGATGGAGCATAATGGAAATTTCTGCTGACAGAGGTGAAAAATTTGGCCTGGGAAACTTTTTAGGAGATCTGCTTCGGCC-ACACTCACCGTCCCCAT----GTGCTTTTTCCCAGCTTCGAAGGATATCGACATGTCTCCGTTCCTCCAGCTGTCATCTCCAATTTCGTCACTCTGGAGGAACTCGCTGAGCTTCTGAACACTGCGCACACACACAGATTCAGTCCGCACATGATGATGACAAAATCAGTAATCTCTCAGGAGTTTAGAGTTTCTGCTGTCAGGTTTCCTCCGGGTCCCTTTAATTAGATTTGCTGCCCGTCCTCTCTGACACAACTCCAATTTGTCATCCTTGTTCAGTCACGT a score=7402 s danRer3.chr4 17450145 162 + 33808418 ACCTGACAAGAGCCTTGACGGCAAACCTGACAACCGTGGACAAAAGGAAGAGTGGAGTGACCAGGATGTGGAATAGAGCCAAAGAGGCAAATGCCTTGGCAGGACTGAGCCTGTCCTCCTCAATGTAGGCATGTGTGACGAAGGTCTACAATAACAAGAGTG s fr1.chrUn 245561626 162 - 349519338 ACCTGACCAGAGCCTTGACGGCAAATCGGACAACGGTAGAGAGCAGGAAGAGGGGCGTGACCAGGATGTGGAAGAGCGCCAAGGCTGCGAAAGCCTCCGCAGACTTGGGACCACTCGAATCGAGGATGTGATGTGTCACAAATGTCTGCAAGAGGCAGAGTG a score=3882 s danRer3.chr4 17450355 76 + 33808418 TGCATCTCTTACCGCCAACACTGCAGCAATGGGAATGGCGGCATTCATAAATACTGTGAAGATGAAGAAAAAGAAA s fr1.chrUn 245561857 75 - 349519338 TGCAT-TCTCACCGCAAGAACGGCAGCGATGGGAATGGCGGCGTTCATGAAAACTGTTCAGAGAGAGAGTGAGAAA a score=-173 s danRer3.chr4 17451950 199 + 33808418 acatagtgcataagtgcataatgtgccttttgggacacaatgtataaagaacgtacttttctaacagtcatttaaagtccaatttaaatt-caaatgtacttcatactcgagtactagtaggctttttcagccacagccAA----TGTG-----TGACTGAATTACACATT--------TTAAAATTCCATGAAATTCCAAGAGCCTATGAGAACCC s fr1.chrUn 87908340 204 - 349519338 ACAGAGAGCATAA----AAAGGGAGTTTTTTAAGACCAGGTTTTAAGAGTAAAAACCCTTTTAAAGCTACTTT----TGTAATGTAGAGCACAAACGT-CGTCATAT--GGACACTTGCAGGATTGT--AACCGCCGTTAAATGATATGAAGGCTAGCTGGATGCAACATGACCGCCAATCAAGCTGCTACTAAATATGAATACATTTTGCAAACAC a score=17132 s danRer3.chr4 17452149 436 + 33808418 TGAGTTTATGATTAAAGGCGGGGCATATGATTGGGGGTGGAGCATGTCATACTGGACATTGATGTATGGAGAGCGAATGTCTTGAGACTGGTCAGCTCTTTTCCTCTGGTCTCCTCCACACGGTCACAGAAGATGTTCTCCCACGCATAGAGCTTCAGCAGTTTTATTCCCTTCAGGATCTCTGTGGTTTTTTTAAGACGATCTGTCGAGTAGTCCTATGAAAATATCAAGAAGT-----------------------TAAAAAACATGTCGACATGTTTACCGCACGCACACAAACACAAAGGTGTAAGTTACGCTCACCAGAGTGCTTTTCTGAATGTCTGCCAACTTGGTAGCAATGAGGTACTGAACTGGGGCCAGCAGCAAAATAACGCCGGCCCCTATCAATGCGCTGTTGCCCAACAAATAATACAGCAGGATCACTCCCATGATGATCTAT s fr1.chrUn 245561932 454 - 349519338 TGGATTTACTACTTAACCCGAGAGA-ATGGTGACCGGTGAG--ATGTCTTACTGGACATGGATGTGTAGAAGGCAAAGGTCCTGAGGCTGGTGAGCTCTTTGCCTCTGGTTTCCTCCACGCTGTCACAGAAGATATTCTCCCAGGCATACAGCTTCAGCAACTTAATGCCTTTCAAGATCTCCGAGGTCTTCTTCAGGCGATCGGTCGAGTGTTCCTGAGACGCAAACAAGAATTGGAAGCTTAATCTCGCATCGTTCTAGAGCAGCTTCCAAAATAGGTAAC-CAGAAACTCAGACACTGAA-TGCATGTGCTACTCACGAGGGAGCTTTTTTGTGTGTCTGCCAGTTTTGTAGCTATGAGGTACTGAACCGGAGCCAGTAGAACGATAACAGAGGCTCCGACCAAAGCGCTCCATCCTAGGAGATTGTAAAGCAGGATCACTCCCATCACAATCTGT a score=-404 s danRer3.chr4 17452585 68 + 33808418 GGA-CACAAATAAGACTTT------------------------GTTTTGTTTAGAGAT--GCACTTTGTTTGATGCGTC-TGCTCTGGGAGATTTT s fr1.chrUn 6802367 96 + 349519338 GAACCACAGAGGACACCTTCACCTCAAGGAGAGGAAAGTAGCAGATTTTCACAGAGCTCGTCACATTGTGAGAAACGGCGTCCTCGGGGAGACGAT a score=11532 s danRer3.chr4 17452653 222 + 33808418 GACTATGGTATTTACCTGAACTGGCATGGCCCACAGGTTGGGACATAAGAAGAGAAACCACATGAGTTGATTGGTTTCTATGGCAACAAGATTGTTGATCTGGCCTAGGGTCATCTCTCCCATTGACATGTTGGAAGTGGAGAGACGCAGGATTTTATTGTAGATCATTGCCT-----TGAGG--------ATGAGAACATCAGAATCAAAAATCATTTTATAATTGAACGTTTT s fr1.chrUn 245562451 235 - 349519338 ACCCGCACTGCTTACCTGCACGGGCATGGCCCACAGGTTGGGGCAGAGGAAGAGAAACCACATTAGCTGGTTGGTTTCTATAGCAACCAGGTTGTTGATCTGCCCCAGGGTCATCTCACCCATTGACATGTTGGAGGTGGACAGACGGAGCATTTTGTTGTAGATCATTGCCTGTTTATGAAACCACATATATGAGTCCTACAGGATCTTAGACCTGGCTGTGATGGACCCTGTT a score=266 s danRer3.chr4 17454216 75 + 33808418 gaatgaatgaatgaaaataaATATGCAATGAATTTGAAACATAGGTTTATCTTTGACTCTCTCTGTGTTTGTCTT s fr1.chrUn 6803972 67 + 349519338 GAGTAATCACGGTAAGATCAATGTCCACGACATTCAAAA--------GGTCCCAGAATGTCGCCGTGCCTGTATG a score=8356 s danRer3.chr4 17454299 367 + 33808418 CTTACAAGCAGCGCCCCGCGCAGGTTAATGCCCGTCTCTATTGTGACGTAGTAGGAGGCCTGCAGGAATGTTCTCTGCAACACAAGCGCCAGGAACAGCAGAACCGCCAGAACAGACGTGTTCTGCAGCAGCTCAGTGGAAGACATGAAGTACACCCCGA-AAGTCATGTTCCCTGTCTGACGGCACATA-AACAGAGTATGAACACACACACACGTAATACAGAAAAACATTTAAGCCCTCACTGATGTCATACACAACCACACACACACACACGTACGCACTAAAATAAAAAGAAGGAGGCACTTATGCAGAGTGTCGCTGGCAGCAATGTGCGCTTGA---GAAAGAGTGTGATGTGAAAGGCAAATTT s fr1.chrUn 245562926 354 - 349519338 CTCACCAGCAGGGCTCCGCGCATGTTGATGCCTGTTTCTATGGTGACATAGTATGAGGCCTGAAGAAAGGTCCGCTGCAGGATTAAAGCCAGGAAGAGAAGCACGGCCAGCACCGAAGTGTTCCGCAGCAGCTCAGCGGAAGACATGAAGTAAACGTTGAGGAGTC---TCACCTGCAGCCAATCACATGTGACAAAGCCTTCAACCAAAAGCTGACCAAGCTGAGGAACAGT--AGTCATTTCATCGTCCATGTACGACCCCAAGCACCCACGGAAAACCACGGTAGCAGCGAG-------------TCCAGGTTGGCTCTGAACGGAGCATCCGGGGGATTTAAACGAGTGCGAAGTGAGTGGGAAACTT a score=13130 s danRer3.chr4 17459188 464 + 33808418 acaCACACCTTGTTTGTTCTGTCAATCTCTGTTGAGTTGTGCAGATGTTCCACAATCCCAGAAATGCAAAGTGGCCCGGCAAAGCCTAACAGGTCCGCCATATACCGAAACGTGCTGCTGAGGAGGATTGAACCCCCGAATGCCCGATACATGGATTTCCAGATGGATGGCGATTTCTCAGGATCCTCTGTGTTCTGCTGTCAGAATTGGA--CAAGCAAAGAAACTCTGGTCAACCAAGACTTCAATATGTCGTCAGCTATAAAAAATATTGTTTAGATGCGATTTATTTTTTTTACTCTTTAACCTGTAATTGTCTATGCATACCCTCTGTTCCTCATAGGAGTCCTTCAGACGCAGATAGTTGGTTAAGGCCCTCATGGCGATAGGTAGTTTGCCGATTTTCTTCAACTCAATAGGTCTCTTGTGGGCTCCAATAATGAGTGGGTTCATCCACCAGTATGTTG s fr1.chrUn 245564567 398 - 349519338 ACCTGCTCCTGGTTCTCTGCGGTTTTCTCCGT------GTTCAGGTATCTCACGATGCCATAGATGCAGAGCGGCCCAGCGAAGCCCAGCAGGTCGGCCATGTAGCGGAAGGTGCTGCTGAGCAGGATGGGGCGGCCAAAGGCGCGATACATGGAGCGCCAGATCGACGGGGTGCGCCCGGGGTCCTCGACAGTCTG---TGAGGATTGAGAGCAAGTTCATGGATGTTTGAGAAGGAAGGCGCC----------------------------------TGCGATC-------------------------ATTCCGCCCGCTCACCCTTTGATCCTCGTAGGCGTCTTTGAGCCTGAGGTAGTTGGTGAGAGCTCTCATGGCGATGGGCAACTTGCCGATCTTTTTCAGCTCTATCGGCCTTTTATGAGCGCCCATGATGAGAGGATTCATCCACCAGTATGTTG a score=6366 s danRer3.chr4 17459652 135 + 33808418 CTTTGGAGAGAAGATTGACGAAGGGTTGGAGGAATCGGACACCCAAGTCCTGCAAGTCTTCTGGGGGCTTCACCCTCTGGGGGTTCGCAAAGAATACATACTTCTGCAGGTAAGATGCAAATGAAAGATAAAAGT s fr1.chrUn 245565151 129 - 349519338 CCTTGGACAGCAGGTTCACAAACGGCTGCAGGAATCGAACTCCCAAATCCTGCAAATCCTCCGGCGGTTTCACCTTCTGAGGGTTGGAAAAGAAGACATATTTCTACAAG------GAGAGAGGAGGACAAAATT a score=6780 s danRer3.chr4 17460874 175 + 33808418 CTCACCCTGACTCTGATAACGTTGATCTCGACAGCCATGAGTAGGCCGTAGAGCACCACAAGCAACGCTGTGATACAGAAGCGGAGATGTTGTACCCCCAAGCTCGCCTCGGCAAACTTCCATAACTTTATCATCTTTGTGATGAAAGCCAGAATCCAGTAAATAAATAAGGCTG s fr1.chrUn 245565332 175 - 349519338 CTCACCCTGATTCTTATCACGTTGACCTCCACAGCCATCAGCAGCGCGTACAGAACCACTAAAAAGATTGTGATGCAGCACCTCAGGAACCTCAGTCCGATGTCATACTCCAGAAACTTCCACAGCTTGATGGACTTTGTGATGAAGGCTAACACCCAGTAAATAAAGAGCACTG a score=14389 s danRer3.chr4 17461173 483 + 33808418 GCTTTATTTAAATTAGAGTAGGAGTAAATGTAACATAATGAAACAACCACACTGCAAGTACATTTTATTATGAAGTGCCTACCTGCATGATGAAATAGACACTTACCCAGCAGGAGTTTGGGGAAATTGGCTGTTTCAATATTGTGGTAATACACAACCGATGTGGTGGCTGCTATAAAGCCCATAAATGCTGGCATGAAGAGGTGCAAGTGATTAGACTCCATCTGCCTGCAAAG----CAAGATTCATGCACGAAGAGGTAAATAAAACAGTACAGACACATTAATAAACTGCACAGGCATATGTTGAAATGAAACC-CACGTATTGGAGACGATTCCCTCAGCGATCTCACACACGTGTACAAACAGCAGTGTGAAGGTGAGGATCCAGCGCATGTTGTGGCCTGGGAAATGCAGCCAGGTGTTATGGTGGATCTGCACCTTCGAACTCTGGCTTCCCCAGCCTAGACGCACACATACATGGAGA s fr1.chrUn 245565642 436 - 349519338 GGTTTTTTTAAAA-AAAGTAGGAGGAAA------ATGGAAAAAAGGGGACATTAAAAGTC----------------------------------ATTGAGTCTAACCAAGTAGAAGTTTGGGGAAGTTGGAGGTCTCGATGTTGTGGTAATAAACTACTGACGTCGTGGCCGCGATGAAACCCATGAAGGCTGGCATGAAGAGATGGAGGTGGTTGGTCTTCATCTCCCTACAGTGAGGACAGAATTTA--------AAAGAAAATTCATCAGAAAATATG-AGGGATGATGTA-AGAGAGAAATGTCCCCCTGAGGTCTCACATGTTGGAGACGATGCCCTCCGCAAACTCGCAGACATGGACGAAGAGCAGCAGGAAGGTGAGGATCCACCTCAGGTTGTGACCGGGGAAATGGAGCCACGTGTTGTGATGGATCTGGACCTTCGACGACTGGCTGCCCCAACCT-GACAGACAGATGGAGGGAGA a score=9047 s danRer3.chr4 17465415 159 + 33808418 CATACCAATGAAGAGAATTGGGAAGGTGATGAAGAGAAGAAATACATGAGGGACGAGGTTGAGGGCATCCACGAAGCAACCATTGTCCAAGACTCCATTATCCACGCTGTAGGCGTTACTATCCCTGTCGTTCCCACAGAAAGACAGGGCCATGTCACC s fr1.chrUn 245567819 159 - 349519338 CATACCGATGAAGAGGATGGGGAAGGTGATGAAGAGAAGGAAGACATGGGGGACCAGGTTAAGGGCGTCCACGAAGCAGCCGTTGTTGAATACGCTGTCCGTCACGCGGTAGCCATTGGTTCCATTTTCACTGCCGCAGAACGACAGGGCCATGGCACC a score=-182 s danRer3.chr4 17465574 141 + 33808418 TGACTGGGCTAAAGAAGCCTGGACATAATTAAAAATAATAATGTTAGATATGAACATTATTGAATGTAG--ATAAATGTGATCAAAAAAAGACATTGACAAAAAT---ACAGTTTTTTTCATGCACCTGTCTAGGTATTTTGGCTT s fr1.chrUn 6811353 139 + 349519338 GGACTCTGCCAGGGAGAACCG-------TCCAGAAGAGGAAGAGGAAGGAGGAAGACCACCAGACAGAGAAACAGAGAGGTTTAAACAAAGACTCTCAGAGCATCTCGCCAATTCCCTTTGTAATCCAGCTTCCAAATTTTGGATT a score=2417 s danRer3.chr4 17479251 73 + 33808418 ACTTCCTGCTCTTCTCTTATGTGATATATATTTCTTGTTTTTTCTCTTTCTTTCATTTCAAAA-GATGAAGTGG s fr1.chrUn 245635932 70 - 349519338 Attttcttcttttttttta----atttacttttcttctcttgtctctgtttttcATCCAGACATGATGAAGTGG a score=27525 s danRer3.chr4 17479324 1138 + 33808418 ACGTTGCTGGCAGCTTTCTCTCTGCTGCTGTGCTTTGGCTCATCTTGCTGTGATGATGCTCAAAAACA-------------GTTCTCGTCTCCTACCATCATCAATAATGTGGTCCAGGACCCTCAAACAGGCCGAATCTACCTTGGAGCTGTCAATGGGATCTTTCAGCTGAACCACAATCTACAGGAGGAGAGCAGAGCAGACACAGGCCCTAAGAAAGACAACCCACAGTGCACTCCACCTATCACTGCGAAGTGCACCGATGCGAAGGAAATGGACAACTTTAACAAACTCCTTCTGGTTAACTCCGCCAACGGCACCTTGATTGTTTGTGGAAGCCTTTTCAGGGGCATCTGCTCTTTGGTAAACCTCAACAGTGTGAATAAACCGGTGTACTACAGTGACACCAAAGGAGAGAAGACATGGGTTGCCAGCACTGAAGAATCTGTCACTGTGGTGGGGGTCATTTCTTATTTT---AAGGACACTACTACTAATGCTAACCTCAGTGTATTTCTAGTGGGAAAAGGTTATGGAAGTTCGGACAGCTCAAAGCTCATTAGCACTCGGTTGCTGCAGGAACATGGAGAAATGGATGTTTTTGAGAACATGGTTGAAGCTTCCACTGTTCAAACGAGCTCTTTTGTTCATCGGTACCTCCATGATTTTCGCTACACGTTTAAAGACAATGGCTACATCTACTTCCTGTTCTCCCGCTCTCCTGGCACTAGCGACAGCAGGAGGATTACGTTTATAGCACGCCTTTGCGAGAACGACCATCATTATTATTCTTACACCGAACTTCAGCTCAACTGCACCGTTAACACTGAACAACAAGAGAACACATTCAACAAAGTCCAAGCAGCGTATCTGGCTAAACCTGGAAAGGTTTTGGCTCAGAATATCGTCCCATCA------------AATCTAAATGATAAGGTTCTGTTTGGAGTGTTCAGTGCAGATGAGGCGGACGGGCGATCAGCATTGTGCATGTACCCGCTTAGCAGCATTAATGCCAGGTTTGAGGAGGTGATTGAGTCCTGCTACA------CAGGAGAAGTTCTGGAGGATGACAAACCGAAGACTGTTTATTCACCCTACAACTCCAAGAATGAAGCCATATGCAGGACCAAAAGAGATGTGAGT-TGTTGAGTTTCTTCAG s fr1.chrUn 66896538 1133 + 349519338 TGGGT-CTCCCTCCTCCTCCTTCTCTTCTGTAAGTCGGTTTCACAAGCTGAGGAGGAGAACAATAACATCCCTCTCCAGGAGTTCACCTCTGACACCCTCATCAACAATGTGGTCCAGGACCCTCAGACGGGTCGCATCTACCTGGGGGCTGTGGATAGCATTTTCCAGCTGGGACCGTCGCTCCGGCTGCAGGCCCGCACTGAAACAGGACCCAGAGAGGACGCCCGTGCCTGCACGCCCCCTGCGTCTGCG---TGTCAGGACACAAAGCTCATGCCCAACGTTAACAAGCTCCTCCTGGTGCACCGATCTAACGGCAGCCTGATTGTCTGCGGCAGCCGCTACCGTGGCATCTGCTCGCTGCTCAACCTGACCAACGTGGACCAGCAGCTGTATTACAGCGACAACAAAGGCGAGAGGACTTATGTGGCTAGCATTGAGGACAACGTCAACGTGGTGGGCGTCATGTCCAACTTCTCAAAAGACGGGAAGACG---------TTTAGTGTGTTCCTTGTGGGGAAAGGCTACGGAAGCCTAGACAGCATGAAACTCATTAGCACTCGGATCCTTCAAGACTACCGCGATTGGGTGGTATTTGAGAGCATTATCGAGACGTCGACGGTACAGACGATACCCTTTGTTCCCAAGTTCCTGCACGACTTCCGCCTGGCCTTCAAAGAGGACGGTTTTGTCTACTTCCTCTTTTCTCGAACACTCGATGGTACAGATAGCAAAAACCTCACTTTTGTGTCGCGTCTGTGTGAAGAAGACCAACATTACTATTCCCACACGGAGCTTCAGTTAAGCTGCGGCA---------------AAAATAACAGGTACAATAAAGTCCAGGCCGGGTATGTGGCCTCGCCGGGAAAGGAGCTGGTGAGGGCCATGTCCGAGTCGGGATCGCTCGGCATGCCGGAGAGCAAATTTCTGTTCGTTGTGGCCAGTTCAGAAGAGGATGAGAGGGACTCGGCTCTCTGCATGTACTCGCTCAGATCCATTAACCAGCGGCTGGTGGACATCATCAGCGCCTGCTACAGCGACTCGGGGAAGATTTCAGGGG------AACC---TGCGGTGGACATGCCCTATTTTTTTAAAACTGAATTC---TGCACTTCAAACATTGCTGTAAGTGTGTTTGTTATTTTTGG 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TTCTTTTATATTTGTATCTA-CAGAAGGACACTCTGAAAAACTACAAATGCGGCGCCGACTTTCTGCCCTCCCCTTTGGCCAGCAAGCCCCAGTTTGCATTGAAGGCCAACGCGCTGCTGACCAGACCGGGTCTCCTGACCGCCGTGGCTGTCGCCGTGGAGAACGACCACACCGTTGCATTCTTGGGGAACGACCAGGGAGTGGTCGTAAAGGTGCAGTTG---------------------------TTTTC----------------TTGCCTGCCAGT----GTTTGCCCT-----CCAGTCATTTT-GCTATATAAATATGGGATGTATTCTGTGCAGGTCCA-CATGACTGCTGAGCCGTACATA----TACAGCGAGACAGCAGGTGTCTCCGTAGGCGAGAAGGTTAACAGGAACCTTTTCTTCGACCTGAGCCACAGCCACATTTACATCACCACCGAGAAAAAGGT a score=40 s danRer3.chr4 17481149 114 + 33808418 TGATGGAATAATTTCCTAAAGTTTCCTAGTGTATCATCATTAAT-----AGTCTTTGTTAATGACAACACTCATAAAGTTTAATCTCTTTTGCTTCTTAATAGAATCCACACTCACTTC s fr1.chrUn 245638891 110 - 349519338 TGATAAAATA--TCAGGAATGTTTCTCAGTGTGTGACTTTAAATTGGAAAGACTTTGTTTCTTTGAGTTGTTATTATTTGTAAAC-------CTGATTGGTAGAAAAGAACCCCTCGTA a score=4715 s danRer3.chr4 17481263 123 + 33808418 TTTCATTTT----TTTTGTAGATCTCCAAAGTGCCAGTGCAGGTCTGTGGTCAGAAAAATGATTGTCGCTCATGTTTGGTCCAACGTGACCCATATTGTGGCTGGTGTGTGCGGGAGGGCCGGTAAG s fr1.chrUn 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taagtctgataatattttttcttctagagaaaaattt-------attcgttctattttg-----------gcttgaataaaagca--------gtttctaattaaaaaaataataaaaattttaaggacaaaattattagtc-cctttaagctgtatt---------------ttaaatgtcactttaagctgtatggaagtgtcttaa-----aaatatttagtatactattattta-ctgtcatcatggcaagga------------------taaaCCTCAACTGTATAAAATTTTAAAATGTGATGCTTATTTTTTTAGCGTTTCTCAATCTTTCTTAGCATAAAAGCAGAAGGTTTTCGCTTGGTGACGAATTTTGTGAAATTTCCAACAAATGGCTGAAATTGGGAGAGGGGTCTGGATGCTGTG-ATGGAAATTTTTA s fr1.chrUn 9480818 441 + 349519338 TACATGTGACAATTTTTGTATTTGCAGAGAAATATTTGGTGATTATCCGTTAAAGTTTGTGACAGTCGCCGCTTGCATGAAGGCCTCGCTTCCGTCTCCCTCTTATGTTGTCAAACGTATTGTAAAAACGCAGCGAGCAGCAGCCTTTGAAGTCTGTTGGCTACAAGATCCTATTAAATATCAAATGCA--TGTTTGTCCTCGCCATAATCCCCACAAAGCTGCTATTCTACTGTACAACTCTCAACATTGGACCAACTCTCCTGCACAATTTGTTACTCCTTATCAGTATTAGTCATGAAAAATAGCT--TCAGCTTTTTACTGATTCCCCTTCATTTTCAGCAAACTTGATTAATATTGCCGCTTGTTTAAGCATTTGGTGAAATTTCATTTGAAAAACAGAGATTGGCTGGAAATTATGGCTGGTGTATATTAAAATGCCTA a score=11459 s danRer3.chr4 17486957 486 + 33808418 GTTTTTCTCTTTCTTTTTAAAAGATGAAG---TGGATATTGCTGGCAGCTTTTTCTCTGCTGCTGTGTTTTGGCTCATCTTGCTGTAATGATGCTCAAGAACA-------------ATTATTGTATCCTACCATCATCAATAATGTGGTCCAGGACCCTCAAACCTGCCGAATCTACCTTGGAGCTGTCAATGGGATCTTTCAGCTGAACCATAATCTACAGGTGGAGAGTTGTGCTGTAACAGACTCAAAAAAAGAC--CCAAAATGTGACCCCCCCAATCACTGTGAAGTGCACCGATGCGAAGGAAATGGACAACTTTAACAAACTCCTTCAGGT---------TAACTCCGTCTTGATCGTTTGTGGAATCCTTTTTAGGGGCATCTGCTCTTTGGTAAACCTCAACAGTGTGAATAAACCGGTGTACTACAGTGACACTGAAAGAGAGAAGACATGGGTTGCCAGCACTGAGGAATCTGTCACTGTGGTGGGGGTCATTTCTTATTTT s fr1.chrUn 66896506 506 + 349519338 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TTTAGTGTGTTCCTTGTGGGGAAAGGCTACGGAAGCCTAGACAGCATGAAACTCATTAGCACTCGGATCCTTCAAGACTACCGCGATTGGGTGGTATTTGAGAGCATTATCGAGACGTCGACGGTACAGACGATACCCTTTGTTCCCAAGTTCCTGCACGACTTCCGCCTGGCCTTCAAAGAGGACGGTTTTGTCTACTTCCTCTTTTCTCGAACACTCGATGGTACAGATAGCAAAAACCTCACTTTTGTGTCGCGTCTGTGTGAAGAAGACCAACATTACTATTCCCACACGGAGCTTCAGTTAAGCTGCGGCA a score=2785 s danRer3.chr4 17487798 147 + 33808418 AAGAGAACACATTCAACAAAGTCCAAGCAGCGTATCTGGCTAAACCTGGAAAGGTTTTGGCTCAGAATATCGTCCCATCA------------AATCTAAATGATAAGGTTCTGTTTGGAGTGTTCAGTGCAGATGAGGAGGACGGGCGATCAGCATTGT s fr1.chrUn 66897346 159 + 349519338 AAAATAACAGGTACAATAAAGTCCAGGCCGGGTATGTGGCCTCGCCGGGAAAGGAGCTGGTGAGGGCCATGTCCGAGTCGGGATCGCTCGGCATGCCGGAGAGCAAATTTCTGTTCGTTGTGGCCAGTTCAGAAGAGGATGAGAGGGACTCGGCTCTCT a score=2363 s danRer3.chr4 17487945 143 + 33808418 GCATGTACCCGCTTAGCAGCATTAATGCCAGGTTTGAGGAGGTGATTGAGTCCTGCTACACAGGAGAAGTTCTGGAGGATGACAAACCGAAGACTGTTTATTCACCCTACAACTCCAAGAATGAAG----CCATATGCAGGACCAAA s fr1.chrUn 245637751 143 - 349519338 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s fr1.chrUn 245636002 1073 - 349519338 TGGTGGTGGGGGACATGGCAGTTGGTCGCCCTGACGACCAC-ATGCCTCGGCTCGACTGAGGGCAA--AACCTCAG----AGTTCCTCTCCGANACCCTGATCAACAATGTGGTGGCTGACCCGCGTACCGGCTTTCTGTATGTCGGTGCCGTCAACTCACTTTACCAGCTGAGTCCTGACCTGGAGGTCCAGTCCCGTGATGAGACGGGCCCCAAACGGGACAGCCGTCTGTGCACGCCACCCATCACCGAAGCCTGCGAAGAGGCCGTGGACACTGACAACCACAACAAGCTGCTTCTGGTCCACCCGGCCGAGAACACTCTGGTGGTCTGCGGCAGCATCTTCAGAGGCATCTGCTCGCTGAGAAACCTAAGCAGCGTGGAAGACCTGCTGTACTACAGCGACACCAAAGGAGAAAAATCCTATGTGGCGAGCACCGAGGAGAGCGTCTCCGTGGTGGGAGTGATGTCGCAATACGGCAAGGTTGGAGACAGCTTACCGGTGTTCTTGGTGAGGACATATGGGACTTTCTTTCCTTGTCCAGGTCACTTTTGAGTCTGGTGTAGCTGTACTAGCCTGCTAACAACTGTGGGCATCCTCATCCCAACATAGAGCAGCGTTTTAAGCTAACAGCAAATTCTATTCAGTTATACAAGCTAACATTAGCTTCAGTAGAGTTCTTGAATTCAGCTCTTTAAGTTCTGATTTTTGTCACCTCTTCTGTTACAGGTCGGAAAAGGTTACGGCAGCTACGACAGCGCTAAGCTAATTTCCACCCGCATCCTCGAGGACTACGGCGACTGGGTGGTTTTCGACAGCATCATCGAGGCTGCGGGGGTCCAGTCCAACCCATTCGTCCTCCGGTACCTTCATGACTTCCGCTTTGCTTTTAAAGATGGGCATCACGTGTACTTCCTGTTCTCACGGACGCTGGGGATTCAGGACACCAAGAACTACACCTTCATCTCCAGGATGTGCGAGAACGACCTGGGTTATTTCTCCTATACGGAGCTGCAGCTCAACTG------TAGCACC-ACCAACAAG--------TACAACAAAGCTCAGGTAGAGTTTATCTGTTCAATCCT 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TTTATAGCTAGTCTGATTGTGGTGTATTTTTGCCCAA-CAGAAGAACATGGTAAAGGCATATATATGTGGCGCAGAGTTTCTGCCATCTCCACTAGCCAGTAAACCTGAGTATGCTTTAGCCGTCAAACCTAT-CTACACCAGGAATGACATGCTGACAGCTGTAGCTGTGGCGGTGGAGAACGAACACACTGTGGCATTCTTGGGAACCAGTGGTGCAGACGTCTTGAAGGTGAGTCCCATTGCAAGGTCTGCTTTCTGTTCTTTAAATTTCACTTAAGCCCTTGTGGTTTGACTGGCTGTGGTGGTAGGAACTAGTGGTTAAAGATATGGGCTGGTAACCAAAAGGTTGTCATTTCAAACCCCAGAATTTATGATTTATGAGGTACAGTATAACCACTTTAGCAGTGCGTTCTACTCTAGGACTTGATCTTGCTGTACACAGTATTGGTTTTTACTTGTGTGCGAAATAAATTAACTAACTTTTTCCTTGCAGGTGCATCTTGACCCAAACCACACTGACTTTTACAACAGAATTCCAGGGGATCGTGCAGATGGTGCAGTAAACAAAAACCTTTTGTTTGATTCAACTTTGAATCACCTGTACATCACCACTGGCAAAAAGGTTTG-CTTATGAACACATTCA s fr1.chrUn 245637985 499 - 349519338 TTTATGACTGGTTTTATT--------TCCCTGCTCGGGTAGAAAAACATGGCGGTCAATTACAGTTGTGGAGCCGAGTTCCTGCCGTCCCCGTTGGCCAGTAAGGCCGGGTTTGCCTTAAAAGCGGAACCGCTGTTGGAGCGAAAGGGACA-ATTGACCGCCGTCGCAGTTGCTGTGGAAATGGAGCACACCGTGGCGTTCGTGGGCAGCGCCACCGGAGAGGTAATGCTAATAAGT--------------------------------TTGCACCTTAG-CTTTGTAGCTCAATTG--------------------------------------------CAAACTGATTTC---TCAATCCT---ATTTTGTTACCTGCAACACAAAGATCAGGTACTGCAGGATGACGCTT--------GAATTGAAATGTCCGTGCA-------------------GGTGC-------------------------TGAAGGTCCATTTG---TCAGCCCACCCTGAGGTCTACGGCCGGGCGTCGGCCGAGGTCACCGGAGACAAGGTCAACAAGAACCTGCTGTTCGATTCCAGCCTCCAACATCTGTACATCACCAGGGAGAAAAGGGTCAGACTGACGAACCCCTCCA a score=4794 s danRer3.chr4 17643995 113 + 33808418 CTGTAGATCTCCAAAGTGTCAGTGCAGGCCTGTGAGCAGAGAGAAGATTGTCACTCATGTGTTTCCCAGCGGGACCCATATTGCGGCTGGTGTGTGTTGGAGGGCCGGTAAGT s fr1.chrUn 245639004 113 - 349519338 CTGCAGATCACAAAGGTTCCGGTCCAGACCTGCCACCTGAAGACCGACTGTCAGTCCTGCATGTCCCTGAAGGATCCGTACTGCGGCTGGTGTGTCCTGGAGGGAAAGTGAGT a score=856 s danRer3.chr4 17644280 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CGTCCCTCTCCAGGGCCGCAAGTTCACTATCGGGACGGAGCTGATGAAGAACATAGAGAGGGAGGTCACGCAGGAGCAGGGGTCAAAGTTCACATTTTCAGGATATAAGGTGAGCATTGGACATCACATAATAAACAGTTT-----TCCTTGTTTTGGTG--------GTAAACAGTCGTTAGTGCTGTGCAGGAAAGTGTTGTTGAGCTGT---------------------------------------------------------TGTATGGCG--------CCCCCTAACGGCCGACAGAGCA-ACAGCC----TGACTAAAATGAAATTACGC---------AAACTTTTTGAACAAAT-TGGATGTTTACtgtacgtgtgtgtgtgtgt--------gtgtgtgtgtgtgt------AGTTTGCCTATGATAAACAACAGGAGGTGAATATATCGTTCCATATCAAAGAGAAAGACACTGACAGAAAGATTGATAGCACATTGAGAGGTTGGTGTAA a score=3637 s danRer3.chr4 17651715 184 + 33808418 TTCTTTTCTTTTCCCAGTGGTTCTCTACAACTGTTCGGTTAGACGCGAGGACTGCAGTCTGTGTAAAAATGCACACAAGAATGATAGCTGCGTTTGGTGCGACACTACAAAATCCTGCATCTA-CAGAAGCCTGTGTGACAATGAACTGCAC-----CAGTGTCCTCCTCCAAAGATCACAGACGTAAGT s fr1.chrUn 245642969 187 - 349519338 TCTTCCTCTTCCTCCAGTTGGGTTGTATAACTGCTCAGTGGGAAGAGAAGACTGCAGTCTGTGTCGTCATGCCGATGCCACCTACCAGTGTGTGTGGTGCACAGCCACGCACATGTGTGTGTATCAAGAGC---TCTGCCGGTTGTCGGCGCCGGCGCAGTGCCCCAAACCGGAGATCACAGATGTGAGT a score=6653 s danRer3.chr4 17654534 181 + 33808418 TTAACGCTGATGTTACTTTTATTTC------AGATTGTTCCCCGTTATGGGCCAATGAACGGACGCATCTCAGTCACAATAAAAGGCTCAAATTTGGGCATCAAGAAGGAGGACATTAAGAAAATCACTGTGGCTAAAGTTCCATGCATTCATCAGCCAGAGCGATACTCGGTTTCTACTAGGTAAT s fr1.chrUn 245643212 187 - 349519338 TCAACGTGTGTTTTATTTCTTTTTCTCCTGCAGATCATCCCTCGCTTCGGTCCTCTCAACGGTCGAATTTCGGTGACCATCAAAGGGTCCAACATGGGAATAAAGAAGGAAGACATCAAGAAGATCACAGTGGCAGGAGTGGACTGTGCCCACCAGGAGGACAGATACTCCGTCTCCACCAGGTAAT a score=4170 s danRer3.chr4 17655492 187 + 33808418 GAAGATCTGTTTAGTGACAGTCCTGCTTTTCTCTTTGTGTTTTAAGTGTTGTGTGTGAGATCGGCCCTTTC---CCCTTACCTCCTGAAGATCTTCCCATTTCACCGAGCAAATCCGGGCCGGTGGAGGTGTTGGTGGAAGGAGAAAGAACAGGGACGTCCGAGGTGGAATTCACTTACAGGGTAAATGC s fr1.chrUn 245643429 178 - 349519338 GAACGTCTGGAGGTTGACAATC--GCTCCTCTAC----------AGCGTGGTGTGTGAGATTGGCCCGGCCAAACGAGTACCGCCCTCAGATTTGCCGTTTGAACCGACCCACGCTGGAGTTGTGGAGGTGGAAGTGGAAGGAGGCAGACACGGGAGGTCCCAGGTCATCTTCACTTATCGGGTGGGTTC a score=-521 s danRer3.chr4 17655679 18 + 33808418 TTCATCTCTGATGAAGAC s fr1.chrUn 66907646 18 + 349519338 ACAGACACACACACACAC a score=741 s danRer3.chr4 17655835 518 + 33808418 ttcaacagacaattttttttaattctcag----------atttgaaaacagttgtgcttaatatAAATGTTTTAAAACATGGATGTGCAGACAATGGTTTATGTATAAACATCAATAGAAAATACAATAGAAGTATAGTCTGCGTACTTTAACAATTTAATGCATCTCTGCTGAATAACAATTTAATGCATCAAAAGC-TTTCTGACCTCAATCGTTTTTAAAGTACTGTATGTGCTAGTCAATATTGTATATTTTCAGAATTTAATATATATTTAATCTTTTCTCCCAAACACTGTCGGAATAAATAGAGTCTAATTAATATTTAATAAAGTTTGACTGATTACAGCTAGAAAGGAGCTGTAAACAAGCACATGTTAACAGAAAGTTTTGTTTTTCTTCTCATCCTGAAGGATCCAGTCCCAGAAGCTGTGTTCCCCGTTAAAGGCCCAGCAGCTGGAGGAACTGTCATCACAATCACAGGACAGGACCTCGACTCGGCCAGTAAAGATGAC------ATCACCATTACAGTGG s fr1.chrUn 66907813 423 + 349519338 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TCTGTGTTTTCAGGGTAGAGGTTTTGCCAAAGCCATGACTGCCAAAGAGGCACAGGCATTTGTGGGTGACGAGTCGTGTCTGGTGACAATCCTTGAGGACGATAAACTGTTCCTGGTGGCCCCGTCCAGCCCTCCAAAATCCACCTCCAGACGCCATCGAAGAGACACCAGCTCAGATGCCTTGGAGCTGCTGGTCAGA s fr1.chrUn 66911598 198 + 349519338 TCTTTCCTCGCAGGGTCGGGGATTTTCTAAAGCCATGACGGCCAAAGAGGCTCAAGCGTTTGTGGG-GACGTTCCGTGTCAGGTCAACACGCTGCAGGACGACAAGCTCTTTCTGGACCCGCCTTCCACGCCGCCACGCGCTCGCTCCCGTCGGCAGCGTCGAGACACCCGGCCCGAGCTGCTGGATTTAATGGTCAGA a score=7335 s danRer3.chr4 17660191 206 + 33808418 ACTTTAATCACAGTTATTCAGCCTCATCTCATCCTGCGCTCAACATCTCTGCTCTTTATTTTCAGATCAAGTTTGGAAATGGAGAGTGGAATGTAGGCTCCGTGCGCTTCGAGAGGAAATACGAGGTTCCCCTTTACATCATAATCCCCGCTGTTCTCATTCCCATGGTGCTCTTCATTGCGGTGTCCATCTATTGCTACAGGTAA s fr1.chrUn 66912145 197 + 349519338 GCTGGAAGAACATTCAGATTGTCACCGTTCCTCTTCCGCTCTGCATTCACGCAT---------AGATCAAGTTTGGCAAAGGCGAGTGGGTTGTGGGCTCGGTGCAGTATGAGAAGAAGAACGATTTGTCGCTCTACATCATCATCCCCGCCGTCGTCGTGCCCATGCTGCTCATCATCGTCATCTCCATCTACTGCTACAGGTAA a score=1300 s danRer3.chr4 17662114 221 + 33808418 atatattaattatattattactaatgtttttatttCAGAAGAATACGGAACTGATTTTTCAGTCGAGAAGTGAAGCTATTCGTTATTCTGACCAATTTTTACTTTTGGAAAGAATAAAAATGCTTCAAAATTTACTTAATTTGTATTTGAAAGTCTTTTTAATGAAACAAATATTAAAATTTTACTCAAAGCTATTCCTATAAACTTTTTTTTTTATTTAC s fr1.chrUn 207875951 196 + 349519338 ACAAATTAGTCATGaaattaaaattaattaaatt---aaatGATAAACAACCTAATTTTTTGTGGACAGTTGCAA---------ATCTTGGTCAGTCCTCTCT-------------AAAATATTCTCACATATATCTCTTCTGTAGATGTGCAATTACTTGCTGTAGCAAATGTTGTAAGTTACTTTCAAGGTTTTGTTTTTTTCTTTTTTTGCCATCTAC a score=277 s danRer3.chr4 17662394 113 + 33808418 ATAATAACCCATATATTTAGAGTAAACTGAGGAGGTGAAAAATTACTTTGATTCACAGCCACAAGTTTTTCAAAATAATACACTTTAAATTAGACATTGAGTAAATGAAGATT s fr1.chrUn 207882570 101 + 349519338 ATCATAGTCCTTATATACAG-GTAAAC-ATGAAAACAAACACACACTTATGTTTTTGAC----AGACTTTCAACAT----TCCCTTAGTTAATACACTAACTA--TGTAGCCT a score=16323 s danRer3.chr4 17662509 670 + 33808418 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TTTTCTTGTGCGTATTTGTACAGGAGAAAGAGTCAGCAAGCTGAGAGGGAGTACGAAAAGGTGAAACATCAGCTTGAAAATCTGGAGGAGAGCGTCAGAGACCGCTGCAAGAAGGAATTCACAGGTACGGAGAGCTCTGTATTAATGCTAATGCTATAAAGCTAACTGCTTTTAAGCACTGTTCAGCTAATGAAGTACTTCACAGCCATGATTACAT-TTCAGAGATGTGAATGAAATAAATTTCCCCACTTAACATCATGCTTTTTCCACGACAGCAGCGACAGTTAATAAAAACAATCTATCAGAGCTGAAATGATTTTCACCTTCTTCCTTCTCCGAGTTCCCCACGAGATGATTGAGACAGATGAGCGGCGGCCAAATGACAAAGCTGC--TTAATAAACAG----GAACAAGGTCCCATTTTGTCTTTTCCATGTCACAGACTTGATGATTGAGATGGAAGACCACACCAACGACCTCAGCGAGGGCCGCATCCCCTTCCTGGACTATAAAACCTACACGGACCGCGTCTTCTTCCTGACCTCCAAGGACGGCGCCAACGACGTGATGATCACAGGGAGGCTGGAGATCCCGCAGGCTCGACGCGCCACCGTGATGCAGGCGCTCAATCAGTTCTCCAACCTCTTGAACTCCAAGACCTTCCTCATTAATGTAATTACACCTCACTTGTCTGCCTGAATGTCACCCGTGGTCTCAGTTTGACTCGGGGATTAATTTCCTT---GGTACATTTGCTTGTTTGGGGTCGGATGTTTTCTTCTCCTTTTTTTCATTCCTAATTAAATCAGACTT a score=-1446 s danRer3.chr4 17663594 462 + 33808418 TTAATTGTTGTAACAACACTTAATTGCTAATATTGTTAT-----GTAGTTTTATTA----------TAATGTGTATAATGTAAAATGTTTTTATCTATATTAATCTTGCCATCATATAACCATCATTTTCTGATGTGGCAATAAACAAACaatta--aattaaattagattaaattaaCGCAAACAAACATATAAAACTCAGAGTTTTAATAAAAAGTTTGCAAAAACAAAAGtattatttatttat----------tactttttaattaaagatttttaGTAAATGCTGAAAACACTGTTAAATTCCAATTTTTAAGTATGAAATGAATAAATAACAATATTTATTGACTTTATTACAGTTAACATGGAACATGGTTCCGTTTCGCCTAAATTAAAACAAATAAAATG--TCTGATTATGAATTCTGGCCGGCAGATCGGTGCATCTCCAACATAATGTCCAGTTTCCTCTGCTCACTGCT--GGATTTGTT s fr1.chrUn 42638162 451 - 349519338 TTAATTTTCATACGAACCCTGGAGTCACAAAGGTGTCTTTCTTAGCAGTTCTCTTAGCAGTTCAGTTGGTGTTTAACTAGTAACttttatttatttatttattttCTACCATC------------------TACGTTGTTGAAAAGTGACTTTTACCGATTAAATCAAACTAAAT-AATAAAGAAAAAAATATACCAGTTGAAGT----------ATTTTGCAACAATGAGAA----ATGCATTTTTAGGAAAAGGATAAAAATGAATTAACATGTGTTTTTAAA----GAAAATATAACTAATTTCTTGATTTAATTAAATATATGAATCAGTTGGATCCATTTTTGGTCCAACAACCATCCTTGTGATTAATGTGTTCAATGTTAAAAGTTGATAATATTCAAATTGATTCTAATCA-AAGTTTTGGCAGGCTGAAAACTGGAT----AACCTAGTGTTTTTGTCAATCAGAACTGTGATTAAGATTCAAC a score=11871 s danRer3.chr4 17664056 219 + 33808418 GTATTGTCTGACTTGTTTTC---TGTGTGCTGTAGTTTATTCGTACCCTGGAGGGCCGACAGGAGTTCAATGCCAGGAATAAGGTTTACTTCGCCTCTTTGTTGACGGTGGCACTGCATGGCAAGTTGGAGTATTACACGGACATCATGAGGACTCTCCTGCTGGAGCTCATGGAGGAATATGTTCACAGCAAGAATCCCAAACTCATGCTCCGCAGGTCAG s fr1.chrUn 66914681 221 + 349519338 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TAATCTCATCCTTTGTTTTGGTTTTATTCCAGCTCAGAGACAGTGGTGGAACGGATGTTGTGTAACTGGATGTCTATCTGCCTCTACCAGTTCCTGAAGGTATCGTTTGGGGTTTTTTTCATTTCAAATTGGCCAATTCAGGAGTGATTTGTCATTTCTGCTTGATTTACAGCGTTGCTAACAGAGTGAATGTGAAGACCGCGCCAGAGCGCTAAACTCTTGGATTTATCCCGTCATTAGCGCTTTCTATTAATAATGTGCTTTTGTCTGTCTTGTAAACTGCTAATCACGGCAATATGCTCCTCTACAACCTCTGAAACAACAAATTAATTGTGTTTGTGTGTCTCCGCGTGTGCACCAGGACTCAGCGGGTGAGCCCTTGTACAAACTGTTCCGGGCCATCAAGCACCAGATTGAGAAGGGGCCCGTGGACGCCAGAGTGAAGAAAGCCAAGTACACCCTCAACGACACGGGGCTGTTGGGCGACGATGTCGAGTACTCTGTGCTGGTGAGGCGCGCTGGCACTGAAATTACCC a score=15 s danRer3.chr4 17665703 26 + 33808418 ATAATGCAATTACCTGGAAGACATAT s fr1.chrUn 207883918 22 + 349519338 A-AATGCA---AACCAAAAGACTGAC a score=-865 s danRer3.chr4 17668960 160 + 33808418 TCAATTAACTAGGAACAACACCCAAAT-GTAATAAAATGTAAAAGAGAAA---------AAAGGATATTA---GTCTATTTTCTGAATTTCTATTTTTTAATTGACTGTATTTATCCAAACCT------ACTCATCCTGTAATTAAATATTTGACCATCTCCTCAGTAAACTAACGCCT s fr1.chrUn 207883940 163 + 349519338 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CCTTCTCCCTCCAGGTACCTCAGTTTGGTCAGACAGGCAGACCTTTGCACAATCTGAGCTTGTGTTTCTTTCCACCGATGTGTGTAATGAGCCACGAGGCCTAACGTAGACAGGCGTGTTGCTTAGCAAATCACTACGGTAGAGAAACCTCTCAAAGGTGAT------GGAGACAAAAAGGAAGGTCCACAGAGCTACAGTGC--------AAGTGTCATAGCGGAGGGTCTTCAAACTCATGGAACAACATATCCAACATTCGGCTTTTACCTCATCAGTATTTAGGGATCCACTCGAGTCGGCGTCATCCTCAGTACTCTCAAGTGTGCTTAATCCTCCTCCATAAAGTTACACAAGGCAACGGTGTTTAAATAAGGAATGTTTTCCAAAAAATATTGGCTGCTGTGTTGATTCAAGTCACCATGAAACAGCAAAAAGAGAAAACCCAACAATTATCACAGAAACAAGTTTGACCCGTGTTTTTGTGATACGTTGTTGTGATGGGTGCAGTGGAAAA----TCCAGATTTT----------TAATAATAACCGAAACAAG a score=2163 s danRer3.chr4 17681228 433 + 33808418 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s fr1.chrUn 92124601 1172 - 349519338 acacacacacaGTTCTGTTCTGCTCCCTTTTCTTCTGCCGCTTGACTGTTAGGTGAGGTTGCTGCTGATGTCCAGGGCTTGCTGGTACACCTGAGTCATGTCTTCCAGGTCCCCCAGCAAGGTGAAGCTGCCATTGTCCCCTGGGGAGCC-------CTTCGCTTTGCTTCCCCTGGTGAACTTGGGTCCCTGGTGAGGTGGGGCTGCCTGGAAGCCTTTGAAATTGGCCAAATGCAGCAGGTTTTCAGCTGACACGCACGCCCTGATGTTGGG----GCGGAGATGAGGGGTCGAAGGATGCCACTCGGCACTGCTGAGGGAGCTGGGGGAGAGAGACAGGACCGAGCTGTCTTCCCCGACGATGCTGGAGGGCCGACTCTGGCTGCGGGACAGACCCGAGTCGGCGGAGGGGGAAGGTTCGCCCAGGACCCCGGCCACTGCTGCTGCGGAGGGGGGGCCGCTGTAGGTGGAGTACTTGCCGTTTCGCTTCAGGATGCCCTTTCTTCCCATCATCCTCTTTGGTGGAGAGGTGGCCACCAGAGACATACTCGCACCCCCTAAAAGCTCAGAGGACTCGCTGCGTTCTGGTGAGGAGTAGTACCCTGATTCCCGCTGCTGATTGTTCTTCAAGATGCCCTTTTTAGGCAGAGAGGGCACCATCTTGGCTGGGGAACC-TCCAGCTAGACTCCTCTCCTCTTCCTCTTGGTCTGGGCTGGAGGCTTCTTCTCCACCTTCAGCTTGCTGAGGAAGCG-CCGCCTGACGCAGCTCCACCTCCTCCCCACTGGCAGACTGCTG--CTCCTCCGTGTGCCTG-GTCTTCAGGATTCCTTTGGGTCTCTTCAGCCCGGGCTTATCTTCTGCTCCACAACCTGACTGTCCTGCTTCTGCGTTCTCTTTCTTGGACTTTTTGGGCC-----TCTGGCGCAGCAGCTGTGGCATGGCCGCCCCC-----TTGACTCCGGAACT--------ACGTGGCTCAGTGCGGTTCTGCCAATCGATGAAGCGGGCCAGCATGGGCGAGCCTCCGTGGTCGCGTTGGGTCTCGCAGTCGCACACGCTGTTCTTCCAGCCCCAGTTTACCCACCAGTGGTTAGCTATGTCCTCTACTGTGGCTCGCCGCTCGGGGTTCACCATCAACATCCAGCGGATCAGTCCTCGAGCATCTAACAGAAAAGGAATAAGGTTAAACTAAT a score=7581 s danRer3.chr4 17755260 227 + 33808418 gaaattatacacatttgtatgaattagccactaattcaccaatgcataaagtagttacacttttcccacgagggctgGGAAGACCCACAT-ACCTGATGACTGCGGGGGTTCTCTGTACTCTCCATTACTGATCTGTCGAATGAGTCTTTGGTGGTCTCCTCCATCGAAGGGCATTGTTCCGTACACGAGTGTGTAGAGTAATACACCCAGCGCCCAGCTGTCAACCT s fr1.chrUn 92125791 215 - 349519338 GAAATTGCTCCTGTTTTCAAGAAAAAGCCATTGTTTTCTCA-------------TTGTGATTTGAAAAAGAGGAGCCAGAGTTTCTGCGTTACCTGACGACTGAGTCGGCTCTTTGTACTCGCCGTTGCTAATCTGGCGAATGAGGTTCTTGTGGTCTCCCCCGTCAAATGGCATGGTTCCATAAACAAGCGTATACAGCAGCACCCCCAGAGCCCAGCTGTCCACCT a score=7958 s danRer3.chr4 17756722 137 + 33808418 ATGATGTACCTCTGGGCCTCTATATGGTCGTCCGTTCACAATCTCAGGGGAAGCGTACAGCGGACTGCCGCAAAAGGTTTGAAGAAGCTTGTCTTTGTGGTAGAGGTTGGAAAGACCAAAATCTGCAATCTATAAGA s fr1.chrUn 92127243 137 - 349519338 AGGACCCACCTCTGGGCCGCGGTACGGCCTCCCGTTGACGATCTCAGGGGACGCGTAGAGTGGACTGCCACAGAAGGTTTGCAGCAACTTGTCTTTATGGTATAGGTTGGACAGTCCAAAGTCAGCAATCTGCAGAA a score=-3934 s danRer3.chr4 17756876 353 + 33808418 TTCTGTATGAAAGGTAACACCTTAAAGTTTACATTTGCaaatattattattgtttatttatttttttattttcatataaatgaatatg----------------aaaaatatttCCCGGACAAGTATCTAAAATAAAGGAAATGATGTAATGTTTTACAGTAAATGTCTATTTTACTTACAAAATTGGTTTAATTTAATTTAA-----------------ACATAATACATTAA-CCTAAACTATGAACTAACAATTGTAAAAAAAATGTTATTTATTAAATTACC-------GTATTACAACATAATACACAACAATAATAAACTGTAACAT------------ATGTATTAATCGTAAATTAATGAGTGCAGTAACTAATAAAACAAATATAAGACTTACTGTA s fr1.chrUn 112442996 369 - 349519338 TTAT---TCAAA----------TATACTTTCTAGTAACTATGGTGACTGAAGGTCAAAAAGGTCTTGTTTTTCAGATTAATGGAGCAGCTGAGCAGAGCAAGGCAGCATTAGTGCCGTGTCA--CCTCTCACACAAGGTGGCTCCTGTTGTGCTTCGCACCA--------------CTACCAGACTG---TAATGTAATCTAGCGGGCCTGTGCGTGTGTGCCAACCTCATTAGCCCTCATTTATTAGTC-----TTGGTGAAGTAATTTTTCACACTTAATCACATAGAGAGGCAGCACAAGGATTTAAATAGAAGGATTTAATTACAACCTCCCACTTGCGAAATGCTTTCTTCAAGTGAAAACAAATTAATTTCTGATTAAAATAAATGTACGCTATGATTCA a score=3777 s danRer3.chr4 17757253 132 + 33808418 AAAATCGTAATATACCTTAATGTTACCGTTGTCATCCAAGAGAATGTTTTCTAGCTTGAGATCTCTGTGTACTACTCCTTTCTGTAAGACAA--ATTATTGAAATAGTTAATTGATAAACCAGCCATTAGAGAA s fr1.chrUn 92127448 134 - 349519338 AAAAGGTTCAAGTACCTTAATGTTGTGGTTCTCGTCCAGTAGCACATTTTCCAGTTTCAGATCCCTGTGCACGACACCATTCTGAAAAAGAACGAGGGGAAAAACGTATAATTGATTCATCCATCAATACATAA a score=9382 s danRer3.chr4 17758848 188 + 33808418 CTCACCTTGTGGCAGTAATGAACAGCAGAGACGATCTGTCTGAAGAAATGTCTTGTCTCCCTTTCGGTGAGCCTTCGGCGCTCACTGATATAATCGTACAGCTCACCCTTACTGGCGTATTCCATTACGATCACAATCTTGTCCTTATTCTCAAAGACTGTGAAAAGAAGCAAATACAACAGCAGCTG s fr1.chrUn 46116576 187 + 349519338 CTGACCTGGTGACAGTAGTGCACGGCCGACACGATCTGCCTGAAGAAGTGCCTGGCCTCCCGTTCAGAGATGTTCCTCTTGTCACAGATGTAGTCGTACAGGTCCCCTCTGCTGGCGTACTCCATCACGATTACGATTTTATCCTTATTTTCAAAGACTGGAAGAGAAAACAGA-GCAACAGGAGCCG a score=782 s danRer3.chr4 17760413 79 + 33808418 GTTTTGGATTTGAAGACACTAAGGACCATGCCAAAGTCAGAACATTGGACCCACTGAACCAATGAAACGAACTCCTGGA s fr1.chrUn 252268537 79 + 349519338 GTTTTGATATTTGAAGTAAAAAATGCCACGTCAATGACAGGAGCCTGGAACAATTCCGTAGACATATTTGACTCTCGGT a score=7915 s danRer3.chr4 17760492 204 + 33808418 AAGAGAGTTAAAACTTAGTTTTTTTTAGGAGTAAAAAGACTAGGCATACCTTCATATATAGAGATGATGTGTGGATGGCGGAGCGAAGACATGATCTCGATTTCTCTGCGGATGTGCACCATGTCTTGTTCATCTTTTATCTTCTCCTTACGTATGGATTTTATCGCCACCT-TAGAAACA-AACACACATAAGAGTCGTTAAAGA s fr1.chrUn 46117136 194 + 349519338 AGGGGCGTTAAAGTCTTGCTTTTGGTGCGGCTGC------------TACCTTCGTAGATGGTGATGATGTGCGGGTGGCAGAGCGTGGACATGATCTCGATCTCCCTGCGGATGTGAACCAAGTCCTGCTCATCCTTGATCTTCTCCTTTCTGATCGACTTTATGGCAACCTGGAGAAACATAAACCACAAAGCAGACTTTTAAAA a score=400 s danRer3.chr4 17760696 90 + 33808418 TTTTTTTTTAGAGTAACACTTTTGAATTCCTGGTTTAGTAGACAATTTCACGGTTGA-----------------TTGAGCAGTA-TTGATGAAGGCAAGGGTCAAAGG s fr1.chrUn 252268825 97 + 349519338 TGAGTCTGTACAGGAACACGT-----------GCTTAAAACAGACTCTCATGATTGAGAGTAAATCTATGGTTCTCAAACAGAACTTCCTAAAAATAAGGGTCAGCGG a score=6717 s danRer3.chr4 17765506 197 + 33808418 GGTCAGCTCACCACTCGTCCAGTGTGCCTCTCTATGGCTTTCTTCACTTTTCCATATGTTCCTCTCCCGAGGGTCTCGAGCAGCTCGTAGCGGTGCTTCAGGTTGTGTTTATGGTGATGTTTCTTGA-CGCTGGACCCTCTCCGCACACCGAGAGAGGCTGGCATCTCTCCTCCCGG---AAAGTCCACCGGTAGAAGATC s fr1.chrUn 46118961 196 + 349519338 GTTCTACTCACCA---GCCTGGCGGACCTTTCCCTGGCTTTCTTCACTTTGCCGTAGGTTCCTTTCCCGAGGGTTTCCAGGAACTCGTACCTGTGCTTCAGGTTGTGTTTGTGGTGGTGTCTCTTCACCGCCTGCTTCTTCACGGGAGCCTGGGCCGG--GGCTCTGCAATCACCGGGGAAAAGTCCCCCCGACGACGACC a score=3492 s danRer3.chr4 17776715 182 + 33808418 ACAAAGTGACAGTGACATCTACTGGCCTGGCATGCATAATTCCGCATTTTGAGTCGTTTTCATGAGTCCATGAGAATATATAAACATATATTATATCAATATGTACT--------GAATATAATATGAAATAGTTAA----------TTAACTTAAATAAAATGGTCTATATGAAGTAAACTATGAAATGtttatatttt s fr1.chrUn 143447259 189 - 349519338 ACAAAGTGATATCGCCAACTACTGGCCTGGCATGCATACTACAGCATTTTCAGTC-CTTCCAGAATTCC-----CATGTAAAAACAGATATCTTGTTTTAACGTCTTTGTTGTGCAAATCCAATAAGGCAAAGGAAATACTGTGTTTTTGGGTTAAATGAAATGG-----GTGAATCAGCTCCGGAGCTGTTTTGTTTTT a score=6600 s danRer3.chr4 17777789 220 + 33808418 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33808418 aCTTACAGCAAGTTTCTGTGCATTCTCTTTGCCATTTGGAGTCAGTATGCTGGAGGTGTGACACTTGCGGTAGATCTTTCCAATGTGGTTTTTGCTGGGCAGGAAATACTGTTCCTGAAGAGAAAAAGAAGAGGAGGAACAGAGGAA s fr1.chrUn 81013770 146 - 349519338 ATTCACCGCCAGTCTCTGAGCATTCCCTTTGCCATTTGGGGTGATGATGGTGGAGGTGTGGCAGTTGTGACTGACCCGGCCAACGTGGTTCTGACTGGGCAGGAAGTATTGCTCCTGAC-AGACAAAACATTGACGTAAGAAAGAAA a score=-787 s danRer3.chr4 17782087 237 + 33808418 aaaaaataataataaaCTTTCCAAAACTTATTGGTAATTGACAAT-------TCTAACTCTCATTTCTAATTTTCTCTTGAGATTTTATTCATGCCATCCAAATGATTAATTCAAATATAGTGTAACTTAATATAAATATAGAAAGATCATTTTTGCTA-----AAAATATATCTTAAAATGACCTGTTAAAACATTTAGTTACAGAGCCG---GCTGCA-CTGGATCAGTCAGAAGTAGAGATAGAAAGTAG s fr1.chrUn 65573686 232 + 349519338 AGAGAACAATGACAAGATTCTGGACACAGGCGGGTAATTCAGAACATAATCCTCGACCTCTCACCCCTAACTTCTGCGCG-----TTCTCCTTGTCGTCGGGTGTTGGAATGCCGTAAGAATGGCACTTGC----GTTTCCCAATGATC-TTCCTGCTGGGAAGAAAATACCGCT--------CCTGCAGGAACACGTGCATGAACAGACGCAAACGGCAGCTGGCTCAAAGTGCCGGAGAG---GAACGCAA a score=7793 s danRer3.chr4 17782324 208 + 33808418 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AGAAGAGTTCCTCAAAGTCTTTCTGCTGGAAATAGAGACATCTTTCAGAACAAGAGTCAAATGCGGTGTACAGACCCTCTGGGTTGGACTGCGTGT--------CCATATTC-----------------ACGGCTTCG--TACACAATGTCCATCAAGTATTGCGTAGTGTTTGGCGGCGCCATTGCTCCGGGATGGCGGGTGTATCCGCGGGCCTCCCTCGGCGATCGATCCGACGGCTGCCTCAAAGCTTCCTTTGTCGTCTCCGGGATGGTTCGG---------GGGACTTTGGTTAGTCGTGCTCGCCGTTGTTTCTGCCGGAGGTATCGCCGGGTGGCCACTTTTCCCATGTTTGATCGCTCAGGTTTTAGGCCGACGTCTTCTGGCGCGTGGTCGCAGAACGGGTTCCACTTCATTCTTAACCGGAAAGACAACTGCTTTTCGTATTGTGAT-CTCTCCAAACACATTATTTGATCAAAAAGGTTTTTAAGGTTGTTTaaaaaaaaaaaaaaaatta---------aaaaaaaaaTGTATAAAGGCTTCGCTCTGTGCAAATGACGCGGCGTTTTTCGGTTTTGCTCAAGAAACAAACTTTGTCGTATAGTTTCTTTGAGTTTAAAAAAAAAAAAGAAGTTAAAAGCGTAT a score=4306 s danRer3.chr4 17819914 495 + 33808418 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s fr1.chrUn 90857562 1202 + 349519338 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ACGCTCTACTTCTTCCTGTAGTTGCCGAGCTGGATGGCAGAACGCTGGAAGACGCAGCGGAAGGTGGTTGGCTGGACTTCCCAATAAGGCACGGGGTTGCTGAACAGGCTGATGCCAGAGTACATGGCCTTCTTGCTGTTGATGCTGGGAGGACAGAAGTCTCCGGTGCCTACGGCGGCAATCTTGTTGACGTGGAGGTAGACCACCTACGGGGACGGATTTAAATAATAACGACCTTGAGTCGCCAAGTGGGATGTGCACGGCAACAATTTG-GATAATAATAAGTCAGAAAAATGCAGAAT----------AATCTCATGCAACCCAAACTGGATTCC-TGCAAAACCAACATTGCAAACCAAAGTTAGACCCCGAGCAAGAGAGATAAAATAGAAGCATATGAAAATATGAGAGAAGCT-AAACGATCTCAGCTAAGCTAAAACAAGCAATCCATTCTTTGTGGTAAACAGACAGCAAATGAGA a score=867 s danRer3.chr4 17935515 43 + 33808418 cagtcctcca-gctcacaagatggccgact--ccagtcctccagct s fr1.chrUn 282303399 46 - 349519338 CAGCTCTCCAAGCACCTCAGATCTCAGATTTTCCAGATCCTCAGCT a score=279 s danRer3.chr4 17935744 66 + 33808418 ccacctgagttgccagagctgatgccaccaccagagctgttactaccagagctgccaccgccacct s fr1.chrUn 282303445 40 - 349519338 CCTCCAGATTTTCCAGA--------------------------TCCCTCAGCTCCTCCAACCACCT a score=11093 s danRer3.chr4 17935820 530 + 33808418 caccgccacctccagagctgccagacccgccaGAgctgccagaccctccagagctgccagaccctccaGAGCTGCCAGACCCTCCAGAGCTGCCAGACCCTCCAGAGCTGCCAGACCCTCCAGGGCTGCCAGACCCTCCAGAGCTGCCAGACCCTCCAGAGCTGCCAGACCCTCCAGAGCTGCCAGACCCTCCAGAGCTGCCAGACCCTCCAgagctgccagaccctccagagctgccagaccctccagagctgc---------cagaccctccaGAGCTGccagaccctccagagctgccagaccctccagagctgccagaccctccagagctgccagaccctccagagctgccagaccctccagagctgccagaccctccagagctgccagaccctccagtgctgccagaccctccaGAGCTACCAAAGCTGCCAGATCCTCCAGAACTGCCAGTGCCGCTGCCGCCAGAGCTGCCAGAGCCACCGCCACCTGAACCTCCAGAATGGCCGCCGCCTCCTGAGCTCGCTGAATGGCCG s fr1.chrUn 282303411 463 - 349519338 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GAGGCTCCAGTGTGCTTAGCATcttagcatctgcttagcatctgcttagcatcttagcatctgcttagcatcttagccagccgcttagcatcttagccagctgcttagcatctgcttagcatcttagccagctgcttagcatctgcttagcatctTAGCCATCTGCCTAG-------CGTCTTAGCCAGCTGCTTAGCATCTTAGCCATCTGCCTAGCGTCTTAGCCAGCCGCTTAGCATCTTAGCCATCTGCCTAGCGTCTTAGCCAGCCGCTTAGCATCTTAGCCATCTGCCTAGCGTC a score=4729 s danRer3.chr4 17936609 546 + 33808418 CTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCTGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCC--------------GCCTCCTGAACTCCCTGAACGGCCGCCGCCTCCTGAACTCCCTGAAC s fr1.chrUn 28334845 401 - 349519338 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ctgcagttccacgctccaggccctccgcagttccacgctcca--ggccctccgca-----gttcca------cgctcca----ggccctccgca-----gctcca------cgctcc----gggtcctccgca-----gctcca------cgctcc----gggtcctccgcagctccacgctcc--gggtcCTCcgcagctccacgctcc--gggccctccgca-----gctccacg-------------------------------------------ctccgggccctccgcagctccacgctccgggccctccgcagctccacgctccgggccctccgcagctccacgctcc--gggccctccgcagctccacgctccaggccctccgcagctccacgctccaggccCTCCGCAGCTCCATGCTCCAGTCCTgcccccgctgcatggtcctggccctccatccctcc s fr1.chrUn 28335470 462 - 349519338 CTGGAGCTCCA-----CAGGTGCTCCACAGTGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGAGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGTGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGTGGCATTCCACAGGGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGAGCGTTCCACAGGGACGTTCCACAGGGGCGTCCCACAGGCGTCCCACAGGCGTCCCACAGGCGTCCCACAG--GCGTCCCACAGGCGTCCCACAGGGGCGTCCCACAGGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGAGCGTTCCACAGGGGCGTTCCACAGGCGTCCCACAGGGGCGTCCCACAGGCGTCCCACAGGGGCGTCCCACAGGTGTTCCACAGGGGCGT--TCCTTCCCCTCTGACCCTTC a score=4679 s danRer3.chr4 17938978 697 + 33808418 CTGTATGTGTAAAT--AGTCTGTTATCTTGTGTGAGGTCTGTCACCTGAATGTATTTGTGGTCTGCTAGGCCAGCTGGGACAGCAGTGAGTGCGTTATTTTCCAGGTGAAGTTCCCTCAGGTGAGGCACGTTGGCCAGAGAGCCGTTCTCCACCACGCTGATCTCATTGTGGCTCAGACCAAGCCTAC---AAACACAT-ACAGGTTTTAATATCATTTAGCAAAACTGAAAAAAAATAATC--ATTAACTGAAGTAAATAGCA--AACCACTAGTATACAAACAAAAATAATAATAAAATGGTTACAAATTAGTTAAATACATTTAACTAAAAAGAAAAAAAAAACGTGCCCCTTTAACTGAAAATAAAACAAAACAATAATTTTGTGAAATATTTTTACAAATATTTGTATTGAATTTTTAAAATGTGGTGAAAGTCAAATGAAATGTTTTTTTGAAACAATATACTTGCTTGTATTTAACAAATTAATTTATTGTAACTTTGATGA----ATAAAAGTATTCATTTTTTAAATAAAAGATTTATGTTAATGTTGCCCtaaaatattttaaaaaaa--------aaacaataaaaaaaaCTGCATAAGCTTACAACTGCAAAACTTTGAAAAACTGATACAAGGAAACTGAAAATAAA-AATCAATACattgtaaaaccctttaagttaaaagaaataattctaataagtgctgtaaa s fr1.chrUn 90884629 654 + 349519338 CTATATTTACGAATCCAGCCAGTTATA--AACTAAAGCATGT-ACCTGGATATACTTGTGGTCAGCCAGGCCAGAAGGAACGCTAGTCAGAGCGTTGTTGTCGAGGTGCAGCTCCCGCAGGTGGGGAACATTAGCCATTGTGCCATTTTCCACAGAGCTGATGTCATTGTCGCTCAGGCCAAGTCTGCAGGAAAGAAATCAGAGACGCGGGTA----TGAGCAAGAACGCTACAGAGCAATTTAGCTGCCTAAATTAATTACCAGGAGTCAATGGCACACAAAGCTGA-----AGTAGGACTGCCAGAAAGC--TTCTGCACCTGTCAGTGAGGCCATTATTATCCCAGTCTCAACTATGTGAAAATGGAAAAGAAAAGCCAT-----------CCTTTGCTCATATCC--------TCTCCAAAAAAC-----------ACTTAACTCACCCTTTAACAAAGTGTCCTTTGTTCTAGTTTGGAATGCTATCTGTTGCCCAATCAAAGACCTCATAAATGTGGTGATTTTACAGGCAAACCAGGTATTTTAA--TTGTCCAAAAACTATTTGGTGGGATTTTGCTTACACAAT---AACGACTCCATTAG-------CAGCAAAACC---AGAGGCTAAAGGCAG--CATGGAAAACAAAGAGTTAATCCCT-----GAGTTTTCATTATAAGAGAAGAAAATGAAATGTGCCTTGTGAA a score=11440 s danRer3.chr4 17942775 345 + 33808418 TATGAAGATAAATATGTA------TCTACTTGGACAGGTTCTTCAGGCCCTTCAGACTGTCTGCGGTCACTTTGGTGATCTTGTTTCCATCCAGGTGAAGTTCGAATAGCGAGCTGGGCAGACCTGGGCATTTTGACACAGATTAATGCGCTGTATTGATG-----------------CATTGAGGTGAAAGGGATGTTCGTTAGTCTTCACTTTAGAGGTGATTCAGTACCTTTGGGAATAGAGGTGAGGTTGGTGTCGGCGATTCGGATGTAAGAGACCCTCTTCAGATCAGCAAAAGCCCCATTATCGACTCCGGAGCTACTCAGAGGGTTCGAGCCCAGCTCTGGAAGAGGGACACAGTCCAAA s fr1.chrUn 90885644 355 + 349519338 TATTTAGATAAAGAAATAGTTCCTCTTACTTGGCCAGGTTCTTCAGACCCTGGACACTGGCAGCCGTCACCTTGGTGATTTTGTTTGCATCCAGATGGAGCTCAGAGAGAGAGCTAGGCAGACCTGGAAAC----ACATAGGATGGCCAAAAGCATAAATAATGACAAGAACAAGTAACTTCAAACAGAAAGAACAATATGTTAAAAAAAAAAATAGAG------CTGTGCCTTTGGGTATCTCTGTAATGTTGGTATCTGCAATTCGGATGTAAGAGACCCTCTTCAGGTCGGCAAAAGCGCCTTCGTCGATTCCTGCACTGTTCAGAGGGTTGGAGCCAAGCTCTGAGAAC---ACACACATCAAA a score=10248 s danRer3.chr4 17945423 223 + 33808418 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+ 33808418 CCTGACCTCGCGCCGAGGCAAACTAGCAGCTGGAATTTGCCGTCTTTGCCGATGTTGCGTGGCATGTTGTTGATGGCGTTGACGTATCGACAGAGTGATTCGCTATTCAGGC----TGAGAGGCTCGGGGGATTCTTGCAGGTCTCCAGTTTGATCTCTGTTCTCCATAAACGCTACTATTCTCTCTGTACAACACACAAACACAGA s fr1.chrUn 123317606 203 + 349519338 CCTCACCTTATTCCCAGACAGACAAACAGCTGGAACTTTCCTTCTTTTCCAATGTTCCTCGGTGAAGCATTGATGGCATTGACGTAGTGGCACAGCAACTCACAGGGTGGACCTTTTGCAAGGTTT----GATACATGCACGTCACCCATTTGATCAGCTGTCTCTATGGAAAACACAACCTTCTCTGTgagatagacagagagaga a score=6449 s danRer3.chr4 18215140 251 + 33808418 AATAAACAACTGTATTAGTAATAGCCACTGTTATTCTTTTAAGACGTCAA-----AACAAACTACAATTAATAA---TCTGTTCT-----------------------TACCAAAGAAATCCCAAACAAAGACATTTTTCTGGAAGATTCGAGCAGAGCGAAACCCATGGTGGAAAAACTGCTCCAGCGCCCAAACAAGACCACCTTCTCCACACAGCAGAACCGTGAGACTGCCCCGCTGAAA----AACAACACAAA-AGATATAACAGAGAAAATACAAACAAA s fr1.chrUn 123317932 275 + 349519338 AATAGACGACTGTAATAATAACAGCCACT------------AGATGGAGACAGGCAGCTAATGACGGTTACAAAAGCTCTGTCCTGCTTGACTCGAGTTCACAGGGCTTACCAACAAAGTCCCAAACAAACACGTTCCTCTGGAAAAGACGATTAGATTTGAACCCATGCAAAAGGAACTTCTCCAGTGAAGTCACCAGGCCGCCTTCACCACATAACAAGACTGTCAGGTTACCCCGCTGGGATGACAAAAACAGGGACAGAGTTAAAAGAGACACTGCGAGGAAA a score=2971 s danRer3.chr4 18215429 97 + 33808418 CATACCTCTTTCTCTGGTTTGTGGAAATGTTTAATTATATTGTTGACTGCTTCACCGATAGATTCCTGGATCTGAACGGTTGTTGGTTCTGAAGAAA s fr1.chrUn 123318619 97 + 349519338 CGTACCTCTTGCTCAGTTTTGTGGAAGTGTTTTACAAGGTTATTTGCTGCCTCTCTCATGTCTTCTTGTACTTCAACAGAAAGAATTCCTGATGAGA a score=8439 s danRer3.chr4 18216660 919 + 33808418 gctagaaaaaag--aagccat-taacaataataggaaaaacaataactaaggaaatcaatggttaccggtttttaacattcttcaaaatatcttcttttatgttcaatggaaaaaaactctaacaggtttagaacaagggaagtaaatgatgtcagaattttaatttctgggtga-actattcatttaaAAAAATAAATAAACAGAATCCAGACTGACTGTTTCCTT----------TTCCGGTGAGTGAAGTGATGCTGATTC--TCCGGA---TCTGGGAGGGCGACCTCTGGAGCGGTGGTGTTTTAGACCCTCGACCTCCTTCATCATCGCCGCAAGGCACCACAAACTCTCCAATCAGCACTCGCTCCAGACTGCCATCATCCACACCCTTTCCCAGCCACCGGCCACAGGGAAACCTGCAGGAAGACCACCAGAAAATGAGTCACAAAAACATAGACAAGACTATGAC---ATATAAAAAAAAAAAAGTTTCTTCTTATCTTAATTCTCAAACatgaccattattaattcctatcacatattagagctaatcttttactaaatgttgttctgttcactacagagacaccaatatttgatccatttataaaagataaatcact--gtctgagcatctgagattaggcatgaatataaacactacctttatgattttcaatagcattagagctcactgtgagagtatattggtagcattGTTTTG-TTCACTTTAGGCATCTGATAGTGTGTTTGGA----ATTAGAAACTGAGCTTAACAATTGTGTTGAGAGGCTGAAAAAGGCCGTACTTGTATGTGTGTCCGGTGATCTCATTGCGGACCATGACGCAATCAACCAGCCACTTGGCCAGCAAGCCGGAGTTATCATGACCCAGCTGAACAGTGGTCAGCTTGCCCAGATTCTGGCACTGTGAACCAagag s fr1.chrUn 123318716 772 + 349519338 TTTAAAAAAAAGTCAGGCAGTGTTAAAAAAACAGTAAAAATGATGAC-----AAACCCATGGC-----------------------------------------------AAATGCACTCC----GGCTTAACAGAAAAGTGATAGAGGGAG-CAGGGTTT--GTTTCTGCATGACGCCTCTGATATAAACAAGTAGGTCAGCTATTGTGTGGAAGAATGCTCTGTTAGAGGGTACGTACTGCTCGGCCAAGTGATCCCAGCACATTCCGAACACTCTGGGAAGGAGAGGCCAGCTCTGGAGGTGTCCCTGTCAATCGGCCAGCATCCTCTTCTCCACCAGGTGACACCAGATGGCCGATCAGAACTCTTTCCAAGCTGCCATCGCCCACGCCTTTCCCCAGCCATCGGCCACATGGAAACCTGAC--------------------------AACACAGAGAAAACACTGTTTCTTTATCTCAGAAAAAGCAACTTTCC---------AATGTTGGGGCGTTGCCTCTGCT----CCTATAGCACCCTGGA-----------------------------CTGTGCAGAAACA--------------------AACTGCAAAGTCACTCAGATTGAGAAGCTGAG--------------------CTGCTGTTACTGGACCCATTAACAATAGTGAGACTCCTGAAAACAATTAGCCAAACGTGTCTTGATTTAGCTCAGTAAATGTTCCATGTCTTTAGACGAGGTCAGTGTGTGGAGGTGACACGCTTATC---AGGTTGAA-----TCTCACTTGTAGGTGTGTCCGGTGATCTCATTGTAAACCATCACGCAGTCAACCAGACACTTGGCCAGCAGGCCCGAGTTCTCTTGACCCAGCTGCAGCGTGCTCAGTCGGCCCAGGTTCTTGCACTG-AAATCAGGAG a score=5692 s danRer3.chr4 18220212 154 + 33808418 ATCTCCAGTATGTTTTTGGTGATCTGCAGGATGCCGGAGTCGCCCAGCTCGCCCGACACACACAGCCAGGGGTTGGACGTGGTCATGGCGTTACTCAGCTTCTTGATGGGGATGATCACAGCCCGGTATGGGATCACTT--ACAATGCGAAAACAA s fr1.chrUn 123319568 156 + 349519338 ATCTCTTGAGTGTTCTTTGGTATCTGTCGAACACCCGAGTCACCCGACTCTCCAGAGACACACACCCAGGGGTTCACAGTTGCCATAGCAATGCTGAGCTTCTTCATGGGTATTATAACAACACGGTAAGGAATATCTGGAAAGACACAGAAACAA a score=6235 s danRer3.chr4 18221000 253 + 33808418 CGGGACGTACTTATAGTAGTGAAGACGCTGGTAAAGCAGAAGTAGTCCACAGCATTCAGGCTCAGGAGATGAAAGAGAAACTGCTCTTTCTCCTCTTCACAGCGGAGAAAAGCGTAACGTTTGTAGAGCTTCCTG--TGGGAACAGAGCAAAACTTAATAACAGCTGCAGTTTTTTGA--AACAG-----------GCCAGAGTGTGTGTACTTGTTTGCATCACTCAGAGGATGTTTTATGGCGAGTCT---AGGTGTTTGGGTTGGGTT s fr1.chrUn 123319893 267 + 349519338 CAGGACTCACTGATGGAGGTGAAGACACGTGTGAAACAAAGATAATCCACAGTGTTGAGAGACAGCAGGTGAAACAGGAACTGTTCTCGTTCCTCCTCGCAGAGCAGGAAAGCATGAGGTTTATACAACTGCCTGTTTGGGGATAAATCACACAGTCAGGATATCTGATGTTTGGTGAGTAACAGCAACATGTTTCTTCAGGGTGTGTGTCCCGACCTGAGCAGCTCCTG----GTTTAGAAGCAGTTCTTTAAGGTGTTGGGACAGCATT a score=6958 s danRer3.chr4 18221879 196 + 33808418 TACTTGGTTAAGGCCTGGTTTGACAGCAGCTGTTTGAGGTGCTGGGAAAGCAGTTTTTTCTCCAGAGACAGACGGATCCAGGCACGTGCTCGACCTACATCAGTCTTAATCTCTGCCATGTTCTGGATGTGTCTGAGAAGTCAAAAGAGACACAGAAAGTATGTTTAAGAAATAGAA----------AAACAATGTGAATTTGAAA s fr1.chrUn 241133775 193 + 349519338 TACCTGGCGAGCTCGTGGTCTGAGAGCAGCTGCTTCAGATGTCTGGAAAGAAGCTTCTTCTCCATAGAGAGGCGCACCCAGGCTCGGGCCTTCCCTACATCCGTCTTGATCTCACTCATGTTCTGGATGTGTCTG-------------TACACGGAAAACAGATTTAGGTTTTGCAACTTTGCATTCAACTCAAGTGGATTTGGAA a score=182 s danRer3.chr4 18223277 2 + 33808418 AT s fr1.chrUn 241135507 2 + 349519338 AT a score=12199 s danRer3.chr4 18223279 333 + 33808418 CTTTTACCCGGAGACTCCAACTGCTGT-TCGTTTTTCTCTTCTCTCGCCTGGTAATGCAATAAATGAGACCAAAGTGCAGACTTTCCCTGTGAA---CAAGGATGAAAGCACACAACGACTTTCAG------GATTGCGTTGCATGTGTTATAATCTAAATTGCATTTCCATTTGTTTGTGTCTCACCTGTTTAACCTGAAGCCCGTGGCTCCATATTCTCTCCAGCAGGTCACACAGACTGGCTATGAGTGTGTTTTCTTCCAGACCAGTGATGTTTGCCTCTCCGTGACCCAGTTCGACAGCTTCTCTCCCCATTTTCTCCACCAACATGCGCTTGGTCTG s fr1.chrUn 123320543 333 + 349519338 CTCTCACCTGGAGACTC-AGCTGGGGTCTCAGTTTTCACCTGGGCCGCCTGGTAATGAAGCAGATGGGACCAAAGTGCAGATTTTCCCTGTTCAACGCAAACATGTCAATAGATATTCTTGTTTAAACATCTGATTAAGTAGATCGTGT---GATCTGGAA-GCATGTCC-----TGTGTGTTGAACCTGTTTAAGCTGCAGGCCGTGGCCCCAGGTTCTCTCCAGTAGATCACACAGGCCATGGATGAGTGTGTTCTCCTGCAGCCCTGTGATGTTAGCCTCTCCCTGGCCCAGCTCCACACTCTCCTTTCCCATCCTCTCCATCAACATCTGTTTTGTCTG a score=-23 s danRer3.chr4 18223612 2 + 33808418 AA s fr1.chrUn 241135839 2 + 349519338 CA a score=-132 s danRer3.chr4 18224143 93 + 33808418 AGAAAACACACAAATTCACTTATAAGCTATATAATTATATATAGTATA---TAAACATAGTATACAAGTAAGTATATA-AGCAT-ATCAAAGTCATCT s fr1.chrUn 241135862 98 + 349519338 AGAGAACAGAACCAATCATATTGAAATGTTTAGGTTGTATTTTGTATGATGTATTTTTAAGATTCTAGTGTGTTTTTACAGCATTATGAACACTATAC a score=3924 s danRer3.chr4 18224236 159 + 33808418 TCACCTTCATCTTGCATTCCTTCAGTAAACCCTCCACAAACTTCCAGTTGGTCTGTGCGATGACGGCAGGGGACAAGTCTGATAATTTGGGTTGTCGCAGGTTCTTCCCCAGGTTACGAGCCTCCTGCATGTACTTCT-AAACAGAAAGATCAACACACA s fr1.chrUn 123320949 148 + 349519338 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fr1.chrUn 123321361 166 + 349519338 GATGACCCACTTGTTGGTATTCTGTCCCTGCACCAGCACATCGGCCTGCAGTTTGGGGAAGTAGCCCTGCTGGTGGCGACCCTGGCCAATCCTCATGTCCAGCAGATGGGGGTGTATGGCCGTGTGGTCAGCCTTCAGCAGCCTTCGCTCAATGGTCTGAGCTTCA a score=-190 s danRer3.chr4 18229711 287 + 33808418 AAGACACATGCTACTTTAGACTCTTTG-ATATAAACAAACCAAGC-AACCAAGCAGAGGAATTTATTCACAAATATGCTTAGAAAAAAATACAT-----------------------AAACCATAAACCAAAGATTATAAAAATAAGCATAAATTGCATTATTTATAATACAATGCACTGTTAAAGttttttttaattataacaaaaaaactctatattaatacttaatatta----ttgttatcatttttaagga--ttatttaaatttataatatttatCAATTGTATtacaa----gcctaatagatccctcagatcat s fr1.chrUn 123321582 292 + 349519338 AAGAGACGTTCCTCCCATGTCTCAGTGTGCATCAACAATTCAAGCTGACCGAGT--TTGTTTTGTTGCGCGGAGATGCAGAAACACTGAAACGTGGTGTGTAACATCACCGTGAGGCAAAACTTCAGCCACAAATAATATTAATTAAC-TAAATTACAAAAAATATCATA------------------TCCTTTAGTT---------CAACACTCTGCTTTTCCTCAATATTAGATTGTGTCACCGCAATTAAACATTTTGTTTCTGGTTAAGAAATGCATCGACCTGATTAAAAAATTGCTTCAGATATCCCCTAAGCAAT a score=4365 s danRer3.chr4 18233589 296 + 33808418 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TACCTTGTCAAAGTTGTGCATTTGCTCTCTGTTGGTCAGCCAAGACTCCAAATCTGGCGAGTTCTGAATCACAAACGACTCGTAGTCTGCAAACATCGTTGCGAAGCGTGCGGCGAACACCTCCCTCAGCTGAACGTTCAGTTTAGCATTCCTCAGCTCCTCTTCCTCAACAGGAGACCTTCCTCCAACACCTTCATCCCCCTTCTGTCCCGCTGCCAGCGCCTCCAGACGGGCCACTTTCACCCCAGTCCTCTTGGCCAAAGCCTGCAGGCGCTCCAGCGTCGGGTTGCCCTGCAGGAGCTCCAGCACATCCAGCGCTTCTCCACCGAGGTTGCCGTTCGTCTTATCGTCCACCAACTCTCTCAACGAAGTGCTCTTGAGCTCCTTCTCCAGCACAGAGGTCTGCAAGCTCATCACGGCCGGTTCAGGAGAGCTGCTACCCCCTTCGGGAGACTGGCCAAAACTGAGCAGCACCTCGCTCAGCTCCTGGATGAACTCACTCCTGTTGGGAAACTGAGGGAAGTCTTCCGGAAGCTCGATGCAGTGGTTGTCGATGTCTACGAAACACAGGTTTGCCTGGAGGAGAGAAAGGTGACCTGCAAGTTAACAT---------TTAAGCTATATTTTAGGATG s fr1.chrUn 123322659 564 + 349519338 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TACCTCATGTGGAAGGTGCAGGGAGGAACGCTGAGCTCGATCTCGGCACTGGATTCCCATCAGAAAGGGCACAGGTGCGTCCAGCAGGTGGTACAGATGTGCTGAAACAATGGGCAGGTAGATGTGCTGCCACTGGAACGGGAAGAGCAGGGTAGTGATGCACTCTGACACCGTCATCAAACGCTGGTAGTCTGA--------GGGGGATAAGTGAAGCGACATTGTCACGAAT----------------AAATCAAAAGTATGCGCCAAGAAAAAAATGTGCATCAACTCATCCTGGAGTCATATCAGTGTTTTTAATTTGTTTGCTGCAGATATGGATGAGATGTGTGAAACTGCAGAAATAAATAAATGGCATTATTTCAAAAATCCAAT a score=5709 s danRer3.chr4 18242771 130 + 33808418 CTCACCCTGTGAGTACAGCAGAATCTGCATTTCCAGCAGGACACAGGTGAACAGCTGCACCAGATTCTCCACCCCCAGTAACCGGAAGGCGTCGGCCAGTGGAAAATCAGCCAATGGCAGCTCTCCGACT s fr1.chrUn 241141414 130 + 349519338 CTTACGTTGCGAGTACAGAAGTATCTGCATCTCCAGCAGGGCACAGGTGAACAGCTGCAGGACGTTCTCTACCCCCAGCAGGTGAAACATTTCACTGATGGGAAATTCAAACAGTGGCAGCTCAGATGTG a score=20888 s danRer3.chr4 18242901 643 + 33808418 CCCGGCCGCTG-ACACAGGATTGGTTCATAAACTCCATGAAACTTGAGCGAGCGTCCAGACGCCGGCAGCGGCACCTCATACAACACGTTATAGATGTAACTCTCTAGAGGAAGTGGCGGCGGAGGACTACAGCTCACAGCCCGGTGCATTTGAGCCAAAAAACGTTTACAAGCGTGCATGAAGGGCATCGGTGCAATCAAACACATGGCTTTGGACACATAAAGAGTGTCGCGGATCGAGTCGTAG---CCTTCACAGGTTCTTCTGCCTCCATGAGC-GGATGGAGAGTCAACGTC------ATCCAGACTGCTGGATAAAGAGTCCATGCTAgaggaggaagaggaggaggaggatgatgaggag---gaTGAAGTACAGTTCTGTGCAGATGTGTTGTGTTCAGCCTGGTGCATCTGATGGAGCGTCTGCATGGCGGAGCAGATCTGAGGACTCGTCACCTCCTCATAGAAGGTATGGACGAAGCCGTAAGTCCGTGAGCCGTCCTCTCGGGTGATGAGGAACGAGTGGAAGTGCGGAGCCAGACTGTCCCGCTGCGTCCTGAATGACAGGCCTTTAGGCATACAGAGCTGAA-AGACAGAGAGAGAGAGAGATTTCaaattaatataatacaattataaaaattaaataaaaC s fr1.chrUn 123324416 647 + 349519338 CCCGGTCGCTGCACACAA---TGGTCCCTGCACCCCGTGGACCTC-AGTGACCTTCCGGGAGGAGGCAGCGGCACCTCGTACAGAATATTATGGATATAACTTTCCAGAGGGAGGGGCGGCGGGGTGTGAGATGCCACAGCCTGGTGCAGCTGGGAGAGAAACTGTTGAGAGGCATGAAGGAAGGGGAGCGGCGTGAAGAGACAGAGGGCTTTAGACACATATAATGTGTCTCGGGATGGATCAAATGACCCTGCACAGCC-------CAGACAGGAACTGGCCAGAGATTCGGCATCCGATTCATCCAAACTGCTCACGAGTGAGTCCATGCTggaggtggagggggaggaagcggacgatgaagagcaggagggagtggaggcagaggaggaggagTGGTGCTCCACGTGATGCATCTGTGAGAGAGCCTGCATGGCAGTGATGATCTGGGTACTGGTCACCTCCTCGTAGAAGGTGTGAACAAATCCGTAAGAGCGCGTGCCCTCATCAGAGGACATTGTGAACGAGTGAAACTGCGGATCGAGTTGGTCCGCCTGCGTGCGGAAGGAAAGACCTCTCGGCATACAAAGCTGAAGAGAAAGGGACAGGAAAATCATTTAAAGTCGCACAAAGATTTTGTTTTGCCTGAATAAAGC a score=5443 s danRer3.chr4 18248150 238 + 33808418 CTCACCATGTTAACAGCATCCTGGTCAAATGGGTTGCACTCAATGTTCTCCGGGTAGTGAGCCAACACTTTAGACTTGAAGGTCCTTTTTAGGGGACTCTGATCAAAGTTTTCCCCTGCAGAGAGGAAACAGGACA---------AAGAGATGGAAATGAATAAAAATCAGAGGGAAAAGTAAAGGCCTGGAAACTTCTCTTAAATTATTCATGTGCTTTAAAATGCAAAAGCAGCAATGCTTTGAG s fr1.chrUn 123325316 223 + 349519338 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AATACAAGTATTTTGTTGCATGAAGATCACTGACTAACATCAAGAAATAAAAAAAAATGCATAAGCTTTGACAAATTTTTAATTTCATCATCCTCCACCTTCT-CAGATACTTCATCTTCAAGGCATCCCAAAGCTGCTGAAGCTGATGCAGAATGACAGCGAGGAGCTCCAGTGGGCCGCCGTCAGCTCTCTCCGAAATATTGTTTTTGAAAACAATGAGAACAAAATGGAAGTCAAAGACTGTGAGGGGCTTCCAGTGATCCTGAGACTCCTCAAGATCAATCGAGACATCGAAACCCGGCGCCAGCTCACTGGT s fr1.chrUn 138391149 310 + 349519338 AATAAAGTGACTTTATTGCCTGTGGTT---TGGGGATGGTCAATGATTACAGAGCAGCCCAAAGGCCAT----CATCCGTCAATCAGTAATCCGCTCTGCGCTGCAGGTTTATTTCCTCCGGGGGATTGAGAAGCTGGTGCGCCTCCTCCGCAGCGACAGCGAGAGCGTCCAGCGCGTCGCCGCCGGGGCCCTCCGCAATGTCGTTTACCAAAGCGGCGAGAACAAGATGGAGGTGAAGGAAAAAGGTGGCCTGGGCGCCATTTTGCAGGCGCTGAGGAGCAGCCGCGACGTGGAGACCCGGCGGGAACTGACCGGT a score=6983 s danRer3.chr4 18280490 221 + 33808418 GTGTGCTCATCCACTAATGTTGCAGGTCTGCTTTGGAATCTGTCCTCTCATGATCTCCTGAAAGAGCATCTGTCCAGAGAAGCGGTCAAACCTCTCACAGACAGTGTTCTGGTGCCATGTTCAGGCATTTCCGAAGGCGAAGACCCTAAACTGGAGCTTCTCGCCGACCCTGACATTTTCTATAATGCCACCGGCTGCCTGAGGTA-TTGCCAGCTGATTCT s fr1.chrUn 138391500 220 + 349519338 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score=3432 s danRer3.chr4 18299174 319 + 33808418 AGGGTTCTTTTAAAG-CGATTTTTAACCCTTACCTTTAACTTTTTGTTAATTTCTCCAGATGCTTTGGAGCACACAACAGAGTGGATCAAATCTTCAATAGAGGAGGCCACCCAAATCATGCCACCTGCAGAGAAGAGCAGTGACTCTGGGCAGAGTGGCA-GACCCTTACCAGGGCCCTCACTGGTGCTAAACACTGCCTACATCAAACTGCTGACCTGGGACGACAGCAAAGGCCCATTGCCTGAGGTGAGTCCATACTTTGCGCCTA-CATCAAATTCAAAATCCATCTATAAGGCGAACCACTTTGCAAAACCATTTT s fr1.chrUn 258681080 295 - 349519338 ATGCTTTTTTTAAAGATGAATGCTATCCCACA--------TTTCCGTTTTTAATCCCAGATGCTTTAAGCCACTCATCCGCTTGGCTCAAGTCAGCAATGGAGGAGATGATGTCAGCCATTGTTTGCTCACAGGAGACTGGAGG-TCAGGGCAAAGGGGAGCGGACTGTACCAAATCCAATCCCCATCCTCAACACTGCCTTTCTTGGTATCATTACCTGGGACTTTGACAAGAAGCCCCTGCCTGAGGTGTG--------TTATGCATAGCATCGATTGTATTGTATATCGCCAAAG----------TGCCAAACAGTTTT a score=13231 s danRer3.chr4 18301560 551 + 33808418 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danRer3.chr4 18347625 379 + 33808418 TTGACTAATTGTGCCTCATTTGTGTTTTT----------CCAGCTTGGCTTCACTCTGGGGAACGTGGTTGGCATGTATTTAGCTCAAAACTACGAGGTTA-----------------------------------TAAATGTCATATTT----------GTTCATATTAA-GTTAATAACCGTGTG---ATTGTATACGTTTGTCTACATTAATGG---GCAACAAACTAGTTAATCTAGTATAGAA---------------ACATGTGTAAATGCCATTAAATGTGGTGTCAGTACGTTAATTAA----------------------------ATTGGTGTGTCCATGCC--------TTGTTTT-CAGGTACCAAACATTTCAAAGAAAATCGAGGCCTTTAAGAAGGACGTGGAAGCCAAGAAGAAACCTCCAGAATGAGGGA----------CACATCCTGATGAAAACACAGATAATCATTATATGGCCAATGTTTA s fr1.chrUn 69350597 501 - 349519338 TTGAATTAACGTGCCTTTAACGTCATTTTATTCCTCTCCCCAGGCCGGTTTCACCTTGGGGAATGTTGTGGGGATGTATCTGGCCCAGAACTACGATGTAAGTTTCTGCACACGTTTGTCCGACTTGTGTTGTGTTTAAAGGTCAAACATCGATCCAGAGGATCAAATTCACGTCAAGGGTCGCATATCCATAGAATATCCATATTCATATCCACAGAATGCAAGAAAT--ATTAGCTTGATAGACAATGTCCAACCAGGTTTGCAGCAGAAAATGATGCTAGATTTACTGCAGGTATGAAAGTGGAGCCTTGCAGGATGATTTTGGAACCGCTGACCTGTGGATCCCTGTTGTTTAATGTTGTTCTGCAGGTTCCCAACATTGCCAAGAAAATTGAGGCCTTCAAAAAAGACGTGGAGGCCAAGAAGAAGCCCCCCGAGTGAACAAAGTGCAGCTGCAATGTTGGAAGAAGGAACACTTTGACTTCAAATGGCAGATATTTA a score=693 s danRer3.chr4 18349372 330 + 33808418 ACTTTAAATTATAACAAATGTCAATAATTAAAGTATCTATGTAATATAAAACTATTTCGTTCATTTAA---ACACGTCATGACCGGGGATGCAAACACAAATTAAATCCCTTAAACATGCATTCGTTTTTTTATTATTATTAAGTGAT----TGTAATGCGTCGCAAATATAAAATTAGCTAAATCAATGAGTAATACGATCAGTTGTAAACTTCGTTCTCGTAAAGTTTCACCGGAAGCTGAAAGTGAGTGTTTCCGGTACGCGTGGCCGCTTCTG---TGACAGCTGCTGCTGCTCGAGACAGAGAA---------------------------------------------------------------------GATGATTTCGCTCAGCGACTCGCAGAGTAAG s fr1.chrUn 146337137 374 - 349519338 ACTATAAAATATAACGATTTT---TGGTTTGTGTCTTCATTTGCTGCCA--TTACTTTGCTGTTTTAACGCACTCGTTTT--------ATGCTCA---AAATAAAGTGACTTTTCTGTTTAATTGTACTTT-ATTGATATTAAATAATGTGTTTCTGTACAGTGCTAATAAAGATTTTACAAAGTAAAAAA--AACAGGACGGTTT----------TTCTCG-GAAGAAACATCG-----CGAGAGCGCTTATTTCCGGAAGACGTGGCTGTTGCTGCAGTGGCAGCTGTCACCGAACTAAGCGTGGAAAAGAGCCCGTTCTCCGCTTTGGGTTCCGTCTTTGCTTGTGTTTCACGGCGGGGGGTTGACGGCAATCACGATGATTTCCCTGACCGACTCTCAGAGTAAG a score=-1805 s danRer3.chr4 18349702 370 + 33808418 AGGAAAAAACCCCGTAAAACTCGTCCTGTTTCTCTGACAGCTCCTCTACAGACTCTGTCATCATGTCTGAAGGCTGTCGTGTTTATTATTCCTGCTGTTTGAATAGTTGTGTGTGTGT-----TTATAATGATGCAGCTGCGTGCAGATGTCAGCGACAGTAACGAGTCTCACGCTAAAGTCATTTGCGTTTAATAA------CATGTCGG--GAAACAGATGCAATGC-----ATGATCTGGATTAAATGTTGACTGCATGAAGACAGAGCTGCTGTCAATACAGTTTCAGCAATGTGATATTGGACATTTTAAAGAAATGACCATTGGCAATATTGTCTAAAGTTCGTGTGTTATTAAATGTCACCTGTTGTTATTATTGATGGTG s fr1.chrUn 158469088 325 - 349519338 TG-----------------CCGATTCTATTGCGTGGTTG--------------TTTGTCACCAT-------------CGTGTTAAACGTCCA----GTTTAGCCAAATGTATGAGGTTAGCTGCTCTAACGCTATTGGTGGATACACGTTTGCGTCACATTACCATACGTCACTTCAAAAAAAGTATTGTCTAATTAACTTTTTATGTTGACTTTTACTAATGTACAGTCGTCAGTGATATAAATAAAACAACGCTTGTACGAACATAAA-CACCTGTAT---TGGTTTTAGCAGCGTAGCAGAGCCCATT-------AGTAATTCTTGGCAATGACGTT--AATTTTACATTTT-CTGGTTGTCATCTGATGTAAT-GTTGGCGGCG a score=6557 s danRer3.chr4 18350072 131 + 33808418 CTTTCTCTGT---CTACAGAAATAGGAATGGGGCTGACAGGATTTGGGGTATTCTTCCTGTTTTTTGGGATGATCCTGTTTTTTGATAAAGCTCTACTTGCCATAGGAAATGTGAGT-----GGTGATTTTATTAACGA s fr1.chrUn 146337724 139 - 349519338 CTTTCTGTGTGGTTTGCAGAGATTGGAATGGGCTTAACAGGGTTCGGCGTGTTTTTCCTCTTCTTTGGAATGATCCTGTTTTTTGACAAAGCGCTCCTGGCTATTGGAAACGTAAGTGTGTCGATCACTTTATCAGGGA a score=11562 s danRer3.chr4 18351038 197 + 33808418 TCTTCTTGTCTGT-CAGATCTTGTTCGTTGTAGGTCTGGCGTTCGTCATCGGGTTGGAAAGGACCTTCAGGTTCTTCTTCCAGAAGCACAAAATGAAAGCCACCAGCTTCTTCTTGGGAGGCGTCTTCGTGGTGCTGATAGGATGGCCCATCGTCGGAGTCGTCCTAGAGTTTTATGGCTTCTTTCTTTTATTTAGGT s fr1.chrUn 146338088 198 - 349519338 TCTTCTCTTCCATGCAGATACTGTTTGTGGCTGGACTGGCCTTTGTCATCGGGTTGGAGAGGACGTTTCGCTTCTTCTTCCAGAAGCACAAGATGAAGGCCACCGGTTTCTTCCTGGGGGGCGTGTGTGTGGTCCTGATCGGGTGGCCCATTGTTGGCGTTGTGCTGGAGGTTTACGGATTCTTTCTCTTGTTCAGGT a score=5106 s danRer3.chr4 18351994 125 + 33808418 TCTATCCTAAAATA---ATCTTCCATTTCTTCACTTGTAGGGGTTTTTTCCCAGTGGTGGTGGGCTTCATCAGAAGGATTCCTGTGTTGGGCTATTTGCTCAATCTTCCCTTCATTAGCGGGGTAAGT s fr1.chrUn 146338356 128 - 349519338 TCTGTCCTCATGTGTGCATCTCCCCTCGTGCCTCCTGCAGGGGTTTCTTCCCTGTGGTTGTCGGTTTTATCCGAAGAGTCCCCGTCCTCGGCTCTCTGCTCAACCTGCCCTTCATCAGTTCAGTGAGT a score=1959 s danRer3.chr4 18353349 94 + 33808418 ACAGGCTTTTGCGAGTCTT-TCAACATGTGTTTGTTGTTCT--------TTTAAAGCCGTCCTAAGGCTGAGCGGACAGTCGGCCAACTTGGTCAGTCTCTGC s fr1.chrUn 146338578 103 - 349519338 ACTGTTTTCTGTGTGCTTTGTGAAGGAATGGTTATTGTGCTATCTTGTATTTGAAGCCTTCCTAAAGTTCTGAGGATAATAAGCTCCTGTGGTCAGTCATCGC a score=3638 s danRer3.chr4 18354156 68 + 33808418 AACTCTTCTCTCTTTTTCTTCAGTACGTGGACAAAATGAGCGAAAGCAACAACATGGTTTAACAGACT s fr1.chrUn 146339265 67 - 349519338 AACCCTGCT-GCTCTCTCTCCAGTATGTGGACAAGGTGGGCGAGAGCAACACCATGGTGTAACCGGCT a score=2362 s danRer3.chr4 18357517 88 + 33808418 CAGGATTTAAGGACTCTTGC---GGCGTACGCACTTGCGCTGTTACTTCTTGCAACATTTGTGTCCCATTCCTGGAGCGCACCCAAGGTAA s fr1.chrUn 146342163 91 - 349519338 CAGCATCTGAGGAGCCTCACCTTAACCTATCTCCTGACCCTCCTGCTCTTTGGGACCTTCATCTCGCAGTCGTGGAGCGCTCCTAAGGTAA a score=5264 s danRer3.chr4 18358219 260 + 33808418 ATCATTTTTCATTATTTTTA-AAGGGCAGTTTTCAGCGTCGGAATTGGACACCCCAAGCTATGTTATATCTGAAAGGCACACGTATGTTACAGCTTCTTTTTATTTTTTAAATCCTTATTGTGTCTAAAAATATATACTGTGATCAACCTTCTGATTTTAAAATGTACTTTTCATATTTATACTATAACAGAGGGACGGCGCTTTGTGTCAGAAGACAGAAATGAAGGGGACCTGTATGATACAATACGCTTAGGTATGAA s fr1.chrUn 146342417 221 - 349519338 ATAACTTTTCTTTCCCCCTCTAAGGGCTCCTTCCAGCGCAGGAACTGGACCCCGCAGGCTATGCTCTACCTGAAGGGAACACGTATGT--AGGCTCTTTACTGTCATCTCAGT----------------AGCGGACGATGAGACTGTTCATCTGCTGCTG---------TCTCCT-------------CAGAGGGACGGAGGTTCATCTCGGAGGACAGGAAAGAAGGAGACGTCTACGACACCTTACACCTGGGTAAGAA a score=3224 s danRer3.chr4 18359587 105 + 33808418 TCTTCCTCCACAGAATCCCGCAGTCAAAACACAGAAAACCTGAGCATCTCTAAAGCAGCGGCGTTTCTCCTGAACATCCTCCAGCAGGCCAGAGATGAAGACGAG s fr1.chrUn 146342681 105 - 349519338 TTTCCCCCTCCAGAGACCCGGAGCCAGAGCCCAGAGAAGCTCGGTGTGGAGCAGGCAGCCTCCATCCTGCTCAACTTCCTCCAACAAGCCAGGGAGAATGGTGAG a score=101 s danRer3.chr4 18360105 68 + 33808418 TATTTGATTCATTTGGGAGAAATGTATTAAG---------ATGTTTTTATTTGTTATACTTTTGGCAATTAATATCA s fr1.chrUn 168052203 64 + 349519338 TATTTAATATAGAAAGAAGAGATGTAGAGAGCCAAAAGAGATGCAGATATTTAATAT-----------TTAATA--A a score=7630 s danRer3.chr4 18360173 366 + 33808418 CACATACAGTCAGGTCCATAAATACTGGCATATTAACACAATTCTAACATTTCTGGCTCTATACACCaacacaatggctttgaaatgaaatg----aacaagacgtgctttaactgcagacggtcagctttaatttgagctaaattaagctatttaaatccaagtcagtgacatccaagtcaggtgaatgg--tgtaggaatgacaacaggctgcaaa-----ttaaagctgagagtctgcagttaaagcacatc----ttcggtcatttcaaatccgttgtgttGGTGTTTACAGCCAAAAATGTTGTGTCTATGTCCCAATATTTA-TGGATCTTACTGTA-----TATGCCAAACATAGTGGTAAGCTTTAGAGGAAACGTACA s fr1.chrUn 315991270 344 + 349519338 CACTTACAGTCAGGTCCATAAATATCGGGACATCGGCAAAATTCTCATCTTTCTGGCTCTA-----CAGTACAGGGAATCGGAAAAGGGAGATCACGTTAAGATGTGCGTTAACT--------TCAGATTTAAT---------ATTAAG--------------GGCGTTTACATCCAAATCAGGTGAACGAATTACAACAGTGACTCCAGTTTTTAAACATCCTTAAA--TGAAAGTCTGTAGTTAAAGTGCAACTTGTTTGTTTTATTTTAAACCCATTGCGGTGGTGTGTGGAGTCACAACGATGGCATGAGGGTCC--ATAATTATTGGACCTGACTGTAATTGGTTTGGCAGTTCTGAGAATAGG---TGAAGAAAACGTACA a score=1321 s danRer3.chr4 18362877 50 + 33808418 TAATTGCCGTTTTCCACGGGTTGTGTCCTCTTACCGTCGGTGTCTGCGCC s fr1.chrUn 320358570 50 + 349519338 TAGTTTCCAGACTCTCCTGGTTGCTTCTTCTTGCCCTCTGGAACAGCACC a score=6964 s danRer3.chr4 18362927 188 + 33808418 CACACTGAACGGGGCCTTGATGTTCAGTCTGTCCCGCTCGGCCTCCTCCTCTTCATCATAGGT---------GTCGTCATCCTCTTCATCGCTGTGGTGAGGGGTGGAGTGGATGGAGGCTGACGGAGACGGAGGAACAGAGGATGGTCGAGGGTAACGGAAACCCTGCGTCT--GGGCAGATAAAAC-ACATTCAAGTT s fr1.chrUn 184009612 200 - 349519338 CACGACGAAGGGCTGGCGGATGTTCACCCGGTCCTTCTCAGCCTCCAGGTCCTCGTCGTAGCTTTCGTCTTCGTCGTTGTCCTCGGCTTCGCTGTGGTGGGGGGAGGAGTGGCGAGACAGTGCTGGAGATGGGGGCACGGAGGCTGGTCTGGGGTAGCGGAAGCCGGACGTCTGAGGGCGGACAAGACAACATTTGAATT a score=7460 s danRer3.chr4 18365242 326 + 33808418 CTCACCGACGTAAGGTTTAGATGCTCCGGTCGGAATTTCTCAGGGAAGGATCTGCTGAGGGCCAAATGTCTGGCGTGCATGTAGAACT------GAGCAGAAAGAAAC--ACTTTACCACATTAAGCAGAGG--AGTAAAACTGCACCGATCACCTAAAAGACACTCACTCGTCCAAGATATCTCCAGTCCAGCAGATCAGAGAGTCTCTCCGTTCGGTTACGCTGGATTATTCTCTGCCTGCGCGACTTCTGGCAGAATGAAAACATGAACTGGGTCAGCTGATTACACGACTCGTCCGCAGAGCGAAACCGCCGGTCCACGATGTAGATTCCTG s fr1.chrUn 184009913 335 - 349519338 CTTACTGAGGTTGGCTCATTGAGCTCATACTGGTAGATGTCAGGAAATGCTTTAGCCAGGGCCATGTGACGTGCAGATATGTAATACTAGCGCAGAACAAAAGAAAACCAATATTATGATGTCTTGCTGATCTCAGGAGAACAGAGCGAGTGGGCTTTG-GAAGCGTACTCTGCCGAGGTATCGCCAGTCCAGCAGGTCGCTCAGGCGCTCGGTTCGGTTCCGCTGGATGATCCTCTGGCGCCGACTCTGCTTACAGAACTGAAACAGGAAGGAAGTGAGCTGATTGCAGGACTCGTCGACTCCTCGAAACCTCCGGTCCAGGATGTAAATACCTG a score=7253 s danRer3.chr4 18367034 610 + 33808418 AGTGATTCAGCCA-GTGATTCACTCACCATATTCAGACGGGTCAGAAACATGTTCCTCCATGAAACAGCCAAACCCAGATAGATTTGTGGTCACACTGGGGATTCCCATGACTGTGCACTCACCTGAACACATATGATGATTAATGTGTCAACATTTATAAACTTGAACATGCTACCATCACAATTTAATATCAGCATTTACCTGATTCTCCTCTTACAACAAGCTTGAACTGTATAAGTGGCTATAATATAAATGGGGGGCTCGTCCGGGATTTTAAATTGTTCAAATATTAAATGACAAAATTGAACCATATGCATAAAAT-GTGTCAAAACGTTGCTAGAATGAGAAAGAATTAAAGATGTGAATGCTACTACAGTGTGAATGAGCATATGAATATGAAACCTGGTGTGTAGCCCCATGGTTCATAGTAGGATGGGAACACTCCCAGGTGGCAGCCGCGCACAAACTCCTCATAGTCCATTGGCAGCAGGGGGCTGGTGGAGGACAGGAACTCGGGATGAAACACAATCTGGTGTAGAAACACATTCACACCACACCTTTATGTATGGCTCACCACAAATAATCAATATTAGACATCTTTTATGCATTA s fr1.chrUn 184010308 420 - 349519338 AATGCTTCAAGCATGTGA--AACGGACCATATGCTGATGGGTCCGCGATGTGTTCCTCCATGAAACAGCCAAAGCCTGACAGGTTTGTTGAGATTGATGGGATTCCCATGACGGTGCACTCGGCTGG-------TGGTGAGAAA---------------------------------ACCAAAAAGGACTAT-----------------------------------------TGTGGGTGGATGCTGTATTA--------------------------TTGTGTAA-----------------TGGATCATTATTATAGAATCATCTCATGACTGTGCT-----------------------TGAGTCTTAC-------------------------------CTGGCGTGTAGCCCCAAGGCTCATAGTAAGAGGGGAAGACGCCCAGGTGGCAACCTCGCACAAAGTCCTCATAATCCATGGGAAGTAGAGGAGAAGTGGATGAAAGAAACTCCGGATGAAAGATAATCTG-------AAAAGAGAAAAAGAGCATTTTTAGGTCACGCACACCTTGAA-----AATGACTGAAAAACCTCAGGCATTA a score=343 s danRer3.chr4 18368427 54 + 33808418 AAATGAACTGAATCTCTTGTGAGCTTGGATCAGCAAGAGGTTGAACTAACTCTT s fr1.chrUn 320360295 52 + 349519338 AGATGATCTAGATGTCGAGGAGG--TAGGTTAGATAGATACTGAGTATAATCCC a score=3891 s danRer3.chr4 18368481 152 + 33808418 TAACAGTTTGCTGGAGTCAGACATGGTGAACTGCACACCTTTACTCTGTCGTTGCGTCCATTGAAGAGGCCGATACGCCGGATGTTGCCCAGGATCGGGTCAGTGGAGTCGTCCAGCATGTTGTGAGTTGTTACTGGAGGAAGAGAGTGTCG s fr1.chrUn 184010822 148 - 349519338 TAACATTTT--TAGTGCATGACATCAT--CTTGCGTACTTTGACACGGTCAGAGGAGCTGTTAAAGAGGCCGATGCGTCGAACGGAGTTTAGGATGGGGTCACTGGCGTCCTCAAGCATGTTGTGGGTGCAGATGGGGGGCTGGCACTGTCT a score=3688 s danRer3.chr4 18373227 81 + 33808418 CTGTGTTGCATAAATGGCCCTCTTCATGATGGTGAAATCATCTCTGTCCAGGATTTTGCTCATGTCTGGGATTTCTCCCCT s fr1.chrUn 184010970 81 - 349519338 CTGAGTTGCAAAGATGGCACGCTTCATTATGGTGAAGTCCTCTTTATCCAGCATCTTGGACACATCAGGCAGCTGTCCACT a score=-4906 s danRer3.chr4 18373308 285 + 33808418 GTGAACACAAATGAGCTTCATTAAAGGAGATCTACACATACACACACAGCCTTACACACGCCTTTTCTCGCTTCATGATCACACATGAGAAGTGACCTATTGACATGACACAATGTCATTATGATTATCCTACAAGCTGACAACTCCCTGAGGAAGAGCAGTGCTTTCATCAACACCTGGTTAACACTGTCAAATATCAACACTTCATCATCATCATCATCACATGATGACCACATTTACTGTTACTTCACTTCAGTTTCAGGAAACC---ACCGACCTTAACAAGCT s fr1.chrUn 203781006 94 + 349519338 G-----ACAAATTGGAC------------------------------------------------------------ATCACTAATGTGAA---------------------------TTACTAATATCC-------------------------------------------------------------AAATGGTAAAGCTTC-----------------------------------------TCTCTTCACTTCCACTCAGCCTGGACTTACTTTAGCAGAGC a score=3274 s danRer3.chr4 18373593 72 + 33808418 CTCGTAAAGCTTTTTGCCAAACTTCTCCTTCACCGACTGAGCCGTGTCCCTGAGAAAGGAGTAAAGGGAGAT s fr1.chrUn 184011444 72 - 349519338 CTCGTATAGTTTCTTTCCGAAACGTTCCTTCACGGTCTGAGCAGTGTCCCTGTCAAAGGTAAAAATAGAGGT a score=9360 s danRer3.chr4 18374655 350 + 33808418 ACCACAGTTGCTTGCGTACAGCCTGTCCTTTAAGCGACTCCACGTTAAAGTTGTTGGTTTTGGCGGGCATGATAAAAAACACAACCACTGTAACGTCACTCTTATGAACCTGCATGTTAGCCAAA---CACAATCGAG--AATCAACAACCTCATACACTTAAACTACATC----CCATTTTCTGAAGAAACAGCAAGTCATACCCTTAGCAAGTAGTTTAATCTGGACAGAGATTCGAGAAACAGATCTGCTCCCTTATTAGAAAACTCGTATCGTCCAGCGATGAAAAAAAACAGCGTCTTCTCGAGATTGAAGTCCAGATGACTGACGGTAAGACAACAGATATTTAAAAATAATA s fr1.chrUn 184011621 352 - 349519338 ACCAAAGCTGTTTCCTGACTGCTTGGCCCTTCAACGTCTCCACGTTGAAGTTGTTTGTTCGGGCGGGCATAATGAAGAAGGCAATAACCGTCAGGTCGCTGTGACTGACCTGCGAGAGACAGAAAGTACACAGGCGTGTGGATTTACACTCCCA-ACACACACAGTGCGTTGACACAATGCCACAAATACACA------CTTACTCGAAGCAGATAGTTGAGGCGGGCCAGAGATTCCAAGAAGAGGTCAGCACCTTTGTTAGAGAACTCATACCTCCCAGCGATGAAGAGGAACAGACATTTATCCAGGTTGAAGTCAAGGTGCCTGAAAGTCAAACCGAACACAAAGAAAATCGGTC a score=6942 s danRer3.chr4 18376505 194 + 33808418 ACACCAAAAATAATATAGGA---------CAGTCCTGTATTGATTTGTGACGT--------GTTTTTGATTTAAAACTGCTCTGACCCATAGAAGTGTCCTCTTACGAACTCCTGGATCTTGGATTTGTTCATGGAGTGCAGGTTCTGGAATTCATGCATGGCTGAAAACTTCCTAACATTCAGGCCGTTGGGGGTGACGACATCTGCAAG s fr1.chrUn 184011973 199 - 349519338 ACACCAACAATAATGCACTAAAACAAAATCAGTCACTTACTAATCAATTAAGTAGGCAGCTGTTTCCGA------------CTGACCCATAAAAATGTCCTCTGACAAACTCCTGAATTCGATTCTTGCTCTGAGCGTGGAGGTTCTGAAACTCGTGCATGGCGGAGAACTTCTTTACGTTGAGCCCGTTAGGAGTGATGATGTCTGCACG a score=972 s danRer3.chr4 18376699 26 + 33808418 AGTCATGCACGAAGATGTGATGGTTT s fr1.chrUn 184012284 26 - 349519338 AACCAAACATGAAGATTTGACTTTTT a score=6388 s danRer3.chr4 18376725 222 + 33808418 TCTAA----------TGCAATCAGTTGCTAA-------------AAATG------GGGTTCCTTTTCTTATACCTGGGTTTCTGTGAAGCATGTGATCGGCCTCCACTGCTGTGATTTGGGACACGGTTGTAAAGACGTGCGCACAGTGAACCGCAGCTCTCTCCAAACAATACCGGTGGTAGATCTGTCTCTCTCCAGCCTCTCTGTCAATGTCAAACTGCAAGAAAGAAAACAATTAGGGATGCAAAAT s fr1.chrUn 184012435 251 - 349519338 TCTAAATAATTAGAGTACATTTAACTGCTTACTCCTGTCCCTGCAACTGCCACATGAATTCACCTCCACACACCTGGTTTCCTTTTCAGCAGGTGCTCTGCCTCTATGGCAGTGATCTTTGACACGGTGCTGAAGACGTGGGCGCAGTGGGCGGCCGCCCGCTCTATGCAGTAGCGGTGGTAGATCTGTCTATCGCCGGCTTCCTTATCCACATTGAACTGAATGGCACCGAAACAGGAGAGATTAAACAT a score=6695 s danRer3.chr4 18380856 233 + 33808418 TGAGCGACCTTCGAGTCAAAAGGATTGAAAATCACAAATGCTCAG-TGTCAAAACAAAATCCTCACCTTATCCAGGTTGTTGTAGAAGTCAGCATTTCCAGCGCACAGGTATCGACCCAGCAGGGTGGCATGAGTGGTGAAAATAGTCGCCAGGGGAAGATTTCGGGAGCGGCTCAGTACCAGTCCTGTCCCAGCCTGCCACTCATGGAAGTGAGCAACTACATTGAGCTTGTC s fr1.chrUn 184012691 232 - 349519338 TTAATGCCCAACTAGTCAGAACGTTGTCAATCCTGACCTACTCAACTGTTGTAATCA--TTCGTACCTCGGAAAGCTTGTTGTAGAAGTCCACATTCCCAGCACACAGGTAGCGTCCCAGCAGTGTGGCGTGGGTGGTGAAGATGGTGGCAACAGGCAGCTGCCTCTGTCTGCACAGAACTAGGCCCAGGCCTGCCAACCACTCATGGAAATGAGCCACAATGTGCGGCTCCTC a score=1450 s danRer3.chr4 18381089 53 + 33808418 CTGAAGCTGGTCTGTTAACTGCAGGAGGAGACCAACAGGTTTAACATCAGCAG s fr1.chrUn 203782977 50 + 349519338 TCCCAACTGGTCTGTTAACTGGGAAAAGGAAGAAGCA---TTAGAGTCAGCAG a score=7944 s danRer3.chr4 18382250 446 + 33808418 ATGTTTTTCCATTGGAGTGAAAAAAGGTTTTTGTCTACAGCTACTTGCCTATAAGTGAATGCAAGCATTAGTTTGTAGTGTGTGTTCACCTCTTTGAAGAACCAGGCCACCAGAGAGCCCAGGATGAGTGAGTCGTTGGCCTCTCGGTCATGATATGGCAGGCCAATGCCGCAGGCGCTCCACAGATCCCCCTTCCAGCGGTCCAGGTTCCAGGCGGCAGCACCAATGTCAAAGAGAATCACATATGGACTGCCCTCAATCAGCCAACGGCCAAAGTGAACCTGCATGCA------------GACAGAGGAAGGTAGAAAT---CATTAAAACAAACCAATATACTGTCACTCAGGCAACATTATGTAAATTAAATGTAGATATCTCCCCTATTTAAACTTGCTAAATTAAAATCAGGCTTATTATGGGTAAAACTAAAACCAGAAACAATACTTTTTTTT s fr1.chrUn 184012943 427 - 349519338 ATAATTATCAATACGTGCACTAAGACATTTTTTTCTA-AGCAACTGTTCCATCGTCTAATTGAAGCTCT---------------CTGACCTCTCCGAGCAGCCACGCTGTCAGGAAGCCAAATAGCACGGCGTCATTGGCCTCACGGTCAAACCACGGCACACCAATGCCACTGATGTCCCACAGCTCGCTCTTCCAGGTGTCCAGAGACCAGGCGGTGAACCCAACGTCTATCAGAATAACGTAAGGGCTGCCCTCTATCAGCCACCTCCCAAAGTAGATCTAAAGAAATATCAGTAATGTGAAAAGAAAAGATAAAAATTCACATCAGCTGAAGGCTATGTGTTATTTCTGAATGAAAGTCAT-TAAATCTAATATGGGT-----TCTTAAGAAAAATTGCTAA------------CTTTTTAAAAATGATGTTTTAATCAGCATAAATAGGTTTGTCT a score=5938 s danRer3.chr4 18383632 216 + 33808418 ATACCTGGCAGCCGTTGTTGATCAGGGAGTCCATGGCAGCTCTGATGGCTTGGTTTGGAGGTTCACATTTCTCCACCTGAGTCTTGAAGTTGTGTTCATAGTAAGGTCCCATCATGAAGTAGTTTTCACCCCATTCGTCCACAGTGATCTTTGCTTTTGTCTGGATAACAGTGTAAATTCCTCCCACTGCACATGTGGAGGGAATAAAGAATAGAG s fr1.chrUn 184014023 216 - 349519338 ATACCTTACACCCTCTGGAGTTCATCTTGTCAATGGTTCTCCTCAGTATAGGGGTCGGGGGCTCGATCAGCTCCACCTGAGTGCGCACGTTGCTCTCCACGTAGGGGCCCACCAGGAAATAGTTCTCCCCCCATTCCTCGGCGGTCAGGCGAGCTTTCGTCTGGATGACGGTGTAGATGCCTCCAACTTCACACACAGGGCAAAAATGGAACGTAG a score=625 s danRer3.chr4 18383848 43 + 33808418 TACATAAATGAAAAACGGGA-ACACCATAGTATTATCTTCTTGC s fr1.chrUn 203784169 44 + 349519338 CACAGCAGTGAGGGGGAGGACACCGCATGGTTTCATTCATTTGC a score=333 s danRer3.chr4 18386562 5 + 33808418 AAATT s fr1.chrUn 203785509 5 + 349519338 AAGTT a score=2792 s danRer3.chr4 18386567 126 + 33808418 CTTACCTTTATTGGTGACTTCCCACGCAACCTCAAAGAGCAGGAGATCTTCAACAGGTAGACTTTCCTCTTCAAACAGTGGAAGTCCACTTAATGATGTTATTGACAAAGATCTGGATAGTCGCAT s fr1.chrUn 184014299 123 - 349519338 CTTGCCTTTGTTGGCGACCTCCCACGCAATTTCAAAGAGAACGGCGTCTTCTA-AATCAAAC--TCCTCGTCCCACTCCTCCAGGCCTGAGAGGGACGTGACGGACAGGCTGCGGGCCAGTGGCAT a score=660 s danRer3.chr4 18390479 299 + 33808418 AGTAAATTCAACTACAATCCGTTTGGGCTGCGATTCGGAAAGAGA-------AACGAAGCGACAACCAGCGACTCTGACAGACTCAAACACAAGCACCTGCTGCCAATGATGCT-TTACCTGAGAA-----AGCAATTAGAAACGT-----CGTGAAATTCAAGTTTTCGTCAGAAGGATGCGATTTTCTTGGTTGAAAACTTGGGGTAATTACGATTCAGGCACACTTTGCCGGTTATTATG-CTTTTATGGAATTAGAAA---GCGCACT---TTGTTTTATTGAGTTA----TTGTAGCCTATTTGTGCAATAAACGTTTTATAT s fr1.chrUn 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33808418 GAACAAAAACATAAATATAGATGACTAACTAAATTAGAGTCGGATTAACATTGTGTGTCCATGTTAATATTCTTTTTAGCAGCTCTTCAGCCCCTCTC s fr1.chrUn 158474529 79 - 349519338 AAACAAAA-CAGAAAAGCAG---------CAAACTTCATCCACAGCAACATAACACACACGTGACGACG---------GTAACTCTGCAAACTCTCCC a score=12266 s danRer3.chr4 18394161 288 + 33808418 GACTCACCGCTGGTGTCTCCGTGTTCTCCCAGAATGTATCCATTGAAGCTGCTGGCGTGGATGCCCAGCTTCTCTGCCATGATGTAGCGGAAGCGGGCGGAGTCCAGGTTGGTCCCACTGCCAATGACACGGTGCTTTGGCAGGCCACTCAACTTCCAGGTCACATAGGTCAGAACGTCCACTGAACGTGTCAAaataataataataataaaacaataatgattataaAAGCaaattttataaaaaataagataatttacatttaaatgttatttattttttataaaC s fr1.chrUn 146366748 249 - 349519338 GACACACCGCTGGTGTCCCCGTGCTCTCCCAGCACCCATCCGTTGAAGGAGCTGGCGTGGATGCCGAGACGCTCGGCCATCAGGTAACGGAAGCGAGCTGAGTCCAGGTTGGTGCCACTGCCAATGACGCGGTGTTTGGGAAGACCACTCAGCTTCCAGGTCACATAGGTCAGAACATCCACTGTGAAGGTTTAA------------------------------------TAAGTTTTCTTTAAATTCAG---ATTTAGTTATGTATGTTAATTTTTGTGCATAAGC a score=11196 s danRer3.chr4 18394560 184 + 33808418 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ATACTCACGCCCAGAGACCCTCCTCTGCAAACATCTTGGGGACGCACTGCCGGAGGGTGTTGGCGTAGCCTGGCTGGGTTTGGATCCGAACCTTGACGGCCTCCATTGGAGCCAGAGCAATGTCTGCAAAGAACTCGGCGCTGGCTGACGCAGCCAAGTACAGCGATGTCCTCCAGAGGTAGGTGTTCTCCTGTGAGACGCGGCACAACACGGGGTCACACATGCACGCCGAGTCCCCCCGCCACCACCTAGTGCTCTGCTGCT----CTCACCTCTCCCAGCAGGTCACTGTAAAAGATCTTGAACACTTCGTAGAAGCCAAACTTGCAGAGCCCCTGCATGGAGTAGCCGATGAAGGTGGGGGCCCATCCCTTGGCCAAGCCTCGAACACCGTCCTCCTTCACCGTCACAGAGAAGCCGTTGCCGATGCTTTTGTATTTGTCTGGGTTGACCTGAGGAAGGGCAACACGTGAAGCCGTGAATGCGGGAAGAGGGACAGTGGGCGCCAACAGTCA a score=194 s danRer3.chr4 18414409 65 + 33808418 CCAGCCAATTCAGACACTATGAGGGAAAAAATGGTGATGCAATACATCTGAGAAATAGAGATGAA s fr1.chrUn 146377677 46 - 349519338 CCATGCAGGTCAG-CAAAATGAGGAAAGGTGTGCTGTTGCCATG------------------GAG a score=7504 s danRer3.chr4 18414474 145 + 33808418 ACACACCTGGATGCGGCATTTAATAAGGTCGAGGGGCACGACTGCTGTGTGTGTGAGGCCGCAGCTCAAAATCCCACCAAAACCGCAGAGGGCGTAATATTTATTTGAGCCATATTCACAGCTCACTTCAGCATCTGAGGGTGGA s fr1.chrUn 146376898 139 - 349519338 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atatcttcctttgggtttaa-aacaagacattttgaaaagatgtccaattctaagctgattttgagacagaattgtcattttttggt--gaactgtatcaccttaaGATACA--------ACTCATATGTGACTGATCTAGACATACACAAATAAAGAGAAATATTCCAGATGA-----TAAAGGTACAACATTTTATTGGCCAAAT---GATACAA--CATATGTTGCAACCAAAGACAAAACGATTAAAGAACTTAAGTCACTTTAAAGTTTT-----ACAAATTTCCCGAGCACTCATGGAAAACATTTACCACAAGTTCACACT---ACTATTGATAAACA--CTTGAATAGCA----AGTTCCTCAAAAGCACTT--CTGCTGAGAGATGTTTTC-----------AAACTGAACACTGAGCTCTTGCGATAACAAACAAATTGTACTGAAAGCACATTATAACACCAAAATAAAACAAAACAAAAGTAAATCTCAACCAAAGTGATCACAGTGCTGCAGAAACC-GACCGCTTTTATACCAA-GGAGCTGACTGATGCTTCATGGCTATCAAAGAAAGAGCAGGCAGCTGGAGGATTAGCATTAGCACTAGCACT-CTCAGCTCTACCG------CCGTCTCCTGATTTTCCACAATGCGTACGTGTGGGTTTCATCTTCACGTTTAAAAGT-CATGCTTGGCAGCGCGGTCTGTCTCTAGTGAAGAAGGGTGGTGGCACAGCACTCTGCTGGGGTGTGGTTT---CTTGACCCGTCCCGTCCCCTGACCTCTCCCTGTCCCGT-GATCTTTCCTCCTTTGCCTCGTTGTCTCTCTCTTTTTCCTGACTCAGGCCTTGATCTCTGCTGGAGGGCAGTAAAGCGCTTCAGAGTTCTCTGATGACAGCTCCTCTGTAAGACAA s fr1.chrUn 146384793 846 - 349519338 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GTGCACATGAAGTCAAGACTTCAGAAGCTCTTACCAGGTAAGATACACTTCCACAAGCCATAGGTTTTTCCCACAGCGGTCTGCCACAGTCGGAGCGTCCCATCCTCAGAGCCGCTGGCATAGAGCTCACCATCCGGGCTAAAGCGAACACAGTGCACCGGGCCAAAGTGGCCCTTGTAGGACTCTGGAGGGAAACACACATCTGTTAGACTGCAGAGGGGAAGCTGG--------TGCCCATCAGCCCACCTCCAGTG----CTTTTTTACAGTGCTCATGTTGGAATTTGTGAACATAAAGTAGCACAACCATTGACACTTAAAGGGATGGGTTCAGCCAAAGGATCTTTAATTTATTGGCAACCGAAAAACTGATGTAAAACATAAAAATCCCATTGGTTTCTCACCCAATTCCTCCTTGTTGCTGTAGTCAAACTTGTACAGTTTGAAATCCTCTCCTCCAGCAACAAAGAAGTCCTTCTCTGGGTGGAGGGAGGCTGAGTTAATGGGAGCCGGGGCATCCACAGATTTGATCAGGTCTAGGCTGGAAGATGGACACGATCACTTTAATGAGCAAAGTGATACTCTGATATTAACAAGACAAAACGACAGATGAGCAGCCTTCAGCGAAGCTAACGCTCCACCTTCACCCATCAAGGAACCTGAAATAAGTCCTGTTATTGGCGAGCTCAAAACAAGGTGGAACAGCGTCTCTGCTGGCCCTTGAAGCAGAAAGAAGAAGTCTCTCTTCTAAAAGGAGAACAGTGAAATCAGTGGACCTCAGAGCATTGTAGAACGCAATGGTCTTCCCGTAGGTGATGACAAGAACCTCTCCATCAGCCACGTACTCCATGCTGCTCACCGACGTATCAAAGGATAGTCTTTTCACTTCCTCCATTGAGCACCTGTCCCACAGCCTGGACAGACAGACAGACAGACGATGAGTCCTGTGTGCATTTTTTGTTATTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGTTCTGTTAAAATGTGTGTATGATAAATTGTATGAATCACAAAAGCTGTTGCTATGGCAACCAGTGCGCCGTCTCACCGTATGGTTTTGTCTTCAGCAGCAGACAGGATGTGCTTGTCGCCATTGCACCACAGAGCTTTTTTAATAGCCGACGTATGACCTGCGATCTCCTGAGGAGCTGCA 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fr1.chrUn 191180301 383 - 349519338 ACAGGAAACCTCTCAGAAATCTGCA--GAAGCAGCAGAGGCGTCCGCATCCCGCGATTGGGTTCAGGCGGACCAATGGGAAGCGAGCATTGGAG-GGGAGTGTTGCGAGAAAGGGAAGTGAGGTTGCATGTTGTGGGGGAGGGAACGGGAATCCTGGCGGCAGGCCTCGGCGTCTGGAACCCGAGGAGCAAGAATGGATAAAAAAAAAGACAAAATGTGTCAGTGAGAGAGTGAGCATGTGTGAAAGATGTG--TTTGCCCCAACCTTTTCATCTGCTGCACAGGGTGGGCTATAGCCACTGCCTGGAGGTGTTCAGTTGTGTCCCGCTAGGACCCACACGCCGGCTGGTAACCCACCTCAAAGTGTCTTTCTCTGTAGTCCAGCACT a score=5565 s danRer3.chr4 18461277 347 + 33808418 GCATGCTATACGTGCATGAACTCTCTCCCCATGTCTTACTTCTCTCATTTGTGTATTCTTTCTC-GTCTTG---CACCAGAATGCAAATCCTTACTCCTTTTCCCAGATGTCATTTGATCAGTCATTTAAATTGTCAGATAATAATG------------CCCATATATAGCGTTGGTTTGCTAA-----TACAGGCAATAGATTATTACAGAAACAAGGGATAAGAAAACCGTGCCCGTTCGCTCTTCTAAACAAACACCTATTTGTTTCCCCTCCTGCAGGAAATGTGAAATTCATTGACTACGAATATGCTGGGTACAATTACCAAGCTTTTGACATTGGGAATCACTTCAATGAATTTGCAGGTA s fr1.chrUn 191181499 346 - 349519338 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AGCCCACTCATAGGACCAGCTCCCTGACATCAGATCAGCCTCCGCGAGCTCAATTCTCTTCAATTAACCGCACTGTGGCTCCTGGAAGAGAGGGCTGAGAGGAGGAGGAGAAGGAGGAGGTGTGCAGCTGAGCATGAAGACCCCTCGCCCCCTCCTCCCCCTTCCCTTCCAGCCAAACCCCCTGGTGAGCGGACCACAGGCGGTGTGTGTGCATGTGTGTGCGC----------TGCCATAT-TTCGGACCAATGGTTCAAAGGGCCTCTTTATTTGTGAAGTGAATTGAGTTCCATTACAAGGCCAGCTCCCGTCACTCACAGCCCGCTCAATGGGCCCGCCGCGCGGTGacaaacacacacacacacacacacgctcacacgcacGCGTTGCAGAGGGCAGAGGCACTGTGGAGCGCGCCCAGAGCGTCGCCACAATGACATGCATGTCAACAAACAGGAAGTGACAGCGCAAAGCCCCCTGGAGTGACCGGAGGAACGAACACACACATACGCACACGGTGGCAGGGACACAAGTACACAAAACAACACAATGAGTGTGTGTTTT--GAAGTAG-------ACTAAGGTTTTTAAATGTCACTAGCTTGGCACA a score=7653 s danRer3.chr4 18566936 227 + 33808418 CAGtctccctctcactttctctctctgtctctctt-------gttctcCTGTGTGC--TGCAGTAATCCAGTGCAATATGGTCCAACATCTGCCTCTACATATGATGGCTGACCTCCTCCATTGACCCACTTTATACCTCTTCAGTACTGCTGCTCACAGCTTGTATCTT------------TCCATTCCTCCTATCCTTTTCTCATCTC---------TCACTCTTTTTCTCTTTCTCTCCATTCACCCATTTAAA s fr1.chrUn 191234865 254 - 349519338 CAGCCCCCCTCCCTCCCTCCCTGTCTGTTGTTCGTCCATCCATCTCTCCGGTGTACAGTGCTGTAATCCAGGACAATATGTTCCAACATCTGCCTCTCCATATGATGCCTGACCCACACCATTGACCCTCTTTATACC---ACAGCACACACGCACACACACTTAATCTTACACACACGAACACACTTTTTTTTATCCTCCACTTACCTCTGAAACCCATCCCTCTGTTTATCTTTTTAACCGATCATCCTTCTAAA a score=3123 s danRer3.chr4 18567952 141 + 33808418 TCCCAGAGGAAATCCAACATGCTTCTGTTTGAGACATCTGTATTTAGCTTAGCCTTAGTAAATAATTTTCTTTGTCACAAAGCCCTAATCTCTCTCTCCCTCTGTGTGTTTGTTACAAGGGAGATT-TGAGGATGAAATGAG s fr1.chrUn 191236169 122 - 349519338 TCCCAAAGGAAATCCA------TCCACATTGAGACATCTGTACGTGCGTTAGCCCCGGCAAATCTGCCCCT----------GCCTTAATCTCAGCGTGTTTGTGTGTTTTT----CTGGGAGGATTGTGAGAACGAAATGGG a score=5162 s danRer3.chr4 18569314 414 + 33808418 TTACCTGCAGCTGAAGAGGACCAAGGCCAGGTGTTGCCGCAGCAGCGGCCGC------CATAGTCGTAGGGATTAACTGTAGAGGGTAAGGTTCACCTGAG-GAAGAGAGCATTATAGGTATGTCAGAATCTTAAGATTTTTTTTTCACACCTCACCCATCACTTTCATCTCCCTACACTTCTGCCCAGGGTCTGGGCCCCATC-CCCCTCGTCTCTCCTTCGATGGAGCAACAGATTCACTGCTTTCTCTACTGTCGGTAAAGACCTCCATTGTGAAGTCCCCCCTTC--ATTCTAATGAAAGG-CTGATTGTGTGGCTGCAGCACTAATACCCCGAGCACAATAGCAGTTGAAGGCTAAGG-CATGATAAGGAG------AGGACGGTAATTAACGA--GGTAACGTCAGCGCCCCATCTCCCCGGGCCCCG s fr1.chrUn 191237324 381 - 349519338 TTACCTGGAGCTGCAGCGGTCCCAGGCCCGGAGTggccgcggcggcggcggcggcggcCATCGTGGTGGGGATGAGCTGGAGCGGGTAGGGGTCACCTGAGTGACAAGA-------AGAAATGACAGAAAACTTGAAGCGTGATTTC---CGTCATCC--CGCTTTCATCCCTCTCTTCCTCCTC-----------GCCTCACCACCCCGCGCCCCCCC---------------------------CCACTGCAGCTGCTAAAGCCGTCTTTTGTGTGTGCCACCGGTACGGCCTTAATGAAAAGCCTGATTGTGT--CCTCCTCCTTAATACCCCTGACA-AAGAGCAGCGGAGTGAGGGGGTTCTGATAAAGCGTGCCCTCGCACCATAATTAAGGGCCGCCACTGCCGATTGCCCCTCGCTCTTTTCCCCG a score=11501 s danRer3.chr4 18570916 781 + 33808418 GGGGGGACTTGTTTGGGAAACTGTGAAGCTC----------------AGTGGGCG-----GAGCTGGAGA-----TGCGGACCGATCAGTCTCACAAGGGAGATGTACGTTTATGTGTGTGTATATGTGT------GTGATCTATGC-------AATGTGTGTGTGCCTGCATACAGTTGGATTGGAGTTGGAGGCGTGTGCGAGGCGTATTGGACGCGTGTTCTGGCGGCCGCCCGTGTTAATATGAAGA-AACCTGGGGCAGGTCAC------------TCTACCCCCCCGTGAGAGCGC-------GAGCGTTCTGCTGCTGCGCT-----GCTGGCACTTGCCGCCTCGTTTCTC--------------------GCGGTAAACAACACATTGCTTCACAGTTGGACTGCTACGGCCAAAAACACAAACCCCAGAGGAAGTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCCTGTTCCTACTTTTGAACAAGAAATACACAGACACAAAAGCAAGCGAGTTTGTCTAGTCTCAGAGTCTGT-CATGTGCGTGAGATGACGGGC-----------------------ATCGGTGCTGTTGG-CTGATCTTAATAACACACCAGACAGGAG------GGAGATGCTGCCCAACATTGGGTTGAAGACTCCGCTTTCAGC-------AATCTGGTTTAAAATCTCTAGTGTGAACAATAAACTGAACTAAAGTCTTTCATTTTACTAAAAGGATGCTTTAATACTTACTGCATCCCGGTTTGTAGTTAAATCCAGGAGGAAGTAGAAATCCTTGTTGTGCTGCAGCGGCTGCCAGAGTTCTCTGATCTGGAGGGAACACTGGAATCATCAGCGGAGGCAACTGACCCTGGACCTGCTGAAGAGATGGAAAGA s fr1.chrUn 191238964 873 - 349519338 GAGCGGACTTGTTTGGGAAGCTGTGAAACTCCAAGGGGTTGGGGTGGGGTGAGCGTGCGCGAGCTTGCGGCGGCGTGCGCACCCGAGAGTT----GAAATAGTTGGGTTTTTTTCCCCCCTCCCCTGTGTTACAAAGCGTTCTCTGCCTGCCAGGACGTTtgtgtgt-tgtgtaccgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgGGCTGAGTTGGAAGCATGTTCTGGCTGCGTCCTGTGTTAATGTGAGGAGAACCTGGGGCAGGTCACATTACCACCCTCCATACCCCCCTCTGTTAACCCCCCCACGGCGCATTTATTCCCAGCATCCCCTGGCAGGCACCCACCACTCTTTCTCTCTTTTTCTCTCCCTCTGTATCATGGTAAACAACACATTGCCACACAGCCGGGGCGCGATAGCCAAAAGAAAAAAAACCCATGCAGGATGCCTGTATTTT----------GTTGCTTTTATGCATCAAAAAATAGACA-AGACAAAAGGACG----------GAGCCAAAAGGACTGAACATGAGAGGGAGATAAAGAGCGAGAGATTGAGAGTGTAAACAGGAAGGGTGTACTTGGACTGGTTTT--TCACTTAAAAGAGAGATGTTTTTGGAGGGTCCAGCTCGTCATTTGGGACACGATCCAACTGTGTGTGTGGGAAAAGTCAGATTCCACCTTGTCGGGTGAAAATTCACCACATGTCAAGCGCG--AACCTCCAGACTTGATGTAGCTGTACTCACTGCAGCCAGGTTTGTAGTTGAAGCCGGAGGGCATGAGGAAGCCCTGCTGGGCTGCCGCCGCCGCCAGGGTCCTCTGGTCGGGAGGAAAGACGGGAATCATCAGCGGAGGGAGCTGGCCCTGGACCTGCTGATGAGGGAGGCGGA a score=4174 s danRer3.chr4 18572126 218 + 33808418 TTCTTCACACTCTGGCAACAGCTGGCCTCCATCTCTGCAGAGCACCATGCTCGGCACCTC-------GCCACACCACTTCACAAGGTTTTCAGGATTTAAAAAAGGGAGGAAAGATGGGGAAAAACACAAGCC----------AGAGACTTTGGCAAAG-------GGAGAG-GCTTGAGACACACAGGCCCAAAGAAGAAGA------------GGACAGATGGTTCTACTGACAAGGAA--AAACAAAAACTACA s fr1.chrUn 191239951 247 - 349519338 TCCCTCCTCTCCTCGCAGCAGCTCGCACCGA------CACAACGCCGTGCACGCCCGTACACGGAGAGCCATACCACTTCACAAGGTTTCCAGGATTT--TAAAGGGAGGAGGGA--AAAAAAAAAAAAAGGCTTCTTCGCTGGGTGGCTTTGGCAGAGATCGACAGGAGAGAGCGAGAGAGGAAGAAGAGGAGAGAGGGAGACCGAGAAGTAGGAGACAGATGGTTGCACTGAACAGAGATCTGCCAAAAACAACA a score=3039 s danRer3.chr4 18572509 164 + 33808418 AGCAATCATTCCTTCATTTTGGTTAACCACAAATCGCAGGCCTCCTGTTCCCAGATCAGGAGGCGGTGGAGTTTTATTGTTGCATTTCGACATGAGCCCCCCCATGGACTA---------------GTTGAGCTCTAGCTTCTAGTCCTAATTGCATATATGCTCCTCTGGTACTGCCT s fr1.chrUn 191241259 160 - 349519338 AATAATTACTCCACCATTTTGGTAAAGCGTACACCG------------------ATCAGAAGGGAGAGGCGTTCCAGCGCGACGCTCGGACAGGA-CCCCCGCGGGGACGAATCACAGACAGAACTGTTCCGCTTTGCCTTTCAGGCCTAATTGGACATATGCTGGAGTGGAGCTGGCT a score=15868 s danRer3.chr4 18573751 575 + 33808418 AATCGTTGTCTTTAAAATACCTCTATTTAGCCTTAAGAAAAATA-GATAGTGGAAGAGAAATAAACGCATGTAATAGGTGACAAAACAGCATGACAAACTTTATTAATTTCGCAGTTAATATGAACATAGTATGAAACGAAAGTGAAAGAGAGGAAGAAA-AAAAATGTTGAAAGAAATAAACAGAAAGGGGAAAAGTAGAAAGTTGGCACCAAACTGAGTCAGAGT----CTCTCGCCAGGCGGCACAGCTTGAACCTAAAGCTTT--TTGAACATAATGAAGATGTG-CAGATAATTAACATATGCAGTGTGAA-CAGGTTTGCTGGCACAGAGGAGAGAAAAACTCTAAGGTAGAGCTATTATTAGGGAGTAATTTGCTCTAAGAAGTAAATGAGTGAAACAATAGCTGCCAGCATTG-ACAATATGGCTCACATCTGAGAATGCGCGCAAGAACGGTG------GTTAAAAAACGAGTCTCGCTGCTAAAATCTGTTTCAAGCCATATGCTCCGGCAATTAAAGGCGGGCCTCAGTGACCTCGCGCTGAAGAGGGGACACAT-AGCCATATAACTAATAATTAATTTGT s fr1.chrUn 191242445 570 - 349519338 AACCGACGCCTGTGAAA-------ATGTCTTCCTAAGGATTTTACGGGGGTGAAGGGCACAGAAAGAGATGAAAT---TGATAATTCACCCTGACGAGACAAAAGGACTAAACAGCAGATAG----ATGGAGCAGAATgagagcgagagacagagagagacggagagagagaaggagaaagtgagggaAGCCAGAGTTGGATAATTGGCAGCCAGGCGAGGCTGCGTGCGCCGCGCGCCAGGCGGCACAGCTTGAACTTAAAGCGCCGCTGCGGCGTAATGAAGATGTGGCCGCTAATTAACATATGGGGTGCAAAACAGGTTGGTTGGCGCACTA-----AAAAACTCCAAGGTAAAGTTATTATTGGGGAGTAATTAGCTCTGTGAAGTTAATGCGCCGAACAATAGCTGCCAGCGCCGCGCAATATGGCTCGCTTCTGA----GCGCGCGAGAAAAATAGCCCCCGCTAAAGTGCGAGTCCCACAGCTAAAATCTGTTGGCGACCATATGCTCCGGCAATTAATACAAGACCTGGATGACCTATTGCTCAAGAAGGGACGTGCGAGGGATTGAACCATTAATTAATTTGT a score=7427 s danRer3.chr4 18577544 593 + 33808418 GGGTCTCCCCCTCTCTCCCCCCTCCACTGCCTCCGCGTTGACTGTGAGAAACTATTGTTCCACTGGGCTGAATGGAGAAGTGCTTGTTTGGG-AAAAGGTTGCAAAGTCATGGGAAAAAGAAGCTTTGTTTCTCTGAGTGAAGAGTGGGGCTAGAAAAACCCAAGCGGACGTGTTTTGGGGACTGACGCACACACAGCTGCTTCTGA------------CACATATACAGACATGAGCTGGTGAGGATTTTGAAATAGACACAGATAATTCTC-----GCATACACATGTTC-------------------AGACTAAGC-TGTATAGTATGA----ACATGCACACA---CGAGCAACCACAGCTGCTacacacacacacacacacacacacaGCCAGGCAC----TAAAAAGA----------------------ATGGCAGGGGTCCAGCGG---ACGGGACTGATCTGTGTATGCGTGTGTGAATAGTCTCAGTGTGATGTGGCTTCCTGGCCAAAACTGCCGGAGTCCCTCTCAAGGCTAAGTCTCATTTTATCAACCAAATTAGACTCA-TCTCATTTCCTTTTGCACACAAAGACTTTATTCGCTTCA---CACCTGCAC---------------------ACACAAAGCAGGCCAGTGTTTCTCT--------GCCCCATGTATAAGTCAGC s fr1.chrUn 191244707 662 - 349519338 GGGTCTTCTAACGAGCCTGCCTACAGCTGCCTCCGC-----CTGTGAGAAACTATTGTCGGGCCCG-TTCAATGGAGGGACGCTTATTTGGGGAAAAGGTTGCAAAGTCATGGGAAAAGGGAGCTTTGTCTC---GACGGGGTCGTGAGG-GAGTGAATCATGAGCGGACGTGTTTATGG--CTTA-ACACACACAGCTGCGGCGAATacacacacacacacacacacacacaGAAGAAGAAATGGATGCTCAAGAATGCACAGAGAGCTCCTCAGAAACAAACACGTGCCTTCTTTTTTTGTCAAAGAGGAGACAAAACGCGAACAATGCGCGACTACAATCGCACAAAGCAAATAAACACAGCTGCTATAAGCAGAATTATGGACAAACATAGACACGCATGCGATCACAAGGCCTCTTATCACACAAACTCTGTATGGCTAACCTCTTGGGGGGAAAAGGAAtgtgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTCCC---------------CTTGGACAGA-------GTGTCTCTTATGACACAAAGCCCAGCTTTCTCAGCTCAA---AATTCAGTGTCATCTGCTTTTACAAAAGAGCGGGCTATTCGTTCCAAGCCACCTGGACCAACACAGAGGCTCCAGTGTAGCACCCAGCGGGACAATGCTTCCATTTTTAAGTGTTTCATATATATGCCCGC a score=-291 s danRer3.chr4 18578159 123 + 33808418 TGTCTGTGTTCAGTTTTCCACAAGCTCCCTTACCAG----CCAGCAGGACTTTACCCATGTGTTCTTTTACGCAAACTATTCATTGAAATATAGCAAGTAGCTGTAGTGTTTTCTGTTTTCTTTCAC s fr1.chrUn 191245380 112 - 349519338 TTTTGGGATGCCGATTTTCACAGGCCTTTTTCTTAGATTTCTACTTCAACTTCTATCAGAGGTGCCT---------CAATTAAAAGAGAAAT--CAAATAGTT----TGGGGTCTGTTAGCTCCTGC a score=2593 s danRer3.chr4 18578331 572 + 33808418 TTTTGCCTGT----TGAATTTCAAAGTGACAGTAGCCATTG--ATTTACATTTTAAGAATCACCTTTATCCTGGATGCCCTGAGCTGCAGTAAACTCAGTCATTTTTCTAATCTTTAAATATCTTCCACTGAGCTGTCATAATGTGTTCAGGATTGTCTTGAAATTGGATGTACAGTAATTCAGAGGACAGCTTTGTGATTCTTTGTT--TTGTGTAGTTATATTTTGATTGTTTCACAAAAAGGACTACAAGAATGGACACTAAATATAAGCTCCACTCTTACATTTGTGATTTGATGAGGGGGGTTGATTGCTGACTGGCAGACTGAAATGTTTGATTGTCATGAAACC--CCACAGTCATGGTGACAAGACTCTCACATTGTGACATCTTATAAACATTTGCGTTCAAAAGCATAAGTGCAAACAAGTATACAGTCCTAATACTGGACATGCACATACTGTATATATATGAAGACTCACCTGGATCTGTTGCTGCAGGAGGTTGATTTTGTGTTGTTGCTGCAGAAGTTGCTGCTGTTGTCGTGCAATCTGTGG---ACAGaacatgtcaaactgtcaaaca s fr1.chrUn 191245569 483 - 349519338 TTTTGGCCGCAACATGAATGTGTAAGCAA-AGGAACCATTTTCAATCACATCTCAA----------CAGCTTCGCGGCCTCGCG---------GCTCAATCAAGCTCCTGCTCGT-----------------GCCGCGAAAACACCTTCACAATC-------ACTCCAACACAAATGGAATAAGACGAAAACTCCCGGCTCCGCTGACAGTTGTGATGCGGCAAATTTGATTTTCTGCGGTAAGGACTTGGAG---------------------CCCGTCTTCTACTTCTGATTTTAAACAG-----CGATCGC---CTGGAAGGAGGGGGGGGGGGGTGATTCAGGCCCCAGCCACAATCGCAATCAAAGGATTGCCTTTGTGTGCGGTTC---AGACACTG----TCAAAAACACACAATGAGAGCGGCGGACGG--------------ACGCACGGACGAGACG--------GACTCACCTGGATTTGCTGCTGCAGGAGGTTGATTTTATGTTGCTGCTGCAGAAGCTGCTGCTGTTGCCGAGCAATCTGGGGAGCAGAGCGCACAACACAACGTTATACA a score=11417 s danRer3.chr4 18579944 181 + 33808418 CTGACCTGGTCCTGTTGCTGTTTTGCTAACTCCATTTGCTGGCGTTGTTTTTCAATCTGTGAAGCAGCCAGTTTCTTCTGCTCCTCGTGGGCAGCCAGTAACTGCTCTCGGAGACTGCTGAGCTGCGTGATCATCCCCATCAACTGCCGCTCTTTCTCCGCCAGACTGTCCGGGGTGCCTG s fr1.chrUn 191246865 181 - 349519338 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GGTGTGTGTTTACCCTGCAGTCAGAC-AGCCTCCTGCTCACATTTAGCATGGCCTGACCTTTGACCT---GTCAGATCCCAGCATACCAGCTCCATTACACATACGTGTATacacacacatacacacacacaaatacacacaTGGCCAAAATCATTCAACAGGATGTAGTTAAA--GAGGCACAATC-------AGTTACAATCAGAGTGTGCACCCATGTCTGG----------------------TCATATGTACTAGTG------TTTGCCTACATGCGCCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcgtgCACGCGCAA---------------CAGTACAATCCCTCATTGTTCTTCAGCTGCTACCTT-TAACAGGCCACATTCCTGCGCCAGCCAAACCAGATGAGGAAGAAAGACAGAGGGGGGCAAAGTGGGGGGAGGGAAAGGGGGGACTCAGATGGAGGGGTGAGGGGGGTGGGGGGCTCTGGCTGCTGACCTG-CCCTTTGACTGTGCAGGAAGGTGAGAGTCA--TCCATTTGTCCTCCCAGTGGGTAGCCACCGTCTCAACTGCCTCCGCTGCCCACACCGGCCACCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCACCCATGCACTCCATCCATCCGCCAACAATGAACAATAAAGGCAACTGTCGGGAGCGTTGGCT-GCTGGAAAAATAAACAGGCGTCTGTCCT----AACTCACAGGCCCACCTTTGTAGAGTCTGAAACgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcgcatgtgtgCAAGCTGACCAAGACAAGAAAGAGCCTTGTGTGAAAAACG-------CTCAAATGGAGGGGGGCAT a score=1873 s danRer3.chr4 18581911 317 + 33808418 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AACATGCATAAGCTCAGAGGTCACATGAAAAAGTT------------TTTGCTTTACCTTTGATCTCTCCAA--AGTTGCCAGA-----ACCCATGGCCAATAGCTTGTCCTTCCAGTCCTTAGACAACAGCCTCTCAATACTGGGGGCCTCTGGAGGGgagagag s fr1.chrUn 51682423 162 + 349519338 AACATGGCTCAGAGCGGTGTTTGTGTGATAAATCTGCCAGGTTCCACTCAGCCCTACCTTTGACTTCTGCCAGCAGTTCACTGGTGTTGAGCCGTTCC----ATCTTCTCCTTCCAGTCTTTAGAGAGAAGTTTCTCCATACAAGTGGATTCTGAAAGAAAAGGAG a score=6977 s danRer3.chr4 18587001 539 + 33808418 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GGGAGGGGAGGGGT------GACAATAATGCGGGAATCGTCGACTATTATCTTGGCTCATTGGCTCAAATGGAGTCAAGCTGCTGCCCTGCAGCCGAGCCAAAACATCAGCGTCCACCTG-CCGAGACTCGGAGAGAGAGGAGCTCTGTGTGTGTGTCAGATTGAGCCCCTTCCGGCTTTTGGATCCGCAGCGAGCTTTAGGTTCTGAAGCTGCTGGAGAGTAAAAGAGAGCTGGGAGGAGACTCCTCTCCAGTCCAGCTCTCTCTCTCCACACAATAGCGTC--CCTCTCTCACTCGCTCTCTTCTTCTATTTTTCACTGCGACGACTTACCC---------TGAGTCACCGCGAGCAGCCAGCTCTATTTTTCCTATTATCTCATATTTGTGAAGCCAG---GACCTTTAA--AGGAAATGAAGGAGGGGTGATGTCGAGGAGGTGGAAGGGGGTTCGTGGAaaagagagagagagagagagaatcgggaagacag-gagagagcgagaccgagagaCGTGGAGAGGCCTGGCCCGATGTGAACAACAAAGGGACCTCTGTGCCAGCGCCAGGCCCGGCTAAGCTCGGAGGAGGGCGGAGGGCCAAGGAGGCAAATGAAGACAAGGAAGGGGGGGGGGGCCCACGGGAAAAAGGCCTGGCTCAGGACC a score=3370 s danRer3.chr4 18587558 192 + 33808418 AGAACAGGCTCCACATTGACT--GCTCTTGGCAAAAAGCAACACGCTGCAGCAGCTCCCAGCCGCC--------------------ACAGAGGTCAGGATTGAATAACCAATTATACAAGCACCCAGCTAGTTTATCTAAGGTTGGAGAAAG------GACCATCACACACTTGCAGTTCAGTGCGGTATATATGTCCATCATGAGACGCACACACACGG s fr1.chrUn 191254009 212 - 349519338 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s fr1.chrUn 191254399 2425 - 349519338 AATGTTGAATTTGAACAGACTGCATTCTGCATTATGAAGACGTTCCAAGGAGTTCTAAAAAAAGAGGAATTTGGAATATATCTCCGCACTTATTTACACCCTCGTG---ACACCGCCCCC-ACCCCCCCTCTCTAATACACACACTGGCAGCACCGGCGCGCTCCAGAACCAAATGATGATGTTGATATTTGATGATCAATTCATGTCTGGTTGAGCTGGGCCATGTGTCTGCACACATTTTCATCGATTCCTTCTCAAGGCGGGCCAA----TGGCGCTGTGGCAAACTCGCCGTTGTGGCGCCAAGATTAGCCTGGTATCAAAAATAGGAACGAAAACAAGCGGTTTCCTGTGATAGACAGGTGGACGTATAGAAACCTCACACC---TCCCCCAGCG---------------GCTACCGGTTAC-----TGGGGACCAGTTGGTAA-----CGGTGCTTGGCACCAGTCGAGGTGGTGGCTGTGCCTCAGAAAAACACAACCCCC-------CCCTCCATCTTGTTTT-----------------TGCCCCCTACTGGTG------------------------------------CAGA------------------------------------TCTCCGAGGATGTGGACGTGCA---CGTGCGCTGCTA--------------------------------------------CCTGCACCCATAGATGCA-CCAGCATGACAACAGGAGTTAGTCACCTTGTGAAAGAAGTTAAA---GCAACGCGGGACATATGGTCCCCCCCCCTCCCCCCGACAATCGCAGTTGTG------------------------TCTCCAAACA----CATTTTGGGGCGGCACACCTGTTAGCAGCGTGCACACATGCGCAAGTATCACCTGCCATG---ACGCTTCTATTTAAAACT----AGAAGAGCCTTTCTTTTTTATTA------------------------------------GAATAAGCGTTGCGCTGGT--------AAAGTA---AAAGGTAAAAAGAGAAACTTAACTGGGCAAAATAACAGATGCGGCTTTTTTC-----------------TTCTTGAATGGTAATTTTAA---GGATGCCAAGACGTGAAT---CTGTGGCGTTCTAAGAATAGACCGGCGCGTAAGGTTTACCGGGGTGTCAGTCAACAATTTGATAAATTGGAAATG-CGTTTATCCGAATGCAGCGTTCTGCCCTTCAC---TCCGCTGCCTTTCCCTAACAGATGGTGTTGTGGGTGCTGATGTCCAATTTGATTTGAACCAAACCCTCAGCCAATTTTTACACTGGCACGAAATCTCGGCGAGCCAGATCCGCACACTGGCAGTCAGAAATAGCAACGGAGAGGGCGCGACATTGTGAAAGAACGATGAAGGGCAAAATCTGGAGCGACATTCGAGAAAGTCGCCGAAAAACTTTTCCTTGTGTGGCTTCGCTCA-----------CTGGCTGT-----------------ACCCCCCTacacacacacacacacacacacacacTTGCTGTTTTTGTGTTAGCTGTAGCGATGCTATCTCCCTGCTGTGTCTTAGCAGGACACAACAGTTCCCTCGGATAGACAAACAGACTTTTTTCTTTTTTTAACCCAGTTGCCTGTCTGACCT-CCATTATCGTTAAAATGGAGTTTGATAGCATCGGGACATTTGAATCCGCTGTGGACTAATTCAGTCCGGCCCCTGATAGCTGCTGCCGCTGCACCTTATTAGG--GACAAACTATGGGGCCGAGCTCGGATCCCATTTTCATTTTACTGCCTCGTACGTCACAGGCTGAAGAGAGCGAGTGTCAGCTGTGGAACTGATAACCACCAAACACTGCCCGCTAATTGCCTGGTTAACAAACACAGCCTCATGAGGGACTTTGAATAG-ATAATAGGGGTTTCAGATGCAACAAAGGGTCACGCTGTATTTAAAAACTCAATATATTCTTTGAGGAGCCTCTGAAAGGCTCCTCTGACGAGACTCCTGCGGCTGCTGTCAGGTTGGAAACCTCCAGTCTTATTAGATGTGAGGTAACAATCGCCAGTTCTCTTTTTTC------TTCCTT--CCAGCGATCCAAATTGTTCAAAGATACGAGCCAGAGGTCAAGGAGATTGCTCAGCCAGTAACGATTGAGCAGCACGCAGGCGGATTTTACGGAGGAAGATTTCAGCTTTTATGGGGGTGGTTGGGGGGGGGGGTAAAAATCTGCTTTCTCATCCTGAGGAGGGGCTTTAATGCCAGCGCAGCCCTGATGTGCGCACGTCTCTCCCTGTCAAAAGCATCCTGTCGAAGTAGGCCAAGACATGTGTAGCtgtgtgtgagtgtgtgtgcatgtgtgtgtCCTCCGCGCTGGCTCGGGGTGCCATAATAGAAAATGACACTTGCAATCTGTCTCGTGGCAATAACCCCTCCTCAGCGCTCTTGTCTCCACTCCGCGTCCATGTCCTCCCCGTCTCTTGTCACCGCGGAGGCCCCCGGGGGCCACCCTTGTCACTGCGTGGCTTTATTGCATCACTTTAACATGACAACAAAAGAAGACATTGTGCACG---GGGTCCGGTGTGCA-------CGGGACGGGAACAGACCGGCGCATTAAGCTCGGCGAGAGGGGGGGGGGGGGACACACACACACACACACTTGT-GGCACTTTTCGTCTGCCTGTCAAGGCGATG 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CTATGGAA---CAGTCAGCTTTATAATGGCCCTGCTATGGAGCCACAGTCTAATTCATGAACCTCCGGCTTTTGTGCCTTTCTTAATGCCACACCAGGAGGTCAATAACAAAACTTTAGACACACAATCACAATCGCACACACACACACACAGAAGTAATGCACAAAGACATCCATCTCCAAGTCTCTAA--TCCGAAGCCCACACTTAAAGGAAAAAAGACCACAGTGCGTTTATGCCAAAAGCTCTAAATGCGTGCGTCCTCAGACAGCTTTTCCCATCCAGCAAGCAGCATTCAGCTC--TAATATCACCTATCCAG---------------TGAGAAGG---CTCATCCCTATTGATTGTCTTGTGCAAGGCAGCAGAAGAATACAAACT-GAAAGGCAGAC-CCAAACAATTCAATAC---AACTGACTTGAATGTGCCTTTCATACGCTGGAACAATGGCACGCTC-ACAATAGGGCCCC--GTTAACTCTCATGTCTTCAGCTGTTTTGCCAACCTCAAAGGAAAGTACACTGACTTGGATTCAGCTGGAGACAAATAAACAGGCATGCAATCGTCTACTCAGAAAAAAGGAGGCATCTTGTGCTTTTCCCAGTAAAGAGTGACAGCGCTCCTGAGAAAAACTCTAGCGTTGATAATGGCTGAGAGTCAGAATAGCTGGTGTTTTGTTGCGCTAGATTCTGTAAATAGAGTTCGAAGCAAAACTTCCTTCAGAAAGGCGTCTGTTTGTCTATCAAGTTGGATTGCATCATTTTTAAATAGATCTCCCCAGAGGAAAAGTTTAGTGCTCAAAGATTGCTTATTGAGAGCTCAGCTTTGAGATGTTTCTCCTACAAACAAAAAAAGTAACCACTGATATATGAGTTTTGAAGGTGTTTGAGAAAATGTTAAGGTTAATTTTAGATGTTTGAGAACAAACATTTTAACATTATATCAAAAGAAACTTTGGAGAAACAGGACACTCAACTGAGATATTAACCTCTATGGCTCCATATTGTATTTTTTGTTGTTTACTATTTTCTGTTTTTCTGTCCTCTGTCTTTAACTCATCTTTTAAAGTGTGAGGGGTAGATAATGACAAACAACTCAAGAGAAAACCTTCCT---CCTAATGTTAATTTATACATCTAACTAATTACTACCAAATGCTGGAAATTGCATATGGAAGTTGTTCTCTCTCCCACGCTCTGCCTCTTCGCTCACAGACGCTCTCAGTGCTCGTAGCGTGCCCTCCTCGCACTCTATGTGCCTCAATTTGTCTTTATATGGCTGCATATGGAAGACCTTTGGTAGTTTTTCTTGTTCGATCTGTTTGATAATGCTTTATACAGCATCCCAAGAAACTGCTAAAGAACCCAACTGTGCATAACTGTGTTTACTCAAACACACTTGTGTGTTTTGGATCGTTTATA-ATATGTGTGTGTATGTGTGA-GAAAGCTCTCAGCAGCAGCAGTCGTATAGC-GGATTA------------------GCAGACCCTGGGGAGATATAGACAGAGA-------------TCCACTGCTG-----------AACAGCT----TCAGA--GCTCTTCTACCCTTTTCGTCTTCATAGAGACGTGTATCCGCCCTTCTTATTCTCTCTCATTGAGGGGTATGGATGCGTGAGC---CCTCGGCTA-----------------ACAATGACAGGGCCTAAGTGCTGTCTTATAAAATGCCCCAGTGC-CTCCAAACACC-----CCCCTCATGCTTGTCTCACAAAAGACGTCCACTCCGTG---TGAGTGTGTGTGTGC 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CTGTGGAAGTGCAGGGAGGTCGGGAAAAGTTGGGCTGTGGAGGCTCTGGCTGATTCATGAACCTGAGGCCTTTAT-CCCGACTTAATGCCGCGCCAGGAGGCC---------------------------CAAACACACACATACACACCATCAGGAAAACCTCAGAACCCTCGCTCGTC---TCTGTAAGCTCCTTTATGCTCATGTATTGGACAAAAG------------------CTGGGGCACTGCTTCCCTTCCCCCCC----------CCCCACACCACACACACCATTCATCTCCTTAATATTGCTCATCTGGACTAGGAAAAATGGTGGAAAAGGGGTTTCATCCCCACCGATTGTCTTGGGCAAGGCTGGAAGAAAATGCCACGTAGAAAAGCAGACGCAAAACAATTCAATAAGAAAAGTGACTTGAATGCGGCTT-CATCCGGCC-AACAATGGTCGGCCCCACAATAGGCCCGCAGGTTCGCCC-CATGACGTTGATGGTTTCTCATGCCACAAAGGA------------------------GGAAAAAGAAAAA----------------------GAAAACCAGAAGTGACTTGA-----TTTGAATCGCGAGCGCCGTC--------------------CGTCCGCTACGGCTAA---CCCCGCTAACTGTTGCTCC-------------CTGAAAAAAGGG------GAAAAACTCCCC----------------------ATGAAGTTGGAG--------------------------AGACGATGGGCCTCATACGCAGGACGTGGACCC---GTGCTCGGCC--AGGGCCTTTAATCTGCGAACA--------------------------------------CGACAAAAT----------------------------CGAGCGTTTTCTCACTGGCCTGTGAA-----TGCGAGGAAAACAATTCTCTCTTTCAAAGTCCCCCTCTGTCGCG----------------GTTATTCGC---------------------CTTTCCTTTTCCCAGCTTGAGAAGAATGA--------TCGCAGCAAACAATGGCTGAGAGAGTCCCGCTGCACTTCACGTTAATTTATACAACTAACTAATTAACGACAAAGGGTGGAAATCACACAAAGGCGTTCGGCT-GCTCCCACGCT--------------------------AGAGCTGTGAACCTGC-----------------TGCCGGAGTGTGTTTTTCTGTGTGTGTGTGTGGAAAGTCT---GCCGATTGCCTT------------TAGGAATGTGGTCTCGGGTCCCTGCGATGACTTGCAATGGCTGCATCTGCCATTGTTGATGTTTA-----------TAgtgcgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgcgtgcgtgtTTGACGTAACCTCCCAG--ATTGCAGGACTGTGCCTGGATTAAGTGAAGTGAAGAAGGGGGTGGACTGATGGACCAGATCACCAAAGACTGCCTCAATCCCTCCACTACTCCGACTCTCTCCACCAGCCCCCCTCAGCCTTTTCTTTCTCCCTCTCTTTCTTCTGGCAGA-ATGTATCCGCCCTTCCCATTGTCACCCTTTGGAGTGTACGGAGGCGTGAGGGAGCACAGGCTACTGTGTGCTTGTGTGGCACAATGGCCTTGCCTAAGTGCTGTCCTATAAAATGCCTCAGTGCTCTCTAAAAGCCGGATTCCCTCCTTGCCTTGAAAATAGATGAAGTGCTAtgtgtgcgctgagcgtgtacatgc 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s fr1.chrUn 312598305 1155 + 349519338 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AAAGGTGCTGCGGTGGGAGCTCTGCCGAAAGTGGCCTTTCCTGCTACCATTACACACACAATTGCACACACTGTCACA-ATGCTCAAATATGACAAACACACACTGATGCCAAGACA-ATGGCCTCCTAATCCTTGTTTATGATTGGCTGAGTCCAGATTACCCAGAGGGCACCAGCT--GTCAGAGAGAGGCATAGCCCAGTTTTCTCAGTATCAGCACACAGGC------GTGTAGacacacacacacacacacacacatgctcatagacatacacaTC-------GGCAATTGTCAGACCTATAATTTGGGA-CTGAAAATACAGTTGGGCCCCAAAAATAACTAAAATCCCCACAGTAGAAAAGTTTATGAGACTCACACTCACTCTCGTAGATACACATACCCACAATCGTCAGGTCAACAACATGG--------CGGTGCACTTAAAAGTGATGCTAGCCTCGAGTTTG a score=2071 s danRer3.chr4 18621333 536 + 33808418 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AAAGGTGGCAAGAATGATGGCTGGGAGGGACGGAGGAGGAGGTAAAGTGACTGGGTTGGCGGGGGTGAGCGGGGG--GAAGGTGGGCGGGGGGAAGTAGGGGGGTACCCAAGCCCCCTGTAAAACAGAATTGGGCATTGTCGCCAAGCGGAGGAGAGCTAGCCCATTCTGTTGATCTGAGCAGGATCCCGGAGAAAACAAAACTGCATTGTTCCCCGCAGATGGAAGCCAGTGTCTCCTGGGTAACAGCATTAATCTCCCCTTTTCTCCTGCTTCCTCTCTTGTCGGGGCCATAATCGGTGGGCTCCTTTCAGCAGCCGAGCCAGACTCAAAGCCCGGGCTCCTAACTAGCCTCCTAATTAGCTGCA--TACAATGAAGACAACATGATGAGATAATAGAAATTTGCAAAATAATGACATACCACGGGAAAATATTCCTCCTCCCCAAGCACCG-------TTTTTTTCCCCCTCGGGGA---------GAGGCACAATGGGAGAGATGGGGCTTTTCTGGAAAAAACGCAGAGCTCGGGAAAAAATGGTGGCGCATTATGTAGCATTGAACCCTATTGTCTGGCTCCTGGTTGCTTCAATCAACAGGCCATTGTCTGGCTGCTTAAATCAAAATGACTCAAATACGAG-ACCGGTAATGATGCCCCTCTCGTACTGAACAGAGAGACATGCTGAGGGGGAGAGGAGGAGAAACAAAAGGGAAACCGACGAGAAGAAAGGAACACATCATGAGAAACGC--------------CATGAAAGGTACCGAGCAATACAAGAGGTTAGGGAAAGGCCCCGGCGACTGATACCCCGGCG a score=792 s danRer3.chr4 18634206 164 + 33808418 gtgaaacgaaggagcataacaagtgtgtacacaaaagaatgataggagaagcagaccggaaaaaaagaggaaggaaggaaagaagggaaaaaGTCCACAGGAGAGAGATGAGTGATGGAACAGCCTGTTTGTTTTCATCTAGTCAG-AACAAATTAAACAGCCCT s fr1.chrUn 276047083 153 - 349519338 CTGCTCTGAGAGAACACAACA------TTTACCAA------ATCAAACAAGCAGCCTGGTTAgagagggggaggcaggctgagcgagcgagggagggagggagggaggAGATAGAGGTAGACAGCAGGTGGTAGTCATGCACAAAGCAACATTTTTAGCAGCCCT a score=287 s danRer3.chr4 18637580 111 + 33808418 GTGTTAATGTCTGAGTCTCTGTCATCATGTATCTTTTTTTTTTTTTTTGTAAT----TTTCCCCAGA---TGGAT-------------TTCTTGAACAGCAGCATGTAAGTAATTTCACAGGTGCTCAGTT s fr1.chrUn 263971817 131 + 349519338 gtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgCATTTATTTCTTTCCTTTATTGCAAGACTGGTTGCTCAGACATTGGGTGTGAAGAGCTCTTTTCATGTCCAGCCACCAATTCTCTATTTTATTGAGGTTTATTT a score=4273 s danRer3.chr4 18637691 438 + 33808418 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s danRer3.chr4 18638158 560 + 33808418 ACAAAAAAAAGATATATATAGTGTATATAGACCATGAAATACTGGTCTGTTTCAGAGAGCTATatgaaataatataaa-ataaaatgaataaaaaataaattaaatatgagcaata---gaaataaattaTGAGACCCGCTAAATATTTCTTCAGGTATGGGTTTGAATAAAATGTTTATATA-TGTTTTATTACATTAAGGTAATTTCTTCCAAATATTAAATAAAAGTATTGTTGTTTGTGTGCAAGATTATCTTGACACACTGGGACACATCATCAGTGATGCATTCTGGGGTCACTGGGTGTTTTGGGTCTTTCAACATCAGACACCCTTACCCAGGTAACCCAGCTGAGGTTGATCAGACCCCAGCTTGTGTCCCATTAGCCATCACCCACGGAAAAGCCCTCTTTTTTTTCATCCATAGTCATCTTGTGGTT--------------------------------------------------------------------GAAGACTTTACAGAGTGAACGCTCTGCAAGCCCTCTGCAGCCCACCTCTACTGGCTCACAGTGTGTCTTCCAGCCCCCTTCCCAGCACTTCTCTACTTGCTCCTGGTACTT--TTGGTTTCCCTCCATT s fr1.chrUn 265614266 572 + 349519338 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TTGAAATGAAAGCAAAAATAAAGAAATTCCTTGGAGAATTATTTTCATTTTAAATTGCA-------TGATCAAGCCAGTGTGTATTTTGCTTTGTGATCTATAATAATGATGTTTTGGGTTTAAAGGGCTTCTGTTGAGATGATTATA----AAAGAAT--CAGCT-----AACACATGAATTTATGACAGCACATTACCATTATTGTTTACATCAGTGTGGACAATGATATGAGCTGATTAAGAAATAAAATGCTCTAAAAGTTAAGGTAGTAGATATCTG--TGAGACAAAGAGGTGGAGAAATGAATTCAGTTGTA------TTTTATATTGCATCAATAACAATCAATAATAAT-CCATGGATTCAAAATGTTGTATTTG------------------ACTGAAAGCTCATAGGATTTGGTCACTTTCATATTCAGTGTTTTACAAAAAG a score=4592 s danRer3.chr4 18645521 362 + 33808418 TTTGGAAGATTGTGCCCGTTGAGAGATATCCCAATGTCAAACAG-GCTGCACTCAAACTG-----TTGTCAATGTTTGGGTCAACTTATGTCTGTGAATCACTTTTTTCGACACTGAAACTAGTGAAATCAAAGCATCGCTCTGTTCTTACTGACACACATGTGAAAGAGTTACTACGAGTAGCCACAACTGAATACGAGCCAGACCTGAAAAAGATTGTGGAAACCAAGGAATGTCAGGTGTCCCACTGA--GTCAAGTAAAATGAGGTAG---GCTAATTTAAATCCATGAAAACTATTGCGTTA--TATAATTAGGTGTATAAGTTATTGTGACAGATATACTGTTGTTTGCGCATCTGTTGTGTGGCTCTT s fr1.chrUn 57240035 364 + 349519338 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TTAACCTTGAGGAATAAA-CAGCACAA-GTCTGAATGTGGGCCGATCTTAAAGAGGCTATTAAGCATGATGGATGGTGCTTTAATCTGCATGCAAAAATAATTG--TCTTGTTGTTTCATCTTCCGTCTTCATTATATCTGAAACTCGGCGAGGACAAAATGACAGAGAGGTGAAGTTATGCAACGAGAAG s fr1.chrUn 276054401 175 - 349519338 TTAACCTTGAGCTACAAAATAGCTTTCTGCCAGCGTCTGAGGAGATATTAGCATGGTGATTAAGTGAGATTGATGGTACTTTAATTCCCTGACAAAAATAATGGCTCCTTGCTGTTG----TTTAATCTTCATT---------ACTGGGGGGGG---AATTAAGAGAGTGTGGATTTTAGCCAAAGGAAGG a score=9293 s danRer3.chr4 18661386 599 + 33808418 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GAGTTCAGTGCAATTTAGCAGAGAGACATGGGAGGGAAAAAGAGAAAGTGAGGAATTGATGGAGAACAGAG----------CAGGAGGGGGG--GGAGGGGGTCAGCAGAAGTAGAGA---------------AGGGATGAATGCAGCCCCTGTTCCTTCCCCGATGTCTCAAACAAGGCCTGGG-TAAACAGGAAGTACAGCTGCAGT-----CTCTTGTCCCTGTGACTTTTTC------------------------------------TTTTTCAGCCCTCCACCCCCCCTCAGCCTGGCC---------------AGGAATAAAAGGAAGAATCCTCCAAACACAGTTACAGTTTGGGGTAAACTGGGGAGACGCGCTCAGACGCTCCCAA---ACATGCCTTCCCTGTCCGCACGGCAAAGAGTCACGATCGTTGACAATCTGGACACGCAGCCGCGCTCAGCGGGCCTTAATCCCCCTATTTCTTTAAGAGAGAGAGAGGGAGCAGAGTGGAGGAGAAAGGAGGCATTGTGACAGGAGACAGTGCAGTAAAAAGAGGAACGTACAGTACCAAATTGAGGTCGCGGCAAGACAATGGCTGCCCTTCACTGGCTCATTCACACACGGTCTCCACACAGCTCTATCAAACGCctcattct a score=3399 s danRer3.chr4 18664220 68 + 33808418 CGACCTCTCTGATTGGGGTTAACAAGGGGCTGATTTGCATAAAGGGAGTGG--TTTGATTAGTAGTTTTG s fr1.chrUn 276059870 70 - 349519338 CGACCTCTCTGATTGGGGTTAACAACGTGCTCATTTGCATGTGGAGATGGGGCTTTCATTAGCTGCCTCG a score=2767 s danRer3.chr4 18667023 198 + 33808418 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danRer3.chr4 18683878 286 + 33808418 TCACAGACTTTCGCTATATCATTAACCAAACAACTAAAATTA--------------CCCATTCACAGAGAACGCACATACGCATGCACACAAGGGCCCTGAACTGTCACTGTGTCGTTTACAG---AAACACCATAATTAAACTTCTCAAAAACAAAGCACATACACTGTAATTACTCCCTCAACTGCCACACACTAAACCACGGGAGTCAGAGAAAACATGCTTTTGTGGAGCACAATAAGTGTGTATGTTTTCATTAATACACATATACACTTATGTATCTGTTAACATCATGCATCTTTA s fr1.chrUn 276068243 286 - 349519338 TCTCTGACAGTTGCCGCACCATTAACACCTCCTCCACAATTAGTGTCTTCTCACGGCCCGCTCACA-----CACACACACACACACTCAGACGTGCGCGGTGACACCCCAGGGCCCCACGCAACCCAAACAGCATAATTAGACATCCCCTAAACAAAGCACACACACTGTAATTACT--CTGAAATGTTACATAGCA---CAGGGGACTC-GACAAAAGCTATTTTCCTGGATCA-ACCAGTGGCATATGAACACATGCAGACACACGCACACACGTCTG-----CAATTCCACACATTTTTA a score=4840 s danRer3.chr4 18699238 175 + 33808418 GAGGATCAAAGAGCATATTATTCTGCTCCACGTCTTGTTCCCCGTCTGAAACACTCACGGCCAATAACAACAGAGG---ACCGG--TGTCCTTGTGCTTGTTACCCAGTGACAATGAGACCAACCCCTGGGCCAAGCTAGTCAATTATTTACCAACTCCTCATGCATGGGCACTTTAAAG s fr1.chrUn 8182718 172 - 349519338 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148150039 811 - 349519338 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danRer3.chr4 18733450 254 + 33808418 CGAAGCTCCATTCAGTCCTGCTTTAAAAAGGTCACCATTTTCTCTGGCTAAGCGCCCTGTGTCTATTGATAATTTTATGCATAAACAAATGGCAAATTTGTGCCACATAAATATGTATTAGCAATTAATAAT-GTCCCG-CGTCTGTGGCGATGCCAGGTGCATGCGAAATCAGCACGGGCACTCT----GCAGAGCTGGTGCCTTTGTTTTCCTCCAGCTCTCTCAGGGTTG-CCACAATAGGCATACAATAGATGCACA s fr1.chrUn 276093793 252 - 349519338 CAGAGTTCCGTTTATTAGT-CTTTAAAAGGGTCACCGTTG-CTCTGGCTAAACGCCCGGCAG-TATTGATAATTCTATGCATAAACAAATGGCAAATTTGTGCCACATAAATATGTATTAGCAATTAACATTAGTGGCGTCGTGTGAGGGGACGCCAGGTGCACGTGAGTGGGGCTGGTGGAGCCTTTGAGCTGAACTGGTGGCTTTATG------CAGCTAGCTGGTCCCTGTCCGCAACAGCAGTGTAACAAGcacaca a score=4374 s danRer3.chr4 18734487 93 + 33808418 CACACATCTGCCTATTCATTTCAGCTCTAATGCAATAATAGCCCTGAAACATCTGGTAA--TGAAAGTCGCTGGAATCAAGATGGGCGGATTTGG s fr1.chrUn 276094966 94 - 349519338 CACACATCTGCCTATTGAGCTCAGCACTAATGCCATAATAGTGATGAAACATCTGGTCATTTGGGGCTCGGCGCAATCAAGAAGAG-GGATTGGG a score=1917 s danRer3.chr4 18736275 62 + 33808418 GTGTTTGTAAAACTATTAAAGCAACATTTGAGATAGTGTGCGAACAGATAAGTTGGCCAAGC s fr1.chrUn 276095794 62 - 349519338 GGGCTCACAAATCTATTAACACCATATTTGATGCAATGTGCTAAAAAGTGAATAGATAAAAC a score=2709 s danRer3.chr4 18736890 172 + 33808418 ATGAAAGAGCCATTGTTCACTGAGGTGGTCCATG------------------------------------------ATACTGTGCG---------------------AGGGGAGGTGG---------------------------CTAATCACAA------------GGCGGGCCACAACGCAGGGGTAAATATTTATCTGCTGGGATGTAAACGACGGATCATGTAATTTAGCAACAGGCCG------------------------------------TTCCTTCCTGCATGGTGATGATGTTTAGTCT s fr1.chrUn 276096633 309 - 349519338 ATAAAAGAGCCATTGTTCGTCAAGGTGGTCCCTGAAGGATCTCCAGTTCTGCCCCCTTGAACACATACACATGCACATACAGCGCGCTCACACATGCTAACATATACACAGCATGCAGAAACATACGTTACACACTTACTGTGACCCAATCATAGCTTTCTCTTACCGAGCGGCAGTTGCACAGGGGTAAATATTTGGCTG-TGGGATGTAAACGCTGGCCTGTGTAAATTAGACACACGCTTCCAAACACACACACAAGCTCTGTAATTCCAACATGCTTCCTTCCTGTGGGGTGATGATGTTTAGTCT a score=6175 s danRer3.chr4 18747271 185 + 33808418 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AGAAAATGTAGCGGTAACTAATTGTTATCATTACGCATGTTTGAAAAG-TGTTTTCAAACAAGTAATCAAAGTCTGCCACTGTAATTAGCAGA--------CACAGCAGTGAGTG---------TGTTTCCCTCCACTGTTCTTTTCAAACTGA-AAGGCATTAGATATATCAGATCCTTTTCCCCAACGGAACAAAAACCTGTACAC----------------------------------------------------CGCGTG-------------CATTGTGAGGGAGAGACAGCTTGACTGAAAACAAACTGACACAAACCATTTGAAGCAGAAAAGAAACA-------------------------------CAACAACCTGTCAAGAGCAAAATGCCTCTAATTTTTCTGTCATCTGCCAGCAGTTTAACAAGAGAGGAGCGTTTCTACCCCCTCAATTTTCCCCCTGGCCATTTAC------------ACACACTGAGAACCAAACAAGAGGATGGGAGGGGAAGAAATCTGCTCGTtttctttctctctctctctcattcgttcttttctgtcccc-----tatatttttcactttc-----cttctATTCATCCCATCC s fr1.chrUn 276101989 617 - 349519338 AGAGTTTGCAGCGCCACCTAATCATTGTCATTACATCTGTTTGAAAAGCTGTTTCCAAACAGGCAATCAAAGCCTGTCTCGATAATTAGCAGAGGGGAAGACGTCTTTGTGAGTGAATGGCTCCTCTTCCTCCCCCCCATTGCCACCAATCCGAGAACACA------AAATCAGATCTGTCTCCTATCACACACACACGCCCGCCCGCGCGTGCACGAGCATCGTCCCTGTGTGGGTTTTCTCCTCCCCGTGTGTCTGCGCGCGTGGACCCGTCGCACTTATTGTGCTGGCGAGACAGCTTGACTGAAAACAAACTGACAAAAAACATTTGGAGCAGAAAAAAAAAAACGGAGGAAGGGAGGAAAAAAGTGCGCAAAACAACAACCTGTCAGGAGCAAAATGCCTCTAATTTTTCTGTCATCTGGCAGCCGTTTAACAAGACAAGATCG-CTCTGCCCCCACACTCCTCCCCTGAGACGGAGACGGAGGGAGGCAGACAGACTGAGCGCTAA--AAGACAAACGGA--GCATCACATGTG-TCTTTTTCTTATCTCAACTCTCCCAACCTGGCCTCTGGGTCCACGTTGGGAGATTTCCCTCTTCCTCCGTCTCTTTTGCACCTCAGCC a score=2244 s danRer3.chr4 18758132 258 + 33808418 GTTTAGATGTATGTGTTTGTATATGTTTGCATGCATGTGTGTGTCTATTGATGGGTGAGCCTTGCTCCTCTGACAGTCTTCATCCTGTCTCCTTAACCTTCCCGGGCCAGTTCGGTGGCAGCGCTGAGGTTTAATCAATGCAATGGAAGTGACATTTAGGGCCAAATCAAATTAGGTGGAAATG-GAGGCAAACGGCAGGACTGCATTAAGTGGCGGCAGTATTAACACACAGGTCAGACACACAGGACCCATCGCTAC s fr1.chrUn 276103074 217 - 349519338 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taccagagatgggggacttgagtc--acatgacttgactcaagtcagactttagttgcaaaattttgaaaatgagacttgcttgaaaattacccaaaaaagactcgacttgactG-TCAAGACTCAGATCAGTCCGAAAAATTTAGGAT------TTGAGTTCAGAATGAGTCCTGTACTGT--TCAGAATAAAGCACTGCAACTGATT---------CCTGACTTGAATTGAT-----TATTTTTTTAAGTAAGTGGATA--AATCAGGATATCAGGGTTT----------------TTTTGT----TTGGTTTTTTATTATGTCAAAGGAAGTGTCAGGCAGGTAAAAGGTGGGTAACTAAGTAATTTGTGGATTAGTGTTTCTTTCCACAATAGATTTTTTTTAAAAAGAAGAATCAAGTAAGGCAAAACAAGAAACTATTTTAGACCATGGATCTCCAAACCTGACT-GTAATATATGTGTGAAATGGGTTAGATATAATATCTAGAATCTACAGGTTCAAAACTGCTTTTAGAGTTCATTCTTAGCAATGCATATTACTAATCAAAACTTTTTTTGTTGGAGTCATGGAAATGTACAAAATGTATTTGAGGAAGAGGATCTTTTAATACAATAAAGATGTTGTAATAAAAGAAAAAAATACATTTTTGATTCAGTATTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatttatttatttatttatttatttatATAATTTGGAAAAGAAATTGCAAAAGTTCGAAAATTGACAAAAATTAttgacttgaaagtgacttgtttgacca---agctacgacttga----attgacttgaaataagcagtgactcaacttgacttgagtccgacaaaaatttacttaa--cttgcttgagacttgaAGGTTATGGCTCAAGACTTGCTTGTGACTGGCACATGTGTGACTTACTCCCACCTC------TGgtatttac---------aaacataaacttagaacgagcaattcttgtacag-caattattaattaatcatagttcaacat---ttccagatgtattattaaaatcctaaattgtgttgagttaaccaaatatatttacactaatgttaataaagataaaaaaatttctgtaataaatac s fr1.chrUn 243389932 992 + 349519338 TACCAGACAAGTGGGACTTGAGTGGGACTTGGCTGGACTCTAGTCAGACTTAAGTTGCCAAATTGAGAACATGTGTGTTGCTTAACCAAGAGCTAATTAAAACTTGATTTTGCTAATCATGAATTA---CGATGATAAATATTCCAGCCACCATATTCAGCTCA-AACACGACCACTACTGCAACCAGTACACACTTCTTTAAAAAATTTAAGGCAATCCTTGCTTTACTTGTTGAATGCATATTCATCCGTAGCTGGATAGTAATGGCGACACCACCACTTCGACTGAGAGACAGAATTCTGTCAAATTGGATTTTT-----------GCAAATGTAATGCACTGTAAAGTT-----------TACAGTGTAAACTACT--TTCTTCC----------TCTGTTCACGCAGAAAAGGCTAGTC-GCTTCTATTTGTAACTCTATTACTTATTGATTGCATGAGCATGACTCGTGCTCTGTGTGGGA----GGATACATGCATTCAGTGG----CACACATGCATACATAC-----AAGTTCTCCTTATGCTGTTTATAT-GTTTCTCTGAGGCCTCTTTGAAGGACTAATGGACAT--AGAAATCATACTTGTTAAAGTTAACGTTTTTATGCAATG-------------------------------TTGGTTTCAGTG--------------------------------ACATATTGAAATATCTGTTGCCTCA--------------------------AAAAGTTCAACTCTTTA----------TGATATGGTGGTGTTCCATCTTATTATAAATCTATGACTTGATGTACTTGTCTAAAGTTATGACGTGACTCGACTTGACTTGC--------AAAAATGACTCGAGACTTGCTTGAGACTTGAAGGTTAAGGCTTGAGACATACTTGAGATTTACACATGTATGACTTACTCCCACCTCAAATTGTTGTATATCCATTTAAAAAAAACACTTATTTAGTACTGTTGGCTCTTGTATTGTCACATAATAA-AAGACAGAAATCAAGATTGATTTCACAGTAAAAGACAAAATCCAGACACTTACAAAATCTATACAACAAAACTACACCAA-ACTGCAACACACAAAAATAACTTTTTAAGTAATAC 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TCTATATCTAAATAGCCTATCTGTGTTATAGGCACAGTGATTAATGCTGAAGGGATTTAGAGAGGAGGATACAAATGCAGACAGTCTCTCATCAGCCCATATCAAACAGCCTGGGAGATGTTTAATATATGGATGTATTTGGTCTCCAGCTTACAGCTGTCTGCTTAAAGCTTTATTACTAAAGAATCATTGGGAGGGGGG-------AAAAGCATCTCTTGATAGAGTGAGTGACTAATAACTAAAGCCGACAGCGAGTGCAAA-AAATGCGCTTTCTCTCACACGCGCAC--ACAGGGCAAGTGACAAGACCGCTCTGTGTGCACAACAGAGAAGTCAAAATGTGACATATTCTTGCTGGCGGTGGGATAAAACTCAATCAACCTAAACCGTATTCCCTCAGACGAAATTACACACACACACATGCAACAC--ACACATGTACTGTAAAT s fr1.chrUn 276115467 445 - 349519338 TCTGTATGTGAACAGTGTGTGAGCAGAGAAGGGAGAACGTGAAATCTCTCAGGGATTTGGGAGAAAGGATATGATTGCATTTA-TGTCCCATCAAGCAGCTTGCTGGATCCAGGGGGATGCCTAATATACATCTGCATTTGGTCGCCAGCTTACATCTGTCTGCTTATGGATTTATGACTTCAAAACTATTTTGGGGGGGGGGAGAAAAAAGGCGCTTCTCGACAGAGTGGGTGACTAATAACTAAAGCTGACAGGGATGGCAGACAAACACACGCGCGCTCATACGTACATGGATAGACGTAGCGACAAGACGCGGCGACGGG--GAACAAAGGAGTCAAAATCTGACACATTCTCTCTGACAGTAGGATAAAACTCACTCACCC----CTCCAGCCACGCCAGCGCACGCACGCACACGCACGCGCGTCGCTAGCACACGCGCAGGAAAT a score=4826 s danRer3.chr4 18782863 90 + 33808418 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TTACTGAATGTGTTCCCTGGCAGTGGAGTGGGAGTGAGTGTGGGTGGACTAA-GAACGGC-ACATGAGTGCTGGTGGGAGTGGAGAGAAAGAGACACTCCAAATCATGGACAGG-ACAAAGATAGACAAGGGAATTGCAAACACACTACAAACCTCCAGGGGATTCTGTGCCAGAGCCAGCTCAGTCTGAAGAGAGCCTGAACTCGTCTGATTCAGTCTGTAGGCCACAGAGAGAGAGAGACCCGGGCTGGAA-ACATATACACACACACACAGCTAGAGGAACATGTGACAGAATCGCTGATGTTTGTTTAGCTAAATAGCATGCAACCAATAAGGTCAAGTAATTTGCCAATACTTTTATTGCTATGAGAGATTTAAATTGCCATGCAATTCTTACATTGTCACATCAGGCTGCATCATCTGCATTTGGCTTTCCAGTTTGTTCTTGTCCGCTCTCAGTAGCTGAAATAAATGTACATAAACATGTTTTTTTCTCATAATACAATTTCTTCACACAATTTAACAATATGGAAAAAAGCAACTC s fr1.chrUn 73381540 416 + 349519338 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s fr1.chrUn 73383483 1083 + 349519338 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CTCACCTCCGTCTCCCAGGGACAGTCTCTTCACAACCAGAGCTGGATAAGGCAGCTCGCACTCGGTGGCGTTCCCCTGCTCCGCCGAGCAGAAGTTCAGGCTGAAGGCGCCGTGCTGTGGAGTGAAGGTGCGACTCAG-AGGCGGGCTCCTGGTGGGCGTCCCGCTCTGGCGCTGCCCCGGCTGCTGCCCTCGTGGGAAAGCGAAACTGGGGGAG--------------TCTTTGGACCGAGCGGTGGGTGTGGAGCAGTACCGCTGCCACATCTTGGCCTGCT------TCCCATCG--CTCCCGTCGGCACCTCTCC---GTTCTCCCAGCGTGCTCATGATGGTGTAGGTGACATTAGCTGGCGTGGGGGGGTTGGTGCACCGAGGG----ATAGAGGTGCTCAGGTGGGTCTTCTGGGTGGCAGCGGAGCTCTGCGTTCCCACGCCTCTTACCGCCTCCTCCCTGCCCCCCTCCCCCTCGCCTCTGCAGCGCCCTCCCTTCTTCAAGATAGCTTCCACGTTGTGCCTGAGTCCACACTGGGGGCTGTCGTAACTGCTGGAGGAGAATTTGGGGATCTGGAACGGCGAGTTGGGCGCCCGCTCACCGCGCCACTGGATGGTCTGCAGTTTGCGACAGATGCTGTCCACGGGGTTGTGGCGCC a score=7299 s danRer3.chr4 18849355 209 + 33808418 ATTTAGGCTGCAGAC-----------ACAGTGATACAGTTAGCACAAACCCATAAGCCAAAACCTGACCCAAATGGCCTGGTGTTTGGGTCAGTCTTCACTGACCACATGTTGACCATTGAGTGGAGTCTTCAAGAAGGTTGGCAGAAGCCACACATCCAGCCTTTTGGGAACCTGTCCATGCATCCAGGCTGTTCTGCCCTGCATTACGCTATACAGGT s fr1.chrUn 73389991 209 + 349519338 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danRer3.chr4 18917607 110 + 33808418 TATTGACAAGTGGTTTATTCAGCAGGAACGGTGAACAATCTGTCAGTATTATCATATTTTGTACAGAAAGCATTTGAGCACCAGTAATGAA-AGCCTCACAATCAAAAAAG s fr1.chrUn 86316465 98 + 349519338 TGTTGACAAGTGGTTTATTCAGCAGGAATGGTGAACAATTCAT-------------TTTTCTACAGAAGGCAATCGAGCACCATAAATAAACAGCGCTGTAATCAAACACG a score=12692 s danRer3.chr4 18918438 517 + 33808418 GCAAAATCTTGGAGATTTGCAGTTCACAGTACT-CTGTCAAGTTATTTGACATAGGGATTTCAT-----------CGCTTCAAAAATATCAATTATTAAAAAAAGGCAATT--------AAACA-----TCTCGGGCCTCTTCT-------------CATGTACTCACAACTCTCACAAAAATACTTTCGCTTGCT------TAAACTATTGAAATCGCTTACCAATAAAACTGAAGAATATTATTACAATGGTGGCCACAAGGCTGTGCAAAAGGGAAGACATCCAACATTGAGCTTCTCAAGCAGTCATCTATGT-TTTCAGCCGACCCCTGCTAGTAACAAACTACATTATAGCACCAATATACAGTGGGTC-GATCTTTTATATGCTTTCGCTATATGATGCCATCACATACAATTATGGATAGAGATTGCGAAGATTACTATA------------GGTTGAGTATAGATAGAGAGTACA--CAGTGTGTGTTGATGTGGTCTGTTGGGGTCAGAATAGAGGAAATCACCATGCAGAAGGATTGTGAAAATCATAACTCAAAACCCTTGACAA s fr1.chrUn 86317625 543 + 349519338 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s fr1.chrUn 86320655 1291 + 349519338 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a score=4312 s danRer3.chr4 18931075 284 + 33808418 TTTGATGAGACATCAATCTGTATTCTGTGCCATTTAAATCA---GACAGACAAAGCTTGAATCTAAGGGCTTGTGCTATAAAAAGCATGTTCTTCTCACCCGAAAAGTACTGAA------CCCAGAATACCCAGTGCCCTCTGCAACGTGTTCATGTCCAGTAGAACAGCGGGCCAGGAGGA------GGGCAGAGGGCATCCTGATCATCCTGTAATCCCCCATAATCCGCTGCTGCTCTAGGAAAAGAGCCAAGCCTGACTGTGTGCTGTTGATGTGTTCTTCTCTCCAGCTGCTTC s fr1.chrUn 86323622 281 + 349519338 TTTCATGAGATGCCTCTTTGTTCACCTGGGCATT-AATTCGCGGAAGGGTCAGAACTGTACTTTGGGGCTTAATG----GAAAAACGACCCCTTTTCTCTGCAAGGACACAGGAGGTCTTTCTTCAGATCTCGCTGCCCTCCAC------TTCAGGTCCAGTGTAACACCAGGGAGGGAGGGACGGAGGGGCGGGGGGTGTCCTGATCATCCTGTAAT-CCACATAATCCCCTGCTGCTGAGGGACAAG------GCCTAGCTATGTGTGACGTGCAAGTTGCACGCTCTACCTCCTTC a score=3589 s danRer3.chr4 18933505 88 + 33808418 GATGAAACTGCCGCTGAGACAGGCTAGGATTTCTAGGTCAGACTAACAATTGGAAAAACTGACTGCATTGTCAGTTTCATCTTCTTCT s fr1.chrUn 86324359 86 + 349519338 GCTGAAGCTGC-GCAAAGACAACTGAGGATT-CTAGGTCAGGCTAATAATTGGAAAAAGTGACTGCATTTGTGGCTTTTTTTCACTTT a score=2386 s danRer3.chr4 18935233 136 + 33808418 GGAAAAAGAGAGATGTAAGTCTAGGATC----CAGAATGGTTTTCTTTGGGTAGTCCCCCGTACTCAGTTGGAAATAAGATGTGCACTACATTTATTCGCCCTGCCTACTT--GTGTCCGCCAAATTC--------CAGCAACCTCATTT s fr1.chrUn 86327019 150 + 349519338 GAAAAATGAGAGATTTAAACCCTGGGTTGCTGCTGGTGGGTTTTCTTTGGGTGGCTCTCCCTTTTCTGGTGGAAAAATGAAGGGGAAAAAAATCATGTGCAGCGTTTAATTTATTCTCCTCCTCTTTCTTGGCGATCAGCAGCCAAATTT a score=11581 s danRer3.chr4 18936044 462 + 33808418 TTACCCAATCAAACTGAAACTAATTAAGCAAACAGAAAAAGGGCAATACTTGAAAAACTGGACAGCAAGACGTAAAAAAGGATGCTTTTCTTATTCATGAGTGGCGCATTAGTGCGTGGGGAACTagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaTGATGCAGTTGATGAATAAATAAAAAG-TGCACTTACTGAAATAAAAGCCCCTGTCTCCACACACAAACTGCAGCGTGTCTACAAGCTCCGCCCCGCACAGCGTCTCCGGCCCCGCCTCCAGAGTCGCGGGAGTCAACGCGAGGACGCACAGCACCAGTGAGAGGGTGTGGGTACTCGGGAGACAGCGCATGGTACACTGCATCCCAGAGAGAGGCAAACCACAAA------------------CACATTACAATCACACGCTGAAAAAAAAAACTAAGGACAGTATGCAATTTTAT s fr1.chrUn 86327243 426 + 349519338 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s fr1.chrUn 86328039 1122 + 349519338 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danRer3.chr4 18966759 55 + 33808418 GCAGGAAAAGGGAAGTCTATAAAATCATGCAGATGAAGAGTTTTGCTTGGTTTTA s fr1.chrUn 263304972 55 - 349519338 GTACAAAGGCAGAATTTTACAAAGTCATGCAGATGGAATGTTTCCTGTAGTCTGA a score=3961 s danRer3.chr4 18967497 133 + 33808418 TCACATGTTTTTGTTGTTGTCGTGGTGATGGCACTGGCTG-CAGGCAGGTGCGTCCAGGAAGGGAAGCTCCTGCTCTGGGCTGTGGAGTCGGAGCACTCTGGACTTCAGATCCACACAGCACTGCAGAAAATAG s fr1.chrUn 263306275 130 - 349519338 TCACAGGTTCTCGTTGGTGTCGT---GTTGGCACTGGCTGTCAGGCGAGAG-GCTCAGGAAAGGCAGCTCCTCGTCGCCGCCCTGCAGCTTCAGGACTTTGTTGCACAGGTCCAGGCAGCACTGAGGACACGAG a score=4367 s danRer3.chr4 18969675 230 + 33808418 TCTAGATTTTCAGTAGCATGTGGATTTCATCCATGA--------ACTTAAAGCTAAAGAAAGCTAAAAGAACTTAAAGCTAAAGGTAGACTGAAGATTAACACAAGAGTCTGAAGATAGTTAAATAAATGCAGGGCTTACTTTTAGTTCCAGCAGAGTCTGTAGGCCCAAACACACCTCAAACGTGGCGTCCTCTGTTAACAGACAAGAGACGAGACTCAAAATGTGGTAAAGAAAGA s fr1.chrUn 263307166 204 - 349519338 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TGATGCATACTGCCG---TGTTTTAAAAGCCTA------TGTTTCACACTTTAACATTCACTCTAATTTAATTAATGATCTATAGCACCAA---AAACAACTTTCGCTTTAATATG--------TATACTTCGTAAATGGCCGGACAACATTATTAGCTCTACGTTCTGTCAGGGTTTATTTTGTCGACGCACAAAATTCAACGCCAATGCTCAGACACAAGCGACAACAATTTTAAGCATATGTAACAAACATTTAAGTATTGTTCGGTATGGGAGACAAGCCTTTAAGAGTGTAAGTG---------------TTAACTTGGGCTG----------------AAAAGCGGCTTATGA------------GAATGCTGCATGTAATACATGTGCTATTTAG----AGTCGTCTTTAACAAAATAGATGGAGATCCCTAAGTAATAAACTCACGTGCCTTTTTGCCTCCAC-GCTGATTAAATGTTTAT--------------TTCCCCCTCAGACTGGCGTGTGGTGACGTTGAAGGAAGAATAAATGCCTTGTTCAACCGGGTGAACGCCATCCAGAAAAAGAGCGGGCAATTTGATGTGAGTTTACAC-------------------------------GTGTAGAGTCTTATTTTAA----------------AGAGACGAACTT-----------------------------------------------------------------------GAAAAGAGAGATAGTTTGTGTTTACTGAGATTTGTTTTTCAGTTGCTGCTGTGTGTTGGTGACTTTTTTGGAAGCTCCCCTGAAGCTGAAGCAGAATGGGCAACATACAAATCTGGGGCAAAAAAGGGTAAGGTCACTTTAAACAT----GTTTAAATTGTGCAGTATATCTGTAATCAC-AGGAAGTGAATGTCAGTGATGTTGATCAGGGATGTGTTTAAATCCCCAGCGCCCATCCATACTTGTATTCTCGGTGCAGCCAGTCAAGAGACTGTCAAGTATTTTCCAAGCTCTGATGGCTGTGAGTTGGCAGAAAATATTACGTGTTTGGGTAAGAT s fr1.chrUn 250914238 1047 + 349519338 TGACACATCCAGACAGATTTTTTTAAATGTCTAAAATTATGTGTATTTATTCCACTTTCAGTTTATTTCATTTGA--ATCTAAGGAATATATCTAACTAAATTTAGATTCAATTTTATGACTACTATAGACTATAAATTGATCTAAGAGATTAATATAGTTCCGCT-------GTTGTTTTTACCCGACCATTATTATTTGACGGTACTGCAAAACACCAAACTGCAC--ATTTCACTCCAATTTGATCAACA---------------GAATGGAGGATAAACCAATTCGAGTGTAAGTTCAGCTGTTTAAATATTTGAATTGTGTTGTTGATCGCAGCTATTTAGAAGCAGCAGTTGAATTGTTGGATTTGGTTGTTAACCGTAATTT-TATGTTACTGAGTGAAAGTTTCTTGAAAAGGCGTCGACGG-GACCACAAAGTAATAATGACTTGGAAATTACTGTTTATATTAGTTATTATGAGATTATGAAGTATAAAACGGCGTGATTCCAGGTTGGCCTGTGGAGATGTTGAAGGGAAGCTGAGCGCCTTGTTCAATCGCGTCCAAGCCATCCAGAAGAAAACTGGACAGTTTGATGTAAGTGTAAAATGTCTGGAAGATGTGAAAGAACATTACAGCAGTTTACAATGTTAACCTAATGTTTTTGTTTCGTTTGGATATCAATTTCCTGTACCTCAGTTATTTTTTGCAGACCTTTTCCATACTGTTATTTTGTCTAGAGGTTATAGTCCTTTACAGAACAAGTTAGTATTTCCTTTTTGCTGCTCTTTTATTCATAGCTCCTTCTATGTGTTGGAGAGTTTTTTGGAACATCACCAGAAGCCGAAAATGAGTGGCAGCAGTACAAAACTGGAGTTAAAAAAGGTA---------TAAATATCTGCATTTTCACTATCCTGCAAATTTAAAATAATTATGACTTGAACA------AATCTCCTCCGGGCC---------TCCACAGCGCCCATCCACACCTACATCCTAGGAGCGGCAAGTCAGGCGACGGTGAAGAATTACCCCAGTGTTGAAGGCTGTGAGCTGGTTGAGAACATCACTTATCTGGGTAAGAT 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TTCCAGGTCGAAGGGGCATTTTCACAGGGGCATCAGGTCTTCAGATCGCTTATGTCAGTGGCAGAGAAGCTCATCAGGAACCGGCTCCGTCACACTGTTTTACCCCTAAAGACATCACTGCCCTGGTGGCACCACTTCTGTCCAACTCTAAATTTCGGGGAGTTGACATTCTCCTGACCTCACAGTGGCCTCGAGGCGTGTGTCAATATGGAAACAGCCCAGTCAGTGCTTTGATTTGCTTGTTTAAAACAGTTTGGTATATTTCATAGATATTTTATAGTGCTAACAAAGTTGTTTTATTTGTAGGAAACAGATATGAAGTTTTGTGGAGTTTCATCTATCGCAGATCTCGCTGACAAGCTAAAACCTCGCTACCATTTTGCGGGTCTGGAAGGAGTACATTATGAGCGGCTGCCCTACAGGTATGGTGTTAAAGCATCAGGATGTTTTTTTTTTTACTCTTGTCAGATGTTGTTTGTC----TCACAAAATGTGTTCTAAATTCACAGGAATCATGTGGTCCTTCAAGAAAATACTCAGCATGTCAGTAGATTCATTGCACTGGCAACTGTTAACAATCCTGCCAAGAAGAAGGTGGGGGTTATATCTTTTATATAGTATTTGAACATATGTATTGTTATCATCTTAATTTTGGCTTAAAGTCAATGCCGTTTTACTGTTACATCTATTTTATTGAATAATGTAAGCTTTAACATGAAAATTATAAATGGGAAATTTAAATGTTCCTTCCTTTACAATTGTTTTTTTATTAAAAAATGAGGTTAATTTGTGGGTTAACTGTTCACTTTTTTCTTACAGTATTTGTATGCATTCAACATTATCCCGATGAAAAACATGGATTCCACAGAGTTAGTCAAACAACCTCAGGATGTCACAGAAAATCCTTACAGGAAGCTCATGAAAGATGGGAAGAA-AGAAAGACAGTCTGCTTCAA--TGACAGATGCACAGGTGCGTGTTG-ACTGTGTTTTT s fr1.chrUn 250915349 825 + 349519338 TTCCAGGTCGTCGAGGCATTTTCACAGGGGTGTCAGGGTTACAGATTGCCTACGTCAGTGGTCAGGAGGCCATGTTTGAACCAGCCCTAGCTCACTGTTTCACGTCCGAAGATCTGACTGCGCTCGTGGTTCCACTCATCAACAATTCCAAGTTCAGAGGCGTTGACATCCTGCTGACATCACAGTGGCCACGAGGAGTTTGGCAGTATGGAAACAACCCGGTAAGAAAATGTACATGTTGTTGTACTACGCTGGAG--------GTTGCTGCTTTATAT---------ATGTGTCTCTGTCGCAGGAAGTAAACACGAAAACATGTGGAAGCTCTGCTGTTGCCAACCTTGCTGAGAAGCTGAAACCTCGCTACCACTTTGCTGCACTAGAGGGCGCTCATTATGAGAGAGCCCCATATAGGTAGGCTGCAAAA-----AGGATG------AAGTCAACAGTGTCATTTCATGATAGTCAATGGCACAAATCATGCTC-GCACTCTCAGGAATCACACGGTTCTACAGGAAAAAGCTCACCATGTCACCCGCTTCATCGCCCTGGCAACCGTGAACAACCCTGCCAAGAAGAAGGTGTG----------CTGACCAACTGACTGGCCAGACG--TTGCGACCAACTCA---------------CCATGGCAGTTGACTGTATC--CTGTTTT----------------------------------------------------------------------------------------------TCTGTGCGT------------------CTGTAGTATTTGTACGCCTTCAACATCGTCCCCATGAAGGTCATGGACCCGTCAGAGCTGGTGAAGCAGCCGCAGGACGTGACAGAGAACCCTTTCGCCCGCTCTGCCAAAGACGACACCAACAGGCAGAAAACGAGTTTCAGCCTGGCAGCCGAGGAGGTAAGAGAAGAACGGTGTTCCT a 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TGTTTTTTCCAGTGCTACATGGCTCTCGCTAAGGGTGGTCTCACTCCTGACCATGTTCTCCTGCTGCCCATCGGACATTACCAGTCAGTGGTGGATTTGGCATCAGAGGTGGTGGAAGAGATGGAGAAATACAAGAGCGCCTTCAAGAAGTTCTGTAAAAGTAAAGGCAAGCGGTGCGTCCTGTTTGAGAGGAACTACCGGAGCCAACACCTTCAGCTACAGGTTAATACAAAA s fr1.chrUn 250916639 234 + 349519338 TGATGTTTGTAGTGTTACCTGGCGATGGCGAAGGGCGGCCTGACTCCTCGCCACGTACTGATCCTGCCCATCGGTCACTACCAGTCTGTGGTGGATCTGAGCTCAGAGGTAGTGCAGGAGATGGAGAAGTACAAGTCGGCCCTGAAGAGCTTCTACAAGAGCAGAGGAGAGCGCTGTATCCTGTTTGAGAGGAACTACAAAAGTCAGCACCTGCAGCTCCAGGTAGAGCCAGGA a score=7664 s danRer3.chr4 19043772 221 + 33808418 TCAGGCAGTGCCGGTGCCGATGGAGAAATGCAGCACCGAGGACATCAAAGAGGCCTTCATGACACAAGCTGAAGAGCAGCAGATGGAGCTGATGGAGATTCCAGCTCATACTGACCTCAAACAGGTACAAACCAAGCTGTGTGTCTGTCACACTCAACAATATTTCTCACAGCTGTGCTTTCGGCACATTTTTCTGCCTTTACCTGCT-----TGTATTTGAAATA s fr1.chrUn 250917214 197 + 349519338 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TGTACTTTCTTCTATAAGGTTCCAGCAATTCAGCAGAGGAGAATCGTGGCTTTCCTCAATCAGTTCATCGTTCACACGGTCAGGTTCCTCAACCGCTTCTCCACAGTTTGTGAGGAGGTTTGTTCATCTTACAGTCATTCAGACTTCATGAAAATGTCTTATGAATTTATTGCT s fr1.chrUn 137479032 160 - 349519338 TGTGTCTCCTTC----AGGTCCCTGCTATTCAGCAGAGACGGATCGTCGCCTTTTTCAACCAGTTTGTGGTGCACACAGTACGATTCGTCAACCGTTTTGCTATAGTTTGTGAAGAGGTTCGTGCAT------GTCTTT----TCTCTTTAGTCTATCTTTTGCATCTGCAGCT a score=4240 s danRer3.chr4 19049744 85 + 33808418 TTTGCTTTTACAGAAACTCTCCACAGTATCACTGCGAATTCAGCAGATTGAGACAACACTAAGCATTTTGGAAGCAAAGGTGAGT s fr1.chrUn 137479215 85 - 349519338 TTCTTTCCTGCAGAAACTTGCCAACATATCTCTGCGCATACAGCAGATTGAGACGACCCTGTCCATTTTGGAAGCTAAGGTCGGT a score=3331 s danRer3.chr4 19050108 91 + 33808418 TGTGCAGTTGGCCTCTATTCCTGGTCTGGAAGAAGTGACAGTGGATGGAGTGAGAGCAC-CTGCAGAGACAAACGGCCCCGCAGCAGATACC s fr1.chrUn 137479383 91 - 349519338 TGAGTAGCTGTCCTCCATTCCTGGACTTGAGGATGTAACAGTGGATGGACT-CGATCACGTTGCTCAGTCCAACGGACCCACAACTGAAAAC a score=5336 s danRer3.chr4 19050685 105 + 33808418 CACAAGCGGCCCCTCAGGAGCCAAAAACAGAGGCTCCAGCAGAAAATATAATGACTGTAGCCAAAGACCCGCGATATGCCAGATACCTGAAGATGGTGCAAGTGG s fr1.chrUn 137479603 105 - 349519338 CACAGACTGCACCAGAGCCGCAACAGGCAGAAGCACCTGCGGAGAATGTGATGACTGTTGCAAGAGACTCTCGATATGCCCGATACCTGAAAATGGTTCAAGTGG a score=5159 s danRer3.chr4 19052846 362 + 33808418 TGAATCGTGCAGCTCTACCTCATTATGATTAATGCAATGTTTATGAGAATATCAATATTTTGCTCTGTGCCACAGGGTGTTCCAGTCATGGCCATTAAAAATAAGATGATGATGGAAGGCTTGGACCCCAATTTGCTTGAGTAAGTATTAATTAGGGTAAAAATATTTCCATTTATTAATCTACAATAAAGAACTGTTTATGTAGCTAATACTTCCATTGCATTTTCCTT---------CAGCACCCCTGATGCAGCAGTTCCAGATGCTAGCAAAAAAAGGTTGGAGGAGCAAGATGATGA------CAGCTCAGGCAGTGAATCATCATTCAGTGATTGACTGGTTGGCCCTGCCTCCTCACAG--TCCTGGATCGG s fr1.chrUn 137479708 373 - 349519338 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fr1.chrUn 137482197 145 - 349519338 GAGGTACCTGGAAGGTCGCGACAACAACCATCCCCAAACAGGAAATCAACCCAAGCACTAGAGCGGCCGTATTCACGCGTGATGCCACCACATTCGTACCCTCGTTCATCTTCTCCACATACTTGAAGCGGGCGTACACCGTGGC a score=5165 s danRer3.chr4 19059157 774 + 33808418 AGTGTTTACATAGTGTA------CATATTAAAATAGTT-----TTCCCTTAAAACTATTTTTTAAAGAGCCAAAACATTTGATTCATTCAGATTTTATGAACATTTTGAAGTATCAGAACTTTAGGTTGACAAACTTTTAATGGAGAGTCAGAAACTATTACAAGTTATTTTCAT--TTATTAAAAATACAGAACTACGGAATATTGGATATATTGAAATTGTTTGCCTCCAGAACATGATTTCATTTCATA-------ATGTTGATAAACCATG-CAGATGGCTGCTCTGAGCACAACAGATA-----TAAAAAAGTTTCTAC------------------AGCAATTAAATACA-----------------GCAGCACATCTCTCAGGCATGGTGTCAATATATTTCCTGAGAACTTCAACACTAATATTC---TCTTCCTTCTGCAACTGAAGCTAAACACTTAGTCATGTGAAATCTAAATTTACAGTGTTTATTTTGCTAGCGCACAGTGTTCTTTAGTTGAAAATGAATCCATGCAAGCTGATCTACTGAAAAAAGATTCAGGCTCTATTCAACGGTTTATAGAGCATTATTATGTACGTATT--TTATTCATTTTATAGGTACTTTAAAGGCAAATTCTAACTTAGACCTCTTAAAAATGCT--GTGTTCTAATAATGATAGCTATAACTGTATCTTCATTTGTGTTTTAAAGACAAATGAACCTCTTTTGAGTCAGGAACGACATGAT------GTCATATGAAATAACCA-GGTTATAAAGCTGTAGTTAT-TACACGTATAACCTGTGACTTGGCCTAAGGTTTCATTT------CTGTAGTTCTG s fr1.chrUn 306070649 747 + 349519338 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AGCGCTATGCGTCTCCCAGGAGAACCATGGTAGTCGTCAACTCGGTGCTGAAGCTGGTGCAGCGGCAGACCTACACCTGTTTGTCACACCGATATGGACTCTATCTCTGCTTCGGAGGTCTCGTCCTCATGATAGTTTCCGCCTTCCAGTTCGGAGAGGT a score=4961 s danRer3.chr4 19066298 179 + 33808418 TTTTGAGAACTTGCTGTA-ATGCATTAAATGTTTGCATTTCTTAATGTAATCAATGGTCTGAGAGGGCTTTTGTTTTGTTGTGTT---TGCAGGTTGTAGTTGAATGGAGTCGAGATCAGTACCATGTTTTGTTTGATTCCTACAGAGATAATGTTGCTGGAAAGTCTTTTCAGACGAGGTGA s fr1.chrUn 137484835 176 - 349519338 tTTTAGGAGGTAGCTTTTTATGCAATTACAGAGTGtttttaaaaaaaaaataaa-------aaaaatCTATTGTTCCTTCTTAATCAATGTAGGTTGTGGTGGAGTGGAGTCGAGACCAGTATCATGTGATGTTTGATTCTTATAGAGACAACCTGGGTGGGAAATCCTTCCAGAGCAGGTAA a score=993 s danRer3.chr4 19066624 261 + 33808418 ttttttttttttttttttttttACACTTTTGGTGACAGATTTTTTTTTAAATAGCACCGGTCCAGATAAT------ATCTTGtaaaaatttatttaattttaatGTAGATTAGTTTGTTTACACAAACCTGTCATTTTTCTTATATAATAATGGCTAAGCTTTTTAA--------GCTTA-ATGtttaaataaatgttt---tttgttttttataattat----tatGCAGTCTTAGTTAGGTCAACAATCAGAAACACAAATAAATTTTTTTTTTTTTCTTT s fr1.chrUn 153371259 271 - 349519338 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s fr1.chrUn 137490060 1026 - 349519338 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s fr1.chrUn 75725030 2971 - 349519338 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ATAGAAAAATCAGGATTTACTTATTTTTATAAACGTTCAAAAACA--CAAAACTAAAACAATCT-----------------TCCCAAAATAATATTTTTCATAACAATAAAACAACG----ACAGAGCGGTCCCACCGCCCTTTCCCTACAACAG-GAAGTTCCTCAATCCTACTTCCTGTTCCACAGCTGGCA------CTGACAGG----AAAGCTGTTAGGTCACAGGTCACGCAAGTATTT---------------TAAA s fr1.chrUn 292627178 262 + 349519338 acagcataaacaacattactttgtttgTAAAGACACACAAAAATAACCATAACTCTATCAGTTTGGAATATAGTCATCTTTTCTCCTGCCTATGTCTTTAATAAGCATTTGACTGCATGAAACATTACAATTCTACAGA--TATACTAACCTCTGAGTAGTTGTTTGATTTCCCTACTAGCTGTAGAGGTGGTGAACTGGTTGACAATGTCCAAGGCTGTCTGATTGTATGTGTTGCATATATTTACATTGATTCCCGCCTAGG a score=5672 s danRer3.chr4 19461588 165 + 33808418 CAAACTATGGAAATGAAACATCCCATCTCAACCCCCCCCAACACACACACACACACACAATACAGTACAGTACACACATACCTGAGTCAAGCAGTAGCTGAACTACATCCATCTTTCCAAAGAGTGCGGCTTCGTGGAGGGCACTTCCTTTCTCTGTCTAGAAAG s fr1.chrUn 258774296 163 - 349519338 CAGGATAAAAAaatcaatcaatcaatc--aatcaaGGAAAGCACAGCAGCTTGCACGCTCCAGGACACACTCAAAACTGACCTGAGTCAAGCAGAAGGCGAACTACATCCATCTTTCCAAAGAGAGCTGCTTCGTGGAGGGCGCTGCCATTGTCCGTCTAGGAGG a 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AATACCTGGATATTGACTGAGGCATCTTGGTGGGGTCTTTGTTGCCGTGGAGCTCAGTGGGCAGGGGGTCACTTGTCTGGGCTTTTAAACCTAAACCA--------GATGTCACCTCTTCGGCTGCCCCGTCCCCTCCCCCCT--CACCACCATTATCTGAACTCCACCTCCCAGAGTTCTTAGTCCTCTCTTCCACTGAGACTCTCTGATCCGAGTCCGTGCGCGTGC----------------------CGGAAGACAAGATGGGGCTGAGAGGAGCGGGGACGTGTGCCGTCCCACTTCCTAAGCCTCCTCCACACAACAGCTGGTCTACTGTACAGGCCCCTTTGGCTGCACCTCCTTCAGCCCCCGGGC---CAAGCCCCTCACTGTCCTTTTCCACCCCCGGGTCCA-GAGTGCCTCGACTCTCCGAAGGGGACAGCTCCGAGCCCAAAGGAGAGCCGGAGCCC---TCCGGCTGGGGGAAGGGCTTCAGGAGGAGAGAGACCTCTGCGCTTTTCAGCAGGAGCCCCAGGCAGGCTGTGAAAGGCTGGTGGTCCCCCGCTTTCTGAGCAGGACCTTTACGGTCTCTCTTGGAGCCCATCTCCTCCAAGTCCCGCTGTATCGTCTGCTGCAGGGACTTGATGCTCCGCTGAAGAAACATCAGGAACACATACTGTCGATGGCTCACCTGGACAAAGACACACAAGTGCACAGCTGAGCACGCGCTGCTTTGGGTGGGGACCCGTTTCTGGACATACCTCTCTCCAGACATACCTGTGCGCTTAAGTGCTTCTGCACATGCACCAGCACGTGCACTCCTGCATCTTCACTCGAGGGCGACAGAGAAGGCGGGTTGTCCAATGAGAGGCGGTTATGGATTCCGTTACTATGCAGCAGAGG------GGGGTCAGTGCTGTGACATGGTGGCGGGACAC-CCTCCATGCTATAATACTCCTTCAGCAGCCGTTTCCTCTGGAGGCGAGCGACGGCCTCCCCGGATGAACTCCGGCGTGGC---CCCGACTGAGCAGCCTCTCTGAGCCGTTCCTGGTGCTGGACGATCTTGGAAGGCTGACAAGCCCACACCGTAAGCGGAAAGGAGTCCACGAAGGGCTGCGGCCGGCCCTTCCCCCCGCGCGTGCCTTCGTAGTCCACCCAGAACTGGGCAAAGTGCAAAGCCCAAAAGTCGTTGGCGGCCGGCGTCTTGAGCGCATCTGCGCTCGTCGTGGGCGTCACCAGACCTCTGTAAATGTCATGGAGCTTGGTGTCGTGTTCGTGAGCGTGGCGCTGAAAGACGGGATGGAGGACGGGAAAAGAGGAGGACGATCGCGGGAATGAAGAGAAGCCGGGAGAAAAGAAGGGCTCCTCTTCAAACGCCTGCAGCAAAGCCTCAAGGTTGGCGCGCGTGCAGTTGCTG--GGGTGGCGGGTGTTGGTCGCCACCATTTCCGAGGTCTGAACCGAGATGGAGCGAGGCAGATCGGCGGGGTAGGAGGCCTCCCGGTCGGTGGGAATCACAAGCT 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taaatagaCTCTTTGTATTTGTGCACGGGCAGACTCCATGTAGGTCTACTCATTATAAATACTGACA s fr1.chrUn 260455434 65 + 349519338 TTAAAAGACTGATTTTTGTGGAATAATAGGCGTCCCCGTACACGACTA-TCATTACTA-TACTTACC a score=7442 s danRer3.chr4 19511840 1094 + 33808418 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TACTATTGGGCGGCTCAATTAAGAACAATCATGTTTTACTATGCAGAAAGAGATGTTGCTATCTGGAAAGAAATGGAAGAACTACAGCTAGATCTGCCCCTCCCAGTATACCTATATTCAGCGAACACTAAAATCCTCAAGAAAAACACAAAAAACCCTATTGTGAAAAACATGATTGTAGTGTGGCATCAAATTAAAAAATATCTGAGAGATACACCCCCCCTCTCTATTTTTAGCCCTATATGGGGTAATCACTCCTTTCCTCCAGGTAGATCAGATGGGGGGTTTAAATCTTGGGCTACTAAAGGACTGACAAAAATAGGAAACCTTTACAACTCACAAAAAGTGCTGATGTCATTTGGAGAAATAGCTGATAAATTTAATATACCCGATAACCATTTTTTAAAATTCCTACAGCTGAGGAACTTCATTAGAACACACCAAAACCAAATATTAAGCTTCCCGGAAGAGTGTACAGTAGAAAGATTAATGAGTATGGATTGCCTAGGGAGGGGTCTAATATCCAAAATATATAAATATTTAGTAGATGAAAGTACAGAAACATCAGCAGGGCGGCTGGGAGCGTGGAGAGAAGATCTGCAGGAGGACATCTCAATAGAAAAGTGGGGCGAAGCATGCTCTCAAGCACAATCAAAATCTACTAACACACGGCTGAAAATTTTACAATACAATTGGTTGATGCGAACATATATCAATCCAGAAAAACTTCACAAATATAACAGTGCCATACCTGATACTTGTGTTAAATGTGGGAGTGAAAAGGGTACATTTTTTCACTGTATCTGGCAATGTATAAAAATACAAAAATTCTG----------------------GCAAATATTTTACAAATTCGAATACCATTGTTTC-CACATTTGTTTATATTAGGTCTATATCCAGATAATTTGAAGCTTAAAAAACATCAACGAATATTTATAGATT---------------TAAGTGTATTAATGGCAAAGAGAGTAATAGCCCTTTCA--TGGAAAAACAAGTGTGA-------AGAGGTGGTTGTCTG-----AATTGTCTTCAACTCTCCCTCTAGAGAAAATCACATATACAATAAAACCCCAACAGCATAATTTCC-ATTGGATCTGGGACCCCTTTATCAGTTATTTATCGAGG 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score=4595 s danRer3.chr4 19755499 245 + 33808418 AGTTATGATTGATTGAGCCAGGCTGAGCGGAGGTTCAGGAGGATCTGCACGTCACTCGGGGCCAGTTTGTAGATTCCCAGCTCATTGAGTGCAGATTCTGGACTGGACTGTTGATGGTTG---GGAAGACTATCTTCTTCTGACTGTTTCAAAACGTCTAATAGCAACAGCGCCGGACCCACTTTTAGAGTCAAGATGATGCAGGCCTCCTTCACACTAACATGAGGAAGAGAGAAATAACAATGAGG s fr1.chrUn 268493656 246 + 349519338 AACCATTACTGGCCGGGCCAGGACACTCGGAGCCTCAGCACATACAGCACATCGCAAGGCGCCAGGCAGTAAACTCCCAGCTCGTGCAGCGTAGACATCAGTGTCGGACGCTCGTGGTCTCCTGCATCGGTCTCCTCCTCGGCTTCTTCAAGGACATTCCTCAGTAAAATGGCAGAGCCCACACTGAGGCGCAAGATGATACAAGCCTCCTTGACACTGTGA--ACAAAAAGGGCAGGAGCCATTAGG a score=8160 s danRer3.chr4 19756523 200 + 33808418 ACACACTTACTGTTTGAAGAAGTTTTCTGGTCTCTTGCAGTAGTGTCCAAACAGAGGAAAAAGGTTTCTGGTCATGTCGTATTGAAGCTGTGCAGCGCCGCCTTCATTGAAATGGTTATAAAGGATGAGCTGAGGG------ATGAGAAACAAACACAGATGAACAACTGATGCCAATAA-ACTACTGCCTGCAGAATTCAGGTACA s fr1.chrUn 268493933 207 + 349519338 ACACACTTACTGCTTGAAGAAATTCTCGGGTCTTTTGCAGTATTGACCAAATAGAGGGAAGAGGTTCCTGGACATGTCAAAGTGGAGTTGTGCTGCTCCTCCATCACTGAAATGATTAGCCAGGATCACCTGGCAGCCACACATGGGCGGGACAGGCAGGTCAACAGCTACTACCAACAGCACCACTAATTCCTGTGTTCGTACACA a score=7745 s danRer3.chr4 19757643 189 + 33808418 ACTGACATCCTCATAGATGAAGCAGTCGAGTCTCTCAGCGAGGCCCTGCCAAAACATCTGAAATAGAGGAAGACACAACATCTGCTGCAGTTGGAGCAGGTGATCCCGCAGGCAAAGCATCATGGGACATGCAGAACTGGATAACGACATAGTGGCCTGGTCGCTTTGCGATGGCAAGGAGATCCATCT s fr1.chrUn 268494181 189 + 349519338 ACTTACATCCTGGTACAGGAAGTGGTCCAGTCTCTCTGCCAGACCCTGCCAGGTGAGCTGGAACAGAGAAAGCCCCAGGAGCTGATGAAGGCTCAACAATCTGTCCCTGAGACACAGCATCATTGGACATGCCGAACTGGACAGTGACATGCTGGACTGGTCCTGCTGGGATGGAAAAGACAGCCACCT a score=7825 s danRer3.chr4 19758582 244 + 33808418 TTATACCTGTCTTTGCAGTATGGCTGTGCCTTCTCCTTGACGTCTCTCATGACTGCGTCTAGTAATCGGCCCAGCATGTCTCCTCGCAGCCTCTCCAACAGAGCCAACAGTTCCTCAAACAAAGATCCCTCCAGAGAGGCCAGTCTGCCGCTCTCTGTGGCCCCTAAAGGGCCCAGG---ATTTCCTCGCCCACTGAAACTGCAGCCTGCTGCAACTGCAAGAAGAACTGAGACAAAATACCATACA s fr1.chrUn 268494562 244 + 349519338 TTGTACCTGTTTTGAGAGTACGGTTTGGCTTTTTCTTTAAATTCTCTCATGGTCCAATCCAGTAGTCTCCCCATCATATCTCCTTTCAGTCGGTCCAGCAACGCCAGCAGACTGTCAAACAGAGAGCCTTCCAGGGCAGCCAGCTGACCCAGTTCCATCAGCCCGAGCCCTCCCAGTAGCACTTCATCATTAAGGGAAACGGCTGCCTGCTGAAGCTGGAGGAAAAACTGA---AAAATACAGTTCA a score=6661 s danRer3.chr4 19759541 141 + 33808418 ATTAACTACTGTTAATCAAAGTGTGGCTCAAAAGCACTTACAACATTGTCACCCCAGTCACTGAGAACAGTGGAGATGTAGTTGGCAGCGTTGAGGATGGCGGAGTAACGGGAGCTCAGTGGCTGTCGGGACTCTTCTTTC s fr1.chrUn 268495063 136 + 349519338 ATAAACTCCAGTAA--CAAAGTGAGG---AACAGCACAAACCACATTGTCTCCCCAGTCTCTCAGGATGGTGCTGATGTAATTGACAGCGTTGAGGATGGCGCAGTAACGAGCACTCAGTGGATATCGCGAGTCCTCCTTC a score=4460 s danRer3.chr4 19759682 150 + 33808418 ATGACCTGCGTGAGGCGGATACGAAAATCATCCACCAGCTCCTTCTGCAATGCCAGGAAACTGAGCTGAGCCCGCTGACATGGCAGAGAGCGGTATCGTTCTAAGGAGGAGGACAGCACAGGCAATCATAAACAAGTATTTCAACTTTAT s fr1.chrUn 268495964 140 + 349519338 ATTACCTGAGTAAGCCGTATGCGGAAGTCATCCAGCAGCTCCTTCTGCAGCCCAAGAAACTTCAGTTGTGCGGAAGGACACGTTAAGTAGCGGTAGCGCTCTGAGGA-------ACCACA---AAGAGTATATCTGTATTTCAGGTTTCT a score=19352 s danRer3.chr4 19760774 444 + 33808418 ACCTGTGATGACCAGTAGAAGGGTCATGAAGGTCTCTGCACAGTCTGGTGCTTTGAGCTCATCCATATCAGTAATGTCTTTATATTGAGAGCTCCAGGCTCCTTCTGCAGACAGCATGGCGTCCACTTTCTCAACAGCCACTGGA---GGGCGACATGC--------------------------ACGGTTTATTTAATTGTCGAAACTGAAAATTTGAC---TCAAGCACGTAGCATTCAGACTCACTCTTTCTCTCCACACTGAGCCACTTTTGAAACACGCTCTCCTCTAGCAATATGTGGAGGACACCGGGGTAAGCACGCGGGTAACTGTGGGTGCTGCGCAACTCTTTTTCAAACTGCAACACCTCGTCCACTAGATGGCAGAAGAGAGCGTCATCGTAGAGCAATCGAGGAGCATCGTGGGCAAGCTTTTCCTGCGCCAGAGTGAGCAGACCTCTGCAGAGCTCCACCT s fr1.chrUn 268496604 465 + 349519338 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CTGCTCCAGTAAATTTGCCATCATCTCCTCTCTGTGTAACAGGTCCTGGAGAGAACAGGCAGCATTCTCAGCAGCACACAGAGCCGCAGACACTTTCAGGGGCACCGAGTCGGACACGGCCAGAACCTG a score=2648 s danRer3.chr4 19767541 250 + 33808418 ATTTACCTGCTCTTCTAGCTGCTTGTTCTCTAATGTCAGTTTCTCCAAAAGCCCAGACACCTTCTTTAGCGACTTCAGATCTCCACCGATCTCCTTCTGCACAAGAGCAACTATATCGTCTTCAGGGTTTCCATCTTCTGAAGGAGAGTCAGATTTAGTGCTGTCTACTAGTTTCAGATCAGAAAGAACCATGTTACTGTGGTTGTTGTGCTCCATCATAGGCGCTGCCATGTTGCTCGACACGTCATCA s fr1.chrUn 268501361 229 + 349519338 ATTCACCTGCTCACTCAGAACGTTGTTTTCCTCTTTCAAACTCTCCAAAATGTCGCCAATATTCTTGTGAGACTTCAGGTCGTCGCCAG---CTTTATTCGTAAGGAAATCCACGACGTGCAAACCGCGCTCATCCTCCCACAAAGCGCCGCTCTCA---TCGTCGACATGT------TCAGGGAG---------ACTTTTCTGCCTCGGCTCGTCTGAGGGCGCCGCCATCTTCTCCAACACGTCATCA a score=5346 s danRer3.chr4 19777544 201 + 33808418 GATGAGGGATT----CTGCGTGTGTGTGTGTGAAGGCCCGTTTTTCTCTGCCTGCTCCCGGGAGCTTGTTTTCCCAGATTTGGGAGTTGCAGGTGCAGCGTCCAGCTGCAGCTCCACTGCGCACGCCAATGGCATGAATCATTTTC----------------CCTCCTTTCAGAGCAGTGAAATCAAAGCATATGGAGGACGTAAAAGAAGGGAGGGCATG s fr1.chrUn 297201397 193 - 349519338 GATGAGAAATTAATACCGCGCACGCATGCACGCACGCGCGTGTTTTT---------------------TTTTTCCAGG-------GCTGCAGGTGCAGTGCGCAGCTGCAGCCCTGCCATGCGTGCCAGGGGCCTGAATCACTCCCCCCCCCCCCCACCCCACCCCCTTCAGGAGAGGAGCCATCAAAGCATATGGGGAACATAACAGCAGGAGGGGGAGG a score=3567 s danRer3.chr4 19787449 174 + 33808418 TCGCCTCTTTCATTCAGAAAAATGTCCGGCGGCCGGCCAGGTCCAAACACTTGTACAAACACG----CCATCTCCTTCGCTCATTTC----------------CAGCTCT-------GTCAGGCCTTTCCCCGCTGGGTTCAGTTTCCACT--GAGGAAGCCCAGTCACATCCAGAGCAGTCTTTTGACACTGGTATTTGTCT s fr1.chrUn 297206164 198 - 349519338 TTGTCTTTACTATTCAGAAATCTGCCTTGGACCCATCCCAGGCGAAACACTTGTGCAAACACAGATCCGATCCCTTTTATACATCTTGGCTGTCGGTGGCTCACAGCTGCCCCGGGGGACGGGTCTCTTTCC-----AGTCAGTTTCCATTTAGAAGAAACCCAAACACATCCTGAGCTGGCTATGGATACCAGTCTGAGACT a score=4445 s danRer3.chr4 19795714 265 + 33808418 TTTAATCGTTCTAATTATTCTGTTTTCTCTTAGAATGGCTCTCGGCCTGCTT-GGAACAGATTCTGTCTGGGTTTTCAATTGAATTGGCCACGCTGGACTGAA---TTGGCTTTGAGCAAGTGGTGCA--------------------------GGAAACATAAAGGCCTATCCTCTGAATATTCCT--------------GCAAATCACTGAGCTGTTCTGTGCT-GACAGAGAGCTCTTAACGTGCTGCCTAAAACATCCCACCCCTGTTAT-GACATTTACTCTAACGAGAGGAGATAAAGCTATGAG s fr1.chrUn 107624257 305 + 349519338 TTTAATCCGTCTAATTGTTTAGTTT---CATAGAATGGAACCCAGTCTGCTTTGGAACTAATTCTGTCTGGGTATTCTATTTAATTCGCCACACTGGGCCCTAAGCTCTTCTGAAGGCAGGCTGCCCCCCTCTGTTCCTTCCACCCCACCCTTTAAGAATATAAACCCCTTATCTTCTCCTCTCCCTCCCTCTCCTGCATGGCAGAACACTGGG-TGACTTGTGCTGGAGAGTGATTTCTCAACAGTC--CATAAAATATTCTTCTGACATTTTGGACATCTACTCTAATGGGGACGGATAATGCGAGCAG a score=2382 s danRer3.chr4 19796210 380 + 33808418 TCTCTGTTATTTGTTTTAATCAGACAAAGTCTTTTTAACGGA------CAGCTGAACTTTACAGTTTCACTAAGGCTTGTTTATATATGATAACAATGTAGACAAAAATGTTTTTCCCTTGACTTTTAAAAGTTTCACTTTACACAACAGCATTTTCAAAATGTTCCATGTTTATGCATCTGCAAAAACATTCTGAAACTATATTATATATGCCTGGCCAGTAATTGGTGCTGTAAATTTTGTTAGTAAACAGTATCTGAATGGAAGTGATGATATGCAGTCATAGGCTTGATACTGGTGAGTGTGTGCGCATGTGTAGAATTAGCTGTGTTTGCAAGATGTTTCCCCACTGTTAGTTCTCATATTAAGTAAATTCAGACTTTACT s fr1.chrUn 273810459 339 + 349519338 TTTCTGTAATTTCTTCAAATCTCAACAAACACGGTTAACAAAAGCAGTCAGGTTGATGTCCCGACCTCAGTGTTGCTCA----------GTAATCATATTGTCTGATTTGGTTTGCTTC---ATGTTAAGAATGTC-----------TAAAACTCTCAGCATGTTTCATGTTTGTACTTCAAATAAAATGTTTTATAGCTATATTCTATTTTTACAGCCTGAAATAAGGATTGTATCTTTCAATTGT-----GTACCTGGATTGGTGCTTCTAAATGAAACCA-------GAATCAGATCAGTG-------AAATGTACCATCACCAGTATATGCA--ATGTGTCCTGAATCCTA--TTTCAAATCAAATCAAATCAATCTTTATT a score=4412 s danRer3.chr4 19826796 234 + 33808418 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349519338 AATACAAAACACAGTTTATAAAATTGATTATTACGGCTCAGTTTTGCAACAGTTTATT--TGTCttaaaaacaataaagaaaatatatatttacaaaacttttttttttttttGCTTTGGGAAGCTATAAATTGCTGTACACCCACGACA------ACAATGAGGAGAGAAAAAAAGCTCAACATAAATAAGTTAGTATATTTT--TCAGTGTTACAAAAA-----------------AAAAGGACACAGGTACTTTGTAGGGTTACAC---CACAGTGGGGCGTCGTCACTTTGTTTTCCTGCCCCCCCAAAAGAAAGAAATGATCAATAGTGCAATTACATTTTCCACATAAATTCCA a score=-199 s danRer3.chr4 19850126 104 + 33808418 GGTCGTTTCCTCGGCGTGCTGAGCGAGCGGTTCCCGGCGTCCGCGCGTTCGGAGTTCCCCGCTCCGCTCTCCGGGGACGGAGAGGGAGCCGTCAAGAAATAATC s fr1.chrUn 107700061 89 + 349519338 GGTCTCTTCCTCTGC---CCGGGACACTGCTCCGTGCACTCCATCTGACCGTCGGACCTGTCGCCGTCTTC---GCACGGAG---------CCACAACACAGTT a score=8459 s danRer3.chr4 19850230 693 + 33808418 GTGGTTCCCGTTATGATCCACAGTCCCGGCCGAAGAGGGCCGTTTTAC--GCGAGGGGGTCTGGTGTAAAAGTCCGGCACTTCGTCGGCGTCCACCTCCTGCCACTCGTAGTCGCCCGGCGCGAGCGGTCGGTTTTCGGCGAAGTCGTAATTCCACTTTTCCGCGGACGCTCTCTCGATCTCCCGCATTTGCTCCCGTACATCCTTGGCGAACTCTTGGCGGTCCACGGCGCCGAAGAGACTTCGGCAGACAGGCGGCTTGCCGTGATCCGCCTGCCTGGGGTCCACTCGCTCCAGCGTCGGACTTCCATTGGAGACGCGCACTTTTGACATTT-----CGCACGTGA-----------------------------------AAAGTT---TGTCCGAGAATCGC-------AGACGCGGCGTAACTAAGA----GCAATCCCTCCCGAGAACGCGG-AGCGAGGCGCAGGGCGCACGCATAACAAACGCGGAAAGGCGAACGCGCGCGAGCGGCGAACGAGTCATGAAAACG--------------------------------GCGATCCCCG------TCGTAGTAATTCCGAGGAAAA-CAGACAAGTCGTTCGAGCACCCAATATGGCGATCGCAAATAAAACTGGCAGGGGGAAAAAGATTGACAGCGAAGGCTATTTAAACAGAAGAAGCTCGCGATTGGAGGTCGGAGCGCGCGCCCCGCCCATCGACGAAAAACT-------ATACAAACAGCAGAGTCGC---CATGTCCGCTAATCGTCAGCAGGAA s fr1.chrUn 297241881 755 - 349519338 GTCGTCCCCGGACGGCTCCACA-TCCCGCC----GCGGGCTCTCTCTCCTGTGAGGCGGTCTGCGATAGAACTCCGGTGCGTCGTTGTC------CTCCTGCCACTCGTAATTGTGCGGCGTGAGCGGCCGCTCGCTGTCAGGGTCGAAATTGTACTCCTCCATGAAATCCTGCACACCTTCCTGGATCGCGGCCGTCAAATACCTCCGTATTTCACCGCGGTCAGGTGAGCCGAAAAGGTTTCTCCGGACGGGAGCTGTGACGTTGTCCGGCTGCCGCGCATCCACCCTCTCCAATGTCGGGCTCGCATTAGAAAGGCGAACATCTGACATTTTGTTGCACATATGACAGCTAAAAAAAAACCCCAAAAACCCAAGCCTGTTAAAGTTCTACGTCCAAGTTGCGCTCCTTTTAATTGCAAAGTCACTGAAACGGTGCATGCATTCTC-----CGCGATAATCATCCGAAGTGCGTACGCGTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGCGAGGAGGGGGGAAAAAAAACAAAAACGCGTCTCCAATGGCGCAGGGGGAGTTGGAGAAAGCCACTCCTGTCAAGTTCGTAGTAAAGCTGATGAAAACCAGTCAAGGCAT---AACATCCAACATGGCGTT---AGAGGGAGCTGTGAGTGAAGAAAAG-TTGACATCCAGAACTATTCA---------------------TTGGTCTGCGCGCTAGGACCGCCCATAGCTCTTAAAGTCGAACAGAGAAAAACAACAGAGCTGCAAGAATACGGCCTAATTACTCTCAGGAA a score=5122 s danRer3.chr4 19853141 128 + 33808418 CTTCTTCCTCAGCAGCTCGTTCTGAACCTGCTCTGGAAACTGATCGAGGTGCTCCCGCACACAAGGCAAGCAGAAGCGCTTGGTGTAGAACAAACTGCAGTCCTGTGGGTAAAACGAACAAAACTCTG s fr1.chrUn 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TTACTCACACTATAGCTCTGGTGTTCGGCGGCTTCTGTCCGTAAAAGCTGTATGGGCTGGAAACCTCGCACAGCTGGCAGCTGAACA s fr1.chrUn 297244531 87 - 349519338 TCACTTACACAATCGCTCTGGTGTTGGGCGGTTTCTGGCCGTAGTAACTATATGGGCTGCGTAAATCACACAACTGGCAGGAAAATA a score=14836 s danRer3.chr4 19865116 248 + 33808418 TCAGTACATGTCTCTGTAGATCTCCTGCAGGAGCGGGTGGAGTGACGCGTCTTCTGTCTTGTTGATCTCCTGCACCAGCTCCGCGTGCTCCGTCACCAGCTGCCGCAGGTCGGCCAGTTTCTGCAGCAGTTTTGGGAACAGCAAGCTGTTGTCGGGGTGGTTGGACGTCAGGTGGAGCCGCAGAGAGTGGATTACGCTCTCCTGGATGCGCTCGATCTGTGGCACGTTGCTGAGTCCGGGACGGTCTG s fr1.chrUn 297245455 248 - 349519338 TTAATACATGTCTCTGTAGATCTCCTGCAGCAGCGGGTGCAGCGACGTGTCCTCTGTTTTCTTGATGTCCTCCACCAGCTGAGCGTGCTCCGTGACCAGCTCCCGGAGGTCAGCCAGTTTCTGCAGCAGTCTGGGGAACAGGAAGCTGTCGTTGGGGTGGTTGGTCAACAGGTGGAGCCGCAGCACTTGCACGATGGTCTCCTGCAGCTGCTCCACCAGAGGCACGTCCACCAGGCCCGGACGGTCTG a score=22156 s danRer3.chr4 19869274 509 + 33808418 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TTACCGGCTTGCTGGTCTTTCCGGTGAGTATCAGCCGAGCTTTGGCCTTGTTCATGGTGAAGTTTTTCATGTAGGCGTCATGGATTTGCCTGACCAG-CACCTTGTGATCGGCCGGCATGGGGCTCGC-CTCCTCTTTCTCCACCATCTTGTTTTCAGCCTTGAGCTTGAGCTTCTCTGCCTGAGGCATCCGGCCGAAACGGATGGCTG a score=10314 s danRer3.chr4 19878862 193 + 33808418 GTGAACTCTTACCGTTGTGGGACATGCCCACTGCAAGGCACTTGCGGAATCGGCAGTATTGACATTTGTTTCGGTTCTTCTTCTGGATCTTGCAGTTGCGTTCACACTTGTCGTACTCCAGTTTAAGTCGAATGGTTCTCCTGAAGAAGCCCTGTGGAAAAGGGCACAATAGTAAAGCAAA--CTTCTCATACAG s fr1.chrUn 297247374 190 - 349519338 GCGAGGTCTTACCGTTGTGCGACATGCCCACAGACAGACATTTGTGAAACCGGCAGTACTGGCACTTGTTGCGGTTCTTCTTCTGGATTTTGCAGTTGTTTTCGCACTTGTCGTACTCCAGCTTGAGCCGGATGGTTCTGCGGAAGAAACCCT-----AATGGGGAGAAAAGTGCGTCAGAACCTCCTGGCACGG a score=6343 s danRer3.chr4 19886836 192 + 33808418 CTTACCTTGCACCCTTCACAGGCATGCACTCCGTAGTGGAAACCTGAAGCCCGGTCGGCACAGACGCGGCACTCGAGGGTGAGAGATCCGGATGAGTTCTCGTCCTGACCC-GTGCTG--GCTGAGAACACTTCTGAGGACGGACTAGACGCCGGAGTTAAGACATCTACGAGACAAAAGCA-----CATATCCAGTCGG s fr1.chrUn 297248935 197 - 349519338 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score=9870 s danRer3.chr4 19908391 114 + 33808418 GAGATGTTTTGCTGCCCTTCAGGGAAGGCAGTAGGTTGTATAGTTAACTCCTGATGGGGCAAAAACACAACCCTGAAACCACACAACCTACTACCTCACCCTGTCCGAACACCA s fr1.chrUn 297251967 114 - 349519338 GAGATGTACTGCTGCCCTCCAGGGAAGGCAGTAGGTTGTATAGTTAGCTCCTGATGGGGCAAAATCACAACCCTGAAACCACACAACCTACTACCTCACCCTGTACGAACACCA a score=-1428 s danRer3.chr4 19908505 528 + 33808418 CTGTTCAATAATCCACAATA-CCACGA-CAGCCACTTTTTATAGAATTCTTTTCACAAATGTTGAAATCTGCAGTATTGTAACTGTCAATGTACTAATTAGCTCCTGGCAACTTTGA-ACAATTAGGTTTTGTAGAATCCAAAACTCAAAAATGTTCATGCAAATCAGTTGTGACTGTGATTTAGCTGAAGGTTATTGGCTAGAACACATTGTGTTAAAATTGAAGAAAAAAAAATG-CTTTGCTCAGCTTCA----------TGCT---CTTATTTTTTGTCTTGTTCCACTGCAAATGTCTAATGTAATGCAGCTTAAACCAAGATCGAATTTAGAAGTAAAATGATAAGAGGTATTGTTTTCAATGTCAATATTTTTAGATATTCTTTATGGAAAAGGTACATTTCATACCATATTGAGATACCCAGTATTTGATTAATGCATTAAAATAAATAAACTCCTAAACTTAATTTTGTTAAATTTCTCAGTGAACAAGTATATAA---TGTTCCATCTCCAAAAACAGACAGCAATGAAAATAGAAAA s fr1.chrUn 107726317 456 + 349519338 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TTAGTCTAGACTGAGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGAGAGAGAGAAAGTACACAAGTATCTTT--------TGAAAAGGGTGGGGGTG-----------GGGGGGTCTACACCCTTAACTATTACAGACACACACACTGAGGCGTGGGAACTCTATTCAGGGCTGAATCAGAGGTCTATTATGGAGCACATGGCTGCAAGTGTGTCTGGGTGTGTGTGAGAGAGTGTGTGTACGTCTGTACGTGACAGCG-AGGGCGGGTGTCTCAGTTAGTGCACACATGCTCAATGCTCTTCGGCATGTCTGGGAATGCCTTGCCACAGCTTGACACACATGCA s fr1.chrUn 297254670 316 - 349519338 tcagtct---ctgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgAGAGTGTCTTTATGTATATGAGGTGGCTGGAGTGTGTGTGAGTGTGTGCTCAGAGGAGGAGGCTGTGCCCTGTCCTCCTCAGGG----------GAAGCGTGGGAACCCCATTCATCTTGGGAGCCTGGGTTAATGGTGGGGTACACTGCATCGCCCATGTCTGGCCGTTTGC------ATGCGCGCATGTGTGTGTGTGAGTGAGCAGTGTGTGTGTGCACGCTTGCATCTTTATATTCATTTTCCGCAGTCTTATTTTAAAatacacacacacacatatatatatataca a score=17345 s danRer3.chr4 19917663 1157 + 33808418 CATCCACCTACAGTCCCATGATCCAGGACGAGCGGGCCCTGGCCACAATA-GCAGCCCA--------------AGAGACGCGCGTGTCGGCCCGTCTTGCAGTTAACAAGTCTTTGAATGAGGAATGTTAGCAAACAGACAAACAGAATGTCCACTGCATGTTAATGTCC--CAGCCAGTCCGATCGCAGCGTTGGCCCAGGCGTATGAATAATTCAGAA-----GCTTGAAAACTGAGCCCCCTCCCCTTTT------------CACCCCCCACCCCACCCCCAG--------GATTGAAATGCCTTCAGTGGCTTAAGAGCACCAGAGGAGCGAGAGAGTGTTGTGTGAGAGATAG-----------ACAGAAGAAAAGTACTTCAAATCTGAGCTCCGAACATTTCCATTTAGCCATGTGTGCGCACGGATGCCTCAAACTTCTTTCGTTTCATCATGCAACATATTTCTTTCTTACGATCGAGGCATCTCTCACTCATT-------GCCTTTTTATGTCTTTTGTTTGAAATTGGCACCTGTCCCAGAAAAAGCTCCAACACCGCACCTCCCTCCCGCTCTCCTTTCagag-agagggaaagagcgagagagagaaaaagaAGAACTGTATATGTGTGTATgagagagggaggg---------------tgagagagagagagagagagagagagagagg-gagGTGCTAAAGTGATAGAACTCCAG-GCACCTCCCTTCTCCGAAACACACA----------------ACAAGCAGGGAGAATACAGCCATTTTCAAAGCTCAGCAACAGAAAGGATCCGTTAACCCCTGGC-----GAGGA------TGAAAA------------------------------ACGCCACACACCTCTGACTGCCG-------------CAAACGCTCCTTTT---------------------------CAAAGAGTCCCGAGGTGACGAAAGCACAGACGAACACGCTGATGAGGTTTAGGGAAGTGATGGAAAAGACACGCGGGTAAAACTGAGGTAGCAGAGAAGCAGCCTGAGCCAA------TCGCTTGT------------------------------------GCTACAGGG----------TTAAAATCCTGCGAGTAGTAGAAATCCCTCCTTCTCTTGGCACAGACTGGGTGAAGGGGAGGAGACTGTGCTGTGGAAACAGCGGTAGAGGCTTT---------TTTTTTTCC---------TCGTTTCTATCTGCAC----------------------------Agagtgagagagggagga------------------------------gggagggagggagg--------gaagtagaggagaagagagggaAAACTGA------AGTGGAGGGAAAA-----AAGTTGATGATGAAACCGAGAGGCAGTGGAGTACGTGAGCAAC s fr1.chrUn 297256918 1452 - 349519338 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danRer3.chr4 19921470 394 + 33808418 CAGTGCGCTCGCAGCAGTGGTGGTCTCTCTTGGGCCCCTGCGG--GCACGTGTCTACAGGACTCCTCAATTACAGAGGTGAAATCTGAGGTCAGCCTCTGTAGAGAGAGGAACAAAGGGCACGACCCAAGGGTCAAAAGTGCTAGACTGGAAGCAGGCTGGTCCCCATTG--AGAGGGAGGGTGCTGTTTGCTTTGTGTAGGTAAAGAGTACTAAAACACAGACA-AACAGAGATTAAGAGGTGAGCCCCTTAGGACTGTCACTCAGAGGGCCCCTCCATCAACTCCGATTAACTCCCTTGACCTCTGCCTGCCATTAGACGATGCTTAATGACCCTTACGACTCGCAGCCGCACTCAAAGAAG------CAAAAGTCGAGTTACGTAGTTACCTCACTTCAGCT s fr1.chrUn 297261125 389 - 349519338 CAGCGCGGGCTCTACAA-GGTGGTCTAGAGAGGGGCCCCTCAGCAGCACGTGCCTCGACAACTTCTCTATTACAGCCGTGACCCCTAAGGTCAATCTTTGAAGGGTTCTGAACAAATGCCATAACCCTGAGGTCAAAAGTGTAACGCCAGGGGCAGGCCGGGGCCCCTCAGCAAAGGGAGCGTGCTGTTTGCTTTGAA-AGGTAAGGATCACTAACACAGAGGCCTAATAAGGATTAAGGGGCCATCCCCTTTGGGATGTCACTTAGGGGCCTCATACATCACTCTCTATTAACCTACTTGACCCCCGCCGGCCATT--ATGAGGC-----------TACAGGTCACAGTCGCTTATACAGAAGGGCTGTTAAACGTAATGTAGCGT-GAAACCTCCCTCTAACT a score=3966 s danRer3.chr4 19927777 186 + 33808418 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CAAAATGAATAAATGTGAATATAAACATGGTAATTTATTCAGATTATTTTAATTCATGtacagttgaagtcagatttattagctccccattgat---------ttttttttcttt---tttaaatatttcccaaatgatgtttaacagagcaaggacattttcacagcctgtctgataatattttttcttctggagaaagtcttagttgttttatttcagctaga-----------ataaaagcagtttttaattttttaaacaccattttaaggtcaaaattattagcccctatgagcaatattttcgatagtctacagaacaaaccatcgttata-------------caataacttgcctaattaccctatcctagttaacctagttaagccttaaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttgaaatatttctagtcaaatataatttactgtca---tcatggcaaagata---aaataaatcacttattacatatgagttattaaaactattatgt-----------tttgaaatgtgttgaaaaaaatcttctctgttgaaca-----gaaattggggtaaaaaaataaacaggagggctgat---aattctgacttcaattgta-------AATGCAAAAACAAGCTTGC-AGAATGTGCATGGATAGTCATGAAA---TCATTTCTCACCTGCAAAGTCCTGCAACAAGC-ACGTCCGCTGTCCTTAAAAGTCCTCAACCCTGTGAAAAGCA------AATCGCAGTTAATGAGCATTCTCTGAAACACAATAAAAACACACACGCAATAACTGTTTA--TAAGCTCATCTGAGCTATGAACAATCATCCAAAA-----------CCTATAATGAACGGCACAGCTT------TTTCTCAGGTCACGACCCAGCTCAGATGAGTCTGGAATGCAAAATC-------GGACCAGAGGAAGCAAAAA--GAGAACCCTGCAGAGGATTGTTTCATTTGCTCACAGGATTCATTAAGTCATTTTTGACTCGGGATCTCGGCTCCTG--CTCACTGTAAGCCCGAAAA----------ATAGATGCTTTCTTGG---------------CAGGAGCGAAAAAACCCTAAGTTCAGCCAAAATAGACAAT----ACAGCAGTATAAGGAGCTAAAAAGCACGCCAGATTGCAGAAGGGCGATTCAGAGCTGAGGCCCTGGCTCTCTCCCCC---------------------------------------------CTCTCTCGAACGATCCACAGTGGAAAGAAAA-GCCTTCTCCCTGTCCTCAAATGAACTCAAACATGAGCTTCCTGTTAGACC--CTGGGAGGAAACACCCAGCA------------CAGCAACCTCACACTAACAGAGGAAGGCCTTCACTGCTGAATTCTTC--TTTGCCTGT---------------GAAATTAGGTCAAGCACTTAAGAGCTCCTCGC 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a score=-1190 s danRer3.chr4 19963988 273 + 33808418 AAAAAAAGaattgatcaatcaactgaccaatcaaccgatcaatcaatGTGCACCCTTTTA-----------CAACAGGAA---GACCACATTTTAGGCGAAAATAAAAAGCGC------------TAAAGAATCCTGGTGTAAAGGGAATA--CAA------ACTGAAACTAATTCAGGGAATTTCCAACTGGGGTT-------TAAAAGTGAGTTCTAGGGAGACCTT------TGAAATATTTAATGGaaaataatgaatataaatataaatattgaaatattaataatttatcactattaatgattaatattaatac s fr1.chrUn 116750157 313 + 349519338 GGAGCCCGTCGTGTCTATAAAAACGTCCACATAATTGATGCCTCAATATGAATTCTTTTTTTTTTTTTCTTCAATGGGAAAGAGAACGCATCCAAGATGTTTATCAAAAACATGGCAGCGTTTCACAGAGGAGCTGGTGGCAGGAGGAAGAGCCAAGAGAGCACTGGGATCAGAGCAGAGA----CAAGTCGGGATTGTTTACATATAGATTTGATGGAAGGGGAGTTTCCTGCATGTAGCACACACCTGAAAATCACCCTTAGAGATACACCCA---GAACTCTTTTAGTTGCTCTATACGAGCCTTTTATATTAATAT a score=263 s danRer3.chr4 19964439 114 + 33808418 ATCCAAAAAGGACCTCCATACAAACAAACAATACACAGACCTTTGTGGCGGTCA----GTTCATTAACCCCACTCACCTCTAGTCTTCTCATAAAAGCTGACCAGCAGG--GGTCAGTTT s fr1.chrUn 116750609 104 + 349519338 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AGTGTCCGTATAATCCTTTCAGGGGCTTCTGCATCTCCTGAGGGTCTTAATCTGCT-GCAGGGTGCAGAGGAAATCTTTGAAATAAGATTGAAGGAGTCATATTATAAACATAATACCAGAATTATCCCTTGGTG--TAAAATTTTCCGGCAGAT-AATGGCGATATAGCTCATCGCAAGGTTCTTAATGTTTACCATCCAGACTGAAGAGGCTGTTTTCTCTCTTTCAGGCAGTCGGGAAGCCGCCTTCACGTATGCCATCACAGCAGCAGGAGTGGCTCACGCCATCACAGCGGCGTGCAGCCAGGGCAACCTGAGCCAATGTGGCTGCGACCGGGAGAAGCAGGGCTATTATAATCAGGAGGAAGGCTGGAAGTGGGGAGGATGCTCCGCCGACATCAAGTATGGAATCGAGTTCTCTCGCCGCTTCGTGGACGCCCGCGAGATCAAAAAGACCCCGAGACGCCTTATGAACTTACATAACAATGAGGCGGGGAGAAAGGTACAGAA a score=25787 s danRer3.chr4 19968726 518 + 33808418 ttaagtgacattttGTTTCCTACTGTCGCAGGTTCTAGAAGAAAGGATGAAGCTGGAATGTAAATGTCATGGTGTCTCTGGCTCATGCACCACCAAAACCTGCTGGACAACTTTGCCAAAATTCCGAGAGATCGGCTACGTGCTGAAGGAGCGTTACACCACCGCGCTTGAGGTGGAGGCTGTGAGAGCCACCCGTTTTCGACAGCCCTCCTTCCTACGTCTCAAGCAGTCTCGAGGGTACATCAAGCCCACAGACACAGACTTGGTGTTCTTAGAGCGCTCCCCCAATTACTGCGAAGAGGACACTGTGACGGGGAGCGCAGGAACGAGAGGACGCCTATGTAACCACACGTCTCCTCTCACAGATGGTTGCAACCTGATGTGCTGCGGCCGAGGACACAACACTCATCAGTACACACGCGTGTGGCAGTGCAACTGCAAGTTCCAGTGGTGCTGCTTTGTGAAGTGTAACACCTGCAGCGAAAAGACAGAGGTGTTCACTTGTAAATGAAGATGCG s fr1.chrUn 255885037 518 - 349519338 TTAGTTCATGTTGTTTTTTCCTTTTCTGCAGGTACTAGAAGAAAGAATGAAGCTTGAGTGCAAGTGTCACGGCGTCTCCGGCTCCTGCACCACCAAGACCTGTTGGACGACGCTACCCAAGTTCCGCGAGATTGGCTACGTACTCAAGGACAAGTACAACAACGCCGTGCACGTGGAAGTAGTCAGGGCGAGCCGACTACGCCAGCCGACTCACCTCAAGGTGAAGCAGACTCAGGGCTACCGCAAGCCCATGGAGACAGACCTCGTCTACATCGAGAGGTCACCCAACTACTGTGAGAAGGACGCGGCCACGGGGAGCGTGGGCACCCAAGGACGTCTGTGCAATCGCACGTCGCCTCATACGGACGGCTGCGACCTCATGTGCTGCGGCCGGGGCTACAATACGCACCAGTACACCAAAGTTTGGCAGTGCAATTGTAAGTTCCAGTGGTGCTGCTTTGTCAAGTGCAACACATGCAGCGAGAGGACGGAGGTGTTCACCTGCAAATAGGGCCGTG a score=620 s danRer3.chr4 19969264 115 + 33808418 AGAAAG-GCCAAAAGCCAATGGAGAGAAGC--------AGAAAGTGCCAC--GGCTTCTTCATTTTGCACATCAGGCAGTCTTTAGACAAGAAAGGCCCTTTGTTGAGGAAG-AATAAAGAAGATGT s fr1.chrUn 189692646 117 - 349519338 CGAGAGCGCCGGCAGCCGCAGGA-AGAACCTCCGGCTGAGGAAGAAGCACTGAGCATCTTCATCTCTCCTACCTGTCAGTGTTTGAGGTATAGGAGC---------AGAAAGCAATAACAAAAATAT a score=11329 s danRer3.chr4 19970574 487 + 33808418 ATTTCGAAGTGACGCAGAGGGTTTGAATAGGCATCCGACCTGGCTCATTCATTGACCCGCCGTATGCTCTCTGCCGTTCTGCTCTTTTTCCTGTGTGTGAAAAGCATTGCAAGCAGCCACCAGAGCAGAAGTAAATGGAAGCTGTTTTGTTAGCCGTCTGAACTGCTGGGTACCGGAACCGCGTAAGCTCCCAACACTATACCCCGGATTGAGCGAAAAGTCAACCCCGATTGTTTCGCACAAACATTTTGTCATTAAAAAATATGAGGCAGAAACAACAGGGTGTGGTGGGGAGAGTAGAGGCCTCCATTGAGGGGTATTAATGCCATGGGGGCGTGTGTGTGTGGACCACTCAGCTCATTCCAGGACAGGATGGGGCGAGATGGGATTCTGCAAGCTAATACTTCTGGTCTGATTCAC-TTGGGACAAACTAAGTGCAGAACTAGAGCAAAAAAAAGTGGTGTGGGACTAAGAGAGTTGGAAAGAA s fr1.chrUn 255889565 416 - 349519338 ATATCAAAGTGGCTCTGTGAG-----AGAGCCAT--------GCTGTTTCATTCATCTGCTGAACCCTCCCAGTCATCCT---------CCTGTATGTGAAAAGCATTGTAGGCAGGCAGCAGAGCAGAAGTAAGATG----TGTTTTGTTAGTAGTCTGAAGCCCTGGGGACCGGAACTGCATAAGCTCCCCATACTATACCCTGGATTGAGGAAAA---TAAATCCATTTGTTTCTGACAAACATTTTGTCATT-AAAAATATGACATAGAAA-AACAGAGTCTGCT-------GTGTATGCCTTCTTCCAAAGCGGCTATTGT--TGGG-------GTGTCAGGATCA-TTAGATCACTGAGAGACAGG-----------------------AGCTCATGTGTCTGGTCTGATTCCCACTGGGACAGA-TGCATCCAGGAGGAAACAGTCAAGGGCCAACGTCCCACTGATACCGCTGGAAAGGA a score=6729 s danRer3.chr4 19976120 199 + 33808418 CTACTTAACAAGCTATGGGTCCTTTTTAAGGGGCCTGAGGAGCAAACTGCCATCCCTTTCTTCCACCCTGAAGCCCATGCCTCTGAGCATTGTGTCGTCTGCCAAACCTTGTCTTCGAAGGCCTTGAATCAGCTTCTGATTTTCCAGGTTGTGCTCCAGGATGTTCCGTATGGCAAATACAGCCCATTGGCTTATGACT s fr1.chrUn 73344085 199 + 349519338 CTCTTTAAGTTTTTAAGAGTCTTTTCTGACAGGTTTGAGGAGCAGGCTTCCATCTCGCTCCTCCACCTGAAAGCCCAACTCTCTGAGTGCGGAGTAGTCTACAGGGCCTTCACGCTCCAGGCTGGCCACCAGCTCCTGGTTCTGGGCGTTCTCTTCCAGGAGGTTCCTGATGGCAAAAACGGCCCACTGGCAGATAACT a score=5105 s danRer3.chr4 19981306 103 + 33808418 ACAAAAGGATACAGGGATTGTTGCTGTCAATGCTGCAGTTGTCCAGAATGAGAGCTATACCATCCATTTCTCTAACCTATAGGAAATCAAAACAAAAAAAAAG s fr1.chrUn 73344432 103 + 349519338 AAAAAAGGATACATGGGTTGTTGCTGTCGATGTTGCAGTTGTCCAAGATGAGTGGAAGCCCATCCAGTTCTCTCACCTCAAGGAACCAGGAGAGAACAATAAG a score=5189 s danRer3.chr4 19984999 193 + 33808418 TACCTTGTCTTGGTTGACAACATGTCCGTGACACAAGTTCCCAATCAGACGAATGAGATGGGCTTTGAAACTGAGGACCGGGTGGGTCTCGGCGCCCTCTGGCCTTGTCAAGGTGAAATTATGTGCTGCCGTGAACACATTTCTACTGTTTTTGCCCAGTAGGTGAATCTCTTTCAGGAGATCTGTGAGTAGA s fr1.chrUn 73344912 187 + 349519338 TACCTTGTTCTGGTTGTTGGGATTCTTATGACATAGGTTTCCTATCAGCCTGATCAGGCGGGCCTTGAAGCCAATGACAGGA-GAATCTGAAGAGTCTCCG-----GTGGAGGAGAAGTTTTGCTCAGAACTGAATACATTTTTCCTGACTTTGCCAACAGCGTGCACCTGCTCCAGAAGCTCTGTGGAGAAA a score=5122 s danRer3.chr4 19988776 148 + 33808418 CATTTACCGACTGTGGCGCTCAGAAGGTCAGGGTGATCCTGTAGTGACATAAACTCTTTTCGGTCAGAGGTCATCTCGCAAAGGATGTCTAAAAGCCAGATGATAACCAATGCTGCCTACAAATGCAAGA-------CAAATAGCAGGCTTAGTG s fr1.chrUn 73345159 155 + 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AACTGCGTTTACTTGAAAATAATTCCA--TTCCTTAGAATCTCCATTAGCCAATCAGAACCAAGTATTCAACAGCCCTGTACTACTATCAAGTGCTCAACAGCATACATCAG-----ATACATCCG---------ACTAACAAAGATATGACGTTTTATCTCTCCTGATCTCTGGACCTGACAGTTCCTCTCATCACAGCCTCAAATCTCTAGACCCACAGGTAGAAACCCTCCAAACCATAAGGGGAAAAGATCTGTATCTGGAAAAA------TCACGGCCACAAGCTTTTCTTCATAAATATCATTTACAGTCAGCCTGTTGATGACCACCCAAAACCAACAGAGAGAACCATTATTCATTCTCAACA----GAAGCCTCAAAGCCACAAACT s fr1.chrUn 255948932 378 - 349519338 AAGTTTGTCTAATTACAACACATTACGGGTTCATTTGCATGTCCATTTACACCAGATAAACACGTACTCA---------TGCATTTTACATGTGCAGACAAGCATGCATTGGCGTGTGAACATCTGTGTTTGTGCATGCACAAATGTCTTCC---TGATCTTCCCCGATACCTC-ACGTGGCCCAGCCCACCAGAAAAACCCCAATACTTTCAGACCAGAAAGAAAAAC-----AGACTTTTTGGATGAAAGTTCTCTGGTCAGCGTAGGCCCTTTTATTCTCTCTCTCTCTTTTTTGTAATTAGTATTTATAGTCGGCATGTTGATAACGCCCCAACACAAACACTGCAGGGCATCATTCATTCTGCATGTGGTGATGTTGCTGGACCACAAATT a score=1512 s danRer3.chr4 20010103 113 + 33808418 tcaaTCTACCTCTTATCAGCCATGGTAGTTTGCTGAGTGTTCTGTATTTTTAGAATATATTTTTTTTGTTTGTATAATAAGCCACGTTACCTTCCTAATTTGGTTGAATTGTT s fr1.chrUn 307785825 112 - 349519338 TTAATATGTCACTTCCTCCCCATCTTGGTTTTCTGAGATTTGTACATTTTTAAAACCAAAACATGTTTGTTGAAGGATGCAGTGTGTTTCTTTGCTGAGCT-GCCGGATTGCT a score=2074 s danRer3.chr4 20010717 370 + 33808418 AACTGCGTTTACTTGAAAATAATTCCA--TTCCTTAGAATCTCCATTAGCCAATCAGAACCAAGTATTCAACAGCCCTGTACTACTATCAAGTGCTCAACAGCATACATCAG-----ATACATCCG---------ACTAACAAAGATATGACGTTTTATCTCTCCTGATCTCTGGACCTGACAGTTCCTCTCATCACAGCCTCAAATCTCTAGACCCACAGGTAGAAACCCTCCAAACCATAAGGGGAAAAGATCTGTATCTGGAAAAA------TCACGGCCACAAGCTTTTCTTCATAAATATCATTTACAGTCAGCCTGTTGATGACCACCCAAAACCAACAGAGAGAACCATTATTCATTCTCAACA----GAAGCCTCAAAGCCACAAACT s fr1.chrUn 255948932 378 - 349519338 AAGTTTGTCTAATTACAACACATTACGGGTTCATTTGCATGTCCATTTACACCAGATAAACACGTACTCA---------TGCATTTTACATGTGCAGACAAGCATGCATTGGCGTGTGAACATCTGTGTTTGTGCATGCACAAATGTCTTCC---TGATCTTCCCCGATACCTC-ACGTGGCCCAGCCCACCAGAAAAACCCCAATACTTTCAGACCAGAAAGAAAAAC-----AGACTTTTTGGATGAAAGTTCTCTGGTCAGCGTAGGCCCTTTTATTCTCTCTCTCTCTTTTTTGTAATTAGTATTTATAGTCGGCATGTTGATAACGCCCCAACACAAACACTGCAGGGCATCATTCATTCTGCATGTGGTGATGTTGCTGGACCACAAATT a score=3030 s danRer3.chr4 20014469 483 + 33808418 CTGTTGTTGTGGTGGTGACGCGGTGCCCGTTTGAACCT-----TGCTTATGAACTCTGTGCTGGTGAGGGCATGGCCTTTTCTGGGACAACCGCTCTTTACCGGCAAATGCTCCGCTTTGTCTGAGGAAAACAGAATAATGGTTATAAAAGCTGTTTATGACCATGTAGATATGATGAAACAGAACATATCTTGTTTATTCCACTCTCACATGACGCATTGGATTTATAAAAAAGATATGATTGTATATTACTGTACCTCCTGGTGCGATAGGCTTCATCAGGCGGTTTAGCTGTATTTTCCAGTGTTTCATCATTTGAGTTGAAGACTGATTCTCCAATTCTCTCTATGGAGAAATAAGCAGAATATAGAGCGGGTTGGAGAAAGTAGCAGGGAATTTGCATA---CAAATAAACTATTTTGATTGTTTTTACCTCTGTGGTGTACTGGTGGCTCTCCTCTGGTTGCTGGACGTTTGGTGGTGTTGAAGC s fr1.chrUn 137461494 434 - 349519338 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fr1.chrUn 137466015 103 - 349519338 GTCTTACCTTCAACTGCGATTTGGACACTTTCCCACACTTCTCGACGTCCAGTGACGTGAAAGCGTACCATATAGACTTGAGGAGTTCGGATTTTAGGTCCAT a score=2817 s danRer3.chr4 20038779 115 + 33808418 CTTCTTCCAATCATGGAATGGCTCCCTAAATACCCAGTCAAGCAATGGTTACCGGGTGATGTCGTGTCTGGGGTCACCACAGGACTAGTATGCTGTTTACAAGGTACGGTGCATT s fr1.chrUn 108663432 115 - 349519338 CTACTGCCTATAGTCGGTTGGATTAAAATCTATCGAATCAAGGAGTGGCTGTTAAATGATATTGTGTCTGGAGTCAGCACCGGACTCGTAGCAGTCCTGCAAGGTGAAGAGTTTT a score=5182 s danRer3.chr4 20038959 163 + 33808418 TACAGGTGTGGCGTATGCATTGTTGACTTCTGTAGCACCGGTCTATGGACTCTACTCTGCGTTTTTTCCAATTCTCACATACTTTGTGCTGGGAACATCTAGGCACATCTCTGTGGGTAGGTTGACTGATACATTGCGTAATTTATTCTGCAAACATTGCATA s fr1.chrUn 108664693 159 - 349519338 TACAGGTCTGGCCTACTGTCTGCTGGCCTCTTTACCACCCTGGTATGGGCTCTTCTCTGCATTTTTCCCTGTTGTAATTTACTTTTTCTTTGGCACATCCAGACACATCTCTGTAGGTGAGTGGC---ATATACTGTAT-ATTGTTACTATAGATTTTGAACA a score=179 s danRer3.chr4 20039596 264 + 33808418 ATATTAGACTGATTAGAATGATTTATGTCTGAGAAAGCACTGTATCATTCGAAAGATGTGCAACTTATTGTCTCTATATAATTATTAATTATTAGTATCTGATCTA--ATATTATTGACGATATGCTGATCT----ATTTAAATGAA--TTCGATACATCAGTGCTTACCTAATATTAAACTTCACTAATATTTTATGCAAACATAAAATGTACATACTGAATACTTAGAGTAGTATACAGTGTTT----------GTTGTTGTTTTC---CTATTTTTATTTGT s fr1.chrUn 201275776 272 + 349519338 ATAGTAGATTTATATGAAC-ATATGTATGTATGAAATATTTATAGTATGTAAATGA-ATGCATTGAGTCTTCTATATATGTACATTAATCAG------CTAAACTACAATATTCTCTACAGTGTATGCATTTTTTCATTTAAATTAAGGTTAAAGGCTACTTCATTCAACAAATAGTAA--CACAGTGGCATATGATGAAAACA---AATGAATTTATGAATTTGTGAAAATATTAATCTGAATTTCATCCAAACAGGCATGGCCTTCGCTCTGCTCACATCTGT a score=4217 s danRer3.chr4 20039884 559 + 33808418 TATTTAGGTCCTTTCCCTGTCACCTGTCTGATGGTGGGCTCTGTAGTTTTGACTTTAGCTCCCGATGAGCACTTTCTGCGTTCAGTGAACATGACTGATGTGAATGAGACGATGGTGGAGGACACATTGATGGAGGTGGATGTAGAGGCCAGAGA--AGCTCA---GAGAGTCATGGTGGCTTGTACTATGACGGTGCTGGTTGGACTGATGCAGGTACAGTCACAACAATTACAATG-ATAATGTGATTTAAAA------AAACTTGTAAAATCTCAAAATAAATTGTGTTTAATCT----AGGTGGCTATGGGCCTGATGCAGGTTGGATTTCTAGTCAGGTATCTCTCAGATCCACTGGTAGGTGGATTCACCACTGCTGCGGCCTTTCACGTCTTCATATCTCAGATTAAAACCATA------CTGTCTGTTCCGACCCACAACCATAACGGATTCTTCTCCTTTGCTTATGTGAGTTTGTTAAATCATTAATTCCATCACAAACACACTTTTCTCTGGCTT--------------------------------AAAGAATT---------TTGGAATACTGTTTTTCATTTTTAATGTTTCTACTTTTGTTTATGTT s fr1.chrUn 108680186 573 - 349519338 TACGTAGGCTCATTCCCAGTCCTGAGCCTAATGGTGGGGGCTGTCGT---------------------GACCCGTCTGGTACCGCTGGATGAAACTCAAGCCAACGTCACCA---------ACATACC--------TGGATTTGAGGGTTTGACATTGGATCAAAAGAGAGTCCTGGTGGCTTCTTCTATGACCTTCCTTGTTGGAATTTTCCAGGTAGAGTAGATGTGACTGTACCATATACTGTAATTATAAAGCCACCACAACCAGGAACTCACAAAAACATTTCCTTTTTTTCCTTGCAGCTTGCCATGGGCATCCTGCAGTTTGGGTTTATAGTTGTTTACCTGTCTGACACTCTTGTGTCCGGCTTTACTACAGCTGCTGCAGTCCATATTCTGGTGTCCCAGCTCAAATTTGTGTTAGGCCTAGATGTTCCAGGCATCAGT------GGTCCACTCTCCATCATATATGTAAGTTTCAGATGTCACTGGAAGCATCATAAATA-ACTTTTCAATACTTTCCAATGAGAAACTAGCTATTTTAACACTGACCAAAAAATTAAAAGCTAACTGGGAAGTTGTTTACTATCTC----GCTTCTCTTCTGGTCCACACT a score=-436 s danRer3.chr4 20040725 103 + 33808418 tttatCAAAGA------------------------TTTAATTCCAATTTCATTTATATAATTTAATCAGA-ATCAGaatttatttcatttatttaactttttttttttacattaaattttttattaaa s fr1.chrUn 108681083 120 - 349519338 TCTATCAAAGAGAATAAAAGTGTTCCTGACTGACCTTTGACAATGGTTTCATTGCT----TGTAACCAGCCACCTGAAAGCAATCAACCAATTTAGCGTGTTAC----AGAACTTAACTTTTATTCAC a score=2863 s danRer3.chr4 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ACAAATCTCAACAGCAATGCATGAATCAATTTTTCTTTTAAATATAATTTTGTTTA-----------AACATTGATTGCTGTTACCTCTTTTGACCTGACAGACAGTGATAGCTTCTGCGATCTCCCATGTGATGGACCTAAACTCCCAGTACGGCGCCAGCATTGTCCACAACCTCCCCAGGGGGTAAGAGCACTTCCTGTGGCACTTCCTGCTTCCTGAGGAGGGTTGGGTGCACATTCAGTCGCTTCAAATGCACATATTTTTATCATTGTCCCTGGACAGATTTAACATGAATAAACATGAATGTTATCTCTAGAACAATGACAGTGACAAGACAGTTTAAAAACCAATAATAACATGAAAGTGTTATCTTAAAAGACAATAGCAGCCAGAAATGAACCTTCATAAAAAACTTCATAGCAAAAGTGTGGGTCTTTGTGTTTT----------------TTTCT s fr1.chrUn 108681538 366 - 349519338 GGATGCCTTAATA---ATCAATCAATCAACCTATATACAGTATGTATGTATGTGTGGTAGGAGTAGGAGGATTAAACTCTCATTTTCCTTTTATTC--ACAGACTATCATAGCTTGTGGAGTATCGTATGGCTTTAACTTCAACAAAATATATAACGTTGATATTGTTGGCGAAATGGTTCGTGGGTACG--------TTTCAGTTTTGTCTGCTTTTGTA-------TAAGTGCA--------------------ATGTGTTGTT-------TCCCTTGACCAACTTGC------------------TTCACTC-----------------CAAGTTCGTTAAAC---------TCTTCTGTAACTACTGTTTGTGAA------AGCATATCGAATCGTGCATTTACTGAATATGTC----CAAGTACGTTGATCTTTCTGTTTTAAATCCAAAATACTTATATTT a score=3513 s danRer3.chr4 20041567 207 + 33808418 CAGGTTTGCATCGCCCCAGCCACCAAATATAGAACTTATTGGGAGTATTTTGGGCTCTAGTTTCTCCACAGCAGTGGTTGGTTATGCAGTAGCAGTTTCTGTGGCTAAAGTCTACGCAGCAAAGCATGATTACACTGTCAATGGCAACCAGGTATGTAAAAATAGCAAGTATGAGTAAATTC----AGTGTTAAGTAAGTT---------GCTTACAAAT s fr1.chrUn 108666818 208 - 349519338 CAGGTACGAGTCACCCATAGCCCCAAACCTACACATTTTCAAGGAAACAGCAGTGGAAGCATTTCCCATGGCCATAGTGGGGTTTGCTGTAGCTTTCTCCGTGGCAAAAGTCTATTCTGTAAAGCATGATTACACCATAGATGGAAACCAGGTA------------AAGTTCAAGTATTTACTCAAAGTGTTTGGTTAATCCTGGTTTTGGATTACAGGG a score=-17 s danRer3.chr4 20043643 280 + 33808418 AGGTGTTATTTTTGTTTCATTTCTAGCT--TTGTAAATAACAAATTCTTAAAAAATCTAATAAAGGATTTTTCCTAAACTGC---ATATGAATGTGTTAATGTTTAAAATTTAAAGGTAACAGAAAGCATTCATAGACAGATTTGCAATATGTGATTTGTTTTCACAATTAGGATTGCTTTCAGTGTCTTTGTTGTTCAGAAGATGCTCAAAAGTGTAATAAAGGCACTGCTGATGCTTATATATCATAAGAAAATAAAGCACAAATTGA----TACATTATAATTAAA s fr1.chrUn 108682349 238 - 349519338 AAGTGTTATTGTCCTTAAAACAATGGCTCATTTCAGATCAGACACTTTATTGAAATCTTTTATAGGAGCTGAATGATGGTGTTAGATCTGAGCTCATCAA-GATTAAAAT---AAAGTAATATAAAGCCATAACTGACAAA------ACAAGTAGTCTGCTAAATCAAT--GAATTCAAACTAGTG------------AAGAAATGCGAAACAGAACAACAAAA---------------------------CAACAAAAGCACAAATTTGCCATTAAGTTGTAGTGAAA a score=5602 s danRer3.chr4 20043935 187 + 33808418 TGCTTAATACCATTTTATTTTTATT------AGGAACTTATAGCTTTTGGCGTCAGCAACATTTTCGGAGGATGTTTCTCAAGCTTTGTGGCCAGCACTGCTCTGTCACGGACAGCAGTACAGGAGAGCACAGGAGGAAAGAGTCAGGtaaaa-----aataataataata----ataaaaaaaaaattCA-CATATTATATG s fr1.chrUn 108667026 203 - 349519338 TGCTTGTTGTTTTATTGTCTTATTTGGCTATAGGAGCTGATAGCTTTTGGCATCAGTAATATTTTTGGAGCTTCATTTAAGTCCTTTGCTGCAAGTACAGCTCTTTCCAGGAGTGCAGTGCAGGAAAGCACGGGCGGAAAGACTCAGGTAATATCTGCATTGAAAAAAATGGCACATCAATAATGAATTCAGCAACTTTTATG a score=235 s danRer3.chr4 20044122 165 + 33808418 TGTATTACAGGGTTTCTACAGGTTTCATCAAATTTAAGACCATGATGAATGAAATATCAGACTTACCCAAGGCTAAACACTAAC---ATTTTTTTAATGGCCAAGTTAAAACTT-----------------------AAAaaacaaatgttattataaggaagataattaaaccaaagtaaatagagttaa s fr1.chrUn 198864603 180 + 349519338 TACATTACATGGC--------ATTCCTTTTTATTTAAATTATTGTGCCATGTAATTTCAGATGG---CAGGAGTGACCTCTGCTCTAATTGTGTTAGTGACTATTCTGAAACTTGGACCCCTGTTCCAGGATTTGCCAAAGGTTTGTTGTTATTTTAATGTTTCTGTTTACTACAAAGTGACTACAGTAAA a score=5338 s danRer3.chr4 20045620 624 + 33808418 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ACTGTTTCATTTTT----------AGATTGCTGGTGTGCTGTCTGCTCTTATTGTGATGATTGTAACACTGGCCATTGGCTTCCTCCTTGATCCACTTCCTAAGGT---------AAACCTCATAACTT--CAGAGAA-----------------------TCACATAAATCAAGTTTTACGAATGTGGCTGGACTCTAATCATGATTCAACATCGCGA--CAGTCCGTCCTAGGTGCTGTGGTCATTGTAAATCTAAAGGGCATGCTGATGCAGGTTAGAGAAATCCCATACCTGTGGAGAAGGGACAAACCAGACTGTGTAAGTAAAGTTAC-AGACTGATAAAT----------AGTATACTTTTAGAGAC------------CAAGTCAGT--------------------------TTATTCAATTTGA------GAATAATTTTTCTG---------------------------------------AAACGG-------------TGCAGGTGGTGTGGTTAGGTACTTGCATTGCATCCATCCTGCTGGGGTTGGATCTTGGATTAGCCGTAGGTCTCGGTGTGGAACTGATCAGCGTCATCCTGAGGACTCAGTTGTAAG a score=-590 s danRer3.chr4 20046244 207 + 33808418 TAGTTCAAGTATGCTTAAT---------AATGTACTCAGAACTAGTTAGGAT-----------------------TTTTAG--------------TTGATA-ATAAGCAAATGTTACCTTTTTAGCACTTGTTATACATGTGATGACTGATTTTTGACCTGATTTGCTGCATTTTAATGTACAGTTAAAGTAAA-AGGTTTAAACCTGCAATGAAATTTAAAttccttttttaaattttccaaagagatgtttaa s fr1.chrUn 108683573 235 - 349519338 AAAACTGAATATATGAAATTAGCAGTAAAATGTAAAATGCATGAATTGGGCTTCTATTGTGATTTAAACCCCCTATTTTAGCAAGGTATACCAAATTGACAGATAATCACATAT--CTTTATTATCAATCATTATATGC----------ATCTGTGACCT--TCGGATGGAATT---TGTATATTTATCCAAAATAGGTTT---CTCGTAGTGTATTTGtatttatttatttatttttacaaaaataaCACTTAA a score=2823 s danRer3.chr4 20046943 742 + 33808418 AACAGGTATTATAGGATTATAAAATAATCACACATCAGTTACAAAGGTAAAAAATGA-AACAAAAAATAATTGGCATTTGT-----TTTTAAAGACATACATCACAATGTAAGCTTTAATCACATCGGATTG--CTTTTTGTTTTATTC-AGCCCTTCTTGTGCCACCCTTGGGAATGTCCCAAACACTGATATCTACAAAAATATGAAAGACTACAAAAAGGTGAGGTGAAAATGTTAATAATGTAAATAATCATTTATTTGAACTcacacacacacacacagacagacacacaTCTATATTCTTAATAATAATGTATTTCCAAAACAAATTCAGGTTGATGAGATCCCCGGGGTGAAGATTTTCAAGTGCAACTCGCCGATTTATTTCGCAAATATTGATTACTTCAAAGAAAAGCTGAGGGATGAGGTACATTTACTTAATTGCTCTAATTATAAATTCAAAAACAACAAAGGTCTGTGTGTGATATATGAAAAAACAATAAAAATGCATTAGTTTAAAATGTGTTTAAATGCATCGGTTATTTTTGTGAATGTTTGT-TTCTTAGGTGGGTTTTGATGCAGTGCGGGTGTTCAAGAAAAGAAACAAAGCTTTAAAGAAGATTCACAAGCTCATTAAAAAAGGAAAATTACAAGTGACAGAGGTACTTTGTGAGATACATTTATATTTGTAAATCA-CATACTtatgaagatttcagatgcaaaaccattacgtgccatctgaaatttag s fr1.chrUn 108668215 654 - 349519338 AACAGATTTGAGGTATTTTTAAAACTGTTTAACCATAGCTGTAAAACTGGTAGCTGATAGCATATCACTGATAGCATATCCACATAGCTTGAAGTCTTCGATATATTTGTAATATTTGCTTGT---GGATTGTTCTTGTTATTTTCTTTTAGCCCTCGCTGCAGTGTACTTGCCAACATCAGAGGTACAGATATCTACAAAGACAGGAAGGATTA----------------------TACCAATGTAAGTAGT---GTCTTTAAGAGTAGCTGTACTTGGCCAG---GACTTGGATGTAATTTGGGAATAATGGT------CATAAATCTCTGTAGATAATTGAGCCAAAAGGAGTGATTATCTTTAGGATACCAGCACCCATTTTCTTTGCCAACATTGAGTTCTTCAGGAGCAAGCTAACAGAAGCTGTAAGTAAAACTATGACCCCATATCATAAAC----------------------------AGATGGACAGAAAATAAGAC---------------------------CCACTGTTCTTTTTGCTAATTCATAAATTTGCAGGTTGGTTTTAATCCCCTGAAAGTGTTGAGAAAGAGGAATAAAGCACTGAGGATGATTCGGAAACTACTGAAGAAAGGAGATTTACAGTGGACA-------TCAGTGAGTATTACTGACATTGTTCTATTATCAGCATTAGAATGTTTTACAATGAAAAGTTGTTTTCTTCCTCCTCATATTAAG a score=1673 s danRer3.chr4 20048280 142 + 33808418 TGAAGATCCAGGTGGACTGGACATC--TGAGCTGCCTGTCAGTGTGTCGGTGCCCAGGGTGCATATCCACAGTCTGGTGGTGGACTTCTCTTCAGTCTCCTTCCTGGACGTGGTGGCAGCCAAATCCCTCAAGCTGGTATGCCA s fr1.chrUn 48519522 133 - 349519338 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TAACGTCCAGCAGCTTTGTTTTCTCTTAACCAAAGCTGGGATTCTAAGAGGACTAAGAATGCGGTGCTCTCTCTTCTACCCATCATTGGATGGTTGAGAATCTACAAAGTTAAAGAGTGGCTCCTGGGAGATGTGGTGTCTGGAATCAGCACTGGACTGGTGGCCATAATGCAAGGT a score=7106 s danRer3.chr4 20081907 143 + 33808418 GCATTTTACTTTATTTTTTTATCAGGACTTGCATTTTCTTTGCTGGCCTCTTTACCTCCGGGATATGGACTATATACTGCATTCTTCCCTGCTATAATCTACTTCTTTTTGGGCACCTCAAGACACCTGTCAGTGGGTATGTG s fr1.chrUn 108679800 143 - 349519338 GCTTATTTTTCTGATTTTTTTTCAGGACTGGCATTTTCATTGCTGGCCTCCCTTCCTCCAAGCTATGGCCTCTACACAGCATTCTTTCCTATGCTAACATACTTTTTCCTTGGTACTTCAAGACACATATCTGTTGGTATGTA a score=5157 s danRer3.chr4 20082050 278 + 33808418 TAATCTTGAGCAATGCAA-----------------------------CATCATTAGTTAGGACTACTTAATTAGACTTTATAATAGAGTGAAGGTTTGGACATGGATGAATTAGGCTGTGCTTT---GTAATTGGAT---TGTGTTT---TAGGGGCTTTTCCAATTCTGAGTCTAATGGTGGGTGCTGTTGTGACACGACTAGTGCCTGATGAGGGACCCTCGTTCAACATCAC---------TGGATTTGAAGGGTTGAGCCTGGAGCAACAGAGAGTTCTAGTTGCTTCCTCTGTTACTTTTCTCATGGGTGCATTTCAGGT s fr1.chrUn 108680047 318 - 349519338 TGATCCCAAGTAATAAAAGTGTTTTTTGACCATAAAACATGTCAGAAAATCATAGATCTTATCGCTTTGATGCAACCAGATAAGATTGTAGAAG-----ATATGAATGTAC--AGCCTTGCCTTCATGCATTTCAACACCTGTCATTACGTAGGCTCATTCCCAGTCCTGAGCCTAATGGTGGGGGCTGTCGTGACCCGTCTGGTACCGCTGGATGAAACTCAAGCCAACGTCACCAACATACCTGGATTTGAGGGTTTGACATTGGATCAAAAGAGAGTCCTGGTGGCTTCTTCTATGACCTTCCTTGTTGGAATTTTCCAGGT a score=-2116 s danRer3.chr4 20082328 203 + 33808418 TAGTTATTTATAATATCAGCGGTTAAATAGTAGACCAATTTTTACATTTATCCATATTACATTTATTTTTCTTTTATCCCATTAATTCATTAAACATACACATATTTTCTTTTTTCACACTGATGAATTTCAGttttttataaatatttatatttttacatatattttCGTATTTCACCCCAATAAATAGTAAAAATATGAta s fr1.chrUn 108665055 144 - 349519338 GAATCATGAATTGTCTA------TAAGTGTCAGAACAATG------------AGAGTCAGATTTGTA----------CTCACCATTTCAATCATCATCAGCCAATATGACTTGAT-------ATGACTTTAAGACCTGTAGGT-------------------CATTTACACATTAGATC-----AGGTGACAAAAAAAGGACA a score=-1289 s danRer3.chr4 20082560 230 + 33808418 attattattattatCAGACAATTGGAACAAATATTTAAATATTCCTATAGCCttataataaaaaattatataaCTATTTCCTCAATATATTTCAATATATTAATTACTTTCCTTAAGGACACGA-CACATTTATATTATATATCATTAAGAGAATCACATTTCACCCAAAATCATAATAATAATA--ACAACAACAACAACaacaataataataataatagctgctgctgttg s fr1.chrUn 108665232 180 - 349519338 ACTCCTACTATTTTACCAAAACAGGAAC----------------------CTTCCTAACAGAGGAGAGAAGAGACATAATCTTTGTGCACCTTTACATCTTG-------TCTTTGACAACATGAGCACA----------------------AAAGCA-GTTTCCCACAGGTGCATTTTCTCAGTGCTGCAAAGTCAACATGGTCAATA-Cggcagtgggagctcattctgttg a score=-3632 s danRer3.chr4 20082813 348 + 33808418 aagcaTTAAATGATCTTATGTTAAAACTTTGTTCTGATTCTGGCTGAAGCATGAGGTAAAATGTGTGCTACTCTAAAAATGC-ATAACAATAACTTTAAATAAAGAAAAAAAATCCTGAAAACAATTTAAATGAAAACAATATCACATTACTCTTCTTGTCTGTGTATATCAAGTGTATGCCCTTGTTATATCCAATATACTATACACTAGCTTTAAGACTCATCGCTATAAATTTCTTTGTAAAAATGTCATTTGCAAATAAACATTTAAAAACCTTTGAATATAAATTTGATATTTCTATTTTTAATATAGCACACATTTTAGAATTAAATATAAAATAAAAGCACT s fr1.chrUn 108665423 198 - 349519338 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GTGCTTCCTTTCTAATGCACTAATATATTGTATATTGTGACTGTTTAGTATATAAAGCAAACATCCGGTCTTTGATTTCAGACTTTGGTAGAAGTTTTTAGCCGAATCACTAGCACAAATGTGGCTGACCTGGTCACATCTATTGCAATCATGGCACTGGTGCTTATTGTGAAGGAGATCAATGACAGATTCAAGTCTAAACTACCTGTGCCGATACCTATAGAAGTCATCATGGTAGGT------------TAAATTAA--------TATTTATGACCACACTGCTTCTTTATTAA----------------------------------------------------GCTTGAACACTACATTAAATTCATCCAACAGACTGTTATCGCTTGCGGAGTCTCTTATGCATTCAACTTTGAAGAACGATTTGACGTGGTCATTGTTGGGGAGATGGTGAATGGGTAAG s fr1.chrUn 108681297 426 - 349519338 GTGCT-------------ATAACCATAGGGTTCATTTTTATCATTTA-----------------------------CACAGACCCTGGAAAAGGTTTTTGTTCAGATCACTTCCACAAACCTGTGTGACTTGGTGATGTCCATTATCATCATGGTTGTGGTGTTTATTGTGAAGGAGCTAAACGACAGATATAAAGCCAAGCTGCCTGTTCCCATTCCCATAGAGGTGATTGTGGTAAGTATGGCTATCTTATAATCTAACAGAGGTGCATCCTTTTCCCCATGGATGCCTTAATAATCAATCAATCAACCTATATACAGTATGTATGTATGTGTGGTAGGAGTAGGAGGATTAAACTCTCATTTTCCTTTTATTCACAGACTATCATAGCTTGTGGAGTATCGTATGGCTTTAACTTCAACAAAATATATAACGTTGATATTGTTGGCGAAATGGTTCGTGGGTACG a score=1159 s 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GTTTAGAAAACATTAAATAAACGGAATTTGTAAACAATATTGGATTCCAGTTTTTCAGTCATCTACACAGAATTGCACAtacagtgcttaacatacgagtacacccctcaaaaatctctcattaaaatttaaatttactatcgaaagctttacaatattatattcatgcatgcatatacactaagcatgcatataaacattaaccagaactaaatctaaatctgaatcaaacaaagcaacttatgataatggtcccaaattagtaaacccaaatttatatgttaaggaaaaatattaaataaaaaaaaattacaaaaagaaacaaaaaatttgtattgaaattttgcaggttttttgtttctttttgtaatttttttccaatataccatatggatttaaattaattatctttctatttctaaagatgttcagtgactaaac s fr1.chrUn 108666383 275 - 349519338 GTT-AGAAATTATTT-----------TTGGTAAAT--TTTTGTTTTCCAGTTGTT-------------------------------------------GTACA--------GGATCTTTTGTGTATGTATAGAAATACT-TTAATAATTTCAGAATAGTTCGGTCA-------------------CATGGAAATAAAACT------------ATTCCAAGTGTAATTCATAACAATAAATTTG---------------ATAAGTGTTATCATTTTTATTTGATAAG-------------TGGACTAAAATTATGTCAGGCCAAATAATAGCTCAAATTAGAT--------------------------GATTGTTTTCCAAATTA--------------ACTAATTATGTATGTGTT-CTAGACATTGTAATAAACACACA a score=8524 s danRer3.chr4 20085252 334 + 33808418 tattattttaataaatatctctgtttaataaatctgctttgttcaaatgcaccataatatattacctatattcactg-----aaaaatgtatacaaatgttcactttcaaaatagagtgtactcatttgagttgagcactgcaTATTATATCAAAATCTAAACATATTACTATTTCTATTATGCAGATATGAATCTCCAGTTGCTCCAAACCTGGAAGTCATTGAGGAGACTGCAGTGGAGGCTTTCCCTATGGCCATAGTAGGATTTGCTGTGGCTTTCTCAGTAGCTAAAGTCTACTCTGTCAAACATGACTACACGATTGACGGAAACCAGGTGAG s fr1.chrUn 108681744 316 - 349519338 TATAAGTGCAATGTGTTGTTTCCCTTGACCAACTTGCTTCACTCCAA-GTTCGTTAAACTCTT--CTGTAACTACTGTTTGTGAAAGCATATCGAATCGTGCATTTACTGAATA-----TGTCCAAGTACGTTGATCTTTCTGTTTTAAATCCAAA-------ATACTTATATTTC--------AGGTATGAGGCCCCTGTTGCACCTAATTTGGAAGTGCTCCGGGAAAGTGCTCTGGAGGCCTTTCCTACAGCCATAGTGGGCTTCGCTGTAGCTTTCTCTGTGGCTAAAGTGTACTCCAAGAAACATGATTATATTATTGATGGGAACCAGGTGAG a score=7486 s danRer3.chr4 20085586 505 + 33808418 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aaaaataaatatagttttcaaatttctattctaaatccttaagaaatgtttttggtacatcaaaacgtgtggttatgatgaccatctgacaagctaattcagctttcagtatttatgcagtatttaaacctcataatt----------aaatagaaaaggagACAAAAAAAAA-------AGAACCCTCC--------CTTTCACCAGGCTGGCTACAGACC--TGACATGA-----GGTAACAAACCCACATGAGTGTGTAAGTAATGAACAAATGCAGTGCTCTCAGCTGCTTTACTGTCCTCTACAGGTCAGAAAGAAAGCGACAGCAGCAGCAGCAGCAGCTTCTTCTTCCTGAGTGTAAACCCTGCAGGCGTGGCTGCAGGTAATCACTGTACTGAGACACATCACAGCAACACACGCAGATTAAAGGACGCTGCTGTAAGTTACCCAAAATGCTCATTCCTTTCATTTTTCATCATTCATATTTTGATCAAGCTGACTTTAACACAAACGTCTATGTTGAAATGT----TGCAGGGCGGCGTCCGTTTTAATCTACAAACAAGGTATGATCTTGCTTTTGTTTTC-----CATTATACACCTGTCCTTTGTTA-TCAAGCAAAATGG--------AAACACTGCTGACTGTAAATA-CATGTAAGGT-GATGATAGAA-ACAGGATTCTTTGTAATATATTAATGTTTTAT---CTTAGTAAATATATTATTTAAGTAGCAT---GTCTTTGGAAAAAATGTAAAAACTGAATTTTCTTGGTATCTAGAGATGAACTTCtattta-------aataaaataaaaaat-----GTTTTGATAAACATCAGATGCTGAACAGACTTTAAGTGAAAG-------------------------------TAATCAAGTTAGATCTTC-----TGATCTCAGAACTCATCGAGCTCTCTGAAACATTTC--TGCGTCACAGTTTATTTTGACACAATACTTCTTGTGTTGATTAACAACACAACATTCATTAAAGGAACTAACTTTTCCCTCGACATTTAATGTAATAGTCCAGAAAAACACTCCAGCTTTTAGCAGTTTGGCTGATTTGAATGAAG----------ATTTGCATT---AGACCTGA-----------TGTTTTCA--ACAGTCACATGAAGGAG--AATAAAAGCGTTTGTTTTTCATTTGCTAAACCCCCATGAACCATAAACGCACTATTTACACTATCAA-TAACCGAGATGAATCTTAATCATCACAATAGTGAAAGTAAGGCCCACGGTAAGGACTGAGTCATCTTTCTAGAGTATTCTGAGCTGTGTACGTCCTTCCTCTTTTTAATTCCACAGAGACCAGAGCCCTCTAGCATTGCAGGAAGTTGTGTTTATGGCTGCAGGTGTTTTTCAAAACACCATTGTATGAGAGGTGATGTCATGTTGGAACACTATGGCAGCAACAGACACAAAAAAAGCCACACCCAAAGTCCTCAGATCACATGCTCT-GTGTGTTTACAGAGCGATACTAGTTCGTTGAAAAAATATTAA---GTCACGTGAGGCAACACGAAAAAAAAAGAGGGCAGGGCGAAATAACAAA--GTCCTCTTGCTCCACACAAACAAAATCAAGAACCGCAGCTGAGAAAGGAAGTGGAAAAGTGGAATATACAGTAGGCAAATGAATGGATGAATTAGTTTCATCAATATGATCTCACACCTTGCAGGACACAA--TGGTGGAAGAAACTAGACAGCAGAAAAACGCCACAACCCTGCAGGCTGGACCTGCTGAGGTTGACCACAGTAATCTCTATGCATTCAATATGAGGTA s fr1.chrUn 137454365 1551 - 349519338 AATAATTCGAATAATTTTCAAATCCTTATA--AGATCATCAA----TGTTTCAAGCACTGTTACACGTGTG------------ATCAAATAATAGAACATAATTTTGATTACATAC-----ATATGAATATCATCATTGTGCGGGTAAAAATGAGGCATGATGCACAAAAAATGATGCATAAAACCCTTTAGGTCGATCTTTTACAA---TATCCAAATACCGTTGGCATCACCACAAGTAATAAATCCA-------ATGCTCGTCCTCAGAAAAGG----GTTCGCTGTGTATTTGTCGCGCTC------------AGATGGCCTGCTCGGCATCCGCAG-------------------GTAAA------AGGCGGGGCCGTCTGCACTCCCGGCA----GTTACCTGAGAGCACCA-----AGATTAAAGGACGCTGCTGTAAGTACAGGGGGAAAGGAACTTTTTATATATTTAATC---CCCGTTTCGAATAA----AATATTGCATTAAC---CATGTTTGAATATCTATTACAGGGCGGCGTCCATTTTAATCTGCACAAAAAGTAAGTTCTCGTCTTTACTTTCTTTTTCATTGTGCACCACATTTTTTTAACTCTAGTATTTTGGTTTTTTTCCCCCAGTTTAGCCTGAAcatatcatatcatatcaatcatatcatatcatatTGTTTGACTCGAATTTATTTTGGATAAACTTTGAATCCCTGTTGGTTTTGTGTAATCTAATATCTACAATGATCTTCAAAACGACCTTTGCTTTGAGCCAGGATGACTTCATCTCTTTGTTGTGGCAATATGGCAAAGAACTGTAGGTCATGACTAATGTTAGGTATTATGTGGAGCTCAGGACATAAATATTTTGTCCAGCTTTGCTCACTGACTCACTGATCAGGATGGATCTATATAATTGATCACAGAAT--GTCTAACATTTTAACGCTTTACAATGCGTTTCAATAGAAATTAAGACAAC----CATGTGTTTAT---------AATACTAATCTTTGGAGTTAATATTG---TTTAAATTCTACTTGGTGACGTTGTAAGG-------------GGCAGTTTGGCTGATTTGACTTATGGAAATCAAGCATTTGCATTTAGGAACATGAACACTGGCGACTGGTCTGAGGACAGGTGCGGGGAGGAGGGAACAAACCTGTTTGT---------------------------------GCAAAACAGACAATAACAAGTCATAAAGGTGGATCTGA-------------TGAACTCAAAACACAGGCGAGCGAATCAAACGCACTCCTGAAGCAG-CAAACAGGAGTCAATTTGTACTGTTCCTAAT-------AGATGATGTCACCCTTTTA-------AACCTGTCTCATTGGCCTGGGCTTTCTCCC---------------------------------------------CGGTAACAGCCACTAACTA--------------TCCT--GGTCACGTGATCTAGTGTGTACACAGCATATTTACAGA-CGTTGGCCATGTAGCAGCTTATCACCCGGCGCCAAACTGTGCAGCCATTGTCTGGGACGCCGCGGCATGCCGACGATTTTCTAAACACACGCAGCAGCA-------------------------------TGAAATGTTCTTTA-----------------------TTTGTTTAGACTTTGGCTTGTTTCGCAGGATAGAAGATGGTGGAACAAACGAGACAGCCGAGTCGCGCCGTTTCCCTCCAGGCTGGACCTGGGGGACTGAACTCTGGCACTCAGTTTGACACCAACCTCAGGTA 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taaagcgctttgagtgtccggaaa-agtgctataaatataaggaat-tagtattatGAAAGATTACTACAAAAAATTCTAACTT-------------------TTTTTTTTCTCATAATAAAAAGATCTAGAATTCTGACTCAAAAAAAGTATTTTGGAATTTTCAAATGCACATGGGCTATAAAACTTGTTTTTGTGGT-----------CGAGAGTTACATATTCTAAG--TTTAAAACTAATAAAAATGTAATTTCCACCTCAAAATAAACAATTGCAATGCCTCATATTTTGATTTACTTTCTTATAATACACACATGCAGTTCAGA---GTATACATCTCTTAATCATAAATTACAAACTTACAATTCTTAGAGAAAAAGTTAATAATTAGACTAGATTTAAAAGAAAAAAAATTGTATTATGAGAAATAAAAGTCAGAATTG s fr1.chrUn 218063645 419 + 349519338 TAAGAAACATTAAGTAATGAGAAACAATATAACACAAATAAAGAATATAACAAGGTAAAAGCAAATAAGAGATAACTTTGATATAATGGACCTAACCGTTAGATTTTGATGCTGATGAAAACTAAAACTAGCATGCTGATTCCAAAATTGAACTCTGTGTTTTTCAAGCA---------TGTCAAGCTTCCTCTCCAGATAAGCAAAATTCCAGTGATTAGTTGTTTTAAGAATTGCCAGCTGATAATGATTGGACTC----------ATCTACAGTTACGTGGCATC------TTGTTTGTGCAGTTACAATAGAAACAGTGCGGTTAGAGCTGTGTGCAGCTCCCAGTAGGTCAGTAC-TATTAATAACCTATAGGGGATACTTT--CAACTAAAGGGGGTCCTATAGATCAAAAACT-TGACGTGATAGAGGAAAACTGAGATCG a score=10030 s danRer3.chr4 20177048 220 + 33808418 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TTTCTGTAGGACCTGACTTCAGCATTGACCAAGAAAATCACACTAAAGACCCCACTCATCTCCTCTCCAATGGATACCGTGACTGAATCCTCAATGGCCATCGCAATGGCAGTGAGTACCCATTACAGC-----CCTGTTCTGATTGTACTGAACAGGTGTCAGTCATTCATTTAAATGTTTCTGATTCGTTCCCTTAGCTAATGGGAGGAATTGGCATCATTCATCATAACTGCACACCAGAGTTTCAGGCCAACGAGGTCCGCAAGGTCAAGGTAAGAC-----CAGCTATGGATGTCAATGCTTACTGATTTGCCAACATTCtttaaaata----------------------------tatata------------------tatatttttttCTTTGTGTTGAGAACTCTCCCTTTAAATGTATGGTTTTA---------------------TGTTTGTACC----------------------------TGTTTTT--------------AAATGCTG-TTTGTGTGTGTCC---------GCAGAGGTTCGAGCAGGGTTTCATCACAGATCCAGTAGTCTTGAGTCCTCATCACACTGTAGGTGATGTACTTGAAGCAAAAGTTCGACACGGGTTCTCTGGGATCCCCATAACTGAGACTGGCAAGATGGGCAGCAAACTAGTCGGCATCGTCACCTCAAGAGACATTGATTTCCTGTCTGAAAAAGATAATAATAAATATTTAGAGGAGGTAGGACTG s fr1.chrUn 340928830 750 - 349519338 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s fr1.chrUn 340933933 1292 - 349519338 CAAATCGAACTCGAGGTCTCTGTACGCTAAAGCCCGATTGCTGTGATAGAGAAGGTCAAGGCCATTCAGGCTGCTGCCGAGCCTCTCGTCCATCAGAGTGTACAGAGGTAGACTCTCGGTCTCGCCGAGCCCAACAGTATCAACGATGGCAAGCTTCTCCTGCTGGCTCAGGGTCCACTGGTAGCTCCCTGGCAGGATGGGGGACTTGGAGGCCAAGAGCTCAGTCCAGCAGCTCCCTGCAGCAGGGAGGTGGTCGGAACAGTAGACAGGTTGTGACACCACCAGTGCCAAAGTTAGACAGACGCCAAGTTCGCAGAGTCTGCAGCTGAACTGGAACCCCCACCAGGGCCAAGGGTGAAAGACCTCCTCTCCCCCTGCCACCCCCACCGCGTTCAGGATCGCATATAACTGCAGTCCCGCACATGCCAAGGACAGCAATGCGGAAAGGCAGACAGTGATGGCGGCACGGTCCCACTCCCGGCTCTCTGCAAAGGGACAGCGGTTGTAGCGCTCAGCAGGCGTCGGGGACGTGTTGTTCAGGTGGTAGATGTGTTTCGAATCTGCCCTCACGTAGATGTAAAACACAAAATAGGCCACGGACAGAAATGTGGCCAGGGCAACAAAGGTTCCACGTGAGATGAGGGAAAAGAAGAGGCACAGGGGGGGCTTCTGCTGGTAGAACTTCTGCAAGGTCAATGGTCCAAAGGCGGCGGCGAAGTGAAGGAAAACCAGGCAGGCCAGAAAACAGGGTCTTTGGAAGGCTGAGTAGGAGAGCTGCATCCTGGAACGCATTGAGAGGAGGAGGAAAACCAGACCAAACCCTGCAGTCATGCAAGGAAAAGGTGCTTCGTAGAGCATGAGCGAGGCCTCTGTAGAGGCCAAGCGGTCTTGGTGGCCGTAGGCATCGTATAAGAGGGAGAAAGACCTGGTAGCACTGGCCGCTACAAGGAACAGACTGACCAGTGCAAAGTAGCCGCATCCCGAGGGGCATCTGAGCGGCAAGCAGAGCAGATTGAGGGCCGAGGCTAGCGTTAGCATCACAAAGGCGCAACCAGTGCCGTAAACGTGTGCCTCCCAGGCCAGGCCCCAAGCTGCCATGGCCTCGTTCCAGTCCGTGTACAGTGGAACCAACATGAGTGGAGCTGGGATCAGGAAAGGGTTGTTGGACTGGTtggtggtggtggtggtggtggaggtgTT----CTGCGGTGGTTTGAGATCTTGGGTGGTTGAGGATTCCCAGGTATCGGAGCGGTTGCAGAGCCCGGATCGCTCTTTGTTACAGTCCGGAAGGG 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fr1.chrUn 244235253 269 + 349519338 AAGGTTTTGAAACTGTACTCCAGA-----GTGAAGAATTTTGAGAGCCTTAT-TGTGGCTGTGGATTTGTTGCATCAATACTCTGACCAGT------GCATTTGTTATATTCACCAAGGACTGAGTCAATTTGTT----------ACACTGCCAACTACTGGCCTGGCATGCACACTATCTCTTTTTTAGTCGTTATTATGGATCCCTGTGAATGTGCATCATTATCACACCGTCTTTGTATGAAC---------TTAGAGCAC--TTTCCACTTCTGGTGAAAGTATTGTCTTGTAAATGT a score=1697 s danRer3.chr4 20279598 54 + 33808418 ACTTACTACAACCAATCTCTATTCACTAGCTTTGGGTTTTATGATAACGTATGC s fr1.chrUn 340947688 54 - 349519338 ACCAATTACAACCAATGACTATTCAATTATTTCATCTTTAATTGTCACTTATAC a score=2166 s danRer3.chr4 20288408 370 + 33808418 CAATGCAAAGTGAAAAGAAAAAAAAAATACTGCAAATCCCATCAAAAAAAAAAAAAAATGTTTTATGCTTATTTATTTAAATGCAAAAAAGCATCAATTTCAATGTCCTGC-CAACACCAAATTATTTTAGGCCAATAAATAAATGATTTTTCTATTATTTCTATTTTCTAA-ATACCAAAAGTAC---AAAAATATATCAAATTGAACTGAACATCAAGCATTTAATTAGTTTAGTCtaataaataaataaataattttaCCAATTTGAAGTACAT---------------------------CATGCTAAACCAAGTGCCAACAATATTTTTAGTCCAATAAATAAAATTATGTATTTTCTGCATGTACTGTATGTCTAAATGTAAGCTTATTTATTGAT s fr1.chrUn 269641036 379 - 349519338 CAAGGTGAAGCCTGATAATAAATAAACTGTAAAAAAAAACAACAGAAAAATAAGAAAATATTTTAACCTTATTTGTTCAAATGAAACAAAGCACCTGCACCAATGGGATACTTAAGACTTATTTGTAATATTTTGTAAAATACGAA----TTCTACTACGACTATTAAATAATTTAACAATAACACCTTAGAAATAAAATGA--TTAATGACACAACGGGAAACTACATAA-------TAATAATTATACAAATAATATCAGcacacacacacacacacacacacacacacacgcacgcacacacacacacacacacacacaAACCATA-TTTTACTTCAATGAACTAACCTAGAAAAT---------TACAAAAAATCTAAAAGTAAATTCTCTCATCGGT a score=848 s danRer3.chr4 20297670 458 + 33808418 AGTTATTGATTCAGTTAAATTTCTTTAATTACCCTAATTCACAATCTGACGATATGAGTGTTGATGAGAAAAGCAAGTCACTAATGCCAAATTTTAGGATTTATATTTCTGAATGA-AATTCATA-TTTAGCTTGCGATTGCTAGATTTGATTGTGAACTAAATCTGCTGCTATAAGG----------TGTACAAAGTGCTAGAAAT----CAAACCTATTTGTGAATTTACATCTGAATGGTATATGTTGTATTATGTTTAGTTAATAA----------CTAAACATAATGT--AAGAATACAAATGAATGAGCATGTGTCTTTATATCTGCACATAATAGGTATAACATTAATATATGTATTTGCATAATATACTAGTTATTTGGCCTTTATATTGGTTTGTAAACACATTTTGCTCGTGCA---ATGTATTTTTTATAT-TGTTTTATTCTCAACACAAGCTCTTATTCCTTTTTATACAGTGGAAT s fr1.chrUn 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s fr1.chrUn 341054670 857 - 349519338 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AACTAAAAATAAAAGAGAAACCTCTCATCAGCTCTAATAAGACCCCACCAGGGACGCGGAGGGAAGGCAGGGGAGAAGGGAAGACAGTAGAGCAAGGCCAAAGAAGGACAAAACCGAAAACAGGCTTAGGAGGAGAAAGAAGGACAAAATGTGCAAAAGTTGAAAGGAGGCAGGGGGAGGAGACGGGCACCACACCACAGGAGAGGAGTGAAAGCTGGTCCTATAAAAAGAAGCCACGGCTGCAACTGCTCTACCTATAGCCAGCAGATCTTAATCTAAGGCAGAGCAATAAAAGCCTGTACTAAATCTCCCCGCTGCACCTCCATATACTATAATTATATTCATAGGGCCTCTGCAAAGAGTCCCCGTTTTAGTGTCCAGCACTGAGGGAGGTGCACGTGGGACTAAACAGACATGCATAAACGCATAAAATACACGTTTGTTCTGGCAAAAATGGAGCAAAGCTGGTGAATAAATCCGGCTTTGG--------GAAGGCAAAGGTCGTTCTGAGGGTGCCAAGGTC-GCGGCTCTTTTTGCTAATGTGCAAAAGTGTATGCTAGGCTAACGTAACGCGAGTGATTCTACCG-------GCTCCTCACCGTGCCTCTGCGGCCAGCAGCTCGTCGTAGTGGGAGGAGCGCTGGTCGTCGTCCTGTCTGTACCGGATGACTGTGGCCAGGCCTTTGCTGACCAGAGCTTCTGCGATGTTACTGGGGAGAGGGGAGACAAAGCAGAAACATTAGCAACCA a score=5818 s danRer3.chr4 20807862 122 + 33808418 GTGTACTTACATTCCTCCAATGGTGACTGTAGCACAGGTGCGCTCTGGGAAAGCCGGGACGCCCATTTCCATGGCATTGGTGGCAGCTCTGATGTAATCAACTGTGACATTAACCTGCAGAG s fr1.chrUn 341120297 119 - 349519338 GCGTACTCACATGCCGCCGATGGTGACTGTCGCACAGGTGCGCTCTGCAAAGGTGGGCGTGCCTTCTGCCGGGCC---GGTCGCTGCTCTGATGTAGTCCACCGTCACATTGACCTGAAGGG a score=9442 s danRer3.chr4 20814954 195 + 33808418 CACCCACATAACAGGAGGCACTTTGAGCGGGCAGGATTATCCAAACGTGCTCTTTCCTGATAAGTGGATTAATGCAACATTTTCATTTGAC---TTTTTCGCTGAGGCAGAGACCC---TCTAC-AGAGGCGCTACTTAGAAAGTTAGCCAAATCTAGCTTT---GGATTATGTCAC----CGGGAAGTTCTGTTTCAAT---ACCGAGGAG s fr1.chrUn 341121550 212 - 349519338 CAGCTGCATAACAGGAGCCACTCTGAGCGTGCAGGATTATCCGAATGTGCTCAACCCCGATAAGTGGCTTAATGCAACATTTCCACTGGTCCTTTTTTTCGCTGAGGATGAGAACTGGGTGCACGAGAAGCACTTCTTATAAAGTTAGCCAAATCAAGCTTTTTGGGATTATGTCACCGCTCGCGAGCTGCCGTTTCAATGGGAGCGAGGCG a score=5336 s danRer3.chr4 20821984 220 + 33808418 GTGCCTCAAACATGTAAGGAATGTCATAGAGTGGACGGAAACGCTTGTCCTTGTCCTTGTTCTTCTCCTGTGGAGCCAAAAGACAAAAGAAAGAG--------ACAGAGAAAAGTCAATATCGCATAACAAATGAGAAATAGCCTTCCGTCCCAAACAGGTACAACATTTAATCACTTCCTCCAAGTCTCATATGACTTCCTTCCAAAATG--------AGCTTCCTGCCTTCCCC s fr1.chrUn 341123287 211 - 349519338 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TAGCTGTACCGGGTGGAGGATGGTTCCCAGTATGATCTGGTTGGGGCAGCTCTCCAGGATGATCTGAACGTCCCGCTGCAGGAGACGGGACTCGGTGAAGAATTTGGCCTCGGCTGCAAAGGGCTCCGGCGTCTCTGTCCCATCAGCTTCCCGCCTGAACACAGGACACTGGGGACGAGAA a score=5615 s danRer3.chr4 20868819 99 + 33808418 TCACCTTGATTCCAGACAGCATGACTGTCACCAGATAGTAGTCGGGCAGAAGTAGTGCTCGAACCATGCAGCCATCGCGCACATGCTCGATAATAGCTG s fr1.chrUn 341133857 99 - 349519338 TTACCTTGACTCCAGACAACATGACGGTGACCAGGTAGTAATCTGGGAGCAGGAGGGCGCGGACGACGCTGCCGTCACGGACGTGCTCGATGATGGCTG a score=11032 s danRer3.chr4 20873227 206 + 33808418 CAACAAAGTGTAGCGCATCCTACCGTTGACTGGTTTCTGATGCAGGGAGTCCACGAAGTTGCGAGGGTTCTCGATGGTGTACTTGAGATCTCGAATGGTGTGCGAGCCTCCACCCTCAGACCACAGGCCCTTTTTAGAAGACTTGGCTTGATCCTCCAAATCACACAGTCTGACCTGCTCAGGACTGAAACACACAACAAAAATCA s fr1.chrUn 341134526 206 - 349519338 CAGCGCGGAATCGTGTTTATTACCGTTGACAGGTTTCTGGTGCAGGGAGTCGACAAAGTTGCGGGGGCTCTCGATGGTGTACTTGAGGTCGCGGATGGTCTGCAGGCCGCCGGCCTCGGTCCAGCAGCCCTTCTTGGAAGACTTCGCCTGATCCTCGATCTCACAGAGTCTGACCTGCTCTGGGCTGATGGTGGGAGCAAAAACCA a score=11695 s danRer3.chr4 20877801 483 + 33808418 AAACACAGGCTGCATTGTGAGGGATTTGACAATAAGTGCAAGAACCATAGTGACACCAATTCAGGGAGAAAAAAAATAAAAGCAATGTAGGGTTCTTACTTGTTTCCTCTGATGCCTTCTCTGCGAACCATAGCAAGACCCTCAGCCACCAGGGATTCGGCAATATTTTCTCCTGATGTGTCTTTGGAGAGATCGAACCCAGATGAGATGCATTACAATAACAACTCCACAG-----------TAAACACAT-CAGAACAAAAGCAGATG--CTAATGGATTT----GTTAAAACAGCAGAATGCAGGGGTAGCAGTCATCG----CTCACCTTTTCCCAGGTAAACCATGCCATATTCTCTGCCTTGAGGAGTTTTATTCTCCACAGTGAAGCAGACTTCTTTGCCGATTACCTTCTTGCGCATAAACTCTCGTGCCTGGAAAGCCCATGGCTGC---------CAAGAAACACACACACACAAA--AGCTATTTA--AAGCCATTCAGCATCAGAG s fr1.chrUn 341137608 486 - 349519338 AAACACAGAGCGTGTTCTGA-----TCATCGTTATGTGGAATAATGACAG------------AAGAGGTAAATAAATAAATAAACCGTA---------CATGTTCCCTCTGATTCCTTCTCTGCGGACAGTGGCGAGACCCTCGCTGACTAAAGACTCGGCGATGTTCTCCCCCGTCGTGTCT--GAAATGAGTGAAAAACACCACGGTGAAAGATAATTATAGTCCAACTGAGCACCAGAGTTACAAACATGCAGAAAAACAGCAGAAAACTCACTGAAACTTCAAATTCAACCAACAAAATA----AGTGACTGTGCTCAGATTCGCACCTTTCCCCAGGTATACCACGCCGTATTCTCTGCCCGAGGTGGTTTTGGTCTCCACGGTGAAGCACACTTCTTTGCCGATTAGCTTCTTCCTCAGGAACTCTCTGGCTTGAAAGGCCCACGGCTGCGACACAGAGCGAGAGATACAGACAGTCTGATCAGCCGTGAACTGACCCCCGCAGCATCAGAG a score=9830 s danRer3.chr4 20881942 241 + 33808418 GAATGAACATGTTTTTGTTCCTT-TAAAAAAAAAAAAAATCAATGAACAGACAAAGCAACTCTGCAGAATGGAAGAGTACCTCATCTGGTGTGTCCTTGGTGTCTGGCTGACCCTGAATTGCACGACGGGCTAGAGCTCCGGCTCTTATGTTACTCAGGTTGATCTGTCGTTCTGGAGGAGGTCCACCTCGTGGCTGACCTCGAACAATGATAGCACAACCCGATAACACCTGCCAGGAAAA s fr1.chrUn 341138295 226 - 349519338 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AACATTCCCAAAGTGCCCGAAAGATTTGCGCACTGATGCGTCACTTATTACCCAATTTTTAAAGCATTTAATCATTTTATTT----ACTCATT-TCGTTTATATAAACGAGCAAAAACAACTTAAAGTGC--------TTTAAGGTGATAAATACATATAC------TATTCGTCTCTTCATCCCGTTGGCAAGGTGACGATGGCGTTCAAAG-CGGTCGTCGGGTTTATAT--------GCGGAGCGTCCAGTCCTGCAGATATTACTATGCTGTACGGGGTGGTTAATATGTAATTTGCACCATATGGCATTTTAAAAACCAACCTT-ATTTCCACAAT-CTTCGATCTGTGTGGATTTACCTAATGATGCCCAATTAGTCATTGAGCAGGACCAAGGATGAGGCTTGTGTGGATACTCTCTC--GCTAATATTTGCTCTCCAAATATTT-CCTTTGAAACGTTTACAACACA-TTTTATCTGCTGGCCAGACAAGGGACATCTGGGAGGGTTTTCAGCTCGCTATTTTTTATAAATAAAACCACAATTGGTTCACATTTGCC----CCTCG-----------GACTCTATTTGTTCATG-CTTGAAAGAAAATGTAATAAAA--GGGGCACCATGATGGATTTATGATTTATCAAAAGCACTTTACCATATGGCAGTCGTCTTTGGAGCAGGTTTTCAAATGTTTGCTTTAAAACAA---------------CTAAATCTGATTAACATGTAGCGAGGAAGGATGAAAGATGCGCCAGTCACGTGACCGC s fr1.chrUn 341142658 758 - 349519338 AATATTTACGCAGCGCGCAGACGTGGTGCGGTCTGA----------ATAACACAACTT--AAACACTCTAATCAATCTGCTTTGGCACACACTGTCCGTGCTATGAAGTGCTATAAA----TCAAGGTGCACATCAGCTCCCCTGTAATAAACAAGAAGGCCGCCCTTGTCTGTCCTTTGTCTCGGTTGGCAAGGCGACAATGGTGTCCAAAAATGGCCGCC----CTCTATCAAACCTGGCTGACTGTACA---CAGTGAGTGTTGTTGTCCTCTAACTCGTGGTTAATGTATAATTTGGGCCATATGGCTTTATAAATCTGAGCCTTTATTTCGGTGGCACTTCGATCTGTGTGGACCCAACTAATGATATTCAATTAGTCATTAAACAGCCCCAAAGACGAGGCTTGTGTGGATTTTCACATGGGCTAATATTTGCTCGTCAAATATTTCCCTTTGAAACGTTTACAGCGCATTTTTATCTGCTGGCTGCCCAAGGAACATCTGTGAGGGTTATT-TTTACCTGCCTCTTGTGGATAAACCC---GGTCCCCCATGTTGGCCCTCTCCTCGAGTCCGCAGACGAGTCTATTTGTTCACGTTTTGAAAGAAAATGTAATAAAGACAAACCGGCTCGATGGATTTATGATTTATCAAAAGCACTTTACCATATGGCCGTCGTCATCG--GCCAGTTTCCAAATGTTTGTTTTATGAAAGGAGGCCGGGGATCCTCTTAATCCGAGCCTCTCATCCT------GGGTAGAGGATGCGCTGGTCACGTGACCAC a score=-924 s danRer3.chr4 20891629 263 + 33808418 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AATACAAGTTATGTTT----------GCCAGTTCTTCCTG-GATAT-TAGGGACATTTACACGCTCTAAAACTACTTTTTCTTGTGTCAAGTTGGTGGAAGTGTCAACCAGCTTGGAGGCACGTTTCTGAACGGCCGACCGCTTCCTGTTTCCAAGAGGAGGAAAATGATCGAACTGGCGTCAGAGGGGGTCCGTCCGAGCCAGATCTCCAGGATGCTGAGAGTACGCGT-TCACATTTACCACTCACGTTTGGTTTTCGGTGACGAAATGTGTTCGAGGTCAGTGAACGTGGAGCAATCGCGCGTTTC---AGGTGTCTAACGGGTGCGTCAGCAAGATCCTGAGCCGCTACCGCCGCACGGGGCTGCTGGTACCCAAGACCATCGGAGGGAGCCGGCCTCGGCTCCTCACCCCTGGGGTCATCTCCACAATAGTCCGATGCAAAAGAGAGAACCCGAGCATCTTTGCGTGGGAGATCCGCAAGCTGCTGGCCGCCACGCGGCCGTGCAAGGCCTCCAAAGTGCCCAGCGTAGGTGACGGGGAAATTC a score=1916 s danRer3.chr4 20893131 44 + 33808418 AGGTGTCTTCCATTAACCGGATACTCAAGAAGATCCATCAAGAT s fr1.chrUn 341144923 44 - 349519338 AGGTGTCGTCTATAAACAGGATCTTGAGGAAGCTTCATTTGGAT a score=3482 s danRer3.chr4 20895316 384 + 33808418 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TTACCAGGTGGAGAAGCACTGTTGATCAGTGAGAACCCATTCTTCTCTGATGAGAGAGCCACCGCACCAGTGTCTGTTCCTGCAGGAGGA s fr1.chrUn 341151802 90 - 349519338 TTACCAGGAAGAGAAGCACTGCTGGTCCGTCAAAACCCAGTCCTCTCTGATCAAGGAGCCCCCACACACGTGCACGTCCCTGGAGCAAAA a score=4022 s danRer3.chr4 20911143 109 + 33808418 ATTTACCCTTTCTGAATGCTGACCACCCAACTTCCATCCTCTGCCCGCTGCACTCGCATTCCCCCAACAATCCGTGTGGTTTTATGTATAAAGCAAGATGGTTTTGGTC s fr1.chrUn 341151947 106 - 349519338 ACTTACGCTCTTTGGATGCTAACAACCCAGCTGCCATC---TGTACCCAGCACTCGGTGTCCTCCGACAATCCTGGTGTTAATGTGCACAAAGCACGATATCTTGGGGC a score=575 s danRer3.chr4 20911252 23 + 33808418 CTCCACCTGTTAAGAGAAAGAGG s fr1.chrUn 170874684 23 - 349519338 GCTCACCTGGAAAAAAACAGGAG a score=4682 s danRer3.chr4 20913614 160 + 33808418 ACTCACAGCGCTCCAGTCCGCAGTAGTCCCAGGGAATGGAGGAGTTGGACGTGTAGCACCACGGCCCGTGCTTATCTCTGTCTGGATTCCTGCACAAGTTCAACTCTAAACCCGCGCTGGCCTTCGCTGACCGGGTGTCTCTCCTACACACACATAAAAA s fr1.chrUn 170875710 154 - 349519338 ACTCACATGGTTTGACGTGGCAGTAGTCCCAGGGAATGCCCGATTTGTTGGTGTGACACCAGGGCCCGTGTTTGTCGTTATCAGGGTTCCTGCAGTAGCTTCCCTCCAG------GTTGGCCACCATCAAGCCCCTCTCGCCACTACAAACACACACACA a score=11039 s danRer3.chr4 20914063 521 + 33808418 AATGAAAAATGTGTAGGAAGCAGAGAGTGATAGAGCGGAGAGGTAATTTCTCGTCCCCGGTGAGCGCCCAACAAGCCAGCGTTGA-----GTTTTCTCCGAGTCAACCTTTCGACCCCGTGCAAGGCAGACTCGTTGGCTGGACGCCATTTGAAGAAGCTGATTGGCTTTGATCTGCCCGTGTTTTGAGAGCGGGGGGACAGCACTTCCTGGGGTCACAGGTCACTCCTGCAACATGTCCATCTGTCTGTGCCATTTTGGCTTTTAAAATTCCTGTAAATTAAGCGAAGTTAGCAGCTTAGCCGGGACTGCAGGACGCATTCGTCTCCAACAGCTAGTGTGTGGTATTTTCTGTCCTCGGTGTATCAGT-------------------------------------GATGAATA-----------------TGAGCAGTCCGGCTCTCCCTCTT--------CTGTTTGTTATCACTGCCTCAGCCCTCTTTCAGT-------GTTGTAACACTGCCTGATAACCGGCTTTCAAAACAAACTCGGCATCAGTGCTAATATA--TGACTTCTGCATGGAAAACTCGTTCCAAGAGTCA s fr1.chrUn 341154136 565 - 349519338 AATGAGAGATGGGCAACAATT------TGTCAAGGGGAGGAGATAATTCTTCTTCCCAGGAGAATGTTAAACAAGCTGTAGCTCACAGCAGTTTTTCCTGGGATGACCCTT-GACCTTGAGCAGAGTAGACTCGCTGGCTGCACTCTATGTGAGGGAGCTGATTGGCTTTGATCTGCCTTTCTC------------AGAAAGCACTTCCTGGGGCCAGGGGTCAGCTCTGGAACATGTCCATCTGTCTGTGCCATTTTGGCTTTTAGAATTCCCGTAAATTAAGTAATTCCAACAGCTCGATTTGA---GCGTGAAGCA-------ACAACA-CTCGAGTGGGGAATGTTTCCCTCTGGACGGGTCGCTCAAAGAGCACCCCAGGGTGTTCCTCTTGTCCCTTACAGACGAATAACAATCGGGCCGGGTATTGACCCCTGAGGATCCCCCGATTTCCTCTCGCTGTTTGTTTTCACTG-CTTAGTTTTGTTCCTGTGAAAGGGGTTTTCACAAAGAA-GCTAGCTAGCTGTCAACAAAGACTCAACAACCATGTAGAAAAGATTGCCATCTCCTCAAGGAACATCTCCCAGGTGCCA a score=4327 s danRer3.chr4 20916670 213 + 33808418 TACCTGAATGTGTGGTCAGACCAGAGTCCGCAAGGAATACCAGATCTCGTTTTCGACAAATTGCCACGATAACTCTCTCCGTTGTCTTCATAACATTCTATAAAACACACATAAATACAACATACACAATGTTAACATGCATAAACACATGAACTGTCCATGTTTAGATTACTGATGGATTTGCTGATTGTCTCCATGCTGTCATGAATTAAG s fr1.chrUn 341154732 198 - 349519338 TACCGGTTTATGTGATGCGACCAGTCAGCACAGGGAATCCCAGATCTTGTTGTAGATAAAGAGCCCCTGTATGACTCTCCACTGTCTTCATAACACTCTG-AAAAGGAAAAGAAAAAGAAGTTACACCCAATCAGCATTTAAAAGC-TGCAAACTGAACATG---AGTTCAGCGCTGG--CAGCTGATTCTC--------GTGATGGAATAAG a score=-196 s danRer3.chr4 20917247 151 + 33808418 CTCCGAAAGCGTCCGTGATGGCGCCTCTGCGCAAAACATCTTTGTCTTTCGTCATTAAAATTCTTGTAAATTATGATTAGCTTT---TGGAACAACTTAACC--------ATGCGGTAAAAGACGTGTG--------------------TAAAATTATATGAATT----AAGTGTGCGTGTTTGCC s fr1.chrUn 154838687 181 + 349519338 CCCCGGACACATCCATCATCTCGTTT-GGAGCAGTCTCTTCTTGTTTTCAGGCATTGACGTGTTTG-AGCTTGCTGCTAGCTTTCCCTGAAATCCTTTCATTCCTAACATATTTTGTAGACCATGTATGATATACAGCTTTAcccccattgagatctgatgcattttcaaagtgttc---cttgca a score=5271 s danRer3.chr4 20917398 142 + 33808418 TCACCTGTGCTGTCAGAGCTCTCTGATTCGCATCTGGGAATGTTGGTACAGAAAGCTTTGCGCACTTTTGCGTCTGTGGTGAAACACCAGGGAATTTCAGAGCCATCAGGATTTCTGCAATAGTTCTCCCTCAGATCCCTGA s fr1.chrUn 341155708 142 - 349519338 TTACCTATTGTTTGTGTGTCCACAGCGTCACACCTGGGGATGTTGGTGCAGTTGGCTCTCCTCTGATTAGGGTCTGTGGTAAAGCACCATGGGTATTCTGCTCCATCGGGGTTACGGCAGTAGTTCTCTCTGAGGTCCCTGA a score=7484 s danRer3.chr4 20918851 319 + 33808418 AACTCCTTCACAACAATACATCAAACTCCCAGAATCCATCATCAACATCTTTG-CATTGTGGTGGCA----AATTTACCATCAGCAAATAGTAGTATAGCATGACTCACTTGCATTTATAGTTGTGCGGAGTGTATGAATGGATGTGAGGAGAGAGAGCGTCCCAGCGTTGACAGGTCACACCTGCAGGGGTCACGTTGACTGTACCCCTGTAGCCCTCTCCTTGACCCCGAAAACAAGAGCTGGTCACCTCCACTTCCACATCGCTAT---CTGAGTCTGAAACAGAGAAAAGGAAAGAGAATGTCA----GGAATTCCAAACATCAGCA s fr1.chrUn 341155924 328 - 349519338 AACTCTGGCAGTCCAACA-GTCAGACGCGCAAAATGTATAAATAACCTCTTTGACAGGGCCAAGGCAGCGGAATTCACGCCAAGAGGCCACGAAACAAACATGACTCACTTGCATTTGTAGCTGTTTGGAAGAAAGGAGTGGTTATGGGGAAACTGGGAGTCCCAGCGCTGACAGGTCACGCCCTCCGGGGTGACGTTCATGGTGCCTCGGTAATCCGTCCCCTTCCCCTGGAAACAGGACATTGTCACGTTGACCTCAGCGTCCTCGTGCCTCGGGTCGGAGTCTAGG--GGGAAACGAAGACATCAGATTGGATTTCTGCACATCAGAA a score=51 s danRer3.chr4 20919170 133 + 33808418 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TCTTACCATCTGAACACTGAGGCAGTCCACAATCCTGGTGCCGGGTCTCAGTGAGTTCAGTGAAGCACCAGGGCCCATTTGGATCATTGTCTGGATTTCGGCAAAAGTTCTGACGTAGGTCAGACTTTTTGTGTCTGGTAGGCTTAAAACTGATATACAGACAAAAAGAGAGGGAAAAAGGTTAAAAAATGT s fr1.chrUn 341158633 183 - 349519338 TCTTACCTTCAGAGCACTGAGGTATGCCGCACTCTTCGGCCCTTACGTTGGGGTCTGTAGTGTAGCACCATGGACCACCGGGGTCGTTGTTGGGATTCCGGCAGAAGTTCTCCCTCAGGTCTTGCGCTGGGTACCTATCAGGATAAAACCT---------ACAGGAGAGCAGGCAAACATTATTGAGAGTGT a score=2956 s danRer3.chr4 20923076 80 + 33808418 GGCCTGAGATCTCAACAGC--TAATGATGTTGTGCTAACAGATGTTAGCCAGCTATTCCTGTATGGCTGCCAACAGACGCTC s fr1.chrUn 341159961 80 - 349519338 GGCATGGGAGCAAGTCAGCCATAATGATGTTGCGCTAACAGATGTTGGCCAGTTATTAATCTCC--TTGCCAAAATCCGTTC a score=4256 s danRer3.chr4 20927009 172 + 33808418 AAAAAGTAAAACTTTTTACTTGTGCTCATGTGGGACGGACATAT-TCCAGGATTGGCACGTAATTCCAGTCTTTGTGAATGACCTTCTCCCCTTGTAGTTGACACCTGACCCAATGATGCACTCCCTCACATAGTCTGTG---------GAGAACATACAGCACACAAACATTCATATAATC s fr1.chrUn 341161725 177 - 349519338 AAAAAGGAGGACTC---ACGTGTGCTCGT-TGATGTTATTATCTGCCCAGGCTTGGCACGTAATGTTTGACTTGGTCCATGACCGCCTCCCTCTGTAGTTGTCCTTGGTGCCGATGATACACTCCCGTATATAATCTAAGAAAGGTCATAAAAACATG-AGAAAACATCCATTCATGTTCTC a score=-133 s danRer3.chr4 20927181 43 + 33808418 CAT----AACGATGAATTTTGTTTAGA-GATTACACATTTTGCTGACG s fr1.chrUn 170884884 48 - 349519338 CAGTGCAGATGATGAATAAAACAGAGACGGCGGGACAGGCCGCTGACG a score=-238 s danRer3.chr4 20927417 129 + 33808418 GACTTTATACGATTTTACACGTAAAGCCAGGGATCTAAACAAACACAACTGGCACAGTTGTACAGGAATTTCCAGGAAGCTAAAAAAAATCAAGTGTGAGCGAACTTCTTCGA------AAGGGAATAAAAAATA s fr1.chrUn 170885153 125 - 349519338 GACCATGGGCCACTTT----GTAAATACGGAGCTACAGGCTAATGGACATGAC----TTGGAGATGACTTTCTA--AAACAGAACACAATAACAGGAGTGGAAATGTTTACGGTGATGTGGGGGCCCAACAAAAG a score=5600 s danRer3.chr4 20927546 523 + 33808418 TTTACCTTTCTTCTCGTAAAGGTCACAACTGGGTTTTCGCTCTCTCTTCGCGCCTTCGGAGAAACGGTCAAAAGGAAGAAAGTGACATTTCCTGTTTATGTGGTCAAAGTAGAATGCCCTGTAAGGAAGCAAAGATAGAAAACCAAGAAAACGAAAGACAATCGTTGGGTCAGACATCCAGGAGGTTTAGATGAAGCTTGTTAAATCAATAGTTAATCCAAAAATATCAATTACATCCACATTTAGTCACCTTAATCTTCAACCATCCAAAACAACACTGATCCACAATGATTTTAATTGT----ACAGTCAACATTTTTGTGACTTTAAATGTGTATG-AGTGATCATGTGTGTGTCACCTGCAGGACTTCTTGCTCTTGCTACATTTGCGTGCGCATTCCTCCAGCGACAGGT---TCCTAATTCGAGGGGATTCTGGACAGTCTGTACAAAGCAGTCGGCTGTTTTCACTTTTCTGATACCTCTGCAATGTCTG------TTTTCTGC---AATCTGCACAAAAGAGACGAGGAGAT s fr1.chrUn 341162422 458 - 349519338 TGTACCTTTTTTTTCATACAAGGTGAAGTTGACGTTGGGCTGCCTCTGCGCGCCATGGGTGAAACGGTCAAAGGGAAGCAAGTGGCATTTCCTGTTGTGCCGCTGAAAGTTGAAAGCCCTGCGTATAGACCAGGG---------AAGTCATTGAGAGATGACCCAACGAT-AAACAGCGAAAATATGTAAAT----------------ACTGTCAATGCAGAGGAGGGGA--------------------------------------GAGACGAGGCAGCGCTCCAGGTTTTTGAGGTATTCTAACAGAAAACA-------------AACAGCGTGTGTTGCGTTCACCTG-----CAGTTGAAGTTCTTCTTGACCTTCTTGCATTTGCGGGCGCAGTGTTCCTGCGACCGGCTGGTCCATACAAGAGGGGACTGAGGGCAGTCTGCGCAAACCAGCACGTGGTTGTCGGACTTTTCGTACCTCTGTAGCGACTGATGGCTCTTTCTGCCGGGACCTAGAAGAACGAGGACAGAGGAT a score=1454 s danRer3.chr4 20933583 110 + 33808418 AACAACTGAGGTGAAAATGCCATCTGCTCAAAAACAATACATCACACACACACACACACAAACACCAAATAACTTCAATAATATTTTTCAAAAGCATTATAACGCTAACA s fr1.chrUn 170887956 104 - 349519338 AACAATTGTTGGGAAGGAG---TCTGTGTGATGACATTTGGACCCACACACACACACAGATCAACCAATTCACCTCCTCAGTGTCGTCTCTA---TTTACAGCGATGACA a score=2505 s danRer3.chr4 20936356 538 + 33808418 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20963159 352 + 33808418 AGAagagagatagatagagaga--------gagagagagagagagagagagagagaga-gagagagagagagagag---------------------agagagagagaT---GGACTGACCCGAGACAGCACATGAACACTGGCAGCAGTAACATGAGGAGAGAGGAGAGCAGTGGAGAGCCTGCATTTCTCCTACACATGGCCTCATCCTAATGTACATTACACAGCCAAATACACAGCAG-------------------GAGAGAAAGAGAGAGAGAAAGAGTCATGCAGAAA--AATGTCCGACAGTCAGAAGTTTAAGCAACACACCAAGAAGTGCTCAGAAACAAAAGGCATTAATAC-AGTAAGTCAAAAGAGAGTGTTTAGAGCAGAAAGTGAATGTGTG s fr1.chrUn 341183205 393 - 349519338 AGCGGGCAGACAGATAAGGGGACGAGGCATGAAGGGGTGGAAGGAACAGACAGACGGACGAGTGACGGAGACGGAGGTCACGTTAATGATGGAGTTCAGAGAGAGTGTTACGGGACTGACCCGAGACAGCACATGAACAGTGGCAGCAGTAACATGAGCAGAGAGGCAGCCAATGAGGAGCCTGCGCTCTGCCGGCACATGGCCTCATCCTAAC---CATCA-ACAGCCAATCACAGAGCAGGAAACAGgaaagagagagagagagagagagagagaTAAGGAATCATGCAGAAAATAAGGTC---CAGGTAGG-----GAGCAAGGAGTTAGGAA--GCAGAGAAGGCAAGAAAATTAGTTCAAGTAGTACAAGACAGATGCAGTCAAGAACAAtgtgtgtgtgtg a score=3672 s danRer3.chr4 20964037 111 + 33808418 CGACTTACATTGACATTGTTGTCAAAGCACTCCATTGGACCTTTCCGATACCGTGGGTTCTGCGATATCAAGCAGGGATCTGGACCAGGAGCTGAGAGATCAGGTTCAGGA s fr1.chrUn 341183815 111 - 349519338 CGACTTACGTTCTCCGTGCTGTCAAAGCAGATGTCAGGACCCTTCCTGTAGCGAGGGCTGCGAGCCACCTCGCAGGGATCCGGACCATCAGCTGGAGGAGGCAAGTCAGGA a score=2669 s danRer3.chr4 20965770 153 + 33808418 AAAGGATACAAGGCTTTTCTTCCTGGGAAAATGGTTTTTCCTCACACATCTGGCTGCACATCTCTGTATCAGCAACAATAAGCACCAGATTTGTCTTCATAAGCTTTTCAGCTATAAACTGCCTGAAAACAAAAATATACACAAAGTAATCAG s fr1.chrUn 341184419 146 - 349519338 AAAGGATACACTGCTGCTCGTCCTGTATCAGCGGCTTGGAGTCGCAGGACGAACAGGTGAGTTTCGCATCAGAGATGATGAAGACCAGGTTCGTCTTGGGCAGCTTTTCGGCGTGGTACATCCTGGAGG-------ACACACACGGCAGGCAG a score=4353 s danRer3.chr4 20966136 173 + 33808418 TGTTTTATTTTTTCCTCTATGATAAAGTTTGAATCT------------------TACCTGGAGCAGTTCTGGCAATCAACAGTCCCCTTAAAAGTTGTGTCATTGCTGTCAAAGAAATACTGCGTCTGCTCTTTAATGCA-ACTCTCTTTAG-ATGGTGTTTCAGAC-TCATCACTTATGTCCACTGTGAACAA s fr1.chrUn 341185007 193 - 349519338 TGTTTTATTCTCGTCTCCAGGCTAGCGCT-GAATCTGCGGTTTGCCGCCGTTTTTACCTGGTGCAGTTCTCACAGTCGATGTTGCCCCTGAAGGACGGATGATTGTTCTCAAAGTAGTACTGGGTTTGTTCCGTGATGCAGACTCCTTTTCGCATGGCGTCTGGCACGTTGTCTTCCATCTCAGCTGCAGAAAA a score=4422 s danRer3.chr4 20966624 114 + 33808418 ATTACAAATGTCACGTTCT---------TACCTGCCTCAAGGAAATTAGGAAATGTAATGCTGACAAACAACTGCTGCATTATCGACCTGGGGAAATAAAAAGTAACAGTTAAGAATCAATGT s fr1.chrUn 341186236 123 - 349519338 ATTAGAAAAGCATCGTTCTGTCCCGACTCACCTGCGTCCAGGAAATTAGGGAACGTGATGCTGACCAGCAACTGTTGCAATATTGACCTGCGCAAAGAAACAAACCCCGCGGAGGGAAAATGT a score=3343 s danRer3.chr4 20967636 78 + 33808418 ACATACCAGGCTGCTGCAGAAGCCCACCAACCAATGTTCAGGATATCAGCTATGGTGGGCTAAAAGAGACAAACAAGA s fr1.chrUn 341186449 78 - 349519338 ACTCACCATGTCGCCGCGGTGGCCCACCAGCCTACGTTTAAAATGTCTGCGACGGTGGGCTGAAGGGGGGAAGGAAAA a score=1930 s danRer3.chr4 20968330 193 + 33808418 AACATCCTG-----ATTTTTATTGGCAAGAACAATCTATCATGACCCTGCCAGACAGAAAGGACCCGC-----------TGCCAAACAATACGGGAGATATTAGACGAAAG-----CTCAGCAGATGCAAGCATAAATCCACAAACAAGG---------TTAAGCTAACGCGCTCGGGGGACG-ATTAGCCGCCGCACACGCTGCAATGAT------TAGCATGAGAGAG s fr1.chrUn 341186557 228 - 349519338 AACATCCTGCGTGTGTTTACAGTGGCT-GCACATGGTCCCGTTCTCCT-CCTGACCGAAAGGTCCGGCCAGCTCTTATTTTCCCTTTTCTTCAGAGGAAATTAGAAGGCAATCCTTCTCAACAGATGCAGGCATAAATATGTAAACAAGGAGCCAGTGAGAAAACAAAGCAGCACACGGTTTGTATCAAAGGCCCGACATGCTGCTTTGATTACGGCTAGCATGCGAGGG a score=6253 s danRer3.chr4 20969547 192 + 33808418 ACTCACCACATAGACTGATCTGAGACCAGCGGCAGCTTTAGATTCTCTGGTGGGT-TCGCAAAGGGCCTGGTAGTCGTAGGTTATGTTGACTGAAAACAGGGACACGTTCATCAGATTTCTCATTAGGCTGGGGTCAATCATGCCGAAAAACTCTCCAATCTGCAAACA---------CATAAGACACACAAACACACATCT s fr1.chrUn 341187232 201 - 349519338 ACCCACCACGTAGACGGATCGCAGTCCTGCTGCTGCCTT-GCTCCTCTTCTGGGGGTCGCAGAGGGACTGATAGTCGAACGTCTTCTTGGAGGTGAAGAGCGACTCATTGACCAGGTTTCTCATCAGGATGGGGTCGATGGTGCCAAAGAAGCGGCCAATCTGAGAGAAGCAAGAGTCCAAAATATTCACTGACAGACACCT a score=3622 s danRer3.chr4 20973726 92 + 33808418 CTCACCTGGTCAATGTATTTGTCCTGATTGGCCATGACAAGGAATCCTCCATCGTCTAGAAGAACACAGTCCAGATACTAG----AGAGAAAGTTT s fr1.chrUn 341188823 96 - 349519338 CCCACCTTACTGAGGTCTTCATCTTTGTTAGACATCACCAGGAAGCCCCCATCATCCAGCAGGACACAGTCTACGTACTAGTATCAGAGAGGGATT a score=2763 s danRer3.chr4 20974262 96 + 33808418 AAGATAGTAAGTATACAG-TAATTAATCTTACCTCATCGTTCCTCCTGCATCCACATATTTCACCTTCACACTGCGGAAAGAAAAAATACACACAGA s fr1.chrUn 341188956 96 - 349519338 AAGATGATGA-TACGCAGATAAATCCTCTTACCGGGTGGTTCCTCTGACATCCACAGATCTCATCAATGCACTGGAAAAAGCAACAGAGCAGACGGA a score=2726 s danRer3.chr4 20974641 96 + 33808418 ACTCACTTTGGGCGTAATTGTAGTATTCATGAAGCTTTCCATCCAGGATTGAACATCCAGTTTCACACCGACAACTAAAAAAATACAATAAAAGCA s fr1.chrUn 341189103 96 - 349519338 ACTCACGTTCATCCTCTGAGTGGTGTTGATGAAGCTCACCATCCAGGCGCTGATGTCCAGCTTCAGCCCGACCACTGGGATCAAGCAAAAGAGCCA a score=-658 s danRer3.chr4 20975155 927 + 33808418 CATAATCTCACCTGCTGGTTTTAGCCAGAATTCATCGATCCTCAAGTCCATTGCTCTGCTCACTAAAACTGACTCTTCGGTTTCTGAAATGTAGAGGACATAAAAAGTC---AGGTAAACCATACAGTACGAAAAGTCAAACACACTTATACATATAAGTACCACAAACACACACATACTATTTCCTGTGAATGGCAG---TGGTGTAAATACATAGAGATCATTGTCCAAGCTTCTCTTGTAGAAACTTGACTCATATGTTTCGGCCTGTCCGGTCCATTCTGAACCAGCACTGCAAA----------TAAAAATAA---------------------------------AAAAAAACAAGGAAAACAGGCTTTTACCCAAAAAT------------GCCATAGACCTGCTTGGTATTGTTTTCCTGAAGCTGTAAAATGTAATAAACCTTGCAGGATATAC----TCTAGTGACACCACCATCTGTCGCCAC--AAACTTAGCCTTGATTC-TGTC--ACTCCTGaaaaaaaaaata--aataaaaaaattaGACTGAAAGCATGAAAAG-------AAAAATATATAGCAATCTCTCATTTCACAATTCTGACTTTTTTTCCTCAAAGTTGTGAG--------TTTCAACCCTACAGTCTGatttaaaaacttaattttttttt-----------aatttGCCAGTTTGAATTTTACAA---ATTTTGATGACATAGTATTGATAGCGCATATAAACCAAAAATATAGATAAAGTATATTTCTTGAAATCTTTTTGAAAGTTTAAATCAAGTTCATAGCCTGTGTAAACCAAAAATAGCTAAATTTAAACATTTAAAAGGTTTATTTTATTGAAATCTTCTTGAAAGTTTCAATCTTAATCTCTTAAATCTTTGTCATTACAGCTTTTATGGCTGTTTAAATGGTTTCAAACACAGGAATATTTACACCATGACCACAATCTGA---TTTAATTCATAGTCATCTACAGCATGTTTAGAAGATGTTTT s fr1.chrUn 341189391 949 - 349519338 CGTGTCCTTACCGGCCGGTTTAAGTATGCTGTCACCAATGTTGACGTTAACCACTCGGCTCACCAGAACCGACTCCTCGCTCGCTGCGAAGAGGAAGAAGAGAAGAGCGTAGAGATGTACCGT-TGGCAGGAGAA--CGAGCATGCATGTGGAAAAAAG----GCGAGCGCTCACTCACAGTTCTCCCTGGAGTACGGAGTTGGAGTGAAGATGTACAGGTTGTTGTCCAAGCTTCGCTTGTAGAAACTTGACTCGTAGGTCTCGGCATTTTCCTCCCAGGACAGTCCGGCGCTTCCAAACACATTTGTGAAAGGTGATACTTGTTAGAGGTCTAATCTGTGGCGGACCATCAAAGGTCCAGGTATTCCGTTCCTAATCCAAACATATGTCTGTCCTTGGCATGAATCGGATTGTTGGAGCCATTTGGGACCCACAGCCTGTCCAGAAACATTTGTGATCGACCTTTTCGAGGAGTTTAATCAGCTGAAGCTCCTTAATCTGATCTTTGATCCGTGCCGAACTTTTTGTAAGCCAAGTAGCAATACAATGAGTGGACACAATCCATCTTGAATTATCCTAATAATATCTAAAAGATTCACCCTCAAATATGGAAGTTTTTGCTTCCCAAAGCTTTAAAACCCTGTCTTTGAAACCCAAAGAGTAGTGTTTGGACC-ACTGCTCTTCTGCCCTAAAAGGAACTGATCGAGGTGGATCAGCCAACTGATTTGGATCCATTTCGACTGCCCCCGCCT------CAGAAATACTGG---------------GAAACCTTTGTGGTGCCTCA------GTACGATGTGTTCGTAGAGAAACAGGGACTCAGAGGAAACGTCGTAATGGATGACCTC--TGGAATTGTTGACAGAGTACGAAGC----------------------------ACTTTGTGGCTGTGCTGCTGCTTTCT----------------CAGCA-GACCACATCATTAGTCTTTATCAGATAATCCTCAACACGCTGCTTGTAAATCACCCC 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agcataactaattgaaaaatattagaccattagcatcttgtacaaagatgataataactttgatcattttcatatttaaagctcgactcttctgtagtgaaattgtatattaaACGCAGATTCTGGTGTAATAAGTGAATAATATATCACTTGGCCTTTTTTTTTTTTTTTGCATTTATAACTCACAATTGATTTTTGTTCCAGTGTTTGACCAGTTCAGCCGTGATGCCAGCATCCAACAGTAGTCGATTCATTAAGTCCATATTGCCTAAAAAATAACACACAACTCT--------TTTATTTTCGCCATCCCTTCCAATCACAAGGGCTTTTGAACAACAGGAGCAAACAAAGCATTTTA-CATCATTACAGGCTTCACCTATGATAAATGCATAAACACCTGTTGGTCATGAGTAAAAACAGGCTCTACTTTCTGACCTTTGAGGCAAACAATGCCAAAGTCGTAAATAAGTAGAACTTCATAAAAACCAAGCGAGACACCGATGTGAAAAAAAC--------CCCAAACGCGTCGCAAAGTAAC---------------ACGTAGATTAATTTTCCGGGACG------------TGGAACAC-------------GATTGTTATTCTTCGGCGGTATGAAACGACAGTAA-GTGTTCAAAGGCTTTTTTTT----TCCTGATGTGGGCATGTTCAG----------AGCGTTCAAGTGTTTTATAA----------------------CATCGCACTGCAGTTCATTACCGCAAAGCCTTTACGACAAAACACACACACTTCAGAAAGAGCAGCTGGTGTACAACTTTATTC--------------------------------------GGATCGCTGCA-----TGCTTTTCATTAG-GATC--TGATTGAGAGCAGCGCAGGAACAC-------AATTCAACTGATCCACT------GTGTTTGACAGCGAGGAAATCATGGACTTAAAATAC-CAGGCCGCACTGACAAATAGCCACA s fr1.chrUn 341190469 923 - 349519338 AACATA-CTAAATGTGGAATGTTG-----CTCGTGCCTGGTGGCAAATCTGGAATATTTCTGCTCAGTTTTCCACGTG------GACCCTCGTTACAAGACATTGACCATGTGTCG--GGTCCAGGCGCCTCAC------------TCACTGGGGCTC---------------------------------ATTCTTTTTCCAGATCTTGATCAGTTCTGAGGTGATGCCAGCGTCCAGGAGCATCCGGTTCACCAGTTCCACATTACCTAGACAGCAACACATCACTTGAGGCATGACACATTTTCG---------CTGAGTACAAA---TTGCGCACGTGTGGGCC--------CCTTTGATCAGCTCCACAGGCTCTCGATGTTGTGAGCTGATGTTCTTTTGTAGTTTGAGAA-GAACGCAGGGTCAACTGAGGTGTGTCGGATGGAAATAGATCACCAGCAGATAACAGACGGAG----GGAAAAAATAGAAGAGTTGTGAATGTTGTGAATATGTTGAGGGACTAAACAGTTCCCAGAAAACCTGACTTTGTTTGATGGCGTAAATTG---TTCTGTGGCGTCACAGAGGCGTTGAAACACCAAAAAAAGGACTAAAAGTTGTCTTATAGTGGTCTTCCTACACATTAACCTGTTAAGAGGTCTTCTTATGAGACCCTTCT---GGCACCTTCAGGGGTTCTGGCAGTACTCGAGTCCATCAACATGGAGGCTGGCTGATACTCCCTCCCCACCCTCCAGCACCTTCTCCCA---CCTTTATGACACACCACACACA--TCAGAGAAAACAGCTGGTATAACACTTGAGCCCCCCCCCCCcacacacacacacacacacacTCCACCTAAAACCTCAGCACACGGTGGTTTTCATTAGCGATCCTTTATTGAAGGCAGCCCAGGAATTCCTAATGTACTTCAACTTCTCCGCCACTGCAGTGGCTCA-ACCAAGCAAACCGTGTA---ACAATACTCAAGCCGC-----CAATAGGCCACA a score=4735 s danRer3.chr4 20980845 195 + 33808418 TAAGCTAAAGATACTCACACTGTGGGTCATTGGGGGTCTTTACGTCGATGTACTCGTTGAAGTCGATGAGGAACTGTGTCATGTTTTCATTCT------GAGCCTTCAGGTCTTCACAGTAATCTCTAAAACACAGTAAAAA---AGTACATCTCTCAGTAT--------CATTTGGCAGAAACAAAGTAATATGCTTATTAAAAAAATAAA s fr1.chrUn 341192572 209 - 349519338 TAGCCTGAATATACTTACATGACGGGTGGTTTGGCGTCTCATTATCGATGTATTTGTTGAATTCTATAAGGAACTCCGTGTTGTTCTGGTTCTTTTCGGGCGGCTTCAGGTCCTTACAGTACATCCTGACAGACAGAGATAATTCTTTCCATACTTCATCATATTCATCAAGTTAAACGGAAAGAA---AAGATGTCTTTTGAAAAGATGAA a score=4239 s danRer3.chr4 20981760 99 + 33808418 CTGACCTGGGTGCTATTAAAGTATATCCATACTCCTCGAACTTGTCCACCTGCAGGCTTTCAGAAACTGGAGGAAAAAATGAAAGTATCAGAAATCTGC s fr1.chrUn 341192822 98 - 349519338 CTTACCTCGGCGCGATGAACGTATAGCCGTATTCATCAAACTTATCTGCCAACAGGCTCTCAGAAACTGGCAGAGGGAAC-AGAGTGTTAGGAGTTTTC a score=-45 s danRer3.chr4 20981859 102 + 33808418 GAGATCAAA-------GATCAGTTCAATACATTCTGTCATTACAC-------------AGCAGTAAA-----------CTAATATGATACAGATATACAGAATCAAGTAAAACACAGTTCTGTGCTTATGTGT s fr1.chrUn 170904739 130 - 349519338 GAGGGGCAATTACGCTGATGAGCTAATTAATGGTTATCTTTACATTTGTTGATATTTATGCTGTAAAATGTACCAGGGTTAACATGGGacacacaaacacacac---taaaacacatccttgtattactatat a score=1819 s danRer3.chr4 20983463 67 + 33808418 GAGGTCAGACGTCACATTCAGAGGTCCGAACATGAAGGAAAAGACAGAAGGGAGAGAAAAACAGTAC s fr1.chrUn 170906185 65 - 349519338 GAGGTGAG--GACAACTTTAGCGAGAAGAAAGTGAGAGGAAAAAGAAAAGAGAGAGAAAGGCAACGC a score=3531 s danRer3.chr4 20987274 91 + 33808418 AAGCTGAAGACAGACAGGGAAAAGAACATGAGGGATTTCACAATATTTTATTCAACATCAGAAGCTTTGAATAAGAATATTGCGGAGAGGA s fr1.chrUn 341194741 84 - 349519338 AAAGTGAAGACAAAAA---AAAGAAACCAACAGGGTTACACAATATTTTATTCAAGAGGAAA----TTGAATAAGAATATTGCAGAGAAAA a score=4817 s danRer3.chr4 20988201 164 + 33808418 CTGAGTTTGATAAAGTGAGTGCT------GGTACTTACATTTGGCCTGAGTGATGGTGTCTCCTATAGTGGCCTTGATGTAGCTCATGCTGTAATCTGGCAGAACTAACGCAAGGCTAGAAAAAAAGACATCCGGAATAAA---CAAG---GACATTATATCTGCAGTAAAAAATT s fr1.chrUn 341195563 176 - 349519338 CTGAATGTGCAAAGGCTGGTGATTTAGACGGCACTTACATTTCGCCTGGGTGATGGTGTCGCCGATTTTGGCCTTGATGTAATTCTTACTGTACTGGGGAAGGACGAGGGCCAGGCTGAGGAGACACACACACACGGTGAAATCCAAAACTAACAGCGTGTCTACACGGAACAGTT a score=2262 s danRer3.chr4 20989301 77 + 33808418 TGACCTGTAATCTGCGTCAGTGACTGGAGACCAAGTGTACGTCCTGAAGCCCTTGTCTATGTAACGCTGCAATGACA s fr1.chrUn 341196192 77 - 349519338 TTACCTGTAATCGGTCCCCTTCACCGGTGCAAACGTGTACGTCCTCTGGCCTAAATCGATGTAGCGCTTTAGGGGCA a score=2811 s danRer3.chr4 20991199 131 + 33808418 GTGTATGCTTACCTCATCCTGTGACTTCATAAGTGTGTGGAAGCGTATTTGACTTCTTTCA--CCATCTATCATGCTTCTTCTGATCTACAGGCAGACGGACAGACAGACATTTGTATTGCCTAATGTTGTAA s fr1.chrUn 341196329 125 - 349519338 GTATGTAATTACCTCATCCTGCGATTTCACGA--GGGTGGATATGGAGTTATTCCCTGTCAACCCGTCGATCATCTTTCTCCTTATCTGCGG------AGGTGTGAAAGCATTATATTTGTGAAATGTTGAAA a score=3797 s danRer3.chr4 20993001 120 + 33808418 TTCTCACATCCACTTTGACTTCATCCTCCATCTCAGCATCCAAGAAGTCCAGCGTCACAGGTTCCTGAGACTTGAGATCCTGCACACAAACAACAACAACTTTCAAAGCAATACCATAAA s fr1.chrUn 341196484 118 - 349519338 TTCGAACCTCAACTTTGACGGCGTTCTCCAGCTCTGCGTCCAGGAAGTCGAGCGTTACGGGTTCGTTAAATTTAGCGGTCTGCAGAGAAGC-CCAACAATTCATTAA-CTACACCTCAAA a score=5540 s danRer3.chr4 20993486 119 + 33808418 GCCGTACCTTGGGTTGAAGGTTGGGATGAAGTAGAACGTAGCCGTTGGGATCAATGGCGAAGTAATATCCATTTGGCCCAAGCTTTA-CAGAACAAAAAACAAGAGTATTTTTAGCATAT s fr1.chrUn 341196747 120 - 349519338 GCCTTACCATCGGCTGGAGGTTGGGGTGCAGCAGCACGTATCCGTTGGGGTCCATGGCGAAGTAGTAGCCGTTTGGTCCAAACTGCAGCAGAGCAGCGAGGGAGTGTGAATTTAACACGT a score=5040 s danRer3.chr4 20995037 84 + 33808418 TCTCACAGTGTAATGTGGAGTCAGTCTCTTGATGTCGTCCAGAGACACGTCTATGGCCATCACTCCCAAAATCATCTGACTCGG s fr1.chrUn 341196893 84 - 349519338 TCTTACGGTGAAGTGCGGCGTCAGCCTCTTGATGTCTTCCAGGGACACGTCTACGGCCATAACCCCCAGGATGAGCTGGTTCTG a score=3198 s danRer3.chr4 20997492 70 + 33808418 GCTTTTCTT--TACTGGTCCTGGTCTTATTGAACACTGGAAGAGTTCCTGTAACCACCAGGCCCAGTTCCTG s fr1.chrUn 341197762 72 - 349519338 GCTTACCTTGGTGCCTGTGTTTGTCTTGTTGAAGACGGGCAGCGTTCCAGTGATCACCAGGCCCAGTTGCTG a score=12491 s danRer3.chr4 20997643 403 + 33808418 ATATACCAGAGCATCCACATAAACGTTGGTCCATTGCACATTTTTAGCTTTCTTGTCTGCTTTCACCATAGGTCTGCCTAAAACATCCAGGTACTCCTGTGGGTATAGACTTAGTCATTTTCATACAGAAGTCACGATTATGCACTAAAAGATGCCGTCATA------------------TACCTGCGTGTTGATCCTGATGGCTCCAATCGATGGGATCTCATAATAATAACCTGCAGGATGCCTTACATCTTAATTCATGTTCATAAATGTAGACACAACCATTTGAAGAGAACTTTAAAAGGAACTTCAATAAATGTCAGCATGCT-TTACCTTTGTTATGGCAAGCCATGTATTGTATTGGTGCCTTGTCATAGTTATGTTGGCCCACAGAAAAGGTGAAGATTCTAACCTGGTGGAA s fr1.chrUn 341198177 391 - 349519338 ACGTACCAGCGCGTCCAGGTAGACGTTGGTCCACTGAACCTTCTTGGCCTTCCTGTGGTCCTTCACCATGGGGCGGCCCAAAACATCCAGGTACTCCTGCGGGGGGGGAGGAAAAGACCAACACTTGCATGTC-CACCAGCCCACCACAAGAGGGCAGCATAGGCAAGCTGCTGTGAGCGTACCTGGGTGTTGATCCTGATGGCGCCAATGGAAGGGATCTCGTAGTAATACCCTGAGGGG-----AACACGCAAGTCCATGACCACAGATG------------TTTGGAGTCAGCTGCAC----AACCTCA---------GGTGTGCTGGTACCTTTGTTGTTGCAGGCCATCCACTGGATCGGCCCTTTGTCGTAGTTGTGCTTGCCCACGGAGAAGGTGAAGATCCGCACCTGCCGGGA a score=6390 s danRer3.chr4 20998536 147 + 33808418 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a score=8883 s danRer3.chr4 21129297 277 + 33808418 AAACACTTGCTAATCCAGGAAGAGGTTCAAGCTGTCATAGAGAAAGAGCCAGTAGGCAGGACAATGAGACTGAGGCAGCAGGAGGCATGGACAAAGTGGGAGAGTATCCTACAG------ATCAGCTGGACAAACATCATGCAGGCAAATTTCCTGCAATTTTCCAGTTTCCATGTCAGATTACTCATCTAGGCTGTATACGATTCCATACCAAGCCCAGCCTACC--------------AAGCCCAGCTAACCTAAATGTT--TTATGCTCTGGAATGGGATCTGTGACTGATTTCCT s fr1.chrUn 31727993 284 - 349519338 AGAAACCACCTACTTCAGGAGGAGGTCCGAGCAGGCGTGGAGGAAGAGCGAGTGGGTAGGGCAGTGGGACTCCGGCAGCAGGGGGCATGGACAAGGTGGGAGAGCGCGTTACAGCGCAAAGTTACCTGGTCAAACATCATGCAGGCAGACTTCC---------------ACCACGTCCGGTTCCTTGTGGCGGCAGTCTACGATGCCCTCCCCAGCCCAGCAAACCTCCATGTGTGGGGAAAGAGTGAGACACCCACCTGTTCCCTTTGCTCCGGAAGAGGCTCCCTGGAACACCTCCT a score=-545 s danRer3.chr4 21129889 192 + 33808418 aaaggcccaggatgtcctatccaggggtctttagaaaaccaagctaccccggaaagagtgaccgattcctgctaattgttgcagccatttgggtacggaaaaacatctctgaaagtctttaccaggggtctttagaaaaccaagctaccccagaaag---agtggccgattcttgctaattgt----ggcAGCTGTTTT s fr1.chrUn 288706205 190 - 349519338 AAAGACCCAAGTCAGCCAGACCCGGGACAAAGAGAGAGACCACCTACTCAGGAAGGGGT---CAGGTGTGATCAGGTGTGGAGGAAGTGTGTGTG-GGCAGAGCA-----GTGGGACTCTGCATGGAGAAGGTGGGAGAGCACGGAGCTGCATAAAGTCAGCTGGTCAAACATCTTCCAACGTCTCCGGAAGAGGCTCT a score=21142 s danRer3.chr4 21130101 822 + 33808418 AGCTGTCCAAAGGCTCTTGCAGAAGGGTGCTATCGTTTACA----------GTACTAAAGGCTGTGGCAGAAAGCATTTGCAATGCAATCATCTTTGGTGGCCATCCATCTTGCCCCAAAGTTAAAAAAAATGCTTTATCAAAGCTGGGGAGGAACCT-GCCAACTGCAAAGGACAAGTTCAGGCCTCCTTCACTCATCTTTTGACTG-----------TCGACACAGGGAAGCAGTTGAGTTTGCTGCAGCATATTGTCACAACAGATATACCAGACAGATATAATTAACATTTCAGAGGCAACAAAACAGCTGATTGTGCTTCAGCTCAGAGTTCCCTGGGGAGAGCGAATGGAAGAGACAAA---------------AAAGTCAGAAGGACTAGTAGAGAAGTGTTAGGAAAGGGAA----AAGACTCACTGTGA----ATAGAGGTTGGCTGTATACTGTAGGTACTAAAGAGCTTTCACTCTGCCAAGTCCTCAACCATCTAGGCCTAACAGCACTAGCTGAGAAGAGGACTATTTAGTCTGTATGTAAAGTCGCAGAAAAGACCATAAG------GTGGAGAAAAAGAGCTGATTTGTGGACAGTTGCTGCTGGGACGCAAGCTGGGTTCTGATCCACCTCAGCTGGGTCACCAGGGTGAGAATTTCTGATGTTGAAATACCCAAAAAACCCAGTGACCCCATGAAGGGAACATAACCGATGATGCATCCCAGTGCATCCAGATGATGTATCTTGAACACTGC-ACACATACTGGTGCCACCATTTGTGACACTTAATATGGATAGAAGTCAATATGAAGATGTGGCATGGTGGGCTTTAGTCTCCCTGCCTCTGCTGTTTCCAAAAT s fr1.chrUn 31728281 857 - 349519338 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AAGCCCTACATACACAGTAAGTTTAAACTAATCTTAGA---TAACCTTGAAAATAGCAGAAAATGTTACAATATCACTAGAA--AATTATGTG-------TAATATCACTTGGAA------AAATATGATATCTC-------TAGGCCAatcaaacgcagcct-gaggtgtgcattttaa---------tgatGCAGTTTGCAATGTAACAGTC--TGTgttttgtttatgattggcctggttttcaccct-catgggacttgcgtgagaactaggaagcaatg-gtgtttgaagctgacagtatgctat-ttccatgtcct---aaactcgtactattaagtaatcccaaggt-atatacagattttattacatagcacctttAAATTTTTTAAAACGTACTGACTAAATCCAACTCTTTCAAAAATTATTAGTTCTAATTGTTGTATCAGAGAATTTTGATTTGC---TTTAAAAAATGTTGCAAATACAGAAATAAGTCTTTGATGTG--TCTGGCAGCAGTTT----TTAAAAGATTATTAT------CACTTAACAATATTGACTCTGTTTAACACATAACTTTACATAATGCAACTACTGCA--GAGAAATGTAACTCCTAGAAC---CTCTGTACAACC----------------GTTAATTGGCAGACAAATCGATCCAAATGTGCTTAATGAAGCGCAGTAATGGTTAGAATCCTGTCCATTTTAGCAGAACAGT-GACACGGA----GACCCTGCTTTAGCTTTCAGCTGTGTCTATTTACTGCCTGGATCAGA--TGTCTTAAAATCCCTCTCATTAGACAATGTACTtggataga--tggatggatggatggatggatggatggatggatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagata-gatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatggatag-atggatgatg------------------------------gatggatggatagat----------------------------------agatagatagatagat--------------------------agatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatag s fr1.chrUn 88423361 1129 - 349519338 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303516602 113 + 349519338 ACTCACGGCATCACAGACCACCTCCAGGTGAAGACTCTCCAGTTTCTGACTCATCTCTTTGTGTCGATGTCGATACCATCCCGTCGAAGTTTGGAGACTTGAAGAACTTCCTG a score=-1124 s danRer3.chr4 21266797 487 + 33808418 AAACCCACATTTATCACATGCAC------------------------------------------------AATCAATAGGAC--GTTTCGGTCATTAATTTCCA-----AATGTCCAGGGTTGCAT-----TTCCTGTAA------------------------------GACTACAGATTATTGG-ATGACAATAGCGGG----TTATAGT---ACCTGTACAGGCCTGTAAAGTCTCCTTTCAG------TGTTAGTTGTGGTCCTGCCTGCTCCAGAGTCTTCATGAACTCATCCTGATTGAAGGACCGGATCTGTGGAGGCGTCTGTCACACAAAA------------AAACACATAACAGCCGTTATATTTCAGGTGTAACACAATCAAAGCCTCATTTACTGTAAATCTACATTATATCTAACC---AACCTTCCATGGAGACACAGATCTCTGTGGAGGCATGAGGGTTTCCAAATACTGTTCCTGGAGAAAAAAAAATACATTTGTAATCAAGCTCATG-ATTGAATTTTAAATTGTCATTATTTATTCACACTATTAACATTATAAATGCTTAAGAAATTGTACGTTTTTTTTAGAT s fr1.chrUn 82730480 558 - 349519338 AAAAGCACTTTCAACACTTTCAAGTTGTTGCTTAAAAGCTTCATCCACGAGAGTTCTGACAGAATAAGCTGAAGAAAGAGGACAAAGTTCCTTCGTGAGGCTGAACCAGTAACGTGCTGGTTAACCTTTTCCTTCCTGTCATCTTCGGGTATCTTAATAGCTTTCGTGGCTGACCCCTGATCCTTAGTGTGAACAGAGTGAGAGGTTTGGACTCCCACCTGTAGAGGCCGATCCAGTCTCCCTTCAGTCTGGATGTAAGCTGAGGTCCAGCTTTCTCCAGCGTCTTCATGAAGTCCTGCTGGATAAAAGGGTGAAGTTGGGGGGGACTCTTCCAGGGACAGATGGACTTCTGCAGAGGCATCAGACTGGCCACGTACCGCTCCTAACACACACAAACACATACACAC---ACCTGCATATTAGCTCTGACTTTAAACCTCATCTGTAAACACA--------------------------CAAAT--------------AAATAAATCACAATCGAAATACAACTGAAACAACAACTTTGGAACTATCTATATTCTCCACTACAATTAGATTAAAATCCATTCAATAAA------GTACTATTAAGCA a score=4371 s danRer3.chr4 21267969 262 + 33808418 TCACCAGTGGAAGAATGAAACTCTGAGTTTGCTCCAAGAGATGTCGCCTCAAAATGGCACTCTGCACCTCTGATGGCCTTTTTTTCTGGATACCCTGAAAGTAAATTAGAAAAAAACAAA-GCA----AAAACTCACATGTA------CGAATAATTTCAGGTAAA-----------ATAAAATTTGTAG--------TTTTCCAACAGACAAATATACCC-------------------------TACCTTTAAAAGTCGTTTGATCAGGGTTTTGTCTTTGTGTAGGAAGGTCTTGTATGCAGTGTAGATACCTT s fr1.chrUn 82731038 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TACCTGACATCTTCAGTTCTCCAAGGCGAATGATGTGAGGCCAGCTCTGAAAGGTCTTTATAAAGAAAGGGTTTGTGACACCCAATATAACATTGGGTCTGAAAGTAGAAAACAGATTTAGTCAAGGTTTCACCCAAAAATTAAAAGGCAAATTTGAAGAATATCCTAGATGCAGTTTTCAAGACCATTCAAGTCATAAATTCTTCAATTATTCACTTTAATTATCATTCCAAAACGGGACTGGAATAGAGTCATACTTCAAAAACATATTTTTAAAGAATTTGATATAACCTGAAGGTGAATCAGAATTTTCTTTTTTGGGTGAATGATCGCTTTAGAGAAAGACTGTAAAGTGTAGTGCTTTTTTGCTTACGGAGCCTGAGTCCTGGTGGTGTATTCCTTGAATTCACTGTCATGAATGGTAAAGTATGGTCGGTAATCACCAAAGTAGTGCAGTGGGTCAATTGAGCTGAA s fr1.chrUn 82731720 347 - 349519338 GACCTGCTTGCTTCATGTCTCCGATGCGGATAATGTGAGGCCAGTGCTGCAGGGTTTTAGCAAAGAAGGGATTGGTGACTCCCAAGATGACCGACGGTCTGTTAAAAGAA-----------------------CCAG-----------------------------TAAATGAGCTTTCCCTCCCCATCAAAG------------------------------------------------------GAGGTTTTAGGTTAAAAAAAAAA----AAAAAACTCAACAAGGC---ACAGTAAACAGGAAGT--------------AATGGTTACACTGTAAATACAGCAGCAGGTACAAAACAGGATTACTGACGGAGCCTGAGTCCTGGTGGTGTACTCCTTGAACTCGCTGTCATGGATAGTGAAGTAGGGCCGGAAATCACTGCAGTAACGCAGAGGAGAAATGCAGCTGCA a score=5175 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ACCTGACCAATGCCAACACCGTATCTGATGACTCGGCTGGCGAGGGCGCCATGACAACAAGAGCCTCTCCCAGCAAGACCAGCTCCCACAGCATTTGGATGTGGAAGAAAACAGGGTGAAAACACCTAAACAGAGAATA-AAGTTAGGGCA-----TAGTGAC------CATGTCCAC---TAGTTCCCAAAC------ACATTGAAATACCCTTGTTCACTTAATTTAGTTCATTTCTCAAACATTACCTTGGTGCATGTTTCAATTATAACTTTTCTAATCTTCCTTTGGCAACCAGGATAAACACAAACATCCCTGTGAGCAGCTTTTGTCTGAATTTCTGGTCTGAATGCAGCATACGGATATTATTGCACAAACTGACAGTGTATTGAAATAGTGAATAGACTCTGGATCTCAGGTGTTCTCTTCAGTTTC------CTTTCTTCTGTTG-----------------ATTGTGCTCAAGAGATGAAAGATTGTTTCTTGAAAAACAGGATAAAAA--CCCCCAACAACATTCATTTAC a score=2328 s danRer3.chr4 21270349 256 + 33808418 TGCCAGCCATGGTCC----TTTCATAGTCAATTTGAGCATTTTTATTAAATGGTCAGATTGCTTGCCAGTCAAACTC-----CTGGCGAAGGGGTGAGTTATTTTATTTTTTCCAAAATATCATGTAA-----TAAATGGCTTTT---------AACCAAAAGAACAATTATATTTTTCATCTTTAACAT------------TCTTACCTGCATCACCACACCCATCACAGGTAAGTTGAGGGTCTGTCCTGGAACTGGTGCTGGCCATTGGTCAATCTCATTACAGACTG s fr1.chrUn 82733396 284 - 349519338 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danRer3.chr4 21272445 120 + 33808418 AACCTGCAGGGTCACAGGGGCATCCCTGTTGTACACATCTTCTTGTCCAAACCAGGAACTA-------------CTGCGGCCTACAGATTGCCGCAGTCTGAAGCTGAACTGAGTGTCCCCGAGGCATCCTGG s fr1.chrUn 82736625 120 - 349519338 AACCTTCAGACATGGTGGGGCATCCCGATCA-----GTGTTCT--------CCAGGAAACAGCTGAGAGATTGTTTTCTGTTTGAACCCTGACGGAAGCGGAAGCAGAACTGGGTGTCACCAAGGCAACCTGG a score=2905 s danRer3.chr4 21272635 261 + 33808418 AAATCAGTCTGTGCCAGCACATTACCTGAGTATGAGTCAGGAAACGACAAGTAACAGATGCTGGTTTTCTG---AAAAGCATAAAAAGCAAACAGTTTTGA--GGCATTTTACAAGGAAATTTGTATTTGTAACACCTTTTACAGATG------------TATAATGCAGTAGCTGGTAATAAAAAAA---AGGTAAATGATTTTAAT----------------TAATTTGCACTTACCTCCTTTTCTGTGAGTTTGACATCATGAGGGTAAACAAGCTGAGGACAACATGAAGAAT s fr1.chrUn 82737964 291 - 349519338 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GCATGaaatataaatacatttat-tgaaatattttact--tactaaaactaaaaataagatgtaataaataagatta---------------taataaactgttttaaata--aatataataaataaaaattatattaaaCCAAAGAG----ATACAAATTTT-----------ACCTCAATCATTTTGATGCATTATATTTCATAATTTACAGCAATATTGTATTATAAATTGGGTCCTTATACTCGTTATG-----------------------TGATACATTATAACATTGTAATATTGTATATTTTGTTATAGTATACAATGTTACATTGTTC-TACTCTTTA--TTGTAGATCTACATTATTTATTAGGATTATCATTTGATCACCCTTGGTTAAAGTT--TGTGAAATTAACG-------------------------------CGTGCGCGTGCACTCGATGCGCAAGCAATAATCTGACAGCGCGCGCACGC-------------------GCGCGTCTATGACAGACTTTCGCCATTTTGAATACAAACATATGAACGAATTTT s fr1.chrUn 42751313 555 - 349519338 GCGAGAAATTAAAATAGATTTGCCTTAAATAAGGGAATATCATTGTAAACAATAAAAAAATGTAACGTATCAAATCGCTCATGGAGCAAAAGTCCCAAATTCCTATGCATATTAGGATTACAAATGACATTTGCATTTCATAACATAGTTTAATGCTAATGTTTTGGAATCATTATTGCGCACATTTCAATGCATAAAATGCCCTCGCGTCCATTAAGCCACGACTTTAACCTGGTTCTCCGTATCTTTTATAAATAAACGCGTCCATCTTAGTCACGTTTAATAAAAACAAACAAATCTTGCATACGATG----AGGATTGTATTTTACCCCGTTTATACTATATAGACTATCGAATTACATTTTTTGG---------CCTTTGATCAC---TGGTTAAGGTTAACTTAAACTTAAAGGAAAACGCATTTGTCGCAGTGAATAGCGTGTAGCGCTCAGGCGTTCCATGCGTTGGCCAAAGTC--AATGCACGTGCACGTCCTCCCGTGTGGCGCTGCTGCGCGCTCCCGCCACCATGTCGCCATTTTGATTCGAAAAATATGACTGAGTTTT a score=3454 s danRer3.chr4 21276752 229 + 33808418 TGAAAGCTTTGCAGATTCTCATACTTGCATCTTTCCCCAGTGTCAGTCCATCTGAGGCGTGTATTCGAGGAAGGCCTGAAGG---GAAGTGGATCTCATGCAGATTAATGCTAGGTCATTCAGTGCCGTCTGCATTCTGCC---ACTCAAATGCCTGTCGTCCTGTGGAGGAGGTGTAACTAAGGATTCACACGTTTCATCAGCTGGTAAACAT----ATATTTATTTAAAGGACTATA s fr1.chrUn 42753551 230 - 349519338 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TTATTGTTGTGC------AGAGACAATCTAATGCATCCCAGACTCTTTGTGACATCATCCGACTCAGTAGAGACCAGGCCAATCAGCTGTCAGAGGTCACAGATTCAGACCCATTACTCGCTGTCCTGGAGTCGTAAGTGTCCATATTAATTAGCTGAGATTATATGCATGCATCAAATTCAGCCATGTGGAATAAAAACTGCTGGCCAGACATTGTTTCTTCTCTGTAGTTATTGTTATTTTATTGCATTCACTTATATTTCTGACTTTCTAGACAAGAGAATGTGGCAGAGCTTTTAAAGAACATGTTTGAAGGGGAAAGGTCTGAAGCGTCTGTCGTCAATGGAACGCAAGTGCTTCTTACTTTACTGGAGTCACGAAGGTCAGGGTGA--GTTCAACCATTACAAGGCCTAATT--AAACTTAAAGTAAACA--GCTGTAGTCAGTCACTCGCTGTTCTCTCTTTTTTTCTTTTTTTATATTTTATGATCCCTCTATTA s fr1.chrUn 21583592 447 + 349519338 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AGAGAAATCCCATGCTGACTACCCTGGGTGTGCTCGAGGAACCTTTTGGGAACACGCGCCTGCACGTAGCTAGACTGGTGGCCTCCCTGCTGTACACCAGTTCTTCTAGCCACGCCGTCATAGCGCAGGAACTGTGTCGGCTCAATACGATGGATCTGCTCCTGGTAAGATGACTGT----------------TCCCAGAGT-----TCAGC--GCTGAGAG-GAAAGCTCAAGCT-----TAATGTTGTT--------GTTTTTTTTC---TTTCAGGAGTTGTTTTTCAAATATACCTGGAACAACTTTCTCCACCTCCAAGTAGAGCTTTGTGTTGCTGCCATCCTTCGGCCCTGTGCACATGAAATGAGACTTCAGCCTGGTTTG--GGATCTCAGGAAAAGTCTCATCT----------------------GGATGCCTCCCAAGACCAG------AGTTCCAGTGA----AACCATCTCCCAACCTCCGGTTGGCAGTGAAAGCTCTGCGTACAATCTAATGGTGACTCACGTGCGTGTCTCTTCTCACTCCG a score=-7409 s danRer3.chr4 21282926 1028 + 33808418 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s fr1.chrUn 276024592 1055 + 349519338 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s fr1.chrUn 340909959 972 - 349519338 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a score=108 s danRer3.chr4 21304295 91 + 33808418 GA--ATTATAAAAACTCTCCATGATAGGTCCAtgataaatcaaaatttataatgtttatctttctagcacacattgtctttatgtgaacaatt s fr1.chrUn 65346244 86 - 349519338 GATCAATACATAAACCCTC---AAGAAGATTATAGACAAAGAAGATGTATACCTGTTA----TACAGAACGCATGATTTTGCCACTCACAGTT a score=15858 s danRer3.chr4 21305690 498 + 33808418 TCCTTACACTCTCTAGTGAGCAGGTGCTCAAAGTCTATGGTGACAGCTACCCACATAGGCTTATGATTGTCATCTAGGCGGTAGCCAAAAATACTGATGTTCATTGTACTGCTGCTAGGCTCTGATGCCAGTCCTGCCAGAAAGAACGGGTGGTCTGTGAAATTAAATGTCTTCCAACACTGCCCTTCATCTGTGGAAAACCTGAAAACATCCAGATGCATGACAGTTTTATGAGACGGCAGCCACAAATGACTTTCAGAATATTTAAAACCACTTCATTTATTATGAAAGGAGACTTTTTTATTTATTTATAAATGTTACTTTATGGAGCTGATCCCTCTGTCTCTGCGCGCCTCCACAGCCACTATTAGCCCTCCAGAGTCCAGTATGCTGTAGTGGTGAGGTCCTCTTAGAGTTCCCCACCATGTGTAACCTCCATCCCTAGACACATATACATCAGGGCGGGCTGCTGAA---ATGGAATCTCCAACACTCCCTGTA s fr1.chrUn 340911133 470 - 349519338 TACTCACACTCTCTTGTAATAAGACTCTGGAAGTCAATGGTGACCGCCACCCACATGGGCTGGCCGTCATCCTCGGGCCTGAAGCCCCACACGCTGACGCTCATGGCCTTGGTGCCAGGCTCAGACGCCAGGCCTGCAAAGAAGAACGGCTGTTCAGTGAAGTTGTAGGATTTCCAACACTGGCCTTCATCTGTGGAAAACCTGGCAA----------------------AGGAGACATTAGCCACAAAATTACTACGGGATCTCCAAGG-------ATTAGTTGCGAGATGATACCAGCGAACATATCAGTGCA--GTACTTGATGGTCTTGACTTGTCCTTCGTGGTGAGCCTCCACAGCCACAACCAGTCCGCCAGAGTCCAAGATGCTGTAGTGGTGAGGGCCCCTCAGCGTGCCCCTCCAGTTGTAACCCCCGTCTGTAGAGACGAAGACATCGGGGTGCTGTGAGGAGGACAGAGAGTCGCCCACGGTCCCTGCA a score=4747 s danRer3.chr4 21306533 152 + 33808418 TACAGTACAAGGGAAGGACTAG----TACCATGGCCGATGACCAGACCGATAGCTGTAGGTTCAGAGCTAGGCGTCATGGGAGTGACTCCACTAAAATGACTGTGCTCTCCATGGATGTGCAGGTTACACTGTAGTAGAAAACA---TATTTTTACAGC s fr1.chrUn 340911684 159 - 349519338 TACAGACTGATGGAAAACGTAGCCGTTACCGTGAGCGATAACCAGGCCGATGGCGGTGGAGTCGGACAGTGTCACCATGGGAACCATGCGGTTGTTGCGGCTGTGCTCTCCGTGAATATGGAGGTTACACTGGTGGAGGAAGCGCGTCATTCTTACGGC a score=3013 s danRer3.chr4 21307170 160 + 33808418 CAATCGACATTCTCTGGCTTTTTCAGATATCTCCATCGTCCCCCTCTGTTGAATGAGATGACTGAACGAATGCATCCACCTGCAGCCCAAGAACAGTTTGACATTGTTTAATAATGACATCAGCACCACTACAACTGTGATTGGCCATTTCGTCCTTAAG s fr1.chrUn 340911897 158 - 349519338 CAGTCCACGTTGTCGGGCTTGTTGAGCTGCCTCCACGTTCCTCCTCTGTTAAAAGAAATGACGGATCTTATACGGTTGTCTGCAA--CAGAAACCGTCAGCGATGCGTCAGTGACAAGGAGGATCTCTCCACCGATCAGGCTAAAGGTTTTGTCCTTGAG a score=281 s danRer3.chr4 21310539 583 + 33808418 AATATAACCATATATATTTTC------TTTACATGTTTGTCGGAGTAGTAAACTCTGTTAAGTTGCTCTTTGTAGCATT--------GGGAGAAATCTCCATATTCGAGCCACTGCTGAAATAAAATATATGAAATTCAATATGGTGGAAAAAAATGTTCATAGACAAAATATAGCATGAAAACATATCTTACCTTATGTTCTTGAAGATGGGACCCCCAAAAGTGTAGCTGAGGATCAGAGAACTTAAAATCCAAACAGAAATCATGTTGTTGATCAAACAGCAGAACCGATTTACTGAACAGAGTGATTGTGAATGAAGCAGAACAAAGTTGATTTGAGCTTATATTTCATCCTCTTTCCATTTAAATGCTCTTTAATCTACCAGGAATCTGTATGTATGATGTGTGATTCCCACAGGTAAGAGTAGGTTTTGTCCTTAGATAAGACAGTTTAAATAATGGACAAGATAGATGTGACCAATGTTCCCTAAAATATTCAGGATCTGACAGCGACGGTGTAAAAGCCACCG---AAGAATCA---ATGAATCACTTGCTCTCATCATTGTTAAGTGTTTG-----ACTGAGATATATTAGTAGTCAGA s fr1.chrUn 279750138 537 - 349519338 AGTATAGTCGAGCATATCTTTGCATCTTAAATGTGTCCATCGAACGTGTTCATTTCGATCAATCG-TATTTGTTGCATTTCTTTGAGGTAAGAAATATCCACGCTGAAGCTACTGGCG------------------TCAGT------GAAAACATTGTC--------AAGTCTAACA---AAACTTATCAAAGCCAGT-CTCTTTAAGTTCAA---CAGATAACAGAATTTAAGGTTTA---AACTTAAACTTTAGAGACAAATTAGACTACCTAGAATACGTTTGGTTAAGTTTGCTGATCATACTGACCAGATAACTAATAGTAGAAAATAGAGCAGTGATGAGCTTGTGTGACCTTCCCATTAACATGGCTGTTAATCTGCCATTATTTTACATTTTAGTTATGTGCTTT-----GTTACGGG--------GTCATGACCCCGGACACATGTAAAACTGGATGCTGTAACTG-------TATTTCTTTTGTCCCTCAGCACCTCAGAGAAACCCTTCTAAGGCCTCTGATTAAGAACCATATCTAAGTCAGTTGACCT--------GTAAGTCTCTGCATCTCCTTTAATCTGTTAGCGATCAAA a score=14629 s danRer3.chr4 21313235 326 + 33808418 CTGTGAGCCTGCATGGGTAGTAACAGGTTATCGGAAGTCCTCTGCAGAGAACATACCCTTGGCCCGTCGCAGGATGGAGTCTTTGGAGGCATCATATGGATGCTCTTTTGAGGGAATCTCTAGCACAGCCGGGATGGACTGCATGTGGGCATCAATGGCATGTCGAATCATCTCTGCGATGAACTGGTTGATAAGGATGATGCCAATGTCATTGCGAGCAAGGAAACTCCTGTTAGTCATAAACGACAGACATGCTGTAGTTAATGTTGACAGAAAAAAAATTGTACAATTACAAAAATCTACTATTCTCTGCATCTATTTGTTAA s fr1.chrUn 303507392 314 + 349519338 CTGTAAACATGTGGTGTTTG-GACAGATTATCGGAAGTCCTCGGCGGAGAACATGCCCTTGGCTCGCCGGAGGATGGAGTCCTTGGACGCGTCATACGGATGCTCTTTAGATGGGATCTCCAGCACGGCAGGAATGGACTGCATGTGCGCGTCGATGGCGTGGCGGATCATTTCAGCGATGAACTGGTTTATCAGAATGATGCCGATGTCACTGCGAGCCAAGAAGCTCCTGGAGGGAGGAACAGGAAGTCAACGGGAAGTTAGCTTTGCGAGAGAC-------TTCAATCAAAAGCATCAACT----TTTTCAACTGTCAGTTAA a score=10487 s danRer3.chr4 21314497 355 + 33808418 TCATCCATATATTTGTAATGACACATATTTGATAATTAGATTGTAATATATGATGTTGAGT-CATTCAGACATTTAGGATCGTGTCACTT---ACTTGAAGGTCTCCTCTATCTCTGTAACGCTGGTTTCCTTCTCCACCACCAAGAAATTGGGTTTACGGTTTTTATTGAGCTCTCCGATCCCTCCGAGGAGAAATCCGGTGCACGTGTCTTCATCACCGATAACTGCGATTAATTTTCCTCGTCCGGGCATCGTGACTTT----GTCTTATATTTTGCTCAAATAAAAGACGCAGAATGGACGAAATGTTTTCCGTTCAG------------CAGGATCATATGCTTTAATCAGCTGACCACTTCACTTCCGC s fr1.chrUn 303507848 350 + 349519338 TAATCCACGTTTCTATGGTAACATATTGTTTCTAGATAT-----------TGACGAAGAGCATGTTCTGACGGGTCCGATGATGGCGCTTCTCACTTAAAGGTCTCCTCGATCTCCGTGATGCTGGTGTCCTTCTCCACCACCAGGAAGTTCGGCTTGCGGTTCTTGTTCAGTTCGCCGATTCCTCCGAGCAGGAAGCCCGTGCACGTGTCCTCGTCCCCGATAACAGCGATCAGTTTCCCGCGGCCGGCCATCACGAGCTTCAGACGCCAAAATTTCAC------------CTCAGAACGACAAAAGAGTTTAGCTGTTAGCTAACGGAGGCTCGCGATCACGTGAGGAGATCAGCTGACCGA--CACTTCCGC a score=4422 s danRer3.chr4 21315387 108 + 33808418 TTGAATGTCAGACTACTGCT---TTGACTCAAGGCTTGGAGAGAATACCCGATCAACTTGGGTACTTGGTTATTAGTGAAGACGGAGTACTCGCGGTAAGCTGTTAAAATT s fr1.chrUn 303508523 110 + 349519338 TTATGTCTCAGACCACCGCGGTGCTGACCTCGGGTCTGGAGCGGATCCCGGACCAGCTCGGGTACCTGGTCATCAGTGAGGACGGAGTTCTGGCGGTGAG-TGTGCAGATT a score=6489 s danRer3.chr4 21316810 136 + 33808418 TTGTAATCTACAGTCGGCAGGAGAGCTGGAGAATGACGAGCACACAGCAGGAGTGATCATGCAGATGGTCCGAACAGCTTGTCGCTTCAGATTACATGGGACTGCAGAGCCCCCATTCAAGCGCATGTCTGGTAAG s fr1.chrUn 303508809 136 + 349519338 TTCTGGTCGTTAGTCTGCAGGTGAGCTAGAGAACGATGAAAACACTGCAGCTGTGATGATGCAGATGGTCCGAACGGCCAGTCGATTTCGGCTACCTGGATCAGCTGATCCGTCCTTCAAACGCATGTCAGGTGAG a score=4212 s danRer3.chr4 21317491 154 + 33808418 CTGATATTAATGTATA--TTTTTTTCTTTCCT---------TTTTTGTCTGATGTC-----AGTGATGTTTGAAGACTACGTCTATGCTGTGACCATCTCCGGACAGAAGGTTTTCGTAGTGAAAAGGCAGAACAACCAGCGGGAGCCTGTTATCGTGTAGTAAAGAGGA s fr1.chrUn 303508962 170 + 349519338 CCGAGACTAACGCACAGGTGCGTGTCTTACCTGGACTCAGCTGTTTGTCACGTGTCTCCACAGTTGTCCTGGAAGATTTCGTTTATGTGGTGACAGTTTCTGCTCAGAAAGTCTTTGTTGTCAAACGTCAGAACAACCAGCACGAACCAATCGGAGTGTAGCGAACCGGA a score=29488 s danRer3.chr4 21328857 1162 + 33808418 ATCTGTGTTTACTTAGCAGGTGGAGATCATATCGGAGAGTATGAAACCTGACTGACGG--------TGATTAAC--CATGGAGAAGTTCGGTATGAGCTTTGGTGGAGGCCCAAGCAAAAAAGAACTCCTGGAAACCATTGAAGTGCAGAAGAAGCAGCTTGTAAAGTATCAGACACGCTTTAAAGATGTTGTCAGAGCTTACCAAAGCCTGCTTAAAGAAAAAGAAGCCTTGGAAGCCAGTCTGAAGGTTCTGACCATTTCTCAAGAGGTCGATTTAAGTCGTGTTGATAACCTCTCATTTGGTGAAGCTTCAGGAAGCAGAGCTTTGCCTTCTGATCTTGGAGATGACCGATGTTCACTTCATAGTGAAGACAGCCTGGATACAGCAGCCTCTGCTGAAACAGCCACTAGCGTGACGAGCAACAGCACTAAAGGAGACCAAATCGAGGACGATCAAAGCTGTGCTGTAGATGGAGCCACAGCTGGGG------------------------------CTGTTGTACA---------CACTTCACC--------------CCAGCAGTCTGAGGAGGCAAGTGGGTCTGAAAGTGGCGTAAGCACCAGCAGCAGTGGATGTTCAGAGCCGACACCACAGGT---------------GGCAGACACTGATCGCCGGGTCATCCAACTTAAGACGCAGCTGTCCACACTGACCAGTTCCCTGGCCACTGTTACCCAAGAAAAGTCCAGAATGGAAGCTTCATTTCAGGCGGACAAGCGGAAAATGAAGCAGGAACTGGAGGAGCTGCAGGCTAGGCTGGAGGAAGATAAGAAGCAGCACCAGGCCGAGCTTCAAAACCTGCAGGAGCAGTTTGCGGAGAGCAAAGCAAGAGTCATAACCCAGCAGCATGAACGGGAGCAGGAGCAGGGCGATCATGCGCTCATGCTCCGAGAGCTTCAGAAACTCCTGCAGGAAGAGAGGGGACTGAGACAGGATGCAGAACTCAAACTGGAGGACGCACGGGCGACGCT--GGCTGAAGCCATGCAGGCAGCAGACCGAGGGCTAGATTATGAGTCGCAGCTGAAAGAGATCATTCAGGAACGGGATGAGCTGAAGAAGAGCCTGAAGGCTGCAGCGGTGGAGAACAGTAAACCTGACCCACGGGTGGAGGAGCTTCAGCAAGAGAACGCAGACCTCAAAGCTCACTTCAATCAGCAACTTCAGCAGGAAATCAGAAAGGTA s fr1.chrUn 303512415 1198 + 349519338 ATCTCTTTTTGTTTATGTCATGTTGATTTTCAGAAACCACATGAAGCTGTTGTGATGGATCCAATCTGATCACCAGCATGGAGAAGTTTGGGGTGAGTTTTGGGGGAGGGCCCAGCAGGAAAGAATTGTTGGATACCATCGAGTCCCAGAAAAAGCAACTGGTCCAGTACCAGACCCGTTTCAAGGATGTGGTGCGAGCCTATAAAAGTCTTCTGAAGGAAAAGGAGGCTCTGGAGGCCAGTCTAAAGGCCCTCACTGCGTCCCAGGACACTGAGCT---TCATGTGCACAGTCATCTGCCCCAACAAACCTCAGAAGTC------------------CTTGAGGATG---GGTGTTCGCTCCACAGTGAAGACAGTGTGGACACCGCAGCGTCCGTGGAGTCGCCCA------------GTGAGAGCACCAGAGGGGACCAGAGTGAGGAGGACCAGGCAGATCCAGGAGGCCGGTCCAGCTCCGTGGTACGTCTGATCATTTGCCAACTAAAACGTCCTCTTGATCAAGGCTGAATCACCTAACCATTGATATCATCTTTCTGCAGATTGTGAGGTC---TGAACTTGATGGTGCCTCGGAGATCAGAGGTATGGGGG---CGGAGCAACCGCCACAGGCCACACTGTGTCCCACGGCCGAGGTGGACCGCCGCCTTGCGCAGATGAAAAGCCAACTGAGCACGCTGACGAACGCTCTGGCCACAGTCACGCAGGAGAAGTCACGCATGGAGGCCAGTTTCCAGGCTGACAAGCGCCAGTTGAAGCAGGAAATGGAAGAGCTGCACGCCCACCTGGCGACCATGAAGACAGAGCAGGAGGCGGAGCTTCATGGCCTGCAGCAGCAGCTGGCCGAGTGCCGCGCCCGCATCATCACGCAGCAGCACGAGAGGGAGCAGGAGCAGGGCGATCATGTCCATCAGCTCCGAGAACTACAGAAGATTCTGCAGCAGGAGCGGGACACGCGTCAGGACATGGAGCTCCGCCTACAGGACGCCAACGCCACGCTCCTCCTGACGTCA--CAGGCTGCAGATCGGGGGGTGGAGTTTGAGGCTCATTTGAACAAACTCAGAGAAGAGAGAGATGACCTGAGGATGAGGCTGCAATCGGCTGAGGAGGACCAGAAGAAACTGGATCCCAGGGTAGAACAACTCCAGCAAGAGCTGTCAGAGCTGAAGACACATTTGCAGCAGCAGATCCACATGGAGACCAGGAAGGTA a score=43968 s danRer3.chr4 21331486 1378 + 33808418 TTCAGGAGTAACACTGGACACGCATGGTCTTTTAGTTATGTAAACATTCTTATTTTTTGTCCGCATATTTAAAGGTGGCACAAGCAGATGAGCTTCTCCGAGAGCAGGCGAAGATGGAGGAGATCCGAGTTGCCAGTCTTGAGGAGAGAGTATCTGAGCTCTCTGAACTCTTGGGTGCTTGCGAGAAGGCCAGACAGAAGGACCAACAAAACACTCAGAGGCTACGAGAACGCATCCTTCAGCTCGACACAGAGAACAAAACCCTCGCCATGGCTGCAGTCAACAGGACAACAAGCTCTGATCTAAACATGGATGACATGAACTTGAACGTAGACGCGTTAAAGGACAAACTTGAGAAGGTGAAGAAGTTACTCCTACTGGCTGCACAAAGATCTCAAGACCAGAGCCTAGATATTGAGAAGCTGCTGGAGGGAGGAGAAA--AGGACCACGAAGTCTCTGAAAGCGAGAAAGCCTCAGCGCTCCACTACCAACAAGAGCTCCGGCAGATAAAAGAGGAGTTTGAGCGCTACAAAATGAGGGCGCAGGGGGTTCTGAAAAACAAGAACACAAAGGATGGAAACCAGGCCAAAGAGTTAGAAGAAGCACGAGATCAGTTAGCTGAGCTGAAGGAGAAGTATATCAACCTTCGGATACAAAGCGACGAAGCAGAAGTCAAGCATAAACGGGACCTAGAGGAGCGGCAACAGGGACTTGCAGCGCTCCAGCAGACACACAAACAGGAGGTTGAAAAGCTGGAGGCTCAACACCGGGAGAATTTCATGAGGCTTGAGGAAGAGTTGCACAAACAGAGAGATCGCACAATGGCCCTCCTGGCAGAAAAAGACCTTGAGCTGGAGCGACTCAGGGCATCAGCAGTTATGGGTTTCGGAAGTCACCAGAGGCACATTATCAATAGCAGTGCAGCGTTGGAAGGTGGTGACCTTGACGAAGTTGATCCAGAGCAAGAAGAAAGCGACATCATCGCTCAAGCTCTTAAACTAGCAGGTCCCAACGAGCCAACTTTATTGCTTTATGCCGAACAGCTGGCACGCAAAGAGGTAGAAGTGGCCGCCCTGCGCAAACAAAAGCATCGGCTAGAAGAAGACTTGCACCAACTACAAGGGAAGCTAATTGCTAATGGGGAGAGGCATGAGGAAGAGCTTGTGGAGCTACGGGGCCAGCTGGACAAGCGTATTCGGGACAAGGGGAGAGATGGGGCCAACCTAGAGTATCTCAAGAATGTGATTTATAAGTTCCTCACGCTCCAAGACACCAGAGGGCGCCAGCAGACTCTTACGGCCATTTTGACCATTTTGCACTTTAGTCCTCAAGAGAAACAAGTGGTGCTGAAGCAGCAACAGCACAGTTGGTGGACGGC s fr1.chrUn 303513643 1316 + 349519338 TTCTGGGGGGACAGTCCAAGACCGTGTCTGTAGGGTTGTGCTAATGCT-----GTCCTGTCTG---ATTTCCAGGCGCGTGAAGCTGAGGAACGAGCTTGTGAACGTGCACAAGCGGCAGAACTTCGTGTGGCAGATCTCGAGCAAAGGGTTTCCGAACTGTCGGGGGTTCTGGGTTCTTCTGAAAAGACCCGGCAGCGAGACCAGCAGGTGGCCCAGAGGCTCCGAGAGCGGATCCTGCAGCTGGACACGGAGAACAAAACCCTGGCCATCGCTGCGTCCAGCAGGACCA---GTGTTGACCTCAACATGGACGAGTCTCAGCTGGACGCCAGCGTGTTGAAGGAGAAGCTGCAGAAGCTGAAGAAGCTCTTGGTTCTGGCCGCTCAGAGGAGCCCCGACCCCGACCTCAAGACCG-----TCGCTGAGGTGGAGATGAACGAGGACCAGTG---------------------CTCGGTGCTGCAGTACCAGCAGGAGCTGCGGCAGGTGAAGGAGGAGTTTGAGCGCTACAAGCAGCGAGCACAGTTGGTTCTGAAGGGCAAGAATGCAAAAGATGGCTGCCAGACCCGGGAGCTGGAGGAGGTCCGGGACCAGCTGGCTGAGCTCAAGGAGAAGTACATCAACATGCGGATCCAGAGCGACGAGGCCGAGGTCCAGCAGCGCCACCAGCTGGAGGAGCAGCAGCAGCAGGCGGTGGCGCTGCAGCTGTCCCACAAACAGGAAGTGGAGCGGCTGGAGACGCTGCATCGGGACAACCTGATGGTGCTGGAGGCCGAGCTCCACAAACAGAGAGAAAGGACCATGGCGCTGCTGGACGAGAAGGACCAGGAGCTGGAGAGGCTCCGGGCCGCAGTGCTCATCGGC--------CCAAAAGATGCGGACAA--GATGGCCGACGAACG---------GCTGGACTCCCCGGA---GAGCGAGAGC-----GAGAGCGACGCCATCAGCCAGGCGCTGAGGCCGGTGGCGCCCAACGAGCCCACGCTGCTGCTCTACGCCGAGCACTTTGCCAGAAAGGAGGTGGAGCTGGGCGGGCTGCGGCGGCAGAAGCACCGGCTGGAGGACGACCTTCACCAGCTGCAGGCCAAGCTGGTCGCCAACGCCGAGCGCCACGACGAGGAGGCCGCCCACCTGCGAGCGCAGCTGGCCAAGCTCATCAGGGACCAGAACAGAGAGGGCGCCAACATGGAGTACCTGAAGAACATCATCTACAAGTTCCTGACGCTGCCGGAGCCCAGCGGGCGGCAGCAGACGCTCGGCGCCATCCTGACCATCCTGCACTTCAGCCCTCAGGAGCGGCACAGCGTGATGAAGCTGCAGGCGGCCAGCTGGTGGTCCGC 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AAAAGCACTTTCAACACTTTCAAGTTGTTGCTTAAAAGCTTCATCCACGAGAGTTCTGACAGAATAAGCTGAAGAAAGAGGACAAAGTTCCTTCGTGAGGCTGAACCAGTAACGTGCTGGTTAACCTTTTCCTTCCTGTCATCTTCGGGTATCTTAATAGCTTTCGTGGCTGACCCCTGATCCTTAGTGTGAACAGAGTGAGAGGTTTGGACTCCCACCTGTAGAGGCCGATCCAGTCTCCCTTCAGTCTGGATGTAAGCTGAGGTCCAGCTTTCTCCAGCGTCTTCATGAAGTCCTGCTGGATAAAAGGGTGAAGTTGGGGGGGACTCTTCCAGGGACAGATGGACTTCTGCAGAGGCATCAGACTGGCCACGTACCGCTCCTAACACACACAAACACATACACAC---ACCTGCATATTAGCTCTGACTTTAAACCTCATCTGTAAACACA--------------------------CAAAT--------------AAATAAATCACAATCGAAATACAACTGAAACAACAACTTTGGAACTATCTATATTCTCCACTACAATTAGATTAAAATCCATTCAATAAA------GTACTATTAAGCA a score=4371 s danRer3.chr4 21339980 262 + 33808418 TCACCAGTGGAAGAATGAAACTCTGAGTTTGCTCCAAGAGATGTCGCCTCAAAATGGCACTCTGCACCTCTGATGGCCTTTTTTTCTGGATACCCTGAAAGTAAATTAGAAAAAAACAAA-GCA----AAAACTCACATGTA------CGAATAATTTCAGGTAAA-----------ATAAAATTTGTAG--------TTTTCCAACAGACAAATATACCC-------------------------TACCTTTAAAAGTCGTTTGATCAGGGTTTTGTCTTTGTGTAGGAAGGTCTTGTATGCAGTGTAGATACCTT s fr1.chrUn 82731038 317 - 349519338 TCACCAGAGGAATGATGAAGCTCTGGGTCAGTTCCAGGAAGTAGCGGCGAAGGATTGCGTTTTGAGCAGCCGACGGTCTTTTCTGCTGAACCCCCTGGAGACAATAAAAACAACCACAAACGTACCACAGAAGTCACGCGCGTCTCATCGCACACACCCCGGTCAAGACGATCGTGCATAGATTCTTTTGATGAAGTGTTTTCTGACCGATAAATTCAGCCGGAAATGGATGAGCGAGGAGGAACTCACCTTCTGGAGCTGTTTGATGATTTCTTCATCTTTATTCAGATATGGCTTGCAGGCCGTGTACACGCCTG a score=2430 s danRer3.chr4 21340517 147 + 33808418 TACCTGTTTTGGTATCCAGTGTTTTTAACTTTGCCAATTTCTTGATCTTTACTTGCTTTGGCAAATCACCT-----GCAGAGAA-----AATCAGATTTCAGATATCTTTGATGCAAAAACCTATTAATCAGGAGTGATGTAAGAACTAGAAACAAT s fr1.chrUn 82731451 153 - 349519338 TACCAGGTTTGGAATCTAGTGTTTTCAAATTTTTCAGTTTCTTGACTTTCATCTGTTTAGCCATTTCCCCTGGGAGGCAGAAAAACAGGAGACACAATTTGGCTGTCACAGAGGAGTATGTCCAGCTTTCACTACTA----AAAAAGTGTAAATGGT a score=6550 s danRer3.chr4 21340664 474 + 33808418 TACCTGACATCTTCAGTTCTCCAAGGCGAATGATGTGAGGCCAGCTCTGAAAGGTCTTTATAAAGAAAGGGTTTGTGACACCCAATATAACATTGGGTCTGAAAGTAGAAAACAGATTTAGTCAAGGTTTCACCCAAAAATTAAAAGGCAAATTTGAAGAATATCCTAGATGCAGTTTTCAAGACCATTCAAGTCATAAATTCTTCAATTATTCACTTTAATTATCATTCCAAAACGGGACTGGAATAGAGTCATACTTCAAAAACATATTTTTAAAGAATTTGATATAACCTGAAGGTGAATCAGAATTTTCTTTTTTGGGTGAATGATCGCTTTAGAGAAAGACTGTAAAGTGTAGTGCTTTTTTGCTTACGGAGCCTGAGTCCTGGTGGTGTATTCCTTGAATTCACTGTCATGAATGGTAAAGTATGGTCGGTAATCACCAAAGTAGTGCAGTGGGTCAATTGAGCTGAA s fr1.chrUn 82731720 347 - 349519338 GACCTGCTTGCTTCATGTCTCCGATGCGGATAATGTGAGGCCAGTGCTGCAGGGTTTTAGCAAAGAAGGGATTGGTGACTCCCAAGATGACCGACGGTCTGTTAAAAGAA-----------------------CCAG-----------------------------TAAATGAGCTTTCCCTCCCCATCAAAG------------------------------------------------------GAGGTTTTAGGTTAAAAAAAAAA----AAAAAACTCAACAAGGC---ACAGTAAACAGGAAGT--------------AATGGTTACACTGTAAATACAGCAGCAGGTACAAAACAGGATTACTGACGGAGCCTGAGTCCTGGTGGTGTACTCCTTGAACTCGCTGTCATGGATAGTGAAGTAGGGCCGGAAATCACTGCAGTAACGCAGAGGAGAAATGCAGCTGCA a score=5175 s danRer3.chr4 21341877 483 + 33808418 ACCTGACCAGAGCCAGCACAGTCTCTGAGGACACGGTTGGAGAAGGTGCCATTATAACCACCGGCTCTCCCAGCAACATCAGCTCCCAAAGCATCTGCACGTGAATCAGGACCGACTGGAAACATCTGAATAATGAAGGTCAATCAGGGCAGCTATTAGTGACGGCTGTAAAATCAACAGATGGCTTCGTAATTGCAGAACAGTGCAATAC------TCACTTAAAGAGATCCAGCTCATGAAC-------TGATGGAAG------------------------AACTGTGGGAGCCGGGAGCAGATTCTGCAATCATGAAACCAGATGTTAACCATATGTACAA-ATAAAAGCA-TATGTGAGCATAATTGT------------TGTATTTAAAAA---AATGTGGTGTGCACCTC---TGTTTGTTGTTGTTTTACGGGGCTTCCTTCTGCTGTTTCAACTTTTGAAGGTATTCTGATCTGTAGATTCAAAACCAT---TTGATAAATTGGATGAAAAATATCATATTAATAATCATTTAC s fr1.chrUn 82732149 497 - 349519338 ACCTGACCAATGCCAACACCGTATCTGATGACTCGGCTGGCGAGGGCGCCATGACAACAAGAGCCTCTCCCAGCAAGACCAGCTCCCACAGCATTTGGATGTGGAAGAAAACAGGGTGAAAACACCTAAACAGAGAATA-AAGTTAGGGCA-----TAGTGAC------CATGTCCAC---TAGTTCCCAAAC------ACATTGAAATACCCTTGTTCACTTAATTTAGTTCATTTCTCAAACATTACCTTGGTGCATGTTTCAATTATAACTTTTCTAATCTTCCTTTGGCAACCAGGATAAACACAAACATCCCTGTGAGCAGCTTTTGTCTGAATTTCTGGTCTGAATGCAGCATACGGATATTATTGCACAAACTGACAGTGTATTGAAATAGTGAATAGACTCTGGATCTCAGGTGTTCTCTTCAGTTTC------CTTTCTTCTGTTG-----------------ATTGTGCTCAAGAGATGAAAGATTGTTTCTTGAAAAACAGGATAAAAA--CCCCCAACAACATTCATTTAC a score=2328 s danRer3.chr4 21342360 256 + 33808418 TGCCAGCCATGGTCC----TTTCATAGTCAATTTGAGCATTTTTATTAAATGGTCAGATTGCTTGCCAGTCAAACTC-----CTGGCGAAGGGGTGAGTTATTTTATTTTTTCCAAAATATCATGTAA-----TAAATGGCTTTT---------AACCAAAAGAACAATTATATTTTTCATCTTTAACAT------------TCTTACCTGCATCACCACACCCATCACAGGTAAGTTGAGGGTCTGTCCTGGAACTGGTGCTGGCCATTGGTCAATCTCATTACAGACTG s fr1.chrUn 82733396 284 - 349519338 TGTGAGCGACAGACCACCATGTCTGACACAGCTTTATC-TTCTGAATACACTCCCAAAGTAATAGCCAACCAAATTTGTGTGCTTGTGATGGGGTG------TGTAGCTTTTGGAAGAGAACAGGAAACCAGTTATCTGTCTTTTTATGATTCAAATCTAAATGCGAGTGTGTGCGTTCCTGATTAAAACAAACAGGCAGTGCGGTACCTTGATCACCATGCCCATAATGGGCAGAGTGAGGATTCTTCCAGGATGGGGTGTTGGCCAGCGATCAATGTCATTACAAGCTG a score=6029 s danRer3.chr4 21343257 126 + 33808418 CTCACCTGTCTCCAGACAAGGTTCAAGCTTTTCAAAGTATTCAGGAGCAATGACCTGCAGCAGCGAATGGAAGAGGTTCACAAACGGAAGTCTGGACACCACCACCAGAGACT---AGAGACAAAGAAA s fr1.chrUn 82734086 129 - 349519338 CTTACCAGCCTCCAGACAAGGCTCCTGTTTCTCAAAGTATTCTGGAGCCATGATCTTCAACAGGGAGTGGAAAAAGGTCACATAGGGCAGCTTACTGACCAGGACCAGAGACTGTGGGGAACAAAGAAA a score=4684 s danRer3.chr4 21343489 121 + 33808418 TTACACACCTTCTGAAAGTAGCCCCTTTTGACAGTCGCATCTTTCACTTGTCTGAAATACACATACCCGTGCAAATGTGCATGCTCCTTCTGAAAGACAGAAACGTCATTTAAAAACACAC s fr1.chrUn 82735398 113 - 349519338 TCACTGACCTTCTGAAAGTAGCCTCTCTTCAAGGACTTATCTCGCACCTGACGGAAATACACATACCCATAGTAATGGCCCAGTTCCCTCTGCAACACACAGA--------AAAAACACAC a score=1983 s danRer3.chr4 21344456 120 + 33808418 AACCTGCAGGGTCACAGGGGCATCCCTGTTGTACACATCTTCTTGTCCAAACCAGGAACTA-------------CTGCGGCCTACAGATTGCCGCAGTCTGAAGCTGAACTGAGTGTCCCCGAGGCATCCTGG s fr1.chrUn 82736625 120 - 349519338 AACCTTCAGACATGGTGGGGCATCCCGATCA-----GTGTTCT--------CCAGGAAACAGCTGAGAGATTGTTTTCTGTTTGAACCCTGACGGAAGCGGAAGCAGAACTGGGTGTCACCAAGGCAACCTGG a score=2905 s danRer3.chr4 21344646 261 + 33808418 AAATCAGTCTGTGCCAGCACATTACCTGAGTATGAGTCAGGAAACGACAAGTAACAGATGCTGGTTTTCTG---AAAAGCATAAAAAGCAAACAGTTTTGA--GGCATTTTACAAGGAAATTTGTATTTGTAACACCTTTTACAGATG------------TATAATGCAGTAGCTGGTAATAAAAAAA---AGGTAAATGATTTTAAT----------------TAATTTGCACTTACCTCCTTTTCTGTGAGTTTGACATCATGAGGGTAAACAAGCTGAGGACAACATGAAGAAT s fr1.chrUn 82737964 291 - 349519338 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GCATGaaatataaatacatttat-tgaaatattttact--tactaaaactaaaaataagatgtaataaataagatta---------------taataaactgttttaaata--aatataataaataaaaattatattaaaCCAAAGAG----ATACAAATTTT-----------ACCTCAATCATTTTGATGCATTATATTTCATAATTTACAGCAATATTGTATTATAAATTGGGTCCTTATACTCGTTATG-----------------------TGATACATTATAACATTGTAATATTGTATATTTTGTTATAGTATACAATGTTACATTGTTC-TACTCTTTA--TTGTAGATCTACATTATTTATTAGGATTATCATTTGATCACCCTTGGTTAAAGTT--TGTGAAATTAACG-------------------------------CGTGCGCGTGCACTCGATGCGCAAGCAATAATCTGACAGCGCGCGCACGC-------------------GCGCGTCTATGACAGACTTTCGCCATTTTGAATACAAACATATGAACGAATTTT s fr1.chrUn 42751313 555 - 349519338 GCGAGAAATTAAAATAGATTTGCCTTAAATAAGGGAATATCATTGTAAACAATAAAAAAATGTAACGTATCAAATCGCTCATGGAGCAAAAGTCCCAAATTCCTATGCATATTAGGATTACAAATGACATTTGCATTTCATAACATAGTTTAATGCTAATGTTTTGGAATCATTATTGCGCACATTTCAATGCATAAAATGCCCTCGCGTCCATTAAGCCACGACTTTAACCTGGTTCTCCGTATCTTTTATAAATAAACGCGTCCATCTTAGTCACGTTTAATAAAAACAAACAAATCTTGCATACGATG----AGGATTGTATTTTACCCCGTTTATACTATATAGACTATCGAATTACATTTTTTGG---------CCTTTGATCAC---TGGTTAAGGTTAACTTAAACTTAAAGGAAAACGCATTTGTCGCAGTGAATAGCGTGTAGCGCTCAGGCGTTCCATGCGTTGGCCAAAGTC--AATGCACGTGCACGTCCTCCCGTGTGGCGCTGCTGCGCGCTCCCGCCACCATGTCGCCATTTTGATTCGAAAAATATGACTGAGTTTT a score=3454 s danRer3.chr4 21348763 229 + 33808418 TGAAAGCTTTGCAGATTCTCATACTTGCATCTTTCCCCAGTGTCAGTCCATCTGAGGCGTGTATTCGAGGAAGGCCTGAAGG---GAAGTGGATCTCATGCAGATTAATGCTAGGTCATTCAGTGCCGTCTGCATTCTGCC---ACTCAAATGCCTGTCGTCCTGTGGAGGAGGTGTAACTAAGGATTCACACGTTTCATCAGCTGGTAAACAT----ATATTTATTTAAAGGACTATA s fr1.chrUn 42753551 230 - 349519338 TAAATACTTTGCTGATTTGTGTTCCAGGTTATGT--------TGAGTTTCTCGACGTCTCATCTCCTAAAGAGGCCTGCGTGTTAGGAGGAGACC-CATGCTGATAAATGCCAGGCCTCACTGCACACTCTGTTGTCTGCACAAACACAAATGCCTGCCTTCCCGTCTGGGAGGTCTGATTAAATATATCCACATTTCATCCGTCGGTGTGTATGAGCATTTTATTTTGAAATAATTTA a score=242 s danRer3.chr4 21349772 161 + 33808418 TTTTGCAGTC-TCATTTTGAGACTGTCTTCTATTGCTAGAGATTTCATTTTAAAAAGATATATATGTCCCTGTGCACTTTGCATTATCCTTCACTTGTAT----TTGTTAT------------CTTCATTTTCTTTCCTTCTCTTTTTCAGGCTTGTGCTTCCTGCAGCAGCTGCCAC s fr1.chrUn 42754225 176 - 349519338 TTTTAAAGTGGTTATTTTTCTGCTGACTAGTGTTTATTGTGAGTGCATTTTTATTGGTTA-ATGAGTTAATAGGGACTT-GTATTATATTTGTTCTTTATAATGGTGTTATTTAAAGTCATACCCTCATTTCTTCTTCTTCTCCTTGCTCTTCACATACTTAGGGCTCTGTCCTACAT a score=7609 s danRer3.chr4 21349938 237 + 33808418 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TCCAGGTTTCCAAACATTGCCTGTGAGCTCCTGACCTCTGATGTGGCTCTTATCAATGATAAGCTGGGTGGAGACGAATCCCTTTTGGAGAAGCTCTACCATTTTCTGGAGCAGGAGCCCCCTCTTAATCCTTTGCTGGCCTCCTTCTTCAGCAAAACCATCGGCAACTTGATTGCACGTAAAACAGACCAGGTA-------CACACACATGAACACACCAAATAGTGCA--ACAGTAAT-----------------------ACTGGGGTTT------------------------------------------GTATAATTAG---------------------------------------CTTAATACGTTTTCTG-----------------CTGATCTGCTTGCAGGTAATCTCTTTCCTAAGGAAAAAACACAACTTTATCAGTCTGGTGCTGAATCACATCGATGCCTCTGCCATGATGGACCTATTGTTGCGCCTCATCAGCTGTGTAGAGCCTGCCCCCTTGAGGATGGAGGTCCTCAATGTA s fr1.chrUn 21582796 551 + 349519338 TACAGGTATTCAAATATAGCGTGTGAGCTGCTGACGTGCGACGTGGGAGACATCAACGATAAGCTGGGCAACGAGGAGCCACTGCTGGAAAGTCTGTATGCCTTCTTGGAGCAGCCGTCTCCACTCAACCCTCTACTGGCGTCCTTTTTCAGCAAAACAATTGGGAACCTCATCACAAGGAAGACAGAGCAGGTAACACCTTCAGGTACACGGCCAAGTCAGAGGAAGCATTTCTGTAATTGAAAAGTCTTAAGAGTTGTTGCAGTGGAATTTTATCCCAGATTTCCCAGTTAGATGGGAAAATATCCACCTGCAGTACATTTAGGTGCTAACTTTATGAGACATCGATAGAACTTGGTTGCACCTTCTCAAGGTTTGTGACGCACTTCCCCTCACTCTGGTGTGTTT--AGGTGCTCAGCTTCCTGCGGCGGAAAGAGGGCTTTCTCTCTTTAGTCCTGAAGCACATCGATACATCTGCCATGATGGATGTGCTGTTACGACTTATCAGCTGTGTGGAGCCACCCCCTCTCCGGCTGGAGACTCTGACAGTA a score=-6925 s danRer3.chr4 21351784 425 + 33808418 AG-----------------------------------------------------------------------------------CACGCTTAAATTGCAAG----ATATTAAGGAGAA-----------------TGAACATATTTCTGCTTTTTTAAGA-GACCACTTGCAAGCTTAATTCTTGTGAGCAACAAATATTTatatatgtta-----tgtatgagccatatcacacgagtagcagtgcgatatagctgt-------------atatcggcactggtggg-aggtgtgcgttgcgcttag----tgcccccac------cagtgccgatatacaac-----------------------catatcacacttctgcgagtgtgatattgcgtttttacaacagtttgacggcata---------attatgtatataaaa--------------acaaaatcaaacat--------------------------ggagagtctcaaaaaccct---------tttgtatgaggaaccactttcttccggattcaaatcataagctgacagttaaacagTTGAGCGTGCATCTTTTAAACTTTAGATctgt------agtgtctgctttttgctggctgt s fr1.chrUn 94585250 626 - 349519338 AGTCTCTGATAGAACAATGTAACGCTGTGTAACATGACCCTGCTCTCCGTCTCTCCCTTCTGTCCTCATCACTCCCTTTGACTTCCTCTCCTCTCTTGCCAGTGGCTGAATGAGGAGAAGGTGATCCAGAGGCTGGTGGACATGGTACAACCTTCTCAGGATGAGGACGTGAGTGT----CTTTTTTGAGTGTCTCATTCCTCCACAGGTGAACCACCGTATGCG----ACCACGTCAGGACCAGCGTCCCCTTCGTGTGACGGGCAGACTAATACTGG-ACAGGTGGACACGTGTCCATCACACCCAGATAATGTCCCAGCACGTCGCTGTGCTCCTATACACCTTCGCTAGAGTCACACACTGGAACAAAGAAGACGACGCCGAGGGATAGCGGGCATCTTGACTATATATTCATCTTGTATATATTCATATTATCTATAAATAACACGGACGTTCCGTACGAGATAAAACACTCGACTCCAGTAGCGACACAGCCAGAGGTGAGT-TCACGAGCACGAGGCTGTGATGTATCTGGGGAGGAACCTCTTCTTGGATCCTGAGC-----CTGTTCCTGGATC--TTGAGCCTG---TTCCTGAATCCTGAAGCTGTTCCTGAATCTTGAGCCTGTTCCTGGATCT a score=-843 s danRer3.chr4 21352334 141 + 33808418 ttataaatgtttattttgttta-aaatatt-----tttaCATTGACCTTA--------CTTTAAAAATGATACCTTTAAAGAACATCAAGC--AATTCAGTTGCTTAAATGAGACATTGACCCACATTGAACCTCATC--GTTTCCTCCGAGTTCTGGC s fr1.chrUn 94585980 156 - 349519338 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TTATTGTTGTGC------AGAGACAATCTAATGCATCCCAGACTCTTTGTGACATCATCCGACTCAGTAGAGACCAGGCCAATCAGCTGTCAGAGGTCACAGATTCAGACCCATTACTCGCTGTCCTGGAGTCGTAAGTGTCCATATTAATTAGCTGAGATTATATGCATGCATCAAATTCAGCCATGTGGAATAAAAACTGCTGGCCAGACATTGTTTCTTCTCTGTAGTTATTGTTATTTTATTGCATTCACTTATATTTCTGACTTTCTAGACAAGAGAATGTGGCAGAGCTTTTAAAGAACATGTTTGAAGGGGAAAGGTCTGAAGCGTCTGTCGTCAATGGAACGCAAGTGCTTCTTACTTTACTGGAGTCACGAAGGTCAGGGTGA--GTTCAACCATTACAAGGCCTAATT--AAACTTAAAGTAAACA--GCTGTAGTCAGTCACTCGCTGTTCTCTCTTTTTTTCTTTTTTTATATTTTATGATCCCTCTATTA s fr1.chrUn 21583592 447 + 349519338 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s fr1.chrUn 276019119 842 + 349519338 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a score=11843 s danRer3.chr4 21355965 1417 + 33808418 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s fr1.chrUn 21585093 1123 + 349519338 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CTTTTTTGTTCCGACAGAGAAGAACCCGCAGCAGCACAGGAGATGTCAGTGAACGGGCCGGTGTGAGAGCC---------AGTCGAACCCGCTGGTTTCAGCTCTGCAGACGTCCTGCGTCCTCGAGAGTGATTCTTAAAGAACCTCACTGCAGCTCCACTGTTTTTATAGAAGCATTCTGCCGTGTTATTGGACCCGGACAATGCCAATCAACAACAGAACTGAAGCGGCAGGAAATGGGAAAAAAAGCAAACTCAAGAAATCCAACAGACTGAACGCGGTGTAGAGGAATCA-TCTTCAAAGCGTCCCCCCCACCCCCCACCCCCACCCAATGTTGCACATTTGTGCAGTTTT-AATGTAGCAACAACCGAAT-CTGAGAGGCAACACCATCATTATTTTTTTATGTCCTAAAACTGAAAGATTTCTCTC---TACTTGTTCAAAGCTGTTGGAATCCTGTTATTTGGGATTAGACGTCACATTGCAG---------------AATGGATAGCACAGGCAGATTTTTACAGGCTGCCTTTACAATAAATACCTTTCCTCTTCTTCAAGCTTAAGAAAAAGC-----------------ACTTATGCAGCCACTTACTGTACATTTTAGCACAAC--------------ATGCCCACCCCTCATCTCTGCTAGCGCTCTCATCTTTTCTCATGCATATTTGTCATCCATCGTTTATGCTTTTTTTTCCCCCTCCCCCCCTTCAATTACATCTCGGGTTGCCACACATTGCCATGAATGTTTTAAAGTGTGTCGGGAGGT---CGTCGGAAAAGAGCTCTAATAGTATTAC----CGTCT---TTTGCTCATGTGCAATAATGTCAAGTAGCCATTTTATTTAAAATGAAATTCAGCATATATCTTTTGATTTTCAATCTAAAGACAGTTGTGTTCTATTGACTTGGGCAAACAAATCTGGATATGAATTTGTGTCGAAATTAGTTTGAATTTTTC-----------TTTCTTCATTTCTAGTGCATGTATAATTGGTTCTCTGTTGA-------CCTAGCTAGTGAGC--TACCTTCTGATTGTGATGACCTTTAACTTTGTT--ATTGCTATTCCTCC---------TAAATCAACCAAACTTTATCTACCTAAT 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ATGTGCCTAATTACCCCAACTAGAAGAGCACAAATCAAGCGCACCTCCTGCCCACATGTCGAAAACCTCTGTCTTAATGAGTTCTCCTGTTCTACCTGTAGGAAGGACAAAGCAGCCAGTTAA-TCTGACTGATGT--GTGTGTTTCCAACAGCAGGTGGTTCCTACGAGTGCTTCAAAGCTGCAAATG------TAGCGAAACACTCCCAGTTGCA----CCCGACAGCGAGGTGTTTAGGGCGGCTGGTAACGT----TACCGTTCACCAGGGCGATATTTATTCCTCTCCCCACGTTGTTCCTCACGCTGCTCATCAGTCTAAAAGAAGCAAGAGAAGACGGTCAGGGTACGGCCGTTTCTGACGGGTGATGTGGCACACGGTACATTTACAGTGGGTTTGGCGTGAAAGCAGTTCCTGGAAAATGTTGACAAA----TGGTTCTAGTTTTGCCACCTTTATCAAATACTTTGGAATTTAGAGCTGGACGGAAGGTGTGCCCGTGAATAAACAAAATATGAAGTTAGGTGGTGTTATTGGCTTACAGTTTGTCCTCGAGGCACATCCTGGGTCCCACCACGGTGGCGGCTCCACTGGCCAGCTTGAAGCTGAAGTGTCCATTGGGACAAGTTTTGGACAGTCCACACTTATATCTGACATGTTTTGTTGCT a score=3858 s danRer3.chr4 21371247 146 + 33808418 TGCTGCAGAAGATAAACTCAC---TAAAGACTTTTCCCAAATTAAAATTCATATTGCTCTCCAACAGCTCAAAGGCCAGGAACACAGCTACAAATAAGACAGAAACCAGCACCCCCAGTTTCAAAAGTCCTGTTAAAACAGAAAACAAT s fr1.chrUn 340908466 138 - 349519338 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s fr1.chrUn 340912073 1062 - 349519338 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a score=-2423 s danRer3.chr4 21382123 957 + 33808418 GTAAAGAAATAAGAAAGATTTATGG-CACAGCTTGCATTACACTAAACATCTTTTTAAAAAGGCAAATATA-TATATAgggttttccccagtcgc-gacgctgcagaacgacggctaagctctcgaggatcCGGTACCGGNNNNNNNNNNCTATACAAATACCTACAATACCTATGTAAAGAAATAAGAAAGATTTATGGCACAGCTTGCATTA----CACTAAACATCTTTTTAAAAAGGCAAatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatagtatgatataCTGTATACATTATTATTACTGATAATATAAATACAAACTCAATTTAGTATAAGaatatttatacttataaataagtgtattatctttttat-aaaataaatatatattttttaaattttattaattataaatatgaaataatgtaatatctgtcaaaatatatttatattgaatactttaaaaaaaatttattaCTTACAATATGGAAAAttatttaattattcatacatttattcatataatattttatatacttatttgtgtgttATTCACACCTGCTCTGTAGTAGCTGATGGTAGCTGAGCTCTTTTGAAATGGTCACCCTGATCTTTCGACACATAGATGACACGAGGGGAGCCCTGTAAACACAACATCTCATAAATTAAGCAAGCAATGATGATTCTCACAGACGGGAAAGTGAAATGGAGTGTGTTCATGTGGGTTAACACATGCTTAAGTGTGCATGCTGTCTATAAAGTTCCAC--------------------ACCAGTTTTTCCATGACGGAGGTAAACAAGAAGCTACCAATGTGACCAAACGAGAAGATGTTCTCGGCAATGGTGTCAAAGGTTTTGCCAAAATCACAAGTCCGTCTCAGAATAAGCTCGCCTCGTCTTGCTGCCTCCACTAG-ATCAAACCCAATAAG s fr1.chrUn 340913184 695 - 349519338 GTTGAGAGAGGAAATGTAACCACGGATACCAATTGACTTCCAACAAGTACA-----ACGGACGCAACTACAGTATCAAGAGTTCGCATCTGACCCAGAAGCTG--------------------CGATGGAGCAGTA---------------------------------ACTTCTGCAAAG-----TGGGAGATT--------AGCATGTGCTAGCGGTGCTAAACGTTATTATAAACCCATAATCCCTTGGAATCACACA-GCAAGGATTTAGA-----------------------------------ATTGTGTCAAAT----TATGCCTTA--GTTAC--------CAAAAACAGGATCTCCTCATTACTGGCATGCCGGCTTTTG-------------TGCCATTTTGTGGGAATAATGACGTATT------------------------------TACTGTGTTGTCAGT-------------------AGGTTTTGACAGAGA------------AAAATGGGAAACTCT------------------------------TTTTCTGTGCTTC------AGCACTTCTCACCTGCTCGGTGGAAGCAGACGGCAGCAGCGCCCGGCTGAAGCTCTCTCCCTGGTCGGATGAGAAGTACATGACCCGAGGAGATCTCTG-------------------------------------------------GGGAGGGGGGAGAGGGACACACTTCTGTTG--------ATGCTC---TGTGCACAATAAAATCGAGGCCCCACAGCAAATCTTCCGCCATCTTACCGAATCTTCCATGACAGAAAAGAAGAGAAACGCTCCAATGTAGCCAAAGCTGTAGATGTCCTCGTGGATGGTGGTGAAGGTCTTCCCCAGATCAGTAGTCCTCTTCAGGACCAGATCCCCCCTCTCATCTGCCTCAACTGTCAAAAAACCCCACAGG a score=-1692 s danRer3.chr4 21383094 289 + 33808418 atattatattaaatGAACTTTTTTTTGCTAAACAAAACAATGTATCTCAA-----AGAAGACGCATTATATCTAGCAAC--------TCGTATTATGTTATTTTACAAAAAAATTACATAGATGCACCTGTTCCATTTGGGCTTGAACTGAAGAAAAGAGTGTTCTCGGAACCCCTTGAAAAGAATAAACATGAAAATTATATTTACTTAAAAAATGAAAGACAATTATTCATGTATAACTGGCAATTATTTAGGGATACAGTAGGATTTAAATTTTTTGGCTGATACAATTTTAAAGAAAC s fr1.chrUn 340913909 241 - 349519338 CTATTCCCATAAATTGA-------TTCCCCATCAAGAAACTCTGACTGAATTTCCACTTCACTCCTCACAGTTTGCGACATAAACGGCCATCTAGTCTCATTCGGCA--------------TCTCACCTGTGTCCACTAGACTGTAGCTGAGGAATAAATTGATCCCAGCCCCCCT-----GCAGGAAACAGGAAG--TAGACCGCTTTACAAAACGTGCCACGA----------------GACAAC------GCCCTGCTGAAGATTTCAGATATGT-----------ATTGCAAGGAGAC a score=3555 s danRer3.chr4 21383520 180 + 33808418 GTACATATCTAGAATTGTTCATATGTCACCCATTTAGATATTTTTCTAAAAACACAGATGATTTCCTTTGATGTTTATAGCATCCTCTTACTAATTGTTCTCACCATGTGAATGTGTGCACTCCTTCATGAACTTTAGACCAATTGTTCCCAAAGTCTTCTGAGAGCCACAGCCCATCCT s fr1.chrUn 340914203 131 - 349519338 GCAGACATCTAAA---GTTTGAGTG-------TTTGGATGCTTTTT--------------GTTTCCTGTGCT-------------------------CCCTCACCAGGAGAAAGAATGCACTCCTTCATGGACTTTTGTCCACTTGGCACCAAAGTCCAGGGAGAGCCACAGCCCGCCCT a score=4686 s danRer3.chr4 21383810 191 + 33808418 ACTCACATCTATGCTGATGACCACAAGGTATTTTGGGTCTAGTAAAGAGAATTGAATGGCCTGTGCTGGGTGAAATTGAAGCTGCACTGATCTAAACGTCAGACCTGCATCCATCGACGTAAAAATCTTTCCTCCTGGGTCCTTAGTAAAAGGCAGGTTGGCTGTTAAAATGACCTATAATGGCAACAACA s fr1.chrUn 340914448 191 - 349519338 ACTCACGTCGATGCTGAGGGCGACGAGGTAGTCGGGGTTCTGGAAGTGGTAGGTGATGGGCTGCGCCAGGTGGAATGGCAGCTGGATGAACTTGAAGGTGGCGCCGGCGTCCGTGGAGGTGAAGATGGTCCCACCTCGGTTGTCCAACACCGGGATGTCTGCCGTCAGAATCACCTGGGAAATCCAAAGCA a score=3237 s danRer3.chr4 21385482 98 + 33808418 GGGTTCCCATGTCCAGCACTTATGCCAAAGTAGCTATTTAAAAATGTGTTGTTGATGGCATGAGAGATATCATGAAAAGACTTCCCATAGTCTTCACT s fr1.chrUn 340914697 98 - 349519338 GAGCTGCCGGGTCCAACGCTGACTCCGAACTCCTCCCGTATGAACGTGTTGTTGATCCTCTGAGAAATATCCTGGAAGGATTTCCCAGAATCCGTGCT a score=3188 s danRer3.chr4 21398582 224 + 33808418 GCTTAAGAGGT--ACTGAAGATGCAGTTAATAGTATTTTGCACTTGATTCTGAAGCACTTAGATAATCCTAAAG---CTTATGCTCGGCTGCTTTTTATTGAT-TTTTAGTTCTGCTTTCAATACGATCCAACCACATTTGTTAATTGAAAAGATGGAACAGCTAAATATAAACCCATGCATATGTAAATGGTATTTCTCATTTTTAACAAACATAACTCAGATTGTAAA s fr1.chrUn 261375513 225 + 349519338 GATCAACAGGTCCACTGAGGATGCCATCTCAGCTGCTCTCAACCCAGCCCTCACACACCTGGAC---TCTAAAGACTCTTATGTGCAAATGCTGTTC--CGATATTTTAGCTCAGCATTCAACATCATCATCCCCCACCAGCTAATTAACAAAATGGGACAACTTGGAATCAAGACCAATCTGTGTAACTGGGTACTGAAATTCTTATCAGAGAGGCCACAGAGCGTACA a score=1178 s danRer3.chr4 21398806 172 + 33808418 GGTTAAAAATATCCGTTCAGATGAAAAGAACAGTCTTACTGGGTTTCCACAAGTCTGTGTCAGTTTACCTATTCTTTTTACACTATTTACAAATGATTGTTCAAGTAAGCATTCACAGAATTTTAAATATTCAGATGACACAGCCATTCtgtcaccggctcggtcacagtca s fr1.chrUn 167047586 165 - 349519338 GGTGAAACATATTTATCTTTTTAAAAACAGAAACATCTTCAGTTTTTCA-AGATATCGGAGAGCTTGT-TGCCATTTTTAATGTATAAATTTAAAACTTTTCAAGCAAACATTTTAAGAATTTCAAACACGATAGAGTACCTGCCATTTT-----CAGCCCAGTAAAACCCA a score=645 s danRer3.chr4 21398994 198 + 33808418 gcagaggtcatcatcaccggactattaacattacgtcatcctcaccctattcagacactgattactgcacacctga-----------cacacattacctgattgcactcacaggcatataag----cagccttcacactcacttcagtgcgaagtct---tgtgctgccttgctggcattactgagtgttattcatccttgcctgatctcctATTG s fr1.chrUn 261375889 206 + 349519338 GTGGTGGGCCTCATCACC-----AACAACAATGAGGCAGCCT----ACATCTGGACAATTAACACAACACAGCTGGCCAGGAAAGCTCAGACATGCCTATACTTCCTCCACAAACTAAGGAGAGCACACGTCCCACACTCCATCTTGTGCCCCTTCTACAGAGGCACCATTGGCTGCATTACTGTGTGGTATGGAG-GTTGCACCGCCTCCTGCTG a score=-413 s danRer3.chr4 21399332 223 + 33808418 TTGCATTGATCACATTCTGCTTTTGTAGTGAGGTGTTTCTTCATGACTGCATCCACTTCAGTCT--GCTCCATGT------TTTTATCATAACTCCACTTGATTTGGTGT--CTGCAACAGATAAACACATACAGAAATACATATTTTAATTTACAGTCAGAGTGCAGGCTCTGCACCATACTCAAGAGCATAGTTCCTTAGTGCTACCTAACTGGTGTATTT-----CTTCAGCTAA s fr1.chrUn 218576239 206 + 349519338 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ATACAGGTGCTGGTCATCTAATTAAAATATC----------------------------TTCAAAAAGTTGTTTCATTATATTAATTCCATTTAGGCTA-----TGAAACTTGtcaaat-caaatcacttttattgtca-----catcaccagcagacaggatgctttccacagtg---------------caggtgtagaacgagcggaggatgtgAGGGCTCTAGAAATCTTTGCCAATTGAAAAGTATGAAGATGAAAAGTGTGAGCATGCGCAGCGATCAATACTTAGTGTGGGCTGCTTTAGCATGAGCGACTGCAGCG-------TGGCATGGAGTGGATCAGTCTGTGTTCAGCACTGCTCAAGTTTTCTGAGAGCCTAGGTTGCTTCTGATAGTGGCCTTTAGCTTTTCTGCATTGTTGGGTCTTGCATACCGCATATTCCTCTTCATAATAGCCCATAGAT-------GGGGTTAAGGTTAGTCAATTT-------TTTTTAAAGAAGGTACTAATAGCTTTGGCA--GTGTGCAAGTGCCAAGAACAGGTACCTGTTGGAAAATGAAATTTGCATCTCCTTAAAGTTGGTCTGCAGCAGAAAGCATGAAGTGCTCTATAACGCCCTGGTGTAGAGCTGAGTTGACCTTGGACCTCATTAAACAGTGGAGCAACACCAGCAAATGACATGGCACCCCAAACCATCACTCACTGTGGAAACTTTACACTGGACCTCAAGCAACACCTGTGGATTGTGTGCCTCTCCGCTCTTCCTCCAGACTCTAGGACCTTGATTTC s fr1.chrUn 306013482 765 + 349519338 ATACAGATAGCTGTCATATAATTAGAATATCATGAAAATGTTGAATGTCAGTAATTTGATTCAAAAAGTGAATTGTGTATATTATATTCATTCATTACACAGACTGATATATTTCAAGTGTTTATTTCTTTTAATTTTGATGATCATAACTGACAACTAATGAAAAATCCAAATTGACTATCTCAGAAAATTAGATTTAAGACTGATCCAAAAAAAAAGATTTCTAGAAAGCCTGGCCAG-------GTATTAATGTGAAAAGTATGAGCATGTACAGCACTCAATACTTATTTGGGGCTTTTTTGACCTGAATTGCTGCAGCAGTGGGCATAGCATGGAGTCAATCAGTCTCTG----GCACTGCTCAGGTGTTATGAGAGCCCAGGTTGCT-CTGATAGTGGCCTTCAGCTCTGCTGTATTGTTGGGTCTGGTGTATCACATTTTCCTCTTCACAATTTGCCATCAATTTTCTATGGAGTTAAGGTCAGACAAGTTACCGTGGTCCTTAAACCAGGTACTTGTGGCTTTGGCACTGTGTGCAGGTGCCAAGT-------CTTGTTGGAAAATGAAATCTGCATAACCATAAAGTTGGTCAGCAGCAGGAAGC---------TTTAAAACTTCCAGGTTGATGGCTGCCTTGACCTTG-ACCTAAGAAAACA--------CAACCAGCGGATGAAACAGCACCCCAAACCATTACTGACTGTGGGAACTTTACACTCAACCTCAAGCAACA----TGGATTCTGTGCCTCTCCTTTCTTCCTCCAGACACTGGGACCTTGATTCC a score=2847 s danRer3.chr4 21400284 74 + 33808418 TAAAGAAAATGCTAAATGTACTTTCATCAGAGAGCATAAGTTTAGAGCACTCAGCATCAGTACAGTG---------TTTAGAC s fr1.chrUn 42133658 78 - 349519338 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AATGCGAGATGCTTCTCGCGCTGTTTCTTGTTCCATAGTGGCTTGAAACAAGGAATGCGACAAATGAAACTCATGTCT-----------GTGTGTGGTGGTTCTTAAAGC-------CCAGCTGCAATCAACTCTTTGGGAATCTCCCCCACATTTTTAAATGGGTTTTGTTCCACAGTCCTCTCCAGAGTGCTGTCATCCATATTCCTTGGACACTTTT-TTCTACCACATCTTTTCCTTCCCTTCACCTCTCTATTAATGTGCTTGGACACAGAGCTCTGCAAACAGCCAGCCTCTTCACCAATGAAACTTTTGTGTCTTGTCCTCCTTGTGCAAGGTGTCAATGGTCATCTTTTGGACAACTGTCAGGTCAGCAGTCTTCCCCATTATTGTGTAGCCTATAGACCTAGACTGAGAGACCATTTAAAGGCCTTCACAGGTGTTCTGAGTTCATTAGCTAATTAGAGTGTGGCACCAGGTCTCATCACTATTGAACCTTTCCACGATATTCTAATTTTCTGAGATACTGAATTTGGATTTTTCATTGTCAGttataattatcaaaattaaaagaaataaaaaatagaaatatatCACTCTGTGTG a score=3838 s danRer3.chr4 21400934 90 + 33808418 GAATAATTGTATACATTATACAAGTTTCACTGCTTGAA---------TGAAATAAATAAACTTTTTAAAGA-----AATTCTAATTATATGACCAGCACCTGTA s fr1.chrUn 218577726 104 + 349519338 TAATGAATGAATATAACAAACGAATTCCACATTTTGAATAGAATTTCTGAAATAAGTCAACTTTTTCACGATACAGTATTCTAATTATATGACCAGCACCTGTA a score=191 s danRer3.chr4 21401033 135 + 33808418 TATCTAATCTACAGTGTTTGCTGTGCTGTA-AAATATTTTATTTTAGATAGGACAACATACAACTATGCTAAACGTGTTGTTTTTTGCCTTGCATAATAAA--ATAATTGTATGTTATAATTAGGGTT----GAgtactgaa s fr1.chrUn 48505669 136 + 349519338 TAACTAAACTGGGCTAACTGGTGTTCAGTGTCAACATTTTTCAACAGTCAGCGTTCAGTGTCACTTTTCTGGA-----TCTTAATAACGTTGTGTGAGAAAAGACAGTTGTAAGTT-TAATCATGACTGTCGGACTGCTGAA a score=335 s danRer3.chr4 21402208 312 + 33808418 tattcagatt-------aaagtgtaatttagacttaattagttaactaggaaagttaaaataattagtcaaattattttgtaactgatttgttgtgtaaatcaaaaatatactttaaatatttcttaaggaggctaataatactgtccttatttttattta--------tttatttatttaaat-taaaaacagctttttttttt---catgaaataaac------------------------aataagaaataggacttattatgactccagaataaa---------aaatttttaggaaacactataaaa---------------------------------gtttACAAAAAAATTATTGTAAATGAATGGGAGGGCCAAATAAATTGACTT s fr1.chrUn 42447427 387 - 349519338 TATTTAAATTTTCTGAGAAAGTGAATTTTGGGTTT--TCATTTCAC---AAAATCCAAAGGAATCAAT--AGTTAATGTATCAGTG-TGTAATGAATCTATATAACATACAGTATGAGTTTTACTTTATGAATTGAAT--CACTGAATTTATTCATGTTTAATGAAAGTTTGATTTATTAAGATGCCCATACAGGTTTTCCCATTGCACAGGAACTGAACCAAACCCTGTCAACGTCAATATTTAATGCTCAAATGAGTTTAATCTGCTGCAAGATTTAATATCTGATGAGATATTTGGACTACAGCACATCATCCCTGCCTGAGAATGTAATCATCTTTGTCCTTATTTACCCCCAGTATGTTGTAAATGCATGAGACGGACAGTTATATTGACCT a score=1948 s danRer3.chr4 21403318 65 + 33808418 AGGGTTGGGGAAGGAAAATAACAAAGA-AAATTAAAATTTAGAATTTTAGAAAAAAAGAGAAGACC s fr1.chrUn 129512929 66 + 349519338 AAGGGGGGGAAAGTGAAACAGAGAAGACAGATTCAGAGTCAGCAACAGAGAAAAAAAGGGAGAACC a score=-1145 s danRer3.chr4 21403383 165 + 33808418 AAATTAATGAATTGTG--TATCAATAATCAAATTTTGAGGGAACACTTCAATC------CTGCCTCAGAAATGTGAAACAACCACAAGAGTAAACTTAAATTATTTTATTATTTGGTTCTTAAATCAAA-CAATAAATGAAGCATAAATCTCAGGAGAAGGATTAACCAAAACA s fr1.chrUn 253383152 170 - 349519338 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AAGTCAATTTATTTGGCCCTCCCATTCATTTACAATAATTTTTTTGTaaac---------------------------------ttttatagtgtttcctaaaaattt---------tttattctggagtcataataagtcctatttcttatt------------------------gtttatttcatg---aaaaaaaaaagctgttttta-atttaaataaataaa--------taaataaaaataaggacagtattattagcctccttaagaaatatttaaagtatatttttgatttacacaacaaatcagttacaaaataatttgactaattattttaactttcctagttaactaattaagtctaaattacacttt-------aatctgaata s fr1.chrUn 307071524 387 + 349519338 AGGTCAATATAACTGTCCGTCTCATGCATTTACAACATACTGGGGGTAAATAAGGACAAAGATGATTACATTCTCAGGCAGGGATGATGTGCTGTAGTCCAAATATCTCATCAGATATTAAATCTTGCAGCAGATTAAACTCATTTGAGCATTAAATATTGACGTTGACAGGGTTTGGTTCAGTTCCTGTGCAATGGGAAAACCTGTATGGGCATCTTAATAAATCAAACTTTCATTAAACATGAATAAATTCAGTG--ATTCAATTCATAAAGTAAAACTCATACTGTATGTTATATAGATTCATTACA-CACTGATACATTAACT--ATTGATTCCTTTGGATTTT---GTGAAATGA--AAACCCAAAATTCACTTTCTCAGAAAATTTAAATA a score=191 s danRer3.chr4 21579607 135 + 33808418 ttcagtacTC----AACCCTAATTATAACATACAATTAT--TTTATTATGCAAGGCAAAAAACAACACGTTTAGCATAGTTGTATGTTGTCCTATCTAAAATAAAATATTT-TACAGCACAGCAAACACTGTAGATTAGATA s fr1.chrUn 301013533 136 - 349519338 TTCAGCAGTCCGACAGTCATGATTA-AACTTACAACTGTCTTTTCTCACACAACGTTATTAAGA-----TCCAGAAAAGTGACACTGAACGCTGACTGTTGAAAAATGTTGACACTGAACACCAGTTAGCCCAGTTTAGTTA a score=3838 s danRer3.chr4 21579751 90 + 33808418 TACAGGTGCTGGTCATATAATTAGAATT-----TCTTTAAAAAGTTTATTTATTTCA---------TTCAAGCAGTGAAACTTGTATAATGTATACAATTATTC s fr1.chrUn 130941508 104 - 349519338 TACAGGTGCTGGTCATATAATTAGAATACTGTATCGTGAAAAAGTTGACTTATTTCAGAAATTCTATTCAAAATGTGGAATTCGTTTGTTATATTCATTCATTA a score=30951 s danRer3.chr4 21579841 576 + 33808418 CACACAGACTGATATAGTTTG--TGTTTACTTATTTTGATTTTGATGAC---AACTAAAAATGAGAAATTTAAA-------------------AAAATGT-GTAAAAAAGTTCAGTATTGAAGACACCTGGTGCCACACTCTAATCAGCTAATTAACCCAAAACACCTGCAAAGGCCTTTAAATGGTCTCGGGGT--AGTTCTGTAGGCTACACAATCACGGGGTAGAAGGCTAATTTGATAGTTGTCCAAAAGATGACCATTGGCACGATGCACAAGGAGGGCAAGACACAAAAG-GTCATTGCCAAAGAGGCTGGCTGTTCACAGAGCTCTTGGTCTAAACACATTAATAGAGAGGGGAAGGAAAGGAAAAGATGTGGTAGAACAAGAGTGTACAAGCAATAGGGATAACCGCACCCTGGAGCGAATTGTGAAACAAAACCCATTCAAACATGTGGGGGAGATTCACAAAGAGTGGACTGCAGCTGGAGTCAGTGCTTCAAGAACCACTACTCACAGATGTATGAAAGACATGGCTTTCAGCTTTCGCATTATTTG--CCAAGCCACTCTTGGATAACGGACAGCATCAGAAGCATCTTGCCTG s fr1.chrUn 43504504 587 - 349519338 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GAAATCAAGGTCCTAGAGTCTGGAGGAAGAGCGGAGAGGCACACAATCCACAGGTGTTGCTTGAGGTCCAGTGTAAAGTTTCCACAGTGAGTGATGGTTTGGGGTGCCATGTCATTTGCTGGTGTTGCTCCACTGTTTAATGAGGTCCAAGGTCAACTCAGCTCTACACCAGGGCGTTATAGAGCACTTCATGCTTTCTGCTGCAGACCAACTTTAAGGAGATGCAAATTTCATTTTCCAACAGGTACCTGTTCTTGGCACTTGCACAC--TGCCAAAGCTATTAGTACCTTCTTTAAAAA-------AAATTGACTAACCTTAACCCC-------ATCTATGGGCTATTATGAAGAGGAATATGCGGTATGCAAGACCCAACAATGCAGAAAAGCTAAAGGCCACTATCAGAAGCAACCTAGGCTCTCAGAAAACTTGAGCAGTGCTGAACACAGACTGATCCACTCCATGCCA-------CGCTGCAGTCGCTCATGCTAAAGCAGCCCACACTAAGTATTGATCGCTGCGCATGCTCACACTTTTCATCTTCATACTTTTCAATTGGCAAAGATTTCTAGAGCCCTcacatcctccgctcgttctacacctg---------------cactgtggaaagcatcctgtctgctggtgatg-----tgacaataaaagtgatttg-atttgaCAAGTTTCA-----TAGCCTAAATGGAATTAATATAATGAAACAACTTTTTGAA----------------------------GATATTTTAATTAGATGACCAGCACCTGTAT s fr1.chrUn 43505091 765 - 349519338 GGAATCAAGGTCCCAGTGTCTGGAGGAAGAAAGGAGAGGCACAGAATCCA----TGTTGCTTGAGGTTGAGTGTAAAGTTCCCACAGTCAGTAATGGTTTGGGGTGCTGTTTCATCCGCTGGTTG--------TGTTTTCTTAGGT-CAAGGTCAAGGCAGCCATCAACCTGGAAGTTTTAAA---------GCTTCCTGCTGCTGACCAACTTTATGGTTATGCAGATTTCATTTTCCAACAAG-------ACTTGGCACCTGCACACAGTGCCAAAGCCACAAGTACCTGGTTTAAGGACCACGGTAACTTGTCTGACCTTAACTCCATAGAAAATTGATGGCAAATTGTGAAGAGGAAAATGTGATACACCAGACCCAACAATACAGCAGAGCTGAAGGCCACTATCAG-AGCAACCTGGGCTCTCATAACACCTGAGCAGTGC----CAGAGACTGATTGACTCCATGCTATGCCCACTGCTGCAGCAATTCAGGTCAAAAAAGCCCCAAATAAGTATTGAGTGCTGTACATGCTCATACTTTTCACATTAATAC-------CTGGCCAGGCTTTCTAGAAATCTTTTTTTTTGGATCAGTCTTAAATCTAATTTTCTGAGATAGTCAATTTGGATTTTTCATTAGTTGTCAGTTATGATCATCAAAATTAAAAGAAATAAACACTTGAAATATATCAGTCTGTGTAATGAATGAATATAATATACACAATTCACTTTTTGAATCAAATTACTGACATTCAACATTTTCATGATATTCTAATTATATGACAGCTATCTGTAT a score=-413 s danRer3.chr4 21581220 223 + 33808418 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33808418 TTAAAAGAGGTCACAGTTCACTACCATTATAATGTTTGAAACTGTCCAGAAAAATTTAAAATAACTCTTAATGTGTCTGAAAGCGGAATGTCATGTACAACGAGGATG---GCGTTATGGTGAGTAAATCAAAATCAATTGTCCATGGTGTTACCAAGG------CTCAAGCGCTGACATTT----CTTTTGCATA----GAAGTAACAATGTTTATTATTCCCAAGTTTTTGCttttttattttataaaaatactactattataaaataCCAAATCATCATCAAGTAATAAAATATTGTCATAG----TTTTGCAATTTTTATCTGTATGAAGTTAGAAAAGTCACAAAGTGCCTTGAGAAAAAATAATGTTTGTGACTGAAT s fr1.chrUn 222749063 342 + 349519338 TTAAACGAGGGTAGATTTAACCGCCACAGCAAAAAAAAAGGCATTCCAGAAGAATTAAAATTAATTCTTACCATCCATG---TCGGGACCTGAC--ACTAAGAGAATGCACGCGTCTCAGCAGATAAC---------ATGGGTTAAGGCAACAGAAAGGGCTATTTTCCAGAGCTGAAAGTTAGCGCCGTGGCACACTCGGCAGCGAGGAT----------------CTTATATGATTTGATTTTATGACCGGGC---------AGAATATCGATTTTTCTGTGG---AGAGGTCACTGTCTGGGCGGCTTCTGCCACTTTTATGTAAATGCAGCCAGAAAAACTGCAAAGTTCCACTAGAAGAAACAATATGTGCAACTTCAT a score=-660 s danRer3.chr4 21587355 536 + 33808418 TATGATAATTTGTTTAAAATTAAGTGGGTAAAGACATTTTTAAATAAACCAACATCTTGTTAAAATGTT-------------ATTCC----AAATTCTATTTTGTAGGTCAGTTGGAGGTTTACTGTACATTTTTGGTTGCAATGTAATTTCAACATCTCTAAA-----ACATCTTTGAACTTATCTAGTTTTCATAAACAGGCCTTAATAGCTTATGTTGG----TCCCTTACATATAA--------------------TTATAGTTTTTCTCCACTCCCCTTTTTTATTTGGAACaataaaaatattatatt-taaaaataaa-----------------tCTCTTTCTTAAATA-ACTTGTTTTATAAAATTATACTTTTAGTTAGTCAGCTCTTAGTAGTGTCCCT---TTTCTCATATGAAAAATGTATGCATCAATTTTCTTTTCCAGTTTCTCCCAAAAAATATACCGTTATTTTGAATCAAGTCTGG-CCTAAAGGTTGTTGATTCCTTTACTTTTGACAACATAAACCTATTTGTTGACCAAATTGTTCTCAGTTGTTCTGTCAAACAAAGATATTCACTCAGTTATTAGTAGATT s fr1.chrUn 73645238 574 - 349519338 TATCATATTTGATACAAAAAAAATGTCATAAACAAAATTTTAAAAAAATTGGGATTTTGTTAAAAGGTTCAATAAACATCTCATTTCCAAAAAATTAGAATTTTCTGGCTATTTTTTGATGTGTCAGGCTTTATAGGGttaaagctggttaccacattgctgaacttgtagctacagtaagtcaaaaaagtcacatactattacattaatattttgtgcctgcaaatctcttgtaaattagatgcttggtcccgaGCTTTGTGTTGTTTTTCTTTGATTCCTCTTCAAGGCTG--ATCAAAACAACTTTATATTGTAAATATAGACTACAGAAGTGGCTGGTTTTGTTCTTTGAACACAGTGATGTTAACACACGGTTCATTTGGTGCACCAGC------AAACATACCTATGTCTTGAATTTGAAAAAAAAACAACCATATTTTATTTTTCAA------CAAAGAAGGGTTCAG------TAAATACAGTATGGATCTGAGAGGTGTT-ATTATTTAAAACCAGACAA---AACCTTACTTTTTGATAAGG-----CTCA-TAATTAGGGTGAACAGAATGCCCCATTCAGCTGCTA-TAGGTT a score=3086 s danRer3.chr4 21594694 194 + 33808418 TTAAATACCATGTAAAACTGTTTAGTCATCATTATTTGCTTTTTAATCTCTTTTTAATCTTCATATAGAGACAGAGGATGAAGAGTTTGAAGGGCCTTATAGATGGCAGCTGAATACTGGAAAAGGCTGGAAAAACATTTCCAACGATCATATTCTAGAAGCCCAGTATTCACT-TCCTAACACCAAAGGAATCA s fr1.chrUn 258663024 173 - 349519338 TTAAACACATTACACCACACGCTGATGAT--TTATTGTATTTTTAATCCAGTTCCAATGCCC-------GCCAACGGCCGA-------------CCATTCCGGTGGCAGTTGTGCAATGGAAAATCCTGGAAAAATATTGAGAACGATCATATTATTGAGATCAACTACTGCCTCCCCCCACGCCAAGGGCATCA a score=1816 s danRer3.chr4 21595601 324 + 33808418 TAGAAACTGCAGTCAAATGTACGTTGATGTACATTTTTATTAGTTTCACAAAAATATAGGTTGAAACATGAATTTCTAAATGA----GCCTGTGTAGCCATTATGCATGGCATTCACACTTTTTACCGAAATGTAGTATTAGCTACATACATTTATATACATCATATCTGTTTTCTAAT---TCACTTTATAGGGCTGTTTCGATTGACTTCATGAAAATGCGAGTTCTTAAGAAAACAAACATTAAAGTCCGGCGTATGAGCTCAAAAGACACAGAATGGCTGTGGTATTACAGAGGAAACCACTGTTGGTATCGTTATGGCGACAAGGT s fr1.chrUn 258663393 308 - 349519338 tggataatgctttcacatggagggaaagttttatttttcctggttgggcagaaatcctggctcat---tgatgccctcaaggacaggatttaagctcccctggtttggaGCATCCATGTTT----------------AGCAGCT-CTCACAGTTGGATGGAGGTTAATCGCCCTTGAATGTGTCTCCCTGTAGCGAAGTGAGGATTGACTTCAGCAGGATGAGGATTCTCAAGAAGA---ATCTGAAGGTGCGCCGACTGGATGACGGAAGGTCCAAGTGGATTTGGTATTGCATGTTGAGCCACAAGTGGAAGAGTTACGGGCACAAGGT a score=3072 s danRer3.chr4 21604138 393 + 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CGCGAAGACAGAGGGGTCTCTGTTTACCGAGCATTCCCATGAGTACGGCGGGCTCTCTGGAGGGGATCTGCTGCAGGAAGGGCAGGATCTCGTCGATGACAAACCACTTGTCCAGATACTCCAAAATCTTCCCCAGACACACCAACGAGTTGACCCGTACCTTCAGGGCAACGAAGGAAAACATGCACCAAG--TTATTGGTGTCAAA------------------AGGACGTTG---------TGTGACCGCACGATCTGACAGGAGACCCACAGCGAGCGAGGAGGTCTGAAGGCAGGCTGACTTGATGCGAGGGATAAGGGCGTTCTTCATAGATGGGTAGTCAATCAGGTTGGCAAACGTGGGGATGATGTTCAAGCAGAGCTCCTGCTCAGCAGCAGAAA----------------------------------------------------AGGCGTGAGCAA-----------ATGACATGAACAGAAATCACCTGTCATCACT------TCTTCCTGCATGTTACCTGGATCTGGACAGACGGGGCTTCCAGAGCTCTGTACACCATCGGTAACACAGAGCTCTTAATGTCTTCCGCAGGAGTCTTGGTCAACAGCAAGTCCATCTTTTGCAGGAATATTAGCAGGATCTGCACAGGAACAGGAAGCCAGTTAGGAAAATGAAAGAATT a score=2572 s danRer3.chr4 21630064 61 + 33808418 CACTCACCATGTTGCTGGCCTGAT--GGCATGAAAAAAAATAAGCA----ATAATAAAAACTTTAAC s fr1.chrUn 258671092 67 - 349519338 CACTCACCATGTTGCTAGCCTGAGAAAGCGTGAAAAGAGAAATACAGAAGGTAATAAAGAGTTGAGC a score=9912 s danRer3.chr4 21631070 196 + 33808418 TATACCTGTACTGGCTCCTGCATTTTGAAAACTGGGGTGAGGTCGGGGAGAACGAGGCGCACATACTCCTCTTTTGTACACTCCTCAGCAATGAGCAGCACGTTTGGAAGAATGAAGGGCACCATGTCAGGATTTACAAACTCAGACATAAGGGCTGGAAGGATTCTATACACAACAACTCTCTG--ATGACAGAAAC s fr1.chrUn 258671304 198 - 349519338 TCTACCTGGATTGGCTCCTGCTGCTTGAAAACAGGCGTGAGGTCAGGGAGGATGAGCCGGATGTACTCGTCCCTGGTGCACTCTTCCGCGATCAGCAGCACGTTGGGCAGCACAAAGGGAACCATGTCCGGGTTCACGAACTCGGAGGTCAGCGCCGGCAGGATCCGATGCACCACTACTCTCTGAAATGGAGGAAAC a score=8341 s danRer3.chr4 21631902 213 + 33808418 TGCCTTGGGCAGCTTGGGCAGCACTTTCGGGAGTCCTTTAAAGAACTGAGACTTCTGTAGGTTGTCCCGCTGGAAAAGCGAGTCGAAGTACTGAAGAGTCATCGCTCCAACATCATCGAAGAAGGGAATCTGAG-----CACAAACAATTTCACTTTTAGCCATGGCCTTGGTGATCCAGGCTGAATACTTTTCCCTCAACTTCAATAAAACAGCCCC s fr1.chrUn 258671563 202 - 349519338 TACCTTGGGTAGTTTGGGTAGAACTTTAGGGAGGCCTTTGTAGAACTGGGACTTCTGTAGATTGTCCCTTTGGAAGAGGGAGTCGAAGTACTGCAGCGTCACGGCACCCACGTCATCAAAAAATGGAATCTGAGGGCCACGCAGACA----------CAGTTGTTCCCAGAATACTCCAAAC-ACATGCTTTT-----AACCTCCATCAACAAGCTCC a score=6302 s danRer3.chr4 21632644 126 + 33808418 TCTGACCTTTGTCATCTGGTCTGCGTCTGGACGCACGTTGGAGGTGACGCTGAGCAGCATCTTCACATGTTGTCTGACCTCCTCTGGGATCTGACTCAACACTCCTGGACTCAGATGACTCAGCTG s fr1.chrUn 258671765 126 - 349519338 TCAAACCTTGGTCATCTGGTCAGCATCGGGTCGGACGGTGGGCGTGACGCTGAGCAGCATTTTGACGTGCTGCTGCACCTCCTCCGGGATCTTGTTCAACAACGCCGAGCTCATGGTGCTCAGCTG a score=23293 s danRer3.chr4 21634649 593 + 33808418 GGTTGAAACGGGAGCAATAAGAGAGACAAAAAGCACCCCCAATGACATTGTTATGTAAAGCAGCTTCTGCAGAATC--CCCACCTGGTCCAGCTGTCGACTGAAGCTCTTGAATATGTCCTGCTTGTTGACCTTAAAGACAGGCTTGCCCTCATTAAACACGGCGTGGATCAAGACGCCCAGTGAGTACATGTCAGAGGCTGAATCACAGCTGACCGACAGGATGTATTCAGGAGCCACATATTCTGGGTTCGGGAGGCAAAGAGGCGGGAGATTGGGGTCCCACTCTTTACACACATACTTGGGCTAAAAGGCAGAAACAAACAGTGCTTTAGGCTCCATCTTTGTTAAAAGCAACAGAAAGTAAGAGCTTGATCTCTGTTCTCTAGGACTTTAGAAACAGTAAATCTAATTTTTAACCTCAGCATCAGAGGGGTTGCTGGAGGAGATGCTGAAGTCAAAGCCCATGATCTTCCAGGCTCCGCTTTTATTCAGGATGATGTTCTCTGAGCACAAGTTACCATGAACCATTTTAACTCCACTGTGGAGGAACGACAAACCCTCTGAGACCTGAGAAAGAAAACAGAAAGAAATGC s fr1.chrUn 258671909 570 - 349519338 GACTCAAATTGGAGCACCGAGAGAGCGGCAGAAGAGCACAACAAACGCCGCGGCGGGGAGAGGTGCACGGCGGTCCGACTCACCTGGTCCAGCTGCCTGCTGAAGCTTTTAAAGATGTCGTGTTTGTTGACCTGGAAAACTGGTTTGCCCTCGTTGAAGACGGCGTGCATGACCACGCCGAGCGAGTACATGTCAGAGGCCGAGTCGCAGCTGACGGACAGGATGTACTCGGGGGCCAGGTACTCCGGGTTGGGGAGGCAGAGGGGCGGCAGGTTGGGATCCCACTCTTTACACGTGTACTTGGGCTGAGGAGTGCCAGAGGACAGCGT----GAATACAGATGTGACAA--------------CACAGCTGGAGGCCAATTTGGTGGAGCAGAGGAAACAG----CCTCCCCGTGCACCTCGGAGTCTGAAGGGTTGGCGGCTGAGATGCTGAAGTCAAAGCCCATGATCTTCCAGGAGCCGCTCTTGTTGAGGATGACGTTTTCCAGACACAGGTTCCCATGGACCATTTTCACGCCGCTGTGGAGGAAGGACAAACCCTCCGAGATCT---AAAGAGGACGCAAAATAGGGC a score=10517 s danRer3.chr4 21639838 191 + 33808418 CTCACCTGCAGTAAGCCGTATTTGGTCTCTACATCGTAGAGTTTGTAATCTTTGATGTCTGTGGGAACAGGACTGGGCAGGTTGTCCCACTGGCCGAGCACATTCGCTAGGCTGGCAAACACAGGCTCTGTGCAAAACGCCAGACAGTCTCT-AGAGACAAACA-----------------GACAAAGACAACCAGTAAAAAAAACAGA s fr1.chrUn 258672596 209 - 349519338 CTCACCTGTAACAATCCATACTTGGTCTCCACGTCAAACAGTTTGTACTCCTTGATGTCGGTGGGGACGGGGCTGGGCAGATTGTCCCACTGGCCCAGCACGTTGGACAGGCTGGCGAACACCGGTTCTGTGCAAAACGCCAGGCAGTCTCTGAGGGGCAAACGCCAACATGGTTTCAGCTTACAGAGACAACGTGCACGGTGAGCAGA a score=9379 s danRer3.chr4 21641506 192 + 33808418 GTAATGCTCACCTGGACTCTTCAAGCGGGTGCTGAACCGTCAGGAGACGTGGATGTCGTAATCTGGTAAGCTGTTGAATTCCTTTCTTCAGTGAATCGATAATCTGGTCCTTCTCAAACTTCTGATAGCGATCAATGACCTTCTTGTCAAACACAAATACGGCCACTTCCTATGGGAGACAGAAAGCCAATT s fr1.chrUn 324631304 190 + 349519338 GTGTTATTCACCGCGACTCTTCCAGAGGATGCTGCACAGTCAGGAGGCGGGGGTGACGCAATCGGGTCAGCTGCTGCACCCCTCGTTTCAGCGAGTCGATGATTTGGTCTTTCTCGAATTTCTGATACTTATCGATCATCTTCTTATCAAATACAAACACTGCCACCTCC--TGGGACATCAAACACAAACT a score=12210 s danRer3.chr4 21643300 189 + 33808418 AATCTGTGCACCTGTTTTGTAGATTTCTTGGTGCCATTGTAGATCCTCCAGCTCATACCTGGACCACCGCTGGCGATGTGTTTGCCCACCTCAAACTCTCGTGTGACCGGGTTTCCCATGACGGCGCTGGTAACATCGGCCGTCACCTTGGTCACAGTGCTCTTCAGTTTATTCAACATCGACTCCATG s fr1.chrUn 324631541 189 + 349519338 AATATGATCACCTGTTTTGTTGATTTTTTGGTGCCGTCATAGATCCTCCAGCACAGGCCAGGACCCCCACTAGCAATGTGCCGGCCAACTTCAAACTCACGTGTCACCGGGTTACCCATGACAGCGCTGGTGACATCTGCAGTCACCTTGGTAACTGTGCTTTTCAGTTTGTTCAGCATGGACTCCATG a score=-245 s danRer3.chr4 21648459 472 + 33808418 CTTTTTATTTTATTAAAATGCTCAAATTGTAACATTCTTATTTTTTGTTTATTTGACATGTCATTAGTACTTTACATAATAAAACAAAACAATGTGTTTTTAGATGCATTTTTGtaaataataaataaaatattatttaaatgtattttatGTCGTTGGTACGGTGTAATTATACAAATAAGTACCAAATAGTATACAATATAATTCTTTACAAGTAAAATCACTACTAAAAGTATTACAATTACTAAATTTGAAATAAAATAAAACATTTTAACATATCAATGACTTACACACACCCTAATTATTATTTGGTACCAATAAAATGACAATACAAATTCAAAACTAATTTAAAATAAACATGATTTTAAAAACTGTTT--------ATCTAAACTATT----------AAACAAATTTTGTTAAACATGTAAAAACAAATT-------AAGATGTTGA----------ACGTCTGAAACTTCTACTCAAACAAATAAAAAAACTAAAC s fr1.chrUn 246513510 429 + 349519338 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AATCTATGCAGGTGTTTCTAGAATGTAGTATAGAAGTGTTGGAGGAAAATGCCTGGGTGATGTTTCTGGAACTGTTTGGCCAGTCGTCTCTTCTGTTTGGCGGAGAGACGGTCACTCTGAGCGATATGGTGAATTAACTGCTTTAAACTGTCAACAGTGGCCTTGTCTTTGTTATCCTCATACTCCTGTTGCGACACCTGCTGGCAGAATGTAAACACTGCGAGAGGAAAAAAAATGGACATGGTAAATCAATTTTTAATGTGTCAAATCAGTTTTACAAGACTATGTTTAGTGTACTTGTAG---ATAAAATTCTGTAGCACTTGTAATTTTTGTTTTTACCTTTTG--------TTACCCTTGTTTTCATTGGTTTTCTTTTACTGTGTAA---AAGCAGTGACTTCTTGTCTATTAAAAGGTGCTATACAAATAAATTTTTACTTTTAAACATGGCTTTTGCTTTTTTGTAAATTATAAAAGCCCTCCTAGGGACACGTGCTGCAAATTATCTTTGACTACAACAAGCGTTGTTTCAGTTTAATCTATATTTAATGTATCGCTCCCAAACAAATGAAATCTATAT-ATATAAAAAAATTAACTCACGTGCTACTTTATCTAGATCTGTTCCTTGCTGCAGAGTTTGAAGTGTTTTCCTCACAGCCTCAATTAATGATAGCGGTGTCTGGATATGTAAAAGAAAAATGATTCAATGTTCTGTGATATACAAAGTATTCTGGGAGGTAATGTAATACTGAAAAATGTTGTTTTACCTTAAAGAGCTGTGTGTGATTATCCGTGAGGAACAGCAGTAGTTGCTCACACTGGCCACGAGTCATTTCTTTACTCTGGATGACAGCTTTCACAAATGTCTTGCTAACCAAAGCCCGGTTTTCAATCTGGTACAAGATAAATGCATTGGTATTATGCAATGAGTTTATACTTTTTACATTTAAACATGTTTAAACTAAAAACTTAACAGGATTCATATATTTTAAATGAAAATGGGA s fr1.chrUn 258674996 791 - 349519338 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ATCTAAAGAGAAACAATTTTCATTTTTGCCAGGAAACAGAAAAACACAATAGATTTTCTTTTTAG----CTTCTAAAGGAATGATCTTCACATTT---CTATCTATACTTGCCCAGCAAACTCAGGATTGCAGCATGTATGTCCAGGTGCTGTCCTGAGAGAAGTGGGGGTATATCCTTCCCACTGTAGAACTTTGCAATAGTATCAAAGAGAAGCCTCTTTTGGGTTGCTGTCCACTCTTCTGAAAGTGTATCACCACCATTCTGGCTTAGCTGCTCCCCTGCAAACACAATCAGCTGGTCGGGAAAGAGCTCCAAGCAGTCGGCTGCTGCCGACAGCCACCCGTCCAGCCTGTAAA a score=7844 s danRer3.chr4 21658235 223 + 33808418 GCACTGACTCAGGCAGGTTGAGACTCTCGGAGACCTCACGATCCACACAGGTGTTGGAGAAGACCAGGTC----------ACAGTGGTT------GCGCAGAGATGAACGCAGGGGTTCTGGTTTGGCAGGTGAGGTGAGAATACAGTCCAGCATGGAGATCTCAACCACCTGTAGCAGCTGAAGTAATGTCTGCTGCCTCCAAACATCACGCACCACTGACACAAAAAG-AGAAGAAAC s fr1.chrUn 258676326 227 - 349519338 GCGCTCACTTGTTCAGGTTTAGGACATCAGACAGCTCTCTCTCCAGGCAGGTGTTAGAAATAACCAGGTCCTGAGCAGCTGCAGACGTTCTGCAGGCTCGGAGATGAACCC-------------TCTCCGGAGAGGTCAGGATGCAGTCCAGCACAGGCACCTCTACTACCTGCAACAGCTGCAGCAGTGTCTGCTGCTTCCAAACTTCCTCCACCACTGACAAAAGAAGAAGAATAAAC a score=2621 s danRer3.chr4 21658905 232 + 33808418 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s fr1.chrUn 228640031 1356 + 349519338 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a score=-648 s danRer3.chr4 21672393 132 + 33808418 TAATGAGTTTCCTGATTAATATGTAAACATTAAACCAGCTACAGACTGTACAAGTACTCACAGTGG-GTCAAGGGTGACAG---------TTGCAAGGCTTCAGTCTTGTGCTCAATCTTTATATCTGTTTTTTTATGGAAG s fr1.chrUn 303417635 129 - 349519338 TGA------GCCCGA-------GCACAGGTAAATTTAGCTTCCTGCCGTTCAGGGTCCCGCGATAGCAACAGCGGCTACAACCTCACTTCCTGTAAATGTTCAGAAATTCAGCAAATCCAGAAGTCTGGTTCTAGATAAAAG a score=11271 s danRer3.chr4 21673580 286 + 33808418 TATGACAAATGTTGAGACAAACACTGGTATT----ATTTTACTAAAGTGTC-----------ATGTTTTTTTTTTTGCTTGTAGGTGAGGTGTTTAGCATGCGATCATCGCTCAAACACAATTGAGCCCTTCTGGGATCTTTCTCTGGAATTCCCTGAACGATACCACAGCAACAGTAAGGA---TGCTGCACAAGTTCCTTGTGGCTTGACAGAGATGCTGGCTAAGTTTACAGAGACTGAGGCATTGGAAGGAGCCATATATGCTTGCGACTACTGCAACAGTGAGTTGGAAACATTaaagg s fr1.chrUn 228641387 303 + 349519338 TAGGCCACGTGT-GCACCAAGCACCTGTTTTTAGAGGTTAATTACAGCGTATGAGGAAAGGGATTTCTGGATTTGTGTGGGCAGGTGACGTGTCTGGCCTGCGGCCATCGCTCCAACACCGTGGAGCCCTTCTGGGATCTGTCCCTGGAATTCCCAGAGCGTTACCACAGCAACAGCAGGGAGTCGGCCGCTCAGACTTCGTGCCATTTAACAGAAATGCTGGCCAAGTTCACAGAGACTGAAGCACTGGAGGGGAACATCTACGCATGTGACCACTGCAACTGTGAGTTAAACGCCCCGCACG a score=-1289 s danRer3.chr4 21673909 174 + 33808418 catggaattatactgcgatttagcctacctctgggtctggtggtagcacttttagcttagtttagcatgattcattgaattagatcacaccattagTGAAAAAACACCAGAAAGTGAAAAGTATTTTTTTACGCCAATATGGCTAGGAAATACACTCTCATTCTGGTAATGATC s fr1.chrUn 228641744 127 + 349519338 CGTGGAAAGATTGTGCAAT--------CCTTCTGCGATAATTGTGGCG-----AGCT--GCGTAACA-GGTTCCTGG---TAAGGAACATCTGTGGT----------CATGAAGTG------GTCGCTTTAA------------AAGGAAGCCATTTAGATTTTAATCAGGACC a score=12078 s danRer3.chr4 21674150 485 + 33808418 ACATCAAAGTTTTACCAAAAAAAGACAATCCCACTGGTCAAAAACAAATCGATGTACTTACACATTTTTTTGTTTTGCTTTCTCTATTAGACAAACGACGGCGATTCTGTTCGAAGCAGGTGGTCTTGACTGAAGCTCAGAAACAGCTAATGGTTCACAAACTGCCTCATGTTCTCAGATTGCACCTCAAACGATTCAGGTATCCACGCACATGCATTTTTCACAAC----TTTGAGGTTTCTGTGGTCAA-TCCATTGTTAATGCAT---------------------GTATATGTTTAGGTGGTCCGGTCGAAACCACAGGGAGAAGATCGGTGTTCATGTTCAGTTTGAGCAGGAGCTGAACATGGAGCCGTACTGCTGCAAAGA---------------------------------------------CTCCGGCAACTTACCCCATCCTCAACACTTCCTCTACCAACTTTCTGCTGTCGTCATGCATCACGGGAAGGGATTCGGATCAGGCCATTACACTGCCTTTTGTTATAATACTGAAGGAGGTAA s fr1.chrUn 228641925 530 + 349519338 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21678536 524 + 33808418 CTGTCTTCATATCTCAAGTGTTTTATTATCTTCAGACA---AATTAT----TTGTTTTTGATAAGTGCCCTGCC------AAGTCAGATCAGTTTTAAGATGTTAATAACTTTTAAACGAGGCGCGATTCAGGA---ATTTTTCTGTCAC----CTTCTCAGAATGTAGTTTTTATACCTGGTATTTGGGT----AGACGACTTTT---TTTTCCCATTTTACAGGAAAATGTCAAAGATTTTTTCACCAGCAAAAAAAA---AAAATAGACAATGTATGCTGTTATATTCTCCCTTTGTCTGTTTGTGGCGTTTAGACTCTCTTCTGTAGTTCGTACACTTATTTTAGATGTACGTGTTTGTTCGACTCTCACACACTCC------TGCTCAAATCTCCTGTTTCCACATCTTGTTGGCTGTTCAAATCCATTTTCCTCCTC------------CGCTTTTGAGCAGGTATAGATGTAAAACTATGCAAATTGTTACCTCAATTCATAGAGAAATTTACCTCAATAAAAGGAGAATATTTTTGCATTTTTCTA-AACAGCTCGTCTCGGTTT s fr1.chrUn 228643304 552 + 349519338 CTGCCCTCTGTGCTTAGGAATGTAATCCTCTCCACACACGGAACCATACTTTTGTACTAGAGAAGTGCCCTTTTGTTCAAAAATCATATT-TTTATACAGCGTTGGCAAATGCAAAACCAGCATTTGTTCTGAATGTATTTTTTTTATACGATCCTATTCAGA-----GGTTTTAAAGGTGCCATTTTCATTTTTATACGACCCCTGACTGTTCAAACACCAGCAGCAGATCCAAAAGGAATCTCTGTCCTCCCACAGTATGTAAAGTATGTACTTTA--CTGGTACATACCATCATTATCTGCT-GTGG-ATACAGAAGGTTGTATTTA--TCAGTTGATTGTTTAAAGTAT-------TGTTCACCTCAACCATGTTTCCTGTATTTTTCAGACTTTAT-TGTTGGCATTTTGGTTACTTTTCCAGATGAgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgcgcgcatgtgtAAAATTATGGACGTTATACTATGCAAATTTTTACCTCATTTTTTTTAGAGAATTACCTCAAT-AAATGAGATTATTTTTTCATTTTTCTACAAAACCTTGTCTTATTTT a score=11475 s danRer3.chr4 21679929 290 + 33808418 TGCAAGAATGGAT--TCATTTGTCAATACCTTGGTATGTTTTGCCATCTATTTCCACCTCGTAGGACTCCATCACCTCTTGTATTGATTCTCCAACGTCGCAGAGACGCACATCTATACCTGCACACTGAGGAACAGCATGTG----TGAATGCTAAAGTCACACACACAGA----CAGATAGTTAGTTTAGTGTGAGGAAAGCTTACCTTAATGCCTGTGTTTGTGGCATCTGCCACTGCCTCTAGCAAATGGTCAAACTTTGGATTAAAGGTGACGGTGAAGGCACAGTCAAtgatcc s fr1.chrUn 228645364 296 + 349519338 TGCTAGAATAAATAATCAGATGAGCTCACCTTGGTAGGTTTTGCCATCAAGCTCAACCTCATAGGACTCCATCACCTCCTGAATTGCCTCTCCAATGTCACACAGACGCACATCAATGCCAGCGTTCTGCAGGACAA-ATGGGAAATCAAACCCTTCAGCCACA---ACAGGACATCAGAGGGATGTGGTAGGGTGTTACGACCATACCCTGATTCCAGTGTTGGTGGCTTCTCTCACAGCCTCCAGCAGCTTGTCGTACTTTGGGTTAAATGTGACGGTGAAGGCACAGTCGATGATTC a score=17998 s danRer3.chr4 21685207 271 + 33808418 TGTACAT-CTCAATAGTCATCTCCACGGCTCACCACTTCTTTGCATGTGGGTCTGAGCAGGATGGTGTGTTCAAACTGGGCTGTGTACGAGCCCTTGGTATCACACAGAGGAGGGTATGGGTCGATGATGCCCAGGTCACACAGGTTCTTCAGGGCCATCAGGTATTTGCTTTCGCCCAAACGGTCCAGCCAGCGGCGACAGAATGCAAGGGTGCCGAAGTTCTCATTCACCACGTTCAGCAAGTGCTTTGCCCTGGGAAGCCTGAAGTTCA s fr1.chrUn 214119691 272 - 349519338 TGCACATGCTCAATAGTCTTCTCCCCGGCTCACCACCTCCTTGTAGGTGGGCCTGAGTAGGATGGTGTGCTCGTACTGGGCGGTGTAGCTGCCCTTAATGTCGCAGAGAGGCGGGTACGGGTCGATGATGCCAAGGTCGCACAGATTCTTCAGAGCCATCAGGTACTTGCTCTCGCCCAGGCGGTCCAACCAGCGGCGGCAGAACGCCAAGGTGCCAAAGTTCTCATTGATGACGTTCAGCAGATGTTTAGCCCTGGGAAGTCTGCAGCACA a score=7879 s danRer3.chr4 21686267 180 + 33808418 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TACCATTTATGTGTGTGCCGAAGTCGATCTTGCAGACGTCATCGTACCGCAGGACTGTCGGGTCTCCTGCGTTCGGAGTGTAATGAGCAGCACAGTTATTAAGAGAGCAGCCGGTGGGAAAAGCCAGACCTGCGTTCAGACCATCCTCTTTAATGAGCCTCCTGCTGCAGGCTTCCAGACGCTCACTAAACACACACACAAAAAATTCTTAGTCTAAAAAAATTGCAGGATTTGATCATTTCCAAACCAGATTGAGGAAGTAACATTTTCaatttaatattttagttttaatataaaaaaaaatGAATTTCACACTGCTGATTTATAGATGTTATACCAAACTCACCAGATGTCAGTCATAGCAATAGTAATAATGATAGACCATAGtaaataaataaatatgttttaaataataaaatattaatcaacaaataaatactttttaaatgataaataaaaaCAATTaacaaataaacgaacaaacaaacaaaaaaacaTCAATCAAATAATTAGTTTGAGTAAATAATTATTTGATTTAAGAGACTGACCAGATGTCAATCATAGTCATGCCAGGTTTAATCCAGCTTTTGACGTATCGCCGCACTTGTCGATGAGCTTCTGCTGCCTGTCTGAAATCACTCCACATCTCCTCATTGGCTTCATCCAGTACTCGCTTCTCCTCATCGCTCATTCTCCACGCAGCACTGCGTCTGTT s fr1.chrUn 214122535 558 - 349519338 TACCGTTGATGTGAGTTCCAAAGTCAATCTTGCAGACGTCGTCGTAGCGCAGCACAGTGGGGTCTCCCGCGTTGGGGGTGTAGTGGGCAGCGCAGTGGTTGATGGAGCAGCCGGTGGGGAAGGCCAGGCCGGCCTTGAGCCCGTTCTCTTTGATGAGCCTCCGGGAGCAGTCCTCCAGCTTCTCACT--------GCAGAGAGCAT------CACAGAGAATTGGCAGGA------------------AGAATGAGG----------------------CTCTGGTCCGGGCACCCCGGAGAG-GAGTTTC---CTGCAGCGTT---------------AGCTTGCTGGCTGGCAGGCAGCGCTGTTG----------AAACCGTGTCAAAT----------------------------TTCTGCACCAAACGAGCCC--------TGGCAGGTCTGGGCAGGT----------CGGCCCATTAAGAGAAAA-----------------------GGGCCAACAGTTGCGTGCGTC-----TCTCACCAGATGTCAATCATGGTCATCCCTGGTTTGATCCAGCTCCTGACGTACGCGCGGACCTGCCGGTGCGCCTCGGCCGCCTGCCTGAAATCGTTCCACATTTCCTCGTTGGCCCCGTCTAGCGCCCGCTTCTCTTCGCTGGTGGTCCGCCACGCTGCGCTGCGCCTGGT a score=5044 s danRer3.chr4 21694886 112 + 33808418 CACCCGTCCTGAGAGGGAGGATATTCACACTCCTGACCCACTGGAAACACACCGCTGGGGTACAGATCACAGATGGGGACGCTTGGAGGATCCGTTTGGGTTTTGGCTGGGG s fr1.chrUn 214123372 112 - 349519338 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228647306 75 + 349519338 CAGAAGAAGATTAAATTATGACCATGTACTCCAATGTAGCGATAG--GGACTTTACCCCAACACGTGCAAAGAGAAT a score=1845 s danRer3.chr4 21701593 39 + 33808418 TCAGGAAGTGAGTAACTGCTGTCAGTTTGGAAAGTGTCC s fr1.chrUn 214124425 39 - 349519338 TCTGGACGCCAGCATCTTCTGACAGGTTGAAAAGTGTCC a score=-472 s danRer3.chr4 21701632 304 + 33808418 ATAACTTCATCTCAT-----ATAGTGGATCTATAGGAAAGCAAACCTGGCTCAATCTGCAGCATCATATAACCTTGGTAGGGCGACACTTTAGACCTGATGATGCAAGTACATACTGAGCAGCACAAGGAGGAAATGCAGAGCAGAAACGTGTAGAATCTACAC------TACACTAAAATTAAAATCCTTATCAAAAATGTGGTATtt-----------aaagagatagtacactccaaaaaatatattaaattgtgcct--ttatttgctcatttgttccaaaccttgagtctctcttattgaacaaaaaaaataagatattttga s fr1.chrUn 228647408 323 + 349519338 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GTGCTGACGGCAACAATAACAAGCAATTTACTTTGTAACATTAACAACTTAACTAgatcctcgagagcttagccgtcgttctgcagcgtcgcgactgggaaaacccTACATATATAAAAATAACGATAAAATTAACAAACAAAATTTATTTTGTATAAAAATTTGAGTAATTACGATTGTAAAAATGAAAATTTCAGCA--ATTGTTTCCATTAAAAATAATAAAATAGTATTGTAAAATTGTTATTCTCAATTTGAAAAAAAAAACAATAATTCAGCAATTGTGTCTCACATCTAAAACAACtatttaaactttttaaaataaatttaattCCACTGTGTCAG-ATCTTGTTGTAAACCTTTCAACATAAAAAACCCATCCATTTCAGCA-------------ATTCTAACAACTAAAATGaatatttaataaataaaaaatttaattCT s fr1.chrUn 228652401 358 + 349519338 GTGTTGCCTGCAGAGATGACACACACTAA----CGTTAGATGAACAAAATGACCTCACTGTCG--------------GTTCTTAACCCAGGCGATTAGTTACTCCTTAAACTCA-----GTCACTGTTGAAC---------AACTCTGTTTCTTGTCCCATTTTC--------------TGAAGGAGGCACTTCCACCATAATTGCTTC-----------------TAGTCTCGTGTCATTGTAA----------AAAAAGGAGGAAGCTGAGCTAAAAATAGGATTTGAC--------CACATGTGGAAACC----AAAATAGTATGAATG--GATGTGCCATTATTCTGTTGTG----TTTCTACACTGTGGGTTCAT--ATTTGTGTATGGTGCTCGTTGAATCCAAACAAATAACATATATTTTAGTCGTCTCGCTTCTTTACCCAC a score=1906 s danRer3.chr4 21721474 221 + 33808418 CTAAAATTCCATTGTGTCAGACTTTGTAGTAGTTTTGTAAACATTTCAATATGAAAAAAACCCACTCACTTTTAACAATTGTCTCACATATAAAATGACtatttaa---taaataaaaatgtaaattaaattCTACTGTGTCAGATTTTGTAGTATTTTGAAAACTTTTTAATATTAAAAGGCCATTAAGTTGAGCAATTCTATCTCACAACTAAAATGACtat s fr1.chrUn 286818854 186 - 349519338 CTAAAATGCCAATATGGAGTTTTTTGGATAACTTTTGGCAACATTTGGACATGGAAG-----TGGGCATATCTAAAAAT--------ATCAAAAATG----TTTGAATTTAAATGAAGATGTG----AAATACTACAATATAAAATACTAT-----------GACTATATACT------AGGTCATCAAATCAGTCAGTTGAGTCTGTCAACTCAGTTGCCTGT a score=5602 s danRer3.chr4 21721758 256 + 33808418 ACTCATTGAGCAATGTTTTGAGGTGGAGCTGTAGGCTGCGGACAGACGTGTGCAGTGAATTGAGCTCCCTGCATTTCTGCTGAGCTCGTCTGTGTCGTCCTGAAGCCATCGGCTGGTGCTGCGTCTCAAAGTAGCGATGGAAATCATAGCTGCGCTGCAGATCTGCCAGACAGGAGGACAGAGAGCGATGCAAAG------CATCAGTGATGAGCGGAATGCTGCTGTAGGAGACGGGACATGGTC-TGGAGTCCTGCTCCTC s fr1.chrUn 228653033 259 + 349519338 ACTCGCTGAGCAGAGCCTTGAGGTGCAGCTGCAGACTTCTGATGGAGGTGTGAAGGGCGTTCAGCTCTCTGCATTTCTCTCTAGCTCTGCCCATTCTGTCAGAGCCTGTCCTCCTCAGGTGAGTCTCGAAGTGTCGGTGGAAGTCGTAACTACGTTGCACTTCATTCAGGCA--ACTATCCAGAGCGATTTGAAGGGGTTTGATCACTGTGAAGATGGA--CCGATGCAGCAGTGGGGCTGGAGTAGCAGAGGCCTCCCCTTC a score=5280 s danRer3.chr4 21723489 350 + 33808418 AAGCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtTG-------ACACTTACAGTGTGAATCCTCGTGAAATGACCTCTGTCTCCTGGATGAGGCGCAGTGATTTGCGAGATAGGCTGGTCAGGGATCTGCTGTTGTTTACTAGATCCTCCAGCTGGACGGCCAGAGACTGAACACGACGCTGAAGATCAGTTTTACGCCACAGACACAGACCACGAC---------ACACACTTAAAACA-CACAGCAGATACACACACAGCCACAGAGACGGCTCG-AGGTCAGAGGACGAAAAACACAAGCCAAGCAGGACAGACAGCAGCCCAACCAGAACAGACACGTCCCTGAAACAAACAAGCACATCATT s fr1.chrUn 228654649 357 + 349519338 AAACTGAATGGGTGT-TATATATGTGGTTGGGTGTAGCACTAGAACACTTACAGGGTGAAACCTTTGGAGATGACCTCGGTCTCCTGCACCAGGCGCAGAGCTTTGCGAGATAGCCCAGTCAGAGTCTTTCCATTGTGGACGAGTGTCTGGAGAAGTGTGGCCTGGGTGTGGA--------TGGCTCTCTGCATGGAACCAAGTCTCCAGAGCATGACCCCTCTCAGCCCCACCCAACCCAGCACTGCCAAGCAACATGGGACTGTAGCCAGGGACCACAGGCCCCCAGCTGTGGTATAGAGACCCAGCAGCACTGCTGCCAGGCCAATCAGCCCTGCTGTGTCCCTGAAAGCA--AAGAACAGCATT a score=2293 s danRer3.chr4 21724023 98 + 33808418 ATGGTTATAAAATGATTATCAAAATAAACACTTAATTGTAATGTAATAATAAACAATTTATA---GCTCATTAGT--GCAATTTTTAGTTTTACAATCTTGCT s fr1.chrUn 286823042 96 - 349519338 ATGGTTAAAAAACAGATATTTGAATAAATATGTAGTAGTAGTGTAATATT------TCTATACCTGCTCACCAGTCAAGAGTCCTTGGGTTCA-GATCCTGCT a score=5262 s danRer3.chr4 21726490 220 + 33808418 TTTAATCAGCACTGGTGTGTATTTTTGTACCATATAGAGAATGTGGAGAGGCAGCGCGGTGCAGGCACAGCAGC------ACTGGGACAGACAGTGTCAGCAGAGCCAAGTGAGAGAACACTGGGGTCCAGCAGCTCGATCAGCTCCACGTCCTCCTGCAGCAGGACATCCTGAGACAGCAGACATCGCAGAGATGACTGGCGGAAAGCAGAATCCTGCCGGAGAA s fr1.chrUn 228655153 224 + 349519338 TTTTATCTACTTTACTGTGGACAC--ATACCATAAAGAGGGCCTGGCTATGAAGCTTGGTCTGGGTAGAGCATTTGCTCGACCTGGCGATCCAGAGGGCGAGGAGCTGAGGGTCAGCAGACTAGGGTCCAGCAGCTCGATTAACTCTACATCCTCCTGAAGCAACACATCCTGGTCTAGAATGCACCTTACAGAGTACTGACCAAATACACTGTCCTGATAAAAAA a score=2070 s danRer3.chr4 21727089 170 + 33808418 TCCTCCTCACCAGCTGCTGCTCCTGCCAGTGGGTGGCGCTGTCTCGACGCAGAGGATTGAGACCCCGCAGAGCATCAACCAGCCTCCAAACACCACTCTTCTGCAAA-AACACAC-ACAGATGAATGACCACAGCAGACTCAATTTCTGAATAAAACAGCATACTGCATTTT s fr1.chrUn 228655458 171 + 349519338 TTTTACATACCAGCTGCTGGCCTAGTTTACGAGTTGCAGCCGCTTGGTGAATCGGACTCCATGTCCACAAAGTTTCAGCCAGCCTCCAGAAGCGACCTCCCTGCAGGTGACGCACAATAAAGCTATTTAGGCAACAG-CTCAATCCAAGCGTTATGCAGTGGTTTATATTTT a score=6192 s danRer3.chr4 21729475 127 + 33808418 ACACTGGACCAGCTCTATACCCTCACCAGGGTGCTCGAGGGTTCATGGGAGTATGCTCAACTAGTCCACATGTGTTTTGTGGACTTGGAGAACGCATTCGATCGTGTCCCTTGCGGCATTCTGTGGA s fr1.chrUn 286826720 127 - 349519338 acactggaccttctcaataccctccacaggatgcttgacagttcacaggaattttcctaaccagtcaacatgtgatttgttgatcaggaaaatgcagtcaaccaactcccttggggtattctgtcgg a score=16965 s danRer3.chr4 21729745 515 + 33808418 TTGTCACCAATTTTATTCATAATTTTTATGGACAAAATTTCAAGGCGCAGCCTTGGGCTGGAGGGGGTCCCAGTTTGGGGAACACAGGATTTCATCTCTGTTATTCGCAAATGATGTTGTTCTGATGGCTTCATCAAACATGGACCTTCAACATGCACTGGGGCggaaggatggaacgtgagattgacaggcggatcggtgcagcggcagcagtaatgcggtcgatgtaccggtccgttgtggtgaagaaggagctgagccgaaaagcaaagcactcaatttaccggtcaatctacgttcctacactcacctatggtcatgagctttggatcatgaccgaaaagacaagatctcggatacaagcggccgaaatgagttttctttgaagggtggcagggcgcactcttatggatagggtgagaagctctgacacccgggaggagctcggagtagagtcgctgctcctccacattgagagaagtcagctgaggtggctcgggcatctgtttcggatg s fr1.chrUn 286826847 432 - 349519338 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TATCTTCAGGAGGTAGAACGGGCGAAGAGGAACAAGGTGGTCCACATCGCTATGGAGATCATGAGCTCAGAGAAAGTGTAAGTACTAATGTTCCATGATGTTTGAAAGGA s fr1.chrUn 65285091 107 - 349519338 TGCCTGCAGCAACAAGATGAGATGAGGAGGAAGAAGGTGATGCACATCGCCCAGGAGATCATGAGCTCTGAGAAAGTGTGAG---TAATTGTCACCGCTGTCCCCAAGGA a score=3345 s danRer3.chr4 21740217 50 + 33808418 TGCATCTTTCCA---GATTTGTGGATGTCCTGAAGTTACTTCACATCGTAAGT s fr1.chrUn 65285229 53 - 349519338 TGTTTCTTTCCAACAGATTTGTGGATGTCCTGAAGCTTCTTCACATAGTAAGT a score=6738 s danRer3.chr4 21745303 227 + 33808418 CTTGTCTAGTGGTGTTTGTTTTGTTGCTGCATCCTG-------TATTTAGTT-ACTAGCTAACATCTCTATTTCTGT---------------------CAGGATTTCCGGGATGCAGTTGCGAAGGCGACTCGTGCGAGCGGGAAACCATTGGTGGAGGAGAAAGTGTTGAACCAGATCTTGTACTATCTGCCTCAGCTATACGAACTCAACAAAGACCTGCTGAAAGAGCTGGAGGAGAGAGTGGCACACTGGTA s fr1.chrUn 214135191 256 - 349519338 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danRer3.chr4 21752600 392 + 33808418 GGCTCTTAGTGTGGTAAAAGAAGTGGCAAACCATGCAAATGACATCATGAAGCAAGGGGTAAAACTACAAACACAACACCACATACACTTATTAAACTCTGATGACAATGATCTTCTAACG-TGCATCTCTTT-------AATGCAGGACAACTTTCAGAAGCTGATGCAGGTTCAGTACAGTCTGAATGGTCACCATGAAATTGTCCAGCCTGGC-------AGAGTGAGAAACTCAGTTAC-CCATGATTCATTGTGTATCTGAACAGTC----TCTGAAGTGTCTTGTTTTGCTTATCTAATGTATTGTTTTTGTTACATATGCAGGTTTTCTTGAAAGAGGGCACTTTAATGAAACTTTCTAGGAAAGTTATGCAGCCCAGAATGTTCTTCCTGGTAAGAAACATAAA s fr1.chrUn 214136501 395 - 349519338 CGCCCTGGTCATAGTAAAGGAGGTGGCCAATCACGCCAATGACATCATGAAACAGGGGGTGAGAGC-------CAAAATCAGACATTCTTGAAACCTCCAGATG----TGTTTCCCTACTGATGCCCCCATTTCTCCACCATTTCAGGACATCTTCCAGAAGATGTTCCAGGTCCAGTCCAGGCTGAATGGACATCATGAGATAGTGCAGCCTGGCCGGAAAAAGNTGGGGGGACGTAGTGTCNCCATAA---AACNTGTA---GGACGNTTNAGATTTGTATTAAATCTTCCNGAATTTTTAGACGGGTCCTTATTTCGGGGTGGCAGATCTTTTTGAAAGAGGGTGTCCTGAACAAGTTGTCCAGGAAGGTCATGCAACCCAGAATGTTCTTCTTGGTACTGAGAAAAAA a score=-1896 s danRer3.chr4 21752992 523 + 33808418 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danRer3.chr4 21767353 129 + 33808418 TTTGTTTTATAATTACA-------ATAAAAAAAACATTGATTTAATATTC------ATTCATGCTTTTTT-----CAGGTGGATCGAGGCATTTCAGGAGGCCATGATTCTTTGACGG-GTCTTGATTGGATTAAATCATAAATAAAT s fr1.chrUn 65291680 148 - 349519338 TTTGTTTTAAAATGATTTTACTTTGTAAAGTAATCAAATAGTAGATATTTTACAAAATTTGTGTTTTTTTGTCTATAGGTGGATTGAAGCCTTCCAAGAGGCAATGATTCTAGAACAGTAACTTAGCTTTGTGGAATCATGGACAACT a score=3175 s danRer3.chr4 21771980 114 + 33808418 GCTTTAACCCTTCAAGTATGACCTTTAACCTACAGGAACAGATCTAACTTTATCTTCC--------CGGATCAACACACACACAACACA-CACTCATTCCACTGTCGTTTCTGACCCCCGTCT s fr1.chrUn 214140013 123 - 349519338 GCTTTAACCCTTCAATGTTGACCTTTCACCCACAGGAAAAGAAATACCGTTATCTTCCGTATCGAGTGGAAAAGCCGACTCTCAAGAGACCGTTTGGGTCACTGCCGTGGCCGCACCACGCTT a score=1701 s danRer3.chr4 21774852 130 + 33808418 ATTGGCATCATGGAAGGAGAAAGTCCCAGAATTCAGCTGGTCTCTGCAGATGGTGGCCTA--CAGGTGACTTACACTGCATTATTAATATAttgaccttattcttgacgtacaa--actggcacaaccatccaa s fr1.chrUn 214140553 130 - 349519338 ATTATCAGAATGGATGGGCAGACCCAAAGGATTCAGCTTGTCTCAGCAGACAGAATCCAGGTGAGATGACGTTTCCATTAATATCGAAATATTCCCACT----TTGACACATCATTGCAGTGAAATCCATCCAA a score=8812 s danRer3.chr4 21776893 290 + 33808418 CAAATGTCATTATTTATGTTTCCAT---CTAATGAAG--TTTGTTGTCACGTGTTGTCTCAGATTGTGACCGAGCAACAGTTGGCCCAGAAAGTGCAAATAGTCACGGCCATTGATCAGGCTGGAGCTGGAAAGCAGCAGTTTATATTAGCTAACCTGGACTA---CCCCAATCAAGAGAAACTGTTCATCAAACAGGAGAACTCACCAGCCAAGGTCATCCTAACCTCTTCCGATGGCTCAGCCGTCAATCAACTGCTTTTCGCATCACCTGAACTATCAGGACAACAAATCCAGGT s fr1.chrUn 214140696 293 - 349519338 CAAATGT-----TCTACGTTGTCCTGCATTAATGGAGGATTTTTTTTTTGGGAATGTGATAGATTGTAACTGATCAGCAGACTGGCCAGAAGATCCAGATCGTCACAGCACTTCAGCCATCCTCCCCTGGAAAGCAGCAGTTTATCCTCACGAATGCTGACTATTCCCCCGGTGGGAAGGTAATTGTGGCCAAGCAGGAAGGCTCACCTAACAAGGTTATCCTCACTTCTTCAGACGGCTCGGCGGTTAACCAGCTGTTGTTTGCTTCCCCTGATCTGGCTGGGCAACAGATTCAGGT a score=4600 s danRer3.chr4 21778255 111 + 33808418 GTTTTGTTTTT---CAGTTTGTTACAGATGGCTCAGATCAG---GGCTCGATGAAGCCTCCAGTGGAGTACTGTGTAGTTTGTGGAGACAAGGCTTCAGGTATGGGACCCACACAGC s fr1.chrUn 214141085 117 - 349519338 GCTCTGTTTCTTGGCAGTTTGTGACTGAAGGATCCGACCAGTCTGGCCTTGTGAAGCCAGTCGTAGAATACTGTGTTGTCTGTGGAGACAAGGCCTCGGGTAGGATGTTCGCACCGC a score=17853 s danRer3.chr4 21778692 449 + 33808418 CAGGTCGTCACTATGGTGCAGTGAGCTGTGAGGGCTGTAAAGGTTTCTTCAAGCGCAGCATCAGGAAGAATCTGGTGTACACGTGCCGTGGGTCTGGAGAGTGTGTCATCAATAAACACCATCGCAACCGCTGTCAGTACTGCAGACTGCAGCGCTGCATGGCGCTCGGCATGAAACAAGACTGT--GAGTCCCAAACAAATAGATAACTAAAGCCTCAGATTGTACAGCATCTTTAGTGT----TTCCTTAAATTCCCTCAACAGCTGTTCAGTGTGAGAGGAAACCAGTGGAGGT---GTCGAGAGAGAAGCCAGCAAACTGTGCGCCCTCTATTGAAAAGATCTACATCCGCAAAAACCTATGCAGCCCTCTCGCTGCAATGCCAACGTTTGTCAGCCAAAAAGAAAGCACTAGGTATGAGTGTGAATTTGTGAGTTCTTTTTAGGGCTGTTGTG s fr1.chrUn 214141258 448 - 349519338 CAGGACGTCACTACGGCGCCGTCAGCTGTGAGGGCTGTAAGGGCTTCTTCAAGCGCAGTATCAGGAAGAACCTGGTGTACACGTGTAGAGGCTCTGGAGAATGCGCGATCAACAAGCTGCACAGAAACCGCTGCCAGTACTGTCGGCTGCAGCGCTGCATCGCTCTGGGCATGAAGCAAGACTGTAAGAGGCTCTAAC--GTTGTTGCCAACAGCCGTGGA-CGTGCTGTTTTAGGAGGGTGTAATGCCTGTTGCTGTGCCTGTAGCTGTGCAGTGTGAGAGAAAGCCAGTGGAAGTCACCGCCAGAGAGAAAACGCTCAACTGTGCCGCTTCCACGGAGAAGATTTACATCCGCAAGAACCTGTGCAGCCCGCTGGCGGCCACACCCACGTTTGTGACGGACAAGGAAACTGTCAGGTACGGCCGCTAATAGGGG-------TTTAAAGCCGTCACG a score=806 s danRer3.chr4 21780426 147 + 33808418 GTATAAATTATTTTATGTTTAGTGCACAATAAAGAAGTATAAAAAAGAAAGAAAGGCAGTCAATATTTTATGGAGCGT---------TTAATTATCATGTAAAGC-------------------AAAACACATTTGCTTAAGTTCACACAGTGCTGTCTTTTCTTTTGAATTTGT s fr1.chrUn 150196447 173 - 349519338 GTGTGTAGCTTTTTATTTTGGAAGAAAAATAAAGGTGCAAAAGAAAGAAATAACTGCATGAATAATTTGATTGCATGTAAGCTAATACTCACTGTTACATTGAGCTGAGCCCTGTGCACCCATGAAAACATGCAAAATTGACTTCTGGC--CGCCATTTATTATTCTGATGTTAT a score=6845 s danRer3.chr4 21780641 548 + 33808418 CAGGCCCACTAGTTTACTGGACTCCAACATGCTCTTGAATATCCAGCAGTCCATTTCCAAACTTGACAACACTATTTTAATTCCTTCTTCACCAGATCAGGTAAAAAAGTTTTT---TTTAG----------TAGTAATATGCAT--------AAAAAAACCTATGA---AAACCAAAGTGTTAAAATTATAT----------------------ATTGTTAAGATGCAAATTCCTTTAGATAAGCCTTAAGTAAAAGATGC----------ACATAGCTCT----------ACATAATGATCTATTTTCCCATT-------CCACTTAATAAACATCA----------------------------ACTGTTGAAAAATCTAACCCTAATATTTTGTC---ATAAGATTCATTGTGTAAAAGTAATATGGTCATATG-----TATATTCTTGTTTTGTGAC---ATTCACTTT-------AGAATGATTCCAGTCAGGGAGATCTGGGAACTCTGGCCAACGTGGTCACATCTCTCGGTCACCTCAACAAAAGTCGGGAGATGATGGACAGCAGTACTGACCTATCAGGAATCGATACCATGAGTAACGATGACAGCGTTATGACAGACATTCAGAGGGAGGAGT------CAAATGACGTTACTCGGTGAG s fr1.chrUn 214141811 659 - 349519338 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CAGCAAAATCCTCTGAGTAAAATTTATTTGTATTTGGTCTGCAAATAT-------TTATTTGTATTTGGCTTACAAGTATTTGGTCACtctctaaa---ttgagttaatgttactcaagt----aaatgagacaaggaagggattaattaggtaaatattgaggactgatga---------tgaacacttactgttattaagcagaaacatagaagagagacacaaaactactactgacttcagtcacagccttagatggaatcagctgaaatataatacattgaatttct s fr1.chrUn 176415919 277 + 349519338 CAGCAAAATCTTGTCGATACGATTCTCTTATATTTAAGCTGCAAAAACCTCAAGATTTTCTGTGATAATTTAGCAAGTCTTGAACCATGAGAGAGACGGTTCAGCTGGTGATGAAGAGGTGCCAAGGTGGAGCAAGGTGGTGA-----TATTTTGATGTGGAGAGATGATGGAGTAAAAATTAAAGGTTTACCGCTGTGCATC--CAATGGATGAGACCAGCTCAGGTTAACAGCTGATATCAGGT-CAGCA--ACATGGAGTTAT----AAAAGGATGAAATGAACTTCT a score=4958 s danRer3.chr4 21782571 235 + 33808418 TTGAGTCAAAAATGAGTATTGTCCACTGATTAAACATTGATTTAAATAAACCACAATGATAA-GAGAAATCTTAAACATTCACAGAGTTTGCGATGAGGATGAGGTTAATTCTTTATGCTAAATAGATTTG-------AAATTAAATTTAGCTGCTTTATTTTAGAGGTTGAGTGAATGCGGGTCATTTTTTCCCCGAAG---GACAAATGGTGTA--CACCAAATTATAAGACTGCACAAGGATTAA s fr1.chrUn 250842889 237 + 349519338 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TGATCTAAGTGTTAT-------GTTTTCATTAAGTAATATAACCAAACTATAACTAAAATAATACAACAAAAATAAACGTCTCACGGTCACTTTG-----TATTTAGCAGAAGCTGTTGGAAGTTAAACACCCGAGTTTTACTATAATT-CCTTATGAATCCTTATTTATTTCAGCAGCTGGAGAAAAAACAGCGATGA a score=8348 s danRer3.chr4 21786294 163 + 33808418 TTTTTGGTGTTTAGCTCAGAGAACGGCATCACACTGATGAAGGCCTGTTGGAATGAGTTGTTCGCCTTAGGTTTGGCTCAGTGTTCACATATTATGAATGTAGAAACCATCCTCACGGCCATAATCAACCACTTACAGACCAGCTTGGATGAAGGTATGTGGA s fr1.chrUn 214143181 159 - 349519338 TTCCTAGTGGTCA----AGATAACGACATCAACCTGATGAAGGCCTGCTGGAACGAGCTGTTTGCCCTGGGAATGGCCCAGTGCTCCAGTATCATGAATGTCGGTACCATTCTAAGTGCCATTATCAACCATCTGCAGACCAGCTTGCAGGAAGGTACGAGGA a score=-5922 s danRer3.chr4 21786463 460 + 33808418 ACACCTGTTTTTCTTCCATTTTTATGTGTGTTTTCTATTTGTGCTATACATTTTTAACTTCTTTTTAATACACTTTTCTTAGTTAAATTAAGGGTTTGGCAAACCTTTTAGGCACCACACCATATTACGTTTACAAAAGGGATTTTTCATTTAAAGAAGGAGTAGTAAATGTAAATAAAGAGTCAATTTAGTCAAACTTAACAAAATATTAAAATTAAATGTGTATAATTGTATAATTTGTACTTTGTTGGAACAAGTTAAAACATTTTTTTAGTGAGAATCTTCTGTAAACTATTGTAGAAAATGCATGatttaatatttagttttattgattttaattaaaagaaaattaGCTTTCCCTAATTTTTTTGAATTTAAAAAATATTGCAAATTTTCACACTCCAGTTTGTAAACTCTTGAGTTATTTCACTGACACATAGATGGCTAATGAGAAATGTCT s fr1.chrUn 276314879 216 - 349519338 ACACA-------------------------------ACCTGTATCATA----------TTATTGTTTATGCAC-----------AGATT-----------------------CACTACTGCA------------------------------GAGAAATTACTTGCATTTGTAAAT------TAGTTCTAGCTGAAATTAGCTGATTACTATAATCAGCT----------------TTTATATT-------------GTAAAACACTTATC-------AACCCTC-------------AGAAGAACCAT-------TATGTAGATTTGTAGCGCTTA--------------------------------------TAACACGTATTGT----------------GTTTGCA-----TAAAGT--GTTCACTAA----------------ATGATGTGTTG a score=7290 s danRer3.chr4 21786923 158 + 33808418 GTGTTTGCCACAGAAAAACTGTCTCCAGAGCGGGTGAAGCAAGTCATGGAGCATATCTGGCGCATGCAGGAATTTTGTAACAGTATGAGTCGCATGAGTCCTGATGCCTATGAATATGCTTACCTCAAAGCTGTGGTCCTCTTTAGTCCAGGTGAGAA s fr1.chrUn 214143386 158 - 349519338 GTGTCGCCTGCAGAGAAACTGTCGGCAGAGCGGGTGAAACTGGTGATGGAGCACATCTGGAGGATGCAGGAGTTCTGCAACAGCATGCTGAAACTGTCCCCCGATTCCTACGAGTACGCCTACCTGAAGGCCATCGTGCTCTTCAGCCCTGGTAGGAG a score=5802 s danRer3.chr4 21787130 152 + 33808418 AGAATGGAGTTGATTGTTTGTGTGTCAATGTGTGCTG---TAGATCACTCAGCCGTAGATGGCACACTTCAGATTGAACGATTTCAGGAAAAAGCCTATATGGAACTTCAGGATTATGTGAGCAAAGTGTATCCAGAGGACACGTATCGGTGAGT s fr1.chrUn 214143585 155 - 349519338 ACCCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTCTGCACCAGACCACCCAGGCATAGATAACACCCCACAGATAGAGCGCTTTCAGGAGAAGGCCTACATGGAGCTGCAGGACTACGTGACCAGGACCTACCCGGAAGACTGCTACCGGTCAGT a score=-1428 s danRer3.chr4 21789657 253 + 33808418 tacgcgttacattacattaCaatattattttctgt-catcatgactaaaattaaagaaattggttttagaaagtagttattaaaactattatattaagaaatgtgtttaataaaatccttcctccattagacagaaattgggggaaaaatataaaataataaaaatttaccagaagggctaatagttctg-acATTATTTGAAATTCTGAAGACTTGTTTTATGAGG--------TAATTATCTCTAATCATTAATTCTTCTC s fr1.chrUn 276315496 229 - 349519338 TAC--------------TTCCATACTATCTCCCTTACATAGCCATTGAAAT-GAAGTCACAAGAGGTAAATATAAGATATACAGAATAAAAAGTTAATAAATGT-------AGCACTTATTCCTCATTACTTAG------TGTGCAGAACTTCAGAGGGTAAACATACATATATTGTGGAGGTATTTGGGTACATTGCTAGAAAGTTTAAAG-TATATTTAAGGAAGATTCTGGTCAAATACCTGAGAT-----ATTTTTTAT a score=9670 s danRer3.chr4 21789910 220 + 33808418 TCCTTCAGTCTTTCAAAGTTGTTAGTTCGTCTGCCGGCTCTGCGCCTCATGAGCGCAGCAGTCACCGAAGAGCTGTTTTTCGCAGGCCTCATTGGCAACGTCCAGATCGACAGCATCATTCCGTACATCCTCAAAATGGAATCTACCGACTACAACAGCCAGCCAATCAGCGGCGTCGAGTGACGAA----CCCCGCCCACAGCCTCACCCATCAGCTTTAACA s fr1.chrUn 214143796 221 - 349519338 TTTTTCAGGCTCTCCAAGCTGCTGGTGCGTCTGCCCGCCCTCAGGTTGATAAGCGCCAACGTCACGGAGGAGCTGTTCTTCGCCGGGCTCATTGGCAACGTGCAGATCGACAGCATCATCCCCTACATCCTCAAGATGGAAACCACCGATTACAACAGCCAGACGGACTCCGCAGTC---TGACGCAACGTCTCCTCCTCCAATCGGACAATCCAGCTGTGAAA a score=-521 s danRer3.chr4 21790130 166 + 33808418 TGTCTCCGGCTTTGCACATTCAGACGCTTTATGATATAA---TCATACGAATTTTGAATGAGAAAATCATTTTGTTATGACTTTGCTTTTTCATTTTGGTCAGT-------GATCGTGTCT---ATGGGTTTTGTAATATGGATTACCACAACTGTTGTGGTTCAGTCCTTCGGGCTTT s fr1.chrUn 276315950 166 - 349519338 AGTCTTCAG---TAGGTACTTACCCGCTCTCCAAAAAAAGTTTTATATCAA---TGCATGGTACAAAGGTATTGAGGATATTTTGCAG----ATTTTAGATAATCTAGCACTTTTGGGCCTAGGATGGCCCTTGGAATGT---TTTCTTCAGGTGCAGTAATGCGGCCATTTGACTTTT a score=2461 s danRer3.chr4 21793231 216 + 33808418 ATTTTGGCGGAACGCATCGTTCGTGATCGTTTTACCGGAGGAAC--GATGAAGTTGCGCGACAGTCCGTCGGTGTTTAGAGTCCGTCAGC-----GATGGCGGGGTACGCAACGTTAATGCGGCGGTTCGTCGGTGAATTTACCGGTCACGGCGGTGTAAAAGGCTTCCTGGTGCAGTTGTTCAGGTGGGACACTAAAATATT-------TGTGCTTTACAGTTTTCGAT s fr1.chrUn 65293823 229 - 349519338 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danRer3.chr4 21886867 412 + 33808418 TTAAAATGTAGGATTAATTACCTGACGGCTTAGTCGTGAAAGGTCTGTCGAGTTCAGTTCAGTTTCAATTTTGCTCAGCCTCTGTGTGTACAGCTGATGTTTCAGGTTAAATTCATTCTCAGTTCTTTCTAGTTTGGCCTCTGTATCTTTTCGTAG--CAAGGCAGACT-------GTCTGACTGGTTCAGAGATGGCTTGACTGACACGGAAATCTGCTTCAGCTGATTCCCTATAATAGTCACGGATGCTGTCCACTGCACCTACAAAGCCAGATCAGCACATGCTTCAGCTGCAAAGCATTTTATTAAAT-TGAATCTTGCATATGATTG--------TGCAGTGTTTACCTCTGGGGTCTGAATGCTTTATGTTCAAAACCTGCTGCTGTTTATCAGAGGTGATTTCTTGTAGGTTTTGGGCCTCC s fr1.chrUn 264949640 424 + 349519338 TGAACATCTGGGGCCTCCAACCTTGTGACTGGTCTCTGACAGGTCCAGCGTCTGCAGCTCTCCGGCCAGGTCGTCCAGCCTCTGAGCGTGCTCGGCGTGTTTCCTCAGGAATTCCTCTCCAGTCTGGTTCATTCTGTCCTCTGTGAGTTGCCGAAGGTCGCTGGAGGTTTCTACGGGGCTGCCGGGGTCGACAGTGGAGGCGTTGGCACGAGCGTCAGCGGCCTGGGACTGCAGGAAGTACTTTGTGATGCTGTCCGCCGCCCCTGGAAACAGAGAGAA------GCTGTAGCTGCTCGGTACAGGGACAGATATGGATCCAGCCCACAGGGGGCAGCGGATGTGATTCTCACCTCTGATGTCAGAGTTCTTCATGAACTCCACCTGATCCAGCAGCTCCTGGACGGTCCCTTCCAGCTTCCGAGTGTCC a score=-577 s danRer3.chr4 21887279 376 + 33808418 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TTAGAAAATGAAATGAGGTCAGAAGACTTAATGTGGTTTAAAATCTTGGATGTGAGTGCAGGAAGAATCGGTGCATTCT----TGATTTGAGTGTGTGTGTTTGCTTGTATTGGAATGCATGAGAACACATCTGTGCTCAG---TGGAAAATGGGAAAATGTGTGTTTGGGTGATTCATC-CCAAGCATAGTGTTT s fr1.chrUn 296054353 165 + 349519338 GAGCAGGATGAAGGAATG---GAAGATGTAACAAGA-----------------------AAAAAGCATCTGCTCATTTTGCAGTGCTTTACATTTCAAAACTTGGTTTGCCTGTGACATATGGCAACTTATCTCTGCTTTGCTTTTTAAGAT----ATAGGTATGTTT-AGTCATTTATCACCTATTGTAGTCTTT a score=-939 s danRer3.chr4 21894964 235 + 33808418 aggaatattgtaagttaagggattacattttaaataacagttacagttcatctgtaatgtactacagtttgaaagtaacctgcacaacactgccAATTTGTTAACTGCCAATTCTGTTGTTGAGGAAGTATGTATATGCCACTAAATTGATTAAAAATGAAATTGTTCTATACAGCTAAAGAATTTAAGATTCCACTTGAGTCATCCAATGTGCGAACCAGTTTTAATAACACAA s fr1.chrUn 92492969 180 - 349519338 AGGAATATGGTCAGATGATTGACAACAGCTCAA-CAACACATTTGAGGCCTTTTTGATATAACGCCTTTTTAAAACAAGATTCACA-------------------TGCCATAT------------AAAAATGTATATGC-----ATTTGTGAAAGCAGTAAGGTGATCCTGACAACTA-------------TCCCCTCTTCTTCTCAGAT-----AGTGACTTTTGGTTTTGTTT a score=8676 s danRer3.chr4 21895199 481 + 33808418 TGCAAACTCACCATGGCATTCAACTTCAGGGTCACCCCAAAACAGTTCCCTGCACTCCTCGCATGTCTTGCCTCCAAAACCAGGCTTACAGGAACACTGACCTGACAGCTACACAGAA------TACAAGCAGAAACACAGA-AATTACATCTAATTTGTGATTCAG------------CTGATTGACTTTTGTC-------------AACTGTTAAAGC---------------------------------------------------------------------GTGTGT---GTGCTCAGA-------------CCAAGTCACAGGAGGAACTGTAGGAGTGTTCAGGGTGGCACCGGCAAGGCTGGCATCCTCTTCCACTGTTGATGTTCCATGTGTTGGGGGCACAGCGGTCACAGAGCTGACCCTCCACGCCAGGCAGACATGGGCACTGCCCACTTATCCGGTCACACTCACA-----CAGGCCATCAACACAGCTTTGTCTGGAACTACCTACGAGATTGCACATGCATCCTAAAGACAAAAC----------AAACAAAAAAAGCAAA--------TCAAATTATTTGTGAAACCTGCTTTACCATGCA s fr1.chrUn 264951363 619 + 349519338 TGGGAACTTACCGTGACACTCAACCTCAGGGCTCCCCCAGAACAATTCTCTACACTCGCTGCACGTCCTGCCCCCAAAGCCGGGTCGACAAGAACACTGACCGCTGATCTGTAGATGACAATTGTACGCGTTTAAACACAAATAATGATGAATAATTCAGCCTTAAAACTGTTCAAACCCTGATTGACATGCGTCTTGTACGGAGAAAAAGGTTTAAAACCAGGCCAACGCCACCTGGTGGTCAGGTAGAGACCTGGCCACCAGGTGGAAGCACCGAAGGTGAGGTCAGGTGTGCTGAATATTCAGAAGTGTTGAACTCGCCTCGTTGCAGGACGGCCCATACGAATGATCGGGGTGGCAGCTGCACGGCTCGCAGCCGCCACCGCTCGCCATGTTCCAGGTGTTGGCTGTGCACTGGCTGCAGTGCTGACCGGTCACATTGGGCAGGCAGTGGCACTGACCGCTGCTGCGCTCACACTGACAGTCGTCGGGTGACGGACAGGTGGAAGGCT--CACTGCCCAGGTGGTTGCAAACACACTCTGTGAACAAAACCCACACATTTACACAAAATGACCAGAGTTTAGCCTCAATTACACTTAAAAATCTGGTCTGTCATCCA a score=8361 s danRer3.chr4 21897155 256 + 33808418 CTCACTCCTACAGTTCTGTGAACGGGCATCTCCATAGTAGCCACGACTACAGTACTGGCACTCAGTGCCATCAGTGTGAAACAGGCATTTGAGACAAGCACCAGTGCGTGCGTCACATGATTCAGGGTCCTGCATATTAATATTTCCATTACATTGACATGGGTGGCACCGTCCCCCTGGTACCCGAGTGTTGCCATAGTAACCAGAAGCACATTCCTCACATTTAGGTCCTA-GATAGTGGAATAGGGATAAGAAT s fr1.chrUn 264952030 257 + 349519338 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TTCCATAGTAGCCATCAGCACACCTAAAGAAAGATTGATCATAGTTTA-------AATTTT--TCTTGTTTATTTTCTAATACAGG----CAACATCTCTGGGACTTTAAAAAAATGCTTGAATCTGAATTATTTGTCCTAAGCTTCA---------AATAT a score=8647 s danRer3.chr4 21898759 254 + 33808418 GCCCTCTCTTACCTCTCGCAGTTGTGGCCTGAGGTGTGACCCCTGCAGTTCAGACATTTGCCTGTGAGAGGGTGACACTGTTCACTGTTTCCATTACAGGAGCAGGGCTTGCAAGTAGGGTAGCCCCAATGGTTGGGTTTACAGTTGCCACATTGGCGCCCAAATGCTCCAGGCACACACAAACACTGTCCATTGCTGGGGTGGCAGAAAAGGTTCTGAGAGCCCAGCGGATTACAGTCACAAGCTGAAGAGAA s fr1.chrUn 264953087 254 + 349519338 GCCACGCCTCACCTGTCGCAGGTGTGTCCAGTGCTGTGGTCCCTGCAGTGGAGGCAGCGGCCGGTGGCGGCCTCACACTCGTCCGTGTGGCCGTTGCAGAAGCAGCGCCGGCAGGCGGGGAAGCCCCAGTGGCCCGGCAGGCAGCGCTCACACTGCCGCCCGGACGCCCCGGACACACAGGCGCACTGACCCGCCAGCGGGTCGCAGAACGAATCCCGCGAGCCCTGAGGGTCGCAGTCACATGCTGCAGATGA a score=8426 s danRer3.chr4 21899085 157 + 33808418 CTAACCTCTACATCCTGAGGGTCCGAACAGGTAGGTGGCTGGAGCACAGGCATCACAGTTCTTTCCTGAAACATTGGGTCGACACTGACACTGCCCACCGATAGGATCACACACGGTGCTCAGAGACCCTCGTGGGTCACACTTACACTCTGCCAAA s fr1.chrUn 264953412 157 + 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ATTACTTACTCTGAATATGAGGACTATAAGGGTCAGGAATCTTAAATGCAGGATCAAGTACCCTAAAAATGACCTGTGCACATATAGACAAGAACAGGACTCATGGGGTTAATATGTACT--GTTTGCATTGTGTATTTAATCACATATGTGTATACATTGTGTGTACAGTATGTGCGTGCGTCTGTGTTTCTTGTGTACTACACACTTCTCCTTCTGTTGATGGTTCCATGCCGGAATAGCGGCTATCACAAATGACATCATCTACTTTTTTGATCGGTCCTTTTGGGACATGTGGATAGGATTCATCGCAGTTGAAAGCGTAGTAGCGGTACACCTGCCAGGTCCTCCCATAATCTGCTGATCGCTCAATCAGCATGGCTGCAGGACGAAATGTCTGGCAAAAAAGTAAA s fr1.chrUn 264957758 350 + 349519338 ATCTCCTACTCTGAATCCTGGGGCTGTAGGGGTCATCGATGTGGAAGGCTGGGTCCAGAACTCTGAAGATCACCT------------------AAAAGACATTTTTGGTTAACGTTTCCCTCGTCTGTGCTGTG--------------------------------ACATCATTTCCTCTTTCCTCCGTCGCT------------ACCTCTCCTTCGGTGGACGGCTCGATGTCCGAGTAGCGGGAGTCGCAGATGACGTCGTCGACCTTCTTCATCGGACCCCGAGTAACATGCGGGAAGGATGTCTCACAGTCGTAGGCAAAGTAGCGGTAGGTCTGCCACGTTTTCCCGAAATCAGATGAGCGCTCGATCACCATGGCAGCGGGTCGAAATGTCTGAGGAAAGAGAAGA a score=4300 s danRer3.chr4 21914319 284 + 33808418 AACACTTTCAGAAAATACAGCCAGCTCTTTAAACTTATCTACACATATGCTCTACA------------------TTCCTAAAG------ACTGTGTTCCAGGTCTTCATGTTTGTGT-GTGTGAATGTCTGTCTCACCCTAAAGGTCATGATGAGGTGTGTGAAGTGGAATTCAGCCTCCAAATCCAGCTGAATGGTCACATTTTCAACTCCTG-ATGGAGAGGAAT--------GAACAAATTATTAAAGAAATAAAGAAGTTAAACTTTC-----TAAAAACACAATAAATTAT--TTTATGCAAATGTTATACAGTTGTTTT s fr1.chrUn 264958108 306 + 349519338 ACCAGGGTCAGGAGATGTGGCCCTTACTTCAAA---ATATACACATGAACTCTCCACGGAGCAGCTCGCTTGGGTTCAGAAATGGACCCAGTTTGATCCTGGTCTGGATCCTGGGGTCGTGCG---------CTCACCTTGAAGGTCATGATCAGATGCGTAAAGTGAAACTCGGCCTCCAGGTTCAGCTGGACGGTAACGTTCTCCATGCCTGCAAGCAGCAGAACATCAGATAAAACAGACCAT-------AGAATGCAGTTGCCCCCCCCCCTATAAAAGCACAAAGACGCGTCCTTGTTGCCATGAAGATACTGTTGTCTT a score=1362 s danRer3.chr4 21918599 180 + 33808418 CAGTGTTTCGAT---GTGAACCGGTTATGTTGTGGTTCTGTGATTGCTGGTGTTGGTTGCTGTATGGTTAAAAATGATGACAGTAGAAGTAACTAGATACatttatatttaaataaattaaaactaaataaattattaatcttaatatt-----ttgtgcatttttttgtgcattttAGCAGGTTTTG s fr1.chrUn 218328990 188 - 349519338 CATTGTTTTAATCATGTGAACTACATGTGTGTTGGTTTCGTGATGCTTGTAGTTAGACACTCCATCATCTACTATAAATACAAGATAAATGCTGGTTTTTGATACTCTTTTTACCAGCCAAAATTTAATAAAATGTACAACTAAGCATTCATAATTATTCCTACAATTGTACAAACAAGAACATTTTG a score=3773 s danRer3.chr4 21918907 249 + 33808418 gtgacCTTATTGTATATCTGAGTGTAGGTGAAAGAACTAAGATATTTATACAATCTTATTAGTAATAGAATTTAC--AGTCATGTTAACTCTTACCATTTTCAGACTGCCACCAGGTTTTAAGGCGGTTGGGAGCGAAGGTTGTCACCACGTTCTCAATGGTGTGGCTGTCGGGATGGGTGAATTCATTGTACAGCCGTCGGGAATCACATTCAAAGCA---CACGGTATCCTG----ACGATGGACAAAGATGGAGA s fr1.chrUn 92504848 244 - 349519338 GGGATTATTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg------------tgtgtgtgtgtgtgtgtTGGTG-TAGACTCTGTTTAGTCAT-TGCATCCCTACCATTTTCAGACTGCCACCAGGAGTTTTTACGGTGAGGTTTAAAGGTGGTGATGACATTCTCTATCCGATGATTGATGGTGTTATACACCGGATCATATGGCCGTCGCGAATCGCAATCAAAACATTTCTTTTCATCCTGCAGTAGGATGAGAAACAGTGGAAA a score=3296 s danRer3.chr4 21923808 87 + 33808418 GCCTACCTCTAATATGTTGACCATGCAGAATTCCTCTGGACTATTCAGTCCACAGGTGGAGGAGGCTGTGAGTCGATGTGCTCTTCC s fr1.chrUn 264960306 87 + 349519338 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TTATGTTGCCGAAACCTTTAAGGATG---TTCAAGTGAGTGCTCACGTGGCTGCCGCTGACGCAAACACAGCACAAAGGCTAAAAACACAGACACATAAAACACATTTGTTGGTCCGTTTATATGGTTTACTCATAAAACAAAG-----------AGGTAAAGAAGAACAAATCTTGCCTTGACGACGATGCTCTCAGCTGCCAACAAGAAGGACACAATCGAGCCGAGAGACAGACCGAACAGTCCGACTCGGTCCGATATCACCCGGGGATGTTCTTTAATGATGTTAAATGCAGTCTG---------------TGCAGAAGCAGATAATACAATGGGTTTTTTTAAAGGAATAT-------------------------------ATTCCAAAAATC--GGAACTTGTGGGGACAATTTAAAGGAAAAT--AACACAAACCTCAAAATAATTGAACGCTAGCTCAGCAGACTGCAGCTCATCAGGTTTGATATACTCCAGCGCCAATGATACGTAGCCTCTGGATGCTAGCAGCGCTGACCGATACTCGATCAGGCCTCCGCCACCGCCCCACATGTCCAGCAGCCCAGGGTACGGTCCTGGACCT a score=10490 s danRer3.chr4 21934990 480 + 33808418 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danRer3.chr4 22153126 426 + 33808418 ATTCACTAACTATTTTAAAATGTAGGATTAATTACCTGACGGCTTAGTCGTGAAAGGTCTGTCGAGTTCAGTTCAGTTTCAATTTTGCTCAGCCTCTGTGTGTACAGCTGATGTTTCAGGTTAAATTCATTCTCAGTTCTTTCTAGTTTGGCCTCTGCATCTTTTCGTAG--CAAGGCAGACT-------GTCTGACTGGTTCAGAGATGGCTTGACTGACACGGAAATCTGCTTCAGCTGATTCCCTATAATAGTCACGGATGCTGTCCACTGCACCTACAAAGCCAGATCAGCACATGCTTCAGCTGCAAAGCATTTTATTAAAT-TGAATCTTGCATATGATTG--------TGCAGTGTTTACCTCTGGGGTCTGAATGCTTTATGTTCAAAACCTGCTGCTGTTTATCAGAGGTGATTTCTTGTAGGTTTTGGGCCTCC s fr1.chrUn 264949626 438 + 349519338 ATTAACGGTGTGCGTGAACATCTGGGGCCTCCAACCTTGTGACTGGTCTCTGACAGGTCCAGCGTCTGCAGCTCTCCGGCCAGGTCGTCCAGCCTCTGAGCGTGCTCGGCGTGTTTCCTCAGGAATTCCTCTCCAGTCTGGTTCATTCTGTCCTCTGTGAGTTGCCGAAGGTCGCTGGAGGTTTCTACGGGGCTGCCGGGGTCGACAGTGGAGGCGTTGGCACGAGCGTCAGCGGCCTGGGACTGCAGGAAGTACTTTGTGATGCTGTCCGCCGCCCCTGGAAACAGAGAGAA------GCTGTAGCTGCTCGGTACAGGGACAGATATGGATCCAGCCCACAGGGGGCAGCGGATGTGATTCTCACCTCTGATGTCAGAGTTCTTCATGAACTCCACCTGATCCAGCAGCTCCTGGACGGTCCCTTCCAGCTTCCGAGTGTCC a score=-577 s danRer3.chr4 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ACATACCTAGCTTTCTTCATCATCCTCTGCGTGTGTGCGAAAGTTTGCTGAACCTTGTCATCCTCCAGTATTTCTCGGA-GTTGCCTACTTTCATCGTCCAGACTCTTTATGATGTCTTTATATGGTGTCGCCACCCCCGAATCCTTCATTTCCTCAACCGTATCCACCAGCCTCTGCGTGTGATTGGTCAGCTCTCCCACATTAACATCCCATTCACGGAAACAGTGATGACACGCCTCACAATCTGGAAAGGTGCCTACAAAGCCCCGCCCACACGTGTCACAGCTGCGGCCGGCAACACCCTCTATGCAAACGCAGTCACCTGATGTCTTATTACACTGCTGAGTGGCAATGCCTCTTGGGTCACAGTCACATGCTGGAACACAAATAAGCACAGA s fr1.chrUn 264950263 398 + 349519338 ACTTACGTGGCCTGTTGCAGCAGCTCCTGGATCTCTGTCAGGGGTTGTGAGGCAGGGTTCTGGTCCAGAATGCCCCTGATGTCAGCAACGCTCTTC-TCCATGCTCTCAATGGTCTTCTTGTACGGTCCACTGACCCCGCTGACTTTCAGGGAGTTGACCTTGTTGACGAGGCGGTGCGTCTGGTTTGTCAGCTGACCAATGATGTTGTCCCACTCGGCGAAGCACTGGTGGCAGCGGCGGCAGTCGGGGAAGGTTCCAGAGTATCCACGAGCACAGACGTCACAGCGTGGCCCGGAAACACCTTCCACACAGACGCACTGACCGCTGCCTTTGTTGCATTGGGGCTCGGCGGTCCCCTGGGGGTCGCAGTCACACGCTGAGACAGAAACAGGCTCAAA a score=129 s danRer3.chr4 22156713 4 + 33808418 TGAT s fr1.chrUn 92492965 4 - 349519338 CGGT a score=-354 s danRer3.chr4 22156717 187 + 33808418 TTAGAAAATGAAATGAGGTCAGAAGACTTATGTGGTTTAAAATCTTGGATGTGAGTGCAGGAAGAATCGGTGCATTCT----TGATTTGAGTGTGTGTGTTTGCTTGTATTGGAATGCATGAGAACACATCTGTGCTCAG---TGGAAAATGGGAAAATGTGTGTTTGGGTGATTTATC-CCAAGCATAGTGTTT s fr1.chrUn 296054353 165 + 349519338 GAGCAGGATGAAGGAATG---GAAGATGTA--------ACAA--------------GAAAAAAGCATCTGCTCATTTTGCAGTGCTTTACATTTCAAAACTTGGTTTGCCTGTGACATATGGCAACTTATCTCTGCTTTGCTTTTTAAGAT----ATAGGTATGTTT-AGTCATTTATCACCTATTGTAGTCTTT a score=-939 s danRer3.chr4 22161253 235 + 33808418 aggaatattgtaagttaagggattacattttaaataacagttacagttcatctgtaatgtactacagtttgaaagtaacctgcacaacactgccAATTTGTTAACTGCCAATTCTGTTGTTGAGGAAGTATGTATATGCCACTAAATTGATTAAAAATGAAATTGTTCTATACAGCTAAAGAATTTAAGATTCCACTTGAGTCATCCAATGTGCGAACCAGTTTTAATAACACAA s fr1.chrUn 92492969 180 - 349519338 AGGAATATGGTCAGATGATTGACAACAGCTCAA-CAACACATTTGAGGCCTTTTTGATATAACGCCTTTTTAAAACAAGATTCACA-------------------TGCCATAT------------AAAAATGTATATGC-----ATTTGTGAAAGCAGTAAGGTGATCCTGACAACTA-------------TCCCCTCTTCTTCTCAGAT-----AGTGACTTTTGGTTTTGTTT a score=8676 s danRer3.chr4 22161488 481 + 33808418 TGCAAACTCACCATGGCATTCAACTTCAGGGTCACCCCAAAACAGTTCCCTGCACTCCTCGCATGTCTTGCCTCCAAAACCAGGCTTACAGGAACACTGACCTGACAGCTACACAGAA------TACAAGCAGAAACACAGA-AATTACATCTAATTTGTGATTCAG------------CTGATTGACTTTTGTC-------------AACTGTTAAAGC---------------------------------------------------------------------GTGTGT---GTGCTCAGA-------------CCAAGTCACAGGAGGAACTGTAGGAGTGTTCAGGGTGGCACCGGCAAGGCTGGCATCCTCTTCCACTGTTGATGTTCCATGTGTTGGGGGCACAGCGGTCACAGAGCTGACCCTCCACGCCAGGCAGACATGGGCACTGCCCACTTATCCGGTCACACTCACA-----CAGGCCATCAACACAGCTTTGTCTGGAACTACCTACGAGATTGCACATGCATCCTAAAGACAAAAC----------AAACAAAAAAAGCAAA--------TCAAATTATTTGTGAAACCTGCTTTACCATGCA s fr1.chrUn 264951363 619 + 349519338 TGGGAACTTACCGTGACACTCAACCTCAGGGCTCCCCCAGAACAATTCTCTACACTCGCTGCACGTCCTGCCCCCAAAGCCGGGTCGACAAGAACACTGACCGCTGATCTGTAGATGACAATTGTACGCGTTTAAACACAAATAATGATGAATAATTCAGCCTTAAAACTGTTCAAACCCTGATTGACATGCGTCTTGTACGGAGAAAAAGGTTTAAAACCAGGCCAACGCCACCTGGTGGTCAGGTAGAGACCTGGCCACCAGGTGGAAGCACCGAAGGTGAGGTCAGGTGTGCTGAATATTCAGAAGTGTTGAACTCGCCTCGTTGCAGGACGGCCCATACGAATGATCGGGGTGGCAGCTGCACGGCTCGCAGCCGCCACCGCTCGCCATGTTCCAGGTGTTGGCTGTGCACTGGCTGCAGTGCTGACCGGTCACATTGGGCAGGCAGTGGCACTGACCGCTGCTGCGCTCACACTGACAGTCGTCGGGTGACGGACAGGTGGAAGGCT--CACTGCCCAGGTGGTTGCAAACACACTCTGTGAACAAAACCCACACATTTACACAAAATGACCAGAGTTTAGCCTCAATTACACTTAAAAATCTGGTCTGTCATCCA a score=8361 s danRer3.chr4 22163445 256 + 33808418 CTCACTCCTACAGTTCTGTGAACGGGCATCTCCATAGTAGCCACGACTACAGTACTGGCACTCAGTGCCATCAGTGTGAAACAGGCATTTGAGACAAGCACCAGTGCGTGCGTCACATGATTCAGGGTCCTGCATATTAATATTTCCATTACATTGACATGGGTGGCACCGTCCCCCTGGTACCCGAGTGTTGCCATAGTAACCAGAAGCACATTCCTCACATTTAGGTCCTA-GATAGTGGAATAGGGATAAGAAT s fr1.chrUn 264952030 257 + 349519338 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TTCCATAGTAGCCATCAGCACACCTAAAGAAAGATTGATCATAGTTTA-------AATTTT--TCTTGTTTATTTTCTAATACAGG----CAACATCTCTGGGACTTTAAAAAAATGCTTGAATCTGAATTATTTGTCCTAAGCTTCA---------AATAT a score=8647 s danRer3.chr4 22165049 254 + 33808418 GCCCTCTCTTACCTCTCGCAGTTGTGGCCTGAGGTGTGACCCCTGCAGTTCAGACATTTGCCTGTGAGAGGGTGACACTGTTCACTGTTTCCATTACAGGAGCAGGGCTTGCAAGTAGGGTAGCCCCAATGGTTGGGTTTACAGTTGCCACATTGGCGCCCAAATGCTCCAGGCACACACAAACACTGTCCATTGCTGGGGTGGCAGAAAAGGTTCTGAGAGCCCAGCGGATTACAGTCACAAGCTGAAGAGAA s fr1.chrUn 264953087 254 + 349519338 GCCACGCCTCACCTGTCGCAGGTGTGTCCAGTGCTGTGGTCCCTGCAGTGGAGGCAGCGGCCGGTGGCGGCCTCACACTCGTCCGTGTGGCCGTTGCAGAAGCAGCGCCGGCAGGCGGGGAAGCCCCAGTGGCCCGGCAGGCAGCGCTCACACTGCCGCCCGGACGCCCCGGACACACAGGCGCACTGACCCGCCAGCGGGTCGCAGAACGAATCCCGCGAGCCCTGAGGGTCGCAGTCACATGCTGCAGATGA a score=8426 s danRer3.chr4 22165375 157 + 33808418 CTAACCTCTACATCCTGAGGGTCCGAACAGGTAGGTGGCTGGAGCACAGGCATCACAGTTCTTTCCTGAAACATTGGGTCGACACTGACACTGCCCACCGATAGGATCACACACGGTGCTCAGAGACCCTCGTGGGTCACACTTACACTCTGCCAAA s fr1.chrUn 264953412 157 + 349519338 CTGACCTCTGCAGCCGTTGGGTCCGAACTGGAACGTGGACGGAGCACAACTGTCGCAGTTCCTTCCCACCACGTTGGGACGACACTGGCACTGCCCCCCACTGGGCTCACACACGGTGCTCAGCGAGCCCTGCGGGTCACACTGGCATTCTGGGAAA a score=522 s danRer3.chr4 22165551 101 + 33808418 A----TTAATC--------------CTTATGCCCAATGGCAGCAAAAATCTGATTGGTTGGTTAAGTTTGATTTCATAACCAATCACTGAGAAAGCCACATTCATTGATAAAGTATTTA s fr1.chrUn 127986256 102 - 349519338 AAGTGTTAGTCTGCTGATGTATCTACTTATGGCTAAAATTAAAAGCAATCTG-------GATTAAAT----TTTCAAATGAAAGCCCCGAAAAAGCCAGAAT------TGAAATATTTA a score=8223 s danRer3.chr4 22166880 591 + 33808418 TACTTGTGATGCTGGACCTTCTGCTGCTTTTAATTCTGTGGACTACTTAGTTCTCCTGTCTTGCTTGGCCCATCAGGTTGGCCTACAGGGGCCTGTGT----TGTGTTCAGATCTTATTTAACAGTTTTTTTTAGTTATGTTTAGTT----TAGTTCTCCTTCTGCTccattgacttctggtgttccacaaggttcaattttgggccctgttttcttttcattatatatgcttacgttagggtcaatcacaaaaaatcaaaatgtctcctttcatctgtatgctaacgatgttcaaatctGTTGCTTCAGACTCTTCAGGC---------ATCTCTGCAC-------GGATGTTTAATTGACATCAAACTTCGGCTGTCACAGAACTTTCTTTCTCTAAACGA----------------TTGTGTTTGGCAACTCAAACCTGC---CTAATGAGTTGGCCTCAAATTATATTACGTTTTCTTCACATTTTAGCCATGTAGTTAAATTTGGGAGTTTTTAGTTGTTTAAGTAGTAGTTTAGAATTTGATAAACAGGTTAATTCAGTGATCAAGGCAAGCTTTTTCTAGCTTTGCCGCCTTGCCAAAGTCAAACCCTTTCTGAGCCAGCGTGATCT s fr1.chrUn 236765596 593 + 349519338 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CTGttcatatattgcacttgattcttaagcacttagacaatccta---aagcttatgctcgactgctttttattgattttagttccgcttttaatacgatcca----accacatttgttaattgaaaagatg--gaacagctgaatat-----aaacccatgcatat-------gcaaatggtatttctcatttttaacaaacagaactcaggttgtaaaggtt s fr1.chrUn 296061304 195 + 349519338 CAGCACACGAGTGAGGCTTTCATTTT-----CGTATGATATTCTAGTGGAGCTAA----------CTATTTGTTAA-----------CATTTCACAAAATATAAAAGATCATAT---TTAAATAAGAAAGTGATGAATGACTGAGAATTCATATAATCGGTACATATAATAGAGACAAATTGTCTTTTTAAGTAATGCACCATACTTCTCAGATTGTATAAATT a score=4669 s danRer3.chr4 22172863 799 + 33808418 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actccaaagtagagtgcattacagtaatcaagccaagatgtgatgaaggcctggattaCTGTCTGAAAGTGCTTTTGTGCAGGAAAGGGCTTCACCTGTGCCAGCTGCCTAAGGTGAAAGAAGCTGGACTTAACTATGAAACCAATTTGTTGATCCTATTTGAAATCACTGTCCATCTTAAAACCCAACTTTGAGACTATTGGCATCAAATAATGTGCCAAAGGGCCAAAGTCAATGTGGGGTAGATGTGTGTGTGTGTGTGTAGCGTGCTTTCCACAAGAGCCACTGGGACCAAATACCATCTCTCCTGTTTTCTTTTCATTAAATTTTTAAAGGTTCAGGCACATCCAGGCTTTAATGTCTTCAAGACATAACAGAAGTGGTTTAAGAGAGCACATCTAACATATTTCTTCTTCAGCAGCTCATAAATCTGACTGTTGTCAATGTAAAAGTGAAAAGAGATGATA-------CACTTTCTCTGAATGGAACCCAAGGGCAGCAGATAAAAAAGAAA-AGCACGGAGCCTAAAATTGAGCCCTGTGGAACCCCA a score=3480 s danRer3.chr4 22230199 206 + 33808418 GCTTTCACCAAAACTAAAATCTCACAATTTTGAAACATTAGGGACAAAATGTATTTTAAACTGTGTACACTATCATTTTTACCTGTGTACACTTATCAACTTACCAGGGAGCTAATCAAATTCCTGGTACAGGCCTCAGGCTCCACAGCAAACCTATCTGCTTTGTGCCTTCATATGTGCTTCCCAAACTTTTATCTTTTGCCACT s fr1.chrUn 157128624 159 + 349519338 GCTTTTATCTGTATTATTCACGCTTAACGTCAGATCACCAAAGACTCAATGT-----------------------------------------------TTTACCTGAGAGCTTCACGGCTGCCTGGCACTGGCCGCATGCTCCACAACAACCCCATCTCCTCCTTTCCCTTGTACGTGCCTCCAAAACTCAGATCATCTGCCACT a score=5846 s danRer3.chr4 22245362 194 + 33808418 ACCTGGGGGAAGAAATAAAGTTCCTTGAACTCCGTTCTCTCTTATGTCCACCCTCTGTACACCTGGTGCCATGTACCAGCGCTCTGTGACAGTAGTGGCCAGCGCTGAAGTCTGACTGAATCCTTGAGAAGTATGCCCACTGTAGACTGATATATTAACTACCATTGGTGTGAGTAAATTCGTTTTGCGCAACC s fr1.chrUn 157128389 194 + 349519338 ACCTGGAGGCAAGAAGAGGGTCCCGCGCACCCCTCTCTGTTGGACGTTAATCCTCTTGACCCCTGGAGCCATGTACCATCTCTCTATGAGCGTGGCGGCCAGAGGAGTGCGCTCCATGAAGCCTTCAGTCACATGTCCACTGTGGACGGAGATGTTGACCAAGAAAGGGCTGCAGACGTTCATCTTCCTCAACC a score=3510 s danRer3.chr4 22245571 260 + 33808418 TGAAAGACAAAAAGTGTAGGAATAAATAAAAATAATGACTTTGGCTTCACtttttttttttttttttttttttAGAAAAAAAGGTATTTAAACTTTATAAAACAGACTACAGTAAAACCACCATCATTCTACAGTGACT---TATTGTACCTGATTGCAGATCGACTTCCTGGTACAGGCCTCAGGCTCCACAGCAAACCCATCTGCTCTGTCCCTTCATATGTGCCTCCCAAACTTTCATCTTTTGCCACTATTTCAGCAGG s fr1.chrUn 157128583 211 + 349519338 TGACAGACA--------ATGAAGAGGCTTTAATGTCCACATAGGATGAAGCTTTTATCTGTAT---------------------TATTCACGCTTAAC-------------GTCAGATCAC----------CAAAGACTCAATGTTTTACCTGAGAGCTTCACGGCTGCCTGGCACTGGCCGCATGCTCCACAACAACCCCATCTCCTCCTTTCCCTTGTACGTGCCTCCAAAACTCAGATCATCTGCCACTGCAGAACCAGG a score=6253 s danRer3.chr4 22246175 277 + 33808418 TACAGTATGTCGGAGATGTCTACAGTGG----------TATTTTTTATGTATCAAATAGTTGTACACACCTGTTACTGTTCCATGTTCATCACTGATATAGTGTCCAAAAGCCTCCCAGCAGTCCTTATCTTCAGACTGATGTAGAGAGTGTAGCGTTACCTCTTGATTTGGCAGTAAATTCTTTATGACGACCTGAAACTTCTCGTCCACCATTCCTCGACATGGCTGAACAG---TTAACAGAGGACATCTCCTACTTTCAGTGCTCACAGTTCTAGAGACAAATAAA s fr1.chrUn 157128782 285 + 349519338 TGCAGAACCAGGGAGATGTCAAAAATGGACGCGGAGCGTGGTTTTCAGGCGT-----GGACACACTCACCTGAGACCGCTCCTCTGTGATCGCTGATGTAGTGACCGAAAGCCTCCCAGTAGTCTTTGTCCTCCGAGTGGTGGAGGGAGTGAAGTGTCACTGGGAGTCCTGGTGGCAGATTCTCAACGCACACCTTGATCTTCTCATCGACCAGGGCGCGAGACGGGTGAGCGGAGATGATTGGCAGGCAGCTCCGAGACATGGTCGCTAAAGGTCTGCAGAGGAAGAAA a score=3419 s danRer3.chr4 22253606 101 + 33808418 CTTGAAAAAATGCTAAAATCTTTTTCCATGAGTCCTCTTGAGCGTACGCATGTGGTTTAGTTTGTCCACCCCACAGCATGACAACTGCAGAAACAACAAAA s fr1.chrUn 345641534 100 - 349519338 CTCCATAAAATGC-AGGATCTTCCTCCAGGAATCCTCCTGAGCAGCAGCATGAGGGGCAGGATGGCCCCCCCACAGAGTGATCACTGTAAAACAAAGAACA a score=3461 s danRer3.chr4 22257909 513 + 33808418 CCAGTCCGACTCCTCGCCCTG-CCGGCGCCAACCAGGCTCCTGGTCCTGCCAGTCCCAGTCT-----GGCTTTTGGCCTTACCAATgccat-----ccagacatcttgccctgccggcacctc-----ccagacgtcttgccttgccgtcccaatccagc---tccat--gctctgccggtccca---------gcccagtt-----tctggtcttaccaacgccatccagatttcttgctctg-ctgacacttcccag---acgtcttgctctg-ccgactccagcccggccccttgctctgcagactccagcctggcTCTTTGCTCTGTCGACTCCAGCTTGGCTCCTTGCTTTGCCGACCCCAGCCTGGCTCCGTGCTCTGCCGACCCCAGTCCAGCTACCTCCAGTCCCGCTGCCTCCAGTCTCGCCGGCTCCAGTCCAGCTGCCTCCAGTCCTGCTGGCTCCAGTCCAGCTGCCCTCCAGTCCCGCCGGCTCCAGTcccgctgcctccagtcccgccggctccagtccagctg--cctccagtcctgccg s fr1.chrUn 320814912 530 + 349519338 CCAGTCCATGTACCCTCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTACCCTCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTACCCTCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTACCCTCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTATCCT-CTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTACCCTCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTATCCTCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTACCCTCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATCTATCCCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTACCCTCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATCTATCCTCTCTG--------TCCCACTATAACCAGTCCATCTATCCTCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTACCCTCTGTCCCGCTAT---------------AACCAGTCCATCTATCCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTATCCTCT-GTCCCGCTATAACCAGTCCATCTATCCTCTGTCCCACTATAACCAGTCCATTTATCCTCTCTGTCCtgttg a score=4260 s danRer3.chr4 22261806 222 + 33808418 GTGAGGAAAAAGGTGGAAATAAAAAAATACAAACAGAAGGCAACAATGGATTGTATGCTTGCCTTTCACTTTCATGTCATGCAGAAGGAAGTTAGTTGCTCTGAAGTGAGGCGTGTATGGAGGTTCAATCAGATGACCAGCATCAGGATATGTCAAGACAGTCAGCAGGTGTCGATTTCCTGCTTTCTCCATCATCATCTTAATCTGTGTGTAAATGAACCA s fr1.chrUn 345641634 210 - 349519338 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GAGCCTGTGCACAAAAACCTGATTAGGAAATAAACCTCTTAAGAAATTTCTTTTTCAAACAA-----TATGTGGGTTGGGTAAAGTAAAGCTCTGCTAACACCCTGTGACAT-----ATTCAAAAGAAATAGAATCAAATTGGATTTTGGGATCTATAAACAAGTTTCTGTTACACTGCCATCTGTTCAGGTAGCTGTGGGCC-TTGCTTCATTGTTTATAGG-----GTTTCGCT-TTCATCTCT----GTTGATT--GTAAGCATAAC---TCTAGCCACATGTGAACTA s fr1.chrUn 113455740 268 + 349519338 GACTCTGTGTACAGCAGCCTGAAAATGAGTTCTGC-------------TCTCTGCCATATAAGGATGTGTTTATGCTGCGCAAGGTAG-TCTCTGCAGCTACACTTTGATGTGAGGCATTTCATCTGAGCCTCTTAAAGCTCTTTACTGAAGCCTTTTAACAA--------TACTCCAACATTT-TCCAAGCGTGTGTATGTTATTGCTGTAATGATTATAAATAGAAATTGCATTCTTTATCTTTCACAATTGATTTAGTGTGTTTAATCTATTTAATCTTCTCTGC-CTA a score=4584 s danRer3.chr4 22266362 129 + 33808418 CAGGTCAACGTGCACAGCGCATGCAACGGTGAGACCTACCAGGAGCGACTGTCTCGTCTAGAAGGAGATAAAGAGTCACTTGTGTTACAGGT--AAAATCTTACA-----ACATTTTTTTTCAAATGTGCTTCAAC s fr1.chrUn 112938389 136 + 349519338 CAGGTCAACCTGTGTTCTCCAACCAACAATGAAAGCTACCAAGACCGCCTGCTCCGCCTAGAAGGGGATAAAGAGTCTCTGGTCCTGCAGGTCCGAACCTTTTCATCTGCACATCATTTCCCATGTGTGCGACAAC a score=7397 s danRer3.chr4 22267813 133 + 33808418 TTAAACCTGTTTCTC-----AGGTCAGTGTTTTGACGGATCAGGTGGAGGCTCAGGGAGCGAAGATAAGAGACCTGGAGAATTCTCTTGGGGAATATCAGCACAAGCTGAACTCCACTGAGGAGATGCTTCAACAGGT s fr1.chrUn 112939931 138 + 349519338 TCAACCCTATGTCTCCCTTCAGGTGAGCATCCTGACCGACCAAGTAGAAGCACAGGGAGAGAAGATCAAAGACCTGGAAAGTTCTCTGGAGGAACATCGGCAGAAACTGGCCTCCACCGAGGAGATGCTGCAACAGGT a score=91 s danRer3.chr4 22267946 9 + 33808418 ATTGGTAAC s fr1.chrUn 113456292 9 + 349519338 GTGTTTAAC a score=2508 s danRer3.chr4 22270393 109 + 33808418 TTAGGGCATGTGCTTGTGGTCATTGAGGTTTTGGCCTTCAAAGGCAAATCCAATTCCAGTGACACGGGCCTAATATTTTCCATATGCCGTTTTTGA-AAGTCTCAAAGCT s fr1.chrUn 80096149 110 + 349519338 TGAAGAAATACGCGGGTCACCTATGAGGATTTGGATCTAAGCTCTAAATCTCTTCCCGGTGACAAAGTTCTAATATTTTCCACGTGCACTCCTGGAGAAAGCGCACAGCT a score=208 s danRer3.chr4 22271361 402 + 33808418 tcctatgaaaaata--ttaatttaaaacatagatttgtgaggggtgtacttatatatgctgagcactgtGTGAAGATATGAACATTTAAAAATGTAAGCTTGTCTCAGTTTTTATTTGGTGAATAGAAAAAAAGCATTTTTATTACCATGGACCGGTCAAAATTTGATCATTTtgattagtcagttgttgtcacgtgacaggcggtgcactcgcgggattgatttaactggatgcttgcaagccgagcacctccattgaaaataatgaacttgtgcaaactctagaaaaagattcaaagta-----aatcggcacaCTGCCACTTTAGCTCTCAAAAAATTTTTAATGTCAATATTACAAAATCACAACGTTTCGACCGACATGGTCTTTATCAGGTTTTTTgcaaact s fr1.chrUn 113456326 356 + 349519338 TCCTGTCTAAAATAAGCTGATTCAAA---TTGTTTCTTTAAATATACACT-ATGAGTGGCCAACACCA----AAGAAATGGATATTTAAAACTATAATCAAGCCT---GTTATAGGTGGTGGGAAGG---------TTTTGCTTATGTAGCATTTGTCAGACATAGTGAACTTAAGTTGGATGCCTATAGGC---TGACTAATAATCCATTTGTAATATCA---TAACTGAA-----GCAAGTTAA----CTTGAGCGTAAACCTTG---TCATGTTTATTTTA----ATGATTTACAACATCACCAGTAGTTATACTG-----TTAGTGCC------ATTTACACTGTTAATATTAACCACCCAGCAAATGTCTTCTGTTATGGTCTTTATCTGTCTCTATAGGAGCT a score=4492 s danRer3.chr4 22272862 208 + 33808418 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s fr1.chrUn 112947281 626 + 349519338 TTTTTCTGCAGGATTTGCTTCAAGAAGTGAAGCAGCTGAAGCAGAAAGTTGAGGAGCTGGAGGGAGAGAAGGGCCAGTATGAGCGGAAACTACGAGGCACGAAGGTAAGGTGTCGGT--CGTAGCTCAGCCACAACCTGC--AGCGTCTACA-----------CCGCTGACAAC-----GTTACCCCCTCACTTTCAAACCCACTTTTCTTGCTTTGAATCGACGCATCAGACTCTTGCACACAGAAAATATAAATAAATCCAGCCAAAGGCTTGTTGTCATCACATTATCACATCATTATCACAGCTCACAGAGT-------------AATGGACTGT-----TACAGTATGAGTACAGTCTTTACACCAGAGGACATGGAACTCAGCAAAAATACACTTTTAAAAGTTGGTGCCGCCTTATTTTCTCAAATATCCACGTGAATTTTTTTTCTTTTTTCAAA------TTTAGCCATGGTTACTTGTTTTAT-TGCCATTTGTTTGCAGCACTAAAAATGAAAAACTTTTAGACAGACGTTGCTGGTCTGACACACTT---AATAAACTA---GAGTCTTGAATTTTACATACGCTGATATGTGGAAGTTTTAGCCA--GGCTGGTCTTTTTAGATAAATCAAATCAAATTGGAATTTTATTAAATGGGCTTATAAAG a score=3644 s danRer3.chr4 22282738 203 + 33808418 ACAGATGTTATTCTTCTCTCTCATTCAGGCAGAGATTATGACTTTACAGCAGCTATTGAACTGCAAAAACTCTGAAATAGAGAATCTACAGGCTCAGCTGCTCTCCAGAGCTCCAGTATCTGTGGACAGTGCTGAAAGAGGTAC-TGTATTACTCCTTCGGATCCATC--TCAATCCTCATTCA--------------GACACAGTCGAAACTAAAaaaa s fr1.chrUn 112949355 219 + 349519338 ACAAATGCC-CTCTACCTTCTTCCACAGGCAGAGATCTCAGAGCTGCAGCAGATCCTGGCCTCCAAAGACGCCGAGATAGAGTGCCTGCGGTCCCAGCTGTTGGCCAGATGTGGCCCAGCCAACGACAACACAGAGAGAGGTACACGCCTTATCCCCGCTGCCTCACCGGTCATGTCACATCCAAGAGCGCCAATGCTGATACAGTAACATCTAATCAAA a score=3184 s danRer3.chr4 22284346 80 + 33808418 CAGATCAAGAGTTACAAAGGTTAAAGACAGGAATGGAATCACTTATTGCTGCCAATGATGAAAAGGTAAATGTAAACACT s fr1.chrUn 112950827 76 + 349519338 CAGACCAGGAATACCAGAGGTTGAAAGAGGGGATGGAGTCTCTGTTGGCTTCCAATGAGGAAAAGGTCA----GAACACT a score=2104 s danRer3.chr4 22285173 148 + 33808418 TGTTTGTTTTAGGATCGTCAGATTGAAGAGCTTACTCTCCTCCTCAGTCAGTTCAAACAGATGAATGAAATCATGACTTTAGTTCAAGGTAA---CTTCTTT-----------------AAACttttttttttgttttttttttttgctttttttATAAGATGTCAGG s fr1.chrUn 112950957 168 + 349519338 TGCTGGTAACAGGACAGGCGAATAGAAGAGCTGACGGTTCTGCTGGGCCACTGCAGGAAGATCAGGGACGTGATGGCGCTCACACATGGTGAGTCCCCCTTTTGTCCCTGAACAGTGGAACATTTTTTTTTTGGTTGTTGTGTCTCTCGTTTGTAGGGAGCAGTGAGG a score=10855 s danRer3.chr4 22289269 193 + 33808418 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ATTTTTTACATTACATGTTCATTTTGTAATATATTTTCAGTGCCTATTTGTATTTTCACTGCAGTTATTTTATGTCTAATTCTATAAA---------------------------------------------ATAAAGCTTTGGTGGT-AAAAATGCTT-TTTGTGCTAATTTAAGAGCATTTAAAACAGACCAGTCAATTTTGAGCAGGAACACTAAAGTAGGGGGCAGGAGGCGAATGCGACTGGAGGGCTACTGGAACATATCCCAACAAACTGAGCTACCACCGCCCAATGCTGCTGCCCATAT a score=532 s danRer3.chr4 22289942 336 + 33808418 GCATTATTATATTAG-----CTTTTTGTGTCATATGGCATATGTTTGTTTTGTATTGCTATTCTGATAAAAAATCAATATACTCTTTCTTTTCtatttatttttttatttattatttatttttttGACACAGCTGACCTTCAGCAGCTCAACTCCTCTACTATTTTCTTCAGTTTCTTCCCAGAAAGATGCAAACTCCAGGTAAAATGATCTGACATATAGTACAAACAACCTCATTTCAG--ACAGGAAAAAAAATCACATATATTGCATTTATTTATTTAATTTTATCCACAGG------TCTAATAGTATAGAAGACTTTAATGGCAGTTCAACTCCAAAGGTTTG s fr1.chrUn 112951503 327 + 349519338 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TCCAGAGAAACCAGAGGAGGGTGTTCTCTCCGACCAGTCTCCTCTGTCCTCAGGAGTGGACTCTGGACAGCAATCCCCCGTCTCTCCGGAAAA---CAGAAAAACTCAGCGAGGCATCAAGAAACTGTGGGGGAAGTGAGT--------------------CACACCTGTCCCTCCTT--------------------CAGTCTCTGTGCCATCGTGTCCTCTGCAAACTCATCGGAGCTTTGCATTTATCACGCAGGATTCGACGCAGTCAGTCCGGCAGTCCGGCTCAGGTTCACGACCCGGAATTGGGCGATTTCAAAAGAGGAGGCTTCAGATCCACAGCCGGTCCCAGGCTGGCCCGACCAGCAAACACTCGGTAACGCCCCCG--CGCTCCTCCTACAGCCGTTAAAATGTCGACTGTCTCCGAGACTTTCTCCGTCAACCGTGTT-CGGCTCTTGTCCGTTCGTCT-CACTTTTTCAGAAACCTGAAGATGCCTTTTGGGAAGTGGAGCGGAGAGCAGGTGTGTGAGTGGCTGGAGGAAATCGGACTTGGCCAGTACGTCGTCATCGCTCGCCACTGGGTCGCCAGCGGTCAGACACTACTGTCAGCCACTCCCCAGGATCTGGAGCGGGTATACTTTTGTGAA-ATGATGCTTT a score=5132 s danRer3.chr4 22305155 452 + 33808418 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TGCTTTTCTCTCAGAATGACCTCTTGTTTCTGAAAGTCACCAGTCAGCTTCATCATCTGAGCATTAAATGTGCAATCCATGTCCTTCATGTTAACAAGTTTAACCCAAACTGCTTGAGACGGAGGCCAGGAGATGAGGTGATTG s fr1.chrUn 112955812 144 + 349519338 TCTTTCTATCTCAGAATGACTTGTTGTACCTGAAAGTGACCAGCCAGCTGCATCACCTCAGCATCAAGTGTGCGATCCATGTTCTCCATGTCAACAAGTTCCATCCCAACTGCCTCAGACGCAGGCCTGGCAATGAGgtgtgtg a score=463 s danRer3.chr4 22305826 16 + 33808418 CAGTTTTACATTCTAT s fr1.chrUn 46690515 16 - 349519338 CGGCGTTCTGTTCTGT a score=1111 s danRer3.chr4 22306802 106 + 33808418 aaacaagctttataatcaatcatcagctaagtgtcaactcttaaaatGTAAA-TTTTAGGGTGAAATATCCCCTTAAGTTAACATTTTGTTAGAATTCACTGTTTTA s fr1.chrUn 46690938 90 - 349519338 AGATGAGCTTAAAAACAGTTTATCATGGAAATGTT-----TCACAACACAAAGTTTTTGGGTG----------TTGAACTGATATTCCGTGTGAAT--ACTGTTCTC a score=7431 s danRer3.chr4 22306930 128 + 33808418 CAGTTCAAGACGTCTCCTTCTGAGGTGGTGCAGTGGTCCAACCACCGTGTGATGGAGTGGTTGAGGTCGGTGGATCTGGCTGAATATGCTCCAAACCTGAGAGGCAGTGGTGTTCATGGAGGCCTAAT s fr1.chrUn 112956358 122 + 349519338 CAGTTCA------CTCCCAGCGAGGTGGTCCAGTGGTCCAACCACAGAGTAATGGAGTGGCTGAGATCAGTGGACTTGGCAGAATATGCCCCGAACCTGAGGGGCAGCGGCGTGCACGGAGGGCTCAT a score=8940 s danRer3.chr4 22307435 264 + 33808418 AGAAAGTCCATGTTTTAAA--------TATTTTGTCGTGAAATATCTGTCTATGTTTTGTGTTTATGTATTGCAGATCCTAGAACCTCGTTTTCATTCAGAGACCCTGGCGTTGTTGCTTAACATCCCTCCACAGAAAACTCTCCTGAGACGACACCTGGCCACCAATTTCTACACACTGGTTGGGCTCCAGGCACAGCAGGAGAAACGAGAGTTTGCCAATGCCAGTGGCCATGCTCCCCTTACCACCACTGCGAAAGTCAGGGTATGATA s fr1.chrUn 112956480 267 + 349519338 AGTAAGTGCATGTTGTATTATTGGTTTTTTTTTCTTTTTAAAGATCTTAAAAAGTCTT-----CATTTCCCGTAGATGCTGGAGCCTCGGTTTAACCTGGACACGCTGGCCATGCTGCTGAACATTCCTCCTCAGAAAACGCTCCTGAGGCGCCACCTGGCCACCAACTTTAACAACCTGGTGGGGGCACAAGCTCAGCAGGAGAAGAGGGAGTACACTCAGGCAGCGGGCTACACGCCACTCAGCATCACGGCTAAAGTCAAGGTGAAACA a score=2811 s danRer3.chr4 22307761 221 + 33808418 TCTTTTTTTTTCTGTTTTAGCCAAAGAAGCTTGGTTTTACTCACTTCAGACAGTTGAGAAAGCTCAAGATGGATGAATCAGCAGATTATATATGCCCCATGGATACAGGGACCTCA----------------CCAGTGCTAAATGGAACACCAAAGAAACATTATGCAAGCTTCAGGGGGATCAGCCCCATCCTAGCCAGAGAATCAGA------CAGACTGGAGCAGGTTGGGTCTAAGGGC s fr1.chrUn 112957397 236 + 349519338 TTCTGTTCTCCTCATCCCAGCCAAAGAAACTGGGATTCTCCAACCTGACTCACCTACGAAGAAGACGATCGGAAGAATCCACAGACTACGTCTGTCCAGTGGAGTC---GTCCTCGCCTCAGTCTGTCGTGTCCACAGCT-AACGGTGTTCAGGCGCGGCCGTACGCTGGTTTCAGAGGCTTGAGTCCCATCCTGGACCGAGAGACCGATCCGTCCAG---GGAGCAGGTGGGGGTCAATGAC a score=2584 s danRer3.chr4 22324526 313 + 33808418 CTTACCTTTTTTAACCATGCAAAATGTTTGTAAAAATCAACGTCCCCTTCCATTTTGCTTGGCCAT-----TATAAGATCCTTC---------------AGTCTGATACTACCACTAACAC---------TTTACACTGAAATAAAGGTA-----------TATTTCTTTTCACCTTTAGAGTACACA-----CTACAAGTCTCC--TTCTTTCGTCTG--GATTTAGC--------CTTTGGTTTAAGTTCCTCAGCATCTG-------------GTTTGGAGC--AGCGGTCTGTAATATCAGGCTTCACTCCTGCCAGCTGCTCTTTTTTTATTCCCTCC------CTTTTCTCCTCCTATACTCTCCTCCTCCTCTCTTTTTTCCTT s fr1.chrUn 269425830 386 - 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ATCATGATTTTACA-ATGTGTTTACCTAT-TTTCAGGAACTGTAATTTACCAGACTCGAACCGAAGCGCTCTGAATCCC--CTGTACTAGAAT--TGACAAAAAAAGTGAGAGGCTACTGCAGAAAATGTGAAGATACTTGAATTT-----GGTTGTGTTGTGTCCACATTACCTCTTTGGGTGTAGATT-----ATTTTTATCATAAAACAGCTAGTTCCAGTGCATGATTCTAATTGGCTGACTTACCAATTAGACATACATGTTGACTTACATACACTTGACTATCAGTGCTGTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTGTTTG-CTTCGttttatttca s fr1.chrUn 100119344 325 + 349519338 ATCATATTACTACATATGTGTCCACCTAAATTTCAGGATGTTGCGTATACTGTAGATG--CCGTAGTTTTGTACATTTCAGTCGCAGTAGAATCGTGAGACTTTCACCGAGGCACTTCTGTACAGAACGATCAAACACAACACTGTCCGGAGAACATGCTAAGTTAGTATTTATTTCATGATTTTACATTTATTTATTAGTACTATATGACAATCA-------TGAATGAGTC--ACCGGTTCTATTTAAAGCGAGCATTAATGGATGAGTTGGTTTCCTTT---TGTAAGCTATGTAC---GAAGAAAAAAAAAAGTTCTGTTTGTTTTTGTATCATTTCA a score=-111 s danRer3.chr4 22336289 807 + 33808418 ttctgtgtggactattgcaaactgaatgttgtatcaaaatttgatgcgtatccaatgcTGCAAATCGACAAATTCCCTTAAACTGCCATATCTCGAGAGAAATGGCCCTCAGGACACCGTTTGGAGTACATCAGTTTGTGATGCTTCCTTAGGGCTGTTGGGGACCACAT---TTAAACACCTAATGGATAAAATACTTGCCTGTCATATGCAGCATTTGCAGGCAGTATTATTGGTGCAGGCAGTATTATCAGTATTTTAAGTGTGCAATTGGGCGTGTGGAGGT---GAGGTATCTGGGCC-TGCACTTCGGTCATGGGCAAGTGCAGCCCCCAACTATTAAAACTGCAGCTATTGCAACCTGCTCAAAGCCCAAGACCAAAAAGGAGTTGAGACAGTTTTTGGGGCTGGCGGGATATTATAGATGGTTTGTCCCTGAATATTCAGCCCTCATCAGTACCCTAACTGATCTCAATAAAAAAGGAAGAACCAGATACCGTCTAGTGGTCAGAGCAGTGCCAAAAGGCCTTCACCAAGGTTAAAGCTGCACTTTGCAGTGGGCCAGTATCACACACTTCTAATTTTGGTTTCCTT-----------------------------------AAGTACAGTCCCATCGAAAAAGAACTCCCTGTTATAATACCCTGAG-----CAGAGAATC---TGTTCGTATTATGCCCCCCTC----TTGTGGCTTCACCGCATGATGTATACCAACGTGTGGCATCACCTGTTGATATATTTGTTT-----TATCTAATTTTTAAATGCAAGGTGTTCCACAGGGCGGGTGCACAGATGGGTGTAGCTGACTTCATCTCCCGGGTG--Gggagacc s fr1.chrUn 18518519 803 - 349519338 TTCTGTACGGACTACAGAAAGGTAAATGCGGTCACTAAACCTGACTCGTTCCCCCTCCCGAGAATAGATGA----CTGTAGACC-------------AGGTGGGGGCGGCCAGGTAC----GTGAGCAAATTCGATT-TGAT------CAAGGGCTATT----ACCAGATAGGGTTAACACCACGCGCCCAAGAAATTT-----CCACATTCATAAC--GCCATCGGGATTATTCTCATATAAAGTAATG---GCCTTCGGACTTCGTAAT-GGGCCTGCGACGTTCCAGAGGCTAATGAATCGTG---TGGGGGCGGGGAAAGGTGCGTCCTGTTAGTGCCAAAGTCCGAGCCATCGACGCTTTCCCCTCTCCAACCACCAAAAAAGAGTTGATGCGTTTTTTGGGTATGGTGGGGTACTACAGGAATTTTTGCGTAAATTTTTCCACTGTAGTCTCTCCTCTTACGGATTT---GCTGAAAGGCAATAGTAAAT----TTCACTGGTCTGAGGGTTGCCAGCGTGCGTTCGACAACACGAAACTGCTATTGAGCTCTGCACCTGTTCTGGCTGCGCCTAGACTTGGTGAGCCTTTCCAACTGCAGGTAGACGCGAGCCAGGTGGGGGCGGGTGCAGTGCTCATGCAAAGCATTTCGATGTTTATGTGGGTGGGGGTGCTCCGGTAGTCGTTTATTCGGACCACAACCCCCTCACTTTTTTGAGCTCACTTCAGAATCCCAACCAA-----GGCCTGATGCGTTGGGCTCTGTTTTTGCAGCCGTATAATGTTCAGATTAAG-------CACATACGGGGTGTAGATAAAGTTATGGCGGATGCCTTGTCCCGGGCTCCGGGTGACC a score=-1671 s danRer3.chr4 22345600 358 + 33808418 AGTGTTGCAGGCAGGGGGAT--TGATATATTTTAAAATACTAAAGTTAGCTTTATTC-GTTATAacattt-----acatgtagatttattcagctgacagatgcttttattcaatataaatgaagaGTAAT-------CCAACTGTAAATACTGTGACAATTCCCAGTT----------AGTCTAATGAAGTACTGTTAATGCAGTACACACACATTT-----AAATGCTCA------AATCTATAACtaggcccacatg-----------aaatgtgcaagcgcagaaatccacagatttttagc------ccataattgagtctactgatttacttgtgtagatgtatattattcacttttgaaattaattt----cagtaaaaatgttgatatatatatatatatatatata s fr1.chrUn 27495528 400 - 349519338 AGTGTAATTGAAAGAAGAATGCTGATGTGATATGAAGCATTATCAGTATTTGTATGCTGTTGGGAAAATGGTGAAACAAGATGCTTTATTCAGTTCTTAGATTCGTACATCTGACTCT--TGAGGAGTCAGTGCCTCACCAGCCATGAACCTCACCGCACGTCACTGCTCTGTACTTATAGTCTAAGGCATT-----TAATG---TACATACTCTTCTGTGAAATATGTTCATATGACAACCTATAAATAC-CGCACATATTGTATTTATTATATCTGCATTTACTGCTCTTTTTGCACTTCTGGTTAGATGCTAAACTGCATTCTCTTGCTATGTACCTGTACATGTGCAATAA-CAAAGTTGAATCTAATCTAATCTAATTAGAACAATTAGTTTTATACAAA---AGACAGA a score=2067 s danRer3.chr4 22345958 223 + 33808418 tatatatatatCCCTCCCAGAACCGCCACCTTATCGTGGTGGAGGGGTTTGAGTGCCTGAGTAATACTAAAAGCTATGCTGTCGGGGGCTAATGCCCCTGGTAAGGTCTCCCAAGGCAAACAGGTCTTAGTTGACAGGTCAGACTAAATGCAGTTCAAAAACCCCTTATGTGTTGTATAACATCAAGAACTGTGACGTcgcccagtatggcgcagccggggcc s fr1.chrUn 328604579 149 + 349519338 TACACCAAAACCTCTCCTTGAACTACCACCTTCCTGTGGAGGAGGGGTTTGAGCACCTGG-----------------------TGGGGTTGTGGGTCCT------------------AAACA---------TGACAGGTCGGTCTAAGAGATGTTCTGAAAC-----------------------AGCAGT-TTATGTCGCCTGGACTAGAGTCATCAGGGCC a score=4172 s danRer3.chr4 22346181 58 + 33808418 ccaccctggagccaggcctggggttggggctcgtatgctagcgcctggtggccgggtt s fr1.chrUn 244242680 58 - 349519338 ccaccctggagccaggcctggggttggggctctcaggctggtgtctggttgcagggtc a score=28395 s danRer3.chr4 22346239 855 + 33808418 ttttcccacggaacccggccatgcctagcccgaaggagcggcgtgggaccattctcccgcaggcccaccacctgcagggggagccgtaaggggccggtgcattgtggaacggttggtggtcgaaggttaggaccacggcaacccgatcgtcgggcacagaaactggctctagggacatGGAATGTCAACTCACTGGGAGGGAAGGAGCCCGAGCTTGTGCAGGAGGTGGAACTATACCGACTAGTGATAGTTGGGCCCACCTCCATGGACAGCTTGGGTTCTGGAACACAACTTCTTGAGAAAGGCTGGACTTTCTTATACTCTGGAGTTGCTCACGGCGAGAGGCGGCGGGCTGGTGTGGGCTTGCTTTTAGCTCCCCAACTTGGCCGCCATGTGTTGGAGTTTTCCCCAGTAAACAAGAGGGTCACCTCCCTGCGCCTTCgggtcggggataggtctctcactgtggtatgtgcctacgggccaaacaccagtgcagagtaaccggccttcttggagtccttgggaggggtgctggaaggtgcccagacagaggactccattgttctactgggggacttcaatgcccacgtgggtcatgacagtgatACCTGGAGAGGCGTGATTGGGAGGAACGGCCTCCCTGATCTGAACCCGAATGGTGTTTTGTTATTGGACTTCTGTGCTAATCACAGTTTGTCCATAACGAACACCATGTTCGAGCATAAGGGTGTCCATCAGTGCACATGGCACCAGAACACCCTAGGGCGGAGGTCAATGATCAACTTGGTGGTTGCatcatttgatctctgaccgtatgtcttggacactcgggtaaagagaggggcagagctg s fr1.chrUn 328604728 731 + 349519338 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fr1.chrUn 244243217 82 - 349519338 tcaatggatgagaaactggtggtaaattcgatccacgggtgatagg--aagctggaaagacctggtggtcccaaacgtgctgtg a score=6993 s danRer3.chr4 22356998 274 + 33808418 CATCTGGCCAATATTTCAGAGGGCCTGAAAATAATCAAGTAAAA-------CATAACTAATCGCTACATTCAAGGGAAATTAAAGGCTAAAAACCAGTCTCCGAAGAATGGCTACTTAATTACTGCATGATTAGCATAATCACGCATGCTAATGGTCTGGCTAATGAATCACTCTTGTTGGGAGACAAGCCACATTTATAACTGTACAGGACTGATACATATTTTGTTGTTTCAATCAAGCTTGTATAATGCATCTCCCATAAAGATGATTTCATCAATCA s fr1.chrUn 46694930 272 - 349519338 CATTTGGACAATATTGTAAAAAG-----AAATATTAAAGGAAAAAACCAAACAAACCCAACCACCGCGCTTCATTTTCATTGCTGAC--AAAAATGGTCTCTGATGAATTGGCACTTAATTACTGCTTGATTAGCATAATTATGCATGTTAATAGCATCTCAAATGAATTGCAGTTGTCAGGAGGGAGGAAGCATCTGCAGCGGTGGCAGCCTGATACATATTTTCTCCTCTCCAACAGCGTTGTCTAACTC--TTCCCCTTAAGTGTTCGCCATTAATCA a score=6700 s danRer3.chr4 22363983 210 + 33808418 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CTTTTAGGTATTTATGACCTTGATAGTGGGCAGATTAAAGAGAGGAGTATCTG------TTAAATGTGAAATTATATGCTAGTGGAGCGGCGTAGCTACATCGCCAGTCACCCCAGAGTAAACAAACGAGTTCAGCAAGCAGAGGAG--------------------GGATTACCATATCTCCACTTAACTTATTTTATCCTGTGAGAATCATCAATATTAAAGGGTAAGGAGAGGGAGAGAAACTGCTGAGGTGGGCTTTTAGCAGCAGGGTGAACCACTGTG-TTTAAGGAGAGAGATAAATGAGAGATCTCTCCGGAATCTACAAAGAGAGTAAACAGTCTTTTTATC a score=2292 s danRer3.chr4 22409582 247 + 33808418 CCATGACGGTTTCTTCCAAAATAA-TCTATTtctctctctctctctctctctctctc-----------------tctctctctttctctctctctctctctctctctctctctctctctctctattgctctgtctctctTTGAATGGCTAGGCTGCAGAGTTGATAGAGAGCCGACTGGCGCTTCCTTTAGCCTGTGGTTGTAGGAAAAGCCACGCAGTAGCCACATAACGACTAGTGTCTGAGAGCAGGGCTAATTTTT-ATGTT s fr1.chrUn 82315951 262 - 349519338 CCATGAGGGTTTGTACCCTAATAAGTTTATTCATTTTACATTATACTGCATGCTAACATAATTGTGCAGGTACATTTATCAGTTTATGTCCCTCAGTATGTCCCT---TGTCTTCTTGTCCTTATTATT-TGTGGCTGTTGACCATGCTTGAGGGAAGTTCCACTTTGGCCCAGCATCATGTCCCATTTGGCCTGGTTATGATGGAAAAGCCTAGTGGCGACCACATAATGACCACTGTCTGAGGGCCTTGCTAATTTTTCATGTT a score=2306 s danRer3.chr4 22416926 309 + 33808418 TTTGGGGGTTGATGCTCAGTTTAGATGAGGAGAACAGGAAGCCAAAGATAAGTCCTGGCAGGCGTTCACATTGACCTTGTTTGAGCAGGCGGCTGTAATTAAGACGTGAGCTGGAAATCTGACTCCAGTGTGACGCAGCCTGAGGCTGGCTGCAGAAGTGGAGGTCGGAAAAAGAAACGCGATCCTCGTCGGCTCAGTGGCTGC--ACTCGATAGTA-CTGCCAAGGCCGAGGTTAGCCCACTAATTCGTCCAAATG--AGCGCCCTTATTCACGGTATC---TTTAT-ACATGCAGACACACTCACATAAACACACA s fr1.chrUn 82316731 297 - 349519338 TCTCGGAGTCGCGCCTCAATTCAG-TAAATAAAGTAAAAA--CAAAAAAAGATCCAACCAGAAGTAAACAGTGATGGATTTT-----------TGTTACTCTGGTG---GCTGGAAATCTAATGCAAACATGACGCAAAAGAGGGCAATCTAAAAAGATCG---TTGGAAAAAGCAGGGATAGCTGACACCGCTCCGAGGGTTGTGGCTTCCTGGTAGCTGCCAGAGTGGAGACAAACCTAGTAATTCGCCCAAATTTCACTCTGTTAATTCCTGGCATACAGTTTATAACAGACAGACGTAA-CACACAAACAAGCA a score=4656 s danRer3.chr4 22424880 209 + 33808418 TGATGCACAATGTGCTGTTGTGTG-GAGGTGCTAATCACCAGTAGAAGACTGGGCTTCATTTAAGGCCTGTTCGCCCCCGGCCACCTTCCCTGC-GTGCTGTCCAAG---TGGACCCAGGGGGGCTGAATACTTACCACTCCCCCA--AGTGACCT--TTTGTTAACACCGCAAGGTTGCC-CAGGTCACCCGAGAAGAGTCTGAAGATGTTTCTCTAT s fr1.chrUn 56758058 218 - 349519338 TGATGCAACATGGAGTGGTGCATGTGTGGGGCTAACCCCCA-TAGAAGACTGGGCCACGTTTAAGGTTCTGACGCCCTGAACCATCACACCCGCAGTGCTGCCCTAGAGTCGGGACACGGGGGGCCGCATACTTACCCCCTGCTTAGCATTAGGCTACTTCGTTAACACCGCTAGGTATCCATAGCCCAGCCGGACAGGGTTGTGATCGGTTGTTCTCT a score=2015 s danRer3.chr4 22426007 152 + 33808418 AGATAAATGTCTC-CTACAGGCAAACTGATTCATGTAATTTATTGGAGATGATAATAATAAAACACAAACACATTTCAATTGTGT-ATTTAGATTACCTTGATTCAACAATGTACAAACAGTGTACATAATGAA-------------AGTAGAGAAACAGAAAATAC s fr1.chrUn 197416289 163 - 349519338 AGTGAAATGTCCCGTTAGAAACAAAATAA--CACGTTATGAAATGGAGATTGGAAACATAAATTATAGACAGATTTCAGTAGTGTGATGTTG--TGTCTTCATCCGTGTTTAAGGAAAAAAACTTCATTTTCAAGCACTAAAACATCAGGAGAGAAACAGAAAATGC a score=3164 s danRer3.chr4 22426159 510 + 33808418 AGAAGCAGTCTAGCAGCAAAAACTGAAGATCAGCCAGGCAAGGTGTAAACACAATGGCTGGGAGTAAAGAAAATAGAGAGGGCAATGAAGCCAATTAAAATGGTGTTAGTTCTGTGAGAGAGTTTGCTCAGGAATTGAATACATTTTACTTAAGGTTTGATGAGGGTGATTTTAAGTCAGAAAATGACATTTTAAAACACCTG---------TCATGTAGTAAATC---CATAAACATTAG--TAGGACTCAGGTCAAAGACCTCTTTCAGAGAATTAATACTAAAAAAAGCCCAGGCCCAGATAATATTGGTGGTAGAGTGGTACATACATGTGCTGAACAACTTTCTGAAATATTTCATTGCATTTCTTC---AGTCTCTTACGTTGCAAAGAGTTCCTGAAATCTGGAAGAAATC---TGTTCCTATAGCT--AAAATTATGT-TTCTGTGGGAGTTAAATTATTTTAGACCTGTTGCCCTTACTTCATTAGTTATGAAGTGTTTCGAGAGAATTATTAAAGGTGAGATT s fr1.chrUn 137919736 455 + 349519338 AGACACAATTCTGTAGTAACAACCCCAGA------------------------GTTGTTTGGACTGATATGAGAAAAAGGGGGAAGGAGTTAGACTTA--TGGTTTTAACTCCTATAGGGATCTTGCT-------------------GCCTGGGATTTGATGAGCATGATTT---------AATTGGTAATTTGAGACATATGACGAAGTCATCTCTTAATAATTTTGACATAAACATTAGGTTAGGGGTTAGATTA--------TTCAAGTAAACCCAGAGCAAAACGAGCCCAGACTCAGAGCAGATCCATGAAACAGTGCTTAAAACCTGTGCGGAGCATTTGGGAGGTATGTTCCAGTGCATTTTTTATGGAATGCCTAGAGAAATAAAGGATTCCCCCTATCCGAAAACACTCAATTGTTGCCCCAGTTGCAAAGTGCTGTAATCCCAAAGCCCTGAAGGGTTTCAG-------------ACTCCAT---TCATGAAGGCGTTTGAGAGGGTGATGAAGTGTGTGACT a score=3954 s danRer3.chr4 22428459 183 + 33808418 CTCACCGTCTGTGAAGTGTGAGTCTCGTCTGCACTGTGTGAGTCGGAATGTGTGTACGGCTGTGGACAGCTCCATCATAAGCTGCTGTGTGCAAGTGTCTGGCCAAGAGACATCCAGCTCC------GGGTTACTGTGCTGCTACAGCAGACTGTCAGCAGTGACCGCCGGCAGGTACCTGAacacaca s fr1.chrUn 263108213 189 + 349519338 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TCTCACCATCAAACCTGCGGTGCCTCTGGGTGAAAGTAGTCAAAAGAAACTGGCTGCTGTCCTCCACGGCCTTCAGAAAGTCTCTCTCACTTTGTAGGGACAGCGTCTCCTCCATCTGACTGGAACAGCAGGTGTAGTCTTGAGGACAGAGACGCAGGTGCTCACCTACAAGGTAACAGCAGACGCA a score=3251 s danRer3.chr4 22434640 69 + 33808418 CACTTACTGCATGAACACCACGATGTTGTGGACCTTGATGGTGGCCATTGTGCAAAAAGCACTAAAACA s fr1.chrUn 197417205 69 - 349519338 CACTCACTGCATCATGACGACGATGTTGTGGACCTTGATGGTCTGAAGGGTGCAGTAATCGCTAGAAAA a score=3443 s danRer3.chr4 22435275 163 + 33808418 TACCTGTCTCTGGCTGAGGGGCTGAATGTGGATGACGTTATCCAGCTGCTGAGAGCCAATGACGCTCTTCATGTAGAGCACCTGACAGCTCACACTGTCCACCCACACCGTGAAGAAATTAGAGTTGGTGAAGTTCAGCGAGCTCTGTTTAACACAACAACAA s fr1.chrUn 197417469 158 - 349519338 TACCTGTTTCATGTCCAGAGGACTGATGGCGGTGGTGTTGCTGAGGCGAGATTTACCGATCACGGTCTTGGCGAACTGAACCTGAGCCGTGATGTTGGCCACCTCCACCGCGTAGTAGTTGTTGTTGGTGATGTTCAGGGAGTTCTG-----CGGGACAACAA a score=1386 s danRer3.chr4 22437258 431 + 33808418 TGCGGATAACACTA-ATGAGGACA-TCACCGTCATGTTGATGAGCACTTTGCTGTTGTTTCGGTCAAAGTGCACAGTCACGGAGCGGATGCCATCGTCCACCACCAGCACAGCACGTGGAAACAGGAAGAAAGCCACCAGAAAAGACGCCAGCAGACACAGAATTACTGACAGCACCACATACAGCTTCCTGCAGAGAGAGGAAGT--GGACA------------------------ATC--ACGAGTCTGAGCC---------------AGTGTGTTAGTGTGCTTACAGGGagtgaagaccctg------------tcctcatctactcac-------------------tcttacccatttctaaacagtc-----tgagtttctttcttcagtcaaatcacaaaatgagataatctgaagaatgttggaaacctgtaaccattgactgccactgtacttgt-gtttcctactgtggaggtcagcggttacagctcaccagcTCATATTC s fr1.chrUn 197417656 508 - 349519338 TGCGGCCAAAAAGACGTGCGGACGCTCACCGTGATGTTGAGGTAGACGCTGCGTTTGTCTTTGTTGTAGCTGACAAAAACAGACTTCACGCCAACGTACGACACGTCGATAGAGCGAGGGAAGAGGAAGAAGACGGCGAGCCCAGAGAGCAGCAGGCAGACCAAGACGGATGCTGACACATACAGCTTCCTGTGGACAAAGGGCGACAGGACAGCATGTCTTCTGCTATTCGAAATTATCCAATAAACTTGGGCCTGGAATTAACTGACAGGTGTGC-AGTGTTTGGCCGGAAGGGGGCGACACTGAGAACGGTAAAATCAACAACTACAGAAGAAATCTTGTGGGACAAGATTTTTTTCTTTGGGACAAAGTTAATAGTGAGAACTTTGATTTAGTAAATGCCAAAAATGAAACGGGAAGAAGACTACAAAGTCCCCTCAGCTCATGATT----TTGTCCATGTTGCTTTTCAGTATTAATTTCAGAGCTTTTAGCTGTATAGGTTTGGTTC a score=3460 s danRer3.chr4 22437769 124 + 33808418 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtCACTCACGTTCTCCGAGGCTGTAACCTTTGATCGCTGTAGGGGATCAGAGCAACCAACTCATTCAGCTGCCCTGAAAAACAATCAGCCGGTCAGATAACAC s fr1.chrUn 197418235 121 - 349519338 TCCATCAAGGCACAGATTTTCAAGCCTTACGTCCTCCGGGGCTGCAGCCTTTGATCGCTGTAGGGGATCAACGCCACGAGTTGATTCTCTTGTCCTGAAA---CAGCGATTGATCACATTACAT a score=4021 s danRer3.chr4 22438651 321 + 33808418 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fr1.chrUn 92742870 231 + 349519338 TAAAAAGTGGGCGGCACATGTTAAAACTGTTTTATTCCCACACCTTTCACCTGATTTTGTTG--TGAATACCCTCAAA--------------CTGCAGTTGTAACATGACTTGTTTGTGTCATGTCAAATCCATTTCAGAGGTATATAGAGCCAAAAAGATGAGAATTGTGTTGATGTCCCAAGATTTATGGACCTGATTGTATCTGCTACAATCAATATCTTTTGTGATTAGAAAGCTTGCATCTA a score=7891 s danRer3.chr4 22481981 603 + 33808418 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cctcctcctcTCACTTTTTTCCTCACTCCACTTGATTGTTCTGTGTCATCATCATCTCTATCTCCTCCTTTGGGCCTTTTTCTTTTCTCGCCTTGCTCTTTCATTTCCTGAAGAGTTCAAGAAATTTTCAGTAAATATACAAAATGCAAACATTAAAACAGTGGTTTATCTGAGTTTAGTCCTGACTATAGAACCTCAAACAAATGTGTAAAATAAACATGCCAAATATTTGGACTGAAGTATGGCTCACAGAATAATTTACATTTTTCCCCCAACATTTCTTCAGTTTTTCATATTGTATATTAGACCAGTTATTGATATATCATTTCTAAAAAGTTTTTTCTATGTCTTATATTTAATTTAGTCACCAGTAAAGATAACTTACCAGCCTAGCAAACCTCTGGGCCTCGCTTACCCTCTCCACAAGCATCATTACCTCCTCTTCCTGTGTGGGGAATGCAGGAAGTTTCTTCCCAATCAGGCTTTCAATTCGCTGGAATAGTTCCACATCGTATCTAAAAG-----------------------------------------------------------------------ATAAAATTTTTTACTTCAGG----------GCATTTGGCACAATGATTCATTTT-----------TAAAATAGAAAGATCAAGTCATGTA---------ACCTACTGAGTGACAAATGTGATGGATTTCCCAGAGCGCCCGGCTCTGGCTGTTCGTCCTACTCTGTGGATGTAATCCTGTC-AG a score=3773 s danRer3.chr4 22482606 173 + 33808418 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CAGCAGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACCC a score=8466 s danRer3.chr4 22483013 266 + 33808418 CACAGACATGACTCCAG----CAGTTATAACAGC---ACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATATGAGCTGTACCTTGGAGTGTGTGGGAATGTCGAAGTTGATGACGCAGTCCACGTGTGGGATGTCGAGTCCTCGTGACGCAACATCCGTTGCCAGCAGCACCGAGCGGGACTTCGACTTAAACTTGTTGAGGGCACCGAGACGCTTGTTCTGcac----------------------------gcgcacacacacacacacacacaca s fr1.chrUn 229620849 279 - 349519338 CACAGACATGGCCAAAAAATTCAGTCAAAACAAACAAATCCAGAGCTCatttta--aattaaaaaaaaaaaCAG--------------------CGTGCCTTACCTTAGAGTGAGTGGGGATGTCGTAGTTGATGACACAGTCAACATGGGGAATGTCCAGACCTCGGGAGGCCACGTCAGTTGCCAGCAGCACCGAACGAGACTTTGACTTAAACTTGTTGAGCGCTCCCAGACGTTTATTCTGAGCAGGGGATGAAGATCCCGATAGTAAATCAGTGTTTACACGCAGCTAGTCACTCG a score=9247 s danRer3.chr4 22483371 184 + 33808418 CAGCGGTGATGCCTCCACAGGTGTGCTG-----GTGTACCTGGCTCATCTGGCCGTGCAGAGGGATGGCGGTGATGCCCAGGTTGCGCAGCAGCAGCGCCACACGCTGGGTGTTGTTGCAGGTGCCGCAGAACACCATGAAGGAGTTTCCCGCCAGCTCGTTCAGGATGGAGACCAGATAACAGTCCTG s fr1.chrUn 229621307 189 - 349519338 CAGAATCTGTAACACCCAAGATTTACTGTGAAGATTTACCTGACTCATCTGGCCATGAAGGGAAATTGCAGTGATGCCAAGGTTCCTTAACAACAAGGCCACCCGCTGAGCATTGTTGCATGTGCTGCAGAAAATGATAAAGGAGTTTCCAGCCAGATCATTCAGGATGGACACCAGGTAACAGTCCTG a score=4833 s danRer3.chr4 22483555 220 + 33808418 CACACACAGACACACACACACTGAGTGCTGGAGGAGAG-GAGAGGATacacacacacacacacacacacGTCCTGTGCGCAGAGAGAGAGAGACAGACGGACCTTATATTTGGAGGGGATGAAGATGTAGAACTGCTGCAGTTTGTCCACTGTAGCGTATTTGCTGGAGACGGAGCATTTCACTGGGTCCTGCAGAGCTGCACGCTGGAGCTTCTGCACCT s fr1.chrUn 229621497 210 - 349519338 CACAGAACAGTATATAAACAGCATTTGTTCAATTACTGTGGTATGCGACATTTAAATATTGAATAAAATGTGCATTTCGTA-----------ATTATTGTACCTTGTACTTTGAAGGTATGAAGATGTAGTACTGTTGCAGTTTGTCTACTGTTGAGTACTTGGTAGATACTGCACACTTGACAGGGTCTTTAAGAGCTGCTCTTTGAAGTTTCTGCACCT a score=7582 s danRer3.chr4 22485838 326 + 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cctcctcctcTCACTTTTTTCCTCACTCCACTTGATTGTTCTGTGTCATCATCATCTCTATCTCCTCCTTTGGGCCTTTTTCTTTTCTCGCCTTGCTCTTTCATTTCCTGAAGAGTTCAAGAAATTTTCAGTAAATATACAAA-ATGCAAACATTAAAACAGTGGTTTATCTGAGTTTAGTCCTGACTATAGAACCTCAAACAAATGTGTAAAATAAACATGCCAAATATTTGGACTGAAGTATGGCTCACAGAATAATTTACATTTTTCCCCCAACATTTCTTCAGTTTTTCATATTGTATATTAGACCAGTTATTGATATATCATTTCTAAAAAGTTTTTTCTATGTCTTATATTTAATTTAGTCACCAGTAAAGATAACTTACCAGCCTAGCAAACCTCTGGGCCTCGCTTACCCTCTCCACAAGCATCATTACCTCCTCTTCCTGTGTGGGGAATGCAGGAAGTTTCTTCCCAATCAGGCTTTCAATTCGCTGGAATAGTTCCACAT a score=4348 s danRer3.chr4 22486164 391 + 33808418 CATACCTGcacacacacacacacacgcacgcacacgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacgcacgcacacacacacaGCAGCTCTGAGATGGGGATCAACACAAACAGGTAGAGAAATATTCCAGTCTGTGCTGCTCCACAAGGGGGCGACATCAGAGAATAAACACAGAGACACTGACTGTGTGACGAACGTGATGGACTTCCCAGACCTCCCTGCTC----TGGCGGTGCGGCCCACACGGTGGATATAATCCTGCAGAGAACAGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTA-------------TAACAGCACACAGACGTGA-CTCCAGCAGTTATTACA--------GCACACAGA----CACCACTCCAGCAGTTATAACAGCAC s fr1.chrUn 34268913 389 - 349519338 cacacacacgcgcacacacacacacacacacacacacacacgcgcacacacacacacgcacccacacacacacacacacacacacacacaGGCTCCTAGTGTCTGTAAACAACAAAAACAGCAAAACAAAACCAACGATGTCATTCTCATCTCAAGGCTGCAGCG----------AACGCCGA---------TGTG-GCCTCAGACGATGG--TGCCCGAACACACCTGCACCTGATAACTATGCCGCCCCC-TGGTGG------CCACGCGCAGTAGCGGCTGGTGCTTCCATGCTAGCAGACG--CGCCA-GCTAATAATTAAATGTGTTCCATTTAGCCACACCTGGAAAAGTTCTGCTGCAGTTGATACTTCCTGTGTGCTTCCAAGGTTCCGCTGCTCCATCACTTCTGGGagcct a score=2421 s danRer3.chr4 22486555 116 + 33808418 ACAGACGTGACTCCAGTGGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACACCACTCCAGCAGTTAT s fr1.chrUn 34270002 116 - 349519338 TCAGATGCTACTATGATGATGCTACTATCACACAGATGCTACTGTGGCGATGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCT a score=-245 s danRer3.chr4 22486671 105 + 33808418 AACAGCACACAGACGTGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAC s fr1.chrUn 34269426 95 - 349519338 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CACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAAC s fr1.chrUn 34269999 183 - 349519338 CATTCAGATGCTACTATGATGATGCTACTATCACACAGATGCTACTGTGGCGATGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCTATGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCTATGCTCATACAGATGCTACTATCAT--------------------------------GATGCAAG a score=3242 s danRer3.chr4 22487327 153 + 33808418 AGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATA s fr1.chrUn 34269997 153 - 349519338 ATCATTCAGATGCTACTATGATGATGCTACTATCACACAGATGCTACTGTGGCGATGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCTATGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCTA a score=2782 s danRer3.chr4 22487668 110 + 33808418 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score=320 s danRer3.chr4 22488133 62 + 33808418 AGCACACACACATGACTCCAGCA-GTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAAC s fr1.chrUn 34270150 63 - 349519338 TGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACT a score=4742 s danRer3.chr4 22488257 265 + 33808418 AGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCGGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACT s fr1.chrUn 34269997 264 - 349519338 ATCATTCAGATGCTACTATGATGATGCTACTATCACACAGATGCTACTGTGGCGATGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCTATGCTCATACAGATGCTACTATCATGATGCTATGCTCATACAGATGCTACTATCAT-GATGCAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCCCACAGACGCTAATGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACT a score=4346 s danRer3.chr4 22488660 340 + 33808418 AGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAA s fr1.chrUn 34270422 267 - 349519338 ATCATACAGATGCTACT--------------ATCCCACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACT--------------ATCATACAGATGCTACT--------------ATCATACAGATGCTACT--------------ATCACACAGACGCTACTGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGC-----------------TATCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCCCACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAA a score=5191 s danRer3.chr4 22489000 305 + 33808418 CAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGT s fr1.chrUn 282997307 305 + 349519338 AACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGT a score=1718 s danRer3.chr4 22489342 265 + 33808418 AGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACT s fr1.chrUn 34270261 161 - 349519338 ATCATACAGATGCTACT--------------ATCATACAGATGCTACT---------------------------------------------ATCCCACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACT---------------------------------------------ATCATACAGATGCTACT a score=8512 s danRer3.chr4 22489607 535 + 33808418 CCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGTGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGTGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACATGACTCCAGCAGT s fr1.chrUn 282997077 535 + 349519338 TCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGT a score=3105 s danRer3.chr4 22490142 217 + 33808418 TATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATTACAGCACACAGACGCGACTTCAGCAGTTATAACAGCACACACACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACACACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGT s fr1.chrUn 282997395 217 + 349519338 AACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGT a score=1196 s danRer3.chr4 22490359 99 + 33808418 TATAACAGCACACACACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGAGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCACTTATAAC s fr1.chrUn 282997364 99 + 349519338 AACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACA a score=4988 s danRer3.chr4 22490458 340 + 33808418 AGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCGGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCGGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCGGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAA s fr1.chrUn 34270422 267 - 349519338 ATCATACAGATGCTACT--------------ATCCCACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCACACAGACGCTACTGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGCTACT--------------ATCATACAGATGCTACT--------------ATCATACAGATGCTACT--------------ATCACACAGACGCTACTGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGC-----------------TATCATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCCCACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAA a score=1646 s danRer3.chr4 22490798 141 + 33808418 CAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTTCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCAC s fr1.chrUn 34270531 99 - 349519338 GCTCATACAGATGCTACT--------------ATCATACAGATGCTACT--------------ATCATACAGATGCTACT--------------ATCACACAGACGCTACTGTGATGATGCTAAGCTCATACAGATGCTAT a score=5357 s danRer3.chr4 22490941 356 + 33808418 CAGCAGTTATAACAGCACACAGACGTGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGTGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGTGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACACACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACACACATGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAG s fr1.chrUn 282996923 356 + 349519338 CAGCAGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAAC a score=1781 s danRer3.chr4 22491297 59 + 33808418 CACACAGACGCCACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCCACTCCAGCGGTTATAA s fr1.chrUn 34270630 59 - 349519338 CATACAGATGCTACTATCATGCTGCTACTATCCCACAGACGCTACTGTGGCGATGCTAA a score=4640 s danRer3.chr4 22491356 273 + 33808418 CAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGTGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTTCAGCAGTTATAACAGCACACAGACGCGACTCCAGCAGTTATAACAGCACACACACATGACTCCAGCAG s fr1.chrUn 282997338 273 + 349519338 AACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCAGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGGTAACACAACTCTGCAGACAGGAAGTCAGCAG a score=6665 s danRer3.chr4 22492724 123 + 33808418 GGACCTTATATTTGGAGGGGATGAAGATGTAGAACTGCTGCAGTTTGTCCACTGTAGCGTATTTGCTGGAGACGGAGCATTTCACTGGGTCCTGCAGAGCTGCACGCTGGAGCTTCTGCACCT s fr1.chrUn 229621584 123 - 349519338 GTACCTTGTACTTTGAAGGTATGAAGATGTAGTACTGTTGCAGTTTGTCTACTGTTGAGTACTTGGTAGATACTGCACACTTGACAGGGTCTTTAAGAGCTGCTCTTTGAAGTTTCTGCACCT a score=6871 s danRer3.chr4 22494637 141 + 33808418 tgtgtgtgtgtgtgtATACCTCTGACTCAAAGTCCATGTTGAGTATGCGGTCGGCCTCGTCCATCACCAGGTATTTCAGCGCTCGTAGGTTGAAGCCTTTGGTGTTCTCCATGTGATCGATCAGCCGGCCCGGAGTCGCTG s fr1.chrUn 229622782 141 - 349519338 TGAATGCACGTAGACTCACCTCAGTTTCAAAGTCCATGTTAAGGATTCTATCAGCCTCATCCATCACTAGAAATTTCAAAGCTCGTAAAGTGAAGCCCTTTGTGTTCTCCAGGTGGTCTATCAATCGTCCAGGTGTAGCTG a score=2117 s danRer3.chr4 22497517 26 + 33808418 CTTACAGAGGACCTCAGTGACACCCT s fr1.chrUn 229623938 26 - 349519338 CTCACAGAGAACCTCGGTGACACCCT a score=4812 s danRer3.chr4 22509202 252 + 33808418 TGGCCCGCTTCTCGATGGTGG------------GGGCCAGCGGATT---GGCT---------------GTGGTGCCGGGGGGCGGCGGCATCTGCAGGGCA--GAGCCGCTTGGAGCACCCTCATTGGACGAGGCAGCGG--------GAGAC------------------------TTCTGACGGGGGACAATGCTGGGTGGAGCACTGAGCACATTGGGGTTGAGCGGGGGCGGGAACAGCGAGAGGGGTGGAGCCATACGTGGTGGGCCGGCGCGCGGGGGAGGGGGAGGTGGCGGCATTCCTGCAGATACAA s fr1.chrUn 229625558 309 - 349519338 TGGGCCGCTTTTCAATGGTGGCTGCATGATGGTGGCCCGATGGGTTACTGGCTCCACCTTGCGCTCCCGGGGTGCCAGGAGGAGGGGGCATCTGCATGACACCTGGCCGCAAGGA-------CATTGTAGGGGGTGGTAGATTGTTCTGAGATCCATCCTGGCTTGTTGTGGAGCCTTTCTGTCGCTGGACAATGTTGGGAGGTGCACTGAGCACATTGGCAGTGAGAGGTGGAGGAAAAAGGGCCAACGGAGGAGCAAGTGGACGTGGAGGTGCTCCTGCTCTTGGTGGAGGAGGTGGGAGACCTGGAAGGACAA a score=7245 s danRer3.chr4 22510487 426 + 33808418 ACCTGGTGGAGCGGGTGGGGGCAGGCGGGGCGGGGGTCCTCTTGGCGGGGGTCCAGGGGGCAGGCCGGGTGGAGGGCCTGGTGGGGGTCCGGGTGGGCGTCCTGGCGGGGGCCCCGGAGGCAGCAGACGTGGCATGGGGCCCCTAAGAGCCGAAGGAAGCCCAGGAGGCCTCAAGAATGGAGGAGCACCTGATTAGAAAAACTCACTGTCAGTAAAacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca-------------------------------------------------------------------------------------cacacactcac------------TCCAGTGAACAGCAGATCCGCATACACCGCCACTGTTCACTGCTGAATTAATGAACGCAAATACA-------------AGACTGTGTGCTGGTCATGTGA---------------CGCACGCACCAGGAGGTGGTCCTGGAGGCGGGCCCGAAGGTGGTCCTGGCGGCCTCATTGGAGGAGCAGGAGG s fr1.chrUn 229626086 518 - 349519338 ACCTGGAGGTGCTGGGGGTGGAAGCCTTGGAGGGGGACCTCGTGGTGGTGGCCCCGGTGGGAGGCCAGGAGGGGGTCCAGGTGGAGGGCCAGGGGGACGCCCTGGTGGAGGTCCGGGAGGCAGAAGACGAGGCAGAGGACCCCTGATGGCTCCAGGCATAGTAGGAGGTCTCAAGAATGGCGGAGCACCT--------------------------------ACACATAAGATAAAATCCACATACTC-CATAGACAGGCAATATAATGGTATAAACTCCTGGATAACTTAAAGAGTCTGTGTGCTTTATTCAATTTCTCAGGACCGTATATTTACACTTCACATTCTTACAAGATACGAATGCCAATTTAATTGCAGAAACACTCTCTCTCTCTCtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataCACTGTATTTTATTATTATGATTTTAACTAAACATTTTTACAAACCTGGTGGTGGGCCTGGAGGTGGACCAGTGGGTGGACCAGGAGGACGCATTGGGGGAGCTGGAGG a score=2130 s danRer3.chr4 22512081 611 + 33808418 tgtgtgtAACCTGTGTGTTTGTCTGCTCTCTCTCTCTCCTCGTCT------------CTTTCTCCCCGGTCACTGTCGTCTCTCTCTGCACTGCTGTCCTCCTGAGAGTCGCTCT------------------CCTCGTCTGCTTCGCTCTTACTGTCGGAGTCTCGACCGCCGTCCATCATC----------TCTGTGTCCGAGCCTGCGCTG---GCCTCTGCAGGacacacacacac----acacgttaatgtatgaaca---------------------cacagacactcact--catatacacacacacactcactccctcaatca---------------cacacTCTTGTGCAGTGCACCTGTGCGGCGT------GTGTTGCCATACAGCTGCAGGATCTGTGGGGGTGGGGGGCCCGGTGGAGGCCCTGGGGGTTTGCGTCCCGCCGGCAGCCGTGGAACTCCAGCCAGAGCCGCGGCA---GAGAGAGACGACGCTTTCCTGGAACACAAAATTACAGCGATGCTAACAGTTATGGCAGCGCTAACAATCACATCAG------CTAAAATCACATTAACGCTAACAATCACAGCAACGCTAACAATCACAGTAATGCTATAACAATCACAGTGATGCTATAACAATCACAGCAACGCTAACAAT-------CACAGTGATGCTATAACAATCACAGCAATGCTAACA s fr1.chrUn 229627204 711 - 349519338 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TAACAATCACAGTAACGCTATAACAATCACAGTACTGCTCACCCCAGTGCGCTGCTTTTCTTCAGGATGGAGGGTGGCTGGGCTCCGGGCAGTGGGATGTCCTGGATGAGAATGCTGGAGGGAGCGTGAGGCATTTCTGGAAGAGGAATACTGTCCACCTCCACGGACTCTGCATTCTGGTGGacacacacgcacacacgcacacacgcacgcacacacacacaca-cacacacacacacacacacacacacaca s fr1.chrUn 229628702 241 - 349519338 TGACAATTACA---------TAAAAAACCGAGGAACACCTACCCAAAAGAGGTGGTCTTCTTCAGTATAGAGGGGGGCTGAGCCCCTGGAAGTGGGATGTCCTGAATATGGATATTTGATGGAGCATGAGGCATGTCGGGCAATGGGATGCTGTCCACTTCTACAGACTCCGCGTTCTGAAAAAAACATG---ACACAT-CATGCTAGACTGCCACCAAAAAAACATCAGAGATAAATAAAAAGGCA-ATTTACA a score=11836 s danRer3.chr4 22518380 329 + 33808418 CTCTCACACACCTTGACGGAGTCGAAGTAGAGCGACAGCTGTCNCCGTTTGGTCTCGTACTCCAGCTCCAGCTTGCGCAGCTCCTTGTAAGTCTCGGGGTTTTCCCGCTCGTACAGACGGACGATGCGCTCAAACGTCTCCCGCAGCTTCTTACGCTTATCACGCAGCACCTTCTCATTCAGCAGCGGCTGCTGCACCGGGTTAAACTTTGcacacaaacacacacaca-----cattaatgaatgaacacacaggaacacacacacagacacacaaacacacacacacattaatgaatgaacacacaggaacacacacacagacacacaaaca s fr1.chrUn 229628943 316 - 349519338 CTAAAACACACCTTGACAGAGTCATAATAGAGAGCAAGCTGCCCTCGTTTAGTCTCATAGTCCAGTTCCAATTTACGCAGCTCTTTGTAGGTTTCAGGATTCTCCCTTTCATACAAACGTATGATACGTTCAAACGTCTCACGCAGCTTTTTCCGCTTGTCCCTTAATACCTTCTCATTCAACAGAGGTTGTTGAACTGGGTTGAACTCTGGAAAAAGTGTTAAACAGATCTTTTATTCATTTTTGAACACGTCTGCATA---------------AAAAGCCTACACAATTTTGTTGCAGAGCAATTAAAACCACAACCACA---ACAGAGACA a score=10043 s danRer3.chr4 22518953 427 + 33808418 CACATACCCATCTCGTCCAGCTTCTCCATGTCTCTGATGATCTGCCGCGGGTCCTTCATCTTCAGCACCGCCGCGCGCACCATCATCCTCTGCTTCTTGTTCTGCAAGacacacacacacacacacacacacacacacacaaatcagcttacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGACTGTTTTGCTGCTGAGAATAAAGTTGAGCTCAGACCTTCTTCAGCTCCCTCTTTCGTGCCTCCTTCCCTGTGGACATGGACACACACACACACACACGTTACTGACGCACTGATCATGAGTGTGTGTTAATAGTGTGTCTATCTATATCAGAAAGA--------------------------GTGTGTGTGTGTACTCACGGGCCTGGTCTGTGGGGTTCATGAACTTCCCACTCTTGGTGGAGGAGGTGGAGCGGCGGCCCAT s fr1.chrUn 229629473 388 - 349519338 CTCTTACCCATCTCATCCAATTTTTCCATATCTCTGATGATCTGTCTGGGGTCTTTCATCTTCAGCACTGCTGCTCTCACCATCATTCTCTGCTTCTTGTTCTACAATCGAGGCAAAGTTATGAGCACAATGTTGCAC---TATGTGTTT---------------------------------------TTATCTGAATACTGATATCAATGGT--------ACCTTTTTTAACTCCCTTTTCCTAGCCTCCTTTCCTGCA-----------AGAAACATGGAGATATTGTTAGCTTTCTTCCATCCAATGAG----AAAAGAACATCTTTAGATATAAAAAAAACCCAAAAAAAACAAACACTTTTGGTTGTACAGATAGGTACTTACTGGCCTGGTCGGTAGGGTTCATAAACTTTCCACTTTTGGTGGAGGAGGTTGAACGTCGCCCCAT a score=4655 s danRer3.chr4 22519865 159 + 33808418 TGTATATTGCTCTATATAGTGTGTGTTCTGCTGTATATTGCTCTATATAGTGTGTGTTCTGCTGTATATTGCTCTATATAGTGtgtgttctgctgtatattgctctatatagtgtgtgttct----gctgtatattgctctat-atagtgtgtgttctgctgta s fr1.chrUn 240988535 164 + 349519338 TGTCAGTGGCTTCATGAAATGTCTGTTCTTCCGTCTGTGGCTCCATGAAATGTCTGTTCTTCCGTCTGTGGCTCCATGAAATGTCTGTTCTTCCGTCTGTGGCTTCATGAAATGTCTGTTCTGCAGGCTGTTTCGTGCCCTCTGGTGGAGGATGTGAAGCTGCA a score=4080 s danRer3.chr4 22520392 188 + 33808418 TGTATATTGCTCTATATAGTGTGTGTTCTGCTGTATATTGCTCTATATAGTGTGTGCTCTGCTGTATATTGCTCTATATAGTGTGTGTTCTGCTGTATATTGCTCTATATAGTGTGTGTTCTGCTGTATATTGCTCTATATGGCgtgttctgctgtatattgctctat-atagtgtgtgttctgctgta s fr1.chrUn 240988535 164 + 349519338 TGTCAGTGGCTTCATGAAATGTCTGTTCTTCCGTCTGTGGCTCCATGAAATGTCTGTTCTTCCGTCTGTGGCTCCATGAAATGTCTGTTCTTCCGTCTGTGGCTTCATGAAATGTCTGTTCTGCAG-------------------------GCTGTTTCGTGCCCTCTGGTGGAGGATGTGAAGCTGCA a score=998 s danRer3.chr4 22522912 135 + 33808418 GATCAAAACACTGTCAGATCCAGTGAGAGGAATTAATATCTTCATCTGAATGGATGTCTGATGATCTGATAAAG----TTTGCTCCTCAACCGGGTCCCCACAAGGATGTGTTCTTTCACCTTTGTT-----------------CTGCATCCTTTA s fr1.chrUn 103862271 138 - 349519338 GAATATAACAAGGTAAAAGCAAATAAGAG------ATAACTTTATTATAATGGTT----------CTAACAAAACCCTTCTCCTGATCCACCGGGTCCTCACA--GCTCCACCCACTCTCCTTTGCTGACATCCCCACACATGTCTGCGTCTCTGG a score=12698 s danRer3.chr4 22523047 464 + 33808418 CACACACATGTGCCAGAG--CAGGTGAGAAACAGAACCATGATCCAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCCAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCCAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCCAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGATCAAGTATGCAGATGACTCTGTCAACTCCATGATGATGAA s fr1.chrUn 330737898 451 + 349519338 cgtacaggtgtgcaggcgtacaggtgtg---------------caggcgtgcaggtgtacaggtgtacaggtgtgcaggtgtacaggcgtacaggcgtgcaggtgtgcaggcgtacaggtgtgcaggtgtacaggcgtacaggtatgcaggcgtacaggtatacaggcgtacaggtgtgcaggcgtacaggtgtgcaggcgtacaggtgtgcaggcgtacaggtgtgcaggcgtacaggtgtgcaggcgtacaggtatacaggcgtacaggtatgcaggcgtgcaggtgtacaggcgtgcaggcgtacaggcgtgcaggCGTACAGGTGTGCAGGCGTACAGGTGTACAGGCGTACAGGTGTGCAGGCGTACAGGTGTGCAGCTGTACAGGTGTGCAGGTGTACAGGTATACAGGTGTGCAGGTGTACAGGTATCCAGAGTAGCCACTTACCTGGATCACTGTGAA a score=354 s danRer3.chr4 22523565 28 + 33808418 ACAAAAGAAATGATCATTGATTTTAGGA s fr1.chrUn 296497293 28 + 349519338 ACACAATAACATTTGTTTCCTTTCAGGA a score=394 s danRer3.chr4 22523931 284 + 33808418 CACCCGCAGCACATCTCCAGCTGAACACACATGGGGGACAGCAGCTCACCTTCCTTCAGGTACATCACCAGCT--CCACTGCCCTGTAGAGGATACC-----GCCTGGCTGTCGCTGAGGAGGAGGCGCTGCCCTGTCTGCTGCAGGAGCTCTGCGCTGTAGTCAGAGTCTTCCTCTTTCGGGAAGTGATTGCCACATTAGTGAAGGCAGGTGAAGCGCTTTCTTCAGTGTACAGCTGACAGAGTTCTCCTGATTCAGAGATGTGTTGATCCTCTCACTGTTCATCTGCTG s fr1.chrUn 296500520 269 + 349519338 CACCTGTGGACCATGTTCCCCT---CACCTCTGGACTCCTGGCCCGCTCTCTCTTGCAGGTCCAGCAGCAGCTGGTCTCGGATCCATCGAAAGTCCTCCAGAGACTGGAGGAAGGCGTGGAAAGCCCGAGGTCCGCAGTTCGGCAGGA----TGTCCAACAGCTTGAGAGTTT-TCTGTCGGC---TGGTGGCCA-----------GAGACTCGATCTCCTCCACCTGGGTCCGGGTCAGAACGTTCTCCTGGTACAGGAACGGGATGATGGTGTCGCTGACCAGAAGCTG a score=5463 s danRer3.chr4 22524862 120 + 33808418 CTAGAAGGGAATGGGCCCATAGTAGGTTTTATAGGCGGCGATGATTCCAGACGTGTCCATCATGTGCTCACAGGCCACATTTGTCTCACACACCTCTCTGAGACTGAA-------ACACACACAAAG s fr1.chrUn 317145651 127 + 349519338 CTAGAAGGGTGGGGGGCCGTAGTAGGCAGCGTATGCAGCAACGATGCCGGCCGTGTCTGCCATTTCGTCACAGGCGATATTTAACTCGCACACCTCCCTGAGGCTGAATGGGTGGACGCAGACAGAG a score=2737 s danRer3.chr4 22525064 98 + 33808418 gtgtACCTCTCGAGCTGAAATGGAGTCAGGTCTCCAGGTGCAGTTCCAGCCCTCTTCTGTCTCATGATGATAGAGGCCACGTCACGCTTCACAAACAC s fr1.chrUn 317145836 89 + 349519338 GTTTACCTCTCCAGCTGCTGAGGGGTAGGTTCTCCTGG---------AGCCCTTCTTCTCCTCAGGAGAACAGCAGCCAGGTCTCTCTTCATCACCAC a score=427 s danRer3.chr4 22527800 108 + 33808418 GACCAGAAGAGGAGCTCAGGAAAACAG-----------TCAGGGTGT-----TCAGGGGAGAA-ACCCAAAACTGCAGTGCCCTACAGACAGAACATCTCTGCACAACACTGC-TGAGACCTGAGT s fr1.chrUn 154581072 126 - 349519338 GACCTGACAGGAAGGTCAGTCACAGAGCAGAGTGTTGGTCAGTGTGTGTTGGTCAGTGTGGAATACACACATCTGAAGAACTCCATTGGCATCACACACACACACACACCTACCTGCCGGCTGATC a score=6973 s danRer3.chr4 22527908 115 + 33808418 GTGTGTTACAGTGTCAGGTGTGTGTTACAGTGTCAGGTGTGTTACAGTGTCAGGTGTGTGTTACACTGTCAGGTGTGTGTTACAGTGTCAGGTGTGTTACAGTGTCAGGTGTGTT s fr1.chrUn 154581336 115 - 349519338 GTGTGTGGCAGGGTCAGGTGTGTGTGGCAGGGTCAGGTGTGTGGCAGGGTCAGGTGTGTCTGGCAGGTTCAGGTGTGTGTGGCAGGGTCAGGTGTGTGGCAGGGTCAGGTGTGTC a score=2356 s danRer3.chr4 22528023 36 + 33808418 ACAGTGTCGGGTGTGTGTTACAGTGTCAGGTGTGTG s fr1.chrUn 154581701 36 - 349519338 GCAGATTCAGGTGTGTGTGACAGGGTCAGGTGTGTG a score=6125 s danRer3.chr4 22528095 234 + 33808418 TGTTACAGTGTCGGGTGTGTGTTACAGTGTCAGGTGTGTGTTACAGTGTCAAGTGTGTGTTACAGTGTCAGGTGTGTGTTACAGTGTCAGGTGTGTGTTACAGTGTCGGGTGTGTGTTACAGTGTCGGGTGTGTTATTGGTGTGAGTTGTG--------TTTGTTGTGT----------------TATTAGTGTCAG-TATGTGTGAGC----------TGTGACATGGCTCAGATGTGTAGCGGCTGCAGTCTCTCTGTGAGTGTGTG s fr1.chrUn 154581987 256 - 349519338 TGTGGCAGGGTCAGTTATGTG--GCAGCTTCAGGTGTGTGTGGCAGCTTCAGGTGTGTGTGGCAGCTTCAGATGTGTG--GCAGGTTCAGGTGTGTG--GCAGGGTCAGATGTGTG--GCAGCTTCAGGTGTGTGGCAGGT-TCAGCTGTGTGGCAGGTTCAGGTGTGTGGGAGGGTCAGGTGTGTGGCAGGGTCAGATGTGTGGCAGCTTCAGGTGTGTGTGGCAGGG-TCAGGTGTGTGGCAGCTTCAGGTTC---ATGTGTGTGTG a score=4888 s danRer3.chr4 22531925 483 + 33808418 tgtgtgtg-tgtgtgtgCGCAGTGGATGTGTTCTCCTGTAGGTCTCCTGCAGTG---GCTGATATTGTGGTGTTAAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg--------------tgtgcagtggatgt--------------------gttctcctgtag------------------gtctcctgcagtgggtga-----tatcgtggtgttaatgtgtgtgtgtgtgtgtgt---gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgCAGTGGATGTGTTCTCCTGTAGGTCTCCTGCAGTGGCTGATATCGTGGTGTTAAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgCAGTGGATGTGTTCTCCTGTAGGTCTCCTGCAGTGGCTGATATCGTGGTGTTGGTGGACGGCTCCTGGAGCATCGGCCGGATAAACTTCCGTCTGGTTCGTCTGTTTCTGGAGAGTCTCGTCAGAGCGTTCACTGTCGGGGCGGAACACACTCGCATCGGTGCGTCTGCAGCTCTCAATACATGTGTGTGTTTGAGA s fr1.chrUn 152219702 525 + 349519338 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catctgaccatatcatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccataacacctgaccataacatctgatcataacatctgatcataacatctgaccataacatctgaccatatcatctaaccataacatctgaccataacatctgatcataacatctgatcataacatctgaccataacatctgatcataacatctgaccatatcatctgaccataacATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGACCATATCATCTGATCATAACATCTGATCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGACCATAACATCTGACCATATCATCTGACCATAACATCTGACCATAACATCTGACCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGaccatatcatctgaccataacatctgaccataacatctgaccataacatctgaccataacatctgaccatatcatctgaccatatcatctgaccataacatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccatatcatctgaccataacatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccatatcatCTGACCATAACATCTGACCATATCATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGACCATAACATCTGACCATAACATCTGACCATGACATCTGATCATAACATCTGACCATATCATCTGACCATAACATCTGatcataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccatatcatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccgtatcatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccataacatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgatcatatcatCTGACCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATATCATCTGACCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGatcataacatctgatcatatcatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcatatcatctgacca-taacatctgatcataacatctgaccataaca s fr1.chrUn 293015995 1238 + 349519338 CAGCTGATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTGATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACTAACACCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAA-------------TGCTAACACCTGGCACTAACAGCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACTAACACCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACTAACACCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCTAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCTAACACCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACTAACACCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACTAACACCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCCAAGAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACTAACACCTAACGCCAACACCTAATGCTAATAGCTAATGCTAACACCTAATGCTAATTCGACACCAGCAACATTAAATCGCGTCATTTACGCACAAAA 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tatcatctgatcatatcatctgaccataacatctgatcataacatctgaccataacatctgatcatatcatctgaccataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgatcatatcatCTGACCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATATCATCTGACCATAACATCTGATCATAACATCTGACCATAACATCTGatcataacatctgatcatatcatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcatatcatctgaccataacatctgatcataacatctgatcatatcatctgatcataacatctgaccatatcatctgatcataacatctgaccatatcatCTGATTACAACATCTGAAAGTGACATCTGACCATAACTTC---CGTTTATACCATCTGTTCATA s fr1.chrUn 293016668 499 + 349519338 TAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACTAACACCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACTAACACCTAATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCGCCAAGAGCTAATGCTAACACCTGGCGCAAACAGCTGATGCCAACAGCTAATGCTAACACCTGGCACTAACACCTAACGCCAACACCTAATGCTAATA a score=15733 s danRer3.chr4 22535830 945 + 33808418 CATAACATAACTGTTGTGTGTGTGTGTGTCAGTGGTGCTGCCGACGGTCAGCAGTCTGCAGCTGCAGGACGTCACACACAGCACTATGCGTGTGCGCTGGCGAGAGGCTGAAGGGGCCTCTGGGTACATGATCCTGTATGCACCACTGACGGAGGGAGACGCCGCTGACGAGAAGGAGGTGAAGAAGAGTGATC------------GCAACTGTTCTGTCTAG---TGCCTACAGTGACGCCTGT-----------TTACtgtgctgtgtgc-----------------gtgtgtgtgcgt--------gtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcgtgtgtgtgtgtTACAGCTGAAAGTGGCTGACTCTGTGACTCAGGTTGATCTGGACGGTTTAACTCCTGCTACTGAATATACGGTGACGGTTTACGCTCTGTACGGGGAGGACGCCAGCGACCCCATGACTGCGCAGGAGACCACGCGTGAGTC----CTCAGACTGTTCTTTAGCTGTG--------------------------------GAGTGTGTGCAGAAACACTACATTACCCATGATGCTGTG-------CCAGGGCTGTGTGTATGGGTTAT-TCAGTG-----------------------------------GTGTCACACATCGTTACGTGTCTGTG-----TGTTTTAATGAAGTGAGTGTATG------------------TGTGTTTCT-----------CTCAGTTCCTCTGACTCCTGCACGTAACCTGCGCATCTCAGACGTCACACACAGCTCCGCTAAACTGACCTGGGACACGCCCTCTCCACAGGTCAAAGGTCACAAAATTGTATATGTGAAGACGGACGCCGTGGAGACCAATCAGGTGAGTGTGTGTGTCTCTCATTG--ACCCGG--GCTGTTCATA-----------TGAGTGTACTTGA--------CCTGTGACCTTTGA-----CCCTGCGTTGACCTCAGGCTGAGGTGGGCGTGGTCAGCACAGTGGAGCTGCGTAACCTGAGCGCAGTGACCGAATACACCATCGCCATCTTCGCAGTGTACGCGGAGGGCCAGGCGGAGCCGCTCACAAACACCTTCACCACCTGTGAGA 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CATTCCATCTCTGTGTTCCTGGCGTGCTGCAGTGGAGCTCCCAGTGGTGAAGGAGCTGGAGCTGCGGGACATCACTCACAACCACATGGTTGTTCGCTGGGAGGCAGCCGAAGGGGCTTCTGGGTACATGATCCTCTACGCCCCCCTAACGGAGGAAGACCCTGCCGATGAGAAGGAGGTGAGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGAGCAGGTGTTCCACATGGGCCTGCTCATTTTATCTTCTGTAGAAGCTGCACTTCCTCCTCTGCTTACACACATGATGGCTCATGGTGTTGAAGGGTTATCAAAGGCTtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgcgtgtgtgtgCG-CGCAGGTCAAGGTGGATGGCTCAGTGAATGAGGTGGAGCTAAAGGACTTGACCCCGGCCACGGAGTACACGGTGACTGTGTACGCCATGTATGGCGAGGAGGCCAGTGACCCTGTGACCAACCAGCAGACAACACGTGAGTCTCGACTCTTGATGTCCTGCGGCATTGTTGCTAGGCGACCAGCACAGCTTTACATGCTCGTTTGCGTGTTGATCGACATCGGTGCCCATGA-GCAGTGTGAGCCTCCGTGGCGGTGGGCGTGTCCTCTGTCAACGGGCGGGAGCAGCCCCAGAGAAAGACCTGAGTATCCGTGCAGAAGATCGTCAGGAGAACCTGACCGCTGCTCTGCTGAAACTATGATTTGGTTGTGGACTCGTACTGACGTGGTCCTCATCTCCCCACCTCAGTTCCTCTGAGTCCAGCGGTGGATCTACGCCTTTCTGATGTGACCCACAACTCTGCACGGATCACCTGGAACTCCAACTCCAACGCCGTTAACGGCTTCCGCATCATGTATGTGAAGGCGGACGGTGTCCAGACCAACGAGGTGAGACCCAGAGGCAGTGAGCGCAAACAGGAAGTAGCTCGTACCTCACTTCCTTTAATGAACTCCAGCCACATTCTTGTGAAAAGTGAGAGGTGTCGGCTGTGTGAGCAGGTGGACGTTGGCCGTGTGACCAGCTGGCTGCTGAGGAACCTGACGTCTCTGACGGAGTACACAGTCGGAGTGTTTGCCCTGTATGATGAGGGACGGGCGGAGGCCGTGAGCGACAACTTCCTCACAAGTACGA 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cacacacTCATCTGATGAG-ACATGGTGAAAACAGTCTATTTCtgtgtgtgtgtgtgt----------gtgtgtgtgtgtgtAGGCGATGGTTCCTGCAGGTCAGAGCTGGGTGCTGCTGCAGCCTCTGCTGTCAGACACTGAGTACCGCGTGAGTGTGTGTGCGGTGTACAGCGACGGAGAATCTCCACCAATCACACGCATCGCCCGCACACGTGAGCGA-------------GCCCcg-------------------------ggtcacacacaccctc-----------------------ataaaacacacg-------tttaatacacacacacacacacgtt---aaaacatat s fr1.chrUn 152223981 361 + 349519338 CACCTGATCTTCTGATGTTTGAATGATGATGGCTGTGTTGTTCCCCGCCTGTTGATCTTCAGCCAACGATGTTTGTTCCCTCAGAGGGTTCTTCCTGTTGGCCAGAACAGCCTGATTCTGCAGCCTCTGCTGGCAGACACAGACTACAGAATCCACGTCACACCAGTGTATCACCATGGAGACGGGCCAACAACCACGCAAATCGACCGAACACGTAAGACGTTCTGTATTTTTTACCCTGTGTTTTTTGCTCTTGTTCTTTATAAGGTTCCACTCAGATTTTAATTAGATTTCAGTCATCTGGGATGAAACACGAGGCGAGATCTCCATCAACATTCAGGGGAACATTCCAGAAACAGAT a score=14992 s danRer3.chr4 22539538 893 + 33808418 tgtgtgtgtgtgcgtgtgtgttccCGCAGTGCCTCTGTCTGCCCCCAGTGGTCTGCGTGTGTCGGAGCAGTGGTATAACCGTTTCCGCATCAGCTGGGTTGCTCCGCCCTCGCCGACCATGGGCTACAGGATCGTCTACCAGCCCACGACAGGTACAGACCACAC-----------------------------------------------------------------------CCCCTGACCTCTGACCTCC-----------------------------------CGCAAACAGCT------------------------TTGA-----------------------------------------------CTTCCTGTAAAGGTGAC---------CTCTGACCCC--------------TGCAGGT---GGGCGTGCTCTGGAGACATTTGTGGGTGACGATGTGAACACCATGCTGATCGTCAACCTGCTGAGCGGCACCGAGTACAGCGTTAAGGTCATCGCCACCTACACCACCGGCTCCAGCGACGCCCTGAGCGGACGCGCACAGACACGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGATAGAGACTGCCATCTGCTCTTCTGACCATCTCtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgATAGAGACTGCCATCTGCTCTTCTGACCATCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGCAGTGTATCTGGGCGTCAGTAACCTCAGCAGTTATCAGGTGCGGGCGACCAGCATGTGTGTGCAGTGGCAGCCGCACCGCCACGCCAGCCAGTACCGCCTCGTCCTGCAGCCGCAGCTCCGTGAGTGT--------------------------------------------------GTGCGCAGCTGACAGATAAacacacacacacacacacacacacacacacacacagacaGGTCAGTC---------------------------------------------------------------------TTCGGGTTTTCAGCATGTTCCACTCTTTCAGATGGTGAGAAACAGGAAATGAGGCTGCCAGGCTCCGCCTCCAGACACTGCTTCAGTGAGCTGAGCCCGAACACACAGTACAGCATCAGTGTTCACACACAGCTGCAGGAGA---CCGAGGGCCCCGCCGTCAGCACCACCGAGAGGACGCGTAAgt s fr1.chrUn 152224488 1151 + 349519338 TCTCACCACGTGCTTCCGTGT-CCTGCAGTTCCTCTGTCGGCTCCACAGAACCTGCAAGTATCTGAGGAATGGTACAACCGCTTCAGGATCAGCTGGGATGCGCCGCCGTCCCCGGCAGTGGGCTACAGGGTCATTTACCAGCCATTGTCTGGTGTGTGTcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacTAAACGTCCATATTGCTCCACCTTTATGACCCTCCTGCTCCCTGCAGTCTTCCAGCTGCTGGTCACCATGGTAACAGCAGATGCTCACACACAGCTGCAGAAAGTGTGTTTACGTAGCCGTTGATCCACGTCAGACAGGAAATGACATCAAAATGGAGTCACACTTTCTTTCTGCATGTCACGCTGACGCGTTCCGTCCCTGACTCCCATCCGGTGCCCTCTGCAGGTCCGGGGCCGGCCCTGGAGACTTTCGTGGGGGAGGGCGTGAGCTCCATGCTGCTGGTCAACGTGCTGAGCGGGACAGAGTACAGCGTCAAGGTCATCGCCTCGTACAGCACCGGGCCCAGCGAGCCGCTGTCGGGCAGGGCCAAGACCCGTGAGT------------------CGAACCTTCAGACGCGTTTC-------CTCTGTTCCTCGGCGGCAGCGCGTTT------TGAGGGTTGT------TTCTTTTCTTCATC------------------------CAGTGTTTCTGGGGGTGAGCAACCTGACGCCGTACCAGGTGAGGATGACCAGCCTGTGCGCCCAGTGGCAGCCTCAGCGCCACGCCAGCACCTACAGGCTGCTGGTCGAGTCCCTGCTGAGTGAGTGTAAACCTGCTGAACACCAGACTTCAGCTCTGAGCTCCTCCACACGTTCCTGATGGGGAactcactcactcactcactcactcactcactcactcactcactcactcac---tcactcactcactcactcactcactcactcactcactcactcactcactcattcactcactcactcactcactcactcactcactcactcTGTTT--CTCCTGCAGATGGTCAGAAGCAGGAGCGGAGGCTGAGCGGAGGGACCAGCCGACACTGCTTCACCAACCTGACGCCCAACACGCGCTACAAGATCAGCGTTTACGCTCAGCTGCAGGACGGCTTCGAGGGACCCGCCGTCACCGCCACCGAGAAAACACGTGAGT a score=-6997 s danRer3.chr4 22540431 348 + 33808418 gtgtgtgtgtgtg-----------------------------catgtgtgtgtgtgtgtg---cgtgtgtgCTGC--TGAACATGAGGTCTGCAGAGCCAGTGTGATGGTCATCTCCCTCAGCT------AAAGCTGCGCAGGCA---------GACGATCACTG---------------ATCCAGCAGTGAACACTC--GTCATCATCAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgCAGTTCCTGTGAGCACGGCTCCACCCA--CCATCGCC-AGCAGCTCCGCCCCTCC-----GCCTACCCTGCC-------------------------------CGCCACT-----------AAAGAAGGTACAGCAGCA-----------------------------------------------CAAGAACAGCAGCGCAC---GTAAGAGGAGCACGGATGCTTCAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgt s fr1.chrUn 120200577 501 + 349519338 GTGGACTTATGAGATGCCAAAACCCTCCAGTTCATTGAAACTCATGGTTGAATGCAAGTTTCTCTTCTGTTCTTCAGTGGTCAGAACCACAGCGGTGCCAACCCAACCTCCCACCCCTCCCGCTCCTGCAACAGTCCCGCCTGCACTGGATGGTGAGGATCTCTGTCACATTGGCGTGATATCAAACAGCCCATGCTTCTGAGATCTTCAGATAC---CGTAGAGACATGAACTTTGGGCAGCCTGTGCGTTTCCCCCAAATTTAACATCAATGAGACAATCGTCTGGGACCTCTGCAATTCCAGGCAGCAAGATTTGCCATTGTGTGTGGCAGTTAGAAGTGGCTGAAAGCACCATTTTCAATCTTCAAAATAAGATATAGAATGAGAACAATTCTGTGTAATAATAGTTTTTGAGACACATCCTTACTTTTCCAAAAAACGCAGAGCCCAGTGCGATAAGGCCATAAACCGTTCCTTTG---------ACAAACATTTTTGCATCCGTGC-T a score=9942 s danRer3.chr4 22540779 145 + 33808418 cagtgtgtCGAGCTGCTAAAGCTGATCTGGTGTTCCTGGTGGACGGCTCGTGGAGTATCGGAGACGATAACTTCCAGAAGATCATCCGCTTCCTGCACAGCACGGCTGGAGCTCTGGATCAGATCGGGCCGGACGGGACTCAGGT s fr1.chrUn 152226862 145 + 349519338 CAGTGTGTAAGGCAGCCAGAGCCGACCTGGTCTTCCTGGTGGACGGCTCCTGGAGTATCGGTGATGATAACTTCCTGAAGATCATCCGCTTCCTGTCCAGCACTGTGGGGGCTCTGGACCAGATTGGGCCAGACGGCACACAGGT a score=7610 s danRer3.chr4 22540935 208 + 33808418 ACACACACACACACACACTCTCTGGTCATCTCCAGCTGTCCTCCGCTAAGGTGTGATGCTGTGTTGTCAGGTGGCCATCGCTCAGTTCAGTGACGACGCGCGCACAGAGTTCAGCCTCAGCTCACACAGCAGCAAAGAGGAGCTGCTCACCGCCATCCAGAGGGTCAGCTATAAAGGAGGAAACACCAAGACAGGTCTcacacacaca s fr1.chrUn 152227121 199 + 349519338 AAACAAACACAAATTTGACCTCTG---AACTTTGTCTGTGACACGCGTCTGTGTCATG------TGACAGGTGGCGATCGTCCAGTTCAGTGACGACCCCCGAACAGAGTTCAAGCTCAACTCCTACAGCGACAAAGAGCGTCTCCTGGAGGCCGTCAGCAGCATCTCCTACAAGGGAGGAAACACCAAAACAGGTCTCTCACGCACA a score=-644 s danRer3.chr4 22541348 209 + 33808418 cagatcattcagatgaatagctgtaatcaatgaacagaatcaggtcattaatGCGTCATCATTCAGCGTCTGTCTGTACAAACACACACCCAGAGCCcagctgagtcctgcagcgctacaggactgatgaagactgcagacgacaggagacggcacctgtgatgaaag---------gagaggcaa---tccggctgttttatctgtatttaaagtgtttt s fr1.chrUn 152227320 164 + 349519338 CAGATGGTTCGGCAGCCAGAACCTTGTAAATGAGCTGAAT-------------------------GTGTCT-----TGCAAACACAAAACT---------------------GCGCCACCA-AGTGGTGTGGAGGCCGAATTACAAG-----GCACTCGTGAAGCAAATTAACCCACAAAAGTCAACTATTCCACCGTTTGGTTGGAACTTGTAGATTTTT a score=6869 s danRer3.chr4 22541899 166 + 33808418 CCTCTGACCTCTGCAGGCCGAGCCATGAAGCATGTGAAGGACTCTGTGTTTGCGCCGGTGGGCGGGGCCAGAAGGGGCGTGCCTAAAGTGCTGGTGGTGTTGACAGACGGCCGTTCCCAGGACGACGTGCTGCAGGTGTCCCAGGAGCTCCAGGCTGAAGGTGaca s fr1.chrUn 152227720 165 + 349519338 CCTCTGTCCAAT-CAGGTCGGGCCATCCAGCACGTGAAGGACAACATCTTCACAGAGGAGGGCGGGGTCAGGAAAGGTGTCCCCAAAGTTCTGCTGGTGCTGACGGACGGCCGATCTCAGGATGATGTCAACAAGGTTTCCAAGGAGATGCAGAGAGAAGGTCAGA a score=9554 s danRer3.chr4 22542110 312 + 33808418 CCAGCAGCATACACACGTG----------------------------------TGTTTACCGCTGTC----ACGTCGCAGGCTACATCGTGTTCGCCATCGGGTTCGCGGACGCGGATTACGGCGAGCTGCTGAGCATCGCCAGTCGCCCCGGAGACAGACACGTGTTCTTTGTGGACGACCTCGACGCCTTCCGCAACATCGAGGAGAAGCTCATCACCTTCGTCTGTGAAGCAGCCTCAGCCAgtgagtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtaagtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtaagtgtgtg s fr1.chrUn 152227984 342 + 349519338 TCAGCAGTGGACAGACGGACAGACGTTGCACTCTGACTCCGGTTGTTGGATCTTATTTCCTGGTGTCTCCTACCTTAAAGGCTACATCGTGTTCGCCATCGGTTTCGCCGACGCTGATTACGGCGAGCTGGTGAGCATCGCCAGCAAACCCAGTACCAGACACGTCTTCTTCGTGGACCACCTGGACGCCTTCAAAGAGATTGAGGAGGAGCTGGTGACTTTTGTGTGCGAGGCTGCTACGGCCAGTGAGTAACCACG-----GTTACAAGAAGGCAGGATGTGT---CATGTGACTGCTGACTTGAGGATGTGTGTTTGTTTCAGCGTGTCCGTCGGGGGTAATGGGCG a score=3187 s danRer3.chr4 22542465 178 + 33808418 GCTTGCATACATGAGTGTGTGTGATCATGTGTGCACACGTGAGTGTGTTTGTGTGTGACGTCTTTCTGTTGTTGTTTGCAGC--------------GTGTCCTTCTGTACCC-ATGAGC-------------------------GGCAGCACTCTACCAGGTacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacTCAT s fr1.chrUn 126207922 218 + 349519338 GCTGGGACACACATTTCTATGTGCGTGTGTACGCGCTCGTGCATGTGTGTGTGTGTGAGCCCTTTCTCCTGCTGTCAGGAGCCATGCGGAGTTAAGATGCCTTTGAATATTTAATGAGCAAGCTCATGTTTATTCATTAAAAAGAATAACTGTTGATCTGATGTGCACCACCTCTTacacacacacacccacacacacacgcaTGCTTGCAGATGTAT a score=15787 s danRer3.chr4 22543709 705 + 33808418 GTGTGTTCAGGCTCCCGCATGATGGAGATGTTCGGGCTGGTGGAGCACCTGTACAGTAGTGTGGACGGCGTGTCGTTGGAGCCGGGAACCTTCAACAGCTACAGCAGCTACAGACTGGCCAGAGACGCACTGCTCACACAGCCCACCAGGTGGAGCTcacacacacgcacacacacacacacacacacaTCAGCAGTGTTC---CCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGCGTCCGCTGTGCTCCGCAGGTTCCTCCACCCTGAGGGTCTGCCGTCTGACTACACCATCTCCATGCTGTTCCGCCTGCTGCCCGAAACGCCCCCGGAGCCCTTTGCATTGTGGGAAATTCTCAACAGCAGCAACGAGCCCTTAGTAGGCGTCATTCTGGACAGTAAGTGAGCGTGACGTGAGTGTACGGGAGATGTTAACACGCGTGTGCCGGTGTCAGAGTGCAGAGCCGGCAGCGTTAGCTAGCGGAGTGTTAATGCTAATGGAGCAGTGAGAGGACG-TCTCTTGATATGAAGCTAGTGGAGCGAGCAGATAACgtgtgcgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTCAGTCGCAGGGAAGACCCTAACCTTCTTCAACACTGACTATAAAGGAGACTTCCAGACCGTCACGTTTGAGGGAGCCGAGATACAGAAGCTGTTCTACGGCAGCTTCCACAAGGTCA s fr1.chrUn 152228494 544 + 349519338 GTGTCTCCAGGTTTCAGAATGATGGAGCTGTTCGGTCTGGAGGAGAGTCGCTACAGCAGCGTCTCTGGTGTCTCCATGGTACCTGGAACCTTCAACAGCTTCCCCTGTTTCCACCTGCAGGCTGACGCCTTCCTGGCTCAGCCCACGAGGTACATCTGTCGGTTAC-------CACCGTCACACACACCTCACCAGACCTCTGACCTGGGTCCGTCTGGGTTTG--------------------CAGGTTCATCCACCCTGAAGGGTTACCCTCAGACTACACCATCACGCTGCTCTTCAGGCTTCTGCCTGACACCCCAGAGGAACCCTTCGCCCTCTGGGAAGTCCTCGACAAGAACCAGGAGCCGCTGGTGGGAGTCATCGTGGACAGTGAGTTCCCT--------------------------------------------------CAAACCCACCAGC--------------------------------AGTGAGAATCCGATCTGTTGAACTTA---------------CTGCTGACGT-----------------------------------------TCTCCAGACGGAGGGAAAACTCTGACCTTCTTCAACAACGACTACAAGGGAGAGTTCCAGACCGTCACCTTCGAAGGACCCGAAATCCAGAAGCTGTTCTACGGCAGCTTCCACAAGGTCA a score=10331 s danRer3.chr4 22545775 361 + 33808418 CAGCTGCACATTGCGGTCAGCAAGACGTCTGCAGCGGTGATGGTGGACTGCCGCTCTGCAGGGGAGAAGCCTGTAAACGCAGCCAGAAACATCAGCACTGACGGCCTGGAGGTCCTGGGCCGCACCGTCCGCTCCAGAGGCTCCAAAGACAACTCTGCCCCGGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAAAGAGAGATCAAAGACAGCTCATACATAAACACTGTGGAACGGTTAAAATAACACtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTCAGTTTCAGCTGCAGTCCTTTGATATCGTCTGCAGCACATCATGGGCTCGACGGGACAAATGCTGCGAGCTGCCCAGCCTGGTGAG s fr1.chrUn 152229119 319 + 349519338 CAGCTCCACATCGCCATCAGCAAAACGAGCGCCAAAGTGGTGATCGACTGCAGGATGGTGGCGGAGAAAAGCATCAACGCAGCGGGGAACATCAGCAGGGACGGGGTGGTGGTTCTGGGCAGGATGGTCCGTTCCAGAGGGAATAAAGACAACTCTGCCCCGGTGAGGACGAGCG-------------GACGCCAAATCCAAC---------------------CGGTCTCGGCTCCTCGGGGT-TTCACCTTCATGTTTGTCT-------TCTTCAGTTCCAGCTCCAGATCTTCGATATCGCCTGCAGCACTTTGTGGGCCAGCAGAGACAAATGCTGCGAACTTCCTGGACTGGTGAG a score=129 s danRer3.chr4 22546136 4 + 33808418 AGAG s fr1.chrUn 305851117 4 - 349519338 GAAG a score=-4430 s danRer3.chr4 22546196 605 + 33808418 agtgtttgtgt----------gtgtgtgtgtAATTGTGTGAT-GTTTGGGAACAGCGCCTCCTACAGGACATCAGAAGTGAAGCTGTATCTGTCAGAGTCTGCTGCCTCCTCTGGTCAGACTGTATGGGCAGACTGCAGCGCCCCCTGCTGTACGGGTGGTGTTCTGTAAACTGTAGAAGCTtgatgatgaagatgatgatga--------tgatgaCTCTGTCCCTGCTGTGGTCAGTGAGCTATATGTAGAGCTAGTGCTTCTCCTCAGAGTGATACTCCTCTGCTGGACAGATGATCTGCTCGTGCTGTCATCAGGATATAGTCAGCTCATCCGCCGTTCttcagctgttcaaccgtaaagcgagatgaaaagccgtttacacactggcgTTACGCTCCTGCATATCCCCCATCAGCAGCTCTGATCATTCCCGCTCATCACCTGCATCTGAGCAT---CACTGCATCTCTGTCATCCTCCGCCTGCTCCAGTGCAGCTCACTGCACCGCCACCGAGTCACACCACACTAGCCTAGCGTGCTAAACAGCCAAGATGAACCACACAGCCCACAGTTAGCATCACACGCTAAGAGTTAACCGGTTCAGTACCTTTGTCTTTTCACt s fr1.chrUn 305851174 477 - 349519338 AGTATTTATGCCCAGACTGAATTATGATGGAACCAGAGTGATTAATTGAGAATTAAGGCT---AAACGACTTGAAAAGTTTCTGACTGGCTATTAGGACTTGCAAATACCTGCCGTAACATT---------------AGTGCCTGTGGTCAGGTAGGCAATTCCATTTAAA-------AATGTAATGAGCACATTGAGGATGAGCAGTTTTTGTTGACTCTTGCGCCACTCAGGTCTTTGCAC----------GCCTGTGT-----CACAGAAAAGTACGACTCTGC-AGACACATTTAATAGCAGTACTCACATTT---TATAA------------CTGTTCCTGAAATGTTTGAC---------AAATGGAAAAATGTTGA--------------------------------------GCTTTCTCTATATGAATTCATGAACTTCATTTGAAAATGTCCATTAAATATGTGT-------------------TGAAGAT----GTACCGTAAACAGACCTTTTCATACCCGC--AGTAAATCAGACAGATGAGA-GTCCAACACA--------TGAGAAGCACGTGGCAA-------------TAATGTCACCATCTTTGAACT a score=5409 s danRer3.chr4 22546826 156 + 33808418 tgtgtgtgtTTGCAGAGGAAGGAAGCTGACTGTCCGTCTCTGCCGCGTGCCTGTACCTGCACTCAGGACAGTAAAGGCCCCCCTGGACCCGCCGGACCCCCGGTACAGCCTTCATCACCATCAGCATCATCACCATTAT-TCAGACATCA-GTAACTG s fr1.chrUn 152229499 158 + 349519338 TGTTTTCTTCCCCAGAGGAAGGAGGCCGACTGTCCAGCCATGCCCAAAGCCTGCACCTGCACCCAGGACAGCAAAGGTGCCCCCGGCCCCCCCGGACCACCAGTGAGCCGTCCACAAACACAGTCGCACTCACAGATGTAGCAGATGTCATGTGACTG a score=1930 s danRer3.chr4 22547000 134 + 33808418 tgtgtgtgtgtgtgtgAGATAGGGAGGTCCTGGGATCAGAGGTGCTCGAGGAGATCGTGGTGAACCCGGCCCTGTGGTACAGTATTACCCATAATGC----------ACCTCACTG------ACATCTGACC-----------------------------------------AAATCATAAG---------------------TGTGATtg s fr1.chrUn 152230037 212 + 349519338 TGTTGTTATTTGTGTCTAACAGGGCGGTCCAGGGATCAGAGGAGCCAGAGGAGACCGTGGAGAGCCCGGTCCAGTCGTAAGTTATGTTGCAGCATGCTAACGAGCTAACGTCATCAGGGTCAACAGCTGACTCTGCAGCAGAACCACGTTTCAAACTTATTTATCGTTAAAGTAAATCAGAAAAACAACAGGTGACGAGTTTCATATGACTG a score=5284 s danRer3.chr4 22547175 101 + 33808418 AGGGTCCTGTTGGTCCAGTAGGGGACGCTGGTGTTCCCGGTGCTCAGGGGCCTCCTGGTCCTCCAGGGCCCAGCGGACGCTCCATCAGAGGCCCTCTGGTA s fr1.chrUn 152230320 101 + 349519338 AGGGTCCAGCTGGTCCAGTAGGTGAAACTGGTGTTCCAGGACCTCAAGGACCTCAAGGCCCCCAAGGCCCGAGTGGTCGCTCCATCATGGGCCCAGCAGTA a score=3598 s danRer3.chr4 22548048 249 + 33808418 TGATGGTGTTTTTCAGGGCGCTCCGGGTGAGTCGGGTCAGAAGGGTGATGCTGGTCCTCCAGGGCCACAGGTAAAC----CTCCACTTCCTGTCTGTGTTCTGCT-TCATTTCCTGTCTGTAGTGTGCTTGACTTCCTGCCGTGT-GCTCCTGCAGGGTGTTCCTGGATCTCCGGGGTCTGTGGGCCGTGATGGACCTCCAGGGTTACGGGTAACGTGCTTTACgtgtgtgttagtgatgtgtgtttgtgttagt s fr1.chrUn 152230489 238 + 349519338 TAATAATAATCTTCAGGGAAGTCCAGGAGAGCGAGGACAGAAGGGTGAGCCAGGACAGCAGGGCGCACAGGTGAACAGAACTGTATTTACTGTATTTATTTAGTAATAAATGTTTAGTTGAGAAGGTTTTAATAGTCTGACGTGTCGTTGCTTCAGGGGGTTCCAGGTCGAGCTGGAGCTGCCGGCAGAGACGGACCTCCAGGACCCCGAGTGAGAAGCT--------GAATTAGC---------TTGAATTAGC a score=2103 s danRer3.chr4 22548348 147 + 33808418 gttagtgatgtgtgtgtgtgttggtgatgtgtgtgtgtgtgttagtgatgtgtgtgtgtTGATCACACGTGTTGTTCTGCTCCTCAGGGTCTACCGGGTCAGGACGGGCCTCAGGGTAGAGTTGGGCCACCGGGACCCATTGTGAGT s fr1.chrUn 152230762 95 + 349519338 GTTGATGGACTCTTTGTGTGTT----------------------------------------------------TTTCCCTCAACAGGGTCTGTCAGGCAAAGACGGCCCCCAAGGCAGACCAGGTCCATCCGGAACCATCGTGAGT a score=3177 s danRer3.chr4 22550154 74 + 33808418 GGGGAGAAGGGCGAGAAGGGTAATCCGGGTGTTGGTGTCCAGGGACCACGAGGACCTGCTGGAACTCCAGGTGA s fr1.chrUn 152231791 74 + 349519338 GGAGAAAAGGGTGAAAAGGGATCTCAGGGTGTTGGACTCCAAGGCCCCAGAGGACCATCAGGACCACCTGGTAA a score=6283 s danRer3.chr4 22550574 171 + 33808418 TTTCCTGCCGCAGGGCCTCCTGGTGAAGGCAGAACAGGAAGTCCAGGACCATCTGGTCGGCCTGGAAGCCCCGGGAGTCCCGGAAGACCCGGAATACCAGGACCGGTGGGTCCAGCAGGTCCTCCAGGATACTGCGACCAGAACGCCTGCCTGGGGTACAACGTAGGAGGT s fr1.chrUn 152231913 171 + 349519338 TTTGCCCCCTTAGGTGTTCCAGGGCAGGGAAGACCCGGCAGCCAAGGTCCTTCAGGCCGACCTGGGAATCCAGGACCCCCCGGACGACCCGGAGTTCCTGGACCTGTTGGCTCTTCTGGACCTCCCGGCTATTGCGATCCAAACTCGTGTGTGGGCTACAATGTTGGAGGT a score=2413 s danRer3.chr4 22556909 64 + 33808418 CTGTTGCCATAACAACAACATGTAAATGAAGCTTGGCTTAATATT--------------CTTACATTTCTAATCAGCA s fr1.chrUn 308299742 78 + 349519338 CTGTTGCCATGGTAACAACATGGAAATGAAGTAGTGCTTCATAATTTTTTGCCCCCCCCCTTTCACTTTTTAACAGCG a score=1271 s danRer3.chr4 22557022 77 + 33808418 acacacacacacacacacaGTTTTGTACCCTTG-----------------TCAGTCCGTT-GTGTGTCTGCGGGTGTGTGTGTGATTTAGAGTGA s fr1.chrUn 308299857 95 + 349519338 AGACACAAAGAAAACCAAAGTTTCTTTTCCTTAATTAATAATTTAGGTATTTACTCATTTAgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgA a score=12452 s danRer3.chr4 22557849 379 + 33808418 GCAGAAAGCTCTGGGGGTGCAGGACAGTGTTGGGTTGGAGGAGATGCGGGCGGTGTGTGTGAACGGCTCCATCATC---------------TTCCTCCCGGAGACGAGTGTCATGACGCTGCCGCTGCAGAGGCCGCCTGACCCCAGCATGTGTCCGGCAGTGCCCGTCCCGCTGCCCTGCAC---ACATGACCCCGCCCTGGACCGCAGCGCCGCCCTCATCTCCGCATTCTCCAGGTTCCCATACCCGACGCCAGCGGAGCTCACCGGGCTCACTGCGGCCTCCACACACCCCGAGCAGCAGATCCGGCTGTGGTTCTCCACCCAGCGGCTGAAGCAGGGCATCTCCTGGAGTCCAGAAGAGGTGGAGGAGGCTCGGAAGAAGATGTTCAATGGC s fr1.chrUn 308301460 397 + 349519338 GCAGGAAGTGTCCCAGTTGGACCACCTGGTCCAGAAAGACCAGATCACAGCGGTGACCATCAACGGAACCGTCATCATCCCTGAACCCGCCTTCCTCCGGGGGCTTTCCCACGTGGCCCCGCTGCTCCAGCGCCCGCCCAACTTCCAGTCGGTACCAAAGGTCGCGGTTCCGCTCAACACCACCAAGTACAACCCGTCTCTGGACCACAACGCCACGCTCATCACGTCCTTCAACAGGTTCCCCTACCCGACCCACGCGGAGCTGTCCTGGCTGACCGCCGCCTCCAAGCACCCGGAGGAGCAGATCAGGATCTGGTTCACGACCCAGCGGCTGAAACAGGGGATCACCTGGTCCCCGGAGGAGGTGGAGGAGGCCCGGAAGAAGATGTTCAACGGC a score=10 s danRer3.chr4 22558229 80 + 33808418 GTACAGTGTTGAGCACTGCTGGTG--------TGTGTGAACAGACCCCAGATAGAGCATCGCCCCCCTGTACATCGGCCCACCCCTCG s fr1.chrUn 345418246 88 - 349519338 TTCCAGGGCGGGGCACCTCAGAAGCATCTCGCTACGCAAAAGCACGCCAACCACCTTCTGACCCACCACACCGTCAGCGCGCACCCCG a score=6591 s danRer3.chr4 22558754 212 + 33808418 AACAGATGAAGCTTCTGGAGAAGAGTTTCCAGAAGAACAGCTGCCCGTCCTACAGTGAGGTCGAGAGCCTTCAGATTAGCTCCAGACTCTCCCGAGAGGACGTCGAGAGCTGGTTTGTGGGGCGTAGAGCACATCGAGATGGTTTGGAGCAGGCCCTGCTGAGCTCCATGGGCTGTAAGCCTGTGGACAGCAGCTCCATCAGCCAGATGAAG s fr1.chrUn 308302756 209 + 349519338 AGCAGCTGAAGGTCCTGGAGGAGTACTTCCTGAGGAACAGCTTCCCGTCTCAGGGCGACGTGGACCACCTGGCGGGCTCCGCCCAACTGTCTCCGCAGGAGATCGGCAGCTGGTTCGTGGAGCGCCGCGCGTTACGGGACAACCTGGAGCAGGCCCTGCTCAGCTCCATGGGGGCCAAGAGGGCGGCGCCTGGCGGCCTCA---AGATGAAG a score=-312 s danRer3.chr4 22558966 210 + 33808418 ACAGTGTT----------GCCCCAGAGCCGATGG--------CCTTCTCCTGGACAGACGCTAGATCTGAAGCGA---TGGCTCCGGGAGCCGAAGCAGACCTGTGGGCAGAGGAGCGACTGGAGGCCTGCAGACAACACTAAACACACAAACACAAGACACC-GGCAGCTGAGAGACCGCATCGCCCCCCAGCTCCAGAACTGGCTCAGCAGCACGGGCAGCAGCGGGGAA s fr1.chrUn 39815745 216 - 349519338 ACCGCATCCTCGTGCTCGGCTCCAGAACGGCAGGCCACGCCCCCTTCCAGCAGGAAGATCCTGAAGAAGACGCCAGAGCAGCTCCACATCCTGAAGAAAGCCTTCGTCCGCACGC---AGTGGCCAACGGCGGACGAGTACGAGCAGAT-GTCGAAGGACACCGGGCTGCCCAGGACCTACATCGTC------------AACTGGTTCGGAGACACTCGCTACGCCTGCAAA a score=7046 s danRer3.chr4 22561939 183 + 33808418 gtgtCACTCGCGCTGCTCCATCTTGACTTTAGGCGGCTTCAGGAAGGTGCGGTTCTTCTTCTCCTTCTTGGTTTTCCCTTTGGCCTGGAAGGTCCTCCAGCTGTCCACACGGCCGTCACGCATCTCCTGCACAC--------ACACACACACGATTAA---CATGCGTCTCCCAGTACACACACACCTGTGATG s fr1.chrUn 193103712 194 - 349519338 GCATCAATCCCTCTGCTCCATCTTTACTTTGGGGGGCTTCAGAAAAGACCTGTTCTTTTTCTCCTTGCTCTTCTTTCCTTGAGCCTGGAAAGACCTCCAACTGTCCACGCGTCCATCCCGTGACTCCTTTACATGGGATAGGAAACACACACGCTTAAGGTCATGCAAACACCCGCGTTTATCCATTTCTATTG a score=10232 s danRer3.chr4 22562156 251 + 33808418 acacacCTCGAAGTTCTTCTGCCACTCGCGGTCGCGCTTCACCTTCTCCTGCGCCTCGATCTCCTCCTCCCGCTGCCGCTTCCTGCAAGAACAC--AGAGTCAA-----GTGTGTGTGTGAGTGCCGAC-CACCATCATATGTGTGTGT------------------GTGTGTG------------------TGTTTTACCGTTCATGCATGTCCTTGGCCTCCCGCTCTTTCCTCTTGATCTCCAGCTCAGCGAAGAGCTTCATCGTCTGCTTATACACCGCCTGCCGGAACTG s fr1.chrUn 193103975 295 - 349519338 ACACACCTCAAAGTTCTTCTGCCATTCTCTGTCCCGCTTTGCTTTCTCTGCTGCCTCGATCTCTTCCTCTCTTGCCCTTTTTCTGGAAAAACGTCAAAAACCAACGATAGCGTGAGATTGAGCTTAAACACACAATAATTTCATTTTGTAAAAGATTAGGCAGCAGGGAAGGTGATTAATAGATTAATATAATAATTTACCGTTCGTGCATATCCTTTGCCTCCCTTTCTTTCCTCTTGATTTCCAGCTCTGCGAACAGCTTCATTGTCTGTTTATACACCGCCTGACTGAACTG a score=34533 s danRer3.chr4 22566498 1195 + 33808418 TGCTCGATCGAGTTTTATTGAAACTGAACAAAATAAAAATAAAGTTATAAATACAAACATCA------GACCAGCGGCCGCAGCTCTTAAGGTAAGCCAGACCAAACCCTCACCAGCAAATCCCAATGGAAAACAGAAGACATCTGAGGGTATAATATCAGTACATCAGTTAAAAAACACAA--CCACTACTTCTAGAAATGCTAAACAGACACGGAAACAGCGGTCCTGCTGCTACAAAACGCTTCTCCTTCTGGTGGATTCTTTTCTCCACCGCTGCAAAAACAAAGGAAAGGAAAGGAAGCTCTAGTCGACAGCCGTTATTTACACGCAAGTCCCTACGCCACTATTAC------------------TGAGAGGAGGAGGAGGAGGACGAGGACACACATCTCTGCAGAAGGCCATTTCATGATT----AGCGTCCTCACAGAGTCTTCTTTA-AAACGCTCA----------------TGGTGGATTTAAAACAA----------------------GAGGAGGATGTG------GGATAAAAGTGGCCAGACGT------------------------------CCCGCCGCGGA---------------CACGCC---CTGACTCT------------------------------------------------ACGGGGATAGAAAAGTCAA--ACAAACACTGCTGGCCAATCA-------------------------GGGTGCTGCTCCTGCAG---------------------GGGGCGGGGCTCTACTTCCACTGCTGGCCGTAGGAGTCCTGTGAGAACTCGAGCGAGTCGTTGCTGTAGCTGTATCCGCTGGAGTACTCGCCGCCCTGCTGCAGGGGCTGCTGCGCGATCGGCTGCGAGCCCCAGTTCTGCTGGTTG---GTCTGCCGGCGTTTGGAGTCCGGCTGGTTGAACACGTCCGCCTTGCGTTTCCCGCCTACGTTCCCGCCACGGTTTCCTCGTGCCCCGCGAGTGCCGCGCCCCCGGGGGAGCTGAAAGGGCCCGCCGCGTCCGCCCCGCCCACCGCGCCCTGACCCCATCGGAGCCCCACCCCTTGGAGGATACCCACCCCTGCCACGGGTGGGTGGAGCTGCCCGGCCTCTAGGGGGAGGCGGAGCTCCACGACTGCCACGAGTGCCCCGCCCCCTCATGGTGTATCCGTCGTCGTAACCATAGTAGGGGTCGTCATAGCCACCTCGGTAGTCATGGTAATCATAACCGCCATAGTAGTCGTCATAGTACTCCTCATAACCGTAGTAATCAGGAGGATAGGAGTAACCACCGCGTCCACCACGCCCACGGCCACGCCCAGGAGGAGGCATACGAGGAGGAGGGTAGTAATAATAGTCATCGTACCTGCAGAG s fr1.chrUn 193109513 1372 - 349519338 TGCTCAGCTGAGTTTTATTGAAACTGAACAAACGTAAAA----GTTATAAATACAAAGAACATCAAATAACAAATTGCTATGGCTCTTAAGGTAAGCCAAACCAAATACTATTGGGCAAGTTCAAA---------GAAAACACGGGAAGTTATGGTATCAGTTTTAAAAAAGAAAAACACAATTCGTCTAACTCTAGAAACGCTAGGCATACA-----------ATTGTAACATTACAAAAC---TTCCTTTTTTGTGGATTCTTTTCTCCACCAATGCAAAA------TATGAAATATGAAGCTCTAGCCATATGCATTTATTTACAAGCATGTCCCTAAGCAACTATGAGAAACCACAAATAAAGGAGTACAAGAAAGGGGGTGAGGGCATGGACAAAAACCTCCTGCAAGGCAAATATCAATATTCTTTAATGTCTT-ATAGATTTTAGCGTATAAATGTCCACTGTGTAGATGTTCGTTGATGATTTTAAAAGAACCTGTAACGTTACAATAAAACCGTTGTGTGTGTGATTTTTGGATACACGTGTCCCAATGTAACCGAAGGAGTAAGGTTACGTTCACTTCTTCAGCCAAAAAGGCTTTCCAGCCAATCATGCCGAGCCAATTCTGGGGTCTGTCCACTTTTTCCTGACATATATACTGATAAATCATGAAGGACGAAGAATAAAAAGGCGATCAAAAAAACTG-TGGCCAATCTCCTGCTTTGATTCTTTTTTTATGGTTTGTTCTCTTTTTGCTGTCACTCTGCCAAATACCTTTTGGTGCG----TCTACTTCCACTGCTGCCCATAAGAATCCTGTGAAAACTCCATGTTGTCATTACTGTAACCATAGTTACCAGAATAGTCGGCCCCTTGCTGCAGAGGCTGCTGGGCGATGGGCTGGGACCCCCAGTTCTGTTGGTTGTTGGTCTGGCGGCGCTTGGAGTCAGGCTGGTTGAACACGTCAGCCTTCCTTTTCCCGCCGACGTTACCTCCGCGGTTGCCCTTTATCCCGCGAGGACCGCGGCCCCTCTGTGGTTGGAAAGGGATGCCCCGCCCTCCTCGACCACC---CCTCGGACCGCCGAGGGGCAAACCTCTTTGGGCATAGCCACCACGGCCACGTGGTGGAGGAGCTCCACGGGCTCTGGGGGGAGGAGGTCCCCCCCTGCTGGGACGAGAACCACGGCTCCTCATGCTGTACACATCATCATAACCATAATAAGGGTCTTCGTATCCTCCACGGTAATCGTGATAGTCGTAA---CCATAGTAGTCGTCATAGTAATCTTCATATCCATAATAGTCTGGTGGATAAGCGTAGCCCCCTCGACCACCACGACCTCTGCCTCGGCCTGGTGGGGGCATACGTGGAGGTGGATAATAGTAGTAATCGTCATACCTGCAAAG a score=2840 s danRer3.chr4 22567864 46 + 33808418 CTCACCCTGTGTTTCTGGTGGTCTGTCGGGCTGCTT-CCGCTCTTTC s fr1.chrUn 193110955 47 - 349519338 CCCACCCTGAATTCCTGGTGGTCTGACGAGCTGCTTGGCGCTCTTTC a score=8391 s danRer3.chr4 22568942 156 + 33808418 cCTAACCGCAGCGTCGCGCTCCTCAAAGTGCACGAAGGCGTAGTCCTTCAGCTTCTTGACGCGCTCCAGCTTCCCGAACTGAGAGAAGGTTTTCTCCAGCAGCTCCTCTGTGACCGGCGTAGCCAACTTACGCACAAACAGCACCTTCACCTGTGA s fr1.chrUn 193111180 156 - 349519338 CCTCACAGCAGCATCCCTTTCTTCAAAGTGAACAAAAGCATAATCTTTCAGTTTCTTGACCCGCTCTAGTTTTCCAAACTGAGCGAAGGTCTTTTCGAGAAGCTCCTCGGTCACCGCTGTCGCTAAATTCCTAACAAAGAGCACTTTCACCTACAA a score=14577 s danRer3.chr4 22570487 249 + 33808418 CTTCTCTGACCTTTGCCATGATCTCAGGGTCGGGTTCAGCCACCGGGTCGGCCCACTCCACTGTCACAGGATTCCCCCAAACCTTCACCTTCCCGCTCATCAGCCGGCGGCGCGCCTGAGCTGCAGATTTATGATCCTCGTACTCCAGAAAACAGAAACCACGATTCTTCTTCTTATCGTCCGGCTGTGTGTAGAGGATCACCTCCTGCAGACCCTCT----GAACACACAAACACAACA--CACAATCAATCAA s fr1.chrUn 193111393 255 - 349519338 CCTTGCTCACCTTGGCCATGACCTCAGGGTCAGGCTCAGCCACGGGGTCAGCCCACTCCACGGTGACTGGGTTCCCCCAAACCTTGACCTTGCCACTCATTAGGCGGCGGCGAGCCTGTGCCGCGGACTTGTGGTCTTCGTACTCAAGAAAACAGAATCCGCGGTTTTTCTTCTTGTCGTCTGGCTGTTGATACAATATCACCTCTTGCAGACCCTCTATTGGGAAAaacaacaacaacaacaacaaTCCATCAG a score=9442 s danRer3.chr4 22570788 153 + 33808418 ACCTGTGACTTTGCCGAAGTCCTCCAGGATGCTCTCGCGGGTCTTGTTTTTGGGGATGGACCCCACGAACAGGCGGTTGTTGGCCACAGAGATGCAGACGCCCAGATATTTGCCTGAGCGGATCTCGTAGTTATCACACTGTAGAAAACAACA s fr1.chrUn 193111709 153 - 349519338 ACCTGTAACTTTCCCAAAGTCTTCCAATATGCTTTCTCTTGTCTTGTTCTTTGGGATGGAACCAACAAACAGGCGGTTGTTTGCTACAGATATGCAAACACCCAAGTACTTGCCAGGGCGGATTTCGTGGTTATCACACTGAAAGAGCCAACA a score=-1013 s danRer3.chr4 22571194 257 + 33808418 attttatattCCTATTTTCCAATA-TACATTTGCCATAAAGTTGCAGATATCTGAGTATCAACTTAGAAATGTACTAAATACAGTCTTCTACAGGTGCTCAACTCATACACATACAGGCTATTAGACAG-AAACGGTACTCTGCCACGATGTGTATTAT---CAGGATATGAGGTTTTTGTTGGTGCTCAGC---------CCTAACTACATCAG--GTTTCTCAGAGCGCGAGTGTTGTGATCTCGCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt s fr1.chrUn 193334920 260 + 349519338 ATCACACATCTCCATGTTCCAGGACTTCATATACTGGAGAGGGACTGGTA----AATACCAATTTGATTAC-TGCAGAACAAAACTTTTTCCAA---CAAATCTAATGGAACTATTAAATATTAAAGAGGAAACAGGCGCCTTTTATCAAACGTGTCATACCTGAGAAATGTCAGCTTGCTTGGTGCTCACTGGCAAGCCTCCGATGCACAGCTGTCGCTTCTCTGTGC-----TATGGCGAACACACAGAGAGACACCGGGCTCGATCATGT a score=8766 s danRer3.chr4 22571456 242 + 33808418 ACCAGTTTGACAGCCTCCTGCGCTGCATCTTTACTGCAGAAGGTGATGAAGGCGTATCCGCGGTTCTGGCCCGTCAGAGGGTCCATCATCAGCCGCAGGTCCCAGATGGAGCCCGCCTTCTCAAACAGAGGAACCAGCTCATCCTCATACAGGTCACGCGGGATCTTACCCACAAACACCTGCAGGAGCGCACACACACACAGAGAGAGACACACAGCTCAGCTCAAACACTCATCACAGAG s fr1.chrUn 193111952 211 - 349519338 ACAAGCTTCACTGCCTTTTGGGCGTCGTCCTTATTGCAATATGTGATGAAGGCATAGCCCCGGTTCTGACCGGAGAGGGGGTCCATCATTAACCGGAGGTCCCAGATGGCTCCAGCTGACTCAAAGAGCGGCACCAGCTCGTCTTCATACAAATCCCGTGGGATTTTTCCAACAAACACCTGACGGGG--------------AAGAGAGCC-----------------CGTAAATCTCCGAG a score=-2356 s danRer3.chr4 22571698 122 + 33808418 AGACActgtctgcctgtctgtctgtctgtTTATTGCCACATTAGTAACCTGTATCTGTCTCTAGTCTGTCTCACGTTGGCAGATTTACTTCATGATTTTATTTCAGTATAAGATAAACACCT s fr1.chrUn 67245250 53 + 349519338 A-----------------------------TTTTATAACAAAAACAGTCTACA-----------------------------------TTCAAGCGATTACATGGATATAGAGCAA-----T a score=15445 s danRer3.chr4 22571820 703 + 33808418 CAAAGCTCCTCTGAAGATCCAGCTGGACTATCAAGAAGAAAACTCCAGTCTAGTCTTAAAAATCCACTCTCTACTACTATGTTTAAGGATGAGAGAGAGTGTGTGTGTGTGAGATAGAGAGAGAGTGTACCTCAGTGCCAATGCCGGGCTGCGGGCCGGAGAACACTGCATCAGGTGGCGGCCCACCGTACTTCCGCTGACCGGTGGTGACATCCAGTGTGTATCCGGTCCTATCCAGCAGAGCCTGAGGGAGAGCGAGTCAGTATGAacacgcgcacacacacacacacaacaacagcagcagcacg--catgcac-----gcacgcacgcacgcccacacacacacccccacacacaccc--acacCTTGATCTTGGTCTCGTCGGGGCCTTTGCTGGACTCCTGCACTTTATTGCCCTGCTTCTCCCGCTGCCTGTAGGTCTTCATCACGCCGCACAGGAACGCACTCTTATTCTGTAGAGCAGCACAGGTGT-GAGCAGGTGAACAGGTGAAAGAGAGAGTGTGTGTGTGTGT-GTGTGCGC------------------------ACCTGCACGTGTGAGAGATCAGACTCCTTGAACTGCTGCAGCACTGACAGAGCTCCTTCCTCATTAAACTCCCGCAGCGCATCCAGAGCGCGCTCGTCCAGATCCGCATACGCCACCAGACCTgcacacacacacgcacgcgcacacacacacacacacgcacacgTG s fr1.chrUn 193112163 612 - 349519338 CAAAGC---------GGTTTAGTTGAAT-----AAAACAAAAC--------AGTGGCAAATATCT-----------------------------------------------------------GTGCACCTCGGTTCCGATTCCTGGGTGTGTTCCTGTGAACACATTGTCAGGAGGTGGGCCTCCATACTTTCTCTGGCCCGTAGTGACATCCAGGGTGTAGCCCGTCCGCTCCAACAGAGCCTGAAACA----GAGTTCACATGAAAACGC---------CACCGAAAGCTGCACACGAGGCACGACCATTTACTCTGGACAGCCACCCCAAACTATATTAACATCTTCATTCCCGGCCTGTTACCTTTATTTTTGACTCGTCTGGGCCCTTGTTGGACTCCTGCACCTTGCTGCCTTGCTTTTCCCGCTGTCTATAAGTCTTCATGACTCCACAGAGAAACGCGCTTTTGTTCTGCGTAAAATAACAAGCATCCAGCAACCGAA-----GACATAGGACGTCTGCGAGAATACAGCGAGCGCACAGCTCGTCCCTAACTTAGGGCTACCTGCACATGGGACAGGTCGCTCTCTTTGAACTGCTGCAGCACCGTCAGTGCCCCCTCCTCATTGAACTCCCGGAGTGCATCGATGGCCCTTTCGTCTAGGTCGGCGTATTCCACCAGGCCTACAGAGACAAA---------------------------ACATGTG a score=137 s danRer3.chr4 22572523 112 + 33808418 TTCAGATGCTGCAGCACACACACTAGAGCTGCATGAGTTGTGGGACGGTGTATAGCTGCGTGTGTGGACATGTTGTTGGCTGTGTGGAGAGTCGTCAGCAGCAGCGCAGGCT s fr1.chrUn 149332548 88 + 349519338 TGTGTCTGTGGTA------------------------TTGTGGTATTGTGTGTGAGTGGATGTGTGGTTATTTTGGTGATTTTACTGTTAGGCACAGCCACAAACACAGCTC a score=5254 s danRer3.chr4 22572635 356 + 33808418 CCACTGTACTTCACCACCGCTGTGACTATAGCGGAGCTTCACTAACACTCATCTACTGACTGCAGAGTGCTTCTGCTGCTCGATTGGTCAGAGCACCTGTCAATCACACCTTTTGTGCTTCTACAACTGATTATTAGTTATTAATAATATTATTGTCATTACGTACCGTGCTCCGCAGACTCACCGGTCTGGAAGATGTTATCCAGGCTCTCGGCCACCTTCTGGGGCAGACCCGCATCCAGCAGCGCCTGATAGTTCTCTGAGCGCGGGGCCGTCACCTCCATGGGCTCCTCTTCCTCCTTCAGCAGAACAGAGCTGCCGTTCACCTCTGCGGCCATTACTGacacacacacaca s fr1.chrUn 193112775 220 - 349519338 CCACTGCAC----------------------CGGGGCTT-----------------------TTGAGTAATT-TGCAGCTC--TTGGACCAACCA---------------------------------------------------------------------------------------ACCTGTCTGGAAAATGTTGTCGAGACTTTCTGCGACTTTCTGGGGCAGCCCAGCATCAACGAGCGTCTGGTAGTTCTCTGTGTGAGCTGCCGAAACGTCCATGGGCTCCTCTTCCTCCTTCGCCGGGGCCGAACTACCGTTCACCTCCGCCATT-CTCCTGTTAAACACAGACA a score=3384 s danRer3.chr4 22573463 528 + 33808418 CGACACTGACAGAAacacacacacacacgtgctcacactgatgtcacacacacaaacacccacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac---------GGTGATCCGCCCCCCT--CGCGCATGAGGCTAACAGCACG--------CGATGCTAACCAGCATGCATGTGTGCTCATTCGCCCTCGTAGCGGCCCGTTGTCAGTCTGGAGCTCACGTGTGACCCCCGTTACCGGTTACACCCCCTGCCGCTCACAC-----------------TAAAGCCCCGT------TAAACCGGCGCACGGGACAAACGA------------AGATTCCCGCGCACGCGAGGCC-TACAGCCGCGCCAGACAGACACAATT--------CAAACCCACAGACCCGCCAAACCCCCGCCGCCGCGCGCACTCACCGTGACA----------ATGTGGACCGGGTGG-------CACGGGGAGC------TGTAGAGCGCGGTCAGTCCCGGTTCATCGACGGCAGAACTCACGGTAAATTACAGTAAAAGCACTGGAGATGAACCCAC---------GAGACAGAGCGAGACGGTCCCGTCGCTCAAACAA s fr1.chrUn 300185450 597 - 349519338 CAACATTcacacacacacacacacgcacacgcacacgcacgca-cgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaAAATTTAGGGTCTTCCCTCCATCTAACGGGCATGACTGAAGAAGCTCTAATTATTTCCATTCCATTACAAATGGATAGGGG---ATTTGCCC-----GTGGTCCGTACTATGTTT----TTAACCTCAGATTCCCTGTCGTGTTTTCAACCGC-GATGTCCACACACTTCATTTCCTACCTGCAGAGCTCCGAACAGCATCATCTCCTCCTCGGTACAGTCGATGTCTTCCAGCAGGATGGCCCAGCGCGCCTGCTCGTACAGCTGTGTCAGACGCACAGCATCATACTGCACAAACACAGAGAGACTGAAAACAACACACACACTGTCAGCGAACCACAACACCCCCCACATATACTGACCTTGGGGTCTATTTCATAGAAGGCAAAGTATTTAAAACGAAGGCAGACTTTGT-CATTTTC--TTGAATTCCC-------TGCTGCAAGAGACAACGGGATGAGTCCAACCACCTGAGGAGATAGAAACAAACATTTT--TAGCTCGAACAA a score=-972 s danRer3.chr4 22574131 604 + 33808418 CTGCGGGATATAAT-------ACATCATCAGAGACAAAAGCAGCGCTGTGCC--------------AGAATGATGCTGTCTAATTACAGCAGATATTGTGT---------TCATTAAAGAAAGAGACGAGCGCTAGAGCTGAAAACATGAACAAAAACAAACAATAGATAAT-----AAAATAACAAATACATTCCGAGAAAAC---AACATCAAATATACTGAATCAACACATCTGACCTGAGCGGCATTATTTTACAATATTAATACAGAAACGCTTTTCCACATAATCAGGACATTAAGACACACACTGGGGGAAACTAGAAGCTGAACACAGAACTGACTAATGAAGCACGAGGATATCAGATTAATTAAACTGCGGTAATCAATCA-AAATAAAATAATCCGAGCTGTTGTCT----------------------------------GGGAGCGCGC----AAATGTCGCGCATGCGCCCGGGGAGT-----------------TTTATTCTGC---------TAACAATAAAGCGCTGCTCATATGAATGAGGTTA----GATATCAATATA------------TAGTATATGCTCTGGTGTTGGTCTACTGTTGAATAATGATAAACCCCCAC---AACACCAGCAGGACCTCGTGGCGCAACGGTAGCGCGTCTGACTCCAGATCAGAAGGTTGCGTGTTCAAATCACGTCGGGGTCA s fr1.chrUn 300186170 664 - 349519338 CTGGGCGGTAAAGTTTGGCTAAGGTCTCAGGGGAAGGAGGGGGCTGTATGCCTGACAGCATCTTGTAGACTGACTCCATCTGAGGAGAGTCAGCAAAGTGTGCTGGCATCCCATTATAGA-----------GGCAGGGCTTGGAGTCTGCAAAGAAATGAGTTAGAGATCATTCTTCAAGGTGAC---CCCACTTTGCAGAAACTGTAATGCCAGTTGTAATAA-----------TGGTCTG----GTGTCAGGCGATGAAATCATGGCAG----GTTTCTTCATAAAATC----CATCAAGTTATAAAATATG------TAAAAACTAAATAAAG--TTAAGTGAGTGTACCCGAGGAGAGGGGC--------ACTTCGGTCA--GGTCGTAAACCTCCTCAGCTGAGCCTTTATCTTTCTTTTTCTTTTTATGCTCAATGGGTCGAAGAAGTGAGAGCTCTTCTGGGTGCCGGATATCTGTCAGGGTAATGGAAAAGAAAAAGGAAATTAACTTTAAAGCCTGGAGTAACTTTATAATGAAATTTATCGTAAGGCAATAATAAAGAGATCAGTATAATCGGGAAACAGCAGTGAACTCTCCCACCATA----AATGTT-ATCACTGATCCACTGCCACCTGAACAC--ATGGGACTCTGTGGCACAATGGCAGCACCTTTTTCTCCAGATCAGAAGGTTAGGTGTTCAAATCATGTCGGGCTCA a score=467 s danRer3.chr4 22574735 44 + 33808418 AAATATTATACTATTCATAATTAAACATTATCAATAACAGATCA s fr1.chrUn 281347593 41 - 349519338 ATTTATTGCAACTCTTTTAATTA---ACTAGCAATTGAAAATTA a score=1095 s danRer3.chr4 22574779 34 + 33808418 ATATTAGCTCCATCTGTAGATATATTTACTGACT s fr1.chrUn 202592127 34 - 349519338 ATATTACATTCAGTTGTAGATCTCTATTTTGAAT a score=3407 s danRer3.chr4 22576673 113 + 33808418 CCGAATGATCCTCCAGCAGCACGCACTGATCCGCCCCCACCGCCACCTTTACCTGCACCCGTACCCAGCTCACCCAGCT-------Gcacaca---cacacacacacacacacacacagagag s fr1.chrUn 193114537 123 - 349519338 CCAAACGCACCCCCTGCTTCCCTAAGGGAGCCTCCACCTCCACCACCTTTCCCTGCTCCCTTGCCCAACTCCCCAAGCTAAAACAAGCACACAATTTATACATCAAAATGCACACACAAAGCG a score=1779 s danRer3.chr4 22580433 156 + 33808418 TGTTTATCAGCTCCTGCACATCCGTGCCCATATATGGGC-----GTCCGCAGACTCGCTTTCCTCCAATTACATGTTCTGTTTTCTTCTCTGCTCCACTTCTGCTGTTGCCAGTGGAAATGGTTTCCTGGCAAC--CATCATCT---GCAGAGA-AAGGTGAGGTCA s fr1.chrUn 193117683 159 - 349519338 TATTTATGCATGTCTGAGCATT-GTGCACTTTCATGGACTTCCGGTCTGCAAGATATGGAGCAGCCAGTTA-----TCTGTATCCTT-TCAGAGCGGCTCAAG-TGTTGCTATTGGAAATAGTATCCAGGCAACAGCATTAACCTGAGCAAAGACAAAGTAAGGTCA a score=8858 s danRer3.chr4 22586098 460 + 33808418 GGCTCGCTCTCTGCCTCCACAGG----CTCATACCTTCATTTCCGCTCTCTTTCCCAAAT---AAAAGCAGACCGAGGTGTTCAGCGTTGGTGTTGCG--------------CCCTCACACCTCTGTCTGGAGGTCGATGATGTCCTGGCCCACGAGCGGGATGCTGGCTCCTGCTTTCTCCCACTCCACCGCCTGCAGGTCCAGCGGCGAGGCCTGCAGCGGCTCCAGGTCCTTGCGTACCCATGCAGGCGGAGATGCCTGCGACCTGCTC---ATGCTCTCCCAGGATCGGTCCATGGCCCCCGGCTGCTTATCCTGCAGAGAGACAC---------------------------------------------------------------ATGTCAGGG----------TTAGAGACTCACAATCTGAAAACATCTTCAAT------------------------------------GTCTGTC-------------AAA------------------GGATGGCCACACTTACGCTGTGGTTGGTCTTGTCGCTGCCAGCGGAGGAAACGCTCCACCTGACGGACTGC------GGAGAGAACACAGAGTTAT------GACTGCAGGGTAA s fr1.chrUn 193124537 633 - 349519338 GACCAACTTTCTGCCTTTCTTGGTTTTCCTGCACTATCCATGTTGGACACCATCCCAAACCAAAAAAGTTGACCAAGGTGAAATCGGGTGACATGACTAGCCCCCTTCCTTCCCCTCAGACCTCCGTCTGCAGGTCGATGATGTCCTGGCCCACCAGAGGGATGGTGGTGCCCGTCTTCTCCCACTCCACAGAGTGCAGGTCCCGAGGTGAGGCAGCGAGGGGCTCCAGGTCCTTGCGGACCCACGCGGGGGG---TGACTGCGGAATACCCCGGACTCCCTCCCATGGCCTGTCCAGAGGAGCCTGCTGTTTGTCCTGTGAAAATACACCAAGAAGGCCCTTTAGAACAGTTGAGTCCCCATCAGGTCCAGATAATTCCTGATATAATCAAAATGTTCTGGGCTTTACTGCCTAAAAAGTGACATTCTGATAATGTCACTGACAATTACTCCACGAGGCAAGTGGAGGCATATATGATGGTGTGTCTCCTCTATACAGTAAATTTTGAGAATGTGAGGTTGTATAGAAACACTCACACTGTGGTTTGTTTTGTCACTTCCTCCTGAAGACACACTCCATCTCACAGACTGAAAAAAGGAAGAAAATACATCCTTATTCAAATGGTCCGAGGGTAA a score=47782 s danRer3.chr4 22586625 1258 + 33808418 TCAGTGGC-TCACCTTGCTGTCAGAGGCTGGAGACTCCCTGTCCTTTTCAGCATGGTGGACTTTCCTGTTCAGATCCTGAAACATGTTCTGGTGACGCTTTCGTGTGTGCATGATTTTCTGCAAGAGAGATGAAGGAACGGTTAAACCTTGCAGAATCACACACT----------CAACCAAGAAGACGCGCCTTGTCACGAGTGTTTACCTCAAAGTCCAGTTCTGCATAGCGAGATTTCTGCCTCTGTGAGAGTGAAACA-----GGACAACATTAACATCACATTGATACTGAACAGAATGATGGTTGAGCAGTGGAGCAGTCT---------------CGTACCCCTTCGCTGACCTCCAGGGAGCTCATGGACAGTGTGGAGATGGTCTCACTCTTGGACATCATGGAGTTCATGGAGTCGAAGGTGTCACCCAGGCTGCTG---GTCATGTGGCTCTCGCTGGAGATGTTGTGGATGTTCTGGATGGGTGAGTCCCGCTCTGAGTAGGACACACTGACGCGGTCAGCGGGCAGCGTCTGCGTGGCGTAGGCAGCTTGCGGCTCGGCGTAGGTTCCGCTAATGTGCATGAGGCGTGCCTGCGGAAG---GTCGGTGCTGATGTTGTACTT-GCTGGAGCCACTGGAGTCGTCTTTGGGCTTGGCGCGGAGCGTGGAGGTGGTGTTGGGCAGGAGCACGTACCCGCTGCCGTCCGCACACAC-ACTCTCTGCCTGAGCACGAGCCAGATCCGCATCCAGCTGCTTGAAGAGCTCGCTGTCACACACATACACTGGTTTCCCACAGGATGGGTCG---------------CGGCCCTTCTCTCTGCGCAGGGTCAGTGTGTGGCTGGAGTATTCCGGCACTGGGGGAATGTGGCTCTTCCCACTGGGGTTGG---GCAGCGTGTGGAAGTTTGGGCCGAGGGGCAGGGGCATCTGTGGAGGGGGCATCTTCTCCTCAGAGGAGCTCTTCATTCCACCTGAAGAGAAGAGCAATGCCAATCGATTAGCA-------TCTTAAGAACACATGCTGTTTGGTGAGATGAATGCATTAAGCTGTCGATCATGTG--------------------AGACTCACCTGGTCGGTTTGAGTCGCCATCCTTCTCAAAGTCAGACTGTGCATGGGAAAAATCAGAAATGCT---------------GTTAGCACATGCTAGCT----GTTAGCACGCAG----------AGTCATGAGAATGCTAGCATG----AACACTCACCATGAGCTGCGTGTGGCCGTTCTGCAGAGAGCTGCCAGAGTCTCCGTTCCCATCATCCTTGCGGTCCACAACTCTGCATTTGACCGCCTCCTGAACCT s fr1.chrUn 193125330 1337 - 349519338 TCGTTGGCGTTACCTTGCTGTCGGAGGCCGGCGACTCTCTGTCCTTCTCAGCATGATGTAGTTTCCGGTTCAGGTCCTGCAGCATGTTCTGGTGGCGCTTCTTCGTGTGCATGATTTTCTGGAGAGGAAAAAAGCAAGAGGCTCAATCTTGAGTTCCATCACCTTTGTAAGGCAACAACTCCAATAAAAGGCCTCTGCA-AAATATTTACCTCAAAATCCAATTCAGCATATCGCGACTTCTGTCTCTGCAATGTTTAAAGAAATGGGAAGAAAATTTAGATTCCA------------------ATATGTGATCAGTGCAGCAGAATGCAAAAACCCAGAAAAACACACAACATCTTACCTCCAAGGAGCTCATGGACAGAGTGGAGATGGTCTCGCTCTTGGACATCATCGAGTTCATGGACTCGAATGTGTTCTCCAGGCTGCTGTGGGTGATGTGAGACTCGCTGGACATGTTGTGGATGTTCTGGATGGGGGAGTCTCTCTCTGAAAACGATATGCTGACCTGGTCGGGTGGGATCGACTGGATCCCAAAAGCGGCTTGGGGCTCGGCGAAGGGTCCACCGAGGTGCATCAGTCTGGCCTGTGGCAGCTGATCCATGCTGATGTTGTATTTTGTTGG----------GTCGTCTTTGGGCTTGGACCTCAAGGTAGAGGTAGTGTTGGGCAAGAGGACATAGCCGCTGCCCTCGG-ACATGCTGCCCTCACCCTGGGCACCAACCAGATCTGCATCCAGCTGCTTGAAGAGCTCCCCTTCACAGACGTACACAGGTTTTCCACAGGATGGATCGATTCCTCCCACCAGACGGCTCTTCTCCCTCCGCAGGGTGAGAGTGTGGCTGGAGTATTCCGGAACTGCCTGCATGTGACTCTT---GCTGGGTTTGGACGGCAGCGTGTGGAAGTTGGACCCCATGGGGAGAGGCAGGTGGGGAGGGGGCATCTTCTCCTCGGAGGAGCTCTTCATTCCTTT----GAGTTGAATAAAGTTGTTCAATAAATACGTTCCTTTTCATGCACGCAAGGCTCATCAAAAATTGAATTGCAAATGCAAATGATTAAGAGCACAACGAAAGCAAAGTAAAAAGCTCACCTTGTCTGCTTGAATCACCATCCTTTTCGCTGTCAGACTGCTGATAC-AAGAATAAGAAATGTTTTATCAGTGCTTAATGTATGCACATTTTCATTTAGGGATAGAATACAAGAGGCACTCAAGACATTAAAAGGGCAATAAGCCAAAAAATTTACCATATGCTGAGTGTGGCTATTGTGAAGGGAACTGCCTGAGTCTCCATTTCCATCATCCTTGCGGTCTACCACTCTGCACTTGACAGCTTCCTGAACCT a score=12373 s danRer3.chr4 22587883 181 + 33808418 CCCTGCGCAGGATGCAGTGCACCATCACGATGATGAAGCCCTCCAGAGAGTCGAAGACAGCGAAGAGGATCTGGAAGAGTGCAGAGCGGCGGTCCGTCATGGCCAACACTGCAGACATCCAGGTCAGCGCCAGCAGAGGCAGAACCACACAGGAGCTCCACAGAGACGCCCTGCAGGACAG s fr1.chrUn 193126774 181 - 349519338 CTCTACGAAGGATGCAATGAACCATGACGATGATGAAACCCTCCAGAGAGTCGAAGATGGCAAACAGGATCTGGAAGAGGGCGGAGCGGCGGTCAGTGATGGCCAGGACCGCAGACATCCAGGTGAGGGCCAGCAGGGGCAGAACTACGCAGGAGCTCCACAGCGATGCCCTGAAGCGTTG a score=13305 s danRer3.chr4 22588142 446 + 33808418 CCTTACCCTGCTCTCTCTTTCAGCTTGACATCAGTGATGCCGTCCTTTGACACAAGCTTGTTGAAAACCAGAATACCAATCACCATGTTGACCTG---AAAACACACAGGAGCACGTCAGCAAATGCAGTGAC-AGTAGTGTGAGTGCAGTAATAGTGCAGTGAGCATGTGTGGCTCCTCACCAGAACAACAGCCGCTGCTGGACCCACAAACGAGTACAGCAGCCCGCCCTCCAGAGACAACCAGCAGCT-GCGGAGAACAGAACACAGCATTGAACAAACAGGACACAGCACTACGAGGACACAGCATTACGAGGACACAGCCTTAAACTCATCTCCACAGTGAAGCAGAGAGTCGGACCGGCAGTGG--GACAGTTACTCACTAGTTGACGGTTCCATAGCCTTTAGCTTTAGTGAACCCCACAGAGATGGCCACCACCAGTGCCGGCAG s fr1.chrUn 193127033 400 - 349519338 ACCTACCCAGCCCTCTCCTTCAGCTTCACATCGGTGATGCCATCTTTGGAGACTAGCTTGTTGAAAACCAGAATACCAATTACCATGTTCACCTGTTCATGAGACAAAAGGGAAAATGAGGCAATGCAGTAATGGGCAATGCATCTAATAAAAGAGTATATTAGGTTAGTGTATGT----ACCAAAACAACAGCTGCAGCAGGGCCAACAAAGGAGTAGAGAAGACCACCCTCAAGAGACAGCCAGCAGCTAGAGAAAGAGAGAGAGGAACTTTAATTCGTAAGTAGGCTGAATTAC----------------------------------------------TGAAAAAAAATGCC---CCAAAAATGGATGACTGAGACTCACTAGTTGACGGTGCCATATCCGTTAGCTTTGGTGAAGCCCACAGAGACGGCTACAACCAATGCAGGAAG a score=16923 s danRer3.chr4 22588588 355 + 33808418 CCCCCAGCCCAGGCAGAGGAAGCGCTTGCGGATGATGCGGTTGCGCAGGCGCCCCGTGACGGCCATGTAGGACTGCCAGGCCTCAGTCAGCACCCAGCAGAAGGAGGACAAGAAGAAGAAGTGCAGGAGCGCCGCCACCAGAGTGCACATCACCTGTGAGACACACACACACACACAGGTGAGACCCGCC------CCCAGAGCTGGGCATCT------AAGCTTT-------------------------GATTGGTCAGAGGTCTCGGG--------------CTCACCTTGTTGCGCGCTTGAGTCTGGCCAATCAGAATGAGCGCGTTGGAGCAGATGATGGACAGGCAGAAGTTGATCAGGATAACGGATCGCTCAGAGCGGATGTACCTGAGGAG--GGAAA s fr1.chrUn 193127534 407 - 349519338 ACCCCAGCCCAAGCATAAGAAGCGTTTGCGGATGATGCGGTTGCGCAGACGACCAGTGACGGCCATGTAGGACTGCCAAGCTTCTGTCAGCACCCAGCAGAAAGAAGAGAGGAAGAAGAAGTGCAGCAGAGCTGCTACGAGAGCACACACCACCTGTGGGAGCCCGCAAGGAAGACAGGAAAGAAACGAAAGAAAGATGAAAAATCGGTGTCTACTGAGAAGCTACCTAACACCACCTGAAGCAGGGTGAGGGTTAGAGAGAGGTACCAAAGACTAGACGAGCCTCTCACCTTGTTGCGAGCTTGAGTTTGTCCGACAAGAATGAGAGCATT-GAGCATATGATGGAGAGGCAGAAGTTAATAAGGATGACGGAGCGCTCAGAGCGGATGTACCTGAAGGGTTGGAAA a score=-667 s danRer3.chr4 22588943 30 + 33808418 CACTCCACATTAGCTTCAGCT--------CAACACAAT s fr1.chrUn 198160337 38 - 349519338 GGACCAAAGACAACTGAAGACATGAATGAAAACACCAT a score=3877 s danRer3.chr4 22589081 289 + 33808418 AATATGATGATT----------------GTGACGGCTTTATTTTGCT-TTCTAAATACTGAGTGATGAGGTTACCGGCCCTTT-------AATTCATT----ACTCA----TCTATAGCGGATATCAGTAATCAGCCATGACACAGTAATATCAGCAGACGATCAATAAAAGAAA-----AGCAGATTGTCTTACTTCCAGACCGAGACGTAGATGATGATGAGGAGGAGGAGGGTGAGCGACGACACCCCGCATCCCACGATCATCGTAACCGACGGCAACAGAGACCTGTCCATGTTCTGTGGAGAAACACGGAAACGTCAGTG s fr1.chrUn 198160479 322 - 349519338 GACATGAGGGTCTCCAGATCGTACCCAGGTACTGACCAGATCGTGCTGTTCTGGTGACCCTGCTGTGAACTTACCTACCTTCTCCAGAGAAGTCCAGCTCAAACTCAAGGGTGTTTAGCAAAGGTTCATTGGAGACCCTGAGA-AGTTCTTTATCCATGTGGTTGATGGCTGAAACATGTGGGACTTGTTCTCACCTCCACACGGACACGTAGATGATGATGAGCAGCAACAACGTCAGCGAAGAGACTCCACACCCTACGATCAACGTCACGGACGGCAGCTGCAGCTTATCCATGTTCTGGAG---GACAGAAGAACGCAGGTG a score=2063 s danRer3.chr4 22589938 66 + 33808418 TGTTTTCCCTCGCGCTGATAACTGAATT-ACAGCGAGAG-----GCTGCGGATGCGGTTGCCATGGCAACTG s fr1.chrUn 193129229 72 - 349519338 TGTGTTCCTCAGCATTAACGAAAGATTTCACAGACCGAGTTTGCGCTGCAGAAGCCGTTGCCACGGCAACTG a score=1025 s danRer3.chr4 22590169 106 + 33808418 TCGCTTCATCAATCAGAGGAGAACATAAAGACGACCACAGCCGAAGATCAGCGCGCTTCATCATTCTCTGCCTcacacacacagacggacacacacacacagatgg s fr1.chrUn 193129681 100 - 349519338 TTGCTCGATGAAATGCGCGGAAACAGCGAGGCGGCGACGGCAGA------GCGCGCGAAAACAACAACCGCGCGATGCACACGAGCAAATTCCCAACCACGAATGT a score=4725 s danRer3.chr4 22590325 157 + 33808418 ACTCACCGGATCGGGGTTCGGTCTCGCGATCAGGGCGAAGGTGGTCAGTCCGTCACACACACACACTGTGCTG---GAGTCGCGAGACACTGATCTGCAGCCGCGCGCGGACCACGAGCCCAGCAGAGACGAGCTGCGCGCGcacacaaacacacacaca s fr1.chrUn 193129817 160 - 349519338 ACTTACCGAGTCGAAGTTGACGCGCGCTAAAATGGCGAAGGTGGAGACGCTGTCACACACGCATTTGGTTCTGAATGAATGGACGGGAACCGCTCTGCAGCTCCGAGCAGACCAGGACCCAAGCAGAGAAGAGCTGCACAAGGAGGGAGAGGCAAAGGCA a score=1819 s danRer3.chr4 22590482 318 + 33808418 cacacatacacTCGGGTTAGATACACTCGGAAATAAAGCCCGCACACACACACACAGA-GAGAGAGAGAGAGCAGAGCAGAGCAGCTc---acacacactcacac-acacactcacacacac-GTGCAGACC-GCATATTTATTACAGATTACAGCATATTCATGCAGATGAACACATTCATACAGC-------------ATATTTATTCATCAGAATCTGCAGATGACTG--ACAGCTCACTGACACTGCAGTCTCCGCCA----------CTACTACTCAATC----------CTGCATCATCATCATCATCATTATTATGCTTATTATTatgatgacgatgatgatgatgatgatga s fr1.chrUn 198163139 339 - 349519338 cacacacacac---------acacacacacacaca---cacacacacacacacacaGGCGATGCGGTGAATGCAGA----ATCAGCTCCCAGCACACATTTAAACTCCACAGTAACAGAAGCTTTTCAGTCCAGCGTCTTCACCGACATTTAATCCACCTTCACATGTGTGAGCGC-----TGCAGCAGGAGGAGCAGAGAGAGGAGCTGAGGAGGCTGTGAGGAGGAGAGCTGCAGCACGCTGGCCGGACACATTTCACCAGCACACCGCCCCGCTACACagcagcagcagcagcagcatcatcatcatcatcatcatcatcatcatcatcatcatcatcttcatcatcatcatcatta a score=4112 s danRer3.chr4 22591685 109 + 33808418 acacacaacgcacaaaaca-------cacacccacCTCTCGCTCTCGTCCCAGGCGATGCAGGTCTCGTTGACGGTGCCCTGCAGAGACAGACACACACAGTCTGGTCAGTGGGTG s fr1.chrUn 193131247 115 - 349519338 ACACGCAATTAAGAAGACAAACTGTCCATACTTACGCATCACTCTCGTCCCATGAGATGCAGGTCTCGTTCACAGTGCCCTGCAG-GAGAGGAGCAGATGGAGGAGTCAGTGTGGG a score=5955 s danRer3.chr4 22591838 163 + 33808418 TGACTGA--GGTGTGATTGACAGGACAGAGACTCACGTTGTGCAGGTGAGGAAACTCGATCTCCACCGGAGCGGAGAGGAACCCTGGGTTAGGCTTCACCGTCACCGTGACCACCTTAGAGTTCAGGAGCGTGCTGTTGCTGGACGAGAGAGAGAGAGAGAGAGT s fr1.chrUn 193131696 159 - 349519338 TGCCTGACCGGGGCGACTGTCAGG-----GACTCACGTTGTGGAGATGAGGGAACTCGATTTCAACGGGCGATGACAGAAGCGTCGGGGTGGGCTTGACAATCACCGACACCACCTTAGAGTTGAGCAGGGAGTTGTTGCTGTG-GAGACAAAGCAAATCACAGT a score=6772 s danRer3.chr4 22593728 400 + 33808418 gtgtgtgtgtgGTTTCAGAGAAAA------TCTCCTCAAACTCACCAGCTGAGCTTCGTCCCATTTCTCTCG-TGTGTGTCCTGCAGGAGGTTGCTGATGGTGTGTGCGTAGTTCTGCGGGTcacacacacacacacacacacacacaGATGCTGTTAGATGAGCATATATTGGCATACATTGATGAGTGTGTGTGTGTGTGGATCAGT---------------GTGTACCTCCACATCAGCGTTGCTCAGGCTCATCTTGGATCCTCTGAAGATCCCGGTGCTGTTCTTCAGGATCTCCATCACCGTCAGCAGGTCTCCGCTGTAGCGTGTGCTGCCCGCCGACGCCACCCTGAGGCGGGACAGAACCGCCGACACACCCTCCA---------CCAGCTGAGACTGATCCACATCATTACGCATCTGCAA s fr1.chrUn 193133271 419 - 349519338 GTTTATATTTAGTCACACACAAACACACACCCTCTTATCACGTACCAACTGTGCCTCTTCCCATTTGTCATGATGTTCCTCCTTTAGTAAGTTGCTGATGGTCTGGACGTAGTTCTGCAGAT-ACATTAAGACAGAATTATAAGAGCGAAAAATAAAAGATG-GCTTGAAAAGGAAC-TATAAAGAAATG---------GCGGATCAGTCATTTCGGCTCATCCTTTTACCTCCACGTCAGCGTTGCTCAGCTTCAGACTGTTTCCTTTGTACAGGTCGGTTGTGTTTTTCAGGATTTCCATGATGGCCAACAGGTCGCCGCTGTACTTTGCACCGTCGTCGGATGAGAATCTCAGCCGTGAAATGACCTCAGCAAACCCGTCCATGCTTTGGCCCATCTGTGATTTGGAAACGTAGTCTCTGGACTACAG a score=16853 s danRer3.chr4 22594200 1011 + 33808418 gtgtgtCTCTCTCTCTTACCAAGCTCTGGATCTCCTGGAAGTCTTTAGAGACGCATTTGATGTGAGTGGGGTTTTCCCAGAAGGCCAGACCCACAGCGTCCAGTGTGCATCTGCGGAGGATCAGGCCTGCAGGGGGCGCAGCAGGGTTAGTGTGACTCTACAACAGCTGCTATAGTCAAGTTCTGGCCACTAAAGTCCTTCCCTGATCTGAGCTCAGTGTGCTGCAGTGATGAACACCTGCTGTAGAGCTGCTTTACACATTAATATACAGAACATAGACGGATACACTGGGGCTGATCTGAAGACTGCATCTCTAGAACTCAGATCAGGCCAGGAGTTCCTGTGACCTAGTTTCAGACTGAAGGAGCAGGTCTCGGATCAGTACCTGTGGCGTCAGCAGGGCAGGGCAGTGCAGCCGTGTCTCCAGCCGGAGTTTTCTTCCACACCATGCTGCCGTAGTTCTCCTCTCCGCAGATCTCGTGTGGTTCTGCAGACAGCAGTAGAGACACTT------ACAGACGCTGCTCTGATGAAC--ACTCATCTCCGTCAGTGAATATGCACGTCTATATCT---------CTCACCTGGGCAGCGCTTCTCGTTGCAGTTCCTCATCTCTGCTTTATCTCCATTGCAGGATTGTCCACCAAAGAACGGCCCTTCACACACTCTCTGCCTGAGCTGCTGCCCGCCACCGCAGGACTTACTGCAGGCACCCCAGGAGCTCCACAGCAGCCAGCGGCCGTCCACTAGAGGGCGACACACAACACACTTTAGCCACACACACACTCA--CACACTCCCTAAAGGAACACATGTGTGCGCAGGTGTTTAGTGTACCAGGGCAGTCTCTGAGGAAGCAGTTTTTGGTCTCCAGCCATTCCCCTCTGCACTCGGAGCCGCCGTATGAGGGTCCGTTACACTCGCGGGTTCTCTGAGTCGTCCCATTGGAACAGGAGGATGAGCAAGGGGTCCACGCAGACCAGTCGTTCCAGAATCCATCAACTATAGAG---CAGACAAACACA 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GCTTGTTTGTGATGCGTACCAGAAGCTGAATGTTCTCGTAGCTCTTAGAGACACACTTGACATAAGTTGGGTTTTCCCAGGAGGCGAGACCGACCGCATCCAGGGTGCAACGGCGCAGAATCATGCCTGTTGTAGGAG-----------------------------------------------------AAAGCGCTTATTTG--------TTAATGTTATGATGGGA--------------------------------AATAAAAAGGATGCAGATAAA-----------------------------------------------------------------------------AAGGATGCAGCTGTGGGAACCGTACCTGAAGCATCAGCAGGGCAAACGACTGCTGCCTCATCTCCAGCGGGGGTTTTCCTCCACACAGCCTCTCCGGTGTTCTGCTCAGCACAGATCTCATGGGGCTCTGAAGATGTGAGTCCAAGTATTAGGGTGAAAAAAATCTTTTCT-ATAGCCTAAATCATGCTGTTTGGTAAGAACACTGTTCTACAGCTTCAGGGTCACTGACCAGGGCATCTCCTTTCATTGCACCGCTTGTGCTCCCCCTTTTCACCAGGGCAGGGCTCACCACCGAAGAAAGGCCCTTTGCAGACTCTCTGTCGCTGCTGAATCCCACCTCCACATGTTTTGCTGCAGCTGCCCCAAGAACTCCATGCATGCCAGCGTCCATCAACTGAACAGAGACAGGATTTTGAGCTGGGTTTGACACTTAGGTAACTTTAGTTTGGAAAGTAAACACTGAGAGGTGAGACTTCAGTTTTACCTGGACAGTCTTTCAGGAAGCAGTTAACTGTCTCTTTCCAGCTGCCATGGCACTCAGAGCCGCCGTAGGAAGGTCCATTGCACTCCCGTGTTCTCTGTCTGGTACCGTTGGAACAAGAAGCCGAACACGCGCTCCAGGTTGACCACTCATTCCAATTTCCGTCCACTAGAGGGAGACATAGGAACACA 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s fr1.chrUn 193135426 2622 - 349519338 CTGGAGTGATCTGAAGTTCC------TTGACTCACCTGGGCAAACAGCGATGTTGCAGAACTTGGTCTGTCTCGTTGGGCCGCGGCAAGGCTCTCCTCCATTCTTAGGCATCTTGCAGGTGCGAGTACGGTCACGATAACCTCGACCGCATGTAGATGAACAAAGGCTCCAGGGGGTCCACTCATCCCAGGCACCATCCACTGCACATGGGTCACATGGGAAGATGCTTCATTAAAAAATGCATTCTTTGACCCGAGTGATGTGCAGCAACTGCCCTAAAGGCCATTTAGTTGATCAGATCGTTGTCTCTTCTCGGGTAAAAACCACTTTAAGGTGTTTACGTCCCTGTCCCAGGAAATGTCACTGGCATTTTCTTGGAGTTCTTCTGCCATCTGCTATGCTCACATTAGAACAGTAGAGGAGGAACTGTGCACTCACCGGTGCACACGGCTGTGTTGTTGCATGCGCGGTTCTCGCGCAGGGGTCCCGTGCACTGGGTGGTGAAGGAAGTGGTGGCACAGAGGCGGGTGCGGCTCTGCCAGCCCTCTCCACAGCTGACTGAGCACGTGCTCCAGGGTGACCACTCATCTGTTTTACCATCTACTGCAGATGAATGAGGAATCATAGGATTAGTTC----------------CCATTTTTGTCAGTATTGTTGTTTATCATGTAAACTGTTTCACCAGGCTCACCAGTTTGGGTAGCAACAACTCCGTAGTTAGAATCATCAGCGTTTTCTCTCTTCAGTCCAACGATGCCACGTGGGCTTTGGCTC--CTGCTGCGCTC--TTTGCCTAAGAGAAGACGGGAACGTTGCACGTTTATTGTGTTGAATTTGAGCTTCCTACATATGAGAGATCCCAGCTAAATG-ACTCCCTTGCAGGCG-GCCTTACCAACACAGGCCTGAGTGTTGCAGGCCCGGCCTTCTTCAACTGTGCCCTCGCACACGCCGTCCTCGGGCTGGCAGCTCCGGCTGCGGACCTGGACTCCGCCGCTACATTCCTGGCTGCACGCTGACCAGCGCCCCCACCCTGCCCAGCCCTCTGCAGGGAGAGATAACAGAGACATAGAGTGAGGTGGAGAGACAAATAAAGTCCGCTCAAACCCAACACTTCAGTAAACGTTGAACAACAGCAAGTGGGAATGAGTCGAATCAGCAAGCCTGACTCTAAGGAACAGAACTCAGCACTCAGCTTGATGGATGCACCATTTTAAATGATAGCTGTGTGCTTTCAGCCACTCGG-TGTGCACCACTGCAGAGCT----GTGTGCGAGGCCAGCAGAGACGTTGCTATGACTACCACAAGAGCTGCCCTTCGATTTCTGTTGCCGACTAACTGTGAGGGCTTTGTGCTTTCCTTTGAGCCCCCCACCCCTCCCAAAAAACCTAACCAAACAAACAAAGTTG--AGACTCCCTACCAAGCCAACAAGAATCATAATGGGGAACTG------CCAATATGTGGTTTCGGCCACTTGAGGCCAACAACTTTTCCTAACAGC---------TATCATTTACTTCT------------CATTACTGTGGGTCTGTGGAGGGCACATCCTCCACCTGCTCTGCAAACAGGGGTTATTACCCTGAGCAGCCTCAAAGAC-ACAGACCCTGAGTGATAGAAGGGCTGGAGGCTGCACGCAGGGCCGTTTT--CTTTGAAGAACATGGTGACCCACTGCCTCAAAAGAGCAGATCGGTCAACAACATTACATAACTA----------------ATAAGATATTCAACATTGTGGGATGAATAGTCTCAGGTAACTTCTTTCAGTAGACTACATCA---CGTTTTA-------------CTTACTGATGATCTCAGCATCACGACCGTTGTCCCGGGGAACGGGAAGGCATTTCTCGACATAGACGCCACCTCTGTAGCAGCTTCCCGGCTTCCTCTTGGGGGCCTCCCAGCATTGGCAGGGTGTGTTCATGATGCCGCAGGGGTAGTCATGGGTGCTACTGGACAGGCATTTCTCCAGCCACTGGCACAGCATCTGGCAGGCGTGCATGCTTGGGTTCCTCTTCCCCACAACCAGAAACTCAGCCTTGAACTCACTGACATCGTT---------CTGCTCTTCCACAGTCTCCAGGCTGTTACTCGGCGCCACCTTGCGGATCTGCAGGAATTGTTTGCTGGACTCGAGATAAGTGACAGAAGTCGATGCGTCGCACAGTCGGACCACCTCGTCGAAGCTCTCCATACCCAGGTAGGTGCGAGAAGTCTCGATGAAAGAGTCGAACTGGAAGGTTCTGATCTGGCGAGGATTGCAGGGGTCGGTCGGCTTGGTAATTTTCATATAGACACTGTAGCGGCGGGGGTCGGGGTTTTGCAGGGTCCAGGAGCAAGGAGTGGAAGGCAGGGTTGCAGTGGATGAAAAGACCCCAAAGAAGCGATTCTGTTCCAGGGTTGCGCAGGTGGCGGAGGCTGGGCCAGAGGGTGTGCAGGAGGTCAGGCCGAAGAAGAGCAGAACCACGGCCACGCAGGGGCCTATAAGAGCTGA--CCACGCCATTGGGTCTGCCTAAAGAGATGATCCTGTTCTTATTTCGCTGAT--AGCTGGCTGTACCAGGTGGTTTTCTTTGACAGGTTACTGCACTAGAGGTGCAGATCTTTTGACTTATGAGGG----AGCTGCAGAACAAGAGAACAAAAAGGGAAGGGGGTGGGGGTTAG 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GCGGAACGGCAGGGACGCGTCCCGGTTCTGGATGTCCAAGATCGGTTCACTTCAGTTCCACAAGCGCAACGGCACAAAGCGACTCTGATCAAACTCCAGAGAGTTTACTACCAACCTCTTCCGTGCTGAGCTGCTGCTCTGCAGTATTCCAGAGAGCTAACGGATAACG----GGCAA-----------------------AGACCGAGCGCGGA-------------GCTGCGCTTCCCC----------------GGGTTGGTACTTGTACTCTCGGCTTCGGAGTCCTGCTGCCGGCGGCTGAAGAGTT-------------GTGTCGGAGTGGCGTGTGGCCTCCGCGCGCAGCT-TATA---AAGCCCTCCACCC--------------------GCGTGCATG------------AGATGAGACAGC------GCGCGGAGGAGGGgtgtgtgtgt-gtgtgtgtgtgtg-tgagtgCGCGCGCGCGCTCTCGACACAGAAAGA-CGAAGGAGAGCGCTGATGTGCGCACAGATCAACGCAGGACCGG-------AAAGGGAGACTTCGCGGCG s fr1.chrUn 193140255 562 - 349519338 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AGGAACGCCATCCAGTCTAGAGGAACGCCATCCTGTCCGGAGGAACGCCATCCAGTCTAGAGGAACGCCATCCAGTCCGGAGGAACGCCATCCTGTCCGGAGGAACGCCATCCTGTCCAGAGGAACACCATCCAATCCAGAGGAACACCATCCTGTCTGGAGGAACGCCATCCTGTCCAGAGGAACACCATCCAATCCAGAGGAACGCCATCCAGTCCGGAGGAACGCCATCCAGTCCGGAGGAACGCCATCCTGTCCGGAGGAACGCCATCCTGTCGT a score=1790 s danRer3.chr4 22632697 120 + 33808418 AATAAACACAACCCTGTCCTATAATAAACACAACCCTGTCCTGACAAACACAACCCTGTCTTAATA--AACACAACCCTGTCCTAATAA--ACACAA--GTCTGTCCTAATAAACCCAGCTGTTTC s fr1.chrUn 138979042 121 - 349519338 TAATAACGCAACCGT-CGTTATAAT-AACGCAACCATCTCAATAATAACGCTACC--GTCCCAATAATAACGCAACCGT-CCCTAATAATTACGCAACCGTCTCTAATAATAACGACAACCGTCTC a score=6418 s danRer3.chr4 22654155 217 + 33808418 TGAATGCGAGCCTAATTGATTGTATGTGTGCTCTTGTTGTTTTTCCTCCTCAGCTGTGGTGGATCTGAATGGACGGTATTTTGGAGGTCGTGTGGTGAAGGCCTGTTTTTATAACTTGGATAGGTTCCGTGTTTTAGACCTGGGAGATCAGGTGTAAGTAGGAGAGCTGAACAACCAGGAAACAGTAAACATGAGGAGAAGGTTGCTTGTCTTTCTG s fr1.chrUn 69473385 199 - 349519338 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TTCCCGGCAGCTGGCGCCCCCCACTTCGCCAACCCTCCCACCGTCATCGTGATGGTGGGCCTCCCGGCTCGCGGCAAGACGTACATTTCCAAGAAGCTCACTCGGTACCTGAACTGGATCGGCATGCCCACCAAAGGTA a score=100 s danRer3.chr4 22669371 1 + 33808418 C s fr1.chrUn 70175927 1 + 349519338 C a score=1049 s danRer3.chr4 22669372 64 + 33808418 AAAATCAAACA---TTGTTTATTTGAAAAAATAAATAAAAATGTGTATATATATATACATGACATAA s fr1.chrUn 228468591 67 + 349519338 GAAAGTAAACATATTTGTGTATTTAAAAACAGATTTACATAGATGGATATAAAAACCTCTCTCACAG a score=-7939 s danRer3.chr4 22669436 543 + 33808418 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CTACTATTTGCTGTGTTGAATACC--------ACTCTTACCTTTCCAAAGCTTCCTTTGCCCAGCATCTTATGCAGGATGAAGCTGTCTATGGTGAATTTGTG---GTGCTCTTTGCGTGGGGTGGCGTAGAGGGGCTCAGGCTCT---TCAAGACTGGGTCTGCGTCCGTCAGCTGGAGAGTCCCATGAAATACCTTGATGCTCT s fr1.chrUn 134643631 206 + 349519338 CTCCTTCTTGCTGGGCTTCCTATCTGGATCAGAACCGCACCTTCCCAAAGCTGCCTTTCCCGAGCAGCTTGTGCAGTGCAAAGTCCTCAATGGCGTATTTGGGGGCGTGGTCCTTCCTGGGAACGGCGTACACAGGCTCCGCTTCTGTCTCCGTAATCGATATAGAGATGTCTGCCGGTCCATCCCAGGAGACGCCCTGCAACTCT a score=-349 s danRer3.chr4 22723362 132 + 33808418 ATGCAAGAACGAAGAGTTGGGCatcaatcaatcaatcaatc-aattaatcaatcaatcaattgatcaatTCTAAAATGTATTGAGTTGCTCAAGGGAATATTTA--TAGGGATTAGATAATTGACCATAAGCata s fr1.chrUn 233170972 130 + 349519338 CTGCGAGG--GAAGAGATGCTGAAAACTGAAACACTGAGGCTGACGAGACAAATAAGCAGATA--CAAATAGAAAAAGACTCAAACTGCAC-AGACAAGATTGGGTTGAGAAATTCATATTTAACTCTAATTACA a score=3196 s danRer3.chr4 22725027 91 + 33808418 GTCCTGAAGGCTCTCTAATGACCCCTGGTTGATCTGCGCTGACCGGACCCTCTCGACCAACAGTCTCAGTATCCCGGGAGCTCCGAGCTTG s fr1.chrUn 134643954 91 + 349519338 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TTAAATTTTGCGAAAATGTTCACAATGAGAGATCAAATTAAATCGACTCGTCTTTTCATGGACTGGCTGTCGCGGTGTCAAATTTCGGTGTGGGAGAAATGGATTTTCAGGGGTCAAATGCAAACACAGGTCATCTGACCTTCACAACAGACGACCGAGGAAGGAGGAGAGCAGCAGGA---AGGATCCCGATTCAGCTAAAATTTCAATTTCAGCACAGAAGGCCAGAGTTGTCTCACCCTCACATTTGAGTCCCTGCCTAGCGAGTCCCCATAGTAGCGTCCCGCAGTGCTCGCAAAAGGTCGGACTCTTGTAGTTGTAGACTTTGAACCTGTGAGGCATGTCGATCTTGAAGCGCTCCTTGTGGCTCTGAAACACGGACAAAC a score=8433 s danRer3.chr4 22730078 282 + 33808418 ATCTGTCAGTGCACAGTAGCAAAACT-------CAGATTTT--------TATTTACCATGGTTTCTTTGCTGTTTACGGCTGAACCTGTGCATTTGGCTATGACTTTGTCAATACACTTTTTGTGGATGGCAGCATTGCATTCTGGGGGAAAAACAGACAGAAGTGGGTAGGAGTCATCATCATGACGGTGAATTAATGGAAACTTGTTTAGGAACTGCAACAGCTTTGAGGATGTGAAAAACGAACTTACGTCGACACTGGTATCCCTGTTTGTTCAGGCCCCTGAGGTAGAAAAA s fr1.chrUn 134645134 263 + 349519338 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TGTACCTGCTCCTGGAAGATGTTGGCCAACGACGCACAATCGGTGGAGTTGATGAAATGGACCACTTCATCCACGCTCCACTCCAGAGGGTTCCTGTCCAACACCAGCTGACCTTCCTC-------CTCCACCTTGGAACCCACCCAGATCAGATTAGCATATTAGCATAT---------TCAGA-------CGAGCTAGCGCAGCTA--------CGGCGGCGGCTCTTCACCTGCATGTCCTGGTCTTTGGGCGGTTGGTACTGGCTGCCCTGGCTGTAGGCGGACACGGAGCGGGTCGTCCTCCTCCGTCCCTCGGGGGCCTCCTGGACCGCCCTGGGGTGACCGGTGCT-----GTTGGCCCTGCGCAGCGACGCGGCGCGGCGAGGGCGGCTGCTGGCCACCTCCACCGAGGAGGC-------GTCGGTGTGGTCTTCCCGTGGCTCAGAGCTGGTGC---CCTCGCTGCCCGACTGCAGCGCCATGTCCTCATCCTCCTCTTCATCGCTGT a score=4249 s danRer3.chr4 22795720 291 + 33808418 CAAAAGTATGTATTTGCATACTACTATGTTCCAGCTAAATGTTTGTGGGTGTGTGCTTGTGTCTGGACCGTGTGGTTTGGCAGACCTGAGGTGACTCTGTGGTGTGGTATCCTACAATGGATGAGCGCCGTTTCTTCTGGACAAAGATGGCTTTGCGTTTCTTCCGCCGTCTTGCCGGCTTGCTCAGGTCACCATCTTGTGCGTTTTCCCCTAAACTTGGCCGACCGACTTTCCTCTTCTTATAATATGCTACATTAGGCATAAAAATAAATAAACACAAAGACACATTGA s fr1.chrUn 45445896 266 - 349519338 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score=4057 s danRer3.chr4 22806210 176 + 33808418 TACTCACAGACGGTCTTTAGTGAATGTGTTAGTGGATAGCCGTTTGCTTCACACCAGCCCACAGGAAAAATATTCATACTCTCCACATCTACTATACAATCCGGTAACGGCTTTGTCAGACCTGTAAACAAA---------GATAGAAGAGCAGAGGTTAAACCTGTCAACA---------------ATATGCCAGCATG s fr1.chrUn 45448866 200 - 349519338 tacgcacagaCAGCTTTGATGGGGGCGGTCAGAGGGTAAGCGTTAGCCTCACACCAGCCCACAGGGAAGAGGTCCATGGACTCCACGTCCACCAAGCATTCCGACAGCTGTTTCAGCACACCTGGAGACAGGTGGACAGTCGAGAGGTGGGCGGGGCGGTAacacacacacacacacacgcacacacacacacaGGTGTG a score=6118 s danRer3.chr4 22807007 147 + 33808418 TACCTTCCAGTCTGAGCCAGAGGAGACAGCCTTTGACCTGAGTAATGCGAGCGACGCAGAGTTCAGCAGGATGTAGAGGATTCACCGCTTCAAGCCACATGTCCTTACAGAAACCCCGGCTCTGAGACGCCTGATCACATAACAACA s fr1.chrUn 45449066 146 - 349519338 TACCTTCCAGTCGGAGCCACAGCAGGCGTCCTCTAACTTGAGTGATCTGAGCCACACACACTTCTGCCGGCCGGTGAGGGTTGACCGCCTCCAGCCACATGTCCTTGGCAAATCCTCTGTTCTGCCATGTCTGa-cacacacacaca a score=-51 s danRer3.chr4 22807154 146 + 33808418 GGTCAGT---GGAGAAGATCACACTAACAGTGCGTA---ACAAACACAAACAAAGAGGATTATGAGAGAGAGACAATGTTGTGGGCAATGTGA-----TGGAAAATATAAGCACAGAATGCTGGGAATCAAAATGTCTTTTTCACAATTTGATTTTT s fr1.chrUn 208993283 154 + 349519338 GGTCTGTTTCTGTAGAGAT-ACATTACTAGTATATGTGTGAGGATACAAAGAAAAAATATTTT--TCAAGGCTCAAACATGTAGAAAATATGATTCTCTATTTAGTCTAAACTTGTCATATTGAAAATTGAAACTAATTTTCTTGCATTTCTTCTCT a score=642 s danRer3.chr4 22808641 8 + 33808418 AGAGCTGG s fr1.chrUn 208993768 8 + 349519338 AGAGCTGA a score=4334 s danRer3.chr4 22808652 87 + 33808418 CTTACGTTTGGAAAACACGCATCTGGAGCGGCCTCAGTGCTGGTGTGTTTAAGATAGTCGGCCCAGTCAAAGTCCTGTGTCTCAAAA s fr1.chrUn 45449681 87 - 349519338 CTCACGTCGGGGAAGCAGCTCTCGGGAGCGGCCTCGGTGCCGCTCTGCTTCAGGTAGTCCGCCCAGTCGAAGTCCTGGCCCTCGAAG a score=11034 s danRer3.chr4 22812181 367 + 33808418 CCTCGCGGCCTCTCCAGTTCGACTCCATTCTTCAGACACCACTGCACTGGCAGGATTCCCGGAGACTCTGCGTGACACACTGCACTGGTGGGCGTGGCATCAGCTGTGAGGTCATCGACAGTGATCTGAAAGTGGTATTCATTATAGACCTGTAGAACAGAGACACTCAAAGTCAGGCTCGGTGGGTGCTAATTATAGCCTACACTTCATAACCCTTCATCTGGTGTGTCTGTGTGTGCG----TACTTTAGTCACAGACACGGGGCAGATGTGGAAGGGTTCCACTGGAGAGACCATTTCAAGCTTCATTCCTGCCCTGAAGGAGTGTGTGTGCAAGTCAGCATGATCCTGAAACAG-------AAACACAGAGACA s fr1.chrUn 45449768 354 - 349519338 CCCCGCGGCCGCTCCAAGCCGACGCCGTTCTTCAGACACCACTGCACCGGCAGGATGCCCGGCGTGTTGGCGTGACAGACGACGCGCCGCGGCGTGGCGTCGACGCTCGCGTCGTCCAGCGTTACCTGGAAGTAGACGTCGTTGTAGACCTGGGGGGGAGGGG-----------GGAGGGGGTGAGAACTAAC--GAGGCCACGAGTCTGA-----------GGCGTCTCCAGGTGGACGTCTTTACCTTGGTGACAGAAACGGGGCAGATCTGCAGCTGCTCCCACCGAGACACCATCTCAAGCTTCATCCCGGTCCTGAACGAGTGCCGGGGCAGGTCCACGTGGTCCTGGCACAGTAACGTCAAACGCTGAGACA a score=2928 s danRer3.chr4 22814089 107 + 33808418 ACCTTGAAGACCTCCAGTGGAAGTGGGTTGTTCAAGGCTTCAGCTGTAGCTTCATCTAAAGCTGTAGTCCATTCAGAGCTGCTCCTCAAATCACACAGATCTGAAAG s fr1.chrUn 45450224 107 - 349519338 ACCTTGAAGACCTCAAGAGGAAGCGGGTTCTTCTGTCCGTCCAGTTGGGCGTCCTCCAGAGCCCTCTGCCAGTCGGGGGCGCTCTTCAGAGGCCTGAGGGCTGCAGG a score=7701 s danRer3.chr4 22817493 267 + 33808418 ATTACCTGTAGGCGGTTTCATTGGTAGGTTATTTTCTTTGGCCCAGCCCAGGGGGCGGAGCCTGGTGTCAAGGTAGAACATCCACATGTAGTAGGAGGGGT------CATTTAATCCAACATAACTGAGACATAAACGTCCACCGACATTACGCTGAACTTGAGTGGCCCAGTACACGCTGGGCTCAGAGGCATCCCGTAACTCCAAAATACTGCCTTCCATTATCAGATCCACTGTGTTTTTACCCCGTAATGGCTGAAAAGAGAGGAAGAG s fr1.chrUn 45450561 273 - 349519338 ATCACCTGTGGGCGGTTGTAAGGCGAGGCGGTTCTCCAGAGCCCAACCCTGGGGGCGGAGCCTGACATCCAGGTAAAAAATCCATGCGTCCTGAGCGCGGTGCTCGTCCGTGAGGCCGGCATATCGTAGACGGAGTCGCCCCCCCACGTTCTGGATGACCCGGGCAGGCCAGTAGAGGAAGGGGTCCGACAGGTCCTGAAGCTCCAGGACGGAGTCCTCGAGGATCAGATCCACCGTGTTCTTACCTCTGAGAGGCTGCGAGAAGATTCAGAG a score=4883 s danRer3.chr4 22818789 217 + 33808418 tttaagggaaaaacttgactgtgagtaaACGATA-GCAACATTTTCTTTTAGGGTTAAACCAAACCCTCAGCAAGTTGGTAGACATACATAAAATCTAATTCTCACCCCTTCCAGCAGATTTGCCGGTGCTGTCCGTGACCCTGTGAGCTCTTTGATAAGAAACTCAGTCCAGTCGCTGTACTTCTCTTTAATGGCTGAAAATATTAAGCAAAACAAA s fr1.chrUn 45451226 218 - 349519338 TTAAAACCAAAAGTTGCATCATAATCAAACGCTCTGCATTACCCATCGCCGGGGTTAACGTGAACTATCCTTTTTTTCCTGACCCAGCCTGAGCGCTAACACTCACCCCCTCCAGCAGGTTGGCCGGGGCGGTCCTGGATCCAGTCAGATCCTGAACCAGGAACTCGGTCCAGTCCGAGTACTTCTCCTTGATGGCTGCAGAAACACACAAACATAAA a score=8859 s danRer3.chr4 22847074 251 + 33808418 CACCTTACCTTCCGGTGGTTGAAGTGTTTTGTCGTTTTGCGCACACCAGCCGACTGGATGAAGTTCGGCTGTCATGACGTCACACCAGAAGTCAGCCTTGCGGTCTTCACCATAGCCACAGTAGCGTAACAGTAGCAGCTGACCACATGTGGTTATGATGGTGGCCACCCAGTATGTGTCCACGCTGCCTTTATTGGC-----CACTTCTAGCTTCATTCCTGGCTGAAAACTGCTCTGAAGACTGAGTTCCACCT s fr1.chrUn 208997468 254 + 349519338 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score=5186 s danRer3.chr4 22863836 216 + 33808418 TACTTTACACACTCTAAAAGTATTGCAGCGGAAAAAAACTCCACCGAGGTCGCCAAACGACAACTTTAAATTTAATTCATTAAAGCACGGCCAGGTGCAGCGAAAGAAACCAAAACTGGACGCGTAAGCAGCGCGATGTTATTTTTTCCTTCTTCAAAGA---TTTTGCATGGCAGTTTTAAC------------------ACACCTTAACCCGCCATGTTGAAAGTGGATTTGACA s fr1.chrUn 134664297 233 + 349519338 TACTTTGCACACTCAAAA----CTGCGGCGGAAAAAAACTCCCACGGAAACGCCAAACGCACACTTCGGATTTCGTTGGCTGCAGCTCGCCCGTGGCCACCGAACGAAACCGCACCGGTTGTTTTGCGTGCCCGCGTTTTATTTTTTCCTCGCGCACAAACATTTTTGAGGCTGAGTTTCTCCCCCCTCCCGCCCCGCTGAGCACCGTAACCCGCCATGTTGAAAAGTGCTTTGACA a score=3441 s danRer3.chr4 22869928 268 + 33808418 ATTGTCAATTCAACTACATGTACAGGACATATAGAGAATCGAAATTCCATTACTC---TCAGACCCTAGGTGCCTAACATACAATATGAACAAAAAAAAATAG----AGTATTAGATAAAATTTACAATAAATACAATTAtacaaacaatgtaatccaaaaata---tatgttt---aaaaaaatggtaaacaatacaaa---tacatttatggg-----catatggc---aaatcagagttgtgcagatgtaaaacaaaataagctccaagatttagaataaaagttactt s fr1.chrUn 314934755 272 - 349519338 ATTGCCGGCTCTGCAGCATGTACAGAACATACAGAGGATTAAAATACCATTACTCAAACCTGACATCAGTAGTCCAAAATAAACAACAAACAACAGAAATTAGCAAAAGCAACATAGCCAAGCTAAGAATAATA---------AGACAGAGAAATCTGCAAATGTGCTAAATTTGGCAAATAAGAGACACACAATTTTAATTGTACATTTTTACAACTTTCATATGACTTGAAATCAGAAGAGT-----------ACTAATCCAGCACCACAATCTATAAAGTTAGTTCTTT a score=5153 s danRer3.chr4 22879044 181 + 33808418 TTTTTTTGGGCTTTAGGCATAAACATGTTTGTTTTTGTGAAAGACAGCATTAATATGACTGATTTGGTGAGCCCGGAGTATCAGGGCTGCGTGGACGGAGCTCTGATGGACGGATTCAGTGTTTTTATACAGGCTCTGTTGGCGGTTCTGGCTTTCAGCACTTTAATGTGTAAGTTTCTTT s fr1.chrUn 134667688 177 + 349519338 TCTTCTTGGGGAAAAGGTTTCTGCTCGGTGATGTCTTTGAAGT----CACCAACATGTCAGAGATCATCAAAGCGAATCCTCACGGCTGCGATGGCGGAGCTCTGACCGACAGGTTCGGGGTTCTGATCCAGGGTCTGCTGGCCATCATCGCCTTCAGTACTCTCATGTGTAAGTTCCTCT a score=5882 s danRer3.chr4 22886873 393 + 33808418 taaaatttttaaatattttca-----aattg---aaaactccttttaaactgaattaatattttttacttactgtagtatttgtatatgttttatcaattaaatatctcggtgacctgaagaagACGTATTAGTAAAATTATGTCTTTATCTTTACAGTGAAGAGGTTTCGTGAACCTGTTGGAATAAGAAGACCTTGGAAGATCTGGTGATGATATTTAACATTTCTCAAACTTATGGtaaaataataataaaaaaataaataaaaCAGAGCTCTTATTCTGTCTTTTTGTCCTCCAGGTTCTTTGACACTTCTAAACAAGCGGTCGGGGCTCTTTTCATGCATTTTGCCAACATATTCCTTTCCACACTCACCAATGAAGATCCCTGCTCTCTGTGAGT s fr1.chrUn 134669528 309 + 349519338 TAAGTTTTTTAAACCTTTTCATTAGGAATTGTGAAAATTTCCTGCAATATTGAGTCA---TTTGTGACTACATTTGTAACttatatttatattattattataCAAACT----GGCTTTAAAAGCATAAATAGGAA------------------TCCAATTAGAAGATTTCTTAACTTTGTTG---------------------------------ACCTGTCATTTATCAAAACTA-----------------AAATGTAAAC--------GCTTTTGTT---------TCTCCCCCAGGTTCTTTGACACGTCCAAACAGGCCATTGGCTCCCTCTTCATCCACTTTGCCAACGTCTTCCTTTCTACGCTCACCAAAAATGACCCGTGTTCCCTGTGAGT a score=7640 s danRer3.chr4 22888458 150 + 33808418 CTGTCTGTTTTCTGTTTGACAGATATTTGCTGAACTTCTTGTTGGATGCCACATTGGGAATGCTTGTGATCTGGGTGGGAGTGAAAGTTGTTTCCAAAATAGTGGAACATAAACAGATAACACTGCTAATGTTCGGAGAATATGGTGAGT s fr1.chrUn 134669880 149 + 349519338 CTGATTCTTTTAT-TTTGAAAGGTATCTGATGAACTTCCTGTTGGACGCCACGCTGGGGATGCTGGTCATCTGGGCGGCTGTGAAACTGGTGTCCAAACTGGTGGAATACAAACAGTGGAGCCTCCTCGTCTTCGGAGAATATGGTGAGT a score=4943 s danRer3.chr4 22889807 127 + 33808418 CTATTCTAGGTGATCCTCCTCGAGTCTTGGCATGGGTGGCTCAGTGTTCAGTGTATTTACTCATCGTTGCTCTGGAGAAAAGTGTGGTCTCTCTGGTGCTGCTCATTCCTGGATGGACCAATGTAAG s fr1.chrUn 134670263 127 + 349519338 CTCCCCCAGGTGAGCCCCCACAGGCGGCCGCCTGGCTGGGCCAGTGTGGCGTCTACCTGCTGATCATGGTGCTGGAGAAAGGTGTGATCAGCCTGGTGCTGCTGGTGCCAGGATGGTCCAAAGTAAG a score=640 s danRer3.chr4 22889936 395 + 33808418 AAACATTCACACACTCACACTTT-----CTGTTATTGTG-------ACAGACTCACCACAACACTGGCCTAATTTTCTTTAACAATATTTAATAAAACTAGCTAAAGAAACACTGAACTACA----GTCAGCAA---------GTATATCTGTACCCACTGTGAATGATATGT-----------AACAGCTTGCTTGTGTTAAAAATATGTCAAGTGGTTGTACTTTT--TCTAATTACACTACTACTAATAATACTAATTATAAAAATGATTACAATTTTCCTAAAAAATGTAATTACATTCCATCTTTTTATTATTAAATGAGCAAATTACATGCCTATAAACACAATACTATTTGAAATGCATTCTAGTATGGAAGATGGGATGGAAAGATGATGAAAAAGCATGATTTTCATAATAGAAATTTTTGATT s fr1.chrUn 156041048 393 - 349519338 AGACCCCCGCCCCCCCCCACCCTTCTGCCTGTTATTCTGTGACTATACAAACTCATCTGAACTCA---------TCCCTTCCCAGTAGGTGGATACTTTAGCTTAA-ACACACACAAACACACTCTGTCAGCAACACTCTCCTTCATATTTGTGTTTAAT-TGAATGTTCTGTTGAATATAATAAAGTTGTCTTTTGGGGGAAAAAAAAGTTTATTTGTT-CACTGTGAGTCAATTTAGACCTGAAACAACAG----AACTATAATAAT-ATAAAGTGTACTCTAAAAAATGTATTCTTATATTAGTTTGTAATAATCAAATGATAAATTTAT---------------CCAGTTTTTAAACTTTAATCAAGTTTGCAACATGGTGTATAGAGGGTTTCAGAGA--------TACAAAATAGAATGTTAAGATT a score=1159 s danRer3.chr4 22891039 211 + 33808418 ATGTTTTTTATT--AAAACATTT---------ACGTTTATATTGATACTAATAAATGTATATTTATTTTTATGGCTTGATGCTCATTTTTACTTTCCAATATTAATGTTTTAGTCTCTGCTTGATTTTTTTTTTGTATCAAGCGTCACTTGATTTTAGCACATCTAATCTTAAAAAATGGCATCATTGAAATAATGGTGTCATTTGTTACTTTGGGCTAGCA s fr1.chrUn 128288931 187 - 349519338 ATGTTTTGGGTTCAAGAACATTTTTTCCACGGGTAATTATAATTACCCTGGTAAATCAAAATTCCTTTTTAATAACTGATTCAACTTTTTACTCCCAAA----------------------GTAGTTTTTCTTTTAAACAAAC--------ATTTTGG----TTGAATTTTGAAAAATTAGAATGATCCAATACCAAC-TCTTTTGTTGGATTGACTTAACA a score=5916 s danRer3.chr4 22892811 112 + 33808418 TTTTGTGTGTTGTAGTTGGAGGAGGTGGTGCTGGATTACATCCCAAACCCACAGCTGGAGCTGGCCATCGTCATGCTTATCGTGCCTTTCATAGTCAACGTgagtcatgctt s fr1.chrUn 134670450 112 + 349519338 TTTCCTGTCCTCCAGCTGCAGGAGGTGTTGCTAGGCTACATTGCTAACCCTCAGCTGGAGCTAGCAGTGGTCATGCTCATCGTGCCCTTCATCGTGAACGTGAGTGCAGCTT a score=4224 s danRer3.chr4 22893451 137 + 33808418 AGTCTATAATGTTCTGGGTGGTGGACAGTTTAACAATGCGCAAATATAAGAAGATGACGTCTCTGGAAGGCTCACGCGACTCTCCGAAACAAGTAGACGCTTTGCCAGATGAGAGCAATGATGAAGCTGAGGTGAGA s fr1.chrUn 134670616 122 + 349519338 AGTCCATCATGTTCTGGGTGGTGGACAGCTTGATGATGAGGAAGTACAAGCTGATGAAGTGCCTGGATGATTCCTGCGAC---------------AGCGCGGCGGAGAAGGAGAACGCGGACGAGTCACAGGTGAGA a score=910 s danRer3.chr4 22893813 220 + 33808418 ttaatggatatgctgagatgtgcatattttaaaaaaatgtgcataaTGTCTCCTACGCTGCCTTTAAGTTAACAAATGCAAATGTTTGGTCATATTTTACTAATAAATCACCTCTTGTAGGATTTTCTTTCATCAAATCATCATG------TGGGAACCCCATGAGTTTCTATTTTCTGGGTTTAGCAAATCCTTGTTCAGATCCAGGAAAGAATGAGTCAGAAAA s fr1.chrUn 140533759 216 - 349519338 TTGATAATTGTGCTGCATTTGGTAATTGTTAAAACTATTTATCTTATGTTAGTTATGTTATGTAATATTTACATAATCTGAAAAGGAGGACATTTACATGGAATA----------TGTTGTAATTTTCTTTATTTCTTCAACATTCTTCACTGTGGCTGATTTGACCTTTTCTTTTTTCTTTTAGATAAATTCCTCTGCAGACCATGAGATGGATGAGTCAGATAA a score=23233 s danRer3.chr4 22894922 782 + 33808418 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tctcgtctgaccacagaaccttctcccaatcactttgtgcatctttgaggtgatcattggcatacttt---aggcgaGCCTCCACATGTGCCTTCTTAAGCAGGGGTACCTTTCGGGCACTGCAGGATTTTAATCCATTGTGGCGCAAAGTGTTGCCAATTGTTTTCCTGGTGACTTTGGTCCCAGCTGCCTGGAGGTCATTCACTAACTCCTGCTGTGTGGTTGCAGGCCGATTTCTCACTGTTCTCATGATCATTGCCACCCCACAAGGTGAAATCTTCTGTGGAGCACCAGACCGAGGTCTATTGATGGTCATGTTATACTTCTTACATTTTCTCACAATTGCACCAATAGTTGTTACTTTAATACCCAGCAATTTGCTAATGTTTTTGTAGCCCATCACAGATTTATGCAGGTCAACAATCCTGTCTCTGAGGTCCTGAGAGAGTTCTTTGGTCTTACCCATGGTGGAGAGTTTGGAATCTGTCTGATTGTCTGATTCTGTGAACAGTTGTCTTACATACAGGTGATTAGTTAGACCTGGTGTCTTCAATTCAGGTAACAAGTTGTTTGGGAGCGTCTAACTGGTCTGTGAAAGCCAGAACTCCTAATGCATACTAGGGGATCAAATACTTATTTCCCTCAATGAAAAACAAATAAATT--AAAATAAATTCTTTAAAGTTATTTTCTTGATTTTCTTTTTGATATTCTGTCTCTCCATGTTAGAATACATCTACCATTAAAAGTATAGAATGATAATG-------------TCTTTATTAGTGGACAAACCAACAAAATCAGCAAGGGATCAAATACTTTTTACTC--TCACTGTATGTCACATTCA a score=-1312 s danRer3.chr4 22895781 412 + 33808418 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TAAAATAAAAAGATTTGCTTCTTTTCTTTAATATATGTGTATT---CGGACCTGTTTTACTGTGCGCGGTGCGTTCGCTGTACAGTCGGTGAAACACACCGC----GCATATTTAAAAAT------------GTGATTTTGGAATCAGTGCAAATGACCTCTTATCA------CGAGTGT----GAGGGAATGCCATTCTTTTACTACAATTGCGTCCTGAAATA-GGTTAAAATATAGTTTGCTCCCACATAAAAGTGGCTTAAATATGTCAGAATGTTC------------------TCTTTTGCAGAACGGTGTACGTTTATATGTTACAGTTTACAGTTTTTCCTGGATACATTGTCTCATACTGTGTTTTTTGTTGTTGT----------------------TGTTTATTTTTAAGAAACATGACAAATCATTTTCattttttttttttttaaaaataaGAAAGAAAACGTTAAATATTTGGGTTAGTAAATAGATGCGCCCCA----GTATAAAAGAAGCGTCTGTTTTTGATATGGCGACACAGGAAGTGGATGCCTTCTATGTTGTTGATTGTTCCTTTTTGTTTATGCCAGTAAAACCTAATCATCGTTCCTTTTGTTTTCATTAAATCTTGCCCAATATA--GAAGAAACGCAACACTGCTGTGCATGAAAA---------------------TACCAACAAACCTTTTAAGAAATTATTATAATTATGCTTTTATGGCACTGTATTAAGTATAGGCCATATTTTAAAAAGAAACAGAAATAAAAGGAAACA a score=6732 s danRer3.chr4 22904934 339 + 33808418 TGTGTATGTGTGTGTTTCAGTGTGTGTTTGTTTCATTAGCCCAAGCTCCTGTGTCAAACAGATGTGAAACGATGTAATCGTCATGCTGCCCATCGATCAGTTTAGCTGCATTGTTTTTGGCGAACCAACAATCCACCGTCTGCTTTCCAGAGTAGATTCTCCTGCTCTTCTTCATGACGGCGACGCTTCGATCTTTCACCTTTAGGAAGTGGAAACTGGGTAGTGTGAAGTTTTTACCAAGTGTTTCCTGTGTGCCGTTTGCTCCAGTTGTGCTGAAATTTCCAGGAATCTGCGTTAAACCGATGTCTTCATACAGGAACTGGCCTGTAAGTACAGAAA s fr1.chrUn 134673116 291 + 349519338 TGCAGGTGTGGCCGCCTCACGCCCCGTTACTCCCATGTGTCCATTCGCTGGTGTCGAACATGTGCGAGCGCAAGTAGTCCCCGTACTGGCCGTCTATCAGTTTGGCGGCGTTGTTGCGGGCAAACCAGCAGTCGACGCTCTGAGCCCCGCCATAGATCCTCCTGCTCTTCTGGACCACCGGCACCGAGCGGCCCTTCACTTTCAGGACG---------------------------------GTCCCGGGTTTGGCTTCTCCTCC---------------CACAGGAAGCTGTGCTAGTCCCACCTCCTCATACAGGAACTGACCTGAAAGCAAAACAA a score=13440 s danRer3.chr4 22907269 423 + 33808418 GCATTTGTGCT---TACCAAGCAAACCGTGTGTGTCCTTGCTCAGTCCTTTGCTCTTGGCAATGTAAAAACCCAGATGATCTCGCTGAAAGGCTGCTGGATTTTTGTAATGGTGGAATAAGATGACAAACTGGATGCTCCCTTGGATGGTTACTGTCAGGTTTGTGTTAGCAATTAAAACCACAGCCAGGTTTGCGGTTTCAATTGAAATGCTGGAGCTGGTGGGGAGAATCATCCGGTCTCGTCCGTCCAAGATCACTTTTTGTGTTGTCACCTCAATGTATGAGCGTTTTGGTTTATCTGCTACAATAGTGATGGTGCTGAAATACGTCCTCTGTTGTTTATGACTGCCGGCTGGAGCTGGAGCACCAATCAGAGCACCATTCACAGTCACACCTAACATGGAGACCGAAAAAACATGCATAAT s fr1.chrUn 134673501 422 + 349519338 GCCCTTATGCTACATACCCAGTAGCCCGTGGCAGTCATGTGACAGGCCTTTACTCTGACCGATGTAGAACCCCAGGTGGTCTCTCTGGTAGGGCGCCGGATTCTTGTACTGGTGCAGCAGGATCACAAAGCTGATGTTCCCTCCCACCGACACTGTCACGTTAGTCCCTGCCACAATGGACACGGACAGGACGCCGCTGTCCACCGTCACCGTGGAGTGGCAGGGCAGCACGATTCGGTCCCGCCCGTCCAGGATGACCTTCT-TGGTGTCACCTCGATGTAGACCCGCTTGGGATGATCCACCACCACTGTAATGGTGCTGAAGTAGGTGCGCTGGTGTTTGTGGCTGCCAGGCGGAGGCGGGGCCCCGATTAGCTTCCCGTTAACCGTCACGCCTGA---AGACACAGAACACACACGGGTGAT a score=7519 s danRer3.chr4 22909533 133 + 33808418 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AAAAATCTGAAATACCGGATGTTTTGGATAAGGTGACAGACTTTTGTGCCAGT---TTTCTGATGCCACCTGGAGAGGGAAAAAAACT--------GTAAAAAGTCATGGAT-----TGTTTTAGCCACCCTAATATTTTAAAGAATCTAAATCTAAAACAAATGTTACTTTTCCTAGCCAGTTAAAACAAACACACCTGTTGCTTTGGTGGCTGCAGAGATTGGCTTTGGTGGCTGCTTTCTTTGCAGGCTCTGAGG-CGGCAGACTGTTGTCATCTTCTGAA--AGCTGATT------GGCTGTCTCTGCCGAGGGAGG-AGCCTCAGTGCTTTTAGGCGGAGCTTTTGCTAAACTCCCGTCAGCCAGAACTTCTGGCTTCTCAACTATCATCTGCGTCAGTGGTGTAAGAAAATTATATGTTAACGACAAATTCGTAGCGTGTTGCGTGTAATTTTCCCTCTCTCCACTTGTCTGGCTGCGCAGTCGTCCTTTAAGCCCATCTTTAACGCTCAGAAATCCCCACAGTCGCTCCACATAACCATCCGATTTCGAACCC---------------------------------------------GCTTCAGC-----------TTCTGCTAGCCTCCGTTCAGTTTCTTGT-------TCTCGTTCTTGTATCGACACATCTTTCTCCATTATGATGCTTCGATCGCTGTTGCTAGCCGTCACCTGAACATGTAGCGAGTCTGAGC---GATTGGTCAGTTTTCCAGCCACGATGAGCTCGGAGCCGTTGAAGTAGTTTGTGAAGAGATTTTGGGTGATGTATTCCACAGCATCCTCAGAGTACTCCACACGAATGTCGGATAACAGTGGAGTACCAATTTCATCGTAAAAGCT-GTAGA-------TTGAAAAACAGGAG s fr1.chrUn 134674668 847 + 349519338 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TCATTTTTGTTCTTACCCTTTGAGCATGAGGCTGGCATCTGCATCCTCCGGGATTCTTCTCATGGTCCCGCAGTTGTCCAGGGACATCCTCTCTAGCAGCCTGTAGTCCACATCATCACCCATCCCAATAGTGAAGAGGCAGAACTTCTCCTGAACCGCAGTTTTGGTGTTGCTAATGATGGTAGGACTCTGAAGCACACCGACTGTGGGCCTGCCGTCGGTCAGGAAGATGATGAGCGACACGCTGTGGTGATGAGACTCGTCTTTGCTGGACAGGTAATCGCTGAGCAGAGCCGAGCCTGTCTGTATGCCTCCATTGATGTCAGTGCCT s fr1.chrUn 134676536 328 + 349519338 TAATGCTAACTCTTACCCTTTGAGCATAGAGCTGGCGTCCGCTTCCTCGGGGATTCGCCTCATCATGCCGCAGTTGTCCAGGGCCATGCGCTCCAGCAGGCGGTAATCCACGTCGTTCCCGATCCCGATGGTGAAAATGCAGAATTTCCCCTGCACGGCCGAACGAGTGTTGCCCAGGATGGTGACGGACTGGACCTCCCCCACCGTGGGCTGCCCGTCCGTCAGGAAGATGATGAGGGAGACGCTGTTGGGGCTGG---CGTCCTGGGCTGACAGGTAGTCCTGGAGCAGAGAGGAACCGGTCTGGATGGCGCTGTTGATGTTGGTCCCT a score=8669 s danRer3.chr4 22918029 218 + 33808418 AATATGTAAGCGGGTGTGTTCAGCAGTGTGTAAGAGTTTCTACCTCCAGTCACTGAGATCATGTAGATGAACTTCTTGGCGTCTCGTATGCTGATGGGTGTGACGGGCACCAGTTTGCCCGGCTGCCACACGCGGATGCGATTGGAAAAAGTGACGAAGTTGAAGTTATCGTTGGGCCGCAGCTCATTTATGATGGTGAAGAGAGCTTGTTTGGTCTG s fr1.chrUn 134676962 216 + 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s fr1.chrUn 214052077 1826 - 349519338 TTGTGCCTTTCCCTTCC--AGAGGAGGAAGAAGAAGAG---GTCCTGGCTGACATGGGCACCTCCGCTGAAGCAATGCAGGTTCCTCTGGAAGAAGATGAGGTGGAGCTGGATGAAGATGAGACGGTCAACGATGAGAATCACCCACTGAAGAGGCAC-CTGGACAG---CCCCGACGCAAGCATGGGCATGATGC-CCTCCAAGAGATCGCGCATGTAC------CCTGGCTTCAGCCCGGAATGGGCGGGCGAGCCCAGGGAGCCCCTTAGCTCTCTCAACCCACAATGTGTTCCCCCAGGCATTCTGCCTTCTCATGACAGCCTTGACCCCCTGTCCCCAGAAGTACCTTCTGAAGTGATTCCTCCCTTCAGACCTCTGCCCACCTTACCAAAACACTCTGATCAGAAGGGTCTTGCCACTCCAGGGAGAAAGCCCAAGGTCTCA------TCCCCTGGCAGACAAAGGACTAAATCCCCTAAA----GGGGTCCTTCCTGCTCCGGTGGGT---GGTAGTCCCATCCATT------CTCCAAAACCAACT--AAGGAAAGGAAGAAATCCCCCGGACGGACTAAAAGTCCAAAGAGCCCTAAAAGCCCAAAGATGGGCTCAGCCAAAGCAGCGCAGCCTCAGCTCAAGACAGAGACTCTGCATAAACTACCGCTGTCTGCACTGAGTGAGAGGATGGGCAAAGAGAACATCCACATGCGTGTTAAAATAGAGGACAGGGAGTTAGCCGAGAGCCCCTTCATGAAGCTGGAGCCCGAAAATAAGGCTATTGATGACTCCATCGATGCCGTGATCGCCAGAGCCTGTGCCGAGCGGGA------GCCAGATCCTTTCGCCTTCTGCTCGGGCTCGGATTCAGATAGCAACGGGTTCTCCAGCCCCAGGAGACTG---ACCATCATGGAGCCGTCAACGCCGAAAATCCTGCCTGGACTGGGCAACCCCATCAAAGATACGTCAACGCCTCTTCACATCCAGGCAAACGCAGGCCCTGGAAATTGGACAATGGATGATTCAATCAATGAGGTGTTAAGAAAGGTTAATCAGGGGGGTCCGTCTGCGCCGCCACCGAA------CCAGGCAGAA------TACGTGTCCTCGGGTTCGGCCTCGCCGCCGACTCCTGAGCCGCTGCTTAAGGTGTTTGAGGAGAAAAACAAAATTGTGCCATCGGTAG--ATATAaagaagaaactgaaaaaggagctcaaaactaaaataaagaaaaaggagaaagacaagccaaaagataaagacagagagaaggataagagcaagacgaaagagaagaacaaggataagaacagggataaaaacaaggagTTTTCCAAGGATGGTAAGATGCTGTGGAAGGA-CTTTGGGTTGAAGGACGATGAGCTCTTTGCACCGCATGATTTTAGCTTCACCGAAAGCTCCATCAAGGTGAAATCCAGGGATGGAGATGGCTCTAaaaaagagaaggagaaacacaaagacaaaaagaaagacaaggaaaaaagtaaaaaggacaaagataaaaaggataagagtaaagatcggagcaaagaCGACAGG----------CAGAAACAGTCTGCGTTGGCCCCCTTTGCTCTGGCTGAAGTCCC---GCCCTTGTTCAGCCCCTCCGCCTGCCTCCAGATCCCCTCCATGCTTCCACATCTAGCTCCGATCCTCCACGAT------------------AAGAATGTAAAGAGCaaggagaaggagaagaagaaggacaagaaagagaagaagaaaaagaaagataaggagaaggac------aaggagcgggacaaag------------------ctaaagagaaggagagggaaaaagaagagaaaaggaaagagaaggagaaacggga------aaaggagaaggataaagacaagATGCGATTGGACAA 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ATTTAAATTACTGCGCTGAGGTCTGCAGCAATGCTTCACACTTCAAGCATTAACAAAAGAGCAAT-TGGATAAATCATAAAGCTGGTTAGAGAAATCGTATAAATCCATTATTCCTCCAATCACACACTTTAAAATTCAACAATCTAGTTCATTTTCAAACAGCACAAATTATATATCAAGCAGCAAATAAGATGCTCCCGGATCACATGCTGTTCATTTATGTACCGGTATAGTTCATTTTTCAGATTTATTTTTCTCAAAGCCTAATTAGG a score=7458 s danRer3.chr4 23060179 332 + 33808418 AATTAAAATCTACTACACAATTTGTATTAT------AACTGTTTTCCATCTCTCTCTCTCTGTCTCTTTAAGTGTGATCAGTAAAGTGGTGCCAGATACAGAGCCCACTCCTCCTCCACCGCGGACCCCAGTGGCCCGAATGGGTCCCGGAG------CCCGAATACGtcctcctccagttcttcctccacctgc---------cccgcctcctgcaacccctccacctcg------tcctccacccgtgctgcctccacctccacctccAGCGGCCCCCATCCAGACTCCACCCAACCAGGCTAAGGCTCGTGGCTGCAGCGTCGTCACCGAGACTGTCAGTGCTTATGTGGTCAGTC s fr1.chrUn 214054066 345 - 349519338 AATTAAAATCTATTGTA--ACTAACAGCATGGCATCACCTGGTTCTTATTCCTCCTCCTCCATCCAC---AGCGTTATCAGTAAGGTGGTTCCTGATTCAGACACCAGAACGCCCATATCCAGGACCCCGATGGCCAAATCCGGCCCTGGGAGTCAGCCCCGGATGCCCCAGCCACCGCCCATGCTTTCCCCTGTGGTCCCCATCCTGCCGCCGGCTCCCTCTCCACTTCTGCCACCTCCTCCCCCCTTGTCGCTTCTCTCTCCTCC---------CCCCATGCTGCCTCCCTCCACGCCGGTGAAGACGCCAGTGCGCAGTGTGGTGACTGAGACCGTCAGTGCCTACGTGGTGAGGC a score=8391 s danRer3.chr4 23064350 162 + 33808418 TCTGTGTTTGTTCATGACAGATTCGGGATGAATGGGGTAATCAGATCTGGATTTGTCCAGGATGTAATAAAGCTGATGACGGTAGTCCAATGATCGGATGTGATGAGTGCGATGACTGGTATCACTGGTAAACAAACCCTT-ATTCTTTATTTTTCTCTCTTT s fr1.chrUn 214054481 163 - 349519338 TTTTTGTCCGTTCGCCCCAGATTCGTGACGAATGGGGGAACCAGATCTGGATTTGTCCTGGGTGCAACAAGCCCGATGACGGTAGTCCCATGATCGGATGTGACGACTGCGACGATTGGTATCATTGGTGAGTTTCCATTTCATTCGTAGTTTTTGTTTTATT a score=6037 s danRer3.chr4 23065459 133 + 33808418 TTTTTCTGTCTCTTTCAGGCCTTGTGTGGGTCTTCTTGCCGCTCCTCCCGAGGACCAGTCCTGGTTTTGCATAAAATGTGCTGGCAAGAAGAAAGACAAGAAGACAAAAAAAAGGAAACGCAAAGCGCACTGA s fr1.chrUn 214055069 133 - 349519338 TTTTCTTGTTGTCTTCAGGGCATGTGTTCGGATCGACACAGCCCCTCCAGAGGACCAGCAGTGGTTCTGTATTAAATGTTCTGGCAAAAAGAAGGACAAAAAACACAAGAAAAGAAAACACAAACCGCATTGA a score=8184 s danRer3.chr4 23073908 177 + 33808418 GAATGACTTTGTGACGACCTTTGTTGCAAATGGGCTGCA-----------------------GACATGGAAATGGCTTAGCGCTATCGCCGTCTCCCAGGCAACCATCAGGGTCCCC-ATCTCTC-GCGGAGAAATGAGTTATGAAAAGGCTGGAGTGAAGCAGGGATTAAACATGATCCTGGGGACAGGGTGTCAATCAAA s fr1.chrUn 134721167 200 + 349519338 GAATGACTTTGGGATGACCTCTGTCGCGCATG--CCGCCCCCCCCCCACTTCTCATTCGCGCAAAAAGGAAATGGCTTAGCGCCGCCGCGGTTGCCCGGGCAACCATCTGAGTCCCCCATCTCGCAGTGGAGAAATGAGTTCTGAGCGGGCTGGAGAGCGGCGGGGATTAGCCATGATCCCGAGGACGGCCTGTCAGTCAAA a score=2499 s danRer3.chr4 23084746 53 + 33808418 TTGTCACCGCGAGAGGACGCACTGTCACAGTTTAAAA-------GAGAACACACACCACA s fr1.chrUn 96746196 60 - 349519338 TTCTCACCGCGAGGGGACGCGCTGCCCCAATTTAAGAGCCCGGTGAGAGCGCAGAGCCCA a score=20698 s danRer3.chr4 23085124 1037 + 33808418 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TCTTTTTTGACAAGGTCATCGaaataataataatatttaaaaaaaaaaaaG------AAATCTGTGGCAGCACTTGTGCGTCTCTCC-TGGCTCACGTTCTATTCAATTACAC---------AGGCCCCGCCCCCCCACCGATGACACCCACAGACCCTCCTTAAGTTGCGTCGCGCCACAGTTGTCTGCAAGCATTGAGCTGCCTGGCGCCATCCTGAAAGAATGCCTTCACTGTAAAAAAagagagagagagaggtg------gagagaaagagagagggaggtggagagagCCTGACAGAG-----CAGAGAGGGGGGAGT-------------TAGTGGAGAGGGGGGCTACAACAGCGCGTAAAAGCCAGATTTGATCAGTGACTTTGACTCGCTGCTGCCGGTCAGTGCGCACCGAAACCAAGAGCCAAACGCGCAGCGA---AGCTCCGCTCCGGCCTGAAAACTCGATTCTTTTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaTTCCTCGTTTTCAAAGAAGAAGAAAGTTGAGCAACTGCGCGGGACTGGAT-CCCAGTTTGGACGTATTT----ATATATCAACAGCGTTGTTGCATTTTGTCATGTGGGGTATGTTTCCTGTAAAT-ATCTGCTTTTGCTGCATCTGCGCGTAAACTCAGAGAAAGTTTTGGttttttatttttcaatttttcctttttaaaaatgtaatgtaattttttttttaaataaaaaGAATTAAGACAGTGAATTTGTGCCTCTGTTTG--TGCAGGTGAGCAGAACCAACGGCG----GAACCTGTGGATTTAACTTTGAACACTTCGGTCGGATTTGGGACTCTCGGCTTCTTTGCCGCGCTGCCGCGCTGCTTTGAGTCGCG-GTGCACGAACGTTTGCCGCGTGCAGAAGTGAACATTTGAACTATTAAAGAGAGAA---ATGGAAGTAAGCGCGGACCAGCCTCGGTGGATGAGCCATCACCCCGCGGTGCTAAACGAGCAGCACCCCGGCTCTCACCACCCGGGCTTCGGCCACTCTTACATGGACCCTTCGCAGTACCCCCTCGCTGACGATGTGGATGTACTCTTTAATATCGATGGACAGGGGAACCACGTCTCCTCCTATTACGGAAAGTCAGTCCGGCCCGTCCAGAGCTACCCTCCACCTCCTCACAGTAAGT 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danRer3.chr4 23089774 511 + 33808418 CATTTTCTTCACATTCCTATGAATAATTCATTATTATTCTTAATCTGTGTATTATTTGTGTATATTATTTGCATCATATTTAATCTGCAATAATTCTGTTCAATATAGCAAACGAGCGAATGGCCACTATGTTTATGCGCACCAGTGGCATGGGTTGT----------------GTAGTTGTGCTTGCGTGTGCATGTAAGTTGTGTTTTAGTGGCTCTAAAAATGAGATGTGCATGCGTGTGTATCTGTGTTCGCAGAGGGTAGAGAATGTGTAAACTGCGGGGCCACCTCGACTCCTCTGTGGCGGAGGGATGGCACCGGTCACTATTTGTGTAACGCCTGCGGACTTTACCACAAGATGAACGGACAGAACCGACCCCTCATCAAGCCCAAACGGAGGCTGGTATGTTGCTCTATGGCACT----GTATTAATGACACTTCTGTCTTTTTCTCTTTCTCTAC-----CCAGGAAGAAG------TGTTAGCTGCAAGAAATTGACTCGCCAAGCGCAGGTGTCAATTCTTTTAGATTAA s fr1.chrUn 96749746 509 - 349519338 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ATTTTTTTGGATGTGCTATAGGTCTCGGGCAATTGGTTTGTGTTCACCTAAaca--------------------------------------cacacacgcacgcacacacacacacacacacacacacacaT-----------------GAAAAGACTTTGTTCCCGCCCACAGATTATATGCATTGTGAAAAA--GTTCCTGTATTTGTTATTTGTATGTATAAATCAGAGTACCAAAAATACGAAATAAACAAAGATGTAGAATTATTTCTTTATGTTATGCAGACTGAATGGCTGTAAAAATTTAATAATAATCACTAGTGT-AAAATATGACTGCCTTCTTTTGTTTCGTAATTCCCCCCTCCCCCGCCTCCCCACCTTTGAAAATAATAAACTAGTTTAATCTCTGTTGACAT a score=1297 s danRer3.chr4 23099056 153 + 33808418 ATATAGTCATGCAAACCCATGTTTATATATATTATGACTATATATGTGCGCAACCATATATT-TTTGCTGATGTTTGTTCCTGCAAAACTGAGAGTGCAACATT----AAATCATCACGTCTTATCAAAAAATCATATCATAACCTCACTTTTGCTGG s fr1.chrUn 345375925 158 - 349519338 ATGTAGATATTTGATCCAGTGTTTCTTTAAAGTGTGAATTTATATGTAAAAAAAAATGCATTGTTTTTTTGTTTTTTTTGTTAAACAGTTATCTCTTTTGTATTTGCAAAATGACCATATTGAATCAATAAAACGTGCTACCGATTCGTCTGCGATGG a score=5677 s danRer3.chr4 23106184 205 + 33808418 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fr1.chrUn 42132899 928 - 349519338 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score=182 s danRer3.chr4 23286016 106 + 33808418 gaataccctgtcagaaaagtaattggctgggaattacagtgtttttttaaagtgtctgattggtataacgttaatgttgtttttatgtgatta--catgatgtatatg s fr1.chrUn 141243459 104 - 349519338 GACTACAGCAACAGTCCAGTCCT----TATGAATCGCCCTTTATTCTTGAATTGGCTTTGTTTCACAATTCTAGCAATCTTGATTTGTGGTTATCTCTGTTGTGTGTG a score=50 s danRer3.chr4 23286128 152 + 33808418 gtgtaagtgcacagaacagttatgagtttattgccacattatatcgttatgaaaacatgatatatgccttcagtaatttcctaaaga---taaataacaaaaaataacgcaactgaaataactacagtagttttccatcgtcaatctcatataaa s fr1.chrUn 174857104 136 + 349519338 GCTCAGATGTTCAG-ACAATTTTCTCTTTTTGGTCTGATTTAATCGTCCT-----------------CTCCTGTCTTGTCAGAAGGGGTTCAAATAACAAACAGAGAGTCAGCTGAGTTTATTTACATA-TATTCTATTTACTTTTCTCTATAAA a score=1932 s danRer3.chr4 23289083 165 + 33808418 gcaattctgtcatttactcatctctcactt-----gtttgctttttacatttgatgaacac--------aaattcacacaa-----agattttaaaa------taattttgtaaacc------------------------------------------------gataaAACCGATTGTAAACTGAATTCCCAATGTTCTTCAAATATTTTCTTTTGTTTTCAACACGGAAATTCT s fr1.chrUn 324707924 237 - 349519338 GCATATTTATCAGTCATTCAGGTCTCATTTCCTTGTTTTGGTTTTTCCATCTGCTGAGCATTTCTTATAAGCTTCAAAGGATTTTCCAATTTTAAAACTGGTGTAATTTTAGTAACCTTGATTACGATGTGTTGTTTTTACTCTCCACAATTTCCAGGAGGCACTGGTGCCATTGACTGGATACTAAACTCCAAATATTTATATAATATTTCCCTGTATTTTCAGAACTTTAACTTT a score=693 s danRer3.chr4 23292567 400 + 33808418 TACATTCATATTATTTTAAAATTCTTAACTTTTTTTTGGCGAATAACAG---------AATGCTTTAATTATTAGCACAAAACAGCGTAACATATTGCTAAAACGTAAATCAACCCAAATTGCTTGCCAAATTTATTTCCCTCCTAATTGGATTTTTTGTCTATATTAAAAGTGCAATCCATCAAATCAGATATCTGATCTAACCTGTTCAAGAACAATTAAATGTATAAATAACCACTTGCCCTG----AGAATGTGTGTACAT-ATGCATATAAACATTTTCCTTCAACCTTGGATTTGCATCTCTCTTAAGTAAATTGCGGAAATACATCAGTCAGTTGTTTTTATGACAGAAGCATCTGATAACAAGC--TTTACCCTTTATAATGTTTACCAGGATacacacacacacaca s fr1.chrUn 130942607 322 - 349519338 TACATTCTCATACTTTTCATGTCCATACCTTTCAGTTGGCCAACAACTGAAATCTAGAAATCTTTTTTGTATCAGTCTTAAGTAATATTCCAATTTTCTGAGAC--------ACTGAAATTG---------------------------GGATTTTT----------------------------ATTAGTTGTCAGTTATAATC------ATAAGAATTAAA-----AGAAAAACACTTGAAATATATCAGCCTGTGTGtaattaatgaatataa-------tatacaaatttaaatt--------tttGAATGGAATTACTGAAATAAATCA---AGT--TTTTCATGATATTCTAATTCTATGACCAGCAACTGTACATTACTGGTGTTTCTGAAAACACCCATAAAGAAATA a score=5677 s danRer3.chr4 23364452 205 + 33808418 TGTTGCCTGTGCGTGTGTATCTGTGCTCTTGTTGTATAGTGTGCATGTAGTATCGTCGACCG----GCCACCCTGCAGCCCCCCAGGCTTGCCCAGTCGAAAGGAGAGATGATTATCTGTTATCTGCCATGTTTTGACGGGAGATTATGCTAAAGATTTACGATTGCTGAAAAGACAATGCCGAACA-----GCGCATTCTCAAGTGGCAAAAG s fr1.chrUn 252762065 208 + 349519338 TGTTGCAAGTGTGTGTTTGTGTGTGGGTGTGT-GTGGGATGAGGGTTTAGGCACGTTGTCTGCGAGGCCGTCCAAGAAGCCCCAGGGCACC-----TCAGCAAAAGAGATAATTATCTTTTATCTGCTGTGTTGTGACGGGAGATTATGGTTCAAATTTACGATTGTTAAGGAGACAAAGCAGCACGAGGCTGCTCTTTTCAAAGTGGCGAGGG a score=84 s danRer3.chr4 23392367 779 + 33808418 TCTCACAGATCCACTGAAAATAATTATTACACGGATAATCGGCCCAT--CCTGAAGAA--------CGAGATA-----CAGCACAGTTCTCTCCTCTTTTTCCATTGGGTTCAAAGGTCCCCCAAAATCTGAAACTACAGATCAGCATTAGATGTTCAGTGCTTTAGTGACTGGAAAATCATTTATTAGATAATAATCAGTTCAGTTCAGTGATTTCTTACCCAGAGGTCATGCTGGGGTCATCAACCCATTTCCAACTGCCTTCCTCATCACTGTCACTCAGACCAATCCAGACCACATCACCACCAGATATTTTCTTAACAAAATCC---TAAATGTGTACAAAAT--GATATTGTAATCTG--------------------CCACCATTTAGCTGTCTTCACACAGACTTTATACC----TTGTGTATAAAAGTATATGAATCGCC----TGACAACCGACTTGCCATAAAAAAAATCCTATTTCATCTGTTCACTTCATCACTGTC-AGTCAGCCCAA-------------TCCAGACTGTAACACC--------ACCTGATATTTTCTTAAAAAATACTAAGAAGAAGAACCA----ATTATATGAAATCTGATTATGCCCAAACTCAGTTGGCTTTGTATAGAACTC-CCACTGTCC-----------AGTTGGCAGTACTACAGTAAAAATCTGTGACACAAACGAGACGGTCAAAGTTGCATTGTTGTTCAAAGTTAAACTGCTCTA--ATAACGAGTC-TCCTTCTACAATGTTACACTTGTGACTAACCATTCAGGGTGTACAGTAACAGTAACACTTGTAAATCCATACAGTACAAAGCAAACAAAATAACAACAAT s fr1.chrUn 314672983 831 - 349519338 TTTGGCAGATCCACTTTAGCGCGTACGGACACGGAGCGTCGTTCCAGGACTTGAAGGGATTGCTTCTGGGGTAGACAGCTGCACAGTCTTCATTTCCATGGTTGTTGGGCTCGCCGTCGTTCCAGTAGCTGGAAAAATAAA--AGAATTACAGGTGCGCTACACGACTTACTTTG----CATTTTCCAG----------GGTCAGGTCAGGGGTTACCTCTCT----GTCAGTCTGCTTCCGTCTGTCCATTTCCACGTCCCCTCCTCGTCGACATCCCTCAGGCCGATCCAG---AAGCCACTATCTGCTATCTTCCTCGAGGATTTTTGATAATTATTTATCAACTCAGTTATCGCCATCTGAATGCCAGGAAACACATAACACAACATTTAACAAT-GAAACAGAGACTTTATATACCAGTTGTGGTTGAAGGGAGGTGATCCTGCCCTGTTTCACCTGAAATATCGAGCGAGAAAGTAGAATTCTTACGTGTTTCTCTCTGCTGTCAAGTTTGGCCAAGTCGCCTCCTTGTTTCAAGCAGAATTGCCTGGCTTCGAGCCAAGGTCGGCGTAAAATGACCTCAGAAAAAGGAAAGTAGTAACACATGGAGTTCATATATGTCCAACCT-GGTAAGCAGTGCCTGCAGCCCTCCTCTGTGCCAAAAATAGAAACATGATGTCATTACTATGTTCACTTGGAATGCAA--------GTGATAATTAAATATTTGGTTGAATACAGTTTACGATAGGACAATGAGTTATTTCTGTACAATTGCACATATATTGTTTTACATGCATAG-GTATAAAACCCTCAATATTTACTATTC---ACAGTATTCTTCGAGTAGCTAAACAGGAAT a score=2668 s danRer3.chr4 23393516 422 + 33808418 ACTCACTTGTTCTTCTTTGTTGTTTATGATGATCAGATCTGCTCCTCTGTCTCTACAGTTTCTTGTGCTCTCAGACCAGTTCTT------------TTTCTCTGAAGAAATGAAGTAAAAGCTGGACTGATAGTTAAACCATCCATCT-----------------------------GTAAACACAACAAAGTAGAAGTAAT-------TTATTTCCATCACACTAAACGACACTATATGTGAATAAAAGGTTGTAACCAAAGATGAAGTACCTAGTTTATTACGACACTCCTGCAGGTTGTTTTCCACCTGCTGTAACTGCACGTTTTGTATTATCAGATCATCATTCTTAGATAATAATTCATTCTTTTCTTTTG--TCAAGTTTTGGTTCTGAG-CATTCCCAGCATTGATATTGATTAGTAGTTGGTCTCTCTCTTCTATGAGGTTGGTTATGTTGATTAGTAGCTGGT s fr1.chrUn 314675912 442 - 349519338 ACCGACCTGCTTCTCCAGGCTGTCGATCACGAGCAGGTCACCTCCTTGATTCACACAGTTGCCTCTGCTTTCATCCCAGTTCCTTTTGGTGTCGGATTTATTTTGAGACGAGAAATAATAGCAGG-CTGATTTTAGAAGCATCCAGCCAGGCTGACATTTGTTGCAGCTTTCCACTGGTGAAAACAAGAGCATGGAATCATTTACACGCTCATTTATTTTATATTAGAACACGAGAGATCTACATAATGGAGCGTCACC----------TACCTAGAACACTTATGTTAGACTGCAGGTCGGTTTTCTTCATCTGTAGCTTTCCAATTTGTTTGAGGATGTTGTCTGTC---------AGCACCTTCTGCTGCTTCAGCTCCAGCCTCA---CTGAGATACCGCCGGC----GCGCTGTTTAGCAGCTG--TCTTCTCCGCTTCCAGCCTGGTTTTAATGAT--GTGGCTGTT a score=1497 s danRer3.chr4 23393938 34 + 33808418 CTCTCTCTTCTGTGAGGCTTGTAATTCTGTTCTC s fr1.chrUn 27889112 34 + 349519338 CCTTCTCCTCCGTCAGGTTTCCAAGTCTGGCCTC a score=2136 s danRer3.chr4 23393993 60 + 33808418 GTAGACGCTCAGCACTATGACTGCAGTCAGTAGAAGAAAACACAGCAGCACCAAACACAC s fr1.chrUn 27889297 60 + 349519338 GTAGACGAACTGTCCGATGTTTCCAGCCAGCAGGAGAGCGCACGTTAACCACAAACACAC a score=3038 s danRer3.chr4 23402280 290 + 33808418 GTCTCACTAATGTTCATAGCCCTGTTTAGTTCAGGTTCTCTGCCAACCTTTGCTGTTTTTAACATGAGAGATCTACAACAAACTTCTGTGAGTGACAGAAGTGTAAAGGCCAAGATCATGTGACAAAAATGTAGAAAAAGTAAAAAATTATGTTTATGACATTGACCTTAAAGCAAAAACCCAAATATCAGTTAAAGTTAAAAGC-----ATTAGTTTTTTTCAAAATAATATTTTTACTTTAAAACAGCCATTTTTATGTAATGTGACAtgatct-aaacacaataattctctct s fr1.chrUn 308002201 272 - 349519338 GTCCCACTGAGA---ATGACATTGCTTAG--CAAGT--------AACCCATCCTGTTTTAAA-----GCAAATTGTAAGGAATTCCAGTGCGTTTCAGCGCTTAATTTTCAAAAATCTTGTGGCAATCTTGTAGAAAGCTAAAGAGATTCTAATTTCGAGTTAGTGAATAAAGCAAAACCCAAAATATCAATATAATACAAAAGTTATAATTTAGTTCTTTCAGAGAAACAATTAGGAATTTAAAGCTAC------TGTAGAATGGCGCACATTTTGAGACACAATGTCACCCTCT a score=885 s danRer3.chr4 23415860 349 + 33808418 TTACAGCATGAACAAAAATACAACTTAATGACTTTTTTAAGTGCT---------------CTTTTCTCACAGATCCACTGAAAATAGTCATTACATGGATAATCGACCCATCC-----------TGAAGAATAAGATA-CAGCACAGTTCTTTCTCTCCTCTTTGTCCATTGGGCTCTGAAAACCTCCAGAACCTGAAACGACAGATCAGCATCAGATGTTCAGTTCTGCTTTCTGTATAATATGATTCTGACTGAAGAATCATTTATTAGATAATAATCAGTGAAATTCAGCAATTTCTCA----------CCCAGTGGTCATGTTGCTGCCATCAACCCATTTCCAACTGCCCTCTTCATCACTGTCAGTCAGACCAATCCAAA s fr1.chrUn 316002990 327 + 349519338 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CAAAacacgcacacacacacaca-----cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGAAAGAGAGAGAGATAGAGACAACATACAACATTACAAAAA--------CAATGTATTTGAACAATCAATGTG------CAATTAAAATAGGAAATAAGCGAACAGAATTCTTCTGTCAGGGGCGGGGTGTGAGACAGGGCTGTCCACCAACCCTCTTCAATATTTACATGTATCTGCATGCTCCTCTCCTAGAGCATGCAGATACACCGGGTCTCACACTATACGACTCCAGTGTGAAGTTCCTGCTGTTTGCAGATGATCTGGTGCTGCTGTCGCCAACAGAAGAGGGTCTACAGCAGCAGCCTGATATCCTGCACAGCTCCCGTCAGACCTGGGCCCTGACCGTTAACCCAAAGAAAACTAAAACTAAAAACCCA------------GAAACACAGCTTTACCCTTGGTATGACAAAAATTTAACCTGCCATAAGCTACACATACCTTGGGTTGAAAATAAGTGCTAATGGAAAACTAAATTCAGCTGTGA--ATGAACTAAAAGAGAAAGCAAGAAAGGCCCTTTTACATCATTAAAA s fr1.chrUn 165534010 576 - 349519338 CAAAATTCCCTCAGACAGAAAAAAAATCCAGAATCATAGAACCACCAAC-CGCATCTATACTCTC-CACACCCTTATTGGAAAACATTGACATCAAAATAAATCAAAAAATCAAAAATATTTCCGCTCTGTAGATTTGAG-ACTCATTGTAGGTTCTCAGTGAAGAT--GAAGTGAGATCACAGTATTCTCC---CAGAGCCAAGAAGTAATGGAAGGA-----ACCAGTTCTCGTC----CCAACACTTAGCAAAA-----CATTACAAGAGTGTTTAGCT---CCAGACGTCACCCTCAACAACACAGATCACAGATGTCT--TGAATGCAGAAGATCTGGTGCTGCTGTCCAACTCTAAAGATGGACCACAGCGACTCCTAGATCACCAGTATCACTTCTCTCAGACTTGG--CCTGACGGTCAGCCTGAAGAGTTCCAGAA--AAGGCCGCAGTATGATGGAATGAGACCCCAGTTTATGCTGGGCCCAACCCCCATAGAGCACACAA------ACACATATCCAGGATACATATGAAGGGAAGATGGAGACTGAGATGCATTTCAAGCCACACATTTAAAGA-----CAGGAGAGACTCATTT--CTCCTTAAAA a score=2484 s danRer3.chr4 23416930 229 + 33808418 CAACACAAATAGAAATTTCAATTAGAATCTGGCTCAAAATTTTCCAGTCAGTGATTGAACCTATAGTTCTATACGGGAATGAAGTGTGGGGTCCTCT-CCTCAGTTATGAGCTTGATAAGTGGGATAAAAATTTAGTTGAAGGC-CTACATG---CAGAGT-TCTATAGGAG------------CATCCTCGGGGTACAGAGGAACACACCTAGCAATGCATGCAGGGCAGAATTAGGCCAGTATCC s fr1.chrUn 218190159 222 - 349519338 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TAACCAGTTTATCATAACTAGTCTGTAACTGGTAGATCTGTCTCGTCAGGTTACCTTCTAACTGGTGTCTTTCCCTGATGAGGTCATTGTGACCGGTCTGTAACTGGTAGATCTGTCTCGTCAGGTTACCTTCTAACTGGTGTCTTTCCCTGATGAGGTCATTGTGACTGGTCTGTAACTGGTCTCTCTCCTGCTTCAGGCTGTTGTGACCGGTCTGT a score=1618 s danRer3.chr4 23418217 172 + 33808418 GTAGACACTCAGCACTATGACTGCAGTCAGCAGAAGAAAACACAGCAGCACCAAACACACTGCATAAGCTCTGGTGCT----CTTTGTTTACTGAATCACTTCCTAATGAAGAACAATGATGTTCCATGATTAAA-------TGTGCAAACTGTGACATTTTCATTTGAAAAAAAAAAAGCTG s fr1.chrUn 27889297 181 + 349519338 GTAGACGAACTGTCCGATGTTTCCAGCCAGCAGGAGAGCGCACGTTAACCACAAACACAC-GCTCAGGCACCGGGAAGGTGACGTTTTCCTCTGAA-CATTCCCTAAAAATAAAAAAGGGTAAACAAGATTTAGAATCTCTGTTAGAAAAGTTAGACACAGATCTATGAAAAAAGGGCATTTG a score=1737 s danRer3.chr4 23428854 344 + 33808418 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agcctgttaaaggtgacccataccgtactttaccactcagtggaaac-----gggccatTATGTAGTTGTTGAG--AGTTTCATTTATTATGTGATCTTCTCATTTTAATTTTCATTTGAATTGATTAAAAAAAAAACATTCAATATTTATTTTTGTTTTTTGCAACAGGACCAAATATTTTTTTACTTGTTAAATCCTTCAGATGGGTTTTGTAA----------ACAAGATATGAACGAATTCATTTGAAA------GATTTGAC--TCAAAATAATCATTTATT------CATATAAT------------GCAAATGTCAAATTATCCAGAAGAAATATTTGCATACAAATAAATATCCAATT-TTGGGGtaataattat--aataata--ataataataCAAAAGTGTCTGAACAAAATTG------CAGCATCTGTACTTCAGAGTGTGA----AGGAAAACTAACTAGAGACTGGCATGTTGTG--CCAATGTAGTTAATTCATGCTAAATT-AGCTGGAATCAA---CCAGAGCGGTTGAGAAACACAAAACCC-TTGGC--CTAAGTGCT------------CATTTCAAAGGGTTTTCTTTTCAATC-------CAAATCTAATGTTCACGTCTGCCATGCTGTTAAACTTGAACATGACAGAGAGGATTTAGATGACAGAACAGGTGTTTGAAAAAAAAC------ACAGGTAAAAGCACGCAGTGTCCTTCAATTGTGCACAGTCTGTCATTACCCTGACAGGAGATCATTCTGAGCCGCCTGAGGCTTCCAGGGGCATCAGAGTAAG---ATGAAGGAGAAGAGGACCATC------------------ATCTTCACCATTTCTTTTCCTCCATATGACCTCTAATCATGGCCTGTCTCAGATAGATGAGCTTTAAAAGAGACCCGTTCATATTCCAAGGTCTTGGTGCCACATAATG-GCTTTGCGCTTTCTCTTTGTGTAGAGTGGAGAGAGAAAAAAAGTTGACACTGAAATATGGCAGTATCTCGCATACAGGGTGA--AAGCAGCACACGAGCATCAT---TGAGATATATTTATTGTACTCT--TTGAAAAAAAAAAAGCTGGTG--AAAAACACAATGAC s fr1.chrUn 107395504 1064 - 349519338 AACTTGTTATATGCTACC---ACAGTGTCTTGATATACAGTAAATATATTTAGAGCTGTT-TGTATGTCTTGAGCAAACATTCTTCAAAATATGACCttaatatt---------------atttattatataa--------taCTGAGTATTTTTATAGTTTAGATAAGGGTGTAACATTATTTAATTGTTTG---TCATTAAATGAGTTGTGAGGCTTCGATGCTGCTATATATCCACGCATTCATCTAAATCTGCATGATTTTACATGTAAAAAAACGTTATATTACAAACCATATAATACTTGTACTTATGCACATTTCAAAT-GTGCATCACTGA-ATTGGAATTTAATCTAGTGTCTCATCATTGTGAGCATGACTGTTCAATAATAGCATGTGCATTCAGATAAATCCCAATTAAATGGATTTCTTATAGTCTGTTGCTGGAATAATGAGTCCAGTCAAAGAAAAAAGAAATCGTTAGTTTATGTCCCATTATAAACAAGTATCATTAGTTTGAAATGGAAGCAATTACCGGTATAGTTGATGACAACACCACAAGTTGGTAACTCAGTGCTTCTGTGGTCGGTCACATGAAAGAATGCGACATTACATCTATACCGCAAAATAGAAATTTAAACGTGCC-TGTTGT---------AAATGTCAGAAA---TTTAGAAGACAT--------TTTGGAAACTCACTTTGAAACAGATGaattaata-attaattttaatttaCACAAAATGTGCAAATGAACTGAAAAATGACCATTTCATTCCTAC--AGTCTGTTGGAGAGATTTGTGAACATCTATATAGTAGAATATGTCCACCTGCAAATAGTACAAGGTTATTTTTGGCATTTTTTGTTTTCAAAATAATTTCTCACTATGGCTTTTCTCAGCTATATCCGCTTTGATATCAAATTGTTATTTTCCACAGGAAATAGTTTCCCATCATGTGCTTGTTGCTGAAACATTGCT-------------GGAAATCAGTGG-----GAAGGACAGCATGATCTCGT-TATAAGTTTACTAATGAACAACTATACATTTTATATGGAATAGATTTCTGACACTTTGCTTATTTGAGAAGAAGCTGTTAGCAGAAAGACAATGAC 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ATCAATCAGGAGTACCTGAGCTTCTATGGCCATTGTTGAATGCTTTGTTAAATGA----------TCAATGTTTGTATGAAGAAAAGACTAAATAAAATCTGTTTATCATGTTACGTGACTCTGTCTCTTCAGAAGACTTCTATTAGGGATCAAA--CTGGATTAGAGTGTTTGA-----TTCAAATGGAT---TTATTTTTTAATCT-CTATATGAAGCATTAGAGTTTTGTGTGAACAGACTTTCAATGCAGGGGAAAAAA-------AAACTTTCATATTTTATTAAAACA s fr1.chrUn 203832757 290 - 349519338 ATCAATAATGATGGGTGACACATCTGTAACTGCAGATGAAATATTTTTGAAAGAAAAAAGAACTGTTGGTTTTTGTATAAAGAAAAAAACAACAAAACTATAATCTGCCTGAAATCCTTCTTAGTCTCTTACCAATAGGCCGTTTTGGTACCAAATCTTTCATCATTTTATCTAATTTTCTTCTCATGCGTCTGTCATTTTCAGGTGTCCTCTCTGGAGAATC----CTTTGGCTGCATACAGCGATGCTGCAGGAAACAAGGAAAACTTAAACTTAGACATATTATTATAATA a score=464 s danRer3.chr4 23491856 187 + 33808418 CACATGAGGG---TGAGAAAACAATAGCAGAA----TTTGAATGTTGAGATGTGTTTTTTTTGTAAATGAATCACAA-----CATCAAACACGAACAAGCACCCTGAGTTGTGTGCAATGGTTTTGTAGCATTAAAAAAGTCAAAATTCCCCAGTGTATAAACTAGCTTCATGCACCCATTATGATTCTTTTACATAGT s fr1.chrUn 158446386 187 + 349519338 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TCGTTGTTGTTGAGCGGCGGCGGTGGCGACTGCTTGCTCCTCAGGCTCCTGCCCTCAGTGGCGGCGCGCGAGGTCTCCGTCACAAAGAGGCGGGTCACCCACACCGAGGTGACGATGCGCTTGTACTCGTTCCTGAAATTCCTGTTGAGCAGGCCATAGATGATGGCGTTCAGACAGCTGTTGAAGTAGGCCATGAAGTAGCTGACGACGAAGAGCCACTCGGGAATACGGGGAGCTACGTGGGACGGATCTATGGCCACCGCCAAGCCGATCAGGTTTAGCGGAGCCCAACAGATGGCGAAGAGCACGAAGACCACAAACATGGTTAAGAAGTTCCGCATGTCGCTCGGTCTGATGCGGGGGCTCTCTTCTGTCTTCACTTTACGT a score=25571 s danRer3.chr4 23492442 492 + 33808418 CTCACCTGGATCACCAGAACCCAAATCCGCAGGTAGCAGAAGGTCACCACAGCGATGGGCACTAGAAAGTGAACCACTACCACCACCACAGTGTAGGAGCTGCTGGCAGTCTGTGTGAACGTGCAGGAGTAAACTCGAG-GGTCGTAACTCAGCGAACCCACAAAGAAATTGGGCAGAATTGCAAGTACGGTAAGCGCCCAGATCAGAGCCACGAGCAGCAGTGTGTTTCGGAAGCTGTACAGACGTCCGTAGGCAAAGCTGTGGCAGATGTAGCAGTAGCGGTTAATGGCGATGCCTGTGATGTTGAATACAGAGCCGATCACACTCAGGCCCATTAGGAAGCCGCTGATTT---------------------------------------------------------------------------------------------------TACACTGCGTTTCCCCCAGAGACCAGCCATCGTGGAAGATGGCGTACAGCACCAGCGGGTATGGATAGAAAGCCACCACCAGGTCAGCGAAGGCCAGACTGACCACAAACACGTTGCCTGGGAGAAAAAGAGCAAGAGAA s fr1.chrUn 218832477 591 - 349519338 CTGACCTGAATCACAAGTACCCAGATGCGCAGGTAACAGAAGGTAACCACGGCGATGGGAACCAGGAAGTGAACCACCACCACCGCTACGGTGTAGGAGCTGCTGACATTCTGGGCAAAGGTGCAGGAGTACACCCGGGNGGTCGTAGCGCAGGGAACCGACAAAGAAGTTTGGGATAATGGCCACGACCGTGAGGACCCAGATTAAGGCGACGAAGAGCAGAGTGTTGCGGTAGTTGTACAGCCGGCTGTAGGAGAAGGAGTGGCAGATGTAGCAGTATCTGTTCACCGCGATCCCCGTGATGTTGAAAATGGAACCGATGACACTGAGGCCCATGAGGAAGCCGCTGACCTGAAAATTGAAAAAAAAAAAAAAGACATAAAGCGGAGAGAGTCAGAGCGTTGCAGGTGTCAGGTTAACTGCCCAAACCCTCGCCGATGGGACTCTCACCATGCACTGCGTGTTTCCCAGTGCCCATCCATCATGGAAGAGGGCATAGAGGACCAGCGGGTAGGGATAGAAGGCTACCACCAGGTCGGCGAATGCCAGACTCACCACAAACACGTTACCT-AAAAAAGAGGAGCGAGAGCA a score=-496 s danRer3.chr4 23492953 274 + 33808418 TGACAGTTGCCAGTACAGGTTGATGTCATGGACAAATTAAAAAGAGATATTTTCATGCAAATAAAAGTATATAAATTTACACAATGGTAAGACTTTTTATATTTTATTTCTTATATATTTCATTCTGTTTTGTGTTATGTCAAAAATAAATAATAAGAGAAACTATATATATATATATATATCTTTCTTATTTTTtcttatttgttttatttcggctagaataaaaaccgttttttaattaaaaaatacataaaaataaggtcaaaattattaa s fr1.chrUn 93572776 197 - 349519338 GGCCGGGTTGCCATGGTGATTCTTTTGATAAACAAGCTGACAAA-------TTAATGAACACAGAGGAAAGAAAATATA------GGGAAG------------------------CAATTGATTCCGC------CCACATCCAATATGTAGAATAAA---------------ATGTGCATTTCTTTTTTAGACTCTGGAGTTTG-------------------AAACCTGAGATATTATGGAAGAATCCATAAAAATACAAATAAGACTAATAA a score=10130 s danRer3.chr4 23509310 263 + 33808418 TTACATGAGTAATCTTCAAAAGCAGAAAATATAATGAAGCTAGCGAGCTAGCTAGCTATAGTCAGGTCTATACAAATTGGGACATTGACACAATTCTAACAGTTTTGGCTCTACACACCaacacaatggatttaaaatgaaataaacaagaaactgt-cagctttaatttgagggtatttacatccaaatctggtgaacggtgcaggtattataacagtttacttatgtgcctcccacttgttaagggaccaaaagtaattgga s fr1.chrUn 256776234 254 - 349519338 TTATAGATGCAAGCTTTCTAATCACAAAAGATATTGATTGTAGC---------AGATACAATCAGGTCCATAAATCTTGGGACATCAACACAATTCTCATCTTTTTGGCTCTATATACCTCTGAAATGGATTTGACATGACACAAACAAGTCATGTTACAACTGCAGTTTGAGGGTATTCACAACAAAATCAGGTGAAAGGTGTGGG-AATAAAACAGTTTTAACATGTGCCGCCCACTTTTTAAGGGACCGATAGTAATCTGA a score=-118 s danRer3.chr4 23509573 71 + 33808418 aa--------gaa-------taataatcataaaccaaactttcactttttaatacttggttgcacatcc------tttgcagtcaattacag s fr1.chrUn 112039977 92 - 349519338 CAATCACCTCGAAAGCTATTTTATGGACATATTTTAATCCCTCATTATTTCATCATCGATTAAACAGACAAAAGGTCTGGAGCTGATTCCAG a score=1603 s danRer3.chr4 23511196 87 + 33808418 TGAACTATAAGACATTTTGTGGTGAAAATAAATAGTTTCCATCCTGTTTAATTGTCACTGACTCCTACAATGAAAAAAGTTATACTG s fr1.chrUn 315993959 87 + 349519338 TGAATTACTGGTCAATATACTGGTATAATAAATATTGTCCTTTCACTCTGATTGTAACTGTTCAGCATAATTATTAACGTCTTTCTG a score=1624 s danRer3.chr4 23516992 120 + 33808418 TTAGATTCTTACTGAAATTGTCAGGGTAAACTTGTCTTCATGTTGTACTATGCCATCTAGTTGTGTGAGTATTTTCCCTGAATTGTATTTATTTCATTTTCTTTCCTCTTTTTACATTTA s fr1.chrUn 158453883 114 + 349519338 TGATATTACTAATGTATTTGTCA-----AACATCGATTCTGGCTCAACCGTAACTTC-ATTTTTGAAGTTATTTACATTTATTTGCATCTGAGGTTTTTTTTTTTCTCTTTTTACTTTCA a score=9448 s danRer3.chr4 23525082 216 + 33808418 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TTTGCAATCAGATTACTATCGGTCCCTTAAAAAGTGGGCGGCACATGTTAAAACTGTTTTA-TTCCCACACCTTTCACCTGATTTTGTTGTGAATACCCTCAAA--------------CTGCAGTTGTAACATGACTTGTTTGTGTCATGTCAAATCCATTTCAGAGGTATATAGAGCCAAAAAG-ATGAGAATTGTGTTGATGTCCCAAGATTTATGGACCTGATTGTAT a score=5707 s danRer3.chr4 23550217 172 + 33808418 GTCAGGGATGGGCAGTATTTATGATACAAGCATTTTAAATTTGTAATTTAAAT-ACGAAATAGTATTTTGTCATTTGTATTTGATAGGGTTTATGAAAATGGCAGAATATTTTGTCACAAATTACTTTAGTGTCTTGCATTTTT--------AAAATACTGTAAAATACTTTGTAAGAAAT s fr1.chrUn 20484279 181 + 349519338 GCCAGGGATGGACACTATTTCCAATATATGTATTTAAAATACATATTTCAGATTACAAAATAGTAATTTGTAACTTGTATTTTATTACACTGATGAAAATGCATTGATATATTGCATTAAAAGACATCAGTTTCATGTATTTTTGTGGTTTGGAAATACCATAAAAGGCTTCCTTTGAGAT a score=4291 s danRer3.chr4 23556035 213 + 33808418 TAGATATATATCATACCTTCATTTTCAATGGTGTCCACTGCATTATTTACCAGTCGTATAACAGTCACTATGGAGGCTTCAAAGCATAAACAAGTGTAAACGTCAGTCAACAATGAACTAATGATCAAACATCAAACAAACACTTCAAACAAACATCAAGCCCTAAAAACCTTACATAAGCATTTATATAAATCACTGTGTTTCATTTCGTAA s fr1.chrUn 180982329 187 - 349519338 TGGATGAAGAGAATACCTTCACTTTCAATTGTGTCAACTGCATCATTGACCAGTCGAATGACCGTCACTATGGAGGCTTGCGA--------AAGGGAGAAAGTAAG---------------AGATGAGTTTTTAAATACTTGTGTGTTATGAACCTTAAATCTGACACGTATGACATA---ACTTAAATGATGTGCTGTCTTTTATATTGTGA a score=-9 s danRer3.chr4 23560408 90 + 33808418 AGAGCAGCAAATTAAGCT-TTGAAAAATGTTTGAGCAGTGGGACCTTTTTTTTTTTGCAG---GGTAAGCTGAGGATTTTT----------GGTTGTTGCAATG s fr1.chrUn 180984594 96 - 349519338 AAAGCAGGAAACCATGAAATTCCAAAAGGTTCACGTA--------TTTTTCTTTGTACAGCCAGAAAAGCTCTGAATTTGGCACATTTAGAGAATCTTCCTCTG a score=695 s danRer3.chr4 23560570 166 + 33808418 TGTCAGAGAAGCCGGTGACCTCTTCTGCTGCGTTTACAGCT---CCTGCAGGAGAATAAAGTGGCAGATTCTCACACAGATCCAAGTACGTGCCAGCGCATGCATTTCTGGTGTATAAGCACTCAACATATGCAAATACAGTTATGACAGAGTTATAATTGTTGTCTTT s fr1.chrUn 180984773 157 - 349519338 TCCCAGAATAACATATCACTTCATCTGCCGTGTCAGCAGTCTTGTCTGTGGGAAAGAAGGTTAAAAAA-------ACACTTTAAAATGCTTTCAATTGACAGAATGCGACCCATAGACACAAGCGGCATAT-CAAACACAA----GGCCTGATTAAAACTATTGTCTTT a score=8353 s danRer3.chr4 23565645 682 + 33808418 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TCTTGGTTTAACTTTTATACTTTCAAGTTTCACATTTCAAAGTGTTACTCTGCTCAGTCTGGCAGCCAAAAGCTCAGAT-GATTTTGGTGTTGAATCT-AAGCTGTTTGTGCTCCTGAAGGCACATCCTGGTTTTCATTTCTACTCACCAGCTCAG--------CTGGAGGTCTTCCATTA-ATACTACCAATCTCACGCCCTCAACCAACATGCAGTGAACTGAATCTATCAAATGATATTT---AATTCTTCATTGGTGAAGAACAA-------TGAGCAGAACTGTA--TGAAATTTAGAGAGGTAGGAGATGCTCCCAAACACAAAGAAAGTGATCCC a score=5272 s danRer3.chr4 23573288 171 + 33808418 GCTGCCAAAACTTACATGACTCCAGTGTAGCCTTTGAGGCAGCCACAGAGGAAGTTGTTTCCAACAGACTTGCAATCACCTCCGTTCTGACAAGGTGACGGTACACAGGACGTCACTTCCATCTCACAGCGAGACCCGGTGAACTGCGGCAGGCAGCTGCACAAGAAATCT s fr1.chrUn 218870275 171 - 349519338 GCTGCGTTCTCTTACATAAGTCCCCTGAGTCCTTGAGGACAGCTACAGAGGAATGCACTGCCTACAGGCTTGCAGTCCCCGCCGTTCTGACAGGGATTTGGCATGCAGGGTGATAGCTCAACTTCACAGCGCCCTCCAGTGAAACCAGCGGTGCAACTGCATGCAAAGCCT a score=21442 s danRer3.chr4 23576366 520 + 33808418 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ATAATATATTGCTAAATGTGATGTTTGAGAGGCTTTATGTGCAAAATTATCATTTTATTTTTGATTCAGTGATTTTTATTCTTAAATAACATAACTTAAAATACCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAGATGCATTGTTTTCATTTTAATGCTTAAATGATCTTTATATATGTATA-tacagtagaagt------------------------------caaaattattagccctcct---gTTAAATTTTGATGATGCTAAATTA s fr1.chrUn 96008068 253 - 349519338 atgagatgATGCTACATCAGAATTTTCTGAAATTTAATTC------TGAGTATCTTGGGGTGGAGGCTGGAATCTTTG---------AGCAATAGCTAACACCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAATCTGAAATGAGGTCATTTCCATTTTTGAGTGAGGTTTATTTTGAAATGCTACATCGGAATTTTCTGAAATTCTGTAGAGTGTCCTGGCGTCCAGTACTATCAGCCTTCCTAAAATGAAATATGAATGTTCCTAAAATA a score=3469 s danRer3.chr4 23643376 133 + 33808418 AACACTTCTTTAGGCAGACACACAGACATAGGATCAGCACAAGGGCCACGCAGCTGGCTGAAATAAGAATGACATGGCCATTCCTAGCTGAAAAAACAAGTGGAAATTTCAACATCACCAAATGAATCAAATG s fr1.chrUn 141738271 121 - 349519338 AACACTTCCAAAGACAGAAGCAGAGAGACATGACCAACAGAGCCGCCACCGTGGTGACTGAGATGAGGATGGTGAGGGCCGTCCCAACTGAGGAGAGTAACAGACATT------------AATGAATTAAATG a score=1666 s danRer3.chr4 23648266 778 + 33808418 agggacattctgtcccaggcgggaggaatgatacttcattccct---------------acccgacctgtgg-----------aaactGT---TTCCATTCT---AAGCTCCAGGGCTCCCTCCACAAGGAAGCTTTATGCTATAAAATGGTCTCTCTTTTCAGCTTGGTGCAGAGAACACCAGCTGAACCCAGTCAGCTGT-CAGGTAGCCTCAGTGCTGGAATTTCTCCAAGATCGCCTGTCTGCTGGGTTAGCTGCATCCACTCTGAGAGTGTACATGTCAGCTATAGCGGCCTACCGTTCTCCCCTAGATGATGAGTCACTAGGACAGGATCCGCTAATTCGTCGCTTCCTTCGTGGAGCCATAAGGCTAAGGCCTGTCAGCACACACAGGGTACCGACATAGGATTTAACATTGGTGCTCAAGGGCATCTCTGTTCACCCATTTGAGCCACTGCAGGAGGCGTCAGATAAGTTTCTGACACTAAAAACAGCTTTCTTATTAGCTATTTCTTCCTTAAAAAGGGTTGGTGACCTCCAGGCTTTGTCGGTTGCACCTTCATTTCTGGAGTTTGCTCCAGGCATGTCCAAAGCCTTTCTTTATCCCAGACCGGGGTAAGTGCCTAAGGTGCCCACTCATGTGGATAGA-----CCTGCTGTGC-TACAGGCCTTTCACCCGCCCCCATTTTAGTCGTCGGACCAAGAGAAGTTAAACTTACTCTGCCCAGTTAGGGCTCTGAATACATATGTTAACCGGGTTATCAACTGGAGAAAGAGTGAAAAGTTACTGGTCTGCT--TCTGACCCTCAAAAAG s fr1.chrUn 220368721 718 + 349519338 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GGAATAAGTAAAAATTCTGACTTATA-GTCTTATAGTAAGCAATT--------CTGAGAAATAAAATTGCAGTTGTGGAACATAAATTTACGAGTAAAGATAAAAAAGTCATGACTTTGAGTATTAAAGTCACAca---------ctctcagaaataaaggtatgtaaagctgccactgagttggtaccttttcaaaaggtacaaa-------tttgtatcttaaaggtccataacttaaaaagtacaaaagtgttcttaaaatttttagttactaatatatacttttaagctactaatatggacccttcaagtataaatgtgttcattttaaaaaggtTATTTCT---TGAAATTGCTTGAAAAGTCATGATTTTGAGCTGCAAAATCACATTTATGAGACAAAATGTAACAATTGTGTTATAAAGTCATAATTCTCAGTTAAAAAGTCATGCTTTTGAGCTATAAAATTATATT---------------------TATGAAACAAAAAAGTAGCAATTTGGAGTTTTAAAGTCAGAATTCTAAAATAAAA s fr1.chrUn 158548003 517 + 349519338 GGAATAAG-GATAATTTTGTTTTACACGTTGGATAACGAGAGATTGAACAGATCCGAGAAG-AATTTTATGAATGCGTAGCACAAGCCTGAATGGATCGTCACAACATTTTGAGTTTGGGAGTTTAAAGTCATTTATGTTAATGCCCATAATTACCACATGCACACAAAACAA-----GACTCAAGACGAATTCAATAAAAACTAAAAGAGGGTGGATATCATCGAAGCCCACCAGTTAACTAATATAA----GTCTTTAAGAGATGTCATAGTTATGAGATCATTTTAAGATATTATCAT-----CTCAAAATTAGGAGAT----------AAGAAGTCATGACTATGTGAGAT-------AAAGTCATGATTATGAGACAAAAAGTCAT-TTTATGAGATAAAA-GTCACAAGTATGACATAAAGTCAGACTTATCAGATAAGAAGTCACGTTTATGAGACACAAAGTCATAGTGAGGAGACAAAAAGGGGAAATTATGGAATAAGAAAGTCCTAATTGTGAGATAGAAAGTTGAAATGATGAGATAAAA a score=138 s danRer3.chr4 24253952 250 + 33808418 TTCACAATTTAAAGTTATAAAGTCAGAATTTAAAGTTAAAAGTCATAATTTTGAGCAAA----TCAGATTTCTGAGACAAAAGATATCAATTGAGTTATAAATCATAATTCGGGAAAAAAAATGCAGATTTGAGTTTTAAAGTTTAAAAGCTAT-------------------TCCTAGTTATGAAGttaaaattttaagttaaaagtcataatttttaattataaaattttatttCTGAGAC-----AACAAAGTAACAATTGCGTGTTTCAGAATT s fr1.chrUn 85109637 274 - 349519338 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score=8650 s danRer3.chr4 24275541 158 + 33808418 TCATCTTTTGTAATGGTTAGGGGCATCAGCAAAGGCAAACTTCAGCCGGTAAGCTTCAGCTAGGAGAACGCTAACTTCCTCATTTCCCCAGTGCATCGTAGGTAAGTTCTGGAGCAGAATCATCAGACCCTGTGGAGGATAAAAAGATTTAATTAAAA s fr1.chrUn 143862851 157 - 349519338 TCATCTCTTGTAGTGGTTGGGCGCGTCGGCGAAGGCGAACTTCAACCTGTAGGCTTCGGCCAGCAGGACGCTCACTTCCTCGTTCCCCCAGTGCATCGTGGGAAGGTTCTGCAGGAGGAGCATCAGGCCCTGTTG-GGAGAAGCAACACAAGTTAAGA a score=2596 s danRer3.chr4 24289261 347 + 33808418 CAAACACACTTCACAAAAAAAAAAAAAAACTTATCTAGCC-----AAGAGTTACAATCTTATTTCTAGCCAGTCTT-----GTTTTAA-GAATAACATACTATGCCAGATCAGATTGTAAGATTGTTTCCATAGGTTTCCTTTTCCCTGAAACATTTAAGACCAGCCGTGTGGTTTTAAGACTTTATTTTAGCTGCAATAAATAGTTTTTTTTTTAAGTTTGCCAATTAAAAAGGCTCAATAATCACATTTACTTTTAGTATAGCTGTAGTAACATGTTAAATAAATAAAAAAACCTGTTGTTTATTAGTTATTTCGTGTGCAAAACATACATTCTGCTATTTTTTTGTTGCAGTAAA s fr1.chrUn 270334842 305 + 349519338 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TGATCATGAGAAGGGGGGAGACTCTACTGAGGGAGGTGATGTGTGCACCCGGGGAGGAAGTCTCACCTCTTGGACAGAAGCTTGTTGAAAGAGAGGAATAAGGGGATTAGTTCTCGGTATGTCAATGTGAATCTGCAGAGAGAAAGAGAGAGAAAACAGACACAGGCAACGGGCAGGTTAGCACGGATCACGGCAATATGGAGAGGCACGGAGGCAGGGCAACAGTTAGTGATCGTCTCCTTGATTGAAGGTAAACAGGAAGGGGGCGCTGCTCTGAAATGGGTGGCAGACGTGATCCTGAAT---------ATGTTTACGTGCG-CCAACTTCCACAGAGCGTTTGT---TGGACCACGTTGACCCAGTTTCAGA---GTGTCTGAGCAAACGCGACAGGCAGGCAGATTCATCGGAGAATCGGAGAGGCCGGACGGACGGACGGACGCAGGCTGGA--GCCGAGCCGGCCGGAAACGCCCTGGGCGCCCATGTGATCACCGTCCCGTCTGCC-------TGGTCCACATACCTCTGTTACCTTTGGCTGCAGCACCAAAGACTCAGGAGTCATCCTGGGAATGTCTATGTGGATCTGACAGTAACACGGGAGAAGAATGTGTTAAATACACATGTGcacactcacacacacactc-----------------acacacacactcacacacacaGAT-TGTTTCTGATTTGTAGTCAAATCAGAATTTGTAGTCAAATCAGAAACCC--CAGCAGCGTTAATTTAAAAAATTCTATTTCTC-----TTTGATCACACTATGTGGCAATATGTGAAAAGTAATGTGATGATAATGTCATATGTCGGCAGACAGAAAATTGTAATTCATTA a score=8058 s danRer3.chr4 24481151 356 + 33808418 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fr1.chrUn 173742008 181 + 349519338 ACACCTCAAAAAAATCTCTCAGCTAAAGCATAAAACTGTGTCCTAAAAGCTTTGGGTTCACAGCTGAGACAAAAAAAACAACAACCTTTTTTGGACGGTGAGCAATGGTGTCCACTAACCTTTAGGTGACCCAATTGGAGCTTCACTGTGGGACTTTACCAGGCGGCCATC----AGTGTAAGGG a score=14929 s danRer3.chr4 24575523 563 + 33808418 AAAACAAAACACCTTAGTATTAATGTCAGTTT------TGTAAACACCAAACATAAAACCCCCACCCAAGCAATAAACCAGT---CGAAAA------------CAGT--AAACAGAGAAAACCA---------------GTTGTATGTTGATGTTTGACTGACCTTTAGGTGAGCCAATAGGAGCTTCACTGTGTGACTTCACCAGTCTGCTATCGCCAAATGGAAGAGCATCT----GAACTAAAAGACACATCTGTTGTCTCCACCACTTCCTCTCGctcctcctcttcctccggctcctcctcctcctcttccACTTCTTCTC---CATACTTTTCA------TCAGGCTCAGTCGTCTTCTCCATCTGCTGCTGCCGTCTTTCTTGAAGCTTGCTGTGGTTCTCGATCACCT---------------------------------------------------------------------------------------------TATTGGCCGTCTCCATGACGACTTCGATGTTGAGATTTTGGGCTGCCATGGCAAGAAGTTCGTCGTCATCGTCACCCACGTCCCAGGCGTCACTGGTGATGCTCTCGAACTCTTGGAAGGTGGTAGCTTTCTTTGGTTTTCCTGGCGTAGATGCAGATGGGGGCTTGTTTCCTGCTTTCATCAAACTGCAGCAGAAAA s fr1.chrUn 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AAGAGAAGAGCAAGAAACCAGGTCAAGACTAAAGGTAAAGTATCGGATGTAGTGCTGAAATGAAACCTGTGCTCATTGGTGCTCACCTGGAGGATCTTCTGCACACCACGGGCTACGTCATAATGCTCAGTTCCCACAATGTTGGGGTCCATGATACGGGAGGTGGAATCCAGGGGGTCCACAGCGGGGTAGATACCCAGCTCAGCGATGGCACGGGACAACACAGTGGTGGCATCCAAGTGAGCAAAGGTGGTAGCAGGGGCAGGATCAGTCAAGTCATCAGCGGGCACATAGATAGCCTATGAGAGA s fr1.chrUn 227773064 300 - 349519338 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTCGAAAAGGTTGGTAAATGCTAGAAAAAGGAACAAGTCTCCA---------ACCTGAAGGATTTTCTGCACACCACGGGCAACGTCATAATGCTCAGATCCGACAATGTTGGGGTCCATGATACGGGAGGTGGAGTCCAGAGGGTCGACGGCAGGGTAAATACCCAGCTCAGCGATGGCACGCGACAACACAGTGGTAGCGTCCAAGTGAGCGAAGGTGGTGGCGGGGGCAGGGTCAGTCAAGTCATCAGCTGGCACATAAATAGCCTGAAAGAAA a score=3380 s danRer3.chr4 24579909 230 + 33808418 AACACATATTTTCTTTTCAATATAACTCTTACTTGGCATGTAGCAGAGGATCAAATGGGGGGTGTTGGGCTCCGTAAACATGTTGGATACTGTGAAAAGAAGTTTAAGAAGTGTTGA-------GACACATATTTAGATGATAAAAAAAAACATCTCTGTTAAC-----TTTATAATCAACCTTTTTATATACACATTATATAT-AATGTGACAATAAAAGACAATTTGACAATTTAGAAATT s fr1.chrUn 173743080 231 + 349519338 AATACAGGATTTAGCAACCATTAAAAACTTACTTGGCGTGAAGAAGTGGGTCGAAAGGAGGATGCTGTGCGCCATAAACATGTTGAATACTGAGGAAGTAATCGGGAAAGGAAATGAATGAACCAATTCATAGGTAGCCGTC-----AAGCTATCCCTGCTAGCCCCTGTTTTCCACCAAC-------TATCCGGATAATGCTTGAATCCGGCGATTAAGTATGATGTCACAAGCTTTAGATT a score=7480 s danRer3.chr4 24583532 293 + 33808418 GAACACGTCACTCACTTCCCAGGAACCTTGGCTGTGTTTCTCTTCCAGAACTGCTTTTTGTTGCCGTCACTTGACATCGTTTGGGTTCGGAGCACTCGCTCATATATTAATTCAGAGAATGGGGTTGATAAGTTGTGCAAGTCGTGCACGAAGAGTTTATTTACACCTCAATTTCTCTTCGCAAACTCAGAGAGCCGCCATGTTGGTACCGC--CCACCGCACATAAACGCAGTAGTGATTGGTTAAAGGGACTCATGAGTGGCTGCTGAACAGCCAATCACCAGTGGAAATCTC s fr1.chrUn 173743615 287 + 349519338 GAACACGTCACTCACCTGCCAGGAACCTTGGCTGCGTTTCTTTTCCAGAACTGTTTTTTATTTCCGTCCGTAGACATTTTCCCTCTACAACTCAACCTGTCCCGGACTCCAGCACACAA--ACGCTGTCGCTCTGTATGAAACGTCTAATTTGTGTTTATTTACACC-AGATCCCACCTCCAAAAGTCAGAAAGCCGCCATGTTGGTACTGCTTCATCGGCAAGCAAACGAGGCGCTGATTGGCTGGACTGGCAC-----TTCCTGGTTCTTAGCCAATCAGGAGTGAGATGCTC a score=3152 s danRer3.chr4 24585316 125 + 33808418 TAAGGGCAGAAATGGAGAAGCAGTCGACATTGTTGTGTTCTGAGCTGAGTGTTCAGCGCAGACTGTATGAGGTCACATTAAACTGCGCGATTCTCGCGTGGAAAGACGTACAAAACGCCAAAAAA s fr1.chrUn 173745072 125 + 349519338 TGAGTGAGGACATGGAGAAACAGGCCAGGTTACTGTCATCGCAGCTTGTTCTGGACGACAGACTGGTGGAAGTTGCTGCAACACGCACGGTTTTAGCGTGGAAGGGAATAAAAAAGGACAAGAAA a score=3369 s danRer3.chr4 24592358 252 + 33808418 tattttattttattttattttTTGCATTTTAGGTGAACTTTTCCTATAAACATATGCTCCAAAGTATTCAACAAATTAGGTTGAAATGTTTTTTTTTTTTTAAATAGCACAATGAATTGAAATGTGAAGATTTACATACAACATATATAAATGCAATCTAAAAAAGCAGAAAAAAA-----------------------GCACTTTGAAAGTGCTTGAAAAGTGCTGGAATTTGAAGTTGGAAAAGGTGTAAGAACCCTGACCCTGCAGAAATAA s fr1.chrUn 174847018 255 - 349519338 TATTTTTGGTTGAACTTTTTCCTGAATTTTAATTCAGGGTTTCC-----ACATACACTC-AAAGTCCTTGAAAAT---GCTTGAATTATACTTTCTGCTATTA-TGGCACGATTA---GATTCTTATAGAGT--AATACAATGCATATCATTGTGAT---AAAAAGTGAATGTGTATTTCATTCTAATGATAAGGTTCTGCACCTTGAAAGTGCTTGAAAGGTGCTTGAATTTCACCATGAAAAATGTGTGGGAAGCTT--TTCTGCAAGATTAA a score=3287 s danRer3.chr4 24604073 201 + 33808418 CACACACACACACACatatttatattattttataattttaCTTC--CATCACTTCtatgtatatatgtgtgtgtgtgtgtgtatatatttttatatgtagtgtatgatgtgtatgttatgtctatgACTTCCCTTTG-GACGGCAAAGTAAGAATTTCATTGTACAGAGAAACGCGTTTGCTTACTGTGCACATGACAATGAAC s fr1.chrUn 64564308 188 - 349519338 CACCCACTC-CGAACACAGCCACATT-TTTTATACTTTTATTTTTGCATGTCTTATTTGCCTTTAAATTATGCTGTGATTGCATGT-TTTATACTTGAGGCTTAT-------------TGTTTGGAATTCCTCACAGAGAGAGCAAAAGAATAACTTCATTGTACAGGGAACCTTGTTTTCTTATTGTACCTCTGACAATAAGC a score=2968 s danRer3.chr4 24607540 408 + 33808418 GTCATTGTGTCCCAGTGTGTGAGATTATAGCTGTTC---AGGAAAAGGAAGATGACTCCCCATGTAAAGACACTGGGAAATGGCAGAAAGTTCCCCAGAGCCCGACAGACTCCTGCCAGCACGCTTTCACAGGTACAATCAGACTGTA-----ATCTGC------------TTATCTGCCCCCCTGATAGCTGCTGAATGCA------TAGCTTTA--CTGTGTTATCAGACGGAT---TTCAATCATACAGTTGACCTTT-----ACCCTAGTTTATAT--------AATAATG--------------CGGCTTCTCTC----GTTGGTGT---TTCTCTGCAGTGTACTATGTGGAGAGGACGAGACAGCACTGCTGGCGGTGCAGCAACGTGACTTTCCAATACTCCGAACATTCCCTATGCCTGCTCTGGATACAAACGATTAAGGAACAGCTAGCATTATTGAGTGCG s fr1.chrUn 248320646 459 + 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AGAAAGACTGTTGTCGAACAACAACTCACTTTTAATGCTCTGCCCGCCTCCCATTCCGCAGCCAATCGACCGAAGAGCTTGCTGGTGTACATCAACCCCTACGGAGGAAAACAACGCGGCAAGCAGATTTACGACCACAAAGTGGCCCCCATCTTTTCCCGGGCTTCCATTTCCACCGACGTGATTGGTGAGTGCCCGTCAGCTGCCTGC----ATTAACATTTAAATAAAAAATGAGCTTTTATGCTTGGCGAATAGATCTTGGTTGGCA-AAAGGCCCCACCTGCCAACCTGTCCCATGA--------------ATATGATTTTATTTACAGCGCCATCTATCATCTGAGCTGGCCATAATGTAAACTGTGATAGTCGATAAACATAGGAATGCAAAGACATCCATTATTTATTAAGTTTGAGCGA s fr1.chrUn 173754851 405 + 349519338 AAATGGTCTGTCGTTGAGCTTCTGCACACT---ACCTCACTCCCCATCCCTCACTCTGCAGCCAACAGACCGAGGAGCCTCCTGGTGTACATCAATCCCTACGGAGGGAAGCGGCGAGGCGAGCGCGTTTACGAGCAGAAGGTGGCTCCGCTCCTCCGACGCGCCTGCATCTCCGCCGATGTGATCGGTGGGTCCCGATCAGTCACTTTCTTTTGTTAACGCTTGAATTAAAAATGAGCTCCT------------------TCGGCTGCCATAGAGGCCCCCGCCGCCAGCGGAGCCTCTGAAGAGGCACGCGAGGATATGATTTGGCTTATAGCGCCATTCATCACGCTAGC--ACCTTAATGAAAGCTGCAATAGTTGATATGTGTTGCTAGCCAAACACATCTATTATTCAATAAGTGTTTGCTA a score=4219 s danRer3.chr4 24611274 148 + 33808418 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CAAACAAGTAGCAT---TTGATACACATTTCTT------TGTTGACAAATTAATTCTTGAGTACTCTATTAAAGGAACATTCAACTTTT---AAAGAAAAAAAAGGCTTTAtttacaactc s fr1.chrUn 248321711 120 + 349519338 TTTA-AAGTCCCTTTGGTTGCTGCCCAGTTTCTGCCTGCTGTAGCCAGAGCAGGCGTTGAAACTCTCCTTTACAGAATACTCCGCTTCTGTGAAAGGATCCGCTGGATCTCTTGACAGCTC a score=241 s danRer3.chr4 24622977 13 + 33808418 AATGTGTTTTTGA s fr1.chrUn 248321831 13 + 349519338 TGTGTGTTTGTTT a score=4761 s danRer3.chr4 24622992 93 + 33808418 AACAGGTTCCACTGACTGTATATGCTATGCCACGGTTGGCTCAAATGACCCCGTCACCTCAGCGCTGCACATGGTCGTGGGTAAGTGAGCATC s fr1.chrUn 173760231 93 + 349519338 AACAGGGTCCACCGACTGTATCTGCTTCAGCACAGTGGGCGCCAGCGACGCCGTCACTTCGGCGTTACACATCATTGTGGGTGAGTAGGAGTC a score=8303 s danRer3.chr4 24624460 164 + 33808418 TTTCCACAGGTGATTCTCAACCAATGGATGTCTGCTCAGTGCACAGCGATGATCGTTTCCTGCGTTACTCTGTCTCACTGTTGGGTTATGGTTTCTATGGAGATGTGCTAAAAGACAGCGAGAGGAAGAGATGGATGGGTCCTGCTCGTTACAATATCTCAGGT s fr1.chrUn 173760451 164 + 349519338 TCTTCGCAGGGGACTCTCAGCCAATGGACGTGGGTTCAGTCCACCACCGCGACTGCTTCCTCAGGTACTCCGTGTCACTGCTGGGATACGGTTTCTATGGCGACGTGCTGACGGACAGCGAGAGGAACCGGCGGCTGGGTCCAGCTCGGTACGACCTGGCAGGT a score=5385 s danRer3.chr4 24624681 136 + 33808418 TTTTTTGTTATTGTCATTTATCAGGGGTTAAAACGTTTCTGTCACATCGCTACTATGAGGGAACCGTGTCTTTCCTACCTGCAGAAGAGAACTTGGGAACTCCAAGAGACAAAGTGCAGTGTCGATCTGGGTAAAT s fr1.chrUn 173761351 127 + 349519338 TTTTGTGTTGTCTTCA------AGGGGTGAAAACCTTCCTAAGTCACAAGCACTATGAAGGCACAATCTCTTTCCTCCCTGCCGA---GAACAAGGGGACCCCCAGAGACAAGCTGCGGTGTCGATCCGGGTAAAT a score=10622 s danRer3.chr4 24631643 248 + 33808418 GTTTTGTTAAGATTGCCGGGACACCTGGACGGTCATCAGGGGGAAGTTCTTGGCCATTAATGCCGCCAACATGAGCTGTGCATGTCCTCGCAGTCCTAAAGGTCTGTCGCCGTCCGCACACCTAGCAGATGGAACGACTGACCTCATCCTCGTCAGAAAGTGCTCCAGAGTCGACTTCCTGCGACACCTGCTGCGACACACCAATAAGAAGGACCAGGTTAATATCTCAACA---GAATAAATCATTTTTT s fr1.chrUn 173763388 251 + 349519338 GTCCTTTCCAGATGGCGGCCATGGTTGGCGGGTGATCCACGGAAAGTTTATCGCCATCAACGCCGCCAGTATGAGCTGCGCGTGCCCCCGCAGTCCAAAAGGCCTGGCGCCCTCCGCTCACCTCGCCGACGGCACGGCCGACCTCATCCTCGTCCGGAGGTGCTCCCATCTCGACTTCTTCAGGCACCTTCTTCGTCACACCACCAAAGACGACCAGGTAAACCCCTCCCTCTTTGGACAAAACTTTTTTT a score=4339 s danRer3.chr4 24634343 253 + 33808418 TCTATTTTTCTACAGTTCGATCACTCATTTGTGGAGGTGTACCGAGTCAAGCAATTCCGCTTCACTCCCAGGTTTCAGGAGTGTGGCTCAGAAATGGACCTGAGAGAGAGCAGGGCGGGAGGCAAACACTTCTTCTGTCAGATCTGCAGGGAAAACAGAGCCTGTGGCTGCATGTCGTC--------------CCAGAGCAACTGGAACTGTGACGGAGAGATCCTTCCACACACTGCCATTCAAGTCCGGTAGGTCATGACTCTGT s fr1.chrUn 173766336 247 + 349519338 TCTGCTCCCCCCCAGTTCGACCACTCATTCGTGGAGGTCCACCGTGTCAGGAAGTTCTGTTTCCAGCCGCGGGTCCGCGGACCGGCCTCGGCGGACCACCGGAGCG----------GGGATCCAGTGACGTCGTGCTTCGGCGCCAC----------GCGCCCGTGCCCGGCGACCGGTAACCAAGGAAACGGTCACGGCAGATGGACCTGCGACGGGGAGATCCTGCCTCACGCCGCCATCCGTGTGAGGTAAAAAAGGAGTCCAT a score=9026 s danRer3.chr4 24636163 284 + 33808418 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ttactatttatttttattagttattttat--tttgtttttattctttt-----ttCTTCTGTGTTTTGTTTTGTGCTTTCCATA s fr1.chrUn 248322003 84 + 349519338 TCACGATCTGTTTGTGTCAGCTATTTCACAGTTTGGCTTCATTTTATTACGATGCCCTCTGAGTTTGTTGGACTGCGTCTTATG a score=8303 s danRer3.chr4 24650358 164 + 33808418 TTTCCACAGGTGATTCTCAACCAATGGATGTCTGCTCAGTGCACAGCGATGATCGTTTCCTGCGTTACTCTGTCTCACTGTTGGGTTATGGTTTCTATGGAGATGTGCTAAAAGACAGCGAGAGGAAGAGATGGATGGGTCCTGCTCGTTACAATATCTCAGGT s fr1.chrUn 173760451 164 + 349519338 TCTTCGCAGGGGACTCTCAGCCAATGGACGTGGGTTCAGTCCACCACCGCGACTGCTTCCTCAGGTACTCCGTGTCACTGCTGGGATACGGTTTCTATGGCGACGTGCTGACGGACAGCGAGAGGAACCGGCGGCTGGGTCCAGCTCGGTACGACCTGGCAGGT a score=5385 s danRer3.chr4 24650579 136 + 33808418 TTTTTTGTTATTGTCATTTATCAGGGGTTAAAACGTTTCTGTCACATCGCTACTATGAGGGAACCGTGTCTTTCCTACCTGCAGAAGAGAACTTGGGAACTCCAAGAGACAAAGTGCAGTGTCGATCTGGGTAAAT s fr1.chrUn 173761351 127 + 349519338 TTTTGTGTTGTCTTCA------AGGGGTGAAAACCTTCCTAAGTCACAAGCACTATGAAGGCACAATCTCTTTCCTCCCTGCCGA---GAACAAGGGGACCCCCAGAGACAAGCTGCGGTGTCGATCCGGGTAAAT a 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AAACCCAGAGGTCTGATCTGGATGAATCTGAAATGTTAGCGAGGAGACCACTGCCTTACGATGAAGGCGATGGCTGATGTGTAGACCGAGTACCAGCTTGATAAAGCAGAAAGGTTCCTCATGAAGTTGGTCACTGGCCTGAACCCTCGCTCTGGAAA a score=3353 s danRer3.chr4 24791270 66 + 33808418 AGCACTTACTAAGCCGTCGCATATTTTCGGTTAATCTGAAACAAACATAAAATAAGCAAATGTCAG s fr1.chrUn 173798042 66 + 349519338 AATACTTACTGAGCCGCCGCATGTTTTCTGTTAACCTAGAACGAAGCAACAAAGAGTAAAGGTCAG a score=9129 s danRer3.chr4 24796740 180 + 33808418 TTTGACGAACCTTTTAGCACTTAGTGGCTCCTCAGCCTCAACCGTGTTTTCCTCAGGCTGGAAGCGGAAATCTTCAATGTAAACCCCAAAGCGATCATACAGCCAGTTGTGCAACCGCGAACACACCGTCTCCTTCTGCTGTTTGTCTATGGTTAGGGAT-CAGACACATTTATTTTAATT s fr1.chrUn 173798313 179 + 349519338 TCTCACCCACCTTTTAGCACTTAGCGGTTCCTCTGCCTCCACTGTGCTTTCCTCCGGCTGAAAGCGGAAGTCTTCAATATAAACCCCAAATCGCTCATGCAGCCACTTCTGCAGCCGCGAGCTCCAGACTTCCTTCTGCTGCTTATC--TGCTGAAAGATGCAGAAACATCACCTTTGCTT a score=3391 s danRer3.chr4 24799528 410 + 33808418 ATAAAATATTTCATTTGCAATCTTGTGGTGACATACAACATGGAAAGAAACTAATTGGCCATTGGACCGATGTGTGCATTTTAATCCATT-TAAACACAAAC---GAAATTCATATCACAAGGTGCATC-TAAATCCAAacacacacacacacacacacacacatacaGGTAAAAAAAAATTAAGGTCAGCTGGTCTGATCACACACACATACACACACAGGTGC----TGGG--CTGGTAAAAAACACAGCACAATCCCTACCTTCTCACACCCAGACAGCTGAGAGAGAAACACAACAGATTA----TGTGTGACCGTCATGTCAGTGACACACACTGATGTTTACCCT---------ACGAGGCAA--------CACCAATCACTCTCATACACACAGATTTATACAGAGCCCGACGCTTCC------AAACAAATCTTTCAAAC s fr1.chrUn 173795538 411 + 349519338 ATCCAAAATGTCACCTAAAGTCTCCGTGTAGCAGATTTCGTGGGATAAAACG----GGCGAC---ATCGTCGTG-ACATTTTGATCCATTCTGTCCACAAACACTGAAGGTCAGCTTG-AAGGTGTCTCACACAATCTAACGCACACACACGCGCACACAAGCACACGCGCT--------TCGAGGCGAGCTAGCGT---------------CGTGCCCAGGTGCATCATGGGAATCAAAGGGAGACACATCAGAGCCCCTACCTTCTCAATGCCTGAGGGCTGAGAGAGAA--ACAACAGAGCACAGCTGTCACACAGCAGAGGCACTCGTGCACTCACATGTTCAAACGGGTGTGTGAACGACGCACGGTGCTGTGGCCAATCGCTGACGGATG---AGACTGACAGAAGCCCCGTCGCTTCTCTTTGAAACCAGCTCATTAAAAC a score=11381 s danRer3.chr4 24799994 208 + 33808418 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TAGAAAGAATAGAGAAGGCGC---------------------------------------------GCAACCATAGCAACCATTA-GGGCGGACCTTAC----ATCATCATAAAAGTTTTGAGAAGACAAC-----------------ACAGGATT--------TTTTATC-------------TCACGGGTAAAATT-------------GCCATGACAACA----------GCAACATGACC--ACGACGGTTGCTAAAGCTGCAGAGGGTTTTTACCTGGCAATGAGGTAATTTAAAGACAAGCGCAGAATGGCCAGGAAGAGTAACATGGGGACCGCCCAGCCGTGCCAGGCGGCGTACATGTAGATCTGCAGGCAGGAGA-GACAACATTTACACACGA--------------TTCCTCATATTTCGTG a score=6856 s danRer3.chr4 24805927 196 + 33808418 TTTAAATAACCAATATGTGTCAATAAGTAAGGAGATGAATATGTGTAAATATGGAACACTGATGGACACTCACAATGAAGGCGATCGCTGACGTGTAAACTGAGTGCCAGTTAGATAAGGCGGAAAGATTCCTTAAGAAATTTGTCACTGGTCTGGCACCCCGTTCTAGAAAAAAAAAAAAATCATGAAAAACTTG s fr1.chrUn 173797771 173 + 349519338 TTCATACAGCACATCCACGGGAAAAACTGGGAAAATGA----------------------GGTGCACACTCACAATGAAGGCAATGGCTGATGTGTAGACAGAGTGCCAGTTAGATAAGGCGGAGAGGTTCCTCAAGAAGTTGGTGACGGGTCGGGCTCCTCGCTCT-GACAAACAAGGGACGCATGTTAGAACTG a score=-187 s danRer3.chr4 24806123 60 + 33808418 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danRer3.chr4 24811689 198 + 33808418 atgtttAACATATCTCTGCCACTAAGCTTAACTTA-TTATAAGCATCCTAACCACTAGGGGGCAGCAGTTTACAATACAATTTAGCTTTTGGAAATGAGATCACTGAGATTAGTGAATAGTAAGAGTTATTTCACCCTG---ATTTGAACTCTACTTCCACATCTGCGCATAATTTAAATATAGAAAATATGAATAATCTCT s fr1.chrUn 248340614 177 + 349519338 ATGTGTAGCATATCTG---CATAGCGCTTCATTCAAGGACACATTGCCTAA--AGTAAAGGG--GCAGCTGATGATGTATTCTA-----------TGTACTCACTGAGACGCCT------CATGTTTTCTGTCAACCTGCAAATAAGAAACCAGATTTGAGTTTTGAG-ACAACTTTACCACTAAAATCAGGGAAAATAACT a score=9382 s danRer3.chr4 24811887 180 + 33808418 TTTGACGAACCTTTTAGCACTTAGTGGCTCCTCAGCCTCAACCGTGTTCTCCTCAGGCTGGAAGCGGAAATCTTCAATGTAAACCCCAAAGCGATCATACAGCCAGTTGTGCAGCCGCGAACACACCGTCTCCTTCTGCTGTTTGTCTATGGTTAAAGAT-CAGACACATTTATTTTAATT s fr1.chrUn 173798313 179 + 349519338 TCTCACCCACCTTTTAGCACTTAGCGGTTCCTCTGCCTCCACTGTGCTTTCCTCCGGCTGAAAGCGGAAGTCTTCAATATAAACCCCAAATCGCTCATGCAGCCACTTCTGCAGCCGCGAGCTCCAGACTTCCTTCTGCTGCTTATC--TGCTGAAAGATGCAGAAACATCACCTTTGCTT a score=2473 s danRer3.chr4 24812836 172 + 33808418 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AAAATGAACCAAGCTTACCCTTCCTCTGCTCTGGCTGGTGGTTGCTGTTGCTGTTGTGTTGGTTAGGGGGCGCTGTGTCCCTGGCACTCCCAGACGTCTGCTTGTCCCGCTCCTGCTGGGCGTCCCTCTCTCTTTCGCCGGTGTGGTTGAGTTTGTTTTCCTGGTGCAGCTCTACGTTCACCTTGGTCTCCACCCGCAGCCTCTCCGCCCCACCGAGGTCTTCGCTGTCACTGGCTGTGGTGGCTTCGGCGGGCCAATAAGGCTTCACATGATTGGCCACTGCATCCACTG-----------GCGTG------GAAAACACATTAAAAGCAAACTTAAT--------GGCAATGATGCAAAAAGTTAACGTCAGGAGTGATCCCAAACATGTCAGGACCATTTTTCT a score=8329 s danRer3.chr4 24925342 149 + 33808418 GTGCCCTTTGGAGTGCTGTGTAGCGGTTGTCTCTCATTATTCCACTTAGGCTGCATGTCGATGTCTTCATCCTCGCTGTCAGATGAGTGTGAGGAAGCGTATGAGCTGCTGTGTTCATCCACTGAGAGCTCGCTGTCTGAATCGGAGTC s fr1.chrUn 173817820 149 + 349519338 GTACCTTTAGGGGTGCTGTGGACAGGCTGCCTCTCGTTGTTCCACTTGGGCTTCACGTCGATATTGTCGTCTTCACTGTCGGACGAATGGGAAGAGGCATACGAGGAACTGTGCTCATCCGCCGACAGCTCACTATCCGAGTCAGAGTC a score=3314 s danRer3.chr4 24925744 155 + 33808418 TATCAGTGTTGTCTTAGTAGCACTTTT-----------CTTACCGTCTGCTTTAGTGCCGTTAC---GGAAGAGTGAGCCATCAATGTCTGTGAGTCCGGCTTTAGCGTTTCCA--GAAACACTGGGCTTCTGACCCAATTCATCCCTGTGTAGGAGTCAAAGGAGGAGGA s fr1.chrUn 173818016 168 + 349519338 TATTAATACTGT-TTAATAGGGTTTATTTGGCATGGAGCTCACCCTCTGCCTTTGTGCCATTCCTGTGGAACAGAGGTCCGTCCAGATCCATGTGTCC--CTTCACCGTGGCTGAGGAAACCTTGGACTTCTGACCAGATTCCTCTCTGAAGGGATACAAGACATGGAGGA a score=6237 s danRer3.chr4 24927553 246 + 33808418 ATAAGATAAAAAGAGTGAGTGAAAACAGTCAAGTAGAAAAGTGAAATGTTTCA-CAAAG-AGTAGCAGCGTGCCCAGCATTAGCATGTT--ACCTGTGAGTGTAAGTAAAGTAGCTGCTGTGACTCTTGGCTGACCTGACTGTGCTCTCTAAAGACACCGTAGACTCTCCAATGGCCGAGCGGAACAGCGCTCCATCCTCCATATACGTGTTATTACAGTTCAGCGTTCGCTACACACAGAGAAAGAGCA s fr1.chrUn 173819267 236 + 349519338 ATAAGATAA-----------GAAATTCAGCCTGTAGAAGATAAACACCTCTCAGCAGAGCATTAGAAGCAGCCATTTAGTCAGCGTGGTGTACCTGAGTGCATAAGCCAGGTAGCTGTTGCGGCTCTTGGCTGACCTGAGCGTGCTGTCCAAAGAGACGGTGGACTCGCCGATGCCTGAGCGGTATATTGTGCCTTCTTC---GTAAGCATTGTTGCTGTTGAGAGTGCGCTGGGGATGGAGGAGAAGCG a score=7294 s danRer3.chr4 24929000 219 + 33808418 AAGAAAGTTATGTTTTTGCAATGAAAACCCATACATATAT-CGATATCTAATAATTTACATGTGTTCCAACAA--------CTTACCGTCAGTAGGGTTGTGCGTGTGGTGCTGGATTCATCCGGTAATTGTTTCTTTCCAGTGAAAACGTTCTTTAGATTTTTCCTCACCTCTTTATTGAACACAATATGGAAGAAGAAAATGAATACGCCCTGAAAAACAAAAATG s fr1.chrUn 173819503 216 + 349519338 GAGAAAAC------------ATGAAAAATCGGACTTTTCTGCACCGTTTCCGGACTTCCAGACATTCCAGCAAAAGGTGCACTCACTGTAAGCAAGGAGGCTCTTGTGGTGCTGGACTCGTCCGATACCATTTTCTTCCCTGTGAAGACGTTCTTGAGGTTCTTCCTCACGTCTTTGTTGAAGATCACATGGAAGAAGAAGATGAAGATGCCCTGCGAAGTCAAAAGG a score=-1457 s danRer3.chr4 24929709 305 + 33808418 GAACAGGAAGGAACATGTTTTAGTTTTTCATCAAACTGACAAATCTGCAGATTGTGTTGGTGCATCCCAGTTGCTCTAATATGTGTATTTGTATTGATTTTTGACAATTTGCCCGCTTAGACATCATGGCTTGTATATTATTATACTAATATTTTATTAGTGTGTACAGCCACATTAGCATTACTGCACCAATGGTATATGTTAACAGCATCTTTAGCTTTAGTCACCAATAACA------AGCCAG--AAAACCTGTCGATGTATTAAATGTATCCTATAATCTGCATTGTAGTTGACT---GCCATATTCCAGA s fr1.chrUn 108951000 290 - 349519338 GAAGAGACAGCGGCA-GTTCTGCCTCGCCTTTGCTCTCACCGATGAGCAGAAT---TGGGTTTTTCTCAGTTTCTCACAAAGTTGACACTTTTTTTTTTTTTGCTCGGTCATTTGAACAGAATTGATCAGTGATATAACACAACAACAATG-----------------GCTATTTTAGGAATATTGAAGTAGAAGT-CATTTTAAAAAATACAGTAG----AATAATCTATAAAATGATAAAGCTAGTAAAAATCTATCCACTTAAAACATTTATTTAGATGTTTAAATTCTTATTTACACAAGTGATCACCTTTA a score=8335 s danRer3.chr4 24930118 136 + 33808418 TTACCTGCAGACAGCTGAAGATGGCAAACAGGTAGTGGAAAGTCATGACGTCACTGTTAACAGCCATTAAACCCAACAGCCAGGTGGCGCTGATAAGCAAGAGGAGCAGGAAGGCCATCCGCAGAGCTGGACTGAA s fr1.chrUn 173819793 136 + 349519338 TTACCTGCAGACAGCTGCAGACGGCGAACAGGTAGTGGAAGATCATCACGTTGCTGTTGACCGCCATCAGGCCAAGGAGCCAGGTGGCGCTGATGAGCAGCAGCAGGAAGAAAGCCATTCGAAGGGCAGAGCTGAG a score=3435 s danRer3.chr4 24930524 194 + 33808418 GAAGCAAATTTTATAAATCAGACCCCAGAACATCAAATGTCCACAGTAAATGCTTCAAATAAAAACTTTAAAATGTCTTACGTGACTCCTGACTTCTCATAGGAGCGTTGTCTACGGCCACATGATGCCTTTGCCGCCATCACAAAGATAACAATGTTGACCT---------GTTAAAAA-GATGGTTTACAGTTGCGTTAATG s fr1.chrUn 173819929 197 + 349519338 GGGGGAAGGTTGATCAGTCCCACTGCGTTGCCCCTTTTGACCACCGT---TTCATGGAATGAAATATCAAAA----CTCACATTGCTCCTGACTTCTCCATTGCCTTCTGCCTGCGACCACATGAAGCCTTCGCAGCAAGTATGAAGATCACAATGTTCACCTTCCGGGAGAGTTAAAAACCACGGTTAACTCTTTCAATGACG a score=-413 s danRer3.chr4 24931022 115 + 33808418 agattcctttgacaggtgtgtttaattggggttggaa--------------ctaaaatatgcaggacactgcccctcca--gggccgaatttgtg---cacccctgctttaaaTGGTTCAGTAAATAACTGCT----G s fr1.chrUn 46137199 137 + 349519338 AGGCTCCTTCTCCAGGC-TGTGGAGTCGGGGCGAGCAGGACGCCCGCGACGACAGGACGTACAGGAAGATGTTCATCTGTGGGACATAATATTTAGACCATCACTGCCCACAAAAGACCAGAGAAGATTCACCATCAG a score=7628 s danRer3.chr4 24931137 127 + 33808418 GATGGACTCACCAGTACCACCACAGCGATGGGTCCAGCAAAACTCCAGATGAGGGTGTCGTGGACGGACAGCCAGCAGAAGTCAGGGTTGCCATATCCTTGCGGATCCAAACCCACAGCCAGACCTG s fr1.chrUn 173820160 127 + 349519338 GAAGGACTTACCAAAACGACCACGAAGATGGGCCCTGCGAAGCTCCAGATGAGCGTGTCATGGACAGAAAGCCAGCAGAAGTCTGGGTTCCCATAACCCTGAGGGTCAAGACCTACTGCCAAACCTG a score=12990 s danRer3.chr4 24933947 249 + 33808418 AGGGTGTGTTTGTGTGT------------------------GTCTGACCTGTAATAATAGCAGGTATCCCCCAGCCGATGGCGTAGTAGAAGCGCATGTGTCCGTGGTTGATGTTTCGGACTTCGGTGAGCATGCGGTAAATGTGCAAACCCTCCACAAACGTCCAGGCAAATGTGCACATGTAGAAGTAGTGCAGGAGGATGGCTATTACTGTACACACAAACTAGAGAGAGAAAAAAGATGAATAAGGAGACTTAGCAGTCAACAAAAAAA s fr1.chrUn 173820561 258 + 349519338 AGTGTGTGTGTGTGTGTTTGGGAATTTCTCCGTATTTGGTGGTCTCACCGGTGATAATTGCCGGTATGCCCCAGCCAATGGCGTAGTAGAATCGAATGTGGCCATGGTTGATGTTCCGCATCTCCGTCAGCATGCGGTAGATGTGCAGCCCCTCCACGAACATCCAGGCAAAGGTGCACATGTAGAAGTAGTGGAGGAGGATGGCGATGACGGTGCACACGAACTGCAG-GAGATAAGAGGAGAA--------------AGTCGTCAAAAAAA a score=298 s danRer3.chr4 24937272 103 + 33808418 GTTTTTATAAAGTAAGTATTGCAAGGTTACACAGATGCGCTAATATTAAGAGTGAAAATATGAATGTAGATCTTTTGTGTGCAATAAAACTGTGCGGACGAGT s fr1.chrUn 46138200 82 + 349519338 GCTTTTAAGGCTCTGGTGATGGATAGAAACACAAATGTGCTTCT-TAAAAAGTGA--------------------TGAATAAAATAAATGTGCGTGTGGGGGC a score=10666 s danRer3.chr4 24937375 211 + 33808418 TCCTCACCGGGTTGTCGGTTTGGTTGATACCGATAAGGAAGACCAGCTCGGAGAAGAACAAGGCAGCCACCAGGTTCTTGTGGATGCTGTGGAGGTTGGAGCGCAGTTTGTGTAATATAGCCAGTAGAATGAAGGTGATAAAGAGGGCCAGCAGAGAGGCAGAGACCGTGGTGTAGGTGACAATCTTCAGAGGAAGAACATCACCATGCTG s fr1.chrUn 173820900 211 + 349519338 TACTCACCACATTGTCTGTCTGATTGATGCCCAGCAGGAAGACGAACTCGGAGAAAAAGAGAGCCGCCACCAGGTTCCTGTGAATGGCGTGAAGGTTGGAGCGCAGCCGACGAAGGAGGCACAGCAAGATCAAGGTGACGAGGAGGAGGAAGAGGGAGATTGACACCGTGGTGTAGGTGACGATCTTCAGGGGGAGGACGTCTCCGTGCTG a score=8303 s danRer3.chr4 24938025 723 + 33808418 TGAAAAAAATATGGCTGTTTTGTACCTCTCTTTTGGAGATGTCCATAAGGACGGCAAAGCTGGTCATGTGATTGCACTGGCAGCTAATGTGAGTGTGGTTTCTGGAGATGATGTCACATCCTTTGGATGACCAAGCGCCTGCTCCACCAACACTGACACAGAGAAAAATATCAAACTGGTGTTAATTATGTGCAAATCAGCTACttaaagggatagttcacccaaaaatggaaattacctcattattttgtctaccttctgtgtttttaaacatttttgagtgaaaaaagaggtatttttgaagaaagctggttgaaaacttaatatggaagtcaattggtcccagtaaccagcattttttaaaaatatattgtttggaaacagaagaaagaaactcaaacaggttttgaagaaatgaaggatgagtaaatgatgacagaattgttttttgggtgaactgcccctttaaACTGATTTCTGAAATGTTTGTTTTGTTAGTTTCATAACTGAAAAATAAAAAGTGAATTATTGTTTAGGACTCACGTGATGGAGTGGTTCCAGAAGACGCACACTGGTTTGGTTCTCTCCTCGGTCTCCAGAAGGTTATAGTCCAGTGTGATTGGTCGCTCCAGAGGAATGTGCAATGGCTGACCTTCACTGTACACAGTTGCGCTCACGATGGGAGTGTTAATGACTGGGCGATTGGGCACCCTGTGGAAAAAA s fr1.chrUn 173821164 428 + 349519338 TGACAAGCATCCGAAGGGGCCATACCTCTCTTTTGGAGATGTCCATGAGAACGGCAAAGCTGGTCATGTGGTTACACTGACAGCTGATGTGGCTGTTGTTCCTGTTGAGCAGCTCACATCCTTTGGAGGACCAGCCGCCCGTGCCTCCAACCCTAA-------------------------------------------------------------TCACCAACACACG------------------------------------------------------------------CGTAGCAAAAATCTACTTGAAA----------------------------------------------------CTATTTCAGAACAAACGGAA----------------------------------------------------------------------------CAAACTAGTTTCGCGTGCGACGGTCGGGCCAG----------------------------------------CTCACGCTAAAGAGTGGTTCCAGAAAACGCAGACGGGTTTGGTCCGCTCCTCCGTCTCCAGCAGCGTGTACTCCAAGGTGATGGGTGAGTCCAGGACAGCAGGAAGAGGCGGAGCCTCGCTGTGCACTGTGGCGCTCACTATGGCTGTGTTGATTACTGGACGGTTGGGTAGCCTGGGGGGCAAA a score=243 s danRer3.chr4 24938748 168 + 33808418 AAAACACAAACTTTCTCAGCAT-GGCAACAGAGTGGCTGTGGAATGCCACCAAGACTAAATATTTGGACAAGCACTATACAGATGAACAAGCGCTCTGTACCGGAGGCTGCGGCGGTCAGGGTCGTAGTGCTCTGGTAGAAACTGGCCTAGAGTTTTATAGATGATGAC s fr1.chrUn 46138957 142 + 349519338 AGAGCACGCAGATGTTAAACATCTGCATCA---------------GTCGCACAGAATGATTCCT------ATTCCAGCACCGCTG---GAGTGCT---TACCGCAGGCTCCTCTTGTCGGAATCGTAGCTCTCTGGTAAGAGCGACGCCAGGCTGTAGAATATCATCAC a score=11067 s danRer3.chr4 24940703 421 + 33808418 TACCTTTATGCTCTGATGATTTGAAGCTGAATTCTGGGAAAAGTACAGAAGACTTGAGGTCTTTGGGACACTCCTGGTCAGTAGTTTGGAAATTGGGTACTTTTGTTGCATCTGGATAAGTGAC---CAAGTAATCCACTGCAAAAACTGTCAAAAAAAAAGGTTAATAAAGAACCTTTCAAAACCATGCTTAAAACTACATTGAAGTTCTACGCAAGATACTTTTAGCA---ATGCTCACCCATATTCTCTGTTACGATGATGAAGGGTTTCAGGTAAGTCTTCCTCATGTTCTGAGCCAGAGTGTTGGCATATTCCTCAAAGTGTTTGAGCAGATTTGCCGTGCCCCCTTCTGTTCTCTGTATCTGATCCCAGTGCTCTTTATTACTGGCATCCAGGATTGCGCTGCCAGCCTTTACTAGGTTCT s fr1.chrUn 173822423 417 + 349519338 TACCCCTTTGACCCTGAGGGCGGAGGTTGAACTGAGGAAACTGCACATAGGATCCAAGCTCTTTGGGGTAGGCCTCTCTGATGTCCTCAAACCGAGGCAACGTGGCCCTCTCGGGGTCAATGACATCCAGGTAGTCCACCGTCAGAACTGT--AAGAAGAAGATTCCGAGA--------TGTAGACAGGTGTAAATATCTTTCAGGGTTCCCAACAGTGGTTTTATGGCATCTCCACTCACTCATGTTGTCTGTGACGATGGTGAAAGGCTTCAGGTAGGTTTTCCTGACATTCTGAGCCAGGGTGTTGGCGTAGGCCTCAAAGTTGCGGAGCAGGTGGGCAGTGCCACCTTCACTCCTCTGGATCTGGTCCCAGTGCTCCTTGTTGGCCGGATCCAGTAAGGAGCTCCCTGCTCGCACCAAGTTCT a score=5212 s danRer3.chr4 24942668 1077 + 33808418 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s fr1.chrUn 173822949 1133 + 349519338 ACCTCGTTGAATTCCGAGTCCTTCATAGCGGTGAGTTCAAATCCCGCCTGCTGGCTCTCATACTGCAGCACGCGGTTCAGCAGCTGGGCAGCCGTCCTCACATCGTTGCCGTAGTAGTGCGGCGTGTTGATGGTGGCGCTGTGGAGCAGGCGCACGGCGGCCTTGGAGCGCTCGCTGTCCATCCTCGAAGTGTTGCGCCGCAGGTCGTCGTTCTGG--AGGAAGG---------AAGAAAGCCGGCAGGTCAAGGTGAGGATAAGTTGAGCGGGCCAGAGGAAACATAATTGA---AATTAGTTCAATCCCAGGATTAGCAGGAAGTTTGAGGAGTTTAAGCC-TCGAGTATTGGGTTCAGGTTCACACAATAGGCGCATTGCTTTTCTTAGAATCTAATATTAGCATTAGCCAGCT----------GCACACAAGAATTCCCTTCGGACT--------GTGCTTAC-TATAGAGCACAGTCAGCAAACAATACGAGCTTGTTGCCTCACT-----------CACCATTTTCTTCAGATGGGTGAAGGTGACGGTGGTGCAGTTGAAGAGGTCGGCCTGGAGCCACCCCTTCTCATCGCTGCAGTGGCGGATAGCGGTACCTGCAAAGTAAAATAAAATCCAAAAAAATATGTTTAGGCAGGAGAACAAGTATCGAATGGAGGGAAGGCTGTATGATGACATGGGAAGAAATGAGTTGAAAATATTCTGATTTACTGTGTAACTACAGGCAGACTTTACAAACAGATAAAGTTTAAATGTGTAGACGCTAGGCCAGAGGGCT------CGCAATTATGTGTAAACACTTCCTGCCATGCTGGTTTCCATTTTCAGGCACAGACTTGTTCCAATCTGATTCA-GTTTGATAAAAGACTTCATCTCAGATGCAAAGTCTCTGCAGCAGCCATTGTTGCAAAAGAAGAAACGGCCGGACGGC------CTGCCAGGGTGCGCTAACAGAGGTTTACGAGCGGTGTTAGCAA-ATAAATG--GTCCTACTAAGAACCAGGGGGACAACAAAGGGATCGCCATGGCGACAGTACTGGAAGAGG--TCAGTGAACACGAATGTTGAGTTTAAGTCGCCAACACAGGCAATGAAGGCAGCACATT--CAGGCATTAATGTGTAATAATTAGTGTTTATTTATGTTTTTATGTATATTTTTAGGAT 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danRer3.chr4 24945816 258 + 33808418 TACCTTGCAGCGACATTCTCCAGTAGTCTTATTGCAGTCAGGATTGAAGCCTTTGCTGACATCACAGTTGCAAGGACCACACATGGGGTTTCCCCACCAACCCCGAGGACAAGGTTTTTCAACTCTG-GGTGGAGAAAACACAGTCATTAATAGTGTGATGAGGTACAACA--------------------AATCTGAGACCACTA-CACTGAAAAAAGACACTTTGAAGCAACTTTAA------AAAAAAGTACTGTAATTTGTTACAGCaaaaaaaaaaaaaaa s fr1.chrUn 173825566 286 + 349519338 TACCTTGCAGCGACACTCTCCAGAGGTCTTGTTGCAGTCTTTATGGAAGCCCCTGGTAGTGTCACAGTTACATGGTCCACACATGGGGCTGCCCCACCAACCATGAGGACACGGCTTCTCCACTCTGTTATTGAATAAATAGTTCAAATGATGATCTGAAATGTGTCAACAGTTGTAGTAACTGCTGCTTTAATCTGCAGCTTTTATCATTTCAGGGTTTCTTTGTGGAATAACTCCCAACGAGCAAAATAATACTGACTATTGTCACAATTTGAGATTAACAAAA a score=16061 s danRer3.chr4 24948496 425 + 33808418 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TGGCTAACCTTCGGTAGTGCCATTGTTGGCAATGTAACTGGCCATGTCAACTGATTTACTGTCAATTGTCAGGTTCCTCATGCAACCCACGAAGTCCCGGTTCCGTATGGGGAAATCCTCCGGAAGATTTGGAACACCGCCAAGTAAAAGTGGTCCAGTGAGATCCAAAGACCTGAAGAGAGATGAAACACTTAAATATCCACCATAGTacactgcaaaaaaaatgcgtttcttactttttgtcttatttgtagtcccattttctacaactt s fr1.chrUn 173828845 251 + 349519338 TGTCTAACCTGGTGTGGTTCCATTGTTAGCGATGTAGCTGTCCATGTCGATGGGCTTGCTGTCGATGCTGAGCTTTCTCATGCAGCCCACAAAGTCTCTGTTTCTGACGGGAAAGTCCTCCGGTAGGTTGGGAATTCCGCCTAGCAACAGCGGCCCTGTCAGATCCAGGGACCTGCAGATGAAAGAGAAAATGAAA-----------------GGAAGGGAAATTGCACTT----CTTTTTTTCCCAAATACAGCACATGCTACTGCAGCTT a score=10306 s danRer3.chr4 24963194 238 + 33808418 TGTTTGGTTTATACAGAAAAAGATGAAGA-----------TAACTCACTTCTTCTGGCCGGTTTGGGTGCCCTGGGCAGCACATGAGTAATTGCCGATCTGAGTGCCAAAGCGCACTGCCATGGCAATGTCACAGTCATCTACAGCAACCACTGCCACCTTTTCACCTGACGGACCTTGAGGCAACCCCAAATGACTGATCTTGGGCTGGAAAGAGGAGAAATGAGAAAATAGATTACAA----------ATCAACAAA s fr1.chrUn 173829892 253 + 349519338 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5 + 33808418 ATCCC s fr1.chrUn 232648724 5 - 349519338 ATCTA a score=8581 s danRer3.chr4 25085699 149 + 33808418 ACCTGAATGCCTCTATCAGTCTCTCCACTTTCTGTGCTTCTCCCTGCACACGGATATGAGCCTGAAACTTCCTCAAAGCCTCATCCAGCTCCATCCCAGAGAAATCCATCTCGTCCACCACACAGCT----AGCAGAAAAAAGAAAAAAAACA s fr1.chrUn 273464733 153 - 349519338 ACCTGAAGGCCTCGATGAGACGTTCCACCTTCTGGGCTTCTCCCTGGACCCGAATATGGGCCTGGAACTTCCTCAGAGCTTCATCCAGCTCCATGCCGGAGAAGTCCATCTCATCCACGACGCAGCTGTCGATCACAGAATGCAGAGAACACA a score=10930 s danRer3.chr4 25087888 172 + 33808418 TACTCACTCTAAAACATCTCTGTTAAATGGCTTCTTGCTATTGCCAAGAAATTCTCCAATCATCTGTCGGCTCAGTCCTTTTCTCTGGAGTAGGAAATGTGCAACACCTATAGGTGTATCCGGGATGAAGCCACGAGAGATAAGAAACTGAAGACCCTTGTCTGGATTTCTG s fr1.chrUn 273466051 172 - 349519338 TACTTACTCCAGGACGTCTCTGTTGAAGGGCTTCTTGCTGTTGCCGAGGAACTCTCCGATCATCTGCCGACTCAGGCCCTTCCTCTGCAGCAGGAAGTGGGCCACGCCGATGGGCGTGTCAGGGATGAAGCCTCGAGAGATCAAGAACTGAAGGCCCTTGTCAGGGTTACTG a score=14742 s danRer3.chr4 25093824 536 + 33808418 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fr1.chrUn 125870074 307 - 349519338 ACCACTGTGTGTTTGCACTGCTTTTTCATCTTTTTTTCCCTCTTTTTCTCATTATTTCATTTCTCAGTGAAGAAAGTAGCAACCTTCAGATATTAATGCCATCCTTGTACTGAATGCGCAATCACCTCAA-CTTCAATA-------TTTTTAAAAAGTTTACTTTTTTCTATTTTCTTAAATA-----------------------------AGCAAAAAAT---------CCAAACCAGCAAGGTCTTTTAAAAAAATTTTTTTTAGCTGTTTGTAAATATGTTGGATTTT-----TGGAGACTTCAAGTTTTTCTTCCTCTTCTCGTTCTTTTTGTGTGTGCGCCTCAATCTACCC a score=1360 s danRer3.chr4 25226386 113 + 33808418 TGTTTTACCTTGAGGTAATTTGGAGAAATAACTTAAAACCTCAGGCAGCCCATGTATATGAAATAAATTGTTTTGAATACAGTTTATAATATGTATTTACTTATGTATGATCT s fr1.chrUn 327855123 113 - 349519338 TACTTTACTTGGAGACCATTTCTACAGATATTTTCAGAAGGCAAGAAGGCACTTTTTTTTAGCACAAGTACATTTACTATGCATTTTAAATTGTATTTGTTTAAGTAACATTT a score=4260 s danRer3.chr4 25227150 846 + 33808418 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fr1.chrUn 33415148 987 - 349519338 CACCAACCTGTGAACTCTTTAAGAATGTTGAGCGTCTATGGCAGATCGATACGCTGCCCTACACAAGCAAGAAGCAGGTGACCCGATCGAAGCAAGATCA-GCAAGCCTTAGCCTTACTCCAGTCATCCACCGTTAGAATCACTGTTGATGGGATACAAAGATATGCTACACCGTTGCTTCGTCGTGCCAACTCCGCCACTCTCCAAGCCCCTATGGAAACTGTGTTGTCTAGTCTTCGTAGCACAGAGAGGAGACTTGCCAAAGACCCACAACGCGCTGAGGCGTACTGTCAAGAGATCAGGGAGCTAGAGAGGATGGGCTACGTAGCAGTGGTGCCACCTGAGGTAGCTACATCAACCCCAGAATCCTGGTATATACCTCACCATATGGTTCGGCACAACAACAAGGACAGGATCGTCTTCAACTGTTCCTTCCGGCACGAAGGGAAGTCTCTGAACGAACTTCTCCTCCCTGGACCTACCCTAGGCCCATCATTGCTTGGAGTCCTCATTCGGTTTCGGCAGTACCCAGTAGCGGTGAGCGGTGACATCAAAGGCATGTTCCACCAGATACGCCTTCTGCCAGCCGACAAA--CCAGTTCTGCGTTTCATCTGGCGGGATATGAAGAGGACTGAGGAGCCTAAGATCTACGAATGGCAAGTTCTGCCGTTCGGCACTACGTGCAGCCCCTGCTGTGCCATCTACGCCCTGCAACGGCACGTCCAAAATACAAGTGAGTCCAACAGCGACCT-----CATTGACATTGTTGAGCAGTCATTCTACGTGGATAACTGTCTCCACAGCACCCACTCAAAGGAGGAAGCTAAGGATATTGTTGATCGCCTGCGCCATCTACTCCACACCGGAGGCTTCGAAATACGCCAGTGGGCTAGTAACGTTCCTGCCGTTATCGAACATCTTCCATCCAACATCAGATCTGAGAGCAGTGAGCTATGGCTTTCCCAATACAGTACGGACCTGCAGGAACCAA a 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TTCTC-TCATCTCCACAGAGGCTACTCCCTGTTGCGTGTGGTGAATGTTGTGAAGCGTGAAGACAAGGACTTGGGCAGCCGTTATCTGGTGGAACTGGAACTTGTGGACCCACAGGGTCAAACTGTCCTTGTTTCACGTTACATTTATGCACAAGATGAAAATTCGTCAAAACCAGCAC-------------------------------------------TTCTCTGCAGTCCAAAAGCTTTCAACTGGAATCCATCTGCTACTGTTCACATAATTGTTGCAGGTAA------------------TAGTAACAATATGTATTTGTCTTTTAACTGTGCGGCATTTTAAAACTTTATTTTAACTTTG--GCCCTGTCCACA------------------------------------TAAAAAAATTGTATTTTCAAAACAGCAC------------------------------TATTTGAC----------TTGTGACTGGAACCGAAACTTTCTG------------AAAAC-----------TATTTCCAGGGTGAAGATTTTACAA----ATCTCCGGGTACAGAGTAGTCATGAG--GAGGCAAATGCCACACGTTCGCGGCAAACGCATCACATATTCTGTGTTGTTTGCACCGCAG----AATGGTAATCTGCCT--CTGTTCTCATGTTCGCATTGATT------TATTTGCAATTTTGTATAAA---------ATACTTGAT-----TCCTCACGTGAACCCAGCTAAAAAAAAGTAATTATAATTAA------AAACAAACTAGTTTTCTCATTTTTGTTTTTGCCTTAATAACTGGAGCACCACAAGGCCCATACCCATTATGCAAACA---------TAGGGAGCAGCAGTTTATTTCCCTCTAAAGAGACACG------AAAGGAAAACTG-----------CAGTTTTTTTTGTTTTGCTTTGTTTT---TTTGCTTCTAGACACAAAAAATGGGTGATTTACAACATGGTAAAATAATAATGTAGGGTATTTTAAGCTAAATCTTTGATATTTTTATCTTGTAA-TAATA-------------CAACCTTTTAATGTTTAATTTAAAAGCCCTGCCAACTGTACAAAGTGAATGCACTGTTAATAAACTGAATGTGACAGC------------TCAAGCTTATCATCAGTTATTGTTAA------TGCATGTGTACAAATTATAAATGTAATGTTCATTTGCCTTCCAACAGTGAAAGATCAAGCCAGATGGATCATACAGTTTATTCGGGAAATGGAAAAAATATACCAAGCAACTGGGGACAAAAACTTTAATGTAATAATTGTAGATTACAACAGCTCTGACATAAATATTGAGAAACGACTAGAAATGGCTAAATTACCCAGGTAAAACACAGTTGTTGTTTTTTTGCACTTTTTTTTTTTCAAAAAGT-----TATATGGCTAATGTTGTCGACATGCACACCTTAAATACACAGTTACAAACTGAAGAAGATGGGGGGTAATTTTGAGAGATCAGGTGGACTTCAGGCTGGAATAGACCTTGTTGAAGTAAGTAACCTCATTTTAACGCTCAAAAATTATCACGTTTCATATTTTCTATTTATAGAAGTGGTTTTGGGTCATTGAATAGCTGTATTATATAAAGTGTGTTTTCATTTTGTTTTTCTCCTCAGGATGAGCACAGTATTTTGTTTCTGTGTGACCTGCATCTCTACTACCCAGTGACAATAATAAACAGTATTCGAAAACACTGCGTTGAGGGAAAGATGGTGTATGCCCCTGTTGTGATGAGATTGGATTGTGGTGCTTCTCCA--AGAACCCCAA-----------------ATGGTATTGATTTTT s fr1.chrUn 327881551 1803 - 349519338 TTCTCATGGTCCCTGCAGGCAGTTCACATTGGTGCGTGTAGTTAACGTGGTGAAGCGAATAGATGGCGTCCAGGGAAGCCGATACCTGCTGGAGCTGGAACTGACAGATGTGCGCGGCCAGCTGCTCCGTCTGTCACATTACATCTACGCTCTG-------ACTCGCCACAGCAGGCACCCCGGAAAGGATTTCGGCTTTGGACCAGTGAAGCCACAGCAGGTGCTTTGCAATCCGGTGGGCTTCCGCTGGTATCCGGCTGCGACGGTCCACTTCATAGTGCCAGGTAGACCCAGCTGAGACCTTGTTTGTTACAATCTGCATCTTACCTTC-----TGTTTAATTTTAGTGTTTAGTGTTAAATAGACTGTGCTGTTGATAGCTGCTGACATAACAGTAATCAAGCTTAGTGGTTTTTAAACAAAGAGAACATCGAGAACAACACACTCGGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGCATTTGTCCAAACCACAGTCATGACTAACAC-GACATTTGCTGTGTGTAACACAGAAAACCAGCACGCTGTTATTTCCATCTGCATTACATCATGAGAGGATCTATAGGTTGACAGGAAGCGTGAGTTGACTCGAGTGT-----GGTCATGATAAATTC--TGTACATTATGGTCTGTATCCAGAGCAGTCTAAGTCCTAATCATCAGGACTGGCCCTTCGTGTGC-TTGATTATCACATTTTTACGATGCGTCATAAATAAGAAGCAGAAGTTAATAAATGTTCTGACACCATTTCAACTATACTCAATTACGCTTACGCAATCCTTGAAGTAAATGTTGAGTTTTAAGTGCATTTCAGGCATAA----------ATTAAAAGTTTTCTTTCCATTCAGGAACAAATTGTTGATTATGGTGGTGAAATTTA-------CTAAAGAAATCTGGTGATTAAAGTAAGACAGGTGAATTGACCCATCTGTCCTGGTCATCCTTTGTTTGACATTTAGTGTTCTAAAAGTCAAACAAGTGACTAATAGAATGGTCTAGAAGAACATTAGTTTATTCTCTTAGGAAGGTATGGTCTTCTTCACTTGGACCTAATAAGTAATGTGATGTCAGTCTCTTATCAGTTGGTCTATA-GCGCCACCATC------AGGGGCTTTAGCTCTTAT--ACCCAGATGTGAAAGCATAGCAGAGGAAGCACTTTGTTCAACGCTTGACATAAAGCCGCCTCCAGTTGCGTTATTCCTAAATAAACGATTGATCTTTGTTGCGTCAGTTAAAAACCAGGCTCGGTGGGTGCAGCAGCTGATTACTGACATGGAGCAGCTCTTTCGAGTGACTGGAGACATCAACTTTAACCTCATCATCACTGACTACAACAGCACTGACATGGATGTGAGGAAGGCTCTGGAGAAATCCTCGCTCCCCAGGTACG-TACAAGCGATTCCCTTTTGTCCTGGAGC-------AAAAGTACCTCTATCCGGTTAATAC-----ACCTGCGTATC------GCTCAGATACGAGTATGTGAAGCTGAGTGGAAACTTTGAGCGCTCCGCTGGTCTGCAAGCAGGCATCGACCTTATAAACGTGAGTG-------TTGAAGCCAACGGAAATAAGGCAGTTTAGGGTTGAAAGTCACAGGTGTTTCACTGGAGC-CTAAATAGATGT------------GTGTCCTCAT-----------CCTCAGGATGACCACAGCATTGTGTTTCTGTGTGACCTTCACATCTACTTCCCTCCCTCCATCATCGATACCATCAGGAAGCACTGTGTGGAGGGATACATGGCTTTTGCTCCGATCGTGCTGAGGCTGGACTGCGGCGCGACGCCATCAGAGGCCAAAGGTAGAGGCAGAGGGGGATGGTTTTGATATTT 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danRer3.chr4 25356782 139 + 33808418 ACCCCTCTGTCCAATAACACTATCGTCAGATGTATAAATGAAATTGCTAACAATCTTAAAGAACAGCTGGTAGATGAATTTAAAGTCAAACATTTTGCCTTACAGTTCGATGAAACAACTGATAGCAATAAAGACTGTT s fr1.chrUn 185406667 139 + 349519338 ATTCCTCAGTCCAACATCACCATCAGCAGTCACATTTATAACATGTCAAAGGACATAGAGAAGCAGCTTCATGATAAGGTGCACGACAGTCGCTTTTCTCTCCAGATAGATGAAGCCACTGACAGGAATTATGGTTTTT a score=2083 s danRer3.chr4 25357749 103 + 33808418 GTGAGGATCTACTTTTTTGTAAATATGTATGAAACAGAGCCCTAGCTGA---------------TGAGCTATTCAAA-------------AAGTGGGAGAACTGCATTGGTGTTTGCAGTGATGGTGCGCA s fr1.chrUn 185406846 131 + 349519338 GGGAGGACTTGCTTTACCGCAAACAAGTTCCTGGCAGAACCACAGTAGAAATGTTAAAAATCATTGACTCACTTAAATGAGGCATATCTCAAGTGGGTGGACTGCGTGGGTTCCTGCACAGATGGGGAGCA a score=3713 s danRer3.chr4 25359065 564 + 33808418 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aagTTGATT------------------------------------------------TATCTTCTAGATTAG----------------------------------------CAGCCTTTAGATTAAAAACTGCACAAAGATTTTTATATGGAAATAGTTTGAGATGGCATGAAACCGCAAAATTGCTTTTACAGAAGGCAGGGAAGTTGGGGTATGATAAACAACTTTTTCTGC---------------------------------------------------------AGGCGTGGCAAGTTTTAAAATTGTCAAGAGATCCTAACACCTTTTTAGGAACGTGGATCTTTGAGGAGCTACTTTTT-------TTATAATGATTTTTTGAGTGCAAAATCTTTAAATTGTGCT-AGTATTCATGTGGCATTAAGAGAGGCAGGCTGTA----CAAAGTTGGGCCATTTATTAAAAGCTATACAGACTTCTATTAACGCTCTGAGTCAATTGGTAAAAATACCATCAGAAAGATTAATAAAAAGAATTGTTGTAGAAGTGTATGAAGCTTTGCCAAACTTAATAAGGGATTTCATTAAGGATAATGATCTGATTAATCAGTGGGAAGATGGATGTGAATATGTTTTTCCTGGTTTAGATATTTCAGAGACTGTGAAAGATTGGACTTTATCAGAAAATGATTTTCTATTTTATGGGGACGTGTATTTTGTTTCTTTTGAAGAGTTGGACAAGAAAGAAGCATACATGATATGTGTAAAAGCAATCCATAGTAAATACTTTAAGGGAATGAAGGAATCAAAATGGTATGGTCTTTTTGGTCCGGAAAATTCAGTAAAAGGAAGAtggagatcattgtataaattgccaattgataaacgggcgggggatcttcagtggagaataattcacggggctatagcaaccaataaacatgttgcacatattaactcaTGAAACAAAA-----TGTCTTTTTTGTACTCAGACCGAAACATT----GATATTTTTGTTCTGTGGGTGTGATAGATTGAAAGTGTCATTCGATCTATTGGATCTTTTGGCTATGAAATGGGGAGATTGTTTTTCATTTCCTTTGTTCATTTTTGGG-CAAAATATTCTGTTAAGAAAAAACAAAAACATGTCTTGTTAAATTTTGTTTTTGGAGTGGCTAAACTTTCTATATGGATTTCAAGGAAAAACTAAATTCAGAACAATGGATCAAAATAAGTTTTTTAAGTTTTTTTGGGAATGTTAGAAGCTCGATTAAAAATTGAGTATGCATTTTACAAATTAACAAATAATTTAAAGTCTTTTCTGGATAAATGGTCTGTTGAAAGTGTCTTGTGTGTTGTTGATAGTGATGTAGAGTTGGTTTT-ATCTTTTTAAGTTTTTAAAT------------ACTGTTAAAACATTGATGTTGTTGA-AAAAATGATAACTATTTTTTGGAATAAACGTAAGTTATCAA---TCAATCTCTCTCTCTCTATCTctcactctggacatttgactcgctgacctgtttgtgaggtaactttttctcttctcttggctgttaaagcaatacttgtgaatcaagaca--caagcgtgcctatggaatatgtaat s fr1.chrUn 281142263 1588 + 349519338 aagttgattgtggactttttctggtcgggccagcactggctgAGGTCTGCAGTGCTGTACCTGCCAGTACAGGAGGGAGGACAGGGATTGGTGGACATTGCATCTCGTGTCACAGCTTTCAGACTGCAGGCGGCACAAAGATTGTTGTACAGTTTTGGTGTGCCGTGGACAGATATGGCCTGTCTGTTGTTAAGGAAGGCTGGGCGACTGGGGTACGACAAACACCTGTTCCTGCTTCAGCCCCAGTCCATGGACCTGACTGGTCTTACACCCTTCTACCAGTCAGTGTTGAAGGCATGGCAGGTTCTATCGTTTAAGCACAAAGCTGTGACAATACCAGGGATGTGGATCTTTGAAGAGCCCCTTTTTGGAAACAGCATCATCACCTCTCGGGTCC-------------TGTCCTCCGCCACCCTGAGGTCCAGACTGAGGGATGCTGGAGTAGTGAAGCTGGGTCACTTGCTGA---------AGACCTCTGTCCTCAATCTCTCTGACCGGCTCAACATGAGGTCCAGCAGGCTGCTGCTCCAGCTTGTAAGAGAGGTCTGTGCTTCCCTGCCAGAGGCCCTCAGAGTCTTTGTGTTGGATCCGTCTGTGTCTGAACTGTGGGACGACAAGTGTGAGTATGTCTTTCCCTCCTTGGCTGTCTGTCCAGCTGTTGGGCAGTGGCAGCCCGAAGAAGACGACCTGCTGTCCCTGAAGTCTTCGGTATCAGTGGATTTTGAAGGTGTCGGGAGGAAGGATCTCTACATCTTAGCTGTGAAGGTCAGAAACTTGCGCCCCCTGGAAGGGCTGAAGGCGTCAGGGTGGACTAGTTTTTTTGGCGCAGGCTCTTCCCCGGGGGGTTGTtggcggtccctgtacaagcctcctgttgataaacggacaggagacctccagtggaggattgtgcatggggccatagctaccaaCAGGTATCTGGTGCACCTTGACCCCAGCACAGGGGATGGCTGCCCTTTCTGTTCCCAGTCAGAAACCATCCACCACCTCTTTGTCC----AGTGTCCCAGACTGGTGGGGCTGTTTGGACAGCTACAGAGGTGGTTTCTTGGGTTAGGTGAGGGCTTTTCTTTCAGGACGTTTATCTTTGGTCCACACTACCGTGCAAGGAGGAAGGCTGTACACCAGTTGGTCAATGTCCTCTCGGGGACGGCTAAGTTGGCCATATGGAAGACCAGGAAGAACAGGGTGAGAGGTCAGGGGTCAGAGGACGTGGTGACCATGATGACTGGACTGCTGGCAGCTCGGCTCAGGGTGGAATTTAATTTTTATAAACTGACCGGCCAAATTGGCACATTCGAAGACATCTGGGGCGTGAGAGATGTCCTGAGTTCAGT---TAGGGAGAACTGCTTGATTTTGAATTTTTGAAGGTCTCCAATCTCTCACTCTGACTTGTGTAAATGCAAATGTGAATAATGTAAATGTGAATAATACATGTAAATAAAGGT--GTTGTTAAATCTCAAtctctctctctctctctcgctctct----ctctctctctct---ctctctGTG-------------TTTTGTCTTAAATACTTTA-CAACACAAGTGTATCATTACATCCCGGAAACCTCATGGAACATATAAT 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ATAAAGTATACTTTTATACTTGACCTTTACTTAAGTATGCTTCTATTTCCTAAGGGTGTATATACTGACTTAACAAGATCAGTCTTGTGCAGCCAGGGGGAGTATTGCTGCTCTGACAGCCAAGTTGGGACAAA-GCTagggatgctcccatcaggatttttgcagctgat s fr1.chrUn 5240652 159 + 349519338 ATAAAGCTATCTCTTAAGCT--ATCTTTTTTTTATTTTATTTCTGT--CCTTATTTATTTTATGTTGTTGTA------TCAGTTTTGTACAGCCAGGAGGAAAAATTCCCCTCCGACAGCCAAGTTGGGTCAAACTCTGGAGCTGCT--GGTCGGGGCGGTTGCAGCTGCT a score=3706 s danRer3.chr4 25527349 211 + 33808418 GTTGTAAACGCACACCACCATCTGACACAGAATTTTTATTTAATTGGGCGAGCCACCCAGATATATTAAAGGCCGCCCAAGTATATTTGGTGACTACTATTTTTACTATTATCATTCTTTACACTTTTTTTGTATCTGCCCAATAGGCAAACATCCGCGATTGATTAACTAGTGGAAAATCTTCTCTCACTCTACACGCTTCTTACCCGTT s fr1.chrUn 35252816 192 + 349519338 GTTGTAAGCCAGCAGCATTTCTCAAAGCATAGACTTTACTTA----GGAGAGCTGCCCAGATATATTAACAACTGCCAAAGTACATTTGCCAATAGATTTCCCGGCTTTT-------------TTTTTTTAAAATNTGTCCAAAAG--AATGNCTCATCAATGATTAACTGGAGGGTNTTTTTTCTTCCTTTTACCCGTCTAGTGTTTGTT a score=3374 s danRer3.chr4 25579269 242 + 33808418 CACCAGCGTCAGAAGATTAAAACCAG--------CCTCCTTGTTTTATGAAGACAGATACATCAGAAAAG----------CAAGCTGAGGGAGGAGAAACAGGGCCACTCTTTCCCTTTCTCCTTCTCTTTTTCTTTCAAGCATTGATTCAGAAGTTGGC--------------------------ATCCACTCCGTCAGTTCAGCTGCGCTCGTCT-------TTTGATGACCGCGTCAGTCACTGTCTGTCTCTCTATCTGTCTTTAAATTAATCACCGCATGCTTTGAAC s fr1.chrUn 106476356 268 + 349519338 CAACAGTTAGAGAAGATTAAAACCCTGTGTGTTCTTCTCTTTCTTCTTCATGGCAGACACATCACAAAGGTGGTGCGTGTCCGTGTGTGGGCAGGGAAACGGGGAC---------------------CGCTTTCTCCGGAGCACAGATTCAGAAGTTGGCTCTACTTCCCGTCCGCTGAGTCCCCCCCCCACCACCCCGGCTCACAGGGCCTTTTCTCTTTCGGTTTGATGTCTGTGTCAGTTTCTTTCTG--TCTCTGCCGCGCTCTAATTTAATAATCCCA--CTTTGAAC a score=3432 s danRer3.chr4 25585081 120 + 33808418 AAACACACACACAGATTCTT--------------GAAAAATCAATATGTCTTTCAATGCGCTCATGTTGGGTGCTGAGTGAATATAAACAGCGCTGTATTTCATAAGGAATCAATGGCAAAGGACAGATGAGTG s fr1.chrUn 106482043 134 + 349519338 acacacacacacacacTCTCTCTCGCTCTTGGACGTAAAATCAATAGTTATTTCAGCAGGCTGCTGTTGTGGCTTGAATGTGAATAAACACTTGTATATTTCATCGAGGATCGATTAGTGCAGACAGCTGAGTG a score=458 s danRer3.chr4 25621591 420 + 33808418 ACTGCTAA-TGAGGTCTAGTTTTTTTAGATGTGACTAT-TATACTGTGAA-----CTGAATA-CACTTTAAGTGTGAATACAGTTC--CCCTGTGCTAATGAAAGCACGG------CAAAAAAAAA-------------ACACAAAGACCCCTCAG---------AGTATGAATACAGA-TACTGCTCAAAGCGACGGATTAGACCTATGAGCTCTAAATGGCAGGCAGACTCTTA------ATATCACAGGCGCAGTGAGTGACGTGCTGATGGTGCGGCCTGTAATTAGAGTGTGTGCCGTGTGTTTGGCTAAAGATGAGTAATTACTCATCACTTGGAGTGGCTGGCCTCTGATAAAGCACTCATTCTTTCTGGCTT--ATCAAGGGGTCAAAAAGAAAATGGGTGTGGGGGGAGGAGGGAACTGAAAGAGAGGGTGGGGAAAGATAAAATGGGATTGACAGGC s fr1.chrUn 51947290 431 + 349519338 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TATCGACCGTATTTTGAATGCACAGAGACACCGTGAGCAGATCCCGAGGCCCACCGTTGTGCCATTCATCCATGACCATCACCTCAGGGTGCAGCATGGTACCGCACAGCCCC-----CCCAGGATCTGTACACAATTCCTGGAAGCTG-------AAAACATCCATG-----------------------TTCTTTTA----TACATTGTTTTTTTTAAT-----------AGTCGCGCTGATTTTTGTTTTTTGTTTGTAAAAGGAAACTGTAGGTGCTCACATCAGATTTTATCCTACTCAGTGAATGAAGGGGGGTATAAGATGGCAAACAGGGAAAAGTTTTGTATCCTCCAGTTGTGCTGCGC a score=2892 s danRer3.chr4 25646744 85 + 33808418 CCGTTGTGTGCTTCATCAGAGAGCTGCAATATGCAACATGCCATAAAATATTTGCCATAGATCTGAAAGACATGATCTCACATGC s fr1.chrUn 62344980 85 + 349519338 CTGCTGTTTGCTTGATCAAAATGCTGCAAAATGCAGCATTTAAATGTGTATTTGAATTAAAACTGAAGGTCTGGATCACACACAC a score=2283 s danRer3.chr4 25647821 215 + 33808418 TTTCTGTTCATCTCATGGCAGAAGGGGGATCATCCAACATTATGAGGTCACAGCTCGAAAGATTTCGCTGCAGAAGGACTAGATACATCT---TTCAGAGAGAC--------TGAGGT-----AAAACTGATCAAAGGGAACAT---ATCCAGTAGTGCTTTAGTTCCATGTGTGTGCGTGCCAGGAGG--------TCCATAGTGA---GTTGCAATGAGAAGT--CTAATGTGGACATGAATGTT s fr1.chrUn 62345291 230 + 349519338 TTTATGTGCGTCTCATCGCAGAAGGCTCATCATTCATCATCAT----TCTCTTCTCA-------CCACTGCAGACAGGCCAGG-ACTTCTGGATTTAAAGGGAAAAGCTAAGTGGGATGCCTGGGAATCCAGGAAAGGTACCATAAAACACATATTTGCTTTAGTGCC-----TATCTGTGTTAGGAGAGTTGCTTCTGCACGGTGACACGTTTTAATGAGGAGTTGCTGATGTTTACAGTTATGTT a score=5638 s danRer3.chr4 25688855 210 + 33808418 TGAGCAGAATTATGCGAGGAGCGTTCATTTATTATTGA---------TGCATGATGAATAGCCGGGTCTCCGGTGCGCCATATTGAGTTTCAGTCCCTCTCTCCTGTCTTTAAATATTCCTCAAGACTGAGAGCTTCAAAGTTAACTTCAATTACAGGCGTGATTAGATCTACACAAGCTTCCATTAGCGGATATTTAAGCTTCGGGCCCAGAAAGCCC s fr1.chrUn 175557355 215 + 349519338 TGGATAAAAGTGTGTTTGAGACTCTCATCTATTATTGAAGAGGCCACTGGATCCAGATCGCGTCGGGCACTGGGACAGTAGATTGTGTTTCA--CGGTGGCTTTTGTCTTTAAATATTCTTTTAGATTGAAAGCTTCAAAGTAAACTTCAATTACTGCAGTGATTAGATCTGGCCTG--CTCCATTAGAGGACATTCTAGCTCGGAGAGGAGGGGGCAC a score=8191 s danRer3.chr4 25690658 275 + 33808418 agagcgagagaaggggagatggaggaaga-----gagaaggggaacgagattaaaaagggagggagagaggcagagGCCGTCGGACAGGAGGGGAAGATATATCAGCGTCCTGAATTATTGTGACAAGCATAGACCATATCAGCCTCTGTTTGTTTGCACACCAGCCCCTCTTTCCCCCCACATCGCATTAAAGCGGCCCGtctctctctccctctctctctctctctctACCCGTCTCATCACCTGACACACAGCCAGATGTTATAGACTGATAAGGGC s fr1.chrUn 21703987 251 - 349519338 AGGTTGTGGGAAGTGAAGAAGAACGTAGGCCCTGGAGTAGGAGAA-GCCAAAAGAAAGGGAGAGCGAGCGG-----------GGGGAGCAGGGGAAGATAGATCACGGTCCTGAGCGATTGTGACAAGCATAGACCCTATCAGCCACTGTTTGTTTGCACACTCCCCTCTCT-------------GCATTAAAG-GAGCCGTCCAGGCCGCCGGCAGGC---CGCGAGCGCTCCATCTCATCACCTGACACGCCAACAGATGTTATGGGCCGATAAGAGC a score=1010 s danRer3.chr4 25692780 150 + 33808418 TGACCTGCGGTTTGACAACTAGCTTCTCCAAGACTGAATCGGACAGTGATTAATTGCAAGGAAGAAAAGAAGTGCTAAAGAAAAAGACGAGAGAAAGAGAGATGGCGGGATTGAATGTGCTAAAAAGGACAGCAGAAGACGCCACTATTC s fr1.chrUn 21704355 110 - 349519338 TGACCTGCCGTTTGAGAA-----------AAAAGAGAAATGGACGG-GAGCAAGTGTGGAGGGGGTGGATGATGTTTTTAATGGGAATGAGAGGGGGAAAGATGGCAGG----------------------------GACGCTCTCATTT a 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AAGAAAAGAACAAGATATGC--AATCCCATGAAGCATCATGAATGAC-AAAATTTGAATTTGAAATTGGCAAAATTTTAAACATTAATTTCAATATTGCTGATTGTTTCTACAGTATATAAACTAAGTTTATTATTTTTAGAGTAAATAGAAACAATTGCATTGA-----TCATTG---------CGCATTCTGTGAGTGATTGTGGTCTGTTCACTGTGACCATCTGATGGTGGAATTCATGAACAGGATCAT-GGGTAATGTAGTACTTGCAGAAATAACTCTGCTAATAAACGTGTTTAAAAAAAACAGTTACCCTT-------------TAAGA--------------TTTTTTGTAATCAAGTTTAACAAAAACACCAAGCAGGAGTAAAAGAAGCAGGT---------TGGACTTAAATATGGAAGCCAAAAGATGGTAGAGTGTCACCAGGAGCCTGAATCAGGGTAACAGGAGTTAGAGAGGGGGCGATGAGAGAGGAGAGGATGGAGAATGGGGCG--------AATTGGAGAGAGGAGTTTTAAAAGCCGAGCGGACGAAAAACCTGTTTAAGAAAACCCCACTGGAACCACAATCTGCCTCCCCACCCGACCATGTGTGTGTGTGTG s fr1.chrUn 129345604 616 - 349519338 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s fr1.chrUn 278282901 1092 + 349519338 CGCCTGCAGTTCCTCCCCCGGACACAGGGTGGCACTGCATACTTATCAGAAACCTGCAGCTTCTGGGTTCCCAGGACTGAACGGTCTCcacacacacacgcacgcgta----cacacacacacGCGCCCCTCACAGATACTCCAGATTACATTGATAAAACCAAAA----ATATTGGCCCAT---AGAAATAATACAAGCGAGCGATAAGCGAGCGCTATCTGGCCCGATCACAGGAGCGCAGCTAAACACGGGCAGAACATCAGCAGTCGCAAACAAGAAACAAGAAACTGGATCCTGACATCACACCAGTGCGGCCCAGTGGCCCCAGCAGCTGCCGTCGCCAGCTCCTCCACATGTAAACACAGA-AGCTTTAGCAAATATGATTCATTCAGACAGGATATGAGCCTCCTTTCAAAACTCCCGATAGCTGGTAATCTAGATTAGGGTCTGTGTGGGGACCCCCCCCGGaaatttttttttttttaaaaaaaaCCCCAACCTTATTATCTCTTTAATTAAATTATTCCCAAATTATTTGTCTGTAGAAATTGTGAT-CTATATAAAGGAATAATAATAACGTGA-ATATATTTGTTTTT-------AATGGGCAGATTTGGGGACACACATCAATC--TGCTGGAT--TTGTTTAATTATAGCAGCTTTTTAAAGCGTTTTCTTTCGTCGCCATCGTCTCTATCTGAACCGCGACTGTGCAGAAAAGAATCACTGGGGTGCCTCAATTAAATCTGATGTTAATTAAATCTGATCTTGT-TTTGTGTACTAATCAAGCGGCAATTTTAATCTAGTGAATACAC-AGACTCTAATAAGGAAATGTGGATGTAGACGGAGAGCAGGAATTATTTTAATTTCATGCTCGCGATGttttttttattattattttatttaGCTGACTTGCATTACTTCCCTAATCCCCCCAAAACTACCCCCCTCCCCCCTTTAT-------GCAATCTGAGCATCAG------------ATTCATCCACTTCCAAAC-------ACTCAGAGAAACAGTTCATTTGGCCG-----ACTCGTCTTAATAACTGCAGCAGAAAGTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgt-gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgATAGCTGATG-TTTCATT 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CATGTAATTATTTCACCAATTTGGGGGGAATTCACTTATCCGGAGCTCTAACCCCCCCCCC-----------------CCCCCCCAGTTTAAAGTAAGTAACTTCTAACTACTTATAACTTATAAGTTAATACAGGCGCTTTCAAGCCAGGGGT------ATAAATAATAGAATGCAATGGGAGATTATTTACTCCTTAAATGAGGAGCTACCCCCCCCCAacacacacacacacacacacacacagggggacacacacacacacacgggcagacacacaTCTACGACACTTCCCGCCTTCTCAGCCGCACGCTCCACGC--ACCCCAATGAAAACAAGACCCTTTTTTTTATCCATTCTTGGTCAGTAGATAATAATTTGCATATAAAT-GGAAATATTTATTGTGAC--------AAAAATAAGGGAAGGGAGATGTGGGGAGTAATATGCTCATTTTTCAAAAACTCAGAGGCCCCGACTGTGATATCTGTATTTTAGGAGTCAAGCAGTTTAGAAAAATAAGACCAGCCGAATCTGGGGGGAAAAAA a score=2369 s danRer3.chr4 25740270 165 + 33808418 GTGGATGCATGG---CTAAAAATATGCAAAAATTATTTGAATATAAATAAAACTCCAAACCCACGCACTCAAGACGATGTGAACGTGTG-ACCCTGACCCT-AATTAATGCATTAGAGAGGTCAAAGGTTACCTAAACAGCTTTCTGTCTG--AGCAAGTATTTGTGTGTGG s fr1.chrUn 278288788 171 + 349519338 GTGGGTCGGTGGGTTCGAGGGAGATGAAAACAGCATTTGGGTCACCGGGCAATTACCAACACCCTCCATCACAATAA-ATGGACCTGCACATACTTCCCCTCAATTAATGCATTAGCGGGGTCGGAGGTTATGTAAGCAGCATCCCCTCCGCCAGAACCAACTGGTGTGTTG a score=7899 s danRer3.chr4 25742825 210 + 33808418 TTGTGATGAAAACGGGAGGGGAATGGATGTTAGGAATagagagagagaaagagagggagagaTAGTTGAGCCATATTTCAGCCCTAATTAGAACTGACAAAATGTTTTTTTGAGGGATCACTC--TCTCTCCAGCTTTGTTTGCTTTAGCAAGTCAAAGCCAGATTTATAATGGCTGCAAAACATTAGAGAGATCGGAAGTGCGCAGAAAGG s fr1.chrUn 278290371 200 + 349519338 TCGTAGGAATAACGTGAAGG-------TGGGGGGAGGAGAGGGGAGCCTCGGGAGGCGCAGACAGTTGAGTCATATTTCAGGCCTGATTGGAACTGACAAAGTGTTATT-----GGAGGACTCGGCCCCCACAGCGCTGTTTGCTTTGGAAAGTCAGGGCCAGATTTATTATGACTGAAAAACAGCGGCGAGATCGGAAGTGGGGACAACGG a score=2182 s danRer3.chr4 25753177 186 + 33808418 caTAAGTGAATCTCCTCACTACATGAAGTTCAGTCAGTGGTCACA----GGGGTGGATGT----------------------------------GCTGTTAATTGAAGGGAAGGG-----GCTCTTGCTCTACAGGTGAAGCAGGGCTCAAAGCTGCACCTGTGTGATTGTGAACGTCAGCATTCGTCCCCAGC--TGAACTCTGACCTTTGAACTGTAACCCAAGAGCTG s fr1.chrUn 278293830 226 + 349519338 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TAACCCTTCTCCAAACGAGTCATAACCTTA--CCCTCCCCCCAACCTTTC---CCATCTCCCCCCTCCTCTCATG---CATCTGTTTATCCGGCG-CCTCTCGCCGCCCCTCTGATGAGTGTTTTATCTTGCGGCCCACCTTTTCACACCGCCGCGCTTACAATCACGAGTATCGCCAGTAATTATCTGGCCGTATTCCCTCTCCTCACGCTATCGCCCGCATTCATCTCGCCGACGGAATTATATGCGTTTCACTCGGGTGCCGCTAGACCCTCCCCGCCCCCCGGGA-----GGAGGCAGAGTAGCAG a score=5184 s danRer3.chr4 25807773 263 + 33808418 TCCTAGGTTTAACTTTATGGTTC----------TCTGTCTCCCA---GTTTTCCATTCATTCTTCTGC---TCTCTCTCCGTCTTGTAATAAAGCTGTGCTTCATGCCAAAGACTCCATGACCTTC-TCTCAACTCTCAGACTCCATTGTAGCAATGAGAGAAGTAATTAATGCGTTATCCTCTCATCTGAGTGTGTCGTCTGTTTAACGGAGGTGTACGGCT----------------CACACTCTTAATTAACTC---GCAC--TCCCCTTCGTCCAAACCTCAGCACACACACACACA s fr1.chrUn 106504847 299 + 349519338 TCTCAGGTGTAATTACCTCGTTTGGCGGCATCTTTTATCTCCCATCGACTTTGCATCCGTCCCCTTTCATAGCGCGCCGCTGCGCATAATATAGTTGTGTTCTCTGACAAAGTCGCCTTGACCTTCCTCCTTCCCCGCCGCCGCCATTGTACCAATAAGAAAACCAATTAATGACTTATCCGTCCATCTCAATGTCAAGTCTTTTT--CTGAGGTGTACTATTATGTCCGCTTTTCCGACGCGCCGTTAATTAACTCAAAGCACGAGCTCCTCCGCGCGAGCCTCCGACCGCCGACATTCA a score=4077 s danRer3.chr4 25818866 588 + 33808418 CTTTTCCTCTTTG---CGCTCTTCGTGC----CAAAAGGTTTTGATAAATGAGATGGTTTAATTAATACCTTTGCAGTGCTTAGTGCAGGGAGCTTATAATTAGTCCTGGTTTTAAGAGCATAATCTCCTGACATCGTTGAGATCTTATC----------------------------AGACA-----AACACACTCGAGCGTCTCACAC---------------------------------------------ACATACACACTGCTCAACTAC-TGTGCGTGTGTACGCGTGTGTGTTTGTGTACAATCCCTGTCAGTCACAACAGATTTAAAAGTTGCTCTCATTGTAAACATTTGTTTTAA-AGGGTAATCACTGGAGAAAGAGAGCCAGAATTAGTCATGG----CAACACATTTTAAGTATGTTACTGTGTGTAA-ACTG---TTTAATAGAAGTACAAAAATACCCTACAGAATAAGATTCCCTACTTTTACACCTCATTTTAGTTATCTTGAGTTAAGACAAGCATTACATTATCTTATATGCATTA-------------------TTTCATCAGACTTACAAAAAGATGTGTGTTAA-------AATAATATGCTTATATGTTTAAGCCCCTGTGAAATCCTAATAA-------TGTTTTT-------AAGAGGCTAGTATCTTAGACTTAAGGCCCAATCCATTTTTTTTAA s fr1.chrUn 106506191 666 + 349519338 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AGACGCGAA-AAATGCAGACTTACGATTAAACATTCAGGAGAGATTAAATTAGCGCCCCCCCCAACACGCCGCCACCGCCACCTTTTTTAAAAGCGGAGGTTAAAAAGTGCGTTAATCGTGTCGGGTAGAAGAAATGGGATGATAATCAGCCTCGTTTGGA-GTCTATCCTCCTGCTGTTCCGCCGGCCGCTAATCCAAACACGGCTCCTCGGCTGCACCTGAAAGC-TGCCTGATCCCAGCTGAATTCTAATGGTTTAAATGGAAAATC---------------------------------CAGAACAAAC-GCTCTGACCCCCCACCCCCCACCCCCACCCCGGCCTTTCCTTTCA a score=6932 s danRer3.chr4 25840364 183 + 33808418 acacacacacacacacacacacacacacacacacTAGTGTCCTGCAACCCTCCATCATGGTTGGCAACCTCTCAGTGCACTGTTAAGGGCCCATCATTCATTCTGTATCCTAACCAAAACAAAACGGTGCCAACTGGTAGCGCTTTAAACTGTTTACAGTGAAGCCTTTCCATACACCACCAT s fr1.chrUn 106513090 166 + 349519338 acacacacacacacaaacacacacacacacacacaAAGGTCCTCCATCACTCC--------TGCCGCCCCTTCATCAGAGCAGAGGAGGCTAATCACTCACTCTGTATCCTAACCAAAACAAAATGGTGCCAACCAGTAGCTTTTAGCCGTGTTTACA---------CTCCTAActcccccac a score=5528 s danRer3.chr4 25840622 212 + 33808418 gtgCGAGTGATTAATTTGCGACATGCAGACAGGTAAACAGAAGAATATTTACATGGCTTATCCCCCCTCCCCTATCGACTTAGTTCTTCTAAGCTGCAGATATTTTATCCTTTGAGCTA-AAACTGTTTATTTTTTTGTATGCTATTCT----GCTCGGCTCTGACACTTCTTTATTCTCTGTATCCCCCTCACACCCTTCTTCTTTATCTCTCCCA s fr1.chrUn 106513349 215 + 349519338 GCGTGGGTGATTAATTTGGGCCGTGTAGACAGGTAAACACAGGCCTATTTAGCTGGCTTACCCGCCACCATATTTATACTCAACAGGACTTAGCTTAAGATAGAATATCCTCAAAGCTCTCATCTGTTTATTTTCTCTAA--CTGCTCCAGGAGCTCCGTCCTGActcccctcctcgccctacctcctcctgactccttcactcctcctctttccta a score=6073 s danRer3.chr4 25852872 283 + 33808418 GCTCTTTTTCAGTCATGGGGGGTTTGTATAAAATGTCCACTAATGCAGTGCG-TGTTGGCGCCAGTGCTGTGTGTGTGAGCTGTGTGTGTGTCAATGGGTACGGTCGATAATGTGTTTATATAACATCCTTCACATTCCTAAACTAAGAGCCTTTCCATTCTCATACACTCCTTCATCCTAGCGAGACTC-CATTCT---------CAAATG---------ACACACATGCACACA-------------GAATACACACTTCATCATTACATCAAGCAAACACACACCGTCTCATTGCTTAGTTTAAACAGCGCTG s fr1.chrUn 242998935 288 - 349519338 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aatgcacttggtggaaaatgcagcagtcttttaaaagggagtggcaagtttgatcttattactctgattttaccttcacttcactggctacctgtacaatatagaattcattttaaaatCCCATTTGTTTGTTTTTAAATCAACAAAAAATAAAGCAAATCAGCTGCTGCTTAGAGTCCCAAAAACCAGACTTAAGCTTAGAGATGTCCATGCATTTGTGGTGGCTGTCCCCAAGTTATGCAATGCTCTACTGCTTTAGATTAGGCAGGCCCCTTTGCTGTCTTTGTTTAAATCGCAAAAACTTTTCTCCTTGGCCTTTGACACTTGATCTTATATTTGTTACATAGTATATACATAAGGCTTAAGTTTGGAGTTGTTGTTGTTTTAAATGTATACTATATGTGCTATTTGTAGTTTTTATTATTTTATTCTGTTATAATTTT s fr1.chrUn 288110251 376 + 349519338 AATGCACTTAATATGGGAGTGAGTGGCTCTTTAACTGGCACAAGAAAGTCTGTGCACATTTCACCGATTTTAGCTTCACTCCACTGGCTACCTGTCCATTTTAG---------------CCAATCTCTCAGGTC-------------------ATCTTACCAGCTCCTCCTGAAGGTTCCTCAGACCAGGAGGGAGCTGAG-----------CATTTTCTGTCATAGCTCCAAAACTGTGGAATGAACTGGCGCTGCACAATAGGCAGGCCTCCTCACTGTCTAATTTTAAAACCC---TCCTCTTTTCCTTGGATTTTTACA-------GCACAGTGGTTGTTGATTCTATGCACACGGAT---------ATTTTATCTTGTCTC---TTTATTTTTTATGCTTTAGTATGTTTCTTTATTATTTCATCCATTTATGATGTT a score=7246 s danRer3.chr4 25933131 298 + 33808418 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ttagtaataaatttattacatctttgttaacatcgggtaactttatttaagttaaataacattagtttatgttaacagtgaaattactaatgttaacaagcgcaactt--tagattttaataatgcataagataacgttgaatatatcaataaatgctaaacaaggttattcatataatgcta----gtaaatgcattaactaactaacagaccattattctaaagtcttactatttatttatttaaatt---aaatCTGCCAAAATTAAACTTTCATTTA-ACATGCATGTGTATATACTCCTATTGTTCCTATTCTTATGTATTTATTTATTTTGATACATATGGATGCAAATCTTGACTT-----AGACCCTT-----ATGATGTCAAAAATGT---TGGAAAAATATTTCATCACCATACAAGGTAAATAACTGTAAATTGACTTTTGTAATTCTGACATTACAGCAAGTATGAAATTATAGTAGAGCATAACA--AATGTACAATATATGTTAATAATTGTCAAAACTTTCATGAACTACTATTTTATAAATACATGAA-ATGCATAACTAAAAATGTATAAAAACCCCATATGTAACAGTAAAATACTAAATGCAATTTTTTTACTATCAATTTACCattt s fr1.chrUn 307380262 607 + 349519338 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s fr1.chrUn 307385511 1065 + 349519338 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atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatatatatatataATTTTGTTGTTTTTTTTAATCACTGTCGAAATGC-----CTGCCTACAAGTCACAAAAACATACAAAC---TTTTATAAACTTCTA-TGAAAAGATTGAGAATATGTACATACTTGCATCTATTGGTTTAATAaaaaaaataattaa------aatgtagtgattttaacataattagtttgtttaaagtcagcattgtttacaaccacttagcttaagaaaaatttgttaattcaagaaatcatctttgaaattttttttagTGAATAATTTTCGCGTTATTGCATAAA-ACAATTCAATTTTGCTCATT--------AATAGTGATTATTTGTCtatttttataaaaaaaaatacaaaaaaaatttaattctataaaaaaattacaaattatCAGTTATTACTTGGTGACTGTAATTATAGATTTTTTATTAGAACAATATAAAAAAATGCATTCAAAATATAAGTATGCTTACAACATG--TTGGCTAAGCGGTCTTGTTTGTTTAGCTA-----CATTTATTTTTGTATGGAAAGTCTCTTT-------TTTCGTATTTCCTCT----------AACAAATGACATTTCACATATACAATATTTAACATTTTTCCATCACACGGAGATATGTTT-TGGATTTTTCAGGTCCTTTTGCAAGACAATCAAAGCTCTAAGTGA-CAGTTAAAGAGAAGTTT----CCTCCCGTCAACAGCCCAGGTGTGTGTGTGTGAGTGTGAGTGTGTGAGAGAGAGAGAGATGATGCGTAGGTGAAAA-------AAATTTACTCTTAATGCTTTCAATACATACTCAGTCTTGTGGCGAAGCTTTATTAGACCACAAACTGACATCAACCTCA s fr1.chrUn 165066729 862 - 349519338 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tattgtttacaatttttattacctatgtatattttttagaccacatttatgtgcaatgtatatactgTAAATTCTTTTTCTTAAACTCTACtattttttatatatatatattttatattaatGTTAAGCACCTTGGGTCTGAGAGTAACGCAATTTCGATTCTCTATATGTCTTGTACATGTGGCTGAATTGACAATAAAGCTGACTCTGACTTTGATA----TTGCAC-------------------TGCTAGTAATGTG-----TGTATacacacacacacacacacacacac s fr1.chrUn 34584407 274 + 349519338 TCTTATTTGCCAAATTTAGCACATTTGCAGATTTCTCTGTCTTATTATTCTTAGCTTGGCTATGTTGC-------TTTTGCTAATTTCTGTTGTTTGTTGTTTAT------TTTGGACTACTGATG------TCAGGTTTGAG--TAATGGTATTTTAATCCTCTGTATGTTCTGTACATGCTGCAGAGCCGGCAATTATACAAACCATAATGATGTGATTATTTGCATATTAGAAGATAGACTTGTGTGTTTTTAATGCGTCTTTTGcacacacacacccacccacacccacac a score=1948 s danRer3.chr4 26099471 110 + 33808418 tttttatttgaatatatattaGTTCATTATTGAACTGCATTAATCAGTGTCATCCATAGAAATAAATAAATCTATATATCTACATTGAAATGGTCTATGAATTAAAGTAG s fr1.chrUn 248563107 105 + 349519338 TCTTCATTTGCGTGGGTGACA--TAAGTGTTGTGCCACATTAA---GTGTAATCCATGCAAAAAAATGTGCTTTGAAATTTAGATTGAAATAAACAATTACTCCAGGAAG a score=1921 s danRer3.chr4 26100611 66 + 33808418 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TCATGAGGGCTTTAAATTACTTTGAT---TACTTAGTTTGGTTATTTTTCTTATATTCAATCATTTGCAATTTACTGTCTCGCCAAAAAAGTCACATGTTC-----TAATACATTTTTGGACCACTTTTAGCTTTAATCACAGCAAACATTC-ACTGTGGCATTGTTTCAGTAAGTTTCTGTAATGTCACAACATTTATTTCCATCTGGTATTACATTCATTTTTCACCAAGATCACGTAATGATGAGGTTAGAGTGGAACCACTGCACAAAGCCTTCTCCAGCACGTCCCAAAGATTCTGACTGGGGTTAAGGTCTGCACTCTGTGGTCGCCAATCCATG----AAAATGATGTCTCGTGCTCT a score=2816 s danRer3.chr4 26383500 74 + 33808418 GTGAATCTGGACTCTCCAGACCACATGAGCTTCTTCCATTGCTTCAGAGTCTAATCGGTA---TGCTCCCTAGCAAA s fr1.chrUn 122060776 76 - 349519338 GTAAATCTGGACTCATTAGACCACATAACCTTCTT-CATGGCTCCAGACCACAAATGTTCTTTTGCTTTCAAGCAAA a score=14144 s danRer3.chr4 26383588 405 + 33808418 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tcaa--gttcaaaccgagcatcaggataaaggggatgtaagggac-ttttattgt-----gtaatgtttgctgatgccag-------------------aagagctggtctgagtagttctg------------------------------------aaactgctggaaattact-------ggATAATACACGCTTTCACAAAgtgggg---------------------gaac---aaatttgcatcatagatgtgcagctgacaaatctgcagcagctgcatgatgccatcatatcaatatggagaaaagtctctgaggaatgtttcccaaagcttgttgaaagtattccatgaagaattaaggcagtgctaaatgg-gtccaacctttgactGT a score=6403 s danRer3.chr4 26385483 237 + 33808418 TGTGACAGTTCAGGAGGCAGA---GATTCGGAGA------------------------AGAGATAAAGGAAAAATC---------------AGGGATAA------AGAGACAGACAGAGAAAGGGGTAAGACACGAATGAAGGAGATTTCCTATTCCGTCAGACAGACCGTGGCTCATTCATTATTTTGTGGAAGCAATTACCACAGCCACCTGCTTTATCTGTAGCGCTCATTGTTTCCAGAGCTGTCTGAGCctctctctttctctctttctctctctctctc s fr1.chrUn 243148453 279 - 349519338 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180 - 349519338 CTGATATATTACAAATTTCATTGCAAATTTCAACTTTACAGTAAATTACAGGCAGCTGTGGTTGTGAGGATTAatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatGGTACAACACATGAGAAATTAATTTGCATAGATTTTACAGTCAAAAGCTGCA----TGAATTATAAAAT a score=845 s danRer3.chr4 26387411 229 + 33808418 tatactgtaaaaaataca-gtagaaCTGCTCCTCAGTTTACAGTATACATAATATAACTTTTAAAG--ATAAGGTAAAAATGG---CAGGTTAAGTAATATTGATAAATAATAATGTCAAATTTAAAAGTTCTTCAAACAGTGCGACAAATACATAGCTGGTCTCCTTAAAACAACAATAAAGCCTTACAGCAGAatatatatatatatatatatatatagatatatagatatat s fr1.chrUn 108551376 212 + 349519338 TAAGCCATCAAAACCACACACAAGCCTGTAGTTCAGTTTACAGTAAATAAAACAAAACTATTACAGTCTTAAGGCTGTTTTGGGAACTGATTTTGTGCTACAGAGATCTAACCACGATCAACTGATATGT-----------------AAATGCATGTGAGGCATTTATGGATC-GCAGTGA----TTTCGGATGCCT-CCTATATACATATACACAAACAAACATATATTCATGT a score=1015 s danRer3.chr4 26398399 315 + 33808418 AAAATTTTG----AAGATTTAATTAACTTTTTTCCAAGTTTTTAATTAACTTTTAAATAAACTTCACTTTTCAATAGTGCCTAGCAACTCTTTTAGCGAATGtaaaata-attaaattattaattaataata-ataaaaaaacatttattatacttttaaatttaGAAAGT-------TTAAGTTTAACACCTATTGACAAAAGTATTA------------------------------TATAATGA--AACATCTGCTTTTTTTCAATATGAC--ACCTAGT---AAAAAGTTAGCTTGACAAAAGAAATTAAATTATTCACCACACTCCAAAAAAAAAAAAAAATCCAATAATATGTTTAGTT s fr1.chrUn 201458675 353 - 349519338 AAAGTTCTGCTACAATGTTCACTTGTGTCTTTACAAAA-----AATTTATTTTTATTTGATTTCAATGAATCAATAACAACAGCTACATAAATCAAAGAATGTGAACTCTGTTTAAATACTATTATGAGATACAGAAAGACACACTAATTAGCCTCTTTAGTGTAAGAATGAATCACATTTATATTATTGCCAATAAACTGAGGTGTTAATGTAAAAGGAGGGAGGGCTAGCTGATGTGTACAAGGACCGACCTCTTAAACTGACCAATGTAGCCAAAGTGGTTTAAAACAGGCAGCTTGACAAAGTGATTTGAATTATACTTAGAATTCATAACAAAAAA-------TAATAATATGTGTAATT a score=1493 s danRer3.chr4 26403409 169 + 33808418 TCTAAAACAGCTAGAAAAGACA-ACCTGTCACAGTTGAGAAGATGACGTGCGGGTTTACT----TTCAGACAAAAAATCTTCTTTTATTGGATCTTTTCAATGAACCTATTTGTATTGAAA--AAAAAAAAACATAAATAATAGTCCACTTATTATAAGAGAGTCAGACCTTTAAC s fr1.chrUn 312534252 156 + 349519338 TTTAATATAGTTATAAAATGTACATTTATTAAATTTCA----ATCGCCTTCAAGTTTATTAAAACATGGAAGGAGAACTCGTTTTTCTTG----------------CTACGTGTGCTGACAGTAAAAAATAGAATAATTAATAGTGTTTGTTTTGTGAGACCATCAAACTGTTAAC a score=6699 s danRer3.chr4 26407837 310 + 33808418 tgttctatgttaaaatttct-acttttgttta------------gtttgttctctgtgctatgcagtgttgtattttcttttctgcatcacaattctgtcaacaaattacaatacaaacagcagtataataaatA----------------catacatacatgcatacatgcatgcatacaaa--caaacaaacaa-----------acaaacaaacaaCAT----------------CCCTGCAGAGTAC-CAGTTATATTGACAACATGACTAACTAATTTGACCATACAAGTAATTTATCCATACACAATGACACTAGGACTTGTCATTCTGATGACACTGACATGTTCATTGACACAGAAATTTA s fr1.chrUn 312536048 355 + 349519338 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caagtttgatatggaaaacaaact-----ccagaggaca--catcggacaaatcttcaaagggaacggtttactttataatc-------tcattcacattcccctcgctacattctcactctctctacaataaaatggaaacatggtataaggaaatgcctattttaattttgatattaacaacttaacagacaccagaaatgttaaggcatcatgtagctacttatttatatgatcgtcatcttcgctatacgcacatttataacaaaacggaacctaaaacacagcctaactgcctcttttcattttcattgaaaaatacgaaacacaccctgtctcttttgttgaatatcagttttaataattaataatggccattataaaagtataacatacaataagtttttacaatatggcagtcagtcaaatgtgcagaatcagtgtacatggttacattgatatgataatgtatttaatataattaactacctgagaacaagtaatagattcaaaagaccaaagagtcattagatagagacaagaataattaaaaatca-tgtttaacaactatagtgac--atgatattcagcagaagatccatgatggactgtccgacgtgcgctgctctcaactgtggaggtgtgctCAAAGCACCCACTGACTGCCTGGAGCTCAGACGGGCACAAATGCCATTTTAAAACTAAAACCTATATGTTTTAGTATTAACTGGGCCTTTGTTTTGAGAGATGAACTAAGGG---tgagcaagaaactggcttttgcaagtaatccctagagttttgctatttgtac-acttgttttgagaattgcacttactgttttgcaaatttcaattctgatctgagaaatgtaccaaagtgactgagaaagactgcaA s fr1.chrUn 312536653 640 + 349519338 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danRer3.chr4 26494088 1213 + 33808418 TGGATGTAATTAGTT----ACAAACTAA-------ACTGTAAAAATGTCAGTGATTTTAATGCCAAAAAATTT----AAAAATGCTAcactgtaaaacccaaaacgttaaggttacccaaaccatttgagaaaactgcatgcaagaaaagatttaagttcaaactaattcaaatgagtactgtgaacttaatccatttgagtaaacagagcaatttgagcacagtaaagcccaataaatgaagagaactcaaactagcggagtactgtaaaattcaat-aagttaaggctacttaaaccgt---------------ttgaggaaaccgtttgcaacaaaccattga----------gttaaaaaaaaagaa-tgagtgctccaatgagtttaattaactcattaccttcaacactgggtttaaaactctttttaaatgagtagaatcaactttcagtaaaCACAGATAAGTTGTGTAGAAGTAAAATAAGAAATACAGTTAT----TTACCATAAAATTTTAATGGTTAAATTTCAACGGCTGTTTTTTATTTCTAAATACAATTTAACATACATACAAAAATAAGTA-ACACACTGTTCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAATCAAGAACAAATGACCATAAGAACAAAATGGTTATTAATTTGCTCaataaatgtaaaaa-aaaaaaaatacatttataataa-----aaaaactaataataaaagcaataaataataaaaaGTAACACATAATAAAAAGGCTTCATTCCGCTTCTGCTTCAA-GATCAGTAGTGTCAATATAATTCAACAAAGGTTTCCAT---------------------GACCCTCTAA-----AAACCTATTTTTTTTA----AAGAT-----------TTTTTTTTTCATCTGTCATATGAAGGTGG----------------------AGAATAATCATCCTACTCAATAATGTGGCAAAAGCAACATTTTTATGTGTTGTTGAAGGCAAATT---TGGCT--TAAAATCAATCATGAGTAGTGCTGTTTGAGGGTTTGGAGTGG-----CTGATATGTTAAAGGTTTTTTCAAAAGTATCAAATACTTCTGACCAAAACTCTGACAATCTTGGACAAGACCAAAACATGTGAGTGTGATTTTCTGGGGATTGTTAACATCTATTACAAGGATTACTTCTATCGGGGTATATTTTGGCTAATCTGGCATTCGt----tagtctttttattaatcaggggtcgccacagtggaataaaccagattccagata-------------tggaacttatccagcatatgct-----------ttaagcagcggatgtcc----ttccagccacag s fr1.chrUn 76062617 1256 - 349519338 TGGAAGTAGACAGTTTAAAGCAAACTGATCCATACACTGCAAAAAC-----TGaattaaaaaaaaaaaagttttaaaaaaaGCCTTGTATTGTTG----TAAAATATCGCGAATTCC---ATTTTATGCTATAGCTATTTTAATGAAAGTAGAGTAGTTTCA-----------TGGATAATGTGAGAAGGATCAACTGGGGTAAACTGGGAAGCTTTA------TGTGAGCTTGTTTGTGAAGAGAAC--AGAATAATAAAGT---GTGATATCTGTTTGGGTTAGGGCTCTCAAGGCTGTGCACCTGTGCGCAGGCTGAGGGCGCCTGTCTGAGTACACTTCTGAAGATTTCGACGTCAGTATCAAGGAAATAAGTCTGTTTTTCTGTCTAGAAAGAATATAAATCTCATCAAGCTTGTTTAGCATTTTTTTATACAA---------ACTTTCTTTA----TTGATGTTTTTCACAGATAGGGAATCAAAAACATTGGTATAGCAGTATAACAAATTTCCAATAGTAAAAAAAAa----------tatatatatatatatatatgtatatgtatacacacatacacagacacaca-------------tatacatacccatatataGAAAAATAAAT---------AACAAAATG----------------ATAAAGGTGAAAATGAAGGAAAACCACATACGAGACTGTTCaaaaataaatagttaaataaat---taaataaaattaatGGGAAGGGGGTGGGGTTGGGGCTCAGTCAGCTACAATGGTCAG-AGAGTCGATGTGCGTGATGAAGGGCTGCCATATCTTATAAAAACTGCTCAGGGACCCTTTGAGGGAGAACCTCATTTTCTCCAGTGTAAGACACTGCAGCACATCCTGAATCCATTTATTATGGGTTGGGGGGGAAACGTGGGACCATTTTAAAAGAATAAGTCTTCGGGCAAGCAATGTAGTGAATGCAATGATCTTATTTGTGGACTTAGGCACAGTGTGTGGCGAGTATAATCCAAAGAGGGCAGTG------AGGGGTTCGAACAGGATGGTTTGACCTGTTA----TTTTACTAATTGTTTCAAATATTGCTGTCCAGAATTCAGATAATTTAGGGCACGACAAAAGCATATGAATGAGATCGGCATGGGCCTGCCCACATCTGTTGCATGAATCTGTTCTGTCAGGATAGATTTTGGCCAGCTTGGCATTAGTGAGATAGGCTCTATGCAAA-------ATTTTACATTGTAGAAGGCTATGCCTCGCACAAATAGAGGACGAGTGGATATTTTTTAATATCTTTTCCCATTGCTCATCATGCAAGGGAGCTCCAAGGTCCTGGCCCCAA 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agagaaaccggagcacccgtaggaaacccataccaacacaaagagaacaagcaaactccacaATATACCTTTAT----------------AATACAAGTCTTGTATTATAATGTGT---------------------------ATAATATGTATTAATATGTAAT-----GGTATTAAGGCTTTAGAAGACTAGTCAAGAAAAACTGAATCAGAACATGATGGTAGAAAAGATACATTGTTTACTATTGGTGCT-AGTGTGAACAGACTTATTAACCAAAAGTGTTTCCTAAAAGTAACCCTTATTTTAATACTGTTGGTCACCACTAAACTGTACAATACATTTCTA----------------------CTGTTGCTGAGTAAGAGAAAAACTTTGAGGATAACAGTTGAAGTTGGACCCAGATAGGATATTCGAAAAC--TTTTGAAAATTTTAGTCCTATATCAAAGCTTGTTGATTTTACAGGCCCAGTAATGCTGCTGAAACTTTGTTAAGGCAAGGCCTACTTCTGAATTGGGAAGCTCAAAA-----------AATT--TTCTTGGATATTTTACCATCTAAAG-----AGTTAGTTGCTACAG-------AAAAAAGATGTGTTGATATTTATCGGAATGTACTGGAAAATATAAAGGATTTTGG--------------TTAATAAAAGTTAATCAGCCGATTAATAATATTGGAAATGAGGACCATCTCTTCATATCTTGCTTACAGGCATCTAGCAGACTTTTTTTTTTTTTTTCTTGAAAATACCTGCAATTGATTTAGTGATGAATACACCTAAATATCTAATTCCTTCATGAGCCCACTTAAATGGAAAAGGACATTTAGACAGTGTCTTAGCTGTAGATTGACTGGAAACATCTCACTCGGCTGCTGTTTTTACTGTAACATACTGTAATTAAATGACTTTTT-----ACTGATAAAGTAAAACAAGTGGTTGCTTTTAATTTTGTTAAAGCATGTGTTTAAGTAATAATGAATCCAGAAAGAAATTTGTCAATATACAATATGTATGAAATATGGTGTTAATACTATGAAAAATGTTTTGTGTTGATGCATAGCATTTGTAAGCATTTTTTTAAAAGACTGGTTTGATTTATGACAAAGCATCACAGCAAAATCCAAAGAGAAATACACACAGGGCTGACCTGAAATCACCTCGGAGAGATCTGAAATC-ACTGATTCCCCACAGGCTGATGT--CTTCAGTATCTGTAA 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AGAGAGTTCGGGGGTCCGTTGGGAAAC-----------TGGGGAAAACAAG---ATTTCACAAAATGTCTTATTTGAAAAAAACGAAAGAGGTGAGAGTTTGGTAGTTTAAACTTTGCTGCCAAATTGGTAAATGAAGCAAAAACACCATTAATAAAAAGGTCATTAAGCGTTGCTAGGCCCCTCTCAGACCAGGTACGAAAGGTAAGATCAGAGCATGAAGGAGCGAAAAGGTGGTTACGGAATATAGGGGATAAACTTGATTGGGTGTGGAGGCCAAAAGT-TTTTCTAAACTGGTTCCAAATCATCAGTGTGTTGGTTACAATTGGATTGGGGCTGACCTGTTTAACTAACAGTGGTAGTTGGGAGCATACTACAGACCAGAGGCAAAAACATGAGGAGGAAATTTCAAGCAGGGCCCATTGTGGGCATTCAGATACAGCTTTACCAGTGT---TCCAGTGAAGAAGATTATTGATGTTACAAGCCCAGTAATAATAACGGAAGTCTGGGAGCGCTAAACCTCCCAGGGGTTTAGGAAGGCGGAGAGCTGAGCGACCAATTCGTGCCCGTTTATTGCACCAGAGAAAGGAACTAATCAGCTGGTCAAGTTTTGAAAAGAATGATTTCCTGATAAAGACTGGTATATGTTGGAAAAGATAGAGGAACTGAGGGAGTATTGACATTTTTATTAGGTTGACACGGCCGATCAAAGAGAGGGGGAGAGAGGACCATCTGGCAAGGTCTGATTTGCAACGTTCGATTAA--TGGGATATAATTTTTGGCAAATAGTTCAGAAAATGATCTTGTCACTAAAATTCCCAAGTATTTAAAACCGTCTGAGGCCTTCCTAAAGGGTAGGAGACCTT--------------GTGGTAAAAGG----------------TCGGCAGCTGAATTAATTGGTATGT----------AGTCACTTTTTCCAAAATTGAGTTTGTAACCAGAGTATTTGC--CAAATTTTTCAAAAATAT---CTAAAATTACAGGGAGACTGGAGGTAGGGTTGGACATGTACAGTA------AAAGATCATCAGCATA----AAAAGAGATTTTGTGAAGCTGTCCATGACGAGTG---ATACCCTCAAACCATGAGCT--------------GCACCATTGAAGGATTCATGG----CTACCCTCGGAGGTGAACTTGGATAGACCCATGAATGTCTATAGCCGAACGAGTTTTTAAAGGTTCTTGTTCCTTGAGTAGTTGCAA 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aaagctaacaactacgctactgtTCATTATGACCTAATAAAAAGTGCAGCCACAG-------TAAAAGAAAAGGTA----------------TCAAATGTGATGTGTGATCAGTGGAGTGATAGATTATTAAAGTGCATCATAAAACAAGGATTTATGTAAGAGCTGATTGAGACAGACTGATGTTGGGCTTTCAGTCTGAATGACTGGGCAAGTTATTTCTGTTTTGTCCTAATGCCAACATATCTGATGTGCAGACACAGATATGCTGCAGCTGGGTCTTCCTGTAACAGAGCTCTTCATGTAGAAACCTACGAT-GCAGCGAAGATGTTCC--TACTGGAAAGGTAGACCAGGTGACGATCACCTAACAGCTTCTTTGATCTTTAGGATCTTTCCTGTGTTATTAGAGGTTTAGTGA-ACAACTGGGGGCCTTTTACA a score=1583 s danRer3.chr4 26498661 120 + 33808418 TGCAATTTT-ATAAAGCATTGTTATTAATCATATACTAAGGTATAATTTAAATGACTAAAATAGCCTATAAAGAATA--GTAATTTATCACAGTGCATATGATCAA-----TGATGCAATGTCAAATT s fr1.chrUn 76067518 128 - 349519338 TGAAATTTGGAGAAAGGGTTGTTACGGATTTACTTTTATTGTATAGTTTAAATGTTTAATCTAATGTAAATAAAACAATGCATCCTATAATTATGCGTTTGCTTCAGTTTTTCCTCCAATATCAAAGT a score=2787 s danRer3.chr4 26513579 429 + 33808418 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33808418 ATAAATCTACA-------------AACGGACAAACT-------------------------CAGAGCATGTTTG-------------ATTTTGCTTCTTTAAAtgtatttgtg s fr1.chrUn 204731212 113 + 349519338 AGAAATCTTCACTGGTTCTCATTTAAAGGAAAGACTTGCTATTCATGCTATTGCACATCACCTCTGTATGTTTGCTACAATCCTTGGGTTTTGCTTCAGTGAGTGAATTTAGA a score=5062 s danRer3.chr4 26552867 76 + 33808418 tTTAACAGAGTCGCCCGATTCAGTCGCGTTTCCTCCAGAGCAGAAATTTAAACTGCATCGCTCTCTGTGAAGGTAA s fr1.chrUn 204731391 76 + 349519338 TTTAACAGAGCCGTCCCATACAATCGAGGTTCCTTCAGAGCCGAAATCTGAACTGCATCGCTCTGTGCGAAGGTAA a score=4448 s danRer3.chr4 26553007 305 + 33808418 TTCCTTGATTAAA---------AAAATGTACTTATATATTAAATTGAATGAATAAATTTACCACTTTTGACCTGAGTCTTGCTtgtgt-gtgtg-tgtgtgtgtgtgtgtgtgggtctgttttacgtttatgtgtgtgtctttgtgtgtg---tgtgtttt------ttttgcgtatgtgttcatgtgtttgtgtgttattgtgtgtgtgtttatgtgtgtttgtgtTCACAGTGATCACATCCAAAGACCTGCAGAAACATGGGAACATCTGGGTGTGTCCGGTGTCTGACCATGTCTGCACGCGCTTCTTCTTCGTGTGAGTA s fr1.chrUn 204731523 309 + 349519338 TCCCTTGATTTTATTCTGTTTGGAAAGCTAAATATCTGTGCAGTCAAAAGAACACATCGA--------AGCATGAATAGCTCTACTGCAGCATACTGTCTACAGTTGAATTTAAGCCTTTGTAACGT--------GAGTCATACTACGCAACACGTATTTTAACAGTTACTATTTCTGGAGTCACGACACCGGGTGCCTGACAATAATTCTTTATTCTCTTTTTTTGAAACAGTGATAACATCCAAGGACTTACAGAAACACGGTAACATCTGGGTGTGTCCAGTTTCCGACCATGTCTGCACTCGCTTCTTTTTTGTGTAAGTA a score=68 s danRer3.chr4 26553312 3 + 33808418 TAT s fr1.chrUn 154638471 3 + 349519338 GAT a score=4756 s danRer3.chr4 26554612 150 + 33808418 tcattatGATGTCTTAGGTATGAAGACGGTCAGGTGGGAGATGCTAATATTAACACACAGGAGCCCAAAATCCAGAAGGAGATCATGCGTGTGATCGGCACTCAGATCTACTCCAGCTGAAGCTTTTCTAGACACTGACCGATGGAGGAG s fr1.chrUn 154638520 142 + 349519338 TCCTTTTTCTTTCCCAGGTACGAGAACGGCCAGGTGGGAGATGCCCACATCAACACGCAGGACGCAAAGATCCACAAGGAAATCTTACAAGTTATTGCTTCAAAGCCCTGCT--------GACATTTCTGAGCATGGAGCGGAGAAGAAG a score=4528 s danRer3.chr4 26566320 331 + 33808418 CCACT--TTTCATAAACATTTCGCCCCCC-----CTTCATAAACATTATGCTCCCCCCATTTTCCATAAACATTTTGCTCCCCCCTCCCCTTTTCATAAACCTTTTGCTTTCCCCCCACTTCATAAACATTTCGCTCCCTCCT--TTTCATAAACATTTCACCCCCC-----CTTCATAAACATTTCGCCCCCCCCCCCCCCACTTTCCATAAATATTTTGCTCCCCCCACTTTTCATAAACATTTCACCCCCCCCTCTCC-TTCATAAACATTTCGCTCCCCCTCTTTTCATAAATATTTTGCTCCCCCCTCACCTTTCATAAACATTTCACTTCCCCCCACTTT s fr1.chrUn 18130604 334 - 349519338 CCACTGCTCTCTTGAGCATCTCTCCTTCCACTGCTCTCAGGAGCTTCTTTCTTCCAGTTCCTCTCAGGAGCACCTGTCCTCCCACTGCTCT---CCGGAGCTTCTCTCCTTTCACTGCTTTCAGGAGCATCTCTCCTTCCACTGCTTTCAGGAGCTTCTCTTCTCCCGCTCCTCTCAGGAGCAT--------CTCTACTTCCACTCCCCACAGGAGCTTCTCTCCTCCCGCTTCTCTTAGGAGTTTCTCTTCTCCCACTCCTTTCAGGAGCATCTC-TACTTCCACTCCCCACAGGAGCTTCTCTCTTCCCGCTTCTCTCAGGAGCTTCTCTTCTCCCACTCCTCT a score=1853 s danRer3.chr4 26567176 126 + 33808418 GAAATCACAATAAAACGGCAAATTATC------------------GATGCCTTCATGCAAATGAACGCTTCTGATGCTGTTGACAAGGGGAG--CAGTGCATTAAGATTC----------GTAAAACACAGC-----AGGATCTGCTTTAAAATGACGTGG s fr1.chrUn 204767431 161 + 349519338 GAAACTACAATAATAAAGCCTATAAGCAGCATTGGCACTGAATTAGCTGTCTTTGTGTAGAAGAATGGCCCTGATGGCATTGACAAGGGAGGCCCATTGTAGTTTGATCTCTTTTCAGAAGAAAAAAAAAGCGTTTTATGAGATGGTCTACAAAGACGCGG a score=1611 s danRer3.chr4 26569155 85 + 33808418 ATGCAGAAACTGAAAGTGTAGATCAAGCTTTTTTTTCCTTTTTAAGTTCCGTTTAATTTCAGCACCACGGACAGCAACACATATC s fr1.chrUn 204768463 74 + 349519338 ATGGAAGAATTCAAACTGCAGCTGTGG-----------TTTGAGAGGAGCGGTCCAGGTCAGCACCACGGACAGCGACACGCAGC a score=16469 s danRer3.chr4 26571305 574 + 33808418 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CTCTACGCAAATGTTTGCGTTTTCACTCTGCCCT----GTGGGGGCCTTTAGCTATCCCGCGCTCCCATTGGCCCTGGCCGTGCTCATTATGTAAATGAGCCCGTGGGTGGATTCCGTAGACGGGAGCGCGAGTTGACGTCACAAAAAGAGTGGAATGGTATGTGTGTGTGTACGTGTGTGTTGGGGCTCTTAGAAATGAAAACAGGTATAGGGCATAAGAACTACATAAATAAGACTGATTCCAAACAAGCAAAGAGAAGTGGAGGAAGTGCAGGAGT--GGAGGAGGAGGAGCGGGGAGAGAGGAAGATATAACGGAGGGGGGAGTGTGCACAGTGCAAagagagagagaga-----gagagagagtgagagagagagagagagagCGTTGCTCGCCGGCCCATTGAGGAAAGATGGCTACAGTCACTGCAAACGGAGTGCAGCAGGAGAATGGATTCAGCACCACGAACAGCGCCGG------CAGGATGAACGGACTCACCATCGGTCAGAACACCATTCCAATGAAGGACCACGACGCCATCAAGCTTTTCATCGGCCAGATTCCCAGAAACCTGGAGGAAAAAGACCTGAAGCCCCTCTTTGAGGAATTCGGAAAGATATACGAACTCACGGTACTGAAAGACAGGTTTACGGGGATGCATAAAGGTTGG---TTATTTCTCCTC--TCTTTACCGGTGTAGA a score=2398 s danRer3.chr4 26574038 378 + 33808418 tctgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtttgtctttctgtctatgtgtttgtgtCTCCGGGCTCAAGGTCTTCCTCTTTTTAACATCATGCATGTTCATAAACTGCTGCTGCATGCACTCAAAAATGCAAAATTAattaagcagacagtctactcacactcaaatggaccatcaaaatgaagtgttaccTTTTATTTAACTTAAACTCTAAGGTCTGGTA---ATATCATGTATgtgtacctaataaagtggccgg-----tgagtgCACACACAT-----CCAAAGGGTGCACATTAGGACTTCTGGGCCTTATGGCTTATGGCTGTAATTGTTTAGGCCCCGCCAAATCACTAAACCCACCCTGTGTGTGTGAGTGAGTGTGTGTGACAA s fr1.chrUn 273358810 355 + 349519338 TCtgtgcgtgtgtcagtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtTTGATTAGTACTCCAGGCTGGGA---------CTGTGAACATGATATTTGTACAT----CTCTGCTCTTCAGACTCAAACCCTCCACGTCACCATGGAAGTGACTCTTTTC---CTC---TGAGC---------------TTACGTTGTTTTAACATTGTTTTCTTTGGTCTCGTCTGTCCAACACGTTTGCTGACCTGATG--GTGGTTCGGAGCCTGAACGCTGACATATTTGTGCCTCTCGGTGGAGATCAGCGCTGTGATGTCTGACTGCATGTGTTTGTGTTTATTTCTGTCCCACCAACGAAACTGATCCCAGTTCTTTGTGTGTGTGAGAGTGTGTGTTAA a score=5042 s danRer3.chr4 26580703 530 + 33808418 ggagaacatgcaaactccatttctccaaacagacatgccaactgacccagctaagactcgaaccagcaaccttcttgctgtgattcgacagcactacctactacgccaccatg---ttgccTTGGGTGAACTATCCCTTTAAAAGCAAGTACCATATTATCATAGCCAGTGTTGGGAAAAGTTCCTTAAAAATCTTGAGCAACAAATAATAGAATATATAAAAACCTAAAGATGGTAATATATTGCTTTTAAAGTAACTCATCCC--AGCCAATAAACAGCACA---CAGCCCTTACTGAATGACAATAAAGGACGTGAAATCGACATGAAGTAAACACAGCAATGCATGT-GTAGGTCTGCTCAGATTGTAGCCGCGACTCTTGATG--ATGTGCTGGTTGCTCtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTACAGGATGTGCCTTTCTAACGTACTGTGCCAGAGAGTCAGCACTGAAGGCCCAGAGTGCTCTCCATGAACAGAAGACGCTGCCTGGGGTAAGAGCATC s fr1.chrUn 332502758 503 - 349519338 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s fr1.chrUn 332564436 74 - 349519338 CCTCATAAAACTCCCTGTCACTTTGACTAATTTGTTAGTCTTGTCTCACTGTGTCGAATCGTCACCCCCTCTTC a score=5030 s danRer3.chr4 26615933 237 + 33808418 GGGTTCTGGTGAATAATTGGAGTTTCTC--------CTTTAACCTTATTGGGCACACCACAAAAAAATGGTGTAAAGCGGTGCAGGAGACGGCGGGCGCGTGCCACTTCACTGGCTCACCGCCCGCAGACCAACAGGCTGCCGACCCAATCTGATCGGTTGCCTAGCAACACTCGGTGTACCCA-GCGCTGCTTAATGACTCCTGCTGCCACGGCGACTCGGAGGATTTT-------------AACAGGCCGCTGCTCT s fr1.chrUn 332568326 235 - 349519338 GGGATGTGCGGGAATGTGGGAGTTTTTTTCTCTTCACTTTGACCTCCTTGGAC------CAAATAAA-----------------GGAGAAGAAAAAGCAGTGCCAATTGGTTGGCTAAGAGCCCGTAGACCAACGGCCAGCTTGCCTTGCCTG-TCTGTTGCCTAGCAACCCCGAGTGTACTTTTGGGTTGTCTAATGACTCTTGTTGCTGCAGTGGCTCAGGGGCTACTAATGAAGCCTCCCAACTGACCACTGCTCT a score=7122 s danRer3.chr4 26617687 285 + 33808418 cTATTGTAACATCTCTTTTTCTCTTTCTTATTCAGATGAACCGACCCATCCAGGTGAAACCGGCCGACAGTGAAGGACGAGGAGGTAATTAACCTTCT-------TTcac-acacacacacacacacacacacacacacaaacatacacacaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac---acacacacacaGTGGCCGTTAATTTAGGTCACTTGCCTCCATTGACTCTCCATCTGTTTGGTTGGCTGTGACTGGACTCAGATCAGTGTT s fr1.chrUn 332570329 289 - 349519338 CTGTCCTCCCATTTCTTTCTCTTCCTC-----CAGATGAACCGACCCATCCAAGTGAAGCCAGCTGACAGCGAAGGACGAGGAGGTAATTAACCTTCTCCTGGTCTCCACTGTACACACCCCTTTAAGATGACGCATATAAACAAACATACAAATACACTGTATCTGTTCCAGCCTAATATATGGTTCTCAATTGAGACAGACTGTGAGCTGGTTGAGTAGCCTGTAATATAGGTCACTTGCTTCTACTGACTTACCATCTGTGCCAGCAGC--CGACTGTCCCGAGTTCACAGTT a score=10565 s danRer3.chr4 26619840 162 + 33808418 cAAAGGAGCGTAAGCTGTTTGTGGGGATGCTGGGGAAACAGCAGTGCGAGGAGGACGTTCGGTGTCTGTTCGAGGCTTTCGGTCAGATCGAGGAGTGCACCGTCCTGCGGGGGCCTGATGGGGCCAGTAAGGGTCAGCACTNACACA------ACTCTATGATcacac s fr1.chrUn 332579237 168 - 349519338 CAGAAGACAGGAAGCTGTTTGTGGGAATGCTGGGCAAGCAGCAGAGCGAGGATGACGTTCGACGGCTATTTGAGTCCTTCGGCCAGATTGAGGAGTGCACCGTCCTGCGAGGGCCTGATGGGGCCAGTAAGGGTCAGAGCTCACACACGTCCGCCTCTTTTATTACAC a score=5876 s danRer3.chr4 26625068 149 + 33808418 CTTGCTCTTTTTCTGTTTAAGGTGAGTGTTTGTGTGTTTCTCCCACCACAGGCTGTGCGTTTGTCAAGTTTTCCAGTCATGCAGAAGCTCAGGCTGCGATCAACAGTCTTCACGGAGGACAGACGATGCCTGTGAGTCTCGGAAACTTC s fr1.chrUn 332582577 130 - 349519338 CTTTCTATCTATCTCTTTAAC-------TCTGTGT------------ACAGGCTGCGCCTTTGTCAAATTTTCCAGCCACGGGGAAGCACAGGCCGCCATCAACAGCTTACACGGAGGACAAACTATGCCCGTAAGTAACCGGACTTTC a score=-4678 s danRer3.chr4 26625227 368 + 33808418 CACTGTTTATGAGTTCAATGTTAATGGGGGTCAGAAAACACAGTATAACCGGCTGCAATGCTGTATTTCCTGAATTATTCACAG--ACTCAAATGATTATGTCAAACACCGATGCATTCAGAAAGGGAATGCAGCCTTGCTCTTGCTCATTCTGTGCAGTTAAATTTCTCCAGTGAGTATTTTAGGTTTCCCCCTTACGTAAATCTGGCTGTGTGTGTGTGTGAATGTCATCCTGATGCTCTCCTGAAATGAGATTATTTTAGTGACGGTGTGACGAAAGCCTTGATCAGAGCTTATCAAAACCTGCA---GATCCACTCTAGAGCAGAGTGAAACACCTGCTGCCTCTGAAAACACTTTACACAGACCTGTC s fr1.chrUn 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tgtgCAGCAGATGATACAGCAGCAGCAGCAGCAAGCGGCGCTCATGGCAGCGACGCAGAGCTCGTATCTGAACCCCATGGCTGCTCTCGCCGCCGCACAGATGCAGCAGATCGCAGCTTTTAACCTCAACGGCCTGCTGGCTGCGCCCATGACCCCGTCTTCAGGTGCTCAC s fr1.chrUn 332590973 163 - 349519338 TTTACAGCAGATGAT---------GCAACAGCAAGCAGCTCTGATGGCAGCGACACAAGGGTCCTACCTGAACCCCATGGCAGCCATTGCTGCCGCGCAAATGCAACAAATGGCTGCATTCAATGTCAACGGGCTGGTGGCCACTCCTATGACGCCATCCTCAGGTACACAC a score=-170 s danRer3.chr4 26631912 30 + 33808418 CAACCT---CATCAAGACCttcattcattcatt s fr1.chrUn 234723273 33 - 349519338 CGACGCTGACGCGGAGAGTTTGGTGCTTCCAGT a score=1138 s danRer3.chr4 26632123 102 + 33808418 CACACACACTCACGCACTTCTTTTTCTTTTTCACACACACATGATCACTGACACGCTTTCCCTCTCTtgtgtgtttgtgtgcgtacatgtctgtcttattgt s fr1.chrUn 234723473 84 - 349519338 cacacacacacacacacccc-----------cccacaca------cacccacacacccacCACCTGTT-TTTGACAGGGCGAAATCACGACTGTCTGCTTCT a score=6875 s danRer3.chr4 26632231 184 + 33808418 gtgtctgtgtgtttgtctgtgtgtgtgcgtgtTTAGGCAGCAGCACTCCTCCAGGTAT--CAGTGGCAGTGGTCTCT----------CCTCTATGGGTGTGAACGGCTTCAGCGCTCTCGCTGCTCAGAGCAACGGCCAGCCGGCGTCTGAAACACTCTACACCAACGGCATACACCCCTATCCAGGTGcacgcac s fr1.chrUn 332592205 190 - 349519338 GCATCTATGCATTTATGTATGTATTTGC------AGGCACCAGCACACCTCCGGGCATTTCCGCTGCAGCCGTGCCCAGCATAGCTGCCCCTATTGGGGTCAATGGATTCAGCGCCCTCCCACCTCAAAGTAACGGGCAGCCCACCTCTGAGCCCATTTACACCAACGGCATTCACCCTTATCCAGGTGAGCAGAT a score=5661 s danRer3.chr4 26632415 78 + 33808418 gcacatgcacacacacacacacacacacatacacacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacGTTACA s fr1.chrUn 234723753 78 - 349519338 acacacacacgcgcgcacacacgcacacgcacacacacacacacacacgcacacacacacacacacacacacGCTCCA a score=1206 s danRer3.chr4 26632915 440 + 33808418 tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcagcacagagcccgacagtggcagatcCTTTACAGCAGGCGTATGCAGGTGTGCAGCACTATGCAGGTGAT-TCTCCTTCACAGCTGAAAAGTTTGTTTACATATTTAAAATATTTGTTTACTTTACATTTCTCATCTGCTTATATTTACATTTTGTTATTTTTTTGGTAAAAAATTTGATCTGTTCTTTTCAATTGGTATTAGATTTTTCACGAGCTATATGTCTGTTTAATTTAGCTCATttttaatttaattttattacattttattttatttaaatttattttattttattttattttattattttttaattaatttttttattttattcaatttgtatttaattttatttaattatatATTTTTAAATGTAACTTTCTtttaatttaatgtaattattaattttatttagtttcaa s fr1.chrUn 332592923 335 - 349519338 TGTCTCTTTCTTTCTCTCTGCAGCACAGAGTCCAACAGTGACTGACCCTCTCCAACAGGCTTATGCTGGCGTCCAACACTACGCAGGTGATCTGTCTCTCCTATCTTC----TTTTCTCTCTCACTTCCTCCATCTGTCC-CTTTGCCTCTCCCCTCTGCCTTTCTAT--------TTGTCACATCAGTAGACACTTTGA-----------CAGGTAGAGATAG---CCAGACCAGCCAATTTCCTCATGGATTAGGCT-----------------------------------------------------ACTTTGCATTGGGATTGCAAAAGGA---TTTTCAGTTGACTCGATT---ATATACCTTCCCACAAAAATAAATAAATAAACG--------------------GTAATTCCAAAAGTCACCCAGGGCCGA a score=4483 s danRer3.chr4 26633484 396 + 33808418 catcattcataatttatattttata---tttaatttaatttttaatttttttatttagttttgttttattttaTATATTTTTTTCAGTAACTTCAGTTtaataataatcataataataa--------taataataataataataataataataataaCCTACAGCTCATGCATCAAGAGTAGTAGTGTGTGTTATATGAGCCTTGTTGAATGAACATTATGAAAGAAGAGGAGTGTGTCAGATGTCATGTATGAGTGCTGTAGGGATGATAATACTTATGTGAAACTCTGCCCACAGCAGCCTATCCTACTGCATATGCACCAATCAGCCAAGCCTTTGCCCAGCAGCCGCCAATCATTCCCCAGCAGCAGAGGGAAGGTGAGTGTGACTC----CGCCCACTCCGCATAA s fr1.chrUn 332593328 379 - 349519338 CATCAGCTCTCATTAACACATTGTAAGTCTCCTTCTCTTTCTTTGTGTGCCTGCTTCATTGAACCACACTCCACTCCCCTTTTCCCGCACTCTTTGTGCAGTGATTCACAGCCAAGCGACTGCCGGCTTCTACTCATAATGTCATTTATTTATGCAACGTGTAGAGGACGAAAAGTGAACAATGGAATA-ACGATTTGAGATTTGTTGAGTCAAA--TATGAAAATGGAG-----------ATGTGATATATTC-TACTGTGG------TTCTCCCTTTG-----------CAACAGCAGCCTACCCTGCCGCCTATGCGCCAATCAGCCAAGCGTTCCCCCAGCAACCAACCATCATTCCCCAGCAACAGAGGGAAGGTAAGAGCGAGCAAGCGCGCCCACCCAAGATAA a score=10399 s danRer3.chr4 26634087 460 + 33808418 ctctctgtatttatgtgtgtgtgtgttttgcgtctgtgtgtgttgtcatctgcat-ctgtgtctttgtatttatgtgtgtgtgtgttcccatctgcatctatgtgtgtgttccgatctg---------tgtgtgtgtgtgtgtattgtcatctgcatctctctctatgtttgtgtatgtgtttgtgtgtgtcttctcatctgcatgcttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt-gtgtgtgtgtcttttcatctgcctgagtgtgtgtctatgCTCATCt---------------gtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgGCAGGACCGGAGGGCTGTAATCTGTTCATCTATCACCTGCCGCAAGAGTTTGGGGATGCGGAGCTCATGCAGATGTTTCTGCCCTTCGGG-AACGTCATCTCAGCCAAAGTGTTTGTGGACCGAGCCACCAATCAGAGCAAGTGTTTCGGTAAGT s fr1.chrUn 332596171 464 - 349519338 CTTTGTGTGTTGATCCATGATTGTTGTTTCCTTATATTTGCACTTTTGGCCGCATGCTGTGAGCTTA-ATATATGAGG---------CCAGATTGCACTTATATATGTATTATGAAATGAAAAACTACTCTATTTGTAT-----TTTTTAGTTCAAACTCACTGGATAATTAGATATATGTCAGCCAGCATTTAC--ACCATCATTATCGTATGTTTATGTGGCTGT-TGTGTTGCTGTAGCGGCTTTCTCTTTTCTTTT--TTGATTG---GTCAATTCATATCTCACTGGGCAACTCCTGCTCCAATCTCTTGCTCTCTGTGTCTCATCGGCAGGGCCAGAAGGTTGCAACCTGTTTATTTATCACCTCCCCCAGGAGTTCGGAGATGCAGAGCTCATGCAAATGTTCCTGCCCTTTTGGCAACGTCATCTCTGCCAAAGTCTTTGTGGACCGAGCGACTAATCAGAGCAAATGTTTTGGTGAGT a score=-1379 s danRer3.chr4 26634548 86 + 33808418 CTTCACTCCTTTAAACCAGTGAC----------------CAGTTTTCAGATAAACGCACAGCTTAAGTAgtgtg----tgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcg s fr1.chrUn 36280820 106 - 349519338 AGACACTCAGACAGAGCGGAGACGGGGAGGGAAGGGCAAGAGCAGACAGAGAGAGAGGACGTTTGGAAAGGGTAGAATCGCATTGCCCTTTGTGTGTCACAGCGGA a score=7671 s danRer3.chr4 26634634 144 + 33808418 tgCCCGTGTGCAAGGTTTTGTGAGCTTAGATAACCCGTCCAGTGCTCAAGCTGACATTCAGGCCATGTATGGGCTTCCAGATCGGCATGAAGAGGCTGAAGGTTCAACTCCAGAGACCGATGGATGCAAACCTGACCATACTGA s fr1.chrUn 332600237 142 - 349519338 tgttcttttctCAGGCTTTGTGAGTTTTGATAACCCATCCAGTGCTCAAGCCGCTATCCAGGCCATGAAT-GGCTTTCAGATAGGCATGAAGAGGCTGAAGGTGCAGCTAAAGCGGCCAAAGGATGCCAACA-GACCTTACTGA a score=-127 s danRer3.chr4 26634778 41 + 33808418 AGCGGACACACACACTCAAACACACCTGCTGGAGCTGTCAT s fr1.chrUn 234727642 41 - 349519338 CCCCGGCCGGCCGCCGCCACTCCGGCAGCTGGGGCAGCCGT a score=1862 s danRer3.chr4 26634851 36 + 33808418 CTTACTTACACATACTGTACATATACTCACACAGCT s fr1.chrUn 234729194 36 - 349519338 CTTTCTTCCCCCCACTGCACACACACACACACAGCT a score=1685 s danRer3.chr4 26636422 85 + 33808418 TCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTTTCTGAACTTCGGCAGGCTCTTGTAGCTCAGGACGGCCTGGGTTCTCTCTGGTTTATTGGTGTC s fr1.chrUn 32846361 80 - 349519338 TTTTAGTGTGTGTCTGTGTGTGTTTTTGTCTCTGCATCCTGTTGTTGGACAGCAGTTCTTGG-----CTCTTGTTAACGGGGTTC a score=797 s danRer3.chr4 26637109 253 + 33808418 TCTGTGAGTTGT-TCTGTTGCTCTTCCTCGTGATGAAAGTGGTGGATATTTCGCTCTCTGTGGTCTGTATTTCTCTCTATTTCTTTATTTCAGCTCTGTTTTAAAG--------GCTTGCTGGCGCCTGCTGTTTCTGATGGCTTTTTTAATATGATTGACATTGTTGTTTATATTTATATTGTTAGTTATCATTTAATAATGTGGTGGTTCAAGGACa----------------gggacagttcacccaaaattgaaaattctgacataattaaata s fr1.chrUn 63127297 271 - 349519338 TCCATGAGTTCCAGCTTTGGCTCTTATCCAGGATTTCAATGGGGGTTTTTTTTGTTTTTTTGGCTCACGTCTCAACATTGTGCAATATTTCAGAACTTGCTTAAAGCAGATACAGTTTATTGTAGTCCTGGACTCCGttttttttttttatt----ttaataattttGCTGACATTTGTGTGGTACTGCTTACTTTAAGAGAGCGCTACATGGGAGACGTGAGGGGAATCCTTTTGGGAAAGTCCA---GAAAAACAGCATTCCGCCTTAATTTATTA a score=10062 s danRer3.chr4 26641493 330 + 33808418 GAGACACTTGAACATTTTGAAATCTTCATGTAAATATACTGATCTCcacacacacacacacacac---acacaca---catacacacCAGCCTGCTGCCATTTTGGTTTTCGTGCCTACACTGGTAAACAGCGCGTGATCTGC----------GCTCTGG---------------------------------AGGAGAATCCAGGAATATCCACATGCATCATTCCTTAGAGAAAACAAACAGACATAGGGACCAAAGGACTAGACGCTTTTTAAAAGAGTCAGATATAGaaatatacatatataaatatatatttaaagataaaaaaaaaatCCTTGTAGCTGCAGTTAAACTAATGTAACCAGTAGAAGAGAGTAA s fr1.chrUn 332606448 342 - 349519338 GGGAACTTTGTACATGTATAAAT----ACGTGCAAATGCCGACTCAAGTACTGAAGCAGACACACTAAACACACAAAACACACACACCAGCCTGCTGCCATTTTGGTTTTTGTGCCTACACAGGT---------GTGCTCTGTGAAAGGGCAAGCTCTGGATCAAAGAAGAAGAACACGACGACAAAGAGAAAAGGAGAATCCAGGATAATTTACATGCATCATTCCTTAG------------GAAATAGGGACCAAAGGACTAAACGCtttttaaatca-----atataaatatataaatatataaatatatatttaaaaaCTCTTA------CCTTGTAGCTGCAAGT-ATTAAAAGTTACTCGTAGTCAAAAACAA a score=1906 s danRer3.chr4 26644231 63 + 33808418 GACAGGGTTCAG----------CAACCCAGAAGCCTTTGTGTTCAAGCGACAATCC----CAACGTCGGAGCAAACT s fr1.chrUn 332607252 77 - 349519338 GACAGGGTGCAGATCTTTTTGGCTTCTGACTGGCCTTTGTGTTGAAGCGACAATCCACTGTAAAGACCAAGCAAAAT a score=1545 s danRer3.chr4 26644306 72 + 33808418 AACGGAGGAAAACGAAGCCGAAGCTACAGAAACTGCCAGAAGAAGAGACACTGCGCTGAAGGACTGTCTCTC s fr1.chrUn 332607465 72 - 349519338 AATCAAGGGGGGGGGGGGGACAGCTACTGAAACTGCCAGCAGAATGATCAGCATTCAGATGAATCGCTCCTC a score=4160 s danRer3.chr4 26652410 84 + 33808418 TCTGAAAATAGCTGGGACTGTCAAGAGAAGGAAGTCAGATGTAATTGACTAGAAGTCTAGAAATAATTAAAGGAAATTAAAGGA s fr1.chrUn 332610847 84 - 349519338 TCCTAAAATAGCAGTGATTGTCAAGAAAAGGAAGTAAAACCTAATTGACTGAATGTGGGGAGATAATTAAAGGAACCTGTTGGA a score=2157 s danRer3.chr4 26653077 116 + 33808418 AGCGAATGCTTTGAGATTGAGTGAGTGTTTGAAGAGCTCAGAC------------CTGCAGAACTCACAGGGCATCAGACTCCATGATGTCAGGGTTTGTGACTCGTCTGTAGAATCAGAGC--TGCCTT s fr1.chrUn 332611062 123 - 349519338 AGTAGGCATTCTGTGGCGGGGGGGCTGTGTGCTAAACTGAAACTCCACAAAATCGCTCCCAAATGCTCAGGGCATCAGACACTATGATGTCATGATTAGTGG-------AGAGGTTCAGAGCCTTGCCTT a score=7489 s danRer3.chr4 26653365 609 + 33808418 GTGGGTGGGATATTTGAAGGATTGGCGGGGTTATTTGACATAAGTGGGCGGGGTGTTTGAGTGAG------GAACAAGGTTATTTGACAGGTGGGTGGGGTGTTTGAGTGAAGGGCGGGGTTATTTGACAAGCA--GGTGGGGTGTTCGGTTTAGGGGCAGGGTTATTTGATATAAGTGGGTGGAGTATTTAAGGGAGAAGTGATGTTTTTTGACAAG--TGGGTGGGGTGTTTGAGTTAGGGGCAGGGTTTTTGACGTAAATGGGCGGGGTGTTTGTGAGTGAGCAGGATATTTAACATAAGTGGGTGGGGTGTTTAAGTGATGGGCGGGGTTTTATACATAAGTGGGCGGGGTGTTTGTGAGTGACCGGCATATTTAATATAAGTGGGCGGGGTGTTTAAGAGAGGGGCATGGTTATGTGGCATAAGTGGGCGGGGTGTTTAAGTGAGAGACGGGGTTATTTGACATAAGTGGGCGGGGTGTTTGTGTGAGTGACAGGGTTACTTGACACAAGTGGGTGGGGTGTTTGAGTGAGTGACGGGGTTATTTGACATAAGTGGGCGGGGTATTTGAGTGAGTGATGGGGTTATTGACATAAGTGG-----GCGGCGTATTTGAAGG s fr1.chrUn 122153010 565 - 349519338 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AATATGCTAAAACAAACACAATACAACTATAAATAATTCACTTAATGTAACATGAAAGAA--TGTGCAATTTATAAGAAGGTATAATAAGAAACTGATTCACACAGAAACCAATTCATTCAAAAACTGATTCACACA-------------GAAACTGATTGATTCAGAAACTGATTCACACAGAAACTGATTCATTCAGAAACTGATTCACACAGAAACTGATTCATTCAGAAACTGATTCACTCA-AACTGATTCATTTCAGAAACTGATTAATTCAGAAGCTGCTTTATTCAGAATCTCGTTCGCGCAGAGACAGATTAAAATAGATTAATTCAGAAACTGATTCACTCAAAAAAAAAAAACGATTCGTTCAAAGACAGATTAATTTAGAAACTTTTTTTACTCAGAACTGATTCATTTAAACATTACCTCAGTAACTAATTAACTAAACTAAACTGATCCTCTCAGAAATAGATTCACTCATAAACTGATTCACTCAGAAAGTGATTCATTCTAAAAATTTATTCATTCAGAAACTGATTCGGGCAGGAACTAATTAACATTGAAACCGATTTTCTCAGTAATTGATTTACTTAGAAATTGA s fr1.chrUn 47025578 532 - 349519338 AACCTGCTACAATGAAGAC----CCACTACAATCAGGTCCC-----GGTACATTTAGGGCCCTGTACAATCAAGACGT-GCTACAATCAAGACCCAGTACATTTAGGACCTGCTACATTCAGGATCTGCTACAATCATTTAGGACATTTAGGACCTGGTACATTCAGGACCTGCTAGGATCAGGACCTGGTACATTTAGGAACTGGTACAATCAGGATCTGGTACATTTAGGACCTGCTACAATCAGGACCCAGTACATTCAGTACCTGGTAAATACAGTTCCTGCTACAATCAATACCCGGTTCATTCAGGACCTGCTACAA----------TCAGGACCTGGTACATTC------AGGACCTGGTACAATCAGGACCTGGTACATTTAG----------------GACCTGGTACATTT------------AGGACCTGGTAAAT--------ACAGTTCCT----------GCTACAATCAGGACTTGGTTCATTCAGGACGTGCTACAATC-AGGACCCGGTACATTTAGGACCTGGTACAATCAGGACCCGGTACATTTAGGACCTGGTACAATCAGGACCTGGTACATTTAGGACCTGG a score=4592 s danRer3.chr4 26673174 475 + 33808418 CTTCTTTCAGAAACTGATCCACTCAGAAATTAATTCATTAATAAACTGATTCACTCAAAAT-TGGTTCATTCTGAATCTCATTCGCTCAGAAACTGATTCACT------------CAAACAAAAGCAATTAT--TCAAAAACTGATTTGTTTAGAAACCGATTAGCTCAGGAACTGATTCACTCAGAAACTGGTTCATTCAGAATCTCATTCACTCACAAACTGATTCATTCAGAAACTAATTCACTCAAAAAACTGATTAATTTAAAAAAACATATTTGCTTAGTAACTGATTTACTCATAAACCAATTCACTAAGAAACCTATTTACACTGAAACTGATTCATTCACTCAGAGACTGATTCACTCAAAAACTGATTCATTCGGAAACCAATTAACTCAAAG--TGATTCAACCAGAAATGGATTCAATCAGAAGTTAATTAACTTAGAAACTGATTCATTCAGAAACTGATTCAGTAAATGACTGAAGGG s fr1.chrUn 47026592 437 - 349519338 CTACATTTAGGACCTGGTACAATCAGGACCTGGTACATTTAGGACTTGGTAGAGTCAGGACATGGTACATTTAGGACCTGCTACAGTCAGGACCTGCTACAGTCAGGACCTGCTACAATGAAGACCCACTACAATCAGGACCTGGTACATTTAGGACTTGGTACAATCAGGACCTGGTACATTTAGGACCTGCTACAGTCAGGACCTGGTACATTTAGGACCTGCTACAGTCAGGACCTGCTACAGTC-AGGACCTGGTACAT------------------TTAGGACCTGGTACATTTAGAACCTGGTACATTTAGGA------------------------------------CCTGCTACAGTCAGGACCTGGTACATTTAGGACCTGCTACAGTCAGGACCTGCTACAGTCAGGACCTGCTACGGTCAGGACCTGCTCGAGTCAGGACCTGGTACATTTAGGACCTTGTACATTTACATGCTGAGGTG a score=1075 s danRer3.chr4 26673681 44 + 33808418 ATATTTCTGAATGAATCAATTTACAAGTAAATCAGTTTCTAAAT s fr1.chrUn 47027033 35 - 349519338 ATATTTCTGAA-----CAGTCTAC----ACCTCAGCTCCTCAAT a score=2578 s danRer3.chr4 26678812 37 + 33808418 ACTTTGTTTTGCTTCACCTCTGATTACCATCATAATC s fr1.chrUn 332635684 37 - 349519338 ACTTTGTTTTGGTTTACTGCTTATTACCATCATAATC a score=6464 s danRer3.chr4 26679537 188 + 33808418 cacatacacacactGTGTCTTTGTGGCTGACGTAGTGATTGCCTTGTATTTAACA--CTCTCCCTGAGC----------ACAAAGCGCTTCTCCAATAGCGATCAGAGCTGAACGCGGCTCATTTCAATCTGTGAAAGACGTTTTTTTTTTATTCCATCAGCAGAAAGCGCCGTCAGCCGTGACAAAAGGCCATTCGATA s fr1.chrUn 332635748 193 - 349519338 CAGGCACACCTCTCCCGTCTCTGCGTTAGACACTGTGATTGCCTTGTATTTAAGAAGCCCTCTGTAAGCCTCTGTTCCGACAAA-TGCTTTTCCAATACCAATCACAGCTGAGTGCACCTCATTTGAATCTGTGAAAGGAG-----TTTTGATTCCATCAGCAGAATGCTCCTCCAAGCGC-AGAACCGACCGTTCAATA a score=3134 s danRer3.chr4 26685696 347 + 33808418 TGGACTATATTAAAACAAAAGATATGGTGATAGATTACAG--GAAGGCTTCTCCAACCCCGAAC-ATAACTAATATTAAAGGCTTGGACATTGAAATTGTTGACACGCATAAATATCTCGGGGTTGTTATTGATAATATGTTGACGTTTCAACCTAACACCCAGGCTGTATATAAAAAAGTCCAA-----CAAAGACTGAGGAAA--CTTAGATCATTTCAGGGCTGTACCTCTATGATGACGCTGTTTTATAAACAATTTATCAAATCTGTTGTATCTTTTTGCAT---TGTAGCTTG---GTACGCTAATCTGAGTGTGTCAAACAAGAACAGGTTGAGCAGCCTGGTGAAGGTGGCAGGC s fr1.chrUn 260156428 330 + 349519338 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TTTTATTTATTTATTTGAGGGATCTGTCTGAACAGCCCATGAAAGCAACGCTGA--GCAACAGAAGAGAAACACAGAAGGCTGGAGCAGCACAACTCTCTAGTAACAGGTCACAGCTCCACTGGCGGTGTTACTGTCAACAGTGTCAACAGTGACGGTGTTCCTGTCAACAGTGTCAACAGTGACGGTGTTGCTGTCAATAGTGTCAATAGTGGTGGTGTTACTGTCAATAGTGTTAATAGTGTCA------ACGGTGACGGTGTTCCTGTCAATAGTGTCAATAGTGGTGGTGTTACTGTCAATAGTGTCAATAGTGTCAACAGTGACGGTGTTCTTGTCAACAGTGACGGTGTTCCTGTCAACACTGTCAACAGTGACGGTGGTACTGTCAATAGTGACGGTGTTCCTGTCAACACTGTCAACAGTGACGGTGTTACTGTCAACACTGTCAACAGTGACGGTGTTACTGTCAatagtgatggtgttcctgtcaacactgtcaacggtgacggtgttactgtc------aatagtgttaatagtgacggtgttagtgtcaatagtgtcaacag---------tgacggtgttactgtcaatagtgacggtgttgctgtcaatagtgttaatagtgacggtgttactgtcaacagtgttaatagtgacggtgTTACTGTCAACAGTGTTAATAGTGACGGTGTTACTGTCAATAGTGTCAATAGTGACGGTGTTCCTGTCAATAGTGTCAATAGTGACGGTGTCGCTGTCAATAGTGTTAATAGTGACGGTGTTACTGTCAATAGTGTCAATAGTGACGGTGTT-CCTGTCAATAGTGTCAATAGTGACGGTGTCGCTGTTAATAGTGACGGTGTTACTGTCAATAGTGTCAATAGTGACGGTGTTCCtgtc--aatagtgtcaatagtgtcaatagtg a score=2070 s danRer3.chr4 26707373 44 + 33808418 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GTGTGGCCCCAGTGTGAAGACAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGACAAGTGTGGCCCCAGTATGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCTGCAGTGTGAAACCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTAT a score=2309 s danRer3.chr4 26708582 314 + 33808418 GAACCAATGTTTTGCCCCATTGTTTTGCCCATGTTTCACCCAATGTTTTGCTCATGTTTGCCCCAATGTTTTGCCCATGTTTGACCCAATGTTTTGCTCATGTTTGCCCCAATGTTTTGTCCATGTTTGACCCAATGTTTTGCTCATGTTTGCCCCAATGTTTTGTCCATGTTCGAACCAATGTTTTCCCCATTGTTTTGCCCATGTTTGACCCAATGTTTTGCCCATGTTTGACCCAATGTTTTGCTCATGTTTGCCCCAATGTTTTGCCCATGTTTGACCCAATGTTTTGCCCATGTTTGCCCCAATGTTTT s fr1.chrUn 38417640 312 - 349519338 GAAGCCACGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAATTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGACAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGACAAGTGTGGCCCCAGTATGAAGCCAA--GTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCTGCAGTGTGAAACCAAGTGTGGCCCCAGTGTGAAGCCAAGTGTGGCCCCAGTATGGCCTGGCATTCT a score=4842 s danRer3.chr4 26709956 282 + 33808418 AGAGCATTAACATCACATTATGCAGAT-GTAATGGCCAAATGCATGTGG-AGGATAAAGGCCAATCACAGCGC-ATTTACAGC--CTGACTTTCATCTGCTCTGTGAAGGAGCTTTTCAATTAGATTGCAGCTAATTTCATTCACACTTTCA-----GAAAATGTCTT-------------TGGCTCTGTGTTCCAGAACTGT-GGTTTAATTGTCAGCGTTCCTCTAGTTGCTGCCGGACGTCCTTTAAACACATCAGCACTGGAGCTTTAGGGGATCT--GGGCTGATTTATTAAAGGTACAGGGC s fr1.chrUn 332642051 297 - 349519338 AGGCTATTAGTGCTGCATTATGTAAATTGTAATGGTCACAAATGTATAGTAAGATGAAGGCTAAGTACAGTGCTGTGTAATGCTGCTGACTCTCAGCAGCTCGGTGAATGATGTTTTCAATTACAGAGGAGCTAATCTGATTCATTGTTTCAGAGCTGAAAATGCATTTTTAAAGGTTGACTGAACCTCTATATCGGAACCTTAAGTTTAATCAGTCATGTACACTGA---ACACTCGAACGTCCTCTGAAGAGACAA-------AGTTGCTGGGGAACTGCGGTCTGGGTT-TTAAAGGGACGCGGC a score=16566 s danRer3.chr4 26712828 406 + 33808418 GGCTTTAAGCGAGTGTGTCGGCTGGAGGACGAGCTCTGCTGTCCGTTCCCCAACCTCACTGCCGGCGTGCTGGAGATGAGAGTCAAAGAAGGCAGTAAAATCCGCAATCTGATGGGCTTCTCCATGGCGCGGATGCAAGA---------------CGGAGCCGCACTCCGACAGGTGGTGTTCAGTGGCTCCGGACGCGCAGTCACCAAAACCATCACCTGTGCTGAGATCATGAAGAGGAAGATGCCGGGACTCCATCAGATCAGCAAACTGCAGTACCGGGGCCTGCGGGAGGTCTGGGAGAGCCAGGACAGAGGAGACGCCCAGGTGACAGTGCACCGGACACTGCCCTCCATCAGCATCCTGCTCTCCAAGGACCCTCTGGACCCGCTGGAGCCTGGGTACCAGCCGCCAGAGGACC s fr1.chrUn 332643542 421 - 349519338 GGGTTCAAAAAAGTCTGCCGAACCGAGGAGGGCAGCCCTTGTCCCTTCCCTGGACTGGAATCCGGGGTGCTGGAGATGCGCGTGAAGGAAGGCAGCAAGATCCGTAACCTAATGGGATTTGCCATGGCGCGGATACAGGGAGAGAAGGACACGAGTGGCGGCGGGCTCAGGCAGGTGGTCTTCACTGGGTCGGGCCGCGCCGTCACCAAGACCATCACCTGTGCTGAAATAATGAAACGCAAAGTTGGCTCTTTGCACCAGCTGACAAAACTGCAGTACAAAGTGGTGAAAGAGGTGTGGGAAAGCACCGAAGGGGCAGTCACACAGATGACAGTGCACAGGACTGTGCCCTCTATCAGTATCCTTCTCTCCAAAGACCCATTAGATCCCCAGGAACCAGGGTATCAGCCTCCAGAGAGTC a score=1795 s danRer3.chr4 26720809 81 + 33808418 CTCAGGACGTTTCTCTTGATCGTAATGAAAATCTCCGAGGGCTGAAAACCACTTAATGCTTTCAATTTATCAAAATGTCTC s fr1.chrUn 332645274 81 - 349519338 CTGAAGCTTTTATTGTTGATCTTAATGAAAATCTGCTAACACAGGTGTTGGCTTAGCAAAGTGAATTAATCATAATGACTC a score=7977 s danRer3.chr4 26725915 321 + 33808418 TCTCTCTCTCTCCCAC----ACACACACACACACACTCTCTCTGCTGTTGTAGGAGTTCACTATCTCTCCCTCTGCAGATGCCGGCGTCTTTTCTTATCAAGAAGAATGGCCGCTGCCTCCGTTTTTCAGACACTCTTATCTGGGGATCCTTTAAATTGAATATTTACTAGGCTGATGT---------------------TGCAGTCGGGCCCCGTTCTCTGCGCACCGGACGGACCAGAG---------CCTCACAAACCGGATCTGTCAGAAGAATAAC--------ACACAGATTGATTATG--------CATTCAGAGGAAATGAATGTGAACGTCCACAA-----AAGGGATGTTCTGGAAATTATGCAAA s fr1.chrUn 332646567 375 - 349519338 TCTCTGTCTCTGCTGCTGCAGCACATAAAAGCGAGGTCTCTGAAATGGTGTGGGAGTTCGCTATCTCCCAGCCTCCAGATGGCTCCGTCTCCTCTTATCTAGAAGAATGGGTGCTGCCTCAATTTTTTAACTCGCCTTATCTGGGAATCCTTTAAATTGAATATTTACTGGGCCTATGTTTTCTGCCCGTGTTAGCCCTCTGAAGTCGACATTCCTCTTCCTTGT-CAAGACAGGCCAAAGGTTTTTCTCACTCATACACTCTCTTTGTCTGCCTAATAAAGTAAATGGACAGTGATTGATTATGTGATTACACAGACAGAATAGACGGTTCTGCAGTTAAACAAAGAGCAGGAGAGGGACTGAAAATCAGCTAAA a score=4132 s danRer3.chr4 26730524 88 + 33808418 ATTAATGGGAGCAGTTGAGGGTGTAATTGCAGTGCTGGAGTCAAAGCTGTGAGACACGATAATGTCCGTTGAATAAAAGCCTGGCAGA s fr1.chrUn 332647244 88 - 349519338 ATTAATCAGCACAGCTGAGGATGTAATTGCAGCGCCAAAGTCAAAGCTGTAAGAGCAGATAATGAACACTGACTGCAGCGCTGCCAGA a score=8230 s danRer3.chr4 26735233 225 + 33808418 TGGTTCTTGTTAAAGAAATGAGTTGT-----GGTCATGGGGAAAATGGACACACTTTATTATTATTTTCTCTCTGAATGTGTGTTCGCTGTGTTCTCCAGCTCCTCTGGCTGTCAGATGTTACTCCCATGCTAAAGTGGAGACAGATGAAGAGTTTGACTCCCGCTGGGTGACGTACTTCAGCAAACCAGACCTGGATGCCTGGGAGCTGCGCAAAGGTcacacacacac s fr1.chrUn 227607026 220 - 349519338 TGTTACTTGTTAATAGGACAGATGGTCTTGAAATCATTAAAAAAATGGAATAAATCAAGTAAAGT----------AGTGTGATTTGATCATGTTTTCAAGCTCCATTGGCCTCCAGATGTTACTCCCATGGAAAGGTGGAGACAGATGAGGAGTTTGATGCCCGCTGGGTCACTTATTTCAGCAAGCCCGATATAGACACCTGGGAACTGCGGAAAGGTGAGTTAGACAC a score=-412 s danRer3.chr4 26735458 106 + 33808418 acacacacacacacacacCTTTTATGAGATTTATCCAGTTG------TAAGTAAAGTAC---------TGTAATGTC----TCTTGATCAAAATTACCA-ATATAATCACAGTGTAAATCATCAGT s fr1.chrUn 311535407 120 - 349519338 TCATTGAATGAAAAACATCTTTT------TTTATACATTTGATCTGATAATTATGCTGCAGTTTTACATGCAATGCCACATTCTAGGTAGAGCTTACCATGGCTTAGAATGGTGTGGATCGGTGTT a score=4943 s danRer3.chr4 26735564 315 + 33808418 TTTCTATGTGAGTATATAGTGAAGTGTTGTTTATTTCTGTGATGGAAGTCTGTCACGTCTTATGTAAATATCTGATGATCAGGAGATATCTCTGATTATGATCATTGTTGAAGACAGTGCTTCACAGTTGTGTCTCAACCACTTCAACCACACATTTCATTATATTAACTCTCTCATGCTCTGCTCCTCCTCTGCAGGGATGAACACTCTGATCGGGTATGATCTGGTTCCGGAGCCCAAGATCCTGGACTCTGCTCTGCGGGCCTGCAGGCGGCTCAATGATCTGGCCAGTGCCATCCGCATCCTAGAGGCCGT s fr1.chrUn 227607246 185 - 349519338 TTTTTTCTTGAGTA---------------TTAATTTCTGTT-------------------------------------TCAG--------TCTGATTTTGCT------------------TTTAAAGATGAATTTTAACC----CAA------------------------------------------------AGGCATGAACACCTTGATTGGGTATGATCTGGTACCTGAGGCGAAGATAATTGATTCTGCTCTGAGGGCCTGCCGAAGACTCAACGACCTGGCCAGTGCCATCCGTATCCTTGAGGCCGT a score=912 s danRer3.chr4 26735879 12 + 33808418 CAAGGTGAGAAA s fr1.chrUn 311535952 12 - 349519338 GAAGGTGAGAAA a score=7788 s danRer3.chr4 26736309 125 + 33808418 TGTTGTGTGTTTTGTCAGGATAAGTCTGGTCCTCATAAGGAGATCTACCCGTACGTGATCCAGGAGCTGAAGCCCACACTGCAGGAGCTGGGCATCTCCACGCCAGAGGAGCTGGGCATCGATAA s fr1.chrUn 311536023 125 - 349519338 TGCCGTTTCTGTCCTCAGGACAAAGCAGGGCCTCATAAGGAGATCTACCCGTACGTGATCCAGGAGCTGAGGCCGACGTTAGACGAGCTGGGCATCTCCACTCCCGAGGAGCTCGGCATTGACAA a score=3723 s danRer3.chr4 26741091 63 + 33808418 TGGAGAAAAGAGGGCCCTACATCATGTCCAAAACCCCTGCTCTCCACACCAGACTGCGTGAGT s fr1.chrUn 227609395 63 - 349519338 TTGAGAAAAGAGGACCTTACATCATGTCCAGAGCTCCAGCAATCCACCTCAAACTACGTCAGT a score=2572 s danRer3.chr4 26741845 116 + 33808418 TGTGTGATTTTCAGAGAAACACAGAGATTCAGCCAGACGAGCGCTGCAGAAGAGAGGACTGAGCTCCGGCAGAGCTGTGCTTCAGCAGCCCAGACACAAACCAAAGACGTCAGTAA s fr1.chrUn 227609718 116 - 349519338 TTTGTACCTCAAAGAGAAACACAGGGAGATGGCAAGGAAAGCCCTGAAGAAGAAAGCCCTCTCACCAGGAGCCCCAGTGATACATCAGCCCAGACAGGCAGCTAAGAGGTAATCAA a score=4005 s danRer3.chr4 26744131 113 + 33808418 TTTGTTTTTCTGCTTCTCTCTGCAGAATAAAGTTCAACAGGGGATACACGGCACTGAGCCAAACTGGAGAAGATTCGCTCATCTCGCTGGACTCAGACAGGTGCATGATGTCA s fr1.chrUn 227609899 111 - 349519338 TTTTTTTTTTTTTTCCTTTTAGAACAGTGAAGTATAACAAGGGCTACACTGCTTTGAGCCAAAATGCAGAGGAGAAGATGTTGGCACTGGATTCAGACAGGT--ATGATAACA a score=3284 s danRer3.chr4 26744831 120 + 33808418 CATTGATGAATGAATTGTGTTGTGATTGGCTGATTGTGTTGTTGT-TGTGTTTGTTCAGTGATGCAGAGCTGGATT---------GTTCATCTGGATATTCTTCAGCAGAGGTCAGTTAA--TGACTTTAGG s fr1.chrUn 227610304 124 - 349519338 CACTGATGATTTTGATGCGT--------GCTGAGTGTAATGTCTTCTGTGTCCATGCAGTGATGAAGAGATTGATTTTGAGCAGTATTCCTCAGGATACTCTTCAGCTGAGGTGAGTCCATCTGACTTCTGG a score=955 s danRer3.chr4 26746487 127 + 33808418 ACTTACATTTACTTAATTTGTTTGCTCactttacttaaatttacttaacttgcttttttactttacttatctttacttaaatttaataagtttgctcgctttacttactgactttacttattt-tact s fr1.chrUn 143133870 124 - 349519338 ACCTTCCTCTCCTCCATAGATTCACTCACACACTGTTAATACAT----CATCCTCCTTCACATCCCTGCTCATTTCTTCCACTTTAAGAGTTTATTCACACTTCCCACCTCATCCACTTGGTTGTACT a score=8925 s danRer3.chr4 26746614 247 + 33808418 taaatttacttaacttgcttttttactttacttATTCTACTTAAATTTAATG------AACTTGCTTTACTTAATTACTTTAC--------------------TTAACTTTGCATCTGCAGGTTCATCCAGACCTGAGCCGGCAGCTGCTGAAGGACGGATATCACCTGGATGAAATCCCTGATGATGAAGATCTGGACCTGATCCCCCCTAAAGCCTTGAGCTCCTCTGTGTGCTGCTGCGCTGAGGTTTCATCCTGCTGCGTGCAGTGACT s fr1.chrUn 227610714 272 - 349519338 TAGATTCAGTCAACCTGTTTAGCTGCTTTACTGGTGACTCTTTGGAATTCTGGATTCCAACTGAGATAACCAAATAAATATGTGGTTGGGCTGAGCCTGCGTGTTATCTTTGC-TCCTCAGGTCCACCCTGACCTAAGCAGACAGCTGCTTCAGGACGGCTACCGTCTGGATGAAATTCCCGATGACGAGGACCTGGACCTGATTCCGCCCAAAGCCATGGGCTCGTCTGTGTGCTGCTGTTGGGACTGTCCATCCTGCTCCACGCAGTGATT a score=7302 s danRer3.chr4 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ATCTGACGTCCCCTCTCTCTTTCC--CTCAACAGCAACGGCACGGCCGGGAAGATGAACGGGGCGCTGGAGCATTCCGACCAGCCGGACCCAGACGCCATCAAGATGTTCGTGGGCCAGATCCCGCGCTCCTGGTCGGAGAAGGAGCTGAAGGAGCTGTTTGAGCCCTACGGCGCGGTCTATCAGATCAACATACTCCGAGACCGCAGCCAGAACCCTCCACAGAGCAAAGGTACGTCCCGTGCTTTGTC a score=200 s danRer3.chr4 26814614 144 + 33808418 TTTATGCATCACAC-ATGTAGACCTGCTCACATGTGTACTGTGTTAAAGCTTGAGCATATGACTTCCTGTTTTGATTTCTCATTTCCTGTATGTCTTTGTGTCGCTTATTAT--------TCCATCTTTTTAAAAAGGTTGAGTTGGGGTTAC s fr1.chrUn 212126069 144 - 349519338 GTTATGACTCACCTGACATTAATGAATCAGCATTTATCTTCAGTCACCGCCT-----CGCGTCCTCTTGTTTTAA-ATCAGATTTCGT---TATGGTTGTTTTTCTAATTATCTTCGGTCTTCAGCTTCATGCAGAGATCCAGTTTGAGCTGC a score=8812 s danRer3.chr4 26830548 142 + 33808418 CCTCTCTCTCCATCTCTGTCTGTTGT-CCCAGGGTGCTGTTTTGTCACGTTCTACACAAGGAAAGCTGCCCTGGAGGCCCAGAATGCACTGCACAACATAAAGACCTTAACTGGGGTGAGTG-----TTTGTTTATCTGCTCGTGTCT s fr1.chrUn 245461465 148 - 349519338 cctctctctctccctctccctctcGTTCCCAGGCTGCTGTTTTGTCACGTTTTACACACGGAAAGCTGCCCTTGAAGCCCAGAACGCACTGCACAACATAAAGACCTTAACAGGGGTGAGTGAGTCCTTGATTCTTCCCTTCGTCTCT a score=2263 s danRer3.chr4 26834092 56 + 33808418 GCTAATGTAGGACACGTCTGCTAAAGTCTCCTCCAGCTGTGAACGCATTCATCTCT s fr1.chrUn 245465324 55 - 349519338 GCTAATCTAGGACGTGTCCTCTAGAGTGCCCTCCAGC-GTGGAGAAGTTCAGTCCT a score=-70 s danRer3.chr4 26839286 214 + 33808418 GAAAGACCCAGAGCACACAACAAATTATTCAGAAAAAAACATTAGATCGAGATTAAGAGAACAGGAAAGATGGAGCGCAATAAACATTTCATCGGCAAAGTGCTGACAAATCACCTTCATCAGCAGCCCCGCTCGCGTACGTCTTCATTCGGCTCGCGTCTATCGAGATGAAGAATTGAGTCAGCGGAAAAAACGACGACACATTAACAAGATT s fr1.chrUn 245472443 197 - 349519338 GAAACAGCCGGATCAGAAAACATCACGTGCTGAAAAGAG-----GAACGCGATAGAGGAGGGATGGAGAAGGAGGAACACTGAAAAACACCTCTGCTGTTGGGTTAAACATGACC----------ACAGAGCTCTCCATCGTTGTGCTGCATATTGCATCAGTCTGGGCCAAGAA--AAATCAATGGAGACTCCAGCGGCGGCGTGAAGACCTT a score=4904 s danRer3.chr4 26839593 62 + 33808418 CAGATGCACCATCCCATACAGATGAAGCCCGCAGACAGTGAGAAATCAAATGGTGAGTGTCT s fr1.chrUn 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CCTCTCCTCTTTTGCTCAGCGGTGGAGGATAGAAAGCTGTTCATTGGGATGGTGTCGAAGAAATGCAATGAGAACGACATTCGGGTCATGTTTTCTCCCTACGGACAGATCGAGGAGTGCCGCATCTTACGGGGACCAGACGGACTCAGCCGAGGTGAG s fr1.chrUn 245476746 159 - 349519338 CTTCTTCTTTTGTCTGCAGCAGTGGAAGACAGGAAGTTGTTCATCGGCATGGTGTCGAAGAAGTGCAATGAGAACGACATCCGGGTCATGTTCTCTGCATTCGGACAAATCGAGGAGTGCCGAATCCTCAGAGGGCCCGACGGTCTGAGCAGAGGTGCG a score=3266 s danRer3.chr4 26847942 396 + 33808418 ATTTATCCTCCCCATCCACTCCTCTAGT--------CGTCTCTCCATCCTCCGCACTCCTTCTTTTCCATCTTTTCCTCATGTCCTCATGAATATTTTAATTCCACAGGAGATTAACTTTATTCCCCAAGCTCGTGCTTGGAGATATATTTGAAATGAGAGGAACTGCCGCCCCCCTTCCATAAAAAAAGGATTGGCTGAATAAATAGATGAGTAAATGTGTACGTAAAGGAGGTGCACGCTAAATCCCATGAACTAGGATGACTT-----------TACCACC-ACTCGCGC------ACCGCTATTAAAGCAATCTATCAATCACCATTGAAC--------TTCACTATTAATAAAATATAGATCAGGCCACATGCGAGT-GCAGTGCCCTGGGAGCTACCCCAGTTTC-TTCAAAAACTCTCAGCGCTC s fr1.chrUn 245479430 413 - 349519338 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danRer3.chr4 26998276 596 + 33808418 AAGTGTTCTTTGTGTGTTTTTGTGTT-------AGAAACACTTTTGAAGCTGTCTATGGAGGAGCTGGTGAAGTTTCTACAGGTGACTCTGTCAAACGATTTCTTTTTTGAGGACGACTTTGTTATAGAGCAGCTTCAAAACTCCATGTCTGAGCTCAGACGGTCTAAACTGGAGCTGCCACCTCCAGGTACATTAAACACACAATGTGCACACACATGTAATCATGGCAAATCAT--AAGATGTATGGCTATGTGTCACCACCTATAGAAGGACAAATCTTACTG----CACACACTATCTGCTGA--TAATCTCTCTCTGCCTTTATCTCTTATACACACACTCACACTCATTCACTGCTGCTGTGTACTGTTTTGTCTAATCTGCGTTCTCTCCCTTTCGCTTCAAACATAGCCTCTGCTTACACT---AGTGGGTCTGGGAAAGGGGGGCGCCAACCCTCCTACAAAACCAACCGGTGGGCAAAAAAGCACTGACTA-------CTCTATATGTCGATCAACCAACCATTCGTCCGTCTACCCCACTACACACACGTCCCTCTCCCCTCGTTTGTTTCTGTCTCACGAATCCTGGATTCAGTTTGTTTCAGTAATGT s fr1.chrUn 245531935 572 - 349519338 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s fr1.chrUn 245534006 1761 - 349519338 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s fr1.chrUn 273454476 1784 + 349519338 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a score=2664 s danRer3.chr4 27116822 277 + 33808418 TGCAGGACCTAAAGTAATAAGAGCACTTCAGTTTTATTTTTATTCAATTGCAGAAAGTTATTTGTCATCTAGGTCTTAACGTC----------------AGGCATGACAAATGTTTTCCTGTTTGATCAGTA--------Ttggaggtcatcggcatagcagtgatagcttatattatgt-ttgcataaaattgagcttgaagaaagcatgtggagagaaaataaaagagggccatgaatagatccttgtggaata-------ccacaatgAATGGGTT-------CAGGTGGTGAAGTAAAAAGACCTCACCTTT s fr1.chrUn 98674212 305 - 349519338 TGTAGGGCTAAAGCCAAT--GATGATTTCAATTTGGTTTTCATTCAACTGAAGGAAGTTATTTGCCATCCAGGTTTTAACTTCCTGATAGCAGCTTAAAAGGGGCTGCATAGAGGTGCCAGATTAAAGTGGAATGTACAGTTGGGAGTCATCTGCATAA-------AAATTGAATTAAATATTGTATAAAGTATACACCTGTGTCAATATATG--TCGCAAATAAAAACAGTAATTCCAGATGTCCCTGGGTATTAAAGTAATTCAAAATGATGGTGTTGTTAGAGAAGGACCTGCAGTTCAAAAACGACACCTTT a score=4802 s danRer3.chr4 27123480 182 + 33808418 tcagccttcactatttacttctatttttTTAAATATA----------AATATATTAT-------CTGTTTTTTGTCCTGTCTCTATA---ATTCTGTTGCATTGTAGAAGCTCTGTCTGTTTAGAAGAAAACAAA------------TTCCTCGTATGTGTGAA--CATACCTGGCAATAAAGCTCTTTCTGATTCTGATTTCTGATTCTTTTTTT s fr1.chrUn 289375309 216 + 349519338 TCACCCTACACAAGACACTTTCCCTTCCTTAAATATGCTTAGTGCTTATTGTATTGTAAATATGCTTATTTTTTCCTTATCTTTATTCTTATTTTACTGTATTACTGTCATTTTGTCAGCGCTGCACACAACAAACACCGAGTCAAATTCCTTGTATGTGTAAAAACATACTTGGCAATAAAGTTCTTCCTTATCCTGATTTAGGATCATTTTATT a score=17290 s danRer3.chr4 27134950 500 + 33808418 AGATCGGGCATATAATGGGCATCGAGGATACGGGCATGAGGAACGGACGGGCTCTGTCCGATCAGTGGGCCGACAGCGTGGTGGTCCGACCCCGGACTACCGAGCAGCACATCACGGTGCATAAGAGACTGGTGCTGGGCTTCGCCATCTCCATCCTCACCCTCATCATCGTCACGGCCATCGCCATCACGCTCAGCGTCAGCTTCGAGAGATGCGCCGC-----------GGAGAGCAGCGGGG----------CTCTGGCCGCCAACGGCTCCAGCAACAGTAAGTGGAAACAGTCACGGGACGGGAACATCAGTCACAGAGACTCGGAGGACGGCCAGCAGCCCTGGAGACACCTGCGCTTACCGGCCACCCTGCGCCCGCGCCACTACGACCTCCGCCTGACCGTGCACATGGAGAACTTCAGCTTCTCCGGCGAGGTGAACATCGAGTTTGAGTGCGTCAACTCCACCAAGCTGATCGTGTTGCACTCGGACCGGCTGGAGCT-AGACAAAGTGCTG s fr1.chrUn 91759092 513 - 349519338 AGATGGGACTTAACGACAGCAGCCCGGGCAC---CATGCGGAACGGCCGCGGCCTCTCGGACCAGTGGGCAGAGTCGGTGGTGGTCCGGCCTCGAACCACGGAGCGCCGCATCACCGTGCACAAGCGGCTGGTGCTGGGCTTTGCCCTCTCCATCCTCACCCTCATCATAGTGACGGCGGTTGCCGTGGCGCTCACTGTCCGCTTTGAGGACTGCGCCGCTCAAGACCGAGGTGGGGTAACGGGGGAGTCGGGTTCGCGAGGGGGCGGCGGGT-CGGCGAAGCTGAACGGGAGCAG--AGGGGAGAGGACGGGAGAGCGAGGAGAT---GAGGAGATGCTTCAACCCTGGAGGAACTCGCGGCTTCCTGGGACGGTGAGGCCGCGACACTACGACCTCCAGCTGGTCGTCTACATGGACAACTTCACCTTCTCTGGAGACGTCAGCATAGAGTTGGAGTGTGTGGACGCCACCAGGTTCATCGTGCTGCACACCGACAGACTGGAGGTAAGACGGACGGCTG a score=-165 s danRer3.chr4 27135450 245 + 33808418 GTGTTTTCGGACAGTAAAAAAGCGGGCGCCATGCGGATCCAGCGCCGCTTCCACTATC-AGCCCAAACAGGTGTATGTGATCGC---------------GCTGCACAGAGAGATGAAGCCCCTCAGAACATACAAGATCAACATCACCTTCACCGCGCACATCGAGCACGAGCTGCTGGGCTTCTTCCGCAGCTCCTACATGCTCAATGGAGAAAGAAGGT---------------AAAGGCTGTTTACGGTG-----TCACTTTCAAAGCCTTTCATATG s fr1.chrUn 297074405 268 + 349519338 GC-TCAGCTGAC------------GGCGCTGGGTGGTGCTGACGCTCCGTCCATCACAGAGTCCAGGCTGGAGCCCGTGACCCAGTACATGGTCCTACGGCTGGGCGCTAACCTGGTGAAGGGCAGCAGATACAGTCTCCACACTGTATTTACGGGGGAGCTGGCTGACGACCTGGGGGGCTTCTACAGAAGCGAGTACGTCGAGGACGGCAAAACAAAGTACGTATGAAGACGCGACAGGTTCCCTAGGGTGCGGGTTCATTCTCAGTGACTCACCTGTG a score=14367 s danRer3.chr4 27141012 329 + 33808418 TATAAATATTCCAGAGATTTATTTCATCTCACCTTTCTGTCCTCT-GCAGGTTTCTGGCGGTGACGCAGTTTTCTCCGACTCATGCTAGAAAGGCCTTCCCGTGTTTTGATGAGCCCATCTATAAAGCCACATTCAGAGTGAGTCTGAAACACGAGAGCTCGTATCAGTCGCTGTCCAACATGCCAGTGGAGGCCACCACAT---CTGATGAGGATGGATGGGTGACCAACCATTTCTCCAGGACGCCCCGCATGTCCACGTATTACCTGGCCTGGGCCGTTTGTAACTTCACCTACAAAGAAGCAGTCGCAGACAATGGAGTCCTGGTGAGT s fr1.chrUn 15961973 330 - 349519338 TATAAAGATCAAAGAACTTT---CCCTCTGACGTCTCTTTTCCCTCGCAGCTACTTGGCGGTGACCCAGTTTAGTCCGATCCACGCCCGAAAGGCCTTCCCCTGCTTCGATGAGCCCATCTACAAGGCCACGTTCTCTCTCAGCCTCCGCCACGACCCCCAGTACACCTCCCTGTCCAACATGCCCATTGAGAGCAGCACGCTGGCAGACGAGGACGGATGGGTGACCAATCGCTTCGCCCGGACGCCTCGCATGTCCACCTACTACCTTGCCTGGGCCGTCTGCAACTTCACTTACAAAGAGACACGAACCGAGAACGGTGTGGCGGTGAGT a score=573 s danRer3.chr4 27147576 522 + 33808418 AAATGTTTTGTTTTTTAGTGAAAAGGCGGCTTTTGCTGCTGCAGCACAGCAAGTGACTACGCTTGACAAATTGCAGCATTACACATGAAGAAACATTCTCATTGTCAGTGGCCACATTTGTATGTGTAAACACAATAAAATAAAATACAAGTTAACTAACCCAACTCCCTAAAAAAACAATTCAAACTGTTATGAAATGAAATTACATCATATCCCCTACTTCTCTTAAAATTTGTAAAAACAAAGTATATACGATATATACAAAATTTCAAGATGTATATTCAGAAATCACAAAGCTAAAAT--GTTTCTTTAAACAGTCAATGGTCAATAATATGAG-----GAAATCAGCACAATAACAAACAATAATCAAAAGAACTTTCTCTATG--------------ATCTGAAACACACTTTGTTAAACAACAAGCA-ATCAATCAAGCTACACTTGG-----AGCAACAAAGATCACTCGAGACAATCCAGAATTGACTATTGGTTGATTTCTAAAACATTAAAAGACAATAATATATCTACTTCTATTA s fr1.chrUn 121601905 503 + 349519338 AGATGCTTCCTCCTGCACTTAAAACACTGTTTTTACTGTTCACCCTAACTAGATGAATATGCTAAACATGCTGGAAGATAACACAAAAACAAATATTCTATGTGTGAGGGGTC---TTAATGTGTTT--------TACCTTAAGCTGGATGGTTACTGTGATTGGTCCACAA------CGCTCAAGCTGCTGGAGGAAGGAGCTTGAGCCT--------TTTTTCTTCAAGATCTAAAAATGGAAATGGATAAAGTAAAGGAAA------AAAGTGTAATTACAGAACACATTATGACATATTCCATTCCATTACACAGACAAAGAATAAGGATTTTTGAATGTGATATTTGCA-AAGAACACTTACTGTACCATTAGACACTTTCTATGTCTAAATAATTACTATCTTCAAGACCTTTTAATGGACAATACTCACAACAATCACATT--CGTTGGTGCATAGCAACAGTTGCCA------ACATACCATAAGAGCTGGTTGATAAATCCTTGGAAGGTTAAAG------ACTATTTCCAAGACTATTA a score=3986 s danRer3.chr4 27148520 979 + 33808418 AAAACATGGCTGGAAAAAGGAGAACAAAACTCAGCTTATTTCTTCAGGATGGAGAGATCCAATGCCTTAAATGCTTCTATTGTTCGACTTAGAGCAAACGATAAGTTACTTGAAAATCCTGGGGAGATAGCTCATTTTTGCTCCCAATTTTATAATAATTTGTATACATCAAAATACTGTGATAATTCAGCC--AATTTATTTTTTGAATCTATTAATCAAAA--CAAAGT-----AATCTCATTAGAGGATAAAGAAGCATGTGAGGGTGATTTATCTCTATCAGAAATTCTTCAGGCAATCAAAAGTTTAAaaaataataaaagtccaggcagtgatggtctcaccgctgaactatataagatgtttgataaggaactatctccttttttactaaaagtgtttgaggaaagttttgatttaGAGGCTCTTCCACCAACTATGACACAAGGGGTCATCACCTTGATCCCCAAACCCAATAAA---GATAAAGAATGTCTAGAAAACTGGAGGCCTATCACCCTTTTAAATAATGACTACAAAATCTTAGCCTCTATTTTAGCAAGAAGAATTAAAGATGTGCTTAACTCGATTATTGATGAGTCGCAATCAGGCTTCATGGAGAAACGTCATATTACAAATAACATCAGATTAGTTCTAGACCTTTTAGATTATGAAGATCTTATCCCTAATgacagtttcctactttttctagacttctacaaagcctttgattcgctcgaacacaaattcatatttaaagctcttgataagtttggttttggtgattattttTGTAGAGCCATTCGCACATTATAAAAAAACAATAATAGCTGTATTAA--------ATTAAAATTTGGAACATCACCAAGATTCAGCTTGTCACGAGGAGTGAGACAAGGATGTCCTATATCTCCATATTTATTTTTACTAGCCTCACAACTTTTAGCTCTCCACATTTCTAGTAGTAATTTACAAGGAATCACAATTGATGATA s fr1.chrUn 60084292 934 - 349519338 AAGACAGAACGGGAAAAACAAGGAGGAA--------------TTCTGTACAGAAAGACTTATTACATAAA----------TGTACAAAATGATAATAATGAAAACATCTTTGA---CCCGATAGAAATAAATGAAAGCTTCCAAAAATTTTATGAAAAGCTTTATAGCTCAGAAATAGGTCCAAATACATCTGAAATCAAT------AATTTCCTGGACAAAATCCAAATTCCCAAAATATCAGAAGTAATTAAAGGAAAACTAGAGAAAGAAATAACATTAATGGAACTATCTACAGCTATTGACAGTATCAAAGTAGGGAAAACACCTGGGCCAGATGGAATACCCATTGAGATATATAAAGTGTTCAAATATAGACTAATGGCACCTTTATTAGAAATGTTTAAGGAGTCCTTTCACAATGGAATTCTTCCAACATCATTAAGGGGAGCCCTAATCACTTTATTACCAAAACCAGGCAAACCAAATAACAAATGT---GAAAACTTTAGGCCAATCAGTCTCTTAAATGTGGATTTAAAAATTTTGAGTAAAGTAATAGCCAGGAGACTGGAGAAAATAATTCCAAAAATTATGGACAAAGATCAA-AATGTACAAGGTAGACAAGGCTTCC-----ATAATGCTAGGAGAATCCTGAATATATTATTTTA-GGAGAAGGGAGCAACAGATACAGCG--CTTCTGTCATTGGATGCGGAAAAAGCCTTTGATAGAGTGGAATGGCTTTATTTATTTGCAATCCTCAGACGTTTTAGCTTTGGAGACAACTTTAATAAATGGATAAAACTACTATATACAGA-ACCATTTGCTGAAATAATGACTAACCTTAATATATCCAAAACCATTAAGATACA-------AAGAGGATGTAGACAAGGAGATCCCCTATCCCCTCTCCTTTTTATTATAGCTATAGAACCACTGG-------CAATAGCAGTAAGAACACACAAAAA-----TATAAACGGCA 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TACTTTGATTTCA------TACATGGAACCTTAAAAATGAATTGGCTGAAATCCCTTTT---AAGTAACAACAGTTTTTGGTATCGTATTCCCAAAGAAATT-----CAGA---------------------------TGTTATTATGCTATTCAAACATTACCTGTTAAACTTTTCTCTTTTACCC a score=4428 s danRer3.chr4 27150214 972 + 33808418 GTCTCTAATATACAAGCATAACTTTTCTCCACACAGATATTATTTATGGAATAATAAAGACATTCTTTACAAAAATAAATCACTCTATTTTGAAAATTGGTTTAAAAACAACTTTCTTTTAGTTGGCCAGCTCTTTAACTCAGAAGGCAGACTTTACAACTATCCAG----ATTTCTTGCAGAAGTTTAACATTCCTGCTACTCCTAGTGAATATGCCATTGTTGTAAACTCTATCCCTTCTGGCGTGTTTATT--CTAATGCAAGATGTTACACTACCATGGCCACACACTCACTCCCTGAATTTAATCGACACAATGGTTGGAAGTGTGTGTTTTTCAGCAGACCAACAAAAAAATAACTGTAAAATTAGAGGCCTCTTTCAGAGAGAGATCATAAC-AATCCCTTATGTAATACCTTATTGGAACAACACTATTGAAAATATTCCATGGGAGAAAGTATGGACTTTGCCTCACAAGTATCTGATTACAAATAAAGTAAAAGAAGTAACATTTAAATTAATTCACAAATGTTATCCTACTAAGGTC--------TGTCTTCAGAAATATAAGCCTGACATTGATTTAAAC--TGCTCATTCTGTCACTCTTCAGAGGAAGACTCTATTCATTTGTTCTGGCAGTGCTCCTTCACAGAGAGATTCTGG------------TCAGATTTGTTGATCT-TTATTCAATCTTATATTATGAGTG--ACTTTTCCTTTTCTTTTAAAGTTATATTCTTTGGATTGTTTGATGACTCGAAAGAAAACATGGAAAAAGTATATGTAGTTAATTTGTGTATTCTATTAGCCAAGTTTCATATTCACAAACAGAAGTTTAGTGGCTCTAAACCTTTTTTTGATCTGTTCAAAA--TCGACCTAGACCAATATTTGGAAACTATCCAGCATTCTCTTCATCCAAAAGCAACAAAAACGGTATCCTT--------ATATTCT-TCTTTTGTGTCTCTTTAAGATGTAACCTTA----TTTCATCAATT s fr1.chrUn 128485823 919 - 349519338 GTTATTGTTGTACAATCACAATTTTTCAGTACACAGTTATTCTACTTGGAACAATGGATACATACTTTTCAAGAACAGATC-TGCTTTTTAAAAGAATGGTTCACCATTGATATCATTTGGATTAAGCAGTTATTTAATGAAGAATATCTA--TTATTTTTATTCAAGAATAAATCTGAAATCACTTTTAGATTCCACTTACTTCGTAGCAATTTTCCATTGTGATAAATTC----CTGTGTGATATTGTTGTCTACTCATTTAAATGTTTGCTTAACCA----------------------GTGTAAATATCTCTGAGGTTGGTCATGTGT--------------------------------AAAATGCTGGGTCTGTTCCAGATCAACATGATCTCTGCTTCAGCATGTG-TATTTTGCTGGAGTAGTTGTGTAAAACATCTGTGCTGATAAGAAATCTGGTGTCTTCCTCAAAAATACTTTCTATTGAACAAAGTGAAAGATGTTTCTAACCAAATAATTGACTGCTGTTTCCCCTGTCAGGTCCCCATTATTTTTTTATCAAATTTGAGA-------TAATGTGAATGATACTTTTTCTGTCTTTCAT-ACTGAAAGAATC-ATTCA--AGTTTTGGAAATCTGCTCATATTTGTAAACTCTGGCAATACATAAACTCATACTTGAAAACATATTTTGTGATTTTGAACTATGGTTGCAAAATGTCATTTTTGTTTGAGTTTACATTC--AGGCTTCCTTAA-------AAAGAGGACAT----------TTTAATTCTAATTTGATTATGCTACTGGCTGAATTTTATATTCACAAATGCAAATTCTCCAAAAC-AAACCATCTCTTCAAATTTTCAAAAAGTAATTTTGGATTTATATTC--AAACTCTTTA--ATCCTGTGTA---AACAGCCAGTACAACACTATCTATTGAATAAAATGTTTTATCTTCCATTTCAGATTAAAATGAAATTTCAGGTTTTTTCACAATT a score=7240 s danRer3.chr4 27156615 241 + 33808418 TTGTTGTAGATTCGGCTGTACGCCAGACCTGATGCCATCCAGAGCGGATCGGGTGACTACGCTCTGCGCATCACCAAGAGACTCCTGCAGTTTTACCAGGATTACTTCAAAGTAAAATATTCCCTCCCCAAATTAGGTAAGCCGGC----------CGGTGAAATGTCTTCATCTTTATCTG--GCTTCAGTGA-CGCTGCTGAAACTGGTGATAAATGTTCTTCTC------ATCAGATTTTTCATTGTTCCTGCTGTC s fr1.chrUn 95899369 258 - 349519338 TTCTTTCAGATCCGTCTGTACGCTCGGCCTGATGCCATCGCCAGTGGAGCCGGCGACTATGCGCTCCACATCACCAAGAGGCTTCTGGGATTTTACCAAGACTACTTTAAAGTGCAGTACTCACTGCCTAAGCTAGGTAAGACTGCTGACAGCAGGTGGCGCTGTGGCGTCAACCTGCTCTATTGCTACAATGATCAGTTGTTCACCTATTGGTCA--GCTCCTCTCCGTATGACCATATTTGGCATTTCCTCTCCCATC a score=12006 s danRer3.chr4 27227343 181 + 33808418 TTGGTCTCTGTGTGT----GCGTGTAGATCTGCTGGCAGTGCCGAAACATCCGTATGCAGCCATGGAGAACTGGGGCCTCAGTGTGTTTGTGGAGCAGAAGATCTTACTGGATCCTGACGTCTCCTCCTTCTCCTATCAGATGGAGCTCACCATGGTGGTGGTGCACGAGATCTGCCATCAGGTA s fr1.chrUn 95909657 185 - 349519338 TTGATAATTGTGTGTTGTGGTTTTCAGACCTGTTGGCGGTGCCCAAACATCCGTATGCTGCCATGGAGAACTGGGGCCTGAGCGTCTTTGTGGAGCAGAAGATCCTGCTGGATGCTGAGGTGTCCTCCTCATCCTATCAGATGGAGCTGACCATGGTGGTCGTCCACGAAATCTGCCATCAGGTA a score=8359 s danRer3.chr4 27239527 139 + 33808418 TTCATTTCTCCTTTTCTAGTGGTTCGGGGATCTGGTCACACCGGTTTGGTGGGAGGACGTTTGGCTGAAAGAGGGATTCGCTCATTACTTTGAGTACATTGGGACTGATTTCCTCTTTCCAAAGTGGAACATGGTGAGT s fr1.chrUn 95915377 139 - 349519338 TCTACCTTGTTTCTTGCAGTGGTTTGGCGATCTGGTGACTCCAGTCTGGTGGGAAGACGTCTGGTTAAAAGAAGGTTTCGCTCATTTCTTCGAATATGTCGGTACTGACTTCCTGTTTCCAAAGTGGAACATGGTGAGT a score=8800 s danRer3.chr4 27250494 153 + 33808418 TCCACAGGAGAAGCAGAGGTTTCTGACTGATGTCCTTCATGAGGTGATGTTGCTGGACGGTTTGGCCAGTTCTCACCCAATCTCTCAGCAAGTGTTTGAAGCCACAGACATCGACAGAGTCTTTGACTGGATCGCCTATAAGAAGGCAAGAGA s fr1.chrUn 95918125 153 - 349519338 TTCACAGGAGAAACAACGCTTCCTTACTGATGTCCTCCATGAGGTGATGCTACTGGACGGTTTAAGCTCTTCCCACCCAATCTCACAAGAAGTGGAGAGGGCGACGGACATTGACCGCGTCTTCGATTGGATCGCCTACAAGAAAGTAAGGGA a score=3492 s danRer3.chr4 27253269 295 + 33808418 GTTGATATCTGTATATATGTGGACAGCAGATGTAAATG-TGAATCTATGACTGAAGGCGTTTTT------------ACTGTGCTTCT---TCAGGGAGCTGCTCTGATCCGAATGCTGGCAAACGTCATGGGACAAACACTATTCCAGAGAGCCCTAAATGTAAGT----------CAAGAGTTTCTTTCATTTTTTCTCTTTG------TGGTCACAGAAGATTT------------CACACGCATGTGTGTGTTGCTACTGCTAATGTGTCTTACAAATATGCTTACAAGGCTTTATGTTATACTGTACATTCTGCTGAAAAAAAAAATCAACAAAT s fr1.chrUn 95918297 326 - 349519338 GCTAACATCTCCATTAGCTTAGGGGCTAAGTGGAAATGACAAAACTATATTTGACGTCATTCTCTTAATATTCCTAAATGTGTCTCTGTGCTAGGGGGCAGCGTTGATCCGGATGCTAGCTAACGTGATGGGACAGTCGCTGTTTCAGAAAGGACTCAACGTAAGTTGATGTGGTCCAGCTGTTTCAATCAGGTGTTTTCTCAGAACAAAAGACCAGAGAGCGTTCAAAAGAGCAGGGCCCATCCGTCTACAAGTTTCTGTTTCCTCCATGTGCAGCAAATAAAC-----AGGCCTCAAACAAAATTAAACAT--------GAATAAAAACCTACAGAT a score=4654 s danRer3.chr4 27259372 557 + 33808418 gtagactacatcaaatagtctggactgctgaaccaatcactggcacaacctttcctacacttcacgaactgtactcttccaaattgagtaaaagggctcgcaaaatcactctggacgcctcgcacccagcacaccacctattcgaactgttaccttctggtcggcgcttcagagcaccaagcacaaaaacagccagacacaggaaaagcttctttcc------ataagccatctac-------ctcatgaacagttaaatattcccctactgtcta--aacaaac---atg-------tgcaata---ctttatcatacgcacttgtacacagctccttatatcaatatacaatgcaatactttctccattcacatttgtacacagcaccttataaccagtatatgtataacaaacctgtacatgcaatTCAACATCCAGATATTTTTACTCGGTTTAATGTTTATCATCTTTTTTTCATATTTATTTTGTGTTGTCACTTGTCACTTTATGTACACTGGAAGCTTCTGTAGCCAAAACAAATTCCTTGTATGTGTAAAGCACACTTGGCAATAAAACTGATTCT s fr1.chrUn 112537444 543 - 349519338 GCAGACTGCAGCGTGTCATCTGATCTGCAGAGAGGGTAATTGGATGCTACCTGCCCCCCCTTCAGGACCTGTACACCACCAGGACCCTGAGGCGTGCAGGCAGGATTGTGGCGGACCCCTCCCACCCTGGATTTAAACTTTTAGAGCCACTCGCATCTGCCAGAAGACTGAGGTCCATCAAGACCAGAACTTCTCGCCAGCGAAACAGCTTCTTTCCCACCGTGTCAGGCCTCCTCAACAAGGCCCAGGAACCCACAGATATTGCCCCCGCCCCGAGTAAGAGACTCTATGGGGCCACTGCAATATAGCAGCACCATGCGCTCTCCTCCACCACACC----ACCATCACCCTGCACAAGACACTTT----TCACTTCCTTATACCGGACTTTAAATATGCTTTTTGTATAGTAAATATGCCTA-------------------ATTTTTATATTTCCTTATCTTTATCCTTATTTTACTGTATTATTTTTATCGTGTC---------------TGCATGGCAAGCAACAAACACCAAGTTAAATTCCTCGTATGTGTAAACCATTCTTGGCAACAAAGTTTGTTCT a score=1080 s danRer3.chr4 27265102 618 + 33808418 attaatattatattG---ACAttgtatttaatatttctctaaaacatata--catttgagtaata------gtttttCTAACTAATAAAAAttttgattca---cttgatttttttttaaaatttgtatttaatatttttctataacatatacatttaggtatactagtttttggaccgttatcataagttgttttgttcgatatgccctaaacttggcttcagtgctgactaatctagtgtatatacacaaatat---agtattgta---tagcatcccattaaaaacatgagtttaaaagatacatttgaggggacaattatatatgtt----CCTACATTCTACTCTGTTACATGA-------GTTATTAAAAAGAAA-TAACAATCTGTAGAGCACAAGCATGCACAATCTTACAACCAATAATATTATGAAAGGTTTTCGCCATGTGCTATCTGGTTTGAAGTTAGAAACACAAAATGATGGAAAATGCCACCTCTGT----TAGTTAAAAGTCTGTCAGTGATTTAAAAAGTTGCCAATAAAATAATTAGTATCATAATAACATTAACAACATCAAATCATTTTGCATTAC-------TTTACATTAATAATAAATACTGTCAATCATACAATAG-------TTGTATATCATTCCAGAACA s fr1.chrUn 63142445 569 - 349519338 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348 + 33808418 AAGATGACAGAAAACTAACTTGC-----ATTCATTTAAATTAGCCTATTAAGCTATATAAATATTGATATG---------TGTGATGTGTTTGTGTGTTT-----------TGCGCCACAGGCCATGCAGCGGGAGGGAAAGGACATCAACATCACACAGGTTATGGACCGCTGGACTCTACAGATGGGCTATCCGGTGGTCACCATCAGCAAGAACGACAGTCTGGACAACAG-----------CATCACTATTTCCCAAGAGCACTTTGTCTACGACACAGACGCCAAGA----------TTCAGAATCCTGAGCTGTTCAACAAAAGGTAGTCTGCCATATGTCAGTGGTGACAGGTTGTTACATGAAAATGAAAGCCCATCAGTCAACTG s fr1.chrUn 95919306 382 - 349519338 AATGTGACTGACAGCTGTTTTGCTGTTTGTGATTTTAAATC--CCTTCTCAGTTAAATTAAAACTCGTGTGAACGATCAACGCAATGGGTTTCAACGTTTAAATGAGGCGTTTCTGTCCAGGCCATGCGCTCAGAGGGGCGGGACATTGACATCGGAGGCATGATGGACAGGTGGACTCTACAAATGGGATACCCTGTTATCACCATCAGCAAGAAC--CAATCAGAGCAGCTGTTCACTCATTACATCACAGTCAGCCAGGAGCACTTCCTGTATGGACAGGAAGTCAGAAACAACTACAGGTAAAATTCATCCTCAGTTC------ATGTTATCTTCAGTGTGTTGGTAATGTTAGTGTGTCGCAT--CACTGAACATCTTTGTATCACCTG a score=6327 s danRer3.chr4 27291514 146 + 33808418 TTTTCTTTTCATGCTCATGTATTTACAGAGGCGCACAGAGTGGGTCACGTGGTTGGTGAGACGTGGTTGCTGGGCAACATCAACCAGACGGGCTACTTTAGAGTGAACTACGACCTTCACAACTGGAAACTTCTTATTCAACAGCT s fr1.chrUn 95921911 145 - 349519338 TTCTGTTTTCATTTATTTTCATCT-CAGAAACCCACAGGATTGGTGCGATGGATGACAAAACCTGGTTGCTAGGCAACATCAATCAAACAGGGTACTTCCGTGTCAACTATGACCTCCAGAACTGGAAACTGCTGATCCAGCAGCT a score=4225 s danRer3.chr4 27293421 167 + 33808418 TCTCATCTATCCGCCTGC------TTTCCGCTGCA--TTATAAATGTGTGTGCTGTTCTC-------------TTGTGGCAGATCATCTCTGTGGGCAACAGGGCCGGTCTGATTGATGACGTCTTCAACCTGGCGAGGTGAGTTGTGTTTGTTACACGGAGCCTCTGGAAACATGCAGAGTCATTCA s fr1.chrUn 95922279 179 - 349519338 TTTGATATAACCGGCTGCAGTAGGTTTCAGCTACACGTTCTGAACGTTAGCCTGGTTCTCACTCGCTTCCTCTGTCTCTCAGACCATCTCTGTTGGGAACAGAGCCGGCCTCATCGATGACACCTTCAACTTGGCCAGGTGAGTAA----TCCAACACGGCGCCC-----AGTATGAGGAACAGTTCA a score=221 s danRer3.chr4 27293588 33 + 33808418 GAGAGCCTGAAACC---TGCACTAGAGATCCATTTA s fr1.chrUn 297078450 36 + 349519338 GATGGAGTGAGTCCCAGTGGACGTGAAAACCAGTCA a score=1371 s danRer3.chr4 27293690 40 + 33808418 TGTCAGGTTATTTCAGGAGGTCTTTGACCTACCACTGAGC s fr1.chrUn 297079567 40 + 349519338 TTTCAGATCATTTTAGAAGGTGCTGGACATGTTCCTCAAC a score=5880 s danRer3.chr4 27294417 326 + 33808418 TTAAGTAGCTGTAAGTTTTAAAAAAGCTTAAAGTTTTAAAGCAGTTTTAAGTTTTAAGTAGCTTAAAGTTTTAAAGTAGTTTCAAGTTTAAAGAAGCTTCAAGTGTTTAAAGTAGTTTTAAGTTTAAAGTAGCTTCAAGTGTTTAAAGTAGTTTCAAGTTTAAAGAAGCTTAAAGTTTTAAAGCAGTTTTAAATTTAAAGTAGCTTAAATTTGTAAAAGTAGTTTTAAGTTTAAACTAGCTTCAAGTGTTTAAAGT-----AGTTTTAA------------GTTTAAAGTAGCTCAAAGTTTTAAA------GCCGTTTTAA------------GTTTAAAGTAGCTTAAAGTTTTAAAAG s fr1.chrUn 14111661 360 + 349519338 TCAAGTGGCTTCAAAGGTTTAAGGGGGCAGGAGGTTTAAAGGGGCGGGAGGTTTAAAGTAGTGGGGAGTTTTAAAGGGGCGGGAGGTTTAAAGTAGTGGGGAGT-TTTAAAGGGGCGGGAGTTTTAAAGGGGCGGGGAGGTTTAAAGGGGAGGGGAGGTTTAAAGTAGTGGGGAGTTTTAAAGGGGCGGGAGTTTTAAAGGGGCGGGGAGGTTTAAAGGGGAGGGGAGGTTTAAAGTAGCGGGGAGTTTTAAAGGGGCGGGAGTTTTAAAGGGGCGGGGAGGTTTAAAGTGGCGGGGAGTTTTAAAGGGGCGGGAGTTTTAAAGGGGCGGGGAGGTTTAAAGTGGCGGGGAGTTTTAAAGG a score=1690 s danRer3.chr4 27297966 98 + 33808418 ATCAGCGTAAATCACCATGTGTAAAA--------TGTCTCAATAAATTGCTGGATGATAAAGAGTTTTCATATGACAGAGGGAACTGAGTGCCTGGAGTGATGTCA s fr1.chrUn 14113967 106 + 349519338 ACTAGAACAAATTAAAATGTGAAAAAAACGGAAGTGTAACAAAAAAAATTCTAATAAAGAAGATTATTCACATACGGGCGGATCACAAGTGACGGGTGTGATGTCA a score=1297 s danRer3.chr4 27300812 166 + 33808418 TGCCGCCTTAAACTCCTCCAAGATAGATGAAAGA--GGGAGCTGCAACTGACCTGATGGAATT------TAGAGTAG-----------------GGCATCCCCAACCACCTCAGCAGGTGCTTGTTAATTTTCTTCTCAATGCTTTCCACAGCTGTTAGAGAAAACTCATAGACTGTGAGGAGCCAAATTA s fr1.chrUn 320533856 178 + 349519338 TGTGACCATAAACTCCTCT--GACAGGCCACTGATTGGAAGCTGCAGC----ATGGTGGAATGGCCATACAGAGCAATTCTGCTAAGGGATCGAGGGAGCCCAATCCACCTGCGGAGAAACTCGCT-------TGTTCCAGCATCTCCACCGTAGACATGGGCACCTCGTAGACAAGCAGGGGCCAAAGGA a score=3215 s danRer3.chr4 27300978 328 + 33808418 GTTTGGGGAGAAGGACGTGCTGGTACAGCCAGGATTTAAACTTTTCAGAAAATCTAGATCTATCAATACTCTTCAACCA---------ATTCT--------------TTGTTTGC-------------------CCAAGCACTTTATAGGACTGTCTTCAATGGATGGAAATACCTCGCCCTGACCAAAGACCAAGACCAAAGTTGATTGTTACCCTACCCTTCCTGATGACCA--GACATTCTTGGCCGTAAATGTCAACCTTGCTCATGTGGCTACACTTTTGA-GTTTCAAGTACCCAACTCACAT--------TATATTATTATATTGAGATCATCTATAAAACTCTGCACCCCTGCCTGAATCACACCAGACTCCA s fr1.chrUn 23829193 371 - 349519338 GTCTAGGAAGCAGACCATGCAGGTATAGCCATGTCTTTACCTTTCCTGGAAGTCCAGATTTCTCAGTGTTCTTCACCCATCTTGCTTGTTTCTCAGTAATGTGGATGTTGTTTGTCCTTCAGTGCCTCATCATGCCAGACATATGATGGCATTGTCCTTGATACATGGTACGGCCCCACCTT----AGAGAGC-AGATTGTTGTGG--TGTTGTCTATCCTATAATGTTGATCCTTGATTTTCTTGGCT-TGAAAATCATCCTAGCCCAGGTTGTCATCTTGTCAAGGCTGTTAGAACCCATCTAGCCTGTGTGAGGTATGTTTTGACCATAAGA--ATCCATGAAGCATCATGTCGCCGGTTGTCAAGCACAGGAGCCCA a score=11282 s danRer3.chr4 27322465 185 + 33808418 TCGCAGGATTCCACCCAACGTCCGGGACATTGTGTACTGCACAGGTGTTTCTCTGATGGATGAGGATGTGTGGGAATTTATCTGGATGAAGTTTCACTCGTCTACAGCCGTCTCTGAGAAGAAGGTTCTTTTGGAGGCCTTGACCTGCAGTGACAACATCTTCCTGCTTAACAGGTCAACCAACA s fr1.chrUn 180115263 183 + 349519338 TCGCAGGATTCCTCCCAACATCAGAGACATCGTCTACTGCACCGGCGTCAGCCTGATGGACGAGGACGTGTGGGAGTTCATCTGGATGAAGTTCCACTCGTCCAACGCCGTCTCAGAGAAGAAGATCCTGCTGGAGGCTCTGACCTGCTCAGACAACGTCTTTCTCCTCAACAGGT--ACAAACA a score=7550 s danRer3.chr4 27330745 530 + 33808418 atcatggttaccagtttgttaat--agtgaaaattgtacctaaagtaTGGCAGAATTTTGTTTTGTTGTCTGC-AGGCTCCTGAATCTGTCCCTAACATCAGACCTGGTGCCAGATCAGGATGTAATTGATGTCATCATACATGTGGCCCGCAATCCACTGGGAAGACATTTAGCATGGAGATATTTCAGAGAGAAGTGGGACATATTGAACTCCAGGTGAATGTAGTTCTATTCATTCCTGCTTATCAGTGAATTTAACCTTCTGTTCAGTCCATGATATGAATTTTACATCCACACTCTCATAAGATATTTATTGGTGAATGTTATTTCTTGTTTGTTGTTGGAGGACCAGAGAAATATCTACTAGTGTTTGTTTACTGCTGGGCTGATTAAAGCCCCCCAAAGTTTTTAATAAAATAGTTTGCGTCTCTCATTCGCAGGTATGGAGAAGCTTTATTTATGAACTCAAAATTAATCAGTGGTGTGACAGAGTTTCTCAATACTGAGGCCGAATTGAATGAGGTGAGTCTGC s fr1.chrUn 180116462 356 + 349519338 ACCATGGTTACTAAGATGTTAATTGAATGTAAGGTGTCCCTG------------------------TGTCTCCCAGGTTGCTGAACCTGTCCCTGACCTCTGACCTCGTCCCCGAGCAGGACGTGATTGACGTCATTATCCATGTGGGTCGAAACCCTCAGGGTCGAAACCTCGCCTGGAGGTACTTCAGGGAAAAGTGGGACATCCTAAACGCGCGGTGAGTG------------------------AGCGA---------------------------------------CGCCACTGTCAC-------------GTAAAC--------------------------------------------------------------GCTGACAACAGCCACGCTAAAGTCTCACTC------------TCTCCCAC---CAGGTACGGTGAAGCTCTGTTCTTGAACTCAAAGCTAATTGGAGGAGTCACAGAGTTCCTCAACACCGAACGAGAACTTCAAGAGGTAAAACTAC a score=5270 s danRer3.chr4 27337673 227 + 33808418 TTTATCT-TCTCTTCAGCTGAAAGAGTTCATCCTGACCAGCGGAGGAGAGTCAGCGCCTGCGTTCGCTCGAGCCGTCGAGATCGTTCAAGCCAATGTAAAATGGCACATCCTGTTCCAGGAACAGTTTTACCAATGGCTGCGGAAAGCTCCC--------GATGGATAATGCAACATTTAGCATGGAGCGTGCAATTAGCATGGAGACTCTATTAGACATTTCGAGGCCAGTGACA s fr1.chrUn 180117643 234 + 349519338 tttctctctctctctAGTTAAAGGACTTCATCCAGTCCAGTGGCGTGGGGGCGGGGCCTGCATGGCCACGAGCGCTGGAGATTGTTGAAGGCAACGTCCGCTGGCACCGCCTTCATCGGCACCAGTTTTACCAATGGCTGCGCAAACCTCCAAGCTTATGAACGGACTACAAACCATCT-GCTAAGCTCATGCTAAT-GCCTCGCTAGTTTACCAGTGTAGTCGAAGGAAGTGACA a score=823 s danRer3.chr4 27351233 479 + 33808418 TATTAGAGTCACACACAATTAGTATG-----CATTTCCG--ATCCTTCGAGTTTTTTTGGCT------------GTATCAAACAACAGCTTTGCTAATGATCAATCAATGTAAGTCTATTGTGCTAATTATCAAGGAAGACTGCAGTGAATTTGAAGAAAAGACTTCTTTTTTACATCAAATC-CTAATGAATGCGGAGCATTTGACATGTTTGGGAGAGGA--------ATGGGCTTTGATGTTTCAGTTTAATGAATCAAAGGGAAAAATAACGAAACAGTGGGTTGACTGAGCATCTTATGGGAAAACAGCGCTCAAGCTGTCATTGTGTTCTCTGAGCCCTGATATTGTGCGCTAAATCTCACAGCGGACATCTCATCTGAAACAAATCTCAGCGGAGATTGTGTTCAGAGGACAGAAATATTCTCTTCCACCCACATTGCTTTTTTTCAGTTTGTTCTGATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGTTGATAGAAAGCAATATAGAA s fr1.chrUn 138603241 450 - 349519338 TCTTTGAGTCAAACTTTCTTAGTCAGATCAGCATTTCTTGCATCTTTCCACCAATATTAGCTTTTTGATTACGAATATAAAACAACAAAAG-ACCAACAACACATCAATAAAAATGGGTAG----AATTTTTAATG-----------GGAGGTAATGTATAAATTCCACACATAAACCAAAACACTAATAAATACAAAATA------GTGTCTGGAAAAGATCCTTCGTTAAAGTCATGAAAGTGGCAGCACACTTGGTAAAGGGTAAAAATA---------TGTTTTAAAT-AGCCTATAATTGGACTTAAATGCTCA-----TAATCATGACAAC--ATCATTGACAATGGAGTTTAA---TGACAGTAG--------TCTGAGAGGAATTTTA----AAATGATACTTTGATG---GACAAATTGTATTCAAGCAATATTGCATTTGTTTAGGTTTTTTAAATCTCCTTTTTTCCTTTTTTCTTTTATGGATTTCAGTCAAGGA a score=5639 s danRer3.chr4 27370217 150 + 33808418 GGAGCTTTCCGCAGCCATTGGTAAAACTGTTCCTGGAACAGGATGTGCCATTTTACATTGGCTTGAACGATCTCGACGGCTCGAGCGAACGCAGGGGCTGACTCTCCTCCGCTGGTCAGGATGAACTCTTTCAGCTGAAGAGA-AGATAAA s fr1.chrUn 169401544 151 - 349519338 GGAGGTTTGCGCAGCCATTGGTAAAACTGGTGCCGATGAAGGCGGTGCCAGCGGACGTTGCCTTCAACAATCTCCAGCGCTCGTGGCCATGCAGGCCCCGCCCCCACGCCACTGGACTGGATGAAGTCCTTTAACTagagagagagagaaa a score=4220 s danRer3.chr4 27373239 115 + 33808418 AGACTCACCTCATTCAATTCGGCCTCAGTATTGAGAAACTCTGTCACGCCGCTGATTAATTTTGAGTTCATAAATAAAGCTTCTCCATACCTGCAATTGAGAGA-CGCAAGTCTTT s fr1.chrUn 169402522 113 - 349519338 AGTTTTACCTCTTGAAGTTCTCGTTCGGTGTTGAGGAACTCTGTGACTCCTCCAATTAGCTTTGAGTTCAAGAACAGAGCTTCACCGTACCTG---GTGGGAGAGAGTGAGACTTT a score=6789 s danRer3.chr4 27373471 227 + 33808418 AGTGTGGATGTAAAATTCATATCAGGGACTGAAAGGAAGGTTTTATGAGCAGGAATGAGTAGAGCTAC--ATTCACCTGGAGTTCAAAATGTCCCACTTCTCTCTGAAATATCTCCATGCTAAATGTCTTCCCAGTGGATTGCGGGCCACATGTATGATGACATCAATTACATCCTGATCCGGCACCAGGTCTGACGTGAGGGACAGATTCAGGAGCCTGCGAACAACA s fr1.chrUn 169402635 201 - 349519338 AGCGTGGCTGT--------TGTCAGCG--------------TTTACGTGAC------AGTGGCGTCGCTCACTCACCGCGCGTTTAGGATGTCCCACTTTTCCCTGAAGTACCTCCAGGCGAGGTTTCGACCCTGAGGGTTTCGACCCACATGGATAATGACGTCAATCACGTCCTGCTCGGGGACGAGGTCAGAGGTCAGGGACAGGTTCAGCAACCTGGGAGACACA a score=10621 s danRer3.chr4 27381600 280 + 33808418 ACCTGTTAAGCAGGAAGATGTTGTCACTGCAGGTCAAGGCCTCCAAAAGAACCTTCTTCTCAGAGACGGCTGTAGACGAGTGAAACTTCATCCAGATAAATTCCCACACATCCTCATCCATCAGAGAAACACCCGTGCAGTACACAATGTCCCGGACGTTGGGTGGAATCCTGCGAGACAGAAGATTGAATAACTGAGTGAAGACAAGAGCTGAAAACAGATTTATAGTTAGACACATTTAGAGGTAAAAATCAAAGTAGATCCAACTGTATTTTCTTTC s fr1.chrUn 169403899 275 - 349519338 ACCTGTTGAGGAGAAAGACGTTGTCTGAGCAGGTCAGAGCCTCCAGCAGGATCTTCTTCTCTGAGACGGCGTTGGACGAGTGGAACTTCATCCAGATGAACTCCCACACGTCCTCGTCCATCAGGCTGACGCCGGTGCAGTAGACGATGTCTCTGATGTTGGGAGGAATCCTGCGAA--CGCACGTCGAGATTCAGGAAGAGGAAATCGAACCAACCCAAAACTGAA--TAGACTCAGTTACAGG-ATCAATCAGGAAATTTCCATCCATTTCCTCATCC a score=1299 s danRer3.chr4 27387335 374 + 33808418 AATTTAAAATCAAAATCAAACGAAAAGCAGAACATGAGTGAGTATGGTCACCAAGTTAAGACCGGGATTTTTATGTAAATGTGTTTTTAATTTGTAAATGTATAA-----------AGCTCACTATATCACAAGACCATTTATAAAAAGTAAGCAG----------------CAAAAATGGGTCACTTAGAAATGTTTAAAATTTAATGAATTAGCTTTCATTTACATATGTAACCACCTGGC-CAAATAATTATTCAAGATTTAAGTAAAGAAGCT---CCCGAGATCTATCGTTGCTTAATCAGCATTTACAAGTATTACTGTAGTAGGTTGGTATGGCTTT----AAGGCTTTATTGACCTAAAAATCTTTTTTGCttaaagggatagttcatccaaaaatgaaaa s fr1.chrUn 95441419 382 - 349519338 AACATAAAATTGTTATTGAACTGAAAGTAGAGTATGAGTGAGTATTTTGAGCAATAAAATACCCAGAAATGTATTTATATGTGTGATACCACAATGAAAGTGCAAGTAATGGCATCAACATGATGTGAAAGAAAGTTATATAGAAGAGGGAAGTTGTTTTGGAATCCACCTCCAAAAACCAGGTACCCGGAAGTGT---GATGTTGACGTGTTTATCTTTATTTTTCTTCGCAG------GGCATAAAGCATTATTTA----TTAAAATAAGAACCTGACTTCAAAACGGA---------AGTTAGCCTTAACA---ATTGCCGCAGTAAAT--GCATCATTTTCTACAAAGACATGCTCACCAAAACACCTATGTTTGAGGCACTGCAGGTGTGATCAAAAATGAGGa a score=2801 s danRer3.chr4 27399320 316 + 33808418 CTGTCATAAGGCATTGAAGTTTCCCTGCTGTTAAAGAGCCCTGCAAGGAATGAGCTGATCACTCTTTCGCTTCAGAAATGTGCCGATACAAAGACACAC-AACCTTAGAGAAACATAAAGCATGACATAAAGGCTATTTATCACCGATAGTAGAGCTCCAGTAGAAGTAAACTGTATGTGGTTTCCTAAAATCACATCTTTTCAATGAGAGCA-----GGTGATGTCGTGCAACACG---------ATCGTTCGCCACCACTGAAGAACTGAAAAAAAACTCTAAAATTCGCTCAGATTTTTAATTCATGAGTATATAAAGAGCAGCATAA s fr1.chrUn 171735758 302 + 349519338 CTCCCATCTGGCACCGTCTCCTCCACACCTTTGAAG--TTCAGAATGATGTTAGCTTAGCACGCTTTCAC---------AGGCCTGCTTAAAAACACGCCAATCCTGGACAGAC-TATAGGGGGAAACCAAT-CTATTTTTGA--AACACTAACGCCTTGATCAAAG--------AGCTAATTTGCTAAAGCGAGTGTCTTCCTTTGAGGTCCTCTGTGGAGATATCGAGCAACGGGGGGGAGGACAATGTTCCCTGCCACTGTAGGACTGAAACAAAGTTCTGAAATTGCCTCAAATGTTTTATGAATGA------AGAGGGCTGCATGA a score=-313 s danRer3.chr4 27407598 142 + 33808418 GCTCAGTGGTAGGTCAAAGACCTCCTGAAATAACCTGACA------GTTAGTGGGACAATAAAAA-GCAGCACACAAATAAAGCTGAATTAGACTCTGCAGGGGTGT--GAAGGACATTAAATGGATCTCTAGTGC-----AGGTTTCAGGCTCTC s fr1.chrUn 52439731 156 - 349519338 GTTGAGGAACATGTCCAGCACCTTCTAAAATGATCTGAAACGAGTGGCTTATGGCCCAATGATTCTATGGGATGTTACTGGAGCTCCGGCAGATGTCAGAGGGTGATCGGAACGTCTGTGACTGGTTTTTCACGTCCCACTGGGACTCACTCCATC a score=4171 s danRer3.chr4 27407740 178 + 33808418 TGAATGACTCTGCATGTTTCCAGAGGCTCCGTGTAACAAACACAACTCACCTCGCCAGGTTGAAGACGTCATCAATCAGACCGGCCCTGTTGCCCACAGAGATGATCTGCCACAA-------------GAGAACAGCACACACATTTATAA--TGCAGCGGAAA------GCAGGCGGATAGATGAGAGATGAGGAGAA s fr1.chrUn 253596880 189 + 349519338 TGAACTGTTCCTCATACT-----GGGCGCCGTGTTGGA----TTACTCACCTGGCCAAGTTGAAGGTGTCATCGATGAGGCCGGCTCTGTTCCCAACAGAGATGGTCTGAGAGACAGAGGAAGCGAGTGAGAACCAGGCTAACGTTCAGAACGTGTAGCTGAAACCTACTGCAGCCGGTTATATCA-AAATGACTAAAA a score=5646 s danRer3.chr4 27410210 325 + 33808418 GTACCGTCGGGTTGCTCATCAGCTGTTGAATAAGAAGTTTCCAGTTGTGAAGGTCGTAGTTCACTCTAAAGTAGCCCGTCTGATTGATGTTGCCCAGCAACCATGTCTCACCAACCATGTGACCCACTCTGTGCGCCTCTATAAATACATGAGCAAAAAAAGGACAAGGACATGAAACCAACATTT-AATTTCAGCTTTGACAGCAAAATGTGGAGCTTATAAGCAGAAACACAGGCCGCGA--AATGGTGCTCACAGACAAATGTGATTCTCTTTAGATGATAGCAAGTATGAAACAAAACAGA-AAATATAAATAAACTAAAGAAAA s fr1.chrUn 253597262 305 + 349519338 GCACCTGATGGTTGTCATGGAGCTGCTGGATCAGCAGTTTCCAGTTCTGGAGGTCATAGTTGACACGGAAGTACCCTGTTTGATTGATGTTGCCTAGCAACCAGGTTTTGTCATCCATCGCACCAATCCTGTGGGTTTC----------TGAGATGAAAATAAATGAAAACAGAACATTTTCATCCAAATCTAAACTGTTATTGAGAGTC----AGCCTCTATGCAGATG---ATGTTGTGATGATTGTTTCTCAC-------TGAGCTGAGGTTTATGTAATAAAAAGCTAGAAATATTCCCCAGAAATATCAAGAGTATAGAGAAAA a score=533 s danRer3.chr4 27414383 182 + 33808418 TAGCATTTTCCACGATAAAATCCTATTAGTTAAAATATTTATAGTAAAATT--CAGTGCCTGGTAAGAAATGATGTGTGATCCATTGCTTAATGACATTTTTATTCATACTGTTGAAAATTTGGTAACGAATGTCTTTTGAATGTGAGTTTTTTTCATAAACTGAAATAA-----CCAAAGGCCTATTT s fr1.chrUn 135532751 160 - 349519338 TGGGATTTTCCATTGTA---TTCCATTC-------TATTTTCCATCTAATTAGCCGGGGTTTATGGGATGGAGCGTGTGTTTTAGTGTGTAATAGAGTAAT-----ATCTTATTGGAGATTGGAAGATGGACATCACTT--------------TTCATGAGCTGAAGTCAAAGATCTAAGAGTTTATGT a score=2034 s danRer3.chr4 27414637 130 + 33808418 AGAG----------AGCATGATTACTGCACATGTGTGCCTCCGGATGGCCACAATAACAAGCCAC---------------TGTACAACACAGCCATACTGTAAATACTGTGGAAAAACATTGGAAGAACTAAT--GCAATACTTAGGCCccgtttac s fr1.chrUn 172043051 157 - 349519338 AGATGCCGTCAGACAGCATGATTATTGCACAGGTGGGCCTCTGGCTGCCCACGGTTATAAGACACACTAAAATGTGCAGTTTTATCACACAGCACAGCCACAGATGATAAAAGTTCTCATAGGAGCATCCAATTGGCATGACTGAAGGACTGTCTGC a score=810 s danRer3.chr4 27415138 214 + 33808418 aaaatgaaaacatgatttaaggaactgcttattctcattttgatttaa-----gcaaattaacaaaaatgttgagtcgtcgtgaagctacatatttatatgagcgccatcttcactgt---------------atgctcctttcattctcattgaaaatacga-aacatacctctcttttgctgaatatcagttttaataattaataatggccattataaaagtataatgtaaaa s fr1.chrUn 69632403 231 + 349519338 AGAGGGCAAACAAAATTGAAGTTACTTTTT----TCAGATTAGAGAAACAAGGGCAAATTAAGAGAGATAACGAATGATCTTTAGGTGGCACAGTCATATTATAAAAATCTAAGCTTTTATGAAATTAAAGTGATTTTTCTTTTGATTTCTTAGAGGAGGCTATGACATCTGGAGATTTTGATCAATTATTATGTCATAGACTAATGATGGGGAATATACAGATGACATTAAAAA a score=860 s danRer3.chr4 27415491 649 + 33808418 caggaaatatgtcgttggatggagaacaagatgaattaaatattatgtttaacaaatga-agtgaga--------ttacatccagctgtaaatccttgataaacagtccaatgtgcacagctctcatctgggtagataactgcctggagctcagaaatccacaaatgctgcaccacatgccagtgtgtttgtgtggtcatgtgatgtgcattttcagtggtgtagtgtggatggagagtt-----gttcagaaacactag-------------atgaaatgccagtgtggacgcggatcattttcattctaaaacgcttgttttaaaactaaaacttatt-agtgtaaacagGGCCTTAATCTATATACAAAGAAGTTAAATTAGCATTTTACTCAGTAAAAACATTCCATTAGCTTGAAGGTTTTTGGTAAGATTCAGTGTCTGGTAAAAAATGATGTGTGATCTATCATAAATGGCATTTTTCCTCATACTCTTAAAAATAGGGTAATGAATCATAAAAGGCCTATGTCTCTAAAATACTGTTAACACAATTTCTTAAACCTGTTTGCCAAAATAAT----ATTTGCACCTCCCAAATGTGGTATATTAAGATGCATGATTATTG--------------CACAAGTGTGCCTTAGGTGGGCCACAATAATAGGCCACTCTAAAACATGCAGTT s fr1.chrUn 69632788 646 + 349519338 CAACAGAAAGATTTTTTAGTACTGGACAACTGGCATCCTATCTTATTGCTAAACAATGATCGTGAAAATTTTGCCTCATGTTTAGCC--ACATTATTGAGGAAGGTTTTAATACACAAAGATTTTA---------------GAATGGAACATGGAATTTGACAGGGTTT---CCCTGTGTCCCTGtattta-atttttactttataaataaatttaatcatatattatgaaaagtaatttaaaaGGTATAGAAACCACAGTAGGGGTAATCTCATGAAGT-CAACTGTTATATGACACCGCTTTGTTTTTACAAGCTAGATCTTAGATCTTAAACTTCTTCATTCTCACCAGCATCTGATCTCAAAAATAAACAATTACAATTTGAACTTTTCCCTATTAAGGCGTGCAGTGATACAAAAATATCAATGCAACACTTTTTCCCCC---------------CAATTTTTCATGAGCTGAA------CTCAAAGATCTAAGACCATTTCTATGTA-CACAATGTTACCACGTCTCTCAAATATTGTTCACAAATCTACCCAAATCTCTGTTTCTGAGCACTTCTCATTTACGC-----AGATAAATCTAATCAAGATACGTATTTGTTAGACAGCCTGATTACTACAGGTGTGCCTCAGGCTTCCCACAATTAAAGGCCACCCTAGAATGTGCAGTT a score=-161 s danRer3.chr4 27416140 151 + 33808418 TTGAAATCAGGAATTTCAGTAAATGTATATGTGTGTGTATTCGAGATTTA-TAAAAAACATGAAGTCTTATAAAATGTTAT-TAAATATAACCATAATGTGAGTGTCTGCGCTTACCAAGCACTCTTAATAATATATACCTGATTTATTTGTG s fr1.chrUn 135533072 141 - 349519338 TT-ACACCAGTCGGTGTAAAAAATGTGACTGTA---ACAGTCAATATAAACTTAAAATTAAGAATTATAACAATGGTTGATGTGCAAATGAACATTACGTGTAATGATACAA-TAACAAATATTTATAATAATAC-------ATTTATTggtg a score=5344 s danRer3.chr4 27430607 286 + 33808418 CAGTTGACTGATGGGCTTTCATTTTCATGTAACAACCTGTCACCACTGACATATGGCAGACTACCTTTTGTTGAACAGCTCAGGATTCTGAA----------TCTTGGCGTCTGTGTCGTAGACAAAGTGCTCTTGGGAAATAGTGATG-----------CTGTTGTCCAGACTGTCGTTCTTGCTGATGGTGACGACTGGATAGCCCATCTGTAGAGTCCAGCGGTCCATAACCTGTGTGATGTTGATATCCTTTCCCTCTCGCTGCATAGCCTGTGACGCAAAACACAAAATCACATCACATAGA s fr1.chrUn 253599650 287 + 349519338 CAGGTGATACAAAGATGTTCAGTG--ATGCGACACACTAACATTACCAACACACTGAAGATAACAT------GAACTGAGGATGAATTTTACCTGTAGTTGTTTCTGACTTCCTGTCCATACAGGAAGTGCTCCTGGCTGACTGTGATGTAATGAGTGAACAGCTGCTCTGATTG--GTTCTTGCTGATGGTGATAACAGGGTATCCCATTTGTAGAGTCCACCTGTCCATCATGCCTCCGATGTCAATGTCCCGCCCCTCTGAGCGCATGGCCTGG----------ACAGAAACGCCTCATTTAAA a score=4943 s danRer3.chr4 27435804 102 + 33808418 AATCTTACCTCTGAGAGTTTGTTCCACAAGTCATCTCTTGCTGCGTTCCCGTACATATGCGTCATCAAGTAATCCTGCAAACACACAGAGACGCAGATCAAT s fr1.chrUn 253600106 99 + 349519338 AGTCTCACCTGAGAGAGTTTACTCCACAGGTCGTCTCTGGCTGCGTTACCATACATGTGACTCAGCAGATAATCCTGAAAACCCAGA---AGGTTGATCAAT a score=1695 s danRer3.chr4 27440326 284 + 33808418 TCTCTTTCTCTCTTTTTATATCTTTGGTAAAGGTATTCCCCTGAGGCAGAGTGACCATGTGGCATAAACCTGCCTCTGATAGGGCCGTCACA--------------GTGTGTTGTCATTATTTTGACACTGATTTGTTCTGCAGGAG----GAAAGAGGAGTAAAAATA-AATCCAGTCATTCAGTCAGTCAGTCAAATGTGAGTAATATGTTTGTGTGTGTATGTGTAGGCCACAGAA---------------------ATTGACACAAATTGTGAAGGCCCAGAAAGTTTTGTGCATCATCTACTCCTAGATTTTCTCAAAC s fr1.chrUn 59683884 311 + 349519338 TCTCTCTCCTTATCTTTGTATTTTTGAAAAACCTTTTCCCCAGAAGCAGGCTATTCATGCATGCTTTTTCTGCTTCTGGCAGTGATATTTCAAAACACTTCGACTTGTGAGATGTGAGAAAC---ATATGGGTTGGTTCTTAAGAGGAACAGGAAGAGAAGCGACGAGAGAAAGAAGGTAGCGAAGCAGGCAG--AGAGGTGCAAAAGCTCGTCATGGTGGCATGTGAAGCCCGCAGGATTGCTTCTCCCCTCTACAAATATTGACAGCAATCGACCAGGCAAAAATGACGGTGTCTA--------TTTTGGGTTGTCCCAAAC a score=-175 s danRer3.chr4 27447460 237 + 33808418 TGAGAATGGTGAGAATTGTTTTTAGCACATTCAGATTCCCTAAAAATAACATTTCACAGATTTAACAAGGACTGAACTTCTGAAATAAATAATAAATTAAGACACATTTGTTGATTTTTTAAAGCAGAATGTACA----ATATAACATAAAGCCTTATAAGCGTGTTTGTGAGACATATTAGCAGTAGCAACACACACATGCGTGTGAAATCTTCTGTGACCACAAGGAGAAAAGATGAAA s fr1.chrUn 141279791 205 - 349519338 TGAGGATTGTGACTGTT-TGCTTGGACCATAGTGATT--------ATGATAATACATAAATTTTACATCTA-------TCTGAAACAAA--ATGAACTT---------------TCTTCAGAAGCAACATATATTTTTTACACACCAAAAAACCTCCAATGT---TTTACTAAACATATTGCAGCTATGGGCTAATCAAATTACATGGATTACATGATGACGAAAGCGGGAAAATCAAAAA a score=4465 s danRer3.chr4 27447697 115 + 33808418 GAACGTCTTGACTTACATTGAGGGCTCTCTGGAATAGTGTTTGTCCCATGACGTTTGCCAGCATTCGGATCAGAGCAGCTCCCTGAAGAAGCACAGTAAAAACGCCTTCAGTCAT s fr1.chrUn 253600865 107 + 349519338 GACCACATCAACTTACGTTGAGTCCTTTCTGAAACAGCGACTGTCCCATCACGTTAGCTAGCATCCGGATCAACGCTGCCCCCT-----AGCACAG---AGACACATTTAGGAAT a score=8669 s danRer3.chr4 27450599 153 + 33808418 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ACTCACCATGTTCCACTTTGGAAACAGGAAGTCAGTACCGACATATTCGAAGAAATGAGCGAAACCTTCTTTTAACCAGACGTCTTCCCACCAGACTGGAGTCACCAGATCGCCAAACCACTGCAAGAAACAAGGTAGA a score=510 s danRer3.chr4 27466069 9 + 33808418 CAATCAATC s fr1.chrUn 60572896 9 - 349519338 CAATAAACC a score=-2716 s danRer3.chr4 27474067 579 + 33808418 CATCTAAACAACTGACCATCTTCACAAATTCGGTTACTGTCTAACTCCCAAGCTATCATTTTCCATCTCTCGTTCTCAGTCTTCTGCAATTAGATGATAAAATTGCATCTGAGAGGTAGTAAATCTGATATAATTATGAATCTACAGATGCTTTATGTTCCTCAGAGGGCGCTAAACTGCACTGATGGGACATGCAGAGTCAAAACCGAAGCGCTTTCAATATGTATGATGGC----------TAAAAAAGAAAAAGC-ATCCTCTTTCAAATGAGAAATTTTCTGAATCGTGATCTGGCACAGGCGTGAAATAGGAAGTCTCCAACAGAATGGGTAATTTTCACGGTTGATTGAAGTTTTGCATCTCAAATTGAGGTGCAGC-----ACTTCAATGGTCACGAAAGGAGCAACACAAGGTGTCAGAAAAGTGAGTGATTTGATTATGTAATTAGACTAAATGAATCCATTATAATGTATTATTAACACATCTGATATTGTTATCACAGCCTTGTTTAAACCGGCAAAATGAAGTTT---------GTCTGTGACTGAAA-----------CAATGCATAAT-CACACAGCAGCTGTGTTCCAGAAGTAACTGTGT s fr1.chrUn 60573066 518 - 349519338 CATCCAAGATCCTGAC----TCAACAGATGCCGTAAGATTCTAAACCTGAATTGAACCTTTTTAACCTTTCC--------------AAATTATATCATAAACT--------------AGTAAAAGTGATAAACTGCGGAAACTGTAAA-----------------------CAAAACTTTACTGACTG----------------CTTGAAGTTCTTTTACCATCCATTATAGCACATGTTTACTAGAGAAGCAAATGTTCTAGTGTTGCATATCATAAAGAGCTTAAAT---AACCTTACACAATGAT----TCTGAACTCTGATATCATTTTGTTCGTGTCTAATTTTGTTTGATGTT---------AAATAGAGATAAAGCCAATGACTCCAAAGATCATGTACAAG---ATTCAAGGTTCAAGTTTTGCGACATCTGTGAAAATGACAC---AATAAAAACATTTCCTTTCAAGTGAAGTTAACA-----GATCTTTTGAAAATAGTAATGTTTTTCCTCTTAAATTTAAATTTTTAGTTCAAGTTTTTACCAGAAAATGTAAGTTGCCACTGGTTCATACCCAATGCTCCTTTGATTCTCCATGAACTGCAT a score=11553 s danRer3.chr4 27474648 204 + 33808418 TACCTGATGGCAGATCTCGTGCACCACCACCACGGTGAGCTCCATCTGATAAGAAAAGGAGGAGACTTCGGGATCCAGCAAGATCTTTTGCTCCACAAACACACTGAGGCCCCAGTTCTCCATGGCTGAATATGGATGTTTCGGCACTGCCAGCAGATCTGCACACACAGAGACCAAAACCCAAGATCAATAACAGGTAAACAG s fr1.chrUn 253609496 193 + 349519338 TACCTGATGGCAGATTTCGTGGACGACCACCATGGTCAGCTCCATCTGATAGGATGAGGAGGACACCTCAGCATCCAGCAGGATCTTCTGCTCCACAAAGACGCTCAGGCCCCAGTTCTCCATGGCAGCATACGGATGTTTGGGCACCGCCAACAGGTCTG--------AAAACCACAACACACAAT---TATCAATCAAACAG a score=1489 s danRer3.chr4 27500803 328 + 33808418 GTACAGAGAGCCAGCAGTGTATTAACGGTTTAAAAAAAATCACAAT-----ATAGTGTTTTTATTCACA---------------TCAGAAGCAGAGGATCTGCAAGTAAAGACAGATATTGTGTTTGTGTGTCCGAGATGTGCTGTAGTGGTTTTATATATCTGTTGGACAAGAA-AGTGGGCCAAACTACATTGAAATCTTAGTCTACAGTCAAGCATAAGAGCACAACACTGCAGTTTAAATTATTCATAACAAAAAAAAAGACAGATTTAATCTAATATAGTGCAAATATTCACATTTAAACCACTATATATATGAATATATTTATGATGcatatacacttacatt s fr1.chrUn 246690190 336 - 349519338 GTACATGGCCCCGACTAAATATTTAGGTTTTCAATACAGCCACACATGGCAGCAGTGCGTTTATCGACACATCTTGTATATCCTTTGGTAGCAAA----CTGTCGATAAAGACACGTTGTGTCATTTCCAATCGGTCAAACTCAGTAAAACCGCGACCTACTTG--GAATAATAATAATAAAATTAGAAACATTCTTTGCTTAAACTACAGCCAACCTCAAGGTAGCGACTGTGCAGTTTTAGCCTCACATCACAAAACAAAGGACACGTCAACTGAATTATAACAGGAAGTCCCATAATTGATGAAATAAAAATGTTAATA-------GACACGTGTCCGTTAACATT a score=1725 s danRer3.chr4 27501760 102 + 33808418 CTGAGGAACATTAGAGTTAT---ACTCTCCAATGT-------------TCCTGAAACAGAACAAATGCTTGGTAAACAAACCAACCAATCAATATCCTCTATTTATGACACATTCTTT s fr1.chrUn 246691737 117 - 349519338 CTGATGAA-ATTGTAGTTAAGAAATTCTCAATTGTGTAGATGCTTTTATTCTGAAAAGGACAAAATTAAAGTTGAATAAACTGGATATTGAATTTTTACTGTTTATTACACATTTATT a score=495 s danRer3.chr4 27516214 262 + 33808418 GCTCTTTCACCTCGTCCACCCCTCGCTCC--------------------ACACACTCCTGCTCTTTCCCCTCCGTCATTCATC-ATCTGCAC-------TGCTCACTCCCTGCGTGTATGTGTCTCTTCAACTCTG--------TTAcatcatcaccatcatcatc-------atcgtcgtcatcatcaCAGCAGCTGCAGATGTGGCCAAACTGACTGACTGATGCTGATGAGTGAATAAAGCTTATCGATT------------CTGATCCTATGAacacacacaaacaagacacaacaaacaaaagtttgcacac s fr1.chrUn 73732590 306 + 349519338 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tcatgcaacacatgggcacaagcacac---acactcacgatcacgacactcatatacacactctgctgactcatgcataaccatgtacaaacatgcacacacacacaTTGCTCAAACGTATGTTTAAACACTAAATAAACATTCTTAATTACATATGAACAGCTTTTTTAACTTGCAAAacacacacacacacacacacacacacacacacacacaTCTTTATAAGGCCATCACATAGATGTAATGGTGTTTATACTGTGCATAATGTATAGTCTATCCTCCTACCTAAAATAACAAACTCATACAGGAAACTATCTGCTGTTTAACATTTTCAGAATACTGCATTGTGTATGCATTGTGTCTGAGCTTTTTTCTGATGGTGACCAAATAAAAAGTCCTCACAAGGTCCAAATTCACTTACTTG--TGTTGCTAAACATGTGAAGACACACTTA----AGGGGTCCCCACAATAAAAGTAATACAGGGTATACATACTGTACATGCGCACACACACACACACAGTCATGCTCGAGGCTGAT--------------TAGAGGAACCCAACTTCAGGCCAGCTCTATTTTTATGTTCTTATTTATGTGTCTTTCTTTAAAAGTAGCCACACTGTTGACAGTAAACCAAAGCAGC s fr1.chrUn 73736470 488 + 349519338 TTATTCATCTCATTAATAACAGCACCCTTGAGGTGCAGCATCATGACCCT-----GCACACGCTGGTGA-----Gcacaaacacgcacacaaatgcacacacacaca-----cacacacacgc---------------------------acacacgcaca-----------------cacacacacacacacacacacacacacacacacacaca---------------cacacacacgcac-------------------------------------------------gcacacgcacaAGTGGGTCTGACAGCTGCTTTA----TTCAAGCCAACACCC--------------ATCTCAGCCTCCTGC----------------AGAAATACACAAAGGCCCCAAATACATAAACACAAATATGGCCACACGTGTATGCACATGTGTATGCCAGCATGCTTCCTCACTCATTTAAAACATAATATACATACAGTACACGTGCACACACGCACACACATTTGTACACAACACTGCTCATCCCAGTTAAAATATAGACACAAAAGTAAAGACCAAATCTATACAAACTCTGGTATTT-TGAGCC------AGAAGAAAGGCAAAAAAGGGAAAATAAAACAAAGCAAC a score=2197 s danRer3.chr4 27533178 268 + 33808418 AGCTATTAAATGCAGCCCGACAACAAAGTCCATTCTCTACTCTGCTTTACATCATTGTTTGAATCTCTTTCCTGCTGATTTCTCCCTCTTTGAGAGAGAGAC---TAAAGGAGAAAGTGTTTGGTGGCTCTTTGTCTCCTCTGTCAGTCAAG---------------CTGATCTGGGCTCT-GATTAAGTTGCTCTAATTGGACTTTGC--------TTCAGAATCGACGGGTGAACAATGAGACACTTTAATGAATTGCTCGTGCTGCGGTTTGTGCTGTCGTTTCACAAACTG s fr1.chrUn 241361707 279 + 349519338 AGTAATTATCTACATTGAGACAGAAACGTCTCTGCTCTCCTCCGCTTTTCCTCGCCTTGTGACGCCTTTTCCCGCTCTTTAGTTCCTCTTTGACTGGCACACAAATAAAGGAAAACAGATTT------TTTTTTTTTCATCTTATAATTACATGTTTTTTTTTCTTTTTGTGGTGAACTCTCGAGTCCATTTATTAACTCCGAGTTAGCAGATGGATTTCAAGTGAAATGGGGGAATTATAAAACATTTAGGCGA-----TAATGCAGCAG-----GCTGTCGGTGCAGGAACGG a score=7240 s danRer3.chr4 27535177 241 + 33808418 GACAGAAGGAACAATGAAAAATCTGAT------GAGAAGAACATTTATCACCAGTTTCAGCAGCG-TCACTGAAGC--CAGATAAAGATGAAGACATTTCACCG----------GCCGGCTTACCTAATTTGGGGAGGGAATATTTGACTTTGAAGTAATCCTGGTAAAACTGCAGGAGTCTCTTGGTGATGCGCAGAGCGTAGTCACCCGATCCGCTCTGGATGGCATCAGGTCTGGCGTACAGCCGAATCTACAACAA s fr1.chrUn 253619711 258 + 349519338 GATGGGAGAGGAAATGCCAAATATGGTCATACGGAGAGGAGC--TGACCAATAGGTGAACAACTGATCATTGTAGCAATAGAGCAGGTTGACGCCACAGCGCCACCTGCTGTCAGCAGTCTTACCTAGCTTAGGCAGTGAGTACTGCACTTTAAAGTAGTCTTGGTAAAATCCCAGAAGCCTCTTGGTGATGTGGAGCGCATAGTCGCCGGCTCCACTGGCGATGGCATCAGGCCGAGCGTACAGACGGATCTGAAAGAA a score=14572 s danRer3.chr4 27548994 329 + 33808418 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349519338 tgtACCGTCTCTCTCTCTGCAGGGTGTAGGAACTCCTGAAGAAGCCCAGCAGCTCGTCCTCAATGGCAGCGTCGAAGCTCATGTTCAAGCGGTAAACTCTCATTGGCTTCAGCTCGCGGTGCAGCACCACCACGTGCATCTGATTGGCTGCGTACGGGAAGTGGCGGTTGATTCTCATGACTCCGCCCCCAGGTCTGTTGATGGGACGCCCAC a score=17070 s danRer3.chr4 27553870 500 + 33808418 CAGCACTTTGTCC-AGCTCCAGGCGGTCCGAGTGCAACACGATCAGCTTGGTGGAGTTGACGCACTCAAACTCGATGTTCACCTCGCCGGAGAAGCTGAAGTTCTCCATGTGCACGGTCAGGCGGAGGTCGTAGTGGCGCGGGCGCAGGGTGGCCGGTAAGCGCAGGTGTCTCCAGGGCTGCTGGCCGTCCTCCGAGTCTCTGTGACTGATGTTCCCGTCCCGGGACTGTTTCCACTTACTGTTGCTGGAGCCGTTGGCGGCCAGAG----------CCCCGCTGCTCTCC-----------GCGGCGCATCTCTCGAAGCTGACGCTGAGCGTGATGGCGATGGCCGTGACGATGATGAGGGTGAGGATGGAGATGGCGAAGCCCAGCACCAGTCTCTTATGCACCGTGATGTGCTGCTCGGTAGTCCGGGGTCGGACCACCACGCTGTCGGCCCACTGATCGGACAGAGCCCGTCCGTTCCTCATGCCCGTGTCCTCGATGCCCATTATATGCCCGATCT s fr1.chrUn 257759733 513 + 349519338 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CTTTATGCTACATCACTCTGATTTTACAAACACCAGAATAAGCTAAGGGACTGAATCCAAACTTTTTTACTCATTGACTGAAGGATTTGCAATCAGATTACT------ATCGGTCCC---TTAAAAAGTGGGCGGCACATGTTAAA-----ACTGTTTTA-TTCCCACACCTTTCACCTGATTTTGTTGTGAATACCCTCAAACTGCAGTTGTAACATGACTTGTTTGTGTCATGTCAAATCCATTTCAGAGGTATATAGAGCCAAAAAGATGAGAATTGTGTTGATGTCCCAAGATTTATGGACCTGATTGTAT a score=1002 s danRer3.chr4 27585580 179 + 33808418 TATATCCACTAATGGTCAAGATTATTCATAGTACCCAAATACGCCCATGTTATTAGTTTCAGCAGTTGCTATCTGGGAATAAAATAACCTAGAATGTAATGACTGACAAATCAGAATTAAGTATTCGAGAGAGCCGTGAAATAAGCAATAATAAACCGCAGAGTTGCATAATTATTGAT s fr1.chrUn 92744938 166 + 349519338 TCTCTCGGCAAATGGCAAGCACTGTCAGCGTTGCTAAGATACGCCCACGATGCTAATTTCAG-GGACGCTGAC---AAATGTCACTACCCAGTCAAGAAGGGTGG------CGAAAAAAAGTGCTC---ACAGAAGTGTAGAAAACAGGAATAGCAGGAAAACCTGAGAGATAATTGAT a score=872 s danRer3.chr4 27641457 815 + 33808418 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AGACCATTAAGTTTGAAATGAAAGATTCACGCTTATGCAGACTCCCTGC-----AGTGAGTTTTTATGAA-----GCCTGCGGAGCAGCTGGTTAATCT------------TGAGCCCGGTAGTAATAAAAATCGACAGTGACACATAGTAATAAAAATGGACTTAAAAATAATCATAAATACATAACTCAAACCCTAGCCCTTGGTAAAATCTTTTGCATGTTAGATATTATTTGCAGTTTTGAATAAAGAAAAAAAATTACAA---TGCAACCAA--AGCAGT-----AAAATAATTTCT--TTAATGGAGAGAAA----CCCTTGCC-TTACAAAATATACATTG-CATTTTTTTTCAGTG---CACTTTCATGTGATGTTACCAATTTAAAAGACAAACTCATTTGTTAACACATCAATGACAAATTCAAGAATTTCAATTACTTACTAATGCACTAGTGCATCCTtatatatatatatatatatatatatatatatatatGTGATATGCAACCAAAAAGCAAATACCTGAGA---------GCCCTCATATCATAAGATATCAGTGTCAGAGT-------------AACACACTTCAGGATAATTTCAATAATATATAGTGCCAAAATATACAACTT---------ACATATATTATTA---------------------------------------TGTTAAA-----------------------------TGGTCAATCAACCCAGTAA--------------------------ACATTTAAAACAATAAAGTCACACAAAAGTTCACAAAACTATAAGCAATAACATATCAGCAGAAAAATAGACATATAGCACACCATAAACAAAAATGTACAAAAAAGCCTCCCGCAAT a score=10064 s danRer3.chr4 27643410 350 + 33808418 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TACTGCCTCGGTTATCTCAGTATCTTCATCAAAAGAGTCTTCGTCTTCTGC---GAAGATTGTGACTTCATATATCTGAATAAG----------------------------------------------------CAAAAAAAAAAAAAGCTGAGTTGAG----AATTGTTAAACA------GGTTAGACTAGTAGTCATCAGTTAATCACTTTCT--CTTAATAAAG------------------------------------CAGGACTTAAGAGCTGAA--------ACCTCGTTCTCTCCTGGGACAGAATCCACATCATTCTCACTGTAAGCATCAGAGTTGATGGACTCCACCTCAAACTCCACACTAAAGTTATCAGAATCAGAGTCTGAGTCTTCGCTCTCCTCACTGCCCTCACTGCGAGATATACCTACATCCTGTAGAACAAGCAAAACATTGGTTAGAAAGAGCTACAGAACAGCACAAAGTTGCTGACTTATGTTAATAATCCAAAACTATGTGAACAAACATTT---------TAAAAGTCC--TCCTCACCGAGTTGCTGTTTGCATCCGAAGACTCGCTGTTCCCCCTCTCCCG------GTGCAGGCCACCAATCACGCACCAAGACAGGCTGTCATCAAATGTCAGGGAAAAGCTGTCCGACTTATGCCTCTTCCTGCGTTCTCTAGACTCGTCTTC s fr1.chrUn 169313425 657 - 349519338 TACAGCCTCGGTGATCTCCGTGTCTTCATCGAAGGAGTCTTCATCCTCAGCCTCGAAGATGGTGACCTCATACACCTGAAACAGATCAGTTTAAACATCAACACAATATAACGGCTTCCTGTCCATCGTTTCCACACATCAAAAAAAACATTGCACTTCAGGGCAAATCATTTATTATCATTTGGTAATATTATTAGTGTTTAATTATCCAATGACTGAATTAATAAAGATCGAGGTACCAACGTGAAAATAAAACATGACGCTTCTGGAAATAAGAATTCAATGTTTGTCACCTGATCGTCTGCTGACACCGAG---GCGTCGTCTTCATTGTAGTCGTCTGAGGCGATGGACTCCACCTCGAACTCGACGCTGAAGTTGTCGCTGTCCGAGTCTGGATCT-----------------------GCGAGGGTGACCTCTGACCT---------------CACAGACTGCAAA------------CGCACACGGTTGTCA--TTACGGCAAAAAACAAACAACA-GTGGGGGGTGATTTAGCTGGACAGAAAAGTCTGTTTCTCACCG---TGCTGTGAGAGTCGGAGGATTGGCTGCTGTGTCTGTCCCGCCCACCTCCCAGTCCACCAATCACACACCAGGACAGGCTGTCGTCAAACGTCAGCGAGTAGCTGTCAGATCTCCTCCGCTTCCTGACATCTCCTTCCTCCTCGTC a score=763 s danRer3.chr4 27648700 294 + 33808418 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AATTAAAGCCTCAAACTGAGCAAAATGCACA--CGCTACAACGCCTAGCAGTGTTTTAATTATATTTGCACTGTTATAAATGCAGTTAATAAAAGAGAAAGGGCGAAATGTCTAAACTGAAAGTGTTTATGTTGTCCTACCTGCTGGTGACCGTTTCGCGAATCGACCGTTTGCTCCCTCTACTGGACCAACGCACATTTCAAA s fr1.chrUn 180184316 191 + 349519338 AGTTTAAAAGTTAAACTGGCTAAAATATAAAAATATCGGGATGACAACACGTATATTGTTTAGATTAGCACGATAAATGTCACATCGGTTTAGAAATAACTGGCAAGAATCATAAACTGAAAGAATTTATGCCAAAC-AACTACTGGAGA-GACTTCGCGCAATAACAACT-----------CTGGAACGACAAATTTTGCCAA a score=8940 s danRer3.chr4 27656053 211 + 33808418 TACGGCCTCTGCGTGAGTCTGCTTTTGCCCTCCTCCTGTTCTGCCAGCTTGAAGTGAGTGTATGCCAGGATACCAGTGAGGGTGCAGAGAATGCCCAGACCCTGA--------------------------------------------------------------------------------TTTAAAGACAGGGGGTCCTGGAAGAGAACATACCCTCCCAGTAATGTAATGCAGAACTTGAAATGGCCAAACATGTTGTAGCTGTGAGGAGGAATGTTAAGGGAAC s fr1.chrUn 180187392 291 + 349519338 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CTCACCACTTGGTAGAGTGATGTCACCAGAACACCCAGAGTCGCAAATACTGTTCCCAGCAGGTTGAACCGCACATCATAGTAGGAGTTCAGTATCACCCCTAGTGTTATGGGAACCTG--AAAAAAAAAGCCACCCTGTAAACACTCATAAT-ATAGATTTGTAAAAAATATTTCAT--------------AGTGTAGTTAGA------ATGTCAC----ATATGCTCTTATATCACAATTAAGTACAATTAGGTAACCATTTGGAAAAAAAAGAGGTTACCATTCATACTTG--ACTTTTCCCACCATATTCTATTACCAAAT---CTAACAGTCTAATGTGTTTGTTAGGCTGACTTTATATCA------------CAGAACTCTGGAGACATCTCTTACCAGTGTCAGCTTAATCTTGGTGGAGAATGTTTTCTTGTAGTAGGTGGTCTGGATGATGATGATGACGGGTGTGGTCATGGTTTTAGCCAACTGGTACGTTCCTATGGAGTTGTTCTGCAGGGAGAGGTTGGTGAAGGCCACAAACCCACAGAAGCTCAGTGCCAGCAACACAATCTTGCGTATCGGGAGGCGCTTTGGGGAAAAAATGTCCATTTTCTGACAGATGTACAGTCCTAACCAGGTAACCACGAAGTGAATGAGGGTTAGGGTCATATTGGGGAAGCCATAATGCATGTAGATCCATTTGTTGATGAAGACGATGCAGATGGAAGACAGCAGGTTGATCAGCAGGCAGGCGATGATGCGCCCATT a score=5761 s danRer3.chr4 27672181 315 + 33808418 AAAAAAAGATTGCTA----------ATAAAGTTGAACTTATTTTTATAAGTTTTATAGTTGGAAAATATATGGAAATAGTGAAGAGCATGGAGTGACTATAAAACACATTAATCTTTTGTAGCATTGACAACGAAACTAACATATAGATCTCTAGAATTAATCTTAGCCTGGTTGTGTGCCTGCTCTGGCTA----TAGCTGCAAAGAATAAATCTCCATAGTAACTTAATTAAGCTTAATTTAGCCTGCTTTCACGTAATTGAGTCAAGGCTAAATTCAGCCAACATAGCCTCAAAATCCCAGCTTAATCCCTTCTTTTACCTTTGTG s fr1.chrUn 84047850 306 - 349519338 AAAAAAGGACTAATGGAAAACAGGCATAAGTTTGAACATTCCTTTGTAAAC----------AAGAATTCATGAATAAACCAAACACC--GGAAATGCAGAAGAAAATGTTTATTTCTCACAGTACTGACAGCAGAAACACCACA----------GGATTACTCTTATCCCAGTAGTTAGCCTGATCTGGAGCAGGCTAACTGCAGAGACTAAATCACTATAGTTACTTATCCAGGATAAACTTGACCTGCTTTCATGCAACTGACATGAGGCTAAGTTCATTCAGGACAACC-AATATTTGCAGGCACAGCGCTCACTCTGGTTTTGTG a score=1652 s danRer3.chr4 27686184 106 + 33808418 GCTTTCTCAAGTCTGCTTGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTGCTGGTGGTATTGTTGGCTACCACACAGTTTAGTGGTTTCTTCTTTTTTGTGTAATTTAAAG s fr1.chrUn 343723813 102 - 349519338 GCTTTCTGAAGG----TAATGAGAAAAAAGAAAGACAGAATGTAAGTAATAAGAAAATGGACTGGCCCTGAATTTTAATATTTCCTACTCTTTGTGTGGCTTAAAG 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CAAATGACCACCTGCCTAATATCCTCTTGGTTCCGGGCATGCTGCCAAAACAGTGCCAACCCACTGAGGCACGAACTCTACAAGACCCCCTGAAGGTGTCCTCTGGTATCTGGCACCAAGACTGAAGCAGCACATTCTTCGAGACCTGTGGGTTGTAAAGTGGAGCTGTC----ATGGATCAAACTTGTTGGtccaccacatcccacagatgctcagttggattaagatTAAAAAAGGTTTGAG-CCAGGGCAAACCGTTGAACTC-TTCATC----ATGTTTTTCAAACCATTCCCAGT---------AGAACAATGTCCAGAGCATCACACTTCTTCCACAAGCCTGTTGTCATCCCACTGTGAATTCCGATGCCATCATATCTCAACAC----CTCAAAGTTGGCCATGTTACAACATTCAGTCAGTATTCA----GCTGCGACTTGTGATAATGTTGTGGCCCATCATCACTGTAGTCTAATCTGGTTTTATAAGCCTGGTATACATTCATCAAATATCAACTTTTTATATAATAGGTATTATAGGATGTCCAACCACAGACATCCACAATTTACTTTTAAAGCTGTGCATACACAATTTTGCACAAGACAGAGCACAATGCTGAAAAGTAAGTACA-CTTAGAACTCTATTCATGCTGACAGTAATTGAGCCACTTCTGTTTGCACTG-AACAGGACATTCCTTACTCAGACATGGCAATTGACAATCTCATATAGTGAA--TCTATGGCCACACTACGTTTGTGCATTAAAAATTTCTA-TGGATAGTCACAATAAAACATAGTTTAATCTATATTAATTTAAAATGTGTGATATGCTTTTGCAAAGTTAGCATTTTGCATATTTCAAAATTGTTTTTTTTTTTTCAGATCTTCAATATTTTGGCCAATAAACGAAGGAATATTACACTTGTTGTGATGCTGTCAGTCAATAT-CCAGAAAACtataattattattatta----atatgaaatattaaacatttaaaagttattaaCCAAATTTTAACCCAGTGGCTTGGTTTGTTATTTTTATAAATCTAACTTGGAAAAAACAGCCATTTAAAGAATCTACAGTACTAAATTAAAGCAACTTGTGTTTTAAATCGAGTTTAAAATATCAATATCTACAGTTGAAGTAAATGTTA--TTAGCCCTCCCACTCAAAAAAAAATTGAGTTATTtatttgttgctttgttgggttatttttaacctttattgggttgtttatttaataactcaaccattgggttaaatatttggtgctttgttgagtttatttataaacttttattg--agttatttatttgataacttcactagctggatt s fr1.chrUn 211062056 1121 + 349519338 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TTTTGGTTAAATTGT-TTGTATTCAGCCACAATACAAAGACGACCTCCTGGGTAGACCCTCGGTGCCTGAACAAGCCCCAGAAACCCCTGGAAGAATGTGAAGATGATGGTATGTGCTT a score=4582 s danRer3.chr4 27935856 128 + 33808418 TATGTTTTGTTTTTCAGAGCTTCCTTATGGCTGGGAGAAAATTGATGACCCTATTTATGGAACCTACTATGTTGAGTAA--------GTTCAAGCGCTCAAGTTAGCAGTT---TAATGGCAT-TTAATGGATCCCTATG s fr1.chrUn 123283577 140 + 349519338 TGTCTCCTCCCTTTCAGAACTGCCTTACGGCTGGGAGAAGATAGACGACCCCATTTATGGCAGCTACTATGTCGAGTAAGTATCCCCGTTGACACGGTGAGATCAGCGGCTATGTAGTGGGACAGCAACACATTTCTGTG a score=538 s danRer3.chr4 27935984 105 + 33808418 TGTTCTCTCAGCTTT-----GTATTAATTGCA----TATATTGCAGCTCCATCGTGCCCAGGCTGAAAAACAGCTGCTTCGTTGTTTCCTAATTCAGTGTGTTTGCGTGTGTGT s fr1.chrUn 90979184 110 + 349519338 TTTGCTCTCACTGTTCATAAGTACTTAAGGTACCACTGTTATACAGTTCTTTCACCCCCATATTGGACATCA--TGTCCCA-AACCTGCTAATTTAG-GCTTTTGTGTGTGTTT a score=4143 s danRer3.chr4 27941110 500 + 33808418 ATTAATTTTCATTTTAATAAATATCAAGGCT----TTATAAATTATTTATTTGT---TCACTTATTTATTATTTACATATGAACAAAAAATGTTATATACACA---GAAAACTGTGC-------ACATTTTTGTGATGACGAGTCAATTCTAGTTGCTGAAATTCAG----------TACCAGTCTACAGTTATGGGACATTCAAAGATTTTCTTGAATAGCTGCTTTCATTC-----GCATGGCTACTGCCTAAGTAGAGTGAAAATGCCACCTACATAGGCAGTGGAGCAAGGCAGC-TTGCTCTGTGGCTTATATACTGAATG--------GTCACGTATTTTCAAGTAGCCACTTGAAATG--AGTCTATGTTTCTGG-------------TTTCTGATTG--------CAGTCACATAAACCGCAGGACTCAGTTCGAGAACCCAGTTTTAGAGGCCAAGAGAAGATTGCAACACCAGCAGCAGATGCAGAGTCAGGGCTTGTCCTCTCTCCCCCTACCTGCAGTTTACAGAGGTAAAGTATTCATTAAATATATTCAT s fr1.chrUn 123283717 548 + 349519338 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AGAGTCAAGTGAACATGAAGACAAGAGTACAGACGCCTCAGGAGAGATGGCTACCACA-TGCCCCTCCGAG-----ACCTCCACAGATGTCCCTAAAGAAGATACAGAACCACCAAAATCGCCACCCAAA---------------CCAGAT---GAAAACGATGAACTGGGTCCTCTGCCAGATAACTGGGAGATGGCATACACTGAGAAAGGAGAAGTGTACTTTATAGAGTGAGTATATATATATTAT-TTCACATTATTGAACACTTTTCATGCTTTTGTTGCATACATTTCTATAG s fr1.chrUn 208824115 297 + 349519338 AGAGTCCAGTGAACATGAGGACAAGAGCACTGATGCCTCTGGGGAGGTTGCCATTGAAGTGTCCACCCAGGCACCAGCCTCCTCTGAGGCCCCCGCTGAGGGAGATGAGGCCCAGAAATCTCCCTCCGAGTCCCCTGCTAAAGTCCCAGACATGGACGAGGAGGAGTTGGGTCCTCTGCCTGATAACTGGGAGATGGCCTATACCGAGAAGGGCGAGGTTTACTTCATAGAGTGAGAGAACGTTGACTGTATTCACTTTGCGTGGCG---TCCATGCACGTGTCGGGTGTGTAGCTGCAG a score=1831 s danRer3.chr4 28043412 50 + 33808418 TTAAGGCAAAGTTTTTAAGATTTTAGCATTAAAATATTTAAAAATGATTG s fr1.chrUn 174162533 50 - 349519338 TTAACAACATGTTCTTAAACTTTTAGCGTTGAAATTAATGAAATTAATTG a score=2467 s danRer3.chr4 28044781 291 + 33808418 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fr1.chrUn 79165289 212 + 349519338 AAAATTGAGTTGTCTTGATCATGTTGACCGACTGGATGCGGTTTTGATAGACACACACTTGTGTATGTAAGATCTCACTGCT---GGACAAGCCTATGGAAATCCCTGAGACCTCCAGCCAGAGCT--CTGACATAAAACCCAAACCAAAT---AACTCTAGAGA---GTCCTGAAAATGGCTGCCAACCTGACAGAGCTTGAAAGGATCCTCAGAGAAGAAT a score=-567 s danRer3.chr4 28093028 235 + 33808418 aggcttaacattaacatccgccaattctcaaaatgcggatagatttcagctttggcgggtt---------agacagacactcccactagccactttggctggttaaaaataatttttaaattgaagttttcttaaaagcagggctcaactataagaatgacc------caatatgcgtgccaatgtg-atcttagaatcgaggatgatcactttcgcta-acagctgatgtcatgcgcgtggctgtttaaag s fr1.chrUn 263711360 212 + 349519338 AATCTAAAGATT---------------TAAAAA----AATATATTTCTAGTTTGTCAGTCTGGTGTAAAGAGGTAAACACTTT--CTAAGTACTTT-------------CCATTTGTATTCTACAG-TATATACAGTGCACCCCACGACTGCAAGACTAAACAGAATACATTACACGTGCACTTGTGCATGTTAACAGCAGAGAGCTGCAGCATTTCTACACCGATGGTGTTAT-----TGTCTACTTAAAG a score=17292 s danRer3.chr4 28097493 470 + 33808418 acacaaAAATCACCAT--CACTTCAATATTATAGTTGTTCTTGACAGTTTTACAAACAGTAAAGGATACTTCCATTCCACAAGGCTGATACAGGCCCGGCGGATGGGGTTGTTGAGGTTGAGGCAGAAGAGAGCTCTCTGTGGCCGCGTATTGGCCGAACTGCCCTGTTTTTTGCTCTTGGCATACTGCGCCCGCTTCTTCTGGGCCAGCGATCCGACCGGTA------------CCACCGAAGGTACAGGCACGGCAGCTGCTGGGGGCGCG---------------GCAGGAGTCGCAGCAGG------------------------------------------CGGAGCAGGGCCGTTGGCGCTCATGGTGCGGGCGTGGGCCTGAGCGGGGCGTCCACCTGCATGGGCCTGCCAGGGGAGAGGGCACAGGGGTGGGCGCTGGAGCGGAGGATCTCACCAACAGGCTGGCACGTCACCAGAGACAGGGACTCTGGTACTGCTGGCATAATTTGCCTCTGTGAAAGACAGAAAGGAGA s fr1.chrUn 151498727 532 - 349519338 ACATTAAAGTGACCATTTCACTTCGAAA--ACACCCGATATCCAACATTTCTGATA----AAAGGATACTTCCACTCCACCAGGCTGATGCAGGCCCTGCGTATGGGGTTGTTGAGGTTGAGGCAGAACAGAGCCCGTGGAGGCCTGTTGTTGGCGTTACTGCCCTGTTTCTTACTTTTGGCATACTGCTGCCGCTTCTTCTGTGCCAGCGCTCCTACTgggatggtggtggacgcctgggcaggcagggtcggaggagcaggcggcggcgcgggggtgcgggctggagcaggagcgggagctggggtggaggatggaggggcctctggggccgcgggggcggggtctggggTAAGCCCGTTGGCGCTCATGGTGCGGGTGTGGCTCCGTGATGGGCATCCAGCAGCATGGATCTGCCAGGGTAGA---CAGGAAGGCTAAAGAAGGACAGAGCAGTCTGACCAATGGGGTGGCACGTCACCAGGCGGAGCGACTCTGGTGCTGCTGGCATAATTTGCCTCTGCGTTGGAAGAAAAGGTGA a score=371 s danRer3.chr4 28097963 48 + 33808418 GTTAAACCATGCATGTGGTCTGAAAGAG--GAAAAATAGCAAGAAAGCGC s fr1.chrUn 151722421 49 + 349519338 GACGAGACA-ACAGGTCATCCTCCGGAGGTGAAAGGAAGTGAGAAAGCAC a score=434 s danRer3.chr4 28099886 183 + 33808418 ATCTTTTATAAAGGAGCATTAGACCTAGCTGAATTCAGTATTAAATTAAAAGCACATAAATCTTGTTCTACATTCAG--TAACTC----GTAAGATCTCTTGAGT------------------------TAATAGCATT------------AACATACAATAAGAAATACAGTGAATATTTGGCTCTATTAATGCAAATTAAaggtgtagtgggtcactgtcttt s fr1.chrUn 39709083 207 - 349519338 ACCTATTTTACACCATCACTCACCTTAGTTAATTCAACCATTAAGTTAAAAGTACAC--ATTTTAATGAACATACAGAATAACATTTAAATAATAAATTTAGAGTCTCTAATCAACCCTAGATGATAAATAATGACATCAAATGTTGTCCAAACAGAAAATAAGAGA---AGTGGATGCCTAAAGATATTGGT-CAGATTA------------GTCAGTCGTTTA a score=913 s danRer3.chr4 28100069 569 + 33808418 agaaacacttttgttgtgc--tggttgaaattctcttcacattcccatagtactgattaaagtaaataatctaaacgtatttatatatatttttatattctgggtaaggcataaaactaa---aaaatgctaatccaattaaagattgacagacaaaaactcaattacgacaggtatctc---aaactgtgtcaacaaatttaaatg----------------tgaatttctgcgcaGCCTCTTTAAGAAAAA--------AGATATGTCGCTCG------CGCTTTCATGTGAAGCTCGGATCTACAACTGACAGAGAC----ATCAGGTAAACTCTGCATCAACCTGAACTTGTTT-------CTGAAAGACCAACGTGGCCTTGTATCCATGAAAAAGACATTGTTTTAGAAAGGGCTTCTGCCAAAAATGCAGAATCAAAAATCAATATCGGAATTAC-AATTGCATGCTGTAGGGAAATGACGTTATGCAGTTTGTTATGCAGCCACACAAAGCttatgttgattttgttcttgtttatgaatgggcttatatgcaaagaagtgttgttcagccactga-aaacgtctggcaaaagattggcttttttcaagttc s fr1.chrUn 254795656 551 + 349519338 AGACGCACTTTTGTTGTGCAATAGTTGTATTTTTTTTC----TCTAAAAGTTCTGA-----------GATTCTGATGTATTTGAATAGTTTTCCAT-TTCTGATTGGCTGAGATAACTTATTGGAAACATCTATC-----------TGTTCTGCAGGCATTCAGTGGCCACAAGTACCTCCCCATCCTGCAGTGTCACGGTGAAATGGACTTCATGATCCCATTGCGTTTCGGAGACATGACGTCAAAAACAATCCAATCCATAGTTGACCCTCAGATGGTCTCCTTCAAATCTTACGCAGGACTCC--CTCACAGCTCCTCTCCTCAGGTA----TTTTATCAATATGTCTTTTTTTATCATGACTGAAAAATTATTCATGTTCAACATTCATGAGGGAAACACACAGCTAGAAAGAACATCAGTCTAAAACCAGGAATCAAAGCTGTGTA----AATTGTAAATTCCATCC---------ATGACTTATTGTAGTTTTTTATGT------------TTTAATCCCATTTTGTTCTCTTGCAGGAGATGGC--AGATGTAAAGGAAT---------TCATTGAGAAGTATTTACCCAGAATCTGACCTCCTCCCATCTC a score=1841 s danRer3.chr4 28105299 48 + 33808418 GATATTTAACCATCTTCAGAGTTTCTTAGCTATATAGATTTCATTTTG s fr1.chrUn 151724505 48 + 349519338 GGCATTTGCTCTTATTTGGAAGCTCTTAGCCACTTAAATTTAATTTTG a score=6061 s danRer3.chr4 28116663 361 + 33808418 TGTTGTGGTCTGTGCCGTTTGCTGCCAAAGAAAGTAAAAATAGAAGCAGTCATGCACCCTGAATGTACGTTCCCTTCAGGAGGTGAGGGATCATGGGCTGCTCTGATTGGCTGAGGTGTGTCACATGG--CGTGGGTTCGCAGGATAGGATTGGGTCACACATTTTGGAGCAGTTTGATCCCAAGTGTTTCTGACTGGGATGGAAAGCCCAGAGGAGATTCTGCTTACTCAGAGACTGAACgagagagaaagagagagagagagagagagagagagagagagggaAAAAAGGACTGTGGAGTGGGCGGAGACTAGACTGATGACATCAGAACAGATTTCTG---AGAACTGATATTACGCAGGCCC s fr1.chrUn 151503787 334 - 349519338 TGTTGCTTTGCCTCTTATTTTCTACCAGAGAGATTAAAAATAGAAACGTCCATGCTCTCTGAATGTACTTTCCCTCCAGGAAGTGTGCAGTTGTGGGTGTCTGCCATTGGCTGCACACCATCACATGGGCATCTGCTTCCCAGGCTGCCATTGGCTGGCACCTGTGGGGGCTCTGTGAGGAAAAGCTTTTCTGACAGGACCCAGGAGCCCAAAGGAGCCGCTG--------GAAACCGGGAGAAGGACAATGTCGGTGGAACCAGGAGAACGGTAGTG----------------------GTGGGCGGGTTCCAGA--GATGGCATCGCCACGGCTGTGAGTGAGGAGCTGCTGGGACGCGACCTC a score=2147 s danRer3.chr4 28119138 92 + 33808418 CAGAATAAATCTGAGA---TGGCTCTGAAATCAAATACTCTGCATAATTACAGTTTTTATTCATTCTTGCACACCTT-CCCTCAAGCCATTCTAGT s fr1.chrUn 193584012 95 + 349519338 CAAAACAAACATGTAAGCATGGATCTAAAACCAATTATTTACTTTAATTACAGTCCTTTCCCATTTGT-CACATTTTGGTCTCAATCCAGGCTAAT a score=2606 s danRer3.chr4 28124906 305 + 33808418 GTCCAAATTCTGAGATAATAAGTCACAATTTCGAGTTATGAAGTCAGATTTCTGAATTTATGTCTGGCAATTCTGAGAAATAAAGTCAGAAATTAGTGTTAGCAAGTCAGAAATTTGAGGTTACAAAGACGTAATCTTGAGTTATAAAGTCAGAATTCAGACTTTATATCTTGCTATTCTGATTCTCATAATTAAAAACAACAGGAGTCTGTGCTTTAACTGGATAAATAATAAATGCATTAATAGGAATATATATCTCTTTGGAAGCCCTTTCCTGCCACTGATTAAAAAACAAAAAGGTGACT s fr1.chrUn 149125256 268 + 349519338 GTCAGAATTTTGAGTTAATAGGGTAAAATATTGAGATATTAAGTCTGAATTTTGAGTTATTATGTAAAGATATTGAGATAT----TGAGACATTTCCATTACTAGGGGAAAATATTGAG---ATAGAGAC--------------TGAAAACAAAAATCTAATAATTCATTGTATCATTTAGAATGT----ACTCAAAAAAGC-----TCTAGATTTGAAGTAAATA---AGTAAATACATTTTGAATAAATGGGCTTTCATTTGGTTCCATTTTCTACC----TTTTAGAAACTCAAAACTTACT a score=4185 s danRer3.chr4 28125294 125 + 33808418 AACTGTGAGATATAGACTCAATATTATAAGAAATAAAGTCAGAATTATGAGAAACAAATCAAATGAGAGT--TATAAAGTCAGAATTCTGAGATTTGAAGACACAATTTCGAGTTAGAAATTCAGAA s fr1.chrUn 193585621 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TTGTAAAGGTGCTGCTGACAACTCTAATACATAAACTCA------CGTGTAAGGA-----GAATTTCAACTGCAGCGAGTGCTTGAAGGCATAAACTAAGGCTTACCTTAGTAAGCTAGCATAGAAAGTACTTTTCTAAATTAAAAGGCAGAAGCAACAGTGATTGTACTG---------------------------TTATGCAAGCCCATTTCTGCCAGTTATCAAAAGTGTTTAA-GAGACATCATAGTTAAGA--------GATATGAAAGTCAAA-----------------------------ACTATGAGATAGAAAGTCAAAATTCTAAGATAAAATGTCATATTTATGAGAGAAAAGTCAA---AATATGAGATACAGTGACAATTATGAGATAAAATGTCAAAATACTTTGATAAGTATTTtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacacactattat-atactattatatataCTTTGATAATGTCATAGTTATGAGATAGATAGTCA-AAATGATGAGTGACT a score=1444 s danRer3.chr4 28130276 70 + 33808418 ACCCAGACCTGCACGCACAAACACGCACAGACACAAACACACATCCTGTCAGAAGGTCTGAAAGGAGCAT s fr1.chrUn 151505958 70 - 349519338 acacacacacacacacacacacacacagagacacagacacacagacacacacacacacacacacacacac a score=7948 s danRer3.chr4 28130467 369 + 33808418 ctccctctctttactttcccccaccccctcccccctctctctgaatttttctgtctgtctatctctctctct---------ctctctgtctcGAC-CTGTGCTGCGGCTCATAG--TGAAGTGTGTGCATTGT--ATGTGCGCTGTCATAAAGCAGCCTCCCTCTCTTCTCCTCCTTCTTTCTCATTCTCTCTCTCACACACACGCAGCCGC-----TGCTCCTCAAGCTCC----------ATCTCTCCTTCA----CTTTGTGCTGCTGTCGGGCCGAAC---------TCATGGAGGACTATCACAAACCAGACCAGCAGACGGTGCAGGCGCTCAGGAACATCGCCAACCGCCTCCGAATCAACTCCATCAAAGCCACCACTGCTGTGGGCAACGGGTGAGAGATGC s fr1.chrUn 151506148 402 - 349519338 CCAACTCACGTCATTAGATTCCCCCTCCTCTCCTCTTtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtatgtgtgtgtgtgcgtgcgtgCCCTTTGCATCTATGCGGCCACGCGCCTGACAGGATAAATCCAGCCAGTCGTCCATGTTCACTCTCTT---------TCTCTCTGCTGCCATCCCTcacacacatacacacagacacacacacacgaacacaGGTGTGCTTCTTCATCACACACAGTTGAAATCTTGATTTTGGCACTTTTCTGCTACTGAGGAACTTGACATTTCGCCTTCATGGAGGATTATCACAAACCGGACCAACAAACATTGCAGGCACTGAGGAACATCGCCAACCGCCTCCGGATCAACTCCATCAAGGCGACAACTGCAGCAGGCAGCGGGTGAGTGGCGC a score=6617 s danRer3.chr4 28133732 261 + 33808418 TGTCTGTGTCATTGGATATT---GTATGTGTTTTACTTTGT---------CAGGCATCCGACGTCATGTTGCAGTGTGGCGGAGATCATGTCTGTGCTGTTTTTCCATACCATGAAGTACAGGCCGGATGACCCCAAAAACCCCAATAATGACCGCTTCATCCTGTCCAAGGTGAGCTCGCTGGATTATTCAGGTCTAAGCTCTAATATTTCACCTTTAAATCAAGATGACACTAAG---------TAGCACAATGACATTATATGGTGTTGGGTCTCCTTG s fr1.chrUn 151507221 264 - 349519338 TGACTCTGTT-TTGGATTTTTCTGAACACGCACCACTTTGTTTCGATTCCCAGACA-CCAACATCATGCTGCAGTGTGGCAGAGATCATGTCGGTGCTGTTTTTCCACACCATGAAGTATCGTTACGACGATCCACGGAACTTCAACAATGACCGCTTCATCATGTCAAAGGTTAGAACACC------------TCTGTCCTCTGTCCTCTGTCCTTTGGCTC----TGGCATTTGGATGTTTTCCTGGGAGAATTAAAGATAACCATGTTTGTTCTCTCTG a score=6541 s danRer3.chr4 28136335 133 + 33808418 CCTCAGGGTCATGCAGCTCCTGTGCTCTACTCTGTATGGGTGGAAATTGGTTTCCTGAAGGAGTCTGAGCTCCTGAGTATGTGCCAGGTGGATTCCACTCTGGAGGGACACCCCACACCCGTGAGTAacacac s fr1.chrUn 151507485 133 - 349519338 CTTTAGGGTCATGCAGCTCCAGCTCTCTATTCCATGTGGGTGGAAGCGGGCTTTCTGAAGGAGACGGAGCTGCTCAGTCTGTGTCATGTTGACTCCACCATGGAGAGCCACTCAACCTACGTAGGTCCCAAAC a score=6634 s danRer3.chr4 28137495 135 + 33808418 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTGACAGAAGCAGCAGTTTGTGGATGTGGCCACAGGCTCTCTGGGACAGGGGCTGGGCGTAGCCTGTGGAATGGCATATACGGCCAAATACTTTGACAAATCTAGGTAA s fr1.chrUn 151507654 134 - 349519338 GTTCATTTGTGCCTGTGT-TGTTTTCATTGTAGAAGCATCAGCTCATGGACTTGGCCACTGGCTCTATAGGGCAGGGTCTCGGCGTGGCCTGTGGAATGGCTTACACTGGAAAATACTTTGACAGATCGAGGTAA a score=-152 s danRer3.chr4 28137630 70 + 33808418 GA-ATAAAGACATACATTCATGAGAACAGAATATACATCGTTTACTGGAATATTTGCCAGAATTTGATACA s fr1.chrUn 151735751 64 + 349519338 CACACGCACACGCGCACTCACTCGCAGATAAAGTGACT-------TTGAAAAGTAGACAAAACTCGATGCA a score=-113 s danRer3.chr4 28137700 162 + 33808418 CTTGTCGACAAAGAAGGTTTTGTTATATTCAGTGTTATATAAGTATTTAGATACTATTGTAATTTAGTATTATTTGTTTTAAACCAATTGGAAATTGATCTTTT----TCTCGatttattatttttaattaattaattGCTTAATATTATTTGTAACTCCTTAAGT s fr1.chrUn 301242154 154 + 349519338 ATTGTT---------GGTATTTAAAAAGCAAATTTCAAATTGTGATTCTTAAATTAAACTAACCT-TTACTATTTTTGGTGAACTAGTTTAACCTGGACAGTATTGAATAATAGTCTATTGTCTTTAGT--GGTAGATGGCCAATACCAGTGTTATCTCATTAAGT a score=2327 s danRer3.chr4 28139589 274 + 33808418 aatatatattttaattCATATCATTCAATGCCAACCTTAAATATAATATTTAAATGTGAAAAGCATCAGTAAAAGATATGAATGAAAAAATGCATTGCAAG---TATTTGTAATCAGTTTGATCAGTGT-------GTCTTTGAGTGCTCTCTGTGATCTGTATATCCACGTGAGATTGTGCTGCGGATTTTAAGGGTGTGGATTTTTTGCGATTCTTCTGCTCTAATAATCAAAGCCCCAGCGGCCATCCCTCGGTTATTTTTATAT-CTTGGATAGAATTCAG s fr1.chrUn 151507811 268 - 349519338 ACTGTTTTTTTTAAATTGCTTTGACCAGTTACTACCC--------ATTTTTGCATCTTTAAATTTTCTGTGATGTGTGTGTGTGTTTTAATGTATTTCTGGATTTGTTTGGCACAAACCTGAGCTAGGTAGCAGGAGACGAACAGCGCTTCATTCGAATGGGATCT----GTGGATGTGCGCTGCGGCTAC-----ATGCTGTTCCCCTACAATTCTTCTGCTCTAATAATCACAGGGCTAGAAGTCATATCTCAGTTTTTTTTATCTCCCTACATCAGATTCAG a score=12535 s danRer3.chr4 28142515 232 + 33808418 CAGTTACCGTGTGTACTGTCTGCTGGGCGATGGAGAGATGTCTGAGGGCGCCGTATGGGAGGCCATGGCCTTCGCCTCCTACTACCAACTGGATAATCTGATGGCCATACTGGACATCAACCGGCTGGGCCAGAGTGACCCAGCACCACTGCAGCACCATGTGGAGAAGTACCAGAGACGCTGTGAGGCCTTCGGGTAGGTTTGG-AGATGAGGTTTAGACTGTAATTTAAAG s fr1.chrUn 151508398 227 - 349519338 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AAAGTGCTG-----------------------TTGAC----TTTGGGGAAT a score=9032 s danRer3.chr4 28143355 179 + 33808418 ACAAATGTGTTTGCAGTGTAAAGCCATCAATCAATCCATTGTTTGTTGTGTAATCAGGTGGCATGCCATCATTGTGGACGGCCACAGTGTGGAGGAGCTGTGTAAAGCCATGAGCCAACCTCGCCACCAGCCCACCGCTATCATCGCCAAGACCATCAAGGGCAAAGGCATTCCTGGTA s fr1.chrUn 151508625 178 - 349519338 AAAAGTTTGTCTGCGCAACAAACGTATCAGCCAAACTCATGTCC-TTGTGTGTGTAGCTGGCATGCCATTGTCGTGGATGGACACAGCGTAGAGGAGCTGTGCAAAGCTCTGAGTCAGCCGCGCCATCAACCCACGGCCATCATTGCTAAAACCATCAAGGGGAAAGGCATTCCGGGTA a score=9883 s danRer3.chr4 28144794 202 + 33808418 CAGTGGCAGAAGATAAGATGGGATGGCATGGCAAGGTGCTGTCAAAGGACATGGCGGAGAACGTGATGAGAGACATTCAGAGCCGCATAATGAACAGTAACAAGCGCATGTACCCGGCTTCACCCGTCGAGGACGCTCCACCCGTGAGTCTGCGCAACATCCGCATGCCCAGCGCCCCCAGCTACAAACCTGGAGAGAAGGT s fr1.chrUn 151508889 202 - 349519338 CAGCTGCAGAGGATAAGATCGGGTGGCATGCCAAACCTCTCCCCAAAGACATGGCCGACATGGTGATTAAGGACCTGCAGAGCCGTGTCACAAACAGCAGCAAGCATCTGTACCCTTCCACTCCCATCGAGGACTCACCGCCGGTGAGCCTGAGGAACATCAGGATGCCGAGTGCACCCAGCTACAAGGCTGGAGAAAAGGT a score=10007 s danRer3.chr4 28145388 206 + 33808418 tgccttaactCTATCCACCAATCTTCTTTCCATCAGGTCGCCACATGTAAGGGGTATGGGATGGCTGTGGCCAAACTGGGGCGTTACAACGAACGAGTTGTGGCGATGGATGTCGACACCAAAAACTTCACCTTCTCTGAAATCTTTAAAAATGAGCATCCCAACCGCTTTATTGAGTGCTACAGCGCAGAGCAGAACATGGTAGG s fr1.chrUn 151509136 205 - 349519338 TTCCTAAAATCATTAAACAAATGATCTCTTCA-CAGATATCAACAAGGAAAGCATATGGGATGGCACTGGCCAAGCTGGGCCGCTACAATGAACGCGTTGTGGCGCTTGATGGGGATACCAACAATCTGACCTTCTCTGAGATCTTCAAGAATGAGCATCCAAACCGCTATGTGGAGTGCTACATCGCTCAGCAAAACATGGTATG a score=5083 s danRer3.chr4 28151586 198 + 33808418 AAATAGATTTTA-TGTTTGGCTGAGGTGAAAAAGTTG----GTGTATAAATATGGA---------AACAGACTTACTAAATAAAATG----AAACGTGACTTAAATGTCAACTGAAGCTTAAGCTAATCTAAAAAAAATAAAAATAGTGTCAAATGAAAACATCACATCTGTGTGAAGCAATGAGGAGGCTGTAACATTCTCACATGAAACTAACA s fr1.chrUn 95694683 216 - 349519338 AAATGCATTTGAGCACTTGGCTGAGATTGAAACATTACGCAGTGAAAAACTGTTGACGCGGGCCGATCAGAGCTGATAAATCAAACGCCGAGCGCGTGACTTTAATGCCCACTGAAGCTCCGGCTCTGCCGACGGGGAGAAAAATAGCTGCAGATGAAAACGTCGGATCTGTACGAAGTGATGAGGGGACCGTCGCCCCCCCCCAGTCAGCAAACA a score=2833 s danRer3.chr4 28152294 437 + 33808418 CCATCCATTTTCAAGAGCACATTTTGAATGAATTCATAAGAGTATTTCAGCTCTTTGGGGTAGGCCAAGTTCAATACATAGATGACTCCCAGCATCATT--GCAGATGCTTGGGCTACAGATCCAATGTTGTCCAGAATGATTTCTCCTTCAACATAAATGTCATCATGTG----CTCCAATTTCTCCACCCTCCTTGTTGATGACATATACGCCCATGGTGGAATTCTGC------AGGTCTCTCTGGATGCCATCTCCTTCAATGTCCTGTATATTTGTAGAATATAAGAAAAACATGAATTTATGTAATAGATTTTAATGACCTGCAAATTCTAAATTTCTT--TATATTTACAATCC-------ATAATTACACTGGTCAGTAAAACCATTGAAA---ATATTTTTGTCAGT--TAAGTAAAGGTTCATGTGAATTAACAAACCACAGATTTTTGTTTT s fr1.chrUn 205530283 424 + 349519338 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AGGGGGAGTCCAGCTAAACTCTCCCTGCTAATTTAGTGACTCAAACTGAACATTTCAAAGGAGCTAATTTGATGTTTCAAT----ACTTTGATGT---CTCAATACTTTGATGT---CTCAAT-ACTTTGATGTCTCAATACTTTGATGTCTCGATACTTTGATGT-----------------------CTCAATACTTTG---ATGTCTCGACAC---TTTGATGTCT--------CGACACTTTGATGTTTCGATACTT-TGATGTCTCGACACTTTGATGTTTGGACAGTCAAACTTCAGA-ATGAGCAATGCTGGACGGAACGACATCAACATGTA--TTCGATGCCTTATATGAATCACGTTATTTGTTCGGCTTTTTTAAAACAACCTTTACTT a score=5740 s danRer3.chr4 28164614 100 + 33808418 CAGGTGGTGTGCCAGAGTAAAGAAGATCAGGTTACAGTGATCGCAGCAGGAATGACCCTCCATGAAGCTCTGGCCGCAGCCGAGCAACTTAAAAAAGGTA s fr1.chrUn 151510747 100 - 349519338 CAGGTGGTGTACCAGAGCAAAGACGACCAGGTGACCGTTGTGGCAGCTGGACTGACTTTGCATGAGGCTCTGGCAGCTGCTGAGCATTTAAAGAAAGGTA a score=9873 s danRer3.chr4 28167721 610 + 33808418 ATGTTTATTATGTGAGCTTCATGTAAACTCTCC--ACCTGTTGTCTGTCATTCCCCAGAGAGGATTTACATCAGAGTGATCGATCCTTTCACAATCAAACCCCTGGACAATAAAACCATCGTGGATCATGTGCGTGCCACCAGGGGTCGTGTCATCACGGTTGAGGATCACTATTATGAAGGTGGGTCTCAAGCTTTATCCCTTGTCTCAAGTGCACATTTCAGCATGGCTGCATTTTCCAAGTAGCATGAACAACTCGTATCGAGGAGGGGAGACCGTGGCTACGTGCGATTGGCTTGCTGCAAGAAACATGATGTGTTGGCGAATTGTCATTGGATGAGAGATCATGAGAGGCATTGTGTTGT--------CATAATCGCT----------TGATTTTTTTACTTTTTTTTTTG----GCGGTGTCTCATTCT-GTTCATTCAGGAGGAAAAAAAGACAGAGAGAAGCGGAGGGCTGTCAGGTCTCCTTAAGCAAA-CGTGCAGCCGCAGGGTTTGTTGTGACCTAGATAACACAGACGGCCCTGGACCTGGCATTACTGCCTGCATGCCAGAGGAGCAGA-GAGAGAGAGTGAGAGAGTTTAACATCCAAAATCATTGTGAAAGCAAACATGCC s fr1.chrUn 151511179 567 - 349519338 ATTGTTCTTAATTGGTCTTTTGTCAAACTTTGCTGACCTGACTTCC-----TCTCCAGAGCGGATCTCAGTCAGGGTCATTGATCCTTTCACAATCAAGCCACTGGACATCAAAACCATCATGGACCACACTCGTGCCACGAGGGGCCGTATCCTCACCGTGGAAGACCACTACTGTGAAGGTGGGTATC-AGTTTTGTCC---GTGTTAAATG---------GCCTGCCAACATCCTGAGCGCAGCACAGTCAG------------------------GGCTCTGTCC--CTGGCGTCTGACCTCGGGCGTGCTGAGGTGGCATGTTTCAATTGGTTCAA----CAGCAGAGGCGCCGTGCAGTGGCTCTTGCCTACTGGCTGATGAGACACTGAATGTCGCGCGCCCTCTTTGGAGACAAGGTACGGCATCGTGGTGCATTTTGCAAGTGCAAGAGTCAGTGAGGA--AGAGTGCTGTCAGCTCTCCTTAGCCAAGCCATGC--CCACAGGCTTCGCTTTGACCCAGATACCACAGACAGGCTTGTGTCTGATA----------------AGAGAAACACATGGGTGAGAGCACGA-ACTCCACTAACAAAGGACATT-TGGGTACGAACAGGCC a score=11065 s danRer3.chr4 28172694 529 + 33808418 ATGTGTTTTTTTTTTAACAC---TAACAAGAAAAAACATCCTAA-----------ATGCAAC--TCGTCACTGTGATATTT---TTTAGCACCAC--AAATGTTTT--CCACAACACTTATTTCAGTGACTTGCCATAAATGTAATTTCCG---CTGTAAT-TCCACAGGTGGCCTAGGGGAAGCGGTGTGCTCCGCTATTGTCAATGAGCCTGGCTTCACTTTCCAGCGTCTGGCAGTCGCTCAAGTTCCCCGAAGCGGCAAAATGAACGACCTGCTGAAAATCTACGGCATTGACCGCGACTCCATCACTCAGATGGTGCGGAAGATGCTCAGCTCCTCGGCCAATGCCAAGTGATCCTGCTCGCTCTGCCCCGCCCACTTCAACCTCAACCAATCAGATAACACTGTGTC--ACATGACTCCCGTTCTTCAGATTGTGGCCCCTCCCTTCACCTCATTCACTGTCAGTCACCCTAACGTGAGTATAATAGTAATGTGAGAAACGTGCTGTACATTTTAAAGTA-------ATGTTCACTTTTTGTTTTGGGTTTTCATTACA s fr1.chrUn 151512265 555 - 349519338 ATATGGCTATTGTTTAAAGAGTGTAGAAAGAAAAAAGATGCTTTCTACTTCTGTTATTCAACATTATTCTCTGTAGTAGTTGGATTAGAGACCATGTAAATGTTTAAATTAGGAGATCTCCTTCAAGGATTCAGCAGTGATGCTGTCCATGTTTCTGTATTGTCCTCAGGCGGCCTCGGTGAGGCCGTGTCCTCGGCCATGGTCAACGAGTCCGGCTTCACCGTGCACCGTCTGGCAGTGTCTCACATTCCTCGCAGCGGCAAACCTCACGAGCTGCTCAAGGTCTATGGCATCGACAGGGACGCCATCATCCAGGGAGTCCGCAAGATGCTCAGCAGCTCTACTAATGCCAAGTAACCTCAT---CTGAGCCCCACCCACTTCTCCTCC--CTCATGAGAAGATGCCCAGTCCTGTATGGTTTTGTCTCATCTGA---CACCCAGCCCTTTGAAATCCTTGACTGTGATTCACCCCAA-GTATGTACTGAAGTGATGTGAT-TTTGTGCCGTACACCCTGACGTAGACACCCACCTCCACCTTCCTTTCGACGCGTTCATCACA a score=11322 s danRer3.chr4 28189622 763 + 33808418 CAGATAGTCCCGCCCCCTGGGATGCTCACCCTACAGCCTCCCCAAGTCTGTCGGAAGTAGCACCACCCCTCGACAGCTTATCCAATCCATCAGCTTCTTCTCATGTGAACCCACCCACTGACCCACCTCATACATCGTCCTTGGAAGCAGTAGGTCCAGACTCT-TGCCAGGGTCCAAGAGG-------------------CTCAGAGAGTAGGGCT-------CTAGAGCAGGCCAGTGTGGGGAAGAGGTCAGCTTTGGCAGGTGGAGTTGGGGGTGGGACCAAGCAGAGGGAGGGTAGCAGGACCAA--CCGTCGCTCAAGTGGAGGGAAGGGTCAGCAACAATACCTTGATGAGTTTGCGGGAGAGCCAAAATCCCACAAAAGCAGCCGGGCAAAGTCCAAGG-----AACGCAGAAGGGAGCGAAGCAGCACTCCGTCTCGCAAGCGAGACTCGCCCAAAACATCCCTGACTGACACCAGCATGAATGGGGGAAATGGATGCCTCGATGGTAGCAACAGTCAACAAGGACCTCTAGTGCCATTCAAAGCCCTACCAAAGGAACCAGAAAAAGGGCAAATGAGCCAAGAGAGTAACCCCAGCCACAACTCCAAGATCAGCAGTGCTGCAGGCAGGAAGGCCACAGTATCCCCAGGGCCCTGGAAGATCCCTGGTACGGACAAGCTACCCAGTACCCTACGCTCAGCCACCTCCACAATCAGCAGATAACATCTCAACCCAATCTCA---GGCCCAAGTTTAAACC----TTACTTTTGGCTCTTTTTTTCAGCCAACTCT s fr1.chrUn 95973004 695 + 349519338 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danRer3.chr4 28196739 509 + 33808418 gcaggacaccggacctccaggactgagt-ttggacacccctAATGTAGGCCTACTTGTTTAGTGTGTTTC--TGGCTTTAGGGGTC----------------------CTTGTCATTTGTAGAGTAGCAAGTTTGTTTAAAGAGAGAATAGTTT--CAGTGCTTGACGC---TGTTTTCTGATTTTATTT--TCTCAAGATTGCCAAAATGCTTCAGAGATGCTACTGAAAAGATTAAACCTGATAAATATGTGATATAAAATGAGATGATTTATCGCGAAGCCACGACGGCAG-------CGCAATGCCCAAATGGGGCTCAGAATC-ACTGTGTAAAACTCAAAGAACAGCGCGGTTCACCCTGTACAGCT-CAAAACTATAAATATGACACTATGTACTATGACC----TAGTCACAAAAACTGTAAGTGAGCTACTATTTTTCTGAAATGCAACTCAATGGATATATACTTAC-TTTTGC---------AGAGCTCTTGTTTACTGTATGATATTTACTGAAATACTGTCAAATAAAACCTTGACATGGTGTAAAGTATT s fr1.chrUn 123301879 531 + 349519338 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TAGCCTGAATAAGTAAAATCCAGATGAAAA-------AGATGCTTTATATTTGGCTGACTCAAAGTGTTAAAATGTTGGA------------CTGTGTGT----GTTTCAGGAGCAGCTAAACCGTTACGAGCGAGCGATCTACGCTAGCCTGAGTGGAAACCTCAAGCCGGTATGAGCTTCTTGTTTGATAACAGGTGTAAAACTGATGAGTCATTTTCTCAT--TTCACTGATCTGAAAATCCATTTAATGTCCATTTCAGATCCTGGCGGTATGTGAAACTTGGGAAGATTGTGTGTGGGCGCACTTCAGGGTGATGGTGGACTCACTGGTGGAAAAGGAACTGATGTCATCAGGAATGGCTGACAAAGTGGTGGAGACGCTGCCTCGGGAATACCAGGAGGCAAAGTATGAC--------CTCTCTTAAATG-------TCCTTTGATTATCTAAATGAATAAAGTAATTGAATTCTTGATTATCTTTCTGTAGTTGGACTACGGAAAAGGTTTTTGAGGAGCTTCAAGCCTCAGAGTCAAAGGTGAAACACACAAACAAGCTAATCTAGTTTTAGAAATGATCTGATTTAGGCATCCA a score=11018 s danRer3.chr4 28209486 584 + 33808418 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TGTGTGTGCAGAGGGTGCTGGAGGAGACCAAAGAGCATTATCACGTCATCCAGAAGTTTGTCATTCTTGGAGACCTGGACGGTA---------AAACTTTCACCCGCAGAAA---GATCACGTTTGATGATTACCTCTGAAACATCACCAGCTCACACCACGTATCTGCTCCAGGTCTGTTGGAGGAGTTCTCCGATTGGCTGACAGCGCCTAAGCCCCTCCCCTCTCACCTGCTGCGTTTTATGTGCCATCTTCTGCTCGTTTTCCGCTCTTTGGGTTTAGCACTGAAGGTA-ACACGATAGCA---ATGTTTTTGGAAATGTAGTCTTCAAACCTGTCGTTAAAGACGTCACAT-------TTCAAATTGAACCCATCTGGATCCCTTTCAGAACCAGGTTTGCGTGGATGTCCTGAAAGCATATGTTTCCCTACTGATTCGAGACCAGCAGACCAACCTGGTGGCGAGCTACGTGAGCCAGCTGCCCAGCGATGTTGCCGTCTCGCAGTACGCCACTTTCTTAGAGACCGTCACTCAGCCAGAATTCCGTCCCATTTGCCTGCGGCTCGCCACCGATGCTGGTGGGCTGATTTGTAACGA a score=3568 s danRer3.chr4 28210138 126 + 33808418 TAGGTTTGGAAGTGGCAGCAATCACAAAAACGGTAGTGGAAACCATCAGAGAGAGAGACACAGATGAATTTTCCCACCATGACCTGACGCCTGCACTGGACACGGCAACTACAGTGGTACTAATGA s fr1.chrUn 180195784 120 + 349519338 CAGGTCTGGATGTTGCTGCCATAACCAAGCTGGTGGTCGAGACTGTGAGAGAGAGTGACGAAACCGATTTCACTCATCACAACCAAATG------CTGGAGACGGGAACCACCAAGGTTTTATTAA a score=6281 s danRer3.chr4 28211541 164 + 33808418 TTAGCCATTGCAGTAGGTGTTGCTATTCAACTTTTCCTCTCTGTACAGGAGGATCAGCAGAAGATTGATGTGATTGACTGGTTGGTGTTTGATCCTGCTCAACGAGCTGAAGCACTTAAACAGAGCAACGCCATCATGAGGAAGTTCTTAGGTGAGACTTTCCT s fr1.chrUn 180195965 157 + 349519338 TCAGCAACTGCACAAAGACCAACTCTTAAATGTGCTCTC-------AGGAGGACCGGAGGAAGATTGATATCATCGACTGGCTGTTGTTTGACCCCGCCCATCGAGCAGAGGCCTTAAAGCAATCCAACGCCATCATGAGGAAGTTTCTGGGTAATTTTTTTTT a score=6340 s danRer3.chr4 28212228 237 + 33808418 TGTACAATACAGCATCTAAGAAGCATGACGCTGCTAAGATGGTCTTCGCCAAAGTGCCCGAAGACTCCATGCGTGAGATCTACCGGCAGTGGGAGGAGCAGGGTATGGACACACCAC--TTCCTGCAGAAGAGGAGAATGCCATTCGTGAACATCTATGCATTCGTGCTTATCTGGTG---------AGTAGTGCTGTTGTACAATGAATTGACCTAAAGTCAaatcaaggaacttttctgctgtaca s fr1.chrUn 180196187 243 + 349519338 TGTATCCTTCAGCCCTGCAGAAACACGATGCAGCCAAGATGGTGTTCTCAAAAGTCCCCGAGGATTCCATGAGGGAGGTGTACTGTCAGTGG-----GCAGGGGTCGGGCAGACGACGGTACTTGCCGAGGATGAGAACGCCATCAGGGAGCACCTGTGTATTAGGGCCTACTTGGTACAACTGAATAATAATAATAATGCACATTTACCTAGCTAACAAGTGAATTGATTATTTCCATTGAAATACA a score=10842 s danRer3.chr4 28213883 342 + 33808418 TTTCTTCTTTTTTACAGGAAGCACACGAAGCGTTTAACGAGTGGTTCAAGCACATGAACTGTCCTCCGGTGAAGCCCACAGCTCCTGCTCAAGCCAAGTTTACAGAGAAAGTGGCTCATGAGATGAAAGAGGCTGAGTACAAGGTCAGGACG-GGACATCCACACACCGCAGACTGAACACATCTGGCTTT-GATCTGTAATAGTGTTTCTGTGTCACGTTCCTCCAGATAGAGCTGGAGAACTGGCAGGGGCGTCTAGGAGCTCTCACTGAAGATGTGAAGGAGAGGATCTATAATGTGCTGCTGTTTGTAGACGGAGGCTGGATGGTGGATGTCAGAGAGGT s fr1.chrUn 180196479 340 + 349519338 TGTCTCTGGTGCCACAGGAAGCTCATGAGGCGTTCACTGAGTGGTTCAGCCACAGCAGCTCTGCACCCCAGAAACCAGCACCTGTGCCAGAAGCCAAATTCACAGAGAAAGTAGCAAATGAGATGAGAGAAAAGGAGTACGAGGTATACACGCGGTTATCCCTTGTAATTAGAATAAGTATCTATATTTTTTGATGTTAATTAATAGTTGCGCGCC----TGTTTCAGGTGTCGCTTGCTGCCTGGTCGTCCCGTCTGGATGTTCTCACTGAAGATGTTAAAGAGAGAATCTACAATGTGCTGCTGTTTGTGGATGGAGGCTGGATGGTCGACAACAGACAGGT a score=6232 s danRer3.chr4 28216496 232 + 33808418 CCATTGTACGTTTATATAGAAAATGCCGTTTTGAGTGTAGTCTGGATTTCCTGTTTTTGCAGGATGCTGAGGAAGACTCCGAGCGTTCTCATCAGATGACTCTGCTGCGGCGTTTGTGTTTGCCCATGATGTCTTTTCTTCTGTTAACTGTACTGCAGCGAACTGAACGCCACCAGGAGAGTCTGCGTCTTGCTGACATCATCGCATCTGACCAACACAAGCTATATGAGGT s fr1.chrUn 180197014 230 + 349519338 CCATATCAGGTTTAAATTAGGAATGAGATGATGGTTGTCTTTC--ATTGGTGATCTTTCCAGGACTCGGAGCAGGATTCTGAGCGCAGCCACCAGATGGCGATGCTGCGCTCTCTTTGTCTGCCTCGGCTCAGCTTCCTGCTGCTCAGTGTGCTGCAGAACTCCTCCCGCCACCAGGAGGCGCTCCGACTCGCTGACATCATCTCGTCTGACCAGCATCGTCTCTACCAGGT a score=5607 s danRer3.chr4 28217552 146 + 33808418 TTATTATGGTTTCTTCATCTGAGCTCTCATTGTTTG--TTAGGTTTTCTCTAAAGATGAGCTGCAGAAGTTTCTCCAAAAGATGAGGGAATCCTCTCTTCTTCTTCTGGATAAAGGACTGGATCCTCTGGGATATGAGATTCAGCCCT s fr1.chrUn 180197296 144 + 349519338 TTCTTTTGTTTTGTTCCTT----CTCTCTCCGTCTAACTTAGGTTTTCTCAAAAGAAGAGCTTAAGCGTTTTCTTCAGAAATTGCGTGAATCGTCACTCTGTCTGTTGGACAAAGGACTTGATCCCCTGGGCTATGAGCTACAGCCAT a score=2615 s danRer3.chr4 28229346 223 + 33808418 TCTCTGTTGCTATGGAGTCCAGAGTTGATGACATCACAGAGCAATATGAAAGAAATATGGAAATATGAAAAAAAGGCTTCTGGTTA-----CTGGGAAAAAGGTGATACCAGGAATGAGTATTAAACAAAAAAGTGTGCTTGTGAAAATGGCATTAAATTtatatatatatatatatatatatatatatacatacatacatacatacatacatacatacatacataca s fr1.chrUn 313768707 197 + 349519338 TCGCTGTTGCCATGGAGCTCAGAATCGGTGACATCACAG----------------TTTGCCAAC-TGAATCGCATGTTTGTGTTCACGCAGCCGGAATGTAAGTGAGCTCGGCACGGATCAGGTGACGA--------------GCAGAAGGCTTCCAGCTGGAGAGcacgcgcacgcacgcatgcacgcacgcacgcacacgcacacacacacacacacacacacaca a score=4528 s danRer3.chr4 28234543 1062 + 33808418 GTAAATGCCTTTTATTAGCAAAATAAGGGAAATGAGTGTACAAATGTTCCCCCATTATGGAGA--------ACACAAAGACAGAGGTGGCAGTTTTCTTTAAAAT-----CAATCAACAGTATAGCTTGCCTCAA----ATGTCTCTTTACAGACATTGTCATATTGTTTGTTTGTATTTTTTCTCCTCAATGAAATCTCGAACCGCTCTCTCGGTCCCTTCATCTCTCAA-------------TGGTGC-----------GTCATTTACCCAGCAGTAAGCCAT-----------------------TAAGATGGCGGCCGGCGTCTGATGACAGATGCTCGAGTCCTGTGTTT-----GTAACATCTCAAAATCTGACAGCCATACAGGACTCCTCTCCATCTCAA--------GTGGCTGTTGTTTGGTCTACTTTTGTTGCCATTAAGACC--TGGAGGTTTGAGCACCGCACACTGCT-TTAACCATTAGCTTTCTTTACAACGCCATATTTCT-------------------ATTTAATATTTatatatatat----atacagacgca------aacagatgcacatacacacacacatacactctctcacattctcacaTTCGATGCATATGAGGATTTGTGCTCTCAGATTAG-----TAACATCCAGTATGAACTTTTTTGACGTTGGAGAGATATTCAGCAGGCAAACCCAAGCAAATGGACAAAGACTGC--AGAAACGCATGCGAAGGCACAAGAACCAACAAACTGGATCGAGTAGCACAATCTTTCTCTCTCCTCGTAGCAACAACCGCAAAGGCAAAAAAAAAAAAGATAAATTTACAAGAAAAGGGAAACTTCTCTGATGCAAGACGGCAAAA--------TAAAAAGAAATACTTTGTTTAAATGAAACA-AACTCGTGTCAC--------GGGGAAATGAACAACATGGC---------------CGCGACAGAAACGACTGTACGAACATTCGACACAATTCATTTTTAAATGCTACTTTTTAAATTTTTCCAAAGACGAAAACCATAAATAAAGCTGACAAAAGTGGCGTAATGTACAGCACTGGTTCAACACCAGTTATCTCCATACTTAGTCTTGCAATCTTCCTCCAACAAAATGCACATCAAAACTGGCTTCAGCTGGGCCTAGAAAGAAAATAAGAAAAGTGTTA s fr1.chrUn 313771603 1139 + 349519338 GTAAATGGTTTTTATTAGCAAAATAAGGGAGATGAGTCTACAAAGGTTCCCTGTCCTCAGAGAACGTACACACACATCGACAGCTGCGGCAGTTTTCCTTTACGTGAGCACAACCGGGAACGTTCTTTTTTTTAATCACAGGTCTTGGCAAAGTCGTTCCGATCttaaaaatttaaatttaaaaaaGAAAAAGAAGTCGTG----GGTCTCTCGGGCTTCCCACCTCTCAAACCCTCCTGACCTTGCTACCGACCTCTACAACCACCTTTCCAGCCATCCGTCACCTCCGAATACATTAAAATATACGTAAAATGTGCCTTTTCTTTCAGCTTCAAACACCAGAG---TGTGTTTTTAGCGCAGCGCCTCAACCAACCGCGTCCTGAATGAATCTTTGTACAGTTTAAAAACCAGGACCCCTGATATTTGG------------GGCATAAGTAACAATAAACATCTCAGTATTGTACTGTGTGATTGGCCAGTAG---GCCTTCCATTGTCATGGTGATTGGGGGGGGGTTCAGGGGAGTGTGGAGGCTACATGTTGATCACCATGGAGACCCGTGGCTCCAGAGGGAAACCTTCCTCCTCCCATTAGCTCAGTGATGTGCACACAGAAGATA---GCAAGGACACAACATAACAGCTTAGCttttttttttcttctttttttttttttAGCGTCGAACAT---TTCAGCAGGCAACAGAACGAGCGTGGACTACGACTGCGGAGAGGAGCATGCCAAGGCACAAGAACCGACGAGCTGGACTCAAGAGCTCCGCCTCCCT-TCTTCTCCTTTCGCTAGC----GAGGGAAGGAAGACAAAGAAGCGTTCCCAC--------CGATTCCTCTTCCG-GAGACGGAAAGAACGACAACCAAAAAAAAAAAGGCTGCAAAAATGAAAAACAATTAATAAAACAAACCGGGGGAGAAAAAAAAAAAAAGGCAGTAAAAGTTTGCGGCGAGGCGTTTACAATGATACCAACATCCTACACAA---ACGTTGCAACGCTA--GTTCAAAATGTTC---AGTCAAAAAACATAAATAAAGCTGTTAAAAGTGGCCTATAGTACAGCGACGGT----CTCCGGACGTCCTCACGACTCCTC-----GTCCTCGCCCAACAAA---------AACACCGGCTCCACC---GCCTGAGAAGCACAGAAGAGGGTCGTCA 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TGCTGTTGACAGATTTGGAAAGTCTAAATGTATAACAGTAA-CATT---AGTAAACAGGTAACATTATATCATCAGTATCATGTACTGTTGGGTTTATG--AGTTTTAGTTTGATTTTAATTAGCTTATTTGTTC-ATTACTGACTGTGCACTTATTGTGTGTTTATCttaataataaatat s fr1.chrUn 63649947 174 - 349519338 AGTTGTTTCCAG---CACAGTGTCTAAATAAAACACACTAATCATTTAGAGGAAGCAAGT-GCGATGCAATACCAGCCTTCTG--CTGAAAAACTTATTGCAGATTTA--TTCATTAGAATCTTGCTGTCTCTGCAAATGCTAACTAAGTTTTTATTATATTTTTACATTTTCTTTAAACCT a score=-400 s danRer3.chr4 28241174 293 + 33808418 aataataatatGGCATTGTTAAAAAA--GGCTGAT----GGTTTTAATATTTTAACTTTACATGCTTCAGTCAG----------------GCTAGTGGTTTCTTTAATATTGAAATTTGTTAGCAT-GCTACATGTTTTGGATCAAAATTAATTTAAA------TGCTT-TAATATTTCATGAAACATGCTTGTAAACAATGAAATTAATGCACTCATAAATTTTGTCATTTTAATTAATGCTTTG--GAAATCTTTCAGAGTAATATTGAAAACAGTTTTGAGTATTGATAAATAACATAGTAGAAA----TATTAGTCCACTCAATT s fr1.chrUn 63650147 321 - 349519338 AATGTTCATCTGATGATGCTAATGACCTGGCTACCCCCAGGATTTAA-AATTTAACTTTA-ATGCCTCAATCATTTAAAAGTACACCAACACCAAACACTGACACAATACTGCAAATAGGTAAGATGGCAATACGTCTGGACTACAGCCTTATTTCAGCTTTCTTGCTTGTAGAATTTCTTGAAAC-TAAACAGAAACAGTCAAATGAGGCCA-----AAATCTTCAAGCTATGAACAATGTCATGGTGGAGACATTTGTAGTATAGTTTTTATAGTCTTTGATAATCCAGGAATCTCTTGGCAGTGACATCTATTAGATGCCTTCATG a score=1501 s danRer3.chr4 28241467 73 + 33808418 ATCGTTTAATGAAAAAATGGTTTACTGTATATTAAGTTTTGTGTTGTCCATCTTAAAAGCCTTACTGTATGGA s fr1.chrUn 242010361 73 - 349519338 ATGGTTTGATGGGTAAATGTTGTACTGTAATTATTCTGGTGTATATTCTGTCCTGTGCGCGCTGCTGTACTGA a score=851 s danRer3.chr4 28242411 124 + 33808418 AAATTAATTCAGAAAAGAGGAATACAAGGAAAGAATAATACAAAAAGTTGAAT--TTTAACGTAGAACTGCTTAGCCAGCTTGTAAATTTGTGTT--TAATTATATGATAAATAATATTAGTAGCAGT s fr1.chrUn 113994245 123 - 349519338 AAATTAATCCA-CCAAGAGGAACG-AATTAAATAAGGTTACAAGAGCGAAAATGTTTTAAGGTATAAAAGATGAGACA-CTAGTGAGTTTGGATCACCAAGTAGATAAGGACGCACATTCCT--CAGT a score=8552 s danRer3.chr4 28242535 184 + 33808418 AAATAATCTCATACCATCTCTTCATCCTCGGCCAGCACCAGGTCATAGTCACTCAGTGCCACACAGAAGATGATGGCAGTCACACCTTCAAAACAGTGGATCCACTTTTTCCTCTCTGACCTTTGACCTCCGACATCAAACATTCTGAAATACATTTTAAAATGGTTAATTGATTCCTGCAACT s fr1.chrUn 247021634 177 - 349519338 AACCGGTTCCCTACCACTTCGTCGTCCTCCACCAGCACCATGTCGTAGGCGCTCAGAGCGGCGATGAAGATGATGCAGGTCACACCCTCGAAACAGTGGATCCACTTCTTCCTCTCTGACCTCTGGCCACCTACATCAAACATTCTGCAG-------GGAAACAGTTGTTTCATTGTTTCGATT a score=6279 s danRer3.chr4 28245771 142 + 33808418 GCTCACTTGAAGTGTAGGTCTTTGAAAGTGAAGTGTGTCTCCACAATGCCTGTGGTTTTGACTCGGGTCCTGAGCACGTCCTGTTGAGTGGGTATATACGTGGCCTGTGATATTCTGTCCAGATCGTTCAGGTAGCTGTGGA s fr1.chrUn 247021857 142 - 349519338 GTTCACCTGAAGTTGAGGTCTTTAAAGGAAAACTGGGTCTCAATGATGCCGGTGGTCTTTACCCTGGATCGCAACACGTCCTGCTCAGTGGGCACGTAGCCGGGCTGGATCAGCCGCTCCAGGTCATTCAGGTAACTGTGGA a score=524 s danRer3.chr4 28245913 38 + 33808418 AAAAGAT--AGGAGTGAAGTGGTTAGCTTCAGCACGAGTG s fr1.chrUn 313773825 40 + 349519338 aaaggatgaaggagggaaggaaacgagcgcaggacaggag a score=2838 s danRer3.chr4 28245987 367 + 33808418 GACCAACAGGTCTGGACCGGGCC--TCTCACGAGACGAGGCAGACCTGAGAACAGGATTTGCAGTTACAATCCGCTCTAATGTCCTTCTGCTAAAACAGATTTTTATACACATAACTCTGCTCCAACAATTGCACAAGA-----GTCAGCAGGGCCGTTTCCTGAAAAACAAACAATGAGCCGTAACGTCTGCCAACTGCCCACTTCATGTGACTGAAAATA---------GTGGCTACGCTTCAGCTGCCGATTTGGGTAATGCTTAGTAACAGCTTAAACAAAAGATAATGCACAATACACACTCACAAATATACAAATTAGGTATCTTacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGTAAACAGA s fr1.chrUn 313773896 326 + 349519338 GACAAAACGTCCCGAACTGGGACAAACTCAACAGGCCACAAGGAC----GAGTCAAGCTAGCAACAAATATCAGCCAGTCGGTCC--------------ACTTCACTGCACAAAATTATCCTCT-GTAACTGCGCACAAGCCCCGCCCACAGTGGCGTCCTC----GATGCAGCACCGAGCCAGA-----CGCTAATTACACCGAAAATGTGTCCGTCAATCTGAGCCTGTGTGAACACACTGGAGCC-----TTGTGTTAGCGCTC----GCAGCTTAAATATTTAGTGTTACAGcacacacgcacaca--------------------cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacGATCAACAGA a score=5116 s danRer3.chr4 28247058 309 + 33808418 ATTTCAGTTTCAGATTCGTTTATTTG-TTTTAAATCTCTAAATGGTCTTTCTTGCCATACCTTATAAAGCTCAGATACACCTATAAGCCC--ACTGGTTCTGTCAGGTCAGCTGATAAGCTTCTCCTGATTGTGCCAAAAACAAAGTGTAAGTAC-----CTGG---TAAATCTTAATAC---CCAGTT--ATTTTAACTTTT-----------------ATGTCTTTTTAG--------------------------------GTAGTTTTATCTTGTATTTTATCTATTTTA---TAGACTAGTATACTTATGTTGTTGTAAAATTTCTGTACAGCACTTTGGCTCACTTCTG--TGTTTGTAAAGTGCTCTATAAA s fr1.chrUn 322084920 369 + 349519338 ACTTTAATTTGAAGATCGTTTCTTTGCTTTTAAATGCTTCAATGGTCTCTCTCTTCTACCACTCTGAGCTGCAG---CATCTATAATCTCCTGCCGGTGCC-TCAGGTCAGCTGATCAGATGCTCCTGGAGGTGCCAAAATCTAAGTAGAAGGACAATTTCTAACCCTAAATTTTAAAACAATCCACTTCCAATTCCACTTTCGATAGGCCACTCCACTAATGTTTTTAAAGCCTACCTTTAAACGCAGAATGAGCCTCAGATCCTGCTTTTATTGTTTTTATTACTTGTTTTAATTTTCTTTGATATTCTTATTTATATGTGA------TGTACAGCACTTTGTATCAACTATGTATGTTTTTAAAGTGCTTTATAGA a score=4407 s danRer3.chr4 28250431 215 + 33808418 GTAAGGTAATGCAAA-----GGACATATAAGGGAAACACCAGAAAGCAGAGATA--------CTTACTATGCTGCAGAGTCATTGAGCTGATACTCTCTGGATCGACTGAAGCAGGCCTGCACTCCTCCATCTTTCCACAAGCGCTTTATCACTCCAGCAAGTTCTGCTGTCATAAAACCCTCCTCAGCGCTGCCCGCCAACACAAACAACTGCCTGGCATCATCCTG s fr1.chrUn 247021999 226 - 349519338 GGGGAGCAATGCATATTTATGGTGATCTGAAGGA--CGGCGAGAACTTGTGATGGGTCATCTCTCACTATCCAGCGGAGTCGTTGAGTTGGTACTCGGAGGCCCTGTCGAAGCACGCCTGGATGCCCGAGTCCTTCCACAGGCGCAGGATGATGTCTGACAGCTCTTTAGGCATGGTGCCCTCCTCGATGGTGTCTGCAAGATGCATGAGCTTCCTGGCGTCGTCCTG a score=6857 s danRer3.chr4 28251375 282 + 33808418 CACCGCTCGTGCTGCATCTCCGAAATCGATCTTGAGTCGCCCCATGGCACGAATGATGGCGATGATGGACTGAATCGTGTTGCTGTAGACAACAGCTTTGTACTGTTTGCACTCCTCCTCCGAGTAACCGGCCTCATGGATGATTCTATATGCAGGGATATGAAAAACCCATGAATGATGGACACCATAAAATGTAATTAAAGCAGAAAAGGAAAACAAAACA-------------------------CTTACTTCATTTGTTTGACTATCGTACTCTTCCCAGACTCCCCAGCACCTGTCAAAAAG s fr1.chrUn 247022302 288 - 349519338 CACCTGCTGGTCAGCGTGGCCGTAGCCGATGTTCATCGTGCTCATGGCCTTGACGATGGCCATCATGGACTGCAGCGTGTTGCTGTAGATGATGGTGATGAACTCCAAGCATTCCTCAAGCGAGTAACCATCTTGGTGGATAATTCT--------GGAAGAGGGAAACGCGTTATTAATAG-----------TTCATTTGCAGCCCATAAGGATGACATTAGACTTTGCTGGGGGCTGGTTAAGTGATCTTACTTCATCTGTTTGACAATAGTGCTCTTTCCAGATTCTCCAGCACCTTCATGAAAG a score=-185 s danRer3.chr4 28251657 95 + 33808418 CAGTTGCGTAAGAGTTAGCTTATCAGTCTACAAACAATGCAATTACCACCACAAGTGTCTAGATTTAATGACTTTCAAGAACAACATCTACTGTG s fr1.chrUn 140729387 85 - 349519338 AAAT---GTAAACATTACAATATGA----ACAGACAAGACA---CCTAGAAAACTTATTTCAACTTATTTATTTGCTTTAAATGCATCTGTTTTG a score=1614 s danRer3.chr4 28253487 80 + 33808418 GTGTTTTTCCTTTTCCTTCCTTCATATACACATATACACACACAGACATTTGAAGCATTTGAAGTGGATGAAAAGACTTT s fr1.chrUn 242015960 80 - 349519338 GTGTGACCCTGCCCCCCCCCATCATAAATACACAATCAAGGTCAAACATTTGCATAAAACCTGGTGGAGAAACAGACTTT a score=1719 s danRer3.chr4 28264288 63 + 33808418 TCTGTTTTTTTTTTTTAAATGTCTCCCTTTCTTCTAAAAGATTCCATTTCAGATATTAATGGA s fr1.chrUn 132633934 63 - 349519338 TCTGATTCTGTTTCTTGAGCGTCTCTCAGGGTTGTCGGAGAGACCAAACCAAGCATTAATGAA a score=34 s danRer3.chr4 28267644 66 + 33808418 AACACTCTTTCAGCTACCGTGTAACACAGTTGTAACAAAGAAACAGCGCAGTTTAGGCCTCTCATT s fr1.chrUn 132643479 64 - 349519338 AGCCCTCATTAATGTCCGGTTCCGTCCCGTTGGAACTAATGGGTCGAGC--TTTCCGCGTCACGGT a score=-36 s danRer3.chr4 28267710 10 + 33808418 TATGTTTAAT s fr1.chrUn 140732397 10 - 349519338 TGCATCCATC a score=2853 s danRer3.chr4 28267720 152 + 33808418 TGTTTCTTACCAAGCAGCAGGAGTTTGACCTCTCTGGCCGCTTTCTCTCCGTCATCTCTCAGGTTTCTGTCGATCATTTTACTCCTCTCCACCGCCGCTTTATCCTCCGTGCTTAACGTACAGCCCATCCT---TCACGACGATCCGAACCGTTC s fr1.chrUn 247023312 143 - 349519338 TTTTTGTTACCCAGCAGCAGCAGCTTGACAGTCCTGGCATCCTTATCGGCGTCCTCCTTCAGCTTCTTCTCCAGC--------TCTCTGGAGCG----TTTTTCCTCTGCGCTCGCTCCAGCCCCCATCCTGCCTCTCCTGGGTTCGGGCCCTTC a score=4458 s danRer3.chr4 28277317 142 + 33808418 GGCTCGCCATCATGACCTGCTGCGATCAGCGGTGCGCACTCATCACCGGGGCCGTGCTGGGCGCCCTGATCGCCTTGCTTGGCGGAATCCTCATCCCGGTGGGCGACATGATAATTAAAAACACCGTCCATAAGGTAAGTCG s fr1.chrUn 169067452 142 - 349519338 GGCGCGCAGACATGGGATGCTGTAACGTGAGGTGTGGGCTGATCGCCGGAGCCGTGATCGGAGCGGTCGTCGCCATCCTGGGAGGGATCCTTATCCCGGTGGGGAGGAACATCATCAAGGGGACGGTGGAGAAGGTATGGCG a score=6716 s danRer3.chr4 28278028 194 + 33808418 TGTTTAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGGAAACAGTGCTGGAAAATGGGACTTTAGCATTTGACACCTGGACATCTGTAGACATAGCGATGTACAGGCAGTTCTGGATTTTTAATGTGGAGAATCCCGATAAGGTTTTAAGTGAAGGGTCCAAACCTGTGTTGGTGCAGAAAGGACCATACACATACAGGTAA s fr1.chrUn 169067819 194 - 349519338 TGTTAAAAATAGCCCGTCTGTATCTGCAGGAAGCGGTCCTCGAGCCTGGAACGACAGCTCATGACAACTGGGTGTCCGCGGGGGCAACAGTGTACAGGCAGTTCTGGATCTTTGACGTGAAGAACCCCCAGGAAATTGTGAATGATGGTGCCACTCCAGTGGTGGTGGAAAAAGGACCTTACACCTATAAGTGA a score=5853 s danRer3.chr4 28279036 209 + 33808418 TGTTATCCTTCAGGGTACGTTACATCCCCAAAACAAATATCACCTTCAATGACAACAACACTGTGTCCTTTGTGCTGCCGGCAGGAGCCACCTTTGAGCCTAGCATGTCAGTAGGATCCGAGGAGGATGTGTTCACATCGCTCAACCTTGCTGTCGCAGTATGTATTT---------------CAAAAATATTTCATGCCATTGCAGTTATCTTTTTATTCTTT s fr1.chrUn 169068066 221 - 349519338 TTTTCCTCATCAGGACGCGGTACCTTCCCAGGGACAACATCACCTACGGTGACATTA---CCGTCTCCTTCGTGCTGCCCGCTGGAGCCATCTTCATACCCTCAATGTCAGTGGGATTGGAAGAGGACAGCGTCACCTGCCTCAACCTGGTTGTAGCTGTGAGTGTTGCCTGGAGAAGTCGCACAACAATGGCTCATTTTGTCGTGGTCGTGGTTGTTTTTTTT a score=2403 s danRer3.chr4 28281720 185 + 33808418 TTTACTTGAACCTTGATTTCTTTTCTTCCAGGGTGTTTACCGTTTGATTGGTCCTAAACTGGCAGATTGGCTTATCCGAAGCTCCGGT---TCCTCACTCTTCCAGAACAGGACTGTTAAGGAATTATTGTGGGGCTACAAAGACCCAATGTTGAACAGCTTGGTTGGAGCTTTTTATCCAGTAAGGA s fr1.chrUn 169068546 176 - 349519338 TTCACTTCTTTGCTCATTCCCATTTCTTTAGGGTGCTTA----TTCGCTGGTCC--------CGGAAGAAGTTTTGGAAAAGTTTAGTAAACTCTCCTTGTTCCAACACCGAACGGTCAAAGAACTCCTGTGGGGTTACAGAGACCCCACATTTTTCATCGAAACGGGCCTCTTTGTTTCCGTGAGTA a score=3681 s danRer3.chr4 28283539 113 + 33808418 TTTTTTCTTTTAGTATAATGGCACCGTAGATGGACCCTACACTGTTTTCACAGGCAAAGATGACATTAATAAAGTAGCCATTATTGAACGCTGGCAAGGTGAAACGTAAGTAT s fr1.chrUn 169068793 113 - 349519338 TGTTCTCCACCAGTACAACGGTTCCACCGATGGCATCTACACCGTCTTCACGGGGAAGGACGACATCTCTAAGGTGGGACTGATCGACAGCTGGCGCGAAAAGAAGTGAGTCT a score=4072 s danRer3.chr4 28284446 79 + 33808418 TCTACAGATGGTTCCTCTTTCCACCCGTTCCTGGACAAGAAGGAACCTCTATACTTCTTTTCTCCTGATATCTGCAGGT s fr1.chrUn 169069094 79 - 349519338 TCCACAGATGCTTCGTCATTTCCTCCATTCGTGGACAAGTCGAAGCCCCTCTACTTCTTCTCCTCGGACATTTGCAGGT a score=5552 s danRer3.chr4 28286613 212 + 33808418 GAATACATATTGTGCTTTTCCTCCAGGTCAATATCTGCTGAATATGAGGCCACTGTGAACCTGAAGGGAATTGATGTGTATCGGTACTTGCTGCCTGTTGATGCTCTGGCTTCTCCAGTTTCCAACCCTGATAACATGTGCTACTGTACAGACCATGAAATCACAAGAAACTGTACCTTAGCTGGTCTTCTTGACATTACTTCCTGTAAAGG s fr1.chrUn 169069413 209 - 349519338 GAATCTAAGTTGTGTCT---CTCCAGGTCTGTGTCAGCTAGCTTTCAGCAGAGCATGGATCTAAAAGGCATCGAGGTGTACCGGTTCACCCTGCAGCCCAACACCCTGGCTGCCCCCACCGATAACCCGGACAACCACTGCTTCTGCAGAGATCAAAAGGTCACCAAGAACTGCTCGCTCGCTGGGGCGCTGGACATCAGCTCCTGTCAAAG a score=4103 s danRer3.chr4 28287393 213 + 33808418 TCACAGGAACCCCAGTCTTCATCTCTCTGCCTCACTTCCTCTATGCCAGTATTGAGCTCCAGCAGGGGGTGGTCGGAATGAACCCCAACTTAGATGAACACTCCATATTTCTGGATGTAGAACCGGTGAGTAAACTACTTTATTTGCATAAATGTGCTGTTttaaatggttagtttacccaaaaatttaaattctgctattaattcctcaccc s fr1.chrUn 169069688 196 - 349519338 TTGCAGGTAAACCCATCTATATCTCTCTGCCTCACTTCCTCTACGGCAGCCCCATCCTGCAGAGTAACGTGCTGGGCCTGAATCCCAGCGAGGAGCATCACATGACGTACATGGACGTGGAACCAGTGAG--AACAGCTTTCGATGC-------TAATGCTTCAAA-------GCTAGCCAAAAAAGCTGATGTTGTTGTT-GCTCCTCTCCC a score=-3512 s danRer3.chr4 28287606 667 + 33808418 tcatggtgtttctattc-tccaaggccttcattcat---ctacagccctccactgaagatattttagattaaatttgacatctctttcatcctgtagacagaaatgaccctgacacagttt--tgagtctTTTGAGAATGTTTTTGGTTTCTTTAAATGTCCTGGGACTGTTTCTGTCTATGAAGGA------------TGGGAGAGC-TCTAGGATC------------TCATCTAAATTATCGTAAttagaaca---agatgacagtaagtaattaatgacagaatattcatttttg-ggtaaaccaAGTTTTAAGGCAATACACTGAAG-----TTGAATAGAGTAAAAATAATGATAAGTAATAGTTACCAACACTTTCCTGTGTAAATGATTTTAATGAGTTTTTGAATAATAATAATTTTAAGGTTACAAACAT----CTGAAGTCAGTTTTTTTTTTGTTG-CAAT-----ATTTTGTTATCATTCAATCATTCAGAAAAGGTTGCAGATATAAAGATATTTTCAGTTTTATATATAATAAAATGTGTCATACAATCAAGCATATTATTATTAACATATTGCTCATGAAAACTTCAGAATATAGATACGGATGAACCATGCATTTAAAAGCTGGTGA------TTTATGAGT--AAAATCAATTTTGAGAACA-TAAAATAATAATAATATAACATACAGAAATATGTATTGCAGTTGA s fr1.chrUn 295280801 669 - 349519338 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AACTTTTGTTAGAATATAT----AAAGCTCTAAATGATGGGCCTGTTT---AATGCTTGATTTTATTTTATT------------------TTTT-------CAGGGAAAAGCACAGATGTAGTTCCAGGCAGGTATTGAGC----ATGTTTCAGTGTTCAATGCATGTTGG-----AAAT--------ATTCTGATTTTTTTTTTTACTGTGAGTGACTATA----TGTAGACTGTTC----------AAAGATACAAGATGAGTG-GTCTTACATTTACCCGCATTGAAAACCAATTTTTATTCAATTAGTTGTTTATCATTGTTTT--------AATGTAGCTACCTTATGTTTTTGCAGTCACATGAAAACAAATCAAGACataaattaaaataaaatatatcatt----------aaaattCACAGGAAATTTCAGAT------TTTCGCACTCCAAATGC-CTTGGATACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTGCAAAATGCTATCAAAAGCAAATT---------------------TGCCATTAAAAAAACAAAACAAAAAAA---CATTATTTAGGTATTTCCAGGGGTCTGGTGGTTTTAGAGCTTTTATCTTAATTCTATACGCAAAAAAATCGAGTATTAAA s fr1.chrUn 247024152 628 - 349519338 AGCGTTTATTTGCATTTGTTTCCACTGCTATAAGTAAAGTTCATGTTTCAGAGCTCTTGAATTTATTCTGTTCTAGTGGGGCTTGGTTAGTTTTAAATAACCAGGAAAGAAAACTCTTGTTATTATA---AAATATAGAGCTTTAATTTATTAGTCAGCAACA-ATGATGGGGAAGAAATGGATGGTAAttttttttttttttttttttACAAATCATTGCAATAACATAAACTGTGCTTTATATCATACATATACTGTATCATCATGACCTACACTTTGCCAGATGGACAA---------AATAAATGAACGCCTTTGAAATATATTCAACAAAAAAAAAAGCTGTCAATGTTTTCAGAAAAAAGGAGAGAACGAATAGAGGCGTGACCTTTGCTGACCTTTTACATTTGTCAGTCGTAAAACAAATAAAGAGTTTTAGACCACGTCTTTCTCACACATGTAGCATTTCAATATTGAAAAGAAAAAAAAGACA-----CAAACTGACATCCACAGACAAATACCGTATAAATACACTGTACATGCCATGCAAAAGTCACCTTCTGAAGAGTCCAGCACTTATCTCTCTTCAGG--TCTGGTGATTTTAGTGGTTGTAACTTTATTTTA-----AAAGAAGTTAATGAGTAGA a score=321 s danRer3.chr4 28292700 145 + 33808418 GAGCTTTTAAACTATTTAAATTATTAAAATACAAGAAAACAAAAACATAAGTTACACAGACAGAGTAATCCCAAACTGAAAGCTGTACAATGCTATACATCATC----TAAAATACGTCACAATC---------ACATTACAAATGTGCACAAACCAG s fr1.chrUn 272379230 149 - 349519338 GTCATTTTCCAACCCATAACTTCGGGACAGACCAGAA---TGAGACATATTTTACATTTGGAAG------CCAAACCGCAAAGTGTGAAAGGTGTTATTTCATCTCCATAACATACAGAACAATTCATAATAAGGCGTCACGGTTGACCACATATCAG a score=-1919 s danRer3.chr4 28295060 526 + 33808418 CTAAATCATGACAACaaaaataaaaattatataaacattttaaaatCTCTTTC----------TCTCCaaaaaaaaaaaaaaaaagacgatgaaaaaaaaaaaGATGACTGATTTTGCACTTAGGGGCATATCCAAATTTTTGTCCAATCAGATGCTCTCCAGAATGAGACTGTCCTTTTTGTTAATACTTGACAAGTATTAGAAAGTATTACATAAACATTTAATCAGGTTATTGGCTAAAATTAAAGACA-----AGTCTTTCAAAGTGTCCAACTTTCTGTT----------TAAA--------TATGAAATGCATCAACACGGGAAAGAAAACCGTGCTCGTCAAAT---AATTTCACCGGACTTTCCACGGACTTGCATTACTTTGTTTGTTCTGAAATGTTGCATCCACATACATTAAAGCAAAACACAAACTGAGTGCCTGTATGTGTGTTTGAGTCTCTCTTCCTCCTCTATATAAGACTGTTCTACAGGAAGCACCTGAGATGCTTTGAGCTTGAAGAAGACAAAAAAGCCAGTTTATAGCAAAGGAGACTTC s fr1.chrUn 21382064 493 + 349519338 CTAAACCTGGAGCACCACACAGAAATTCACTTCAAAGTTTTGGAGGCACATTTATTTAAATTACTTCCAAATACAACAAAATGAGAACATCTAAAGAAACTAAAGTCAAAGAGTTT---------------TACAAAAATATGTC-ATTCTGCCACCCTCAAAAACATGATTATTATTAATAATATTAGATATCAAGTCTAAGA-----CTAAATAAAGAATGTCATAGCTCCTGTACATGATATATAAATATTTACACTCATTCGGCGTGAATGCATTTCTGTCATTTTTGGCCTAAAGGCTCGTTTCTGAAATGTAACACAGTTGCTACCAGAATGTCACTTTACAAGATTAAAATTTAGCCTTCTTTTCTCAGACAAATAGTAATTT---TAATCGG----GTTGTAGC--------TCAAATCGCGGCCCAAATAAA--------------------------CCTTTTTCTCTTTGTAAAAC-ATTCCAAAGGTGTCGCCTTTAATGCCCTAAGC------AACATCTTACCCTCAGTGTTTAAGGATTTAAAGTTC a score=813 s danRer3.chr4 28295586 47 + 33808418 TCCTTTATTTCCCTCTCGAGTTCTTTCCTAAAACATGTCTTTATTCC s fr1.chrUn 272382829 36 - 349519338 TCCTTTTTGTCCCTCTCCTCTTCGCTCCG-----------CTACTCC a score=185 s danRer3.chr4 28295633 22 + 33808418 TCCATCATCTCTC------CATCCACTT s fr1.chrUn 247025932 28 - 349519338 TCCCTCATGTCTCGGCCGGAGTCGTCTC a score=16663 s danRer3.chr4 28295655 405 + 33808418 TTAGTCCTGCTGTAAGTGATTTCGGCGGTTCCTGCTCTTCCTGTGGTCCAGCAGGGGTTTGAGTTTTCCCAGATCTCCTCTCATGGGGCTCTGTATGCT-------CTGCAAACTCTGCATCTGCTTGCG------------------TTCTTTGCAGTATTGATGCATGGCGAGCGTCTCAGCTGGACTGAAGGCCGACACCAGGGCTTTGGGGTGCAGATTGGCTGTCCAGCCCCAGGGAGACTGTTGTTTATTGCTGAGGGCGCTGACTAGAGCCTCGCTCAGCACCTGTAGACGGATCTTTGCCAGTGTGCGCTTGAAGCCGTTCTCTGTGGCCAGACAGTAGTAGAGACCCTGGTCTGAGGAATGAACGGAGCGGATGAGCAAACCGTGATTGGTGGACACTACACGATCACTCAGCTTCACCTG s fr1.chrUn 169072119 429 - 349519338 TCAGACCTCCGGGACGTGATTGCGTCTGTTGCGGCTCTTCCTTCGGTCCAGGAGGGGCTTCAGTTTGGCCAGGTCCCCCCTGA-GTGGCCCCGGCGGCTGAGCCGGCTGCTGCTGCTGCCTCTGCTGGAGGTTCTTGAGTTCCTTCCTCTCCTTACAGAACTGCTGCACAGCCAGGCTCTCCGCTGGGCTGAAGGCCACCAGCAGGTCTTTGGGGCGGAGCGAACCGGCCCAGGCCCACTGCGACTGTCGCTTGTCCGTTAGCATGCTCACCATGGCCTCGCTCAGGACCCGCAGGCGGATCTTAGCCACGGTGCGCTTGAAGTTGTTCTCGGTGGTCAGGCAGTAGTAGAGACCCTGGTCAGAGAGCTGGGCGGAGCGAATCAGGAGGCCGTGCTCCGTGGAGAGGACCCGGTCAGTCAGTTTCACCTG a score=8989 s danRer3.chr4 28298096 147 + 33808418 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CTGTCGGATCACTGCTCCAGTGTCTAGATTACATAAAGTTTTGGATG-GCTCTAATGTTTTAAGCGTCAATGAAAAGAAAACGGAAGTCATGGTTTTTAG---------------------GTATACTACTGTAACTTCCACG------------GTTGATTTGAGCGTTCTAGCACAGCACATCAAACCGACCATCACAAATTTTGGGGTTCAACTCGATCCTTAGCTAAAGTTGAACAACCAAATAGAGGAAGTGGTCAAGGCAAGCTTTTTCCAGCTGAGACAGCTGAGGAAAATAAAGGCCATTTCTGTCAAGACAGCAATTTGAAACTATAATCTATGCCTTTGTTACTACCCGCCTGGACTACTGTAACTCACTTTACATAGGGGTAAGTGGCTCTTCTGTGGCCCATCTACAGCTTGGTGCAAAATGCTGCAGCACGTCTTTTAACAGGAAGTCGTACGTTTAAATATTTTACTCCA----------CACTTCACTGGTTACCTGTACAATATAGAAGTCATTTTCAAGTATTTTTGTTTGTCTTTAGATCCTTAAATAGTTCTGCCCCTCACTACAAATCTGAACTGCTAC s fr1.chrUn 267544439 596 - 349519338 CTCTTAAACCACTTCTGTTATGTCTTGAAGACATTAAAGCCTGGATGTGCCTGAACCTTTAAAAATTTAATGAAAAGAAAACAGGAGAGATGGTATTTGGTCCCAGTGGCTCTTGTGGAAAGCACGCTACACACACACACACACATCTACCCCACATTGACTTTGGCCCTTTGGCACATTATTTGATGCCAATAGTCTCAAAGTTGGGTTTTAAGATGGACAGTGATTTCAAATAGGATCAACAAATTGGTTTCATAGTTAAGTCCAGCTTCTTTCACCTTAGGCAGCTGGCACAGGTGAAGCCCTTTCCTG-CACAAAAGCACTTTCAGACAGtaatccaggccttcatcacatcttggcttgattactgtaatgcactctactttggagtcagccagtcctccctcacacatctccag-ttagtacaaaacgctgctgcttgcctcttaactggagtacataagagggagcgcatcactcccattttggagtcactctgctggctccctgtgcattttagagttaatttGAATCNCCNTTTAATTGTTTTTAAA-CATTAAATCGTCTCGCCCCACCTTACCACTCTATGCTCCTGC a score=3296 s danRer3.chr4 28459573 297 + 33808418 aaaaaatatatatttttgcgccattt-----tgaattttactcgaatacaaatacaaatacaaatacttttcccccttaacaaatacaaatacaaatacaaataccggctgctccgcacatccct---aTCAGCAGATCAGCTGCTTCTTTGGGTCCCAAAAACCAGACGTAAGCATAGAGGTGACCGTGCATTGGCAGTGGCTGCCCTTAAGTTATGGAATGC-CTACCTTCTTACATCAGGAAGGCTCCTTCGCTGACTCTGTTCAAACAACACCTCAAAACCTACATTTTCTTC-TTGGCTTTT s fr1.chrUn 264791344 288 + 349519338 AAAAGACATAAAATATTGTACCACCTATATGTAGATGATACCCAAATATCGAGAGGATGATAGATACACATCTGCT-----------------GAACAGTCTTCCAGACTCCTTCACG-ATTTCTGAGATCAGCAGATCAGTTCTTTCTTGTCATCCCCAAAAGTAAACCACAAAGACCAGGTGGTTGATCTTTTTCTGTGGCGGCTCCTAAACCCTGGAATGAGCTGCCATTAGACAGAAAAATGTCCCCCACCTTACCTACGTTTAAATCTCATCTTCAAA-CTGCATTTTAGTCTTTGGCTTTT a score=-435 s danRer3.chr4 28459980 252 + 33808418 tgttaagtggtgacgtgtttgtga-----------------cggatgtaatactgtttccgggtccgagccgccattcatttgagtagagaaat-cattcgtttatggttacgttttattcctatcacacattaaagttagttttatataaaatcatagtgtacacaacaatctctgggcttgctgca------------taacaaataccgcaaatttaacaatttattaaaaaaattaatcactttctggttatcggatattaggcatggacatatatac s fr1.chrUn 137029588 257 - 349519338 TATTACTCGATTTACTGTACATAAATCATGCTTCAGCTCACCCGATATAATGTTTTTTCATAAAAAGAGCAGTCATTTCTAAAAATAATTAAACACATTTGAATGTGA----AGTATATTAATA-CAGACATTAGTGAGAGGTTCCCATGGAA-----------ACGGTAA-CTTTTAGTTTGCCGTAACATATGACTTTGAACAAATGTCACAAACAAAACATT--------ACAGTTGAACCTTTTCAGCTCTCATCACAGAAGCAATTAACACACACAC a score=2736 s danRer3.chr4 28460686 107 + 33808418 GCTATATTTCCTCTAGTGTTGT------GCTAACATGAAGATGTTTGTGTCCACAGTGAACGTCCTACCTCACCCAACACTGACTGTGCCATTCAGGGCATGCTGTCGATGGC s fr1.chrUn 19821877 111 + 349519338 GCTACATTTC-TGACGTGATGTTTGATCGCTCACAT-CTGCTTTTCCTTTCAGTGAGGAAGCTCCTGCTTCTCCCAGTACGCGTGATGCCATTCAGGGCATGCTGTCAATGGC a score=224 s danRer3.chr4 28460793 121 + 33808418 AGGTCTGCTGTGTCCGCAGGCGTCAGGAGGAGCGGCTGATATTTTACAGCAGCGCTGGTGGGCCAGTCAGGGTAACGGCAGCAG-CACCAGCAGCAGCAGTGACAT-GTGGGACAGCAGTGAA s fr1.chrUn 269682445 102 + 349519338 CAACCTGTCGTCTTCA---------------------GAGAGCCTGCAGCAGCCGTGGAGCAACAGTCAGTCCAAAAACCACAGCCAGCTGAAGAACAACTCGCACGGTGCGGCGGCGGGGAA a score=3889 s danRer3.chr4 28460914 198 + 33808418 CCCTGTT-CAGCCCCCCGCAGCCCAG-------ATGCAGAGGACGGCAGTCTGGGAGAGGAGTATTCA-TACAGAGAGAGCTCGCTTTCTCCTCCACTGCACCCCTCCAAACGACACGCGCCAAACCCCACACCCGTCAGCAACCAGGCCACTAAAGGTCAGCACATTGCACTTTCACTGCTCTTTCTTAGAACTACATTAATAATG s fr1.chrUn 8427808 207 - 349519338 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AAAAAATGCTGTTTGATTGGTGTTTAAAGGTTTATTTTATCAAAAGTTATC--ATTTATTTAATCCAGAAAGTTCATGGAAACCTGGAATATTCTTTTTACACTGAAAATTGATACTACTAAATATATAATTACACGATTTTCCTCTCTTTTATTGGTGATTTGAACAAATATTCCTTTTTTGTTTTTTTAATAAAATTGAGGAAAATCTGCTTGCAATGAAAGTCTATTGTGTTTCAAGTGCATTTGATTGACACATTAGTACA------------AATTTCTGTAAtattattattattattattaGTGGTTAAGTTCATATT------------ACAATTAGTACTGGAAACCTGAAATCCTCCTGACACTGTGAAAATTCTCTATTGTACTTGAGCCCAAAAGAGAGAGCTCCTGCATCCTGAAGTGCCGCTGCTGC--------TCAGATATACTGTATATGTGATGTAGTTTGTCACGTGAT-TGACAATGATTTTCAGCTCA-----TTCTG------CATAATTTATCCTCTGAGATATTTTTGTTGACTTGCTTGACTTATTTATTAATTTCAAAGCTATAAGAATTCATATTGCATTCTGAGTTTCTTGAGTTTGTTTTTCTCCATTGCATTGAATAGTTCTGTAAATAGGAGTTTA s fr1.chrUn 264792059 564 + 349519338 AAGACACACGGTTTGTTAGTTGTT-----GTTTTTTATACTGGAAACAGTCCGAGTTAT----------AGCTTTATGGTAGAC---AATTTTCTCACTAAATAGATGATTGTGAC-ACGCAATACAAGATTACGCTATGATTCTGTCTGCCA------AGTTAAAC-------------------CTTGGACAAAA-----GCAAACATTCTAGCA------GTCTAATCTGAAACAATAACACT-------CACCTCCGTCCACCTCAGGTAGAGAATCGCTGAGAATTTATT-TCATTTTTGTCCAAATGAAAGTGTAAAATTAAAGCAGGCACAAAATGAGTGCAGGCCACTTCAAACACTATTCACACTGT------------------TTTGATGAAAACCAGGTAATAATTGCATTCTTGGACCAAACTATTGGGATATAAGCTGTATATTTTGTATCTGTGATGCAGTTTGAGAAGTGATACGGCAA--ATTTGGGGGTCAAACATTACTGGTGTGTAATGATTTATCAGGTCAGAGGTTTTAAT----------------GTGAGTAATAACACTCACAAGTGACTTTAT-TATTAACCTGTGATTCTT---CTTGTTCTTGTTTATGTAGTTGGTTGGTTTTATGCATGTGAACTTA a score=3637 s danRer3.chr4 28466145 101 + 33808418 TTATATGTACAATGAGGTGTTGAAT----CTACTCTTCATCATC--AGGTGGGATCCCAAGCTCCTCATCAGTCCA-GGCTGAAGCATCC-GGCCAGGGGAAGTGACCC s fr1.chrUn 76126909 109 - 349519338 TTGTACCTTCAATGTGACAGAAAATACCTCATTTCTTCATCATCCTGGGGGGGATTCCAAGCTCCTCATCTGTCCACTGGGGAAGCGTCAGGGCCAGGGAAAGTGACCC a score=4875 s danRer3.chr4 28466318 131 + 33808418 TCCTCACCAGAATGGCGTCTGGTGTGTGCCAGGTGTGCCATAGGATCCAGAACCACATGAAACCGCCTAAGAGGTTGGCATTAAATATCTGGTTCTTGGCGATCGGTGGAGGCTGCCTGTAATGTTGCACA s fr1.chrUn 76127249 131 - 349519338 TACTTACAAGAACTGCATCGGGATCGTGCCAAAGGTGCCAGAGGATCCNGAACCNCATGGCACCGCTGAGCAGTTCAGACTCGAACTTCTGGTTCTTCGTTAGCTGCGGGTACTGTCTGTACTGAGGCTCA a score=2970 s danRer3.chr4 28468197 258 + 33808418 GCTGAAGCAGCACAGTTAGC--TAGTTAGCCTGCCAGTGA--TAAACA---CTCACTTTCTGACGGTCATCTGCTGAGGTCCGCGTCTGAACTGCTGCAGGCCCGCCCGGAGGACACCCGCCGTCCTCCAAACCGAAGACA----TGCTCAAATCTAAGTGTTTTACTCCTAATTTGGGTCGGATTAAGCTGGG---------------TGACTAGAGAGCTAAAT-GTCACCTTTACAGCGGCTGTT--TCTTTGACTTGGCAATACCGAGAGCTGTGATTGGTCG s fr1.chrUn 76127517 279 - 349519338 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TGAACCCGA-CCAAGAAGTCACAGAAGTGCAAACAAAGATTGAGATTGCAACTCAAACAGAAGAGAGACTCAAAGAACTGGAGACCTCACTTGAAACGGCAGAGAATAAGATAAAGGAACTTGAAATTGCCCTT------------GAACATCACATGGAATTCAGAAACGAGCAAATTCTTGATGCAGAGCTTACTTCCATCAAGCAGCAGCTTCAGGAGTCTTTAGAAAGAGAAGACATCCATAAAGAAGAGATCTCTAAGAAAGAGAATCAACTACAGGAACTTCGCATGAACCTTGAGGCTGAAAGGGATGACCTGGAGGAGAGGCTGATGAACCAACTGGCTCAACTCAATGGCAGCATTGCTGGTTATCAGCAAGAGGCATCTGATAGTCGTGATCGTCTCACAGACATGCAGAGGGAGTTGGAGAAATTGGAGCGAGAGCGTGCTGAGTTGGAGGCTGAGGTGTTAAGTGAGAGGGACCGTGCAGCCAGGATGGAAGAGGACATGAGGCAGGCACACCGAGAAAGAGCAGAGGCTGAGGCTGAGACAGGCAAACAGAGGGAGCTGGAACAGAAATTGAAATCAGCACAGAGGTTTAAAGAAGGTAGTCAAAACAGAACGCGTCAGCTTGAGGAATTGCTGAGGGAAAAGCAACTTGAAGTCCGTCAGCTACAGAAAGACTGCATTGGGTACCAAGAAAGAATAAGCGAACTGGCTAAAGAAGTT-AAGTCATTGTTACTGGTAAGAGATGAAGTGAGGGCAGAACTTGAGGCAGCACGCTTGGAAATTGCAAATATTTTGCAAGACAAAGCTTTTATTGCATCTGAACTTTCAACATATAAAGGGAAGCTGGACATGGCATTGGAAGAGGCAAGGCAGGCCCAAGCAGACAAGCTTTCTGCTGAACAATTTATACAACGTAAAGAGGCAGAGTTAAAGGCAGACGCTGAGCGTACTCTAGATGAAGTCAGGTATCGCCTTGGAGCTGAGCTTAAACAGATTGAATTAAGATTAGAGAAATCTTACCGTGACCGTGAAAGGGAAGAAGAGGCAACTCTGGAGGCAAGGAATATTGCAGAGGCCGCAGACAGGCATGCCCAGGACATGCAAGCTCGTCTAGATGAAGCGCTGGCTCGGTTGGCAGCCTTTTCTCGTTCCATGTCATCCCTTCAGGATGATCGTGACAGAGTTCTGGATGAAGCCAAGCAGTGGGAAAATCGTTTTCATAGTGAATTACAAGAAAAAGAGGCTGATGTTCGAGAAGCAGAGGCTCGTGCTAAAGAACTTTCTGAACAACTCCAGAGGGAGATGACCCAAAAAGTGGAACTGCAGAATTTATTGGAAAGGTTTGTTTTCTTTTTATACTTCTCTGATGTATTTTTATACATATCGGTTCGTTAATATTTGTTAACTGTTAAAGTCAGTTTAAAATAATCTAAATTCTGTCAAATGTTGTATGTTTTTAGAACGCAAAAGGCTGAAGAAAACCTACAACTAGAGCTGTCTTCAGTAGAAAAGAAGCA----CAATGAAAGCCTTGCTGTTCTTGAAAAAG-AAAGAGAGGATTT---GCAGCAGAAGCTCA--CTCTGGTAGAGGCTAACCTTTCCCAAGCTCTTTCCCAGCTTGCTAGCCTAGAGACTGAGGCAGAAGGTCTACGCCACCGCACAAAAGCTCTAGATGAAGCAGTGGACCAGCTTCAAAGTGATGCTGTTGAGGCTCGTGCAGTGATTAAAGAGAGGGAGACAGAGGAAAGGAGATTGTGCTTGATGGTGGAGCAACTGGAGACGGACCTAGGATCTTTAAAGAACCTTACTGAAACACTTCAGGTAGCATTGGGTGAAAAAGAGAAGCGGGAGGTGGAGCTCCTTGGTGAGAAGGAGCAAGCTGTGAC 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TGAACCCTAGCGAGGAAATCAAAGAAGCAGAAAC---GGCTGAAAGTG---TTTTAGTGGAGGAGAAAATGAGAGGGATGGAGGCAGAAAGAGAGCTGTGGCAGCAGCAGAAGGCGGAGCTTGAATCTCAGCTTTCCTCTCTGGAGAAAGATCTTCAGGACAGCAAAGAGAAAGAGACCCTCTCGGCG---------TCTCTGGAGAAGTCCCTCCAGGAAACTGAAGAGAGAGAAAAGAGCCTGATTGAAGAAGGTTCCAAGAGGGAAGTCCAGTTCAAGGAGCTCCTCCAAAACCTGGAAACTGAGAAGGATAACCTGGAGGAGCGTCTGATGAACCAGCTGGCCCAGCTCAACGGCAGCATCGCCGGGTACCAGCAGGAAGCAGCGGACAACCGGGAACACCTCGCCCAGCTGCAGAGGGAGGTGGAGAGGCTGGAGAGGGAGCGGGCCGAGCTGGACGCCCAGGCTCAGTGCCAGAGTGACAGAGCTGCCAGGTTAGAGGAGGACATGAGGCAAGCCCAGAGAGAGCGAGCCGAGGCCGAAGCCGAGTCGGGGAGGCAGAGGGAGCTGGAGCAGCAGCTCCGGTCCGCCCAAAGGGTCAAAGAAGGCAGCCAGAGCCGAGCGCGGCAGCTGGAGGAGCTGCTGAGGGAGAAGCAGCTGGAGGTCCGGCAGCTGCAGAAGGACAGCATCCGGTACCAGGAGAGGATCAGCGAACTGGGTAGAGAGGTGAAAGCCGTCCAGCTTGGTCACAG-TGAGCTCCGCAAGAAGCTAGAAGAGTCCACACTGGAGACTTCCAAAACTGCAGAAGAGCTGAAAAGGACTGAGGCAGAGCTCGTTGGCTGCCGGTCCCAGCTTGCTGAGGCCCAGAGAGCGATGAAGGAGGCTTTAGCTGAGAAAGCCACCGTTGAAGAGGGTGCCCAGCAGAGAGAGGCCACGTTAAAGGCGGAGGCAGAACAAACCATTGACTCTGTCAGGTTCAGGCTGGGAGCTGAACTCAAGCAGATGGAGCTGAGGCTGGAGGATGTCTACAGTGAAAGGGAGAAGGAAGAGGAAGCCACTCAGGAGGCCAGAGAGAGCGCACGGCGAGCGGAGGCCCGCGCTCAGGAGAGCCAGGCCCGTCTGGAAGAGTCTCTGGCCCGGTTAGCTGCCTTCTCGCGCTCCATGTCCTCACTGCAGGATGACCGCGACAGAGTTCTGGACGAGGCCCGACAGTGGGAGGCGCGCTTTAACGATGCTCTGCAGGGAAAAGAGGCCGAAGTTCGAGAGGCTGAGGCGCGAGCCAAAGAGCTGACAGAGCAGCTCCAGAAGGAATCTGCACGGAAGGAAGAACTCCAGCTTTGGGTGGACAGGTAACGCCCTTCGTTAGGTTT---GAATGT-TCTGTATGCTTAAAGG---------------------------------TAAAACAACT----CTTTGTC-------------TTTCAGGTTGGAGAAGTCCGAGAGAGAGCTAC----AGAACTTTCTGGAGGAAGAGAGACACAGAGTCGCTGAGAGCGAGGCTGCCCTAAAGGAGGAAAAGGGAAAACTTAAGGAAACAACAGCTGAGCTGCTGTCCGCGCAGAACGCAGCCCACTCTCTT------------------GAAAAGGAGGCTGAGAGTCTCCTCCAGAGGATCAGAGCTCTGGAGGAAGCTGTCGGTCGCCTGCAGGGCGAAGCGGACCGGGCCAGGGCTGAACTGAGAGAGAGGGAGGCAGAGGAGAGGAGGCTGTGTCTGAACGTCGAGCAGCTGGAAACGGATCTGCGCTCCTCCAAAGCCTTCGCTGAGAGTCTGCAGACCGAGCTGCACGAGAAGGAACGGAGAGAAGTGGAGATGCTGGGGGAGAAGGAGCAGGCAGTCGC 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TTAGGCTGTAGAGGAGGCTAGGAAAGATGCAGATGGAAGGGCAGAGATGGCAGAGAATGAGCTGGAGAAGAGGAGAGAGGAGTTGCGTGGATTAGAAGAGAGACTTCGTAAGGCTGAGGAGGTCACCTTTCAAAGCAGAGCTCAACTGGAGTCCTTTACCAAGGCTATGGGCTCTCTGCAGGATGACAGAGACAGGGTGCTTAGCCAATACAAGCAGCTTGAGGAAAAGCACCTCCAGGTAACGTTGTACCGAATTCTTTGCTTTGAGTAAAACACTGACAAAAGTTAATCCAAAGTATCTTTGTAAATGTG---TCTCTCAATTTCTCTCAGGTTATGATGGAGAAGGATAGCCTAATTCAGGAGGCTGCAGGTGAAAACAACAGGTTAAAGGAGGAGCTTCGAGCCCTGTTGTCACAGCGGGATGACCTCAATGCGGAGAATGCCAAGTTGGCTGCCCAGCTTCATGGCTACAGAAATGACCTGAACCAGGTTCTTACTATGAAGGACTCCCAGCACAAACAGATTCTAGCTGCCCAGGTAGAGCGCATCAGTTTCCTAGAGAGAGAAAG---------GGAAGATC--TTGTGAACCACATTCAAGCTTTCGAAAAAGACATTGCACAAGGCAGGGCACCACTGTTGGAGCAGGAATACTTGAGCCAGGCTAGCGAAGGAAGCGTTGATAAGCAAGATGCACCAGGGGCAGAAGTGGAGAAACTGAGGGAGCAGCTCCAAGCTGCTAGAAAGCGAATTACAAATTTAGAGGAAATATTGGAATTGGAAAAGGAGACCCAGGCAGTCCACAGCAAAGAATTAAAAGAGCTGCGATGGGAAGGTGGTGTTTTGCGAACTGAAGCTGAAACAGCTGAGGAGAGGGTGGCAGAGTTGGCACGAGACCTATTGATGATGGAGCAACAGCTTCTGGAGGAGAGAGAAGCAGTCTCTCAGCTTCGAGTTCAGAACCAGTCTTTTGGTCAAGCTATGGCCTCTCTGCAGGATGCAAGAGATCAGGCTGTCAATGAAGCTAAGGAACTGCGCCTCAGGTTTGATGACATAAATCGGAC---AGGTCATGCCGTTTCTTCCCCAAGTGACCCAAAA---------GGAGAAGTGTGGAGCCTAAAAAATGCCCTATCAGCATTGCAAAATGACAGGGAAAGAATGGTATGCTGTTAATAAATCT---AAAATGTAGGGGATTTGATTCTATCTAATTTATTTGCATCATATCAATTATGTACTTCCGTGTATCTCAGCTGGAACAGATGCAAGTGCAACGGTCTGAATTGGATCGACTTACTCAGGCTCTGG--AAGCAGAAAGAAGAAGAGC---------------------------AGTGGAGCAAGAAGAAATGGGACA-ACTGAGCAGCAGA---------GATGTTCTCATGGACAGTGATAAACAAGAACTGGAAATGCTTAGGTGAGACTGACATTTTGTCCTCTTGTCAGTTTAGTGGTAGTATTGCAAACTCTAAATTGTGGTCTGGTTTATAGTTTTTATTGGCCAATCAGAAGACTAAGAAATATTTTTCCCAAAAGGGACTGCTTTTCAGAATTGTTTGTAAATGTTTTTCAATAAGTAGGCTTGAGAGGATGGACTGGCAGGGCCAGGCCGAGATCTTGAAGCAGCAGACCCTGACCACCCTCTCAGCCAGGGACCAACAGATTCGCCAGCTTACTGCCATGCTGGAGGAAGC------ACAGGCATCAAAATTACAGCAGGAGCACACACAAAGACAGGT 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CTCTTGAACAGTAGTGTGTGTAG-------TAATGTAACATTAAAAAATTACTCCTAACTGTTTTAAATAATTTCAAGTTGTACGGTATAA-AACTTTTTTTAAAAGTGTAAAAATTCCCATATGATATTT-TAAATAATAGTTTATCATAAATAATAGATTGAGAATCATT--GCTAAATTACAAAATGTCATATTACCAC--TATTATAAAAGTGTATATGAGGACTAAAAGTAT-------------TTACAAATGTTTG---CCATGATGCCATGCAGAAATACACTGTTTTATACTCCAGGATTTCTATGGCTTATGCTTCATTAACTCAATG-TTATGCATTTGTGTTGAT--CACAAAAT----AAAAAAACAAAACATGTTATGAGGTATAATGGATTTATTCAGATAAACAAAAGTGTGCACACTCATAATTACTAAGCCAGCAAAGGAAATACATAATCCATCACATCT---TCAAATTAAAGCGGACCCACTGAGTGTGACATGGATCAAAAAAGATAGAAAAAGACGATTTATTTTATTGGAAGAGTCTTGATGTTTTCTCCGCTCTATATTTTCTTAGTGAACTGAAGAGCAATTTTCAACAAGAATTCACAACCAGTATCTTGTCAATAACAGATCTGTCATTACATTTCAGAATTGCTGATAATGTAAAGACATTTCCTGCTCGAGTCTCCGTAAACTGTTCACAGACATGTGAAATGAACGATCTGTACATGAAGCAGAATAACAGGCTCCTGTACCGCAGTAACAGGAATAATGTCCATACATAAGCAGGTCAGTCCTCCT-ACCAGGCAAGTCTCTTCTTGGGTTTAGGTTTACCA---TTTTTACCCACACGTTTAGCTTTCAGCTTCTTCGCCTGCCTTTGGTTCATCCAGACCGGGTATCGTCCGTGTTCATCCAACATTGTCTTTTTATTGCGTTTAGTGTCCAAATCCATCTTTCCACCATCCGCTGCAA-GCAAGAAACAACAGATTATTAAACGACTGCATTTTAAT-GTGAGAGAATC----AAGTGTTTCAACTA-----AATCTCACCCTCTTCTTCCTGCATGTCCACATCTGCTGGCTTCTGCTTGACTTTCTCAGGCGGGACGACTGTGGCGATTTCGGCTACGTCTTTCATGGAGATCTCTCCTTTCTCTCCCTGACCCAGTGCTGATTTGAGCCGTGCCAGCTCCTTAGGGGCAACTTTCTTTCTCTTTTCTGCCCTCATTTTCCTCCTCCACTTGCTGCGTAAACTCTTTGCCATCCTGACGGAAACTGA-----------GGTCAGAAAAAAAAGACAAAAGCAAGGTAA-------TGATTACATAAGTACCAGTAAT----AAGTGATTA----TATAGTTTTTGCATTTT------------CAGT-AGTTTTATTTATTTAAACAAC 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CTGTCACTAATTGGTGTGTGAAAATATTTTTTCTTTCACACACCAAAGCAACAATTAATTTATTCAACGCAATTTAAACGCTAAATTAGAACAAATTTGGACCCAAGTG--GAAGCTGTCACCTCATATTTGTCAGTAA--ATTAACTGAAAGCAGTAAATACATTTTTATTACGCTCAAA-ACCAACTTTAATTTTCTCACAGCAGTACATAAATGTAAAGTAAAGTCACTGGGATCCCATTCAGCCCTTCATAATAATTCAGAATCATTATCCGAGGCAAAAATGGGCAGCTTTAAACTTTAACATTT-----ACTTA--CAACAGTTGGTAAATGGTTTTGCACACGTCTCTGTGCTACGACATGGGAAGGAAATTCAGAGATGTTA--ACGTATTGGCGTTGAACTGACTTAAACAAACGTTTG--------------------------AGTTAAAACCTTATGTGGCAGATCTGAGTCCATTTTGAG----------GATTTTTAC---GGCTAAAAACCACCAAGAAAAGCTATCTGCCAACGTGTTAAAGTCTTG---------------------CTCACACTGATCCAAAGCGGAGGTTCAA--------TCAGAACAAATGTTTTTTCTTGTGGTGAATTATTTTATCACCTAGGAAT--CCTGTAATCCAGAA----CTGGTAGCAGAATCTCCAT------------------TGCGATCAGGCGTTTCTGCAT----------------CACTAGTCCTTCAGGTGAAG--------------CCAAAGCAGCTTCGTCAGGCTCACCAGGCGATGCCCTTCTTCTTCTTACCCTGACCAACTTTCTTTGTTGTCCGTTTGCCTTTCAGCTTTTTGGCCTGTCGCTGATTCATCCAAACAGGGTACTGACCGTTCTCATCCAACATGGTTTTCTTGTTGCGCTTGCTGTCCATGTCCATCTTCCC------TTCTGTAACACACGGAACAAGGATTGAGAAAAGCGGGCCATTTTAACCGTGAGGGACTTTAAAAAGCCATTTATCTGCCGAGGACCTCACCGTCACCCTCCGCCATCTCCACATCGGTCTGCTTCT---TGATTTTCTCCGCTGGCACCACCGTTGCAATCTCCTGCACCTCGGCCATCACATCGTCCACTTTCTTGTCCAGACTCAGGGCTTGTTTCAGACGGGCCAGCTCTTTGGGAGCGTTCTTCTTCCTCTTCTCTGCCCGCATCTTTCTCCTCCATTTGCTTCGAAGGCTTTTTGCCATTCTGAGAGCAAGCAAGCAAGTGCCCCGGGCTAATTAAATGGCTTAAATCAGAATGCATATGGTTATTTACATTAGAACGGATGCTCGTGATGTGTTCATGACTAGACTTTTTACATTTTAGAAATTGGATCCAGTAAATTTTGTAGTTTTAAACAAC 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taaacaaattaaataaaaatatttttaaaaaatCATCAGTACATGTAGA-------ATTTTAAGAAAAAAAT--------------GATTA-----TTAAACAAA s fr1.chrUn 178031311 102 + 349519338 TATGCAGACCAAAGAATGATATTTTTTTGAAACCTGAAG---ATGTAAATATTTATATTTTGTGGATCAAATCCCGGAAGCCCGACGATAAACACTTTGCACGCA a score=20451 s danRer3.chr4 28740661 319 + 33808418 TAGTTTTTGTTTGAGAGCAACTTGACCGAAGGGTCTCTAAGCACTGCTTGTCTTCCAGCAG-GTGAAGATGATGTGTGAGGTGATGCCAACGATCAGTGAGGACACGGCGTTGAGTCAGCGTGGCTCTCAGAGCAGCGCCTCTGACCCGGACTCACACTTCGAGCAGCTGATGGTCAACATGCTGGACGAGAGAGACCGTCTGCTGGACACCCTGAGAGAGACGCAGGAGAGCCTGGCCCTCGCACAGCAGCACCTGCAGGACGTCATCTATGACCGGGACTCCCTGCAGCGCCAGCTCAGCTCCGCACTGCCACAGGTA s fr1.chrUn 96002808 303 + 349519338 TGGGTTTTGTCCGCCAGTAACTCT------GGAACTCTT----CTGCTCG-------GCAGCGCCAAGATGATGTGCGAGGTGATGCCCACCATCAGCGAGGACACGGCGCTGAGCCAGCGCGGCTCCCAGAGCAGCGCCTCGGACCCGGACTCCCATTTCGAGCAGCTGATGGTCAACATGCTGGACGAGAGGGACCGTCTGCTGGACACGCTGAGGGAGACGCAGGAGAGCCTGAGCCTGGCCCAGCAGCACCTGCAAGACGTCATCTACGACCGCGACTCCCTGCAGCGGCAGCTCAGCTCCGCCCTGCCGCAGGTA a score=1697 s danRer3.chr4 28745204 415 + 33808418 AAGAAATTATATGCATTATACTTGAAATGTATGAAAGATATCAGCGGGAACATTGTACAAAACGTGAAATTTTGTGTTCGAAAGCAGACTTTGAAACTATGTAACATTGCGTTTATCATTCAAGACAACAAAAAGCCTTGTATATTTCATAAAATA-----ATAATGAAATGAATTGCACACATTAG--CATGTGACTCATTT------CTATCAAGCAC-----GACATGATCATTTTACAAGAGCCGCAGTGTAGACCACA---ATGATAACGATTTATTGATCTTCTGTGTTATGACAGTATTCAGACACACTGTAATATAACTATAGTAAATATTACATCTCTTCATCATGATTATACATGCGTGCGAACG------ATTCCATTAATTAGCATGGCAGCGGTTTATTAGCCCTCGCCACATCAACTCCACGCTAATG s fr1.chrUn 110361316 421 + 349519338 AACAAACTGGATGCATCATTCCTGTTTGGTGTGAGTGTTCCTTTCATGAGATTAAAACAAAATATGATATAATGGGTTCAAAAGTGTATTTTGAAGCTATGTAATATGGTG----CCATTTAATA----AATAGTCATTTTCACTTTCGTAAACTGTTCCTTTAATAGAAGAATCTACATTTATTTGACAACTTGACTCTATTCAGGTGCTATGGACCATCCATGGAGGAAATCATTTCTCAGATAGTGTACAGCAGGATAAATAGATGAATATGACAGAATGAGCATCTTAGGTGTAA-AGTACTGAGCAGCATTACCTCATCAT-----------TTGCCCTGCTCTATTCTACATATAGATGTATTCCAATGCTTATTGTTCTAGTAATACGC-TGTTGCTGCCTCACCAGCTCTATTTATGTGTATTCTCTTTTAATG a score=3150 s danRer3.chr4 28758877 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atatacagtatagttcagcatcagtattgcaatataggc-----TATATAATATAGTAATACGCAGGGCAGTAAGATATCTATTTTTGTCAATTACAATTAAGTATCCTATTATAGATTAACTTTTAATTGACCAAACTCACAGTTTATTCCCATTAGTTCCTATATATTTCCGTTAATTCCCATGGAAAGTTTTCAGCCTTGAAAATTCCTGGAATATCACAACCCTA s fr1.chrUn 98309429 204 + 349519338 ATGCACAGCACATGCAAGGGGCGTGGTCTCAATACATGCACGTGCATGTGATTGAGGAATA------GCA--CAGATATTTAACTGTAT---TTGCACGGAAGCTGGTTTTTTTAGGTCAAGTG---------CCAACCCTCAATTTA-----GTAAATTCCGGTTTACTCCTATTTATTCCCATGGAAAGTTTCCAACTTGGAAAACTCATGGAATTTTGCAACCTTA a score=8352 s danRer3.chr4 28832634 199 + 33808418 TGGCCTATTTTCCCTCTGTGTGTATGTACTGTATGTGTTTTAATCAGGC-CTTGTGCATT-AAAATCTCAGTGGGGCAGATGGGAGGG---AGTTTGACCCACTTTGATGGATTCCACACCGATTAAAAGGATGAGTGAGCTTTCGAAAGCATGGGGACCCTTTGTGTACATGTGTGCGCAGTAGGGACACGCACGTCTACATG s fr1.chrUn 96021157 197 + 349519338 TGTCCTAttttct---tgttcttctttttttttttttttttAATCAAGCGCTTGTACATTTAAAATCTGGCCCGGGCAGATGGGGGAGCACAGTTTGACCCACTTTGACGGATTCCGCACCGATTAAAAGGATGAGTGAGCATTCGAAAGCAAGACGCCCC----TGTGCACGTATGCGTCGTCAGAGCgtgcatgcgcgcgtg a 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33808418 CAGGAGTTTGCCGCCCTGACGAAAGAGCTGAATGCCTGCAGGGAACAGCTGCTGGAGAAGGAGGAGGAGATTTCGGAGCTAAAGGCCGAGAGGAACAACACCAGAGTGAGTTCGCACATA-GTGTCTTCCAAACAACAGATTGTGCCCCTAAACCGCC s fr1.chrUn 96031770 152 + 349519338 CAGGAGTTCGCCGCCCTCACCAAGGAGCTGAACGCCTGCCGGGAGCAGCTGCTGGAGAAGGAGGAGGAGATCTCGGAGCTGAAAGCCGAGAGGAACAACACCAGGGTGAGGACGAGCGCATGTGTCT------CAGTTGTCCCCGTTCCTGAACTGTC a score=12324 s danRer3.chr4 28915185 175 + 33808418 TCCTTAGCTGCTGCTGGAGCATCTGGAGTGTCTGGTGTCGAGACATGAACGTTCTCTGCGAATGACGGTGGTGAAGCGACAGGCTCAGTCTCCCTCTGGGGTCTCCAGCGAGGTGGAGGTCCTCAAAGCCCTCAAGTCCCTCTTTGAGCACCACAAAGCACTGGATGAGAAGGTA s fr1.chrUn 96032663 175 + 349519338 TCCTCAGCTCCTGCTCGAGCATCTGGAGTGCCTGGTGTCCCGACACGAGCGCTCGCTCCGCATGACCGTGGTCAAGCGCCAGGCTCAGTCTCCCTCGGGGGTCTCCAGCGAAGTCGAGGTCCTCAAAGCGCTCAAGTCCTTGTTTGAACACCACAAAGCCCTCGATGAGAAGGTA a score=5618 s danRer3.chr4 28919096 104 + 33808418 TGCATTTTTTCCCCTTTTGTTCAGGTACGAGAGAGATTGCGGGTTTCACTGGAGAGAGTTTCTGCTTTGGAGGAGGAGTTGGCTGCAGCCAATCAGGAGGTAAG s fr1.chrUn 96033113 104 + 349519338 TGCTTCTTTTTTTTGTTTTTATAGGTGAGGGAGAGGCTCCGGGTGTCTCTGGAGAGGGTGTCTGCGCTGGAGGAGGAGCTTACTGCTGCCAATCAGGAGGTAAG a score=42 s danRer3.chr4 28925048 487 + 33808418 aatcaagctccggtacactgtgagatgtttcattttttgattcattcttcgaagcatcgatgcatgtcacatcactaataAACATGTAAATATGT--TTACATGTAAATGTATAAATGACACACTTTT----ATATTCACAGTAATTGCCAT---AGTAGCATGCAGATAAACAAAAATGTGAGTATTTTCATATAGTATTGCAATGTTCATATAGTATTGCAGTGCAATGGTGTTACCTATTGTTATAATGCTATTGTTAGCTATTAGCTATTGTTAGTAGACTACTTCATCAGTTCAGTTTTGTTTATAGTCTAATTTTGACATATTGTTTATCTCCCTGTGCTGTCTCTGAGTTATGAAAAGCA----------CTTAATTTGTGCAGTAATGTA-CAAGTACAACTAAACCATCTCATTTCCAACTTCACAGTAATATCTCCAGGTTAGAGGGAGTAAAATGTTGCTTAACTCACAGCGTTCAGGTGAGTCACAGAGATGAAT s fr1.chrUn 324704178 479 - 349519338 AGTCAGGTGCTTTTAAAGTGTGTAAT-TTTAATAATTTGCCTAAGTCT------CTTTAAAGTGTGCCAC-TTACTTTTAAAGAAGTGTTTTTTTCATTAAATGTCAGGCCACATATTGTTTGCTCTTTGGAGCATTCGCAGTCACTTGGGTGTAAGAAGTAT-CTGAGAAACTAGCCTGTAATCCTCCAACCAGAGCCATCTGGTGCCTTTTCCCTGTCATAGTGCATACGCATTACGTATTGC---AAAGGTATTGCTATGGGATGATTTTTGCTGGTCCTTATCTCTGACATTTTGATTTTGTTGATCATCCACTTCTGCCAGATGGTGCAACTTACAGGCTTTACTCAGCTGACCAACAAGCACCCTGAAGGGCTATATCTTTAAAAGTCTGTATTGAGTCATACTTATCCATAGTACTTCACACAGCACAGTGACTTTTGC----------------ACTATTGCTAAAGCAGCACCACACAGTGGGGGTCCGGGGGTGTAT a score=1877 s danRer3.chr4 28930172 77 + 33808418 TAAACTTCAAGTCACGTTTCAAACTTCAACATAGTTATTCTGTTCTTAGAACCTTCTGACCTTCATCTCCCTTATTT s fr1.chrUn 59701669 72 + 349519338 TAAACTTAAAATAACACAGAAGATTTCATGAGTTTTATTCTGTTTTTATAGTC-----ATCTTTAATTCCCTCACCT a score=5050 s danRer3.chr4 28930625 138 + 33808418 TAAAAAAAAAAAAATATCGAGGGAAAGTCCATTAATTTCAATATTTTGTTTCAAAAAGTGAAACTTTTGTGACATATTAGTTTACTACACACAAAGGGAAATATTTCAAACCTTCATTTGTTTCAATTTTAATGATTA s fr1.chrUn 130941525 138 - 349519338 TAATTAGAATACTGTATCGTGAAAAAGTTGACTTATTTCAGAAATTCTATTCAAAATGTGGAATTCGTTTGTTATATTCATTCATTACAACCAGACTGATATATTTCAAGTGTTTATTTCTTTTAATTTTGATGATTA a score=3567 s danRer3.chr4 28930768 249 + 33808418 TCGCAAAAGAAGCTGCATGCTCACAGAGTGCAGTATCTAAGTATACTAATAGAG-TGTTAAGAGGAAGGGAAAATGTGGCTGGAAAAGC-TGCACAAGTATTCATGTATGAGTGTGTGTGTGAATGAGTACCCATTAATAAACaagcatatgctgaaatagttggtggttcattccgctctggtgacccctgataaataagggactaagttgaaagaaaattaatgagtgaatacactgtaaaatGTAAAA s fr1.chrUn 130941901 226 - 349519338 TTGCTAAAGAGGCTGGCTGTTCACAGAGCTCTGTGTTCAAGCACATTAATAGAGAGGTGAAGAGAAGGAAAAGATGCAGTAGAAAAAAAGTGTACAAGCAAT-AGGAATAACTGCAACCGTGAGAGGATAGTCAAAACAAAACACACTCA-----AAATTTTTGG----------------GGAGATTC---ACAAAGAGTGGACTGCAGTTGGAGGTGCTTCAAGAATGACCACACCGATGTATGCAAGA a score=6709 s danRer3.chr4 28932016 139 + 33808418 TGCAGATTGTGGCATTAAGGGAGCAGAATGCCCACATTCAGAGGAAGGTGGCGTCAGGAGATGGGGCAGAGGACCTGTTGGAGGGGACTGATGCCCAGAAACTTCATAGCAAGGTTAGTATTG-ACTGCTGCCAGGATTT s fr1.chrUn 96034829 140 + 349519338 TGCAGATTGTGGCCTTACGGGAGCAAAATGCGCACCTTCAGAGGAAAGTGGCGTCAGGAGAGGGAGAAGACGACCTGCTGGAGGGCGAAGCTCAACAGAAGATCCACGGCAAGGTGAGCACGGCAGCGCAGGCAAAATCT a score=269 s danRer3.chr4 28938143 138 + 33808418 CATTTTTCATTTACATTTTATATCAAATAACATATGTTTTTATAGGCTTAGGTAACTAAATGAAACCTGGTTAA------TTCTTCAGTTCAGAAATGTTCTCTCACAGTGTTG--ACTGTGTGTAT-TATGTATGTTTT------GGTGTTG s fr1.chrUn 168282737 151 - 349519338 CATCTCTGAATGACATCATTTATTAAAT--CATTCACTTGTCTCACCTTAATTTTTTTAAAAAAGGCCTTTTAGGGGAGTTTCCTTTGTCTACAAAGTTGATTGAAAGCTGCCACTGCTGTGTGTGTCTGTGTATGTTCTACAGAGGGCTTCA a score=14372 s danRer3.chr4 28938281 499 + 33808418 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106 + 33808418 TCTAATGATTTT-TAATTCTTCCAAGAACA------GGCAAAAATAGTTATGTTTGTTTGGGGACAGTGAATGTGGCAACACTGATCCACTCTGTGTC-ATGGATGCTAGATTG s fr1.chrUn 274254862 112 - 349519338 TCTAGTCATTTTATGTTTCTTGCCCCAACATCCCTGGTCAAGCACATTAGTAAAAATTTGA--ATAATTAATGGGGATATTCAGAAGTACTTTGTGTCTATGCCTGTGCTCGCG a score=11540 s danRer3.chr4 28941908 247 + 33808418 TCCTGTGATATCTGCTGTATACACTCTCT--CTCTCTCTGTCTGTGTATTTATGTCTGCAGATGGAGGAGAAGAACAGGCAGTTGCAGGAGCGGCTTGAGTTGGCAGAGCAGAAGCTCCAGCAGACCATGAGGAAAGCAGAGACGCTGCCTGAAGTAGAGGCCGAACTCGCACAGAGGATAGCAGCGCTCACTAAGGTA-CAAACAGGACA----CTGCACACATGTTAGCTTGTGTC---ATTGCTTTGTAGTGTT s fr1.chrUn 96036792 253 + 349519338 TCCGGTGCTTTCCATTTGAAACACCTTCCGGACCTTCCTGCTTGTGTGTCCGCA----CAGATGGAGGAGAAGAACCGGCAGCTGCAGGAGAGGCTGGAGCTGGCCGAGCAGAAGCTCCAGCAGACCATGAGGAAGGCCGAGACGCTGCCGGAGGTGGAGGCCGAGCTGGCCCAGAGGATAGCGGCGCTCACCAAGGTAGCAACCACCACGCCACCCGCACACACGTCCTCGTTTGTTCCGGTTGTTTTTTAGGTTT a score=6089 s danRer3.chr4 28945865 502 + 33808418 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danRer3.chr4 28957890 413 + 33808418 ATCTTCTTTCTACTGTTCAGCTTTACTTTGCTAGTAAGCCATAATTAGATATTTTATCT----GCAGTGTTTCTGGTTTTCTTGCCAAAACAGTTTACTCTGTTCAAAACTCTTATT--AGCTTATTTTCATAACTCACTGTGAGTGTGTGAACTTTTTTTCTTAATTTCTCCAGGTTGATCCAGGAAGAGAAGGAGTCGACTGAACTGAGGGCAGAAGAGATTGAGAACCGCGTGGCCAGTGTGAGTCTGGAGGGTCTGAATCTGGCACGAGTCCACCATCCTGGAACCTCCATCACTGCCTCAGCCACCGCCTCCTCTCTCGCCTCCTCCTCACCGCCCAGTGGACACTCCACCCCAAAACTCACCCCGCGTAGCCCGGCCCGAGACATGGAGCGCATGGGGGTCATGACACTGGTA s fr1.chrUn 96039727 394 + 349519338 ATCTTTGTTCTATTGAACCTTTTGACCTGACTTTTAGCC------------TTTTATCTCCCCACTGAGGCCTTTAATTGCTTAGCTAAACTGTGGG----GATTAGAGGAATTAGTTAAACCAATCTCTAGATGTTACTG-GAACGCCTGGAGTTTCTTTCC--------ACAGGCTGATCCAGGAGGAGAAGGAGTCGACGGAGCTCCGGGCAGAAGAGATTGAAAACCGGGTGGCCAGCGTCAGCCTGGAGGGTCTCAACCTGGCCCGGATGCACCACCACGGAGCCTCCATCACCGCCTCGGCCACTGCGTCCTCCCTGGCCTCGTCCTCCCCGCCCAGCGGACACTCCACCCCAAAGCTGGACCCTCGAAGCCCCGCCCGCGATATGGAGCGGATGGGGGTGATGACACTGGTA a score=2857 s danRer3.chr4 28958971 59 + 33808418 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AAGATGTAATTCTGTAGCATTTTGTCCAAGACcctgctgaaaaaacagcttaaactagcctaagctggttggctgattttatctggttaagcaggctggttttagaggggttttggctaattccatgctg-----gtttccagcctggtcttagctg---------------gtcaggcta--------------------------------gaaaatgaccagctaaagccagctttaccag------actggtttaaactggacagctggtttta-gctggt--------catctccca---gcctgaccagctaa---------gaccaggctggaaatggttaaccaactaaaaccagccaatcagcctaggctggtttaagctgttttttttTTCAGTCGACCGGCAGCTTGAGACCAATGTCAAGACTTGATTATGAGTTGCCAAACCACAAA------TGAAAAAAAAAATCCAACAGAATTGCACTGTCTGTACACAGCTTGAAGCATTAGGCCATTTTGCATGTTAAACAGTTG------CAGTTGTGT-CGTCTT------CAGCAGTGGTCC--------CTGTCCTGATGTGCGTTTGATGCGCTTGTGCTCTGTGTGCGTGTCCGGCCTTTGA-CTCTGTGGACGGCT-------CTTGCTAATGATCTGACTGTGATGCTGTAACACTATTGGCTTACAGTGCCGCTGCTCTTCTTCTTTAACACTGCTTGCCCTTCCTGTGGGA----------------------------TTGATCTCTGGGGCGC--------CCACATAGCCGTCGGGTAATGTGTGGGTAACCCACGAGGAAATGGAGACCATGGCCGCCCCCTCAAAAACGGTCAGTCATCCTTTTC s fr1.chrUn 96044823 847 + 349519338 AAGGAGTAGTTAAATAA--------TCAAAATC-------AAAATAATGTTAAAATA----CGGCAAATATGCTAACTTTGTCTATTTTTGCATG-TAGTTGTATGGAGTGTTGTTTTTTTTCCTTTTTAATGATGTAATCTGCATCTTCAGAGCTACGTTAGCATGTGTGCGTGAGGCTAAGTGCTACCAGAAACTCGCATTACACGCAACCGAATGTTACTA--TAAAAACAAATGCAACAAGATTTTAATGTTTGAGTTTGAATGTCCGTTTTCACACTGGTAGCCTTCACAGCTCCCAGTTGCCTGGACAATGAGACTGGTCCTGACTGGGGGGGGGGGGGT-------------CTCACCAATCA--CTAAAACTTCAAATGCTCTTTTTATTTTAATGGAAGTGGTGATTCTATATT--TCTCTAG---------TGACCAGTTAAACCAGTAAACATTGTCCATAAAAGGGTGCTGCTGTTGTGAGCTGACCTTTAGCTGCAGAGGATTGTGGGTGTTTTTGTGTCCTGCATGAGTGTTCCCTCATCTGTGTACGTCCTTTTAGCCACGACTGCTCCGTTTTCCACCGTCTTG-TGTGTGTGTGGGGTTTTTTTTGTC-GTGTGCGTAT--GCCCTTTGACCCCTGCCGGGGGCTCAGAGGGCCAGTTGATGATCTGACTGTGATGCTATAACACTATTGGCTTACAGTGGTGCTGCTCTTCTTCTTTAACACTGCTTGCCCCTCCCACTGGACCTGTACTACCAACCCTGCTGCTGCTGCTCTGTCTCTTGGGCTCCGCACCCTCTCCGTAGCCGTCAGGCAACGTTTGGGTGACCCACGAGGAGATGGAGACCATGGCAGCCCCGTCCAAAACGGTCAGTCACCTCGTCC a score=18893 s danRer3.chr4 28972883 442 + 33808418 CTTAGACACTGGCTTACGGGGACATGAACCACGAGTGGATCGGGAACGAGTGGCTGCCCAGTCTAGGCCTACCTCAGTACCGCAGCTACTTCATGGAGTGTTTGGTGGACGCCCGCATGCTGGACCACCTGACCAAGAAAGACCTCAGAGTGCATTTAAAAATGGTGGACAGCTTCCACAGGT---GAGCCAGTCATTTTTATATCACTGAGTAAATGAATTAGAGAAA------GTTTTACTGCTTTAACTAGCTTTGATTGTAATATGGATGGATGTATTGAAATGTGTAAGTGGCAAGTAAGTGAAATGTGTTACAGAACCAGTCTGCAGTACGGCATAATGTGTCTGAAGAAGCTGAACTATGACCGGAAGGAGCTTGAGAGACGCAGAGAAAGCAGCCAGCATGATATAAGAGGTAGGCGGGGCCAGT----CGGAAACAGAAAGCGTCA s fr1.chrUn 96046164 385 + 349519338 CTCAGACTCTGGCCTACGGCGACATGAACCACGAGTGGATCGGGAACGAATGGCTGCCCAGTCTCGGACTACCTCAGTACCGCAGCTACTTCATGGAGTGCCTGGTGGACGCACGCATGCTGGACCACCTCACCAAGAAGGACCTGAGGGTGCACCTCAAAATGGTGGACAGCTTCCACAGGTACCGAACGTCCCATTT-----------------TGGGTTGGCGAGAAATCCCGCGTGATTATTTTGCTTCTCTCCGGGCGT-----------------------------------------------------CAGAACCAGTTTACAGTACGGAATCATGTGTCTGAAGAAGCTCAACTACGACAGGAAGGAGCTGGAGCGCCGCAGAGAGCACAGCCAGCACGAGATCAGAGGTGAGCAGCGCTAACGGAGCAAAATCAGACGGGTTTA a score=8752 s danRer3.chr4 28973363 369 + 33808418 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TATGTGCTTCATCAACACGTCAAAAGCTTTTGATTGTGTCAATCATAGAAAATTATTTATAAAATTGAAGATAAGAAGGGTGCCTGTGTACCTTGGGAGGATTCTGGCTCACTAGTATG-------TGAATCAAAGTATGCAAGTCAAATGTGGTGGTAGAGTTTCAGGTCCATTTGGGATCGGTCGGCAATGGAGGGATTTGTGTCAGTGTCACACAGGGAAGGATTTTGTTCCGTGTTCTGTTTAATTTGTATGTTGATAATTTGTCTAAGAGACCGGATACCTGTCAGACTGGGTGCATGGTTGGTGATGCGTGGATGAAGCACCTAAAG----GGGGTTTTTAGCCCAAGAAGCATCGGTCTCAGCAGCTCCTTAATA------TCTGAGTATGGCATGGAAAATGATATTAAATACAATGCCAGTAAATGTCAGAT-------------------GTCAACATTTTCCAGTTTTTCAATTGTCTGATAATGTCCTCTGTACGAAGAAGAAGGTTTTGTATCTTGGACATCTGCT------ACTGG----CAATGCTGCAGTAGGTGCACCTTCAGAGTGT------------------------ACCTACTGCAACATTG-----------CCGACTCTATTAAGATTATATTCGATAGATTATGGATTGACTATATATCAATACACTGCTCAATTGTGGGCTAGGTATAAAAAAAGTGAGCTACAGAAACGTCAAGTGTCGTCTAATGATG a score=3922 s danRer3.chr4 29016139 220 + 33808418 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CAACACAGAGGGAGACACAAAACACACTCCGCCTCTCCTCCACGTCCGTCCT----CCATCGCTCACGCACACTTCGTGCCAGCTGGAAACACGTTTGTTGCCAGGCAACACCGGTGACATCAGTCGTCCTCA------------------------AGTAGGACCGGAGTCCTAAAATAGCGCTCAGATCATCATCAG a score=6843 s danRer3.chr4 29030831 130 + 33808418 TAACTCACCAGTTTGCCACCAGTGATCCAGCACCGGCACTCCAAAACTCTTCTTGGCCCATTCAAGGGTCTCTATATCACAGCGTTCACCAGCTACAAACAAGTTCCTCAGCCTACAGAAAAAGAAGAAG s fr1.chrUn 96056329 130 + 349519338 TATCTCACCCGTCTGCCACCAGTGATCCAGGACAGGAACCCCAAAACTGGCCTTGGCCCACTCCAGCGTCTCCACGTCGCAGCGCTCGCCGGCTACGAACAAATACCGAAGCCTGTCGGGACACGAAAAG a score=8481 s danRer3.chr4 29047932 243 + 33808418 TGCAGATGAAGATTTGAGTTTACCTGTTGAGTGGATACAGTTTGCCGTGTTCTGCCTGAGGGTCTTGCTGGCGAATGGCTCTGATGGCAGTTGGAGCAGTAAACATGCAAGCTGTGCCGTGCTCAGACATCACACGGAAGAAGGCCCCGGGGTCTGGAGTCCCTACAGGTTTACCCTGCGGAAACAACGACTGCTTACAA--CATCTGAATACTGAAATAAAAGACAAACATCCTAAAGAGATCC s fr1.chrUn 96057951 243 + 349519338 TGTGGGCGGAGCTTCA--TTTACCTGGACAGGGGGTACTTTTTCCCAATGGCAGCGTGGGGGTCCTGCTGGCGGATGGCTCGGATGGCCGTCGGGGCCGTGAACATGGAGGCGGCGCCGTACTCCGACAGGACCCGGAAGAACGCCCCCGCGTCCGGGGTCCCCACAGGTTTGCCCTGCGAACATAACAAGCAGCAGCCGGTCACGTGGATGCTAATGTTCACGCTAACGCTTTTGAAGAGCTCC a score=6689 s danRer3.chr4 29062428 130 + 33808418 ACCTCATACAGCACAGTGGTGTTGCCGTGTAGAAGTGGACCGTAGCAGATATATGAGTGGCCCACCACCCAGCCAAGGTCAGACGCAGCCCACCAGACCTGACAGAGAGAGACGTGT-----AGGTTAAACTGTG s fr1.chrUn 96058920 134 + 349519338 ACCTCGTAGAGAATTGTGCTGTTGCCGTGGAGCAGAGGAGCGTAGCAGATGTAGGAGTGACCCACGACCCAGCCCAGGTCGGACGCCGCCCACCAAACCTG-CAACAAGAAACGCGTCAACGGGGTTGTCCTGTG a score=4481 s danRer3.chr4 29064501 109 + 33808418 ATGACCCACCTCACCAGGAGCCAGTCCATAGACATTAGACATGGTCCAGTTTAACATCACAGCATAACCTCCTGAATCTCTGACAACACCCTGGTGAGATGAAAAGAAG s fr1.chrUn 96059093 108 + 349519338 ACGACTCACATCTCCTGGACTGAGTCCATAAACGTTGGACATTGTCCAGTGCAGCGTCACCGCGTAGCCCCCAGTGTCCCGCACGATGCCCTGGAG-GACAAAAACAAG a score=1073 s danRer3.chr4 29070865 125 + 33808418 cccgtcccatgctgcaaaaCGGGATATGAACGGGTATCCAGAC---TATATTCATCC-CTCAGACAGAAA-ACATCCCCATGCACAC-CACCCCAACACTCTCACTCACACATTTCAGACTGCACAATGTC s fr1.chrUn 19887815 129 + 349519338 CCTGTCACATGCCACTCAA--GTGCATGAATTcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaAACTTCATGTTGCATTCAGTT a score=3026 s danRer3.chr4 29070990 40 + 33808418 TTTTGCGGGCACACATCTCTTTCCCACGCTTATGTGCCGA s fr1.chrUn 155977700 40 - 349519338 TTTTGCGGGAGCACATCTCTTTCCTGCGCTTAAGTGCCGA a score=11445 s danRer3.chr4 29071030 255 + 33808418 TTACCTCCATTACATTACATGTTCATTTTGTAATACACTTTCAGTGGCTATATGTGTTTTCACTGCAGTTATTTTACGTCTAATTCTAAAAACTCATGTAAAACACTACTTTGAGACATTGATCACATCTAAAGAATGTTGAATAAATATTTGGTGGTGACA---TTTTTTGTGCTAATTTACGAGCAGTCAAAACAGACCAGTCAATTTTGATCGGGAACACTAAAGC----GGCAGGAGGTGAACACGACAGAAGGGTTA s fr1.chrUn 155978790 210 - 349519338 TTATTTT--TTACATTACATGTTCATTTTGTAATATATTTTCAGTGCCTATTTGTATTTTCACTGCAGTTATTTTATGTCTAATTCTATAA--------------------------------------------------AATAAAGCTTTGGTGGTAAAAATGCTTTTTGTGCTAATTTAAGAGCATTTAAAACAGACCAGTCAATTTTGAGCAGGAACACTAAAGTAGGGGGCAGGAGGCGAATGCGACTGGAGGGCTA a score=7230 s danRer3.chr4 29073124 242 + 33808418 TACCTTTGGAGAGCCGGTGGTGCCGGAGGTGTACAGGACATACAGAGGGTGATGAGCGGAGACTGAAACACAGTCATGAGGGCGAGCGGTGGACATCTCCTCCTCCCAGTCCAAGGTCAGGTCTGGTCGAGTTGACACCTTCTCCTGGAGGGAAAAC-AACAAGATTCACTTATGTCCTGGTATTTGTGTGATGCTTCAGAAACACACTTCagtttgttttcttctgttgaacacaaaagaag s fr1.chrUn 96059486 233 + 349519338 TACCTTCGGTGTCCCCGTGGTCCCGGACGTGTAGAGGACGTAGAGCGGGTGGTTGGAGGGGACGGAAACGCAGTCGTGGGGCCGGGCCGTGGCCATCTCCTCCTCCCAGTCCAGACCCAGCGCCGGATCCATGGAAACCTTCTCCTGAAACACAAACGGGTGAGAGCCGA--GCTTCCTGACGCACCTG-AACGCACCCTAAACAC------GTCTACATTCTTCTG-AGGACACAAATGGAG a score=8839 s danRer3.chr4 29076792 157 + 33808418 GGGGTGTCTGGGA-GCTTACCATGCTGGGACGGTTGTAGATGAGGACTTTGTGTGGTTTGTGTGTGCTGAGCTCCAGAGCTTTCTCCACCAGGGGAATGTACTCCACTAGTCTGCCCGGCTCAATGCCAAACGATGCTGTCACCAGCAATTTGGGCTG s fr1.chrUn 96059856 158 + 349519338 GGAGTGCCGGGGGCTCCTACCATGTTGGGCCTGTTGTAGATGAGGACCCTGTTGGGTCTGTGGGAGCTCAGCTCCAGGGCCTTCTCCACCAGAGGGATGTACTCCACGCGGCGGCCCGGCTCGATGCCAAACGAGGCCGTGATGATCATCTTGGGCTG a score=12885 s danRer3.chr4 29079371 256 + 33808418 TGCTCACCTTAGCATGGTCGATGCGGCTGGAGAGCTCTTTGGACGCAAATCCTCCAAATATGAGGCTGTGGGTGGCACCGATACGGGCACAGGCCAGCATGGTAAACATGGCCTGAGGAACCATGGGCATGTAGATCACCACCAGGTCACCCATCTTTACACCATGCTTCACCAGTACCCCCGCCAACCTGGAGACCTGCAAATAGGTACAAATGCTAGAATTTATACATAACCAAACCATGACACACTAAAGGCA s fr1.chrUn 96060071 222 + 349519338 TTCTGACCTTGGCGTGATCGATGCGGACGGAGAGCTCCCTGGAAGCGAAGCCTCCAAATATGAGGCTGTGGGGGGCGCCGATCCGAGCGCAGGCCAGCATGGCCATCATGGCCTGGGGCACCATGGGCATGTAGATGACCACCAGGTCTCCTCTCTGCACGCCGTTCTTCGCCAGGACCCCCGCCAACCTGGACACCTGCAAA--------------AGAATT--------------------CCCACTGTGGTCA a score=6918 s danRer3.chr4 29079740 252 + 33808418 CTCTTAAAATCCATGTTATCTTTACTCAACAGATAATATAAAAGTTTGCAAATGTGACTGTAGATTAAATAAGTTACCTGCTCCTGCACTTCTCTGTAAGTGATGACCTGTTTAGTCCCGGTAACTGGACTGTCATAAATGACAGCTGCTTGATCCCCTCTTCCATTCTCCACATGCCGATCGACAGCATTATAACACACATTTAGTTTTCCTCCAACAAACCTGAAA----AGAAAACAGAAGAATAGCTGAGGC s fr1.chrUn 96060293 229 + 349519338 CGTTTAACGTCCACA----------TCAAAGAGTGGGATCAAAG-----------------AGATAAAAGCTCTCACCTGGTCCTGGAGTTCCCTGAAAGTGATGAGGGCTTTGGCTCCGCCCACCGGGCTGTCGTAAATGATAGCCGGCTGGTCTCCGCGGCCGCTCTCCACGTGTCGGTCCACGGCGTTGTAGCACATGTTCAGCTCCCCCCCGACGAACCTGAGAGTCGGGAAAACCACATCACAGCTATGAC a score=2636 s danRer3.chr4 29081044 144 + 33808418 ACTCACCACTTTGGAAACACTAAATCCGTATTATCCAAAGTTTTAGTCCAGCGTTCAAACCAAGTGATGCCAAGCGCCGCTTCACTCCAGAACGTGTCAGGTTTATCACGCGCCA------------GGCCAAACGCGTCTTCATATGTATGTTTT s fr1.chrUn 96061071 156 + 349519338 ACCCACCAGTTGGGGAAGACGGGATCCTCCACGTGCACGGTCTTGCTCCAGGGTTGGAACCACTTCAGGTGGCTCCCCGCCTCCCCCCAGAACCTCTCCGGGTCCTCTCTGGCCGCGGCGGCGGCTCGGCCGTACGCGGACTCGGACGCGTGGGTT a score=-40 s danRer3.chr4 29090939 450 + 33808418 ttgcaacat--ttatcacagtaaaataaaaatattgcaatatccgatttttttaaatcgtgcagccctaCTGTATATGACTCTCAAAATGCACTGCAA--TAGCCATTGATTTGCATTTTATGAAT--CACCACAGT---------TTTAAATAAAAATCTTTTTATGATGCCAACCTAATGTCAGTTGGCCTAAGAGTGAAAATTAACAGCAAATTTCCATTTTTGGGTGAAAAATCCTTTGGGCAGCAATAGCAGAACCATG--TTTGGGTTCCTAACACAACCTTTCAGTACACAGCTTTTAAAAGACCTTAATAACAGATCCAAGAACAACCTTTA-------ACATTTATGGAAACTTCTGATTCATTAAAGTGGGAAAAAAAGGTTTTTTGATGATTAAAATGTTCTTTTCTCTAAATAATACACAGTTGGTTTCAAGTCAAGTCAGACTATATTTATAGAGCACTTT s fr1.chrUn 276525252 418 + 349519338 TTTCAACACGGTTTTGACAGCAGTGTAAGGATTCTGGAAC-TTTGGTGGATGTGGTTTGCGAGGCACAGCCCTGAAT-----CCAAAACAGCCTGCAAGGTGGAGATTATTCCATAATGTTGGAATAATACCACAGTAATAACACAGTGAAATACTAACCATGGAATTGTGCTTACCTG-TCTTATTAGAGGAAGGAGAAATCTTTATTTGCTGTGTTTCTCTTTTCGGAGAAAG----------------TGATGGACTCCTGCATTTGGGCGACTGAGA----------ACACACAGCTATTAACGCGCTCTC-TATCTGATCTTTGAGCGCAATCTAGATCAGAACATTGTAATAAGCTATTTATACTGTGAAGTGAGTGATGACTGGTTGAAGATAATGCAAAGG----------------------AAGAGGATTCAATTCAATTCAATCTTTATTTATATGGCACTTT a score=123 s danRer3.chr4 29091390 15 + 33808418 AAACACAAGTAAGCC s fr1.chrUn 276525978 14 + 349519338 AAACACCA-TGAGGA a score=12366 s danRer3.chr4 29091405 673 + 33808418 AAAAGTGCTGTACAGAAATAAACAACAAAATAAGCATAATAAAATGCATAGAATACAAAAAAGCTAAACTACATAAAAAGTCACATAAATTAAAATAACCTGTTAGTA--------AAATTAGGTGTCAAATGCCAACAAAAGAAAAAATTAGTTTAA-GAGCTGATTTAAATAAAAACACTGGAGAGGCCTGTCTAATGGGCAGCGGCAAA----------GTCTAGGACCTACCACAGTAATAGCACAATCCCCTCTAAGCTTACACTTTGTTTTTGGCACAATCAAGAGAAGTTGATCAGCTGACCTGAGAGAATGAGTGGGCTAATAG-AGGTGTATCAGCTCAGTAATATAAGGTGAGCAAGACCATTTCGA-GATTTAAAAACAAATAAAAGAATCTTAAACTGTATTCTAAAATGAAATGGCAACCAATGAAGCAAAGATTACACGGGGGGAAATGTGGTCATATTTGCATTTACCAGTTAACAGGCGTGCTGCAGCATTT-TGCACCATTTACA---AATGGGCAATATCTGACCTGCTACTTCCCACATACTGTACAGTGCATTACAGTAATCTAACCAAGTGGTCATAAAGGCATTGATTACTG--TCTCAAATTGAT-GTTTTGTTGTATTTTGCTTTATTTTTAGAAACAGACTGGTTCTTTAGGGA-ACAACAAATGCTTCATCTATAG s fr1.chrUn 276223206 640 + 349519338 AAAAATTATACATAGCATTTAAAAGTACCAAAAACCAAGTGAAAT---TAGAA-ACATCAAAACCAGCCTA---AAATAGT------ATTTTAAATACATTTTTAGTATCGATTTCACACTAGGTGTCAAAGG--------AGAAAAGATTTGTTTAAAGCAAGGATTTTAAATCAGATAAAGAAGAGGCCTGCCTAATGTACTGTGGGAAAAGGTTCAATAGTTTTGAAGCTGC------AAAAGCACGATCTCCTCTGAGCTTTAACTCT--TTTGAGACCCCTCAGTAGCAGCTGGTCAGCTGACCTGAGAGAAAGGGTGGGTACATAGTGGGTGGAAATGCTCAG----AGAGGATGGGGAAATACAATTCAAGGATTCAAGAGCAAATaaaagatttttaaaatggattctaaaatgaatgggcagcaagtggagtgacg-ctaaaattggtgatatgtgttcatggttacatgtatctgttgagagac--actgcagcatttgttcaccatctggagacagtgtgcagaacctctc-------------------atatagtgcattgcagcaatccagcagatgagggacagaggcatggatgactgttTTTTGGATTACTGGTCTTAGAAGAGTCGGCTTTACTT-------CAGCCAGCTTCCTTAACTAGAGAAAACATGACTTAACAACAG a score=-268 s danRer3.chr4 29092078 246 + 33808418 CATTTCTACAA-------AAAAACTCTTATTTTTAAGAATGTATCCCTCTAGGGCTTGAGTGTTcacatacatgaacagcacattttagctcttaagtggctattt--aaaatcc-----tttgaatgttttatattttgttacagacatacagtgtcatcctgcagcatatgaaatgt--cccaaacctaatttttaactgtccaaaatgggaat-aaaaattagtttttactctttgatagtcaaaacaaattttatactc s fr1.chrUn 276526761 241 + 349519338 AAAAAATAAAATTAAGTCCAAAACTATTATTTGAAACACAA----ACTTTAGGTTTTGA-TGTTGGAATAC--GAACAG-GCGTTACAATTGTTTGGTTGTCATTTTCAAAATCTGTGTGTTTGCCTTGACTTTAATGTGCCGCTGGCTTATG----CTTCCTGAAAGCAATGAAAGGGAACTCATGATGGATTTTGAACC--------TGAAAATCAAAAACTTGGTTGTA--TTTTGACATCAAAACTTAGTTCCATTTTC a score=-777 s danRer3.chr4 29092378 450 + 33808418 atccacatatatggacatcatttttctctaaa-agtaaatcatatcaaaaga---tgatatttac--atttttttctaataaggttccaacaagcccaaatagcaaagagaaatagaaaaatacatgtaaa---AAAACACATTGGGCCTTAAGAGGATAGAGAAAGTTTGCTTTATCTTTAAGAAAAGTTTT-ATAGATGTTAAATGATATGCACAAAACTGTATGTCATGATAAAG--------AGCCTTTATTTTAA-----------GTGCACTAAACAAACCAATAAATTGAGATGAACAATAATGTGAGAACCCTAAAGCCCAAAATATGAGCATCAGCCAC--------CTTGACGCTTGCTTTAACAAACACCACTAAGAAGAGCACCGAAGCAGGCCATGTTTGACATATCCAAATATCACAGTGACATGCAGTT--------------TGGTTTGTTTTCTGAGACATGTCAAAGAACACACACACACACT s fr1.chrUn 285211110 475 + 349519338 ATCTTAAAATGTAGAAAAACTTTATTTCTAACCAGTTTATGACACAAAAATGATTTCATATTCACTAATCCTTCCCTCCAAAATTTCCA--------------CAGATATTGTGAGCAGAGTACATCTAAATACAAAGCTCAAAGTTCTTTATTAGGATGGA--CCGTTGAATTGAACGTGATGATGATTTCTGATAAATCTGAGTATATCAGCA------TGTATGGCAGAAGCACAGAAATTGCAGCTTTAGTTTTGCTGCTGATGTTTGTGCTTTGGACACCAGCCTGCGTCAGGGTACAGAAGACAGTGGACAGTCTTAAACCTGCCAAGTAGAAAACAGTTCTGttcattaattaaagactg-ttaaataattaacactaattcaattgcttgattaattaatgtattatttaattaaAGA---CAGTTAAAGACAATTAACAGTTCTGAAATTAGTTCGTTTGTTTGTACATTTTTAGGCACACACACTCACACT a score=9278 s danRer3.chr4 29138256 158 + 33808418 ATCTGTGTTTTCTTTCTCGTTCTTTCCATCTCAGATGTGACCAGAGCGATTGAGCTGCTGGAGAAATTACAGGAGTCGGGTGACGTCCCGGGTCACAAACTGCAGTCCCTGAAGAAAGTCCTACAGAGTGAGTTCTGCACGGCCATTAGAGAGGTGAG s fr1.chrUn 96068461 157 + 349519338 ACCTCTGACCTCTCTCCTCCGCCTTCC-TGCCAGATGTTGCCAGAGCCATCGAGCTGCTGGAGAAGCTGCAGGAGTCGGGCGACGTCCCCGGGCACAAGCTCCAGTCCCTGAAGAAGGTGCTTCAGAGCGAGTTCTGCACTGCCATCAGAGAGGTGGG a score=5386 s danRer3.chr4 29168118 109 + 33808418 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score=14274 s danRer3.chr4 29181821 226 + 33808418 TTCCCACCAGGCCACAGTGGCAGCATTTGCAGCCAGCGAGGGTCACTCTCACCCGCGGGTGGTGGAGCTGCCCAAGACAGATGAAGGTCTTGGCTTTAACGTGATGGGTGGAAAAGAGCAGAACTCACCAATCTACATCTCCCGCATCATCCCTGGAGGCGTAGCTGAAAGGCACGGTGGACTTAAAAGAGGAGACCAACTCTTGTCTGTCAATGGAGTGGTGAGT s fr1.chrUn 96073431 226 + 349519338 TTTCCTTCAGGCCACAGTTGCTGCCTTCGCAGCCAGCGAAGGCCACTCCCACCCGCGTGTCGTGGAACTCCCAAAGACGGAGGAGGGGCTGGGATTCAACGTGATGGGGGGCAAGGAGCAGAACTCACCCATCTACATCTCCCGCATCATCCCCGGAGGTGTGGCCGAGAGGCACGGCGGTCTGAAGCGAGGGGATCAGCTACTGTCCGTCAATGGCGTGGTACGT a score=15911 s danRer3.chr4 29186981 255 + 33808418 CAGAGCGTTGAGGGTGAACACCATGAGAAGGCTGTGGAGTTACTGAAAGCAGCCAAAGACAGTGTCAAACTGGTGGTGCGTTACACCCCTAAAGTCCTGGAGGAAATGGAGGCGAGATTCGAGAAACTCCGCACCGCACGCAGACGCCAGCAGCAGCAGATCCTCATGCAACAACAGCAGCAGCAAAACCTGGCCGCCCAGCAAAACCACATGTCGTAGGTGAGGCTTTTCATTGCTTTAAGGGT----AACAGGGCGG s fr1.chrUn 96073720 253 + 349519338 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AACTTGTCTCTCAGCTTTTGTTGT-----TTGGTTTTTTTCACAGGCTGTTCCAAAAGAAGAAAAAGTAGAGGACACTGGGTGAGACTTGCTGAATCTTACAGTCGTGATGTAAGGAGGTCTGCGAGATCTCGGAAGAGGATCCTTACTGTTCTCCAGTGAAGACTATCCTCTTTCAGTCAACTACCTACAACTCAAAAAGACTGAAAACTCCATGACCTGTGTTCCAAATTGGTGCTTGGAAAAATGTTCATTGTGGCATAGAGGAAGGCTAGCACTGACTACATGGTTTTACACCTGCTTGTTCATATTTCAGTTGTCTGAAACCAATCGCAAGTTGTGACCCTCCTACAAAGTCCCTCTTGTAGTTTTGTGATAATGTGTTTCCTCAACATGTGTTTCTAAAGCATTCAGCATTTTGTTTTAAGATCCTTTTTGTTGCCACAGCATTGTACAGTAACCTTTCGAATGGTTCTTTTGGTGCTGGTGTCTCTGTGAATAGAAAGCGCTTTTTATGTCTGCCATCCTTAATTGGATAACTGAGGTATTTTAT-------------------ACCATATTGTAGCA--AGGGATATTTTGTAAAGAAAGTAAATTTAGCAATAACACTTGTTTGT-------CGCATTCTGCTGTAAAATT-----------ATGGGTAAAAGGTCAACTTTAAGTGTGCAAAATTAATATTCCG----AGGGTAAAATTA------CTGCAAAACTGTATCT---------TATGCACCAT-----GTGACATAAGTCAGACTAAACCATAAACATCATTTGCACA-GAATGTTCTTACGAGATCACTGTATCACAGTGC-----------CATTGACAGAGATT-------------ATCTTGTACATTTGGCTTATTGTATGGCAGACAAGCTTTAAAAGTAAAGTGTGT s fr1.chrUn 96074891 813 + 349519338 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TGTGTGTAATAATGTTACACGGCAACTGAGCAACAGATGTG----CACCTTTCTAGCCCTGACTCACGCATACAGATGTGCAAGTACAAAGGATGGGAGAACCCCCCCCTCCCCTTCCCAAA-TACCCTTCCACACCTTGTTGGTGAGACCGGAACTTTCAGGCTGCGCTGGGGTGGGCCCTGTTTGACTCATGGGGCTGAGTGAGAGGGGTCACGACCC-GTGCCGTGAAGTGCTTCCTGTTTCTGTTGAAGCCGTCTTCCGAGGGCTTCCATGATCACAGGAGCCGTTGTCAGCCGGAGCCGAGTCGATGCT-GCCGCAGTAAAAGAAATC-ATACATCAAGC--GAGCGGTAGC a score=10029 s danRer3.chr4 29276142 284 + 33808418 GCTGATTTAGGATTATTTTTAAATCAGCAGTTCTAGAGGT---GCAGGGCAGGGATGGGTATCAACACGGTCCCAGAGGTCTTATAAATTTGGTCAGTTT-------ACTGGGTGAACGCA------GCCCTCGGCTCACTCT-GCAGTCCAGCTAGTAATCCCAGTACTTCCTCTAGCCCTCTTTCCTGCTCTCCGCTCCTCAGCCCAAGTCCTAATTCATTTTCTGTAACTAACAGCCGTTGTTTCCCGATTGTCACGCTCCCATCGCTTGCTGCAGGAATGTAAgtgcgtgtgtgtgt s fr1.chrUn 96099327 289 + 349519338 GCAGATTTAGGATTATTTTTAAATCAGGAGTTGTCGGGATCTGGCGGGCTGGGGGCGGGT-TATATGTATTCCTAGAGGCCTTGTAAATCTGGACACTTTTTACTACAGTGGGGGGAAGAAAATGGTGCTGTGCGCTCCCGGTCGAAGTCCGGT--GTAATCCTACCACTTCCTCTCCTCCGCTCTGCCGC---------CTGGACTCACGCCGTAATGCATTTTGTGTAACTAACAGCCGTTGTTTCCCAATTGTCACGCTTCCATCTCTTTCTGTAGGAATGTGTGTATACTTGCGTGT a score=2082 s danRer3.chr4 29278623 328 + 33808418 CAGATCATTCAAGATGCTGTATGCAGTGATAGAGTGATCTATACATGATGAATGGAGCCATGAAATCAGAGAACTTACACTTGACGAAATCTGATCACAAGTGGTCACAGGAGACATATCTGAGACGCTTGTTACAACCAGGTGTAAACAGTGATGTGTCTCAGCTGACCACTTGTGACTG------GAAACCCCCCAAA--ATGGTCCTGTGTGCTATTATAATCC-------TGAAGGCTAGTGAT--ATAGAAAAACATACATATATGGAGACTTATTT--ACTTCTATGAAAATGGAAAACAAAGCAAACAAAGTTGGCACATTATCGCTCCAAAAGTAGAAA s fr1.chrUn 220817704 314 + 349519338 CAGGTCATTCAGGC--CTAAATGGA-------AGTGATTTA--CATGGTTATTTGCATATTGGA--CAGGGAAGTGATAC----------CCAAACACAAGTGGTCACTGGAGGCACATTTGAGACAAATTATGATGCTGAACGCAAACTGAAATCTGGCTCAGCTGCTTATTGCTGATGGACTGCTGGTTCCATTCAAACTATGTTTCTACTTGTGCATGTACTCCACGCTTGGGCAGGATAGTCATTGGCAGCAGGTATCACGTTCGTGTCAAACCAGTTGAATTTCTATGGATATAATAGAAAAGTCACCCATTGCCTGTACA----------AATAATAGAAA a score=1575 s danRer3.chr4 29282955 259 + 33808418 GTTCAAGTCT-GAGCTAAATGCATAAAGAATGAGTCAATGCTGGCCGCGGTGAGCATGACTAACTCACACTGGGTCAATAACTTGATCTCACTCTCTGACTACATATACATGAAGGCTAATGTGTGCGCTTCGGCAATGTTTCGTTCACGCTGTTTTCGATTTCAGCAAAAACAAAGAAAGCTTGGTGAGAGACAATGCTCTGTGCGGAACAAACCAGTAGAGATGAATCAATCATCACTGCAGCATTCACTATTGTTCC s fr1.chrUn 96101008 208 + 349519338 GCTGAAGTCCAGGGTTAAATGTGTCGGGGATGAGTCAACGTTGGCCGCTAACACTGTGACTAACAGAGCCC---TTCAGTACCAGAGAGCCctttctgactgc---tttctgactgct--------------------------ttctgactgctttct----------gacCAAAAAACGCAGGCTGTGAGGCGA------GTTCAG----AAACAGATGAGTCAAATCTGTCATCGGCTCGATGTTCTCTCTGGGTCC a score=-829 s danRer3.chr4 29291927 378 + 33808418 AGCTCTTCATGTGCTT-----CCCATCAGAACTTGTTCCCAGACTCCTCATGATGAGGCATG----TAAACTGT---GCATTGCATAAGCTTGTATGAAtttttttttttttttttt---------tttttttttACTGGGGGACTTAACATTTCCTCTGCAGATTTGGGGTGTCTTTATTTTAAATTCTCTATTCCTGTTTCATCTTCTCAGCTCCCCTCTTCAGTGCCCTGCCAACAGCTCAAACCACTGAGTTTACCCCCAAGCGGAG-------GAGGGATTCTACTGCTTTCTGGAATCCAGTGGTCCTGGTGGACTTGGACCATTCTGAGGTTGTTCCTGAACTGATGTACCCTGATGTCCCAGAGCCAACCACTCTCCCAGTTATGTCACACAGGCTGT s fr1.chrUn 235320524 376 + 349519338 AGCTCTCCACATCATAATGAACCCATAGGA---TGTTTTCTGGCTCCCCACAAATAAACAAAGGGCTCAAATGTTAGGCTTTGTATAAATTAGCATTAATGACTTCATTATGTTTCTGGACACTGCTCTGTTCTCAC------AATCAGCACTTCATTAAGTGGTGTTGGGTGT--TTAATTGAACTTC-------CTGTTCTGTTCGTGCAGGTGGGCCCCTC-GCAGCCTTTCAGCAGACCGAACAGATGGATTT---TACGAGCGGCGCCGCGTTGACGGGCTGTTTAACTCACTTTTATCACGTGTAAAAGTTCGGTCGGCAACGTTC--ACGTCGTGCTT---TTTGTGCATGATAAATTCTGAAGATAAAACATAAATGTACTTCTGT---ACCAACCGC a score=4782 s danRer3.chr4 29292389 242 + 33808418 ATGCCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGA--GTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTG s fr1.chrUn 308877450 242 + 349519338 ATGCTTCCAGGGTCACCTGTAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCAC--CTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCT a score=20590 s danRer3.chr4 29292631 993 + 33808418 CCATAGAGTCCCTGCCATAGA--GTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCCATAGAG--TCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGA--GTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCCTGCCATAGAGTCCC s fr1.chrUn 308877480 980 + 349519338 CTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCC---CTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCC----------------CTATAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCACCTATAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCCCCTGCAGAGGGTCCCCTGTAGAGGGTCCCCTATAGAGGGTCACCTGTAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCACCTGCAGAGGGTCAC a score=5244 s danRer3.chr4 29295909 364 + 33808418 AGAAACATAAGTATTATTAAATACTTACATTAAAAGTTGTTGTTTGTTGTCAAA----------TTGTGGACTGTAATTTTGAAGTGAG-AACTGTCGCAAATACTTTTTCACGAAAGCATGTGTT--------TACGACAGCGCCCCTGCTTCTGGGCTCAGGAAACCCTTGTGCGGCCTTTCCGAACAGCGCTCGGTATCTGAAA--GGTGCGT-CTGCAAGTCCTTCTCCATAGTGCAGTCAATTAAAGATTAATTTCAT-------------CTCAA--AGTAAACGTTATCTATTCTGTCTTTGTTTCAGAATCATGCCGGCTAAAGGTCCCCTACAGTCTGTCCAGGTTTTTGGACGTAAAGTGAGTAAATTCAGACATCAATGTTTCTCATGTG s fr1.chrUn 157123505 373 + 349519338 AGAAAGCTATGCACACTTTAGTGCATCCTGGTAAAATATTTTAATGTTTTAAAAACCCCAATTTGTGTGAAATGGAGGTTGAGCGAAAGTAACTGTCGTAAATTCTACCGCA---AAGCAGGTCTGGAATGTCGTGCGACAGA--CCCTGATGTTCTGCCTGTGAAACCCTGT--CGGTCTCTCCGTACGGCACCC--TAGCTGAAGACGGTATGTGCTACAAGCTGGTCTTCGT-----------TTAACGATTAAAATGACGCACGTTCGCTGGCTAAATGAGTAAATATCGTTGTTTGTGT----GTTTCAGAAACATGCCAGCAAAAGGTCCATTACAATCTGTCCAGGTTTTTGGACGTAAGGTAGGTTGAATGAA----TAACTTCTTCCACGTG a score=6980 s danRer3.chr4 29297139 161 + 33808418 CCATTTTTTTCTGTCAACAGAAAACAGCTACTGCTGTCGCCCACTGCAAGAGGGGAAATGGGCTTATTAAAGTCAACGGAAGACCCCTTGAGATGATTGAGCCCGTCACTCTGCAGTACAAGGTATGTTTGTCAC---AAAGATGGAGT--GCTTTTTGAGCGGTT s fr1.chrUn 157124320 166 + 349519338 CCATGTTATACTTGTCACAGAAAACTGCCACAGCAGTTGCCCACTGCAAGAGGGGGAATGGCCTTCTGAAGGTTAATGGCAAACCTCTGGAGATGTTGGAGCCTGCCACCCTCCAGTACAAGGTGAGTTCCAGACTGGGAAGATGCAGTGGGCCTTTAAATCGGCT a score=9699 s danRer3.chr4 29299115 314 + 33808418 TGTCCATCTGCTAACAAGCTGTTTATTTTTATTAAAGCTGCTGGAGCCTCTTCTGCTGCTGGGTAAGGAGCGCTTCGCTGGCGTGGACATCAGAGTCCGTGTGAAGGGTGGTGGACACGTCGCTCAGGTCTACGGTGAGTGATCTTGGAAGGCATTTGTTCTGTACTTAATATTAGCATGAATTTAGCTTCTCCAAGACCAAAGTGTAAAAAAATACCTGTACTGAAATTAA----CATGTTTTATTCCTCTTCTAGCCATCCGTCAGGCCATCTCCAAAGCCCTGGTTGCCTATTATCAGAAATGTAAGTGTTATCA s fr1.chrUn 157124494 272 + 349519338 TGATCATGGGCTGA-AATCTGTGTGTTCCGGC---AGCTCCTGGAGCCCGTGTTGCTGCTGGGGAAGGAGCGCTTTGCTGGAGTTGACATCAGAGTCAGAGTGAAGGGTGGCGGACGTGTCGCACAAGTCTACGGTCA---------GAAGA---------------------------AAATTCACGTTTTCCG-----AAAGATGAAATAAATCCTGGTGTTGTTTTTTAACCCAATGGTTT-TGTATTTTACAGCCATCCGCCAGGCCATCTCTAAAGCCCTGGTCGCCTACTACCAGAAATGTGAGTATATTCA a score=7364 s danRer3.chr4 29299501 159 + 33808418 TGTGGATGAGGCCTCCAAGAAAGAGATCAAGGATATCTTAATTCAGTACGACAGGACCCTGCTGGTTGCTGATCCCCGCCGCTGCGAGTCCAAGAAGTTTGGTGGACCTGGAGCTCGTGCTCGCTACCAGAAATCCTACCGTTAAAATCTCTCTGTACA s fr1.chrUn 48901258 145 + 349519338 TGCTGATGAGGCTTCCAAGAAAGACTTCAAGGACATCCTGAGCCTAAACCACAGGACCCTGCTGGCGGCTGATCCAC----------ATCCACGAAGTTTGGTGGCGCTGGAGCACGTGCTCACTACCAGAAGT-CTACCGCT---ATCCCCTTGGACA a score=9099 s danRer3.chr4 29310629 417 + 33808418 AGTTTCAGGCTCTGCAGTGAAAACGG---TCACCTAGTAAAAGGCAAGAGAATGTTATAAATAAAGAACTGGCCATATATGGTCTTTTCCTCTGTGTGCGCAGCGCTATGGAAACACATCACCTGAAGGGGCGACCT-GTTGACCCCTCGCTGTCAC---------TGCAGTAGACGATGGGTGCAGATTTACG------------CTCCCCCAGCCGTTT-------TTCTAGGCCTGCCATGTCGTCTGGTTTGACCGTAATAGGTTCTGCAGCGGGAGGAAAA---------GTAATTGAAGTTTCTCTGTGTGTT---CGTAGGTCTGCCAA---------GTGCGGA------GGTGGGGGATCA---TTTTAGTGAGGGATACAGTACGCAGTGTTGGCATGGCAACAGAGAAGCACTGTTCGGGCATCGCTTATTTAGCAGAAAAGCGACATCCCAGAGAGAAGGTGGAGAG s fr1.chrUn 192398044 467 - 349519338 AATTTCAGGGGGAGGAGGGGAGGCTGCACTCATCCAGTAAAAGACCCG-----GCAGTAAATAAAGAGCGCGCCATAAATGGGCATTTCCTCTC----CGCGGCCGTATGGAAACACATCACCTGGAGGCGCGACCTCCCCGACCTTGTCCTGTCACAGCACCCTGAGCAGGAGACAACGCTCGCAGATTTACAGGGAGGAGACGCCGTtcccggctgctcccggctgctcccggctgGCCGCGGCGCCTGGCGTGACCATAATAGGCCCTGCCTGGGTTGGAAAAGCGTCGCTTGTAATTGAAAGTTCCCCCCGAGCGAGAAGAAGGTCCGCTAAAACCCTGGTGGGCGGGGAGGCCGGCAGGGGCGCAGAGGTTCTGTGAGGGATACAGAACCTCGGGTCACCGCGGCAACGGGAGAAAACTCTTT---CAGGGCTCACGGGGCAGAAAAGCGTCTCGCCTGAGGAGCAGCGGCGAG a 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fr1.chrUn 192400876 354 - 349519338 TTGCAGCAAGTCTGACTGTGTTTTTCCATCGA--AAGGTCAAGAACCACTTTATGTACACAATG------CACTTTAGTCCAAAGCAGA----------------------CCGCCGCGCCCCGCCTGACCGCGG------CGGCGCTGGCGTGTTCCAGGTGAGCCTCCAGAAGGCGACGCCACCTC--------GCCCCGATCTG--AGTCATCTGCCGTTATCTGGGGAACGTT---CTTCACGCGCTTCATGGACATATATGTCCCAGGACGTTGACGTCTTTGCTATTTTTAG--------CGCCGCTGGAGGTTGTTATAATAATGATGTCAGGGGGGCTTTGAAAATAAATCT--GTGTTTATTC----CTGCTCT---------CTATTCATGTTGTGTTTGTTTGTGTTTATTCGTG a score=25117 s danRer3.chr4 29364542 444 + 33808418 GATGACGTCATGCTGCAGATCCGGAGCTGTGACGTCGCACA--TTCTCGCGATA-TCTCGACGTAACCAGGTTTGTTCACCACCAGTCACCCCCCTCTCTTTCGTACCGTACCGTCCCCTCCCACGCCCCAGCGCGCCGAGTCGGGATAGTGGCAGTATAAAGTATATCTTCCATCCGAGACAGATAAGAAGCGCCAGGCTCGAGGGG-ATGAAGATGGCGGACGCCAAGCAGAAGCGGAACGAGCAGTTAAAGCGCTGGATAGGCTCGGAGACGGACCTCGAGCCGCCCCTCCTGAAGAAGAAGAAGACGAAGGTGAAGTTCGACGATGGCGCCGTGTTTCTGGCCGCCTGCTCGAGCGGAGACACGGAGGAGGTGCTGCGAATGCTCGATCGCGGCGCCGACATCAACTACGCCAATGTGGACGGGCTCACCGCTCTGCACCAGGT s fr1.chrUn 192405199 431 - 349519338 GGTGACGTCATACCGC------GGCGCCGAGATCTCGCGAGAGTTCGCCCGACAATCCCGCCGCCCTCTCTCTCTTCCTCCGTCGGT-GCCCCCTCCTCTCCAG-------CCCTCCCTTCCCACGCCCCAGTGCGCTG---TGGGATAGTGGCACTATAAAGTATATCCTCTCTCGGAGAACGATAAGAAGCCCGAGACTGGAGGGGGATGAAGATGGCGGACGCCAAACAGAAGAGGAACGAGCAGCTAAAGCGATGGATGGGCTCGGAGACGGACCTGGAGCCTCCTATTCTGAAAAAGAAGAAGACGAAGGTGAAGTTCGATGATGGCGCCGTGTTTCTGGCCGCCTGCTCGAGCGGCGATACCGAGGAGGTGCTCCGAATGCTCGACCACGGCGCTGACATCAACTACGCCAATGTGGACGGTCTCACGGCTCTCCACCAGGT a score=3161 s danRer3.chr4 29373054 166 + 33808418 TGTGTCGGGAGGGAAGGGTTGTGGCTGTGTCGTCCTGTGCCTG--CATTCCTGTCGTGTCTCTCATTGGAAACCATGGCA---------GACCCAGAATTCCTCAGCTGTCACTTACACCCCCAGCCAAAACAGCCTCCACCTCCAGGCACACCGTTTTACTCATTTCTTCACGGCG s fr1.chrUn 192408044 164 - 349519338 TGTCACAGAGGGAAACATTCCAAGTCCTGTTGTCCCG-GCCGGAGCATTCCTCGCATGACAGTCGCTGGAAACCATGGCGAAGAGAGATGAGCAGGCATTCCTCAGCTGTCACCTCAGCCCCTCCCCGAACCTCCCTCTTTCCCC------------TGACTAGTTCCGTCGTGGCG a score=3101 s danRer3.chr4 29380947 110 + 33808418 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CGGTACTGTAAACAGCCCAAATTTGGGCAAGGATTTTACCCAGATAGTCATGTGCCCCGAACGTGAGGATG------------GTTTGTGTGTTTCCCCTCTTAGTCTATGGTATTGTCATGGCAACCAGCCATATGACCAGGAGAT--TTCATGGGCAGCCGTTCA----AGAGGGGC----GTACCCAGAGAACTGAGCCTGGATGATGTTCAAG-----------------------GTTGTCCGTTTA-GACTGAGGTGTTTGGCATTGAAAGTTTCTCT----------CAAAAGATAAGGTCACGAT----TGTTG--ATTTCCCCCAACAAAAAAAGCAATTTCTTGATTCATTGAAATGCATTTAAAACAAAATATGGCTTTTTAAACTTTTTATATGAATTTACTTGCACTTTGAATCAGTTTGCTGAATACAATCTGTTTAAAATAAT--------TAAATAAGAACTGTTCTAACCTCAAACATTGGCAGGGCACACATGTATTGTCATAGCAGTGACATCG---CTAGTCTC--TATCAG---GCTCTTTTGTTTCATCGAGTGGCAACATGCTTTAATTACAGAC--------------CTCCAAATCTCCCTTAAGGGATTTTG---------------------GTTACCTGATGATATAATGTGTCTTTGTTTGGAGGAATAG------------------------GTTCCCACTGAAGAT-------TAATGTTTGGC-CCTGAAGC-TCACTTTTGGGTTTATGAAACTGTGTTTGGCTAAGACTCTTAA----TCCAAACATTAGGTAACCAAAATGCTACGTGCCGCTTTAATACCATTTTAAAATATGTTTAAAGTTTGATAAT--TAAAGATGCTG--GATGGTTACTCGTGTTTAGATGTTAA-----------------TTCTTGCTTTTCCTCTCTT---------TTTTCAGGCCTGCATAGATGATAATGTGGACATGGTGACCTTCTTGGTGGAGCATGGAGCCTGCATTAACCAGCCTGATAATGAAGGCTGGATCCCCCTTCACGCCGCTGCCTCCTGTGGATACCTCGACATCGCTGAGTAAGT s fr1.chrUn 192415346 1095 - 349519338 CGGCATCCCAAACAGTCCAAATTTGGACAAGGATTCCAGCCAGATAGTCGTGTGCCCTGAACGTGAAGCCGCAGTGTGTTCATGTGTATCTGTTTCCCCTGTCAA-CGCTGCGGTTGCCACAGCAACCCCGGGAAAGACAGCGAGACAGTCCAGGCGCAGT-GTTCAGCGGAGGGGGGTTGCGGTGGCAGGAGCTCCGTTTCTAAACGGTAATCGAGTGCGAATCCAAGTCTGCGTGGCAGCAGTTTGTTTATGACTCCACACTTTAGTTCTAAATATTTTCATTTTTTTATTGCAGGTTTCAAGGTCAAGCTGTTGTGTTGGTATTATCTTCACCACGGGATGTCATTAACATAACCAA-AAAATAGCCTTAAAGCAGGAGGTCATTTTTT-------TTAGCGTGATTTCGATGCAAAGTTAAAGACGTTAATGCCCATAATGTGGCTAAAACCACCCACCGCATGAGTCAGACCATGTTAAAGCTCTACATGCAGCTATTTATTCCTACACGGTC----CAGCAACATGGGACTTGGTCTCACTTTCAGAGGGTTTTTTTCTGTGTTCTGCTAGTTTGCTGCTGCACTTCGAGATAAAGTCGATTTCCTCTCGTCACTCCGCAGACGGGAGATGACGCGGGCGATTAATCCTCGACGTGGCTTGAT--TTGAACCTCACTCTGCACGAAGCAGCAGCCTATAGGCAGCGCGCCCGCGCCCGCTCCCTTCGTCGGCAGTACTATGCTGCGTGGTATTTGAAGCACCCCTGCTATGTGCAAGTGATTAGGGATCGCTCCGGCTGCCAAAATTCCCAACAACTCTGAAACCACATGGCAGTCTGTCAGCTG-----CGTTGCAGGGCTCTTTTCTGGAACTATAACGCCAAGAATCACGCCGACGTGAGCTCATGTGCACGTGTGCAGCAGCATCTCTGCGCCGTTCTTACATTCCATCTCTCCCGTCTCTCTCCTCAGGCGTGCATCGACGACAACGTCGACATGGTGACTTTCCTGGTGGAGCACGGAGCCAGCATCGACCAGCCCGACAACGAGGGCTGGCTCCCCCTTCACGCCGCGTCCTCCTGCGGATACCTCGACATAGCTGCGTGAGT a score=92 s danRer3.chr4 29404083 81 + 33808418 TTGTGTC-TAGACCTAATCGTAACTTGA-TAAACTAGATATATGCATATGATATGGCCTTATGATTTCCCCAATGCTCAAAGC s fr1.chrUn 163617913 81 + 349519338 TCCTGCCATAAAC--AATCGCCGTTCAACTCAAACAGATCTACCCAGGTCATAACGATCATTAATGTGTTTATCGCCCACAGC a score=7176 s danRer3.chr4 29408888 184 + 33808418 TCTGAATGATTGTGCTAATCACACCTATT--GTTATTTTAAACATCTTGCCATGTCTTCG---CAGGTATCTTATCTCTCAAGGTGCGAGCGTTGGTGTAGTAAACAGCGAAGGAGAAACGCCATTAGATATCGCAGAAGAGGAGGCCATGGAGGAGCTTCTGCAAAACGAGATCAACCGGCAAGGTAC s fr1.chrUn 192418485 189 - 349519338 TCCGAAACATCATCCTAAACACAAATATCTGGATCCTGTAAACAATAAATGCTGTTTTTGTTGCAGGTATTTGATCAGCCAGGGCGCCAATGTAGGAGGCGTGAACAGTGAAGGCGAAACACCTCTGGACATAGCTGAAGAGGAGGCAATGGAGGAGCTACTGCAGAATGAGATCAACAGACAAGGTAC a score=2100 s danRer3.chr4 29411653 430 + 33808418 CACACTCTTTAAGAGCATGTTATATAACAGTCGCAATTCAGCCCACACTCTTGGGCATCTAACGTGGCTCAGCCAATGGCAGCTGTCAGCTTTCATTTGAGGGTTGAAGGACACTCTTCAGCTTCGGAGAAGGGGTGCCAGCGTGTGTGATAGACCCCTGCAGATGTTCGCCACACAGTTATGCTTTTGCTGTCTTCAGTAATCAT---GTGGCTGTATTG----------TTTGAGC---ATCTGAAATA---------AATGCTTTTGATC-------AAACATTGAAAAGGAGCCCAGGTTTTACTACATGTATCGTAATGTAAGA-----CACAGCTCAG--------------------AGATGGCATTATGTAATGTTGAGTGTTGTATAATACCTTCAGTCCTCTTGGTAATGTGATTATCTTTTTTTTCCCCACTCCCCGTCTCCTTTTGAGAGAGACCCCAGTCATGAGGTTAAACTT s fr1.chrUn 192419609 429 - 349519338 CACGCTCTTGGTGA---TATTATATAAGAGCGGGAGATGTGCACCCACCT----GAACCTGAAGCATCTCAGGCAGCAGCAGCTGTCAGGTTTGATT-------------------TCCAGCTGCACCATAGATGAGCCGGC---TGTTTTAGACTAAATCAAACATACATCATTAAATTACCACCTCGTTGCCTCCATAAAGCCTAAAATGCTTTTATTGGCCCTTTCTTTTTAATCCAGGTCTGACAGATTTCTGCGTAATGCTGCCTACTTGCTGGAAAAAGCCCAAATGAGTGCTCGGTGCTCCTGGCCTCAGGGCAGCTGCAGACAATCCACAGCTCAGTCCTCCATTGGAGAGGTAGCAGGCAGCATTATGCAACGGC-----TTGTGTAACACCTCT--CTATGTTTGTAATGTGATTTTC-------------CTCCCC---------TCAAAGAATCTCCAATCATTGGGTTAAACCT a score=1983 s danRer3.chr4 29421507 36 + 33808418 CAGGATGTAATGTTACTTTATAATAAGTCATTTTTG s fr1.chrUn 192420356 36 - 349519338 CAAGATGTGCTGTTCTCTTGTAAAAAGTCATCTTTG a score=25236 s danRer3.chr4 29422336 1283 + 33808418 GCAGGTTAACTACACACCCTAATCCTAATGATCTGCCCCTCCCTTTATCTTCCCCTAGGCGTGGATATCGAAGCAGCCAGGAAGGAGGAGGAGCGTATCATGCTAAGGGATGCACGACAGTGGCTTAACAGTGGCCAGATCAACGACGTCCGGCACACCAAGTCTGGGGGTACCGCACTCCATGTTGCTGCGGCCAAGGGATACGCTGAGGTTTTAAAGTAA---GTGCCCTTAACATTTTGCCATCCACAAAGGGTTCAGGAAACACCTGTGATAATTTTTGTCTTTTATTCTTCGGCCAAAAAGTGTGCTGAAGATAGAAGCAAATGAAAATGCAGGTTATTGCTAT---ATTTGGTCTACCCCCCATTTCACCTTTCAACTCTTTCGGTATCTAGACAGTATGTAACCTGTTAATCTATGTCTATTACAGTAGATTATCATGAGCCATTGAACTGCTCAGAATGCGTGGCAGTGTCTGTGTTTACACTGCTCTCGGTCTTTGGATGTCAGAGTTGAATGACTTTGACAACTGCTCCATCTGTCGCCACTCCAAAACAAGAGGATTGTACGCGACTGCTTGCAGAGTCTTGGAAAACTTCACATCTAATTCGTATTTTTGTGTGTGATGCTGGCCTGTTGGCATGCACGACGCGCCTTCTAGGCAGTGAAAAATTGAGCCTTTTGGTCTACATAATATCCCAGGCT-TTTGGCGAATGAGGCCAAGCTTAGATTGCGGCACCAAAATCCAAGAAACCCAGATTTGTTTAATCTCATCATGCTATTTCTGTCACTCTTACCATTTGCAGGCTTTTAATCCAAGCAGGGTATGATGTAAATATTAAAGACTACGATGGCTGGACTCCGCTCCACGCTGCTGCACACTGGGGCAAAGAGGAGGCCTGCCGGATACTAGTAGAGCATTTGTGTGATATGGACGTCGTCAATAAAGTGGTATGGCTTTTATTCATTTATACAGTCTTCTACGAA-TGTGTCCAAGTTGAACTGACTCCTGATCAGTGTTGCATTTTGATTCTCAGGGTCAGACGGCATTTGACGTAGCTGATGAAGATATTTTGGGATATTTAGAAGAGCTGCAAAAGAAACAGAATCTGGTAAATTCTCACTTCTGGTTTCACATCTTCATAATTCGCCTTG-------------------GTTCTGTTTACTTGAACAC---------GCTCTGTGTTTGTTT-CAGCTTCTTAGCGAAAAGAAGGATGTTAAGAAGTCTCCTTTAATAGAAACTACGACTACTGGGGACAATAATCAATCTGTGAAACCACTGAAGAGGT s fr1.chrUn 192421602 1187 - 349519338 GCGGCTAATCCGGCCACTCTGACAGCGTCGGTCTGCTC-------TGTCGATCCCCAGGGGTGGACATCGAGGCAGCACGCAAAGAAGAGGAGCGGGTCATGCTGAGAGACGCCCGCCAGTGGCTCAACAGCGGCCAGATCCAGGACATCCGGCACGCCAAGTCCGGAGGAACCTCGCTCCACGTTGCTGCCGCAAAGGGATACGTGGAGGTTTTAAAGTAAGCCGTGGTCTTGAT---------TTCACAGGTAGCCGAGAGAGAA----TGA-AGCTAACGTCTTTCCATGTTGGGACAAAAA---TGC--------------AATGGCCACCTCATTTATTGCTATTGCATAAATTCTTTCCTCTGCTTCAC-----------------ATAAATACTGTTTATAGCCAA--GGCCGCGGCCGAGCGCTGTCGTTTTTC-TGTGCTCATG-------CCAAATATATCTCGGCGTCTGCGACTCGTCGGTGCCTTG--TTCCGACATCCTCGCCGTAGGCTGTTAGCG-------CGTCTG------CTCCGGGGCAGGAGTCTTCTGTCCATCTGCTCCGGGAAGCCAGCCAAACGCTGCA-CTGACGTAGATAGTTTTAAATACGTCTTCCCCCTCGTTGTGGCAGA-----ATTATGGGCTGCGTTA---------TTTGAGTTTGAAAACTCCGTTCGGCTCTTTGGGTGGTGGATCC-------GATTGC--------AACCTGACCAAACCAAAAATGTTTGTTTTC---------TCTCTCTCATGCGCAC-----ACAGGCTTTTAATCCAAGCAGGGTATGATGTAAATATTAAGGACTATGACGGCTGGACTCCTCTTCACGCGGCGGCACACTGGGGCAAAGAGGAAGCGTGTAGAGTCCTGGTGGAGAATCTGTGTGACATGGACCTGATTAACAAAATGGTGAGGCTTCGCAACAGTCGAGCACTCTGGCAGGAAGTGCAGCAAAATCCA--TAATTTTTA--CCGTTTTGTCACGAACCCCTCAGGGCCAGACTGCTTTTGATGTAGCAGACGAAGATGTTCTGGGCTACTTAGAAGAACTACAAAAGAAGCAAAATCTGGTGAGTCACCGTGTTGGAGCTGAGA-----ATAATTCAGTTTGCTGGTATAATGGTGATTGCATTAGGGTCGCCCGAGCATGTGATGGAGGCTGTGTTTTTGTTTACAGCTCATGAGCAGCAAGAAAGATGTTAAGAAATCTCCTTTGATTGAGACGACAACCACCGGGGATAACAACCAGTCACTGAAACTCCTCAAGAGGT a score=10295 s danRer3.chr4 29424809 194 + 33808418 ATGTGTGCTTTAGCAAAGAAACACTTCTACTGGAGCCTGAGAAGACTGCGCCAAGAATCGAGACTCTGGAGCCAgagaaggtggatgaagaggagggagagggaaagaaggacgagtctagctgctcgagtgaggaagaggaggaagaagaCTCGGAGTCTGAGAACGAAGCAGGTACCTGAGACATCAACCGT s fr1.chrUn 192422885 191 - 349519338 ATTTCTGTTTCAGCAAAGAAACGCTGCTCCTGGAGCCAGAGAAGAGCACCCCACGCATCGAGACCTTGGAGCCAGAGAAGGTGGATGAGGAAGAT---GAGGGGAAGAAGGATGAATCAAGCTGCTCCAGCGAAGAGGAGGAGGACGAAGATTCCGAATCGGAGACTGAAGCAGGTACTGCCTGCGTGCACCGC a score=3378 s danRer3.chr4 29425052 158 + 33808418 ATACTTCTCTTTTTTTTA---CTCAGATAAGACCAAGTCTTCTGTTCCGTCAAGCGTTTCCAACAGTACACCTACAACTGCACCTTCTAGCATCACCGTCACATCACCTACTACCCCAAGCAACCAGGTGACCACCCCAACCTCACCTACCAAAAAGGTAC s fr1.chrUn 192423123 149 - 349519338 ATTGTTGTCTTTTGATGATGTCTTAGACAAAACCAAGCCGTCAGCATCTGTGAG------CAACAGCACGACGACCA------CCTCGAGCAGCACAGTGTCTCCTCCAACAAGCCCCACGAACCAGGTGACGAGCCCCACTTCTCCGATTAAGAAGGTAC a score=8255 s danRer3.chr4 29426840 289 + 33808418 ctctgttttcactttctttTGTTTTGTTACATTTTTTTTCCCTTT---CTCTTCACCATCATCTGTTTCTTTCTCTCTCTGGTC----------TCATTGCTGTTGTCTTGGATGGCTTTAGTCTGATAACTTTACT------------GGGGGGGAGCCAGGCTGTCCTGCGTTGTGGCGTCAAGGCTTGCGCAAAACTGGCATTTCACTTGTGCCCAAAAAAGCGATGGTGAGGCCTCGGTGTGT-TCAGCATTGTGATTCCCGCAAAC-----CCTG----CTGTATGTTCCCCACACGACCATCCCTAACCAAACAGATC s fr1.chrUn 192423967 316 - 349519338 CTCTCGTTACAGTGTTTCTTTTGCTGTTGCTTCTCTCTCACATTTTGGCTCTTC-------TCTGTCCCTTTTCCCCCTTGACTGTTTGAAAAATCCGGGTTCCTGTCTTGATTTGCTGTAGTTTGATTGTATTACTCCTCTCATGCCTGTGGCGGAGCCAGGCTGTCCTGCATTGTGGCGTCAAGGCTTGCGCAAAACTTGCATTTCTCTAGTGCCCAAAAAGCTTATGGTGAGGCATTGGTGTGCACCAACTTTGTTCTCTCATCTGACATGCACCTGTGCACTGACAGTACTCGGCAC-CCCCTCCCTAACAACCCTGGTC a score=9745 s danRer3.chr4 29428412 591 + 33808418 atctatctatctatctagtctgtctgtctgtctgtctgtctaTGTTCTTATTTTAGTTTTTATAATTAGTTTAGACCATTTTGGAGCATAT-------GTACATACAAATAC--------TGAATTATGTTTCAAATCATTAAAAACTTCAGAGGTTGCCCAGCCCTGCAGTCCACATTTTTTATGTCCTGCTTAAACCTGTCAAAATCCCTGATCTCTCACCCATGAGCACACATGAGCACTCCTTAATGTGG-------ATTTACAGTGTGTGCTTTCTGTGGTCTCGTCATA-----TGATCTGAACTCTTCAAATTCGCAGT--GTTGACATTCCCTAATTTGGACACTTCATAGGCGGAATGAGCTAAGTTTAGTGTCTGTGTTCC---------------TCAGGTGAGCACACCTGCAGGGAAGCTGTCTCCTAAAG---AGGAGGACAGGAAGGATGAGTCTCCTGCATCGTGGCGTTTGGGTCTGCGCAAAACTGGCAGTTACGGAGCTCTGGCAGAAATCAGCACAACCAAAGAGGCACAGAAGGAGAAAGACACAGCCGGGGTGATGCGCTCTGCCTCTTCCCCTCGCCTCTCATCCTCACTGGACAACAAGGACAAGGAAAAGGTC s fr1.chrUn 192424374 611 - 349519338 ACCCTCCCGTTCATCCTTTCACCgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgGCTCCTGTGTTTTCTTTAGTTGCTTC---CCATTTTGTGACAGACCAAAAACGTACATTAAAATCCCAGCAGCCTTGTTTATCCTTTCAA-CATTGATAATGTAAAAGAT--------CCTTGACTCCGGA------ATGATTTAGTGAACGCTGGAATGGTTCC--------CACCTCTTAACTGGCATG-TCATTCCCTAAAGATGTCCCCTTATTTCCAAATCATGCTTCTTGGGTATTAATCCAAAACAGTTTTTTGACCAACTGACATTTGTAACTGGCCAAAATTCACCCATAATTATATGAAATGAATGAATTGCTGAATACTTTGTGCTAAAGTGCCGTCCTTTCCACCCTCTCAGGCCACTCAGCCAGCCGGGAAGGCGGCGGCTAAAGTGGAGGAAGACCGGAAGGATGAATCTCCGGCATCCTGGCGGCTCGGGCTGAGAAAGACGGGCAGCTATGGCGCGCTGGCAGAGATCACGGCCACCAAGGAGGCCCAGAGGGAGAAGGACACGAGCGGAGTCATGCGCTCTGCCTCGAGCCCGCGCCTCTCTTCCTCCCTGGACAACAAAGACAAAGAGAAGGTC a score=4924 s danRer3.chr4 29430686 100 + 33808418 ACAACAGGAGAAGGAGAAA---ACACGCCTGGCATATGTTGCACCAACTATACCGAGGAGACATGTTAGCACCTCAGACATCGATGAGAAGGAAAACAGGTAA s fr1.chrUn 192425064 103 - 349519338 ACCTCAGGAAAAAGACAAAGGGACCCGGCTTGCCTATGTGGCCCCCACCATCCCCAGGAGACTGGCCAGTACTTCAGACATTGATGAGAAGGAAAACAGGTGA a score=8384 s danRer3.chr4 29431599 144 + 33808418 TGCTTCTCAGGGATTCGGCTGCTAGTCTGGTACGTAGCGGCTCGTACACAAGGAGACGCTGGGAAGAAGACCTGAAGAACAGCGATGGAACGGCCTCAACAAACAGAACCTCCAGCTATCAGCGCAGGTTAGC-GTTTTACTCGG s fr1.chrUn 192425333 142 - 349519338 TGTTCCTCAGGGACTCTACTGCA---CTGATACGTAGTGGCTCATACACCCGGCGACGCTGGGATGACGACCTGAAGAACAGCGAAGGAAGCGCCTCCACCAACCGAACCTCCAGCTACCAGCGCAGGTTGGCTGCTTTACTCTG a score=9889 s danRer3.chr4 29433387 305 + 33808418 TGCTTCAGACACCATGTAACGTTTGTCT-----CTGTGTGTTCAA---------GTTTTAATG--TGTGTTTGTTTGTTGGCTCCC--TGCTAACTCACCTCTTTCACCCTGCCACAT--CCACACGGCAGTACGTCACACACGCTAGCGTTAGGCCGCACGTCTAGCTCTCGCGACCTGCCCGCCAAATCCTCCTCCGCCTCCAGCCTGGAGCCTAACAACT------CTAAAGCCTGGCAGCCTTCCT---CCTACTACCAGTCTTACAGCATTCACCGCAGG--TACCAGCCCGAGCACA--CGCCACCTCCT-TCATCTGTCTCTGTGTTCCCTC s fr1.chrUn 192425858 339 - 349519338 TTCTTCCAACCCCATGTGACACGTATGCAGCAACAGTGTGCAGAGATCAGATATGTTTCTGTGGTTGTATCTGTGTGTACGCCTCCACTGCTAATCTGCCTCTCTCACCCACTCGCCTGCCAACACGCCAGCACGTCCCACACACTAGCACTAGGGCGGAGTGGCAGCACGCGGGACGTGCCGGCCAAGTCTTCGTCCACTTCCAGCTTGGACCCTAACACCTGTAACACTAAACCCTGGCAGCCGCCCTCCACCCACTACCAGTCTTACAGCATTTATCGCAGGTATACCAGCCTCACCACAGGCACCACCGCCTCTCACACACTCGTCTGTCCTCTC a score=9276 s danRer3.chr4 29436466 369 + 33808418 TTTCTCCAAAGCGGCTCATTTGGAAGAAGACATGAAGATCCTTTGAGTTCTACT---------------TCCTCGTCCACAACAACGACCACCACCACCTCCTCTGTTACCTCACCTACAGGACACCGCAGCCTGCTGTCCCGGTACAAACACACT-----------TCTCTATAACACA--------------ACATTGACAGTAAACACTCAGAGTCTGG--TGTGGTAATGAAATGTGTGGATGTG-TAACAGGTATTGGGCAGAGGAGAGCGCagagaaggagaaagagaaggagaaagagTCGGCAACCGTTATCCCTACAATCAACACTGCAGGCACCACCACTACCACATCCACCACTG---GAACTGTCCTG------------------GGCTCTGAC---GGGCGAGAGAGACGCAGGTACACCAC s fr1.chrUn 192426386 429 - 349519338 TTCTTCTTCAGCAGCTCTTTTGGCAGAAGGCACGAGGACC---TGAGTTCCTCCACAGTCACCACCTCATCACCCTCCTCTACGACGACCACCACCTCTTCATCCGTTACCTCAACCACAGGCCTCCGTGGCCTGGGCTCC---TCCACCCGCACTGGCTCCACCAGTCTCACCAGCAGGTGCGTGAACGGGACCCGTTGGCCGGCCATCAGCAGCGCCTGTCCTGTGTTTAC-CACCGTGAGTCTGTGCCAGCAGGTACTGGTCAGAGGAGAGTGCAgagagggaaaaggagaaggagaaggagTCTGCTGCTGTCATCCCCACTATAAACACTGGCTCTACTACAACCACCACATCTACCACTACTTCAACAGCCATATCTACCACTCTCACCACCGGCGCTGTCACAGGCCCAGAGCGACGCAGGTAACACAC a score=6687 s danRer3.chr4 29438498 115 + 33808418 tgtgtgtttgtgtgtgt-AGATCGTACCTCACTCCAGTACGAGATGAAGAATCTGAGTCTCAGAGGAAAGCCAGATCCAGACAGGCACGACAGTCCAGGAGATCTACACAGGCAAG s fr1.chrUn 192427559 116 - 349519338 TGGGTGTTTGGGTGCGTCAGGTCATATCTGACTCCAGTGCGAGATGAGGAGTCAGAGTCCCAAAGGAAAGCTCGCTCCAGGCAGGCCCGACAGTCGAGGAGGTCCACCCAGGTTAG a score=11548 s danRer3.chr4 29439524 241 + 33808418 TAAACTTGTCATTTTTTT-----AGGGTGTGACATTGACAGACCTCCAGGAGGCCGAGAAGACCATCGGTCGCAGTCGCCCCACACGGCCTCgagaagatgaaaaagaagagaaggagaaacaggacaaggagaaacaggaggagaagaaagagaccgagaccaaggaggaTGACTACAGGTCGCGCTATCGTAGCTTTGAAGAGGTTAGAGAAACTCCCAGTTACACTTCTGTGTTACTACTAGC s fr1.chrUn 192427751 239 - 349519338 TGATTTTATTGCTCTTTTCCACCAGGGCGTGACCCTGACCGATCTCCAAGAGGCAGAGAAGACGATCGGCAGGGGTCGCCCCACAAAAACCCGCgaggaggaaaaggaagagagggagaagcaggacaaagagaagcaggaggagaggaaggagacggagaccaaggaggaggaTTATCGATCGAAGTATCGCAGCTTTGAAGAGGT-------ACGTCTTTCCACGCCATTGTGTTTCCGCCGAC a score=4103 s danRer3.chr4 29440240 174 + 33808418 CACCTCGTTGGCCTCCAGCACCACAGCGTCCTCCACCATCCCTTCATCCTCATCCAGTAGCTCGTCTTCTCTGTACAGCACCTCGTCTCTGAACCGACCCAACAGCCTGACGGGGCTCACTTCAACATACAGCCGATCTACACGCGACACCGACAGAGGTACACAAATATCAAC s fr1.chrUn 192428072 165 - 349519338 CACCTCGACTTCTGCCATTTCCACAGCCAGCACTGCCTCCACCCCGTCCTACTCCAGCAGCACCTTGTCC---TCCAGC------TCCCTGAACAGGCCGAACAGTCTGACAGGCATCACGTCCTCCTACAGCCGCTCCTCCAGAGATACAGAAAAAGGTTGGCCAACGTGAAC a score=8120 s danRer3.chr4 29441623 236 + 33808418 TGTCTGTTTCCTGCCCAG---AATCTGATCGAAAAGAGAAAGATGAGGATAGAGACGGTGATGACAAGTCTCAGCCACGCTCTATACGCGACCGCAGACGACCTCGAGAGAAAAGACGATCCACTGGAGTGTCCTTCTGGACCCAGGATGTAAGAGAAACCTCCTTTGCATGAACGCACACACACACGGTCTTTCCTATGCTTAAAACATCCTAGCAGATTTATGTTCAGCATTTAAAA s fr1.chrUn 192428763 221 - 349519338 TTTCTTCTTCCTGCCCAGCAGAAACCGACAGAAAGGAG------GAGGAGAAGGAGGGAGAGGACAAGTCTCAGCCCCGCTCCATACGGGATCGCAGGCGGCCCCGCGAGAAGAGACGCTCCACCGGGGTCTCCTTCTGGACCCAGGACGTGAGAGA-----CTTGAACTTGAAC---CGGATAAATGCCTGTAATAGTGTGTAAAGCATCGT----GCTTTGTTTTCATTCGTTAAAA a score=3281 s danRer3.chr4 29447420 152 + 33808418 TTTTGTAATAACTTCCATTTTTTtctctctctctctctctctctctctTCATATTCACAGAGCGACAGACTATCTAGGTATGTATCTCACTCTAATGCAACCTTTTTTGGGGTTAGTTCATTCAAAA-----ATAAAATTGGGCCATGATTTTGTCA s fr1.chrUn 192429603 142 - 349519338 TTTTCTGGTATCTGCACATTCATGATCTCTCT-------TCTCCCTCTGCTTTCTCACAGAGCGACAGATTGTCCAGGTATG-ATCCCCCTCT------ACCATTTTTAAGCGCCGTTTCCTCTGAATCCTTTTAAAATT-GGCTATTTTTTTTTTA a score=9119 s danRer3.chr4 29449067 356 + 33808418 TTTATTTC-CCACCTCAGCAATGACCCTCTCTCTACTAGCACTTCATCCACTGACCGTTATGAGTCTTTGAGTAGCCGTGGCATTGGGGAGAGCCGACGTCCGTACTCT---CGTTTCGAAAAAGACGATTCCACTGATTATAAGAAGGTGCGAAAACTGCGCTGTATGAGTGTG-----------------CGCTGTCAAATGTTGAGTTTTTTTTTTTTTAGGGCTGAAGGTTAACCCAGAGTGCTCTGTTTATTTCC----------AGCTTTATGAGCAGATTTTAGCTGAAAACGAGAAGCTGAAAGCTCAGTTACGCGATACAGAATTGGAGCTGTCAGACCTAAAGCTACAGCTGGAGAAGGCCACACAGGTGAGTTCAG s fr1.chrUn 192429752 363 - 349519338 TTTATTTTGCCACTGCAGGAATGAGCT------------CACGTCCTCCTCGGACCGCAACGACACGCTCTCCAGCCGTAGCTACGGAGAGAGCCGGAGGATATACTCCAGCCGCCTGGACAGGGACGACACCACAGACTATAAGAAGGTG-------TGTGACGCACGGGGGGGGGAAACCCCGGTCGCCACGGCAACAGACGACGCGTCCGCTCTGGGTTGAGTCCAAGCCTTTAAC-----TGTCCCGTGTGTTTGCGGCTCCGCGCAGCTCTACGAGCAGATCCTGGCTGAGAACGAGAAGTTGAAGGCCCAGTTACGCGACACCGATCTGGAACTGGCCGACTTGAAGCTCCAGTTAGAGAAGGCCACGCAGGTACGGGCAG a score=4466 s danRer3.chr4 29449916 86 + 33808418 TGCTTTTTGTTTTCC-CCATTTTTACAGAGACAGGAGCGCTTTGCCGATCGATCACAGCTGGAGATGGAGAAAAGGGTAAAACAAAT s fr1.chrUn 192430161 87 - 349519338 TGACCTTTGTCCTCTGCTGTCGTTTCAGAGGCAGGAACGCTACGCTGACCGATCTCAGCTGGAGATGGAGAAAAGGGTAAAGAGAGT a score=2014 s danRer3.chr4 29450247 204 + 33808418 GTTGGTAACAGTTGCGCACTGGTTTATGTCTGAAGGTTGCAGGCAGATCTCAGGCTCAGCTGGGTGCTTTGGGTAATGTTTAACCTGAACGTAAAGTGTTTCCAGCTTTGCTAGTGGCTGAATCACATGCCTATCACAGCCCTGAGGGGTCTGAA---------CTAAACCCCGTCAGCCA-----ATCACAGTCCTTCTTTCACTCTGCCACTGTCT s fr1.chrUn 192430327 207 - 349519338 GTCGGTAACACCCCCAC-TGGGTTTATGTCTGAAGGTGACGAGCAGGCCCCAGTACCCTCTGGGTGGT---GGTATGATTTGAGTTTTTGTACCAGTCTCCTCTCTGCTGCTGCTCTCTCA--CACATGCCC-TTTCAGCC----GGGGTCAGAAGGGCACTTCCTGCCCCCCCCCCTCCACCCGGAACACTTTCCACCTTCCTCTCACCCTTTGTTT a score=5267 s danRer3.chr4 29452068 229 + 33808418 GTGTGTGTG-GTTCTTTTCACCTTAATCACTTCCT-TTAGTTTTGACGTTCATTCACCTGATGCCTCCACACGA-----TTCTGTGTGTTTCTCTCTGTTTGCAGTGCTAGTGGATCATACAGTTGTGTATGTGTGTTTTATGGTCATTTGCTTGAACTTGTTAATGTTTGTGTGTCTGCAGGAAAGAAGAGCTCTAGAAAGGAAGATCTCTGAGATGGAGGAGGAGCTGAAGGTA s fr1.chrUn 192431066 192 - 349519338 GTGTGTGTGCGCGCGCTACACGCTCATCACCTGATAGTTGTTTTGAAGTGTGTCCAACT------TGCACCCGAGTGTTTTCTGTCCGTTTTTCTGTGT------------------GAACTGTTGCGTTTCTGAGTT----GATCGACT-----AACTT-----------TGCCTCCGCAGGAAAGAAGAGCTCTAGAAAGGAAGATTTCTGAGATGGAGGAGGAACTTAAAGTA a score=3422 s danRer3.chr4 29454644 80 + 33808418 TTATTTTTGTCTGCTGTCTGTCCTCTTCTCTGTATTTCTCTCTGTTTCTGTAGAATCTTCCTCAGGTAAAGCAGGTGCAG s fr1.chrUn 192431506 78 - 349519338 TTGTTTTTCTCTGCccccccccctcccctcc--ctccctctcctctcccGCAGAACCTCCCCCAGGTAAAGCAGGTTCAG a score=28374 s danRer3.chr4 29458082 1395 + 33808418 CTTCTTTCTCCATCAACTTAACCTTCCCCTCTCCTGTTCTCTCTCTTCTAGATGCTACCAGACTTGAAAGCCGACAACCAGAGACTAAAGGATGAAAACGGAGCGCTGATCCGAGTAATAAGCAAGCTTTCCAAATAGAGC---CGACCCTCCGGC-----------------------------AGTAACGGTATTGCACATCTAGATATTAACACGAGACAATGGCGACAAAGAAGGCTCCGTCTCC-----------------CCCCATTGCGTTTCCCAGCTTTCC--CCTTGCTTCTCACCACAC--------------AGAACCACTGCGTTTATGGAACTAA-------GGAAAAAAAACGTTAAACGAACGAACGGCATCCAACACTTCATGGGCGGGAAAAAGCCTCGAAAAACTATTTAACCAATAAGCCTTAGTTGTACATATGTCACTCGCATCGGAAAAAAAAATTGG-----CTGTCACAGA-------ACACCAGATTTTATTTGTGCCACA----CttttctttttttctttttgtttatttttttttCCTGTATAGATGTGGTTATGCAATGTGCAGCTCTCT---TTCCCTCGATTTCCTCTTCCTCTCCTCCAAAAAAAAGTCGC-CAAATGTCCTGCCTTTTCATCAAGGCTCTGTCTTTCAGCAGAAGACATGGCGTTTGCTTCGCACACTTCTTTTCATGTCCCGAAAGAGACAA--CGGACCT-----------CGCTTTCACT-TATGTGCAATATACGCATTTCTTTCGTACGCGAATGCTTTAAGAAAGAGTCCGTCAC---TAGTAAACGTTCACTTGCTCTT-CACCTCACCCCCGTTTTTTTTTTCTCCTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTTGAGTTTGTAGTGTAGTCGTTGGTTTATATCTTGTACTCCTCACGTTGTTTTAGCAGGTACTGAGTGAAGTTGTTGTATATACCTGTATATGTATTGTTTGAGACCAGCACATGGCATGCGTTTATGGTTCCCCCTGTCTGTTACTATTGAAA--TATACC---AACTTCAGAGGACAAAA--GTGTGTTTTAACTACTTCCTTTCTTCTTTTATAAGTCGCGAAAAAAGTAAACAATAGAGGCGCCCTCTTCCTTCAGGAGGAACTTTTTTTTTTTTTTTCGTTTCTTCTACTTCAGTTT---TAAAAGTGTTCACCGTAATTGTGAG------ATGATAATATAAACGCTTCACTACATTTCACACAT-TTTTATTCAGTATCTTTTTTTTTTTTTTTTGGAAGAGTGCTGTTCAAtttttttgctttttattttcttttgttttgttttttttttAAAGCTGTAGTAT--TAGCCGAGGTGTTTGTCACTAAAAAGAAGATGCTAGTTATCGCTAACC------CAATGTCTACATGCACTGTCAGGAGTCTTAGCGAACGTTTGCCATCGCGTCAGATGAAGTCCATGCATCGGAAAAACTCGTTTTATGCATTTCAGT s fr1.chrUn 192432264 1347 - 349519338 CTTTCTCCTCCACTCCTCTAAACCTCCTC-CTCCTCTCTCTTGTCTTGCAGATGCTCCCAGACTTGAAAGCAGACAACCAGAGACTAAAAGATGAGAACGGAGCGCTCATTCGAGTCATTAGCAAGCTTTCCAAGTAGAGCAGGCACCCCCCCGACCCACCCCCACCCCCACCCTTGTGGCATTGACTAATGGAATTGCACATTTAGAAATTAAT-TGCAACA--GACATCAGACGAGACTCCTTCTCTTTTTCCTTTTCTTTTTGCTCCACCGCACCTTCCATCCATCCATCCCCGCTCGGCCCCGCACCCGCCGCTCCCTTTAGAGTCGCCGAGGCTGCCGAGCAAAAAGGAGGGGTCAAAAAGGGTGTGGCGAGC-----ATGTTTAACGCAATGTGGGCGGGGCG----TCCTGAACACTATTTAACCAATAAGCCTTAGATGTACATAAG-----------AGAAAAAAGCATCAATCCCTCTTTCTCAGATTTTACCACTCCTGATTTTA-TCGGGCCACGCCCCCCTCGCTCCTCGTCGTGTGCCGTGCGGTTTCCTCCTCCATCCTTCT-----CTCAAAGTGCCACTTCCTGTCCTCCCTCG--TGGCCCCGCCTCCTACCCACACCACCGATGCACACTTCTCCTCTTTTTTTTTTTTTTACCCATCTTCCTCCAAGAAGGAT--------CTTCT----CTTCTTTTCCTCGCTTTAGCGAAACGAGGCGGACCTGGTGGAGTTTAAGCTTTCACTGTATGTGCAATAT--GCATTTTTT---------ATCGCTTTAA-------TCCATCACAGATAGGATATTTTCCCCCACTCTTCCACCGCTCACCC-----------TCCTTGTGGCTGTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTAAGTTTGTAGTGTAGTCAGTT-----TATCCTGTATTTCTCACCTTGTTTTAGCAGGTACTGAGTGA---TGCTGTATATACCTGTATGTAT-TTGTTTGAGACCAGCACATGGCATGCGTTTATGGTTCCC---GTCTGTTACTATTAAAAACTATAACAAAAATTCCAGAGGACAAAAAGGTGTGTTTTAATGAC-----ATTTTCTTTTATAGACATTGAACACGGC--GCCGTGGA-GCCCCCTCCACCCACTTGTTCAGTGCTTTTTTTTTTTTTCTTTTC-------CCAGTTTAAATATAATTATTCA-CATGTTTGTGAGTTTTTTTTAAAGACAGAAAAGCTTCACGACATTTCACTTTCGTTGTATTCAGTA--------------TGTTGGAGGAGTGCTGTT-AAttttctcctttttttttttct---------tttttttttttAAGCTGTAGTATTATAGCCAAGGTG-TTGTCACTAAAAATGACCT-TTAGGTATCTCTAACCCTTTTACCATGTCTACATGCACTGTTGGAAAT----------------------GCCATGTGAGG----------------------------------AGT a score=7171 s danRer3.chr4 29459477 473 + 33808418 GGCCTTTTACTTAAAATATACTGTAGGTGGGAAACAATGTCGCTGTAGTTGGACTGTCAGCTGTCTCCTCTTTGGTTTAGGTTTTTAATATTTTGTTTTTGTTTTGTTTTTTCCCCTCCTATTTTAAATTTCCCATCATCTTGTAAAATAGATGTGTGGCTTCATCCGTGCAAGCTGTGCTGTGACTACCAACCACTG-AGAGTTAATT-AAAATAAACTTGTACATTGTAAAAATCTCTCTGGCTCTTTGTGCTGTTTGTTTCTGTGAGGAATCAAGCGGGTTTGGATGTGA---AAGTCACACCTGTCGTGCTGTTCAGTGTT-----ATGAACTGGACCT------------GCTCTCGTCAAGTGTCCAGAATAATGAGCTCACAATCTTATTTGTTCAGTGGCCGGCGGAAGATTGAAGAAAA---GGATTATTACACTGGATGCTTTTTGATCTCGTT------GATAGCTCCATATTATAAAAAGT-ATGTTTTTTTA s fr1.chrUn 192433812 467 - 349519338 NGCCTT----TTTAAGGATATTGTA-ATAAAAGAGGAAGTCACTGCAGATGGACTGATGGCCGTCTCCTC--TGGTTTAGACTTC---------------------CCCCCGCCCCCCCCCTT-----CTCCCCGTCAT-TTGTAAAATAGGTGTGTGGCTTAATACATGCAAGCTGTGCTGTGACTACCAACCACTGAAGAGTTCATTAAAAATAAACTTGTACATTGTAAAGGT-TCCATGTCTCC---TGCTTTCTGACTCCACCATTAAATAACTTGAGCTCACTATTGGCCAAGGTGCCCCTCCATGGCCGCTCCATGTTTGCAATTCAACAGCACCTTTCGGGAGTACGACGTTCATCCAACATACGCAAACATACTCACTTATACATAATCATACAGTTATATATAGGAATGCAAAGAGAAAACGGCTTTTTCCAATGTATCCCTTTTTAATTCATTCCATTAGATGCTTAAAAATGCTTAAAATTCATGATTTTATA a score=2063 s danRer3.chr4 29463272 87 + 33808418 TAAATAAATAAATAGTGTTTTTTTTTTTACT--TTAATCTATGACTGCATGATGGATGACTTTATTTTTGTTCTTATTTGAAGCATTTT s fr1.chrUn 51773177 84 + 349519338 TAAATTATTTGATTTTGGTTTTTTTAATACTGGCTCATCT-----TGTGTGCTGTGTGCTTCTTTTTTTTTTTTTATTTCAAACATATT a score=1861 s danRer3.chr4 29464721 82 + 33808418 AAATATCCTGCCAGATTTTGTGCTTTGCTTTTTGTTTAGATTTTGTTTTATATATTTTTTGACCGAATTAAATAAAGAAAAG s fr1.chrUn 138702754 79 - 349519338 AAAGACACATCTATATTTGTTTCTATATATTTTTTCTAGATTTTCTTCTATATATATAT---ATGAACTTTATAGAGAGAGG a score=7478 s danRer3.chr4 29466008 333 + 33808418 CACAGGGTTCGTACGGGTGCTGGAAATCCTGGAAAATGCTTGATTTTTAGTATAGTGTTTTCAAGGTTAGAAAAGTGCTTGGATTTTGAACAAAGTGCTTGAAACTGCTTGAATTTGAAATTGcaggactcgaaattaaattacgaccgttttggtcacat--atgcgcccgaaattttatACAAATTTTATGGAAATACATAAAAATGCACCTTGAAATTGCTTGAAAA--GTGCTGGAATTTGAAGTCGGAAAAGGTGTAAGAACCCTGGTTTCAACAC---CCTCATTATAAACAAAGCATT---CATTA-TGAAACA---GTGAATGAAGAAATTAGTCAATA s fr1.chrUn 51773552 308 + 349519338 CACAGGGTTTGTACCGGTGCTTGAAATCCTTGAAAATGCTTGAAATTTAAT---GTGTTTTTAAGGTCTGAAACATGCTTGAATTTTGGGTCTAGAGCCTGTTGGTACT---AAGTGAAATTG-----------------------CCATTTTGAAAGCATTCATTTGT-----ATCGTAGACAAATTT-----ACATGCTTAAAAACCAACCTTGAAAGTCTTTTAAAAATGTACTTGAATTTGACTATGAAATATGTGTACAAACCCTGTATACAGTATAAACTTTATTATAACTTAAGTATTTTGCATTATTGCAACACATGCAATTAAATCAACCAAACAATA a score=-554 s danRer3.chr4 29466341 144 + 33808418 GCAGGATTTTCATGTATGAAATATGACATCATTGTTTTTAAA----TGTGTTCATGCATATGCTGTTTACCttt----ttttaatatattttttgttaatt-taaGAATGT---TATGTTTGTTATTACAGTTTTCAGTATTGTTTTTAACTAAAG s fr1.chrUn 208581117 153 - 349519338 GCCAGCAATAAAGATA-GAAAAAAAAAACC--TGTCACTAGACAGCTGAGTAAAGGAACAGGTAAATCACGTTTCCTGTTATCAGGTCTGCTTGATTGATCATTAGGATACGCATATGTGAGCATTTTCAGTTTTGATGAATGCTATCAATTAAGG a score=12620 s danRer3.chr4 29482347 272 + 33808418 GCTCTGAAGGACGAGCCCAAGACATCCGAGCCGCCC----GGGGGAAACTTGAAGAAGAC---------GCCGGAGAAAG-TGAGCGCAGTCCCGCAGGCGGATAGCCCGAGCCCCGCCGGTGTGGATGACAGTGATAAGGAGAGTCCCACACACAGCAAGAGCAAAGAGAAGAAGAGCTCGGGACCCAGCGCCAGAAAGGGCAAAGGACAGATCGAGAAGAGGAAGTTAAGAGAGAAGAGGAGGTCAACAGGTGTTGTCAGCATACCGTCCAACGAGGTCAGTTC s fr1.chrUn 192442418 278 - 349519338 GCTCTGAAGGAGGAGACGCA-CCATGCGGGCGCCCCCGCGGGGAGCAACCCGAAGAAAGCCCCGTCGCAGCCGGAGAGGGCTCAGTGCGGGTCCCCGGAC-------CCCAGCTCCGCGGCCGCCCACGACATGGACGAGGAGAGCCCGTCACCCAGCAAGGCCAAGGAGAAGAACAGCTCCGGGCCCAGCGCCAGGAAGGGGAAAGGGCAGATCGAGAAGAGGAAGCTGAGGGAAAAGAGGAGATCCACAGGTGTTGTCAGCATACCATCCAACGAGGTGAGTCC a score=-175 s danRer3.chr4 29499486 536 + 33808418 AAAGGTGAATGCCTTGCCAACATGGAAAT---TGTTTA--------------TGAAAATGA-----ACTTCCCAATAATAAATACCAGTGTA--TACTtaggcctgtaaca-ataatcaatataacaacttgtcatgcaaaacatggacatagagc-------------------tgggcgaaatggcaaaaatgcaatctcgataattattttccatattgaacgataacaatatatatttcgatataagttgttaatgtcataacatatttttggccaataaattttcggcacatctttaacatccacacacttttagattcccattgttgcacatttctgctgtgtgact-agttcttagatcaatatagagATGaatc-----gtttttcatgatgcaatat-atatatcacccttcatgtttacataaaaatgaaatgtctttaaaacttgagctgattgcgcagcttctgtcatctcatctaatctccataggaggcgtcagCAAGTTCAGGGTTCAACTCTTAAAAACAATGTTTACTAACATGTGAAGAAAAGGTG-AAAATTACTGACAGGTTTAGAAG s fr1.chrUn 283489285 540 + 349519338 AAGGGCCAACATTTGCACAATATCAAAATAATTGTTTACTCTCACATAAAACTAAAAATTAGTGTGACCTCACAACCATAA----CAGTGTAACTACTGAGGCTTATAGGAGACTATATAGTGAACACCTTGGAATTTAAAA-ATCAATTCAGATCGATATTTTCTGGGCTTTTTTGGTCAAAGCAGCCA-----CCATTACACCAACCCTCCTCTGCCTCGGGTCCCTCCTCTTCCTCCTCTGGTATAAGCTCCTAAAAATTTGAAAT----TAGGTGAATTAGTGTTAAAGACATATTTGTC-TACAAAACTTCTGAGAACTGCTTTGTAATGAACCTAAGCAATGTAACTGAGCCTTTATATGAATACAAGTATAAATTCATTAAATTTTAAGTAACTAATGTGATTTCTCATATTTC---CTTACAGCAAGTTCAAAT----TTAAAATTTAAAA------------------------ATCCAACCAACAAATCAGTGTTGAACA--TTAGATGACATATTCTGACAAACAATGTTAACTGAAAAGTCATTTAAAAATGTAAAATTTTAAAAAGTCTCAGAAG a score=3571 s danRer3.chr4 29506369 481 + 33808418 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danRer3.chr4 29579174 111 + 33808418 TCCGCAGAGCCTGGATGAGCTTGATGACGATGACGGAGAGGAGAAGGAGAGGAAGATGGAGGAAAACCTGACACAGCACAACACAGTCCAGAACGAGGCCTTGACCTCTGA s fr1.chrUn 192461066 111 - 349519338 TCCTCAGAGCCTGGATGAGCTGGACGACGACGACCCCGGGGAGAAGGAGCGGCGGGAGGAGGAGGCGCTGGTCCAGGCCAACACTTACCAGAACGAGGCCATGACGGCCGA a score=3784 s danRer3.chr4 29605688 296 + 33808418 AAGGGACAGTGAGAAGGCCAGAGTCAGAGGAACATAAT-------GAGCAGGTAGAGGTGTAGGGGATAGTCATGTTGGAAAAATAAGAGGGGAACTAGGCCATTTAAGGATCTAAATGCAAGGAGAAGAATTTTGAATTTAATGAAGTATGCGACGTGGAGCCAGTGTAGGTCAAACAAGACTGGGATTATATGAGCAGAACGTATGGTATTAGTGAGTATTGTagtcgcagagtttggaatatgttgtaatctggagatgaggctggcaggcagaccattgaaaagagcattacagtagtc s fr1.chrUn 189665515 285 - 349519338 AAAAAATAAAAAACAGATCAGAGTTAAAATAAGGTAATTTCTGAAAAACAGCATCAGTGGTGGAG--CAGACCTGTGAGAAAACTGGGGGGCTGGTTA--------------TTGAGTGTAAAGAGGGGAATTTTGAACTGTGTGTGCTGTGTAATGGGGAGTCAGTGCAGGATTTGGAGGACCGGGGTGGTGTGGTCTCGGATGGGGGTGTGGGTGAGCAGATTGGGAACAGAGTTCTGG--ATTTTGAAATGTATTGAGGAGTTTAGATGATTGACCATAGAGAATGCTCTTGCAATAGTC a 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AGAAAGAGATTCTTCCAGAGAAGATAGACATT-------------TCCCCTAAGTTATTTCAGGGAAA------TCTGGTCTCAGAAACACATCAACTGGGAAATGTG-----TGGGCCTGTTGCTAGCCTGGCGCTGG-------GGTTAGAGGAGCAGGTGGTGGCACTGGGTGGAGGGGACGAGTTTGCTAAAAGAACCAACATGCGTTTGAAGAGGCAACACACTGGATCTCAGGGTCATTCATTCATCAAAAATGGCCTGTCCAA---GAAGTCTC------TGGTTTGGCATGCAGAGCATTCTGTGGCACAAACTGCTGCTCCCGTGTGATGTGCCCCATTCCCGGGCCTGCG----TATGCCCTCAGTCATACAACCACGATG--CCTAAAGGGTTCAGGTCGTCCTGTAAATGCCGACGGTAGCTAGAAGCATCATGCCAGTGCTGGGTGCCGTTTAAAAGG-TCGTGATGTAAAACAGAGCCTGT--TACTGTGTGTCGG-TTACATGTGGGAAAGCGAAAGGCTGAACAACACCGACGGCTTTTAAAAATACTCCTCTCTGCCTTTT a score=18055 s danRer3.chr4 29660680 475 + 33808418 TCACCAGCAGTTAA-GCAGA-----CCGCACGTTGACAGTCTTTCTCAGCCATTTGTTGTTTT-------TTTTAATTGGTAATTTCTCTTGAGCAATTTCCATTTTC-----------------------AACTTTAGATCTCAAATTACAAGTGTGTTTATAAA-----AGAAATCAATGTGGTTCAACCTTGCCATACCAAGTGCATTTTCTCTCTT---Catatatatgtgtatatgtagac-ttacacacatatatattgtagatatacatgtactgtatgcatagttacatatatTTTACTCTACTAGAGTAAACCTTTTGTCAAGAGGCTATT-----------------AAAATCATTGCAGCAGGCTATAGAAGATCCAACAGCAATTGGGAACCTACCGCCAGTGGCAATCCCGCAAAGTCATCAGACAAAACATAGATAAGGAGGACATGGAAGGAAGAGACACAAATTAAAACAACCACACACAAAGGCGACATGAGTCTGGGCACACCAGGAGAAATGACTGCT s fr1.chrUn 215901156 523 + 349519338 TCGACGGCAGTGAATGCAAATGCCGCCGCCTGTCGAAAGCCTTCGTT--TCATCAGCTGTTTCAAAAGAACAGTTACTTGTAGAGCCTCTCAATCATTCTACATTTGCTCGGCGCCACTTGTTTGAAATGGAAATGCGAGCTTCAAAAGGCAGGAGACTTTAGCCAGGCGCAGAAATCAGCGTGGTTCAACCTTGTCAG-----------TGTCTCTCTtacacatatatatgtgcatatacaggtgctaggcacatatatacactagatatacatgtattgtatgtatagttacatatatTTGCTTCTACAGAAGTACAC-TGTTATTAAGAGGCTACATAAAAAACAAAATAAAAAACACCAGAGCAGCAGGCTTAAGAAGATCCAACAGCGATTGAGAACCTACCGCCAGTGACCATCCCGAACAGTCATCAGACACAACACAGATAAGGAGGACATAAAAGGAAGAAGCACAAATTAAAACAACCACACACAGGAGTCAACACAGTCTGGGCACACCTGGAGAAATGACAGTT a score=2501 s danRer3.chr4 29662411 213 + 33808418 TGTTAATGGAATTAGCATGCTAACTAGGGTTAAAGTGCCA-GTGTTCCATATAATTTGTGGGT--GTGCGGGGGAAAAAGCGAGCTGCATTAATGTCCGTTCTTCTATTGTTTTCATTATCTACTGTCATTTCTCTGGGTTGATACCACTTCATAGCACAGTTAACCATA---------TGCAGCACTGAATTAAGCTAAATGCAAGAAAAACAGAAAAGCTCAA s fr1.chrUn 215901945 221 + 349519338 TGATGGTGCAATTACCGCGCCAACTCTGACTGAAGTGCCAAGCACTTTTTTTTTTCTGCTGTTCGATACCGTTGAAGGGTAGATTTCAGTCAGGGTCCCTCCCCCTGGTTTATGGAATGGTGA-TGTCATTTCTCTGGGTGGATACCGTTTCATTGCAGGGCAAACGTTACTCACACGCTTCAGCTCCTCATTTGACAAAA---AAGAAACTCACAGGAACCAAA a score=12041 s danRer3.chr4 29662826 216 + 33808418 AGTAGTAAAAGTTTTTACCTCGGTTTTAATACCGTCCTTCACGTCCTTCATGTTGATGGCATTCTTGCCCTTGTCTTTGCCCTTTTTCTTGTTCTTCTTCTTAAATATCCACTTTTTGCAGATGCAGAAACAGCAGGAGACAACTAGTACAACAGCAACGAATGCAATGGCAACGATAGCCCATGATGGCACTGTAGAGACAAAACACAGGGGAAA s fr1.chrUn 215902588 212 + 349519338 AGGGGGGAAAGTGTCTACCTCAGGTTTGCCTCCATCAATGACATCCTTCATATTGATGGCGTTTTTGCCCTTGTCTTTGCCCTTCTTCTTGTTTTTCTTCTTGAATATCCATTTTTTGCAGATGCAGAAGCAGCACGCCAACACCAGGATGATAGCCACAAATGCAATAGACACGATGGCCCATGACGGCACTGAAGAAAGAAA----AGAGGAAA a score=2613 s danRer3.chr4 29665563 76 + 33808418 TCAGCCAATTTAGTTGAAAACAGGAGCCGCTGGCATTCACAACTTGCCATTTAAACACCCTTGAAAGACATTTAGA s fr1.chrUn 215903045 70 + 349519338 TCAGCCAATTT-GCTGGAAGTAACAGATGTTGGCATTTTCCACTTCCCATTTAAAAA-----GAAAGATTCCCAGA a score=5874 s danRer3.chr4 29666910 220 + 33808418 TGGTACCACAGGACACATTTCCCACAGCAAGATCCAagagagagagacagaacggggaagataaagagagcacgcgagagagagaaagaaagaaaaaTCAATTGGCTGTTGACAAAATCGATAAGCACTCTCCTCTGAGGAAAAACAGTGAGTGATAGTCTAAAGTAACTTTGGGATCATCAGCCCACGGCCTCGCTTTGG--CTGTGGGGTAATGGAGGTG s fr1.chrUn 215903882 196 + 349519338 TGAGACGACAGTTCGTCGCTCCTGCTGCAGTTTCCGAGGGCG-----------GAGAGAGATGGAGGGAG---------------GAGAAACACAAATCAATGATCTGCTGACAAAATCAATAAGCACCCTCCTGCGAGGAAAAGCAGAAAGCGATGCTCTGAAATAACTTTAGGGTCTCCAGCTTCGGCCCTGGCCTCAGAACGCCGCCGTACTGGAGCTG a score=6773 s danRer3.chr4 29669804 134 + 33808418 AGCGCTTATCTTCTTCATCGAGCAAATGTCCTATTCTGAAAGACACTTTTGTGTTTCTTAATTAAAAGAACCCGAGACCCAGAAAGCAATAGAAACATTTTCTAATTAACTCAATTGTGTAAGTGTCTATTGTC s fr1.chrUn 215904271 134 + 349519338 AGCCCTTATCTTGGGTGTCGAGAGTGCGTCTCCCATTGAAAGGCACCTCCATGTTCCTTAATTAAAGGAACCCGAGTCCCAGAAAGCAATAAAAGCATCCCCTAATTAACTACATTGTGCGAGTGTCGTTTCTC a score=4103 s danRer3.chr4 29684371 734 + 33808418 AGATAAAAGTGCCTAGCTA----------AATTAGCACCCAAACACAATT-------------GCAGATCTTTTAGTGTTTTTAC---TTGAAAATATGAATGAGTGTA--CAGTGAATTAGTTGATGG--TAAATATGATGTCTAAATTCAGCTGCATGATTCACAGTGAGCTACA-----CTGTGCTATCAAACGAGGCAGAAGGCACTTAGAAAAACCAAGGTATGCAAATAACAAAACTCATTTACTTGCTTTTTACAATTAGAAAGAGTGGGAACATGCTTGTTGGCTGCCTGTTTCTCAAGCTCATTATTTTTTCAGCACAGGCTGAACAATGGAAGTTTTAAAAAAGCGGAACATAATAAAGATGGATCTGACAGACCTTGCTATTCATCACCTATGCTGGGTCTCAATCAATGCTACT-CAGGATTTCATTTTCATTGAGAAAATTATGCAAACTGAATATAGCACACAGAGGGTGAAACTGTTAACTCACGTGGGATTTTGTGCAGTTCATTCATGAACTTGTTTTTGACTTTGGAGAACATCTCATCTTTGGTCTCACGGGGTCCGGGTCCTGCTGCCTCTGTGCTGTT---GCCCGGTAC--CTCAGGC-GCAGCGGTGGGCGCAGG---GTTCCCCACCCGAGCCTCCCTTCGACTCATCGCTGGATGT----------GGGAGCCAGGCAGAAGCTA-AACAGACAAAAGAGAGAAA--GAGTTATTTAAGCAATCTGGGACGTTTAAAAAAGGTACATCAGTTGCACATTCACAATTA s fr1.chrUn 215907408 734 + 349519338 AGGTAGAAGAGCCTTACCAGGAAGGAAAAACTGAAAATCCAACCGCAATTAATAAAGGCTGTCGCAGCTTATTTACCACTTTATCACGTCAACAGTTTGAAAGATTGTCGCCAGATGTTTACCCCCTGAATCAAATCTGATTACTGC-TCTGGTAGCGTGATTTA--GCGAGCCGTGGCTGTCTGAGCGCTGCAGTCTGGCAGAAAGCGAATGGAGAAATTTAAGAACACGAGTG-------CCTCTGACTCG---------------------GAGAACGTCATTGCCAGCTGCACGG--CTGAAGTTCTGCAATCAAACAATTCAAGTT-CACAGCAGATGATTCAGTTCAGCGGAGGAGACCT--GCTGCATC--ACCGCCCT--CTGCTGATCAATCACACCTG----TAATTATTGATCCTTCAGGATATTCTAAACCTTTCTGACCTGTTAAAAGTCTAATAAATCA-----ATAGTGAAAAC----ACTTACAGGGGATTTTGTCCAGCTGATTCATGAACTTGTCCTTCAGTTTGGAAAAGGCCTCGTCCT---TCTCGCCGGTGCCCGGGCCAGCGATGTTGGTGGTGTTGGAGCCTGGCACGGCTGAGGAGGCGGTGGCGGACTCAGGCGCCGCCGCCGCCAGTGCTTCCCTTCGGCTC-TCACTCATTGTGGCGACGCTGGGAAGCCAGGCAGATGCTGCAAAAGACAACAGAGGAGAACCAAACGGGTTAGGAAATCTACTGTTACTAATTAATGT-CAACTGTTCTATAGTAACAATCA a score=2992 s danRer3.chr4 29693091 158 + 33808418 CAGGTGAAAAATCCTTACCCAATTACCACTCTGCCAGATGGCACAGCATGGCTTTCATTGCACTCGCTCCGGTGCTCTGCGCATCCAACCAAGCTTCTCTCCCTCCTTTCCTCGCCTCCTGCCTCATCTCTCTGTTTTTCCCAACTGGGTTGCGCTCC s fr1.chrUn 215911503 139 + 349519338 CAGGTGTAAAAGCCCAACCCAATTACCGGCCCACCAGATGGCCCAGCAGGTCCCCAA---CCCCGGCGAGGACGCT-GGCGCATGC------------CTGCCTCC--TCACCGCTCTCTCCATCACTCATCCACCCTCTCTAACTGGGTCA-GCTCC a score=3731 s danRer3.chr4 29698754 277 + 33808418 CAAACCAAGAAAACTACAAATCTGACTGC------TCATGTGTGTCAGTATTTATAAGTGAACAAGTGAGTTAAGACAGAGAATTGAAAGTAAGATAAGAGA------AGTAGAGTCCT----------CCGGTGTCCAGAGGCTGTGCTTAAGACCCCCGTAGTCCATCTC-TAGGGTAATGAAAGTGG-AAAAGTTATTAACCTTGCTTTGCTGCAGGGCCACTGCCTCTCTATTTAACCCATGCACAAA-ATCCCCTCCTTTTCAATTACCTCCT-GCTAGCGTTGAGGATGATGAAAAA s fr1.chrUn 215913438 301 + 349519338 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AACTTCTTTGAGGATATGGTAAAAAAAAAGAGGGACGGATTATGAAATGG---------------------CAATACTACATC-AATCTATGATGCTGCAGCAGATAGCCGCCCCCATGTTTGATCATGTTTATTGTCTTCAGCCATCTGCAGCTGACAACCCTTGACTGAACAAGCTGTCTGCTATGCCACGAGGGAGCGAGGAGGAATGTCCACACTTGTTCATAAATGAC a score=2840 s danRer3.chr4 29720434 121 + 33808418 CTCTCATACACAAAATAGAAAGTAATCACTCCTCATCTAGTTAATCCCATAATTATGCACATGGACACTAATTTCCCAGCAGGGAGAACACTGTGTGTCTGGCTCATCTCTCTTTCCCCTT s fr1.chrUn 215922102 116 + 349519338 CTTTCATATGCGTGACTGAGAAGGATGATTCCTT-TGCATCCCATCTAGCGATCAGGC----GGACGCTAATTTCCAGCAAGGGAGAATAATGTGTGTCTTGGCCATATCTGCTGACCTTT a score=6141 s danRer3.chr4 29737733 170 + 33808418 AGAGGAACAAATTCATCTGGCGGTGCGGGGGCC-------------ATGTTATTAGCAGCCTGCTGAAACACACTTAACTCATGCCTATTCAATTATGCTAATGTACAC--ATGCAAATGACCACGGTCCGCAACACCATGCTGTCTCAATTAGGTGACGGGCTTACAAGGGTTGGCTTTAGAGA s fr1.chrUn 215927020 182 + 349519338 AGGCGAATAAACACAGCCGTCTGTGTACTGGCCTCTTTTCCGAAGCGCGTTATTAACACACCACTGGAAAACACTTAACTCATGCCTATTCAATTATGCTAATACACACATATACAAATGACCCCGGTTAGTTATTA---GCTGTCCTAATTAGGGGACACGTGTATGAGGGTCCGGCAGAGAGA a score=-55 s danRer3.chr4 29740265 614 + 33808418 AGATAGCGAGTGCCGAATCCCACATCATGTGACCTTAATTCCACTCTGTCATTTCTTCCCGTGGAGTGTGAGAGAGATGGCCAATCAAAAGGCGC-AGTTCGTGAGCTCGTGAGGAGTG--------------GAAGGAGAAAAAAAAAAAACATCCCGCTAACAGCAAGTGAAGCGCTG-ACAGCCCAAGAAGCTCAAATACAGTCCAAAAAAGGGGGGAAACACTCATAC-----------AGACTCACACTTGTCAGTGCAATGCATATGTACACTAACAAGCAACCTCTCACATGCTGAGCTTAGTTTCAGTTTGGTATTTATTTCTCACAAAAGCATGTGGGTTTTCTCTCTGCATGACATTGATTTGTTCAATCAAGGATGTAAAGCTGTATTTGCGCTTTAAAGGGACAGACTCACACAGCTCGATTCTTAAGCAGAATTCTGTACCACCCCTCCATGTATATGCTGGGTTTATGACCCT-GTTGCAGTCACGCTTCACTTTCTGTCAAATATAAAGCTCATATAAATTA--CGCAGCCGCTAGTAAAACAAAAA----CAGACATATCAATAGAGCTCTTGCCAGCTTCACTCATTAACTATTGATGCAGT-GTGAGATCTGGCGCCACAGCTGGATacac s fr1.chrUn 215928563 541 + 349519338 AGACACCGCGTAAAAAGAACCGC-TCGTTGGAGGCCGACCCCACTCCGTCCCATCTTTCCCTGGAGCG--AAAAAGCTGGCCAATCAGAGAGCACGAGAGCAATGAGTCACAGGGAGCGTGGATTGCAGCTCCGCTGGAGCGAAAGGAGGTGCGTGCCGCTCTGGGC---TTGAAAGCTGTAAAGTCCAGGCATGAGTGATCTGGTCTGAACACAGAGCAACACCCACACATGACACGCTGGGAGACCTACAGATGCCGCCACAAAGCAGA--------AAAATTTAACTCCAAACATATTAGA--------------GGTGTGTATATT-------AGAGTCTGTGCTCCTTTATTGCGCGTCTCT------------------------------CTTCCTCTTTTAGAAGATTTAATCA---------ATGCTCAATCGGACATGT-TGCCACCCCTT-ATTTACAAGCCCACTCTGCAAGGTTAGCTGAAGGTCAGCATGA-----TGCCTAATCCAAATCT-----AAATCAGCCTGAACTGTGTTTAATATGGAACTGTTCAGCAGTGTGAATGGA----------------CTCATTAACTATTGATGCAGTGGTGAGATCT-----CACAGC-AGACACAC a score=3784 s danRer3.chr4 29741260 133 + 33808418 AAAGGGTGGATGGCATGCAGTGGCTTTTGAGGATTATGCCAGGCAGGAGAATGGAACCAAATGGAGAGAAG----TTGTTTGAAGCTCCGCAATAAGCCACTCTTCCCCTCTTTCATGTTTTGAAATGAGGGAACAA s fr1.chrUn 215929453 119 + 349519338 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fr1.chrUn 290502390 381 + 349519338 AAATGTTCAAAACTATGTTTGTATGTGTTATTAATAATGTGTTATTATTGTCATTACAGTATAACCTGTTCAAAACATGTTCAAAACTATGTTTGTATGTGTTATTAATAATGTGTTATTATTGTCATTACAGTCTAATTACAGTATTCAGGATTCAAATAAAGAGTTTTTCATTCTATTACACAAAAACTTTATTATTGATTTCATTGTGCTTTATGGTAATTCAGACCGAGTGTACACATATGTGGCCATCTTTTTTCTCTAAAACTACATCATGTAAAAAGATGATGCTTAGTTTTTATACTTATTGGGTTCCAATAAGTCCAAATAGCAAAGAGA----------AATAAAAATTGCATATCAAACAAG---AGCTCGGGTCTTAAGAGG a score=1343 s danRer3.chr4 29778033 144 + 33808418 CAGAGCCCAGTTATTGATAACATGGCGAGCACAAAGCAGCAATAGCTATGAGAAAGAAAAAGCCATGGAGGGAGGCAGAACAAAACCAGTTTCTCATCCATATCCTCGCTCTCCTCTGAGGCTCTTTATCCAGGCTTTGATGCA s fr1.chrUn 47461495 142 + 349519338 CAAAGGACTGCTCTCATGAATCTGGCGAGTAAAGAGTATTTACACCTAAGCAGATACAGATACCAGGAGAGGACGGAAACTAAAGACAGACGCTC--CCTCACCCTGTCCCTCTTCTCAATGTCGGCTCCGTGGCTCACAAGCA a score=961 s danRer3.chr4 29778188 114 + 33808418 CTATTACTTTAGACTGGCAGGTGCAGGAAA--GCAATGCAAGGATAGACAATCACATATGGAAAAACGGAAACCAAAGCCTTTTTATCAGTCAAATA----AAGAATAGCTAGTTGGTAC s fr1.chrUn 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s fr1.chrUn 28524015 1318 - 349519338 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acctatctacctaccaaccaaccaaccatccaaccatccatccatcctaccaCTCATCCTCTAATTACTACCACCCATCCTCTAATTCCATTGTTTAGAGAAAACCCAACAGCACT---TCATATTCTAAT-----------CAAACTATAGCAAAAGGCTCAGTTA-------TTTGATTAAAATATATAACTGAAATCTAGGA---------AAGCAATATCTTTTGTTAATCAAATCTAGCTTTGCCGATTTTAG--------------------TCACTGCA-------------CACTCTCAAGCCTTCCCAGCATG-CCACACTGTGCCTGTTACCGAGATCTGTGCTTGTAGACCACATGACCGTTTGACTTTTTCTTTGGCATCCAAATGGGGGAGGACTTGCTATCACAAAAACACTTTCTGAAGACACGGAAGTGAGGAACAAGGGCAGAATACAGATATGATTAAAGGATAGGATGAAATAAAAATATGATTATGGAAAAAGAAAG-------AAAGCAAGATGTTATGTAAGTCAAGCAAAATCACAACAAAGCAAGCAATACAAATCTTTGAAACATACTTAGATGCCTCTGGTGATAAATGTGTTGTATATGTTATTAAATGCTTGGATATTTACATGATATTTATATGACTACTATACTACTAAAGACCTTAAAAGCTGTAAATGAAACCATTAAAAATGTACAATTATTAAACCAGTTTATAAAATGTATTCGCAATTTTTAGAGTGCAAATTGTTGACAAATTGTAATCTTTGCATATTTTTTGTGCATTCTTTATTGTTTGTATATGTATAATTGTGTGTCTACTCACTCTGTGGTGGACGGTGATGACAGGAGTGGTTGGGGAGAGCTGGCTTGTCTGCTGATGTGTAGTAGTTTGGGTGAAGAGGGGAGGGACGAATCGGTCATCTCTTCAATCTCATCATGGGATGATTGAGGCTTGTTTGTCTTCTTCTTACTGAAGGCCTGCTTGAAGGAGCTGCGCAACTG---------TGAGAAATAAACA-----CAGATCAATATAGTTA--TTATAGTCAGACAGCATTTTT 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fr1.chrUn 161222463 501 + 349519338 GGTTACGCCGTGCTGTTTCCAAGCAGTCGCCACTGGTTTGAGTAAAGGGGGGTAAAAAGG--AGGCTGCAAGTAGAG------GAGGGAAAAAGGGAGAGAGGGAAGGTGATTTATTTTAACTAAAAGAAAATGGGCCAAACAGACGATTGAAATG-AGGAAGAAGCTAAGAATAGGGGGAAGGGTGGGGCTGCCGAATCCATGCCGACAGTTTTCCAGTTACGAGGAAGAGCAAGGTGCTCCAAGAGGGGAAGAAAG---AGGGTTGGATGG-ATCACAGCAAACACGCACGAGACACTCTGGGAGCCACTGACCTGAGCCGGGATGGAATCAGCCACCTGGAGACGCAGAACATACCCAAAGTTA--AGCCACACAAACCCTCA-CGCTGGATGTGCAAATCAGGAAAAAAAAAACGCAGGCGTGATGGGGAGATTGTCAGAAACCCCCAAATCTGCATGAGTTACTTTTATATGGAAGCTTCTTGGTGGGCTACGTGATGATGATGCTCTATAA a score=7518 s danRer3.chr4 29982226 152 + 33808418 ACTCACCCAGCTTTTCTTCTTTTTCTTCTTGTCCTCTGCATCTTTAGC---ACTACCCAGACTTGAGTGACTGGCTGCACTGTTAATACTGGACATACTTTCTGACGAGTGCTGGCGGCGGATCCTCAGGTCTGCTAAACACACACATATATGTT s fr1.chrUn 161224076 155 + 349519338 ACTTACCCAGCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTGTCTTCAGCGTCCTTGCCCAGGCTGCCCATGCTGGAGTGACTGGCCGTGCTGTTGATGCTCGACATGCTCTCTGACGAGTGCTGGCGCCTGATACGCAGGTCTGAGGACGAGAGGGAAATCTCTT a score=-2461 s danRer3.chr4 29982478 292 + 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danRer3.chr4 30028700 152 + 33808418 TTAACACTAACCTGTGGGTAATCTGCGTCCCCCGTAAACTGGACATGGTTTCTTCCAGATTCTGTCTCAGATCAGCAATGTTCTTCACTGTACGCATCCGTCTAGTTTCTGGATCTTCTCCTGTTGGAAAAATAATAAAACATTGGTTATTG s fr1.chrUn 161255257 150 + 349519338 TTTGTGCTTACCTGTGGCTGATCTGTGTCCCCCGGAGACTGGACATCGTCTCTTCCAGGTTCTGCCTCAGGTCAGCGATGTTCTTCACTGTCCTCATGCGTCTCGTCTCCGGATCCTCTCCTG--GAAACGCGAATTTGACATTATTTACTG a score=9653 s danRer3.chr4 30034353 1157 + 33808418 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fr1.chrUn 161279959 653 + 349519338 AATGTCATAAA--CGGATTATTTCTAGATCACAGCTCAGGAGGACAACCATATAGAAAAATATCAGATAAATATCAACTAAACCATCAAAAATTCCTTTCTGCATTTG-CTCTTTTATCTTTATCAA-GCATAAATTGCCCCTATCAAAGCCTTCAAACTGCATGCACAATCAAATCGGTTTGAGGATTTAACTAAGGAACAGGACAAGCAGGACAGAAGCATTTACCAGTTCATGATGCCACTGACACTACTCCATTCTCCTCATATGTGAACAAGGAAAAGAATCCAAACACGGTGCCTTGA----TGCTACACAAACACACAGAGCACACACTAAAAC---------TCTACCCAGTGGACGAGTTGGGCTTTGCCAG-GCTGCTG--------GCCGTC----------CCGCCTGTCAAACGGCTCCTCCTGTCACGAGAGACAGCGGTGGGCAGCCGTGACGGGCGCCAAACCGCGGGGTCAAGTTGTCC---CCGGGACATGTTGAGCTAAAGAGGGAGGGTT--CGCTTCGCCCTGCCAGGCCCGAGCCTCGAGCCTTCTACACTGGAAGCCTCGCGTGGCTCCAGGCGGTCCTGATCTGGCTGGTGGGGAGTTCCCCCAGACACACACACACTGGGTCAGCAGGTGCTTTCTATAGAAAGCTCTGCGCAGCTCACCAAATGTGTG a score=9662 s danRer3.chr4 30066364 195 + 33808418 CCTACCTGGACTGCATGTCTTGTGTTTTG----TGCTGGCTCA----GTTGTGCCGCCCCTGTGGTCTGATGTGTGACGTGCTGCTGGAGCTCTACCAGAGACTGCAGGTActgctgctggtgctgctgctgctgctTGTAGCGGGACAGGATGAAGAACAGACCCAGGATGCTCTTCAGATTCCCATTACACACCTCTGAAG s fr1.chrUn 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TAGGTGCAAGTTATGCAGGTACTCAAGCATCTCAATCTCTCTTATTAGGTCTGAATACATCAAAAT-AATAATAATACCTTTAACTGCAACAAAAATGCAA--------TAGCTTTTCT------AAATTTTCTTACAAAAATGTAATTACTG---------TTGGTATAAGAAGGTTATGATGTGGTA-------AGATTACCATATTCATACAACAAGA---------------GATTTTGGTATTGCATA---TAATATTTAAGAAAAGATATTTGGTGTTCACATTATTATCACCTATTATCCACAGCAC--CTCAGCTAAAAATCCATGCTAATGCCTAATTTGAGAGAATAAATTGTAAAGTAGTATTGTTTTTTTATGTTCA s fr1.chrUn 258635910 377 + 349519338 TAGGTTAGAATTATGGAGATACCCAAGAATTTCAGTATTTATCAGT-GATCTGGTTTTGCAGAAGTGGGTAATAATTGTTTTAACTGATTGGAATATGTGAGAAATGTGTATCTTCTATGACAAAAAACTTAAATAAATAATTGTTTTTAATGAATATATGATTGGTTCTCCAGGGAATTGACATGATATATAATTAGATGAACACGTTACTGTTATGGAAACCTGGTTTGCTGATGTTTTTCTTCTCATACATAGTAATACTCAATAAAACAAATC-----TTTAAACCATCATCACCACCTTTTCACATCACATTTAAGTGCACATTGAGTGC--ATTTTTCATGTGCACATTTAAAATCTATAGT----TTGTTTTGTCTTATCCA a score=2322 s danRer3.chr4 30258788 169 + 33808418 GAATTAGAAGCCAATTATACTAAGATTACACTAATAC-------------CAAACCTCAG----------------------------AACTGCCTTCTCCATT-----CAGTTCCCGAGCTGCTAATCTGGAGAACAGAGTAATCTAGCAAGATTATGGATGGATTATGGCAAAATCCCATTACGGCAAGCTGGTAGAACCACAGAAATGTGGA s fr1.chrUn 271439161 210 - 349519338 GCATTACTACCTAATTACACTTAGATTACATTCATGCGCTTCCATGCTGCCAAACTCCACCCTACCCCCCCACCCCCCCGCATGTGCCAAACCCATTCTCCACTGTCGGCTGTGCCTGTACCAAGAAT-TATGGAGGCGCGTAATCTTGTGATATTGTGTCGGGATTAACATGAAATCTCATTATGGC---TTGGT-GAATCACAGAGAAGGGGA a score=675 s danRer3.chr4 30258964 228 + 33808418 ATAGCATGAAATCTCAGGTTTAAGCATGAAGTGTTAACATGAGGAACCGACCATGAT-----------------CAAATTTCATAGAGGGATTTCTCATGCTGTCCTTGTCTGTTTTCCAATGACAGGACATAATACATATTATATCTTCCTTTTTTTCTATGCACATGCAGTGCCCTCAATCAACTAACCTTGTGTCTTC---TGACAAATGACTATATGCACGACTACTTTTTG-GTTTTCGATTCA s fr1.chrUn 111250624 232 + 349519338 AGAGGATGAAATAACATGTCTGAGGATGAAGTGACATCCTGATTCACTGTAAATGATGTAAACGGAGAGTATGGCAACTTGAACAATCAGATTTCCTTTCGTTGTTGTGTTTTTGTTCCAACT-------------CACTTTTTGTTCCGCGGTATTATTGTTGATAT-TATTAAACTTAAGAAAC---CCTTGTGTTTTCATAGGCCAAACACAAATACAAAGGTTTTTGTTTTGAGGTCTTGATTCA a score=1239 s danRer3.chr4 30259861 167 + 33808418 CATAAAATATTACAATACTAATTTATTTTAAAGTCAAACAAGCAAGTGATGTTTTACTGACATTCTGGCACATCCAAGAATGTTCCATAAACACTTATCAGAGGAAAGAAGTGTTGCTTCTAGAAATGCTCCACACATGAGGGGTCAAGTGTTGCAATCACAAACac s fr1.chrUn 15485381 144 - 349519338 CATATAAAATCACCAAAAAAATAGAATAAAATGACAAACAAGTAAAATATGTTTTCATGAT---------CATACAAAA-----CAATAAAAA------AAAGAGGTGCAGAGTTGAGGCAAGAGA---CCCGTAAGTGCCTGTTCGAGGCCTCTACTCACAAAAAC a score=1814 s danRer3.chr4 30261147 57 + 33808418 CACACATTTGAGACTTCAGTTTCATTTAATGAAACGGGCAACTGGGTAATCTGTGAA s fr1.chrUn 111251595 57 + 349519338 CATGCATTTGAAATTTCATATGCACCTAATGGAAGACGTAGCTGCATTTTCACTGAA a score=-123 s danRer3.chr4 30261300 496 + 33808418 AATCTGTATTCAAC----AGATATGTTATTGTCTATTAATCAT--TCTCAACCTCAGATTCAATTCACAGCAGAGCCATTGACCCATAAGAGGCAA-AGGGTTGTCGCCGTGTGGATCTGTAGCATTTTCCTGCGATC--------TGAGCTGCAGGTA-GGATATTAGGTGAGCGCGGATATGTCAAGTCGGCAGAATTCTATTATCCCGCCTGTGATATACTGC-----------------------------CACCAGGA--GGACccctccttttttctctctc-------tttttttctctcccactctatctcA---------CCCCCCCATCCTCAGAGGTGATCCATCATGTAAAGGCGC----------GGATCCAGTGTCCCACGCAGGTGAATTACCCAGCGATCATTGCCCGCGAAAACCACACGTGCCAACATACCGCAAACCATTACTGACCTG-------------AAAGATATTCATCAGCTGCTCACTGCTGCCATAATAAAATAAGGGAAGCAGAAAGACAGAGATGAAAGAATGTCTAGGCAAGACATTAGAAACACATAATC s fr1.chrUn 271441438 558 - 349519338 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ATATGCATGAGAGACATGCAAAGGACAAGGACTTTCAACACTAGT--------------------------GCCTGGATGAGACACCAGGCCCCCCTTTTTACATGAT s fr1.chrUn 229879126 107 + 349519338 ATATGCATGAGAGACCTGCACAGGA-ATAGACCTAAAACATCAACAAAGTCCCCTGATTTTGTGATATGTGGTCTGGGTGATGCACCACTCTTCTCTATCTCTGTGCT a score=1940 s danRer3.chr4 30270932 42 + 33808418 GGTTAATTAGATATAAAATGGTGTAACAAGGAATTTGCATAA s fr1.chrUn 229879882 42 + 349519338 GATTAACTAAATGATATGCAGTGTAACAAAGGATGTGCATAA a score=3206 s danRer3.chr4 30272999 217 + 33808418 TAATCGTTTTGAATAAATGTGATTACAATGATGACCAAAATAATCATGATTATGATTTTTCCCAAAATCAAGCAGCCCTATCTTAAGCTCTACGAGGAGTGTCGTTCATGTCTTTTAAGGTGCACTcggtcagaagacattcacctgtaatatca----------cggaattttgtttttgattgtcagca-------------agatgtaggcctatagttaaaataattttttataca s fr1.chrUn 147813257 232 - 349519338 TAATTGTGTTAAGTAAGTGTGATTTTTATGTCGACCAAAATTGTCTTGATTATGATTTTTGGTAGAATAAAACAGCCAT---TAAAGCAACTTTAGAATATTTGCTTTTATCTGCTATAG---ATGGGGTTAATAACCATCAATCAGTGAAGACAATACATAAGTAGAAGTTATTCTTATTATTGTTATTATTCATCTAAATTCAGTTTTAGACCCAAA--CAAGAAAGCATCTTATACA a score=1539 s danRer3.chr4 30365382 221 + 33808418 aaatcatttggg-aaaaatatttaaaa-----acaaaaaaaaggaaagaagaaaaatcaaaggggggctaataattctgactt----caacACTATATACACTTTGCATTTTTTTTTTTATAAAAACAACACTTTTAAAAGTGTATTTATGATGATCGTC-----TTTAATTTCAGAAAGCAGATGGATACAGACTAGAGAAAAACAAGCAGT-ATAAGTACATATATGCaattaaa s fr1.chrUn 181206643 183 - 349519338 AAATCCTGTAGGTCACAATATCAAAGAGCTGAACAGGAACAAGAAAAGAAGAAAAGTCAAGG---------CATTTCAGACATGACCCAGCAGTACTGACGCTCTG---------------------------------------------GCGGCCGTCAGTCGCTAGACATCAAAAAGCAGTATAATGCAAACCAAAGAAAAAGAAACCGTCATCCAAATGTAAACGCAAAAAAA a score=28040 s danRer3.chr4 30373369 661 + 33808418 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taaggaaggcattgtgccgaaacgtctatgtcttttaatcacctgtagaatg-taagaaaaataaaaaataaaaacag---------tacaaagc-------------------aattacttgtgtgtga---------atcattaccttttttgaataatagcaGTGTAATGTATTTAAAATTATTTAGAAGGAAATGTTGTGCTTTAGAAACTCTTCTCTACA------GCACAATTCATAAAAGCAGCTATTCAAATTAATAAAAACATACATATGTCAATAAAGGCTAAAACTCTTCCCATACTTTGTTTACAAATATGT-----ATTTTGTAA------ATGTTTAGACTGATTTCTCTGACCACCTGAATGAAAAATATTACGAAAAAAGGGTAAAATAATGTTAATCTTGAAGTGGACTGTGTCTCAGTTTGATAGAGTGAGACAGTTCAGCACTTACTAATTTTGT s fr1.chrUn 214028075 446 + 349519338 TAAAATGTGACTGGTGCT----------TGTGTTCAGGAAAACTGTGGTGTGCCAAGAAGAACAAAAGGAAGAGAAAGAAACTGCTCTACAATGCCCATAGGAATGATGGTACAACTTACTTGTATTTTATTACGCTGTGTCATCATTTTCTTTGTGTCATAAAAACAAAGTGGAGCATGCATTTTCTCGATGAAGCCAGTAT-TTCAACTAATCCATTTGTAAATGTGTGACACAATCTGTTGGTGCA--CAGTGGCAGCTGTAAATGTGTACTCAAGT------GTGCAAATACTCATTTCCCNATTTGTAAAT-AGTACGTGACACAATCTGTAAAAGCCGATGTGTAAACTGGTGTATGCCACCAGTTGGCACTAGCGCCCAGTGGGTCCAGGGTAAACTGACATTAACTTT------TGCTGTTTGACAATTC--TAAATGAGAACTGCTCAACTTTAACAGTCTTTGT a score=2274 s danRer3.chr4 30374594 190 + 33808418 TGCTTGGTTGAAAAGCACTTCAATTTTCCTTTTTTCAGATTTAAGTTGAGGCTGAGATTAGGTGTGCTGTAAATAAAGTTACTAAAacattcattcattcattctttttcttttcggcttagcccctttattaatctgggattgtcacagtggaatgaaccaccaacatatccacatatgttttatgcag s fr1.chrUn 219880050 186 + 349519338 TTCTCACTTAAAAACCTTTTCTCTTTTCCTGTTTCCAGTCTGAAATAGTGTCTGCACCAAATTTTGTTGT---TGAAGTCAC-AAAACAGACTTCAAAACATTCCTTGGTGTTTGACTGCCACTTCTCTGAAGATGAAGTAAGCACACAGCAATATAATCAAACATCATATCTGAATATTCTCTATTCAG a score=1793 s danRer3.chr4 30377517 106 + 33808418 TATACTTGGGTATTTCACATTTAATTTAAGAATTTGATAATATTATTCGTTTTTGTCATTTTTAAATAAAGATAATTTTTAATGCTCAGCGTCATGCTTGAAATTA s fr1.chrUn 49540285 99 - 349519338 TAAATCTGTGTTGTTTACACC--ATGTAA-AGCTTCTTAATGTTTTTGATATAT----TTTTTTAATAAAGGTGTTTTCTTATGCATACAGCCATGTCTGTAACTA a score=858 s danRer3.chr4 30410820 650 + 33808418 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TAAAAATGTTTTGATTTTTTTGAGACGGTAACACATTTAAGATTTGTTCATTCTCCCCGCCCCCAAATTGTAGCCAGTCAGAGGCTGTCGATATAATTAGCAA---------TGGTTTGAATAACTTCAGGGAAC----AGTTTAAGAGAAATATTAAGGAAGCCTCAAACTCAAAGTCATGTCAGTCTGTCCCT-TCCGGGCTTCTGTAGCACCCGAGTGGCTGGGCACACATTAACGCCTATTTGCTGAACAGTTTTAAAA-CCAATATTGATGTATATCATATTTATTTTAGATAATAGTTT------------------------ATAAAAAAGACTTTGACCATTAATCTCAGAGTTTTTGACGTTTAACGCAAATTTGCTTTTAC--AAAAAGTCATACTGATCC------TACATA---AAATATCATCATTTGT---ATCATTATTTGAAATATATTGATATTTATTGGACGCtataatatttatatat----tttttCTTGTACAGGTCTGAGTCCTATACATTTTTTTATAAGTTGTA a score=7780 s danRer3.chr4 30437068 150 + 33808418 CCTGCAGAGGTGAGGAATGACATCATCCAGATGAGAGGCATGGAGCTGAAGGTATGGGTGGATGGAGTGCAGCGCATTGTCTGCGGTGTCACAGAGGTCACCACATGTCAAGAGGTTGTGATTGCGTTGGCCCAAGCAATAGGTAAGACA s fr1.chrUn 138400666 150 + 349519338 CTTGTGGCGCGGAAGAATGAGGTCCTCTCCATGAAGNCCATGGAGCTCAAAGTTTGGGTGGACGGAGTGCAGCGCATCGTGTGCGGGGTCACGGAGTTCACCACGTGCCAGGAAGTGGTCATCGCCTTGGCACAGGCTATCGGTAAGATA a score=18554 s danRer3.chr4 30439022 1006 + 33808418 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s fr1.chrUn 138401695 1417 + 349519338 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fr1.chrUn 72235435 266 + 349519338 ACGATCATGGTCATTTAGCCAACCAGTCTATGTTATTGCTGATCAGTTGATTAACTTCTCAGTAGCTACTAGTTTGTAATCGTTTGCTAATTAGCTAAAAGTGGTCAGAAAGTAAAAT-TGAATTTTCAAAA-----------ATTGAACTTTACATGGTGAAACTCTTGTCAAG-TGTTATCCCCC-----------TGCAGACCTCCGCGATGGCAGCTACAGACGGCTCCACAAGCTTGATCATCCCAT----AGATGTACAGGTTGTTATTGAACAT------TATATTTATGTCA a score=5444 s danRer3.chr4 30455968 377 + 33808418 CTGATATCACTCACCACTCTTAATAAACTCCATATGTGCATCACGATGGTGCAGAAGCTCAACGTCGTAATTTGCTGAAGTGTTAGCATGCTGCTCCTCCTTCTca----cacacacgagcaca-------------------tacaca-aacataaacacacacaTCAGCAGCTGGACCTCTACACTACAAACACACCACGATCTACTGCTGCTTTCATGTTTGAAGAGCACAGGTTATAAAATAACTGTGCCCT-------------CACAGATCACATGTCCGTG----------------AAGACCTCTGA-----GTCTCCCAGCTGCTTCAGATCAGAAGAGATCAGAGGCTGTAAGCTACAAACAG-AGCTTACACACATCAAGAACAAGAAAAGAGAGGAGAACGTCAAGGAAAACACAGATGGAGGG s fr1.chrUn 138342771 419 + 349519338 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tattggttaatgta--ttggttaatgtattcactaacaataaatgaacaatacatttattaccatacttatgcatttatgttaacaatagataatgacaaccaagttgttcattgttagttcatgttaatgaatgaatttggattttaataatgcattagt----aaaagtgtgattaatgattaacaaatgttgtactagtatagt--tcattcttatgttaattcttacgtaaacttaatcct-----aatcctaactaacaaaaccttgt----ggtaaagcgtgaccGAATATAGCGTGATTATCCCATtatttttattaaattaggttaacaaaggtgaataaatattgtgagatatgttcattgtatgttcatgt-ttagtatatagattagctaaaattaactaatggaacctaattgtaaagtgATACTGATATATAGTTAACATTTAATGACTAATAATTGCATGTGTAATTATCTGTTTATTACAGCAGTTATGCATTAAAAACTTAACGTTTCATGCGTTTGAAAT-CAACATCTGGTTCTTGTTTTTCTTCTCTGATTTTATTCAAACATTTATTTGATTCATTAACATTTTAGAATTCATTAAGGAGCTGAGTTTAAA----AAAACATCATTATAAATATCT-TAATGAA-----GTTTAA s fr1.chrUn 155623436 581 - 349519338 TATTGTTTAATATAGGCTTGGTGTCATATCCAATAACAAAGA--GAATCACACA---------------ATGGAACAGTTTTAACATTGCACAATCAAAAGTAAACAAAAGGCTCCTACTGCATATATAACAGTTTCCTTGAGACAAAAAAAAGTAATAATTAAAAAAAATGGGATTTATAGAGCAAAAATGTT-CACTGAAACAATAAGTATTCTCATATTAGTGCG---GTAAATCTTATCATTTCTCAATGTTAAATGA-AGATCATTGTCATTAGTTAAGCTTAGATAAGTGAGATATGGTTAT---------TTTACTACAAGATACCAAGCAAGCTTAGCAAATC-----AGGGATTTC--------GCTCAGGAATTAGCAGATAGATTTCGTATTTTCA--CAAGAAAAGAGAATTCTCAATTG----TGAAAAATA----------------TGAGGATTGTCTGTCT----------TTGTCACA-----TAGTTATTAAAA-------------TGAATTTGTACTATGAGATATATTGCATACTATTTTATTCTGACCTTACTTGTGCATTTGTTGGATACAATCTCAGTTTAGAAATCTTTAACAGGCTGAGCTCAAAATAGAAACCAGAAGTGGGAACATTTGTGATGAATGTATGTTTAA a score=9308 s danRer3.chr4 30459721 274 + 33808418 AAAGTTGCTACCTCTTTCTTTTGCCGGTCTGAGACCAGAGTGTCATCCCCCTGTGGGTAGATGTGGACCAGCACAAGCTCACACTGCTGAATGGGCATCAGTCTGCACAGCAG--------AAACATATAAGACTA--AGAATATGTGAGAATA--AAAGTGACTCCTGCACAG------AGATATTAGAAG----CTACCTGTCAGATCCTGCTGCCAGCTTGTTCTGTTCCTGTATGGTTTCCAGCACACAGTCCTCCAACATCCGGACATGAGTGTCACTAACAAAATAACAG s fr1.chrUn 138343972 295 + 349519338 AGAGTTTC-ACCTCCTTTTTCGCCCGGTCGGTCACCAGCGTGTCCTCGCCCTGTGGGTAGATGTGAATCAGAACCAGCTCGCACTGCTGGATGGCCATCAAGCTGAAACACGGAGGTAAGAAAGCAGAAAATACTGTTACATTGTGCAACAATAACACAGTTTCTCTTTCATTATTCTTCATATTTCAGCTGACACTGACCAGTCTGAACCTGCTGCCAGCTTGTTCTGCTCTAAAATGGTCTCCTGGATGTAGTCTTCCAACATGCGGACGTGAGTATCACTGAGGAATGAAGAG a score=15700 s danRer3.chr4 30460706 383 + 33808418 TTCTCACCTTTTGGCATTGGTAAGACAGATAATGCGCCCCCTATTAGCCACTCTGTCAGCCATGTCCATCAGAGTAGTACGAGACTCGTGCTGATATTCTGTGATCTTACACAGAGACTCCACAGCTGCCACCAGCCCATGCAGAACACTGCAGCATTCAGGATCCTGACGAGGGTTTGGAGGCCCAACCGCAGCCAAGGCAGACATGAGCTAAACACACCACAGACATACACTCAATTCTAGCCACTCAGATTAATCTGGAACAAGTAAAT--CATTGTGATC--AAAATGTGC------ATCTTACATCATGTGTATTTTGATCCTCCTGCTTCCAGCTGTTCAGGATGTGAACCTCTGAATCACTCACAATGTAGTTCACCTAAAAAACA s fr1.chrUn 138344315 374 + 349519338 TTTTTACCTTTTCGCATCAGTGAGGCAGATGATCCGCCCCCTGTTGGCCACTCTGTCGGCTGTGTCCATCAGAGCCATCCGCTTCTCGTGCTGCAGCTCTGTGATTTTGCAGAGCGACTCCACGGCAGCGACCAGGCCGTGCAGGATGCTGCAACACTCGGGATCTTCCCGAGGGTTCGGTGGCCCGATGGCTGCCAGAGCTGACATGAGCTGAA--------AGAGGAATATTCACCTGTG-----------TGAGCTGAAACAGGGGGGTCGCATTCGGATCCGCGGCTTTGCGGGCAGAGATTACCTCATGCACACTTTGGTCTTCTCGCCTCCATCCGTTTAAGATGTGGAACTCTGAATCACTTACAATGTAATTTATCTGTGAAACA a score=13147 s danRer3.chr4 30461646 296 + 33808418 TTTCCAAACACTCACTAGTTTCTTGGTGGGGTAAATGTCATACAGGATCCTGCAGTACTCCATGGAGCACTCAACTGCACACGTCCAGAGAGATTTGGCGACTGGAGCCAGAGGAATCACACCCTGTGAGCGGCTTTTGGTCAGCATGTCACATTCAATCAGCTGCCGACTGGACTCTGCCATGTATGGGCAGTGATCGACCACAAAGGCCGTCTTATGTGAAACTGAGAACATCCTCATCCTG--GTCCTGCAGCACAGAC--ACTTTAAAACATAAAACAGCAAGATGTCACATGTAG s fr1.chrUn 138344748 298 + 349519338 TTTTCAAGC--TGACCAGTTTGTCCCTTGGATAAATATCATACAGTATCCGGCAGTACTCCATGGAGCATTCCACTGCACAGGTCCAGAGGGACTTGGACACAGGGGCCAAAGGAATGAGCCCCTGAGCTCGACTCTTTGTCACCACGTCACATTCCACCTGCTGCCGACTGGACTCTGCCATGTAGGGACAGTGGTCCACCACAAACACAGTCTTGTGAGACACTGCAAACATCTTCGATTTGAAACCCTGCAGGGTGAATTGATCTGAAACGGGAAGAAAAAAATATTAGATATGTAG a score=3291 s danRer3.chr4 30464821 150 + 33808418 AGGCAGATGTTACCTGTTCCAGACGGGACTCCCAAGGGCGCTTTGTGAACCCTTGGTCAACTTGGCATTTCCCCTCCTACACTACCGTTGCTCGCCTATTCCTCACTGAGAAGAACAACAGTAAGATTCCCAGTGCCAAAGAGGTGAATG s fr1.chrUn 46988518 150 - 349519338 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TCTATCATTAGGCTCTGGACCGTGAGTTGCCAATTGTGCAGCCATATTTCATCCAGAATCCAGATCAATGTGGCCAAACAGGCACATCAGTGCGAGCAACGTGGCTCGGTCATGCCACTGTACTGGTGGAAATGGAGGGACTGCTGGTTCTCACTGATCCCATATTCAGCCAAAGAGCTTCACCAGTGGCTTTTATGGGCCCCAAGCGCTACCGTGACCCGCCATGCACCATAGAACAG------------------------------------------------------------CTTCCTCGCC-----------------TGGATGCTGTGGTGATCAGTCACACACACTATGATCACCTGGATGCAGCCTCTGTGACTGCTCTGAATTCTCGCTTTGGC-------TCTGCT------------------------------------------------------------CTGCACTGGTTTGTGCCGCTCGGGCTTGCAGAATGGATGCAGAAGACAGGCTGTGAGAATGTCACAGAGCTGGACTGGTGGGTCGGGAGCCGAATTCCTGGGCACGATAATGTCAGCTTTTTTTGCACCCCAGCACAGCACTGGTGCAAACGTACACCTGTGGATGACAACAA----------------------------AACA-----------------------------------------------------------TTATGGGGAAGCTGGAGCATCGTAGGGTCCCATTCCCGCTTCTTTTTTGCTGGAGATACGGGATACTGTGCATCATTTAAGGAAATCGGAAGACACTTTGGACCATTTGACTTGGCTGCAATCCCAATTGGAGCATATGTGCCCAGGTACGACTGTAAAATCATTTGTGTTTTTGAATGGGCTTTTAACATGTTATAACATGTCTTGTTTTACTTAGAGGCATCATGAAATCTCAGCATGTTGATCCTGAAGAGGCTGTTCAAATTCACATCGACGTTCAAGCAAAAGCATCTCTGGCCAT s fr1.chrUn 46988936 1038 - 349519338 TCCTTTTCTAGATTTTGGACAATGAGCTCCCAGTAATGGAACCTTACTTCGTCCAGAAACCAGATCTATCAG---AATCTGGACCAGGCCTGAGGGTCACCTGGCTGGGTCACGCCACCGTTCTGGTTGAAATCGATGGGCTGAATGTTCTGACGGACCCCATTTTCAGTCAGAGGGCGTCGCCTGTCCAGTTCATGGGGCCCAAAAGGTACCGGGGGCCCCCCTGCACCGTGGAACAGGTGGGGTACCTTTTATGGGAGCATTTGTCCCAGGTGTGGGTTGTTTATGCTTTTGATACCCTTCCTCTCACCACCAGCTGCCCAGGATCGACGCGGTGGTCATCAGCCACTCTCATTACGACCACCTGGACGCCGGATCTGTGGCCAGTCTGAACGCCCGCTTCGGCGGGACGCTCCGCTGGTGCGTTACCCCAAACATAAACGTGATGAAGCGCAGCGGGTTATGACAGCGTGGCGTCCCTCCGCAGGTTCGTGCCCCTGGGTTTGATGGACTGGCTGATGAAGACGGGCTGTGAGAACGTGATCGAGTTGGACTGGTGGGAAGAGAACTGCGTGCCAGGTTATGACGACATCACCTTTGTCTGCACCCCCTCTCAGCACTGGAGTAAACGAACGGCCCTGGATTATAACAAGGTGCTGCCTTTATTACAGGGTTACGACAACACACCGGGTCTCCGTCAGTGCTGTTTATTTTAGAAATACCAACTCTTTGCTCCGTAGTCTTTGTGGGGCAGCTGGTGTGTTTTGGGCCCACACCATCGGTTCTTCTTTGCTGGAGACACTGGTTACTGCCCTGGCTTCCAGGAGATCGGTCGGAGGTTTGGGCCCTTCGACCTGGCGGCGATCCCGATTGGAGCGTACACGCCCAGGTTCTGCACACAGGACACACATTGTTGGTCGCAGTCCCTTTTTATTAACTGGAGGCTTTTGTT---CCCAGGGACGTGATGAAGGGGCAGCACGTCGACCCGGAAGAGGCTGTTAAGATCCACCAGGACCTTCAGGCCAAACGCTCGGTGGCCAT 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TTTCCAAAGGAGCCAT------------AAATCATTTGGTCTAC--TCCTTCAGCATAAATATAAA-ATCATTTCTCTTCAAA-------TATATCATCTCCTGTTGGTCCAGATTGGGACTTTGCTTCTCCTTACATTCTGGTGAT-TAAATA---TTAGAATATATCCGTATAT---------ATCTTGCTATAATATGATCTATAAAAATATACAATCATTGGCAAGTGGTGGGGTAAAAGATATCATTCTTATACGACCGATACTTTATATCTC-------TAGAAAGAAAACGCCATGCACATAAGATATTACTTGGGCA---GATTTCAGGACTT----------TGTCTGCCCTGAACGTAAATTTCCCATTAAATATAA a score=4255 s danRer3.chr4 30471367 440 + 33808418 CACAAGATATGCAAAATCAT-TTTCACACCAACAAGACGCTTCTCTCCTCCGTCTGTATTTACACCTTCGCTCCTCGTCATCAGTGTTTCCTCAATGTTTCAAATGAAAACAAGAAAAGAAGTTACTCAAAACGCTTGGCACACCAAAAGAATCCTCATGCAGAGATAATTGAAACCAACGGAAGAAAAACATCGAACCAAACTGACCCGCACAAGATTATTTCAAAATACTCAATACTCAAATGCACCCGATTTCAAGTATGACAGGTTTCTTCAATTTAAAGTTCTGTAACTTAATACACAACAGTGAATATATTTCTCTCTATCTTAGATTTTTGT---ACAGCTGTAGTTCTGAAGGAAACTGTTGTACAGTCAAAGTTATTGCATTGTTTTTGCATATCTTGTGGTATGCAAGCACATACGCATGCACTCACGCACTCA s fr1.chrUn 168742133 360 - 349519338 CACAAGATATGCAAAATCATCTTTTGCACAGACA----------------TATTTGTATGGAAGGTGTAACGGCTCCTCTGTTGCATCACCCCAACCAATCACGTTGTCATGCCAACGGACATTCCTGACTACAGAGGCAGAACTGAGA------CTGTGGCACAATGATTAAGGAAAAGATAAAGGAAACATCTGTCC-----------------------------TATACTGCACTGCAATGTACCTGATTTCAAGTATGATTGCTCCCTCTGCCTGGAA-----------------ACAACCGAGAATAC------------TTTAAAAATGTGACAAACAGAAGAAGTTTTGGGGGACCCTTGTGTACAATCACAGTTATTGCATTGTTTTTGCATATCTTGTGGGATGCAGG---ATG-GCACCCACTCACATCATCA a score=100 s danRer3.chr4 30473989 1 + 33808418 C s fr1.chrUn 168745659 1 - 349519338 C a score=6029 s danRer3.chr4 30473990 364 + 33808418 CTACAAACTCGTGACGCACTCCATGTCCTCATCCTCCATCAGAGGGCTGTTCCGCTGCCCCGCCCCCTCTGACTCCTCTAGCTCCGCCTCCAGTGCCCCATCAGAGCCTGTGGCGGGAGAAAGGCCCAGTGAGAGGCTGCAACGGGACTCCTGCGAGCCAGTGTCTCTGCACTGTATGAAGGGAAGCAGGTT---TCCGTTAGCGTTGGGTGGTGCGTTAGCGTTGAGAATGTTGTCTGCCGCGTTCTCCATCTCCTCCATTGTCATGTCACAGGCCTCCGCTATTTCCTGCTTCGCTACCTGGATGAAGGAGGGATCATGTGCATAGCGACCCAAACCCTCAGATATCAATACCTGTGTGGAAAAA s fr1.chrUn 151465073 319 - 349519338 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s fr1.chrUn 151465444 529 - 349519338 AACTCACTGCTTCAACCAAGCTGGTGGCACTGCCTCTCTTCTGGTGGA---ACTGGCTGTGGTACTCAGGTGGCACCTGCAGGTGGACGGGTGAATACGCCCT---GAGGGGGAAATCAGGGTCGTCTGTGTACCAGGAGCTCTTGCGCACCGACACTTGGCTGCCG------------------CCGCCGTTCTCC--CTGTGGAGGTGCTCCACGCGGATGAGAGGGGTGT-----AGTACGGGGACTGGTCATTACTGGCCGGGGTGGCGGGCGGGGTGGCCCAGGAACGTGTGGAGCGGGTAGGCGAGAGGCGGTGGGCTCTGCTGGAGTCC-AGGCCTGCTACGGCCATGACCTGGCAGGA----AGGAAGCGAGTAGGGAAATGTAAAGGAAGCCATTCCACC-----------TTTTTAAACATGTG---GGAAATACCTGATGCTGCATCAGGTGCAGCGGTAAAGCTGTACGTGGGTGTGGAAGCTCGTCCTGGCTGCTCTGTCTGCGCAGACACTCAAAGTTGAAGGATGGTCTCCTGTTACCTGATTGAGTTGAGAGTTGCACAAGTG a score=3826 s danRer3.chr4 30475992 191 + 33808418 ACTTCATGGTCATGGAGCTACTCATTGTATAGATTCATCCTAACAGTAATAAATTTGCTCAT--TTACCCAGTGCAGTAGGGCAGAGGAAGGCCCGTCGCCGTGGAGACTGCCACGGC------CTTCTCTCCTCCCCTACTTCTGCCTCCACCATAGGAGCCAGTTGCTTGCTTTCTTCATCCTGAAATTCCAGCCTG s fr1.chrUn 168747121 182 - 349519338 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TCCACCACAGTATGGCAGAGCATACATGAACAGCCCTACAAAGTCATGAGGTCTCTCT-TGGTTTCTGTGAGAAGAACGTACCGCATGAAAGTGTCATAGAAACAGCTCCTGGTT--CACAAGAAACAATC----------AGGAATGAGACAAACCA--------------------------------------------------------TAATCA---------GGAACTAGAAT--CTGACAAACCTGAACATCTACGATAACCCGTGCATCAGCAATCAAACACAGAACGCATGTGTCATCATA----------CCTCTTGTTAGGAAAGCAC s fr1.chrUn 168748200 330 - 349519338 TCCCCCCCAG-ATGGATTAAAGTCCACAAACACACCCGCACA--CACAAACTCTGTTTGTGACCCCTG-----GCAACATACCGCATGAGAGAGTCATAAAAACACGTCCTGCTCGCCATCAGAAACAAAAGACAGATAAGAGGAAGGAAAAAGAAAAGGAGGGAAGTAAAAGACCCATTTGTGTCTCCACTGCAAGGTCATGTTTAATTGACTTAATCAACTTATGTTGGAGTTTGAATAATTGTCACGGTTGGAAACGAATGAAAGAGTGTGGTGAAACTGTCAGCCA--GGGTTCATCTACCACCCTATGGACACCCACCTCTTTGGAGGAAAGCAC a score=2750 s danRer3.chr4 30478362 330 + 33808418 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AGATAGAGAAAAAGTAAATAAGAG-AAAGGAAACAAGCAAGCCAGGTTGTACTGAGTGGCAGGTGACACACAAGGAGAGAATGCAGCAAGGCTATCGTTGTCGTTTTAA--GAAGGTTACCTTCAATATGATCTCAAATGTAAACATACTAGTGAAGACATAATCTGCATAGCCTAGGACCTGGAAGGTAACAAGA a score=1006 s danRer3.chr4 30498463 23 + 33808418 GAGAAAGAAATGCAGATATCAAA s fr1.chrUn 151480849 23 - 349519338 CAAAAAGCAACGCAGATGTTTAA a score=7554 s danRer3.chr4 30498531 393 + 33808418 TGTACGTTTGTGTG--TACCTGATTCCTGAATGAGTCATTCTTCACTGGGTCCTCCGCTGCCAGTGAAATACTGCTCAGCAGTATGAAGAACAGGATTAAATTGGTGAAGATGTTGTGGTTTACAATCTTATGACACAAAACCCTGAACCTACAGAGTAGAAAAAGGGAAGAGAAATGAGATAGAAAAGACATTTTTGGGCTTTGAATACTAAGTGGCACAACCCATTTATGTAAAAAACTAAGTATTAATGTGTTTGTGCTTCTCATACTTGTTACTGGGGCTGAAAATAAAGAAGGCTTTGGCTTGTGGCATGGGGACGGCTTTCTCCTTCAGCTGAATGTCAGAGAGTGGACGTGGACGAGGACCTACTGGCATCTCTGGCTCCTCCTCGTC s fr1.chrUn 151482725 344 - 349519338 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TCCTTTAGGTTACCTGGGAAGTCATTAGGCGGGAACGGATCTTTCACTTCATTGACATTGGACTCAAACTCATCGATTTTGAGCTGACAAACAAACCAGCAA a score=5917 s danRer3.chr4 30500057 194 + 33808418 ACCTTGGTGGCAGTTGGCGTCTCTCCATCTGAAGTGATGGATTTGAGTTCAATTTTTTCCTCTTTCTTTTCATCCTCTAGGGGTGGTTTCTCAGAGTTCTGGCGCTTCTCTGGACTGGCCGTTCTGTAAGACAGAAACGGTGTCATAAATGTGCGCATATGCAGCTTTACGGTCCTGCTAAGCACCTGTATTTA s fr1.chrUn 279889066 182 + 349519338 ACCTTAGTAGCCGTGTTAGCTTCTCCATCGGAGGTGATGGACTTTAACTCGATCTTCTCCT---TCTTCTCCTCCTCCAAGGGAGGTTTTTCGTTGTTGTGACGCTTCTCTGGGCTGGCCAACCTGAAAGAGATGGGCG------TGAGAGTG---GCTTTCAGCCTTTAGTTTCCTCTTTTCACATGGGTTTA a score=-401 s danRer3.chr4 30500266 144 + 33808418 GCAAAAACACTTCTGTAAAATGATACTTAATTTCCTCAATGTTAAATTAATGAAGTCATAACTGATCCAGTCTAAATGAGCTCATTAGGCAGGAGACAGGAAATCCTCATAGGAAGGTTTTATGGGCCCTCAGAC------CATCTCAAA s fr1.chrUn 151695590 128 + 349519338 GCAAAGACAAT---GTAAAGTTTTACCTTGGTCTCTTTGCCTTCTATTA--------------GATCCACTCTA--TTATCCCTGTTGGAAACAAATAAAATAGATCCA---AATGGTTTCAATGATCTTGCAACAGAAGGTACATGGAA a score=35788 s danRer3.chr4 30500410 976 + 33808418 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ATGATCAGGAAGGAAATGATACTGCACTGTATAG--------TCAGATGACCTGGACCAACTGT------GAAGCCAAAACAG-----CGTACAATAGATTAGAGTGTAT-----AGTTT------AATAGTCTTCTTACTTG-GATGTTGAAAATAATTATTTAAATGCAGATTAAAGTAACTG---CTCAGAATCAAGTGTTCCAAAAAAC-----CACATAATAATCGCAT-AAGTCACATTCTGGACAA----AACTGCAATCAGACAGGAAATTAATCTGCCTACACAATAATAAAAAGCTGTGCCTACATCTGCTGATGACAAAGCTGATAGAGTTTTGACTTCTGAATTTCTGGGTTGTAATTACTGATTTTACAGTTT------------------TGTAGAATCATTTCGGGTCC-----------------------TCCTA-------------------CATGAAGGAAATGAACATT s fr1.chrUn 51926987 486 - 349519338 gtgttaaagaatgtgttaaaaatgtgtGTTAAAGCGATTCATTCGAATAAATTTGATCAATTGTCTCCAGTAAGGCTTTACAGAGGTTTGGCCAATGCATTTGTCTGTATTTCACAACTTGCCATAAATTGTGTGAGGGCTTGAGCTGTTATATAGGTTTGGAGAAATGCTGAGAGAATGCACTGGCATACAACTGTAGGGGTCTCCACAGACTGTTTCATGTGAAAATTGAGTAAAAGTGCATTTTGAATTATGGGACCTTTGATAAAGAAGGTAACATTTTTGTTAATATAACAA-AGAATACCGATTCTACTCTGTTTTACATCACAATTGTTAGCTTCCACACTGGTGCATTAATGTGCAATACTTCCTG---TTGCAGTTGATACTGAACTTGTGCCAATGTAGTAGCAGGTCTTGTGCATTTTGCACTTGAACAGCTCCAATCCCATAATGGAGTAAATAGTAACCATGAAAAAAACCAACAGT a score=5935 s danRer3.chr4 30513879 227 + 33808418 TTAGATGAgtgtgcgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt-gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTTGCACTCACTAGGTACTCCAGACACGAGTCTTAGAGGTCTCAACACTCTGAAGGCTCGAAGGGCTTTTACATCAAACCCTGCAGCTTTGCCTCC---------CATTGAAGTA------------------CCACCATCCCCTTTAGTGGCCTGCTCTAATATTGCACTGAAGAGCCTG-----AAAGAGAGACGA s fr1.chrUn 151489314 257 - 349519338 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GATAAGCGAAACTGCACATGAGAGTGAACTGCATATAGCGTACATGGCAGGGGTTACCGGAGTTTACACAG s fr1.chrUn 19916402 67 + 349519338 GATAATGGACATTAGAATTCCAACTGACGTGCCCTAAGTGCTCCTGGGTGCAGTT----GAATGAAACCCC a score=7312 s danRer3.chr4 30516134 183 + 33808418 GGATCTTGCACTCACCCTACGACCACGATGATGAAATCCAACAAGTTCCAGCCATTCCGCAGGTATGCATTAGGGTGACACAGCAGCCCATAAGCAATAACTTTCAGAAAGGCTTCCACCGTAAAAATGATCAGAAAGAGATACTCCACCCGTTCCTAGACAGACGAAACAGACAGAAAGAGG s fr1.chrUn 151490716 178 - 349519338 GGAACCGGAACTTACCCGATAACCACGATGACGAAATCGAGCATGTTCCAACCGTTTCGCACGTAGGCGTTCTGGTGCATCACCAAACCATAGGCGACAATCTTCAGAAAGGTCTCGATTGTGAAAATAATGAGGAAGGCATACTCAACTGTTTCCT--GCAGGTGCACAAGA---AAAGAGG a score=-902 s danRer3.chr4 30516322 217 + 33808418 ACTTCTCTA---------ATTGCATCAGCTTTAATATCTTTAAACGTAAAGCCACTCCAATCTCTAAAGTGACATCAGAAAATGTTCTGAGCCATTTGTCTGGATGACATTTTATTACAGATCAGGCCTATCAGAGGAGAACAGATATCTCACACACACAAACACACTGAAAGTCTTTGCACCGGAGAGACTGTGTTCTACTGGATTATAGAGCAGAAATGCTGCG s fr1.chrUn 146240812 204 + 349519338 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AGAAAAATTACTGCTTTGCTTTCTTTTATTTCTATTCTACACTTT s fr1.chrUn 146277771 45 + 349519338 AAAAAAATTGTCACGTTACTTTTCTTTTTTTTTATTCTTCTCTTT a score=3793 s danRer3.chr4 30597529 166 + 33808418 GTTTAAGGGTGATAATAGGAGCTTCTGCCCTGACAAGTTATATGAACTCAGTTAAAGGAACTAACCACTAAGATGGTCCCCAAGAGAACAATAATTCCCCCTTGCCAATTTTCCTCATGAAGTCTCATTGCCAC--TAGAAGCTTTTAAGTGATGTATGCT--TTTCAAC s fr1.chrUn 170370799 168 + 349519338 GTTAATGAGTGTTAATGTGCGGTTTCACACCGATTAGTTACAGGAACCCAGTTATTGGGTTTATCCACCTGGAGAGCTCCCAAGAGAAC--TAATTACCCCCTGGAGACATTGTTCTGGATGCATTAGCGCCTCAGCGGGAACGATGAGGTGACGTCAGCTGGTTCCAAC a score=1754 s danRer3.chr4 30626000 100 + 33808418 GGGAACCAACAACCTTCAACAGAGAAAAGGAGCGAAAAGGAAAGAAATGCACATACAGTAGTTGTGCTTGAAAAGACAAGGAC-TTTCTGTTATGCCCTTT s fr1.chrUn 146297229 94 + 349519338 GGGGAAATACAGCGTGCAGACGAGGAGCGGAGAGAAAGTGAAAGAAATACAAAGAAAGAGA-------GGAAGAGCCACGGTTATTTTTGCCACACCCATT a score=12489 s danRer3.chr4 30630478 386 + 33808418 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CGAAGCTCTCACCTCTGTATATTAGCCACTCCATCCAGTGTTTGAAGTCTCTCAGGTTGCAGTCACACTCCCAGGGGTTCATGCCCAGCTCCAGGTGCTGAAGGTTGACAAGAGGCTCGAACGTGGCTCTCTCCAGGGCGTGAAGTCTGTTCCC------------------------------------------------------------------------AGCCAAGGAGAGCCAGG---------------------TTAGCTGTTGCAGCTCATCTAGAAGGCCCAGTGGCACAGCGGCCAACCCGTTCAGAGACAGATCCAGCTTCCGCAGATGGGTCAGGCCGCGAAACAACTCGCGATCCAAAACCGTCAGGCTGTTATTACGCAAACTCAATTCGCTCAGGTTACTCAGCTCACGGAACAGTCTGGAAGGAAGGTTGTC s fr1.chrUn 146335876 445 + 349519338 CGGAGCCTCTACCTCTGTACAGCAGCCACTCCATCCAGTGTTTGAAGTCGCGCAGGTTGCAGTCACATTCCCAGGGGTTCTGTCCCAGTTCCAGGTGTTGGAGATTGGCGAGCGGCTCGAACGCTGCCCTTTCCAGCCCGCGGAGCCTGTTTCCCGAGAGGGACAGCAGCCTGTGAAACAGTCAGAATGAAGGTGAGGGAGCATTTGAGCTTAAAACTCCCCCCTAAGCCTTAAAGAGTCAGGCGTGCGTTGGGGAGGTCTACCTGAGGCTCTGCAGCTCATCCAGGACCCCCAGAGGAACGGACGACAGGCCGTTGAGGGACAGATCGAGACTCTGAAGACCTCCTAATCCCTGTAGAAGCGTCACAACAAACTCCACAATGCTG------CATACAGTCTTTACTGCCGGGAGGCACAGCTAGCGCTACTTTGGGGATTAAAGTTTTTC a score=3572 s danRer3.chr4 30685381 290 + 33808418 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CACTCTATACCACGCTATAAACACCCACACAGACACATATGTCAACACAC----AATATCATTCCTCCACATTAGTAAAAACAGATCCTTTTTTGAAATGTATCAG-------TTTGCATGC-TATTGATATGTAAATAATTGTTTAGTCACTAGTTGGACAAAAAGCACTTAAAAGCTATGATTGGAGTCTGTCCTTAAATACTGTAGAAGCCCAACCCCTACAGAAGAGCAAATGCATGTGTGTGTGTGTTTTGGGCTCACCTTGGC----------TGTCCGGATTTCCTCTCCTCCTTCGACCCACTGT--------------AGGTGCAGTGCAGAGCTGCATGTCTGCGCTTCTACGACTGCAGCTGCCTCAGATCTGCTGT s fr1.chrUn 133054300 362 - 349519338 CACTATTTGCCACTCTGCAATT---------GAAATATATTCCTATACACTTCAGATAT-GTTTTTCTTTCTTGTCTCCCACCAATAATTTTGTAAGATGCCTTAAATTTATTTTTTCACCCATATAAATATAATAATAAATGTTAACTGTGGAATAGGA----AAGTAATAAAGAATAAAGAATGAAAG-TGTACTT-------GTTGAAGTGGGGCTGCTGGGGAAGGAAACAACCATCTGTGC---TGTTCAGGACTC-CTTCGGCATCTGTGAACCGTCTCCTTTGGCTCTTCTCAGTCCATAAACTGTGGATCTGAGGCAGGAGGGGGTGTGCAGGTCTGTTCTTCTGTTCTCCTGCTAATAAAGTGGCCTCAGATCGGTCGT a score=3400 s danRer3.chr4 30693313 170 + 33808418 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danRer3.chr4 30699202 93 + 33808418 TGTTGTTTTTTTCCCCTTATAGCCATCGGTGTACAGATGTCTCTTGAGATGTTGGAAAAAAGGTTTTGGTCCATAGCCAACCAGGTAGTAAAA s fr1.chrUn 146358393 93 + 349519338 TGCTCTCTCTCTCTCTCTTTAGCCATCGGGGTCCAAATGAATCTGGAGGTGTTTGAATCTAGATTTTGGGCCATTACATCACAGGTAAGCAAA a score=-660 s danRer3.chr4 30702303 163 + 33808418 TGATTTCACATCAATTAACATTTTACCATTTTTTCTCTGCTGC------TTCATTTTATCCGGATGACCCTTAGCCGAACGACACAGATGTATGTACGCATTACAAGGATAAACATGATACCATAAAAACGGAATACATATAAATGCTCAGTTTCTCCATCTTCATG---AT s fr1.chrUn 163738202 150 + 349519338 TTACTTCACTTCTGTTTCCATTGTGCATTTTGTGCTCAGCTGTGGGGATCCAAATGAAACTGGAGTTCTTTCAGAGGAAGTTCTGGACTGCATGCA-----GACAGGTACAAAC-----------------TAGTATGCACGATGGAACGATTTCACCGTATGAATGCAAAA a score=2786 s danRer3.chr4 30702466 256 + 33808418 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TATTGAACGCTCTTAAAACTTAACCCACACACACACAAACACACTCTCTCTCTCTCTCGAGCAGCCATAAACCTTTAAAA--TAATATATACATTTCTTTTTAAAAATTGATGCCTGTGCTTCAAATTCTGCTGTGAACCAAGGC--CCTAAATATTTCAATTAATGCATGTTCTAATATTTCAGTCATTTTCCGAC a score=11036 s danRer3.chr4 30715724 219 + 33808418 TGTTTCAGACTAGCATGGCCATGACGGGAGGCATGGCAGCGCCCCTCCCTATGAGCAACCATACACGTGAGCGCGTGACGGTGGCCAAACTCACGCTGGAGCACTTCTACAGCACCCTGCTCACCCAGCATGAGGAGCGTGAGATGAGGTGAGCATGTCAAAACCGGCTCACTACACCTGCATCCTCAAACCATATTACTAaaaggggtagttcactca s fr1.chrUn 255204355 219 + 349519338 TGTTCCAGGATAGCATGGCCATGACGGGGGGGACGGCAGCGGCCCTTCCCATGAGCAACCACACCAGAGAGAGGGTGACGGTGGCCAAGCTCACCCTGGAGAACTTCTACAGCACCCTGCTAACCCAGCACGAGGAGCGAGAGATGAGGTGAGTCTGCCCCAGTGGTGCAACGCTGCTCACTTCCTCATACAGCTGCTCAAAAGAGGGAAATAAACACA a score=4114 s danRer3.chr4 30716453 236 + 33808418 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CTTTAGGTGCGGCTTGTTCAGAAAAAAGACACGGGTCACATTTATGCCATGAAGATCCTCAGAAAAGCAGACATGCTAGAAAAAGAGCAGGTATGGACTTACATTCTTTCAATTCTATTTAAATCAGCAGCTTCAGAC---ACAGTCGCCCGTTGTCATAGCAATCCACTGATAACATCTCCTCTCACCTGTGTGCCTCCCTGTGGCAGGTGGCTCATATCCGCGCCGAGAGAGATATCCTGGTAGAGGCCGATGGCGCCTGGGTAGTAAAGATGTTCTACAGCTTTCAAGATAAACGCAATCTGTACCTCATCATGGAGTTTCTGCCTGGAGGTGAGGACAAATGTACAAAATGTCACATGGTATTTACTGATGTAACCTTGCGGGATTTAGAACTGGAAAAGTACTAACGGCAGTGGAAAGTCCTATTTTTAGAGCAGCTCCCCAGAGGCCGTAACTCTTGAGTGTGTGTTCAGGAGATATGATGACTCTGCTGATGAAGAAAGACACGCTGTCGGAAGAAGCCACGCAGTTTTATATCGCAGAGACGGTTTTGGCTATTGACTCCATTCACCAGCTGGGCTTCATTCACCGAGACATCAAACCTGACAACCTGCTGCTGGACTCACGGGTGGGAATTCGCCTTTATCTCTGATGTTTGCTCACACACACACACAAACAAATAACATGGACCGTATGTTCAAAGA-------AGATGAATGGGGTTGGGGAAGGCTTTTGTAGTCTATGAAACTGAATGCGTCATGACAGATTGTGTCTTTATGTTCTGTAGGGTCACGTCAAACTGTCTGACTTTGGCCTCTGCACAGGTTTGAAGAAGGCCCATCGGACTGAATTTTACAGGAATCTCACACACAACCCTCCCAGTGACTTCTGTGAGT s fr1.chrUn 255205718 726 + 349519338 CTTCAGGTCCGTCTGGTGCAGAAGAAAGACACGGGTCACATTTATGCCATGAAGATCCTTCGAAAAGCTGACATGTTGGAGAAGGAGCAGGTACAGGT------------------------GTCACGGGCTCCAGGGTGGGGAGTGGACCG--GGCCGACCCATCCAC-----------CTGCTCCTCTGTCTGC-----------AGGTGGCTCACATTCGAGCGGAACGCGACATCCTGGTGGAGGCGGACAGCGCCTGGGTGGTCAAGATGTTCTACAGCTTTCAGGACAAGAGGAACCTTTACCTGATCATGGAGTTCCTGCCTGGAGGTTGG-----------------------------TCCTGATG-----------------GAGCGGCGGAGGTGAAGGCGGAGGTGAAA----------------------CCCAGGCGTTGT-----------GTTTCTGCAGGCGACATGATGACGCTGCTGATGAAGAAGGACACGCTGTCTGAGGAGGCCACCCAGTTCTACATCGCAGAGACCGTGTTGGCCATCGACTCCATCCACCAGCTGGGCTTCATCCACAGGGACATCAAACCAGACAACCTGCTGCTGGACTCCAGGGTGAGA---CGCCTGTGAACACGCTGCttctcca--------------------------gctgtttctccagatgtttctccagatgttt--------------ctccagatgtttctccagCTCCCCCCATGACCACCGTCCGTGTGCT-------CGCAGGGTCACGTGAAGCTGTCCGACTTCGGCCTGTGCACGGGCCTGAAGAAAGCTCATCGCACGGAGTTCTACAGGAACCTGACCCACAACCCCCCCAGTGACTTCTGTGAGT a score=-508 s danRer3.chr4 30721318 198 + 33808418 gctttggatggaaacacag------ctaTTGACAAATGTATTATTCAAAAAGCTTTTCTTTTTACAGTCATTGTGGGGTAACAAAAATAGGATTAACAATT------------AAAAATAGGGGCAGAATGTGGGAAAGT-TAATAATTTGAAACCTACTTTAC-----------TATGTATATCCTCACGAAGAATCACAAGAAGTTATTGTCAACACCTGTCACGG s fr1.chrUn 104581649 216 - 349519338 GATTTAGATGTAAACACATGGTGGCCTAATGCCACAATTACCGTCAAATCGTTTTGTACTTTTTGAGTAATCATT---TTATATAGAAATAATGCGTAATTTGGTGTTTCCATACAAATCTGAGTTCTCTATGTTAAAGTCTAATAAAATACAATC-ATTTTACGTCTTAGGAAGTATGATCATCCTCGTAACTTGTCTT------TTCTTGCCCTCTCCTGTA--GG a score=359 s danRer3.chr4 30721516 97 + 33808418 ATCATTTCAGTTTTTATTTAATATTATAAGTGGACTTGTAGGAATACTTTAAATGATAAATAATAAAAATGGCCCAAATTAACCATATTTGCTCTGT s fr1.chrUn 38076246 85 + 349519338 ATTCTTTTAGATTTAACTTGATATAACCACAG----TCTGAAAATA--------GAACAAGGAGAACAATGTATGTGGTTTGTTACTTCTGATCTGT a score=5216 s danRer3.chr4 30721613 80 + 33808418 TTTATCTTCTGTTAGCCTTTCAAAACATGAATTCAAAGCGGAAAGCAGAAACATGGAAGAAGAACCGAAGGCAGCTGGTA s fr1.chrUn 255206536 78 + 349519338 TTCATCTTCA--CAGCTTTTCAGAACATGAACTCCAAGAGGAAAGCAGAGACCTGGAAGAAGAACCGGAGGCAGCTGGTA a score=-3133 s danRer3.chr4 30721693 71 + 33808418 G--------------------------------------------------------GAAATTTTTCCCTT------------------------ATTTTTAA-------------------------------------CAGAACAGAAAATTTTAGGTATTACTAGTGACTTAATTTCTCTCATAT s fr1.chrUn 38076414 187 + 349519338 ATCTTGAATACACATCTACACTCCTTCAGCCTTTTCACAACTCACTCGCTGACTTTTGGGGTTATTCTCTTTCTATGCAAGTAGTAGTAACAGCTCCTTTTAAAGTAGATGATGAAGTAGATGAAATTTAGCCTTGAGACCTGAACAGAACACTCT-GATCTAGCTTGGTAAAAAGGTTCTCTCCTTT a score=21028 s danRer3.chr4 30721764 920 + 33808418 TCAGGCATATTCAACAGTCGGTACGCCAGACTATATCGCCCCTGAGGTCTTTATGCAGACAGGCTACAATAAGCTGTGTGACTGGTGGTCTCTTGGAGTCATAATGTATGAAATGTTGATAGGTTAGTAATTTGAGATACGAAACACTAAGTGGACGGGTTCATATCAGGCCAGACTCTTTCTGTAAAAGCCTTTTACTGTAGCCCTTTCCTGCACTAAAACAGGTGTTTGTTTGGTCTTCCTGTTTCAGGCTACCCACCTTTCTGTTCCGAGACGCCACAGGAAACCTACAGGAAGGTCATGAACTGGCGAGAAACACTAACTTTCCCTCCTGAAGTCCCCATTTCAGAGAGAGCCAAGGAATTGATCCTTAGGTCAGAGATTCTTCTATATCTGTAACAAAAACCATATTGAAGAATGATGTCATTGTATCTTAAAAACCAAACAATGCCTCATTAAAATGATTGTTCCCTCAAGTATAGAGTATCACTGATTTCAAAAACATTTGAAATCAAATCTAACCAAACTGTATGGTGATGTTTTCAGGTATTGCACAGATGCAGAAAACCGGATTGGATCAGGAAGTGTGGATGAAATCAAATCTCATCCCTTTTTTGAGTCTGTAGACTGGGAGCATATCAGGTATTTATGTGCACACATTTTTCCTTTGTTTTTTTTACGTCATCACAGTGTTGTCTAGAGCTGCAAAATGACTCTGAATGTTTATGTTGGCGGGATTAATGTAATCAAGCTTTTTGATTGTGTGATCATAGAGAAGCAGTGTTTGAAGTTGATAATTGGAACTGAACTGTTTCCCTTCTCACAGAGAGAGACCTGCTGCTATTTCCATAGACATCAAGAGCATTGACGATACGTCCAACTTTGATGACTTTCCAGAGTCAGACATTCTGCAGCCAGGT s fr1.chrUn 255207367 671 + 349519338 tcAGGCGTACTCCACGGTGGGGACCCCGGACTACATCGCTCCTGAAGTCTTCATGCAGACAGGATACAACAAGCTGTGTGACTGGTGGTCTTTGGGGGTCATCATGTATGAAATGCTGATCGGTAAGAAGGTT--------------TCAGT---CCGGTTCCT----GGTCCAGTTCCTCATGGAGGAGACT--------------------CACCGA-------------CTGGTTTC-----TTTAGGTTACCCACCGTTCTGCTCCGAGACGCCACAGGAGACGTACCGGAAGGTGATGAACTGGAAGGAGACGCTGGTCTTCCCCCCTGAAGTCCCCATCTCAGAGAGGGCCAAAGACCTCATACTAAGGT---------------------------------------GGGTGGGGACGTGG----TCAAGGACC-AGCAGCACCACA-----------------------GAAGGGCCTGACTCTCTTC----------------------------------------TGGGTTCAGGTACTGCACCGACGCTGAGAACCGGATCGGAGCCGCCAATGTGGAGGAGATCAAGAGCCACCAGTTTTTTGAGTCGGTGGACTGGGAACACATCAGGTACTGGAG------------------------------------------------GGGCTGGGATCAGGGCCTG---GTTTCT-------------ATGGAAACATGCTGTCTGAAGGTTTGA----GTGGCGCCGGTGTCAGCAG---------------GAATCTTCTCCCCCCCCCCAGGGAACGGCCCGCGGCCATCTCCATCGAGATCAAGAGCATCGACGACACGTCCAACTTTGACGACTTCCCAGAGTCCGACATCCTTCAGCCAGGT a score=9294 s danRer3.chr4 30724288 177 + 33808418 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CTATATTAATCATCGTTTTAACTGTCATATGAACTACTAATAATAATTATATAATTTCACTATCGTTTTGATTGTACTGTAGTCTA--TATATGAGCATGCACGAGTTATGCACTGTGTTTAAT-------GTGTGCAG-GTGTTCTTGAGC--------CTCGAATTCTGAGTGTGGAGAGAGATGGAGGAGTCGTGTACTCATGGAGAGTAAGTTTGACTTTAGTTTGTGTGTCTC----------TTTAATTTGACAGGTCAT s fr1.chrUn 162468769 249 - 349519338 CTAGATTGATAAGTTTTATTATTTTGATATTAAGTTTCAGTACCAGATGT---------------TTCTCCGTGTATTGCGTCATAACTATTTAATAAAACACTTATGTTGTATTTTCCATAATTGGTGTTGTCTGCAGAGTACTTTGGAGCGGTGGACGCTTGTTTTCTCAACATCGAGCGAGATGGAGGCATTCTTTTCTCCTGGAAAGTGAGTTT--TTTTACCCCTTATTTCCCAACATCTTTTTTTTTTTCTGCGGGTCAT a score=5449 s danRer3.chr4 30728633 305 + 33808418 ATTTCCCAATCCTTGTTT---AGGGGGCAACAGGAACTACAAGAATTGGGAAATATGATCCTCACAGTACAGAGAATAAGGTACAGATATACTATTACAGCTATAAATGATTATAAACTAAAAATAGATCTATGGTGTCAAATGAATACTTGAAATGGTGCATTAAATTGTGTGAAGTGAACTGAACTAAAGAAGATACTGTTAACAAACCATGTGCCCTCTTGTGTTCACAGCTCCTCTACACATTTGACAAGCAAGTGTGTGTCAGCAGCTGCTCTTTAAATAAAGAAGAAACACTACTGGGTAAG s fr1.chrUn 162469460 222 - 349519338 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TGCAGATGTGGACCTCTACCACGTTCTGCTGGCGAGACAGGAAGGCTACAGAGTGGTGAG----------TTGGGCCGGCAAGATTTG--------CATTCCCAACCGGGGGCGTGA-----GCGCGTCTCCGTCAACCAGGTGGTGTCCAACCCCGAGCGCCTGTCCAGGACCGCCGAGAGGGTCGTGGAGGACTTCTGCTGGATCCAGTGGGACGGACACACGCAGAGGATCTACTACCTGACCCGGCAGG a score=2849 s danRer3.chr4 30733097 93 + 33808418 CGTGTACAGGTTTGTTAACTTTGGGTATGATCACTATCA-------AGACTTGGAGGACGAGGGTCTCAGGTTAGAAGTGTTCACCAGCCCAACAGGCAA s fr1.chrUn 162470838 99 - 349519338 CGCGTTCAGGTTCATCAACCTGGGCTTCGACCGCTTCCACGCCGACAGACCCGGGTG-CGATCTGGTCAGGATGGAAGTGTTCACCAGCAGAATAGGTAA a score=5775 s danRer3.chr4 30733570 500 + 33808418 AGGAACCATGTGTGTGTGCTACAGCCATCCAGTGCGCTGGCATAAGGACGCCACATATACTATTGCATTTGTGCACCAAGGTACAAAACATTATGCCCTGATTCACATATTGATACAGATATTATATGAAGGATTAAACTGACTCTCTC--TCTCTT---TCTCTTTCTCTGATAGGCTGCAGTAAGACATTCACTGTATCTCTAGAGCAAGGCTCTGCACCAGCAAATTTCCCAACTG-TCCGTCCTATCTTCATTCATCTGGGTC-AGTATAGCCATAATCTCTTACTCAACCCAGACAAATCCATTTAACCCAGTTTAAATTTCTCACATATATTAAGAAAATGGAAAGTCATTCAAATTGAAATTCAGCTGAAAGGTAATTTTCTCATTTATTTGTTTCAGATTATTATATAGTGGTGTACATGCCTGATCAGTTCCTGCACTTAATCAACTGCAGACAACAGGACCTTCTCTGCTACAGTCTTTTCCTGTCAGGTAAGGCCT s fr1.chrUn 162471222 413 - 349519338 AGGAAGCATGTGCGTGTGCTACAGCCAGCCGCGGCCGGACGACCCGGAACTGACGTACACGGTGGTCCTGGTTCACAAAGGTGCGCCGGGTTGGGTCTGGA---------------ACACCTTATATGGCGGATGAATCCGTCCCTTTCAGCCTCTTCACTCCCTCTTTCCTTCAGACTGCAGCAAGACATTCAGAGTGCGTCTGGA-------CCGGAACCAGCTGACAACCAGGCAGCTCCATCCGGTCTTCATCCCCACAGGTCTcacacacacacacacacacacGTTACCACGGCGACCGTGTCTGATCC------------------------------------GTGACCCTGAT------------------------------------GCTGCAGGTTACTACATCCTGGTGTACCTGCAGGGACACTTCCTCCATTGTGTCAACACCAGGCAGCAGGAGATGCTCTGCCACTCCCTCTTCCTCTCAGGTAAGCTCT a score=2600 s danRer3.chr4 30734874 88 + 33808418 GTCTGGCAACCGGCTGCTTGATGTCCAAGCTGGCAGGATATACAACATGGATCTCAACCCAGACTTCCTGCTTGAGCTTCTGAGTTCA s fr1.chrUn 162471770 88 - 349519338 GTCTGTCTGCCGCCTGCTGGACCTGAACGGCGGGAGGATCCACGCCGCTGAGGTCAACCCCGAGTTCCTGCTGCAGATCCTGCGGTCG a score=3200 s danRer3.chr4 30734962 90 + 33808418 GGCAGACCTGAAGCCCAGCAGCTGGCGGCTCTGCACTGCATGCTGGTTTACCTGCAGCCAAATCCTGTGCTAGAGCTCAAGGTGAGAAAA s fr1.chrUn 162471960 90 - 349519338 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ATGTCTGCATCTCCTCTGGAGGCTATCACACGCTGTTAGCCGTGTTCGCTGTGCGCTGCCTCCCACATCACACCTTCCTACAGTACATTGACCACGGCGTCCTGCAGCTGACTGAGACATTTGTGTCCCGGCTGATGACAGGTAC a score=3213 s danRer3.chr4 30742632 70 + 33808418 TGCCAGATTTAGATAACAGTGATGCCAATGAGCAGCTGAAGTTCAGTATCCTGAAAAGACTTCCTGAGGT s fr1.chrUn 162481332 70 - 349519338 TTCTAGATCTGGACAACAGCGCCGTCAACGAACGACTCAAGTTCAGCGTTCTCAAGAGGCTCCCTCTGGT a score=2177 s danRer3.chr4 30749590 112 + 33808418 TAGCATATAGATAAGAAAGTGAGCCAACGGTGGGATCATCCCATAACCTCTGCAAGCATCTCCAGAGAATACATCGGGTCATTGCTGGACAAACACTCAGAGAGCAAGGTGA s fr1.chrUn 162482654 112 - 349519338 tAGGCTATGGAGCGGGGGATCTACCGTACATGGGACCATCCCATCAGTTCAGCTTCAATTTCCCGGAGTTATGTCAGAACCGTGCTGGAAAAACACAGCAAAACCAGGGTAA a score=4164 s danRer3.chr4 30750062 412 + 33808418 GGAAATGCTCAAATGTTTACCAGCCA--AACACGTGATCTTTTTTTT-----------AGGACTCTGCACTTTTGGACTACAGCAAGTCAAGTTTCTATCCTGATTTTCTACCTCTGAACTACCTCGCCAAGGTTCTCTCCAATAGGGAGGAACAAGGTATGTGGTATGAGAGATGAAGTCATTCATAAACTATGTTCTGTGATATTAAATGTTGTCCATTAAAGTAAGGTAATGATATTGTTGGTGTTTTATTTCAGCTCAGAACCCTTTCGAAGAGCAGGAGAATGTAGATGTCAGATTTGTGGAAGAAACAGCCCTAAAGCAGACACTGATCAAACTGGGCTTTGAGGTCAAGTAAAAACAGCCCAGTACAAACTAAAAAAGTAGTTTAAAGGGAAACTTTGAGGAAAAATTATAGAGGAAA s fr1.chrUn 162483216 381 - 349519338 GGAAGAGCGTAAAAATATTCCAGTAATGAATAATTTAGCTCTTCTTTCCTGCCTCTTCAGGGATTCGCGCTGACCGGCAAAGACGATTCAGGC----AGATCGGAGTTCTGCCTCTTG-CTACCTGGCCAAGCTGCTGTCTGACATAGAACAACAAGGTA-GTG----------------CATGTACGTGCGCGTGTTTGTG-----------CGCCCCCCGCAGCCTCGCTCAGCTGCTCTTATGGTTTTCTTCCAGCTCTGAACCCTTTCGAGGAGCACGTGGACGCGGA------GTTTGTGCAGGAGACGGCGCTCAAGCAGACGCTCGTCCTGCTGGGTCTGGAGGAAAAATGAAGAGA-CCCAGCA-GGGCGGAGGACGGA---TGGACGGAGCTTTGGGGGACGAGTGATGGATGCAA a score=9809 s danRer3.chr4 30751483 223 + 33808418 TCTAGATCTCAATAGGCTTGATTTTTGGTTTGCGAATGTGGCGAATGTTGGCACCGGGTTCAGTGGGTTTAAAGGGGGCCAGGGCTCCATAGTGTTTGGGCACTGGCAAAGGATCGTCAATGGGGATGTAAGCATTGGGTCGAAGTTCAGCCGTGGTGTAAACACCATTTGGAAGCTGGTTCCACTCGTCTTCCTCTGCCAGCTAACAAACAATCACAGAAAT s fr1.chrUn 162485943 222 - 349519338 TCTACATCTCTACAGATTTCAGCGCTGGTTTGCGGATGTGTCTGATGTTGGCTCCTGCCTGGGAGGGTCTGAAGGGGGCCTGAGCTCCGTAAGGTCTGGGCAGAGGGAGCAGATCCGTCTGGGGGATGTAGGCGTTGGGCCGAGGCTCGGCTGTGGTGTAATCGCCATCAGGCAACTGGTTCCACTCATCCTCCTCCACCATCT-GCACACACGCACACAACT a score=3519 s danRer3.chr4 30753186 169 + 33808418 TCCAGCTGCAGTTCCTTTTCCTTCATCTCCTGCTGCAGGCCCATACACTCGGCTTTCCGCATGGACAGCTCTGCTACCACCGCCATCATTTTACGGCTGCGCTTTCTGATCTGAGCCTGCAGTTCATTCACCTAAAAGAA-AAACACGTCCTAAATGATTATGCTTCAAA s fr1.chrUn 162488572 170 - 349519338 TCTAACTGGTGCTCCTTCTCTTTAATCTCCTGCTGGAGAGACAGAGTCGTGGCTTGTTTGATGGAGAATTCAGCAGCGAGCACCATCAATCGGTGGTTGGTGTCCATTATGTTGGTTCGGACTTCGTTTAACTGGAGAAACACACACACACGAGAGGATTACTCAGCAAA a score=777 s danRer3.chr4 30754785 495 + 33808418 TACCTGTTCAATCTTCTCAATGAGCTCCTCAGGAGATGGATCTTCTCCATTCAGGTTTCTTGCTCTGTTATCGTCCACACAAGCCTCTTCCAGCT--CAGACACTCTGTCATTTATCTCAGACAACTATGACACAGAAAAACAGCCACACCATCAGGACACAATTAAAACAGTGGACTCATTTAAAACCCTTTGTTTCATTACACATGCACAGTCCGTACACAGCAAAACAGATGTATTTTCTGTCTTATTTATGACTGGTTA-GACAGCGTCAAGCTGGCGGCAGATGTGTCACTGTGCTTGTCACAAAACAGAGAAATCATCTGGTG--CCAACATGAGAAGAGATTCTTGTTTTGTTGTGCTCATTTGAGAGAGCAATGATTTGAATTGTCTCCACAAACAACATAAAACC------AACTTAAATCGATCAAGAATTGCTGTATGTTGCTTGTCTTAATTATGTG-------CTAAATAAATCATGATGTAAAAATGTCTTAGGTTAAA s fr1.chrUn 162489672 396 - 349519338 TACCTGTTCAATCTTGTGAAGCAGTTCAACACTTGAGGGGTCTTTTCCTTTCAG------TTCTTTGTAATCG-----GCGGGTTGATTCAGGCTTGCGAAGGTCTTGTCCAGGGCTTCAGCCAGCT--------GAAAAAAACCC---CCAGAAGGGTGAAA-----------------------------TGTGTTATTTCGTATAC-TTGAGTGCACTCAGCAAA------------------------------GGTCATGACAACATCGAACC-------AATAAGTTTCTGTTAAGGTGA-AGGATGAAGAAATGTTCCGATGGAACAAGAGGAGCAAAAGTGCTTGCACTATT-----------------------TATGGAGCATTTACATACACAATATTAAGATTTAGAGAGTTTAAATCAAC--AGTTTTCCAGCTTATTGCAT-TATTAATTATATAGTTTTTTTTAAACAAATC-CAATGCCTATATTTTTAAGGGTAAA a score=1387 s danRer3.chr4 30756178 413 + 33808418 CTTCTCTGTGTGTGGGTATGTGTGGCACTTTAGAAGGCATTAAATCTAACCTTTACTTGCATTCCACTGTGTTTGTTTGCTCTGTTAGAGATTGTATTG-TTGGCACTTGATTCACATATTTGTGTGCATCTGATGCAATTTTTTTAACAGATAAATGTTTCACAGTGGTTTCAAAATTGTGATCCAGGTACCTGTATCTGTAATAAGACACGCTCTTCCTCCAGAGCTAGTTTGTTTGACAACTGCTTTTTGTGCAGATCATTCTGTCTTTCTTCTTCTTTCTGTT--CCATTTTCAAGTTTCTGATTTCATCTTCCATGTCATACATCTCCAAGTTGCTGTTTTCAGTCATTTTCACCAGTACACCAAGCTTCTCATTGAAAATACGCCATTCCTTCTCTCTTTCTGCAAGCTG s fr1.chrUn 162493300 396 - 349519338 CTACTCTGTGTCTCTGACTATCTG----TTCAGCTGGGTTTAATCCAGATGTTTGTGTCCTTTTTACGCTGTTTGAGAACA-----AAAGCCGATACTAATTAAAGCAAAAATGACGTGTGGACAAACATCGAACCTGATCTGAGCATCAG-CAAATGTCTGGGTGTGTCT--------GTTCTCCCCCCACCTCGATCTGCAGCGTGGCGATCTCCCCTTCCAACCATTTCTCCTGGAGCACTTCCTTCTTCCTCAGGTCTATCTGTC--TCTTCTCCTTTCTGATCGCCAGCCGCAGGTCTCTCGCCTCCTTCTCCGCTGTCTCCAGCTCCATGTTGCGCTCAGCAATGGCCGCGTCCCGGGCGCTCAGCTCGTTGGTGTAGCTCAACAACACCTCCTCCTGCTCCAGGAGCTG a score=2296 s danRer3.chr4 30757666 159 + 33808418 ACTTGTCTTTGCTGATAGCAGTGGACTGCAGTGTCTTTAGGTTTTCTTCCAGTTTAGCCAGCTTCTCCTGCACCAATGCCAGGTTTTGGTCTGAGATTTGAATTAAGCTCAGGTACTTGTTCCGCTTAGACTTGGTGACTTCATACAGCTTAGCAAACA s fr1.chrUn 162494152 154 - 349519338 ACCGGTCTTTGCTGACGACGAGGGAACGCTGGATCTCTGCCTCGTTTTCCTGCACCTTCAGCTGCTCTTTCAGCTCGGAGACGGTCTGAACCGTCATCTGCTTCAGCCTGACGTACTTGTTCTTTT-----CTTCTGTCACCATGTTGCTCAGCTTACA a score=-1001 s danRer3.chr4 30760644 322 + 33808418 TCCCTATAAAACACACAGGTGATTAGTGAAATATTAATAGTTTTTGTG--TACCTTCACTAAATTACCACATACGATTTCTTGTGGGCAACCCTGTCGACCTCTTTTCTCAGTTGAACAGGTATGAGGAGCACCTGAGCCAGCTCAGCCTGGTGAAAGACATTGTTAACATATGAACTCCACATCCAGCTTACAGGCGAATATTGCCGCTTA---ACAGG--TCTTGATTACCTCATTGCTCTCAACACGATTTTTTAAATCCTCCAGTTCAAGTTGTTCTTTCTTGATATGTTTCTGTTGAGTCTCCATGCTCT-----CAGTTAGAGTCCTC s fr1.chrUn 162497763 276 - 349519338 TCCCCATAAAAT---TAGGAAATCACTCACATGCTAGTTGATATGAAGGTTATAAGGGCTTAAATAC-ACTTACTCCTTTTTAAAGTGTTTCCTTTGAGCCTCCTTTAAAATCTGGTCAGGTACACAGATGAGTTGGGCTTTCTCAGCCTTGTTATCG--------Aacacacgcacgc--------acgcacacgcacacacatacacatacacacaGGATTTGTGAGTATATTGATGGT------------------ATGCTGTAGGCCA--------------------TCTCTGCTCATGCACCAACCTCCTTGAGCAGTACGATCTCTC a score=2741 s danRer3.chr4 30760966 89 + 33808418 ACCTCCTGTCTAAGCTTAAGAACCTCTTTCCTCACCTCCTCACAACTGTTCTTCAGGGTCGCATACCTGCTTTCTAGCTCCTGCATGAG s fr1.chrUn 162498275 89 - 349519338 ACTTCCAGTTGTCTCTGGGCAACTTCTCTCCTCAGATCTTCATGTTTGTCCCGCAGGGCCTTCGCTCTGCTCTCCAGCTCCTGGAAGAG a score=2603 s danRer3.chr4 30762263 103 + 33808418 ATACTTACAGCCTGTTTAGGTTGATCCTGGTATTCTTTCTCAAGATAGAGCTTTTCCTCTTTAAGACT----AAAAAGCAGAAATGAAATTCTGTAAAAAAAAAACA s fr1.chrUn 162499094 106 - 349519338 AGACTTACTGATGGTTTTAGCTGGAGCTGACTCTCTTTCTCCAGACTCAGTTTTTCTTCCTGGAGACTGTGCAGACAGC-GGGGTGGGATTCAAAAAAGAGAAAAAA a score=3375 s danRer3.chr4 30764459 261 + 33808418 CAGAGCATCTCACCACTCAAGCTGAAATTGCATCTGATAATCTCTTTCTTCGTCCTCCTTCAGTTGGTTGTAGTACTGCAGGAGTGTCTGCTTCAGTCTGCTGACCTCTGTGTCTGGTCCCTCAGGAAAAAGTTCAGCATTCTC--CAGCTCCTGCCT----------TTGCTGCTCTAATGTCATGCGCAAGGTCTTCGCCTCCAGGAGCAATTGCATTTCAGAGTCCTGAGAACTTCTCAGAGTTTCATTTAAGAGGTTGAAACTGGCTTT s fr1.chrUn 162501267 256 - 349519338 CACAGAAACAAACCATTTCAGCTTGTGTTGTGTTTCGTAATCTCTGTCCTCAGCAGCTTTTAGTTCGTCGTAGGTGCCCAGGAGCTGCCGCCTCAGGTGGGTGACCTCGCTTTCGGGGTCCTCTGGG------TCGCCCTGCTCCTCCGCCCCCGCCTCCCCGGCCCGTAGCCTCTCCAGCTCAGCGCGGCATCCCTTGGCTTCTTCCAGAAGCCGTGTCTCGGAATCTCGGGTGCTGTTGAT-----------GGAAGTTGAAATTATTTCT a score=6800 s danRer3.chr4 30766635 452 + 33808418 ATTATGCAATGCACTGCTGCCCCACCCActctctct-------------ctctctctctctAGTG---ATATTAATGGCAAAGCTGTTGCACTTTGAGGCAGTTCCCTCCTGTTCTCT-----------------------------------------CTTTCTGTTTGGATCACTG--------TAGACTCTGAGATCATGAAACTGG-------TGTATGTGTGCT-------------------------------------GTTCTCTGCTGATAGCCATCTGG---------------CAGGAGGTAGAGGCTTCTGGCAGTGGCCCGTCTGGGGTTGTGGACAG------------GGCACCTGGAGCTTCCAGCTG------CTCCCAGGTAAGACTGAGGCCAGCTGGGAAGTGTGAG------------------GATGAGGAGGAGTGCCCATATCAGATCACAATGCCACCGCTGACTATCCAGCTTCCCAAACAATTCCGACTACTAGAGAAGACCGTGAAGGAACTGCAAAGCTTGAAGGAGACAGTAAACAGGTTGAAGAGCTCCTGTCTGGAGTGCAGC----TTGAAACAAGTGGACCT s fr1.chrUn 162504578 613 - 349519338 ATTACGCAATAAA--GCTGCCCCTCCC-CTTTCTCTAACTCAACACCCCCCCTCTCTCTCCCGTGCAGATATTAATGACACAGCTATCTGAGGCAGCAGCACTTCCCCTGCGCTCTCTTCCTCCTGCAGGCTGCGCTCAAACATACGCTCTACTCACAACCTGCTGCTGTGGCCACGGGGACGCGTTTGTTTTTGAGTTCAAGGCACAGAGGCTAATCGTATCTAGACTACAGATCTCAGAAAGATGAGGACAGTTTTCCTCGCCAGTCTCCTGCTCACAGCCGCCTTGGTGACGCGCGCCAGCCGGGTGGTGGACTTACCCAACTCGCACCAGAGGTGGGACGCGAAGGGACCGTACTCTTTGGGATCTGACTCTGGCAGCCAGACCGCCTGCCCCATCAAGATGAGACCGTCTGGTCAGTGCGGGAGCTCCGGCGCCGGGGCAGAGGATGAGGACTGCCCTTACCAGCTCACTCTGCCTCCCCTCACCATCCAGCTGCCCAAACAGTTTAGGCTGCTGGAGAAGACGATGAAGGAGCTCCAGAGCCTGAAGGAGGTGGTCAACAAGCTGAAGAGCGGGTGCCAGGACTGCCGCGGCGCTCAGACCAACGGACCT a score=7542 s danRer3.chr4 30767204 214 + 33808418 GCAGGTGAAGATGAACCGCATGTCTAGCAGCCTGAAAAATGCACGTGCACAGATTAACTCCCTTCAGGGCCGCCTAGAGGAGCTTAACCTCCTCAATCTGCAAAACGTAGAGAATATAGTGGACAGAAAAGTTGAGAACATCACTGGGATGGTCAATAAAATCAGCAGCACCTG---CACTTCATGTCCTGGTCAACAACTACAACTTCAACGTAAG s fr1.chrUn 162506013 214 - 349519338 GCAGGTTAAGATGAACCGGATGTCCATCAGCCTGCGCAACGCCAGGAGCCAGATCTCGGTTCTGCAGGGTCGTCTGGAGGGCCTCAACCTGCTCAACATGGACAATGTCCAGGCTATGGTCAACAGGCAGGTGGAAAACATCACTGGCGTGGTGAATAAACTCAGCTCCACCTGCAACACGGCGTG-CCCGGCGAAGAACATC--CCTCAATGTAAG a score=9458 s danRer3.chr4 30768148 237 + 33808418 CTCTCTACACAGACCTCACAAACAT---CCCTCCAAGAGACTGCTCAGACATCAGCATGCTGGGGCAAAGGATAAACAAGGTGTACCAGGTGACTCCTGATCCCAGGAATGGCAGCTTTGCGGTTTACTGTGACATGGAGTCATTTGGAGGTGGGTGGACCGTCATACAACATCGAATAAACGGCAGCGTGAGCTTCAACCGCACCTGGGCTGACTACAAGAAGGGCTTCGGGAACCTTA s fr1.chrUn 162509228 240 - 349519338 CGCTCTCCCTGTTTTTCCCAGACATGGTTGCCCCGCGGGACTGCTCCGACTACAACGTTCTGGAGACGAAGAAGAATGGCGTGTACCGCGTCACCCCTGACCCACGCAACAGAACGTTCGAGGTCTTCTGCGACATGGAGTCCTTTGGTGGAGGGTGGACCGTCATACAGCAGAGGCTCGATGGGTCCGTCAGCTTCAACCGCACCTGGGCCGAATATAAGAAAGGCTTCGGAAGCCTGA a score=23454 s danRer3.chr4 30768388 487 + 33808418 GTGAATTCTGGCTTGGTAATGATAAAATCCACCTGCTCACCAAAGCCAAGGACATGATCCTACGCATTGAGCTGGAAGACTCAGAGGGCACACGTGGATATGCCAAATATGATCAGTTCTATGTGTCCAATGAGTTCCTTCATTATCGGCTGTCTGTGAGCGGGTATTCG------------------------------------------------------------------------GGGACAGCTGGAAACGCTTTGCAGTTTAGCAAACACTTCAACCATGATCAGAAGTTCTTCACTACGCCGGATAAAGATAACGACAGATACCCCTCAGGCAACTGTGGGGCGTATTATGGTTCGGGATGGTGGTTTGATGCCTGCATGTCAGCAAACCTTAATGGCAAATACTACAAAACAAAGTACAAAGGGAAAAGGGATGGGATTTTTTGGGGAACGTGGCCCAATGCGACTTCTGAGTACTATCCGACAAGCTTCAGGCAAGCTTATAAAAATGTTAAAATGATGATAAGGCCGAAGAACTATGCACCCTAAGG s fr1.chrUn 162510813 559 - 349519338 GTGAATTCTGGGTAGGCAACGACCATATCCACCTGCTGACCAAAGCCAAGGATATGATCCTGCGTATCGAGCTGGAGGACTTCGAAGGCGTCCGCGAGTACGCCAGATACGACCAGTTCTACGTGGCGAACGAGTTCCTGCGCTACCGGCTATCGGTCAGCGGATACAGGTACGGGGTCAGGGTCAAACATGGGAGAGTCGGAATGAGGGACACGCCTGTGCTAACCTGGTGTCATTGCAGCGGGACTGCCGGGAACGCCATCAACTTCAACAAGCACTTCAACCACGACCAGAAGTTCTTCTCCACGCCCGACCGTGACAACGACAACTACCCCTCTGGAAACTGCGGCGCCTACTACAGCTCCGGCTGGTGGTTCGACGCCTGCATGTCGGCCAACCTGAACGGGAAGTACTACCACAAGAGGTACAAGGGAGTCCGGAACGGGATCTTCTGGGGAACGTGGCACAACATGTCGACGGAGTACTACCCCACCAACTACAGGCAGGCCTTCAAAACCATCAAGATGATGATACGGCCCAAGAACTACGCTCCCTAGAG a score=1788 s danRer3.chr4 30769727 63 + 33808418 GTACAAAATGTACATTATTTATTTTGA---CAGTATGGGATGGTTTTTAAAGATTTTTATTTTTTA s fr1.chrUn 162514423 63 - 349519338 GTACAAAAT---CACTGTTTTTTCCAAGGCCACTTTGAGATGATTTGTTTTGATTATTATTTTTGA a score=1960 s danRer3.chr4 30778322 318 + 33808418 GATCTCACGAATGCTTTCCATTTTTCAAATAAACTCGTCTCAATTGTTGCCTCTCTCTACATTTTTAACTGTTTACAAACACTGGAATCATTCATTACTCTTGAAAAATAATGTTAATGTTCCGTTATCATCAATCATTTTAGTTTAATTGCTGCTTTTAGACACAACTTGGCTAG--AGTTTTTTTTTTTTTTGCTATCAACTTGAACTCAAGCAAAGAGTGATATACTGAAAGACAGATAGACAGACAGCTGTTAACAGAAAACCACAGTATACAATGGGTCATGCATTTTAGGTCAAACTCTGTAGGTCAAATGAAA s fr1.chrUn 287952251 274 - 349519338 GATCTCACCAATGCCCACCATTTGAGAAATGAATTTATCGAAGTCGCTGTCTTTTTCCCCATTAGTAAGTGTTTA--------------GTTCAGCGTTTT----AAATAA--------TTGCGTTACCAGGAATGA---TATTTAAAATAC--ATTTGGGAGTCAATGAGGCGGGAAAGTGCCTACATGTTTTGCTGATGAC----ACCCGGGCCA----------TTTAGAAGACATCAAAGTAGAGAGGAGGTAGCCCAGATGCATATTATA-AACTCATTATGTATATCATTTAAAAGGATGTACTCCAGCCGCAA a score=-314 s danRer3.chr4 30802330 377 + 33808418 ACCAGAGCTGAAAAAGGAGCCACACAAAACTGCACTTGTATTAGCCAGGAAGCGACTCAAGGTCTACCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTA-CAACTAAACCACCAATGCTGATATGGTT-TTACTGC---------------AGCCCTAGTGGGTTGTGATTGCTGCAAGGCTGTTACCCAGTGCTGGAAGAGTAGCAACCAAAATCAGAAGGTGCA-------TTGGCCCGGAAACGGACCTGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCAAGAATTCTACCACTGAACAACCAATGCTGACCCATGTTGTTCCTTGCCTTTGTGTTGTG----TGAGTGCTAAAAGGCCATCAACCAGAGCCA--------CTTAAAACCGC-ACAC-GTTTTAGCCGGGAATCGACTTTAGGTCTCCCGCA s fr1.chrUn 139167003 372 - 349519338 ACAATAAATAAGTGGGCAGCCTTGTAAAAAGGAACTCCCCGTCG--GGGAATCGAACCCCGGTCTTCCGCGTGACAGGCGGAGACACTGTCCACTATACTAACGAGGAAGTGATGGTTGTTGTTGCGTACCAAACAATAAAAGACGCAGTCCGTCATATTTTTTA-------ATCAATAAGTGTTTCCGCCGCGGCAATAAAGATCAAAAAGAACAACATCGTTTCGCCAGGAATCGAATCCGAGATTTTGGC-------------------------------CTATGCTGACGGAT-TTGACTCATGCTGCTATAAAATAATTTCCAACATGAAAAGGACAAAGAAAAGAAAGAAATTGTGTCTTATATCCTCCACACAGCTTCAG--GTCTATTAAGTTTGGGTTTGTAGTA a score=3242 s danRer3.chr4 30802707 36 + 33808418 TGGCAGGCGAGCATTCTACCACTGAACCACCAATGC s fr1.chrUn 45782520 36 - 349519338 TGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=1991 s danRer3.chr4 30802759 185 + 33808418 CAGCCCTAGTGGGGTGT-GATTGATTCAAAGCTGTTACCCAGAGCTG-GAAGAGTAGTAACACAAAATAGGAATTACATTGGCCAGGAATCGGACCCAGGTCTCCCGTGTGGCAGGCGAGAATTCTA-CCACTGAACCACCAA-----TGCTGACCAATGCTT--------------TTTCTTGCC-TTTGTGTTGTGTGAGTGCTAA s fr1.chrUn 139167428 203 - 349519338 AAGAACTTTTGGGATATTGAATTACTCTATAGTGT-----GTAGTTGCTGAAAATAGGCATAGGTAAAAAGAAACTCCCCGTCGGGGAATCGAACCCCGGTCTTCCGCGTGACAGGCGGAGATACTGTCCACTATACTAACGAGGACTCGCCGGCCAAAGATCAAGATTTACTAAGATTCCTTACCATTTACATTGTTTGTTCGGTAA a score=3453 s danRer3.chr4 30802944 273 + 33808418 AAGGCCGTCAA-------CCAGAGCTGAAACAGGAGCCACACAAAAACGCACTTG----TATTAGCCGGGGATCGCCTCAAGTTCTCCCGCATAGCAGGTAAGAAATCTAGCACTGAACCACCAATACAGATATGCTTATACTGCTCCCCTAGTGGGGTGTGATTG-----CTGCAAAGCTGTTACC-CAGAGCTGGAAGAGTAGCAACACAAAACAGGAATTGCATTGGCCGGGAATCGGACCTGGGTCTCCCACATGGCAGGCGAGAATTTCACCACTGAGCCACCAA s fr1.chrUn 31939726 262 - 349519338 GGGTCCGTCCAGCCACCACCAGGGCCCTTCCAGG--CCCCTCCAGGCCCCTCTTGATTTTCTAAGCCAGGA--CACCTCACCTGCAGTCAAACTACTGAAAGGAAA-CTGTCTTCAAA-----AGGACAGGT---------CAGCATCCCTGGAGAAGGACAAGGAAGAACCTTCAAAATGGCAGCCGCGGGGATTAAAGTG---------AAAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTTCCATTGAACCACCAA a score=2438 s danRer3.chr4 30804455 72 + 33808418 CTGTTGAGCAGAGGTGGTGGTGGCTTGAGCAGAAGTGGTGGAGGCTTGTGCAGAGGAGG-ATTGGGGTGGTCT s fr1.chrUn 171826338 73 - 349519338 CTGTTGTCAAAAGGTGGTGGTAGCTTGGCCCAAGGTGGTGGTAGCTCGGTCTAAGGTGGTGGTAGCTTGGTCT a score=3053 s danRer3.chr4 30804754 115 + 33808418 TGGTGCTGAGGAGGGTTGGGGTGGTCTTCCAGGGCCTGTTGACCAGAGGAGTTGGTGGCTTGTGCAGAGGTGGTGGTGGCTTGAGCAGAGGTGGTGGAGGCTTGTGCAGAGGAGG s fr1.chrUn 171826415 108 - 349519338 TGGTGGTAGCTCGGTCTAAGGTGGT-------GGTAGCCTGGCCCAAGGTGGTGGTAGCTCGGTCTAAGGTGGTGGTAGCTTGGTCTAAGGTGGTGGTAGCTCGGTCTAAGGTGG a score=5558 s danRer3.chr4 30808733 240 + 33808418 TCTTCCAGGGCCTGTTGACCAGAGGAGTTGGTGGCTTGTGCAGAGGTGGTGGAGGCTTGTGCAGAGGTGGTGGAGGCTTGTGCAGAGGAGGGTTAGGGTTGTCTTCTCTTTTTCAGGTG--GGCCTGTTGAGCAGAGGAAGTGGAGGCTTGTGCAGAGGAGGTGGTGACTTGTACAGAGGTTAAGACTG-TTGAGCAGAGGTGGTGGTGGCTTGAGCAGAGGTGGTGGAGGCTTGTGCAGAGG s fr1.chrUn 171826327 235 - 349519338 TTTTCACCGATCTGTTGTCAAAAGGTGGTGGTAGCTTGGCCCAAGGTGGTGGTAGCTCGGTCTAAGGTGGTGGTAGCTTGGTCTAAGGTGG--------TGGTAGCTCGGTCTAAGGTGGTGGTAGCCTGGCCCAAGGTGGTGGTAGCTCGGTCTAAGGTGGTGGTAGCTTGGTCTAAGGTGGTGGTAGCTCGGTCTAAGGTGGTGGTAGCTTGGCCCAAGGTGGTGGTAGTTTGGCCCAAgg a score=539 s danRer3.chr4 30811486 64 + 33808418 AAATGACAAGTCAAGCTCAGCAATGAAGGAGCACTGCAAGGATTAATGCAAGGCTGTTACCCAG s fr1.chrUn 55153864 58 - 349519338 AAAGGACAGGTCAGCATCCCTGGAGAAGGA------CAAGGAAGAACCTCAAAATGGCAGCCGC a score=4887 s danRer3.chr4 30811570 82 + 33808418 AAAACAGCAATTGTAATGGACGGGAATCGGACCACGGTCTTCTGTGTGGCAGGCAAGAAATCTACCACTGAAGCAACAATGC s fr1.chrUn 45782474 82 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=6756 s danRer3.chr4 30811729 82 + 33808418 AAAACAGGAATTGCATTGGCCGGGAATCGAATCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCTCCAATGC s fr1.chrUn 45782474 82 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=-16 s danRer3.chr4 30811848 213 + 33808418 CTAAAAGGCC-------------GTCAACCAGAGCTGAAAAAGGAACAACACA----------AAACTGCACTTGTATTAGGCGGGAAGCGACTCAATG-TCTACCGCGTGGCAGGCGAGAATTCT-ACAACTAAACCACCAATGCTGACATGGTTTTATTGCAGCCCTAGTGGAG-----TGTGATTGCTGCAAGGCTGTTACCCAGCGCTGGAAGAGTAGCAACCAAAATCAGAAGGTGCA s fr1.chrUn 139167631 220 - 349519338 CTGAAGTGTCGTTGGACGTTTTTGTCGTCAGAAGTTGCAAAAGACGCAGCCCGTCATATTTTCAACCAATAAGTGTTCCCGCCCGGTCTCGAACCGGGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACCGGGTGAGTGACAAT-CACCGCCAGTAGGGCTGGCTTTGATTGAT----------------------TAAACGTGGCAATAAAAATCAAAAGGAACA a score=2998 s danRer3.chr4 30812061 134 + 33808418 TTGGCCGGGAATTGGAGCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACGAACAATGCTGACCAATGTTGTTCCTTGCCTTTATGTTGTGTGAGTGCTAAAAGGCCATCAACTAGAGCTGCAACA s fr1.chrUn 45785216 118 - 349519338 TTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGCGGGGATCGAGAGTTGTTTAGCTAAACG---------GCCCTAAACCGTTTCCCATTCATTTTCAATGGTAGTGCTAAA-------CCACTACGGACGCAATA a score=3640 s danRer3.chr4 30812195 76 + 33808418 GGAGCCACTCAAAACAGCACATGTATTAGCCGGGAATCGACTCAAGGTCTCCGGCGTGGCAGGCGAAAATTCTACT s fr1.chrUn 45782464 76 - 349519338 GCTAAAAATGAAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACC a score=730 s danRer3.chr4 30812271 81 + 33808418 ACTGAACCACCAATGCTGATATGCTTATTCTGCAGCCCAAGTGGGGTGTGATTGATGCAAAGCTGTTACCCAGAACTGGAA s fr1.chrUn 28597849 70 - 349519338 ACTGAACCACCAATGCATAAAT-----------AGGCCAAAAAAACTGACATTTTTAAAGAAACTTTCCTTAATACTTAAC a score=6427 s danRer3.chr4 30812352 118 + 33808418 GAGAATTAACACAAAACAGGAATT-GCATTGGCCGGGAATCGGACCCAGGTCTCCCACATGGCAGGCGAGAATTCTACCACTAAACCACCAATGC-TGAAATGCTTATTCTACAGCCCTA s fr1.chrUn 55153922 120 - 349519338 GGGGATTAAAGTGAAAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTTCCATTGAACCACCAATGCTTGAAAAGCGTCCTTAAGAACCTCA a score=-1402 s danRer3.chr4 30812470 159 + 33808418 G-TGGGGTGTGATTGATGCAA------AGCTGTTACCCAGAACTGGAAGAGTA--------------GCTACACAAAACAGGAATTGTAATGATGGGAATTG----GACCAGGGTCTTCTGTGTGGCAGGCAAGAAATCTACCACTGAACTACAAATACTGATATGCTTATACTGCGCCC-----------CTAG s fr1.chrUn 186826219 192 + 349519338 GATTCAGAGCTAGCAGTGCAAGGATTCAGTTGGAAAAATAAGCTGGGTCAGTATGCGTCCCATTAGGGACAAGCAGAACAGTAAAGAAACTAGTGGAGAGTGAGGAAGCAAAAGGGATTTGGTTCACATGC---AGCTCTCTCAGAGAGCTACAAATCCAGATTAGGTTTGACCACAACTTCGTGTTTACACCAG a score=3243 s danRer3.chr4 30812629 132 + 33808418 TAGGGTGTGGTTGATGCAAGGCTGTTATCCAGAGCTGGAAGAGTAGCAACGCAAACTGTAATTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTTCCGCGTGGCAGGTGAGAAATCTACCACTGAACCACCAATG s fr1.chrUn 139170983 111 - 349519338 TAGTGTGTCGTTGCTGAAAA-----TAGGCAAAGGTAAAAAAG---------AAACT-------CCCCGTCGGGGAATCGAACCCCGGTCTTCCGCGTGACAGGCGAGATACTGTCCACTATACTAACGAGG a score=6119 s danRer3.chr4 30812839 82 + 33808418 AAAACAGGAATTGCATTGGCCGAGAATCGGACCTGGGTCTCCTGCATGGCAGGCGAGAATTCAACCACTGAGCCACCAATGC s fr1.chrUn 45782474 82 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=5077 s danRer3.chr4 30812952 128 + 33808418 GTGAGTGCTAAAAGGCTGTCAACCAGAGCTGAAAAAGGAGCC-------------ACTCAAAACTGCACTTGTATTAGCCCGGAAGCGACTCAAGGTCTACCGCGTGGCAGGCGAGAGTTCTACCACTGAACCACCAATGC s fr1.chrUn 45782415 141 - 349519338 GTGTGTAAGAGAGGGGGGAGAAGAAGAATCAAGAAAGAACCTCGCAATGGCTAAAAATGAAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=6087 s danRer3.chr4 30813158 84 + 33808418 AAACAGGTATTGCATTGGTCGGGAATCAGACCCGGGTCTCCCACCTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAGCCACCAATGTTTA s fr1.chrUn 251581253 84 - 349519338 AAAAATGTATTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGAGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGCATA a score=452 s danRer3.chr4 30813249 185 + 33808418 AGTTTTTTGCCTTTGTAGTGTGTGAGTGCTAAAAGGCCGTCAACCAGAGCTGAAAAAGTAGCCACACAAAACCACACTTGTATTAGCCAGGAATCAA---CTCTTTGTCCACCGCGTGG----CAGGCGAGA---GTTCTACCACTGAACCACCAATGCTGAAATGGTTTTACTACAGCCCTAGTGGGGTGTGAT s fr1.chrUn 346083461 168 + 349519338 AATATATTGCGTCCGTAGTGGTTTAGCACTA---------CCATTGAAAATGAATGGGAAACGGTTTAGGGCCGT-------TTAGCTAAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTACCACGCGGGGGCCAGTCGAGAATAGTTGTAACGGAGAACCA----------GACAATCGGATCGAAGCCC-AGAGGGTTCTCAT a score=6521 s danRer3.chr4 30813475 82 + 33808418 AAAACAGGATTTTCATTGGCCGGGAATCTGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAACTCTACCACTGAGCCACCAATGC s fr1.chrUn 45782474 82 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=489 s danRer3.chr4 30813597 28 + 33808418 AAAAAGACGTCAACCAGAGCTGAAAGAG s fr1.chrUn 45785173 28 - 349519338 AGAAAGAACCTCGCAATGGCTAAAAATG a score=5472 s danRer3.chr4 30813625 91 + 33808418 GAGCCACACAAAACCGCACTTGTATTAGCCGGGAATCGACTCAAGGTCTCCAGCGTAGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATAC s fr1.chrUn 346083653 89 + 349519338 GAATAAGATAAAACT--ATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=5724 s danRer3.chr4 30813785 97 + 33808418 AGTAATACAAAACAGGAATTGCATTGGCCGGGAATCGGACCTTGGTCTCACCCCGTGGCAGGCGAGAAATCTACCACTGAACCACCAATGCTGAAAT s fr1.chrUn 28597776 95 - 349519338 AATAAGATAAAA-ACAATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTC-CCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGCATAAAT a score=5215 s danRer3.chr4 30813953 82 + 33808418 AAAACAGGAATTGTAATGGATGGGAATCGGACCAGGGTCTTCTGTGTGGCAGGCAAGAAATCTACCGCTGAACCACCAATGC s fr1.chrUn 45782474 82 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=2982 s danRer3.chr4 30814093 100 + 33808418 GCTGGAAGAGTAGCAACACAAAACAGTAATTGCATTGACCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTA-CCACTGAACCACCAATG s fr1.chrUn 139173806 101 - 349519338 GCTGAAAATAGGCAAAAGTAAAAAAAGAAACTCCCCGTCGGGGAATCGAACCCCGGTCTTCCGCGTGACAGGCGGAGATACTGTCCACTATACTAACGAGG a score=100 s danRer3.chr4 30814193 1 + 33808418 C s fr1.chrUn 45782555 1 - 349519338 C a score=5293 s danRer3.chr4 30814436 76 + 33808418 GCATTTGTATTAGCCAGGAATCAACTCAAGGTCTCCCACGTGGCAGGCGAGATTTCTACCACTGAACCAGCAATGC s fr1.chrUn 45782480 76 - 349519338 GTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=4230 s danRer3.chr4 30814748 77 + 33808418 AAAACAGCACTTGCATTGGCCGGGAATCAGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACC s fr1.chrUn 45785201 77 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGCGGGGATCGAGAGTTGTTTAGCTAAACGGCC a score=473 s danRer3.chr4 30814825 5 + 33808418 AATGC s fr1.chrUn 45782551 5 - 349519338 AATGC a score=4826 s danRer3.chr4 30814907 82 + 33808418 AAAACAGGAATTGTAATGGACGGGAATCGGACCATGGTCTTCTGTGTGGCAGGCAAGTAATCTACCACTGAACCAACAATGC s fr1.chrUn 45782474 82 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=314 s danRer3.chr4 30815002 52 + 33808418 CAGCAGCCCTAGTGGGGTGTGATTGATACAAGGCTGTTACCCAGAGCTGGAA s fr1.chrUn 55153875 43 - 349519338 CAGCATCCCTGGAGAAGG---------ACAAGGAAGAACCTCAAAATGGCAG a score=3710 s danRer3.chr4 30815066 77 + 33808418 AAAACAGGAATTGCATTGGCCAGGAATAGGACCCGGGTCTCCCGCATGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACC s fr1.chrUn 45785201 77 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGCGGGGATCGAGAGTTGTTTAGCTAAACGGCC a score=809 s danRer3.chr4 30815147 44 + 33808418 CTGACCCATGTTTTTCATTGCCTTTGTGTTGTATGAGTGCTAAA s fr1.chrUn 45785278 39 - 349519338 CTAAACC--GTTTCCCATTCATTTTCAATGGT---AGTGCTAAA a score=1621 s danRer3.chr4 30815200 229 + 33808418 ACCAGAGCTGAAAAAGGAGCCACACAAAACTGCACTTGTATTAGCCAGGAAGCGACTCAAGGTCTACCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTA-CAACTAAACCACCAATGCTGATATGGTT-TTACTGC---------------AGCCCTAGTGGGTTGTGATTGCTGCAAGGCTGTTACCCAGTGCTGGAAGAGTAGCAACCAAAATCAGAAGGTGCA-------TTGGCCCGGAAACGGACCTGGGTCTCCCGC s fr1.chrUn 139167003 244 - 349519338 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CAGCCCTAGTGGGGTGT-GATTGATTCAAAGCTGTTACCCAGAGCTG-GAA s fr1.chrUn 139167428 46 - 349519338 AAGAACTTTTGGGATATTGAATTACTCTATAGTGT-----GTAGTTGCTGA a score=2705 s danRer3.chr4 30815678 78 + 33808418 GAGTAGTAACACAAAATAGGAATTACATTGGCCAGGAATCGGACCCAGGTCTCCCGTGTGGCAGGCGAGAATTCTACC s fr1.chrUn 31937678 78 - 349519338 GATTGGGAGAAAAAAAAAGGTATCTCCTCCTCAGGGAATCGAACCCCGCTCTTCCGCGTGACAGGCGGAGATACTGTC a score=349 s danRer3.chr4 30815756 58 + 33808418 ACTGAACCACCAA-----TGCTGACCAATGCTT--------------TTTCTTGCC-TTTGTGTTGTGTGAGTGCTAA s fr1.chrUn 139167553 78 - 349519338 ACTATACTAACGAGGACTCGCCGGCCAAAGATCAAGATTTACTAAGATTCCTTACCATTTACATTGTTTGTTCGGTAA a score=-1641 s danRer3.chr4 30815814 179 + 33808418 AAGGCCGTCAA-------CCAGAGCTGAAACAGGAGCCACACAAAAACGCACTTG----TATTAGCCGGGGATCGCCTCAAGTTCTCCCGCATAGCAGGTAAGAAATCTAGCACTGAACCACCAATACAGATATGCTTATACTGCTCCCCTAGTGGGGTGTGATTG-----CTGCAAAGCTGTTACC-CAGAGCTG s fr1.chrUn 31939726 177 - 349519338 GGGTCCGTCCAGCCACCACCAGGGCCCTTCCAGG--CCCCTCCAGGCCCCTCTTGATTTTCTAAGCCAGGA--CACCTCACCTGCAGTCAAACTACTGAAAGGAAA-CTGTCTTCAAA-----AGGACAGGT---------CAGCATCCCTGGAGAAGGACAAGGAAGAACCTTCAAAATGGCAGCCGCGGGGATT a score=2835 s danRer3.chr4 30815993 96 + 33808418 GAAGAGTAGCAACACAAAACAGGAATTGCATTGGCCGGGAATCGGACCTGGGTCTCCCACATGGCAGGCGAGAATTTCACCACTGAGCCACCAATG s fr1.chrUn 139170998 96 - 349519338 GAAAATAGGCAAAGGTAAAAAAGAAACTCCCCGTCGGGGAATCGAACCCCGGTCTTCCGCGTGACAGGCGAGATACTGTCCACTATACTAACGAGG a score=5190 s danRer3.chr4 30816167 80 + 33808418 AAAATCGCACTTGTATTAGCCGAGAATCGACTCTAGGTCTACCATGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACGAAT s fr1.chrUn 45782474 80 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAAT a score=4052 s danRer3.chr4 30816314 426 + 33808418 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GGGGATCAACGGGATAAAGGAACTTTCTATTGATTGGGAATAGAACCTGGGCATTCTGTAGGTAAACAGCTCAAAACAGTTTTCCATCTATTCCTAATGTCAGTTGGAAAACACGACGGATGTACTATATTTGCCCGCTGGTCTGCACCTTTTCGCTCTTTTGTGCAATAGTGGTGTTCTGGGTCCGTCCAGCCACCACCAGGGCCCTTCCAGG--CCCCTCCAGGCCCCTCTTGATTT---------TCTAAGCCAGGACACCTCACCTGCAGTCAAA----CTACTGAAAGGAAACTGTCTTCAAAAGGACAGGTCAGCATCCC--TGGAGAAGGA------CAAGGAAG--AACCTTCAAAATGGCAGCCGCGGGGATTAAAGTGAAAAGGAAGTTTGCATTGGCCGGGAATCGGACCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTTCCATTGAACCACCAA-GCTGAAAAGCGTCCTT a score=5834 s danRer3.chr4 30816803 80 + 33808418 AAACGAGCAACTGCATTGGCCGGGAATCGGACCTGGGTTTCCCGCCTGGCAGGGGAGAATTCTACCACTGAACCTCCAAT s fr1.chrUn 45782474 80 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAAT a score=2766 s danRer3.chr4 30825144 169 + 33808418 TTTACCCACGCACTAAAAAAGCAAAATGGAGTGCTTCACGGATTTGCGTGTCATCCTTGCGCCTCTTGCGGGAGAATCTTCGGTTCCCTTCCCGTTCCACAGTTCCACTTTCCCTTCTTCCTGATTGGC----------CCGACGTCTGGCTCGGGATTGGTCGACGGAAAGTTCCACA s fr1.chrUn 152737036 169 - 349519338 TTTCACCAAATAATGAGAAAATGAA---GAACGCTTCACGAATTTGCGTGTCATCCTTGCGCAGGGGCCATGCTAATCTTC----TCTGTATCGTTC--CAATTTTAGTATATGTGCTACCGAAGTAACACAATCACTGTCGACATC-GACTCGGTATATGTCGGAAGACACTCCAACA a score=4105 s danRer3.chr4 30827229 158 + 33808418 ACGTCGAGAGGACTGCTGGGGGCCACAGGGTGGGGACAGAGAA-GATCCATCAGGTTCCTTTTCA-----CAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTGTCGATCCAATTTTAGTATATGTGCCACCATAGCGAGCACAGAC-CAGTGGTCAGGCTCAGGGCATATGT s fr1.chrUn 152737613 164 - 349519338 ATGTCGGAAGTATTATTTCACCAAATAATGAGAAAATGAAGAACGCTTCACGAATTTGCGTGTCATCCTGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAGTATATGTGCTACCGAAGT-AACACAATCACTGTCGACATCGACTCGGTATATGT a score=6970 s danRer3.chr4 30827814 82 + 33808418 AAAACAGGAATTGCATTGGCCGGGAATCGAATCCGGGTCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC s fr1.chrUn 45782474 82 - 349519338 AAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=-68 s danRer3.chr4 30827942 204 + 33808418 C-------------GTCAACCAGAGCTGAAAAAGGAGCAACACA----------AAACTGCACTTGTATTAGGTGGGAAGCGACTCAAGG-TCTACCACGTGGCAGGCGAGAATTCT-ACAACTAAACCACCAATGCTGACATGGTTTTATTGCAGCCCTAGTGGGG-----TGTGATTGCTGCAAGGCTGTTACCCAGCGCTGGAAGAGTAGCAACCAAAATCAGAAGGTGCA s fr1.chrUn 139167640 211 - 349519338 CGTTGGACGTTTTTGTCGTCAGAAGTTGCAAAAGACGCAGCCCGTCATATTTTCAACCAATAAGTGTTCCCGCCCGGTCTCGAACCGGGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACCGGGTGAGTGACAAT-CACCGCCAGTAGGGCTGGCTTTGATTGAT----------------------TAAACGTGGCAATAAAAATCAAAAGGAACA a score=2350 s danRer3.chr4 30828146 29 + 33808418 TTGGCCGGGAATCGGAGCCGGGTCTCCCG s fr1.chrUn 45782489 29 - 349519338 TTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCG a score=-834 s danRer3.chr4 30828231 57 + 33808418 GCCTTTATGTTGTGTGAGTGCTAAAAGGCCATCAACTAGAGCTGCAACAGGAGCCAC s fr1.chrUn 45782415 57 - 349519338 GTGTGTAAGAGAGGGGGGAGAAGAAGAATCAAGAAAGAACCTCGCAATGGCTAAAAA a score=5233 s danRer3.chr4 30828298 74 + 33808418 ACATGTATTAGCTGGGAATCGACTCAAGGTCTCCGGCGTGGCAGGCGAAAATTCTACCACTGAACCACCAATGC s fr1.chrUn 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30829081 86 + 33808418 ACTCAAAACTGCACTTGTATTAGCCCGGAAGCGACTCAAGGTCTACCGCGTGGCAAGCGAGAGTTCTACCACTGAACCACCAATGC s fr1.chrUn 45782470 86 - 349519338 AATGAAAAGAGTATTTGCATTGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCTCCCGCGTGGCAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGC a score=903 s danRer3.chr4 30829279 173 + 33808418 GGTCTCCCACGTGGCAGGCGAGAATTCTACCAC------------------------TGAGCCACCAACGCTTACTG---------------------------ATATAGTTTTTTGCCTTTGTAGTGTGTGAGTGCTAAAAGGCCCGTCAACCAGAGC----------TGAAAAAGGAGCCACACAAAACCGCACTTGTATTAGCCAGGAATCAACTCTTTGTCCACCGCGTG s fr1.chrUn 45784829 232 - 349519338 GGCCTCCCGCGTGGCGGGCGAGAATTCTACCACGACCGCTTGAAATTTGCAGGTCGCTCAGAGACCAACGCTCGCTTTTTATCTATCCACACGAGCAAATTTTTATACA-TTTTATACACTTTTTATGCGTACATATTAGTCAATTTTTCGATGCGAGTCAGAACGTTGTTAAAAAAAGATGAGAGAGAGGCGCAGCATCTCCAGATGGGA-TCATGAGTTATTCTATAGCGTG a score=-826 s danRer3.chr4 30829452 88 + 33808418 G----CAGGCGAGAATTCTACCACTGAACCACCAATGCTGAAATGGTTTTACTACAGCCCTAGTGGGGTGTGATTGCTGCAAGGCTGATATC s fr1.chrUn 346083563 77 + 349519338 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139167914 48 - 349519338 TTAGACAACCGGATTGGTTATAAATCTACTCATTTATGTGTGCCTTCT a score=554 s danRer3.chr4 30860095 80 + 33808418 AGCCTCACACCGCTCTGCAGAAAGAATGTTTTCAGTGATAGTCAGT-ACTCAACAGAAGCCTGATT--TGACAATTGTCATAA s fr1.chrUn 139167404 82 - 349519338 AACCTCACAATGGTTCAAAATGAAAAGAACTTTTGGGATATTGAATTACTCTATAGT-GTGTAGTTGCTGAAAATAGGCATAG a score=6413 s danRer3.chr4 30860176 84 + 33808418 AGCCAGAGGTTGTTTCCGCCCAGTTTCGAACTGGGGACCTTTCGCGTGTGAGGCGAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACC s fr1.chrUn 139167694 84 - 349519338 AACCAATAAGTGTTCCCGCCCGGTCTCGAACCGGGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACC a score=4184 s danRer3.chr4 30860260 177 + 33808418 TT---CAGGCAAA--TCGAGCTGATAACC--CTTTTTGATTGGTTGCCAGTCGACGATC----------------ATTG---CTGGTGCGGCA----------------------GTGGATGCTATTATTTTC----TCGACAAAAGAAG-AGCAC---------------------TGTTTCTGCTCGGTTTCGAACCGAGGACCTCTCGCGTGTTAGGCTAACGTGATGACCACTACACTACAGAAACC s fr1.chrUn 139168242 251 - 349519338 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ATAAGAGTAATATTTTCAAAATGACATAAAA----TCGGTGAAGGGCACAAAAATCATCAAAAAAAAAAAAAAAATCTGAAATCTCACTTGTGATCTTCCCAGGTTTAGTGTACTGTGTGAGCAGAGTGGTGTAAAGGTCTTTCCTCTGCAGGTACTCCTCACAGTGGCTTTCCTGGACCTGGCGCCACACCTTGGCCATGGTGTTGCCCTCAGTGCGATCCCTCAAGAGGCGGACCACCTGCTTGTCCACCCCCCGCCTGAAATGAAATTG--ATCACATTC------TGTGAGCCAGCCTTGCGTGCCTTTCGCTAAGAACTCGAAAGATGTTGAAGCAAAGCGCGC--------AGACTCACCGTAATGTCAATACAGCAGGGAACATGCCCTGGTGCGCTGGACTGAGCTGATTGAGGATGCAGCCTTCCCATGACGGGAAGCGGCCAATGGCATGCTCCTCTGAGTCTTTGGCTGCTTTTCTGCACGCGTTACAGGCCAGGACCTCGGTCAGCATGGAGTACCACCCAGATACGTGGCAGATCTGTCTGACCGTGTGAGAATAACCGCAACGGTACAGAAAAGCGCCTTTGTTTTCCCACGCCGGGCACGCAGCTCTGGGACAGCGCAGGCTGTAACGCCACACACCTACTGGTCTCCAGAAAAAGACACGACTGCGGAAAAAGGAGTCTGCCGATGGAACAGTCCGGCCTACCACTCCAGGCACTTCTGGGGGATGAAACCACATCCTGTCATCCTTCAGGACCTTCCTCCACTTCATCTTTCCATATTTGTCCTGAAAGGATGCAGGCCTCTGGAAGAGTCCATTGGTTTCATCCTCTTTCAGCCATGCAACGTCAGCCTGTGGGAGCCCATTGGGAGCAGACTCCCACATTTTGTGCCATCCCTCGTATGTCACCTGATA a score=5075 s danRer3.chr4 30870179 377 + 33808418 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acttacagagctcttttggaggttttgatgactgctgacagtctgatgagacactcgtctgatctctggaatttctgaagctcaaactcctccagctcctcctctgaGGTCAACAACACAAAGGCCACAGCAGACCACTGGGCAGGTGAAAGGTCAGCAGATGACAGACTTCCACTACTGAGGTGAGActgaatctctttcagcagagtttggtcgttcagttcattcagacagtagaacagattgatggatctctctggagacagatttccttcaagtttctgcttgatgtacgcaattatttcctctttgctctggtctctgtcattctgctgtgtcaacaggcctcgtaagagttgtcgatttgactggagtgacagaccgagaaggaagcgaaggtaaaggtccagatgtccattctcactttccagagccttgtctactgcAGTCT--------------TCAGCAAATCTGTCATGACTTTATTTTTACTTTTCTGTCTAAAAATAGATAGATGTTTCTTGTCACTGTCTAGAAACAGATGTTGATAAAGGGCTGCAATGaactcctgaatgctcaagtgaagaaagcagtacatggtaccaagaatgattcctgtctcctcccaaaagatctgggtacacatgcctgagtacaccgatgc-cttatagacgtcaatgccacagtctttcagatcactgtcatagaagatcacattgtttctttccagctgctggaaggccagttTTCCCAGTGAAAGGA---------TGAGGTTTGGATCCCAGGAAACATCTGCTGTGTTTTCTCCATCATACTTTCTTCTGCTATGCTGGATCTGAAAGCGGAGAAAATGTGTGTACATCTGTGTCAAAGTCTTGGGAGATTCATGCAGTGTTTCAGAATTATCCCTGTGTTTCAGTTCAGTatttctgttctccttgagaatgttcaggagaacattggctgaaatccagcagaagactgggatgtggcacataataaagagactctttgactgtttaatgtgatcaatgatttctctggcctgattctgatctgtgagtctctttctgaagtactcctccttttgggcatcattgaatcctcgtatctctgtcagccggtcgatacagtcagcaggaatcttattggcagctgctggtctgctggtgatccatatgagagcagaaggaagcagatttcccttgatgagtttcgtcaggagaacatcaagagagactgctgaagatacatcacgacacgtctcattaccagcaaagttcagaggaagacgacattcatccaatccatcaaggatgaacagcactttgaatcgtgtgcttcttgtaaggttcag-tcctttagtctgtgggaaaaactgagttatgaggtcttttaaactttggttttctttctccattaagttcatctctctgaatggaagaggaaatatgaagctgatgtcttgattttcttttccttcagcccaatccagaacaaacttttgtacagagactgatttcccgatgccagcaactcctgttgtcaggacagttctgatctgctcgtcttgttcagct---gcttcaaacaaatgtttgcattcaacctgtatctctagtgactgatgacgtctggaagcagcttcaatctgtctgatctcatgttcagtgttgacctgttcactcgcaccctgagtgatatagagatctgtgtagatgttattcagaagtgtggagtctccttgctgtgcaattccttcaaacacattttgatatttcttcttcaggcCACATTTAA------GCTGATTAATGAAGAACAGCTCACCTAAACACAGGAAAAAAGAAACAGATAGTTATAGTCTAGACTTTCCAGCTATATTTGTAAGTGACAGTCTGACAGATGGCCATGAGTCTTACCCTCG---------AGAGTATCAGCTGCTTCATCTTGCTTCATCTCTCTCAGGAAGAAGAGTGTGAGATCAAGAGCTGCTTCTGTAATTATGCTTCTGTTTTCATTAAAGTGCTTTACA---AAGTCTTGTCTGTTTTCTTCTTGTAAGATTTTCTTAAACTTTTCCAGTTCATTCTTTAGATATCTGATAATTTTGCTCTCAAGATTCTATGGTTGCAGAAAATAATTTTTATTCACACACAGTTGTACATAAACAAACTACTCAATAATTCAAAATACATTGTAATACATCATACTATGAGTCTGTTAAA s fr1.chrUn 210287611 2156 - 349519338 ACTTACAGAACTTTGCTCGAGGCTTTCACCACTGGCAACAGCCGCAGAAGAGCTTCCTCTGAGGCAGAGTACTTTTTCAGGTCAAAAACCTCCAGATCTTCCTCTGAGGACAGTAATATGAAGACCAGAGCTGACCACTGAGCAGGAGAAAGTTGATCTGTGGACAGCCGTCCAGACCTCAGGGCCTGTTGGATCTCCTCCACCAGAGACCCATCGTTGAGCTCGTTCAAGCAGTGAAACAGGTTGATACTTCTCTCTGCAGACACACTCTCGCCGATCTGCTTCTTGATGTACTTAATTGTGTCTTGACTTGTCTCTGCACTAATTTCTTTCTTTGCCAGGAACCCCCTTAGGAGTCTCTGGTTGGTCTGCAGAGAAAGACCCAGGAGGAAGCGGAGAAACAGGTCCAGGTGTCCATTAGAACTCCTCGTGCTCTGCTTCACTGCGTTCTGGTAAAAGGTTGCCTCTGCAGATGTGTCATCTGTTTCATTGGATGTTTTT-TCTGAGAGAAGATCAACG----CCAGAGTTGATGAACATCAGATGGACATAAACTGCTGCCAGAAACTCCTGAACACTCAGATGGATGAAGCAGAACACCCTCTCCAGGTAGAGCCCTCTCTCCTCTCTGAAGATCTGCGTGAACACTCCTGAATACACTGAGGCGGCTATCGG-GTCCATTTCACACTCTTTCAGATCTGATTCATAGAAGATCAGGTTCCCTTTCTGCAGCTGTTCAAAGGCCAGTTTTCCCAGACATTCTATCATCTCCCTGTTCTCTGGATTCCAATGTGGATCTATCCCAGCACTTCCGTGGTATTTGAAATTCCGTAGTTTGGACTGAAGCACCAAGAAGTGGATGTACATCTCAGTCAGGGTCCTGGGCAGCTC--------------CACTCCCTCTCTGGT----------------------CTTTAACACATCCTCCAGAACTGTAGCAGTGATCCAGCAGAAGATTGGGATGTGACACATAATGTGGAGGCTTCGAGATCTCCTGATGTGAGAGATGATTCTGCTGGCCTGCTCCTCATTTAGGAACCTCTTCTTGAAGTACTCCTCCTTCTGCGGATCGAGGTATCCACGGACCTCTGTCATCCTGTCAATGCACTCGGGTGGGATCAGATTGGCTGCTGCGGGTCTTGTGGTTATCCAGAGTCGAGCAGAAGGAAGCAGGTTCCCTTTGATGAGGTTCGTCATCAGAACATCCACTGTGGCAGACTCTGTGATGTCATTCAGGGCCTTGTTGCGAAGGAAGTCCAGAGGAAGTCGACACTCATCCAGGCCGTCAAAGATGAA-AGTGACCTGAAACTCATCAAACTTAAAGATTCCTGCTTCTTTGATTTCACTAAAAAAGTTCTGAACAAGTTCCACTAAGCTGAACCTTTTCTCTTTCAATAGGTTCAGTTCTCGGAAGGTGAACGGAAACAGGAAGTGGATGTCCTGGTTTGTTTCTTCTTCAGCCCAGTCCAGGGCAAACTTCTGTGTTAGGACAGTTTTGCCGATGCCGGCTACACCTTGTGTCATCACCGTTCTGACTGGCCCATGTCGTCCTGGTAAAGGGTTGAAGATGTCTTGGAGTTTGATTGCAGTTTCTGGTCTACACGCTCTCCTGGAGGCTGATTCCATCTGTTGGACCTCATGTTCGTCGTTGACCCGTGCAGATCCCCCCTCCGTGATGTAGAGTTCGGTATAGATCTGATTTAGGAGCGTTGGGCTCCCTCCTTTGGCGATCCCTTCAAACACTCTTTGGAACTTTGTCTTTAAGGAGGATTTGAGTCTACGCTGACAGACGGCAGCAGGGTTCCCTGGACAAAGGAGAAAACCCCCA---AACTATTGCTAAAACAACACAAATACATTT-----TGAAAAATACGCAGAACACTCAGAGGCATCTCCTCACCACTCCGCAGACGGTCAGCCAGCTCCTCCTGCTTCATTCTCTTCAGGAAGTTCACCGTGATGTTCAGAAAAGCCTC------------TCTGTTGCCCTGAAGCTCCTCCTCCTCTGGGCATTCTGGGTAATCATAGTTCAGGCACCTCTGGATCACCTTCAGCTCGTTCTTCACAAAGTTGAAGATGTTCTCCTCCAG------CAGCTGCAAAAG---------AATTACACAGGGAAGCACGTTGAC--------CTCTCGGTCCAAACGCACGGAACCAAATCCTGATCTGCTTGTGTTCAA 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GTGCAAATAGGCTAGACAACAGGTGCAAATTAGAGGCAATTAGCATGACACCCCCAATACGTTTCAGTTCCTATGCTTTCT--------TTTTGGTCAATTCTTAATGCTGGAGGTGCTTTCGCTCTAGTGGTAGAAGGAGACAGAGTCTTCACCCCACACAAGTGGCTTAGGTAGTGCAGCTCATCAGGATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNatcaatgcgagctgtggcaagtaggtttgctgatgttagcatagtgtccagagcatggacaccatggctgccaggagacagtccagtacatcaggagacatggaggagtctgtagaa-tggcaacaacccagcagca-gactgctacgtctgcctttgtgcaaggaggaacaggaggagtactacgtgggatacctgcggcttaaaatccggtgcggcttgtataagtacaaaattgattttcttactaaaattagattatgcg-gcttttaatcaggc--gcgctctgtagtccagaaattacggTATGTAGGTATTTAT a score=2904 s danRer3.chr4 31084677 75 + 33808418 ATGTAAAGTGATAGATTTTTGAAT--TATCAGAGAGAGTGGTGATGATTTAGTATGTTGATGAAATTTTACTCTCAG s fr1.chrUn 207120224 77 + 349519338 ACGGAAATTGTTAGAGGACCTAATCCTACCAGAAGGAGTGGTCTTGATTCAATATGTTGATGATATTCTACTAGCAG a score=4768 s danRer3.chr4 31084892 661 + 33808418 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s fr1.chrUn 292363594 1048 - 349519338 ATCGTGTCAGGATGGCCGAGCGGTCGAAGGCGCTGTGGTCAGGTCGCAGTCTCCACTGGAGGCGTGGGTTCGAATCCCACTTCTGACATTCTTGCCTGTTGAAGAGAGCCTCTTTTTTAGGAAAGCACCTT------------GTGGTCAGCCA------------ACAGCTACCTTG------------------CACTTT----TGAAAATGATGACAGCTGTCACTGTGTC---TCACTGtaactgttcctagctctt-----------cattatgcaggacaactct------------------------------------------------ctgagag----------gtactttcaggtattaccat------gaatcacttacccagctttt-------------------tgggcagagcttagccctaagtcctc---caatg--aACTTATGGGATCTGCGATCTATCACCTTCGAGTGGTCAGAGTCACTGTGTGAGCAGTGGCCAAA-CGTGCTATGTTTTCGCTGGATATACGAGA-----------------ACCGTTGTCAATCAAAAATTGCAGTAGGATT------------GTGGCAGGGCAGGTGCTG---------------GCACCACAGCCCTGT-----CTACTGTTTTTCAAA--------------------CGAGCATCAAACTAAGGATGTTTGAGTTA-GAGGTCCACATAGTTCAGAGTTGGTTAA-------------AGCCAATTGTTAA--TGTGTCTCAACTAT-----TTATCTTTTGTCCCCGTGAGCTTTTTGGGCATGAGAT----TCTTGCACATCGTGTCAGGATGGCCGAGCGGTCGAAGGCGCTGTGGTCAGGTCGCAGTCTCCACTGGAGGCGTGGGTTCGAATCCCACTTCTGACA------------------------------------------TTCTTGC-------------------------CTGTTGAAGAG-------AGCCTCTTT------------------TTTAGGAAAGCACCTTGTGGTCAGCCAACAGCTACCT-----TGCACTTTTGAAAATGATGACAGCT--GTCACTGTGTCTCACTGtaact----------------------------------gttcctagctcttcatt--atgcaggacaactctctgag------aggtactttcaggtattaccat------gaatcactt------------------acccagctttttgggcagagcttagccctaagtcctc---caatg--aACTTATGGGATCTGCGATCTATCACCTTCGAGTGGTCAG-AGTCACTGTGTGAGCAGTGGCCAAACGTGCTATGTTTTAGCTGGATATACGAGAACCGTTGTCAA-------------------TCAAAAATTGCAGTAGGATTGTG 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s fr1.chrUn 176808228 2156 - 349519338 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danRer3.chr4 31130934 612 + 33808418 ACATAGTGTTATAATTCAAATCATTAAGCAAAAGTGAATGTAACAATTAAACTGACAACATGTAAATAAC-------AAGGAGCCCAGATCTACAAACGCATAAATCATCAGGATTCATATGCAACATTAA-TGCAGTAATTGGAGTTT-------AAATATTTTAAGTGATTTATTTTAAAATACTGTCATAAATGAATAAATAAATAAATGCTGATATGTTGTACTCTGAATACAACAGCTGCCATTTTGGTTGACAAGAATAACGTCTCAGACTCTCGGCACAACTCTAATTTTATGTAATAACAGACA----AAGCAACAGTTTCTCT-TGCATCTCTTTTACATGTTCTTTCCCTTAACTACCTGCATAAATCAGTGAGCAGGTCTAAATTGGTACTAATATAGAACCTGATATCAATCTTTTAAAAATAACAAGATACTTGTGAAT-CATGAAATTTACAAGACACGTTTATACGTAAATTTACTTCTTATACCTTAAGGTCAGAAGATTTGTAATTTCTGTTAATGATACCTAAATTAAACATTTTAACTCAGCTAATCAAAAGTTTTCATGAAAGCTCCAAATATATTGGCACACAACTTTTCAGACACCAGCAATACAGAAGCA s fr1.chrUn 322837759 505 + 349519338 A-AGGGAGTGAGAGTTGCAATCCTCACTATAAAAT---TATCTGGACTGCACTGAGGAGGTGTATATTTCCATTCTGGATGAACTCATCCTTTAAAAC----ATCTCATGGGAATTAGGAATTAGTTTTACTTGCATTACTTTGTCTGTACTTACCAAGCACTTCAGGAAAACCTTTGCTGCATCTTCTCGGAGAAAAATGGGCAGGC------------------CTCTCAGT---GCTGCTGTC-TTTCGGTGGGACACAATG-----TCAGAT-----GTCTAAAGAGTATTCAGTGGAA-AACAAGCATTTCAATTAGTATATTCTATATATAATTATTATATACATAATGTACTTAAACACAATGCA-AAATCAGGACTCA--TTTATAGTAATGAAGATAAAGGACCCAGCAACA----TGTAAAACTTAAAAAAAAATAAAAAATACAACAACACTGCAA-CCATGTTAACAATTTTACTTCACTTTTACAAATTA----------------AAATTCTGTTA--------------------------------AATCAAATACCAACATAA-------------------ACACAAAT-----------AACAACATA-AAGCA a score=7353 s danRer3.chr4 31131555 421 + 33808418 ACTCATGCTTTAAACCATTT-------------AAATTGTTTGATACCTACTTTAC---------------ATTTCTTGAAAAGGTTAGTTTGTTTCTCTCGAAGAAACAAAGGCAGGCCCTCCAAAGCAGAAGTCCTTCTGTGATTAACAATTTCTGTTGTCTGCAAAAACAT--------AAAAAAG---------------ATACAACCAAAAAGT------CACAGAATGAAAACTGAAATATCATCAACT------------------------ACATAGATCAA---------AAACATGTAAATAATGAAAATTATTAACTTGCCCTTTCATCAAGTCTTTCCAGGAGCTCTTCCATTTCATGTCCAAACGCTCCTTTTCTGGCTCTGTATAATTTCATAAGCTTTGGTGTGTACTTGTCAGTGGCTGCCATGGAGACTCCTAGAAGGTCTTTGTTGGTGATGCGGAAAAATTCCTCACAGATCTTTTTAAAACAAACCAACCA s fr1.chrUn 25321887 501 - 349519338 ACTCATCCTTTAAAACATCTCATGGGAATTAGGAATTAGTTT--TACTTGCATTACTTCGTCTTACCAAGCACTTCAGGAAAACCTTTGTTGCATCTTCTTGGAGGAAAATGGACAGGCCTCTCAGTGCTGCTGTCTTTCGGTGGGACACAATGTCGGATGTCTA-AAGAGTATTCAGTGGAAAACAAGCATTTCAATTAGTATATACTATATAAAATTATTATATACATAATGTA--CTTAAACACAATCACATCTTTTTCTGTTTCTCTTATGAGAGAAGTATATTCATACTCTTCTAAAAATGTCAGTCAAAGGAGCACTTCACTCACCTGTTCATCAAGTTTATCCAGGAGGTCTTCCATCTTCTCACCAAGAGCTCCCTTCGTAGACCGGTACAGTTTCAGCAGGCCAGGCACAAATTTGTCAAGGGATGCATTGAAAGTCCCCAGGAGGTCTTTGCTCGTGATCCGATGATATTCTTCAGATATCT-----AAACAAGACAATCA a score=8726 s danRer3.chr4 31132125 297 + 33808418 AACTTCTTTACGTTTCAGATGATTATGTAGATGAAGAAAAAATCTTTTTTCAGTACAAATCTTATGAAATTCACATAGTCCACAATTAAAAGTTGAAAGATCTCAAATGACTCTATCAGTGTTGTGGTGTGATTTAGATAAGTGGGATCGTAAAGCACCTGCAGTTTTTAAAGCACAAACACACTCCGTGTAAAGACAGGGCCAGTTGGAAATTCTATGATGATGTAGCTGATAGTGCTTCAGAAGGACATCTTCACTTGAAGTGCTGAATTTGCAGTTTTTACACTGCATGAAGTC s fr1.chrUn 261154013 291 + 349519338 AGTTTCTCGGTTCTTTAAATGATGTCCAAGATGGTTCCAAAAAGTTTTTTCACTGCAAATCTCCTTAAAATCACACAATTCACATTGAAATGTTGAA---TTTCTGTGGATTTT--CACTATTG-AGTGTGATCTTGAGAGGTGTGATCGTAATGCTCCAGGTGTTTTATATACACATACACAGTCTGTGTGAATGCAAGGCCAATGTGCACCTTGTCTGTGATGAAGGCGAAAATGTTTCAGAAGAGTCTCTTGACTGGAGCTTGTGAATTTGCAAAATCTGCACTGCATGAAATC a score=168 s danRer3.chr4 31133592 310 + 33808418 CCAAGTTAGCTATCTTTTATCAGTGATTAACAGTTAAGCATAAAGATGTCATTTTAGTGTTAACATGAAACATTTTAAACTTAAACGGCACAGAAAAGCAGTTTCCGTTTTTTTCCCAAGTAACTGTTAACGTTAATGTCTTATGGAGCGGCACAAGCTTAACTGGCGTTAGGCAAACGACTGTGCCGACCTCACG-GTCCTCCGCCCTCTCGAAGGTGCGGGCGTGGGCGGGAAGGATGTCGCGCGGGGTCTACATGCCTCCCTGAGCGATTGACTCTGCCTAATTCCGCCACTCATGTCATGAAAACAC s fr1.chrUn 296831956 254 + 349519338 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GGAA---ACATTTAAGAGTTTGGACTTAGCTGAAACTATAGGCCACATTAATTACCCACTGCATTTGAAACTTAAGCATATGCAACAATTCTCGTCGCTAAAAACAAACCG--TCAGGTTGGGAATATTGTAA---AATTCATTGCATGCATAGAATTAGTGTTAATAAGTGTTGTTA----------------------CTCACCTACAGGAACAAGTTA-ATGTTTAGTTCTTCGAAGA-GTCGAAAACATATGAGAAGTCCGATATGGCACCAAG----ACAAAATG----GAGATGAGGAGCGAAACGAATGGTCAATATGGCGGAGGGTTGGCGCCgttttcaaacgtcgcgtcacgcatgcgcaatttatttaaatatcgacatacctgttcaacacaaaaatgtatgtccagaaaactctggtaaacatgtagacataacattttagcgaatattattgacataacatatatttttatgtagatcagtagtt-attcacaattctt-agtatatatgacagaaaaagtacagtgtgctgaacaaATTGAGATTTTATTTTTTACAGTGTAATGATGAAAAGTTGTGAAGAACAAGTCAGAAGTTGCTAAACAAATGAATTGCAGTTGAAATCAGTTTTGTTTGGGTTtttttacagcatgtctgataaaaaattttcttctggagaaagtcttatttgttttatttaggctagaataaaagcaatttttaaaag----ccattttgaggtaaaaattattggcccttttaagc s fr1.chrUn 296832216 698 + 349519338 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GGAACTGACGTTAAAA--TAATTGCATTACTTTTATATTTTAATATCATTTTAATGCTAATATAATTTCAAATTGCAACACAGTGAAGTTAACTTGTTTGGAAACTTAACTAGAATCTATATGGAAGTGACGCGAATTAATGTTCTGCTCCTACAGAAATTTGGTTATAAAATGT---------TTGTAAAATACCAGC----AATTAAACTGTTCTTA----------------CCTTTGG-----GAAACAGCAATGCGTGGAATCTGTCGCAGATGGTGAAA-----TAACGTCGATGTGGCGGGA--AGTGACCCAAAATGCACTGGGCTTAAGTGTAAAAAAAAAA---GTGATTAAAACCAAAAACCTCACAGCTCGTAGAACTGATCAATTTTTTGCATATTTGGCCTTTCTCATAAAATACTATTAAAATGTACGCAGTGTTTTTTAGCTGATTTTATTCAAAC------AAAACTTAGTAAATTTCA-ATCAACAATTCATTTAAATTTGTTCAGTTTAGCTCAGTTTGATTCACAACTGCACATAGTCTTTTTTATTATGTATACATT---ATGTTTTTTA-----ATTAA--TTGTTAATAAATCCCAATCCCAGTTTTTACAGT-------GTAGTTGTGTTTAGATATGTCACACTTTGATACAT-TGAAGAATGT----AATGGTTTTATTGAATAAAGAAAGCAATCAAAAATAAAAGATTGCCCATATTACACTAAAAAGTATCTATAATTACAAGCATATCATCATAAAATAATTCGATAAAATCAACTTCATGATGCTTAAGTTCCAC a score=1614 s danRer3.chr4 31136328 312 + 33808418 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+ 349519338 TTTAGTCTTTACAAATT-------TACATTATACACATTTATTCAACCTAAAAATTATAAATCCTTCGAATTAATATAGGGC-------CCAATTTTTATCAGTGTTAAGAGTATCATTTAA-TAAG a score=6925 s danRer3.chr4 31138886 196 + 33808418 ATACACACCCTTTGATAAATCTCATGCCACTTTTTTTGTCGAGGAGCTGGCCTGTTTCCCTCATTTGATGGCCAAACTCCTGTGCTGGCAAACTTTTTCAAACGTGAAATCCAGTCAGCGTCTGACATGGCTTTATGAGATTTTCCAGACATTTTTCTGCT-------ATAAATTAAACGG-----TTTTAAATTTAAAGTATCCAAA s fr1.chrUn 176811656 200 - 349519338 CTACATACCTTTTTATACAAATCAAACCATTTTCTTTGTCGGGGGGCTGGCCTGTTGCCCTCACTTGCAGGCCAGACCCCAGTGCTGGCAAACTGACGAAGGCGAGACATCCACTCTCCGTCTCCCATCGCCTTGTGAGACTT--------CTTTTCTGCTGCCTTTGATGACATAGACAGACATTATTTAAATGCATGCCATCAAAA a score=-322 s danRer3.chr4 31139082 105 + 33808418 TTTGAAATACAACACACTAAAATATTAATTCGTGCAATTGTGTAGTTTTTCCTA----CCTTTTTTAAGAAATCACTAT---------CGGAAAAAATCC---------TTTACTGTAAGCAAAACG s fr1.chrUn 176812135 127 - 349519338 TACAGGCCACAACGTAATAAAGGAGTAATTACTCCACACCGCTAATATGTCACAAGCGCACACTTTAGCCGATGACTCTACTGTAGTTTTGCAAAAACCCGTGGACGTATTTGCAACTAGCGAAACA a score=5469 s danRer3.chr4 31139272 348 + 33808418 ACCGCGTCATTCCTTCGTGTACCTTCGGCTCAGTTCGGAAAATTGATTGACATCTGACTGACCTGTTTGA-CTGCACACCTA--GCGGTGATTCTTGGAACAGTTCC-------------TCCCCCGCGGCTTCAACATTGTCTCGACTCTGATTGGTCAAATGTTG-AAAATGTTGAGAATTCCGGTCCGCGATTGGCTGCAAATGTTGAAGCGCTGCAACGTGATTGGCTACAATGTTGGA----GCGAATCGCTCCGA------TTGGCTCTCATCTTCAACATTTGTGAAATATTGTCAGACTATCCTTCGGCAGCTGGCGTTCAGGCTCCAGTCTCTTCGGGGGCGTGGGTTCGAATCCCACCGCTGCCA s fr1.chrUn 176812359 359 - 349519338 ACCATGTCAATATT--GTTTATTTTCCGTTTTCTTCCAAGAGATGAGTGAAGTGGTTGCGCGCAATTAGAGCTGCGAAAATGAGGAGGTGGAGCTTGAGGTGGATCTGGAGGTGGAGCAACCTGCCGGTTGTCCAACATTTGAGCG-CTGTGATAGGTCAGTGGGAGCGGAATGTTGGATTCACCAATCAT--ATCGACGG-AAATGTTGGATT-CACCAATCATATCGACGAAAATGTTGGACGCCACCAATCATATCGACGGTGATTGACTTATACCTCCAAAATTTCC---------CCGGACGATTCTTCGCCAGCTGGCGTTCAGGCTCCAGTCTCTTCGGAGGCGTGGGTTCGAATCCCACCGCTGCCA a score=6087 s danRer3.chr4 31139674 246 + 33808418 GGTAGCGTGGCCGAGGGGTCTAAGGCGCTGGATTTAGGCTCCAGTCTCTTCGGGGGCGTGGGTTCAAATCCCACCGCTGCCAGATGTGATTTTAAACACGGACAAACTGC--TTGAGTGCGTGCGTGTTCT---CAGTGACCGCTGGAAATGAGAGAGTACATTTA------AGTTGGCAACTATTCAGTATAATGTGTTCTTTG-AAACTCACGGCAGACTCGTTGGTGTGACAGCAACACATCCCCAAGCTCGAAT s fr1.chrUn 240254269 250 - 349519338 GGTAGTGTGGCCGAGAGGTCCAAGGCGCTGGATTAAGGCTCCAGTCTCTACGGGGGCGTGGGTTCGAATCCCACCACTGCCATAAGGAGCGTTGAGAGACAGCAAACAGCCATTGATTCTTTTATTGTTTTCCACAGTCAGCTACGGCCACGACACCCAATATTTGACATACAGTGAATAAAAACTGACTAAAAC-TGCTCGATGTGAAATGAAAGCAGAT------GTTTCGCATCAACACAGACACAAA-TCGAAT a score=-86 s danRer3.chr4 31140295 95 + 33808418 CTTTCTTTGTGG-AGGAGCTCCAGCAATGCATGTCCAAATTCAACTGATTTCC-CAGCGCTGTTGCGCTACGTGAAACAAGTTGGTGTGAAAA-----CTGC s fr1.chrUn 301888479 95 + 349519338 CTTTCCATGTGGTCGCACCACTAAAGATGTAGGTTTATTTTACACTAAGTTAAATGGCTACATTACACTACCTA-------CTGGTCTTGATAGATTCCTGC a score=3050 s danRer3.chr4 31140438 81 + 33808418 CTGGATTAAGGCTCCAGTCTCTTC-GGGGGCGTGGGTTCGAATCCCACCGCTGCCAGGCAGTCCTTTTAGGATGCTTGAGAA s fr1.chrUn 211972568 81 + 349519338 CTGTGTTCAGGTCGCAGTCTCCCCTGGGGGCATGGGTTCGAATCCCACCTCTGACA-TTAGCTTTTGGACTATGCCTGAAGA a score=946 s danRer3.chr4 31140806 58 + 33808418 TGCTTGAGCAAACAGACTTGCAAAGTGATACTGCACGCTTCAGCTCGCATCCAAATGT s fr1.chrUn 243824110 55 - 349519338 TGCTGGTGAGACATGACTTATATAGTGCAACAG-AAGCTTCAG--CGGAGCTAAGTGT a score=-1137 s danRer3.chr4 31140864 138 + 33808418 AGACTTCTTGGCCAAAGTTTAAGGGCTTCACTAGGAAGCTCTGCGTCTTCTCTGCTGTTCTGCTTCCG----TAAAATTGGGCAGAAAAGGGACCACTGCAAAGATACATCTAGGGTTGCGTGGCTGAG-GGGTCTAAGGCGC s fr1.chrUn 128993583 138 + 349519338 ACGC----CGGTAGACGTTTGAGACCTTC-TGGTGTGTCACTCCGTCCCACCCTCCGCTGCGTTCCCACTCTCCAAGTGGGACACCAGCAGCAGTCATGCATATTTAAGCGCAGAGCTTGTTGAAAGTGCCGCTCTGCTGCGC a score=3022 s danRer3.chr4 31141002 54 + 33808418 TGGATTTAGGCTCCAGTCTCTTC-GGGGGCGTGGGTTCGAATCCCACCGCTGCCA s fr1.chrUn 211978277 55 + 349519338 TGCGTTCAGGTCGCAGTCTCCTCTGGAGGCGTGGGTTCGAATCCCACTTCTGACa a score=-186 s danRer3.chr4 31141098 122 + 33808418 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GGGTAGTGTGGCCAAGGGGTCTTAGGCGCTGGATTTAGACTCCAGTCTCTTCGGGGGTGTGGGTTCGAATCCCACCGCTGCCAGA-TGTGGTTTTAAACAAGGCCAAACTGCTTGAGTTCGGCTCGTTTTC--AGTGAACGCTG-GAAATGAGAGAGTACGTTTAA s fr1.chrUn 229481491 159 + 349519338 GGGTAGTGTGGCCGAGTGGTCTAAGGCGCTGGATTTAGGCTCCAGTCATTTCGATGGCGTGGGTTCAAATCCCACCACTGCCACAGTTTGGCCTT-------GCCTTACCTTTAGGTCTCCGTTCTTCTTCTAAACCAACATTGCGAAAAAAAGGTTTTCGTTTCA a score=445 s danRer3.chr4 31145634 52 + 33808418 GTCGTTCATAAGGCAAAACTAAAA---GTCATCTTACCGAAAATAGTTGCAGAAA s fr1.chrUn 241241902 55 + 349519338 GTCATTCTTGAAAGAAAATGAAAAAGAGTTATTTAATTCCACCTCAACTCCGAAA a score=77 s danRer3.chr4 31145733 3 + 33808418 AGG s fr1.chrUn 134518843 3 + 349519338 ATG a score=2760 s danRer3.chr4 31145736 570 + 33808418 AAAGTACGTGACGAGGTGGCCGAGTGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCACGCGTGGGTTCGAATCCCATCCTTGTCGCTCAT-----------------------------------ATGTTCTGG-----CATTTGAGAGATA-ATGGTG-----TTTCTGTAGAAGTTCTTTTACTCTCACTCTTTAAGCGTTTTGAAGGATGTTGTTGCAAAACCCTATGTCAACTTTATCGAAAATAGCTGTAAATACAAACATATGCCATAGTCCAGCCCCCATCATGAAAGTGAGTACAAACATGACGATGTGGAAGGGTCCATCGAATCCCATCCTTGTCGTTCAAATGCTCTGGCGTTTGAAAGAGGCCGGTGCTTCCGTGGAAGGTGTTTTACTCGCACGCTCTTATCGTTTTGAAGGATGTTGTTGCAAAATTTAACGTCATCCTTACCGAAAAT-----AGCAGCAAATACATACAG----AAATGTCATAGTCGAGCCCCCATCATG-----AAAGTGAGTACATACATGACGAGGTG--------GAAGAGTCCATTGAATCCCATCCTTGTTGTCCAAATGCTCTGGCGTTTGAAAAAGGCCGGTGCTTCCATGGAAGGT s fr1.chrUn 134516706 550 + 349519338 AGGGCACAAGACGAGGTGGCCGAGAGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCACGCATGGGTTCGAATCCCATCCTCGTTGCACTTTTCCATTTATCGATCACAATGGTCATCACTGACTGATGGTTTGGGGTTTCACCTGTGAGACATGTGGTGACCACCTGCTGATGAAG--------CTGTCAGTCCCTCAGAGGTTCACA--------CTGAACGAACACGTGTTAAGATTAT--AACATGGGTGTTA-------CACACACCCTAAACGAACTCTATGTTTGTGAAGGAGAAGAGCCACGTC--TTTAGAAAGTTCTG------CTTATCCCAGTT------------TGGCTTTTACTAAA-----------CCCATGAAGGAGAAGAAACTGCAGA--------------------GTTGGAGCAAAGAACAATCACAACAATGCTGTAAGTCTATAAATAGCTGATAGAGACTGGTTTAGACTGGTTAGTTTAGAACTGATTAAGCTTCTGAAGTGGGAGGAGAAGGGAGGAGATGTCTTAAAAAAACAGTCCAGTTGATCTGTTTCAGGCTGAAGAGAAGATCTGACTACTCACGA------------CCATGAATGAC a score=-950 s danRer3.chr4 31146345 834 + 33808418 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s fr1.chrUn 134518855 1536 + 349519338 GACGAGGTGGCCGAGAGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCACGCGTGGGTTCGAATCCCATCCTCGTCGCTGTTTTTTCTCAAGAGTTCGAGAGTGATCACTGACTG-----AGAAGATCTGAAGCTC---ATCT-------------AAGATGCGG----------------ACCGCTAAAGGAAATGACTGCAAA------CATGT------TGGTTCCAGCCCCTTCAC-------CTTTCACACATGA-------GAGAAAACCAAT-----------------------------------------------------------------TTTAACT------------TTGTTCAGGGGATTTTTGTT-------------------------------------------------CATGCTAATGGTGAAACCTCCTCATAAGAAT------------------------------------TCGCGTTTTTGTC------------------------------CAGGATGTGGGCGTGG-----------CTTAATGATGT-------------------------AGTACCAGGGCACAAGACGAGGTGGCCGAGAGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCACGCGTGGGTTCGAATCCCATCCTCGTCGCACTTTTCCGTTTATCGATCACAATGGTCATCACTGACTGATGGTTTGGGGTTTCACCTGTGAGACATGTGGTGACCACCTGCTGATGAAGCTGTCAGTCCCTCAGAGGTTCACACTGAACGAACACGTGTTAAGATTATAACATGGGTGTTACACACACCCTAAACGAACTCTATGTTTGTGAAGGAGAAGAGCCACGTCTTTAGAAAGTTCTGCTTATCCCAGTTTGGCTTTTACTAAACCCATGAAGGCGAAGAAACTC-TGCAGAGTTGGAGTAAAGAAC--AATCACAACAATGCTGT--AAGTCTATAAATAGCTGATAGGGACTGGTTTAGACTGGTTAGTTTAGAACTGATTAAGCTTCTGAGGTGGGAGGAGAAGGGAGGAGATGTCTTAAAAAAACAGTCCAGTTGATCTGTTTCAGGCTGAAGAGAAGATCTGACTACTCACGACCATGAATGACCACCAGCCAATTAACCACCATTAACAAGAGAAAACTATTGACCTCCATCTACGACTACATGTTAATCAGTCAAAAAATAGAAAATGTTT-----TCCAAAGATCTGACATCTCCACAGTTTTCTCTTGTGTCATGCCGATGGGCATCATTTCATGATGTCACAGCAGAAGATTTTGTGGCTGAGAGACTCAGGTGATGGACCCATCTGCAGCGGGTTGTCTTGCTTTGTCCAGGATTTGGGTGTGGCTTAATTAGGTCTTACGGAAAAGCA---GACGGGGTGGCCGAGAGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCACGCGTGGGTTCGAATCCCATCCTCGTCGCTGTTTTTTCTCAAGGGTTCGAGAGTGATCACTGACT-----GAGAAGATCTGAAGCTCATCT----------AAGATGCGG-----------------ACCGCTAAAGGAAATGACTG------CAAACATGT------TGGTTCCAGCCCCTTCAC-------CTTTCACACATGA--------GAGAAACC----AATTTTAACTTTG-------------------------------------TTCAGGGGATTTTTGTTCATGCTAATGCTGAAACCTCCTCATAAGACTT----------------------------GTAATGAGTAACAAATGAGT-TAGAAcaggcctggccaacccgcggctctttgcctggtt-------tgatgcggctctatcgttcatatcgaagtttgggtttgtgttttttttaatgtgc 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GTTGCAAAATTTTATGTCAACTTTATCGAAAATAGCT--GCAAATACAAACATATATGCCATAGTCCAGCCCCCATCATGAAAGTGAGTACATACATGACGAGGTGGAAGATTCCATCGAATCCCATCCTTGTTGTTCAAATGCTCTGGCGTTTGAAAGAGGCCGGTGCTTCCATGGAAGGTGTTTTACTCGCACGCTCTTATCGTTTTGAAGGATGTTGTTGCAAAATTTAACGTCATCTTTACCGAAAATAGCAGCAAATACATACAGAAGTGCCGTAGTCCAGCCCCCATCATGAAAGTGAGTACATACATGGCGGGCTGGCCGAGTCCATCGAATCCCATTTTTGTCGTTCATACGGCAAAACTGAAAGTCATCTTACCGAAATTAGTTGCAGAAACATACATTTACAATTATGTGCCACAGTCCGGCCTCCACCAGAGAAGAAGGAAAGTACGTGACGAGGTGGCCGAGTGGTTAAGGTTATGGACTGCTAATCCTTTGTGCTCTGCATGCGTGGGTTAGAATCGAATCCCATCCTCGTCGC s fr1.chrUn 134521116 414 + 349519338 GCTGCAGGAGTGGAGAGCAACATC-TCCACATCAGCCTGACAGATTCACAATTGT-TCCCATTGTGTTGCAGATTTCACCAGAATTGCCACAAACAT--CCAGGT-AACCATGGTGATGACTGTCAGCCTCTCTATTCCA----------GACCGCATGAGACAACTAAAGCAATCATAGATGCTCCAAC--AAGGCTGAGATCA----GGAGACTGTAGACGCAGCTT----CATGATCTCCACCAAAA--GGTCGTGAA-GCAAACTAAAAAGTCATTGCCAGGAATCTGACATGTGA-----CCCATCTGCAGTGGGTTTGC---------------------TTGCTTTGGATGTGG--------------------------------------GCGTGGCTTAATGATGTCATGCCA------GGCC----------------------ACAAGACGAGGTGGCCGAGAGGTTAAGGCGATGGACTGCTAATCCATTGTGCTCTG-------------GATTCGAATCCCATCCTCGTCGC a score=1872 s danRer3.chr4 31163629 149 + 33808418 ATGTGTTGATGCATCATTTTTTTTTCACTGCAATAATTGGTTGAAATGA---------------TCTGAAATTAAATCTATAA------ATGAAACACAAAACGGTTATGATAGCTAAGTGATTCTGAGTCGATTTGTTAATGTGCTGCAATATGCAGAAAGGTTGTTAA s fr1.chrUn 169503351 162 + 349519338 ATGTAATGGTGCATATTTGGTGTTTTATTTTGAAAATTTGGCCAGATAAGTGACACGATTCTTCCCTGAAGTAGGCACCAGTACTCACCGTGTCCCACATGACGATGTTGATGTCTGAG-----CTGAAG-GAGTTGTTGATGTGCTGCGATATGTAG--AGGTTGACAA a score=148 s danRer3.chr4 31165458 391 + 33808418 TTCCGTTATCTCCTTCATGATTATTTGTACTGTTTTCCTACATTTCATGTTTTAAAATCATTTTAACTAACTTAAGAAAACAGTGGA-----GAAGAGGGTGAAGAAGTGCATGGTCTCCAAAATAGTGGtaatttaataatataataatatatatgtataataaaaaaaatattttCTGAAAGCAACTCGGCTGGCCCGATTCCAAATTCAAGTTGTTAAA---CCAATTTACTGTTCCACCAAACATTATTATACA--------CCAT-----AGTAGCATGTAGGCT-ATAAAATGTTATGACTTAAATTGAT--ATGTAGC----TGCAAGAGTGATT---------AATTAATGCTCCATTTAT-CGCATAAATAGCATAAATCT-----tgccttaaaaggaaagtgcataatttagccttaccctga s fr1.chrUn 183464116 395 - 349519338 TTCCGTTTACCCCATTATTGTCACTGATATTAATATGTTTGATGTCTCATTTTGAAACCATGAAAATGAGGTTACGACTACATTTTAATCCTGTTGACACTGAAGACTT---------------TGGTGCCAATTGGCCAATGGAAGTGTATAGA-ATTTATCAATAAACAT--------------------CAGTCCAGGGTCTATAT---AATTGTTACATTTTTTATTTAAATTTACAACAAAAATGATGATCCATATCTCTTCCAGTGAGAAATAACATGTATTTTAACAACAGTTTGGGACTCAGCATGTTTATTTTAACATTATGTATGAATAATTTGGACATAAAAGTAAAATTCTAGCTATAAGAGCAAATACCATACAATTTAAAATGTCTTTATAGAGATGATCATAATTTGGTAATACTATGA a score=269 s danRer3.chr4 31166731 180 + 33808418 actactgtaAATCATTCTAACATGTACAAAACAGACAAAAAAAAGCAGTGGCA----ATGGTTCGGTAATTAGATTTGTTTATGGA------TCATGAAAACCC-------CACCA--GCT-TTATATGTAAGCACAGAGTACCCTTTTAGTCATAACAGGAAATATGGATGACAATGAAGGAAG---TTAATGACACA-----CAAA s fr1.chrUn 216220040 194 + 349519338 AATACATCACACCATCCTGACAGATAAAACACAGATA--------CAGTTGCATACAACCGTTGTGTATGATGACCTGTCAATAAAATGTTTTTATGCAAACCTTCTTTGTCACTATGGCTACTATGCGTTAATGTAA------CTTTCTTTGACAACAGCATATCTACATGAAAAAGGGAGAAAATTTTTAAGATGCAGTGTTTAGA a score=302 s danRer3.chr4 31166911 47 + 33808418 CACATCTCAAGAAGGTTTTCACAGCCACTGTGTTTTATCCAAC------AACC s fr1.chrUn 169503778 53 + 349519338 CACACCATCACAATGTTGTCAGCGCAGTTATATTTCTGACAAACAGGGAAACT a score=3774 s danRer3.chr4 31166958 150 + 33808418 ATTGCTCCCAAGTTGAAGTGAGACCTTCAAAAACGACCCAGGTGGGACTTGAACCCGCAATCCCCAGCTCCGGAGGCTGATGCCTTATCCATTAGGCCACTGGG---------------------------------------CCACGTCACTAATAGTACAAACATTTTATTTCTGCTATCATTCACA s fr1.chrUn 314558914 188 + 349519338 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TTTCTACAGTATTTCAATGAGATCCAATTTATATCTTAATTAAGATATGCTTTTTTTTAATAAGATA-TGCTATTTTTATACAATAGTTTTGAATGTATTA---TGCTGTTTGCTAAAGCTCACCTT--CATGTACTTGAGTGTACAGTA-------------TTACTGCACAAATTTCCAAAGAAACATGTCTAT-----------ACCAAA------------AACATATACAATGTCGCTAGACCAAACTGTGGGCTGGC-----CCACTCGAAAAAGAAGTTCACTTTGGGCCCATAGCAAGTCCAAACAAAG-------TGGAGTGTATATAGCCACAATGGGCAAAGTATAGGTATACTATCTG---------------AGTCAGAAGTATGTCCTATGAGCATGCTCTGTGGGCATTTAGTAATTAACAAAATAGTTAGGTCCCACTAATACTAAGTTGAGTCCAGGCACAAAATGTGCCTATAA--GGTCCCAGTAAAGCACTTTTATACAGGGC--CATTGTGGCTTTAA-----CACAAAACAAAACTAGTTCACTTCTACTATGTAGCAAAATAGCACAATATCACTTCAACTGCATAATTACATATTTTGAAAGCAT--AAAGAAAAATCAGTAATAAATAAAGCATCTAAAAATATAAAGACAACATGGACTATTTTTCAAAGGTTTGGGACAAAACTGCTTTA--GTTTATAAAAATGCAGATATAAAAGTAACCTTGTAAATAATTATTCCTTTTTAATATGTT s fr1.chrUn 40891121 703 - 349519338 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TTTGCGTTGCTCTCAGTGCAGTG s fr1.chrUn 75201690 23 + 349519338 TCTGATTTCCATCTCCTACCGTG a score=-247 s danRer3.chr4 31173646 184 + 33808418 GCCCCTGCCGGAG-TTGTTCGGTTCTACTCTGGAGTGAATCGAGTTTCTGGGGCCGCCAGCACAGAGCCTGTGGGGTGCTCTCCTGGGT-TCAAAGGCTGCCCCAACCGCTCTCATGTCTTGGTCCCGTACATCCCTCAGGACTTCCAGAAGAAACCAGTACA--GCCACTCTCCTGGGAAGACAGCA s fr1.chrUn 218622048 181 - 349519338 GCCCTAGCTTAAGCTTATATGATAACACT------TGAAGGGACCTTTTAATGACTCTGGCCGTGAGCTCGT-CGCTCCTCACACGTGCATTAATGGGGGTCACACTTGCAGCCTTGTTTCCATTTCCAGCATCTCTCCGTTTTCGTTTAAAGGTTTAGAACACCGATACAAAACGAGGGAAACAGCA a score=-106 s danRer3.chr4 31174613 128 + 33808418 gagctgcagcaacacctaagggctctgacacacag------acacaaaagaaaccattgcttt-taacctactcttggagaggagagagtctccgaccctggatctcaggtcttctatggagggactgtcaggaa s fr1.chrUn 92104289 135 - 349519338 GAATGGGAGCAATGCCTTATTATTATATCATGTAATTTCTTACCCTTAAGATGCTGTTGCTTCGTGACCCTCCAAAGGAGAGTACATGTAAAATTACACCATATTTAAAATGTCCTGTTAAAGACATGGCTCTAA a score=672 s danRer3.chr4 31174827 31 + 33808418 TTGTCCTTGCTTCAAGCA----ATGTGCTAACAAG s fr1.chrUn 75202437 35 + 349519338 TTGCCTTTGTAGTAAACATAATAGGTATTTACAAG a score=4025 s danRer3.chr4 31175018 111 + 33808418 CTGGAGTTTGTGCCAAGACTGGGTTTCAAGAGTGGCAGTTCCCATATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTTTCACCCAGGCGGCCCGGGTTCGACTCCCGGTATGGGAA s fr1.chrUn 180017296 111 - 349519338 CTGCAGTCTGTTTCTGAGAGGAGCAGCGTTGTTGGTACCTCCCTGGTGGTCTAGTGGTCAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTCAGGGAA a score=4966 s danRer3.chr4 31175216 78 + 33808418 GCCTTCGATAGCTCAGTTGGTAGAGCGGAGGACTGTAG---GTGGATGATGGCAATCCTTAGGTCGCTGGTTCGACTCCGG s fr1.chrUn 127938427 80 - 349519338 GCCTTCGATAGCTCAGC-GGTAGAGCGGAGGACTGTAGCGGGTCGGTCACAGGAATCCTTAGGTCGCTGGTTCAAATCCGG a score=7200 s danRer3.chr4 31175376 83 + 33808418 TGAAAAGGATGTTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGCCGCGGCGGTGAGAGCGCCGAATCCTAACCACTAGACCACCAGGGA s fr1.chrUn 140537245 83 - 349519338 TAGAAAAGTAGTTCCCTGACCGGGAATCGAACCCGGGCCGCGGCGGTGAGAGCGCCGAATCCTAACCACTAGACCACCAGGGA a score=-717 s danRer3.chr4 31175482 87 + 33808418 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s fr1.chrUn 316384531 1347 + 349519338 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AATAGAGTGTCATCAGCAAACTGACTTAAAGTAAAAGTCCTACCAAGTATATTAATACCTAA---AGTGTACTCTGATTTAATAT-------AATGACATAAGTTCAACAGCTATATTAAAA--------AGTAAAGGTGAGATGGGACATCCTTGATGGATTCCT------CTTATGATGTAAACTCTAG-------GAGATGATCCTGAATTCAGAGATTTACTACTGAATATATCAGTATAGAACATGGAAATTACCCTACAAAAGCTCGGACCAAACCCAAAAGTTTCTAA---AGACTTTCTAAAGACAAAAAAGGATGCTCAAGGGTATCAAATGCCTTGAAAAAGTCTAGAAATAGAA---ATATACTTGTCTGAGG----------AATTAAATACCTATAATCGAGCATATCAACT----ATCATTCTGAATACTTCTCACTTTAATGAAAGCTGATTGT--ATTTCATTAATTATCTCGCCTATACCT---------TTTTTTGAGTCTATTGAAAATA-CATGAGAGAGCAATTTAAAATCATTGGACA----------------AAAGAGTTATGG----GTCTCCAATTGTCTAAAAATAATTTGTT-----TTTGCTTGG---CTATGAAACTAAAATTATTAAATTCTGCTTCATAGAAGTCGATAGTTCTGCTTTGTCTTTACTTTTCTTAAGTGCTTCAAAAACTAAAAATCTCATCTCTGGCCAAAA---------ATGTTTATGAAACTCAACTGTA-ATTCCGTATATGCCTGGATT--------TTCCATTGGATATTTTAGAAATAGCAACATCAAGTTCAGAGATAACAATGTCAGATTCCATCATTTCACAAA s fr1.chrUn 316386853 837 + 349519338 AATAAAGTTGaatc--taatctaatctaatctaa---tctaatctaatctaatctaatctaatctaatctaatctaatctaatATTGATCAAAAGGCCGCAAAAACGAAATTACTTTTAAAATTGTTGGCAGTCAAG-TGAGATGGTGAGTCCTTGAGGGACATGTGAGAGGAATAAGACCAGTACTCCAGTAATAAAAAGAAGTCACACATTTCATTGATTCAATGGATAATTTTTCTGTTCATCACAT------TACT------GAGTTAGACCCGAATACA----TTTTTCATTTAGATTTTAGTAATTTAGCA---GATGTTTTCTGCCAAAAAATACA--AATCAGATATATAGGTAGAATGAATTTTCTTGCATGTGGTAATTTTCAGAATTAAA-GCGTAAATTGGCAAATCCCAACTCTGAATTAATCCAACTGCCTTTTA---TATTGAAAG-TAATTGCCGGATTCGGTATGTAAATTATTTATACTTGACATTGTGTGTTTTGAGTCGAGAGAAAAAATCATGAC----TCATTACATATAGTCAGTCACTTCCTTAAGCTTCAGGAAGAGTGAAGGTAAAAACTCCAGTTTTTGATAATTATTGCGTCGAACATCTGTTAGGAGTCAATGACAGGATAAGCAGTCG-TTATGTTTGAGGGTTGCCAAAAGGC--GACTTCTCTCCAATTCTGGTGA-CGTTTCAAACCCTCATAAGAACTTTTACTGTCATAAGCGACTAATATGAATATAATATTGAGGGCTATGTTTTTTTTATCATTTGAAAAACTAAAATTCAATCAAAAGCATTTGAAACAGAAACATCAGGTTTTGACGTTGAACTACCAGATGTTACAATTTTGGGAA a score=-230 s danRer3.chr4 31199215 78 + 33808418 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danRer3.chr4 31223729 202 + 33808418 TTCATTTCTGTACTTTTA-CCCACGCACTAAAACAGCAATATGGAGCGCTTCACGGATTTGCGTGTCATCTTTTCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGATCCAATTTTAGTATATGTGCCACCGTAGCAAGCACAGACCAGCGGTCAGGCTCAGGGCATATGTACGCCTCGAGTCCCAGCAATGTTCCTTCAAGGT s fr1.chrUn 152743241 198 - 349519338 TGAATGTCGGAAGTATTATTTCACCAAATAATGAGAAAATGAAGAACGCTTCACGAATTTGCGTGTCATCCTTGCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAGTATATGTGCTACCGAAGTA---ACACAATCACTGTCGACATCGACTCG-GTATATGTCGGAAGACACTCCAACA-CCATTCTGGGT a score=-2581 s danRer3.chr4 31223931 281 + 33808418 GGTGGGACCC---GAAGAGCCATG---------------TTCCCACTTGTATGCCGT---GCACTACAGAGCTTTGGCC-----------CTGTCAGTGCTAGGCACACTGATTGATGCAGTAGGTCACCAAGT---------TTATGGACAGGGGGAAATTAGAGTG--TCAGGATAGCCTATGG--------CAAAGTCCCAGTAAAGCAAGGGCTTTGAAAGTGCATTGGT-------TGCACAACAAAACAAATGATCAAAGCATCCCACATTCGTTTTCACCATG-CATGTAGACTTTCCAGT-------------------TGACCCAGCAGCACCTCCCACGATTTGCTAAA s fr1.chrUn 152737245 346 - 349519338 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TTCATTTCTGTACTTTTA-CCCACGCACTAAAACAGCAATATGGAGCGCTTCACGGATTTGCGTGTCATCCTTTCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGATCCAATTTTAGTATATGTGCCACCGTAGCAAGCACAGACCAGCGGTCAGGATCAGGGCATATGTACGCCTCGAGTCCCAGCAATGTTCCTTCAAGGTGGTGG s fr1.chrUn 152742615 203 - 349519338 TGAATGTCGGAAGTATTATTTCACCAAATAATGAGAAAATGAAGAACGCTTCACGAATTTGCGTGTCATCCTTGCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAGTATATGTGCTACCGAAGTA---ACACAATCACTGTCGACATCGACTCG-GTATATGTCGGAAGACACTCCAACA-CCATTCTGGGTCATGG a score=-740 s danRer3.chr4 31225107 162 + 33808418 AAATTAGAGTGTCAGGATAGCCTATGGCAAAGTCCCACTAAAGCAAGGGCTTTGGAAGTGCATTA----GCACAACAAAACAAACGATCAAAGCATCCCACATTCGTTTTCACCATG-CATGTAGACTTTCCAGT-------------------TGACCCAGCAGCACCTCCCACGATTTGCTAAA s fr1.chrUn 152733072 171 - 349519338 AAATTGGAACGGTATCATAG--TGTCAGATGGATCCAGTGACGAAAA----TTGGAACGGTATGACAGTGCCCCATAGATCCAGTGACAAAGAAACAACA------TTATGACAGTGTCAGACAGA---TCCAGTGACAATAATAGGAATATAATGACTAAGTGACACATAGGTGGATTGACAAAA a score=2683 s danRer3.chr4 31225285 539 + 33808418 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AAATTGGAACGGTATCATAG--TGTCAGATGGATCCAGTGACGAAAA----TTGGAACGGTATGACAGTGCCCCATAGATCCAGTGACAAAGAAACAACA------TTATGACAGTGTCAGACAGA---TCCAGTGACAATAATAGGAATATAATGACTAAGTGACACATAGGTGGATTGACAAAA----------------AATTGGAACAATACAAAGA------------TGAATGTCGGAAGTATTATTTCACCAAATAATGAGAAAATGAAGAACGCTTCACGAATTTGCGTGTCATCCTTGCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAGTATATGTGCTACCGAAGTAACACAATCACTGTCGA---CATCGACTC--GGTATATGTCGGAAGACACTCCAACACCATTCTGGGTCATGGTTGGAACACTGAGCTGCCACAGTGGGTGCAATCCTTTGAACAACCGTGTAAATTTTGGGTAAATACCCAC a score=2932 s danRer3.chr4 31229268 684 + 33808418 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TGCATTTCTGTACTTTTA-CCCACGCACTAAAACAACAATATGGAGCGCTTCACGGATTTGCGTGTCATCCTTTCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGATCCAATTTTAGTATATGTGCCACCGTAG-----CGAGCACGGACGAGTGGACAGGCTCAGGGCATATGT------ATGCCTCGA-----------------GTCCCAGCAATGTTCCTCCAAGGTGGTGGGA----CCTGGAGAGCCATG---------------TTCCCACTTGTAT----------------------------------------------GCCGTGCACTACAGAG s fr1.chrUn 152733888 341 - 349519338 TGAATGTCGGAAGTATTATTTCACCAAATAATGAGAAAATGAAGAACGCTTCACGAATTTGCGTGTCATCCTTGCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAGTATATGTGCTACCGAAGTAACACAATCACTGTCGA---CATCGACTC--GGTATATGTCGGAAGACACTCCAACACCATTCTGGGTCATGGTTGGAACACTGAGCTGCCACAGTGGGTGCAATCCTTTGAACAACCGTGTAAATTTTGGGTAAATACCCACACACATTTAATAAAGCGTCAGATAGATTCACCTACAAAATTGGAATGTTATGACTAAGCATCACATAG a score=-659 s danRer3.chr4 31236146 131 + 33808418 CTTTGGCCCTGTCAGTGCTAGGCACACTGATTGATGCAGTAGGTCA-----CCAAGTTTATGGACGGGGGGAATTTAGAGTGTCAGGATA--GCCTATGG---CAATCCCACTAAAGCAAGGGCTTTGGAAGTGCATTAGC s fr1.chrUn 152737973 141 - 349519338 CTTAGTGTCAGTTGGATCCAGTGATAAAAATTGGAACGGTATAACATAGTGTCAGATGGATCCAGTGACGAAAATTGGAACGGTATTATAGTGCCCATAGATCCAGTGTCGAAAATTGGAACGGTATGACAGTGCCCCATA a score=-421 s danRer3.chr4 31236277 130 + 33808418 ACAACAAAAC-ATATGATCAAAGCATCCCACATTCGTTGTCACCAT-----GCATGTAGACTTTCCAGTTGACCCAGCAGCACCTCCCACGATTTGCTAAACCCATCGTCATGCACCATTTGGAAACGTGAAAAGC s fr1.chrUn 152743131 110 - 349519338 ACAAAGAAACAACATTATGACAGTGTCAGACAGATCCAGTGACAATAATAGGAATATAA----------TGACTAAGTGACACATAGGTGGATTGACAAAA----------------AATTGGAACAATACAAAGA a score=7448 s danRer3.chr4 31236419 136 + 33808418 TTCATTTCTGTACTTTTA-CCCACGCACTAAAACAGCAATATGGAGCGCTTCACGGATTTGCGTGTCATCCTTTCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGATCCAATTTTAGTATATGTGCCACCGTAGCAA s fr1.chrUn 152744493 137 - 349519338 TGAATGTCGGAAGTATTATTTCACCAAATAATGAGAAAATGAAGAACGCTTCACGAATTTGCGTGTCATCCTTGCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAGTATATGTGCTACCGAAGTAA a score=-1097 s danRer3.chr4 31236767 167 + 33808418 AGTCCCACTAAAGCAAGGGCT-----TTGGAAGTGCATTA----GCACAACAAAACAAACGATCAAAGCATCCCACATTCGTTTTCACCATG-CATGTAGACTTTCCAGT-------------------TGACCCAGCAGCACCTCCCACGATTTGCTAAACCCATCCTCATGCACCATTTGGAATCGTGAAAAGC s fr1.chrUn 152737439 171 - 349519338 AGTGCCCATAGATCCAGTGTCGAAAATTGGAACGGTATGACAGTGCCCCATAGATCCAGTGACAAAGAAACAACA------TTATGACAGTGTCAGACAGA---TCCAGTGACAATAATAGGAATATAATGACTAAGTGACACATAGGTGGATTGACAAAA----------------AATTGGAACAATACAAAGA a score=5098 s danRer3.chr4 31236946 451 + 33808418 TTCATTTCTGTACTTTTA-CCCACGCACTAAAACAGCAATATGGAGCGCTTCACGGATTTGCGTGTCATCCTTTCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGATCCAATTTTAGTATATGTGCCACCGTAGCGAGCACAGATCAGCAGTCAGGCTCAG---GGCATATGTACGCCTCGAGTCCCAGCAATGTTCCTCCAAGGTGGTGGGACCTGGAGAGCCATGTTCCCAC------TTGTATGCCGTGCACTACAG----AGCTTTGGCCCTGTCAGTG-CTAGGCACACTGATTGATGCAGTAGGTCACCAAGTTTATGGACAGGGGGAAATTAGAGTGTCAGGATAGCCTATGGCAAAGTCCCAGTAAAGCAAGGGCTTTGAAAGT-----GCATTGGTTGCA--CAACAAAACAAATGATCAAAGCATCCCACATT------------------------------CGTTTTCACCATGCATGTAGACTTTCCAGT s fr1.chrUn 152743241 473 - 349519338 TGAATGTCGGAAGTATTATTTCACCAAATAATGAGAAAATGAAGAACGCTTCACGAATTTGCGTGTCATCCTTGCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAGTATATGTGCTACCGAAGT-AACACA-ATCA-CTGTCGACATCGACTCGGTATATGT-CGGAAGACACTCCAACACCATTCT----GGGTCATGG---TTGGAACACTGAGCTGCCACAGTGGGTGCAATCCTTTGAACAACCGTGTAAATTTTGG----GTAAATACCCACACACATTTAATAAAGCGTCAGAT----AGATTCACCTACA-----AAATTGGAATGTTATGACTAAGCATCACATAGATCCAGTGACAAAAA---TTGGAATGTTCTTAGTGTCAGTTGGATCCAGTGATAAAAATTGGAACGGTATAACATAGTGTCAGATGGATCCAGTGACGAAAATTGGAACGGTATTATAGTGCCCATAGA---TCCAGT a score=5902 s danRer3.chr4 31237476 386 + 33808418 TGCATTTCTGTACTTTTA-CCCACGCACTAAATCAGCAATATGGAGCGCTTCACGGATTTGCGTGTCATCCTTTCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGATCCAATTTTAGTATATGTGCCACCGTAG-----CGAGCACGGACGAGTGGACAGGCTCAGGGCATATGTACGCCTCGAGTCCCAGCAATGTTCCTCCAAGGTGGTGGGACCTGGAGAGCCATGTTCCCAC------TTGTATGCCGTGCACTACAG----AGCTTTGGCCCTGTCAGTG-CTAGGCACACTGATTGATGCAGTAGGTCACCAAGTTTATGGACGGGGGGAAATTAGAGTGTCAGGATAGCCTATGGCAAAGTCCCAGTAAAGCAAGGGCTTTGGAA----------GTGCATTGGTT s fr1.chrUn 152743867 383 - 349519338 TGAATGTCGGAAGTATTATTTCACCAAATAATGAGAAAATGAAGAACGCTTCACGAATTTGCGTGTCATCCTTGCGCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAGTATATGTGCTACCGAAGTAACACAATCACTGTCGA---CATCGACTCGG------TATATGTCGGAAGACACTCCAACA-CCATTCTGGGTCATGG---TTGGAACACTGAGCTGCCACAGTGGGTGCAATCCTTTGAACAACCGTGTAAATTTTGG----GTAAATACCCACACACATTTAATAAAGCGTCAGAT----AGATTCACCTAC-----AAAATTGGAATGTTATGACTAAGCATCACATAGATCCAGTGACAAAAA----TTGGAATGTTCTTAGTGTCAGTTGGAT a score=1470 s danRer3.chr4 31237921 590 + 33808418 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CTTCATTCGAATCTATGATTTCAAAACTTTCTGGATCCACACCTACAAATGTTTCCATAATTTATCGTCCACCCAAACTAAATAATGAATTTCTAAATGACTTTGCTGCTTTTTAACACCTATTACC--ACCCTCTCACCTAATATTATGGTTTTAGGAGATTTTAATATTCATGTGGATAATTTTAATAACTCCCTTACAAGAGATTTTATATCCTGTCTTGAGAGCTTTGGACTTCAACAGCATGTCAATGTTCCCACACACTCTAAAGGACACACCCTCAACCTCATCTGCTGCTCTGGTGTCTCACCCATTGACCTCTCTGCTGAGGAACTCCCTATAACGGATAATTTTCTCCTCTGATTTAATTTTGCACTCTCTCTTTCTTCCACCAAACCTCTCCGTACTATTTCCTTCCGTAACATAAAACATATTAATTTAGAATCCTTTTTTTGCTAGTATTAACTCTCTTCCTGAAATTACTAACC-------TTTCATCACCA--AATGATTTAGTTTCTCATTACAACACTGG s fr1.chrUn 32964655 526 - 349519338 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CGCTGTACAATTCATACTTACCTGGCAGGGGAGACACCATGATCAGGAAGGTGGTTCACCCAGAGCGAGGCTCTGCCATTGCACTGCGGCAGTGTTGACCTTTGCGAAT a score=1868 s danRer3.chr4 31253952 188 + 33808418 GGCGATCGACCTGTACGGCGTGCAAATTTCATTTTAG--AAGTGTAGGC-AATTACAGCA---CCTGATTGGTTGATTGGGTTTCAGCAAACCATGAATG---AACTGCTTTT-GCGAGTGAACAATCCCCTGGTGATGTCGTCAAAACAAATAGTAGTAACTGTCAGGAC------ATGTTGCATATGCTGTGGTGCTTTTGA s fr1.chrUn 290245767 188 + 349519338 GGCCCTCGACCCGTACGACGTGCAAAACCAAGTGTAGACAAGTGTAGACGAATTGTGGCAAAGTCAAGTCTTTTGACAGGGATCC-GCGAGCATAAAGTGCCTAACTGCTCTTGGCATGTCAAATGTCCC---------------AAATGGTTATAAATATCTGTCAAAATCTTTCAATGAAATGTAAGCCATCAAGCTATTGA a score=106816 s danRer3.chr4 31255876 2603 + 33808418 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s fr1.chrUn 290247308 2596 + 349519338 CCTGGAAATGAGGTCCCAAAAGAATGTCCACAGCCCTTTGAAAGTCTACAAAAGTGTCAAAAGTCTGGCCTTCAAGTCCTGGAGACGATGACTTTTTGCTGTTTGGACAGTAAGTCTTTTTTCTGTATTTGTTGTGGCCTTTAGTTGGTTGACCACACAGTGCACATATGTGCACTTTGAAAGCGGTAGGCT---CAGTGCCACTGTGCTCCACCCATCTCCTCTTGTAAAAAGTGGATCGAGCTGGCGACCATTGATGCCGGGGGGGATTGGGACGGTTTGTGTTTGGAAACAGCGAGAGGGACTGTTGGAAGTGTTGCCTGGATTTGACCGGATGAGCAGACAGGCACAGGCTGTGGGACAAAAGTACCTTTGCGTGGTGTTGTCTGGGATGGTGCGGGTGATGGTGGTTCTGGCTGTGGGGCGGGGGGAGAGGGGGATGTAACTGTGTGACTAAGAGGTGGTAAATAAGGGGCCGCATCTGTGCGACCGTGTCGATATTTAAGTTTCCTGGTCCCCGCCAGAGATGGAGTGACCTCGTAGGTCACCTGAGGTCGACTGGTGTGCGGTCTTTCAAGAGGTAGCTCCAGCGCCGGGGGTTGACTGCACTGCGCGATGCTCTGATGGCGTCGGAGGACAGATAGACCTTGGTCAGTCACATTGGCAGCTGACAAGGCCTCCTGTCGCCTGATAAAGTGCGCAATGGATTTAGTGTTTATTTTCAGGAGAGGAATCCCCAGCTTGCTGAGCTCGGCATCATCCACAGTGACTCTCTGTTGGACACGCTGGTATAATCTGGTCAAGAGATGTTTGTGCGGCAGCCCGCCAGCCTTTACTCTGCAGTGCGGGTGCAGCCACAGCTGTTTGACGAAGCAGTACATCAGCCTGTTCTTCCTGGAGTCCAGCAGGTGGGCAGCCGAATGTCGTTTACTGAACTTGAGCTTTTGCACCAAAGACGATTCAGCGGGGTCTCCGTTGGTGCAGCCGAAGAGAGCGTTGCCCCAGCGTGCAGAGTACAGGCTGTCAAACTGGTGAATGCTTCGGTCGTGGAGATGGAGCCCGTTCCATGCAGCAATGACCCTCTGCCTTGTAGAGTTGCTAATGGCGAGCTTTCCCTCTTCCAACGCAACATCCACCAGGAGTCTGCTGAGCTCCTCCACGTGCTCGTACCCCGGGAGATGATTTGGACCGCACACGTCCTCTGCGCAGGGGTCAAAGTCATCGGCGACAGCCTGGTCAGTGAGGTGCAG---GTTCCTAGGGAGAGGAGTCAGGCGATCGTCAACGGCATCCGAAATGTATCCCGCGTCACCGTC------CGGGGGATCGTCGTCGCGGTAAGCCTCGTCTACC---------TCCCCCTCGTCCTCATCAGTTTGCAGGGTGTTTGTAGTCTGAGCATAATGTTCAGGAACATTGAAAGTGTCTGTCGATTGGCAAAACAAGTACTCGAGACCGATTCGCTCCCCACCGGGCGGCACAGGAGCCCTGTAGTTGGCATCCTCCACCACCCCAAACAGCTGCTGACACCTCTCATTGAGACGATGCACCAGCGGCGACACGTAGACGAGGTGCTGTCGTCCCTGTTGTCCTCTGACACTGGCAGACTCCCTGTCGGCATTCCAACGTGCAATCCCAGCCAGGAGGTACACTTGAAATGGGACGGCTGCACAGTGGGGTCCTGGAATCATGCTGGGCAGGAAGGAGTGGAAGCCCTCCAGGCTGTTGCTCCCCCTGTCTGTGGCGTAGCGCGGCAGACTCACACCGTTGCGGGTAACGTGTTTTTTTATGGTGTACATGTTCCGCCCAGGAGGGTCCTGGATGCACTCGAGGTGCTTCTGTTGATTTTGCCAGACGTGATCGATGTCGTCGTTACCCTTGAACAGATGGACCTGGTTGTCGTCCATTCCCGCCGGTCCTTTCAGTGTGTCGATGACCTTCTGGACACGCACAAAGGTTTCCTGGGCCCCAACTGTGATTCTTCTCACATAATGGGACAGGTCCCTTTTGGTGACATGCCTTTCGATCAGCTGGCTATCTGAAAGGGAGTCGGCCCTGTCCGGGAGTCCCGCACGCACCGCCTGCAAGAGGAGCGCCACGTCGTCCTTGTTGTAGGAGAAGACGGCGGCCGACAAAGCGGATTTAAAGAGGGCACACTTGGAATGGTGATCCGTCCGAACAGCCGCGTCAAATCTGTGGATCCAATGGAAGATGTCCAGACGGATCAGCATGCCTCTGGCGACCCACTTGTCAAAGAGCTGCTCCAAAGAGGAGACTCCGAGAGCCCGACAACAGCCGCGGTCCACGTACATCAGTACCGGAGCCGCCTCTCCTGCCCTTTGGTAGCGCTCCATGAGCCCTTCGGCCATCGGCCGCATCTTCTCCAAAGACTCCTCGCAGGTCAGTACGGACATGAGGATCTGACTCCGCTCGTTGCCGACGTTGGTGCACCACTCTGCGGTGCCTTTTCCGTCGCCAGACAACTTCTTGCAGATCTGAAAATGTAT-----ACAAACAGTCAAAGAC----CTGTATTTGGTACCTTGT-----------------------TGATGCTAACTCTTGATCTAGTAATG-------GCTGTGCAGATGCAATGCACTTCTTTAGTT---------------------------------------------AGACACAAAGA 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AATGCCCTGAATGCA-------------------------GTTGACACACACA--------------------AATTACCTTCTTGGTGGAGTCATATTTGAGCACTTTCCCAAACGTTGACATTATCTGCGCCCGGTAATCCTCAATATTCTCAGCCTCCGCAAGGAGGAAGGCTTTCCTCAGCAGCCTTGGGGACGGCAGCTCTCTTCGAGGTGGCGGCAATTGAAACTTTGGGCTGAAACTCTCTGAAATAAGAG----------------------------------------------------------------TAATATTTTC------------------------------------------------------------------------AAAATGACATAAAATCG a score=40819 s danRer3.chr4 31259226 1104 + 33808418 gagaaactcataaaggtttaaaactactcatttctgggtgaactatcccttaaaGAAAACAATTAACTCTGA---CTTACGAGTGATCTTCCCAGGTTTGTTGTACTGGCTGAGAAGAGTGGTGTACAAGTCCTTTCTCTGCAGATAGTCCTCGCAGTGGCTCTCCTGCACCTGTCTCCAAACTTTCACCATGGTGTTTCCCTCAGTGCGATCCCTCATCAGGCGGATCACCTGCTTGTCCACGCCACGCCTAGAATCATAGGAGCAACACAATCATTAGATGATGGTGAGTCT----TAACTTTTATT-AGACTCTGAATAATTTTACAATGATTTGTATTCTGCTAGAGACTCACCGTAGCGTCAAGACAGCAGGAAACACCGCTCTGTGAGCTGGACTGAGCTGATTAAGGATGCACTGATCCCATGACAGGAAACGACCAATAGTATGCTCTTCCGACTCCTTTGCAGCCTTTCTACAGGCGTTGCATGCCAGGACCTCAGTCAGCATGGAGTACCAGCCAGACATGTGGCAGATCTGTCTTACCGTGGATGAATACCCACAACGGTAGAGAAAAGCCTTCTGATTGGTGCGTGCTGGGCAGTCAGACCTTGGGCACCGAAGACTGTAACGCCACACACCGACTGGTCTCCAGAAAAAAACGGAGCTGTGAAAAAAGGAGTCTGCTGAGGGGACTTTTCCTTCCACCACTCCAGGAAATTCTGGAGGGTGAAACCACATCCGGTCATCCTTCAGGACTTTCCTCCACTTTCTGTTTCCATGTTTGTCTTTATAAGACATGGCCCTCTGAAAGAGTCCCCTTTCAGCATCCTCCTTAAGCCACAGTATGTCTGCACTGGGCAGCCCATGAAGACCAGACTCCCACATCTTGTGCCAACCCTCAAATAACACCTGGTAATTAGAATAACCGAGACAAAACTGTTAAAATCA--ATTAAAGTTTTAGTATTAAAGTATTAATTTTT---CTTATCTTCACAACCACAGAGTTCTTTGACAGTTACCTCAGAATGTGCTG----GGTCACTGTGTGTTGACCCACCAGATGACCTTCTAGTTTGAACGTCAGAAGCTGACACAGAAGCTGATGCAGGAGCC 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ATAAAAGGGATATACACCTTGTGCTTCGAAAGCACTGAGGGCTTCCACCAGTAGCGCATCATCCGCCCATCCACCATCACCTCTAGATCCCGACGAGCTG---------------------GAGCTGGCGGCCGCTGCAGGAAGAGGCCTGTCTTCTAGGGGTTTCTGTGAGTTACAGGTTGTAGTTTGCATGAAATGTTGCCAGCATGATATATATTTTTTTAATAAAGTCACATTTAAAAGAAATAAATAAAACCTACCTCTTTGTTGAGAATGTACTGCCGGAACCGCTTCAGTGTCTTGACGCTGATGTCCTCCTCCTTCATCGTCAGCCACTGCCGCACAGAGCAGAACGCCTCCTGTGCCATCTTCTTTTCTTGGGCACTACCAGCTTGTGGATCCGCCTGCAGGGTCTTGTGCAGGCTGTACCACTGCCACATCTCCAGGAACGTGAAGGATCTGAAGCGGCCCTGACCGTAGATGGCACTGTCGACATTGACCTCGAGGTGGCAGGAAACCTGTGGAAACAGTTGCACATACTGTAACAGAAGGTCCTTTATATACTCACCTGGGCCCTCTTTTCTTCCTTGATGGCGACGCTCCTTGATGTGTAGATCCAGCACACTGAAATTTCAA----AAAGATAATTAATTT----------GTGTAAAAACAGCTTATACAAATGTATAGCAACATACTTACTATTTAATGTAGCCAACGTCATTCTCCACCAGCCATTTAAAACTTTGTCCATTGTACTTGCCAAAGTTTAGAATGAGCTGGCCGAGATACTGGACCTCAGATGGCGCACAAGTAATGTGCTGGCATCTTTTTTTAGCT-AAGACA--------------TAAAATAACATTAATGCAAATAACAGTCTGCAGTGTACGCATATGACAGAAACGCATAAATCAG---------ATATTACCTTCCTCACAAGCAGTTTT--------TTTGTCC----TGGCTAGTGTTCCGCTCGAAGCACCTGTTGCGAGAGGCCAGGGTCTTGGCGTCCTTCGATGCTTTAAGAAAGCACTGTTGTCTGTCCTGTGGCACACTGGTGTCAACGATGCTCAGGGTGGGCAACAGTGGATCCATGTCTAA---TTCACCTGTAAGAAGTA s fr1.chrUn 290251484 1099 + 349519338 ATAATATTAACAATTACCTTTTCTTTCATATGAGGCAAGAGCCTCAGCAAGCACGGCATCATCCTCCTGAACGGTAGCGACTGTACATGCCGATGAGCTGCTGGAAGTGGCAGTAGCAGTGGTGGTGGCAGTCGCTGTAGGGGGGGGCGCACAGTGTTGTGCCTTCTGAAAGACACA---TAAATATCAGTAAAAATGTCACCGCGCTG-----------TTGCACGAGGTCGCGTC----------------GACCTACCTCTCTGTCGAGAATGTACTTTCGGAATCGTTTCAGGGAGCTGGTGGCTATGTCATTTTCGGCCATGACCAACCATTGCTTCACAGAGGTGTGTGCTTCCTGAGCCATTCTCCTCTCGTGGTCACTTCCACATTGGGGGTCGGACAGAAGTTGTTTATGGAGGCTGTACCACTTCCACATCTCCTCGAACGTAAACGACTTGAACCGCCCCTGTCCGTAAATGGCTCTGTCCACACACATCTCCAGGTGGCACGACACGTGCGGGAAGAACTGGATGTACTTGAGGAGGTAATCCTTAACCCACTCGTCATTTATCGGTCCTCTCTCTGGTCGCTGCTTCTCTTTAACGTGGCGATCAACGATACTGAAATATCACATTTAATTATGAATCACTTAACGGGACAGGAATGAGCAAAGATTTCATTTGTTTAGAACAGCACACTTACTATTTAATGTAGCCAACATCGTTTTCCACCAGCCAGTGGAAGCTTTTGCCTCGGTACTTGCCAAAAGTCAGAATTAGCTGACCCATCCACTGCACCTCCGAGGGATTTTGGGTGACCAGGCGGCATCTCCTTTTAGCTGAAGACAAACGGTTATGTCTTTAATGCCACATTTGTCCAAGTAG--------AGTGAGTCAACTGAGCATCAAAACATATATTTGACCCTGATTACCTTACCTTCATCACAGGCAGTCTTAAGACATCTCAGTCCACTGTCATCAGTGGGCTGAT-GTGGCTTCAATTG-----GGCT---GCCCGTGCCTCTTTCGAGGCCTTCAGAACGCACTGCTGCCGATCCTGTGGCACACTTGTGTCCAGAATACACAGCGATGGCATTAATGGGTCCATTGCAGAAGGTTTATCTGAAAAAAACA 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ATAAAATGTTTAGTGTTACACAGGATGCATGTGTTTGC-TTGGCACCGGCTTCAATGCAAACAGCAGTGCATTGTCAAAGCAGCGCGAGCAGCGAGCGTTCCGTGCGTCTGTATGTAAGCGCAGTGCCGTCAAACGCAACTTGGCGCCGATGGCAAAATCTGTGT---TTTATGGGTGTCTTTCCTGCTCGGAGTGGGAAGCGTGCAATGCAATAGTGCCCAACAGCCCATTTACTTCCACTCCAGGCCATGGGGTGGCAGTAACTGTAAAGGACAGCAAGACTAAACAAAGAAAGTGGACATGGTTGTTAACAGGGTTAGGAGAGACACGTGCGTGTTGTCCTTTTTGTACCTTCTTGCGCGAAAGGCAT----CTTGTTAAACACAGCGCGTGTGCTTGAACGGTTCCATTTGTTTGAAAAATAACGGGCATAGAATGGACATTTCAGCTTTATTCTGGAGAGGGAACGTGCCAGGGTGTGATTGTAAAGAGTCAAATGTCACCGAGTAAAGCATAACCTGAATTTGGAGAAAATGTATCGCATAGCATCAACATGTTGCTAATCTGT----GACTATTGAAGCGTACTTGAGCTGTGGTACTTTGGAGGCTTTGACTGCCAGCACCGTCAGCAAGAAGCCAGTTGGC a score=-6479 s danRer3.chr4 31266976 422 + 33808418 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TATTTACTTTTAACAC-CTCTGT-TTGCAGACTTTATCAAAAATTGAACAAACAAGAATTTGGAGA-GCAAAGTGGTGAGGGAATGCTAGCAGCTTTGGAAAGACAGGTAGAATCTTACAATGCAGCCTGTAATGACACCTGCAGCAAGCTTCAAATGTCCTCCGCAGGAACACCACTTGTAGCGATTTGTTCCCCTTTAATGAAACGAACACACAGTCTCTCCA---ATAGTGGAGAAATGTGTTTTATGGATTCATCAGGTAACATGGACCGGGAGGACTGCAGAGTCTTTCTCCTTCTTACACATACCTGTGCTGGTGGACTTCCTCTAGGGATAGTGATAACACATTCAGAAGATGAGAAGACAATTAGTGAGGGACTGGAGCTGCTGAAGTCCTTAATGAAAAATGATGCCTTCGGAGGGCGTGGTGAGGCAGGTCCTCGTGTGTTTCTTACAGATGACTCAAAGGCAGAAAAGGGAGCTATAGCACAGGTTTTTCCTGAAGCCACACAACTGCTCTGCATATTTCATCTTCTGCAGGCTGTGTGGCGGTGGTTGTGGACCA s fr1.chrUn 147511284 563 - 349519338 TAGTTATCTCTAACTCGCTCTTTGTTGCAGACTGTATTACAAACTTTTCAAAAAAGCTTACAATGCCGCTGCGGGAGAAGAGGTCTCCCGCGAGCTTGAACGAACCCTCATCG-ATTACAACAAGGAGCAAGGAGACGTTTGTGCCGGCATGTGCAAAACCTCCGACAACCAGCTGGTGATCGCTCTGTGCACTCCGCTGATGAAGAGGGTCCACGCTCGGGTGAGAGAGAGTGCCGAGGTGATGTTTGTGGACTCTCCAGGGAACTGTTCCCGCCTTAATCACCACCTGTTCCTGCTCCTCACTCATTCCTCAGTGGGTACTTTACCTTTGGGTGCATTTATCACGACATCTGCAACCCAGGCCACTTTTTCTGCTGCCATGCAGCTGCTACACACCGTCTTTCCACCCGAGAGGTTCTTCGGCCATC---CGGATGGACCTCTTGTTGTTATGACCGACGACTCCACTCTACTCAGGCAGGCTTTACATGAGGCATTTCCTAAAGCCACCCTGCTCTTTTCGGTACTACACCTTCTTCGGGCCATGTGGAGATGGCTCTGGAGCA a score=-36 s danRer3.chr4 31308240 941 + 33808418 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TTTAGGTTTTGCCCTATTCATT----------TTGAAGTCGTCTAGCGCAAAGCTCACTTGAATTGGT----AAAAGTATAAGGGCTTTTTGGACACATTG-ACCAGGAGAGTACGTTCTATGCTGCCATCTTACCGCTCACCC---AACTATGGCATTTCTGTATGTATTTGCAGCTATT------TTCAGAAAAGGTGACATTAAATTTTGCAACAACATCCTTCAAAACGCTAAGA-GGGTGTGAGTAAA-------AAAAATTCCAAGGAAGCATCAGGCTCTCTCAAAT---------------------GCCAGAACACAC------------------------GAGCGACAAGGATGGGATTCGAACCCACGCATGCAGAACACAATGGA----------------TTAACCACTCGGCCACCTCGTCATGT s fr1.chrUn 129175517 438 + 349519338 TTTTGTTTTTTTCCTGCCCATTGCTTTTAAAATAGTAATAATCTATAGGACAATGCTTTTAAAATAATGCACAAAAATCAGTGGGTATTTTGAAATAATTGTACCAAAATAGAACATTTAACTCTGTGACCATA--AATCATCCGGGAGCTGTTAGTATTTAATGTGTTTTGGCAACAGTTAATCATTTTCCAAAAAGTGGTGTCAGATATCTGAAGATGGAGCTGAAACATTTTAACATGGGAGCGCGCTGCCTTGCTCAAGGACACCGAGCTGTAATCACGCAGCTTCTTGTTGGCATGGAACCAGGAGTGGAACCAGGAAACACAGACGTCCGCACCATAAAGGAAAAGTGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACAATGGATTAGCAGTCCATCGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGTCCTGT a score=803 s danRer3.chr4 31491246 54 + 33808418 ATTTTCCTTTCTTGTCTGGTG--GAGGCTGGACTGTGGCACATATTTGTATATGTA s fr1.chrUn 72949824 56 + 349519338 ATTGACCTTTCTGATCTGTTGCCAAGCATGAACTTAATCACTAATAATTTTGTGTA a score=724 s danRer3.chr4 31492248 214 + 33808418 cacaaaatcattcagaacgcagata-gaaccttat------aattctaaaatgACAATTTGCCAAACCTATTTTACACAATCTCATTTCACTTAATAAACAGTTTTGTCTTAAAATATAATCAAAATTCTCTAAAACTGGACTTTT---CCACCAAAAATTCTCTAAAACTGGACTTTTCCACCAAGCTCTCATATTTTGCCATATTTCCTTCTTTTAGATATT s fr1.chrUn 146659112 217 - 349519338 CATGGAATTCGCCAAAACATTGAGATGAACCTGGTGTAAGGAGGTATAAAATGGCAGTTTAACAGCATCCCTGTAC------CGATTCCATGTGATGGGTGATTACAGGGTGAGTCAGGA-CGGCATCCACTTAAAAGCTCCTATTAACTAATTAGCATTTCTATTAAAGTCGACTTTTGAGGGAAGCTTCAATAAGGCGCCGGATTTCCACGTTTGCGATATT a score=4321 s danRer3.chr4 31492840 214 + 33808418 tgttttagcaacatctacaccaaccacaagcctaaaccccacgttacggtaaacttttgtgtaccctaaaggtctgcaccga----ccaca--acccTAAACCTTGCCTACTTAAAAAGCTTAGCCATGGAG--------CCTGGATGGCTGAGTCGGTAGAGCATCAGACTTTTAATCTgagggttcaggtttcaagtcccagtttgggcatataagaccctttttg s fr1.chrUn 80262476 211 + 349519338 TGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAATGTCATGAAGCTGCGCTACGAT-----TTTGTGTTCCCCA--------CACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTTTAGAGGCCTTTTAATTGGGAAAAAATGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCGT----GATGCTTTCTG a score=4056 s danRer3.chr4 31493997 85 + 33808418 ACACTGCCATTGAGCCCAGATGGCTCAGTCAGTAGAGCATCAGAATTTCAATCTAATggtacagggttcaagtccccgtttggac s fr1.chrUn 80263097 85 + 349519338 ACTTTGACCTTGTGCCTGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGC a score=1374 s danRer3.chr4 31495504 108 + 33808418 TGGTAATATATTCATCTTTATTATCTCTATTCGATTATATAGATCTAAAGATAGAAGGGGCCATCTGTTCAAATCCTTTATTATAGTTTCTGTAATGGGAAAGTCATT s fr1.chrUn 70492648 108 - 349519338 TGGTGAGATCATCATCTTTATTATTACAATTCTCCCTATTAATGATAAAGGCAGGATTTACCAAAGAGTGAGGTCGTGTTCTATGGTTTTGAGAAGAGGGGTGAAATT a score=3519 s danRer3.chr4 31495790 224 + 33808418 AAGAGAATGCATC-----------ACCTTAGGTGAACTAAATTCTGGATATGTAAGAAACAAAAACACATCATCAGCATATAAAA-AATTTTATGATATACATCTTTAATTTTCACTCCCCTTATTTCTGCATAATCTCTGATTAGTTGTGCCAATGGTATAACAAATAATGCAAATAAGGAAGGACTTAATGGGCACCCTTGTCGA---CATCCTCTAATATAATATGTTCTGAAAAT s fr1.chrUn 70492835 238 - 349519338 AAGAGAATTCATTGGAGTGCCACTACCCTAGAAAGTGAGGCCTGTGAATTCTGAAGAAAAAGTAATACATCATCTGCATAAAGACTAATTTTGTGGT-TATGGTTTTTGTTTAGAGTCCTTCTATATTTTTATTTTGTCAGATGTACTCTGCTAAAGGTTCTATATAGATTGCAAAGACTGAAGGGGATAGAGGGCACCCTGGATGAGTGCAGATTAAAATTTGATAAGATTTGATAAT a score=5719 s danRer3.chr4 31498450 1096 + 33808418 TTATTAAAAATATCTGGATATTTACCATATTTAGTCTCTAATTCTTCAAGTTGTATATTTAGATTATTTATGCAATTC-CATTTTT---TTCTTGATCCCCACATTAT-------------AAGTTTACCATGCATAACAGCTTTAGCTGCGTCCCATCGGTACTA-GGTGACACCTCTGCATTATTATTATTATGTTTTAAATATTCTAATAGTTCTTTTTTAACATATTCTACACACGTTAAATCATTCAAATGATTGTTTAAATCGCCAAAATGT-CTTACTTGGTTTATTGTCCAGGTACACTCTTAAACATACTCCTGCATGGTCTGAAATGTCCCTTGTTCCAATTTTACAGTCTTTTATTTTATGTTGATCTGACCCAAACATAAAAAAAACAAAAAAAA-----CAATTCTAGAATGAGACATGTGGGCAGAAGAGAAGAAAGTATATTCCTTTTTTAAGAGGGAATATGTCTCTTCATACATCTATCGAGCCTAATTATTTCATCAT--ATATCTTATTTGTCTAGTTTTTTGACTAATTTGCTTATTAGA------AGATGAGTCCAATTTTAGGCTGAAGTTGTACATTCCAGTCTCCCTCACAGATCAACGTACCTGATGCCTCCTTGGCTATAACACTTACTATTTTTTTGAGAATTGCTTTGTCTTTTTCAGGTGGTCTATATATAC-------TAACTAATGTAACTTTGTATTGGTCGATAGTTTCTTTAATTAGGTTATATCGCCTTTCTTTATCAGTAATCTTAAAAATTAATTGGAAGTTGATTTTATTTGAGATCAATGTCATTACTCCTCGTTTACAACCATTATTATATGAGGAAAAAAAAAAAAAACTAAATCCCATTGTTTCTGATTTCCTATGTTCTGTATCAGAAAGATGTGTCTCTTGCCAGAAGATTATCTGTTGGTTTTCTCTTTTAATTTTAGCCACAGGTTTGCTTCTTTTAATCGGATTTAGTAACCCATTAATATTCAAAGTAATTACTCTATATTTCTGTTTTTGCATAATCAGATGTTTTTGCGAAGATCACTGTGATCGGAACATGAAAAACACAAACATGAATATC--TTGAACCACATAAAAAAACATTACGAAAAAGA s fr1.chrUn 144774521 1024 - 349519338 TTTCCAAAGGTTTGTTGCCATTTTCTGTATGT--TATCTAATTTTTCCATTT-----CTCAGTGTAACTGTTCAATTTTCATTTTTATCTTCTTTTTTTTCAAATTATGACAAGAGTCCATAATTTCCCCCCTTAGAGCCACTTTGCAATCATCCCAAAGACTTTGTGAGGACATTTCCCCGCTGT---------GTTTTAAATCTGGTCTTATTTGTTCT---------------CGCATTGGACCTCATAGCCGTGTATTTAG--CATCCAAATGTTCCTCCTTTTTTCAGTATTCAGTGTTACTTTCAACTAGATTGGTGCATGATGAAATACATCCATAGTCCCAATATTGCAATTTGTAACCCTACACATGTCC--------CTTTAAAAAAACAGTAGGAAATATTCAAGCCTAGAATAAACCAAATGTGGGTGAGACAAAAAAGT-------CTTTTTTAGCTGGATTCAATGTC--CATATGTCTGAGGGACCTAACTCCCTCATCATTAGTATTATATTTATAGAAGCTTTCTCCTCCCCTGTGTAGCAGAGTTTTGATGTGAGTC--------GGTTGTAGTCTAACATTGAAGTCTCCACCACAGATTAGGGT--CTAATAACTCA--------AAAAC-----ATGTTTTAAAAAGTTCCACTCAGACAATGGAGGAGCGCAGACATTCCAAAAAGTAACTAAAGCATCCCCGTA------GATAGC--CCTGGACCAGAACAAATCTCTCATCTGCATC--TCTTTTCATATGTGCACTCAAAATTTAATTAAATTGAAATTAAGATTGTCATCCCTCTCTTTGAACCCAGTGCATATAAGTATAGA---------TTAAATCTCCATCTGGTAAATTTACCATGTTCTGAATTTGATAAATGTGTCTCTTGGAGGAGAGCTCCATCTACTTCTTCCCTCTTTAATTTTGCCA-----TTAATAACCTTAATT-GACTTGGTA----TTTTGCATGCATCGTAACCCCTGTACACCTGGATATAAAAAGCACCTTGCACCCTTG-----------GTGGTATAAGTAACAATAGCACCGACACAAAAATTAATTGCAACAAAACAATAAACATCATAACAAAAA a score=6052 s danRer3.chr4 31526506 166 + 33808418 GCCTAACTTCGCTGGTGAAAGCGCTTGTGGGGTTTCTGTAGTGTAGTGGTCATCACGTTCGCCTAACACGCGAAAGGTCCTCGGTTCGAAACCGAGCAGAAACAGTGCTCTTCTTTTGGCGAGAAAATAATAGCATCCACTGCCGCACCAGCAATGATCGTCGACA s fr1.chrUn 210342307 155 + 349519338 GCCCCACCTGGCGGTGGACGTCCCTCACCTGGTTTCCGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGCCTAACACGCGAAAGGTCCCCGGTTCGAGACCGGGCGGAAACA--------CTTATGG---GTTAAAAATACGACGGGCTGCGTCTTTTGCAACTTCCGACGACA a score=4837 s danRer3.chr4 31526714 87 + 33808418 GTTTCCGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTTGCCTCACACGCGAAAGGTCCCCAGTTCGAAACTGGGCGGAAACAACCTCTGGCTTCTA s fr1.chrUn 210347959 78 + 349519338 GTTTCCGTAGTGTAGTGGTTGTCACGTT---------CGCGAAAGGTCACCGGTTCGAAACCGGGCGGAAACACTTTATTAATTTTA a score=-3045 s danRer3.chr4 31526803 351 + 33808418 ACAATTGTCAAATCAGGCTTCTGTTG--AGTACTGACGTTCACTGAAAACATTCTTTCTGCAGAGCGGTGTGAGGCTAGAAGTTTGAATTCAACTCAGTGTTTACCGCCCCTCGCGGTGTCGCAAACTTGCGTAGAATCTGATTTCTTTTAGCTTTGTGTTGTGCAAGAGCAGGTGGCCAGTGCGTTTGCTGGCCCTTCACGGTGCAGACCGTACAAGACAGCTCTATAAAAAAAGACTAAATACTTGAAGCAGCACTGGCCTATTGGTTTCCGTAGTGTAGTGTT------TATCATGTTTG------------CATTACACGCT---AAAGGTCTCCTGTTCGAAACTG---GGCGGAAGCATAcaattagcgga s fr1.chrUn 210350929 278 + 349519338 AAAAACCTCACGTGCTGCGTCTTTTGCAAATTCTGACG--------ACAAAATCTTCC---------------------------------------------ACAAATACTTCAGGTACTCCAGGCTGCTGTACCA------------------------GAGCCAACACAGGTGTTCAG-------ACTAGGTCTTCGTTGTGT------TACTATCCA-------AAAGGAAGCCCCCCAGCTGGAGGTCCATCTGGACAAATG--CACCGTAGTGTTGAGTTGCAATTTGTCATGTGTGGACACCAGGTGACCTCCCACACTCCCACAGTGTTGCTGAAATCAACAGAAAGGTGaacgcagaggagtggcgga a score=-453 s danRer3.chr4 31527154 196 + 33808418 cacttttgt------------ccaaagcgacatacaatagtggaggtattcaacaagacgaggcaatgcatacgaaaaagggctatttattccaagtaa---tttgtttgtgctcagagaat-----ttagtgctggagtaggaGTGTCGTTTTCTTTAGAGAGAGCGATATTCACCGGGGTTCGGGTGTACTCTGAAGAGATGGGTGTCAGCTGT s fr1.chrUn 210351662 194 + 349519338 GTCTTTTGCAACTTCTGACGACAAAAACGTCCAACGACACTTCAGTTACCGAACAA------ACAATGTAAATGGTAAGG--------AATCTTAGTAAATCTTGATCTTTGGCCGGCGAGTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAG--------ACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTTTCTTTTTACCTAT a score=919 s danRer3.chr4 31527432 58 + 33808418 TTGTGGAAAGTGACTTTCCGTCTCTCTGCGCTGAAACCACAAGACAGTGCTCTCACCC s fr1.chrUn 139155724 55 - 349519338 TTCTGGATGGTCCTTTT---TCCTTCTACAACGAACCTTCCAGAACTCCCTCTCACCT a score=-165 s danRer3.chr4 31527577 114 + 33808418 TTACGCACATTCTCAATTGGCTCTCTGCTCACTGGATGATCCA--------------CGATACAAGGGC--ATGGATCTGTCAAATGTCATGACTTGACGTTGTACGAGGATTTGACGAAAAAAATGCCC s fr1.chrUn 139155870 129 - 349519338 TGACGGAC-TGCGCATTTTGCAGCTTCTTCCAACGATAATTCAGGTACTCCAGGCTGCTGTACCAGAGCCAACACAGGTGTTCAGACTAGGACCTTGTCGTGTTAATAGGCTCTGATCCAAAGGAAGCCC a score=1059 s danRer3.chr4 31527921 179 + 33808418 ttataccgctcggccatcctgacaTGCAAACTTGGCAGGAGCTGTCTCCTGGGACCCACACCGCAGTACCGTGTCATGGAATCTGGTGTTTTACAGCTTGCCCAGCTCCGGCTGTCCAGCTCATTGGCGCAGCAGGCAGCTAAGCTGTGCTCGCCTCCTGGGGCTGC-GCCTAGTTTCAA s fr1.chrUn 244533718 172 + 349519338 TGATGTTGCCCGGTCATA--AGAGGGAGAGCTTGAAAGGAGCTGAACATGGGCATCCACACCGAGGTTCCCCACCCTGGTACCGGGGGCC---CGGTTAATGTCTCCCAGTGAGGCTACATCAATAGAG-AACATGTTCCTCAG--GTGCTTGGGTCCTAGTACTTCAGTCTGCTTTCAA a score=557 s danRer3.chr4 31529487 64 + 33808418 TGGCCCTAATACCTGCAGGGAGCTTGTCACGCTGAGTTGGC--------TTTGTCCGCTCGATTGACCAACG s fr1.chrUn 139157609 69 - 349519338 TGCCCCAAATATTTT---GATGCTTATGATGATACTTTGACCTGAGATTTTGTTCCTTTTGATTTAACCACG a score=22 s danRer3.chr4 31529556 50 + 33808418 GCCTTGTTTTATCCTTGGACGCCTAACTTCGCTGGTGAAAG----CACTTGTGG s fr1.chrUn 210351507 53 + 349519338 GCCACGTTTAATCAATCAAAGCC-AGCCCTACTGGCGGTGATTGTCACTCACCC a score=2967 s danRer3.chr4 31529606 435 + 33808418 GGTTTCTGTAGTGTAGTGGTCATCACGTTCGCCTAACTCACGAAAGGTTCTCGGTTCGAAACCGAGCAGAAACA---------------------GTGCTCTTCTTTTGGCGA-----GAAAATAATAGCATCCACTGCCACACCAGCAATGATCGTCGACAGGCACCCAATCAAAAAGGGTTATCTGCTTGATTTGCCTGAAGGTTTCCGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGCCTCACACGCGAAAGGTCCCCAGTTCGA-----AACTGGGCGGAAACAACCTCTGGCTTTTATGACAATTGTCAAAT-CAGGCTTCTGTTGAGTACTGACGTTCACTGAAAACATTCTTTCTG-------CAGAGCGGTGTGAGGCTAGAAGTTTGAATTCAACTCAGTGTTTA-----------------CCTCCCCTCGCGGTGTCGCAAACTTGCGTAGAATCTGAT-----------------------TTCTTTTAGCTTTG----TGTTGTG--CAAGAG s fr1.chrUn 210350845 489 + 349519338 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TAGATTTATAACCAATCCGGTTGTCTAAGTTCATAGAAATACCATGCCCCAAATATGTCGATGCTTATGATGCTACTTTGACCTGAGATTTTGTTCCTTTTGATTTTTATTGCCACGTTTAATCAATCAAAGCCAGCCCTACTGGCGGTGATTGTCACTCACCCGGTTTCCGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGCCTAACACGCGAAAGGTCCCCGGTTCGAGACCGGGCGGGAACACTTATTGGTTGAAAATATGACGGGCTGCGTCTTTTGCAACTTCTGACGACAAAAACGTCCAACGACACTTCAGTTACCGAACAA------ACAATGTAAATGGTAAGG--------AATCTTAGTAAATCTTGATCTTTGGCCGGCGAGTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTATCTCCGCCTGTCACGCGGAAG--------ACCGGGGTTCGATTCCCCGACGGGGAGTTTCTTTTTACCTAT a score=598 s danRer3.chr4 31530641 109 + 33808418 ATTTGCTTTTACGCACATTCTCAATTGGCTCTCTGCTCACTGGATGATCCACGATACAAGGACATGGAACTGTCAAATGTCATGACTTGACGTTGTACGAGGATTTGAC s fr1.chrUn 94029132 103 + 349519338 GTTTCTTTTCCCAGAGGTCACAAAGCAGCTCTCACCTTTCCTGATG-----TGAT-CCAGGCGATAGAAGTTTCTATCTTCACTATTTGTCTGGGAATAAGCCTTTAAC a score=4290 s danRer3.chr4 31547095 485 + 33808418 CAGGAGTGCAAGCTGAAACGTCCTCAGCATTT------------------------------TTAAACCTACCGTCTTTGCAGCAGTCAGCTGGACCAATTGCTGGACGGGGTGGACTGGGTGATGATCTTAGTGGAGTGACTGCTGGGCCAAGTGGCCTAAATGCTGGGACAGGTGTACTGGCTGCTGGGACAGGTGGAGTGACTTATGGGCCAAGTGCAGTGACTGCTGGCCCAAGTGGCCTAAATGCTGGGACAGGTGTACTGGCTGCTGGGACAGGTGGAGTGACTTATGGGCCAAGTGCAGTGACTGCTGGCCCAAGTGGCCTAAATGCTGGGACAGGTGTACTGGCTGCTGGGACAGGTGGAGTGACTTATGGGCTAGGTGGACTGGCAGTTGGGACAAGTACACTGACTGCTGGGACAAGTGGACTGCCTTTCCCACTAGCTCCAACTGTTCAGCTACCCTTCCCCTCCCTGCGTAATTTTTCAGCTAACCGGCCAAATAAAGTTGCT s fr1.chrUn 222233136 511 + 349519338 CAGAACCACAGGCTGCTGCGTCAGAACCACTGGCTGCTGCGCCAGAACCACTGGCTGCTGCGTCAGAACCACTGGCT--GCTGCA-TCAGAACCACTGGCTGCTGTATCAGAACCACAGGCTGCTGCGTCAGAACCACTGGCTGCTGCGCCAGAACCACTGGCTGCTGCGTCAGAACCACTGGCTGCTGCACCAGAACCACTGGCTGCTGCGTCAGAACCACTGGCTGCTGCATCAGAACCACTGGCTGCTGCGCCAGAACCACTGGCTGCTGTATCAAAACCACTGGCTGCTGCGCCAGAACCACTGGCTGCTGTATCAAAACCACTGGCTGCTGCGCCAGAACCACTGGCTGCTGTATCAAAACCACTGGCTGCTGCGCCAGAACCACTGGCTGCTGCGTCAAAACCACTGGCTGCTGCGCCAGAACCACTGGCTGCACTGCT-GCTGCTGTTGTGTTGCACTCTTTGCAGAGCTTCTACAGACCTTCAGTCTTCCAGCTGTCTTCAGGTGCT a score=2111 s danRer3.chr4 31598003 117 + 33808418 taatcggcttcttcttctttttatttgggttttactggtggttggcaaccagacttgtaggtgcattaccgcctccgactggaAAGGTTGAACAATAACTGAAGTGTAAAAATAGAG s fr1.chrUn 298164158 96 + 349519338 TCATTGTCTTCTTCGTCCTT--------ATTTTA-TAACGATTGGCAAT-----GTTCGGGTGCATTACCGCCACCAACTGGTCAGG----AGGACAACCCAGG---ATAGATAGAG a score=1293 s danRer3.chr4 31598163 633 + 33808418 ataaataaaAAATGTGGTTTGGAGTGGGCTAACAATTAATTCCTTAGATTATATTATCTTTATATTCTTT-TCTCTAAAAGGGTTTCTTAAACAAATTTAATTATATCGTCATATACCTCACT----AGATTTATTCCCTAATAAACCTGCCAATGTGAAATCCTGAAGTTT--GCTCTTTTTAACTGCTTGAATAAGATT------------GTATCGTTCTTTATTATATTTACTACAGTGAAATAAAAACATGTCATATTGTTTCTTGTTGATTACAGTGTATACATTGCCCAGTTGGGTGTTTCCCTATTTTATATAAAATATGGTTGAGTCCAGTATGACCTATTCTCATCTGAGTTATAATCGTACTTCCCTATGATTTCTGTTCTCCCTCCTTCCA---GCAACGACTTGTTTATGTATATTTTATA--GATGTCTGCCTGTTTCATTGTTATCCCAGTATAATTGCCA--TACTGATTGTTCTTAATTTGATTTGAGCTTCTGCTTTACTCAAAATGGGACTTCTAGATCTACTTCACTAATTCTGAGAgcttgtttggccagaatgtccgccttttcattgccttccacacctacgtgggca--ggaacccaaatgaaatATACAGATTCGCCCATCATTTTAATATAATAT s fr1.chrUn 298164270 616 + 349519338 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GCACGTGTTAGCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCTAATTCGTCCCTG---GGTGGGCTT---------GAACCACCAACCTTTCAGTTAACAGCCGAACGCGCTAACCGATTGCACCACAGAGACTTAGTAAGACATCACTTACAGTGGTA---------------------GAAAGGCGTAACTTTGTTTCAAAAG--GTCTGCTATATAAAACCTAATGAAAGTTTGCTGAGAGAGAG-AGGCAACAGAAACACGCAACGTGGGGCTCAAACCCACAACCCTGTGATTAAGGGTCTCGTGCTCTACCGACTGAACTAGACGAGCTGA s fr1.chrUn 269255922 309 - 349519338 GCATTTTTTCCCAATTAAAAGGCCTCTAAAATCGCAACTCTATCAAGTAATGTGGGCTTTCGGTGTGGGGAACACAAAA--------TCGTAGCGCAGCTTCATGACATTTGGTCCAGTTAAGGTTTGACAAGACAGCCTTTTTTGTAATATTTTTCTATTTTGACACAATCAAAAAGCACATCAATGATGCTGAGGGAGTCTTCTGT------CCT--TGCAACTTGACTGAGCTTCAGAAAGCATC----ACGCCCAACATGGGACTTGAACCCATGACCCTGAGATTAAAAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCAGGCACA a score=-1 s danRer3.chr4 31996781 112 + 33808418 AAATCCTGATTTCATCTTGTAATGCTGGA---CAGAATGTGGCCCAGGATCTATGCCCAGTGCACGTGTTAGCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCTAACTCAATTCTGGGAGGGC s fr1.chrUn 269255138 89 - 349519338 AAATCGCAACTCTATCAAGTAATGTGGGCTTTCGGTGTGGGGAACACAA------------------------AATCGTAGCGCAGCTTCATGAC--ATTTGATCCAGTTAGGGT a score=3084 s danRer3.chr4 31996893 367 + 33808418 TTGAACCACC-AACCTTTCAGTTAACAGCCGATTGCGCCACAGAGACTTAGTAAGAGGTCACTTACAGTGGTAGAAAGGCAGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCTATATAAACCCTAATGAAAGTTTGCTGAGAGAGAGAGAGAGAGGCAACAGA-AATGCACAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGGGTCTCATGCTCTACTGACTGAACTAGCTGAGC-------TGATG-AGGAGCTCTTTCAAGAGCTAGACACCGTTTACAGTAATACCTTCCCTACCCGTGACAATCTTCTGCTAAACCCTGATTTCATCTTGTAACACTGGACAGAATTTGGCCCA-GGATATATGCCCAGTGCACGTGT s fr1.chrUn 269254194 336 - 349519338 TTAAACCACTTAGGCTTTCACAAGACAGCCAATTTTGTAATATTTTTCTATTTTGA-------TACAAT--CAAAAGGACATCAATGATGCTGAGGAAGTCTTCTGT--------CATTGCAACTTGACTGAGCTTCAGA----------ACATATCATGCCCAACATGGGACTTGAACCCATGACCCTGAGATTAAAAGTCTCATGCTCTACCATCTGAGCTAGCCAGGCACAATTACAATATAAAAGCCCTCT---GAATTCGCAACTTTATAAAGTACTAAAGACAAAACATGAAAGAAGCTCCTGGG-------GGTTTAATTAGGTAA-----GAAGGAGCTTCTCTTGTGGATTCATGTTCTGAAAACATAT a score=-1357 s danRer3.chr4 31997270 157 + 33808418 AAGGCAGCAAAATGCCTAATTCGTCCCTGGGTGGGCTTGAACTACCAACCTTTCAGTTAACAGCCGAACACGCTAACCGATTGCGCAACAGAGACTTAGTAAGAGGTCACTTACAGTGGTAGAAAGCCGGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCCATAT s fr1.chrUn 269255464 84 - 349519338 AAAG--GCAAAACATGAAAGAAGGTCCTGGGGG---TTGAATTA-----------------------------------------------------GGTAAGAAGGAGCTTCTCTTG---------TGGATTCATGTTCTGAAAA------CATAT a score=6201 s danRer3.chr4 31997473 73 + 33808418 CGCCCAACTTGGGGCTCGAACCCTCGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTTCCGCCTGAGCTAGCCGGGC s fr1.chrUn 269254530 73 - 349519338 CGCCCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGC a score=-1304 s danRer3.chr4 31997556 228 + 33808418 GTTTTTCAAGAGCTAGACACAGTTTTCAGTAATACCTTCCCTACCCGTGACAATGTTCTGCTAAATCCTGATTTCATCTTGTAACACTGGACAGAATGTGGCCCAGGATATATGCCCAGTGCACGTATTA-GCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCTAATTCGTCCCTGGAGGGGCTTGAACTTCCAACCTTTCAGTTAACAGCCGAACGCACTAACCGATTGCGCCACA s fr1.chrUn 269255621 159 - 349519338 ATTTTTCCCCAATTA------------------------------------AAAGGCCTCTAAAATCGCAACTCTATCAAGT------------AATGTGGGCT----------TTCGGTGTGGGGAACACAAAATCGTAGCGCAGCTTCATGAC--ATTTGATCCAGTTAGGGTTTGACAAGACAGCCTTTTTTTTAA----------TATTTTTCTATTTTGACACA a score=1573 s danRer3.chr4 31997787 199 + 33808418 ACTT-------AGTAAGAGGTC-------------------------------ACTTACAGTGGTAGAAAGGCAGAA--------------------------------------------------CTTTGTTTCAAAAGGTCTGCTATATAAACCCTAATGAAAGT---------TTGCTGAGAGAG------------------AGAGAGAGGCAACAGAA------ACACGCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGGGTCTCATGCTCTACTGACTGAACTAGCTGAGCTGATG---------AGGAGCTCTTT s fr1.chrUn 269254603 328 - 349519338 ATTTTTCCCCAATTAAAAGGCCTCTAAAATTGCAACTCTATCAAGTAATGTGGGCTTTCGGTGTGGGGAACACAAAATCGTAGCGCAGCTTCATGATATTTGATCCAGTTAGGGTTTGACAAGACAGCCTTTTTTGTAATATTTTTCTATTTTGACACAATCAAAAGCACATCAATGATGCTGAGGGAGTCTTCTGTCCTTGCAACTTGACTGA-GCTTCAGAAAGCATCACGCCCAACATGGGACTTGAACCCATGACCCTGAGATTAAAAGTCTCATGCTCTACCATCTGAGCTAGCCAGGCACAAGGTACAATATAAAAGCCCTCT a score=-1420 s danRer3.chr4 31998100 140 + 33808418 GCACGTATTAGCAGTTGCAAGGCAGC-AAAATGACAAGTTCGTCC--CTGGgtgggctt---------gaaccaccaacctttcagttaacagccgaacgcgctaaccgattgcgccacagagactTAGTAAGAGATCACTTACAGTGGTA---------------------G s fr1.chrUn 269255922 165 - 349519338 GCATTTTTTCCCAATTAAAAGGCCTCTAAAATCGCAACTCTATCAAGTAATGTGGGCTTTCGGTGTGGGGAACACAAAA--------TCGTAGCGCAGCTTCATGACATTTGGTCCAGTTAAGGTTTGACAAGACAGCCTTTTTTGTAATATTTTTCTATTTTGACACAATCA a score=6356 s danRer3.chr4 31998240 569 + 33808418 AAAAGCGGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCTATATAAACCCTAATGAAAG--------------TTTGCTGAGAGAGAG-----------------------GCAACAGAAGCACGCAACGTGGGGATCGAACCCACAACCCTGAGATTAAGGGTCTCATGCTCTACCGACTGAACTAGACGAGCTGATGAGGAGTCCTTTCAAGAGCTAGACACCGTTTACAGGAATACCTTCCCTACCCGTGAAAATCTTCTGCTAAATCCTGATTTCATCTTGTAACGCTGGA---CAGAATGTGGCCCAGGATCTATGCCCAGTGCACGTGTTAGCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCTAACTCAattctgggagggcttgaaccaccaacctttcagttaacagcagaacgcgctaacctattgcgccacagagactTAGGGAAAGGTCACCTACAGTGGTAGAAAGCCGGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCAATATGAACCCTAATGCAAGTTTGCTGAGAG--AGAAAGAAGTAACAGAAACGCCCAACGTGGAGCTCGAACCCTCGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTTCCGCCTGAGCTAGCCGGG s fr1.chrUn 269254931 484 - 349519338 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cacagagactgagtAAGAAGTCACCTACAGTGGTAGAAAGGCGGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCTATATGAACCCTAATAAAAG---------------TTAGCTGAGAGAGAGAG--------------AGGCAACAGAAACACA-----CAACGTGGGGCTCGAAGCCACAACCCTGTGATTAAGGGTCTCGTGCTCTACCGACTGAACTAGACGAGCTGATGAAGAGTCCTTTCAAGAGCTAGACACTGTTTACAGTAATACCTTCCCTACCCGTGACAATCTTCTGCTAAATCCTGATTTCATCTTGTAACGCTGGA---CAGAATGTGGCCCAGGATCTATGCCCAGTGCACGTGTTAGCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCTAAttcaattctgggagggcttgaaccaccaacctttcagttaacagccgaacgcgcgaaccgattgcgccacagagactTAGAAAGAGATCACTTACAGTGGTAGAAAGGCAGAATTTTGTTTCTAAAGGTCTGCTATATAAACCCTAATGAAAGTTTGCTGAGAGAGAGAGAGAGGCAACAGAAACACGCAACGTGGGGCTCGAACCCACAACCCTGAGATTAAGGGTCTCATGCTCTACTGACTGAACTAGCTGAGCTGATGAGGAGCTCTTTCAAGAGCTAGACACCGTTTACAGTAATACCTTCCCTACCCGTGACAATCTTCTGCTAAATCCTGATTTCATCTTGTAACACTGGA---CAGAATGTGGCCCAGGATATATGCCCAGTGCA-CGTGTTGGCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCTAGTTCATCCCTGGgtgggcttgaaccaccaacctttcagttaacagccgaacgcgctaaccgattgcgccacagagactTAGTAAGAGAGCACTTACAGTGGTAGAAAAGCGGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCTAT s fr1.chrUn 269255415 707 - 349519338 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33808418 ATACCTTCCCTACCCGTGACAATCTTCTGCTAAATCCTGATTTCATCTTGTAACGCTGGA---CAGAATGTGGCCCAGGATCTATGCCCAGTGCACGTGTTAGCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCTAATTCGATTCTGGGTGGGCTTGAACAACAAACCTTTCAGTTAACAGCAGAACGCGCTAACCTAATGCGCCACGGAGACTTAGGGAAAGGTCACCTACAGTGGTAGAAAGCCGGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCTAT s fr1.chrUn 269256736 197 - 349519338 ATTTTTTCCCAAT---TAAAAGGCCTCTA--AAATCGCAACTCTATCAAGTAATGTGGGCTTTCGGTGTGGGGAACACAA------------------------AATCGTAGCGCAGCTTCATGAC--ATTTGATCCAGTTAGGGTTTGACAAGACAGCCTTTTTTGTAATA----------TTTTTCTATTTTGACACA-------ATCAAAAAGACATCAATGATG--------------------CTGAGGAAGTCTTCTGT a score=7435 s danRer3.chr4 32000383 1322 + 33808418 CCTAATGAAAGTTTGCTGAGAGAGAGAGAGAAAAGTAACAGAAACGCCCAACGTGGGGCTTGAACCCACAACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCATGCTGATG--CAAAGCTCTTTCATGAGCTACACACCGTTTTCAGTAATACCTTCCCTACCCGTGACAATCTTCTGCTAAATCCTGATTTCATCTTGTAACACTGGACAGAATGTGGCCCAGGATATATGCCCAGTGCACGTGTTAGCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCTAATTCGTCCCTGGAGGGGCTTGAACTTCCAACCTTTCAGTTAACAGCCGAACACACTAACCGATTGTGCCACAGAGACTTAGTAAGAGGTCACTTACAGTGGTAGAAAGGCAGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCTATATAAACCCTAATAAAAGTTTGCTGAGAGAGAGAGAGGCAACAGAAACACGCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACTCTGAGATTAAGGGTCTCATGCTCTACTGACTGAACTAGCTGAGCTGATGAGGAACTTTTTCAAGAGCTAGACACCGTTTACAGTAATACCTTCCCTACCCGTGACAAGCTTCTGCTAAATACTGATTTCATCTTGTAACGCTGGACAAAATGTGGCCCTGGATATATGCCCAGTGCACGTGTTAGCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCAAGTTCGTCCCTGGgtgggcttgaaccaccaacctttcagttaacagccgaacgcgctaaccgattgcgccacagagactTAGGGAAAGGTCACCTACAGTGGTAGAAACCCGGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCTATATGAACCCTAATGTAAGTTTGCAGAGAGAGAGAGAGAAAAGTAACAGAAACGCCCAACGTGGGGCTCTAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTACCCGTGACAATCTT---------------CTGCTAAATCCTGATTTCATCTTGTAACACTGGACAGAATGTGGCCCAGGATATACGCCCAGTGCACGTGTTAGCAGTTGCAAGGCAGCAAAATGCCAAATTCGTCCCTGGgtgggcttgaaccaccaacctttcagttaacagccgaacgcgctaaccgattgcgccacagagactTAGTAAGACATCACTTACAGTGGTAGAAAAGCGGAACTTTGTTTCAAAAGGTCTGCTATATAAACCCTAATGAAAGTTTGCTGAGAGAGAGGCAACAGAAACACGCAGCGTGGGGATCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGGGTCTCATGCTCTACCGACTGATCTAGACGAG s fr1.chrUn 269256122 916 - 349519338 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CACA-AGTTCAAAGTAAAAGCCCTCT----------GAATTCGCAACTTTAT-----AAAGTACTAAAAGCAAAACATGAAAGAAGCTCCTGGGGGTTGAATTAGGTAAGCAGGAGCTTCTCTTGTGGATTCATGTTCTGAAAACATATCGCCCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACTCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACAGAGCTAGCCCGGC a score=-1018 s danRer3.chr4 32002162 115 + 33808418 CATTTTCAGTAATACCTTCCCTACCCGTGAGAATCTTCTGCTAAATCCTGATTTCATCTTGTAACACTGGA---CAGAATGTGGCCCAGGATATATGCCCAGTGCACGTGTTAGCAGT s fr1.chrUn 269255111 79 - 349519338 CATTT-----------TTCCCCAAT--TAAAAGGCCTCTA--AAATCGCAACTCTATCAAGTAATGTGGGCTTTCGGTGTGGGGAACACAA------------------------AAT a score=4431 s danRer3.chr4 32002412 145 + 33808418 CTTTGTTTCAAAAGGTCTGCCATATGAACCCTAATGCAAGTTTGCTGAGAGAGAGAGAGAAAAGTAACAGAAACACCCAACTTGgggttcgaacccactaccctgacattaagagtctcatgctctaccgactgagctagccggG s fr1.chrUn 269255304 111 - 349519338 TTCTGTCCT-------------------------TGCAACTTGACTGAGCTTCAGAAAGCA---------TCACGCCCAACATGGGACTTGAACCCATGACCCTGAGATTAAAAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCAGG a score=904 s danRer3.chr4 32002557 53 + 33808418 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TTTTCTGATTATTTTCAATTTATTTTA--------TGTCCTTATTTTACTTGACACTTTTACTGTTTTACTCCCTCAGTTCTTAGTCTCTCAGTTTTTAGTCTTTACACCTTTTATCCCATTTACTGTTTTAGTCTGTTTTAGTCTTA----GTACTGTTTTACTCCCTCAGTTCTTATTCTCAGTTTTT--------------AGACTT-TACACCTTTTATCCCATTTAGTGTTT--TAGTCTGTTTT--AGTCTTAGTACTGTTTTACTCCCTCA-GTTCTTATTCTCAGTTTT----------TAGTCTTTACACCTTTTATCCCATTTACTGTTT-TAGTCTGTTTTAGTCTTAGTACTGT-TTTACTCCCTCAGTTCTTATTCTCAGTTTTTAGTCTTTACACCTTTTATC--------CCATTTAGTGTTTTAGTCTGTTTTAGTCTTAGTACTGTTTACTCCCTCAGTTCTTATTCTCAGTTTTTAGACTTTACACCTTTAT a score=544 s danRer3.chr4 32007469 256 + 33808418 CTCTACTCATTTTCACATTTAAGCTTCTCATATATTGTTTCTCATTTCTTTGCCACTTCTTTTCTTC----TTAGTTCCAATCATTTACCACTTGTCCCATTGAGTTTTTAATTTTGTCTGGGACATTTTCCATATTGC-TCACATTCTTAATCGAATTACTTATGTATTTTTCACACCTCCACCTCCTCAAATTTACAGTGTTTTTCAC----ACACACACATATGAACTTCTGTATGTTGCATTTACTGCA--CATACACAATCA s fr1.chrUn 318122960 246 + 349519338 CTTTTCTAACTGTTAGGTTCAAACTGTTCATATACTTATTATCACTCCTGTGCAGAACCCTGTGACCTACTTTAGTT--GATGTTCTATCAC---------------CTCGGGATAGCAGGGGACAACCTGAACATCCTGTGACACTCTATCCCCATTTCCTTATATGTTCCTTTTGTATATACTGTATCATGCTT----TGTTTTATACTGTGACGCTTACACTTTATCGTGTGACGCTTACGCTTATTGTAATCTTACATGTTCA a score=35063 s danRer3.chr4 32012083 1759 + 33808418 CTTTCCTATTTAACAGTTGCTGAACGATCGGATGTGGTTGGTCTTATTGAAAATCA--TCTTGAGTTATTCTCAGATGTTCCTACCCGTACGTCTTTAATTGAGCATGATATTGATGTGGGTGACGCGTTACCAATAAAACAGCATGCTTATCGGGTAAGTCCAGAAAAGTGAGAACAGATGCAATAAGAGGTAAATTTCATGCTCGAAAATAACATCGCTGAATCAAGCTCTAGTCCATGGAGTTCACCCTGTTTGCTTGTAAAGAAATCTGACAACACATTTCGATTTTGCACTGATTTTAGAAGTGTAAATGATCTCAACAAGCCTGATAGTTATCCGTTACCTCGTATGGAGGATTGCATGGATCGCGTTGGGAATGCGGTTTTTGTTTCAAAAATTGATCTGCTCCGAGGTTATTGGCAGGTGGGCCTTAGTGACTGTGCTAAGGAAATATCTGCGTTCGTTACACCGGATCGTTTTCTAAATTACACCGTAATGGCTTTCGGCCTTCGAAACGCACCGGCCACTTTTCAACGTTTAGTAAACCGCGTAATTGAAGGCTTGCAGAACATCGAAGCGTATTTGGATGACTTGGTTATTTATAGCACGTCTTGGTCTGAGCATATAAAACAACTAGAGACCTAATTCAACCGTCTGTCGAGTGCCAACCTCACTATCAATTTGGCAAAGTGTGAATTTGGTCGAGCAACTGTGACTTATCTTGGGAAAGTTGTGGGTGGTGGACAAA-TCTTCCGGTCGAGTCAAAGGTGGAGGCAATTTGTAATTTTCCAGTGCCCACTATGCGCCGTGAACTCCGTCGCTTTTTAGGGATGGTTGGATACTACAGAAATTTTTGTAGAAATTTTTCTGTAGTTGCTTGTCCCTTAACTGACCTTCTCAGTCCAAAAGTACCATTCGAAtggtctgaggaatgtcagatgagttttgagaaaataaaagccattttgattagttctccagtcctatctgcgcccgatttttcttctccttttattcttgctgttgatgcaagtGACACTGGTGCAGGTGCTGTTCTCCTCCAGACAGATATAAATGGAATCGAACACCCTGTCTGTTTCTTTT-CGCAGAACTTTAATAAGCATCAGCAAGGTTACTCAACTATTGAAAAGGAGGCGCTCGCACTTGTCCTTGCTCTCCAGCATTTTGATGTTTATATTGGTTCTGTTTCGTATCCTTTAATTGTTTACACAGATCACAACCCCTTACTTTTCATTAGTCGGATGAAAAACCACAACCAGCGTTTGATGAGGTGGAGTTTGTTTTTACAAACGTTTCAACTAGACATTCTGCACATCCGTGGAAAGGATAATGTTATTGCGGACGCTTTATCACGCGTCTGATAGAATAAATTGTAGTTTTTGTTTCAGGTAAGATGTTTTTTCTTCCCTACAATTTATTCACTTAAGGTGAAGGGTGTTACGTGGGTCTTT-GTTATTTA-ATTAATCTATTTATTCCCGGTTTGTGCTTGTTGCGATCAAGTACTAGGATGAGTGTTTCTA---CCCGGCTTATCCAGGATTGGATGATGCCCGTGACGTCACTGGGGATTCCCACTATATAAGGCTGACAGCAATGGC-GTCTCTGTCTCTCTCTGT---------------------CTTGCAGTCTCTCGCCCTCACTCAGCTCGGTGGTGGCTTGCGCTCAGGCGGTCTGGCTGGCGGTGCTCTGCAAGACCGGCGATCATTCATCTAGATGCCGCTCCATTTAGTGTTTTGCTCCCGTT s fr1.chrUn 314669347 1732 + 349519338 CTGTCTCATCTCACCGAGGCGCAGCGCGCAGATGTTGT--ATCTTTAATAACCTCAAGCCCAGAGCTCTTTTCTGACATTCCTTCTCAGACTCACCTGTTGGCGCACGACATAAATGTGGAGGGTTCCGGTCCCATTAAACAGCCCCCCTACCGGGCCAGCCCTGAGAAGCGTGCGCGTCTGAGGAAACAGGTCAGTTATATGCTGCAGCACGGTATTGCCGAGCCGAGTTCCAGTCCGTGGAGCTCTCCCTGCTTGCTGGCGGTGAAGGCCAACGGTGATGATCGTTTCTGCACAGATTACCGAAAGGTAAATAACGTGACGAAGCCAGACAGTTATCCCCTTCCTCGTATGGAGGATTGCATCGATCGCGTTGGGGAAGCTCGGTTTGTAACTAAACTGGATCTTCTGAAGGGGTACTGGCAGGTCCCACTGACCGAGCGGGCTAAAGAGATCTCTGCCTTTGTGACccccgatgattttcttcagtaccgagtcatggcgtttggtatgagaaatgcaccctcaacatttcagcgtttgatgaacatcgtgctgtctggactgtcgtgttgtaacgcctatctagatgacgtggtggtgtgctctagctcgtgggaggaacatgtggagcatctttcgcaagtattCTCTCGCTTTCAGGAAGCTGCTCTCACAATTAACCTCGCGAAATGTGAGTTCGCTCAGGCGACAGTTAGGTACTTGGGAAAAGTGGTGGGGGGAGGTCAGGTTCGTCCTGTACAGGCGAAAGTTGAGAGCATTTTAAATTTCCCCATTCCAACTAACCGAACCGAGCTGCGTCGTTATTTAGCGATGGTCGGGTATTATCGGGGGTTTTGCAAAAACTTTTCGGCTGTTGCTTCACCCCTGACTGACTTGCTAAGCCCGAAAGTTACGTTCACCTGGACTGAACCCTGTCATGTCGCTTTCCAGCAGACAAAGTCCCTGCTCGCCAATGCGCCCGTTCTATCCGCACCACGATTTGACTGTCCGTTCAAGCTGGCTGTTGATGCCAGTGACTCGGGAGTGGGTGCCGTGCTCCTGCAGGAGGGTTCCGATGGGGTGGATCATCCCGTGTCTTTCTTTTAAAAAAAAATTGGATTGCCACCAGAAGTGGTATTCGACCATTGAGAAGGAGGCACTGGCACTAGTACTGGCGCTTGAGCACTTTGAGGTTTATGTGGGCTCGACCAGGTGGCCGGTTGTTGTTTTCACGGACCACAATCCGCTTGTCTTTTTAAACCGGATGCGGAACAAAAATCGCCGGTTAATGTGTTGGAGTTTGCGCCTTCAGCCGTTTACCCTTGAAATTAAACATGTGCGCGGACGTGACAACGTCTTGGCTGACGGGTTGTCGTGGCAATGACTCGACAA-----------CGCTTTGGATGACTTTTTTTTCCTTCGCTCC-------TCATCT-------------TTGTCTGCCCCTTTCTTTATTTGTACTGAACCCTGTACTGCCATTTTAATT-------------GTATTAGTTCAAGACTTTCCAGGGTCCAGTTAATTTTGGGTGGG-----------GGTGTTAC-GTTGTCTCCCTCTAGGGGATGACCCAAGCAATAACTGTTTTCTTTTCTCCCTGTGACCAGGTGTTCCTGGTGAGGCTAATTGGCCATTGTCCTACTTAAGGCCACAGATGCGGCGTGCTCAGGCTCTCTTGCTTTCCTGCCACTGCTGCTCCTGAGCTTACCTGCCTGACTGCTGATCCGTGGATCCCCTCACGCCTGCT 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AAATCAAGTTGAATGGAAATAAGGCATTAGAACCATTCATAAATCCACCTTCAGCAATTCAATAATTGAAACAGTACATATGCATACTAAAAAACAACATTAAATTAAATAAAACATCCAGACATGCATATTAAGAGCAAACAGCCTTCAGATAAAACATGAAAGGAG---------AAAGGAGACAATGTGGACCTAAAAGACAAAATAAATAGCCTTAAACACAACTCAGCTTGTAAGTACAGTGGCCAAACTATCACTACGACTAACGGTTTGTATATATACACACACATATACATATA a score=2727 s danRer3.chr4 32017713 271 + 33808418 AATATTATATAAGTTAAATAAAATGTCAACAAAATAAATACACTATTTAAAGAAAATGTGAAATAAAAATATAAACTAACAGCAAGTGAAATTTAAAAAACTGAAGAACTATTACACTATATACATACACAAACAAACAAACACATTATTTTGGGTTGGTCCTTTTCATTTCCTCTAGCCACTCTTCTTTAGTTAAAGTTTCAGTCTGTGGGCAGTACACCCTGCCCCTGAGTTGGCTATGGCCTGTGGCATTTGTTTTGAACTGCCCACA s fr1.chrUn 40576189 249 - 349519338 AGCATTTATAAAGCTGAA---ATTGTCAAAGAAACAAATGAAAC-CTTGATACAACTATGAAATAAGATGTAAAACTTGCAG----TGGAACTCAAAGGGCAGAACAG-------GCCACAGGGATAAGCATATTAAAAGTAACAATACT--GCATTA--CTGTCTCATCTGCTTCAGCCACTGTTCTTTGGTGAGAGCCTCAGTCTTTGGACAGTATATTTTGGCTGATGGTCCACTGGAGGCAACTGCA---GGATCAATTCGCCCTAA a score=-142 s danRer3.chr4 32018058 333 + 33808418 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atttcttaaaaaaaataacattttatacattgct---taaatact--atattttatatattatGTGCCCCCA----CTCTTGCGtttt-attatttatttatattattttttaatatattgtgtatataaaaacaaatatatatatatagtgttgtttttatataatgtgtataataaataaatatatttataaatagtattgttttaatatattatatgtgcataataaataaatatatattgtattgtttttatttattgtatattatatagtttatatatTAAGATATGTTTTTATTTTGT-TTTTTACATTT------TTTAAATTGTTTTGCGATTTTAATATTTGTATTCATTTTAATAAACCATTTTGCATATTACTTGTTTTTGTGTGCATTCATTTAAAGTTATTACATAAAGAAATATAAC s fr1.chrUn 195222333 383 + 349519338 attctctaacagaaataacagtccataatcagctacaccaatacccaacccttccagcaaaacttaccctcagataTTCCTGTTTTTTCACCCCCTTTTTACTGGTTCTTCTCCTCCCTTCTGTCTGT-----------CATGTTTTCAGCTTCAGCCTCATATATGGTG------------GTATATGAGTCACTAGTATAACTCCACC---TTAAAGGAGCATGGTGTTTTTAAATGGATTGGCTTGT-----------GCAAGATGTATAAAATGCATGGTAA-------TTTTATTTTGGAGCTCTACATTTGACAGTTTTAAATTGCTGTTATTTAATGGTGTTTCTTTTAATCCAGACAAATGAGCCTTCATATTTAATGTACCTATTTCAATACATCAAAAACAAT----GGAAAAAATACAGC a score=1936 s danRer3.chr4 32051033 67 + 33808418 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AGGGTTCATATAGCAGACCTTTTGAAACAAAGTTCCGCCTTTCTACCTCTGTA--GGTGACATGTCTCTAagtctctgtggcgcaatcggttagcgcgttcggctgttaactgaaaggttggtggttcaagcccacCCAGGAATGAATTAGGCATTTTGCTGCCTTGCAACTTCTAACATGTGTACTGGGCATATATCCAGGGCCAAATTCTGTCCAGCGTTACAAGATGAAATCAGGATTTAGCAGAAGATTGTCATGGGTAGGGAAGATATTACAGTAAACGGTGTCTAACTCTTTAAGTGGCACTTCATCAGCTAGGCTAGCTCAGTCGGTACAGCATGAGACTCTTAATCTCA-GGTCATGGGTTTGAGCCCCACGTTGGGCGTTTCTGATGCCAATCTCTTTCTCTCAGCAAACTTTCATAAGGGTTCATATAGCAGACCTTTTGAAACAAAGTTCTGTCTTTCTACCACTGTAGGTGATCTTTTACTAAGTCTCTGTGGCGCAATCGGTTAGCGCGTTTCGCTACTAACTGAAACGTTGCTCGTTCAAGCCCACCCATGGACGAATTAGGCATTTTGCTGCCTTGCAACT s fr1.chrUn 80263213 429 + 349519338 AGG------ACAGAAGA-------------------------CTCCCTCAGCATCATTGATGTGCTTTTTGAT---TGTGTCAAAATAGAAAAA----------TATTACAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCTTAACTGGACCAAAT--GTCATGAAGCTGCGCTACGATTT------TGTGTTC----CCCACACCGAAAGCCCA-----------CATTACTTGATAGAGTTGCGATTT--TAGAGGCCTTTTA---ATTGGGAAAAAAT-----------------------------------------GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAATCTCAGGGTCATGGGTTCAAGTCCCATGTTGGGCG----TGATGC---TTTCTGAAGCTCAGTCAAGTTGC--AAGG------ACAGAAGACTCCCT--------------------CAGCATCATTGATGTGCTTTTGAT-------TGTGTCAAAATAGAAAAA----------TATTAAAAAAAAGGCTGTCTTGTCAAACCCTAACTGGATCAAAT--GTCATGAAGCTGCGCTACGATT a score=1893 s danRer3.chr4 32060869 157 + 33808418 TCCTGGGCCACATTCTG---TCCAGCGTTACGAGATGAAATCAGGATTTAGCAGAAGATTGTCACGGGTAGGGAAGGTATTACTGAAAACGGGGTCTAGCTCTTGAAAGGGCTTTGCATCAGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTACAGCATGAGACCCttaat s fr1.chrUn 80263339 114 + 349519338 TTGTGTTCCCCACACCGAAAGCCCACATTACTTGATAGAGTTGCGATTT--TAGAGGCCTTTTA---ATTGGGAAAAAAT-----------------------------------------GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTTTTAAT a score=500 s danRer3.chr4 32061065 117 + 33808418 ttttcattaactaacattaactaacatgaacaaatactgtagtaaatgtattgttcattgttcatgttagtaaatggattaagaaacattaactaatgaaccttattgtaaagtgtg s fr1.chrUn 80090503 94 - 349519338 TTTTC-----------------TACATGTACACAGGCTACACTCA---TGTCCTGCTTTGTTTATGGCAGT---TGAGTTAAGATCTGCTGAAACATTTGTGTTATTCTAATGCATG a score=343 s danRer3.chr4 32061321 544 + 33808418 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ACAATTCTCTCATTAAAATGAGATACAAACATGAAAAAG-----------------------------CTGTTCCATTGAAATGTGAATAAAAATCGAGTGACTTAAAAG-AAATACCACAGGATTTATACTCACAAATGAAAACCACAATACAGCAAGTTACATGTAATCAATAAAAAGAATATGAAGGA----------TTGAG-------AAAATAAGCTTTAATACTGCCAAAGCAACGTTAGTTGTT-AAAATAAGCAGTACCTATTCAGTGACATGGATTGGCTCAAATAATCAAATG--TCACTTGAGTATTTGCCTATTATGTGCAAATATACAACAAATTTAGGGCATTTATGAAGAAAGTTATTTGCTTGAGATTATTTTTCCACCCTGTTGCACTATAAGATATTATATACACT--ATTACCAAACATGCTCTATA-------TTCACATTTTGCATACCACTATA----CACCTTTCATTGTGCTTACAGAATCTTCT---------GATAGAAACTGCACAAATCTTTAATTGA-TGAACAGCTGATTAAATTTCCACCTT a score=20518 s danRer3.chr4 32063986 2538 + 33808418 tttaattctccaagctaacaatttact-tgcctttcaccttgatcgtaaaaattttgtcttaacatcattagactagctgctgcttttttagcagaaagttcattatatttcgttctaagatttagtagttcctgattaatgtttaggtcatttttgcttgataggtttttttctataagt--tttattttagtatctagatctgtcaattctttcttatacctttttgatttgctacttgtaacacttataataacacctctaatgaaagctttaaaggcttcccatctgacactggctgaggtttgtgtagtgtttatatcataatacatgtctatctgttctataatatgtttattaaattggtcatctaagagccatttgggttgaaatctc--------cattttggagggcttcccagtaatttaggatcaatataggtaagtgatacaggggcatggtctgaaattacta--gaatcatatgatcaatcaacaatatatggcataagtgtagctgaaataagaaaataatcaattctagagtgagact--tgtgttttagagaagcaagaatattgaatatctttagggtgtagctgcctccatacttcaacaaggtttaaatcctttataaaatagccaagggtttttctagtctgtctgtgggattgatcaaggcctgatgtacgatctctaactggatctaatgtacaattgaaatctcctcccataacataatatccagaaagattggatatggttaagaagaggttactataaaatttggggatgtcattattagggccatagacattaataagattcaattgtttagataataatgacccttgaacaattacatatctacctaaagggtcctgtattattttatctatctgaaatggaattgatttgtggatcattgtgattacccctcttgcttgagaactaaacgatgctgcatatatctgacctggccatctattacttattctacctatgtctttgggcattaagtgtgtttcctgaagaaaaacaattttacattttagttgttttattctagacataacttgtttgattttagagaaagtatgtaaccctctacaattccaagaaacaattttaacctcAATAATACCAGTCATATCCTTCTATATTGTAAAATGATCCAAGCTTCTTCCATATTTTAAAACGTAAAAAACCCTGTACGTATAAAGATGAGTCATAAAACAAACTAAAAACAACAACAACATAAACATATTCCGATTTTAAATAGAAAATAAAAATATACTTAT------ACATCA---CAGCTGTGAATTGCCGAGAACCGCCAGCAAATCCAGGCTCTTCTTTGCTTCTAACTTCCTT------------AACTAAATCAACCCAATTTAACTTTAGGTAAAGCAACCGTAAAGT------------ACGATAGATCGCATCGCATTTTACCCCAGCTTATTAATTTAAATCGTCCCATTCTGAGGAGTTCGACATA------------------ATGTCT-------TGAATATTGC--ACACATTCATAAA---------------------GTGAAAACAAAGTTGAGAAAACAGCA-----------------------CCTGCTTAGATGTTCATTAGa--aagtcgttaacttccga------tgaattttgaaagacatgagcatgg--------ccatc-----------agtggtta--ctcggaggcacgctggaaaa-----------------------aaaagaagaatccataaatcagtcccttagctcgcagcttcttctttacttcgtcgaactgcctccattgtttgtttacttcagcagaaaggtccggaaagaacatgattctgtgattctggaatagtacctctttctttgctctggccacacgcatcacgcgttccttgtctctgtaatacagaaactttgcgatcatcactct-----cggagttgCTTTTGTATCAGCTGCAGTTTGGCGCGCATAACAGATCTTGTGGGCTCTTTCTATGGCCAGTGGTTTTC----GAAGTGGTCCCATGTCCAGCGCTTCAGGTAACCAGCTTTCTAAGAATGTACATACACCATTGCCCTCGGATTTTTCTGGTAAACCAAGAATCTTTAAATTTGAGCATCGACTACGATTTTCCAAATCGTCAATTTTCCAAGTTAGTGAGGTAATTTTCTTTTCAAGAGCGGTAGTAGCTGATTGAAGAGTGGAGACGGAATCTTCAGTTTGAGATATGCGTTCCTCTGCCTGCGTTAGTCTTCCGAAACATTCTGCTACATGGGTTTTGATATCGTGTACGGCTGAGAGGACAGTTTCGA-----ACTGAGAGGCCATGTCAACTTTCATCGAGTTTATTGCTTGTATAATGCCACTTATTTCAGC---GTGTAAATCGCCAGGTTGACCTCCGCAAAGCGGC-------------AACGAATTTTCT-CCGCCATTACT--------TCGCACT-TCTTCCATGCTTTCGGAGTCAGATGTAATCTCTG------------------------TAGTTTCGTTTTTTCGCCGTTTGCTTTGCTGGTTTAGGTGACAT--CTTAAGCAGTGTTCAGTCTTGAAT---AATTTGAGTT----TGAATGTTAAGTAAAACCGGGATAAATTTAGGATTTTTAAAGATATGTTACCGCTGGGC--TAACTCGTGCGTCTCTTCAGCAAGGCGCCATAGCCGGAA s fr1.chrUn 279439737 2672 + 349519338 TTGACTGCGCCATGCCAGCACTCTCCCAGGTTTTTCTCCTTGATCATAAAATGTCTGTTTGAGTCAAAGTAAACTTGATAAAGCTCTTGTTGGAGATATTTCGTTGTATTGTGTTTTTAACAAAAGTAATCTTTGA---GTGTCCTGGGAACCT--AATTGGTAGTATTCTTCTTCGAATTCTTTTATATTTGCTTCTAGTAATTTTGTTTTATTGTAGGTTTCTTTAGCTTTAAAGCTAGTGATGTTGATGATTTGTCCCCTGATAAAGGCTTTAAACGCTTCCCATCTGGTACTTTGTGAGATTTCGGTTGTACTTGTTTCGAAATAATATTTAATCCGCTTACCAAGAGAAGTAATAAAGTCAGTGTCAGATATCCACTTTGTTTTAAATTTTGGGAATAACATTTGGGAATATCACTAGTCAGTTAAGGGTCATGATAGACTAACGAGTTTGGAGCGTGATTGGACAGGAGTATGGCATCGTAGGACACCTCCTTTATTTTATATTTTAGTTGTGCTGAAACCAAAAAAAAATCTATACGGGAATATGACTGATGTGTACCAGAGTAACATGAATATTTTTTCCCATTGGGATTGTCTTCTCTCCAAACATCAATTAAACTCATTTCTTTCATAAAATAATGGAGTACACCCCTGCTTCTCGAATGTGACTGATCAACGCCTGAGCTTTTGTCTTTCAGGGGATCTAAGGTGCAATTAAAATCACCTGCCATTATACAGGCACCGGGTAAGGAGGCAATAGTAAGAAATAGATTTTGGAAAAACTTGGGTTCGTCTGTATTTGGAGCATAAACATTTATTAGAATTAATTGTT-------------CCCTTGAATGATCAAATATCATCCTGCCTTATCTTTGCTAACATTATGAATTTGAAATGGAATAGAATCATGGATCAAGATCATAACACCCCTTGCTTGAGAGGTAAAGGGAGCTGACAGAATTTTACCTTTCCACCTCCTCCTCACTTTGAGCTCCTCCTCGTATATTAAGTAGGTTTCTTGAAGGAATACTATTTTAGACTGTAAGCTTTTAACTCTGTTCATTACTTGTTAACCTTTTTTTATTTTTTGTAGCCCTCTGCAGTTCCAGGATGTAATTCTGACCTTAAGATCAACAGACATATGGATCAAATATTTCGAATTTCCCCAACAGTTTTAATATTTTCAGAC------------------------------CGAGCAGCAAAGGAGAAAGAACAAAAACA------------------GAACAAGAAACACGCGTGTTCTCCTCAACTAACATTAGTCCACCTGAGTATTGCC--------CTGTCAGGTGTCCTCCCTCCCCTTCCTTTAATGGACTTTCGGAAAGCAAAGAGCCAATCCACACAATGTGAGGATCAGTATAGCTATGCTGATGTCTAAAAAGGAAAATAATAGATAAAATAAAAAACTACTCTGCTACTGTGATTTATAAAGTTGT-TTTAGAGCAACCCAGCAGACAAAAAACATCACCATCCATATCTACTTAGTTAAACAGTGCGTATAAATCCAAAAATTGTTCTTTATCACTGGGTCAGGGGGGAGAGCGATCAGAACTCAGTGTAACTAACTTTCACTCTGTCCTCCCCTATTAACTCTGCACTGCATCAAAATATTACCTTTCCAATGATGTGAGTTCTTCACTGCCACAGTCTGGATTGTTGTCCAACTGGATTAATGAAGTGCTTGGCTTCGTTGGCGCTATTGAAGATGTGTGAGCACTCTTTGAAGGTGACGATAACATACCGTACTGGAGCCCCAGTGTACGGAGTTGTCTCCTCGCCTCCTCAAACTCTTTTTGCTTCTTGTGCGTCTCTGCGGTCACGTCATGGTAGAGTCTCACCGGATGGTTTTTGTAGTGGACTTGTTTTTTCGCCCTGGCCGCTTTCATCACCGCTTCTTTATCTTTGTAATTTAGGAACTTCATTATGAGGGTCCTGGGTGCGTAGTCAGTCTTATGTTGCCTTC---TTGGT--------CCAAGTCTGTGCGCTCTTTC---GTACCGTAATTTTCCCTTGGAGCTGCTGTAGCTCCAGCACCTCCGGTATCCAG--------GAATCCACAGGTGTCGTCTCCTTCCACGCCTTCGGGTAAATTGACAAGCCGTACATTAGAGCGACGTGAACAAGCTTCCAGGTCTAACACCTTTTCTTCCAGATCTTTGTTTTTCCCCTCTAGGTTTTTCACCTTCTTCTGGAGCGTCGCTACGTCGTCTTCGGTTGTTGAGATTCTCGTCTCCGCTTGCGTTACTCTTTCTAAGCAGTCTGTAATGTCTTTCCTTACATTTTCCATCGTGGAGAGAATGTCATCGAATTTGACCGAGAA-------CAGTCTTCATTGAGTTGATAGCTGCCAG-----TACTCTTGTCAGAGAGGTGTTGGACTCCTCTCTGGCGGTCGCAATGCTTCCCTCCAGCTGTTTATCGGGGCTTGTGATGCCAGTGCTGCTAGCAGCCGCGTTAGCTTCCATATCTCTGTCGTTAGTGGTAAGCTTGGTTTTGGCAGTCGCAGTTGCAAAATTAGTTACTTTGGTTTGCTGTGT-CTTTTCCGGTTTGATTTTCTTGGTTCCATCAGTAT--ATTCCTAAGTTGCAGTTGTAGTTGAGCTACATGTCACACAGAATTGACCTATTTTAGCCAGGATTCAAACTGTTCGGTAGCAGAGCAGTCCCACACGTGTCTTCTCAGCAAGCCACCATAACCGGAA a score=1008 s danRer3.chr4 32066578 190 + 33808418 TTACTTTTTATTTTTGTTTTTG-CATTTACTGAAATCAGATATTA----TTGCGAAGATCAC---------------GGTGACTGGAACAGAAAAACACAAACATAAAATCCTGAACCAAATAAAAAAGCATAACGAAAAAGGT------------CTCCTAACCTTAAAGTCTTAAATAACTTCTTAATGTGAGGGGAAAGCCTT--CCTTCTCCAAAGGGCC s fr1.chrUn 279451564 224 + 349519338 TTACTGATCAGTTCTGTTTTTTTCCCTCCCAGAAGTGTGATTTTAGAACTGGAGAGAGCCATCTTTTACTTCCTGTGGGGGTCCAAAATGGAAAAACTGAAGAGAGCAATCATGAAAAAAACAAAAGAAAAAGGAGGAAAAGACGTCCCGGACCTGCACCTGTTCTTAGGGGCCAGGTTCACAGCTATACATGTGGGCATAGTCACAGCCCCATCCAAAAACCC a score=3005 s danRer3.chr4 32109940 688 + 33808418 ctttttcgtatgcattgcctcgtcttgttgaatacctccactattgtatgtcgctttgg------------acaaaagtgtccgctaattgTAT---------------GCTTCCGCCCAGTTTCGAACAGGAGACCTTTAGCGTGTAATGCAAACATGATAAACACTACACTACGGAAACCACTAGGCCAGTG----CTGCTTCAAGTATTTATAGTCTTTTTTTATAGAGC----------------------------TGTCTTGTACGGTCTGCACCGTGAA-------------GGGCCA--------------------GCAAACGCACTGGCC----ACCTGCTCATG----------------------------------------------------------------CACAACA----CAAAGCTAAAAGAA-----------------------ATCAGATTCTACGCAAGTTTGCGACACC-----GCGAGGGGC-----GGTAAACACTGAGCTGAATTCAA-------ACTTCTAGCCTCACACCGCTCTG-------CAGAAAGAATGTTTTCAGTGAACGTCAGTACTCAACAGAAGCCTG-ATTTGACAATTGTCATAAAAGCCAGAGGTTGTTTCCGCCCAGTT-----TCGAACTGGGGACCTTTCGCGTGTGAGGCGAACGTGATAACCACTACACTACGGAAACCTTCAGGCAAATCAAGCTGATAACCCTTTTTGATTGGGTGCCTGTCGACGATCATTGCTGGTGCGGCAGTGGATGCTATTATTTTC-----TCGCCAAAAGAAGAGCAC---------------------TGTTTCTGCTCGGTTTCAAACCGAGGACCTTTCGCGTGTTAGGCGAACGTGATGACCACTACACTACAGAAACC s fr1.chrUn 139167602 891 - 349519338 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GTGCT-CTTCTTTGGCAA-----GAAAATAATAGCATCCAC s fr1.chrUn 210350940 41 + 349519338 GTGCTGCGTCTTTTGCAAATTCTGACGACAAAATCTTCCAC a score=3815 s danRer3.chr4 32190078 299 + 33808418 GTTTCTGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGCCTCACACGCGAAAGGTCCCCAGTTCGAAACTGGGCGGAAACAACCTCTGGCTTTTATGACAATTGTC---------AAATCAGGCTTCTG----------TTGAGTA-------------CTGACGT---TCACT---GAAAACATTCTTTCTGCAGAGCGGTGTGAGGCTAGAAGTTTGAA--------TTCAGCTCA----GTGTTTACCGCCCCTCG-CGGTGTCGCAAACTTGCGTAGAATCTGATTTCTTTTAGCTTT---GTGTTGTGCATGAGCA-GGTGGCCAGTGCGTTTGCTGGCCCTTCACGGTGCAGACCG s fr1.chrUn 210347959 332 + 349519338 GTTTCCGTAGTGTAGTGGTTGTCACGTTCGC---------GAAAGGTCACCGGTTCGAAACCGGGCGGAAACACTTTATTAATTTTAAACCACATTTCTCGCCTTTAAGGCCACGTGACTGGACACCCTGCTTGAGGGCCCAGGAGCTGCTCTGACCTTTGTCACTTTGGAAAACATTGTTTT----GGATTGTTTGAAAGCAGACGTGTGAACGTTGAGGTTTAGTCCGGATTGTGCGTTTTGCCGGTAGCCGGTGTCG----GTGGAGGAGGGGGTGGGGATTTTTAACCCTGACGCGTTCCTCGTTAGTATAGTGGACAGTAT-----CTCGCCTGTCACGCGGAAGACCG a score=2166 s danRer3.chr4 32190377 339 + 33808418 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s fr1.chrUn 210350845 1011 + 349519338 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ACATATACTAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTGCGCAAGGATGACACGCAAATTCGTGAAGCGTTCTTCATTTTCTCATTATTTGGTGAAATAATACTTCCGACATTCA------------TCTTTGTATTGTTCCAATT----------------TTTTGTCAATCCACCTATGTGTCACTTAGTCATTATATTCCTATTATTGTCACTGGA---TCTGTCTGACACTGTCATAA------TGTTGTTTCTTTGTCACTGGATCTATGGGGCACTGTCATACCGTTCCAATTTTCGACACTGGATCTATGGGCACTATAATACCGTTCCAATTTTCGTCACTGGATCCATCTGACACTATGTTATACCGTTCCAATTTTTATCACTGGATCCAACTGACACTAAGAACATTCCAATTTTTGTCACTGGATCTATGTG-ATGCTTAGTCATAACATTCCAATTTTGTAGGTGAATCTATCTGACGCTTTATTAAATGTGTGTGGGTATTTACCCAAAATTTACACGGTTGTTCAAAGGATTGCACCCACTGTGGCAGCTCAGTGTTCCAACCATGACCCAGAATGGTGTTGGAGTGTCTTCCGACATATACCGAGTCGATGTCGACAG-TGAT-TGTGTTACTT-CGGTAGCACATATACTAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTGCGCAAGGATGACACGCAAATTCGTGAAGCGTTCTTCATTTTCTCATTATTTGGTGAA a score=-204 s danRer3.chr4 32201919 97 + 33808418 TAAAAGTACAGAAATGCAAAAAGACAAAAGGCTTTTCACGATTCCAAATGGTGCATGAGGATGGGTTTAGCAAATCGTGGGAGGTGCTGCTGGGTCA s fr1.chrUn 196781710 69 + 349519338 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s fr1.chrUn 196782473 1725 + 349519338 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catatgaccaaaatgacttttatgGTCAATTATGTAAAACT--CTGAAAACTGTACTGACAGAGTTAAAATTTACTATAACTTCAATGTTAAAGAGCATATTGTAGGTTAGCCACCCCAGTGAGACAATGTGTGTAAGAGTAAAGTAGGAACTAGATTGTCTTTA-AAATATACGTTAAAGTTTATCATTAAGCCGTTTAGAGTCGTTTTTAGTCACGGAAATTTACTTCCACATCTGAANAATTGCCAGACCGNAAGTGACGTCGGATGAGGGAGTCCG s fr1.chrUn 205621691 259 - 349519338 CATGTAACTACAATGAAATTCAACTTTGTCCAGATTAAACTTACCGGTAA-TGTGAAGACAGTTGTAGACTCTATGGAGCCTT------TAAAGAGTGCATTGCAGGTAAGAGGCCACCTTAACTTAATGTTTTCAAAAATAATTCAGGAGCAAGATTTTCAAAAGAAATAAACTTATGCATACATTGTTGAGCCTTCTGGACTCATTTTTGTTATGACAAATTTACTTCCA------AAAAACTGCTGAA--------GGCATCTGCAGAGTGAGTCTG a score=3306 s danRer3.chr4 32216547 72 + 33808418 AACTTGTGGACTTGATCTGTTGACATGCTGGAGTTTGTGCAGTTCCCATAAACGCAATAATATAGCACGATG s fr1.chrUn 205622465 72 - 349519338 AACCTGTGGACTCGATGTCTTGACAGGCTAGAGTTTGTATAACTTTCGCAAATACATGAATTTACCATGTTG a score=-774 s danRer3.chr4 32223618 161 + 33808418 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danRer3.chr4 32273953 139 + 33808418 ttttgttcattgtacattaattaacattaaTACAATATTTGAA--AGTGTTGCCAATTAAACTAGAATTAAACTAAATTAACTAAATAAAACTCTCTCAGTGTGGTCGAAAAAAAATTGCCTGCATGAATAATTAAAAATG s fr1.chrUn 206223079 133 - 349519338 TTTGGTTCATC-----TTAATTAAAACTAAGATTAAAACAGAACAAATGTT---CATTATGCCAGAATCAACAGAAATGATCAAAAGAAAATATATTCACTGTGGGGGAAAAAGAAATGATTCTGTGAATGAATAAAAATG a score=1088 s danRer3.chr4 32274104 254 + 33808418 CAGCAATCTCCCACTGTCAGAACCTCACAAAAAATCATCTAAAATCAGCATCTT----CTACTCATCCA------TAATCAAAC-----CTTTAAGGCTCGCATTAA------CTGAAACCGAGCATTAAAACACACACAATTACAGCAGGAGAACCGTGGCGCT---TCTCTGCAAACTCCTCCATCTCTCTCAGGCTTGT-TCGTCAGCCAGAAGCTACTGGACTTATCTCGGCTCCAGCTCTGAAGAGAGAGGATCTCTTCCTG--------ACAAGCCTGCTG s fr1.chrUn 206232110 272 - 349519338 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s fr1.chrUn 65671446 1162 - 349519338 AACAGAGAAACACAAAACACGGGGGCGGGACAAAACAGAACCAAATGCGCAAAAGTGCGCAGAGCGCACAGTAAAAGCAAACTAAACCACATAACTGGGATCG--------TAACACCCCCACCACCAAAAATCAACATATAATGTTGATC----------------------------AACAAGTGCTC------------TCTAATTAGTATCTCTTAG------CGTGACAAAGCATCAGCTAGAACGTTTTCTTTTCCTTTCTTATACCTTATCTCCAGGTTGAATCCTTGCAGATATAAGGACCAACGCATGAGACGCTGATTTGAATTTTTCATCCTGGATAGGAACAGCAAAGGGTTATGGTCAGTGAAAACAACGACAGGCTTAGATGTGGAACCCACATACACCTCAAAATGTTGGAGTGCAAACAGTAAAGCTAAAGCCTCCTTCTCAATTGTGCTGTAGTTAAGCTGGTGCTTCAAAAACTTCTTCGAAAAATAACAAACGGGGTGATCAGTCCCACTAGTATCTTCCTGCAGAAGGACAGCACCTGCACCAGTACCGCTGGCATCAACCTCTAATTTGAAAGGCACATCAAAATTTGGAGACGCCAGTACGGGTGCACTACAAAGCAGCGCTTTAGCGTTCTGGAAAGCAGAGTCGCAATCGACTGACCAAACGAACGAGCAAGATTTCTTAAGCAGATTCGTTAGCGGTAGTATCACATCGGAAAAGTTGCGGCAGAAGCTACGATAATAGCCAATCATTCCTAGGAATCTACGAAGCTCTCGTCTACCAGACGGAATGGGGAAGTCCACGATAGCGGATACTTTAGCTTCCACTGGGCGCACTTGGCCTTGGCCAACCTGTTTTCCCAAATAGGTTACGGTTGCTTTGGCGAATTCACATTTAGCTAGGTTGAGGGTCAGAGACGCATCTCTCAAGCGCGTGAATACCA-AGCGAATGTTATCAATATGCTCAGACCAGGAGGATGAGTAAATGACCACATCATCCAAGTACGACTCGCAGTTTGGGACACC-AGCGAGAACTTTATTCATAAGCCGTTGGAAGCTTGACGGGGCATTTTTAAGACCAAACGCCATAACCTTGTATTTGCATGAAGCTGTCAGGTGTAACGAAGGCAGAAACTTCGGAGGCTCTGGGCGTTAATCCCACTTGCCAGTAGCCCTTGAGAAGATCTAATTTCGTAA 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ggtttcccccacagtccaaagacatgcggtacaggtgaattgggtaggctaaattgtccatagtgtgtttgtgtgtgtgaatgtgtgtggatgcttcccagagatgggttgcagctggaaggtcatccgc-tgtgtaaaagcttgctggataatttgccggattattccgct--gtggcaaccccagat--------taataaagggactaagccgacaagaaaatgaatg-----aatgaattaaCCAACATTTTTAA---------------TTTGATATACATTTAATCAATCAAATT-GTGAATGTT-ATGCA-ATATTTAATTTAGGACTAGATTTAGACCTTTTTAAAAATGTGT s fr1.chrUn 314908441 352 + 349519338 GTTTCCCCACATGTTTCACAGACATGTGGTT--ACTCAACTGTGTGAATTCTAATGT------GATACTTTAATGCAGAACTGTGTTTGAAGGCTTTTCC-ACATGTTTTACACACATATGGTCTCTCACCTGTGTGAACTTTCATGTGGACATTTAATGCAGAATTTTGTTTGAAGGCTTTTCCACATATTTTACACAAATATGGTCTTTCACCTGTGTGAACTCGCATGTGGACATTTAATGAAGTACTATTTATAAAGGCTTTCCCACATGTTTTACACACAAATGGTCTGTCACCTTTGTGAACTTTCATGTGGACATTAAATGAAGTACTATTTATAAAGGCTTTCCCACATGTTT a score=662 s danRer3.chr4 32311193 181 + 33808418 CATTTCTTTGA---TTCTTGTACAAGTTTGGTTTACTTTGAGTTAGCAAAGGTTTTCAAGGT----TAAATGTATAAATTACCTTAT---TGTTTATAATAAAAATACTATAAAATGTATTAGTTTCTGATAATAACATTGTTTAAATATTTTTCTGCACATTCCCTCTATTAAATTAGATTTATATGAAG s fr1.chrUn 314908895 177 + 349519338 CACCTGTGTGAACTTTCATGTGGACATTTAATGAAGTACTATTTATAAAGGCTTTCCCACATGTTTTACACACATATGGTCTCTCACCTGTGTGAATTCTCTTGTGGCGATAAAATG--------------AAGAATATTGTTTAAAGGTTTTCCCACATGTTTCAGAATCAGAATCAGAATCAGAAGAAG a score=1633 s danRer3.chr4 32357073 318 + 33808418 TTTCCGGTCGCTGAGCCAAATGAGACTCCTGCCTGGACTC--GGTTTATTTAATT--TGTTTGCTCAAGGCTTGCTGTAAAT-TTGCTGGAATCATGATTGACAAGGATGATTTCGGGCCCGTCACCCGAAATCGG----CGGCGCGCGACCATCACGAGTACCAGGAGCGAGTCTGTGAAGCTGCGAAACGGCGCGAGCGCGGCAGCAGCAGCCGCTGACAGTGGTCTCA--AAAGCGGACACAAGGCGCGGGAGTCTCTGGCGAAAAACTTGCAGCTCAACGAAGAAAACAAGAGAAAATGCGACCGCTACGACAGAATGAGGTGAG s fr1.chrUn 183013787 314 - 349519338 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ACTGTAAAGTAAAGACAAGTGTACAGATGTTTTGATGTTTGAACATCT---GTAATTCATGCCATAATTTGTGTTGTAGGTATGGCATTTTAGTGGACCCCATTCAGGTGGTGTCTTTGTTTCTCAAGGACCCTTATAGTTGGCCTGCTGCATGTCTGGTTATTGGTATGTATGTTTTAGGTGGACATATATTTTACATATTTAAAGACATAGTTTAGAGGAAACAAACAGC s fr1.chrUn 183016401 209 - 349519338 ATTACACATTAATAACAACTGTACAATTAAAAGGTTTATCCCACATTTCCAGTAATTCCTGTACTCCTCTGTGTGACAGGCATGGAATTCTGGTGGATCCCATTCAGGTGGTTTCCCTGTTCCTGAATGATCCGTATAGGTGGCCAGCAGCCTGCCTGGTCATCGGTAAGT----------------TACCTTTTCCCCCTTTTAAAAC-------AGGTGAAACACGCGGC a score=4136 s danRer3.chr4 32371094 227 + 33808418 agaatta----tagtgatgtgacgttgtgtgccgaggcttcgaagcatgtatcaaaaaaacgataca-tctctcagtgaagcagtgtaccggagcttgattcgttttgc-----catcatcacgtgatcagtgacgtccgaagcttcatt-ttcgcctttacccacgtgactgcttcgaa------ttttgatt---caaaggtataaacaccctcaaagtgtatagcgagagaatttgcgtctatt s fr1.chrUn 261653558 232 + 349519338 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aaaaaactttaaa---tccaaaaacttttgagaaactgttgtttctgaatattaatgaataaaATTTCCCC---------TGTCCTGTACATCATTGTCCA---AGTGAAT----CCCTTTTCCTAGTTGCACAAAGCACTTTCC-----------CCCTCCGATAATTAT------GCCCATGCCATTTTCAGAAAAACATTGCACAACCTGCCATATTTCGATAATATTACCACTTTGGGAAAAGAATTACATACAGAATACATTAAAAACATATTAAACGCATATTTGATCATTTATGTGCAAAAAGTA------TTTGGTCATGCTTTTTTATATATATAATTCATAGTATTCCCAACATACATAACAGACAAAAAATTCAACGCATCACACATTATGTATAGTTCAGACACAGCTACCTGTGATTATACACTTGGCCATTAGGAGGTTTTGTCTGC--------ACATAAGCTTAAGCTTCGCGAAATCAACCCTTTCTCAACCCAATTGGCTCAAGCAGTTCAATGCCTCACGAGGCTTCATCTCAACATCACGACAAAGTACTCTTTAAAACTAATGCACAAAC-GATAAATGGTTAATAGACCAAA a score=2589 s danRer3.chr4 32372450 69 + 33808418 TTTCCTG----CAGTTTGTAATGCTTTTATACTTGTGGCACTGTACACCGAGAGAAAGCTAGCCATGGTGAGT s fr1.chrUn 183017626 73 - 349519338 TTTCCCGTTGACAGTGGCGAACGTCTTCGTCCTGGTGGCGCTCTACACCGAGAGGCAGCTGTCGAAGGTGAGT a score=1528 s danRer3.chr4 32372869 307 + 33808418 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ATGTCTGTGTTTTCTTTATGTAGTTGGAGGGGCATTTGCCTTAGGAATCTACACCATCCTGTTTTTGAAACTGTATTCATACAAAGACGTTAACAAGTGGTGCAGAGAGA-GAACACAAGCGAAGGCCCGCAGCCTCTCTAGATCTCTTTCATGTGAGTAAATAATTCAAATGT---TGTGTATTTAGAACTTCTATATTGCT--------AGTTTAATGTTTT---GATTGCTTATAAACGTGTCTCGACTTCCTCGC s fr1.chrUn 183019381 258 - 349519338 ACATATCTGGTCTGTTTTTACAGTCGGGGGAGCGTCTGCTCTCAGCATCTACACCATCCTGTTTCTGAAGCTCTACTCCTATAAAGACGTCAACCTGTGGTGCAGAGAGCTGAGCAGCATCAAAGTCAAG-AAACTCTCCCGGTCGCTCTCCTGTGAGTCCCAAACACAGGCGCACGTTCGGACCAACGTCTTCTCTGTTGCTGTGAAGTCAGAGAAGCGTTTTCAAAACCTTTTTTAAAGGTGCTCCCACACCCACAC a score=2225 s danRer3.chr4 32375786 36 + 33808418 ATGTGTCTTACCCAGGAAACCTCTCTCTCAGGGGTA s fr1.chrUn 183019981 36 - 349519338 AGGTGTCTTACCCCGGGAACCTCACCATCAGAGGTA a score=6120 s danRer3.chr4 32376191 128 + 33808418 CTATTTTGAACTCTGTTTTTC-AGATATATACTATTTTGTTTTTGCTCCGACCCTGTGCTACGAGCTTAATTTCCCCCGATCTGAATCAATCCGAATGGGATTTCTCCTCAGGAGGCTCTTTGAGATGG s fr1.chrUn 183020088 129 - 349519338 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s fr1.chrUn 227508159 1137 + 349519338 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TTACCGATGCAATGAGCTATGAGCTCAAATCTGTCACAACCAAAGAAAACCTCAACCTTCCCGTTAACATGGCACACAATGAATGGAAGACCAAAGGCCTGAAAAAA----------AGAGGGGAAATTACTTTAAAAAATGTTGACAGA-------------------AAGGAGGCTGTGGCATA--------------------------AATAAAA----------GTCACTAACATTTTTCTCTAGTGCCTCCTGTGTGACACTCTTCAGCTTGTCTTTAATTGGTTGAGATTTGGCATTGGTCAGCAATTCTTCCACCTC s fr1.chrUn 227507154 325 + 349519338 TCACCGATGCAGTGAGCCAACAGCTCAAATCTGTCCGATCCAAAAAAGATCTCGGGGCTTCCGTTCCGGTGGTACACCAACAGGGGGAAGCCAAAGGCCTGCGAAGGTTATACAGCCCGAGAAAATAGTCCAGTTAAAAGGTTCAACAGATTCACCTAAAGTAATAACGTATGAAACTGAGGTCCAGCGTCTTTCTGGCTTTCCTGGCGTGTGATAACAACGTTGCTGGACGACTGACCCCGTAGTCCAGAGCCTTCTGTGTGGCGTCTTTCAGCTTGTCTTTGATCTCCTTGGAGGCGGCCGTCTCCAGCGCATCTTTGATCAC a score=5295 s danRer3.chr4 32393541 157 + 33808418 GATACCTCAGTAAGCGAGAGAGGCTGGGTAATGTCCTGATGCTTTTGCCACATTCGTTTCCAAAGCTCTCTAGAAACCTTCTCCACCAGCACATTTTCCTCTTGGTTTTTCTCTGCTATAGCAGTCACAAAGCGCATTGCAGGCAAAGTATCTTAGA s fr1.chrUn 227507574 157 + 349519338 GGCACCTCCGCCAACGATGCGGCTTCAGTGATGTCCTTGTCCTCGCTCCAGATCCGTCTCCACAGCTCCCGGGACACCTGCTCCACCAGCTTGTCTCCTCCTTTCTCCTGTTCTTGCACCGCTGTCACAAAGCGCATCGCCGACAGAGAGCCTGGGA a score=715 s danRer3.chr4 32395439 320 + 33808418 GGTTTGAATACCTTTCTTA----------CAAGGCGA-----AGGTGGATTTACAGGGACCCCATAGTACTCAGACATCAGTTTCAGATCTGTGATCATATAATGGAGCTTATTATCGACCATTCCAGGTTCAGTGTTACCTAAAAGCAAAACAAATTGGATTGAACATTTTCATCTTTTCATTATTAAAAGCAAAATACAGGTGACGTGTAGCTGAATTATAGTGTAGCTGTTACAACGT-------GCTACCAGAAGGGCCTGATTTACAATTAGTACACATAAAACAAATCAACTCTTATCC-TGTATTAA------GGTCATTTTTTTAAATGAATGACTTGATT s fr1.chrUn 227507812 319 + 349519338 GATTCATGTACCTTTTTTGAACATGACCTCAAAGGGATCAGCAGGAGCTTGCAAAGGAACATCAAAATACTCTGCTGCACGCTTCAGGTCCTTGGTCATGTACATGAATTTGTTTGGAACCACACCAGGGGGCTTGTTTCCTGTAATATAAAGAAAAAG-----------------TTCTGATGTACAAGAGCT---TACAGGTGCAAAGTATCC-ATTTACAGTAGTAAATTTAAAATGCTTTTGTAGTGATCATAACATCCTCTTTCCCATT--------ATATGATGA-TCAATTTCTATCAATATATAAATGCATGGGTCATGTAAATGAACCAAAGACCAAATT a score=5873 s danRer3.chr4 32395811 221 + 33808418 ACCTGAACCGTGAAAAACTCCTCCTAAAAATGATGGTTTAAATTTGAGGTCAATGTTCCAAACATTTTTGTAGCGACACAGCACCT--AAACA----CAGAAAATCAGTCATA-TTGGTACTGATGGCAAGACAAAAAAAAAAAGACAAAAATAAAATGACAGACCTCAAATGCCAGCCAGGAATAAGGAGAAACGACATCATAGAACAATTCAACCACTTTTCTGGA s fr1.chrUn 227508177 210 + 349519338 ACCTGATCCTTGCATGACGCCACCAAGGAACGCAGGACACAGTTTGAGTTCTATGTTCCACACGTGTCTGTAACGGCACATGACCTGTAAACATGAACAGAACACAACTTAAAGCTTCTTCTTATTCC------------------CCTAAATGTGAGGACAGACCTCAAAGCCCAGCCAGGAGTACGGAGACACCACGTCGTAGAACAACTCGATGACTTTCTTGGA a score=5817 s danRer3.chr4 32407859 386 + 33808418 TATCTCTCTTTCTGCAGTATCTGGTCAGTGTTCCTCTCAGGATGTTCAGACTGTGGGCATTTATGGGCATGATGGCACAGGTA-----------------------TTGACCTTTTTAA------------------------------------------------------------GCAT--------TTCGATTTAAAGCATTTTCGATTTTTTGTGCATTAAAAACTACATGTTACG------CCGGTGAAAATGATCCAAGCCTGCTAGC-------------------------------------------TGAGCTGTAAAAC------------------------------------------TGCATGCAATC--TTTTACATGTTTA---CATTTCACTTAAAACTGATCTTCATT-------TCAGATTCCACTGGCATGGTTAGTGTCCAGGTTTCTTCGAGGCAACTATGGAAATGCTGCTGTGTGGCTCTCACTCATTATCGGTCAACCTATCGCCGTTCTCATGTATGTTCATGACTACTATGTCACAAATCACCAAGACGA s fr1.chrUn 183021732 579 - 349519338 TGTTTGTGTCCCGTCAGTACCTGGTGAGTGTGCCTCTCAGAATGTTCAGGCTGTGGGCCTTCATGGGGATGATGGCACAGGTGAGACCAGCACACACACCCTGTGTTTAGTGTGTTTAAAGTGTGTAAATGTGTGTAGCCTGTGCTAACATTAGCTATCATAGAAGCAGCTGTGGTCTGGCATGTGCCACTTTTGTTATCAAGCACTTTTTAATCTATGTTCAGGATGTTTTTAGTGCTTTGATCTGCTCTGTGTGAAC-ATCAAAGCAGAATAGCGATGTAGCTTTCTACGAAACTCGGTGGGGAGGAAGGTGTGACGTTCGCTGTAAAGCGCAGCTTTGCGCTCGCGCCTTCTCCCGATGGAAACGGGGGCGTGCGTGGAACCGATCTCCTCTGCTCAGGGAATCTGATTTAATAACGCTCATTCCTGTCCCGATCAGATCCCATTAGCCTGGTTCGTGGGGCGCTTCCTGCGCGGTAACTACGGTAACGCAGCGGTGTGGATCTCCATCATCATCGGTCAGCCTTTCGCCGTCCTGATGTACGTGCATGACTACTACGTCCTGCACCACAGACAAGA a score=1533 s danRer3.chr4 32413926 268 + 33808418 TTTGCTTATGACAATTCTAAAAGTGTCAGAGTTCAAAACTAAAAACCTCATTTAAATATGAATAATACACTTTCCTTATATCATGTCACAATTGGCATTTTGTATTGG--TGTGCTGGAGCAATTGAACTTTTTCATCATTTGTGAGTAGTCAAATCAGCATTTAGCGATATTAATTGTATGATTTAATTTTACATTGTTTACATTTTTTTAATGCCTTGTGTTAACTTCCATTTCTGTAAGAGGTAAAGCATTTTGAAACAGTGTTTTT s fr1.chrUn 234679799 224 - 349519338 TTTTTTTATGACAGTCAAATCAAGCTAATGATTAACTATTATGAGTTTCTTTTATATG-----GATACATTGACTCTGTATATCATTACTACTGTCTTATTATCTTAGACTTTGCTAGTTGGA---AAACTTTGCTTCATTTGGAAGC------------------------------TATAGTTTA--------TAGTTTACGTCATTTTCATGCAGCGTATAAATCTTAATATCTGCAAAATGATCAACCATAAACAACATTGTTTTT a score=-297 s danRer3.chr4 32414194 248 + 33808418 CTAATATACAG----TAAAAATGAGGATGGACAATAATAAATATCGAATGTTAA--AATTATGAAGCGAAAATA-AAATCATGTAAAAGTCAAAATCCTGATATGAAACC-------ATTGTTTTGGTCAACAACAAATACTATAACGTT-----AATGTATAACATTCAA--CAATCTAACAACTTGCCTCAGTTGGATATTTATGAAAGATAAAA--AGTAGAGAATTTAaaaaaaagaaagaaagaaagaaaCTGTATTCTGTAACTT s fr1.chrUn 211592318 257 - 349519338 CCAACTCACAGCTGATTAAATTCAGAATGATCTGTAA---------ACTATTCGCCAGTTGTGAGAAAAAAATGCACATATTATACCACTGGTACTGCTGGTACTGCGCCTGCCTTGAAAGTTCCAGTAAGAGATGATTAACTCAACAATTTTGGAGTAAATATAATTTAAGTAAATATGATAA-TCACAGCATTTGCATTGTTGTCCCAGAAGAAGGCAGTTGAAGAATTAAAAATGTTAAAAAAAAAAGA----TGCACACTTTAACTT a score=3107 s danRer3.chr4 32422894 396 + 33808418 TGCATTAGTTTTTTAAAACAGGAAGCAAAAAAATCCTTTTGTTGCATGC--------CTGGTGTTAAAATTATGACTAG-----------------------CATTACTAT-----ACAAAAGTTGGC----AGTACAATAAACTTGGATCTCTTGAAACAGAAATATTTCTTATTGAACACAACAGAGAAACAATTACCCACAATTATCCTTCACCAATAACCGACCTAAAGTT-TTATGCATTTTCATAATATTAACCTTTCTATTGAAGTGTTAATTTAGTCGTGCTGCTCTATTCTGGACTAACTGTAATATATGCAAGCCTTTACTTGATGCACTTAACCAAACAAGT-AACAGTAATCTAGTTAAGAAAGAACCATTGCCTGCACAATTTGAGAGATACAGTACACCTGTCTCAGTAAAAAAAATAAAAACA s fr1.chrUn 323870267 422 + 349519338 TATACAAACTTTATAAAAGGTTCGATAAAATAATCTCTTTTTTTCATGCGTTAGTTCTTGGTCTTGGAATCATAACTTGGGCCCTCTTCACCTCTCTTGTTTCATGTCTCTTATGGGAAAAAGTCATTCTTGAGTGAAGGAAAGTCAGTTGTTTTGAAACACAGATATTGCTAAATAAAGTTAAAAGA------CTTTGTTTTGATCAGTCTTCCACTTTAAGCCAGGTGAGATCAGCGTGCATTT--GGTCTGTTTCTCTTCCTTGAACACCGGAGAGCAAGACGCGCTGCTCCACTCTGCACCTACTGCAGCTTCTGCAGCTCTTTATGAGCTGCACTCGACCAGATAGACGAGCAGAAATGGAGATGAGAGAGCACCAAAGCTTGAATAACCTGCTAGATG--------GTATTAGAGGTAAGAAAGGAGGAACA a score=22840 s danRer3.chr4 32423484 726 + 33808418 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fr1.chrUn 183027304 993 - 349519338 CAGCCAGcaccagtgccaccagtgccaccagtcccacAGAGGGCTATCTCCAAAGACTGGCCCACTTTGACGAGGGGCTCTACAATGACTTCTACAGCCTCTGGGTCGCGCTGATGGTCGTCAATTCCTTCATATTCCTCGTGGGAACTCTTTCATGTCGATTGTAGATGCTGTCGGTTGGGCCGCGCCGTTGGGAATCACCTGTATCCTCTCCATCCACAGGTGGGCACGGTGCTCAACACGGTGGCGCTTTACGTGTTCTGCTTCCGCACCAAGCCAAAGAGCACCTCCATCATCTACACCATCAACCTGGCGGTGACGGACCTGCTGGTCAACCTGTCTCTGCCCACTCGCATCCTGCTCTACTACAGCGGCGGAGCGTGTCTCACCTGCTCCTACCTGCACACCTTCAGCTACTTTGTCAACATGTACTGCAGCATCTTGTTCCTCACCTGCATCTGCGTGGACCGCTACCTCGCCATCGTGCAGGTTTGGCTGGCTCGGGCCTGGATTTGGACTCAGAACCCCCCTGACATGCCGGTTATGCCCTCTTCCTTTTTGCCCTCTGCAGGTTGAAGCCTCCCGCCGGTGGAGGAGCTCCAGCGTGGCCAAGTGTGTGTGCGTCTCTGTCTGGCTGTTTGCCATCGTGGTCACCTACTCCTCCCTCTCCACAGCTTTCCAGCATGCCGGCTGCTGCCTCTCCAAGCTGCTCTTCCTCACCGTCACCGAGTTCTTCCTGCCCCTCGTCGTCATCGTGGTTTTCACAGTGCGGATCATGTGGGCACTCGTCGACCGCCGGCTGATGCAGCAGAGC--CGGTAGACGgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgTGTTATTCACAAGGAAACACTGATGGATTTATCCGTCTCCTCAGGAAGCGGAGGAGGAAGGCCGTCCACCTGCTGTGCACCGTGTTGATCATCTTCACCGTCTGTTTTACCCCCTTCCACATCACGC a 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ACGATGGTCTATCGGGTCTTAACGCCGCCGTTTGATT------ATTGGACTCTTCTTATTGGTCGGGTTGCTAACGCTACTCTCTGTGCTCTAAATCTGCTTGGATTTGATGTGTTTAAATGTAATTTATCTGTCTTTTTTTAGGGCTTCCTGAGCAGTATTACAGTTTGACCTGGTTCCTCAGTCCCATCCTGGGCCTCGTCTTCACGCCCGTGATCGGTACCGCCAGCGATCGCTGTGTTCTTCGGTGGGGTCGTCGGAGGCCCTTCATCCTGGCCCTGTGTGTCGGCGTGCTGTTGGGCGTAGCCCTGTTTTTAAATGGTTCACTACTCGGTACGC-------CTGGGTTCTCTTAAACT---CTTAAAA--AATGCCATTGCTTGCT-----------------------------------CTCCCTTCTGTTCATG-----TTTGTTTGTGATTATCTAACAGGTCTTTCCTTTGGCGATAGACCAGGCAGCCAGCCAATCGGGATCATCCTCACCGTATTGGGAGTGGTGGTGCTGGACTTCTCTGCTGATGCCGCCGACGGGCCGATCAGAGCCTACCTTCTGGACGTTGCTGATACAGAGGAACAGGATATGGCACTGAATATTCATGCCTTCTCTGCTGGTAGGACACAAAGTTTG a score=9952 s danRer3.chr4 32437820 1114 + 33808418 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s fr1.chrUn 183033555 1398 - 349519338 CTGTCTTCA-GGCCTCGGTGGAGCTGTAGGCTACATGCTGGGGGGTCTAGACTGGACTGGCACAGCTCTGGGCAGAGCATTTAAATCCCAGGAGCAGGTGCTTTTCCTATTTGCCAGCTTCATCTTCATCATCAGCGTCACGCTGCACTTGTTCAGCATTCCTGAGCAGCCGT-TCACTCCAGGC-AACCAGA----TAAAAGCAGAAAGTG--GGGAATCTAGCAGCAGCCTGTCTC--TGACCGTTGGCCACATGGCTAACTTAT--------TGGACGCCGTTGCAGAGGAGGACATTTCTGCCCCCGTGGCCCAAAAGGAGGGGGAATCGGGGCCTCGGGGA----GAGGTGGATTTCCTTGCTGTTGACAGACTGCGCAGTAAAAGTGATTCGGTCTTAGCCATGCCCGATGCCACAGTGGAGATGGATCCCGACCTTGACCCAGGCATGCAACATTTCCAC---------CCAGACGTG---------CATCACTTTTTGCCAGATACAGGCGCAGAGCTGGAAGATGTTTTCAAGGCATCGCACAGTGGTAACAGTTTATCCTCTCCCTCCGAACGACCCGCCACCACTGAC--CAG-GACCCGGTCCCGGAGCGTTCTGAGCTGAACGGCCCAAACACCCCT------CGTCCCTCTGGCTCCAGGGACTCGCCTCAGGTGAGGTCAGCAGCTCCAAATGAAGCTGAGCAAGTTGCATGGGTGTTTTTTTAAAGTTCCATCTTCTCTCCCAGCAGGTCAGGGCTGTGAACGGTGCCAGTGCTGGTTTGTCCCCTGGTCACTACAATGCAGTGAAGGTTCACCCCTCCACCAGGGTCACAAACCGCCCGTCAAGCACCTCAGCCTCCCCAAGGCCACATCCTCACACCTTCTACAGACAGGTTCTCTCCATTTACTCATTCCTAGCTCTCAGATGGCCCAGACACTGTAGTCAATGCAGATGTTTAAAGGCTGTTTTCACGTCTTTTTCCAGCCCTCGTTCACCTTCTCCTACTACGGTCGAGTGGGGTCACCGCGCTATCGGCTGCGGCGGACGGCGCTGTCGC------GCCCGCAGCCGATGGTCACGTCCCGCAGTCTGAATGACTTGTGTGACCTCCACCGGCGTTTGGACAGGCGGGAGCTGCAGCTCTCCGCCAGCACGTTGTCCTCTGACAGCTCCATCGATGAGGGGGGAGCTGACAGGGGAGCAACAGTTCGCCTGCTCTGGTTGTCCATGATGAGGGTGAAGTGGAACAAAGACACAAAAAAATGACCATTTCGATGGTTGTTTGTTCTTATTGCTGTTATTGTTCTCTGCAGATGCCAAAGCAGTTGTGGCGACTGTGTCTGTGTCACCTCCTCACCTGGTTTTCAATTATAGCAGAAGCTTTATTTTATAGTGATTTCATGGGCCAAGTCATCTACCATGGAGACCCTACGGTA a score=-398 s danRer3.chr4 32438934 82 + 33808418 AGAACAGATCTTTATCTTGTCATTTATCTCaaattaattgtaaattttagatatttaattaaaattctaaagattttatttt s fr1.chrUn 301741733 74 + 349519338 CGGAAA---TCCAAGCCCTTTATTGTTCTGACACCTCCTGTCATTTCTTCAGCTCTATCTCTGATTCT-----CTTTATCTT a score=420 s danRer3.chr4 32439016 90 + 33808418 ttaCTAACCCTG---GTTAAAATAAGGTATCATGCCTACAGTTATGATTAATAATATGCTGAATGATTAAGCCACCATGCACTATAAAAATAG s fr1.chrUn 265544709 89 - 349519338 GCATTAAGTCGATCCATTTATATTACCCGTCCTTCCAATATTTCTGTTTTTTCACAT----AAGGACTAAACCCAGATATGCCATGAAAATGG a score=998 s danRer3.chr4 32442945 123 + 33808418 gattgtgagaaaatagtgattttaagcaaaaaacaaattgtgattctcattttagccagaatc----------gtgctgcgctTCTTTAATTTTAATCCCTTTCAAAAATTTAAATATGCTGCAAGACTAATT s fr1.chrUn 265544909 127 - 349519338 GATTGTCAAAAACAAGCAAAA--AGGCCAGAAAAAAAGGACATTTTTGCTTTTAAGCGGCATCCATTCCAGAAATGCTGCTGCTCCTTAACTTCTTGAGCTTTTA----TTTCACAACACTACAACACTAAAA a score=752 s danRer3.chr4 32443134 73 + 33808418 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GCCTCATTTGGGTTCACATGTGAGCTCAGCTGTGTTGGCCAATCAAAGAGGATAAAATAGCACGCACACTGACTTCATGAGGTAAAAATTCAGGTTGTGTTGTCCACATGACAACACTGTACATTGTAGTTTCAGAAAATCTTCACCCTGGCCATAGTTTGTAGAAAGGTTTAGTTATCTTATATGTTCATTTTTGTGCAAACACACAGAGAAACTGT s fr1.chrUn 203863178 193 - 349519338 GCATCAACTAGACACAGACGCACACCCCGCTGCAGTGAGCGGTCAGTGACTGCTACATG--------------CTCATTAGGCCCAAACAAAAGTGGCGTT-----------AACATTTGGTGCTCTTGTTTTAGAGCAGCATCATCGCCGTCGTCATCATTGGGACGGCTCAGTAACACTCTTTAGGAAGCTTTACTTATACACACAGGTGAATTCT a score=6172 s danRer3.chr4 32466867 167 + 33808418 AGAAAAAGCCATGGGTTTAAAAATACCCAAGGGACAAATCTGCCGCCGTTCAACATCTGCTGGA--------------AAATTAGGTTAAACTAATAGTCATTTA--TGTACATACAGTGAGGCAAAAAAGTATTTAGTCAGGCACTAATTGTGCAAGTTCTCCCACTTAAAAAGATGAGAGG s fr1.chrUn 145652974 177 + 349519338 AGTAACAGACATGACATTTTAATGACCAAAAG--CAAATATGTTGGGCTTTAA-ATATGTTCGATTATGAGTCAACCAAAATCAAATAAAA---AAAGCTTTCTAGTTGCACATACAGTGGGGCAAAAAAGTATTTAGTCAGTCACCAATTGTGCAAGTTCTCCCACTTAAAAAGATGAGAGA a score=17376 s danRer3.chr4 32468042 374 + 33808418 gGTCTGTAATTTTCATCATAGGTATACCTCAACTATGAGAGACAAAATGAG-------------------------------------------------------------------------------------------AACAAGATTTCTGGCTCTTACAGACCTGTAACTTCTT---TAAAAGGCTCCTCTGTCCTCCACTCCTTACCTGTATTA-TGGCATCTGTTAAAAACT----------CGCTAT--------CCATA-------TAAAAGACACCTG-----------------TTCAC----------AGCCTCAAAC-GCAATAGGTGAGCAGCTTGGTGTGAAGAAATCAGATGTGGGGGAAATTATTAGAAAACGGAAGACAGACAAGACAACTGATAATCTT--------------------CAAGATCTTATCTCGTGGGGTCAAAATGATCCCAAGAAGTGTGTGCAAAAATACTAGAACAACA--------------------------------------CAAAGTAACAAAGGCTGCCATCAGTAACACGCTGCGCCGC s fr1.chrUn 145653151 580 + 349519338 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GTAAAAAAAAAAAAAAatatgtatatatatacacacatacacagacacacatatacatacccatata-----------taGAAAAATAA-------ATAACAAAATGATAAAGGTGAAAATGAAGGAAAACCACATACGAGACTGTTCaaaaataaatagttaaataaattaaataaaattaataGGAAGGGCGGGGGGGGTTGGGGCTCATTCAGGTTCTGCTACAATGGTCAGAGAGTCGATGTGCGTGATGAAGGGCTGCCATATCTTATAAAAACTGCTCAGGGACCCTTTGAGGGAGAACCTCATTTTCTC a score=4095 s danRer3.chr4 32528502 184 + 33808418 GTTCACACTACAGGACTTTAAACATCGACAGATCGCTGTGCCATTCGCACTACATGACTTGATCTTGT----------GTCTTTAAATCGTTGTGGTGTTCACACTACGCGACACTACGTAAATGATCCACTAGAGG-GCGGTCACA--------CACACTACATGATCTGACAACAACTCATTTG--CCAGCAACTCACTCAAG s fr1.chrUn 178559191 195 + 349519338 GTTCACACTACATGACTTTCAGAGTGGCCAGGTCACCGAGCTGTTAGCACTACGTGACTCTCTACTGTCGAACTGGGAGTAATGAGGTCTGTGGGGTGTTCCCACTACATGAC----------TGGTCAGTGACAGGAGCGTTCACACTACACCCCTCTCTACTCGGTCTCCAAAAGAATACTTTGGACCAAAAACTCACTCAGG a score=4614 s danRer3.chr4 32545964 177 + 33808418 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AACTTGTAAATATTCACAGTTCAGGGTGGAAAAAGTATGTGATCCTTTGGATTTATTAACTGATCGACCCTCTTTTTGGCAGCAATACCCTCAACCAAACGTTTCCTATAGATG-----CAGACCAGTATAATGGTCAGGAAGAattttggaccattcctctgtataaaact------gttcagcaatattcttgggatgtctggtgtgaatcgctctctgctctctaaggtcatgaaacagcatctcaatcaggttgaggtcaggac a score=9599 s danRer3.chr4 32552185 175 + 33808418 CTTCTGTTAAAGTCATTCTGTTGTTGGTTTAATTCAgtgtcttgggttgttgtcctgttgcatcacccctc-tgttgagcttcagttggtggacagatggtcttaggttttcctctaaaatgtcttgattaaactttgaaattaatttttccgtcaattaaagcaatccgtctagg s fr1.chrUn 155716727 176 + 349519338 ctcctgttgaagccattctgttgttgacttggttcaatgctttgggtcattctccagttgtatcacccatcctcttgagcttcagtctgcagacagatggtcataagttttcctgcaaagtgtcttgataaacttggggaattcatttttccattgacgacagcaatctatccagg a score=3450 s danRer3.chr4 32552512 880 + 33808418 ccccaattagacacacctgggctagctaatcaagctctgactaagctttctagaaacatccatgcaggttgaggcaagttggagcttaaatctgcaggacaccagccctcaaggactgagtttggacacccccggtctaTGCCCTGAGGCAGCAAAGCAGCTGGGAGGAGGTTTTGATGTTGGTGTGCTCTACCTTTTTTATCTACACTTATCATTGTGAGATg----caaatagacattctgcggcgcgatacgcgcaaatgacaagtctaacacgtgaaacgctcgagttggaaaatc---tgaacttcagcagacattcgcgccgcattaaccagtcaggaactttttcttgtagaggcgtgatt-------------------atgaagtaccgcctg--ttgttggtttcccgaggggaaatcctcttgccgacactggacaatacctcatcaaactgggcttggctccgctgaaagcctccatcattcaggtatagtttctggaggaaacttaatgaactcacagagctgggttcacctctgaaaggatgttgttgacatgttgccgaataaatctacactgtttttcagtcttcctaaagc--acataaacacagctattctctcaataaaatccatgttagccaattagcaatgaaactagagtcaccgggcagtcagaagccctgtcta-GATTCTAGAGCCTCGCAGGTCTTTTGAGAACTCTTTTGTGCAAGGGATGGCTCACATCAGGCAATGCTTCTTGAGAAAAGCAAAGTCAAAACTGGTGTA---------------AAGGCAGCTTTGACTAACACATCCAATCCCATCACATTGGTTCGACTCCAGGTTGGCTGACTCCTGGCTCTAATTAGCTCTTAGAAGGTAATTATCCTAGGGGTTCACCCATT s fr1.chrUn 155716903 740 + 349519338 ccctgatgcagcaaatcagcgccaaatcatgatgccct------------------------------------------------------------ccaccatattt----------------------------------------------aacagttggtatgaggatttcatgctggtgtgctgagccttttttcttcacacattacgttgtgcgttgattccaaacaactccgttttggtttcacctgtccacagaat--gttttgccagt--agtgct---gttgaacatccaggtgctcttttgcaaacttcagTGCAGCCATGTTTTGTTA-----TTTTTTTTGGACAGCACTGGCTTCCTCCATGGTGTCCTCCCATGAACTCCATTCTTGTTTAATGTTTTACTTATTGTAGATTTT-TCAACAATACTATTAGCATCTTCATCACACTGAGCATT-CTGCGCTGTG---CTCTCACAGTCA-------TCTTTACAGGA-------CGAGCACACTGGG-------------GGAGAGGA-------GCAACAGTGCTGAACTT-TCTCCATTTGTAGATAGTCCACTTACTGTGGACGTATGGACATCAAGGCTTTTAGAGATACTTTTGTAACCC--------------------TTTCCAGG--ATCATAGATCAAGTCTACAATTCTTGAGC---GTAGATCTTCTGAGAGCTCTTTTGTGCGAGGCATGGTTCACATCAGGCAATGCCTCT---GAACATGGAACTCACAACTGGTGTGTGTTTTTTAGAGGGCAGGGCAGTTTTAACCAACACCTGAACCCTCTTCACATTAAGTGGACTCCAGGTTGGCTGACTGTTGGCTGCAATTAGCTTGTGGAGAAATCATTTGCATGGAGTTCCCATACT a score=1460 s danRer3.chr4 32603810 323 + 33808418 aatatttaaattatgttatattttattttGCCAGTTTT--ATGAAGTTAAACTTTAAAGATGTAACTTTCCTCCATAAAAATTAATTTTTTTTAGGCATTTACATGTTATCCATTCAGACAATATCAATTTATGGTCTTTGTTTTTTTAATGGATTTTTGTTTTTAATCTTTCCTCCTTTTTTTTGTTTGCCTTTTTGTTATAAACAAATTGAATAAGGTTTATACACTGATAAATTTAAGAGTTCATTATTTAAATAAAGCATT----TATTTCTGCAACAACaaaaaatatattttaaatttaaaataaGTTATTTCCATTCTTCAC s fr1.chrUn 264403801 302 + 349519338 AAAATTTCAATTATCATCATTTGTATTTTGGAATCTTTCCATGAAGCCA---TTAGAAACAATAAGCTTTTTC------------TTTTTTTTAAGAA-----AAGTTTGAAAATGAAAGTAAATTAGATTA--GACTCTGTTTTTATGACTGACTTTTTTTTTTACTGTTATGAATTCAAATTTGTTTGCGTTATAATCCCAGAAAAGCTGTATGGCA-----GAACAGATAAAGTAAAGAGACTGAGATCTATGTAAGGAGACTCAGTAGATCTGGGAAAGCACAGATGACAACTGCCAGCTATTTTAAATCACGCCTGTTATTGAC a score=330 s danRer3.chr4 32604744 222 + 33808418 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s fr1.chrUn 99095881 1251 - 349519338 GCACAAA----GGCCCTAGAACAGGGGTGTCAAACTCAAATTCACAGTGGGCCAAAATTAAGCGGTGAAGTAAA---GTCACGGGCCAAACTCAAC------ATTTATTGAAAAATTAACTGCAACTGATATG--------TAATGTTTAACCTTTTCATATGGAAACAAACTTTAGTTTTGCTTATATACTGAATCTGGAACAACCAACGCTTGATATTGCAAACACATGAGAAATTAAATTTGAAATAAAAGACACATCAGTGGTATTAATTCCTTATTTAAATACATAAATAAAGTATGTCTCTCCCCGTATCCTTTCAAGTTCCTTTTTAAAGTAAATATTTTTCAAAGCCAACAACAAAAGAACCAAAAATAATAATGTCATTCAATAAAAATCCAACATTTCAACTATTAACAGACCATGCCTTGCAGTAGAAAAAGTGCATAAGAAACAGATATAT-TCAAGCTCAGTTTGCTACACT-CTGGTTTACTCTG------CACATTGGTCTAAGCCAGATACCTGGCATCTTTTCTTAGATGCAAGTTCATCAATGTCTGGGGTCAGGCTCTGAGCTGAGgaaagcctcaggacggagtgaaggtgttcatcagtgagtcgacttctgtgaggtgttttgttcaccttcatcatagagaacagttgttcacatagatatgtgctgccgaaCATTGAGAGCATCTGAGCAGCTTGGGTGCGTAATTGAGGCATTGTGTCTGGGAGGAAACATGGAAACCGCGCAGCACCAAC--AGTCATGTTTTGATTTGAGCATGTCATTACATTGGAGTTCAATTAGCTCCATTTGGAGGCTGGTTGGTGCGCTTTCCACGTCGATCGCAAACGGGTTACTGAGCAGTTCAAAT-----CTCCCTTTCTGAGCCTCAAAGTCGTCAAATCGCCGGGAAAACTCCGCGCTGAATGCGTTGA-TTTTTTCAGCAAACTGTGCGCTAGGCAGCACAGCAGGAGAGATTTGCTCTGCCATGGTTTGGCAGCACggaaaatgacccaagtttccttgcagcatctgagtcttccacagacacaacttagttttaaaggccctcactgctgcgtacatgtctgtgatgatgtggccccgtccctgaagctgcaggttaaggacatcgaagatggctcacaatgtcagacagaaatgcaagctcacacaaaaactttttatctctcagctctgttgtgtccttccctttgttttccataaactgacagatttcctcacatagctcaaaacatctgttc 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TCTTTGAAGGTATGCTGTAATCGCTGACGGCGTTCTGCAGTGCGTTATACGTGTTCTGCGAGCTCGAGCTCATTTGAACGACTTGA-TTTGCTGCCAGATTGATTAATTTCTGAAACGCAGTCTGAACCTTGTTCAGTTTATTATTGTCTTCAAAACAATCAT------------CAGCAAAGACACTAATCAACGGAG----------AAGTTCCCGAGAGTTGACCGTAGAGTTGA--CTGAGCTGAATGTTCAGGTTCG-AGACACTCATCAGGCTTAT--------TCCACCTTCGGGAAGGTTTTTTCCCAAATAGCTGAACGAAAAAG--ACTGTTCGGGATC-TGTCTGGTGTTTATAGCAGACAGCCGTCCAAATGTGAGAGGGCACTGTCACTCTTTCGGGGTCAGTGGAAACTTC----------TTTTTGTGGTATTCGTATATCTGCACTGGGCACCGTACCTGTGACAATGTAGGCTTCTGCAGAGGAACCATCAGTGATAAGCTTGCCTAGTAACAAACTTCTCGTGGTGCTCTCCCAACTTTTCCAGTGGATTCTGTTAAAACACGCATCCATCGGTG s fr1.chrUn 65010954 514 - 349519338 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CAAAATAATGGCGTCTGCAAAAGTTTGGGCA-CCCTGCAGA--GTTTATAGCATGCACTGCCCCCTTTGGAAATCTGAGACCTGACAGTGTCATGGATTGTTCTCAATCATCGTCAGCAAAGACCAAGTGATGTCAATCTTAAAGGTTT-TAAATGCCCAAACTCATCCAACTCATCTGACCTTGCCCCAACAATCAGCATCATGGGTTCTTCTAAGCAGTTGTCTAGAAAACTGAAACTGAAAATAGTTGATGCTCACAAAAAAGGGAAAAGGCTATAAGAAGATAGCAAAGCGTATTCAGATGCCAATATCATCTGTATGGAATGTAATTAAGAAATGGCAGTCATCAGGAACAGTTGAAGTTAAAGCAAGATCTGGAAGACCAAGAAAAATATCAGACAGAACAGCTCGCAGGATTGTGAGAAAAACAAGTCAAAACCCACGTTTGACTGCACAATCCCTCCAGAAAGATCTGGCAGACACTGGAACTGTGGTACACTattccactttaaagagatacttgtacaaatatggtcttcatggagtcatcagaacaaaacctcttttacgtcctcaccacaaaaaaacagcgtttgaactttgcaaatgaacatatagacaagcctgatacattttggaaacaagttctgtggaccgatgaggttaaaatagaactttttggccggaatgagcaaaggtacgtttagagaagaaagggcacagaatttaatgaaaaaaacctctgtccaactgttaagcatggaggtggttcagtcatgctttgggcttttattgcagccagtggcacagggaacatttcacgagtagaaagagaaatgaattcaataaaatttcagcaaattttggatggtaacttgatgccacctgtaaaaaagctaaagttaaagagaggatggctcctacaaatggataatgat s fr1.chrUn 234596693 749 + 349519338 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cctaaacacacctcaaaatccacaatggattacatcaagagatgaaaactgaaggttttgccttggccttcacaatctcc s fr1.chrUn 96543961 80 + 349519338 CCTAAACTCACCCCAAACACAACCTTGGACCACCTGAAGAAGCCCCAGCTGAAGGGTTCACTGTGGTCCTCACAGTCTCC a score=8592 s danRer3.chr4 32712464 510 + 33808418 tgacctcaacatcattgaaaatttatggatagacctttaaagagcagtgcatgacagacagcccagaaatctcaaagaactggaagacttttgtaagaaagaatgggcaaagatacctcaaacAAGAATTGAAAGACTCTTGACTGGCTACAAAAAGCGTTTACAAGCTGTGATACTTGCCAAAGGGGGCAGTACAAGATTTTAACTCTGCAGGGTGCCCAAACTTTTGCAG-ACGCCATTTTTTTGTTTTCTGTTATTTTGAAAGTGTAAATGATGGAAATAAAATCTAACTTTTTTGACATATTAAAAGAATGTCTAATCTGTAATTTGATGCCTTCTGGAGATTTTTCCATCTT---------------TCCTTGGCTTCTTTATG--------------------CACATTAATACAAAT-----TTTTACCTGG--GGTGCCCAAACTTTCGATCCCCACTGTATATAATTACCCATATTGCTTTA-AAATAATAATAACTGTAGTTTTGTCACTATGCTGGAATTTTAAGATGATACCTTCAAAAATA s fr1.chrUn 234597442 497 + 349519338 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AACTCGGAATTCTGACTTAATAACTCGGAATTCTGACTTAATAACTCAGAATTCTGACTT---AACTCTGAATTCTGACTTTATAGCTCGGAATTCTGATTTAATTACTCAAAATTCTGACTTCATAACTTGGAATTCTGACTTAATAAATCTGAATTTTGACTTAATAACTTGGAATGCTGACCTAATAATTATGAATTCTGACTTAATAACATGCAATTCTGACTTACTAACTTTGAATTTTGACTTACTCGCAATTCTGACTTAACTCGGAATTCTGACTTACTAACTCTGAATTCTGACTTTATAACTCTGAATTCTGACTTAATAACTTGGAATGCTGCTCTAATAACTACGAATTCTGAC----TAACTCAGAATTTTGACTTACTAACTCGGAATCCTGACTTAATAACTTGGAATTCTGACATATAAAACTCTGAACTCTGACTTACTAACTCCGAATGTTGACTTTACAACTCGGAATTCTGATTTTTTAACTCGGAATTCTGACTCTATAACTTGGAATTCTGACCTAATAACTCGGAATCCTGACCCAATAACTTTGAATTTTGACTTAATAACTTGGAATTCTGACCTAATAACACACAATTCTGTCTTACTAACTTTGAATTTTGACTTACTAACTCTGAACTCTGACTTAATAACTCGG--------------AACTCTGACTTAATAACTCGGAATTCTGACTTTATAACTCGCAATTCTGACTT----ACTAAGAAGTCTGACTAAATAACTCGG-CTTCTGACTTTATAACTCGGAATTCTGACTTTATAACTCCGAACTTTGACTTACTAACTAGGAATTCTGA------CTTTACTCGGAATTCTGACTTTATAACTCCGAACTCTGACTTACTAACTAGAAATTCTGACTTTATAACTCAGAA---------------TTCTGACTTCATAA-CTTGAAATTTTTACTTAATAACTCGGA---ATTCTGAATT---AATAACTGAATTTTGACT-TATTAACTTGGAATGCTGA---------CCTAATAACTATGAATTCTGACCTAATAACACGCATCTCTGACCTACTAACTCGCAATTCTGACTTACT--AACTTGCAATTCTGAATTATTAACTCGGAGTTCTGACTTATTTACTCGGAATTCTGACTTAATAACTTGGAATTCTTACT--TTATAACTCAGAATTCTGACT 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danRer3.chr4 32899802 242 + 33808418 GAACCTTGAGGTACTCCACATGAGACCGGTGCTGACGAGGACATAAACTCCCCTAGGCAAACAGAGAAGCTTCTGTCAGGATAAATATGACCGAAACCATTCCAAGGCAATACCCTTCATACC-AACACAGTGCTCTAAACAAGAAATTAATATCTTATGGTCTACTGTATCAAAAGCAGCTGTAAGATCTAAAAGCAAAAGAACAA-------------------------------GTCATTAAAAAGTGCGGTTTCAGTGCTATGGCAAGA s fr1.chrUn 114250986 266 + 349519338 GAACCTTGTGGGACCCCACATGAGAGCAGAGCAAGGGAGGATACAGAGTCACCAATGCTAACATAAAAATGTGCACC--------TCTGAATTGTACCACTCCGGTGCTCTGCCCCTAAAGCCGAACCTACTCCTCCAAGCAAGAAATCAAGATTTCATGATCCACTGTATTAAATGCAGCAGTTAGATCTAAAAGCACAAGGACAACACATTCACCAGAGATAGTAGCGGCAAAGATATCACTAAAAAGTGCCGATCTAGTGCTCTTTCAGAA a score=1488 s danRer3.chr4 32902671 156 + 33808418 gaaggtaaaaaaaaaacaaagg-agcaaatgattctttctgcaacctaaaacatggacaaactgccatgtttaattattatTGTGATGAAGTTCGTTCATAAGG-TGGGAAGAAGAAGAAGACAGGGTAATGCAATTTCTTTATTTTTATCAGCATTT s fr1.chrUn 214572186 141 + 349519338 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aataaaaataaacaataataaataaaaataagataataaaaataaatagataaataaaataaaaacaacaacactagtgcaatcttatatacataaaaaacaagtctaca------atgtgttg-----------------accag-------------aagtagtttcccataaaagctgggcattagagtttggacatatttgcgaaggggttcccacaaattaataaaaatagtgctagttcggtgaagagagtacctaattttttctaatttcaaaaaataaagaacatttcttgtccaacgagagtgagaaggagggtgagggctcttccagttcagaagaattaatcgcctagccagaagggttaagaaggctacaaagtctacaaaatgagagggtaaagtgtggtcgggcggaagaaccccaaataaaccaataattggacatggtgggatatcaacagtggta----atagct--gatagcgagagaaatatttgtctccaaaaacaaagcaaggaaggacaggaccaaaacatatgaaataaagtagctgtaccagaatgacacctgtcgcactcagggtctatagacggattgatgcgagctagcctgcttttggaccaatgagctctatgcactaccttgcattgtattagcctgtgacgtgcacagattgagttaaccctgttcaagaccgctttccatgtctcctcggtaatctcagttcccCTGTCTTGAGACCAGGTGGTCCGTAAGTTATCAGAAGAAAATTGAAGATTAACAAT-TATATTAAATAATTTAGAAATTGAACCTTTAGCACAGGGATCTATGCC-------------CAGTATTGTGTCTAGATCTGAAGTTGGCGGTGCATTTGGAAAGTTAACACATTTTTTGTGCACAAAATCTCGAGTTTGTAAGTATCTGAAAAAATTGGATCTAGGGACATTAAATTGAGAGGCCAACTGACCAAAAGAGGCAAAAACGCCGTCAATGTAAAGATCACCAAAAGAAGCCAATCCAAGATCTCTCCATGAGGCAT 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ataataaacatttaatttaatttGGAGCCAAATTTAATAACATTCGCAAGTTGTTTTTCAGAAGAGAAAATAAATTAGCCCTGAAAAGACGAAGTGATTTAATTAATCTAAAAAAGGAAGGGAGATTGTTCCAGTCGGAAGGTGCTTTGTATCGAAAGGACCTGCGGCCACTTTCTGTAGAAA----------TTCTGGGAACCAAAAAATAATTCTGTTGCACACAACGAAGCGAATATGATGATGTAAGTGGAACAAAAACTGCTTTAAATAAGAAGAGAAATTAAAGTAAACACATTTAAAAAGAAACAAATACC-AATGATACTGTCTACGGAACTTAGGTTGAAGCAAACCAAGTGTTTCATATAATATACAATGATGGGTTCTATAAGGACATCTTAAAACAAATCGACACAGACAATTGAAGACAGTATTTAAAGGTTTTAAATTAATATCAGAGGTATTGTTATAGATAATATCAGCATAATAAATGATAGAAAAGATTAATTGAGAGATCAATTTTTTCTTACTTTAAATGAAAAACAATTAATAGAACGATAGAGAGAACCTAAGCACCGATATGACTTTTTAATTATAAAATCAATAGGAGGTGTAAAGGACAGTTCAGTATCGAGCCA s fr1.chrUn 289070675 559 - 349519338 ATCACAGACATTA----TGACACCGTGAATAATTTAAAGACGTGAGTC-GTTGGTTTTGAGGTGG---------------TTGAAAAGG-GAAAGGAGGAGATTGATCTAAGA--GGGAGGGAGGTCGTTCTAGTCAGATGGAGCTTTGAATCTAAATGCTTTATGGCCACTTTCTTTGGAGGGTTTTTGTTTTTTTTGGAG------------GTTATTGCGTATTTCTCAGAGGATAAGACGATCTGAAGGGACCCAAAAGTGATTTTAAATATAGGA-CAATTAAAGGAAATAGATTTAAAAATAAAAAAGAACCCAGTGAAGATGTCTTCTGAGTTTGGGCTGCAGCCAGTTAAGTGAATCATACAGATGGCTGTGGTGGGTTCTGAAGAGACATCTCAAAATAAATCATCAT---CAATTTCCAACAACATTATGTGGCTGGAGGCTGGTAGCAGAGGTGTTCTGATAAATGATATTGGCAAAGTTTGTGATGGGTAACAGCAGCTGGGAGATAATCCTTTTTCT----------------------------GATGGGG--------------GGTGCGTTCCTTTCATGATATAGTCCATCTGAGGTTTGAATGAGAGTACCAGGTCAACCCA a score=1868 s danRer3.chr4 33144183 52 + 33808418 ACTCATTGTGTGCTTTTTAGTTATTATATATAGCTTCCCCCCCCTCCCGTTA s fr1.chrUn 346024431 52 - 349519338 ACCCGTGGAGTGTTTTTTTTTTATTATCCATAGATCCGTCCATCTCCTTCTA a score=761 s danRer3.chr4 33144339 382 + 33808418 ACTCTATCTAGTGCACTGACTAGTGAACTATAGAGCTAATTGAGACACTGCCAGAGGTTTAG---TTTGTATTCA----TTCATCTCTCTGTTGATTATTCTTC--gcctaaacac----agagaaaaactgctgatgcgacttttgcctccatgtgacgc--tataatgaaaa---------tggcgtttattaaagaggagagtgaagacctgagg------attgaagaaacgttcaGACgtgaagacatcaggattgcagaagtgttctcgctgaaacaagaagatcccgaggaacaaacaggttggttttttttattcccgaagct-------------caactcagacatttgattctcagttagatCTGCGGCTCTACACAAACGAAGGAGGG---ATTTG-ACGAGTGTTGTTTATACTCC s fr1.chrUn 346025950 414 - 349519338 ATTTTATTTGGTGTCTTGTTCAATATTTTATAATGCTGATTGTGATACTGCCATA-TTTTAGATTTTTATATTGATGTTTTCTTTTCTTCTTGGAGCATTTCACAGACTTTAAGACCTCTAAAGAAAA---GTCTATGAAATTCAAATGCACAGGTTGAGCAACATAATTACGGGTCTTATGTGGGCGTTCCTAAAGTTGTCGCTTTAGGGTTTGAGGTGAATTATTGGGAGGTAATTCAGC----AACCCAGCAGGTCTAACGAG--TCCCTCGATGAGAACTGCA---CCAGAAGAAGAAAGAAAT--GCTCTTTTTGCTTCCACAGCTTTATCTTAAATCACAACTTTAACAGCAGAATTTAAACTACAAAACTGCATCCACACAAGCAAAAGACTGTAAATTTGCATATATGGTGTTTTTGCCTC a score=11016 s danRer3.chr4 33145393 482 + 33808418 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s fr1.chrUn 210287611 1769 - 349519338 ACTTACAGAACTTTGCTCGAGGCTTTCACCACTGGCAACAGCCGCAGAAGAGCTTCCTCTGAGGCAGAGT------------ACTTTTTCAGGTCAAAAACCTCCAGATCTTCCTCTGAGGACAGTAATATGAAGACCAGAGCTGACCACTGAGCAGGAGAAAGTTGATCTGTGGACAGCCGTCCAGACCTCAGGGCCTGTTGGATCTCCTCCACCAGAGACCCATCGTTGAGCTCGTTCAAGCAGTGAAACAGGTTGATACTTCTCTCTGCAGACACACTCTCGCCGATCTGCTTCTTGATGTACTTAATTGTGTCTTGACTTGTCTCTGCACTAATTTCTTTCTTTGCCAGGAACCCCCTTAGGAGTCTCTGGTTGGTCTGCAGAGAAAGACCCAGGAGGAAGCGGAGAAACAGGTCCAGGTGTCCATTAGAACTCC---------------TCGTGCTCTGCTTCACTGCGTTCTGGTAAAAGGTTG--CCTCTGCAGATGTGTCATCTGTTTCATTGGATGTTTTTTCTGAGAGAAGATCAACGCCAGAGTTG---------ATGAACATCAGATGGACATAAACTGCTGCCAGAAACTCCTGAACACTCAGATGGATGAAGCAGAACACCCTCTCCAGGTAGAGCCCTCTCTCCTCTCTGAAGATCTGCGTGAACACTCCTGAATACACTGAGGCGGCTATCGGGTCCATTTCACACTCTTTCAGATCTGATTCATAGAAGATCAGGTTCCCTTTCTGCAGCTGTTCAAAGGCCAGTTTTCCCAGACATTCTATCATCTCCCTGTTCTCTGGATTCC-AATGTGGATCTATCCCAGCACTTCCGTGGTATTTGAAATTCCGTAGTTTGGACTGAAGCACCAAGAAGTGGATGTACATCTCAGTCAGGGTCCTGGGCAGCTCCACTCCCTCTCTGGTCTTTAACACATCCTCCAGAACTGTAGCAGTGATCCAGCAGAAGATTGGGATGTGACACATAATGTGGAGGCTTCGAGATCTCCTGATGTGAGAGATGATTCTGCTGGCCTGCTCCTCATTTAGGAACCTCTTCTTGAAGTACTCCTCCTTCTGCGGATCGAGGTATCCACGGACCTCTGTCATCCTGTCAATGCACTCGGGTGGGATCAGATTGGCTGCTGCGGGTCTTGTGGTTATCCAGAGTCGAGCAGAAGGAAGCAGGTTCCCTTTGATGAGGTTCGTCATCAGAACATCCACTGTGGCAGACTCTGTGATGTCATTCAGGGCCTTGTTGCGAAG---GAAGTCCAGAGGAAGTCGACACTCATCCAGGCCGTCAAAGATGAAAGTGACCTGAAACTCATCAAACTTAAAGATTCCTGCTTCTTTGATTTCACTAAAAAAGTTCTGAACAAGTTCCACTAAGCTGAACCTTTTCTCTTTCAATAGGTTCAGTTCTCGGAAGGTGAACGGAAACAGGAAGTGGATGTCCTGGTTTGTTTCTTCTTCAGCCCAGTCCAGGGCAAACTTCTGTGTTAGGACAGTTTTGCCGATGCCGGCTACACCTTGTGTCATCACCGTTCTGACTGGCCCATGTCGTCCTGGTAAAGGGTTGAAGATGTCTTGGAGTTTGATTGCAGTTTCTGGTCTACACGCTCTCCTGGAGGCTGATTCCATCTGTTGGACCTCATGTTCGTCGTTGACCCGTGCAGATCCCCCCTCCGTGATGTAGAGTTCGGTATAGATCTGATTTAGGAGCGTTGGGCTCCCTCCTTTGGCGATCCCTTCAAACACTCTTTGGAACTTTGTCTTTAAGGAGGATTTGAGTCT a score=11213 s danRer3.chr4 33195052 689 + 33808418 CACTTCAAAAAAATGTTTTAATAAATTTCACGT--------TTTATTTCTTATTA-------------TACGTTTTGTCTAGACAAGA-GTTAGTAATA-TGCAAATATTGAATCTGTATTTATACCATATTTACAATTGGATATATAATCACTGCTTAACAATATGTAATGTTATTTTTTTTAATCAATAACATACTGTATTTAAAATTTTTTGTAGCCTATTAAA--AATTGAGGTTGAGAAGAAAAATATTAAAATATTTAACTGACAAAATCAAGTGATACatttttttataattattttaaaCTCGCCTGTATTTTTTTTTCTTGAGTTGAAAAACCAATTAAGCTTAGGTCTAAAGTGACCCGACTAAGTTTATTTTTTCTATATCTTTGCAAGATTTGAACTTCATCACTTAGTATTCCAGGAATGCTTCGATAAATTTGTTTTTCATCAGCTCAAAGTCTTGGATTGCTTTTTTTTTTCTTTTTTTACTTTTTGAATAAAAATCATTTTTGTGTCACTACCCTTTTAATGCACACCATGGGTCTAAAATGACCAGGATTCGTTTCCTATGTTGATTTCAATCGTGCCTGAGCATTTTTTATTCATTCTTTTTTTTTTGCAGAATCTTTTAATTTAATGCATTTTGTCGTTTTCATAAAATATCTTATTTTACGCTCACACAAATACTTATATTTA---GTACCGTTTTT s fr1.chrUn 99318606 658 + 349519338 CGCTTTGTAAATATGTTACATCAAATTTAAAGAAAGAAAAACACATTTCTCGGTAACCCATCCATACCTACGGTACGTATATACAAACTGTTGCCTTTACTGTAAAAACAAAATCTGT-TTTACATCTTAT---CATGAAAAGATATGA-CTCAATTTAAGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAATATATAACATA-TGTGCTTGTA------CGTGGTCCTTGAAATTACTCTCTTTTGAGAAAACA-----TGGATTATTTTACTTATTAATTCACTTTAGACAC------AAAATAAAGATAAA-------------TGTTTTCCTAAATTTTATTAATAGTTTGG---GGGTCTAAAGTGACCCGACTGAGTTTTTATTTGCTTTATCTTTGCAATGAATTAATTTTATTACTCAGCATTCCAGGTATTCCTCAATTAACTTGTTTTTGATCATAATTCATTCTTGTA--------TATTTTTCTTTTTTACATTTTAAATAAAAACACTTTTTATATCACTACCCCTCTAATGCACAACATGGGTCTAAAATGACCCGTAACCATTTCCCATGTT-ATTTCATGTGTTTCTAAGC--TGAATGTTTATAATCTATGTATTTAATCATTTATTAATCAAACCAATCTCTTCCATTTTA--------ATTGTTTTATG-TAGCACAAATCCTCATCCTCAAGTGTTCTGTTCTT a score=346 s danRer3.chr4 33195791 108 + 33808418 ACCTTTGCTGTTTCATAATTGTTGCAAAAAGGAACGCATTTACTGCTAAAACTGTTCACCTGGCACGTTTCACAACTCAACATGGTG-ATTTCCTCTATCTGAAATCTG s fr1.chrUn 138119072 93 + 349519338 GCATTTACTACAGCGT--TTGTTGGGA--------------ACTGTGAATTGTGCTTGTGTCAGTCATTCCACAGCTCAGCACAGCACACTTTTCCCTTCTAATACATG a score=9044 s danRer3.chr4 33195902 172 + 33808418 CAGGAGCTGTTTGGGTAGGTGGAGGAGGCAAACTACAGGCCTCCGGTTCCTGCTGGTGATGAGCGCATTGGTCTGGAGTATCTGTTTTCCCAGTCCTCAGAGGCCTTCAGTGCTCCTGATCATCACGCTCAGACTAGAAAGACATCTCAGGCAGATGAGGATGAAGACAAAG s fr1.chrUn 154515320 172 - 349519338 CAGCAGCTGTTTGGGGTGGTGGAGGACGCCAACTACAGGGCTCCTGTGCCGCCCGGTGGGGAGCGAATCGGTCTCGAGTACTTGTTTTGCCAATCGACAGACACTTTCAATGTCCCTGACCATTACGCTCAGACTACAAACACACTGCAAACTGATGAGGACGAGGGGGAAG a score=25494 s danRer3.chr4 33196477 747 + 33808418 TCAGGAGCTGTTTGGGTAGGTGGAGGAGGCAAACTACAGGCCTCCGGTTCTTGCTGGTGATGAGCGCATTGGTCTGGAGTATCTGTTTTCCCAGTCCTCAGAGGCCTTCAGTGCTCCTGATCATCACGCTCAGACTAGAAAGACATCTCAGGCAGATGAGGATGAAGACAAAGATGTTCCTGCTGGGGTGGCAGAGGAAGGGGAAGAACCACAGccctgctaaaaaatccacagccaaccagcctaggctggtttaagctggatttttcagcagggAGGAGGAAGAAGATGATG-TGGGCTAACTTA-CTCCTTAG-------------ACAGATCAGGCAGTGGCTGCTGAATTTGACCCCTGTGTGGAGGACGTGTGCGGTCCCAATCCTCTGCCTGGGTACCAGCACGTAGAGGATCTGTGTAAAGTCCTTGTTGAGATCGCCCTGAAGGAAGGAAAACTTGCCTTAAATGAGTCGACCAGGCAGAAGGTCATCAGCGCCTGGAACAAGCTTGACCTCCATGACAGCAGCATACAAACAATTTAACAGCCTCTCCTCTGCACACTGGGGCAATGCCCTGTTTGGCCGCACCAATGGAGATCCGACTGAGGCGTCCCTGATGCAGAAGCTCAAGTTCAGCAGGCGGTACTCAGCCGCACACTTGGTCGACTCCAGAAAGAAC-------TGTACTGCCTGGTCAAACAGTCA----agcaaccactcaacagtctagaaactgcctagcaacatcttagcaataccttagc s fr1.chrUn 59270515 720 - 349519338 TCAGCAGCTGTTTGGGGTGGTGGAGGATGCCAACTACAGGGCTCCTGTGCCGCCCGGTGGGGAGCGAATCGGTCTCGAGTACTTGTTTTGCCAATCGACAGACACTTTCAATGTTCCTGAACATTATGCTCAGACTACAAACACCCTGCAAACTGATGAGGACGAGG------------------GGGAGGTAGACGAGG---------------CTTACCG------CGACGACGATCCCCCGGACGGTGACGCGGGATACATTTC-------------GGATGCCGTTGACGATCGCCTGACTCCTCTCCCTAGGAACCTGCACCTCACTGACCAGGCTGTCGCCGATGACTTTGACCCCTGCGCAGAGGACGTGTGCGGTCCAAATCATCTCCCGGGGTACGAGCACGTGGAGGAGCTCAGCAGACTCCTGGTGGATGTTGCGTTGGAAGAGGGAAAGCTCGCCATTAGCAACTCTACAAGGCAGAGGGTCATTGCTGCATGGAACGGGCTCCATCTCCACGACCGAAGCATTC-ACCAGTTTGACAGCCTGTACTCTGCACGCTGGGGCAACGCTCTCTTCGGCTGCACCAACGGAGACCCCGCTGAATCGTCTTTGGTGCAAAAGCTCAAGTTCAGTAAACGACATTCGGCTGCCCACCTGCTGGACTCCAGGAAGAACAGGCTGATGTACTGCTTCGTCAAACAGCTGTGGCTGCACCCGCACTGCAGAGTAAAGGCTGGCGGGCTGCCGCACAAACATCTCTTGAC a score=656 s danRer3.chr4 33215729 316 + 33808418 TTTCATCAACCTAATG--AACAGTTTTAACCTACTCTTGACTTCATTTGGTGATTGTAATGTCAGATCAGGTTCTTAGCATACCCTGATTGCTGCATTTGCTTTAGTTTACATTCAAATAGGTAAATAC----------TATTCAACTTGACGCAT---------------------------TTCTTAATTAAATGAATGACGAATCACTCTAGGAGTC-------CTAACTTTACATTGAATGATGATTATTTAAGTAAAACCACCTCAAATGCCAAATGATCACTCCCCTGAAGCAAATGACGGGGGAAGATTGTCAA-ACTCGCACAGAAGTCTTGGCAGCTGAAGTGTGGCATGGCAG s fr1.chrUn 204172801 329 + 349519338 TTTTTTCAAACCAATATAAATTATCTTGACAGATGTATTGGCTCTTCTGGT---TGCAATT----GTTGGGTTACTAAAATACAAAAACAGCTTCGTTTTCCTCACTCTACATTCTAGCATATAAACACAGGGGACCCGTCGTTTACTGGCCATGTAAAAAGATGTAAACAGTGAACAGGTGGTCTTTTTTTAAACTGCAAACGAAGCATTCTTGAAGTCACCTTGTTTTGTTTTGCTTCGCTTTCGGACCATTT-------GTCGTTCCAACTTTTCAACAGTCACATTCGTAAAGGAAAACGCG--------TTGCCAGTGCTCGCA------------CAGTTGAGTTGTGCCCTGACAG a score=2498 s danRer3.chr4 33225648 179 + 33808418 ATGTATGTGTATGCTTCACCATAG--CAGTATAGATTGGTAAATCAATCAATTTGATTGAAATAGATCTAGAAGTAATGCAACAGCGTTCTAGTTATTAACTTGCTAATTGTTTTTAATAAGGACTCAGTGGTCAGGAGATCCATTTGCAGTCTTTATTAAACGACTGCAAATGGAAAAAG s fr1.chrUn 204173473 171 + 349519338 ACGTTTGTATATGA-----CGTAGTCCATCTTAAATTTGTAAAATAATCAATTAGCGCCAAAAATAACGAAAAATAATGTGACGAGGTGTGAAGTGTTCAAATACAAACTATTTTTGAAATATAATCAGTGATATAAATCTTCATATAAGG-----AGTAAACGATGCTAAACCGTAGAAG a score=38975 s danRer3.chr4 33234384 1807 + 33808418 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s fr1.chrUn 276649734 1849 + 349519338 TCTTTCTCTGATTTTAGTAAAT-----GAGCTAAAAGAGGTTTTAGAAGGACATAAGATCAGTCTGAAGAGAAGAAGTGAACATGTGACTGAAGGAACTAATGAAGCAGGAAGTGGAACCCTGCTGAGCAAGATCTACACTGAGCTCTACATCACTGAGGGACAAAGTGAGGAGGTGAATACACAACATGAAGTGAGACAGCTTGAGATAACCTCCAAGA---AGAACGTCCAGGACACTCCAATCAGGTGCCACCAAATCTTCAACATCTTACGTGAGCAACAGAAACACGTCAGAGTGGTTCTGACAAACGGTGTCGCTGGCGTTGGAAAAACCTTCTCAGTGCAAAAGTTCACTCTGGACTGGGCAGAAGGTTTGGAGAACCAAGACATCAGCCTGCTGGTTCTGCTCTCATTCAGGGAGCTGAACTTGATCAAAGACGAGCAGCACAGTCTTCTCTCACTGCTTCATGTTTTCCATCCAACATTACAGAAGATCAGAG---CAGAGGATCTGGCTGCCTGTAAACTTCTGCTCATCTTTGATGGCCTGGATGAAAGCAGACTTTCTCTGAATTTCAACAAAGAACAGGTCATCTCTGATGTCACACAGGTGTCATCAGCCAGCGTGCTCCTGGTCAACCTCATCCAGGGGAACCTGCTTCCCTCAGCTCTCATCTGGATAACCTCCCGTCCTGCAGCAGCCAATCAGATTCCTCCATCATACGTTGACAGAATCACAGAAATACGCGGCTTCACTGACACCCAGAAGGAGGAGTACTTCAGGAGGAGGTTCAGAGATGAAGATCTGTCCAAGAGAATCATCTCACACATCAAGGCCTCCAGGAGCCTCCACATCATGTGTCTGATCCCAGTGTTCTGCTGGATCACTGCTACAGTTCTGGAGCACATGTTGACCACAGAGCAGAGAGGAGAGCTGCCCAA-AACCCTGACTGACCTGTACTCACACTTCCTGCTGGTTCAGACCAAGAGGAAGAAGCAGAAGTATGGAGGACACAAAG-----GACCACAGGAA-CTCATTGAGTCTGACAAAGAAGTCCTTCTGAAGTTGGGGCGGCTGGCGTTTGAACATCTGGAGAATGGAAACATCCTGTTCTACCAAAATGACCTGGAGCAATGCGGTCTGGACGTCTCAGAGGTGTCGGTGTACTCAGGAGTTTGTACAGAGAT-CTTCAGAAGAGAGACTGTGATCTTCCAGAAATCA--GTCTACTGCTTTGTTCATCTGAGCATTCAGGAGTTTCTGGCTGCAGTCTACATGTTCCACTGTTACACCAGCAAGAACACAGCAGTTATTCATTCTTTTGTCAAGTGCTCTGAAACAAATCTACTATTGTGGTTGTTAAGATTTTTTAAATTATATGATCCAATCATTCCTGTAGACGACTTTCTGAGCAGAGTCATGAAGAAATCTCTTGAAAGCCCAAATGGCCACCTGGACCTGTTTGTTCGCTTCCTTCATGGTCTCTCTCTGGAGTCCAATCAGAGAATCTTGGGAGGACTGTTGAATCAGACAGACAACAATCCAGAAACCATCCAGAAGGTCATCAACAACCTGAAGGAGATG---AGTAGTGAGCAAATCTCTCCAGACAGAAGC----ATCAACATCTTCCACTGTCTGATGGAGATGAAGGATCATTCAGTACATCAGGAGATCCAAGAGTTCCTCAAGTCAGAGAAGAACTCAGAGCAGGAACTGTCAGAGATCCAGTGTTCTGCTCTGGCCTACCTGCTGCAGATGTCAGAGGAGGTTCTGGATGAGCTGAACCTGAAGGAGTACAACACATCAGAGGAGGGACGACGTAGACTGATTCCAGCTGTGAGGAACTGCAGGAAAGCTGTGTAAGTC 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CTGCACTGCAAATGCTGGAAGCTGTTCTAT---CATTTGAGTGCAAGCTGACTGTCTTTGCCAGAGATGTACAGCGAGGCACGCTCTCCCACTTCCCCTCCCTGAGAGAATTCAAAGAAGCCCATCACGATCACACACTCAACAGTGATTATTTGCAAGGTACGATCATTGATATGCAAACTGCATTTGGGAGCAGATTTTGTGAGTACTGAAAGGAAAAAAATGACACTGTCTTTCCCTG--TCACACCCCTGGAGATTGACCCATCCTTGTTGAGCACATTCCCAAGAGTAAATCAAGCTGACCTTGAGATGGAAATGGCTGATATAGCTGACAAAGACTTATGGGTGTCCAAA-----CATCTGACAGCCGGGCTTGAAGACGTCACTCACCAGAAAACCCAGCTTGCCCAAAGCCACAAATGGAGCGAAATTGAAATCCTCCCAACACCCACATGGAATGCTCTTCCTTCTTATAGGAACATGAAGACATA------------TGTATT----------TGGAGTATTATCCATCTTTGGATG----TGCGA-GCAGATATTCTCAAACATGAACTACATCAAATCAAAATATCGCACCCGCCTCACAGATGAGACCTTGCAGTCCTGCGCCAAGATTAAAGTTACATCTTACATGCCCGATGTTGAGAAGCTGACCAGTGATGTCCGAAAACAGAAGTC--ACATTAAACGGGTAAGAACACAATCCTGTCATAGGCACATATTTAGTAACAAAGTGGCTGTTTTTTTAAAGTGATATCTGATTTTTGTCAGTATATATTTGGA-ATGACACTTAGGG--ATAATATTGTGTT a score=22192 s danRer3.chr4 33270289 543 + 33808418 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danRer3.chr4 33291932 117 + 33808418 TACATCACTGGTTAC---------------ACCTTGAACTTCAGTAGACCTGCCACATGAA---------------------------------------------------------------------------CAATTCATTGCTATG-----------TCATTCTACAGC----------GTACAAGTGACTTGAAAGTTAT--------TAGATTGAAGAGATGGAGATAA s fr1.chrUn 114903713 233 - 349519338 CAAAGTATGAATTACTGTCATCAATTCATAATCATAATTTTC---AGAGCTGCAGCATCAAGTTAGTGATGTAAAAATTGCAGCCTTTCATTTAAAATGATACAGTTGAGCGTTGTGTGACAGGATTTATGAAAGGTAATTCTTTTCTATACTGTTGGGGCCTTAGTCCAAAACAGaactccctgtaaaactccctgtaaaGGTATAGAATGTATAGGTCACAGAGCTCCCCGGGA a score=4289 s danRer3.chr4 33292049 204 + 33808418 TAGTACCCTTGATAGGGCACTGTAACCCCAGCGATATCTAGATTTTCACAGCTGAGAGCGAAGAA----AGGTACGGCCAAAAACACTGTGGCGACTATGGTCAACAAATTCACTCTTGCGGATGCCAGCAGACCCCATTTAAACCTCTTCATCATCAACCCACTGAGGAAAACACCCAGCGCTACTGCCGGAATAGATGTCACTCCT s fr1.chrUn 61922380 204 + 349519338 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gtgggggAGTACAGGCCACAACGTAATAAAGGAGTAATTACTCCACACCGCTAATATGTCACAAGCGCACACTTTAGCCGATGACTCTACTGTAGTTTTGCAAAAACCCGTGGACGTATTTGCAACTAGCGAAACACAAACATATAACACGACGACATGACAACTTCGAAAACAACGCTAGTTCTCCCGAATGATATATAATCGGCCATTTCGTATGTGTCGCTAAAACACTCACCATGTCAATA--TTGTTTATTTTCCGTTTTCTTCCAAGAGATGAGTGAAGTGGTTGCGCGCAATTAGAGCTGCGAAAATGAGGAGGTGGAGCTTGAGGTGGATCTGGAGGTGGAGCAACCTGCCGGTTGTCCAACATTTGAGCG-CTGTGATAGGTCAGTGGGAGCGGAATGTTGGATTCACCAATC--ATATCGACGG-AAATGTTGGA-TTCACCAATCATATCGACGAAAATGTTGGACGCCACCAATCATATCGACGGTGATTGACTTATACCTCCAAAATT---------TCCCCGGACGATTCTTCGCCAGCTGGCGTTCAGGCTCCAGTCTCTTC-GGAGGCGTGGGTTCGAATCCCACCGCTGCCAA a score=336 s danRer3.chr4 33572242 109 + 33808418 GTCAAATCCTCGTACAACGTCAAGTCATGACATTTGACAGATCCATGCCCTTGTATCGTGGATTATCCAGTGAGCAGAGAGCCAATTGAGAATGTGCGTAAAAGCAAAT s fr1.chrUn 255490103 103 - 349519338 GTTAAAGGCTTATTCCCAGACAAATAGTGAAGATAGAAACTTCTAT-CGCCTGGATCAC-----ATCAGGAAAGGTGAGAGCTGCTTTGTGACCTCTGGGAAAAGAAAC a score=3256 s danRer3.chr4 33572355 60 + 33808418 ATGTTTCCGCCCAGTTTCTAACAGGAGACCCTCCGCTTGTAAAGCCATCGTGATAAACAC s fr1.chrUn 255490206 60 - 349519338 GTGTTTCCACCCGGTTTCGAACCGGGGACCTTCTGCGTGTTAGGCAGACGTGATAACCAC a score=1853 s danRer3.chr4 33572572 885 + 33808418 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s fr1.chrUn 139167484 1079 - 349519338 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TCTTAGCCAGCCGTCTCCAGAGAGTAATTTCGGCCCTAATCAATCCTGACCAGACTGGCTTTATTTTAGGGAGGCATTCATCCTCAAACACACGCAGATTACTACTCTTCCCCTACTGACTC------TCCTGAACTAGTTTTGTCCT-------------TAGACGCTGAAAAAGCGTTCGACCGCGTAGAGTGGAAATACCTCTTTTTTACTTCTCCC----CTTGCCTCTGTCAG---CACTAA-----------------------------------TGGGGTTAGATCA--CGCCAATTCTCCCTGCACA----------GGGGCACTCGACAGGGTTGCCCCCTTTCCCCGCTTTTGTTCGCCCTGGCAGTCGAACCTCTGGCCATAT--------GGTTGCGTAGCGAGAACGGGTTTGAGGGTATAACTCGTCATGGACAGCTTCACAAAATCTCTTTTTATGCTGATGATCTTTTACTGTACATGTCCAACCCTACCTCCAGTCTCCCTGTAATTTTAGATATTTTTGAAAAATTTGGCAAATACTCTGGTTANAAACTCAATTTTGGAAAAAGTGGCTACATACCAATTAAT a score=-302 s danRer3.chr4 33609165 258 + 33808418 GCAACTATAACCCAGATGATAAAATACACAAGGATTATG--CATTTAAATGGAACATACCTTCTATCAGATATCTTGGGAGTTCAAATCTCTGCAGACCTATCAGATATCTATACAAATAAATGACTTTCCCATTA--CAGAAACTATAATAAAGCATTTGAACAGATGGCCCTTTCTATCTTTAGATCTATATAATCGAATAGAGATAATAAAGATGAATATATTATCATGCCCACTTTTTCTCTTTAAAGCTTTACCAGT s fr1.chrUn 75731305 251 - 349519338 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s fr1.chrUn 283601121 2003 - 349519338 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